Brevet FR3001363A1 — publié le 20140801

UTILISATION D'HAFNIA ALVEI POUR REDUIRE LE PORTAGE DES ESCHERICHIA COLI PRODUISANT DES SHIGA TOXINES (STEC) CHEZ LES RUMINANTS DOMAINE DE L'INVENTION La présente invention concerne l'utilisation d'une souche de Hafnia alvei comme additif alimentaire en nutrition animale, pour réduire le portage des Escherichia cou i producteurs de Shiga-toxines chez les ruminants. ETAT DE LA TECHNIQUE Les Escherichia cou i producteurs de Shiga-toxines (STEC), aussi nommées Escherichia coi/ entérohémorragiques (EHEC), et plus particulièrement le sérogroupe 0157 :H7, sont reconnus actuellement comme des pathogènes émergents importants en santé publique. Ces bactéries ont été détectées chez un grand nombre d'espèces animales sans que ces derniers ne présentent des signes cliniques de maladie. Les principaux « réservoirs » ou « porteurs » sont les ruminants et plus particulièrement les bovins. La prévalence des STEC dans les fèces des bovins varie de 4 à 36%. La persistance des souches de STEC dans les cheptels est due en partie au 'portage intestinal' par ces animaux. Le portage varie selon les saisons, la prévalence étant plus importante dans la période printemps-été. Le risque de contamination des denrées d'origine animale, destinées à l'homme, est lié aux procédures d'hygiène dans les abattoirs et les ateliers de transformation, mais également à l'importance du portage animal. Ingérées par l'homme, ces bactéries provoquent le plus fréquemment des colites hémorragiques. Un syndrome hémolytique et urémique peut également apparaitre chez l'enfant et le sujet âgé, ainsi qu'un purpura thrombotique thrombocytopénique chez l'adulte. Pour diminuer le portage des STEC par les ruminants, il a été proposé de leur administer des bactéries comme additif alimentaire, telles que des souches de Lactobacillus acidophilus qui diminuent la prévalence de E. cou i 0157 dans les fèces (Stephens et al., 2007; Tabe et al, 2008). Il a également été montré in vitro qu'une souche de Lactobacillus acidophilus et une souche de Saccharomyces cerevisiae diminuent la période de survie des STEC dans le fluide de la panse (ou rumen), le premier des compartiments du système digestif complexe des ruminants (Chaucheyras-Durand et al., 2010). Hafnia alvei est une entérobactérie qui se trouve dans la flore digestive humaine et animale. Cette bactérie est utilisée dans l'industrie fromagère, pour reproduire le goût des fromages au lait cru dans des fromages préparés à base de lait pasteurisé (Delbès-Paus et al., 2012). Hafnia alvei est en particulier utilisée dans une composition pour l'aromatisation des fromages, comprenant également des Lactobacillus et au moins une levure (demande de brevet VVO 99/43214). EXPOSE DE L'INVENTION A ce jour, dans les élevages industriels, il n'existe pas de méthode pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants. Le seul moyen de limiter la contamination du lait ou de la viande est de s'assurer d'une excellente hygiène lors de la traite ou de l'abattage des animaux. Une diminution du portage permettrait de diminuer les risques de contamination directe de l'homme par contact avec l'animal, ses produits dérivés ou via la consommation de végétaux souillés. La présente demande est relative à une méthode pour diminuer les risques de contamination du lait ou de la viande issus de ruminants, lors de la traite ou de l'abattage des animaux porteurs de STEC. Les risques de contamination sont diminués en particulier en réduisant le portage de STEC par ces ruminants. La présente invention est en particulier relative à une méthode pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants, caractérisée par l'administration à un ruminant d'une ou plusieurs souches de l'espèce Hafnia alvei. Cette administration se fait aisément par voie orale, sous la forme d'un additif alimentaire. DESCRIPTION DETAILLEE DE L'INVENTION L'invention concerne une méthode pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants, en particulier des sérotypes 0157:H7 et 026:H11, caractérisée par l'administration à un ruminant d'au moins une souche de Hafnia alvei. Le terme « portage » ou « portage animal » désigne le fait que les bactéries STEC résident de façon naturelle dans l'organisme des animaux qui les « portent », sans leur causer de préjudice, notamment sans qu'aucun signe clinique de maladie ne soit décelable, bien que les fèces des animaux comprennent ces STEC. Bien que les animaux portent les bactéries STEC, la présente invention n'est pas relative à une méthode de traitement des animaux, mais à une méthode pour diminuer la quantité de STEC présentes dans les poches intestinales de ces animaux, et ainsi réduire le risque de contamination du lait lors de la traite, de la viande lors de l'abattage desdits animaux ou de leurs fèces. Le terme « STEC » désigne des bactéries Escherichia cou/ producteurs de Shiga-toxines ; ce groupe (tel que défini dans le rapport de l'AFSSA de 2003) comprend en particulier les sérogroupes 0157:H7 et 026:H11. Le terme « ruminants » désigne des animaux herbivores capables de régurgiter de la nourriture afin de la remastiquer, autrement dit de pratiquer la rumination. Par ruminants, on comprend essentiellement les animaux du sous-ordre des Ruminantia, et notamment les bovins, ovins et caprins. La présente invention concerne en particulier les bovins de rente. Le terme « administration » désigne à la fois une administration par voie orale, par voie intraveineuse ou intramusculaire. La présente invention est néanmoins essentiellement relative à une administration par voie orale. Le terme « souche(s) de Hafnia alvei» désigne toute souche, ou association de souches, appartenant à cette sous-famille des Hafnia, connue depuis les années 1960. Des souches Hafnia ont en particulier été isolées à partir de lait cru et de fromage. Deux grandes familles existent : les Hafnia alvei et les Hafnia paralvei. Certaines souches peuvent être virulentes (Abbott et al., 2011). Naturellement, la présente invention se rapporte à l'utilisation de souche(s) d'Hafnia alvei non virulente(s), non-pathogénique(s). Selon un aspect préféré de l'invention, la ou les souche(s) est (sont) comprise(s) dans un additif alimentaire destiné aux ruminants. Un « additif alimentaire » se distingue d'un aliment par le fait qu'il est utilisé à faible dose dans l'alimentation des animaux. Les additifs alimentaires destinés à l'élevage animal font l'objet d'une réglementation en Europe (règlement CEn°1831/2003 du Parlement et du Conseil). Les industriels peuvent dans certaines conditions ajouter à la nourriture des animaux : agents dits «additifs technologiques» ; conservateurs, antioxygènes, émulsifiants, stabilisants, épaississants, gélifiants, liants, substances pour le contrôle de contamination de radionucléides, anti-agglomérants, correcteurs d'acidité, additifs pour l'ensilage, dénaturants ; additifs dits « sensoriels » ; colorants (dopant ou modifiant la couleur d'aliments pour animaux ; des substances qui, incluses dans l'alimentation des animaux donneront une couleur aux denrées alimentaires produites à partir de ces animaux. Certains pigments ayant un effet positif sur la couleur des poissons ou oiseaux d'ornement sont aussi autorisés) ; substances aromatiques ; additifs nutritionnels, dont vitamines, provitamines et « substances à effet analogue chimiquement bien définies », composés d'oligo-éléments, acides aminés (et leurs sels et « produits analogues », ainsi que de l'urée et ses dérivés ; additifs dits «zootechniques», autorisés comme améliorateurs de digestibilité, stabilisateurs de la flore intestinale, substances ayant un «effet positif sur l'environnement», et d'autres additifs zootechniques». Préférentiellement, l'additif alimentaire comprenant la (les) souche(s) d'Hafnia alvei sera mélangé à un aliment destiné aux ruminants. De préférence, la (les) souche(s) de Hafnia alvei est sous forme lyophilisée, et notamment sous forme de poudre, pour être additionnée aisément à cet aliment. Selon un aspect particulier de l'invention, ledit aliment ou composition alimentaire ou additif alimentaire comprend environ 108 UFC de Hafnia alvei par jour et par bovin. Chez les ovins et les caprins, la dose préférée se situe autour de 107 UFC par jour et par animal. Le terme « UFC » signifie « Unité Formant Colonie » et est l'unité de mesure généralement reconnue par l'homme du métier pour quantifier les bactéries capables de fonder une colonie. En particulier, la composition alimentaire pourra comprendre d'autres additifs alimentaires choisis parmi les additifs cités précédemment, et/ou parmi les principes actifs suivants : des hormones et/ou agents anti-inflammatoires et/ou des agents bactéricides et/ou des agents antifongiques. Selon un aspect de l'invention, la souche de Hafnia alvei administrée à un ruminant est choisie parmi les souches déposées auprès de la DSMZ sous les numéros d'accès 30098, 30099 ou 30163. Selon un aspect préféré de l'invention, la souche de Hafnia alvei administrée à un ruminant est la souche B16 déposée à la CNCM sous le numéro CNCM 1-4710 en date du 20/12/2012. Cette souche, précédemment dénommée `CC16', a été isolée en 2009 à partir d'un fromage livarot (Mounier et al., 2009). Selon un aspect spécifique de l'invention, plusieurs souches de Hafnia alvei sont associées pour être administrées à un ruminant dans le cadre de la méthode selon l'invention. L'invention est également relative à une composition comprenant une souche d'Hafnia alvei en combinaison avec au moins une autre souche de microorganisme. En particulier, cette autre souche de microorganisme est une autre souche de Hafnia alvei et/ou une levure. De manière préférée, cette levure est de l'espèce particulière Saccharomyces boulardii. En particulier la souche de Saccharomyces boulardii présente dans la composition est la souche déposée sous le numéro d'accès 1-1079 à la CNCM. En particulier, la souche de Hafnia alvei présente dans ladite composition est la souche B16 déposée sous le numéro d'accès 1-4710 à la CNCM, en association avec la souche de Saccharomyces boulardii déposée sous le numéro d'accès 1-1079 à la CNCM. Selon un autre mode de réalisation de l'invention, la composition comprend une souche de Hafnia alvei, notamment l'une des souches déposées sous le numéro d'accès 30098, 30099 ou 30163 auprès de la DSMZ, et la souche de Saccharomyces boulardii déposée sous le numéro d'accès 1-1079 à la CNCM. Selon un autre mode de réalisation de l'invention, la composition comprend de plus au moins une autre souche de microorganisme. Cet autre microorganisme peut être en particulier une souche de Hafnia alvei, notamment l'une des souches déposées sous le numéro d'accès 30098, 30099 ou 30163 auprès de la DSMZ, ou tout autre microorganisme approprié. Selon un autre mode de réalisation, la composition comprend la souche B16 déposée sous le numéro d'accès 1-4710 à la CNCM, au moins une souche déposée sous le numéro d'accès 20 30098, 30099 ou 30163 auprès de la DSMZ, et la souche de Saccharomyces boulardii déposée sous le numéro d'accès 1-1079 à la CNCM. L'invention est également relative à une utilisation de l'une des compositions telles que définies ci-dessus, comme additif alimentaire pour des ruminants. Cette composition sera préférentiellement ajoutée à un aliment pour les animaux. Cette composition sera utilisée pour 25 diminuer le portage des STEC chez les animaux ruminants, nourris avec cette composition. Enfin, l'invention concerne l'utilisation d'une souche de Hafnia alvei, seule ou en combinaison avec d'autres souches de microorganismes, pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants. Le portage des STEC chez les ruminants est évalué par des méthodes classiques, bien 30 connues de l'homme du métier. En particulier, l'importance du portage in vivo est évaluée en mesurant la prévalence des STEC présentes au sein d'un troupeau, et le taux et/ou la durée d'excrétion des STEC dans les fécès des animaux, tel que décrits dans (Tabe et al., 2008) par exemple. La méthode selon l'invention permet d'obtenir une diminution de l'excrétion fécale d'au moins 10% par rapport à des ruminants n'ayant pas absorbé au moins une souche d'Hafnia alvei ; préférentiellement la diminution est d'au moins 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100%, 120%, 150%, 200%, et même de 300%. De manière préférée, la prévalence des STEC et en particulier des sérotypes 0157:H7 et 026:H11 chez les animaux auxquels au moins une souche d'Hafnia alvei a été administrée est diminuée d'environ 30% par rapport à la prévalence des STEC chez des animaux n'ayant pas été traités selon la méthode de l'invention. L'effet d'inhibition de croissance des STEC par une souche d'Hafnia alvei peut également être démontré in vitro, par croissance des souches dans un jus iléal bovin, tel que cela est présenté dans les exemples ci-dessous. DESCRIPTION DES FIGURES Figure 1. Croissance d'E. cou/ 0157 :H7 FCH6 en jus iléal bovin seule (gris foncé) ou en présence d'une souche de Hafnia alvei (gris clair) Figure 2. Croissance d'E. coli 026 :H11 21765 en jus iléal bovin seule (gris foncé) ou en présence d'une souche de Hafnia alvei (gris clair) Figure 3. Croissance d'E. cou/ 0157 :H7 FCH6 et 21765 en jus iléal bovin (gris foncé) et en présence d'un mélange de Hafnia alvei B16 et de la levure S. boulardiiI-1079 (gris clair) Figure 4. Croissance d'E. cou/ 0157 :H7 FCH6 en jus iléal bovin seule (gris foncé) ou en présence d'un mélange de deux souches de Hafnia alvei B16 et 30098 (gris clair) EXEMPLES Exemple 1. Effet de Hafnia alvei B16 et d'autres souches d'Hafnia alvei sur la croissance d'E. cou i 0157:H7 FCH6 en jus iléal bovin Les incubations in vitro ont été réalisées en jus iléal obtenu chez deux vaches canulées recevant une ration (80/20 respectivement) de foin de prairie naturelle et de concentré [concentré INRA 863-50183 GV, comprenant pulpe de betteraves, blé, orge, tourteau de colza, tourteau de soja, mélasse de canne à sucre, phosphate bicalcique, sel, magnésie, vitamines, provitamines et oligo-éléments]. Les tubes contenant le jus iléal ont été incubés pendant 5 heures à 39°C, sans agitation, en présence des souches d'intérêt. L'effet inhibiteur potentiel de chaque souche candidate a été tout d'abord testé sur une souche 0157:H7 (souche FCH6), rendue résistante à la rifampicine. Le dénombrement de la souche FCH6 avant et après 5 heures d'incubation a été réalisé sur milieu LB Agar supplémenté en rifampici ne. Dans notre étude, un ajout de 500 pl d'une culture de 24h d'Hafnia alvei B16 en milieu BHI (non agité) dans 5 ml de jus iléal inoculé avec 104 ufc/ml de FCH6 Rif a permis de réduire de façon significative (P Exemple 2. Effet de Hafnia alvei B16 et d'autres souches d'Hafnia alvei sur la croissance d'E. cou/ 026 :H11 21765 en jus iléal bovin Des résultats comparables ont été obtenus avec une autre souche STEC de sérotype 026 :H11 (souche 21765 RifR). Une baisse de croissance significative (P Exemple 3. Effet de Hafnia alvei B16 en combinaison avec une souche de levure sur la croissance d'E. co/i0157 :H7 FCH6 et E. cou/ 026 :H11 21765 en jus iléal bovin. Les conditions expérimentales sont identiques à celles décrites dans l'exemple 1, à l'exception de ce qui suit : les souches inhibitrices sont rajoutées à la quantité de 250 pl chacune, et Saccharomyces boulardii est préalablement cultivé en bouillon au malt pendant 24 h à 30°C, sous agitation douce. Les résultats sont présentés en figure 3 : pour la souche FCH6, la diminution de la croissance est de presque 1 log (diminution d'un facteur 10) ; pour la souche 21765, la diminution de la croissance est de -0.5 log. Exemple 4. Effet d'une combinaison de deux souches de Hafnia alvei (B16 et 30098) sur la croissance d'E. co/i0157:H7 FCH6 en jus iléal bovin. Les conditions expérimentales sont identiques à celles décrites dans l'exemple 1, les deux souches sont ajoutées à raison de 250 tl chacune. Les résultats sont présentés en figure 4: pour la souche FCH6, la diminution de la croissance est de 1 log (diminution d'un facteur 10) en présence de la combinaison des deux souches d'Hafnia alvei. REFERENCES Demande De Brevet VVO 99/43214 Références Bibliographiques par ordre alphabétique AFSSA (2003) Bilan des connaissances relatives aux Escherichia coli producteurs de Shigatoxines (STEC). Chaucheyras-Durand F, Faqir F, Ameilbonne A, Rozand C, Martin C. Fates of acid-resistant and non-acid-resistant Shiga toxin-producing Escherichia cou i strains in ruminant digestive contents in the absence and presence of probiotics. Appl Environ Microbiol. 2010 Feb;76(3):640-7. Delbès-Paus C, Pochet S, Helinck S, Veisseire P, Bord C, Lebecque A, Coton M, Desmasures N, Coton E, Irlinger F, Montel MC. Impact of Gram-negative bacteria in interaction with a complex microbial consortium on biogenic amine content and sensoiy characteristics of an uncooked pressed cheese. Food Microbiol. 2012 May;30(1):74-82. Epub 2011 Dec 14. Mounier J, Monnet C, Jacques N, Antoinette A, Irlinger F. Assessment of the microbial diversity at the surface of Livarot cheese using culture-de pendent and independent approaches. Int J Food Microbiol. 2009 Jul 31;133(1-2):31-7. Stephens TP, Loneragan GH, Karunasena E, Brashears MM. Reduction of Escherichia coui 0157 and Salmonella in feces and on hides of feedlot cattle using various doses of a direct-fed microbial. J Food Prot. 2007 Oct;70(10):2386-91. Tabe ES, Oloya J, Doetkott DK, Bauer ML, Gibbs PS, Khaitsa ML. Comparative effect of directfed microbials on fecal shedding of Escherichia cou i 0157:H7 and Salmonella in naturally infected feedlot cattle. J Food Prot. 2008 . 71(3):539-44. Erratum in: J Food Prot. 2008. 71(5):886. REVENDICATIONS1. Méthode pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants, caractérisée par l'administration à un ruminant d'au moins une souche de Hafnia alvei. 2. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que ladite souche est comprise dans un additif alimentaire destiné aux ruminants. 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, caractérisée en ce que ladite souche de Hafnia alvei est administrée à une quantité d'environ 108 UFC/jour et par animal. 4. Méthode selon l'une des revendications 1 à 3, caractérisée en ce que la souche de Hafnia alvei est la souche B16 déposée à la CNCM sous le numéro 1-4710. 5. Méthode selon l'une des revendications 1 à 4, caractérisée en ce que ladite souche est administrée en combinaison avec au moins une autre souche de microorganisme. 6. Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l'autre souche est choisie parmi une autre souche de Hafnia alvei et/ou une levure. 7. Méthode selon la revendication 6, caractérisée en ce que la levure est la souche de Saccharomyces boulardii déposée sous le numéro d'accès l-1079 à la CNCM. 8. Composition comprenant une souche d'Hafnia alvei en combinaison avec une souche de Saccharomyces boulardii. 9. Composition selon la revendication 8, caractérisée en ce que la souche d'Hafnia alvei est la souche B16 déposée à la CNCM sous le numéro 1-4710, et la souche de Saccharomyces boulardii est la souche déposée sous le numéro d'accès 1-1079 à la CNCM. 10. Composition selon l'une des revendications 8 ou 9, comprenant de plus au moins une autre souche de microorganisme. 11. Utilisation de la composition selon l'une des revendications 8 à 10 comme additif alimentaire pour des ruminants. 12. Utilisation d'une souche de Hafnia alvei pour diminuer le portage des STEC chez les ruminants.30