Brevet FR2984920A1 — publié le 20130628

Méthode de diagnostic et/ou pronostic du risque de développer une maladie multifactorielle La présente invention concerne une méthode de diagnostic et/ou pronostic du risque de développer une maladie multifactorielle, telle que la polyarthrite rhumatoïde, comprenant une étape de détection de la présence ou de l'absence de marqueurs génétiques et une étape de mesure de marqueurs environnementaux, éventuellement en tenant compte de données épidémiologiques classiques telles que l'âge et le sexe. L'invention concerne également un kit de diagnostic et/ou pronostic du risque de développer une maladie multifactorielle comprenant des moyens de détection de la présence ou de l'absence de marqueurs génétiques et des moyens de mesure de marqueurs environnementaux, éventuellement en tenant compte de données épidémiologiques classiques telles que l'âge et le sexe. Les maladies multifactorielles, également appelées maladies polygéniques ou à hérédité complexe, sont les plus fréquentes des maladies et résultent des effets et interactions de nombreux facteurs génétiques et environnementaux. Dans la majorité des cas, les facteurs génétiques impliqués ne sont pas délétères, mais confèrent seulement une susceptibilité accrue à la maladie. Ce mode héréditaire concerne une grande partie des maladies communes telles que le diabète de type 1 et 2, les maladies cardiovasculaires, les cancers, l'atopie, les maladies auto-immunes. Parmi ces maladies multifactorielles, on distingue notamment la polyarthrite rhumatoïde (PR), qui est la maladie auto-immune la plus fréquente se caractérisant notamment par des atteintes articulaires des mains et des pieds et présentant une prédominance féminine. Cette pathologie touche entre 0.4 et 1% de la population, induisant ainsi un coût social annuel en France estimé à 827 millions d'euros. De plus, l'incidence annuelle de 10/100 000 adultes dans la population générale est augmentée dans les familles comportant au moins une personne atteinte de PR, pouvant ainsi aller jusqu'à 100/100 000 chez les apparentés au 1 er degré (Michou, 2008a). Ainsi, 100 nouveaux cas sont attendus chaque année dans la cohorte de la « Campagne des 100 000 », menée par GenHotel-Auvergne. A l'heure actuelle, la physiopathologie de la PR reste encore mal connue, mais l'implication de facteurs génétiques, tels que les gènes HLA-DRB1, PTPN22 et les lociTRAF1-05, TNFAIP3 et IRF5 a été démontrée. Plus récemment, l'implication de facteurs environnementaux a été suspectée, et il a été démontré que l'exposition au tabac était un facteur de risque de la PR. Toutefois, l'ampleur de l'augmentation du risque de développer la PR aujourd'hui, selon le niveau réel d'exposition aux facteurs environnementaux et son génotype pour un individu donné, est trop imprécise pour pouvoir être utilisée à l'échelle individuelle à visée médicale. Devant la forte incidence de la maladie, il existe donc un besoin de prédire, de manière individuelle, le risque de développer la PR, en fonction de l'exposition de l'individu à des facteurs environnementaux et de son génotype, et ce afin de mettre en place un suivi médical adapté à l'individu pour réduire son risque par le contrôle individuellement pertinent de son exposition aux facteurs environnementaux et pour mettre en place un suivi, garantissant un diagnostic précoce dans les cas où la maladie survient, améliorant le pronostic. L'invention concerne ainsi une méthode in vitro de pronostic et/ou de diagnostic du risque de développer une maladie multifactorielle chez un sujet comprenant les étapes consistant à : a) détecter dans un échantillon biologique dudit sujet la présence ou l'absence d'au moins un marqueur génétique de ladite maladie multifactorielle, b) détecter dans un échantillon biologique dudit sujet la présence ou l'absence d'au moins un marqueur environnemental, c) éventuellement, comparer le niveau dudit marqueur environnemental détecté à l'étape b) avec une valeur de référence ou un témoin, et d) en déduire le risque dudit sujet de développer ladite maladie multifactorielle. La présente invention concerne également un kit de pronostic et/ou de diagnostic du risque de développer une maladie multifactorielle comprenant ou consistant en : - au moins un moyen de détection de l'absence ou de la présence d'au moins un marqueur génétique de ladite maladie multifactorielle dans un échantillon biologique, et - au moins un moyen de détection de l'absence ou de la présence d'au moins un facteur environnemental. Le diagnostic du risque de développer une maladie multifactorielle permettant de mettre en place une surveillance médicale adaptée pour le sujet dont le risque a été diagnostiqué, la présente invention concerne également une méthode d'identification d'un patient requérant une surveillance de la survenue d'une maladie multifactorielle comprenant les étapes consistant à : a) diagnostiquer in vitro pour ledit patient son niveau de risque de développer une maladie multifactorielle, selon la méthode définie ci-dessus ou à l'aide du kit tel que défini dans l'invention, et b) éventuellement identifier ledit patient à risque élevé de développer une maladie factorielle à l'étape a) comme étant un patient requérant la mise en place d'une prophylaxie destinée à réduire ledit risque (par exemple par son information sur un ou plusieurs facteurs environnementaux et comment diminuer l'incidence dudit ou desdits facteurs environnementaux par la modulation du comportement vis-à-vis des ce ou ces facteurs environnementaux) et/ou requérant une surveillance de la survenue de ladite maladie multifactorielle. Cette surveillance peut permettre de détecter l'apparition d'une phase de maladie latente évoluant quasi inéluctablement vers la maladie clinique, justifiant alors une intervention thérapeutique. Description détaillée de l'invention Maladie multifactorielle et sujet Par « maladie multifactorielle », on entend une maladie qui résulte de l'implication d'un ou plusieurs facteurs génétiques et d'un ou plusieurs facteurs environnementaux. Dans certains modes de réalisation, la maladie multifactorielle est une maladie auto-immune, par exemple la polyarthrite rhumatoïde (PR) ; une maladie rhumatologique, par exemple l'arthrose, l'ostéoporose, la goutte ; une maladie inflammatoire chronique, par exemple le psoriasis, les spondylarthropathies et les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin ; une maladie cardio-vasculaire, par exemple les syndromes coronaires aigus, l'hypertension artérielle, les accidents vasculaires cérébraux ; une forme d'atopie, par exemple l'asthme ; un cancer, par exemple le cancer du sein, de la prostate, du poumon, du colon ; un état pré-cancéreux, par exemple des polypes adénomateux colo-rectaux ; une maladie thrombo-embolique ; une intolérance médicamenteuse, par exemple un accident hémorragique sous anti-vitamine K, une allergie anaphylactique ; une malformation congénitale ou une insuffisance rénale. De préférence, la maladie multifactorielle est une maladie auto-immune. De manière davantage préférée, ladite maladie auto-immune est la polyarthrite rhumatoïde (PR). Par « sujet », on entend un individu asymptomatique et/ou susceptible de développer une maladie multifactorielle. Ledit sujet peut être un individu apparenté ou non à un patient atteint d'une maladie multifactorielle. De manière préférée, ledit sujet est un individu apparenté à un patient atteint d'une maladie multifactorielle. Ledit sujet peut être un individu apparenté au premier degré à un patient atteint de PR. Ledit sujet peut également être un individu apparenté au second degré à un patient atteint de PR. Ledit sujet peut également être un individu apparenté au troisième, quatrième, cinquième, sixième degré à un patient atteint de PR. Ledit sujet peut être un homme, une femme ou un enfant. Marqueur génétique et marqueur environnemental Par « marqueur génétique », on entend un marqueur dont l'association avec la maladie multifactorielle a été démontrée. De préférence, l'association dudit marqueur génétique avec la maladie multifactorielle a été démontrée par test de déséquilibre de transmission (TDT). Dans certains modes de réalisation, ledit marqueur génétique est un microsatellite, un polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP), et/ou un polymorphisme de longueur de fragment amplifié (AFLP). Dans certains modes de réalisation, ledit au moins un marqueur génétique détecté à l'étape a) est un marqueur génétique dont la présence est associés à la PR. De préférence, ledit au moins un marqueur génétique détecté à l'étape a) associé à la PR est un marqueur génétique porté par l'un des gènes HLA-DRB1, PTPN22, ou loci des gènes TRAF1, TNFAIP3, IRF5, STAT4, CTLA4, AFF3, KIF5A, CD40, IL2RB, CD226, IL2RA, CCL21, PRKCQ, 1L2, 1L21, C5, NLRPs, REL et BLK. L'invention englobe donc différents modes de réalisation, dans lesquels on utilise un marqueur génétique associé : - au gène HLA-DRB1 qui est localisé au niveau du chromosome 6 au locus 6p21 et couvre l'intervalle de paires de bases [32,516,731-32,550,833] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000236884, - au gène PTPN22 qui est localisé au niveau du chromosome 1 au locus 1p13.2 et couvre l'intervalle de paire de bases [114,356,433-114,414,381] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000134242, - au locus du gène TRAF1 qui est localisé au niveau du chromosome 9 au locus 9q33 et couvre l'intervalle de paire de bases [123,664,671-123,691,451] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000056558, - au locus du gène TNFAIP3 qui est localisé au niveau du chromosome 6 au locus 6q23 et couvre l'intervalle de paire de bases [138,188,351-138,204,449] sur le brin sens 30 comme indiqué sur Ensembl ENSG00000118503, - au locus du gène IRF5 qui est localisé au niveau du chromosome 7 au locus 7q32 et couvre l'intervalle de paire de bases [128,577,666-128,590,089] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000128604, - au locus du gène STAT4 qui est localisé au niveau du chromosome 2 au locus 35 2q32.2-q32.3 et couvre l'intervalle de paire de bases [191,894,302-191,016,322] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000138378, - au locus du gène CTLA4 qui est localisé au niveau du chromosome 2 au locus 2q33 et couvre l'intervalle de paire de bases [204,732,509-204,738,683] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000163599, - au locus du gène AFF3 qui est localisé au niveau du chromosome 2 au locus 2q11.2-q12 et couvre l'intervalle de paire de bases [100,163,718-100,759,201] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000144218, - au locus du gène KIF5A qui est localisé au niveau du chromosome 12 au locus 12q13.13 et couvre l'intervalle de paire de bases [57,943,781-57,980,415] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000155980, - au locus du gène CD40 qui est localisé au niveau du chromosome 20 au locus 20q12-q13.2 et couvre l'intervalle de paire de bases [44,746,911-44,758,502] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000101017, - au locus du gène IL2RB qui est localisé au niveau du chromosome 22 au locus 22q13.1 et couvre l'intervalle de paire de bases [37,515,126-37,571,094] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000100385, - au locus du gène CD226 qui est localisé au niveau du chromosome 18 au locus 18q22.3 et couvre l'intervalle de paire de bases [67,528,097-67,624,160] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000150637, - au locus du gène IL2RA qui est localisé au niveau du chromosome 10 au locus 10p15-p14 et couvre l'intervalle de paire de bases [6,052,652-6,104,333] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000134460, - au locus du gène CCL21 qui est localisé au niveau du chromosome 9 au locus 9p13 et couvre l'intervalle de paire de bases [34,709,002-34,710,121] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000137077, - au locus du gène PRKCQ qui est localisé au niveau du chromosome 10 au locus 10p15 et couvre l'intervalle de paire de bases [6,469,105-6,622,263] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000065675, - au locus du gène IL2 qui est localisé au niveau du chromosome 4 au locus 4g26-q27 et couvre l'intervalle de paire de bases [123,372,625-123,377,880] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000109471, - au locus du gène 1L21 qui est localisé au niveau du chromosome 4 au locus 4q26-q27 et couvre l'intervalle de paires de bases [123,533,783-123,542,224] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000138684, - au locus du gène C5 qui est localisé au niveau du chromosome 9 au locus 9g33- q34 et couvre l'intervalle de paires de bases [123,714,616-123,837,452] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000106804, - aux locis des gènes NLRs, de préférence aux loci des gènes NLRPs, de préférence encore au locus du gène NLRP1 qui est localisé au niveau du chromosome 17 au locus 17p13.2 et couvre l'intervalle de paires de bases [5,402,759-5,404,465] sur le brin antisens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000170233, ou au locus du gène NLRP2 qui est localisé au niveau du chromosome 19 au locus 19q13.42 et couvre l'intervalle de paires de bases [55,476,438-55,512,510] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000022556, - au locus du gène REL qui est localisé au niveau du chromosome 2 au locus 2p13-p12 et couvre l'intervalle de paires de bases [61,108,656-61,150,645] sur le brin 10 sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000162924, ou - au locus du gène BLK qui est localisé au niveau du chromosome 8 au locus 8p23-p22 et couvre l'intervalle de paires de bases [11,351,510-11,422,113] sur le brin sens comme indiqué sur Ensembl ENSG00000136573. De préférence, ledit au moins un marqueur génétique associé à la PR est l'un des 15 allèles décrits dans le Tableau 1 ci-dessous. Tableau 1. Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G rs2476601 A rs2900180 T rs2004640 T rs13031237 T rs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G De préférence encore, ledit au moins un marqueur génétique associé à la PR est l'un des allèles décrits dans le Tableau 2 ci-dessous. Tableau 2. Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G L'allèle HLA-DRB1*0101 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank AF142457.1 (mise à jour du 19 mai 1999). L'allèle HLA-DRB1*0102 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank GU320617.1 (mise à jour du 25 janvier 2010). L'allèle HLA-DRB1*0401 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank AF142460.1 (mise à jour du 19 mai 1999). L'allèle HLA-DRB1*0404 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank AF142461.1 (mise à jour du 19 mai 1999). L'allèle HLA-DRB1*0405 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank L07840.1 (mise à jour du 12 juin 1993). L'allèle HLA-DRB1*0408 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank AF142463.1 (mise à jour du 19 mai 1999). L'allèle HLA-DRB1*1001 correspond à la séquence référencée sous le numéro GenBank S75685.1 (mise à jour du 27 juillet 1995). De préférence, ledit au moins un marqueur génétique associé à la PR au moins un allèle en déséquilibre de liaison avec un allèle tel que décrit dans le tableau 1 ou 2. Dans certains modes de réalisation, à l'étape a) on détecte la présence ou l'absence d'au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35 marqueurs génétiques tels que définis ci-dessus ou d'au plus 35, 30, 35, 20, 15, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 marqueurs génétiques tels que définis ci-dessus. Dans certains modes de réalisation, à l'étape a) on détecte la présence ou l'absence de la totalité de marqueurs génétiques tels que définis ci-dessus. Par « marqueur environnemental », on entend un marqueur de l'exposition à un facteur environnemental. Par « facteur environnemental », on entend un facteur sélectionné parmi le groupe consistant en le tabac ; un composant nutritif, par exemple l'alcool ; la poussière de silice ; un ou plusieurs composé(s) chimique(s), par exemple des pesticides ; une ou plusieur(s) hormone(s), par exemple les oestrogènes et/ou la progestérone ; et un facteur psychologique, par exemple le stress. Dans certains modes de réalisation, ledit au moins un marqueur environnemental dont on détecte la présence ou l'absence à l'étape b) est un métabolite du tabac, un métabolite de l'alcool, un métabolite du stress, une hormone féminine ou un métabolite de 30 pesticide. Dans un mode de réalisation, par « métabolite du tabac », on entend la cotinine. La cotinine est un métabolite dérivé de la nicotine endogène, directement corrélée à l'exposition interne au tabac, celle qui est patho-physiologiquement pertinente, quelle que soit sa source incluant notamment l'exposition passive au tabac. 35 Dans des modes de réalisation, par « métabolite de l'alcool », on entend un ester éthylique d'acides gras, par exemple le myristate d'éthyl, palmitate d'éthyl, oléate d'éthyl ou stéarate d'éthyl ; l'éthyl sulfate ou l'éthyl glucuronide. Dans des modes de réalisation, par « métabolite du stress », on entend le cortisol ou la cortisone. Dans des modes de réalisation, par « hormone féminine », on entend les oestrones, par exemple les oestrogènes ; l'oestradiol ; l'oestriol, ou la progestérone. Dans des modes de réalisation, par « métabolite de pesticides », on entend un dialkylphosphate, par exemple le diméthylphosphate, le diméthylthiophosphate, le diméthyldithiophosphate, le diéthylphosphate, le diéthylthiophosphate ou le diéthyldithiophosphate ; un pyrethrinoïde de synthèse, par exemple l'acrinathrine, la 10 cyfluthrine, la cyhalothrin, la cyperméthrine, la deltaméthrine, le fenvalerate, la perméthrine ou le tau-fluvalinate, ou un carbamate, par exemple l'aldicarbe, l'aldicarbe sulfone, le bendiocarbe, le carbaryl, le carbofurane, le 3-hydroxy-carbofuran, le chlorprophame, le diéthofencarbe, l'éthiofencarbe, le fénobucarbe, le fénoxycarbe, le formétanate, l'isoprocarbe, le mécarbame, le méthiocarbe, le métolcarbe, le méthomyl, 15 l'oxamyl, le promécarbe, le propamocarbe, le prophame, le propoxur, le pyrimicarbe, l'ADHP, le thiobencarbe ou le thiodicarbe. Dans certains modes de réalisation, à l'étape b) on détecte la présence ou l'absence d'au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55 marqueurs environnementaux tels que définis ci-dessus ou au plus 50, 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, 10, 20 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 marqueurs environnementaux tels que définis ci-dessus. Dans certains modes de réalisation, à l'étape b) on détecte la présence ou l'absence de la totalité des marqueurs environnementaux tels que définis ci-dessus. Dans un mode de réalisation préféré, ledit au moins un marqueur environnemental dont on détecte la présence ou l'absence à l'étape b) est la cotinine, le cortisol, la 25 cortisone, un ester éthylique d'acides gras, l'éthyl sulfate et/ou l'éthyl glucuronide. Dans un mode de réalisation préférée, la détection à l'étape b) consiste à mesurer le niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental. Dans certains modes de réalisation, la méthode selon l'invention comprend en 30 outre une étape consistant à détecter l'absence ou la présence d'au moins un facteur biologique annonciateur de ladite maladie multifactorielle. Par « facteur biologique annonciateur », on entend un symptôme de l'apparition de ladite maladie multifactorielle. Par exemple, lorsque ladite maladie multifactorielle est la PR, le facteur peut être un auto-anticorps dans le sérum du sujet, un anticorps anti- 35 petides citrulinés, un facteur rhumatoïde. Dans certains modes de réalisation, on détecte la présence ou l'absence d'au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10 facteurs annonciateurs tels que définis ci-dessus ou au plus 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 marqueurs environnementaux tels que définis ci-dessus. Dans certains modes de réalisation, on détecte la présence ou l'absence de la totalité des facteurs annonciateurs tels que définis ci-dessus. Dans certains modes de réalisation, la méthode selon l'invention comprend également en outre une étape consistant à interroger le sujet sur ses données démographiques, et/ou ses données médicales et/ou ses habitudes de consommation et/ou son exposition à au moins un des facteurs environnementaux tels que définis ci- dessus. Par « données démographiques », on entend l'âge, le sexe, le lieu d'habitation, le pays d'origine des grand-parents et/ou l'éventuel lien de parenté avec un patient atteint de ladite maladie multifactorielle. Par « données médicales », on entend le poids, la taille, les antécédents familiaux et notamment les antécédents gynécologiques chez la femme. Par exemple, le sujet sera interrogé sur sa consommation de tabac et/ou d'alcool et/ou sur son exposition au stress. De préférence, on interroge le sujet à l'aide d'un questionnaire. Dans certains modes de réalisation, on interroge le sujet sur ses habitudes 20 environnementaux tels que définis ci-dessus. Dans certains modes de réalisation, on interroge le sujet sur ses habitudes de consommation et/ou son exposition à la totalité des facteurs environnementaux tels que définis ci-dessus. 25 Dans un mode de réalisation préféré, ledit au moins un facteur environnemental sur lequel on interroge le sujet est le tabac, l'alcool, et/ou le stress. Dans un mode de réalisation : ladite maladie multifactorielle est la PR, 30 ledit au moins un marqueur génétique détecté à l'étape a) est un marqueur génétique de la PR tel que défini ci-dessus, ledit au moins un marqueur environnemental détecté à l'étape b) est la cotinine, le cortisol, la cortisone, un ester éthylique d'acides gras, l'éthyl sulfate et/ou l'éthyl glucuronide. 35 Dans un autre mode de réalisation : de consommation et/ou son exposition à au moins 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9 10 facteurs environnementaux tels que définis ci-dessus ou au plus 6, 5, 4, 3, 2, 1 facteurs ladite maladie multifactorielle est la PR, ledit au moins un marqueur génétique détecté à l'étape a) est un marqueur génétique de la PR tel que défini ci-dessus, ledit au moins un marqueur environnemental détecté à l'étape b) est la cotinine, le cortisol, la cortisone, un ester éthylique d'acides gras, l'éthyl sulfate et/ou l'éthyl glucuronide, ledit au moins un facteur environnemental sur lequel on interroge le sujet est le tabac, l'alcool, et/ou le stress. Echantillon biologique Dans le contexte de l'invention, un "échantillon biologique" fait référence à une substance d'origine biologique. Des exemples d'échantillons biologiques comprennent, mais ne sont pas limités à, le sang, le sérum, le plasma, les urines, les selles, le liquide céphalo-rachidien, un liquide de ponction, des cellules ou des cheveux. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon biologique à l'étape a) est un échantillon de sang, un échantillon de sérum, un échantillon de plasma ou des cellules. De préférence, l'échantillon biologique à l'étape a) est un échantillon de sang. Dans certains modes de réalisation, l'échantillon biologique à l'étape b) est un échantillon de sang, un échantillon de sérum, un échantillon de plasma, un échantillon d'urine, des cellules ou des cheveux. De préférence, l'échantillon biologique à l'étape b) est un échantillon de sang, un échantillon d'urine et/ou des cheveux. De préférence encore, l'échantillon à l'étape b) est des cheveux. Détection des marqueurs génétiques La détection à l'étape a) est réalisée par des techniques connues de l'homme du métier. Des exemples de techniques adaptées incluent le séquençage, le pyroséquençage, le génotypage, l'analyse de polymorphisme de longueur des fragments de restriction. De préférence, la détection à l'étape a) est réalisée par génotypage. Détection des marqueurs environnementaux Par « détection d'au moins un marqueur environnemental », on entend la détermination de la présence ou de l'absence dudit marqueur environnemental. Dans certains modes de réalisation, par « détection d'au moins un marqueur environnemental », on entend la mesure du niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental. Par « niveau d'expression d'au moins un marqueur environnemental », on entend ici la quantité ou la concentration, massique ou molaire, dudit marqueur environnemental, ou l'activité dudit marqueur environnemental. Les techniques de détection et de mesure de niveaux d'expression dans un échantillon biologique sont bien connues de l'homme du métier. Des exemples de techniques adaptées incluent la chromatographie, la spectrométrie de masse, mais aussi les méthodes basées sur les ligands, telles que les tests immunologiques (simplex ou multiplex), en particulier les dosages immuno-enzymatiques (ELISA), les dosages immunofluorescents (IFA), les dosages radio-immunologiques (RIA), les Western Blot, les tests de liaison compétitive, etc. D'autres techniques appropriées incluent le "Multiple Reaction Monitoring" (MRM), les tests SISCAPA ("Stable Isotope Standards and Capture by Anti-Peptide Antibodies", Anderson et al. (2004) J. Proteome Res. 3:235-244; Anderson et al. (2004) J. Proteome Res. 3:228-234) ou les technologies d'imagerie telles que l'immunomarquage ou la microscopie confocale. Dans un mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est la cotinine, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse. Dans un autre mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est un ester éthylique d'acides gras, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse. Dans un autre mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est l'éthyl sulfate et/ou l'éthyl glucuronide, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution ou triple quadripôle. Dans un autre mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est le cortisol et/ou la cortisone, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse triple quadripôle. Dans un autre mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est un métabolite de pesticide, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse triple quadripôle. Dans un autre mode de réalisation préféré, lorsque le marqueur environnemental détecté ou mesuré est une hormone féminine, la mesure à l'étape b) est réalisée par chromatographie en phase liquide couplée à la spectrométrie de masse.35 Comparaison des niveaux d'expression La méthode selon l'invention comprend une étape optionnelle c) de comparaison des niveaux d'expression dudit au moins un marqueur environnemental mesuré à l'étape b) avec une valeur de référence. Par « valeur de référence », on entend ici un témoin ou une valeur seuil permettant de déterminer l'implication du marqueur environnemental dans la maladie multifactorielle. Dans un mode de réalisation particulier, la valeur de référence de l'étape c) est le niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental dans un échantillon 10 biologique provenant d'un sujet ou d'une population exposé(e) au facteur environnemental étudié et n'étant pas à risque de développer une maladie multifactorielle. Dans un autre mode de réalisation particulier, la valeur de référence de l'étape c) est le niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental dans un échantillon biologique provenant dudit sujet non encore exposé au facteur 15 environnemental étudié. Comme il est bien connu de l'homme du métier, la valeur de référence dépend du type d'échantillon biologique et de la méthode utilisée pour mesurer le niveau d'expression du marqueur environnemental dans l'échantillon biologique. Par conséquent, la valeur de référence est de préférence obtenue en utilisant la même technique de 20 dosage que celle utilisée pour mesurer le niveau d'expression dudit au moins un facteur environnemental du sujet étudié, ceci afin d'éviter les erreurs de normalisation. De préférence, dans les méthodes selon l'invention, il est en outre déterminé si le niveau d'expression dudit au moins un facteur environnemental est supérieur ou inférieur à la valeur de référence telle que définie ci-dessus. 25 De préférence, quand le niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental est supérieur à la valeur de référence, il est significativement supérieur à la valeur de référence. De préférence, quand le niveau d'expression dudit au moins un marqueur environnemental est inférieur à la valeur de référence, il est significativement inférieur à la valeur de référence. Ainsi, un niveau d'expression dudit au moins un 30 marqueur environnemental supérieur ou inférieur à la valeur de référence sera indicatif d'un risque de développer ladite maladie multifactorielle. La significativité dudit niveau d'expression peut être déterminé par des techniques connues de l'homme du métier, notamment à l'aide des outils statistiques appropriés. 35 Risque Par « risque de développer une maladie multifactorielle », on entend la probabilité de survenue de la maladie multifactorielle. Dans certains modes de réalisation, le risque de développer la maladie multifactorielle est compris entre 0.1 et 100 %, de préférence entre 0.5 et 50%, de préférence encore entre 1 et 10%. Dans certains modes de réalisation, le risque de développer la maladie multifactorielle est de 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1, 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100%. Dans certains modes de réalisation, la méthode selon l'invention permet de déduire le risque de développer ladite maladie multifactorielle dans un temps donné. Ainsi, la méthode selon l'invention permet de déduire le risque de développer ladite maladie multifactorielle dans les 1, 3, 6, 12, 15, 18, 24 mois, ou 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50 ans. Kit de diagnostic et/ou pronostic du risque de développer une maladie multifactorielle L'invention concerne également un kit de pronostic et/ou de diagnostic du risque de développer une maladie multifactorielle comprenant ou consistant en : - au moins un moyen de détection de l'absence ou de la présence d'au moins un marqueur génétique de ladite maladie multifactorielle dans un échantillon biologique, et - au moins un moyen de détection de la présence ou de l'absence d'au moins un marqueur environnemental. Dans certains modes de réalisation, ledit au moins un moyen de détection de l'absence ou de la présence dudit au moins un marqueur génétique est un oligonucléotide, une sonde, une ou des amorces. Le terme « oligonucléotide » se réfère à un acide nucléique, généralement d'au moins 10, de préférence au moins 15, et de préférence encore au moins 20 nucléotides, de préférence pas plus que 100 nucléotides, qui est capable de s'hybrider à une molécule d'ADN génomique, une molécule d'ADNc, ou une molécule d'ARNm comprenant ledit marqueur génétique tel que défini dans l'invention. Les oligonucléotides peuvent être marqués, par exemple avec des nucléotides-32P ou des nucléotides auxquels un marqueur, telle que la biotine, leur a été conjugué de manière covalente. Dans certains modes de réalisation, lesdits oligonucléotides marqués peuvent être utilisés comme sonde pour détecter la présence dudit au moins un marqueur génétique tel que défini dans l'invention. Dans certains autres modes de réalisation, lesdits oligonucléotides marqués (l'un ou les deux oligonucléotides pouvant être marqué(s)) peuvent être utilisés comme amorces d'amplification (par exemple par PCR), pour détecter la présence dudit au moins marqueur génétique tel que défini dans l'invention. Généralement, lesdits oligonucléotides sont préparés par synthèse chimique. Ainsi, lesdits oligonucléotides peuvent être préparés à l'aide de phosphodiester, de phosphotriester, etc. Dans certains autres modes de réalisation, ledit au moins un moyen de détection de l'absence ou de la présence dudit au moins un marqueur génétique est une puce à ADN. De préférence, ladite puce comprend au moins un oligonucléotide permettant de détecter la présence dudit au moins un marqueur génétique tel que défini dans l'invention. Ledit au moins un moyen de détection de la présence ou de l'absence dudit au moins un marqueur environnemental est un réactif connu de l'homme du métier et classiquement utilisé pour réaliser une chromatographie en phase gazeuse, une chromatographie en phase liquide et/ou une spectrométrie de masse. Dans certains modes de réalisation, le kit comprend en outre au moins un moyen de détection d'au moins un facteur biologique annonciateur de ladite maladie multifactorielle tel que défini ci-dessus. Ledit au moins un moyen de détection de la présence ou de l'absence dudit au moins un facteur biologique annonciateur est un réactif connu de l'homme du métier et classiquement utilisé pour détecter des auto-anticorps, un anticorps anti-peptides citrulinés ou un facteur rhumatoïde. Dans certains modes de réalisation, le kit selon l'invention comprend en outre au moins un moyen d'interrogation du sujet sur ses habitudes de consommation et/ou d'exposition à au moins un facteur environnemental tel que défini ci-dessus. De préférence, ledit au moins un moyen d'interrogation est un questionnaire. De préférence, ledit questionnaire comprend les questions suivantes : - Si vous fumez actuellement, combien de cigarettes fumez-vous en moyenne par jour ? - Avez-vous été exposé pendant au moins 1 an à du tabagisme passif (environnement fumeur à la maison ou au travail) ? - Consommez-vous de l'alcool ? - Avez-vous travaillé à plein temps (30 heures hebdomadaires au moins) pour au moins 6 mois sur un poste ou vous étiez exposé à beaucoup de poussière ? - Est-ce que vous saignez fréquemment après vous être lavé les dents ? - Avez-vous vécu dans les 12 derniers mois l'un de ces événements, souvent associés à un stress important : décès d'un proche, séparation familiale, perte d'emploi ? Méthode d'identification d'un patient requérant une surveillance de la survenue d'une maladie multifactorielle L'invention concerne enfin une méthode d'identification d'un patient requérant une surveillance de la survenue d'une maladie multifactorielle comprenant les étapes de : a) diagnostiquer in vitro pour ledit patient son niveau de risque de développer une maladie multifactorielle, selon la méthode telle que définie ci-dessus, et b) éventuellement identifier ledit patient à risque élevé de développer une maladie factorielle à l'étape a) comme étant un patient requérant la mise en place d'une prophylaxie destinée à réduire ledit risque et/ou requérant une surveillance de la survenue de ladite maladie multifactorielle. Par « risque élevé », on entend un risque de développer ladite maladie multifactorielle supérieur à celui de la population générale. Dans certains modes de réalisation, ledit risque élevé est au moins 1.5, 2, 2.5, 3, 3.5, 4, 4.5, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 1000, 10000 fois supérieur au risque de développer ladite maladie multifactorielle de la population générale. La mise en place d'une prophylaxie destinée à réduire ledit risque peut être faite par exemple en informant ledit patient sur un ou plusieurs facteurs environnementaux et comment diminuer l'incidence dudit ou desdits facteurs environnementaux par la modulation du comportement vis-à-vis des ce ou ces facteurs environnementaux. L'invention va être expliquée plus en détail par les exemples suivants, sans en limiter sa portée. Exemples Entre 10 000 et 100 000 apparentés de personnes atteintes de PR, initialement non-atteintes au moment de leur inclusion dans l'étude sont suivies en France métropolitaine, avec un recul pour certains allant jusqu'à 17 ans, constituant la cohorte de l'étude : la « Campagne des 100 000 » menée par GenHotel-Auvergne. Cette cohorte est représentatrice du groupe caucasien européen. Les données démographiques et médicales sont recueillies ainsi que le questionnaire sur l'environnement, et seront mises à jour annuellement jusqu'en 2016 au moins. Un prélèvement de sang annuel est pratiqué et stocké. L'ADN extrait d'une prise de sang est génotypé pour les marqueurs génétiques décrits. Les cas incidents (personnes atteintes de PR en cours de suivi) sont comparés aux personnes restées indemnes, permettant de mesurer les risques des différentes combinaisons « génétique-environnement », l'environnement étant évalué sur le questionnaire. Pour les cas incidents, de 10 à 100 cas par année d'observation sur l'ensemble des volontaires, des témoins restés indemnes et porteurs des mêmes combinaisons « génétique-environnement », démographiquement appariés notamment pour l'âge et la région de résidence, sont choisis. Pour ces cas incidents et leurs témoins, une mèche de cheveux est analysée pour dosage de la cotinine, des métabolites de l'alcool, de la cortisone et du cortisol, des dérivés des estrogènes. La mesure des risques des différentes combinaisons « génétique-environnement » est ré-évaluée avec les mesures précises obtenues sur les cheveux. Les prélèvements de sang antérieurs à l'apparition des premières douleurs attribuées a posteriori à la PR débutante, dont le diagnostic a été confirmé par la suite par un rhumatologue, sont analysés à la recherche d'anomalies biologiques annonciatrices de la PR. La mesure du risque est alors à nouveau revue, tenant compte de l'ensemble des informations disponibles, ou qui auraient pu l'être, notamment si les prélèvements avaient été analysés à ce moment là, dans l'année précédant l'apparition de la PR chez les cas incidents et la même année chez les témoins appariés. Une proposition d'indication du diagnostic de risque pour les apparentés de familles touchées, et selon le résultat, une indication de suivi médical précis à partir d'un risque donné, sera proposé à la Société Française de Rhumatologie et à la Société Européenne de Rhumatologie (EULAR : European League Against Rheumatism). L'objectif du suivi est la recherche d'anomalies annonciatrices de la PR, afin de faciliter un diagnostic précoce et donc une prise en charge thérapeutique classique précoce pour un pronostic optimisé, chez les volontaires montrant l'apparition de telles anomalies. Dans les cas de risque d'apparition de la maladie clinique à un an qui approche de 100%, il sera proposé à la Société Française de Rhumatologie et à la Société Européenne de Rhumatologie d'envisager une intervention thérapeutique quasi-préventive (curative de la maladie biologiquement enclenchée et préventive de la maladie clinique). Ces propositions d'indication du diagnostic de risque, puis pour les risques définis comme élevés, d'indication du suivi biologique, sera testée au cours de l'année suivante dans la cohorte. Le suivi annuel permettra la ré-évaluation annuelle des risques dans les deux situations pour la population concernée par l'étude, garantissant la pertinence clinique.35 REVENDICATIONS1. Méthode in vitro de prédiction et/ou de diagnostic du risque de développer une maladie multifactorielle chez un sujet comprenant les étapes de : a) détecter dans un échantillon biologique dudit sujet la présence ou l'absence d'au moins un marqueur génétique de ladite maladie multifactorielle, b) détecter dans un échantillon biologique dudit patient la présence ou l'absence d'au moins un marqueur environnemental, c) éventuellement, comparer le niveau dudit marqueur environnemental détecté à l'étape b) avec une valeur de référence, et d) en déduire le risque dudit sujet de développer ladite maladie multifactorielle. 2. Méthode selon la revendication 1, dans laquelle ladite maladie multifactorielle est la polyarthrite rhumatoïde, l'atopie ou le cancer. 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ledit au moins un marqueur environnemental est la cotinine, un métabolite de l'alcool, le cortisol et/ou un métabolite de pesticide. 4. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, dans laquelle la maladie multifactorielle est la polyarthrite rhumatoïde. 5. Méthode selon la revendication 4, dans laquelle ledit au moins un marqueur génétique est l'un des allèles montrés dans le tableau ci-dessous : Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 Grs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G rs2476601 A rs2900180 T rs2004640 T rs13031237 T rs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G 6. Méthode selon la revendication 5, dans laquelle : - ledit au moins un marqueur génétique est l'un des allèles montrés dans le tableau ci-dessous : Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 Crs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G rs2476601 A rs2900180 T rs2004640 T rs13031237 T rs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G - et ledit marqueur environnemental est la cotinine. 7. Méthode selon la revendication 5, dans laquelle : - ledit au moins un marqueur génétique est l'un des allèles montrés dans le tableau ci-dessous : Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 Grs2476601 A rs2900180 T rs2004640 T rs13031237 T rs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G - ledit marqueur environnemental est un ester éthylique d'acides gras, l'éthyl sulfate et/ou l'éthyl glucuronide. 8. Méthode selon la revendication 5, dans laquelle : - ledit au moins un marqueur génétique est l'un des allèles montrés dans le tableau ci-dessous : Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G rs2476601 A rs2900180 Trs2004640 T rs13031237 T rs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G - et ledit au moins un marqueur environnemental est le cortisol et/ou la cortisone. 9. Méthode selon la revendication 5, dans laquelle : - ledit au moins un marqueur génétique est l'un des allèles montrés dans le tableau ci-dessous : Marqueur Allèle HLA-DRB1 *0101 HLA-DRB1 *0102 HLA-DRB1 *0401 HLA-DRB1 *0404 HLA-DRB1 *0405 HLA-DRB1 *0408 HLA-DRB1 *1001 rs2476601 A rs2900180 T rs10760130 A rs13207033 G rs6920220 A rs5029937 T rs7574865 T rs3087243 G rs231775 G rs1160542 C rs1678542 G rs4810485 G rs231775 G rs743777 G rs763361 C rs2104286 A rs2812378 C rs4750316 G rs6822844 G rs2476601 A rs2900180 T rs2004640 T rs13031237 Trs13017599 A rs2736340 T rs12150220 T rs6502867 C rs874040 C rs951005 T rs1676922 T rs7155603 G - et ledit marqueur environnemental est un dialkylphosphate, un pyrethrinoïde de synthèse et/ou un carbamate. 10. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 9, dans laquelle à l'étape a) la détection de la présence ou de l'absence dudit au moins un marqueur génétique est réalisée par génotypage. 11. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans laquelle l'échantillon biologique à l'étape a) est un échantillon de sang, un échantillon de sérum, un échantillon de plasma ou un échantillon de cellules. 12. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 10, dans laquelle l'échantillon biologique à l'étape b) est un échantillon de sang, un échantillon de sérum, un échantillon de plasma, un échantillon d'urine, des cellules ou des cheveux. 13. Méthode d'identification d'un patient requérant une surveillance de la survenue d'une maladie multifactorielle comprenant les étapes de : a) diagnostiquer in vitro pour ledit patient son niveau de risque de développer une maladie multifactorielle, selon la méthode définie dans l'une quelconque des revendications 1 à 12, et b) éventuellement identifier ledit patient à risque élevé de développer une maladie factorielle à l'étape a) comme étant un patient requérant la mise en place d'une prophylaxie destinée à réduire ledit risque et/ou requérant une surveillance de la survenue de ladite maladie multifactorielle.