Brevet FR2989095A1 — publié le 20131011

Clem2, Rétrotransposon Actif des Caféiers Domaine de l'Invention La présente invention concerne l'identification variétale et/ou clonale d'espèces du genre Coffra, permettant en particulier la traçabilité des cafés marchands. Contexte de l'Invention L'importance du café dans l'économie mondiale ne saurait être sous-estimée. Il s'agit d'un des produits de base dont le commerce est le plus répandu dans le monde, se classant depuis de nombreuses années immédiatement après le pétrole comme source de devises pour les pays en développement. Sa culture, sa transformation, son transport et sa commercialisation emploient des millions de personnes dans le monde. Le café est cultivé dans environ 80 pays, occupant plus de 10,2 millions d'hectares de terre dans les régions tropicales et subtropicales du globe, en particulier en Afrique, en Asie et en Amérique Latine. Depuis plusieurs années, la production mondiale annuelle de café dépasse les 6 millions de tonnes, et cette production ne cesse d'augmenter. Bien que le genre Coffra comprenne plus de 100 espèces, les deux espèces de caféier les plus importantes du point de vue économique sont Coffra arabica (café Arabica) - qui représente plus de 60% de la production mondiale - et Coffra canephora (café Robusta). Ces deux espèces possèdent des caractéristiques très différentes. L'espèce C. arabica pousse principalement dans les régions d'altitude et est très sensible à la plupart des maladies et des parasites du caféier. Le café produit à partir de cette espèce est généralement plus apprécié des connaisseurs en raison de son arôme et de sa faible teneur en caféine. L'espèce C. canephora, quant à elle, fournit une boisson plus amère, moins aromatique et avec une teneur en caféine plus élevée. L'espèce C. canephora est adaptée aux régions humides de basse altitude d'Afrique, d'Amérique Latine et d'Asie. Elle nécessite pour sa culture moins d'attention que le C. arabica. Les différences de propriétés (de culture et surtout de saveur) qui influencent les différences de prix, n'existent pas seulement entre les espèces de caféiers mais également au niveau des variétés et des provenances au sein d'une même espèce. La diversité génétique des espèces végétales est aujourd'hui étudiée à l'aide de marqueurs moléculaires qui, contrairement aux marqueurs associés à des caractéristiques morphologiques, physiologiques ou biochimiques, révèlent directement les modifications du patrimoine génétique, qu'elles se traduisent ou non par une modification phénotypique. La plupart des stratégies de marquage moléculaire détecte des mutations de la séquence d'ADN, comme par exemple les marqueurs AFLP (Amplified Fragment-Length Polymorphism) ou les marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism), ou bien des modifications du nombre de copies de motifs répétés très courts de type microsatellites, comme les marqueurs SSR (Simple Sequence Repeats). Comme le montrent les études réalisées sur le caféier (Anthony et al., Theor. Appl. Genet., 2002, 104: 894-900; Steiger et al., Theor. Appl. Genet., 2002, 105: 209-215; Vieira et al., Genet. Mol. Biol., 2010, 33: 507-514), ces stratégies font appel à un lot de plusieurs marqueurs dont le pouvoir discriminatoire au niveau clonai ou variétal est limité du fait de leur faible couverture génomique. Une troisième catégorie de modifications du patrimoine génétique est liée à la présence et à l'activité de séquences d'ADN mobiles connues sous le nom d'éléments transposables. Ces séquences sont capables de se déplacer dans le génome et de s'y insérer à différents endroits, créant ainsi un polymorphisme d'insertion. Parmi les différents éléments transposables, les rétrotransposons à LTR (Long Terminal Repeat) apparaissent comme de puissants outils pour comprendre la dynamique des génomes et évaluer la diversité génétique chez les végétaux (Kumar et al., Annu. Rev. Genet., 1999, 33: 479-532; Kumar and Hirochika, TRENDS in Plant Science, 2001, 6: 127-134). Or, à ce jour, seulement trois rétrotransposons à LTR de caféier sont connus, tous les trois ayant été identifiés par les présents inventeurs. Les rétrotransposons Nana et Divo (Hamon et al., Mol. Genet. Genomics, June 2011, 285: 447-460) ont été mis en évidence chez C. canephora; et le rétrotransposon CART No. 109 (Yu et al., Plant J., July 2011, 67: 305317) a été identifié chez C. arabica. Cependant, ces trois rétrotransposons sont défectifs et inactifs. Malgré les progrès réalisés qui ont permis une meilleure compréhension de la diversité génétique des caféiers, il existe toujours un besoin de disposer de méthodes simples, rapides et performantes d'identification individuelle clonale et/ou variétale chez les différentes espèces de caféier, en particulier chez C. canephora et C. arabica. Disposer de telles méthodes est d'autant plus important que la production et le commerce du café sont de plus en plus soumis à des programmes de certification et/ou de labellisation. Résumé de l'Invention D'une façon générale, la présente invention porte sur les rétrotransposons à LTR (RTN-LTR) actifs identifiés chez les caféiers et concerne l'utilisation de ces rétrotransposons comme marqueurs moléculaires de la diversité génétique chez les caféiers. Plus spécifiquement, les présents inventeurs ont trouvé, de façon surprenante, que certains RTN-LTR, dont en particulier l'élément Clem2, contrairement à la grande majorité des rétrotransposons identifiés chez les végétaux, sont transcriptionnellement actifs chez C. canephora en l'absence d'un facteur extérieur (stress biotioque ou abiotique), et ce quel que soit le stade de développement du caféier et indépendamment du tissu ou de l'organe considéré. De plus, l'abondance de Clem2 est exceptionnellement élevée dans le génome de C. canephora. Les propriétés inhabituelles de Clem2 (abondance exceptionnelle et activité transcriptionnelle) en font un marqueur moléculaire particulièrement performant pour la détermination du polymorphisme intraspécifique chez le caféier, comme l'ont démontré les présents inventeurs. En conséquence, dans un premier aspect, la présente invention concerne un rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem2 ayant une séquence nucléotidique comprenant à chacune de ses extrémités 5' et 3', la séquence SEQ ID NO: 2 ou une séquence consistant en 3042 nucléotides et présentant au moins 80% d'homologie, préférablement au moins 85% d'homologie, et plus préférablement encore au moins 90% d'homologie, avec SEQ ID NO: 2. Dans certains modes de réalisation, le rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem2 s'hybride à SEQ ID NO: 1 ou à la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 1 dans des conditions stringentes ou des conditions moyennement stringentes d'hybridation. Dans certains modes de réalisation, le rétrotransposon actif de la famille de Clem2 est isolé d'un caféier. L'invention concerne également une amorce comprenant un oligonucléotide contenant entre 15 et 25 nucléotides consécutifs: - de la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 2, ou - de la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 2, ou - d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2, ou - de la séquence complémentaire d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2. L'oligonucléotide peut par exemple avoir pour séquence la séquence SEQ ID NO: 3 ou la séquence SEQ ID NO: 4. Dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention comprend en outre un marqueur détectable et/ou une séquence de 1, 2, 3 ou 4 bases aléatoires. L'invention concerne également l'utilisation d'amorces telles que décrites ici pour l'identification variétale et/ou clonale d'un caféier. La présente invention porte aussi sur une méthode d'identification variétale et/ou clonale d'un caféier comprenant une étape consistant à établir le profil d'insertion, dans le génome du caféier testé, d'un rétrotransposon de la famille de Clem2. Dans une méthode d'identification variétale et/ou clonale selon l'invention, le profil d'insertion peut être établi par la technique SSAP (sequence-specific amplification polymorphism), la technique REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), la technique IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), ou la technique RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism). Dans certains modes de réalisation, une méthode selon l'invention est caractérisée en ce qu'elle est réalisée sur de l'ADN total extrait d'un échantillon du caféier testé, où l'échantillon du caféier est un échantillon de protoplaste, d'organe, de cal, de graine, de fleur, de fruit, de feuille, de tige, de racine, de bouture ou de grain du caféier testé. Quand le test d'identification porte sur un grain de caféier, la méthode peut être réalisée sur un grain vert de café ou un grain de café torréfié. Dans certains modes de réalisation, l'étape consistant à établir le profil d'insertion du rétrotransposon comprend l'amplification de l'ADN total par au moins une amorce de l'invention, générant ainsi des fragments spécifiques de l'insertion du rétrotransposon dans le génome du caféier testé. Dans certains modes de réalisation, une méthode selon l'invention comprend en outre la comparaison du profil d'insertion obtenu pour le caféier testé au profil d'insertion du même rétrotransposon dans le génome d'un caféier contrôle de la même variété ou du même clone que le caféier testé. Préférablement, le caféier testé et le caféier contrôle sont soit de l'espèce C. canephora, soit de l'espèce C. arabica. Enfin, l'invention fournit un kit pour l'identification variétale et/ou clonale de caféiers comprenant au moins une amorce selon l'invention et des instructions pour réaliser une méthode selon l'invention. Une description plus détaillée de certains modes de réalisation préférés de l'invention est donnée ci-dessous. Description Détaillée de l'Invention Comme mentionné ci-dessus, la présente invention concerne les rétrotransposons à LTR actifs du caféier et leur utilisation dans l'identification clonale et/ou variétale chez différentes espèces de caféier, en particulier, les espèces C. canephora et C. arabica. L'invention porte en particulier sur un élément particulier, Clem2. I - Clem2 et Séquences Dérivées Comme indiqué ci-dessus, Clem2 est un rétrotransposon à LTR actif. Par "rétrotransposon à LTR", on entend un rétrotransposon (c'est-à-dire un élément transposable de classe I, qui se copie et s'insère via un intermédiaire ARN grâce à une machinerie enzymatique codée par l'élément lui-même), qui comprend, à chacune de ses extrémités 5' et 3', une longue région terminale répétée (ou LTR du terme anglais « Long terminal Repeat »). Les rétrotransposons à LTR se déplacent dans le génome suivant le modèle « copier-coller ». Ils sont transcrits en ARN par la machinerie cellulaire, puis après migration dans le cytoplasme, ils rétrotranscrivent un ADN complémentaire (ADNc) à partir de leur ARNm au sein de particules pseudovirales dont ils codent les sous-unités de la capside. Un second brin d'ADN est synthétisé après élimination de l'ARN matrice, puis après retour dans le noyau, ils intègrent cet ADN à un nouveau locus chromosomique. La plupart des rétrotransposons identifiés chez les végétaux sont transcriptionnellement inactifs (Kumar et al., Annu. Rev. Genet., 1999, 33: 479-532) ou actifs seulement durant des étapes particulières de développement des végétaux ou en réponse à un stress biotique ou abiotique (Hirochika, EMBO J., 1993, 12: 2521-2528; Kumar and Hirochika, TRENDS in Plant Science, 2001, 6: 127-134). Ainsi, des rétrotransposons à LTR ont été identifiés chez de nombreuses plantes, comme Ttol (Hirochika, EMBO J., 1993, 12: 2521-2528), Tntl (Grandbastien, Trends Plant Sci., 1998, 3: 181-189), et Tnp2 (Hirochika et al., Gene, 1995, 165: 229-232) chez le tabac, Tos17 chez le riz (Hirochika et al., PNAS USA, 1996, 93: 7783-7788), BARE-1 chez l'orge (Manninen et al., Plant Mol. Biol., 1993, 22: 829-846) ou CIRE-1 chez l'oranger (RicoCabanas et al., Mol. Genet. Genomics, 2007, 277: 365-377), mais l'activité transcriptionnelle de ces rétrotransposons n'a été observée que dans des conditions de stress ou limitée à un nombre restreint de tissus (Grandbastien, Trends Plant Sci., 1998, 3: 181-189). Les présents inventeurs ont trouvé, de façon surprenante et inattendue, que certains LTR-RTN, dont Clem2, sont transcriptionnellement actifs chez C. canephora en l'absence de stress, quel que soit le stade de développement du caféier et indépendamment du tissu ou de l'organe considéré. Ainsi, par "rétrotransposon à LTR actif', on entend ici un rétrotransposon à LTR dont l'activité transcriptionnelle est (1) indépendante de la présence d'un facteur extérieur tel qu'un stress biotique ou abiotique (2) omniprésente dans les tissus et organes du caféier, et (3) continue au cours du développement du caféier. De plus, une étude préliminaire effectuée par les inventeurs a permis de montrer que 20 l'abondance de Clem2 dans le génome de C. Canephora est exceptionnellement élevée. Par comparaison, l'abondance d'autres rétrotransposons à LTR identifiés jusqu'à présent chez le caféier (Nana et Divo) est entre 3 et 6 fois plus faible. Les propriétés inhabituelles de certains LTR-RTN comme Clem2 (abondance exceptionnelle et activité transcriptionnelle) en font des marqueurs moléculaires 25 particulièrement performants pour la détermination du polymorphisme inter- mais surtout intra-spécifique chez les caféiers. En effet, l'abondance élevée de tels éléments dans le génome des caféiers facilite la détection d'un tel polymorphisme d'insertion. De plus, en raison de leur activité transcriptionnelle, ils sont susceptibles de générer des différences entre génotypes contemporains en s'insérant en de nouveaux endroits du génome. 30 Les présents inventeurs ont établi la séquence de Clem2. La séquence nucléotidique de Clem2 comprend 11839 nucléotides. En conséquence, dans un premier aspect, la présente invention concerne le rétrotransposon à LTR actif isolé, Clem2, qui consiste en la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 1. Les termes "séquence nucléotidique", "acide nucléique", "séquence nucléique", "polynucléotide" et "oligonucléotide" sont ici employés indifféremment. Par ces termes, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir une région d'un acide nucléique, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin ou un ADN simple brin qu'à des produits de transcription de ces molécules d'ADN. Par "isolé" on entend ici un polynucléotide qui, de par son origine ou sa manipulation, est séparé d'au moins certains composants avec lesquels il est naturellement associé. Alternativement ou additionnellement, par "isolé", on entend un polynucléotide qui est produit ou synthétisé par l'homme. La présente invention concerne également un acide nucléique isolé consistant en la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 1. Par "séquence complémentaire" d'une séquence nucléotidique donnée, on entend une séquence qui forme, par hybridation, un duplex stable avec ladite séquence nucléotidique. Le terme "séquence complémentaire" désigne aussi bien la séquence complémentaire présentée dans le sens 3' que la séquence complémentaire présentée dans le sens 5' (c'est-à-dire la séquence complémentaire inverse). Par "hybridation" on entend ici l'association tête bêche de deux polynucléotides simple brin par des appariements Watson-Crick (A-T, G-C). Dans certains cas, l'hybridation est parfaite, c'est-à-dire que les séquences sont totalement complémentaires. Ainsi, par exemple, le terme "la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 1" est la séquence nucléotidique qui est parfaitement ou totalement complémentaire de SEQ ID NO: 1. Dans d'autres cas, l'hybridation est imparfaite, c'est-à-dire que les séquences ne sont pas totalement complémentaires mais suffisamment complémentaires pour s'hybrider entre elles et former une structure double-brin. Ainsi, par exemple, le terme "une séquence complémentaire de SEQ ID NO: 1" est une séquence nucléotidique qui forme, par hybridation, un duplex stable avec SEQ ID NO: 1, mais qui n'est pas nécessairement parfaitement complémentaire de SEQ ID NO: 1. Clem2, tel que défini par la séquence SEQ ID NO: 1, comprend, à chacune de ses extrémités 5' et 3', une longue région terminale répétée (LTR), ayant pour séquence la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 2 (qui est constituée de 3042 nucléotides). La présente invention concerne donc également une molécule d'acide nucléique isolée consistant en la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 2 ou la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 2. Clem2, tel que défini par la séquence SEQ ID NO: 1, est le représentant d'une famille donnée de rétrotransposons à LTR actifs. Cette famille comprend tous les rétrotransposons qui possèdent des LTR identiques ou très similaires (en séquence et en longueur). De plus, plusieurs éléments transposables appartenant à la même famille n'ont pas exactement la même séquence du fait qu'après leur insertion, ces éléments évoluent et accumulent des mutations. Cependant, on considère généralement que des éléments transposables qui partagent leurs régions LTR avec une identité d'au moins 80% pour une même longueur de LTR font partie de la même famille. En conséquence, la présente invention concerne également tout rétrotransposon à LTR actif isolé de la famille de Clem2, qui a pour séquence une séquence homologue de la séquence SEQ ID NO: 1 et qui comprend deux longues régions terminales répétées (LTR): une première région LTR, située à son extrémité 5', ayant une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie de séquence d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2, et une deuxième région LTR, située à son extrémité 3', ayant une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie de séquence d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90% avec la séquence SEQ ID NO: 2, ces deux régions LTR devant avoir la même séquence. Préférablement, un tel rétrotransposon à LTR actif de la famille de Clem2 est isolé d'un caféier. A partir des séquences des régions LTR de Clem2, l'homme du métier sait comment isoler tout rétrotransposon de la famille de Clem2 présent dans le génome d'un caféier. La présente invention concerne également toute molécule d'acide nucléique consistant en la séquence nucléotidique complémentaire de la séquence d'un rétrotransposon à LTR actif de la famille de Clem2. Par "séquence nucléotidique homologue de la séquence SEQ ID NO: 1", on entend toute séquence nucléotidique qui diffère de la séquence SEQ ID NO: 1 par substitution, délétion, et/ou insertion d'un nucléotide ou d'un nombre réduit de nucléotides, à des positions telles que ces séquences nucléotidiques homologues sont des rétrotransposons à LTR actifs de la famille de Clem2. Préférablement, une séquence nucléotidique homologue de la séquence SEQ ID NO: 1 présente un pourcentage d'identité d'au moins 90%, préférablement d'au moins 95% (par exemple, 96%, 97%, 98% ou 99%) avec la séquence SEQ ID NO: 1. Par "pourcentage d'identité" ou "homologie" entre deux séquences nucléotidiques, on entend désigner un pourcentage de nucléotides identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après alignement optimal. Ce pourcentage est purement statistique et les différences entre les deux séquences sont réparties au hasard et sur toute la longueur de la séquence. Les termes "alignement optimal" et "meilleur alignement", qui sont utilisés de façon interchangeable ici, désignent l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme décrit ci-dessous est le plus élevé. L'alignement optimal des séquences, nécessaire à la comparaison, peut être réalisé manuellement ou au moyen de logiciels informatiques (GAP, BESTFIT, BLASTP, BLASTN, FASTA, et TFASTA, qui sont disponibles, par exemple soit sur le site NCBI ou dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, Madison, WI). Le pourcentage d'identité entre deux séquences nucléotidiques est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100. Préférablement, dans le contexte de la présente invention, une séquence nucléotidique homologue de la SEQ ID NO: 1 s'hybride spécifiquement à la séquence complémentaire de la séquence SEQ ID NO: 1 dans des conditions stringentes d'hybridation ou des conditions moyennement stringentes d'hybridation. Lesdites conditions d'hybridation peuvent être établies à l'aide de protocoles classiques décrits, par exemple, dans Sambrook et al., "Molecular Cloning - A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989, ou Ausubel et al., "Current Protocols in Molecular Biology", Green Publishing Associates et Wiley Interscience, 1989. II - Utilisation de Clem2 dans l'Identification Variétale et/ou Clonale des Caféiers Comme l'ont démontré les présents inventeurs, Clem2 permet l'identification variétale et/ou clonale chez différentes espèces de caféiers. Cette identification se fait par comparaison des profils d'insertion de Clem2 dans le génome de différents caféiers. Echantillons de Caféier Dans une méthode selon l'invention, l'étape consistant à établir le profil d'insertion de Clem2 dans le génome d'un caféier est effectuée sur un échantillon du caféier à tester, et préférablement sur du DNA total extrait de l'échantillon de caféier. Tout échantillon de caféier contenant de l'ADN génomique peut donc être utilisé dans la mise en oeuvre de la présente invention. Par exemple, l'ADN génomique peut être extrait de protoplastes, d'organes, de cals, de graines, de fleurs, de fruits (appelés "cerises"), de feuilles, de tiges, de racines, ou de boutures de caféier. L'ADN génomique peut également être extrait de grains de café, qu'il s'agisse de grains verts (c'est-à-dire de grains obtenus par extraction des cerises) ou de grains torréfiés (c'est-à-dire de grains obtenus par torréfaction, l'opération qui consiste à griller les grains de café). Les méthodes d'extraction d'ADN de tissus biologiques sont bien connues dans l'art (voir par exemple, Sambrook et al., "Molecular Cloning - A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989). Il existe également de nombreux kits disponibles dans le commerce (par exemple chez BD Biosciences Clontech (Palo Alto, CA), Epicentre Technologies (Madison, WI), Gentra Systems, Inc. (Minneapolis, MN), MicroProbe Corp. (Bothell, WA), Organon Teknika (Durham, NC), et Qiagen Inc. (Valencia, CA)) qui peuvent être utilisés pour extraire l'ADN d'échantillons de caféier. Techniques de Détermination des Profils d'insertion de Clem2 Comme le reconnaîtra l'homme du métier, dans la mise en oeuvre de l'invention, le profil d'insertion d'un LTR-RTN tel que Clem2 dans le génome d'un caféier peut être déterminé par n'importe quelle technique appropriée connue dans l'art, la technique utilisée n'étant pas un facteur limitant de l'invention. Le profil d'insertion d'un élément transposable est couramment généré par amplification PCR (« Polymerase Chain Reaction » ou « Amplification en Chaîne par Polymérase » en français) d'une collection de fragments de bordures d'insertion (zone frontalière contenant l'extrémité de l'élément transposable et le début des séquences génomiques de l'hôte flanquant l'insertion). Ces fragments débutent dans les régions terminales (régions LTR pour un rétrotransposon à LTR) des différentes copies de l'élément transposable et se terminent, soit dans l'ADN génomique flanquant l'élément transposable, soit dans la région terminale d'autres copies de l'élément transposable. L'ensemble des fragments amplifiés reflète les différents sites d'insertion existant dans le génotype testé et forme une "carte" ou "patron" de la représentation de l'élément transposable dans ce génotype. On entend donc ici par "profil d'insertion de Clem2", la carte ou le patron de la représentation de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem 2) dans un génotype donné. Dans certains modes de réalisation, la détermination du profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon actif isolé) est effectuée en utilisant une des méthodes connues dans l'art sous le nom de SSAP (sequence-specific amplification polymorphism), REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), IRAP (Inter- Retrotransposon Amplified Polymorphism), ou RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism). Ces méthodes sont connues de l'homme du métier et leur utilisation dans l'étude de la diversité végétale a été décrite (voir, par exemple, Kumar et al., Annu. Rev. Genet., 1999, 33: 479-532; Kumar et Hirochika, TRENDS in Plant Science, 2001, 6: 127-134; Mihri et Grandbastien, dans "La Génomique en Biologie Végétale", Eds. Morot- Gandry et Bria, Editions INRA, Paris, 2004, pp. 377-401). Brièvement, dans la technique SSAP (Waugh et al., Mol. Gen. Genetics, 1997, 253: 687-694), la séquence amplifiée borde le rétrotransposon. La première étape consiste à digérer l'ADN génomique purifié par deux enzymes de restriction, l'une coupant rarement (par exemple EcoR1 ou Pstl), l'autre coupant plus fréquemment (par exemple Msel ou Trul). Des adaptateurs, de séquence connue contenant de 10 à 15 bases, sont ensuite ajoutés, par ligation, aux extrémités des sites de coupure de l'ADN génomique par les enzymes de restriction. Une amplification par PCR est ensuite réalisée avec une amorce correspondant à la séquence des adaptateurs et une amorce correspondant à une séquence située à l'extrémité d'un LTR du rétrotransposon orientée de façon à ce que l'amplification se fasse vers l'extérieur du LTR-RTN. Cette dernière amorce est marquée (radioactivité, fluorescence ou autre) de façon à ne révéler que les fragments ancrés dans le rétrotransposon. Chaque copie de rétrotransposon va ainsi générer un fragment d'amplification contenant les séquences terminales du rétrotransposon et les séquences génomiques flanquantes situées entre le rétrotransposon et le site de restriction. Les fragments amplifiés sont ensuite séparés en fonction de leur taille par une technique à haute résolution (par exemple, gel de séquençage ou séquenceur à capillarité) pour obtenir un profil d'insertion du rétrotransposon. Cette approche faisant appel à plusieurs étapes (digestion, ligation, pré-amplification), elle est plus sensible au manque de répétitivité. La technique IRAP est basée sur la détection des polymorphismes d'insertion par PCR directe entre deux copies de l'élément transposable (ici deux copies de Clem2) suffisamment proches l'une de l'autre dans le génome pour permettre une amplification de la région intermédiaire (Kalendar et al., Theoret. Applied Genetics, 1999, 98: 704-711; Kalendar & Schulman, Nat. Protoc., 2006, 1: 2478-2484). La méthode IRAP est plus simple à mettre en oeuvre que la technique SSAP, puisqu'il n'est pas nécessaire de digérer l'ADN. Les amorces utilisées dans la technique IRAP correspondent à des séquences situées à l'extrémité des LTR du rétrotransposon, éventuellement additionnées de quelques bases aléatoires, en fonction de la fréquence de l'élément dans le génome, pour amplifier des séquences situées entre deux copies proches du rétrotransposon. Pour cela, les amorces sont dirigées vers l'extérieur du rétrotransposon. Les produits amplifiés sont généralement résolus par électrophorèse à haute résolution sur gel d'agarose ou préférentiellement d'acrylamide. La technique REMAP est conceptuellement proche de la technique IRAP. Elle est basée sur une amplification PCR directe entre l'élément transposable (ici le rétrotransposon Clem2) et des microsatellites (Kalendar et al., Theoret. Applied Genetics, 1999, 98: 704-711; Kalendar & Schulman, Nat. Protoc., 2006, 1: 2478-2484). Les microsatellites, qui sont des séquences d'ADN particulières caractérisées par la répétition d'un motif de nucléotides (généralement de un à six), sont omniprésents dans le génome des organismes vivants. La technique REMAP utilise des amorces correspondant à des séquences situées à l'extrémité des LTR et dirigées vers l'extérieur du rétrotransposon, et des amorces de type SSR (Simple Sequence Repeats) contenant un set de répétitions et au moins une base aléatoire en position 3' pour servir d'ancrage. Comme l'IRAP, la technique REMAP s'effectue sur un ADN non-digéré, et les produits amplifiés sont résolus par électrophorèse à haute résolution car les amorces utilisées sont marquées. Dans la technique RBIP (Flavell et al., Plant J., 1998, 16: 643-650), la présence d'un l'élément transposable (ici le rétrotransposon Clem2) en un site donné est testée en comparant l'amplification de ce site à l'aide d'une paire d'amorces l'encadrant, l'amplification obtenue avec l'une de ces amorces combinée avec une amorce spécifique de la séquence de l'élément transposable. Une amplification obtenue dans les deux cas signale la présence d'un rétrotransposon au site testé, alors qu'une amplification obtenue seulement avec la première combinaison d'amorces signale son absence. Si les amorces sont spécifiques, une simple électrophorèse sur gel d'agarose avec coloration au bromure d'éthidium ou autre agent intercalant (ex. SYBR Green) des produits d'amplification suffit. Cette méthode "site spécifique" nécessite la connaissance préalable des séquences génomiques flanquant l'insertion. Ces données peuvent être acquises par exemple en réalisant une SSAP avec une amorce ancrée dans la région flanquante connue, et réalisée sur un génotype où le site est vide. Ces données peuvent aussi être obtenues à partir de banques de données, en recherchant des insertions complètes ou des régions bordures d'insertion. La limitation principale de cette technique est qu'elle ne donne des résultats que site par site et non un patron du polymorphisme d'insertion. La présente invention décrit donc une méthode d'identification variétale et/ou clonale de caféiers comprenant une étape consistant à établir le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) dans le génome du caféier testé. Préférablement, l'étape consistant à établir le profil d'insertion est effectuée à l'aide d'une technique SSAP, REMAP, IRAP ou RBIP, et comprend donc l'utilisation d'amorces PCR. Amorces et Sondes pour la Détermination du Profil d'Insertion de LTR-RTN actifs A partir de la séquence nucléotidique de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif), l'homme du métier saura concevoir des amorces appropriées en fonction de la technique sélectionnée pour établir le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif). Les termes "amorce" et "amorce PCR" sont ici utilisés de façon interchangeable et désignent un oligonucléotide qui est capable d'agir comme point de départ à la synthèse d'un produit d'amplification, lorsqu'il est placé dans des conditions appropriées d'amplification (par exemple, concentration en sel, température et pH) en présence de nucléotides et d'un agent de polymérisation d'acide nucléique (par exemple une ADN polymérase). Une amorce selon l'invention comprend un oligonucléotide contenant avantageusement entre 5 et 50 nucléotides, préférablement entre 20 et 35 nucléotides, plus préférablement encore entre 20 et 25 nucléotides (par exemple 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 nucléotides). Dans certains modes de réalisation, une amorce peut également comporter une courte séquence supplémentaire (contenant par exemple, 1, 2, 3 ou 4 bases aléatoires). Dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention est marquée de manière à permettre sa détection (et, par conséquent, celle des produits d'amplification ou amplicons obtenus par PCR). Différents types de marquage, connus de l'homme du métier, peuvent être utilisés (marquage radioactif, fluorescence, chimiluminescence, etc...). Par "amorce marquée", on entend donc désigner une amorce qui contient, ou qui est associée ou liée (par exemple de façon covalente) à un marqueur détectable, tel que notamment un isotope radioactif, une molécule aux propriétés fluorescentes ou luminescentes, etc.... Dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention est conçue à partir des séquences LTR du rétrotransposon Clem2, c'est-à-dire à partir de la région LTR située à l'extrémité 5' et à l'extrémité 3' de Clem 2 et consistant en la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 2. Dans d'autres modes de réalisation, une amorce selon l'invention est conçue à partir des séquences LTR d'un rétrotransposon à LTR actif de la famille de Clem2 (c'est-à-dire à partir de régions LTR très similaires aux régions LTR de Clem2, comme définies plus haut). Comme indiqué ci-dessus, les techniques d'IRAP, de SSAP, et de REMAP amplifient des régions d'ADN génomique comprises respectivement entre les LTR de deux copies proches du rétrotransposon, entre un LTR du rétrotransposon et un site de restriction, et entre un LTR du rétrotransposon et un microsatellite. En conséquence, dans ces techniques, les amorces utilisées sont dirigées vers l'extérieur du rétrotransposon. Préférablement, les amorces sont conçues à partir des séquences se trouvant à l'extrémité des régions LTR, c'est-à-dire : dans le sens 5' à partir de la portion initiale (ou 5') du premier LTR et à partir de portion finale (ou 3') du deuxième LTR. Ainsi, dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention comprend un oligonucléotide contenant entre 20 et 25 nucléotides consécutifs (par exemple 20, 21, 22, 23, 24 ou 25 nucléotides consécutifs): - de la séquence SEQ ID NO: 2, ou - d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2. - de la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 2, ou - de la séquence complémentaire d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2. Dans un mode de réalisation particulier, une amorce selon l'invention comprend un 30 oligonucléotide de séquence SEQ ID NO: 3. Dans un autre mode de réalisation particulier, une amorce selon l'invention comprend un oligonucléotide de séquence SEQ ID NO: 4. Dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention comprend en outre 1 2, 3, ou 4 bases aléatoires. Dans certains modes de réalisation, une amorce selon l'invention comprend en outre un marqueur permettant la détection de l'amorce et des amplicons générés. Comme indiqué plus haut, un marqueur détectable peut être un isotope radioactif, une molécule aux propriétés fluorescentes ou luminescentes, etc.... Le marqueur peut être intégré dans l'oligonucléotide composant l'amorce, ou associé à cet oligonucléotide (par exemple par liaison covalente). Les amorces peuvent être préparées par n'importe quelle méthode appropriée connue de l'homme du métier, choisie en particulier parmi les méthodes classiques de synthèse d'oligonucléotides comme les méthodes de synthèse sur phase solide. Les amorces selon l'invention peuvent par exemple être préparées à l'aide d'un synthétiseur d'oligonucléotides (comme ceux commercialisés, par exemple, par Applied Biosystems ou GE Healthcare). De même, des méthodes pour marquer les oligonucléotides sont connues dans l'art. La présente invention concerne les amorces décrites ici (ou tout autre amorce pouvant s'hybrider avec la SEQ ID NO: 2 ou sa séquence complémentaire) ainsi que leur utilisation pour établir le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR de la famille de Clem2) dans le génome d'un caféier et permettre ainsi l'identification clonale et/ou variétale du caféier. Analyse du Profil d'insertion d'un RTN-LTR actif et Polymorphisme Interspécifique/Intraspécifique Dans une méthode selon l'invention, après obtention du profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) pour le caféier testé, ce profil est comparé au profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) obtenu pour un caféier contrôle. Etant donné que les méthodes de l'invention permettent de mettre en évidence le polymorphisme intraspécifique chez le caféier, le caféier testé et le caféier contrôle sont nécessairement de la même espèce. Par "caféier contrôle", on désigne ici un caféier dont l'espèce est connue, et dont la variété ou l'identité du clone est connue, et est supposée être celle du caféier ou café à tester. La comparaison des profils d'insertion du rétrotransposon permet de déterminer si l'échantillon de caféier testé provient de la même variété ou du même clone que le caféier contrôle (profils d'insertion identiques) ou s'il provient d'une variété ou d'un clone différent (profils d'insertion différents). Comme le reconnaîtra l'homme du métier, la comparaison entre le profil d'insertion obtenu pour le caféier testé et le profil d'insertion pour le caféier contrôle peut être effectuée en comparant les deux profils d'insertion complets ou en vérifiant la présence ou l'absence, dans le profil d'insertion obtenu pour le caféier testé, d'une ou de plusieurs caractéristiques particulières du profil d'insertion pour le caféier contrôle (par exemple, présence, sur un gel, d'une ou de plusieurs bandes distinctives de l'identité clonale et/ou variétale du caféier contrôle). Identification Variétale et/ou Clonale de Caféiers Comme l'ont démontré les présents inventeurs, Clem2 permet l'identification variétale et/ou clonale chez différentes espèces de caféiers, c'est-à-dire, en d'autres termes, permet la distinction entre des variétés et ou des clones d'une même espèce de caféier. Par "variété", on entend ici une variété sauvage ou une variété cultivée : sélectionnée ou hybride. Par "clone", on entend ici une variété issue d'un clone (par embryogénèse somatique, bouturage, greffage ou tout autre moyen de reproduction végétative). Dans la mise en oeuvre de l'invention, l'espèce de caféier peut être choisie parmi, sans limitation, les espèces cultivées : C. arabica, C. canephora, C. liberica, et C. dewevrei, et les espèces sauvages : comme par exemple C. excelsa, C. eugenioides, C. stenophylla, C. mauritiana, C. racemosa, C. congencis, C. neo-arnoldiana, C. abeokutoe, C. perrieri et C. dybowskii parmi les 125 espèces du genre décrites à ce jour. Dans certains modes de réalisation préférés, le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) est utilisé pour déterminer la variété d'un caféier de l'espèce C. arabica. Dans d'autres modes préférés de réalisation, le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) est utilisé pour déterminer le clone d'un caféier de l'espèce C. canephora. L'espèce C. arabica et ses variétés. L'espèce C. arabica est génétiquement différente des autres espèces de caféier: elle est tétraploïde (44 chromosomes) et autofertile. Il existe aujourd'hui plus de 200 variétés de C. arabica. Les variétés de C. arabica qui peuvent être identifiées en utilisant le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) dans leur génome incluent, sans limitation, les variétés : Arusha (cultivée dans la région Meru de Tanzanie, et en Nouvelle Guinée), Bergendal (cultivée en Indonésie), Sidikalang (cultivée en Indonésie), Blue Mountain (une mutation naturelle de Typica cultivée en Jamaïque, au Kenya, à Hawaii, et en Nouvelle Guinée), Bourbon (cultivée à la Réunion, et en Amérique Latine), Caturra (qui est une mutation de la variété Bourbon, cultivée en Amérique Centrale et en Amérique du Sud), Catuai (qui est un hybride de Mundo Novo et Caturra, cultivée en Amérique Latine), Charrieriana (une nouvelle variété trouvée au Cameroun), Colombian (cultivée en Colombie), Ethiopian Harar (cultivée en Ethiopie), Ethiopian Sidamo (cultivée en Ethiopie), Ethipian Yirgacheffe (cultivée en Ethiopie), French Mission (cultivée en Afrique), Guadeloupe Bonifieur (cultivée en Guadeloupe), Hawaiian Kona (cultivée en Hawaii), Jamaican Blue Mountain (cultivée en Jamaïque et en Afrique), K7 (une sélection kenyane de French Mission et de Bourbon), Mayaguez (un cultivar de bourbon cultivé en Rouanda), Mocha (cultivée au Yémen), Mundo Novo (un hybride entre le Bourbon et le Typica, cultivé en Amérique Latine), Bourbon Orange, Bourbon Jaune, Pacamara (un hybride de Typica et Maragogipe cultivé en Amérique Latine), Pacas (une mutation naturelle de la variété Bourbon, cultivée en Amérique Latine), Pache Comum (une mutation du Typica découverte au Guatemala), Pache Colis (un hybride entre Pache Comum et Caturra, qui est cultivé en Amérique Latine), Panama (une variété très prisée, cultivée au Panama et en Costa Rica), Maragogipe (une mutation de Typica, cultivée en Amérique Latine), Ruiri (cultivée au Kenya), 5795 (cultivée en Inde et en Indonésie), SL28 (cultivée au Kenya), SL34 (sélectionnée à partir de la variété French Mission cultivée au Kenya), Sumatra Mandheling et Sumatra Lintong (cultivées en Somalie), Sulawesi Toraj a Kalossi (cultivée en Indonésie), et Typica. L'espèce C. canephora et ses clones. L'espèce C. canephora est un diploïde autostérile. C. canephora comporte plus de 50 variétés différentes. Ces variétés les plus importantes commercialement sont le Robusta, qui est la variété la plus répandue notamment en Afrique (Côte d'Ivoire, Cameroun, Ouganda,...) et en Asie (Indonésie, Inde,...), le Kouillou, le Conilon, le Gimé, et le Niaouli. Dans certains modes préférés de réalisation, le profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) est utilisé pour déterminer l'identité du clone cultivé d'un caféier de l'espèce C. canephora. Les clones de C. canephora incluent, sans limitation, les clones B5/461, B11/107, J21/126, C6/182, M5/197, H 865, 200/Y1, HB, K 26, 503/149, 259/S/56, 1S/6, 477/J32/69, 505/B60/177, LD 1, NC 8, NC 1, B42, BA53, BD55 et HD200. Programmes de Certification et/ou de Labellisation des Cafés Une méthode selon l'invention peut être utilisée dans n'importe quel contexte (par exemple dans le développement de nouvelles variétés de caféiers, dans le maintien et la gestion de collections de caféiers, dans la culture de caféiers et/ou la production de café) ainsi qu'à n'importe quel moment de la chaîne de production de café allant du pépiniériste (validation du matériel vendu pour la plantation) au commerçant (identification précise de la variété achetée) en passant par toutes les étapes de la chaîne (acheteurs de café vert, torréfacteurs, etc...). Plusieurs programmes de certification et de vérification de café (comme la Certification Fairtrade, la Certification Biologique, la Certification Rainforest Alliance, la Certification "Bird Friendly" du Smithsonian Migratory Bird, et la Certification UTZ) ont été mis en place, principalement dans les dix dernières années. Ces programmes définissent les critères d'une production de café socialement, écologiquement et économiquement responsable, encore appelée « production durable de café ». Si le but principal de ces programmes de certification est de lutter contre la pauvreté dans les pays producteurs de café, ils offrent également au consommateur la garantie d'un café de qualité, d'origine connue et issu de l'économie durable. Ainsi, la particularité des cafés certifiés est qu'ils sont « traçables ». Une méthode selon l'invention, qui permet l'identification clonale et/ou variétale de différentes espèces du genre Coffra, peut donc trouver application dans les programmes de certification et de vérification de café. IV - Kits d'Identification Clonale et/ou Variétale des Caféiers La présente invention vise également des kits comprenant du matériel utile pour la réalisation d'une méthode selon l'invention. En particulier, la présente invention concerne des kits pour l'identification clonale et/ou variétale des caféiers, contenant du matériel permettant la détermination du profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) dans le génome de caféiers. Un des avantages des kits de l'invention est qu'ils peuvent être utilisés partout dans le monde (c'est-à-dire quelle que soit la provenance du caféier ou du café testé) et pour un grand nombre d'espèces et/ou de variétés et de clones de caféier. En général, un kit selon l'invention comprend au moins une paire d'amorces permettant l'amplification de régions spécifiques de l'ADN génomique de caféier. Un kit selon l'invention peut être conçu pour être utilisé avec une technique particulière de détermination de profil d'insertion de rétrotransposon, en particulier une technique SSAP, REMAP, ou IRAP. Ainsi, dans certains modes de réalisation, un kit selon l'invention est conçu pour être utilisé avec la technique IRAP, et comprend au moins une paire d'amorces permettant l'amplification de régions d'ADN génomique de caféier comprises entre les LTR de deux copies proches de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif). Dans ce cas, la paire d'amorces est constituée par deux amorces selon l'invention décrites plus haut. Dans d'autres modes de réalisation, un kit selon l'invention est conçu pour être utilisé avec la technique REMAP, et comprend au moins une paire d'amorces permettant l'amplification de régions d'ADN génomique de caféier comprises entre un LTR de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) et un microsatellite. Dans ce cas, la paire d'amorces est constituée d'une amorce selon l'invention et d'une amorce de type SSR. Plusieurs amorces SSR (de séquences différentes) peuvent être incluses dans le kit. Les amorces SSR sont connues de l'homme du métier. Elles sont généralement constituées de 15 à 20 nucléotides et comportent un motif microsatellite de deux bases répété 6 à 8 fois (ou un motif microsatellite de trois bases répété 4 ou 5 fois) et quelques (par exemple une ou deux) bases aléatoires situées en 5' ou en 3' du motif répété. Dans encore d'autres modes de réalisation, un kit selon l'invention est conçu pour être utilisé avec la technique SSAP, et comprend au moins une paire d'amorces permettant l'amplification de régions d'ADN génomique de caféier comprises entre un LTR de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) et un site de restriction. Dans ce cas, la paire d'amorces est constituée d'une amorce selon l'invention et d'une amorce complémentaire de l'adaptateur est lié par ligation aux extrémités des fragments obtenus par digestion enzymatique de l'ADN génomique. Comme indiqué plus haut, les adaptateurs sont connus de l'homme du métier. En fonction de la technique pour laquelle il est conçu, un kit peut en outre comprendre des réactifs ou solutions d'extraction de l'ADN génomique, des enzymes de restriction, des réactifs ou solutions d'amplification PCR, des réactifs ou solutions de séparation d' amplicons en fonction de leur taille, des réactifs ou solutions de séquençage, et/ou des moyens de détection. Des protocoles pour utiliser ces réactifs et/ou solutions peuvent être inclus dans le kit. Les différents composants du kit peuvent être fournis sous forme solide (par exemple sous forme lyophilisée) ou sous forme liquide. Un kit peut éventuellement comprendre un récipient contenant chacun des réactifs ou solutions, et/ou des récipients pour réaliser certaines étapes de la méthode de l'invention. Un kit selon l'invention pourra également comprendre des instructions pour mettre en oeuvre la méthode de l'invention pour établir un profil d'insertion de Clem2 (ou d'un autre rétrotransposon à LTR actif) dans le génome de caféiers. Les instructions pour effectuer une méthode selon l'invention peuvent comprendre des instructions pour l'extraction d'ADN génomique à partir d'échantillons de caféiers, des instructions concernant la digestion enzymatique et la ligation d'adaptateurs dans le cas d'un kit destiné à être utilisé avec la technique SSAP, des instructions concernant les conditions d'amplification PCR, des instructions concernant la séparation des amplicons obtenus, et/ou des instructions pour interpréter les résultats. Un kit selon l'invention peut également comprendre une notice sous la forme prescrite par une agence gouvernementale régulant la préparation, la vente et l'utilisation de produits biologiques. A moins qu'ils ne soient définis d'une autre manière, tous les termes techniques et scientifiques utilisés ici ont la même signification que celle couramment comprise par un spécialiste ordinaire du domaine auquel appartient cette invention. De même, toutes les publications, demandes de brevet, tous les brevets et toutes autres références mentionnés ici sont incorporés par référence. Exemples Les exemples suivants décrivent certains modes de réalisation de la présente invention. Cependant, il est entendu que les exemples ne sont présentés qu'à titre illustratif seulement et ne limitent en aucun cas la portée de l'invention. Matériel et Méthodes Matériel Végétal. Quatre espèces du genre Coffra ont été utilisées dans la présente étude : C. canephora et C. arabica originaires d'Afrique et C. perrieri et C. mauritianae originaires de Madagascar. Des individus issus de trois génotypes différents, BA53 (originaire de la Côte d'Ivoire, groupe guinéen), BD55 (originaire du Cameroun, groupe congolais), et HD200 (obtenu à partir d'un haploïde naturel, génotype en cours de séquençage) pour C. canephora et le génotype cultivé « bourbon pointu » pour C. arabica ont été utilisés. Tous les individus utilisés dans la présente étude sont en collection vivante dans les serres de l'IRD Montpellier. Extraction et Quantification des Acides Nucléiques et des Protéines. Les extractions d'ADN génomique ont été réalisées à partir de 0,1 g de jeunes feuilles fraîches de caféier suivant le protocole du kit DNeasy Plant Mini de Qiagen. Les extractions d'ARN totaux ont été réalisées avec de jeunes feuilles fraîches suivant le protocole du kit RNeasy Plant Mini de Qiagen, à l'exception des ARN de C. arabica (bourbon point) issus d'embryons et d'albumen (qui ont été gracieusement fournis par T. Joet de l'IRD Montpellier). Tous les échantillons ont été traités avec de la DNase I, RNas-free suivant les recommandations du RNeasy Plant Mini de Qiagen ou avec la RNase-free DNase I de Fermentas. Le dosage des acides nucléiques a été réalisé par spectrophotométrie (NanoDrop 1000 Spectrophotometer), et la qualité a été estimée par électrophorèse agarose (1X TBE). Les extractions de protéines ont été réalisées à partir de jeunes feuilles de caféier suivant le protocole « Total Extraction Protein ». Les protéines ont été dégradées afin de libérer les composés présents dans ces protéines grâce au protocole Mini préparation extraction de l'ADN total. Assemblage et Identification in silico des Rétrotransposons chez C. canephora. Les ressources génomiques disponibles dans l'équipe des inventeurs : environ 250 000 séquences EST (Expressed Sequence Tag) (200 à 800 pdb), 6 clones BAC de C. canephora, 10 clones BAC de C. arabica et plus de 750 séquences génomiques (120 à 1200 pdb) ont été utilisées pour effectuer un assemblage et obtenir des séquences plus étendues, appelées « contigues ». Le programme automatisé AAARF (De Barry et al., BMC Bioinformatics, 2008, 9: 235) a été utilisé sur le serveur de calcul de l'IRD Montpellier pour effectuer cet assemblage, selon les paramètres standards. Les contigues obtenus ont été utilisés pour une recherche d'homologie (BLASTX) contre une banque annotée de protéines d'éléments transposables (accessible sur repbase www.girinst.org/repbase/). Les contigues de grande taille présentant une forte analogie avec des protéines de rétrotransposons à LTR ont été analysés manuellement et annotés à l'aide du logiciel Artemis. Sélection des amorces et amplification PCR. Les amorces utilisées pour toutes les amplifications PCR ont été dessinées dans les régions non-codantes (LTR) ou codantes à l'aide des annotations des rétrotransposons sur Artemis avec le logiciel Primers3 (frodo.wi.mit.edu/). A moins qu'il ne soit indiqué autrement, les conditions de PCR utilisées ont généralement été les suivantes : 94°C, 2 minutes, 30 cycles de 94°C, 30 secondes ; 55°C, 30 secondes ; 72°C, 90 secondes et 5 minutes d'extension finale à 72°C. La migration a été effectuée à 100 V en général avec un gel de migration composé de 1% d'agarose, TBE 1X. Les bandes ont été visualisées sous UV après coloration au bromure d' éthidium (BET) de 15 minutes. Les amplifications PCR sur l'ADN génomique (ADNg) ont été réalisées avec 25 ng d'ADN matrice avec un volume final de 20 0 suivant les recommandations pour l'enzyme GoTaq de Promega pour la composition du mélange réactionnel. Des conditions PCR identiques ont été utilisées pour les amplifications d'ADNc (préparé par synthèse réactionnelle à partir d'ARN total ou déjà disponible - Mahesh et al., Plant Cell Rep., 2006, 25 : 986-992) et d'ARN, à l'exception du nombre de cycles (40) et de la quantité de matrice (1 µl d'ADNc et 500 ng d'ARN total). Synthèse des ADNc chez C. canephora. La synthèse des ADNc a été effectuée selon le protocole du kit SuperScript III First Strand Synthesis System for RT-PCR d'Invitrogen. Un microgramme d'ARN total a été utilisé pour chaque réaction avec comme amorce antisens un Oligo(dT)20. Purification des Produits d'Amplification PCR et Séquençage. Les produits PCR ont été extraits du gel d'agarose et purifiés avec le kit QlAquick PCR Purification (QIAGEN). La quantité de produits PCR purifiés a été dosée par spectrophotométrie (Nanodrop). Les réactions de séquençage ont été effectuées par une société externe avec une des amorces ayant servi pour l'amplification PCR. Rétrotransposon Microsatellite Amplified Polymorphism (REMAP). Cinq amorces ISSR parmi celles définies par Joshi et al. (Theor. Appl. Genet., 2000, 100 : 1311-1320) ont été utilisées en combinaison avec l'amorce REMAP-clem2-5' (situé à l'extrémité 5' du LTR en amont de l'élément). Pour chaque paire d'amorces (ISSR et REMAP/LTR-clem2), l'amplification a été réalisée dans 15 0 final avec 25 ng d'ADN génomique, 0,2 µM des 2 amorces, 0,2 mM de dNTPs, et 0,5 U de GoTaq DNA Polymerase Promega. La PCR a été effectuée dans les conditions suivantes : 94°C, 2 minutes, 35 cycles de 94°C, 1 minute ; 55°C, 1 minute, 72°C, 1 minute 30 secondes, et 8 minutes à 72°C. Légendes des Figures Figure 1 montre un gel d'électrophorèse (agarose 1%/TBE 1X) migré à 100V présentant les profils d'amplification PCR ou RT-PCR obtenus sur l'ADNg, l'ADNc et l'ARN de différents génotypes de C. canephora et C. arabica. Figure 2 montre un gel d'électrophorèse (agarose 1%/TBE 1X) migré à 100V présentant les profils d'amplification PCR obtenus sur l'ADNg et ARN de BA53 et BD55 en utilisant les paires d'amorces remap et RT-clem2, et g3 (gène présent sur le BAC 46CO2 et servant de contrôle positif). Figure 3(A) montre un gel d'électrophorèse (agarose, 1%/TBE 1X) migré à 100V présentant les profils d'amplification PCR obtenus sur les génotypes BA53 et BD55 de C. canephora pour les couple d'amorce remap-clem2 dessiné dans les régions LTR de manière à mettre en évidence une forme circulaire du RTN Clem2. Les amorces g3 ont été utilisées comme témoin. Figure 3(B) montre un gel d'électrophorèse en agarose, 1%/TBE 1X migré à 100V présentant les profils d'amplification PCR obtenus sur le génotype BA53 de C. canephora pour le couple d'amorces RT-clem2 dessiné dans le domaine reverse transcriptase (RT) du RTN Clem2. Figure 4 montre un gel d'électrophorèse (agarose 2%) présentant le profil d'insertion de Clem2, établi suivant la technique IRAP, pour deux génotypes (BA53 et BD55) de C. canephora. Quelques bandes polymorphes sont encerclées en blanc. Figure 5 montre les résultats d'hybridation in situ de chromosomes au stade métaphase de C. canephora avec le rétrotransposon Clem2 (photo du haut) et le rétrotransposon Clem5 (photo du bas). Le marquage vert représente les rétrotransposon, le marquage bleu, les chromosomes, et le marquage rouge, le contrôle 18s. Exemple 1: Identification de Rétrotransposons à LTR chez le Caféier A partir des ressources génomiques de C. canephora dont ils disposaient, les inventeurs ont assemblé des séquences très répétées (Assisted Automated Assembler of Repeat Families algorithm, AARF) et identifié de longues séquences caractéristiques des éléments transposables de type rétrotransposon à LTR (RTN). A partir des séquences assemblées (contigues), 29 RTN différents ont été identifiés, dont 18 de type Ty3-gypsy, 10 de type Ty/-copia et 1 non caractérisé. Deux, parmi ces 29 RTN, (Divo et Nana) avaient déjà été identifiés et décrits par les inventeurs (Hamon et al., Mol. Genet. Genomics, June 2011, 285: 447-460). Les 11 RTN complets supplémentaires identifiés (c'est-à-dire Clem1.1, Clem4, Rom 1 , Clem2, Clem3.2, Clem5, Clem6, Clem 1 1 , Rom6, Rom10 et Rom13) présentent une taille variant de 13458 pb pour le plus grand (Clem2, Ty3-gypsy) à 4822 pb pour le plus petit (Clem3.2, Tyl-copia). Les LTR de ces RTN présentent aussi une grande variation de taille allant de 3042 pb pour Clem2 et 149 pb pour Clem3.2. Exemple 2: Activité des Rétrotransposons à LTR dans Différents Tissus de Coffea Un des objectifs de cette étude était d'estimer l'expression des LTR-RTN réassemblés dans différents tissus de C. canephora. Des amorces ont été dessinées pour 21 RTN dans des régions non-codantes, les LTR, mais également dans des régions codantes, les domaines protéiques GAG (Group-spécifique Antigen), RT (Reverse Transcriptase), RH (RNase H), et IN (Integrase). Les amorces ont été testées par des amplifications PCR sur de l'ADN génomique de l'individu type BA53 de C. canephora originaire d'Afrique de l'Ouest, groupe de diversité génétique des Guinéens (Gomez et al., BMC Evol. Biol., 2009, 9: 167). L'expression des LTR-RTN a ensuite été recherchée par amplification PCR en utilisant comme matrice des banques d'ADNc de feuilles ou de fruits de caféiers à différents stades de maturation de C. canephora (Mahesh et al., Plant Cell Rep., 2006, 25 : 986-992). Afin de compléter ces résultats, l'expression de certains LTR-RTN a été analysée par RT-PCR sur d'autres organes et tissus de C. arabica, tels que l'embryon et l'albumen. Une analyse de recherche d'homologie de séquences (BLAST) des LTR-RTN a également été conduite sur des données publiques d'EST (séquences traduites) chez C. canephora et C. arabica. Les résultats des amplifications sur les ADNc de feuilles et de fruits indiquent des différences pour les 21 LTR-RTN utilisés. Onze LTR-RTN (Divo, Nana, Roml, Rom6, Rom10, Rom12, Rom14, Rom15, Rom16, Rom17, et Rom21) ne montrent aucune amplification. Six LTR-RTN (Clem2, Clem3.2, Clem4, Clem5, Rom4 et Rom13) sont toujours amplifiés, quelle que soit la région ciblée et quelle que soit l'origine des ADNc (feuilles ou fruits). Quatre LTR-RTN (Clem1.1, Rom5, Rom8 et Clem 1 1) présentent des variations des amplifications en fonction des tissus et/ou des régions utilisés. La recherche d'homologie dans les banques d'EST a permis d'identifier trois groupes de LTR-RTN : (1) ceux qui n'ont aucune homologie chez C. canephora (3 LTR- RTN - Divo, Nana, Rom10); (2) ceux qui ont un nombre limité ( REVENDICATIONS1. Un rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem2 ayant une séquence nucléotidique comprenant: - à chacune de ses extrémités 5' et 3', la séquence SEQ ID NO: 2 ou une séquence consistant en 3042 nucléotides et présentant au moins 80% d'homologie, préférablement au moins 85% d'homologie, et plus préférablement encore au moins 90% d'homologie, avec SEQ ID NO: 2. 2. Rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem2 selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il s'hybride à SEQ ID NO: 1 ou à la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 1 dans des conditions stringentes d'hybridation. 3. Rétrotransposon actif isolé de la famille de Clem2 selon la revendication 1 ou la revendication 2, caractérisé en ce qu'il est isolé d'un caféier. 4. Une amorce comprenant un oligonucléotide contenant entre 15 et 25 nucléotides consécutifs: - de la séquence nucléotidique SEQ ID NO: 2, ou - de la séquence complémentaire de SEQ ID NO: 2, ou - d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2, ou - de la séquence complémentaire d'une séquence nucléotidique constituée de 3042 nucléotides et présentant une homologie d'au moins 80%, préférablement d'au moins 85%, plus préférablement encore d'au moins 90%, avec la séquence SEQ ID NO: 2. 5. Amorce selon la revendication 4, caractérisée en ce que l'oligonucléotide a pour séquence la séquence SEQ ID NO: 3 ou la séquence SEQ ID NO: 4. 6. Amorce selon la revendication 4 ou la revendication 5, comprenant en outre un marqueur détectable et/ou une séquence de 1, 2, 3 ou 4 bases aléatoires. 7 Une méthode d'identification variétale et/ou clonale d'un caféier comprenant une étape consistant à établir le profil d'insertion, dans le génome du caféier testé, d'un rétrotransposon de la famille de Clem 2 selon l'une quelconque des revendications 1 à 3.8. Méthode selon la revendication 7, caractérisée en ce que le profil d'insertion est établi par la technique SSAP (sequence-specific amplification polymorphism), la technique REMAP (Retrotransposon-Microsatellite Amplified Polymorphism), la technique IRAP (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), ou la technique RBIP (Retrotransposon-Based Insertion Polymorphism). 9. Méthode selon la revendication 7 ou la revendication 8, caractérisée en ce que la méthode est réalisée sur de l'ADN total extrait d'un échantillon du caféier testé, où l'échantillon du caféier est un échantillon de protoplaste, d'organe, de cal, de graine, de fleur, de fruit, de feuille, de tige, de racine, de bouture ou de grain du caféier testé. 10. Méthode selon la revendication 9, caractérisée en ce que le grain du caféier testé est un grain vert de café ou un grain de café torréfié. 11. Méthode selon la revendication 9 ou la revendication 10, caractérisée en ce que l'étape consistant à établir le profil d'insertion du rétrotransposon comprend l'amplification de l'ADN total par au moins une amorce selon l'une quelconque des revendications 4 à 6, générant ainsi des fragments spécifiques de l'insertion du rétrotransposon dans le génome du caféier testé. 12. Méthode selon l'une quelconque des revendications 7 à 11 comprenant en outre la comparaison du profil d'insertion obtenu pour le caféier testé au profil d'insertion du même rétrotransposon dans le génome d'un caféier contrôle de la même variété ou du même clone que le caféier testé. 13. Méthode selon la revendication 12, caractérisée en ce que le caféier testé et le caféier contrôle sont de l'espèce C. canephora ou de l'espèce C. arabica. 14. Utilisation d'une méthode selon l'une quelconque des revendications 7 à 13 dans la certification d'un café marchand. 15. Utilisation d'une amorce selon l'une quelconque des revendications 4 à 6 pour l'identification variétale et/ou clonale d'un caféier. 16. Un kit pour l'identification variétale et/ou clonale de caféiers comprenant au moins une amorce selon l'une quelconque des revendications 4 à 6 et desinstructions pour réaliser une méthode selon l'une quelconque des revendications 7 à 13.