Brevet FR2944807A1 — publié le 20101029

Domaine Technique La présente invention concerne le domaine de la microbiologie et, plus spécifiquement, un procédé pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus à des fins diagnostiques ou non, ainsi qu'un kit permettant la mise en oeuvre d'un tel procédé. Art Antérieur Les bactéries du genre Staphylococcus sont des espèces ubiquitaires qui occupent des niches écologiques variées et constituent un problème majeur de santé publique du fait, notamment, des infections nosocomiales dont elles sont responsables. Elles regroupent non seulement des souches pathogènes de l'homme et de l'animal, mais aussi des souches isolées d'aliments fermentés qui ne posent pas de problème à une population saine, et surtout des souches commensales, présentes sur la peau et les muqueuses. Ces bactéries sont classées en deux groupes, à savoir les staphylocoques à coagulase positive, ou Staphylococcus aureus, pathogène, et les autres espèces du genre Staphylococcus appelées � à coagulase négative �, par opposition à 5. aureus. Ces espèces � à coagulase négative � ou � non aureus � ont longtemps été considérées comme une seule espèce commensale non pathogène, à savoir Staphylococcus albus, sur la base de leur phénotype commun différent de celui de S. aureus (qui seul produit la coagulase) et leur portage par la population saine. En réalité, les espèces � à coagulase négative �, sont comme 5. aureus, des pathogènes. Les deux sont parmi les premières causes d'infections nosocomiales à l'hôpital, notamment chez des patients immuno-déprimés ou ayant subi des traitements lourds (chirurgie, transplantation, chimiothérapie, etc.). Et dans la population saine, S. aureus est responsable d'infections variées (toxi-infections alimentaires, infections localisées suppurées, furoncles etc.), et Staphylococcus saprophyticus, une espèce � à coagulase négative �, d'infections urinaires chez la femme. Ainsi, la désignation collective d'espèces � à coagulase négative �, qui n'est que phénotypique et historique, a largement occultée d'une part leur diversité, puisqu'il en existe en fait presque une quarantaine d'espèces distinctes (Staphylococcus epidermidis, 5taphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, 5. warneri, S. capitis etc.), mais également leur pathogénicité. En effet, les espèces � à coagulase négative � ont longtemps été considérées comme des commensaux inoffensifs et leur isolement à partir d'échantillons cliniques comme le résultat d'une contamination par la flore naturelle du patient ou de l'animal infecté. Cette vision a considérablement évolué. Aujourd'hui, chez l'homme notamment, on sait que Staphylococcus epidermidis est un agent opportuniste capable de former des biofilms sur du matériel chirurgical ou des prothèses, que certaines espèces agressives émergent (comme Staphylococcus lugdunensis responsable d'endocardites sévères) et surtout que les espèces � à coagulase négative � peuvent présenter des niveaux de résistance à la méthicilline très élevés que celui de S. aureus, d'où la difficulté de traiter les infections qu'elles causent. Pourtant, ces espèces � à coagulase négative � sont encore prises en compte collectivement dans les études épidémiologiques tant chez l'homme que chez l'animal, ainsi que dans les études qui décrivent les populations d'écosystèmes alimentaires, ce qui constitue une importante simplification par rapport à la réalité et surtout ne permet pas d'évaluer précisément l'importance des différentes espèces � à coagulase négative � dans les infections. Différentes méthodes ont toutefois été développées en vue de distinguer ces différentes espèces de Staphylococcus, avec notamment des tests phénotypiques ou des méthodes moléculaires de génotypage (PFGE, RFLP, TTGE, DDGE, ribotyping), les plus courantes reposant sur le polymorphisme de séquence d'un gène très bien conservé. Des méthodes à haut débit se développent (DNA microarrays, Denaturing Gradient Gel Electrophoresis et Temporal Temperature Gradient Gel Electrophoresis). De manière plus générale, ces méthodes sont assez lourdes et coûteuses, et la plupart ne sont pas utilisables en routine sauf dans des laboratoires spécialisés qui possèdent un équipement et un savoir-faire technique particuliers. En conséquence, un des enjeux majeurs du diagnostic d'espèces (pour les médecins à l'hôpital, pour les vétérinaires ou les industriels de l'agro-alimentaire) est de pouvoir identifier avec précision et efficacité les espèces de Staphylococcus significatives du point de vue clinique (les agents étiologiques des infections), de celles qui peuvent contaminer les prélèvements (commensales ou présentes dans l'environnement). Résumé de l'Invention La présente invention concerne un procédé pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus comprenant les étapes de : (i) détermination de la longueur et/ou de la séquence de la région N- terminale de la protéase à sérine HtrA2 Ligh temperature requirement member A2) de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, et (ii) détermination de l'espèce de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus au regard de la longueur et/ou de la séquence de ladite région N-terminale de la protéine HtrA2. L'invention concerne également un kit pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, lequel kit comprend au moins un moyen permettant de déterminer la longueur et/ou de la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus. L'invention concerne enfin l'utilisation d'un tel moyen soit à des fins non diagnostiques en vue de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, soit aux fins de diagnostiquer chez un sujet une infection par une souche d'une bactérie appartenant au genre Staphylococcus. Description des figures Figure 1 : Représentation schématique des protéines HtrAl et HtrA2 chez différentes bactéries du genre 5taphylococcus. Figure 2 : Représentation schématique chez les bactéries du genre Staphylococcus de la région génomique contenant le gène htrA2 (l'encadré blanc représente le domaine N-terminal du gène htrA2) encadré par les gènes terC-like et trkH-like. Figure 3 : Gels d'électrophorèse des produits d'amplification du gène htrA2 pour différentes souches de Staphylococcus aureus. Figure 4 : Gels d'électrophorèse des produits d'amplification du gène htrA2 pour différentes souches de Staphylococcus epidermidis. Figure 5 : Gel d'électrophorèse des produits d'amplification du gène htrA2 pour différentes souches de Staphylococcus haemolyticus. Figure 6 : Gel d'électrophorèse des produits d'amplification du gène htrA2 pour différentes souches de Staphylococcus saprophyticus. Description détaillée de l'Invention Les protéines HtrA, conservées des procaryotes aux eucaryotes, forment une famille de protéases à sérine indépendantes de l'ATP et exportées. Plus qu'une conservation de séquence, c'est une structure modulaire en trois domaines qui caractérise cette famille de protéines HtrA avec un signal d'exportation N-terminal, un domaine central catalytique et un ou deux domaines C-terminaux appelés PDZ. Chez les procaryotes, elles sont plus spécifiquement impliquées dans la dégradation de ménage des protéines dans l'enveloppe (élimination des protéines mal repliées), la résistance aux stress, en particulier thermique, et la virulence chez de nombreux pathogènes. Dans une espèce donnée, on peut trouver plusieurs copies HtrA de même structure avec, par exemple, trois copies chez Escherichia coli ou Bacillus subtilis, ou deux copies (HtrAl et HtrA2) chez Staphylococcus aureus. En analysant la copie HtrA2 de Staphylococcus aureus qui présente un long domaine N-terminal de fonction inconnue, les inventeurs ont pu mettre en évidence que ce domaine N-terminal a la particularité d'être à la fois spécifique du genre Staphylococcus et également de bénéficier d'une taille variable selon les espèces. A titre d'illustration, la figure 1 représente la structure des protéines HtrAl et HtrA2 chez différentes bactéries du genre Staphylococcus. Ainsi, un alignement de séquence avec les séquences protéiques non redondantes disponibles dans les bases de données montre que ce domaine N-terminal de HtrA2 ne présente d'homologie qu'avec lui-même, avec un degré de conservation élevé au sein d'une même espèce de Staphylococcus (95 à 100% d'identité globale) et un faible degré de conservation entre deux espèces de Staphylococcus (25 à 35 % d'identité globale dans certains cas, mais seulement une identité locale dans d'autres). En outre, la variabilité de séquence de ce domaine N-terminal se répercute également en terme de variabilité de taille (cf. Figure 1) avec 409 AA (acides aminés) chez 5. aureus, 276 AA chez S. haemolyticus, 226 AA chez 5. saprophyticus et 223 AA chez 5. epidermidis. Les inventeurs ont également pu mettre en évidence que le gène htrA2, malgré la variabilité de la région codant pour la région N-terminale de la protéine HtrA2, est présent dans une région très conservée dans tous les génomes de bactéries du genre Staphylococcus séquencés. Plus spécifiquement, les gènes immédiatement en amont et en aval du gène htrA2 (apparentés aux familles de gènes terC et trkH et appelés terC-like et trkH-like) montrent une très bonne conservation quelle que soit l'espèce de Staphylococcus. Finalement, et sur la base de ces découvertes, les inventeurs ont pu développer une méthode permettant d'identifier l'espèce à laquelle appartient une bactérie du genre Staphylococcus tirant partie de ces spécificités du gène htrA2. En conséquence, la présente invention concerne un nouveau procédé pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus comprenant les étapes de : (i) détermination de la longueur et/ou de la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 ( igh temperature requirement member A2) de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, et (ii) détermination de l'espèce de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus au regard de la longueur et/ou de la séquence de ladite région N-terminale de la protéine HtrA2. Par là même, l'invention fournit donc un procédé in vitro simple qui permet de distinguer différentes espèces de Staphylococcus les unes des autres et, également, des autres espèces bactériennes. Naturellement, la souche testée par le procédé selon l'invention est 30 une souche isolée ou non à partir d'un échantillon biologique. Le terme de � échantillon biologique � s'entend au sens large et correspond à tout type de prélèvements microbiologiques, tel que par exemple un prélèvement de matières alimentaires (produits laitiers, viande, etc.), un prélèvement d'un sol, un prélèvement sur un mammifère vivant 25 (peau, muqueuses, etc.), ou l'un de ses dérivés comme une pré-culture issue d'un tel prélèvement. Selon la nature de l'échantillon biologique testé, à savoir s'il s'agit ou non d'un prélèvement sur un mammifère vivant ou de l'un de ses dérivés, le procédé selon l'invention pourra être considéré comme un procédé à visée thérapeutique (diagnostique) ou non. La méthode selon l'invention permet de déterminer pour une bactérie appartenant au genre Staphylococcus, l'espèce à laquelle appartient cette dernière parmi les espèces suivantes : Staphylococcus afermentans, , Staphylococcus arlettae, Staphylococcus aureus, Staphylococcus auricularis, Staphylococcus capitis, Staphylococcus caprae, Staphylococcus carnosus, Staphylococcus chromogenes, Staphylococcus cohnii, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus equorum, Staphylococcus felis, Staphylococcus gallinarum, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, Staphylococcus hyicus, Staphylococcus intermedius, Staphylococcus kloosii, Staphylococcus lentus, Staphylococcus lugdunensis, Staphylococcus pettenkoferi, Staphylococcus pulvereri, Staphylococcus muscae, Staphylococcus saccharolyticus, Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus schleiferi, Staphylococcus sciuri, Staphylococcus simulans, Staphylococcus vitulus, Staphylococcus warneri ou Staphylococcus xylosus. Plus spécifiquement, les bactéries appartenant au genre Staphylococcus dont on pourra déterminer simplement l'espèce par le procédé selon l'invention sont choisies dans le groupe comprenant Staphylococcus aureus, Staphylococcus cohnii, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus equorum, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus kloosii, Staphylococcus saprophyticus et Staphylococcus warneri. Plus spécifiquement, la Région N-terminale de la sérine protéase HtrA2 correspond à la région s'étendant de la méthionine en position 1 de la protéine HtrA2 jusqu'à l'acide aminé précédant le signal d'exportation de la protéine HtrA2. Sachant que ce domaine d'exportation correspond à une séquence hydrophobe d'une dizaine d'acides aminés conservée entre les différentes protéines HtrA2, la région N-terminale de la protéine HtrA2 peut donc aisément être déterminée. A titre d'exemple, ce domaine d'exportation correspond à la séquence allant des acides aminés 410 à 423 de la séquence SEQ ID N°1 de Staphylococcus aureus, la séquence allant des acides aminés 224 à 237 de la séquence SEQ ID N°19 de Staphylococcus epidermidis, la séquence allant des acides aminés 277 à 290 de la séquence 5EQ ID N°25 de Staphylococcus haemolyticus, la séquence allant des acides aminés 227 à 240 de la séquence SEQ ID N°28 de Staphylococcus saprophyticus, la séquence allant des acides aminés 283 à 296 de la séquence SEQ ID N°35 de Staphylococcus capitis, la séquence allant des acides aminés 218 à 230 de la séquence SEQ ID N°36 de Staphylococcus carnosus et la séquence allant des acides aminés 224 à 238 de la séquence SEQ ID N°33 de Staphylococcus xylosus. L'étape de détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 peut être effectuée, selon les cas, par l'analyse de la longueur de la protéine HtrA2 et/ou de la longueur de l'acide nucléique codant pour celle-ci. En effet, l'analyse des inventeurs montre que si cette région présente une taille variable, les autres régions de HtrA2 présentent elles une taille et, également, une séquence conservées entre les espèces de Staphylococcus. Aussi, une variation de la taille de la protéine HtrA2 totale ou de la taille de l'acide nucléique codant pour la protéine totale permet par déduction simple et directe de conclure à une variation de la taille de cette région N-terminale. L'étape de détermination de la longueur de la région N-terminale peut 25 se faire par détermination de la taille de l'acide nucléique codant pour cette région ou pour la protéine HtrA2 entière. Dans ce cas de figure, de nombreuses méthodes bien connues sont utilisables telles que les techniques d'amplification comme la PCR, les techniques d'hybridation comme le Southern blot, le Northern blot, les 30 techniques de digestion enzymatique comme la RFLP ou encore des techniques mixtes comme la PRA (PCR-restriction length polymorphism analysis). Avantageusement, la technique utilisée pour cette étape de détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéine HtrA2 35 correspond à la PCR. Un mode de réalisation préféré est décrit dans les exemples, lequel mode tire partie de la conservation importante des séquences (gènes) encadrant le gène htrA2. Aussi, cette amplification par PCR peut être réalisée simplement en utilisant au moins un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique avec une séquence du gène terC-like et avec une séquence du gène trkH-like, lequel couple d'amorce permet l'amplification du gène htrA2. Le gène terC-like codant pour la protéine intégrale membranaire TerC (Tellurium resistance protein member C) et le gène trkH-like codant pour la protéine membranaire TrkH (Transporter K+ (potassium) member H protein) sont bien connus de l'homme du métier. A titre d'exemple, la position de ces deux gènes pour différentes souches de bactéries appartenant au genre Staphylococcus est donnée dans le tableau I qui suit. Tableau I Souche Numéro Position du gène Position du gène d'accession TerC-Iike dans le trkH-like dans le du génome génome génome (dénomination locus) (dénomination locus) S. aureus USA300 CP000730.1 1026156..1026959 1029519..1030877 (USA300HOU_0979) (USA300HOU_098 1) S. aureus Mu3 AP009324.1 1073809..1074612 1077172..1078530 (SAHV_1015) (SAHV_1017) S. aureus COL CP000046.1 1035682..1036485 1039045..1040403 (SACOL1026) (SACOL1030) S. epidermidis RP62A CP000029.1 603719..604525 606511..607869 (SERP0610) (SERP0612) S. epidermidis ATCC 12228 AE015929.1 711492..712298 714285..715643 (SE_0721) (SE_0724) S. haemolyticus JCSC1435 AP006716.1 1984930..1985727 1981384..1982742 (SH 1937) (SH 1935) S. saprophyticus ATCC AP008934.1 1835146..1835946 1831604..1832962 15305 (SSP1764) (SSP1762) Assez classiquement, les amorces choisies présenteront une longueur d'au moins 15 acides nucléiques et, de préférence, d'au moins 20 acides nucléiques. Parallèlement, ces mêmes amorces présenteront une longueur inférieure à 30 acides nucléiques, de préférence inférieure à 25 acides nucléiques, essentiellement en vue de bénéficier de coûts de synthèse attractifs. Concernant la condition d'une hybridation spécifique, celle-ci peut être remplie simplement en choisissant des amorces qui présentent au moins 95% d'identité, voire au moins 99% d'identité avec les séquences complémentaires des séquences ciblées sur le gène terC-like et sur le gène trkH-like. Bien évidement, on choisira de préférence des amorces présentant une identité de séquence de 100% avec ces mêmes séquences. Dans le mode de réalisation préféré décrit dans les exemples, le 10 procédé selon l'invention envisage l'utilisation d'au moins un couple d'amorces choisi dans le groupe suivant : 1) le couple d'amorces ATCCAGGACTTGAAGGTGC (5EQ ID N° 66) et CGTTCTCTAATTCCAATATG (SEQ ID N° 67), et 2) le couple d'amorces CCACTCATTGTATCTTTATTAT (5EQ ID 15 N° 68) et TGGYATGGACTTAGGTCAATT (SEQ ID N° 69). Le premier couple d'amorces (1) permet de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre 5taphylococcus qui est choisie dans le groupe comprenant 5. aureus et S. epidermidis. Le second couple d'amorces (2) permet de déterminer l'espèce d'une 20 souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus qui est choisie dans le groupe comprenant S. warneri, 5. cohnii, S. equorum, S. kloosii, 5. haemolyticus et 5. saprophyticus. Ainsi, l'utilisation combinée de ces deux couples d'amorces permet de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre 25 Staphylococcus qui est choisie dans un large groupe comprenant 5. aureus, 5. epidermidis, 5. warneri, S. cohnii, S. equorum, S. kloosii, S. haemolyticus et 5. saprophyticus. Tou jours pour la détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéine HtrA2, il est également possible d'effectuer cette étape par 30 la détermination de la taille de la protéine HtrA2 entière. Comme nous l'avons vu précédemment, seule cette région N-terminale de la protéine HtrA2 montre une variation de sa longueur entre les différentes espèces appartenant au genre 5taphylococcus, la détermination de la longueur de la protéine entière permet donc simplement et directement de déterminer la longueur de cette région N-terminale. Pour cette étape de détermination particulière, de nombreuses méthodes bien connues sont là encore utilisables telles que les techniques d'immuno-blots comme le Western blot, de dégradation chimique ou enzymatique, ou encore les techniques de chromatographie. Avantageusement, la technique utilisée pour cette étape de détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéine HtrA2 correspond au Western blot. Bien qu'une telle technique ne soit pas décrite dans les exemples, celle-ci peut être simplement mise en oeuvre à l'aide d'un anticorps reconnaissant spécifiquement un épitope conservé de la protéine HtrA2, lequel épitope n'est naturellement pas localisé dans la région N-terminale de la protéine HtrA2. L'étape de détermination de la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 peut elle être effectuée, selon les cas, par l'analyse de la séquence de la protéine HtrA2 et/ou de la séquence d'acides nucléiques codant pour celle-ci. Cette étape de détermination de la séquence de la région N-terminale 20 peut se faire par : • la détermination de la séquence de l'acide nucléique codant pour cette région directement par séquençage ou, indirectement par des techniques d'hybridation telles que le DNA array, le 5outhern blot ou le Northern blot avec des sondes ou des techniques d'amplification, lesquelles 25 techniques utilisent des sondes (éventuellement des amorces pour certaines d'entre elles) qui s'hybrident spécifiquement avec une région correspondant à tout ou partie de la séquence codant pour la région N-terminale de la protéine HtrA2, laquelle région est conservée entre les différentes souches d'une même espèce appartenant au genre Staphylococcus et est 30 différente dans les autres espèces appartenant à ce même genre. L'identification de telles régions conservées ne présente aucune difficulté particulière et peut être réalisée simplement sur la base des alignements de séquences effectués entre les différentes protéines HtrA2. • la détermination de la séquence de la région N-terminale de la 35 protéine HtrA2 directement par des techniques telles que la spectroscopie de masse ou, indirectement, par des techniques telles que le Western blot à l'aide d'au moins un anticorps qui reconnaît spécifiquement un épitope localisé dans la région N-terminale de la protéine HtrA2, lequel épitope est conservé entre les différentes souches d'une même espèce appartenant au genre Staphylococcus et est absent dans les autres espèces appartenant à ce même genre. Selon un mode de réalisation préféré, le procédé selon l'invention comprend les étapes de : (i) détermination, de préférence par séquençage, de la séquence d'acides nucléiques codant pour la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, et (ii) détermination de l'espèce de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus au regard de ladite séquence. Comme cela a été décrit précédemment, cette étape (ii) de détermination est effectuée simplement par comparaison de la séquence obtenue avec les séquences d'acides nucléiques codant pour la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 décrites dans la présente demande de brevet et/ou disponibles dans les bases de données. La présente invention envisage également un nouveau kit pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, lequel kit comprend au moins un moyen permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus. Ce kit permet alors, dans le cadre de sa mise en oeuvre dans le procédé décrit précédemment, de déterminer l'espèce de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus au regard de la longueur et/ou de la séquence de ladite région N-terminale de la protéine HtrA2. Dans le cas présent, la nature des moyens permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus pourront être simplement déterminés au regard du descriptif qui précède et l'on pourra citer, à titre d'exemples : • des moyens d'amplification (polymérase, tampon, nucléotides libres et amorces) comprenant au moins un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique avec une séquence du gène terC-like et avec une séquence du gène trkH-like, lequel couple d'amorces permet l'amplification du gène htrA2 ; • des anticorps reconnaissant spécifiquement un épitope conservé de la protéine HtrA2, lequel épitope n'est naturellement pas localisé dans la région N-terminale de la protéine HtrA2 ; ou encore • des anticorps qui reconnaissent spécifiquement un épitope localisé dans la région N-terminale de la protéine HtrA2, lequel épitope est conservé entre les différentes souches d'une même espèce appartenant au genre Staphylococcus mais est absent dans les autres espèces appartenant a ce meme genre. De préférence, ce moyen permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus correspond à un moyen d'amplification comprenant un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique avec une séquence du gène terC-like et avec une séquence du gène trkH-like, lequel couple d'amorces permet l'amplification du gène htrA2. Avantageusement, ce couple d'amorce est choisi dans le groupe suivant : 1) le couple d'amorces ATCCAGGACTTGAAGGTGC (SEQ ID N° 66) et CGTTCTCTAATTCCAATATG (SEQ ID N° 67), et 2) le couple d'amorces CCACTCATTGTATCTTTATTAT (5EQ ID N° 68) et TGGYATGGACTTAGGTCAATT (SEQ ID N° 69). Avantageusement encore, le kit selon l'invention comprend les deux couples d'amorces mentionnés précédemment. La présente invention envisage en outre l'utilisation non thérapeutique (non diagnostique) en vue de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus d'au moins un moyen permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie . Dans le cadre de cette utilisation non diagnostique (non thérapeutique), l'échantillon biologique à partir duquel est isolé cette souche n'est pas un prélèvement sur un mammifère vivant ou de l'un de ses dérivés mais correspond, par exemple, à un prélèvement de matières alimentaires (produits laitiers, viande, etc.) ou à un prélèvement d'un sol. Concernant la nature du moyen utilisé, ses caractéristiques correspondent à celles décrites précédemment. La présente invention envisage également un moyen pour diagnostiquer chez un sujet une infection par une souche d'une bactérie appartenant au genre 5taphylococcus, lequel moyen permet de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie La souche de bactérie dont il est question présentement est choisie parmi celles décrites précédemment. Il pourra s'agir notamment de 5taphylococcus aureus qui est responsable d'infections variées (toxi-infections alimentaires, infections localisées suppurées, etc.), de 5taphylococcus saprophyticus qui est responsable d'infections urinaires chez la femme ou encore de 5taphylococcus lugdunensis qui est responsable d'endocardites sévères. Parmi les moyens d'ores et déjà décrits dans la présente demande de brevet, l'on citera, de préférence, un moyen d'amplification comprenant un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique et avec une séquence du gène terC-like et avec une séquence du gène trkH-like, lequel couple d'amorces permet l'amplification du gène htrA2. Avantageusement, ce couple d'amorce est choisi dans le groupe suivant : 1) le couple d'amorces ATCCAGGACTTGAAGGTGC (5EQ Ib N° 66) et CGTTCTCTAATTCCAATATG (5EQ Ib Na 67), et 2) le couple d'amorces CCACTCATTGTATCTTTATTAT (5EQ Ib N° 68) et TGGYATGGACTTAGGTCAATT (5EQ Ib N° 69). Le premier couple d'amorces (1) permet d'identifier l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre 5taphylococcus qui est choisie dans le groupe comprenant S. aureus et S. epidermidis et donc de diagnostiquer une infection associée à l'une de ces espèces. Le second couple d'amorces (2) permet de d'identifier l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus qui est choisie dans le groupe comprenant S. warneri, 5. cohnii, S. equorum, S. kloosii, 5. haemolyticus et S. saprophyticus, et donc de diagnostiquer une infection associée à l'une de ces espèces. Finalement, l'utilisation combinée de ces deux couples d'amorces permet de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus qui est choisie dans un large groupe comprenant S. aureus, S. epidermidis, 5. warneri, S. cohnii, S. equorum, 5. kloosii, S. haemolyticus et S. saprophyticus et, là encore, de diagnostiquer une infection associée à l'une de ces espèces. La présente invention envisage enfin l'utilisation, pour diagnostiquer chez un sujet une infection par une souche d'une bactérie appartenant au genre Staphylococcus, d'au moins un moyen permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie. Le sujet envisagé correspond à un mammifère et préférentiellement à 20 un humain. L'invention sera maintenant décrite plus en détail à l'aide des exemples, lesquels ont valeur d'illustration et ne limitent aucunement le cadre de celle-ci. Exemples 25 Le Domaine N-terminal présente une séquence et une taille espèce-spécifique Dans le cadre de recherches antérieures, les inventeurs se sont attachés à déterminer la fonction respective des protéines HtrAl et HtrA2 des bactéries appartenant au genre Staphylococcus. Ces travaux leur ont 30 permis de déterminer que la résistance au stress thermique impliquait la protéine HtrAl (RIGOULAY et al., FEMS Microbiology Letters, vol.237, p :279-288, 2004) et, dans une moindre mesure, la protéine HtrA2 (RIGOULAY et al., Infection and Immunity, vol.73(1), p : 563-572, 2005). Ces travaux leur ont également permis de démontrer que ces deux protéines HtrA présentaient des rôles distincts chez Staphylococcus aureus en fonction de la souche analysée, probablement du fait de différences spécifiques dans la régulation de l'expression de facteurs de virulence et de protéines de stress. Il n'en reste pas moins que la fonction des protéines HtrA et, plus spécifiquement, de la protéine HtrA2, reste encore largement inconnue. C'est en vue de déterminer la fonction de cette protéine HtrA2 chez les bactéries appartenant au genre Staphylococcus que les inventeurs ont effectués une analyse génomique des différentes séquences connues des protéines HtrA2 de bactéries appartenant au genre Staphylococcus. Pour se faire, les inventeurs ont effectué, à l'aide d'un algorithme spécifique (BLAST), des alignements de séquences sur la base des séquences disponibles de protéines HtrA2 de bactéries appartenant au genre Staphylococcus. Ces alignements ont été effectués d'une part entre ces séquences spécifiques et les séquences protéiques disponibles dans les bases de données et, d'autre part, uniquement entre ces séquences spécifiques de protéines htrA2. Les numéros d'accès et les séquences correspondantes des protéines HtrA2 de bactéries appartenant au genre Staphylococcus sont listées dans le tableau II qui suit. Ce tableau inclut également le détail des séquences de protéines HtrA2 pour différentes souches de Staphylocoques et qui ont été obtenues dans le cadre des expériences réalisées pour la présente étude. Tableau II Espèce Souche Numéro d'accès Séquence Séquence Taille Acides Acides (~°`A) aminés nucléiques COL YP_185894.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°1 N°37 NCTC8325 YP_499511 SEQ ID SEQ ID 774 Staphylococcus N°2 N°38 aureus N315 NP_374143 SEQ ID SEQ ID 769 N°3 N°39 MW2 NP_645720 SEQ ID SEQ ID 769 N°4 N°40 Newman YP_001331926 SEQ ID SEQ ID 774 N°5 N°41 Espèce Souche Numéro d'accès Séquence Séquence Taille Acides Acides (A) aminés nucléiques MRSA252 YP_040410.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°6 N°42 MSSA476 YP_043082.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°7 N°43 Mu50 NP_371547.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°8 N°44 RF122 YP_416375.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°9 N°45 USA300 YP_493623.1 SEQ ID SEQ ID 769 N°10 N°46 Staphylococcus USA300_TCH1516 YP_001574879 SEQ ID SEQ ID 769 aureus N°11 N°47 JH1 YP_001316246 SEQ ID SEQ ID 774 N°12 N°48 JH9 YP_001246458 SEQ ID SEQ ID 774 N°13 N°49 A44 .. SEQ ID SEQ ID 769 N°14 N°50 A19 - SEQ ID SEQ ID 769 N°15 N°51 A40 - SEQ ID SEQ ID 769 N°16 N°52 A22 - SEQ ID SEQ ID 769 N°17 N°53 A36 - SEQ ID SEQ ID 769 N°18 N°54 Staphylococcus RP62A YP_188198 SEQ ID SEQ ID 585 epidermidis N°19 N°55 E2 - SEQ ID SEQ ID 585 N°20 N°56 E17 - SEQ ID SEQ ID 585 N°21 N°57 El0 - SEQ ID SEQ ID 585 N°22 N°58 E4 - SEQ ID SEQ ID 606 N°23 N°59 E5 - SEQ ID SEQ ID 606 N°24 N°60 Staphylococcus JCSC1435 YP_253851 SEQ ID SEQ ID 639 haemolyticus N°25 N°61 Hae7 - SEQ ID - 639 N°26 Espèce Souche Numéro d'accès Séquence Séquence Taille Acides Acides (PA) aminés nucléiques Staphylococcus Hae8 - SEQ ID - 639 haemolyticus N°27 Staphylococcus ATCC15305 YP_301853.1 SEQ ID SEQ ID 597 saprophyticus N°28 N°62 Sap4 - SEQ ID - 596 N°29 Sap2 - SEQ ID .. 597 N°30 Staphylococcus K2 - SEQ ID - 580 kloosii N°31 Staphylococcus W3 - SEQ ID - 599 warneri N°32 Staphylococcus C2a - SEQ ID - 593 xylosus N°33 Staphylococcus Cl - SEQ ID SEQ ID 580 cohnii N°34 N°63 Staphylococcus SK14 I ZP_03613065 SEQ ID SEQ ID 644 capitis N°35 N°64 Staphylococcus TM300 YP_002633722.1 SEQ ID SEQ ID 583 camosus N°36 N°65 Les résultats de ces différents alignements ont confirmés que le domaine N-terminal de la protéine HtrA2 n'existe que dans les génomes de staphylocoques actuellement séquencés et n'ont pas apporté d'éléments susceptibles de déterminer la fonction de ce domaine spécifique. De façon surprenante, ces résultats ont toutefois montré que ce même domaine N-terminal présente la particularité d'être à la fois spécifique du genre Staphylococcus et également de séquence et de taille variables selon les espèces. En effet, les résultats montrent que ce domaine N-terminal présente un fort degré de conservation au sein d'une espèce donnée (95 à 100% d'identité globale) mais, à l'opposé, un faible degré de conservation d'une espèce de Staphylococcus à une autre (25 à 35% d'identité globale dans certains cas, mais seulement une identité locale dans d'autres). Concernant la taille des protéines HtrA2, la figure 1 représente schématiquement l'organisation des protéines HtrAl et HtrA2 dans les espèces appartenant au genre Staphylococcus. Plus spécifiquement, cette figure montre l'organisation des domaines de la protéine HtrA2 au sein des espèces 5. aureus, 5. epidermidis, S. saprophyticus, et 5. haemolyticus avec le domaine N-terminal de taille espèce-spécifique (blanc), le signal d'exportation (gris foncé), le domaine catalytique (noir) et le domaine PDZ (gris clair). En vue de préciser l'organisation du gène htra2 au sein du génome des bactéries appartenant au genre Staphylococcus, les inventeurs ont également effectué une analyse génomique des séquences génomiques adjacentes à celui-ci. Les résultats de cette analyse ont montré que le gène htrA2 se trouve localisé au sein d'une région très conservée dans tous les génomes de staphylocoques séquencés. En particulier, l'analyse de ces séquences adjacentes montre que le gène htrA2 est encadré par les gènes terC-Iike et trkH-like, apparentés aux familles de gènes terC et trkH respectivement. Le Domaine N-terminal d'une protéine HtrA2 d'un staphylocoque permet la détermination de l'espèce correspondante de celui-ci Tirant partie de l'encadrement du gène htrA2 par des gènes présentant une importante conservation entre les différentes espèces de staphylocoques, les inventeurs ont définis deux couples d'amorces distincts permettant l'amplification du gène htrA2 pour les espèces 5. aureus, 5. epidermidis, 5. saprophyticus, et S. haemolyticus, chaque couple d'amorces présentant une amorce localisée dans le gène terC-like et une amorce localisée dans le gène trkH-like. Les amorces utilisées sont listées dans le tableau III qui suit. Tableau III espèces Nom Séquence SEQ ID Tm N° (°C) S. aureus et S.ae- ATCCAGGACTTGAAGGTGC 66 58 S. Forward/S.ae- epidermidis Amont1 S.ae- CGTTCTCTAATTCCAATATG 67 54 Reverse/S.ae- Aval l S. S.hs- CCACTCATTGTATCTTTATTAT 68 56 haemolyticus Forward/S.hs- et S. Av5 saprophyticus S.hs- TGGYATGGACTTAGGTCAATT 69 56 ReverseB/S.hs -Am2 Les inventeurs ont alors effectué une amplification du gène htrA2 à l'aide de ces amorces spécifiques sur de l'ADN génomique de souches de bactéries d'origines diverses (humaine, animale ou alimentaire) appartenant aux espèces S. aureus (54 souches différentes), S. epidermidis (25 souches différentes), S. saprophyticus (15 souches différentes), S. haemolyticus (7 souches différentes), S. kloosii (3 souches différentes), S. warneri (3 souches différentes), S. equorum (2 souches différentes), S. cohnii (1 souche). Pour ces expériences, les différentes souches testées sont listées dans le tableau IV pour les souches de Staphylococcus aureus, V pour les souches de Staphylococcus epidermidis, VI pour les souches de Staphylococcus haemolyticus et VII pour les souches de Staphylococcus saprophyticus. Pour ces amplifications, les inventeurs ont utilisés les mélanges réactionnels et programmations ci-après. Mélanqe réactionnel par tube (volume réactionnel de 50 IL) Staphylococcus aureus 1- eau : 42,25 pL 2- Tampon EXPAND HIGH FIDELITY (10X, 15mM MgCl2, ROCHE) : 5 pL 3- Mélange dNTPs (25mM chacun des 4 dNTPs, QBIOGEN) : 0,4 pL 4- Amorces (solution mère à 50iM) : 0,3 pL de chaque amorce 5- Taq EXPAND HIGH FIDELITY (3,5U/pL, ROCHE) : 0,75 pL (2,6U) 6- ADN chromosomique: 1 pL Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus et Staphylococcus saprophyticus : 1- eau : 42,1 pL 2- Tampon 10X (QBIOGEN) : 5 pL 3- Mélange dNTPs (25mM chacun des 4 dNTPs, QBIOGEN) : 0,4 pL 4- Amorces (solution mère à 50pM) : 0,5 pL de chaque amorce 5- Taq (5U/pL, QBIOGEN) : 0,5 pL (2,5U) 6- ADN chromosomique: 1 pL Programme d'amplification Staphylococcus aureus (recommandé par ROCHE pour Taq EXPAND HIGH FIDELITY) : Nombre Temps (minutes) Temperature (°C) de cycle 1 3 94 10 0, 5 94 0,5 50 2 68 20 0,5 94 0,5 50 2 +0,2 à chaque cycle 68 1 7 68 Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus haemolyticus et Staphylococcus saprophyticus : Nombre Temps (minutes) Temperature (°C) de cycle 1 3 94 30 0,5 94 0,5 50 4 72 Après amplification, les produits de PCR obtenus sont déposés sur gel d'électrophorèse. La figure 3 (A, B, C et D) montre les gels d'électrophorèse obtenus 20 pour les produits d'amplification du gène htrA2 pour les différentes souches testées de Staphylococcus aureus. La figure 4 (A et B) montre les gels d'électrophorèse obtenus pour les produits d'amplification du gène htrA2 pour les différentes souches testées de 5taphylococcus epidermidis. La figure 5 montre le gel d'électrophorèse obtenu pour les produits 5 d'amplification du gène htrA2 pour les différentes souches testées de Staphylococcus haemolyticus. La figure 6 montre le gel d'électrophorèse obtenu pour les produits d'amplification du gène htrA2 pour les différentes souches testées de Staphylococcus saprophyticus. 10 Les résultats confirment donc que pour une espèce donnée, les produits du gène htrA2 et, par déduction, la région N-terminale de HtrA2 présente une taille similaire. De ce fait, la détermination de la taille de la région N-terminale d'une protéine HtrA2 permet d'en déduire l'espèce de Staphylococcus à laquelle appartient la souche de staphylocoque de la 15 protéine htrA2 correspondante. Le séquençage du gène htrA2 pour nombre de souches confirme en outre les précédents résultats montrant que le domaine N-terminal de HtrA2 présente un fort degré de conservation au sein d'une espèce donnée avec, à l'opposé, un faible degré de conservation d'une espèce de 20 Staphylococcus à une autre. L'utilisation des deux couples d'amorces du tableau III pour des souches appartenant aux espèces S. warneri, S. cohnii, S. equorum et 5. kloosii a permis d'obtenir une amplification du gène htrA2 avec le couple d'amorces 5.hs-Forward/S.hs-Av5 et S.hs-ReverseB/5.hs-Am2 utilisé avec 25 S. haemolyticus et 5. saprophyticus. L'analyse des produits d'amplification a révélé une fois encore que le domaine N-terminal bénéficiait d'une taille et d'une séquence variables en fonction de l'espèce concernée, laquelle taille ou séquence de la région N-terminal de HtrA2 permettant de déterminer l'espèce de Staphylococcus à laquelle appartient la souche de staphylocoque 30 correspondant à la protéine HtrA2 analysée. Revendications1. Un procédé pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus comprenant les étapes de : (i) détermination de la longueur et/ou de la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 Ligh temperature requirement member A2) de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus, et (ii) détermination de l'espèce de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus au regard de la longueur et/ou de la séquence de ladite région N-terminale de la protéine HtrA2. 2. Le procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce que la région N-terminale de la sérine protéase HtrA2 correspond à la région s'étendant de la méthionine en position 1 de la protéine HtrA2 jusqu'à l'acide aminé précédant le signal d'exportation de la protéine HtrA2. 3. Le procédé selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce que l'espèce de ladite souche de bactérie est choisie dans le groupe comprenant Staphylococcus aureus, Staphylococcus cohnii, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus equorum, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus kloosii, Staphylococcus saprophyticus et Staphylococcus warneri. 4. Le procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que I"étape (i) de détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 est effectuée par l'analyse de la longueur de la protéine HtrA2 et/ou par l'analyse de la longueur de l'acide nucléique codant pour celle-ci. 5. Le procédé selon la revendication 4, caractérisé en ce que l'étape (i) de détermination de la longueur de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 correspond à une étape de détermination de la taille de l'acide nucléique codant pour cette région ou pour la protéine HtrA2 entière. 6. Le procédé selon la revendication 5, caractérisé en ce que l'étape (i) de détermination de la taille de l'acide nucléique codant pour cette région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 ou pour la protéine HtrA2 entière est réalisée par PCR. 7. Le procédé selon la revendication 6, caractérisé en ce que cette amplification par PCR utilise au moins un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique avec une séquence du gène terC-like et avec une séquence du gène trkH-like, lequel couple d'amorce permet l'amplification du gène htrA2. 8. Le procédé selon la revendication 7, caractérisé en ce que ledit au moins un couple d'amorces est choisi dans le groupe suivant : (i) le couple d'amorces ATCCAGGACTTGAAGGTGC (SEQ ID N° 66) et CGTTCTCTAATTCCAATATG (SEQ ID N° 67), et (ii) le couple d'amorces CCACTCATTGTATCTTTATTAT (SEQ ID N° 68) et TGGYATGGACTTAGGTCAATT (SEQ ID N° 69). 9. Un kit pour déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus comprenant au moins un moyen permettant de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N- terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus. 10. Le kit selon la revendication 9, caractérisé en ce que ledit moyen est un couple d'amorces, dont chaque amorce s'hybride respectivement et de façon spécifique avec une séquence du gène terC et avec une séquence du gène trkH, lequel couple d'amorces permet l'amplification du gène htrA2. 11. Le kit selon la revendication 10, caractérisé en ce que ledit au moins un couple d'amorces est choisi dans le groupe suivant : (i) le couple d'amorces ATCCAGGACTTGAAGGTGC (SEQ ID N° 66) et CGTTCTCTAATTCCAATATG (SEQ ID N° 67), et (ii) le couple d'amorces CCACTCATTGTATCTTTATTAT (SEQ ID N° 68) et TGGYATGGACTTAGGTCAATT (SEQ ID N° 69). 12. Utilisation non thérapeutique en vue de déterminer l'espèce d'une souche de bactérie appartenant au genre Staphylococcus d'au moins un moyen tel que défini dans l'une quelconque des revendications 9 à 11, lequel moyen permet de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N- terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie. 13. Un moyen tel que défini dans l'une quelconque des revendications 9 à 11 pour diagnostiquer chez un sujet une infection par une souche d'unebactérie appartenant au genre Staphylococcus, lequel moyen permet de déterminer la longueur et/ou la séquence de la région N-terminale de la protéase à sérine HtrA2 de ladite souche de bactérie.