Brevet FR2932816A1 — publié le 20091225

NOUVELLE SOUCHE STREPTOMYCES BETA-VULGARIS, ET SON UTILISATION DANS LE TRAITEMENT DES PLANTES La présente invention a pour objet une nouvelle souche actinomycète Streptomyces beta-vu/garis B-11 ou une souche mutante de celle-ci, ainsi qu'un procédé de sélection de cette souche. L'invention vise aussi un procédé d'extraction et de purification de composés 5 actifs à partir d'une souche beta-vu/garis B-11 ou d'une souche mutante, ainsi que les composés actifs obtenus. L'invention concerne également l'utilisation de la souche beta-vu/garis B-11, d'une souche mutante ou d'un composé actif pour stimuler la croissance des plantes et/ou pour lutter contre des infections causées par des agents phytopathogènes. 10 Depuis plusieurs décennies, le monde agricole cherche de nouvelles solutions pour améliorer la qualité des sols et pour stimuler la croissance végétale. Dans ce but, de nombreux produits ont été développés pour fertiliser le sol, stimuler la nutrition et donc la croissance des plantes cultivées. Toutefois, ces produits sont généralement essentiellement d'origine chimique et 15 ne sont pas satisfaisants du point de vue environnemental et humain, si bien qu'il existe un besoin pour des substances d'origine naturelle capables de stimuler efficacement la croissance des végétaux. De plus, les plantes sont fragiles et sont susceptibles d'être infectées par divers facteurs, en particulier par des agents phytopathogènes, qui réduisent de façon 20 conséquente la qualité et le rendement de l'agriculture. Parmi les agents pathogènes, les champignons, responsables des maladies fongiques, sont ceux qui ont le plus grand impact économique. Chaque espèce végétale est sensible à une ou plusieurs maladies principales, susceptibles de réduire fortement sa vigueur, sa croissance, et finalement la quantité ou/et la qualité de la récolte. A titre d'exemple, on peut citer un champignon tellurique, Sclerotium rolfsii, agent phytopathogène redoutable qui sévit dans la plupart des régions tropicales et subtropicales. Cet agent fongique attaque plus de 500 familles de plantes différentes et cause diverses maladies dont la fonte de semis ou encore la pourriture de la tige et de la racine. On sait que les maladies phytogènes réduisent de 12 à 14% la production agricole mondiale, 70% des dommages étant d'origine fongique. Il est donc indispensable de trouver des moyens efficaces pour lutter contre les infections causées par des agents phytopathogènes. Actuellement, plusieurs moyens de lutte sont employés. Un premier moyen, simple à mettre en oeuvre, consiste à pratiquer des techniques culturales telles que le labourage ou la rotation des cultures. Toutefois, les agents pathogènes comme Sclerotium rolfsii, produisent des sclérotes dans le sol qui leur permettent de survivre pendant plusieurs années, si bien que les pratiques culturales restent inefficaces en absence de moyens éradiquant dans le sol les formes de résistance et le mycélium pathogène. Une deuxième méthode, la plus utilisée, consiste à traiter chimiquement les cultures infectées. On connaît par exemple le traitement au bromure de méthyle, qui est le fongicide chimique le plus utilisé, généralement pour désinfecter le sol avant l'ensemencement des cultures. Toutefois, le traitement chimique n'est pas non plus satisfaisant car l'utilisation de produits chimiques provoque des effets négatifs sur l'environnement et sur la santé humaine. Le bromure de méthyle en particulier constitue une menace pour la stratosphère à cause du pouvoir catalyseur de l'atome de brome. En outre l'efficacité des agents chimiques est de plus en plus limitée du fait de l'apparition de souches pathogènes résistantes. Depuis quelques années, des solutions plus efficaces et plus respectueuses de l'environnement ont donc été recherchées. Les spécialistes se sont orientés vers la lutte biologique basée sur l'utilisation d'agents biologiques antagonistes naturels. Plusieurs microorganismes, tels que Trichoderma hazianum, Trichoderma koningii ou Pseudomonas fluorescens, ont été utilisés pour contrôler des maladies phytopathogènes, en particulier les infections induites par le champignon Sclerotium rolfsii. Toutefois les agents biologiques existants ne sont pas satisfaisants en terme d'efficacité et de fiabilité et il subsiste un besoin pour des agents biologiques naturels non toxiques pour l'homme et l'environnement, capables de protéger efficacement les plantes en stimulant leur croissance et/ou en luttant contre les maladies phytopathogènes. C'est pourquoi la présente invention vise à répondre à ce besoin en proposant une nouvelle souche bactérienne particulièrement efficace pour stimuler la croissance des végétaux et/ou lutter contre les infections phytopathogènes. A cet effet l'invention a pour objet une souche actinomycète Streptomyces beta-vulgaris B-11 déposée à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes CNCM sous le numéro I-3639 et au centre de collection de microorganismes belge LGM sous le numéro P-23735, ou une souche mutante, caractérisée par une séquence de l'ADNr 165 SEQ n°1 déposée dans la banque de donnée de nucléotides Pubmed/NCBI, sous la référence : DQ303238. Avantageusement, cette souche est très efficace à la fois pour stimuler la croissance des plantes et pour lutter contre les agents phytopathogènes. L'invention concerne également un procédé d'isolation d'une souche beta-vulgaris B-11 ou d'une souche mutante ainsi qu'un procédé de production de composés actifs (antibiotiques) à partir de ladite souche ou d'une souche mutante. La présente invention vise également des composés actifs produits par cette souche beta-vulgaris B-11 ou une souche mutante. L'invention vise également l'utilisation de la souche B-11, d'une souche mutante ou de ses composés actifs pour le traitement des plantes, en particulier pour favoriser la croissance des plantes et/ou pour la lutte contre les infections phytopathogènes. L'invention est maintenant décrite en détail. 1. Protocole d'isolement de la souche B-11 selon l'invention La souche beta-vulgaris B-11 selon l'invention est isolée selon un procédé de sélection comprenant les étapes suivantes - mise en présence d'un échantillon biologique susceptible de contenir la souche beta-vulgaris B-11 et/ou une souche mutante, avec un milieu approprié pour la sélection de souches actinomycètes, - traitement dudit échantillon pour isoler les souches actinomycètes présentes, et - isolement de la souche beta-vulgaris B-11 et/ou d'une souche mutante, en fonction de sa capacité à inhiber des agents phytopathogènes. L'isolement de la souche selon l'invention peut être effectué à partir d'échantillons du sol rhizosphérique de la betterave à sucre de Beni-Mellal au Maroc. Le protocole est décrit en suivant. Des échantillons de sol d'un sol rhizosphèrique de la betterave à sucre de Beni-Mellal sont prélevés avec une tarière de plus de 10cm de profondeur, après avoir retiré environ 3cm de la surface du sol. Les échantillons prélevés sont placés dans des sachets stériles en polyéthylène, fermés et stockés à 4°C. Les souches actinomycètes sont ensuite isolées sur un milieu OL (Oison) ou un milieu SEA (Soit Extract Agar) selon deux méthodes : traitement par chaleur-5 agitation ou traitement par chimiotactisme. Préférentiellement les échantillons sont traités par la méthode chaleur - agitation. Les échantillons sont mélangés, mis en suspension dans de l'eau distillée stérile (4g pour 36m1) et agités à 200 tours par minute pendant 30 minutes. Ils sont 10 ensuite traités à 50°C pendant 10 minutes. Chaque échantillon est ensuite dilué à 10-', dispersé (0,1mL) à la surface d'un milieu OL ou d'un milieu SEA, préférentiellement SEA, puis incubé à 30°C pendant 21 jours. Selon une variante les échantillons peuvent être traités par chimiotactisme. 15 Des antibiotiques sont ajoutés dans le milieu d'isolation (OL et SEA) , comme de l'acide nalixidique (10mg.L-1) et de la novobiocine (25mg.L-1). Préférentiellement on ajoute de l'acide nalixidique. Des composés antifongiques cycloheximides (40mg.L-1) peuvent également être ajoutés au milieu. Les échantillons sont ensuite incubés à 30°C pendant 3 semaines. 20 Le traitement des échantillons peut être précédé par une étape de pré-traitement par exemple par chauffage, micro-ondes, pulsions électriques ou encore à l'aide de réactifs chimiques. Après traitement des échantillons on isole les souches actinomycètes par reconnaissance au microscope sur la base de leurs caractéristiques 25 morphologiques. Les actinomycètes sont transférés sur un milieu Bennett. Les isolats purs sont maintenus à 4°C pendant 2mois. Alternativement, les cultures sont resuspendues et conservées dans 20% de glycérol stérile à -20°C. Pour isoler spécifiquement la souche objet de la présente invention, on réalise un criblage en fonction de sa capacité à inhiber les agents pathogènes suivants : - Sclerotium rolfsii - Fusarium oxysporum - Verticillium dahliae - Botrytis cinerae - Pythium ultimum La sélection est réalisée par diffusion agar avec la méthode des cylindres (Bauer et al., 1966). Des actinomycètes purs sont inoculés sur un milieu Bennett. Après une incubation de 5 jours à 30°C, un cylindre calibré (de 6 mm de diamètre) est découpé dans le milieu de culture et placé sur un milieu test contenant les agents phytopathogènes testés. Le milieu de culture est un milieu PDA pour les champignons pathogènes et un milieu Bennett pour les bactéries pathogènes. Les souches sont ensuite maintenues à 4°C pendant 4 heures pour permettre la diffusion des composés antibiotiques puis incubées à 30°C. Les diamètres d'inhibition sont déterminés après 48 heures d'incubation. Parmi les différentes souches montrant une capacité d'inhibition des agents pathogènes testés, la souche B-11 selon l'invention est sélectionnée pour sa capacité d'inhibition des sclérotes de Sclerotium rolfsii et de la croissance hyphale de Sclerotium rolfsii. Pour le test de germination des sclérotes, des sclérotes de Sclerotium rolfsii sont collectés et désinfectés avec de l'hypochlorite de sodium à 2% pendant 3 minutes et lavés 3 fois avec de l'eau distillée stérile. Dix sclérotes ont été disposés à la surface d'un support agar contenant un milieu PDA mélangé avec les souches d'actinomycètes, et le nombre de sclérotes germés est compté après 72heures d'incubation à 25°C. Pour le test de croissance hyphale, un disque mycélien de 8mm a été prélevé à partir de colonies de 5 jours de Sclerotium rolfsii et transféré sur un support. Les croissances mycéliennes sont évaluées en mesurant le diamètre des colonies après 72 heures d'incubation à 25°C. La souche selon l'invention est sélectionnée pour sa capacité d'inhibition des sclérotes de Sclerotium rolfsii de 71% et de la croissance hyphale de Sclerotium rolfsii de 80%. Elle est reconnaissable par ces caractéristiques phénotypiques et physiologiques décrites ci-après. II. Caractérisation de la souche selon l'invention La nouvelle souche beta-vulgaris B-11 objet de l'invention est une souche bactérienne appartenant à la famille des actinomycètes et au genre des Streptomyces. Elle été déposée le 30 juin 2006 à la CNCM sous le numéro I-3639 et au centre de collection des micro-organismes belge LGM sous le numéro P-23735. Les actinomycètes ou les actinobactéries sont des bactéries à gram positif qui présentent une forme filamenteuse. Ce sont des bactéries saprophytes capables de dégrader de la matière organique dans le sol et d'utiliser des molécules plus complexes pour leur croissance. La souche bactérienne beta-vulgaris B-11 selon l'invention est caractérisée par un mycélium aérien jaune blanchâtre sur milieu I5P2 ou Bennett gélose. Le mycélium de substrat varie de jaune brun à gris brun selon le milieu de culture. La souche selon l'invention présente des spores lisses à chaînes en spirales de type S. Les chaînes comprennent en moyenne 10 à 50 spores. La température de croissance est comprise entre 12 et 37°C, préférentiellement entre 28 et 32°C. Le pH du milieu de culture est préférentiellement compris 25 entre 5 et 9. Pour sa croissance, la souche B-11 doit être mise en culture dans un milieu contenant une variété de substances nutritives. Par exemple, comme source de carbone on peut utiliser le D-glucose, le D-fructose, le D-maltose, le D-lactose, le L-rhamnose et la dextrine. En revanche, il est préférable de ne pas utiliser le L-arabinose, le raffinose, le sorbitol, le D-galactose et la cellulose. Comme source d'azote on peut utiliser les acides aminés, les sels nitrate et les sels ammonium. La souche B-11 n'hydrolyse pas l'amidon. Elle réduit les nitrates en nitrites et dégrade l'adénine, le Tween 20 et l'acétate de sodium. La souche selon l'invention peut également être caractérisée par ses caractéristiques moléculaires. Les principales analyses moléculaires utilisées pour la détermination des espèces bactériennes sont le séquençage de l'ADN ribosomal (ADNr) 165 et l'hybridation ADN-ADN. L'hybridation ADN-ADN montre que la souche B-11 selon l'invention correspond à une nouvelle espèce dans le groupe des Streptomyces. Le séquençage de l'ADNr 165 consiste à extraire de l'ADN génomique puis à amplifier par PCR la partie 165 ADNr en utilisant des amorces spécifiques. Le produit de la PCR est ensuite utilisé pour séquencer la partie du 165 ADNr. L'amplification de la partie ADNr 165 de la souche bactérienne B-11 selon l'invention a été effectuée en utilisant deux amorces universelles 27f de séquence SEQ n°2 (5'-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') et 1492r de séquence SEQ n°3 (5'-GGTTACCTTGTTACGACTT-3'). La séquence ADNr 165 caractérisant la souche bactérienne selon l'invention est la séquence SEQ n°1 1 ttaacacatg caagtcgaac gatgaagccg cttcggtggt ggattagtgg cgaacgggtg 61 agtaacacgt gggcaatctg ccctgcactc tgggacaagc cctggaaacg gggtctaata 121 ccggatatga ctaccgatcg catggttggt ggtggaaagc tccggcggtg caggatgagc 181 ccgcggccta tcagcttgtt ggtggggtga tggcctacca aggcgacgac gggtagccgg 241 cctgagaggg cgaccggcca cactgggact gagacacggc ccagactcct acgggaggca 301 gcagtgggga atattgcaca atgggcgaaa gcctgatgca gcgacgccgc gtgagggatg 361 acggccttcg ggttgtaaac ctctttcagc agggaagaag cgagagtgac ggtacctgca 421 gaagaagcgc cggctaacta cgtgccagca gccgcggtaa tacgtagggc gcgagcgttg 481 tccggaatta ttgggcgtaa agagctcgta ggcggcttgt cacgtcggat gtgaaagccc 541 ggggcttaac cccgggtctg cattcgatac gggcaggcta gagttcggta ggggagatcg 601 gaattcctgg tgtagcggtg aaatgcgcag atatcaggag gaacaccggt ggcgaaggcg 661 gatctctggg ccgatactga cgctgaggag cgaaagcgtg gggagcgaac aggattagat 721 accctggtag tccacgccgt aaacgttggg aactaggtgt gggcgacatt ccacgtcgtc 781 cgtgccgcag ctaacgcatt aagttccccg cctggggagt acggccgcaa ggctaaaact 841 caaaggaatt gacgggggcc cgcacaagcg gcggagcatg tggcttaatt cgacgcaacg 901 cgaagaacct taccaaggct tgacatacac cggaaacggc cagagatggt cgcccccttg 961 tggtcggtgt acaggtggtg catggctgtc gtcagctcgt gtcgtgagat gttgggttaa 1021 gtcccgcaac gagcgcaacc cttgttctgt gttgccagca tgcctttcgg ggtgatgggg 1081 actcacagga gactgccggg gtcaactcgg aggaaggtgg ggacgacgtc aagtcatcat 1141 gccccttatg tcttgggctg cacacgtgct acaatggccg gtacaatgag ctgcgatacc 1201 gtgaggtgga gcgaatctca aaaagccggt ctcagttcgg attggggtct gcaactcgac 1261 cccatgaagt cggagtcgct agtaatcgca gatcagcatt gctgcggtga atacgttccc 1321 gggccttgta cacaccgccc gtcacgtcac gaaagtcggt aacacccgaa gccggtggcc 1381 caaccccttg gggagggagc tgtcgaaggt gggactggcg attgggacga agtcgtaaca 1441 ag Cette séquence SEQ n°1 est déposée dans la banque de donnée de nucléotides Pubmed/NCBI, sous la référence : bQ303238. La présente invention vise également les souches mutantes de la souche betavulgaris B-11. Par � souche mutante �, on entend désigner toute souche beta-vulgaris pouvant être obtenue par mutation sélective à partir de la souche beta-vulgaris B-11. Les techniques de mutation consistent à mettre la souche beta-vulgaris B-11 en présence d'un agent mutagène physique, tel qu'un rayonnement, ou d'un agent mutagène chimique, puis à sélectionner dans un milieu approprié les mutants d'intérêt restants en utilisant leur spectre antibiotique. La souche Streptomyces beta-vulgaris B-11 selon l'invention ou ses souches mutantes, montrent des activités biologiques importantes vis-à-vis de bactéries comme Micrococcus luteus, Bacillus substillus, Bacillus cereus et Streptomyces scabies, et contre des champignons phytopathogènes comme Fusarium oxysporum f.sp. albedinis, Botrytis cineria, Phythium ultimum, Verticillium dahliae, Sclerotium rolfsii. La souche Streptomyces beta-vulgaris B-11 selon l'invention ou ses souches mutantes présentent également une forte activité contre les champignons causant les maladies du bois de la vigne comme Phaeomoniella chlamydospora, Phaeomoniella aleophilum, Eutypa tata, Fomitiporia mediterranea et Botryosphaeria obtusa. Le spectre d'activités de la souche beta-vulgaris B-11 selon l'invention vis-à-vis de certains micro-organismes est présenté dans le tableau ci-dessous. Quatre degrés d'activité ont été mesurés pas d'activité activité (inhibition de 10 à 15 mm) forte activité (inhibition de 15 à 20 mm) très forte activité (inhibition supérieure à 20 mm) Micro-organisme Activité de B-11 Phaeomoniella chlamydospora ++ Phaeomoniella aleophilum ++ Fomitiporia mediterranea ++ Eutypa tata +++ Botryosphaeria obtusa +++ Botryosphaeria dothidea +++ Sclerotium rolfsii +++ Botrytis cinerea +++ + ++ +++ Verticillium dahliae +++ Fusarium oxysporum ++ Pythium ultimum ++ Streptomyces scabies +++ Micrococcus luteus +++ Bacillus substilis +++ Pseudomonas fluorescens + Escherichia coli + III. Composés actifs susceptibles d'être produits à partir de la souche beta-vulgaris B-11 La souche beta-vulgaris B-11 selon l'invention est capable de produire des composés actifs. La présente invention propose un procédé d'extraction et de purification de ces composés actifs issus de la souche beta-vulgaris B-11. Le procédé d'extraction et de purification selon l'invention comprend les étapes suivantes - fermentation de souches B-11 - purification des composés actifs L'invention vise les composés actifs ou antibiotiques obtenus par ce procédé. IV. Utilisation d'une souche beta-vulgaris B-11, d'une souche mutante ou d'un composé actif La souche B-11 selon l'invention présente des propriétés phytostimulatrices importantes si bien qu'elle peut être utilisée pour stimuler la croissance des plantes. En particulier, la souche beta-vulgaris B-11 est capable de stimuler la partie racinaire des plantes, en augmentant le nombre de poils absorbants racinaires, de stimuler la partie aérienne ainsi que la floraison des plantes. Il en est de même d'une souche mutante de B-11 ou des composés actifs produits 5 par B-11 ou par une souche mutante. En outre, les différentes études relatives aux caractéristiques de la souche B-11 ou d'une souche mutante et des composés actifs produits par cette souche, montrent que ladite souche et lesdits composés actifs sont très efficaces du point de vue de leurs propriétés antibactériennes et antifongiques, ce qui leur 10 confèrent notamment la capacité d'être utilisés en tant qu'agents de lutte biologique. La souche beta-vulgaris B-11 selon l'invention, une souche mutante ou un composé actif produit à partir de cette souche, peuvent donc être utilisés en tant qu'agent antibactérien et/ou antifongique pour la protection des plantes et la 15 lutte biologique contre des agents phytopathogènes, préférentiellement pour la protection des plantes et la lutte biologique contre les infections causées par des champignons phytopathogènes, encore plus préférentiellement pour la protection des plantes contre les infections causées par Sclerotium rolfsii. Ils peuvent également être utilisés pour la protection des plantes vis-à-vis de 20 bactéries gram-positif. Des tests ont été effectués pour illustrer l'action de la souche B-11 selon l'invention et de ses composés actifs sur les plantes. 1) Etude des propriétés phytostimulatrices Le but de cette étude est de montrer la capacité de la souche B-11 selon 25 l'invention et de ses composés actifs, à stimuler la croissance des plantes. L'étude est réalisée sur des plantules d'Arabidospsis thaliana, de betterave à sucre et des vitro-plants de vigne. Les plantules et vitro-plants sont pré-traités au niveau des racines par la souche B-11 ou pour ses composés actifs purifiés, puis sont réensemencés sur un milieu de culture Gamgorg B5. L'ensemble est incubé dans une chambre de culture à 25°C. La lecture des résultats effectuée après une semaine d'incubation montre que la souche B-11 stimule clairement la croissance des plantes, notamment de la betterave à sucre, des vitro-plants de la vigne et des plantules d'Arabidospsis thaliana. En particulier elle stimule la partie racinaire des plantes. 2) Etude des propriétés anti-fongiques et anti-bactériennes 2.a) Protection de la betterave à sucre contre la fonte des semis causée par Sclerotium rolfsii Cette étude a pour objectif de montrer la capacité de la souche B-11 selon 15 l'invention et de ses composés actifs, à protéger les graines de betterave à sucre des attaques de S. rolffii. L'étude est réalisée dans un sol provenant de Zamemra région de boukala au Maroc. La souche B-11 est cultivée dans un milieu Bennett. Après 7 jours d'incubation à 20 30°C, les cultures sont récupérées stérilement puis sont filtrées afin de séparer l'inoculum cellulaire du filtrat des cultures. Les sclérotes de Sclerotium rolfsii sont produites séparément. Un cylindre mycélien (5mm de diamètre), obtenu à partir d'une culture de 5 jours de Sclerotium rolfsii sur milieu PbA, est transféré dans des boites de Pétri 25 contenant un milieu PbA. Après 3 semaines d'incubation à 25°C, les sclérotes formés sont raclés de la surface mycélienne et récupérés dans des boites stériles puis utilisés immédiatement. Les tests sont ensuite conduits dans des pots en plastique remplis avec du sol stérile ou non stérile à raison de 200g de sol par pot. Les pots sont pré-inoculés avec les sclérotes de Sclerotium rolfsii, puis ensemencés avec des graines de betterave à sucre traitées avec la souche B-11 à raison de 10$ spores/graines. L'ensemble est incubé dans une chambre de culture à 25°C sous une photopériode de 16 heures de lumière pour 8 heures d'obscurité. Les résultats obtenus montrent que l'utilisation de la souche B-11 selon l'invention a permis de protéger les graines de betterave à sucre des attaques de Sclerotium rolfsii. En particulier le pré-traitement par la souche B-11 a permis d'avoir une réduction de 80% de la maladie fonte de semis causée par Sclerotium rolfsii. 2.b) Protection de Arabidopsis thaliana contre la pourriture racinaire causée par Sclerotium rolfsii Le but de l'étude est de montrer la capacité de la souche B-11 selon l'invention et 15 de ses composés actifs, à protéger les racines d'Arabidopsis thaliana contre les infections de Sclerotium rolffii. L'étude est réalisée dans un sol provenant de Zamemra région de boukala au Maroc. La souche B-11 est cultivée dans un milieu Bennett. Après 7 jours d'incubation à 20 30°C, les cultures sont récupérées stérilement puis sont filtrées afin de séparer l'inoculum cellulaire du filtrat des cultures. Les sclérotes de Sclerotium rolfsii sont produites séparément. Un cylindre mycélien (5mm de diamètre), obtenu à partir d'une culture de 5 jours de Sclerotium rolfsii sur milieu PbA, est transféré dans des boites de Pétri 25 contenant un milieu PbA. Après 3 semaines d'incubation à 25°C, les sclérotes formés sont raclés de la surface mycélienne et récupérés dans des boites stériles puis utilisés immédiatement. Les tests sont ensuite conduits comme suit. L'inoculum de l'agent phytopathogène est ajouté à raison de 0,5g de sclérotes de Sclerotium rolfsii à 1kg de sol. Le sol infesté est placé dans des pots en plastique. Un témoin est réalisé avec un sol non infesté. Après 24 heures, le sol est mélangé avec l'inoculum cellulaire de la souche B-11 à raison de 108 cfu/g de sol. Des plants de betterave à sucre de 30 jours sont ensuite plantés dans les pots avec un espacement de 25 centimètres. Les plantes sont cultivées pendant 6 mois dans une chambre de culture à 25°C avec 16 heures de lumière et 8 heures d'obscurité, sous lumière artificielle. Les résultats obtenus montrent qu'après 6 mois de culture sous conditions contrôlées, l'utilisation de la souche B-11 selon l'invention permet de protéger les racines d'Arabidopsis thaliana contre les infections de Sclerotium rolfsii. En particulier la souche B-11 a permis de réduire l'indice de maladie de la pourriture racinaire de 54%. 2.c) Etude de la protection de la Vigne contre les maladies du bois Cette étude a pour objectif de montrer la capacité de la souche B-11 selon l'invention et de ses composés actifs à protéger in vitro des plants de vigne contre des maladies du bois (ESCA, Ethypiose, BHA) causées par des champignons phytopathogènes. Le protocole opératoire est le suivant. Des entre noeuds de vitro-plants de vigne (cépage sauvignon et cépage colombard) de 5 semaines sont découpés, traités avec des spores de la souche B-11 puis ensemencés dans un milieu MS sous conditions contrôlées. Après 5 semaines d'incubation, les feuilles de chaque vitro-plant sont traitées 25 par une suspension de spores de champignons phytopathogène Eutypia tata. La lecture des résultats est réalisée après une semaine d'infection. Les résultats obtenus montrent que la souche B-11 est capable de protéger la vigne contre les infections de champignons phytopathogènes. 3) Activation des systèmes de défense naturels des plantes L'objectif de cette étude est d'évaluer la capacité de la souche B-11 et de ses composés actifs, à activer des gènes de défense naturelle des plantes, en particulier d'Arabidopsis thaliana. Le protocole opératoire est décrit en suivant. Les plantules d'Arabidopsis thaliana sont pré-traitées au niveau des racines par B-11 ou par deux de ses composés actifs, puis sont réensemencées sur le milieu de culture Gamgorg B5 gélosé déjà inondé par une suspension de spores de Sclerotium rolfsii (105 ufc/ml). L'ensemble est incubé dans une chambre de culture à 25°C. La lecture des résultats est effectuée après une semaine. On constate que le traitement de plantules d'Arabidopsis thaliana par la souche B-11 et par ses composés actifs, active l'expression des gènes liés à la défense des plantes. L'expression des gènes de défense d'Arabidopsis thaliana est mesurée en utilisant la technique de la RT-PCR. Les gènes de défense des plantes étudiés sont PR1 (gène responsable de la synthèse des molécules antifongiques des plantes), PDF1.2a (gène responsable de l'activation des voie éthylène et jasmonate, deux voies importantes de la défense des plantes) et PAL1. La RT-PCR est réalisée sur des plantules cultivées pendant 10 jours. Elle est basée sur l'extraction de leur ARN qui est ensuite convertit en ADN complémentaire (ADNc) en utilisant le SuperscriptTM II RNAse H-Reverse Transcriptase Kit (Invitrogen, Carisbad, USA) avec Oligo(dT)22. Les échantillons d'ADNc obtenus sont amplifiés dans un mélange de produits de PCR. Les amorces spécifiques utilisés sont : - pour PR1 : PR1 f de séquence SEQ n°4 : 5' - CTG GCT ATT CTC GAT TTT TAA TCG - 3', PR1 r de séquence SEQ n°5 : 5' - TCC TGC ATA TGA TGC TCC TTA TTG - 3' ; excepté de produit de dimension de 562 pb, - pour PDF1.2a : PbF1 f de séquence SEQ n°6: 5' - TCA TGG CTA AGT TTG CTT CCA TCA TCA CCC - 3', PbF1 r de séquence SEQ n°7 : - 5' GTA GAT TTA ACA TGG GAC TGC GAC - 3' ; excepté le produit de dimension de 252 pb, - pour PAL1 : PAL1 f de séquence SEQ n°8 : 5' - CGG AGG AGG AGT GGA CGC TAT - 3', PAL1 r de séquence SEQ n°9 : 5' - TGC GAC ACC GTT TTT GGT TCT - 34 ; excepté le produit de dimension de 378 pb. Le témoin de PCR est réalisé par l'utilisation du gène de nettoyage EF1 A4 (Liboz et al., 1990) : EF1 f de séquence SEQ n°10 : 5' - ATG CCC CAG GAC ATC GTG ATT TCA - 3', EF1 r de séquence SEQ n°11 - TTG GCG GCA CCC TTA GCT GGA TCA - 3' ; excepté le produit de dimension de 708 pb. Les conditions thermiques des cycles contiennent une étape de dénaturation initiale à 94°C 2 minutes, suivie par 34 cycles pour PR1, PDF1.2a et PAL1 ou par 26 cycles pour EF1 A4, de 94°C, 30 secondes, 52°C 30 secondes, 72°C 30 secondes et se termine à 72°c pendant 10 minutes. Le produit PCR est chargé sur gel d'électrophorèse puis visualisé sous UV par fluorescence du bromure d'éthidium. On constate que le traitement de plantules d'Arabidopsis thaliana par la souche B-11 et par ses composés actifs, active l'expression des gènes liés à la défense des plantes. Les résultats d'expériences de la RT-PCR montrent que la souche B-11 active l'expression des gènes de défense des plantes PR1 (gène responsable de la synthèse des molécules antifongiques des plantes) et PDF1.2a (gène responsable de l'activation des voie éthylène et jasmonate, deux voies importantes de la défense des plantes). L'activation des ces gènes PR1 et PDF1.2a par la souche B-11 conduit à la 5 production : - d'antibiotiques végétaux, les phytoalexines, - de protéines de défense, les PR-protéines, et - de composés destinés à renforcer les parois des cellules végétales. REVENDICATIONS1. Souche Streptomyces beta-vu/paris B-11 déposée à la CNCM sous le numéro I-3639 et au LGM sous le numéro P-23735, caractérisée par une séquence de l'ADNr 165 SEQ n°1. 2. Procédé de sélection d'une souche selon la revendication 1, caractérisé 5 en ce qu'il comprend les étapes suivantes : - mise en présence d'un échantillon biologique susceptible de contenir la souche beta-vulgaris B-11, avec un milieu approprié pour la sélection de souches actinomycètes, - traitement dudit échantillon pour isoler les souches actinomycètes 10 présentes, et - isolement de la souche beta-vu/paris B-11, en fonction de sa capacité à inhiber des agents phytopathogènes. 3. Utilisation d'une souche selon la revendication 1, pour stimuler la croissance des plantes. 15 4. Utilisation d'une souche selon la revendication 1, pour stimuler la partie racinaire des plantes. 5. Utilisation d'une souche selon la revendication 1, en tant qu'agent antibactérien et/ou antifongique pour la protection des plantes et la lutte biologique contre des agents phytopathogènes. 20 6. Utilisation selon la revendication 5, pour la protection des plantes et la lutte biologique contre les infections causées par des champignons phytopathogènes. 7. Utilisation selon la revendication 6, pour la protection des plantes contre les infections causées par Scieratium ro/fsil.20 8. Utilisation selon la revendication 5, pour la protection des plantes vis- à-vis de bactéries gram-positif.