Brevet FR2925918A1 — publié le 20090703

TYPAGE ET SOUS-TYPAGE MOLECULAIRE DE SALMONELLA PAR IDENTIFICATION DES SEQUENCES NUCLEOTIDIQUES VARIABLES DES LOCI CRISPR La présente invention est relative à la détection et à l'identification des bactéries du genre Salmonella, ainsi qu'à des réactifs de diagnostic, tels que des amorces et sondes oligonucléotidiques, permettant le typage et le sous-typage moléculaire de ces bactéries. Les salmonelloses sont la première cause de diarrhées bactériennes d'origine alimentaire dans les pays industrialisés. L'Institut de Veille Sanitaire a estimé en 2004, qu'annuellement en France, 30 000 à 40 000 cas confirmés de salmonellose entraînent 100 à 500 décès. Du fait d'un vaste réservoir animal, les salmonelloses animales et humaines représentent également un coût économique important pour l'industrie agroalimentaire. La recherche de Salmonella est donc réalisée tout au long de la chaîne alimentaire, de l'élevage jusqu'au produit alimentaire fini. En cas de prélèvement de Salmonella positif, un typage plus précis de la salmonelle est réalisé par sérotypage. Le sérotypage des Salmonella est actuellement basé sur la reconnaissance d'antigènes bactériens (un antigène de paroi et un ou deux antigènes flagellaires) à l'aide d'une batterie d'anticorps polyclonaux préparés chez le lapin. Plus de 2500 sérotypes ont déjà été décrits chez Salmonella. Le sérotypage est une technique longue (environ 3 à 6 jours pour obtenir un résultat) et coûteuse (prix élevé des sérums et coût important de la main-d'oeuvre car il s'agit d'une méthode manuelle). En outre, afin de pouvoir sérotyper l'ensemble des 2500 sérotypes, il faut pouvoir disposer d'environ 200 sérums de lapin (dont une grande partie n'est pas commercialisée). Le sérotypage est important non seulement dans le domaine médical car il permet de détecter les épidémies, mais aussi dans le domaine alimentaire car il permet de tracer les souches à l'origine de contamination des aliments. Par ailleurs, du fait de la prédominance de certains sérotypes de Salmonella (Typhimurium et Entendis représentent à eux seuls 70% des Salmonella détectées en France chaque année), il est nécessaire d'utiliser des méthodes plus discriminantes pour tracer une souche particulière appartenant à ces sérotypes. Ces méthodes dites de sous-typage, mettant en oeuvre par exemple l'électrophorèse en champ pulsé, la lysotypie, ou l'étude par VNTR (acronyme pour � Variable Number of Tandem Repeat �, Lindstedt et al., 2003, J. Clin. Microbiol. 14, 1469-1479), sont lourdes sur le plan technique et nécessitent plusieurs jours supplémentaires de manipulation. La présence d'une famille de séquences répétées d'ADN génomique appelée CRISPR (acronyme pour � Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats �) a été identifiée au sein de nombreux organismes procaryotes par Jansen et al. (2002, Mol. Microbiol. 43, 1565-1575). Un locus CRISPR est caractérisé par des séquences répétées (ou DR) non-contiguës, généralement de 21 à 37 paires de bases (pb), séparées par des séquences uniques, généralement de 20 à 40 paires de bases appelées séquences variables (ou bien espaceurs ou � spacers �). Le nombre de séquences répétées au sein d'un locus CRISPR, le nombre de loci CRISPR (1 à 2 chez Salmonella), ou bien la présence de loci CRISPR peuvent varier au sein d'une même espèce bactérienne (van Embden et al., 2000, J. Bacteriol. 182, 2393 2401). Les loci CRISPR ont alors été utilisés pour typer des souches bactériennes par la technique appelée spoligotypage ou � typage oligonucléotidique des espaceurs du locus CRISPR � (Kamerbeek et al., 1997, J. Clin. Microbiol. 43, 907-914 ; Hoe et al., 1999. Emerg. Infect. Dis. 5, 254û263). Cette technique consiste à amplifier le locus CRISPR par PCR grâce à des amorces oligonucléotidiques complémentaires de régions d'ADN génomiques situées uniquement dans les séquences répétées (DR) des loci CRISPR. La présence ou l'absence des séquences variables (espaceurs) dans le produit d'amplification est alors déterminée à l'aide d'une puce à ADN sur laquelle sont fixées des sondes aptes à s'hybrider à ces séquences variables. Le typage et le sous-typage moléculaire par spoligotypage ont ainsi été décrits pour différentes espèces bactériennes, telles que Mycobacterium tuberculosis (Kamerbeek et al., 1997, cité ci-dessus ; Song et al., 2007, J. Microbiol. Methods, 68, 430-433) et Corynebacterium diphteriae (Mokrousov et al., 2005, J. Clin. Microbiol. 43, 1662-1668). Le principe d'une méthode de différenciation de souches bactériennes du genre Salmonella par spoligotypage a été décrit d'une manière très générale dans la Demande Internationale WO 99/51771. Cependant, cette Demande ne divulgue pas les séquences nucléotidiques des séquences variables susceptibles d'être utilisées pour détecter les différents types ou sous-types de Salmonella. Pourcel et al. (2005, Microbiology 151, 653-663) ont par ailleurs décrit une méthode d'analyse phylogénétique de souches bactériennes de l'espèce Yersinia pestis basée sur l'étude du polymorphisme des loci CRISPR de ces souches. Cette méthode comprend l'amplification par PCR des loci CRISPR de souches d'Y pestis à l'aide d'amorces oligonucléotidiques complémentaires d'une séquence d'ADN génomique adjacente aux loci CRISPR d'Y. pestis et Y. pseudotuberculosis, puis l'analyse de l'arrangement des séquences variables contenues dans ces loci. La mise en oeuvre de la technique de spoligotypage présente plusieurs inconvénients. En effet, étant donné que des régions des séquences répétées des loci CRISPR servent de brin complémentaire auxquelles les amorces oligonucléotidiques s'hybrident lors de la réaction PCR, le produit d'amplification contient, par conséquent, un mélange de fragments d'ADN de différentes tailles comprenant d'une à toutes les séquences variables (espaceurs) d'un locus CRISPR. I)e fait, l'identification de l'ordre des espaceurs et de la présence de nouveaux espaceurs dans un locus CRISPR ne peut être réalisée par cette méthode car le séquençage de ce mélange de fragments d'ADN amplifiés s'avère impossible. En outre, les amorces oligonucléotidiques étant spécifiques d'une séquence répétée d'un sérotype donné, il est non seulement nécessaire de disposer de plusieurs couples d'amorces pour identifier différents sérotypes, mais aussi impossible de détecter par hybridation des sérotypes présentant des séquences répétées différentes de celles pour lesquelles ont été conçues les amorces. La présente invention s'est donnée pour but de pourvoir à une méthode qui réponde mieux aux besoins de la pratique que les méthodes de l'art antérieur, notamment en ce que le typage et/ou le sous-typage moléculaire des bactéries du genre Salmonella soient rapides et facilement automatisables. Ainsi, les Inventeurs ont conçu des amorces oligonucléotidiques de manière à amplifier par PCR des fragments de la séquence génomique de différentes souches de Salmonella ; ces fragments comprennent l'un des deux ou les deux loci CRISPR. Ces amorces s'hybrident, non pas à une région des séquences répétées situées à l'intérieur des loci CRISPR mais à une séquence génomique située à l'extérieur de ces loci. Les Inventeurs ont ensuite séquencé les fragments d'ADN amplifiés de façon à identifier les différentes séquences variables (espaceurs) dans chaque locus CRISPR et ainsi déterminer leurs compositions en séquences variables. Les Inventeurs ont ainsi analysé 393 souches de Salmonella appartenant à 56 sérotypes des deux espèces et six sous-espèces de Salmonella (tels qu'identifiés par les méthodes classiques de sérotypage), dont ceux qui sont retrouvés le plus fréquemment chez l'Homme, les animaux et dans les aliments. Ces sérotypes appartiennent aux deux espèces de Salmonella : S. enterica (et ses six sous-espèces : arizonae, diarizonae, enterica, houtenae, indica, salamae) et S. bongori. A partir des loci CRISPR de ces souches, les Inventeurs ont identifié plus de 1300 séquences variables différentes, d'une taille moyenne de 34 nucléotides. De manière surprenante les Inventeurs ont observé que la présence (de 1 à 30 par locus CRISPR) ou l'absence de certaines séquences variables ainsi que leur arrangement dans les loci CRISPR étaient caractéristiques d'un sérotype. De même, quand plusieurs souches d'un même sérotype étaient étudiées, la composition en séquences variables pouvait varier entre les souches (perte de certaines séquences variables ou acquisition de nouvelles séquences variables). Les Inventeurs ont en outre montré que cette variabilité au sein d'un même sérotype était concordante avec les méthodes traditionnelles de sous-typage. La présente invention a donc pour objet une méthode in vitro de typage et/ou de sous-typage moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella, à partir d'un échantillon, laquelle méthode est caractérisée en ce qu'elle comprend au moins les étapes suivantes : (a) l'amplification d'un fragment d'acide nucléique d'une bactérie du genre Salmonella, ledit fragment comprenant le locus CRISPR1 et/ou le locus CRISPR2, à l'aide d'au moins un ensemble d'amorces, lesquelles amorces présentent une taille inférieure ou égale à 50 nucléotides, lesdits ensembles d'amorces étant choisis dans le groupe constitué par : -un ensemble d'amorces � A � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPRI, comprenant au moins une amorce sens Al constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70%, de préfé- rence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé dans une région de 1000 pb en position 5' du locus CRISPR1, ledit fragment de la séquence génomique situé en position 5' du locus CRISPR1 étant de même taille que ladite amorce Al, et au moins une amorce antisens A2 constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant 70%, de préférence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2, de préférence dans une région de 1000 pb en postion 3' du locus CRISPR1, ledit fragment de la séquence génomique complémentaire étant de même taille que ladite amorce A2 ; - un ensemble d'amorces � B � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR2, comprenant au moins une amorce sens B 1 constitué d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70%, de préférence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2, de préférence dans une région de 1000 pb en position 5' du locus CRISPR2, ledit fragment de la séquence génomique situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2 étant de même taille que ladite amorce B1, et au moins une amorce antisens B2 constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70%, de préférence 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé dans une région de 1000 pb en position 3' du locus CRISPR2, ledit fragment de la séquence génomique complémentaire étant de même taille que ladite amorce B2 ; - un ensemble d'amorces � C � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1 et le locus CRISPR2, comprenant au moins une amorce sens Al telle que définie ci-dessus et au moins un amorce antisens B2 telle que définie ci-dessus ; (b) la détermination de la composition en séquences variables du locus CRISPR1 et/ou du locus CRISPR2 compris dans les fragments d'acide nucléique amplifiés à l'étape (a) ; et (c) la comparaison de ladite composition en séquences variables des loci CRISPRI et/ou CRISPR2 avec une base de référence fournissant la composition en séquences variables des loci CRISPR1 et CRISPR2 de types et sous-types de bactéries du genre Salmonella listée aux figures 2, 3, 4 et 9, ou une partie de cette base. On entend par � typage moléculaire � la détermination du sérotype (ou sérovar) d'une bactérie du genre Salmonella appartenant aux deux espèces et six sous-espèces telles que décrites ci-dessus, par caractérisation d'une partie de son génome (c'est-à-dire les loci CRISPRI et/ou CRISPR2). On entend par � sous-typage moléculaire � la détermination du sous-type d'une souche bactérienne appartenant à un sérotype de Salmonella donné, par caractérisation d'une partie de son génome (c'est-à-dire les loci CRISPRI et/ou CRISPR2). L'identification du sous-type d'une souche bactérienne de Salmonella est importante, par exemple pour reconnaître les foyers d'infection, détecter une transmission croisée de Salmonella, déterminer la source de l'infection ou reconnaître plus particulièrement les souches virulentes de Salmonella. On entend par � locus CRISPR � une séquence d'ADN génomique composée d'une série de séquences nucléotidiques répétées (dénommées DR) d'une taille d'environ 21 à 37 paires de bases, espacées par des séquences nucléotidiques variables (espaceurs) d'une taille d'environ 20 à 40 paires de bases. Les bactéries du genre Salmonella possèdent un ou deux loci CRISPR. Par exemple : - S. enterica sérotype Typhimurium LT2, dont la séquence génomique est disponible sous les numéros AE008834 (GI: 16421485) et AE008835 (GI: 16421501) dans la base de données GenBank (en date du 9 août 2005), possède 2 loci CRISPR : l'un, CRISPRI, correspondant aux nucléotides 1183 à 2726 de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008834, et l'autre, CRISPR2, correspondant aux nucléotides 18837 de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008834 à 861 de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008835 ; - S. enterica subsp. enterica sérotype Choleraesuis souche SC-B67, dont la séquence génomique est disponible sous le numéro AE017220 dans la base de données GenBank (en date du 11 janvier 2006), possède 2 loci CRISPR : l'un, CRISPRI, correspondant aux nucléotides 3031533 à 3031811, et l'autre, CRISPR2, correspondant aux nucléotides 3049229 à 3049696 de ladite séquence génomique ; - S. enterica subsp. enterica sérotype Paratyphi A souche ATCC 9150, dont la séquence génomique est disponible sous le numéro CP000026 dans la base de données GenBank (en date du 8 avril 2005), possède 2 loci CRISPR : l'un CRISPRI correspondant aux nucléotides 2889569 à 2889909, et l'autre, CRISPR2, correspondant aux nucléotides 2906439 à 2906662 de ladite séquence génomique ; - S. enterica subsp. enterica sérotype Typhi souche CT18, dont le génome est disponible sous le numéro AL627276 (GI: 16503805) dans la base de données GenBank (en date du 14 novembre 2006), possède 2 loci CRISPR : l'un CRISPR1 correspondant aux nucléotides 224182 à 224573, et l'autre, CRISPR2, correspondant aux nucléotides 241109 à 241210 de ladite séquence génomique. Dans le cadre de l'exposé de la présente invention, le locus CRISPR1 est défini comme étant situé en position 5' par rapport au locus CRISPR2. Sauf précision contraire, les pourcentages d'identité indiqués dans le cadre de l'exposé de la présente invention sont calculés sur une fenêtre de comparai-son constituée par la totalité de la séquence de l'amorce comme séquence de référence. Le pourcentage de nucléotides identiques peut être calculé par l'homme du métier en utilisant un programme informatique de comparaison de séquences. La base de référence selon la présente invention indique la composition en séquences variables des loci CRISPR1 et/ou CRISPR2 des 393 souches de Salmonella analysées par les Inventeurs ou d'une partie de ces souches. Ladite base de référence inclut notamment les souches de Salmonella d'intérêt clinique et alimentaire actuellement connues. Bien entendu, ladite base de référence peut être complétée par la composition en séquences variables de nouvelles souches bactériennes de Salmonella. De manière avantageuse, la méthode selon la présente invention permet non seulement d'obtenir un fragment d'ADN génomique comprenant l'ensemble d'un ou des deux loci CRISPR d'une bactérie du genre Salmonella, de manière à déterminer la composition en séquences variables de ces loci pour pouvoir la comparer à ladite base de référence et ainsi déterminer le type et/ou le sous-type moléculaire de la bactérie, mais aussi d'identifier de nouvelles souches de Salmonella en déterminant la composition en séquences variables de ces loci CRISPR. L'identité de la composition en séquences variables déterminée à l'étape (b) de la méthode selon l'invention avec une composition figurant dans ladite base de référence est ainsi indicative du type et/ou du sous-type de la bactérie du genre Salmonella présente dans l'échantillon. Par � détermination de la composition en séquences variables du locus CRISPR1 et/ou du locus CRISPR2 �, on entend la détermination du nombre, de la séquence nucléotidique et optionnellement de l'ordre des espaceurs dans le locus CRISPR1 et/ou CRISPR2 de Salmonella. Dans un mode de mise en oeuvre particulier, les bactéries du genre Salmonella pour lesquelles la méthode de typage et/ou de sous-typage moléculaire selon l'invention est réalisée, sont choisies dans le groupe constitué par : i) l'espèce S. enterica -sous-espèce enterica ; en particulier les sérotypes Abortusequi, Agona, Altona, Anatum, Bovismorbificans, Brandenburg, Choleraesuis variété Decatur, Choleraesuis, Choleraesuis variété Kunzendorf, Choleraesuis sensu stricto, Derby, Dublin, Enteritidis, Gallinarum-Pullorum, Goettingen , Hadar, Indiana, Infantis, Kiel, Kottbus, Manhattan, Mbandaka, Miami, Montevideo, Napoli, Newport, Nitra, Panama, Paratyphi A, Paratyphi B, Paratyphi C, Saintpaul, Sendai, Senftenberg, Schwarzengrund, Typhi, Typhimurium, Typhisuis, Virchow, - sous-espèce salamae ; en particulier les sérotypes 11:1,z28:e,n,x ; 57:z42:1,6:Rz53 ; - sous-espèce arizonae ; en particulier les sérotypes 62:z4,z23:- ; 53:g,z51:- ; 56:z4,z23:- ; 17:z29:- ; - sous-espèce diarizonae ; en particulier les sérotypes 38:zl0:z53 ; 61:1,v:1,5,7 ; - sous-espèce houtenae ; en particulier les sérotypes 6,7:z4,z24:- ; 44:a:- ; 1,40:z4,z24:- ; - sous-espèce indica ; en particulier les sérotypes 11:b:1,7 ; 6,7:z41:1,7 ; ii) l'espèce bongori ; en particulier les sérotypes 60:z41:- ; 66:z35:- ; 30 48:z35:- ; 66:z41:-. Les termes � acide nucléique � et � ADN � sont équivalents et comprennent les acides nucléiques simple ou double brin. Selon un mode de mise en oeuvre avantageux de la méthode conforme à l'invention, le fragment d'acide nucléique à amplifier à l'étape (a) ci-dessus, présente une taille comprise entre 400 à 20 000 pb. Selon un mode de mise en oeuvre de la méthode conforme à l'invention, ladite amplification peut être réalisée par toute méthode connue de l'Homme du métier. De préférence, l'amplification peut être réalisée par une méthode sélectionnée dans le groupe constitué par : la réaction en chaîne par polymérase (PCR), réaction en chaîne par ligase (LCR), � nucleic acid sequence-based amplification � (NASBA), � cycling probe technology � (CPT), PCR nichée et PCR multiplexe. Selon un mode de mise en oeuvre avantageux de la méthode conforme à l'invention, ledit fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 5' du locus CRISPR1, et/ou ledit fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR2, se situent à une distance du locus CRISPRI ou CRISPR2 inférieure à 500 pb, de préférence inférieure à 100 pb. Le terme � amorce � désigne un oligonucléotide simple brin ou double brin, de préférence simple brin pour une efficacité optimale. Une amorce (oligonucléotidique), une fois hybridée à une séquence d'acide nucléique simple brin, dite � matrice �, est un substrat d'au moins une ADN polymérase (c'est-à-dire qu'une amorce hybridée à une séquence d'acide nucléique possède la propriété de fixer à son extrémité 3'OH au moins une ADN polymérase). En présence de nucléotides adéquats (A, C, G, T), d'une ADN polymérase (par exemple la Taq polymérase), d'un tampon adéquat (comprenant des co-facteurs ou des composés affectant le pH ou la force ionique du milieu réactionnel par exemple) et à une température adéquate, l'extrémité 3'OH d'une amorce peut être allongée, conduisant ainsi à la synthèse d'un brin complémentaire de la séquence matrice sur laquelle est hybridée ladite amorce. Les amorces, selon la présente invention, présentent de préférence une longueur inférieure ou égale à 50 nucléotides, c'est-à-dire inférieure ou égale à 40, 30, 20, 15 ou 10 nucléotides. De préférence encore, les amorces selon la présente invention présentent une longueur comprise entre 15 et 30 nucléotides, de préférence entre 18 et 25 nucléotides. Les amorces selon la présente invention peuvent être avantageusement marquées. Au sens de la présente invention, deux molécules d'acide nucléique sont � complémentaires � lorsque chacune des bases en positions successives de l'extrémité 5' de la première molécule d'acide nucléique est appariée au résidu correspondant dans la seconde molécule, partant de l'extrémité 3', selon les règles d'appariement des paires de base (i.e. A et T, C et G). Dans des conditions appropriées connues de l'Homme du métier, deux simples brins complémentaires d'ADN se réassocient pour former une molécule d'ADN double brin. Selon un mode de mise en oeuvre particulier, l'ensemble d'amorces permettant d'amplifier le fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1 10 et/ou le locus CRISPR2 est sélectionnée dans le groupe constitué par : - l'ensemble d'amorces, apte à amplifier le locus CRISPR1, constitué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1326 et, 1327, 1328 et/ou 1329 - l'ensemble d'amorces, apte à amplifier le locus CRISPR2, constitué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1330 et, 1331 et/ou 1332, et 15 -l'ensemble d'amorces, apte à amplifier simultanément les deux loci CRISPR1 et CRISPR2, constitué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1326 et, 1331 et/ou 1332 (les amorces de séquences SEQ ID NOs :1326 et 1331 se situant à moins de 100 bp des loci CRISPR1 et CRISPR2 respectivement et l'amorce de séquence SEQ ID NO :1332 se situant à moins de 500 pb du locus CRISPR2). 20 Par conséquent, la présente invention a également pour objet un ensemble d'amorces, tel que défini ci-dessus, apte à amplifier un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella. Dans un mode de mise en oeuvre particulier selon l'invention, l'amorce sens Al est constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au 25 moins 70%, de préférence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique de S. enterica sérotype Typhimurium LT2 ou de S. enterica sérotype Typhi CT18 situé dans une région de 1000 pb en position 5' du locus CRISPR1 (par exemple pour la souche LT2, la région correspondant aux nucléotides 183 à 1183 de la séquence génomique disponible sous 30 le numéro AE008834 (GI : 16421485)), ledit fragment de la séquence génomique situé en position 5' du locus CRISPR1 étant de même taille que ladite amorce Al. Dans un mode de mise en oeuvre particulier selon l'invention, l'amorce antisens A2 est constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant 70%, de préférence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique de S. enterica sérotype Typhimurium LT2 ou de S. enterica sérotype Typhi CT18 qui est situé en position 3' du locus CRISPRI et en position 5' du locus CRISPR2 (par exemple pour la souche LT2, la région correspondant aux nucléotides 2727 à 18836, de préférence 2727 à 3727, de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008834 (GI : 16421485)), ledit fragment étant de la même taille que ladite amorce A2. Dans un mode de mise en oeuvre particulier selon l'invention l'amorce sens B 1 est constitué d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70%, de préférence, 80%, 85%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique de S. enterica sérotype Typhi- murium LT2 ou de S. enterica sérotype Typhi CT18 qui est situé en position 3' du locus CRISPRI et en position 5' du locus CRISPR2 (par exemple pour la souche LT2, la région correspondant aux nucléotides 2727 à 18836, de préférence 17836 à 18836, de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008834 (GI : 16421485)), ledit fragment de la séquence génomique situé en position 3' du locus CRISPRI et en position 5' du locus CRISPR2 étant de même taille que ladite amorce. Dans un mode de mise en oeuvre particulier selon l'invention, l'amorce antisens B2 est constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70%, de préférence 80%, 85%, 95%, 95%, de préférence encore 99% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique de S. enterica sérotype Typhimurium LT2 ou de S. enterica sérotype Typhi CT18 qui est situé dans une région de 1000 pb en position 3' (lu locus CRISPR2 (par exemple pour la souche LT2, la région correspondant aux nucléotides 862 à 1862 de la séquence génomique disponible sous le numéro AE008835 (GI : 16421501)), ledit fragment de la séquence génomique complémentaire étant de même taille que ladite amorce Selon un mode de mise en oeuvre avantageux de la méthode conforme à l'invention, l'étape (b) décrite ci-dessus est réalisée à l'aide d'une méthode de séquençage de l'ADN. A titre d'exemple, le séquençage peut s'effectuer par la méthode Sanger ou de Maxam et Gilbert, qui sont des méthodes bien connues de l'Homme du métier. Selon un mode de mise en oeuvre avantageux de la méthode 5 conforme à l'invention, l'étape (b) décrite ci-dessus est réalisée par : (i) hybridation des produits d'amplification avec un, plusieurs ou tous les ensemble(s) de sondes choisi parmi : - l'ensemble S1-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une 10 quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1106 à 1119, 1123 à 1140, 1142, 1143, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Typhimurium) ; - l'ensemble S1-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde 15 comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1144 à 1147, 1149 à 1153, 1155 à 1181 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Typhimurium) ; 20 -l'ensemble S2-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379 à 381, 383 à 387, 389 à 391, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du séro- 25 type Enteritidis) ; - l'ensemble S2-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392 à 413, 519, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- 30 dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Enteritidis) ; - l'ensemble S3-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 421 à 442, 444, 445, 447 à 450 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Hadar) ; - l'ensemble S3-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 451 à 465, 1144 à 1147, 1150 à 1152, 1154, 1155, 1158, 1169, 1172, 1175 à 1177, 1179, 1181 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Hadar) ; - l'ensemble S4-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 382, 1120, 1263 à 1302 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Virchow) ; - l'ensemble S4-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 83, 93, 94, 1304 à 1324 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Virchow) ; - l'ensemble S5-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 531 à 562, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Infantis) ; -l'ensemble S5-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 563 à 588 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Infantis) ; - l'ensemble S6-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1254 à 1259 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Typhi) ; - l'ensemble S6-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 1260 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Typhi) ; - l'ensemble S7-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 448, 449, 860 à 876, 878 à 884 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléo-tidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Newport) ; - l'ensemble S7-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 456, 457, 563, 885 à 915, 933, 1140, 1146, 1147, 1155, 1158, 1169, 1172, 1175, 1179, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Newport) ; -l'ensemble S8-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 295 à 299, 301 à 323, 738 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Derby) ; - l'ensemble S8-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 324 à 337 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Derby) ; - l'ensemble S9-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 295, 307, 602 à 614, 616 à 619, 1106, 1120, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Kottbus) ; - l'ensemble S9-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 563, 620 à 629, 885, 896, 907, 913, 914, 933, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Kottbus) ; - l'ensemble S10-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 422 à 425, 448 à 450, 504 à 518 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du séro- type Indiana) ; - l'ensemble S10-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 258, 269, 392, 415, 519 à 530, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Indiana) ; - l'ensemble Si i-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 11 à 31, 238, 948, 1120, 1123, 1133 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Agona) ; -l'ensemble S11-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 24 à 31 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Agona) ; - l'ensemble S12-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 830 à 841, 1120 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques corres- pondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Napoli) ; - l'ensemble S12-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 842 à 859 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Napoli) ; - l'ensemble S13-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 926 à 932 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Paratyphi A) ; - l'ensemble S13-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 933, 935, 936 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Paratyphi A) ; - l'ensemble S14-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 707, 937 à 971, 1106, 1130, 1133, 1140 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI des sérotypes Paratyphi B et Paratyphi B Java) ; - l'ensemble S14-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 972 à 987, 989 à 996, 1172 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des sérotypes Paratyphi B et Paratyphi B Java) ; - l'ensemble S15-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 997 à 1002, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Paratyphi C) ; -l'ensemble S15-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 280, 290, 291, 392, 393, 415, 1003 à 1006, 1262 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Paratyphi C) ; -l'ensemble S16-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 210 à 224, 421, 427, 428, 432, 444, 445, 447 à 449, 504 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Bovismorbificans) ; - l'ensemble S 16-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 196 à 209, 994, 1144, 1145, 1172 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Bovismorbificans) ; -l'ensemble S17-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 916 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 du sérotype Panama) ; - l'ensemble SI7-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 918 à 925, 934 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Panama) ; - l'ensemble S18-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 67, 74, 442, 44, 602, 446 à 448, 1182 à 1200, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Saintpaul) ; - l'ensemble S18-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 972, 983, 989, 1201 à 1227 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Saintpaul) ; - l'ensemble S19-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 514, 1062 à 1089, 1284 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Senftenberg) ; - l'ensemble S19-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1304, 1315, 1318 à 1320, 1090, 1091 à 1097, 1101 à 1103 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Senftenberg) ; - l'ensemble S20-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 67-81, 701, 1062 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques corres- pondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Anatum) ; - l'ensemble S20-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 82 à 94, 918, 933, 1304, 1315, 1318, 1319, 1321, 1322, 1324, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Anatum) ; - l'ensemble S21-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379, 383 à 385, 388 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Gallinarum-Pullorum) ; - l'ensemble S21-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 404, 407 à 415 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Gallinarum-Pullorum) ; - l'ensemble S22-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 917 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 du sérotype Brandenburg) ; - l'ensemble S22-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 225 à 231 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Brandenburg) ; - l'ensemble S23-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 378, 379 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Dublin) ; - l'ensemble S23-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 411, 412 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Dublin) ; - l'ensemble S24-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 1, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Abortusequi) ; - l'ensemble S24-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 2 à 10, 130 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Abortusequi) ; - l'ensemble S25-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 378, 379 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Kiel) ; -l'ensemble S25-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 411 et/ou leurs 30 séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Kiel) ; - l'ensemble S26-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 509, 510, 512, 513, 637 à 660, 1086, 1107 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Mbandaka) ; - l'ensemble S26-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 661 à 666, 668 à 695, 731, 918 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Mbandaka) ; - l'ensemble S27-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 916 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPRI du sérotype Miami) ; - l'ensemble S27-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 3, 696 à 700 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Miami) ; - l'ensemble S28-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 701 à 768, 1115, 1228, 1232 à 1237 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Montevideo) ; - l'ensemble S28-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 589, 769 à 829, 933, 1245 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Montevideo) ; - l'ensemble S29-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379, 380, 383, 385, 387, 389 à 391 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Nitra) ; - l'ensemble S29-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392 à 394, 404, 407, 412, 413, 519 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Nitra) ; - l'ensemble S30-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 931, 932, 1104, 1105 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Sendai) ; -l'ensemble S30-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 936 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Sendai) ; - l'ensemble S31-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 714 à 716, 1228 à 1239 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Schwarzengrund) ; - l'ensemble S31-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 196, 992, 995, 1172, 1240 à 1244, 1246 à 1253 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Schwarzengrund) ; - l'ensemble S32-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 997, 999, 1002, 1106, 1261 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Typhisuis) ; - l'ensemble S32-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 1262 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Typhisuis) ; - l'ensemble S33-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 466 à 486 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI des différents sérotypes de la sous-espèce houtenae analysés) ; - l'ensemble S33-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 487 à 490 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce houtenae analysés) ; - l'ensemble S34-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 338 à 376 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des différents sérotypes de la sous-espèce diarizonae analysés) ; - l'ensemble S34-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 377 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce diarizonae analysés) ; - l'ensemble S35-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1007 à 1015, 1018, 1020 à 1037 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 de la sous-espèce salamae) ; - l'ensemble S35-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1038 à 1043, 1045 à 1061 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 de la sous- espèce salamae) ; - l'ensemble S36, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 95 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 des différents sérotypes de la sous-espèce arizonae analysés) ; - l'ensemble S37-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 491 à 499 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des différents séryotpes de la sous-espèce indica analysés) ; - l'ensemble S37-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 500 à 503 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce indica analysés) ; - l'ensemble S38, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 32 à 66, 382, 416, 667 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Altona) ; -l'ensemble S39-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 240, 241, 1120, 1121 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Choleraesuis variété Decatur) ; - l'ensemble S39-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 225, 247 à 251, 253 à 256, 259 à 268, 270 à 279, 281 à 289, 292 à 294 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Choleraesuis variété Decatur) ; - l'ensemble S40-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 11, 232, 238, 239, 242 à 245, 233 à 237, 959, 1106, 1120 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Choleraesuis variété Kunzendorf) ; - l'ensemble S40-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 252, 258, 269, 280, 290, 291, 392, 563, 933 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Choleraesuis variété Kunzendorf) ; - l'ensemble S41-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 1000, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des sérotypes Choleraesuis et Choleraesuis sensu stricto) ; -l'ensemble S41-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 258, 269, 280, 290, 291, 392, 1003, 1004 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des sérotypes Choleraesuis et Choleraesuis sensu stricto) ; - l'ensemble S42, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 416 à 420, 1122 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Goettingen) ; - l'ensemble S43, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 630 à 636, 937, 948, 1120, 1143 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Manhattan) ; - l'ensemble S44-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 96 à 155 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques corres- pondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 de certains sérotypes de l'espèce S. bongori) ; - l'ensemble S44-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 156 à 195 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 de certains sérotypes de l'espèce S. bongori) ; et (ii) détection des sondes hybridées. Au sens de la présente invention, on entend par le terme � au moins une sonde �, une, plusieurs ou toutes les sondes de l'un des ensembles de sondes définis ci-dessus. Le terme � sonde � désigne un oligonucléotide, constitué d'au moins 8 nucléotides, présentant les mêmes caractéristiques techniques qu'une amorce (définie ci-dessus), à l'exception que son extrémité 3'OH peut ne pas être apte à fixer une ADN polymérase. Une sonde (oligonucléotidique) possède une spécificité d'hybridation dans des conditions appropriées (notamment indiquées ci-après) pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible. Les sondes selon la présente invention peuvent être synthétisées ou être dérivées de préparations biolo- giques appropriées selon des méthodes bien connues de l'Homme du métier. De préférence, les sondes selon la présente invention sont de l'ADN et présentent une longueur inférieure ou égale à 150 nucléotides, c'est-à-dire inférieure ou égale à 140, 130, 120, 110, 100, 90, 80, 70, 60, 50, 40, 30, 20 ou 10 nucléotides. De préférence encore, les sondes selon la présente invention présentent une longueur comprise entre 8 et 76 nucléotides, de préférence encore entre 8 et 34 nucléotides. Selon une disposition avantageuse du mode de mise en oeuvre ci-dessus, l'étape (b) est réalisée par hybridation avec au moins une sonde de chacun des ensembles Sl-1 à S6-2 (ensembles de sondes permettant de typer et/ou de sous-typer les bactéries du genre Salmonella de sérotype Typhimurium, Enteritidis, Hadar, Virchow, Infantis et Typhi). Selon une autre disposition avantageuse du mode de mise en oeuvre ci-dessus, l'étape (b) est réalisée par hybridation avec au moins une sonde de chacun des ensembles S 1-1 à S 10-2 (ensembles de sondes permettant de typer et/ou de sous-typer les bactéries du genre Salmonella, outre celles de sérotypes précédemment cités, celles de sérotypes Newport, Derby, Kottbus et Indiana). Selon encore une autre disposition avantageuse du mode de mise en oeuvre ci-dessus, l'étape (b) est réalisée par hybridation avec au moins une sonde de chacun des ensembles SI-1 à S44-2 (ensembles de sondes permettant de typer et/ou de sous-typer l'ensemble des sérotypes des bactéries du genre Salmonella ci-dessus mentionnés). La présente invention a également pour objet une sonde ou un ensemble de sondes apte(s) à identifier une bactérie du genre Salmonella, chaque sonde comprenant au moins ou étant constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique sélectionnées dans le groupe constitué par les séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1 à 256, 258 à 442, 444 à 589, 602 à 614, 616 à 876, 878 à 1015, 1018, 1020 à 1324 et leurs séquences d'acide nucléique complémentaires. Les sondes et amorces selon la présente invention sont aptes à s'hybrider à un acide nucléique cible dans des conditions stringentes telles que décrites ci-dessous ou bien connues de l'Homme de l'art (voir par exemple Sambrook J. et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 2000. Third Edition ; Ausubel FM. et al., Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing Assoc. and Wiley- Interscience 1987 & Suppl. 49, 2000). Typiquement, les paramètres définissant les conditions de stringence dépendent de l'emploi (i) d'une force ionique faible et d'une température élevée pour le lavage, par exemple 0,015 M de chlorure de sodium/0,0015 M de citrate de sodium/0,1% de sodium dodécylsulfate (SDS) à 50°C ; (ii) d'un agent dénaturant durant l'étape d'hybridation de l'amorce ou de la sonde avec un acide nucléique cible, tel que le formamide, par exemple, 50% (v/v) de formamide avec 0,1% de sérum albumine bovine (BSA)/0,1 % de Ficoll/0,1 % de Polyvinylpyrrolidone/50 mM de tampon phosphate de sodium à pH 6,5 avec 750 mM de chlorure de sodium, 75 mM de citrate de sodium à 42°C; ou (iii) de 50% de formamide, SSC 5x (0,75 M NaCl, 0,075 M de citrate de sodium), 50 mM de phosphate de sodium (pH 6,8), 0,1% de pyrophosphate de sodium, solution de Denhard 5x, d'ADN de sperme de saumon soniqué (50 �g/ml), 0, 1% de SDS, et 10% de sulfate dextran à 42°C, avec des lavages à 42°C dans du SSC 0,2x (chlorure de sodium/citrate de sodium) et 50% de formamide à 55°C, suivi d'un lavage dans des conditions de forte stringence consistant en SSC 0,lx contenant de l'EDTA à 55°C. Selon ce mode de mise en oeuvre avantageux de la méthode conforme à l'invention, le produit d'amplification comprenant les loci CRISPRI et/ou CRISPR2, est marqué, hybridé à au moins une des sondes telles que définies ci-dessus et détecté. Par exemple, le produit d'amplification (PCR) peut être marqué par une cyanine de type Cy5. Le produit marqué (c'est-à-dire liées de manière opérationnelle à au moins un marqueur) est alors fragmenté, de façon mécanique ou chimique, puis est hybridé (par exemple à une température de 42°C) sur une puce de type microarray comprenant au moins une des sondes telles que définies ci-dessus synthétisées in situ. Après lavage, les signaux d'hybridation sont détectés (par exemple à l'aide d'un scanner de fluorescence). Le terme � marqueur � désigne un atome ou une molécule capable de générer directement ou indirectement un signal détectable et/ou quantifiable, et qui peut être lié de manière opérationnelle à un acide nucléique. Le signal généré par un marqueur peut être détecté par exemple par fluorescence, luminescence, radioactivité, colorimétrie, gravimétrie, diffraction ou absorption des rayons X, magnétisme, réaction enzymatique, spectrométrie de masse, affinité de liaison, hybridation, radio- fréquence ou nanocristaux. Le marquage des acides nucléiques s'effectue par des méthodes connues en elles-mêmes de l'Homme du métier. A titre d'exemple, un acide nucléique peut être marqué par un radioisotope (par exemple, 32P), un flurochrome tel que les cyanines Cy3 et Cy5, une sonde froide telle que la la biotine (dUTP-biotine) (la biotine est un ligand de l'avidine ou de la streptavidine, qui elle-même peut être couplée à un fluorochrome, à une enzyme ou captée par un anticorps anti-avidine dont le signal est amplifié). D'autres alternatives comprennent l'utilisation d'un marquage par la digoxigénine (dUTP-digoxigénine) révélé par des anticorps anti-digoxigénine ou par un couplage en présence de glutaraldéhyde à la peroxydase qui sera révélé rapidement sur film radiographique par bioluminescence grâce à l'hydrazure d'acide 3- aminophtalique (luminol). Les amorces et sondes selon la présente invention peuvent aussi être marquées de manière à ce que les produits d'amplification génique ou d'hybridation respectivement soient détectés à l'aide du signal généré par le marqueur auquel elles sont liées. L'échantillon selon la présente invention peut être d'origine très variée. A titre d'exemple, l'échantillon peut être un prélèvement d'origine alimentaire, humaine, animale ou environnementale (terre, eau ou déchet par exemple). De préférence, l'échantillon est une souche bactérienne du genre Salmonella isolée. Au sens de la présente invention, le terme � isolé � signifie qu'une culture pure d'une souche bactérienne du genre Salmonella a été obtenue à partir d'un mélange de souches bactériennes ou d'un prélèvement d'origine alimentaire, humaine, animale ou environnementale. L'isolement d'une souche bactérienne s'effectue par des méthodes classiques (par exemple : technique des stries, technique de suspension-dilution), connues en elles-mêmes de l'Homme du métier. Selon un mode de mise en oeuvre avantageux conforme à l'invention, la méthode selon l'invention est précédée d'une étape d'extraction d'acides nucléiques présents dans ledit échantillon. Les différentes techniques d'extraction d'ADN bactérien sont bien connues de l'Homme du métier. La présente invention a également pour objet un réactif de détection ou d'identification du type et du sous-type moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella. Ledit réactif est sélectionné dans le groupe constitué par au moins un ensemble de sondes et/ou un ensemble d'amorces tels que définis ci-dessus. La présente invention a également pour objet une puce à ADN comprenant les sondes comprises dans au moins l'un ou tous les ensembles de sondes tels que définis ci-dessus (Sl-1 à S44-2), ou les sondes comprises dans les ensembles de sondes S1-1 à S10-2, ou encore les sondes comprises dans les ensembles de sondes S1-1 à s6-2. Le terme � puce à ADN � désigne un ensemble de taches ou points (� spots �) liés à un support solide (par exemple, lame de verre, silicium, métal, silicone, gel, céramique, membrane de nylon ou plastique) ; chaque tache contenant indépendamment un ou plusieurs oligonucléotides (par exemples les sondes de la présente invention) qui y ont été déposés ou synthétisés in situ. Les puces à ADN sont connues sous différentes dénomination, telles que par exemple � biochips �, � arrays �, � microarrays � ou � DNA-microarrays �. Les taches (� spots �) peuvent présenter une taille allant de quelques millimètres à quelques micromètres. Une seule puce à ADN peut contenir d'une dizaine à plusieurs milliers de taches, chaque tache contenant une molécule d'acide nucléique (par exemples une sonde) différente. En général, une composition contenant l'ADN à tester est mise en contact avec la puce à ADN ; l'hybridation entre un oligonucléotide (une sonde) et l'ADN à tester (par exemple un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1 et/ou le locus CRISPR2 de Salmonella) peut alors se produire dans des conditions connues de l'Homme du métier (D. Amaratunga et al., Exploration and Analysis of DNA Microarray and Protein Array Data, John Wiley & Sons, Inc., 2003). La détection de l'hybridation permet alors de déterminer la présence d'une séquence d'ADN recherchée (par exemple la séquence variable d'un locus CRISPR de Salmonella). La présente invention a également pour objet un kit ou coffret de détection ou d'identification du type et/ou du sous-type moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella, comprenant au moins un ensemble d'amorces et/ou un ensemble de sondes, une base de référence tels que définis ci-dessus ou une partie de cette base de référence et optionnellement une puce à ADN telle que définie ci-dessus. La présente invention a également pour objet l'utilisation d'un ensemble d'amorces, d'un ensemble de sondes, ou d'une puce à ADN tels que définis ci-dessus, pour détecter ou identifier le type et/ou le sous-type moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella. Outre les dispositions qui précèdent, l'invention comprend encore d'autres dispositions, qui ressortiront de la description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de mise en oeuvre du procédé objet de la présente invention ainsi qu'aux dessins annexés, dans lesquels : - la Figure 1 représente schématiquement l'amplification génique séparée (Figure 1A) ou au cours d'une même réaction (Figure 1B) des loci CRISPR1 et CRISPR2 de Salmonella. - la Figure 2 indique la composition en séquences variables (spacers) des loci CRISPR1 (Figure 2A) et CRISPR2 (Figure 2B) de 91 souches de Salmonella de sérotype Typhimurium. Sont aussi représentés les résultats du soustypage classique : antibiotype (A = amoxicilline, C = chloramphénicol, Cip = ciprofloxacine, G = gentamicine, K = kanamycine, Nal = acide nalidixique, S = streptomycine, Sp = spectinomycine, Su ou Sul = sulfamides, T ou To = tobramycine, Te = tétracycline, Tp ou Tmp = triméthoprime, sens = sensible), lysotype (Anderson et al., 1977, J. Hyg. (tond) 78, 297-300), profil d'électrophorèse en champ pulsé (PFGE, méthode décrite dans Weill et al., 2006, J. Clin. Microbiol. 44, 700-708 ; Weill et al., 2004, J. Clin. Microbiol. 42, 2432-2437), STTR (type selon la méthode � Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis �, méthode décrite dans Lindstedt et al., (2003, J. Clin. Microbiol. 41, 1469-1479) et des données épidémiologiques (origine humaine ou animale). - la Figure 3 indique la composition en séquences variables (spacers) des loci CRISPR1 (Figure 3A) et CRISPR2 (Figure 3B) de 154 souches de Salmonella de sérotype Enteritidis. Sont aussi représentés les résultats du sous-typage classique et des données épidémiologiques (légende identique à celle de la Figure 2). - la Figure 4 indique la composition en séquences variables (spacers) des loci CRISPRI (Figure 4A) et CRISPR2 (Figure 4B), respectivement de 95 et 85 souches de Salmonella n'appartenant ni au sérotype Typhimurium ni au sérotype Enteritidis. Sont aussi représentés les résultats du sous-typage classique et des données épidémiologiques (cas sporadiques, épidémiques et origine des isolats). - La Figure 5 montre la variation de la composition en séquences variables des CRISPR1 (Figure 5A) et CRISPR2 (Figure 5B) de quelques sérotypes de souches de Salmonella. - Les Figures 6A et 6B représentent le résultat du séquençage (5'-3') des loci CRISPR1 et CRISPR2 respectivement d'une souche de Salmonella à identifier. Les séquences répétées ou Direct Repeats (DR) sont grisées (en caractère gras et italique sont représentés les nucléotides variables au sein des DR). Les séquences variables (spacers) sont encadrées. - Les Figures 7A et 7B représentent le résultat du séquençage (5'-3') des loci CRISPR1 et CRISPR2 respectivement d'une souche de Salmonella à identifier (légende identique à celle de la Figure 6). - La Figure 8 représente le résultat du séquençage (5'-3') du locus CRISPRI d'une souche de Salmonella à identifier (légende identique à celle de la Figure 6). - La Figure 9 indique pour chaque séquence variable des loci CRISPR de Salmonella le nom qui lui a été attribué. Il doit être bien entendu, que ces exemples sont donnés uniquement à titre d'illustration de l'objet de l'invention, dont ils ne constituent en aucune manière 5 une limitation. EXEMPLE 1: CONSTITUTION DE LA BASE DE REFERENCE REPERTORIANT LA COMPOSITION DES SEQUENCES VARIABLES DES DEUX LOCI CRISPR1 ET CRISPR2 DE SALMONELLA 1) Matériels et Méthodes 10 1-1) Conception des amorces oligonucléotidiques pour amplifier les loci CRISPR1 et/ou CRISPR2 chez Salmonella Les amorces, aptes à amplifier les loci CRISPR1 et/ou CRISPR2 des bactéries du genre Salmonella, ont été conçues à partir des séquences génomiques de : - S. enterica sérotype Typhimurium LT2 (génome disponible sous le numéro 15 AE008834 dans la base de données GenBank en date du 9 août 2005), - S. enterica subsp. enterica sérotype Choleraesuis souche SC-B67 (génome disponible sous le numéro AE017220 dans la base de données GenBank en date du 11 janvier 2006), - S. enterica subsp. enterica sérotype Paratyphi A souche ATCC 9150 (génome 20 disponible sous le numéro CP000026 dans la base de données GenBank en date du 8 avril 2005), - S. enterica sérotype Typhi souche CT18 (génome disponible sous le numéro AL627276 dans la base de données GenBank en date du 14 novembre 2006), -S. enterica sérotype Enteritidis PT4 NCTC 13349 (génome disponible sur le site 25 internet de Sanger Institute à l'adresse suivante : http://www.sanger.ac.uk/Projects/Salmonella/), - S. bongori 12419 ATCC 43975 (génome disponible sur le site internet de Sanger Institute à l'adresse suivante : http://www.sanger.ac.uk/Projects/Salmonella/, et au lien suivant : 30 http://genome.wustl.edu/sub_genome_group.cgi?GROUP=3&SUB_GROUP=3), -S. enterica subsp.arizonae de sérotype 62:z4,z23:- (génome disponible sous le numéro CP000880 dans la base de données GenBank en date du 28 novembre 2007) et S. enterica subsp. diarizonae de sérotype 61:1,v:1,5,7 (génomes disponibles sur internet au lien suivant : http://genome.wustl.edu/sub_genome_group. cgi?GROUP=3 & SUB_GROUP=3 ) Amorces aptes à amplifier le locus CRISPR1 : La position des nucléotides est donnée en référence au génome de S. enterica sérotype Typhimurium LT2, disponible sous le numéro AE008834 dans la base de données GenBank en date du 9 août 2005 ou de S. enterica sérotype Typhi CT18, disponible sous le numéro AL627276 dans la base de données GenBank en date du 14 novembre 2006. Amorce sens (� forward �) dénommée SALCRISPI-FB (position des nucléotides : AE008834, 1109-1128) : 5'-GT(A/G)GT(AIG)CGGATAATGCTGCC-3' (SEQ ID NO : 1326) Amorce antisens (� reverse �) dénommée SALCRISP1-RB (position des nucléotides : AE008834, 2878-2856) : 5'-CGTATTCCGGTAGAT(G/C/T)T(A/G/T)GATGG-3' (SEQ ID NO : 1327) Amorce dénommée AriParaB-R (position des nucléotides : AE008834, 10289-10310) : 5'-CTATTTTGG(A/G)CT(A/G)CCGAC(A/G)ATG-3' (SEQ ID NO : 1328) Cette amorce sert à amplifier les souches de Salmonella de la sous-espèce arizonae, les souches septicémiques de sérotype Paratyphi B, certaines souches de la sous-espèce indica, et la majorité des souches de sérotype Mbandaka. Ces souches ont une délétion en aval du locus CRISPR1. Amorce dénommée BrPanCRI-R (position des nucléotides : AL627276, 232226-232206) :5'-GCAATCGGAGCGATTGATGGC-3' (SEQ ID 25 NO: 1329) Cette amorce sert à amplifier les souches des sérotypes Brandenburg et Panama. Ces souches ont une délétion en avant du locus CRISPR1. Amorces aptes à amplifier le locus CRISPR2 : La position des nucléotides est donnée en référence au génome de S. 30 enterica sérotype Typhimurium LT2, disponible sous le numéro AE008834 ou AE008835 dans la base de données GENBANK en date du 9 août 2005. Amorce sens (� forward �) dénommée SALCRISP2-FB (position des nucléotides: AE008834, 18727-18751) : 5'-GAGCAATAC(C/T)(C/T)T(A/G)ATCGTTAACGCC-3' (SEQ ID NO: 1330) (région manquante chez la sous-espèce S. arizonae) Amorce antisens 1 (� reverse �) dénommée SALCRISP2-RA (position des nucléotides : AE008835, 931-906) 5'-GTTGC(A/G/T)ATA(G/T)GT(C/T)G(A/G)T(A/G)G(A/G)ATGT(A/G)G-3' (SEQ ID NO : 1331) (région manquante chez la sous-espèce diarizonae) Amorce antisens 2 dénommée SALCRISP2-RB (position des 10 nucléotides : AE008835, 1205-1185) 5'-CTGGCGGCTGTCTATGCAAAC-3' (SEQ ID NO : 1332) Cette séquence présente cependant un mésappariement chez S. enterica sérotype Typhimurium LT2 en position 1201. 1-2) Amplification des loci CRISPR1 et CRISPR2 15 1-2-1) Souches de Salmonella utilisées Les souches de Salmonella analysées proviennent de la collection du Centre National de Référence des Salmonella et du Centre Collaborateur OMS des Salmonella, Unité Biodiversité des Bactéries Pathogènes Emergentes, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris, Cedex 15. Les souches sont d'origine humaine ou 20 animale ou alimentaire isolées de 1885 à 2005. Elles proviennent de cas sporadiques ou ont été collectées lors d'épidémies investiguées. 393 souches appartenant à 56 sérotypes des 2 espèces et 6 sous espèces de Salmonella ont été analysées : i) l'espèce S. enterica 25 - sous-espèce enterica : sérotypes Abortusequi (1 souche), Agona (1), Altona (2), Anatum (2), Bovismorbificans (3), Brandenburg (3), Choleraesuis variété Decatur (3), Choleraesuis variété Kunzendorf (6), Choleraesuis sensu stricto (4), Derby (3), Dublin (3), Enteritidis (154), Gallinarum-Pullorum (7), Goettingen (1), Hadar (3), Indiana (3), 30 Infantis (1), Kiel (1), Kottbus (2), Manhattan (1), Mbandaka (2), Miami (1), Montevideo (6), Napoli (2), Newport (5), Nitra (1), Panama (3), Paratyphi A (12), Paratyphi B (15), Paratyphi C (4), Saintpaul (3), Sendai (1), Senftenberg (1), Schwarzengrund (3), Typhi (9), Typhimurium (98), Typhisuis (2), Virchow (3), - sous-espèce salamae : sérotypes 11:1,z28:e,n,x (1), 57:z42:1, 6:Rz53 (1), - sous-espèce arizonae : sérotypes 62:z4,z23:- (1), 53:g,z51:- (1), 56:z4,z23:- (1), 17:z29:-(1) - sous-espèce diarizonae : sérotypes 38:z1 0:z53 (1), 61:1,v:1,5,7 (1) - sous-espèce houtenae : sérotypes 6,7:z4,z24:- (1), 44:a:- (1), 1,40:z4,z24:- (1), - sous-espèce indica : sérotypes 11:b:1,7 (1), 6,7:z41:1,7 (1) ii) l'espèce bongori sérotypes 60:z41:- (1), 66:z35:- (1), 48:z35:- (1), 66:z41:- (1) 1-2-2) Extraction de l'ADN de Salmonella L'ADN a été extrait à l'aide du kit Instagene Matrix (BioRad) ou du kit Wizard (Proméga) en respectant les instructions du fabricant. 1-2-3) Réactions d'amplification génique Les loci CRISPR1 et CRISPR2 de Salmonella ont été amplifiés soit séparément (Figure 1 A) soit au cours d'une même réaction (Figure 1B), par réaction en chaîne par polymérase (PCR) 1-2-3-1) Amplification génique séparée des deux loci CRISPR1 et CRISPR2 a) Amorces utilisées : Amorces utilisées pour amplifier le locus CRISPR1 par PCR multiplexe : SALCRISPI-FB (SEQ ID NO : 1326) et SALCRISP1-RB (SEQ [D NO : 1327), AriParaB-R (SEQ ID NO : 1328), BrPanCRl- R (SEQ ID NO : 1329). Amorces utilisées pour amplifier le locus CRISPR2 par PCR multiplexe : SALCRISP2-FB (SEQ ID NO : 1330), SALCRISP2-RA (SEQ ID NO : 1331) et SALCRISP2-RB (SEQ ID NO : 1332) b) Mélange réactionnel : ADN, extrait selon la méthode ci-dessus, dilué au 1/10: 2�L Amorces : 10 pmoles pour chaque amorce Désoxynucleosides triphosphate : 100 �M Taq DNA polymerase (Ampli Taq Gold, Roche) : 0,85 U Tampon 10 X (Roche) : 10 % MgC12 (Roche) : 1,5 Mm DMSO (Sigma) : 5% Eau pure qualité biologie moléculaire qsp : 50 .iL c) Conditions d'amplification pour les deux loci: 94°C, 10 min (un cycle) 94°C, 1 min, 59°C, 1 min, 72°C, 1 min 30 s (35 cycles) 72°C 10 min (un cycle) d) Séparation électrophorétique des produits d'amplification Dépôt des échantillons (par puits) : 5 �L de produit d'amplification PCR additionné d' l �L de tampon de dépôt 6 X (bleu de bromophenol 0,25% ; xylène cyanol 0,25% ; 30 % glycerol). Marqueurs utilisés : 100 bp DNA ladder et 1 kb DNA ladder (Biolabs New England) Conditions de migration : Dépôt sur gel à 1 % d'agarose en TBE 0,5 X [Tris HCI 45 mM (pH 8) ; acide borique 45 mM ; EDTA 10mM (pH 8)] Electrophorèse horizontale en TBE 0,5 X à 100 V pendant 40 min. Photo prise après 15 min de coloration au bromure d'éthidium. 1-2-3-2) Amplification génique des deux loci CRISPR1 et CRISPR2 au cours d'une même réaction d'amplification L'amplification génique des deux loci CRISPRI et CRISPR2 a été 20 réalisée en une seule étape à l'aide du kit Expend Long Template PCR System (Roche). 292591 8 38 a) Amorces utilisées : SALCRISPI-FB (SEQ ID NO : 1326) et SALCRISP2-RB (SEQ ID NO : 1332) b) Mélange réactionnel_ ADN, extrait selon la méthode ci-dessus, pur : 2,5 .iL Amorces : 0,3 �M pour chaque amorce Désoxynucleosides triphosphate : 0,5 mM Taq DNA polymerase (fournie avec le kit): 3, 75 U Tampon 2 10 X (fournie avec le kit) : 10 % Eau pure qualité biologie moléculaire qsp : 50 �L 5 c) Conditions d'amplification pour les deux loci: 94°C, 2 min (un cycle) 94°C, 10 s, 58°C, 30 s, 68°C, 15 min (10 cycles) 94°C, 10 s, 58°C, 30 s, 68°C, 15 min avec une augmentation de 20 s lors de chaque cycle (20 cycles) 10 72°C, 7 min (un cycle) d) Séparation électrophorétique des produits d'amplification Dépôt des échantillons (par puits) : 5�L de produit d'amplification PCR additionné d' l g, de tampon de dépôt 6 X (bleu de bromophenol 0,25% ; xylène cyanol 0,25% ; 30 % glycerol). 15 Marqueurs utilisés : RaoulTM (Qbiogene). Conditions de migration : Dépôt sur gel à 0,75 % d'agarose en TBE 0,5 X [Tris HCl 45 mM (pH 8) ; acide borique 45 mM ; EDTA 10mM (pH 8)] Electrophorèse horizontale en TBE 0,5 X à 100 V pendant 3 heures 20 Photo prise après 15 min de coloration au bromure d'éthidium. 2) Résultats des amplifications 2-1) Amplification du locus CRISPRI Le locus CRISPR1 de toutes les souches listées aux figures 2, 3 et 4 (à l'exception de deux souches houtenae car ne contenant pas de locus CRISPR1) a 25 été amplifié à l'aide des amorces SALCRISPI-FB (SEQ ID NO : 1326), SALCRISP 1- RB (SEQ ID NO : 1327), AriParaB-R (SEQ ID NO : 1328) et BrPanCR1-R (SEQ ID NO : 1329) ; la taille des amplicons est comprise entre 400 pb à 3000 pb. 2-2) Amplification du locus CRISPR2 Le locus CRISPR2 de toutes les souches listées aux figures 2, 3 et 4, 5 à l'exception des souches ci-dessous qui ne possèdent pas le locus CRISPR2 a été amplifié ; la taille des amplicons est comprise entre 400 pb à 3000 pb : S. enterica subsp. arizonae sérotypes 62:z4,z23 :-, 53:g,z51:-, 56:z4,z23:-, 17:z29:-S. enterica subsp. diarizonae sérotypes 61:1,v:1,5,7 S. enterica subsp. houtenae sérotypes 6,7:z4,z24 :- 10 S. enterica subsp. indica sérotypes 6,7:z41:1,7 Il est à remarquer que les sérotypes, pour lesquels il n'a pas été obtenu d'amplification du locus CRISPR2, ont pu être amplifiés par la méthode d'amplification génique en une seule étape (cf. ci-dessous). 2-3) Amplification des loci CRISPR1 et CRISPR2 au cours d'une même réaction 15 Les loci CRISPR1 et CRISPR2 des sérotypes suivants ont été ampli-fiés simultanément. La taille des amplicons est comprise entre 8 à 20 kb (par exemple, elle est de 20 kb pour la zone contenant les deux loci complets de S. enterica sérotype Typhimurium LT2) : S. enterica subsp. enterica des sérotypes Brandenburg et Panama 20 S. enterica subsp. arizonae sérotypes 62:z4,z23 :-, 53:g,z51:-, 56:z4,z23:-, 17:z29:-S. enterica subsp. diarizonae sérotypes 61:1,v:1,5,7 S. enterica subsp. houtenae sérotypes 6,7:z4,z24 :-, 44 :a :- 3) Séquençage des produits PCR Tous les produits d'amplification PCR ont été séquencés selon une 25 méthode connue de l'Homme de l'art, à l'aide du kit Big Dye version 3.1 chemistry (Applied Biosystems, Foster City, CA) et un appareil ABI 3700 (Applied Biosystems). 4) Analyse des séquences nucléotidiques et extraction des séquences variables Les séquences nucléotidiques ont été analysées manuellement. Les 30 séquences nucléotidiques des séquences variables (espaceurs) ont été extraites ainsi que leur ordre au sein des deux loci CRISPR. Un nom a été donné à chaque séquence variable en fonction du sérotype dans lequel elle a été identifiée pour la première fois. L'ensemble des séquences variables inventoriées est listé dans la liste des séquences (séquences SEQ ID NO : 1 à 1327) et à la Figure 9. 5) Corrélation entre la composition en séquences variables et le sérotype et le sous-type Les Figures 2, 3 et 4 donnent la composition en séquences variables (espaceurs) des souches de Salmonella analysées. Sont également mentionnés notamment pour les deux principaux sérotypes, Typhimurium et Enteritidis, les résultats du sous-typage classique (lysotype, antibiotype, profil d'électrophorèse en champ pulsé, type en MLVA) et des données épidémiologiques (cas sporadiques, cas épidémiques, etc.). La Figure 5 donne les différentes compositions en séquences variables (espaceurs) pour l'ensemble des souches de Salmonella analysées. EXEMPLE 2: ANALYSE DE LA COMPOSITION EN SEQUENCES VARIABLES DES LOCI CRISPR DE 3 SOUCHES DE SALMONELLA DANS LE BUT DE DETERMINER LEUR TYPE ET SOUS-TYPE MOLECULAIRE A partir d'un échantillon, trois souches de Salmonella ont été isolées. Pour chaque souche, l'ADN a été extrait selon la méthode décrite à l'Exemple 1 et le locus CRISPR1 et/ou le locus CRISPR2 ont été amplifiés au cours d'une amplification génique séparée telle que décrite au paragraphe 1-2-3-1) ci-dessus. La composition en séquences variables de chaque locus a été déterminée par séquençage de l'ADN. Cette composition peut aussi être déterminée par hybridation des fragments d'ADN amplifiés (marqués lors de l'amplification ou après celle-ci avec un marqueur radioactif ou froid, par exemple cyanine 3 ou 5) avec les ensembles de sondes S1-1 à S44-2 à l'aide d'une puce à ADN. Afin de déterminer le sérotype et le sous-type de chaque souche isolée, la composition des loci CRISPR1 et/ou CRISPR2 a été comparée à la base de référence (Figure 2, 3, 4 et 9). 1) Analyse de la première souche 02-1442 La séquence du locus CRISPR1 (5'vers 3') est représentée Figure 6A. La composition en séquences variables (espaceurs) de cette séquence a été déterminée comme étant la suivante : Ent1-Ent2-Ent3-Ent4-Ent5-Ent6-Ent7-Enté, dans laquelle : Ent1 (SEQ ID NO : 379) : ACTATTTATAAGCGTGTCATCTATGCAACCCAAC Ent2 (SEQ ID NO : 380) : ACACCTGCCCGACCCAATAAGGGGGCCCTCGTGA Ent3 (SEQ ID NO : 383) : ACGGCCGCTGGTCAAATTCCCAATCTGAGCAATC Ent4 (SEQ ID NO : 384) : ACATAGCCCCGGCAGCGATAGCTAAACCAGTTCC Ent5 (SEQ ID NO : 385) : ACGCCTCAAAATCTCTCGGTGAGATGTAAGCGTC Ent6 (SEQ ID NO : 387) : ACACCAGTGGTCAGCGGCGGATGAATTTGCCCTG Ent7 (SEQ ID NO : 389) : ACGAGAATGCTCATGCGCGTGAGCGCCATATATT Enté (SEQ ID NO : 390) : ACAGGCGGACCGAAAAACCGTTTTCAGCCAACGT La séquence du locus CRISPR2 (5'vers 3') est représentée Figure 6B. La composition en séquences variables (espaceurs) de cette séquence a été déterminée comme étant la suivante : EntBO-EntBl-EntB2-EntB3-EntB 4-EntB 5 -EntB 6-EntB 7-EntB 8-EntB 9, dans laquelle : EntBO (SEQ ID NO : 392) : ACGGCTACACGCAAAAATTCCAGTCGTTGGCGCA EntBl (SEQ ID NO : 393) : ACCCGATTAAGATCCGCAGTCTGCATCAGTAACT EntB2 (SEQ ID NO : 404) : ACCGATTCTACGGCAACAGGCCAGGCTGCGACCG EntB3 (SEQ ID NO : 407) : ACATCAAACATGGAAACCCCTTTAATGAGAGCAA EntB4 (SEQ ID NO : 408) : ACTCAGGAACGCGCGGCGGAAGAGCTTGGTGTTTG EntB5 (SEQ ID NO : 409) : ACGCTGCCTTTCCCGGAGTTCCGGCCCCTAAATT EntB6 (SEQ ID NO : 410) : ACTCATGCGCTATAAAAATCAGACTGTCACATGC 30 EntB7 (SEQ ID NO : 411) : ACTGATTATTGACGACAACAGCACAGACCGGCAG EntB8 (SEQ ID NO : 412) : ACAATAATCGGCAATTTGTCCTGGACAGGCACGG EntB9 (SEQ ID NO : 413) : ACGAATCTGGAGGCCAACAGCGCGGCGAAATCCT Après comparaison avec la base de référence (Figures 3 et 9) de la composition des deux loci CRISPR de la bactérie isolée, il a été déterminé que la souche 02-1142 avait la même composition en espaceurs que les souches de Salmonella enterica du sérotype Enteritidis. Ce résultat a été confirmé par sérotypage. 2) Analyse de la deuxième souche 02-4232 La séquence du locus CRISPRI (5'vers 3') est représentée Figure 7A. La composition en séquences variables (espaceurs) de cette séquence a été déterminée comme étant la suivante : Ent1-Ent2var1-Ent3-Ent4-Ent5-Ent6-Ent7-Ent9-Enta, 15 dans laquelle : Entl (SEQ ID NO : 379) : ACTATTTATAAGCGTGTCATCTATGCAACCCAAC Ent2varl (SEQ ID NO : 381) : ACACCTGCCCGACCCAATAAGGAGGCCCTCGTGA 20 Ent3 (SEQ ID NO : 383) : ACGGCCGCTGGTCAAATTCCCAATCTGAGCAATC Ent4 (SEQ ID NO : 233840) : ACATAGCCCCGGCAGCGATAGCTAAACCAGTTCC EntS (SEQ ID NO : 385) : 25 ACGCCTCAAAATCTCTCGGTGAGATGTAAGCGTC Ent6 (SEQ ID NO : 387) : ACACCAGTGGTCAGCGGCGGATGAATTTGCCCTG Ent7 (SEQ ID NO : 389) : ACGAGAATGCTCATGCGCGTGAGCGCCATATATT 30 Ent9 (SEQ ID NO : 391) : ACCATGGCAATTTTACGGCGGACGTGCTCGCTCT 10 Enté (SEQ ID NO : 390) : ACAGGCGGACCGAAAAACCGTTTTCAGCCAACGT La séquence du locus CRISPR2 (5'vers 3') est représentée Figure 7B. La composition en séquences variables (espaceurs) de cette séquence a été déterminée comme étant la suivante : EntBO-EntBl-EntB2-EntB3-EntB4-EntB5-EntB6-EntB7-EntB 8-EntB 8-EntB9, dans laquelle : EntBO (SEQ ID NO : 392) : ACGGCTACACGCAAAAATTCCAGTCGTTGGCGCA EntBl (SEQ ID NO : 393) : ACCCGATTAAGATCCGCAGTCTGCATCAGTAACT EntB2 (SEQ ID NO : 404) : ACCGATTCTACGGCAACAGGCCAGGCTGCGACCG EntB3 (SEQ ID NO : 407) : ACATCAAACATGGAAACCCCTTTAATGAGAGCAA EntB4 (SEQ ID NO : 408) : ACTCAGGAACGCGCGGCGGAAGAGCTTGGTGTTTG EntBS (SEQ ID NO : 409) : ACGCTGCCTTTCCCGGAGTTCCGGCCCCTAAATT EntB6 (SEQ ID NO : 410) : ACTCATGCGCTATAAAAATCAGACTGTCACATGC 20 EntB7 (SEQ ID NO : 411) : ACTGATTATTGACGACAACAGCACAGACCGGCAG EntB8 (SEQ ID NO : 412) : ACAATAATCGGCAATTTGTCCTGGACAGGCACGG EntB9 (SEQ ID NO : 413) : 25 ACGAATCTGGAGGCCAACAGCGCGGCGAAATCCT Après comparaison avec la base de référence (Figures 3 et 9) de la composition des deux loci CRISPR de la bactérie isolée, il a été déterminé que la souche 02-4232 avait la même composition en espaceurs que les souches de Salmonella enterica du sérotype Enteritidis. Ce résultat a été confirmé par sérotypage. 30 La composition en espaceurs était différente de la souche précédente 02-1142, ce qui concordait avec le résultat de sous-typage obtenu par lysotypie (la souche 02-4232 étant de lysotype PT4 et la souche 02-4232 du lysotype PT8). 3) Analyse de la troisième souche 02-1941 La séquence du locus CRISPR1 (5'vers 3') est représentée Figure 8A. La composition en séquences variables (espaceurs) de cette 5 séquence a été déterminée comme étant la suivante : STM1-STM2-STM3-STM25-STM26-STM27-STM4-STM5-STM6-STM24, dans laquelle : STM1 (SEQ ID NO : 1106) : ATTTTTCAGCCCTTGTCGACTGCGGAACGCCCCT STM2 (SEQ ID NO : 1123) : ACGCGAAATAGTGGGGAAAAACCCCTGGTTAACC 10 STM3 (SEQ ID NO : 1133) : ACTAGGCCTTGATACCATCGCTCGCACCTCGTCA STM25 (SEQ ID NO : 1128) : ACGTTTATTACTGCTTAGTTAATTAATGGGTTGC STM26 (SEQ ID NO : 1129) : ACAGGCGAATAATCTCTAATAGTCTCAATTCGTT STM27 (SEQ ID NO : 1130) : ACTAAATCTGGCGTCGAGACATTCGAAATAGTGC STM4 (SEQ ID NO : 1137) : ACTCTTTTGATTTTGCTGCGATGTTATAACCAGA 15 STM5 (SEQ ID NO : 1138) : ACTATCCACATATACCCGCAATCATATTCAAGAA STM6 (SEQ ID NO : 1139) : ACAATCACTGCGGGGGTATTTAGCGGAAACGGCT STM24 (SEQ ID NO : 1127) : ACCAGCACGAAAAATTATTTACTGTCGTTGCTCA Après comparaison avec la base de référence (Figures 2 et 9) de la composition du locus CRISPRI de la bactérie isolée, il a été déterminé que la souche 20 02-1941 avait la même composition en espaceurs que les souches de Salmonella enterica du sérotype Typhimurium. Ce résultat a été confirmé par sérotypage. De plus, sa composition en espaceurs a été retrouvée dans la base de données quasi-exclusivement chez les souches de S. enterica, sérotype Typhimurium. L'analyse d'un seul locus CRISPR (ici le locus CRISPR1) a permis 25 d'identifier la souche bactérienne isolée. REVENDICATIONS 1 °) Méthode in vitro de typage et/ou de sous-typage moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella, à partir d'un échantillon, laquelle méthode est caractérisée en ce qu'elle comprend au moins les étapes suivantes : (a) l'amplification d'un fragment d'acide nucléique d'une bactérie du genre Salmonella, ledit fragment comprenant le locus CRISPR1 et/ou le locus CRISPR2, à l'aide d'au moins un ensemble d'amorces, lesquelles amorces présentent une taille inférieure ou égale à 50 nucléotides, lesdits ensembles d'amorces étant choisis dans le groupe constitué par : -un ensemble d'amorces � A � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1, comprenant au moins une amorce sens Al constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé dans une région de 1000 pb en position 5' du locus CRISPR1, ledit fragment de la séquence génomique situé en position 5' du locus CRISPR1 étant de même taille que ladite amorce Al, et au moins une amorce antisens A2 constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant 70% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2, ledit fragment de la séquence génomique complémentaire étant de même taille que ladite amorce A2 ; - un ensemble d'amorces � B � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR2, comprenant au moins une amorce sens B1 constitué d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2, ledit fragment de la séquence génomique situé en position 3' du locus CRISPR1 et en position 5' du locus CRISPR2 étant de même taille que ladite amorce B1, et au moins une amorce antisens B2 constituée d'une séquence oligonucléotidique présentant au moins 70% d'identité avec, ou identique à un fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé dans une région de 1000 pb en position 3' du locus CRISPR2, leditfragment de la séquence génomique complémentaire étant de même taille que ladite amorce B2 ; - un ensemble d'amorces � C � apte à amplifier un fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1 et le locus CRISPR2, comprenant au moins une amorce sens Al telle que définie ci-dessus et au moins un amorce antisens B2 telle que définie ci-dessus ; (b) la détermination de la composition en séquences variables du locus CRISPRI et/ou du locus CRISPR2 amplifié(s) à l'étape (a) ; et (c) la comparaison de ladite composition en séquences variables des loci CRISPR1 et/ou CRISPR2 avec une base de référence fournissant la composition en séquences variables des loci CRISPR1 et CRISPR2 de types et sous-types de bactéries du genre Salmonella listée aux figures 2, 3, 4 et 9 ou une partie de cette base. 2°) Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que l'identité de la composition en séquences variables déterminée à l'étape (b) avec une composition figurant clans la base de référence définie à la revendication 1 ou une partie de cette base est indicative du type et/ou du sous-type de la bactérie du genre Salmonella présente dans l'échantillon 3°) Méthode selon la revendication 1 ou la revendication 2, caractérisée en ce que lesdites amorces présentent une taille comprise entre 15 et 30 20 nucléotides. 4°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisée en ce que ledit fragment d'acide nucléique comprenant le locus CRISPR1 et/ou le locus CRISPR2 présente une taille comprise entre 400 à 20 000 pb. 5°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, 25 caractérisée en ce que ledit fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 5' du locus CRISPR1, et/ou ledit fragment de la séquence génomique complémentaire de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella situé en position 3' du locus CRISPR2, se situent à une distance du locus CRISPR1 ou CRISPR2 inférieure à 500 pb, de préférence inférieure à 100 pb. 30 6°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que ladite séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella est choisie parmi la séquence génomique de S. enterica sérotype Typhimurium LT2(séquence génomique disponible sous les numéros GI : 16421485 et GI : 16421501 dans la base de données GenBank) ou de S. enterica sérotype Typhi CT18 (séquence génomique disponible sous le numéro GI: 16503805 dans la base de données GenBank). 7°) Méthode selon la revendication 5, caractérisée en ce que l'ensemble d'amorces est sélectionné dans le groupe constitué par : - l'ensemble d'amorces, apte à amplifier le locus CRISPRI, consti- tué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1326 et, 1327, 1328 et/ou 1329, - l'ensemble d'amorces, apte à amplifier le locus CRISPR2, consti- tué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1330 et, 1331 et/ou 1332, et - l'ensemble d'amorces, apte à amplifier simultanément les deux loci CRISPR1 et CRISPR2, constitué des amorces de séquence SEQ ID NOs : 1326 et, 1331 et/ou 1332. 8°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, caractérisée en ce que l'étape (a) d'amplification est réalisée par une méthode sélectionnée dans le groupe constitué par : la réaction en chaîne par polymérase (PCR), réaction en chaîne par ligase (LCR), � nucleic acid sequence-based amplification � (NASBA), � cycling probe technology � (CPT), PCR nichée et PCR multiplexe. 9°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, caractérisée en ce que l'étape (b) est réalisée à l'aide d'une méthode de séquençage de l'ADN. 10°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, caractérisée en ce que l'étape (b) est réalisée par : (i) hybridation avec un, plusieurs ou tous les ensemble(s) de sondes 25 choisi parmi : -l'ensemble S1-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1106 à 1119, 1123 à 1140, 1142, 1143, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences 30 nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Typhimurium) ;- l'ensemble S1-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1144 à 1147, 1149 à 1153, 1155 à 1181 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences 5 nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Typhimurium) ; - l'ensemble S2-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379 à 381, 383 à 387, 389 10 à 391, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Enteritidis) ; - l'ensemble S2-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une 15 quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392 à 413, 519, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Enteritidis) ; -l'ensemble S3-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une 20 quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 421 à 442, 444, 445, 447 à 450 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Hadar) ; - l'ensemble S3-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde 25 comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 451 à 465, 1144 à 1147, 1150 à 1152, 1154, 1155, 1158, 1169, 1172, 1175 à 1177, 1179, 1181 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Hadar) ; 30 - l'ensemble S4-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 382, 1120, 1263 à 1302 10 15 20 25 30et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Virchow) ; -l'ensemble S4-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 83, 93, 94, 1304 à 1324 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Virchow) ; - l'ensemble S5-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 531 à 562, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Infantis) ; -l'ensemble S5-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 563 à 588 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Infantis) ; - l'ensemble S6-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1254 à 1259 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Typhi) ; - l'ensemble S6-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 1260 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Typhi) ; - l'ensemble S7-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 448, 449, 860 à 876, 878 à884 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Newport) ; - l'ensemble S7-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 456, 457, 563, 885 à 915, 933, 1140, 1146, 1147, 1155, 1158, 1169, 1172, 1175, 1179, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Newport) ; -l'ensemble S8-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 295 à 299, 301 à 323, 738 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Derby) ; - l'ensemble S8-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 324 à 337 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Derby) ; - l'ensemble S9-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 295, 307, 602 à 614, 616 à 619, 1106, 1120, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Kottbus) ; - l'ensemble S9-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 563, 620 à 629, 885, 896, 907, 913, 914, 933, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Kottbus) ;- l'ensemble S10-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 422 à 425, 448 à 450, 504 à 518 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléo-tidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Indiana) ; - l'ensemble S10-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 258, 269, 392, 415, 519 à 530, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Indiana) ; - l'ensemble Si i-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 11 à 31, 238, 948, 1120, 1123, 1133 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Agona) ; -l'ensemble S11-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 24 à 31 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Agona) ; - l'ensemble S12-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 830 à 841, 1120 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Napoli) ; - l'ensemble S12-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 842 à 859 et/ou leursséquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Napoli) ; - l'ensemble S13-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 926 à 932 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Paratyphi A) ; - l'ensemble S13-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 933, 935, 936 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Paratyphi A) ; - l'ensemble S14-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 707, 937 à 971, 1106, 1130, 1133, 1140 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des sérotypes Paratyphi B et Paratyphi B Java) ; - l'ensemble S14-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 972 à 987, 989 à 996, 1172 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des sérotypes Paratyphi B et Paratyphi B Java) ; - l'ensemble S15-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 997 à 1002, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Paratyphi C) ; -l'ensemble S15-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'unequelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 280, 290, 291, 392, 393, 415, 1003 à 1006, 1262 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Paratyphi C) ; -l'ensemble S16-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 210 à 224, 421, 427, 428, 432, 444, 445, 447 à 449, 504 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Bovismorbificans) ; - l'ensemble S16-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 196 à 209, 994, 1144, 1145, 1172 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Bovismorbificans) ; -l'ensemble S17-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 916 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 du sérotype Panama) ; - l'ensemble S17-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 918 à 925, 934 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Panama) ; - l'ensemble S18-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 67, 74, 442, 44, 602, 446 à 448, 1182 à 1200, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Saintpaul) ;- l'ensemble S18-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 972, 983, 989, 1201 à 1227 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Saintpaul) ; - l'ensemble S19-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 514, 1062 à 1089, 1284 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Senftenberg) ; - l'ensemble S19-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1304, 1315, 1318 à 1320, 1090, 1091 à 1097, 1101 à 1103 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Senftenberg) ; - l'ensemble S20-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 67-81, 701, 1062 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Anatum) ; - l'ensemble S20-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 82 à 94, 918, 933, 1304, 1315, 1318, 1319, 1321, 1322, 1324, et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Anatum) ; - l'ensemble S21-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379, 383 à 385, 388 et/ouleurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Gallinarum-Pullorum) ; - l'ensemble S21-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 404, 407 à 415 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Gallinarum-Pullorum) ; - l'ensemble S22-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 917 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 du sérotype Brandenburg) ; - l'ensemble S22-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 225 à 231 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Brandenburg) ; - l'ensemble S23-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 378, 379 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Dublin) ; - l'ensemble S23-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 411, 412 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques corres- pondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Dublin) ; - l'ensemble S24-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'unequelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 1, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Abortusequi) ; - l'ensemble S24-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 2 à 10, 130 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Abortusequi) ; - l'ensemble S25-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO: 378, 379 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Kiel) ; - l'ensemble S25-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392, 393, 411 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Kiel) ; - l'ensemble S26-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 509, 510, 512, 513, 637 à 660, 1086, 1107 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Mbandaka) ; - l'ensemble S26-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 661 à 666, 668 à 695, 731, 918 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Mbandaka) ;- l'ensemble S27-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 916 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 du sérotype Miami) ; - l'ensemble S27-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 3, 696 à 700 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Miami) ; - l'ensemble S28-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 701 à 768, 1115, 1228, 1232 à 1237 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Montevideo) ; - l'ensemble S28-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 589, 769 à 829, 933, 1245 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Montevideo) ; - l'ensemble S29-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 379, 380, 383, 385, 387, 389 à 391 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Nitra) ; - l'ensemble S29-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 392 à 394, 404, 407, 412, 413, 519 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquencesnucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Nitra) ; - l'ensemble S30-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 931, 932, 1104, 1105 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Sendai) ; -l'ensemble S30-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 936 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Sendai) ; - l'ensemble S31-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 714 à 716, 1228 à 1239 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Schwarzengrund) ; - l'ensemble S31-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 196, 992, 995, 1172, 1240 à 1244, 1246 à 1253 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Schwarzengrund) ; - l'ensemble S32-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 997, 999, 1002, 1106, 1261 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Typhisuis) ; - l'ensemble S32-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de laséquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 1262 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 du sérotype Typhisuis) ; - l'ensemble S33-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 466 à 486 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des différents sérotypes de la sous-espèce houtenae analysés) ; - l'ensemble S33-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 487 à 490 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce houtenae analysés) ; - l'ensemble S34-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 338 à 376 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspon- dant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des différents sérotypes de la sous-espèce diarizonae analysés) ; - l'ensemble S34-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 377 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce diarizonae analysés) ; - l'ensemble S35-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1007 à 1015, 1018, 1020 à 1037 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 de la sous-espèce salamae) ;- l'ensemble S35-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1038 à 1043, 1045 à 1061 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 de la sous-espèce salamae) ; - l'ensemble S36, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence d'acide nucléique SEQ ID NO : 95 et/ou sa séquence d'acide nucléique complémentaire (séquences nucléotidiques correspondant à la séquence variable du locus CRISPR1 des différents sérotypes de la sous-espèce arizonae analysés) ; - l'ensemble S37-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 491 à 499 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des différents séryotpes de la sous-espèce indica analysés) ; - l'ensemble S37-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 500 à 503 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des différents sérotypes de la sous-espèce indica analysés) ; - l'ensemble S38, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 32 à 66, 382, 416, 667 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Altona) ; -l'ensemble S39-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 240, 241, 1120, 1121 et/ouleurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Choleraesuis variété Decatur) ; - l'ensemble S39-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 225, 247 à 251, 253 à 256, 259 à 268, 270 à 279, 281 à 289, 292 à 294 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Choleraesuis variété Decatur) ; - l'ensemble S40-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 11, 232, 238, 239, 242 à 245, 233 à 237, 959, 1106, 1120 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPRI du sérotype Choleraesuis variété Kunzendorf) ; - l'ensemble S40-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 252, 258, 269, 280, 290, 291, 392, 563, 933 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 du sérotype Choleraesuis variété Kunzendorf) ; - l'ensemble S41-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 232, 238, 239, 1000, 1106 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 des sérotypes Choleraesuis et Choleraesuis sensu stricto) ; -l'ensemble S41-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 246, 258, 269, 280, 290, 291, 392, 1003, 1004 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires(séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 des sérotypes Choleraesuis et Choleraesuis sensu stricto) ; - l'ensemble S42, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 416 à 420, 1122 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Goettingen) ; - l'ensemble S43, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 630 à 636, 937, 948, 1120, 1143 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 du sérotype Manhattan) ; - l'ensemble S44-1, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 96 à 155 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR1 de certains sérotypes de l'espèce S. bongori) ; - l'ensemble S44-2, comprenant ou constitué d'au moins une sonde comprenant au moins ou constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 156 à 195 et/ou leurs séquences d'acide nucléique complémentaires (séquences nucléotidiques correspondant aux différentes séquences variables du locus CRISPR2 de certains sérotypes de l'espèce S. bongori) ; et (ii) détection des sondes hybridées. 11 °) Méthode selon la revendication 10, caractérisée en ce que les sondes présentent une longueur comprise entre 8 et 76 nucléotides, de préférence entre 8 et 34 nucléotides. 12°) Méthode selon la revendication 10 ou la revendication 11, caractérisée en ce que ladite étape (b) est réalisée par hybridation d'au moins une sonde de chacun des ensembles S 1- l à S6-2.13°) Méthode selon la revendication 12, caractérisée en ce que ladite étape (b) est réalisée par hybridation en outre d'au moins une sonde de chacun des ensembles S7-1 à S10-2. 14°) Méthode selon la revendication 13, caractérisée en ce que ladite 5 étape (b) est réalisée par hybridation d'au moins une sonde de chacun des ensembles si-1 à S44-2. 15°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 14, caractérisée en ce que les fragments d'acide nucléique amplifiés sont marqués. 16°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 15, 10 caractérisée en ce que l'échantillon est une souche bactérienne du genre Salmonella isolée. 17°) Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 16, caractérisée en ce que l'étape (a) est précédée d'une étape d'extraction d'acides nucléiques présents dans ledit échantillon. 15 18°) Sonde apte à détecter une bactérie du genre Salmonella, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins ou est constituée d'au moins 8 nucléotides consécutifs de l'une quelconque des séquences d'acide nucléique sélectionnées dans le groupe constitué par les séquences d'acide nucléique SEQ ID NO : 1 à 256, 258 à 442, 444 à 589, 602 à 614, 616 à 876, 878 à 1015, 1018, 1020 à 1324 et leurs séquences 20 d'acide nucléique complémentaires. 19°) Ensemble d'amorces apte à amplifier un fragment de la séquence génomique d'une bactérie du genre Salmonella, caractérisé en ce qu'il est sélectionné dans le groupe constitué par : - l'ensemble d'amorces constitué des amorces SEQ ID NO : 1326 et, 25 1327, 1328 et/ou 1329, - l'ensemble d'amorces constitué des amorces SEQ ID NO : 1330 et, 1331 et/ou 1332, et - l'ensemble d'amorces constitué des amorces SEQ ID NO : 1326 et, 1331 et/ou 1332. 30 20°) Réactif de détection ou d'identification du type et du sous-type moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella, caractérisé en ce qu'il est sélectionnédans le groupe constitué par : au moins un ensemble de sondes tel que défini à la revendication 10, et/ou un ensemble d'amorces selon la revendication 19. 21 °) Puce à ADN, caractérisée en ce qu'elle comprend les sondes comprises dans au moins un des ensembles de sondes tels que définis à la revendica- tion 10. 22°) Kit ou coffret de détection ou d'identification du type et du sous-type moléculaire d'une bactérie du genre Salmonella, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un réactif sélectionné dans le groupe constitué par : un ensemble de sondes tel que défini à la revendication 10 et/ou un ensemble d'amorces selon la revendication 19, et une base de référence telle que définie à la revendication 1 ou une partie de cette base et optionnellement une puce à ADN selon la revendication 21. 23°) Utilisation d'un ensemble de sondes tel que défini à la revendication 10, d'un ensemble d'amorces selon la revendication 19 ou d'une puce à ADN selon la revendication 21, pour détecter ou identifier le type et/ou le sous-type molé- culaire d'une bactérie du genre Salmonella.