Brevet FR2904633A1 — publié le 20080208

--> i La présente invention concerne de manière générale le domaine des microarrays et leur utilisation dans la mesure de l'expression des gènes végétaux. Plus particulièrement, la présente invention, concerne un microarray plastidial sur lequel sont immobilisées des sondes spécifiques des produits de transcription des gènes chloroplastidiaux d'Arabidopsis thaliana. De nombreuses fonctions biologiques dépendent de la régulation des taux d'expression des gènes, soit par des variations dans les taux de transcription, par exemple en contrôlant quand et à quelle fréquence un gène donné est transcrit, soit par des variations dans la synthèse protéique, par exemple en sélectionnant quels ARNm sont traduits par les ribosomes ou en activant ou inactivant sélectivement des protéines après qu'elles aient été synthétisées. La technologie microarray, qui permet la détection multiple d'ADN dans un échantillon de manière concomitante grâce à un support comprenant une pluralité de sondes d'acides nucléiques immobilisées, se prête parfaitement à la mesure de l'expression des gènes. Le principe du microarray est basé sur la technique d'hybridation. Des oligonucléotides simples brins spécifiques de différents gènes ou de l'ADNc issus d'une RT-PCR constituant les sondes sont immobilisés sur un support solide, également appelé matrice. Les sondes ont pour rôle de détecter des cibles nucléiques complémentaires, présentes dans le mélange complexe à analyser (ARNm extraits de cellules, tissus ou organismes entiers et convertis en ADNc). Ces sondes peuvent être immobilisées sur le support ou synthétisées in situ. Les signaux d'hybridation sont détectés selon le type de marquage choisi : radioactivité ou fluorescence et éventuellement quantifiés. De nombreux progrès ont été accomplis dans la technologie microarray. Un tel essor a conduit à l'utilisation des instruments issus des hautes technologies et de programmes informatiques. En 1991 , est décrite une méthode de fabrication de puce à oligonucléotides par synthèse chimique in situ, base par base, utilisant la photolitographie qui permet d'atteindre une densité de 1 million de sondes par cm 2 . Dans le même temps, un tel développement a conduit à la complexification des matrices. En 1997, le génome complet de la levure Saccharomyces cerevisiae est représenté sur un microarray. Aujourd'hui, plusieurs sociétés proposent des microarrays couvrant -->l'intégralité du génome humain. De tels microarrays requièrent des systèmes de détection perfectionnés (i.e. des scanners de microarrays), ce qui prive un bon nombre de laboratoires de recherche ou petites structures de cette technologie. On notera, en outre, que les puces qui comportent un très grand nombre de sondes élémentaires présentent l'inconvénient d'être coûteuses, ce qui limite de surplus leur utilisation. Un objet de la présente invention est de proposer un microarray n'impliquant pas l'usage de systèmes de détection perfectionnés. Ceci est possible du fait que le nombre total de sondes immobilisées sur le support est inférieur à 250, ce qui permet une lecture directe sans utiliser d'appareils de lecture perfectionnés. Ceci est à opposer aux microarrays comportant un très grand nombre de sondes élémentaires, supérieur à 1000, voir à 10000 ou plus. De nombreux domaines scientifiques ont trouvé un intérêt dans l'utilisation des microarrays. C'est notamment le cas de la biologie végétale où le microarray a de nombreuses applications. On peut citer par exemple le sous domaine des plantes transgéniques. A titre indicatif, dans le document US 2006/015970 qui décrit des séquences nucleotidiques utiles pour l'obtention de plantes transgéniques, le microarray est utilisé pour mesurer les taux d'ARNm dans les cellules de plantes transformées et il permet le contrôle simultané de taux de transcrits de milliers de gènes. A nouveau, la taille du génome des plantes implique la complexification du microarray. Un objet de la présente invention est de proposer un microarray utile dans le domaine des végétaux, moins complexe que ceux jusqu'à ce jour décrits dans l'art antérieur. Les cellules végétales comportent trois types d'ADN : l'ADN nucléaire, l'ADN mitochondrial et l'ADN plastidial. Les microarrays portant des séquences de gènes nucléaires ont été les premiers à paraître sur le marché. A ce jour, la mesure de l'expression des gènes plastidiaux est d'un grand intérêt. En effet, de plus en plus d'industries utilisent les plastes, -->notamment les chloroplastes, pour la production de protéines et un système de contrôle doit donc être mis en place. En outre, si on considère que les herbicides affectent les fonctions chloroplastiques, le microarray trouve également application dans le domaine des herbicides où il peut, par exemple, permettre de corréler l'usage des herbicides sur l'expression d'un gène du chloroplaste. Arabidopsis thaliana est une plante modèle en génétique. Le séquençage de son génome indique une taille de génome de 125 Mb et on prédit 29000 gènes codant pour des protéines. Son génome plastidial est composé d'une centaine de copies d'un chromosome plastidial circulaire d'environ 150kb. Chaque génome plastidial comporte environ 120 gènes dont près de 80 codent des protéines. Arabidopsis thaliana présente de nombreux avantages liés à sa facilité de culture en laboratoire, sa rapidité de développement et sa prolificité. Un objet de la présente invention est de proposer un système simple permettant l'évaluation de l'expression de l'ensemble des gènes plastidiaux, qui soit applicable à plusieurs plantes supérieures. Jean-Jacques Favory et al. (Nucleic Acids Research, 2005 ; 33(18) : 5991-9) ont étudié l'expression du gène SIG4 dans un mutant sig4 d' Arabidopsis thaliana et utilisé un microarray plastidial préparé à partir d'Arabidopsis thaliana, le microarray étant préparé à partir de produits PCR. Immobiliser du matériel nucléique double brin à la surface du support présente l'inconvénient de ne pas permettre la distinction entre l'expression du gène et l'expression du brin anti-sens, ce qui est aujourd'hui fondamental afin de mettre en évidence de nouveaux modes de régulation de l'expression des gènes plastidiaux. Un objet de la présente invention est de proposer un microarray permettant une hybridation très spécifique des transcrits et la distinction entre l'expression du gène et l'expression du brin anti-sens. La présente invention propose un microarray répondant à tous ces objets. -->Description des séquences : SEQ ID No. 1 : Sonde oligonucléique du gène L23 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 2 : Sonde oligonucléique du gène ndhB d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 3 : Sonde oligonucléique du gène rps7 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 4 : Sonde oligonucléique du gène ccsA(ycf5) d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 5 : Sonde oligonucléique du gène ArthCp072 rpl32 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 6 : Sonde oligonucléique du gène L2 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 7 : Sonde oligonucléique du gène petD d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 8 : Sonde oligonucléique du gène petB d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 9 : Sonde oligonucléique du gène psbH d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 10 : Sonde oligonucléique du gène psbT d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 11 : Sonde oligonucléique du gène psbB d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 12 : Sonde oligonucléique du gène rpl33 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 13 : Sonde oligonucléique du gène psaJ d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 14 : Sonde oligonucléique du gène petG d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 15 : Sonde oligonucléique du gène petL d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 16 : Sonde oligonucléique du gène petA d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 17 : Sonde oligonucléique du gène cemA(ycflO) d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 18 : Sonde oligonucléique du gène ycf4 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 19 : Sonde oligonucléique du gène psal d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 20 : Sonde oligonucléique du gène rbcL d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 21 : Sonde oligonucléique du gène psbZ(ycf9) d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 22 : Sonde oligonucléique du gène psbC d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 23 : Sonde oligonucléique du gène psbD d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 24 : Sonde oligonucléique du gène ycf6(petN) d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 25 : Sonde oligonucléique du gène psbl d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 26 : Sonde oligonucléique du gène psbK d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 27 : Sonde oligonucléique du gène rps18 d'Arabidopsis thaliana -->SEQ ID No. 28 : Sonde oligonucléique du gène accD d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 29 : Sonde oligonucleique du gène rps12(transsplicing) d'Arabidopsis thaliana SEQ D No. 30 : Sonde oligonucléique du gène ycf2 d'Arabidopsis thaliana SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ SEQ D No. 31 : Sonde oligonucléique du gène orf77 d'Arabidopsis thaliana D No. 32 : Sonde oligonucléique du gène ycfl d'Arabidopsis thaliana D No. 33 : Sonde oligonucléique du gène rps15 d'Arabidopsis thaliana D No. 34 : Sonde oligonucléique du gène ndhH d'Arabidopsis thaliana D No. 35 : Sonde oligonucléique du gène ndhA d'Arabidopsis thaliana D No. 36 : Sonde oligonucléique du gène ndhl d'Arabidopsis thaliana D No. 37 : Sonde oligonucléique du gène ndhG d'Arabidopsis thaliana D No. 38 : Sonde oligonucléique du gène ndhE d'Arabidopsis thaliana D No. 39 : Sonde oligonucléique du gène psaC d'Arabidopsis thaliana D No. 40 : Sonde oligonucléique du gène ndhD d'Arabidopsis thaliana D No. 41 : Sonde oligonucléique du gène ndhF d'Arabidopsis thaliana D No. 42 : Sonde oligonucléique du gène ycfl d'Arabidopsis thaliana D No. 43 : Sonde oligonucléique du gène rps19 d'Arabidopsis thaliana D No. 44 : Sonde oligonucléique du gène rpl22 d'Arabidopsis thaliana D No. 45 : Sonde oligonucléique du gène rps3 d'Arabidopsis thaliana D No. 46 : Sonde oligonucléique du gène rpl16 d'Arabidopsis thaliana D No. 47 : Sonde oligonucléique du gène rpl14 d'Arabidopsis thaliana D No. 48 : Sonde oligonucléique du gène rpsδ d'Arabidopsis thaliana D No. 49 : Sonde oligonucléique du gène rpl36 d'Arabidopsis thaliana D No. 50 : Sonde oligonucléique du gène rps11 d'Arabidopsis thaliana D No. 51 : Sonde oligonucléique du gène rpoA d'Arabidopsis thaliana D No. 52 : Sonde oligonucléique du gène psbN d'Arabidopsis thaliana D No. 53 : Sonde oligonucléique du gène clpP d'Arabidopsis thaliana D No. 54 : Sonde oligonucléique du gène rpl20 d'Arabidopsis thaliana D No. 55 : Sonde oligonucléique du gène psbE d'Arabidopsis thaliana D No. 56 : Sonde oligonucléique du gène psbF d'Arabidopsis thaliana D No. 57 : Sonde oligonucléique du gène psbL d'Arabidopsis thaliana D No. 58 : Sonde oligonucléique du gène psbJ d'Arabidopsis thaliana D No. 59 : Sonde oligonucléique du gène atpB d'Arabidopsis thaliana D No. 60 : Sonde oligonucléique du gène atpE d'Arabidopsis thaliana D No. 61 : Sonde oligonucléique du gène ndhC d'Arabidopsis thaliana D No. 62 : Sonde oligonucléique du gène ndhK d'Arabidopsis thaliana -->SEQ ID No. 63 : Sonde oligonucléique du gène ndhJ d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 64 : Sonde oligonucléique du gène rps4 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 65 : Sonde oligonucléique du gène ycf3(psa assembly) d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 66 : Sonde oligonucléique du gène psaA d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 67 : Sonde oligonucléique du gène psaB d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 68 : Sonde oligonucléique du gène rps14 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 69 : Sonde oligonucléique du gène psbM d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 70 : Sonde oligonucléique du gène rpoB d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 71 : Sonde oligonucléique du gène rpoCI d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 72 : Sonde oligonucléique du gène rpoC2 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 73 : Sonde oligonucléique du gène rps2 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 74 : Sonde oligonucléique du gène atpl d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 75 : Sonde oligonucléique du gène atpH d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 76 : Sonde oligonucléique du gène atpF d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 77 : Sonde oligonucléique du gène atpA d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 78 : Sonde oligonucléique du gène rps16 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 79 : Sonde oligonucléique du gène matK d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 80 : Sonde oligonucléique du gène psbA d'Arabidopsis thaliana SEQ ID No. 81 : Génome plastidial d'Arabidopsis thaliana Description de l'invention La présente invention concerne un microarray plastidial comprenant un support solide ou matrice qui comprend une multiplicité de sites élémentaires, chaque site élémentaire comprenant plusieurs copies d'une même sonde d'acide nucléique, la dite sonde étant simple brin, comprenant entre 50 et 70 nucléotides et correspondant à un oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana ou à un oligonucléotide anti-sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana, la totalité du génome codant chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana étant représentée sur le microarray. -->La présente invention concerne également aussi un procédé de préparation du microarray tel que ci-dessus défini, selon lequel : a) on dispose d'un support solide, et b) on procède à la fixation des sondes à la surface du support. La présente invention concerne également un procédé de détection du microarray tel que ci-dessus défini, comprenant : a) la mise en contact de l'échantillon nucléique cible avec le microarray, de manière à permettre l'hybridation b) la détection de l'hybridation La présente invention concerne aussi l'utilisation du microarray tel que ci-dessus défini, pour établir un profil d'expression des gènes de plastes chez les plantes. La présente invention concerne aussi un jeu de sondes pour la mesure de l'expression des gènes de plastes de végétaux, comprenant au moins deux sondes choisies parmi : (a) un oligonucléotide selon l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (b) un oligonucléotide anti-sens de l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (c) un oligonucléotide présentant au moins 70 % d'identité avec l'oligonucléotide selon (a) ou (b). Enfin la présente invention concerne un kit comprenant un microarray tel que ci-dessus défini. Microarray La présente invention concerne donc un microarray destiné à la détermination (existence ou non, et/ou mesure) de l'expression des gènes plastidiaux des végétaux. -->Par "microarray" ou "puce", on entend un support solide, ou matrice, comprenant du matériel nucléique immobilisé en des sites élémentaires, le cas échéant repérés selon tout référentiel approprié. Selon la présente invention, chaque site élémentaire comprend plusieurs copies d'une même sonde d'acide nucléique. Les sites élémentaires sont par exemple disposés en lignes et colonnes. Par "oligonucléotide anti-sens", on entend tout oligonucléotide monocaténaire complémentaire de l'oligonucléotide fragment du brin codant (ou brin sens). Par exemple, la séquence nucléotidique 5' GCACG 3' a pour séquence anti-sens 5' CGTGC 3'. Le support sur lequel est fixé le matériel nucléique se présente sous la forme d'une surface plane, poreuse, ou percée de puits. Il comporte une face utile ou surface opératoire comprenant le matériel nucléique immobilisé (i.e. les sondes) destiné à être au contact de l'échantillon. Le matériau constitutif d'un tel support est par exemple du silicium, un verre, ou une matière plastique, par exemple une résine de synthèse thermodurcie ou thermoplastique, par exemple un polypropylène ou une résine polyacrylamide. Le support peut comporter plusieurs matériaux, par exemple un matériau dur, tel que du verre, sur lequel est déposé une membrane de nylon ou une membrane de nitrocellulose. Selon la présente invention, le matériau constitutif du support est non conducteur d'électricité. Le microarray de la présente invention est de forme carrée ou rectangulaire et présente une taille inférieure à 100 cm 2 , par exemple inférieure à 10 cm 2 . Le microarray de l'invention est à usage unique ou non. Il est mis en œuvre aux fins d'une détermination biologique moléculaire. Ce microarray peut être utilisé avec un appareil ou instrument distinct et complémentaire. Le microarray de l'invention est mis en contact avec un échantillon d'intérêt, liquide ou fluide, immobile ou en mouvement, comprenant au moins une espèce cible, en suspension ou en solution, éventuellement marquée, et délivrant au moins un signal en relation avec la présence, et/ou la nature, et/ou la structure et/ou la quantité de ladite espèce cible. Cet échantillon d'intérêt est appelé "échantillon nucléique cible" selon la présente invention. -->Selon la présente invention, chaque site élémentaire du support comporte plusieurs copies d'une même sonde d'acide nucléique. Par "sonde", on entend toute séquence d'ADN correspondant à une partie d'un gène donné et le reconnaissant spécifiquement. Les sondes immobilisées en chaque site élémentaire du support sont simple brin, i.e. monocaténaires. Elles comportent entre 50 et 70 nucléotides, de préférence entre 55 et 65 nucléotides, avantageusement 60±1 nucléotides. La longueur des sondes est choisie de manière à être optimale, entre un minimum qui serait la limite de spécificité pour l'hybridation et un maximum qui rendrait la synthèse sans erreur difficile et coûteuse. Les sondes de la présente invention peuvent être préparées par les techniques classiques de synthèse de chimie organique dans des appareils automatisés. On parle d'oligosondes de synthèse. En général, la voie chimique des phosphoramidites est utilisée pour la synthèse d'oligonucléotides. Une fois synthétisé par les automates pilotés par des microprocesseurs, l'oligonucléotide doit être purifié pour éliminer les produits de réactions ayant avorté. Cette purification peut être réalisée par électrophorèse préparative en gel d'acrylamide, par HPLC sur colonne phase inverse ou en échange d'ions. Chaque sonde correspond à un fragment d'un gène codant chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana. Les séquences nucleotidiques des sondes sont choisies de manière à permettre l'hybridation de séquences nucleotidiques cibles complémentaires, isolées à partir de diverses plantes supérieures d'intérêt agronomiques En d'autres termes, chaque sonde doit être générique. Arabidopsis thaliana est une plante modèle en génétique. Il existe des similitudes entre les génomes plastidiaux des différentes espèces de plantes. Pour chaque gène considéré, les inventeurs ont donc recherché et mis en évidence des similitudes entre les séquences de différentes espèces de plantes, et trouver des sondes susceptibles d'hybrider du matériel génétique issu de différentes espèces. Les séquences choisies sont communes à plusieurs plantes avec un pourcentage défini d'identité ou de similarité. Le génome d'Arabidopsis thaliana, y compris son génome plastidial, est à ce jour entièrement séquence. Les séquences du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana sont accessibles sur le site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ en utilisant le code NC_000932. Le génome plastidial d'Arabidopsis thaliana est repris dans son intégralité à la SEQ ID No. -->81. Les inventeurs ont comparés les séquences codantes des gènes chloroplastidiaux de cette plante avec celles de gènes chloroplastidiaux d'autres plantes modèles, notamment la tomate, le riz, le maïs, le tabac, la luzerne, le blé et l'épinard, c'est-à-dire d'autres plantes d'intérêt agronomique. Les méthodes de mesure et d'identification du degré d'identité et du degré de similarité entre les séquences d'acides nucléiques sont bien connues de l'homme du métier. On peut employer par exemple Vector NTi Vector NTi 9.1.0, programme d'alignement AlignX (Clustal W algorithm) (Invitrogen INFORMAX, http://www.invitrogen.com). De préférence, on utilise les paramètres par défaut. Selon un mode de réalisation de l'invention, la séquence de chaque sonde est choisie pour être identique à plus de 50% avec une séquence nucléique d'au moins une plante choisie parmi la tomate, la luzerne, le tabac, le riz, l'épinard, le blé et le maïs. Par "identité" ou "sondes présentant un certain pourcentage d'identité", on entend des oligonucléotides invariants ou inchangés au pourcentage près défini entre deux séquences. Ces oligonucléotides peuvent présenter une délétion, une addition ou une substitution d'au moins un nucléotide par rapport au oligonucléotide de référence. De manière avantageuse, la séquence de chaque sonde est choisie pour être identique à plus de 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% et de préférence 98%, avec une séquence nucléique d'au moins une plante choisie parmi la tomate, la luzerne, le tabac, le riz, l'épinard, le blé et le maïs. Selon un autre mode de réalisation de la présente invention, la séquence de chaque sonde est choisie pour être identique à plus de 50% avec une séquence nucléique d'au moins deux plantes choisie parmi la tomate, la luzerne, le tabac, le riz, l'épinard, le blé et le maïs. De manière avantageuse, la séquence de chaque sonde est choisie pour être identique à plus de 60%, 65%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% et de préférence 98%, avec une séquence nucléique d'au moins deux plantes choisie parmi la tomate, la luzerne, le tabac, le riz, l'épinard, le blé et le maïs. Le génome plastidial de ces plantes est accessible sur le site http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ en utilisant les codes suivants : -->n Tomate NC 007898 Luzerne NC 003119 Tabac NC 001879 Riz NC 001320 Epinard NC 002202 Blé NC 002762 Maïs NC 001666 Selon la présente invention, les sondes sont également choisies afin de ne présenter ni structures secondaires internes qui empêchent l'hybridation, ni répétitions internes au-delà d'un seuil de 6 nucléotides. Les conditions d'hybridation sont précisées ci-après. En outre, selon un mode de réalisation de la présente invention, les sondes sont choisies de façon à "homogénéiser" la distance du premier nucléotide de la sonde en 5' au codon initiateur du gène d'Arabidopsis thaliana correspondant. Par "homogénéiser", il faut comprendre que l'on choisit les sondes de manière à ce que la distance entre le 1 er nucléotide de la sonde et l'ATG initiateur du gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana soit de préférence inférieure à 200 nucléotides pour un maximum de sondes du microarray. Les intérêts d'une homogénéisation des distances sont nombreux. Parmi ceux-ci figure notamment la possibilité d'analyse directe des transcrits produits in vitro. En effet, de tels transcrits marqués in vitro peuvent s'hybrider même si l'allongement de la transcription est incomplet. L'homogénéisation des distances permet en outre une analyse semi quantitative de l'expression des gènes entre eux. En effet, lorsque les séquences marquées se situent à une même distance de l'ATG initiateur, on peut aisément comparer les quantités relatives des transcrits d'un gène à l'autre, par exemple par le biais de marquage des acides nucléiques cibles par la méthode dite de "run on". Ainsi, avantageusement pour ce qui est des sondes du microarray plastidial, au moins 50% des séquences correspondant à un oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana sont choisies pour être situées à moins de 200 nucléotides du codon initiateur. Encore plus avantageusement, au moins 70%, 80% ou 90% des séquences correspondant à un -->oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana sont choisies pour être situées à moins de 200 nucléotides du codon initiateur. Selon la présente invention, la totalité du génome codant plastidial d'Arabidopsis thaliana est représentée sur le microarray. Le génome plastidial de cette plante peut être qualifié de petit car il comporte 111 gènes, parmi lesquels figurent 80 gènes codant des protéines, les gènes des ARNr et les gènes des ARNt. Ainsi selon la présente invention, au moins la totalité des 80 gènes codant des protéines du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana est représentée sur le microarray. Avantageusement, la totalité des 80 gènes codant des protéines du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana et au moins un gène des ARNr ou ARNt est représentée sur le microarray. De manière encore plus avantageuse, la totalité du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana est représentée sur le microarray, c'est-à-dire les 111 gènes. Selon l'invention, des oligosondes de ces gènes et des oligosondes du brin anti-sens de ces gènes sont immobilisées sur le support du microarray en vue de mesurer l'expression des gènes plastidiaux des végétaux et l'expression anti-sens de ces gènes. Ceci est possible car les sondes sont monocaténaires. L'art antérieur dans sa globalité décrit des microarrays sur lesquels sont réalisés des dépôts de produits de PCR. De tels microarrays ne permettent pas de distinguer l'expression sens et anti-sens des gènes. Le nombre de sondes est dépendant du nombre de gènes représentés sur le microarray. Lorsque la totalité du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana des 80 gènes codant pour des protéines est présente sur le microarray, le nombre de sondes est de 160 (80 oligosondes sens et 80 oligosondes anti-sens) si chaque site élémentaire comporte plusieurs copies d'une seule et même sonde. Si chaque site élémentaire du support du microarray comporte plusieurs copies d'une première sonde d'acide nucléique et plusieurs copies d'une seconde sonde d'acide nucléique, antisens de la première sonde, alors le microarray comporte 80 sites élémentaires. Lorsque la totalité du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana est représenté sur le microarray, le nombre de sondes est de 222 (111 oligosondes sens et 111 oligosondes anti-sens) si chaque site élémentaire comporte plusieurs copies d'une seule et même sonde. En outre, à la condition que chaque site élémentaire du support comprenne plusieurs copies d'une même et unique sonde, le support comprend entre 160 et 222 sites élémentaires. Si chaque site -->élémentaire du support du microarray comporte plusieurs copies d'une première sonde d'acide nucléique et plusieurs copies d'une seconde sonde d'acide nucléique, antisens de la première sonde, alors le support comporte entre 80 et 111 sites élémentaires. Bien entendu, il se peut que le microarray de la présente invention soit représenté sur plus d'un support s'il n'est pas possible de déposer la totalité des sondes sur un seul et même support. Selon un mode de réalisation de la présente invention, il est possible de procéder au marquage des sondes, plutôt qu'au marquage de l'échantillon nucléique cible. De manière générale, le marquage du matériel nucléique permet la détection de l'hybridation. Selon un autre mode de réalisation de la présente invention, chaque site élémentaire du support du microarray comporte plusieurs copies d'une première sonde d'acide nucléique et plusieurs copies d'une seconde sonde d'acide nucléique, antisens de la première sonde, les deux sondes étant marquées de manière différente. Dans un mode de réalisation préféré, chacune des sondes est choisie dans le groupe des séquences suivantes : (a) un oligonucléotide selon l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (b) un oligonucléotide anti-sens de l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (c) un oligonucléotide présentant au moins 70 % d'identité avec l'oligonucléotide selon (a) ou (b). L'invention se rapporte à un microarray à la surface duquel se trouve en chaque site élémentaire du support un oligonucléotide comportant entre 50 et 70 nucléotides, de préférence entre 55 et 65 nucléotides, avantageusement 60±1 nucléotides. Cet oligonucléotide est choisi dans le groupe constitué par SEQ ID No. 1 à 80, un oligonucléotide antisens de l'une de SEQ ID No. 1 à 80 et un oligonucléotide présentant au moins 70% d'identité avec l'une de SEQ ID No.1 à 80. L'oligonucléotide peut avantageusement être choisi parmi des oligonucléotides présentant au moins 70 %, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% et de préférence au moins 99% d'identité avec l'une des séquences SEQ ID No. 1 à 80. -->Par "identité" ou "oligonucléotides présentant un certain pourcentage d'identité", on entend des oligonucléotides invariants ou inchangés au pourcentage défini entre deux séquences. Ces oligonucléotides peuvent par exemple présenter une délétion, une addition ou une substitution d'au moins un nucléotide par rapport au oligonucléotide de référence. A toutes fins utiles, un bon nombre de techniques de biologie moléculaire sont décrites par Sambrook et al. (Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 1989). Procédé de préparation du microarray La présente invention concerne également un procédé de préparation du microarray, procédé selon lequel : a) on dispose d'un support tel que ci-dessus défini, b) on procède à la fixation des sondes à la surface du support. Pour ce qui est de la fixation à proprement parler, on peut utiliser une micropipette, par exemple manuelle ou robotisée. Selon un mode de réalisation de la présente invention, on ajoute éventuellement une substance réalisant la fixation des sondes à la surface du support. A titre indicatif, on peut citer la polylysine. Procédé de détection La présente invention concerne également un procédé de détection du microarray tel que ci-dessus défini, ledit procédé comprenant : a) la mise en contact de l'échantillon nucléique cible avec le microarray, de manière à permettre l'hybridation, et b) la détection de l'hybridation. Les conditions d'hybridation sont précisées ci-après. -->Par "échantillon nucléique cible", on entend un échantillon nucléique capable de s'hybrider de manière sélective aux oligonucléotides immobilisés à la surface du support, appelés sondes, et partie intégrante du microarray selon l'invention (appariements G-C et T-A). L'échantillon nucléique cible nécessite d'être préparé. L'ADNc est obtenu avec une reverse transcriptase ARN à partir d'une amorce complémentaire au transcrit dans une région positionnée dans le gène aussi prêt que possible de l'o igonucléotide servant de sonde ou à partir d'un hexanucléotide aléatoire. Les séquences cibles s'hybrident avec les séquences sondes à un niveau supérieur au bruit de fond de manière significative. Le niveau du signal généré par l'interaction entre la séquence capable de s'hybrider de manière sélective et la séquence sonde esl généralement 10 fois, de préférence 100 fois, plus intense que celui de l'interaction des autres séquences d'ADN générant le bruit de fond. Les conditions d'hybridation stringentes permettant une hybridation sélective sont bien connues de l'homme du métier. En général, la température d'hybridation et de lavage est inférieure d'au moins 5°C au Tm de la séquence de référence à un pH donné et pour une force ionique donnée. Typiquement, la température d'hybridation est d'au moins 30°C pour un oligonucléotide de 15 à 50 nucléotides et d'au moins 60°C pour un oligonucléotide de plus de 50 nucléotides. A titre d'exemple, l'hybridation est réalisée dans le tampon suivant : 6X SSC, 50 mM Tris-HCI (pH 7.5), 1 mM EDTA, 0.02% PVP, 0.02% Ficoll, 0.02% BSA, 500 μg/ml sperme de saumon dénaturé DNA. Les lavages sont par exemple réalisés successivement à faible stringence dans un tampon 2X SSC, 0,1 % SDS, à moyenne stringence dans un tampon 0,5X SSC, 01%o SDS, et à forte stringence dans un tampon 0,1X SSC, 0,1 %SDS. L'hybridation peut bien entendu être effectuée selon d'autres méthodes usuelles bien connues de l'homme du métier (voir notamment Sambrook et al., Molecular Cloning : A Laboratory Manual, 1989). L'étape a) du procédé est également appelée phase d'hybridation sonde-cible. Selon la présente invention, peut être marqué l'oligonucléotide sonde ou le matériel nucléique cible. Par "marquage" ou "marqué", on entend la caractéristique selon laquelle on fixe sur une entité, de manière covalente ou autre, un marqueur, -->c'est-à-dire un substituant ou reste permettant, avec ou sans l'aide d'un moyen extérieur, tel que l'illumination, avec ou sans étape postérieure, telle que mise en contact avec un substrat, de produire un signal détectable. On distingue le marquage par les isotopes radioactifs et le marquage non radioactif. Pour ce qui du marquage radioactif, en pratique le 32 P, le 35 S et le 3 H sont les trois radioéléments utilisés en biologie moléculaire. Les nucléotides marqués au 32 P doivent être utilisés dans les jours qui suivent car le 32 P présente une demi-vie brève (15 jours). Il faut en moyenne 10 8 cpm/μg d'acides nucléiques. La durée de vie du 35 S est quatre fois plus longue mais les analyses sont moins sensibles. Concernant le marquage non radioactif ou marquage froid, il existe un grand nombre de systèmes. Certains font appel à un couple de ligands, par exemple l'avidine ou la streptavidine et la biotine. Dans ce cas, on incorpore la biotine dans le matériel nucléique cible. On peut également citer, à titre indicatif, le système basé sur la sulfonation des cytosines et le système basé sur la bioluminescence. Le matériel nucléique peut également être marqué à l'aide d'un fluorochrome. L'échantillon nucléique cible peut également être marqué en 5' par une T4 polynucléotide kinase ou en 3' par une T4 RNA ligase. Il peut également être marqué in vitro par synthèse d'ARN en présence d'un nucléotide marqué, par transcription d'une matrice ou par la technique dite de "run on", selon laquelle les cellules sont incubées en présence de ribonucléosides triphosphates radioactifs. Après lavage et autoradiographie, l'intensité des taches est proportionnelle à la quantité de RNA néosynthétisés donc au taux de transcription. Cette technique est principalement comparative. Elle permet d'apprécier des variations du taux de transcription, sous réserve que ces variations soient suffisamment importantes. Selon un mode de réalisation de la présente invention, les sondes d'acide nucléique sont marquées, de manière à permettre la détection de l'hybridation. L'étape b) du procédé consiste à détecter l'hybridation. Il s'agit de déterminer les sondes qui ont été effectivement hybridées, c'est-à-dire de repérer à quelles adresses les sondes sont complémentaires des cibles de l'échantillon nucléique. -->Les signaux d'hybridation sont détectés selon le type de marquage, radioactivité ou fluorescence, par mesure radiographique ou par fluorescence, et quantifiés. Par exemple, une lecture optique permet de révéler les sondes devenues fluorescentes, hybridées avec le matériel nucléique cible marqué. Les données récoltées peuvent être analysées par un logiciel-traitement d'images. Selon un mode de réalisation de la présente invention, l'étape de mise en contact est réalisée par incubation du microarray en présence d'un tampon d'hybridation comprenant l'échantillon nucléique cible marqué. A titre indicatif, ce dernier est marqué par fluorescence, c'est-à-dire à l'aide d'un fluorochrome devenant fluorescent lorsqu'il est excité par un faisceau lumineux). Le tampon d'hybridation est ensuite retiré, puis on expose le microarray à un second tampon de lavage, volatile, qui ne dénature pas l'hybridation spécifique à la surface du microarray. Le lavage est destiné à débarrasser le microarray des cibles nucléiques non hybridées. On retire le second tampon et on laisse ce second tampon s'évaporer pendant un temps suffisant. Enfin, on pose le filtre sur un écran photosensible déposé dans une cassette, puis après un temps variable d'exposition à l'obscurité, on scanne l'écran avec un scanneur de fluorescence ou de radioactivité (typiquement un phosphorimager). Jeu de sondes L'invention concerne également des jeux de sondes permettant d'établir un profil d'expression des gènes plastidiaux de plantes. Chaque sonde est spécifique d'un produit de transcription d'un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana. Les sondes sont capables de s'hybrider dans des conditions stringentes ou dans des conditions d'hybridation sur microarray, avec des transcrits ARN des gènes d'autres plantes, ou des compléments de ces transcrits. Dans une forme de réalisation particulière, le jeu de sondes décrit comprend une ou plusieurs sondes qui sont chacune dirigées sur une des séquences suivantes : -->(a) un oligonucléotide selon l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (b) un oligonucléotide anti-sens de l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (c) un oligonucléotide présentant au moins 70 % d'identité avec l'oligonucléotide selon (a) ou (b). Utilisation La présente invention concerne également l'utilisation du microarray tel que ci-dessus défini, pour établir un profil d'expression des gènes de plastes chez les plantes. Kit La présente invention concerne également un kit comprenant un microarray tel que ci-dessus défini. Selon un mode de réalisation de la présente invention, le kit comprend en outre le support, les solutions permettant l'hybridation et le marquage, par exemple le marquage par fluorescence des ARN cibles, et/ou les protocoles d'isolement des ARN adaptés aux différentes plantes. --> Description des figures Figure 1 : microarray après hybridation de l'échantillon nucléique cible isolé à partir de plantules d'Arabidopsis thaliana sauvage Figure 2 : microarray après hybridation de l'échantillon nucléique cible isolé à partir de plantules d'Arabidopsis thaliana d'un mutant particulier. Exemples A. Fabrication du microarray 1. Choix des sondes A partir du génome plastidial d'Arabidopsis thaliana (voir référence NC_000932 sur http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ pour ce qui est du génome chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana ou SEQ ID no. 81), les sondes dont les séquences sont définies ci-après sont retenues comme ayant un caractère universel, en particulier vis-à-vis des gènes choloroplastidiaux d'autres plantes notamment la tomate, le riz, le maïs et l'épinard. Par exemple, choix de la sonde SEQ ID No. 29 - gène rps12 TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC tomate NC 007898 TACCGGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC position : entre nucléotide n°99942 et 100001 Identité = 58/60 soit 96%, Gaps = 0/60 soit 0% TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC Luzerne medicago NC 003119 TACCGGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAAGCGTACTCTGGCAACTTTAC 29243 29184 Identité = 94%, gaps = 0/60 (0%) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC tabac NC X) 1879 TACCGGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC 100762 100821 -->Identité = 96%, gaps = 0/60 (0%) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC riz NC_001320 TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC 89180 89239 Identité = 98%, gaps = 0/60 (0%) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC épinard NC 002202 TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC 88937 88996 Identité = 98%, gaps = 0/60 (0%) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC Blé tendre (aestivum) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC NC 002762 88937 88996 Identité = 98%, gaps = 0/60 (0%) TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC maïs NC_001666 TACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCAGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTAC 129729 129670 Identité = 98%, gaps = 0/60 (0%) Tableau récapitulatif pour 8 sondes Sonde Sonde Sonde Sonde Sonde Sonde Sonde Sonde du gène du gène du gène du gène du gène du gène du gène du gène rps12 rpoA clpP psbF atpB ndhK psaA atpH Tomate 96 100 82 90 95 90 96 95 Luzerne 94 93 81 91 96 87 98 93 Tabac 96 100 89 90 95 91 96 96 Riz 98 83 80 88 95 91 96 90 Epinard 98 90 89 89 95 90 91 96 Blé 98 83 81 - 96 91 96 91 Maïs 98 85 80 87 93 90 96 93 Pour les 8 gènes testés, les séquences de 60 nucléotides choisis chez Arabidopsis thaliana sont similaires à celles des gènes correspondants de 7 -->plantes, avec un taux supérieur à 80%. Ceci autorise l'hybridation sur une membrane plastidiale d'Arabidopsis avec les ARN ou ADNc de 7 autres plantes. Des facteurs de correction sont possibles. Tableau de distance entre le 1 er nucléotide de la sonde et l'ATG initiateur du gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana. SEQ ID No.1 146 SEQ ID No.2 61 SEQ ID No.3 173 SEQ ID No.4 418 * SEQ ID No.5 26 SEQ ID No.6 135 SEQ ID No.7 32 SEQ ID No.8 24 SEQ ID No.9 112 SEQIDNo.10 1 SEQIDNo.11 151 SEQIDNo.12 4 SEQIDNo.13 34 SEQIDNo.14 54 SEQIDNo.15 20 SEQIDNo.16 197 SEQIDNo.17 217* SEQIDNo.18 22 SEQIDNo.19 37 SEQ ID No.20 65 SEQIDNo.21 40 SEQ ID No.22 125 SEQ ID No.23 36 SEQ ID No.24 1 SEQ ID No.25 40 SEQ ID No.26 95 SEQ ID No.27 1 SEQ ID No.28 1254* SEQ ID No.29 147 SEQ ID No.30 190 SEQIDNo.31 11 SEQ ID No.32 ? SEQ ID No.33 121 SEQ ID No.34 233* SEQ ID No.35 133 SEQ ID No.36 164 SEQ ID No.37 166 SEQ ID No.38 61 -->SEQ ID No 39 19 SEQ ID No 40 283* SEQ ID No 41 299* SEQ ID No 42 ? SEQ ID No 43 47 SEQ ID No 44 101 SEQ ID No 45 -1 SEQ ID No 46 12 SEQ ID No 47 -1 SEQ ID No 48 45 SEQ ID No 49 20 SEQ ID No 50 0 SEQ ID No 51 75 SEQ ID No 52 18 SEQ ID No 53 11 SEQ ID No 54 311* SEQ ID No 55 50 SEQ ID No 56 -1 SEQ ID No 57 0 SEQ ID No 58 16 SEQ ID No 59 185 SEQ ID No 60 0 SEQ ID No 61 24 SEQ ID No 62 151 SEQ ID No 63 125 SEQ ID No 64 188 SEQ ID No 65 4 SEQ ID No 66 89 SEQ ID No 67 3 SEQ ID No 68 120 SEQ ID No 69 0 SEQ ID No 70 155 SEQ ID No 71 9 SEQ ID No 72 5 SEQ ID No 73 48 SEQ ID No 74 38 SEQ ID No 75 185 SEQ ID No 76 41 SEQ ID No 77 116 SEQ ID No 78 62 SEQ ID No 79 1200 * SEQ ID No 80 7 * distance entre le 1 er nucléotide de la sonde et l'ATG initiateur du gène chloroplastidial dArabidopsis thaliana > à 200 nucléotides -->72 sondes sur les 80 présentent une distance entre le 1 er nucléotide de la sonde et l'ATG initiateur du gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana correspondant inférieure à 200 nucléotides, soit 90% des sondes. 2. Synthèse et marquages des sondes Les sondes sont synthétisées de la manière suivante : les réactions s'effectuent au sein d'une petite colonne contenant des microbilles de plastiques ou de verre sur lesquelles est fixé le premier nucléotide en 3' de l'oligonucléotide à synthétiser. Les fonctions réactives de ce nucléotide sont bloquées. Un cycle de réactions va permettre d'ajouter un nouveau nucléotide. Chaque cycle est composé des étapes suivantes : déblocage du phosphore en 5', activation, fixation du nucléotide suivant sous forme bloquée. Un cycle a une durée de 6 minutes environ, un nucléotide étant incorporé à chaque cycle. Pratiquement il suffit de charger les réservoirs de l'appareil de synthèse avec les réactifs appropriés, de taper la séquence désirée au clavier et de récupérer l'oligonucléotide synthétisé. Les sondes synthétisées sont, en l'espèce, marquées après synthèse. Le marquage s'effectue sur l'extrémité 5' par la T4 polynucléotide kinase. La sonde est incubée à 37°C pendant 45 minutes en présence de (γ 32 P)ATP etde l'enzyme. Les nucléotides qui n'ont pas réagi sont séparés de la sonde marquée. --> P 5' — — 3' OH oligonucléotide synthétique P * -P-P-ribose-adénine + T4 polynucléotide kinase P* 5' 3' OH oligonucléotide marqué 3. Fixation des sondes 10 pmol de sonde, correspondant à 190 ng, sont déposés en chaque site élémentaire du support, en l'espèce une membrane de nitrocellulose de dimension 12 cm x 8 cm. Les dépôts sont réalisés en double et espacés de 1 mm. B. Préparation de la cible 1 - Préparation des ARN Les ARN isolés de plantules d'Arabidopsis sont préparés selon une méthode standard comme indiqué dans Privât et al. (Plant Mol. Biol., 55, 385-399.) et sont conservés à -80°C. 2 μg d'ARN sont prélevés et traités deux fois avec à 2 u/μg de DNase I, à 37°C pendant 30 min, les ARN étant purifiés dans un mélange phénol/chloroforme (1 :1 , en volume). On ajoute aux 2 μg des ARN, 1 μl de la mixture des oligonucléotides 20-mers (0,1 pmol/μl), synthétisées selon les tableaux ci-dessous (tableaux 1 et 2), 1 ,5 μl des nucléotides dA, dG, dT (10 mM), 5 ml de α-[P32]-dCTP (10 μCi/μl, Amersham) en complétant à 18 μl d'eau. Les ARN sont ensuite dénaturés pendant 5 min à 65°C puis ils sont maintenus dans la glace. Exemple : amorces - Gène rps 12 -->position séquence Gène 1 ATGCCAACCA TTAAACAACT TATTAGAAAT ACAAGACAGC CAATCCGAAA CGTCACGAAA rps 12 61 TCCCCAGCGC TTCGGGGATG CCCTCAGCGA CGAGGAACAT GTACTCGGGT GTATACTATC 121 ACCCCCAAAA AACCAAACTC TGCTTTACGT AAAGTTGCCA GAGTACGATT AACCTCGGGA 181 TTTGAAATCA CTGCTTATAT ACCTGGTATT GGCCATAATT TACAAGAACA TTCTGTAGTC 241 TTAGTAAGAG GGGGAAGCGT TAAGGATTTA CCCGGTGTGA GATATCACAT TGTTCGAGGA 301 ACCCTAGATG CTGTCGGAGT AAAGGATCGT CAACAAGGGC GTTCTAGTGC GTTGTAGATT 361 CTTATCCAAG ACTTGTATCA TTTGATGATG CCATGTGAAT CGCTAGAAAC ATGTGAAGTG 421 TATGGCTAAC CCAATAACGA AAGTTTCGTA AGGGGACTGG AGCAGGCTAC CACGAGACAA 481 AAGATCTTCT TTCAAAAGAG ATTCGATTCG GAACTCTTAT ATGTCCAAGG TTCAATATTG 541 AAATAATTTC AGAGGTTTTC CCTGACTTTG TCCGTGTCAA CAAACAATTC GAAATGCCTC 601 GACTTTTTTA GAACAGGTCC GGGTCAAATA GCAATGATTC GAAGCACTTA TTTTTACACT 661 ATTTCGGAAA CCCAAGGACT CAATCGTATG GATATGTAAA ATACAGGATT TCCAATCCTA 721 GCAGGAAAAG GAGGGAAACG GATACTCAAT TTAAAAGTGA GTAAACAGAA TTCCATACTC 781 GATTTCAGAG ATACATATAT AATTCTGTGG AAAGCCGTAT TCGATGAAAG TCGTATGTAC 841 GGTTTGGAGG GAGATCTTTC ATATCTTTCG AGATCCACCC TACAATATGG GGTCAAAAAG 901 CCAAAATAA Amorce 111 GCCCTTGTTGACGATCCTTTAC reverse Amorce 48 TCAGCGACGAGGAACATG forward --> Tableau 1 - amorces RT reverse Nom Séquence Taille Position en aval de l'ohgo long accD RTAS CGGTGGAGTGACAGCTAG 18 19 atpA RTAS TTGACTGAACTTCCTTCTTGG 21 72 atpB RTAS TAGG AG ATGTTGTGCG AGTATC 22 127 atpE RTAS CCGCCCATC AG AGCCA TC 18 1 16 atpF RTAS CTTATCCGCTTCCGTTTCTAC 21 160 atpH RTAS TTAAACAAAAGGATTCGCAAAT 22 -21 atpl RTAS CTGCGGAACCTAATAAGATAGC 22 49 ccsA(ycf5) RTAS GCTCTCCAGTCCCAGTGG 18 4 cemA RTAS TGGTGGAATACTAGACAATGC 21 85 clpP RTAS GCCATTCCAGATATTACCCATC 22 143 L2 RTAS CGAGCACACGCAATGGAG 18 86 L23 RTAS GAATCAGGATCAACTAGGACAG 22 46 matK RTAS TTACGAGCCAAAGTTITAACAC 22 109 ndhA RTAS AATACTTGAGATGGCAATCC 20 207 ndhB RTAS ATGGCTATAACAGAGTTTCT 20 41 ndhC RTAS CTCATTGCCCACGGATACAG 20 150 ndhD RTAS AGAACTTCCTGCCGTGTAC 19 181 ndhE RTAS TGTTACGATAAATTG^ CGAGAC 22 119 ndhF RTAS CGAACACATTCCAACTAATTCC 22 93 ndhG RTAS ACCAACGAAGTAATCCCATTCC 22 60 ndhH RTAS CGAGCCATAACAGATGAGAAG 21 41 ndhl RTAS TCC A ATTTCC AATC AA C AAC AG 22 1 1 ndhJ RTAS TCGTGGATGGCTATCATAAGTG 22 174 ndhK RTAS GCAATAACATACTTCGGTTCAG 22 78 orf77 RTAS CGGTTGTTCGCTGTTCAAG 19 12 petA RTAS CTCGCTCCATATCTGTCTCAC 21 133 petB RTAS AGTAAAGTTTATGATTGGTTCG 22 -1 petD RTAS AAAAAACCAG ATTTG AATGATCC 23 -3 petG RTAS AATCGTCTTAGGTCTAATTCC 21 10 petL RTAS ATGCCTACTATAACTAGTTATTTC 24 -11 psaA RTAS ATGCCACTCAGCCAAAGAAAG 21 93 psaB RTAS CG AAGTCATGTGCGG TAGC 19 12 -->Nom Séquence Taille Position en aval de l'oligo long psaC RTAS TTGGACAGGCGGATTCAC 18 81 psal RTAS GACAACTTTCAATAACTTACCC 22 13 psaJ RTAS CTAAAAACATATCTTTCCGTAG 22 3 psbA RTAS TGGAGGAGCAGCAATGAATG 20 84 psbB RTAS CTGCTCTAGTTGCTGG TTGG 20 52 psbC RTAS TTTAGCTTTAGCTGGTCGTG 20 46 psbD RTAS TGACTATAGCCCTTGGTAAATT 22 13 psbE RTAS AGGGCTCCCGAACACATC 18 22 psbF RTAS AACTGCATTGCTGATATTGACC 22 26 psbH RTAS CTGGTCCAAGAAGCACTACTG 21 57 psbl RTAS ATGCTTACTCTC A A AC TTTT 20 20 psbJ RTAS ACCTAATCCTGAATATGAACCA 22 13 psbK RTAS AGTCGCCAAATTGCCA GAG 19 1 1 psbL RTAS AAACAGCAAGTACAAAAATGAG 22 9 psbM RTAS GGTTTTTACGTAAATTATAAGC 22 5 psbN RTAS CGAATGGATCTCTTAGTTGTTG 22 15 psbT RTAS ATGGAAGCATTGGTTTATAC 20 -19 psbZ(ycfP) RTAS ATGACTATTGCTTTCCAATTG 21 19 rbcL RTAS CACCACAAACAGAGACTAAAGC 22 39 rpll4 RTAS GAGGAGTATTTGGTATTGCTTC 22 73 rpllό RTAS TCCGCAGGTCTTACTGTAAC 20 147 rpl20 RTAS TCGTGTAAGCCGTGAATGAG 20 18 rpl22 RTAS CACAGTATTCCCTTGGTTCAC 21 94 rpl32 RTAS AAAACGTACTTCTATCTCG 19 27 rpl33 RTAS GGCCAAGGGTAAAGATGTTC 20 -18 rpl36 RTAS TTGTTTATGCCTCGGGTTGG 20 2 rpoA RTAS ATGTTCCTTCTATTTCG CC A AG 22 24 rpoB RTAS TGTTCTTGCATATTCCTACTGG 22 53 rpoC I RTAS TTGTCACCTCTCCAACTATCTC 22 24 rpoC2 RTAS TTGTTGTTCAGCATCTTGGAC 21 148 rps 1 1 RTAS GCGGAGGACCAAGAAATCAC 20 87 rps 12 RTAS GCCCTTGTTGACGATCCTTTAC 22 1 1 1 rpsl4_RTAS ACAAACATGCCTGAACCATTTC 22 72 rpsl5_RTAS AAGCCAGCAGTCGTTGACG 19 15 -->Nom Séquence Taille Position en aval de l'oligo long rps 16 RTAS TCCCAGCCTTCTTTGAAATATC 22 82 rps 18 RTAS ATGAATAAATCTAAGCGACTTT 22 -21 rps 19 RTAS CCTTCC ATTATG A ATA GCGATC 22 36 rps2 RTAS AACGAGCAGTTCTAGTCAG 19 30 rps3 RTAS TACGTGC A ATTCCCTC C ATAC 21 107 rps4 RTAS AGATGGTTTGGCAATTCCTCAG 22 221 rps7 RTAS TGGCTTATCAAATTATCTATCG 22 39 rps8 RTAS TTATTTCGTCTATGTCTTAGGG 22 79 ycfl RTAS GTTAATTGGTCACATTTTATTC 22 0 ycO RTAS TCTTCCGATGTATCATTTCTGG 22 102 ycO RTAS CCTGTTCTCC ACGGTA ATG AC 21 156 ycf4 RTAS ATGAGTTGGCGATCAGAATC 20 2 ycfό(petN) RTAS ATGGATATAGTAAGTCTCGC 20 -19 Tableau 2 - amorces RT forward Nom Séquence Taille Position en aval de l'oligo long accD RTS CAGCCGCTTGTGAACCTTC 19 23 atpA RTS CC ATTAGAGCCGACGA A ATTAG 22 89 atpB RTS ACAATGCTCTGGTGGTTAAG 20 37 atpE RTS ATGACCTTAAATCTTTGTGTAC 22 -20 atpF RTS TCGTTTACTTGGGTCACTG 19 2 atpH RTS TGTTGGGCTTGCTTCTATTGG 21 1 19 atpl RTS TCCATCAACACACTAATAAAAG 22 0 ccsA(ycf5) RTS CCGACTTTGCGAAATGTAATC 21 18 cemA RTS GG A ATA ACC ACTTAGA ATAACG 22 75 clpP RTS GCCTATTGGCGTTCCAAAAG 20 -9 L2 RTS TCTCTTCTCACCATCCCCATAG 22 85 L23 RTS GAATAACCCGGTTGAA GCG 19 28 matK RTS TGGGTTATCTGTCAAGTTTGC 21 127 ndhA RTS TGGGAATCATAACAGGTGTAC 21 2 -->Nom Séquence Taille Position en aval de l'oligo long ndhB RTS TCATAGTAGCCTCATTAGATCG 22 34 ndhC RTS ATGTTTCTGCTTTACGAATATG 22 4 ndhD RTS ACTGGAGAATGGGAATAGATGG 22 16 ndhE RTS ATGATACTCGAACATGTACTTG 22 41 ndhF RTS TTTGAGTTCGGTTACTTTATCG 22 33 ndhG RTS GGGTCTGGGAGTGGTATTAC 20 83 ndhH RTS TTGACTGTGAACCCATATTAGG 22 101 ndhl RTS TTATGGTCAACAAACCCTACG 21 116 ndhJ RTS GCTGGTTCATAGATCGTTGG 20 69 ndhK RTS GTCAAGACTTTCCAGCCTATG 21 49 orf77 RTS TGCTACTACTGAAACATGGAAG 22 -10 petA RTS GAACAGCTCCCACATTCAAAG 21 52 petB RTS GACAATAAAATATGTTGACATGC 23 1 petD RTS TCCGCAGGTTCACCAATC 18 92 petG RTS TAAAAGTCCAACTGATCACCAC 22 -21 petL RTS AAGTCGTATTTTGCTTAGACC 21 -3 psaA RTS CTTTCGAGGAATGGGCTAAAC 21 6 psaB RTS ATGGCATTAAGATTTCCAAGG 21 -16 psaC RTS ATTCAGTAAAAATTTATGATAC 22 -8 psal RTS GAATAACTAGAACGCTCATCC 21 181 psaJ RTS TA ATGC ATCTGG AAAT AAACG 21 -2 psbA RTS ATGACTGCAATTTTAGAGAGAC 22 -13 psbB RTS GCCAAATAGCTGCCAAGAAG 20 1 1 1 psbC RTS ACGGAAAGGTGTCTATAACTTC 22 126 psbD RTS AGCGAAATAGGCACAAGGAAAG 22 19 psbE RTS GGAGAACGTTCTTTTGCTG 19 18 psbF RTS TGACTATAGATAGGACCTATCC 22 -22 psbH RTS CTAATTCACTGAAATTCCATCC 22 30 psbl RTS CTTCACGTCCCGGATTAC 18 -10 psbJ RTS TGGCTGATACTACTGGAAGGAT 22 -5 psbK RTS AAACTTACAGCGGCTTGC 18 8 psbL RTS TGACACAATCAAATCCGAAC 20 -19 psbM RTS TGGAAGTAAATATTCTTGCATT 22 -21 psbN RTS TGGAAACAGCAACCCTAGTC 20 -1 -->Nom Séquence Taille Position en aval de l'oligo long psbT RTS AGTTGAAATTTTAGGTGGTTCC 22 12 psbZ(ycf9) RTS ACCAAGAAGACTAATCCAATCC 22 41 rbcL RTS TGGTAGCATCGTCCTTTGTAAC 22 112 rpll4 RTS ATGATTCAACCACAAACCT 19 19 rpll 6 RTS ATGCTTAGTCCAAAAAGAACC 21 -7 rpl20 RTS ATGACTAGAATTAAACGCGGA 21 -18 rpl22 RTS AAGCACGGAGAGTAATTGATC 21 6 rpl32 RTS CCTGTAGAAAGTGATTTCCCTA 22 -18 rpl33 RTS TGATTTCCCCGTGAATTGTATG 22 109 rpl36 RTS AAAATAAGGGCTTCCGTTCG 20 -1 rpoA RTS AGTATCTACTCGGACACTACAG 22 35 rpoB RTS GAGGG AACATCTGCAA TACC 20 1 19 rpoC I RTS GATCGATCGGTATAAACATC 20 -1 1 rpoC2 RTS TGGCGGAACGGGCCAATC 18 -12 rps 1 1 RTS ATGGCAAAACCTATATTAAGA 21 -20 rps 12 RTS TCAGCG ACG AGG A AC ATG 18 48 rps 14 RTS ATCATTTGATTCGTCGATCCTC 22 42 rps 15 RTS TCACTAATAAGATACGAAGAC 21 -2 rps 16 RTS CGATGTGGTAGAAAGCAACGA 21 22 rps 18 RTS GTCACTCTATTCACCCGTCTAG 22 83 rps 19 RTS TTGTAGC AAAGC ATTTA TTA AG 22 -1 rps2 RTS TTTGGAAGAGATGATGAGAG 20 4 rps3 RTS TGGGACAAAAAATAAATCCAC 21 -21 rps4 RTS AGGCAGGAAGCGATCTTAG 19 92 rps7 RTS AATAACCAACGAATGGCAAGTG 22 61 rps8 RTS GCTGATATAATAACCTCTATAC 22 7 ycfl RTS TCTCAATTCTGACACAAGGAAC 22 28 ycf2 RTS TGGACCCAATTCAATTCAGTG 21 84 ycf3 RTS GTCGGCTC A ATCTG A AG G A A 20 -16 ycf4 RTS TAATAAAGAGACCTGCGATCC 21 128 ycfό(petN) RTS ACTTCTTCCCCACACTACG 19 3 -->2 - Préparation des ADN monobrins par transcription reverse (RT). Le milieu réactionnel contient 6 μl de tampon 5x livré avec la reverse transcriptase Superscript AN (SSII) d'Invitrogen, 3 μl de dithiothréitol (DTT) 0,1 M, et 1μl d'inhibiteur de RNAse (RNA guard, Amersham). Le mélange est ajouté à la solution contenant les ARN puis est mis à 42°C pendant 3 min. On ajoute ensuite 1 ,5 μl de SSII. La réaction de RT dure 50 min à 42°C et est arrêtée par chauffage à 70°C pendant 15 min. Les ADNc obtenus sont traités par ajout d'1 μl de RNase H pendant 20 min à 37°C. 3 - Purification des ADNc Les nucléotides non incorporés sont éliminés en passant les ADNc au travers d'une microcolonne de billes de Sephadex G50, comme suit : aux 30 μl d'ADNc sont ajoutés 170 μl de tampon Tris-EDTA (TE) à pH 8, puis 200 ml du même tampon TE. L'ensemble est déposé sur la microcolonne et le passage est stocké dans un tube eppendorf. Après avoir déposé à nouveau 300 μl de tampon TE pH 8 sur la colonne, l'éluat rodioactif est récupéré dans un autre tube eppendorf. 4. Vérification de l'efficacité de la réaction RT Aux fins de vérification et pour comparer l'efficacité de la RT entre les différents échantillons 1 μl des ADNc marqués sont analysés par électrophorèses sur un gel d'acrylamide à 6%. Les quantités utilisées pour les hybridations sont ajustées pour avoir des incorporations de 32 P sensiblement égales. C. Hybridation des ADNc marqués sur les microarrays Le tampon d'hybridation contient, 100 ml de tampon phosphate (NaHPO 4 , 1 M, pH 5,2), 0,4 ml de Na 2 EDTA à 0,5 mM, 70 ml de SDS 20%, 2 g de BSA, et un complément d'H 2 O pour un volume final de 200 ml. Le tampon de lavage (500 -->ml) contient 40 mM de NaHPO 4 , pH 7,2, 1 mM de Na 2 EDTA et 7% SDS. Le tampon de déhybridation (500 ml) contient 0,5% de SDS et 0,01 % de SSC. Après une préhybridation pendant 1 h à 65 °C, l'hybridation est réalisée pendant 72 h à 65°C et est suivie d'un lavage pendant 10 min à température ambiante et pendant 5 min à 65 C C. D. Détection : mesure de la radioactivité hybridée Après une exposition des microarrays pendant 15 jours, la radioactivité est révélée avec un phosphorimager et les quantités relatives sont mesurées en utilisant un logiciel approprié. E. Analyse L'analyse est faite par un logiciel R ou tout autre logiciel adapté. Voir figures 1 et 2 La figure 1 représente un microarray après hybridation de l'échantillon nucléique cible isolé à partir de plantules d'Arabidopsis thaliana sauvage La figure 2 représente un microarray après hybridation de l'échantillon nucléique cible isolé à partir de plantules d'Arabidopsis thaliana mutant. On distingue des variations d'expression sur deux couples de sites élémentaire par comparaison entre les microarrays. --> REVENDICATIONS 1. Puce plastidiale comprenant un support solide qui comprend une multiplicité de sites élémentaires, chaque site élémentaire comprenant plusieurs copies d'une même sonde d'acide nucléique, la dite sonde étant simple brin, comprenant entre 50 et 70 nucléotides et correspondant à un oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana ou à un oligonucléotide anti-sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana, la totalité du génome codant chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana étant représentée sur la puce. 2. Puce selon la revendication 1 , dans laquelle la séquence correspondant à un oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana est choisie pour être identique à plus de 50% avec une séquence nucléique d'au moins une plante choisie parmi la tomate, la luzerne, le tabac, le riz, l'épinard, le blé et le maïs. 3. Puce selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle au moins la moitié des séquences correspondant à un oligonucléotide sens dans un gène chloroplastidial d'Arabidopsis thaliana est choisie pour être située à moins de 200 nucléotides du codon initiateur. 4. Puce selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle les sondes d'acide nucléique sont marquées, de manière à permettre la détection de l'hybridation. 5. Puce selon la revendication 4, dans laquelle chaque site élémentaire du support comporte plusieurs copies d'une première sonde d'acide nucléique et plusieurs copies d'une seconde sonde d'acide nucléique, antisens de la première sonde, les deux sondes étant marquées de manière différente. 6. Puce selon l'une quelconque des revendications précédentes, dans laquelle chaque site élémentaire comprend plusieurs copies d'une même sonde choisie parmi les séquences suivantes : -->(a) un oligonucléotide selon l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (b) un oligonucléotide anti-sens de l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (c) un oligonucléotide présentant au moins 70 % d'identité avec l'oligonucléotide selon (a) ou (b). 7. Procédé de préparation de la puce selon l'un quelconque des revendications 1 à 6, selon lequel : a) on dispose d'un support solide, et b) on procède à la fixation des sondes à la surface du support. 8. Procédé de détection de la puce selon l'un quelconque des revendications 1 à 6, comprenant : a) la mise en contact de l'échantillon nucléique cible avec la puce, de manière à permettre l'hybridation, et b) la détection de l'hybridation. 9. Utilisation de la puce selon les revendications 1 à 6, pour établir un profil d'expression des gènes de plastes chez les plantes. 10. Jeu de sondes pour la mesure de l'expression des gènes de plastes de végétaux, comprenant au moins deux sondes choisies parmi : (a) un oligonucléotide selon l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (b) un oligonucléotide anti-sens de l'une quelconque des séquences SEQ ID No:1 à 80, (c) un oligonucléotide présentant au moins 70 % d'identité avec l'oligonucléotide selon (a) ou (b). 11. Kit comprenant une puce selon l'une quelconque des revendications 1 à 6. 12. Kit selon la revendication 11 , comprenant en outre le support, les solutions permettant l'hybridation et le marquage et/ou les protocoles d'isolement des ARN adaptés aux différentes plantes.