Brevet FR2892730A1 — publié le 20070504

Procédé de détection du cancer La présente demande concerne des méthodes et compositions utilisables pour la détection du cancer chez les mammifères, en particulier les humains. Elle décrit notamment des marqueurs sériques des cancers et leurs utilisations dans des méthodes de diagnostic. Elle concerne également des outils et/ou kits utilisables pour la mise en oeuvre de ces méthodes (réactifs, sondes, amorces, anticorps, puces, cellules, etc.), leur préparation et leurs utilisations. L'invention est utilisable pour détecter la présence ou l'évolution d'un cancer chez les mammifères, notamment du cancer du sein, y compris en phase précoce. Chez la femme, le cancer du sein est la première cause de mortalité par cancer dans les pays industrialisés. L'âge est le facteur de risque le plus important. Ainsi, le risque augmente de 0,5% par année d'âge dans les pays occidentaux. D'autres facteurs de risques sont connus tels que le nombre des grossesses et l'âge de la première grossesse, l'allaitement, l'âge de la puberté et de la ménopause, les traitements oestrogéniques après la survenue de la ménopause, le stress et la nutrition. Le diagnostic du cancer du sein est généralement effectué par mammographie. Toutefois, il est estimé que la taille minimale d'une tumeur repérable par mammographie est de 1 cm, ce qui présente un passé évolutif de 8 ans en moyenne lors du diagnostic. Les petites tumeurs sont beaucoup moins malignes que ce que l'on peut extrapoler de leurs tailles : l'agressivité des grosses tumeurs ne vient pas seulement de leurs tailles, mais aussi de leur agressivité inhérente , qui augmente avec Page d'une tumeur (Bucchi et al., Br J Cancer 2005, p. 156-161 ; Norden T, Eur J Cancer 1997, p. 624-628). Le bénéfice d'une mammographie a été démontré sur des centaines de milliers de patientes ces 30 dernières années. Toutefois, des biais existent dans ces tests, tels que une dépendance de la sensibilité à Page, à la prise d'hormones, au nombre de mammographies effectuées, à l'expérience du médecin et autres (voir Fletcher and Elmore, NEJM 2003, p. 1672f or Baines CJ, Breast J 2005, S7-10). L'analyse de l'expression d'un panel de gènes cibles est également pertinente dans la lutte contre le cancer du sein, et on peut citer notamment l'analyse d'un panel de 176 gènes qui sont exprimés de manière différentielle entre des patientes exprimant le récepteur ER et des patientes n'exprimant pas le récepteur ER (Bertucci et al, Human Molecular Genetics, 2000 ; 9 : 2981-2991). On peut citer également l'analyse d'un panel de 37 gènes qui permet de diagnostiquer un cancer du sein d'une façon précoce (Sharma et al, , Breast cancer Research 2005, 7 : R634-R644). Toutefois, les patientes incluses dans cette étude avaient toutes des soupçons d'une maladie mammaire ( suspect initial mammogram ), et ce panel de gènes pourrait être mal adapté pour un test de routine de diagnostic du cancer du sein préalablement à toute mammographie. Il existe donc un besoin important de disposer d'outils et de tests diagnostiques capables de détecter le cancer de manière fiable, simple et à un stade précoce. La présente demande fournit un ensemble de marqueurs biologiques qui peuvent être utilisés, seuls ou en combinaison(s), de préférence en combinaison(s), pour détecter, caractériser ou suivre, de manière fiable, la présence ou l'évolution d'un cancer chez un mammifère, de préférence le cancer du sein. L'invention est particulièrement avantageuse dans la mesure où elle peut être mise en oeuvre à partir de sang total, sans nécessiter de biopsie tissulaire ni d'étapes de séparations. Plus particulièrement, la présente demande résulte de l'identification de marqueurs génétiques sériques caractéristiques de patientes humaines présentant un cancer du sein. Ces marqueurs correspondent par exemple à des variations d'épissage ou de niveaux d'expression de gènes, et peuvent permettre, seuls ou, avantageusement, en combinaison, de détecter chez des patients la présence ou le stade d'évolution d'un cancer. Ils permettent avantageusement de détecter la présence d'un cancer du sein, dès les phases précoces de celui-ci (c'est-à-dire notamment à un stade où une mammographie serait inefficace), de manière fiable et simple, à partir d'un échantillon de sang total. Un objet de la présente demande concerne une méthode pour détecter (in vitro ou ex vivo) la présence ou le risque de développer un cancer chez un mammifère, comprenant la détermination de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, d'une, de préférence plusieurs molécules cibles choisies parmi: a) les acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NOs: 1- 318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), c) les analogues fonctionnels d'acides nucléiques selon a) ou b), ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c), la présence (ou l'absence ou la quantité (relative)) de telles molécules cibles dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer un cancer chez ce mammifère. Dans une variante particulière de mise en oeuvre, la méthode comprend la détermination combinée de la présence ou absence ou quantité (relative) d'au moins 5, 10, 15, 20, 30, 40, 50, 60, 70 ou plus des molécules cibles telles que définies ci-dessus. La détermination "combinée" désigne le fait qu'un profil d'hybridation (ou une signature) impliquant plusieurs marqueurs est déterminé. La détermination combinée est typiquement réalisée de manière simultanée, c'est-à-dire par mesure globale d'un profil d'expression. Néanmoins, la détermination combinée peut également être effectuée par mesures en parallèle ou séquentielle de plusieurs marqueurs, conduisant à l'identification d'un profil. L'invention permet en effet d'établir et de déterminer un profil d'hybridation (ou une signature) sur un ensemble de marqueurs, afin d'évaluer la présence ou le risque de développer un cancer chez un mammifère. Le profil d'hybridation est typiquement réalisé en utilisant une combinaison de plusieurs marqueurs choisis par les cibles indiquées ci-dessus, par exemple contenant l'ensemble de ces cibles. Dans un mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, d'au moins 10 molécules cibles distinctes choisies parmi celles définies ci-dessus. Dans des modes préférés de mise en oeuvre, la méthode de l'invention comprend la détermination combinée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, de sous-ensembles particuliers de molécules cibles choisies parmi celles définies ci-dessus. De tels sous-ensembles, décrits dans les exemples, sont particulièrement adaptés à la détection, notamment en phase précoce, de la présence d'un cancer du sein chez des patientes à partir d'un échantillon de sang total. Ainsi, dans un mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination combinée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou ayant une séquence complémentaire de celles-ci et/ou des analogues fonctionnels de ceux-ci provenant d'autres espèces, et/ou des polypeptides codés par ces acides nucléiques. Les exemples fournis dans la présente demande montrent en effet que ce panel de marqueurs permet de détecter de manière prédictive la présence, le risque de développer ou le stade d'évolution d'un cancer. Dans un mode particulier, la méthode comprend en outre la détection d'une ou plusieurs des autres molécules cibles telles que définies précédemment. Dans un autre mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination combinée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 27, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 161, 188, 225, 228, 240, 280 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou ayant une séquence complémentaire de celles-ci et/ou des analogues fonctionnels de ceux-ci provenant d'autres espèces, et/ou des polypeptides codés par ces acides nucléiques. Les exemples fournis dans la présente demande montrent en effet que ce panel de marqueurs permet de détecter de manière prédictive la présence, le risque de développer ou le stade d'évolution d'un cancer. Dans un mode particulier, la méthode comprend en outre la détection d'une ou plusieurs des autres molécules cibles telles que définies précédemment. Dans un autre mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination simultanée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 13, 16-19, 23, 26-28, 47, 51-55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 229, 240, 248, 280, 281, 284, 299, 300, 310 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou ayant une séquence complémentaire de celles-ci et/ou des analogues fonctionnels de ceux-ci provenant d'autres espèces, et/ou des polypeptides codés par ces acides nucléiques. Les exemples fournis dans la présente demande montrent en effet que ce panel de marqueurs permet de détecter de manière prédictive la présence, le risque de développer ou le stade d'évolution d'un cancer. Dans un mode particulier, la méthode comprend en outre la détection d'une ou plusieurs des autres molécules cibles telles que définies précédemment. Dans un autre mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination simultanée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 7, 13, 14, 16-19, 23-28, 47, 51-55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 228, 229, 240, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298-300, 310 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou ayant une séquence complémentaire de celles-ci et/ou des analogues fonctionnels de ceux-ci provenant d'autres espèces, et/ou des polypeptides codés par ces acides nucléiques. Les exemples fournis dans la présente demande montrent en effet que ce panel de marqueurs permet de détecter de manière prédictive la présence, le risque de développer ou le stade d'évolution d'un cancer. Dans un mode particulier, la méthode comprend en outre la détection d'une ou plusieurs des autres molécules cibles telles que définies précédemment. Dans un autre mode de mise en oeuvre particulier, la méthode de l'invention comprend la détermination simultanée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 5, 7, 13, 14, 16-20, 23-28, 47, 51-55, 58, 64, 69, 80, 81, 88-90, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 188-191, 208, 222, 225, 228, 229, 236, 240, 242, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298-300 et 309-312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou ayant une séquence complémentaire de celles-ci et/ou des analogues fonctionnels de ceux-ci provenant d'autres espèces, et/ou des polypeptides codés par ces acides nucléiques. Les exemples fournis dans la présente demande montrent en effet que ce panel de marqueurs permet de détecter de manière prédictive la présence, le risque de développer ou le stade d'évolution d'un cancer. Dans un mode particulier, la méthode comprend en outre la détection d'une ou plusieurs des autres molécules cibles telles que définies précédemment. Dans un mode spécifique de mise en oeuvre, la méthode de l'invention comprend la détermination de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du mammifère, des acides nucléiques comprenant respectivement les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 1-318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, ou des acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de celles-ci. Molécule Cible La présente invention repose sur la mise en évidence et la caractérisation d'événements biologiques sériques caractéristiques de la présence d'un cancer du sein chez un patient humain. Ces événements constituent des biomarqueurs, dont la détection chez un patient permet, de préférence en combinaison, de déterminer, même à un stade précoce, le risque de développer un tel cancer ou la présence d'un tel cancer. Les événements biologiques identifiés correspondent typiquement à des modifications dans la régulation de l'expression de gènes. Il peut s'agir d'une inhibition partielle ou totale de l'expression de gènes ou de certaines formes de gènes, d'une augmentation de l'expression de gènes ou de certaines formes de gènes, de l'apparition ou de la disparition de formes d'épissages de gènes, etc. L'invention repose donc sur la détection, dans un échantillon, d'une ou plusieurs molécules cibles représentatives des événements biologiques ainsi identifiés. Comme indiqué précédemment, ces molécules cibles peuvent être choisies parmi : a) les acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NOs: 1- 318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), c) les analogues fonctionnels d'acides nucléiques selon a) ou b), ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c). La molécule cible peut être la séquence complète du gène ou de l'ARN ou de la protéine correspondant aux séquences SEQ ID NOs: 1-318, ou un fragment distinctif de celle-ci, c'est-à-dire un fragment dont la séquence est spécifique dudit gène ou ARN, ou de la dite protéine, et/ou comporte un domaine de variabilité (épissage, délétion, polymorphisme, etc.) représentatif de l'événement biologique à détecter. La liste complète des marqueurs, ainsi que les gènes correspondants sont indiqués dans le tableau 1. Le terme analogue fonctionnel désigne un analogue provenant d'une autre espèce de mammifère. En effet, les séquences SEQ ID NOs: 1- 318 ont été identifiées à partir de sujets humains, et ces séquences constituent des marqueurs efficaces et adaptés à la détection du cancer chez les patients humains. Néanmoins, pour une application des méthodes de l'invention à d'autres espèces de mammifères, il est généralement préférable d'utiliser des analogues fonctionnels de ces séquences, caractérisés dans l'espèce considérée. Ces analogues peuvent être identifiés par toute technique connue de l'homme du métier, notamment en considération des séquences fournies dans la demande et des noms des gènes correspondants. Dans un mode de réalisation particulier, la méthode comprend la détermination de la présence d'au moins un acide nucléique selon a) à c). Dans un mode de réalisation tout particulier, la méthode est utilisée pour détecter un cancer chez un sujet humain et comprend la détermination de la présence d'au moins un acide nucléique selon a) ou b). Plus préférentiellement encore, la méthode comprend la détection combinée de la présence ou absence d'un panel de marqueurs cibles, tels que définis dans la présente demande. Un mode de réalisation particulier de l'invention réside dans une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer du sein chez un mammifère, comprenant la détermination combinée de la présence ou de la quantité, dans un échantillon de sang du mammifère, des molécules cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), 20 et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, et/ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c), la présence de telles molécules cibles dans l'échantillon étant une indication de la présence 25 ou du risque de développer un cancer du sein chez ce mammifère. Un autre objet spécifique de l'invention réside dans une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer du sein chez un mammifère, comprenant la détection, dans un échantillon de sang du mammifère, des molécules cibles suivantes: 30 a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, et/ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c), la présence, l'absence ou la quantité (relative) de ces molécules cibles dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer un cancer du sein chez ce 10 mammifère. Détection d'un acide nucléique Différentes techniques permettant la détection d'une espèce d'acide nucléique dans un 15 échantillon sont utilisables dans la présente invention, comme par exemple le Northern Blot, l'hybridation sélective, l'utilisation de supports revêtus d'oligonucléotides sondes, l'amplification d'acide nucléique comme par exemple par RT-PCR, PCR quantitative ou ligation-PCR, etc. Ces méthodes peuvent comprendre l'utilisation d'une sonde nucléique (par exemple un oligonucléotide) capable de détecter sélectivement ou spécifiquement 20 l'acide nucléique cible dans l'échantillon. L'amplification peut être réalisée selon différentes méthodes connues en soi de l'homme du métier, telles que la PCR, la LCR, l'amplification médiée par transcription (TMA), l'amplification par déplacement de brin (SDA), NASBA, l'emploi d'oligonucléotides spécifiques d'allèles (ASO), l'amplification spécifique d'allèle, le Southern blot, l'analyse conformationnelle SSCA, l'hybridation in 25 situ (e.g., FISH), la migration sur gel, l'analyse d'hétéroduplexes, etc. Selon un mode préféré de mise en oeuvre, la méthode comprend la détection de la présence ou de l'absence ou de la quantité (relative) d'un acide nucléique selon a) à c) par hybridation sélective ou amplification sélective. L'hybridation sélective est typiquement réalisée en utilisant des sondes nucléiques, de préférence immobilisées sur un support, tel qu'un support solide ou semi-solide présentant 30 au moins une surface, plane ou non, permettant l'immobilisation de sondes nucléiques. De tels supports sont par exemple une lame, bille, membrane, filtre, colonne, plaque, etc. Ils peuvent être réalisés en tout matériau compatible, comme notamment du verre, silice, plastique, fibre, métal, polymère, etc. Les sondes nucléiques peuvent être tout acide nucléique (ADN, ARN, PNA, etc.), de préférence simple-brin, comprenant une séquence spécifique d'une molécule cible telle que définie en a) à c) ci-dessus. Les sondes comprennent typiquement de 5 à 400 bases, de préférence de 8 à 200, plus préférentiellement moins de 100, et encore plus préférentiellement moins de 75, 60, 50, 40 ou même 30 bases. Les sondes peuvent être des oligonucléotides synthétiques, produits sur la base des séquences de molécules cibles de l'invention selon des techniques de synthèse classique. De tels oligonucléotides comportent typiquement de 10 à 50 bases, de préférence de 20 à 40, par exemple 25 bases environ. Dans un mode particulièrement avantageux, on utilise plusieurs oligonucléotides (ou sondes) différents pour détecter la même molécule cible. Il peut s'agir d'oligonucléotides spécifiques de régions différentes de la même molécule cible, ou centrés différemment sur un même région. On peut également utiliser des couples de sondes, dont un membre est parfaitement apparié à la molécule cible, et un autre présente un mésappariement, permettant ainsi d'estimer le bruit de fond. Dans les exemples qui suivent, on a utilisé 6 à 11 couples d'oligonucléotides de 25 bases pour chaque molécule cible. Les sondes peuvent être synthétisées préalablement puis déposées sur le support, ou synthétisées directement in situ, sur le support, selon des méthodes connues en soi de l'homme du métier. Les sondes peuvent également être fabriquées par des techniques génétiques, par exemple par amplification, recombinaison, ligation, etc. Les sondes ainsi définies constituent un autre objet de la présente demande, ainsi que leurs utilisations (essentiellement in vitro) pour la détection d'un cancer chez un sujet. De manière particulièrement préférée, on utilise un ensemble de sondes nucléiques comprenant tout ou un fragment de 15 bases consécutives au moins, de préférence de 17, 19, 20, 22 ou 25 bases consécutives au moins, de chacune des séquences SEQ ID NO : 1-318, ou d'un brin complémentaire de celles-ci, avantageusement immobilisées sur un support. L'hybridation peut être réalisée dans des conditions classiques, connues de l'homme du métier et ajustables par celui-ci (Sambrook, Fritsch, Maniatis (1989) Molecular Cloning, Cold Spring Harbor Laboratory Press). En particulier, l'hybridation peut être réalisée dans des conditions de stringence élevée, moyenne ou faible, selon le niveau de sensibilité recherché, la quantité de matériel disponible, etc. Par exemple, des conditions appropriées d'hybridation incluent une température comprise entre 55 et 63 C pendant 2 à 18 heures sur des supports de basse densité D'autres conditions d'hybridation peuvent être nécessaires pour des supports de haute densité, comme une température d'hybridation entre 45 et 55 C. Après l'hybridation, différents lavages peuvent être réalisés pour éliminer les molécules non-hybridées, typiquement dans des tampons SSC comprenant du SDS, tels que un tampon comprenant 0,1 à 10 X SSC et 0,5-0,01% SDS. D'autres tampons de lavage contenant du SSPE, du MES, du NaCl ou du EDTA peuvent également être utilisés. Dans un mode de mise en oeuvre typique, les acides nucléiques (ou les puces ou supports) sont pré-hybridés dans un tampon d'hybridation (Rapid Hybrid Buffer, Amersham) contenant typiquement 100 g/ml d'ADN de sperme de saumon à 65 C pendant 30 min. Les acides nucléiques de l'échantillon sont ensuite mis en contact avec les sondes (typiquement appliqués sur le support ou la puce) à 65 C pendant 2 à 18 heures. De préférence, les acides nucléique de l'échantillon sont marqués au préalable, par tout marquage connu (radioactif, enzymatique, fluorescent, luminescent, etc.). Les supports sont ensuite lavés dans un tampon 5X SSC, 0,1% SDS à 65 C pendant 30 min, puis dans un tampon 0.2X SSC, 0,1% SDS. Le profil d'hybridation est analysé selon des techniques classiques, comme par exemple en mesurant le marquage sur le support au moyen d'un instrument adapté (par exemple Instantlmager, Packard Instruments). Les conditions de l'hybridation peuvent naturellement être ajustées par l'homme du métier, par exemple en modifiant la température d'hybridation et/ou la concentration saline du tampon ainsi que par ajout de substances auxiliaires comme le formamide ou de l'ADN simple brin. Un objet particulier de l'invention réside ainsi dans une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer du sein chez un mammifère, comprenant la mise en contact, dans des conditions permettant une hybridation entre séquences complémentaires, des acides nucléiques issus d'un échantillon de sang du mammifère et d'un ensemble de sondes spécifique des molécules cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, pour obtenir un profil d'hybridation, le profil d'hybridation étant caractéristique de la présence ou du risque de développer un cancer du sein chez ce mammifère. Dans des modes particuliers de mise en oeuvre, les procédés de l'invention utilisent en outre d'autres molécules cibles, notamment les sous-ensembles de molécules cibles mentionnés dans la présente demande. Ainsi, un autre objet particulier de l'invention réside dans une méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer chez un mammifère, comprenant la mise en contact, dans des conditions permettant une hybridation entre séquences complémentaires, des acides nucléiques issus d'un échantillon de sang du mammifère et d'un ensemble de sondes spécifique d'au moins deux molécules distinctes choisies parmi les cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 1-318 ou un fragment distinctif de celles- ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, pour obtenir un profil d'hybridation, le profil d'hybridation étant caractéristique de la présence ou du risque de développer un cancer chez ce mammifère. L'amplification sélective est de préférence réalisée en utilisant une amorce ou une paire d'amorces permettant l'amplification de tout ou partie d'un des acides nucléiques cibles dans l'échantillon, lorsque celui-ci y est présent. L'amorce peut être spécifique d'une séquence cible selon SEQ ID NO : 1-318, ou d'une région flanquant la séquence cible dans un acide nucléique de l'échantillon. L'amorce comprend typiquement un acide nucléique simple-brin, d'une longueur comprise avantageusement entre 5 et50 bases, de préférence entre 5 et 30. Une telle amorce constitue un autre objet de la présente demande, ainsi que son utilisation (essentiellement in vitro) pour la détection d'un cancer chez un sujet. A cet égard, un autre objet de l'invention réside dans l'utilisation d'une amorce nucléotidique ou d'un ensemble d'amorces nucléotidiques permettant l'amplification de tout ou partie d'un ou, de préférence plusieurs gènes ou ARN comprenant une séquence cible selon SEQ ID NO : 1-318, pour la détection d'un cancer chez un mammifère, de préférence du cancer du sein, tout particulièrement chez un être humain. Détection d'un polypeptide Dans un autre mode de réalisation, la méthode comprend la détermination de la présence d'un polypeptide selon d). La mise en évidence d'un polypeptide dans un échantillon peut être réalisée par toute technique connue en soi, comme notamment au moyen d'un ligand spécifique, par exemple un anticorps ou un fragment ou dérivé d'anticorps. De préférence, le ligand est un anticorps spécifique du polypeptide, ou un fragment d'un tel anticorps (par exemple un Fab, Fab', CDR, etc.), ou un dérivé d'un tel anticorps (par exemple un anticorps simple-chaîne, ScFv). Le ligand est typiquement immobilisé sur un support, tel qu'une lame, bille, colonne, plaque, etc. La présence du polypeptide cible dans l'échantillon peut être détectée par mise en évidence d'un complexe entre la cible et le ligand, par exemple en utilisant un ligand marqué, en utilisant un deuxième ligand de révélation marqué, etc. Des techniques immunologiques utilisables et bien connues sont les techniques ELISA, RIA, etc. Des anticorps spécifiques des polypeptides cibles peuvent être produits par des techniques conventionnelles, notamment par immunisation d'un animal non-humain avec un immunogène comprenant le polypeptide (ou un fragment immunogène de celui-ci), et récupération des anticorps (polyclonaux) ou des cellules productrices (pour produire des monoclonaux). Des techniques de production d'anticorps poly- ou monoclonaux, de fragments ScFv, d'anticorps humains ou humanisés sont décrites par exemple dans Harlow et al., Antibodies: A laboratory Manual, CSH Press, 1988 ; Ward et al., Nature 341 (1989) 544 ; Bird et al., Science 242 (1988) 423 ; WO94/02602 ; US5,223,409 ; US5,877,293 ; WO93/01288. L'immunogène peut être fabriqué par synthèse, ou par expression, dans un hôte approprié, d'un acide nucléique cible tel que défini ci-avant. Un tel anticorps, monoclonal ou polyclonal, ainsi que ses dérivés ayant la même spécificité antigénique, constituent également un objet de la présente demande, de même que leur utilisation pour détecter un cancer. Mise en oeuvre du procédé La méthode de l'invention est applicable à tout échantillon biologique du mammifère testé, en particulier tout échantillon comportant des acides nucléiques ou des polypeptides. On peut citer avantageusement un échantillon de sang, plasma, plaquette, salive, urine, selles, etc., plus généralement tout tissu, organe ou, avantageusement, fluide biologique comportant des acides nucléiques ou des polypeptides. Dans un mode de mise en oeuvre préféré et particulièrement avantageux, l'échantillon est un échantillon de sang ou plasma. L'invention découle en effet de l'identification de marqueurs sanguins du cancer, et permet donc une détection de ces pathologies sans biopsie tissulaire, mais uniquement à partir de prélèvements sanguins. L'échantillon peut être obtenu par toute technique connue en soi, par exemple par prélèvement, par des techniques non invasives, à partir de collections ou banques d'échantillons, etc. L'échantillon peut par ailleurs être pré-traité pour faciliter l'accessibilité des molécules cibles, par exemple par lyse (mécanique, chimique, enzymatique, etc.), purification, centrifugation, séparation, etc. Avantageusement, on utilise le système PaxGene (Feezor et al., Physiol Genomics 2004, : pp. 247-254). L'échantillon peut également être marqué, pour faciliter la détermination de la présence des molécules cibles (marquage fluorescent, radioactif, luminescent, chimique, enzymatique, etc.). Dans un mode de mise en oeuvre préféré, l'échantillon biologique est un échantillon de sang total, c'est-à-dire n'ayant pas subi d'étape de séparation, qui peut être éventuellement dilué. L'invention est applicable à tout mammifère, de préférence les humains. La méthode de l'invention est particulièrement utile pour la détection du cancer du sein, notamment de la présence, du risque de développement ou du stade de développement du cancer du sein chez l'être humain. Ainsi, les données fournies dans les exemples montrent que l'invention permet de détecter la présence d'un cancer du sein avec une sensibilité supérieure à 92% et une spécificité supérieure à 86%. Un objet particulier de la présente demande concerne une méthode pour détecter la présence, l'évolution ou le risque de développer un cancer du sein chez un sujet humain, comprenant la détermination combinée de la présence (ou de l'absence ou de la quantité (relative)), dans un échantillon biologique du sujet humain, de molécules cibles choisies parmi: a) les acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon a), et c) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) ou b). De préférence, la méthode comprend la détermination combinée de la présence, absence ou quantité de 5, 10, 20, 30, 40, 50 ou 60 molécules cibles telles que définies ci-dessus. Un autre objet particulier de la présente demande concerne une méthode pour détecter la présence, l'évolution ou le risque de développer un cancer du sein chez un sujet humain, comprenant la mise en contact d'un échantillon biologique du sujet contenant des acides 16 nucléiques avec un produit comprenant un support sur lequel sont immobilisés des acides nucléiques comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique d'une ou, de préférence, plusieurs molécules cibles choisies parmi (i) les acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives et (ii) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon (i), et la détermination du profil d'hybridation, le profil indiquant la présence, le stade ou le risque de développer un cancer du sein chez ledit sujet humain. De préférence, le produit comprend des acides nucléiques distincts comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique d'au moins 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 ou plus molécules cibles différentes telles que mentionnées ci-dessus. Un autre objet de la présente demande concerne un produit comprenant un support sur lequel sont immobilisés des acides nucléiques comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique d'une ou, de préférence, plusieurs molécules cibles choisies parmi (i) les acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318 ou un fragment de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives et (ii) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire d'une séquence selon (i). De préférence, le produit comprend des acides nucléiques distincts comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique d'au moins 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 ou plus molécules cibles différentes telles que mentionnées ci-dessus. De préférence, le produit comprend un support sur lequel sont immobilisées au moins 18 sondes d'acides nucléiques distinctes comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique de 18 acides nucléiques cibles distincts choisis parmi SEQ ID NO: 1-318, de préférence de 18 acides nucléiques cibles distincts tels que définis ci-dessus. Un autre objet de la présente demande concerne un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un, de préférence plusieurs, acides nucléiques comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318, ou un analogue fonctionnel de celles-ci. De préférence, le produit comprend au moins 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 ou plus acides nucléiques différents choisis parmi les acides nucléiques mentionnés ci-dessus. Dans un mode particulier de mise en oeuvre, le produit comprend chacun des acides nucléiques de séquence SEQ ID NO: 1-318. Un autre objet de la présente demande concerne un produit comprenant un support sur lequel est immobilisé au moins un ligand d'un polypeptide codé par un acide nucléique cible tel que défini ci-dessus, c'est-à-dire un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318, un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci ou un analogue fonctionnel de celles-ci. De préférence, le produit comprend au moins 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 ou plus ligands de polypeptides différents choisis parmi les polypeptides mentionnés ci-dessus. Le support peut être tout support solide ou semi-solide présentant au moins une surface, plane ou non, permettant l'immobilisation d'acides nucléiques ou de polypeptides. De tels supports sont par exemple une lame, bille, membrane, filtre, colonne, plaque, etc. Ils peuvent être réalisés en tout matériau compatible, comme notamment du verre, silice, plastique, fibre, métal, polymère, polystyrène, téflon, etc. Les réactifs peuvent être immobilisés sur la surface du support par des techniques connues, ou, dans le cas des acides nucléiques, synthétisés directement in situ sur le support. Des techniques d'immobilisation incluent l'adsorption passive (Inouye et al., J. Clin. Microbiol. 28 (1990) 1469), la liaison covalente. Des techniques sont décrites par exemple dans WO90/03382, WO99/46403. Les réactifs immobilisés sur le support peuvent être ordonnés selon un schéma pré-établi, pour faciliter la détection et l'identification des complexes formés, et selon une densité variable et adaptable. Dans un mode de mise en oeuvre, le produit de l'invention comprend un pluralité d'oligonucléotides synthétiques, d'une longueur comprise entre 5 et 100 bases, spécifiques d'un ou plusieurs acides nucléiques cibles définis en a) à c). Les produits de l'invention comprennent typiquement des molécules contrôle, permettant d'étalonner et/ou normaliser les résultats. Un autre objet de la présente demande concerne un kit comprenant un compartiment ou conteneur comprenant au moins un, de préférence plusieurs, acides nucléiques comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique d'un acide nucléique cible tel que défini ci- dessus et/ou un, de préférence plusieurs ligands d'un polypeptide cible tel que défini précédemment. De préférence, le produit comprend au moins 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60 ou plus acides nucléiques et/ou ligands différents choisis parmi les acides nucléiques et ligands mentionnés ci-dessus. Dans un mode particulier de mise en oeuvre, le produit comprend chacun des acides nucléiques de séquence SEQ ID NO: 1-318 ou un ligand pour chacun des polypeptides cibles tels que définis ci-dessus. Le kit peut comprendre par ailleurs des réactifs pour une réaction d'hybridation ou immunologique, ainsi que, le cas échéant, des contrôles et/ou instructions. Un autre objet de l'invention concerne l'utilisation d'un produit ou kit tel que défini ci-dessus pour la détection d'un cancer chez un sujet mammifère, de préférence un sujet 10 humain, en particulier du cancer du sein. Un autre objet de l'invention concerne un acide nucléique de séquence choisie parmi SEQ ID NO : 1-318, ou un fragment distinctif de celles-ci comprenant au moins 15 bases consécutives, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30, ou un acide nucléique 15 ayant une séquence complémentaire de celles-ci, ou un analogue fonctionnel de celles-ci. L'invention concerne également un vecteur de clonage ou d'expression comportant ces acides nucléiques, ainsi que toute cellule recombinante comprenant un tel vecteur ou acide nucléique. 20 Un autre objet de l'invention concerne l'utilisation d'un acide nucléique comprenant une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 1-318, ou un fragment distinctif de celles-ci comprenant au moins 15 bases consécutives, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30, ou un acide nucléique ayant une séquence complémentaire de celles-ci, ou un analogue fonctionnel de celles-ci, pour la détection (essentiellement in vitro) d'un cancer 25 chez un sujet mammifère. Selon un exemple particulier de mise en oeuvre de l'invention, on prélève un échantillon de sang d'un mammifère à tester. L'échantillon de sang est éventuellement traité de manière à rendre les acides nucléiques plus accessibles, et ceux-ci sont marqués. Les acides 30 nucléiques sont ensuite appliqués sur un produit tel que défini ci-avant et le profil d'hybridation est déterminé, permettant de diagnostiquer la présence ou non d'un cancer chez le sujet. La méthode de l'invention est simple, pratiquée ex vivo, et permet la détection précoce d'un cancer à partir d'un échantillon de sang. Il est entendu que toute technique équivalente peut être utilisée dans le cadre de la présente 5 demande pour déterminer la présence d'une molécule cible. D'autres aspects et avantages de l'invention apparaîtront à la lecture des exemples qui suivent, qui doivent être considérés comme illustratifs et non limitatifs. 10 LEGENDE DES FIGURES Figure 1 : Amplification par PCR des cDNAs DATAS issus du profilage n 1 (PBMN) à l'aide de 10 couples d'amorces semi-dégénérées. Le profilage DATAS a été effectué dans les deux directions (cancers stade I & II contre contrôles et contrôles contre cancers stade I 15 & II). Un contrôle positif à l'aide de cDNA issu de cellules HepG2 est inclus. Figure 2 : Amplification par PCR des cDNAs DATAS issus du profilage n 2 (PBMO) à l'aide de 10 couples d'amorces semi-dégénérées. Le profilage DATAS a été effectué dans les deux directions (cancers stade III & IV contre contrôles et contrôles contre cancers stade III & IV). Un contrôle positif à l'aide de cDNA issu de cellules HepG2 est inclus 20 Figure 3 : Amplification par PCR des cDNAs DATAS issus du profilage n 3 (PBMP) à l'aide de 10 couples d'amorces semi-dégénérées. Le profilage DATAS a été effectué dans les deux directions (cancers stade I à IV contre contrôles et contrôles contre cancers stade I à IV). Un contrôle positif à l'aide de cDNA issu de cellules HepG2 est inclus Figure 4 : Configuration spécifique de sondes pour mesurer l'expression de variants 25 générés par épissage alternatif. La sonde A , commune aux deux isoformes mesure l'expression des deux variants. La sonde B, spécifique de la séquence additionnelle de la forme longue, ainsi que les sondes C et D, spécifiques des séquences de jonction autour de cette séquence additionnelle mesurent l'expression de l'isoforme longue. La sonde E, spécifique de la jonction issue de l'absence de la séquence additionnelle, mesure 30 l'expression de l'isoforme courte. Figure 5: Définition des séquences "cibles". 15 nucléotides de part et d'autre de chaque jonction et jusqu'à 500 nucléotides pour les séquences additionnelle et commune en amont sont captures. Figure 6: Séquences cibles et données associées. Description des colonnes : idn : n d'identification de l'événement d'épissage ; Description : type d'événement d'épissage ; forme longue : n d'accession de la forme longue ; forme courte : n d'accession de la forme courte ; cible A à E : Séquences des cible A à E ; long.: taille des séquences de la colonne précédente. Figure 7: Clustering hiérarchique sur 37 contrôles et 55 patientes en utilisant 100 oligonucléotides. EXEMPLES 1. Caractéristiques des échantillons biologiques 15 Les exemples présentés ci après ont été réalisés initialement à partir de 92 échantillons sanguins (5 ml de sang total, prélevé dans deux tubes PaxGene). Ces échantillons regroupaient 37 échantillons sanguins provenant de patientes contrôles saines (S, obtenus de l'Etablissement Français du Sang) et 55 échantillons de patientes atteintes d'un cancer 20 du sein en phase 1/II (Cl/II). 2. Extraction des ARN totaux de l'échantillon sanguin Les prélèvements sanguins ont été collectés directement dans des tubes PAXGene' Blood 25 RNA (PreAnalytix, Hombrechtikon, CH). Après l'étape de prélèvement de l'échantillon sanguin et afin d'obtenir une lyse totale des cellules, les tubes ont été laissés à température ambiante pendant 4 h puis conservés à -20 C jusqu'à l'extraction du matériel biologique. Plus précisément, dans ce protocole, les ARN totaux ont été extraits à l'aide des kits PAXGene Blood RNA (PreAnalytix) en respectant les recommandations du fabriquant. 30 Brièvement, les tubes ont été centrifugés (15 min, 3000 g) afin d'obtenir un culot d'acides nucléiques. Ce culot a été lavé et repris dans un tampon contenant de la protéinase K nécessaire à la digestion des protéines (10 min à 55 C). Une nouvelle centrifugation (5 min, 19 000g) a été effectuée pour éliminer les débris cellulaires et de l'éthanol a été ajouté afin d'optimiser les conditions de fixation des acides nucléiques. Les ARN totaux ont été spécifiquement fixés sur les colonnes PAXgene RNA spin column et, avant l'élution de ceux-ci, une digestion de l'ADN contaminant a été effectuée à l'aide du RNAse free DNAse set (Qiagen, Hilden, Allemagne). La qualité des ARN totaux a été analysée par le bioanalyzer AGILENT 2100 (Agilent Technologies, Waldbronn, Allemagne). 3. Expériences de profilage DATAS Trois séries de profilage DATAS ont été effectuées entre les groupes suivants : DATAS n 1 : Cancers du sein précoces (Stade I et II) contre groupe Contrôle (étude 15 PBMN) DATAS n 2 : Cancers du sein tardifs (Stade III et IV) contre groupe Contrôle (étude PBMO) DATAS n 3 : Cancers du sein (Stade I, II, III et IV) contre groupe Contrôle (étude PMNP) 20 DATAS est un technologie de profilage de l'expression génétique entre deux échantillons qui permet de caractériser les différences qualitatives au niveau des ARNs messagers, telles que celles générées par épissage alternatif. Cette technologie propriétaire est décrite dans le brevet US 6,251,590. 25 Les ARNs totaux correspondant aux deux situations, l'une normale (mN) et l'autre pathologique (mP), sont isolés à partir des échantillons sanguins à l'aide du système PAXgene (PreAnalytix) décrit ci-dessus. Ces ARNs (50 g par groupe) sont convertis en ADN complémentaires (cN) et (cP) à l'aide de reverse transcriptase (RT) (Invitrogen) et d'un oligonucleotide oligodT25 biotinylé (Invitrogen). Les échantillons ayant contribué 30 aux 50 g par groupe sont indiqués dans les tableaux A à F. Des hybrides mN/cP et cN/mP sont ensuite réalisés en phase liquide. Après précipitation à l'éthanol de mN et cP et de cN et mP, les précipitats sont repris dans 30 l de solution d'hybridation contenant 80% formamide et 0.1% SDS pour une incubation à 40 C sur la nuit. Les hétéroduplexes sont ensuite capturés à l'aide de billes magnétiques Streptavidine (Dynal). Un aimant permet de maintenir les billes dans le tube pendant les opérations de rinçage. Les billes / hétéroduplexes sont alors reprises dans 50 gl de tampon RNAseH et incubées avec la RNaseH (Invitrogen) 30 minutes à 37 C. Le surnageant est récupéré après une nouvelle application de l'aimant. L'ADN résiduel est éliminé par action de la DNAseI (Ambion). Après inactivation de l'enzyme, les fragments d'ARNs sont précipités à l'éthanol et repris dans de l'eau traitée au DEPC supplémentée de RNAse out (Ambion). Les fragments d'ARNs sont ensuite reverse transcrits (kit Reverse transcription TaqMan, Applied Biosystem) à l'aide d'oligonucléotides hexamères aléatoires. Les ADNs complémentaires obtenus sont alors amplifiés par PCR à l'aide d'amorces semidégénérées. 10 couples d'amorces sont généralement utilisés. Les amplicons obtenus peuvent être visualisés par électrophorèse sur gel d'agarose (figure 1, 2 et 3). On observe des populations amplifiées hétérogènes de nature et d'intensité qui varient selon les amorces et les échantillons utilisés. Ces populations amplifiées sont clonés dans un vecteur de clonage TOPO TA (Invitrogen) pour être transformés dans une souche de bactéries E. Coli compétentes (Invitrogen). Les colonies sont repiquées dans des plaques 96 puits et cultivées sur la nuit dans un milieu 2XTY supplémenté d'ampicilline. Un stock glycérolé (50%) est alors effectué. Généralement, on repique une plaque 96 puits par couple d'amorce pour une des deux directions. Cela fournit ainsi 96x10x2 = 1920 colonies à caractériser. 1728 clones ont été séquencés dans le cadre du profilage DATAS n 1, 1920 ont été clonés et séquencés dans le cadre du profilage DATAS n 2 et 1920 ont été clones et séquencés dans le cadre du profilage DATAS n 3. 4. Analyse Bioinformatique Le tableau G récapitule le nombre de clones caractérisés dans les trois banques de profilage. Un clone qualifié de singleton signifie que la séquence de ce clone n'a été identifiée qu'une seule fois dans la banque et qu'aucun autre clone ne recouvre cette30 séquence. Un cluster correspond à un groupe de clones dont les séquences se chevauchent. Les trois profilages DATAS ont ainsi générés 1741 clones non redondants. Tableau G : Caractérisation des clones obtenus au sein des trois banques DATAS Banques DATAS Cancers I Cancers III & Tous cancers Consolidation &II vs. IV vs. vs. contrôle sur les trois contrôle contrôle banques Nombre de clones 1728 1920 1920 5568 séquencés Nombre de clusters 267 347 303 886 Nombre de 239 362 440 855 singletons Nombre de clones non 506 709 743 1741(*) redondants au sein de la banque Une analyse bioinformatique a été effectuée sur les 1741 clones afin d'identifier les gènes auxquels ils sont associés et les événements d'épissage connus dans les banques publiques d'acides nucléiques correspondants. Ainsi, les 1741 clones DATAS ont pu être associés à 1170 gènes différents, certains fragments DATAS non chevauchant étant associés à différentes régions du même gène. 5. Sélection et dessin des événements cibles pour le dessin du microarray La détection et la quantification de l'expression de variants d'épissage par microarray nécessite l'utilisation d'une configuration de sondes particulière. Tout couple ARN messager de référence / variant d'épissage peut être modélisé en tant que Isoforme longue / Isoforme courte (Figure 4). Ainsi, un variant d'épissage associé à un saut d'exon sera l'isoforme courte par rapport au variant de référence. Un variant d'épissage comportant un nouvel exon ou une rétention d'intron sera l'isoforme longue par rapport au variant de référence. Les autres événements d'épissage alternatifs (utilisations de sites cryptiques 5' ou 3' d'épissage) peuvent également être modélisés de la même manière. Le jeu de sondes nécessaire à la mesure de l'expression de variants d'épissage est 25 également indiqué sur la figure 4. Ce jeu est composé de deux sondes exoniques traditionnelles A et B et de trois sondes de jonction de type exon-exon ou exon-intron C, D et E. La sonde A mesure l'expression des deux isoformes, les sondes B, C et D l'expression de l'isoforme longue et la sonde E l'expression de la forme courte. Afin de concevoir toutes ces sondes, il est nécessaire d'identifier les événements d'épissage correspondant aux fragments DATAS, puis les régions cibles à partir desquelles seront dessinées les sondes. Les séquences cibles correspondant aux sondes de jonction C, D et E sont définies par une longueur de 30 nucléotides, 15 nucléotides de part et d'autre de la jonction. Il est ainsi possible de couvrir toute jonction par des sondes de 25 nucléotides de type : 10/15, 11/14, 12/13, 13/12, 14/11 et 15/10 (le signe / représentant la zone de jonction). Les contraintes sont moins fortes sur le sondes exoniques A et B. La séquence additionnelle, spécifique de la forme longue (séquence 2 de la figure 4) et la séquence commune en amont du site d'épissage (séquence 1 de la figure 4) définissent les séquences cibles pour ces sondes avec toutefois un plafond de 500 nucléotides pour les séquences pouvant dépasser cette taille. La définition des séquences cibles est résumée figure 5. Ainsi, les 1170 gènes correspondant aux 1741 clones DATAS ont été utilisés pour identifier, pour chacun d'entre eux les cDNAs et ESTs représentés dans les banques publiques de données de séquences, présentant potentiellement des différences qualitatives de séquences, source d'événements d'épissages. Les événements retenus sont localisés à moins de 100 nucléotides par rapport aux extrémités 5' ou 3' des fragments DATAS. 2108 événements ont ainsi été retenus et répertoriés dans un classeur Excel dont une partie décrivant les informations extraites est représentée sur la figure 6. Ces informations comprennent, pour un événement donné : un numéro d'identification de l'événement, la nature de l'événement, les numéros d'accès des formes longues et courtes, les séquences cibles A à E et la taille de ces séquences cibles. Un contrôle qualité strict a été appliqué pour la définition de ces séquences. Les ambiguités sur certains nucléotides ont été corrigées en les substituant par les nucléotides correspondant sur l'ARN de référence RefSeq ou à partir de l'ADN génomique. Toutes les séquences cibles ont été réalignées afin de confirmer leur appartenance aux formes courtes ou longues appropriées. 6. Dessin des sondes et de la puce Afin de pouvoir mesurer l'expression des 2108 événements décrits précédemment, une puce à ADN à façon a été conçue. Sur cette puce, chaque événement était caractérisé par ses cinq séquences cibles A-E. Pour chaque séquence A et B, 11 couples de sondes de 25 nucléotides ont été conçus, alors que les séquences cibles du type C, D, ou E ont été détectées avec 6 couples de sondes de 25 nucléotides. Par couple de sondes, on entend une première sonde qui s'hybridait parfaitement (on parle alors de sondes PM ou perfect match) avec un des ADNc issus d'un transcrit cible, et une deuxième sonde, identique à la première sonde à l'exception d'un mésappariement (on parle alors de sonde MM ou mismatched) au centre de la sonde. Chaque sonde MM servait à estimer le bruit de fond correspondant à une hybridation entre deux fragments nucléotidiques de séquence non complémentaire. (Affyrnetrix technical note "Statistical Algorithms Reference Guide" ; Lipshutz, et al (1999) Nat. Genet. 1 Suppl., 20-24). Si le design d'au moins 6 sondes pour les séquences A et B ou d'au moins 4 sondes pour les séquences C, D, et E était impossible, ces séquences ne figuraient pas sur la puce à façon. Une telle situation peut résulter de séquences de basse complexité, contenant des structures répétitives ou des structures hairpin consécutives ou non-consécutives. Une taille de séquences A-E inférieure à 30 nucléotides menait également à l'exclusion de ces sondes. Uniquement les séquences de bonne qualité, orientées en direction 5' -> 3', servaient pour les design des sondes effectuées selon les consignes d'Affymetrix. 7. Synthèse d'ARNc, obtention et marquage des ADNc et fragmentation Afin d'analyser l'expression des transcrits cibles selon l'invention, les ADN complémentaires (ADNc) des ARNm contenus dans les ARN totaux tels que purifiés ci dessus, ont été obtenus à partir de 400 ng d'ARN totaux par l'utilisation d'une enzyme de Klenow 3'-5'-exonuclease, de 100 unités de l'enzyme de transcription reverse SuperScript II (Invitrogen), 10 unités de l'inhibiteur de la RNAse H Superase-IN (Ambion, Huntigdon, UK) et 200 pmol d'amorce random contenant le promoteur T7 (RP-T7-primer, Eurogenetec, Seraing, Belgique). La totalité des ADNc ainsi obtenue a ensuite été engagée dans une transcription in-vitro, qui a été effectuée avec un kit MEGAscript T7 (Ambion) pendant 16h à 37 C. L'ARNc résultant a été ultérieurement purifié sur colonne avec un RNeasy Mini kit (Invitrogen), et la qualité de l'ARNc obtenu a été analysée par le bioanalyzer AGILENT 2100. Les ARNc purifiés ont ensuite été quantifiés par spectrophotométrie, et la solution d'ARNc a été ajustée à une concentration de 1,24 g/gl d'ARNc. Vingt-six microgrammes d'ARNc ont ensuite été dispatchés sur deux tubes Eppendorf, et 3 g d'amorces random sont ajoutés à chaque tube. La transcription reverse a été effectuée avec 800 unités de SuperScriptII (Invitrogen) et 10 unités d'un inhibiteur de la RNAse H, en présence d'enzyme de Klenow, pendant 1h à 37 C. L'ADNc à double-brin résultant de cette approche a ensuite été purifié à l'aide du QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen) et quantifié par spectrophotométrie. Seize microgrammes d'ARNc, repartis sur trois tubes Eppendorf, ont ensuite été fragmentés avec 0.6 unités de DNAse I par tube pendant 10 minutes à 37 C. L'efficacité de la fragmentation a été verifiée à l'aide du bioanalyzer 2100 (Agilent). Les ADNc fragmentés ont ensuite été marqués avec de la biotine en utilisant 330 unités du terminale transferase (Roche Molecular Biochemicals, Meylan, France) et 1 l de DNA Labeling Reagent (DLR-la, 5 mM) [Affymetrix] par microgramme de ADNc pendant 60 min à 37 C. La totalité d'ADNc fragmenté et marqué a finalement été hybridée sur la puce à ADN à façon (intitulée A520138F , cf exemple 6) selon un protocole d'hybridation standard 25 adapté à des puces 11 m. 8. Mise en évidence de profils d'expression pour le diagnostic du cancer du sein à partir d'échantillon sanguins 30 8.1. Mise en évidence d'un profil d'expression des transcrits permettant de discriminer les patientes Contrôles (S) des patientes atteintes d'un cancer en stade I/II L'expression d'environ 2000 variants d'ARN, représentant environ 800 gènes, a été analysée et comparée entre des patientes S et C I/II. Pour cela, 16 g d'ADNc fragmentés issus de chaque échantillon ont été ajoutés à un tampon d'hybridation (Affymetrix) et 200 l de cette solution ont été mis en contact pendant 16 h à 50 C sur des puces d'expression. Afin d'enregistrer les meilleures performances d'hybridation et de lavage, des ARN qualifiés de contrôle biotinylés (bioB, bioC, bioD et cre) et des oligonucléotides (oligo B2) ont également été inclus dans le tampon d'hybridation. Après l'étape d'hybridation, les ADNc biotinylés et hybridés sur la puce, ont été révélés par l'utilisation d'une solution de streptavidine-phycoerythrine et le signal a été amplifié par l'utilisation d'anticorps anti- streptavidine. L'hybridation a été réalisée dans une étuve d'hybridation GeneChip Hybridisation oven (Affymetrix), et le protocole Euk GE-WS2 du protocole d'Affymetrix a été suivi. Les étapes de lavage et de révélation ont été réalisées sur une station Fluidics Station 450 (Affymetrix). Chaque puce a ensuite été analysée sur un scanner Affymetrix G3000 GeneArray Scanner à une résolution de 1,5 microns afin de repérer les zones hybridées sur la puce. Ce scanner permet la détection du signal émis par les molécules fluorescentes après excitation par un laser argon en utilisant la technique du microscope à épifluorescence. On obtient ainsi pour chaque position, un signal proportionnel à la quantité d'ADNc fixés. Le signal a ensuite été analysé par le logiciel GeneChip Operating Software (GCOS 1.2, Affymetrix). Afin de prévenir les variations obtenues par l'utilisation de différentes puces, il a été réalisé une approche de normalisation utilisant l'outil Bioconductor , qui permet d'harmoniser la distribution moyenne des données brutes obtenues pour chaque puce. Les résultats obtenus sur une puce peuvent alors être comparés aux résultats obtenus sur une autre puce. Le logiciel GCOS 1.2 permettait aussi d'inclure un algorithme statistique pour considérer si un transcrit était exprimé ou non. A partir des 6.242 groupes de sondes, représentant environ 2.000 transcrits, de la puce, les inventeurs ont sélectionné les transcrits pertinents qui étaient corrélés au développement d'un cancer du sein. Les transcrits qui ont un niveau d'expression trop faible sur la majorité des puces ainsi que les transcrits qui ne présentent pas de variation importante entre les différentes puces ont été exclus (Li et al, 2001, Bioinformatics, 17 : 1131-1142). La recherche d'un panel de transcrits discriminant les groupes de patientes EFS et CUII a été réalisée par une technique de Data Mining, nommée random forest algorithm (http://ligarto.org/rdiaz/Papers/jornadas.bioinfo.randomForest.pdf). Outre l'analyse des données avec l'algorithme random forest, qui représente une analyse de type multivariée, une analyse dite univariée servait également à identifier des transcrits différentiellement exprimés entre les patientes EFS et CUII. Cette analyse, nommée SAM (pour Significance Analysis of Microarrays ) est principalement basée sur une version modifiée du test t de Student qui permet de prévenir le biais introduit par les gènes avec une variabilité faible. Cette approche permet de contrôler le taux de gènes faux positifs dans une analyse univariée. L'ensemble des analyses mentionnées ci-dessus a permis de mettre en évidence un premier panel de transcrits, comprenant 318 transcrits pertinents selon l'invention (cf tableau 1, SEQ ID Nos: 1-318). L'augmentation ou la diminution d'expression de chacun de ces transcrits, observée chez les patientes S par rapport aux patientes C I/II est présentée dans le tableau 1. Les inventeurs ont étudié l'expression simultanée de 318 transcrits pour obtenir un profil d'expression. En utilisant la méthode de random forest, 90 % des patients étaient correctement classifiés. Plus précisément, 32 des 37 contrôles et 51 des 55 patientes ont été correctement classifiés, ce que correspond à une sensibilité de 92,7 % et une spécificité de 86,4 %. Outre l'analyse sur les 92 échantillons initiaux, une analyse supplémentaire a été effectuée afin de valider la pertinence de la signature identifié ci-dessus : une cohorte indépendante de cinq contrôles saines et 16 cancer du sein phase UII a été analysée en aveugle. L'analyse d'une cohorte indépendante est un des meilleurs moyens pour tester la valeur predictive d'une signature de gènes ou de transcrits (cf. The SMRS working group, Nat Biotech 2005, 7 : p.833-838). Basé sur les séquences SEQ ID Nos: 1-318, l'algorithme random forest a classé correctement cinq contrôles sur cinq et 13 patientes sur seize (86% de classification). 8.2. Identification d'un sous-ensemble de 100 marqueurs Les inventeurs ont également étudié l'expression simultanée de 100 transcrits de séquence nucléotidique choisie parmi les séquences présentées dans le tableau 2 pour obtenir un profil d'expression. En utilisant la méthode de random forest, 89 % des patients étaient correctement classifiés. Plus précisement, 31 des 37 contrôles et 51 des 55 patientes ont été correctement classifiés, ce qui correspond à une sensibilité de 92,7 % et une spécificité de 83,7 %. Ces résultats ont été confirmés avec une autre technique d'analyse, le clustering hierarchique. Dans cette analyse non-supervisée, une Contrôle se positionne parmi les patientes (à gauche de la ligne pointillée rouge, cf. figure 7), et 10 patientes figurent parmi les contrôles saines (à droite de la ligne pointillée rouge). La figure 7 représente l'analyse de clustering hiérarchique d'échantillons de sang obtenu à partir de 55 patients atteintes d'un cancer en stade précoce (C 1/II, appelé également D) et 37 patients Contrôles (donneuses saines) en utilisant l'expression de 100 gènes identifiés par l'analyse algorithmique. La fonction de clustering hiérarchique du logiciel Spotfire organise les patients C 1/II et contrôles en colonnes, et les gènes en lignes de manière à obtenir en position adjacente les patients ou les gènes présentant des profils d'expression comparables. Le coefficient de corrélation de Pearson a été utilisé comme indice de similarité pour les gènes et les patients. Les résultats correspondent au niveau de fluorescence Affymetrix normalisé par l'outil bioconductor . Afin de tenir compte des différences constitutives d'expression entre les gènes, les niveaux d'expression de chaque gène ont été normalisés en calculant une variable centrée réduite. Le blanc représente les faibles niveaux d'expression, le gris les niveaux intermédiaires et le noir les niveaux forts. La hauteur des branches du dendrogramme indique l'indice de similarité entre les profils d'expression. Outre l'analyse sur les 92 échantillons initiaux, une analyse supplémentaire a été effectué afin de valider la pertinence de la signature identifié ci dessus : une cohorte indépendante de cinq contrôles saines et 16 cancer du sein phase I/I1 a été analysée en aveugle. Basé sur les top 100, l'algorithme random forest a classé correctement cinq contrôles sur cinq et 14 patientes sur seize (90% de classification). Parmi cette combinaison de 100 gènes marqueurs, les inventeurs ont mis en évidence que des panels plus restreints permettaient également de discriminer les patients contrôles des patientes atteintes d'un cancer du sein, comme décrit dans les exemples suivants. 8.3. Identification d'un panel prédictif de 66 marqueurs Les inventeurs ont mis en évidence une combinaison de 66 marqueurs, basée sur les séquences SEQ ID Nos : 5, 7, 13, 14, 16-20, 23-28, 47, 51-55, 58, 64, 69, 80, 81, 88-90, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 188-191, 208, 222, 225, 228, 229, 236, 240, 242, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298-300 et 309-312 (voir tableau 3). Cette combinaison permet de classifier correctement plus de 80 % des échantillons. 8.4. Identification d'un panel prédictif de 53 marqueurs Les inventeurs ont également mis en évidence une combinaison de 53 marqueurs, basée sur les séquences SEQ ID Nos : 7, 13, 14, 16-19, 23-28, 47, 51-55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 228, 229, 240, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298-300, 310 et 312. Cette combinaison permet également de classifier correctement plus de 80 % des échantillons. 8.5. Identification d'un panel prédictif de 42 marqueurs Les inventeurs ont également mis en évidence une combinaison de 42 marqueurs, basée sur les séquences SEQ ID Nos : 13, 16-19, 23, 26-28, 47, 51-55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 229, 240, 248, 280, 281, 284, 299, 300, 310 et 312. Cette combinaison permet également de classifier correctement plus de 80 % des échantillons. 8.6. Identification d'un panel prédictif de 22 marqueurs Les inventeurs ont mis en évidence une combinaison de 22 marqueurs, basée sur les séquences SEQ ID Nos : 18, 19, 23, 26, 27, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 161, 188, 225, 228, 240, 280 et 312. Cette combinaison permet de classifier correctement 76 % des échantillons.30 8.7. Identification d'un panel prédictif de 18 marqueurs Les inventeurs ont aussi mis en évidence une combinaison de 18 marqueurs, basée sur les séquences cibles SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 présentées dans le tableau 3. Cette combinaison permet de classifier correctement 76 % des échantillons. Les sondes cibles utilisées pour détecter cette combinaison de 18 gènes sont données dans le tableau 5. 76 % des patientes étaient correctement classifiées. Ceci confirme que l'analyse de l'expression de ces 18 gènes est un bon outil pour discriminer les patientes ayant un fort risque de rechute des patientes ayant un faible risque de rechute. L'utilisation de panel de gènes restreint est particulièrement adaptée pour obtenir un outil de détection et de pronostic. En effet, l'analyse de l'expression d'une dizaine de gènes ne nécessite pas la fabrication à façon de puce à ADN, et peut être mise en oeuvre directement par des techniques de PCR ou de NASBA, ou puce de basse densité, ce qui présente un atout économique important et une mise en oeuvre simplifiée. 5 Tableau A : Echantillons sélectionnés pour le groupe cancer du sein précoce pour le DATAS n 1 (PBMN) Stade Quantité Clinique utilisée I (ug) 10.0 Echantillon D104 D105 I 5.0 D106 I 2.0 D111 I 2.0 D114 I 3.0 D118 I 5.0 D123 I 6.0 D117 II 2.0 D121 II 5.0 D130 II 10.0 Tableau B : Echantillons sélectionnés pour le groupe contrôle pour le DATAS n 1 (PBMN) D1 Echantillon Stade Quantité Clinique utilisée DFS>5 (ug) 1.66 D3 DFS>5 1.66 D9 DFS > 5 1.66 Dl0 DFS>5 1.66 D17 DFS > 5 1.66 D28 DFS > 5 1.66 D36 DFS>5 1.66 D63 DFS>5 1.66 D75 DFS>5 1.66 D76 DFS>5 1.66 D11 DFS 5 (ug) 1.66 D3 DFS>5 1.66 D9 DFS>5 1.66 D10 DFS>5 1.66 D17 DFS>5 1.66 D28 DFS>5 1.66 D36 DFS>5 1.66 D63 DFS>5 1.66 D75 DFS>5 1.66 D76 DFS > 5 1.66 D11 DFS 5 (ug) 1.66 D3 DFS>5 1.66 D9 DFS>5 1.66 D10 DFS>5 1.66 D17 DFS > 5 1.66 D28 DFS>5 1.66 D36 DFS>5 1.66 D63 DFS>5 1.66 D75 DFS>5 1.66 D76 DFS>5 1.66 D11 DFS GACTGTGATTTATTTGGAGTGG AGGCATTG 1 1 1 1 1 AAGAAAAAC ATGTCATGTAGGTTGTCTAAAA ATAAAATGCATTTAAAC 228 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0,6 CGTCGTCTCCCTTCAGTCGCC controlled tumor ATCATGATTATCTACC contro protein 1 229 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0,6 GGGACCTCATCAGCCacgatgag controlled tumor atgttct protein 1 230 vasodil ator- NM 003370.1 BQ340296.1 1,5 TTTATTTCCTACCAGcagg agg a g stimulaulated ccagag phosphoprotein 231 cold shock domain 1,2 CCCAAGGTACCGTAGcaggggac protein A NM 003651.3 BG739968.1 ctcctcg 232 cold shock domain 1,5 AATAACCCACGGAAATATCTGC protein A NM 003651.3 BE935120.1 .GCAGTGTAGGAGATGGAGAAA CTGTAGAGTTTGATGTGGTTGA AGGAGAGAA 233 cold shock domain 1,5 GTATTTGTACATCAGactgccatca protein A NM 003651.3 BE935120.1 agaag 234 chromosome 22 open 1,5 GAAGCAGAAGAGGTGTGAAAG reading frame 19 NM 003678.2 AK122673.1 AAGGTGCTGCTGGGAGGGGA GTCTGACAACCCAGC 235 Homo sapiens 0,8 ACGACATCGCAGAAGGTGGCT ve mb assoo CGGAAATTCTGGTGGAAGAAC membrane protein 8 GTGAAGATGATTGTCCTTATCT (endobrevin) NM 003761.2 BG623073.1 GCGTGATTG11111ATCATCAT CCTCTTCATTGTGCTCTTTGCC ACTGGTGCCTTCTCTTAAGTAA CAGGGAACCTCTCCCACCTGC CCTTC I I I I CAGGGACAACCCT CCATAAATGTGTGCCAAGAGG GTCTCCTTTCCTGTCTTCCTCT ACAGAGAATGCTGCTCGGTCC TCCTACCCCTCTTCCCGAGGC CTGCTGCCACGTTGTATGCCC CAGAAGGTACCTTGGTCCCCC GGAAGGAGAGAA 236 Homo sapiens NM 003761.2 BG623073.1 0,7 GATCTGGAAGCCACAtctgagcact vesicle-associated tcaag membrane protein 8 (endobrevin) 237 CASPB and FADD- NM 003879.3 BI871546.1 1,3 AGTACAAGCAGTCTGgtggatgga like apoptosis atggaa regulator 238 beta-2-microglobulin NM 004048.2 BM 831738. 0,8 AG GTTTACTCACGTCATCCAG C 1 AGAGAATGGAAAGTCAAATTTC CTGAATTGCTATGTGTCTGGGT TTCATCCATCCGACATTGAAGT TGACTTACTGAAGAATGGAGA GAGAATTGAAAAAGTGGAGCA TTCAGACTTGTCTTTCAGCAAG GACTGGTCTTTCTATCTCTTGT ACTACACTGAATTCACCCCCAC TGAAAAAGATGAGTATGCCTGC CGTGTGAACCATGTGACTTTGT CACAGCCCAAGATAGTTAAGT GGG 239 beta-2-microglobulin NM 004048.2 BM831738. 0,7 TG GAG GCTATCCAGCgtactccaa 1 agattc 240 Guanine nucleotide NM 004125.2 BC015206.1 0,6 GTGGAGAGGATCAAGgtctctcag binding protein, gcagct gamma 10 241 BCL2-associated NM 004323.2 BI826041.1 1,2 TGACTGTCACCCACAgcaatgaga athanogene agcacg 242 c-src tyrosine kinase NM 004383.1 BG953215.1 1,1 CCTCAAGTTCTCGCTagatgtctgc gaggc 243 HLA-B associated NM 004640.3 CB148695.1 1,4 GCCCCAGGAGGAGAGgtgagctg transcript 1 aagatgg 244 family with sequence NM 004699.1 AA024425.1 0,8 CACGGGGGAAGAGTGgaccactct similarity 50, tcaact member A 245 family with sequence NM 004699.1 AA584911.1 1,6 TCAAGAGTGAGTGTTtgcggagtca si gaggc similarity 5 50, member A 246 GNAS complex locus NM 000516.3 BU784018.1 1,5 CTACTCCTGAG GATG gtgtgtatg g CttCC 247 GNAS complex locus NM 000516.3 BG911454.1 1,4 GACGCCAGGGTTTGGgtgctggag aatctg 248 hemoglobin, alpha NM 000517.3 AA343446.1 1,7 TGCTTCTCCCCGCAGgatgttcctgt 1/2 CCtt 249 WD repeat domain 1 NM 005112.3 BX648190.1 1,2 AAGTTCACAATTG G Cg a cca cag c cgcttt 250 retinoblastoma NM 005610.1 BF475362.1 0,8 TTTATTCATGGTGGTCATACTG binding protein 4 CCAAGATATCTGATTTCTCCTG GAATCCCAATGAACCTTGGGT GATTTGTTCTGTATCAGAAGAC AATATCATG 251 small EDRK-rich NM 005770.2 BG435668.1 0,9 CCGTCGCCATGACCCgcggtaacc factor 2 agcgtg 252 putative translation NM 005801.2 BG655736.1 0,7 CCTTTGTGCTTGCAGaagtttgcctg initiation factor caat 253 membrane NM 005898.2 AA437165.1 0,8 AACAGCTTCAAACAGt99 tt99 cact ch t, tacc chromosome 11, surface marker 1 254 capping protein (actin NM 006136.1 BG702980.1 0,7 filament) muscle Z-line, alpha 2 AGCAAAAAA 1 1 1 1 1 Ggaatggtcgtt ggag 255 microspherule NM 006337.3 CB110581.1 1,4 AACTCTGTGGTGGAGgtgagctgg protein 1 ggagga 256 Transforming, acidic NM 006342.1 BM313828. 1,3 ACAGTGGAGCAGAAGgtgggtgcg coiled-coil containing 1 qgaagc protein 3 257 acidic (leucine-rich) NM 006401.1 AI446778.1 1,2 AAGACGAGGACGATGAGGATG nuclear GTGAAGAAGAGGAGTTTGATG phosphoprotein 32 AAGAAGATGATGAAGATGAAG family, member B ATGTAGAAGGGGATGAGGACG ACGATGAAGTCAGTGAGGAG 258 acidic (leucine-rich) NM 006401.1 AI446778.1 1,3 AGGAGGAGGACGAAGaaggaga nuclea r agatgagg phosphoprotein 32 phosp family, member B 259 granulysin/granulysin NM 006433.2 BI838502.1 0,8 GATAAGCCCACCCAGagaagtgttt ccaat 260 lysosomal associated BQ006415.1 1,4 aqatgctccaqaaggtgagtgtggctgcag multispanning membrane protein 5 NM 006762.1 261 lysosomal associated BQ006415.1 1,5 AAGATGCTCCAGAAGgtgagtgtgg multispanning 99 membrane protein 5 NM 006762.1 ctgca 262 transforming growth AI610679.1 1,4 CGGGCTACNANATGCGCTTGG factor, beta 1 GGGGAGCCAGGACGGAGGAA (Camurati- GAGGAGAGAGAAAGAGA Engelmann disease) NM000660.1 263 myosin IF NM 012335.2 BF823263.1 1,3 GTGGACAATGGGAAGctgctggaa gggcct 264 ribosomal protein BM826692. 0,8 AAGCCTACAAGAAAGtttgcctatct L13a NM 012423.2 1 gggg 265 glutathione SN59567.1 1,4 CATGCTGTTCCTTCCTCGCCAC transferase pi NM 000852.2 CCTCTGCTTC 266 chromosome 11 open BE041814.1 0,8 TCGCGGGGCAAAATGgagctcga reading frame 10 NM 014206.1 ggccatg 267 integrin, alpha X AA251543.1 1,4 TGCGACCGCCTACAGgtgacctcc (p150)), , (antigen aaagct (p 15 alpha pha polypeptide) NM 000887.3 268 ring finger protein 10 NM 014868.3 BM471027. 1,3 ACTTTCTGCTGACCCCTCTGTC 1 ACCCACTGCCAGTCAGGGCAG TCCCTCATTCTGCGTTGGGAGT CTGGAAGAAGACTCTCCCTTC 269 ribosomal protein L4 NM 000968.2 CB164625.1 0,7 GGTGCTTTTGGAAACatgtgtcgtg gaggc 270 KIAA0690 NM 015179.2 BG506709.1 TCTCTGGGCAAGCAGaaagcaaa 1,6 aggtgat 271 KIAA0690 NM 015179.2 BG506709.1 1,6 GAATACAAGGCCAAGaaagcaaa aggtgat 272 bridging integrator 2 NM 016187.1 AK093638.1 0,9 AAGGCCATCGTATGGaataatgatc tCCtt 273 ribosomal protein NM 000990.2 BG824148.1 0,8 CAACTTCGACAAATAccacccagg L27a ctactt 274 ribosomal protein NM 000990.2 BI906450.1 0,8 gccacccaggctactttgggaaagt L27a 275 ribosomal protein NM 000990.2 CB119057.1 0,7 GCCACGGCCGCATAGgcaagcac L27a cggaagc 276 ankyrin repeat NM 017664.1 BCO39715.1 0,7 GGAGCATTCCATATAGAAACTG domain 10 CTGAAACTGCCACAGGTGCTT CTCCGAAAACCTTACAGTTGTG GCATTGAATGTTCAGTATCGCT TCCTTTCTGCACACG 277 ribosomal protein NM 000992.2 BQ335217.1 0,7 CCAAGTTCCTGAGGAacatgcgctt L29 tgcca 278 ribosomal protein NM 001017.2 CA843486.1 0,8 TTCCGTCTGATTCTAATAGAGA S13 GCCGGATTCACCGTTTGGCTC GATATTATAAGACCAAGCGAGT CCTCCCTCCCAATTGGAAATA 279 CNDP dipeptidase 2 NM 018235.1 AW502844. 1,5 CACAGCAGCATCAAGgtggagtgc (metallopeptidase 1 agcaac M20 family) 280 ribosomal protein NM 001021.2 BE731466.1 0,5 AATTATGTTCCTGAGgtctcagcctt S17 ggat 281 ribosomal protein NM 001021.2 AV752729.1 0,6 GCCGCGTTCCACCAAAACCGT S17 GAAGAAAGCGGCCCGGGTCAT CATAGAAAAGTACTACACGCG CCTGGGCAACGACTTCCACAC GAACAAGCGCGTGTGCGAGGA GATCGCCATTATCCCCAGCAAA AAGCTCCG 282 sulfatase 2 NM 018837.1 AB033073.2 1, 5 GCGAGAGTGTGTCGAgtgagtgtg cgtctg 283 ubiquitin B NM 018955.2 BG286180.1 1, 6 G AAG G C G GAAAAGAG g tca a a atg cagatc 284 ubiquitin B NM 018955.2 BG286180.1 1,4 GGTATCCGCTAACAGgtcaaaatg cagatc 285 glycogen synthase NM 019884.1 BQ927367.1 1,3 ACTTCAGTGCTGGTGgtgagggCa kinase 3 alpha tagcct 286 KIAA1185 protein NM 020710.1 BQ352354.1 1,1 GTGTTAGGAGCGGAGataccttca cttgct 287 peptidylprolyl NM 021130.1 AA340318.1 0,8 CGCGTCTCCTTTGAGctgtttgcag isomerase A acaag (cyclophilin A) 288 peptidylprolyl NM 021130.1 AA357116.1 0,8 TCCCAAAGACAGCAGaaaattttcgt isomerase A gctc (cyclophilin A) 289 peptidylprolyl NM 021130.1 BE293161. 1 0,7 CGCGTCTCCTTTGAGgtacggggc isomerase A ctggat (cyclophilin A) 290 hypothetical protein NM 024841.1 J BQ919225.1 ' ATTGTTGAACTGGATgcggctgttg FLJ14213 1,4 aagag 291 hypothetical protein NM 024841.1 AK055042.1 0,8 GATCAACGTTTTCAAAG G G G G FLJ14213 TGGCTTGCAAAGCAACGAGCT CTATGCCCT 292 ring finger protein 34 NM 025126.2 NM_194271 0,9 GTCGCGGCCATGAAGgtggggga .1 gtggtac 293 t-complex 1 NM 030752.1 AA160249.1 0,7 TTCTTC I I I I CCTAGgggtctcggg aacag 294 RAB34, member NM 031934.3 W32152.1 1,6 AAGAAG GAT CTGAGTg tg a g tg tg c RAS oncogene cagtg family 295 zinc finger, CCHC NM 032226.1 BG530408.1 0,8 ACTGGTCCATCAGTGACAAAG domain containing 7 ACATTGAG 296 guanylate binding NM 052942.2 AA164465.1 1,5 AAAAAAAGAAGAAAGaggcacaag protein 5 tgaaag 297 ubiquitin-conjugating NM 058167.2 BG766070.1 1,4 TGCGCGGAACCCGAGatgagcag enzyme E2, J2 caccagc 298 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,8 CCTGAGTCCAACACAGCTGGG channel 1 CTGGACATATTTGCCAAAIIII CTGCCTACATCAAGAATTCAAA CCCAGCACTCAATGACA 299 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,7 CCCAGGTACCCCAAGctggcagct channel 1 ctgaac 300 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,8 GCTGTGCCCTCCCAGgtaccccaa channel 1 gctggc 301 peptidylprolyl NM 130906.1 BU195819.1 1,4 CCCAAAACATGTGAGgctggagta isomerase caatgg (cyclophilin)-like 3 302 cAMP responsive NM 134442.2 BI831922.1 0,8 GCCACATTAGCCCAGgtatctatgc element binding cagca protein 1 303 heat shock 70kDa NM 153201.1 CD655642.1 0,8 GCCTACCTTGGGAAGactgttacca protein 8 atgct 304 E74 like factor 1 (ets NM 172373.2 AA251399.1 0,8 GCCAAGAAGCTTGAGAGAAGA domain transcription AAAATTTCAGAAAAATTGTCTC factor) AATTTGACTAGAATATCAATGA ACCAGGAAAACTGAAGCACCT TCCCTAAAGAAAACTTGGGTAT ACAATTACTCCACAGACAGAGC TGAGGG 1 1 1 1 1 1 ACCCAAATCA GTCACTGGATTTTGCTGCCTGA TACGTGAATCTTCTTGGAATTT TTCTCATGTGGATCTAAGGGGA ATG CTTTATTATG G CTG CTGTT GTCCAACAGAACGACCTAGTAT TTGAATTTGCTAGTAACGTCAT G 305 eukaryotic o lion NM 001402.4 BX454657.1 0,8 GGCTTCACTGCTCAG t attatcct elongation on factor r 1 g g alpha 1 gaac 306 eukaryotic translation NM 001402.4 BQ365319.1 0,8 AGCTTCTCAGACTATccacctttggg elongation factor 1 taag alpha 1 307 arachidonate 5- 0,9 AAGTGGAGCACGAAAGCAGGA lipoxygenase-CCCAGAATGGGAGGAGCTTCC activating protein NM 001629.2 BF892107.1 AGAGGACCGGAACACTTGCCT TTGAGCGGGTCTACACTGCCA A 308 ribosomal protein NM 021104.1 EXH-001 0,7 AAGAAAGATGAGGCAGAGGTC L41 CAAGTAAACCGCTAGCTTGTTG 309 ribosomal protein NM 021104.1 EXH-002 0,6 GAAGCGAATGCGCAGgctgaagc L41 gcaaaag 310 translationally NM 003295.1 EXH-003 0,5 AATGCATATTTAAACTAAATTGA controlled tumor TCCTGTAGTGTTCCTGGAGAA protein 1 GCTAGAGCCTGATTGTAGGCT ACTACTCATCAATTAACTTCTA CAGTGGAGACTACTTCTGGGA CTGGAATATAAAAA 311 G1 to S phase NM 002094.1 EXH004 1,5 ATTACCGTTTATTCCATATCTG transition 1/G1 to S GATAATTTGCCGAACTTCAATA phase transition 1 GATCAGTTGATGGACCAATCA GGCTGCCAATTGTGG 312 cyclin T2 NM 001241.2 EXH-005 0,5 ttgtgtgagctattcaaactcttcaacccctga 313 cyclin T2 NM 001241.2 EXH-006 0,7 AGCCAGTTGTCATTTttacaggattg tgtq 314 zinc finger protein NM 133476.2 EXH-007 1,5 AGTTCAGGAGCCCTGGAAAGG 384 AGAAGGAATAAGACGGCAGGA GGAAGAGA 315 TBC1 domain NM 020773.1 EXH-008 CTACCTAATTGATTGcccggggcc family, member 14 0,7 ctgatt 316 F-box protein 7 NM 012179.2 EXH-009 GGAAGCGCGGGTGGTCGGCT GGGGTCCGGCTCCTGGAGAAC ATGGCCCGGCCTCCCGGGGG 1,3 CT 317 F-box protein 7 NM 012179.2 EXH-010 CTGGTCCCCTCCTCGttctaatacc 1,4 cgatt 318 maltase- GTAATTCAACTGCCAAGTGGTG glucoamylase (alpha- GAAGAGGGAAATAGAAGAACT glucosidase) NM 004668.1 EXH-011 ATACAACAATCCACAGAATCCA 1,4 GAGAG Les variants SEQ ID Nos: 308-318 correspondent à de nouvelles ESTs Tableau 2 ù Liste de 100 transcrits exprimés différentiellement lors du développement d'un cancer du sein SEQ Description de la N Genbank N Genbank C 1/II Séquence Cible ID N séquence (reference) (variant) vs. Sains cDNA DKFZp451 G 151 (Leucinerich repeat GAATGAATTTTCTTGctgctatgcct 3 kinase 2) AL832453.2 BU634341.1 0,8 ttct cDNA DKFZp667I093 AL832878.1 Al223156.1 0,7 TGCAGATTTGATGGCctactgtga (Guanine nucleotide agcaca binding protein, gamma 2) 7 Homo sapiens B0009917.1 ; BCO28225.1 1,4 ATGAAGAAAAACAAAgtgcacag hypothetical protein agacccg DKFZp761AO52 12 Microtubule associated BC048206.1 AF052170.1 1,4 TGGGAGGGTCGACCTTGATC monoxygenase, ATGAAACAATACCATGAGGGG calponin and LIM GCCTCTGTCACCTTTGAAAAG domain containing 2 AACACTTTTTGAGCAGCCTCA AAAAGCTCATACATACCAGCG CCTTCTTAAATTGGCTCTAATG TAAAGATTGTTAATGTCATTTA TCAAAACCATAGGTGATTATTT GGAGGGATTTAAAAAACTTAA TTACTCTCAGGCCTCATCCCA AGCTTGACACATGCTCTGTAG 1GTTGAACACATAATCACAAAT ATTCTAGCAAATGCTGCCTTG GTTGCAGCCTGCACTGTAGAC CCAAGGGTTTTGCTGTGGCTC TTCTTATCTCCCTTGGCTCATA AAGCCCCAGATGATGCCAGA GCTTCAATTAGAGCCATCATC AT C C CAG G CAG G GATATCTTT GAGAAATGACTCAGTTCAGCC CCAGGCCCCTGTGACTCTGCT TAAAGCACACATTTCTGCTGA CTCTTGTACCTGGGGCAGCA GGATAATCACCAACAC 14 cellular homolog of NM 001997.2 W17004.1 0,6 GGCCGCATGCTTGGAaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 16 cellular homolog of NM 001997.2 AA063591.1 0,7 TGACCGGCCAGGAAAcggtcgcc the fox sequence in the cagatca Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 17 cellular homolog of NM 001997.2 AA094898.1 0,6 CAGGCCGCATGCTTGaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 18 cellular homolog of NM 001997.2 AA187006.1 0,7 AGGCCGCATGCTTGGaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 19 cellular homolog of NM 001997.2 AA225636.1 0,6 GGCCAGGAAACGGTCgcccaga the fox sequence in the tcaaggta Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 23 cellular homolog of NM 001997.2 BU603086.1 0,6 g gg the fox sequence in the GAAGTAGCAGGCCGCat cttFinkel-Biskis-Reill aggtaaa y murine sarcoma virus 24 cellular homolog of NM 001997.2 BF218408.1 0,6 AGGCCGATGCTTGGA taaa t the fox sequence in the gg g Finkel-Biskis-Reilly ccatggt murine sarcoma virus 25 cellular homolog of NM 001997.2 AI499403.1 0,7 CCCGCATGCTTGGAGgtaaagtc the fox sequence in the catggtt Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 26 cellular homolog of NM 001997.2 AW795076.1 0,6 CGGTCGCCCAGATCAaggctcat the fox sequence in the gtagcct Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 35 SEC14-like 1 (S. NM 003003.1 AK130317.1 1,3 TAG G G CTAGTAG G TAG G G CT cerevisiae) AGTAGGTAGGGCTAGTAGGTA G G G CTAG TAG G TAG G G CTAG TAGGTAGGGCTAGTAGGTAG G G CTAGTAG GTAG G GTTCGTA GGTAGGGTTCGTAGGTAGGG TTCGTAGGTAGGGTTAGTAGC GCGTCTGTGCTGCTTCCACCT GGTGCTTCCTGTTCCCAAATC ACAAGGGCCTGAAGGTGGTC CCTGCTTTCTCTTTCTCTTTCT CTGTGTCTCAGATGGCGATTT TGCTGACAGCTGCCAAGAAAA TGCTTCACTCAACAGTCCTCA TGTGCCCAGAGATGTTTATAG AACTGTTTGAATTGCAGCCAT CCCCTGCCCCCTCCCAGGCT GAAGATCTGTTCIIIiIAAGTT GATTCG G GAGTG G CATTCTTT TATACCCAAAGACTGTAGTGC AT CTTGAAGAG CTCAAAG CAC ATGACCGCACAAATGCTTACA GGGTTTCCTCCCGAGTAATCC AATCTCACTCCCCTTGTAAGG 43 nuclear factor NM 003204.1 BM973053.1 1,5 CGGGTCAGTGTACAGgaagagg (erythroid-derived 2)- caggcact like 1 44 nuclear factor NM 003204.1 BM973053.1 1,5 TGCTGTGAGGCAGAGgaatgatg (erythroid-derived 2)- gagaatc like 1 46 synuclein, alpha (non NM 000345.2 NM 007308.1 1,4 _ CCACAGGAAGGAATTCTGGAA A4 component of GATATGCCTGTGGATCCTGAC amyloid precursor) AATGAGGCTTAT 47 synuclein, alpha (non NM 000345.2 NM 007308.1 1,5 GACCAGTTGGGCAAGaatgaag A4 component of aaggagcc amyloid precursor) 1 translationally- NM 003295.1 CA848049.1 0,7 AGAtcgcggacgggttgtgcctggaggT controlled tumor GG protein 1 52 translationally- NM 003295.1 CA848049.1 0,5 TCCGACATCTACAAGatccggga controlled tumor gatcgcg protein 1 53 translationally- NM 003295.1 BCO22436.1 0,6 CCGACATCTACAAGATCCGGG controlled tumor AGATCGCGGACGGGTTGTGC protein 1 CTG 54 translationally- NM 003295.1 BC040008.1 0,5 GCGCCGCTCCGGCTGCACCG controlled tumor CGCTCGCTCCGAGTTTCAGG protein 1 CTCGTGCTAAGCTAGCGCCGT CGTCGTCTCCCTTCAGTCGCC ATCATGATTATCTACC 55 TYRO protein tyrosine NM 003332.1 BF092099.1 0,8 GAGGGGCTGCGGAGGcagcga kinase binding protein cccggaaac 60 cold shock domain NM 003651.3 B0009744.1 1,5 CCCAACAGAATACAGgctggtga protein A gattgga 64 beta-2-microglobulin NM 004048.2 AV734235.1 0,7 ATTTG GATTG GATGAATTCCA AATT CT G CTT G CTT G CTTTTTA ATATTGATATGCTTATACACTT ACACTTTATGCACAAAATGTA GGGTTATAATAATGTTAACAT G GACATGATCTTCTTTATAATT CTACTTTGAGTGCTGTCTCCA TGTTTGATGTATCTGAGCAGG TTGCTCCACAGGTAGCTCTAG GAGGGCTGGCAAC 69 SEC24 NM 004922.1 GCAGCTGTCTGGAATgcagagg family, member C C ( (S. AW449995.1 1,8 cagctgga cerevisiae) 71 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000517.3 H78334.1 C G G T CAA CTTT CAA G et c ctta a g 1,4 ccactg 72 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000517.3 H55830.1 TCAAGGCCGCCTGGGgatgttcct 1,4 .gtCCtt 80 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000558.3 R91899.1 ACCAAGACCTACTTCccggtcaac 1,7 ttcaag 81 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000558.3 H58664.1 GGAGGCCCTGGAGAGctcctaag 1,7 CCaCtgC 85 CD164 antigen, NM 006016. 3 AF299342.I CTGTGACTCCAACCTCACAAC sialomucin CTGTGCGAAAGTCTACCTTTG ATG CAG CCAGTTTCATTG GAG GAATTGTCCTGGTCTTGGGTG T G CA G G CT G TAATTTT CTTT CT TTATAAATTCTGCAAATCTAAA GAACGAAATTACCACACTCTG TAAACAGACCCATTGAATTAAT AAGGACTGGTGATTCATTTGT GTAACTCACTGAAGCCAAAAT ACTATCTTTTAAGATGTCCCAC ATGGAAGACGCTATTCCAGGA T CTTTAAATTT C C AT G G AT G CA TATAGGATGTTTGGGAGCATC 0,8 ATCCGTGAAGAAAAAATCAAT TAAATCATTGTGTTCAACAGG AATATTTAAAATATTCTGCATG AATCCTGTGGCTGTCTTAIIII AAATAGCTGCTGCTGTGGGAT TATA 1 1 1 1 1 ITCCTTAACATG CCAAATATAACTTTCTGAAAGT GATGGAAAATGTTGTCTTGTG CAGACAACATCATGGCTCTTG GCAGTTTA 86 CD164 antigen, NM 006016.3 AF299343.1 0,8 CAGCCAATTCTACAGctaaaccc sialomucin acagttc CCCAGAGTATTAACGCTCCAA GAGTATTATTAACGCTGCTGT ACCTCGATCTGAATCTGCCGG GGCCCCAGCCCACTCCACCC TGCCAGCAGCTTCCAGCCAGT CCCCACAGCCTCATCAGCTCT CTTCACCGIIIIIIGATACTAT CTTCCCCCACCCCCAGCTACC CATAGGGGCTGCAGAGTTATA AGCCCCAAACAGGTCATGCTC CAATAAAAATGATTCTACCTAC 88 talin 1 NM 006289.2 AI393487.1 1,4 AA 89 talin 1 NM 006289.2 AI393487.1 TGCTTCGGAAGGAACgagagctg 1,4 gaagagg 90 talin 1 NM 006289.2 AI417760.1 AGGAAGAAATGCTTCggaagga 1,4 acgagaqc 95 acidic (leucine-rich) NM 006401.1 Y07570.1 GAAGTCAGTGAGGAG aa aa nuclea r g g g hosphoprotein 32 1,5 aatttgga phosp family, member B 102 soluble galactoside- CTCCAGTGGAACCAGgtttgctgtg binding lectin 9 NM 009587.1 BG698264.1 0,8 aactt (galectin 9) 116 Homocysteine- NM 014685.1 BG828243. 1 GGAAAACATCTCAAGgcctgaag inducible, endoplasmic 0,7 ctqccca reticulum stress- inducible, ubiquitin- like domain member 1 120 ring finger protein 10 NM 014868.3 BU626650.1 CGAGAGCGCAGGATTGAGAT 1,5 AGAGGAGAACA 121 ring finger protein 10 NM 014868.3 BU626650.1 AGAAACAGGGCAAGTacccaga 1,5 agtccaca 125 ribosomal protein L4 NM 000968.2 CB141160.1 GTCATCAGACTAGTGCTGAGT CTTGGGGTACTGGCAGAGCT GTGGCTCGAATTCCCAGAGTT CGAGGTGGTGGGACTCACCG CTCTGGCCAGGGTGCTTTTGG 0,7 AAACatgtgtcgtg 126 ribosomal protein L4 NM 000968.2 CD686462.1 0,6 GCGTGTGCTCGCCCACTGATA TCGGTGTACTCCGAAAAGGG GGAGTCATCTGGCAAAAATGT CACTTTGCCTGCTGTATTCAA GGCTCCTATTCGACCAGATAT TGTGAACTTTGTTCACACCAA CTTGCGCAAAAACAACAGACA GCCCTATGCTG 137 ubiquitin B NM 018955.2 AA206538.1 1,4 CAG GTCAAAATG CAG atcttcgtg aaaacc 138 ubiquitin B NM 018955.2 AA206538.1 1,3 CAG GTCAAAATG CAG atcttcg tg aagacc 139 ubiquitin B NM 018955.2 AA340917.1 1,4 AGATCTTCGTGAAGACCCTGA CCGGCAAGACCATCACTCTG GAGGTGGAGCCCAGTGACAC CATCGAAAATGTGAAGGCCAA GATCCAAGATAAAGAAGGCAT CCCCCCCGACCAGCAGAGGC T CAT CTTTG CAG G CAAG CAG C TG GAAGATG G CCG CACTCTTT CTGACTACAACATCCAGAAAG AGTCGACCCTGCACCTGGTC CTGCGCCTGAGGGGTGGCTG TTAATTCTTCAGTCATGGCATT CGCAGTGCCCAGTGATGGCA TTACTCTGCACTATAGCCATTT GCCCCAACTTAAGTTTAGAAA TTACAAGTTTCAGTAATAGCT GAACCTGTTCAAAATGTTAATA AAGG 140 ubiquitin B NM 018955.2 BU661443.1 1,4 TCCCTGTGGGTGGACGTGGT TGGTGATTGGCAGGATCCT 141 ubiquitin B NM 018955.2 BU661443.1 1,5 GGTTGGCTTTGTTGGgtgagcttg tttgtg major TCAGAGACAGTCTTCCTGCCC AGGGAAGACCACCTTTTCCGC AAGTTCCACTATCTCCCCTTC CTGCCCTCAACTGAGGACGTT TACGACTGCAGGGTGGAGCA CTGGGGCTTGGATGAGCCTC 145 c , DR NM 019111.2 CD686254.1 0,7 TTCTCAAGCACTGGGagtttgatg amplex, c1 class ass II, I ctccaagccctctc omp alpha 147 KIAA1191 protein NM 020444.2 BI254429. 1 1,5 GCAGCAGGATCACAGaacagac ccaggaaa mesoderm induction TTTCTCACACAGGCAtactccaaa 148 earlyresponse 1 NM 020948.1 AY124186.1 0,7 tgcttc myelin protein zero TGCCCTGGCATTCTGGCAGA GAATCCTCACCAGTTCTCACC AACCTTCCCCCCAGGCAAGG GCAGCTGCCAGCATGGTGCT CTGCCAGGACAGGTTTCCCTG AAGGAAGCTGCTCACACTGAG ATGAGCCTCTCAGGGCAGGA CCTCTTCCCAAGCCCTGCACA CCCACCCCTGCAGCCCTTTTG 151 like 1 NM 024569.2 AI693779.1 0,9 GCTC likely ortholog of GCTTCAGTCCGCCGAgagcagta moule limb-bud and 152 heart !eue ' NM 030915.1 W45195.1 1,1 ccgtgtg 155 caspase 4, apoptosis- NM 033306.1 NM 001225.2 1,2 TGTTCCCTATGGCAGaaggcaac related cysteine cacagaa protease 158 major NM 033554.2 BU621846.1 0,7 AAGGAGCCTGTGGAGctgggcca histocompatibility gcccaac complex, clans II, DP alpha 1 159 FK506 binding protein NM 054014.1 NM 000801.2 0,8 GCTCCCTGTTCTTGGatctgccat 1A, 12kDa ggaggg 160 chloride intracellular NM 001288.3 BG491600.1 0,8 CCAGGGACGGCCACTTCCTG channel 1 GTCCCCGACGCAACCATGGC TGAAGAACAACCGCAGGTCG AATTGTTCGTGAAG 161 chloride intracellular NM 001288.3 AV683308.1 0,7 GGGCAGCTCCCATTCctgctgtat channel 1 ggcact 164 chromosome 19 open NM 138774.2 AI375989.1 1,4 ACCTCATCTCGGCCAgtgctgacc reading frame 22 tggagg 177 tropomyosin 3 NM 153649.1 BM006741.1 1,3 TGATGAGAGTGAGAGgcagaga cccgtgct 184 eukaryotic translation NM 001404.3 AA206367.1 0,7 CTGAGTCCAGATTGGCAGGT elongation factor 1 GGACTACGAGTCATACACATG gamma GCGGAAACTGGATCCTGGCA GCGAGGAGACCCAGACGCTG GTT 185 eukaryotic translation NM 001404.3 AA206367.1 0,6 CAGCATGTGGGCAAAGCCTTC elongation factor 1 AATCAGGGCAAGATCTTCAAG gamma TGAACATCTCTTGCCATCACC TAG 187 eukaryotic translation NM 001404.3 BU783548.1 0,6 ATTTAAGCGCAAGTACTCCAA elongation factor l TGAGGACACACTCTCTGTGGC gamma ACT G C CATATTT CTG G GAG CA CTTTGATAAG GACG G CTG GTC CCTGTGGTACTCAGAGTATCG CTTCCCTGAAGAACTCACTCA GACCTTCATGAGCTGCAATCT CATCACTG 188 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 TGGACAAGCTGAGGAAGAAT elongation factor 1 GCCTTCGCCAGTGTCATCCTT gamma TTTGGAACCAACAATAGCAGC TCCATTTCTGGAGTCTGGGTC TTCCGAGGCCAG 189 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 CAGGTGGACTACGAGTCATAC elongation factor 1 ACATGGCGGAAACTGGATCCT gamma GGCAGCGAGGAGACCCAGAC GCTGGTTCGAGAGTACTTTTC CTGGGAGGGGGCCTTCCAGC ATGTGGGCAAAGCCTTCAA 190 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 GAGCTTGCCTTTCCGctgagtcca elongation factor 1 gattgg gamma 191 eukaryotic translation Ij 0,8 AAGGAGGAGAAAAAGGCGGC elongation factor 1 NM 001404.3 BG533219.1 TGCCCCTGCTCCTGAGGAGG gamma AGATGGATGAATGTGAGCAG GCGCTGGCTGCTGAGCCCAA GGCCAAGGACCCCTTCGCTC ACCTGCCCAAGAG 203 calpain, small subunit NM 001749.1 BE907701.1 1,4 _ 1/calpain, small CCTTTGAGGCAGCAGatgaaagt subunit 1 gggaaca 204 Cysteinyl-tRNA NM 001751.3 AK125503.1 1,5 AAACAGGAACAAGAAgcagcaaa synthetase gctggcc 222 prohibitin NM 002634.2 BE536369.1 1,4 GCGAGGAGAGTGCGTgtgtgaga gggtcca 225 translationally- NM 003295.1 BG284235.1 0,6 TTCTTTATTGGTGAAAACATGA controlled tumor ATCCAGATG G CATG GTTG CTC protein 1 TATTGGACTACCGTGAGGATG GTGTGACCCCATATATGATTT TCTTTAAGGATGGTTTA translationally-TTATTTTGGATCTATCACCTGT controlled tumor CATCATAACTG G CTTCTG CTT GTCATCCACACAACACCAGGA CTTAAGACAAATGGGACTGAT GTCATCTTGAGCTCTTCATTTA TTTTGACTGTGATTTATTTG GA GTGGAGGCATTG I I 1 1 1 AAGA AAAACATGTCATGTAGGTTGT CTAAAAATAAAATGCATTTAAA 227 protein 1 _ NM 003295.1 CD641954.1 0,7 C 228 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0,6 CGTCGTCTCCCTTCAGTCGCC controlled tumor ATCATGATTATCTACC protein 1 _ 229 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0,6 GGGACCTCATCAGCCacgatgag controlled tumor atgttct protein 1 232 cold shock domain NM 003651.3 BE935120.1 1,5 AATAACCCACGGAAATATCTG protein A CGCAGTGTAGGAGATGGAGA AACTGTAGAGTTTGATGTGGT TGAAGGAGAGAA 236 Homo sapiens vesicle- NM 003761.2 BG623073.1 0,7 GATCTGGAAGCCACAtctgagca associated membrane cttcaag protein 8 (endobrevin) 237 CASP8 and FADD- NM 003879.3 BI871546.1 1,3 AGTACAAGCAGTCTGgtggatgg like apoptosis aatggaa regulator 239 beta-2-microglobulin NM 004048.2 BM831738.1 0,7 TG GAG G CTATCCAG Cg ta ctcca aagattc 240 Guanine nucleotide NM 004125.2 BC015206.1 0,6 GTGGAGAGGATCAAGgtctctcag binding protein, gcagct gamma 10 242 c-src tyrosine kinase NM 004383.1 BG953215.1 1,1 CCTCAAGTTCTCGCTagatgtctg cgaggc 248 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000517.3 AA343446.1 1,7 TGCTTCTCCCCGCAGgatgttcct gtcctt 253 membrane component, NM 005898.2 AA437165.1 0,8 AACAGCTTCAAACAGt99tt9gÇa chromosome e 1 111, , cttacc surface marker 1 254 capping protein (actin NM 006136.1 BG702980.1 0,7 filament) muscle z- fine, alpha 2 AGCAAAAAATTTTTGgaatggtcgt tggag 258 acidic (leucine-rich) NM 006401.1 AI446778.1 1,3 AGGAGGAGGACGAAGaaggag nuclear phosphoprotein 32 aagatgagg family, member B 261 lysosomal associated NM 006762.1 BQ006415.1 1,5 AAGATGCTCCAGAAGgtgagtgtg multispanning gctgca membrane protein 5 266 chromosome 11 open NM 014206. 1 BE041814.1 0,8 TCGCGGGGCAAAATGgagctcga reading frame 10 ggccatg 269 ribosomal protein L4 NM 000968.2 CB164625.1 0,7 G GTGCTTTTG GAAACatgtgtcgtg gaggc 276 ankyrin repeat domain NM 017664.1 BCO39715.1 0, 7 GGAGCATTCCATATAGAAACT 10 GCTGAAACTGCCACAGGTGCT TCTCCGAAAACCTTACAGTTG TGGCATTGAATGTTCAGTATC GCTTCCTTTCTGCACACG 280 ribosomal protein S17 NM 001021.2 BE731466.1 0,5 AATTATGTTCCTGAGgtctcagcct tggat 281 ribosomal protein S17 NM 001021.2 AV752729.1 0,6 GCCGCGTTCCACCAAAACCGT GAAGAAAGCGGCCCGGGTCA TCATAGAAAAGTACTACACGC GCCTGGGCAACGACTTCCAC ACGAACAAGCGCGTGTGCGA GGAGATCGCCATTATCCCCAG CAAAAAGCTCCG 282 sulfatase 2 NM 018837.1 AB033073.2 1,5 GCGAGAGTGTGTCGAgtgagtgt gcgtctg 283 ubiquitin B NM 018955.2 BG286180.1 1,6 GAAGGCGGAAAAGAGgtcaaaat gcagatc 284 ubiquitin B NM 018955.2 BG286180.1 1,4 GGTATCCGCTAACAGgtcaaaat gcagatc 290 hypothetical protein NM 024841.1 BQ919225.1 1,4 ATTGTTGAACTGGATgcggctgttg FLJ14213 aagag 298 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,8 CCTGAGTCCAACACAGCTGG channel 1 G CTG G ACATATTTG C CAAATT TTCTGCCTACATCAAGAATTC AAACCCAGCACTCAATGACA 299 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,7 CCCAGGTACCCCAAGctggcagc channel 1 tctgaac 300 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,8 GCTGTGCCCTCCCAGgtacccca channel 1 agctggc 307 arachidonate 5- NM 001629.2 BF892107.1 0,9 AAGTGGAGCACGAAAGCAGG 1ipoxygenase ACCCAGAATGGGAGGAGCTT activating protein CCAGAGGACCGGAACACTTG CCTTTGAGCGGGTCTACACTG CCAA 309 ribosomal protein L41 NM 021104.1 EXH-002 0,6 GAAGCGAATGCGCAGgctgaag cgcaaaaq 312 cyclin T2 NM 001241.2 EXH-005 0,5 ttgtgtgagctattcaaactcttcaacccctga 314 zinc finger protein 384 NM 133476.2 EXH-007 1,5 AGTTCAGGAGCCCTGGAAAG GAGAAGGAATAAGACGGCAG GAGGAAGAGA Tableau 3 ù Panel de 66 gènes exprimés différentiellement dans les cancers du sein des patients R et NR SEQ Description de la N Genbank N Genbank C I/11 Séquence Cible ID N séquence (reference) (variant) vs. Sains cDNA DKFZp667I093 AL832878.1 Al223156.1 0,7 TGCAGATTTGATGGCctactgtga (Guanine nucleotide agcaca binding protein, gamma 2) 7 Homo sapiens BO009917.1 BCO28225.1 1,4 ATGAAGAAAAACAAAgtgcacag hypothetical protein agacccg DKFZp761A052 13 cellular homolog of NM 001997.2 NM 001997.2 0,5 GTCGCCCAGATCAAGgctcatgta the fox sequence in the gcctca Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 14 cellular homolog of NM 001997.2 W17004.1 0,6 GGCCGCATGCTTGGAaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 16 cellular homolog of NM 001997.2 AA063591.1 0,7 TGACCGGCCAGGAAAcggtcgcc the fox sequence in the cagatca Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 17 cellular homolog of NM 001997.2 AA094898.1 0,6 CAGGCCGCATGCTTGaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 18 cellular homolog of NM 001997.2 AA187006.1 0,7 AGGCCGCATGCTTGGaggtaaa the fox sequence in the gtccatgg Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 19 cellular homolog of NM 001997.2 AA225636.1 0,6 GGCCAGGAAACGGTCgcccaga the fox sequence in the tcaaggta Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 20 cellular homolog of NM 001997.2 I 0,5 GGTCGCCCAGATCAAgctcatgta the fox sequence in the BM820687.1 gcctca Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 23 cellular homolog of NM 001997.2 BU603086.1 0,6 GAAGTAGCAGGCCGCatgcttgg the fox sequence in the 9g Finkel-Biskis-Reilly aggtaaa murine sarcoma virus 24 cellular homolog of NM 001997.2 BF218408. 1 0,6 AGGCCGATGCTTGGAggtaaagt the fox sequence in the ccatggt Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 25 cellular homolog of NM 001997.2 AI499403.1 0,7 CCCGCATGCTTGGAG9taaa9tc the fox sequence in the catggtt Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 26 cellular homolog of NM 001997.2 AW795076.1 0,6 CGGTCGCCCAGATCAaggctcat the fox sequence in the gtagcct Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 27 cellular homolog of NM 001997.2 D52122.1 0,6 GGCCGCATGCTTGGggtaaagtc the fox sequence in the Finkel-Biskis-Reilly catggtt murine sarcoma virus 28 cellular homolog of NM 001997.2 BE535673.1 0,6 GCCGCATGCTTGGAGgtaacagt the fox sequence in the ccatggt Finkel-Biskis-Reilly murine sarcoma virus 47 synuclein, alpha (non NM 000345.2 NM 007308.1 1,5 GACCAGTTGGGCAAGaatgaag A4 component of aaggagcc amyloid precursor) 51 translationally- NM 003295.1 CA848049.1 0, 7 AGAtcgcggacgggttgtgcctggaggT controlled tumor GG protein 1 52 translationally- NM 003295.1 CA848049.1 0,5 TCCGACATCTACAAGatccggga controlled tumor gatcgcg protein 1 53 translationally- NM 003295.1 BCO22436.1 0,6 CCGACATCTACAAGATCCGGG controlled tumor AGATCGCGGACGGGTTGTGC protein 1 CTG 54 translationally- NM 003295.1 BC040008.1 0,5 GCGCCGCTCCGGCTGCACCG controlled tumor CGCTCGCTCCGAGTTTCAGG protein 1 CTCGTGCTAAGCTAGCGCCGT CGTCGTCTCCCTTCAGTCGCC ATCATGATTATCTACC 55 TYRO protein tyrosine NM 003332.1 BF092099.1 0,8 GAGGGGCTGCGGAGGcagcga kinase binding protein cccggaaac 58 uroporphyrinogen NM 000374.2 BQ008745.1 1,5 GTGTGCCGCTGATTGtggaccct decarboxylase gatgaca 64 beta-2-microglobulin NM 004048.2 AV734235.1 0,7 ATTTG GATTG GATGAATTC CA AATTCTGCTTGCTTGC I I I I 1A ATATTGATATGCTTATACACTT ACACTTTATGCACAAAATGTA GGGTTATAATAATGTTAACAT GGACATGATCTTCTTTATAATT CTACTTTGAGTGCTGTCTCCA TGTTTGATGTATCTGAGCAGG TTGCTCCACAGGTAGCTCTAG GAGGGCTGGCAAC 69 SEC24 related gene NM 004922.1 AW449995.1 1,8 GCAGCTGTCTGGAATgcagagg family, member C (S. cagctgga cerevisiae) 80 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000558.3 R91899.1 1,7 ACCAAGACCTACTTCccggtcaac ttcaag 81 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000558.3 H58664.1 1,7 GGAGGCCCTGGAGAGctcctaag ccactgc 88 talin 1 NM 006289.2 AI393487.1 1,4 CCCAGAGTATTAACGCTCCAA GAGTATTATTAACGCTGCTGT ACCTCGATCTGAATCTGCCGG GGCCCCAGCCCACTCCACCC TGCCAGCAGCTTCCAGCCAGT CCCCACAGCCTCATCAGCTCT CTTCACCGIIIIIIGATACTAT CTTCCCCCACCCCCAGCTACC CATAGGGGCTGCAGAGTTATA AGCCCCAAACAGGTCATGCTC CAATAAAAATGATTCTACCTAC AA 89 talin 1 NM 006289.2 A1393487.1 1,4 TGCTTCGGAAGGAACgagagctg gaagagg 90 talin 1 NM 006289.2 A1417760.1 1,4 AGGAAGAAATGCTTCggaagga acgagagc 116 Homocysteine- NM 014685.1 BG828243.1 0,7 GGAAAACATCTCAAGgcctgaag inducible, endoplasmic ctgccCa ulum stress- inucible, ubiquitin- ind like domain member 1 121 ring finger protein 10 NM 014868.3 BU626650.1 1,5 AGAAACAG G G CAAGTacccag a agtccaca 125 ribosomal protein L4 NM 000968.2 CB141160.1 0,7 GTCATCAGACTAGTGCTGAGT CTTGGGGTACTGGCAGAGCT GTGGCTCGAATTCCCAGAGTT CGAGGTGGTGGGACTCACCG CTCTGGCCAGGGTGCTTTTGG AAACatgtgtcgtg 137 ubiquitin B NM 018955.2 AA206538.1 1,4 CAG G T CAAAATG CAG at cttcg tg aaaacc 139 ubiquitin B NM 018955.2 AA340917.1 1,4 AGATCTTCGTGAAGACCCTGA CCGGCAAGACCATCACTCTG GAGGTGGAGCCCAGTGACAC CATCGAAAATGTGAAGGCCAA GATCCAAGATAAAGAAGGCAT CCCCCCCGACCAGCAGAGGC TCATCTTTGCAGGCAAGCAGC TGGAAGATGGCCGCACTCTTT CTGACTACAACATCCAGAAAG AGTCGACCCTGCACCTGGTC CTGCGCCTGAGGGGTGGCTG TTAATTCTTCAGTCATGGCATT CGCAGTGCCCAGTGATGGCA TTACTCTGCACTATAGCCATTT G C C C CAA CTTAAGTTTAG AAA TTACAAGTTTCAGTAATAGCT GAACCTGTTCAAAATGTTAATA AAGG 145 major NM 019111.2 CD686254.1 0,7 TCAGAGACAGTCTTCCTGCCC omplexplex class II, c I, DR o, ciasslI alpha AGGGAAGACCACCTTTTCCGC AAGTTCCACTATCTCCCCTTC CTGCCCTCAACTGAGGACGTT TACGACTGCAGGGTGGAGCA CTGGGGCTTGGATGAGCCTC TTCTCAAGCACTGGGagtttgatg ctccaagccctctc 148 mesoderm induction NM 020948. 1 AY124186.1 0,7 TTTCTCACACAGGCAtactccaaa early response 1 tgcttc 158 major NM 033554.2 BU621846.1 0,7 AAGGAGCCTGTGGAGctgggcca histocability gcccaac II, complexex, cl class DP alpha 1 160 chloride intracellular NM 001288.3 BG491600.1 0,8 CCAGGGACGGCCACTTCCTG channel 1 GTCCCCGACGCAACCATGGC TGAAGAACAACCGCAGGTCG AATTGTTCGTGAAG 161 chloride intracellular NM 001288. 3 AV683308.1 0,7 GGGCAGCTCCCATTCctgctgtat channel 1 ggcact 164 chromosome 19 open NM 138774.2 AI375989.1 1,4 ACCTCATCTCGGCCAgtgctgacc reading frame 22 tggagg 188 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 TGGACAAGCTGAGGAAGAAT elongation factor 1 GCCTTCGCCAGTGTCATCCTT gamma TTTGGAACCAACAATAGCAGC TCCATTTCTGGAGTCTGGGTC TTCCGAGGCCAG 189 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 CAGGTGGACTACGAGTCATAC elongation factor 1 ACATGGCGGAAACTGGATCCT gamma GGCAGCGAGGAGACCCAGAC GCTGGTTCGAGAGTACTTTTC CTGGGAGGGGGCCTTCCAGC ATGTGGGCAAAGCCTTCAA 190 eukaryotic translation NM 001404.3 BE502067.1 0,6 GAGCTTGCCTTTCCGctgagtcca elongation factor 1 gattgg gamma 191 eukaryotic translation NM 001404.3 BG533219.1 0,8 AAGGAGGAGAAAAAGGCGGC elongation factor 1 TGCCCCTGCTCCTGAGGAGG gamma AGATGGATGAATGTGAGCAG GCGCTGGCTGCTGAGCCCAA GGCCAAGGACCCCTTCGCTC ACCTGCCCAAGAG 208 ferritin, heavy NM 002032.1 BG248923.1 0,6 TGTCTCTGGGGATCCCTAGTA polypeptide 1 TAACACATGCA 222 prohibitin NM 002634.2 BE536369.1 1,4 GCGAGGAGAGTGCGTgtgtgaga gggtcca 225 translationally- NM 003295.1 BG284235.1 0,6 TTCTTTATTGGTGAAAACATGA controlled tumor AT C CAGATG G CATG G TTG CT C controlled GTGTGACCCCATATATGATTT protein 1 TCTTTAAGGATGGTTTA 228 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0,6 CGTCGTCTCCCTTCAGTCGCC controlled tumor ATCATGATTATCTACC protein 1 229 translationally- NM 003295.1 AV749932.1 0, 6 GGGACCTCATCAGCCacgatgag controlled tumor atgttct protein 1 236 Homo sapiens vesicle- NM 003761.2 BG623073.1 0,7 GATCTGGAAGCCACAtctgagca associated membrane cttcaag protein 8 (endobrevin) 240 Guanine nucleotide NM 004125.2 BC015206.1 0,6 GTGGAGAGGATCAAGgtctctcag binding protein, gcagct gamma 10 242 c-src tyrosine kinase NM 004383.1 BG953215.1 1,1 CCTCAAGTTCTCGCTagatgtctg cgaggc 245 family with sequence NM 004699.1 AA584911.1 1,6 TCAAGAGTGAGTGTTtgcggagtc similarity 50, member agacgc A 248 hemoglobin, alpha 1/2 NM 000517.3 AA343446.1 1,7 TGCTTCTCCCCGCAGgatgttcct gtcctt 252 putative translation NM 005801.2 BG655736.1 0,7 CCTTTGTGCTTGCAGaagtttgcctinitiation factor gcaat 280 ribosomal protein S17 NM 001021.2 BE731466.1 0,5 AATTATGTTCCTGAGgtctcagcct tggat 281 ribosomal protein S17 NM 001021.2 AV752729.1 0,6 GCCGCGTTCCACCAAAACCGT GAAGAAAGCGGCCCGGGTCA TCATAGAAAAGTACTACACGC GCCTGGGCAACGACTTCCAC ACGAACAAGCGCGTGTGCGA GGAGATCGCCATTATCCCCAG CAAAAAGCTCCG 284 ubiquitin B NM 018955.2 BG286180.1 1,4 GGTATCCGCTAACAGgtcaaaat gcagatc 290 hypothetical protein NM 024841.1 BQ919225.1 1,4 ATTGTTGAACTGGATgcggctgttg FLJ14213 aagag 298 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,8 CCTGAGTCCAACACAGCTGG channel 1 G CTG GACATATTTG C CAAATT TTCTGCCTACATCAAGAATTC AAACCCAGCACTCAATGACA 299 chloride intracellular NM 001288.3 AAl26087.1 0,7 CCCAGGTACCCCAAGCtggCagC channel 1 tctgaac 300 chloride intracellular NM 001288.3 AAI26087.1 0,8 GCTGTGCCCTCCCAGgtacccca channel 1 agctggc 309 ribosomal protein L41 NM 021104.1 EXH-002 0,6 GAAGCGAATGCGCAGgctgaag cgcaaaag 310 translationally NM 003295.1 EXH-003 0,5 AATGCATATTTAAACTAAATTG controlled tumor ATCCTGTAGTGTTCCTGGAGA protein 1 AGCTAGAGCCTGATTGTAGGC TACTACTCATCAATTAACTTCT ACAGTGGAGACTACTTCTGGG ACTGGAATATAAAAA 311 G1 to S phase ATTACCGTTTATTCCATATCTG transition 1/Gl to S GATAATTTGCCGAACTTCAAT phase transition 1 AGATCAGTTGATGGACCAATC NM 002094.1 EXH-004 1,5 AGGCTGCCAATTGTGG 312 cyclin T2 NM 001241.2 EXH-005 0,5 ttgtgtgagctattcaaactcttcaacccctga REVENDICATIONS 1. Méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer du sein chez un mammifère, comprenant la détection, dans un échantillon de sang du mammifère, des molécules cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, et/ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c), la présence, l'absence ou la quantité (relative) de ces molécules cibles dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer un cancer du sein chez ce mammifère. 2. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que les acides nucléiques selon a) comprennent les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 27, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 161, 188, 225, 228, 240, 280 et 312 ou un fragment distinctif de celles- ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives. 3. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que les acides nucléiques selon a) comprennent les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 13, 16-19, 23, 26-28, 47, 51- 55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 229, 240, 248, 280, 281, 284, 299, 300, 310 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives. 4. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que les acides nucléiques selon a) comprennent les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 7, 13, 14, 16-19, 23-28, 47,51-55, 58, 69, 80, 81, 89, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 189, 190, 225, 228, 229, 240, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298-300, 310 et 312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives. 5. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que les acides nucléiques selon a) comprennent les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 5, 7, 13, 14, 16-20, 23-28, 47, 51-55, 58, 64, 69, 80, 81, 88-90, 116, 121, 125, 137, 139, 145, 148, 158, 160, 161, 164, 188-191, 208, 222, 225, 228, 229, 236, 240, 242, 245, 248, 252, 280, 281, 284, 290, 298- 300 et 309-312 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives. 6. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisée en ce que les acides nucléiques selon a) comprennent en outre les séquences supplémentaires représentées dans SEQ ID NOs: 1-318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives. 7. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, comprenant la détection de la présence ou de l'absence d'un acide nucléique selon a) à c) par hybridation 20 sélective ou amplification sélective. 8. Méthode selon la revendication 1 pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer du sein chez un mammifère, comprenant la mise en contact, dans des conditions permettant une hybridation entre séquences complémentaires, des acides nucléiques issus 25 d'un échantillon de sang du mammifère et d'un ensemble de sondes spécifique des molécules cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 18, 19, 23, 26, 51, 52, 53, 54, 55, 69, 80, 125, 145, 148, 225, 228, 240 et 312 ou un fragment distinctif de celles- ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 30 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ouc) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, pour obtenir un profil d'hybridation, le profil d'hybridation étant caractéristique de la présence ou du risque de développer un cancer du sein chez ce mammifère. 9. Méthode selon la revendication 8, caractérisée en ce que les sondes sont immobilisées sur un support. 10. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, comprenant la détection de la 10 présence ou de l'absence d'un polypeptide selon d) au moyen d'un anticorps spécifique ou d'un fragment ou dérivé de celui-ci. 11. Méthode selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que l'échantillon de sang est un échantillon de sang total. 12. Utilisation d'une sonde nucléique spécifique d'un acide nucléique cible tel que défini dans l'une des revendications 1 à 6, ladite sonde comprenant de 15 à 400 bases, pour la détection in vitro d'un cancer du sein chez un sujet humain. 20 13. Utilisation d'une amorce nucléique permettant l'amplification de tout ou partie d'un acide nucléique cible tel que défini dans l'une des revendications 1 à 6, ladite amorce étant simple-brin, d'une longueur comprise entre 5 et 50 bases, pour la détection in vitro d'un cancer du sein chez un sujet humain. 25 14. Produit comprenant un support sur lequel sont immobilisées au moins 18 sondes d'acides nucléiques distinctes comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique de 18 acides nucléiques cibles distincts choisis parmi SEQ ID NO: 1-318, de préférence de 18 acides nucléiques cibles distincts tels que définis dans la revendication 1. 30 15. Utilisation d'un produit selon la revendication 14 pour la détection in vitro ou ex vivo de la présence ou du risque de développer un cancer du sein chez un mammifère. 15 16. Méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer chez un mammifère, comprenant la détection, dans un échantillon du mammifère, d'une ou plusieurs molécules cibles choisies parmi: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 1-318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce, et/ou d) les polypeptides codés par les acides nucléiques selon a) à c), la présence, l'absence ou la quantité (relative) de ces molécules cibles dans l'échantillon étant une indication de la présence ou du risque de développer un cancer chez ce mammifère. 17. Produit comprenant un support sur lequel sont immobilisées au moins deux sondes d'acides nucléiques distinctes comprenant une séquence complémentaire et/ou spécifique de deux acides nucléiques cibles distincts choisis parmi SEQ ID NO: 1-318. 18. Méthode pour détecter la présence ou le risque de développer un cancer chez un mammifère, comprenant la mise en contact, dans des conditions permettant une hybridation entre séquences complémentaires, des acides nucléiques issus d'un échantillon de sang du mammifère et d'un ensemble de sondes spécifique d'au moins deux molécules distinctes choisies parmi les cibles suivantes: a) les acides nucléiques comprenant les séquences représentées dans SEQ ID NOs: 1-318 ou un fragment distinctif de celles-ci ayant au moins 15, de préférence au moins 16, 17, 18, 19, 20, 25 ou 30 bases consécutives, et/ou b) les acides nucléiques ayant une séquence complémentaire de séquences selon a), et/ou c) les analogues fonctionnels des acides nucléiques selon a) ou b) provenant d'une autre espèce,pour obtenir un profil d'hybridation, le profil d'hybridation étant caractéristique de la présence ou du risque de développer un cancer chez ce mammifère.