Brevet FR2875512A1 — publié le 20060324

La présente invention a pour objet un support solide revêtu d'un jeu de fragments représentatifs de gènes dont le profil d'expression pour l'ensemble de ces gènes chez un sujet présentant une tumeur mammaire permet le diagnostic ou le pronostic du caractère métastatique ou localisé de ladite tumeur, ainsi qu'un kit comprenant un tel support; l'invention a également pour objet un procédé de diagnostic ou de pronostic in vitro du caractère métastatique ou localisé d'une tumeur mammaire, le cas échéant permettant également de caractériser si les cellules de ladite tumeur mammaire expriment ou non les récepteurs aux oestrogènes, ledit procédé mettant en oeuvre l'utilisation du support solide. Le cancer peut être défini de façon très large comme une maladie liée à la prolifération et la diffusion incontrôlée de cellules de l'organisme devenues anormales: ces cellules anormales, dites malignes , prolifèrent de manière anarchique à partir d'un foyer primitif, qui peut récidiver localement après son ablation, s'étendre aux tissus voisins et essaimer à distance (métastases). Le cancer touche environ 10 millions de personnes dans le monde. Plus de 4,4 millions des cas proviennent d'Asie. L'Europe compte 2,8 millions de cas, l'Amérique du Nord 1,4 millions et l'Afrique 627 000 cas. Le cancer est l'une des premières causes de mortalité dans les pays développés; en Europe et aux Etats-Unis, on estime qu'une personne sur cinq décédera d'un cancer. L'incidence des cancers sur les 100 dernières années paraît être en progression, mais cette observation doit être pondérée par le fait que la probabilité de développer un cancer augmente avec l'âge, et que globalement la proportion de la population âgée est aussi en augmentation. 2 2875512 Chez la femme, le cancer du sein et le plus fréquent: on note ainsi 43 000 nouveaux cas et 11 000 décès par an en France. Le cancer du sein est la première cause de décès par cancer chez la femme. Il est à noter que 99% des cancers du sein apparaissant chez la femme, et 1% chez l'homme. En Europe, la mise en place de moyens de dépistage et de prévention permet un diagnostic des tumeurs mammaires à un stade précoce, qui permet de définir ensuite une orientation thérapeutique. Un facteur pronostic important consiste à déterminer si des métastases sont présentes dans les ganglions lymphatiques; on parle alors d'envahissement ganglionnaire; en l'absence d'envahissement ganglionnaire, on parle de tumeur mammaire localisée. L'une des méthodes jusqu'ici couramment employées pour caractériser l'envahissement ganglionnaire consiste à effectuer un curage axillaire, qui consiste à prélever des ganglions axillaires (aisselles) et réaliser des coupes de ces ganglions en coloration hématoxyline et éosine. Toutefois, cette technique du curage est actuellement remise en question: le curage axillaire est responsable de la plupart des symptômes fonctionnels post-chirurgicaux du cancer du sein, allant de 10 % pour ce qui est du lymphoedème (syndrome du gros bras) à plus de 80 % de gêne et de douleurs à la mobilisation du membre supérieur. En outre, dans les pays occidentaux, la proportion des tumeurs dépourvues d'envahissement ganglionnaire (N-) approche les 80 %, ce qui veut dire que près de 4 femmes sur 5 subissent un curage axillaire inutile. La classification des tumeurs mammaires en stade N- ( sans envahissement ganglionnaire) ou N+ ( avec envahissement ganglionnaire) est d'autant plus exacte que le nombre de ganglions prélevés est plus élevé, conduisant ainsi à des résultats présentant un certain risque d'erreur. L'examen 3 2875512 anatomopathologique standard pour les ganglions d'un curage axillaire (coloration des coupes) pourrait être complété par des techniques d'immunohistochimie basées sur une réaction immunologique spécifique et un contrôle morphologique des cellules immunoréactives. Cependant, l'identification de micrométastases en réalisant des coupes sériées et une immunohistochimie n'est pas envisageable en pratique courante, pour des raisons de temps et de coût sur l'ensemble des ganglions prélevés dans un curage axillaire. Une alternative à la réalisation du curage ganglionnaire axillaire est la tomographie d'émission de positron (PET pour Positron Emission Tomography ), une technique d'imagerie médicale de médecine nucléaire dans laquelle un marqueur radioactif émetteur de positrons est injecté in vivo (FDG-PET pour (18F)FluoroDeoxyGlucose-PET). Cette technique, très sensible, est pour l'instant trop coûteuse et peu accessible. Une autre alternative au curage axillaire est l'étude du ganglion sentinelle. Ce dernier est défini comme le premier ganglion qui reçoit le flux lymphatique de la tumeur primaire. La technique du ganglion sentinelle est donc une méthode efficace pour évaluer le statut ganglionnaire axillaire et éviter le curage axillaire chez les patientes ayant un cancer du sein de petite taille sans envahissement ganglionnaire clinique. En effet, un ganglion sentinelle non atteint exclut en théorie un envahissement métastatique du reste de l'aisselle et rend donc le curage axillaire inutile. Bien que les investigations sur un seul ganglion puissent être à l'origine de la stadification axillaire, la technique du ganglion sentinelle n'est pas encore standardisée et les taux de faux négatifs sont évalués dans la littérature de 0 à 15 %. Ce taux peut être diminué par l'utilisation de techniques de biologie moléculaire telles que la RT-PCR (amplification en chaîne par polymérase Transcription inverse; RT-PCR pour Reverse Transription Polymerase Chain Reaction ). Mais l'étude en biologie moléculaire s'effectue à partir de tissu congelé, ce qui implique que l'anatomopathologiste doit soustraire une partie du ganglion à l'étude histologique standard. Ainsi, il est indispensable de pouvoir disposer d'un autre outil de diagnostic simple à mettre en oeuvre, peu coûteux et fiable pour évaluer le statut ganglionnaire dans le cancer du sein. Cet objectif a été atteint par les inventeurs désignés dans la présente demande. Ces derniers ont pu mettre au point une biopuce à ADN qui permet de définir le statut ganglionnaire de patientes ayant développé une tumeur mammaire. Les tumeurs mammaires sont hétérogènes car elles résultent de l'accumulation et de combinaisons de multiples altérations moléculaires. Les indications thérapeutiques et diagnostiques sont fondées sur des facteurs pronostics classiques (histologiques et cliniques) qui ne révèlent pas cette hétérogénéité. En effet, cela correspond le plus souvent à l'étude d'un seul gène ou produit de gène à la fois. Une caractérisation moléculaire globale et détaillée, obtenue à l'aide de la biopuce sleon l'invention, permet donc d'affiner le diagnostic, les indications thérapeutiques et donc la survie des patients. Les sondes (ou fragments représentatifs) déposées sur la biopuce correspondent à des gènes dont les niveaux d'expression sont modifiés dans les tumeurs mammaires, permettant ainsi l'étude de paramètres tels que la réceptivité hormonale, l'envahissement ganglionnaire, le statut BRCA1/BRCA2, la surexpression de erbb2, la prolifération cellulaire, les types cellulaires présents dans la tumeur. Les inventeurs ont pu identifier un ensemble de gènes dont la surexpression est caractéristique d'un envahissement ganglionnaire et donc d'une tumeur métastatique (tumeur N+), et un autre ensemble de gènes dont la surexpression est caractéristique de l'absence d'envahissement ganglionnaire et donc d'une tumeur localisée (tumeur N-). Ces gènes sont listés dans les Tableaux Al, A2 et A3. Dans la présente demande, la détermination de l'envahissement ganglionnaire, et donc du caractère métastatique ou localisé d'une tumeur, passe d'abord par la caractérisation de l'expression des récepteurs aux oestrogènes par les cellules de la tumeur mammaire. Une tumeur mammaire est ainsi classée ER+ lorsqu'elle exprime les récepteurs aux oestrogènes, et ER- dans le cas contraire. Le Tableau Al rassemble les gènes discriminants pour l'envahissement ganglionnaire surexprimés dans les tumeurs mammaires qui expriment les récepteurs aux oestrogènes (tumeurs ER+). Le Tableau A2 rassemble les gènes discriminants pour l'envahissement ganglionnaire surexprimés à la fois dans les tumeurs mammaires qui expriment les récepteurs aux oestrogènes (tumeurs ER+) et celles qui ne l'expriment pas (tumeurs ER-). Le Tableau A3 rassemble les gènes discriminants pour l'envahissement ganglionnaire surexprimés dans les tumeurs mammaires qui n'expriment pas les récepteurs aux oestrogènes (tumeurs ER-). Ainsi, la présente invention a pour objet un support solide revêtu d'un jeu de fragments représentatifs de gènes dont le profil d'expression pour l'ensemble de ces gènes chez un sujet présentant une tumeur mammaire permet le diagnostic ou le pronostic du caractère métastatique ou localisé de ladite tumeur, caractérisé en ce que ledit jeu comprend et/ou est constitué par au moins 2, de préférence 3 ou 4 fragments, chacun des 2, 3 ou 4 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. Le profil d'expression, qui est obtenu en utilisant le support solide selon la présente invention, contient les informations relatives à l'expression de l'ensemble des gènes dont un fragment représentatif a été déposé sur ledit support solide. Par l'expression fragment représentatif d'un gène du Tableau Al, A2, A3, B ou du Tableau C on entend désigner dans la présente demande tout fragment codant (ARNm, ADNc) d'un de ces gènes qui est suffisamment long pour s'hybrider spécifiquement, dans des conditions appropriées pour l'hybridation, avec un fragment d'ARNm ou d'ADNc présent dans l'échantillon d'acide nucléique test ou avec un fragment présent dans l'échantillon d'acide nucléique de référence, et permet ainsi d'identifier ledit fragment présent dans l'échantillon d'acide nucléique test ou de référence comme étant un fragment constitutif dudit gène donné, ledit gène étant donc présent dans l'échantillon d'acide nucléique test ou dans l'échantillon d'acide nucléique de référence; lorsqu'un tel fragment représentatif d'un gène du Tableau Al, A2, A3, B ou du Tableau C est séquencé, la séquence identifiée permet de conclure sans ambiguïté que ledit fragment appartient audit gène donné du Tableau Al, A2, A3, B ou du Tableau C. Le terme sonde est également utilisé dans la présente demande pour désigner un fragment représentatif. De préférence, le fragment représentatif d'un gène selon l'invention comprend et/ou est constitué par au moins 15, de préférence 20, 25, 30, 35, 40, 45, 47, 48, 49 et de manière particulièrement préférée 50 nucléotides identiques à ceux du fragment de l'acide nucléique test ou de référence constitutif dudit gène donné, ledit gène étant donc présent dans l'acide nucléique test et dans l'acide nucléique de référence. L'expression "conditions appropriées pour l'hybridation" dans la présente invention désigne des conditions de forte stringence qui permettent 7 2875512 l'hybridation lorsque des séquences complémentaires à au moins 80, 82, 85, 87, 89, 90, 92, 95, 97 or 99 % sont capables de s'hybrider spécifiquement. Les conditions de forte stringence sont largement décrites dans la littérature, par exemple dans Sambrook et al., (1989, Molecular cloning, A laboratory Manual , Cold Spring Harbor), Maniatis et al., 1982 ( Molecular cloning, A laboratory Manual , Cold Spring Harbor Lab.CSH, N.Y. USA ou l'une de ses récentes rééditions et dans Ausubel et al., Eds. (1995) "Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2" (Greene Publishing and Wiley-Interscience, N.Y.), et ces conditions peuvent être adaptées par l'homme du métier en fonction de la taille des fragments nucléotidiques, selon les enseignements appropriés connus. On utilisera par exemple des tampons d'hybridation ou de lavage appropriés (Corning), ou encore les conditions d'hybridation suivantes: (1) préhybridation à 42 C pendant 3 heures en tampon phosphate (20mM, pH 7,5) contenant 5X SSC (1X SSC correspond à une solution 0.15M NaCl + 0. 015 M de citrate de sodium), 50% de folinamide, 7% de sodium dodecyl sulfate (SDS), 10X de solution de Denhardt's, 5% de dextran sulfate et 1% d'ADN de sperme de saumon; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la taille de la sonde (par exemple 55 C pour une sonde de taille d'environ 50 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20 C en 2X SSC + 2% SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20 C en 0.1X SSC + 0.1% SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0.1X SSC + 0.1% SDS pendant 30 minutes à 60 C pour une sonde de taille d'environ 50 nucléotides. Le support solide utilisé pour la réalisation de la présente invention, également appelé de manière indifférente dans la présente demande (bio) puce ou (bio)puce à ADN , peut être de manière générale tout support miniaturisé de verre, de silicium ou de polymère qui peut être revêtu de séquences nucléotidiques de séquence connue, en particulier les fragments représentatifs de gènes selon la présente invention déposés en arrangement ordonné, et dont la fonction est de reconnaître, dans un mélange, leurs séquences nucléotidiques complémentaires. Comme exemple de support solide on peut citer, mais sans s'y limiter, des membranes telles que les membranes de nylon à densité élevée (par exemple Performa, Genetix, New Milton, UK) ; on utilisera de préférence des lames microréseau en amino-silane, disponibles notamment chez Corning (ultraGAPTM, NY). La surface du support est traitée pour former un réseau dense et régulier de microsurfaces sur lesquelles les fragments représentatifs sont fixés; l'emplacement de chacun d'entre eux est précisément connu. De tels supports solides sont bien connus de l'homme de l'art, qui saura choisir le type de support à utiliser et les conditions appropriées pour un test d'hybridation donné. Le sujet présentant une tumeur mammaire est de préférence un mammifère, et de manière particulièrement préférée l'homme. La présente invention est tout particulièrement appropriée pour le dépistage de tumeurs mammaires métastatiques chez la femme, mais elle peut également être utilisée dans les cas de cancers du sein chez l'homme. De préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par au moins 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45 ou de préférence 50 fragments, chacun des 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 35, 40, 45 ou 50 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. Selon une autre préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par au moins 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ou de préférence 100 fragments, chacun des 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95 ou 100 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. Selon encore une autre préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par au moins 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160 ou 165 de préférence 150 fragments, chacun des 105, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, 150, 155, 160 ou 165 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. Selon un mode de réalisation préféré, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 72 fragments, chacun des 72 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al et A2. Un tel support, du fait qu'il comprend et/ou est constitué par 72 fragments, chacun des 72 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al et A2 (et donc surexprimés dans les tumeurs ER+ - cf. supra), permet de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER+. De manière préférée, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que les 72 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, et les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). L'un (SEQ ID N 71) ou l'autre (SEQ ID N 72) des deux fragments représentatifs du gène TUBB peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 71 et SEQ ID N 72). Ainsi, de préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 73 fragments, dont 71 fragments sont représentatifs d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al et A2, et 2 fragments (SEQ ID N 71 et 72) sont représentatifs du gène TUBB. Par pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques, on entend désigner un pourcentage de nucléotides identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après leur meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé à l'aide d'algorithmes mathématiques. D'une manière préférée, non limitative, on peut citer différents algorithmes rappelés dans le document Fundamentals of database searching (review) Stephen F., Altschul, Bioinformatics: A trends Guide, 1998:5:7-9, notamment les algorithmes de Karlin et Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 872264, modifié dans Karlin et Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877. On pourra utiliser en particulier les programmes: -BLAST, notamment BLASTN, BLAST2 (Tatusova et al., 1999, "Blast 2 sequences - a new tool for comparing protein and nucleotide sequences", FEMS Microbiol Lett. 174:247-250), gapped BLAST (Altschul et al., 1997, Nucleic Acids Res. 25(17) :3389-3402), -FASTA (Altschul S. F. et al., 1990, J. Mol. Biol., 403-410), -Clustal W (Thompson, J. D. et al., 1994, Nucleic Acids Res. 22, 4673-80), -BESTFIT. L'algorithme BLAST est décrit en détail sur le site du NCBI (http:ww.ncbi. nih.gov). Les expressions acide nucléique , séquence nucléique ou d'acide nucléique , polynucléotide , oligonucléotide , séquence de polynucléotide , séquence nucléotidique , pourront être employés de manière indifférente dans la présente demande pour désigner un enchaînement précis de nucléotides pouvant correspondre aussi bien à de l'ADN qu'à ses produits de transcription (ARN). Ces acides nucléiques sont isolés de leur environnement naturel. Selon un autre mode de réalisation préféré, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 111 fragments, chacun des 111 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux A2 et A3. Un tel support, du fait qu'il comprend et/ou est constitué par 111 fragments, chacun des 111 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux A2 et A3 (et donc surexprimés dans les tumeurs ER-- cf. supra), permet de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER-. De manière préférée, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que les 111 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). Là encore, l'un (SEQ ID N 71) ou l'autre (SEQ ID N 72) des deux fragments représentatifs du gène TUBB peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 71 et SEQ ID N 72). Ainsi, de préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 112 fragments, dont 110 fragments sont représentatifs d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux A2 et A3, et 2 fragments sont représentatifs du gène TUBB (SEQ ID N 71 et 72). Selon encore un autre mode de réalisation préféré, le support solide selon la présente invention est, caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 166 fragments, chacun des 166 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. Un tel support, du fait qu'il comprend et/ou est constitué par 166 fragments, chacun des 166 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3 (cf. supra), permet de dépister l'envahissement ganglionnaire à la fois dans les tumeurs ER- et dans les tumeurs ER+. Bien entendu, avant ce dépistage, il convient de déterminer si les tumeurs expriment ou non le récepteur aux oestrogènes (respectivement tumeurs ER+ ou ER-) ; ensuite, si les tumeurs sont ER+, on s'intéressera uniquement au profil d'expression obtenu pour tout ou partie des gènes listés dans les Tableaux Al et A2, et si les tumeurs sont ER-, on s'intéressera au profil d'expression obtenu pour tout ou partie des gènes listés dans les Tableaux A2 et A3. De manière préférée, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que les 166 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3,ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). Là encore, l'un (SEQ ID N 71) ou l'autre (SEQ ID N 72) des deux fragments représentatifs du gène TUBB peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 71 et SEQ ID N 72). Ainsi, de préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par 167 fragments, dont 165 fragments sont représentatifs d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3, et 2 fragments sont représentatifs du gène TUBB (SEQ ID N 71 et 72). Selon un autre mode de réalisation préféré, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par en outre au moins un fragment représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau B. 14 2875512 De préférence, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par en outre au moins 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 310 ou 315 fragments, chacun des 5, 10, 15, 20, 25, 30, 35, 40, 45, 50, 75, 100, 125, 150, 175, 200, 225, 250, 275, 300, 310 ou 315 fragments étant représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau B. De manière particulièrement préférée, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce que le jeu comprend et/ou est constitué par en outre au moins un fragment représentatif de gène pour l'ensemble des gènes du Tableau B. Selon une variante de réalisation, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce qu'au moins un fragment représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau Al, A2, A3 ou B est choisi parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, et les fragments de séquence SEQ ID N 168 à 192, SEQ ID N 193 ou 194, SEQ ID N 195 à 201, SEQ ID N 202 ou 203, et SEQ ID N 204 à 483 pour le Tableau B, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). Dans cette variante, il est entendu que l'un (SEQ ID N 71) ou l'autre (SEQ ID N 72) des deux fragments représentatifs du gène TUBB peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 71 et SEQ ID N 72). De même, l'un (SEQ ID N 193) ou l'autre (SEQ ID N 194) des deux fragments représentatifs du gène BCAR1 peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 193 et SEQ ID N 94). Enfin, l'un (SEQ ID N 202) ou l'autre (SEQ ID N 203) des deux fragments représentatifs du gène CCNE1 peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 202 et SEQ ID N 203). Selon une variante préférée, le support solide selon la présente invention est caractérisé en ce qu'au moins un fragment représentatif de gène pour l'ensemble des gènes du Tableau Al, A2, A3 ou B est choisi parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, et les fragments de séquence SEQ ID N 168 à 192, SEQ ID N 193 ou 194, SEQ ID N 195 à 201, SEQ ID N 202 ou 203, et SEQ ID N 204 à 483 pour le Tableau B, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). Dans cette autre variante, il est également entendu que l'un (SEQ ID N 71) ou l'autre (SEQ ID N 72) des deux fragments représentatifs du gène TUBB 16 2875512 peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 71 et SEQ ID N 72). De même, l'un (SEQ ID N 193) ou l'autre (SEQ ID N 194) des deux fragments représentatifs du gène BCAR1peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 193 et SEQ ID N 94). Enfin, l'un (SEQ ID N 202) ou l'autre (SEQ ID Na 203) des deux fragments représentatifs du gène CCNE1 peut être utilisé de manière indifférente dans la présente invention, de même que les deux fragments peuvent être utilisés de manière simultanée (SEQ ID N 202 et SEQ ID N 203). Les fragments tels que définis au point b) des modes de réalisation cidessus qui restent représentatifs des gènes donnés, résultent par exemple d'un polymorphisme nucléotidique ou d'une mutation (délétion, insertion, substitution...). Un deuxième aspect de la présente invention concerne un procédé de diagnostic ou de pronostic in vitro du caractère métastatique ou localisé d'une tumeur mammaire à partir d'un prélèvement de ladite tumeur chez un sujet, caractérisé en ce que ledit procédé comprend une étape dans laquelle on dépose un échantillon d'un extrait d'acide nucléique, le cas échéant après rétro-transcription, issu dudit prélèvement tumoral, sur un support solide selon la présente invention, et en ce qu'on analyse la quantité d'acide nucléique ayant hybridé avec le jeu de fragments représentatifs déposé sur ledit support. De préférence, le procédé de diagnostic ou de pronostic in vitro du caractère métastatique ou localisé d'une tumeur mammaire est caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes: 17 2875512 a) l'extraction d'un échantillon d'acide nucléique test à partir du prélèvement tumoral, b) le marquage de l'acide nucléique test de l'échantillon obtenu à l'étape a) à l'aide d'un premier marqueur, c) en parallèle, le marquage d'un échantillon d'acide nucléique de référence à l'aide d'un deuxième marqueur différent du premier marqueur de l'étape b), d) la mise en contact de l'échantillon d'acide nucléique test marqué obtenu à l'étape b) et de l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué obtenu à l'étape c) avec le support selon la présente invention dans des conditions appropriées pour l'hybridation, chaque fragment représentatif d'un gène du support solide étant capable de s'hybrider avec un fragment du gène présent dans l'échantillon d'acide nucléique test marqué et un fragment du gène présent dans l'échantillon d'acide nucléique de référence, e) la normalisation, pour chaque fragment représentatif de gène déposé sur le support, de l'intensité d'hybridation obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué et celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, f) la comparaison, pour chaque fragment représentatif de gène déposé sur le support, de l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué avec celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, de sorte à obtenir un profil d'expression des gènes dont les fragments représentatifs ont été déposés sur le support solide, g) le classement de la tumeur mammaire comme étant métastatique ou localisée après analyse du profil d'expression obtenu à l'étape f). L'extraction d'un échantillon d'acide nucléique test à partir du prélèvement tumoral telle que définie à l'étape a) du procédé de prédiction selon la présente invention est une technique couramment employée en biologie moléculaire. De manière générale, pour la réalisation de la présente invention, l'échantillon d'acide nucléique test est soit un échantillon d'ARNm, soit un échantillon d'ADNc obtenu après rétrotranscription de cet ARNm; l'acide nucléique (ARNm ou ADNc) contenu dans un tel échantillon est en quantité suffisante pour caractériser le profil d'expression de l'ensemble des gènes dont un fragment représentatif a été déposé sur le support solide. Les techniques de biologie moléculaire employées pour la réalisation de la présente invention sont bien connues de l'homme de l'art, et sont largement décrites dans la littérature (voir par exemple Sambrook, Russell et al, "Molecular cloning: A laboratory manual", Vol.3, January 15, 2001, Cold Spring Harbor Laboratory; Nucleic acid hybridization , BD Haines, SJ Higgins (Eds), 1985, IRL Press). Ainsi, l'homme du métier saura appliquer la procédure nécessaire pour l'extraction d'un échantillon de l'acide nucléique test à partir du prélèvement tumoral. Le marquage de l'échantillon d'acide nucléique test à l'étape b) et celui de l'échantillon d'acide nucléique de référence à l'étape c) permet l'émission d'un signal détectable et quantifiable, caractéristique de l'intensité d'hybridation obtenue lorsqu'un fragment représentatif d'un gène donné s'hybride d'une part avec un fragment présent dans l'échantillon d'acide nucléique test, d'autre part avec un fragment présent dans l'échantillon d'acide nucléique de référence. L'intensité d'hybridation obtenue est proportionnelle au niveau d'expression du gène représenté par le fragment déposé sur le support solide. Le marquage peut consister en un radio-marquage (tel que 32P, 33P,35S, qui peut être détecté en utilisant par exemple un compteur gamma ou un scintillateur, autoradiographie,...), un marquage enzymatique (biotine, digoxigénine,...), un marquage chimioluminescent (luminol, dioxétane, luciférase, luciférine) ou un marquage fluorescent. Lorsqu'on utilise le marquage radioactif, le support solide ne doit pas être en verre. Le marquage fluorescent est particulièrement préféré pour la réalisation de la présente invention. Comme exemple de marqueurs fluorescents on peut citer, mais sans s'y limiter, la fluorescéine et ses dérivés, tels que l'isothiocyanate de fluorescéine (FITC), les coumarines, les cyanines 2, 3 et 5, les dérivés de la phycocyanine, l'allophycocyanine (APC), la phycoérythrine-cyanine 5 (PC5) et la phycoérythrine (PE), la calcéine (AM) , la tetraméthyl-rhodamine de fluorescence rouge ou la rhodamine et ses dérivés, la protéine de fluorescence verte ou GFP ( Green Fluorescent Protein ), le chlorure de dansyl, l'umbelliferone etc..(voir également W. T. Mason (1999), Fluorescent and Luminescent Probes for Biological Activity , Academic Press, Londres, 2è édition). On choisira les deux marqueurs pour l'échantillon d'acide nucléique test et pour l'échantillon d'acide nucléique de référence de sorte à obtenir deux signaux caractéristiques de l'intensité d'hybridation comparables entre eux. Les méthodes de marquage sont bien connues de l'homme de l'art et sont largement décrites dans la littérature (voir par exemple "Pratique de l'utilisation des sondes nucléiques et de l'hybridation moléculaire", Gérard Lacotte, May 1992, Ed. Lavoisier, Paris, et W. T. Mason (1999), Fluorescent and Luminescent Probes for Biological Activity , Academic Press, Londres, 2è édition) ; les kits et les marqueurs sont disponibles dans le commerce (voir par exemple le kit Low RNA Input Fluorescent Linear Amplification Kit , disponible chez Agilent Technologies, ou d'autres kits/marqueurs disponibles par exemple chez Molecular Probes, Leiden, NL, Clontech, Palo Alto, CA, Stratagene, La Jolla, CA, etc...). On entend désigner par échantillon d'acide nucléique de référence dans la présente demande un pool d'acide nucléique obtenu à partir de différentes lignées cellulaires normales et tumorales. Ces lignées cellulaires sont de manière générale mises en culture à l'échelle industrielle afin de produire des lots de taille importante, qui subissent des procédures de contrôle qualité stringentes. Un tel échantillon d'acide nucléique de référence sert de contrôle pour obtenir les informations relatives à l'expression des gènes présents dans l'échantillon d'acide nucléique test après hybridation avec les fragments représentatifs déposés sur le support solide. Comme exemple d'échantillon d'acide nucléique de référence on peut citer, mais sans s'y limiter, le pool d'ARN Universal human reference RNA , commercialisé par Stratagene. La normalisation à l'étape e) permet de s'affranchir des différences causées par le bruit de fond, la durée de l'hybridation, le marquage plus ou moins important des échantillons d'acides nucléiques test et de référence, les quantités variables des échantillons d'acides nucléiques test et de référence déposés sur le support solide, etc... La normalisation des résultats est couramment utilisée dans les expériences de biologie moléculaire et est bien connue de l'homme de l'art. Tous types de méthodes peuvent être utilisés pour la réalisation de la présente invention, tels que notamment la méthode Lowess Global (Yang IV et al. Within the fold: assessing differential expression measures and reproducibility in microarray assays. Genome Biol. 3, research 0062.1-0062.12, 2002). L'analyse à l'étape g) en fonction du profil d'expression obtenu à l'étape f) est réalisée à l'aide de la méthode d'Analyse en Composantes Principales développée par le laboratoire Génome et Informatique d'Evry (logiciel GeneAnova, voir point 5 analyse des données de l'exemple). D'autres méthodes d'analyse à plusieurs variables appropriées pourront être utilisées pour classer la tumeur mammaire comme étant métastatique ou localisée. On peut citer à titre d'exemple les logiciels suivants, disponibles sur Internet: - TIGR Multi-experiment Viewer: www.tigr.org/software, - J-Express:www.ii.uib.no/%7Ebjarted/jexpress, et Genesis, genome.tugraz.at/Software/Genesis/ (sans www). De préférence, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que le classement à l'étape g) est déterminé par l'analyse suivante: lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par au moins 2 fragments, de préférence au moins 50 fragments, et de manière particulièrement préférée du jeu comprenant et/ou étant constitué par 72 fragments et permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER+, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al et A2; ou - lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par au moins 2 fragments, de préférence au moins 50 ou 100 fragments, et de manière particulièrement préférée du jeu comprenant et/ou étant constitué par 111 fragments et permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER-, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux A2 et A3; ou lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par au moins 2 fragments, de préférence au moins 50, 100 ou 150 fragments, et de manière particulièrement préférée du jeu comprenant et/ou étant constitué par 166 fragments et permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire à la fois dans les tumeurs ER- et dans les tumeurs ER+, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al, A2 et A3. De préférence, lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par 72 fragments choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, et les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c), ledit support permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER+, ledit profil est comparé à l'étape g) avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al et A2 De préférence, lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par 111 fragments choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c), ledit support permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire dans le cas de tumeurs ER-, ledit profil est comparé à l'étape g) avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux A2 et A3. De préférence, lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par 166 fragments choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3,ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c), ledit support permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire à la fois dans les tumeurs ER- et dans les tumeurs ER+, ledit profil est comparé à l'étape g) avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al, A2 et A3. Comme cela a été dit précédemment, avant de déterminer l'envahissement ganglionnaire pour une tumeur mammaire donnée, il est indispensable de caractériser l'expression des récepteurs aux oestrogènes par les cellules de ladite tumeur. Cette caractérisation de l'expression des récepteurs aux oestrogènes peut être effectuée selon toute méthode appropriée connue de l'homme de l'art telle que par exemple l'immunohistochimie, mais également en utilisant le procédé selon la présente invention. Ainsi, selon un mode particulier de réalisation, le procédé selon la présente invention permet également de caractériser si les cellules de la tumeur mammaire expriment ou non les récepteurs aux oestrogènes, ce dit procédé étant caractérisé en ce qu'après l'étape f), on compare le profil d'expression de l'ensemble des gènes du Tableau C obtenu au moyen du support solide revêtu du jeu comprenant et/ou étant constitué par au moins 36, de préférence au moins 50, 100, 150 ou 166 fragments représentatifs d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3, ou du jeu comprenant et/ou étant constitué par en outre au moins un fragment représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau B, avec le profil d'expression tel que défini dans ledit Tableau C. Les gènes du Tableau C, à savoir les gènes AR, BAG1, CDH13, CEGP1, CHI3L1, COX6C, CPB1, CRIP1, CSDA, D123, SOX9, EZH2, FLJ00382, GDI2, HLA- DQB1, HSPC195, IL6, K-ALPHA-1, KRT17, KRT18, KRT7, LDB2, LIV-1, MYC, NAT1, NSEP1, PECAM1, PGR, PLAT, RRM1, S100A9, SLPI, TFF1, TPBG, TUBB et VWF, constituent un groupe de gènes sélectionnés parmi les gènes des Tableaux Al, A2, A3 et B. Ainsi, un support solide selon la présente invention, permettant de dépister l'envahissement ganglionnaire à la fois dans les tumeurs ER- et dans les tumeurs ER+, et comprenant notamment ce groupe de gènes, pemettra également de caractériser si les cellules de la tumeur mammaire expriment (ER+) ou non (ER-) les récepteurs aux oestrogènes: à l'aide de ce support, on caractérisera dans un premier temps si la tumeur à partir de laquelle le prélèvement a été effectué est une tumeur ER+ ou une tumeur ER-, et dans un deuxième temps, si la tumeur est ER+, on s'intéressera uniquement au profil d'expression obtenu pour tout ou partie des gènes listés dans les Tableaux Al et A2, et si la tumeur est ER-, on s'intéressera au profil d'expression obtenu pour tout ou partie des gènes listés dans les Tableaux A2 et A3. Selon encore une autre préférence, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que la comparaison à l'étape f) de l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué avec celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué comprend les étapes suivantes: a) le calcul, pour chaque fragment représentatif d'un gène déposé sur le support, du rapport entre l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué et celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, b) le calcul, pour chaque fragment représentatif d'un gène déposé sur le support, du log2 de chaque rapport obtenu à l'étape a). Chaque fragment représentatif du jeu est déposé de manière générale une fois, de préférence deux fois, manière encore préférée trois fois, voire quatre fois sur le support solide. Ainsi, selon un mode de réalisation particulier, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que, lorsque chaque fragment du jeu est déposé trois fois sur le support, la moyenne des log2 des trois réplicats est calculée pour chacun de ces fragments. Selon un autre mode de réalisation, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que les échantillons d'acides nucléiques test et de référence sont de l'ARN, de préférence de l'ARNm. De préférence, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que l'étape b) de marquage de l'ARN test, de préférence de l'ARNm test, de l'échantillon à l'aide du premier marqueur comprend les étapes suivantes: i) la rétrotranscription de l'ARN test de l'échantillon obtenu à l'étape a), ii) l'incorporation du premier marqueur lors de la transcription in vitro de l'ADN test obtenu à l'étape i). Selon une autre préférence, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que l'étape c) de marquage de l'échantillon d'ARN de référence, de préférence de l'ARNm de référence, à l'aide du deuxième marqueur comprend les étapes suivantes: i) la rétrotranscription de l'ARN de référence de l'étape c), ii) l'incorporation du deuxième marqueur lors de la transcription in vitro de l'ADN test obtenu à l'étape i). De manière encore préférée, le procédé selon la présente invention est caractérisé en ce que les premier et deuxième marqueurs sont choisis parmi la cyanine 3 et la cyanine 5. Un dernier aspect de la présente invention concerne un kit comprenant le support solide selon la présente invention. Les kits comprenant un support solide d'hybridation sont suffisamment décrits dans la littérature, et comprennent de manière générale, outre le support solide, des réactifs nécessaires pour l'hybridation tels que notamment des marqueurs ou des tampons d'hybridation et de lavage. Les légendes des figures et exemples qui suivent sont destinées à illustrer l'invention sans aucunement en limiter la portée. FIGURES Figure lA: Classification obtenue par Analyse en Composantes Multiples pour les tumeurs ER+ (ACP, logiciel GeneAnova, laboratoire génome et informatique d'Evry). Figure 1B: Classification obtenue par Analyse en Composantes Multiples pour les tumeurs ER-. 27 2875512 Figure 2: Classification obtenue par Analyse en Composantes Multiples pour l'étude de l'expression des récepteurs aux oestrogènes(ER+ /ER-) par les cellules de tumeurs mammaires. EXEMPLES Exemple 1: Etude de l'envahissement ganglionnaire 1. Patientes Des fragments chirurgicaux de tumeurs mammaires chez des patientes opérées au centre Jean Perrin (Clermont-Ferrand) ont été prélevés. Les critères de sélection des tumeurs ont été le type histologique (il s'agit de carcinomes canalaires infiltrants) et la survenue de ces tumeurs dans un contexte sporadique. Au total, 69 tumeurs sont étudiées. 2. Echantillons biologiques L'extraction d'ARN est réalisée à partir des tumeurs congelées dans l'azote liquide avec le protocole Trizol (Invitrogen, Cergy-Pontoise, France). Après vérification de la qualité des ARN obtenus par microélectrophorèse sur le bioanalyseur (Agilent technologies, Massy, France), 10 gg d'ARN totaux sont utilisés pour l'étude sur puce. Un pool d'ARN de lignées cellulaires est utilisé comme ARN référence (Universal human reference RNA, Stratagene, La Jolla, CA). Ce pool d'ARN de référence, disponible dans le commerce, comprend une collection d'ARN obtenus à partir d'un certain nombre de lignées cellulaires pour couvrir une gamme optimale de gènes. 3. Préparation des biopuces (ou supports solides ) Les sondes moléculaires (ou fragments représentatifs ) sont des oligonucléotides de 50 bases synthétisés par la société MWG. La séquence de certains oligonucléotides est disponible dans les banques de MWG, 28 2875512 d'autres ont été recherchées la demande des inventeurs. Ces oligonucléotides sont dilués à une concentration de 25 M dans une solution de DMSO 50% (diméthylsulfoxide) puis déposés sur des lames Ultragaps (Corning, New York, US) grâce à un robot ( Microgrid II, Biorobotics, Genomic Solutions, Cambridge, UK). Chaque sonde moléculaire est déposées en triplicat sur la lame. Après dépôt, les molécules d'ADN sont fixées par incubation sur des lames à 80 C, pendant 2 heures. Un traitement chimique tel que défini par la société Corning est réalisé. Les lames sont alors conservées à température ambiante, à l'obscurité. 4. Marquage et hybridation Pour chaque échantillon, 10 g d'ARN sont rétrotranscrits en présence d'amino-allyl dUTP (Fairplay Microarray labelling kit, Stratagene, La Jolla, US). Les ADNc obtenus à partir des ARN de la tumeur et de l'ARN référence sont respectivement incubés avec de la cyanine 5 et cyanine 3 (Amersham Biosciences, Québec, CA) qui vont se fixer sur le groupement amino-allyl. Les ADNc fluorescents sont alors purifiés et séchés sous vide. Le culot est repris dans 160 de tampon d'hybridation (Corning, New York, US) puis l'on procède ensuite à la dénaturation à 100 C. L'hybridation se fait avec un coverslip qui permet de maintenir le contact entre la cible et la surface de la lame, à 37 C et 50% d'humidité, pendant la nuit. Les lames sont ensuite lavées dans des solutions de SDS (dodécylsulfate de sodium) et SSC (citrate de sodium salin) à différentes concentrations. La fluorescence est détectée par passage de la puce dans un scanner (GMS 418, Affymetrix). 5. Analyses des données Les images obtenues sont analysées avec un logiciel d'analyse d'image (Jaguar, Affymetrix, UK). La normalisation des données est effectuée selon la méthode lowess global car il y a une dépendance systématique entre la 29 2875512 valeur du log2(ratio) et l'intensité, qui apparaît généralement par des valeurs du log2(ratio) élevées pour des valeurs d'intensité faibles. Cette méthode permet d'enlever de tels effets. Ensuite, le ratio des intensités tumeur/référence est calculé, puis le loge des ratios. Pour chaque gène, la moyenne des log2(ratio) des trois réplicats est calculée, chaque sonde moléculaire étant déposée trois fois sur la puce. Le test de Student est alors utilisé. Il s'agit d'un test de significativité qui peut être employé lors de la comparaison de deux moyennes. Le test t est calculé en effectuant le rapport de la différence des moyennes sur l'erreur standard. Une valeur p L'Analyse en Composantes Principales (logiciel GeneAnova, Laboratoire Génome et Informatique d'Evry, FR) est une méthode dite descriptive, elle vise à structurer et simplifier des données issues de plusieurs variables, sans privilégier l'une d'entre elles. L'ACP permet de visualiser la géométrie du nuage des observations quand l'espace à plus de 3 dimensions. Elle procède en 2 étapes, le détermination des axes d'inertie du nuage puis sa projection sur les plans déterminés par les axes d'inertie pris 2 à 2. L'analyse de la sphère des corrélations permet de visualiser les similitudes entre différents profils d'expression. La corrélation linéaire entre 2 profils est égale au cosinus de l'angle entre les vecteurs correspondants à ces conditions expérimentales (un angle de 90 montre une absence totale de corrélation). 6. Résultats et discussion Deux groupes de patientes sont étudiés (cf Tableau Données cliniques des patientes ). Le premier correspond aux patientes dont les tumeurs expriment le récepteur aux oestrogènes ( estrogen receptor positive , ER+), le second à celles qui ne l'expriment pas ( estrogen receptor negative , ER -). 111 gènes (cf. Tableaux A2 et A3) ont un profil d'expression qui permet de discriminer les tumeurs ER-/N- des tumeurs ER-/N+ contre 72 gènes (cf. Tableaux Al et A2) pour les tumeurs ER+. Les classifications (Figures lA pour les tumeurs ER+ et 1B pour les tumeurs ER-) obtenues par analyse en composantes multiples révèlent deux groupes, l'un correspond au tumeurs N, l'autre correspond aux tumeurs N+. La biopuce utilisée dans le cadre de cette étude peut donc être utilisée pour déterminer le statut ganglionnaire d'une tumeur en évitant ainsi un curage axillaire aux patientes. Tableau Données cliniques des patientes N patiente ganglions envahis/ nb de Statut N ER Groupe ganglions prélevés 9 0/5 N- + Groupe 1 177 0/14 N- + 178 0/13 N- + 186 0/13 N- + 187 0/11 N- + 188 0/9 N- + 193 0/15 N- + 194 0/9 N- + 2 6/21 N+ + 8 1/16 N+ + 23 1/13 N+ + 28 6/18 N+ + 33 2/10 N+ + 38' 1/12 N+ + 1 /22 N+ + 48 2/15 N+ + 49 2/9 N+ + 53 1 /3 N+ + 58 3/10 N+ + 10/10 N+ + 61 3/13 N+ + 63 5/12 N+ + 69 7/12 N+ + 73 5/13 N+ + 76 9/13 N+ + 91 2/6 N+ + 96 1/12 N+ +I35c 127 2/13 N+ + 128 6/8 N+ + 129 3/5 N+ + 157 2/11 N+ + 159 4/19 N+ + 2/12 N+ + 181 3/15 N+ + 189 8/19 N+ + 191 1/13 N+ + 192 1 /6 N+ + 196 2/9 N+ + 13/25 N+ + 201 3/10 N+ + 32 ND + 56 ND + 64 ND + 68 ND + 78 ND + 168 ND + 176 ND + Nb ganglions envahis/ nb de ganglions prélevés 0/7 N patiente Statut N ER Groupe Groupe 2 N- 31 0/21 N- 59 0/8 N- 92 0/11 N- 174 0/8 N- 0/5 N- 0/25 N- 0/7 N- 198 0/10 N- 1 6/12 N+ 4 1/18 N+ 24 1/11 N+ 41 25/28 N+ 2/24 N+ 57 3/12 N+ 81 2/13 N+ 163 1/10 N+ 2/20 N+ - 166 1 /8 N+ - 203 3/14 N+ - 153 ND - ND - Le groupe 1 correspond aux patientes dont les tumeurs expriment le récepteur aux oestrogènes (ER+). Le groupe 2 correspond aux patientes dont les tumeurs n'expriment pas le récepteur aux oestrogènes (ER-). ND: Statut ganglionnaire non déterminé. Statut N: N+, envahissement ganglionnaire; N-, pas d'envahissement ganglionnaire. Exemple 2: Etude de l'expression des récepteurs aux oestrogènes Le cancer du sein est hormonodépendant. Les cellules tumorales expriment les récepteurs aux oestrogènes ( ER, estrogen receptor). Les tumeurs ER+ sont de meilleur pronostic que les tumeurs ER-. Les données utilisées sont celles des patientes étudiées pour la caractérisation de l'envahissement ganglionnaire. La démarche technique est identique (cf Exemple 1). Seuls les gènesdiscriminant les tumeurs ER+ des tumeurs ER- changent et sont indiqués dans le Tableau C. La classification obtenue est celle de la Figure 2. La patiente n 68 initialement caractérisée ER+ se classe dans le groupe ER-. Des études complémentaires sont en cours pour connaître la signification biologique de ce résultat, un récepteur présent mais non fonctionnel pouvant être une explication. TABLEAU Al Sequence id Symbole Unigene Tumeurs ER- Tumeurs ER+ Nom du gène N- N+ NN+ Seq id n 1 AP3S2 Hs.154782 X adaptor-related protein complex 3, sigma 2 subunit Seq id n 2 APOA1 Hs.93194 X apolipoprotein A-I Seq id n 3 BYSL Hs.106880 X bystin-like Seq id n 4 CBX3 Hs.381189 X chromobox homolog 3 Seq id n 5 CCND1 Hs.371468 X cyclin Dl Seq id n 6 CDC20 Hs. 82906 X cell division cycle 20, S.cerevisiae homolog Seq id n 7 CDH15 Hs. 148090 X cadherin 15, M-cadherin (myotubule) Seq id n 8 CDKNIA Hs. 370771 X cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cipl) Seq id n 9 CHK1 Hs.24529 X chkl checkpoint s.pombe homolog chekl; hchkl kinase Seq id n 10 COL4A2 Hs.407912 X alpha 2 type iv collagen Seq id n 11 CRABP2 Hs.183650 X cellular retinoic acid-binding protein 2 Seq id n 12 CRMP 1 Hs.155392 X collapsin response mediator protein 1 Seq id n 13 CUL4A Hs.270788 X cullin 4A Seq id n 14 DDB2 Hs.446564 X damage- specific DNA binding protein 2 (48kD) Seq id n 15 DTR Hs.799 X diphtheria toxin receptor (heparin-binding epidermal growth factor-like growth factor) Seq id n 16 EDNRB Hs.82002 X endothelin receptor type B Seq id n 17 EXT1 Hs.184161 X _ exostoses (multiple) 1 Seq id n 18 FGF2 Hs. 284244 X fibroblast growth factor 2 (basic) Seq id n 19 GAPD Hs. 80206 X _ glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase Seq id n 20 GSS Hs. 82327 X glutathione synthetase Seq id n 21 IGF1 Hs.85112 _ insulin-like growth factor 1 X Seq id n 22 IGF1R Hs.239176 X _ insulin-like growth factor receptor 1 Seq id n 23 IGF2R Hs.76473 X insulin-like growth factor 2 receptor Seq id n 24 IGFBP1 Hs.401316 X _ insulin-like growth factor binding protein 1 Seq id n 25 KRT18 Hs.406013 X keratin 18 Seq id n 26 LDB2 Hs.4980 X LIM binding domain 2 Seq id n 27 LRP1 Hs.162757 X low density liÉo.rotein- related protein alpha-2-macroglobulin rece stor Seq id n 28 MAPK1 Hs. 324473 X mtogen-activated protein kinase 1 Seq id n 29 MFNG Hs. 371768 _ manie fringe (Drosophila) homolog X Seq id n 30 MLH1 Hs.433618 X mutL (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Seq id n 31 MS4A7 Hs.188011 X ms4a7 Seq id n 32 MTMR4 Hs.141727 - X myotubularin related protein 4 Seq id n 33 MYC Hs.202453 X v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Seq id n 34 NME1 Hs.118638 X non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in (NME1) Seq id n 35 NONO Hs.355861 X non-POU-domain- containing, octamer-binding Seq id n 36 ORC6L Hs.49760 X origin recognition complex subunit 6 yeast homolog-like Seq id n 37 PAICS Hs. 444439 _ _ X multifunctional polypeptide similar to SAICAR synthetase and AIR carboxylase Seq id n 38 PAI-RBP1 Hs.356427 X pal-1 mrna-binding protein Seq id n 39 PRAME Hs.30743 X Preferentially expressed antigen in melanoma Seq id n 40 PRKARIA Hs.183037 X protein kinase, cAMP-dependent, regulatory, type I, alpha (tissue specific extinguisher 1) Seq id n 41 PSMD12 Hs.4295 X proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non- ATPase, 12 Seq id n 42 RB 1 Hs.408528 X retinoblastoma 1 (including osteosarcoma) Seq id n 43 RBL2 Hs.283604 X retinoblastoma-like 2 (p130) Seq id n 44 RELA Hs.132594 X v-rel avian reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3 (p65)) Seq id n 45 S 100A9 Hs.112405 X S100 calcium- binding protein A9 (calgranulin B) Seq id n 46 SFRS5 Hs.166975 X splicing factor srp40-1 srp40 member of the family sr protein pre-mrna factors splicing factor, arginine/serine-rich 5 Seq id n 47 STAT3 Hs. 421342 X signal transducer and activator'of transcription 3 (acute-phase response factor) Seq id n 48 TAP2 Hs.502 X ATP-binding cassette, sub- family B (MDR/TAP), member 3 (ABCB3) Seq id n 49 TRAG3 Hs.458484 X TXL resistance associated gene 3 Seq id n 50 TRIP13 Hs.436187 X homo sapiens HPV16 El protein binding protein mRNA, complete cds Seq id n 51 UMPS Hs. 2057 X uridine monophosphate synthetase (orotate phosphoribosyl transferase and orotidine-5'-decarboxylase) Seq id n 52 WARS Hs. 82030 X tryptophanyl-tRNA synthetase Seq id n 53 WISP1 Hs.194680 X wntl inducible signaling pathway protein 1 Seq id n 54 WISP2 Hs.194679 X WNT1 inducible signaling pathway protein 2 Seq id n 55 XBP 1 Hs.437638 X X-box binding protein 1 TABLEAU A2 Sequence id Symbole Unigene Tumeurs ER- Tumeurs Nom du gène ER+ N- N+ NN+ Seq id n 56 ABL1 Hs.446504 X X c-abl (v-abl Abelson murine leuken--ia viral oncogene homolog 1) Seq id n 57 AP2B1 Hs.370123 X X adaptor-related protein complex 2, beta 1 subunit Seq id n 58 BIRC5 Hs.1578 X X apoptosis inhibitor 4 (survivin) Seq id n 59 BRCA1 Hs.194143 X X breast cancer 1, early onset Seq id n 60 FLT1 Hs.433670 X X fms-related tyrosine kinase 1 (vascular endothelial growth factor/vascular permeability factor receptor) Seq id n 61 GCLC Hs.414985 X X glutamate-cysteine ligase, catalytic subunit Seq id n 62 HSPD1 Hs.79037 _ X heat shock 60kD protein 1 (chaperonin) X Seq id n 63 KIAA0788 Hs.246112 X X KIAA0788 protein Seq id n 64 NRAS Hs. 260523 X X neuroblastoma RAS viral (v-ras) oncogene homolog Seq id n 65 ODCI Hs.443409 X X ornithine decarboxylase 1 Seq id n 66 ZNF607 Hs. 75323 X _ X zinc finger protein Seq id n 67 PHB Hs.75323 X _ X prohibitin Seq id n 68 PIK3R2 Hs.211586 X X phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit, polypeptide 2 (p85 beta) Seq id n 69 STC2 Hs. 155223 X _ X stanniocalcin 2 Seq id n 70 SYT1 Hs.154679 X X synaptotagmin I Seq id n 71 TUBB Hs.512712 X X homo sapiens clone 24703 beta-tubulin mRNA, complete cds Seq id n 72 TUBB Hs.512712 X _ tubulin, beta polypeptide X Seq id n 73 ZNF161 Hs.414455 X _ X zinc fnger protein 161 TABLEAU A3 Sequence Symbole Tumeurs ER- Tumeurs Nom du gène id ER+ N- N+ N- N+ Seq id n 74 ABCC1 Hs.21330 X P-glycoprotein 1, MDR1 (ATP-binding cassette, sub-family B, member 1) Seq id n 75 ABCC6 Hs.107911 X ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 6 Seq id n 76 ABCG2 Hs. 194720 X ATP-binding cassette, sub-family G (WHITE), member 2 Seq id n 77 ACTRIA Hs.153961 X _ ARP1 (actin-related protein 1, yeast) homolog A (centractin alpha) Seq id n 78 ADPRT Hs.177766 X ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly (ADP-ribose) polymerase) Seq id n 79 AKT1 Hs.368861 X v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1 Seq id n 80 ARHB Hs.406064 X ras homolog gene family, member B Seq id n 81 B2M Hs.48516 X beta-2- microglobulin Seq id n 82 BBC3 Hs.35052 X bd-2 binding component 3 Seq id n 83 BCAR3 Hs.201993 X breast cancer anti-estrogen resistance 3 Seq id n 84 BCL2 Hs.79241 X B-cell CLL/lymphoma 2 Seq id n 85 BCL2L1 Hs. 305890 X BCL2-like 1 Seq id n 86 BLMH Hs.387183 X bleomycin hydrolase Seq id n 87 BNC Hs.64025 X basonuclin Seq id n 88 CBP Hs.136227 X CREB- binding protein Seq id n 89 CD68 Hs.246381 X CD68 antigen Seq id n 90 CDC27 Hs.406631 X cell division cycle 27 Seq id n 91 CHIT1 Hs. 201688 X chitinase 1 (chitotriosidase) Seq id n 92 CRADD Hs. 155566 X CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with death domain Seq id n 93 CSF1 Hs.173894 X colony stimulating factor 1 (macrophage) Seq id n 94 CTNND1 Hs.166011 X catenin, delta 1 Seq id n 95 CTSC Hs. 128065 X cathepsin C Seq id n 96 CYP19 Hs.187471 X cytochrome P450, subfamily XIX (aromatization of androgens) Seq id n 97 DENR Hs. 22393 X density regulated protein Seq id n 98 DLX4 Hs.172648 X DLX4 Seq id n 99 E2F3 Hs.1189 X E2F transcription factor 3 Seq id EDR2 Hs. 165263 X early development regulator 2 n 100 Seq id EEF1D Hs. 334798 X eukaryotic translation elongation factor 1 delta (guanine nucleotide exchange protein) n 101 Seq id EGFR Hs.77432 X epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene n 102 homolog) Seq id EPAS 1 Hs.8136 X endothelial PAS domain protein 1 n 103 Seq id ERCCI Hs.435981 X _ excision repair cross- complementing rodent repair deficiency, complementation group 1 n 104 Seq id FABP7 Hs.26770 X _ fatty acid binding protein 7, brain n 105 Seq id FGF8 Hs.57710 X _ fibroblast growth factor 8 (androgen-induced) n 106 Seq id FLJ00382 Hs.439852 X Homo sapiens mRNA for FLJ00382 protein n 107 Seq id FOXM1 Hs.239176 X forkhead (Drosophila)-like 16 n 108 Seq id G22P 1 Hs.169744 X thyroid autoantigen 70kd ku antigen n 109 Seq id GATA3 Hs. 169946 X GATA-binding protein 3 n 110 Seq id GDI2 Hs.56845 X gdp dissociation inhibitor 2 n 111 Seq id GPD1 Hs.350554 X glycerol-3- phosphate dehydrogenase 1 (soluble) n 112 Seq id GPX4 Hs. 433951 X glutathione peroxidase 4 (phospholipid hydroperoxidase) n 113 Seq id GSTA3 Hs.102484 X _ glutathione S-transferase A3 n 114 Seq id GSTM1 Hs.301961 X glutathione s-transferase; gstmlb glutathione S- transferase M1 n 115 Seq id H2AFX Hs.147097 X H2A histone family, member X n 116 Seq id IFI27 Hs.278613 X interferon alpha inducible protein 27 n 117 Seq id IFITM1 Hs.458414 X interferon-induced protein 17 n 118 Seq id IGJ Hs.381568 X Human Ig J Chain Bene n 119 _ Seq id IL1B Hs. 126256 X interleukin 1, beta n 120 Seq id ITGA6 Hs.212296 X integrin, alpha 6 n 121 Seq id ITGB3 Hs.87149 X integrin, beta 3 (platelet glycoprotein IIIa, antigen CD61) n 122 Seq id JUN Hs.78465 X v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog n 123 _ Seq id K Hs.446608 X Alpha tubulin n 124 ALPHA-1 Seq id KIAA0430 Hs.432741 X KIAA0430 gene product n 125 Seq id KIAA1067 Hs.511946 X kiaalO67 n 126 Seq id KLK3 Hs. 171995 X _ _ kallikrein 3, (prostate specific antigen) n 127 Seq id LMNB1 Hs.89497 X lamin B1 n 128 Seq id LMNB2 Hs.76084 X lamin B2 n 129 Seq id LMO4 Hs.3844 X lim domain only 4 n130 Seq id LSP1 Hs. 56729 X lymphocyte-specific protein 1 n 131 Seq id LTBP1 Hs. 241257 X _ latent transforming growth factor beta binding protein 1 n 132 Seq id MAPK3 Hs.861 X ERK1, mitogen-activated protein kinase 3 n 133 Seq id MGB1 Hs.46452 X mainmaglobin 1 n 134 Seq id MMP17 Hs.159581 X matrix metalloproteinase 17 n 135 Seq id MTA1 Hs.101448 X metastasis-associated gene 1 n 136 Seq id NFX1 Hs.413074 X nuclear transcription factor, X-box binding 1 n 137 Seq id OXTR Hs.2820 X oxytocin receptor n 138 Seq id PA2G4 Hs.374491 X proliferation-associated 2G4, 38kD n 139 Seq id PDGFB Hs.1976 X platelet-derived growth factor beta polypeptide (simian sarcoma viral (v-sis) oncogene n 140 homolog) Seq id PMS2 Hs. 177548 X postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 2 n 141 _ Seq id PRGI Hs.1908 X proteoglycan 1, secretory granule n 142 Seq id PRKCE Hs. 155281 X protein kinase C, epsilon n 143 Seq id PRKCG Hs.2890 X protein kinase C, gamma n 144 Seq id PRKCZ Hs.407181 X protein kinase C, zeta n 145 Seq id PSME1 Hs.75348 X proteasome (prosome, macropain) activator subunit 1 (PA28 alpha) n 146 Seq id PTGES Hs.146688 X _ prostaglandin E synthase n 147 Seq id PTK2 Hs.434281 X PTK2 protein tyrosine kinase 2 n 148 Seq id RAF1 Hs.257266 X v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog raft v-raf-1 murine leukemia viral oncogene n 149 homolog 1 Seq id RPS28 Hs.153177 X ribosomal protein S28 n 150 Seq id SLC7A5 Hs. 184601 X _ solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 5 n 151 Seq id SLPI ' X secretory leukocyte protease inhibitor (antileukoproteinase) n 152 Hs.251754 Seq id SNL Hs. 118400 _ _ singed (Drosophila)-like (sea urchin fascin homolog like) n 153 X Seq id SPS Hs.124097 X Selenophosphate synthetase; human selenium donor protein n 154 Seq id STAB1 Hs301989 X _ kiaa0246 protein n 155 Seq id TERT Hs.439911 X _ telomerase reverse transcriptase n 156 Seq id TGFBR2 Hs.82028 X _ _ transforming growth factor, beta receptor II (70- 80kD) n 157 Seq id TGFBR3 Hs342874 X _ _ transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kD) n 158 Seq id TOB1 Hs.178137 X transducer of erbb2 1; tob 1 n 159 Seq id TRAF4 Hs.8375 X TNF associated factor 4 n 160 Seq id TRAF6 Hs.444172 X TNF receptor-associated factor 6 n 161 Seq id TRB X63456 X T-cell receptor, beta cluster n 162 Seq id UCH37 Hs. 25223 X ubiquitin c-terminal hydrolase uch37 n 163 Seq id UP Hs. 314828 X uridine phosphorylase n 164 Seq id VHL Hs.421597 X von Hippel- Lindau syndrome n 165 Seq id XPA Hs.288867 X xeroderma pigmentosum, complementation group A n 166 Seq id ZNF217 Hs.155040 X zinc finger protein 217 n 167 TABLEAU B Sequence id Symbole Unigene Nom du gène Seq id n 168 TFAP2A Hs. 210911 transcription factor AP-2 alpha (activating enhancer-binding protein 2 alpha) Seq id n 169 TFAP2C Hs.440411 transcription factor ap-2 gamma (activating enhancer binding protein 2 gamma) Seq id n 170 A2M Hs. 74561 alpha-2-macroglobulin Seq id n 171 ABCC5 Hs.310735 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 5 Seq id n 172 ACP5 Hs. 1211 acid phosphatase 5, tartrate resistant Seq id n 173 ACTA2 Hs. 208641 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Seq id n 174 ADH1B Hs. 4 alcohol dehydrogenase 2 (class I), beta polypeptide Seq id n 175 ADRBK1 Hs.83636 adrenergic, beta, receptor kinase 1 Seq id n 176 AKAP2 Hs.42322 a kinase (prka) anchor protein 2; akap2 Seq id n 177 ALDHIAI Hs.76392 aldehyde dehydrogenase 1 family, member Al Seq id n 178 ALDH4A1 Hs.77448 aldehyde dehydrogenase family member al Seq id n 179 ALDOA. Hs.273415 aldolase A, fructose-bisphosphate Seq id n 180 ANXA1 Hs.287558 annexin Al Seq id n 181 ANXAB Hs.87268 annexin A8 Seq id n 182 APEX Hs.73722 apex nuclease (multifunctional dna repair enzyme) Seq id n 183 APOD Hs.75736 apolipoprotein D Seq id n 184 AQP1 Hs. 76152 aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kD) Seq id n 185 AQP7 Hs.455323 aquaporin 7 Seq id n 186 AR Hs.99915 androgen receptor (dihydrotestosterone receptor; testicular feminization; spinal and bulbar muscular atrophy; Kennedy disease) Seq id n 187 ARVCF Hs. 326730 armadillo repeat gene deletes in velocardiofacial syndrome Seq id n 188 ATDC Hs.82237 ataxia-telangiectasia group D-associated protein Seq id n 189 ATF3 Hs.460 activating transcription factor 3 Seq id n 190 BAG1 Hs.377484 BCL2-associated athanogene Seq id n 191 BARD1 Hs. 54089 BRCA1 associated RING domain 1 Seq id n 192 BAX Hs.159428 BCL2- associated X protein Seq id n 193 BCAR1 Hs.273219 breast cancer anti- estrogen resistance 1 Seq id n 194 BCAR1 Hs.273219 breast cancer anti- estrogen resistance 1 Seq id n 195 BPAG1 Hs.443518 bullous pemphigoid antigen 1 (230/240kD) Seq id n 196 BRCA2 Hs.34012 breast cancer 2, early onset Seq id n 197 BRF1 Hs.424484 butyrate response factor 1 (EGF- response factor 1) Seq id n 198 BUB1B Hs.36708 budding uninhibited by benzimidazoles 1 (yeast homolog), beta Seq id n 199 CAD Hs. 377010 carbamoylphosphate synthetase 2aspartate transcarbamylasedihydroorotase Seq id n 200 CAV1 Hs.74034 caveolin 1, caveolae protein, 22kD Seq id n 201 CCNB 1 Hs.23960 cyclin B I Seq id n 202 CCNE1 Hs.244723 cyclin El Seq id n 203 CCNE1 Hs.244723 cyclin el Seq id n 204 CCNE2 Hs.408658 cyclin e2, isoform 1 Seq id n 205 CCNG1 Hs. 79101 cyclin G1 Seq id n 206 CD2 Hs.89476 CD2 antigen (p50), sheep red blond cell receptor Seq id n 207 CD34 Hs.374990 CD34 antigen Seq id n 208 CD36 Hs.443120 CD36 antigen (collagen type I receptor, thrombospondin receptor) Seq id n 209 CD3D Hs.95327 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Seq id n 210 CD3G H5.2259 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Seq id n 211 CDC25C Hs.656 cell division cycle 25C Seq id n 212 CDC42BPA Hs.18586 CDC42-binding protein kinase alpha isoform A Seq id n 213 CDC6 Hs.405958 CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) homolog Seq id n 214 CDC7L1 Hs.28853 CDC7 (cell division cycle 7, S. cerevisiae, homolog)-like 1 Seq id n 215 CDHI Hs. 194657 cadherin 1, type 1, E-cadherin (epithelial) Seq id n 216 CDH13 Hs. 63984 cadherin 13, H-cadherin (heart) Seq id n 217 CDH3 Hs. 191842 cadherin 3, type 1, P-cadherin (placental) Seq id n 218 CDK4 Hs. 95577 Cyclin-dependent kinase 4 Seq id n 219 CDKNIB Hs.238990 cyclin- dependent kinase inhibitor 1B (p27, Kipl) Seq id n 220 CDKN 1 C Hs. 106070 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Seq id n 221 CDKN2A Hs.421349 cyclin-dependent kinase inhibitor 2A (melanoma, p16, inhibits CDK4) Seq id n 222 CEACAM3 Hs.220529 carcinoembryonic antigen Seq id n 223 CEGP1 Hs.435861 cegpl protein Seq id n 224 CENPA Hs. 1594 centromere protein a Seq id n 225 CENPE Hs.75573 centromere protein E (3121(D) Seq id n 226 _ Hs.77204 centromere protein F (350/400kD, mitosin) CENPF Seq id n 227 CHI3L1 Hs.382202 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein39) Seq id n 228 CKS2 Hs.83758 CDC28 protein kinase 2 Seq id n 229 COL1A1 Hs.172928 collagen, type I, alpha 1 Seq id n 230 COL3A1 Hs. 443625 collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal dominant) Seq id n 231 COL6A1 Hs.415997 collagen, type VI, alpha 1 Seq id n 232 COMP H5.1584 cartilage oligomeric matrix protein (pseudoachondroplasia, epiphyseal dysplasia 1, multiple) Seq id n 233 COX6C Hs.351875 cytochrome c oxidase subunit vic cox6c nuclear encoding mitochondrial protein cytochrome c oxidase subunit Vic Seq id n 234 COX7A2L Hs.423404 cytochrome c oxidase subunit VIIa polypeptide 2 like Seq id n 235 CP Hs.282557 ceruloplasmin (ferroxidase) Seq id n 236 CPB1 Hs.437028 carboxypeptidase B1 (tissue) Seq id n 237 CRIP1 Hs. 70327 cysteine-rich protein 1 (intestinal) Seq id n 238 CSDA Hs. 221889 cold shock domain protein A Seq id n 239 CSFIR Hs.174142 colony stimulating factor 1 receptor, formerly McDonough feline sarcoma viral (v- fms) oncogene homolog Seq id n 240 CST6 Hs.139389 cystatin M precursor Seq id n 241 CTPS Hs.251871 ctp synthase Seq id n 242 CTSD Hs. 343475 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) Seq id n 243 CTSZ Hs. 252549 cathepsin Z Seq id n 244 CX3CL1 _Hs.80420 chemokine (C-X3-C motif) ligand 1 Seq id n 245 D123 Hs.412842 D123 gene product Seq id n 246 DCK H5.709 deoxycytidine kinase Seq id n 247 DDR1 Hs. 423573 discoidin domain receptor family, member 1 Seq id n 248 DDX11 Hs. 443960 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 11 (S.cerevisiae CHL1- like helicase) Seq id n 249 DES Hs.279604 desmin Seq id n 250 DHFR Hs. 83765 dihydrofolate reductase Seq id n 251 DNMT1 Hs.202672 DNA (cytosine5-)-methyltransferase 1 Seq id n 252 E2-EPF Hs.396393 ubiquitin carrier protein Seq id n 253 EBAG9 Hs.9222 estrogen receptor binding site associated, antigen, 9 Seq id n 254 ECT2 Hs.293257 strong similarity to mouse transforming protein ect2 Seq id n 255 EEFlE1 Hs.88977 eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon 1 Seq id n 256 EGF Hs. 419815 epidermal growth factor (beta-urogastrone) Seq id n 257 EIF3S4 Hs. 28081 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 (delta, 44kD) Seq id n 258 ELF3 Hs.67928 E74-like factor 3 Seq id n 259 ENDOG Hs. 420106 endonuclease G Seq id n 260 ENG H5.7675 endoglin (Osier-Rendu- Weber syndrome 1) Seq id n 261 SOX9 H5.2316 SRY (sex determining region Y) -box 9 Seq id n 262 DC13 H5.6879 DC13 protein Seq id n 263 ERBB2 Hs. 446352 v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 (neuro/glioblastoma derived oncogene homolog) Seq id n 264 ESM1 Hs. 410668 endothelial cell-specific molecule 1 precursor Seq id n 265 ESR1 H5.1657 estrogen receptor 1 Seq id n 266 ESR2 Hs. 443150 estrogen receptor 2 (ER beta) Seq id n 267 EZH2 Hs.444082 enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Seq id n 268 FABP4 Hs.391561 fatty acid binding protein 4, adipocyte Seq id n 269 FBP 1 Hs.360509 fructose- bisphosphatase 1 Seq id n 270 FEN 1 Hs.409065 flap structure-specific endonuclease 1 Seq id n 271 FGFRI Hs.284244 fibroblast growth factor receptor 1 (fms-related tyrosine kinase 2, Pfeiffer syndrome) Seq id n 272 FHIT 506366 fragile histidine triad gene Seq id n 273 FHL1 Hs. 421383 four and a half LIM domains 1 Seq id n 274 FOS Hs.25647 human cellular oncogene c-fos Seq id n 275 FXYD1 Hs.442498 FXYD domain- containing ion transport regulator 1 (phospholemman) Seq id n 276 GALNT3 Hs.278611 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine:polypeptide Nacetylgalactosaminyltransferase 3 (GaINAc-T3) Seq id n 277 GGH Hs. 78619 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl hydrolase) Seq id n 278 GJA1 Hs.74471 gap junction protein alpha 1, 43 kD ou connexin 43 Seq id n 279 GMPS Hs.144057 guanine monophosphate synthetase Seq id n 280 GNAI3 _Hs.73799 guanine nucleotide binding protein (g protein), alpha inhibiting activity polypeptide 3 Seq id n 281 GNAZ Hs.437081 guanine nucleotide binding protein, alpha z polypeptide; gnaz Seq id n 282 GRIN2A Hs.125338 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2A Seq id n 283 GRIN2C Hs. 436980 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2C Seq id n 284 GSTM3 Hs.2006 glutathione s-transferase m3 (brain) _ Seq id n 285 GSTP1 Hs.411509 glutathione S-transferase pi Seq id n 286 GZMA Hs.90708 granzyme A (granzyme 1, cytotoxic T-lymphocyte- associated serine esterase 3) Seq id n 287 HADHA Hs.75860 hydroxyacyl- Coenzyme A dehydrogenase/3-ketoacyl-Coenzyme A thiolase/enoyl-Coenzyme A hydratase (trifunctional protein), alpha subunit Seq id n 288 HEC Hs. 414407 highly expressed in cancer, rich in leucine heptad repeats Seq id n 289 HGF Hs.396530 hepatocyte growth factor Seq id n 290 HLA-DQB1 Hs. 409934 major histocompatibility complex, clans II, DQ beta 1 Seq id n 291 HMG2 Hs.434953 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 Seq id n 292 HMGIY Hs.57301 high mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoforms I and Y Seq id n 293 HMMR Hs.72550 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Seq id n 294 HNF3A Hs.163484 hepatocyte nuclear factor 3, alpha Seq id n 295 HPN Hs.432750 hepsin (transmembrane protease, serine 1) Seq id n 296 HRAS Hs.37003 v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog Seq id n 297 HRB Hs.528387 HIV-1 Rev binding protein Seq id n 298 HSPC195 Hs.356509 hypothetical protein; hspc195 Seq id n 299 ICAM2 Hs.433303 intercellular adhesion molecule 2 Seq id n 300 IGF2 Hs.251664 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Seq id n 301 IGFBP2 Hs.433326 insulin-like growth factor binding protein 2 Seq id n 302 IGFBP5 Hs.512226 insulin-like growth factor binding protein 5 Seq id n 303 IGFBP6 Hs.274313 insulin-like growth factor binding protein 6; igfbp6 Seq id n 304 IL10RA Hs.327 interleukin 10 receptor, alpha Seq id n 305 IL 1A Hs.1722 interleukin 1, alpha Seq id n 306 IL2RB Hs. 75596 interleukin 2 receptor, beta Seq id n 307 IL3RA Hs. 130058 interleukin 3 receptor, alpha (low affinity) Seq id n 308 IL6 Hs. 512234 interleukin 6 (interferon, beta 2) Seq id n 309 IL8 Hs. 624 interleukin 8 Seq id n 310 ILF2 Hs.75117 interleukin enhancer binding factor 2 Seq id n 311 ING1 Hs.46700 inhibitor of growth 1 family, member 1 Seq id n 312 ING2 Hs.1179 inhibitor of growth family, member 2 Seq id n 313 INPP4B Hs.153687 inositol polyphosphate-4-phosphatase, type II, 105kD Seq id n 314 ITGA3 Hs.265829 integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subunit of VLA-3 receptor) Seq id n 315 ITGA7 Hs.74369 integrin, alpha 7 Seq id n 316 ITGAL Hs.174103 integrin, alpha L (antigen CD11A (p180), lymphocyte function-associated antigen 1; alpha polypeptide) Seq id n 317 ITGB 1 Hs.287797 integrin, beta 1 (fibronectin receptor, beta polypeptide, antigen CD29 includes MDF2, MSK12) Seq id n 318 ITGB2 Hs. 375957 integrin, beta 2 (antigen CD18 (p95), lymphocyte function- associated antigen 1; macrophage antigen 1 (mac-1) beta subunit) Seq id n 319 ITGB4 Hs.85266 integrin, beta 4 Seq id n 320 ITGB8 Hs.355722 integrin, beta 8 Seq id n 321 KAI1 Hs. 323949 kangai 1 (suppression of tumorigenicity 6, prostate; CD82 antigen (R2 leukocyte antigen, antigen detected by monoclonal and antibody IA4)) Seq id n 322 KCNN2 Hs.98280 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, subfamily N, member 2 Seq id n 323 KIAA0008 Hs. 77695 KIAA0008 gene product Seq id n 324 KIAA0042 Hs.3104 KIAA0042 gene product Seq id n 325 KIAA0074 Hs.308045 KIAA0074 protein Seq id n 326 KIAA0101 Hs.81892 KIAA0101 gene product Seq id n 327 KIAA0125 Hs. 38365 KIAA0125 gene product Seq id n 328 KIAA0159 Hs.5719 chromosome condensation-related SMC-associated protein 1 Seq id n 329 KIAA0758 Hs. 362806 KIAA0758 protein Seq id n 330 KIAA1442 Hs.274307 kiaal442 Seq id n 331 KIAAO601 Hs.348515 kiaa0601 Seq id n 332 KISS1 Hs.95008 kiss-1 metastasis suppressor Seq id n 333 KLK10 Hs.275464 kallikrein 10 Seq id n 334 KLK13 Hs.165296 kallikrein 13 Seq id n 335 KLK6 Hs.79361 kallikrein 6 (neurosin, zyme) Seq id n 336 KNTC1 Hs.300559 KIAA0166 gene product (kinetochore associated 1) Seq id n 337 KRT17 H5.2785 keratin 17 Seq id n 338 KRT19 Hs.309517 keratin 19 Seq id n 339 KRT5 Hs.433845 keratin 5 (epidermolysis bullosa simplex, Dowling-Meara/Kobner/Weber-Cockayne types) Seq id n 340 KRT7 Hs.23881 keratin 7 Seq id n 341 KRT8 Hs.356123 keratin 8 Seq id n 342 LAD 1 Hs.18141 ladinin 1 Seq id n 343 LAMA3 Hs. 83450 laminin, alpha 3 (nicein (150kD), kalinin (165kD), BM600 (150kD), epilegrin) Seq id n 344 LAMC2 Hs.54451 laminin, gamma 2 (nicein (100kD), kalinin(105kD), BM600 (100kD), Herlitz junctional epidermolysis bullosa)) Seq id n 345 LASP1 Hs.334851 LIM and SH3 protein 1 Seq id n 346 LCK H5. 1765 lymphocyte-specific protein tyrosine kinase Seq id n 347 LCN1 H5. 2099 lipocalin 1 (protein migrating faster than albumin, tear prealbumin) Seq id n 348 LCN2 Hs.204238 lipocalin 2 Seq id n 349 LDHB Hs. 234489 lactate dehydrogenase B Seq id n 350 LENG4 Hs.78768 breast and bladder overexpressed gene 1 Seq id n 351 LIV-1 Hs.79136 LIV-1 protein, estrogen regulated Seq id n 352 LPL Hs.180878 lipoprotein lipase Seq id n 353 LUM Hs.406475 lumican Seq id n 354 MAD2L1 Hs.79072 MAD2 (mitotic arrest deficient, yeast, homolog)-like 1 Seq id n 355 MAP2KIIP1 Hs. 433332 mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting protein 1 Seq id n 356 MCM2 Hs.57101 minichromosome maintenance deficient (S. cerevisiae) 2 (mitotin) Seq id n 357 MCM6 Hs.444118 mcm6 minichromosome maintenance deficient 6 mis5 homolog s. pombe cerevisiae Seq id n 358 MCM7 Hs.438720 mcm7 minichromosome maintenance deficient 7 s. Cerevisiae Seq id n 359 MGST1 Hs.389700 microsomal glutathione S- transferase 1 Seq id n 360 MKI67 Hs.80976 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Seq id n 361 MMP11 Hs.143751 matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3) Seq id n 362 MMP13 Hs.2936 matrix metalloproteinase 13 (collagenase 3) Seq id n 363 MMP14 Hs.2399 matrix metalloproteinase 14 (membrane-inserted) Seq id n 364 MMP9 Hs. 151738 matrix metalloproteinase 9 (gelatinase B, 92kD gelatinase, 92kD type IV collagenase) Seq id n 365 MSE55 Hs.148101 serum constituent protein Seq id n 366 MSH3 Hs.42674 mut S (E.coli) homolog 3 Seq id n 367 MTAP44 Hs.82316 interferon-induced, hepatitis C-associated microtubular aggregate protein (44kD) Seq id n 368 MUC1 Hs.89603 secreted epithelial tumor mucin antigen Seq id n 369 MX2 H5.926 myxovirus (influenza) resistance 2, homolog of murine Seq id n 370 MXI1 Hs. 118630 MAX-interacting protein 1 Seq id n 371 MYB Hs.407830 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog Seq id n 372 MYBL2 Hs.179718 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2 Seq id n 373 NAT1 Hs. 155956 N-acetyltransferase 1 (arylamine N-acetyltransferase) Seq id n 374 NCF1 H5.1583 neutrophil cytosolic factor 1 (47kD, chronic granulomatous disease, autosomal 1) Seq id n 375 NCOA3 Hs.382168 nuclear receptor coactivator 3 Seq id n 376 NDRG1 Hs.318567 N-myc downstream regulated Sèq id n 377 NIFU Hs.350702 nitrogen fixation cluster-like Seq id n 378 NMU Hs.418367 neuromedin u Seq id n 379 NPM1 Hs. 411098 nucleophosmin Seq id n 380 NSEP1 Hs.74497 nuclease sensitive element binding protein 1 Seq id n 381 OSF2 Hs.122116 osteoblast specific factor 2 (fasciclin I-like) Seq id n 382 OXCT Hs.177584 3-oxoacid coa transferase Seq id n 383 P28 Hs.406050 dynein, axonemal, light intermediate polypeptide Seq id n 384 P2RX4 Hs.321709 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 4 Seq id n 385 PCNA Hs.78996 proliferating cell nuclear antigen Seq id n 386 PDGFRB Hs.307783 platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide Seq id n 387 PECAM1 Hs. 78146 platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Seq id n 388 PES1 Hs.132037 pescadillo (zebrafish) homolog 1, containing BRCT domain Seq id n 389 PFKP Hs.26010 phosphofructokinase, platelet Seq id n 390 PGK1 Hs.78771 phosphoglycerate kinase 1 Seq id n 391 PGR H5. 2905 progesterone receptor Seq id n 392 PHYH Hs.172887phytanoyl-coa hydroxylase precursor Seq id n 393 PIB5PA Hs.21492 Human phosphatidylinositol (4,5)bisphosphate 5-phosphatase homolog mRNA, partial cds Seq id n 394 PIG7 Hs.76507 LPS-induced TNF-alpha factor Seq id n 395 PIP Hs.99949 prolactin-induced protein Seq id n 396 PLA2G2A Hs. 76422 phospholipase A2, group IIA (platelets, synovial fluid) Seq id n 397 PLAK H5.2340 plakoglobin Seq id n 398 PLAT Hs.274404 plasminogen activator, tissue type isoform 1 preproprotein; plat Seq id n 399 PLG Hs. 143436 plasminogen Seq id n 400 PLK Hs.329989 polo (Drosophia)-like kinase Seq id n 401 PLSCR1 Hs.348478 phospholipid scramblase 1 Seq id n 402 PMS2L3 Hs.278467 postmeiotic segregation increased 2-like 3 Seq id n 403 PMSCL1 Hs.91728 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) Seq id n 404 POU2F2 Hs.1101 POU domain, class 2, transcription factor 2 Seq id n 405 PPPICB Hs.21537 proteinphosphatase 1, catalytic subunit, beta isoform Seq id n 406 PRC1 Hs.344037 protein regulator of cytokinesis 1 Seq id n 407 PRIM1 Hs.32916 primase, polypeptide 1 (49kD) Seq id n 408 PRL H5.1905 prolactin Seq id n 409 PRLR Hs.212892 prolactin receptor Seq id n 410 PRSS8 Hs.75799 protease, serine, 8 (prostasin) Seq id n 411 PSMC1 Hs.356654 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 1 Seq id n 412 PTK6 Hs.51133 PTK6 protein tyrosine kinase 6 Seq id n 413 PTTG1 Hs.350966 pituitary tumor-transforming 1 Seq id n 414 PVALB Hs.295449 parvalbumin Seq id n 415 RAB6B Hs.352530 rab6b, member ras oncogene family Seq id n 416 RAD51 Hs.446554 RAD51 (S. cerevisiae) homolog (E coli RecA homolog) Seq id n 417 RAD54L Hs. 66718 RAD54 (S.cerevisiae)-like Seq id n 418 RAP2A Hs.48554 RAP2A, member of RAS oncogene family Seq id n 419 RARRES 1 Hs.82547 retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1 Seq id n 420 RBP4 Hs. 418083 retinol-binding protein 4, interstitial Seq id n 421 RERG Hs. 416854 RAS-like, estrogen-regulated, growth-inhibitor Seq id n 422 RFC4 Hs.35120 replication factor C (activator 1) 4 (37kD) Seq id n 423 RGS5 Hs.24950 regulator of G-protein signalling 5 Seq id n 424 RPL13 Hs.410817 ribosomal protein L13 Seq id n 425 RPL19 Hs. 381061 ribosomal protein L19 Seq id n 426 RRM1 Hs.383396 ribonucleotide reductase M1 polypeptide Seq id n 427 S100A2 Hs.515713 5100 calcium- binding protein A2 Seq id n 428 S100A4 Hs.81256 5100 calcium-binding protein A4 (calcium protein, calvasculin, metastasin, murine placental homolog) Seq id n 429 S 100A8 Hs.416073 S100 calcium binding protein A8 Seq id n 430 S 100B Hs.422181 S100 calcium-binding protein, beta (neural) Seq id n 431 S 100P Hs.2962 S100 calcium binding protein P Seq id n 432 SCYA18 Hs.16530 small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 18, pulmonary and activation-regulated Seq id n 433 SCYD1 Hs. 80420 small inducible cytokine subfamily D (Cys-X3-Cys), member 1 (fractalkine, neurotactin) Seq id n 434 SELENBP1 Hs.334841 selenium binding protein 1 Seq id n 435 SERFIA Hs.32567 small edrk-rich factor la, telomeric Seq id n 436 SERPINB5 Hs.55279 serine proteinase inhibitor, clade B, member 5 (maspin) Seq id n 437 SERPINC1 Hs.75599 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade C (antithrombin), member 1 Seq id n 438 SERPINE1 Hs.414795 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1 Seq id n 439 SERPINI2 Hs.158308 serine (or cysteine) proteinase inhibitor, clade I (neuroserpin), member 2 Seq id n 440 SFRP1 H5.7306 frizzled related protein 1 _secreted Seq id n 441 SLC2A3 Hs.419240 solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 3 Seq id n 442 SLC9A3R1 Hs. 396783 solute carrier family 9 (sodiurn/hydrogen exchanger), isoform 3 regulatory factor 1 Seq id n 443 SNCG Hs.349470 synuclein, gamma (breast cancer-specifrc protein 1) Seq id n 444 SNRPB2 Hs.280378 small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B Seq id n 445 SOD3 H5.2420 superoxide dismutase 3, extracellular Seq id n 446 SPHAR Hs.296169 s-phase response (cyclin-related); sphar Seq id n 447 ST13 Hs.377199 progesterone receptorassociated p48 protein Seq id n 448 ST14 Hs.56937 suppression of tumorogenicity 14 Seq id n 449 ST7 Hs.203557 suppression of tumorogenicity 7 Seq id n 450 STAT1 Hs.21486 signal transducer and activator of transcription 1, 9lkD Seq id n 451 STK15 Hs. 250822 serine/threonine kinase 15 Seq id n 452 TEK Hs.89640 TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous and mucosal) Seq id n 453 TFF1 Hs.350470 trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen- inducible sequence expressed in) Seq id n 454 TFPI Hs.102301 tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) Seq id n 455 TGFA Hs.170009 transforming growth factor, alpha Seq id n 456 TGFB3 H5.2025 transforniing growth factor beta 3 Seq id n 457 THBS1 Hs.164226 thrombospondin 1 Seq id n 458 THY1 Hs.134643 Thy-1 cell surface antigen Seq id n 459 TIAF1 Hs.354085 TGFB1-induced anti- apoptotic factor 1 Seq id n 460 TIE Hs.78824 tyrosine kinase with inununoglobulin and epidermal growth factor homology domains Seq id n 461 TIMP1 Hs.446641 tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (erythroid potentiating activity, collagenase inhibitor) Seq id n 462 TIMP2 Hs. 6441 tissue inhibitor of metalloproteinase 2 Seq id n 463 TIMP3 Hs. 245188 tissue inhibitor of metalloproteinase 3 (Sorsby fundus dystrophy, pseudoinflarnmatory) Seq id n 464 TNNI2 Hs.83760 troponin I, skeletal, fast Seq id n 465 TOP2A Hs.156346 topoisomerase (DNA) II alpha (1701d)) Seq id n 466 TOP2B Hs.282346 topoisomerase (DNA) II beta (180kD) Seq id n 467 TP53 Hs.408312 tumor protein p53 (Li-Fraumeni syndrome) Seq id n 468 TP53BP2 Hs.44585 tumor protein p53 binding 2 Seq id n 469 TPBG Hs. 82128 oncofetal trophoblast glycoprotein (5T4) Seq id n 470 TRD Hs.2014 T- cell receptor, delta (V,D,J,C) Seq id n 471 TROAP Hs.171955 trophinin associated protein (tastin) Seq id n 472 TSN Hs.75066 translin Seq id n 473 TYMS Hs.87491 thymidylate synthetase Seq id n 474 UGTREL1 Hs. 154073 UDP-galactose transporter related Seq id n 475 UNG Hs.78853 uracilDNA glycosylase Seq id n 476 VEGF Hs.73793 vascular endothelial growth factor Seq id n 477 VIM Hs.435800 vimentin Seq id n 478 VLDLR Hs. 370422 very low density lipoprotein receptor Seq id n 479 VWF Hs. 440848 von Willebrand factor Seq id n 480 XPOT Hs.85951 exportin, tRNA (nuclear export receptor for tRNAs) Seq id n 481 YARS Hs.322735 tyrosyl- tRNA synthetase Seq id n 482 ZNF 147 Hs.88914 zinc finger protein 147 (estrogen-responsive finger protein) Seq id n 483 ZNF22 Hs.108642 zinc finger protein 22 (kox 15) TABLEAU C Sequence id Symbole Unigene ER+ ER- Nom du gène Seq id n 186 AR H5. 99915 X androgen receptor (dihydrotestosterone receptor; testicular feminization; spinal and bulbar muscular atrophy; Kennedy disease) Seq id n 190 BAG1 Hs.377484 X BCL2-associated athanogene Seq id n 216 CDH13 H5. 63984 X cadherin 13, H-cadherin (heart) Seq idn 223 CEGP1 Hs. 435861 X cegpl protein Seq id n 227 CHI3L1 H5.382202 X chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) Seq id n 233 COX6C Hs.351875 X cytochrome c oxidase subunit vic cox6c nuclear encoding mitochondrial protein cytochrome c oxidase subunit Vic Seq id n 236 CPB 1 Hs. 437028 X carboxypeptidase B1 (tissue) Seg id n 237 CRIP1 H5. 70327 X cysteine-rich protein 1 (intestinal) Seq id n 238 CSDA H5. 221889 X cold shock domain protein A Segid n 245 D123 H5.412842 X D123 gene product Seq id n 261 SOX9 H5.2316 X SRY (sex determining region Y)- box 9 Seq id n 267 EZH2 Hs.444082 X enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Seq id n 107 FLJ00382 Hs.439852 X Homo sapiens mRNA for FLJ00382 protein Seq id n 111 GDI2 H5.56845 X gdp dissociation inhibitor 2 Seq id n 290 HLA-DQB1 Hs.409934 X major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1 Seq id n 298 HSPC195 Hs.356509 X hypothetical protein; hspc195 Seq id n 308 IL6 H5.512234 X interleukin 6 (interferon, beta 2) Seq id n 124 K-ALPHA-1 _Hs.446608 X Alpha tubulin Seq id n 337 KRT17 H5. 2785 X keratin 17 Seq id n 25 KRT18 Hs.406013 X keratin 18 Seq id n 340 KRT7 H5.23881 X keratin 7 _Seq id n 26 LDB2 Hs.4980 _ X LIM binding domain 2 Seq id n 351 LIV-1 H5. 79136 X LIV-1 protein, estrogen regulated Seq id n 33 MYC Hs.202453 X v- myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Seq id n 373 NAT1 Hs. 155956 X N-acetyltransferase 1 (arylamine N-acetyltransferase) Seq id n 380 NSEP1 H5.74497 X nuclease sensitive element binding protein 1 Seq id n 387 PECAM1 Hs.78146 _ X platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Seq id n 391 PGR H5.2905 X progesterone receptor Seq id n 398 PLAT Hs.274404 X plasminogen activator, tissue type isoform 1 preproprotein; plat Seq id n 426 RRM1 Hs.383396 X ribonucleotide reductase M1 polypeptide Seq id n 45 S 100A9 H5.112405 X S100 calcium- binding protein A9 (calranulin B) _Seq id n 152 SLPI Hs.251754 X secretory leukocyte protease inhibitor (antileukoproteinase) Seq id n 453 TFF1 Hs.350470 X trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence expressed in) _Seq id n 469 TPBG Hs.82128 X oncofetal trophoblast glycoprotein (5T4) Seq id n 72 TUBB Hs.512712 X tubulin, beta polypeptide Seq id n 479 VWF Hs.440848 X von Willebrand factor 53 Revendications 1. Support solide revêtu d'un jeu de fragments représentatifs de gènes dont le profil d'expression pour l'ensemble de ces gènes chez un sujet présentant une tumeur mammaire permet le diagnostic ou le pronostic du caractère métastatique ou localisé de ladite tumeur, caractérisé en ce que ledit jeu comprend au moins 2 fragments, chacun des 2 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. 2. Support solide selon la revendication 1, caractérisé en ce que le jeu comprend au moins 50 fragments, chacun des 50 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. 3. Support solide selon la revendication 2, caractérisé en ce que le jeu comprend au moins 100 fragments, chacun des 100 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. 4. Support solide selon la revendication 3, caractérisé en ce que le jeu comprend au moins 150 fragments, chacun des 150 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. 5. Support solide selon la revendication 2, caractérisé en ce que le jeu comprend 72 fragments, chacun des 72 fragments étant représentatif d'un gène 25 distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al et A2. 6. Support solide selon la revendication 5, caractérisé en ce que les 72 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, et les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). 7. Support solide selon la revendication 3, caractérisé en ce que le jeu comprend 111 fragments, chacun des 111 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux A2 et A3. 8. Support solide selon la revendication 7, caractérisé en ce que les 111 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant Ies fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). 9. Support solide selon la revendication 4, caractérisé en ce que le jeu comprend 166 fragments, chacun des 166 fragments étant représentatif d'un gène distinct choisi parmi les gènes des Tableaux Al, A2 et A3. 10. Support solide selon la revendication 9, caractérisé en ce que les 166 fragments sont choisis parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, et les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3,ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou e) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). 11. Support solide selon la revendication 9, caractérisé en ce que le jeu comprend en outre au moins un fragment représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau B. 12. Support solide selon la revendication 11, caractérisé en ce que le jeu comprend en outre au moins un fragment représentatif de gène pour l'ensemble des gènes du Tableau B. 13. Support solide selon l'une des revendications 1 à 12, caractérisé en ce qu'au moins un fragment représentatif d'un gène choisi parmi les gènes du Tableau Al, A2, A3 ou B est choisi parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, et les fragments de séquence SEQ ID N 168 à 192, SEQ ID N 193 ou 194, SEQ ID N 195 à 201, SEQ ID N 202 ou 203, et SEQ ID N 204 à 483 pour le Tableau B, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). 14. Support solide selon l'une des revendications 1 à 12, caractérisé en ce qu'au moins un fragment représentatif de gène pour l'ensemble des gènes du Tableau Al, A2, A3 ou B est choisi parmi les fragments suivants: a) les fragments de séquence SEQ ID N 1 à 55 pour le Tableau Al, les fragments de séquence SEQ ID N 56 à 70, SEQ ID N 71 ou 72, et SEQ ID N 73 pour le Tableau A2, les fragments de séquence SEQ ID N 74 à 167 pour le Tableau A3, et les fragments de séquence SEQ ID N 168 à 192, SEQ ID N 193 ou 194, SEQ ID N 195 à 201, SEQ ID N 202 ou 203, et SEQ ID N 204 à 483 pour le Tableau B, ou b) les fragments ayant au moins 70 % d'identité avec les fragments tels que définis en a), ou c) les fragments comprenant les fragments tels que définis en a) ou en b), ou d) les fragments dont les séquences sont complémentaires des séquences des fragments tels que définis en a), b) ou c). 15. Procédé de diagnostic ou de pronostic in vitro du caractère métastatique ou localisé d'une tumeur mammaire à partir d'un prélèvement de ladite tumeur chez un sujet, caractérisé en ce que ledit procédé comprend une étape dans laquelle on dépose un échantillon d'un extrait d'acide nucléique, le cas échéant après rétro-transcription, issu dudit prélèvement tumoral, sur un support solide selon l'une des revendications 1 à 14, et en ce qu'on analyse la quantité d'acide nucléique ayant hybridé avec le jeu de fragments représentatifs déposé sur ledit support. 16. Procédé selon la revendication 15, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes: a) l'extraction d'un échantillon d'acide nucléique test à partir du prélèvement tumoral, b) le marquage de l'acide nucléique test de l'échantillon obtenu à l'étape a) à l'aide d'un premier marqueur, c) en parallèle, le marquage d'un échantillon d'acide nucléique de référence à l'aide d'un deuxième marqueur différent du premier marqueur de l'étape b), d) la mise en contact de l'échantillon d'acide nucléique test marqué obtenu à l'étape b) et de l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué obtenu à l'étape c) avec le support selon l'une les revendications 1 à 14 dans des conditions 25 30 appropriées pour l'hybridation, chaque fragment représentatif d'un gène du support solide étant capable de s'hybrider avec un fragment du gène présent dans l'échantillon d'acide nucléique test marqué et un fragment du gène présent dans l'échantillon d'acide nucléique de référence, e) la normalisation, pour chaque fragment représentatif de gène déposé sur le support, de l'intensité d'hybridation obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué et celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, f) la comparaison, pour chaque fragment représentatif de gène déposé sur le support, de l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué avec celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, de sorte à obtenir un profil d'expression des gènes dont les fragments représentatifs ont été déposés sur le support solide, g) le classement de la tumeur mammaire comme étant métastatique ou localisée après analyse du profil d'expression obtenu à l'étape f). 17. Procédé selon la revendication 16, caractérisé en ce que le classement à l'étape g) est déterminé par l'analyse suivante: lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide selon l'une des revendications 1, 2, 5 et 6, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al et A2; ou - lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide selon l'une des revendications 1 à 3, 7 et 8, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux A2 et A3; ou lorsque le profil d'expression de l'étape f) est obtenu au moyen du support solide selon l'une des revendications 1 à 4, 9 et 10, il est comparé avec le profil d'expression tel que défini dans les Tableaux Al, A2 et A3. 18. Procédé selon la revendication 16 permettant également de caractériser si les cellules de la tumeur mammaire expriment ou non les récepteurs aux oestrogènes, caractérisé en ce qu'après l'étape f), on compare le profil d'expression de l'ensemble des gènes du Tableau C obtenu au moyen du support solide selon l'une des revendications 12 à 14, avec le profil d'expression tel que défini dans ledit Tableau C. 19. Procédé selon l'une des revendications 15 à 18, caractérisé en ce que la comparaison à l'étape f) de l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué avec celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué comprend les étapes suivantes: a) le calcul, pour chaque fragment représentatif d'un gène déposé sur le support, du rapport entre l'intensité d'hybridation normalisée obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique test marqué et celle obtenue pour l'échantillon d'acide nucléique de référence marqué, b) le calcul, pour chaque fragment représentatif d'un gène déposé sur le support, du log2 de chaque rapport obtenu à l'étape a). 20. Procédé selon l'une des revendications 15 à 19 caractérisé en ce que, lorsque chaque fragment du jeu est déposé trois fois sur le support, la moyenne des log2 des trois réplicats est calculée pour chacun de ces fragments. 21. Procédé selon l'une des revendications 15 à 20, caractérisé en ce que les échantillons d'acides nucléiques test et de référence sont de l'ARN. 22. Procédé selon la revendication 21, caractérisé en ce que l'étape b) de marquage de l'ARN test de l'échantillon à l'aide du premier marqueur comprend les étapes suivantes: i) la rétrotranscription de l'ARN test de l'échantillon obtenu à l'étape a), ii) l'incorporation du premier marqueur lors de la transcription in vitro de l'ADN test obtenu à l'étape i). 23. Procédé selon la revendication 21, caractérisé en ce que l'étape c) de marquage de l'échantillon d'ARN de référence à l'aide du deuxième marqueur comprend les étapes suivantes: i) la rétrotranscription de l'ARN de référence de l'étape c), ii) l'incorporation du deuxième marqueur lors de la transcription in vitro de l'ADN test obtenu à l'étape i). 24. Procédé selon l'une des revendications 15 à 23, caractérisé en ce que les premier et deuxième marqueurs sont choisis parmi la cyanine 3 et la cyanine 5. 25. Kit comprenant le support solide selon l'une des revendications 1 à 14.