Brevet FR2878532A1 — publié le 20060602

L'invention concerne des séquences d'acides nucléiques naturellement importées dans un plaste de cellule végétale, et leur utilisation pour réaliser l'adressage d'une séquence d'ARN d'intérêt vers un plaste de cellule végétale, permettant ainsi notamment l'expression dirigée d'une protéine d'intérêt dans un plaste de cellule végétale. Un concept a émergé depuis une quinzaine d'années selon lequel la localisation subcellulaire d'ARNm serait un mécanisme clé pour diriger des produits de gènes vers des compartiments subcellulaires individuels, ou vers des régions spécifiques d'une cellule ou d'un embryon, constituant ainsi un mécanisme important de régulation post- transcriptionnelle de l'expression de gènes. Ce phénomène de localisation d'ARNm intervient à la fois chez les organismes unicellulaires, les animaux et les plantes. Les mécanismes susceptibles de contribuer à cette localisation subcellulaire d'ARNm ont été revus par Kloc et al. (2002). Les premières preuves d'une localisation subcellulaire spécifique d'ARNm dans des cellules de plantes sont très récentes. Une polarisation cellulaire a ainsi été démontrée dans des cellules du xylème en différenciation dans lesquelles une localisation exclusive au niveau du pôle basal ou du pôle apical a été observée en fonction du type d'ARNm d'expansines, des protéines de la paroi cellulaire, considéré (lm et al., 2000). Des ARNm de protéines de stockage chez le riz ont par ailleurs été localisés dans des sous-domaines spécifiques du réticulum endoplasmique (Choi et al., 2000). Les plastes sont des organites semi-autonomes qui présentent une grande diversité structurale et contiennent des voies biosynthétiques uniques. En particulier, les chloroplastes sont supposés être issus d'une endosymbiose entre une bactérie photosynthétique et une cellule eucaryote. Le fonctionnement approprié de cette association nécessite un haut niveau d'intégration entre le génome chloroplastique et le génome cellulaire de la plante. De nombreux gènes chloroplastiques ont été transférés vers le noyau de la cellule hôte et les protéines codées par ces gènes sont ensuite importées dans le chloroplaste (Martin et Herrmann, 1998; Joyard et al., 1998). L'activité chloroplastique régule aussi l'expression de ces gènes aux niveaux transcriptionnel et post- transcriptionnel (Surpin et al., 2002; Petracek et al., 1997). Plus généralement, le fonctionnement des plastes est fortement dépendant des protéines qui sont codées dans le noyau, traduites dans le 2878532 2 cytoplasme et importées dans les plastes. En effet, la plupart des gènes codant les protéines plastidiales sont nucléaires et les protéines sont donc transloquées vers les plastes grâce à une machinerie d'importation de protéines contenue dans la membrane de l'enveloppe des plastes. Etonnamment, l'importation de molécules d'ARN depuis le noyau ou le cytoplasme de la cellule hôte vers les plastes n'a jamais été observée, malgré le rôle reconnu de la localisation d'ARN dans la régulation de l'expression génétique. Très récemment, des travaux montrant l'adressage d'ARN vers les chloroplastes ont été divulgués dans la demande de brevet internationale WO 2004/040973. Cependant, les séquences d'ARN servant à la translocation des gènes dans le chloroplastes sont transformées avec une séquence CLS (Chloroplast Localization Sequence) d'origine virale dont les séquences sont préférentiellement choisi parmi les séquences des virus ASBVd, PLMVd, CChMVd, CChMVd ou encore ELVd et ne sont jamais des séquences d'ARN non transformées et/ou endogènes comme dans la présente invention. Les inventeurs ont maintenant mis en évidence que des transcrits de certains gènes nucléaires, se retrouvent localisés dans des plastes, et ceci dans des cellules de différentes espèces végétales. Les inventeurs ont ainsi démontré pour la première fois que des ARN transcrits dans le noyau de cellules végétales peuvent être transloqués vers des plastes, en particulier vers des chloroplastes. Les inventeurs ont en outre démontré qu'un ARN d'intérêt peut être adressé spécifiquement vers un plaste de cellule végétale en fusionnant cet ARN d'intérêt avec un transcrit d'un gène nucléaire détecté dans les plastes. La transformation de cellules végétales avec une telle construction permet donc de transloquer l'ARN d'intérêt vers un plaste, puis d'exprimer dans le plaste la protéine codée par cet ARN d'intérêt. Le mécanisme d'adressage d'ARNm vers les plastes identifié par les inventeurs représente donc une alternative à la transformation du génome plastidial, en particulier du génome chloroplastique, utilisée jusqu'à présent pour une production dirigée de protéines recombinantes dans ces organites. Définitions Dans le cadre de la présente demande on entend par "acide nucléique" un ester de phosphate d'une forme polymérique de ribonucléosides (adénosine, guanosine, uridine ou cytidine; "molécules ARN") ou de désoxyribonucléosides (désoxyadénosine, désoxyguanosine, désoxythymidine, or désoxycytidine; "molécules ADN"), ou un analogue phosphoester quelconque de ceux-ci, tels que des phosphorothioates et des thioesters, sous forme simple brin ou sous forme double brin. Un "acide nucléique d'adressage" est une molécule d'ADN ou d'ARN dont la séquence transcrite est celle d'un gène qui est localisé dans le noyau d'une cellule végétale (à savoir un gène nucléaire) et qui produit par transcription un ARN messager (ARNm) qui est transloqué du noyau vers un plaste de ladite cellule végétale. L'expression "séquence transcrite" désigne une séquence ARN qui est susceptible d'être obtenue par transcription d'une séquence d'ADN, ou qui a la séquence d'une séquence ARN de référence. Ainsi, si l'acide nucléique d'adressage est une molécule d'ADN, la séquence transcrite est une séquence d'ARNm qui dérive de la séquence de la molécule d'ADN. Si l'acide nucléique d'adressage est déjà une molécule d'ARN, la séquence transcrite est alors celle de la molécule d'ARN. Un acide nucléique d'adressage est donc caractérisé par une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant naturellement détectable dans un plaste d'une cellule végétale. Ledit ARNm peut présenter une localisation majoritairement cytoplasmique, une localisation majoritairement plastidiale, ou être localisé en quantités équivalentes dans le cytoplasme et dans un plastide de la cellule. De préférence, ledit ARNm présente une localisation majoritairement plastidiale; sa concentration dans un plaste est alors supérieure à sa concentration cytoplasmique. Ledit acide nucléique d'adressage se caractérise alors par une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant caractérisé par une concentration dans un plaste supérieure à sa concentration cytoplasmique. Un "acide nucléique d'intérêt" désigne une molécule d'ADN ou d'ARN dont on souhaite adresser la séquence transcrite (s'il s'agit d'une molécule d'ADN) ou que l'on souhaite adresser (s'il s'agit d'une molécule d'ARN) vers un plaste d'une cellule végétale. Par "plaste" on désigne un organite ovoïde ou sphérique de quelques microns de long et délimité par une double membrane ou enveloppe. Les plastes sont spécifiques aux cellules végétales et à quelques Protistes. Ces organites ont pour rôle la synthèse et ou le stockage de molécules. Les plastes incluent le chloroplaste qui est l'organite dans lequel a lieu la photosynthèse, l'amyloplaste où a lieu le stockage de l'amidon, l'étioplaste présent dans les tissus non chlorophylliens comme les racines, le gérontoplaste présent dans les tissus sénescents, le chromosplaste qui accumule les pigments, et le proplaste qui est à l'origine des autres plastes. Méthode d'adressage vers un plaste Les inventeurs ont mis en évidence que, dans des cellules végétales, les ARNm de certains gènes nucléaires présentent une localisation subcellulaire au niveau de plastes. Ces résultats montrent qu'il existe un mécanisme de translocation d'ARNm depuis le noyau et/ou le cytosol des cellules végétales vers les plastes. En outre des constructions comprenant un tel ARNm fusionné avec une séquence d'acide nucléique d'intérêt sont également retrouvées au niveau des plastes. Ces résultats montrent donc que les transcrits de ces gènes nucléaires constituent des séquences d'adressage vers des plastes. L'utilisation de gènes nucléaires dont un transcrit est localisé dans les plastes est particulièrement utile pour transloquer des séquences d'acide nucléique d'intérêt, en particulier des séquences ARN, vers des compartiments subcellulaires plastidiaux spécifiques. L'invention concerne donc une méthode d'adressage d'un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale, ladite méthode comprenant la transformation d'une cellule végétale avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant détectable dans un plaste. De manière préférée, l'acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire endogène. Le plaste peut être sélectionné dans le groupe constitué d'un chloroplaste, d'un amyloplaste, d'un étioplaste, d'un gérontoplaste, d'un chromosplaste et d'un proplaste. Préférentiellement ledit plaste est un chloroplaste. La détection d'un ARNm donné dans un plaste d'une cellule végétale est à la portée de l'homme du métier. On peut par exemple procéder à une extraction des ARN de plastes isolés à partir de cellules végétales, et rechercher la présence 2878532 5 de l'ARNm par hybridation avec une sonde spécifique de l'ARNm. La quantité d'ARNm isolée dans un plaste peut être comparée à la quantité présente dans le reste de la cellule, c'est-à-dire le cytosol et l'ensemble des organites autres que le ou les plaste(s) considérés, ou la quantité présente dans les ARN totaux extraits à partir de cellules entières (concentration cytoplasmique). De préférence ledit ARNm est caractérisé par une concentration dans un plaste supérieure à sa concentration cytoplasmique. De préférence encore la concentration dans un plaste dudit ARNm est au moins 2 fois supérieure à sa concentration cytoplasmique. La détermination des concentrations respectives de l'ARNm dans le plaste et le cytoplasme peut être effectuée conformément aux méthodes décrites dans la présente demande. Les inventeurs ont ainsi identifié, par une étude de criblage sur puce, une liste reproductible de messagers nucléaires fortement enrichis dans les fractions É plastidiales, en particulier chloroplastiques, de cellules végétales. Ces ARNm, ainsi que les séquences d'ADN génomique ou les ADNc de ces gènes nucléaires une fois transcrites- constituent donc des acides nucléiques permettant d'adresser un ARN auquel ils sont liés vers un compartiment plastidial. De préférence, un acide nucléique d'adressage selon l'invention a une séquence d'ADN ou d'ARN dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe constitué de l'un des gènes identifiés dans l'un des tableaux I, Il, III, ou IV. Les numéros d'accès TAIR est le numéro d'accès au gène identifié dans la base de données TAIR (The Arabidopsis Information Resource; http://www. arabidopsis.org) qui a été formée à partir du séquençage du génome de Arabidopsis thaliana. Tableau I N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At3g03480 transferase family similar to hypersensitivity-related gene GB:CAA64636 [Nicotiana tabacum]; contains Pfam transferase family domain PF00248 At5g47250 disease resistance protein (CC-NBS-LRR class), putative domain signature CC-NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At5g08100 Asparaginase At2g33840 tyrosyl-tRNA synthetase related At5g16770 myb DNA-binding protein(AtMYB9) At3g52520 hypothetical protein At3g50440 hydrolase, alpha/beta fold family similar to ethylene-induced esterase [Citrus sinensis] GI:14279437, polyneuridirie aldehyde esterase [Rauvolfia serpentina] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR GI:6651393; contains Pfam profile PF00561: hydrolase, alpha/beta fold family At4g16920 disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative domain signature TIR-NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At5g65850 F-box protein family At5g54920 expressed protein strong similarity to unknown protein (pir At4g29905 expressed protein At3g06920 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein low similarity to fertility restorer [Petunia x hybrida] GI:22128587; contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g39730 avirulence induced gene (AIG) - like protein AIG2 PROTEIN, Arabidopsis thaliana, SWISSPROT:AIG2_ARATH At4g23030 MATE efflux protein - related contains Pfam profile PF01554: Uncharacterized membrane protein family At4g10510 subtilisin-like serine protease contains similarity to subtilase; SPI GI:9957714 from [Oryza sativa] At3g13290 transducin / WD-40 repeat protein family contains 2 WD- 40 repeats (PF00400); autoantigen locus HUMAUTANT (GI:533202) [Homo sapiens] and autoantigen locus HSU17474 (GI:596134) [Homo sapiens] At3g43380 hypothetical protein hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana At5g08520 expressed protein contains similarity to I-box binding factor At4g07340 contains similarity to Xenopus laevis replication protein Al (SW:RFA1_XENLA) At5g47790 expressed protein At5g05670 signal recognition particle receptor beta subunit-related protein At1 g78890 expressed protein At1g17230 leucine rich repeat protein family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains leucine-rich repeats, Pfam:PF00560 At5g56160 sec14 cytosolic factor family (phosphoglyceride transfer protein family) similar to SEC14 cytosolic factor (SP:P45816) [Candida lipolytica] At1g07620 GTP-binding protein -related similar to GB:M24537 from [Bacillus subtilis] At5g45830 tumor-related protein-like At4g00730 homeodomain protein AHDP At3g59200 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g26930 Kelch repeat containing F- box protein family contains Pfam:PF01344 Kelch motif, Pfam:PF00646 F-box domain At1g79350 expressed protein At1g53290 galactosyltransferase family contains Pfam profile: PF01762 galactosyltransferase;contains similarity to Avr9 elicitor response protein GI:4138265 from [Nicotiana tabacurn] At3g07440 expressed protein est hits to genscan model At4g07750 transposon protein -related similar to Arabidopsis thaliana putative En/Spm transposon protein (GB:AC005396) At1 g02410 expressed protein contains similarity to cytochrome c oxidase assembly protein cox11 GI:1244782 from [Saccharomyces cerevisiae] At2g19750 40S ribosomal protein S30 (RPS30A) At5g24600 expressed protein similar to unknown protein (pir At2g01710 DnaJ protein family simlar to AHM1 [Triticum aestivum] GI:6691467; contains Pfam profile PF00226: DnaJ domain At5g38120 4-coumarate:CoA ligase (4-coumaroyl-CoA synthase) family similar to 4CL2, Arabidopsis thaliana [gi:12229665], 4CL1, Nicotiana tabacum [gi:12229631]; contains Pfam AMP-binding enzyme domain PF00501 At2g44630 Kelch repeat containing F-box protein family similar to SKP1 interacting partner N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR _ 6 [Arabidopsis thaliana] GI:10716957; contains Pfam profiles PF00646: Fbox domain, PF01344: Kelch motif At5g13350 auxin-responsive -like protein Nt-gh3 deduced protein, Nicotiana tabacum, EMBL:AF123503 At5g47200 GTPbinding protein, putative similar to GTP-binding protein GI:303750 from [Pisum sativum] At2g28290 SNF2 domain/helicase domain-containing protein similar to transcriptional activator HBRM [Homo sapiens] Gl:414117; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain At5g52610 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At4g30230 hypothetical protein At1 871030 myb family transcription factor similar to MybHv5 GI:19055 from [Hordeum vulgare] At5g66230 expressed protein similar to unknowri protein (emb At5g35180 expressed protein At2g10850 envelope-related protein identical to GB:AAD20656 At5g56670 40S ribosomal protein S30 (RPS30C) At l g 10660 expressed protein At3g01810 expressed protein similar to unknowrprotein At5g49160 DNA (cytosine-5)-methyltransferase (DNA methyltransferase) (DNA metase) (sp At5566140 20S proteasome alpha subunit D2 (F'AD2) (gb At5g50250 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplast (RNA-binding protein RNP-T / RNA- binding protein 1/2/3 / RNA-binding protein cp3l), putative similarto SP At2g40510 40S ribosomal protein S26 (RPS26A) At1g15700 ATP synthase gamma-subunit -related similar to ATP synthase gamma-subunit GI:21241 from [Spinacia oleracea] At1 g80300 adenine nucleotide translocase identical to adenine nucleotide translocase GB:Z49227 [Arabidopsis thaliana] (FEBS Lett. 374 (3), 351-355 (1995)) At1 g17260 ATPase 10, plasma membrane-type (proton pump 10) (proton-exporting ATPase), putative strong similarity to SP At4g20160 Glu- rich protein mature-parasite-infected erythrocyte surface antigen MESA, Plasmodium falciparum, PIR2:A45605 At4g15440 hydroperoxide lyase (HPOL) like protein At4g22260 alternative oxidase, putative (IMMUTANS) identical to IMMUTANS from Arabidopsis thaliana [gi:4138855]; contains Pfam profile PF01786 alternative oxidase At3g27690 Iight harvesting chlorophyll A/B binding protein, putative similar to chlorophyll A-B binding protein 151 precursor (LHCP) GB:P27518 from [Gossypium hirsutum] At4g09040 RNA recognition motif (RRM) - containing protein low similarity to enhancer binding protein-1; EBP1 [Entamoeba histolytica] GI:8163877, SP At1g08550 violaxanthin de-epoxidase precursor, putative similar to EST gb At3g56690 calmodulin-binding protein identical to calmodulin-binding protein GI:6760428 from [Arabidopsis thaliana] At3g15640 cytochrome c oxidase subunit Vb -related similar to cytochrome oxidase IV GB:223590 [Bos taurus]; contains Pfam profile: PF01215 cytochrome c oxidase subunit Vb At4g16155 dihydrolipoamide dehydrogenase 2, plastidic (lipoamide dehydrogenase 2) (ptlpd2) identical to plastidic lipoamide dehydrogenase from Arabidopsis thaliana [gi:7159284] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At3g48425 endonuclease/exonuclease/phosphatase family similar to SP At2g31670 expressed protein At4g26670 expressed protein At2g40060 expressed protein At1 g03780 expressed protein Atlg19100 hypothetical protein low similarity to rnicrorchidia [Homo sapiens] GI:5410257 At4g31530 expressed protein hypothetical protein - Arabidopsis thaliana, PIR2:T04873 At5g57460 expressed protein At3g59840 expressed protein At1g06380 expressed protein similar to hypothetical protein GI:6598642 from [Arabidopsis thaliana] At4gl 1960 hypothetical protein hypothetical protein F7H19.70 - Arabidopsis thaliana, PID:el 310057 At1 g78620 expressed protein At3g48730 glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 2 (GSA 2) (glutamate-1- semialdehyde aminotransferase 2) GSA-AT 2) identical to GSA2 [SP At5g63570 glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 1 (GSA 1) (glutamate-1- semialdehyde aminotransferase 1) (GSA-AT 1) identical to GSA 1 [SP At5g23710 hypothetical protein At3g44780 hypothetical protein At3g22400 lipoxygenase (LOX), putative similar to lipoxygenase gi:8649004 [Prunus dulcis], gi:1495802 and gi:1495804 from [Solanum tuberosum] At3g54400 nucleoid DNA-binding - like protein nucleoid DNA-binding protein cnd4l, chloroplast, common tobacco, PIR:T01996 At5g07020 proline-rich protein family At4g28660 photosystem II protein W - like photosystem Il protein W, Porphyra purpurea, PI R2:S73268 At1g32900 starch synthase, putative similar to starch synthase SP:Q42857 from [Ipomoea batatas] At2g15570 thioredoxin M-type 3, chloroplast precursor (TRX-M3) identical to SP At5g44020 vegetative storage protein-related trnY&trnE At1g59453 hypothetical protein contains similarity to transcription factors At1g12170 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g46768 AP2 domain protein RAP2.1 identical to AP2 domain containing protein RAP2.1 GI:2281627 from [Arabidopsis thaliana] At1g13620 hypothetical protein _At1g77720 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1 g50970 hypothetical protein At1 835530 DEAD/DEAH box helicase, putative low similarity to RNA helicase/RNAseIII CAF protein [Arabidopsis thaliana] GI:6102610; contains Pfam profiles PF00270: DEAD/DEAH box helicase, PF00271: Helicase conserved C- terminal domain At1 g55570 pectinesterase (pectin methylesterase) family similar to pectinesterase [Lycopersicon esculentum][GI:1944575]; nearly identical to pollen-specific BP10 protein [SP At1g14000 protein kinase -related g35500 hypothetical protein _An g21170 hypothetical protein _At1 At1 g72330 alanine aminotransferase, putative similar to alanine aminotransferase 2 SP At1g18040 cell division protein kinase, putative similar to cell division protein kinase 7 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R [Homo sapiens] SWISS-PROT:P50613 At1 g44318 porphobilinogen synthase (delta-aminolevulinic acid dehydratase), putative similar to deltaaminolevulinic acid dehydratase (Alad) GI:493019 [SP At1 g60250 CONSTANS B-box zinc finger family protein contains similarity to zinc finger protein GI:3618320 from [Oryza sativa] At1g08340 rac GTPase activating protein -related similar to rac GTPase activating protein 1 GI:3695059 from [Lotus japonicus] At1 g27260 hypothetical protein At4g16840 expressed protein At4g38620 transcription factor (MYB4) -related At2g47460 myb family transcription factor similar to myb-related DNAbinding protein GI:1020155 from [Arabidopsis thaliana] At2g18010 auxininduced (indole-3-acetic acid induced) protein family similar to auxininduced protein TGSAUR22 (GI:10185820) [Tulipa gesnerian] ;similar to indole-3-acetic acid induced protein ARG7 (SP:P32295) [Phaseolus aureus] At2g36840 ACT domain-containing protein contains Pfam profile ACT domain PF01842 At2g37080 myosin heavy chain -related _At2g31280 expressed protein At3g57380 expressed protein hypothetical protein T32G6.16 - Arabidopsis thaliana, P I R:T00820 At3g12170 DnaJ protein family similar to SP At3g57250 hypothetical protein At3g51470 protein phosphatase 2C (PP2C), putative protein phosphatase-2C, Mesembryanthemum crystallinum, EMBL:AF075580 At3g45990 actin depolymerising like protein Actin depolymerising factor 2, Arabidopsis thaliana, EMBL:ATU48939 At3g42950 Polygalacturonase, putative polygalacturonase, muskmelon, PIR:T08213 At3g47970 hypothetical protein At4g23780 hypothetical protein Arabidopsis hypothetical proteins At3g20350 expressed protein At4g27620 expressed protein At4g29700 nucleotide pyrophosphatase -related protein nucleotide pyrophosphatase, Oryza sativa, gb:T03293 At4g33560 expressed protein At4g26440 WRKY family transcription factor identical to WRKY transcription factor 34 (WRKY34) GI:15990591 from [Arabidopsis thaliana] At4g36900 AP2 domain protein RAP2.10 Identical to GP:2632063 and GP:7270639 [Arabidopsis thaliana] At4g02150 importin alpha-2 subunit identical to importin alpha-2 subunit (Karyopherin alpha-2 subunit) (KAP alpha) SP:O04294 from [Arabidopsis thaliana] At5g03310 auxin-induced (indole-3-acetic acid induced) protein family similar to indole-3- acetic acid induced protein ARG7 (SP:P32295) [Vigna radiata] At5g16730 expressed protein predicted proteins - Arabidopsis thaliana and Oryza sativa At5g22700 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At5g13400 peptide transporter like protein peptide transporter, Hordeum vulgare, EMBL:AF023472 At5g22620 expressed protein similar to unknown protein (dbj At5g43800 pseudogene, similar to gag-pol polyprotein (Ty1_Copia-element) [Glycine maxi (GB:AAC64917) similar to gag/pol polyprotein [Arabidopsis thaliana] gi At5g37450 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At5g52410 expressed protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At5g14860 glycosyltransferase family contains Pfam profile: PF00201 UDPglucoronosyl and UDP-glucosyl transferase At5g47520 GTP-binding protein, putative sirnilar to GTP-binding protein RAB11J GI:1370160 from [Lotus japonicus] At5g51360 hypothetical protein At5g22850 protease-related protein At2g37640 expansin, putative (EXP3) identical to Alpha-expansin 3 precursor (At- EXP3)[Arabidopsis thaliana] SWISS-PROT:080932; alphaexpansin gene family, PMID:11641069 At2g18040 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase -related similar to ESS1 (S. cerevisiae) and dodo (D. melanogaster.) At3g49250 expressed protein At2g13150 bZIP family transcription factor contains a bZIP transcription factor basic domain signature (PD0000036) At4g39690 expressed protein At4g34180 expressed protein hypothetical protein s1r2121, Synechocystis sp., PI R2: S75497 At4g01350 CHP-rich zinc finger protein, putative similar to A. thaliana CHP-rich zinc finger proteins see T10M13, GenBank accession number AF001308 functional catalog I D=98 At2g04450 MutT/nudix family protein similar to SP At1g24540 cytochrome P450, putative similar to GB:AAB87111, similar to ESTs dbj At5g38480 14-3-3 protein GF14 psi (grf3/RCI I) identical to 14-3-3 protein GF14 psi GI:1168200, SP: P42644 At2g07770 hypothetical protein low similarity to KED [Nicotiana tabacum] GI:8096269; contains Pfam profile PF03384: Drosophila protein of unknown function, DUF287 At2g11930 pseudogene, hypothetical protein arid genefinder At1g53730 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase 1, putative similar to GI:3360289 from [Zea mays] (Plant Mol. Biol. 37 (5), 749-761 (1998)) Atl g61580 60S ribosomal protein L3 (RPL3B) identical to ribosomal protein G1:806279 from [Arabidopsis thaliana] At1g30450 cation- chloride cotransporter, putative similar to cation-chloride co- transporter GB:AAC49874 GI:258238t from [Nicotiana tabacum], Cation- Chloride Cotransporter (CCC) Family Member, PMID:11500563 g76110 expressed protein _At1 At1 g51300 hypothetical protein At1g17880 transcription factor -related similar to transcription factor BTF3 homolog GI:2982299 from [Picea mariana] At1g04880 expressed protein Atl g30840 purine permease-related low similarity to purine permease [Arabidopsis thaliana] GI:7620007; contains Pfam profiles PF03151: Domain of unknown function, DUF250, PF00892: Integral membrane protein Atl g54490 exonuclease -related similar to 51-3' exonuclease GI:1894792 from [Mus musculus] _At2g31320 poly (ADP-ribose) polymerase -related At2g38500 expressed protein At2g02180 TOMS protein annotation temporarily based on supporting cDNA gi At2g45070 transport protein SEC61 beta-subunit - related At2g16860 expressed protein At4g31980 expressed protein EREBP-4 homolog, Arabidopsis thaliana N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g15700 hypothetical protein similar to N-terra of NBS/LRR disease resistance protein GB:AAC26125 [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile: PF00931 NB- ARC domain At3g05130 hypothetical protein At3g01840 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g21933 pseudogene contains Pfam profile: F'F01657 Domain of unknown function At3g17470 calcium-binding EF-hand family protein contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain At3g60520 expressed protein At3g42430 hypothetical protein various predicted proteins, Arabidopsis thaliana At3g02480 expressed protein similar to ABA-inducible protein [Fagus sylvatica] GI:3901016, cold-induced protein kin1 [Brassica napus] GI:167146 At3g08560 vacuolar ATP synthase subunit E -related similar to vacuolar ATP synthase subunit E GB:Q39258 [Arabidopsis ithaliana] At3g62260 protein phosphatase 2C (PP2C), putative phosphoprotein phosphatase (EC 3.1.3.16) 1A-alpha - Homo sapiens,PIR:S22423 At3g53330 plastocyanin-like domain containing protein similar to mavicyanin SP:P80728 from [Cucurbita pepo] At4g15040 subtilisin-like serine protease contains similarity to prepro-cucumisin GI:807698 from [Cucumis melo] At4g10740 hypothetical protein At4g22560 expressed protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At4g29750 expressed protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At4g37130 proline-rich proteinrelated At4g19210 RNase L inhibitor protein, putative similar to 68 kDa protein HP68 GI:16755057 from [Triticum aestivum] At5g41040 transferase family similar to hypersensitivity-related gene product HSR201 -Nicotiana tabacum, EMBL:X95343; contains Pfam transferase family domain PF00248 At5g37690 lipase family similar to family II lipase EXL3 (GI:15054386), EXL1 (GI:15054382), EXL2 (GI:15054384) [Arabidopsis thaliana] At5g46000 jacalin lectin family similar to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767; contains F'fam profile PF01419 jacalinlike lectin domain At2g22500 mitochondrial carrier protein family contains Pfam profile: PF00153 mitochondrial carrier protein At5g54310 ARF GAP-like zinc finger-containing protein (ZIGA3) almost identical to ARF GAP-like zinc finger-containing protein ZIGA3 GI:10441352 from [Arabidopsis thaliana] At5g15490 UDP-glucose dehydrogenase-related protein UDP-glucose 6-dehydrogenase - Glycine max, EMBL:U53418 At4g13510 ammonium transport protein (AMT1) At5g55350 long-chain-alcohol O-fattyacyltransferase (wax synthase) family contains similarity to wax synthase wax synthase - Simmondsia chinensis, PID:g5020219 similar to wax synthase [gi:5020219] from Simmondsia chinensis At4g02630 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains serine/threonine protein kinase domain, INTERPRO:IPR002290 At1g56100 hypothetical protein At1g32430 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g74150 Kelch repeat-containing protein love similarity to rngB protein, Dictyostelium discoideum, PIR:S68824; contains Pfam profile PF01344: Kelch motif N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR _ At1g69770 chromomethylase -related similar to chromomethylase GB:AAB95486 [Arabidopsis arenosa] At2g39590 40S ribosomal protein S15A (RPS15aC) At3g30810 hypothetical protein At5g18620 DNA-dependent ATPase, putative similar to DNA-dependent ATPase SNF2H [Mus musculus] GI:14028669; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF00249: Myb-like DNA-binding domain At1g55930 CBS/transporter associated domain-containing protein contains Pfam profiles PF00571: CBS domain, PF03471: Transporter associated domain, PF01595: Domain of unknown function _ expressed protein At1g62050 At3325940 expressed protein At1g26540 expressed protein Atl g80050 adenine phosphoribosyltransferase almost identical to adenine phosphoribosyltransferase GI:1402894 from [Arabidopsis thaliana] At1959312 hypothetical protein At1964960 expressed protein Atl 903370 C2 domain/GRAM domain-containing protein low similarity to SP At1g56290 expressed protein Atl g03590 protein phosphatase 2C (PP2C) similar to GB:AAB97706 At4g17910 hypothetical protein predicted protein, Saccharomyces cerevisiae, _ PIR2:S56868 At5g35340 hypothetical protein At2g33580 protein kinase -related contains a protein kinase domain profile (PD0000100) At2g44190 expressed protein At2g18480 mannitol transporter, putative similar to mannitol transporter [Apium graveolens _ var. dulce] GI:12004316; contains Pfam profile PF00083: major facilitator superfamily protein At2g46310 AP2 domain transcription factor, putative _ hypothetical protein At3g27590 At3g09600 myb family transcription factor contains Pfam profile: PF00249 myb-like DNA- binding domain At3gl 2870 hypothetical protein similar to oxidoreductases At3g26090 expressed protein At3g13224 RNA recognition motif (RRM) - containing protein contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM) _ DNA mismatch repair MutS family similar to SP At3g20475 At3g54220 scarecrow transcription factor (SCR) At3g61510 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase (ACC synthase) , putative similar to ACC synthases from Citrus sinensis [GI:6434142], Cucumis melo [GI:695402J, Cucumis sativus [GI:3641645 At3g46020 RNAbinding protein, putative similar to Cold-inducible RNA-binding protein (Glycine-rich RNA-binding protein CIRP) from {Homo sapiens} SP _ expressed protein contains Pfam profile: PF00628 PHD-finger, implications for At3g20280 chromatin-mediated transcriÉtional re ulation At4g28780 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family Il lipase EXL3 (GI:15054386), EXL1 (Gl:15054382), EXL2 (GI:15054384) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: Lipase/Acylhydrolase with GDSLlike motif At4g13650 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR PF01535: PPR repeat At4g09580 expressed protein hypothetical protein Arabidopsis thaliana,PIR2:B71448 At4g18040 translation initiation factor eIF4E At4g13810 disease resistance protein family (LRR) contains leucine rich-repeat domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; similar to disease resistance protein [Lycopersicon esculentum] gi At5g04220 C2 domaincontaining protein GC donor splice site at exon 3; similar to Ca2+dependent lipid-binding protein (CLB1) GI:2789434 from [Lycopersicon esculentum] At5g07650 formin homology 2 (FH2) domain-containing protein contains formin homology 2 domain, Pfam:PF02128 _ leucine zippercontaining protein leucine zipper-containing protein, At5g58430 Lycopersicon esculentum, PIR:S21495 At5g18240 transfactor-related Érotein At5g48690 hypothetical protein At5g66460 glycosyl hydrolase family 5/cellulase ((1-4)-beta-mannan endohydrolase) At5g60060 F-box protein family various predicted proteins, Arabidopsis thaliana; similar to SKP1 interacting partner 2 (SKIP2) TIGR_Athl:At5g67250 At5g14070 glutaredoxin protein family contains INTERPRO Domain IPR002109, Glutaredoxin (thioltransferase) At4g10020 short-chain dehydrogenase/reductase family protein similar to sterol-binding dehydrogenase steroleosin GI:15824408 from [Sesamum indicum] At5g20730 auxin response transcription factor (ARF7) identical to auxin response factor 7 Gl:4104929 from Arabido.sis thaliana] _ bromodomain-containing protein similar to 5.9 kb fsh membrane protein At5g65630 [Drosophila melanogaster] Gl:157455; contains Pfam profile PF00439: Bromodomain _ hypothetical protein and genefinder At2g02290 At1g78300 14-3-3 protein GF14 omega (grf2) identical to GF14omega isoform GI:487791 from [Arabidopsis thaliana] Atlg61960 expressed protein similar to hypothetical protein GI:5541664 from [Arabidopsis thaliana] At2g14630 hypothetical protein contains Pfam profile PF03004: Plant transposase (Ptta/En/Spm family) At5g16230 acyl[acyl-carrier-protein] desaturase (stearoyl-ACP desaturase), putative similar to Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase from S É inacia oleracea SP At1g22170 expressed protein contains similarity to phosphoglycerate mutases At4g08320 tetratricopeptide repeat (TPR)- containing protein glutamine-rich tetratricopeptide repeat (TPR) containing protein (SGT) Rattus norvegicus,PID:e1285298 (SP At5g49500 SRP54 (signal recognition particle 54 KDa) protein At2g01420 auxin transport protein, putative similar to auxin transport protein PIN7[Arabidopsis thaliana] gi At3g49400 transducin / WD-40 repeat protein family contains 4 WD-40 repeats (PF00400); low similarity (47%) to Agamous-like MADS box protein AGL5 (SP:P29385) {Arabidopsis thaliana} AtCg00630 psaJ: photosystem I subunit IX At1g22210 trehalose-6-phosphate phosphatase, putative similar to trehalose-6-phosphate phosphatase (AtTPPB) GI:2944180 from [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF02358: Trehalose-phosphatase At1g68935 expressed protein At1g24625 zinc finger protein 7, ZFP7 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R Atl gO8100 high-affinity nitrate transporter ACH2 identical to GB:AAC35884 from [Arabidopsis thaliana] (Plant J. 17 (5), 563-568 (1999)) At1g70460 protein kinase -related similar to C-terminal region has similarity to C-terminal region of protein kinase (APK1A) GB:Q06548 [Arabidopsis thaliana]; Pfam HMM hit: Eukaryotic protein kinase clomain At1g71750 hypoxanthine ribosyl transferase -related similar to hypoxanthine ribosyl transferase GB:AAC46403 GI:2689037 from [Vibrio parahaemolyticus] At3g52910 expressed protein growth-regulating factor 1, Oryza sativa, EMBL:AF201895 At4g38240 alpha-1,3-mannosyl-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase, putative similar to Nacetylglucosaminyltransferase I from Arabidopsis thaliana [gi:5139335]; contains AT-AC non-consensus splice sites at intron 13 At5g59613 expressed protein At2g19000 expressed protein At2g32400 glutamate receptor family (GLR3.7)(GLR5) identical to GIr5 [Arabidopsis thaliana] gi At2g46050 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At3g02810 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g09080 transducin / WD-40 repeat protein family contains 8 WD-40 repeats; similar to JNK-binding protein JNKBP1 (GP:6069583) [Mus musculus] At3g04660 F-box protein family contains F-box clomain Pfam:PF00646 At3g06160 transcriptional factor B3 family contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At3g61450 syntaxin of plants 73 (SYP73) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At3g12540 hypothetical protein At3g26800 hypothetical protein At3g15510 No apical meristem (NAM) protein family contains Pfam PF02365: No apical meristem (NAM) domain; similar to jasmonic acid 2 GB:AAF04915 from [Lycopersicon esculentum] At3g56790 hypothetical protein hypothetical protein F27K19.110 - Arabidopsis thaliana, PI R:T49205 At4g30870 hypothetical protein hypothetical protein, Schizosaccharomyces pombe, PID:E322903 At4g00750 dehydration-induced protein family;similar to early-responsive to dehydration stress ERD3 protein [Arabidopsis thaliana] G1:15320410; contains Pfam profile PF03141: Putative methyltransferase At4g37400 cytochrome P450 family similar to cytochrome P450 monooxygenase CYP91A2, Arabidopsis thaliana, D78607 At4g15890 expressed protein At4g09510 neutral invertase like protein Daucus carota mRNA, PID:e1372926 At4g14720 expressed protein At5g58000 expressed protein similar to unknown protein (gb At5g39790 expressed protein 5'-AMP- ACTIVATIED PROTEIN KINASE, BETA-1 SUBUNIT, pig, SWISSPROT:AAKB_PIG At5g01390 DnaJ protein family similar to SP At5g53210 bHLH protein family contains similarity to helix-loop-helix DNA-binding protein At5g51030 short-chain dehydrogenase/reductase family protein contains INTERPRO family IPR002198 short chain dehycrogenase/reductase SDR family At5g67540 glycosyl hydrolase family 43 contains similarity to xylanase G1:2645416 from [Caldicellulosiruptor saccharolyticus] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g50030 expressed protein contains similarity to pollen-specific protein Bnml Brassica napus GI:1857671; contains Pfam profile PF04043: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor At5g05190 expressed protein similar to unknown protein (emb At3g12600 MutT/nudix family protein contains Pfam profile PF00293: NUDIX domain At3g54180 cell division control protein 2 homolog B (CDC2B) identical to cell division control protein 2 homolog B [Arabidopsis thaliana] SWISS-PROT:P25859 At5g01640 expressed protein prenylated Rab acceptor 1 - Homo sapiens, EMBL:AJ133534 At5g53230 hypothetical protein similar to unknown protein (pir At2g33530 serine carboxypeptidase -related At2g43690 receptor lectin kinase, putative similar to receptor-like kinase LECRK1 [Arabidopsis thaliana] gi At3g09110 hypothetical protein At4g27130 translation initiation factor At1g60220 UIp1 protease family contains Pfam profile PF02902: UIp1 protease family, C- terminal catalytic domain At1 g49140 NADH-ubiquinone oxidoreductase 12 kD subunit -related annotation temporarily based on supporting cDNA gi At1g52700 hypothetical protein contains similarity to lysophospholipase GI:1552244 from [Rattus norvegicus] At4g39430 hypothetical protein At1g50980 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At4g35600 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At2g18980 peroxidase, putative identical to peroxidase ATP22a [Arabidopsis thaliana] gi At2g27410 hypothetical protein At2g14520 CBS domain containing protein contains Pfam profiles PF00571: CBS domain, PF01595: Domain of unknown function At2g33770 ubiquitin-conjugating enzyme family Iow similarity to ubiquitin-conjugating BIR- domain enzyme APOLLON [Homo sapiens] GI:8489831, ubiquitin-conjugating enzyme [Mus musculus] GI:3319990; contains Pfam profile PF00179: Ubiquitin-conjugating enzyme At2g24500 C2H2-type zinc finger protein -related likely a nucleic acid binding protein At2g19190 light repressible receptor protein kinase, putative similar to light repressible receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana] gi At2g18070 hypothetical protein At2g41970 protein kinase, putative similar to Pto kinase interactor 1 (serine/threonine protein kinase) [Lycopersicon esculentum] gi At3g30875 pseudogene, putative multidrug resistance protein similar to multidrug resistance protein 1 homolog GB:T06165 GI:7442649 from [Hordeum vulgare] At3g29618 pseudogene, similar to mudrA of transposon=MuDR" (MuDr-element) [Zea mays] (GB:AAA21566) similar to Mutator-like transposase GB:AAD25591 from [Arabidopsis thaliana] " At3g28030 UV hypersensitive protein (UVH3) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At3g59410 protein kinase like GCN2 - Saccharomyces cerevisiae, EMBL:M27082 At3g56490 protein kinase C inhibitor-related protein protein kinase C inhibitor - Zea mays, PI R: S45368 At3g29280 hypothetical protein At3g15310 expressed protein At3g26600 expressed protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g25100 Cdc45-related protein similar to Cdc45 GB:AAC67520 [Xenopus laevis] (EMBO J. 17, 5699-5707 (1998)) (required for the initiation of eukaryotic DNA replication) At3g26295 pseudogene, cytochrome P450 At3g22780 DNA binding protein -related identical to putative DNA binding protein GB:AAF27433 from [Arabidopsis thaliana] At3g05050 cyclindependent protein kinase -related similar to cyclin-dependent kinase GB:CAA65979 from [Medicago sativa] At3g47900 expressed protein various predicted proteins At3g29570 hypothetical protein At3g13310 DnaJ protein family similar to J11 protein [Arabidopsis thaliana] Gl:9843641; contains Pfam profile: PF00226 DnaJ domain _At4g00770 expressed protein At4g38270 glycosyltransferase family 8 contains Pfam profile: PF01501 glycosyl transferase family 8 At4g11930 hypothetical protein At4g36560 hypothetical protein At4g08470 mitogen-activated protein kinase, putative similar to mitogen-activated protein kinase [Arabidopsis thaliana] gi At4g40000 proliferating-cell nucleolar antigen - like protein proliferating-cell nucleolar antigen, Saccharomycescerevisiae, PIR2:S45758 At4g04180 vesicle transfer ATPase -related At5g53710 expressed protein _At5g03890 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g61300 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g22510 alkaline/neutral invertase _At5g48660 hypothetical protein contains similarity to unknown protein (gb At5g47280 disease resistance protein (NBS-LRR class), putative domain signature NBS- LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g47580 small nuclear ribonucleoprotein (spliceosomal protein) U1A identical to GB:Z49991 U1snRNP-specific protein [Arabidopsis thaliana] At1g05200 glutamate receptor family (GLR3.4) plant glutamate receptor family, PM I D:11379626 At2g18240 integral membrane protein -related _At5g64470 expressed protein similar to unknown protein (gb At1g31300 expressed protein similar to hypothetical protein GB:AAF24587 GI:6692122 from [Arabidopsis thaliana] At3g59530 strictosidine synthase-related similar to strictosidine synthase [Rauvolfia serpentina][SP At4g29600 cytidine deaminase 7 At3g21130 F-box protein family contains Pfam profile: PF00646 F-box domain At3g20000 membrane import protein -related similar to membrane import protein GB:AAF20172 GI:6636407 [Drosophila melanogaster] At2g24520 ATPase, plasma membrane-type (proton pump), putative strong similarity to P- type H(+)-transporting ATPase from [Phaseolus vulgaris] GI:758250, [Lycopersicon esculentum] Gl:1621440, SP At1 809410 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats g67460 hypothetical protein _At1 At3g06560 poly(A) polymerase -related similar to polynucleotide adenylyltransferase GB:S17875 from [Bos taurus] (Nature (1991) 353 (6341), 229-234) Na d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At2g42030 C3HC4-type zinc finger protein family contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At1g22630 auxin-regulated protein At3g42600 hypothetical protein At2g29340 short-chain dehydrogenase/reductase family protein similar to tropinone reductase-1 GI:424160 from [Datura stramonium] Atl g22600 seed maturation protein PM27 -related similar to seed maturation protein PM27 GI:4836403 from [Glycine max] At1g48380 root hairless 1 (RHL1) similar to root hairless 1 GI:3219355 from [Arabidopsis thaliana] Atl g72960 root hair defective related similar to root hair defective 3 GI:1839188 from [Arabidopsis thaliana] Atl g24530 transducin / WD-40 repeat protein family similar to Vegetatible incompatibility protein HET-E-1 (SP:Q00808) {Podospora anserina}; contains 7 WD-40 repeats (PF00400) Atl g48520 Glu-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B; nuclear gene for chloroplast product annotation temporarily based on supporting cDNA gi At1g61370 receptor protein kinase (IRK1) -related similar to receptor protein kinase (IRK1) GI:836953 from [Ipomoea trifida] At1g32310 expressed protein At2g47410 transducin / WD-40 repeat protein family contains 5 WD-40 repeats (PF00400); similar to WDR protein, form B (GI:14970593) [Mus musculus] At1g14280 phytochrome kinase substrate 1 -related similar to phytochrome kinase substrate 1 GI:5020168 from [Arabidopsis thaliana] At1g75620 hypothetical protein At4g19420 pectinacetylesterase family contains Pfam profile: PF03283 pectinacetylesterase At5g27150 sodium proton exchanger (NHX1) iclentical to Na+/H+ exchanger [Arabidopsis thaliana] gi At2g06005 expressed protein At2g20000 cell division cycle (CDC) protein - related Iow similarity to SP At2g44170 N-myristoyltransferase -related At2g46100 expressed protein At3g63240 endonuclease/exonuclease/phosphatase family similar to inositol polyphosphate 5-phosphatase I (GI:10444261) and II (GI:10444263) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF03372: Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family At3g25890 AP2 domain transcription factor, putative At3g62190 DnaJ protein family similar to SP At4g38210 expansin, putative (EXP20) similar to alpha-expansin 3 GI:6942322 from [Triphysaria versicolor]; alpha-expansin gene family, PMID:11641069 At4g04840 expressed protein similar to transcriptional regulator At4g35540 hypothetical protein transcription factor IIIB chain BRF1, Saccharomycescerevisiae, PIR2:A44072 At4g28000 hypothetical protein MSP1, Saccharomyces cerevisiae, PIR2:A49506 At4g01760 CHP-rich zinc finger protein, putative similar to T15B16.10 similar to A. thaliana CHP- rich proteins encoded by T10M13, GenBank accession number AF001308 At5g52850 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At5g15040 hypothetical protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g24030 expressed protein contains similarity to unknown protein (pir At5g50870 ubiquitin-conjugating enzyme, putative strong similarity to ubiquitin conjugating enzyme [Lycopersicon esculentum] GI:886679; contains Pfam profile PF00179: Ubiquitin-conjugating enzyme At5g55430 hypothetical protein At5g06340 diadenosine 5',5"'-P1,P4-tetraphosphate hydrolase, putative similar to diadenosine 5',5"'-P1,P4-tetraphosphate hydrolase from [Lupinus angustifolius] GI:1888557, [Hordeurn vulgare subsp. vulgare] GI:2564253; contains Pfam profile PF00293: NUDIX domai? At5g11050 myb family transcription factor contains Pfam profile: PF00249 myb-like DNA binding domain At1 g75180 expressed protein At4g37010 caltractin (centrin), putative similar to Caltractin (Centrin) SP:P41210 from [Atriplex nummularia] At4g37020 expressed protein At5g43380 serine/threonine protein phosphatase type on(TOPP7) At4g20020 putative DAG protein annotation temporarily based on supporting cDNA gi At4g02670 zinc finger protein -related similar to potato PCP1 zinc finger protein, GenBank accession number X82328 At4g07720 hypothetical protein At2g29880 hypothetical protein At2g24740 SET-domain transcriptional regulator family identical to SUVH8 [Arabidopsis thaliana] GI:13517757; contains Pfam profiles PF00856: SET domain, PF05033: Pre-SET motif, PF02182: YDG/SRA domain At2g02840 hypothetical protein AtCg00960 rrn4.5S: 23S ribosomal RNA At1 g69420 DHHC-type zinc finger domain-containing protein contains Pfam profile: PF01529: DHHC zinc finger domain At1 g31790 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At1g48780 hypothetical protein At1g67150 hypothetical protein At1 g55830 expressed protein At1g21480 Exostosin family contains Pfam profile: PF03016 Exostosin family At1g22050 ubiquitin family contains INTERPRO:IPR000626 ubiquitin domain g71080 expressed protein _At1 At1 g71290 F-box protein-related contains weak hit to TIGRFAM TIGRO1640: F-box protein interaction domaincontains weak hit to TIGRFAM TIGRO1640: F-box protein interaction domain; At2gl1200 F-box protein family At2g38270 expressed protein At2g05400 expressed protein At2g04790 expressed protein At2g47540 expressed protein and genefinder At2g23470 expressed protein At3g30380 hypothetical protein contains Pfam profile: PF00561 alpha/beta hydrolase fold At3g08770 lipid transfer protein 6 (Itp6) identical to GI:8571927 At3g58630 expressed protein hypothetical protein F9F8.9 Arabidopsis thaliana, EMBL:A0009991 At3g17850 protein kinase, putative similar to IRE (incomplete root hair elongation) [Arabidopsis thaliana] gi N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g29190 terpene synthase/cyclase family contains Pfam profile: PF01397 terpene synthase family At4g26560 calcineurin B-Iike protein, putative similar to calcineurin B-Iike protein 3 GI:3309086 from [Arabidopsis thaliana] At4g21840 expressed protein CGI-131 protein, Homo sapiens, AF151889 At4g36600 late embryogenesis abundant (LEA) domain-containing protein low similarity to SP At5g57220 cytochrome P450, putative similar to Cytochrome P450 (SP:065790) [Arabidopsis thaliana]; Cytochrome P450 (GI:7415996) [Lotus japonicus] At5g45700 hypothetical protein At5g17770 NADH-cytochrome b5 reductase identical to NADH-cytochrome b5 reductase [Arabidopsis thaliana] GI:4240116 At5g49430 transducin / WD-40 repeat protein family similar to WD-repeat protein 9 (SP:Q9NSI6) {Homo sapiens}; contains Pfam PF00400: WD domain, G-beta repeat (4 copies) At5g59640 serine/threonine-specific protein kinase - like putative protein serine /threonine kinase, Sorghum bicolor, EMBL:SBRLK1 At5g06270 B-type cyclin -related similar to B-type cyclin GI:849074 from [Nicotiana tabacum] At5g65070 MADS-box protein At5g01780 oxidoreductase, 20G-Fe(II) oxygenase family low similarity to alkB protein - Escherichia coli, PIR:BVECKB, alkB [Caulobacter crescentus] [GI:2055386]; contains Pfam domain PF03171 20G-Fe(II) oxygenase superfamily At5g45600 expressed protein contains similarity to unknown protein (gb At5g15370 hypothetical protein At5g11290 hypothetical protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At5g42910 ABA-responsive element binding protein, putative At5g10410 expressed protein putative protein, Arabidopsis thaliana At5g39500 pattern formation protein, putative sirnilar to SP At1g60300 hypothetical protein contains similarity to jasmonic acid 2 GI:6175246 from [Lycopersicon esculentum] At4g34060 hypothetical protein At3g42480 hypothetical protein hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana At4g24530 PsRT17-1 like protein PsRT17-1, Pisum sativum (pea), PATX:G1778376 At2g32590 hypothetical protein At2g27280 hypothetical protein At1g12190 F-box protein family contains F-box clomain Pfam:PF00646 At1g22720 WAK-like kinase (WLK) contains similarity to serine/threonine kinase gb At4g04400 hypothetical protein contains Pfam profile PF03384: Drosophila protein of unknown function, DUF287 At2g46740 FAD-linked oxidoreductase family strong similarity to At1g32300, At5g56490, At2g46750, At2g46760; contains PF01565: FAD binding domain At1 g62630 disease resistance protein (CC-NBS-LRR class), putative domain signature CC-NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g13900 CHP-rich zinc finger protein, putative At4g28630 ABC transporter family protein identical to half-molecule ABC transporter ATM1 GI:9964117 from [Arabidopsis thaliana] AtCg00320 trnfM: tRNA-Phe At1 g31320 lateral organ boundaries (LOB) domain family similar to lateral organ boundaries (LOB) domain-containing proteins from Arabidopsis thaliana At1 g24200 hypothetical protein similar to hypothetical protein, GB:AAB61107 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At1g04070 expressed protein Contains similarity to hypothetical mitochondrial import receptor subunit gb Z98597 from S. pombe. ESTs gb At1g53760 hypothetical protein At1g72810 threonine synthase, putative strong similarity to SP At1g10522 expressed protein At1g78100 F-box protein family contains F-box clomain Pfam:PF00646 At1g72410 hypothetical protein similar to N-term of COPI-Interacting Protein 7 GB:BAA31739 [Arabidopsis thaliana] At1 g68720 deaminase -related similar to cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein GB:AAF73539 GI:8163170 from [Chlamydia muridarum] At1 g34300 expressed protein contains similarity to receptor-like protein kinase GI:6979335 from [Oryza sativa] At1g27850 transposon protein -related similar to En/Spm-like transposon protein GB:AAB95292 GI:2088658 from [Arabidopsis thaliana] At1g11220 expressed protein contains similarity to cotton fiber expressed protein GB:AAC33276 from [Gossypium hirsutum] At1 g73970 expressed protein At1g66840 hypothetical protein At1 g01650 expressed protein At2g26310 expressed protein and grail At2g27490 expressed protein At2g22290 GTPbinding protein, putative similar to GTP-binding protein GI:550072 from [Homo sapiens] At2g45280 RAD51C DNA repair protein -related At3g05460 expressed protein At3g24230 polysaccharide lyase family 1 (pectate lyase) similar to pectate lyase GP:14531296 from [Fragaria x anarassa] At3g04605 Mutator-related transposase similar to MURA transposase of maize Mutator transposon At3g52900 expressed protein chromosome assembly protein homolog, Aquifex aeolicus, PIR:B70356 At3g08000 RNA-binding protein, putative similar to RNA-binding protein from [Nicotiana tabacum] G1:15822703, [Nicotiana sylvestris] GI:624925; contains Pfam profile: PF00076 RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) At3g15120 chaperone-related ATPase contains Pfam profile: PF00004 ATPases associated with various cellular activities (AAA) At3g45100 nacetylglucosaminyl-phosphatidylinositol biosynthetic protein, putative similar to PIG-A from Mus musculus [gi:577723[, Homo sapiens [SP At4g04360 hypothetical protein At4g26850 expressed protein At4g35280 zinc- finger protein -related PEThy;ZPT4-1, Petunia x hybrida At2g43970 VirFinteracting protein FIP1 At4g33180 hydrolase, alpha/beta fold family Iow similarity to 2-hydroxy-6-oxo-7- methylocta-2,4-dienoate hydrolase [Pseudomonas fluorescens] GI:1871461; contains Pfam profile PF00561: alpha/beta hydrolase fold At5g10620 hypothetical protein predicted protein, Bacillus subtilis At3g25725 pseudogene, similar to open readingframe 1 (Tyl_Copia-element) [Brassica oleracea] (GB:CAA72989) At5g65480 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g44870 disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative domain signature TIR-NBSLRR exists, suggestive of a disease resistance protein. N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g47550 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g39360 expressed protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At3g23570 expressed protein contains Pfam profile: PF01738 dienelactone hydrolase family At1 g74910 ADP-glucose pyrophosphorylase family contains Pfam profile PF00483: Nucleotidyl transferase; low similarity to mannose-1phosphate guanylyltransferase [Hypocrea jecorina] GI:3323397 At3g19980 protein phosphatase similar to serine/threonine protein phosphatase GB:Z47076 GI:1143510 [Malus domestica] At3g42220 transposase - like protein putative transposase protein Shooter, Zea mays, EMBL:AF136220 At4g06718 pseudogene, predicted protein At2g29900 presenilin -related At3g05110 hypothetical protein At3g10270 DNA topoisomerase [ATPhydrolyzing] (DNA topoisomerase II/DNA gyrase), putative similar to SP At1g24090 RNase H domain-containing protein very low similarity to GAGPOL precursor [Oryza sativa (japonica cultivar-group)] GI:5902445; contains Pfam profiles PF00075: RNase H, PF04134: Protein of unknown function, DUF393 AtCg00570 psbF: cytochrome b559 beta chain At1 g06020 pfkB type carbohydrate kinase protein family similar to fructokinase Gl:2102693 from [Lycopersicon esculentum] At1 g03580 hypothetical protein temporary automated functional assignment At1g49110 hypothetical protein At1g08260 DNA polymerase epsilon catalytic subunit -related similar to DNA polymerase epsilon catalytic subunit GI:5565875 from [Mus musculus] At1g69970 CLE26, putative CLAVATA3/ESR-Related 26 (CLE26); At1g14360 expressed protein At1g24270 hypothetical protein At1 830190 hypothetical protein At1g02650 DnaJ domain-containing protein contains Pfam profile PF00226: DnaJ domain At4g21680 peptide transporter - like protein peptide transporter (ptrl) - Hordeum vulgare,AF023472 _At5g55540 expressed protein similar to unknown protein (gb At2g33550 expressed protein _At2g28520 vacuolar proton-ATPase subunit -related At2g46250 expressed protein and genefinder At2g37650 scarecrow transcription factor family At2g42230 expressed protein At2g34190 membrane transporter -related At3g43180 C3HC4-type zinc finger protein farnily contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At3g52620 hypothetical protein phosphate actyltransferase, Staphylococcus aureus, EMBL:SAU271496 At3g06580 galactokinase identical to galactokinase (Galactose kinase) [Arabidopsis thaliana] SWISS-PROT:Q9SEE5 At3g27390 expressed protein At3g12550 expressed protein At3g58710 WRKY family transcription factor contains Pfam profile: PF03106 WRKY DNA - binding domain At3g62980 transport inhibitor response 1 (TIR1), AtFBL1 E3 ubiquitin ligase SCF complex N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R F-box subunit; identical to transport inhibitor response 1 GI:2352492 from [Arabidopsis thaliana] At3g03190 glutathione transferase, putative identical to glutathione S-transferase GB:AAB09584 from [Arabidopsis thaliana] At3g09950 hypothetical protein At3g21230 4-coumarate:CoA ligase (4-coumaroyl-CoA synthase) (4CL), putative similar to 4CL2 [gi:12229665] and 4CL1 [gi:12229649] from [Arabidopsis thaliana], 4CL1 [gi:12229631] from Nicotiana tabacurn At4g13540 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At4g29270 acid phosphatase-related protein acid phosphatase-1 (EC 3.1.3.-) - Lycopersicon esculentum, PIR2:T06587 At4g22570 adenine phosphoribosyltransferase (EC 2.4.2.7) -like protein adenine phosphoribosyltransferase, Triticum aestivum, T06263 At4g25430 hypothetical protein At5g12870 myb family transcription factor contains PFAM profile: myb DNA binding domain PF00249 At5g45170 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g18260 expressed protein At5g01720 Fbox protein family (FBL3) contains similarity to leucine-rich repeats containing F-box protein FBL3 GI:5919219 from [Homo sapiens] At5g01900 WRKY family transcription factor contains Pfam profile: PF03106 WRKY DNA binding domain At5g39380 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g66560 phototropic response protein family contains NPH3 family domain, Pfam: PF03000 At5g18070 N-acetylglucosamine-phosphate mutase At5g41850 hypothetical protein At5g15470 glycosyltransferase family 8 contains Pfam profile: PF01501 glycosyl transferase family 8 At5g38960 germin-like protein, putative similar to germin-like protein subfamily 1 member 8 [SP At5g41460 fringe-related protein strong similarity to unknown protein (pir At5g62070 expressed protein various predicted proteins, Arabidopsis thaliana At1 g73010 expressed protein At1g31970 DEAD/DEAH box helicase, putative similar to p68 RNA helicase [Schizosaccharomyces pombe] GI:173419 At5g49160 DNA (cytosine-5)- methyltransferase (DNA methyltransferase) (DNA metase) (sp At3g46430 expressed protein mitochondrial ATP SYNTHASE 6 KD SUBUNIT -Solanum tuberosum, SWISSPROT:P80497 At3g46170 short-chain dehydrogenase/reductase family protein contains similarity to 3- oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase SP:P51831 from [Bacillus subtilis] At4g05580 contains similarity to Arabidopsis thaliana hypothetical protein (GB:AL022580) At4g22070 WRKY family transcription factor identical to WRKY transcription factor 31 (WRKY31) GI:15990589 from [Arabidopsis thaliana] At5g06390 expressed protein strong similarity to unknown protein (gb At2g32430 galactosyltransferase family contains Pfam profile: PF01762 galactosyltransferase At1 g71240 expressed protein At1 g37080 hypothetical protein At3g23980 expressed protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At1g03060 putataive transport protein Similar to gb At4g34090 expressed protein At1g55740 glycosyl hydrolase family 36 similar to seed imbibition protein GB:AAA32975 GI:167100 from [Hordeum vulgare] At1g16190 DNA repair protein RAD23, putative similar to DNA repair by nucleotide excision (NER) RAD23 protein, isoform Il GI:1914685 from [Daucus carota] At1g59540 kinesin-related protein similar to kinesin motor protein (kin2) GI:2062751 from (Ustilago maydis) At1g29520 plasma membrane associated protein -related similar to GI:6851373 from [Hordeum vulgare] At1g70540 expressed protein contains Pfam profile PF04043: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor At1g12030 hypothetical protein At1 g01810 hypothetical protein At1 g75200 flavodoxin family contains Pfam profiles PF00258: Flavodoxin, PF04055: radical SAM domain protein At1 g64355 expressed protein At1 g47350 hypothetical protein similar to hypothetical protein GB:AAD22292 GI:6598654 from [Arabidopsis thaliana] At5g66020 hypothetical protein non-consensus AT donor splice site at exon 7, TA donor splice site at exon 10, AT acceptor splice at exon 13, strong similarity to unknown protein (emb At2g46710 rac GTPase activating protein -related At2g33560 expressed protein At2g15790 cyclophilin-40 annotation temporarily based on supporting cDNA gi At2g02780 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At2g43420 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family contains Pfam profile PF01073 3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase domain; similar to NAD(P)-dependent steroid dehydrogenase from Homo sapiens [SP At2g20980 hypothetical protein and genefinder At3g56980 bHLH protein family NULL At3g52200 dihydrolipoamide S-acetyltransferase (LTA3); nuclear gene encoding mitochondrial protein annotation terporarily based on supporting cDNA gi At3g10400 RNA recognition motif (RRM) - containing protein low similarity to splicing factor SC35 [Arabidopsis thaliana] GI:9843653; contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM) At3g25960 pyruvate kinase, putative similar to pyruvate kinase, cytosolic isozyme [Nicotiana tabacum] SWISS-PROT:Q42954 At3g44680 expressed protein histone deacetylase 1 - Gallus gallus, EMBL:AF043328 At3g13682 amine oxidase family similar to polyamine oxidase isoform-1 [Homo sapiens] GI:14860862; contains Pfam profile:PF01593 Flavin containing amine oxidase At3g07990 serine carboxypeptidase - related similar to serine carboxypeptidase Il (CP-MII) GB:CAA70815 [Hordeum vulgare] At3g06270 protein phosphatase 2C (PP2C), putative similar to protein phosphatase-2C (PP2C) GB:AAC36699 [Mesembryanthemum crystallinum]; contains Pfam profile: PF00481 protein phosphatase 2C At3g05200 RING-H2 zinc finger protein ATL6 -related similar to GB:AAD33584 from [Arabidopsis thaliana] At3g48610 phosphoesterase family low similarity to SP At3g61600 POZ domain protein family contains Pfam PF00651: BTBIPOZ domain; contains Interpro IPR000210/ PS50097: BTBB/POZ domain; similar to N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R POZ/BTB containing-protein AtPOE31 (GI:12006855) [Arabidopsis thaliana]; similar to actinfilin (GI:21667852) [Rattus norv? At4g21910 MATE efflux protein family similar to ripening regulated protein DDTFR18 [Lycopersicon esculentum] GI:12231296; contains Pfam profile PF01554: Uncharacterized membrane protein family At4g36030 armadillo repeat containing protein At4g32120 galactosyltransferase family contains Pfam profile: PF01762 galactosyltransferase At4g13420 potassium transporter, putative (HAK5/POT5) identical to K+ transporter HAK5 [Arabidopsis thaliana] gi At4g10300 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g62030 expressed protein predicted proteins, D.melanogaster, C.elegans and yeast At5g37790 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At5g61850 LFY floral meristem identity control protein At5g44040 expressed protein similar to unknowri protein (gb At5g40580 20S proteasome beta subunit B (PBE32) At4g33800 expressed protein At3g15354 WD-40 repeat protein family contains 7 WD-40 repeats (PF00400); phytochrome A supressor spal (Gl:4809171) [Arabidopsis thaliana] At4g16070 lipase (class 3) family low similarity to calmodulin- binding heat-shock protein CaMBP [Nicotiana tabacum] GI:1087073; contains Pfam profile PF01764: Lipase, PF03893: Lipase 3 N-terminal region At5g41060 DHHC-type zinc finger domain-containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain At1g52070 jacalin lectin family similar to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767; contains Pfam profile PF01419 jacalin-like lectin domain At4g24260 glycosyl hydrolase family 9 (endo-1,4-beta-glucanase) similar to endo-1,4beta-D-glucanase; cellulase GI:5689613 from [Brassica napus] At4gl1200 hypothetical protein other hypothetical proteins Arabidopsis thaliana At3g45940 glycosyl hydrolase family 31 similar to alpha- xylosidase precursor GI:4163997 from [Arabidopsis thaliana] At5g66710 protein kinase, putative similar to protein kinase ATN1 GP At2g45900 expressed protein At2g17160 hypothetical protein identical to hypothetical protein GB:AAB81676 At1 g68280 hypothetical protein At1g19580 transferase hexapeptide repeat family contains Pfam profile PF00132: Bacterial transferase hexapeptide (four repeats) At3g13830 F-box protein family contains Pfam:PF00646 F-box domain; contains TIGRFAM TIGRO1640: F-box protein interaction domain At4g01730 DHHC-type zinc finger domain-containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain At3g11010 disease resistance protein family (LRR) contains leucine rich-repeat domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; similar to disease resistance protein [Lycopersicon esculentum] gi At2g26740 epoxide hydrolase (ATsEH) identical to ATsEH [Arabidopsis thaliana] GI:1109600 At1g23460 polygalacturonase, putative similar to polygalacturonase GB:BAA88472 GI:6624205 from (Cucumis sativus) trnV&trnM At1g48310 SNF2domain/helicase domain-containing protein contains similarity to DNAdependent ATPase A Gl:6651385 from [Bos taurus]}; contains PFam profiles N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 At1 821620 pumilio-family RNA-binding protein, putative similar to hypothetical protein GB:AAD41414 GI:5263312 from (Arabidopsis thaliana) At1g13630 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile: PF0I535 PPR repeat At1g16640 transcriptional factor B3 family low similarity to reproductive meristem protein 1 [Arabidopsis thaliana] GI:13604227; contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At1g18460 lipase family similar to triacylglycerol lipase, gastric precursor (EC 3.1.1.3) {Canis familiaris} [SP At1 g28560 expressed protein At1 g49890 expressed protein At1g32190 expressed protein similar to hypothetical protein GB:AAD18105 G1:4337191 from [Arabidopsis thaliana] At1g06560 expressed protein At4g08680 MuDR-A transposon protein -related similar to Z. mays MuDR-A protein At5g41490 hypothetical protein strong similarity i:o unknown protein (gb At2g02790 hypothetical protein At2g39870 expressed protein At2g41040 expressed protein At2g15050 lipid transfer protein, putative similar to SP At2g16620 protein kinase related contains a protein kinase domain profile (PDO000100) At2g28250 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g55560 expressed protein AT-hook protein 1 (AHP1), Arabidopsis thaliana, EMBL:ATAHPI At3g20720 expressed protein At3g01900 cytochrome P450 family similar to Cytochrome P450 94A1 (P450-dependent fatty acid omega-hydroxylase) (SP:O81117) {Vicia sativa}; contains Pfam profile: PF00067 cytochrome P450 At3g62420 bZIP family transcription factor similar to common plant regulatory factor 6 GI:9650826 from [Petroselinum crispum] At3g20030 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At3g58320 hypothetical protein several hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana At4g30860 SET-domain transcriptional regulator family low similarity to IL-5 promoter REII- region-binding protein [Homo saplens] GI:12642795; contains Pfam profile PF00856: SET domain At4g33840 glycosyl hydrolase family 10 xylan endohydrolase isoenzyme X-I, Hordeum vulgare,PID:g1813595 At4g29310 expressed protein hypothetical protein T2711.4 - Arabidopsis thaliana, PID:g3540181 At4g22170 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At4g30680 MA3 domain-containing protein similar to SP At4g26660 expressed protein probable kinesin Arabidopsis thaliana, Pir2:H71402 At4g25510 hypothetical protein At4g33400 Dem -related protein Dem (defective embryo and meristems) protein Lycopersicon esculentum, PID:e321604 At4g27980 expressed protein At4g39050 kinesin-related protein kinesin motor protein -Ustilago maydis, PID:g2062750 At4g24050 short-chain dehydrogenase/reductase family protein contains INTERPRO family IPR002198 Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily At4g37710 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g42320 hypothetical protein At5g64190 expressed protein strong similarity to unknown protein (gb At5g51210 oleosin At5g03180 C3HC4-type zinc finger protein family various predicted proteins, Arabidopsis thaliana; contains Pfam profile PF00097: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At5g65310 homeobox-leucine zipper protein ATHB-5 (HD-Zip protein ATHB-5) identical to homeobox-leucine zipper protein ATHB-5 (HD-ZIP protein ATHB-5) (SP:P46667) [Arabidopsis thaliana] At5g59940 CHP-rich zinc finger protein, putative large number of predicted zinc finger proteins, Arabidopsis thaliana, Homo sapiens and others At5g56120 expressed protein similar to unknown protein (dbj At2g03820 nonsense- mediated mRNA decay protein -related Atl g61820 glycosyl hydrolase family 1 similar to beta-glucosidase GI:1155254 from [Prunus avium] At5g44750 expressed protein contains similarity to DNA-damage-inducible protein P At2g23400 dehydrodolichyl diphosphate synthase [DEDOL-PP synthase], putative similar to G I:796076 At4g11720 hypothetical protein histidine- rich glycoprotein precursor, Plasmodium lophurae, PIRI:KGZQHL At3g26250 CHP-rich zinc finger protein, putative Atl g23150 expressed protein location of EST gb At2g24950 hypothetical protein contains Pfam profile PF03080: Arabidopsis proteins of unknown function At3g14517 pseudogene, similar to L1 repeat, Tf subfamily, member 30 (LINE-element) [Mus musculus] (GB:NP_038605) At3g16390 jacalin lectin family similar to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767, epithiospecifier [Arabidopsis thaliana] GI:16118845; contains Pfam profiles PF01419 jacalin-like lectin family, PF01344 Kelch motif At2g35330 expressed protein At1g56110 nucleolar protein Nop56, putative similar to XNop56 protein [Xenopus laevis] GI:14799394; contains Pfam profile PF01798: Putative snoRNA binding domain At5g66910 disease resistance protein (CC-NBS-LRR class), putative domain signature CC-NBS- LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g17200 ubiquitin protein -related AtCg00580 psbE: cytochrome b559 alpha chain At1g47840 hexokinase -related similar to hexokinase 2 GB:AAB49911 GI:1899025 from [Arabidopsis thaliana] At1g28430 cytochrome P450, putative similar to cytochrome P450 (CYP93A1) GI:1435059 from [Glycine maxi Atl g65870 disease resistance response protein-related/ dirigent protein-related similar to dirigent protein [Forsythia x intermedia] gi At1g53280 expressed protein similar to DJ-1 protein [Homo sapiens] GI:1780755; contains Pfam profile: PF01965 ThiJ/PfpI farnily Atl g55880 pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta family similar to SP AtIg57780 heavy-metal-associated domain-containing protein Iow similarity to myosin-like antigen GI:159877 Onchocerca volvulus; contains Pfam profile PF00403: Heavy-metal-associated domain At1g17250 leucine rich repeat protein family contains leucine rich-repeat (LRR) domains N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; similar to Hcr2-OB [Lycopersicon esculentum] gi At5g21070 expressed protein predicted protein - Oryza sativa - TREMBL:AP001072_3 At2g38780 expressed protein At2g13840 expressed protein At2g48100 exonuclease -related annotation temporarily based on supporting cDNA gi At5g34960 hypothetical protein common family includes At5g34960, At2g14450, At1 g35920 At2g37040 phenylalanine ammonia Iyase (PAL1)) nearly identical to SP At3g55910 expressed protein PA26, p53 regulated PA26-T3 nuclear protein, Homo sapiens, EMBL:AF033121 At3g11490 rac GTPase activating protein -related similar to rac GTPase activating protein 1 GB:AAC62624 [Lotus japonicus] At3g04460 expressed protein similar to peroxisomal biogenesis factor 12 GB:NP_000277 [Homo sapiens] At3g13140 hypothetical protein At3g04800 inner mitochondrial membrane protein -related similar to inner mitochondrial membrane protein GB:S71194 (Arabidopsis thaliana) At3923420 hypothetical protein At3g43720 protease inhibitor/seed storage/lipid transfer protein (LTP) family contains Pfam protease inhibitor/seed storage/LTP family domain PF00234 At4g39220 AtRer1A At4912240 hypothetical proteins At4g07770 pseudogene, similar to L1 repeat, Tf subfamily, member 30 (LINE-element) [Mus musculus] (GB:NP_038605) At4g14920 PHD finger transcription factor, putative At4g22880 leucoanthocyanidin dioxygenase (anthocyanidin synthase) (LDOXIANS), putative similar to SP At4g18670 leucine-rich repeat extensin family similar to extensin-like protein [Lycopersicon esculentum] gi At5g46280 DNA replication licensing factor, putative similar to SP At5g15340 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At5g20070 MutT/nudix family protein low similarity to SP At5g46570 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At5g43920 transducin / WD-40 repeat protein family contains 7 WD-40 repeats (PF00400); similar to will die slowly protein (WDS) (SP:Q9V3J8) [Drosophila melanogaster] At5g16890 Exostosin family contains Pfam profile: PF03016 Exostosin family At5g43340 inorganic phosphate transporter identical to inorganic phosphate transporter [Arabidopsis thaliana] GI:3869190 At5g02250 ribonuclease II-related protein ribonuclease Il family protein, Deinococcus radiodurans, PIR:C75571 At5g42250 alcohol dehydrogenase (ADH), putative similar to alcohol dehydrogenase ADH GI:7705214 from [Lycopersicon esculentum]; contains Pfam zinc-binding dehydrogenase domain PF00107 At5g58540 expressed protein serine/threonine-specific protein kinase NPK15, Nicotiana tabacum, PIR:S52578 At5g52510 scarecrow-like transcription factor 8 (SCL8) At5g13800 hydrolase, alpha/beta fold family low similarity to hydrolase [Terrabacter sp. DBF63] GI:14196240; contains Pfam profile PF00561: hydrolase, alpha/beta N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R fold family At5g51640 (YLS7) Ieaf-senescence-related protein annotation temporarily based on supporting cDNA gi At5g04770 amino acid transport like protein amino acid transport protein AAT1, Arabidopsis thaliana, PIR:S51171 At2g43640 signal recognition particle protein 14kD, ATSRP14 related At4g11090 expressed protein other hypothetical proteins Arabidopsis thaliana At4g14990 expressed protein At4g03870 pseudogene, putative transposon protein similar to MuDR transposon At5g49270 expressed protein contains similarity to phytochelatin synthetase At5g61110 hypothetical protein At5g07810 SNF2 domain/helicase domain- containing protein similar to HepA-related protein HARP [Homo sapiens] GI:6693791; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF01844: HNH endonuclease At2g32920 protein disulfide isomerase family similar to SP At2g29920 hypothetical protein At1g37045 an Arabidopsis thaliana hypothetical protein, which contains similarity to retrotransposon Athila (GB:AF076275) -related temporary automated functional assignment At3g10660 calciumdependent protein kinase (CDPK)(CPK2) identical to calcium- protein kinase isoform 2 fArabidopsis thaliana] gi _dependent At5g59920 CHP-rich zinc finger protein, putative large number of predicted zinc finger proteins, Arabidopsis thaliana, Homo sapiens and others At1g65385 pseudogene, putative serpin At5g61700 ABC transporter family protein ABC family transporter, Entamoeba histolytica, EMBL:EH058 AtCg00260 trnT.1: tRNA-Thr At1g56720 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At4g06620 pseudogene, similar to polyprotein (Gypsy_Ty3element) [Ananas comosus] (G B: CAA73042) At1g49160 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1g78980 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative similar to leucine- rich repeat transmembrane protein kinase 2 GI:3360291 from [Zea mays] At1g02770 expressed protein similar to Hypothetical protein GB:AAF02890 GI:6056426 from (Arabidopsis thaliana) At1 g66720 methyltransferase- related similar to defense-related protein cjsl [Brassica carinata] [GI:14009292][Moi Plant Pathol (2001) 2(3):159-169] At2g40475 expressed protein At5g19240 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana _At5g64960 Cyclin-dependent kinase C;2 At1g35460 bHLH protein similar to Gl:6166283 from [Pinus taeda] At2g17870 glycine-rich, zinc- finger DNA-binding protein -related genomic copy of EST T76328 cold-shock signature from position 22 to 41 [YGFITPDDGGEELFVHQSSI]; 7 copies of CCHC zinc-finger motif, from 94 to 107 [CFNCGEVGHMAKDC], from 130 to 142 At2g44080 expressed protein At2g30490 cytochrome P450 73 / trans- cinnamate 4-monooxygenase / cinnamate-4- hydroxylase (CYP73) (C4H) identical to SP At2g19590 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase (ACC oxidase), putative similar to ACC oxidase [Cucumis melo][GI:1183898] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At2g42070 MutT/nudix family protein similar to SP At3g50170 hypothetical protein various predicted genes, Arabidopsis thaliana and Oryza sativa At3g59870 expressed protein hypothetical protein F6E13.7 -Arabidopsis thaliana, PI R: T00674 At3g54680 proteophosphoglycan-related contains similarity to proteophosphoglycan [Leishmania major] gi At3g61270 expressed protein several hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana At3g03120 ADP-ribosylation factor, putative similar to ADP-ribosylation factor 1; ARF 1 (GP:385340) {Drosophila melanogaster} At3g25190 integral membrane protein -related contains Pfam profile: PF01988 integral membrane protein; similar to nodulin-21 GB:CAA34506 [Glycine maxi At3g02290 C3HC4-type zinc finger protein family contains zinc finger motif, C3HC4 type (RING finger) At3g14500 hypothetical protein At3g29200 chorismate mutase, chloroplast (CM1) identical to chorismate mutase GB:Z26519 [SP At3g22050 hypothetical protein contains Pfam profile: PF01657 Domain of unknown function At4g12700 expressed protein At4g24230 expressed protein acyl-CoA binding protein -Arabidopsis thaliana, PID:g4128197 At4g27340 expressed protein met-10+ protein, Neurospora crassa, PIR2:S46697 At4g38225 expressed protein At4g31280 hypothetical protein At4g23880 hypothetical protein At5g50280 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g66150 glycosyl hydrolase family 38 (alpha-mannosidase) similar to lysosomal alphamannosidase SP:009159 from [Mus musculus] At5g53940 zinc- binding protein-related At1 g16400 cytochrome P450 family similar to gb At2g26750 epoxide hydrolase, putative strong similarity to ATsEH [Arabidopsis thaliana] G I:1109600 At5g48290 heavy-metal-associated domain-containing protein strong similarity to farnesylated proteins ATFP4 [GI:4097549] and ATFP5 [GI:4097551]; contains Pfam profile PF00403: Heavy-metalÉ-associated domain At1g21245 wall-associated kinase 3 - related temporary automated functional assignment At5g60140 transcriptional factor B3 family contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At3g44120 F-box protein family contains Pfam:PF00646 F-box domain AtCg00560 psbL: photosystem Il protein L At1g03670 hypothetical protein similarto hypothetical protein GB:Z97336 At1g22090 expressed protein At1g04980 protein disulfide isomerase family similar to SP At1g04970 expressed protein At1 g55750 expressed protein At1g59760 ATP- dependent RNA helicase, putative similarto SP At2g39300 hypothetical protein At2g37340 splicing factor RSZ33, putative nearly identical to splicing factor RSZ33 [Arabidopsis thaliana] GI:9843663 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g10210 expressed protein similar to putative protein GB:CAA20045 [Arabidopsis thaliana] At3g05430 PWWP domain protein contains Pfam profile:PF00855 PWWP domain At3g48600 expressed protein At3g62880 expressed protein amino acid selective channel protein - Hordeum vulgare, EMBL:AJ011921 At4g08280 expressed protein hypothetical protein ssrl 391 Synechocystis sp. (strain PCC 6803),PIR2:S75571 At4g14830 expressed protein At5g19780 tubulin alpha-3/alpha-5 chain (TUAS) nearly identical to SP At5g55050 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family Il lipases EXL3 GI:15054386, EXL1 GI:15054382, EXL2 GI:15054384 from [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase At5g39260 expansin, putative (EXP21) similar to alpha-expansin GI:6573157 from [Regnellidium diphyllum]; alpha-expansin gene family, PMID:11641069 At5g38350 disease resistance protein (NBS-LRR class), putative domain signature NBS- LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At5g51550 expressed protein similar to unknowr protein (gb At4g39780 AP2 domain transcription factor, putative similar to AP2 domain containing protein RAP2.4,Arabidopsis thaliana At1g10650 conserved hypothetical protein At3g12430 hypothetical protein _At4g16060 expressed protein At5g01540 receptor lectin kinase, putative similar to receptor lectin kinase 3 [Arabidopsis thaliana] gi At5g27210 expressed protein seven transmembrane domain orphan receptor, Mus musculus, EMBL:AF051098 At5g48410 glutamate receptor family (GLR1.3) plant glutamate receptorfamily, PMID:11379626 At4g10510 subtilisin-like serine protease contains similarity to subtilase; SPI GI:9957714 from [Oryza sativa] At1 g 14800 hypothetical protein At1 g24220 hypothetical protein At1 g61260 cotton fiber expressed protein -related similar to cotton fiber expressed protein 1 GI:3264828 from [Gossypium hirsutum] At1 g80960 expressed protein At1 g67370 meiotic asynaptic mutant 1 identical to meiotic asynaptic mutant 1 [Arabidopsis thaliana] GI:7939627; contains Pfam profiles PF02301: DNA-binding HORMA domain, PF04433: SWIRM domain At1 864460 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family contains Pfam profile PF00454: Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase At1 g75980 expressed protein At1 g33800 expressed protein At2g47490 mitochondrial carrier protein farnily contains Pfam profile: PF00153 mitochondrial carrier protein At2g27950 expressed protein At2g44830 protein kinase putative similar to protein kinase PVPK-1 [Phaseolus vulgaris] SWISS-PROT: P15792 At3g24700 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At3g46160 protein kinase-related contains eukaryotic protein kinase domain, INTERPRO:IPR000719 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g49670 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative CLAVATA1 receptor kinase, Arabidopsis thaliana, EMBL:ATU96879 At3g43200 pseudogene, putative protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At3g10970 haloacid dehalogenase-like hydrolase family low similarity to genetic modifier [Zea mays] GI:10444400; contains InterPro accession IPR005834: Haloacid dehalogenase-like hydrolase At3g51920 calmodulin 9 identical to calmodulin 9 GI:5825602 from [Arabidopsis thaliana] At3g11320 phosphate translocator-related low similarity to phosphoenolpyruvate/phosphate translocator precursor [Mesembryanthemum crystallinum] GI:9295275, phosphate translocator [Nicotiana tabacum] GI:403023; contains Pfam profile: PF00892 Integral membrane pro? At4g27680 expressed protein MSP1 protein, Saccharomyces cerevisia, PIR2:A49506 At4g00670 hypothetical protein At4g31320 auxin-induced (indole-3-acetic acid induced) protein, putative (SAUR_c) similar to auxin-induced protein TGSAUR22 (GI:10185820) [Tulipa gesnerian]; similar to auxin-induced protein 15A (SP:P33081) from [Glycine maxi At4g28980 cdkactivating kinase lAt identical to Cdk-activating kinase lAt [Arabidopsis thaliana] gi At4g16690 esterase/lipase/thioesterase family similar to ethylene-induced esterase [Citrus sinensis] GI:14279437, polyneuridine aldehyde esterase [Rauvolfia serpentina] GI:6651393, SP At5g57730 hypothetical protein At5g09560 KH domain protein various predicted RNA binding proteins, Arabidopsis thaliana At5g59770 expressed protein protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLB, Mus musculus, EMBL:AF169286 At5g47290 myb family transcription factor contains PFAM profile: PF00249 myb-like DNA binding domain At5g52170 homeodomain protein similar to Anthocyaninless2 (ANL2) (GP:5702094) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam PF00046: Homeobox domain and Pfam PF01852: START domain At4g03260 leucine rich repeat protein family contains leucine rich repeat (LRR) domains, Pfam: PF00560 At2g31570 glutathione peroxidase, putative At1g52060 jacalin lectin family similar to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767; contains Pfam profile PF01419 jacalin-like lectin domain At4g15396 cytochrome P450 -related similar to Cytochrome P450 90C1 (ROTUNDIFOLIA3) (SP:Q9M066) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile: PF00067: Cytochrome P450 {Arabidopsis thaliana} At2g26190 expressed protein At1g21310 extensin family protein contains extensin-like region, Pfam:PF04554 At2g19450 diacylglycerol 0- acyltransferase (acyl CoA:diacylglycerol acyltransferase) (DGAT) identical to gi:5050913, gi:6625553 At2g16340 hypothetical protein At3g10860 ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein (QP-C) -related similar to ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone- binding protein (QP-C) GB:P46269 [Solanum tuberosum] At1g05650 polygalacturonase, putative similar to GB:AAC23398 At1g49080 pseudogene, putative transposon protein similar to Antirrhinum majus TNP2 protein gb At3g23280 auxin-regulated protein contains Pfam profile: PF00023 ankyrin repeat N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At1g28300 transcriptional factor B3 protein leafy cotyledon 2 nearly identical to LEAFY COTYLEDON 2 [Arabidopsis thaliana] G1:15987516; contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At1g04640 lipoyltransferase identical to GB:BAA78386 At1g36310 expressed protein At1 g47860 reverse transcriptase-related low similarity to reverse transcriptase [Arabidopsis thaliana] GI:976278; contains Pfam profiles PF00078: Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase), PF00096: Zinc finger, C2H2 type, PF03727: Hexokinase At1 g61410 expressed protein similar to putative double strand break repair protein GI:9651817 from [Arabidopsis thaliana] At1g13940 expressed protein identical to hypothetical protein GB:AAD39280 GI:5080770 from [Arabidopsis thaliana] At1 g65650 expressed protein similar to ubiquitin C-terminal hydrolaselike protein GI:9759113 from [Arabidopsis thaliana] Atl g31150 expressed protein EST gb At1g69630 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g36950 zinc finger protein -related similar to GB:AAC69857 from [Arabidopsis thaliana] At1 g55550 kinesin-related protein Similar to Kinesin proteins; Contains kinesin motor domain protein motif and kinesin heavy chain signature motif At2g23890 expressed protein and genefinder At2g07030 Mutator-related transposase similar to MURA transposase of maize Mutator transposon At2g14810 hypothetical protein At2g31470 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At3g46470 hypothetical protein At3g06400 DNA-dependent ATPase, putative similar to DNA-dependent ATPase SNF2H [Mus musculus] GI:14028669; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF00249: Myb-like DNA-binding domain At3g04430 No apical meristem (NAM) protein family similar to CUC1 (GP:12060422) {Arabidopsis thaliana} At3g51050 expressed protein hypothetical protein L1648.04 - Leishmania major, EMBL:LMFL1648 At3g43590 expressed protein hexamer-binding protein HEXBP - Leishmania major, PIR:A47156 At3g16360 two-component phosphorelay mecliator -related similar to two-component phosphorelay mediators (ATHP1-3) GB:BAA37110, GB:BAA37111, GB:BAA37112 [Arabidopsis thaliana] At4g05260 ubiquitin family contains INTERPRO:IPR000626 ubiquitin domain At4g32620 expressed protein predicted protein TlOM13.8, Arabidopsis thaliana At5g10110 expressed protein 85K major surface antigen, Trypanosoma cruzi, PIR:A24154 At5g56340 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g07590 WD-40 repeat protein family contains 3 WD-40 repeats (PF00400); similarity to WD-repeat protein 8 (WDR8)(SP:Q9P2S5] [HOMO SAPIENS] At5g50100 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g55690 MADS-box protein At5g09840 expressed protein similar to unknown protein (emb At5g42130 mitochondrial carrier protein family contains Pfam profile: PF00153 mitochondrial carrier protein At5g22530 expressed protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g40220 MADS-box protein MADS-box protein, Arabidopsis thaliana, EMBL:ATY12776 At3g44010 40S ribosomal protein S29 (RPS29B) ribosomal protein S29, rat, PIR:S30298 At3g45190 expressed protein hypothetical protein At2g28360 - Arabidopsis thaliana, EMBL:AAD20690 At5g44410 FADlinked oxidoreductase family similar to SP Atlg18120 pseudogene, putative myrosinase-associated protein Atl g51860 leucine rich repeat protein kinase, putative similar to light repressible receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana] gi Atl g62690 expressed protein At5g39000 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At4g03970 UIp1 protease family contains Pfam profile PF02902: UIp1 protease family, Cterminal catalytic domain; similar to At5g28170, At1g35110, At1g44880, At3g42530, At4g 19320, At5g36020, At3g43010, At2g 10350 At1g17615 disease resistance protein (TIR class), putative domain signature TIR exists, suggestive of a disease resistance protein. Atl 856420 hypothetical protein Atl g32870 NAM protein -related similar to NAM protein GI:6066594 from [Petunia hybrida] At1g04870 protein arginine N-methyltransferase family similar to SP At1g61680 terpene synthase/cyclase family similar to 1,8-cineole synthase [GI:3309117] [Salvia officinalis]; contains Pfam profile: PF01397 terpene synthase family Atl g25500 expressed protein At1g68570 peptide transporter related similar to PEPTIDE TRANSPORTER PTR2-B GB:P46032 Gl:1172704 from ArabidoÉsis thaliana Atl g06520 phospholipid/glycerol acyltransferase family contains Pfam profile PF01553: Acyltransferase At1g54550 F-box protein family contains Pfam:PF00646 F-box domain; contains TIGRFAM TIGR01640: F-box protein interaction domain At2g01340 expressed protein _At2g05250 DnaJ domain-containing protein contains Pfam Érofile PF00226 DnaJ domain At2g17910 reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) , putative similar to reverse transcriptase [Arabidopsis thaliana] GI:976278; contains Pfam profiles PF00078: Reverse transcriptase (RNAdependent DNA polymerase), PF03372: Endonuclease/Exonuclease/p? At2g44130 Kelch repeat containing F-box protein family very low similarity to SP At2g24670 hypothetical protein At3g23080 expressed protein C-term similar to phosphatidylcholine transfer protein GB:AAF08345 [Homo sapiens] _ alpha-hemolysin -related similar to alpha-hemolysin GB:AAB81225 At3g09310 [Aeromonas hydrophila] At3g53070 hypothetical protein predicted protein, ArabidoÉsis thaliana At3g48180 hypothetical protein At3g28430 expressed protein GC donor splice site at exon 16 At3g23160 hypothetical protein At3g23670 phragmoplast-associated kinesin-related protein, putative similar to kinesin like protein GB:CAB10194 from Arabidopsis thaliana At4g19350 expressed protein At4g30300 ABC transporter family protein ribonuclease L inhibitor - Mus musculus,PIR2:JC6555 At4g00760 expressed protein LAt4g28180 hypothetical protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At4g18320 hypothetical protein At4g03830 myosin heavy chain-related At4g18820 expressed protein DNA polymerase III holoenzyme tau subunit, Thermus thermophilus, gb:AF025391 At5g12970 C2 domain-containing protein contains INTERPRO:IPR000008 C2 domain At5g66350 zinc finger protein SHIrelated At5g13080 WRKY family transcription factor WRKY DNA binding protein - Solanum tuberosum, EMBL:AJ278507 At5g02460 Dof zinc finger protein zinc finger protein OBP3, Arabidopsis thaliana, EMBL:AF155818 _At5g22550 expressed protein strong similarity to unknown protein (emb At5g56910 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g39630 SNARE protein AtMEMB11 v-SNARE AtVTIla, Arabidopsis thaliana, EMBL:AF114750 At3g51090 expressed protein hypothetical protein F16F14.4 Arabidopsis thaliana: EMBL:AC007047 At5g43270 squamosa promoter binding protein-related 2 (emb At1g54760 MADS-box protein similar to MADS-box transcription factor GI:4837612 from [Antirrhinum majus] At4g01590 expressed protein At5g15650 reversibly glycosylated polypeptide-3 At3g19800 expressed protein At3g26820 esterase/lipase/thioesterase family contains Interpro entry IPR000379 At5g48400 glutamate receptor family (GLR1.2) plant glutamate receptor family, PMID:11379626 At5g43410 ethylene response factor, putative contains AP2 DNA-binding domain At2g18860 expressed protein At1g62200 oligopeptide transporter -related similar to oligopeptide transporter 1-1 GI:510238 from [Arabidopsis thaliana]; contains non-consensus GA donor site at intron 4 At2g03260 expressed protein At3g05240 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At1g05660 polygalacturonase, putative similar to GB:AAC23398 At1g48670 Nt-gh3 deduced protein -related similar to Nt-gh3 deduced protein GI:4887010 from [Nicotiana tabacum] At3g14075 lipase (class 3) family low similarity to calmodulin-binding heat-shock protein CaMBP [Nicotiana tabacum] GI:1087073; contains Pfam profile PF01764: Lipase, PF03893: Lipase 3 N- terminal region At1 g31850 dehydration-induced protein, putative strong similarity to early-responsive to dehydration stress ERD3 protein [Arabidopsis thaliana] GI:15320410; contains Pfam profile PF03141: Putative methyltransferase At1g44760 _expressed protein At1g08500 plastocyanin-Iike domain containing protein At1g17650 expressed protein At1g59640 bHLH protein At1g72520 lipoxygenase (LOX), putative similar to lipoxygenase gi:1495804 [Solanum tuberosum], gi:1654140 [Lycopersicon esculentum], GB:CAB56692 [Arabidopsis thaliana] At1 g68500 expressed protein At1g36490 pseudogene, putative replication protein Al N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At2g27240 expressed protein contains Pfam profile PF01027: Uncharacterized protein family UPF0005 At2g07240 Ulp1 protease family contains Pfam profile PF02902: Ulp1 protease family, C- terminal catalytic domain At3g14560 expressed protein At3g22790 expressed protein similar to centromere protein homolog GB:CAB10255 from [Arabidopsis thaliana] At3g16010 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At3g57540 expressed protein putative DNA binding protein - Arabidopsis thaliana, TREMBL:ATAC2339_3 At4g12270 copper amine oxidase like protein (fragment1) copper amine oxidase - Cicer arietin u m, PI D: e 1335964 At4g04950 thioredoxin family similar to PKCq-interacting protein PICOT from [Mus musculus] GI:6840949, [Rattus norvegicus] GI:6840951; contains Pfam profile PF00085: Thioredoxin At4g20280 expressed protein transcription initiation factor IID beta chain, fruit fly, Pir2: B49453 At4g02280 sucrose synthase (UDPglucose-fructose glucosyltransferase/sucrose-UDP glucosyltransferase), putative strong similarity to sucrose synthase GI:6682841 from [Citrus unshiu] At5g58787 C3HC4-type zinc finger protein family similar to MTD2 [Medicago truncatula] GI:9294812; contains Pfam profile PF00097: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At5g51480 pectinesterase (pectin methylesterase) family similar to pectinesterase GB:CAB08077 GI:1944575 from [Lycopersicon esculentum]; contains Pfam profile: PF00394 Multicopper oxidase; similar to pollen-specific protein At5g61650 cyclin family similar to cyclin 2 [Trypanosoma brucei] GI:7339572, cyclin 6 [Trypanosoma cruzi] GI:12005317; contains Pfam profile PF00134: Cyclin, N- terminal domain At3g53080 expressed protein BETA-GALACTOSIDASE PRECURSOR. Lycopersicon esculentum, gb:P48980 At4g35040 bZIP protein At4g34710 arginine decarboxylase SPE2 At4g37740 transcription activator (GRL2) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At1 855210 disease resistance response protein-related/ dirigent protein-related smimilar to dirigent protein [Thuja plicata] gi At1g49660 expressed protein At2g34180 CBL-interacting protein kinase 13 identical to CBL-interacting protein kinase 13 [Arabidopsis thaliana] gi At1 848070 hypothetical protein At1g18130 hypothetical protein contains similarity to threonyl-tRNA synthetases g51430 expressed protein _An At4g39770 trehalose-6-phosphate phosphatase, putative similar to trehalose-6-phosphate phosphatase (AtTPPB) [Arabidopsis thaliana] GI:2944180; contains Pfam profile PF02358: Trehalose-phosphatase At4g13760 polygalacturonase, putative polygalacturonase, Zea mays, PIR2:S30067 At4g00930 expressed protein At1 g61390 S-locus protein kinase, putative contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains S-locus glycoprotein family domain, Pfam:PF00954 At4g34180 expressed protein hypothetical protein slr2121, Synechocystis sp., N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R PIR2:S75497 At2g14470 hypothetical protein low similarity to SP At1g63010 expressed protein At1g34260 expressed protein _At1 g01840 expressed protein At1 g48130 peroxiredoxin identical to SP:O04005 from [Arabidopsis thaliana] At1g77250 hypothetical protein At1g52610 mutator-related transposase similar to mutator-like transposase GI:5306250 from [Arabidopsis thaliana] At1g67260 pseudogene, putative cycloidea cyc4 protein At5g61710 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At1g55110 zinc finger protein -related similar to zinc finger protein GI:8843731 from [Arabidopsis thaliana] At1g05260 peroxidase, putative similar to peroxidase precursor [Arabidopsis thaliana] gi At1g13290 zinc finger protein -related similar to zinc finger protein IDI GI:3170601 from [Zea mays] At5g27000 kinesin-related protein nonconsensus AT donor splice site at exon 12; non- consensus AC acceptor splice site at exon 13 At3g24760 F-box protein family; similar to SKP1 interacting partner 2 (SKIP2) TIGR_Athl:At5g67250 At5g27140 SAR DNAbinding protein, putative strong similarity to SAR DNA-binding protein-1 [Pisum sativum] GI:3132696; contains Pfam profile PF01798: Putative snoRNA binding domain At2g19570 cytidine deaminase -related At2g19180 expressed protein At2g40690 glycerol-3-phosphate dehydrogenase At2g18640 geranylgeranyl pyrophosphate synthase (GGPS2/GGPS5) (farnesyltranstransferase), putative similar to gi:1944371; contains GB:L22347 At2g26420 phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase -related At2g31140 expressed protein At2g38840 guanylate binding protein -related At2g06000 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At3g24780 hypothetical protein At3g28210 zinc finger protein (PMZ) -related identical to putative zinc finger protein (PMZ) GB:AAD37511 Gl:5006473 [Arabidopsis thaliana] At3g23730 xyloglucan endotransglycosylase, putative similar to xyloglucan endotransglycosylaserelated protein Gl:1244760 from [Arabidopsis thaliana] At3g17880 thioredoxin, putative similar to SP At4g07940 hypothetical protein At3g61400 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase, putative similar to 2A6 (GI:599622) and tomato ethylene synthesis regulatory protein E8 (SP At3g44580 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At3g48960 60S ribosomal protein L13 (RPL13C) 60S ribosomal protein L13 (BBC1), Arabidopsis thaliana, gb:X75162 At3g15130 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeat; At3g24840 phosphatidylinositol transfer protein -related similar to SEC14 CYTOSOLIC FACTOR (PHOSPHATIDYLINOSITOL/PHOSPHATIDYLCHOLINE TRANSFER PROTEIN) GB:P46250 from [Candida albicans] (Yeast (1996) N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R 12(11), 1097-1105) At3g01710 hypothetical protein At3g01930 expressed protein similar to nodule-specific protein NIj70 GB:AAC39500 [Lotus japonicus] At3g25810 myrcene/ocimene synthase, putative similar to GI:9957293; contains Pfam profile: PF01397 terpene synthase family At3g50460 hypothetical protein At3g29635 transferase family similar to anthocyanin 5-aromatic acyltransferase from Gentiana triflora GI:4185599, maloriyl CoA:anthocyanin 5-O-glucoside-6"-O- malonyltransferase from Perilla frutescens GI:17980232, Salvia splendens GI:17980234; contains Pfam pr? At4g31980 expressed protein EREBP-4 homolog, Arabidopsis thaliana _At4g32910 expressed protein At4g37170 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At4g33030 UDP-sulfoquinovose synthase (sulfite:UDP-glucose sulfotransferase) (sulfolipid biosynthesis protein) (SQD1) identical to gi:2736155 At4g04330 expressed protein At5g24500 expressed protein At5g48020 expressed protein At5g54660 expressed protein At5g44360 FADIinked oxidoreductase family similar to SP At5g46160 ribosomal protein L14p family At5g06540 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g37200 C3HC4-type zinc finger protein family low similarity to ring-H2 finger protein RHY1 a from Arabidopsis thaliana [gi:3790593], ring finger-H2 protein from Xenopus laevis [gi:13752371]; contains Pfam domain zinc finger, C3HC4 type (RING finger) PF00097 At5g63580 flavonol synthase, putative similar to SP At1g10230 E3 ubiquitin ligase SCF complex subunit SKP1/ASK1 (At18), putative E3 ubiquitin ligase; similar to Skpl homolog Skpla GI:3068807 [Arabidopsis thaliana] At2g35150 expressed protein At3g10740 glycosyl hydrolase family 51 similar to arabinoxylan arabinofuranohydrolase isoenzyme AXAH-II from GI:13398414 [Hordeum vulgare] At4g26840 ubiquitinlike protein (SMT3) identical to Ubiquitin-like protein SMT3 SP:P55852 from[Arabidopsis thaliana] At4g34210 E3 ubiquitin ligase SCF complex subunit SKP1/ASKI (At11), putative E3 ubiquitin ligase; similar to Skpl homolog Skpla GI:3068807 from [Arabidopsis thaliana] At4g13170 60S ribosomal protein L13A (RPL13aC) ribosomal protein L13a -Lupinus Iuteus, PlD:el237871 At4g25840 haloacid dehalogenase-like hydrolase family low similarity to SP At3g27050 expressed protein At1 g60095 jacalin lectin family contains similarity to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767; At4g18480 magnesium-chelatase, subunit chll, chloroplast (Mg-protoporphyrin IX chelatase) (CHLI) identical to SP At5g27060 disease resistance protein family contains leucine rich-repeat (LRR) domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; similar to Hcr2-OB [Lycopersicon N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR esculentum] gi At3g09410 pectinacetylesterase family similar to pectinacetylesterase precursor GB:CAA67728 [Vigna radiata]; contains Pfam profile: PF03283 pectinacetylesterase At1g11655 expressed protein g49800 hypothetical protein _At1 At1 g77610 glucose-6-phosphate/phosphate translocator-related similar to glucose-6- phosphate/phosphatetranslocators from [Mesembryanthemum crystallinum] Gl:9295277, [Solanum tuberosum] Gl:2997593, [Pisum sativum] GI:2997591; contains Pfam profile PF00892: Integ? At1 g 10380 expressed protein At1g02860 expressed protein contains similarity to peroxin-2 GI:6103008 from [Pichia pastoris] At1 828410 expressed protein At1 g77350 expressed protein At1 g64480 calcineurin B-like protein (CBL8) identical to calcineurin B-Iike protein 8 (GI:15866276) [Arabidopsis thaliana]; similar to CALCINEURIN B SUBUNIT GB:P25296 from [Saccharomyces cerevisiae] At1g16350 inosine-5'monophosphate dehydrogenase, putative strong similarity to SP At1g01880 hypothetical protein contains sirnilarity to DNA repair endonuclease GB:AAD47568 GI:5712619 from [Drosophila melanogaster] At1 g28100 expressed protein At1g79400 cation/proton exchanger, putative (CHX2) monovalent cation:proton antiporter family 2 (CPA2) member, PMID:11500563 At1g35650 UIp1 protease family PF02902: UIIp1 protease family, C-terminal catalytic domain; similarto At1g21020, At3g26530, At1g08760, At1g08740, At2g29240 At1 g28560 expressed protein At2g26870 phosphoesterase family low similarity to SP At2g13230 retroelement pal polyprotein -related _At2g40580 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At2g19700 hypothetical protein At3g62080 expressed protein At3g62320 hypothetical protein hypothetical protein At2g36110 Arabidopsis thaliana, EMBL:A0007135 At3g05340 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At3g47710 bHLH protein family At3g10160 dihydrofolate synthetase (dhfs) nearly identical to gi:17976757 At3g02630 acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase (stearoyl-ACP desaturase), putative similar to Acyl-[acylcarrier protein] desaturase from Sesamum indicum GI:575942, Cucumis sativus SP At3g08600 expressed protein At4g03560 two-pore calcium channel (TPC1) identical to two-pore calcium channel (TPC1) [Arabidopsis thaliana] gi At4g22640 expressed protein various predicted proteins, Arabidopsis thaliana At4g01570 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g13680 expressed protein similar to unknown protein (ref At5g17420 cellulose synthase, catalytic subunit (IRX3) identical to gi:5230423 At5g56850 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g61250 glycosyl hydrolase family 79 (endo-.beta-glucuronidase/heparanase) similar to N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R beta-glucuronidase GI:8918740 from [Scutellaria baicalensis] At5g67460 glycosyl hydrolase family 17 similar to beta-1,3-glucanase GI:6714534 from [Salix gilgiana] At5g36200 hypothetical protein similar to unknown protein (pir At5g54360 hypothetical protein At5g54150 hypothetical protein similar to unknown protein (pir At5g46870 RRM-containing protein similar to unknown protein (pir At5g48700 ubiquitin family contains INTERPRO:IPR000626 ubiquitin domain At5g23230 isochorismatase hydrolase family Iow similarity to SP At5g56040 leucine rich repeat protein kinase, putative contains leucine rich repeat (LRR) domains, Pfam:PF00560; contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At5g22870 hypothetical protein similar to unknown protein (gb At1g73760 RING zinc finger protein -related contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At3g23955 pseudogene, similar to hypothetical protein GB:AAD29066 At1 831090 hypothetical protein contains similarity to gi At1g14250 hypothetical protein At5g39480 F-box protein family contains Pfam:PF00646 F-box domain; similar to SKP1 interacting partner 2 (SKIP2) TIGR_Athl:At5g67250 Atl g23450 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At5g51280 DEAD-box protein abstrakt, putative At1 g74190 leucine rich repeat protein family contains leucine rich-repeat (LRR) domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; contains similarity to Cf-2.1 [Lycopersicon pimpinellifolium] gi At1g71830 protein kinase -related similar to receptor protein kinase GB:BAA11869 G1:1389566 from [Arabidopsis thaliana] g51160 expressed protein _At1 At1g17745 dehydrogenase (3-PGDH) identical to SP _D-3-phosphoglycerate At3g26310 cytochrome P450 family contains Pfam profile: PF00067 cytochrome P450 At1g69910 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1 g75850 vacuolor sorting protein 35 -related similar to vacuolar sorting protein 35 GB:AAF02778 GI:6049847 [Homo sapiens] At1g18750 MADS-box protein similar to horneodomain transcription factor (AGL30) GI:3461830 from [Arabidopsis thaliana] At5g47620 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein (hnRNP), putative At5g17820 peroxidase, putative identical to peroxidase ATP13a [Arabidopsis thaliana] gi At5g33370 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family II lipase EXL3 (GI:15054386), EXL1 (GI:15054382), EXL2 (GI:15054384) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: Lipase/Acylhydrolase with GDSL-like motif At2g39880 myb family transcription factor (MYE325) contains Pfam profile: PF00249 myb- like DNA-binding domain At2g20240 expressed protein At2g02220 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At2g44210 expressed protein Pfam profile PF03080: Arabidopsis proteins of unknown function At3g60150 hypothetical protein hypothetical protein F411.34 - Arabidopsis thaliana, PIR:T02408 At3g 12970 expressed protein At3g61910 No apical meristem (NAM) protein family no apical meristem (NAM) - Petunia N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R hybrida, EMBL:PHDNANAM At3g09030 expressed protein identical to GB:AAD56319 [Arabidopsis thaliana] At3g02250 auxin-independent growth promoter -related similar to auxin-independent growth promoter GB:A44226 [Nicotiana tabacum] At4g10040 cytochrome c several plant cytochrome c (for instance cucurbit, PIR1:CCPU) At4g23380 hypothetical protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At4g23110 hypothetical protein _At4g13990 hypothetical protein At5g54130 calcium-binding EF-hand family protein contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain At5g43670 protein transport protein SEC23 At5g59800 hypothetical protein At5g12270 oxidoreductase, 2OG-Fe(II) oxygenase family similarity to ripening protein E8, tomato, PIR:S01642; contains Pfam domain PF03171, 2OG-Fe(ll) oxygenase superfamily At5g16530 auxin efflux carrier protein family contains auxinefflux carrier domain, Pfam: PF03547 At4g35410 clathrin assembly protein AP19 homolog At4g03916 hypothetical protein low similarity to SP At2g14960 auxin-regulated protein -related At2g15000 expressed protein At2g16390 SNF2 domain/helicase domain-containing protein low similarity to RAD54 [Drosophila melanogaster] GI:1765914; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain Atl g51150 DegP protease contains similarity to DegP2 protease GI:13172275 from [Arabidopsis thaliana] At1g66180 expressed protein At3g60830 actin - like protein actin 3, Drosophila melanogaster, PIR:A03000 At2g21770 cellulose synthase, catalytic subunit, putative similar to gi:2827141 cellulose synthase catalytic subunit, Arabidopsis thaliana (Ath-A) AtCg00700 psbN: photosystem Il protein N Atl g09240 nicotianamine synthase, putative similar to nicotianamine synthase [Lycopersicon esculentum][GI:4753801], nicotianamine synthase 2 [Hordeum vulgare][GI:4894912] Atl g55120 glycosyl hydrolase family 32 identical to beta-fructofuranosidase GI:6683112 from [Arabidopsis thaliana] Atl g77100 peroxidase, putative similar to cationic peroxidase [Arachis hypogaea] gi At1g68380 expressed protein Atl g53625 expressed protein Atl g27060 hypothetical protein contains Pfam profile:PF00415 Regulator of chromosome condensation (RCC1) (7 copies) At1g59530 bZIP protein similar to G-box bincling factor 1 GI:16286 from (Arabidopsis thaliana) At5g26780 glycine hydroxymethyltransferase - like protein glycine hydroxymethyltransferase, Solanum tuberosum, EMBL:Z25863 Atl 822910 RNA recognition motif (RRM) containing protein contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM); similar to GB:AAC33496 Atl g 13500 hypothetical protein At2g35980 harpin-induced protein 1 family (HIN1) similar to harpin-induced protein hin1 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R GI:1619321) [Nicotiana tabacum] At3g17200 hypothetical protein similar to potential non-LTR retroelement reverse transcriptases At1g42460 UIp1 protease family contains Pfam profile PF02902: UIp1 protease family, C- _ terminal catalytic domain At3g24830 60S ribosomal protein L13A (RPL13aB) similar to 60S RIBOSOMAL PROTEIN L13A GB:P35427 from [Battus norvegicus] _ DNA-binding protein, putative similar to DNA-binding protein [Triticum At3g15590 aestivum] GI:6958202; contains Pfam_profile: PF01535 PPR repeat At3g45090 expressed protein 2-phosphoglycerate kinase - Methanococcus jannaschii, PIR:A64485 At4g35510 expressed protein At3g09670 PWWP domain protein At3g20730 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats _ protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains At3g44200 serine/threonine protein kinase domain, INTERPRO:IPR002290 At3g11310 hypothetical protein At3g59180 hypothetical protein At4g09350 DnaJ protein family similar to SP At4g36840 Kelch repeat-containing protein contains Pfam profile PF01344: Kelch motif At4g12850 hypothetical protein stong similarity only to other predicted proteins from Arabidopsis and tomato _ expressed protein At5g39880 At5g45070 disease resistance protein (TIR class), putative domain signature TIR exists, suggestive of a disease resistance protein. At5g49480 sodium-inducible calcium-binding protein identical to NaCIinducible Ca2± binding protein GI:2352828 from [Arabidopsis thaliana At5g53290 AP2 domain transcription factor, putative contains similarity to pathogenesis- related genes transcriptional activator At5g67490 expressed protein At5g58860 cytochrome P450 86A1 identical to Cytochrome P450 86A1 (CYPLXXXVI) (P450-dependent fatty acid omegahydroxylase) (SP:P48422) [Arabidopsis thaliana] At5g24680 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g16070 chaperonin, putative similar to SWISS-PROT:P80317 T-complex protein 1, zeta subunit (TCP-1zeta) [Mus musculus]; contains Pfam:PF00118 domain, TCP-1/cpn60 chaperonin family At5g22060 DnaJ protein, putative strong similarity to SP At5g48710 ubiquitin family contains INTERPRO:IPR000626 ubiÉ uitin domain At5g47660 expressed protein contains similarit roto DNA-bindinÉ protein GT At1 g35310 Bet v I allergen family similar to Csf-2 [Cucumis sativus][GI:5762258][J Am Soc _ Hortic Sci 124, 136-139 (1999)] ; contains Pfam profile PF00407: Pathogenesis-related protein Bet v I family At3g52680 F-box protein family contains F-box dlomain Pfam:PF00646 At4g16140 proline-rich protein family contains proline-rich extensin domains, INTERPRO:IPR002965 At1g51175 pseudogene, similar to polyprotein (gypsy_Ty3-element) [Sorghum bicolor] (GB:AAD19359) At2g35170 expressed protein At1 g52580 membrane protein, Rhomboid farnily contains PFAM domain PF01694, N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R Rhomboid family At2g23300 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At4g03680 hypothetical protein At5g36070 hypothetical protein strong similarity to unknown protein (emb At5g49780 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At2g36010 E2FA transcription factor At1g57800 expressed protein similar to putative zinc finger protein GI:7267501 from [Arabidopsis thaliana] At1g37150 biotin holocarboxylase synthetase -related similar to biotin holocarboxylase synthetase GI:4874309 from [Arabidopsis thaliana] contains non-consensus GG acceptor splice sites. At1g79710 hypothetical protein similar to hypothetical protein GB:AAC12874 [Synechococcus PCC7942] At1g73340 cytochrome P450 family similar to Cytochrome P450 90A1 (SP:Q42569) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile: PF00067 cytochrome P450 At1g26260 bHLH protein similar to bHLH transcription factor GBOF-1 GI:5923912 from [Tulipa gesneriana] At1 g44160 DnaJ protein family contains Pfam profile PF01556: DnaJ C terminal region At1 g16420 hypothetical protein common family similar to At5g04200, At1 g79340, At1g79320, At1g79310, At1g79330; similar to latex-abundant protein [GI:4235430][Hevea brasiliensis] At1 g71810 expressed protein At5g47635 expressed protein At2g33310 auxin- responsive protein IAA13 (Indoleacetic acid-induced protein 13) identical to SP At2g22100 RRM-containing RNA-binding protein At2g15490 glucosyltransferase -related At2g04380 hypothetical protein At2g01430 homeodomain-leucine zipper protein ATHB-17 (HD-Zip transcription factor Athb-17) identical to (GI:18857716) homeodomain-leucine zipper protein ATHB-17 (GI:18857716) [Arabidopsis thaliana] At3g45680 transporter protein -related peptide transport protein - Hordeum vulgare, PIR:T04378 _At3g62680 proline-rich protein family contains proline-rich region, INTERPRO:IPR000694 At3g57430 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At3g22180 DHHC-type zinc finger domain-containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain At3g21465 adenyl cyclase -related similar to adenyl cyclase GB:AAB87670 from [Nicotiana tabacum] At3g23630 expressed protein contains Pfam profile: PF01715 IPP transferase At3g19770 expressed protein At3g55580 regulator of chromosome condensation-related protein UVB-resistance protein UVR8, Arabidopsis thaliana, EMBL:AF130441 At4g30900 expressed protein At4g 16420 transcriptional adaptor like protein At1g19490 bZIP protein Atl g47705 pseudogene, putative peroxidase similar to peroxidase GB:P00434 GI:464365 from [Brassica rapa] At1g10870 ARF GTPase-activating domain-containing protein At1g07250 g lycosyltransferase family similar to UDP-glucose glucosyltransferase N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R GI:453245 from [Manihot esculenta] At1g64105 No apical meristem (NAM) protein family contains Pfam PF02365: No apical meristem (NAM) domain At1g58450 FKBP-type peptidylprolyl isomerase family similar to rof1 from (Arabidopsis thaliana) GI:1373396, GI:1354207; contains Pfam profile PF00515 TPR Domain At5g33402 retroelement pol polyprotein -reiated temporary automated functional assignment At1g60800 receptor-related kinase similar to somatic embryogenesis receptor-like kinase GI:2224910 from [Daucus carota] At2g32140 disease resistance protein (TIR clans), putative domain signature TIR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g33090 hypothetical protein At2g47280 pectinesterase family contains Pfam profile: PF01095 pectinesterase At2g41020 expressed protein At2g34800 hypothetical protein At2g44310 calcium-binding EF-hand family protein contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain At2g41450 GCN5-related N-acetyltransferase (GNAT) family Iow similarity to Swift [Xenopus laevis] Gl:14164561; contains Pfam profiles PF00583: acetyltransferase, GNAT family, PF00533: BRCA1 C Terminus (BRCT) domain At3g23175 expressed protein supported by RACE -based full-length cDNA validates this gene structure. (Brassica genome sequence alignment supported. Work by cdtown, et al.) At3g42780 hypothetical protein hypothetical protein MZB10.16 - Arabidopsis thaliana, EMBL:AC009326 At3g20840 ovule development protein, putative similar to ovule development protein AINTEGUMENTA (GI:1209099)[Arabidopsis thaliana] At4g36750 quinone reductase family similar to 1,4-benzoquinone reductase [Phanerochaete chrysosporium][GI:4454993]; similar to Trp repressor binding protein [Escherichia coli][SP At4g29000 transcription factor - related legherroglobin activating factor - Glycine max, PID:el374538 At5g22420 acyl CoA reductase-related protein At5g60610 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At5g01370 hypothetical protein _At5g03960 calmodulin-binding protein - related At5g52050 MATE efflux protein related contains Pfam profile PF01554: Uncharacterized membrane protein family É At5g03160 expressed protein P58 protein, Bos primigenius taurus, PIR:A56534 At5g66970 hypothetical protein contains similarity to signal recognition particle 54 K protein At5g65290 expressed protein At5g60670 60S ribosomal protein L12 (RPL12C) 60S RIBOSOMAL PROTEIN L12 (like), Arabidopsis thaliana, PIR:T45883 At2g40150 expressed protein At4g29430 40S ribosomal protein S15A (RPS15aE) ribosomal protein S15a - Brassica napus,PIR2:S20945 At2g12700 hypothetical protein similar to GB:AAD23022 At4g05520 calcium-binding EF-hand family protein similar to EH-domain containing N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R protein 1 from {Mus musculus} SP At3g24020 disease resistance response protein-related contains similarity to disease resistance response protein 206-d [Pisum sativum] gi _At5g63690 hypothetical protein At2g29290 short-chain dehydrogenase/reductase family protein (tropinone reductase, putative) similar to tropinone reductase SP:P50165 from [Datura stramonium] At2g25130 expressed protein contains Pfam profile: PF00514 Armadillo/beta-catenin-like repeat At1g67850 F12A21.2 hypothetical protein At3g46670 glucosyltransferase-related protein UDP- glucose glucosyltransferase - Arabidopsis thaliana, EMBL:AB016819 At4g18010 inositol polyphosphate 5-phosphatase II (IP5PII) nearly identical to inositol polyphosphate 5-phosphatase II [Arabidopsis thaliana] GI:10444263 isoform contains an AT-acceptor splice site at intron 6 At1g80480 expressed protein contains Viral RNA helicase domain Tableau II: N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g54400 nucleoid DNA-binding - like protein nucleoid DNA-binding protein cnd4l, chloroplast, common tobacco, PIR:T01996 At2g 15570 thioredoxin M-type 3, chloroplast precursor (TRX-M3) identical to SP trnY&trnE At5g66140 20S proteasome alpha subunit D2 (PAD2) (gb At2g40510 40S ribosomal protein S26 (RPS26A) At1 g80300 adenine nucleotide translocase identical to adenine nucleotide translocase GB:Z49227 [Arabidopsis thaliana] (FEBS Lett. 374 (3), 351-355 (1995)) At1g17260 ATPase 10, plasma membrane-type (proton pump 10) (proton-exporting ATPase) , putative strong similarity to SP At4g15440 hydroperoxide Iyase (HPOL) like protein At4g22260 alternative oxidase, putative (IMMUTANS) identical to IMMUTANS from Arabidopsis thaliana [gi:4138855]; contains Pfam profile PF01786 alternative oxidase At3g27690 Iight harvesting chlorophyll A/B binding protein, putative similar to chlorophyll A- B binding protein 151 precursor (LHCP) GB:P27518 from [Gossypium hirsutum] At3g56690 calmodulinbinding protein identical to calmodulin-binding protein GI:6760428 from [Arabidopsis thaliana] At3g15640 cytochrome c oxidase subunit Vb -related similar to cytochrome oxidase IV GB:223590 [Bos taurus]; contains Pfam profile: PF01215 cytochrome c oxidase subunit Vb At3g48425 endonuclease/exonuclease/phosphatase family similar to SP At2g31670 expressed protein _At4g26670 expressed protein At1g06380 expressed protein similar to hypothetical protein GI:6598642 from [Arabidopsis thaliana] At4g11960 hypothetical protein hypothetical protein F7H19.70 - Arabidopsis thaliana, PID:e1310057 At1 g78620 expressed protein At3g48730 glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminornutase 2 (GSA 2) (glutamate-1- N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R semialdehyde aminotransferase 2) (GSA-AT 2) identical to GSA2 [SP At5g63570 glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase 1 (GSA 1) (glutamate-1semialdehyde aminotransferase 1) (GSA-AT 1) identical to GSA 1 [SP At3g44780 hypothetical protein At4g28660 photosystem II protein W - like photosystem II protein W, Porphyra purpurea, PIR2:S73268 At5g44020 vegetative storage protein-related At1g12170 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g46768 AP2 domain protein RAP2.1 identical to AP2 domain containing protein RAP2.1 GI:2281627 from [Arabidopsis thaliana] At1g13620 hypothetical protein At1g77720 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1 g35530 DEAD/DEAH box helicase, putative low similarity to RNA helicase/RNAseIII CAF protein [Arabidopsis thaliana] GI:6102610; contains Pfam profiles PF00270: DEAD/DEAH box helicase, PF00271: Helicase conserved C-terminal domain At1g55570 pectinesterase (pectin methylesterase) family similar to pectinesterase [Lycopersicon esculentum][GI:1944575]; nearly identical to pollen-specific BP10 protein [SP Atlg14000 protein kinase -related At1 g35500 hypothetical protein Atlg21170 hypothetical protein At1g72330 alanine aminotransferase, Éutative similar to alanine aminotransferase 2 SP At1 g18040 cell division protein kinase, putative sirnilar to cell division protein kinase 7 [Homo sapiens] SWISS-PROT:P50613 At1g08340 rac GTPase activating protein -related similar to rac GTPase activating protein 1 G1:3695059 from [Lotus japonicus] At1 827260 hypothetical protein At4g38620 transcription factor (MYB4) -related At2g47460 myb family transcription factor similar to myb-related DNAbinding protein GI:1020155 from [Arabidopsis thalianq] At2g18010 auxininduced (indole-3-acetic acid induced) protein family similar to auxininduced protein TGSAUR22 (GI:10185820) [Tulipa gesnerian] ;similar to indole- 3-acetic acid induced Érotein ARG7 SP:P32295) [Phaseolus aureus] _At2g36840 ACT domain-containing protein contains Pfam.rofile ACT domain PF01842 At2g37080 myosin heavy chain -related At2g31280 expressed protein At3g57380 expressed protein hypothetical protein T32G6.16 -Arabidopsis thaliana, PIR:T00820 At3g57250 hypothetical protein At3g51470 protein phosphatase 2C (PP2C), putative protein phosphatase-2C, Mesembryanthemum crystallinum, EMBL:AF075580 At3g45990 actin depolymerising like protein Actin depolymerising factor 2, Arabidopsis thaliana, EMBL:ATU48939 At3g47970 hypothetical protein At4g23780 hypothetical protein Arabidopsis hypothetical proteins At3g20350 expressed protein At4g27620 expressed protein At4g29700 nucleotide pyrophosphatase -related protein nucleotide pyrophosphatase, Oryza sativa, gb:T03293 At4g36900 AP2 domain protein RAP2.10 Identical to GP:2632063 and GP:7270639 [Arabidopsis thaliana] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At4g02150 importin alpha-2 subunit identical to importin alpha-2 subunit (Karyopherin alpha- 2 subunit) (KAP alpha) SP:004294 from [Arabidopsis thaliana] At5g03310 auxin-induced (indole-3-acetic acid induced) protein family similar to indole-3- acetic acid induced protein ARG7 (SP:P32295) [Vigna radiata] At5g 16730 expressed protein predicted proteins Arabidopsis thaliana and Oryza sativa At5g37450 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At5g47520 GTP-binding protein, putative similar to GTP-binding protein RABI 1J GI:1370160 from [Lotus japonicus] At5g51360 hypothetical protein At2g37640 expansin, putative (EXP3) identical to Alpha-expansin 3 precursor (At- EXP3) [Arabidopsis thaliana] SWISS-PROT:080932; alpha-expansin gene family, PMID:11641069 At2g18040 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase -related similar to ESS1 (S. cerevisiae) and dodo (D.melanogaster.) At4g39690 expressed protein At5g38480 14-3-3 protein GF14 psi (grf3/RCI1) identical to 14-3-3 protein GF14 psi GI:1168200, SP:P42644 At2g11930 pseudogene, hypothetical protein and genefinder At1g53730 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase 1, putative similar to GI:3360289 from [Zea mays] (Plant Mol. Biol. 37 (5) , 749-761 (1998)) At1g61580 60S ribosomal protein L3 (RPL3B) identical to ribosomal protein GI:806279 from [Arabidopsis thaliana] At1g30450 cationchloride cotransporter, putative similar to cation-chloride cotransporter GB:AAC49874 GI:2582381 from [Nicotiana tabacum], CationChloride Cotransporter (CCC) Family Member, PMID:11500563 At1g76110 expressed protein At1 g17880 transcription factor -related similar to transcription factor BTF3 homolog G1:2982299 from [Picea mariana] At1g04880 expressed protein At1 g54490 exonuclease -related similar to 5'3' exonuclease GI:1894792 from [Mus musculus] At2g31320 poly (ADP-ribose) polymerase -relatecl At2g38500 expressed protein _At2g02180 TOM3 protein annotation temporarily based on supporting cDNA gi _At2g16860 expressed protein At4g31980 expressed protein EREBP-4 homolog, Arabidopsis thaliana At3g15700 hypothetical protein similar to N-term of NBS/LRR disease resistance protein GB:AAC26125 [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile: PF00931 NB-ARC domain At3g21933 pseudogene contains Pfam profile: PF'01657 Domain of unknown function At3g17470 calcium-binding EF- hand family protein contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain At3g60520 expressed protein At3g08560 vacuolar ATP synthase subunit E -related similar to vacuolar ATP synthase subunit E GB:Q39258 [Arabidopsis thaliana] At3g53330 plastocyanin-like domain containing protein similar to mavicyanin SP:P80728 from [Cucurbita pepo] At4g15040 subtilisin-like serine protease contains similarity to prepro-cucumisin GI:807698 from [Cucumis melo] At4g10740 hypothetical protein At4g37130 proline-rich protein-related N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g37690 lipase family similar to family II lipase EXL3 (G1:15054386), EXL1 (GI:15054382), EXL2 (GI:15054384) [Arabidopsis thaliana] At5g46000 jacalin lectin family similar to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] G1:2997767; contains Pfam profile PF01419 jacalinlike lectin domain At5g54310 ARF GAP-like zinc finger-containing protein (ZIGA3) almost identical to ARF GAP-like zinc finger-containing protein ZIGA3 GI:10441352 from [Arabidopsis thaliana] At5g15490 UDP-glucose dehydrogenase-related protein UDP-glucose 6-dehydrogenase - Glycine max, EMBL:U53418 At4g13510 ammonium transport protein (AMT1) At4g02630 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains serine/threonine protein kinase domain, INTERPRO:IPR002290 At1 g56100 hypothetical protein At1g74150 Kelch repeat-containing protein low sirnilarity to rngB protein, Dictyostelium discoideum, PIR:S68824; contains Pfam profile PF01344: Kelch motif At1 g69770 chromomethylase related similar to chromomethylase GB:AAB95486 [Arabidopsis arenosa] At3g30810 hypothetical protein At5g18620 DNA-dependent ATPase, putative similar to DNA-dependent ATPase SNF2H [Mus musculus] GI:14028669; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF00249: Myb-like DNA-binding domain At1g62050 expressed protein At3g25940 expressed protein At1 g80050 adenine phosphoribosyltransferase alrnost identical to adenine phosphoribosyltransferase GI:1402894 from [Arabidopsis thaliana] At1g59312 hypothetical protein At1g64960 expressed protein At1g03370 C2 domain/GRAM domain-containing protein low similarity to SP At1 803590 protein phosphatase 2C (PP2C) similar to GB:AAB97706 At4g17910 hypothetical protein predicted protein, Saccharomyces cerevisiae, PIR2:S56868 At2g33580 protein kinase -related contains a protein kinase domain profile (PD0000100) At2g44190 expressed protein At2g18480 mannitol transporter, putative similar to mannitol transporter [Apium graveolens var. dulce] GI:12004316; contains Pfam profile PF00083: major facilitator superfamily protein At2g46310 AP2 domain transcription factor, putative At3g09600 myb family transcription factor contains Pfam profile: PF00249 myb-like DNAbinding domain At3g26090 expressed protein At3g13224 RNA recognition motif (RRM) - containing protein contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM) At3g54220 scarecrow transcription factor (SCR) At3g61510 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase (ACC synthase) , putative similar to ACC synthases from Citrus sinensis [GI:6434142], Cucumis miel() [GI:695402], Cucumis sativus [GI:3641645] At3g46020 RNAbinding protein, putative similar 1:o Cold-inducible RNA-binding protein (Glycine-rich RNA-binding protein CIRP) from {Homo sapiens} SP At4g28780 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family Il lipase EXL3 (Gl:15054386), EXL1 (GI:15054382), EXL2 (GI:15054384) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: Lipase/Acylhydrolase with GDSLlike N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R motif _ pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile At4g13650 PF01535: PPR repeat At4g09580 expressed protein hypothetical protein - Arabidopsis thaliana,PIR2:B71448 At5g04220 C2 domain-containing protein GC donor splice site at exon 3; similar to Ca2±dependent lipidbinding protein (CLB1) GI:2789434 from [Lycopersicon esculentum] At5g18240 transfactor-related Érotein At4g10020 short-chain dehydrogenase/reductase family protein similar to sterol-binding dehydrogenase steroleosin G1:15824408 from [Sesamum indicum] At5g20730 auxin response transcription factor (ARF7) identical to auxin response factor 7 GI:4104929 from [Arabidopsis thaliana] At5g65630 bromodomain- containing protein similar to 5.9 kb fsh membrane protein [Drosophila melanogaster] G1:157455; contains Pfam profile PF00439: Bromodomain At1g78300 14-3-3 protein GF14 omega (grf2) identical to GF14omega isoform GI:487791 from [Arabidopsis thaliana] At1g61960 expressed protein similar to hypothetical protein GI:5541664 from [Arabidopsis thaliana] At2g14630 hypothetical protein contains Pfam profile PF03004: Plant transposase (Ptta/En/Spm family) At5g16230 acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase (stearoyl-ACP desaturase), putative similar to Acyl-[acyl-carrier protein] desaturase from Spinacia oleracea SP Atl g22170 expressed protein contains similarity to phosphoglycerate mutases At4g08320 tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein glutamine-rich tetratricopeptide repeat (TPR) containing protein (SGT) - Rattus norvegicus,PID:e1285298 (SP _At5g49500 SRP54 (signal recognition particle 54 KDa) protein At3g49400 transducin / WD-40 repeat protein family contains 4 WD-40 repeats (PF00400); low similarity (47%) to Agamous-like MADS box protein AGL5 (SP:P29385) {Arabidopsis thaliana} Atl g22210 trehalose-6-phosphate phosphatase, putative similar to trehalose-6- phosphate phosphatase (AtTPPB) GI:2944180 from [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF02358: Trehalose-phosphatase _At1g68935 expressed protein At1g24625 zinc finger protein 7, ZFP7 AtlgO8100 high-affinity nitrate transporter ACH2 identical to GB:AAC35884 from [Arabidopsis thaliana] (Plant J. 17 (5), 563-568 (1999)) Atl g71750 hypoxanthine ribosyl transferase -related similar to hypoxanthine ribosyl transferase GB:AAC46403 GI:2689037 from [Vibrio parahaemolyticus] At4g38240 alpha-1,3- mannosyl-glycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase, putative similar to N-acetylglucosaminyltransferase I from Arabidopsis thaliana [gi:5139335]; contains AT-AC non-consensus splice sites at intron 13 At5g59613 expressed protein At2g19000 expressed protein At3g02810 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g09080 transducin / WD-40 repeat protein family contains 8 WD-40 repeats; similar to JNK-binding protein JNKBPI (GP:6069583) [Mus musculus] At3g06160 transcriptional factor B3 family contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At3g61450 syntaxin of plants 73 (SYP73) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At3g12540 hypothetical protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At3g26800 hypothetical protein At3g15510 No apical meristem (NAM) protein family contains Pfam PF02365: No apical meristem (NAM) domain; similar to jasmonic acid 2 GB:AAF04915 from [Lycopersicon esculentum] At3g56790 hypothetical protein hypothetical protein F27K19.110 -Arabidopsis thaliana, PIR:T49205 At4g15890 expressed protein At4g09510 neutral invertase like erotein Daucus carota mRNA, PID:e1372926 At5g58000 expressed protein similar to unknown protein (gb At5g39790 expressed protein 5'-AMP-ACTIVATED PROTEIN KINASE, BETA-1 SUBUNIT, pig, SWISSPROT:AAKB_PIG At5g53210 bHLH protein family contains similarity to helix-loop-helix DNA-binding protein At5g51030 short-chain dehydrogenase/reductase family protein contains INTERPRO family IPR002198 short chain dehydrogenase/reductase SDR family At5g05190 expressed protein similar to unknown protein (emb At3g12600 MutT/nudix family protein contains Pfam profile PF00293: NUDIX domain At3g54180 cell division control protein 2 homolog 13 (CDC2B) identical to cell division control protein 2 homolog B [Arabidopsis thaliana] SWISS-PROT:P25859 At2g33530 serine carboxypeptidase -related At3g09110 hypothetical protein At4g27130 translation initiation factor At1 g60220 Ulp1 protease family contains Pfam profile PF02902: Ulp1 protease family, C- terminal catalytic domain At1 849140 NADH-ubiquinone oxidoreductase 12 kD subunit - related annotation temporarily based on supporting cDNA gi At1 g52700 hypothetical protein contains similarity to lysophospholipase GI:1552244 from [Rattus norvegicus] At4g39430 hypothetical protein At4g35600 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At2g18980 peroxidase, putative identical to peroxidase ATP22a [Arabidopsis thaliana] gi At2g27410 hypothetical protein At2g14520 CBS domain containing protein contains Pfam profiles PF00571: CBS domain, PF01595: Domain of unknown function At2g19190 light repressible receptor protein kinase, putative similar to light repressible receptor protein kinase [Arabidopsis thaliana] gi At2g 18070 hypothetical protein At2g41970 protein kinase, putative similar to Pto kinase interactor 1 (serine/threonine protein kinase) [Lycopersicon esculentum] gi At3g28030 UV hypersensitive protein (UVH3) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At3g56490 protein kinase C inhibitor-related protein protein kinase C inhibitor Zea mays, PIR:S45368 At3g29280 hypothetical protein At3g15310 expressed protein At3g29570 hypothetical protein At4g00770 expressed protein At4g38270 glycosyltransferase family 8 contains Pfam profile: PF01501 glycosyl transferase family 8 At4g11930 hypothetical protein At4g36560 hypothetical protein At4g08470 mitogen- activated protein kinase, putative similar to mitogen-activated protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R kinase [Arabidopsis thaliana] gi At4g40000 proliferating-cell nucleolar antigen - like protein proliferating-cell nucleolar antigen,Saccharomycescerevisiae, PIR2:S45758 At4g04180 vesicle transfer ATPase related At5g53710 expressed protein At5g03890 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g22510 alkaline/neutral invertase At5g48660 hypothetical protein contains similarity to unknown protein (gb At5g47280 disease resistance protein (NBS-LRR class), putative domain signature NBS- LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g47580 small nuclear ribonucleoprotein (spiiceosomal protein) U1A identical to GB:Z49991 U1snRNP-specific protein [Arabidopsis thaliana] At2g18240 integral membrane protein -related At1g31300 expressed protein similarto hypothetical protein GB:AAF24587 GI:6692122 from [Arabidopsis thaliana] At3g59530 strictosidine synthase-related similar to strictosidine synthase [Rauvolfia serpentina][SP At4g29600 cytidine deaminase 7 At1g67460 hypothetical protein At3g06560 poly(A) polymerase related similar to polynucleotide adenylyltransferase GB:S17875 from [Bos taurus] (Nature (1991) 353 (6341), 229-234) At2g42030 C3HC4-type zinc finger protein family contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At1g22630 _ auxin-regulated protein At3g42600 hypothetical protein At2g29340 short-chain dehydrogenase/reductase family protein similar to tropinone reductase-1 GI:424160 from [Datura stramonium] At1g22600 seed maturation protein PM27 -relateci similar to seed maturation protein PM27 GI:4836403 from [Glycine maxi At1g72960 root hair defective -related similar to root hair defective 3 GI:1839188 from [Arabidopsis thaliana] At1 g24530 transducin / WD-40 repeat protein family similar to Vegetatible incompatibility protein HET-E-1 (SP:Q00808) {Podospora anserina}; contains 7 WD-40 repeats (PF00400) At1 g61370 receptor protein kinase (IRK1) -relateci similar to receptor protein kinase (IRK1) GI:836953 from [Ipomoea trifida] At1 875620 hypothetical protein At4g19420 pectinacetylesterase family contains Pfam profile: PF03283 pectinacetylesterase At5g27150 sodium proton exchanger (NHX1) identical to Na+/H+ exchanger [Arabidopsis thaliana] gi At2g06005 expressed protein At2g44170 N-myristoyltransferase -related At3g63240 endonuclease/exonuclease/phosphatase family similar to inositol polyphosphate 5-phosphatase I (GI:10444261) and Il (GI:10444263) [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF03372: Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family At3g25890 AP2 domain transcription factor, putative At3g62190 DnaJ protein family similar to SP At4g04840 expressed protein similar to transcriptional regulator At4g35540 hypothetical protein transcription factor IIIB chain BRF1, Saccharomycescerevisiae, PIR2:A44072 At4g28000 hypothetical protein MSP1, Saccharomyces cerevisiae, PIR2:A49506 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At4g01760 CHP-rich zinc finger protein, putative similar to Tl 5B16.10 similar to A. thaliana CHP-rich proteins encoded by T1 0M13, GenBank accession number AF001308 At5g52850 pentatricopeptide (PPR) repeatcontaining protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At5g15040 hypothetical protein predicted proteins, Arabido 'sis thaliana At5g50870 ubiquitin-conjugating enzyme, putative strong similarity to ubiquitin conjugating enzyme [Lycopersicon esculentum] Gl:886679; contains Pfam profile PF00179: Ubiquitin-conjugating enzyme At5g55430 hypothetical protein At5g06340 diadenosine 5',5"-P1,P4-tetraphosphate hydrolase, putative similar to diadenosine 5',5"'-P1,P4-tetraphosphate hydrolase from [Lupinus angustifolius] Gl:1888557, [Hordeum vulgare subsp. vulgare] GI:2564253; contains Pfam profile PF00293: NUDIX domai? At4g37020 expressed protein At5g43380 serine/threonine protein phosphatase type on(TOPP7) At4g07720 hypothetical protein At2g02840 hypothetical protein At1g67150 hypothetical protein At1g55830 expressed protein At1 g21480 Exostosin family contains Pfam profile: PF03016 Exostosin family At1g71080 expressed protein At2g11200 F-box protein family At2g38270 expressed protein At2g05400 expressed protein At2g23470 expressed protein At3g30380 hypothetical protein contains Pfam profile: PF00561 alpha/beta hydrolase fold At3g17850 protein kinase, putative similar to IRE (incomplete root hair elongation) [Arabidopsis thaliana] gi At3g29190 terpene synthase/cyclase family contains Pfam profile: PF01397 terpene synthase family At4g21840 expressed protein CGI-131 protein, Homo sapiens, AF151889 At5g57220 cytochrome P450, putative similar to Cytochrome P450 (SP:065790) [Arabidopsis thaliana]; Cytochrome P450 (GI:7415996) [Lotus japonicus] At5g17770 NADH-cytochrome b5 reductase identical to NADH- cytochrome b5 reductase [Arabidopsis thaliana] GI:4240116 At5g49430 transducin / WD-40 repeat protein family similar to WD-repeat protein 9 (SP:Q9NSI6) {Homo sapiens}; contains Pfam PF00400: WD domain, G-beta repeat (4 copies) At5g59640 serine/threonine-specific protein kinase - like putative protein serine /threonine kinase, Sorghum bicolor, EMBL:SBRLK1 At5g06270 B-type cyclin -related similar to B-type cyclin Gl:849074 from [Nicotiana tabacum] At5g65070 MADS-box protein At5g01780 oxidoreductase, 20G-Fe(II) oxygenase family low similarity to alkB protein - Escherichia coli, PIR:BVECKB, alkB [Caulobacter crescentus] [GI:2055386]; contains Pfam domain PF03171 20G-Fe(II) oxygenase superfamily At5g15370 hypothetical protein At5g42910 ABA-responsive element binding protein, putative _At4g34060 hypothetical protein At3g42480 hypothetical protein hypothetical proteins - Arabido 'sis thaliana _At4g24530 PsRT17-1 like protein PsRT17-1, Pisum sativum (pea), PATX:G1778376 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At2g27280 hypothetical protein At1 g22720 WAK-like kinase (WLK) contains similarity to serine/threonine kinase gb At4g04400 hypothetical protein contains Pfam profile PF03384: Drosophila protein of unknown function, DUF287 At2g46740 FAD-linked oxidoreductase family strong similarity to At1g32300, At5g56490, At2g46750, At2g46760; contains PF01565: FAD binding domain At1 g62630 disease resistance protein (CC-NBS-LRR class), putative domain signature CC- NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g13900 CHP-rich zinc finger protein, putative At4g28630 ABC transporter family protein identical to half-molecule ABC transporter ATM1 GI:9964117 from [Arabidopsis thaliana] At1 g31320 lateral organ boundaries (LOB) domain family similar to lateral organ boundaries (LOB) domain-containing proteins from Arabido.sis thaliana At1g24200 hypothetical protein similar to hypothetical protein, GB:AAB61107 At1 g04070 expressed protein Contains similarity to hypothetical mitochondrial import receptor subunit gb Z98597 from S. pombe. ESTs. b At1 g72810 threonine synthase, putative strong similarity to SP At1g10522 expressed protein At1g78100 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1 g68720 deaminase -related similar to cytidine/deoxycytidylate deaminase family protein GB:AAF73539 GI:8163170 from Chlamydia muridarum] At1g11220 expressed protein contains similarity to cotton fi ber expressed protein GB:AAC33276 from [Gossypium hirsutum] At1g73970 expressed protein At1g66840 hypothetical protein At1 801650 expressed protein At2g26310 expressed protein and grail At2g22290 GTP- binding protein, putative similar to GTP-binding protein GI:550072 from [Homo sapiens] At2g45280 RAD51C DNA repair protein -related At3g05460 expressed protein At3g52900 expressed protein chromosome assembly protein homolog, Aquifex aeolicus, PIR:B70356 At4g04360 hypothetical protein At4g26850 expressed protein At2943970 VirF-interacting protein FIP1 At5g44870 disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative domain signature TIR- NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance.rotein. _ expressed protein similar to unknown protein (pir At5g47550 At5g39360 expressed protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At3g19980 protein phosphatase similar to serine/threonine protein phosphatase GB:Z47076 GI:1143510 [Malus domestica] At3g42220 transposase -like protein putative transposase protein Shooter, Zea mays, EMBL:AF136220 _ DNA topoisomerase [ATP-hydrolyzing] (DNA topoisomerase II/DNA gyrase), At3g10270 putative similar to SP At1g24090 RNase H domain-containing protein very low similarity to GAG-POL precursor [Oryza sativa (japonica cultivar-group)] GI:5902445; contains Pfam profiles PF00075: RNase H, PF04134: Protein of unknown function, DUF393 At1 g08260 DNA polymerase epsilon catalytic subunit -related similar to DNA polymerase epsilon catalytic subunit GI:5565875 from [Mus musculus] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At1g69970 CLE26, putative CLAVATA3/ESR-Related 26 (CLE26); At4g21680 peptide transporter - like protein peptide transporter (ptrl) -Hordeum vulgare,AF023472 At5g55540 expressed protein similar to unknown protein (gb At2g33550 expressed protein At2g28520 vacuolar proton-ATPase subunit related At2g46250 expressed protein and genefinder At2g37650 scarecrow transcription factor family At2g42230 expressed protein At2g34190 membrane transporter -related At3g43180 C3HC4-type zinc finger protein family contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At3g52620 hypothetical protein phosphate actyltransferase, Staphylococcus aureus, EMBL:SAU271496 At3g27390 expressed protein At3g58710 WRKY family transcription factor contains Pfam profile: PF03106 WRKY DNA - binding domain At3g09950 hypothetical protein At3g21230 4-coumarate:CoA ligase (4-coumaroyl-CoA synthase) (4CL), putative similar to 4CL2 [gi:12229665] and 4CL1 [gi:12229649] from [Arabidopsis thaliana], 4CL1 [gi:12229631] from Nicotiana tabacum At4g29270 acid phosphatase-related protein acid phosphatase-1 (EC 3.1.3.-) - Lycopersicon esculentum,PIR2:T06587 At5g12870 myb family transcription factor contains PFAM profile: myb DNA binding domain PF00249 At5g45170 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g 18260 expressed protein _ expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g39380 At5g66560 phototropic response protein family contains NPH3 family domain, Pfam: PF03000 At5g15470 glycosyltransferase family 8 contains Pfam profile: PF01501 glycosyl transferase family 8 At5g38960 germin-like protein, putative similar to germin-like protein subfamily 1 member 8 [SP At5g41460 fringe-related protein strong similarity to unknown protein (pir At3g46170 short-chain dehydrogenase/reductase family protein contains similarity to 3- oxoacyl[acyl-carrier protein] reductase SP:P51831 from [Bacillus subtilis] At4g22070 WRKY family transcription factor identical to WRKY transcription factor 31 (WRKY31) GI:15990589 from [Arabidopsis thaliana] At5g06390 expressed protein strong similarity to unknown protein (gb At2g32430 galactosyltransferase family contains Pfam profile: PF01762 galactosyltransferase At1 871240 expressed protein At3g23980 expressed protein At1g03060 putataive transport protein Similar to gb At4g34090 expressed protein At1 g55740 glycosyl hydrolase family 36 similar to seed imbibition protein GB:AAA32975 GI:167100 from [Hordeum vulgare] At1g16190 DNA repair protein RAD23, putative similar to DNA repair by nucleotide excision (NER) RAD23 protein, isoform Il Gl:1914685 from [Daucus carota] At1g12030 hypothetical protein N d'accès I Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR J Atl g64355 expressed protein At1g47350 hypothetical protein similar to hypothetical protein GB:AAD22292 GI:6598654 from [Arabidopsis thaliana] At5g66020 hypothetical protein non-consensus AT donor splice site at exon 7, TA donor splice site at exon 10, AT acceptor splice at exon 13, strong similarity to unknown protein (emb At2g43420 3-beta hydroxysteroid dehydrogenaselisomerase family contains Pfam profile PF01073 3-beta hydroxysteroid dehycrogenase/isomerase domain; similar to NAD(P)dependent steroid dehydrogenase from Homo sapiens [SP At3g56980 bHLH protein family NULL At3g52200 dihydrolipoamide S-acetyltransferase (LTA3); nuclear gene encoding mitochondrial protein annotation temporarily based on supporting cDNA gi At3g10400 RNA recognition motif (RRM) - containing protein low similarity to splicing factor SC35 [Arabidopsis thaliana] GI:9843653; contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM) At3g25960 pyruvate kinase, putative similar to pyruvate kinase, cytosolic isozyme [Nicotiana tabacum] SWISSPROT:Q42954 At3g07990 serine carboxypeptidase -related similar to serine carboxypeptidase II (CP-Mll) GB:CAA70815 [Hordeum vulgare] At3g06270 protein phosphatase 2C (PP2C), putative similar to protein phosphatase-2C (PP2C) GB:AAC36699 [Mesembryanthemum crystallinum]; contains Pfam profile: PF00481 protein phosphatase 2C At3g05200 RING-H2 zinc finger protein ATL6 -related similar to GB:AAD33584 from [Arabidopsis thaliana] At3g61600 POZ domain protein family contains Pfam PF00651: BTB/POZ domain; contains Interpro IPR000210/ PS50097: BTBB/POZ domain; similar to POZ/BTB containing-protein AtPOB1 (GI:12006855) [Arabidopsis thaliana]; similar to actinfilin (GI:21667852) [Rattus norv? At4g10300 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g37790 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At5g61850 LFY floral meristem identity control protein At5g44040 expressed protein similar to unknown protein (gb At5g40580 20S proteasome beta subunit B (PBB2) At4g33800 expressed protein At5g41060 DHHC-type zinc finger domain- containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain At3g45940 glycosyl hydrolase family 31 similar to alpha-xylosidase precursor GI:4163997 from [Arabidopsis thaliana] At5g66710 protein kinase, putative similar to protein kinase ATN1 GP At2g45900 expressed protein Atl g68280 hypothetical protein At4g01730 DHHC-type zinc finger domain- containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain Atl g23460 polygalacturonase, putative similar to polygalacturonase GB: BAA88472 GI:6624205 from (Cucumis sativus) Atl g21620 pumilio-family RNA- binding protein, putative similar to hypothetical protein GB:AAD41414 GI:5263312 from (Arabidopsis thaliana) Atlg16640 transcriptional factor B3 family low similarity to reproductive meristem protein 1 [Arabidopsis thaliana] GI:13604227; contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At1g18460 lipase family similar to triacylglycerol lipase, gastric precursor (EC 3.1.1.3) {Canis familiaris) [SP N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At1 g49890 expressed protein At4g08680 MuDR-A transposon protein -related similar to Z. mays MuDR-A protein At5g41490 hypothetical protein strong similarity to unknown protein (gb At2g02790 hypothetical protein At2g39870 expressed protein At2g41040 expressed protein At2gl 5050 Iipid transfer protein, putative similar to SP At2g28250 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g20720 expressed protein At3g01900 cytochrome P450 family similar to Cytochrome P450 94A1 (P450- dependent fatty acid omega-hydroxylase) (SP:O81117) {Vicia sativa}; contains Pfam profile: PF00067 cytochrome P450 At3g62420 bZIP family transcription factor similar to common plant regulatory factor 6 GI:9650826 from [Petroselinum crispum] _At3g20030 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At4g33840 glycosyl hydrolase family 10 xylan endohydrolase isoenzyme X-I, Hordeum vulgare, PID:g 1813595 At4g26660 expressed protein probable kinesin - Arabidopsis thaliana, Pir2:H71402 _At4g25510 hypothetical protein _At4g27980 expressed protein _At4g37710 expressed protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At5g51210 oleosin At5g03180 C3HC4-type zinc finger protein family various predicted proteins, Arabidopsis thaliana; contains Pfam profile PF00097: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At5g59940 CHP-rich zinc finger protein, putative large number of predicted zinc finger proteins, Arabidopsis thaliana, Homo sapiens and others At4g11720 hypothetical protein histidine-rich glycoprotein precursor, Plasmodium lophurae, PIRI:KGZQHL At3g26250 CHP-rich zinc finger protein, putative At2g24950 hypothetical protein contains Pfam profile PF03080: Arabidopsis proteins of unknown function At3g16390 jacalin lectin family similar to myrosinase- binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767, epithiospecifier [Arabidopsis thaliana] GI:16118845; contains Pfam profiles PF01419 jacalin-like lectin family, PF01344 Kelch motif _At2g35330 expressed protein _At2g17200 ubiquitin protein -related At1g47840 hexokinase -related similar to hexokinase 2 GB:AAB49911 Gl:1899025 from [Arabidopsis thaliana] At1 g28430 cytochrome P450, putative similar to cytochrome P450 (CYP93A1) GI:1435059 from [Glycine maxi At1g65870 disease resistance response protein-related/ dirigent protein-related similar to dirigent protein [Forsythia x intermedia] gi _At1g55880 pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta family similar to SP At1g17250 leucine rich repeat protein family contains leucine rich- repeat (LRR) domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR00I611; similar to Hcr2-OB [Lycopersicon esculentum] gi At5g21070 expressed protein predicted protein - Oryza sativa - TREMBL:AP001072_3 At2g38780 expressed protein At2g13840_ expressed protein At2g48100 exonuclease -related annotation temporarily based on supporting cDNA gi At2g37040 phenylalanine ammonia lyase (PAL1) nearly identical to SP N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At3g04460 expressed protein similar to peroxisomal biogenesis factor 12 GB:NP_000277 [Homo sapiens] At3g13140 hypothetical protein At3g43720 protease inhibitor/seed storage/lipid transfer protein (LTP) family contains Pfam protease inhibitor/seed storage/LTP family domain PF00234 At4g39220 AtRer1A At4g12240 hypothetical proteins At4g07770 pseudogene, similar to L1 repeat, Tf subfamily, member 30 (LINE-element) [Mus musculus] (GB:NP_038605) At4g14920 PHD finger transcription factor, putative At5g46280 DNA replication licensing factor, putative similar to SP At5g43340 inorganic phosphate transporter identical to inorganic phosphate transporter [Arabidopsis thaliana] Gl:3869190 At5g42250 alcohol dehydrogenase (ADH), putative similar to alcohol dehydrogenase ADH GI:7705214 from [Lycopersicon esculentum]; contains Pfam zinc-binding dehydrogenase domain PF00107 At5g58540 expressed protein serine/threoninespecific protein kinase NPK15, Nicotiana tabacum, PIR:S52578 At5g52510 scarecrow-like transcription factor 8 (SCL8) At2g43640 signal recognition particle protein 14kD, ATSRP14 -related At4g03870 pseudogene, putative transposon protein similar to MuDR transposon At5g49270 expressed protein contains similarity to phytochelatin synthetase At5g61110 hypothetical protein At5g07810 SNF2 domain/helicase domain-contairiing protein similar to HepA-related protein HARP [Homo sapiens] GI:6693791; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF01844: HNH endonuclease At2g32920 protein disulfide isomerase family similar to SP At2g29920 hypothetical protein At1 g37045 an Arabidopsis thaliana hypothetical protein, which contains similarity to retrotransposon Athila (GB:AF076275) -related temporary automated functional assignment At5g61700 ABC transporter family protein ABC family transporter, Entamoeba histolytica, EMBL:EH058 Atlg56720 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1g49160 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1 g02770 expressed protein similar to Hypothetical protein GB:AAF02890 GI:6056426 from (Arabidopsis thaliana) At5g64960 Cyclindependent kinase C;2 At1 g35460 bHLH protein similar to GI:6166283 from [Pinus taeda] At2g44080 expressed protein At2g30490 cytochrome P450 73 / trans-cinnamate 4-monooxygenase / cinnamate-4- hydroxylase (CYP73) (C4H) identical) to SP At2g42070 MutT/nudix family protein similar to SP At3g50170 hypothetical protein various predicted genes, Arabidopsis thaliana and Oryza sativa At3g59870 expressed protein hypothetical protein F6E13.7 - Arabidopsis thaliana, PIR:T00674 At3g54680 proteophosphoglycan-related contains similarity to proteophosphoglycan [Leishmania major] gi At3g61270 expressed protein several hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At3g02290 C3HC4-type zinc finger protein family contains zinc finger motif, C3HC4 type (RING finger) At3g14500 hypothetical protein At4g 12700 expressed protein At4g24230 expressed protein acyl-CoA binding protein Arabidopsis thaliana,PID:g4128197 At4g27340 expressed protein met-10+ protein, Neurospora crassa, PIR2:S46697 At4g38225 expressed protein At4g31280 hypothetical protein At5g50280 pentatricopeptide (PPR) repeatcontaining protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g53940 zinc-binding protein-related At1g16400 cytochrome P450 family similar to gb At5g48290 heavy-metal-associated domain-containing protein strong similarity to farnesylated proteins ATFP4 [GI:4097549] and ATFP5 [GI:4097551]; contains Pfam profile PF00403: Heavy-metal-associated domain At1 821245 wall-associated kinase 3 -related temporary automated functional assignment At5g60140 transcriptional factor B3 family contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At1 g22090 expressed protein At1 g04970 expressed protein At1 855750 expressed protein At1 g59760 ATPdependent RNA helicase, putative similar to SP At2g39300 hypothetical protein At2g37340 splicing factor RSZ33, putative nearly identical to splicing factor RSZ33 [Arabidopsis thaliana] GI:9843663 At3g10210 expressed protein similar to putative protein GB:CAA20045 [Arabidopsis thaliana] At3g05430 PWWP domain protein contains Pfam profile:PF00855 PVWVP domain At3g48600 expressed protein At4g 14830 expressed protein At5g19780 tubulin alpha-3/alpha-5 chain (TUAS) nearly identical to SP At5g55050 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family II lipases EXL3 GI:15054386, EXL1 GI:15054382, EXL2 GI:15054384 from [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase At5g39260 expansin, putative (EXP21) similar to alpha-expansin GI:6573157 from [Regnellidium diphyllum]; alpha-expansin gene family, PMID:11641069 At5g51550 expressed protein similar to unknown protein (gb At4g39780 AP2 domain transcription factor, putative similar to AP2 domain containing protein RAP2.4,Arabidopsis thaliana At1g10650 conserved hypothetical protein At3g12430 hypothetical protein At5g48410 glutamate receptor family (GLR1.3) plant glutamate receptor family, PMI D:11379626 At1 g24220 hypothetical protein At1 g80960 expressed protein At1 g64460 phosphatidylinositol 3- and 4-kinase family contains Pfam profile PF00454: Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase At1 g75980 expressed protein At1g33800 expressed protein At2g27950 expressed protein At2g44830 protein kinase putative similar to protein kinase PVPK-1 [Phaseolus vulgaris] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R SWISS-PROT: P15792 At3g43200 pseudogene, putative protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At3g10970 haloacid dehalogenase-like hydrolase family low similarity to genetic modifier [Zea mays] GI:10444400; contains InterPro accession IPR005834: Haloacid dehalogenaselike hydrolase At3g51920 calmodulin 9 identical to calmodulin 9 GI:5825602 from [Arabidopsis thaliana] At4g28980 cdk-activating kinase 1At identical to Cdk-activating kinase 1At [Arabidopsis thaliana] gi At4g16690 esterase/lipase/thioesterase family similar to ethylene-induced esterase [Citrus sinensis] GI:14279437, polyneuridine aldehyde esterase [Rauvolfia serpentina] GI:6651393, SP At5g35180 expressed protein At5g57730 hypothetical protein At5g09560 KH domain protein various predicted RNA binding proteins, Arabidopsis thaliana At5g59770 expressed protein protein tyrosine phosphatase-like protein, PTPLB, Mus musculus, EMBL:AF169286 At2g31570 glutathione peroxidase, putative At2g26190 expressed protein At3g10860 ubiquinol-cytochrome C reductase complex ubiquinone-binding protein (QP-C) - related similar to ubiquinol- cytochrome C reductase complex ubiquinone- binding protein (QP-C) GB:P46269 [Solanum tuberosum] At1g49080 pseudogene, putative transposon protein similar to Antirrhinum majus TNP2 protein gb At1g28300 transcriptional factor B3 protein leafy c:otyledon 2 nearly identical to LEAFY COTYLEDON 2 [Arabidopsis thaliana] GI:15987516; contains Pfam profile PF02362: B3 DNA binding domain At1g36310 expressed protein At1 g47860 reverse transcriptase-related low similarity to reverse transcriptase [Arabidopsis thaliana] GI:976278; contains Pfam profiles PF00078: Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase), P'F00096: Zinc finger, C2H2 type, PF03727: Hexokinase At1g61410 expressed protein similar to putative double strand break repair protein GI:9651817 from [Arabidopsis thaliana] At1g13940 expressed protein identical to hypothetical protein GB:AAD39280 GI:5080770 from [Arabidopsis thaliana] At1g65650 expressed protein similar to ubiquitin C-terminal hydrolase- like protein GI:9759113 from [Arabidopsis thaliana] At1g31150 expressed protein EST gb At1 g55550 kinesin-related protein Similar to Kinesin proteins; Contains kinesin motor domain protein motif and kinesin heavy chain signature motif At2g23890 expressed protein and genefinder At2g07030 Mutator-related transposase similar to MURA transposase of maize Mutator transposon _At2g14810 hypothetical protein At3g46470 hypothetical protein At3g06400 DNA-dependent ATPase, putative similar to DNA-dependent ATPase SNF2H [Mus musculus] GI:14028669; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C-terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain, PF00249: Myb-like DNA-binding domain At3g43590 expressed protein hexamer-binding protein HEXBP - Leishmania major, PIR:A47156 At3g16360 two-component phosphorelay mediator -related similar to two-component N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R phosphorelay mediators (ATHP1-3) G13:BAA37110, GB:BAA37111, GB:BAA37112 [Arabidopsis thaliana] At4g32620 expressed protein predicted protein TlOM13.8, Arabidopsis thaliana At5g56340 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g50100 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g55690 MADS-box protein At5g09840 expressed protein similar to unknown protein (emb At5g42130 mitochondrial carrier protein family contains Pfam profile: PF00153 mitochondrial carrier protein At5g40220 MADS-box protein MADS-box protein, Arabidopsis thaliana, EMBL:ATY12776 At3g44010 40S ribosomal protein S29 (RPS29B) ribosomal protein S29, rat, PIR:S30298 At3g45190 expressed protein hypothetical protein At2g28360 - Arabidopsis thaliana, EMBL:AAD20690 At5g44410 FADlinked oxidoreductase family similar to SP At1g18120 pseudogene, putative myrosinase-associated protein At5g39000 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At4g03970 UIp1 protease family contains Pfam profile PF02902: Ulp1 protease family, C- terminal catalytic domain; similar to At5g28170, At1g35110, At1g44880, At3g42530, At4g19320, At5g36020, At3g43010, At2g10350 At1g56420 hypothetical protein At1g61680 terpene synthase/cyclase family similar to 1,8-cineole synthase [GI:3309117][Salvia officinalis]; contains Pfam profile: PF01397 terpene synthase family At1 g06520 phospholipid/glycerol acyltransferase family contains Pfam profile PF01553: Acyltransferase At1g54550 F-box protein family contains Pfam:PF00646 F-box domain; contains TIGRFAM TIGR01640: Fbox protein interaction domain At2g01340 expressed protein At2g44130 Kelch repeat containing F-box protein family very low similarity to SP At2g24670 hypothetical protein At3g23080 expressed protein C-term similar to phosphatidylcholine transfer protein GB:AAF08345 [Homo sapiens] At3g09310 alpha-hemolysin -related similar to alpha-hemolysin GB:AAB81225 [Aeromonas hydrophila] At3g28430 expressed protein GC donor splice site at exon 16 At3g23670 phragmoplast-associated kinesin-related protein, putative similar to kinesin like protein GB:CAB10194 from [Arabidopsis thaliana] At4g19350 expressed protein At4g30300 ABC transporter family proteinribonuclease L inhibitor - Mus musculus, PI R2: JC6555 At4g00760 expressed protein At4g28180 hypothetical protein At4g18320 hypothetical protein At4g18820 expressed protein DNA polymerase III holoenzyme tau subunit, Thermus thermophilus, gb:AF025391 At5g12970 C2 domain-containing protein contains INTERPRO:IPR000008 C2 domain At5g66350 zinc finger protein SHI-related At5g13080 WRKY family transcription factor WRKY DNA binding protein - Solanum tuberosum, EMBL:AJ278507 At5g22550 expressed protein strong similarity to unknown protein (emb At5g39630 SNARE protein AtMEMB11 v-SNARE AtVTI1a, Arabidopsis thaliana, N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R EMBL:AF114750 At3g51090 expressed protein hypothetical protein IF16F14.4 Arabidopsis thaliana: EMBL:A0007047 At5g43270 squamosa promoter binding protein-related 2 (emb At1 g54760 MADS-box protein similar to MADS-box transcription factor GI:4837612 from [Antirrhinum majus] At5g15650 reversibly glycosylated polypeptide-3 At3g19800 expressed protein At2g18860 expressed protein At2g03260 expressed protein At3g05240 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At1g05660 polygalacturonase, putative similar to GB:AAC23398 At1 g48670 Nt-gh3 deduced protein -related similarto Nt-gh3 deduced protein GI:4887010 from Nicotiana tabacum] At1 g31850 dehydrationinduced protein, putative strong similarity to early-responsive to dehydration stress ERD3 protein [Arabidopsis thaliana] GI:15320410; contains Pfam profile PF03141: Putative methyltransferase At1 g08500 plastocyanin-like domain containing protein At1g59640 bHLH protein At1 g68500 expressed protein At2g27240 expressed protein contains Pfam profile PF01027: Uncharacterized protein family UPF0005 At2g07240 UIp1 protease family contains Pfam profile PF02902: UIp1 protease family, C- terminal catalytic domain At3g22790 expressed protein similarto centromere protein homolog GB:CAB10255 from [Arabidopsis thaliana] At3g16010 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat _ expressed protein putative DNA binding protein Arabidopsis thaliana, At3g57540 TREMBL:ATAC23393 At4g12270 copper amine oxidase like protein (fragment1) copper amine oxidase -Cicer arietinum, PID:el 335964 At4g04950 thioredoxin family similar to PKCq- interacting protein PICOT from [Mus musculus] GI:6840949, [Rattus norvegicus] GI:6840951; contains Pfam profile PF00085: Thioredoxin At4g20280 expressed protein transcription initiation factor IID beta chain, fruit fly, Pir2:B49453 At4g02280 sucrose synthase (UDP-glucose- fructose glucosyltransferase/sucrose-UDP glucosyltransferase), putative strong similarity to sucrose synthase GI:6682841 from [Citrus unshiu] At5g58787 C3HC4-type zinc finger protein family similar to MTD2 [Medicago truncatula] GI:9294812; contains Pfam profile PF00097: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) At5g51480 pectinesterase (pectin methylesterase) family similar to pectinesterase GB:CAB08077 GI:1944575 from [Lycopersicon esculentum]; contains Pfam profile: PF00394 Multicopper oxidase; similar to pollen-specific protein At5g61650 cyclin family similar to cyclin 2 [Tryparosoma brucei] GI:7339572, cyclin 6 [Trypanosoma cruzi] GI:12005317; contains Pfam profile PF00134: Cyclin, N- terminal domain _ _esculentum, At3g53080 expressed protein BETA- GALACTOSIDASE PRECURSOR. Lycopersicon gb:P48980 N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At4g35040 bZIP protein At1g55210 disease resistance response proteinrelated/ dirigent protein-related smimilar to dirigent protein [Thuja plicata] gi At1g51430 expressed protein At4g39770 trehalose-6-phosphate phosphatase, putative similar to trehalose-6-phosphate phosphatase (AtTPPB) [Arabidopsis thaliana] GI:2944180; contains Pfam profile PF02358: Trehalose-phosphatase At4g13760 polygalacturonase, putative polygalacturonase, Zea mays, PIR2:S30067 At4g00930 expressed protein At2g14470 hypothetical protein low similarity to SF' Atl g77250 hypothetical protein Atl g52610 mutator-related transposase similar to mutator-like transposase GI:5306250 from [Arabidopsis thaliana] At5g61710 hypothetical protein predicted protein, Arabidopsis thaliana Atl g55110 zinc finger protein -related similar to zinc finger protein GI:8843731 from [Arabidopsis thaliana] Atl g05260 peroxidase, putative similar to peroxidase precursor [Arabidopsis thaliana] gi At5g27000 kinesin-related protein non-consensus AT donor splice site at exon 12; non- consensus AC acceptor splice site at exon 13 At2g40690 glycerol-3-phosphate dehydrogenase At2g26420 phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase related At3g28210 zinc finger protein (PMZ) -related identical to putative zinc finger protein (PMZ) GB:AAD37511 GI:5006473 [Arabidopsis thaliana] At3g 17880 thioredoxin, putative similar to SP At4g07940 hypothetical protein At3g61400 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase, putative similar to 2A6 (GI:599622) and tomato ethylene synthesis regulatory protein E8 (SP At3g15130 pentatricopeptide (PPR) repeat- containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At3g24840 phosphatidylinositol transfer protein -related similar to SEC 14 CYTOSOLIC FACTOR (PHOSPHATIDYLINOSITOLJPHOSPHATIDYLCHOLINE TRANSFER PROTEIN) GB:P46250 from [Candida albicans] (Yeast (1996) 12(11), 1097- 1105) At3g01710 hypothetical protein At3g01930 expressed protein similar to nodule-specific protein NIj70 GB:AAC39500 [Lotus japonicus] At3g29635 transferase family similar to anthocyanin 5-aromatic acyltransferase from Gentiana triflora GI:4185599, malonyl CoA:anthocyanin 5-O-glucoside-6"'-Omalonyltransferase from Perilla frutescens GI:17980232, Salvia splendens GI:17980234; contains Pfam pr? At4g31980 protein EREBP-4 homolog, Arabidopsis thaliana _expressed At4g3291O expressed protein At4g37170 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At4g33030 UDP-sulfoquinovose synthase (sulfite:UDPglucose sulfotransferase) (sulfolipid biosynthesis protein) (SQD1) identical to gi:2736155 At4g04330 expressed protein At5g24500 expressed protein At5g48020 protein _expressed At5g54660 expressed protein At5g46160 ribosomal protein L14p family N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g06540 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At5g37200 C3HC4-type zinc finger protein family low similarity to ring-H2 finger protein RHY1 a from Arabidopsis thaliana [gi:3790593], ring finger-H2 protein from Xenopus laevis [gi:13752371]; contains Pfam domain zinc finger, C3HC4 type (RING finger) PF00097 At3g10740 glycosyl hydrolase family 51 similar to arabinoxylan arabinofuranohydrolase isoenzyme AXAH-II from GI:13398414 [Hordeum vulgare] At4g13170 60S ribosomal protein L13A (RPL13aC) ribosomal protein L13a -Lupinus Iuteus,PID:e1237871 At3g27050 expressed protein At1g60095 jacalin lectin family contains similarity to myrosinase-binding protein homolog [Arabidopsis thaliana] GI:2997767; _ pectinacetylesterase family similar to pectinacetylesterase precursor At3g09410 GB:CAA67728 [Vigna radiata]; contains Pfam profile: PF03283 pectinacetylesterase At1g11655 expressed protein At1 g49800 hypothetical protein At1g77610 glucose-6phosphate/phosphate translocator-related similar to glucose-6phosphate/phosphate-translocators from [Mesembryanthemum crystallinum] GI:9295277, [Solanum tuberosum] GI:2997593, [Pisum sativum] GI:2997591; contains Pfam profile PF00892: Integ At1g10380 expressed protein At1928410 expressed protein At1g77350 expressed protein At1g01880 hypothetical protein contains similarity to DNA repair endonuclease GB:AAD47568 GI:5712619 from [Drosophila melanogaster] At1g28100 expressed protein At1g35650 UIp1 protease family PF02902: UIp1 protease family, C- terminal catalytic domain; similar to At1 821020, At3g26530, At1 g08760, At1 g08740, At2g29240 At1g28560 expressed protein At2g13230 retroelement pol polyprotein -related At2g40580 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At3g62320 hypothetical protein hypothetical protein At2g36110 - Arabidopsis thaliana, EMBL:A0007135 At3g05340 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein contains INTERPRO:IPR002885 PPR repeats At3g02630 acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase (stearoyl-ACP desaturase), putative similar to Acyl-[acylcarrier protein] desaturase from Sesamum indicum GI:575942, Cucumis sativus SP At3908600 expressed protein At4g03560 two-pore calcium channel (TPC1) identical to two-pore calcium channel (TPC1) [Arabidopsis thaliana] gi At5g13680 expressed protein similar to unknown protein (ref At5g17420 cellulose synthase, catalytic subunit (IRX3) identical to gi:5230423 At5956850 expressed protein similar to unknown protein (pir At5g67460 glycosyl hydrolase family 17 similar ta beta-1,3-glucanase GI:6714534 from [Salix gilgiana] At5g36200 hypothetical protein similar to unknown protein (pir At5g54150 hypothetical protein similar to unknown protein (pir At5g48700 ubiquitin family contains INTERPRO:IPR000626 ubiÉuitin domain N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g23230 isochorismatase hydrolase family low similarity to SP At5g56040 leucine rich repeat protein kinase, putative contains leucine rich repeat (LRR) domains, Pfam:PF00560; contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At5g22870 hypothetical protein similar to unknown protein (gb At3g23955 pseudogene, similar to hypothetical protein GB:AAD29066 At1g31090 hypothetical protein contains similarity to gi At1 g 14250 hypothetical protein At1g74190 leucine rich repeat protein family contains leucine rich-repeat (LRR) domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; contains similarity to Cf-2.1 [Lycopersicon pimpinellifolium] gi At1g51160 expressed protein At3g26310 cytochrome P450 family contains Pfam profile: PF00067 cytochrome P450 At1g18750 MADS-box protein similar to homeodomain transcription factor (AGL30) GI:3461830 from [Arabidopsis thalianaj At5g17820 peroxidase, putative identical to peroxidase ATP13a [Arabidopsis thaliana] gi At2g39880 myb family transcription factor (MYB25) contains Pfam profile: PF00249 myb-like DNA-binding domain At2g20240 expressed protein At2g44210 expressed protein Pfam profile PF03080: Arabidopsis proteins of unknown function At3g12970 expressed protein At3g09030 expressed protein identical to GB:AAD56319 [Arabidopsis thaliana] At3g02250 auxin-independent growth promoter -related similar to auxin-independent growth GB:A44226 [Nicotiana tabacum] _promoter At4g23380 hypothetical protein predicted proteins, ArabidoÉsis thaliana At4g23110 hypothetical protein _At4g13990 hypothetical protein At5g43670 protein transport protein SEC23 _At5g59800 hypothetical protein At5g16530 auxin efflux carrier protein family contains auxin efflux carrier domain, Pfam:PF03547 clathrin assembly protein AP19 homoloo _At4g35410 expressed protein At2g15000 At3g60830 actin - like protein actin 3, Drosophila melanogaster, PIR:A03000 At2g21770 cellulose synthase, catalytic subunit, putative similar to gi:2827141 cellulose synthase catalytic subunit, Arabidosis thaliana (Ath-A) At1g09240 nicotianamine synthase, putative similar to nicotianamine synthase [Lycopersicon esculentum][GI:4753801], nicotianamine synthase 2 [Hordeum vulgare][GI:4894912] At5g26780 glycine hydroxymethyltransferase -like protein glycine hydroxymethyltransferase, Solanum tuberosum, EMBL:Z25863 At1 g22910 RNA recognition motif (RRM) containing protein contains InterPro entry IPR000504: RNA-binding region RNP-1 (RNA recognition motif) (RRM); similar to GB:AAC33496 At1 g42460 Ulp1 protease family contains Pfam profile PF02902: UIp1 protease family, C- terminal catalytic domain At3g09670 PWWP domain protein At3g44200 protein kinase family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains serine/threonine protein kinase domain, INTERPRO:IPR002290 At4g09350 DnaJ protein family similar to SP At5g39880 expressed protein N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R At5g67490 expressed protein At5g58860 cytochrome P450 86A1 identical to Cytochrome P450 86A1 (CYPLXXXVI) (P450-dependent fatty acid omegahydroxylase) (SP:P48422) [Arabidopsis thaliana] At5g16070 chaperonin, putative similar to SWISS-PROT:P80317 T-complex protein 1, zeta subunit (TCP-1-zeta) [Mus musculus]; contains Pfam:PF00118 domain, TCP- 1/cpn60 chaperonin family At3g52680 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 _At2g35170 expressed protein At2g23300 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At5g36070 hypothetical protein strong similarity to unknown protein (emb At5g49780 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative At1 g37150 biotin holocarboxylase synthetase -related similar to biotin holocarboxylase synthetase GI:4874309 from [Arabidopsis thaliana] contains non-consensus GG acceptor splice sites. At1g79710 hypothetical protein similar to hypothetical protein GB:AAC12874 [Synechococcus PCC7942] Atlg16420 hypothetical protein common family sirnilar to At5g04200, At1g79340, At1g79320, At1g79310, At1g79330; similar to latex-abundant protein [GI:4235430][Hevea brasiliensis] At2g33310 auxin-responsive protein IAA13 (Indoleacetic acid-induced protein 13) identical to SP At2g22100 RRM-containing RNA-binding protein At3g62680 proline-rich protein family contains proline-rich region, INTERPRO:IPR000694 At3g22180 DHHC-type zinc finger domain-containing protein contains Pfam profile PF01529: DHHC zinc finger domain At3g21465 adenyl cyclase -related similar to adenyl cyclase GB:AAB87670 from [Nicotiana tabacum] At4g16420 transcriptional adaptor like protein At1g47705 pseudogene, putative peroxidase simiiar to peroxidase GB:P00434 GI:464365 from [Brassica rapa] At1g10870 ARF GTPase-activating domaincontaining protein At1 g07250 glycosyltransferase family similar to UDPglucose glucosyltransferase GI:453245 from [Manihot esculenta] At1g64105 No apical meristem (NAM) protein family contains Pfam PF02365: No apical meristem (NAM) domain At1g10660 _expressed protein At1g60800 receptorrelated kinase similar to somatic embryogenesis receptor-like kinase GI:2224910 from [Daucus carota] At2g32140 disease resistance protein (TIR class), putative domain signature TIR exists, suggestive of a disease resistance protein. At2g33090 hypothetical protein At2g47280 pectinesterase family contains Pfam profile: PF01095 pectinesterase At2g41020 expressed protein At2g44310 calcium-binding EF-hand family protein contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain At2g41450 GCN5-related N-acetyltransferase (GNAT) family low similarity to Swift [Xenopus laevis] GI:14164561; contains Pfam profiles PF00583: acetyltransferase, GNAT family, PF00533: BRCA1 C Terminus (BRCT) domain At3g23175 expressed protein supported by RACE -based full-length cDNA validates this gene structure. (Brassica genome sequence alignment supported. Work by N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR _ cdtown, et al.) At3g20840 ovule development protein, putative sirnilar to ovule development protein AINTEGUMENTA (GI:1209099) [ArabidoÉsis thaliana At4g36750 quinone reductase family similar to 1,4-benzoquinone reductase [Phanerochaete chrysosporium][GI:4454993]; similar to Trp repressor binding protein [Escherichia coli][SP At4g29000 transcription factor -related leghemoglobin activating factor - Glycine max, PID:e1374538 At5g22420 acyl CoA reductase-related protein At5g01370 hypothetical protein At5g03960 calmodulin-binding protein - related At5g52050 MATE efflux protein - related contains Pfam profile PF01554: Uncharacterized membrane protein family At4g29430 40S ribosomal protein S15A (RPS15aEE) ribosomal protein S15a - Brassica napus,PIR2:S20945 At2g12700 hypothetical protein similar to GB:AAD23022 At4g05520 calciumbinding EF-hand family protein similar to EH-domain containing protein 1 from {Mus musculus} SP At3g24020 disease resistance response proteinrelated contains similarity to disease resistance response protein 206-d [Pisum sativum] gi At5g63690 hypothetical protein At3g46670 glucosyltransferase-related protein UDP-glucose glucosyltransferase Arabidopsis thaliana, EMBL:AB016819 At4g18010 inositol polyphosphate 5phosphatase Il (IP5PII) nearly identical to inositol polyphosphate 5phosphatase II [Arabidopsis thaliana] GI:10444263 isoform contains an ATacceptor splice site at intron 6 At1g80480 expressed protein contains Viral RNA helicase domain Tableau III: N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At2g40100 light-harvesting chlorophyll a/b bindinc Érotein At5g03880 auxin-regulated protein predicted protein, Arabidopsis thaliana At4g10510 subtilisin-like serine protease contains similarity to subtilase; SPI GI:9957714 from [Oryza sativa] At2g33840 tyrosyl-tRNA synthetase -related At5g05670 signal recognition particle receptor beta subunit-related protein At1 g53290 galactosyltransferase family contains Pfam profile: PF01762 galactosyltransferase;contains similarity to Avr9 elicitor response protein GI:4138265 from [Nicotiana tabacum] At1 g32700 expressed protein similar to hypothetical protein GB:AAF25968 GI:6714272 from [Arabidopsis thaliana] At5g16770 myb DNA-binding protein(AtMYB9) At3g59200 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At3g43380 hypothetical protein hypothetical proteins - Arabidopsis thaliana At5g38120 4-coumarate:CoA ligase (4-coumaroyl-CoA synthase) family similar to 4CL2, Arabidopsis thaliana [gi:12229665], 4CL1, Nicotiana tabacum [gi:12229631]; contains Pfam AMP-binding enzyme domain PF00501 At4g07750 transposon protein -related similar to Arabidopsis thaliana putative En/Spm N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R transposon protein (GB:AC005396) At4g04710 calcium-dependent protein kinase, putative (CDPK) similar to calcium-dependent protein kinase [Nicotiana tabacum] gi At5g13350 auxin-responsive - like protein Nt-gh3 deduced protein, Nicotiana tabacum, EMBL:AF123503 At2g20410 expressed protein At5g39730 avirulence induced gene (AIG) - like protein AIG2 PROTEIN, Arabidopsis thaliana, SWISSPROT:AIG2 ARATH At4g29905 expressed protein At3g07300 expressed protein similar to translation initiation factor EIF-2B beta subunit GB:Q90511 [Fugu rubripes] At4g30230 hypothetical protein At2g01710 DnaJ protein family simlar to AHM1 [Triticum aestivum] GI:6691467; contains Pfam profile PF00226: DnaJ domain At2g34780 hypothetical protein At4g20960 expressed protein riboflavin biosynthesis protein ribG, Synechocystissp., PIR2:S74377 At2g19750 40S ribosomal protein S30 (RPS30A) At5g65850 F-box protein family At5g45830 tumor-related protein-like At2g23070 casein kinase Il alpha chain, putative similar to casein kinase Il, alpha chain (CK II) [Zea mays] SWISS-PROT:P28523; contains protein kinase domain, Pfam:PF00069 At1g05300 metal transporter, putative (ZIP5) identical to putative metal transporter ZIP5 [Arabidopsis thaliana] gi At1g36180 acetyl-CoA carboxylase -related similar to GI:1100253 from [Arabidopsis thaliana] At4g12390 pectinesterase - related low similarity i:o pectinesterase from Arabidopsis thaliana SP At3g52520 hypothetical protein At5g24600 expressed protein similar to unknown protein (pir At1g78890 expressed protein At5g56670 40S ribosomal protein S30 (RPS30C) At4g00730 homeodomain protein AHDP At2g44630 Kelch repeat containing F- box protein family similar to SKP1 interacting partner 6 [Arabidopsis thaliana] GI:10716957; contains Pfam profiles PF00646: F-box domain, PF01344: Kelch motif At2g10850 envelope-related protein identical to GB:AAD20656 At4g39360 hypothetical protein At4g23030 MATE efflux protein - related contains Pfam profile PF01554: Uncharacterized membrane protein family At1901320 tetratricopeptide repeat (TPR)-containing protein low similarity to SP At3g32400 proline-rich protein family common farnily members: At2g43800, At3g25500, At5g48360, At4g15200, At3g05470, At3g07540, At5g07780, At5g07650 [Arabidopsis thaliana]; At1g17230 leucine rich repeat protein family contains protein kinase domain, Pfam:PF00069; contains leucine-rich repeats, Pfam:PF00560 At3g29612 pseudogene, hypothetical protein At4g27280 calcium-binding EF-hand family protein similar to EF-hand Ca2±binding protein CCD1 [Triticum aestivum] GI:9255753; contains INTERPRO:IPR002048 calcium-binding EF-hand domain N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR _At5g54920 expressed protein strong similarity to unknown protein (pir At3g01810 expressed protein similar to unknown protein At4g03140 shortchain dehydrogenase/reductase family protein similar to stem secoisolariciresinol dehydrogenase GI:13752458 from {Forsythia x intermedia}; similar to sex determination protein tasselseed 2 SP:P50160 from [Zea mays] At4g16920 disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative domain signature TIR- NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At5g47790 expressed protein At3g06920 pentatricopeptide (PPR) repeatcontaining protein low similarity to fertility restorer [Petunia x hybrida] GI:22128587; contains Pfam profile PF01535: PPR repeat At2g21790 ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit -related At5g02620 ankyrin repeat protein family contains ankyrin repeat domains, Ptam:PI00023 At1g26930 Kelch repeat containing F-box protein family contains Pfam:PF01344 Kelch motif, Pfam:PF00646 F-box domain At5g47200 GTP-binding protein, putative similar to GTP-binding protein GI:303750 from [Pisum sativum] At5g57180 CIA2 (CIA2) annotation temporarily based on supporting cDNA gi At5g66230 expressed protein similar to unknown protein (emb At2gO1770 membrane protein related At5g08100 Asparaginase At1g52940 calcineurin-like phosphoesterase family contains Pfam profile: PF00149 calcineurin-like phosphoesterase At3g61640 arabinogalactan-protein (AGP20) At4g04870 CDP-alcohol phosphatidyltransferase family similar to SP At3g02370 hypothetical protein At4g20790 leucine rich repeat protein family contains leucine rich repeat (LRR) domains, Pfam: PF00560; At3g03480 transferase family similar to hypersensitivity-related gene GB:CAA64636 [Nicotiana tabacum]; contains Pfam transferase family domain PF00248 At1g71030 myb family transcription factor similar to MybHv5 GI:19055 from [Hordeum vulgare] Atl g02410 expressed protein contains similarity to cytochrome c oxidase assembly protein cox11 GI:1244782 from [Saccharomyces cerevisiae] At5g64550 expressed protein strong similarity to unknown protein (emb At4g30370 C3HC4-type zinc finger protein family contains Pfam profile: PF00097 zinc finger, C3HC4 type (RING finger) Atlg12100 protease inhibitor/seed storage/lipid transfer protein (LTP) family contains Pfam protease inhibitor/seed storage/LTP family domain PF00234 At4g36210 expressed protein F35D11.3, Caenorhabditis elegans, PATX:G868225 At2g24180 cytochrome P450 family At5g56410 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At4g15830 expressed protein Atl g62170 serpin family similar to phloem serpin-1 GI:9937311 from [Cucurbita maxima]; contains Pfam profile PF00079: Serpin (serine protease inhibitor) At4g20000 expressed protein At3gl 3290 transducin / WD-40 repeat protein family contains 2 WD-40 repeats (PF00400); autoantigen locus HUMAUTANT (GI:533202) [Homo sapiens] and autoantigen locus HSU17474 (GI:596134) [Homo sapiens] Atl g07620 GTP-binding protein - related similar to GB:M24537 from [Bacillus subtilis] At4g24690 ubiquitinassociated (UBA)/PB1 domain-containing protein contains Pfam N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R profiles PF00627: Ubiquitin-associated (UBA)/TS-N domain, PF00569: Zinc finger ZZ type domain, PF00564: PB1 clomain At5g04750 F1 FO-ATPase inhibitor - like protein FI FO-ATPase inhibitor protein, OsIF1-1, _Oryza sativa, EMBL:AB029059 At3g26750 hypothetical protein At5g52610 F-box protein family contains F-box domain Pfam:PF00646 At1g20190 expansin, putative (EXP11) similar to GB:U30460 from [Cucumis sativus]; alphaexpansin gene family, PMID:11641069 At3g01310 expressed protein similar to unknown protein GB:BAA24863 [Homo sapiens], unknown protein GB:BAA20831 [Homo sapiens], unknown protein GB:AAB42264 [Caenorhabditis elegans] At5g46180 ornithine--oxo-acid aminotransferase (ornithine aminotransferase/ornithine ketoacid aminotransferase), putative similar to SP At5g47250 disease resistance protein (CC-NBS-LRR ciass), putative domain signature CC- NBS-LRR exists, suggestive of a disease resistance protein. At3g46480 oxidoreductase, 20G-Fe(II) oxygenase family low similarity to gibberellin 20- oxidase [gi:4678370]; contains Pfam domain PF03171, 20GFe(il) oxygenase superfamily At2g28290 SNF2 domain/heiicase domaincontaining protein similar to transcriptional activator HBRM [Homo sapiens] GI:414117; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved Cterminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain At3g55660 hypothetical protein various predicted proteins, Arabidopsis thaliana At1 g71740 hypothetical protein At1g17940 hypothetical protein At5g51440 heat shock protein, putative similar to heat shock 22 kDa protein, mitochondrial precursor SP:Q96331 from [Arabidopsis thaliana] _At1g10660 expressed protein At1 g23720 proline-rich protein family contains prolinerich extensin domains, INTERPRO:IPR002965 At3g12700 expressed protein At2g31380 sait tolerance-like protein At5g49160 DNA (cytosine-5)methyltransferase (DNA methyltransferase) (DNA metase) (sp At4g13900 disease resistance protein family contains leucine rich-repeat domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; similar to Cf-4A protein [Lycopersicon esculentum] gi At5g56160 sec14 cytosolic factor family (phosphoglyceride transfer protein family) similar to SEC14 cytosolic factor (SP:P45816) [Candida lipolytica] At5g05780 26S proteasome regulatory subunit S12 (RPN8), putative contains similarity to 26s proteasome regulatory subunit s12 (proteasome subunit p40) (mov34 protein) SP:P26516 from [Mus musculus] At4g29410 60S ribosomal protein L28 (RPL28C) unknown protein chromosome II BAC F6F22 - Arabidopsis thaliana,P1D:g3687251 _At3g07440 expressed protein est hits to genscan imodel At1 879350 expressed protein At5g35180 expressed protein At5g08520 expressed protein contains similarity to Ibox binding factor At1g03680 thioredoxin M-type 1, chioroplast precursor (TRX-M1) nearly identical to SP At4g07340 contains similarity to Xenopus laevis replication protein Al (SW:RFA1_XENLA) At3g50440 hydrolase, alpha/beta fold family similar to ethylene-induced esterase [Citrus sinensis] GI:14279437, polyneuridine aldehyde esterase [Rauvolfia serpentina] N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR GI:6651393; contains Pfam profile PF00561: hydrolase, alpha/beta fold family At1g54480 leucine rich repeat protein family contains leucine richrepeat (LRR) domains Pfam:PF00560, INTERPRO:IPR001611; contains similarity to disease resistance protein GI:3894383 from [Lycopersicon esculentum] At3g13222 expressed protein At4g34570 bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 2 (DHFR-TS) (THY-2) identical to SP Tableau IV: N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAIR At3g27690 light harvesting chlorophyll A/B binding protein, putative similar to chlorophyll A- B binding protein 151 precursor (LHCP) GB:P27518 from [Gossypium hirsutum] At3g48730 glutamate-1-semialdehyde 2, 1-aminomutase 2 (GSA 2) (glutamate-1- semialdehyde aminotransferase 2) (GSA-AT 2) identical to GSA2 [SP At3g18810 protein kinase -related similar to somatic embryogenesis receptor-like kinase GB:AAB61708 from [Daucus carota] _ expressed protein ethylene-responsive protein ER6 - Lycopersicon esculentum, At3g58450 EMBL:AF096262 At2g18040 peptidyl- prolyl cis-trans isomerase -related similar to ESS1 (S.cerevisiae) and dodo (D.melanogaster.) At3g03800 syntaxin of plants SYP131 similar to s:yntaxin GB:CAA74913 [Loligo pealei] At4g38740 peptidylprolyl isomerase ROC1 At5g15490 UDP-glucose dehydrogenase-related protein UDP-glucose 6dehydrogenase - Glycine max, EMBL:U53418 At1g74150 Kelch repeat-containing protein low similarity to mgB protein, Dictyostelium _ discoideum, PIR:S68824; contains Pfam profile PF01344: Kelch motif At5g40520 expressed protein predicted proteins, Arabidopsis thaliana At4g10020 short-chain dehydrogenase/reductase family protein similar to sterol-binding dehydrogenase steroleosin GI:15824408 from [Sesamum indicum] At2g14630 hypothetical protein contains Pfam profile PF03004: Plant transposase (Ptta/En/Spm family) At3g08943 pseudogene, importin beta subunit similarto importin-betal GB:BAA34861, importin-beta2 GB:BAA34862 [Oryza sativa; frameshift At2g41970 protein kinase, putative similar to Pto kinase interactor 1 (serine/threonine protein kinase) [Lycopersicon esculentum] gi At2g04750 fimbrin related AtCg00040 matK: maturase At5g06340 diadenosine 5',5"-P1,P4-tetraphosphate hydrolase, putative similar to diadenosine 5',5"'-Pl,P4-tetraphosphate hydrolase from [Lupinus angustifolius] _profile GI:1888557, [Hordeum vulgare subsp. vulgare] GI:2564253; contains Pfam PF00293: NUDIX domai? At1g17170 glutathione transferase, putative One of three repeated putative glutathione transferases. 72% identical to glutathione transferase [Arabidopsis thaliana] (gi AtCg00960 rrn4.5S: 23S ribosomal RNA At1967150 hypothetical protein At2g24400 auxin-induced (indole-3-acetic acid induced) protein, putative (SAUR_d) similar to SAUR-AC-like protein (small auxin up RNA) (GI:4455308) from [Arabidopsis N d'accès Description (gènes homologues identifiés dans d'autres organismes) TAI R thaliana]; auxin-induced protein TGSAUR22 (GI:10185820) [Tulipa gesnerian] At1g06560 expressed protein At2g43640 signal recognition particle protein 14kD, ATSRP14 -related At5g61700 ABC transporter family protein ABC family transporter, Entamoeba histolytica, EMBL:EH058 AtCg01050 ndhD: NADH dehydrogenase subunit 4 At1 g78980 leucine-rich repeat transmembrane protein kinase, putative similar to leucine- rich repeat transmembrane protein kinase 2 GI:3360291 from [Zea mays] At2g24640 ubiquitin carboxyl terminal hydrolase -related At3g50170 hypothetical protein various predicted genes, Arabidopsis thaliana and Oryza sativa At3g25190 integral membrane protein -related contains Pfam profile: PF01988 integral membrane protein; similar to nodulin-21 GB:CAA34506 [Glycine max] At5g41970 GAMM1 protein-related At5g58020 expressed protein protein x 0001, Homo sapiens, EMBL:AF117231 At1 g52080 expressed protein At5g55050 GDSL-motif lipase/hydrolase protein similar to family II lipases EXL3 GI:15054386, EXL1 GI:15054382, EXL2 Gl:15054384 from [Arabidopsis thaliana]; contains Pfam profile PF00657: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase At4g30610 serine carboxypeptidase -related probable SERINE CARBOXYPEPTIDASE II-2 PRECURSOR - HORDEUM VULGARE,PIR2:T05701 At1g19210 AP2 domain transcription factor, putative similarto AP2 domain transcription factor GI:4567204 from [Arabidopsis thaliana] At2g33330 expressed protein contains Pfam PF01657: Domain of unknown function At1g13940 expressed protein identical to hypothetical protein GB:AAD39280 GI:5080770 from [Arabidopsis thaliana] At5g09840 expressed protein similar to unknown protein (emb At1g11915 expressed protein At2g41620 expressed protein At5g56910 expressed protein similar to unknown protein (pir At1 g62200 oligopeptide transporter -related similar to oligopeptide transporter 1-1 GI:510238 from [Arabidopsis thaliana]; contains non- consensus GA donor site at intron 4 At2g18640 geranylgeranyl pyrophosphate synthase (GGPS2/GGPS5)(farnesyltranstransferase), putative similar to gi:1944371; contains GB:L22347 At4g09260 hypothetical protein nearly identical with protein T8A17_40 cause of location on repetitive section At5g14240 expressed protein various predicted proteins from D. melanogaster, H. sapiens and S. pombe At5g17310 UDP-glucose pyrophosphorylase De préference ledit acide nucléique d'adressage a une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm d'un gène sélectionné dans le groupe constitué des gènes montrés dans le Tableau V. Les gènes montrés dans le Tableau V correspondent au gène codant le facteur eucaryote d'initiation de la traduction eIF4E et à une sélection de gènes figurant dans le Tableau III ayant un différentiel d'expression en faveur du stroma versus le chloroplaste, en faveur du stroma versus les ARN totaux, et en faveur du chloroplaste versus les ARN totaux. Tableau V N d'accès Description Séquence TAIR codante At5g38120 4-coumarate:CoA ligase (4-coumaroyl-CoA synthase) family SEQ ID No.1 similar to 4CL2, Arabidopsis thaliana [gi:12229665], 4CL1, Nicotiana tabacum [gi:12229631]; contains Pfam AMP-binding enzyme domain PF00501 At4g04710 calcium-dependent protein kinase, putative (CDPK) similar to SEQ ID No.3 calcium-dependent protein kinase [Nicotiana tabacum] gi At5g13350 auxin-responsive - like protein Nt-gh3 deduced protein, SEQ ID No.5 Nicotiana tabacum, EMBL:AF123503 At4g30230 hypothetical protein SEQ ID No.7 At2g01710 DnaJ protein family simlar to AHM1 [Triticum aestivum] SEQ ID No.9 GI:6691467; contains Pfam profile PF00226: DnaJ domain At2g19750 40S ribosomal protein S30 (RPS30A) SEQ ID No.11 At5g24600 expressed protein similar to unknown protein (pir SEQ ID No.13 At5g56670 40S ribosomal protein S30 (RPS30C) SEQ ID No.15 At2g44630 Kelch repeat containing F-box protein family similar to SKP1 SEQ ID No.17 interacting partner 6 [Arabidopsis thaliana] GI:10716957; contains Pfam profiles PF00646: F-box domain, PF01344: Kelch motif At2g10850 enveloperelated protein identical to GB:AAD20656 SEQ ID No.19 At3g01810 expressed protein similar to unknown protein SEQ ID No.21 At5g47200 GTP-binding protein, putative similar to GTP-binding protein SEQ ID No.23 GI:303750 from [Pisum sativum] At5g66230 expressed protein similar to unknown protein (emb SEQ ID No.25 At1g71030 myb family transcription factor similar to MybHv5 GI:19055 from SEQ ID No.27 [Hordeum vulgare] At1g02410 expressed protein contains similarity to cytochrome c oxidase SEQ ID No. 29 assembly protein cox11 GI:1244782 from [Saccharomyces cerevisiae] At5g52610 F-box protein family contains F-box dornain Pfam:PF00646 SEQ ID No.31 At2g28290 SNF2 domain/helicase domain-containing protein similar to SEQ ID No.33 transcriptional activator HBRM [Homo sapiens] GI:414117; contains Pfam profiles PF00271: Helicase conserved C- terminal domain, PF00176: SNF2 family N-terminal domain Atlg10660 expressed protein SEQ ID No.35 At5g49160 DNA (cytosine-5)-methyltransferase (DNA methyltransferase) SEQ ID No.37 (DNA metase) (sp At5g35180 expressed protein SEQ ID No.39 At4g18040 translation initiation factor eIF4E SEQ ID No.41 Selon un mode de réalisation préféré, ledit acide nucléique d'adressage a une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm du gène codant le facteur eucaryote d'initiation de la traduction eIF4E. Il peut s'agir de la séquence codante identifiée chez Arabidopsis thaliana (SEQ ID No.41) et/ou de ses homologues dans les autres espèces et plus particulièrement dans la tomate et le piment (brevet WO03/066900). La séquence transcrite de l'acide nucléique d'adressage utilisé pour mettre en oeuvre la méthode selon l'invention est préférentiellement celle d'un ARNm d'un gène nucléaire qui est endogène (c'est-à-dire présent naturellement dans le génome nucléaire de la cellule qui est transformée) ou qui est exogène à la cellule végétale (par exemple un gène nucléaire dont un ARNm a été détecté dans un plaste dans une cellule appartenant à une autre espèce végétale que celle de la cellule transformée). De préférence, le gène nucléaire est endogène à la cellule végétale transformée. Par "acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage" on entend que l'acide nucléique d'intérêt et l'acide nucléique d'adressage sont génétiquement liés, c'est-à-dire qu'ils font partie d'une même construction nucléotidique (ADN, ARN ou mixte ADN/ARN). De préférence ledit acide nucléique d'intérêt est fusionné audit acide nucléique d'adressage. L'acide nucléique d'intérêt peut être une séquence d'ADN ou d'ARN. De la même manière l'acide nucléique d'adressage peut être une séquence d'ADN ou d'ARN. L'acide nucléique d'intérêt lié à l'acide nucléique d'adressage peut être un acide nucléique mixte ADN/ARN. De préférence l'acide nucléique d'intérêt et l'acide nucléique d'adressage sont tous deux une séquence d'ADN. De préférence également, l'acide nucléique d'intérêt et l'acide nucléique d'adressage sont tous deux une séquence d'ARN. La cellule végétale peut être transformée avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage de manière à obtenir une expression stable d'au moins ledit acide nucléique d'intérêt. Selon ce mode de réalisation, l'acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage peut se présenter sous la forme d'une construction comprenant une séquence d'ADN d'intérêt liée à une séquence d'ADN d'adressage, ladite construction étant intégrée dans le génome nucléaire de la cellule végétale. La transcription de cette construction dans le noyau produit un transcrit comprenant une séquence d'ARN d'intérêt liée à une séquence d'ARN d'adressage, le transcrit étant alors adressé vers un plaste de la cellule transformée. La cellule végétale peut aussi être transformée avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage de manière à obtenir une expression transitoire d'au moins ledit acide nucléique d'intérêt et ceci par des méthodes connues de l'homme de l'art comme par exemple l'utilisation de polyéthylène glycol (PEG), une molécule non toxique capable d'induire la déstabilisation de la membrane plasmique et qui permet le transfert de l'ADN à travers celle-ci. Les molécules d'ADN peuvent alors migrer jusqu'au noyau, où certaines d'entre elles, avec une efficacité plus ou moins grande, sont susceptibles de s'intégrer dans les chromosomes. L'ADN peut aussi être encapsulé dans des liposomes, petites vésicules artificielles de phospholipides, capables de fusionner avec des protoplastes. Enfin, il est possible de faire de l'électroporation de protoplastes ce qui consiste à soumettre un mélange de protoplastes et d'ADN à une série de chocs électriques de courte durée et de tension élevée. Ces méthodes permettent d'étudier l'expression transitoire dans des protoplastes, et d'obtenir des plantes transgéniques pour les espèces chez lesquelles on maîtrise la régénération à partir de protoplastes. L'acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage peut donc se présenter sous la forme d'une construction comprenant une séquence d'ARN d'intérêt liée à une séquence d'ARN d'adressage, ladite construction étant intégrée dans le cytosol de la cellule végétale. Cette construction d'ARN est alors adressée vers un plaste de la cellule transformée. Ledit acide nucléique d'intérêt peut être une séquence codant une protéine, en particulier une protéine hétérologue. Par "protéine hétérologue" on entend une protéine qui n'est pas exprimée par la cellule végétale non transformée. Il peut s'agir d'une protéine recombinante normalement exprimée chez un organisme eucaryote, par exemple une protéine d'origine humaine, animale, ou végétale. Il peut s'agir en particulier: d'une protéine d'intérêt thérapeutique et/ou prophylactique telle que l'insuline, la lipase gastrique, le collagène, ou un allergène; - de la protéine HppD ou 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase de Pseudomonas fluorescens qui permet de moduler la biosynthèse de tocopherol dans les plantes (HPPD; Garcia et al. 1997, 1999; Norris et al., 1998), - d'une protéine conférant une résistance à un herbicide tel que le précurseur de l'acétolactate synthétase (ALS), (Lee et al., 1988), l'acétolactate synthétase mutée (Preston et Powles, 2002), ou de la 3-énolpyruvylshikimate-5-phosphate synthétase (EPSP synthétase) (Klee et al., 1987) ; - d'une protéine conférant une capacité à fixer l'azote ou à la photosynthèse accrue, une protéine conférant une résistance accrue à la sécheresse, au sel, ou aux températures extrêmes, par exemple; - d'une protéine conférant une résistance à des pathogènes tels que des insectes, champignons, bactéries, virus etc, telle qu'un inhibiteur de protéase, par exemple un inhibiteur de trypsine (Hilder et al., 1987), une toxine, par exemple les toxines de Bacillus thuringiensis (Vaeck et al., 1987; Fischhoff et al., 1987), etc. Ledit acide nucléique d'intérêt peut aussi être une séquence non codante, telle qu'une séquence d'ARN antisens ou une séquence d'ADN dont le transcrit est un ARN antisens, ou encore un ARN interférant (ARNi, Sharp, 2001). Pour une description générale de la technologie antisens, l'homme du métier peut se référer par exemple à l'ouvrage Antisense DNA and RNA , (Cold Spring Harbor Laboratory, D. Melton, ed. 1988). La construction nucléotidique comprenant les acides nucléiques 15 d'intérêt et d'adressage peut être préparée par toute méthode connue de l'homme du métier, par exemple par synthèse in vitro. La construction nucléotidique 'utilisée pour transformer la cellule végétale dans la méthode d'adressage selon l'invention fait également l'objet de la présente demande. L'invention concerne plus particulièrement une construction d'acide nucléique comprenant un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe constitué par les gènes figurant dans le tableau V. Ledit gène nucleaire est donc sélectionné dans le groupe des gènes ayant pour séquence codante SEQ ID No.1, SEQ ID No.3, SEQ ID No.5, SEQ ID No.7, SEQ ID No.9, SEQ ID No.11, SEQ ID No.13, SEQ ID No.15, SEQ ID No.17, SEQ ID No.19, SEQ ID No.21, SEQ ID No.23, SEQ ID No.25, SEQ ID No.27, SEQ ID No. 29, SEQ ID No.31, SEQ ID No.33, SEQ ID No.35, SEQ ID No.37, SEQ ID No.39 et SEQ ID No.41 identifiées chez Arabidopsis thaliana et/ou leurs séquences homologues chez d'autres espèces. Les constructions nucléotidiques mises en oeuvre dans l'invention peuvent être des cassettes d'expression comprenant une séquence d'acide nucléique d'intérêt lié à une séquence d'acide nucléique d'adressage, associées à des éléments permettant l'expression de la séquence d'acide nucléique d'intérêt dans les cellules végétales, notamment un promoteur et un terminateur de transcription, ou encore un activateur. D'autres éléments tels que les introns, enhancers, séquences de polyadénylation et dérivées peuvent également être présents. La cassette d'expression peut aussi contenir des séquences 5' non traduites dites "leader". De telles séquences peuvent améliorer la traduction De très nombreux promoteurs de transcription peuvent être utilisés pour l'expression dans des cellules végétales. II peut s'agir d'un promoteur constitutif, tel que le promoteur Actine-Intron-actine, correspondant à la région en 5' non codante du gène de l'actine 1 du riz et son premier intron (Mc Elroy et al., 1991; GenBank n S44221). La présence du premier intron actine permet d'augmenter le niveau d'expression d'un gène lorsqu'il est fusionné en 3' d'un promoteur. Il peut également s'agir d'un promoteur inductible ou tissu-spécifique, par exemple afin que l'acide nucléique d'intérêt ne soit adressé vers un plastide qu'à certains stades de développement de la plante, que dans certaines conditions environnementales, ou que dans certains tissus-cibles. Des exemples de promoteurs tissu-spécifiques incluent le promoteur du virus de la Chlorelle régulant l'expression du gène de l'adénine méthyltransférase (Mitra et Higgins, 1994) ou le promoteur du virus de la mosaïque du manioc (Verdaguer et al., 1998) qui s'expriment principalement dans les tissus verts, ou les éléments régulateurs du promoteur du gène2A11 de la tomate qui permettent une expression spécifique dans les fruits (Van Haaren et Houck, 1991). Parmi les terminateurs, on peut notamment citer: - le terminateur 3' Nos, terminateur de la nopaline synthase qui correspond à la région en 3' non codante du gène de la nopaline synthase provenant du plasmide Ti d'Agrobacteirum tumefaciens souche à nopaline (Depicker et al., 1982), et - le terminateur 3' CaMV, correspondant à la région 3' non codante de la séquence du virus à ADN bicaténaire circulaire de la mosaïque du choufleur produisant le transcrit 35S (Franck et al. 1980; GenBank n V00141). L'acide nucléique d'intérêt peut être associé ou le cas échéant constitué d'une séquence codant pour un agent de sélection. Peuvent être notamment utilisés des gènes qui confèrent une résistance à un antibiotique tel que l'hygromycine, la kanamycine, la bléomycine ou la streptomycine ou à des herbicides tels que le glufosinate, le glyphosate ou le bromoxynil. Préférentiellement, ledit gène codant un agent de sélection est choisi parmi le gène bar (White et al. 1990; GenBank n X17220) qui confère la résistance à l'herbicide Basta (glufosinate) et le gène NPTII qui confère la résistance à la kanamycine (Bevan et al., 1983). Pour la mise en oeuvre de l'invention il est ainsi fourni un vecteur, notamment un plasmide, contenant au moins une construction d'acide nucléique telle 5 que décrite précédemment. L'invention porte en outre sur un hôte cellulaire, notamment une bactérie telle que Agrobacterium tumefaciens, transformé par ledit vecteur. Un tel hôte cellulaire est utile pour transfecter des cellules de plante avec un vecteur selon l'invention. L'invention concerne également une cellule végétale transformée avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant détectable dans un plaste. De préférence ledit ARNm est un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe constitué par les gènes figurant dans le tableau V et le gène eIF4E. La transformation de cellules végétales peut être réalisée par transfert d'un vecteur dans les protoplastes, notamment après incubation de ces derniers dans une solution de polyéthylèneglycol (PG) en présence de cations divalents (Ca2+) selon la méthode décrite dans l'article de Krens et al.(1982). La transformation des cellules végétales peut également être réalisée par électroporation notamment selon la méthode décrite dans l'article de Fromm et al. (1986). La transformation des cellules végétales peut encore être réalisée par utilisation d'un canon à gène permettant la projection, à très grande vitesse, de particules métalliques recouvertes des séquences d'ADN d'intérêt, délivrant ainsi des gènes à l'intérieur du noyau cellulaire, notamment selon la technique décrite dans l'article de Finer et al. (1992) . Une autre méthode de transformation des cellules végétales, est celle de la micro-injection cytoplasmique ou nucléaire. De préférence les cellules végétales sont transformées par un vecteur par le biais d'un hôte cellulaire lui-même transformé par ledit vecteur, l'hôte cellulaire étant susceptible d'infecter lesdites cellules végétales en permettant l'intégration dans le génome de ces dernières, des séquences d'acide nucléique d'intérêt initialement contenues dans le génome du vecteur susmentionné. Avantageusement, l'hôte cellulaire utilisé est Agrobacterium tumefaciens, notamment selon les méthodes décrites dans les articles de Bevan (1984) et d'An et al. (1986), ou encore Agrobacterium rhizogenes, notamment selon la méthode décrite dans l'article de Robaglia et al, (1987). De manière préférentielle, la transformation des cellules végétales est réalisée par le transfert de la région T du plasmide circulaire extrachromosomique inducteur de tumeurs Ti d'Agrobacterium tumefaciens, en utilisant un système binaire (Watson et al., 1994). Pour ce faire, deux vecteurs sont construits. Dans un de ces vecteurs, la région d'ADN-T a été éliminée par délétion, à l'exception des bords droit et gauche, un gène marqueur étant inséré entre eux pour permettre la sélection dans les cellules de plantes. L'autre partenaire du système binaire est un plasmide Ti auxiliaire, plasmide modifié qui n'a plus d'ADN-T mais contient toujours les gènes de virulence vir, nécessaires à la transformation de la cellule végétale. Ce plasmide est maintenu dans Agrobacterium. L'invention concerne aussi la production de plantes transgéniques susceptible d'être régénérées à partir de la cellule végétale transformée, de même que les plantes transgéniques ainsi obtenues. L'invention comprend également les cellules et tissus végétaux, ainsi que les organes ou parties de plantes, y compris feuilles, tiges, racines, fleurs, fruits, et/ou graines obtenues à partir de ces plantes. De préférence la cellule végétale selon l'invention est une cellule de plante sélectionnée dans le groupe constitué du maïs, du blé, de la tomate, du tabac, et du riz. Méthode de production de protéines d'intérêt dans les plastes La méthode d'adressage vers un plaste selon l'invention permet d'obtenir la translocation d'un ARN vers un plaste et donc une expression localisée au niveau du plaste de la protéine éventuellement codée par cet ARN. La production de protéines dans les plastes de cellules végétales est avantageuse en termes de facilité d'extraction, mais aussi de stabilité, puisque certaines protéases seraient peu représentées dans les plastes, et en particulier les chloroplastes. L'invention concerne donc une méthode de production d'au moins une protéine d'intérêt dans un plaste d'une cellule végétale comprenant les étapes consistant à : a) transformer une cellule végétale avec un acide nucléique codant une protéine d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage, la séquence transcrite dudit acide nucléique d'adressage étant celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant détectable dans un plaste d'une cellule végétale; et b) exprimer ledit acide nucléique codant une protéine d'intérêt. De manière avantageuse, ladire méthode de production contient une étape supplémentaire d'extraction des protéines du plaste par les méthodes usuelles et connues de l'homme du métier. Le plaste peut être sélectionné dans le groupe constitué d'un chloroplaste, d'un amyloplaste, d'un chromosplaste, d'un étioplaste, d'un gérontoplaste, et d'un proplaste. Préférentiellement ledit plaste est un chloroplaste. De préférence ledit ARNm détectable dans un plaste est caractérisé par une concentration dans un plaste supérieure à sa concentration cytoplasmique. De préférence encore la concentration dans un plaste dudit ARNm est au moins 2 fois supérieure à sa concentration cytoplasmique. La détermination des concentrations respectives de l'ARNm dans le plaste et le cytoplasme peut être effectuée conformément aux méthodes décrites dans la présente demande. De préférence encore, ledit acide nucléique d'adressage selon l'invention a une séquence d'ADN ou d'ARN dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe par les gènes figurant dans le tableau V. Ledit gène nucleaire est clonc sélectionné dans le groupe des gènes ayant pour séquence codante SEQ ID No.1, SEQ ID No.3, SEQ ID No.5, SEQ ID No.7, SEQ ID No.9, SEQ ID No.11, SEQ ID No.13, SEQ ID No.15, SEQ ID No.17, SEQ ID No.19, SEQ ID No.21, SEQ ID No.23, SEQ ID No.25, SEQ ID No.27, SEQ ID No.29, SEQ ID No.31, SEQ ID No.33, SEQ ID No.35, SEQ ID No.37, SEQ ID No.39 ou SEQ ID No.41 identifiées chez Arabidopsis thaliana et/ou leurs séquences homologues chez d'autres espèces. Selon un mode de réalisation préféré, ledit acide nucléique d'adressage a une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm du gène codant le facteur eucaryote d'initiation de la traduction eIF4E. Avantageusement ledit acide nucléique codant une protéine d'intérêt est fusionné audit acide nucléique d'adressage. L'acide nucléique codant une protéine d'intérêt et l'acide nucléique d'adressage peuvent être tous deux une séquence d'ADN. L'acide nucléique codant une protéine d'intérêt et l'acide nucléique d'adressage peuvent aussi être tous deux une séquence d'ARN. La cellule végétale peut être transformée avec ledit acide nucléique codant une protéine d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage de manière à obtenir une expression transitoire ou stable de la protéine d'intérêt, de préférence de manière à obtenir une expression stable. La protéine d'intérêt peut être une protéine hétérologue. Par "protéine hétérologue" on entend une protéine qui n'est pas exprimée par la cellule végétale non transformée. II peut s'agir d'une protéine recombinante normalement exprimée chez un organisme eucaryote, par exemple une protéine d'origine bactérienne, humaine, animale, ou végétale. Il peut s'agir en particulier d'une protéine d'intérêt agronomique, telle qu'une protéine conférant à la plante une résistance à un herbicide (par exemple le Basta), une protéine (une toxine ou protéase, par exemple) conférant à la plante une résistance à des pathogènes tels que des insectes, champignons, bactéries, virus etc, une protéine conférant une capacité à fixer l'azote ou à la photosynthèse accrue, une protéine conférant une résistance accrue à la sécheresse, au sel, ou aux températures extrêmes. Il peut aussi s'agir d'une protéine d'intérêt industriel, telle qu'une enzyme utilisée dans des procédés agrochimiques. La protéine peut aussi être une protéine d'intérêt thérapeutique et/ou prophylactique, comme l'insuline par exemple. L'invention ne se limite pas à cette méthode de production et toutes méthodes connues par l'homme du métier peut être envisagées. En particulier, on peut envisager l'utilisation d'un opéron pour la production des protéines dans le plaste. Un opéron est une unité de l'expression et de la régulation des gènes bactériens comprenant des gènes structuraux et des éléments de contrôle dans l'ADN, reconnue par des produits de gènes régulateurs. L'invention comprend également le mode de mise en oeuvre dans lequel l'ARN d'intérêt est sous la forme d'un ARN de type opéron, donnant plusieurs protéines, après traduction dans le plaste. Ce mode de mise en oeuvre permet d'obtenir la production coordonnées de plusieurs protéines dans le plaste, en utilisant un seul construit. Un système de production de protéine dans le plaste comprenant l'opéron lactose (opéron inductible sous contrôle négatif) peut être utilisé selon un mode de réalisation de l'invention. Méthode d'identification d'ARN capables d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste Les inventeurs ont montré que des ARNm, transcrits de gènes nucléaires, qui ont été localisés dans des plastes, et en particulier qui sont présents dans les plastes avec une concentration supérieure à leur concentration cytoplasmique, permettent de transioquer une séquence d'ARN à laquelle ils sont liées depuis le noyau et/ou le cytosol d'une cellule végétale vers un plaste. L'invention propose donc une méthode d'identification d'un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale dans laquelle on détermine la concentration d'un ARN candidat dans un plaste et dans le cytoplasme d'une cellule végétale, et où on identifie comme un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale un ARN dont la concentration dans le plaste est supérieure à sa concentration dans le cytoplasme. De préférence on identifie comme un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale un ARN dont la concentration dans le plaste est au moins 2 fois supérieure à sa concentration dans le cytoplasme. Pour identifier ces ARN d'intérêt on peut utiliser une méthodologie telle que décrite dans l'exemple 1. On peut par exemple marquer une population d'ARN plastidiaux et une population d'ARN totaux, chacune avec cy3 et cy5, respectivement. Pour comparer la concentration relative d'un gène X dans ces deux populations, on peut procéder à un "dye swap", c'est-à-dire mettre respectivement à hybrider sur deux lames portant un oligonucléotide spécifique du gène X, les mélanges (population d'ARN plastidiaux)-cy3 + (population d'ARN totaux)-cy5 et (population d'ARN plastidiaux)-cy5 + (population d'ARN totaux)-cy3. Le niveau d'hybridation à l'oligonucléotide est quantifié en mesurant la moyenne des intensités de fluorescence cy3 et cy5, normalisées en soustrayant le bruit de fond local, pour une même population d'ARN (acquisition des images à l'aide de ArrayScanner Generation lll, Molecular Dynamics, et numérisation des images à l'aide de Image Quant 5.2, Amersham Biosciences) . Le niveau relatif de l'ARNm du gène X dans les ARN plastidiaux par rapport aux ARN totaux est alors estimé en calculant le rapport de la moyenne d'intensité de fluorescence dans les ARN plastidiaux sur la moyenne d'intensité de fluorescence dans les ARN totaux. On peut identifier comme un ARN d'intérêt un ARN pour lequel la rnoyenne géométrique des intensités moyennes de fluorescence dans les populations d'ARN plastidiaux et totaux est supérieure à -2, et pour lequel le rapport de la moyenne d'intensité de fluorescence dans les ARN totaux sur la moyenne d'intensité de fluorescence dans les ARN plastidiaux est compris entre 0 et 0,5. Les exemples suivants illustrent l'invention sans en limiter sa portée. 5 EXEMPLES Exemples 1: Identification d'ARNm de gènes nucléaires ayant une localisation plastidiale Matériels et méthodes Purification des chloroplastes d'Arabidopsis thaliana Les chloroplastes bruts ont été obtenus à partir de feuilles d'Arabidopsis thaliana selon une méthode dérivée du protocole décrit par Ferro et al., (Mol Cell Proteomics, 2003). Toutes les opérations ont été menées à 0-5 C dans des tampons dépourvus de RNAse. Avant le début de l'extraction, préparer 6 tubes contenant 30 ml d'une solution contenant: 50% de Percoll, sorbitol 0,4 M, Tricine-KOH 20 mM, MgCl2 5 mM et EDTA 2,5 mM. Préformer les gradients de Percoll pour la purification des chloroplastes par centrifugation à 38700 g pendant 55 min (rotor Sorvall SS-34). Stocker les tubes contenant ces gradients de F'ercoll préformés à 0-5 C. Les plantes (400-500 g de feuilles) sont placées dans l'obscurité à 4 C pendant la nuit précédant l'extraction, lavées à l'eau désionisée puis séchées sur papier filtre avant broyage. Le matériel (400-500 g de feuilles pour 2 litres de tampon de broyage contenant: sorbitol 0,4 M, Tricine-KOH 20 mM pH 8,4, EDTA 10 mM, NaHCO3 10 mM et 0.1 mg/mL de sérum albumine bovine (BSA) dégraissée) deux fois 2 secondes dans un Waring Blendor à faible vitesse. Le broyat est filtré rapidement à travers 4-5 couches de gaze et une épaisseur de nylon blutex. La solution filtrée est répartie équitablement dans 6 tubes à centrifugation (500 ml chacun) et centrifugée à 2070 g pendant 2 min (rotor Sorvall GS 3). Le surnageant est éliminé et les culots d'organites sont repris dans un volume final de milieu de lavage contenant: sorbitol 0,40 M, Tricine-KOH 20 mM, pH 7.6, MgCl2 5 mM, EDTA 2,5 mM. Déposer la suspension de chloroplastes (6 ml par tube) au sommet des gradients de Percoll préformés. Centrifuger les gradients à 13,300 g pendant 10 min (swinging rotor Sorvall HB-6). Récupérer les chloroplastes intacts (une bande de couleur vert foncé localisée dans la partie basse du gradient) avec une pipette. Diluer 3-4 fois la suspension de chloroplastes intacts dans 200-300 ml de milieu de lavage contenant: sorbitol 0,40 M, Tricine-KOH 20 mM, pH 7.6, MgCl2 5 mM, EDTA 2,5 mM. Centrifuger la suspension à 2070 g pendant 2 min (rotor Sorvall SS-34). Récupérer chaque culot, contenant les chloroplastes lavés, purifiés et intacts pour la préparation des ARNs et/ou la prépartion du stroma. A la fin de cette étape, le rendement de chloroplastes intacts est de 50 à 60 mg de protéines. Contrôle de la pureté des organites purifiés La pureté des chloroplastes purifiés est contrôlée à l'aide de différentes méthodes. (1) Des marqueurs enzymatiques: par exemple, la Fumarase (EC 4.2.1.2), marqueur de la contamination par des mitochondries; Hydroxypyruvate reductase (EC 1.1.1.81), marqueur de la contamination par des peroxisomes; (2) Des marqueurs immunologiques: par exemple, des anticorps dirigés contre la sous-unité T de la glycine-decarboxylase (marqueur de la contamination par des mitochondries); des anticorps dirigés contre l'histone H3 (marqueur de la contamination par des noyaux). (3) des études protéomiques qui n'ont pas permis de détecter des protéines issues des noyaux, des mitochondries, ou du cytosol dans l'enveloppe des plastes d'Arabidopsis purifiés selon ce protocole. Purification du stroma des chloroplastes d'Arabidopsis thaliana Toutes les opérations ont été menées à 0-5 C dans des tampons dépourvus de RNAse. Les chloroplastes intacts et purifiés à partir de feuilles d'Arabidopsis thaliana ont été lysés dans un milieu hypotonique contenant, MOPSNaOH 10 mM, pH 7,8, MgCl2 4 mM). Le stroma a été purifié à partir du lysat par centrifugation sur gradients (6 tubes, 13.2 ml, Ultraclear, Beckman) de saccharose contenant: MOPS-NaOH 10 mM, pH 7.8, MgCl24 mM en trois couches de 0,3 M, 0,6 M et 0,93 M saccharose. Les chloroplastes lisés (ajuster à un volume final de 21 ml) sont déposés au sommet des gradients de saccharose (3,5 ml par tube). Les tubes sont centrifugés à 70000 g pendant 1 h (rotor E3eckman SW41-Ti). Après cette étape de centrifugation, le stroma, localisé au sommet du gradient est prélevé pour les extractions d'acides nucléiques. A la fin de cette étape, le rendement en stroma est d'environ 30 mg de protéines. Contrôle de la pureté du stroma purifié La pureté du stroma purifié est contrôlée à l'aide de différents marqueurs immunologiques: par exemple, des anticorps dirigés contre la protéine E 37 ou la protéine ceQORH (marqueurs de la contamination par l'enveloppe des chloroplastes); des anticorps dirigés contre les protéines LHCPs (marqueurs de la contamination par des thylacoïdes). Ces études n'ont pas permis de détecter des protéines issues de l'enveloppe ou des thylacoïdes dans les fractions de stroma purifiées selon ce protocole. Extraction de l'ARN des chloroplastes Un culot de chloroplastes purifiés conservé à -80 C est mis en suspension par homogénéisation au vortex dans 7 ml de tampon d'extraction (50 mM Tris-HCI pH 8, 300 mM NaCl, 2% SDS, 5 mM EDTA pH 8, 0,5 mM d'acide aurintricarboxylique, 14,3 mM (3mercaptoéthariol, 0,5% polyvinylpyrrolidone, PM 360 000) préparé extemporanément, puis placé au bain-marie à 65 C pendant 15 min en agitant toutes les 2-3 minutes. La solution est divisée et transférée dans deux tubes, puis centrifugée à 12 500 g à température ambiante pendant 15 min. Le surnageant est transféré dans un nouveau tube auquel sont ajoutés 0,35 ml de KOAc 3M, pH 4,8. La solution est homogénéisée et laissée dans la glace 30 minutes avant centrifugation à 10000 g pendant 10 min à 4 C. (1) Le surnageant est transféré dans un nouveau tube et 2 ml de phénol/chloroforme/alcool isoamylique (IAA) (25:24:1) sont ajoutés. La solution est homogénéisée au vortex pendant 2 à 3 min puis centrifugée à 4 000 g pendant min. L'étape (1) est répétée jusqu'à l'homogénisation puis 2 ml de chloroforme sont ajoutés à la phase aqueuse, la solution est homogénéisée au vortex pendant 2 à 3 min avant centrifugation pendant 15 min à 4000 g. Les deux surnageants sont transférés dans un seul tube contenant 100 rng de PVPP, puis incubés 20 min à 78 C en agitant doucement toutes les 2 à 3 minutes. Le tube est ensuite refroidi sur de la glace. On ajoute 2,85 ml d'eau et 10,85 ml de chloroforme/IAA (24:1) par 8 ml de surnageant, puis la solution est homogénéisée au vortex pendant 2 à 3 min avant centrifugation pendant 10 min à 4000 g. Le surnageant est transféré dans un tube et 4 ml de chloroforme/IAA (24: 1) sont ajoutés, l'ensemble est homogénéiser au vortex puis centrifuger 10 min à 4000g. Le surnageant est transféré dans un nouveau tube et 8ml d'isopropanol sont ajoutés. L'ensemble est mélangé et incubé à -20 C pendant 12h. Après centrifugation à 5000 g pendant 45 min à 4 C, le culot est lavé avec de l'éthanol 70% avant d'être repris dans 500 pI d'eau et centrifugé à 10000 g pendant 5 min à 4 C. Le surnageant est alors transféré dans un tube Eppendorf où on ajoute 1 ml d'eau et 391 pI de LiCI 8M puis laissé 3 h à 4 C. Après centrifugation à 10000 g pendant 20 min à 4 C, le culot est lavé avec de l'éthanol 70% puis repris dans 100 pI d'eau sans RNase. Extraction d'ARN stroma/ Environ 1 ml de surnageant de stroma congelé est transféré dans un tube contenant un mélange, préalablement chauffé à 80 C, contenant 2 ml de tampon TLES (Tris pH 8 100 mM, LiCI 100 mM, EDTA pH 8 10 mM, SDS 1%, PVPP 1%, PVP 1%, 5 mM DTT) et 2 ml de phénol. Après homogénisation (2 min au vortex) et centrifugation (15 min 4000 g), la phase supérieure est prélevée. 1 ml de tampon TLES est ajouté à la phase phénolique résiduelle, puis le mélange est agité et centrifugé. La phase supérieure est prélevée et rassemblée avec celle préalablement mise de côté. Une solution de LiCI 8M est ajoutée de façon à obtenir une concentration LiCI 2M finale, l'ARN est ainsi précipité une nuit à 4 C. Après centrifugation le culot est repris dans 100 pl d'eau. L'ARN est purifié à l'aide du kit Rneasy (Qiagen). Selon le protocole du fabricant, 350 pI de tampon RLT+ 3,5 pl de E-Mercaptoéthanol et 250 pI d'éthanol absolu sont ajoutés; l'ensemble est homogénéisé et centrifugé 15 secondes à 10000 rpm. 500pl de tampon RPE sont ajouté sur la membrane et l'ensemble est centrifugé 15 secondes à 10000 rpm. L'éluat est eliminé et la colonne est lavée à nouveau avec 500 pl de tampon RPE l'ensemble est centrifugé 2 minutes à 10000 rpm une première fois puis une seconde pour éliminer les traces d'éthanol. L'ARN est elué en ajoutant 30 pl d'eau RNase free sur la colonne. Après 1 minute, l'ensemble est centrifugé 1 minute 10000 rpm. L'élution est renouvelée avec 30 pl d'H20. Les 2 éluats sont rassemblés et la solution est dosée. Extraction des ARN totaux de feuilles 1 g de matériel végétal est broyé dans de l'azote liquide. La poudre obtenue est transférée dans un flacon contenant 2 ml de phénol et 2 ml de tampon TLES préalablement chauffés à 80 C; l'ensemble est mélangé au vortex pendant 2 min avant d'ajouter 2 ml de chloroforme/Isoamyl Alcool (C/IA) (24: 1) et de mélanger à nouveau au vortex pendant 2 min puis de centrifuger 12 min à 5000 g à 15 C. Le surnageant est récolté. 1 ml de tampon TLES est ajouté à la phase phénolique restante; on mélange au vortex pendant 2 min et avant de centrifuger 10 min à 5000 g à 15 C. Le surnageant est à nouveau prélevé et rassemblé avec le premier surnageant récolté. Une ou plusieurs extractions au phénol/chloroforme/acide isoamylique (25:24:1) peuvent être effectuées si une interface blanchâtre entre la phase aqueuse et la phase phénolique est visible Un volume de chloroforme/Isoamylic alcool est ajouté à la phase aqueuse issue de l'extraction par le mélange phénol/chloroforme/alcool isoamylique. On mélange au vortex pendant 2 min et avant de centrifuger 10 min à 5000 g à 4 C. Le surnageant est récolté et la concentration de la solution est ajustée à 2M de LiCl avec du LiCI 8M. L'ARN précipite une nuit à 4 C. Le mélange est centrifugé 45 min à 12000 rpm à 4 C puis le culot est resuspendu avec 100 pl d'H2O MilliQ pour Mini RNA Clean Up (Qiagen). L'ARN est purifié à l'aide du kit Rneasy (Qiagen). 350 pI de tampon RLT+ 3,5 pl de f3-Mercaptoéthanol (ajouté extemporanément) et 250 pl d'éthanol absolu sont ajoutés, l'ensemble est homogénéisé et centrifugé 15 secondes à 10000 rpm. 500pl de tampon RPE sont ajoutés sur la membrane et l'ensemble est centrifugé 15 secondes à 10000 rpm. L'éluat est eliminé et la colonne est lavée à nouveau avec 500 pl de tampon RPE; l'ensemble est centrifugé 2 minutes à 10000 rpm une première fois puis une seconde pour éliminer les traces d'éthanol. L'ARN est elué en ajoutant 30 pI d'eau RNase free sur la colonne. Après 1 minute, l'ensemble est centrifugé 1 minute 10000 rprn. L'élution est renouvelée avec 30pl d'H2O. Les 2 éluats sont rassemblés et la solution est dosée. Synthèse des sondes marquées Cy3 ou Cy5 à partir des ARN totaux É Synthèse de la sonde marquée Cy3 ou Cy5 3 pg d'ARN totaux sont placés dans 8,5 pl d'H2O sans RNase. On ajoute 0,5 pI de spike 2 pl de nonamères aléatoires. Le mélange est incubé 10 minutes à 70 C puis placé dans la glace pendant 1 min et centrifugé. Le mélange est ensuite incubé 10 minutes à température ambiante. On prépare un tampon d'incubation, à ajouter à l'ARN, qui comprend pour une sonde 4 pl de tampon 5x SSII, 2 pl 0,IM DU, 1 pI d'un mélange de dNTP, l pl de dCTP Cy3 ou Cy5, 200 U de Superscript II (Invitrogen). Le mélange d'incubation est ajouté à l'ARN et incubé 10 minutes à température ambiante, puis 3 heures à 42 C. 2 pl de NaOH 2,5 M sont ajoutés. Le tout est incubé alors 10 minutes à 37 C, puis sont ajoutés 10 pl de tampon HEPES 2MpH8. É Purification de la sonde marquée Cy3 ou Cy5 Les sondes sont purifiées à l'aide du Kit de purification QIAGEN selon le protocole du fournisseur. Brièvement, 500 pl de tampon PB sont ajoutés à la sonde. Le mélange est déposé sur colonne puis centrifugé pendant 2 min à 14000 rpm, la colonne est lavée par ajout de 500 pl de tampon de lavage PE puiscentrifugée 1 min 14000 rpm, le tube collecteur est vidé et 500 pl de tampon de lavage PE sont ajoutés l'ensemble est centrifugé 1 min à 14000 rpm; le tube collecteur est vidé puis 500 pl de tampon de lavage PE sont ajoutés, l'ensemble est centrifugé 1 min à 14000 rpm, le tube collecteur est vidé puis centrifugé 1 min à 14000 rpm pour assécher correctement la colonne. La colonne est placée dans un nouveau tube collecteur, et 50 pl de tampon d'élution sont ajoutés sur la membrane et laissés 1 min à température ambiante. L'ensemble est centrifugé 1 min à 14000 rpm. Une seconde elution est effectuée comme précedemment à l'aide de 50 pl de tampon d'élution. Préparation des lames (spotting) Les lames utilisées pour l'hybridation sont préalablement spottées à l'aide d'un robot (spotter Lucidea, Amersham Biosciences). Les 26000 oligonucléotides (set unigene 26K Operon) , chacun correspondant à un gène du génome d'Arabidopsis, sont répartis dans des plaques format 384, en solution dénaturante, à une concentration de 2 pM. Les 130 amplicons correspondants aux gènes du génome de chloroplaste et aux transcrits mitochondriaux sont en solution dénaturante à une concentration de 50 ng/pl. L'ensemble de la matrice Arabidopsis (génome nucléaire et organites) est déposé sur des lames de verre Type 7 Star (Amersham Bioscience). Les lames sont séchées dans l'enceinte du spotter à une hygrométrie de 50 % toute une nuit. Puis, chaque lame est exposée sous UV à 500 mJ pendant 15 secondes (cross- linking). Hybridation sur lame Classiquement lorsque l'on effectue une expérience microarray et que l'on compare le niveau d'expression dans un échantillon A par rapport à un échantillon B, plusieurs répétitions techniques (3) d'un dye Swap sont réalisées. Un dye-swap , ou inversion de fluorochromes, est une deuxième expérience d'hybridation avec inversion des deux fluorochromes par rapport à la population. Cela correspond donc à deux hybridations sur deux lames différentes. Les données issues de l'hybridation des deux lames sont habituellement traitées ensemble. Pour une expérience en swap classique, 6 tubes sont préparés de la façon suivante: 3 x tube A contenant 50 prnoles Population A cy3 + 50 pmoles Population B cy5, et 3 x tube B contenant 50 pmoles Population B cy3 + 50 pmoles Population A cy5. Les sondes sont evaporées au speed yack. Préhybridation des lames: les lames sont préhybridées dans une solution préparée extemporanément de composition suivante: 5X SSC, 0.1% SDS, 0.1% BSA. La solution est placée à 42 C pendant 2 heures puis les lames sont trempées dans le tampon à 42 C sous agitation pendant 45 min. Les lames sont rinçées dans 3 bains successifs d'eau puis séchées à l'azote. 6 lames qui se suivent dans l'ordre de spotting d'une même sessions 20 de spotting sont associées comme suit avec les tubes de sondes: Position N N+ 1 N + 2 N +3 N + 4 N +5 Tube A A A B B B Traitement des lamelles: les lamelles sont immergées dans une solution de SDS 1% et incubées dans un sonicateur pendant 5 minutes. Les lamelles sont rincées 5 fois avec de l'eau milliQ puis immergées dans EtOH 70%. Les lamelles sont séchées à l'azote. Hybridation: après évaporation, chaque sonde (tube A ou B) est reprise dans 10,5 pI H2O et 3 pI d'ADN fractionné de sperme de hareng (0, 1 mg/ml, Ci 1 mg/ml), et dénaturée 2 minutes à 95 C, 30% formamide, 1X tampon d'hybridation Amersham Biosciences. Les sondes sont dénaturées 2 min à 95 C puis conservées dans la glace. Pour l'hybridation, la sonde est déposée sur la lamelle et la lame recouvre la lamelle. L'ensemble est déposé dans une chambre d'hybridation Corning et incubé au bain-marie à 37 C durant 16 heures. Les lames sont lavées sous agitation dans les bains succesifs suivants: 2X SSC 0,1% SDS 5 min à 37 C, 2X SSC 0,1% SDS 5 min à 37 C, 0,2X SSC 1 minute à température ambiante, 0,1X SSC 1 min à température ambiante puis dans l'eau. Les lames sont séchées à l'azote puis scannées. Acquisition des images La lecture optique des puces est réalisée à l'aide d'un scanner ArrayScanner Generation Ill (Molecular Dynamics) muni de deux lasers. Ces deux lasers excitent les deux molécules fluorescentes, Cy3 et Cy5 par émission des deux longueurs d'onde respectives de 550 nm et de 649 nm. Les photons émis en retour par les fluorochromes sont captés par un photomultiplicateur (PMT) réglé à 700 V et transformés en signal électrique amplifié qui est converti en deux images numériques en niveau de gris, une pour chaque longueur d'onde. Traitement des images Les images numérisées sont visualisées à l'aide du logiciel Image Quant 5.2 (Amersham Biosciences) pour contrôler leur qualité globale. Ensuite, le logiciel ArrayVision 7.0 (Amersham Biosciences) permet l'analyse des images et la méthode utilisée fournit entre autres paramètres une valeur des intensités mesurées pour chaque spot ainsi que le bruit de fond avoisinant. C'est à cette étape que les spots sont annotés, le logiciel attribue à chaque spot ses coordonnées et l'identifiant du gène qui lui correspond. Normalisation Pour les comparaisons ARNtotaux ARNchloro et ARNtotaux_ARNstroma, il a été choisi d'effectuer une normalisation par swap. Dans ce cas, 2 lames d'un swap sont associées et pour chaque intensité, le bruit de fond local est soustrait. La moyenne des intensités correspondant à la même population d'ARN est calculée. Le bruit de fond pouvant être parfois supérieur à la valeur de fluorescence mesurée, la poyenne des intensités mesurée pour une population peut être une valeur négative. Le rapport des 2 moyennes est determinée (RatioAB). Lorsqu'il y a plusieurs réplicats techniques un deuxième ratio (ratioAB 2) est calculé. On calcule également un facteur A, qui est la moyenne géométrique des intensités moyennes mesurées dans chacune des deux populations d'ARN comparées (par exemple A = ,/IntARNtotaux*IntARNchloro si IntARNtotaux>0 et IntARNchloro>0, ou A = jIntARNtotaux * IntARNchloro si IntARNtotaux Pour la comparaison ARNstroma ARNchloro, la procédure de normalisation est différente. 3 répétitions techniques ou 3 swaps (6 lames) ont été réalisées. Le bruit de fond a été soustrait des intensités et les 6 lames ont été normalisées indépendamment par la méthode Loess par bloc (Lonnstedt et Speed, 2002). Pour chaque lame, le ratio intensité stroma/intensité chloro est calculé puis converti en loge. La moyenne des 6 valeurs de log2(ratio) est calculée et correspond à M. Le RatioAB est le rapport de la moyenne des intensités correspondant à l'ARNstroma sur la moyenne des intensités correspondant à l'ARNchloroplaste. Un test statistique bayesien (Yang et al., 2002) a été appliqué pour comparer les 6 valeurs d'intensité correspondant à la population d'ARN chloro au 6 valeurs d'intensité correspondant à la population d'ARN stroma. Le ratio stroma/chloro est la moyenne des 6 ratios stroma/chloro de chaque lame. T est la valeur du test statistique, pvalue est la p value correspondante et B correspond à la probabilité que le ratio chloro/stroma soit différent de 0 sur la probabilité que le ratio soit égale à 1. Quand B est supérieur à 0 le gène a une probabilité plus grande d'être différentiellement exprimé que d'être invariant. Résultats La comparaison des ARNtotaux avec les ARNstroma a permis d'identifier les 1222 gènes d'Arabidospsis listés dans le Tableau I. Les gènes sélectionnés répondaient aux critères suivants: A>-2 pour les 3 swaps, moyenne des ratios ARNtotaux ARNstroma des swaps compris entre 0 et 0,5 et coefficient de variation Une comparaison des ARNchloro avec les ARNtotaux a permis d'identifier les 1315 gènes d'Arabidospsis répondant aux critères suivants: A>-2 pour les 3 swaps, moyenne des ratios ARNtotaux ARNchloro des swaps compris entre 0 et 0,5 et coefficient de variation Une comparaison ARNstroma/ARNchloro, avec une normalisation de type Loess par bloc, a conduit à la sélection de 109 gènes (Tableau III) dont l'expression est supérieure dans le stroma par rapport au chloroplaste à et aux ARN totaux et dont l'expression est supérieure dans le chloroplaste par rapport aux ARN totaux. Ces gènes répondent aux critères: valeur du test statistique Bayesien>0 et M>0. Une liste de 46 gènes, montrée dans le Tableau IV, a été établie en croisant deux sélections de gènes. La première sélection de 287 gènes a été effectuée à partir d'une comparaison ARNchloro/ARNtotaux sur la base des critères suivants: moyenne des ratios AB des swaps >1,5, variance 5 s'il n'y a pas de seuil de variance. La deuxième sélection de 706 gènes a été effectuées à partir d'une comparaison ARNtotaux/ARNstroma sur la base des critères suivants: moyenne des ratios des 2 swaps 0,2 s'il n'y a pas de seuil de variance. Les 46 gènes identifiés sont les gènes communs à ces deux sélections. Exemple 2: Mise en évidence d'un adressage de l'ARNm du 20 facteur d'initiation de la transcription eucaryote 4E (eIF4E) vers les chloroplastes Matériels et méthodes Analyse par Hybridation et synthèse des sondes ARN L'hybridation in situ a été effectuée comme décrit dans Rodriguez et al. (1998) avec des antisens marqués à la digoxygénine. Les sondes ARN et les - analyses par Nothern blot ont été effectuées selon les procédures standard (Sambrook et al., 1989). Les sondes d'ADNc ont été marquées par amorçage aléatoire en utilisant du 32P-dCTP et les sondes ARN ont été marquées par transcription in vitro en utilisant soit du 32P-UTPou la digoxygénine (DIG RNA Labelling kit, Roche diagnostics). Purification des chloroplastes et extraction d'acides nucléiques Toutes les opérations ont été menées à 0-5 C. Les chloroplastes bruts ont été obtenus à partir de feuilles (6 g de A. thaliana, 30 g de N. tabacum, 100 g de L. sativa ou 4 kg de S. oleracea). Les plantes ont été placées dans le noir à 4 C pendant la nuit et les chloroplastes ont été extraits dans un tampon isoosmotique (A. thaliana et N. tabacum: TRIS-Hcl pH 8, 20 mM, EDTA, 0,33 M Sorbitol, 0,1% Ilmercaptoethanol; L. Sativa: 0,4 M sorbitol, 10 mM NaCl, 50 mM MOPS pH 7; S.oleracea: 0,33 M saccharose, 20 mM MOPS pH 7.8) et purifiés par centrifugation isopycnique sur gradients de Percoll préformés (Douce et Joyard, 1982). Les chloroplastes de N. tabacum ont aussi été obtenus à partir de protoplastes comme décrit dans Charbonnier et al. (1987). Les chloroplastes intacts purifiés de S. oleracea ont été lysés dans un milieu hypotonique, et le stroma, et les membranes de thylakoïde et d'enveloppe ont été purifiés à partir du lysat par centrifugation sur gradients de saccharose, (Douce and Joyard, 1982). L'ARN ou l'ADN chloroplastique des fractions souschloroplastiques ont été extraits des chloroplastes intacts purifiés ou des fractions sous-plastidiales purifiées par extraction au phénol/chloroforme et précipitation à l'éthanol. Pour les analyses par Southern blot, les acides nucléiques chloroplastiques ont été traités avec de la ARNase et digérés avec les enzymes de restriction appropriées. Traitement des chloroplastes purifiés par ARNase et protéase Les protoplastes intacts purifies de N. tabacum ont été incubés avec 50 pl de ARNase One (Promega) dans le tampon d'extraction pendant 20 min sur la glace avant extraction de l'ARN. Pour les chloroplastes de L. sativa, cinquante nanogrammes de protéine recombinante cpSRP43 de A thaliana portant un tag-Histidine (ayant un site de clivage par la trypsine en aval du tag-Histidiine) et 50 pg d'ARN antisens AtelF4E (correspondant au cDNA de eIF4E d'A. thaliana, qui ne présente pas d'hybridation croisée avec le mRNA de eIF4E de L. sativa) marqué à la digoxygénine ont été ajoutés aux chloroplastes de L. sativa purifiés avant incubation avec de la trypsine (650 unités). Après 5 min d'incubation sur la glace, 10 pg d'ARNase A ont été ajoutés avant d'incuber pendant 4 min à température ambiante. Une aliquote du mélange a été mélangée avec le tampon de dénaturation de protéine pour une détection par western blot séparée à l'aide d'un anticorps anti-tag- Histidine. L'ARN a été purifié à partir du reste du mélange d'incubation et une aliquote a été utilisée pour une détection directe de l'ARN AtelF4E marqué à la digoxygénine après transfert sur membrane. Le reste de l'ARN a été utilisé pour une hybridation Northern blot avec la sonde ARN antisens LseIF4E marquée à la digoxygénine. Production de plantes transgéniques et bombardement de particules L'ADNc AteIF4EI a été amplifié par PCR et cloné en amont et dans le cadre de lecture du gène de la green fluorescent protein 4 (mGFP5) sous le contrôle du promoteur 35S du virus de la mosaïque du chou-fleur (CaMV) (Von Arnim et al., 1998). La cassette de gene chimère a alors été placée dans le vecteur binaire pPZPBASTA (un dérivé de pPZP; Hajdukiewicz et al., 1994). La transformation d'Arabidopsis par Agrobacterium a été effectuée conformément à Bechtold et al. (1983). Le bombardement de particules à l'aide d'un canon à particules pneumatique (Bio-Rad PDS- 1000/He, pression d'hélium de 1 550 psi, disques de rupture 1 350 psi, distance de la cible 10 cm, microbilles en or de 1 pm) et l'observation par microscopie laser confocale (TCS-SP2, Leica, Deerfield, IL) ont été effectués comme décrit dans Ferro et al. (2002). Résultats L'ARNm de elFAE1 est localisé dans les chloroplastes chez quatre espèces de plantes différentes Les expériences d'hybridation in situ avec une sonde eIF4EI de A thaliana (AteIF4EI) ont montré que le signald'hybridation est associé aux chloroplastes. Des recherches de similarités dans des banques de données ayant révélé l'absence de similarité de séquence entre l'ARNm de AtelF4E1 et l'ADN chloroplastique d'A. thaliana, les inventeurs ont cherché à caractériser davantage cette observation. Une analyse Northern blot a été effectuée sur de l'ARN extrait de chloroplastes purifiés à partir d'A. thaliana. L'ARNm elF4E peut être détecté dans l'extrait d'ARN chloroplastique par la sonde ARN antisens Ate/F4E1. Le faible niveau de contamination de la préparation d'ARN chloroplastique par de l'ARN cytosolique a été vérifié en utilisant une sonde ARNr 28S. L'ARNm de AteIF4E a aussi été détecté spécifiquement dans la fraction d'ARN chloroplastique par RT-PCR. De l'ARN chloroplastique a également été purifié à partir de Nicotiana tabacum; il a ainsi été observé qu'une sonde d'ADNc de elF4E de N. tabacum s'hybridait à l'ARN chloroplastique (NteIF4E). La contamination la préparation d'ARN chloroplastique par de l'ARN nucléaire ou cytosolique a été exclue en utilisant une sonde pour le petit ARN nucléaire U6 et une sonde d'ADNc du gène de la nitrite réductase (Nir), respectivement. Une sonde chloroplastique, PsbB, a détecté les ARNm correspondant dans tous les extraits. En outre, le traitement des chloroplastes intacts purifiés avec de l'ARNase, avant l'extraction d'ARN, ne fait pas disparaître le signal correspondant à l'ARNm de NteIF4E, ce qui suggère que l'ARNm est protégé de l'activité ARNase soit par des complexes protéiques à la surface du chloroplaste, soit par les membranes d'enveloppe des chloroplastes intacts. Pour vérifier si l'ARNm de e1F4E peut se lier à la membrane externe, des chloroplastes ont été purifiés à partir de Lactuca Sativa (laitue), ce qui permet d'obtenir de meilleurs rendements en chloroplastes que la purification à partir d'A. thaliana et de N. tabacum. Les chloroplastes ont été traités avec une combinaison de trypsine et d'ARNase pour supprimer tout ARN qui pourrait être protégé par des complexes protéiques associés à la membrane. L'hybridation avec une sonde e1F4E de L. sativa (LseIF4E) a montré que l'ARNm de LseIF4E était protégé des traitements combinés par la protéase et par l'ARNase. L'efficacité de ces traitements a été évaluée par ajout, aux chloroplastes purifiés, de protéine recombinante exogène marquée par un tag-Histidine (cpSRP43) et d'ARN Ate/F4E marqué à la digoxygénine. La disparition de la protéine cpSRP43 et de l'ARN AteIF4E après traitement par la protéase et l'ARNAse, alors que l'ARNm de LseIF4E était détecté, a montré que l'ARNm de LseIF4E est probablement localisé à l'intérieur de l'enveloppe chloroplastique. Des expériences d'hybridation contrôle ont révélé l'absence d'hybridation croisée entre la sonde e1F4E de L. sativa et l'ADN chloroplastique purifié ou l'ARN mitochondrial. Spinacia oleracea (épinard) a ensuite été utilisé en tant que source de chloroplastes pour obtenir les fortes quantités de chloroplastes nécessaires à un fractionnement en fractions d'enveloppe, de thylakoïdes et de stroma séparées. L'hybridation de la sonde LseIF4E démontre que l'ARNm homologue de S. oleracea e1F4E (SoeIF4E) était localisé dans le stroma chloroplastique, ce qui exclut la localisation de SoeIF4E dans l'espace intermembranaire de l'enveloppe des chloroplastes et valide ainsi la vectorisation de l'ARN à travers à la fois les membranes externes et internes des enveloppes de chloroplastes. Une fusion des ARNm de eIF4E1 et de la GFP est vectorisée vers les chloroplastes L'ARNm codant la GFP (Green Fluorescent Protein, mGFP5) a ensuite été fusionné en 3' de l'ARN m AtelF4E1 sous le contrôle du promoteur 35S de CaMV et des lignées A. thaliana transgéniques ont été produites. Une lignée exprimant l'ARNm hybride a été sélectionnée et utilisée pour préparer de l'ARN chloroplastique. L'hybridation avec une sonde GFP a montré que l'ARN m hybride est effectivement localisé dans la fraction chloroplastique, comme il avait été observé avec l'ARNm AteIF4EI. Ces résultats démontrent donc que l'adressage de l'ARNm eIF4E dans les chloroplastes se produit dans quatre espèces de plante différentes et constitue donc une caractéristique générale des cellules de plantes. De plus, ces résultats confirment les résultats observés sur puce, et démontre qu'un ARN détecté préférentiellement comme associé au chloroplaste est effectivement transloqué à l'intérieur du plaste. C'est la première fois qu'est rapportée l'importation dans les chloroplastes d'un ARN endogène provenant d'un autre compartiment cellulaire. La protéine elF4E est un des régulateurs clé de la traduction générale et spécifique chez les eucaryotes (Gingras et al., 1999) mais il n'est pas nécessaire à la traduction des ARNm chloroplastique qui sont dépourvus de la structure en coiffe ( cap ) (Sugiura et al., 1998). Un mode de régulation fréquemment observé de l'activité traductionnelle de la cellule est la séquestration de elF4E par des protéines de liaison (Gingras et al., 1999; Groisman et al., 2002). Comme une grande quantité de protéines doivent être synthétisées dans le cytoplasme de manière coordonnée avec les besoins des chloroplastes, la séquestration chloroplastique de l'ARNm eIF4E peut être un moyen de régulation de l'activité traductionnelle dans le cytosol en fonction du statut physiologique du chloroplaste. Les échanges d'ARN entre le cytosol et les chloroplastes peuvent constituer un nouveau niveau d'intégration cellulaire chez les plantes. Références An G (1986). Development of plant promoter expression vectors and their use for analysis of differential activity of nopaline synthase promoter in transformed cells. Plant Physiol 81: 86-91 Bechtold N, Ellis J, Pelletier G (1993) In planta Agrobacterium mediated gene transfer by infiltration of adult Arabidopsis thaliana plants. 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Méthode d'adressage d'un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale, ladite méthode comprenant la transformation d'une cellule végétale avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant détectable dans un plaste. 2. Méthode selon la revendication 1, dans laquelle l'acide nucléique 10 d'adressage dont la séquence est transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire endogène. 3. Méthode selon la revendication 1 ou 2, dans laquelle ledit plaste est sélectionné dans le groupe constitué d'un chloroplaste, d'un amyloplaste, d'un chromosplaste et d'un proplaste. 4. Méthode selon l'une des revendications 1 à 3, dans laquelle ledit ARNm est caractérisé par une concentration dans un plaste supérieure à sa concentration cytoplasmique. 5. Méthode selon la revendication 4, dans laquelle ledit ARNm est caractérisé par une concentration dans un plaste au moins 2 fois supérieure à sa concentration cytoplasmique. 6. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, dans laquelle ledit acide nucléique d'adressage a une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm d'un gène sélectionné dans le groupe constitué des gènes ayant pour séquence codante SEQ ID No.1, SEQ ID No.3, SEQ ID No.5, SEQ ID No.7, SEQ ID No.9, SEQ ID No.11, SEQ ID No.13, SEQ ID No.15, SEQ ID No.17, SEQ ID No.19, SEQ ID No.21, SEQ ID No.23, SEQ ID No.25, SEQ ID No.27, SEQ ID No.29, SEQ ID No.31, SEQ ID No.33, SEQ ID No.35, SEQ ID No. 37, SEQ ID No. 39 et SEQ ID No.41. 7. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, dans laquelle ledit acide nucléique d'adressage a une séquence transcrite qui est celle d'un ARNm d'un gène codant le facteur eucaryote d'initiation de la traduction eIF4E. 8. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans laquelle ledit acide nucléique d'intérêt est un ADN. 9. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans laquelle ledit acide nucléique d'intérêt est un ARN. 10. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, dans laquelle ledit acide nucléique d'adressage est un ADN. 11. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 et 9, dans 15 laquelle ledit acide nucléique d'adressage est un ARN. 12. Méthode selon l'une des revendications 1 à 11, dans laquelle ledit acide nucléique d'intérêt code une protéine hétérologue. 13. Construction d'acide nucléique comprenant un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe constitué des gènes ayant pour séquence codante SEQ ID No.1, SEQ ID No.3, SEQ ID No.5, SEQ ID No.7, SEQ ID No.9, SEQ ID No.11, SEQ ID No. 13, SEQ ID No.15, SEQ ID No.17, SEQ ID No.19, SEQ ID No.21, SEQ ID No.23, SEQ ID No.25, SEQ ID No.27, SEQ ID No.29, SEQ ID No.31, SEQ ID No.33, SEQ ID No.35, SEQ ID No.37, SEQ ID No.39 et SEQ ID No.41. 14. Cellule végétale transformée avec un acide nucléique d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage dont la séquence transcrite est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire sélectionné dans le groupe constitué des gènes ayant pour séquence codante SEQ ID No.1, SEQ ID No.3, SEQ ID No.5, SEQ ID No.7, SEQ ID No.9, SEQ ID No.11, SEQ ID No. 13, SEQ ID No.15, SEQ ID No. 17, SEQ ID No.19, SEQ ID No.21, SEQ ID No.23, SEQ ID No.25, SEQ ID No.27, SEQ ID No.29, SEQ ID No.31, SEQ ID No.33, SEQ ID No.35, SEQ ID No.37, SEQ ID No.39 et SEQ ID No.41. 15. Plante transgénique susceptible d'être régénérée à partir de la 5 cellule végétale transformée selon la revendication 14. 16. Méthode de production d'au moins une protéine d'intérêt dans un plaste d'une cellule végétale comprenant les étapes consistant à : a) transformer une cellule végétale avec un acide nucléique codant une 10 protéine d'intérêt lié à un acide nucléique d'adressage, la séquence transcrite dudit acide nucléique d'adressage étant celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant détectable dans un plaste d'une cellule végétale; et b) exprimer ledit acide nucléique codant une protéine d'intérêt. 17. Méthode selon la revendication 16, dans laquelle la séquence transcrite dudit acide nucléique d'adressage est celle d'un ARNm d'un gène nucléaire, ledit ARNm étant caractérisé pair une concentration dans un plaste supérieure à sa concentration cytoplasmique. 18. Méthode d'identification d'un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale dans laquelle on détermine la concentration d'un ARN candidat dans un plaste et dans le cytoplasme d'une cellule végétale, et où on identifie comme un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale un ARN dont la concentration dans le plaste est supérieure à sa concentration dans le cytoplasme. 19. Méthode selon la revendication 18, dans laquelle on identifie comme un ARN capable d'adresser un ARN d'intérêt vers un plaste d'une cellule végétale un ARN dont la concentration dans le plaste est au moins 2 fois supérieure à sa concentration dans le cytoplasme.