Brevet FR2869044A1 — publié le 20051021

GENES POUR LA SYNTHESE DE POLYKETIDES FR-008 Domaine de l'invention La présente invention concerne des gènes pour la synthèse d'un polykétide FR-008 dérivé de Streptomyces sp. FR-008. Arrière-plan de l'art apparenté Les polykétides, qui sont des composés synthétisés à partir d'unités à deux carbones par l'action de polykétide synthases via une série de condensations et de modifications successives, sont produits par plusieurs bactéries, y compris des champignons ou des actinomycètes (Robinson, J.A., Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biot. Sci., 332:107-14, 1991; Hopwood, D.A., Curr. Opin. Biotechnol., 4:531-537, 1993). Les polykétides sont des molécules physiologiquement actives ayant des structures fortement variées et leurs espèces incluent de nombreux composés ayant diverses activités. Généralement, une méthode de production utilisant ces polykétides naturels a rencontré une difficulté en matière d'application industrielle en raison de sa faible efficacité, et a aussi fait face à de nombreuses difficultés économiques et techniques pour la production de composés polykétides par la méthode chimique antérieure. En raison de ces problèmes, des études visant à biosynthétiser efficacement les polykétides naturels ont été réalisées, et une méthode de production 2 2869044 recombinante utilisant des gènes apparentés a commencé à être mise au point. De fait, des études, incluant le clonage, le dosage et le fonctionnement utilisant une technologie recombinante de gènes codant des polykétides synthases, ont été réalisées, et, grâce à de telles technologies, la production de polykétides à un niveau plus élevé que ceux obtenus dans un environnement ou chez un hôte, qui ne produit pas de polykétides, est devenue possible (WO 93/13663; 95/08548; 96/40968; 97/02358; 98/27203; 98/49315; Brevets US N 4 874 748; 5 063 155; 5 098 837; 5 149 639; 5 672 491; 5 712 146; 5 830 750; 5 843 718; Fu, H. et coll., Biochem., 33:9321-6, 1994; McDaniel, R. et coll., Science, 262:1546-50, 1993; Kuhstoss, S. et coll., Gene, 183:231-6, 1996). Les polykétides naturels sont synthétisés par l'activité continue d'environ 50 espèces d'enzymes, les polykétides synthases (PKS), et de protéines porteuses, de manière similaire à la synthèse des acides gras (Robinson, J.A., Philos. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci., 332:107-14, 1991; Hopwood, D.A., Curr. Opin. Biotechol., 4:651-7, 1993). Par exemple, la structure centrale de l'érythromycine est constituée par environ 25 réactions enzymatiques continues. Les PKS comportent deux types, l'un étant le type modulaire et l'autre le type itératif (Khosla, C., Chem. Rev., 97:2577-90, 1997). Dans les PKS modulaires (de type I), toutes les étapes pour l'assemblage et la modification des chaînes de carbone surviennent sur des sites catalytiques 3 2869044 différents, mais dans les PKS itératives (de type II), un site catalytique est utilisé une ou plusieurs fois au cours de la voie biosynthétique. Une PKS modulaire classique comporte plusieurs grands peptides, qui sont divisés en un module de chargement, plusieurs modules d'extension et un module de libération de l'extrémité N-terminale vers l'extrémité C-terminale (Hopwood and Sherman, Annu. Rev. Genet., 24:37-66, 1990). Le module de chargement consiste en de l'acyl- transférase (AT) et en une protéine acyl carrier protein (ACP). En outre, les multiples modules d'extension comprennent fondamentalement de la kétosynthase (KS), de l'AP et de l'ACP, et comprennent souvent une enzyme pour modifier le carbone R de la chaîne de polykétide étendue en plus de ces modules de base. Enfin, le module de libération comprend de la thioestérase (TE) et, dans certain cas, présente une activité de cyclase. Généralement, le module de chargement se lie à un premier bloc constitutif utilisé pour synthétiser les polykétides et a pour action de transférer ce bloc constitutif vers le premier module d'extension. L'AT sur les multiples modules d'extension reconnaît une certaine acyl-CoA (acétyle ou proprionyle) et la transfère vers l'ACP sous la forme d'un thiol-ester. En même temps, l'AT sur chaque module transfère le groupe malonyle d'une certaine malonyle-CoA (malonyle ou malonyle a-substitué) vers l'ACP sur le module sous forme d'un thiol-ester. Ensuite, le groupe acyle sur le module de chargement est transféré vers la KS sur le premier module par transestérification. Le groupe acyle transféré se lie de manière covalente au carbone a du groupe malonyle, et une décarboxylation a lieu pour produire un nouveau groupe acyle avec un squelette comptant deux carbones de plus que l'unité chargée (extension ou élongation). La chaîne de polykétide allongée de deux atomes de carbone de chaque module d'extension est transférée depuis le module d'extension vers le module d'extension suivant sous la forme d'un thiol-ester lié de manière covalente, et soumise à la procédure mentionnée ci-dessus. En plus de la KS, de l'AT et de l'ACP impliquées dans la formation des liaisons C-C, chaque module comprend souvent des enzymes pour modifier le groupe 13kéto d'unités à deux carbones simplement ajoutées à la chaîne de polykétide étendue avant que cette chaîne ne soit transférée au module suivant. Ces enzymes modificatrices incluent la kétoréductase (KR) réduisant un groupe kéto en alcool, la déhydroréductase (DH) formant une double liaison par déshydratation de l'alcool et l'énoyle réductase (ER) convertissant une double liaison en liaison simple. Il existe des modules n'ayant aucune enzyme modificatrice, et des modules comprenant KR(1), KR+DH(2) ou KR+DH+ER(3). Selon ces enzymes modificatrices, l'état d'oxydation du carbone 0 de chaque unité à deux carbones est déterminé (0 = kétone; 1 = alcool; 2 = liaison double; et 3 = liaison simple). Les produits polykétides varieront selon la spécificité de l'AT de chaque module et le type des enzymes modificatrices. Si la chaîne de polykétide étendue est transférée vers le dernier module de la PKS, elle rencontrera le module de libération ou le site thioestérase actif dans lequel le polykétide est tronqué en forme d'anneau. En outre, le polykétide peut être encore modifié en ajoutant un groupe hydrate de carbone ou méthyle à sa molécule centrale ou par une enzyme tailoring (TE) entraînant d'autres modifications. Comme décrit ci-dessus, les polykétides sont formés par la condensation d'unités d'acides carboxyliques sous l'action continue de la PKS. La plupart des gènes de PKS dans les micro-organismes sont connus pour être présents sous forme de batterie dans le chromosome microbien (Hopwood, Chem. Rev., 97:2465-97, 1997). En 1960, des gènes DEBS impliqués dans la formation du 6-désoxyérythronolide B (6dEB) ont été rapportés pour la première fois (Cortes et coll., Nature, 348:176-8, 1990; Donadio et coll., Science, 252:675-9, 1991), et ensuite le clonage et la séquence de base de gènes complets ou partiels pour la synthèse de onze polykétides ont été rapportés jusqu'à présent. Les informations génétiques des polykétides rapportées jusqu'à présent sont résumées dans le tableau 1 ci- dessous. Tableau 1. Informations génétiques concernant les polykétides rapportées jusqu'à présent Polykétide Taille Cadres de Références lecture ouverte (CLO) Avermectine 80 kb 18 CLO US 5 252 474; Ikeda, (contenant 4 et coll., PNAS USA, PKS) 96:9509-14, 1999 FK506 60 kb 6 CLO (contenant Motamedi & Shafiee, 3 PKS) Eur. J. Biochem., 256:528-34, 1998 Rapamycine 110 kb 26 CLO Schwecke, et coll., (contenant 3 PNAS USA, 92:7839-43, PKS) 1995 Rifampicine 90 kb 34 CLO August, et coll., (contenant 5 Chem. Biol., 5:69-79, PKS) 1998 Tylosine 85 kb 41 CLO Cundliffe, et coll., (contenant 5 Ant. van Leeuwen., PKS) 79:229-34, 2001 Nystatine 124 kb 22 CLO Brautaset, et coll., (contenant 6 Chem. Biol., 7:395- PKS) 403, 2000 Pimaricine 85 kb 17 CLO Aparicio, et coll., (contenant 5 Chem. Biol., 7:895- PKS) 905, 2000 Amphotéricine 113 kb 17 CLO Caffrey, et coll., (contenant 6 Chem. Biol., 8:713-23, PKS) 2000 Candicidine D 70 kb 16 CLO Campelo & Gil, (partiel) (contenant 4 Microbiol., 148:51-9, PKS) 2002 Le polykétide FR008 produit dans Streptomyces sp. FR-008 est un macrolide heptaène ayant un 4-aminoacétophénone contenant de l'aglycone, comme dans la candicidine D (Yuan and Zhou, J. Huazhong Agricult. Univ., 9:209, 1990). Comme le polykétide FR-008 a une activité antifongique et également une toxicité élevée contre les larves de moustique, il est fortement utile dans les domaines de l'agriculture et de la médecine (Liang and Zhou, Chinese J. Biotech., 3:130-6, 1987). Le polykétide FR-008 a la formule suivante: Les gènes pour la synthèse du polykétide FR-008 ont été clonés pour la première fois en 1994 (Hu et coll., Mol. Microbiol., 14:163-72, 1994). Hu et coll. ont construit une bibliothèque chromosomique de Streptomyces sp. FR-008 en utilisant un vecteur cosmidique et ont criblé 16 clones cosmidiques contenant des gènes PKS à partir de celle-ci, mais la séquence de base des gènes n'a pas été rapportée. Résumé de l'invention C'est pourquoi les présents inventeurs ont cloné des gènes pour la biosynthèse de polykétides FR-008 dérivés de Streptomyces sp. FR-008 et identifié leur séquence de base, aboutissant ainsi à la présente invention. Ainsi, un premier objet de la présente invention est de fournir la séquence de base de gènes codant des protéines impliquées dans la biosynthèse de polykétides FR-008 dérivés de Streptomyces sp. FR-008. N2N Un autre objet de la présente invention est de fournir une méthode pour produire des variants du polykétide FR-008 comprenant l'étape consistant à cultiver une souche mutante où un ou plusieurs des gènes de la séquence de base mentionnée ci-dessus ont été supprimés ou inactivés. Brève description de l'invention La figure 1 est un schéma sur lequel les gènes contenus dans chaque clone cosmidique utilisé dans la présente invention sont présentés dans une batterie de gènes complète. La figure 2 présente la direction d'une batterie de gènes de FR-008 et un diagramme imaginaire d'un modèle de biosynthèse de polykétide FR-008. Sur la figure 2, les cadres de lecture ouverte (CLO) de A à F représentent des gènes PKR modulaires, les domaines actifs sont représentés par des blocs noirs, le symbole * dans les blocs transparents représente les domaines inactifs, et les caractères en italique représentent les domaines silencieux. La figure 3 présente la comparaison entre FR-008, la candicidine et FR008/candicidine. La figure 4 présente les données de 13C RMN pour 25 FR-008-II. La figure 5 présente les polykétides V, VI, VII, VIII et IX n'ayant pas de sucre attaché, qui ont été produits dans une souche mutante avec disruption génétique fscMl. La figure 6 présente les polykétides X, XI et XII dans lesquels le transfert du groupe amino n'a pas eu lieu et qui ont été produits dans une souche mutante avec disruption génétique fscMll. La figure 7 présente l'activité antifongique de variants de polykétide V, VI, VIII, IX, X, XI et XII. Description détaillée de l'invention du mode de réalisation préparé Dans la présente invention, la séquence de base de gènes complets (138 203 pb) codant des protéines impliquées dans la biosynthèse de polykétides FR-008 dérivés de Streptomyces sp. FR-008 a été analysée. Cette séquence de base comprend des gènes codant les domaines de la kétosynthase (KS), de l'acyltransférase (AT), de la protéine acyl carrier protein (ACP), de la kétoréductase (KR), de la déhydratase (DH) et de l'énoyle réductase (ER) impliqués dans la biosynthèse du polykétide FR-008, ainsi qu les gènes codant des enzymes modificatrices, comme ABC transporteur, la mono-oxygénase du cytochrome P- 450, la ferrédoxine, la thioestérase, la protéine de biosynthèse du sucre, la mono-oxygénase FAD dépendante, la 4-amino-4-désoxychorismate (ADC) synthase et l'ADC lyase. Dans un mode de réalisation, la présente invention fournit la séquence de base complète (SEQ ID N 1) d'une batterie de gènes pour la biosynthèse de polykétides FR-008. SEQ ID N 1 est une séquence de base génétique de 138 203 pb ayant 21 cadres de lecture ouverte consistant en fscA, fscB, fscC, fscD, fscE, 2869044 fscF, fscTl, fscTII, fscRl, fscRII, fscRIII, fscRIV, fscP, fscFE, fscTE, fscMl, fscMII, fscMIII, fscO, pabAB et pabC impliqués dans la biosynthèse du polykétide FR-008. Dans la présente invention, FscA, FscB, FscC, FscC, FscD, FscE et FscF représentent la polykétide synthase modulaire (de type I), FscTI et FscTII représentent la protéine ABC transporteur, FscRI, FscRII, FscRIII et FscRIV représentent la protéine régulatrice, FscP représente la mono-oxygénase du cytochrome P-450, FscFE représente la protéine ferrédoxine, FscTE représente la thioestérase, FscMI représente la glycosyltransférase, FscMII représente la GDP- cétosucre aminotransférase (en anglais GDP- ketosugar aminotransferase), FscMIII représente la GDP-mannose-4,6- déhydratase, FscO représente la monooxygénase FAD dépendante, ADC représente la 4-amino-4-désoxychorismate synthase, et PabC représente l'ADC lyase. Dans un autre mode de réalisation, la présente invention fournit une méthode pour produire des variants du polykétide FR-008 comprenant l'étape consistant à cultiver une souche mutante où un ou plusieurs gènes dans la séquence de base mentionnée ci- dessus ont été supprimés ou inactivés, ainsi que les. variants du polykétide FR-008 produits par cette méthode. Dans ce mode de réalisation, les variants du polykétide FR-008 sont de préférence FR-008-V, FR-008- VI, FR-008-VII, FR-008-VIII, FR-008-IX, FR-008-X, FR- 11 2869044 008-XI et FR-008-XII, les variants ayant les formules suivantes. FR--008-V QH H2N H2N 12 2869044 FR--008-1X F-008-X FR-008-Xi FR--008-XII Dans un autre mode de réalisation, la présente invention fournit une polykétide synthase modulaire (PKS) de FR-008 comprenant les séquences d'acides aminés (a)-(f) suivantes, ainsi qu'un gène la codant: (a) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 2, résidus 51- 465 (acide carboxylique ATP dépendant; CoA ligase (CoL)), 581-647 (ACPL), 661- 1 094 (KS1), 1 202-1 509 (AT1) et 1 596-1 662 (ACP1) : 2; (b) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 3, résidus 8 808-9 221 (KS10), 9 330-9 627 (AT10), 9 680-9 867 (DH10), 10 183-10 366 (KR1O), 469-10 536 (ACP10), 6 966-7 383 (KS9), 7 490-7 792 (AT9), 7 845-8 029 (DH9), 8 331-8 514 (KR9), 9 618-8 685 (ACP9), 5 253-5 675 (KS8), 5 775-6 074 (AT8), 6 127-6 310 (DH8), 6 590-6 773 (KR8), 6 874-6 941 (ACP8), 3 529-3 954 (KS7), 4 059-4 356 (AT7), 4 407- 4 595 (DH7), 4 884-5 063 (KR7), 5 163-5 230 (ACP7), 1 787-2 212 (KS6), 2 318-2 617 (AT6), 2 670-2 859 (DH6), 3 155-3 338 (KR6), 3 438-3 505 (ACP6), 34-460 (KS5), 576-875 (AT5), 928-1 112 (DH5), 1 417-1 596 (KR5) et 1 696-1 763 (ACP5) ; (c) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 4, résidus 3 703-4 103 (KS4), 4 247-4 550 (AT4), 4 600-4 722 (DH4), 5 130- 286 (KR4), 5 389-5 456 (ACP4), 1 597-2 023 (KS3)115 2 139-2 442 (AT3), 2 494-2 684 (DH3), 2 970-3 322 (ER3), 3 325-3 508 (KR3), 3 610-3 677 (ACP3), 33-460 (KS2), 571-874 (AT2), 1 224-1 406 (KR2) et 1 508-1 574 (ACP2) ; (d) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 5, résidus 33-456 (KS21), 545-851 (AT21), 903-1 083 (DH21), 1 378-1 561 (KR21), 1 668-1 735 (ACP21) et 1 814-2 018 (TE21) ; (e) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 6, résidus 5 642-6 069 (KS20), 6 158-6 463 (AT20), 6 515-6 693 (DH20) , 7 017-7 322 (ER20), 7 330-7 512 (KR20), 7 615- 7 682 (ACP20), 4 117-4 544 (KS19), 4 633-4 936 (AT19), 5 263-5 445 (KR19), 5 552-5 619 (ACP19), 2 071-2 498 (KS18), 2 590-2 896 (AT18), 2 948-3 127 (DH18), 3 428-3 733 (ER18), 3 741-3 924 (KR18), 4 025-4 092 (ACP18), 34- 460 (KS17), 548-850 (AT17), 902-1 081 (DH17), 1 384- 1 689 (ER17), 1 697-1 880 (KR17) et 1 982-2 049 (ACP17) ; et une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 7, résidus 7 935-8 352 (KS16), 8 464-8 767 (AT16), 9 099-9 280 (KR16), 9 387-9 452 (ACP16), 6 425-6 845 (KS15), 6 935-7 241 (AT15), 7 559-7 725 (KR15), 7 838-7 898 (ACP15), 4 872-5 297 (KS14), 5 408- 720 (AT14), 6 049-6 225 (KR14), 6 331-6 398 (ACP14), 3 342-3 765 (KS13), 3 872-4 170 (AT13), 4 499-4 676 (KR13), 4 782-4 849 (ACP13), 1 788-2 209 (KS12), 2 313-2 621 (AT12), 2 972-3 150 (KR12), 3 254-3 314 (ACP12), 38-452 (KS11), 563-864 (AT11), 921-1 105 (DH11), 1 410- 1 592 (KR11) et 1 694-1 760 (ACP11). Dans ce mode de réalisation, le gène mentionné ci-dessus a de préférence la séquence de base de SEQ ID N 1, résidus 20 927-26 158 (fscA), 28 98360 860c (fscC), 60 962-77 587c (fscB), 77 983-84 132c (fscF), 84 170- 107 485c (fscE) et 107 496-136 148c (fscD) . L'indication c sur la séquence selon la présente invention montre que la transcription a lieu dans un brin complémentaire en direction opposée. Dans un autre mode de réalisation encore, la présente invention fournit un ABC transporteur ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 8 ou 9, ainsi qu'un gène (fscTl ou fscTII) la codant. Les gènes fscTl et fscTll ont de préférence les séquences de base des résidus 26 333-27 340 et 27 561-28 280 de SEQ ID N 1, respectivement. Dans un autre mode de réalisation encore, la présente invention fournit une protéine régulatrice ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 10, 11, 12 ou 13, et un gène (fscRl, fscRll, fscRIII ou fscRIV) la codant. Les gènes fscRl, fscRII, fscRIII et fscRIV ont de préférence les séquences de base des résidus 3 150-3 818c, 4 377-7 205c, 7 210-10 320c et 10 298-13 315c de SEQ ID N 1, respectivement. En outre, la présente invention fournit une monooxygénase du cytochrome P450 ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 14, ainsi qu'un gène (fscP) la codant. Le gène fscP a de préférence la séquence de base des résidus 16 106-17 287 de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation, la présente invention fournit une protéine ferrédoxine ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 15, ainsi qu'un gène (fscFE) la codant. Le gène fscFE a de préférence la séquence de base des résidus 17 334-17 528 de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation encore, la présente invention fournit une thioestérase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 16 et un gène (fscTE) la codant. Le gène fscTE a de préférence la séquence de base des résidus 17 556-18 413 de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation encore, la présente invention fournit une glycosyltransférase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 17 et un gène (fscMl) la codant. Le gène fscMl a de préférence la séquence de base des résidus 13 522-14 898 de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation encore, la 30 présente invention fournit une GDP-cétosucre aminotransférase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 18 et un gène (fscMll) la codant. Le gène fscMll a de préférence la séquence de base des résidus 14 953-16 011 de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation encore, la présente invention fournit une GDP-mannose-4,6-déhydratase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 19 et un gène (fscMIII) la codant. Le gène fscMIII a de préférence la séquence de base des résidus 136 558- 137 766c de SEQ ID N 1. En outre, la présente invention fournit une monooxygénase FAD dépendante ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 20 et un gène (fscO) la codant. Le gène fscO a de préférence la séquence de base des résidus 5741 950c de SEQ ID N 1. Dans un autre mode de réalisation, la présente invention fournit une ADC synthèse ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 21 et un gène (padAB) la codant. Le gène padAB a de préférence la séquence de base des résidus 18 610-20 781 de SEQ ID N 1. Egalement, la présente invention fournit une ADC lyase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 22 et un gène (pabC) la codant. Le gène pabC a de préférence la séquence de base des résidus 2 264-3 037c de SEQ ID N 1. Ci-après, la présente invention va être décrite plus en détail. Suite à des études antérieures concernant le clonage de gènes pour la synthèse de polykétides FR-30 008, une bibliothèque chromosomique de Streptomyces sp. 17 2869044 FR-008 a été construite en utilisant un vecteur cosmidique, et 16 clones cosmidiques contenant des gènes de PKS ont été criblés à partir de cette bibliothèque chromosomique (Hu et coll., Mol. Microbiol. , 14:163-72, 1994). Dans le même temps, une souche de Streptomyces sp. FR008 utilisée dans la présente invention a été déposée sous le numéro d'accès KCTC 10529BP le 20 octobre 2003 auprès de la Korean Collection for Type Cultures (KCTC). Dans la présente invention, toutes les séquences de base génétiques des clones cosmidiques pHZ145, pHZ137, pHZ220 et pHZ194 parmi 16 clones cosmidiques construits dans l'art antérieur et également le clone plasmidique pJTU6 ont été analysées. Egalement, la séquence génétique de base d'un nouveau clone plasmidique pJTU10 a été analysée. En se fondant sur ce séquençage, une séquence génétique de base (138 203 pb) impliquée dans la biosynthèse de polykétides FR-008 a été identifiée à partir de séquences de base autres que les séquences de base de l'ADN cosmidique et plasmidique (voir figure 1). La présente invention va être décrite ci-dessous plus en détails à l'aide d'exemples. Il sera cependant évident pour l'homme de l'art que ces exemples ne sont donnés qu'à des fins d'illustration et que la portée de la présente invention n'est pas limitée à ni par ces exemples. Exemple 1: Analyse de la séquence de base de gènes PKS 30 de clones cosmidiques 18 2869044 pHZ145, pHZ137, pHZ220 et pHZ194 parmi 16 clones cosmidiques construits par Hu et coll. (Hu et coll., Mol. Microbiol., 14:163-72, 1994) ainsi que le clone plasmidique pJTU6 ont été utilisés pour le séquençage 5 génétique. De l'ADN cosmidique a été fragmenté par traitement aux ultrasons puis soumis à électrophorèse sur gel d'agarose. Les fragments d'ADN de taille adaptée produits ont été isolés des gels d'agarose, et leurs deux extrémités ont été polies avec de la T4 DNA polymérase et de la T4 DNA kinase. Les fragments d'ADN polis ont été clonés dans le plasmide pUC19 digéré avec l'enzyme de restriction SmaI. Pour les cosmides pHZ145, pHZ137 et pJTU6, les fragments d'ADN isolés d'environ 5 kb ont été utilisés. Pour pHZ220 et pHZ194, les fragments d'ADN isolés d'environ 1 kb ont été utilisés. La réaction de séquençage génétique a été réalisée dans chaque clone pUC19 en utilisant un kit de séquençage BigDye Terminator Cycle Sequencing, version 2 (Applied Biosystems, USA) par chimie de séquençage Dye Terminator. Pour le séquençage génétique, un analyseur ABI Prism 3700 DNA (Applied Biosystems, USA) a été utilisé. Comme logiciel d'analyse, la version phrap 0.990329 (@ ww,phrap,org) a été utilisée. Pour la visualisation et l'édition contig, la version consed 11 (t,,r',+ïn'. phrap. org) a été utilisée. Le séquençage génétique a été réalisé au moins six fois pour chaque base. Une séquence de base complète analysée par la méthode décrite ci-dessus comptait 138 203 pb. Le contenu en G+C dans la séquence de base complète était d'environ 74,6 et il y avait 20 cadres de lecture ouverte complets. Les brèches dans le séquençage shotgun ont été remplies par primer walking ou séquençage de clone supplémentaire. Les séquences de base génétique pour l'analyse de cadre de lecture ouverte et la recherche de bases de données de domaine conservé ont été analysées avec FramePlot 2.3.2 (www.hii.go.jp/-iun/cgi- bin/frareplot.pl). Ce séquençage génétique a révélé que des parties des gènes biosynthétiques du polykétide FR-008 étaient détruites dans les quatre clones cosmidiques résultant de l'étude de Hu et coll. et le clone plasmidique. Hu et coll. ont rapporté que le quatrième plasmide pHZ194 contenait la dernière partie des gènes biosynthétiques du polykétide FR- 008 (Hu et coll., Mol. Microbiol., 14:163-72, 1994), mais le séquençage génétique a révélé que le clone cosmidique pHZ194 avait des parties des gènes biosynthétiques du polykétide FR-008, des parties de chromosomes dérivées de Streptomyces sp. FR-008 et deux squelettes cosmidiques pHZ132. Ainsi, afin d'assurer la séquence de base complète des gènes biosynthétiques du polykétide FR-008, un clone cosmidique contenant la dernière partie des gènes synthétiques du polykétide FR-008 a été recherché dans une bibliothèque cosmidique rapportée dans l'article de Hu et coll. Dans une méthode de recherche, une hybridation Southern a été réalisée en utilisant des sondes construites par réaction de polymérase en chaîne (PCR) à partir de parties des gènes biosynthétiques du polykétide FR-008 contenus dans le clone cosmide 2869044 pHZ194. C'est-à-dire que la PCR a été réalisée en utilisant les amorces des SEQ ID N 23 et 24 comme décrites ci-dessous, ce qui a donné un produit PCR d'une longueur de 218 pb. Ce produit de PCR a été soumis à hybridation Southern en utilisant des sondes et il en a résulté que deux clones cosmidiques (pJTU10 et pJTU11) ont pu être identifiés. Le clone cosmidique pJTU10 a été sélectionné et sélectionné pour le séquençage génétique comme décrit ci- dessus, assurant ainsi une séquence génétique complète (138 203 pb) impliquée dans la biosynthèse du polykétide FR-008. 5'-TGCCGCGCTCGCCGACA-3' (SEQ ID N 23) 5'-CGCGTCCGGTGCTCACG-3 (SEQ ID N 24) Le résultat d'analyse de chaque gène est comme suit. Les séquences de base des résidus 20 927-26 158 et 28 983-107 485 de SEQ ID N 1 codent les gènes PKS impliqués dans la synthèse des squelettes macrolide FR-008. Dans deux régions de ce type, six cadres de lecture ouverte sont présents (fscA, fscE, fscC, fscD, fscE et fscF) et, entre les deux régions, des gènes codant deux ABC transporteurs sont présents. La séquence de base et la position de la séquence d'acides aminés de chacun des gènes de PKS sont résumées dans le tableau 2 ci-dessous. Tableau 2. Séquence de base et position de la séquence d'acides aminés de chacun des gènes de PKS Gènes Positions de séquence Séquence d'acides d'acides aminés de SEQ aminés correspondante ID N 1 fscA 20 927- 26 158 SEQ ID N 2 fscC 28 983-60 960c SEQ ID N 3 fscB 60 962- 77 587c SEQ ID N 4 fscF 77 983-84 132c SEQ ID N 5 fscE 84 170- 107 485c SEQ ID N 6 fscD 107 496-136 148c SEQ ID N 7 fscA code un module de chargement et un module d'extension 1. Chaque séquence d'acides aminés pour les domaines PKS du module de chargement et du module d'extension dans fscA est résumée dans le tableau 3 ci-dessous. fscC code six modules d'extension (modules d'extension 5, 6, 7, 8, 9 et 10). Chaque séquence d'acides aminés pour les domaines PKS des six modules d'extension dans fscC est résumée dans le tableau 4 ci-dessous. fscB code trois modules d'extension (modules d'extension 4, 3 et 2). Chaque séquence d'acides aminés pour les domaines PKB des trois modules d'extension dans fscB est résumée dans le tableau 5. Tableau 3 Positions de séquence d'acides aminés 20 pour les domaines PKS du module de chargement et des modules d'extension dans fscA. Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquence d'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 2 N 2 CoL 51-465 AT1 1 2021 509 ACPL 581-647 ACP1 1 596-1 662 KSI 661-1 094 Tableau 4. Positions de séquence d'acides aminés pour les domaines PKS de six modules d'extension dans fscC. Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquenced'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 3 N 3 KS10 8 808-9 221 KS7 3 529-3 954 AT10 9 330-9 627 AT7 4 059-4 356 DH10 9 680- 9 867 DH7 4 407-4 595 KR10 10 183-10 366 KR7 4 884-5 063 ACP10 10 469- 10 536 ACP7 5 163-5 230 KS9 6 966-7 383 KS6 1 787-2 212 AT9 7 490- 7 792 AT6 2 318-2 617 DH9 7 845-8 029 DH6 2 670-2 859 KR9 8 331- 8 514 KR6 3 155-3 338 ACP9 8 618-8 685 ACP6 3 438-3 505 KS8 5 253- 5 675 KS5 34-460 AT8 5 775-6 074 AT5 576-875 DH8 6 127-6 310 DH5 928- 1 112 KR8 6 590-6 773 KR5 1 417-1 596 ACP8 6 874-6 941 ACP5 1 696-1 763 Tableau 5. Positions de séquence d'acides aminés pour les domaines PKS de trois modules d'extension dans fscB. Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquence d'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 4 N 4 KS4 3 703- 4 103 ER3 2 970-3 322 AT4 4 247-4 550 KR3 3 325-3 508 DH4 4 600- 4 722 ACP3 3 610-3 677 KR4 5 103-5 286 KS2 33-460 ACP4 5 389- 5 456 AT2 571-874 KS3 1 597-2 023 KR2 1 224-1 406 AT3 2 139- 2 442 ACP2 1 508-1 574 DH3 2 494-2 684 FscF code un module d'extension (module d'extension 21) et une thioestérase. Chaque séquence d'acides aminés des domaines PKS du module d'extension et une thioestérase dans FscF est résumée dans le tableau 6 ci-dessous. FscE code quatre modules d'extension (modules d'extension 17, 18, 19 et 20). Chaque séquence d'acides aminés des domaines PKS des quatre modules d'extension dans fscE est résumée dans le tableau 7 ci-dessous. Tableau 6. Positions de séquence d'acides aminés pour les domaines PKS d'un module d'extension et d'une thioestérase dans fscF. Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquence d'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 5 N 5 KS21 33- 456 KR21 1 378-1 561 AT21 545-851 ACP21 1 668-1 735 DH21 903- 1 083 TE21 1 814-2 018 Tableau 7. Positions de séquence d'acides aminés pour les domaines PKS de quatre modules d'extension dans fscE. Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquence d'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 6 N 6 KS20 5 642- 6 069 AT18 2 590-2 896 AT20 6 158-6 463 DH18 2 948-3 127 DH2O 6 515- 6 693 ER18 2 948-3 733 ER20 7 017-7 322 KR18 3 741-3 924 KR20 7 330- 7 512 ACP18 4 025-4 092 ACP20 7 615-7 682 KS17 34-460 KS19 4 117- 4 544 AT17 548-850 AT19 4 633-4 936 DH17 902-1 081 KR19 5 263- 5 445 ER17 1 384-1 689 ACP19 5 552-5 619 KR17 1 697-1 880 KS18 2 071- 2 498 ACP17 1 982-2 049 fscD code six modules d'extension (modules d'extension 16, 15, 14, 13, 12 et 11). Chaque séquence d'acides aminés des domaines PKS des six modules d'extension de fscD est résumée dans le tableau 5 8 Il y a au total 15 cadres de lecture ouverte pour les enzymes PKS, et ces cadres de lecture ouverte comprennent des enzymes modificatrices, des protéines régulatrices de transcription et des ABC transporteurs. La séquence de base et la position de séquence d'acides aminés de chaque gène sont résumées dans le tableau 9 ci-dessous. Tableau 8. Positions de séquence d'acides aminés 15 pour les domaines PKS de six modules d'extension dans fs cD Domaine Positions de Domaine Positions de séquence d'acides séquence d'acides aminés de SEQ ID aminés de SEQ ID N 7 N 7 KS16 7 935-8 352 AT13 3 872-4 170 AT16 8 464-8 767 KR13 4 499-4 676 KR16 9 099-9 280 ACP13 4 782-4 849 ACP16 9 387-9 452 KS12 1 788-2 209 KS15 6 425-6 845 AT12 2 313-2 621 AT15 6 935-7 241 KR12 2 972-3 150 KR15 7 599-7 725 ACP12 3 254-3 314 ACP15 7 838-7 898 KS11 38-452 KS14 4 872-5 297 AT11 563-864 AT14 5 408- 5 720 DH11 921-1 105 KR14 6 049-6 225 KR11 1 410-1 592 ACP14 6 331- 6 398 ACP11 1 694-1 760 KS13 3 342-3 765 Tableau 9. Séquences génétiques de base et positions de séquence d'acides aminés de quinze enzymes modificatrices PKS. CLO Résidus de gènes Séquence d'acides aminés de SEQ ID N 1 correspondante fscTl 26 333-27 340 SEQ ID N 8 fscTll 27 561-28 280 SEQ ID N 9 fscTl 3 150-3 818c SEQ ID N 10 fscRII 4 377- 7 205c SEQ ID N 11 fscRIII 7 210-10 320c SEQ ID N 12 fscRIV 10 298-13 315c SEQ ID N 13 fscP 16 106-17 287 SEQ ID N 14 fscFE 17 334- 17 528 SEQ ID N 15 fscTE 17 556-18 413 SEQ ID N 16 fscTl 13 522- 14 898 SEQ ID N 17 fscMll 14 953-16 011 SEQ ID N 18 fscRIII 136 558- 137 766c SEQ ID N 19 fscO 574-1 950c SEQ ID N 20 pabAB 18 610- 20 781 SEQ ID N 21 pabC 2 264-3 037c SEQ ID N 22 La fonction des protéines qui sont codées par les gènes impliqués dans la biosynthèse de FR-008 est résumée dans les tableaux 10 et 11 ci-dessous. Tableau 10. Fonction des protéines PKS codées par les gènes impliqués dans la biosynthèse de FR-008. Gène Protéine Fonction fscA PKS de type I Module de chargement et module 1 fscB PKS de type I Modules 2 - 4 fscC PKS de type I Modules 5 - 10 fscD PKS de type I Modules 11 - 16 fscE PKS de type I Modules 17 - 20 fscF PKS de type I Module 21 et TE Tableau 11. Fonction des protéines codées par les 5 gènes impliqués dans la biosynthèse de FR-008 Gène Protéine Fonction fscRl Régulatrice de transcription Régulation fscRII Régulatrice de transcription Régulation fscRIII Régulatrice de transcription Régulation fscRIV Régulatrice de transcription Régulation fscMl Glycosyltransférase Fixation de la mycosamine fscMII GDP- cétosucre Biosynthèse de aminotransférase la mycosamine fscMIII GDPmannose-4,6-déhydratase Biosynthèse de la mycosamine fscP Mono-oxygénase du cytochrome Formation d'un P-450 groupe carboxyle en C-18 fscFE Ferrédoxine Transfert d'électron dans le système P450 fscTE Thioestérase de type II Elimine les intermédiaires aberrants pabAB ADC synthase Biosynthèse de l'unité de départ PABA pabC ADC lyase Biosynthèse de l'unité de départ PABA fscO Mono-oxygénase FAD dépendante Enzyme tayloring supposée fscTl ABC transporteur Efflux de FR- 008 fscTII ABC transporteur Efflux de FR-008 Exemple 2: Fonction des gènes PKS impliqués dans la biosynthèse de FR-008 La séquence d'acides aminés des protéines que codent les gènes fscA à fscF a été analysée par comparaison avec la séquence d'acides aminés de la protéine PKS de type I existante. La fonction de chaque gène est présentée sur la figure 2. La transcription du gène fscA est survenue en direction opposée de celle des gènes fscC, fscB, fscF, fscE et fscD et 21 réactions de condensation ont été nécessaires pour la biosynthèse du polykétide FR-008. Ainsi, on a pu déterminer qu'il y avait au total 21 modules dans les gènes fscA à fscF (voir figure 2). La protéine FscA a un module de chargement impliqué dans le démarrage de la biosynthèse de FR-008 aglycone ainsi qu'un premier module de condensation consistant en KS-AT-ACP. Le module de chargement a des domaines de CoA ligase (CoL) et d'ACP. Le domaine CoL a aussi été trouvé dans les gènes de biosynthèse de la rifampicine, de la pimaricine et de la candicidine (Schwecke, T. et coll., Proc. Nat1. Acad. Sci. USA, 92:7839-43, 1995; Aparicio, J.F. et coll., J. Biot. Chem., 274:10133-9, 1999; Campelo and Gil, Microbiology, 148:51-9, 2002). La protéine FscB a 2 à 4 modules d'extension impliqués dans 2 à 4 procédures d'extension de la biosynthèse de FR-008 aglycone. Trois domaines AT dans FscB ont la séquence d'acides aminés de RVDVVxxxxxxxxMxS(A)xAxxW comme séquence conservatrice à l'extrémité Nterminale du site actif GHSxG, dans lequel cette séquence d'acides aminés est spécifique du méthylmalonate (Tang, L. et coll., Gene, 216:255-65, 1998; Haydock, S.F. et coll., FEBS Lett., 374:246-8, 1995). Le module 2 a des domaines KS, mAT, KR et ACP et le module 3 a une boucle de réduction DH-ER-KR. DH4 dans le module 4 se trouve être supprimé pour la séquence conservatrice HPLL à son extrémité N-terminale et également compter 56 acides aminés de moins à son extrémité C-terminale et, ainsi, est considéré comme n'ayant pas d'activité. Cependant, une protéine CanP2 impliquée dans 2 à 4 procédures d'extension de la biosynthèse de la candicidine aglycone a été rapportée comme n'ayant aucun domaine DH inactif décrit ci-dessus, bien que l'extrémité terminale d'un domaine KS n'ait pas été identifiée. Les protéines FscC et FscD fournissent deux autres exemples de protéines hexamodulaires. FscC compte 10 625 acides aminés et FscD compte 9 550 acides aminés. FscC combine six doubles liaisons des sept doubles liaisons au total. Les modules 5 à 10 impliqués dans les étapes de condensation 5 à 10 ont tous une boucle de réduction DH-KR. Les six domaines DH au total ont le site actif conservateur GXGXXGXXXA. Tous les domaines AT dans FscC sont spécifiques de l'acétate. FscC, qui est une protéine ayant les mêmes six boucles de réduction DH-KR, est sous une forme qui n'a pas été trouvée à ce jour. D'autre part, NysC, Raps2 et AmphC ont tous cinq boucles de réduction DH-KR et également des boucles de réduction DH-ER-KR. FscD consiste en les modules 11 à 16 impliqués dans les procédures d'extension 11 à 16 dans la formation du cycle macrolactone de FR-008. Le module 11 associe une structure de domaine KS-AT-DH-KR-ACP avec la dernière liaison double. Les procédures d'extension 10-11 sont impliquées dans la formation de deux liaisons doubles adjacentes (les deux dernières de sept liaisons doubles) mais, de manière intéressante, un gène du module 11 du chromosome de Streptomyces FR- 008 se trouve écarté d'environ 110 kb du gène du module 10. Le module 13 a un domaine AT spécifique du méthylmalonate, et agit pour construire un domaine KS-mAT-KR-ACP dans la procédure d'extension de manière à insérer un extenseur méthylmalonate - CoA. Les modules 12, 14, 15 et 16 ont tous la même structure de domaine KS-AT-KR-ACP, mais exceptionnellement KR15 est inactivé. En outre, KR15 est délesté de deux résidus d'acide aminé conservateurs G au niveau de son site de liaison de NADP, et également délesté de 10 acides aminés à l'intérieur. De manière similaire à la nystatine, à l'amphotéricine B et à la pimaricine, le domaine KR inactif est un groupe carboxyle en C-28. Ceci illustre la formation de six cycles cétaliques entre les positions C-25 et C-28 de la plupart des polykétides (Brautaset et coll., Chem. Biol., 7:395-403, 2000; Caffrey et coll., Chem. Biol., 8:713-23, 2001; Aparicio et coll., Chem. Biot., 7:895-905, 2000). Une protéine FscE forme les modules 17 à 20 qui sont impliqués dans les procédures d'extension 17 à de la biosynthèse du polykétide FR-008. Le domaine ER du module 17 compte 67 acides aminés de moins que l'extrémité N-terminale du domaine ER des modules 3, 18 et 20 et devient donc inactif. Le module 19 a la structure de domaine de KS-AT-KR-ACP. Au niveau du site actif du domaine KR du module 19, la tyrosine est remplacée par une leucine, de sorte que le site actif devienne inactif. FscF forme le module 21, qui a un domaine thioestérase terminateur de chaîne à l'extrémité C-terminale. L'activité d'un domaine DH dans FscF n'est pas requise dans la dernière procédure d'extension. Cette inactivité apparaît aussi dans les polykétides Nystatine (NysK), rifampycine (RifB et RifC) et amphotéricine (AmphJ). Le domaine KS-AT-KRACP de FscF ajoute un groupe -OH en position C-40 du cycle macrolactone de FR-008. En outre, un domaine TE permet à FscF impliqué dans la libération des polykétides FR-008 de former du lactone. Le domaine KR du module 21 ne présente aucune différence de motifs actifs et de résidus par rapport au domaine KR connu, mais on suppose d'après la structure de FR-008 que ce domaine KR est inactif. Le domaine TE de FscF ainsi qu'un gène fscTE en amont d'un gène pabAB, étaient connus comme codant la thioestérase. Comme deux autres activités TE présentes dans les batteries de gènes pour la biosynthèse d'antibiotiques, comme la pikromycine (PicAV), la 32 2869044 tyrosine (RylO), la nystatine (NysE) et la pimaricine (PimI), FscTE a une forte homologie avec TEII. Cependant, FscTE présente une faible homologie avec le domaine TEI. TEII est connu comme servant à retirer un mauvais intermédiaire qui peut aussi interférer avec les procédures d'extension dans la biosynthèse des polykétides. Ceci maintient la production d'antibiotique à un niveau normal (Butler, et coll., Chem. Biot., 6:287-92, 1999; Tang et coll., Chem. Biot., 6:553-8, 1999). Ceci est également étayé par les résultats d'une étude récente concernant l'action de la tyrosine TEII. Exemple 3 Fonction du gène de l'acide p - aminobenzoïque synthase L'acide p-aminobenzoïque (PABA) est une substance précurseur du p-aminoacétophénone agissant comme unité de début de la biosynthèse de FR-008. Entre fscTE et fscA, il y a un gène pabAB qui code la 4-amino-4-désoxychorismate (ADC) synthase (voir figure 2). Celui-ci présente une homologie significative avec PabABs. C'est-à-dire qu'il présente une homologie de 93 % avec PabAB de S. griseus IMRU3570, et une homologie de 46 % avec PabAB de S. venezuelae. pabC en amont du gène régulateur de transcription fscRl consiste en 257 acides aminés et code la 4-amino-4-désoxychorismate (ADC) lyase. On suppose que PabC agit pour convertir l'ADC produit par PAbAB en PABA ou 33 2869044 en acide pyruvique ou agit comme aminotransférase ou enzyme dépendante du pyridoxal-5T-phosphate. Exemple 4 Fonction des gènes impliqués dans le 5 mécanisme régulateur de la transcription Quatre gènes régulateurs de la transcription (fscRl, fscRII, fscRIII et fscRIV) sont impliqués dans la biosynthèse du polykétide FR-008. Toutes les protéines que codent ces gènes appartiennent à une famille de protéines régulatrices de la transcription LuxR. FscRI consiste en 222 acides aminés et présente une homologie de 60 % avec PIeR présent dans une batterie de gènes pour la biosynthèse du macrolide polyène de Streptomyces avermitilis (numéro d'accès GenBank AB070949) et 59 % d'homologie avec les protéines codées par ORF4 considérées comme étant impliquées dans la régulation de la biosynthèse de la nystadine (Brautaset et coll., Chem. Biot. 7:395-403, 2000). Elle présente aussi une homologie avec plusieurs protéines régulatrices de réponse à deux composants. La protéine FscRII (942 acides aminés) présente plus de 84 % d'homologie avec la première séquence de 595 acides aminés d'une protéine cho-pseudo dérivée de Streptomyces griseus connue comme étant impliquée dans la synthèse de la candicidine. Il est surprenant que malgré le fait que la protéine FscRII compte 347 acides aminés de plus que la protéine chopseudo, cette forte homologie se trouve dans les 595 acides aminés Nterminaux. FscRII présente une homologie de 42 % avec une protéine régulatrice NysRII (927 acides aminés) impliquée dans la biosynthèse de la nystatine. FscRIII compte 1 036 acides aminés et présente une homologie significative avec NysRII (953 acides aminés). Une protéine FscRIV compte 1 005 acides aminés et présente une forte homologie avec NysRI (966 acides aminés). Il est notable que FscRII, FscRIII et FscRIV ont une homologie avec une protéine régulatrice de la transcription trouvée dans des régions adjacentes à un opéron de la cholestérol oxydase - cytochrome P450 dérivé de Streptomyces sp. SA-COO, comme dans NysRIII, NysRII et NysRI. Exemple 5 Fonction des gènes impliqués dans la 15 biosynthèse de sucre indéterminé FscMI (458 acides aminés) présente une forte homologie avec l'UDP-glucuronosyltransférase de cellules eucaryotes et est supposée être impliquée dans la fixation du sucre à l'aglycone de FR-008 en position C21 (voir figure 2). FscMII (352 acides aminés) est similaire à l'aminotransférase impliquée dans la biosynthèse de la pérosamine (4,6-didéoxy-4-aminomannose). Un gène fscMIII code 402 acides aminés similaires à la GDPmannose-4,6-déhydratase. Il a été rapporté que la voie de biosynthèse de la mycosamine (3,6-didéoxy-3-amino-D-mannose) incluait l'isomérisation du GDP-6-déoxy-4-kétomannose en GDP-6-déoxy-3-kétomannose et la production de GDP-mycosamine par le transfert de groupe amino (Caffrey et coll., Chem. Biot., 8:713-23, 2001). Ainsi FscMIII et FscMII sont présumées être impliquées dans la voie de biosynthèse de la mycosamine. D'après les recherches effectuées dans la base de données GenBank, FscMI a 54,7 % d'homologie avec AmphDI, 52,4 % d'homologie avec NysDI et 60,5 % d'homologie avec PimK, FscMII a 92 % d'homologie avec CanA, et 74 à 76 d'homologie avec AmphDII, NysDII et PimC, et FscMIII a 77 à 79 d'homologie avec AmphDIII, NysDIII et PimJ. Toutes les protéines décrites ci-dessus sont supposées être impliquées dans la biosynthèse et la fixation de la mycosamine dans la batterie de gènes de l'amphotéricine, de la nystatine, de la pimaricine ou de la candicidine. Ceci concorde avec le fait que FscMI, FscMII et FscMIII sont impliqués dans la biosynthèse et la fixation de la mycosamine dans la batterie de gènes de FR-008. Exemple 6: Fonction du gène modificateur et du gène 20 transporteur Un gène fscP et un gène fscFE codent la monooxygénase du cytochrome P450 et la ferrédoxine, respectivement. Ces gènes forment un système de monooxygénase P450 et on suppose que FscP agit pour produire un groupe carboxyle en position C-18 et que FscFE est impliqué dans le transfert d'électron dans le système P450 (O'Keefe & Harder, Mol. Microbiol., 5:2099-105, 1991). Un gène fscO en aval d'un pabC code la mono-30 oxygénase FAD dépendante (voir figure 2). Celle-ci a 36 2869044 une homologie de 34 % avec la monooxygénase FAD dépendante de Agrobacterium tumefaciens C58. Entre les gènes fscA et fscC se trouvent les gènes fscTl et fscTll (figure 2). Ils présentent une très forte homologie avec les protéines appartenant à la superfamille des ABC transporteurs ATP dépendants et sont présumés être impliqués dans l'efflux de polykétides FR-008. Ceci est considéré comme l'un des mécanismes d'auto-résistance causés par l'efflux de polykétides FR-008 du cytoplasme vers l'extérieur. Il est très intéressant que toutes les batteries polyènes rapportées à ce jour ont deux protéines transporteur qui agissent ensemble comme homodimère (Bolhuis et coll., FEMS Microbiol. Rev., 21:55-84, 1997). Il est notable que FscFE (64 acides aminés) présente une homologie de 100 % avec CanF, impliquée dans la biosynthèse de la candicidine. FscP présente une homologie de 96 % avec CanC. FscTI et FscTII présentent 85 % et 76 % d'homologie avec CanRA et CanRB, respectivement. Une telle homologie entre la candicidine et la protéine impliquée dans la biosynthèse du polykétide FR-008 semble indiquer que deux batteries de gènes synthétiques ont une origine commune relativement récente. Exemple 7 Comparaison entre les gènes pour la biosynthèse du polykétide FR-008 et de la candicidine Les polykétides FR-008 ont de l'aglycone contenant le même 4-aminoacétophénone que la candicidine D qui est un polykétide produit dans Streptomyces griseus 37 2869044 (Yuan et Zhou, Chinese J. Biotechnol., 7:142-7, 1991; Yuan et Zhou, J. Huazhong Agricult. Univ. 9:209, 1990). Streptomyces sp. FR-008 présente des différences biologiques significatives par rapport au Streptomyces griseus IMRU3570 produisant de la candicidine, en ce que Streptomyces sp. FR-008 a deux plasmides linéaires pHZ227 (130 kb) et pHZ228 (30 kb) alors que Streptomyces griseus IMRU3570 n'a pas de tels plasmides linéaires, et en ce que la sporulation est facile dans Streptomyces sp. FR-008 mais pas dans Streptomyces griseus IMRU3570. Malgré de telles différences significatives entre les deux souches, les polykétides produits par les deux souches ont des aglycones contenant le même 4-aminoacétophénone, respectivement, et présentent donc une homologie très forte avec les gènes impliqués dans la synthèse de 1'aglycone. Campelo et coll. ont rapporté la séquence génétique de base de parties (39 314 pb) de gènes pour la synthèse de la candicidine (Campelo and Gil, Microbiology, 148:51-9, 2002). Le résultat de la comparaison entre cette séquence génétique de base et la séquence de base de la présente invention a montré une homologie très forte entre les deux séquences. Les résultats de cette comparaison sont présentés dans le tableau 12 ci- dessous. Tableau 12. Comparaison entre les gènes synthétiques du polykétide FR-008 et de la candicidine (positions avec homologie). Identité (%) Séquences génétiques de Séquences génétiques de base de FR008 (SEQ ID base de la candicidine N 1) (N d'accès GenBank AJ300302) 98,73 5 421-5 970 2-551 99,10 6 024-7 468 605-2 049 98,19 7 528-7 693 2 109-2 274 99,17 7 757-8 118 2 338-2 699 99,76 8 167-3 171 2 748-3 172 98,54 8 646-10 764 3 227-5 336 99,33 10 826-13 228 5 398-7 801 100,0 13 292-13 420 7 865-7 993 99,47 13 488-18 382 8 061-12 963 99,06 18 445-20 785 13 026-15 366 98,88 20 842-23 973 15 423-18 553 95,52 23 996-24 259 18 576-18 843 98,80 24 357-26 349 18 852-20 845 99,59 26 374-27 350 20 870-21 846 98,10 27 394-44 804 21 890-39 314 95,65 28 473-23 548 23 460-23 415 Au niveau des intervalles entre les positions comparées dans le tableau 12, les deux séquences génétiques de base n'ont pas présenté de forte homologie l'une avec l'autre. Les résultats de la comparaison entre les deux séquences génétiques de base à ces intervalles sont donnés dans le tableau 13 ci- dessous. Un gène de 39 414 pb de la candicidine code les protéines correspondant au domaine KR du module 4 dans fscRII, fscRIII, fscRIV, fscMl, fscMII, fscP, fscFE, fscTE, pabAB, fscA, fscTl, fscTII et fscB présents en positions 5 421-44 805 de SEQ ID N 1 pour FR-008. Ceci code canA (aminotransférase), canC (cytochrome P450), canF (ferrédoxine), canT (thioestérase), pabAB (PABA synthase), canRA (ABC transporteur), canRB (ABC transporteur) et le groupement orfl (protéine cho-like). Tableau 13. Comparaison entre les gènes synthétiques du polykétide FR-008 et de la candicidine (positions sans homologie) Intervalles Positions de Gène de FR-008 Gène de la SEQ ID N 1 candicidine 52 pb 5 972-6 024 fscRII orfl 58 pb 4 470-7 528 fscRIII orf2 62 pb 7 695-7 757 fscRIII orf2 47 pb 8 120-8 167 fscRIII orf2 53 pb 8 593-8 646 fscRIII orf2 pb 10 757-10 817 fscRIV orf3 62 pb 13 222-13 284 fscRIV orf3 pb 20 787-20 842 Position entre pabAB et le gène de PKS 21 pb 23 974-23 995 KSI du domaine Domaine KS fscA 9 pb 24 262-24 271 KSI du domaine Domaine KS fscA 23 pb 26 284-26 289 fscTl canRA 42 pb 27 267-27 309 fscTII canRB FR-008 produit par Streptomyces sp. et le complexe de candicidine produit par Streptomyces griseus ont été analysés par HPLC. Les résultats de cette analyse ont montré que les deux antibiotiques ne pouvaient être 2869044 distingués l'un de l'autre de manière définitive (voir figure 3). Egalement, les résultats d'une analyse par HPLC d'un mélange des deux antibiotiques ont montré que le temps de rétention de quatre pics principaux de chaque antibiotique n'était pas modifié (figure 3), et le spectre UV de FR-008-I, II, III et IV était précisément identique à celui du complexe candicidine. Des résultats identiques ont aussi été obtenus dans l'analyse CL/SM1/SM2. Ainsi, Streptomyces sp. FR-008 peut sembler produire quatre composants identiques à ceux du complexe de candicidine produit par S. griseus. Comme le m/z 1108 de FR-008I est égal au m/z 1108 de FR-008III, FR-008I1 est considéré comme l'isomère de FR-008111. De plus, les deux substances ont présenté les mêmes pics que ceux de la candicidine -II et de la candicidine-III (m/z 1108) (figure 3), et leur poids moléculaire théorique (PM 1109) a été le même que le poids moléculaire (C59H94N2O18) de la candicidine D. Les principaux groupes fonctionnels de FR-008-II ont été analysés par spectres 1H-1H COSY. La structure de FR-008-II a été analysée par 13C RMN (figure 4). Il a été découvert que le cycle hémicétal ne se trouvait pas entre les positions C-15 et C-19 de FR-0081I, cétal en 896,9 se trouvait en position C-1 de la mycosamine et quatre groupes cétone entre 8202,2 et 8196,7 se trouvaient en positions C-3, C-7, C-15 et C-43, respectivement. En outre, il a été découvert que six cycles hémicétal étaient attribués à l'isomère FR-008-III qui équilibre dans le complexe FR-008. Le fait que l'amphotéricine B, cétone polyhydroxy, soit présente dans une structure équilibrante sous la forme de différents cétals cycliques a été démontré par le fait qu'une structure cétal cyclique à cycle à six membres et une structure n'ayant pas de cycle cétal à six membres sont présentes ensemble. Une différence de poids moléculaire entre FR-008-I et FR-008-II (III) est de deux daltons, et cette différence peut s'expliquer par le fait qu'un mélange ayant un groupe céto et un groupe hydroxy survient en position C3, puisque l'activité de K21 est insuffisante pour catalyser la cétoréduction et donc des chaînes de polykétide non totalement réduites sont passées à un stade médié par la TE (thioestérase) ou la TE ne peut distinguer les polykétides d'une forme réduite par KR21 des polykétides d'une forme oxydée avant cyclisation. FR-008-IV/candicidne-IV avec SM1 m/z 1092 présente une différence de poids moléculaire de 16 daltons par rapport à FR-008-II(III)/candicidineII(III) (SM1 m/z 1108). Il existe plusieurs autres possibilités pour la différence structurelle entre FR-008-IV/candicidine-IV et FR-008-II(III) /candicidine-II(III) fonctionnant comme FscO (mono-oxygénase FAD dépendante). Exemple 8: Test de disruption de la glycotransférase (FscMI) Pour réaliser une disruption de FscMI, un fragment KpnI de 6,6 kb de pHZ145 contenant fscMl a été inséré 30 dans pIJ2925 (Janssen and Bribb, Gene, 124:133-4, 1993) 42 2869044 de manière à construire pJTU26. Un fragment d'ADN EcoRV-SmaI de 1,4 kb contenant un gène résistant à l'apramycine a été incorporé dans le site Ball (situé à 564 pb en aval du codon start de fscMl) de pJTU26 de manière à construire pJTU38. Un fragment d'ADN BgGIII de 8,0 kb de pJTU38 a été inséré dans le site BamHI de pHZ1358 (Sun et coll., Microbiology, 148:361-71, 2002) de manière à construire pJTU56. Streptomyces sp. FR-008 a été transformé avec pJTU56 par conjugaison en utilisant E. coli ET12567 (MacNeil et coll., Gene, 115:119-25, 1992; et Mazodier et coll., J. Bacteriol., 171:3583-5, 1989) contenant le dérivé RP4 pUZ8002, donnant ainsi la souche mutante C101. Cette souche mutante a été identifiée par PCR en utilisant les amorces de CS3 (SEQ ID N 25) et de CS4 (SEQ ID N 26). 5'-GATCCTCTTCGTCAGTCTCC-3' (SEQ ID N 25) 5'-CATGTAGACCACCGACGACT-3' (SEQ ID N 26) Lorsque l'ADN chromosomique d'un gène sauvage de Streptomyces sp. FR-008 a été utilisé comme matrice, un fragment de 840 pb a été produit, mais lorsque sa souche mutante a été utilisée, un produit de 2,2 kb a été produit par insertion d'un gène résistant à l'apramycine de 1,4 kb (acc (3) IV) . Un milieu de culture de cette souche mutante a été analysé par CL/SMn et les résultats ont montré que les polykétides V, VI, VII, VIII et IX n'ayant pas de sucre attaché étaient produits, en plus des polykétides produits par Streptomyces sp. FR-008 sauvage (voir figure 5). Ces résultats ont permis de découvrir que FscMI était un gène codant des protéines ayant une 43 2869044 activité de glycotransférase dans la production de polykétides. Exemple 9: Test de disruption de la transaminase (FscMII) Pour réaliser la disruption de FscMII, un fragment SacI-KpnI de 5,5 kb de pHZ145 contenant un gène fscMII a été inséré dans pIJ2925 de manière à construire pJTU27. Un fragment d'ADN PstI de 1,4 kb de pJTU27 contenant un gène résistant à l'apramycine de pHZ1358 a été inséré dans le site PstI (situé à 436 pb en aval du codon start de fscMII) de pJTU27 de manière à construire pJTU31. Un fragment d'ADN BgIII de 6,9 kb de pJTU31 a été inséré dans le site BamHI de pHZ1358 de manière à construire pJTU58. Streptomyces sp. FR-008a été transformé avec pJTU58 par conjugaison en utilisant E. coli ET12567 contenant le dérivé RP4 pUZ8002, donnant ainsi la souche mutante CS102. Cette souche mutante a été identifiée par PCR en utilisant les amorces de CS5 (SEQ ID N 27) et de CS6 (SEQ ID N 28). 5'-ACCTGAACATCGACGTCAC-3' (SEQ ID N 27) 5'-AGGTCGTACATCCACAGGAC-3' (SEQ ID N 28) Lorsque l'ADN chromosomique d'un gène sauvage de Streptomyces sp. FR-008 a été utilisé comme matrice, un fragment de 508 pb a été produit, mais lorsque sa souche mutante a été utilisée, un fragment de 1,9 kb a été produit par insertion d'un gène résistant à l'apramycine de 1,4 kb (acc (3) IV) . Un milieu de culture de cette souche mutante a été analysée par CL/SMn, et les résultats ont montré que les polykétides V, VI, VII, VIII et IX n'ayant aucun sucre attaché et également les polykétides X, XI et XII où le transfert d'amine n'avait pas eu lieu étaient 2869044 produits, en plus des polykétides produits dans Streptomyces sp. FR-008 sauvage (voir figure 5 et figure 6). Ces résultats ont permis de découvrir que FscMII était un gène codant des protéines ayant une activité de transaminase dans un processus de biosynthèse de polykétide. Exemple 10: Activité antifongique de variants de polykétide Les variants de polykétide produits aux exemples 8 et 9 ont été testés afin de déterminer leur activité antifongique et les résultats ont montré que les zones d'inhibition troubles où la croissance de Saccharomyces cerevisiae est inhibée ont été formées sur des sites auxquels les milieux de culture des souches mutantes de Stretpomyces sp. FR-008 CS101 et CS102 ont été ajoutées (voir figure 7). Sur la figure 7, la zone trouble à gauche est une zone additionnée de Streptomyces sp. FR-008, le milieu est une zone additionnée de la souche mutante CS101 et la zone à droite est une zone additionnée de la souche mutante CS102. Comme le montre la figure 7, les milieux de culture des souches mutantes CS101 et CS102 ont aussi présenté une activité antifongique. Ceci est dû aux variants de polykétide V, VI, VIII, IX, X, XI et XII, qui sont produits dans les souches mutantes. Exemple 11: Test de remplacement de gènes régulateurs de la transcription 46 2869044 Pour réaliser la disruption des gènes régulateurs de la transcription fscRII et fscRIII et le groupement fscRl (ADN de 6 414 pb; 3 811-10 225 du numéro d'accès GenBank AY310323), le cosmide pHZ2007 dérivé du cosmide pHZ1358 a été construit. Le cosmide pHZ2007 a été construit de telle sorte que 2,8 kb d'une cassette génétique résistante à l'apramycine (aac (3) IV) et résistante à l'érythromycine (ermE) dérivée du cosmide pHZ1358 (Hu et coll., Mol. Microbiol., 14:163- 72, 1994) soit interposée entre un fragment d'ADN BglII-BamHI de 1 518 pb servant de bras gauche et un fragment d'ADN Sacl-BamHI de 1 952 pb servant de bras droit. Ce cosmide a été transformé dans Stretpomyces sp. FR-008 par conjugaison comme à l'exemple 8, donnant ainsi une souche mutante. Dans cette souche mutante, un fragment d'ADN BglII-BamHI de 4,3 kb a été identifié par hybridation Southern en utilisant les bras gauche et droit dérivés de pHZ2007, et une cassette génétique acc (3) IV/ermE comme sondes. Cette souche mutante n'a pas produit de substances apparentées à FR-008. Ce résultat a permis de montrer que fscRII, fscRIII et fscRl sont impliqués dans la biosynthèse de FR-008. Exemple 12: test de délétion de PabAB Un fragment BamHI de 4,6 kb a été obtenu à partir d'un cosmide pHZ145 et cloné dans le vecteur suicide pOJ260. Ensuite, il a été digéré avec FscPI et ligaturé pour détruire un fragment de 1 491 pb contenant un gène pabAB (délétion en cadre, 497 acides aminés). Le cosmide ainsi obtenu a été transformé dans Streptomyces sp. FR-008 par conjugaison comme à l'exemple 8. La souche mutante avec pabAB détruit a été analysée par hybridation Southern. Aucun polykétide FR-008 n'a été biosynthétisé par culture de cette souche mutante et, lorsque de l'acide p-aminobenzoïque a été ajouté, la capacité biosynthétique de la souche mutante a été restaurée. Ce résultat a permis de montrer que pabAB est un gène codant des enzymes pour la synthèse de l'acide p-aminobenzoïque. Exemple 13: Prédiction de deux liaisons doubles cis fondée sur le séquençage Lorsqu'on compare les domaines KR liés avec des liaisons doubles, on peut voir que, dans KR8 et KR9, des résidus aspartate (D) qui sont des acides aminés conservés connus comme produisant une configuration D (Tang et coll., Chem. Biol., 6:553-8, 1999), sont changés en glycine (G) et asparagine (N) par réduction, respectivement. KR ayant un aspartate conservé forme des doubles liaisons trans par activité de déhydratase après réduction. la présence de deux liaisons doubles dans KR a été trouvée par analyse par RMN de la vacinide A (Altschul et coll., Trends Biochem. Sci., 23:444-7, 1998) et il a été rapporté qu'un domaine KR était connecté avec la structure plane de liaisons doubles (Tang et coll., Chem. Biol., 6:553-8, 1999). Il en résulte qu'il est prédit que deux liaisons doubles de C28-C29 et C30-C31 de FR-008 est en cis comme dans d'autres KR similaires (Pearson, Methods Enzymol., 48 2869044 183:63-98, 1990; August et coll., Chem. Biot., 5:69-79, 1998). Applicabilité industrielle Comme décrit et démontré en détail comme décrit ci-dessus, la présente invention fournit la séquence de base de gènes impliqués dans la biosynthèse de nouveaux polykétides FR-008. Tout ou partie de la séquence génétique de base fournie dans la présente invention peut être utilisée pour mettre au point des micro-organismes recombinants capables de produire des polykétides FR-008 ou pour rechercher le site actif de polykétides FR-008 de Streptomyces sp. FR-008 ou d'autres espèces. De plus, tout ou partie de la séquence génétique de base fournie dans la présente invention peut être appliquée pour augmenter la productivité des polykétides FR-008 existants ou pour produire de nouveaux variants de polykétides FR-008, par sa modification. En particulier, tout ou partie de la séquence génétique de base fournie dans la présente invention peut être utilisée pour produire des polykétides FR-008 ou des variants de ceux-ci dans des cellules autres que la souche productrice source Streptomyces sp. FR-008. En outre, tout ou partie de la séquence génétique de base peut être utilisée dans une évolution moléculaire par DNA shuffling (brassage d'ADN) entre les fragments d'ADN de tout ou partie de la séquence génétique de base selon la présente invention et d'autres gènes ayant une homologie similaire, et permet 49 2869044 de produire de nouveaux polykétides en utilisant une telle procédure. Alors que la présente invention a été décrite en détail en référence aux caractéristiques spécifiques, il sera apparent à l'homme de l'art que cette description n'est la description que d'un mode de réalisation préféré et ne limite pas la portée de la présente invention. Ainsi, la portée en substance de la présente invention sera définie par les revendications jointes et leurs équivalents. 2869044 REVENDICATIONS 1. Batterie de gènes pour la biosynthèse de polykétides FR-008 ayant la séquence de base de SEQ ID N 1. 2. Méthode pour produire des variants du polykétide FR-008 comprenant l'étape consistant à cultiver une souche mutante de Streptomyces sp. FR008 dans laquelle un ou plusieurs des gènes de la séquence de base de SEQ ID N 1 ont été supprimés ou inactivés. 3. Méthode pour produire FR-008-V, FR-008-VI, FR- 008-VII, FR-008-VIII ou FR-008-IX comprenant l'étape consistant à cultiver une souche mutante de Streptomyces sp. FR-008 dont les résidus 13 522-14 898 (codant le gène fscMl) de SEQ ID N 1 ont été détruits ou inactivés. 4. Méthode pour produire FR-008-V, FR-008-VI, FR-008-VII, FR-008-VIII, FR008-IX, FR-008-X, FR-008-XI ou FR-008-XII comprenant l'étape consistant à cultiver une souche mutante de Streptomyces sp. FR-008 dont les résidus 14 953-16 011 (codant le gène fscMII) de SEQ ID N 1 ont été détruits ou inactivés. 5. Variant de polykétide FR-008 choisi dans un groupe comprenant FR-008-V, FR-008-VI, FR-008-VII, FR-008-VIII, FR-008-IX, FR-008-X, FR-008-XI et FR008-XII. 6. Polykétide synthase (PKS) modulaire de FR-008 comprenant: (a) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 2, résidus 51- 465 (acide carboxylique ATP 51 2869044 dépendant; CoA ligase (CoL)), 581- 647 (ACPL), 661-1 094 (KSI), 1 202-1 509 (AT1) et 1 596-1 662 (ACP1) ; (b) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 3, résidus 8 808- 9 221 (KS10), 9 330-9 627 (AT10), 9 680-9 867 (DG1O), 10 183-10 366 (KR1O) , 10 469-10 536 (ACP10), 6 966-7 383 (KS9), 7 490-7 792 (AT9), 7 845-8 029 (DH9), 8 331-8 514 (KR9), 8 618-8 685 (ACP9), 5 253-5 675 (KS8), 5 775-6 074 (AT8), 6 127-6 310 (DH8), 6 590-6 773 (KR8), 6 874-6 941 (ACP8), 3 529-3 954 (KS7), 4 059-4 356 (AT7), 4 407- 4 595 (DH7), 4 884-5 063 (KR7), 5 163-5 230 (ACP7), 1 787-2 212 (KS6), 2 318-2 617 (AT6), 2 670-2 859 (DH6), 3 155-3 338 (KR6) , 3 438-3 505 (ACP6), 34-460 (KS5), 576-875 (AT5), 928-1 112 (DG5), 1 417-1 596 (KR5) et 1 696-1 763 (ACP5) ; (c) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 4, résidus 3 703- 4 103 (KS4), 4 247-4 550 (AT4), 4 600-4 722 (DH4), 5 103-5 286 (KR4), 5 389-5 456 (ACP4), 1 597-2 023 (KS3), 2 139-2 442 (AT3), 2 494- 2 684 (DH3), 2 970-3 322 (ER3), 3 325-3 508 (KR3), 3 610-3 677 (ACP3), 33-460 (KS2), 571-874 (AT2), 1 224-1 406 (KR2) et 1 508-1 574 (ACP2) ; (d) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 5, résidus 33- 456 (KS21), 545-581 (AT21), 903-1 083 (DH21), 1 378-1 561 (KR21), 1 668-1 735 (ACP21) et 1 814-2 018 (TE21) ; (e) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 6, résidus 5 642- 6 069 (KS20), 6 158-6 463 (AT20), 6 515-6 693 (DH2O), 7 017-7 322 (ER20), 7 330- 52 2869044 7 512 (KR20), 7 615-7 682 (ACP20), 4 117-4 544 (KS19), 4 633-4 936 (AT19), 5 263-5 445 (KR19), 5 552-5 619 (ACP19), 2 071-2 498 (KS18), 2 590-2 896 (AT18), 2 948-3 127 (DH18), 3 428-3 733 (ER18), 3 741-3 924 (KR18), 4 025-4 092 (ACP18), 34-460 (KS17), 548-850 (AT17), 902-1 081 (DH17), 1 384-1 689 (ER17), 1 697-1 880 (KR17) et 1 982-2 049 (ACP17) ; et (f) une séquence d'acides aminés consistant en SEQ ID N 7, résidus 7 935- 8 352 (KS16), 8 464-8 767 (AT16), 9 009-9 280 (KR16), 9 387-9 452 (ACP16), 6 425- 6 845 (KS15), 6 935-7 241 (AT15), 7 559-7 725 (KR15), 7 838-7 898 (ACP15), 4 872-5 297 (KS14), 5 408-5 720 (AT14), 6 049-6 225 (KR14), 6 331-6 398 (ACP14), 3 342- 3 765 (KS13), 3 872-4 170 (AT13), 4 499-4 676 (KR13), 4 782-4 849 (ACP13), 1 788-2 209 (KS12), 2 313-2 621 (AT12), 2 972-3 150 (KR12), 3 254-3 314 (ACP12), 38-452 (KS11), 563-864 (AT11), 921-1 105 (DH11), 1 410-1 592 (KR11) et 1 694-1 760 (ACP11). 7. Gène codant la polykétide synthase (PKS) 20 modulaire de FR-008 selon la revendication 6. 8. Gène codant la polykétide synthase (PKS) modulaire de FR-008 selon la revendication 7, dans lequel le gène a la séquence de base de SEQ ID N 1, résidus 20 927-26 158 (fscA), 28 983-60 860c (fscC), 60 962-77 587c (fscB), 77 983-84 132c (fscF), 84 170-107 485c (fscE) et 107 496-136 148c (fscD). 9. Protéine ABC transporteur ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 8 ou 9. 10. Gène (fscTl ou fscTII) codant la protéine ABC 30 transporteur selon la revendication 9. i 53 2869044 11. Gène (fscTl ou fscTII) codant la protéine ABC transporteur selon la revendication 10, dans lequel fscTl et fscTll ont les séquences de base des résidus 26 333-27 340 et 27 561-28 280 de SEQ ID N 1, 5 respectivement. 12. Protéine régulatrice ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 10, 11, 12 ou 13. 13. Gène (fscRl, fscRII, fscRIII ou fscRIV) codant la protéine régulatrice selon la revendication 12. 14. Gène codant la protéine régulatrice selon la revendication 13, dans lequel les gènes fscRl, fscRII, fscRIII et fscRIV ont les séquences de base des résidus 3 150-3 818c, 4 377-7 205c, 7 210-10 320c et 10 298-13 315c de SEQ ID N 1, respectivement. 15. Mono-oxygénase du cytochrome P-450 ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 14. 16. Gène (fscP) codant la mono-oxygénase du cytochrome P-450 selon la revendication 15. 17. Gène (fscP) codant la mono-oxygénase du cytochrome P-450 selon la revendication 16, dans lequel le gène fscP a la séquence de base des résidus 16 106-17 287 de SEQ ID N 1. 18. Protéine ferrédoxine ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 15. 19. Gène (fscFE) codant la protéine ferrédoxine selon la revendication 18. 20. Gène (fscFE) codant la protéine ferrédoxine selon la revendication 19, dans lequel le gène fscFE a la séquence de base des résidus 17 334-17 528 de SEQ ID N 1. 21. Thioestérase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 16. 22. Gène (fscTE) codant la thioestérase selon la revendication 21. 23. Gène (fscTE) codant la thioestérase selon la revendication 22, dans lequel le gène fscTE a la séquence de base des résidus 17 556-18 413 de SEQ ID N 1. 24. Glycosyltransférase ayant la séquence d'acides 10 aminés de SEQ ID N 17. 25. Gène (fscMl) codant la glycosyltransférase selon la revendication 24. 26. Gène (fscMl) codant la glycosyltransférase selon la revendication 25, dans lequel le gène fscMl a 15 la séquence de base des résidus 13 522-14 898 de SEQ DI N 1. 27. GDP-cétosucre aminotransférase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 18. 28. Gène (fscMII) codant la GDP-cétosucre 20 aminotransférase selon la revendication 27. 29. Gène (fscMII) codant la GDP-cétosucre aminotransférase selon la revendication 28, dans lequel le gène fscMII a la séquence de base des résidus 14 953-16 011 de SEQ ID N 1. 30. GDP-mannose-4,6-déhydratase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 19. 31. Gène (fscMIII) codant la GDP-mannose-4,6-déhydratase selon la revendication 30. 32. Gène (fscMIII) codant la GDP-mannose-4,6-30 déhydratase selon la revendication 31, dans lequel le gène fscMIII a la séquence de base des résidus 136 558-137 766c de SEQ ID N 1. 33. Mono-oxygénase FAD-dépendante ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 20. 34. Gène (fscO) codant la mono-oxygénase FAD-dépendante selon la revendication 33. 35. Gène (fscO) codant la mono-oxygénase FAD-dépendante selon la revendication 34, dans lequel le gène fscO a la séquence de base des résidus 574-1 950c de SEQ ID N 1. 36. ACD synthase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 21. 37. Gène (pabAB) codant l'ADC synthase selon la revendication 36. 38. Gène (pabAB) codant l'ADC synthase selon la revendication 37, dans lequel le gène pabAB a la séquence de base des résidus 18 610-20 781 de SEQ ID N 1. 39. ADC lyase ayant la séquence d'acides aminés de SEQ ID N 22. 40. Gène (pabC) codant l'ADC lyase selon la revendication 39. 41. Gène (pabC) codant l'ADN lyase selon la revendication 40, dans lequel le gène pabC a la 25 séquence de base des résidus 2 264-3 037c de SEQ ID N 1.