Brevet FR2841556A1 — publié le 20040102

PEPTIDES AYANT DES PROPRIETES ANTIMICROBIENNES ET LES COMPOSITIONS LES CONTENANT NOTAMMENT POUR LA CONSERVATION DES ALIMENTS. La présente invention concerne le domaine de la conservation des aliments et de la lutte contre des infections microbiennes, bactériennes et/ou fongiques chez l'homme, l'animal ou les plantes. Elle vise plus particulièrement de peptides et les compositions les contenant pour prévenir et/ou traiter des infections par des agents pathogènes comme les microbes, les bactéries et champignons ainsi que pour la conservation des aliments. Il a été rapporté dans l'art antérieur que le mâle de Manchot Royal est capable, lors de son séjour à terre pour assurer la dernière partie de l'incubation, de garder de la nourriture dans son estomac pendant plus de deux semaines (Gauthier-Clerc et al., 2000). Lui-même jeûne et vit sur ses réserves corporelles. Il n'existe pas à ce jour de situation similaire connue de stockage de nourriture pendant plusieurs semaines chez un vertébré supérieur. L'état de conservation de cette nourriture est remarquable, sa masse et sa valeur énergétique n'étant pas modifiées (Gauthier-Clerc et: al., 2002). Ces observations sur l'état de conservation de la nourriture suggèrent fortement un contrôle de la flore bactérienne présente dans le contenu stomacal. Ce contrôle de la flore bactérienne permettrait de réduire les dégradations de l'alimentation stockée. Ce contrôle pourrait se faire via la production de substances à activité antimicrobienne, En effet, la littérature relate l'existence de substances à activité antimicrobienne dans le tractus gastro-intestinal des Vertébrés. Une grande partie de ces substances est de nature peptidique, notamment des magainines, brévinines et buforines chez les amphibiens (Moore et al., 1991 ; Minn et al., 1998 ; Wang et al., 1998), des lactoferricines et des défensines (a, ) chez les mammifères, dont l'homme (Jones & Bevins, 1992 ; Zhao et al., 1999 ; O'Neil et al., 2000). Chez les oiseaux, des défensines ont été trouvées dans d'autres parties du tractus digestif, notamment la langue, 1'oesophage et l'intestin (Zhao et al. 2001). De plus de nombreux peptides antimicrobiens sont également présents dans les épithélia de surface (pour revue voir Schrôder 1999). Les inventeurs ont maintenant mis en évidence la présence de peptides antimicrobiens dans le contenu stomacal des Manchots royaux et ont montré l'implication de ces peptides à activité antimicrobienne dans le phénomène de conservation du bol alimentaire lors du jeûne d'incubation chez le mâle de Manchot Royal. Ces travaux de recherche ont permis de définir de nouveaux peptides qui seront désignés ci-après sphéniscines d'après la famille des Sphéniscidés à laquelle appartient le Manchot Royal. L'invention a donc pour objet un peptide purifié du contenu stomacal des Manchots royaux ou un analogue de celui-ci, dès lors que ledit analogue présente une activité anti-bactérienne dans l'un des tests décrits dans la partie expérimentale ci-après. Un analogue présente une séquence modifiée par adjonction, suppression ou remplacement d'au moins un résidu d'acide aminé de la séquence dudit peptide. L'invention concerne tout particulièrement un peptide comprenant une ou plusieurs liaisons intramoléculaires, répondant à la séquence de formule (I) suivante représentée dans la liste de séquences en annexe sous le numéro SEQ ID NO.1 : Xaa-Cal-Xab-Ca2-Xac-Ca3-Xad-Ca4-Xae-Ca5-Ca6-Xaf (I) Dans laquelle : - Xaa représente un groupe -NH ou un reste peptidique de 1 à 16 acides aminés et de préférence de 4 acides aminés, avantageusement Xaa répond à la formule suivante : -Xaal-Xaa2- (SEQ ID N0.2), où Xaal représente un groupe -NH ou un reste peptidique de 1 à 13 acides aminés et Xaa2 représente un reste peptidique de 3 acides aminés choisis parmi les acides aminés hydrophobes ou apolaires ; - Xab représente un reste peptidique de 1 à 6 acides aminés, de préférence 6 acides aminés, avantageusement Xab répond à la formule suivante : -Xab1Xab2-Xab3-Xab4-Xab5- (SEQ ID N0.3), où ceux des Xab1, Xab2, Xab4 et Xab5 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires, et Xab3 représente un reste peptidique répondant à la formule suivante : -Xab3.1-Xab3.2- (SEQ ID N0.4), où ceux des Xab3.1 et Xab3.2 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires ; - Xac représente un reste peptidique comprenant de 1 à 4 acides aminés, de préférence 4 acides aminés, avantageusement Xac répond à la formule suivante : -XaclXac2-Xac3-Xac4- (SEQ ID N0.5), où ceux des Xacl, Xac2, Xac3 et Xac4 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires et les acides aminés polaires larges non chargés; - Xad représente un reste peptidique comprenant de 1 à 9 acides aminés, de préférence 9 acides aminés, avantageusement Xad répond à la séquence suivante : -XadlXad2-Xad3-Xad4-Xad5-Xad6-Xad7-Xad8-Xad9- (SEQ ID N0.6), où ceux des Xadl, Xad2, Xad3, Xad4, Xad5, Xad6, Xad7, Xad8 et Xad9 présents, identiques ou différents sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaires chargés négativement ; - Xae représente un reste peptidique comprenant de 1 à 6 acides aminés, de préférence 5 acides aminés, avantageusement Xae répond à la séquence suivante : -XaelXae2-Xae3-Xae4-Xae5- (SEQ ID N0.7), où ceux des Xael, Xae2, Xae3, Xae4 et Xae5 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaires chargés négativement ; - Xaf représente un groupe-OH ou -CONH2 ou encore un reste peptidique de 1 à 14 acides aminés, de préférence 4 acides aminés, avantageusement Xaf répond à la séquence suivante : -Xafl-Xaf2-Xaf3-Xaf4- (SEQ ID N0.8), où ceux des Xafl, Xaf2, Xaf3 et Xaf4 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaire chargé négativement ; - Cal, Ca2, Ca3, Ca4, Ca5 et Ca6, identiques ou différents, représentent des acides aminés dont l'un au moins est lié à l'un quelconque des autres Cal, Ca2, Ca3, Ca4, Ca5 et Ca6, avantageusement Cal, Ca2, Ca3, Ca4, Ca5 et Ca6 sont des acides aminés soufrés de type cystéine et préférentiellement des cystéines. L'invention concerne tout particulièrement les peptides de formule (I) présentant l'une ou moins des caractéristiques suivantes : - Xaal est un acide aminé choisi parmi les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence la sérine. - Xaa2 est Phe-Gly-Leu. - Cal et Ca5 sont liés par covalence. - Xabl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xabl est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xab2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xab2 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la leucine (Leu). - Xab3.2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xab4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, et tout préférentiellement Xab4 est la glycine (Gly). - Xab5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xab5 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Ca2 et Ca4 sont liés par covalence. - Xacl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xacl est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'alanine (Ala). - Xac2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xac2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg) ou l'histidine (His). - Xac3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xac3 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la glycine (Gly). - Xac4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xac4 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Ca3 et Ca6 sont liés par covalence. - Xad1 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xad1 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xad2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, de préférence Xad2 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Xad3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence un acide aminé hydrophobe ou apolaire, de préférence Xad3 est la proline ou l'hydroxyproline et tout préférentiellement la proline (Pro). - Xad4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence Xad4 est un acide aminé polaire petit non chargé et tout préférentiellement la sérine (Ser). - Xad5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence Xad5 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'isoleucine (Ile). - Xad6 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence un acide aminé hydrophobe ou apolaire, de préférence Xad6 est la proline ou l'hydroxyproline et tout préférentiellement la proline (Pro). - Xad7 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xad7 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'isoleucine (Ile). - Xad8 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xad8 est la glycine (Gly). - Xad9 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xad9 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xael est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xael est un acide aminé polaire petit non chargé et tout préférentiellement la serine (Ser). - Xae2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xae3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Xae4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae4 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la valine (Val). - Xae5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae5 est un acide aminé polaire large non chargé et tout préférentiellement la glutamine (Gln). - Xafl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xafl est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xaf2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xaf2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xaf3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xaf3 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la valine (Val). - Xaf4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xaf4 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement le tryptophane (Trp) . On entend tout spécialement par : - acides aminés basiques, la lysine (Lys), l'arginine (Arg), l'histidine (His) ou l'homoarginine ; - acides aminés polaires chargés négativement, l'acide aspartique (Asp) ou aspartate et l'acide glutamique (Glu) ou glutamate ; - acides aminés polaires petits non chargés, la sérine (Ser) ou la thréonine (Thr), - acides aminés polaires larges non chargés, l'asparagine (Asn), la glutamine (Gln) ou la méthionine (Met), - acides aminés hydrophobes ou apolaires, l'isoleucine (Ile), la leucine (Leu), la phénylalanine (Phe), le tryptophane (Trp), la tyrosine (Tyr), la valine (Val), l'alanine (Ala), la glycine (Gly), la proline (Pro) ou l'hydroxyproline. L'invention concerne spécifiquement un peptide de formule (I) présentant trois liaisons intramoléculaires, plus spécialement trois ponts disulfures, et parmi ceux-ci l'invention se rapporte à un peptide de formule (II) suivante : Ca4, Xae, Ca5, Ca6 et Xaf ont la même signification que dans la formule (I). L'invention vise tout spécialement les peptides de formules (II) dans lesquels : - Xac est : Xacl-His-Xac3 (SEQ ID NO. 9) ou Xacl-Arg-Xac3 (SEQ ID NO. 10), - Xad est : Xadl-Pro-Xad3 (SEQ ID NO. 11), - Xae est : Xael-Gln-Xae3 (SEQ ID NO. 12), - Xaf est : Xaf1-Val-Xaf3 (SEQ ID NO. 13), où Xac, Xacl, Xac3, Xad, Xadl, Xad3, Xae, Xael, Xae3, Xaf, Xafl, Xaf3 ont la même signification que dans la formule (I) . A titre d'exemple particulier de peptides de formule (I) ou (II) on peut citer : - la sphéniscine-1 dont la séquence primaire est la suivante : SFGLCRLRRGFCAHGRCRFPSIPIGRCSRFVQCCRRVW (SEQ ID NO. 14) - la sphéniscine-2 dont la séquence primaire est la suivante : SFGLCRLRRGFCARGRCRFPSIPIGRCSRFVQCCRRVW (SEQ ID NO. 15) Les acides aminés sont généralement représentés par leur code à une lettre, mais ils peuvent être aussi représentés par leur code à trois lettres selon la nomenclature ci-dessous : A Ala Alanine C Cys Cysteine D Asp Acide Aspartique E Glu Acide Glutamique F Phe Phénylalanine G Gly Glycine H His Histidine I Ile Isoleucine K Lys Lysine L Leu Leucine M Met Methionine N Asn Asparagine P Pro Proline Q Gln Glutamine R Arg Arginine S Ser Serine T Thr Thréonine V Val Valine W Trp Tryptophane Y Tyr Tyrosine Les peptides de l'invention peuvent présenter au niveau de certains des acides aminés des modifications posttraductionnelles naturelles ou chimiques, par exemple le résidu NH2-terminal peut présenter par exemple une acylation, ou le résidu C-terminal peut présenter une modification post-traductionnelle ou chimique, par exemple une amidation, une oxydation ou une estérification. L'invention concerne donc aussi des dérivés des peptides de formules (I) ou (II), comme ceux dont un ou plusieurs acides aminés sont des acides aminés de conformation D, l'invention couvre également les rétro-peptides et les rétro-inversopeptides, dès lors qu'ils conservent l'activité antimicrobienne. L'invention a aussi pour objet l'utilisation des dits peptides dans le domaine agroalimentaire pour protéger des aliments contre les microbes (bactéries et champignons). L'invention a encore pour objet l'utilisation des dits peptides chez l'homme, l'animal ou les plantes pour prévenir et/ou traiter une infection microbienne, bactérienne et/ou fongique. La présente invention concerne donc une composition pharmaceutique agronomique ou agroalimentaire comprenant comme agent actif au moins un peptide tel que défini précédemment, avantageusement associé dans ladite composition avec un ou plusieurs véhicules, diluant ou excipient pharmaceutiquement acceptables. Les véhicules, diluants et excipients sont choisis en fonction du type d'application de la composition à titre pharmaceutique, agronomique ou agroalimentaire. Ainsi, l'invention a encore pour objet l'utilisation d'un peptide tel que défini précédemment pour la préparation d'une composition pharmaceutique, agronomique ou agroalimentaire antibactérienne, antibactérienne et/ou antifongique. Les compositions de l'invention sont utiles tant à titre préventif que curatif. Pour l'utilisation relative à la conservation des aliments, les peptides de l'invention et les compositions les contenant peuvent se présenter sous la forme de poudre ou de granulés. Ils peuvent être fixés sur les supports contenant les aliments, ou être incorporés directement dans les aliments notamment sous la forme de microorganismes, comme des levures, produisant lesdits peptides. L'administration de composition pharmaceutique selon l'invention peut être réalisée par l'un quelconque des modes d'administration acceptés pour les agents thérapeutiques, agronomiques ou agroalimentaires. A titre pharmaceutique, chez l'homme ou l'animal, on peut citer l'administration systémique, topique ou encore centrale. L'administration orale peut se faire au moyen de comprimés, gélules, capsules molles, y compris les formulations à libération différée ou prolongée, pilules, poudres, granules, élixirs, teintures, suspensions, sirops et émulsions. L'administration parentérale de composés antibactériens et/ou antifongique se fait généralement par injection intramusculaire ou intraveineuse par perfusion. Les compositions injectables peuvent être préparées sous des formes classiques, soit en suspension ou solution liquide soit sous forme solide convenant à une dissolution extemporanée dans un liquide adéquat, y compris les formulations à libération différée ou prolongée comme l'inclusion des peptides dans des microparticules biodégradables de formulation lipidique, comme des liposomes. D'autres préparations topiques habituelles comprennent les crèmes, les onguents, les lotions, les gels et les sprays aérosols. L'utilisation des peptides à titre essentiellement préventif consiste à inclure lesdits peptides dans les produits d'hygiène, des pansements, ou encore des litières pour animaux. En fonction du mode d'administration, les composés peuvent être sous forme solide, semi-solide ou liquide. Pour les compositions solides, telles que comprimés, pilules, poudres ou granulés à l'état libre ou inclus dans des gélules, ou des microparticules biodégradables de formulation lipidique, comme des liposomes, le principe actif peut être combiné avec des diluants, des lubrifiants, des liants, des absorbants, colorants, aromatisants et édulcorants. Les compositions selon l'invention peuvent également contenir d'autres substances présentant un intérêt thérapeutique. Les peptides de l'invention peuvent être administrés sous la forme de doses quotidiennes uniques, ou la posologie quotidienne totale peut être administrée en deux, trois ou quatre doses par jour. L'invention envisage non seulement les peptides décrits précédemment mais également l'utilisation des séquences polynuclucléotidiques codant ces peptides pour transformer des hôtes, et notamment des cellules animales, végétales ou des procaryotes. Ces séquences sont utilisées conformément aux techniques du génie génétique décrites dans la littérature. En conséquence, l'invention a également pour objet un polynucléotide codant un peptide décrit précédemment, une molécule d'acide nucléique, ADN ou ARN, comme un vecteur, comprenant ledit polynucléotide, et un hôte, par exemple une cellule animale ou végétale ou encore un procaryote comprenant ladite molécule d'acide nucléique, ainsi que les compositions notamment pharmaceutiques les contenant. L'invention s'intéresse aussi aux applications agronomiques des peptides décrits précédemment pour rendre des plantes résistantes aux bactéries et champignons phytopathogènes et réduire ainsi l'utilisation de pesticides chimiques toxiques pour l'environnement. L'application directe sur la plante d'une quantité efficace de peptides antibactériens et/ou antifongique ou d'une composition en contenant représente une première forme de mise en #uvre de l'application agronomique. Une deuxième forme de mise en #uvre de cette application est basée sur des techniques de transgénèse consistant à incorporer de façon stable dans l'ADN d'une cellule végétale, une séquence polynucléotidique codant pour un ou plusieurs peptides ci-dessus. Les cellules végétales ainsi transformées permettent de régénérer une plante transmettant le caractère de résistance aux infections bactériennes et/ou fongique à sa descendance. A titre d'exemples de plantes, on peut citer le riz, le maïs, le colza, la betterave, le blé, le tabac, la tomate, la pomme de terre, etc.... D'autres avantages et caractéristiques de l'invention apparaîtront des exemples qui suivent concernant la mise en évidence, l'isolement et la caractérisation de peptides antimicrobiens à partir d'échantillons de contenu stomacal de mâles de Manchots royaux, et où il sera fait références aux dessins en annexe dans lesquels : - La figure 1 représente l'évolution du pH gastrique et de la température stomacale chez deux manchots royaux mâles pendant la première semaine de leur jeûne d'incubation. Dans un cas, le contenu stomacal est conservé (A), dans l'autre cas, il est digéré (B). - La figure 2 représente l'évolution de la motilité gastrique et de la température stomacale chez deux manchots royaux mâles pendant la première semaine de leur jeûne d'incubation. Dans un cas, le contenu stomacal est conservé (A), dans l'autre cas, il est digéré (B). - La figure 3 représente l'évolution des activités antimicrobiennes dans le contenu stomacal de manchots royaux à jeun, incubant leur #uf. Les activités antimicrobiennes ont été testées en déposant des fractions issues d'une première purification par chromatographie des peptides cationiques. Trois souches de microorganismes, représentatives des bactéries Gram - (Escherichia coli), Gram + (Micrococcus luteus) et des champignons filamenteux (Neurospora crassa), ont été utilisées. L'activité antimicrobienne correspond à une diminution ou une absence de croissance des microorganismes pour une fraction testée. Le pourcentage indiqué pour les activités antimicrobiennes correspond à la proportion de fractions ayant ces activités. Deux groupes de manchots ont été constitués, selon que les oiseaux conservent (histogrammes foncés sur la gauche) ou digèrent (histogrammes plus clairs sur la droite) leur contenu stomacal au cours du jeûne. Lettres : différence au cours du jeûne, pour un même groupe ; P - La figure 4 représente l'évolution des activités antimicrobiennes totales (histogrammes pleins) ou partielles (histogrammes hachurés) dans le contenu stomacal de manchots royaux à jeun, incubant leur #uf. Les activités antimicrobiennes ont été testées en déposant des fractions issues d'une première purification par chromatographie des peptides cationiques. Trois souches de microorganismes, représentatives des bactéries Gram - (Escherichia coli), Gram + (Micrococcus luteus) et des champignons filamenteux (Neurospora crassa), ont été utilisées. S'il n'y a pas de croissance des microorganismes pour une fraction testée, on caractérise l'activité antimicrobienne comme totale. S'il y a seulement une croissance ralentie, il s'agit d'une inhibition partielle. Le pourcentage indiqué pour les activités antimicrobiennes, qu'elles soient totales ou partielles, correspond à la proportion de fractions ayant ces activités. Deux groupes de manchots ont été constitués, selon que les oiseaux conservent (histogrammes de gauche) ou digèrent (histogrammes à droite) leur contenu stomacal au cours du jeûne. - La figure 5 représente l'évolution des activités antimicrobiennes contre trois types de microorganismes, dans le contenu stomacal de manchots royaux à jeun, incubant leur #uf (Voir la figure 4 pour les légendes). La figure 6 représente l'évolution quantitative des sphéniscines au cours du jeûne dans le contenu stomacal de manchots royaux à jeun, incubant leur #uf. Deux groupes de manchots ont été constitués, selon que les oiseaux conservent (ronds noirs et traits pleins) ou digèrent (ronds blancs et pointillés larges) leur contenu stomacal au cours du jeûne. Les valeurs individuelles (A) ou moyennées ESM (B) sont représentées. En (A) les valeurs pour un individu ayant conservé son contenu stomacal entre le début et le milieu du jeûne (carrés noirs), puis l'ayant digéré entre le milieu et la fin du jeûne (carrés blancs) sont aussi représentées (pointillés petits). - La figure 7 représente le spectre de masse des sphéniscines, sous forme native (A) ou après réduction et pyridyléthylation des résidus cystéines (B). - La figure 8 représente les (3-défensines impliquées dans la réponse immunitaire épithéliale chez les Vertébrés. L = langue ; T = trachée ; MB = muqueuse buccale ; GS = glandes salivaires ; P = peau ; MP = muqueuses pulmonaires ; GI = tractus gastro-intestinal ; E = Estomac ; I - intestin ; 0 = #sophage ; TG = tractus génital. Références : (1) Zhao et al. 2001 ; (2) Harder et al. 1997 ; Hiratsuka et al. 1998) (4) Mathews et al. 1999 ; (5) Harder et al. 2001 ; (6) Garcia et al. 2001a ; (7) Garcia et al. 2001b ; Bals et al. 2001 ; Duits et al. 2000 ; Duits et al. site AMSDb ; (11) Diamond et al. 1993 ; (12) Schonwetter et al. 1995 ; (13) Tarver et al.1998 ; (14) Bals et al. 1998 ; Huttner et al.1997 ; (16) Morrison et al. 1999 ; Bals et al. 1999 ; (18) Jia et al. 2000 ; (19) Yamaguchi et al. 2001 ; (20) Conejo- Garcia et al. site AMSDb ; (21) Zhao et al. 1999 ; (22) Huttner et al. 1998 ; Zhang et al. 1998. Exemple 1 : Mise en évidence de peptides antimicrobiens dans le contenu stomacal des Manchots royaux lors du jeûne d'incubation. Comme la plupart des oiseaux pélagiques, les manchots royaux s'alimentent uniquement en mer. Ils alternent des séjours en mer pour se nourrir, avec des périodes de jeûne à terre pour se reproduire et muer. La durée des voyages alimentaires en mer est cependant très variable en durée comme en distance parcourue, en raison d'une variabilité à la fois de la distance à laquelle se trouvent leurs proies, mais aussi de la disponibilité de ces proies au sein même de la zone de prospection alimentaire. Il en résulte que la durée de ces voyages alimentaires peut parfois être doublée (Bost et al., 1997). Pendant la période de reproduction, les deux conjoints se relayent pour assurer l'incubation de l'oeuf unique (54 jours), le mâle assurant normalement la dernière période de l'incubation. Etant donné la variabilité de la durée des voyages en mer, il existe une incertitude sur le sexe du conjoint qui sera sur l'#uf au moment de l'éclosion. Dans la majeure partie des cas, la femelle revient à temps pour l'éclosion, mais son retour peut être décalé de plus de neuf jours (Gauthier-Clerc et al., 2000), alors que les réserves endogènes du poussin nouvellement éclos ne lui assurent que deux ou trois jours d'autonomie. Il s'avère que le mâle de Manchot Royal a mis au point une adaptation remarquable qui lui permet d'assurer la survie du poussin en cas de retard de la femelle. Il a en effet été montré que le mâle de Manchot Royal est capable, lors de son séjour à terre pour assurer la dernière partie de l'incubation, de garder de la nourriture dans son estomac pendant plus de deux semaines (Gauthier-Clerc et al., 2000). Lui-même jeûne et vit sur ses réserves corporelles. L'état de conservation de cette nourriture est remarquable, sa masse et sa valeur énergétique n'étant pas modifiées (Gauthier-Clerc et al., 2002). Lors de la conservation de cette nourriture, la température stomacale est maintenue à une valeur élevée, en moyenne de 38 C, et le pH gastrique reste entre 5 et 6 (Figure 1). D'autre part, la motricité gastrique est très fortement diminuée en cas de conservation de la nourriture en comparaison avec ce que l'on observe chez un oiseau qui digère son contenu stomacal pendant le jeûne d'incubation (Figure 2). Alors que ces différents paramètres sont favorables à la dégradation de la nourriture par les bactéries présentes dans le contenu, l'analyse qualitative et quantitative de cette nourriture a montré qu'il n'en était rien. Une étude bactériologique a permis de montrer qu'il existe une très forte proportion de bactéries viables dans le contenu stomacal de manchots qui le conservent efficacement au cours du jeûne, mais elles ne peuvent apparemment pas se développer. Ces bactéries présentent en effet les caractéristiques morphologiques de bactéries placées en condition de stress environnemental. D'autre part, les bactéries cultivables sont principalement des bactéries environnementales telles que des Corynebacterium, Moraxella, Staphylococcus, Micrococcus et Streptococcus spp. ainsi que des bactéries très vraisemblablement issues des proies, à savoir Clostridium spp. Par contre, plusieurs bactéries de type Pseudomonas et Vibrio spp. présentes dans le milieu marin (Mac Cormack & Fraile, 1990) n'ont pas été détectées. De même aucune bactérie entérique n'a été mise en évidence bien que de telles bactéries aient été observées chez le Manchot Royal (Soucek & Mushin, 1970). Les résultats de l'analyse de la flore bactérienne sont eux aussi en faveur d'une protection de la nourriture stockée contre la dégradation par les bactéries. Un contrôle de la flore bactérienne par des substances antimicrobiennes, produites par les oiseaux, pourrait expliquer cette conservation. La présence de peptides antimicrobiens a été recherchée dans le contenu stomacal des Manchots royaux lors du jeûne d'incubation. Il a ainsi été réalisé : - un suivi individuel au cours du jeûne des peptides antimicrobiens présents dans le contenu stomacal. Plusieurs prélèvements ont été réalisés pour un même individu au cours du jeûne, - une comparaison entre deux groupes d'oiseaux, selon que ces derniers conservaient (groupe conservation ) ou digéraient (groupe digestion ) leur contenu stomacal au cours du jeûne (voir l'exemple 2. 1. pour le protocole détaillé). Quatre souches de microorganismes tests ont été sélectionnées pour cribler la présence de peptides antimicrobiens dans des extraits de contenu stomacal : Micrococcus luteus (Gram positif), Escherichia coli SBS 363 (Gram négatif), Neurospora crassa (champignon filamenteux), et la levure Candida albicans. Ces souches ont été sélectionnées en raison de leur sensibilité élevée pour les peptides antimicrobiens (voir les exemples 2. 2, 2. 3 et 2.4. pour le détail du protocole). Nous restreindrons notre description aux activités dirigées contre les souches de bactéries E. coli, M. luteus, et N. crassa. Trois résultats majeurs se dégagent : - Il existe des molécules à activité antimicrobienne dans les échantillons de contenu stomacal de mâle de Manchots royaux. - Ces activités antimicrobiennes s'expriment différemment chez les individus du groupe conservation , comparativement aux individus du groupe digestion . Ces différences se situent au niveau quantitatif et qualitatif. Au niveau quantitatif : - Les activités inhibitrices des microorganismes sont plus importantes dans le groupe conservation comparativement au groupe digestion , en début et milieu de jeûne (Figure 3). La distinction entre les activités inhibitrices totales et partielles montre que la différence entre les deux groupes est liée à une plus grande proportion d'activités inhibitrices totales dans le groupe conservation comparativement au groupe digestion , ceci tout au long du jeûne (Figure 4). - Les activités inhibitrices (totales et partielles) sont maintenues tout au long du jeûne dans le groupe conservation . Une très forte diminution en milieu de jeûne est observée dans le groupe digestion . Au niveau qualitatif (Figure 5) : - Pour les trois types de microorganismes testés, les activités inhibitrices sont plus importantes dans le groupe conservation comparativement au groupe digestion , ceci tout au long du jeûne. Ces activités sont essentiellement dirigées contre la bactérie Gram + testée (M. luteus). - A une exception, seuls les échantillons des individus du groupe conservation présentent des activités inhibitrices dirigées contre la bactérie Gram testée (E. coli) . En conclusion, ces résultats sont fortement en faveur de l'implication de substances à activité antimicrobienne dans le phénomène de conservation du bol alimentaire lors du jeûne d'incubation chez le mâle de Manchot Royal. Exemple 2 Isolement et caractérisation de peptides antimicrobiens à partir d'échantillons de contenu stomacal de mâles de Manchots royaux. 2.1 Oiseaux et prélèvement de contenu stomacal. Tous les échantillons de contenu stomacal ont été prélevés sur des Manchots royaux mâles, dans leur milieu naturel. La colonie de manchots se trouve sur l'Ile de la Possession (46 25'S - 51 45'E), dans l'Archipel des Iles Crozet. Les prélèvements ont été effectués au cours de la période d'incubation, à l'aide d'une sonde gastrique. Cette étude, menée dans une zone protégée, et sur une espèce protégée, a été réalisée avec l'autorisation du Territoire des Terres Australes et Antarctiques Françaises (Décision n 2000-59 du 16 Octobre 2000) et l'autorisation du Ministère de l'Aménagement du Territoire et de l'Environnement (autorisation 00/240/AUT du 30 Août 2000). a) Oiseaux : Les mâles de Manchot Royal ont été identifiés en début de la période d'incubation, juste après la ponte et le passage de l'#uf entre la femelle et le mâle, par une bague plastique placée temporairement au niveau de l'aileron. Les prélèvements de contenu stomacal ont été réalisés pendant la dernière période de l'incubation, assurée par le mâle. Afin de réaliser un suivi individuel du contenu stomacal, les prélèvements ont, pour un même oiseau, été effectués à trois stades différents du jeûne : le début, le milieu du jeûne (environ 7 jours) et la fin du jeûne. Pour les prélèvements du début et du milieu de jeûne, l'oiseau a été étudié alors qu'il était sur son #uf. Pour le stade de fin de jeûne, le mâle a été capturé juste après la relève par la femelle, en dehors de la colonie. Les prélèvements ont été effectués au calme, en dehors de la colonie. Afin de limiter le stress de l'oiseau, celui-ci a été placé à l'obscurité grâce à une cagoule. De même, l'oeuf a été provisoirement remplacé par un #uf en plâtre, préalablement réchauffé. L'#uf naturel a été placé en couveuse le temps de la manipulation. Après manipulation, les oiseaux ont été reposés à l'endroit exact de la capture. Tous les oiseaux étudiés ont mené à terme l'incubation. Deux groupes d'oiseaux ont été constitués, selon que les oiseaux conservaient (groupe conservation , n = 3), ou digéraient (groupe digestion , n = 3) leur contenu stomacal au cours du jeûne d'incubation. b) Prélèvement des échantillons et conditionnement : Les échantillons de contenu stomacal ont été prélevés par une méthode non-destructive et non-invasive d'intubation et d'aspiration. Afin d'obtenir un échantillonnage homogène une quantité supérieure à celle nécessaire a été prélevée en plusieurs fois, puis immédiatement homogénéisée dans un récipient maintenu dans de la glace. C'est seulement après cette homogénéisation, que l'échantillonnage a été réalisé. Les échantillons ont été conservés à -80 C. Lors du rapatriement des échantillons jusqu'en France métropolitaine, ceux-ci ont été maintenus congelés successivement à -80 C puis dans de la carboglace selon la technique d'acheminement (bateau puis avion), avant d'être à nouveau placé à -80 C jusqu'à leur analyse avec un respect strict de la chaîne du froid. 2.2 Extraction des peptides cationiques hydrophobes et prépurification. L'extraction des peptides cationiques hydrophobes a été réalisée à partir des échantillons de contenu stomacal congelés. Le contenu stomacal a été broyé à l'aide d'un ultraturax puis d'une sonde à ultrasons, dans le milieu d'extraction composé d'acide trifluoroacétique (TFA, 0,2%) contenant de l'aprotinine (22,5 ug/ml concentration finale) comme inhibiteur de protéase. Les échantillons ont été maintenus au froid, dans de la glace, pendant toute l'étape de broyage. Le rapport volume d'échantillon/ volume de milieu d'extraction a été sélectionné de 1/10 à la fin du broyage. Les peptides ont été extraits à pH 2,5-3 sous agitation durant une nuit en chambre froide. Après centrifugation (10000 rpm durant 10 min à 6 C), le surnageant a été prépurifié par extraction en phase solide sur des cartouches de phase inverse Sep-Pak C18 Vac (5g de phase, Waters). La cartouche a été solvatée au méthanol et équilibrée avec de l'eau acidifiée (0,05% TFA). L'élution des peptides/polypeptides et protéines a été réalisée avec une solution de 80% d'acétonitrile dans de l'eau acidifiée. La fraction éluée a été lyophilisée avant purification par chromatographie liquide à haute performance (CLHP). 2.3 Purification des peptides cationiques. a) Etape 1 : Purification sur colonne semipréparative. La fraction 80% Sep-Pak a été soumise à une chromatographie sur support de phase inverse sur une colonne semi-préparative Aquapore RP-300 C18 (250 x 7 mm, BrownleeTM), équilibrée avec une solution d'acétonitrile à 2% dans de l'eau acidifiée. Les fractions ont été séparées à l'aide d'un gradient linéaire de 2% à 72% d'acétonitrile dans de l'eau acidifiée en 70 min avec un débit de 1,3 ml/min. Cette étape de purification a été réalisée sous température contrôlée (20-22 C) sur un système Beckman Gold HPLC équipé d'un détecteur Beckman 168 photoarray. Les molécules éluées de la colonne ont été détectées par leur absorbance à 225 nm. Les différentes fractions ont été collectées manuellement, séchées sous vide (Speed-Vac, Savant) et reconstituées dans 150 l d'eau ultrapure (MilliporeTM) préalablement filtrée (MilliporeTM), avant analyse de l'activité antimicrobienne. b) Etape 2 Purification sur colonne analytique. La purification des molécules à activité antimicrobienne (activité totale dirigée contre les deux souches de bactéries et la souche de champignons filamenteux) a été réalisée à partir d'une fraction issue du contenu stomacal prélevé sur un oiseau appartenant au groupe conservation en fin de jeûne. La seconde étape de purification a été réalisée sur une colonne analytique Aquapore OD-300 (220 x 4,6 mm, BrownleeTM). L'élution a été réalisée à l'aide d'un gradient biphasique d'acétonitrile dans l'eau acidifiée, de 2 à 23% en 10 min puis de 23 à 38% en 45 min avec un débit de 0,8 ml/min. Les différentes fractions ont été collectées manuellement, séchées sous vide (Speed-Vac, Savant) et reconstituées dans 70 l d'eau MilliQ (Millipore). Afin de limiter l'utilisation du produit actif pour les tests biologiques, seule la souche à Gram négatif E. coli a été testée. Les fractions inactives ont alors été testées sur N. crassa. Aucune activité n'a été détectée, suggérant que l'activité dirigée contre le champignon filamenteux N. crassa, enregistrée au cour de l'étape de purification précédente, est bien liée à la fraction présentant l'activité dirigée contre la bactérie à Gram négatif E. coli. c) Etape 3 : Phase finale de purification sur colonne analytique. La troisième étape de purification a été réalisée sur la même colonne analytique que dans l'étape 2 en utilisant comme conditions d'élution un gradient biphasique d'acétonitrile dans l'eau acidifiée, de 2 à 20% en 10 min et de 20 à 30% en 50 min avec un débit de 0,8 ml/min. Les fractions ont été recueillies, séchées sous vide, reprise dans 40 l d'eau et analysées pour leur activité antibactérienne contre E. coli. Ces deux dernières étapes de purification ont été réalisées sous température contrôlée, sur un système CLHP biocompatible (all PEEK Waters, Modèle Waters 626) relié à un détecteur à absorbance variable (Waters 486). Les molécules éluées de la colonne ont été détectées par leur absorbance à 225 nm, et l'activité antimicrobienne mesurée suivant la procédure décrite dans l'Exemple 2. 4 ci-dessous. 2.4 Détection des activités antimicrobiennes. L'activité antimicrobienne a été mesurée sur quatre souches de microorganismes : Micrococcus luteus (Gram positif ; collection de l'Institut Pasteur, Paris), Escherichia coli SBS 363 (Gram négatif ; de Mr Boquet du Centre d'Etudes Nucléaires de Saclay), Neurospora crassa (champignon filamenteux ; de la Société Clause, Paris) et Candida albicans (levure; don du Dr. Koenig, Hôpital Civil, Strasbourg). Ces quatre souches ont été sélectionnées dans des collections publiques ou privées en raison de leur sensibilité reconnue à des peptides antimicrobiens naturels. Les bactéries à tester ont été mises en suspension dans un milieu nutritif approprié de type Poor Broth , correspondant à une solution de bactotryptone à 10 g/1 additionnée de NaCl 5 g/1 préparée dans de l'eau ultrapure. Les spores du champignon N. crassa à tester ont été mises en suspension dans un milieu de culture approprié de type infusion de Pomme de terre - Glucose . De préférence on utilise 12 g de milieu Potato Dextrose Broth (1/2PDB, Difco) pour 1 1 d'eau déminéralisée. Deux antibiotiques ont été rajoutés au milieu de culture : la céfotaxine (concentration finale à 100 ug/ml) et la tétracycline (concentration finale à 10 pg/ml). La souche de levure C. albicans à tester a été mise en incubation dans un milieu de culture approprié de type Sabouraud . Les activités antimicrobiennes ont été détectées par un test d'inhibition de croissance en milieu liquide dans des plaques de microtitration (Hétru & Bulet, 1997). On dépose 10 l de chaque fraction collectée dans des plaques de microtitration en présence de 90 pl de milieu de culture contenant les microorganismes (à une concentration finale équivalente à 1 mDO à 600 nm). Pour les bactéries et la levure, l'incubation a été réalisée à 30 C pendant 12-24 h sous agitation. La croissance des microorganismes a été mesurée en suivant l'absorbance à 600 nm à l'aide d'un spectrophotomètre lecteur de plaque de microtitration. Pour les champignons filamenteux, l'incubation a été réalisée à 37 C sous atmosphère humide pendant 48 heures. La croissance fongique a été observée au microscope photonique après 24 h et quantifiée après 48 h par mesure de l'absorbance à 600 nm à l'aide d'un spectrophotomètre lecteur de plaque de microtitration. 2.5 Caractérisation structurale des sphéniscines. 2. 5.1 Analyse par spectrométrie de masse. La pureté et la détermination de la masse moléculaire des molécules bioactives ont été réalisées par spectrométrie de masse selon la technique dite de mesure du temps de vol après désorption ionisation laser assistée par matrice (Technique MALDI-TOF). Le matériel utilisé est un spectromètre de masse Brucker BIFLEXTM III (Bremen, Allemagne) équipé d'une optique haute résolution SCOUTTM et d'un réflectron. Cet instrument a un potentiel maximum d'accélération de 20kV et peut être utilisé soit en mode linéaire soit en mode réflectron. L'ionisation est réalisée avec un faisceau à 337 nm émis par un laser à azote à une fréquence de 3Hz. Les spectres de masse ont été calibrés de façon externe avec un mélange standard de peptides de la drosophile à savoir la drosocine, la metchnikowine et la drosomycine de masse moléculaire connue, respectivement à 2199,5 Da, 3046,4 Da et 4890,5 Da (Bullet, 1999). L'échantillon à analyser a été préparé selon la technique du sandwich (Kussmann et. al., 1997) exposée comme suit : 0,5 l d'échantillon ont été déposés sur une fine couche de cristaux d'acide a-cyano-4-hydroxycinnamique (4HCCA, Sigma) obtenue par une évaporation rapide d'une solution saturée dans l'acétone. Le tout a été recouvert par 0,5 pl de matrice 4-HCCA à saturation dans une solution d'acétonitrile 50% dans de l'eau. Après séchage sous un léger vide, l'échantillon a été lavé par 1,5 l de TFA 0,1% avant d'être séché à nouveau et introduit dans le spectromètre de masse. Le spectre de masse obtenu pour la fraction isolée lors de l'étape 3 de l'exemple 2.3 ci-dessus est présenté sur la figure 7A. Cette fraction contenait deux molécules de masse moléculaire en MH+ à 4482,84 et 4501,67. L'étape suivante a été de vérifier la présence de résidus cystéines dans les molécules antimicrobiennes isolées et éventuellement de modifier ces résidus cystéines pour favoriser l'identification de la séquence au cours du séquençage peptidique par dégradation d'Edman. 2. 5.2 Vérification de la présence de résidus cystéines et détermination de leur nombre : réduction et Spyridyléthylation. a) Etape 1 : Traitement chimique. La présence de résidus cystéine a été déterminée après réduction et S-pyridyléthylation. Une fraction aliquote des peptides purifiés à l'étape 3 de l'exemple 2.3 a été soumise à une étape de réduction chimique avec 4 pl de dithiothréitol (concentration finale 2,2 M) dans 40 l de tampon Tris/HCl 0,5 M, pH 8,3 contenant 2 mM d'EDTA et 6 M de chlorure de guanidium. Le milieu réactionnel a été placé sous atmosphère d'azote. Après 60 min d'incubation à l'obscurité, 2 l de 4-vinyl pyridine (agent alkylant) ont été ajoutés à la réaction. Le milieu réactionnel a été placé sous atmosphère d'azote et incubée 10 min et à 45 C à l'obscurité. La réaction a été arrêtée par acidification avec 50 l de TFA 10%. b) Etape 2 : Purification des peptides réduits et alkylés. Les peptides pyridyléthylés ont été purifiés du milieu réactionnel par chromatographie de phase inverse en utilisant une colonne narrow bore C18 (DeltaPak HPIC18' 2 x 150 mm, WatersTM). L'élution a été réalisée à l'aide d'un gradient linéaire d'acétonitrile dans l'eau acidifiée de 2 à 60% en 90 min avec un débit de 0,2 ml/min. Cette séparation a été réalisée sous température contrôlée sur un système CLHP biocompatible (all PEEK Waters, Modèle Waters 626) relié à un détecteur à absorbance variable (Waters 486). Les molécules éluées de la colonne ont été détectées par leur absorbance à 225 nm. c) Etape 3 : Détermination du nombre de résidus cystéines par spectrométrie de masse. La mesure de masse des peptides pyridyléthylés a été effectuée par un spectromètre de masse MALDI-TOF selon le protocole énoncé dans l'exemple 2. 5.1. Cette fraction contenait deux molécules de masse moléculaire en MH+ à 5120,69 et 5141,54 (Figure 7B). La différence de masse moléculaire mesurée avant et après réduction pour les deux molécules correspond à l'ajout de 6 résidus 4-vinyl pyridine (6 x 106 Da). Ceci confirme la présence de 6 résidus cystéines dans la molécule à 4482. 84 (m/z) et dans celle à 4501. 67 (m/z) et leur implication dans la formation de trois ponts disulfure intramoléculaires. 2. 5.3 Détermination des séquences primaires des sphéniscines. a) Etape 1 : Séquençage par dégradation d'Edman. Le séquençage automatique par dégradation d'Edman des peptides S-pyridyléthylés a été réalisé sur un séquenceur ABI473A (Applied Biosystems Inc.). Deux séquences primaires de 38 acides aminés, ne différant que par un acide aminé en position 14 (histidine versus arginine), ont été obtenues avec une ambiguïté sur les acides aminés en position 31 et 37. Afin de lever cette ambiguïté, les deux peptides ont été traités à la chymotrypsine. b) Etape 2 : Digestion à la chymotrypsine et analyse des fragments chymotrypsiques par spectrométrie de masse. La fraction (4 l) contenant les peptides Spyridyléthylés ont été mis en solution dans 20 l de tampon Tris 100 mM à pH 7,8, contenant 10 mM de CaCl2 en présence de chymotrypsine au ratio de 1/20 (enzyme/peptides, poids/poids). Des fractions aliquotes (0,5 l) ont été analysées par spectrométrie de masse MALDI-TOF après 30 min et 55 min d'incubation à 30 C. Les échantillons ont été analysés par spectrométrie de masse MALDI-TOF selon le protocole décrit dans l'exemple 1. 5.1. Parmi les fragments chymotrypsiques observés après 55 min, un des fragments à la masse moléculaire mesurée à 1261,05 (m/z) a permis de confirmer et de lever les ambiguïtés observées après le séquençage par dégradation d'Edman. Séquences C-terminales identiques pour les deux peptides. L'ensemble des techniques utilisées a ainsi permis d'obtenir la structure complète de la sphéniscine-1 et de la sphéniscine-2. La séquence primaire de la sphéniscine-1 est la suivante : SFGLCRLRRGFCAHGRCRFPSIPIGRCSRFVQCCRRVW (SEQ ID N0.14) Masse moléculaire calculée : 4483,38 MH+ Masse moléculaire mesurée : 4482,84 MH+ La séquence primaire de la sphéniscine-2 est la suivante : SFGLCRLRRGFCARGRCRFPSIPIGRCSRFVQCCRRVW (SEQ ID N0.15) Masse moléculaire calculée : 4502,42 MH+ Masse moléculaire mesurée : 4501,67 MH+ L'analyse dans les banques de données protéiques et nucléotidiques (FASTA Genome, NCBI-TBLASTN) a permis de montrer que les sphéniscines appartiennent à la famille des P-défensines, peptides antimicrobiens largement répandus dans le monde animal. Une comparaison détaillée des séquences des sphéniscines a été réalisée avec les séquences des ss-défensines connues trouvées dans les épithélia de vertébrés et en l'occurrence chez la poule (Gallus gallus) et la pintade (Meleagris gallopavo). Les homologies observées (Figure 8) montrent clairement que les sphéniscines, isolées à partir d'un contenu stomacal de Manchot royal, sont bien produites et sécrétées par l'oiseau et ne proviennent pas de l'alimentation elle-même. Exemple 3 : Evolution des sphéniscines dans le contenu stomacal au cours du jeûne d'incubation chez le Manchot Royal. 3.1 Détection des sphéniscines dans le contenu stomacal par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Les analyses sont réalisées pour chaque échantillon de contenu stomacal, sur les fractions issues de la première étape de purification (cf. Exemple 2. 3 Etape 1). La procédure d'analyse par spectrométrie de masse MALDI-TOF est celle décrite dans l'Exemple 2.5.1. Toutes les fractions issues de la première étape de purification provenant d'un même individu dans un stade de jeûne donné et contenant de la sphéniscine 1 ou/et2 ont été regroupées. Les sphéniscines ont été purifiées par chromatographies successives sur colonnes de phase inverse appropriées en utilisant des gradients d'acétonitrile adaptés selon le modèle décrit ci-dessus dans l'Exemple 2.3. Les étapes de purification ont été réalisées sous température contrôlée, sur un système CLHP biocompatible (all PEEK Waters, Modèle Waters 626) relié à un détecteur à absorbance variable (Waters 486). Les molécules éluées de la colonne ont été détectées par leur absorbance à 225 nm et la présence des sphéniscines 1 et 2 confirmée par spectrométrie de masse MALDI-TOF. 3.2 Quantification et évolution des sphéniscines dans le contenu stomacal au cours du jeûne d'incubation chez le Manchot Royal. a) Etape 1 : Analyse par électrophorèse capillaire de zone. La première étape permettant la quantification des sphéniscines a consisté à réaliser une électrophorèse capillaire de zone sur un modèle 270 A-HT (Apllied Biosystems Inc. ). Quatre nl de chaque "pool" de fractions (12 l) contenant de la sphéniscine (déterminée par spectrométrie de masse MALDI-TOF) ont été injectés sous assistance par le vide dans un capillaire de silice (72 cm x 50 m). L'analyse a été réalisée en tampon citrate 20 mM à pH 2,5. L'électrophorèse a été réalisée à 20 kV de l'anode à la cathode pendant 20 min à 30 C. La migration a été enregistrée à 200 nm. Pour chaque échantillon, la surface du pic correspondant aux sphéniscines 1 et 2 a été déterminée. b) Etape 2 : Quantification. De manière à pouvoir effectuer la quantification, l'aire du pic obtenu par électrophorèse capillaire a été comparée à celle d'une solution calibrée de sphéniscines. Cette solution correspond à l'échantillon analysé par dégradation d'Edman. La quantité précise de sphéniscines séquencée a été déterminée par mesure du rendement répétitif et du rendement initial obtenu durant le séquençage par dégradation d'Edman. Les quantités observées ont alors été ramenées aux concentrations présentes dans l'échantillon initial du contenu stomacal. Les données obtenues montrent clairement une fluctuation importante de la teneur en sphéniscines du contenu stomacal entre les deux groupes traités : le groupe "conservation" et "digestion" (Figure 6). D'autre part, dans le groupe "conservation", une augmentation nette du taux de sphéniscines est observée entre le début et la fin du jeûne. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES Bals, R., Goldman, M. J., & Wilson, J. M. (1998). Mouse beta-defensin 1 is a salt-sensitive antimicrobial peptide present in epithelia of the lung and urogenital tract. Infect Immun, 66,1225-32. Bals, R., Lang, C., Weiner, D. J., Vogelmeier, C., Welsch, U., & Wilson, J. M. (2001). Rhesus monkey (Macaca mulatta) mucosal antimicrobial peptides are close homologues of human molécules. Clin Diagn Lab Immunol, 8,370-5. 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Xaa-Cal-Xab-Ca2-Xac-Ca3-Xad-Ca4-Xae-Ca5-Ca6-Xaf (I) Dans laquelle : - Xaa représente un groupe-NH ou un reste peptidique de 1 à 16 acides aminés et de préférence de 4 acides aminés, avantageusement Xaa répond à la formule suivante : -Xaal-Xaa2- (SEQ ID N0.2), où Xaal représente un groupe -NH ou un reste peptidique de 1 à 13 acides aminés, et Xaa2 représente un reste peptidique de 3 acides aminés, choisis parmi les acides aminés hydrophobes ou apolaires ; - Xab représente un reste peptidique de 1 à 6 acides aminés, de préférence 6 acides aminés, avantageusement Xab répond à la formule suivante : -XablXab2-Xab3-Xab4-Xab5- (SEQ ID N0.3), où ceux des Xab1, Xab2, Xab4 et Xab5 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires, et Xab3 représente un reste peptidique répondant à la formule suivante : -Xab3.1-Xab3.2- (SEQ ID N0.4), où ceux des Xab3.1 et Xab3.2 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires ; - Xac représente un reste peptidique comprenant de 1 à 4 acides aminés, de préférence 4 acides aminés, avantageusement Xac répond à la formule suivante : -Xacl- Xac2-Xac3-Xac4- (SEQ ID N0.5), où ceux des Xacl, Xac2, Xac3 et Xac4 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires et les acides aminés polaires larges non chargés ; - Xad représente un reste peptidique comprenant de 1 à 9 acides aminés, de préférence 9 acides aminés, avantageusement Xad répond à la séquence suivante : -XadlXad2-Xad3-Xad4-Xad5-Xad6-Xad7-Xad8-Xad9- (SEQ ID N0.6), où ceux des Xadl, Xad2, Xad3, Xad4, Xad5, Xad6, Xad7, Xad8 et Xad9 présents, identiques ou différents sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaires chargés négativement ; - Xae représente un reste peptidique comprenant de 1 à 6 acides aminés, de préférence 5 acides aminés, avantageusement Xae répond à la séquence suivante : -XaelXae2-Xae3-Xae4-Xae5- (SEQ ID N0.7), où ceux des Xael, Xae2, Xae3, Xae4 et Xae5 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaires chargés négativement ; - Xaf représente un groupe-OH ou -CONH2 ou encore un reste peptidique de 1 à 14 acides aminés, de préférence 4 acides aminés, avantageusement Xaf répond à la séquence suivante : -Xafl-Xaf2-Xaf3-Xaf4- (SEQ ID N0.8), où ceux des Xafl, Xaf2, Xaf3 et Xaf4 présents, identiques ou différents, sont choisis dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés et les acides aminés polaire chargé négativement ; - Cal, Ca2, Ca3, Ca4 , Ca5 et Ca6, identiques ou différents, représentent des acides aminés dont l'un au moins est lié à l'un quelconque des autres Cal, Ca2, Ca3, Ca4, Ca5 et Ca6, avantageusement Cal, Ca2, Ca3, Ca4, Ca5 et Ca6 sont des acides aminés soufrés de type cystéine et préférentiellement des cystéines. 2) Peptide selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il présente au moins l'une des caractéristiques suivantes : - Xaal est un acide aminé polaire petit non chargé, de préférence la sérine - Xaa2 est Phe-Gly-Leu. - Cal et Ca5 sont liés par covalence. - Xab1 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xab1 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xab2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xab2 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la leucine (Leu). - Xab3.2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires petits non chargés et les acides aminés hydrophobes ou apolaires et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xab4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, et tout préférentiellement Xab4 est la glycine (Gly). - Xab5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xab5 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Ca2 et Ca4 sont liés par covalence. - Xacl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xacl est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'alanine (Ala). - Xac2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xac2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg) ou l'histidine (His). - Xac3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xac3 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la glycine (Gly). - Xac4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xac4 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Ca3 et Ca6 sont liés par covalence. - Xadl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xadl est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xad2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, de préférence Xad2 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Xad3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence un acide aminé hydrophobe ou apolaire, de préférence Xad3 est la proline ou l'hydroxyproline et tout préférentiellement la proline (Pro) . - Xad4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence Xad4 est un acide aminé polaire petit non chargé et tout préférentiellement la sérine (Ser). - Xad5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence Xad5 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'isoleucine (Ile). - Xad6 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence un acide aminé- hydrophobe ou apolaire, de préférence Xad6 est la proline ou l'hydroxyproline et tout préférentiellement la proline (Pro). - Xad7 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xad7 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement l'isoleucine (Ile). - Xad8 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xad8 est la glycine (Gly). - Xad9 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xad9 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xael est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xael est un acide aminé polaire petit non chargé et tout préférentiellement la serine (Ser). - Xae2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xae3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, les acides aminés polaires chargés négativement, de préférence un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la phénylalanine (Phe). - Xae4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae4 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la valine (Val). - Xae5 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xae5 est un acide aminé polaire large non chargé et tout préférentiellement la glutamine (Gln). - Xafl est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xafl est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xaf2 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires petits non chargés, de préférence Xaf2 est un acide aminé basique et tout préférentiellement l'arginine (Arg). - Xaf3 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, les acides aminés polaires larges non chargés, de préférence Xaf3 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement la valine (Val). - Xaf4 est choisi dans le groupe comprenant les acides aminés basiques, les acides aminés hydrophobes ou apolaires, de préférence Xaf4 est un acide aminé hydrophobe ou apolaire et tout préférentiellement le tryptophane (Trp) . 3) Peptide selon l'une des revendications 1 ou 2, caractérisé en ce qu'il présente trois liaisons intramoléculaires, plus particulièrement trois ponts disulfures, et en ce qu'il répond à la formule (II) suivante : Dans laquelle Xaa, Cal, Xab, Ca2, Xac, Ca3, Xad, Ca4, Xae, Ca5, Ca6 et Xaf ont la même signification que dans la formule (I). 4) Peptide selon la revendication 3, caractérisé en ce que dans la formule (II) : - Xac est . Xacl-His-Xac3 (SEQ ID NO. 9) ou Xacl-Arg-Xac3 (SEQ ID NO. 10), - Xad est : Xadl-Pro-Xad3 (SEQ ID NO. 11), - Xae est : Xael-Gln-Xae3 (SEQ ID NO. 12), - Xaf est : Xafl-Val-Xaf3 (SEQ ID NO. 13), où Xac, Xacl, Xac3, Xad, Xadl, Xad3, Xae, Xael, Xae3, Xaf, Xafl, Xaf3 ont la même signification que dans la formule (I) . 5) Composition pharmaceutique, agroalimentaire ou agronomique comprenant comme agent actif au moins un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4. 6) Composition selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle est utile pour la conservation des aliments. 7) Composition selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle est utile pour prévenir et/ou traiter une infection bactérienne et/ou fongique, chez l'homme, l'animal ou les plantes. 8) Polynucléotide caractérisé en ce qu'il code pour un peptide selon l'une quelconque des revendications 1 à 4. 9) Molécule d'acide nucléique, comme un vecteur, comprenant au moins un polynucléotide selon la revendication 8. 10) Hôte, comme une cellule animale ou végétale ou encore un procaryote, comprenant une molécule d'acide nucléique selon la revendication 9.