Brevet FR2833968A1 — publié le 20030627

Biopuces thématiques, comportant des modules de recherche associés ou couplés, leur procédé de préparation, et leurs applications. Secteur technique de l'invention : La présente invention concerne le secteur technique des biopuces (dénommées biochips ou plus récemment microarrays ) c'est-à-dire, comme le sait l'homme de métier, des supports par exemple du type verre, verre-silice, matières plastiques ou membrane de NylonTM, ou tout autre support approprié, comme on le verra dans les exemples non limitatifs donnés ci-dessous, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted ) des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. On peut aussi fixer ou déposer les acides nucléiques échantillons sur des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semi-conducteurs. Le verre est préféré comme support car il est inerte, résiste aux températures élevées, présente une faible fluorescence naturelle, et est facile à employer pour le dépôt des échantillons, mais on peut utiliser maintenant d'autres supports, comme indiqué ci-dessous. Une utilisation fréquente de telles biopuces, entre autres utilisations, est de vérifier la présence de transcrits (ARNm) dans un milieu biologique donné, en recherchant si ce milieu hybride ou non avec les ADN d'une puce donnée. La détection peut se faire par des méthodes classiques de fluorescence ou par le moyen de radioisotopes, ou toute autre méthode de détection connue ou qui serait jugée appropriée par l'homme de métier, telles que méthodes colorimétriques et analogues ou via des semi-conducteurs. On sait que l'information génétique de toute espèce vivante est codée sous la forme d'une très longue séquence de bases nucléotidiques, l'ADN, composé de quatre nucléotides dénommés G, C, T, et A. La chaîne de ADN forme la double hélice bien connue. Chaque brin de l'hélice est complémentaire de l'autre car les nucléotides sont capables de reconnaître leur nucléotide complémentaire, ce qui donne des liaisons A-T et GC. Le principe de la reconnaissance par une biopuce consiste à fixer sur un support une sélection donnée de gènes ou de fragments de gènes sous la forme d'un seul brin ( capture probe ). On procède ensuite à une incubation en présence du milieu à déterminer, et, si la séquence complémentaire de gènes (ADN visé ou target ADN ) est présente dans ledit milieu d'essai, cette séquence va reconnaître spécifiquement sur la biopuce sa séquence complémentaire et former un double brin d'ADN. Ce processus est dénommé hybridation. Il résulte de collisions entre les divers brins et formation progressive de l'hélice double au fur et à mesure de la reconnaissance des complémentaires. De manière habituelle, les biopuces sont constituées d'un support sur lequel on a fixé ou déposé des sélections multiples de gènes ou de fragments de gènes, chacune étant a priori spécifique pour l'hybridation avec les, et donc la détection des, séquences d'ADN recherchées. En l'état actuel de la technique, on vise à détecter en un seul essai l'expression (ou, plus précisément, les transcrite ) de nombreuses séquences de génomes. La technologie des biopuces à ADN consiste donc en l'hybridation de molécules d'ADN sur un support solide avec une sonde marquée. Il existe différents types de supports. Les plus couramment utilisés sont les lames de TM verre et les membranes de Nylon Il existe deux procédés de fabrication des biopuces. Le premier consiste en des micro-dépôts de molécules d'ADN (ADN complémentaire ou oligonucléotides). Le deuxième est développé par la société Affymetrix : il s'agit de la synthèse in situ d'oligonucléotides. Plusieurs applications des bio puces ADN sont possibles. Un intérêt est l'étude du transcriptome. Cela permet de mesurer simultanément l'expression de centaines (voire milliers) de gènes. Plusieurs travaux scientifiques ont montré l'intérêt des biopuces à ADN et de l'analyse du transcriptome en médecine. En termes de produits, des biopuces sont commercialisées (société ClontechT,) Incyte, Research Genetics, Affymetrix). Ce sont des biopuces dites thématiques qui permettent l'étude d'un processus biologique donné au niveau moléculaire. Par exemple, cela peut concerner l'apoptose (mort cellulaire), le cycle cellulaire, la réponse immunitaire. Ces biopuces sont de densité relativement faible (de l'ordre de 200-800 gènes/cm2). Il existe également des biopuces dites de criblage . Il s'agit alors de biopuces de haute densité permettant le dépôt de plusieurs milliers de gènes sur un support unique. Problème technique posé : Les biopuces de criblage de haute densité avec le dépôt de plusieurs illiers de gènes apportent plus d'informations que l'on ne peut en interpréter, compte-tenu d'une analyse multiparamétrique intégrative impossible à l'esprit humain ou aux logiciels bio-informatiques. Les biopuces thématiques, par l'ordonnancement de sondes moléculaires choisies par rapport à une question scientifique posée, permettent par contre une interprétation adaptée d'un phénomène biologique, physiologique ou pathologique. Cependant, il serait très souhaitable de diposer de biopuces thématiques capables de permettre une interprétation plus fine. La qualité des biopuces connues est de plus très contreversée. En effet, suite à des problèmes de contamination survenus lors de la préparation technique des capture probes)), les gènes déposés sur les supports ne correspondent pas toujours à ceux supposés être théoriquement présents. L'interprétation des résultats est alors entachée de de nombreuses imprécisions, voire erreurs, qui ne peuvent être corrigées que par l'utilisation d'autres techniques alternatives de biologie moléculaire (PCR quantitative, Northern blots ,...). On note également des problèmes de séquences, de positions sur la lame. On ne sait pas, actuellement, fabriquer des bipuces de haute qualité. Les diagnostics posés à l'aide des biopuces connues sont soit très imprécis, soit erronés, ce qui oblige à les valider ou les infirmer par des techniques alternatives. L'intérêt de l'emploi des biopuces connues s'en trouve donc fortement diminué. La fabrication de biopuces de haute qualité est donc un réel besoin en raison de la recherche d'une plus grande précision dans les diagnostics biologiques, et d'un besoin accru de diagnostics thématiques plus fins pour répondre aux attentes scientifiques, et économiques, dans le domaine de la santé publique et de toutes les sciences du vivant. De plus, il serait très intéressant de développer des biopuces précisément adaptées à l'étude d'un processus biologique dans un modèle donné. Il serait également de la plus haute importance, notamment en cancérologie, de développer des biopuces qui soient des outils de diagnostic précis, fiables, et complets pour le praticien. Une première solution intéressante est apportée par la fabrication de biopuces thématiques ou non, dites de haute qualité , par la Demande de brevet français déposée le même jour au nom du Demandeur, et intitulée Procédé pour préparer des biopuces thématiques ou non, de haute qualité contrôlée, les biopuces ainsi préparées, et leurs applications . Cependant, il serait très intéressant de développer des biopuces thématiques encore plus précisément adaptées à l'étude d'un processus biologique dans un modèle donné. L'invention concerne, dans ce but, des biopuces thématiques quelque soit le type de sondes moléculaires déposées (c'est-à-dire par micro-dépôts d'ADN ou de fragments d'ADN, ou d'ADNc, ou d' oligonucléotides, ou par synthèse in situ d'oligonucléotides) soit de qualité normale c'est-à-dire préparées par les procédés de l'art antérieur, soit dites de très haute qualité c'est-à-dire préparées par un procédé tel que décrit dans la demande de brevet précitée, et caractérisées en ce qu'elles sont associées à au moins un module de recherche". L'invention concerne également lesdites biopuces employées dans, et adaptées pour, les études et diagnostics en médecine humaine et vétérinaire et dans d'autres domaines technologiques, comme le domaine phytosanitaire et tous les domaines analogues des sciences du vivant. Résumé de l'invention : La présente invention vise à concevoir et fabriquer des biopuces thématiques de qualité soit normale soit de très haute qualité (contrôlée), pour l'étude moléculaire de maladies précises, notamment dans le secteur médical et plus particulièrement de l'oncologie, notamment (mais à titre non limitatif) du cancer mammaire, capable de représenter de réels outils de diagnostic, mais aussi, avec les adaptations nécessaires, dans les sciences du vivant comme le phytosanitaire. L'invention concerne également l'utilisation de telles biopuces dans les domaines précités (cf. aussi section (applications))). Description détaillée de l'invention : L'invention concerne en premier lieu de nouvelles biopuces associées à des modules capables de remplir des fonctions de diagnostic impossibles à obtenir à ce jour, ou bien pas avec la même précision, le même ciblage et donc la même facilité d'utilisation. Il s'agit d'un concept entièrement nouveau, et le mérite de l'invention est de s'être donné l'ambition d'une recherche de pointe dans ce secteur scientifique et technique très ardu, comme on le verra ci-dessous, et ce concept conduit à des avantages pratiques d'une très grande portée médicale (ou dans d'autres domaines). Selon un mode de réalisation de l'invention, les biopuces selon l'invention sont donc caractérisés en ce qu'elles comportent, sur au moins un support, au moins une biopuce thématique et au moins un module de recherche associé ou couplé. Plus précisément, l'invention concerne des biopuces thématiques caractérisés en ce qu'elles comportent, sur au moins un support, au moins une biopuce thématique comportant des sondes moléculaires correspondant à un thème et au moins un module de recherche associé ou couplé, comportant des sondes moléculaires dont la fonction est d'aider le praticien à interpréter le thème général de la biopuce. Selon encore un mode de réalisation particulier, les biopuces sont caractérisés en ce qu'elles comportent, sur au moins un support, au moins une biopuce thématique et plusieurs modules de recherche associés ou couplés. Selon encore un mode de réalisation particulier, les biopuces et les modules de recherche associés sont déposés sur plusieurs supports différents. L'homme de métier aura compris que les modules de recherche ont pour fonction d'aider le praticien à interpréter le thème général, par exemple le thème général cancer du sein . On distinguera des modules généraux, c'est-à-dire valables ou utilisables pour de nombreuses pathologies, et des modules spécifiques d'une seule pathologie (ou d'un petit groupe de pathologies), par exemple spécifiques du cancer du sein. Selon un mode de réalisation particulier, les biopuces selon l'invention sont caractérisées en ce que en ce qu'elles comportent au moins un module général et au moins un module spécifique. Selon un mode de réalisation particulier, les biopuces utilisées sont de qualité normale, c'est-à-dire fabriquées par les procédés connus de l'art antérieur, comme celle obtenue par la voie oligonucléotidique, ou par la voie ADN c, et comportent par exemple des sondes nucléotidiques. Selon encore un mode de réalisation particulier, les biopuces sont caractérisées en ce qu'elles sont de très haute qualité et comportent, sur au moins un support, au moins une sonde moléculaire qui est : - de haute pureté - en quantité connue déposée sur ledit support ; et identifiée dans sa séquence nucléotidique . Les termes entre sont connus de l'homme de métier, ou bien compréhensibles par l'homme de métier, mais on en donnera la définition suivante, qui sera valable dans toute la présente demande, y compris les revendications : sonde moléculaire : désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant (dans le cadre de la présente invention) aux trois exigences qui viennent d'être précisées. Dans le cadre général connu de l'art antérieur et des connaissances générales de l'homme de métier, la définition est naturellement identique, mais les trois exigences ne sont pas présentes ou rassemblées. de haute pureté ou ou de très haute pureté signifie que la sonde moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers ) ; on opère comme on le verra et à titre non limitatif, au moyen de membranes ou d'autres technologies équivalentes connues de l'homme de métier. en quantité connues signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue. identifiée dans sa séquence nucléotidique signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène , ce qui à son tour signifie que l'on a procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié juste avnt son dépôt. Par tout ou partie zu on désignera ici le nombre minimal de bases suffisant pour définir la spécificité d'un gène. On parlera encore de longueur de la séquence vérifiée De telles sondes, et leurs procédé de préparation, sont décrites dans la demande de brevet français précitée intitulée Procédé pour préparer des biopuces thématiques ou non, de haute qualité contrôlée, les biopuces ainsi préparées, et leurs applications et déposée au nom du Demandeur. L'homme de métier pourra s'y référer utilement. Pour encore clarifier ces définitions indispensables à la clarté du texte, on rapellera brièvement un minimum de données scientifiques connues de l'homme de métier. Un gène est composé de nombreux fragments et représente une information génétique codée. Les fragments sont constitués d'alternaces d'exons et d'introns. La cellule va supprimer toute la partie intronique, ( maturation du gène dans la celleule) ce qui réduit le fragment considéré à une suite d'exons séparés ou raccordés entre eux par des jonctions , l'ensemble formant l'ARN messager mature. Cet ARN va servir de matrice pour être traduit en protéines, qui sont les molécules chimiques ayant une fonction biologique dans la cellule. Une sonde moléculaire sera constituée de fragments de la séquence exonique et de ses jonctions. Une sonde peut comporter un nombre variable de bases depuis par exemple un nombre aussi élevé que quelques milliers de bases jusqu'à aussi faible que 50 bases. Pour identifier la spécificité d'un gène, les scientifiques ont recours à des méthodes mathématiques bien connues. En général, il suffira d'une vingtaine de bases pour assurer la spécificité du gène identifié (c'est-à-dire être certain que la succession des bases nucléotidiques est caractéristique du gène ou unique dans le génôme de l'organisme étudié) et permettre une identification, mais dans la plupart des cas, les scientifiques s'accordent pour considérer que l'identification n'est fiable qu'à partir d'un nombre de l'ordre de 50 à 70 bases. On verra que, selon l'invention, on pourra employer jusqu'à quelques milliers de bases, par exemple. Selon un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont des biopuces thématiques de très haute qualité . Selon encore un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont des biopuces thématique de qualité normale. Selon un mode de réalisation particulier et non limitatif, les biopuces selon l'invention sont caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de une ou plusieurs combinaisons de sondes moléculaires thématiques de très haute qualité et de une ou plusieurs combinaisons de sondes moléculaires thématiques de qualité normale. (éventuellement sur des supports différents, comme indiqué plus haut) Biopuces thématiques : A la différence des biopuces à thème connues, qui comportent un très grand nombre de gènes et qui ne peuvent pas former un outil précis de diagnostic (les utilisateurs étant contraints à corréler les 500 etc.... gènes présents avec les résultats obtenus, c'est-à-dire à procéder par approximations et interprétations successives), les biopuces selon l'invention sont caractérisées par un nombre beaucoup plus réduit de gènes, eux-mêmes ciblés sur une pathologie précise, par exemple le cancer du sein, et de très haute qualité ou pureté. On se référera utilement en ce domaine à la demande de brevet français déposée le même jour au nom des Demandeurs, et intitulée Biopuces à thèmes et à modules de recherche associés . Ces caractéristiques ouvrent la voie pour la première fois à de vrais outils de diagnostic, capables de permettre au médecin ou au biologiste aussi bien de caractériser, de classer une tumeur, que d'évaluer ses facteurs pronostiques. L'invention concerne donc également - des biopuces à thème telles que définies ci-dessus - caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour - comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). L'invention concerne également les biopuces module de recherche qui comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales dont l'expression permet d'évaluer la réparation de l'ADN. L'invention concerne également les biopuces module de recherche qui comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales dont l'expression permet d'évaluer la résistance (ou la sensibilité) de la tumeur à tel traitement ou à telle molécule pharmacologique. L'invention concerne encore les biopuces qui comportent simultanément - au moins une combinaison de sondes moléculaires spéciales module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer le réparation de l'ADN et - au moins une combinaison de sondes moléculaires spéciales module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer la résistance (ou la sensibilité) de la tumeur à tel traitement ou à telle molécule pharmacologique. Comme indiqué ci-dessus, ces modules de recherche peuvent être combinés à des combinaisons de sondes moléculaires thématiques de haute qualité ou de qualité normale, sur un ou plusieurs supports identiques ou différents, et également à des biopuces de criblage. L'invention concerne également des biopuces thématiques du type cidessus, caractérisées en ce que elles comportent de plus au moins une biopuce de criblage de qualité normale, c'est-à-dire selon l'art antérieur, outre une ou plusieurs biopuces thématiques de très haute qualité. L'invention concerne également des biopuces thématiques caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce thématique de qualité normale, c'est-à-dire selon l'art antérieur, outre une ou plusieurs biopuces de criblage de très haute qualité. De manière tout à fait préférée, lesdites biopuces comportent en totalité ou au moins en partie des sondes moléculaires de haute pureté préparées par l'un des procédés décrits dans la Demande précitée, et de préférence en totalité. Cependant, l'homme de métier comprendra qu'il pourra concevoir, à partir de la présente description et des exemples non limitatifs donnés, et de ses connaissance générales, d'autres combinaisons qui lui apparaîtront logiquement en fonction de la maladie spécifique étudiée. PROCEDE Les biopuces selon l'invention sont préparées soit par un procédé de l'art antérieur, comme la voie oligonucléotidique, ou par la voie ADNc soit normale, soit telle que décrite dans la Demande précitée. Afin de replacer l'invention dans son contexte, un exemple non limitatif de procédé selon la Demande précitée est caractérisé par une combinaison de 10 étapes connues en soi, mais jamais combinées entre elles ou du moins pas entièrement, ou pas de la manière dont procède l'invention : 1. Extractiond'ADN plasmidiques. 2. Dosage des ADN plasmidiques ; 3. Dilution des ADN plasmidiques. 4. Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragment d'ADN, 5. Amplification des ADN complémentaires (ADNc) 6. Purification des produits d'amplification obtenus. 7. Dosage de ces produits. 8. Dilution à une même concentration. 9. Préparation d'un plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 10. Séquençage des ADNc. 11. Dépôt sur le support (lame de verre ou tout autre support). Selon un mode de réalisation particulier, ce procédé est caractérisé par le fait qu'il comporte au moins les étapes 6 (dosage), 7 (dilution) et 9 (séquençage). Sans être absolument essentielle, car elle peut ne pas être employée dans certains cas d'applications ou de niveau de qualité souhaité, l'étape 5 de purification est également importante. Exemple non limitatif de fabrication : + Fabrication des biopuces de qualité contrôlé. selon le procédé ci-dessus (Demande précitée). La préparation des sondes de très haute qualité contrôlée se fait dans des plaques 96 puits (ou analogues) et se déroule comme suit : 1. Extraction d'ADN plasmidiques. 2. Dosage des ADN plasmidiques ; 3. Dilution des ADN plasmidiques. 4. Amplification des ADN complémentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragment d'ADN, 5. Purification des produits d'amplification obtenus. 6. Dosage de ces produits. 7. Dilution à une même concentration. 8. Préparation d'une plaque où tous les ADNc sont à la même quantité. 9. Séquençage des ADNc. 10. Dépôt sur la lame de verre ou tout autre support. On obtient des ADNc d'une qualité optimale. Ainsi, l'identité des ADNc déposés sur la lame correspond strictement à la liste théorique des gènes étudiés. Comme support, le verre est nettement préféré, mais on pourra aussi utiliser des supports par exemple du type verre, verre-silice, polymères et matières plastiques, ou membrane de NylonTM, ou tout autre support approprié, comme on le verra dans les exemples non limitatifs donnés cidessous, sur lesquels sont fixés ou déposés ( spotted ) des fragments de gènes, des ADNc ou des fragments d'ADNc, ou des oligonucléotides. On peut aussi fixer ou déposer les acides nucléiques échantillons sur des surfaces à plots électroniques, en faisant appel à l'attraction électrostatique de charges + et-, ou des supports couplés à des semi-conducteurs. Les fixations ou dépôts pourront être effectués, notamment en cas de combinaisons, sur un ou éventuellement plusieurs supports, identiques ou différents, ce que l'homme de métier saura déterminer. On rappellera les définitions des étapes considérées. L'homme de métier comprendra que les précisons techniques données dans les définitions qui suivent le sont à titre de simple illustration, de portée évidemment non limitative PROCEDURE TECHNIQUE DE PREPARATION DE SONDES MOLECULAIRES (ADN ou ADN COMPLEMENTAIRES HUMAINS) ET DEPOT SUR LAME DE VERRE par le procédé dit de très haute qualité Ce procédé consiste en des dépôts d'ADN ou d'ADN complémentaire sur lame de verre ou tout autre support approprié. Ces ADN ou ADNc correspondent à la totalité ou à des fragments de gènes humains dont ils sont caractéristiques. Les ADN déposés sont appelés sondes moléculaires. Ces sondes ont été, selon une variante non limitative de l'invention, obtenues à partir de clones bactériens commercialisés par la société Incyte (Etats- Unis), à l'issue de différentes étapes techniques. 1. Extraction d'ADN plasmidiques. Il s'agit d'une molécule d'ADN circulaire d'origine bactérienne qui contient l'ADN complémentaire humain. Une fois extrait, chaque ADN plasmidique servira de matrice pour les réactions d'amplification. 2. Dosage des ADN plasmidiques : Il permet d'estimer la quantité d'ADN plasmidique obtenu après extraction. 3. Dilution des ADN plasmidiques : Elle permet d'ajuster tous les ADN à la même concentration. 4. Amplification des ADN complémentaires : Le but est d'obtenir le maximum de molécules d'ADN en vue des dépôts sur lame de verre ou tout autre support approprié. Lors de cette réaction, l'ADN est mis en présence de différents réactifs (sels, tampon, enzyme pin \ 5. Purification : On peut utiliser des plaques 96 puits (Multiscreen PCR, Millipore) qui se composent d'une membrane qui retient uniquement les molécules d'ADN amplifiés. Les réactifs en excès sont éliminés. Cette étape est essentielle dans le procédé selon l'invention car elle permet d'obtenir une solution d'ADN pure. De la qualité des ADN dépendra la qualité du signal fluorescent obtenu lors de l'étude de la biopuce. On aurait pu utiliser d'autres formats, comme l'aura compris l'homme de métier, comme des plaques à 384 puits ou tout autre format. De même, il aurait été possible d'utiliser d'autres procédés de purifications, autres que sur membrane, tels qu'il en apparaît régulièrement et qui sont bien connus de l'homme de métier, comme par exemple des systèmes de gel filtration, colonne, purification chimique, 6. Dosage : Le rendement des réactions d'amplification n'est pas identique pour tous les ADN. Il est donc important d'estimer la quantité des ADN obtenus. 7. Dilution : Les résultats obtenus avec une biopuce dépendent, en partie, de la quantité d'ADN déposée sur la lame. Or, pour étudier un mécanisme moléculaire, i est souvent nécessaire d'étudier le niveau d'expression de plusieurs gènes à la fois, et de les comparer entre eux. Afin que cette comparaison soit possible, les ADN sont donc dilués à une même concentration. 8. Préparation d'une plaque dépôt : Il s'agit ici d'une étape où les ADN sont en quantité identique (même concentration, même volume). 9. Séquençage : Il est essentiel pour l'obtention de la très haute qualité des biopuces selon l'invention car il garantit l'identité du gène étudié et sa position sur la lame (voir document précédemment envoyé). On pourra aussi préparer les biopuces selon l'invention par un procédé de ce type, mais tel que déjà décrit dans l'art antérieur, c'est-à-dire très simplifié et ne conduisant pas à la très haute pureté. BASE DE DONNEES L'invention concerne également une base de données et son emploi qui assure la traçabilité de toutes les étapes techniques de préparation des gènes (paramètres techniques, numéros de lots des réactifs utilisés...). Les résultats obtenus lors des différentes étapes techniques sont inclus dans cette base de données. Plus particulièrement, l'invention concerne le procédé tel que décrit ci-dessus, caractérisé en ce que la mise en oeuvre d'au moins une de ses étapes, de préférence plusieurs, et de préférences toutes, est consignée et répertoriée, y compris les résultats de l'étape ou des étapes en cause, dans une base de données. L'invention concerne également le procédé tel que décrit ci dessus, caractérisé en ce que en ce que ladite base de données contient tout ou partie des fragments de codes utilisés pour la fabrication des biopuces. BIOPUCES THEMATIQUES SELON L'INVENTION On a sélectionné des séries réduites de gènes. La pertinence de ces biopuces réside dans le fait que la combinaison des gènes choisis permet l'étude d'un processus biologique dans un modèle donné. D'un point de vue moléculaire, l'étude de ces gènes permet pour la première fois de répondre à une question scientifique précise. On a développé la biopuces cancer du sein et deux modules de recherche associés, réparation d'ADN et chimiosensibilité . La biopuce cancer du sein Cette biopuces permet une classification des tumeurs mammaires afin d'améliorer le diagnostic, donc le pronostic et le choix thérapeutique. Le profil d'expression permet d'étudier les propriétés physiologiques des tumeurs mammaires. Elle comporte une sélection de seulement environ 330 sondes moléculaires dont la liste est donnée en Annexe 1 SEQ 1. Module de recherche réparation des lésions de l'ADN Son but est d'apprécier les mécanismes mis en jeu et la qualité de la réparation des lésions. Il comporte une sélection de seulement environ 130 sondes moléculaires dont la liste est donnée en Annexe 2 SEQ 2. Module de recherche chimio sensibilité Son but est de permettre au praticien de prédire la sensibilité d'une tumeur à un médicament anticancéreux afin d'orienter les protocoles lors du traitement des patients. Ce module comporte une sélection de sondes moléculaires dont la liste est donnée en Annexe 3 SEQ 3. + Avantages : - Le cancer mammaire est un problème de santé public. - Les biopuces sont de haute qualité. - Les biopuces selon l'invention forment des outils de diagnostic simples : le nombre de gènes de chaque biopuces n'est pas élevé. Chacun des gènes ou la combinaison de seulement quelques gènes a été choisi pour que l'analyse des résultats apporte des réponses précises. Par exemple, si les gènes A et B sont surexprimés alors la tumeur sera résistante au Taxol TM (drogue anticancéreuse). - Compte tenu de la faible densité des biopuces, on peut envisager la production de biopuces à coût réduit. APPLICATIONS L'invention concerne également les diverses applications des biopuces, des combinaisons de sondes moléculaires précitées et des procédés selon l'invention comme moyen de diagnostic dans toutes les sciences du vivant, notamment le domaine médical, vétérinaire, phytosanitaire. L'invention concerne également les diverses applications des biopuces, des combinaisons de sondes moléculaires précitées et des procédés selon l'invention, à toute étude de génome connu par exemple génome bovin, végétal, bactérien ; pour vérifier la fonctionnalité d'un gène chez des organismes génétiquement modifiés ; et en virologie, les biopuces étant alors utilisées pour caractériser la présence et le type de virus infectant un organisme ; et pour l'appréciation des mécanismes mis en jeu et de la qualité de la réparation des lésions de l'ADN, et notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire ; et comme moyen de diagnostic dans le domaine de toutes les sciences du vivant, et notamment dans le domaine médical ou vétérinairedans le domaine phytosanitaire. des biopuces et des procédés selon l'invention comme moyen de diagnostic. L'homme de métier comprendra que les biopuces et combinaisons de sondes moléculaires selon l'invention s'appliquent à l'étude de toutes les grandes fonctions cellulaires, notamment apoptose, cycle cellulaire, transduction du signal, prolifération cellullaire, protéolyse, mobilité et invasivité cellulaire, etc.... et à tous les types de maladies, notamment inflammatoires, infectieuses, endocriniennes, autoimmunes, héréditaires, nutritionnelles, dégénaratives, chroniques ou aigües, etc.... L'invention sera mieux comprise à la lecture de la description qui va suivre, et des exemples donnés en Annexe 1 SEQ 1 et Annexe 2 SEQ 2. L'invention couvre également les combinaisons de sondes moléculaires décrites, comme produit industriel nouveau, et l'utilisation des combinaisons de sondes moléculaires des annexes 2 et 3 comme module (s) de recherche associé (s) ou couplé (s) à au moins une biopuce thématique L'invention couvre également tous les modes de réalisation et toutes les applications qui seront directement accessibles à l'homme de métier à la lecture de la présente demande, de ses connaissances propres, et éventuellement d'essais simples de routine. ANNEXE 1 SEQ 1 BIOPUCE THEMATIQUE : CANCER MAMMAIRE. 333 SONDES MOLECULAIRES Nom du gèneUnigene 5T4 oncofetal trophoblast glycoprotein Hs.82128 acid phosphatase 5, tartrate resistant Hs.1211 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Hs. 195851 activating transcription factor 3 H2.460 adrenergic, beta, receptor kinase 1 Hs.83636 alcohol dehvdroqenase 2 (class l), beta polvpeptide Hs.4 alcohol dehydrogenase 2 (class l), beta polypeptide Hs. 4 aldehyde dehydrogenase 1, soluble Hs. 76392 alpha-2-macroglobulin Hs.74561 androgen receptor (dihydrotestosterone receptor ; testicular feminization ; Hs. 99915 spinal and bulbar muscular atrophy ; Kennedy disease) annexin A1 Hs. 78225 annexin A8 Hs. 87268 anti en identified b monoclonal antibod Ki-67 Hs. 80976 apoi ! poprotein A- ! Hs. 93194 apolipoprotein D Hs. 75736 apoptosis inhibitor 4 (survivin) Hs. 1578 aquaporin 1 (channel-forminq inteqral protein, 28kO) Hs. 74602 aquaporin 7 Hs. 25475 armadillo repeat gène deletes in velocardiofacial syndrome Hs. 171900 ARP1 (actin-related protein 1, yeast) homolog A (centractin alpha) Hs. 2477 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 5 Hs. 108660 basonuclin Hs. 64025 B-cell ll CLL/lymphoma 2 Hs. 79241 bcl2 assocaited athanogene Hs. 41714 bcl2 associated X protein Hs. 159428 beta-2-microglobulin Hs. 75415 Brca1 associated RING domain 1 Hs. 54089 breast and bladder overexpressed gene 1 Hs. 78768 Breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer antiestrogen resistance 1 Hs.273219 breast cancer antiestrogen resistance 3 Hs.6564 breast cancer specic gene 1 ou synculein gamma Hs.63236 budding uninhibited by benzimidazoles 1 (yeast homolog), beta Hs. 36708 bullous pemphigoid antigen 1 (230/240kD) Hs. 620 butyrate response factor 1 (EGF-response factor 1) Hs. 85155 bystin-like Hs. 106880 cadherin 1 ; E-cadherinHs. 194657 cadherin 13 ; H-cadherin Hs. 63894 cadherin 15 ; M-cadherin Hs. 148090 cadherin 3, P-cadherin (placental) Hs. 2877 carboxypeptidase 81 Hs. 180884 carcinoembryonic antigen Hs. 220529 cartilage oligomeric matrix protein (pseudoachond roplasia, epiphyseal Hs. 1584 dysplasia 1, multiple) catenin, delta 1 Hs. 166011 cathepsin C Hs. 10029 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) Hs. 79572 cathepsin Z Hs. 71388 caveolin-1 Hs. 323469 CD2 antigen (p50), sheep red blood cell receptor Hs. 89476 CD34 antigen Hs. 85289 CD36 antigen (collaqen type 1 receptor, thrombospondin receptor) Hs. 75613 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Hs. 95327 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Hs. 2259 CD68 antigen Hs. 240615 CDC28 protein kinase 2 Hs. 83758 CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) homolog Hs. 69563 CDC7 (cell division cycle 7, S. cerevisiae, homolog)-like 1 Hs. 28853 cell division cycle 20, S. cerevisiae homoloq Hs. 82906 cell division cycle 25C Hs. 656 cellular retinoic acid-binding protein 2 Hs. 183650 centromere protein E (312kD) Hs. 75573 centromere protein F (350/400kD, mitosin) Hs. 77204 chitinase 1 Hs. 91093 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) Hs. 75184 CHK1 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 chromobox homolog 3 (drosophila HP1 gamma) Hs. 8123 collagen, type l, alpha 1 Hs. 172928 collagen, type 111, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal Hs. 119571 dominant) collagen, type VI, alpha 1 Hs. 108885 colony stimulating factor 1 (macrophage) Hs. 173894 CREB binding protein (Rubinstein-Taybi syndrome) Hs. 23598 cullin 4A Hs. 183874 cyclin B1 Hs. 23960 Cyclin Dl Hs. 82932 cyclin E1 Hs. 9700 cvciin G 1 Hs. 79101 Cyclin-dependent kinase 4 Hs. 95577 cyclin-dependent kinase inhibitor 1 C (p57, Kip2) Hs. 106070 cystatin E/MHs. 83393 cysteine-rich protein 1 (intestinal) Hs. 17409 cytochrome c oxidase subunit Vlc Hs. 74649 Cytochrome c oxidase subunit Vila polypeptide 2 like Hs. 30888 D123 gene product Hs. 82043 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 11 (S. cerevisiae CHL 1-like Hs. 27424 helicase) density regulated protein Hs. 22393 desmin Hs. 171185 dihvdrofolate reductase Hs. 83765 diphtheria toxin receptor (heparin-binding epidermal growth factor-like Hs. 799 growth factor) discoïdin domain receptor family, member 1 Hs. 75562 DNA (cytosine-5-) -methyltransferase 1 Hs. 77462 dynein, axonemal, light intermediate polypeptide Hs.33846 E2F transcription factor 3 Hs. 1189 E74-like factor 3 Hs. 166096 early development regulartor 2 (homolog of polyhomeotic 2) Hs.75878 endoglin Hs.76753 endothelin receptor type B Hs. 82002 enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Hs. 77256 Epidermal growth factor Hs. 2230 epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) Hs. 77432 oncogene homolog) estrogen receptor 1 (alpha) Hs.1657 estrogen receptor beta Hs.103504 Estrogen receptor binding site associated, antigen, 9 Hs. 9222 eukaryotic translation elongation factor 1 epsilon 1 Hs. 172247 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 (delta, 44ko) Hs. 28081 exportin, tRNA (nuclear export receptor for tRNAs) Hs. 85951 fatty acid bindinq protein 4, adipocvte HS. 83213 fatty acid binding protein 7, brain Hs. 26770 fibroblast growth factor 8 Hs. 57710 fibroblast growth factor receptor 1 (fms-related tyrosine kinase 2, Pfeiffei Hs. 748 syndrome) flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 4756 forkhead (Drosophila) -like 16 HS. 239 four and a half LIM domains 1 Hs. 239069 fragile histidine triad gene Hs.77252 fructose-bisphosphatase 1 Hs.574 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammagjutamyl hydrolase) Hs. 78619 gap junction protein alpha 1,43 kD ou connexin 43 Hs. 74471 GATA-binding protein 3 Hs. 169946 glutamate receptor, ionotropie, N-methyl D-aspartate 2A Hs.167464 glutamate receptor, ionotropic, N-methy ! D-aspartate 2C Hs. 36451 glutathione S transferase pi Hs. 226795 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 (soluble) Hs. 25478 granzyme A (granzyme 1, cytotoxic T-lymphocyte-associated serine Hs. 90708 esterase 3) hepatocyte nuclear factor 3, alpha Hs.105440 hepsin Hs.823 high mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoforms I and Y Hs. 139800 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 Hs. 80684 HIV-1 Rev binding protein Hs. 171545 Homo sapiens ataxia-telangiectasia group D-associated protein mRNA, Hs. 82237 complete cds Homo sapiens clone 24703 beta-tubulin mRNA, complete cds Hs.179661 Homo sapiens HPV16 E1 proteni binding protein mRNA, complete cds Hs.6566 Human BRCA2 region, mRNA sequence CG006 Hs. 110630 Human breast cancer, estrogen regulated LIV-1 protein (LIV-1) mRNA, Hs. 79136 partial cds Human cellular oncogene c-fos Hs. 25647 Human lg J chain gene Hs.76325 Human phosphatidylinositol (4,5)bisphosphate 5-phosphatase homolog Hs.21492 mRNA, partial cds Human ubiquitin carrier protein (E2-EPF) mRNA, complete cds Hs.174070 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs.72550 hydroxyacyl-Coenzyme A dehydrogenase/3-ketoacyl-Coenzyme A Hs. 75860 th iolase/en oyl-Coenzyme A hydratase (trifunctional protein), alpha subunit immunoglobulin gamma 3 (Gm marker) Hs. 140 inhibitor of growth 1 Hs.46700 inhibitor of growth 2 inositol polyphosphate-4-phosphatase, type ll, 105kD Hs.153687 insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Hs. 85112 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Hs. 241317 insulin-like growth factor binding protein 2 Hs. 162 insulin-like growth factor binding protein 5 Hs. 102122 insulin-like growth factor receptor 1 Hs. 239176 insulin-like growth factor receptor 2 Hs. 76473 integrin, alpha 3 Hs. 265829 integrin, alpha 7 Hs. 74369 integrin, alpha L (antigen CD11A (p180), lymphocyte function-associated Hs.174103 antigen 1 ; alpha polypeptide) integrin, beta 2 (antigen CD18 (p95), lymphocyte function-associated Hs. 83968 antigen 1 ; macrophage antigen 1 (mac-1) beta subunit) inteorin, beta 4 Hs. 85266 integrin, beta 8 Hs. 184908 intercellular adhesion molecule 2 Hs. 83733 interferon alpha inducible protein 27 Hs. 278613 interferon-induced protein 17 Hs. 146360 interferon-induced, hepatitis C-associated microtubular aggregate protein Hs. 82316 (44kD) interleukin 10 receptor, alpha Hs. 327 interleukin 2 receptor, beta Hs. 75596 interleukin 3 receptor, alpha (low affinity) Hs. 172689 kallikrein 10 Hs. 69423 kallikrein 13 Hs. 165296 kallikrein 3, (prostate specific antigen) Hs. 171995 kallikrein 6 Hs. 79361 kanga'f 1 Hs. 323946 keratin 17 Hs. 2785 keratin 18 Hs. 65114 keratin 19 Hs. 182265 keratin 5 (epidermolysis bullosa simplex, Dowlig-Meara/Kobner/Weber- Hs. 195850 Cockayne types) keratin 7 HS. 23881 keratin 8 Hs. 104624 KlAA0008 gene product Hs. 77695 KlAAA0042 gene product Hs.3104 KlAA0074 protein Hs.1192 KlAA0101 gene product Hs. 81892 KlAA0125 gene product Hs. 38365 KIAA0159 gene product Hs. 5719 KIAA0166 qene product Hs. 115778 KIAA0430 gene product Hs. 166163 KIAA0758 protein HS. 22039 KIAA0788 protein Hs. 181043 Kiss-1 Hs.95008 lactate dehydrogenase B Hs. 234489 ladinin 1 Hs. 18141 lamin B2 Hs. 76084 laminin, alpha 3 (nicein (150kD), kalinin (165kD), BM600 (150kD), epilegrin) Hs. 83450 laminin, gamma 2 (nicein (100kD), kalinin (105kD), BM600 (100kD), Herlitz Hs. 54451 junctional ional epidermolysis bullosa)) UM and SH protein 1 Hs. 334851 LIM binding domain 2 Hs. 4980 LIM domain only 4 lipocalin 1 Hs.204238 lipoprotein lipase Hs.180878 LPS-induced TNF-alpha factor Hs. 76507 lumican Hs. 79914 lymphocyte-specific protein tyrosine kinase Hs. 1765 MAD2 (mitotic arrest deficient, yeast, homolog)-like 1 Hs. 79078 major histocompatibility complex, class ll, DQ beta 1 Hs. 73931 mammaalobin 1 Hs. 46452 manic fringe (Drosophila) homolog Hs.31939 matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3) Hs.155324 matrix metalloproteinase 13 Hs. 2936 matrix metalloproteinase 14 (membrane-inserted) Hs. 2399 matrix metalloproteinase 17 Hs. 159581 matrix metalloproteinase 9 ; gelatinase B Hs. 151738 MAX-interacting protein 1 Hs. 118630 Meis (mouse) homoloa 3 HS. 117313 metastasis associated 1 Hs. 101448 microsomal glutathione S-transferase 1 Hs. 790 minichromosome maintenance deficient (S. cerevisiae) 2 (mitotin) Hs. 57101 mucin1 Hs. 89603 multifunctional polypeptide similar to SA ! CAR synthetase and AIR Hs. 117950 carboxylase mut L (E. coli) homoloa 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mut S (E. coli) homolog 3 Hs. 42674 N-acetyltransferase 1 (arylamine N-acetyltransferase) Hs. 155956 neutrophil cytosolic factor 1 (47kD, chronic granulomatous disease, Hs. 1583 autosomal 1) N-myc downstream regulated Hs. 75789 non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in Hs. 118638 non-POU-domain containing, octamer binding Hs. 172207 nuclear receptor coactivator 3 Hs.225977 nuclear transcription factor, X-box binding 1 Hs.3187 nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23, numatrin) Hs.173205 osteoblast specific factor 2 (fasciclin l-like) Hs.136348 parvalbumin Hs.295449 pescadillo (zebrafish) homolog 1, containing BRCT domain Hs.13501 phosphofructokinase, platelet Hs.99910 phospholemman Hs.160318 phospholipase A2, group llA (platelets, synovial fluid) Hs.76422 phospholipid scramblase 1 Hs. 198282 phospholipid scramblase 1 Hs.198282 ptituitary tumor-transforming 1 Hs.181195 plakoglobin Hs.2340 plasminogen Hs.75576 plasminogen activator inhibitor 1 Hs. 82085 platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Hs. 78146 platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide Hs. 76144 polo (Drosophia)-like kinase Hs. 77597 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) Hs.91728 postmeiotie segregation increased 2-like 3 Hs.278467 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, Hs.10082 subfamily N, member 4 POU domain, class 2, transcription factor 2 Hs.1101 primase, polypeptide 1 (49kD) Hs. 82741 Progesterone receptor Hs. 2905 prohibitin Hs. 75323 pro ! actin Hs. 1905 prolactin-induced protein Hs. 99949 proliferating cell nuclear antigen Hs.78996 proliferation-associated 2G4, 38kD Hs. 5181 protease inhibitor 12 (neuroserpin) Hs. 78589 protease, serine, 8 (prostasin) Hs. 75799 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12 Hs. 4295 protein phosphatase 1, catalytic subunit, beta isoform Hs. 21537 protein tyrosine kinase 6 Hs. 51133 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 4 Hs. 321709 RAD51 Hs. 343807 RAD54 (S. cerevisiae) -like Hs. 667i8 RAP2A, member of ras oncogen family Hs. 301746 ras homolog gene family, member B (rhoB) Hs. 204354 ras homolog gene family, member H Hs. 109918 regulator of G-protein signalling 5 Hs. 24950 replication factor C (activator 1) 4 (37kD) Hs. 35120 RERG (ds collection EST) Hs. 21594 retinoblastoma-like 2 (p130) Hs. 79362 retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1 Hs. 82547 retinol-binding protein 4, interstitial Hs. 76461 ribonucleotide reductase M1 polypeptide Hs. 2934 ribosomal protein L 13 Hs. 180842 S100 calcium binding prtoein A4 Hs. 81256 S100 calcium-binding protein A2 Hs. 38991 S100 calcium-binding protein A8 Hs. 100000 S100 ca ! cium-b ! nding protein A9 (catgranu ! in B) Hs. 112405 S100 calcium-binding protein P Hs. 2962 S100 calcium-binging protein, beta (neural) Hs. 83384 secreted frizzled related protein 1 Hs. 7306 secretory leukocyte protease inhibitor (antileukoproteinase) Hs. 251754 selenium binding protein 1 Hs. 334841 SELENOPHOSPHATE SYNTHETASE ; Human selenium donor protein Hs. 118725 serine proteinase inhibitor, clade B, member 5 (maspin) Hs. 55279 serine/threonine kinase 15 Hs. 48915 serum constituent protein Hs.148101 singed (Drosophila)-like (sea urchin fascin homolog like) Hs.118400 small inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 18, pulmonary and Hs. 16530 activation-regulated small inducible cytokine subfamily D (Cys-X3-Cys), member 1 (fractalkine, Hs. 80420 neurotactin) small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B" Hs. 82575 solute carrier family 7 ly 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), membner 5 Hs. 184601 solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulato Hs. 184276 factor 1 splicing factor, arginine/serine-rich 5 Hs. 166975 stanniocalcin 2 Hs. 155223 superoxide dismutase 3, extracellular Hs. 2420 suppression of tumorogenicity Hs. 56937 suppression of tumorogenicity Hs. 301974 T-cell receptor, beta cluster Hs. 2003 T-cell receptor, delta (V, D, J, C) Hs. 2014 TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous Hs. 89640 and mucosal) Telomerase reverse transcriptase HS. 115256 TGFB1-induced anti-apoptotic factor 1 Hs. 75822 thrombospondin 1 Hs. 87409 Thy-1 cell surface antigen Hs. 125359 thymidylate synthetase Hs. 82962 tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) Hs. 170279 tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (erythroid potentiating activity, Hs. 5831 collaqenase inhibitor) tissue inhibtor of metalloproteinase 3 Hs. 245188 TNF associated factor 4 Hs. 8375 TNF receptor-associated factor 6 Hs. 90957 topoisomerase (DNA) 11 alpha (1 70kD) Hs. 156346 topoisomerase (DNA) ll beta (180kD) Hs. 75248 TP53 Hs.149923 transcription factor AP-2 alpha (activating enhancer-binding protein 2 alpha) Hs.18387 Transforming growth factor, alpha Hs. 170009 transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kD) Hs.79059 translin Hs. 75066 Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence expressed in) Hs. 1406 trophinin-assisting protein (tastin) Hs. 171955 troponin in l, skeletal, fast Hs. 83760 tryptophanyl-tRNA synthetase Hs. 82030 tyrosine kinase withimmunog ! obu ! in and EGF homology domains Hs. 78824 tyrosyl-tRNA synthetase Hs. 239307 UDP-galactose transporter related Hs. 154073 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine 3 Hs.278611 uracil-DNA glycosylase Hs.78853 uridine monophosphate synthetase (orotate phosphoribosyl transferase Hs. 2057 and orotidine-5'-decarboxylase) v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 Hs. 323910 very low density lipoprotein receptor Hs. 73729 v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog Hs. 37003 vimentin Hs. 297753 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2 Hs. 179718 v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Hs. 79070 von Willebrand factor Hs.110802 WNT1 inducible signaling pathway protein 2 Hs. 194679 X-box binding rotein 1 Hs. 149923 Zinc finger protein 147 (estrogen-responsive finger protein) Hs. 1579 zinc finger protein 161Hs. 167558 zing finger protein 217 Hs.155040 ANNEXE 2 SEQ 2 MODULE REPARATION DE L'ADN : 130 SONDES MOLECULAIRES Nom du gene Unigene 8-oxoguanine DNA glycosylase Hs. 96398 ADP-ribosyltransferase (NAD+ ; poly (ADP-ribose) polymerase) ; poly (ADP-Hs. 177766 ribose) polymerase ADP-ribosyltransferase (NAD+; poly (ADP-ribose) polymerase)-like 2 Hs. 24284 alkylation DNA repair protein alkb homolog Hs. 54418 APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) ; apurinic/apyridinicHs. 73722 (abasic) endonuclease apurinic/apyrimidinic endonuclease (APEX nuclease)-like 2 protein Hs. 154149 ataxia telangiectasia and Rad3 related Hs. 77613 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 Bloom syndrome Hs. 36820 breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer 2, early onset Hs. 34012 caltractin (20kD calcium-binding protein); centrin, EF-hand protein, 2 Hs. 82794 CHK1 (checkpoint, S.pombe) homolog Hs.20295 CHK2 (checkpoint, S. pombe) homo ! og Hs. 146329 Cockayne syndrome 1 (classical) Hs.32967 cyclin H Hs.514 cyclin-dependent kinase 7 (homolog of Xenopus M015 cdk-activating Hs. 184298 kinase) damage-specific DNA binding protein 1 (48kD) Hs. 108327 damage-specific DNA binding protein 2 (48kD) Hs. 77602 DMC1 Hs. 37181 dUTP pyrophosphatase Hs. 82113 ESTs / human p53 R2 gene for ribonucleotide reductase Hs. 94262 ESTs, Weakly similar to DNA NUCLEOTIDYLEXOTRANSFERASE Hs. 46964 [H.sapiens] / similar to DNA polymerase tu excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99987 complementation group (xeroderma pigmentosum group D complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 59544 complementation group 1 (includes overlapping antisense s quence) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 77929 complementation group 3 (xeroderma pigmentosum group B complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 89296 complementation group 4 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 48576 complementation group 5 (xeroderma pigmentosum, complementation group G (Cockayne syndrome)) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99924 corn lementation rou 6 exonuclease 1 Hs. 47504 Fanconi anemia, complementation group A Hs.86297 Fanconi anemia, complementation group B Fanconi anemia, complementation group C Hs.37953 Fanconi anemia, complementation group D1 Fanconi anemia, complementation group D2 Hs.15607 Fanconi anemia, complementation group E Hs. 302003 Fanconi anemia, complementation group F Hs. 65328 Fanconi anemia, complementation group G Hs. 8047 flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 4756 general transcription factor IIH, polypeptide 1 (62kD subunit) Hs. 89578 general transcription factor llH, polypeptide 2 (30kD subunit) Hs.191356 general transcription factor iiH, poiypeptide 3 (34kD subunit) Hs. 90304 general transcription factor iiH, poiypeptide 4 (52kD subunit) Hs. 102910 H2A histone family, member X Hs. 147097 HCNP protein ; XPA-binding protein 2Hs. 9822 Homo sapiens mRNA; cDNA DKFZp586G1122 (from clone Hs. 20555 DKFZp586G1122) (MRE11A) HUS1 (S. pombe) checkpoint homolog Hs. 152983 KIAA0086 gene product Hs. 1560 ligase 1, DNA, ATP-dependent Hs. 1770 ligase 111, DNA, ATP-dependent Hs. 100299 ligase IV, DNA, ATP-dependent Hs. 166091 menage a trois1 (CAK assembly factor Hs.32380 methyl-CpG binding domain protein 4 Hs. 35947 mitotic arrest defience, yeast,-like2 Hs. 19400 MMS19 (MET18 S. cerevisiae)-I like Hs. 288891 mutL (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mutL (E. coli) homolog3 Hs. 279842 mutS (E. coli) homolog 3 Hs. 42674 mutS (E. coli) homolog 4 Hs. 115246 mutS (E. coli) homolog 5 Hs. 112193 mutS (E. coli) homolog 5 Hs. 112193 mutS (E. coli) homolog 2 Hs. 78934 mutS (E. coli) homolog 6 Hs. 3248 mutY (E. coli) homolog Hs. 271353 Nijmegen breakage syndrome 1 (nibrin) Hs. 25812 N-methylpurine-DNA glycosylase Hs. 79396 nth (E. coli endonuclease III -like 1 Hs. 66196 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 1 Hs. 388 0-6-meth 1 uanine-DNA meth Itransferase Hs. 1384 polymerase (DNA directed) eta Hs. 155573 polymerase (DNA directed) gamma Hs. 80961 polymerase (DNA directed) iota Hs. 271699 polymerase (DNA directed) kappa Hs. 135756 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 129903 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 225951 polymerase (DNA directed), beta Hs. 180107 polymerase (DNA directed), delta 1, catalytic subunit (125kD) Hs. 99890 polymerase'DNA directed), epsilon Hs. 166846 polynucleotide kinase 3'phosphatase Hs. 78016 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 1 Hs. 111749 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 2 Hs. 177548 postmeiottc s gr gation increased 2-like 3 Hs. 278467 postmeiotic segregation increased 2-like 4 Hs. 278468 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide Hs. 155637 RAD1 (S. pombe) homolog Hs. 7179 RAD18 Hs. 21320 RAD23 (S. cerevisiae) homolog A Hs. 180455 RAD23 (S. cerevisiae) homolog B Hs. 178658 RAD50 (S. cerevisiae) homolog Hs. 41587 RAD51 (S. cerevisiae) homolog (E coli RecA homolog) Hs. 153667 RAD51 (S. cerevisiae) homolog C Hs. 11393 RAD51 L1 Hs. 100669 RAD51 L3 Hs. 125244 RAD52 (S. cerevisiae) homoloQ HS. 89571 RAD 54 (8. cerevisiae) -like HS. 66718 RAD54B Hs. 128501 RAD9 (S. pombe) homolog Hs. 240457 RecQ protein-like 4 Hs. 31442 replication protein A1 (70kD) / GS2 gene (=C9) Hs. 84318 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A3 (14kD) Hs. 1608 REV1 (yeast homolog)-like Hs. 110347 REV3 (yeast homolog)- like, catalytic subunit of DNA polymerase zeta Hs. 115521 single-strand monofunctionnal uracil DNA glycosylase Hs. 5212 SP011, meiotic protein covalently bound to DSB (S-cerevisiae)-like Hs. 159737 three time repair exonuclease 1 Hs.278408 three time repair exonuclease 2 Hs.251398 thymidine-DNA glycosylase Hs.173824 thyroid autoantigen 70kD (Ku antigen) Hs. 197345 topoisomerase related function protein 4-2 Hs. 294030 tumor protein 53-binding protein, 1 Hs. 170263 ubiquitin activating enzyme-2 Hs. 16695 ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) Hs. 80612 ubiquitin-conjugating enzyme E2A variant 2 Hs. 79300 ubiquitin-conjugating enzyme E2N (homologous to yeast UBC13) Hs. 75355 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 Werner syndrome Hs. 150477 xeroderma pigmentosum, complementation group A Hs. 192803 xeroderma pigmentosum, complementation group C Hs. 320 X-ray repair compiementing defective repair in Chinese hamster cells 1 Hs. 98493 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 2 Hs. 129727 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 3 Hs. 99742 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4 Hs. 150930 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 Hs. 84981 (double-strand-break rejoining ; Ku autoantigen, 80kD) ANNEXE 3 SEQ 3 MODULE DE RECHERCHE CHIMIOSENSIBILITE G nes Unigene Ciuster ABCB1 = MDR1 = P-glycoprotein 1 (ATP-binding cassette, sub-family B, Hs. 21330 member 1) ABCB4 = MDR2 =MDR3 (ATP-binding cassette, sub-family B, member 4) Hs. 73812 ABCC1 = MRP1 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 1) Hs. 89433 ABCC2 = MRP2 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 2) Hs. 193852 ABCC3 = MRP3 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 3) Hs. 90786 ABCC4 = MRP4 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 4) Hs. 139336 ABCC5 = MRP5 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 5) Hs. 108660 ABCC6 = MRP6 = ARA (ATP-binding cassette, sub-family C, member 6) Hs. 274260 ABCG2=BCRP (Breast cancer resistance protein, ATP-binding cassette, Hs. 194720 sub-family G, member 2) ABL1 = c-abl (v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1) Hs. 146355 ACTB (Actin, beta) Hs. 288061 ACTG1 (Actin, gamma 1) Hs. 14376 ADPRT = PARP (ADP-ribosyltransferase polymerase) Hs. 177766 AKT1 (v-akt murine thymona viral oncogene homolog 1) Hs. 71816 AKT2 (v-akt murine thymona viral oncogene homolog 2) Hs. 326445 AKT2 (v-akt murine thymona viral oncogene homolog 2) Hs. 326445 AKR1B1 (Aldo-keto reductase family 1, member B1 (aldose reductase)) Hs. 75313 ALDH1A1 (A ! dehyde dehydrogenase 1) Hs. 76392 ALDH3A1 (Aldéhyde dehydrogenase 3) Hs. 575 ANGPT1 (Angiopoietin 1) Hs. 2463 ANXA1 (Annexin l ; lipocortin I) Hs. 78225 ANXA4 (Annexin IV) Hs. 77840 AP3S2 (Adaptor-related protein complex 3, sigma 2 subunit) Hs. 154782 APAF1 (Apoptotic protease activating factor 1) Hs. 77579 APP (Amyloid beta A4 precursor protein) Hs. 177486 APRT (Adenine phosphoribosyltransferase) Hs. 28914 ARHB (Rho B) Hs. 204354 ARPC3 (Actin related protein 2/3 complex, subunit 3, 21 kD) Hs. 6895 ATF4 (Activating transcription factor 4 (tax-responsive enhancer element Hs. 181243 B67)) ATM (Ataxia Telangiectasia mutated (includes complementation group A, C Hs. 194382 and D)) BAD (BCL2-antagonist of cell death) Hs. 76366 BAK1 (BCL2-antagonist/killer 1) Hs. 93213 BAX (BCL2-associated X protein) Hs. 159428 BCAR1 (Breast cancer anti-estrogen résistance 1) Hs. 273219 BCAR3 (Breast cancer anti-estrogen resistance 3) Hs. 6564 BCL2 (B-cell CLUlymphoma 2) Hs. 79241 BCL2A1 = BFL1 (BCL2-related protein A1) Hs. 227817 BCL2L1 = BCL-XL (BCL2-like 1) Hs. 305890 BCR (Breakpoint cluster region) Hs. 234799 BCR (Breakpoint cluster region) Hs. 234799 BIRC1 (Baculoviral IAP repeat-containing 1) Hs. 79019 BIRC2 = cIAP1 (Baculoviral IAP repeat-containing 2) Hs. 289107 BIRC3 = cIAP2 (Baculoviral IAP repeat-containing 3) Hs. 127799 BIRC4 = Xiap (Baculoviral IAP repeat-containing 4) Hs. 172777 BIRC5 = Survivin (Baculoviral IAP repeat-containing 5) Hs. 1578 BLMH (Bleomycin hydrolase) Hs. 78943 BRCA1 (Breast cancer 1, early onset) Hs. 194143 BRCA2 (Breast cancer 2, early onset) Hs. 34012 CACNA1D (Ca ! cium channet, voitage-dpdt, Ltype, atpha 1D subunit) Hs. 23838 CASP1 (Caspase 1, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 2490 CASP3 (Caspase 3, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 74552 CASP6 (Caspase 6, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 3280 CASP7 (Caspase 7, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 9216 CASP8 (Caspase 8, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 19949 CASP9 (Caspase 9, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 100641 CAV1 (Caveolin 1, caveolae protein, 22kD) Hs. 323469 CCNB1 (CydinBI) Hs. 23960 CCND1 (CydinDI) Hs. 82932 CCNE1 (Cydin E1) Hs. 9700 CCNG1 (Cyclin G1) Hs.79101 CD63 (Melanoma 1 antigen) Hs. 76294 CDA (Cytidine deaminase) Hs. 72924 CDC2 = p34 = CDK1 (Cell division cycle 2) Hs. 184572 CDC25C = CDC25 (Cell division cycle 25C) Hs. 656 CDC27 (Cell division cycle 27) Hs. 172405 CDH1 (Cadherin, type 1, E-cadherin (epithelial)) Hs. 194657 CDK2 (Cyclin-dpt kinase 2) Hs. 19192 CDK4 (Cyclin-dpt kinase 4) Hs. 95577 CDK6 (Cyclin-dpt kinase 6) Hs. 38481 CDKN1A = p21 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)) Hs. 179665 CDKN1B = p27KIP-1 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 1B (p27, Kip1)) Hs. 238990 CDKN2A = p16 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 2A (melanoma, p16, inhibit Hs. 1174 CDK4) CGA = Chorionic gonadotrophin alpha subunit (Glycoprotein hormones, Hs. 119689 alpha polypeptide) CHEK1 = CHK1 (Checkpoint homolog) Hs 20295 CKS1 (CDC28 protein kinase 1) Hs. 334883 CLU = TRPM-2 (Clusterin (complement Iysis inhibitor, SP-40, sulfate Hs. 75106 glycoprotein 2, testosterone-repressed prostate message 2, apolipoprotein J COL3A1 (Collagen, type III, alpha 1) Hs. 119571 COL4A2 (Collagen, type IV, alpha 2) Hs. 75617 COL4A3 (Collagen, type IV, alpha 3) Hs. 530 COL4A5 (Collagen, type IV, alpha 5) Hs. 169825 COL4A6 (Collagen, type IV, alpha 6) Hs. 408 COX4 (Cytochrome c oxidase subunit IV) Hs. 347969 CRA = Cisplatin resistance associated Hs. 166066 CRABP2 (Cellular retinoic acid-binding protein 2) Hs. 183650 CRADD (CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with death domain) Hs. 155566 CRMP1 (Collapsin response mediator protein 1) Hs. 155392 CRR9P (Cisplatin resistance related protein) Hs. 323769 CSDA (Cold shock domain protein A) Hs. 1139 CSF1 R (Co) ony stimutating factor 1 receptor) Hs. 174142 CYP1A1 (Cytochrome P450, subfamity ! (aromatic compound-inducibie), Hs. 72912 polypeptide 1) CYP1B1 (Cytochrome P450, subfamily I (dioxin-inducible), polypeptide 1 Hs. 154654 (glaucoma 3, primary infantile)) CYP19 (Aromatase) Hs. 79946 DAD1 (Defender against ce ! ! death 1) Hs. 82890 DDB1 (Damage-specific DNA bind ! ng protein 1 (127kD)) Hs. 108327 DDB2 (Damage-specific DNA binding protein 2 (48kD)) Hs. 77602 DDIT3 = GADD153 (DNA-damage-inducible transcript 3) Hs. 337761 DDR 1 (Discoidin domain receptor family, member 1) Hs. 75562 DFNA5 (Deafness, autosomal dominant 5) Hs. 13530 DHFR (Dihydrofolate reductase) Hs. 83765 DIA4 = DT-diaphorase (Diaphorase (NADH/NADPH) (cytochrome b-5 Hs. 80706 reductase)) DSP (Desmoplakin (DPI, DPII)) Hs. 74316 DUSP1 = CL100/MKP-1 (Dual specificity phosphatase 1) Hs. 171695 DUSP8 = HVH-5 (Dual specificity phosphatase 8) Hs. 41688 ECGF1 (Endothelial cell growth factor 1 (platelet-derived)) Hs. 73946 EEF1A1 (Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1) Hs. 181165 EGF (Epidermal growth factor) Hs. 2230 EGFR (Epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia (v- Hs. 77432 erb-b) oncogene homolog)) ELK1 (Member of ETS oncogene family) Hs. 181128 EN01 (Enolase 1, alpha) Hs. 254105 EPAS1 = HIF 2 alpha (Endothelial PAS domain protein 1) Hs. 8136 EPHX1 (Epoxide hydrolase 1, microsomal (xenobiotic)) Hs. 89649 ERBB2 = HER-2 (v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene Hs. 323910 homolog 2) homolog 2) ERBB3 (v-erb-b2 avian erythrobalstic leukemia viral oncogene homolog 3) Hs. 199067 ERBB4 = (v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 4) Hs. 1939 ERCC1 (Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 59544 complementation group 1) ERCC2 = XPD (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 99987 deficiency, complementation group 2) ERCC3 = XPB (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 77929 deficiency, complementation group 3) ERCC4 = XPF (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 89296 deficiency, complementation group 4) ERCC5 = XPGC (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 48576 deficiency, complementation group 5) ERCC6 (Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99924 complementation group 6) ESR1 (Estrogen receptor 1 (alpha)) Hs. 1657 ESR2 (Estrogen receptor 2 (beta)) Hs. 103504 FDFT1 (Farnesyl transferase 1) Hs. 48876 FGF1 (Fibroblast growth factor (acidic)) Hs. 75297 FGF2 (Fibroblast growth factor (basic)) Hs. 284244 FGFR1 (Fibroblast growth factor receptor 1) Hs. 748 FGFR2 (Fibrobiast growth factor receptor 2) Hs. 278581 FGFR4 (Fibroblast growth factor receptor 4) Hs. 165950 FKBPL = DIR1 (FK506-binding protein like) Hs. 99134 FL T1 (fms-related tyrosine kinase 1 (vascular endothelial growth factor Hs. 138671 vascular permeability factor receptor)) FN1 (Fibronectin 1) Hs. 287820 FOLR1 = Folate binding protein alpha (Folate receptor 1 (adult)) Hs. 73769 FOS = c-fos (v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog) Hs. 25647 G6PD (Glucose-6-phosphate dehydrogenase) Hs. 80206 GADD45A (Growth arrest and DNA-damage-inducible, alpha) Hs. 80409 GAPD (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) Hs. 169476 GCLC (Glutamate-cysteine ligase, catalytic subunit) Hs. 151393 Go) 1 (GDP dissociation inhibitor 1) Hs. 74576 GGH (Gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl Hs. 78619 hydrolase)) GGT1 (Gamma-glutamyltransferase 1) Hs. 284380 GGT2 (Gamma-glutamyltransferase 2) Hs. 289098 GLO1 (Glyoxalase I) Hs. 75207 GM2A (GM2 ganglioside activator protein) Hs. 289082 GNAS1 (Guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha stimulating Hs. 273385 activity polypeptide 1) GPX1 (Glutathione peroxidase 1) Hs. 76686 GRN (Granulin) Hs. 180577 GSS (Glutathione synthetase) Hs. 82327 GST A 1 (Glutathlone S-transferase A1) Nom-001320 GSTA2 (Glutathione S-transferase A2) Hs. 89552 GSTA3 (Giutathione S-transferase A3) Hs. 102484 GSTA4 (Glutathione S-transferase A4) Hs. 169907 GSTM1 (Glutathione S-transferase M1) Hs. 324730 GSTP1 (Glutathione S-transferase pi) Hs. 226795 HDAC1 (Histone deacetylase 1) Hs. 88556 HDAC2 (Histone deacetylase 2) Hs. 3352 HGF (Hepatocyte growth factor (hepapoietin, scatter factor) ) Hs. 809 HIF1 A (Hvpoxia-inducible factor 1, alpha subunit) Hs. 197540 HMG1 (High-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 1) Hs. 337757 HRAS (v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog) Hs. 37003 HSPA2 = HS72 (Heat shock 70kD protein 2) Hs. 75452 HSPA4 = HSP70 (Heat shock 70kD protein 4) Hs. 90093 HSPA5 = GRP78 (Heat shock 70kD protein 5 (glucose-regulated protein, Hs. 75410 78kD)) HSPA8 = HSC70 (Heat shock 70kDa protein 8) Hs. 180414 HSPB1 = HSP27 (Heat shock 27kD protein 1) Hs. 76067 HSPCB = HSP90beta (Heat shock 90kD protein 1, beta) Hs. 74335 HSPD1 = HSP60 (Heat shock 60kD protein 1 (chaperonin)) Hs. 79037 ICAM1 = CD54 (Intercellular adhesion molecule 1, human rhinovirus Hs. 168383 receptor) IGF1 (Insulin growth factor 1 (somatomedin c)) Hs. 85112 IGF2 = (Insulin growth factor 2 (somatomedin a)) Hs. 251664 IGF1R (Insulin growth factor 1 receptor) Hs. 239176 IGFBP1 (Insulin growth factor binding protein 1) Hs. 102122 IGFBP3 (Insulin growth factor binding protein 3) Hs. 77326 IGFBP4 (Insulin growth factor binding protein 4) Hs. 1516 IL1A (Interleukin 1, alpha) Hs. 1722 IL1B (Interleukin 1, beta) Hs. 126256 ! L6 (hterteukin 6 (interferon, beta 2)) Hs. 93913 IL8 (Interleukin 8) Hs. 624 ISGF3G = IRF9 Interferon-stimulated transcri tion factor 3, gamma) Hs. 1706 ITGA2 (Integrin, alpha 2 (CD49B, alpha 2 subunit of VLA-2 receptor)) Hs. 271986 ITGA3 (Integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subunit of VLA-3 Hs. 265829 receptor)) ITGA4 (Integrin, alpha 4 (antigen CD49D, alpha 4 subunit of VLA z Hs. 40034 receptor)) ITGA6 (integrin, alpha 6) Hs. 227730 ITGB1 (Integrin, beta 1 (fibronectin receptor, beta polypeptide, antigen Hs. 287797 CD29 includes MDF2, MSK12)) ITGB3 (Inteqrin, beta 3) Hs. 87149 JUN = c-jun (v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog) Hs. 78465 K-ALPHA-1 (Tubulin, alpha, ubiquitous) Hs. 334842 KDR = FLK1 (Kinase insert domain receptor (a type III receptor tyrosine Hs. 12337 kinase)) = vegfr2 KRAS2 (v-ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog) Hs. 184050 KRT6A (Keratin 6A) Hs. 334309 KRT8 (Keratin 8) Hs. 242463 KRT18 (Keratin 18) Hs. 65114 KRT19 (Keratin 19) Hs. 182265 LAMA2 (Laminin, alpha 2) Hs. 75279 LAMA3 (Laminin, alpha 3) Hs. 83450 LIF (Leukemia inhibitory factor (cholinergic differentiation factor) ) Hs. 2250 LMNB1 (Lamin B1) Hs. 89497 LMNB2 (Lamin B2) Hs. 334709 LSP1 (Lymphocyte-specific protein 1) Hs. 56729 LTBP1 (Latent transforminq growth factor beta binding protein 1) Hs. 241257 LUC7A=CROP (Cisplatin resistance-associated overexpressed) Hs. 3688 MAP2 (Microtubule-associated protein 2) Hs. 167 MAP2K1 = MEK1 (Mitogen-activated protein kinase kinase 1) Hs. 3446 MAP2K2 = MEK2 (Mitogen-activated protein kinase kinase 2) Hs. 72241 MAP3K3 (Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3) Hs. 29282 MAPK1 = ERK2 (Mitogen-activated protein kinase 1) Hs. 324473 MAPK3 = ERK1 (Mitogen-activated protein kinase 3) Hs. 861 MAPK8 = JNK1 (Mitogen-activated protein kinase 8) Hs. 190913 MAPK9 = JNK2 (Mitogen-activated protein kinase 9) Hs. 246857 MAPK11 = p38 beta (Mitogen-activated protein kinase 11) Hs. 57732 MAPK12 = p38 gamma (Mitogen-activated protein kinase 12) Hs. 55039 MAPK13 = p38 delta (Mitogen-activated protein kinase 13) Hs. 178695 MAPK14 = p38 (Mitogen-activated protein kinase 14) Hs. 79107 MCL1 (Myelo d cel) leukemia sequence 1, BCL2-related) Hs. 86386 MDM2 (Mouse double minute 2, human homolog of p53-binding protein) Hs. 170027 MGMT (06-methylguanine-DNA methyltransferase) Hs. 1384 MKI67 (Antigen identified by monoclonal antibody Ki-67) Hs. 80976 MLH1 (mutl homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) ) Hs. 57301 MMP1 (Matrix metalloproteinase 1 (interstitial collagenase)) Hs. 83169 MMP2 (Matrix metalloproteinase 2 (ge) atinase A, 72kD gelatinase, 72kD type Hs. 111301 IV collagenase)) MMP3 (Matrix metalloproteinase 3 (stromelysin 1, progelatinase)) Hs. 83326 MMP9 (Matrix metalloproteinase 9 (gelatinase b)) Hs. 151738 MMP10 (Matrix metalloproteinase 10 (stromelysin 2)) Hs. 2258 MMP11 (Matrix metahoproteinase 11 (strome) ysin3)) Hs. 155324 MMP13 (Matrix metalloproteinase 13 (coffagenase 3)) Hs. 2936 MMP16 (Matrix metalloproteinase 16 (membrane-inserted)) Hs. 90800 MSH2 (mutS homolog 2 (colon cancer, nonpolyposis type 1)) Hs. 78934 MSH3 (mutS homolog 3) Hs. 42674 MSH6 (mutS homolog 6) Hs. 3248 MSLN (Mesothelin, CAK1) Hs. 155981 MT1E (Metallothionein 1E (functional)) Hs. 74170 MT1 X (Metallothionein 1 X) Hs. 278462 MT2A Metallothionein 2A Hs. 118786 MTC01 (Cytochrome c oxidase !) NC001807 MTC02 (Cytochrome c oxidase tf) NC001807 MTND1 (NADH dehydrogenase subunit 1 (Complex I)) NC~001807 MTND2 (NADH dehydrogenase subunit 2 (Complex I)) NC~001807 MTND3 (NADH dehydrogenase subunit 3 (Complex I)) NC~001807 MTND4 (NADH dehydrogenase subunit 4 (Complex I)) NC~001807 MTND4L (NADH dehydrogenase subunit 4L (Complex I)) NC~001807 MTND5 (NADH dehydrogenase subunit 5 (Complex I)) NC~001807 MTND6 (NADH dehydrogenase subunit 6 (Complex I)) NC~001807 MUC1 (Mucin 1) Hs. 89603 MUC2 (Mucin 2, intestinal/tracheal) Hs. 315 MVP = LRP (Major vault protein ; lung resistance-related protein) Hs. 80680 MYB = c-MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog) Hs. 1334 MYBL2 = B-MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2) Hs. 179718 MYC = c-MYC (v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog) Hs. 79070 MYCN (v-myc avian myelocytomatosis viral related oncogene, Hs. 25960 neuroblastoma derived) MYLK (Myosin, light polypeptide kinase) Hs. 211582 NFKB1 (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1 Hs. 83428 (p105)) NFKB2 (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 2 Hs. 73090 (p49/p100)) NFKBIA = IKBalpha (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene Hs. 81328 enhancer in B-cells inhibitor, alpha) NK4 (Natural killer cell transcript 4) Hs. 943 NME1 = nm23-H1 (Non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in) Hs. 118638 NNMT (Nicotinamide N-methyltransferase) Hs. 76669 NRAS (Neuroblastoma RAS viral (v-ras) oncogene homolog) Hs. 260523 NRG1 (Heregulin alpha) Hs. 172816 NSEP1 = YB1 (Nuclease sensitive element binding protein 1) Hs. 74497 OXTR (Oxytocin receptor) Hs. 2820 p14ARF (Locus INK4alpha/ARF) PC4 (Activated RNA polymerase II transcription cofactor 4) Hs. 74861 PCNA (Proliferating cell nuclear antigen) Hs. 78996 PDGFA (Platelet-derived growth factor a) Hs. 37040 PDGFB (Platelet-derived growth factor b) Hs. 1976 PES1 Pescadillo homolog 1, containing BRCT domain) Hs. 13501 PFDN4 (Prefoldin 4) Hs. 91161 PGK1 (Phosphoglycerate kinase 1) Hs. 78771 PGR (Progesterone receptor) Hs. 2905 PHB (Prohibitin) Hs. 75323 PIG3 (Quinone oxidoreductase homolog) Hs. 50649 P) G11 (p53-induced protein) Hs. 96908 PIK3CG (Phosphatidylinositol-3-kinase, catalytic subunit, gamma Hs. 32942 polypeptide) PIK3R1 (Phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit, polypeptide 1 (p85 Hs. 6241 alpha)) PIK3R2 (Phosphoinositide-3-kinase, regulator subunit, polypeptide 2 (p85 Hs. 211586 beta)) PIK3R3 (Phosphoinositide-3-kinase, regulator subunit, polypeptide 3 (p55 Hs. 88051 gamma)) PLAU (Plasminogen activator, urokinase) Hs. 77274 PLAUR (Plasminogen activator, urokinase receptor (Upar)) Hs. 179657 PLS3 = T-plastin (Plastin 3 T isoform) Hs. 4114 PLK (Polo (Drosophia)-like kinase Hs. 77597 PMS1 (Postmeiot ! c ségrégation increased 1) Hs. 111749 PMS2 Postmeiotic se re ation increased 2 Hs. 177548 POLR2J (Polymerase RNA II polypeptide J (13.3kD)) Hs. 80475 PRAME (Preferentially expressed antigen in melanoma) Hs. 30743 PRDX1 (Peroxiredoxin 1) Hs. 180909 PRDX2 Peroxiredoxin 2 Hs. 146354 PRG1 = Serglycin (Proteoglycan 1, secretory granule) Hs. 278687 PRG2 = BMPG (Proteoglycan 2, bone marrow proteoglycan) Hs. 99962 PRKAR1 (Protein kinase, cAMP-dpt, regulatory, type I, alpha (tssue Hs. 183037 specific extinguisher 1) ) PRKAR1B (Protein kinase, cAMP-dpt, regulatory, type 1, beta) Hs. 1519 PRKCA (Protein kinase C, alpha) Hs. 169449 PRKCB1 (Protein kinase C, beta 1) Hs. 77202 PRKCD (Protein kinase C, delta) Hs. 155342 PRKCE (Protein kinase C, epsilon) Hs. 211592 PRKCG (Protein kinase C, gamma) Hs. 2890 PRKCH (Protein kinase C, eta) Hs. 315366 PRKCI (Protein kinase C, iota) Hs. 1904 PRKCN (Protein kinase C, nu) Hs. 143460 PRKCQ (Protein kinase C, theta) Hs. 211593 PRKCZ (Protein kinase C, zeta) Hs. 78793 PRKDC = XRCC7 (Protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide) Hs. 155637 PRNP (Prion protein (p27-30)) Hs. 74621 PSMC1 (Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 1) Hs. 4745 PSME1 (Proteasome (prosome, macropain) activator subunit 1, PA28 alpha) Hs. 75348 PTGES = PIG12 (Prostaglandin E synthase) Hs. 146688 PTGS1 = COX-1 (Prostaglandin-endoperoxide synthase 1) Hs. 88474 PTGS2 = COX-2 (Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 (prostaglandin Hs. 196384 G/H synthase and cyclooxygenase)) PTK2 = FAK (Protein tyrosine kinase 2) Hs. 740 PTPN1 (Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1) Hs. 155894 RAB6C (Rab6-like protein) Hs. 333139 RABGGTA (Gerany ! transferase, alpha subunit) Hs. 78920 RABGGTB (Gerany) transferase, bêta subunit) Hs. 78948 RAF1 (v-raf-1 murine feukemia virât oncogene homofog 1) Hs. 85181 RANGAP1 (Ran GTPase activating protein 1) Hs. 183800 RB1 (Retinoblastoma 1) Hs. 75770 RCV1 (Recoverin) Hs. 80539 RELA = NFKB3 (v-rel avian reticuloendotheliosis viral homolog A (nuclear Hs. 75569 factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3 (p65)) RPL9 (Ribosomal protein L9) Hs. 157850 RPL12 (Ribosomal protein L12) Hs. 182979 RPL15 (Robosomal protein L15) Hs. 74267 RPL27A (Ribosomal protein L27a) Hs. 76064 RPL41 (Ribosoma ! protein L41) Hs. 324406 RPLPO (Ribosomai protein, ! arge, PO) Hs. 73742 RPS3A (Ribosomal protein S3A) Hs. 77039 RPS6 (Ribosomal protein S6) Hs. 241507 RPS15A (Ribosomal protein S15a) Hs. 2953 RPS28 (Ribosomal protein S28) Hs. 153177 SCA2 (Spinocerebellar ataxia 2 (olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal Hs. 76253 dominant, ataxin 2)) SEMA3C = Semaphorin E (Sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short Hs. 171921 basic domain, secreted, (semaphorin) 3C) SERPIN B5 (Maspin) Hs. 55279 SERPIN C1 Antithrombin III Hs. 75599 SERPINE1 (Plasminogen activator inhibitor, type 1 (Pai1)) Hs. 82085 SLC19A1 = Reduced folate carrier (Solute carrier family 19 (folate Hs. 84190 transporter), member 1) SLC29A1 = Equilibrative nucleoside transporter 1 (Solute carrier family 29 Hs. 25450 (nucleosids transporter), member 1) SNCG = BCSG1 (Synuclein, gamma (breast cancer-specific protein 1)) Hs. 63236 SOD2 (Superoxide dismutase 2, mitochondrial) Hs. 318885 SRC (v-src avian sarcoma viral oncogene homolog) Hs. 198298 SRI (Sorcin) Hs. 300741 STAT1 (Signal transducer and activator of transcription 1,91 kD) Hs. 21486 STAT3 (Signal transducer and activator of transcription 3 (acute-phase Hs. 321677 response factor)) STK4 (Mst1) Hs. 35140 STK6 (Aurora IPL1-like kinase) Hs. 333116 STK13 (Serine/threonine kinase 13 (Aurora/I PL1-like)) Hs. 98338 STMN1 (Stathmin 1, oncoprotein 18) Hs. 81915 SYT1 (Synaptotagmin I) Hs. 154679 TAF2H (TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase Hs. 89657 h, H, 30kD) TAP1 = ABCB2 (Transporter 1, ATP-binding cassette, sub-family B) Hs. 158164 TAP2 = ABCB3 (Transporter 2, ATP-binding cassette, sub-family B) Hs. 502 TEK = TIE-2 (Tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple Hs. 89640 cutaneous and mucosal)) TERC = hTR (Telomerase RNA component) U86046 TERT (Telomerase reverse transcriptase) Hs. 115256 TFF1 = HPS2 (Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence Hs. 337764 expressed in)) TFRC (Transferrin receptor (p90, CD71)) Hs. 77356 TGFA (Transforming growth factor, alpha) Hs. 170009 TGFB1 (Transforming growth factor, beta 1) Hs. 1103 TGFBR2 (Transforming growth factor, beta receptor !) (70-80kD)) Hs. 82028 TGFBR3 (Transforming growth factor, bêta receptor !)) (betagiycan, 300kD)) Hs. 342874 THBS1 (Thrombospondin 1) Hs. 87409 TIE = TIE-1 (Tyrosine kinase with immunoglobulin and epidermal growth Hs. 78824 factor homology domains) TIMP2 (Tissue inhibitor of metalloproteinase 2) Hs. 325495 TK1 (Thymidine kinase 1) Hs. 105097 TNFRSF6 = APO-1/CD95 = Fas (Tumor necrosis factor receptor subfamily, Hs. 82359 member 6) TNFSF6 = CD95L = FasL (Tumor necrosis factor (ligand) superfamily, Hs. 2007 member 6) TOP1 (Topoisomerase DNA)) Hs. 317 TOP2A (Topoisomerase DNA II alpha (170kD)) Hs. 156346 TOP2B (Topoisomerase DNA Il bêta (180kD)) Hs. 75248 TP53 (Tumor protein p53 (Li-Fraumeni syndrome) ) Hs. 1846 TP73 (Tumor protein p73) Hs. 247753 TP ! 1 (Triosephosphateisomerasel) Hs. 83848 TRAF1 (TNF receptor-associated factor 1) Hs. 2134 TRAG3 (TXL résistance associated gene 3) Hs. 251377 TUBB (Tubulin, beta polypeptide) Hs. 336780 TUBB1 (Tubulin, beta 1) Hs. 303023 TUBB2 (Tubulin, beta 2) Hs. 251653 TUBB4 = Tubulin beta III Tubulin, beta, 4 Hs. 159154 TXN (Thioredoxin) Hs. 76136 TYMS = TS (Thymidylate synthetase) Hs. 82962 UMPS (Uridine monophosphate synthetase (orotate Hs. 2057 phosphoribosy ! transferase and orotidine-5'-decarbox lase UP (Uridine phosphorylase) Hs. 77573 VEGF (Vascular endothelial growth factor) Hs. 73793 VHL (Von hippie) ! indu syndrome) Hs. 174007 VIM (Vimentin) Hs. 297753 XPA (Xeroderma pigmentosum, complementation group A) Hs. 192803 XRCC1 (x-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster Hs. 98493 cells 1) ZNF161 (Zinc finger protein 161) Hs. 6557 REVENDICATIONS 1 Biopuces thèmatiques caractérisés en ce qu'elles comportent, sur au moins un support, au moins une biopuce thématique comportant des sondes moléculaires correspondant à un thème et au moins un module de recherche associé ou couplé, comportant des sondes moléculaires dont la fonction est d'aider le praticien à interpréter le thème général de la biopuce. 2 Biopuces selon la revendication 1 caractérisées en ce qu'elles comportent, sur au moins un support, au moins une biopuce thématique et plusieurs modules de recherche associés ou couplés. 3 Biopuces selon la revendication 1 ou 2 caractérisées en ce que les biopuces et les modules de recherche associés ou couplés sont déposés sur plusieurs supports différents. 4 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 caractérisées en ce que le ou les modules sont généraux, c'est-à-dire valables ou utilisables pour de nombreuses pathologies. 5 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 caractérisées en ce que le ou les modules sont des modules spécifiques d'une seule pathologie (ou d'un petit groupe de pathologies). 6 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 3 et 4 ou 5, caractérisées en ce qu'elles comportent au moins un module général et au moins un module spécifique. 7 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 6 caractérisées en ce que les biopuces et le ou les modules sont de qualité normale comme celle obtenue par la voie oligonucléotidique, ou par la voie ADNc, et comportent notamment des sondes nucléotidiques. 8 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 6 caractérisées en ce qu'elles sont de très haute qualité et comportent, sur au moins un support, au moins une sonde moléculaire qui est : - de haute pureté - en quantité connue déposée sur ledit support ; et - identifiée dans sa séquence nucléotidique où sonde moléculaire : désigne la totalité ou un fragment d'ADN, ou d'ADNc, caractéristique d'un gène donné et répondant (dans le cadre de la présente invention) aux trois exigences qui viennent d'être précisées ; de haute pureté ou de très haute pureté signifie que la sonde moléculaire est débarrassée de tous les réactifs chimiques, des oligonucléotides libres, et des fragments nucléotidiques ne correspondant pas à la sonde (fragments de sonde et/ou amorces ou primers > > ) ; on opère comme on le verra et à titre non limitatif, au moyen de membranes ou d'autres technologies équivalentes ; en quantité connue > signifie que l'on a accès à la quantité précise déposée car elle résulte d'un dépôt sur le support d'un volume connu de suspension de départ, elle même de concentration connue ; identifiée dans sa séquence nucléotidique > ) signifie de manière plus précise identifiée dans sa séquence nucléotidique informative par rapport aux fonctions du gène , ce qui à son tour signifie que l'on a procédé à l'identification de la séquence des bases nucléotidiques correspondant à tout ou partie d'un gène identifié juste avnt son dépôt ; tout ou partie désigne ici le nombre minimal de bases suffisant pour définir la spécificité d'un gène. 9 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 6 et 8 caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de une ou plusieurs combinaisons de sondes moléculaires thématiques de très haute qualité et de une ou plusieurs combinaisons de sondes moléculaires thématiques de qualité normale. 10 Biopuces à thème selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 - caractérisées en ce qu'elles comportent une combinaison de sondes moléculaires spéciales adaptées pour - comprendre des gènes dont l'expression donne une indication sur le tissu tumoral (stade de la tumeur, son aggressivité, les cellules atteintes, le pouvoir invasif, la résistance ou au contraire la sensibilité aux traitements anti-tumoraux...). 11 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 caractérisées en ce qu'elles comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales ( module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer le réparation des lésions de l'ADN. 12 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 à 9 caractérisées en ce qu'elles comportent seulement une combinaison de sondes moléculaires spéciales ( module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer la chimiosensibilité de la tumeur aux traitements anti-cancéreux. 13 Biopuces caractérisées en ce que elles comportent simultanément - au moins une combinaison de sondes moléculaires spéciales ( module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer le réparation de l'ADN et - au moins une combinaison de sondes moléculaires spéciales ( module de recherche ) dont l'expression permet d'évaluer la résistance (ou la sensibilité) de la tumeur à tel traitement ou à telle molécule pharmacologique. 14 Biopuces thématiques selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 caractérisées en ce que elles comportent de plus au moins une biopuce de criblage de qualité normale, et une ou plusieurs biopuces thématiques de très haute qualité. 15 Biopuces thématiques selon l'une quelconque des revendications 1 à 13 caractérisées en ce que elles comportent au moins une biopuce thématique de qualité normale, et une ou plusieurs biopuces de criblage de très haute qualité. 16 Biopuce selon l'une quelconque des revendications 1 à 15 caractérisée en ce qu'elle comporte une sélection de sondes moléculaires adaptée au thème du cancer mammaire, ci-dessous (également Annexe 1 SEQ 1) : BIOPUCE THEMATIQUE : CANCER MAMMAIRE. 333 SONDES MOLECULAIRES Nom du gène Unigene 5T4 oncofetal trophoblast glycoprotein Hs. 82128 acid phosphatase 5, tartrate resistant Hs. 1211 actin, alpha 2, smooth muscle, aorta Hs. 195851 activating transcription factor 3 Hs.460 adrenergic, beta, receptor kinase 1 Hs. 83636 alcohol dehydrogenase 2 (class 1), beta polypeptide Hs. 4 aldehyde dehydrogenase 1, soluble Hs. 76392 alpha-2-macroglobulin Hs. 74561 androgen receptor (dihydrotestosterone receptor ; testicular feminization ; Hs. 99915 spinal and bulbar muscular atrophy ; Kennedy disease) annexin A1 Hs. 78225 annexin A8 Hs. 87268 antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 Hs. 80976 apolipoprotein A-i Hs. 93194 apolipoprotein D Hs. 75736 apoptosis inhibitor 4 (survivin) Hs. 1578 aquaporin 1 (channel-forming integral protein, 28kD) Hs. 74602 aquaporin 7 Hs. 25475 armadillo repeat gene deletes in velocardiofacial syndrome Hs. 171900 ARP1 (actin-related protein 1, yeast) homolog A (centractin alpha) Hs. 2477 ATP-binding cassette, sub-family C (CFTR/MRP), member 5 Hs. 108660 basonuclin Hs. 64025 B-cell CLUlymphoma 2 Hs. 79241 bcl2 assocaited athanoaene Hs. 41714 bcl2 associated X protein Hs. 159428 beta-2-microqlobulin Hs. 75415 Brca1 associated RING domain 1 HS. 54089 breast and bladder overexpressed gene 1 Hs. 78768 Breast cancer 1, earlv onset Hs. 194143 breast cancer antiestrogen resistance 1 Hs. 273219 breast cancer antiestrogen resistance 3 Hs. 6564 breast cancer specic gene 1 ou synculein gamma Hs. 63236 budding uninhibited by benzimidazoles 1 (yeast homolog), beta Hs. 36708 bullous pemphigoid antigen 1 (230/240kD) Hs. 620 butyrate response factor 1 (EGF-response factor 1) Hs. 85155 bvstin-like Hs. 106880 cadherin 1 ; E-cadherin Hs. 194657 cadherin 13 ; H-cadherin Hs. 63894 cadherin 15 ; M-cadherin Hs. 148090 cadherin 3, P-cadherin (placenta) Hs. 2877 carboxypeptidase B 1 Hs. 180884 carcinoembryonic antigen Hs. 220529 cartilage oligomeric matrix protein (pseudoachondroplasia, epiphyseal Hs. 1584 dysplasia 1, multiple) catenin, delta 1 HS. 166011 cathepsin C Hs. 10029 cathepsin D (lysosomal aspartyl protease) Hs. 79572 cathepsin Z Hs. 71388 caveolin-1 HS. 323469 CD2 antigen (p50), sheep red blood cell receptor Hs. 89476 CD34 antigen Hs. 85289 CD36 antigen (collagen type I receptor, thrombospondin receptor) Hs. 75613 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Hs. 95327 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Hs. 2259 CD3D antigen, delta polypeptide (TiT3 complex) Hs.95327 CD3G antigen, gamma polypeptide (TiT3 complex) Hs.2259 CD68 antigen Hs.240615 CDC28 protein kinase 2 Hs.83758 CDC6 (cell division cycle 6, S. cerevisiae) homolog Hs. 69563 CDC7 (cell division cycle 7, S. cerevisiae, homolog)-like 1 Hs. 28853 cell division cycle 20, S. cerevisiae homolog Hs. 82906 cell division c cie 25C HS. 656 cellular retinoic acid-binding protein 2 Hs.183650 centromere protein E (312kD) Hs.75573 centromere protein F (350/400kD, mitosin) Hs. 77204 chitinase 1 Hs. 91093 chitinase 3-like 1 (cartilage glycoprotein-39) Hs. 75184 CHK1 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 20295 chromobox homolog 3 (drosophila HP1 gamma) Hs. 8123 collagen, type I, alpha 1 Hs.172928 collagen, type III, alpha 1 (Ehlers-Danlos syndrome type IV, autosomal Hs.119571 dominant) collagen, type VI, alpha 1 Hs. 108885 colony stimulating factor 1 (macrophage) Hs. 173894 CREB binding protein (Rubinstein-Taybi syndrome) Hs. 23598 cullin 4A Hs. 183874 cyclin B1 Hs. 23960 Cyclin D1 Hs. 82932 cyclin E1 Hs. 9700 cyclin G 1 Hs. 79101 Cyclin-dependent kinase 4 Hs. 95577 cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (p57, Kip2) Hs. 106070 cystatin E/M Hs. 83393 cysteine-rich protein 1 (intestinal) Hs. 17409 cytochrome c oxidase subunit Vlc Hs. 74649 Cytochrome c oxidase subunit Vlla polypeptide 2 like Hs. 30888 D123 gène product Hs. 82043 DEAD/H (Asp-Glu-Ala-Asp/His) box polypeptide 11 (S. cerevisiae CHL1-like Hs. 27424 helicase) density regulated protein Hs. 22393 desmin Hs. 171185 dihydrofolate reductase Hs. 83765 diphtheria toxin receptor (heparin-binding epidermal growth factor-like Hs.799 growth factor) discoïdin domain receptor family, member 1 Hs. 75562 DNA (cytosine-5-)-methyltransferase 1 Hs.77462 dynein, axonemal, light intermediate polypeptide Hs. 33846 E2F transcription factor 3 Hs.1189 E74-like factor 3 Hs. 166096 early development regulator 2 (homolog of polyhomeotic 2) Hs. 75878 endoglin Hs. 76753 endothelin receptor type B Hs.82002 enhancer of zeste (Drosophila) homolog 2 Hs.77256 Epidermal growth factor Hs.2230 epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) Hs. 77432 oncoqene homolog) estrogen receptor 1 (alpha) Hs. 1657 estrogen receptor beta Hs.103504 Estrogen receptor binding site associated, antigen, 9 Hs. 9222 eukaryotic transition ebngation factor 1 epsi ! on 1Hs. 172247 eukaryotic translation initiation factor 3, subunit 4 (delta, 44kD) Hs. 28081 exportin, tRNA (nuclear export receptor for tRNAs) Hs. 85951 fatty acid binding protein 4, adipocyte Hs.83213 fatty acid binding protein 7, brain Hs. 26770 fibroblast growth factor 8 Hs. 57710 f ! brob ! ast growth factor receptor 1 (fms-re ! ated tyrosine kinase 2, Pfeiffer Hs. 748 syndrome) flap structure-specific endonuclease 1 Hs.4756 forkhead (Drosophila)-like 16 Hs.239 four and a half LIM domains 1 Hs. 239069 fragile histidine triad gene Hs.77252 fructose-bisphosphatase 1 Hs.574 gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolyqammaglutamyl hydrolase) Hs. 78619 gap junction protein alpha 1,43 kD ou connexin 43 Hs. 74471 GATA-binding protein 3 Hs.169946 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2A Hs. 167464 glutamate receptor, ionotropic, N-methyl D-aspartate 2C Hs. 36451 glutathione S transferase pi Hs. 226795 glycerol-3-phosphate dehydrogenase 1 (soluble) Hs. 25478 granzyme A (granzyme 1, cytotoxic T-lymphocyte-associated serine Hs. 90708 esterase 3) hepatocyte nuclear factor 3, alpha Hs. 105440 hepsin Hs. 823 high mobility group (nonhistone chromosomal) protein isoforms I and Y Hs. 139800 high-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 2 Hs. 80684 HIV-1 Rev binding protein Hs. 171545 Homo sapiens ataxia-telangiectasia group D-associated protein mRNA, Hs. 82237 complete cds Homo sapiens clone 24703 beta-tubulin mRNA, complete cds Hs.179661 Homo sapiens HPV16 E1 protein binding protein mRNA, complete cds Hs. 6566 Human BRCA2 region, mRNA sequence CG006 Hs. 110630 Human breast cancer, estrogen regulated LIV-1 protein (LIV-1) mRNA, Hs. 79136 partial cds Human cellular oncogene c-fos Hs. 25647 Human) g J chain gène Hs. 76325 Human phosphatidylinositol (4,5) bisphosphate 5-phosphatase homolog Hs. 21492 mRNA, partial cds Human ubiquitin carrier protein (E2-EPF) mRNA, complete cds Hs. 174070 hyaluronan-mediated motility receptor (RHAMM) Hs. 72550 hydroxyacyi-Coenzyme A dehydrogenase/3-ketoacy !-Coenzyme A Hs. 75860 thiolase/enoyl-Coenzyme A hydratase (trifunctional protein), alpha subunit immunoglobulin gamma 3 (Gm marker) Hs. 140 inhibitor of growth 1 Hs. 46700 inhibitor of growth 2 inositol polyphosphate-4-phosphatase, type 11, 105kD Hs. 153687 insulin-like growth factor 1 (somatomedin C) Hs. 85112 insulin-like growth factor 2 (somatomedin A) Hs. 241317 insulin-like growth factor binding protein 2 Hs. 162 insulin-like growth factor binding protein 5 Hs. 102122 insulin-like growth factor receptor 1 Hs.239176 insulin-like growth factor receptor 2 Hs.76473 integrin, alpha 3 Hs. 265829 integrin, alpha 7 Hs. 74369 integrin, alpha L (antigen CD11 A (p180), lymphocyte function-associated Hs. 1741 03 antigen 1 ; alpha polypeptide) integrin, beta 2 (antigen CD18 (p95), lymphocyte function-associated Hs. 83968 antigen 1 ; macrophage antigen 1 (mac-1) beta subunit) inteqrin, beta 4 Hs. 85266 inteqrin, beta 8 Hs. 184908 intercellular adhesion molecule 2 Hs. 83733 interferon alpha inducibfe protein 27 Hs. 278613 interferon-induced protein 17 Hs. 146360 interferon-induced, hepatitis C-associated microtubular aggregate protein Hs. 82316 (44kD) interleukin 10 receptor, alpha Hs.327 interleukin 2 receptor, beta Hs. 75596 interleukin 3 receptor, alpha (low affinity) Hs. 172689 kallikrein 10 Hs. 69423 kallikrein 13 Hs. 165296 kallikrein 3, (prostate specific antigen) Hs. 171995 kallikrein 6 Hs. 79361 kangaï 1 Hs. 323946 keratin 17 Hs. 2785 keratin 18 Hs. 65114 keratin 19 Hs. 182265 keratin 5 (epidermolysis lysis bullosa simplex, Dowling-Meara/Kobner/Weber- Hs.195850 Cockayne types) keratin 7 Hs. 23881 keratin 8 Hs. 104624 KIAA0008 gene product Hs. 77695 KIAA0042 gene product Hs. 3104 KIAAOO74 protein Hs. 1192 KIAA0101 gene product Hs. 81892 KIAA0125 gene product Hs. 38365 KIAA0159 gene product Hs. 5719 KIAA0166 qene product Hs. 115778 KIAA0430 gene product Hs. 166163 KIAA0758 protein Hs. 22039 KIAA0788 protein Hs. 181043 Kiss-1 Hs. 95008 lactate dehydroqenase B Hs. 234489 ladinin 1 Hs. 18141 lamin B2 Hs. 76084 laminin, alpha 3 (nicein (150kD), kalinin (165kD), BM600 (150kD), epilegrin) Hs. 83450 faminin, gamma 2 (nicein (100kD), kalinin (105kD), BM600 (100kD), Perlit Hs. 54451 junctional epidermolysis bullosa)) UM and SH protein 1 HS. 334851 LIM binding domain 2 Hs.4980 LIM domain only 4 lipocalin 1 Hs. 204238 lipoprotein lipase Hs. 180878 LPS-induced TNF-alpha factor Hs. 76507 lumican Hs. 79914 lymphocyte-specific protein tyrosine kinase Hs. 1765 MAD2 (mitotic arrest deficient, yeast, homoloa) -like 1 Hs. 79078 major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1 Hs. 73931 mammaglobin 1 Hs. 46452 manic fringe (Drosophila) homolog Hs. 31939 matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3) Hs. 155324 matrix metalloproteinase 13 Hs. 2936 matrix metalloproteinase 14 (membrane-inserted) Hs. 2399 matrix metalloproteinase 17 Hs. 159581 matrix metalloproteinase 9 ; qelatinase B Hs. 151738 MAX-interacting protein 1 Hs. 118630 Meis (mouse) homolog 3 Hs. 117313 metastasis associated 1 Hs. 101448 microsomal glutathione S-transferase 1 Hs. 790 minichromosome maintenance deficient (S. cerevisiae) 2 (mitotin) Hs. 57101 mucin1 Hs. 89603 multifunctional polypeptide similar to SAICAR synthetase and AIR Hs. 117950 carboxylase mut L (E. coli) homolog 1 (colon cancer, nonpolyposis type 2) Hs. 57301 mut S (E. coli) homoloa 3 Hs. 42674 N-acetyltransferase 1 (arylamine N-acetyltransferase) Hs. 155956 neutrophil cytosolic factor 1 (47kD, chronic granulomatous disease, Hs. 1583 autosomal 1) N-myc downstream requlated Hs. 75789 non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in Hs. 118638 non-POU-domain containing, octamer binding Hs. 172207 nuclear receptor coactivator 3 Hs. 225977 nuclear transcription factor, X-box binding 1 Hs. 3187 nucleophosmin (nucleolar phosphoprotein B23 numatrin) Hs. 173205 osteoblast specific factor 2 (fasciclin l-like) Hs. 136348 arvalbumin Hs 295449 pescadillo (zebrafish) homolog 1, containing BRCT domain Hs.13501 phosphofructokinase, platelet Hs.99910 phospholemman Hs.160318 phospholipase A2, group IIA (platelets, synovial fluid) Hs.76422 phospholipid scramblase 1 Hs.198282 pituitary tumor-transforming 1 Hs.181195 plakoglobin Hs. 2340 plasminogen Hs.75576 plasminogen activator inhibitor 1 Hs.82085 platelet/endothelial cell adhesion molecule (CD31 antigen) Hs. 78146 platelet-derived growth factor receptor, beta polypeptide Hs. 76144 polo (Drosophia)-like kinase Hs. 77597 polymyositis/scleroderma autoantigen 1 (75kD) Hs. 91728 postmeiotic segregation increased 2-like 3 Hs.278467 potassium intermediate/small conductance calcium-activated channel, Hs.10082 subfamily N, member 4 POU domain, class 2, transcription factor 2 Hs. 1101 primase, polypeptide 1 (49kD) Hs. 82741 Progesterone receptor Hs. 2905 proh ! bitin Hs. 75323 prolactin Hs. 1905 prolactin-induced protein Hs. 99949 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 proliferation-associated 2G4, 38kDHs. 5181 protease inhibitor 12 (neuroserpin) Hs. 78589 protease, serine, 8 (prostasin) Hs. 75799 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 12 Hs. 4295 protein phosphatase 1, catalytic subunit, beta isoform Hs. 21537 protein tyrosine kinase 6 Hs. 51133 purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 4 Hs. 321709 RAD51Hs. 343807 RAD54 (S. cerevisiae)-like Hs. 66718 RAP2A, member of ras oncogen family Hs. 301746 ras homolog gene family, member B (rhoB) Hs. 204354 ras homolog gene family, member H Hs. 109918 regulator of G-protein siqnalling 5 Hs. 24950 replication factor C (activator 1) 4 (37kD) Hs. 35120 RERG (ds collection EST) Hs. 21594 retinoblastoma-like 2 (p130) Hs. 79362 retinoic acid receptor responder (tazarotene induced) 1 Hs. 82547 retinol-binding protein 4, interstitial Hs. 76461 ribonucleotide reductase M1 polypeptide Hs. 2934 ribosomal protein L13 Hs. 180842 S100 calcium binding prtoein A4 Hs. 81256 S100 calcium-binding protein A2 Hs. 38991 S100 calcium-binding protein A8 Hs. 100000 S100 calcium-binding protein A9 (calgranulin B) Hs. 112405 8100 calcium-binding protein P Hs. 2962 S100 calcium-binding protein, beta (neural) Hs. 83384 secreted frizzled related protein 1 Hs. 7306 secretory leukocyte protease inhibitor (antileukoproteinase) Hs. 251754 selenium binding protein 1 Hs. 334841 SELENOPHOSPHATE SYNTHETASE ; Human selenium donor protein Hs. 118725 serine proteinase inhibitor, clade B, member 5 (maspin) Hs. 55279 serine/threonine kinase 15 Hs. 48915 serum constituent protein Hs.148101 singed (Drosophila)-like (sea urchin fascin homolog like) Hs. 118400 sma ! ! inducible cytokine subfamily A (Cys-Cys), member 18, pulmonary and Hs. 16530 activation-regulated small inducible cytokine subfamily D (Cys-X3-Cys), member 1 (fractalkine, Hs. 80420 neurotactin) small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B" Hs. 82575 solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 5 Hs. 184601 solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), isoform 3 regulatory Hs. 184276 factor 1 splicing factor, arginine/serine-rich 5 Hs. 166975 stanniocalcin 2 Hs. 155223 superoxide dismutase 3, extracellular Hs. 2420 suppression of tumorogenicity Hs. 56937 suppression of tumorogenicity Hs. 301974 T-cell receptor, beta cluster Hs. 2003 T-cell receptor, delta (V, D, J, C) Hs. 2014 TEK tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple cutaneous Hs. 89640 and mucosal) Telomerase reverse transcriptase Hs. 115256 TGFBI-induced anti-apoptotic factor 1 Hs. 75822 thrombospondin 1 Hs. 87409 Thy-1 cell surface antigen Hs. 125359 thymidylate synthetase Hs.82962 tissue factor pathway inhibitor (lipoprotein-associated coagulation inhibitor) Hs.170279 tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (erythroid potentiating activity, Hs. 5831 co ! ! agenase inhibitor) tissue inhibtor of metalloproteinase 3 Hs.245188 TNF associated factor 4 Hs.8375 TNF receptor-associated factor 6 Hs.90957 topoisomerase (DNA) II alpha (170kD) Hs.156346 topoisomerase (DNA) II beta (180kD) Hs. 75248 TP53 Hs.149923 transcription factor AP-2 alpha (activating enhancer-binding protein 2 alpha) Hs. 18387 Transforming growth factor, alpha Hs. 170009 transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 3000kD) Hs.79059 translin Hs.75066 Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence expressed in) Hs. 1406 trophinin-assisting protein (tastin) Hs. 171955 troponin I, skeletal, fast Hs. 83760 tryptophanyl-tRNA synthetase Hs. 82030 tyrosine kinase withimmunoglobulin and EGF homology domains Hs. 78824 tyrosyl-tRNA synthetase Hs. 239307 UDP-galactose transporter related Hs. 154073 UDP-N-acetyl-alpha-D-galactosamine 3 Hs.278611 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 uridine monophosphate synthetase (orotate phosphoribosyl transferase Hs.2057 and orotidine-5'-decarboxylase) v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2 Hs. 323910 very low density lipoprotein receptor Hs. 73729 v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog Hs. 37003 vimentin Hs. 297753 v-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog Hs. 78465 v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2 Hs. 179718 v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Hs. 79070 von Willebrand factor Hs. 110802 WNT1 inducible signaling pathway protein 2 Hs. 194679 X-box binding protein 1 Hs. 149923 Zinc finger protein 147 (estrogen-responsive finger protein) Hs. 1579 zinc finger protein 161 Hs. 167558 zing finger protein 217 Hs. 155040 17 Biopuce selon l'une quelconque des revendications 1 16 caract ris e en ce qu'elle comporte comme module de recherche associ ou coupl un module de r paration de l'ADN qui comporte une s lection de sondes mol culaires adapt e, ci-dessous ( galement Annexe 2 SEQ 2) : MODULE REPARATION DE L'ADN : 130 SONDES MOLECULAIRES Nom du gene Unigene 8-oxoguanine DNA glycosylase Hs. 96398 ADP-ribosyltransferase (NAD+ ; poly (ADP-ribose) polymerase) ; poly (ADP-Hs. 177766 ribose) polymerase ADP-ribosyltransferase (NAD+ ; poly (ADP-ribose) polymerase)-like 2 Hs. 24284 alkylation DNA repair protein alkb homolog Hs. 54418 APEX nuclease (multifunctional DNA repair enzyme) ; apurinic/apyridinic Hs. 73722 (abasic) endonuclease apurinic/apyrimidinic endonuclease (APEX nuclease)-like 2 protein Hs. 154149 ataxia telangiectasia and Rad3 related Hs. 77613 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 ataxia telangiectasia mutated (includes complementation groups A, C and D) Hs. 194382 Bloom syndrome Hs. 36820 breast cancer 1, early onset Hs. 194143 breast cancer 2, early onset Hs. 34012 caltractin (20kD calcium-binding protein) ; centrin, EF-hand protein, 2 Hs. 82794 CHK1 (checkpoint, S.pombe) homolog Hs.20295 CHK2 (checkpoint, S. pombe) homolog Hs. 146329 Cockayne syndrome I (classical) Hs. 32967 cyclin H Hs. 514 cyclin-dependent kinase 7 (homolog of Xenopus M015 cdk-activating Hs. 184298 kinase) damage-specific DNA b ! nding protein 1 (48kD) Hs. 108327 damage-specific DNA binding protein 2 (48kD) Hs. 77602 DMC1 HS. 37181 dUTP pyrophosphatase Hs. 82113 ESTs/human p53 R2 gene for ribonucleotide reductase Hs. 94262 ESTs, Weakly similar to DNA NUCLEOTIDYLEXOTRANSFERASE Hs.46964 [H. sapiens]/similar to DNA polymerase excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99987 complementation group (xeroderma pigmentosum group D complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 59544 complementation group 1 (includes overlapping antisense s quence) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 77929 complementation group 3 (xeroderma pigmentosum group B complementing) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 89296 complementation group 4 excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 48576 complementation group 5 (xeroderma pigmentosum, complementation group G (Cockayne syndrome)) excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99924 complementation group 6 exonuclease 1 Hs. 47504 Fanconi anemia, complementation group A Hs.86297 Fanconi anemia, complementation group B Fanconi anemia, complementation group C Hs.37953 Fanconi anemia, complementation group D1 Fanconi anemia, complementation group D2 Hs.15607 Fanconi anemia, complementation group E Hs. 302003 Fanconi anemia, complementation group F Hs. 65328 Fanconi anemia, complementation group G Hs. 8047 flap structure-specific endonuclease 1 Hs. 4756 general transcription factor t) H, potypeptide 1 (62kD subunit) Hs. 89578 general transcription factor IIH, polypeptide 2 (30kD subunit) Hs. 191356 general transcription factor IIH, polypeptide 3 (34kD subunit) Hs. 90304 general transcription factor IIH, polypeptide 4 (52kD subunit) Hs. 1 02910 H2A histone family, member X Hs. 147097 HCNP protein ; XPA-bindin rotein 2 Hs. 9822 Homo sapiens mRNA; cDNA DKFp586G1122 (from clone Hs. 20555 DKFZp586G1122) (MRE11A) HUS1 (S. pombe) checkpoint homoiogHs. 152983 KIAA0086 g ne productHs. 1560 ligase I, DNA, ATP-dependent Hs.1770 ligase III, DNA, ATP-dependent Hs. 100299 ligase IV, DNA, ATP-dependent Hs. 166091 menage a trois 1 (CAK assembly factor Hs. 32380 methyl-CpG binding domain protein 4 Hs.35947 mitotic arrest defience, yeast, -like2 hs.19400 MMS19 (MET18 S. cerevisiae)- like Hs. 288891 mutL (E. co) i) homofog 1 (coton cancer, nonpo) yposis type 2) Hs. 57301 mutL (E. coli) homolog3 Hs.279842 muts (E. coli) homolog 3 Hs.42674 mutS (E. coli) homolog 4 Hs.115246 mutS (E. coli) homolog 5 Hs.112193 mutS (E. coli) homolog 5 Hs.112193 mutS (E. coli) homolog 2 Hs.78934 mutS (E.coli) homolog 2 Hs.78934 mutS (E.coli) homolog 6 Hs.3248 mutY (E.coli) homolog Hs.271353 Nijmegen breakage syndrome 1 (nibrin) Hs.25812 N-methylpurine-DNA glycosylase Hs.79396 nth (E. coli endonuclease II)-like 1 Hs. 66196 nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 1 Hs. 388 O-6-methylguanine-DNA methyltransferase Hs. 1384 polymerase (DNA directed) eta Hs. 155573 polymerase (DNA directed) gamma Hs. 80961 polymerase (DNA directed) iota Hs. 271699 polymerase (DNA directed) kappa Hs. 135756 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 129903 polymerase (DNA directed) lambda Hs. 225951 polymerase (DNA directed), beta Hs. 180107 polymerase (DNA directed), delta 1, catalytic subunit (125kD) Hs. 99890 polymerase'DNA directed), epsilon Hs. 166846 polynucleotide kinase 3'phosphatase Hs. 78016 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae 1 HS. 111749 postmeiotic segregation increased (S. cerevisiae) 2 Hs. 177548 postmeiotic segregation increased 2-like 3 Hs. 278467 postmeiotic segregation increased 2-like 4 Hs. 278468 proliferating cell nuclear antigen Hs. 78996 protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide Hs.155637 RAD1 (S. pombe) homolog Hs. 7179 RAD18 Hs.21320 RAD23 (S. cerevisiae) homolog A Hs. 180455 RAD23 (S. cerevisiae) homolog B Hs. 178658 RAD50 (S. cerevisiae) homolog Hs. 41587 RAD51 (S. cerevisiae) homolog (E coli RecA homolog) Hs. 153667 RAD51 (S. cerevislae) homolog C Hs. 11393 RAD51 L1Hs. 100669 RAD51 L3 Hs. 125244 RAD52 (S. cerevisiae) homolog HS. 89571 RAD54 (S. cerevisiae)-like Hs. 66718 RAD54B Hs. 128501 RAD9 (S. pombe) homolog Hs. 240457 RecQ protein-like 4 Hs. 31442 replication protein A1 (70kD) /GS2 gene (=C9) Hs. 84318 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A2 (32kD) Hs. 79411 replication protein A3 (14kD) Hs. 1608 REV1 (yeast homoloa) - like Hs. 110347 REV3 (yeast homolog)-like, catalytic subunit of DNA polymerase zeta HS. 115521 single-strand monofunctionnal uracil DNA glycosylase Hs.5212 SPO11, meiotic protein covalently bound to DSB (S-cerevisiae) -like Hs. 159737 three time reoair exonuclease 1 Hs. 278408 three time repair exonuclease 2 Hs. 251398 thymidine-DNA glycosylase Hs. 173824 thyroid autoant ! gen 70kD (Ku antigen) Hs. 197345 topoisomerase retated function protein 4-2 Hs. 294030 tumor protein 53-binding protein, 1 Hs. 170263 ubiquitin activating enzyme-2Hs. 16695 ubiquitin-conjugating enzyme E2A (RAD6 homolog) Hs. 80612 ubiquitin-conjugating enzyme E2A variant 2 Hs. 79300 ubiquitin-conjugating enzyme E2N (homologous to yeast UBC13) Hs.75355 uracil-DNA glycosylase Hs. 78853 Werner syndrome Hs. 150477 xeroderma pigmentosum, complementation group A Hs.192803 xeroderma pigmentosum, complementation group C Hs.320 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 1 Hs.98493 X-ray repair comptementtng defective repair in Chinese hamster cefts 2 Hs. 129727 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 3 Hs. 99742 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 4 Hs. 150930 X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 Hs.84981 (double-strand-break rejoining ; Ku autoantigen, 80kD) 18 Biopuce selon l'une quelconque des revendications 1 17 caract ris e en ce qu'elle comporte comme module de recherche associ ou coupl un module de r paration de l'ADN qui comporte une s lection de sondes mol culaires adapt e, ci-dessous ( galement Annexe 3 SEQ 3) : MODULE DE CHIMIOSENSIBILITE G nes ! gene Ouster ABCB1 = MDR1 = P-glycoprotein 1 (ATP-binding cassette, sub-family B, Hs. 21330 member 1) ABCB4 = MDR2 =MDR3 (ATP-b ! nd ! ng cassette, sub-famiiy B, member 4) Hs. 73812 ABCC1 = MRP1 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 1) Hs. 89433 ABCC2 = MRP2 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 2) Hs. 193852 ABCC3 = MRP3 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 3) Hs. 90786 ABCC4 = MRP4 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 4 Hs. 139336 ABCC5 = MRP5 (ATP-binding cassette, sub-family C, member 5) Hs. 108660 ABCC6 = MRP6 = ARA (ATP-binding cassette, sub-family C, member 6) Hs. 274260 ABCG2 = BCRP (Breast cancer resistance protein, ATP-binding cassette, Hs. 194720 sub-family G, member 2) ABL1 = c-abl (v-abl Abelson murine leukemia viral oncogene homolog 1) Hs. 146355 ACTB (Actin, beta) Hs. 288061 ACTG1 (Actin, gamma 1) Hs. 14376 ADPRT = PARP ADP-ribosyltransferase polymerase Hs. 177766 AKT1 (v-akt murine thymona viral oncogene homolog 1) Hs. 71816 AKT2 (v-akt murine thymona viral oncogene homolog 2) Hs. 326445 AKR1 B1 Aldo-keto reductase family 1, member B1 (aldose reductase)) Hs. 75313 ALDH1A1 (Aldehyde dehydrogenase 1) Hs. 76392 ALDH3A 1 (Aldehyde dehydroaenase 3) Hs. 575 ANGPT1 (Angiopoietin 1) Hs. 2463 ANXA 1 (Annexin 1 ; lipocortin 1) Hs. 78225 ANXA4 (Annexin IV) Hs. 77840 AP3S2 (Adaptor-related protein complex 3, sigma 2 subunit) Hs. 154782 APAF1 (Apoptotic protease activating factor 1) Hs. 77579 APP (Amyloid beta A4 precursor protein) Hs. 177486 APRT (Adenine phosphoribosyltransferase) Hs. 28914 ARHB (Rho B) Hs. 204354 ARPC3 (Actin related protein 2/3 complex, subunit 3,21 kD) Hs. 6895 ATF4 (Activating transcription factor 4 (tax-responsive enhancer element Hs. 181243 B67)) ATM (Ataxia Telangiectasia mutated (includes complementation group A, C Hs. 194382 and D)) BAD (BCL2-antagonist of cell death) Hs. 76366 BAK1 (BCL2-antaaonist/killer 1) Hs. 93213 BAX (BCL2-associated X protein) Hs. 159428 BCAR1 (Breast cancer anti-estrogen resistance 1) Hs. 273219 BCAR3 (Breast cancer anti-estrogen resistance 3) Hs. 6564 BCL2 (B-cell CLUlymphoma 2) Hs. 79241 BCL2A1 = BFL1 (BCL2-related protein A1) Hs. 227817 BCL2L1 =BCL-XL (BCL2-like 1) Hs. 305890 BCR (Breakpo ! nt c ! uster région) Hs. 234799 BIRC1 (Baculoviral IAP repeat-containing 1) Hs. 79019 BIRC2=clAP1 (Baculoviral IAP repeat-containing 2 Hs. 289107 BIRC3 = clAP2 BaculovirallAP re eat-containin 3 Hs. 127799 BIRC4 = Xiap (Baculoviral IAP repeat-containing 4) Hs. 172777 BIRC5 = Survivin (Baculoviral IAP repeat-containing 5) Hs. 1578 BLMH (Bleomycin hydrolase) Hs. 78943 BRCA1 (Breast cancer 1, early onset) Hs. 194143 BRCA2 (Breast cancer 2, early onset) Hs. 34012 CACNA1D (Calcium channd, vottage-dpdt, Ltype, a ! pha 1D subunit) Hs. 23838 CASP1 (Caspase 1, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 2490 CASP3 (Caspase 3, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 74552 CASP6 (Caspase 6, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 3280 CASP7 (Caspase 7, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 9216 CASP8 (Caspase 8, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 19949 CASP9 (Caspase 9, apoptosis-related cysteine protease) Hs. 100641 CAV1 (Caveolin 1, caveolae protein, 22kD) Hs. 323469 CCNB1 (Cyclin B1) Hs. 23960 CCND1 (CydinDI) Hs. 82932 CCNE1 (CydinEl) Hs. 9700 CCNG1 (Cyclin G1) Hs. 79101 CD63 (Melanoma 1 antigen) Hs. 76294 CDA (Cytidine deaminase) Hs. 72924 CDC2 = p34 = CDK1 (Cell division cycle 2) Hs. 184572 CDC25C= CDC25 (Cell division cycle 25C) Hs. 656 CDC27 (Cell division cycle 27) Hs. 172405 CDH1 (Cadherin, type 1, E-cadherin (epithelial)) Hs. 194657 CDK2 (Cyclin-dpt kinase 2) Hs. 19192 CDK4 (Cyclin-dpt kinase 4) Hs. 95577 CDK6 (Cyclin-dpt kinase 6) Hs. 38481 CDKN1A=p21 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)) Hs. 179665 CDKN1B = p27KIP1 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 1B (p27, Kips) Hs. 238990 CDKN2A = p16 (Cyclin-dpt kinase inhibitor 2A (melanoma, p16, inhibits Hs. 1174 CDK4) CGA = Chorionic gonadotrophin alpha subunit (Glycoprotein hormones, Hs. 119689 alpha polypeptide) CHEK1 = CHK1 (Checkpoint homolog) Hs. 20295 CKS1 (CDC28 protein kinase 1) Hs. 334883 CLU = TRPM-2 (Clusterin (complement lysis inhibitor, SP-40, sulfated Hs. 75106 glycoprotein 2, testosterone-repressed prostate message 2, apolipoprotein J COL3A1 (Collagen, type III, alpha 1) Hs. 119571 COL4A2 (Collagen, type IV, alpha 2) Hs. 75617 COL4A3 (Collagen, type IV, alpha 3) Hs. 530 COL4A5 (Collagen, type IV, alpha 5) Hs. 169825 COL4A6 (Collagen, type IV, alpha 6) Hs. 408 COX4 (Cytochrome c oxidase subunit IV) Hs. 347969 CRA = Cisplatin resistance associated Hs. 166066 CRABP2 (Cellular retinoic acid-binding protein 2) Hs. 183650 CRADD (CASP2 and RIPK1 domain containing adaptor with death domain) Hs. 155566 CRMP1 (Cotlapsin responsemediator protein 1) Hs. 155392 CRR9P (Cisplatin resistance related protein) Hs. 323769 CSDA (Cold shock domain protein A) Hs. 1139 CSF1 R (Colony stimulating factor 1 receptor) Hs. 174142 CYP1A1 (Cytochrome P450, subfamily I (aromatic compound-inducible). Hs. 72912 polypeptide 1) P450, (Cytochrome P450, subfamily I (dioxin-inducible), polypeptide 1 Hs. 154654 (glaucoma 3, primary infantile)) CYP19 (Aromatase) Hs. 79946 DAD1 (Defender against cell death 1) Hs. 82890 DDB1 (Damage-specific DNA binding protein 1 (127kD)) Hs. 108327 DDB2 (Damage-specific DNA binding protein 2 (48kD) Hs. 77602 DDIT3=GADD153 (DNA-damage-inducible transcript 3) Hs. 337761 DDR1 (Discoidin domain receptor family, member 1) Hs. 75562 DFNA5 (Deafness, autosomal dominant 5) Hs. 13530 DHFR (Dihydrofolate reductase) Hs. 83765 DIA4 = DT-diaphorase (Diaphorase (NADH/NADPH) (cytochrome b-5 Hs. 80706 reductase)) DSP (Desmoplakin (DPI, DPII)) Hs. 74316 DUSP1=CL100/MKP-1 (Dual specificity phosphatase 1) Hs. 171695 DUSP8 = HVH-5 (Dual specificity phosphatase 8) Hs. 41688 ECGF1 (Endothelial cell growth factor 1 (platelet-derived)) Hs. 73946 EEF1A1 (Eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1) Hs. 181165 EGF (Epidermal growth factor) Hs. 2230 EGFR (Epidermal growth factor receptor (avian erythroblastic leukemia (v-Hs. 77432 erb-b) oncogene homolog)) ELK1 (Member of ETS oncogene fami ! y) Hs. 181128 EN01 (Enolase 1, alpha) Hs. 254105 EPAS1 = HIF 2 al ha Endothelial PAS domain protein 1) Hs. 8136 EPHX1 (Epoxide hydrolase 1, microsomal (xenobiotic)) Hs. 89649 ERBB2 = HER-2 (v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogen Hs. 323910 homolog 2) ERBB3 (v-erb-b2 avian erythrobalstic leukemia viral oncogene homolog 3) Hs. 199067 ERBB4=(v-erb-b2 avian erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 4) Hs. 1939 ERCC1 (Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 59544 complementation group 1) ERCC2 = XPD (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 99987 deficiency, complementation group 2) ERCC3 = XPB (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 77929 deficiency, complementation group 3) ERCC4 = XPF (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 89296 deficiency, complementation group 4) ERCC5 = XPGC (Excision repair cross-complementing rodent repair Hs. 48576 deficiency, complementation group 5) ERCC6 (Excision repair cross-complementing rodent repair deficiency, Hs. 99924 complementation group 6) ESR1 (Estrogen receptor 1 (alpha)) Hs. 1657 ESR2 (Estrogen receptor 2 (beta)) Hs. 103504 FDFT1 (Farnesyitransferase 1) Hs. 48876 FGF1 (Fibroblast growth factor (acidic) ) Hs. 75297 FGF2 (Fibroblast growth factor (basic) ) Hs. 284244 FGFR1 (Fibroblast growth factor receptor 1) Hs. 748 FGFR2 (Fibroblast growth factor receptor 2) Hs. 278581 FGFR4 (Fibroblast growth factor receptor 4) Hs. 165950 FKBPL = D) R1 (FK506-binding protein iike) Hs. 99134 FL T1 (fms-related tyrosine kinase 1 (vascular endothelial growth factor Hs. 138671 vascular permeability factor receptor)) FN1 (Fibronectin 1) Hs. 287820 FOLR1=Folate binding protein alpha (Folate receptor 1 (adult)) Hs. 73769 FOS=c-fos (v-fos FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog) Hs. 25647 G6PD (Glucose-6-phosphate dehydrogenase) Hs. 80206 GADD45A (Growth arrest and DNA-damage-inducible, alpha) Hs. 80409 GAPD (Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase) Hs. 169476 GCLC (Glutamate-cysteine ligase, catalytic subunit) Hs. 151393 GD ! 1 (GDP dissociation inhibitor 1) Hs. 74576 GGH (Gamma-glutamyl hydrolase (conjugase, folylpolygammaglutamyl Hs. 78619 hydrolase)) GGT1 (Gamma-glutamyltransferase 1) Hs. 284380 GGT2 (Gamma-glutamyltransferase 2) Hs. 289098 GLO1 (Glyoxalase I) Hs. 75207 GM2A (GM2 ganglioside activator protein) Hs. 289082 GNAS1 (Guanine nucleotide binding protein (G protein), alpha stimulating Hs. 273385 activity polypeptide 1) GPX1 (Glutathione peroxidase 1) Hs. 76686 GRN (Granulin) Hs. 180577 GSS (Glutathione synthetase) Hs. 82327 GSTA1 (Glutathione S-transferase A1 NM001320 GST A2 Glutathione S-transferase A2) Hs. 89552 GSTA3 (Glutathione S-transferase A3) Hs. 102484 GSTA4 (Glutathione S-transferase A4) Hs. 169907 GSTM1 (Glutathione S-transferase M1) Hs. 324730 GSTP1 (Glutathione S-transferase pi) Hs. 226795 HDAC1 (Histone deacetylase 1) Hs. 88556 HDAC2 (Histone deacetylase 2) Hs. 3352 HGF (Hepatocyte growth factor (hepapoietin, scatter factor)) Hs. 809 HIF1A (Hypoxia-inducible factor 1, alpha subunit) Hs. 197540 HMG1 (High-mobility group (nonhistone chromosomal) protein 1) Hs. 337757 HRAS (v-Ha-ras Harvey rat sarcoma viral oncogene homolog) Hs. 37003 HSPA2 = HS72 (Heat shock 70kD protein 2) Hs. 75452 HSPA4 = HSP70 (Heat shock 70kD protein 4) Hs. 90093 HSPA5 = GRP78 (Heat shock 70kD protein 5 (glucose-regulated protein, Hs. 75410 78kD)) HSPA8 = HSC70 (Heat shock 70kDa protein 8) Hs. 180414 HSPB1 = HSP27 (Heat shock 27kD protein 1) Hs. 76067 HSPCB = HSP90beta (Heat shock 90kD protein 1, beta) Hs. 74335 HSPD1 HSP60 (Heat shock 60kD protein 1 (chaperon ! n)) Hs. 79037 ICAM1 = CD54 (Intercellular adhesion molecule 1, human rhinovirus Hs. 168383 receptor IGF1 (Insulin growth factor 1 (somatomedin c)) Hs. 85112 IGF2=(Insulin growth factor 2 (somatomedin a)) Hs. 251664 IGF1 R (Insulin growth factor 1 receptor) Hs. 239176 IGFBP1 (Insulin growth factor binding protein 1) Hs. 102122 IGFBP3 () nsu) in growth factor binding protein 3) Hs. 77326 IGFBP4 (insulin growth factor binding protein 4) Hs. 1516 ILLA (interleukin 1, alpha) Hs. 1722 IL1B (Interleukin 1, beta) Hs. 126256 IL6 ( ! nterleukin 6 (interferon, beta 2)) Hs. 93913 IL8 (Interleukin 8) Hs. 624 ISGF3G = IRF9 (Interferon-stimulated transcription factor 3, gamma) Hs. 1706 ITGA2 (Integrin, alpha 2 (CD49B, alpha 2 subunit of VLA-2 receptor)) Hs. 271986 ITGA3 (Integrin, alpha 3 (antigen CD49C, alpha 3 subunit of VLA-3 Hs. 265829 receptor)) ITGA4 (Integrin, alpha 4 (antigen CD49D, alpha 4 subunit of VLA-4 Hs. 40034 receptor)) ITGA6(Integrin, alpha 6) Hs. 227730 ITGB1 (Integrin, beta 1 (fibronectin receptor, beta polypeptide, antigen Hs. 287797 CD29 includes MDF2, MSK12)) ITGB3 (Integrin, beta 3) Hs. 87149 JUN=c-jun avian sarcoma virus 17 oncogene homolog Hs. 78465 K-ALPHA-1 (Tubulin, alpha, ubiquitous) Hs. 334842 KDR = FLK1 (Kinase insert domain receptor (a type III receptor tyrosine Hs. 12337 kinase)) = vegfr2 KRAS2 (v-ki-ras2 Kirsten rat sarcoma 2 viral oncogene homolog) Hs. 184050 KRT6A (Keratin 6A) Hs. 334309 KRT8 (Keratin 8) Hs. 242463 KRT18 (Keratin 18) Hs. 65114 KRT19 (Keratin 19) Hs. 182265 LAMA2 (Laminin, alpha 2) Hs. 75279 LAMA3 (Laminin, alpha 3) Hs. 83450 LIF (Leukemia inhibitory factor (cholinergic differentiation factor)) Hs. 2250 LMNB1 (LaminBI) Hs. 89497 LMNB2 (Lamin B2) Hs. 334709 LSP1 (Lymphocyte-specific protein 1) Hs. 56729 LTBP1 (Latent transforming growth factor beta binding protein 1) Hs. 241257 LUC7A = CROP (Cisp ! atin resistance-associated overexpressed) Hs. 3688 MAP2 (Microtubule-associated protein 2) Hs. 167 MAP2K1 = MEK1 (Mitogen-activated protein kinase kinase 1) Hs. 3446 MAP2K2 = MEK2 (Mitogen-activated protein kinase kinase 2) Hs. 72241 MAP3K3 (Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3) Hs. 29282 MAPK1 = ERK2 (Mitogen-activated protein kinase 1) Hs. 324473 MAPK3 = ERK1 (Mitogen-activated protein kinase 3) Hs. 861 MAPK8 = JNK1 (Mitogen-activated protein kinase 8) Hs. 190913 MAPK9 = JNK2 (Mitogen-activated protein kinase 9) Hs. 246857 MAPK11=p38 beta (Mitogen-activated protein kinase 11) Hs. 57732 MAPK12 =p38 gamma (Mitogen-activated protein kinase 12) Hs. 55039 MAPK13 = p38 deita (Mitogen-activated protein kinase 13) Hs. 178695 MAPK14 = p38 (Mitogen-activated protein kinase 14) Hs. 79107 MCL1 (Myelo d cell leukemia sequence 1, BCL2-related) Hs. 86386 MDM2 (Mouse double minute 2, human homolog of p53-binding protein) Hs. 170027 MGMT (06-methylguanine-DNA methyltransferase) Hs. 1384 MKI67 (Antigen identified by monoclonal antibody Ki-67) Hs. 80976 MLH1 (mutL homo ! og 1 (co ! on cancer, nonpo ! yposis type 2)) Hs. 57301 MMP1 (Matrix metalloproteinase 1 (interstitial collagenase)) Hs. 83169 MMP2 (Matrix metalloproteinase 2 (gelatinase A, 72kD gelatinase, 72kD type Hs. 111301 IV collagenase)) MMP3 (Matrix metalloproteinase 3 (stromelysin 1, progelatinase)) Hs. 83326 MMP9 (Matrix metalloproteinase 9 (gelatinase b) ) Hs. 151738 MMP10 (Matrix metalloproteinase 10 (stromelysin 2) ) Hs. 2258 MMP11 (Matrix metalloproteinase 11 (stromelysin 3)) Hs. 155324 MMP13 (Matrix metalloproteinase 13 (collagenase 3)) Hs. 2936 MMP16 (Matrix metalloproteinase 16 (membrane-inserted)) Hs. 90800 MSH2 (mutS homolog 2 (colon cancer, nonpolyposis type 1)) Hs. 78934 MSH3 mutS homolo 3 Hs. 42674 MSH6 (mutS homolog 6) Hs. 3248 MSLN (Mesothelin, CAK1) Hs. 155981 MT1E (Metallothionein 1E (functionat)) Hs. 74170 MT1X (Metallothionein 1X Hs. 278462 MT2A Metallothionein 2A Hs. 118786 MTC01 (Cytochrome c oxidase I NC~001807 MTCO2 (Cytochrome c oxidase II) NC~001807 MTND1 (NADH dehydrogenase subunit 1 (Complex I)) NC~001807 MTND2 (NADH dehydrogenase subunit 2 (Complex I)) NC~001807 MTND3 (NADH dehydrogenase subunit 3 (Compex !)) NC001807 MTND4 (NADH dehydrogenase subunit 4 (Complex I)) NC~001807 MTND4L (NADH dehydrogenase subunit 4L (Complex I)) NC~001807 MTND5 (NADH dehydrogenase subunit 5 (Complex I)) NC~001807 MTND6 (NADH dehydrogenase subunit 6 (Complex I)) NC~001807 MTND2 (NADH dehydrogenase subunit 2 (Complex I)) NC~001807 MTND3 (NADH dehydrogenase subunit 3 (Complex I)) NC~001807 MTND4 (NADH dehydrogenase subunit 4 (Complex I)) NC~001807 MTND4L (NADH dehydrogenase subunit 4L (Complex I)) NC~001807 MTND5 (NADH dehydrogenase subunit 5 (Complex I)) NC~001807 MTND6 (NADH dehydrogenase subunit 6 (Complex I)) NC~001807 MUC1 (Mucin 1) Hs. 89603 MUC2 (Mucin 2, intestinal/tracheal) Hs. 315 MVP = LRP (Major vault protein ; lung resistance-related protein) Hs. 80680 MYB = c-MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog Hs. 1334 MYBL2 = B-MYB (v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog-like 2) Hs. 179718 MYC=c-MYC (v-myc avian myelocytomatosis viral oncogene homolog Hs. 79070 MYCN (v-myc avian myelocytomatosis viral related oncogene, Hs. 25960 neuroblastoma derived) MYLK (Myosin, light polypeptide kinase) Hs. 211582 NFKB1 (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 1 Hs. 83428 (pu05)) NFKB2 (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 2 Hs. 73090 (p49/p100)) NFKBIA = IKBalpha (Nuclear factor of kappa light polypeptide gene Hs. 81328 enhancer in B-cells inhibitor, alpha) NK4 (Natural killer cell transcript 4) Hs. 943 NME1 = nm23-H1 (Non-metastatic cells 1, protein (NM23A) expressed in) Hs. 118638 NNMT (Nicotinamide N-methyltransferase) Hs. 76669 NRAS (Neuroblastoma RAS viral (v-ras) oncogene homolog) Hs. 260523 NRG1 (Heregu ! in a ! pha) Hs. 172816 NSEP1 = YB1 Nuclease sensitive element binding protein 1) Hs. 74497 OXTR (Oxytocin receptor) Hs. 2820 p14ARF (Locus INK4alpha/ARF) PC4 (Activated RNA polymerase 11 transcription cofactor 4) Hs. 74861 PCNA (Proliferating cell nuclear antigen) Hs. 78996 PDGFA (Platelet-derived growth factor a) Hs. 37040 PDGFB (Plate let-derived growth factor b) Hs. 1976 PES1 (Pescadillo homolog 1, containing BRCT domain Hs. 13501 PFDN4 (Prefoldin 4) Hs. 91161 PGK1 (Phosphoglycerate kinase 1) Hs. 78771 PGR (Progesterone receptor) Hs. 2905 PHB (Prohibitin) Hs. 75323 PIG3 (Quinone oxidoreductase homolog) Hs. 50649 PIG11 (p53-induced protein) Hs. 96908 PIK3CG (Phosphatidyl i n ositol-3- ki nase, catalytic subunit, gamma Hs. 32942 polypeptide) PIK3R1 (Phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit, polypeptide 1 (p85 Hs. 6241 alpha)) PIK3R2 (Phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit, polypeptide 2 (p85 Hs. 211586 beta)) PIK3R3 (Phosphoinositide-3-kinase, regulatory subunit, polypeptide 3 (p55 Hs. 88051 gamma)) PLAU (Plasminogen activator, urokinase) Hs. 77274 PLAUR (Plasminogen activator, urokinase receptor (Upar)) Hs. 179657 PLS3 = T-plastin (Plastin 3 T lsoform) Hs. 4114 PLK (Polo (Drosophia)-like kinase Hs. 77597 PMS1 (Postmeiotic segregation increased 1) Hs. 111749 PMS2 (Postmeiotic segregation increased 2) Hs. 177548 POLR2J (Polymerase RNA II polypeptide J (13.3kD)) Hs. 80475 PRAME (Preferentially expressed antigen in melanoma) Hs. 30743 PRDX1 Peroxiredoxin 1 Hs. 180909 PRDX2 (Peroxiredoxin 2) Hs. 146354 PRG1 = Serglycin (Proteoglycan 1, secretory granule) Hs. 278687 PRG2 = BMPG (Proteoglycan 2, bone marrow proteoglycan) Hs. 99962 PRKAR1 (Protein kinase, cAMP-dpt, regulatory, type I, alpha (tissue Hs. 183037 specific extinguisher 1) ) PRKAR1B (Protein kinase, cAMP-dot, regulatory, type l, beta) Hs. 1519 PRKCA (Protein kinase C, alpha) Hs. 169449 PRKCB1 (Protein kinase C, beta 1) Hs. 77202 PRKCD Protein kinase C, delta Hs. 155342 PRKCE (Protein kinase C, epsilon) Hs. 211592 PRKCG (Protein kinase C, gamma) Hs. 2890 PRKCH (Protein kinase C, eta) Hs. 315366 PRKCI (Protein kinase C, iota) Hs. 1904 PRKCN (Protein kinase C, nu) Hs. 143460 PRKCQ (Protein kinase C, theta) Hs. 211593 PRKCZ (Protein kinase C, zeta) Hs. 78793 PRKDC = XRCC7 (Protein kinase, DNA-activated, catalytic polypeptide) Hs. 155637 PRNP (Prion protein (p27-30)) Hs. 74621 PSMC1 (Proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, ATPase, 1) Hs. 4745 PSME1 (Proteasome (prosome, macropain) activator subunit 1, PA28 alpha) Hs. 75348 PTGES = PIG12 (Prostagiandin E synthase) Hs. 146688 PTGS1 = COX-1 (Prostag ! andin-endoperoxide synthase 1) Hs. 88474 PTGS2 = COX-2 (Prostaglandin-endoperoxide synthase 2 (prostaglandin Hs. 196384 G/H synthase and cyclooxygenase)) PTK2 = FAK (Protein tyrosine kinase 2) Hs. 740 PTPN1 (Protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 1) Hs. 155894 RAB6C (Rab6-like protein) Hs. 333139 RABGGTA (Geranyl transferase, alpha subunit) Hs. 78920 RABGGTB (Geranyl transferase, beta subunit) Hs. 78948 RAF1 (v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1) Hs. 85181 RANGAP1 (Ran GTPase activating protein 1) Hs. 183800 RB1 (Retinoblastoma 1) Hs. 75770 RCV1 (Recoverin) Hs. 80539 RELA = NFKB3 (v-rel avian reticuloendotheliosis viral homolog A (nuclear Hs. 75569 factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B-cells 3 (p65)) RPL9 (Ribosomal protein L9 Hs. 157850 RPL12 (Ribosomal protein L12) Hs. 182979 RPL15 (Ribosoma ! protein L15) Hs. 74267 RPL27A (Ribosomal protein L27a) Hs. 76064 RPL41 (Ribosomal protein L41) Hs. 324406 RPLPO (Ribosoma ! prote ! n, ! arge, PO) Hs. 73742 RPS3A (Ribosomal protein S3A) Hs. 77039 RPS6 (Ribosoma ! protein S6) Hs. 241507 RPS15A (Ribosomal protein S15a) Hs. 2953 RPS28 (Ribosomal protein S28) Hs. 153177 SCA2 (Spinocerebellar ataxia 2 (olivopontocerebellar ataxia 2, autosomal Hs. 76253 dominant, ataxin 2)) SEMA3C = Semaphorin E (Sema domain, immunoglobulin domain (lg), short Hs. 171921 basic domain, secreted, (semaphorin) 3C) SERPIN B5 (Maspin) Hs.55279 SERPIN C1 (Antithrombin III) Hs. 75599 SERPINE1 (Plasminogen activator inhibitor, type 1 (Pai1)) Hs. 82085 SLC19A1 = Reduced folate carrier (Solute carrier family 19 (folate Hs. 84190 transporter) member 1) SLC29A1 = Equilibrative nucleoside transporter 1 (Solute carrier family 29 Hs. 25450 (nucleoside transporter), member 1) SNCG = BCSG1 (Synuclein, gamma (breast cancer-specific protein 1)) Hs. 63236 SOD2 (Superoxide dismutase 2, mitochondria) Hs. 318885 SRC (v-src avian sarcoma viral oncogene homolog) Hs. 198298 SRI (Sorcin) Hs. 300741 STAT1 (Signal transducer and activator of transcription 1, 91kD) Hs. 21486 STAT3 (Signal transducer and activator of transcription 3 (acute-phase Hs. 321677 response factor)) STK4 must1 Hs. 35140 STK6 (Aurora IPL1-like kinase) Hs. 333116 STK13 (Serine/threonine kinase 13 Aurora/IPL 1-like Hs. 98338 STMN1 (Stathmin 1, oncoprotein 18) Hs. 81915 SYT1 (Synaptotagmin !) Hs. 154679 TAF2H (TATA box binding protein (TBP)-associated factor, RNA polymerase Hs. 89657 Il, H, 30kD) TAP1 = ABCB2 (Transporter 1, ATP-binding cassette, sub-family B) Hs. 158164 TAP2 = ABCB3 (Transporter 2, ATP-binding cassette, sub-family B) Hs. 502 TEK = TIE-2 (Tyrosine kinase, endothelial (venous malformations, multiple Hs. 89640 cutaneous and mucosal)) TERC = hTR (Telomerase RNA component) U86046 TERT (Telomerase reverse transcriptase) Hs. 115256 TFF1 = HPS2 (Trefoil factor 1 (breast cancer, estrogen-inducible sequence Hs. 337764 expressed in)) TFRC (Transferrin receptor (p90, CD71)) Hs. 77356 TGFA (Transforming growth factor, alpha Hs. 170009 TGFB1 (Transforming growth factor, beta 1) Hs. 1103 TGFBR2 (Transforming growth factor, b ta receptor)) (70-80kD)) Hs. 82028 TGFBR3 (Transforming growth factor, beta receptor III (betaglycan, 300kD)) Hs. 342874 THBS1 (Thrombospondin 1) Hs. 87409 TIE = TIE-1 (Tyrosine kinase with immunoglobulin and epidermal growth Hs. 78824 factor homology domains) TIMP2 (Tissue inhibitor of metalloproteinase 2) Hs. 325495 TK1 (Thymidine kinase 1) Hs. 105097 TNFRSF6 = APO-1/CD95 = Fas (Tumor necrosis factor receptor subfamily, Hs. 82359 member 6) TNFSF6 = CD95L = FasL (Tumor necrosis factor (ligand) superfamily, Hs. 2007 member 6) TOP1 (Topoisomerase DNA 1) Hs. 317 TOP2A (Topoisomerase DNA Il aloha (170kO)) Hs. 156346 TOP2B (Topoisomerase DNA II beta (180kD)) Hs. 75248 TP53 (Tumor orotein 053 (Li-Fraumeni syndrome)) Hs. 1846 TP73 (Tumor protein p73) Hs. 247753 TPI1 (Triosephosphate isomerase 1) Hs. 83848 TRAF1 (TNF receptor-associated factor 1) Hs. 2134 TRAG3 (TXL resistance associated gene 3) Hs. 251377 TUBB (Tubulin, beta polypeptide) Hs. 336780 TUBB (Tubulin, beta 1) Hs. 303023 TUBB2 (Tubulin, beta 2) Hs. 251653 TUBB4 = Tubulin beta III (Tubulin, beta, 4) Hs. 159154 TXN (Thioredoxin) Hs. 76136 TYMS = TS (Thymidylate synthetase) Hs. 82962 UMPS (Undine monophosphate synthetase (orotate Hs. 2057 phosphoribosyltransferase and orotidine-5'-decarbox lase UP (Undine phosphorylase) Hs. 77573 VEGF (Vascular endothelial growth factor) Hs. 73793 VHL (Von hippel lindau syndrome) Hs. 174007 VIM (Vimentin) Hs. 297753 XPA (Xeroderma pigmentosum, complementation group A) Hs. 192803 XRCC1 (x-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster Hs. 98493 cells 1 ZNF161 (Zinc finger protein 161) Hs. 6557 19 Biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 18 caract ris es en ce qu'elles sont pr par es, ainsi que leurs sondes mol culaires, par un proc d de tr s haute qualit comportant une combinaison de 10 tapes : 1 Extractiond'ADN plasmidiques. 2 Dosage des ADN plasmidiques ; 3 Dilution des ADN plasmidiques. 4 Amplification des ADN compl mentaires (ADNc) ou fragments d'ADNc, ou fragment d'ADN, 5 Purification des produits d'amplification obtenus. 6 Dosage de ces produits. 7 Dilution une m me concentration. 8 Pr paration d'un plaque o tous les ADNc sont la m me quantit . 9 S quen age des ADNc. 10 D pt sur le support (lame de verre ou tout autre support). 20 Biopuce selon la revendication 19 caract ris e en ce que ledit proc d comporte au moins les tapes 6 (dosage), 7 (dilution) et 9 (s quen age). 21 Biopuce selon la revendication 20 caract ris e en ce que ledit proc d comporte galement l' tape 5 de purification. 22 Biopuce selon l'une quelconque des revendications 1 21 caract ris e en ce que comme support on utilise un support de verre, ou verre-silice, ou des supports polym res par exemple mati res plastiques ou membrane de Nylon TM, ou tout autre supports sur lesquels sont fix s ou d pos s ( 23 Application des biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 22 pour la d finition d'un traitement en m decine humaine, notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire. 24 Application des biopuces selon l'une quelconque des revendications 1 22 comme moyen de diagnostic dans le domaine de toutes les sciences du vivant. 25 Application selon la revendication 33 dans le domaine v t rinaire. 26 Application selon la revendication 33 dans le domaine phytosanitaire. 27 Combinaison de sondes mol culaires telle que d crite dans la revendication 16 (Annexe 1 SEQ 1). 28 Combinaison de sondes mol culaires telle que d crite dans la revendication 17 (Annexe 2 SEQ 2). 29 Combinaison de sondes mol culaires telle que d crite dans la revendication 18 (Annexe 3 SEQ 3). 30 Utilisation des combinaisons de sondes mol culaires selon la revendication 28 ou 29 comme module de recherche associ ou coupl au moins une biopuce th matique. 31 Utilisation des biopuces et combinaisons de sondes mol culaires selon l'une quelconque des revendications 1 29 comme moyen de diagnostic dans toutes les sciences du vivant, notamment le domaine m dical, v t rinaire, phytosanitaire ; galement toute tude de g nome connu par exemple g nome bovin, v g tal, bact rien ; pour v rifier la fonctionnalit d'un g ne chez des organismes g n tiquement modifi s ; et en virologie, les biopuces tant alors utilis es pour caract riser la pr sence et le type de virus infectant un organisme ; et pour l'appr ciation des m canismes mis en jeu et de la qualit de la r paration des l sions de l'ADN, et notamment en oncologie, notamment pour le cancer mammaire ; et comme moyen de diagnostic dans le domaine de toutes les sciences du vivant, et notamment dans le domaine m dical ou v t rinairedans le domaine phytosanitaire. des biopuces et des proc d s selon l'invention comme moyen de diagnostic et l' tude de toutes les grandes fonctions cellulaires, notamment apoptose, cycle cellulaire, transduction du signal, prolif ration cellulaire, prot olyse, mobilit et invasivit cellulaire, etc.... et tous les types de maladies, notamment inflammatoires, infectieuses, endocriniennes, autoimmunes, h r ditaires, nutritionnelles, d g naratives, chroniques ou aiges, etc....