Brevet FR2827873A1 — publié le 20030131

La présente invention concerne le domaine technique général de la détection d'organismes pathogènes dans l'eau. En particulier, la présente invention concerne un procédé de détection entièrement automatisé de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau. L'invention a également pour objet un dispositif de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau pour la mise en oeuvre de ce procédé. La présence d'agents pathogènes dans les réseaux d'alimentation en eau, tels que les réseaux d'eau potable ou d'eau industrielle, engendre de réels risques pour la santé des êtres humains. Les réseaux d'alimentation en eau contiennent ainsi pour la plupart des organismes pathogènes tels que des virus, des bactéries, des protozoaires, des champignons, des amibes ou des vers qui sont susceptibles de provoquer diverses maladies chez l'homme. Parmi ces maladies, on peut citer entre autres le choléra, la fièvre typhoïde, la diarrhée, la dysenterie, la légionellose ou encore la gastro-entérite. Parmi les organismes pathogènes responsables de telles maladies, on peut citer plus particulièrement les protozoaires Cryptosporidium (parvum) et Giardia Lamblia qui proviennent tous deux des rejets fécaux humains et animaux et qui sont une cause majeure de maladies gastro-entériques ; les protozoaires Toxoplasma gondii et Naegleria fowleri qui proviennent également des rejets fécaux humains et animaux et qui provoquent diverses maladies graves ; Cyclospora qui provoque des diarrhées ; les bactéries colifonnes, notamment Escherichia coli, qui se trouvent dans toute la biosphère et dont la détection est importante car ils sont considérés, non pas comme des agents pathogènes typiques, mais comme des organismes indicateurs de la contamination de l'eau, puisqu'ils ne provoquent des maladies qu'à des concentrations très élevées. Par souci de simplification dans le cadre de la présente invention, on regroupera sous le terme d'organismes pathogènes l'ensemble des organismes indicateurs de la contamination de l'eau et des organismes pathogènes réellement responsables de maladies chez l'être humain. Peuvent également être cités parmi les organismes pathogènes responsables de maladies, les bactéries Salmonella, dont les sérotypes S. enteridis, S. enterica, S. thyphi et S. paratyphi, qui sont à l'origine de 70 % des maladies bactériennes d'origine alimentaire, notamment des fièvres typhoïdes et paratyphoïdes, et qui sont à l'origine d'un grand nombre de décès ; Helicobacter pylori qui est un organisme lié à l'origine d'au moins 75 % de l'ensemble des ulcères de l'estomac et à deux types de cancers de l'estomac, et qui est également à l'origine d'un grand nombre de décès ; Legionella, que l'on trouve dans les zones naturelles ainsi que dans les systèmes de chauffage de l'eau, qui provoque la maladie du légionnaire ; ainsi que les virus d'origine humaine et animale, et notamment les virus de l'hépatite A, les virus de type Norwalk, les rotavirus, des adénovirus, les entérovirus et les rhéovirus. Les virus Norwalk provoquent notamment des maladies gastro-intestinales sporadiques et épidémiques avec diarrhée. On en voit apparaître environ 200 000 cas par an aux Etats-Unis. Etant donné la présence de divers agents pathogènes dans l'ensemble des réseaux d'alimentation en eau, ces derniers doivent être contrôlés et éventuellement désinfectés, avant de pouvoir considérer l'eau issue de ces réseaux comme potable. En ce qui concerne les réseaux d'alimentation en eau usée ou en eau de refroidissement ainsi que les réseaux de production d'énergie, notamment ceux de production d'énergie nucléaire, il est parfois nécessaire d'analyser l'eau et même de la désinfecter avant de pouvoir la réutiliser ou la rejeter dans le milieu environnant. La détection de la présence d'organismes pathogènes, notamment la détection des organismes hautement pathogènes à croissance lente, qui sont les plus difficiles à détecter, représente ainsi un enjeu majeur dans les milieux du traitement de l'eau, de la distribution de l'eau ainsi que du contrôle de la qualité de l'eau. Les techniques traditionnelles de détection d'agents pathogènes développées jusqu'à présent présentent divers inconvénients : elles ne sont pas exploitées en continu ou en temps réel, elles sont de sensibilité peu élevée vis-à-vis des organismes pathogènes et elles s'avèrent être longues et coûteuses en termes de matériel et de personnel. Une première technique connue met en oeuvre la numération des microorganismes se développant après mise en culture de l'échantillon sur différents milieux nutritifs sélectifs. Cette technique est simple mais présente d'importants risques d'erreurs et d'artefacts (faible spécificité des critères morphologiques, absence de développement des micro-organismes à croissance très lente, croissance exponentielle sur le milieu nutritif de souches microbiennes qui sont en réalité en phase de croissance latente dans l'échantillon). Son temps de réponse est, de plus, généralement supérieur à 24 heures. Une deuxième technique, utilisant la mesure d'une ou plusieurs activité (s) enzymatique (s), permet la quantification rapide de populations de micro-organismes vivants (micro-organismes cultivables et/ou micro-organismes sous forme viable mais non cultivable) (WO 90/100983). Cette technique permet notamment le suivi d'un ensemble de populations, mais ne permet pas d'accéder à un niveau très fin de spécificité. Une troisième technique, mettant en oeuvre des sondes immunologiques, présente un temps de réponse fréquemment supérieur à 24 heures, et manque souvent de sensibilité et de spécificité (des artefacts dus à des réactions croisées peuvent être observés). D'autres techniques récentes mettent en oeuvre des sondes oligonucléotidiques spécifiques, généralement marquées, de manière à permettre leur détection après hybridation à leurs cibles. Deux grands types de sondes oligonucléotidiques ont été développées : les sondes ayant pour cible des ADN (ou les ARNm qui leur correspondent), et les sondes ayant pour cible des ARNr (ARN ribosomiques). Mais, les sondes à ADN ou ARNm, bien que potentiellement très spécifiques, présentent l'inconvénient d'être peu sensibles du fait du faible nombre de copies ADN (ou ARNm) par cellule microbienne. Il existait ainsi un besoin de mettre au point un procédé ainsi qu'un dispositif de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau, lesdits procédé et dispositif ne présentant pas les inconvénients des techniques de l'art antérieur et permettant ainsi d'effectuer une détection en ligne de plusieurs microorganismes pathogènes dans l'eau en un temps très court (moins de 6 heures), à moindre coût et avec une sensibilité et une spécificité élevées, permettant de parvenir au niveau de détection d'un organisme dans 100 ml d'échantillon d'eau analysée, respectant ainsi les normes de qualité d'eau potable. La présente invention vient combler ce besoin. La demanderesse a ainsi découvert de manière surprenante que cela pouvait être réalisé à l'aide d'un procédé et d'un dispositif, gérés de manière entièrement automatique, utilisables à l'échelle industrielle, en se basant préférentiellement sur la technique d'amplification d'ADN ou d'ARN par une réaction en chaîne par polymérase (PCR) ou sur une technique similaire. Le procédé selon la présente invention est ainsi entièrement automatisé et ne contient aucune étape manuelle. Il est basé sur la détection de séquences d'ADN ou d'ARN, spécifique de certains micro-organismes pathogènes. L'automatisation de certaines étapes unitaires ont déjà été décrites dans l'art antérieur, mais l'automatisation de l'ensemble des étapes séquentielles du procédé selon la présente invention n'avais jamais été envisagée jusqu'alors. Ainsi, l'extraction sur support solide et la purification d'acides nucléiques, présents dans un échantillon liquide, ont ainsi déjà été automatisées et ont été décrites dans les demandes de brevet WO 00/75623 et WO 97/10331. De même, l'automatisation de l'amplification d'acides nucléiques réalisée par une réaction en chaîne par polymérase (PCR) ainsi que de la détection d'organismes par fluorescence avaient déjà été envisagées dans la demande de brevet WO 00/33962. Néanmoins, les problèmes rencontrés pour mettre en oeuvre l'automatisation des cinq étapes séquentielles du procédé selon la présente invention n'avaient ainsi jamais été surmontés jusqu'alors. La présente invention a ainsi pour objet un procédé de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau comprenant la succession d'étapes suivantes : une concentration des organismes pathogènes, une ouverture des cellules des organismes pathogènes, une concentration d'ADN et/ou d'ARN des cellules, au moins une amplification d'acides nucléiques, et une détection qualitative et/ou quantitative d'ADN et/ou d'ARN représentatifs de la contamination de l'eau par lesdits organismes pathogènes ; caractérisé en ce que l'ensemble des étapes séquentielles du procédé sont gérées de manière entièrement automatique à l'aide d'une logique de commande. L'eau analysée dans le procédé de détection selon la présente invention est avantageusement issue des réseaux d'eau potable, des réseaux d'eau industrielle ou d'eau usée, des réseaux d'eau de refroidissement, des réseaux de production d'énergie, notamment d'énergie nucléaire. Avantageusement selon la présente invention, les organismes pathogènes détectés sont de préférence des bactéries, des virus, des champignons et/ou des protozoaires. Avantageusement selon la présente invention, le volume initial d'échantillon d'eau est supérieur à 50 ml, de préférence compris entre 100 ml et 10 litres, de manière encore plus préférentielle de 2 à 3 litres. Selon la présente invention, une amplification d'acides nucléiques est nécessaire dans le procédé de détection afin de pouvoir détecter au minimum un agent pathogène, et de préférence de 1 à 5 agents pathogènes, dans l'échantillon d'eau analysé. Avantageusement selon la présente invention, l'amplification d'acides nucléiques est réalisée par une réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel. La PCR est une technique d'amplification communément utilisée. La technique de PCR (Rolfs et al., 1991) nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. Les principes généraux et les conditions de réalisation de l'amplification d'acides nucléiques par PCR sont bien connus de l'homme du métier et sont notamment décrits dans les brevets US 4 683 202, US 4 683 195 et US 4 965 188. D'autres techniques similaires d'amplification d'acides nucléiques (ADN et/ou ARN) peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCRlike) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques. Par PCR-like, on entend désigner toutes les méthodes mettant en oeuvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques étant bien entendu connues de l'homme du métier. On peut notamment citer la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989), la technique 3SR (Self-Sustained Sequence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990), la technique NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. (1988), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. (1990), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées. Ainsi, selon la présente invention, une détection spécifique d'agents pathogènes peut être effectuée en utilisant de telles techniques d'amplification d'acides nucléiques à grande vitesse. En comparant la technique d'amplification par PCR ou par une technique similaire telle que la NASBA avec des techniques traditionnelles pour la détection d'agents pathogènes telles que la culture cellulaire, la Demanderesse a découvert que l'on pouvait réduire la durée requise pour l'essai de quelques semaines ou quelques jours à quelques heures. En outre, l'amplification par PCR ou analogue est facile à réaliser et les coûts initiaux comme les coûts ultérieurs pour la mise en oeuvre de la PCR s'avèrent bien inférieurs aux coûts engendrés pour la mise en oeuvre des techniques de cultures cellulaires. De plus, on peut utiliser une PCR pour identifier une forme spécifique des agents pathogènes que l'on trouve dans l'eau. On peut ainsi l'utiliser pour détecter l'état infectieux d'un organisme, prouvant la présence ou l'absence d'ADN ou d'ARN spécifique de l'agent pathogène. L'amplification par PCR selon l'invention permet aussi d'obtenir un procédé de sensibilité élevée, avantageusement supérieure à 1 picogramme, et de manière encore plus avantageuse supérieure à quelques femtogrammes d'acides nucléiques. La Demanderesse a également découvert que l'utilisation de l'amplification par PCR (ou analogue) suivie d'une détection spécifique in situ, en temps réel, par exemple par fluorescence fournissait des données d'analyse relatives à la détection et à l'identification des organismes plus rapidement et plus précisément que tout autre système de détection à base de biopuces. Les biopuces permettent de détecter un nombre d'espèces pathogènes beaucoup plus important que celui détecté à l'aide de la PCR en ligne mais, sur la base d'agents pathogènes connus (qui peuvent être plus efficacement testés en tant que groupes), la PCR en temps réel est beaucoup plus efficace et donne une bien meilleure spécificité que des biopuces standard hybridées. En outre, une hybridation de puces, qui permet une mise en contact des microorganismes avec une sonde à ADN et/ou à ARN, prend plusieurs heures, jusqu'à inclure souvent une incubation pendant la nuit, ce qui est significativement plus long que l'amplification de l'ADN ou de l'ARN en temps réel. Pour effectuer l'amplification d'acides nucléiques, de préférence par PCR, selon la présente invention, une grande variété d'amorces peut être utilisée, certaines d'entre elles étant déjà disponibles dans des bases de données ou dans la littérature, certaines autres ayant déjà été mises au point pour des organismes spécifiques. Selon un mode de réalisation particulier de la présente invention, on utilise une "nested"PCR, en divisant la PCR en deux étapes, afin d'obtenir une sensibilité maximale vis-à-vis des agents pathogènes que l'on cherche à détecter dans l'eau. La première PCR est alors faite avec la totalité de l'échantillon (typiquement de plusieurs centaines de micro litres avec seulement quelques molécules d'ADN) en utilisant un ensemble d'amorces dégénérées employant un appareil à cycles thermiques standard. Après amplification pendant quelques cycles (par exemple de 10 à 20 cycles) à haute température (75 à 100 C), le fluide qui contient alors au moins plusieurs milliers d'exemplaires de chaque ADN peut être divisé en un certain nombre de petits flacons dans un second appareil de PCR, en utilisant un moyen de prélèvement et de distribution automatiques tel qu'un robot. Un second ensemble d'amorces est ensuite ajouté à chaque flacon et une seconde amplification d'acides nucléiques est alors réalisée tout en effectuant une détection en ligne, par exemple par fluorescence. La première amplification va ainsi pouvoir être utilisée pour amplifier les acides nucléiques de groupes d'agents pathogènes à l'aide d'amorces universelles qui sont dégénérées, alors que la seconde amplification va permettre de déterminer précisément les espèces présentes dans l'échantillon analysé à l'aide d'amorces spécifiques de chaque espèce que l'on cherche à détecter. Dans ce mode de réalisation particulier de la présente invention, la détection est effectuée lors de la réalisation de la deuxième PCR ; aucune détection n'est effectuée lors de la première PCR qui se limite à un rôle d'amplification des acides nucléiques. Tandis que dans le domaine médical, il s'agit d'analyser des échantillons de sang de quelques microlitres à quelques millilitres, dans la recherche et le contrôle portant sur l'environnement, des échantillons de volumes pouvant aller jusqu'à plusieurs dizaines de litres sont usuellement analysés. Cependant, les techniques directes d'ouverture des cellules des organismes ne sont pas réalisables sur des volumes aussi importants, et les organismes pathogènes, que l'on cherche à détecter selon le procédé de la présente invention, doivent être concentrés à des volumes inférieurs à 100 ml avant de pouvoir démarrer la suite du traitement. En outre, les normes de qualité d'eau potable imposent de prouver l'absence d'un organisme dans 100 ml d'échantillon d'eau analysée. La difficulté de la concentration d'organismes pathogènes issus d'échantillons de l'ordre du litre d'eau est de perdre le moins possible d'organismes, tout en réduisant le volume de l'échantillon jusqu'à un volume de l'ordre d'une centaine de ml. Avantageusement selon la présente invention, la concentration des organismes pathogènes est réalisée par précipitation, co-précipitation ou précipitation par inclusion. Une telle concentration d'organismes à partir de volumes d'échantillons de l'ordre du litre permet ainsi d'avoir un procédé de haute sensibilité et de respecter les normes imposées sur la qualité de l'eau. En effet, plus un volume d'échantillon est important, plus la sensibilité est accrue et plus les données d'analyse sont précises. En outre, le procédé de détection selon la présente invention permet de détecter la présence de moins de 10 espèces différentes dans des volumes initiaux d'échantillons de 100 ml à 10 litres, de préférence 2 à 3 litres. De plus, alors que les instruments de la concurrence font appel soit à une filtration, soit à une capture par perle magnétique à titre de première étape de concentration, la précipitation par inclusion est plus efficace en terme de piégeage des organismes, plus économique et permet de traiter des échantillons hautement contaminés. L'étape de concentration des organismes pathogènes comprend dans le cadre de la présente invention le prélèvement automatique des échantillons d'eau analysés. De manière encore plus avantageuse selon la présente invention, la concentration des organismes pathogènes est réalisée en présence de carbonates d'ions bivalents, avantageusement choisis dans le groupe constitué par le carbonate de calcium, le carbonate de strontium et le carbonate de baryum. Le milieu réactionnel est porté à une température relativement élevée, de préférence de l'ordre de 40 à 60 C, de façon à permettre la formation rapide, en quelques minutes, d'un précipité contenant divers agents pathogènes par simple décantation et sans ajout de force gravitationnelle supplémentaire. Afin d'obtenir une décantation efficace, les réactifs tels que les carbonates d'ions bivalents ne sont pas ajoutés en une seule fois dans le milieu réactionnel, mais sont ajoutés à plusieurs reprises. Après formation du précipité, sur lequel viennent s'adsorber les différents agents pathogènes de l'échantillon d'eau, le liquide surnageant est évacué et le précipité est dissous dans un acide tel que l'acide formique. Le milieu réactionnel contenant le précipité dissous est ensuite neutralisé à l'aide d'un agent tampon. Avantageusement selon la présente invention, l'étape d'ouverture des cellules, qui suit celle de la concentration des organismes pathogènes, est réalisée par broyage sur perles agitées. Par le terme d'''ouverture des cellules", on entend au sens de la présente invention une rupture ou une lyse des cellules des organismes pathogènes visant à libérer le contenu, et notamment les acides nucléiques, de ces cellules. Les conditions opératoires de cette étape sont adaptées de manière à éviter toute altération des acides nucléiques. L'étape d'ouverture cellulaire selon la présente invention est effectuée en utilisant des volumes d'échantillons analysés de l'ordre de 10 à 100 ml, de préférence de 50 ml, et a été conçue préférentiellement pour se dérouler dans un système semi-continu en utilisant des perles agitées par une forte source d'énergie pour rompre les cellules des organismes au moyen de chocs et d'impacts directs. Les particules de craquage selon la présente invention sont retenues dans la chambre de craquage (chambre d'ouverture des cellules), alors que les cellules rompues, suite aux chocs engendrés par les particules, et les acides nucléiques ainsi libérés des cellules sortent de la chambre de craquage, permettant ainsi de faire fonctionner le broyage des perles d'une façon semi-continue. Avantageusement selon la présente invention, les perles sont agitées par ultrasons, par agitation mécanique ou par vibration mécanique, de préférence pendant environ une dizaine de minutes. L'élévation de température, créée lors de l'agitation et du choc des particules, semble également contribuer à l'efficacité d'ouverture des cellules. L'ajout d'agents chimiques ou d'enzymes telles que des protéinases peut également favoriser le craquage des cellules, notamment en digérant les parois cellulaires. Avantageusement selon la présente invention, lors de l'ouverture des cellules ou suite à l'ouverture des cellules et préalablement à la concentration d'ADN et/ou d'ARN, sont ajoutés au milieu réactionnel contenant les cellules, de préférence à l'aide de pompes et de valves, au moins un agent chaotrope, avantageusement un sel de guanidine, tel que le thiocyanate de guanidine, et au moins un agent modificateur d'adsorption, avantageusement un alcool tel que l'éthanol, afin de faciliter l'extraction d'ADN et/ou d'ARN des cellules et afin d'inactiver les nucléases, qui sont des enzymes susceptibles de détruire les acides nucléiques. Le sel de guanidine, tel que le thiocyanate de guanidine, est préférentiellement ajouté selon la présente invention à une concentration de plus d'une mole par litre. De manière encore plus avantageuse selon la présente invention, un mélange d'agent chaotrope et d'agent modificateur d'adsorption est ajouté au milieu réactionnel contenant les cellules des organismes pathogènes. Avantageusement selon la présente invention, l'étape de concentration d'ADN et/ou d'ARN, qui suit celle d'ouverture des cellules, est effectuée par adsorption réversible des acides nucléiques sur support solide contenant un matériau adsorbant, suivie d'une élution de ces acides. L'étape de concentration d'ADN et/ou d'ARN selon la présente invention correspond à une extraction et à une purification d'ADN et/ou d'ARN. Selon la présente invention, le matériau adsorbant est avantageusement un matériau vitreux, de préférence comprenant en surface des groupes hydroxy, ou un composé à base de silice. Selon la présente invention, l'élution des acides nucléiques est avantageusement réalisée par lavage du matériau adsorbant à l'aide d'au moins un solvant contenant des ions monovalents, avantageusement choisis dans le groupe constitué par le thiocyanate de sodium et l'EDTA. Le solvant selon l'invention est ainsi avantageusement un agent complexant formé d'ions monovalents. La demanderesse a ainsi découvert de manière surprenante que l'élution des acides nucléiques à partir du support d'adsorption ne pouvait pas être réalisée sans convertir au préalable le complexe d'acides nucléiques et d'ions bivalents, formé lors de la première étape de concentration des organismes, en complexe constitué d'acides nucléiques et d'ions monovalents. En effet, le complexe d'acides nucléiques et d'ions bivalents est fortement lié au support d'adsorption solide et ne peut pas être désorbé puis élué par simple lavage à l'aide d'un solvant. La désorption, suivie de l'élution, des acides nucléiques n'est rendue possible que par l'ajout d'un agent complexant formé d'ions monovalents. Un tel agent permet ainsi d'échanger les ions bivalents, liés aux acides nucléiques, contre des ions monovalents et de former ainsi un nouveau complexe qui va pouvoir être désorbé beaucoup plus facilement que le complexe acides nucléiques/ions bivalents. Après réalisation de l'échange d'ions, un solvant est ensuite ajouté pour finaliser l'élution des acides nucléiques. Ce solvant doit être compatible avec l'étape d'amplification qui suit l'étape de concentration des acides nucléiques, et est avantageusement choisi dans le groupe constitué par l'eau ou un tampon dilué. Avantageusement selon la présente invention, le procédé peut contenir en outre une étape de concentration de volume, afin de parvenir à des volumes de l'ordre d'une centaine de u. I jusqu'à moins de 1 ml, avantageusement moins de 100 ul, avant de procéder à l'amplification des acides nucléiques et suite à l'étape de concentration des acides nucléiques. Avantageusement selon la présente invention, l'étape de détection des organismes pathogènes, qui suit celle d'amplification des acides nucléiques, est une détection en ligne (en temps réel), in situ. De manière encore plus avantageuse, cette détection est réalisée par fluorescence, par luminescence ou par spectrométrie de masse. Elle peut également être réalisée par d'autres techniques de détection bien connues de l'homme du métier, telles que celles d'hybridation sur puce ou d'amplification enzymatique. De manière encore plus avantageuse selon l'invention, la détection est réalisée in situ par fluorescence. Afin d'obtenir un signal de détection, on peut ainsi ajouter lors de l'étape d'amplification du Cybergreen ou un autre fluorophore d'intercalation à deux brins permettant d'indiquer le succès de l'amplification par une forte augmentation de fluorescence au cours du cycle. En effet, les amorces marquées à l'aide des fluorophores s'hybrident spécifiquement avec l'ADN cible de l'échantillon. La réaction d'amplification par PCR engendrant un grand nombre de copies de l'ADN cible, on peut ainsi obtenir une quantification de l'intensité du signal de fluorescence, directement corrélé avec la quantité d'ADN cible initiale dans l'échantillon analysé. Pour obtenir une détection multispécifique, c'est-à-dire une détection spécifique de plusieurs agents pathogènes, dans un seul flacon et afin d'augmenter la spécificité vis-à-vis de ces agents pathogènes si cela est nécessaire, des fanaux moléculaires ou des traceurs similaires peuvent être ajoutés aux différents flacons utilisés lors de l'amplification. En utilisant une instrumentation standard, on peut détecter jusqu'à quatre espèces différentes par flacon. Avantageusement, le procédé de détection selon la présente invention peut contenir en outre une étape préalable de filtration, avant de procéder à l'étape de concentration des organismes pathogènes. Une telle filtration peut s'avérer utile dans le cas de l'analyse d'échantillons d'eau brute ou d'eau de surface, particulièrement contaminées et chargées de substances gênantes telles que du sable. Avantageusement, le procédé de détection selon la présente invention peut contenir en outre une étape préalable de traitement de l'échantillon d'eau par choc thermique et/ou par ajout d'un composé chimique inducteur de gène afin d'induire l'ARN de gènes spécifiques et de détecter les organismes pathogènes viables dans ledit échantillon d'eau. En effet, un choc thermique (augmentation de la température pendant quelques instants) ou l'ajout d'un composé chimique induisent un ensemble de protéines permettant la réalisation d'une réaction RT (de transcriptase inverse) en tant que première étape, lorsqu'est réalisée la première PCR, permettant ainsi d'obtenir un signal spécifique d'organismes viables. La réaction RT permet de transformer l'ARN en ADN. Si cela s'avère nécessaire, des ADNases peuvent être ajoutées pour détruire l'ADN natif. Une spécificité est obtenue en induisant un ADN spécifique de haut niveau. Avantageusement selon la présente invention, un choc thermique est réalisé par impulsion de chaleur durant moins de 3 heures, avantageusement à une température de 30 à 50 C. Avantageusement selon la présente invention, un composé chimique inducteur de gène est ajouté. Un tel composé permet d'induire l'ARN de gènes spécifiques. Le composé est avantageusement un élément nutritif tel que le lactose ou un inducteur ciblé comme l'IPTG (Isopropyl- (beta)-D-thiogalactopyranoside). Ce composé chimique permet une forte augmentation du niveau des ARN spécifiques dans les cellules. La durée de l'induction dépend de l'organisme, mais est typiquement comprise entre 2 minutes et 1 heure. Les protéines induites par la chaleur comme dnaJ, grpE, hscB, hsIJ, hslV, htpG, htpX, htrB, htrC, pphA, pphB, rpoE et d'autres protéines de choc (par exemple des classes des petites HSP, HSP 60, HSP 70, HSP 90, HSP 100, ubiquitine) sont des cibles efficaces. Dans le cadre de la présente invention, l'induction d'ARN de gènes spécifiques peut également être réalisée par une irradiation aux UV, par l'utilisation de substances toxiques telles que le cis-platinum, l'anisomycine, la tunicamycine, l'arsénite ou par un choc osmotique. L'induction est une preuve directe de la viabilité de la cellule. De plus, un ARN peut ainsi être détecté à de nombreux exemplaires avec une plus grande sensibilité par rapport à l'ADN. Alors que la détection d'ADN est importante, puisque l'ADN est présent dans chaque cellule en une quantité fixe, et qu'il est alors aisé de faire une corrélation entre l'ADN et le nombre de cellules, l'ARN quant à lui peut être induit à différents niveaux, permettant ainsi de détecter la viabilité des organismes pathogènes. Avantageusement selon la présente invention, le composé chimique inducteur de gène est le lactose ou l'IPTG afin d'induire l'ARN du lac Z. L'opéron lac Z, qui est unique dans sa séquence dans un certain nombre d'organismes pathogènes, constitue en effet une cible utile. La durée de l'induction est de quelques minutes. Avantageusement selon la présente invention, la détection des organismes pathogènes viables dans un échantillon d'eau est réalisée après avoir obtenu un premier signal de détection d'ADN représentatif de la présence d'organismes pathogènes dans ledit échantillon d'eau. Ainsi, dans un mode de réalisation particulier de la présente invention, l'ensemble des étapes du procédé de détection de la présence d'organismes pathogènes sont tout d'abord mises en oeuvre afin de conclure sur la contamination effective (ou non) de l'échantillon d'eau analysé. En cas de réponse positive, par l'obtention d'un signal d'ADN représentatif de la présence d'organismes pathogènes dans ledit échantillon, l'ensemble des étapes du procédé de détection selon la présente invention sont à nouveau mises en oeuvre, en ajoutant une étape préalable de traitement de l'échantillon d'eau par choc thermique et/ou par ajout d'un composé chimique inducteur de gène afin d'induire l'ARN de gènes spécifiques. Le signal d'ADN est ensuite comparé avec le signal d'ARN obtenu, ce qui permet de détecter les organismes pathogènes viables dans échantillon d'eau analysé. Avantageusement selon la présente invention, la logique de commande est constituée par au moins un ordinateur, par exemple de type PC, qui commande l'ensemble des étapes. La logique de commande permet ainsi de déclencher et de contrôler les différents étapes du procédé et de recueillir, à l'issue du procédé, les données d'analyse relatives à la détection des organismes. Avantageusement selon la présente invention, les données d'analyse relatives à la détection des organismes sont transférées de manière automatique à un système de commande central. Le système de commande central selon la présente invention est avantageusement constitué par au moins un ordinateur. Ce système de commande central va pouvoir regrouper, analyser et gérer l'ensemble des données analytiques, par exemple à l'aide de bases de données, et incorporer ces données dans des modèles mathématiques qui vont permettre de prédire le taux de contamination des réseaux d'eau analysés, le type de micro-organismes présents dans ces réseaux ainsi que le taux de survie de ces micro-organismes. Avantageusement selon la présente invention, le procédé fonctionne en continu, de manière autonome, pendant une durée supérieure ou égale à un jour, de préférence de trois jours à sept jours. La durée de fonctionnement du procédé peut varier en fonction notamment du nombre de réactifs utilisés. En outre, un échantillon d'eau donné peut être dosé et analysé plusieurs fois par jour en utilisant le procédé de détection selon la présente invention. Pour ce faire, des séquences d'ADN (amorces) spécifiques sont utilisées, et si cela est nécessaire de nouvelles amorces peuvent être mises au point. La durée du dosage pour un cycle de test en utilisant le procédé selon la présente invention est optimisée à une durée de l'ordre du temps de doublement de la plupart des organismes (2 à 6 heures). La présente invention a également pour objet un dispositif de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau, comprenant : une unité de concentration des organismes pathogènes (1), une unité d'ouverture de cellules des organismes pathogène (2), une unité de concentration d'ADN et/ou d'ARN (3), une unité d'amplification d'acides nucléiques (4), une unité de détection qualitative et/ou quantitative d'ADN et/ou d'ARN (5) représentatifs de la contamination de l'eau par lesdits organismes pathogènes ; caractérisé en ce qu'il comprend en outre : au moins une logique de commande (6) qui gère de manière entièrement automatique les étapes séquentielles de traitement mises en oeuvre par les unités (1) à (5), des moyens de pompage (7), des moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8), et un système de commande central (9). Avantageusement selon la présente invention, l'unité d'amplification des acides nucléiques (4) est constituée par au moins un appareil de réaction en chaîne par polymérase à thermocycle. L'appareil PCR à thennocycle selon la présente invention réalise des cycles d'amplification d'acides nucléiques successifs, chaque cycle étant réalisé à une plage de température et pendant une durée données. De manière encore plus avantageuse selon la présente invention, l'unité d'amplification est constituée par deux appareils de réaction en chaîne par polymérase à thermocycle afin d'obtenir une sensibilité maximale vis-à-vis des agents pathogènes que l'on cherche à détecter dans l'eau, notamment lorsque l'on procède à une"nested"PCR. Les deux appareils sont alors utilisés séquentiellement. Le passage des acides nucléiques d'un appareil à l'autre est réalisé à l'aide de moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8) et d'une logique de commande (6) qui commande ces moyens. Dans un mode de réalisation particulier de la présente invention, un appareil à thermocycle avec détection en ligne intégré est utilisé pour détecter l'amplification de l'ADN spécifique. Ce type d'appareil est ainsi constitué d'un appareil PCR à thennocycle avec chambre à détection en ligne intégrée. Dans le cas particulier selon la présente invention de la réalisation d'une amplification par"nested"PCR, la deuxième PCR est réalisée dans ce type d'appareil, la première PCR étant réalisée dans un appareil à thennocycle classique. Un tel appareil peut être acquis auprès de certaines sociétés telles que la société Roche Molecular Biochemicals. Dans ce mode de réalisation particulier de la présente invention, les unités (4) et (5) d'amplification et de détection sont rassemblées dans un même appareil. Avantageusement selon la présente invention, l'unité de concentration des organismes pathogènes (1) est un réacteur en métal, comprenant un système d'introduction de l'échantillon d'eau, avantageusement constitué de valves, un système d'introduction de différents réactifs, avantageusement constitué de tubes, de valves et de pompes rotatives ou à galet, un système d'agitation, un système d'évacuation du liquide surnageant, avantageusement constitué de tubes et de valves, un système d'évacuation du précipité, avantageusement constitué de valves et de pompes, et avantageusement placé au fond du réacteur, et un système de chauffage, avantageusement constitué d'une enveloppe (gaine) chauffante placée autour du réacteur. Le réacteur selon la présente invention est en métal, avantageusement en acier inoxydable, afin d'obtenir une résistance élevée aux réactifs chimiques introduits dans ledit réacteur. Le réacteur occupe avantageusement un volume de 100 ml à 10 litres, de préférence de 1 à 3 litres. Les tubes sont quant à eux avantageusement en acier ou en plastique. L'introduction de l'échantillon d'eau selon la présente invention est réalisée de manière automatique par l'intermédiaire de valves qui sont ouvertes et refermées à l'aide de la logique de commande (6). Selon la présente invention, l'introduction des différents réactifs nécessaires à la concentration des organismes pathogènes est effectuée à l'aide de tubes, de valves et de pompes rotatives ou à galet, lesdites valves et pompes étant actionnées également par la logique de commande (6). L'agitation et le chauffage sont également commandées par la logique de commande (6). La température interne du réacteur est avantageusement contrôlée à l'aide de capteurs. Avantageusement selon la présente invention, l'unité d'ouverture des cellules (2) contient un broyeur à perles. Les perles utilisées sont avantageusement chimiquement inertes et doivent être suffisamment solides pour provoquer la rupture des cellules. Les perles utilisées selon la présente invention sont avantageusement de petites perles, telles que des billes d'acier ou de polymères, comme le plastique, dont le diamètre peut varier de quelques mm à quelques dizaines de um. Afin d'améliorer le craquage des cellules des organismes pathogènes, les perles sont agitées par une forte source d'énergie. Les sources d'énergie possibles pour agiter les perles peuvent être des sources d'ultrasons, des agitateurs de type agitateurs rotatifs, des dispositifs de type Ultradurax, des dispositifs de type sonotrodes, ou de forts vibrateurs. Avantageusement selon la présente invention, l'unité de concentration d'ADN et/ou d'ARN (3) contient un ou plusieurs support (s) solide (s), contenant un matériau d'adsorption réversible pour acides nucléiques, avantageusement un matériau vitreux. La concentration d'acides nucléiques peut ainsi être réalisée par exemple à l'aide d'une colonne d'absorption poreuse contenant un matériau vitreux, avantageusement comprenant des groupes hydroxy en surface, ou un matériau à base de silice, qui va permettre l'adsorption réversible des acides nucléiques sur le support solide. De manière encore plus avantageuse selon la présente invention, les supports solides sont constitués par des plaques de micro-titration contenant des multi-puits, avantageusement des plaques de 60,96 ou 384 puits, qui eux même contiennent des matériaux adsorbants. Chaque puits correspond alors à une micro-colonne d'adsorption réversible. De manière encore plus avantageuse selon la présente invention, les puits des plaques de micro-titration ne sont utilisés qu'une seule fois et sont déplacés automatiquement pour recevoir l'échantillon liquide provenant de l'unité d'ouverture des cellules des organismes. De l'air sous pression peut être injecté pour entraîner le fluide dans les puits. La plaque est référencée par rapport à un système de coordonnées XY, X correspondant à l'axe suivant la largeur de la plaque et Y correspondant à l'axe suivant la longueur de la plaque. Le déplacement automatique de la plaque, et en conséquence celui des puits qui sont fixés sur la plaque, est effectué selon les axes X et Y, par exemple à l'aide du bras d'un robot. Le déplacement automatique peut être actionné par la logique de commande selon la présente invention. Dans un mode de réalisation particulier de la présente invention, le déplacement automatique est réalisé à l'aide d'un robot, qui est commandé à l'aide d'une logique de commande (6), avantageusement constituée par un ou plusieurs ordinateur (s). Avantageusement, le robot a un bras qui peut se déplacer dans l'espace, selon un référentiel XYZ. Avantageusement selon la présente invention, les puits des plaques microtitration peuvent être protégés contre l'évaporation par une goutte de fluide ayant une faible densité spécifique ou par un couvercle transparent. Après élution des différents échantillons d'acides nucléiques présents dans les puits utilisés lors de l'adsorption, tous les échantillons liquides sont rassemblés afin de pouvoir procéder aux étapes suivantes d'amplification des acides nucléiques et de détection des organismes pathogènes. Avantageusement selon la présente invention, l'unité de détection (5) est constituée par un détecteur à fluorescence. Le détecteur à fluorescence comprend avantageusement un module optique tel qu'une caméra électronique qui enregistre les photons issus des fluorophores et qui les convertit en électrons. L'image électronique formée est ensuite transférée vers la logique de commande (6). Le fonctionnement du dispositif selon l'invention sera mieux compris à la lecture de la description faite ci-après en référence à la figure 1 annexée qui illustre schématiquement un mode de réalisation particulier de la présente invention. Le dispositif de détection selon la présente invention comprend au moins une unité de concentration des organismes pathogènes (1), une unité d'ouverture des cellules des organismes pathogènes (2), une unité de concentration (adsorption puis élution) des acides nucléiques (3), une unité d'amplification des acides nucléiques (4), une unité de détection des acides nucléiques (5), une logique de commande (6) constituée par un ordinateur de type PC qui commande l'ensemble du dispositif, des moyens de pompage (7), un moyen de prélèvement et de distribution automatique (8) constitué par un robot, un système de commande central (9), constitué par au moins un ordinateur, en interface avec un réseau (13) qui permet de transférer les données de la logique de commande (6) au système de commande central (9), une zone de refroidissement (10), un système d'entrée et de sortie de l'échantillon d'eau (11) et une zone (12) pour stocker les réactifs nécessaires aux unités (1), (2), (3), (4) et (5). Avantageusement selon la présente invention, l'échantillon contenant les organismes pathogènes circule de l'unité de concentration des organismes pathogènes (1) jusqu'à l'entrée de l'unité d'amplification des acides nucléiques (4), via les unités d'ouverture des cellules (2) et de concentration des acides nucléiques (3), à l'aide de moyens de pompage (7), avantageusement constitués par des tubes équipés de valves et/ou de pompes. Les moyens de pompage (7) constituent ainsi un système fluidique permettant de connecter les unités (1), (2), (3) et (4). Les moyens de pompage (7) selon l'invention sont actionnés et contrôlés par la logique de commande (6). Avantageusement selon la présente invention, la manipulation des acides nucléiques, après réalisation de la concentration d'ADN et/ou d'ARN, est effectuée à partir de l'entrée de l'unité d'amplification des acides nucléiques (4) jusqu'à la sortie de l'unité de détection des acides nucléiques (5), à l'aide de moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8), avantageusement constitués par un robot. Ainsi, les unités (4) et (5) ne comportent pas de connexion directe entre elles (pas de système fluidique), contrairement aux unités (1) à (4). Les moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8) selon l'invention sont actionnés et contrôlés par la logique de commande (6). Avantageusement selon la présente invention, la logique de commande (6) est constituée par au moins un ordinateur, par exemple de type PC, qui commande l'ensemble du dispositif et qui reçoit, gère et traite l'ensemble des données d'analyse relatives à la détection des organismes pathogènes. Avantageusement, la logique de commande (6) selon la présente invention est en interface avec un réseau pour transférer, de manière automatique ou sur requête, les données d'analyse relatives à la détection des organismes à un système de commande central (9). Avantageusement selon la présente invention, le système de commande central (9) est constitué par au moins un ordinateur. Le système de commande central (9) selon la présente invention peut ainsi recevoir et enregistrer les données acquises, qui sont ensuite analysées, contrôlées et gérées. Avantageusement selon la présente invention, le dispositif contient en outre une zone de refroidissement (10) pour conserver les réactifs sensibles, de préférence un bloc de refroidissement, qui est protégé contre la condensation de la vapeur d'eau. Avantageusement selon la présente invention, le dispositif est directement relié au réseau de distribution d'eau potable pour échantillonnage automatique. Le dispositif de détection selon la présente invention permet ainsi de tester de façon entièrement automatisée des échantillons prélevés dans différents réseaux d'eau, notamment celui d'eau potable. Il peut également être réutilisé de nombreuses fois, sans avoir besoin de procéder au changement des différentes unités utilisés. Typiquement, la succession des différentes étapes du procédé de détection selon la présente invention peut être avantageusement mise en oeuvre comme suit : 1. L'unité (1) de concentration des organismes pathogènes est purgée, nettoyée puis remplie d'un volume de 100 ml à 5 litres d'eau, de préférence de 2 à 3 litres d'eau. L'introduction de l'eau dans le réacteur est effectuées à l'aide de valves, dont l'ouverture est actionnée par un ordinateur (6). 2. Divers réactifs, tels que du carbonate de sodium et de l'acétate de calcium, sont ajoutés dans le réacteur par l'intermédiaire de valves et de pompes rotatives, qui sont commandées par l'ordinateur (6). Un précipité d'inclusion est alors formé au fond de la chambre, sur lequel viennent s'adsorber les cellules et les acides nucléiques des organismes pathogènes. 3. Le liquide surnageant est évacué, par exemple par gravité, à l'aide d'un tube et d'une valve. 4. Le précipité est dissous à l'aide d'un acide, ajouté dans le réacteur par l'intermédiaire d'une pompe, qui est actionnée par l'ordinateur (6). Un agent tampon est ajouté également de la même manière. 5. La solution contenant les organismes pathogènes est transférée dans l'unité (2) d'ouverture des cellules des organismes, constituée par un broyeur à perles, par gravité ou à l'aide de l'action d'une pompe commandée par l'ordinateur (6). A ce stade, le volume de solution pénétrant dans le broyeur à perles est de 10 à 100 ml, de préférence de 50 ml. 6. Les cellules sont ouvertes par broyage sur perles agitées, au moyen d'une énergie mécanique, par exemple avec un agitateur à rotation ou à vibration ou une source d'ultrasons. 7. Les cellules rompues sont alors transférées, par l'intermédiaire d'une pompe commandée par l'ordinateur (6), dans un réservoir en plastique d'environ 100 ml. 8. Un agent chaotrope et un agent modificateur d'adsorption sont ajoutés par l'intermédiaire de valves et de pompes, commandées par l'ordinateur (6). 9. L'ADN et/ou l'ARN des cellules est ensuite adsorbé sur support solide, avantageusement sur des plaques de micro-titration contenant des puits, lesdits puits contenant eux mêmes un matériau adsorbant, tel qu'un matériau vitreux. De l'air sous pression peut être injecté pour entraîner le fluide dans les puits et un référentiel XY ou XYZ est utilisé pour manipuler la matrice de colonnes adsorbantes. La manipulation des puits, qui sont chacun des micro-colonnes, peut ainsi être effectuée à l'aide d'un robot actionné par l'ordinateur (6), dont le bras vient déplacer la plaque où se trouvent les puits selon un référentiel XY ou XYZ. 10. Un agent complexant monovalent est alors ajouté par l'intermédiaire de valves et de pompes, commandées par l'ordinateur (6), afin de remplacer les ions bivalents complexés aux acides nucléiques par des ions monovalents. Le complexe acides nucléiques/ions monovalents ainsi formé est alors à ce stade toujours lié aux microcolonnes d'adsorption. 11. Les acides nucléiques sont ensuite élués par ajout d'un tampon, tel que TRIS/EDTA ou de l'eau, à l'aide de pompes rotatives. 12. Les acides nucléiques sont rassemblés dans un tube manipulé par exemple par un robot. A partir de ce stade, toutes les manipulations sont faites à l'aide d'un moyen de prélèvement et de distribution automatiques tel qu'un robot (8). 13. Eventuellement, et si cela s'avère nécessaire, le volume total de solution contenant les différents acides nucléiques rassemblés et élués est diminué pour parvenir à des volumes de l'ordre d'une centaine de ni jusqu'à moins de 1 ml, avant de procéder à l'amplification des acides. 14. Les acides nucléiques sont transférés dans un appareil à thermocycle standard, à l'aide du robot (8) et la première amplification est alors réalisée dans l'appareil en ajoutant tout d'abord les réactifs pour procéder à la PCR tels que le tampon de PCR, l'ensemble d'amorces 1, le TAQ, les nucléotides. 15. Le mélange d'acides amplifiés une première fois est ensuite séparé dans plusieurs flacons afin d'obtenir une sensibilité maximale vis-à-vis des agents pathogènes que l'on cherche à détecter. 16. Une seconde amplification est alors réalisée dans un second appareil à thennocycle en temps réel, en ajoutant notamment l'ensemble d'amorces 2 (TAQ, nucléotides). Des agents de visualisation et de détection, tels que des agents de fluorescence, sont également ajoutés. Les agents de détection vont ainsi pouvoir venir s'hybrider sur les fragments des germes amplifiés. Toutes les manipulations d'échantillons (transferts, ajouts des différents réactifs,...) sont manipulés à l'aide du robot (8) mentionné cidessus. 17. La fluorescence est contrôlée et détectée in situ lors de la seconde amplification (détection en ligne). 18. Les données d'analyse relatives à la détection des organismes pathogènes sont visualisées sur l'ordinateur (6) et transférées à un système de commande central (9). L'ensemble des étapes séquentielles du procédé sont gérées et contrôlées par une logique de commande (6) constituée par un ordinateur. Les exemples suivants sont donnés à titre non limitatif et illustrent la présente invention. Exemples de réalisation de l'invention : Exemple 1 : Précipitation par inclusions d'agents pathogènes On recueille tout d'abord un échantillon d'eau, prélevé directement dans le réseau d'alimentation en eau potable, dans l'environnement ou provenant d'un laboratoire ou d'une autre source, dans un réacteur de 2 litres et on le chauffe à 50 C. 10 ml de TRIS 1 M (agent tampon) sont d'abord ajoutés pour parvenir à un pH de 8,5 et 25 ml d'acétate de calcium 1M sont ensuite ajoutés. Les deux composés sont alors mélangés rapidement, puis l'opération de mélange est stoppée. 10 ml de Na2C03 1 M sont ensuite ajoutés et on fait réagir les différents composés pendant 3 minutes. On mélange avec précaution pendant environ 5 secondes, et on ajoute alors 10 ml de Na2C03 puis on fait réagir le milieu réactionnel pendant encore 3 minutes. On mélange doucement mais suffisamment et on fait à nouveau réagir le milieu réactionnel pendant encore 10 minutes. On ajoute 7,5 ml d'acétate de calcium IM et on fait réagir pendant 3 minutes. On mélange avec précaution, on ajoute 10 ml de Na2C03 et on fait encore réagir pendant 5 minutes. On décante le surnageant en ouvrant une soupape. On dissout le précipité en ajoutant 13 ml d'acide formique à 20 %. On tamponne ensuite le mélange en ajoutant de la base TRIS 2 M pour élever le pH à 7,2. Exemple 2 : Amplification par PCR et détection 2.1 On utilise un appareil à thennocycle avec détection en ligne intégré pour détecter l'amplification de l'ADN spécifique, tel que l'appareil LightCycler commercialisé par la société Roche Molecular Biochemicals. 32 échantillons sont manipulés en parallèle, et 40 cycles d'amplification sont effectués à haute température (de 75 C à 100 C), les 40 cycles durant environ 45 minutes. L'amplification et la détection se déroulent dans des capillaires. Le seuil de détection est d'environ 1 organisme pathogène. 2.2 Comme alternative, on peut également utiliser le système de détection ABI prisme 7700, commercialisé par la société PE Biosystems, traitant 96 échantillons en parallèle (deux heures), pendant 40 cycles pour la détection de plus de 10 échantillons dans un flacon, durant environ 2,5 heures. On obtient ainsi des sensibilités de l'ordre de quelques femtogrammes d'ADN/ARN total (ce qui équivaut à une cellule isolée). Le seuil de détection est d'environ 1 organisme pathogène. REVENDICATIONS 1. Procédé de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau comprenant la succession d'étapes suivantes : une concentration des organismes pathogènes, une ouverture des cellules des organismes pathogènes, une concentration d'ADN et/ou d'ARN, au moins une amplification d'acides nucléiques, et une détection qualitative et/ou quantitative d'ADN et/ou d'ARN représentatifs de la contamination de l'eau par lesdits organismes pathogènes ; caractérisé en ce que l'ensemble des étapes séquentielles du procédé sont gérées de manière entièrement automatique à l'aide d'une logique de commande. 2. Procédé de détection selon la revendication 1, caractérisé en ce que les organismes pathogènes détectés sont des bactéries, des virus, des champignons et/ou des protozoaires. 3. Procédé de détection selon la revendication 1 ou 2, caractérisé en ce que le volume initial d'échantillon d'eau est supérieur à 50 ml. 4. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisé en ce que l'amplification d'acides nucléiques est réalisée par une réaction en chaîne par polymérase en temps réel. 5. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que la concentration des organismes pathogènes est réalisée par précipitation, co-précipitation ou précipitation par inclusion. 6. Procédé de détection selon la revendication 5, caractérisé en ce que la concentration est réalisée en présence de carbonates d'ions bivalents, avantageusement choisis dans le groupe constitué par le carbonate de calcium, le carbonate de strontium et le carbonate de baryum. 7. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications 1 à 6, caractérisé en ce que l'ouverture des cellules est réalisée par broyage sur perles agitées. 8. Procédé de détection selon la revendication 7, caractérisé en ce que les perles sont agitées par ultrasons, par agitation mécanique ou par vibration mécanique. 9. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que, lors de l'ouverture ou suite à l'ouverture des cellules et préalablement à la concentration d'ADN et/ou d'ARN, sont ajoutés au milieu réactionnel contenant les cellules au moins un agent chaotrope, avantageusement un sel de guanidine tel que le thiocyanate de guanidine, et au moins un agent modificateur d'adsorption, avantageusement un alcool tel que l'éthanol. 10. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que la concentration d'ADN et/ou d'ARN est effectuée par adsorption réversible des acides nucléiques sur support solide contenant un matériau adsorbant, suivie d'une élution de ces acides. 11. Procédé de détection selon la revendication 10, caractérisé en ce que l'élution des acides nucléiques est réalisée par lavage du matériau adsorbant à l'aide d'au moins un solvant contenant des ions monovalents, avantageusement choisis dans le groupe constitué par le thiocyanate de sodium et l'EDTA. 12. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que la détection des organismes pathogènes est une détection en ligne, avantageusement réalisée par fluorescence, par luminescence ou par spectrométrie de masse. 13. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce qu'il comprend en outre une étape préalable de filtration. 14. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce qu'il comprend en outre une étape préalable de traitement de l'échantillon d'eau par choc thermique et/ou par ajout d'un composé chimique inducteur de gène afin d'induire l'ARN de gènes spécifiques et de détecter les organismes pathogènes viables dans ledit échantillon d'eau. 15. Procédé de détection selon la revendication 14, caractérisé en ce que le choc thermique est réalisé par une impulsion de chaleur durant moins de 3 heures. 16. Procédé de détection selon la revendication 14 ou 15, caractérisé en ce que le composé chimique inducteur de gène est le lactose ou l'IPTG afin d'induire l'ARN du lac Z. 17. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que la logique de commande est constituée par au moins un ordinateur. 18. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que les données d'analyse relatives à la détection des organismes sont transférées de manière automatique à un système de commande central. 19. Procédé de détection selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce que le procédé fonctionne en continu, de manière autonome, pendant une durée supérieure ou égale à un jour, de préférence de trois jours à sept jours. 20. Dispositif de détection de la présence d'organismes pathogènes dans un échantillon d'eau, comprenant : une unité de concentration des organismes pathogènes (1), une unité d'ouverture de cellules des organismes pathogènes (2), une unité de concentration d'ADN et/ou d'ARN (3), une unité d'amplification d'acides nucléiques (4), une unité de détection qualitative et/ou quantitative d'ADN et/ou d'ARN (5) représentatifs de la contamination de l'eau par lesdits organismes pathogènes ; caractérisé en ce qu'il comprend en outre : au moins une logique de commande (6) qui gère de manière entièrement automatique les étapes séquentielles de traitement mises en oeuvre par les unités (1) à (5), des moyens de pompage (7), des moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8), et un système de commande central (9). 21. Dispositif de détection selon la revendication 20, caractérisé en ce que l'unité d'amplification des acides nucléiques (4) est constituée par au moins un appareil de réaction en chaîne par polymérase à thermocycle. 22. Dispositif de détection selon la revendication 20 ou 21, caractérisé en ce que l'unité de concentration des organismes pathogènes (1) est un réacteur en métal comprenant un système d'introduction de l'échantillon d'eau, un système d'introduction de différents réactifs, un système d'agitation, un système d'évacuation du liquide surnageant, un système d'évacuation du précipité, avantageusement placé au fond du réacteur, et un système de chauffage, avantageusement constitué d'une enveloppe chauffante placée autour du réacteur. 23. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 22, caractérisé en ce que l'unité d'ouverture des cellules (2) contient un broyeur à perles. 24. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 23, caractérisé en ce que l'unité de concentration d'ADN et/ou d'ARN (3) comprend un ou plusieurs support (s) solide (s) contenant un matériau d'adsorption réversible pour acides nucléiques, avantageusement un matériau vitreux. 25. Dispositif de détection selon la revendication 24, caractérisé en ce que les supports solides sont constitués par des plaques de micro-titration contenant des multipuits, avantageusement des plaques de 60,96 ou 384 puits. 26. Dispositif de détection selon la revendication 25, caractérisé en ce que les puits des plaques de micro-titration ne sont utilisés qu'une seule fois et sont déplacés automatiquement pour recevoir l'échantillon liquide provenant de l'unité d'ouverture des cellules des organismes. 27. Dispositif de détection selon la revendication 26, caractérisé en ce que le déplacement automatique des puits est réalisé à l'aide d'un robot. 28. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 27, caractérisé en ce que l'unité de détection (5) est constituée par un détecteur à fluorescence, avantageusement comprenant une caméra électronique. 29. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 28, caractérisé en ce que l'échantillon contenant les organismes pathogènes circule de l'unité de concentration des organismes pathogènes (1) jusqu'à l'entrée de l'unité d'amplification des acides nucléiques (4), via les unités d'ouverture des cellules (2) et de concentration des acides nucléiques (3), à l'aide de moyens de pompage (7), avantageusement constitués par des tubes équipés de valves et/ou de pompes. 30. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 29, caractérisé en ce que la manipulation des acides nucléiques, après réalisation de la concentration d'ADN et/ou d'ARN, est effectuée à partir de l'entrée de l'unité d'amplification des acides nucléiques (4) jusqu'à la sortie de l'unité de détection des acides nucléiques (5), à l'aide de moyens de prélèvement et de distribution automatiques (8), avantageusement constitués par un robot. 31. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 30, caractérisé en ce que la logique de commande (6) est constituée par au moins un ordinateur de type PC qui commande l'ensemble du dispositif. 32. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 31, caractérisé en ce que la logique de commande (6) est en interface avec un réseau pour transférer, de manière automatique ou sur requête, les données d'analyse relatives à la détection des organismes à un système de commande central (9). 33. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 32, caractérisé en ce que le système de commande central (9) est constitué par au moins un ordinateur. 34. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 33, caractérisé en ce que le dispositif contient en outre une zone de refroidissement (10) pour conserver les réactifs sensibles, de préférence un bloc de refroidissement. 35. Dispositif de détection selon l'une quelconque des revendications 20 à 34, caractérisé en ce que le dispositif est directement relié au réseau de distribution d'eau potable pour échantillonnage automatique.