Brevet FR2811333A1 — publié le 20020111

MICROORGANISMES AYANT UNE ACTION MODULATRICE DE LA GLYCOSYLATION DE SURFACE DES CELLULES INTESTINALES ET METHODE DE SELECTION DESDITS MICROORGANISMES L'invention a pour objet les microorganismes ayant un effet modulateur de la glycosylation de surface ou de la composition en sucres à la surface des cellules intestinales, ainsi qu'une méthode de sélection desdits nicroorganismes, et leurs utilisations dans les domaines alimentaire et médical. La muqueuse gastro-intestinale consiste en une couche simple de cellules épithéliales recouverte au moins partiellement du côté de la lumière intestinale d'une couche visco-élastique constituée principalement de lycoconjugués. Les cellules épithéliales synthétisent les lycoconjugés présents à leur surface, qui sont les intermédiaires de nombreuses interactions, en particulier avec des lectines ou adhésines, avec des toxines oactériennes, ou avec des anticorps, des bactéries, des virus, des parasites. Ces glycoconjugués constituent donc des intermédiaires importants dans les relations entre l'hôte et la flore intestinale. Ces glycoconjugués sont, comme leur nom l'indique, des composés glycosylés, c'est-à-dire sur lesquels sont greffées des chaînes de sucres plus ou moins longues et éventuellement ramifiées. Dans l'intestin humain sain, ces sucres peuvent être le galactose (Gal), le fucose (Fuc), l'acide N-acétylneuraminique ou acide sialique, la Nacétylglucosamine (GlcNAc), la N-acétylgalactosamine (GalNac), reliés entre eux par différentes liaisons. Trois d'entre eux peuvent être en position terminale ; il s'agit du galactose, du fucose et de l'acide sialique. Un hôte et sa microflore intestinale fonctionnent comme un système complexe dans lequel la microflore a un impact significatif sur l'hôte. Dans le cas de microorganismes non-pathogènes ou probiotiques, on se trouve souvent en présence d'une relation symbiotique ou de coopération entre l'hôte et les microorganismes, la présence de ces derniers étant nécessaire au bon équilibre et au bon fonctionnement de l'intestin de l'hôte. Au contraire, la présence de microorganismes pathogènes, plus rare, peut avoir des conséquences négatives, en empêchant ou diminuant la présence des microorganismes probiotiques, voire même en ayant une action de parasitisme directement néfaste pour l'hôte. L'équilibre fragile entre l'hôte et la microflore est directement lié à l'environnement intestinal et en particulier à la présence quantitative et qualitative des glycoconjugués de surface. En effet, on sait que certains microorganismes, probiotiques ou pathogènes, seront sensibles à certains sucres en position terminale. En particulier, on sait que les bactéries intestinales peuvent moduler le schéma de glycosylation des glycoconjugués présents à la surface des cellules intestinales, sans que leur mode d'action soit complètement éclairci comme on le verra ci-après. Les bactéries peuvent, d'une part, induire la présence de tel ou tel sucre lors de la glycosylation et, d'autre part, dégrader les sucres présents en position terminale d'une chaîne, ce qui modifie qualitativement et/ou quantitativement les sucres présents en position terminale. Cette modulation du schéma de glycosylation de surface des cellules épithéliales entraîne une modification de l'environnement intestinal, l'environnement modifié pouvant favoriser l'implantation de certains microorganismes et/ou limiter, voire éviter, l'implantation d'autres microorganismes. Une modification de l'environnement, éventuellement généré par la microflore, a donc un impact direct sur l'équilibre entre l'hôte et la microflore. Il serait donc très intéressant de disposer d'un modèle permettant de sélectionner rapidement et facilement des microorganismes en fonction de leur action sur le schéma de glycosylation. On pourrait ainsi identifier des microorganismes favorisant la présence de tel ou tel sucre, et donc favorisant l'implantation de microorganismes bénéfiques comme par exemple des probiotiques et/ou limitant l'implantation de microorganismes pathogènes. De tels microorganismes modulateurs du schéma de glycosylation pourraient trouver une utilisation en particulier dans des compositions pharmaceutiques ou alimentaires ou compléments alimentaires. En effet, ils peuvent permettre d'optimiser le fonctionnement des cellules intestinales et le bon équilibre de la microflore. Bry L. et al., dans A model of host-microbial interactions in an open mammalian ecosystem , Science, Vol. 273, pp. 1380-1383, Sept. 6,1996, ont étudié in vivo (chez la souris) l'influence de Bacteroides thetaiotaomicron sur la fucosylation. Bacteroides thetaiotaomicron fait partie de la flore intestinale chez l'homme et chez la souris. Le modèle utilisé est cependant limité à l'étude de la fucosylation, à l'exclusion des autres types de glycosylation. C'est d'autre part un modèle in vivo, donc plus long et complexe à mettre en #uvre qu'un modèle in vitro. Toutefois, ce modèle a permis d'émettre l'hypothèse de l'existence d'un facteur soluble sécrété par B. thetaiotaomicron, et qui jouerait le rôle d'un signal entraînant la modification de la glycosylation de surface. Ce facteur soluble, non identifié, agirait donc sans qu'il y ait contact direct entre les bactéries et les cellules cibles. A la connaissance de la Société Demanderesse, aucune méthode n'a été développée à ce jour permettant de sélectionner in vitro, de manière facile et rapide, différents microorganismes, en particulier différentes souches de bactéries lactiques, en fonction de leur action sur le schéma de glycosylation des cellules épithéliales intestinales, et plus précisément sur la modulation ou variation de la composition en chacun des sucres. Dans le cadre de la présente demande, le terme bactéries lactiques désigne les bactéries susceptibles de produire de l'acide lactique, et notamment les bactéries non pathogènes choisis dans le groupe comprenant Streptococcus, Lactobacillus, Lactococcus, Bifidobacterium et Leuconostoc, en particulier S. thermophilus et L. bulgaricus. Un objet de la présente invention est donc une telle méthode de sélection, qui comprend les étapes suivantes : - mise en contact du surnageant de culture de la souche de microorganismes, en particulier de bactéries lactiques, avec des cellules d'un modèle de lignée cellulaire représentant les cellules épithéliales intestinales, - incubation, extraction des cellules et incubation avec différentes lectines couplées à un fluorochrome, lavage, obtention d'un graphe représentant l'évolution de la fluorescence en fonction du nombre de cellules, - mesure de l'intensité de fluorescence moyenne (IFM) de chaque lectine par cytométrie de flux, comparaison avec les mesures effectuées sur un échantillon témoin pour évaluer la variation d'IFM induite par les bactéries, sélection de la souche de microorganismes induisant une variation d'au moins 20% pour au moins un sucre, et/ou comparaison du graphe avec celui obtenu avec un échantillon témoin, et sélection de la souche de microorganismes induisant une variation de l'allure du graphe. On utilise dans cette méthode de sélection un modèle quelconque de lignée cellulaire représentant les cellules épithéliales intestinales. L'homme de l'art saura choisir un modèle de lignée approprié parmi les modèles connus, par exemple les lignées Caco-2 ou HT29-MTX, qui sont des cellules épithéliales intestinales cancéreuses en culture. Ces lignées sont considérées comme reproduisant tout ou partie des mécanismes de régulation des systèmes in vivo et en particulier la production de glycoconjugués. Toute lignée présentant cette caractéristique peut être utilisée dans la méthode selon l'invention. Concernant la lignée HT29-MTX, on pourra se référer à Lesuffleur et al., Growth adaptation to methotrexate of HT-29 human colon carcinoma cells is associated with their ability to differentiate into columnar absorptive and mucus-secreting cells , 1990, Cancer Res., 50 :6334-6343. On effectue une centrifugation et une filtration du milieu de culture dans lequel a été incubée chaque souche de microorganismes à tester, afin d'en extraire le surnageant ( essai ). Sans vouloir être liée par une quelconque théorie, la Demanderesse estime que le surnageant contient le facteur soluble constituant le signal de modulation de la glycosylation. Le surnageant constitue donc une fraction active de souche de microorganismes. Mis en contact avec les cellules épithéliales intestinales, il va entraîner ou non telle ou telle modification de la glycosylation en fonction de la souche de microorganismes testée. Ainsi chez Bacteroides, le facteur soluble a été identifié comme étant une molécule de faible poids moléculaire ( inférieur à 8 kD) et qu' il est sensible à la chaleur. On peut supposer que le facteur soluble d'une autre souche présentera des caractéristiques similaires sinon identiques. Le surnageant obtenu à partir du milieu de culture qui n'a pas été en contact avec les bactéries est utilisé comme contrôle ( témoin ). On incorpore une quantité appropriée des surnageants essai et témoin au milieu de culture dans lequel sont placées les cellules du modèle de lignée cellulaire, par exemple HT29-MTX, pendant une période appropriée. Après cette période d'incubation, les cellules du modèle de lignée cellulaire sont détachées et resuspendues, et le même nombre de cellules essai et témoin est incubé séparément avec une lectine dont on connaît la spécificité vis à vis des sucres (nature du sucre, nature de la liaison). Chaque lectine, qui est couplée à un fluorochrome, va se fixer sur le sucre dont elle est spécifique. Les suspensions cellulaires essai et témoin sont chacune lavées plusieurs fois, et la réactivité de chaque lectine est quantifiée au moyen de la cytométrie de flux (FACScan , Bencton-Dickinson) On obtient pour chaque lectine un graphe représentant l'évolution de la fluorescence en fonction du nombre de cellules. Pour chaque graphe, la valeur médiane est appelée intensité de fluorescence moyenne (IFM). Deux comparaisons sont possibles. D'une part, la comparaison (qualitative) du graphe obtenu avec la suspension essai avec celui obtenu avec la suspension témoin , c'est-à-dire la comparaison de l'allure des courbes. D'autre part, la comparaison (quantitative) de l'IFM essai avec l'IFM témoin . On estime qu'une diminution ou une augmentation de cette IFM d'au moins environ 20%, de préférence au moins environ 28%, plus préférentiellement encore d'au moins environ 35%, révèle un changement significatif de la réactivité de chaque lectine, donc de la composition en sucres des glycoprotéines présentes à la surface des cellules épithéliales. Cette méthode permet donc d'observer et de quantifier de manière simple et rapide la présence de chaque lectine sur les chaînes de sucre, donc de quantifier le sucre dont la lectine est spécifique. On peut alors comparer les valeurs obtenues sans et avec microorganismes, et ainsi évaluer les effets modulateurs de la glycosylation de chaque souche de microorganismes, afin de sélectionner les souches ayant l'effet souhaité : augmentation de tel sucre, diminution de tel autre. L'invention a également pour objet les souches de microorganismes, en particulier de bactéries lactiques, susceptibles de moduler le schéma de glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales, et plus particulièrement les souches de microorganismes, en particulier de bactéries lactiques, susceptibles d'être sélectionnées par la méthode décrite ci-dessus. L'invention a en particulier pour objet les souches déposées le 20 juin 2000 à la CNCM (Collection nationale de Culture de Microorganismes, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15) respectivement sous les numéros CNCM 1-2492, 1-2493 et I- 2494. De tels microorganismes permettent donc de moduler la glycosylation, et donc de rétablir ou modifier l'environnement intestinal afin de favoriser l'implantation de microorganismes probiotiques et d'éviter ou limiter l'implantation de microorganismes pathogènes. On sait par exemple que le récepteur permettant l'adhésion d' Escherichia coli contient du galactose et de l'acide sialique ; pourStreptococcus pyogenes et Listeria monocytogenes, il s'agit du galactose ; pour Helicobacter pylori, il s'agit du fucose ; et pour Entamoeba histolytica, il s'agit du galactose et de la N-acétyl galactosamine. On peut utiliser de tels microorganismes, en particulier de telles bactéries lactiques, ou leur fraction active c'est-à-dire la fraction comprenant le facteur soluble, pour la préparation de compositions alimentaires ou de médicaments ou compléments alimentaires modulant la glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales. Ces compositions peuvent comprendre une souche unique, ou plusieurs souches, de microorganismes modulant la glycosylation. Ainsi, on dispose de compositions permettant de maintenir ou rétablir un équilibre correct hôte microflore intestinale, ou permettant de favoriser l'implantation de telle ou telle souche de microorganismes. Elles permettent donc d'optimiser le fonctionnement des cellules intestinales et le bon équilibre de la microflore. On peut en particulier utiliser des bactéries lactiques, et les incorporer à des produits laitiers. Les souches testées dans l'essai ci-après sont données à titre d'exemples non limitatifs. ESSAI On effectue une centrifugation et une filtration du milieu de culture dans lequel ont été incubées pendant une nuit des bactéries lactiques (LAB = Lactic Acid Bacteria), afin d'en extraire le surnageant ( essai ). Les souches de LAB utilisées sont les suivantes : N de collection CNCM 1-2492, N de collection CNCM I- 2493, N de collection CNCM 1-2494. Le surnageant obtenu à partir du milieu de culture qui n'a pas été en contact avec les bactéries est utilisé comme contrôle ( témoin ). On incorpore une quantité optimale pour chaque surnageant (entre 10% et 30%) essai et témoin au milieu de culture DMEM ( Dulbecco's Modified Eagle's Medium ) dans lequel est placée la lignée cellulaire HT29-MTX pendant 5 à 15 jours. Après ce traitement, les cellules HT29-MTX sont détachées et resuspendues dans une solution PBS ( Phosphate Buffered Saline Solution ), et le même nombre de cellules essai et témoin est incubé séparément avec une lectine spécifique d'un sucre (nature du sucre, nature de la liaison) à concentration optimum pendant 30 minutes. Les lectines commerciales utilisées et leur(s) épitope (s) sont les suivants : Lectine Lectine Epitope(s) Nom Abréviation Artocarpus integrifolia Jak Gal Ricinus communis RCA I Gal Griffonia simplicifolia I B4 GSI-B4 Gala3Gal Helix pomatia HPA GalNAc Datura stramonium DSA GlcNAc Wheat germ WGA GlcNAc et acide sialique Anguilla anguilla AAA a-L-Fucose Ulex europaeus I UEA I Fuca2Galp Maackia amurensis MAA ac. sialique a 2,3 Sambucus nigra SNA ac. sialique a 2,6 Toutes ces lectines sont commercialisées par EY Laboratories Inc. (San Mateo, CA, USA) sauf RCA I, commercialisée par Sigma Aldrich (Saint-Quentin-Fallavier, France). On obtient pour chaque souche de bactéries lactiques acides, et pour les cellules témoin et essai , les valeurs d'intensité de fluorescence moyenne suivantes : CNCM 1-2492 Lectine "témoin" "essai" Evolution RCA 424 392- 7.5% Jak 422 431 + 2% DSA 237 241 + 1.6% SNA 57 48- 16% HPA 334 350 + 4.5% CNCM 1-2493 Lectine "témoin" "essai" Evolution Jak 535 392- 26.7% SNA 48 36 - 25% HPA 354 379 + 7% MAA 665 518- 22% WGA 1313 1376 + 4.8% GSI 37 31- 16% RCA 317 247- 22% DSA 176 165- 6% CNCM 1-2494 Lectine "témoin" "essai" Evolution Jak 346 446 + 29% SNA 34 35 + 2.9% HPA 748 593- 20.7% AAA 10 20 + 100% MAA 668 644 - 3.6% WGA 302 290- 4% GSI 30 32 + 6.7% RCA 258 369 + 43% DSA 176 198 + 11% Ainsi, on peut immédiatement constater l'action modulatrice de la glycosylation de chaque souche de bactéries. Par exemple, on peut constater que la souche CNCM 1-2494 entraîne une augmentation de Gal et de [alpha]-L- Fucose, et une diminution de GalNAc. REVENDICATIONS 1. Méthode de sélection de souches de microorganismes comprenant les étapes suivantes : - mise en contact du surnageant de culture de la souche de microorganismes, avec des cellules d'un modèle de lignée cellulaire représentant les cellules épithéliales intestinales, - incubation, - extraction des cellules et incubation avec différentes lectines couplées à un fluorochrome, - lavage, - obtention d'un graphe représentant l'évolution de la fluorescence en fonction du nombre de cellules, - mesure de l'intensité de fluorescence moyenne (IFM) de chaque lectine par cytométrie de flux, comparaison avec les mesures effectuées sur un échantillon témoin pour évaluer la variation d'IFM induite, et sélection de la souche de microorganismes induisant une variation d'au moins environ 20%, pour au moins un sucre, et/ou - comparaison du graphe avec celui obtenu avec un échantillon témoin, et sélection de la souche de microorganismes induisant une variation de l'allure du graphe. 2. Méthode selon la revendication 1, caractérisée en ce que les microorganismes sont des bactéries, en particulier des bactéries lactiques. 3. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 et 2, caractérisée en ce que la souche de microorganismes sélectionnée induit une variation d'IFM d'au moins environ 28%, de préférence au moins environ 35%. 4. Méthode selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, caractérisée en ce que les cellules du modèle de lignée cellulaire sont des cellules HT29-MTX. 5. Souche de bactéries lactiques caractérisée par le fait qu'elle induit une modulation de la glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales. 6. Souche de bactéries lactiques selon la revendication 5, caractérisée par le fait qu'elle induit une variation de l'allure du graphe et/ou de l'intensité de fluorescence moyenne d'au moins environ 20%, de préférence au moins environ 28%, plus préférentiellement encore d'au moins environ 25%, pour au moins un sucre, dans un test comprenant les étapes suivantes : - mise en contact du surnageant de culture de la souche de bactéries, avec des cellules d'un modèle de lignée cellulaire représentant les cellules épithéliales intestinales, en particulier des cellules HT29-MTX, - incubation, - extraction des cellules et incubation avec différentes lectines couplées à un fluorochrome, - lavage, obtention d'un graphe représentant l'évolution de la fluorescence en fonction du nombre de cellules, mesure de l'intensité de fluorescence moyenne (IFM) de chaque lectine par cytométrie de flux (FACScan), et comparaison avec les mesures effectuées sur un échantillon témoin pour évaluer la variation d'IFM induite par les bactéries. 7. Souche de bactéries lactiques déposée sous le numéro CNCM 1-2492. 8. Souche de bactéries lactiques déposée sous le numéro CNCM 1-2493. 9. Souche de bactéries lactiques déposée sous le numéro CNCM 1-2494. 10. Utilisation d'une souche de bactéries lactiques susceptibles d'être sélectionnée avec la méthode selon l'une des revendications 1 à 4, ou de la fraction active d'une telle souche, pour la préparation d'une composition alimentaire ou pharmaceutique ou complément alimentaire modulant la glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales. 11. Utilisation d'une souche de bactéries selon l'une ou l'autre des revendications 5 à 9, ou de la fraction active d'une telle souche, pour la préparation d'une composition alimentaire ou pharmaceutique ou complément alimentaire modulant la glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales. 12. Composition alimentaire ou pharmaceutique, caractérisée par le fait qu'elle comprend au moins une souche de bactéries selon l'une ou l'autre des revendications 5 à 9 ou au moins une fraction active d'une de ces souches. 13. Composition alimentaire ou pharmaceutique selon la revendication 12, caractérisée par le fait qu'elle module la glycosylation de surface des cellules épithéliales intestinales.