Brevet FR2777907A1 — publié le 19991029

L'invention a pour objet deux séquences nucléiques d'origine plasmidique. présentes chez les bactéries du groupe Escherichia coli entérohémorragiques (EHEC), l'utilisation desdites séquences pour la recherche des EHEC notamment ceux possédant les gènes codant pour les facteurs de virulence entérohémolysine et intimine, et plus particulièrement la détection spécifique du sérotype 0157 :H7. L'invention vise également un procédé mettant en oeuvre lesdites séquences ainsi que les trousses de détection les contenant. Les bactéries du groupe EHEC appartiennent à la famille des Escherichia coli producteurs de vérotoxines ou VTEC, responsables de syndromes diarrhéiques dont les conséquences peuvent être fatales chez l'homme. En particulier, les EHEC peuvent engendrer des colites hémorragiques (CH), et éventuellement l'apparition de complications majeures comme le syndrome hémolytique et urémique (SHU) ou le purpura thrombotique thrombopénique (Griffin et Tauxe, Epidemiol. Rev. 13 1991, 60-98). Aussi, l'incidence de ces infections sur la santé publique est telle1 qu'elle implique un contrôle accru des denrées alimentaires et des moyens de détections rapides, notamment en cas d'épidémies. Plusieurs sérotypes, appartenant au groupe EHEC ont été identifiés et rendus responsables de différents foyers épidémiques: 0157:H7, 026:H11, 0111 :NM, 0103 :H2, 0145 :NM etc (A. Cheson et Keush, ASM News 62 1996, 302-306). Cependant, c'est le sérotype 0157 :H7 qui a été le plus fréquemment isolé. Les méthodes de détection traditionnelles consistent à identifier les bactéries ou à déceler les toxines sécrétées par celles-ci. La détection de E. coli 0157 :H7 est principalement réalisée sur la base du sérotypage, associé à la recherche de propriétés métaboliques, comprenant l'absence de fermentation du sorbitol et/ou l'absence d'activité 13-glucuronidase. Il n'existe pas, par ailleurs, de méthode bactériologique propre à la détection des EHEC, mais des tests permettant d'orienter le diagnostic. En particulier, I'utilisation de géloses supplémentées avec du sang lavé permet de mettre en évidence le caractère entérohémolytique, généralement présent chez les EHEC. De manière générale, les méthodes bactériologiques et immunologiques relatives à la détection de E. coli 0157 :H7 sont longues, fastidieuses, relativement coûteuses et nécessitent une confirmation sérologique. Par ailleurs ces méthodes ne permettent pas d'établir une identification de E. coli 0157 :H7 du fait des réactions croisées avec d'autres genres et espèces bactériens, ce qui rend l'interprétation difficile. L'utilisation de sondes nucléiques est donc apparue comme une alternative à ces méthodes traditionnelles. Des efforts importants ont été réalisés pour développer des sondes, capables de détecter d'une manière sensible et spécifique les bactéries E coli de type EHEC, impliquées dans les cas de CH et/ou SHU, et dont le prototype le plus répandu est E. coli 0157 :H7. En particulier, des sondes ou fragments, permettant la détection des gènes responsables de la virulence des E. ccli, encore appelés facteurs de virulence, ont été publiés. Toutefois, aucun des facteurs de virulence actuellement connu ne permet à lui seul d'identifier des souches pathogènes de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC. Ainsi, I'utilisation de sondes ou fragments nucléiques pour la détection des gènes codant pour les vérotoxines (vt1 ou stol, vt2 ou st2), décrite par de nombreux groupes de recherche (Karch et Meyer, J. Clin Microbiol. 27 1989, 2751-2757; Gannon et al., Appl. Env. Microbiol. 58 1992, 3809-3815; Begum et al., J. Clin. Microbiol. 31 1993, 3153-3156; Witham et al., Appl. Env. Microbiol. 62. 1996, 1347-1353), a montré que les gènes codant pour les vérotoxines sont associés aux souches bactériennes pathogènes E. coli 0157 :H7 et autres EHEC, mais peuvent aussi être présents chez des souches E. coli non pathogènes, ou éventuellement chez d'autres genres bactériens comme Shigella dysenteriae, Citrobacter freundii, etc. De même, la protéine d'adhésion dénommée intimine est également impliquée dans la virulence des bactéries de type EHEC. Des sondes ont été notamment sélectionnées sur le gène correspondant (eae) par Gannon et ai dans J. Clin. Microbiol. 31 1993, 1268-1274, Louie et al. dans Epidemiol. Infect. 112, 1994, 449-461 et Meng et al. dans Int. J. Food Microbiol. 32 1996, 103113. Cependant, bien que ce facteur de virulence soit étroitement associé au groupe des EHEC, il est également rencontré chez les E. coli entéropathogènes (EPEC) comprenant le sérotype 055 :H7. Enfin, des sondes ont été sélectionnées sur un plasmide de 60 MDa, codant entre autres pour l'entérohémolysine, facteur de virulence également présent chez de nombreux EHEC (Levine et ai, J. Infect. Dis. 156 1987, 175182, Schmidt et al., Infect. Immun. 63, 1995, 105S1061). Ainsi, le brevet US 5,475,098 vise les séquences nucléiques contenues dans l'opéron de l'entérohémolysine, correspondant aux gènes hlyA, hlyB et à la région intergénique hlyA-hlyB. Les séquences oligonucléotidiques revendiquées permettent une détection spécifique des EHEC, mais l'invention ne permet pas de différencier E. coli 0157 :H7 des autres EHEC. Par ailleurs, le brevet US 5,652,102, décrit une séquence nucléique située sur un fragment de restriction issu du plasmide de 60 MDa. Cependant, l'utilisation d'oligonucléotides dérivés de cette séquence dans une réaction de polymérase en chaîne ou "Polymerase Chain Reaction" (PCR), ne permet pas à elle seule l'identification spécifique du sérotype 0157 :H7, et nécessite par conséquent l'utilisation conjointe d'amorces amplifiant les gènes codant pour les vérotoxines et 'intimine. Dernièrement, la demande de brevet WO 97/32045 vise des oligonucléotides sélectionnés à partir d'une séquence chromosomique obtenue par la méthode RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), conduisant à la détection d'environ 99,5 % de E. coli 0157 :H7, mais les séquences nucléiques revendiquées détectent également près de 3 % de E. coli non EHEC, ce qui n'est pas satisfaisant en terme de spécificité, notamment dans le domaine de l'agro-alimentaire. L'inconvénient majeur de tous ces systèmes de détection réside donc dans le fait qu'aucun d'entre eux, ne permet d'établir clairement et simplement l'identification du sérotype E. coli 0157 :H7. Il est en effet très souvent nécessaire d'associer plusieurs systèmes d'amplification etlou de détection pour rendre le résultat précis. Les protocoles utilisés sont alors difficiles à mettre en ceuvre (amplifications multiples, simultanées) et les résultats obtenus quant à la sensibilité et à la spécificité sont fortement dépendants, non seulement des cibles nucléiques utilisées, mais aussi des conditions opératoires. Or, comme il a été précédemment indiqué, ce sérotype peut provoquer de graves syndromes pouvant conduire à la mort, ce qui implique des moyens rapides et fiables de détection, notamment en cas d'épidémie. Les travaux des inventeurs ont consisté à rechercher des séquences spécifiques à partir d'une banque génomique de E. coli 0157 :H7, permettant la reconnaissance des principaux sérotypes de E. coli pathogènes pour l'homme, et plus particulièrement 0157 :H7. La banque a été criblée contre E. coli entéropathogène 055 :H7, ancêtre supposé du sérotype 0157 :H7, les deux génomes étant extrêmement proches d'après les analyses de polymorphisme réalisées par T. Whittam et al. dans Infect. Immun. 61 1993, 1619-1629. Ces travaux ont permis d'isoler deux fragments nucléiques d'intérêt pour la détection des EHEC et plus particulièrement pour la détection de E. coli 0157 :H7, comprenant les séquences nucléiques SEQ ID N01 et SEQ ID N"2, situées sur le plasmide entérohémolytique de 60 MDa. Les clones correspondants pDF3 et pDF4 contenant ces séquences ont été déposés auprès de la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes de l'lnstitut Pasteur respectivement sous les numéros 1-1999 et 1-2000, le 26 mars 1998. D'une façon surprenante, il a été mis en évidence une première séquence (SEQ ID N"1) comprenant l'association stable d'une partie de la séquence d'insertion IS91 et de la séquence issue du gène katP de E. coli 0157 :H7 ou d'une partie de celle-ci, l'enchaînement nucléique en résultant, jamais décrit par ailleurs, étant spécifiquement retrouvé chez E. coli 0157 :H7. Le gène katP, codant pour une catalase-péroxydase, est présent sur le plasmide entérohémolytique de E. coli 0157 :H7 et de nombreuses EHEC (Brunder et ai., Microbiol. 142 1996, 3305-3315), et la séquence d'insertion IS91, identifiée sur les plasmides a-hémolytiques de E. coli (Zabala et al., J. Bacteriol. 151 1982, 472-476), n'a encore jamais été décrite chez les souches entérohémolytiques de type E. coli 0157 :H7. La mise en évidence d'une séquence d'insertion tronquée au niveau de la jonction IS91-katP (absence de la séquence inversée répétée gauche (IRc) de l'lS91) suggère aussi une intégration stable de l'lS91 dans cette partie du génome de E coli 0157 :H7. L'analyse des produits amplifiés d'un grand nombre de souches 0157 :H7 d'origines diverses démontre la conservation de cet enchaînement nucléotidique au sein du sérotype 0157 :H7. En effet, un produit amplifié de 670 paires de bases a été observé chez toutes les souches testées (55 E. coli 0157 :H7 et 1 E. coli 0157 H-) avec les amorces SEQ ID N"3 et SEQ ID N"4, situées respectivement dans les séquences IS91 et katP. Par ailleurs, les données obtenues à partir des profils de restriction Alul et Rsal effectués sur les produits amplifiés de 5 souches 0157 :H7 d'origines différentes, ainsi que l'analyse de séquence réalisée chez 3 souches, dont 2 isolées d'épidémies (USA, 1993 et Japon, 1996) ont montré une parfaite conservation c'est à dire 100 % d'homologie dans la partie de séquence analysée (SEQ ID N" 1: positions (nt) 272 à 624). De plus, I'enchaînement nucléotidique, stable et conservé, est probablement un événement de recombinaison relativement ancien, survenu chez E. coli 0157 :H7 au cours de l'évolution, puisque des souches isolées en des lieux et des époques différents présentent cette même caractéristique. Cette séquence représente donc une cible de choix pour la détection spécifique du sérotype 0157 :H7. Une seconde séquence a été caractérisée (SEQ ID N"2) sur le même plasmide, associée à la présence des facteurs de virulence entérohémolysine (ehly) et intimine (eae), caractères propres aux souches de E. coli entérohémorragiques, comprenant le sérotype 0157 :H7. A ce titre, ce fragment présente un intérêt épidémiologique, car, à la différence des procédés déjà connus, nécessitant la mise en oeuvre de plusieurs systèmes moléculaires (Paton et Paton, J. Clin. Microbiol. 36 1998, 598-602), I'utilisation de cette séquence pour une application diagnostique donne lieu à une mise en oeuvre simplifiée et à une interprétation plus rapide des résultats. La présente invention a donc pour objet les séquences nucléiques SEQ ID N"1 et SEQ ID N"2, leurs séquences complémentaires les séquences dérivées de celles-ci et les fragments utilisables pour la détection spécifique des EHEC, dans un échantillon alimentaire, clinique ou vétérinaire, ou de l'environnement. La présente invention a plus particulièrement pour objet une séquence spécifique pour la détection du sérotype E. coli 0157 :H7, comprenant la séquence SEQ ID N 1, un fragment de cette séquence ou une séquence dérivée de celle-ci. Selon l'invention, la séquence SEQ ID N"1 comprend un enchaînement nucléotidique résultant d'un événement de recombinaison stable entre la séquence du gène katP ou une partie de celle-ci et une séquence d'insertion IS91 tronquée. Selon la présente invention, on entend par séquence nucléique aussi bien la séquence d'ADN ou d'ADN complémentaire (ADNc), ou encore la séquence d'ARN correspondante. L'invention concerne aussi des séquences nucléiques dérivées de la SEQ ID N"1 ou la SEQ ID N"2, c'est à dire des séquences différant par mutation insertion, délétion et/ou substitution d'une ou plusieurs bases mais s'hybridant néanmoins, dans des conditions de forte stringence, avec l'une des susdites séquences. Selon l'invention, on entend par forte stringence des conditions de température et de force ionique telles qu'elles permettent une hybridation spécifique entre deux fragments d'acides nucléiques complémentaires et limitent les fixations aspécifiques (Sambrook et al., Molecular Cloning, Second Edition (1989), 9.47-9.62). Les conditions de température sont généralement comprises entre (Tm moins 5"C) et (Tm moins 10"C) lorsque l'une des séquences de l'hybride est courte (une vingtaine de nucléotides), Tm étant la température théorique de fusion, définie comme étant la température à laquelle 50 % des brins appariés se séparent. On entend également selon l'invention, par séquence nucléique dérivée de la SEQ ID N" 1, toute séquence différant de celle-ci par mutation, insertion, délétion et/ou substitution d'une ou plusieurs bases et comportant un enchaînement de recombinaison stable entre le gène katP et la séquence d'insertion IS91 tronquée. Plus particulièrement, les séquences nucléiques contiennent au moins 8 nucléotides, préférentiellement 10 nucléotides, ou très préférentiellement 14 nucléotides consécutifs de l'enchaînement de la Figure 1, et comprennent les nucléotides de la position 400 à la position 407. La présente invention a également pour objet une seconde séquence spécifique des EHEC, qui est la SEQ ID N"2, les séquences complémentaires de celles-ci, les fragments de celles-ci et les séquences dérivées de celles-ci, ces séquences étant toujours détectées chez les EHEC possédant les gènes codant pour l'entérohémolysine (ehly) et l'intimine (eae); ladite séquence SEQ ID N" 2 étant représentée à la Figure 2. L'invention se rapporte également à des fragments oligonucléotidiques. issus des séquences SEQ ID N"1 et SEQ ID N"2, utilisables comme amorces dans un processus d'amplification ou comme sonde dans le cadre de la mise en oeuvre d'un procédé de détection, comprenant au moins 8, avantageusement au moins 10, plus avantageusement 14 nucléotides, et de préférence jusqu'à 30 nucléotides consécutifs de l'enchaînement nucléotidique de SEQ ID N"1 ou de SEQ ID N"2, lesdites amorces étant susceptibles de s'hybrider aux dites séquences dans des conditions de forte stringence, telles que définies cidessus. Les amorces ou sondes de l'invention comprennent également des oligonucléotides pouvant être modifiés par substitution et/ou addition et/ou suppression de plusieurs nucléotides, ou par l'addition à l'une des extrémités (généralement en 5' pour les amorces; 3' ou 5' pour les sondes) d'une séquence nucléique étrangère à la séquence recherchée, ou encore d'une molécule de marquage, lesdits oligonucléotides étant néanmoins capables de s'hybrider dans des conditions de forte stringence avec des séquences nucléiques complémentaires présentes chez E. coli 0157 ;H7 ou chez les EHEC. Selon un mode préféré de l'invention, les oligonucléotides peuvent être utilisés comme amorces, dans un processus d'amplification génique, conduisant à l'obtention d'une quantité importante de copies d'un fragment de SEQ ID N" 1 ou d'un fragment de SEQ ID N" 2 et permettant respectivement, la détection spécifique de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC. L'étape d'amplification peut être réalisée par toute méthode utilisant les techniques classiques d'amplification enzymatique de l'ADN ou de l'ARN, telles que notamment, la technique TAS (Transcription-based Amplication System) proposée par Kwoh et al. dans PNAS, 86 1989, 1173-1177, la technique 3SR (Self-Sustained Sequences Replication) décrite par Fahy et al. dans PCR Meth. Appl. 1, 1991, 25-33, la technique NASBA (Nucleic Acid Sequence-Based Amplification) décrite dans le brevet EP 329 822, ou encore la technique SDA (Strand Displacement Amplification) décrite par Walker et al. dans P.N.A.S, 89 1992, 392-396, ou avantageusement la technique PCR telle que décrite notamment dans les brevets Européens, EP 200 362 et EP 201 184, délivrés au nom de Cetus, ou encore les techniques dérivées de ces dernières et toute méthode visant à amplifier in vitro les séquences nucléiques. Dans un mode de réalisation préféré de l'invention, les oligonucléotides issus des séquences SEQ ID N"1 et SEQ ID N"2 sont utilisés en PCR. La détection des produits amplifiés peut être réalisée par électrophorése sur gel de tout ou partie du milieu réactionnel dans lequel l'amplification a été effectuée, notamment sur gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou par électrophorèse capillaire ou par chromatographie. La visualisation d'une bande de fragments nucléiques localisée en un point spécifique du gel permet d'en apprécier la taille, I'intensité de cette bande pouvant être corrélée grossièrement au nombre de copies initiales de la cible à détecter dans l'échantillon. Selon un autre mode de réalisation de l'invention, les oligonucléotides, tels que définis ci-dessus, peuvent être utilisés comme sondes dans un processus d'hybridation pour la détection directe d'une séquence nucléique cible ou après amplification pour la détection des produits amplifiés. A titre d'illustration, les fragments nucléotidiques peuvent être marqués par un élément radioactif (par exemple 32P, 35S, 3H, 1251) ou par une molécule non radioactive notamment biotine, acétylam ino-fluorène, fluorochrome, digoxigénine, ou par une molécule enzymatique, ou un haptène. Des exemples de marquages non radioactifs de sondes sont décrits, par exemple, dans le brevet français de P. Kourilsky n" 78.10975, ou par M.S. Urdea et ai., Nucleic Acids Symp. Ser., 24 1991, 197-200, ou encore par R. Sanchez-Pescador, J. Clin. Microbiol 26 1988, 1934-1938. La méthode d'hybridation la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait de l'échantillon à analyser sur un support (nitro-cellulose, nylon, polystyrène, etc. ) et à incuber dans des conditions définies de température et de force ionique, I'acide nucléique immobilisé avec la sonde. Après hybridation, I'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde). Les molécules hybrides formées peuvent également être détectées sans qu'il soit nécessaire de séparer les phases liée et non liée . On dit alors que la détection s'effectue en phase homogène. Ces méthodes, telles que décrites par T. Walker et ai. Clin. Chemistry 42, 1996, 9-13 et L. Morrison (Nonisotopic DNA Probe Techniques, Academic Press, 1992, 312-352) concernent notamment la polarisation de fluorescence, dans laquelle une sonde est marquée à la fluoresceine et où l'hybridation entraîne une modification de la fluorescence, ou encore le transfert d'énergie. Dans ce dernier cas, la détection repose sur des interactions inter ou intramoléculaires entre deux marqueurs. Un premier marqueur appelé donneur est excité par absorption d'une lumière à une longueur d'onde particulière. L'énergie est transférée à un second marqueur appelé accepteur , qui est à son tour excité et émet de l'énergie. Les sondes oligonucléotidiques peuvent également être mises en oeuvre au sein d'un dispositif de détection comprenant un arrangement matriciel d'oligonucléotides dans lequel, des oligonucléotides d'une longueur donnée, sont fixés dans un ordre prédéterminé sur un support et se chevauchent les uns par rapport aux autres d'une ou plusieurs bases; chaque oligonucléotide étant complémentaire d'une séquence d'ADN ou d'ARN de la séquence cible à détecter. La séquence cible, avantageusement marquée est mise en contact avec le dispositif matriciel et peut s'hybrider aux sondes fixées sur le support. Un traitement enzymatique permet ensuite d'éliminer les hybrides incomplets. Connaissant la séquence d'une sonde à une position déterminée de la matrice, il est ainsi possible de déduire la séquence nucléotidique de la séquence cible analysée et de déduire les mutations éventuellement survenues. Une alternative à l'utilisation d'une séquence marquée peut consister en l'utilisation d'un support permettant une détection bioélectronique de l'hybridation de la séquence cible sur les sondes fixées sur le support d'un matériau, tel que l'or, capable d'agir, par exemple, en tant que donneur d'électrons aux positions de la matrice auxquelles un hybride est formé. La détection de la séquence nucléique cible est alors déterminée par un dispositif électronique. Un exemple de réalisation d'un biocapteur est décrit dans la demande de brevet EP-0721 016 au nom d'Affymax Technologies. Selon un mode simple et avantageux de mise en oeuvre, les sondes nucléiques peuvent être utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, la sonde dite sonde de capture est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible à partir de l'échantillon à tester. Si nécessaire, le support solide est séparé de l'échantillon et le duplex formé entre la sonde de capture et la séquence d'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde dite sonde de détection , marquée par un élément détectable. Avantageusement, les sondes de capture et de détection sont complémentaires de deux régions différentes comprises dans la séquence cible (amplifiée ou non ) à détecter. La fixation de la sonde de capture sur le support solide peut se faire selon des procédés bien connus de l'homme du métier, notamment par adsorption passive ou par couplage covalent (Cook et al., Nucleic Acids Res. 16 1988, 4077-4095; Nagata et al., FEBS Lett. 183 1985, 379-382; M. Longlaru et al., EP 420 260 A2; T. Gingeras et al., EP 276 302, E. Hornes et LM. Kornes, EP 446 260). L'hybridation des sondes de capture et de détection peut se faire séparément (en deux temps) ou simultanément (en un temps), notamment selon I'une des méthodes décrites par Langhale et Malcolm, Gene 36, 1985, 201-210 ou par Ranki et al, Gene 21 1993, 77-85, par Dunn et Hassel, Cell, 12 1977, 23-36 ou encore par Ranki et Soderlund dans les brevets US 4,486,539 et US 4,563,419. La présente demande a donc également pour objet des oligonucléotides issus de SEQ ID N01 ou de SEQ ID N 2, sélectionnés comme amorces ou comme sondes, susceptibles de s'hybrider dans des conditions stringentes avec une séquence d'acide nucléique cible contenue dans l'échantillon testé, spécifiques de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC. On entend par séquence nucléique cible, toute molécule d'ADN ou ADNc ou d'ARN capable de s'hybrider dans des conditions de forte stringence avec un oligonucléotide selon l'invention. Les oligonucléotides préférés dont les séquences sont spécifiées en annexe correspondent aux positions sur les séquences SEQ ID N 1 et SEQ ID N 2 rapportées dans le tableau ci-après: Position dans Séquence SEQ ID N01 SEQ ID N 3 : 9 - 30 SEQ ID N 4 : 679 - 658 SEQ ID N 5: 6 - 30 SEQ ID N 6: 682 - 658 SEQ ID N 7: 241 - 263 SEQ ID N 8 : 47-69 SEQ ID N 9 : 251 - 274 SEQ ID N 10 : 426 - 401 SEQ ID N 11 : 427 - 402 SEQ ID N 12: 391-421 SEQ ID N 13: 387 - 417 SEQ ID N 14 : 291 - 321 SEQ ID N 15 : 510 - 540 SEQ ID N 16: 331 - 350 SEQ ID N 17: 68 - 87 SEQ ID N 18 : 397 - 410 SEQ ID N 19 : 396 - 411 SEQ ID N 20 : 395 - 412 SEQ ID N 2 SEQ ID N"21 : 718 - 739 SEQ ID N 22 : 1099 - 1078 SEQ ID N 23 : 41 - 60 SEQ ID N 24 : 884 - 863 SEQ ID N 25 : 928 - 958 SEQ ID N 26 : 970-1000 SEQ ID N 27 : 883 - 903 L'invention concerne aussi des couples d'oligonucléotides, tels que décrits précédemment, susceptibles d'être utilisés comme amorces pour l'amplification d'une séquence nucléique cible correspondant à SEQ ID N 1 ou SEQ ID N 2, contenue dans le génome de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC Les couples d'amorces préférées sont les suivants: pour l'amplification de E. coli 0157 :H7 - SEQ ID N 3 et SEQ ID N 4 - SEQ ID N 5 et SEQ ID N 6 - SEQ ID N 6 et SEQ ID N 7 -SEQ IDN 6etSEQ ID N 8 - SEQ ID N 6 et SEQ ID N 9 pour l'amplification des EHEC: - SEQ ID N 21 et SEQ ID N 22 - SEQ ID N" 23 et SEQ ID N" 24 Ainsi, l'utilisation du couple d'amorces SEQ ID N"5 et SEQ ID N"6 pour réaliser l'amplification de l'acide nucléique de E. coli 0157 :H7 conduit à l'amplification d'un fragment nucléique de 676 pb, caractéristique des souches de E. coli 0157 :H7. La spécificité de ce fragment peut être éventuellement contrôlée par l'utilisation de la sonde SEQ ID N" 18. De même, I'utilisation du couple d'amorces SEQ ID N" 21 et SEQ ID N" 22 amplifie spécifiquement une séquence nucléique de 382 pb, présente chez les EHEC, possédant aussi les caractères entérohémolysine et intimine. Les bactéries appartenant aux autres groupes de E. coli, comme les ETEC (E. coli producteurs d'entérotoxines), les EPEC etc, ne sont pas détectées. La spécificité du produit amplifié peut être par ailleurs confirmée à l'aide de sondes oligonucléotidiques internes au fragment amplifié, telles que SEQ ID N"27. La présente invention a également pour objet des oligonucléotides, tels que précédemment décrits, susceptibles d'être utilisés comme sondes pour la détection d'une séquence de nucléotides, éventuellement amplifiée. Par exemple, les séquences oligonucléotidiques SEQ ID N0 14, SEQ ID N015 et SEQ ID N" 18 peuvent être utilisées pour la détection spécifique de E. coli 0157 :H7. De même, l'utilisation des séquences SEQ ID N" 25, SEQ ID N" 26 et SEQ ID N" 27 permet la détection des EHEC dont 0157:H7. L'invention a également pour objet les plasmides contenant les séquences SEQ ID N" 1 et SEQ ID N" 2 mentionnées précédemment ainsi que les cellules hôtes les contenant. L'invention vise aussi un procédé pour la détection in vitro de E. coli 0157:H7 ou des EHEC dans un échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes: 1. la mise en contact de l'échantillon avec l'un des couples d'amorces, tels que décrits ci-dessus, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon ayant été, le cas échéant, rendu accessible à l'hybridation des amorces à l'acide nucléique de la cible recherchée, 2.l'amplification de la séquence nucléique encadrée par le couple d'amorces choisi, 3. la vérification de la présence éventuelle du produit amplifié pouvant s'effectuer selon une méthode connue de l'homme du métier, telle que précédemment décrite. Selon un mode de réalisation avantageux, les fragments amplifiés peuvent être détectés selon le principe de la méthode dite sandwich . Entre également dans le cadre de l'invention, un procédé pour la détection in vitro de séquences nucléotidiques spécifiques de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC, préalablement amplifiées par détection sur un support, par exemple une plaque de micro-titration et, caractérisé en ce qu'il - révélation des sondes de détection hybridées aux séquences nucléiques amplifiées. Selon un mode avantageux de l'invention, la sonde de détection est marquée à la péroxydase, et la révélation de l'activité de la péroxydase liée à la sonde de détection hybridée est réalisée par lecture colorimétrique, en présence d'un substrat chromogène, selon les étapes suivantes - dépôt d'une solution contenant un substrat chromogène, tel que le tetraméthylbenzidine (TMB ), dans chacun des puits contenant le mélange de la réaction, et incubation à l'obscurité de la microplaque pendant un temps suffisant, généralement 20 à 30 min., puis la réaction est arrêtée par l'addition d'une solution d'arrêt, ladite solution étant avantageusement une solution de H2S04 utilisée à une concentration finale de 0.5 N, - détermination de la densité optique, ladite détermination étant réalisée à une longueur d'onde de 450 nm (référence 620 nm) lorsque le TMB est utilisé comme substrat chromogène. Selon un mode de réalisation particulièrement avantageux, la sonde de capture utilisée pour la détection de E. coli 0157 :H7 peut être SEQ ID N015 et la sonde de détection est l'oligonucléotide SEQ ID N"18. De même, la sonde de capture utilisée pour la détection des bactéries EHEC peut être SEQ ID N"25 et la sonde de détection l'oligonucléotide SEQ ID N"27. L'invention concerne également une trousse de détection pour l'identification de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC, contenus dans un échantillon, comprenant parmi les réactifs: - au moins deux oligonucléotides tels que définis précédemment, utilisés comme amorces pour l'amplification de E. coli 0157 :H7 ou des bactéries du groupe EHEC, - éventuellement, un composant pour vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement, une sonde nucléique telle que définie précédemment. Les exemples suivants sont donnés à titre non limitatif pour illustrer l'invention. EXEMPLE 1 Caractérisation des séquences SEQ ID N01 et SEQ ID N"2 1) Construction de la banque génomique de E. coli 0157 :H7 L'ADN génomique de la souche E. coli 0157 :H7 isolée des selles d'un patient atteint de colite hémorragique et productrice des vérotoxines de type 1 et 2 a été digéré partiellement par l'endonucléase Pstl (Boehringer Mannheim; Réf. 621625) en faisant agir 0.03 unité d'enzyme par pg d'ADN en milieu tamponné pendant 1 heure à 37"C. L'ADN génomique ainsi digéré a permis de générer des fragments de 3545 kb. Le cosmide pHC79 (Hohn et Murray, Proc. Natl. Acad. Sci 74 1977, 3259-3263) a été digéré de la même manière et déphosphorilé pour éviter toute autoligation. La ligation s'est effectuée en mélangeant 900 ng de vecteur et 2.6 ug de fragments d'ADN de 3545 kb (soit un rapport molaire vecteur/insert de 2), le milieu réactionnel étant laissé à 14"C pendant 18 heures après avoir été additionné de 2 unités de T4 DNA ligase (Boehringer Mannheim; Réf. 481220). Les cosmides recombinants ont été encapsidés in vitro et utilisés pour transformer les bactéries E. coli XL1-Blue MR (Stratagene; Réf. 200300). Les bactéries transformées ont été incubées 1 heure à 37"C en milieu LB (Luria Bertani, Molecular Cloning, A practical guide, Sambrook et al., Vol.3, 1989, annexe Al). Les fragments d'ADN de 3545 kb étant insérés dans le vecteur pHC79 de manière à abolir le site de résistance ampicilline et préserver le site de résistance tétracycline, les bactéries ont été ensuite étalées sur milieu sélectif gélosé contenant 12.5 ,ug/ml de tétracycline. Des mini-préparations d'ADN cosmidique ont été effectuées à partir des 360 premières colonies isolées sur tétracycline en utilisant le Kit REAL Prep96 distribué par Quiagen (Réf. 26171). L'ADN de ces préparations a été ensuite digéré par les endonucléases Pstl, EcoRI et SalI (Boehringer Mannheim, Réf. 621625, 703737 et 567663), analysé en électrophorèse sur gel d'agarose à 1.2 % puis transféré sur filtre de nylon Hybond N+ (Amersham, Réf. RPN 303B). L'ADN a été fixé de façon irréversible par 5 mn d'exposition aux UV. 2) Criblage de la banque: Les hybridations ont été réalisées avec une sonde d'ADN homologue provenant de la souche E. coli 0157 :H7 (Collection de l'lnstitut Pasteur, n" 103571) et avec une sonde d'ADN hétérologue constituée d'un pool d'ADN provenant de 8 souches E. coli 055 :H7 (Collection de l'Institut Pasteur, n" 105215,105216,105217, 105228,105239,105240, 105241,105242). Les différents filtres ont été hybridés pendant 16 à 18 heures à 65"C dans une solution contenant du tampon SSC (Sodium Saline Citrate; Molecular Cloning, A practical guide, Sambrook et al., Vol. 3, 1989, annexe B13) 6 fois concentré, de la solution de Denhart 5 fois concentrée (Molecular Cloning, Vol 3 1989, annexe BIS), 10 % de sulfate dextran (Pharmacia Biotech, Réf. 17-034002), 10 mM EDTA, 0.5 % SDS, 100 ,ug/ml ADN simple brin de sperme de saumon et 'ADN relevant (0157 :H7). Après hybridation, les filtres ont été lavés 2 fois 10 mn dans un tampon SSC 2 fois concentré à 65"C, 1 fois 30 mn dans un tampon contenant du SSC 2 fois concentré et 0.1 % SDS à 65"C puis 1 fois 10 mn dans du SSC dilué au 1/10è à 65"C. Les filtres encore humides ont été exposés en cassette avec un écran intensifiant pendant 24 à 48 heures à -80 C. Après le temps d'exposition nécessaire, les films ont été développés puis les membranes de nylon déshybridées en effectuant 4 à 5 cycles de bains à 45"C sous agitation. Pour chaque cycle, 2 bains successifs de 30 mn dans une solution de NaOH 0.5 N puis 30 mn dans un tampon contenant du SSC dilué au 1/10è et SDS 0.1 % ont été effectués. Les membranes ont finalement été lavées en SSC 2 fois concentré et mises en cassette pour vérifier qu'il ne reste plus de traces d'hybridation. Après déshybridation, les filtres ont été hybridés de la même manière que précédemment avec un pool d'ADN non relevant (055 :H7). 3) Isolement et clonage des fragments SEQ ID N"1 et SEQ ID N"2 Les résultats de ces hybridations ont permis d'identifier deux clones cosmidiques à partir desquels un fragment d'environ 1 à 2 kb, hybridant avec la sonde homologue et n'hybridant pas avec la sonde hétérologue, a été isolé respectivement. Après avoir vérifié leur conservation chez différentes souches 0157 :H7 par hybridation en dot-blot , ces fragments ont été clonés dans un vecteur pUC18 (Oncor Appligene, Réf. 161131) puis préparés en grande quantité. Les plasmides recombinants ont été dénommés pDF3 et pDF4 et correspondent respectivement aux séquences SEQ ID N"1 et SEQ ID N"2. 4) Détermination des séquences SEQ ID N"1 et SEQ ID N 2 Les fragments ont été séquencés selon la méthode de Sanger et a/. décrite dans Proc. Nanti. Acad. Sci. 74 1977, 5463, en utilisant le primer universel et le reverse primer du plasmide pUC18, ainsi que des oligonucléotides internes aux séquences. La séquence SEQ ID N 1 (Figure 1), contenant 1489 pb, présente une homologie de 99,9 % avec le gène katP de E. coli 0157 :H7 dans la région 407 à 1489 et une homologie de 95,8 % avec l'lS91 de E. coli dans la région 1 à 406. L'analyse de la séquence SEQ ID N 2 (Figure 2), contenant 1181 pb, ne révèle aucune séquence connue du plasmide entérohémolytique. Seule la partie 237 à 570 présente une homologie de 68 % avec le gène plasmidique virK codant pour une protéine de virulence de Shigella flexneri. EXEMPLE 2 Détection spécifique de E. coli 0157 :H7 L'étude de spécificité a été effectuée sur 100 souches de E. coli de sérotypes différents et 42 souches non E. coli comprenant, entre autres, des bactéries susceptibles de présenter des réactions croisées avec E. coli 0157 :H7 comme par exemple Salmonella, Shigella dysenteriae, Citrobacter freundii, Hafnia alvei, Escherichia hermanii. 1) Extraction de l'ADN: On obtient les séquences d'ADN par la méthode d'ébullition en présence de Chelex (InstaGeneTM Matrix, Biorad). Les échantillons ont été préparés selon le protocole suivant: Une suspension bactérienne est effectuée dans de l'eau ultra pure stérile à partir de plusieurs colonies bactériennes isolées sur gélose Tryptone-Caséine Soja (Sanofi Diagnostics Pasteur, Réf. 53455), puis centrifugée à 10000-12000 tours / min pendant 2-3 min et le surnageant soigneusement éliminé. Le culot bactérien est resuspendu dans 200 cil de réactif de lyse, homogénéisé puis incubé dans un bloc chauffant à 100"C pendant 10-15 min. L'échantillon est de nouveau homogénéisé, puis centrifugé à 10000-12000 tours / min pendant 2-3 min. L'ADN peut être amplifié directement ou stocké à -20"C. 2) Amplification par PCR: La réaction d'amplification est réalisée dans un volume total de 50 ul contenant 50 mM KCI; 10 mM Tris-HCI pH 8,3; 0,01% gélatine; 3 mM MgCl2; 0,25 ,1M de chaque amorce SEQ ID N 5 et SEQ ID N 6; 100 pM (dATP, dCTP, dGTP); 400 pM dUTP; 0,5 unité d'Uracyl-DNA-Glycosylase (UDG; BRL Life Technologies) ; 1 unité de Taq DNA Polymérase (BRL Life Technologies) et 5 yl d'ADN préparé comme indiqué dans le paragraphe 1. Après une incubation à 50 C pendant 2 min puis à 95 C pendant 5 min, les échantillons sont soumis à 35 cycles d'amplification composés de 15 sec à 95"C, 15 sec à 65 "C et 15 sec à 72"C. Les tubes sont maintenus à 72"C jusqu'au retrait du plateau. Les cycles thermiques sont réalisés dans un thermocycleur Perkin Elmer 9600 . Chaque expérience comprend un contrôle positif et un contrôle négatif. 3) Visualisation des produits amplifiés Les réactions d'amplification sont visualisées sur gel d'agarose ou détectées sur microplaque. 3-1) Gel d'agarose: Après amplification, 50 KLI de chloroforme sont ajoutés à chaque échantillon afin d'inactiver I'UDG puis une aliquote de chaque réaction est analysée par électrophorèse sur gel d'agarose à 1,2 % coloré au bromure d'éthidium, en présence d'un marqueur de taille. La visualisation d'un fragment d'ADN à 676 pb indique la présence de E. coli 0157 :H7 dans l'échantillon testé. 3-2) Hybridation en microplaque: Les produits d'amplification sont dénaturés par addition volume à volume d'une solution contenant 200 mM NaOH, 40 mM EDTA. La microplaque dont la surface des puits est revêtue de la sonde de capture SEQ ID N"15 est préhybridée dans un tampon d'hybridation contenant du SSPE 5 fois concentré, 0,5 % Tween 20 et 0,01 % Merthiolate. Puis la microplaque est vidée et chacune des cupules reçoit 200 1ll de tampon d'hybridation contenant le fragment amplifié dénaturé et la sonde de révélation SEQ ID N"18. L'incubation est effectuée à 37 C sous agitation pendant 1 heure. Les cupules sont ensuite lavées six fois avec 400 ul de solution (10 mM Tris-HCI pH 7,4, 300 mM NaCI et 0,1% Tween 20), puis l'activité de la péroxydase liée à la sonde est détectée en ajoutant dans chaque cupule 200 ul d'une solution de détection contenant le chromogéne tétraméthylbenzidine (TMB). La microplaque est incubée à 37 C dans l'obscurité pendant 30 min puis 100 l d'une solution de 1,5 N H2S04 sont ajoutés pour bloquer les réactions. Les densités optiques sont déterminées à 450 nm contre une référence à 620 nm. 4) Etude de la spécificité Les tests ont été effectués sur un total de 142 souches bactériennes utilisant le couple d'amorces SEQ ID N 5 et SEQ ID N 6 pour l'étape d'amplification par PCR, la sonde de capture SEQ ID N015 et la sonde de détection SEQ ID N 18 pour l'étape d'hybridation sur microplaque. Les résultats obtenus sur microplaque avec les souches E. coli et non E. coli (bactéries de genres et espèces différents) sont présentés respectivement dans les Tableaux I et Il ci-dessous: Tableau I Souche E. coli Nombre de PCR SEQ ID N (sérotype) souches 516 testées VTEC/EHEC 0157:H7 55 + 0157:H- 1 + O26:H11 | 10 0111:H- 2 0145:H- 2 0103:H2 2 0121:H19 1 0165:H25 1 045:H2 1 022:H8 2 0137:H41 1 091:H21 1 0141:H4 1 EPEC 055:H7 8 055:H6 1 055:H- 1 0111:H- 1 0111:H2 1 O111:H12 | 1 0128:H2 1 0127:H6 1 ETEC 0157:H19 1 0159:H34 1 CIP 81.86 | 1 E. coli CIP76.24 1 CIP54.8 1 Les résultats (+) correspondent à DO450 > 2,5. Les résultats (-) correspondent à DO450 Tableau II Souche Nombre de PCR SEQ ID (espèce bactérienne) | souches | N 5 / 6 testées Salmonella Salmonella (groupes I à VI) 10 Shigella Shigella flexneri 2 Shigella dysenteriae 1 Shigella sonnei 1 Autres Escherichia hermanii 2 Citrobacter freundii 2 Yersinia enterocolitica 2 Yersinia pseudotuberculosis 1 Hafnia alve i 1 Proteus mirabilis 1 Proteus vulgaris 1 Serratia marcescens 1 Klebsiella pneumoniae 2 Klebsiella oxytoca | 1 | Enterobacter cloacae 1 Enterobacter aerogenes 1 Enterobacter agglomerans 1 Bacillus subtilis 1 Morganella morganii 1 Providencia alcalifaciens 1 Vu brio parahaemolyticus I Acinetobacter baumanii 1 Shewanella putrefaciens 1 Pseudomonas aeruginosa 1 Pseudomonas fluorescens 1 Listeria monocytogenes 3 Les résultats (+) correspondent à DO450 > 2,5. Les résultats (-) correspondent à DO450 En conclusion, seules les souches 0157 :H7 et 0157 H- sont détectées sur microplaque avec le système susmentionné. EXEMPLE 3 Détection spécifique des EHEC La spécificité a été testée sur un total de 142 souches bactériennes incluant différents sérotypes de E. coli ainsi que d'autres espèces bactériennes pouvant interférer avec la détection des EHEC. Les ADN ont été extraits selon le protocole décrit dans le premier paragraphe de l'exemple 2. Les conditions d'amplification sont les suivantes: La réaction est réalisée dans un volume total de 50 u1 contenant 50 mM KCI; 10 mM Tris-HCI pH 8,3; 1,5 mM MgCI2; 0,5 FM de chaque amorce SEQ ID N"21 et SEQ ID N"22; 200 pM (dATP, dCTP, dGTP, dTTP); 1 unité de Taq DNA Polymérase (BRL Life Technologies) et 5 Cil d'ADN préparé comme indiqué dans le paragraphe 1 de l'exemple 2. Les cycles thermiques sont réalisés dans un thermocycleur Perkin Elmer 9600 . Chaque expérience comprend un contrôle positif et un contrôle négatif. Les produits d'amplification ont été visualisés sur gel d'agarose coloré au BET, la présence d'une bande à 382 pb témoignant de la présence d'EHEC dans l'échantillon testé. Les résultats sont présentés dans le Tableau III. Seules les souches présentant les caractères ehly et eae, facteurs de virulence fréquemment associés chez les souches isolées d'infections humaines, sont détectées par PCR avec le couple d'amorces SEQ ID N"21 et SEQ ID N"22. De plus, l'utilisation dudit couple d'amorces permet également de détecter en particulier, grâce à une réaction d'amplification unique, les souches de E. coli possédant le génotype (vt+, eae+ et ehly+), caractéristique des E. coli entérohémorragiques. Tableau III Souche Nombre de Génotype PCR SEQ (sérotype) souches ID N 21/22 testées VTEC/EHEC 0157:H7 54 vt+ , ehly+ , eae+ + 1 vt-, ehly+ , eae+ + 0157:H- 1 vt+ , ehly+ , eae+ + O26:H11 | 5 | vt+ , ehly+ , eae+ | + 1 vt-, ehly+ , eae+ + 026:H- 1 vt+ , ehly+, eae+ + 0111:H- 1 vt+ , ehly+ , eae+ + 0145:H- 2 vt+, ehly+, eae+ + 0103:H2 2 vt+, ehly+ , eae+ + 0121:H19 | 1 | vt+ , ehly+ , eae+ | + 0165:H25 1 vt+, ehly+ , eae+ + 045:H2 1 vt+, ehly+ , eae+ + 022:H8 2 vt+, ehly+ , eae 0137:H41 1 vt+ , ehly+ , eae- O91:H21 1 vt+ , ehly+ , eae- O26:H11 3 vt+ , ehly+ , eae+ 0111:H- 1 vt+ , ehly+ , eae+ - 0141:H4 1 vt+, ehly- , eae EPEC O55:H7 8 vt- , ehly- , eae+ O55:H6 1 vt- , ehly- , eae- O55:H- 1 vt- , ehly- , eae O111:H- 1 vt- , ehly- , eae- O111:H2 1 vt , ehly- , eae+ O111:H12 1 vt- , ehly- , eae- O128:H2 1 vt- , ehly- , eae+ O127:H6 1 vt- , ehly- , eae+ ETEC 0157:H19 1 vt-, ehly-, eae- O159:H34 1 vt- , ehly- , eae- CIP 81.86 1 vt- , ehly- , eae- E. coli CIP 76.24 | 1 | vt- , ehly- , eae- | CIP 54.8 1 vt-, ehly-, eae- Non E. coli 42 LISTE DE SEQUENCES (1) INFORMATION GENERALE (i) DEPOSANT: (A) NOM: PASTEUR SANOFI DIAGNOSTICS (B) RUE: 3 BOULEVARD RAYMOND POINCARE (C) VILLE : MARNES LA COQUETTE (D) PAYS:FRANCE (E) CODE POSTAL: 92430 (ii) TITRE DE L'INVENTION : SEQUENCES NUCLEOTIDIQUES POUR LA DETECTION DES ESCHERICHIA COLI ENTEROHEMORRAGIQUES (iii) NOMBRE DE SEQUENCES: 27 (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 1: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 1 489 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : double (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N01 1 CTGCAGTCCG GAGATGAAAG CACCACTGTG TGTACCCCAT CAGCGTGGTC 51 CCGCAGGCCA TGATTTTTGT CACAGACTCA ATGACTACCG GACGCACTGA 101 ACCTTCCGGT TGTTTCTCCA GCCAGTTAAG CCAGCGGTTT CCCTGCTGAA 151 AAATGTCGGC AAAACGGGGA AGCATCAGAA CGGCGGGGGA ACTCCGTCCG 201 GCCAGTGAAC CGTGCCACAC TCCGGGCAGT ACATGCCGCC GGCGCTGATA 251 CCGGCAAGAA TGGTCGCAAA CTCCCGCTCC GTGCAGCGGG CTATTTCAGG 301 ATACCCTTCG TCATCAACAC GTACAAACCA GAAGACCAGC TTTTTGTTTC 351 TGACATCCAC AAAGAAGGGA ATATTCAGGT CTGCGCAGCA CTCAACGGCA 401 TCGTCAGTTG CGGCTTGGAA CCCCTTAGTA TTTTTTGTCT GTAGTATCTA 451 TCCCAGCAAT AGGTATATCC TGTTGCATCA ATAAAGTTGA CTTTTGTATA 501 CAACATGCGA ATTTCCCTTA ATCCGCAGCT ATTCGTATGA TAAAAAAAAC 551 TCTTCCTGTT CTGATTCTTC TGGCGCTATC GGGGAGCTTT TCTACCGCTG 601 TAGCCGCTGA TAAAAAAGAG ACTCAAAATT TCTACTATCC AGAAACACTG 651 GATTTAACTC CTCTGAGATT ACACAGCCCT GAATCAAATC CCTGGGGGGC 701 TGATTTTGAT TATGCCACCA GATTTCAACA GCTGGATATG GAGGCTCTGA 751 AAAAAGATAT CAAAGATTTG CTGACAACTT CCCAGGATTG GTGCCCTGCG 801 GATTATGGTC ATTATGGTCC TTTCTTTATT CGTATGCCTT GGCACGGTGC 851 CGGAACATAC AGGACATATG ATGGCCGGGG AGGCGCCAGT GGTGGTCAGC 901 AACGTTTTGA ACCGCTGAAC AGCTGGCCGG ATAACGTTAA TCTGGATAAA 951 GCCCGTCGAT TGCTGTGGCC AGTCAAGAAA AAATACGGCT CCAGTATTTC 1001 CTGGGGAGAC CTGATGGTCC TGACTGGTAA TGTTGCCCTT GAATCCATGG 1051 GATTTAAAAC GCTGGGATTT GCTGGCGGAA GAGAAGATGA CTGGGAGTCG 1101 GACCTGGTAT ACTGGGGGCC TGACAACAAG CCTCTTGCAG ATAACCGGGA 1151 TAAAAACGGG AAACTTCAGA AACCTCTTGC CGCCACGCAG ATGGGACTTA 1201 TTTATGTCAA TCCTGAAGGC CCCGGTGGAA AACCAGATCC TCTGGCTTCC 1251 GCGAAAGATA TCAGGGAAGC TTTTTCACGT ATGGCCATGG ATGATGAGGA 1301 GACTGTGGCC CTGATCGCGG GAGGGCATAC ATTTGGTAAA GCACATGGTG 1351 CAGCGTCTCC TGAAAAATGT ATTGGCGCAG GGCCTGATGG TGCACCTGTG 1401 GAGGAGCAGG GACTGGGATG GAAAAATAAA TGTGGTACAG GAAACGGCAA 1451 ATATACCATC ACCAGTGGCC TGGAAGGAGC CTGGTCGAC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 2: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR :1181 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : double (D) CONFiGURATION: linéaire (E) BRIN : sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 2: 1 CTGCAGGAGA TGGAAAAAAA GCCAAAATAA AAAATTGCCC ATCCCAGCGC 51 GCTCCAGCTG AAAGTAGGCC TGTTCTGTCC GGTATTTAAA TGCATTGACC 101 GTCCCCGTAT TTAAACAATG TGATAAATTA CTCCGTTACC GGAAAACCGC 151 TGAACAAAAT TCGGGCTGAA AAGAGGATCC GCCGTTATCT GTTGCATTTC 201 CCCTTAGCCT GACTAGCCAG AGACACAATG ATCTGTGCCG TTCTGTTAAT 251 ATCAAACCGG TACTCAATAT CTTCTCTGGC GCTGGCTGCC ATCATCCGGA 301 AGCGTTCCGG TCGGGATAAA AAATCGCCCA GTGCGCCGGT CCATGCAGAC 351 ACATCCCCCA CGGGTAACAG CGTCCCTGTC ACATTCTTCT GAATGACATC 401 AGGGATCCCG CCCGTCTCAC TGGCGATAAC GGGCACGCCG GAGACTGACG 451 CTTCAGCCAG TACCATACCA AACGCTTCAT TTTCCGAAGG CATGACCACC 501 ACACTGGCAA TCCGGTAGAC CGGTAACGCT GGGAAAAGGG CACCTGCCAT 551 TAACACATCT CCGCTCATTC CCAGGTGTTC TGTCTGCTGA CGCAGACGTG 601 CTTCGTATTC TTCACGCCCG GCGCCCACCA CGAGCCAGCG AAATGATTTC 651 CCTTCCATCT TCAGCTGATA CAATACACGC AGCATAAATT CATGTCCTTT 701 TTCGGGACGT AGCATCCCCA CCTGAACGAT AAGCGGAACA TTGTCTCCTG 751 ATGCAGCCCA GGCGTGGATA TGCAGGGGTA ACGGTCGCAT GGCTICATTA 801 TGCAATGCGG GCCAGTCGAA ACCCGGTGGA ATAACCGTTA CCGGTGTCCT 851 GACACCTTCC GCCATCAGAT GCGCCATCAT GGGTGAGATA GGCACAACAA 901 TGAAATCACA CAGATAATTC AGGGAAAACG TTCTGGTCTT ACGGGTGATG 951 TAGGTTTTTT GTCTGACAAT AGTGAAGCGG TGACAGCATA TCAGACGGCT 1001 CAGTCCTGCT ATATTACTGT CATGGCCACT ATGGCAGATG ACCAGATCAG 1051 GTTTAAATTC CCCGATAATC CGTCGAAGTC TGAGGATGGA AGGAAGGTGA 1101 AGGCTGTTCC TGAAAGGAAT AAAAGTGACA TCATGCCCTC TTTTTCTGGC 1151 TTCCGGAGCA ATTTTACTTT TTTCTCTGCA G (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 3: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 22 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 3: CGGAGATGAAAGCACCACTGTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 4 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 22 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N"4: GGGCTGTGTAATCTCAGAGGAG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 5 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 25 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 5 : GTCCGGAGATGAAAGCACCACTGTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 6 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 25 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 6 : TCAGGGCTGTGTAATCTCAGAGGAG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 7: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 23 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 7: GGCGCTGATACCGGCAAGAATGG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 8: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 23 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFiGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 8 : GGTCCCGCAGGCCATGATTTTTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 9 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 24 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 9 : CCGGCAAGAATGGTCGCAAACTCC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 10 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 26 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N"10: AAGGGGTTCCAAGCCGCAACTGACGA (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N011 (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 26 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 11: TAAGGGGTTCCAAGCCGCAACTGACG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 12 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 31 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 12 : CTCAACGGCATCGTCAGTTGCGGCTTGGAAC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 13: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 31 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 13: AGCACTCAACGGCATCGTCAGTTGCGGCTTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 14: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 31 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 14 : CTATTTCAGGATACCCTTCGTCATCAACACG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N"15: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 31 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 15 : AATTTCCCTTAATCCGGAGCTATTCGTATGA (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 16: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 20 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 16: GAAGACCAGCTTTTTGTTTC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 17: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 20 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 17 : TGTCACAGACTCAATGACTA (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 18: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 14 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN : sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 18 : GGCATCGTCAGTTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 19: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 16 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 19 : CGGCATCGTCAGTTGC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 20 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 18 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE: ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 20 : ACGGCATCGTCAGTTGCG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N021 (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 22 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N"21 CCACCTGAACGATAAGCGGAAC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 22: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 22 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 22: CACCTTCCTTCCATCCTCAGAC (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 23: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 20 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 23: ATCCCAGCGCGCTCCAGCTG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 24: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 22 paires de bases (B) TYPE: acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : antisens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE : SEQ ID N 24 : ACCCATGATGGCGCATCTGATG (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 25: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 31 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION: linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 25: ACGTTCTGGTCTTACGGGTGATGTAGGTTTT (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 26: (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 31 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN : sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 26: TAGTGAAGCGGTGACAGCATATCAGACGGCT (2) INFORMATION POUR LA SEQUENCE ID N 27 : (i) CARACTERISTIQUE DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR : 21 paires de bases (B) TYPE : acide nucléique (C) NOMBRE DE BRINS : simple (D) CONFIGURATION : linéaire (E) BRIN: sens (ii) TYPE DE MOLECULE : ADN (génomique) (iii) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID N 27 : GTGAGATAGGCACAACAATGA REVENDICATIONS 1. Séquence nucléotidique isolée comprenant la séquence nucléique SEQ ID N 1, ses séquences complémentaires, les fragments et séquences dérivées de celle-ci, différant par mutation, insertion, délétion etlou substitution d'une ou plusieurs bases et s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec la séquence SEQ ID N 1. 2. Séquence nucléotidique isolée comprenant la séquence SEQ ID N 1, les séquences complémentaires de celles-ci et les séquences dérivées de oelleci, comprenant un enchaînement nucléotidique résultant de l'association stable d'au moins une partie de la séquence d'insertion /S91 et au moins une partie de la séquence du gène katP. 3. Séquence nucléotidique isolée selon la revendication 2, comprenant au moins 8, avantageusement 10, de préférence 14 nucléotides consécutifs de l'enchaînement de la séquence SEQ ID N 1, incluant les nucléotides de la position 400 à 407. 4. Séquence nucléotidique isolée comprenant au moins 8 nucléotides consécutifs de la séquence SEQ ID N 1, ou de séquences complémentaires et dérivées de celle-ci, telles que définies à la revendication 1. 5. Séquence nucléotidique isolée selon la revendication 4 , choisie parmi les séquences nucléiques suivantes: SEQ ID N 3 : 5' - CGGAGATGAAAGCACCACTGTG - 3' SEQ ID N 4 : 5' - GGGCTGTGTAATCTCAGAGGAG - 3' SEQ ID N05: 5' - GTCCGGAGATGAAAGCACCACTGTG -3' SEQ ID N 6: 5' - TCAGGGCTGTGTAATCTCAGAGGAG - 3' SEQ ID N 7: 5' - GGCGCTGATACCGGCAAGAATGG -3' SEQ ID N 8 : 5' - GGTCCCGCAGGCCATGATTTTTG - 3' SEQ ID N 9 : 5' - CCGGCAAGAATGGTCGCAAACTCC -3' SEQ ID N 10 :5' - AAGGGGTTCCAAGCCGCAACTGACGA - 3' SEQ ID N 1 1:5' - TAAGGGGTTCCAAGCCGCAACTGACG -3' SEQ ID N 12 :5' - CTCAACGGCATC GTCAGTTGC GGCTTGGAAC - 3' SEQ ID N 13 :5' - AGCACTCAACGGCATCGTCAGTTGCGGCTTG - 3' SEQ ID N014 :5' - CTATTTCAGGATACCCTTCGTCATCAACACG - 3' SEQ ID N 15 :5' - AATTCCCTTAATCCGGAGCTATTCGTATGA - 3' SEQ ID N 16 :5' - GAAGACCAGCTTTTTGTTTC - 3' SEQ ID N 17 :5' - TGTCACAGACTCAATGACTA -3' SEQ ID N 18 :5' - GGCATCGTCAGTTG - 3' SEQ ID N 19 :5' - CGGCATCGTCAGTTGC - 3' SEQ ID N 20 :5' - ACGGCATCGTCAGTTGCG - 3' 6. Couples de séquences nucléotidiques isolées selon les revendications 4 ou 5, utilisés comme amorces, choisis parmi des couples suivants de séquences suivantes: - SEQ ID N 3 et SEQ ID N 4 - SEQ ID N 5 et SEQ ID N 6 - SEQ ID N" 6 et SEQ ID N" 7 - SEQ ID N 6 et SEQ ID N 8 - SEQ ID N 6 et SEQ ID N 9 7. Séquence nucléotidique isolée selon la revendication 4 ou 5, utilisée comme sonde, choisie parmi les séquences suivantes SEQ ID N 14, SEQ ID N 15 et SEQ ID N 18. 8. Séquence nucléotidique isolée selon la revendication 7, caractérisée en ce qu'elle est marquée. 9. Séquence nucléotidique isolée selon la revendication 7, caractérisée en ce qu'elle est immobilisée sur un support. 10. Plasmide pDF3 déposé à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes sous le numéro 1-1999 le 26 mars 1998. 11. Cellule hôte comprenant le plasmide selon la revendication 10. 12. Procédé de détection de E. coli 0157:H7 ou des EHEC dans un échantillon, comprenant les étapes suivantes: (a) mise en contact de l'échantillon avec un couple d'amorces oligonucléotiques choisi parmi les oligonucléotides définis à la revendication 5; I'acide nucléique contenu dans l'échantillon ayant été, le cas échéant, rendu accessible aux dites amorces à la cible recherchée, (b) amplification de la séquence nucléique encadrée par le couple d'amorces choisi, (c) vérification de la présence du produit amplifié par utilisation d'au moins une sonde spécifique du produit amplifié. 13. Procédé selon la revendication 12, selon lequel l'étape (c) comprend les sous-étapes suivantes: (c1) dénaturation des séquences amplifiées par un moyen physique ou chimique, (c2) mise en contact avec une solution contenant les fragments amplifiés dénaturés de l'étape (c1) avec, d'une part, au moins une sonde de capture, et d'autre part, au moins une sonde de détection, éventuellement marquée, les sondes de capture et de détection ayant une séquence telle que définie à la revendication 1, et susceptibles de s'hybrider avec le même brin des fragments amplifiés, ladite mise en contact étant réalisée pendant un temps suffisant pour permettre la réaction d'hybridation, (C3) au moins un lavage pour éliminer les séquences nucléiques n'ayant pas réagi, (C4) révélation des sondes de détection hybridées aux séquences nucléiques amplifiées. 14. Procédé selon les revendications 12 ou 13, dans lequel la sonde de capture est fixée à la surface d'un puits d'une plaque de microtitration. 15. Procédé selon les revendications 12 ou 13, dans lequel la sonde de détection est marquée à la péroxydase. 16. Procédé selon l'une quelconque des revendications 13 à 15, caractérisé en ce que la mise en évidence de l'activité de la péroxydase liée à la sonde de détection ayant réagi, s'effectue par réaction colorimétrique, en présence d'un substrat chromogène, tel que le tétraméthylbenzidine (TMB), par la mise en oeuvre des étapes suivantes: - addition du substrat chromogène, tel qu'une solution de TMB dans les puits contenant le mélange réactionnel, - incubation, à l'obscurité, pendant un temps suffisant pour permettre le développement de la coloration, - blocage de la réaction par addition d'une solution d'arrêt, - détermination de la densité optique à une longueur d'onde appropriée. 17. Procédé de détection de E. coli 0157 :H7, selon l'une quelconque des revendications 12 à 16, mettant en oeuvre les oligonucléotides suivants: - les séquences SEQ ID N"5 et SEQ ID N" 6, comme amorces pour l'amplification, - la séquence SEQ ID N" 15, comme sonde de capture, - la séquence SEQ ID N" 18, comme sonde de détection. 18. Trousse pour la détection de E. coli 0157 :H7 ou des EHEC, comprenant parmi les réactifs: - au moins deux oligonucléotides selon la revendication 5, utilisés comme couple d'amorces, - éventuellement au moins une sonde oligonucléotidique selon la revendication 5, pour la détection du produit amplifié.