Brevet FR2782733A1 — publié le 20000303

PROCEDE DE TRANSFORMATION NON-HOMOLOGUE DE YARROWIA LIPOLYTICA L'invention est relative à des outils d'expression de gènes hétérologues chez Yarrowia lipolytica. La levure Y. lipolytica est de plus en plus employée comme hôte d'expression de gènes d'intérêt ; on utilise en particulier dans ce cadre, des vecteurs dits intégratifs , qui permettent l'insertion d'un segment d'ADN portant le gène d'intérêt dans l'ADN chromosomique. Par exemple, la Demande EP 138 508 décrit la transformation de Yarrowia lipolytica à l'aide de vecteurs capables de s'intégrer dans l'ADN chromosomique par recombinaison de séquences de Y. lipolytica portées par lesdits vecteurs, avec les séquences homologues présentes sur l'ADN chromosomique de la cellule hôte. Parmi les séquences de Yarrowia lipolytica utilisées pour la construction de vecteurs intégratifs, on citera notamment les séquences dénommées : séquences zéta , qui correspondent aux LRT (longues répétitions terminales) du rétrotransposon Yltl de Yarrowia lipolytica ; ces séquences ont été décrites par SCHMIDBERGER et al. [J. Bacteriol., 2477-2482 (1994) ] qui indiquent qu'elles sont présentes en un grand nombre de copies (environ 35 copies du rétrotransposon complet, et environ 30 copies de la séquence zéta isolée) dans l'ADN chromosomique de certaines souches de Yarrowia lipolytica. Lorsqu'un vecteur contenant un insert flanqué de séquences zéta est utilisé pour transformer l'une de ces souches de Yarrowia, l'ADN de l'insert s'intègre par recombinaison homologue avec des séquences zéta de l'ADN chromosomique. On obtient de la sorte des cellules de Yarrowia transformées contenant plusieurs copies d'une séquence hétérologue intégrées en tandem au niveau de sites zéta chromosomiques. Les Inventeurs ont maintenant constaté que de manière surprenante, lorsque des vecteurs portant des inserts flanqués de séquences zéta étaient utilisés pour transformer des cellules de Yarrowia dépourvues de ces séquences, l'ADN de l'insert s'intégrait cependant dans l'ADN chromosomique, sous la forme de plusieurs copies dispersées dans le génome. La présente invention a pour objet un procédé d'intégration d'un gène d'intérêt dans le génome d'une souche de Yarrowia, à l'aide d'un vecteur recombinant portant un insert flanqué de séquences zéta et comprenant ledit gène d'intérêt, lequel procédé est caractérisé en ce l'on met en #uvre ledit vecteur recombinant pour transformer une souche de Yarrowia dont le génome est dépourvu de séquences zéta. Des souches de Yarrowia lipolytica dépourvues de séquences zéta, utilisables pour la mise en #uvre du procédé conforme à l'invention sont par exemple les souches dérivées de la souche W29 (ATCC 20460 ou CLIB 89, MatA), telles que W29ura3-302 (CLIB 141, MatA Ura3-302), POla (CLIB 140, MatA Ura3-302, Leu2-270) et POld (CLIB 139, MatA Ura3-302, Leu2-270, xpr2-322), décrites par BARTH et GAILLARDIN [The dimorphic fungus Yarrowia lipolytica. In: Non conventional yeasts in biotechnology (Wolf K. Ed. ). Springer-Verlag, Berlin pp 313-388 (1996) ], et que l'on peut se procurer auprès de la CLIB, (Collection de Levures d'intérêt Biotechnologique, INRA, Centre de Grignon, BP01, 78850 Thiberval-Grignon). D'autres souches utilisables peuvent facilement être sélectionnées sur la base de l'absence de signaux d'hybridation avec des sondes d'acide nucléique dérivées des séquences zéta. Selon un mode de mise en oeuvre préféré du procédé conforme à l'invention, l'insert comprenant le gène d'intérêt comprend en outre des séquences permettant le contrôle de l'expression dudit gène et/ou au moins un marqueur de sélection des transformants. Le marqueur de sélection est constitué par un gène dont l'expression permet la sélection des transformants. Il peut s'agir par exemple d'un gène de résistance à un antibiotique, ou d'un mutant défectif d'un gène nécessaire à la croissance de la levure, tel que URA3, LEU2, etc. Avantageusement, on choisira un marqueur de sélection nécessitant d'être présent en plusieurs copies pour être fonctionnel, ce qui permet de sélectionner les transformants ayant intégré plusieurs copies du gène d'intérêt. Par exemple, on peut utiliser comme marqueur de sélection un marqueur URA3 défectif, qui dérive du gène URA3 de Y. lipolytica permettant la complémentation de l'auxotrophie pour l'uracile, tel que les marqueurs URA3d décrits par LE DALL et al. [Curr. Genet., 26, 38-44 (1994)]. Les séquences de contrôle de l'expression sont notamment des séquences promoteur et terminateur actives chez Yarrowia. On peut utiliser un promoteur inductible ou constitutif. Très avantageusement, on peut également utiliser en tant que séquences de contrôle, le promoteur du gène de l'acyl CoA oxydase AC02 de Yarrowia lipolytica, [LE CLAINCHE, Thèse de doctorat de l'Institut National Agronomique Paris Grignon, soutenue le 2 juillet 1997], ou le promoteur et/ou le terminateur du gène LIP2 de la lipase extracellulaire acidorésistante de Yarrowia lipolytica, décrit dans la Demande Française au nom de LABORATOIRES MAYOLY-SPINDLER, intitulée : CLONAGE ET EXPRESSION DE LIPASES EXTRACELLULAIRES ACIDORESISTANTES DE LEVURES , déposée le même jour que la présente Demande. Les promoteurs AC02 et LIP2 sont tous deux inductibles par les triglycérides et les acides gras. D'autres marqueurs de sélection et séquences de contrôle utilisables pour la mise en #uvre de la présente invention sont par exemple ceux cités par BARTH et GAILLARDIN (publication précitée). Lorsque le produit du gène d'intérêt est destiné à être sécrété par la cellule-hôte, ledit insert comprend en outre des signaux de contrôle de la sécrétion dudit produit. On peut utiliser dans ce but des séquences signal fonctionnelles chez Yarrowia lipolytica, par exemple tout ou partie de la séquence prépro du gène LIP2 décrit dans la Demande Française au nom de LABORATOIRES MAYOLY-SPINDLER, mentionnée ci-dessus. La présente invention a également pour objet des cellules de Yarrowia transformées susceptibles d'être obtenues par le procédé conforme à l'invention. Avantageusement, ces cellules transformées comprennent au moins 2 copies de l'insert flanqué de séquences zéta, comprenant le gène d'intérêt, intégrées dans leur génome de manière dispersée. La présente invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples non-limitatifs d'obtention de souches transformées de Yarrowia lipolytica conformes à l'invention. EXEMPLE 1 : CONSTRUCTION DE VECTEURS COMPRENANT UNE SEQUENCE ZETA Ces vecteurs sont obtenus à partir du vecteur pINA1067, dérivé d'un vecteur de type pINA970 décrit par BARTH et GAILLARDIN (publication précitée, Fig. 6), par excision de la portion de séquence comprise entre le promoteur et le terminateur XPR2, qui a été remplacée par un lieur contenant les sites de restriction SrfI et BglII. pINA1067 porte le marqueur URA3 défectif ura3d4 décrit par LE DALL et al. (publication précitée), ainsi qu'un marqueur de résistance à la tétracycline. Le plasmide pHSS6 portant une origine de réplication pour E. coli et un gène de résistance à la kanamycine est linéarisé par restriction avec NotI et introduit au site NotI de pINA1067. Le mélange de ligation est utilisé pour transformer E. coli. Les transformants ayant intégré le plasmide sont sélectionnés sur tétracycline (6 mg/1) et kanamycine (40 mg/1). Le vecteur résultant, dénommé JMP1, est coupé par HindIII et EcoRI . ce qui élimine le fragment portant les séquences promoteur et terminateur de XPR2 et le marqueur de résistance à la tétracycline ; ce fragment est remplacé par un lieur multisite qui contient les sites de restriction HindIII . ClaI, MluI, HapI, BamHI et EcoRI. Le vecteur résultant est dénommé JMP3. Les différentes étapes de la construction de JMP3 sont schématisées sur la figure 1. Les vecteurs d'autoclonage JMP3 et JMP5 s'intègrent dans le génome après coupure par l'enzyme de restriction NotI. Cette restriction permet l'élimination de la partie bactérienne (origine de réplication de E. coli et du marqueur de résistance KanR). EXEMPLE 2 : CONSTRUCTION DE VECTEURS D'EXPRESSION Des vecteurs d'expression comprenant une séquence codant pour la lipase extracellulaire acidorésistante de Yarrowia lipolytica, décrite dans la Demande Française au nom des LABORATOIRES MAYOLYSPINDLER, mentionnée ci-dessus, sous contrôle du promoteur AC02 (vecteur JMP6) ou de son propre promoteur (vecteur JMP10) ont été construits. Vecteur JMP6 : Le promoteur du gène de l'acyl CoA oxidase AC02 a été amplifié par PCR à partir de l'ADN génomique total de Y. lipolytica, avec les oligonucléotides Aco2Pl et Aco2P2 qui contiennent respectivement un site ClaI et un site HindIII. Aco2Pl : 5' GCG ATCGAT CATACTGTTACACTGCTCCG 3' Aco2P2 : 5' GTGGGATCCGAAAGCTTCATGGCGTCGTTGCTTGTGTGATTTTTGAGG 3' Le fragment de PCR de 2168 pb a été clone au site EcoRV du vecteur BLUESCRIPT KS+. Le plasmide résultant est appelé KS-AC02prom. Ce vecteur a été digéré par ClaI et partiellement par HindIII pour obtenir un fragment de 2155pb contenant le promoteur AC02 complet. D'autre part un fragment HindIII-EcoRI de 1134pb contenant la séquence codant pour la prolipase LIP2, ainsi que le terminateur de transcription, a été isolé du plasmide dénommé pKS±LIP2W29a. Les deux fragments purifiés sont fusionnés et insérés aux sites ClaI-EcoRI du vecteur JMP3. Le plasmide résultant est appelé JMP6. Vecteur JMP10 : Un fragment NdeI*-HindIII de 2030 pb contenant le promoteur du gène de la lipase de Y. lipolytica a été isolé à partir du plasmide dénommé pKS±LIP2prom. Pour cela le plasmide pKS±LIP2prom a été digéré par NdeI, puis traité à la T4 DNA polymérase pour rendre le site NdeI franc (Ndel*) . Après inactivation de l'enzyme NdeI et de la polymérase, l'ADN a été coupé par HindIII. Le fragment NdeI*-HindIII de 2030 pb a été ligaturé avec le fragment HindIII-EcoRI de 1134 pb portant le gène de la lipase et son terminateur, et le produit de ligation inséré aux sites HapI-EcoRI du vecteur JMP3. Le plasmide résultant est appelé JMP10. La figure 2 représente les plasmides JMP6 et JMP10. EXEMPLE 3 : OBTENTION DE TRANSFORMANTS DE Y. LIPOLYTICA. Les souches de Y. lipolytica suivantes, présentant une délétion du gène URA3, ont été utilisées : - POld . (CLIB 139, MatA Ura3-302, Leu2-270, xpr2-322), dépourvue de séquences zêta ; - E150 : (CLIB 122, MatA Ura3-302, Leu2-270, xpr2-322, his-1) possédant plusieurs copies de séquences zéta. Ces deux souches, décrites par BARTH et GAILLARDIN (publication précitée) sont disponibles auprès de la CLIB. Les plasmides JMP6 et JMP10, préalablement linéarisés par NotI, ce qui permet d'éliminer les séquences provenant du plasmide pHSS6, sont introduits dans les cellules de Yarrowia par transformation à l'acétate de lithium, selon le protocole décrit par BARTH et GAILLARDIN. On obtient habituellement 20 à 50 transformants/g de DNA avec la souche POld et 100 à 200 transformants/g de DNA avec la souche E150. Les différents transformants seront désignés ci-après selon la nomenclature suivante : nom de la souche - numéro du plasmide - numéro du transformant. Par exemple ; POld-6-15 - souche POld, plasmide JMP6, transformant numéro 15. La structure des transformants a été étudiée par transfert de Southern. L'ADN génomique total de la souche d'origine (T) et des différents transformants est digéré par HindIII dans le cas de POld et par BamHI (pour les transformants JMP6) ou EcoRI (pour les transformants JMP10)dans le cas de E150. Les sondes utilisées sont dérivées des séquences zéta, de la séquence du promoteur AC02, et de la séquence codant pour la lipase LIP2. Les résultats obtenus sont illustrés par la figure 3 pour les transformants POld, et par la figure 4 pour les tranformants E150. Transformants POld (JMP6) La figure 3A représente les résultats observés avec la sonde lipase ; la figure 3B représente les résultats observés avec la sonde ZETA ; la figure 3C représente les résultats observés avec la sonde AC02. Dans la souche POld (ligne T) on observe une bande de 1,4 kb avec la sonde lipase, aucune bande avec la sonde zéta (absence de site zéta dans cette souche) et une bande de 1,1 kb avec la sonde AC02. Dans le cas des transformants, on observe avec les sondes lipase et zéta de nombreuses bandes de taille variable, correspondant au nombre de copies et montrant qu'elles sont dispersées dans le génome. On observe donc dans le cas des souches transformantes conformes à l'invention, une intégration non homologue, en multicopie et dispersée. Transformants E150 (JMP6 et JMP10) . La figure 4A représente les résultats observés avec la sonde lipase + la sonde AC02 ; la figure 4B représente les résultats observés avec la sonde ZETA. Sur la Figure 4A, on observe chez les transformants, une amplification des séquences du vecteur, révélée par l'intensité de la bande BamHI de 2,9 kb (promoteur AC02 + gène de la lipase) ou de la bande EcoRI de 1,6 kb (gène de la lipase), comparée avec celle de la bande génomique BamHI de 2,6 kb qui correspond au promoteur AC02 génomique, ou celle de la bande génomique EcoRI d'environ 6 kb, qui correspond au gène de la lipase. Sur la figure 4B, on observe dans la souche E150, et les transformants plusieurs sites zéta révélés par de nombreuses bandes dans le profil de restriction EcoRI. L'intégration en tandem est révélée par l'intensité de la bande BamHI de 2,5 kb, et la bande EcoRI de 3,7 kb, correspondant aux fragments attendus si les séquences des vecteurs sont intégrées en tandem. Chez le transformant 6 on remarque en outre la disparition d'une bande zéta indiquant l'intégration dans ce locus. On observe donc, dans le cas des transformants de la souche E150, une intégration en tandem par intégration homologue à un site zéta. Sécrétion de lipase par les souches transformées. La production de lipase par les souches transformées a été testée sur différents milieux. On observe, aussi bien dans le cas des souches conformes à l'invention dérivées de POld, que dans celui des souches de comparaison dérivées de E150, une sécrétion au moins dix à quinze fois supérieure à celle des souches non transformées. REVENDICATIONS 1) Procédé d'intégration d'un gène d'intérêt dans le génome d'une souche de Yarrowia, à l'aide d'un vecteur recombinant portant un insert flanqué de séquences zéta et comprenant ledit gène d'intérêt, caractérisé en ce l'on met en #uvre ledit vecteur recombinant pour transformer une souche de Yarrowia dont le génome est dépourvu de séquences zéta. 2) Procédé selon la revendication 1, caractérisé en ce que l'insert comprenant le gène d'intérêt comprend en outre des séquences permettant le contrôle de l'expression dudit gène et/ou au moins un marqueur de sélection des transformants. 3) Procédé selon la revendication 2, caractérisé en ce que ledit marqueur de sélection est un marqueur URA3 défectif. 4) Procédé selon une quelconque des revendications 2 ou 3, caractérisé en ce qu'au moins une des séquences permettant le contrôle de l'expression du gène d'intérêt est choisie parmi . le promoteur du gène de l'acyl CoA oxydase AC02 de Yarrowia lipolytica, le promoteur du gène de la lipase extracellulaire acidorésistante de Yarrowia lipolytica, le terminateur du gène de la lipase extracellulaire acidorésistante de Yarrowia lipolytica. 5) Procédé selon une quelconque des revendications 2 à 4, caractérisé en ce que ladite cassette d'expression comprend en outre une séquence codant pour des signaux de contrôle de la sécrétion du produit dudit gène d'intérêt. 6) Procédé selon la revendication 5, caractérisé en ce que lesdits signaux de contrôle comprenent tout ou partie de la séquence prépro de la lipase extracellulaire acidorésistante de Yarrowia lipolytica. 7) Cellule de Yarrowia transformée, susceptible d'être obtenue par un procédé selon une quelconque des revendications 1 à 6. 8) Cellule transformée selon la revendication 7, caractérisée en ce qu'elle comprend au moins 2 copies des séquences dudit vecteur, intégrées dans son génome de manière dispersée.