Brevet FR2765588A1 — publié le 19990108

La Sclérose en Plaques (SEP) est une maladie démyélinisante du système nerveux central (SNC) dont la cause complète reste encore inconnue. De nombreux travaux ont étayé l'hypothèse d'une étiologie virale de la maladie, mais aucun des virus connus testés ne s'est avéré être l'agent causal recherché: une revue des virus recherchés depuis des années dans la SEP a été faite par E. Norrby et R.T. Johnson. Récemment, un rétrovirus, différent des rétrovirus humains connus a été isolé chez des patients atteints de SEP. Les auteurs ont aussi pu montrer que ce rétrovirus pouvait être transmis in vitro, que des patients atteints de SEP produisaient des anticorps susceptibles de reconnaitre des protéines associées à l'infection des cellules leptoméningées par ce rétrovirus, et que l'expression de ce dernier pouvait être fortement stimulée par les gènes immédiats-précoces de certains herpesvirus. Tous ces résultats plaident en faveur du rôle dans la SEP d'au moins un rétrovirus inconnu ou d'un virus ayant une activité transcriptase inverse (RT) détectable selon la méthode publiée par H. Perron et qualifiée d'activité "RT de type LM7". Les travaux de la Demanderesse ont permis d'obtenir deux lignées continues de cellules infectees par des isolats naturels provenant de deux patients différents atteints de SEP, par un procédé de culture tel que décrit dans le document WO-A-93 20188, dont le contenu est incorporé par référence à la présente description. Ces deux lignées dérivées de cellules de plexus-choroides humains, dénommées LM7PC et PLI-2 ont été déposées à 1'E.C.A.C.C. respectivement le 22 juillet 1992 et le 8 janvier 1993, sous les numéros 92 072201 et 93 010817, conformément aux dispositions du Traité de Budapest. Par ailleurs, les isolats viraux possédant une activité RT de type LM7 ont également été déposés à 1'E.C.A.C.C. sous la dénomination globale de "souches". La "souche" ou isolat hébergé par la lignée PLI-2, dénommée POL-2, a été déposée auprès de 1'E.C.A.C.C. le 22 juillet 1992 sous le nO V92072202. La "souche" ou isolat hébergé par la lignée LM7PC, dénommée MS7PG, a été déposée auprès de 1'E.C.A.C.C. le 8 janvier 1993 sous le nO V93010816. A partir des cultures et des isolats précités, caractérisés par des critères biologiques et morphologiques, on s'est ensuite attaché à caractériser le matériel nucléique associé aux particules virales produites dans ces cultures. Les portions de génome déjà caractérisées ont été utilisées pour mettre au point des tests de détection moléculaire du génome viral et des tests immunosérologiques, utilisant les séquences d'aminoacides codées par les séquences nucléotidiques du génome viral, pour détecter la réponse immunitaire dirigée contre des épitopes associés à l'infection et/ou l'expression virale. Ces outils ont déjà permis de confirmer une association entre la SEP et l'expression des séquences identifiées dans les brevets cités plus loin. Cependant, le système viral découvert par la Demanderesse, s'apparente à un système rétroviral complexe. En effet, les séquences retrouvées encapsidées dans les particules virales extracellulaires produites par les différentes cultures de cellules de patients atteints de SEP, montrent clairement qu'il y a co-encapsidation de génomes rétroviraux apparentés, mais différents du génome rétroviral "sauvage" qui produit les particules virales infectantes. Ce phénomène a été observé entre des rétrovirus réplicatifs et des rétrovirus endogènes appartenant à la même famille, voire même hétérologues. La notion de rétrovirus endogène est très importante dans le contexte de notre découverte car, dans le cas de MSRV-1, on a observé que des séquences rétrovirales endogènes comprenant des séquences homologues au génome MSRV-1, existent dans 1'ADN humain normal. L'existence d'éléments rétroviraux endogènes (ERV) apparentés à MSRV-1 par tout ou partie de leur génome, explique le fait que l'expression du rétrovirus MSRV-1 dans les cellules humaines puisse interagir avec des séquences endogènes proches. Ces interactions sont retrouvées dans le cas de rétrovirus endogènes pathogènes et/ou infectieux (par exemple certaines souches écotropes du Murine Leukaemia virus), dans le cas de rétrovirus exogènes dont la séquence nucléotidique peut être retrouvée partiellement ou en totalité, sous forme d'ERVs, dans le génome de l'animal hôte (ex. virus exogène de la tumeur mammaire de la souris transmis par le lait) . Ces interactions consistent principalement en (i) une transactivation ou co-activation d'ERVs par le rétrovirus réplicatif, (ii) une encapsidation "illégitime" d'ARN apparentés d'ERVS, ou d'ERVs -voire d'ARN cellulaires- possédant simplement des séquences d'encapsidation compatibles, dans les particules rétrovirales produites par l'expression de la souche réplicative, parfois transmissibles et parfois avec une pathogénicité propre, et (iii) des recombinaisons plus ou moins importantes entre les génomes co-encapsidés, notamment dans les phases de transcription inverse, qui conduisent à la formation de génomes hybrides, parfois transmissibles et parfois avec une pathogénicité propre. Ainsi, (i) différentes séquences apparentées à MSRV-1 ont été retrouvées dans les particules virales purifiées; (ii) l'analyse moléculaire des différentes régions du génome rétroviral MSRV-1 doit être faite en analysant systématiquement les séquences co-encapsidées, interférantes et/ou recombinées qui sont générées par l'infection et/ou l'expression de MSRV-1, de plus, certains clones peuvent avoir des parties de séquences défectives produites par la réplication rétrovirale et les erreurs de matrice et/ou de transcription de la transcriptase inverse; (iii) les familles de séquences apparentées à une même région génomique rétrovirale sont les supports d'une détection diagnostique globale qui peut être optimisée par l'identification de régions invariables parmi les clones exprimés et par l'identification de trames de lectures responsables de la production de polypeptides antigéniques et/ou pathogènes qui peuvent n'être produits que par une partie, voire un seul, des clones exprimés et dans ces conditions, l'analyse systématique des clones exprimés dans une région d'un gène donné permet d'évaluer la fréquence de variation et/ou de recombinaison du génome MSRV-1 dans cette région et de définir les séquences optimales pour les applications, notamment diagnostiques; (iv) la pathologie provoquée par un rétrovirus tel que MSRV-1 peut être un effet direct de son expression et des protéines ou peptides produits de ce fait, mais aussi un effet de l'activation, de l'encapsidation, de la recombinaison de génomes apparentés ou hétérologues et des protéines ou peptides produits de ces faits ; ainsi ces génomes associés à l'expression de et/ou l'infection par MSRV-1 sont-ils une partie intégrante de la pathogénicité potentielle de ce virus et donc, constituent des supports de détection diagnostique et des cibles thérapeutiques particulières. De même, tout agent associé à, ou, co-facteur de ces interactions responsables de la pathogénie en cause, tel que MSRV-2 ou le facteur gliotoxique décrit dans la demande de brevet publiée sous le N" FR-2 716 198, peut participer à l'élaboration d'une stratégie globale et très efficace de diagnostic, de pronostic, de suivi thérapeutique et/ou de thérapeutique intégrée de la SEP notamment, mais aussi de toute autre maladie associée aux mêmes agents. Dans ce contexte, on a fait une découverte parallèle dans une autre maladie autoimmune, la polyarthrite rhumatoïde (PR), qui a été décrite dans la demande de brevet français déposée sous le N095 02960. Cette découverte montre que, en appliquant des approches méthodologiques similaires à celles qui furent utilisées dans les travaux de la Demanderesse sur la SEP, on a pu identifier un rétrovirus exprimé dans la PR qui partage les séquences décrites pour MSRV-1 dans la SEP et aussi, la co-existence d'une séquence associée MSRV-2 également décrite dans la SEP. En ce qui concerne MSRV-1, les séquences détectées communément dans la SEP et la PR, concernent les gènes pol et gag. En l'état actuel des connaissances, on peut associer les séquences gag et pol décrites aux souches MSRV-1 exprimées dans ces deux maladies. La présente demande de brevet a pour objet différents résultats, supplémentaires par rapport à ceux déjà protégés par les demandes de brevet français - NO 92 04322 du 03.04.1992, publiée sous le NO 2 689 519; - NO 92 13447 du 03.11.1992, publiée sous le N" 2 689 521; - NO 92 13443 du 03.11.1992, publiée sous le N" 2 689 520; - NO 94 01529 du 04.02.1994, publiée sous le NO 2 715 936; - NO 94 01531 du 04.02.1994, publiée sous le N" 2 715 939; - NO 94 01530 du 04.02.1994, publiée sous le N" 2 715 936; - NO 94 01532 du 04.02.1994, publiée sous le NO 2 715 937; - NO 94 14322 du 24.11.1994, publiée sous le NO 2 727 428; - NO 94 15810 du 23.12.1994, publiée sous le N" 2 728 585; et - la demande de brevet WO-97/06260. La présente invention concerne tout d'abord un matériel nucléique, qui peut consister en un matériel rétroviral, à l'état isolé ou purifié, pouvant être appréhendé ou caractérisé de différentes manières - il comprend une séquence nucléotidique choisie dans le groupe qui consiste en (i) les séquences SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141 et SEQ ID NO: 142 ; (ii) les séquences complémentaires aux séquences (i) ; et (iii) les séquences équivalentes aux séquences (i) ou (ii), en particulier les séquences présentant pour toute suite de 100 monomères contigus, au moins 50 l, et préférentiellement au moins 70 % d'homologie avec respectivement les séquences (i) ou (ii); - il code pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec une séquence peptidique choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 113, SEQ ID N0115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137; - son gène pol comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à une séquence choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 124 et leurs séquences complémentaires; - l'extrémité 5' de son gène pol commence au nucléotide 1419 de SEQ ID NO: 130; - son gène pol code pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec la séquence peptidique SEQ ID NO: 113; - l'extrémité 3' de son gène gag finit au nucléotide 1418 de SEQ ID NO: 130; - son gène env comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à une séquence choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 117, et ses séquences complémentaires; - son gène env comprend une séquence nucléotidique qui commence au nucléotide 1 de SEQ ID NO: 117 et finit au nucléotide au nucléotide 233 de SEQ ID NO: 114; - son gène env code pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec la séquence SEQ ID NO:0118; - la région U3R de son LTR 3' comprend une séquence nucléotidique qui se termine au nucléotide 617 de SEQ ID NO: 114; - la région RU5 de son LTR 5' comprend une séquence nucléotidique qui commence au nucléotide 755 de SEQ ID NO: 120 et finit au nucléotide 337 de SEQ ID NO: 141 ou SEQ ID NO: 142; - un matériel nucléique rétroviral comprenant une séquence qui commence au nucléotide 755 de SEQ ID NO: 120 et qui se termine au nucléotide 617 de SEQ ID NO: 114; - le matériel nucléique rétroviral tel que défini précédemment est en particulier associé à au moins une maladie auto-immune telle que la sclérose en plaques ou la polyarthrite rhumatoïde. L'invention concerne aussi un fragment nucléotidique qui répond au moins à l'une des définitions suivantes - il comprend ou consiste en une séquence nucléotidique choisie dans le groupe qui consiste en (i) les séquences SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141 et SEQ ID NO: 142 ; (ii) les séquences complémentaires des séquences (i) ; et (iii) les séquences équivalentes aux séquences (i) ou (ii), en particulier les séquences présentant pour toute suite de 100 monomères contigus, au moins 50 %, et préférentiellement au moins 70 % d'homologie avec respectivement les séquences (i) ou (ii); - il comprend ou consiste en une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec une séquence peptidique choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 113, SEQ ID Nu115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. D'autres objets de la présente invention sont les suivants - une sonde nucléique pour la détection d'un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou la polyarthrite rhumatoïde, susceptible de s'hybrider spécifiquement sur tout fragment précédemment défini et appartenant au génome dudit rétrovirus; elle possède avantageusement de 10 à 100 nucléotides, de préférence de 10 à 30 nucléotides; - une amorce pour l'amplification par polymérisation d'un ARN ou d'un ADN d'un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou la polyarthrite rhumatoïde, qui comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à au moins une partie de la séquence nucléotidique d'un fragment défini précédemment, notamment une séquence nucléotidique présentant pour toute suite de 10 monomères contigus, au moins 50 %, de préférence au moins 70 % d'homologie avec au moins ladite partie dudit fragment ; de préférence la séquence nucléotidique d'une amorce de l'invention est choisie parmi SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 132, et SEQ ID NO: 133; - un ARN ou ADN, et notamment vecteur de réplication et/ou d'expression, comprenant un fragment génomique du matériel nucléique ou un fragment défini précédemment; - un peptide codé par tout cadre de lecture ouvert appartenant à un fragment nucléotidique défini précédemment, notamment un polypeptide, par exemple oligopeptide formant ou comprenant un déterminant antigénique reconnu par des sera de patients infectés par le virus MSRV-1, et/ou chez lesquels le virus MSRV-1 a été réactivé; un peptide préférentiel comprend une séquence identique, partiellement ou totalement, ou équivalente à une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 113, SEQ ID N0115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137; - une composition diagnostique, prophylactique, ou thérapeutique, notamment pour inhiber l'expression d'au moins un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou à la polyarthrite rhumatoïde, comprenant un fragment nucléotidique défini précédemment; - un procédé pour détecter un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou à la polyarthrite rhumatoide, dans un échantillon biologique, comprenant les étapes consistant à mettre en contact un ARN et/ou un ADN présumé appartenir ou provenant dudit rétrovirus, ou leur ARN et/ou ADN complémentaire, avec une composition comprenant un fragment nucléotidique défini ci-dessus. Avant de détailler l'invention, différents termes utilisés dans la description et les revendications sont à présent définis - par souche ou isolat, on entend toute fraction biologique infectante et/ou pathogène, contenant par exemple des virus et/ou des bactéries et/ou des parasites, générant un pouvoir pathogène et/ou antigénique, hébergée par une culture ou un hôte vivant ; à titre d'exemple, une souche virale selon la définition précédente peut contenir un agent co-infectant, par exemple un protiste pathogène, - le terme "MSRV" utilisé dans la présente description désigne tout agent pathogène et/ou infectant, associé à la SEP, notamment une espèce virale, les souches atténuées de ladite espèce virale, ou les particules défectives interférentes ou contenant des génomes coencapsidés ou encore des génomes recombinés avec une partie du génome MSRV-1, dérivées de cette espèce. I1 est connu que les virus et particulièrement les virus contenant de 1'ARN ont une variabilité, consécutive notamment à des taux relativement élevés de mutation spontanée, dont il sera tenu compte ci-après pour définir la notion d'équivalence, - par virus humain, on entend un virus susceptible d'infecter ou d'être hébergé par l'être humain, - compte tenu de toutes les variations et/ou recombinaison naturelles ou induites, pouvant être rencontrées dans la pratique de la présente invention, les objets de cette dernière, définis ci-dessus et dans les revendications, ont été exprimés en comprenant les équivalents ou dérivés des différents matériels biologiques définis ci-après, notamment des séquences homologues nucléotidiques ou peptidiques, - le variant d'un virus ou d'un agent pathogène et/ou infectant selon l'invention, comprend au moins un antigène reconnu par au moins un anticorps dirigé contre au moins un antigène correspondant dudit virus et/ou dudit agent pathogène et/ou infectant, et/ou un génome dont toute partie est détectée par au moins une sonde d'hybridation, et/ou au moins une amorce d'amplification nucléotidique spécifique dudit virus et/ou agent pathogène et/ou infectant, dans des conditions d'hybridation déterminées bien connues de l'homme de l'art, - selon l'invention, un fragment nucléotidique ou un oligonucléotide ou un polynucléotide est un enchaînement de monomères, ou un biopolymère, caractérisé par la séquence informationnelle des acides nucléiques naturels, susceptible de s'hybrider à tout autre fragment nucléotidique dans des conditions prédéterminées, l'enchaînement pouvant contenir des monomères de structures chimiques différentes et être obtenu à partir d'une molécule d'acide nucléique naturelle et/ou par recombinaison génétique et/ou par synthèse chimique ; un fragment nucléotidique peut être identique à un fragment génomique du virus MSRV-1 considéré par la présente invention, notamment un gène de ce dernier, par exemple pol ou env dans le cas dudit virus - ainsi un monomère peut être un nucléotide naturel d'acide nucléique, dont les éléments constitutifs sont un sucre, un groupement phosphate et une base azotée; dans 1'ARN le sucre est le ribose, dans 1'ADN le sucre est le désoxy-2-ribose; selon qu'il s'agit de 1'ADN ou 1'ARN, la base azotée est choisie parmi l'adénine, la guanine, l'uracile, la cytosine, la thymine; ou le nucléotide peut être modifié dans l'un au moins des trois éléments constitutifs ; à titre d'exemple, la modification peut intervenir au niveau des bases, générant des bases modifiées telles que l'inosine, la méthyl-5désoxycytidine, la désoxyuridine, la diméthylamino-5-désoxyuridine, la diamino-2 , 6-purine, la bromo-5-désoxyuridine et toute autre base modifiée favorisant l'hybridation; au niveau du sucre, la modification peut consister dans le remplacement d'au moins un désoxyribose par un polyamide, et au niveau du groupement phosphate, la modification peut consister dans son remplacement par des esters, notamment choisis parmi les esters de diphosphate, d'alkyl et arylphosphonate et de phosphorothioate, - par "séquence informationnelle", on entend toute suite ordonnée de monomères, dont la nature chimique et l'ordre dans un sens de référence, constituent ou non une information fonctionnelle de même qualité que celle des acides nucléiques naturels, - par hybridation, on entend le processus au cours duquel, dans des conditions opératoires appropriées, deux fragments nucléotidiques, ayant des séquences suffisamment complémentaires, s'apparient pour former une structure complexe, notamment double ou triple, de préférence sous forme d'hélice, - une sonde comprend un fragment nucléotidique synthétisé par voie chimique ou obtenu par digestion ou coupure enzymatique d'un fragment nucléotidique plus long, comprenant au moins six monomères, avantageusement de 10 à 100 monomères, de préférence 10 à 30 monomères, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées ; de préférence, une sonde possédant moins de 10 monomères n'est pas utilisée seule, mais l'est en présence d'autres sondes de taille aussi courte ou non ; dans certaines conditions particulières, il peut être utile d'utiliser des sondes de taille supérieure à 100 monomères ; une sonde peut notamment être utilisée à des fins de diagnostic et il s'agira par exemple de sondes de capture et/ou de détection, - la sonde de capture peut être immobilisée sur un support solide par tout moyen approprié, c'est-à-dire directement ou indirectement, par exemple par covalence ou adsorption passive, - la sonde de détection peut être marquée au moyen d'un marqueur choisi notamment parmi les isotopes radioactifs, des enzymes notamment choisis parmi la peroxydase et la phosphatase alcaline et ceux susceptibles d'hydrolyser un substrat chromogène, fluorigène ou luminescent, des composés chimiques chromophores, des composés chromogènes, fluorigènes ou luminescents, des analogues de bases nucléotidiques, et la biotine, - les sondes utilisées à des fins de diagnostic de l'invention peuvent être mises en oeuvre dans toutes les techniques d'hybridation connues, et notamment les techniques dites "DOT-BLOT", "SOUTHERN BLOT", "NORTHERN BLOT" qui est une technique identique à la technique "SOUTHERN BLOT" mais qui utilise de 1'ARN comme cible, la technique SANDWICH ; avantageusement, on utilise la technique SANDWICH dans la présente invention, comprenant une sonde de capture spécifique et/ou une sonde de détection spécifique, étant entendu que la sonde de capture et la sonde de détection doivent présenter une séquence nucléotidique au moins partiellement différente, - toute sonde selon la présente invention peut s'hybrider in vivo ou in vitro sur 1'ARN et/ou sur 1'ADN, pour bloquer les phénomènes de réplication, notamment traduction et/ou transcription, et/ou pour dégrader ledit ADN et/ou ARN, - une amorce est une sonde comprenant au moins six monomères, et avantageusement de 10 à 30 monomères, possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées, pour l'initiation d'une polymérisation enzymatique, par exemple dans une technique d'amplification telle que la PCR (Polymerase Chain Reaction), dans un procédé d'élongation, tel que le séquençage, dans une méthode de transcription inverse ou analogue, - deux séquences nucléotidiques ou peptidiques sont dites équivalentes ou dérivées l'une par rapport à l'autre, ou par rapport à une séquence de référence, si fonctionnellement les biopolymères correspondants peuvent jouer sensiblement le même rôle, sans être identiques, vis-à-vis de l'application ou utilisation considérée, ou dans la technique dans laquelle elles interviennent ; sont notamment équivalentes deux séquences obtenues du fait de la variabilité naturelle, notamment mutation spontanée de l'espèce à partir de laquelle elles ont été identifiées, ou induite, ainsi que deux séquences homologues, l'homologie étant définie ci-après, - par "variabilité", on entend toute modification, spontanée ou induite d'une séquence, notamment par substitution, et/ou insertion, et/ou délétion de nucléotides et/ou de fragments nucléotidiques, et/ou extension et/ou racourcissement de la séquence à l'une au moins des extrémités; une variabilité non naturelle peut résulter des techniques de génie génétique utilisées, par exemple du choix des amorces de synthèse dégénérées ou non, retenues pour amplifier un acide nucléique; cette variabilité peut se traduire par des modifications de toute séquence de départ, considérée comme référence, et pouvant être exprimées par un degré d'homologie par rapport à ladite séquence de référence, - l'homologie caractérise le degré d'identité de deux fragments nucléotidiques ou peptidiques comparés elle se mesure par le pourcentage d'identité qui est notamment déterminé par comparaison directe de séquences nucléoditiques ou peptidiques, par rapport à des séquences nucléotidiques ou peptidiques de référence, - tout fragment nucléotidique est dit équivalent ou dérivé d'un fragment de référence, s'il présente une séquence nucléotidique équivalente à la séquence du fragment de référence ; selon la définition précédente, sont notamment équivalents à un fragment nucléotidique de référence (a) tout fragment susceptible de s'hybrider au moins partiellement avec le complément du fragment de référence, (b) tout fragment dont l'alignement avec le fragment de référence conduit à mettre en évidence des bases contigues identiques, en nombre plus important qu'avec tout autre fragment provenant d'un autre groupe taxonomique, (c) tout fragment résultant ou pouvant résulter de la variabilité naturelle de l'espèce, à partir de laquelle il est obtenu, (d) tout fragment pouvant résulter des techniques de génie génétique appliquées au fragment de référence, (e) tout fragment, comportant au moins huit nucléotides contigus, codant pour un peptide homologue ou identique au peptide codé par le fragment de référence, (f) tout fragment différent du fragment de référence, par insertion, délétion, substitution d'au moins un monomère, extension, ou raccourcissement à l'une au moins de ses extrémités ; par exemple, tout fragment correspondant au fragment de référence, flanqué à l'une au moins de ses extrémités par une séquence nucléotidique ne codant pas pour un polypeptide, - par polypeptide, on entend notamment tout peptide d'au moins deux acides aminés, notamment oligopeptide, protéine, extrait, séparé, ou substantiellement isolé ou synthétisé, par l'intervention de la main de l'homme, notamment ceux obtenus par synthèse chimique, ou par expression dans un organisme recombinant, - par polypeptide codé de manière partielle par un fragment nucléotidique, on entend un polypeptide présentant au moins trois acides aminés codés par au moins neuf monomères contigus compris dans ledit fragment nucléotidique, - un acide aminé est dit analogue à un autre acide aminé, lorsque leur caractéristiques physico-chimiques respectives, telles que polarité, hydrophobicité, et/ou basicité, et/ou acidité, et/ou neutralité, sont sensiblement les mêmes ; ainsi, une leucine est analogue à une isoleucine. - tout polypeptide est dit équivalent ou dérivé d'un polypeptide de référence, si les polypeptides comparés ont sensiblement les mêmes propriétés, et notamment les mêmes propriétés antigéniques, immunologiques, enzymologiques et/ou de reconnaissance moléculaire ; est notamment équivalent à un polypeptide de référence (a) tout polypeptide possédant une séquence dont au moins un acide aminé a été substitué par un acide aminé analogue, (b) tout polypeptide ayant une séquence peptidique équivalente, obtenue par variation naturelle ou induite dudit polypeptide de référence, et/ou du fragment nucléotidique codant pour ledit polypeptide, (c) un mimotope dudit polypeptide de référence, (d) tout polypeptide dans la séquence duquel un ou plusieurs acides aminés de la série L sont remplacés par un acide aminé de la série D, et vice versa, (e) tout polypeptide dans la séquence duquel on a introduit une modification des chaînes latérales des acides aminés, telle que par exemple une acétylation des fonctions amines, une carboxylation des fonctions thiol, une estérification des fonctions carboxyliques, (f) tout polypeptide dans la séquence duquel une ou des liaisons peptidiques ont été modifiées, comme par exemple les liaisons carba, rétro, inverso, rétro-inverso, réduites, et méthylène-oxy, (g) tout polypeptide dont au moins un antigène est reconnu par anticorps dirigé contre un polypeptide de référence, - le pourcentage d'identité caractérisant l'homologie de deux fragments peptidiques comparés est selon la présente invention d'au moins 50% et de préférence au moins 70 t. Etant donné qu'un virus possédant une activité enzymatique transcriptase inverse peut être génétiquement caractérisé aussi bien sous forme d'ARN que d'ADN, il sera fait mention aussi bien de 1'ADN que de 1'ARN viral pour caractériser les séquences relatives à un virus possédant une telle activité transcriptase inverse, dit MSRV-1 selon la présente description. Les expressions d'ordre utilisées dans la présente description et les revendications, telles que "première séquence nucléotidique" ne sont pas retenues pour exprimer un ordre particulier, mais pour définir plus clairement l'invention. Par détect de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 3 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé CL6-3' (SEQ ID NO: 114) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 4 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé C15 (SEQ ID NO: 117) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 5 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé 5M6 (SEQ ID NO: 120) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 6 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé CL2 (SEQ ID NO: 130) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 7 représente trois trames de lecture potentielles en acides aminés exprimées par pET28C-clone 2 et figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 8 représente trois trames de lecture potentielles en acides aminés exprimées par pET21C-clone 2 et figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 9 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé LB13 (SEQ ID NO: 141) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 10 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé LA15 (SEQ ID NO: 142) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. La Figure 11 représente la séquence nucléotidique du clone dénommé LB16 (SEQ ID NO: 124) et trois trames de lecture potentielles en acides aminés figurant sous la séquence nucléotidique. EXEMPLE 1 : OBTENTION D'UNE REGION CL6-5' CODANT POUR L'EXTREMITE N-TERMINALE DE L'INTEGRASE ET D'UNE REGION CL6-3' CONTENANT LA SEQUENCE 3' TERMINALE DU GENOME MSRV-1 Une 3'RACE a été effectuée sur de l'ARN total extrait de plasma d'un patient atteint de SEP. Un plasma témoin sain, traité sous les mêmes conditions, a été utilisé comme contrôle négatif. La synthèse de cDNA a été réalisée avec une amorce oligo dT identifiée par SEQ ID NO: 68 (5' GAC TCG CTG CAG ATC GAT TTT TTT TTT TTT TTT T 3') et la transcriptase inverse "ExpandTM RT" de Boehringer selon les conditions préconisées par la société. Une PCR a été effectuée avec l'enzyme Klentaq (Clontech) sous les conditions suivantes : 940C 5 min puis 930C 1 min, 580C 1 min, 680C 3 min pendant 40 cycles et 680C pendant 8 min, avec un volume réactionnel final de 50 Al. Amorces utilisées pour la PCR: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 69 5' GCC ATC AAG CCA CCC AAG AAC TCT TAA CTT 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 68 Une deuxième PCR dite "semi-nichée" a été réalisée avec une amorce 5' située à l'intérieur de la région déjà amplifiée. Cette deuxième PCR a été effectuée sous les mêmes conditions expérimentales que celles utilisées lors de la première PCR, en utilisant 10 ssl du produit d'amplification issu de la première PCR. Amorces utilisées pour la PCR semi-nichée: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 70 5' CCA ATA GCC AGA CCA TTA TAT ACA CTA ATT 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 68 Les amorces SEQ ID NO: 69 et SEQ ID NO: 70 sont spécifiques de la région pol de MSRV-1. Un produit d'amplification de 1,9Kb a été obtenu pour le plasma de patient SEP. Le fragment correspondant n'a pas été observé pour le plasma témoin sain. Ce produit d'amplification a été cloné de la façon suivante l'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA Cloning&commat;. Les 2 41 de solution d'ADN ont été mélangés avec 5 41 d'eau distillée stérile, 1U1 d'un tampon de ligation 10 fois concentré "10X LIGATION BUFFER", 2 41 de "pCRTM VECTOR" (25 ng/ml) et 1 41 de "T4 DNA LIGASE". Ce mélange a été incubé une nuit à 120C. Les étapes suivantes ont été réalisées conformément aux instructions du kit TA Cloninge (Invitrogen). A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes (white) ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "miniprep". La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par une enzyme de restriction appropriée et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière W après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de 1'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur Sp6 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kit&commat;. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage iipRISMTM Ready Reaction AmpliTaqs FS, DyeDeoxyTM Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone obtenu, contient une région CL6-5'codant pour l'extrémité N terminale de l'intégrase et une région CL6-3', correspondant à la région 3' terminale de MSRV-1 et permettant de définir la fin de l'enveloppe (234 pb) et les régions U3, R (401 pb) du rétrovirus MSRV1. La région correspondant à l'extrémité N terminale de l'intégrase est représentée par sa séquence nucléotidique (SEQ ID NO: 112) dans la figure 1. Les trois trames de lecture potentielles sont présentées par leur séquence aminoacide sous la séquence nucléotidique, et la séquence aminoacide de l'extrémité N-terminale de l'intégrase est identifiée par SEQID NO: 113. La région C16-3' est représentée par sa séquence nucléotidique (SEQ ID NO: 114) dans la figure 3. Les trois trames de lecture potentielles sont présentées par leur séquence aminoacide sous la séquence nucléotidique. Une séquence aminoacide correspondant à l'extrémité C-terminale de la protéine env de MSRV-1 est identifiée par SEQ ID NO: 115. EXEMPLE 2 : OBTENTION DU CLONE C15 CONTENANT LA REGION CODANT POUR UNE PARTIE DE L'ENVELOPPE DU RETROVIRUS MSRV-1 Une RT-PCR a été effectuée sur de l'ARN total extrait de virions concentrés par ultracentrifugation à partir d'un surnageant de culture de synoviocytes provenant d'un patient PR. La synthèse de cDNA a été réalisée avec une amorce oligo dT et la transcriptase inverse "ExpandTM RT" de Boehringer selon les conditions préconisées par la société. Une PCR a été effectuée avec 1'ExpandTM Long Template PCR System (Boehringer) sous les conditions suivantes : 940C 5 min puis 93"C 1 min, 600C 1 min, 680C 3 min pendant 40 cycles et 680C pendant 8 min et avec un volume réactionnel final de 50 ssl. Amorces utilisées pour la PCR: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 69 5' GCC ATC AAG CCA CCC AAG AAC TCT TAA CTT 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 116 5' TGG GGT TCC ATT TGT AAC ACC ATC TGT AGC TT 3' Une deuxième PCR dite "semi-nichée" a été réalisée avec une amorce 5' située à l'intérieur de la région déjà amplifiée. Cette deuxième PCR a été effectuée sous les mêmes conditions expérimentales que celles utilisées lors de la première PCR (sauf que 30 cycles ont été réalisés au lieu de 40), en utilisant 10 ssl du produit d'amplification issu de la première PCR. Amorces utilisées pour la PCR semi-nichée: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 70 5' CCA ATA GCC AGA CCA TTA TAT ACA CTA ATT 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 116 Les amorces SEQ ID NO: 69 et SEQ ID NO: 70 sont spécifiques de la région pol de MSRV-1. L'amorce SEQ ID NO: 116 est spécifique de la séquence FBdl3 (aussi dénommé B13) et est localisée dans la région env conservée parmi les oncorétrovirus. Un produit d'amplification de 1932 pb a été obtenu et cloné de la façon suivante l'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA Cloninge. Les différentes étapes ont été réalisées conformément aux instructions du kit TA Clonings (Invitrogen). A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes (white) ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "miniprep". La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par une enzyme de restriction appropriée et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière W après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de l'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur SP6 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kits. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage iiPRISMTM Ready Reaction AmpliTaqs FS, DyeDeoxyTM Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone C15 obtenu, contient une région correspondant à la région de l'enveloppe de MSRV-1, de 1481 pb. La région env du clone C15 est représentée par sa séquence nucléotidique (SEQ ID NO: 117) dans la figure 5. Les trois trames de lecture potentielles de ce clone sont présentées par leur séquence aminoacide sous la séquence nucléotidique. La trame de lecture correspondant à une protéine env structurale MSRV-1 est identifiée par SEQ ID NO: 118. EXEMPLE 3 : OBTENTION D'UN CLONE 5M6 CONTENANT LES SEQUENCES DE LA REGION 3' TERMINALE DE L'ENVELOPPE, SUIVIES DES SEQUENCES U3,R,U5 DE TYPE PROVIRAL MSRV-1. Une PCR monodirectionnelle a été effectuée sur de l'ADN extrait de lymphocytes B immortalisés en culture d'un patient PR. La PCR a été effectuée avec l'ExpandTM Long Template PCR System (Boehringer) sous les conditions suivantes : 940C 3 min puis 930C 1 min, 600C 1 min, 680C 3 min pendant 10 cycles , puis 93"C 1 min, 600C 1 min avec 15 sec d'extension à chaque cycle, 68"C 3 min pendant 35 cycles et 680C pendant 7 min et avec un volume réactionnel final de 50 Al. L'amorce utilisée pour la PCR identifiée par SEQ ID NO: 119 est 5' TCA AAA TCG AAG AGC TTT AGA CTT GCT AAC CG 3' ; L'amorces SEQ ID NO: 119 est spécifique de la région env du clone C15. Un produit d'amplification de 1673 pb a été obtenu et cloné de la façon suivante l'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA Cloning. Les différentes étapes ont été réalisées conformément aux instructions du kit TA Clonings (Invitrogen). A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes (white) ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "miniprep". La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par une enzyme de restriction appropriée et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière W après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de l'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur T7 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kits. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage "PRISMTM Ready Reaction AmpliTaqs FS, DyeDeoxyTM Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone 5M6 obtenu, contient une région correspondant à la région 3' de l'enveloppe de MSRV-1, de 492 pb suivi des régions U3, R et U5 (837 pb) de MSRV1. Le clone 5M6 est représenté par sa séquence nucléotidique (SEQ ID NO: 120) dans la figure 7. Les trois trames de lecture potentielles de ce clone sont présentées par leur séquence aminoacide sous la séquence nucléotidique. La trame de lecture correspondant à l'extrémité C-terminale de la protéine env MSRV-1 est identifiée par SEQ ID NO: 121. EXEMPLE 4 : OBTENTION DU CLONE LB16 CONTENANT LA REGION CODANT L'INTEGRASE DU RETROVIRUS MSRV-1 Une RT-PCR a été effectuée sur de l'ARN total traité à la DNAseI et extrait à partir d'un plexus choroïde provenant d'un patient SEP. La synthèse de cDNA a été réalisée avec une amorce oligo dT et la transcriptase inverse "ExpandTM RT" de Boehringer selon les conditions préconisées par la société. Un contrôle "no RT" a été effectué parallèlement sur le même matériel. Une PCR a été effectuée avec la Taq polymerase (Perkin Elmer) sous les conditions suivantes : 950C 5 min puis 950C 1 min, 550C 1 min, 720C 2 min pendant 35 cycles et 720C pendant 8 min et avec un volume réactionnel final de 50 41. Amorces utilisées pour la PCR: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 122 5' GGC ATT GAT AGC ACC CAT CAG 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 123 5' CAT GTC ACC AGG GTG GAA TAG 3' L'amorce SEQ ID NO: 122 est spécifique de la région pol de MSRV-1 et plus précisément similaire à la région intégrase décrite précédement. L'amorce SEQ ID NO 123 a été définie sur des séquences des clones obtenus lors d'essais préalables. Un produit d'amplification d'environ 760 pb a été obtenu uniquement dans l'essai avec RT et a été cloné de la façon suivante l'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA Cloninge. Les différentes étapes ont été réalisées conformément aux instructions du kit TA Cloninge (Invitrogen). A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes (white) ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "miniprep". La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par une enzyme de restriction appropriée et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière UV après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de l'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur T7 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kit&commat;. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage "PRISMTM Ready Reaction AmpliTaqs FS, DyeDeoxyTM Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone LB16 obtenu, contient les séquences correspondant à l'intégrase. La séquence nucléotidique de ce clone est identifiée par SEQ ID NO: 124 sur la figure 11, trois trames de lecture sont déterminées. EXEMPLE 5: OBTENTION D'UN CLONE 2, CL2, CONTENANT EN 3' UNE PARTIE HOMOLOGUE AU GENE POL, CORRESPONDANT AU GENE PROTEASE, ET AU GENE GAG (GM3) CORRESPONDANT A LA NUCLEOCAPSIDE, ET UNE NOUvELLE REGION 5'CODANTE, CORRESPONDANT AU GENE GAG PLUS SPECIFIQUEMENT LA MATRICE ET LA CAPSIDE de MSRV-1. Une amplification par PCR a été effectuée sur de 1'ARN total extrait à partir de 100 ssl de plasma d'un patient atteint de SEP. Un témoin eau, traité sous les mêmes conditions, a été utilisé comme contrôle négatif. La synthèse de cDNA a été réalisée avec 300 pmole d'une amorce aléatoire (GIBCO-BRL, France) et la transcriptase inverse "Expand RT" (BOEHRINGER MANNHEIM, France) selon les conditions préconisées par la société. Une amplification par PCR (" polymerase chain reaction ") a été effectuée avec l'enzyme Taq polymerase (Perkin Elmer, France) en utilisant 10 ssl de cDNA sous les conditions suivantes: 940C 2 min, 550C 1 min, 720C 2 min puis 94"C 1 min, 550C 1 min, 720C 2 min pendant 30 cycles et 720C pendant 7 min et avec un volume réactionnel final de 50 1. Amorces utilisées pour l'amplification par PCR: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 126 5' CGG ACA TCC AAA GTG ATG GGA AAC G 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 127 5' GGA CAG GAA AGT AAG ACT GAG AAG GC 3' Une deuxième amplification par PCR dite "seminichée" a été réalisée avec une amorce 5' située à l'intérieur de la région déjà amplifiée. Cette deuxième PCR a été effectuée sous les mêmes conditions expérimentales que celles utilisées lors de la première PCR, en utilisant 10 pl du produit d'amplification issu de la première PCR. Amorces utilisées pour l'amplification par PCR seminichée: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 128 5' CCT AGA ACG TAT TCT GGA GAA TTG GG 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 129 5' TGG CTC TCA ATG GTC AAA CAT ACC CG 3' Les amorces SEQ ID NO: et SEQ ID NO: sont spécifiques de la région pol, clone G+E+A, plus spécifiquement la région E: position nucleotidique nO 423 à nO 448. Les amorces utilisées dans la région 5' ont été définies sur des séquences de clones obtenus lors d'essais préalables. Un produit d'amplification de 1511 pb a été obtenu à partir de l'ARN extrait du plasma de patient SEP. Le fragment correspondant n'a pas été observé pour le témoin eau. Ce produit d'amplification a été cloné de la façon suivante. L'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA CloningTM. Les 2 ssl de solution d'ADN ont été mélangés avec 5 ssl d'eau distillée stérile, 1 Ul d'un tampon de ligation 10 fois concentré "10X LIGATION BUFFER", 2 tel de ((pCRTM VECTOR" (25 ng/ml) et 1 41 de "T4 DNA LIGASE". Ce mélange a été incubé une nuit à 140C. Les étapes suivantes ont été réalisées conformément au instructions du kit TA Cloninge (Invitrogen). Le mélange a été étalé après transformation de la ligation dans des bactéries E. coli INVaF'. A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "minipréparation d'ADN" (17). La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par l'enzyme de restriction Eco RI et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière W après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de l'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur T7 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kits. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage "PRISE Ready Reaction Amplitaqs FS, TM DyeDeoxy M Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone obtenu, dénommé CL2, contient une région C-terminale similaire à la région 5' terminale des clones G+E+A de MSRV-1, qui permet de définir la région Cterminale du gène gag et une nouvelle région correspondante à la région N-terminale du gène gag MSRV-1. CL2 permet de définir une région de 1511 pb présentant une phase ouverte de lecture dans la région Nterminale de 1077 pb codante pour 359 acides aminés et une phase non-ouverte de lecture, de 454 pb, correspondant à la région C-terminale du gène gag MSRV-1. La séquence nucléotidique de CL2 est identifiée par SEQ ID NO: 130. Elle est représentée à la figure XX3,1, avec les trames de lecture potentielles en aminoacide. Le fragment de 1077 pb de CL2 codant pour 359 acides aminés a été amplifié par PCR avec l'enzyme Pwo (5U/pl)(Boehringer Mannheim, France) en utilisant 1 41 de la minipréparation de l'ADN du clone 2 sous les conditions suivantes : 950C 1 min, 6O0C 1 min, 720C 2 min pendant 25 cycles et avec un volume réactionnel final de 50 41 à l'aide des amorces: - amorce 5'(Bam HI), identifié par SEQ ID NO: 132 5' TGC TGG AAT TCG GGA TCC TAG AAC GTA TTC 3' (30 mer), et - amorce 3' (Hind III), identifié par SEQ ID NO: 133 5 AGT TCT GCT CCG AAC CTT AGG CAG ACT TTT 3' (30 mer) correspondant, respectivement, à la séquence nucléotidique du clone 2 en position -9 à 21 et 1066 à 1095. Le fragment obtenu après PCR, a été linéarisé par Bam HI et HindIII et sous-cloné dans les vecteurs d'expression pET28C et pET21C (NOVAGEN) linéarisé par Bam HI et Hind III. Le séquençage de l'ADN du fragment de 1077 pb du clone 2 dans les deux vecteurs d'expression a été realisé selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage "PRISMTm Ready Reaction Amplitaqs FS, DyeDeoxyTM Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. L'expression de la séquence nucléotidique du fragment de 1077 pb du clone 2 par les vecteurs d'expression pET28C et pET2lC sont identifiées par respectivement SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. EXEMPLE 6: EXPRESSION DU CLONE 2 CHEZ ESCHERICHIA COLI Les constructions pET28c-clone 2 (1077 pb) et pET2lC-clone 2 (1077 pb) synthétisent, dans la souche bactérienne BL21 (DE3), une protéine en fusion N- et Cterminale pour le vecteur pET28C et C-Terminale pour le vecteur pET21C avec 6 Histidines, de masse moléculaire apparente d'environ 45 kDa, mise en évidence par électrophorèse sur gel de polyacrylamide SDS-PAGE (SDS = Dodecyl Sulfate de Sodium) (Laemmli, 1970 (1)). La réactivité de la protéine a été mise en évidence vis à vis d'un anticorps monoclonal anti-Histidine (DIANOVA) par la technique de Western blot (Towbin et al., 1979 (2)). Les protéines recombinantes pET28c-clone 2 (1077 pb) et pET21C-clone 2 (1077 pb) ont été visualisées en SDS-PAGE dans la fraction insoluble après digestion enzymatique des extraits bactériens avec 50 41 de lysozyme (10 mg/ml) et lyse par ultrasons. Les propriétés antigéniques des antigènes recombinants pET28C-clone 2 (1077 pb) et pET21C-clone 2 (1077 pb) ont été testées par Westen Blot () après solubilisation du culot bactérien avec 2% SDS et 50 mM ss- mercaptoéthanol. Après incubation avec les sérums de patients atteints de sclérose en plaques, les sérums des témoins neurologiques et les sérums de témoins de centre de transfusion sanguine (CTS), les immunocomplexes ont été detectés à l'aide d'un sérum de chèvre anti-IgG et anti IgM humaines, couplé à la phosphatase alcaline. Les résultats sont présentés dans le tableau ciaprès. TABLEAU Réactivite de sérums atteints de sclérose en plaques et témoins avec la protéine recombinante MSRV-1 gag clone 2 (1077 pb) = pET21C-clone 2 (1077 pb) et pET28C-clone 2 (1077 pb)a MALADIE NOMBRE NOMBRE D'INDIVIDUS TESTES D'INDIVIDUS POSITIFS SEP 15 6 2(+++), 2(++), 2(+) TEMOINS NEUROLOGIQUES 2 1(+++) TEMOINS SAINS (CTS) 22 (a) Les bandelettes contenant 1,5 ssg d'antigène recombinant pET-gag clone 2 (1077 pb) présentent une réactivité contre de sérums dilués au 1/100. L'interprétation de Western Blot est basée sur la présence ou absence d'une bande pET-gag clone 2 (1077 pb) spécifique sur les bandelettes. Des contrôles positifs et négatifs sont inclus dans chaque expérience. Ces résultats montrent que, dans les conditions techniques utilisées, environ 40% des sérums humains atteints de sclérose en plaques testés réagissent avec les protéines recombinantes pET28C-clone 2 (1077 pb) et pET21C-clone 2 (1077 pb). Une réactivité a été observée sur un témoin neurologique et il est intéressant de noter que les ARN extraits à partir de ce sérum, après l'étape de transcriptase inverse, sont aussi amplifiés par PCR dans la région pol. Ceci suggère que des personnes n'ayant pas déclaré une SEP peuvent également héberger et exprimer ce virus. Par contre, un témoin (donneur CTS) apparemment sain, possède des anticorps anti-gag (clone 2, 1077 pb). Ce qui est compatible avec un immunité acquise contre MSRV-1 en dehors d'une maladie autoimmune associée déclarée. EXEMPLE 7: OBTENTION D'UN CLONE LB13 CONTENANT EN 3' UNE PARTIE HOMOLOGUE AU CLONE 2 CORRESPONDANT AU GENE GAG ET EN 5' UNE PARTIE HOMOLOGUE AU CLONE 5M6 CORRESPONDANT À LA RÉGION LTR U5. Une RT-PCR ( reverse-transcriptase-polymerase chain reaction ") a été effectuée à partir de l'ARN total extrait de virions, provenant de surnageants de cellules lymphocytaires B des patients atteints de sclérose en plaques, concentrés par ultracentrifugations. La synthèse de cDNA a été realisée avec une amorce spécifique SEQ NO XXX et la transcriptase inverse u ExpandT RT n de BOEHRINGER MANNHEIM selon les conditions preconisées par la société. Amorce utilisée pour la synthèse du cDNA, identifiée par SEQ ID NO: 138: 5' CTT GGA GGG TGC ATA ACC AGG GAA T 3' Une amplification par PCR a été réalisée avec la Taq polymérase (Perkin Elmer, France) sous les conditions suivantes: 940C 1 min, 550C 1 min, 720C 2 min pendant 35 cycles et 720C pendant 7 min et avec un volume réactionnel final de 100 41. Amorces utilisées pour l'amplification par PCR: - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 139 5' TGT CCG CTG TGC TCC TGA TC 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 138 5' CTT GGA GGG TGC ATA ACC AGG GAA T 3' Une deuxième amplification par PCR dite seminichée " a été réalisée avec une amorce 3' située à l'intérieur de la région déjà amplifiée. Cette deuxième amplification a été effectuée sous les mêmes contitions expérimentales que celles utilisées lors de la première amplification, en utilisant 10 41 du produit d'amplification issu de la première PCR. Amorces utilisées por l'amplification par PCR " seminichée - amorce 5', identifiée par SEQ ID NO: 139 5' TGT CCG CTG TGC TCC TGA TC 3' - amorce 3', identifiée par SEQ ID NO: 140 5' CTA TGT CCT TTT GGA CTG TTT GGG T 3' Les amorces SEQ ID NO: 138 et SEQ ID NO: 140 sont spécifiques de la région gag, clone 2 position nucléotidique nO 373-397 et nO 433-456. Les amorces utilisées dans la région 5' ont été définies sur des séquences des clones obtenus lors d'essais préalables. Un produit d'amplification de 764 pb a été obtenu et cloné de la façon suivante: L'ADN amplifié a été inséré dans un plasmide à l'aide du kit TA CloningTM. Les 2 41 tampon de ligation 10 fois concentré "10X LIGATION BUFFER", 2 41 de "pCRTM VECTOR" (25 ng/ml) et 1 41 de "T4 DNA LIGASE". Ce mélange a été incubé une nuit à 140C. Les étapes suivantes ont été réalisées conformément au instructions du kit TA Clonings (Invitrogen). Le mélange a été étalé après transformation de la ligation dans des bactéries E. coli INVaF'. A la fin de la procédure, les colonies blanches de bactéries recombinantes ont été repiquées pour être cultivées et permettre l'extraction des plasmides incorporés selon la procédure dite de "minipréparation d'ADN" (17). La préparation de plasmide de chaque colonie recombinante a été coupée par l'enzyme de restriction Eco RI et analysée sur gel d'agarose. Les plasmides possédant un insert détecté sous lumière W après marquage du gel au bromure d'éthidium, ont été sélectionnés pour le séquençage de l'insert, après hybridation avec une amorce complémentaire du promoteur T7 présent sur le plasmide de clonage du TA cloning kits. La réaction préalable au séquençage a ensuite été effectuée selon la méthode préconisée pour l'utilisation du kit de séquençage 11PRISMTM Ready Reaction Amplitaqs FS, TM DyeDeoxy Terminator" (Applied Biosystems, ref. 402119) et le séquençage automatique a été réalisé sur les appareils 373 A et 377 Applied Biosystems, selon les instructions du fabricant. Le clone LB13 obtenu contient une région Nterminale de gène gag MSRV-1 homologue au clone 2 et un LTR correspondant à une partie de la région U5. Entre la région U5 et gag un site de fixation pour les ARN de transfert, le PBS a primer binding site n a été identifié. La séquence nucléotidique du fragment de 764 pb du clone LB13 dans le plasmide "pCRTM vector" est représentée dans l'identificateur SEQ ID NO: 141. Le site de fixation pour les ARN de transfert, présentant une séquence du type PBS tryptophane, a été identifié en position nucléotidique n0342-359 du clone LB13. Un autre clone, dénommé LA15 a été obtenu sur 1'ARN total extrait de virions concentrés par ultracentrifugation à partir d'un surnageant de culture de synoviocytes provenant d'un patient atteint de polyarthrite rhumatoide. La stratégie d'amplification et clonage du clone LA15 est exactement la même qui a été utilisée pour le clone LB13. La séquence nucléotidique du clone LA15 qui est représentée dans l'identificateur SEQ ID NO: 142, est très similaire au clone LB13. Ceci suggère que le rétrovirus MSVR-1 détecté dans la sclérose en plaque présente des séquences similaires à celles rencontrées dans la polyarthrite rhumatoïde. BIBLIOGRAPHIE (1) Laemmli U. K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. Nature. (1970). 227: 680-685. (2) Towbin H., Staehelin T. & Gordon J. Electrophoretic transfer of proteins from polyacrylamide gels to nitrocellulose sheets: procedure and some applications. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. (1979). 76: 4350-4354. LISTE DE SEQUENCES (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 68: (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 34 paires de bases (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE: ADNc (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 68: GACTCGCTGC AGATCGATTT TTTTTTTTTT TTTT 34 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 69: (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 30 paires de bases (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (ii) TYPE DE MOLECULE: ADNc (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 69: GCCATCAAGC CACCCAAGAA CTCTTAACTT 30 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 70: (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 30 paires de bases (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (Li) TYPE DE MOLECULE: ADNc (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 70: CCAATAGCCA GACCATTATA TACACTAATT 30 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 112 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 310 paires de bases (B) TYPE: nucléotidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 112: GCTTATAGAA GGACCCCTAG TATGGGGTAA TCCCCTCTGG GAAACCAAGC CCCAGTACTC 60 AGCAGGAAAA ATAGAATAGG AAACCTCACA AGGACATACT TTCCTCCCCT CCAGATGGCT 120 AGCCACTGAG GAAGGAAAAA TACTTTCACC TGCAGCTAAC CAACAGAAAT TACTTAAAAC 180 CCTTCACCAA ACCTTCCACT TAGGCATTGA TAGCACCCAT CAGATGGCCA AATTATTATT 240 TACTGGACCA GGCCTTTTCA AAACTATCAA GAAGATAGTC AGGGGCTGTG AAGTGTGCCA 300 AAGAAATAAT 310 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 113 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 103 acides aminés (B) TYPE: peptidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 113: LIEGPLVWGNPLWETKPQYSAGKIEXETSQGHTFLPSRWLATEEGKILSPAANQOKLLKTLHQTFHLGID STHQMAKLLFTGPGLFKTI KKI VRGCEVCQRNN (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 114 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 635 paires de bases (B) TYPE: nucléotidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 114: CCCTGTATCT TTAACCTCCT TGTTAAGTTT GTCTCTTCCA GAATCAAAAC TGTAAAACTA 60 CAAATTGTTC TTCAAATGGA GCACCAGATG GAGTCCATGA CTAAGATCCA CCGTGGACCC 120 CTGGACCGGC CTGCTAGCCC ATGCTCCGAT GTTAATGACA TTGAAGGCAC CCCTCCCGAG 180 GAAATCTCAA CTGCACAACC CCTACTATGC CCCAATTCAG CGGGAAGCAG TTAGAGCGGT 240 CATCAGCCAA CCTCCCCAAC AGCACTTGGG TTTTCCTGTT GAGAGGGGGG ACTGAGAGAC 300 AGGACTAGCT GGATTTCCTA GGCCAACGAA GAATCCCTAA GCCTAGCTGG GAAGGTGACT 360 GCATCCACCT CTAAACATGG GGCTTGCAAC TTAGCTCACA CCCGACCAAT CAGAGAGCTC 420 ACTAAAATGC TAATTAGGCA AAAATAGGAG GTAAAGAAAT AGCCAATCAT CTATTGCCTG 480 AGAGCACAGC GGGAGGGACA AGGATCGGGA TATAAACCCA GGCATTCGAG CCGGCAACGG 540 CAACCCCCTT TGGGTCCCCT CCCTTTGTAT GGGCGCTCTG TTTTCACTCT ATTTCACTCT 600 ATTAAATCTT GCAACTGAAA FAAAAAA AAAAA 635 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 115 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 77 acides aminés (B) TYPE: peptidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 115: PCIFNLLVKFVSSRIKTVKLQIVLQMEHQMESMTKIHRGPLDRPASPCSDVNDIEGTPPEEISTAQPLLC PNSAGSS (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 116 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 32 paires de bases (B) TYPE: nucléotidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 116: TGGGGTTCCA TTTGTAAGAC CATCTGTAGC TT 32 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 117 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 1481 paires de base (B) TYPE: nucléotidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 117: ATGGCCCTCC CTTATCATAC TTTTCTCTTT ACTGTTCTCT TACCCCCTTT CGCTCTCACT 60 GCACCCCCTC CATGCTGCTG TACAACCAGT AGCTCCCCTT ACCAAGAGTT TCTATGAAGA 120 ACGCGGCTTC CTGGAAATAT TGATGCCCCA TCATATAGGA GTTTATCTAA GGGAAACTCC 180 ACCTTCACTG CCCACACCCA TATGCCCCGC AACTGCTATA ACTCTGCCAC TCTTTGCATG 240 CATGCAAATA CTCATTATTG GACAGGGAAA ATGATTAATC CTAGTTGTCC TGGAGGACTT 300 GGAGCCACTG TCTGTTGGAC TTACTTCACC CATACCAGTA TGTCTGATGG GGGTGGAATT 360 CAAGGTCAGG CAAGAGAAAA ACAAGTAAAG GAAGCAATCT CCCAACTGAC CCGGGGACAT 420 AGCACCCCTA GCCCCTACAA AGGACTAGTT CTCTCAAAAC TACATGAAAC CCTCCGTACC 480 CATACTCGCC TGGTGAGCCT ATTTAATACC ACCCTCACTC GGCTCCATGA GGTCTCAGCC 540 CAAAACCCTA CTAACTGTTG GATGTGCCTC CCCCTGCACT TCAGGCCATA CATTTCAATC 600 CCTGTTCCTG AACAATGGAA CAACTTCAGC ACAGARATRA ACACCACTTC CGTTTTAGTA 660 GGACCTCTTG TTTCCAATCT GGAAATAACC CATACCTCAA ACCTCACCTG TGTAAAATTT 720 AGCAATACTA TAGACACAAC CAGCTCCCAA TGCATCAGGT GGGTAACACC TCCCACACGA 780 ATAGTCTGCC TACCCTCAGG AATATTTTTT GTCTGTGGTA CCTCAGCCTA TCATTGTTTG 840 AATGGCTCTT CAGAATCTAT GTGCTTCCTC TCATTCTTAG TGCCCCCTAT GACCATCTAC 900 ACTGAACAAG ATTTATACAA TCATGTCGTA CCTAAGCCCC ACAACAAAAG AGTACCCATT 960 CTTCCTTTTG TTATCAGAGC AGGAGTGCTA GGCAGACTAG GTACTGGCAT TGGCAGTATC 1020 ACAACCTCTA CTCAGTTCTA CTACAAACTA TCTCAAGAAA TAAATGGTGA CATGGAACAG 1080 GTCACTGACT CCCTGGTCAC CTTGCAAGAT CAACTTAACT CCCTAGCAGC AGTAGTCCTT 1140 CAAAATCGAA GAGCTTTAGA CTTGCTAACC GCCAAAAGAG GGGGAACCTG TTTATTTTTA 1200 GGAGAAGAAC GCTGTTATTA TGTTAATCAA TCCAGAATTG TCACTGAGAA AGTTAAAGAA 1260 ATTCGAGATC GAATACAATG TAGAGCAGAG GAGCTTCAAA ACACCGAACG CTGGGGCCTC 1320 CTCAGCCAAT GGATGCCCTG GGTTCTCCCC TTCTTAGGAC CTCTAGCAGC TCTAATATTG 1380 TTACTCCTCT TTGGACCCTG TATCTTTAAC CTCCTTGTTA AGTTTGTCTC TTCCAGAATT 1440 GAAGCTGTAA AGCTACAGAT GGTCTTACAA ATGGAACCCC A 1481 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 118 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 493 acides aminés (B) TYPE: peptidique (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 118: MALPYTFLFTvLLPPFALTAPPPCCCTTSSSpYQEFLxRTRLPGNIDAPSYRSLSKGNSTFTAHTHMPR NCYNSATLCMHANTHYWTGKMI NPSCPGGLGATVCWTYFTHTSMSDGGG IQGQARERQVKEAISQLTRGH STPSPYKGLVLSKLHETLRTHTRLVSLFNTTLTRLHEVSAQNPTNCWMCLPLHFRPYISIPVPEQWNNFS TEINTTSVLVGPLVSNLEITHTSNLTCVKFSNTIDTTSSQCIRWVTPPTRIVCLPSGIFFVCGTSAYHCL NGSSESMCFLSFLVPPMTIYTEQDLYNHVVPKPHNKRVPILPFVIRAGVLGRLGTGIGSITTSTQFYYKL SQEINGDMEQvTDSLvTLQDQLNSLVVLQNRRALDLLTAKRGGTCLFLGEERCYYvNQSRIvTEKvKE IRDRIQcRAEELQNTERWGLLSQWMPWVLPFLGPLAALILLLLFGPCIFNLLVKFVSSRIEAVKLOMVLQ MEP (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 119 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 32 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 119: TCAAAATCGA AGAGCTTTAG ACTTGCTAAC CG 32 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 120 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 1329 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 120: TCAAAATCGA AGAGCTTTAG ACTTGCTAAC CGCCAAAAGA GGGGGAACCT GTTTATTTTT 60 AGGGGAAGAA TGCTGTTAGT ATGTTAATCA ATCTGGAATC ATTACTGAGA AAGTTAAAGA 120 AATTTGAGAT CGAATATAAT GTAGAGCAGA GGACCTTCAA AACACTGCAC CCTGGGGCCT 180 CCTCAGCCAA TGGATGCCCT GGACTCTCCC CTTCTTAGGA CCTCTAGCAG CTATAATATT 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CTAATAGAAC TGAACACTGG TCACTGGGTT CCATGGTTCT CTTCCATGAC 1140 CCACGGCTTC TAATAGAGCT ATAACACTCA CCGCATGGCC CAAGATTCCA TTCCTTGGTA 1200 TCTGTGAGGC CAAGAACCCC AGGTCAGAGA ANGTGAGGCT TGCCACCATT TGGGAAGTGG 1260 CCCACTGCCA TTTTGGTAGC GGCCCACCAC CATCTTGGGA GCTGTGGGAG CAAGGATCCC 1320 CCAGTAACA 1329 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 121 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 162 acides aminés (B) TYPE: peptide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 121: QNRRALDLLTAKRGGTCLFLGEECCXYVNQSGIITEKVKEIXDRIXCRAEDLQNTAPWGLLSQWMPWTLP FLGPLAAIIFLLLFGPCIFNFLVKFVSSRIEAVKLQIVLQMEPQMQSMTKIYRGPLDRPARLCSDVNDIE VTPPEEISTAQPLLHSNSVGSS (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 122 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 122: GGCATTGATA GCACCCATCA G 21 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 123 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 21 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 123: CATGTCACCA GGGTGGAATA G 21 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 124 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 124: (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 126 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 21 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 126: CATGTCACCA GGGTGGAATA G 21 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 127 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 26 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 127: GGACAGGAAA GTAAGACTGA GAAGGC 26 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 128 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 128: cf Exemple 5 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 129 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 129: cf Exemple 5 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 130 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 1511 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 130: CCTAGAACGT ATTCTGGAGA ATTGGGACCA ATGTGACACT CAGACGCTAA GAAAGAAACG 60 ATTTATATTC TTCTGCAGTA CCGCCTGGCC ACAATATCCT CTTCAAGGGA GAGAAACCTG 120 GCTTCCTGAG GGAAGTATAA ATTATAACAT CATCTTACAG CTAGACCTCT TCTGTAGAAA 180 GGAGGGCAAA TGGAGTGAAG TGCCATATGT GCAAACTTTC TTTTCATTAA GAGACAACTC 240 ACAATTATGT 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CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 25 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 138: CTTGGAGGGT GCATAACCAG GGAAT 25 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 139 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 20 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 139: TGTCCGCTGT GCTCCTGATC 20 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 140 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 25 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 140: CTATGTCCTT TTGGACTGTT TGGGT 25 (2) INFORMATIONS POUR LA SEQ ID NO: 141 (i) CARACTERISTIQUES DE LA SEQUENCE: (A) LONGUEUR: 764 paires de base (B) TYPE: nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 141: TGTCCGCTGT 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nucléotide (C) NOMBRE DE BRINS: simple (D) CONFIGURATION: linéaire (xi) DESCRIPTION DE LA SEQUENCE: SEQ ID NO: 142: TGTCCGCTGT GCTCCTGATC CAGCACAGGC GCCCATTGCC TCTCCCAATT GGGCTAAAGG 60 CTTGCCATTG TTCCTGCACA GCTAAGTGCC TGGGTTCATC CTAATCGAGC TGAACACTAG 120 TCACTGGGTT CCACGGTTCT CTTCCATGAC CCATGGCTTC TAATAGAGCT ATAACACTCA 180 CTGCATGGTC CAAGATTCCA TTCCTTGGAA TCCGTGAGAC CAAGAACCCC AGGTCAGAGA 240 ACACAAGGCT TGCCACCATG TTGGAAGCAG CCCACCACCA TTTTGGAAGC GGCCCGCCAC 300 TATCTTGGGA GCTCTGGGAG CAAGGACCCC CAGGTAACAA TTTGGTGACC ACGAAGGGAC 360 CTGAATCCGC AACCATGAAG GGATCTCCAA AGCAATTGGA AATGTTCCTC CCAAGGCAAA 420 AATGCCCCTA AGATGTATTC TGGAGAATTG GGACCAATCT GACCCTCAGA CAGTAAGAAA 480 AAAAATGACT TATATTCTTC TGCAGTACCG CCTGGCCACG GATATCCTCT TCAAGGGGGA 540 GAAACCTGGC CTCCTGAGGG AAGTATAAAT TATAACACCA TCTTACAGCT AGACCTGTTT 600 TGTAGAAAAG GAGGCAAATG GAGTGAAGTG CCATATTTAC AAACTTTCTT TTCATTAAAA 660 GACAACTCGC AATTATGTAA ACAGTGTGAT TTGTGTCCTA CAGGAAGCCC TCAGATCTAC 720 CTCCCTACCC CGGCATCTCC CTGACTCCTT CCCCAACTAA TAAGGACCCA CTTCAGCCCA 780 AACAGTCCAA AAGGACATAG 800 REVENDICATIONS 1. Matériel nucléique, à l'état isolé ou purifié, comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe qui consiste en (i) les séquences SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141 et SEQ ID NO: 142 ; (ii) les séquences complémentaires des séquences (i) ; et (iii) les séquences équivalentes aux séquences (i) ou (ii), en particulier les séquences présentant pour toute suite de 100 monomères contigus, au moins 50 %, et préférentiellement au moins 70 % d'homologie avec respectivement les séquences (i) ou (ii). 2. Matériel nucléique, à l'état isolé ou purifié, codant pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec une séquence peptidique choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 113, SEQ ID N0115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. 3. Matériel nucléique rétroviral, dont le gène pol comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à une séquence choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 124 et leurs séquences complémentaires. 4. Matériel nucléique rétroviral, dont l'extrémité 5' du gène pol commence au nucléotide 1419 de SEQ ID NO: 130. 5. Matériel nucléique rétroviral, dont le gène pol code pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec la séquence peptidique SEQ ID NO: 113. 6. Matériel nucléique rétroviral, dont l'extrémité 3' du gène gag finit au nucléotide 1418 de SEQ ID NO: 130. 7. Matériel nucléique rétroviral, dont le gène env comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à une séquence choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 117, et ses séquences complémentaires. 8. Matériel nucléique rétroviral, dont le gène env comprend une séquence nucléotidique qui commence au nucléotide 1 de SEQ ID NO: 117 et finit au nucléotide au nucléotide 233 de SEQ ID NO: 114. 9. Matériel nucléique rétroviral, dont le gène env code pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 t d'homologie, avec la séquence SEQ ID Nô:0118. 10. Matériel nucléique rétroviral dont la région U3R du LTR 3' comprend une séquence nucléotidique qui se termine au nucléotide 617 de SEQ ID NO: 114. 11. Matériel nucléique rétroviral dont la région RU5 du LTR 5' comprend une séquence nucléotidique qui commence au nucléotide 755 de SEQ ID NO: 120 et finit au nucléotide 337 de SEQ ID NO: 141 ou SEQ ID NO: 142. 12. Matériel nucléique rétroviral comprenant une séquence qui commence au nucléotide 755 de SEQ ID NO: 120 et qui se termine au nucléotide 617 de SEQ ID NO: 114. 13. Matériel nucléique rétroviral selon l'une quelconque des revendications précédentes, caractérisé en ce qu'il est associé à au moins une maladie auto-immune telle que la sclérose en plaques ou la polyarthrite rhumatoïde. 14. Fragment nucléotidique comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe qui consiste en (i) les séquences SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141 et SEQ ID NO: 142 ; (ii) les séquences complémentaires des séquences (i) ; et (iii) les séquences équivalentes aux séquences (i) ou (ii), en particulier les séquences présentant pour toute suite de 100 monomères contigus, au moins 50 %, et préférentiellement au moins 70 % d'homologie avec respectivement les séquences (i) ou (ii). 15. Fragment nucléotidique selon la revendication 14, consistant en une séquence nucléotidique choisie dans le groupe qui consiste en (i) les séquences SEQ ID NO: 112, SEQ ID NO: 114, SEQ ID NO: 117, SEQ ID NO: 120, SEQ ID NO: 124, SEQ ID NO: 130, SEQ ID NO: 141 et SEQ ID NO: 142 ; (ii) les séquences complémentaires des séquences (i) ; et (iii) les séquences équivalentes aux séquences (i) ou (ii), en particulier les séquences présentant pour toute suite de 100 monomères contigus, au moins 50 %, et préférentiellement au moins 70 % d'homologie avec respectivement les séquences (i) ou (ii) 16. Fragment nucléotidique comprenant une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 t d'homologie, avec une séquence peptidique choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID NO: 113, SEQ ID N0115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. 17. Fragment nucléotidique selon la revendication 16, consistant en une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide présentant, pour toute suite contigue d'au moins 30 acides aminés, au moins 50 %, et de préférence au moins 70 % d'homologie, avec une séquence peptidique choisie dans le groupe qui consiste en SEQ ID No: 113, SEQ ID Na115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. 18. Sonde nucléique pour la détection d'un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou la polyarthrite rhumatoïde, caractérisée en ce qu'elle est susceptible de s'hybrider spécifiquement sur tout fragment selon l'une quelconque des revendications 14 à 17, appartenant au génome dudit rétrovirus. 19. Sonde selon la revendication 18, caractérisée en ce qu'elle possède de 10 à 100 nucléotides, de préférence de 10 à 30 nucléotides. 20. Amorce pour l'amplification par polymérisation d'un ARN ou d'un ADN d'un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou la polyarthrite rhumatoïde, caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique identique ou équivalente à au moins une partie de la séquence nucléotidique d'un fragment selon l'une quelconque des revendications 8 à 11, notamment une séquence nucléotidique présentant pour toute suite de 10 monomères contigus, au moins 50 %, de préférence au moins 70 t d'homologie avec au moins ladite partie dudit fragment. 21. Amorce selon la revendication 20, caractérisée en ce que sa séquence nucléotidique est choisie parmi SEQ ID NO: 116, SEQ ID NO: 119, SEQ ID NO: 122, SEQ ID NO: 123, SEQ ID NO: 126, SEQ ID NO: 127, SEQ ID NO: 128, SEQ ID NO: 129, SEQ ID NO: 132, et SEQ ID NO: 133. 22. ARN ou ADN, et notamment vecteur de réplication et/ou d'expression, comprenant un fragment génomique du matériel nucléique selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 ou un fragment selon l'une quelconque des revendications 14 à 17. 23. Peptide codé par tout cadre de lecture ouvert appartenant à un fragment nucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 17, notamment polypeptide, par exemple oligopeptide formant ou comprenant un déterminant antigénique reconnu par des sera de patients infectés par le virus MSRV-1, et/ou chez lesquels le virus MSRV-1 a été réactivé. 24. Peptide selon la revendication 23 comprenant une séquence identique, partiellement ou totalement, ou équivalente à une séquence choisie parmi SEQ ID NO: 113, SEQ ID Na115, SEQ ID NO: 118, SEQ ID NO: 121, SEQ ID NO: 135 et SEQ ID NO: 137. 25. Composition diagnostique, prophylactique, ou thérapeutique, notamment pour inhiber l'expression d'au moins un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou à la polyarthrite rhumatoïde, comprenant un fragment nucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 17. 26. Procédé pour détecter un rétrovirus associé à la sclérose en plaques et/ou à la polyarthrite rhumatoïde, dans un échantillon biologique, caractérisé en ce que l'on met en contact un ARN et/ou un ADN présumé appartenir ou provenant dudit rétrovirus, ou leur ARN et/ou ADN complémentaire, avec une composition comprenant un fragment nucléotidique selon l'une quelconque des revendications 14 à 17.