Brevet FR2651007A1 — publié le 19910222

La présente invention est relative à des fragments d'acides nucléiques dérivés du génome du virus HHV6, à des vecteurs contenant lesdits fragments ainsi qu'à leur -utilisation dans le diagnostic des infections impliquant ce virus. Les virus HHV6, qui sont des virus à ADN double brin, classés dans la famille des Herpes virus, ont été isolés à partir de lymphocytes de patients atteints de SIDA ou présentant des désordres lymphoprolifératifs Ces virus sont également considérés comme étant l'agent causal de l'exanthème subit. Différentes souches de-ces virus sont connues la souche HBLV, qui infecte spécifiquement les lymphocytes B, a été décrite par SALAHUDIN et al. (Science 234, 396, 1986), et dans la demande PCT WO 88/01387 ; deux autres souches ont été décrites par les Inventeurs : la souche 39 TAN (AGUT et al., Res. Virol. 140, 23, 1989) et la souche SIE, qui infecte les lymphocytes T (AGUT et al., Lancet i, 712, 1988). Le génome de la souche SIE, d'une taille d'environ 160 kb est constitué d'ADN double brin sous forme essentiellement linéaire ; sa teneur en GC est comprise entre 38 et 408, et il possède des séquences terminales répétitives. La présente invention a pour but de fournir des réactifs d'acide nucléique permettant le diagnostic spécifique des infections à HHV6/SIE, et également des réactif s d'acide nucléique permettant le diagnostic général des infections impliquant une quelconque souche d'HHV6. Dans ce but, les Inventeurs ont sélectionné, cloné et caractérisé trois fragments du génome viral de HHV6/SIE. La présente invention a pour objet des fragments de 1'ADN génomique du virus HHV6/SIE, caractérisés en ce qu'ils sont obtenus par digestion par une enzyme de res triction appropriée. Selon un mode de réalisation préféré de la pré sente invention un desdits fragments d'ADN dpuble brin, est caractérisé en ce qu'il est obtenu par digestion de l'ADN génomique du virus HHV6/SIE avec l'enzyme Bam HI, en ce que sa taille est de 5 kb et en ce qu'il contient un site de restriction EcoRI à 1,8 kb de l'une des ses extrémités. Selon un autre mode de réalisation préféré de la présente invention un desdits fragments d'ADN double brin, est caractérisé en ce qu'il est obtenu par digestion de 1'ADN génomique du virus HHV6/SIE avec l'enzyme ClaI, en ce que sa taille est de 3,9 kb, et en ce qu'il contient un site de restriction PstI à 54 pb de l'une de ses extrémi tés. Selon encore un autre mode de réalisation pré féré de la présente invention un desdits fragments d'ADN double brin est caractérisé en ce qu'il est obtenu par di gestion de l'ADN génomique du virus HHV6/SIE avec l'enzyme Bam HI, en ce que sa taille est de 850 pb, et en ce qu'il contient la séquence suivante 5'- GATCCGACGCCAACACACGTCATAATTTGATATAATAAGTGGAAA AaTOAOAAAGG TTCGAAGGGCTGATTAGAATATAGGAGAATAAGTATATGGTCCAGTTGTTAGATTTCATTARAO GAAAAGATTTAGATCGAAATAAATATTGAAATTAAATTATAATAATAAATTGGTATOAGGTACTT ACTr CTGTTGCCOTAATATCAAGGATGTCGGTACTTTTTTTCTTTTGACTATTGTCTAGTCTATGACATTGAO... -31 (I) Ce fragment du génome de HHV6/SIE correspond à une zone du génome de HHV6 qui est conservée chez toutes les souches connues. La présente invention englobe également des séquences nucléotidiques synthétiques, semi-synthétiques ou obtenues par génie génétique, dérivées des fragments d'ADN tels que définis plus haut, qu'il s'agisse de séquences d'ADN double brin contenant tout ou partie de la séquence desdits fragments, ou d'ADN ou d'ARN simple brin complémentaires de tout ou partie de l'un ou l'autre brin desdits fragments. Un mode de réalisation préféré de la présente invention englobe en particulier les séquences oligonucléotidiques suivantes 5'-GAXCCGACGCCXACAAACAC-3' (Il) S'-XACCGACAXCCXXGACAXAXXAC-3' (III) 5' -GGCXGAXXAGGAXXAAXAGGAGA-3' (IV) dans lesquelles X = T ou U, et qui sont dérivées de la séquence (I). Un autre mode de réalisation préféré de la présente invention comprend des séquences nucléotidiques obtenues par la méthode d'amplification PCR, en utilisant comme amorces les séquences oligonucléotidiques (II) et (III),ou bien les séquences oligonucléotidiques (III) et (IV) et comme matrice l'ADN génomique de HHV6, et dont les longueurs respectives sont de 249 et 170 pb. Un autre mode de réalisation préféré de la présente invention comprend des séquences d'ADN recombinant, contenant tout ou partie de la séquence de l'un des fragments du génome de HHV6/SIE conformes à l'invention, telles que en particulier - le plasmide pHC-147, qui résulte de l'insertion du fragment d'ADN de 5 kb défini plus haut dans le plasmide PTZ 19R - le plasmide pHC-C44 qui résulte de l'insertion du fragment d'ADN de 3,9 kb défini plus haut dans le plasmide PBR 322 - le plasmide PHC-5 qui résulte de l'insertion du fragment d'ADN de 850 pb défini plus haut dans le plasmide PTZ 19R. La présente invention a également pour objet des clones de cellules eucaryotes ou procaryotes transformées, contenant au moins une séquence d'ADN recombinant telle que définie plus haut. Des clones de la souche DH5 d'Escherichia coli, transformés par les plasmides mentionnés ci-dessus ont fait l'objet d'un dépôt auprès de la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM), le 19 Juillet 1989 - le clone transformé par- le plasmide pHC-C44 porte le numéro de dépôt I-894. - le clone transformé par le plasmide pHC-5 porte le numéro de dépôt I-895. - le clone transformé par le plasmide pHC-147 porte le numéro de dépôt I-896. La présente invention a également pour objet des réactifs de diagnostic, caractérisés en ce qu'ils contiennent au moins une des séquences nucléotidiques dérivées des fragments du génome du virus HHV6/SIE conformes à l'invention, telles qu'elles ont été définies précédemment, associée à au moins un moyen de détection approprié. Lesdits réactifs peuvent être utilisés dans un très grand nombre de techniques de diagnostic basées sur la détection d'acides nucléiques par hybridation et/ou amplification ; en particulier des réactifs dérivés du fragment Bam HI de 850 pb, correspondant à une séquence conservée, peuvent permettre la détection de toutes les souches de HHV6. La présente invention a en conséquence pour objet un procédé de diagnostic permettant soit la détection du virus HHV6/SIE, soit de façon plus générale, la détection du virus HHV6 dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend une étape dans laquelle l'on met en contact l'échantillon biologique avec un réactif conforme à l'invention, et une étape dans laquelle on détecte une interaction spécifique entre ledit réactif et une ou plusieurs séquences de l'ADN dudit virus éventuellement présent dans l'échantillon biologique. Selon un mode de mise en oeuvre préféré de ce procédé, la détection est effectuée par la méthode d'amplification PCR (amplification en chaîne par la Taq po lymérase) et on utilise comme amorces et éventuellement comme sondes des séquences oligonucléotidiques dérivées des fragments d'ADN définis plus haut Selon une modalité préférée.de ce mode de mise en oeuvre, de façon à permettre la détection de toutes les souches HHV6, on utilise comme amorces les séquences nucléotidiques (II) et (III),ou bien les séquences nucléotidiques(III) et (IV), et éventuellement comme sonde la séquence nucléotidique (IV), La présente invention a en outre pour objet un kit pour le diagnostic des infections HHV6 et/ou HHV6/SIE, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un réactif conforme à l'invention, associé à des moyens de mise en oeuvre d'un procédé tel que décrit plus haut. La présente invention sera mieux comprise à l'aide du complément de description qui va suivre, qui se réfère à des exemples de préparation des réactifs conformes à l'invention et de leur utilisation pour la détection de HHV6. I - PREPARATION DES FRAGMENTS ET DES MOLECULES D'ACIDE NU CLEIQUE CONFORMES A L'INVENTION A) ISOLEMENT ET PROPAÇAtIQN PROPAGATION DE LA SOUCHE HHV6/SIE La souche HHV6/SIE a été isolée à partir des lymphocytes d'une patiente atteinte d'une leucémie à HTLV-1 et séropositive pour HIV-2. Le virus est propagé sur lymphocytes de sang périphérique. L'isolement et la propagation de cette souche sont décrites dans la publication de AGUT et al.(Lancet i, 712, 1988). B) OBTENTION ET CARACTERISATION DES FRAGMENTS ET DES MOLECULES D'ACIDE NUCLEIQUE CONFORMES A L'INVENTION EXEHPLE 1 : Obtention et clonage des fragments Bam HI de 5 kb et 850 pb L'ADN extrait des cellules PBL (lymphocytes de sang périphérique) infectées, est totalement digéré par l'enzyme Bam HI. Les fragments résultants de la digestion sont séparés sur gradient de saccharose 10-30%. Les fragments de taille inférieure à 15 kb sont insérés au site Bam HI du plasmide multifonctionnel PTZ 19R, et introduits dans les bactéries E.coli DH5. La banque génomique ainsi obtenue est criblée par de 1'ADN viral isolé du virion purifié sur gradient de saccharose 10-60% et marqué au CTP32P. Deux recombinants ont été ainsi sélectionnés - un clone contenant le plasmide pHC 5, qui comporte un insert de 850 pb de l'ADN génomique de HHV6/SIE ; ce clone a été déposé le 19 Juillet 1989 auprès de la CNCM, sous le numéro d'accès I-894. La figure 1 représente la carte de -restriction du plasmide pHC 5. La zone -hachurée indique l'emplacement de l'insert de 850 pb. Cet insert ne contient aucun site de restriction pour les enzymes Hind III, Kpm I, SacI, SmaI. Cet insert a été partiellement séquencé. La séquence correspondante aux 310 premières bases est représentée par la formule (I). - un clone contenant le plasmide pHC 147 qui comporte un insert de 5 kb de l'ADN génomique de HHV6/SIE. Ce clone a été déposé le 19 Juillet 1989 auprès-de la CNCM sous le numéro d'accès I-896. La figure 2 représente la carte de restriction du plasmide pHC 147. La zone hachurée indique l'emplacement de l'insert de 5 kb. Cet insert porte un site de restriction EcoRI à 1,8 kb de l'une de ses extrémités. Il ne contient aucun site pour les enzymes Sma I, Sal I, Sac I, Kpm I, Xba I. EXEMPLE 2 : obtention et clonage du - fragment Cla I de 3,9 kb La procédure est identique à celle suivie dans l'exemple 1 à ceci près que l'ADN extrait des cellules PBL est digéré par l'enzyme Cla I, et que les fragments obtenus sont insérés au site Cla I du plasmide pBR 322. Un clone recombinant a été sélectionné à partir de la banque génomique obtenue. Ce clone contient le plasmide pHC-44 qui porte un insert de 3,9 kb de 1'ADN -génomique de HHV6/SIE. Il a été déposé le 19 Juillet 1989 auprès de la CNCM, sous le numéro d'accès 1-895. La figure 3 représente la carte de restriction du plasmide pHC-44. La zone hachurée indique l'emplacement de l'insert de 3,9 kb. Cet insert porte un site Pst I à 54 pb de l'une de ses extrémités. Il ne contient aucun site Hind III. Il - DETECTION DE LA PRESENCE DES VIRUS HHV6 DANS UN ECHAN TILLON BIOLOGIQUE EXEKPLE 3 : Procédé de détection utilisant la PCR Des Oligonucléotides synthétiques ont été obtenus à partir de la séquence (I). - le premier (A) est constitué par la séquence (II) qui correspond aux 20 premières bases de la séquence (I). - le deuxième (B) est constitué par la séquence (III), complémentaire des bases 227 à 249 de la séquence (I). - le troisième (S) est constitué par la séquence (IV), et correspond aux bases 79 à 91 de la séquence (I). Ces oligonucléotides sont utilisés dans une réaction d'amplification en chaine par la Taq polymérase. Le milieu réactionnel contient, pour un volume total de 100 p1: 0,1 à 0,5 pM de chacune des deux amorces (A et B, ou B et S), 200ciM de chacun des 4 désoxyribonucléosides triphosphates (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), 1,5mM de MgC12, 50mM de KCl, l0mM de Tris-HCL pH 8,3 0,1% (P/V) de gélatine, une unité de Taq DNApolymérase (Cetus), et entre 0 -et 300 ng de l'échantillon d'ADN susceptible de contenir la séquence à amplifier. 30 cycles d'amplification sont effectués, dans les conditions indiquées dans le tableau I suivant:. TABLEAU I ETAPE TEMPERATURE Ier 2/29ème 30ème CYCLE CYCLE CYCLE DENATURATION 94" 5mn linri lmn HYBRIDATION 55 lmn lmn lmn POLYMERISATION 720 linri lmn 7mn Les produits de l'amplification sont analyséS sur un gel d'agarose contenant lg/ml de bromure d'éthidium et peuvent être détectés par mesure de la fluorescence à 254 nm. La spécificité de la réaction d'amplification est démontrée par détection des produits de celle-ci par la technique du "Southern blotting" : les produits de l'amplification sont transférés à partir d'un gel d'agarose sur une membrane de nylon (Zeta Probe); la détection est effectuée en utilisant comme sonde l'oligonucléotide S marqué au 32p' Lorsque les oligonucléotides A et B sont utilisés comme amorces, on détecte, après 30 cycles d'amplification, un fragment de 249 pb; lorsque les oligonucléotides B et S sont utilisés comme amorces, on détecte, après 30 cycles d'amplification , un fragment de 170 pb. Ces deux fragments ont pu être détectés dans tous les échantillons constitués par 1'ADN de cellules infectées par des virus appartenant aux souches HHV6/HBLV, HHV6/39TAN et HHV6/SIE. La sensibilité de la détection a été déterminée en utilisant comme échantillon d'amplification soit un ADN plasmidique, dans lequel est inséré un fragment du génome du virus HHV6/SIE contenant la séquence recherchée, soit 1'ADN total de cellules PBL infectées par HHV6; dans le premier cas, la limite inférieure de détection correspond à 0,3 fg d'ADN; dans le deuxième, elle correspond à 5 fg d'ADN. Ainsi que cela ressort de ce qui précède, l'invention ne se limite nullement à ceux de ses modes de mise en oeuvre, de réalisation et d'application qui viennent d'être décrits de façon plus explicite ; elle en embrasse au contraire toutes les variantes qui peuvent venir à l'esprit- du technicien en la matière, sans. s'écarter du cadre, ni de la portée, de la présente invention. REVENDICATIONS 1') Fragments de l'ADN génomique du virus HHV6/SIE, caractérisés en ce qu'ils sont obtenus par digestion par une enzyme de restriction appropriée. 2 ) Fragment d'ADN selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il est obtenu par digestion avec l'enzyme Bam HI, et en ce que sa taille est d'environ 5 kb et en ce qu'il contient un site de restriction EcoRI à 1,8 kb de l'une de ses extrémités. 3 ) Fragment d'ADN selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il est obtenu par digestion par l'enzyme ClaI, en ce que sa taille est d'environ 3,9 kb, et en ce qu'il contient un site de restriction PstI à 54 pb de l'une de ses extrémités. 4') Fragment d'ADN selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il est obtenu par digestion avec l'enzyme Bam HI, en ce que sa taille est de 850 pb, et en ce que l'un de ses brins contient la séquence suivante 5' -GATCCACGCGCCACAAACACGTTATAATTTGATATAATAAGOAAAACTCTGTTCCAGAGAAAGGGTG TTGCGAAGGGGCTGATTAGGATTTAAATAGGAGAATCGTGTAAGTATATGGTCCAGTTGAAATTAGATTTGATTATAG GAAA GATTTGAGATCGTGAAAT GAAAGATTGAAACTCGTAGTTCATAAAAACTTTGGAATGAGGCACTT CTGTTGCGTAATATGTCAAGCCATGCGGTACTTTTTTTCTTTTGACTATTGTCTATATATOACATTGAG...-3' ..* (I) 5 ) Séquence nucléotidique caractérisée en ce qu'elle comprend tout ou partie d'un fragment d'ADN selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, ou en ce qu'elle est complémentaire de tout ou partie de l'un ou l'autre brin desdits fragments. 6*) Séquence nucléotidique selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle comporte ou est constituée par la séquence suivante, dans laquelle X = T ou U, ou sa séquence complémentaire 5' -GAXCCGACGCCXACAAACAC-3 (II) 7ç) ) Séquence nucléotidique selon la reven- dication 5, caractérisée en ce qu'elle comporte ou est constituée par la séquence suivante dans laquelle X = T ou U, ou sa séquence complémentaire 5' -XACCGACAXCCXXGACAXAXXAC-3' (III) 8-) Séquence nucléotidique selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle comporte ou est constituée par la séquence suivante dans laquelle X = T ou U, ou sa séquence complémentaire 5'-GGCXGAXXAGGAXXAAXAGGAGA-3' (fiv) 9') Séquence nucléotidique selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle est obtenue par la méthode d'amplification PCR, en utilisant comme amorces les séquences nucléotidiques (II) et (III) et comme matrice l'ADN génomique de HHV6, et en ce que sa longueur est de 249 pb. 10*) Séquence nucléotidique selon la revendication 5, caractérisée en ce qu'elle obtenue par recombinaison. 11') Séquence d'ADN recombinant selon la revendication 10, caractérisée en ce qu'elle est constituée par le plasmide pHC-147, lequel plasmide est obtenu par l'insertion dans le plasmide PTZ 19R d'un fragment d'ADN selon la revendication 2. '12-) Séquence d'ADN recombinant selon la revendication 10, caractérisée en ce qu'elle est constituée par le plasmide pHC-C44, lequel plasmide est obtenu par l'insertion dans le plasmide PBR 322 d'un fragment d'ADN selon la revendication 3. 13-) ) Séquence d'ADN recombinant selon la re- vendication 10, caractérisée en ce qu'elle est constituée par le plasmide pHC-5, lequel plasmide est obtenu par l'insertion dans le plasmide PTZ 19R d'un fragment d'ADN selon la revendication 3. 14-) Clones de cellules eucaryotes ou proca- ryotes transformées, caractérisés en ce qu'ils contiennent au moins une séquence d'ADN recombinant selon l'une quelconque des revendications 10 à 13. 15-) Clone selon la Revendication 14, déposé à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) sous le N"I-894 et caractérisé en ce qu'il est constitué par des cellules bactériennes de la souche E.coli DH5 transformées par le plasmide pHC-C44. 16-) Clone selon la Revendication 14, déposé à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) sous le N'I-895 et caractérisé en ce qu'il est constitué par des cellules bactériennes de la souche E.coli DH5 transformées par le plasmide pHC-5. 17') Clone selon la Revendication 14, déposé à la Collection Nationale de Cultures de Microorganismes (CNCM) sous le N'I-896 et caractérisé en ce qu'il est constitué par des cellules bactérienne de la souche E.coli DH5 transformées par le plasmide pHC-147. 18') Réactifs de diagnostic, caractérisés en ce qu ils contiennent au moins une séquence nucléotidique selon l'une quelconque des revendications 5 à 13 associée à au moins un moyen de détection approprié. 19') Procédé de diagnostic de la présence du virus HHV6/SIE et/ou du virus HHV6 dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend une étape dans laquelle l'on met en contact l'échantillon biologique avec un réactif selon la revendication 18, et une étape dans laquelle on détecte une interaction spécifique entre ledit réactif et une ou plusieurs séquences de 1'ADN dudit virus éventuellement présent dans l'échantillon biologique. 20') Procédé, selon la revendication 19, comprenant une étape d'amplification, effectuée par la méthode d'amplification PCR, caractérisé en ce qu'on utilise comme amorces et éventuellement comme sondes des séquences oligonucléotidiques dérivées de fragments d'ADN selon l'une quelconque des revendications 1 à 3. 21") Procédé selon la revendication 20, caractérisé en ce qu'on utilise comme amorces ,ou bien les séquences nucléotidiques (II) et (III), ou bien les séquences nucléotidlques (III) et (IV) , et éventuellement comme sonde la séquence nucléotidique (IV). 22 ) Kit pour le diagnostic des infections HHV6 et/ou HHV6/SIE, caractérisé en ce qu'il comprend au moins un réactif selon la revendication 18, associé à des moyens de mise en oeuvre d'un procédé selon une quelconque des revendications 19 à 21.