Συγκριτική Τοξικογονιδιωματική βάση δεδομένων

Η Comparative Toxicogenomics Database (CTD) είναι δημόσια ιστοσελίδα και εργαλείο έρευνας , το οποίο επιμελείται επιστημονικά δεδομένα που περιγράφουν τις σχέσεις μεταξύ χημικών ουσιών/φαρμάκων, γονιδίων/πρωτεϊνών, νόσων, ταξινομικών βαθμίδων, φαινοτύπων, οντολογίας γονιδίων (GO annotations), οδών και τύπων αλληλεπίδρασης που ξεκίνησε στις 12 Νοεμβρίου 2004. Η βάση δεδομένων συντηρείται από το Τμήμα Βιολογικών Επιστημών στο Πολιτειακό Πανεπιστήμιο της Βόρειας Καρολίνας.

 Ένας από τους κύριους στόχους της CTD είναι να προάγει την κατανόηση των επιδράσεων των περιβαλλοντικών χημικών ουσιών στην ανθρώπινη υγεία στο γονιδιακό επίπεδο, ένα πεδίο το οποίο αποκαλείται τοξικογονιδιωματική. Η αιτιολογία πολλών χρόνιων νόσων περιλαμβάνει αλληλεπιδράσεις μεταξύ περιβαλλοντικών παραγόντων και των γονιδίων που τροποποιούν σημαντικές διεργασίες της φυσιολογίας του ανθρώπου. Οι χημικές ουσίες αποτελούν ένα σημαντικό συστατικό του περιβάλλοντος. Παθολογικές καταστάσεις όπως το άσθμα, ο καρκίνος, ο σακχαρώδης διαβήτης, η αρτηριακή υπέρταση, η ανοσοανεπάρκεια και η νόσος του Πάρκινσον είναι γνωστό ότι επηρεάζονται από το περιβάλλον, αν και οι μοριακοί μηχανισμοί που υπαγορεύουν αυτές τις συσχετίσεις δεν έχουν γίνει καλά κατανοητοί. Η CTD μπορεί να βοηθήσει στη διαλεύκανση αυτών των μηχανισμών. Η πιο πρόσφατη εκτεταμένη λίστα επιστημονικών άρθρων για τη CTD υπάρχει διαθέσιμη στη σελίδα με τις δημοσιεύσεις Η CTD είναι μια μοναδική πηγή γνώσης, στην οποία ειδικοί επιστήμονες, επιμελητές βιολογικών δεδομένων, οι οποίοι ονομάζονται biocurators διαβάζουν την επιστημονική βιβλιογραφία και επιμελούνται τέσσερα είδη κύριων δεδομένων: Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Γονιδίων Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Νόσων Αλληλεπιδράσεις γονιδίων - νόσων Αλληλεπιδράσεις χημικών ουσιών - Φαινοτύπων Ενσωματώνοντας τα τέσσερα σύνολα δεδομένων που αναφέρονται παραπάνω, η CTD κατασκευάζει αυτόματα υποθετικά δίκτυα χημικής ουσίας - γονιδίου - φαινότυπου - νόσου για να διαφωτίσει τους υποβόσκοντες μοριακούς μηχανισμούς των περιβαλλοντικά-επηρεαζόμενων νόσων. Οι σχέσεις που έχουν συναχθεί από τα δεδομένα αυτά, βαθμολογούνται στατιστικά και ιεραρχούνται και μπορούν να χρησιμοποιηθούν από επιστήμονες και βιολόγους του κλάδου της υπολογιστικής βιολογίας για να δημιουργήσουν και να ελέγξουν υποθέσεις γύρω από τους τοξικογονιδιωματικούς μηχανισμούς και τον τρόπο που αυτοί σχετίζονται με την ανθρώπινη υγεία. Οι χρήστες μπορούν να πραγματοποιήσουν αναζήτηση στη CTD για να ανακαλύψουν επιστημονικά δεδομένα για χημικές ουσίες, γονίδια, νόσους ή αλληλεπιδράσεις μεταξύ των 3 αυτών κατηγοριών. Επί του παρόντος, η CTD ενσωματώνει δεδομένα τοξικογονιδιωματικής για σπονδυλωτά και ασπόνδυλα. Η CTD ενσωματώνει δεδομένα από ή παρέχει εξωτερικούς συνδέσμους προς τις ακόλουθες βάσεις δεδομένων: ChemIDplus, ένα λεξικό πάνω από 400.000 χημικών ουσιών που φιλοξενείται στην Εθνική Βιβλιοθήκη Ιατρικής των ΗΠΑ DrugBank Data Infrastructure for Chemical Safety project (diXa) Data Warehouse του Ευρωπαϊκού Ινστιτούτου Βιοπληροφορικής που τον Νοέμβριο του 2015 περιείχε 469 ουσίες, 188 σύνολα δεδομένων νόσων σε τρεις υποκατηγορίες, ηπατική, νεφρική και καρδιαγγειακή νόσος Gene Ontology Consortium KEGG NCBI Entrez-Gene NCBI PubMed NCBI Taxonomy NLM Medical Subject Headings OMIM Reactome Comparative Toxicogenomics Database MDI Biologicjfxal Laboratory