Ιστορία του ποδοσφαιρικού τμήματος του Παναθηναϊκού (2000-2009)

Η δεκαετία του 2000 ήταν από τις χειρότερες στην ιστορία του ποδοσφαιρικού Παναθηναϊκού από πλευράς συγκομιδής τίτλων. Το 2000 αποχώρησε από την προεδρία και τη διοίκηση του συλλόγου ο Γιώργος Βαρδινογιάννης. Η ομάδα τα επόμενα χρόνια κατέκτησε μόνο το νταμπλ την περίοδο 2003–04. Παρά την κακή πορεία του στις εγχώριες διοργανώσεις, ο Παναθηναϊκός παρέμεινε ο καλύτερος εκπρόσωπος του ελληνικού ποδοσφαίρου στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις όπου είχε τις περισσότερες επιτυχίες από τις ελληνικές ομάδες και συνέχισε την καλή παράδοση που έχει δημιουργήσει στις ευρωπαϊκές του εμφανίσεις από τη δεκαετία του 1970. Τη δεκαετία αυτή σημαντικό ζήτημα που απασχόλησε τον Παναθηναϊκό ήταν η κατασκευή του νέου γηπέδου της ομάδας. Στο τέλος της δεκαετίας αποφασίστηκε να ανεγερθεί νέο γήπεδο στην περιοχή του Ελαιώνα. Κατά τη διάρκεια της δεκαετίας ο Παναθηναϊκός αγωνίστηκε στο γήπεδο της Λεωφόρου Αλεξάνδρας (Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης) από το 2000 έως το 2005 καθώς και την αγωνιστική περίοδο 2007–08. Τις υπόλοιπες χρονιές αγωνιζόταν στο ΟΑΚΑ. Στα διοικητικά τον έλεγχο της ομάδας διατηρούσε ο Γιάννης Βαρδινογιάννης, ενώ το 2008 ανακοινώθηκε αύξηση μετοχικού κεφαλαίου και η είσοδος στην Π.Α.Ε. και άλλων μετόχων.

 Ο Παναθηναϊκός κατέκτησε μόνο ένα πρωτάθλημα στη διάρκεια της δεκαετίας, την αγωνιστική περίοδο 2003–04. Τις υπόλοιπες χρονιές, στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος, τερμάτισε πέντε φορές δεύτερος (τις δύο από αυτές μετά τη διαδικασία των play off) και τρεις τρίτος. Από αυτές τις χρονιές καλύτερη ήταν η περίοδος 2002–03 που ισοβάθμησε στο τέλος του πρωταθλήματος με τον Ολυμπιακό αλλά έχασε το πρωτάθλημα γιατί υστερούσε στους μεταξύ τους αγώνες και χειρότερη ήταν η περίοδος 2006–07 που τερμάτισε 17 βαθμούς πίσω από τον πρωταθλητή Ολυμπιακό. Ο Παναθηναϊκός σημείωσε την καλύτερη επίθεση στο πρωτάθλημα την περίοδο 1999–2000 με 92 γκολ ενώ η καλύτερη αμυντική του επίδοση ήταν 18 γκολ, κάτι που πέτυχε τέσσερις φορές. Ο Παναθηναϊκός κατέκτησε μόνο ένα κύπελλο τη δεκαετία του 2000. Αυτό ήταν την περίοδο 2003–04, νικώντας στον τελικό τον Ολυμπιακό με σκορ 3–1. Στον τελικό κατάφερε να φτάσει άλλη μία φορά, την περίοδο 2006–07 όπου ηττήθηκε από τη Λάρισα με σκορ 2–1. Τις υπόλοιπες χρονιές δεν κατάφερε να προχωρήσει πέρα από τα προημιτελικά. Μέχρι τα προημιτελικά έφτασε την περίοδο 2000–01 που αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό, την περίοδο 2002–03 που αποκλείστηκε από το Αιγάλεω, και την περίοδο 2008–09 που αποκλείστηκε από τον Πανσερραϊκό. Προώρους αποκλεισμούς από τη φάση των 16 είχε την περίοδο 1999–2000 που αποκλείστηκε από τον Άρη, την περίοδο 2001–02 που αποκλείστηκε από τον Ηρακλή, την περίοδο 2004–05 που αποκλείστηκε από την ΑΕΚ και την περίοδο 2007–08 που αποκλείστηκε από τον Ολυμπιακό. Χειρότερη ήταν η πορεία του την περίοδο 2005–06 που αποκλείστηκε από τη φάση των 32 από τον Εργοτέλη. Ο Παναθηναϊκός συνέχισε και τη δεκαετία του 2000 την παράδοση των καλών εμφανίσεων στους Ευρωπαϊκούς αγώνες καθώς ήταν η ελληνική ομάδα με την καλύτερη παρουσία. Ήταν η μοναδική ελληνική ομάδα που κατάφερε να φτάσει μέχρι την προημιτελική φάση και μάλιστα δύο φορές. Την περίοδο 2001–02 έφτασε στην προημιτελική φάση του Champions League τερματίζοντας πρώτος στον αρχικό όμιλο, με αντιπάλους, την Άρσεναλ, τη Μαγιόρκα και την ΦΚ Σάλκε 04 και δεύτερος στον επόμενο όμιλο, με αντιπάλους τη Ρεάλ Μαδρίτης, την Πόρτο και τη Σπάρτα Πράγας. Στα προημιτελικά αποκλείστηκε από την Μπαρτσελόνα με νίκη 1–0 και ήττα 3–1. Χάρη στα εκπληκτικά αποτελέσματα και την παρουσία του στη διοργάνωση, ο Παναθηναϊκός αναδείχθηκε ως η καλύτερη ομάδα στον κόσμο για το μήνα Σεπτέμβριο του 2001 από την IFFHS (International Federation of Football History & Statistics), ένα μοναδικό επίτευγμα που ο Παναθηναϊκός είναι η μοναδική ελληνική ομάδα που το κατέχει. Την επόμενη χρονιά έφτασε στα προημιτελικά του κυπέλλου UEFA όπου αποκλείστηκε από την Πόρτο με νίκη 1–0 στην Πορτογαλία και ήττα στη Λεωφόρο με 2–0 στην παράταση. Συνολικά ο Παναθηναϊκός συμμετείχε όλες τις χρονιές της δεκαετία στις Ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Στο Champions League αγωνίστηκε έξι φορές. Εκτός από την περίοδο 2001–02 που έφτασε στα προημιτελικά άλλες δύο φορές έφτασε μέχρι τη φάση των δεκαέξι, την περίοδο 2000–01 και την περίοδο 2008–09. Τρίτος στη φάση των ομίλων, οπότε και συνέχισε στο κύπελλο UEFA, τερμάτισε δύο φορές, την περίοδο 2003–04 και 2004–05 ενώ τελευταίος στον όμιλό του τερμάτισε μόνο τη χρονιά 2005–06. Η χρονιά αυτή που συνοδεύτηκε και από βαριές ήττες από την Μπαρτσελόνα και τη Βέρντερ Βρέμης αποτελεί τη χειρότερη Ευρωπαϊκή πορεία του Παναθηναϊκού στη διάρκεια της δεκαετίας. Ο Παναθηναϊκός στο πρώτο μισό της δεκαετίας στηρίχθηκε κυρίως σε Έλληνες παίκτες, οι οποίοι αποτελούσαν τον βασικό κορμό της ομάδας. Σημαντικότεροι Έλληνες παίκτες που αγωνίστηκαν αυτή την περίοδο στον Παναθηναϊκό ήταν ο Γιώργος Καραγκούνης, ο Άγγελος Μπασινάς, ο Αντώνης Νικοπολίδης, ο Γιούρκας Σεϊταρίδης (αποκτήθηκε το 2001 από τον ΠΑΣ Γιάννενα), ο Τάκης Φύσσας, ο Σωτήρης Κυργιάκος, ο Γιάννης Γκούμας, ο Νίκος Λυμπερόπουλος και ο Μιχάλης Κωνσταντίνου (αποκτήθηκε το 2001 από τον Ηρακλή). Σημαντικότερες μεταγραφές ξένων παικτών αυτή την περίοδο ήταν του ΠορτογάλουΠάουλο Σόουζα και του Κροάτη Γκόραν Βλάοβιτς. Στο δεύτερο μισό της δεκαετίας ο Παναθηναϊκός είχε τελείως διαφορετική σύνθεση. Από τους Έλληνες παίκτες που αποτελούσαν τον κορμό της ομάδας την πρώτη πενταετία της δεκαετίας είχε απομείνει μόνο ο Γκούμας. Την περίοδο αυτή σημαντικότερες μεταγραφές του Παναθηναϊκού ήταν οι Ιγκόρ Μπίσκαν και Φλάβιο Κονσεϊσάο που ήρθαν στον Παναθηναϊκό το 2005, ο Εσεκιέλ Γκονσάλες, ο Αντρέας Ίβανσιτς, ο Ζιλμπέρτο Σίλβα και από την εγχώρια αγορά ο Δημήτρης Σαλπιγκίδης. Επίσης στον βασικό κορμό της ομάδας συμμετείχαν οι Έλληνες παίκτες, Αλέξανδρος Τζόρβας, Λουκάς Βύντρα, Αλέξανδρος Τζιόλης και Νίκος Σπυρόπουλος. Από τους πολλούς προπονητές που πέρασαν από τον Παναθηναϊκό τη δεκαετία του 2000 όλοι είχαν σύντομη παρουσία που σπάνια ξεπερνούσε τη μία σεζόν. Οι μόνοι που κατάφεραν να παραμείνουν για περισσότερο από ένα χρόνο στον πάγκο του Παναθηναϊκού ήταν ο Ιτζάκ Σουμ και Αλμπέρτο Μαλεζάνι που παρέμειναν για διάστημα λίγο μεγαλύτερο του ενός έτούς. Ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε την αγωνιστική περίοδο 1999-2000 με προπονητή τον Γιάννη Κυράστα, τον οποίο διαδέχτηκε ο Άγγελος Αναστασιάδης την περίοδο 2000-01. Ο τελευταίος δεν παρέμεινε όλη τη χρονιά και αντικαταστάθηκε από τον Στράτο Αποστολάκη. Ο Κυράστας επανήλθε στις αρχές της περιόδου 2001-02 αλλά αντικαταστάθηκε στα μέσα της χρονιάς από τον Σέρτζιο Μαρκαριάν. Την περίοδο 2002-03 ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε με προπονητή τον Φερναντο Σάντος ο οποίος αποχώρησε από τις αρχές της χρονιάς μετά από ένα πολύ κακό ξεκίνημα και τον διαδέχτηκε ο Σέρτζιο Μαρκαριάν που κάθησε για δεύτερη φορά στον πάγκο του Παναθηναϊκού. Την επόμενη χρονιά ανέλαβε προπονητής ο Ιτζάκ Σουμ που κατάφερε να κατακτήσει του μοναδικούς τίτλους του Παναθηναϊκού μέσα στη δεκαετία. Την επόμενη χρονιά ο Σουμ λόγω διαφωνίας με τη διοίκηση αποχώρησε από τις πρώτες αγωνιστικές και το πρωτάθλημα ολοκλήρωσε ο Αλμπέρτο Μαλεζάνι. Ο τελευταίος παρέμεινε προπονητής του Παναθηναϊκού και την επόμενη χρονιά την οποία ολοκλήρωσε. Την περίοδο 2006-07 ο Παναθηναϊκός ξεκίνησε με προπονητή τον Χανς Μπάκε και ολοκλήρωσε τη χρονιά με τον Βίκτορ Μουνιόθ ενώ τις επόμενες δύο χρονιές κάθησαν στον πάγκο του Παναθηναϊκού οι Ζοσέ Πεσέιρο και Χενκ Τεν Κάτε.