TCoffee

T - Coffee ( Tree - based Consistency Objective Function For alignment Evaluation ) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 。 它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對 。 在最新的版本 ( 3D - Coffee ) 中 ， 亦可結合結構的資訊來作多重序列比對 。 此外 ， 該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 ( Mocca ) 。 預設比對結果輸出的格式爲 aln ( Clustal ), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式 。 常用的輸入格式多有支援 ( FASTA, PIR ) 。