序列組裝

序列組裝  是生物資訊學中的一種分析方法 。 此方法通過序列比對和序列合併等演算 ， 將短片段的DNA建構成爲較長的連續序列 。 此技術的創立 ， 是因爲被測序的核酸分子通常長度都遠大於目前存在的DNA測序技術 。 而此分析能試圖從有限長度的DNA測序結果 ， 重建出原本被測序分子的樣貌 。 序列組裝最常被使用在高通量測序資料的分析上 （ 例如基因組霰彈槍定序 ， 或者RNA轉錄體測序 ） 。 這一類的測序技術會產生大量的測序片段 （ read ， 複數reads ） ， 而這些片段的長度依照不同的技術 ， 短爲數十 ， 長可至上萬個鹼基對 （ 前者如Illumina的定序平臺 ， 後者如的或奈米孔洞測序 ） 。 而序列組裝旨在合併這些短片段來重建原本的分子序列 。 我們可將序列組裝想像成從大量片段的文字中拼湊出一整篇文章的過程 ： 被測序的分子就是那篇文章 ， 而測序片段就是那段文章中 ， 隨機切取出來的句子 。 其中一種重建出這段文章的方式 ， 就是找到句子中重疊的部分 ， 因爲一旦找到夠多重疊的部分 ， 我們就有機會將每個句子連接到一起 ， 進而得到原始的文章 。 不難想像 ， 此過程的困難不僅僅在於需要進行大量的片段比對 ， 還會因原本文章的複雜度而製造更多問題 ： 例如原本的文章可能有許多重複的段落 ， 而帶有這些重複段落的文句可能會重疊在一起 ； 又或者我們所拿到的句子中若有錯別字 ， 亦會增加尋找重疊片段的難度 。 同樣的問題也同樣存在於生物資訊的序列組裝分析裏 。