基因共表達網絡

基因共表達網絡是一種無向圖 ， 每個節點代表基因 ， 如果二者存在明顯的共表達關係 ， 就用一個邊連接兩個節點 。 對不同的樣本或者不同的實驗條件建立基因表達譜後 ， 可以通過查看不同樣本間產生相似表達模式的基因對建立基因共表達網絡 。 原因是 ， 兩個共表達基因在不同的樣本中應以相同模式變化 。 共同表達的基因是由同一轉錄控制程序控制 、 功能相關 、 同一通路或蛋白結構的組成部分 ， 所以基因共表達網絡具有生物學意義 。 基因共表達網絡不指定共表達關係的方向和類型 。 然而在基因調控網絡中 ， 邊是有方向的 ， 代表着反應 、 變換 、 互作 、 激活或者抑制的生化過程 。 而基因共表達網絡並不嘗試判定因果關係 ， 邊只代表基因之間的相關或者依賴關係 。 有類似功能或參與統一生物功能的基因會產生很多相互作用 ， 在基因共表達網絡中會體現爲模塊或連接豐富的子圖 。 基因共表達網絡一般是用高通量基因表達譜技術 （ 如微陣列和RNA測序 ） 生成的數據集建立的 。