分子力學

分子力學採用經典力學來模擬分子體系 。 在分子力學中 ， 使用分子力場方法計算出所有系統的勢能 。 分子力學可用於研究小分子 ， 也可用於研究具有成千乃至上百萬原子數的大型生物系統或材料 。 全原子分子力學方法具有以下性質 ： 將每個原子模擬爲單個粒子 每個粒子具有一個半徑值 （ 通常爲範德華半徑 ） ， 極化率和一個恆定的淨電荷數 （ 通常來自於量子計算和 / 或實驗 ） 將原子間互相成鍵作用模擬爲 “ 連線 ” ， 取平衡距離等於實驗或計算所得的鍵長 這個方法有幾個可能的變體 。 例如 ， 許多模擬方法曾使用 “ 原子團 ” 模型 （ 此模型將一個甲基基團或亞甲基單元視爲單個粒子 ） ， 而大型蛋白系統則通常使用 “ 珠 ” 模型 （ 此模型將一個氨基酸視爲二至四個粒子 ） 進行模擬 。