多重序列比對

多重序列比對 （ Multiple sequence alignment ； MSA ） 是對三個以上的生物學序列 （ biological sequence ） ， 如蛋白質序列 、 DNA序列或RNA序列所作的序列比對 。 一般來說 ， 是輸入一組假定擁有演化關係的序列 。 從MSA的結果可推導出序列的同源性 ， 而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖 。 如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件 ， 例如點突變的單格變化 ， 或是如刪除突變與插入突變 ， 可使各個序列之間產生鴻溝 。 MSA常用來研究序列的保守性 ， 或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構 ， 甚至是個別的氨基酸或核苷酸 。