AMBER力場

AMBER力場是在生物大分子的模擬計算領域有着廣泛應用的一個分子力場 。 開發這個力場的是Peter Kollman課題組 ， 最初AMBER力場是專門爲了計算蛋白質和核酸體系而開發的 ， 計算其力場參數的數據均來自實驗值 ， 後來隨着AMBER力場的廣泛應用 ， 包括Kollman在內的很多課題組對AMBER力場的內容不斷進行豐富 ， 逐漸開發出了一個可以用於生物大分子 、 有機小分子和高分子模擬計算的力場體系 。 但是總體來講 ， AMBER力場的優勢在於對生物大分子的計算 ， 其對小分子體系的計算結果常常不能令人滿意 。 AMBER力場的勢能函數形勢較爲簡單 ， 所需參數不多 ， 計算量也比較小 ， 這是這個力場的一大特色 ， 但也在一定程度上限制了這個力場的擴展性 。 本力場用諧振子模型計算鍵長伸縮能和鍵角彎轉能 ， 用傅立葉級數的形式來描述二面角扭轉能 ， 選用Lennard - Jones勢來模擬範德華力 ； 用庫侖公式來描述靜電相互作用 ， 其勢能表達式爲 ： 現在有很多主流計算軟件包應用了AMBER力場 ， 其中除了Kollman課題組開發的AMBER軟件之外 ， 還有Insight II 、 Sybyl 、 Cerius2 、 MOE和HyperChem等 。