Methods for prioritizing or ranking candidate genes according to their importance based on specif ic criteria via the analysis of gene networks are widely used in biomedicine to search for genes associated with diseases and to predict biomarkers, pharmacological targets and other clinically relevant molecules. These methods have also been used in other f ields, particularly in crop production. This is largely due to the development of technologies to solve problems in marker-oriented and genomic selection, which requires knowledge of the molecular genetic mechanisms underlying the formation of agriculturally valuable traits. A new direction for the study of molecular genetic mechanisms is the prioritization of biological processes based on the analysis of associative gene networks. Associative gene networks are heterogeneous networks whose vertices can depict both molecular genetic objects (genes, proteins, metabolites, etc.) and the higher-level factors (biological processes, diseases, external environmental factors, etc.) related to regulatory, physicochemical or associative interactions. Using a previously developed method, biological processes involved in plant responses to increased cadmium content, saline stress and drought conditions were prioritized according to their degree of connection with the gene networks in the SOLANUM TUBEROSUM knowledge base. The prioritization results indicate that fundamental processes, such as gene expression, post-translational modif ications, protein degradation, programmed cell death, photosynthesis, signal transmission and stress response play important roles in the common molecular genetic mechanisms for plant response to various adverse factors. On the other hand, a group of processes related to the development of seeds ("seeding development") was revealed to be drought specif ic, while processes associated with ion transport ("ion transport") were included in the list of responses specif ic to salt stress and processes associated with the metabolism of lipids were found to be involved specif ically in the response to cadmium.Методы приоритизации или ранжирование кандидатных генов по их важности в соответствии с заданными критериями, основанными на анализе генных сетей, широко применяются в биомедицине для поиска ассоциаций генов с заболеваниями, предсказания биомаркеров, фармакологических мишеней и т. д. При этом наблюдается тенденция их использования и в других областях знаний, в частности в растениеводстве. В зна- чительной степени это обусловлено развитием технологий для решения задач маркер-ориентированной и геномной селекции, требующих знаний о молекулярно-генетических механизмах, лежащих в основе форми- рования хозяйственно ценных признаков. Новым направлением для изучения молекулярно-генетических ме- ханизмов является приоритизация биологических процессов с применением анализа ассоциативных генных сетей. Ассоциативная генная сеть – это гетерогенная сеть, в качестве вершин которой наряду с молекулярно- генетическими объектами (гены, белки, метаболиты и т. д.) могут быть представлены сущности более высокого уровня (биологические процессы, заболевания, факторы внешней среды и т. д.), связанные между собой регу- ляторными, физико-химическими или ассоциативными взаимодействиями. С использованием разработанного нами ранее метода осуществлена приоритизация биологических процессов по степени их связи с генными се- тями, представленными в базе знаний SOLANUM TUBEROSUM и описывающими ответ растений на повышенное содержание кадмия, солевой стресс и условия засухи. Результаты приоритизации свидетельствуют о том, что фундаментальные процессы, такие как экспрессия генов, посттрансляционная модификация, деградация бел- ков, программируемая клеточная смерть, фотосинтез, передача сигналов, ответ на стресс, играют важную роль в общих молекулярно-генетических механизмах ответа растений на различные неблагоприятные факторы. С дру- гой стороны, среди специфичных для устойчивости к засухе была выявлена группа процессов, связанных с раз- витием семян (seeding development). Процессы, связанные с ионным транспортом (ion transport), вошли в список специфичных для ответа на солевой стресс, а связанные с метаболизмом липидов (phospholipid degradation – деградация фосфолипидов) – для ответа на кадмий.