The monastery's construction began in 1477 following plans drawn by architect Juan Guas, and was completed in 1504.
Kot je povzel španske akademski zgodovinar Rafael Casas:"... San Juan de los Reyes je rezultat kraljeve volje graditi samostan v spomin na zmago v bitki z negotovim izidom, a odločilni v Toru leta 1476, ki je konsolidirala združitev dveh najpomembnejših polotoških kraljestev".