Throughout the 13th century the cathedral's income tax was raised through the previous incorporation of Alcalá de Henares into its archiepiscopal territories in 1129.
Mošeja-katedrala je ostala nedotaknjena vse do 13. stoletja, ko je v letu 1222 Papeška bula, ki jo je izdal papež, dovolila gradnjo nove katedrale, ki se je začela leta 1224 (ali 1225).