At Nevada, Kaepernick twice was named the Western Athletic Conference Offensive Player of the Year, and he was the Most Valuable Player of the 2008 Humanitarian Bowl.
В университете Каперник играл за команду университета Невада, где дважды становился лучшим игроком нападения конференции Western Athletic, а также самым ценным игроком Humanitarian Bowl 2008 года.