Gerstner was born in Chomutov, where he studied at the Jesuits gymnasium, after which he studied mathematics and astronomy at the Faculty of Philosophy in Prague between 1772 and 1777.
В том же городе посещал иезуитскую гимназию, окончив которую, поступил в Пражский Университет на факультет философии, где с 1772 по 1777 гг изучал математику и астрономию.