"Metroid Prime" appeared on several lists of best games; it was ranked 23rd in IGN's Top 100, 29th in a 100-game list chosen by GameFAQs users, and 10th in "Nintendo Powers "Top 200 Nintendo Games Ever".
"Metroid Prime" был избран в следующие списки лучших игр: 24 место в лучшей сотне IGN, 29 место в списке игр, выбранной пользователями GameFAQs, и 10 место в списке «200 лучших игр всех времён» Nintendo Power.