The party served in government again from March 1999 to December 2001 in a tripartite government with Pro Patria Union and People's Party Moderates, from January 2002 to March 2003 with the Estonian Centre Party, from March 2003 to March 2005 with Res Publica and People's Union, from March 2005 to March 2007 with the Centre Party and People's Union, from March 2007 to May 2009 with the Pro Patria and Res Publica Union and the Social Democratic Party.
"Партия Реформ" участвовала в коалициях несколько раз: с 1995 по 1997 годы с несуществующей на сегодняшний день "Эстонской коалиционной партией", с марта 1999 по декабрь 2001 года в трёхпартийном правительстве с "Союзом Отечества" и Партией умеренных Эстонии, с января 2002 по март 2003 года с Центристской партией и, наконец, с марта 2003 по март 2005 года с партией Res Publica и Народным союзом.