The APG II system, of 2003 (unchanged from the APG system, of 1998), places the genus in family Hydrocharitaceae, in the order Alismatales of the monocots.
В системе APG II на основании филогенетических исследований род Наяда рассматривается в составе семейства ; ранее разными систематиками выделялся в отдельное семейство Ная́довые ().