He studied medicine at the Imperial University of Dorpat, and spent his main career there as well: extraordinary professor of anatomy (1819), director of the zoological cabinet (1822), and professor of anatomy (1828).
Вернувшись из плавания, Эшшольц занялся обработкой собранных материалов, и вскоре (1819) был назначен экстраординарным профессором анатомии и заведующим Зоологическим кабинетом в Дерптском университете.