She specialized in solar astronomy, and also discovered a number of comets, including periodic comet 45P/Honda-Mrkos-Pajdušáková, and the non-periodic C/1946 K1 (Pajdušáková-Rotbart-Weber), C/1948 E1 (Pajdušáková-Mrkos), C/1951 C1 (Pajdušáková) and C/1953 X1 (Pajdušáková).
Также открыла 5 комет: короткопериодическую Хонда — Мркоса — Пайдушаковой и долгопериодические C/1946 K1 (Пайдушаковой — Ротбарта — Вебера), C/1948 E1 (Пайдушаковой — Мркоса), C/1951 C1 (Пайдушаковой), C/1953 X1 (Пайдушаковой).