The Academy consists of the Institute of Cryptography, Telecommunications and Computer Science (Институт криптографии, связи и информатики, ИКСИ), Institute for Operational Training (Институт подготовки оперативного состава, ИПОС) and some faculties.
Академия ФСБ России включает в себя Институт криптографии, связи и информатики (ИКСИ) и институт подготовки оперативного состава (ИПОС) в составе двух факультетов — следственного и контрразведывательного.