This can be done using a single known protein against a library of unknown proteins or conversely, by selecting from a library of known proteins using a single protein of unknown function.
С помощью одного известного белка А0, библиотеки неизвестных белков Вn, и последующего сравнения с предварительно известной парой взаимодействующих белков A0B0 можно получить информацию о схожести Bn и B0.