Subsequently, he served as Deputy Assistant to the President for National Security Affairs, from 1987 to 1989; Ambassador to Mexico, from 1989 to 1993; and Ambassador to the Philippines from 1993 to 1996.
Негропонте был послом в Гондурасе (1981—1985), помощником госсекретаря по делам океанов, окружающей среде и науке (1985—1987), заместителем помощника президента по национальной безопасности (1987—89), послом в Мексике (1989—1993) и послом на Филиппинах (1993—1996).