During the crisis, in August 1961, Ivan Konev, Commander in Chief of the Group of Soviet Forces in Germany, was appointed Marshal of the Soviet Union and Yakubovsky was transferred to the post of his first deputy, while continuing to manage the daily operations of the Group of Soviet Forces in Germany.
В разгар Берлинского кризиса, когда резко обострилась угроза вооружённого конфликта в Европе, Главнокомандующим Группы советских войск в Германии был назначен Маршал Советского Союза И. С. Конев (август 1961 года), а Якубовский был переведён на должность его первого заместителя, при этом продолжая руководить повседневной деятельностью ГСВГ.