He was the pilot on STS-6 (April 4–9, 1983); and was the mission commander on STS-51-D (April 12–19, 1985) and STS-51-J (October 3–7, 1985).
Бобко трижды летал в космос (впервые как пилот — 4-9 апреля 1983 года (STS-6), 12-19 апреля 1985 года (STS-51-D) и 2-7 октября 1985 года (STS-51-J) — как командир).