He was elected Prime Minister of Vanuatu on two separate terms, and was previously the Minister of Foreign Affairs briefly in 1991, the acting President of Vanuatu from 2 March 1999 to 24 March 1999 (during a time in which he was the Speaker of Parliament), and Deputy Prime Minister.
До этого Натапеи занимал короткое время пост министра иностранных дел в 1991 году, исполнял обязанности президента Вануату с 2 марта 1999 до 24 марта 1999 года (в течение времени, которое он был спикером парламента), был премьер-министром с 2001 до 2004 года, и затем заместителем премьер-министра.