Through the first half of the 2001–02 season, Johnson played 48 games for the Celtics and made 33 starts, as he averaged 6.3 points, 2.9 rebounds and 1.5 assists per game.
В регулярном сезоне 2002/2003 Джо Джонсон провел 82 матча, из них в 34 в стартовом составе, в которых в набирал в среднем 9,8 очков, 3,2 подбора и 2,6 передач за игру.