Pedersen was ill during the last 10 years of his life, but he continued to work until his death in 1554, while he was living with relatives in Helsinge.
Педерсен скончался в городе Хельсинге в 1554 году в доме своих родственников после 10 лет проживания в нём; в течение этих лет жизни тяжело болел, но продолжал активно работать до самой смерти.