After Museveni took power in 1986, Ruganda held a long series of Cabinet posts: he was Minister of Health from 1986 to 1988, Minister of Works, Transport and Communication from 1988 to 1994, Minister of Foreign Affairs from 1994 to 1996, Minister of Information from 1996 to 1998, Minister at the Presidency from 1998 to 2001, Minister of Water, Lands and Environment from 2001 to 2003, and Minister of Internal Affairs from 2003 to 2009.
В 1986 году он был назначен комиссаром животноводства, охоты и рыболовства, занимал пост министра здравоохранения (1986—1988), транспорта и связи (1988—1994), иностранных дел (1994—1996), информации (1996—1998), главы президентской администрации (1998—2001), министра воды, земли и окружающей среды (2001—2013), внутренних дел (2003—2009), информационно-коммуникационных технологий (2011—2013), а потом снова был назначен на пост министра здравоохранения.