Originally a continuation of PunBB's 1.3 branch, it was announced in January 2009 that the then-current 1.3 branch would be discontinued, and that FluxBB 1.4 would revert to being based on the 1.2 codebase.
Однако это нарушило совместимость с рядом наработанных патчей для PunBB, и разработчики FluxBB в версии 1.4 отказались от этого механизма, в PunBB он был сохранён.