After a year as visiting professor at Yale University (1998-1999), Katz relocated to Vilnius in 1999 in order to take up a new chair in Yiddish language, literature and culture at Vilnius University, and to found the university's Center for Stateless Cultures, which he directed for its first two years.
В 1998—1999 годах был приглашённым профессором в Йельском университете, а в 1999—2010 годах — профессором и заведующим кафедрой идиша, еврейской литературы и культуры в Вильнюсском университете, где основал Центр изучения негосударственных культур на историческом факультете (возглавлял его на протяжении первых двух лет).