ENCODE is intended as a comprehensive resource to allow the scientific community to better understand how the genome can affect human health, and to "stimulate the development of new therapies to prevent and treat these diseases".
ENCODE задуман как всеобъемлющий ресурс, который позволит научному сообществу лучше понять, как геном может влиять на здоровье человека, и простимулирует развитие новых методов профилактики и лечения заболеваний.