Limitations have been overcoming by the emergence of yeast two-hybrid variants, such as the membrane yeast two-hybrid (MYTH) and the split-ubiquitin system, which are not limited to interactions that occur in the nucleus; and, the bacterial two-hybrid system, performed in bacteria;===Affinity purification coupled to mass spectrometry===Affinity purification coupled to mass spectrometry mostly detects stable interactions and thus better indicates functional in vivo PPIs.
Ограничения преодолеваются использованием различных вариантов двугибридной системы, например мембранным дрожжевым двугибридом (membrane yeast two-hybrid), сплит-убиквитиновыми системами, которые не ограничены взаимодействиями только внутри ядра; и бактериальными двугибридными системами(с ипользованием бактерий, соответственно);=== Афинная хроматография с последующей масс-спектрометрией ===Аффинная хроматография с последующей масс-спектрометрией позволяет обнаруживать, в оcновном, стабильные взаимодействия, тем самым лучше отражая функциональные ББВ, существующие в живой клетке (in vivo).