Whereas the game reveals the main villain to be Big Boss, who betrayed Snake in the first "Metal Gear", the instruction manual identifies the villain as "Higharolla Kockamamie" (a play on Ayatollah Khomeini), an Eastern despot who obtained the plans for his "Ultra-Sheik Nuclear Attack Tank" (the manual's name for Metal Gear) from Vermon CaTaffy (a play on Muammar Gaddafi, the supposed villain from the original "Metal Gear").
В то время как игра показывает главным злодеем Биг Босса, который предал Снейка в первом "Metal Gear", руководство указывает злодея как «Higharolla Kockamamie» (отсылка к Рухолле Хомейни), восточный деспот, который получил чертежи для его «Ultra-Sheik Nuclear Attack Tank» (название Metal Gear в руководстве) от Vermon CaTaffy (отсылка к Муаммару Каддафи, предполагаемый злодей из оригинальной "Metal Gear").