Metal Sonic, a robotic version of Sonic from "Sonic the Hedgehog CD", Shadow the Hedgehog with the power of chaos from "Sonic Adventure 2" and Silver the Hedgehog with telekinesis in "Sonic the Hedgehog (2006)", appear as boss characters.
Между тем, уровни и боссы в версиях "Sonic Generations" для PlayStation 3, Xbox 360 и ПК отличаются от версии для Nintendo 3DS; единственным этапом, присутствующим в обеих версиях является «Green Hill Zone» из "Sonic the Hedgehog".