The cause of most HDL diseases is unknown, but those with known causes are due to mutations in the prion protein gene (HDL1), the junctophilin 3 gene (HDL2), a recessively inherited "HTT" gene (HDL3—only found in one family and poorly understood), and the gene encoding the TATA box-binding protein (HDL4/SCA17).
Известно лишь, что некоторые из них возникают в результате мутаций генов "PRNP" (HDL1), "junctophilin 3" (HDL2), рецессивно наследуемого "HTT" гена (HDL3 — обнаружен у одной семьи и мало изучен) и гена, кодирующего ТАТА-связывающий белок (HDL4/SCA17).