On September 29, 1801, Portugal agreed to both maintaining the tenets of the Treaty of Badajoz and the alterations made to it, which were all embodied within the Treaty of Madrid.
Впоследствии в договор были внесены изменения, новый вариант был подписан 29 сентября 1801 года королём Португалии Жуаном VI в Мадриде.