Another album with the Smashing Pumpkins, "Machina/The Machines of God", followed in 2000, along with a remix album for Nine Inch Nails, the debut by A Perfect Circle, "Mer de Noms", and Monster Magnet's "God Says No".
В 200 году, Молдер поработал над очередным диском с The Smashing Pumpkins "Machina/The Machines of God" После чего, спродюсировал дебютную запись группы A Perfect Circle "Mer de Noms" и очередное творчение Monster Magnet — "God Says No".