He was appointed an associate professor at the University of Strasbourg and, after just one year, he attained the chair of botany at the University of Jena in 1881.
В 1881 году Шталь получил приглашение на кафедру ботаники в Йенском университете имени Фридриха Шиллера, где он стал также директором Ботанического сада.