This is done by repeatedly randomly perturbing the structure of the proteins around specified design positions, identifying the lowest energy combination of rotamers, and determining whether the new design has a lower binding energy than previous ones.
Это делается за счет многократных случайных возмущений структуры белков вокруг заданных позиций структуры и определения минимальной энергии связи ротамеров и определения, если новая конструкция имеет меньшую энергию, чем предыдущие.