Thomas grew up and was educated in Villanueva de los Infantes, in the province of Ciudad Real, Spain, where his parents owned a prosperous estate; therefore the name Thomas of Villanueva. Part of the original house still stands, with a coat of arms in the corner, beside a family chapel. In spite of his family's wealth, as a young boy he often went about naked because he had given his clothing to the poor.
Sa ilalim ng Duke maraming digmaan ang kinaharap ni Ignacio kung saan kahit isang sugat ay wala siyang natamo. Sa mga panahong iyon nasa tutok ng katanyagan si Ignacio. Ngunit sa isang digmaan laban sa mga Pranses noong Mayo 20, 1521, hindi inaasahang natamaan ang kanyang mga paa ng kanyon na naging dahilan ng pagkabali ng kanyang isang binti. At ito ang naging dahilan ng tuluyang pagtigil niya bilang isang sundalo. Habang siya ay nagpapagaling, nagbasa siya ng mga aklat panrelihiyon.