Although not wishing to get involved, Ruffini found himself appointed as a representative to the Junior Council of the Cisalpine Republic. However, he soon left this position and, in early 1798, he returned to his scientific work at the University of Modena.
Kahit na hindi nagnanais na makasali, Ruffini natagpuan ang kanyang sarili bilang isang hinirang na kinatawan sa Junior Council ng timog ng alpino Republic. Gayunman, siya sa lalong madaling panahon sa kaliwa na ito sa posisyon at, sa unang bahagi ng 1798, siya bumalik sa kanyang trabaho sa siyensiya at sa University of Modena.