They were Islamicized in the 1400s under the sultanates of Sulu and Maguindanao. The region was never really conquered by the Spanish, who eventually recognized the independence of the sultan of Sulu. When the United States conquered the Philippines in the 1898 Spanish-American War, it carried out bloody massacres in the South, notably the first battle of Bud Dajo (1906) where up to 1,000 Moros were slaughtered by U.S. Marines in the crater of a volcano. (The Moro Massacre was made infamous by the Anti-Imperialist League in the U.S. and in particular by its vice-president, Mark Twain, who fought for Philippine independence.)
Ang mga isla ng Mindanao at archipelago ng Sulu ay kakaiba sa mga isla ng Luzon at Bisaya sa usaping pang-etniko at linguistiko noon pang mga nagdaang siglo. Na-convert sa Islam ang mga islang nabanggit noong 1400 siglo sa ilalim ng Sultan ng Sulu at Sultan ng Maguindanao. Hindi ito tuluyang nakolonisa ng mga Espanyol, na sa dulo nga ay kinilala pa ng Espanya ang independensya ng Sultan ng Sulu. Nang masakop ng Estados Unidos ang Pilipinas matapos ang Digmaang Amerikano-Espanyol noong 1898, naglunsad ito ng malawakang masaker sa Isla, partikular na ang labanan sa Bud Dajo (1906) kung saan 1,000 mamamayang Moro ang pinatay, kasama ang mga bata at babae, sa nasabing lugar. (Ang Moro Masaker na ito ay naging kilala sa pamamagitan ng Anti-Imperyalistng Liga sa Estados Unidos partikular na ng Bise-Presidente nitong si Mark Twain, na nakipaglaban para sa independensya ng Pilipinas.)