Military preparations began fairly early in 1866 and hostilities broke out in the middle of June. Thomae took part in the campaign in Bohemia, where the main Prussian armies met the main Austrian forces. Thomae took part in three battles in this short campaign, the most decisive being the Battle of Königgrätz on 3 July.
Militar paghahanda ay nagsimulang medyo maaga sa 1866 at labanan Nasira out sa kalagitnaan ng Hunyo. Thomae took bahagi sa kampanya sa Bohemya, kung saan ang pangunahing Pruso armies matugunan ang mga pangunahing Austrian pwersa. Thomae took bahagi sa tatlong labanan sa kampanya na ito, ang pinaka-mapag-aalinlanganan na ang Labanan ng Königgrätz sa Hulyo 3.