In 2015, a controversy broke out among the Iglesia ni Cristo when it was revealed that the Manalo clan was at odds over the church’s management of its finances which led to the church expelling Eduardo’s mother and his siblings Angelo, Marco Eraño, and Lolita.
Noong 2015, isang kontrobersya ang sumambulat sa Iglesia ni Cristo nang malantad na ang angkan ng mga Manalo ay hindi nagkakasundo sa pangangasiwa ng simbahan sa pondo nito na humantong sa pagpapatiwalag ng simbahan sa ina ni Eduardo at kanyang mga kapatid na sina Angelo, Marco Eraño, at Lolita.