A new local leader in Algiers was opposed to the French and Arago found himself in prison waiting to be shipped off to a penal colony. However the French consul again came to his rescue and, on 21 June 1809, Arago was put, for the third time, on a ship bound for Marseille.
Ang isang bagong lokal na lider sa Algiers noon ay kontra sa French at Arago na natagpuan sa kanyang sarili bilangguan naghihintay na ma-shipped off sa isang kolonya ng parusa. Subalit ang mga French konsul muli ang dumating sa kanyang paghanga at, sa 21 ng Hunyo 1809, Arago ay ilagay, para sa ikatlong oras, sa isang barko para sa nakagapos Marseille.