The boat on which Arago was sailing was captured while on its way to France by a Spanish warship and he was back in captivity again. Arago was held in a Spanish prison in Roses but after only a short spell the Spanish decided to send their prisoners to Palamos since the French armies were advancing through Spain. However Arago was lucky and, having been recognised by the authorities, was released an put on another boat for Marseille on 28 November.
Ang mga bangka sa kung saan Arago ay paglalayag ay nakunan habang sa kanyang paraan sa France sa pamamagitan ng isang Spanish buke-de-gera at siya ay bumalik sa pagkabihag muli. Arago ay gaganapin sa isang Spanish bilangguan sa Rosas ngunit pagkatapos lamang ng isang maikling oras ng paggawa ng Espanyol, nagpasya na magpadala ng kanilang mga bilanggo sa Palamos dahil ang mga French armies ay pagsusulong sa pamamagitan ng Espanya. Subalit Arago ay mapalad at, ay kinikilala sa pamamagitan ng pagkakaroon ng mga awtoridad, ay pinalaya ng isang ilagay sa isa pang bangka para sa Marseille sa 28 ng Nobyembre.