Conspiring against Bonifacio Sabi nga ni Prop. Michael Briones Charlestone Chua, kasalukuyang pangalawang pangulo ng Philippine Historical Association, 'may mga pwersa sa lipunan na ayaw maituro ang mga aral' nila Bonifacio at ng Katipunan. Kung ang mga aral ng KKK ay binabara, lalo pa kaya ang pagiging pangulo ng Supremo. In a later private communication through a social networking site, Chua clarified that what he meant was that there exists a "subconscious" conspiring and not really a "direct conspiracy."
Isinulat ni Alvarez na noong pinipilit nila Baldomero Aguinaldo na magtatag ng (bagong) pang-himagsikan pamahalaan ay sinagot nina Bonifacio na hindi ito kailangan dahil pamahalaan na ang Katipunan. Ipinahiwatig din ni Mabini na ang Katipunan ay pamahalaan sa ilalim ni Bonifacio nang sinulat niya sa kanyang memoirs na kriminal na insubordinasyon ni Aguinaldo ang pag-utos na "asasinasyon" (pagpatay) sa Supremo.