Muita uskontokuntia ovat muun muassa Joensuun cityseurakunta, Joensuun helluntaiseurakunta, Joensuun Vapaaseurakunta, Pohjois-Karjalan Henkinen yhdistys ry ja Pohjois-Karjalan Islamilainen Yhdyskunta.
В городе действуют также другие приходы: евангелическо-харизматический приход Йоэнсуу, пятидесятнический приход Йоэнсуу, нонконформистский приход Йоэнсуу, парапсихологическое объединение Северной Карелии Henkinen yhdistys ry и Мусульманская община Северной Карелии.