Pyhäjoen kunta sai 1895, kun sen itäpuolella sijaitseva Merijärven kunta itsenäistyi.
Современные границы муниципалитет Пюхяйоки приобрел в 1895 году, когда находившийся ранее в его западной части муниципалитет Мериярви стал независимой административной единицей.