Ta struktura upravljanja trebala bi uključivati odbor za ulaganja te bi pri odlučivanju trebalo uzeti u obzir stručna znanja Europske investicijske banke (EIB), osim u slučaju u kojem se mali projekti podupiru zajmovima nacionalne razvojne banke ili bespovratnim sredstvima iz nacionalnog programa koji ima iste ciljeve kao i Modernizacijski fond.
Europeiska rådet bekräftade vid sitt möte i oktober 2014 att det fram till 2030 fortsatt bör vara möjligt att ge gratis tilldelning till energisektorn och att villkoren för möjligheten till gratis tilldelning för modernisering av energisektorn i vissa medlemsstater bör förbättras, inbegripet villkoren öppenhet och insyn.