Direktive 2003/87/EZ potrebno je osigurati sinergiju između sveobuhvatnog okvira za akreditaciju uspostavljenog Uredbom (EZ) br. 765/2008 Europskog parlamenta i Vijeća i srodnih odredaba iz Odluke br. 768/2008/EZ Europskog parlamenta i Vijeća, s jedne strane, i posebnih značajki sustava Unije za trgovanje emisijama stakleničkih plinova te zahtjeva koji su ključni za učinkovitu provedbu Direktive 2003/87/EZ, s druge strane.
I synnerhet bör det fastställas att i de fall nationella myndigheter som utsetts av en medlemsstat i enlighet med förordning (EG) nr 765/2008 på grund av medlemsstatens interna praxis utför ett alternativ till ackreditering, nämligen certifiering av kontrollörer som är fysiska personer, ska den berörda medlemsstaten tillhandahålla handlingar som styrker att den nationella myndigheten i fråga har lika hög trovärdighet som nationella ackrediteringsorgan vilka klarat av en referentbedömning som organiserats av det organ som erkänts enligt artikel 14 i förordning (EG) nr 765/2008.