Kao zapovjednik snaga Basij IRGC-a, Naqdi je bio odgovoran za zlostavljanja koja su snage Basij počinile krajem 2009. ili je u njima sudjelovao, uključujući nasilni odgovor na prosvjede u Noći Ašure u prosincu 2009. koji je za posljedicu imao 15 mrtvih i stotine uhićenih prosvjednika.
I egenskap av befälhavare för IRGC:s Basij-styrkor bar Mohammad-Reza Naqdi ansvaret för eller medverkade till Basij-övergrepp som skedde i slutet av 2009, inbegripet de våldsamma ingripandena mot protesterna under Ashura-dagen i december 2009, som resulterade i upp till 15 dödsfall och arresteringen av hundratals demonstranter.