Potrebno je Eurojustu dati administrativnu i upravljačku strukturu kojom mu se omogućuje da izvršava svoje zadaće na djelotvorniji način, slijedi načela koja se primjenjuju na agencije Unije te u potpunosti poštuje temeljna prava i slobode, zadržavajući pritom posebna obilježja Eurojusta i štiteći njegovu neovisnost u izvršavanju njegovih operativnih funkcija.
Kollegiet bör också anta Eurojusts arbetsordning.