Na Agenciju se primjenjuje Uredba Vijeća br. 1.
Beträffande behandlingen av säkerhetsskyddsklassificerade uppgifter ska sådana samarbetsavtal innehålla bestämmelser om att berörda unionsinstitutioner, -organ och -byråer ska följa säkerhetsbestämmelser och standarder som är likvärdiga med dem som tillämpas av byrån.