Uzimajući u obzir načelo zakonitosti, istrage EPPO-a trebale bi u pravilu dovesti do kaznenog progona pred nadležnim nacionalnim sudovima u slučajevima u kojima ima dovoljno dokaza, a nema pravne osnove koja sprečava kazneni progon ili u slučajevima u kojima nije primijenjen pojednostavljeni postupak kaznenog progona.
Enligt artikel 82.2 i EUF-fördraget får unionen fastställa minimiregler om personers rättigheter vid straffrättsliga förfaranden för att säkerställa att rätten till försvar och rättvisa förfaranden respekteras.