EPPO bi trebao preuzeti svoje istražne zadaće i zadaće kaznenog progona na datum koji će Komisija odrediti u svojoj odluci na prijedlog glavnog europskog tužitelja nakon osnivanja EPPO-a, najranije tri godine nakon datuma stupanja na snagu te Uredbe.
Den 14 juni 2018 underrättade Malta kommissionen om sin avsikt att delta i det fördjupade samarbetet om inrättandet av Europeiska åklagarmyndigheten.