Pri upotrebi EES-a nadležna bi tijela trebala osigurati poštovanje ljudskog dostojanstva i integriteta osobe čiji se podaci zahtijevaju te ne bi trebala diskriminirati osobe na temelju spola, rase, boje kože, etničkog ili društvenog podrijetla, genetskih obilježja, jezika, vjere ili uvjerenja, političkih ili drugih mišljenja, pripadnosti nacionalnoj manjini, imovine, rođenja, invaliditeta, dobi ili spolne orijentacije.
Fingeravtryck eller ansiktsbild bör användas som biometriskt kännetecken för verifiering av identiteten på tredjelandsmedborgare som tidigare har registrerats i in- och utresesystemet, så länge som deras personakt inte har raderats.