S tom HPLC-ovom kolonom obrnutih faza cijeli bi sustav prije početka analize trebalo uravnoteživati najmanje dva sata na 30°C s 50 % faze A (0,1 % (v/v) trifluoroctene kiseline u vodi) i 50 % faze B (0,085 % (v/v) trifluoroctene kiseline u acetonitrilu).
Proteinbindning är endast en av de viktiga händelserna i processen.