Kako bi se zajamčile potpuna samostalnost i neovisnost Eurojusta trebalo bi mu odobriti samostalan proračun dostatan za pravilno izvršenje njegovih zadaća, s prihodima koji se ponajprije sastoje od doprinosa iz proračuna Unije, osim u odnosu na plaće i prihode nacionalnih članova, zamjenika i pomoćnika, koje isplaćuju njihove države članice.
Eurojusts funktionssätt bör vara öppet för insyn i enlighet med artikel 15.3 i EUF-fördraget.