Međunarodni kazneni sud optužio ga je po dvanaest točaka optužnice za zločine protiv čovječnosti, uključujući ubojstvo, porobljavanje, odvođenje u seksualno ropstvo, silovanje, nečovječno postupanje nanošenjem teških tjelesnih ozljeda i patnje, te po dvadeset i jednoj točki optužnice za ratne zločine, uključujući ubojstvo, okrutno postupanje prema civilima, namjerne napade na civilno stanovništvo, pljačku, poticanje silovanja te novačenje, primjenom otmice, djece mlađe od 15 godina.
Ali KONY (alias: a) Ali Lalobo, b) Ali Mohammad Labolo, c) Ali Mohammed, d) Ali Mohammed Lalobo, e) Ali Mohammed Kony, f) Ali Mohammed Labola, g) Ali Mohammed Salongo, h) Ali Bashir Lalobo, i) Ali Lalobo Bashir, j) Otim Kapere, k) ”Bashir”, l) ”Caesar”, m) ”One-P”, n) ”1-P”)