U izabrano vrijeme (vremena) uzorkovanja tkiva koja se želi analizirati diseciraju se te se pripremaju suspenzije pojedinačnih stanica/jezgri (može se izvesti in situ perfuzija ako se smatra korisnom, npr. za jetru), koje se potom uklapaju u agarozni gel kako bi se imobilizirale na predmetnom stakalcu.
För enkelhetens skull används termen ”analysplattform” i resten av detta dokument.