Uredba se primjenjuje na proizvodnju i stavljanje na tržište živih životinja i proizvoda životinjskog podrijetla te, u nekim posebnim slučajevima, na njihov izvoz.
Enligt förordning (EG) nr 999/2001 ska varje medlemsstat genomföra ett årligt övervakningsprogram för TSE i enlighet med bilaga III till den förordningen, där det fastställs bestämmelser för ett övervakningssystem.