Njihovom provedbom upravljat će ovlašteni subjekti prema načelu izravnog upravljanja, u smislu Financijske uredbe, ili prema načelu zajedničkog upravljanja s ovlaštenim subjektima.
Då de projekt som får stöd genom NCFF kommer att vara projekt som Europeiska Investeringsbanken (EIB) normalt inte investerar i, antingen därför att de är för små eller därför att deras förmodade risk är för hög, omfattar instrumentet en riskdelningsmekanism som innebär att EU:s medel skulle absorbera de första förlusterna om projektet misslyckas.