Potrebno je napomenuti da provedena istraživanja upućuju na to da promjena pojedinih aspekata metodologije, uključujući pripremu uzoraka, uvjete elektroforeze, parametre vizualne analize (npr. intenzitet boje, intenzitet svjetlosti mikroskopske žarulje, upotreba filtera za mikroskop i dinamika kamere) te okolne uvjete (npr. pozadinsko osvjetljenje), može utjecati na migraciju DNK (43., 44., 45., 46.).
Kometmetoden utförs oftast på gnagare, även om det har tillämpats på andra däggdjurs- och icke-däggdjursarter.