Tijekom svog mandata načelnika glavnog stožera SPLA-a, Malong je bio odgovoran za teške povrede, uključujući napade na civile, prisilno raseljavanje, prisilne nestanke, proizvoljna pritvaranja, mučenja i silovanja, koje su počinili SPLA i njegove savezničke snage.
FN har kunnat dokumentera att SPLA och dess allierade styrkor mellan juli 2016 och januari 2017 enbart i Yei-området dödat 114 civila.