U skladu s Direktivom 2000/60/EZ, postupak interkalibracije mora se provoditi na razini bioloških elemenata, uspoređujući rezultate klasifikacije nacionalnih sustava praćenja za svaki biološki element i za svaki zajednički tip vodnog tijela površinske vode između država članica te osiguravajući usklađenost rezultata s normativnim definicijama utvrđenima u Prilogu V. odjeljku 1.2. te Direktive.
I enlighet med den gemensamma genomförandestrategin för ramdirektivet för vatten utarbetades fyra vägledningsdokument (nr 6, 14 (två versioner) och 30) för att underlätta interkalibreringsförfarandet.