Aktivnosti PPEU-a koordiniraju se s aktivnostima službi Komisije.
Den särskilda representanten ska i nära samordning med chefen för unionens delegation i Tel Aviv och unionens representationskontor i Jerusalem ge lokal politisk vägledning till uppdragscheferna för Europeiska unionens polisuppdrag för de palestinska territorierna (Eupol Copps) och för Europeiska unionens gränsövervakningsuppdrag för gränsövergångsstället i Rafah (EU BAM Rafah).