Osobito, Agencija bi trebala biti zadužena za razvoj rješenjâ u vezi s interoperabilnošću, koja je u Komunikaciji Komisije od 6. travnja 2016. definirana kao sposobnost informacijskih sustava da razmjenjuju podatke i omogućuju dijeljenja informacija.
Bilaga 2 till det meddelandet innehåller allmänna riktlinjer, rekommendationer och bästa praxis för att uppnå interoperabilitet eller åtminstone skapa förutsättningar för att uppnå bättre interoperabilitet vid utformning, genomförande och förvaltning av EU:s offentliga tjänster.