Na Eurojust i njegove zaposlenike primjenjuje se Protokol o povlasticama i imunitetima Europske unije, priložen UEU-u i UFEU-u.
Ordföranden och de vice ordförandena för Eurojust, såsom det inrättades genom beslut 2002/187/RIF, vid tidpunkten för denna förordnings ikraftträdande ska övergå till att bli Eurojusts ordförande och vice ordförande enligt artikel 11 i denna förordning fram till utgången av deras mandattid enligt det beslutet.