Uredbi (EU) br. 1178/2011 utvrđeno je nekoliko nedostataka koji bi mogli utjecati na sigurnost pa bi ih trebalo ispraviti.
Efter olyckan med Germanwings flygning 9525 identifierade Germanwings särskilda arbetsgrupp, som leddes av byrån, ett antal säkerhetsrisker och utfärdade sex rekommendationer för att minska dessa risker.