Uredbe (EU) 2016/429 predviđa se da se ta uredba primjenjuje na prenosive bolesti, uključujući zoonoze, ne dovodeći u pitanje pravila utvrđena Odlukom br. 1082/2013/EU Europskog parlamenta i Vijeća, Uredbom (EZ) br. 999/2001 Europskog parlamenta i Vijeća, Direktivom 2003/99/EZ Europskog parlamenta i Vijeća i Uredbom (EZ) br. 2160/2003 Europskog parlamenta i Vijeća.
Dessutom fastställs i artikel 2.2 i förordning (EU) 2016/429 att förordningen ska tillämpas på överförbara sjukdomar, inklusive zoonoser, utan att det påverkar tillämpningen av bestämmelserna i Europaparlamentets och rådets beslut nr 1082/2013/EU, Europaparlamentets och rådets förordning (EG) nr 999/2001, Europaparlamentets och rådets direktiv 2003/99/EG och Europaparlamentets och rådets förordning (EG) nr 2160/2003.