Ta uredba nije utjecala na valjanost svih ostalih nalaza iz Uredbe (EZ) br. 954/2006.
Genom rådets genomförandeförordning (EU) nr 540/2012 korrigerades de delar av förordning (EG) nr 954/2006 som befunnits vara oförenliga med grundförordningen och som således lett till att delar av den förordningen ogiltigförklarats.