Činjenica da se pravna osnova za SIS sastoji od odvojenih instrumenata ne utječe na načelo da je SIS jedinstven informacijski sustav koji bi trebao raditi kao takav.
Regler krävs också för radering av registreringar, vilka myndigheter som ska ha åtkomst till uppgifterna, hur biometriska uppgifter ska användas och för att närmare fastställa regler om dataskydd och databehandling.