Zakladom upravlja izvršni direktor kojeg se imenuje među kandidatima koje predlože članovi Zaklade EU–LAC, a imenuje ga Vijeće guvernera na mandat od četiri godine koji se može produljiti za još jedan mandat.
Funktionen som verkställande direktör ska ge rätt till ersättning och ska växla mellan en medborgare i en EU-medlemsstat och en medborgare i en stat i Latinamerika eller Västindien.