Agencija je preuzela zadaće koji su u vezi sa sustavom VIS na temelju Uredbe (EZ) br. 767/2008 i Odluke Vijeća 2008/633/PUP povjereni upravljačkom tijelu.
I april 2013 tog byrån också över de uppgifter som ålagts förvaltningsmyndigheten avseende SIS II genom förordning (EG) nr 1987/2006 och beslut 2007/533/RIF efter det att SIS II togs i bruk, och i juni 2013 tog den över de uppgifter som ålagts kommissionen avseende Eurodac i enlighet med förordningarna (EG) nr 2725/2000 och (EG) nr 407/2002.