U SIS-u se ne bi trebali pohranjivati podaci koji se upotrebljavaju za pretraživanje, osim za vođenje evidencije radi provjere zakonitosti pretraživanja, praćenja zakonitosti obrade podataka, samopraćenje i za osiguravanje ispravnog funkcioniranja nacionalnih sustava te cjelovitosti i sigurnosti podataka.
Medlemsstaterna bör vidta nödvändiga tekniska åtgärder så att en slutanvändare som gör en berättigad sökning i en nationell polis- eller immigrationsdatabas varje gång parallellt även söker i SIS, med förbehåll för principerna i artikel 4 i Europaparlamentets och rådets direktiv (EU) 2016/680 och artikel 5 i Europaparlamentets och rådets förordning (EU) 2016/679.