Predsjednik Eurojusta jednom godišnje nastupa u okviru sjednice međuparlamentarnog odbora kako bi Europski parlament i nacionalni parlamenti proveli zajedničku evaluaciju aktivnosti Eurojusta, radi rasprave o aktualnim aktivnostima Eurojusta i radi predstavljanja godišnjeg izvješća ili drugih ključnih dokumenata Eurojusta.
Eurojusts administrativa verksamhet ska omfattas av Europeiska ombudsmannens utredningar i enlighet med artikel 228 i EUF-fördraget.