Poštujući nadležnost svake agencije, EFSA bi trebala surađivati s drugim relevantnim znanstvenim agencijama Unije, kao što su Europski centar za sprečavanje i kontrolu bolesti (ECDC), Europska agencija za kemikalije (ECHA), Europska agencija za lijekove (EMA) i skupina stručnjaka koje je imenovao Znanstveni i tehnički odbor iz članka 31.
Europeiska centrumet för förebyggande och kontroll av sjukdomar (ECDC), Europeiska kemikaliemyndigheten (Echa), Europeiska läkemedelsmyndigheten (EMA) och den grupp av experter som utsetts av den vetenskapliga och tekniska kommitté som avses i artikel 31 i Euratomfördraget, när insatser eller åtgärder krävs inom deras respektive behörighet.