Izvršni odbor odgovoran je za donošenje administrativnih odluka kako bi se osiguralo odgovarajuće funkcioniranje Eurojusta.
Styrelsen ska vara sammansatt av ordföranden och de vice ordförandena för Eurojust, en företrädare för kommissionen samt två andra medlemmar av kollegiet vilka utses enligt ett tvåårigt rotationssystem i enlighet med Eurojusts arbetsordning.