Agencija je preuzela i zadaće koji su u vezi sa SIS-om II povjereni upravljačkom tijelu na temelju Uredbe (EZ) br. 1987/2006 i Odluke 2007/533/PUP nakon pokretanja SIS-a II te je u lipnju 2013. preuzela zadaće koji su u vezi sa Eurodacom povjereni Komisiji na temelju uredbi (EZ) br. 2725/2000 i (EZ) br. 407/2002.
På grundval av den externa utvärderingen beaktade kommissionen den politiska, rättsliga och praktiska utvecklingen och föreslog, särskilt i sin rapport av den 29 juni 2017 om Europeiska byrån för den operativa förvaltningen av stora it-system inom området frihet, säkerhet och rättvisa (eu-LISA) (nedan kallad utvärderingsrapporten), att byråns mandat skulle utvidgas i syfte att den skulle utföra de uppgifter som följer av medlagstiftarnas antagande av lagstiftningsförslag där nya system anförtros byrån, de uppgifter som avses i kommissionens meddelande av den 6 april 2016 med titeln Starkare och smartare informationssystem för gränser och säkerhet, i expertgruppens för informationssystem och interoperabilitet slutrapport av den 11 maj 2017 och i kommissionens meddelande av den 16 maj 2017 med titeln Sjunde rapporten om framsteg i riktning mot en effektiv och verklig säkerhetsunion, under förutsättning att relevanta unionsrättsakter antas, när så krävs.