Na operativnoj razini na terenu, neizvršne vojne misije, kada se uspostave, vodi zapovjednik snaga misije EU-a koji djeluje pod zapovjedništvom direktora MPCC-a koji obnaša dužnost zapovjednika misije.
I linje med överenskomna EU-principer för ledning, och i enlighet med det reviderade mandatet för EUMS, ska MPCC stödja MPCC:s direktör när han eller hon utför sina uppgifter som uppdragschef, i egenskap av den permanenta ledningsstruktur på militärstrategisk nivå utanför operationsområdet som ansvarar för den operativa planeringen och ledningen av icke-verkställande militära uppdrag, inbegripet att bygga upp, sätta in, underhålla och undsätta unionsstyrkor.