Tri godine nakon početka rada SIS-a II Komisija je provela ocjenu sustava u skladu s Uredbom (EZ) br. 1987/2006 i Odlukom 2007/533/PUP.
Den 21 december 2016 lade kommissionen fram rapporten om utvärderingen av andra generationen av Schengens informationssystem (SIS II) i enlighet med artiklarna 24.5, 43.3 och 50.5 i förordning (EG) nr 1987/2006 och artiklarna 59.3 och 66.5 i beslut 2007/533/RIF och ett åtföljande arbetsdokument till Europaparlamentet och rådet.