Kao zapovjednik snaga Basij IRGC-a, Naqdi je bio odgovoran za zlostavljanja koja su snage Basij počinile krajem 2009. ili je u njima sudjelovao, uključujući nasilni odgovor na prosvjede u Noći Ašure u prosincu 2009. koji je za posljedicu imao 15 mrtvih i stotine uhićenih prosvjednika.
Innan han utsågs till befälhavare för Basij i oktober 2009 var Mohammad-Reza Naqdi chef för Basijs underrättelsetjänst vilken ansvarade för förhören av personer som anhölls vid ingripandena efter valet.