Kony je osnovao Gospodnju vojsku otpora (LRA) te ga se opisuje kao osnivača skupine, vjerskog vođu, predsjednika i glavnog zapovjednika.
Kony har även instruerat sina stridande att bedriva tjuvjakt på elefanter i Garambanationalparken i Demokratiska republiken Kongo, varifrån elefantbetar enligt uppgift transporteras genom östra Centralafrikanska republiken till Sudan, där höga företrädare för Herrens motståndsarmé enligt uppgift säljer dessa och bedriver handel med sudanesiska handelsmän och lokala tjänstemän.