Misija je Agencije dostaviti Uniji i državama članicama objektivne, pouzdane i usporedive podatke o okolišu na razini Unije te im tako omogućiti da poduzmu potrebne mjere za zaštitu okoliša, procijene rezultate takvih mjera i obavijeste javnost.
Spoločný podnik pre výskum manažmentu letovej prevádzky jednotného európskeho neba 2 (SESAR2) prispeje k vykonávaniu programu Horizont 2020, a najmä k riešeniu spoločenskej výzvy s názvom Vybudovanie európskeho dopravného systému, ktorý efektívne využíva zdroje, je šetrný k životnému prostrediu, bezpečný a hladko funguje.