Na operativnoj razini na terenu, neizvršne vojne misije, kada se uspostave, vodi zapovjednik snaga misije EU-a koji djeluje pod zapovjedništvom direktora MPCC-a koji obnaša dužnost zapovjednika misije.
V súlade so zásadami velenia a riadenia a v súlade s revidovaným mandátom EUMS MPCC podporuje riaditeľa MPCC pri výkone jeho funkcií veliteľa misií ako statická štruktúra velenia a riadenia na vojenskej strategickej úrovni mimo oblasti operácií, ktorá zodpovedá za operačné plánovanie a vedenie nevýkonných vojenských misií vrátane zostavenia, nasadenia, udržania a obnovy ozbrojených síl Únie.