Sporazuma predviđa se da Zajednički odbor donosi svoj poslovnik, a člankom 52. stavkom 3. predviđeno je da on može osnivati pododbore i specijalizirane radne skupine.
Pozícia Únie v spoločnom výbore, pokiaľ ide o prijatie rokovacieho poriadku spoločného výboru a zriadenie podvýborov a špecializovaných pracovných skupín a prijatie ich mandátu, by preto mala byť založená na pripojených návrhoch rozhodnutí spoločného výboru,