Uredba se primjenjuje na proizvodnju i stavljanje na tržište živih životinja i proizvoda životinjskog podrijetla te, u nekim posebnim slučajevima, na njihov izvoz.
V nariadení (ES) č. 999/2001 sa stanovuje, že každý členský štát má vykonať ročný program monitorovania TSE v súlade s prílohou III k uvedenému nariadeniu, v ktorej sa stanovujú pravidlá pre systém monitorovania.