Odvajanje PCDD/PCDF-ova od interferirajućih kloriranih spojeva kao što su PCB-ovi koji nisu slični dioksinima i klorirani difenil eteri provodi se s pomoću odgovarajućih kromatografskih tehnika (najbolje s pomoću kolone s florisilom, aluminijevim oksidom i/ili ugljenom).
Separácia izomérov plynovou chromatografiou má byť < 25 % údolie medzi píkmi 1,2,3,4,7,8-HxCDF a 1,2,3,6,7,8-HxCDF.