Između ubrizgavanja kolonu bi trebalo sedam minuta uravnoteživati na početne uvjete.
Percentuálny úbytok peptidov sa stanovuje v každej vzorke meraním plochy píku, ktorá sa vydelí priemernou hodnotou plochy píku príslušných referenčných kontrol C (pozri dodatok 3) podľa tohto vzorca.