Treba imati na umu da postoji mogućnost da Komisija prekrši rok za završetak zajedničkih operativnih programa u slučaju pravosudnih i drugih istraga te u slučaju više sile.
Treba upozorniť, že môže nastať situácia, kedy Komisia nebude môcť dodržať lehotu na ukončenie spoločných operačných programov z dôvodu právnych alebo iných vyšetrovaní a v prípadoch vyššej moci.