Kada se obrađuju takvih operativni osobni podaci o tome se odmah obavješćuje službenika za zaštitu podataka iz članka 36. te ga se obavješćuje o posebnim okolnostima koje opravdavaju potrebu za obradom takvih operativnih osobnih podataka.
Po uplynutí lehoty na uchovávanie poslednej položky automatizovaných údajov zo súboru sa všetky dokumenty v súbore zničia, s výnimkou akýchkoľvek originálnych dokumentov, ktoré Eurojustu zaslali vnútroštátne orgány a ktoré je potrebné vrátiť ich poskytovateľovi.