Izvršni odbor odgovoran je za donošenje administrativnih odluka kako bi se osiguralo odgovarajuće funkcioniranje Eurojusta.
Výkonná rada sa skladá z predsedu a podpredsedov Eurojustu, jedného zástupcu Komisie a dvoch ďalších členov kolégia určených na základe dvojročného systému rotácie v súlade s rokovacím poriadkom Eurojustu.