Uredbe (EU, Euratom) br. 2018/1046 upravni direktor sastavlja završni financijski izvještaj Eurojusta u okviru svoje odgovornosti i podnosi ga Izvršnom odboru da donese mišljenje.
Na Eurojust a jeho zamestnancov sa vzťahuje Protokol č. 7 o výsadách a imunitách Európskej únie, ktorý je pripojený k Zmluve o EÚ a k ZFEÚ.