Na zahtjev države članice Komisija može dopustiti odstupanje od članka 13. stavka 1.
Vykonávacím nariadením Komisie (EÚ) č. 988/2011 bola s platnosťou do 31. marca 2014 udelená výnimka z článku 13 ods. 1 uvedeného nariadenia pre lov afie priesvitnej (Aphia minuta) záťahovými sieťami ovládanými z lode v teritoriálnych vodách geografickej podoblasti 9 vymedzených v prílohe I k nariadeniu Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 1343/2011.