Ova bi Uredba trebala pomoći u pojašnjavanju uloga Eurojusta i Europske pravosudne mreže te njihovih međusobnih odnosa, poštujući posebnosti Europske pravosudne mreže.
Akýkoľvek prístup Europolu k údajom, ktoré má Eurojust k dispozícii, by sa mal prostredníctvom technických prostriedkov obmedziť na informácie, na ktoré sa vzťahujú príslušné mandáty týchto agentúr Únie.