Provedba sustava EMAS uključuje unutarnje i vanjske troškove kao što su savjetodavna podrška, ljudski resursi za provedbu i praćenje mjera, inspekcije, naknade za registraciju itd.
Skutočné náklady a prínosy sa veľmi odlišujú v závislosti napríklad od veľkosti a činností organizácie, aktuálneho stavu praktík environmentálneho manažérstva, konkrétnej krajiny atď. Vo všeobecnosti však EMAS má za následok výrazné úspory.