Kod metoda GC-MS potrebno je praviti razliku između različitih kongenera, npr. između toksičnih (primjerice sedamnaest 2,3,7,8-supstituiranih PCDD/PCDF-ova i dvanaest dioksinima sličnih PCB-ova) i drugih kongenera.
Žiada sa rozlíšenie PCDD/F a dioxínom podobných PCB od množstva iných koextrahovaných a potenciálne vzájomne interferujúcich zlúčenín prítomných v koncentráciách až o niekoľko rádov vyšších ako je koncentrácia skúmaných analytov.