Ako su Agenciji povjereni pripremanje i razvijanje drugih opsežnih informacijskih sustava iz članka 1. stavka 5. ili operativno upravljanje tim sustavima, ona prema potrebi izvršava zadaće koje su joj prenesene pravnim aktom Unije kojim se uređuje relevantni sustav, kao i zadaće povezane s osposobljavanjem za tehničku uporabu tih sustava.
Bez toho, aby boli dotknuté povinnosti členských štátov v súvislosti s údajmi vkladanými do systémov, agentúra s úzkym zapojením svojich poradných skupín v súčinnosti s Komisiou pracuje na tom, aby sa pre všetky tieto systémy zriadili automatizované mechanizmy kontroly kvality údajov a spoločné ukazovatele kvality údajov a aby sa vytvorilo centrálne úložisko, ktoré bude obsahovať len anonymizované údaje, na účely podávania správ a štatistiky, a to s výhradou osobitných ustanovení v právnych aktoch Únie, ktorými sa upravuje vývoj, zriadenie, prevádzka a používanie systémov.