EPPO bi trebao preuzeti svoje istražne zadaće i zadaće kaznenog progona na datum koji će Komisija odrediti u svojoj odluci na prijedlog glavnog europskog tužitelja nakon osnivanja EPPO-a, najranije tri godine nakon datuma stupanja na snagu te Uredbe.
V súlade s článkom 120 ods. 2 prvým pododsekom nariadenia (EÚ) 2017/1939 Európska prokuratúra uplatňuje svoje právomoci v súvislosti so všetkými trestnými činmi, ktoré patria do rozsahu jej pôsobnosti, spáchanými po dni nadobudnutia účinnosti nariadenia (EÚ) 2017/1939.