Agencijom bi se trebalo upravljati i ona bi trebala funkcionirati u skladu s načelima iz Zajedničke izjave Europskog parlamenta, Vijeća i Komisije o decentraliziranim agencijama od 19. srpnja 2012.
Na uvedené účely by mal rozhodnutia agentúry v oblasti bezpečnosti prijímať jej výkonný riaditeľ, ktorý by mal disponovať vysokým stupňom flexibility pri využívaní poradenstva a organizovaní vnútorného chodu agentúry.