Ova Uredba ne obvezuje države članice Europske unije koje ne sudjeluju u pojačanoj suradnji u vezi s osnivanjem EPPO-a.
Podobne aj pri administratívnych šetreniach vykonávaných európskym ombudsmanom by sa mala rešpektovať požiadavka dôvernosti Európskej prokuratúry.