S obzirom na to da je EPPO osnovan na temelju pojačane suradnje, potrebno je jasno utvrditi podjelu nadležnosti između EPPO-a i Eurojusta u pogledu kaznenih djela koja utječu na financijske interese Unije.
V každom prípade, pokiaľ ide o trestné činy poškodzujúce finančný záujem Únie, Eurojust by mal mať aj naďalej právomoc vždy, keď Európska prokuratúra právomoc nemá, alebo v prípade, že síce Európska prokuratúra právomoc má, ale nevykonáva ju.