Prijelazno razdoblje počinje najranije kada poljoprivrednik ili subjekt koji proizvodi alge ili životinje iz akvakulture prijavi svoju djelatnost nadležnim tijelima, u skladu s člankom 34. stavkom 1., u državi članici u kojoj obavlja svoju aktivnost i u kojoj njegovo gospodarstvo podliježe sustavu kontrole.
S rastlinným množiteľským materiálom z ekologického heterogénneho materiálu možno obchodovať bez toho, aby boli dodržané požiadavky na registráciu a certifikačné kategórie, ako sú kategórie predzákladný, základný a certifikovaný materiál, alebo požiadavky na iné kategórie, ktoré sú stanovené v smerniciach 66/401/EHS, 66/402/EHS, 68/193/EHS, 98/56/ES, 2002/53/ES, 2002/54/ES, 2002/55/ES, 2002/56/ES, 2002/57/ES, 2008/72/ES a 2008/90/ES alebo v aktoch prijatých na základe týchto smerníc.