Upravni direktor djeluje kao dužnosnik za ovjeravanje u Eurojustu i izvršava proračun Eurojusta u okviru svoje nadležnosti, u granicama odobrenima u proračunu.
Do 13. decembra 2024 a potom každých päť rokov Komisia objednáva vypracovanie hodnotenia uplatňovania a vplyvu tohto nariadenia a účinnosti a efektívnosti Eurojustu a jeho pracovných postupov.