Financiranje Agencije trebalo bi biti podložno sporazumu između Europskog parlamenta i Vijeća kako je utvrđeno u točki 31.
V prípade potreby by agentúra mala viesť konzultácie aj s Agentúrou Európskej únie pre sieťovú a informačnú bezpečnosť (ENISA) zriadenou nariadením Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 526/2013, a to vo veci sieťovej a informačnej bezpečnosti, a mala by prijať opatrenia v nadväznosti na jej odporúčania.