Osobito, Agencija bi trebala biti zadužena za razvoj rješenjâ u vezi s interoperabilnošću, koja je u Komunikaciji Komisije od 6. travnja 2016. definirana kao sposobnost informacijskih sustava da razmjenjuju podatke i omogućuju dijeljenja informacija.
V prílohe 2 k uvedenému oznámeniu sa stanovujú základné usmernenia, odporúčania a najlepšie postupy na dosiahnutie interoperability alebo aspoň na vytvorenie prostredia na dosiahnutie lepšej interoperability pri navrhovaní, vykonávaní a riadení európskych verejných služieb.