Agenciji bi također trebalo povjeriti operativno upravljanje DubliNetom, zasebnim sigurnim kanalom za elektronički prijenos, uspostavljenim u skladu s člankom 18.
Hlavnou funkciou agentúry by malo byť aj naďalej plnenie úloh prevádzkového riadenia týkajúcich sa systémov SIS II, VIS, Eurodac, vstup/výstup, siete DubliNet, systému ETIAS a v prípade rozhodnutia v danom zmysle i ostatných rozsiahlych informačných systémov v priestore slobody, bezpečnosti a spravodlivosti.