Ova bi se Uredba trebala primjenjivati ne dovodeći u pitanje povezano zakonodavstvo, osobito u području sigurnosti prehrambenog lanca, zdravlja i dobrobiti životinja, zdravlja bilja, biljnog reprodukcijskog materijala, označivanja i okoliša.
So zreteľom na osobitosti systémov ekologickej poľnohospodárskej výroby by sa mal pri výbere odrôd rastlín klásť dôraz na ich agronomickú úžitkovosť, genetickú diverzitu, odolnosť voči chorobám, dĺžku života, prispôsobenie sa rôznej miestnej pôde a klimatickým podmienkam a mali by sa rešpektovať prirodzené hranice kríženia.