Potrebno je i uskladiti prioritete posebnih programa kontrole i inspekcije s prioritetima zajedničke ribarstvene politike, posebno kad je riječ o provedbi obveze iskrcavanja.
Článkom 95 ods. 2 nariadenia (ES) č. 1224/2009 sa stanovuje, že kritériá pre inšpekčné činnosti špecifického kontrolného a inšpekčného programu sa majú vypracovať na základe riadenia rizík.