Stanice/jezgre obrađuju se puferom za lizu kako bi se uklonila stanična i/ili jezgrina membrana te se izlažu jakoj lužini, npr. pH ≥ 13 kako bi se omogućilo odmotavanje DNK i otpuštanje odmotanih petlji i fragmenata DNK.
Mali by sa stanoviť veľkosti skupín na začiatku štúdie (a počas získavania odbornej spôsobilosti) s cieľom dosiahnuť minimálne 5 analyzovateľných zvierat jedného pohlavia alebo v prípade použitia oboch pohlaví každého pohlavia, na skupinu (menej v prípade súbežnej pozitívnej kontrolnej skupiny – pozri bod 29).