S obzirom na trenutačne spoznaje nekoliko je ograničenja povezano s in vivo komet-testom.
Dôvody obmedzení môžu byť napr. neschopnosť udržať dostatočne stálu úroveň koncentrácie vo vodnom prostredí (napr. z dôvodu sorpcie na sklenené expozičné nádoby, príp. rýchleho vychytávania rybami) alebo nedostatočne vysoké úrovne použitých koncentrácií vo vodnom prostredí, ktoré sú v rovnakom rozpätí alebo nižšie ako analytický kvantifikačný limit [25].