Posebno, cilj EES-a ukidanje je otiskivanja pečata pri ulasku i izlasku u putne isprave državljana trećih zemalja kojima je dopušten kratkotrajni boravak te njegova zamjena elektroničkim bilježenjem ulaska i izlaska izravno u EES-u.
Cieľom systému vstup/výstup je predovšetkým zrušiť označovanie cestovných dokladov štátnych príslušníkov tretích krajín, ktorí majú povolenie na krátkodobý pobyt, odtlačkom pečiatky na vstupe a výstupe a nahradiť ho elektronickým zaznamenávaním vstupu a výstupu priamo do systému vstup/výstup.