U slučaju sukoba interesa koji se tiče nekog europskog tužitelja, glavni europski tužitelj odobrava taj zahtjev.
Súdny dvor môže na návrh Európskeho parlamentu, Rady alebo Komisie odvolať hlavného európskeho prokurátora, ak zistí, že už nie je spôsobilý vykonávať svoje povinnosti alebo že sa dopustil závažného pochybenia.