Kako bi se osiguralo da sustav trgovanja emisijama EU-a s vremenom dovede do smanjenja emisija, Direktivom 2003/87/EZ predviđa se linearno smanjivanje količine emisijskih jedinica na razini cijele Unije.
Takisto by sa mali naďalej by mali takisto každoročne monitorovať a nahlasovať emisie a odovzdávať príslušné množstvo emisných kvót.