Uzorke bi trebalo vizualno pregledati prije izvođenja analize s pomoću HPLC-a.
Ak sa použije iná kolóna HPLC s reverznou fázou, možno bude potrebné upraviť opísané nastavenia parametrov, aby sa zabezpečilo primerané eluovanie a integrácia cysteínových a lyzínových peptidov vrátane injektovaného objemu, ktorý sa môže líšiť podľa použitého systému (zvyčajne v rozmedzí od 3 do 10 μl).