Kada Agencija izrađuje nacrte općih pravila koja trebaju provoditi nacionalna tijela, trebala bi se savjetovati s državama članicama.
V záujme zaručenia úplnej samostatnosti a nezávislosti agentúry by sa jej mal prideliť samostatný rozpočet financovaný najmä z príspevkov Únie, ako aj z poplatkov a platieb od používateľov európskeho systému bezpečnosti letectva.