Uredba (EU) 2018/1725 Europskog parlamenta i Vijeća trebala bi se primjenjivati na obradu osobnih podataka koju obavlja Agencija, ne dovodeći u pitanje odredbe o zaštiti podataka utvrđene u pravnim aktima Unije kojima se uređuju razvoj, uspostava, rad i upotreba sustava koje bi trebale biti u skladu s Uredbom (EU) 2018/1725 .
Agentúra by mala, pokiaľ ide o jej činnosti, zabezpečiť maximálnu transparentnosť, pričom by nemala ohroziť dosahovanie cieľov svojich operácií.