Usto, nužno je utvrditi metodološke standarde, uključujući geografski opseg procjene, i način na koji bi trebalo primjenjivati kriterije.
V prípadoch, v ktorých nie sú stanovené prahové hodnoty, by členské štáty mali prahové hodnoty zaviesť v rámci spolupráce na úrovni Únie, regiónu alebo subregiónu, napríklad odkazom na existujúce hodnoty alebo zavedením nových v rámci regionálnych morských dohovorov.