Stoga bi trebalo predvidjeti primjerene zaštitne mjere za obradu podataka u SIS-u na središnjoj, kao i na nacionalnoj razini, kako bi se osigurala zaštita podataka u svim fazama.
Keď sa pri vyhľadávaní v SIS zo strany národných členov Eurojustu a ich asistentov zistí, že existuje zápis vložený členským štátom, Eurojust nemôže vykonať požadované opatrenie.