Takvi slučajevi mogu uključivati istrage i kazneni progon koji pogađaju samo jednu državu članicu i treću zemlju ako je s tom trećom zemljom sklopljen sporazum ili ako može postojati posebna potreba za uključivanjem Eurojusta.
Eurojust môže z vlastnej iniciatívy prevziať aktívnejšiu úlohu v koordinácii prípadov, napríklad môže podporovať vnútroštátne orgány pri ich vyšetrovaniach a trestných stíhaniach.