U skladu s Direktivom 2000/60/EZ, postupak interkalibracije mora se provoditi na razini bioloških elemenata, uspoređujući rezultate klasifikacije nacionalnih sustava praćenja za svaki biološki element i za svaki zajednički tip vodnog tijela površinske vode između država članica te osiguravajući usklađenost rezultata s normativnim definicijama utvrđenima u Prilogu V. odjeljku 1.2. te Direktive.
Na základe rámcovej smernice o vode boli v rámci Spoločnej implementačnej stratégie vypracované štyri usmerňovacie dokumenty [č. 6, 14 (dve verzie) a 30] v záujme uľahčenia interkalibračného procesu.