Kako bi provele postupak interkalibracije, države članice organizirane su u geografske interkalibracijske skupine, koje se sastoje od država članica koje dijele određene tipove vodnih tijela površinskih voda, kako je definirano u odjeljku 2.
V súlade so smernicou 2000/60/ES sa interkalibračné porovnanie má vykonať na úrovni biologických prvkov porovnávaním výsledkov klasifikácie národného monitorovacieho systému za každý biologický prvok a za každý spoločný typ útvaru povrchových vôd medzi členskými štátmi, pričom sa zabezpečí súlad výsledkov s normatívnymi definíciami uvedenými v časti 1.2 prílohy V k uvedenej smernici.