Direktive 98/41/EZ državama članicama dopušta se da od Komisije zatraže odstupanje od tog zahtjeva.
Dňa 18. mája 2016 Chorvátska republika zaslala odpoveď a upravila svoju žiadosť o výnimku, pokiaľ ide o tieto trasy: trasy Zadar – Ist a Zadar – Olib na trajektovej linke Zadar – Premuda / Mali Lošinj, trasy Split – Hvar, Hvar – Prigradica a Hvar – Korčula na vysokorýchlostnej linke Korčula – (Prigradica) – Hvar – Split, trasy Zadar – Ist a Zapuntel – Zadar na vysokorýchlostnej linke Ist – Molat – Zadar, trasa Split – Bol na vysokorýchlostnej linke Jelsa – Bol – Split, trasa Split – Hvar na vysokorýchlostnej linke Split – (Milna) – Hvar, trasa Split – Hvar na vysokorýchlostnej linke Lastovo – Vela Luka – Hvar – Split, trasa Rijeka – Rab na vysokorýchlostnej linke Novalja – Rab – Rijeka, trasa Split – Vela Luka na trajektovej linke Lastovo – Vela Luka – Split, trasa Split – Stari Grad na trajektovej linke Split – Stari Grad, trasa Vis – Split na trajektovej linke Vis – Split, trasy Mali Lošinj – Cres a Cres – Rijeka na vysokorýchlostnej linke Mali Lošinj – Ilovik – Susak – Unije – Martinšćica – Cres – Rijeka; trasa Premuda – Zadar na vysokorýchlostnej linke Olib – Silba – Premuda – Zadar, trasy Vis – Split a Hvar – Split na vysokorýchlostnej linke Vis – Hvar – Split, trasy Dubrovnik – Sobra a Korčula – Lastovo na vysokorýchlostnej linke Dubrovnik – Šipanska luka – Sobra – Polače – Korčula – Lastovo.