Sud Europske unije ima isključivu nadležnost u svim pitanjima o odnosima između Agencije ili Komisije i njihova osoblja koja su povezana s primjenom Uredbe Vijeća (EEZ, Euratom, EZUČ) br. 259/68 i drugim odredbama prava Europske unije kojim se utvrđuju uvjeti rada.
Bez toho, aby bolo dotknuté uplatňovanie švajčiarskeho trestného práva, môžu agentúra alebo Komisia uložiť správne opatrenia a sankcie v súlade s nariadením (ES, Euratom) č. 1605/2002 a nariadením Komisie (ES, Euratom) č. 2342/2002 a s nariadením Rady (ES, Euratom) č. 2988/95.