ETZC je Odlukom Komisije 2005/37/EZ osnovan u okviru Komisije i priključen Europskom uredu za borbu protiv prijevara (OLAF) [3].
V roku 2014 Komisia rozhodla o reorganizácii svojich útvarov a presune úloh vzťahujúcich sa na prípravu legislatívnych a regulačných iniciatív Komisie s cieľom ochraňovať euro proti falšovaniu a poskytovať podporu v tejto oblasti prostredníctvom odbornej prípravy a technickej pomoci z úradu OLAF na Generálne riaditeľstvo pre hospodárske a finančné záležitosti (GR ECFIN).