Izvršni odbor sastoji se od predsjednika i potpredsjednikâ Eurojusta, jednog predstavnika Komisije i još dva člana Kolegija koji su imenovani na dvije godine na principu sustava rotacije u skladu s poslovnikom Eurojusta.
Administratívny riaditeľ, ktorého funkčné obdobie sa predĺžilo, sa nesmie na konci celkového obdobia zúčastniť ďalšieho výberového konania na tú istú funkciu.