EPPO je nadležan i za kaznena djela u vezi sa sudjelovanjem u zločinačkoj organizaciji kako je definirano u Okvirnoj odluci Vijeća 2008/841/PUP, kako je provedena u nacionalnom pravu, ako je u središtu kriminalnih aktivnosti takve zločinačke organizacije počinjenje nekog od kaznenih djela iz stavka 1.
V prípade sporu medzi Európskou prokuratúrou a vnútroštátnymi orgánmi trestného stíhania v otázke, či trestná činnosť patrí do pôsobnosti článku 22 ods. 2 alebo 3 alebo článku 25 ods. 2 alebo 3, vnútroštátne orgány príslušné rozhodovať o právomoci vo veciach trestného stíhania na vnútroštátnej úrovni rozhodnú, kto má mať právomoc vec vyšetrovať.