Kako bi se osigurale pravna sigurnost i djelotvorna borba protiv kaznenih djela koja utječu na financijske interese Unije, aktivnosti istrage i kaznenog progona EPPO-a trebale bi se voditi načelom zakonitosti, pri čemu EPPO strogo primjenjuje pravila utvrđena u ovoj Uredbi, osobito ona koja se odnose na nadležnost i njezino izvršavanje, pokretanje istraga, okončanje istraga, upućivanje predmeta, odbacivanje predmeta te pojednostavljene postupke kaznenog progona.
Podľa zásady lojálnej spolupráce by všetky vnútroštátne orgány a relevantné orgány Únie, vrátane Eurojustu, Europolu a úradu OLAF, mali aktívne podporovať vyšetrovania a trestné stíhania vykonávané Európskou prokuratúrou a spolupracovať s ňou od okamihu, keď sa podozrenie zo spáchania trestného činu oznámi Európskej prokuratúre, až do momentu, keď rozhodne o tom, či bude v súvislosti s daným prípadom viesť trestné stíhanie alebo iným spôsobom prijme konečné rozhodnutie vo veci.