Međutim, irska porezna uprava zauzela je stav da se metode raspodjele dobiti odobrene tim rješenjem nisu primjenjivale na određivanje oporezive dobiti rezidentnog društva.
Komisia sa rozhodla začať formálne vyšetrovacie konanie, pretože dospela k predbežnému záveru, že napadnuté záväzné stanoviská predstavujú udelenie štátnej pomoci zo strany Írska spoločnostiam Apple, ASI a AOE v zmysle článku 107 ods. 1 zmluvy a že táto pomoc je nezlučiteľná s vnútorným trhom podľa článku 107 ods. 2 a 3 zmluvy.