Organizacijska struktura EPPO-a trebala bi omogućivati brzo i učinkovito odlučivanje u provedbi kaznenih istraga i kaznenog progona, bez obzira na to obuhvaćaju li oni jednu ili više država članica.
Okrem toho, aby sa zabezpečila jednotnosť Európskej prokuratúry v jej činnostiach, a tým rovnocenná ochrana finančných záujmov Únie, by organizačná štruktúra a vnútorný rozhodovací proces Európskej prokuratúry mali ústrediu umožniť sledovať a usmerňovať všetky vyšetrovania a stíhania, ktoré vedú európski delegovaní prokurátori, ako aj vykonávať nad nimi dozor.