Središnji CDMS interoperabilan je s EU-ovim portalom za gospodarske subjekte, referentnim uslugama za korisnike i s nacionalnim CDMS-ovima ako su ih uspostavile države članice.
Ak je vnútroštátny CDMS vytvorený, colný orgán členského štátu, ktorý ho vytvoril, ho používa na spracovanie žiadostí a povolení uvedených v článku 5 ods. 1, ako aj na správu rozhodnutí týkajúcich sa týchto žiadostí a povolení tak, že overuje, či sú splnené podmienky na prijatie žiadostí a vydávanie rozhodnutí.