Predložena agencija bit će odgovorna, kao što je slučaj s Agencijom, za operativno upravljanje SIS-om II, VIS-om i Eurodacom.
Zriadenie, prevádzku a využívanie SIS II upravuje nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 1987/2006 a rozhodnutie Rady 2007/533/SVV.