Kada izvršava svoje operativne funkcije u odnosu na konkretne kaznene predmete, na zahtjev nadležnih tijela država članica ili na vlastitu inicijativu, Eurojust bi trebao djelovati ili putem jednog ili više nacionalnih članova ili kao Kolegij.
Eurojustu to zároveň umožňuje vypracúvať v rámci jeho strategickej činnosti usmernenia, strategické dokumenty a analýzy súvisiace s prácou na prípadoch.