Provedbom Uredbe o odobrenjima za ribolov također su otkrivene neke manjkavosti, s obzirom na to da nisu obuhvaćeni neki izazovi u pogledu kontrole, poput zakupljivanja, zamjene zastava i izdavanja odobrenja za ribolov koja nadležno tijelo treće zemlje izdaje ribarskim plovilima Unije izvan okvira sporazuma o partnerstvu u održivom ribarstvu („izravna odobrenja”).
Na základe informácií, ktoré členské štáty zhromažďujú a poskytujú Komisii, by Komisia mala mať možnosť kedykoľvek zasiahnuť do monitorovania rybolovných operácií všetkých rybárskych plavidiel Únie v ľubovoľnej oblasti mimo vôd Únie.