Ta struktura upravljanja trebala bi uključivati odbor za ulaganja te bi pri odlučivanju trebalo uzeti u obzir stručna znanja Europske investicijske banke (EIB), osim u slučaju u kojem se mali projekti podupiru zajmovima nacionalne razvojne banke ili bespovratnim sredstvima iz nacionalnog programa koji ima iste ciljeve kao i Modernizacijski fond.
S cieľom zjednodušiť mechanizmy financovania a minimalizovať administratívne zaťaženie súvisiace s ich vykonávaním by dotknuté členské štáty mali mať možnosť využívať svoj podiel 10 % prerozdelených kvót a prechodného bezodplatného prideľovania kvót na účely modernizácie odvetvia energetiky v súlade s ustanoveniami modernizačného fondu.