S obzirom na načelo lojalne suradnje i EPPO i nadležna nacionalna tijela trebali bi se međusobno podupirati i obavješćivati kako bi učinkovito suzbijali kaznena djela iz nadležnosti EPPO-a.
Hlavný európsky prokurátor je plne zodpovedný za plnenie svojich povinností ako vedúci Európskej prokuratúry a ako taký nesie úplnú inštitucionálnu zodpovednosť za jej všeobecnú činnosť pred Európskym parlamentom, Radou a Komisiou.