Agencija je odgovorna za operativno upravljanje Schengenskim informacijskim sustavom (SIS II), viznim informacijskim sustavom (VIS) i Eurodacom.
vysokú úroveň ochrany údajov v súlade s právom Únie v oblasti ochrany údajov vrátane osobitných ustanovení pre jednotlivé rozsiahle informačné systémy;