Odstupanja od tog načela trebala bi biti moguća temeljem odluke glavnog europskog tužitelja kako bi se osiguralo ispravno i učinkovito funkcioniranje EPPO-a.
Európsky prokurátor by mal mať možnosť požiadať z dôvodu pracovného zaťaženia súvisiaceho s vysokým počtom vyšetrovaní a stíhaní v určitom členskom štáte, aby bol dozor nad určitými vyšetrovaniami a stíhaniami v jeho členskom štáte pôvodu výnimočne postúpený iným európskym prokurátorom.