Agencija je preuzela zadaće koji su u vezi sa sustavom VIS na temelju Uredbe (EZ) br. 767/2008 i Odluke Vijeća 2008/633/PUP povjereni upravljačkom tijelu.
V apríli 2013 agentúra prevzala aj úlohy zverené riadiacemu orgánu v súvislosti so SIS II nariadením (ES) č. 1987/2006 a rozhodnutím 2007/533/SVV po spustení SIS II do prevádzky a v júni 2013 prevzala úlohy, ktoré boli zverené Komisii v súvislosti so systémom Eurodac v súlade s nariadeniami (ES) č. 2725/2000 a (ES) č. 407/2002.