Pravila i uvjeti za obnašanje funkcije zamjenika glavnog europskog tužitelja utvrđuju se u unutarnjem poslovniku EPPO-a.
Administratívneho riaditeľa vymenúva kolégium zo zoznamu kandidátov navrhnutých hlavným európskym prokurátorom po otvorenom a transparentnom výberovom konaní v súlade s vnútorným rokovacím poriadkom Európskej prokuratúry.