Iako postoji malo podataka o ženkama na temelju kojih bi se mogle izvršiti usporedbe među spolovima u vezi s komet-testom, u drugim ispitivanjima genotoksičnosti in vivo dobiveni su općenito slični odgovori kod mužjaka i ženki te bi se stoga većina ispitivanja mogla provesti na životinjama bilo kojeg spola.
Preparáty by sa mali nechať aspoň 20 minút postáť, aby mohlo dôjsť k rozpleteniu DNA, a potom podrobiť elektroforéze za kontrolovaných podmienok, ktoré umožnia maximalizovať citlivosť a dynamický rozsah testu (napr. dosiahnuť prijateľné úrovne % chvostovej DNA pri negatívnych a pozitívnych kontrolách, ktoré maximalizujú citlivosť).