U mnogim slučajevima te radnje provodit će nacionalna tijela kaznenog progona koja postupaju prema uputama EPPO-a, a u nekim slučajevima nakon ishođenja odobrenja nacionalnog suda.
Týmto nariadením nie je dotknutá ani možnosť, aby členský štát Európskej únie, Európsky parlament, Rada alebo Komisia podali žalobu o neplatnosť podľa článku 263 druhého odseku ZFEÚ a článku 265 prvého odseku ZFEÚ, ani konanie o porušení povinnosti podľa článkov 258 a 259 ZFEÚ.