Na obradu osobnih podataka koja se provodi u primjeni ove Uredbe primjenjuje se Uredba (EU) 2016/679.
Na spracúvanie osobných údajov agentúrou pri plnení jej povinností podľa tohto nariadenia a konkrétnejšie na správu registra zriadeného podľa tohto nariadenia sa uplatňuje nariadenie Európskeho parlamentu a Rady (ES) č. 45/2001, a najmä jeho ustanovenia týkajúce sa dôverného charakteru a bezpečnosti spracúvania.