Ova se Uredba ne bi trebala izravno primjenjivati na postrojenja isključena u skladu s člankom 27. ili člankom 27.a Direktive 2003/87/EZ, osim ako država članica odluči da bi se Uredba trebala primjenjivati.
V súlade so zásadami prílohy V k smernici 2003/87/ES by mal overovateľ uplatňovať prístup na základe hodnotenia rizík s cieľom dospieť k verifikačnému stanovisku, ktoré poskytuje primeranú istotu, že celkové emisie alebo tonokilometre nie sú podstatne skreslené a správu možno overiť ako uspokojivú.