Direktive 2008/56/EZ države članice mogu prosuditi da, u opravdanim okolnostima, nije primjereno primjenjivati jedan ili više primarnih kriterija.
Pokiaľ členské štáty nestanovia prostredníctvom spolupráce na úrovni Únie, regiónu alebo subregiónu prahové hodnoty, ako sa vyžaduje týmto rozhodnutím, môžu pri vyjadrovaní rozsahu dosiahnutia dobrého environmentálneho stavu ako náhradu používať ktorúkoľvek z týchto možností: