Najbolja praksa upravljanja okolišem jest odvajanje gnojovke proizvedene na poljoprivrednom gospodarstvu ili digestata iz anaerobne razgradnje na gospodarstvu u krute i tekuće dijelove prije pohrane i primjene na poljoprivrednom zemljištu.
V niektorých prípadoch možno najlepšie výsledky pri znižovaní emisií amoniaku a metánu dosiahnuť najprv minimalizovaním času, ktorý zvieratá strávia vnútri, pred tým, ako sa pristúpi k modernizácii maštale.