Kako bi se osigurao transparentan rad Agencije, na nju bi se trebala primjenjivati Uredba (EZ) br. 1049/2001 Europskog parlamenta i Vijeća.
V záujme zabezpečenia otvorených a transparentných pracovných podmienok a rovnakého zaobchádzania so zamestnancami by sa na zamestnancov (vrátane výkonného riaditeľa agentúry a zástupcu výkonného riaditeľa) mal uplatňovať Služobný poriadok úradníkov Európskej únie (ďalej len „služobný poriadok úradníkov“) a Podmienky zamestnávania ostatných zamestnancov Európskej únie (ďalej len „podmienky zamestnávania ostatných zamestnancov“) stanovené v nariadení Rady (EHS, Euratom, ESUO) č. 259/68 (spoločne ako „služobný poriadok“), vrátane pravidiel, ktoré upravujú služobné tajomstvo, alebo iných rovnocenných povinností zachovávať mlčanlivosť.