Stoga je potrebno utvrditi pravila o upravljanju tim elektroničkim sustavom.
Mali by sa stanoviť podrobné pravidlá pre spoločné komponenty systému (portál EÚ pre obchodníkov, centrálny systém správy rozhodnutí colných orgánov a služby informácií o zákazníkoch) a pre vnútroštátne komponenty (vnútroštátny portál pre obchodníkov a vnútroštátny systém správy rozhodnutí colných orgánov) tak, že sa vymedzia ich funkcie a vzájomné prepojenia.