Na Agenciju i njezino osoblje primjenjuje se Protokol br. 7 o povlasticama i imunitetima Europske unije, priložen UEU-u i UFEU-u.
Ak si to vyžadujú výnimočné okolnosti, správna rada môže na základe rozhodnutia dočasne pozastaviť delegovanie právomocí menovacieho orgánu na výkonného riaditeľa a subjekty, na ktoré túto právomoc delegoval ďalej, a tieto právomoci vykonávať sama alebo ich delegovať na jedného zo svojich členov alebo na iného člena personálu ako výkonného riaditeľa.