Direktor MPCC-a, pri obnašanju dužnost zapovjednika misije u neizvršnim vojnim misijama, djeluje pod političkom kontrolom i strateškim vodstvom Političkog i sigurnosnog odbora, u skladu s člankom 38.
Po zriadení misie pomáha v teréne veliteľovi ozbrojených síl misie EÚ veliteľstvo ozbrojených síl misie.