U skladu s načelom lojalne suradnje sva nacionalna tijela i mjerodavna tijela Unije, uključujući Eurojust, Europol i OLAF, trebala bi aktivno podupirati istrage i kazneni progon koje provodi EPPO te s njim surađivati, od trenutka kada je navodno kazneno djelo prijavljeno EPPO-u pa sve do trenutka dok EPPO ne odluči hoće li pokrenuti kazneni progon ili na drugi način zaključiti predmet.
Možnosťou uvedenou v tomto nariadení, ktorá spočíva v použití právnych nástrojov týkajúcich sa vzájomného uznávania alebo cezhraničnej spolupráce, by sa nemali nahradiť osobitné pravidlá o cezhraničných vyšetrovaniach podľa tohto nariadenia.