Sekundarni metaboliti oni su koji su prisutni na razinama nižima od 100 μg/kg ili koji čine manje od 10 % ukupnog rezidua, kako je opisano u smjernicama VICH GL46: Ispitivanja za procjenu metabolizma i kinetike rezidua veterinarskih lijekova u životinja koje se koriste za proizvodnju hrane: ispitivanje metabolizma radi utvrđivanja količine i vrste rezidua.
Ak s DNA reaguje viac ako jeden vedľajší metabolit a neexistujú dôkazy, ktoré by potvrdzovali opak, predpokladá sa, že všetky látky reagujúce s DNA majú rovnaký spôsob účinku.