Rashodi Eurojusta uključuju primitke od rada osoblja, administrativne i infrastrukturne troškove te operativne troškove, uključujući financiranje zajedničkih istražnih timova.
Eurojust môže okrem svojich vlastných zamestnancov využívať vyslaných národných expertov alebo iných pracovníkov, ktorí nie sú zamestnancami Eurojustu.