Potrebno je izraditi kalibracijsku krivulju standarda za peptide koji sadržavaju cistein i za peptide koji sadržavaju lizin.
Je potrebné poznamenať, že niektoré dodávky acetonitrilu by mohli mať negatívny dosah na stabilitu peptidov, čo sa musí posúdiť pri používaní novej šarže acetonitrilu.