Aktivnosti PPEU-a koordiniraju se s aktivnostima službi Komisije.
OZEÚ v úzkej koordinácii s vedúcim delegácie Únie v Tel Avive a zastupiteľským úradom Únie v Jeruzaleme na miestnej úrovni politicky usmerňuje vedúceho policajnej misie Európskej únie na palestínskych územiach (EUPOL COPPS) a vedúceho pomocnej hraničnej misie Európskej únie na hraničnom priechode v Rafahu (EU BAM Rafah).