Međutim, ako ne postoji usporediva transakcija na slobodnom tržištu, metoda koja se najčešće upotrebljava za utvrđivanje cijene tih usluga u skladu s načelom tržišnih uvjeta jest metoda transfernih cijena na temelju troškova.
Pri výpočte transferových cien možno hrubé marže vypočítať vydelením hrubého zisku predajom (alebo nákladmi na tovar, suroviny a spotrebný materiál) a čisté marže vydelením prevádzkového zisku predajom (alebo celkovými nákladmi, t. j. súčtom nákladov na tovar, suroviny a spotrebný materiál a prevádzkových nákladov), a to najmä pri použití metódy čistého obchodného rozpätia.