Uredbe o EPFRR-u ne provode provjere na licu mjesta na razini EIB-a ili drugih međunarodnih financijskih institucija u kojima je država članica dioničar za financijske instrumente koje ona provode.
Operácie, ktorých celkové oprávnené výdavky nepresahujú 400000 EUR v prípade EFRR a Kohézneho fondu, 300000 EUR v prípade ESF alebo 200000 EUR v prípade ENRF, sa pred predložením účtovnej závierky za účtovný rok, v ktorom sa daná operácia dokončí, nesmú podrobiť viac ako jednému auditu vykonanému buď orgánom auditu alebo Komisiou.