Na zahtjev države članice Komisija može dopustiti odstupanje od članka 13. stavka 1.
Dňa 17. apríla 2012 požiadalo Španielsko Komisiu o výnimku z článku 13 ods. 1 prvého pododseku daného nariadenia, na základe ktorej by v pobrežných vodách Autonómneho spoločenstva Murcia bolo možné na lov afie priesvitnej (Aphia minuta) používať záťahové siete ovládané z lode.