Prerađeni ekološki proizvodi trebali bi se proizvoditi metodama prerade kojima se jamči zadržavanje ekoloških značajki i svojstava proizvoda u svim fazama ekološke proizvodnje.
Okrem toho by sa na používanie v ekologickej poľnohospodárskej výrobe spracovaných potravín a krmív mali povoliť len určité produkty a látky povolené v súlade s týmto nariadením.