Uredba (EZ) br. 45/2001 primjenjuje se na sve administrativne osobne podatke koje obrađuje EPPO.
Európska prokuratúra musí dodržiavať osobitné podmienky spracúvania stanovené vnútroštátnym orgánom v súlade s článkom 9 ods. 3 a 4 smernice (EÚ) 2016/680.