Direktive 2003/87/EZ potrebno je osigurati sinergiju između sveobuhvatnog okvira za akreditaciju uspostavljenog Uredbom (EZ) br. 765/2008 Europskog parlamenta i Vijeća i srodnih odredaba iz Odluke br. 768/2008/EZ Europskog parlamenta i Vijeća, s jedne strane, i posebnih značajki sustava Unije za trgovanje emisijama stakleničkih plinova te zahtjeva koji su ključni za učinkovitu provedbu Direktive 2003/87/EZ, s druge strane.
Predovšetkým by sa malo zabezpečiť, aby v prípadoch, keď na základe interných postupov členského štátu vnútroštátny orgán menovaný daným členským štátom v súlade s nariadením (ES) č. 765/2008 vykonáva alternatívny postup akreditácie, konkrétne osvedčovanie overovateľov, ktorí sú fyzickými osobami, predmetný členský štát poskytne písomné dokumenty, z ktorých vyplýva, že daný orgán má podobnú úroveň dôveryhodnosti ako vnútroštátne akreditačné orgány, ktoré úspešne absolvovali partnerské hodnotenie, ktoré zorganizoval orgán uznaný podľa článku 14 uvedeného nariadenia.