Kako bi se osiguralo učinkovito svakodnevno upravljanje Eurojustom, upravni direktor trebao bi biti njegov pravni zastupnik i upravitelj koji za svoj rad odgovara Kolegiju.
Predsedu a dvoch podpredsedov Eurojustu by malo voliť kolégium spomedzi národných členov na funkčné obdobie štyroch rokov.