Ovisno o opsegu smanjenja udjela emisijskih jedinica koje treba prodati na dražbi kako bi se izbjegla potreba za primjenom jedinstvenog međusektorskog faktora korekcije, trebalo bi količinu raspoloživih emisijskih jedinica u okviru Modernizacijskog fonda povećati za najviše 0,5 % ukupne količine emisijskih jedinica.
Táto riadiaca štruktúra by mala zahŕňať investičný výbor a pri prijímaní rozhodnutí by sa mali náležite zohľadňovať odborné znalosti Európskej investičnej banky (EIB), pokiaľ sa nejedná o podporu poskytovanú malým projektom prostredníctvom pôžičiek od národných podporných bánk alebo prostredníctvom grantov z vnútroštátneho programu, ktorý sleduje rovnaké ciele ako modernizačný fond.