Svaka obrada osobnih podataka koju Eurojust provede u okviru svoje nadležnosti radi izvršavanja svojih zadaća trebala bi se smatrati obradom operativnih osobnih podataka.
Aby sa preukázalo dodržiavanie tohto nariadenia, Eurojust alebo oprávnený sprostredkovateľ by si mali viesť záznamy o všetkých kategóriách spracúvania údajov, za ktoré sú zodpovední.