Djelujući na vlastitu inicijativu Eurojust može preuzeti proaktivniju ulogu u koordinaciji predmeta, primjerice pružanjem potpore nacionalnim tijelima u njihovim istragama i kaznenom progonu.
Na žiadosť príslušného orgánu členského štátu alebo Komisie by mal mať Eurojust tiež možnosť pomáhať pri vyšetrovaniach, ktoré sa týkajú len tohto členského štátu, ale ktoré majú dôsledky na úrovni Únie.