Ova Uredba trebala bi biti u cijelosti obvezujuća i izravno se primjenjivati samo u državama članicama koje sudjeluju u pojačanoj suradnji u vezi s osnivanjem EPPO-a ili na temelju odluke donesene u skladu s člankom 331. stavkom 1. drugim ili trećim podstavkom UFEU-a.
V ZFEÚ sa ustanovuje, že vecná príslušnosť Európskej prokuratúry je v súlade s týmto nariadením obmedzená na trestné činy poškodzujúce finančné záujmy Únie.