Agencija donosi interna pravila kojima se od članova njezinog upravnog odbora i njezinih savjetodavnih skupina te članova njezina osoblja zahtijeva da tijekom svojeg zaposlenja ili mandata izbjegavaju svaku situaciju koja bi mogla dovesti do sukoba interesa te da takve situacije prijavljuju.
Rozhodnutie Európskeho parlamentu a Rady č. 922/2009/ES zo 16. septembra 2009 o riešeniach interoperability pre európske orgány verejnej správy (ISA) (Ú. v. EÚ L 280, 3.10.2009, s. 20).