Agencija može naplatiti pristojbe prilikom ukidanja prethodne odluke zbog neusklađenosti nositelja odobrenja ili potvrde.
Predovšetkým účtuje platby za fázu predbežného zapojenia stanovenú v nariadení (EÚ) 2018/545 a vo vykonávacom nariadení (EÚ) 2018/763.