EPPO-om za administrativne i proračunske svrhe upravlja upravni direktor.
Pokiaľ ide o trestné činy uvedené v článku 3 ods. 2 písm. d) smernice (EÚ) 2017/1371, ako je vykonaná vo vnútroštátnom práve, Európska prokuratúra má právomoc, len ak sa úmyselné konanie alebo opomenutie vymedzené v uvedenom ustanovení týkajú územia dvoch alebo viacerých členských štátov a spôsobujú celkovú škodu najmenej 10000000 EUR.