Činjenica da se pravna osnova za SIS sastoji od odvojenih instrumenata ne utječe na načelo da je SIS jedinstven informacijski sustav koji bi trebao raditi kao takav.
Vyžadujú sa aj pravidlá, ktorými sa má riadiť vymazávanie zápisov, orgány, ktoré majú k údajom povolený prístup, využívanie biometrických údajov, a ktorými sa majú bližšie určiť pravidlá ochrany údajov a spracúvania údajov.