Nadalje, pokrovni usjevi mogu prouzročiti strukturnu štetu ako se posiju kasno ili u mokrim uvjetima, zbog čega pokrovni i naknadni usjevi slabo iskorištavaju dušik u tlu te dolazi do povećanja opasnosti od gubitka čestica fosfora i sedimenta.
Cieľom NPEM je predchádzať tomu, aby počas zimy zostávala orná pôda bez porastu, a to zakladaním porastov krycích plodín a medziplodín.