Budući da bi EPPO trebao podizati optužnice pred nacionalnim sudovima, njegovu nadležnost trebalo bi definirati upućivanjem na kazneno pravo država članica kojim se inkriminiraju radnje ili propuštanja koja utječu na financijske interese Unije i određuju primjenjive sankcije provedbom mjerodavnog zakonodavstva Unije, posebno Direktive (EU) 2017/1371, u nacionalnim pravnim sustavima.
Stála komora môže rozhodnúť, že nespojí takéto konania alebo môže rozhodnúť, že následne vylúči takéto konanie, ak je to v záujme efektívnosti vyšetrovania, napr. ak by sa konanie proti jednej podozrivej alebo obvinenej osobe mohlo skončiť skôr, zatiaľ čo konanie proti ostatným podozrivým alebo obvineným osobám by malo naďalej pokračovať, alebo ak by vylúčenie veci mohlo skrátiť trvanie väzby jedného z podozrivých.