Do unakrižne kontaminacije može doći tijekom proizvodnje, prerade, skladištenja ili prijevoza hrane za životinje ako se za hranu za životinje s različitim sastojcima koriste ista oprema za proizvodnju i preradu, među ostalim za pokretno miješanje, isti prostori za skladištenje ili ista prijevozna sredstva.
Kontaminácii necieľového krmiva účinnými zložkami obsiahnutými v medikovaných krmivách by sa malo zamedziť alebo by sa mala udržiavať na čo najnižšej úrovni.