Glavni europski tužitelj u potpunosti je odgovoran za obavljanje svojih dužnosti voditelja EPPO-a i u tom svojstvu snosi ukupnu institucijsku odgovornost za svoje opće aktivnosti prema Europskom parlamentu, Vijeću i Komisiji.
V štruktúre by sa malo tiež zabezpečiť, aby boli v Európskej prokuratúre zastúpené všetky vnútroštátne právne systémy a tradície členských štátov a aby prokurátori so znalosťami jednotlivých právnych systémov viedli vyšetrovania a stíhania v zásade vo svojich členských štátoch.