Jedan potencijalno ograničavajući faktor za upotrebu deponatora jest „gustoća” gnojovke (tj. visok udio krute tvari), posebno kad se koriste crijevni sustavi.
K emisiám amoniaku z pôdy dochádza bezprostredne po aplikácii hnojovice alebo hnoja a možno sa im do veľkej miery vyhnúť injektážou hnojovice pod povrch pôdy alebo zapracovaním hnoja pod povrch pôdy zaoraním alebo alternatívnymi technikami.