UFEU-a može se obvezati Europski nadzornik za zaštitu podataka da u izvršavanju svojih ovlasti u najvećoj mjeri vodi računa o tajnosti sudskih istraga i kaznenih postupaka u skladu s pravom Unije ili pravom države članice.
Zatiaľ čo v uvedenom nariadení sa stanovujú všeobecné pravidlá na ochranu fyzických osôb v súvislosti so spracúvaním osobných údajov a na zabezpečenie voľného pohybu osobných údajov v rámci Únie, v uvedenej smernici sa stanovujú osobitné pravidlá na ochranu fyzických osôb v súvislosti so spracúvaním osobných údajov a na zabezpečenie voľného pohybu osobných údajov v rámci Únie v oblastiach justičnej spolupráce v trestných veciach a policajnej spolupráce.