Upravljanje ključevima za šifriranje ostaje u nadležnosti Agencije i ne smije se prenositi na vanjske privatne subjekte.
Na žiadosť Komisie alebo Rady a po informovaní Európskeho parlamentu môže byť agentúra po kladnom rozhodnutí správnej rady poverená prostredníctvom dohody o delegovaní, aby v súlade s článkom 62 ods. 1 písm. c) nariadenia (EÚ, Euratom) 2018/1046 vykonávala úlohy súvisiace s plnením rozpočtu v prípadoch overovania koncepcie financovaných prostredníctvom nástroja pre finančnú podporu v oblasti vonkajších hraníc a víz zriadeného nariadením (EÚ) č. 515/2014.