Budući da Eurojust obrađuje i administrativne osobne podatke koji nisu povezani s kaznenim istragama, obrada takvih podataka trebala bi podlijegati općim pravilima Uredbe (EU) 2018/1725.
Eurojust a každý oprávnený sprostredkovateľ by mali byť povinní spolupracovať s európskym dozorným úradníkom pre ochranu údajov a na požiadanie mu poskytnúť uvedené záznamy, aby mohli slúžiť na monitorovanie týchto spracovateľských operácií.