Proračun EPPO-a uravnotežen je u pogledu prihoda i rashoda.
Na hlavného európskeho prokurátora a európskych prokurátorov, európskych delegovaných prokurátorov, administratívneho riaditeľa a zamestnancov Európskej prokuratúry sa vzťahuje služobný poriadok a podmienky zamestnávania, ako aj pravidlá prijaté na základe dohody medzi inštitúciami Únie na účely uplatňovania služobného poriadku a podmienok zamestnávania, ak sa v tomto nariadení neustanovuje inak.