Budući da je ekološka proizvodnja goveda, ovaca, koza, kopitara, jelenske divljači i svinja te peradi, kunića i pčela najrazvijenija, na te bi se vrste trebala primjenjivati dodatna detaljna pravila proizvodnje.
S cieľom zabezpečiť kvalitu, vysledovateľnosť, dodržiavanie súladu s týmto nariadením a prispôsobenie sa technickému vývoju by sa mala na Komisiu delegovať právomoc prijímať určité akty, pokiaľ ide o obmedzenie výnimiek v súvislosti s pôvodom zvierat, limity organického dusíka v súvislosti s celkovou hustotou chovu, kŕmenie včelstiev, prijateľné ošetrenia na účely dezinfekcie včelínov, metódy a ošetrenia na boj proti parazitu Varroa destructor, a podrobné pravidlá živočíšnej výroby pre ďalšie druhy.