Ugovora trebalo bi imenovati novog zapovjednika operacije EU-a i odrediti novi operativni stožer EU-a, uključujući Centar za pomorsku sigurnost Roga Afrike (MSCHOA), od 29. ožujka 2019. u 12.00 sati po srednjoeuropskom vremenu.
Politický a bezpečnostný výbor 19. júna 2018 vyjadril súhlas s prijatím ponuky Španielska a Francúzska, pokiaľ ide o presun štruktúr velenia a riadenia operácie Atalanta.