Kako bi se zajamčila potpuna autonomija i neovisnost Agencije, trebalo bi joj dodijeliti autonoman proračun koji se ponajprije financira iz doprinosa Unije te iz naknada i pristojbi koje plaćaju korisnici europskog sustava sigurnosti zračnog prometa.
Vzhľadom na uvedené ukazovatele by agentúra mala prispôsobiť svoje personálne plánovanie a riadenie zdrojov súvisiace s poplatkami a platbami tak, aby mohla primerane reagovať na tento dopyt a na prípadné výkyvy príjmov z poplatkov a platieb.