Kako bi se najbolje zaštitila prava tuženika, u načelu bi osumnjičenik ili okrivljenik trebao biti predmetom samo jedne istrage ili jednog kaznenog progona EPPO-a.
Na efektívne vyšetrovanie a stíhanie trestných činov poškodzujúcich finančné záujmy Únie je nevyhnutné, aby Európska prokuratúra mohla zhromažďovať dôkazy aspoň pomocou minimálneho súboru vyšetrovacích opatrení, pričom musí dodržiavať zásadu proporcionality.