S obzirom na trenutačne spoznaje, još je nekoliko ograničenja (vidjeti Dodatak 3.) povezano s komet-testom in vivo.
Ak neexistujú historické alebo publikované kontrolné údaje, ktoré by preukazovali vyvolanie škodlivých alebo genotoxických účinkov zvoleným nosičom, počtom podaní látky alebo cestou jej podania, mali by sa pred vykonaním úplnej štúdie realizovať prvotné štúdie, ktoré umožnia stanoviť prijateľnosť kontroly s nosičom.