Financiranje iz EU sustava trgovanja emisijama trebalo bi biti usklađeno s ciljevima okvira klimatske i energetske politike Unije do 2030. i dugoročnim ciljevima iznesenima u Pariškom sporazumu, kao i drugim programima financiranja Unije kako bi se osigurala učinkovitost javne potrošnje.
V smernici 2003/87/ES sa od členských štátov vyžaduje, aby predkladali správy o jej vykonávaní na základe dotazníka alebo osnovy vypracovanej Komisiou v súlade s postupom uvedeným v smernici Rady 91/692/EHS.