Kako bi Eurojust mogao ispuniti svoju misiju i razviti svoj puni potencijal u borbi protiv teškog prekograničnog kriminaliteta, njegove operativne funkcije trebalo bi ojačati smanjenjem administrativnog opterećenja nacionalnih članova, a njegovu europsku dimenziju ojačati sudjelovanjem Komisije u Izvršnom odboru i većim uključivanjem Europskog parlamenta i nacionalnih parlamenata u evaluaciju njegovih aktivnosti.
Okrem toho by sa mali vymedziť prípady, ktoré sa síce netýkajú dvoch alebo viacerých členských štátov, ale vyžadujú si trestné stíhanie na spoločnom základe.