Zajednički odbor je odgovoran za opću provedbu Sporazuma.
Zriadi sa zmiešaný poradný výbor zložený zo zástupcov poradného výboru systému integrácie Strednej Ameriky (CC-SICA) a Európskeho hospodárskeho a sociálneho výboru (EHSV), ktorý pomáha spoločnému výboru pri podpore dialógu s hospodárskymi a sociálnymi organizáciami občianskej spoločnosti.