Sve prihode dobivene od prodaje emisijskih jedinica na dražbi trebalo bi upotrijebiti za borbu protiv klimatskih promjena u Europskoj uniji i trećim zemljama, između ostalog za smanjivanje emisija stakleničkih plinova, za prilagođavanje učincima klimatskih promjena u Uniji i trećim zemljama, posebno u zemljama u razvoju, za financiranje istraživanja i razvoja s ciljem ublažavanja i prilagođavanja, uključujući posebice područja aeronautike i zračnog prijevoza, za smanjenje emisija putem prometa s niskim emisijama i za pokrivanje troškova upravljanja EU sustavom trgovanja emisijama.
Pokiaľ to bude potrebné a tak dlho, ako to bude potrebné s cieľom chrániť environmentálnu integritu EU ETS, sa prevádzkovateľom lietadiel a iným prevádzkovateľom v rámci EU ETS zakáže používanie kvót, ktoré vydáva členský štát, v ktorom sa na prevádzkovateľov lietadiel a iných prevádzkovateľov nevzťahujú povinnosti.