Uredbom (EZ) br. 1987/2006 i Odlukom 2007/533/PUP predviđeno je da je tijekom prijelaznog razdoblja Komisija odgovorna za operativno upravljanje središnjim sustavom SIS II (središnji SIS II).
V nariadení (ES) č. 1987/2006 a rozhodnutí 2007/533/SVV sa stanovuje, že za prevádzkové riadenie centrálneho systému SIS II (ďalej len „centrálny SIS II“) zodpovedá počas prechodného obdobia Komisia.