Komisija je za nekoliko morskih bazena donijela posebne programe kontrole i inspekcije, koje su države članice provele na temelju planova o zajedničkom korištenju sredstava, a Europska agencija za kontrolu ribarstva (EFCA) u tom je okviru osigurala operativnu koordinaciju inspekcijskih aktivnosti.
V nedávnom hodnotení Komisie v rámci programu REFIT sa zistilo, že špecifické kontrolné a inšpekčné programy sú účinným a efektívnym nástrojom na zlepšenie spolupráce a výmeny informácií medzi členskými štátmi.