Kako bi se zajamčila potpuna autonomija i neovisnost Ureda, smatra se potrebnim odobriti mu samostalan proračun čiji prihod u načelu proizlazi iz pristojbi koje uplaćuju korisnici sustava.
Výška poplatkov by sa mala stanoviť na úrovni, ktorou sa zabezpečí, aby: po prvé z nich plynúce príjmy boli v zásade dostatočné na to, aby bol rozpočet úradu vyrovnaný; po druhé bola zabezpečená koexistencia a komplementarita systému ochrannej známky EÚ a systémov národných ochranných známok, pričom sa zohľadní veľkosť trhu, na ktorý sa vzťahuje ochranná známka EÚ, a potreby malých a stredných podnikov; a po tretie práva majiteľov ochranných známok EÚ sa v členských štátoch efektívne vymáhali.