Poštujući nadležnost svake agencije, EFSA bi trebala surađivati s drugim relevantnim znanstvenim agencijama Unije, kao što su Europski centar za sprečavanje i kontrolu bolesti (ECDC), Europska agencija za kemikalije (ECHA), Europska agencija za lijekove (EMA) i skupina stručnjaka koje je imenovao Znanstveni i tehnički odbor iz članka 31.
Všeobecným plánom sa okrem toho musí zabezpečiť koordinácia s ECDC v rámci systémov pripravenosti na krízové situácie a systémov reakcie v krízových situáciách súvisiacich s ľudským zdravím, aby boli zdravotnícke orgány a subjekty upozornené v prípade možnej potravinovej alebo krmivovej krízy s potenciálnym vplyvom na ľudské zdravie.