Kako bi se zajamčile potpuna samostalnost i neovisnost Eurojusta trebalo bi mu odobriti samostalan proračun dostatan za pravilno izvršenje njegovih zadaća, s prihodima koji se ponajprije sastoje od doprinosa iz proračuna Unije, osim u odnosu na plaće i prihode nacionalnih članova, zamjenika i pomoćnika, koje isplaćuju njihove države članice.
Zasadnutie medziparlamentného výboru by malo plne rešpektovať nezávislosť Eurojustu, pokiaľ ide o opatrenia prijaté v prípade konkrétnych operácií, a pokiaľ ide o povinnosť zachovávať mlčanlivosť a dôvernosť.