Uredbom (EZ) br. 999/2001 utvrđeno je da je svaka država članica dužna provoditi godišnji program praćenja TSE-a u skladu s Prilogom III. toj uredbi, kojim su utvrđena pravila za sustav praćenja.
V kapitole A časti II uvedenej prílohy sa stanovujú pravidlá monitorovania oviec a kôz a v časti II bode 8.2 uvedenej kapitoly sa stanovuje, že všetky členské štáty majú určiť genotyp priónového proteínu pre kodóny 136, 141, 154 a 171 minimálnej vzorky oviec, ktorá je reprezentatívna pre celú populáciu oviec v členskom štáte, pričom v prípade členských štátov s dospelou populáciou oviec vyššou ako 750000 oviec musí táto vzorka pozostávať minimálne zo 600 zvierat a v prípade ostatných členských štátov musí vzorka pozostávať minimálne zo 100 zvierat.