Daljnje metode rada razvijaju se zajednički prema potrebi.
Agentúra je zodpovedná za prevádzkové riadenie Schengenského informačného systému druhej generácie (ďalej len „SIS II“), Vízového informačného systému (VIS), systému Eurodac a systému vstup/výstup zriadeného nariadením Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2017/2226.