Kolegij donosi unutarnji poslovnik EPPO-a u skladu s člankom 21. te detaljnije utvrđuje odgovornosti za obnašanje funkcija članova kolegija i osoblja EPPO-a.
Vo vnútornom rokovacom poriadku Európskej prokuratúry sa stanovia usmernenia s cieľom zabezpečiť jednotné uplatňovanie v rámci Európskej prokuratúry.