Zaklada ima četiri početna strateška partnera:
Na splnenie svojich cieľov môže nadácia EÚ – LAK v budúcnosti nadviazať strategické partnerstvá s medzivládnymi organizáciami, štátmi a verejnými alebo súkromnými inštitúciami oboch regiónov, pričom vždy rešpektuje zásadu medziregionálnej rovnováhy.