Misija je Agencije dostaviti Uniji i državama članicama objektivne, pouzdane i usporedive podatke o okolišu na razini Unije te im tako omogućiti da poduzmu potrebne mjere za zaštitu okoliša, procijene rezultate takvih mjera i obavijeste javnost.
Podľa smernice Európskeho parlamentu a Rady 2009/147/ES z 30. novembra 2009 o ochrane voľne žijúceho vtáctva (Ú. v.