Kako bi se pojedincima osigurala jednaka razina zaštite s pomoć prava koja su zakonito ostvariva u cijeloj Uniji te spriječila odstupanja koja ometaju razmjenu osobnih podataka između Eurojusta i nadležnih tijela u državama članicama, pravila o zaštiti i slobodnom kretanju operativnih osobnih podataka koje obrađuje Eurojust trebala bi biti u skladu s Direktivom (EU) 2016/680.
S cieľom znížiť legislatívnu roztrieštenosť by osobitné pravidlá ochrany údajov v tomto nariadení mali byť v súlade so zásadami, o ktoré sa opiera uvedená kapitola nariadenia (EÚ) 2018/1725, ako aj s ustanoveniami uvedeného nariadenia týkajúcimi sa nezávislého dohľadu, opravných prostriedkov, zodpovednosti a sankcií.