Stoga bi trebalo predvidjeti primjerene zaštitne mjere za obradu podataka u SIS-u na središnjoj, kao i na nacionalnoj razini, kako bi se osigurala zaštita podataka u svim fazama.
Bez toho, aby boli dotknuté konkrétnejšie pravidlá stanovené v tomto nariadení, by sa na spracúvanie osobných údajov podľa tohto nariadenia príslušnými vnútroštátnymi orgánmi na účely predchádzania trestným činom terorizmu alebo iným závažným trestným činom, ich odhaľovania, vyšetrovania alebo stíhania alebo na účely výkonu trestných sankcií mali vzťahovať vnútroštátne zákony, iné právne predpisy a správne opatrenia prijaté podľa smernice (EÚ) 2016/680.