U slučaju plovila koja osiguravaju redovne linije ro-ro putničkih brodova i brzih putničkih plovila između države članice i treće zemlje Direktiva 2009/16/EZ trebala bi se primjenjivati ako zastava nije zastava dotične države članice.
Pokiaľ ide o plavidlá, ktorými sa zabezpečuje pravidelná preprava osobnými loďami ro-ro a vysokorýchlostnými osobnými plavidlami medzi členským štátom a treťou krajinou, smernica 2009/16/ES by sa mala uplatňovať, ak vlajka plavidla nie je rovnaká ako vlajka príslušného členského štátu.