Tom se nadležnošću, dodijeljenom zakonodavcu Unije, odražava posebna priroda zadaća i strukture EPPO-a, koje se razlikuju od svih ostalih tijela i agencija Unije te zahtijevaju posebna pravila o sudskom preispitivanju.
Vnútroštátne súdy však nemôžu Súdnemu dvoru predkladať prejudiciálne otázky týkajúce sa platnosti procesných úkonov Európskej prokuratúry z hľadiska vnútroštátneho procesného práva alebo vnútroštátnych opatrení, ktorými sa transponujú smernice, a to ani vtedy, ak sa v tomto nariadení na ne odkazuje.