Nacionalni članovi mogu, u skladu sa svojim nacionalnim pravom, zadržati ovlasti koje proizlaze iz njihova svojstva nacionalnih tijela.
Je potrebné zabezpečiť, aby mal Eurojust takú administratívnu a riadiacu štruktúru, ktorá mu umožní vykonávať úlohy účinnejšie, je v súlade so zásadami vzťahujúcimi sa na agentúry Únie a plne dodržiava základné práva a slobody, a to pri zachovaní osobitných vlastností Eurojustu a zabezpečení jeho nezávislosti pri výkone jeho operačných funkcií.