Sustavi elektroničke zdravstvene evidencije i interoperabilna rješenja moraju od faze projektiranja nadalje jamčiti povjerljivost osobnih zdravstvenih podataka i biti usklađeni sa svim aspektima zakonodavstva o zaštiti podataka.
Podľa nariadenia (EÚ) 2016/679 a smernice (EÚ) 2016/1148 musia byť vykonané vhodné technické a organizačné opatrenia na zaistenie bezpečnosti systémov elektronických zdravotných záznamov.