EPPO bi trebao preuzeti svoje istražne zadaće i zadaće kaznenog progona na datum koji će Komisija odrediti u svojoj odluci na prijedlog glavnog europskog tužitelja nakon osnivanja EPPO-a, najranije tri godine nakon datuma stupanja na snagu te Uredbe.
Dňa 14. júna 2018 Malta oznámila Komisii svoj zámer zúčastniť sa na posilnenej spolupráci na účely zriadenia Európskej prokuratúry.