Unutarnjim poslovnikom EPPO-a ovlašćuju se stalna vijeća za donošenje odluka pisanim postupkom koji će se detaljno utvrditi u unutarnjem poslovniku EPPO-a.
Hlavný európsky prokurátor po porade a dosiahnutí dohody s príslušnými orgánmi členského štátu schváli počet európskych delegovaných prokurátorov, ako aj rozdelenie funkčnej a územnej pôsobnosti medzi jednotlivými európskymi delegovanými prokurátormi v každom členskom štáte.