Međutim, Direktiva o vraćanju ne sprječava države članice da izriču kazne zatvora kako bi kaznile počinjenja kaznenih djela koja ne proizlaze iz samog nezakonitog boravka, uključujući u situacijama kada postupci vraćanja još nisu završeni (vidjeti presudu Suda EU-a u predmetu C-47/15, Affum, točka 65.).
Legitímny cieľ boja proti nelegálnej migrácii môže byť vyvážený inými oprávnenými záujmami štátu, ako napr. všeobecnými aspektmi verejného zdravia, záujmom štátu bojovať proti trestnej činnosti, záujmom viesť záznamy úplnú evidenciu narodení, rešpektovaním najlepších záujmov dieťaťa (výslovne zdôraznené v odôvodnení 22), Ženevským dohovorom (zdôraznené v odôvodnení 23), ako aj ostatnými príslušnými základnými právami uznanými Chartou základných práv Európskej únie.