Ekološka akvakultura relativno je novo područje ekološke proizvodnje u usporedbi s ekološkom poljoprivredom, u kojoj na razini poljoprivrednih gospodarstava postoji dugogodišnje iskustvo.
Ekologická akvakultúra živočíchov by mala byť založená na chove mladých jedincov, ktoré pochádzajú z ekologických výrobných jednotiek.