Eurojust osnovan ovom Uredbom zamjenjuje i nasljeđuje Eurojust osnovan Odlukom 2002/187/PUP.
Eurojust vykonáva svoju právomoc vo vzťahu k trestným činom poškodzujúcim finančné záujmy Únie v prípadoch, ktoré sa týkajú členských štátov zúčastňujúcich sa na posilnenej spolupráci na zriaďovaní Európskej prokuratúry, ale v súvislosti s ktorými Európska prokuratúra nemá právomoc alebo sa rozhodne svoju právomoc nevykonávať.