Operativno upravljanje središnjim komponentama SIS-a provodi agencija eu-LISA.
Agentúra eu-LISA by mala byť schopná dosiahnuť najmodernejšiu spôsobilosť na predkladanie štatistických správ členským štátom, Európskemu parlamentu, Rade, Komisii, Europolu, Eurojustu a Európskej agentúre pre pohraničnú a pobrežnú stráž bez toho, aby sa ohrozila integrita údajov, aby sa umožnilo lepšie monitorovanie používania SIS a analyzovali trendy týkajúce sa trestných činov.