S obzirom na stečeno iskustvo potrebno je razraditi i ojačati ulogu EFSA-e u općem planu.
Pri rešpektovaní právomocí každej agentúry by mal úrad EFSA zabezpečiť koordináciu s ostatnými príslušnými vedeckými agentúrami Únie, ako sú napríklad Európske centrum pre prevenciu a kontrolu chorôb (ECDC), Európska chemická agentúra (ECHA), Európska agentúra pre lieky (EMA) a expertná skupina vymenovaná Vedeckým a technickým výborom uvedeným v článku 31 Zmluvy o Euratome, ak sú potrebné vstupy alebo opatrenia v rámci ich príslušných právomocí.