Budući da mehanizam naknade utječe na proračun, ovom bi Uredbom Vijeću trebalo dodijeliti provedbene ovlasti za utvrđivanje tog mehanizma.
V členských štátoch by sa mali zriadiť národné koordinačné systémy Eurojustu s cieľom koordinovať činnosť, ktorú vykonávajú národní spravodajcovia pre Eurojust, národný spravodajca pre otázky terorizmu, akýkoľvek národný spravodajca pre otázky týkajúce sa právomoci Európskej prokuratúry, národný spravodajca pre Európsku justičnú sieť a nanajvýš tri ďalšie kontaktné miesta, ako aj zástupcovia v sieti spoločných vyšetrovacích tímov a zástupcovia v sieťach zriadených rozhodnutiami Rady 2002/494/SVV, 2007/845/SVV a 2008/852/SVV.