Ne dovodeći u pitanje ovlasti Odbora regulatora, upravnog odbora, i Komisije, direktor je neovisan u obavljanju svojih dužnosti te ne smije tražiti niti primati upute ni od koje vlade, institucije, osobe ili tijela.
Riaditeľ každý rok vypracuje návrh programového dokumentu, ktorý obsahuje ročné a viacročné plánovanie (ďalej len „jednotný programový dokument“), v súlade s článkom 32 delegovaného nariadenia (EÚ) č. 1271/2013, pričom zohľadní usmernenia stanovené Komisiou.