Agencija bi Komisiji također trebala pomagati u provedbi te uredbe obavljanjem potrebnih evaluacija operatora iz trećih zemalja i tijela odgovornih za njihov nadzor te davanjem odgovarajućih preporuka Komisiji.
Na základe svojich technických odborných znalostí by agentúra mala pomáhať Komisii pri tvorbe výskumnej politiky a vykonávaní výskumných programov Únie.