UFEU-a EPPO svoje tužiteljske funkcije obnaša pred nadležnim sudovima država članica.
Okrem toho sa týmto nariadením nevylučuje možnosť, aby vnútroštátne súdy preskúmali platnosť procesných úkonov Európskej prokuratúry, ktorých cieľom je zakladať právne účinky voči tretím stranám, z hľadiska zásady proporcionality zakotvenej vo vnútroštátnom práve.