Odluku o podizanju optužnice protiv osumnjičenika ili okrivljenika u načelu bi trebalo donijeti nadležno stalno vijeće na temelju nacrta odluke delegiranog europskog tužitelja kako bi postojala zajednička politika kaznenog progona.
So zreteľom na zásadu zákonnosti by vyšetrovania Európskej prokuratúry mali v zásade viesť k trestnému stíhaniu na príslušných vnútroštátnych súdoch v prípadoch, keď existujú dostatočné dôkazy a trestnému stíhaniu nebráni právny dôvod, alebo keď sa neuplatnil zjednodušený postup trestného stíhania.