Pri administrativnim istragama koje provodi Europski ombudsman trebalo bi poštovati obvezu Eurojusta u vezi s povjerljivošću.
Keďže cieľ tohto nariadenia, konkrétne zriadenie subjektu zodpovedného za podporu a posilnenie koordinácie a spolupráce medzi justičnými orgánmi členských štátov vo vzťahu k závažnej trestnej činnosti, ktorá sa týka dvoch alebo viacerých členských štátov alebo ktorá si vyžaduje trestné stíhanie na spoločnom základe, nie je možné uspokojivo dosiahnuť na úrovni členských štátov, ale v dôsledku rozsahu a účinkov opatrení ho možno lepšie dosiahnuť na úrovni Únie, môže Únia prijať opatrenia v súlade so zásadou subsidiarity podľa článku 5 Zmluvy o EÚ.