Kako bi se zaštitili osobni podaci i onemogućila sustavna pretraživanja, obradu podataka iz EES-a trebalo bi provoditi samo u posebnim slučajevima i kada je to potrebno za potrebe sprečavanja, otkrivanja ili istrage kaznenih djela terorizma ili drugih teških kaznenih djela.
Je tiež vhodné stanoviť trojročné obdobie uchovávania pre štátnych príslušníkov tretích krajín, ktorým bol vstup na krátkodobý pobyt odopretý.