UFEU-a također se predviđa da misija Eurojusta treba biti podupiranje i jačanje usklađivanja i suradnje među nacionalnim tijelima nadležnima za istragu i kazneni progon u vezi s teškim kriminalitetom koji pogađa dvije ili više država članica ili koji zahtijeva zajednički kazneni progon, na temelju radnji koje su provela i informacija koje su pribavila tijela država članica i Agencija Europske unije za suradnju tijela za izvršavanje zakonodavstva (Europol).
Keďže ide o podstatné zmeny, pokiaľ ide o ich počet a povahu, v záujme jasnosti by sa rozhodnutie 2002/187/SVV malo nahradiť v celom rozsahu vo vzťahu k členským štátom, ktoré sú viazané týmto nariadením.