U skladu s Uredbom (EZ) br. 1907/2006 struktura i iznos naknada iz te uredbe trebaju se temeljiti na opsegu posla koji Europska agencija za kemikalije (dalje u tekstu „Agencija”) i nadležna tijela moraju obaviti te pri utvrđivanju visine naknada treba osigurati da prihod od naknada zajedno s drugim izvorima prihoda Agencije bude dostatan za pokrivanje troškova pruženih usluga.
Podľa nariadenia (ES) č. 1907/2006 sa v štruktúre a výške poplatkov stanovených v uvedenom nariadení zohľadňuje práca, ktorú je potrebné vykonať zo strany Európskej chemickej agentúry (ďalej len „agentúra“) a príslušných orgánov, pričom sa stanovia na takej úrovni, aby sa zabezpečilo, že príjmy z nich plynúce v kombinácii s ostatnými zdrojmi príjmov agentúry postačujú na pokrytie nákladov na poskytované služby.