Radi poboljšanja upravljanja Eurojustom i racionalizacije postupaka, trebalo bi osnovati Izvršni odbor koji će Kolegiju pomagati s njegovim upravljačkim funkcijama i omogućiti racionalizirano donošenje odluka o neoperativnim i strateškim pitanjima.
S cieľom zabezpečiť účinnosť každodennej správy Eurojustu by mal administratívny riaditeľ plniť funkciu štatutárneho orgánu a manažéra zodpovedajúceho sa kolégiu.