U obavljanju svojih zadaća EPPO na zahtjev surađuje s Europskim nadzornikom za zaštitu podataka.
Ak porušenie ochrany osobných údajov pravdepodobne povedie k vysokému riziku pre práva a slobody fyzických osôb, Európska prokuratúra bez zbytočného odkladu oznámi porušenie ochrany osobných údajov dotknutej osobe.