Ne dovodeći u pitanje ovlasti kolegija ili glavnog europskog tužitelja upravni direktor neovisan je u obavljanju svojih dužnosti i ne smije tražiti ni primati upute ni od kojeg vladina tijela te ni ikojeg drugog tijela.
Do právomoci Európskej prokuratúry patria tiež trestné činy týkajúce sa účasti na zločineckej organizácii v zmysle rámcového rozhodnutia 2008/841/SVV, ako je vykonané vo vnútroštátnom práve, ak trestnú činnosť páchanú zločineckou organizáciou predstavujú ktorékoľvek z trestných činov uvedené v odseku 1.