Agencija je preuzela i zadaće koji su u vezi sa SIS-om II povjereni upravljačkom tijelu na temelju Uredbe (EZ) br. 1987/2006 i Odluke 2007/533/PUP nakon pokretanja SIS-a II te je u lipnju 2013. preuzela zadaće koji su u vezi sa Eurodacom povjereni Komisiji na temelju uredbi (EZ) br. 2725/2000 i (EZ) br. 407/2002.
Vychádzajúc z tohto externého hodnotenia Komisia zohľadnila politický, právny a faktický vývoj a konkrétne vo svojej správe z 29. júna 2017 o fungovaní Európskej agentúry na prevádzkové riadenie rozsiahlych informačných systémov v priestore slobody, bezpečnosti a spravodlivosti (eu-LISA) (ďalej len „hodnotiaca správa“) navrhla rozšíriť mandát agentúry tak, aby zahŕňal vykonávanie úloh, ktoré vyplynuli z toho, že spoluzákonodarcovia prijali legislatívne návrhy, na základe ktorých sa agentúre zverili nové systémy a úloh uvedených v oznámení Komisie zo 6. apríla 2016 s názvom Silnejšie a inteligentnejšie informačné systémy pre hranice a bezpečnosť, v záverečnej správe expertnej skupiny na vysokej úrovni z 11. mája 2017 o informačných systémoch a interoperabilite a v oznámení Komisie zo 16. mája 2017 s názvom Siedma správa o pokroku smerom k dosiahnutiu účinnej a skutočnej bezpečnostnej únie, a to v prípade potreby s výhradou prijatia príslušných právnych aktov Únie.