EPPO objavljuje podatke za kontakt službenika za zaštitu podataka i dostavlja ih Europskom nadzorniku za zaštitu podataka.
Európska prokuratúra môže uskutočniť prenos operatívnych osobných údajov do tretej krajiny alebo medzinárodnej organizácii, ak Komisia v súlade s článkom 36 smernice (EÚ) 2016/680 rozhodla, že tretia krajina, územie alebo jeden či viaceré určené sektory v danej tretej krajine alebo predmetná medzinárodná organizácia zaručujú primeranú úroveň ochrany.