Pod njegovim vodstvom LRA je bila uključena u otmice, ubojstva i sakaćenja tisuća civila diljem Srednje Afrike.
Kony tiež dal svojim bojovníkom príkaz pytliačiť na slony v národnom parku Garamba v Konžskej demokratickej republike, odkiaľ údajne prevážajú slonie kly cez východnú časť Stredoafrickej republiky do Sudánu, kde ich vysokí predstavitelia LRA údajne predávajú sudánskym obchodníkom a miestnym pohlavárom a obchodujú s nimi.