U svrhu obrade operativnih osobnih podataka EPPO smije uspostavljati automatizirane datoteke, osim spisa predmeta, samo u skladu s ovom Uredbom i unutarnjim poslovnikom EPPO-a.
Európska prokuratúra stanoví lehoty na uchovávanie administratívnych osobných údajov v ustanoveniach svojho vnútorného rokovacieho poriadku, ktoré sa týkajú ochrane údajov.