U iznimnim slučajevima Eurojust također može, na ograničeno vrijeme koje ne prelazi vrijeme potrebno za zaključenje predmeta u vezi s kojim se obrađuju podaci, obrađivati operativne osobne podatke koji nisu osobni podaci iz Priloga II. u vezi s okolnostima nekog kaznenog djela ako su ti podaci od neposredne važnosti za istrage u tijeku koje Eurojust koordinira ili ih pomaže koordinirati i uključeni su u takve istrage i ako je njihova obrada potrebna u svrhe iz stavka 1.
Ak sa operačné osobné údaje v súlade s odsekom 3 uchovávajú aj po lehotách uchovávania uvedených v odseku 1, európsky dozorný úradník pre ochranu údajov vykoná každé tri roky aj posúdenie potreby ich ďalšieho uchovávania.