EES bi se trebao primjenjivati na državljane trećih zemalja kojima je dopušten kratkotrajni boravak na državnom području država članica.
Avšak v prípade, že nie je možné zrušiť kontroly na vnútorných hraniciach do uvedenia systému vstup/výstup do prevádzky, je potrebné špecifikovať podmienky prevádzky systému vstup/výstup členskými štátmi, ktoré neuplatňujú schengenské acquis v plnom rozsahu a stanoviť ustanovenia vzťahujúce sa na prevádzku a používanie systému vstup/výstup na vnútorných hraniciach, na ktorých sa ešte nezrušila kontrola.