Posljedični negativni utjecaj na emisije stakleničkih plinova može poništiti pozitivan utjecaj koji na njih imaju biogoriva, tekuća biogoriva ili goriva iz biomase, ponekad i u velikoj mjeri.
Komisia by preto mala zrevidovať svoje usmernenia z 10. júna 2010 pre výpočet zásob uhlíka v pôde na účely pravidiel výpočtu vplyvu biopalív, biokvapalín a ich porovnateľných fosílnych palív na množstvo skleníkových plynov, ktoré sú uvedené v prílohe k tejto smernici, a zároveň zabezpečiť súlad s nariadením Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) č. 525/2013.