Određene vrste izvoza isključene su iz programa, na primjer izvoz uvezene ili pretovarene robe, procijenjeni izvoz, izvoz usluga i izvozni promet jedinica koje posluju u posebnim gospodarskim zonama/jedinicama koje posluju za izvoz.
Úverom na clo v rámci systému MEIS sa okrem toho poskytuje výhoda vývozcovi, ktorý nepodlieha platbe týchto dovozných ciel.