Uzimajući u obzir načelo zakonitosti, istrage EPPO-a trebale bi u pravilu dovesti do kaznenog progona pred nadležnim nacionalnim sudovima u slučajevima u kojima ima dovoljno dokaza, a nema pravne osnove koja sprečava kazneni progon ili u slučajevima u kojima nije primijenjen pojednostavljeni postupak kaznenog progona.
Článkom 82 ods. 2 ZFEÚ sa Únii umožňuje stanoviť minimálne pravidlá o právach fyzických osôb v trestnom konaní s cieľom zabezpečiť dodržiavanie práv na obhajobu a spravodlivosť konaní.