Eurojust bi trebao moći razmjenjivati osobne podatke s institucija, tijelima, uredima i agencijama Unije u mjeri u kojoj je to potrebno za ispunjavanje njegovih zadaća uz potpuno poštovanje zaštite privatnosti te ostalih temeljnih prava i sloboda.
S cieľom zaručiť úplnú samostatnosť a nezávislosť Eurojustu by mal mať Eurojust k dispozícii samostatný rozpočet, dostatočný na riadne vykonávanie jeho činností, ktorý by mal byť tvorený v zásade z príspevkov z rozpočtu Únie, ale s výnimkou miezd a platov národných členov, zástupcov a asistentov, ktoré znášajú ich členské štáty.