Eurojust obavlja svoje zadaće na zahtjev nadležnih tijela država članica, na vlastitu inicijativu ili na zahtjev EPPO-a u okviru granica nadležnosti EPPO-a.
Na žiadosť príslušného orgánu členského štátu môže Eurojust pomáhať aj pri vyšetrovaní a trestnom stíhaní, ktoré sa týka len tohto členského štátu a tretej krajiny, za predpokladu, ak bola s touto treťou krajinou uzatvorená dohoda o spolupráci alebo dojednanie ustanovujúce spoluprácu podľa článku 52, alebo ak v konkrétnom prípade existuje zásadný záujem o poskytnutie takejto pomoci.