Misija je Službe za jedinstvenu obavještajnu analizu izrada obavještajnih analiza, rano upozoravanje i pružanje uvida u stanje visokoj predstavnici Unije za vanjske poslove i sigurnosnu politiku i Europskoj službi za vanjsko djelovanje (ESVD).
CERT-EU uzavrel technické dohody o zdieľaní informácií o kybernetických hrozbách s útvarom NATO pre počítačové incidenty (CIRC), niektorými tretími krajinami a hlavnými obchodnými aktérmi v oblasti kybernetickej bezpečnosti.