Ovom se Uredbom od EPPO-a zahtijeva da posebno poštuje pravo na pošteno suđenje te prava na obranu i pretpostavku nedužnosti, kako su utvrđena u člancima 47. i 48.
Opatrenia prijaté Európskou prokuratúrou v priebehu jej vyšetrovaní úzko súvisia s trestným stíhaním, ktoré z tohto vyšetrovania môže vyplynúť, a majú tak účinky v právnych poriadkoch členských štátov.