Središnja jedinica ETIAS-a trebala bi biti dio Agencije za europsku graničnu i obalnu stražu.
Centrálna jednotka ETIAS by mala byť v prípadoch, v ktorých v rámci automatizovaného procesu spracúvania žiadostí došlo k pozitívnej lustrácii, zodpovedná za overovanie toho, či osobné údaje žiadateľa zodpovedajú osobným údajom osoby, v súvislosti s ktorou došlo k tejto pozitívnej lustrácii.