Činjenica da se pravna osnova za SIS sastoji od odvojenih instrumenata ne utječe na načelo da je SIS jedinstven informacijski sustav koji bi trebao raditi kao takav.
Je tiež nevyhnutné určiť kategórie údajov, ktoré sa majú vkladať do systému, účel, na ktorý sa údaje majú vkladať a spracúvať, a kritériá na ich vkladanie.