U SIS-u se ne bi trebali pohranjivati podaci koji se upotrebljavaju za pretraživanje, osim za vođenje evidencije radi provjere zakonitosti pretraživanja, praćenja zakonitosti obrade podataka, samopraćenje i za osiguravanje ispravnog funkcioniranja nacionalnih sustava te cjelovitosti i sigurnosti podataka.
Členské štáty by mali vykonať potrebné technické opatrenia, aby vždy, keď sú koncoví používatelia oprávnení vykonávať vyhľadávanie vo vnútroštátnej policajnej alebo imigračnej databáze, takisto vyhľadávali súbežne v SIS za podmienok dodržania zásad stanovených v článku 4 smernice Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2016/680 a v článku 5 nariadenia Európskeho parlamentu a Rady (EÚ) 2016/679.