Zakladom upravlja izvršni direktor kojeg se imenuje među kandidatima koje predlože članovi Zaklade EU–LAC, a imenuje ga Vijeće guvernera na mandat od četiri godine koji se može produljiti za još jedan mandat.
Funkcia výkonného riaditeľa je platená a zastáva ju striedavo štátny príslušník členského štátu EÚ a štátny príslušník štátu Latinskej Ameriky alebo Karibiku.