Na Eurojust i njegove zaposlenike primjenjuje se Protokol o povlasticama i imunitetima Europske unije, priložen UEU-u i UFEU-u.
Administratívny riaditeľ, ktorý bol naposledy vymenovaný podľa článku 29 rozhodnutia 2002/187/SVV, prevezme úlohu administratívneho riaditeľa podľa článku 17 tohto nariadenia, kým sa mu funkčné obdobie neskončí podľa uvedeného rozhodnutia.