Iz razloga javne ili nacionalne sigurnosti državama članicama iznimno bi trebalo omogućiti da se suzdrže od unošenja upozorenja u SIS ako bi se njime mogli omesti službena ili pravna ispitivanja, istrage ili postupci.
Na zlepšenie efektivity práce imigračných orgánov pri rozhodovaní o práve štátnych príslušníkov tretích krajín vstupovať na územia členských štátov a zdržiavať sa na nich a pri ich rozhodovaní o návrate neoprávnene sa zdržiavajúcich štátnych príslušníkov tretích krajín je vhodné týmto nariadením udeliť týmto orgánom prístup do SIS.