Potrebno je napomenuti da provedena istraživanja upućuju na to da promjena pojedinih aspekata metodologije, uključujući pripremu uzoraka, uvjete elektroforeze, parametre vizualne analize (npr. intenzitet boje, intenzitet svjetlosti mikroskopske žarulje, upotreba filtera za mikroskop i dinamika kamere) te okolne uvjete (npr. pozadinsko osvjetljenje), može utjecati na migraciju DNK (43., 44., 45., 46.).
Napríklad je možné použiť jedno ovplyvnenie s viacerými odbermi vzoriek, treba však poznamenať, že štúdia s jedným podaním látky si vyžiada viac zvierat, pretože bude potrebných niekoľko časov odberu vzoriek, hoci v niektorých prípadoch to môže byť tá preferovanješia voľba, napr. ak testovaná chemikália po opakovaných podaniach vyvolá nadmernú toxicitu.