Ova se Uredba ne bi trebala izravno primjenjivati na postrojenja koja su isključena u skladu s člankom 27. ili 27.a Direktive 2003/87/EZ, osim ako država članica odluči suprotno.
Vo svojom rozsudku z 19. januára 2017 vo veci C-460/15 Súdny dvor Európskej únie konštatoval, že druhá veta článku 49 ods. 1 nariadenia (EÚ) č. 601/2012 a bod 10 časť B prílohy IV k uvedenému nariadeniu sú neplatné v rozsahu, v akom do emisií zo zariadenia na kalcináciu vápna systematicky zahŕňajú oxid uhličitý (CO2) prevedený do iného zariadenia na účely výroby vyzrážaného uhličitanu vápenatého, a to bez ohľadu na to, či dochádza alebo nedochádza k uvoľňovaniu tohto oxidu uhličitého do atmosféry.