Kako bi se osiguralo pravilno funkcioniranje Agencije na njezinu novom mjestu, Agencija i Nizozemska trebale bi sklopiti sporazum o sjedištu prije nego što Agencija zauzme novo sjedište.
Vzhľadom na mimoriadnu situáciu sa však agentúra môže dočasne zamerať na svoje hlavné úlohy a uprednostňovať iné činnosti podľa ich vplyvu na verejné zdravie a schopnosť agentúry fungovať.