Kolegij bi također trebao izvršavati ovlast tijela za imenovanje u pogledu upravnog direktora.
S cieľom zlepšiť riadenie Eurojustu a zjednodušiť jeho postupy by sa mala zriadiť výkonná rada, ktorej úlohou bude pomáhať kolégiu s jeho riadiacimi funkciami a zjednodušiť rozhodovanie o neoperačných a strategických otázkach.