Provedbom instrumenta za MSP-ove u okviru jedinstvenog sustava upravljanja od nižih razina prema višima pruža se potpora inovacijama u MSP-ovima.
Okrem podpory výskumných programov je agentúra ďalej zodpovedná za poskytovanie administratívnych a logistických podporných služieb na právne overovanie tretích strán a prípravu posudzovania životaschopnosti činností súvisiacich s poskytovaním grantov a verejným obstarávaním vrátane prvej úrovne nepriameho riadenia transakcií pre všetky nevýskumné programy, ako aj na vykonávanie administratívnych výdavkov a v prípadoch uvedených v článku 58 ods. 2 nariadenia o rozpočtových pravidlách.