Glavna uloga agencije i dalje bi trebala biti ispunjavanje zadaća operativnog upravljanja SIS-om II, VIS-om, Eurodacom, EES-om, DubliNetom, ETIAS-om te, ako se donese takva odluka, drugim opsežnim informacijskim sustavima u području slobode, sigurnosti i pravde.
Agentúra by mala byť schopná implementovať technické riešenia s cieľom spĺňať požiadavky dostupnosti stanovené v právnych aktoch Únie upravujúcich systémy, a pritom v plnej miere dodržiavať špecifické ustanovenia týchto aktov týkajúce sa technickej architektúry príslušných systémov.