Operativno upravljanje središnjim komponentama SIS-a provodi agencija eu-LISA.
S cieľom ďalej zvyšovať kvalitu údajov v SIS by agentúra eu-LISA takisto mala poskytovať odbornú prípravu v oblasti používania SIS vnútroštátnym subjektom zodpovedným za odbornú prípravu a podľa možností útvarom SIRENE a koncovým používateľom.