La financiación de la Agencia debe estar sujeta a un acuerdo entre el Parlamento Europeo y el Consejo, según se establece en el punto 31 del Acuerdo Interinstitucional de 2 de diciembre de 2013 entre el Parlamento Europeo, el Consejo y la Comisión sobre disciplina presupuestaria, cooperación en materia presupuestaria y buena gestión financiera.
Ba cheart maoiniú na Gníomhaireachta a bheith faoi réir comhaontú idir Parlaimint na hEorpa agus an Chomhairle mar a leagtar amach i bpointe 31 de Chomhaontú Idirinstitiúideach an 2 Nollaig 2013 idir Parlaimint na hEorpa, an Chomhairle agus an Coimisiún maidir le smacht buiséadach, comhar in ábhair bhuiséadacha agus bainistíocht fhónta airgeadais.