La Agencia se encargará de la gestión operativa del Sistema de Información de Schengen (SIS II), del Sistema de Información de Visados (VIS) y de Eurodac.
Is í an Ghníomhaireacht a bheidh freagrach as ullmhú, forbairt nó bainistiú oibríochtúil an Chórais Dul Isteach/Imeachta (EES), DubliNet, agus an Chórais Eorpaigh um Fhaisnéis agus Údarú Taistil (ETIAS).