En abril de 2013, la Agencia también asumió las funciones relacionadas con el SIS II atribuidas a la Autoridad de Gestión por el Reglamento (CE) n.o 1987/2006 y la Decisión 2007/533/JAI, a raíz de la entrada en funcionamiento del SIS II, y en junio de 2013 asumió las funciones atribuidas a la Comisión en relación con Eurodac de conformidad con los Reglamentos (CE) n.o 2725/2000 y (CE) n.o 407/2002.
In Aibreán 2013, ghabh an Ghníomhaireacht uirthi féin freisin na cúraimí i ndáil le SIS II a tugadh don Údarás Bainistíochta le Rialachán (CE) Uimh. 1987/2006 agus le Cinneadh 2007/533/CGB tar éis don chóras teacht i bhfeidhm agus, i Meitheamh 2013, ghabh sí uirthi féin na cúraimí i ndáil le Eurodac a tugadh don Choimisiún i gcomhréir le Rialacháin (CE) Uimh. 2725/2000 agus (CE) Uimh. 407/2002.