Структурата на управление на фонда следва да бъде съизмерима с целта за гарантиране на подходящо използване на финансовите средства.
Europsko vijeće je u listopadu 2014. potvrdilo da bi mogućnost besplatne dodjele za energetski sektor trebalo zadržati do 2030. te da bi trebalo poboljšati modalitete, uključujući transparentnost, neobvezne besplatne dodjele emisijskih jedinica za modernizaciju energetskog sektora u određenim državama članicama.