Преработените биологични продукти следва да се произвеждат, като се използват методи на преработка, които гарантират, че биологичните характеристики и качества на продуктите се запазват на всички етапи от биологичното производство.
Subjekti koji proizvode ekološku hranu ili ekološku hranu za životinje trebali bi postupati u skladu s odgovarajućim postupcima koji se temelje na sustavnom prepoznavanju kritičnih faza prerade kako bi se osiguralo da prerađeni proizvodi udovoljavaju pravilima ekološke proizvodnje.