След организирането на подходяща процедура за подбор от Комисията и след изслушване на предложените кандидати в компетентната комисия или комисии на Европейския парламент, управителният съвет следва също така да назначи изпълнителен директор.
Radi učinkovitog nadzora nad funkcioniranjem Agencije države članice i Komisija trebale bi biti zastupljene u upravnom odboru.