На Управителния съвет следва да се предоставят необходимите правомощия, по-специално да назначава изпълнителния директор и да приема консолидирания годишен доклад за дейността, програмния документ, годишния бюджет и финансовите правила, които са приложими за Агенцията.
Agencija bi Komisiji također trebala pomagati u provedbi prava Unije u ostalim tehničkim područjima reguliranja civilnog zrakoplovstva, poput zaštite ili jedinstvenog europskog neba, u kojima Agencija ima odgovarajuće stručno znanje.