Агенцията приема свои собствени правила за сигурност, основани на принципите и правилата, предвидени в правилата за сигурност на Комисията, отнасящи се до защитата на класифицираната информация на Европейския съюз (КИЕС) и некласифицираната чувствителна информация, включително, inter alia, разпоредбите за обмена с трети държави, обработката и съхранението на такава информация, предвидени в решения (ЕС, Евратом) 2015/443 и 2015/444 на Комисията.
Na osoblje Agencije, uključujući izvršnog direktora, primjenjuju se Pravilnik o osoblju te pravila donesena uz suglasnost institucija Unije za primjenu Pravilnika o osoblju.