Без да се засягат функциите на Съвета на министрите, определени в член 15 от Споразумението от Котону, функциите на Съвместния съвет са:
Ništa u ovom Sporazumu ili u bilo kojem aranžmanu donesenom na temelju ovog Sporazuma ne tumači se na način da se bilo koju stranku prilikom primjene relevantnih odredbi njezina fiskalnog zakonodavstva sprečava da razlikuje porezne obveznike koji nisu u istom položaju, posebno u pogledu njihova boravišta ili mjesta gdje je njihov kapital uložen.