В глава А, част II от посоченото приложение са установени правила за мониторинг при овце и кози, а в част II, точка 8.2 от същата глава се предвижда, че държавите членки трябва да определят прион протеиновия генотип за кодони 136, 141, 154 и 171 на минимален брой проби от овце, които са представителни за цялата популация от овце на държавата членка и чийто брой за държави членки с популация от възрастни овце, надвишаваща 750000 животни, е най-малко 600 животни, а за останалите държави членки — най-малко 100 животни.
Uredbom (EZ) br. 999/2001 utvrđeno je da je svaka država članica dužna provoditi godišnji program praćenja TSE-a u skladu s Prilogom III. toj uredbi, kojim su utvrđena pravila za sustav praćenja.