Агенцията си сътрудничи с други органи, служби и агенции на Съюза, като Европейската фондация за подобряване на условията на живот и труд (Eurofound) — в съответствие със Споразумението за сътрудничество от 8 октомври 2009 г.; с Европейската агенция за гранична и брегова охрана (Frontex) — в съответствие със Споразумението за сътрудничество от 26 май 2010 г.; с Европейската служба за подкрепа в областта на убежището (EASO) — в съответствие с Работното споразумение от 11 юни 2013 г.; с Евроюст) — в съответствие с Меморандума за разбирателство от 3 ноември 2014 г.; и с Европейската агенция за оперативното управление на широкомащабни информационни системи в пространството на свобода, сигурност и правосъдие (EU-LISA) — в съответствие с Работното споразумение от 6 юли 2016 г.
Agencija i EIGE surađuju u skladu sa sporazumom o suradnji od 22. studenoga 2010.