Тъй като Регламент (ЕС) 2016/429 се прилага от 21 април 2021 г., измененията, внесени в него с настоящия регламент, също следва да се прилагат от тази дата,
Uredbe (EU) 2016/429 predviđa se da se ta uredba primjenjuje na prenosive bolesti, uključujući zoonoze, ne dovodeći u pitanje pravila utvrđena Odlukom br. 1082/2013/EU Europskog parlamenta i Vijeća, Uredbom (EZ) br. 999/2001 Europskog parlamenta i Vijeća, Direktivom 2003/99/EZ Europskog parlamenta i Vijeća i Uredbom (EZ) br. 2160/2003 Europskog parlamenta i Vijeća.