Въвеждането на EMAS изисква вътрешни и външни разходи, като консултантско подпомагане, човешки ресурси за въвеждането и проследяването на мерките, инспекции, регистрационни такси и т.н.
Stvarni se troškovi i koristi u velikoj mjeri razlikuju, što ovisi, primjerice, o veličini i djelatnostima organizacije, trenutačnom statusu realizacije praksa upravljanja okolišem, određenoj zemlji itd.