Сметната палата има правомощия за извършване на одит по документи и на проверки на място на всички бенефициери на безвъзмездни средства, изпълнители и подизпълнители, които са получили средства на Съюза чрез Агенцията.
Upravni odbor mijenja doneseni godišnji program rada ako Agencija dobije novu zadaću.