Създаването, функционирането и използването на ШИС II се уреждат от Регламент (ЕО) № 1987/2006 на Европейския парламент и на Съвета и Решение 2007/533/ПВР на Съвета.
Predložena agencija također će biti odgovorna za pripremanje ili razvijanje sustava ulaska/izlaska (EES), DubliNeta i europskog sustava za informacije o putovanjima i odobravanje putovanja (ETIAS) ili operativno upravljanje tim sustavima te joj se može dodijeliti odgovornost za pripremanje i razvijanje opsežnih informacijskih sustava u području slobode, sigurnosti i pravde, ili operativno upravljanje tim sustavima, ako je tako predviđeno odgovarajućim pravnim aktima Unije na temelju članaka od 67. do 89.