Съгласно член 25а от Директива 2003/87/ЕО компетентните органи на държавите членки на ЕС (ЕИП) носят отговорност за всички задачи във връзка с администрирането на разпределените им оператори на въздухоплавателни средства, включително и задачите във връзка със СТЕ на Швейцария (например получаването на верифицирани доклади за емисиите, обхващащи въздухоплавателни дейности както в ЕС, така и в Швейцария, предоставянето, издаването и прехвърлянето на квоти за емисии, спазването на изискванията и правоприлагането, и т.н.).
Dražbu švicarskih emisijskih jedinica koje treba ponuditi na dražbi provodi švicarsko nadležno tijelo.