Член 50 от Хартата, защитаващ правото на всеки да не бъде съден или наказван два пъти за едно и също престъпление (ne bis in idem), гарантира, че наказателното преследване от страна на Европейската прокуратура няма да доведе до двойна наказуемост.
Uzimajući u obzir interes EPPO-a u pogledu koherentne i djelotvorne politike kaznenog progona, od nadležnog stalnog vijeća uvijek bi trebalo zatražiti suglasnost za primjenu takvih postupaka.