Регламент ННН, РРР и регламентът за контрол обаче не са били прилагани последователно; по-специално съществуват несъответствия между РРР и регламента за контрол.
Provedbom Uredbe o odobrenjima za ribolov također su otkrivene neke manjkavosti, s obzirom na to da nisu obuhvaćeni neki izazovi u pogledu kontrole, poput zakupljivanja, zamjene zastava i izdavanja odobrenja za ribolov koja nadležno tijelo treće zemlje izdaje ribarskim plovilima Unije izvan okvira sporazuma o partnerstvu u održivom ribarstvu („izravna odobrenja”).