В оглед на принципа за лоялно сътрудничество Европейската прокуратура и компетентните национални органи следва взаимно да се подкрепят и информират с цел да водят ефикасна борба с престъпленията, попадащи в обхвата на компетентност на Европейската прокуратура.
Budući da EPPO-u treba dodijeliti ovlasti istrage i kaznenog progona, trebalo bi utvrditi institucijske zaštitne mjere kako bi se osigurala njegova neovisnost i odgovornost prema institucijama Unije.