Подкомитетите са платформата за наблюдение на напредъка по отношение на сближаването в конкретни области, за обсъждане на определени въпроси и предизвикателства, произтичащи от този процес, както и за формулиране на препоръки и оперативни заключения.
Svaka stranka snosi sve troškove nastale svojim sudjelovanjem na sastancima Zajedničkog odbora u vezi s osobljem, putovanjima i dnevnicama te u vezi s poštanskim i telekomunikacijskim izdacima.