Агенцията пое, също така, задачите, възложени на управителния орган по отношение на ШИС II съгласно Регламент (ЕО) № 1987/2006 и Решение 2007/533/ПВР, след пускането на ШИС II в действие, а през юни 2013 г. започна да изпълнява задачите, възложени на Комисията по отношение на Евродак в съответствие с Регламент (ЕО) № 2725/2000 и Регламент (ЕО) № 407/2002.
U travnju 2013.