Освен това прилагането на РРР разкри известни пропуски, тъй като не са обхванати някои предизвикателства по отношение на контрола, като например чартирането, смяната на знамето и издаването на разрешения за риболов от компетентен орган на трета държава за риболовен кораб на Съюза извън рамките на СПОУР („преки разрешения“).
Osim toga, neke su se obveze izvješćivanja pokazale problematičnima, kao i raspodjela administrativnih uloga između država članica i Komisije.