Структурата на управление следва да включва инвестиционен комитет, като при процеса на вземане на решения следва надлежно да се отчита експертният опит на Европейската инвестиционна банка (ЕИБ), освен в случаите на подпомагане на малки проекти посредством кредити от национална насърчителна банка или с безвъзмездна помощ по национална програма, споделяща целите на Модернизационния фонд.
Dotična država članica trebala bi odabrati ulaganja u vrijednosti od 12,5 milijuna EUR ili većoj putem natječajnog postupka na osnovi jasnih i transparentnih pravila kako bi se osiguralo da se besplatna dodjela emisijskih jedinica upotrebljava za promicanje stvarnih ulaganja kojima se modernizira ili diversificira energetski sektor u skladu s ciljevima energetske unije.