Спрямо Агенцията следва да се прилага Регламент (ЕС) 2017/1939 на Съвета относно установяването на засилено сътрудничество за създаване на Европейска прокуратура.
Kako bi se osigurao transparentan rad Agencije, na nju bi se trebala primjenjivati Uredba (EZ) br. 1049/2001 Europskog parlamenta i Vijeća.