Условията на лизиране също представляват критична променлива и могат да повлияят на скъсванията на веригата, произтичащи от специфични видове модификации на ДНК (някои алкилирания на ДНК и адукти с бази).
Trebalo bi izbjegavati pregledavanje na rubovima predmetnih stakalaca.