Следва да се направят някои промени в нейната структура и функциониране, за да се постигне по-добро приспособяване към новите задачи, които ѝ се възлагат с настоящия регламент.
Uredba (EZ) br. 45/2001 Europskog parlamenta i Vijeća te posebno njezine odredbe o povjerljivosti i zaštiti obrade primjenjuju se na obradu osobnih podataka koju Agencija provodi kada izvršava svoje odgovornosti u primjeni ove Uredbe, a posebice pri upravljanju bazom podataka uspostavljenom u skladu s ovom Uredbom.