Агенцията прилага принципите за сигурност и съответните разпоредби на правните актове на Съюза, уреждащи разработването, създаването, функционирането и използването на широкомащабни информационни системи.
Pravilnika o osoblju za dužnosnike, Agencija primjenjuje odgovarajuća pravila o profesionalnoj tajni ili drugim jednakovrijednim obvezama povjerljivosti.