За да се осигури прозрачното функциониране на Агенцията, спрямо нея следва да се прилага Регламент (ЕО) № 1049/2001 на Европейския парламент и на Съвета.
Uredba (EU) 2018/1725 Europskog parlamenta i Vijeća trebala bi se primjenjivati na obradu osobnih podataka koju obavlja Agencija, ne dovodeći u pitanje odredbe o zaštiti podataka utvrđene u pravnim aktima Unije kojima se uređuju razvoj, uspostava, rad i upotreba sustava koje bi trebale biti u skladu s Uredbom (EU) 2018/1725 .