Необходимите договорености във връзка с помещенията, предоставяни на Евроюст в Нидерландия, и осигуряваната от тази държава инфраструктура, както и специалните правила, приложими в Нидерландия спрямо административния директор, членовете на колегията, персонала на Евроюст и членовете на техните семейства, се уреждат в споразумение относно седалището, сключено между Евроюст и Нидерландия след одобрение от колегията.
Na Eurojust i njegove zaposlenike primjenjuje se Protokol o povlasticama i imunitetima Europske unije, priložen UEU-u i UFEU-u.