По отношение на документите, съхранявани от Агенцията, се прилага Регламент (ЕО) № 1049/2001.
Kada na temelju članka 76. stavaka 1. i 3. izrađuje mišljenja, certifikacijske specifikacije i druge detaljne specifikacije, prihvatljive načine usklađivanja i smjernice Agencija uspostavlja postupak za prethodno savjetovanje s državama članicama.