В първата оценка на работата на Агенцията, основана на независимо външно оценяване и извършена през периода 2015—2016 г., се стига до заключението, че Агенцията ефективно осигурява оперативното управление на широкомащабните информационни системи, както и на другите възложени ѝ задачи, но също и че са необходими редица промени в Регламент № (ЕС) 1077/2011, като например прехвърлянето към Агенцията на задачите по комуникационната инфраструктура, изпълнявани досега от Комисията.
Agencija je preuzela i zadaće koji su u vezi sa SIS-om II povjereni upravljačkom tijelu na temelju Uredbe (EZ) br. 1987/2006 i Odluke 2007/533/PUP nakon pokretanja SIS-a II te je u lipnju 2013. preuzela zadaće koji su u vezi sa Eurodacom povjereni Komisiji na temelju uredbi (EZ) br. 2725/2000 i (EZ) br. 407/2002.