Предметните стъкла следва да бъдат оставени за най-малко 20 минути за разплитането на ДНК, след което се подлагат на електрофореза в контролирани условия, при които ще се постигне максимална чувствителност и динамичен обхват на изследването (т.е. които ще доведат до приемливи нива на % ДНК в опашката за отрицателните и положителните контроли, които осигуряват максимална чувствителност).
Fantomske stanice (hedgehogs, clouds, ghost cells) jesu stanice na čijoj se mikroskopskoj slici vidi mala glava, ili glava ne postoji, i veliki difuzni rep te se smatraju teško oštećenim stanicama, iako nije moguće sa sigurnošću odrediti njihovu etiologiju (vidjeti Dodatak 3.).