Същевременно Комисията е отговорна за прилагането на правилата в областта на конкуренцията, което изисква от нея да провежда своевременни разследвания, като едновременно с това спазва правилата за поверителност и професионална тайна, както и правата, свързани със защитата на разследваните от нея страни, а също и правата на физическите лица, които се нуждаят от защита на своята самоличност.
Službe Komisije nadležne za istragu čuvaju osobne podatke dok su oni potrebni za istragu, za procjenu potrebe za pokretanjem novih istražnih aktivnosti, tijekom upravnog postupka i tijekom svih naknadnih postupaka sudskog preispitivanja te razdoblja administrativnog čuvanja koje slijedi nakon konačnog zaključenja spisa.