Докато MPCC достигне пълен оперативен капацитет, в рамките на структурата функционира звено за подпомагане на щаба на силите на мисията, разположено в Брюксел.“.
Sjedište snaga misije EUTM Somalia nalazi se u Mogadišuu, a djeluje pod zapovjedništvom zapovjednika snaga misije EU-a.