След като организацията бъде проверена, тя подава заявление за регистрация до компетентния орган.
Uredbe o sustavu EMAS, Europska komisija uz savjetovanje s državama članicama i drugim dionicima izrađuje ‚sektorske referentne dokumente’ [16] za niz prioritetnih sektora.Svaki dokument uključuje sljedeće elemente: