Агенцията приема свои правила за сигурност, равностойни на правилата за сигурност на Комисията за защита на класифицирана информация на Европейския съюз и на чувствителна некласифицирана информация, установени в решения (ЕС, Евратом) 2015/443 и (ЕС, Евратом) 2015/444 на Комисията.
Agencija tijekom financijske godine svoje planiranje osoblja i upravljanje aktivnostima koje se financiraju sredstvima povezanima s naknadama i pristojbama prilagođava tako da može brzo odgovoriti na radno opterećenje i variranja tih prihoda.