Агенцията отговаря за оперативното управление на Шенгенската информационна система (ШИС II), Визовата информационна система (ВИС) и системата Евродак.
Kako bi se odredila dodatna detaljna pravila koja omogućuju sudjelovanje Republike Islanda i Kraljevine Norveške u aktivnostima Agencije, trebalo bi utvrditi daljnje dogovore između Unije i tih država.