В избрания момент (моменти) на пробовземане се извършва дисекция на тъканите, представляващи интерес, и се приготвят суспензии от единични клетки/ядра (ако се прецени, че е полезно, може да се извърши in situ перфузия, например при черен дроб), които се поставят в агарозен гел, така че да бъдат обездвижени върху предметни стъкла.
Mora se osigurati odgovarajuće obogaćivanje okoliša.