Вътрешният процедурен правилник на Европейската прокуратура осигурява равномерно разпределяне на работното натоварване въз основа на система за разпределяне на делата на случаен принцип и, в изключителни случаи, установява процедури, даващи възможност на европейския главен прокурор да вземе решение да се отклони от принципа на случайно разпределяне, когато това е необходимо за правилното функциониране на Европейската прокуратура.
Središnji ured sastoji se od kolegija, stalnih vijeća, glavnog europskog tužitelja, zamjenikâ glavnog europskog tužitelja, europskih tužitelja i upravnog direktora.