Оперативните разходи, които възникват във връзка с предприеманите в рамките на ПСС проекти, се поемат основно от участващите държави членки, които участват в отделния проект.
Pod nadležnošću Visokog predstavnika, također u njegovu svojstvu ravnatelja EDA-e, ESVD, uključujući Vojni stožer EU-a (EUMS), i EDA zajedno osiguravaju potrebne zadaće tajništva za PESCO osim onih na razini Vijeća i jedinstvenu kontaktnu točku u tom pogledu.