За да се установи дали основните характеристики на молекулната структура на две или повече вещества са едни и същи, се извършва сравняване на техните структури.
Međutim, u slučaju lijekova za naprednu terapiju, za koje nije moguće u potpunosti definirati osnovna svojstva molekulske strukture, sličnost između dvije aktivne tvari ocjenjuje se na temelju bioloških i funkcionalnih karakteristika.