С цел да се гарантира пълната автономност и независимост на Службата, се смята за необходимо да ѝ бъде предоставен самостоятелен бюджет, в който приходите включват главно постъпленията от таксите, дължими от ползвателите на системата.
Uspostava sustava žiga EU-a dovela je do većih financijskih opterećenja središnjih ureda za industrijsko vlasništvo i drugih tijela država članica.