Когато за техния специфичен сектор има секторни референтни документи, регистрираните по EMAS организации са длъжни да се съобразяват с тях на две различни равнища:
pri uspostavi i provedbi svojih sustava upravljanja okolišem u kontekstu analiza utjecaja na okoliš (članak 4. stavak 1. točka (b));