Разходите на Агенцията включват разходи за персонал, административни, инфраструктурни и оперативни разходи.
U godišnjem programu rada navode se detaljni ciljevi i očekivani rezultati, uključujući pokazatelje uspješnosti, i njime se uzimaju u obzir ciljevi Europskog plana za sigurnost zračnog prometa.