Без да се засягат правомощията на управителния съвет, изпълнителният директор не търси и не получава инструкции от никое правителство и от никой друг орган.
Zakladom upravlja izvršni direktor kojeg se imenuje među kandidatima koje predlože članovi Zaklade EU–LAC, a imenuje ga Vijeće guvernera na mandat od četiri godine koji se može produljiti za još jedan mandat.