Тъй като Европейската прокуратура следва да осъществява наказателно преследване пред националните съдилища, компетентността ѝ следва да се определя в зависимост от наказателното право на държавите членки, в което — чрез въвеждане в националните правни системи на съответното законодателство на Съюза, и по-специално на Директива (ЕС) 2017/1371 — се инкриминират действията или бездействията, засягащи финансовите интереси на Съюза, и се определят приложимите наказания.
Pod pojmom nadležnih nacionalnih tijela trebalo bi podrazumijevati sva pravosudna tijela koja su nadležna za odlučivanje o dodjeli nadležnosti u skladu s nacionalnim pravom.