В Регламент (ЕО) № 999/2001 се предвижда, че всяка държава членка трябва да изпълнява годишна програма за мониторинг на ТСЕ в съответствие с приложение III към него, в което се установяват правила за системата за мониторинг.
Uredba se primjenjuje na proizvodnju i stavljanje na tržište živih životinja i proizvoda životinjskog podrijetla te, u nekim posebnim slučajevima, na njihov izvoz.