Агенцията отговаря за оперативното управление на Шенгенската информационна система от второ поколение (ШИС II), Визовата информационна система (ВИС), „Евродак“ и Системата за влизане/излизане (СВИ), създадена с Регламент (ЕС) 2017/2226 на Европейския парламент и на Съвета.
Središnji sustav EES-a, imenovana tijela, središnje pristupne točke i Europol vode evidenciju o pretraživanjima kako bi nadzorno tijelo uspostavljeno u skladu s člankom 41. stavkom 1.