Като се вземе предвид член 50, параграф 3 ДЕС, Агенцията следва да заеме своето ново седалище от 30 март 2019 г.
Ugovora o Europskoj uniji („UEU”), ostalih je 27 država članica, koje su se sastale 20. studenog 2017. na marginama sastanka Vijeća, odabralo Amsterdam u Nizozemskoj za novo sjedište Europske agencije za lijekove („Agencija”).