Обработването на лични данни в рамките на информационната система на ETIAS от страна на който и да е потребител не трябва да води до дискриминация на граждани на трети държави въз основа на пол, раса, цвят на кожата, етнически или социален произход, генетични характеристики, език, религия или убеждения, политически или други мнения, принадлежност към национално малцинство, имотно състояние, произход по рождение, увреждане, възраст или сексуална ориентация.
Savjetodavni odbor ETIAS-a za temeljna prava izrađuje godišnje izvješće.