Отпадъчните води (главно от кондензаторите и регенерирането на адсорбента след фазовата сепарация) се третират термично (при температури над 100 °C и висок pH) или по каталитичен път, за да се постигне разлагане на органичните пероксиди на съединения, които не са екотоксични и са по-лесно биоразградими.
Tehnike obrade opisane su u odjeljku 12.2.