Централното ниво се състои от европейски главен прокурор, който е ръководител на прокуратурата като цяло и на колегията на европейските прокурори, от постоянни камари и от европейски прокурори.
Osim toga, kako bi se osigurala dosljednost njegova djelovanja i time jednakovrijedna zaštita financijskih interesa Unije, organizacijska struktura i unutarnji proces odlučivanja EPPO-a trebali bi središnjem uredu omogućiti da prati, usmjerava i nadzire sve istrage i kazneni progon koje provode delegirani europski tužitelji.