На оперативно равнище, на мястото на мисията, всяка военна мисия без изпълнителни правомощия, след нейното установяване, се ръководи от командващ силите на мисията на ЕС, който действа под ръководството на директора на MPCC при упражняване на функциите на командващ мисиите.
Direktor MPCC-a, pri obnašanju dužnost zapovjednika misije u neizvršnim vojnim misijama, djeluje pod političkom kontrolom i strateškim vodstvom Političkog i sigurnosnog odbora, u skladu s člankom 38.