Счетоводителят следва да управлява касовите средства, банковите сметки и досиетата на трети лица, да води счетоводната документация и да отговаря за изготвянето на финансовите отчети на институциите на Съюза.
Radi pravne sigurnosti potrebno je pojasniti da direktori izvršnih agencija djeluju kao dužnosnici za ovjeravanje na osnovi delegiranja kada upravljaju odobrenim sredstvima za poslovanje za programe koji su delegirani njihovim agencijama.