Приходите от търгове на квоти или тяхната парична равностойност следва да се използват за справяне с изменението на климата в Съюза и в трети държави, наред с останалото, за намаляване на емисиите на парникови газове, за адаптиране към въздействието от изменението на климата в Съюза и в трети държави, по-специално в развиващите се държави, за финансиране на научноизследователска и развойна дейност за смекчаване на последиците от изменението на климата и адаптиране към тях, включително в областта на аеронавтиката, въздушния транспорт и устойчивите алтернативни горива във въздухоплаването, за намаляване на емисиите чрез транспорт с ниски eмисии, както и за покриване на разходите за управление на СТЕ на ЕС.
Te emisije trebalo bi pratiti, o njima izvješćivati te ih verificirati u skladu s načelima koja se primjenjuju na praćenje, izvješćivanje i verifikaciju emisija iz zrakoplovnih djelatnosti u okviru Direktive 2003/87/EZ.