След като влезе в сила вторият период на задължения по Протокола от Киото, страните прехвърлят или придобиват достатъчен брой предписани емисионни единици (ПЕЕ), валидни за втория период на задължения по Протокола от Киото в рамките на съгласуван период от време и, в случай на прекратяване на споразумението съгласно член 16 — отчитат нетните потоци на квоти между страните, доколкото такива квоти са били предадени за отчитане на емисии от оператори в рамките на СТЕ и доколкото такива квоти представляват емисии, включени в Анекс А към Протокола от Киото.
Stupanjem na snagu drugog obvezujućeg razdoblja Kyotskog protokola stranke prenose ili stječu dovoljan broj jedinica dodijeljene kvote koje vrijede za drugo obvezujuće razdoblje Kyotskog protokola u dogovorenom vremenskom razmaku te u slučaju prestanka u skladu s člankom 16. kako bi obračunale neto tokove emisijskih jedinica između stranaka u mjeri u kojoj su takve emisijske jedinice predali operatori koji sudjeluju u ETS-u radi ispunjavanja obveze te u mjeri u kojoj takve emisijske jedinice predstavljaju emisije uključene u Prilog A Kyotskom protokolu.