Der Sondergerichtshof besteht aus einem Vorverfahrensrichter, einer Hauptverfahrenskammer und einer Berufungskammer; eine zweite Hauptverfahrenskammer wird eingerichtet, sofern der Generalsekretär oder der Präsident des Sondergerichtshofs nach Ablauf von mindestens sechs Monaten, nachdem der Sondergerichtshof seine Tätigkeit aufgenommen hat, es verlangt.
Las Salas estarán constituidas por un Juez de Instrucción, una Sala de Primera Instancia y una Sala de Apelaciones; se creará una segunda Sala de Primera Instancia si, transcurridos como mínimo seis meses desde que entre en funcionamiento el Tribunal Especial, así lo piden el Secretario General o el Presidente del Tribunal Especial.