Ihnen obliegt es auch, die Verwendung der Mittel der Schengen-Fazilität mit Hilfsgeldern aus anderen Unionsinstrumenten zu koordinieren, und sie haben dabei die Vereinbarkeit mit den Unionspolitiken und -maßnahmen sowie die Einhaltung der Haushaltsordnung für den Gesamthaushaltsplan der Europäischen Gemeinschaften beziehungsweise des an ihre Stelle tretenden Europäischen Gesetzes zu gewährleisten.  
Tās ir atbildīgas arī par Šengenas līdzekļu izmantojuma koordinēšanu ar palīdzību no citiem Savienības finanšu instrumentiem, kā arī par to, lai būtu nodrošināta atbilstība Savienības politikām un pasākumiem un atbilstība Finanšu regulai, ko piemēro Eiropas Kopienu vispārējam budžetam, vai atbilstība eirolikumam, ar ko aizstāj minēto Finanšu regulu.  