Odpovídají rovněž za koordinaci využití tohoto nástroje s pomocí z ostatních nástrojů Unie, za zajišťování slučitelnosti s politikami a opatřeními Unie a za soulad s finančním nařízením pro souhrnný rozpočet Evropských společenství nebo s evropským zákonem, který je nahradí.  
Taktiež sú povinné koordinovať využitie schengenských prostriedkov s pomocou ostatných nástrojov Únie, aby tak zabezpečili súlad s politikami a opatreniami Únie a súlad s rozpočtovým nariadením, ktoré sa uplatňuje na všeobecný rozpočet Európskych spoločenstiev alebo s európskym zákonom, ktorý ho nahrádza.  