Odpovídají rovněž za koordinaci využití tohoto nástroje s pomocí z ostatních nástrojů Unie, za zajišťování slučitelnosti s politikami a opatřeními Unie a za soulad s finančním nařízením pro souhrnný rozpočet Evropských společenství nebo s evropským zákonem, který je nahradí.  
Nad vastutavad ka Schengeni toetuse ja muudest liidu vahenditest saadava abi kasutamise koordineerimise eest, et tagada vastavus liidu poliitikale ja meetmetele ning kooskõla Euroopa ühenduste üldeelarvet käsitleva finantsmääruse või seda asendava Euroopa seadusega.  