APC проявява ефекта си чрез деактивиране на активираните форми на фактори V и VІІІ, което води до намалено образуване на тромбин Установено е също така, че APC има профибринолитичи ефекти.
H APC έχει επίσης αποδειχθεί ότι έχει προϊνωδογονολυτικά αποτελέσματα.