Основният път за отделяне е метаболизъм, последван от жлъчна екскреция; при 6 пациенти от 39% до 87% от интравенозната доза (175 mg/ m2) се екскретират с изпражненията и средно само 10% от дозата се екскретират като непроменен паклитаксел. Открити са няколко метаболита, но само три от тях са идентифицирани: 6 алфа- хидроксипаклитаксел, 3 ’ - пара- хидроксипаклитаксел и 6 алфа, 3 ’ - пара- дихидроксипаклитаксел. 6 алфа- хидроксипаклитаксел е основното съединение, което се екскретира с изпражненията.
Έχουν ανιχνευθεί διάφοροι μεταβολίτες, αλλά μόνο 3 από αυτούς έχουν προσδιορισθεί: ο 6 αλφα- υδροξυ- paclitaxel, ο 3 ’ - παρα- υδροξυ - paclitaxel και ο 6 αλφα 3 ’ - παρα- διυδροξυ- paclitaxel.