Установено е, че лечението с фондапаринукс е с не по- малка ефикасност от лечението с нефракциониран хепарин (честотата на развитие на венозна емболия е била съответно 3, 8% и 5, 0%).
Το fondaparinux δεν απενεργοποιεί τη θροµβίνη (ενεργοποιηµένος Παράγοντας ΙΙ) και δεν επιδρά στα αιµοπετάλια.