Goioaga está imputado por los delitos de integración en ETA, financiación de terrorismo, contra la Hacienda pública, fraude a la Seguridad Social y blanqueo de capitales.
Hain zuzen ere, delitu hauek inputatu dizkio Goioagari: ETAko kide izatea, terrorismoa finantzatzea, Ogasunaren aurkako delitua, Gizarte Segurantzari iruzur egitea eta dirua zuritzea.