Durante los dos Gobiernos de Zapatero, Rubalcaba ha negociado el Estatut de Cataluña, ha gestionado la negociación con ETA en 2006 y ha sido responsable político de los éxitos policiales contra la organización terrorista (en su mandato han sido detenidos más de 530 presuntos miembros de ETA y otras 200 personas por actos de 'kale borroka').
PSOEren presidentegaia izan baino lehen, bozeramaile izan zen Felipe Gonzalezen Gobernuan, GALen eta funts erreserbatuen garai beltzenetan; Kataluniako Estatutuaren negoziatzaile; Barne ministro ETArekin egindako negoziazioetan eta erakunde terroristaren aurkako arrakasten arduradun zuzena (ETAko ustezko 530 kide eta ustez 'kale borrokan' aritutako 200 pertsona atxilotu dituzte haren agintaldian).