Buggy python submission (verdict: Time Limit Exceeded):
import sys
import numpy as np
read = sys.stdin.buffer.read
input = sys.stdin.buffer.readline
MOD = 1_000_000_007
def dot_MOD(x1, x2, MOD):
    """行列の積とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の積をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 被積の行列
        x2 (2Dndarry of int): 加積の行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.zeros((x1.shape[1],x2.shape[0]), dtype='int64')
    for i in range(x1.shape[0]):
        for j in range(x2.shape[1]):
            tem = np.mod(x1[i,:] * (x2[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64')
            ret[i][j] = np.mod(tem.sum(), MOD, dtype='int64')
    return ret

def x2_MOD(x, MOD):
    """行列の自冪とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の自冪をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.zeros(x.shape, dtype='int64')
    for i in range(x.shape[0]):
        for j in range(x.shape[0]):
            tem = np.mod(x[i,:] * (x[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64')
            ret[i][j] = np.mod(tem.sum(), MOD, dtype='int64')
    return ret

N, K = map(int, input().split())
A = np.array(list(map(int, read().split())), dtype='int64').reshape((N, N))
ans = np.eye(N, dtype='int64')
while K:
    if K&1:
        ans = dot_MOD(ans,A,MOD)
    A = x2_MOD(A, MOD)
    K >>= 1
print(np.mod(ans.sum(), MOD, dtype='int64'))


Fixed submission:
import sys
import numpy as np
read = sys.stdin.buffer.read
input = sys.stdin.buffer.readline
MOD = 1_000_000_007
def dot_MOD(x1, x2, MOD):
    """行列の積とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の積をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 被積の行列
        x2 (2Dndarry of int): 加積の行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.zeros((x1.shape[1],x2.shape[0]), dtype='int64')
    for i in range(x1.shape[0]):
        for j in range(x2.shape[1]):
            ret[i][j] = np.mod(x1[i,:] * (x2[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64').sum()
    ret %= MOD
    return ret

def x2_MOD(x, MOD):
    """行列の自冪とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の自冪をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.empty(x.shape, dtype='int64')
    for i in range(x.shape[0]):
        for j in range(x.shape[0]):
            ret[i][j] = np.mod(x[i,:] * (x[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64').sum()
    ret %= MOD
    return ret

N, K = map(int, input().split())
A = np.array(list(map(int, read().split())), dtype='int64').reshape((N, N))
ans = np.eye(N, dtype='int64')
while K:
    if K&1:
        ans = dot_MOD(ans,A,MOD)
    A = x2_MOD(A, MOD)
    K >>= 1
print(np.mod(ans.sum(), MOD, dtype='int64'))

Buggy python submission (verdict: Time Limit Exceeded):
import sys
import numpy as np
read = sys.stdin.buffer.read
input = sys.stdin.buffer.readline
MOD = 1_000_000_007

def dot_MOD(x1, x2, MOD):
    """行列の積とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の積をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 被積の行列
        x2 (2Dndarry of int): 加積の行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    if x1.shape[1] != x2.shape[0]:
        return 0
    ret = np.zeros((x1.shape[1],x2.shape[0]), dtype='int64')
    for i in range(x1.shape[0]):
        for j in range(x2.shape[1]):
            tem = np.mod(x1[i,:] * (x2[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64')
            ret[i][j] = np.mod(tem.sum(), MOD, dtype='int64')
    return ret

N, K = map(int, input().split())
A = np.array(list(map(int, read().split())), dtype='int64').reshape((N, N))
ans = np.eye(N, dtype='int64')
while K:
    if K&1:
        ans = dot_MOD(ans,A,MOD)
    A = dot_MOD(A, A, MOD)
    K >>= 1
print(np.mod(ans.sum(), MOD, dtype='int64'))

Fixed submission:
import sys
import numpy as np
read = sys.stdin.buffer.read
input = sys.stdin.buffer.readline
MOD = 1_000_000_007
def dot_MOD(x1, x2, MOD):
    """行列の積とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の積をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 被積の行列
        x2 (2Dndarry of int): 加積の行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.zeros((x1.shape[1],x2.shape[0]), dtype='int64')
    for i in range(x1.shape[0]):
        for j in range(x2.shape[1]):
            ret[i][j] = np.mod(x1[i,:] * (x2[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64').sum()
    ret %= MOD
    return ret

def x2_MOD(x, MOD):
    """行列の自冪とＭＯＤ

    ＭＯＤを取りつつ行列の自冪をもとめる。

    Args:
        x1 (2Dndarry of int): 行列

    Returns:
        ret (2Dndarry of int): 求まった行列

    Raises:
        例外の名前: 例外の説明 (例 : 引数が指定されていない場合に発生 )

    Yields:
        戻り値の型: 戻り値についての説明

    Examples:
        関数の使い方について記載

    Note:
        注意事項などを記載

    """
    ret = np.empty(x.shape, dtype='int64')
    for i in range(x.shape[0]):
        for j in range(x.shape[0]):
            ret[i][j] = np.mod(x[i,:] * (x[:,j][np.newaxis:]), MOD, dtype='int64').sum()
    ret %= MOD
    return ret

N, K = map(int, input().split())
A = np.array(list(map(int, read().split())), dtype='int64').reshape((N, N))
ans = np.eye(N, dtype='int64')
while K:
    if K&1:
        ans = dot_MOD(ans,A,MOD)
    A = x2_MOD(A, MOD)
    K >>= 1
print(np.mod(ans.sum(), MOD, dtype='int64'))