遭遇军事挫折。拿破崙的妹夫查理斯·李克勒克（）于1802年初率领了一只四万人的远征军前往圣多明尼谷镇压于1791年就开始的奴隶叛乱（海地革命）。经过几场激战之后，法军开始佔上风，并迫叛军将领杜桑·卢维图尔于1802年5月求和。其后，法国在圣多明尼各恢复奴隶制度；李克勒克并于在1802年6月奉拿破崙之命诱捕维杜尔并遣送到法国。1802年10月，法军黑人将军让-雅克·德萨林和混血军官亚历山大·佩蒂翁因不满法国背信忘义而加入叛变。法军战力此时因部队受黄热病感染而减弱；李克勒克本人并在1802年11月死于黄热病。