二十二年（1543年），明伦堂扩建，改建会膳堂为尊经阁，建敬一亭。嘉靖三十五年（1556年），倭寇入侵，文庙焚毁，次年重建先师庙、明伦堂、尊经阁及诸祠。万历六年（1578年）建启圣祠，十二年（1584年）建文昌祠，三十二年（1604年）建腾蛟、起凤二坊。天启二年（1622年），明伦堂、尊经阁毁于火，次年重建，并改腾蛟坊、起凤坊为吾道津梁坊和人文渊薮坊，在尊经阁东新建魁星阁。清康熙十年（1671年），知县吴殿弼重修孔庙学宫。雍正四年（1726年），知县刘国杰在原训导宅位置建忠义孝悌祠，在学宫外建节孝祠。干