政府继续治理辖区，并授权总统使用军队维持治安。法国于1803年12月20日将新奥尔良移交给美国。1804年3月10日，法国在圣路易仪式上正式将路易斯安那主权移交给美国。由1804年10月1日起，美国将路易斯安那购地分组为奥尔良领地（；其后大多成为路易斯安那州）和临时隶属于印地安那领地（）的路易斯安那区（）。
美西冲突.路易斯安那购地引起美国与西班牙边界争执。西班牙认定路易斯安那大约仅是现今路易斯安那、阿肯色及密苏里各州西部地区；另一方面，美国则宣称对远达格兰德河和洛矶山脉所有土