位于青海省的三江源（即长江、黄河及澜沧江（湄公河）三大水系发源地而得名）列为国家级自然保护区，而云南三江并流保护区则因丰富的自然及文化资源而被列为世界自然遗产。然而，在长江流域生活的生物多因污染及被捕获的原因而濒临灭绝，包括已长时间未有找到踪迹的白鱀豚及白鲟被普遍认为已灭绝，另外如扬子鳄，长江江豚，达氏鲟等生物亦因数量急剧下降而在IUCN红色名录中列为极危物种加以保护。中华人民共和国农业农村部宣布自2020年1月1日0时起，长江流域332个自然保护区和水产种质资源保护区实行暂定为期10年的常年禁捕，期间