2000年嘉义师范学院与嘉义技术学院的合併，成为全国师范体系转型退场的开端。1997年后，全国高等教育预算逐年缩水，大学数量由国立东华大学创校的1994年，至併校时期的2008年，大幅扩增近三倍，全国高等教育皆面临预算稀释的问题。2002年，台湾加入世界贸易组织，不仅开放国外大学来台设分校，并开放国外大学招收台湾的高中毕业生，使全国高等教育更面临学生外流之问题。至此，中华民国教育部便参照中国「211工程」、日本「国立大学的结构改革方针（远山计画）」的整併经验，推动国立东华大学与国立花莲教育大学的两校合併计画