共和党人展开了报复。99人被处决，500多人被监禁，288人被驱逐出境。随后开始了严格的出版审查，政治活动也被禁止。1799年9月，那不勒斯军队再次征服罗马，终结了教宗国内的法国革命势力。1801年，那不勒斯军队推进到奇萨尔皮尼共和国。然而被驻扎在锡耶纳的若阿尚·缪拉击败。那不勒斯被迫于2月18日停战，并在3月与法国签订《佛罗伦萨和约》，其中包括大赦当年帕特诺倍共和国的共和党人。1805年，法奥战端再起。英、奥、俄结成第三次反法同盟。费迪南多开始保持中立，几天后就与奥地利结盟并同意英国、俄罗斯军队在