据米、盐流通的法令所限制，除了利用船运以外是不被允许的。越后主要的船运系统为「长冈船道」，航行于长冈与新潟之间。而长冈的上游还有「妻有船道」、「上田船道」、「蒲原船道」及「加茂川船道」等。到了明治时代出现了发动机船，航运的时间也更加快速，但是明治末期与大正时代之后，因为信越线的开通以及交通道路的发达，所以船运渐渐的衰退，直到1959年（昭和34年）最后一家船运公司註销登记，完全结束了长久以来的船运时期。