鲤鱼和鲶鱼体内，均测出了被称为“环境激素”的壬基酚和辛基酚，这两种物质可导致雌性性早熟等性发育和生殖系统问题。2020年12月29日，中华人民共和国生态环境部有关负责人表示，长江干流已全面达到Ⅱ类水质。
保护.位于青海省的三江源（即长江、黄河及澜沧江（湄公河）三大水系发源地而得名）列为国家级自然保护区，而云南三江并流保护区则因丰富的自然及文化资源而被列为世界自然遗产。然而，在长江流域生活的生物多因污染及被捕获的原因而濒临灭绝，包括已长时间未有找到踪迹的白鱀豚及白鲟被普遍认为已灭