重建。至大三年（1310年），儒宿茅洙建养蒙堂。据《延祐四明志》载，当时的慈溪县文庙共有礼殿、讲堂、斋庑等建筑九十八间。明洪武三年（1370年），开设县学。洪武三十一年（1398年），典史余琯在明伦堂后兴建梯云亭，新建阁库，修葺文庙殿宇、斋舍等建筑。宣德六年（1431年）重建明伦堂，后倒塌，正统三年（1438年）重建。弘治三年（1490年）重建大成殿。嘉靖二十二年（1543年），明伦堂扩建，改建会膳堂为尊经阁，建敬一亭。嘉靖三十五年（1556年），倭寇入侵，文庙焚毁，次年重建先师庙、明伦堂、尊经阁及诸祠