二级水资源区当中以太湖流域、湖口以下干流和乌江流域水质最差，达到Ⅲ类水质的河长比例分别仅为16.2%、36.2%和50.4%，其余地区均在65%以上。长江流域水质总体来看，干流好于支流、干流非汛期略好于汛期、支流汛期略好于非汛期。最近的研究显示，受气候变暖的影响，长江源头和上游区冰川融水增多，多数湖泊面积短期内呈扩大趋势。但随着时间推移，冰川面积将大幅度减少，冰川融水将逐步减少，可能导致长江上游以冰川融水为主要补给源的湖泊萎缩甚至消亡。2003年“追寻通江湖泊”活动的调查表明，长江中下游地区湿地面积