热瓦克佛寺现在面对着不同种病害的侵袭，其中包括风蚀、水蚀、裂隙发育、盗洞扩张等。2001年，热瓦克佛寺遗址成为第五批全国重点文物保护单位。2007年，新疆文物保护部门开始对其进行抢救性保护加固。2010年，热瓦克佛寺遗址准备修建保护棚。2012年，国家文物局原则同意《热瓦克佛寺遗址保护规划》。2010年，洛浦县已开始修建栈道，准备将热瓦克佛寺遗址开发成景区。2016年，部分出土文物参展了故宫博物院举办的“梵天东土 并蒂莲华”雕塑艺术展。