社会科学院地理研究所的王守春认为该遗址荒废的原因可能是河流改道的结果，但孙斌则不认同此观点并认为遗址主要荒废原因是宗教战争所导致劳动力不足使得该遗址遭到遗弃。
危害、保护及现状.热瓦克佛寺现在面对着不同种病害的侵袭，其中包括风蚀、水蚀、裂隙发育、盗洞扩张等。2001年，热瓦克佛寺遗址成为第五批全国重点文物保护单位。2007年，新疆文物保护部门开始对其进行抢救性保护加固。2010年，热瓦克佛寺遗址准备修建保护棚。2012年，国家文物局原则同意《热瓦克佛寺遗址保护规划》。2010年