02年，台湾加入世界贸易组织，不仅开放国外大学来台设分校，并开放国外大学招收台湾的高中毕业生，使全国高等教育更面临学生外流之问题。至此，中华民国教育部便参照中国「211工程」、日本「国立大学的结构改革方针（远山计画）」的整併经验，推动国立东华大学与国立花莲教育大学的两校合併计画。
高等教育预算稀释.自1997年中华民国第四次修宪，废除教科文预算下限后，全国高等教育预算日渐缩水。此外，同时期高等教育大量扩张，从1994年东华大创校时期的58所大学，到2008年併校当年的147所大学，