就处罚了太子之傅公子虔，以黥刑处罚了太子之师公孙贾。自此，秦国人就都遵守新法。新法实行四年，公子虔又触犯新法，被处劓刑。受刑后的公子虔闭门不出，伺机报复。前338年，秦孝公去世，其子秦惠文君继位。公子虔等告发商鞅谋反。秦惠文王派人抓捕商鞅，商鞅逃亡到魏国后被驱逐回秦国。商鞅回到秦国后，潜逃回封地商邑，发动邑兵攻打郑县（今陕西省华县）。秦惠文君派兵攻打，商鞅战败死于彤地（今陕西省华县西南）。其尸身被带回咸阳（今陕西省咸阳市东北），处以车裂后示众，秦惠文君同时下令诛灭商鞅全族。
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