修炼时所遇到的困难和不定，要不断和「分神」或肉体煎熬搏斗，还有走火入魔的危险。小说中的山川地理，则有象征人体器官，如「稀杮衕」比拟结肠，「夹嵴关」比拟嵴髓。小说乃「将全真功法逐步演出」。悟一子陈子斌评点本《西游记真诠》说：《西游记》讲的是“金丹大道”；刘一明评点本《西游原旨》也承袭了这种观点，说它是“专在养性修真，炼成内丹，以证大道而登仙籍。”早期《西游记》被认为是阐述“金丹大道”（即内丹术）的“丹经”。澳洲柳存仁发现《西游记》中所引用语汇如“金公”、“木母”、“黄婆”、“元神”、“姹女”皆出自全真派内