1999年担任中华民国社区营造学会常务监事。1999年任卫生署社区健康营造谘询委员。2000年获万宝龙国际艺术赞助奖。2000年5月20日就任行政院政务委员，辞去新港文教基金会董事长，新港文教基金会聘为创会董事长。 2002年就任行政院九二一震灾重建基金会灾后重建委员会执行长，兼任台湾省政府副主席，并就任二二八事件纪念基金会董事长。2003年辞去政府公职，返乡续陈锦煌诊所医务。2003~2007年担任中华民国社区营造学会理事长，荣获赖和文教基金会「赖和奖─医疗贡献奖」。2005到2011年担任