命率第七十六混成旅驻南通，并且兼署通海镇守使，1918年2月实授。张仁奎在南通驻扎十年，同张謇关系密切，高熙喆也曾促进张仁奎同张謇的关系。1923 年11月14日，张仁奎获授将军府杰威将军。1918年秋，张仁奎和苏军将领共同附合直系吴佩孚，反对皖系段祺瑞的“武力统一”，反对安福国会选出的徐世昌就任大总统。直皖战争期间，张仁奎支持吴佩孚同皖系战斗。1924年9月江浙战争爆发，张仁奎的第七十六混成旅被江苏督军齐燮元编入第一路作战序列，奉命沿沪宁铁路自昆山经黄渡、南翔进攻上海。在南翔、黄渡，张仁奎部同浙军战斗