所副所长余克礼“不仅是大陆对台政策的高层智囊，实际身份还是‘国安部第15局副局长”；但最终确认的信息是中华人民共和国国家安全部与余克礼无任何关系。2005年，余克礼表示，台湾有关方面对大陆对台研究学者的这种指控，是抱着冷战僵化思维，将两岸正常的学术交流政治化。后来余克礼经常访问台湾，并未受到阻拦。但此后台湾内部的类似猜疑仍不绝于耳，例如2015年3月11日《旺报》称，中国社会科学院台湾研究所名义上隶属中国社会科学院，实际人事和经费均来自中华人民共和国国家安全部，为正局级单位；社科院台研所前身是中共中央调查部