运航班编号都是以三位数制定。航班的尾缀编号以飞行方向决定的。国泰航空除与其子公司香港快运航空实施代码共享外，亦与寰宇一家成员中的美国航空、英国航空、日本航空、澳洲航空、马来西亚航空、西班牙国家航空、智利LATAM航空、巴西LATAM航空、S7航空、芬兰航空及卡塔尔航空实施代码共享。同时，国泰航空也与部分星空联盟成员如中国国际航空、加拿大航空、纽西兰航空、汉莎航空、奥地利航空及瑞士国际航空实施代码共享，并与菲律宾航空、阿拉斯加航空、西捷航空、曼谷航空、塞舌尔航空、阿斯塔纳航空、弗莱比航空及越南航空实施代码