洪武二十九年（1396年），尹昌隆中应天府乡试第一名（解元）。洪武三十年，联捷春榜一甲第二名（榜眼）。授翰林院修撰，改监察御史。建文年间，有次建文帝因生病晚上朝，尹昌隆对皇帝提出了批评，但建文帝没有因此生气，反而公开了奏文和表扬尹昌隆，但后来他因为「地震」上言，被贬为福宁知县。靖难之变时，他上奏劝建文帝向燕王朱棣求和，朱棣攻入金陵，尹昌隆被列为奸臣，本要处死，但尹昌隆出示了当年的奏章，于是被赦免，担任了世子朱高炽之师，尔后世子进为太子，尹昌隆也升为中允，解缙被罢免后，昌隆升为礼部主事，永乐十五年（1