友李道开出卖，遭到松沪护军使卢永祥逮捕。陈群拒绝了卢永祥的招降，险些被卢永祥处决，因南北议和而脱险。1921年，陈群出任广州孙中山总统府秘书。1922年6月陈炯明发动六一六事变，炮轰总统府，孙中山避难永丰舰，陈群随舰帮同。1922年10月，上海总部派林森担任福建省省长，陈群亦奉派随同回福建。此后，直到萨镇冰主政福建初期，陈群一直在福建政要之间周旋。后来，陈群离开福建，经上海回到广州。再次回到广州后，1923年（民国12年）5月，陈群任大元帅府宣传委员。此后，陈群任广东陆海军大元帅大本营的中国国民党党