2年后，任北京政府交通部佥事、总务厅文书课课长。1913年4月，兼任交通传习所（现北京交通大学的前身）所长。1914年，任统计委员会副会长。1916年10月，任北京政府交通部邮传、邮政司司长，并且兼任邮政总局局长。1917年7月，任交通部参事。姚国桢隶属皖系段祺瑞派安福系。1919年兼任交通部总务厅厅长。1919年12月任交通部次长，一度代理总长。1920年11月，任中华民国临时政府全国烟酒事务署督办，1926年4月去职。1927年任北京政府政治讨论会会员1927年，再任北京交通大学校长。后来寓居天津。