峻归国后任兵部右侍郎，转刑部参知，陞署刑部尚书。当时北圻边境有匪盗滋事，广安省也有海盗盘踞，嗣德帝以黎峻惟钦差，前往北圻督军，又兼经略大臣。黎峻上疏陈奏北圻情势，并提出九条善后方案。嗣德二十六年（1873年），嗣德帝从北圻召回黎峻，以他为如西正使，阮文祥为副使，前往法国商谈和约。黎峻先到嘉定，与法国元帅游悲黎商议，交发全权勅印。不久黎峻大病。嗣德二十七年正月二十七日（1874年3月15日），黎峻在嘉定代表阮朝与南圻统督游悲黎签订《第二次西贡条约》。同年二月去世，年五十七岁。死讯传回顺化宫廷，嗣德帝下