斯科普里市中心还有天主教的圣心教堂。斯科普里清真寺最集中的地区是在旧巴扎，这一地区的建筑多为典型的奥斯曼建筑。其中最杰出的清真寺是穆斯塔法·帕夏清真寺，清真寺建于1492年，之前曾是基督教徒的土地。清真寺由穆斯塔法帕夏出资修建，他是巴耶济德二世和塞利姆一世治世时是奥斯曼帝国杰出的政治人物。其他重要的清真寺还有位于旧巴扎外侧的伊萨·贝伊清真寺，这座清真寺是在伊萨贝伊死后为纪念他而建设的。清真寺有两个大的穹顶，在玄关一带还有五个小的穹顶。伊萨克·贝伊清真寺建于1439年，位于旧巴扎北侧，有高30米的叫拜塔。