奏将其罢免，并由抚衙赈济灾民。甲午战争清军战败，新总督刘坤一荐冯锡仁掌管前敌军总营务处。不久，冯锡仁辞职返回家乡。光绪三十二年（1906年），湖南巡抚庞鸿书奏准，由冯锡仁总理湖南矿务三路公司，并兼办西路矿务。宣统元年（1909年），冯锡仁当选湖南咨议局议员，旋出任副议长，次年，当选为资政院议员。晚年，冯锡仁创办湖南西路师范学堂，并任监督。宣统三年（1911年），冯锡仁逝世，享年66岁。