病原体细菌竞争。这种竞争一定程度上抑制这些病原体的生长，降低了病原体引起疾病的可能性。由于抗生素能够非特异性地抑制细菌的生长，却不影响真菌；因此，口服抗生素可能导致真菌增生，而引发一些疾病，如阴道念珠菌症（由酵母感染所引起）。对于儿童的肠胃感染和细菌性肠胃炎、炎症性肠病、泌尿道感染及的初步研究表明，摄入消化道益生菌，如未经高温消毒的酸奶中所含的乳酸菌，有助于恢复消化道菌群的健康平衡。
先天性免疫.成功突破表层屏障进入到生物体内部的微生物或毒素会遭遇到先天性免疫系统的识别和攻击。先天