建久3年（1192年）后白河法皇崩，关白九条兼实赞成任命源頼朝为征夷大将军，朝廷内支援頼朝的九条兼实掌握实权。通亲成为兼实强力政敌。通亲养女在子入后鸟羽天皇后宫。建久6年（1195年）8月兼实之女中宫任子生昇子内亲王。同年12月源在子生为仁亲王（土御门天皇）。作为将来天皇外祖父的通亲与丹后局组成反兼实派。建久7年（1196年），建久七年政变，九条兼实被免除关白之位，退出内宫。建久9年（1198年）、后鸟羽天皇让位给为仁亲王，实行院政。在子本姓藤原，以僧女不可为国母，因以通亲为父，冒源姓。新帝土御门天