以突显出在共产时期，这两个使用同一面旗的共和国之间的差异。蒙特内哥罗继续与塞尔维亚结为联邦有许多重要性，第一，它沿续了南斯拉夫国家的法理地位，而且也能让塞尔维亚不会成为一个内陆国，借以保有它的海军。其次，塞蒙联邦的存在也让塞尔维亚的民族主义者相信蒙特内哥罗人只是塞尔维亚人的一个亚群，而不会独立成为一个民族。
独立.随着时间的流逝，米洛塞维奇跋扈的态度使蒙特内哥罗人开始寻求独立。1996年蒙特内哥罗开始採用德国马克。1998年布拉托维奇卸任后，接任的久卡诺维奇便开始反米洛塞维奇，