五峰村的目前位置设站，但站名并未跟随修改，而成为能登川村的代表车站设置于临村境内的特殊状况。1942年后周围五个村庄合併成能登川町，并在2006年时又併入东近江市，如此特殊现象才不复存在。能登川车站目前的站房是在2003年时改建，由于过去能登川町是以水车作为象征标志，因此车站造型也故意设计成水车的印象，并在车站旁（西口外）设有水车造型的钟台。能登川车站是琵琶湖线沿线所有的停车站中，唯一一个没有特急列车停靠的车站。
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