野协商版本前来的民主进步党立法委员邱太三连忙打电话请立法院长王金平务必要求全国农渔会自救会理事长记得感谢台联，才让《农业金融法》顺利完成朝野协商。2003年10月25日，民主进步党举办1025公投大游行，传出钱林慧君与同属台南市选出的民主进步党立法委员王幸男为了争夺「总指挥」头衔而不睦。2004年立法委员选举，钱林慧君落选。2005年任务型国代选举时，钱林慧君接受台联提名参选国民大会代表，并排名第七位当选国民大会代表。2005年，台联征召钱林慧君参选台南市长，以「人生最后一场选举」做号召，民进党提名