994年9月16日担任交通部中央气象局局长，1994年9月17日转任交通部民用航空局局长。1996年担任行政院国家科学委员会副主任委员，2000年5月20日至2004年5月20日担任行政院政务委员。2010年2月起，担任工业技术研究院董事长。不论是中国国民党或民主进步党执政，其客家人背景皆可以获得青睐，左右逢源，可谓政坛中做官之异数。蔡清彦皈依佛教，为法鼓山法行会会长。