亦涉及智慧财产权、海关程序及能源、矿产资源等具体问题。另外，协定允许部分印尼护理人员前往日本工作。
历史.2002年1月，时任日本内阁总理大臣（首相）小泉纯一郎访问雅加达时，曾向时任印尼总统梅嘉娃蒂·苏卡诺普特丽提出日本有意与东南亚国家（包括印尼）签订贸易协定。2003年6月，梅嘉娃蒂访问东京，双方就协定进行了进一步的会谈。2004年，谈判因印尼举行总统大选暂时中止，随后由苏西洛·班邦·尤多约诺取代梅嘉娃蒂当选为新任总统，协定的进展于2004年12月继续进行，当时两国同意成立一个研