真核细胞中，细胞质基质被细胞膜包围，是细胞质的一部分，细胞质也包含线粒体，质体和其他细胞器（但不包括其内部液体和结构）; 细胞核是分开的。 因此，细胞质基质是细胞器周围的液体基质。 在原核生物中，代谢的大部分化学反应发生在细胞质基质中，而少数发生在膜或周质空间中。 在真核生物中，虽然许多代谢途径仍然存在于细胞质基质中，但其他途径发生在细胞器内。细胞质基质是溶解在水中的物质的复杂混合物。 尽管水构成大部分细胞质基质，但是，其在细胞内的结构和性质尚不清楚。 细胞质中钠离子和钾离子的浓度不同于细胞外液中的浓度