命拆毁镇江以东区间，同时要求沪宁、津浦、江南三条铁路车务处维持剩余铁路行车，到国军退出南京最后一日再撤退。至12月13日南京沦陷，沪宁线抢救出72台机车中的55台，而客货车辆除损坏外，均转移到浙赣线及津浦线，部分路料也抢运至浙赣线。随后，沪宁铁路被侵华日军占领，更名“海南线”。多座桥梁在战争中被日军炸毁，多数车站亦遭毁坏。1938年6月至1940年9月，地方抗日力量对江苏省境内线路和设施多次进行袭击。军统苏州站爆破组曾前后破坏本线17次，炸毁火车头十余个。1940年11月29日，军统苏州站和上海忠义救国