学校院系调整中，南开大学工学院并入天津大学，天津大学的数学系和物理系并入南开大学，津沽大学商学院的贸易、会计和企管系调入南开大学。南开大学由包含文、理、政经、工四个门类的综合性大学改为仅有文理科的苏联式综合性大学，设有14个系，3个专修科。1957年，杨石先出任南开大学校长。1958年10月3日，南开大学物理系二十余名师生自主建成中国高校第一座实验性原子反应堆——“南开一号”。同年，南开大学的贸易、企业管理、会计、金融、财政、统计等经济管理科系调出，独立组建的河北财经学院，原经济研究所调出，成立了中国科学院