着手建造玖岛城。次年1599年（庆长4年），把居城从三城城迁移了过来。江户幕府开始后也拥有领地，作为大村藩（2万7000石）而继续存在直到明治维新为止。城完成了作为藩厅的作用。从1614年（庆长19年）开始，由于纯赖的要求，进行扩建改造，这时候，从加藤清正这里接受了设计指导。由于接受了清正的指导，可以看到美丽的扇子和倾斜的石垣。明治维新后，1871年（明治4年）被废城，建筑物被破坏。1884年（明治17年），在本丸的遗址上建立起祭祀大村氏历代祖先的大村神社。在1992年(平成4年)时重建了板敷橹