他协助蔡元培完成了中华民国学制草案。1912年4月，南京临时参议院议决将临时政府迁到北京，蒋维乔随教育总长蔡元培到北京继续任职。同年7月，蔡元培辞职，范源濂继任教育总长，蒋维乔在教育部调任参事。1913年10月，范源濂去职，蒋维乔遂辞职回到上海，复入商务印书馆。其后，他在商务印书馆长期负责编辑出版师范学校和中学教科书。1916年7月，范源濂重任教育总长，蒋维乔应其邀请重回教育部，仍任参事，主管教育法令。1917年1月，他和黄炎培等五人组成教育考察团，到日本、菲律宾考察教育。归国后，他在北京、天津、上海、