过海铁路的计划，由旺角站延长，以地底隧道方式经何文田站及黄埔站，过海到达香港岛的炮台山站，并有可能伸延至跑马地，会展及中环，为当时的「第三条过海铁路」计划，预计在1998年前落成。1989年，由于六四事件而导致的港人对主权移交信心危机，政府发表香港机场核心计划，并于《香港第二次整体运输研究》中以「资源分配不足」为理由，东九龙线及九铁过海延线计划被逼暂停，中环至湾仔填海区亦重新规划，以应付未来的交通流量需求。后来东九龙线过海段被更名为第四条过海铁路。
更新发展次序.1990年，政