可以使用语音进行自定义选择，代替控制器选择。游戏通关后，二周目选项将会解锁，玩家可带着某些奖励重玩游戏，比如进一步升级武器的能力。《质量效应3》中的主要交通工具是一艘名为“诺曼底SR2号”（Normandy SR2）的星舰。在星舰内部，玩家可以使用星系图来选择目标地点、扫描行星资源或启动任务。为了帮助玩家管理任务，游戏会自动在日志中记录可进行的任务。但与前作不同，日志不区分主线任务和支线任务。纵观《质量效应3》，玩家须增加“有效军事力量”来为最后的战役做准备。有效军事力量等于“总军事力量”乘以“战备等级