院由内地会美国传教士创办于1917年，设于韭菜园，为美国（今美国）分校。该校建成一组西式建筑群，为当时湖南省“最讲究、最气派的建筑”。1930年代，神学家陈崇桂主持该校工作。1937年11月，北京大学、清华大学、南开大学为避战火，南迁长沙，组建国立长沙临时大学，租借湖南圣经学院为其校址。次年2月，该校西迁云南，即西南联合大学。1938年11月8日，湖南圣经学院遭到日军飞机轰炸，随即又遭遇文夕大火破坏。1951年，湖南圣经学院脱离与美国差会的关系，不久被并入北京燕京神学院，校舍被政府机关占用，为湖南省