己卯（3月18日），丘神勣逼李贤自杀，贬为叠州刺史（今甘肃省迭部县）。不久又回洛阳担任左金吾将军。垂拱四年（688年）七月，残酷镇压李冲在博州（今山东聊城东北）叛乱，时李冲已死，无叛可平，“官吏素服出迎，神勣挥刃尽杀之，凡破千余家”。李沖之父豫州刺史越王李贞亦起兵豫州（今河南汝南）唿应。武后分遣丘神勣、魏崇裕击之。天授年间，有人告发周兴与丘神勣等阴谋造反。天授二年（691年）正月乙未，武则天下令，杀掉丘神勣，五城兵马使武三思监斩，斩于太乙门前的菜市口。