舍均须修治，请假归里；道光二十四年（1844年）擢陕西陇州（今陇县）知州。咸丰三年（1853年）引疾辞归，四年后病逝，葬于九里山阳，享年六十四。马氏自序《玉函山房藏书簿录》，述其蒐藏图书之经过，云：
成就.马国翰一生从事古书辑佚，有自编《玉函山房藏书簿录》及辑佚鉅着《玉函山房辑佚书》，其后有外孙李元琎整理着作辑成全集。光绪十三年（1887年），蒋式瑆经李氏兄弟求诸马家，索得马国翰辑佚残稿，先后校录成《玉函山房手稿存目》。十五年（1889年）将马氏诗词杂着合刊为《马氏全书》，山东