归为人民内部矛盾的内迁之争，随着反右的斗争的开展及其后文化大革命席卷全国，一些过去反对迁校的声音被收集为反革命言论，一些发表过反对迁校看法的人被划为右派遭到迫害。直到十一届三中全会之后，这些人才被陆续平反。西安交通大学第一任校长彭康，因为说过学习毛主席语录不能形式化，加上其在交大迁校时听取不迁意见的作为，在文革中被以“攻击诬蔑毛泽东思想”，是“反党反社会主义份子”加以批斗。1968年3月28日，彭康在一次游街中被批斗致死，直到1978年6月24日才得平反。2001年8月26日，彭康诞生100周年纪念日，