认定有嫌疑都会被冠上反政府的罪名，也因此造成许多冤狱事件。在国家公权力长期滥用的情况下，人民基本言论或隐私权完全失去保障。动员戡乱时期在民国80年（1991年）5月1日结束后，该法并未随着废除。同月9日爆发的独立台湾会案，法务部调查局干员在未知会国立清华大学校方的情况下，引用该法进入校园拘提历史研究所硕士生廖伟程，引发台湾社会与大学校园剧烈反弹；同月15日，台湾各地大学学生发起罢课并且于台北车站静坐抗议，要求「废除惩治叛乱条例、反对政治迫害」。在社会舆论的压力下，立法院在同月17日三读通过废除《惩治叛乱