D61型电力机车转配属（后改为龙华机关区），投入坂和线运用。然而，在机车运用过程中亦暴露了再生制动的一些不足之处。当两台机车重联运行并使用再生制动时，如果两台机车的轮径有差异，会造成轮对转差率及制动力不均等的问题。此外，基于中央本线列车运行密度和牵引变电所整流器特性的原因，亦经常发生再生制动失效的问题。因为直流电气化铁路是由不可控整流器馈电，所以只有再生电能可以被同一供电区间内的其他列车使用，若架空接触网电压已经高于某一水平，即无法使用再生制动。1960年代中期，功率更大的EF64型电力机车开始投入