周时又有突厥、铁勒迁入。唐朝在此设州县，北庭都护府驻金满城（今吉木萨尔）。元朝时设的别失八里行尚书省。明朝时，此地为蒙古瓦剌游牧区。在15世纪，新疆南部伊斯兰化。北疆仍由信仰藏传佛教的蒙古人所主导。清朝时，为准噶尔汗国根据地，即所谓南回北准的北准。。干隆年间，清朝灭准噶尔汗国。准噶尔灭亡后，甘肃、南疆的外来人口填充此地。晚清时，俄罗斯征服中亚，清政府割让外西北。民国时期，大量苏联人进入北疆伊犁等地，形成苏联侨民问题。至1960年代中期，发生伊塔事件。中华人民共和国曾设有北疆军区。北疆军区、东疆军区于