败了赛会2号种子、队友的汉斯-克里斯蒂安·维汀哈斯，夺得其首个国际挑战赛男单冠军。2012年2月，简·奥·约根森出战德国羽毛球黄金大奖赛，在男单准决赛以0比2（12-21、13-21）不敌赛会5号种子、印尼华裔的西蒙·桑托索。同年4月，他代表丹麦参加瑞典卡尔斯克鲁纳举行的欧洲羽毛球锦标赛，在男单准决赛以0比2（19-21、15-21）不敌赛会4号种子、德国名将的马克·茨维布勒，赢得欧锦赛男单季军。同年5月，他入选汤姆斯盃的男单主力，助丹麦队赢得男子团体季军。同年7月，他代表丹麦出战英国伦敦举行的奥林匹克