半自主胞器(英语 : semiautonomous organelles) 是细胞中可以自行合成蛋白质的胞器，目前已知的半自主胞器有粒线体及叶绿体。半自主胞器拥有自身的遗传物质DNA及核糖体，但因其基因组大小有限，故只能自制部分本身所需的蛋白质，能在细胞中自行增生，因此称为半自主细胞器。生物学家琳·马古利斯（Lynn Margulis,1938~2011）认为：叶绿体及粒线体可能是由蓝绿菌及异营性原核生物内共生于较大的细胞而形成的。