全日空获准开办往沖绳的航线，但实际上沖绳的国际航线仍由美军佔领。1963年，全日空与藤田航空（）合併，公司资本增加至40亿日圆。1964年，全日空引入喷射机波音727，营运东京至札幌的航线。1965年，全日空引进日本首架自行研发的涡轮螺旋桨飞机，YS-11，代替国内线的康维尔440。1969年，波音737开始加入全日空的机队。不久，全日空成为日本最大的国内航空公司。但是，运输省准许日航垄断国际定期航班，直至1986年。全日空于1971年2月3日使用波音727开办东京至香港的包机航线。1972年1