鳄鱼相比，菲律宾鳄的口鼻部比较阔，身型也较细小，通常不超过3米，而雄性一般比雌性大。这种鳄鱼的攻击性不算太强，但如果受到骚扰，便会咬人。与其他鳄鱼一样，菲律宾鳄都是一种惊人的捕猎者，捕捉例如羚羊这样大型的猎物，但又会让鳄鱼鸟清理牠们的牙，幼年时则进食鱼、虾、老鼠及水蜗牛。菲律宾鳄有着金色中带啡色的颜色，当牠们成年时，颜色会变深。2008年美国网站《生活科学》评出菲律宾鳄为全球十大最濒危的稀有动物物种之一。