元年（1848年），任侍讲学士，第二年奉命出使清朝。归国后任职于集贤院，历任河静、兴安按察使。后因事贬官，遂称病辞归故里。不久又任命为翰林院侍读，援例乞休。嗣德二十五年（1872年），阮文超去世，年七十四岁。他和从善王阮福绵审、绥理王阮福绵寊、高伯适在阮朝文人中最负盛名。为此，嗣德帝曾称赞他们：「文如超、适无前汉，诗到从、绥失盛唐。」着有《方亭随笔录》六卷，诗集四卷，文集五卷，《大越地舆全编》五卷。
家庭.有一子，名叫阮文颖，补儒关府分府。