望在特定处理器下达到最优化的运行效率。GROMACS使用命令行接口运转，使用文件输入输出，提供剩余时间估计(ETA)反馈，提供分子轨迹查看器及分子轨迹分析扩展包。。此外，GROMACS支持多种力场，能并行运行，或使用MPI做集群计算。GROMACS使用PDB文件导入分子坐标信息。导入一个或多个（例如溶剂）分子坐标文件开始计算，程序间隔一段模拟时间取样输出轨迹文件，这些轨迹文件可用自带的工具或自行编程分析。
彩蛋.，GROMACS的源代码中含有大约400个英语以GROMACS为缩略语