员连同部分英国军队被迫撤离到马来半岛南部。许多圣约翰救伤队的急救人员因为在战火中为人类贡献而丢失了他们的生命，更有圣约翰救伤队的成员在日本军队占领马来半岛后被日本军队迫害致死。圣约翰救伤队也是当时在马来半岛唯一一个于二战期间提供救援的志愿团体。第二次世界大战结束，日军撤离后，英军返回了马来半岛，圣约翰救伤会和圣约翰救伤队便迅速在马来半岛和北婆罗洲扩张。马来亚于1957年8月31日独立，并于1963年9月16日与沙巴和砂拉越合并为马来西亚。之后马来西亚政府为了加强圣约翰救伤会和圣约翰救伤队的运作，于1