2年6月14日再次攻占该城，赫拉特遭遇屠城浩劫，城中一百五十万人，在蒙古人大屠杀之后，生还仅四十余人；这场屠杀整整占用了一周的时间。此后赫拉特的人口，再也不能恢复当年盛况，时至七百八十多年后的今天，人口仅仅35万。1245年－1381年，此地成为卡尔提德王朝的一部分。1381年赫拉特又再度遭遇大屠杀浩劫。帖木尔攻陷赫拉特后，采取了成吉思汗式的屠城方针。帖木儿令四子沙哈鲁为赫拉特总督。1405年帖木儿死，沙哈鲁登上帖木儿帝国国王宝座，立赫拉特为国都。沙哈鲁王悉心建设赫拉特，终于将它建设成为一个媲美