DOS取代来支援分层文件系统以及较大容量的储存设备，能使用软碟或硬碟。此外 Apple II 也可以使用 UCSD Pascal 作业系统，UCSD 二进位格式与包含 IBM-PC 在内的其他电脑系统相容。使用Z80介面的话，Apple II也可以执行CP/M作业系统上的WordStar和dBase软体。　苹果公司的麦金塔产品线最终在1990年代初接替了Apple II系列。但即使在麦金塔上市之后， Apple II仍然有好几年是苹果的主要收入来源：Apple II与其相关的第一方开发者与零售商社群曾是