州加入，邦联国会于1861年12月10日正式接纳肯塔基州成为其一员。接下来，伯内特在多纳尔森堡加入肯塔基第8步兵团。1862年2月16日，格兰特将军带领联邦海陆联军进攻多纳尔森堡。包括第8步兵团在内的大部分驻军被俘，但伯内特跟随约翰·B·弗洛伊德（）将军成功撤离，他短暂的从军经历也至此结束。伯内特在国会中的同事并没有忽视他的颠覆活动。1861年12月2日国会重新开幕，伯内特没有到场。次日，印第安纳州联邦众议员威廉·麦基·邓恩（）提请国会驱逐伯内特，这一提案非常轻松地就得以通过，伯纳特的6年国会议员生