归国后，冯耿光由清朝陆军部分发至福建马尾要塞担任司令。1907年，冯耿光改任军咨处第二司司长兼第四司司长。当时，冯国璋任军咨处正使。1911年武昌起义爆发后，1912年在英国公使调停下，南北议和开始，冯耿光被清政府指派为北方代表之一，与北方全权代表唐绍仪一道赴上海，与革命军代表议和。1912年，中华民国临时大总统袁世凯任命冯耿光为总统府顾问兼山东临城矿务局督办。由此，冯耿光脱离军界。1915年袁世凯称帝，进步党人梁启超与蔡锷发起护国战争。中法实业银行董事王克敏也参与了梁启超、蔡锷等人的反袁秘密活动。