（1916年）宣布独立，陆建章遭到驱逐，吕调元避居天津。1916年袁世凯逝世后，吕调元投靠段祺瑞，成为皖系人物，充任国务院顾问。民国7年（1918年），出任安福国会参议院议员。民国8年（1919年）1月，段祺瑞特任吕调元为安徽省省长。1919年五四运动爆发后，安徽省的青年学生响应，举行游行示威，市民也加入。5月10日，安徽省会安庆的各学校公举代表赴安徽省长公署，请求援救北京的被捕学生，吕调元称要“嘱商会、教育厅拍电力争”。5月22日，北京政府内务部电令安徽省镇压学生。吕调元随即命省会警察厅发布布告：