。始祖马的第一个化石标本是由古生物学家理查·欧文于1841年在英格兰发现，他基于牙齿的缘故而怀疑这是一头蹄兔目。他并没有发现完整的骨骼，故将牠命名为「似蹄兔兽」（"Hyracotherium"），即始祖马的学名。于1876年，奥塞内尔·查利斯·马什在美国发现了一个完整的骨骼，并命名为曙马（"Eohippus"）。后来发现这两个发现非常接近时，始祖马因最先被发表，故曙马则成为了异名。始祖马平均只有60厘米长及肩高20厘米。牠的前肢有四趾，而后肢则有三趾。头颅骨很长，有44颗低冠的牙齿。据信始祖马是草食