该寺于干隆三十一年（1766年）被焚毁，而这两座砖塔得以幸存。中华人民共和国成立时，两座砖塔因年久失修而严重风化，包括塔刹、腰檐、斗拱等塔身外部构件所剩无几，仅存的塔身被周边民居当做承重结构。1962年和1980年，南翔寺砖塔先后两次被公布为上海市文物保护单位。1982年，上海市文物管理委员会与嘉定县人民政府组织有关专家研究维修方法。相关的维修工程于1983年启动，周边居民被动迁。随后在施工中，维修人员在两座塔周围的地面上发现了大量的栏板、斗拱、瓦当等原属于这两座塔的构件。这次维修确认了建成该塔的砖构件