将正殿木构架的对场作延续到三川门，以恢复清朝时原貌。1998年修缮完成后，次年遇到九二一大地震，山墙多处损坏，旁邻伤亡。1999年10月11日，民政局统计全县十二处古蹟有已有七处毁损，以蓝田书院最严重。此次整修，共斥资一千二百万元。东、西厢房分别以台中县清水镇、彰化县埤头乡的团队负责。2001年2月，再聘嘉义县新港乡师傅蒋再成与李永久，以中国大陆柴烧条纹红砖及瓦片作修复。2002年12月8日，县议员李合元在议会上批判修复后过于鲜明，丧失原貌。2002年12月14日重建落成启用，书院主委李毂摩主持剪彩，立