1850年，藏品搬到了现今的藏处，设计的新博物馆。波尔哈特在阿玛纳发掘发现的娜芙蒂蒂胸像，1920年企业家将其捐入博物馆，它很快就成为了该馆最着名的展览品。二战期间，新博物馆受到战略轰炸的严重损坏，藏品被分藏于东柏林和西柏林。主要部分留在了东柏林，在博德博物馆展示；而撤到西德的那些藏品，包括娜芙蒂蒂胸像，则回到了西柏林。1967到2005年，藏品安放在夏洛滕堡宫。随着两德统一，这些藏品也重新收藏在一起，收藏于柏林博物馆岛。
收藏.博物馆收藏了从公元前4000年（前王朝时期）到罗马统