自细菌链霉菌R61的转肽酶（蛋白质被显示为带状图）。当对病原体存活至关重要的酶在人体中不存在或非常不同时，促进抗生素药物设计。 在上面的例子中，人类不制备肽聚糖，因此该过程的抑制剂对细菌具有选择性毒性。 通过利用细菌中核糖体结构的差异或它们如何产生脂肪酸，抗生素也产生选择性毒性。
代谢控制.酶抑制剂在代谢控制中也很重要。 细胞中的许多代谢途径被通过变构调节或底物抑制来控制酶活性的代谢物抑制。一个很好的例子是糖酵解途径的变构调节。该异化作用途径消耗葡萄糖并产生ATP，NADH，和