纪，五世达赖曾扩建该寺，并将其作为乃琼寺的神巫在拉萨城内的落脚点。每年传召大法会期间，乃琼寺僧众聚集在此举行典礼。藏语“宁巴”意为古老的。因为十三世达赖时期，该寺进行了大规模的修缮及扩建，同时乃琼护法释迦亚培在小昭寺东南、大昭寺东北方向兴建了一座新木如寺。由此，大昭寺以东的这座原有的木如寺便被称为“木如宁巴”，意思是“旧木如”，这是相对新的木如寺而称。新的木如寺建成后，本来木如宁巴寺是主寺，木如寺是属寺。后来木如寺扩建后，木如寺成为主寺，木如宁巴寺成为属寺。到21世纪初，木如宁巴寺由乃琼寺、贡嘎曲德