北洋政府中央召还，署理司法部次长。3月，任蒙疆善后委员会委员。5月暂定代理国务院秘书长，7月兼暂定代理京师税务监督。翌年9月，他任内务部次长。冯玉祥北京政变（首都革命）爆发后，薛接替王芝祥任京兆尹。1925年任甘肃省省长。1926年（民国十五年）9月，五原誓师后国民军改组国民联军，薛任国民联军总司令部财政委员会委员长。
国民政府时代的活动.1927年（民国十六年）6月，他任河南省政府委员兼财政厅厅长，同年8月任国民政府内政部首届部长。翌年1月，兼任河南省民政厅厅长（国民政府内政部长