以渎职和肛交罪控告安华，最后安华被判罪成入狱。1999年大选，因前署理主席安华的逮捕及审讯，安华的烈火莫熄运动及替代阵线成立的影响，巫统的支持率滑落至54%，144议席中夺下102席。
阿都拉时代.在马哈迪领导下马来西亚进入经济繁荣的时代，担任了长达22年的党主席及首相后，于2003年退休，由其指定的接班人阿都拉巴达威继任，敦拉萨克长子纳吉接任署理主席。2004年的第11届大选，国阵在阿都拉的领导下取得压倒性胜利。不过2008年的第12届大选，该联盟首次失去三分之二国会议席