觉系统的辨识都纳入压缩结果的考量。因此虽然压缩后档案很小，聆听者几乎分辨不出来。由于有损压缩的不可回复性，这种格式并不适合用在需要反覆存档、读取的工作上。例如音乐工作者修改乐曲内容，有损压缩较适合用在最后的使用者上，最常见的有损压缩算法如MP3。有损资料压缩常用的压缩方法为修正离散余弦（MDCT），利用人类听阈的特性以及听觉掩蔽，将不重要的声音资讯舍弃。结合人类大脑听觉辨识与人耳听阈的研究称为声心理学。需要注意的是，虽然有损压缩在理论上对原始文件造成损失，但这种损失不一定能被人耳