本在非洲的最大贸易伙伴。2012年，南非向日本出口额为64亿美元，而日本向南非出口额则为41亿美元。其中日本主要向南非出口稀有金属、运输设备（汽车及零部件），而南非刚主要向日本出口机械、汽车配件等。另外，有108家日本企业在南非注资，其中包括丰田汽车、日产汽车、三菱商事、三井物产和住友集团。日本向南非有偿援助201.45亿日圆、无偿援助133.99亿日圆、提供技术协作项目104.15亿日圆。日本和南非两国在1963年4月6日签订邮政协定。其后在1994年3月8日签订航空协定、在1997年3月7日签订