中国第一历史档案馆都想争夺整个皇史宬的产权。北京市文物局多次请两家单位一起开协调会，希望两家单位将产权之争放在一边，先把南院的居民搬迁出来，以保护文物。但两家单位都说要先请示各自领导，导致该问题一拖再拖，一直未获解决。北京市人民政府曾就此书面上报中华人民共和国国务院，但中央认为此事应按照属地原则由北京市负责解决。2005年11月，北京市文物局给包括皇史宬在内的16处文物保护单位下发《责令限期改正通知书》，故宫博物院和中国第一历史档案馆接到了北京市文物局下发的整改通知，同时有关方面明确提出制定南院居民的搬