46年11月23日，朝鲜共产党、南朝鲜新民党和朝鲜人民党（非吕运亨派）合併为南朝鲜劳动党，吕运亨当选为第一任委员长，朴宪永当选为副委员长。由于朴宪永批评吕运亨的左右合作路线，吕运亨不久后便脱党。二战后，在美国支持下，李承晚在朝鲜半岛南部建立大韩民国，并开始清除国内的共产主义者。南劳党在韩国国内引发了如丽水-顺天事件等的一系列的叛乱。形势的日渐严峻使南朝鲜劳动党在南方活动日益窘迫，主要领导人最终出走北方。1949年6月30日，南朝鲜劳动党与北朝鲜劳动党合併为朝鲜劳动党，由金日成任委员长。