行政职位中，仅有6个由南方人担任，令南方人更加不满。1955年爆发第一次苏丹内战，到1972年南北双方签订《阿迪斯阿贝巴协定》才结束，「南苏丹自治区」成立。按照《阿迪斯阿贝巴协定》，苏丹南部出口的收益归南方自治区所有。1970年代末，苏丹南部发现石油，此后北方政府企图控制南方石油，导致南北关系恶化，北方对石油的慾望成为后来取消南方自治的重要诱因。1983年，苏丹总统加法尔·尼迈里宣佈废除《阿迪斯阿贝巴协定》，取消南方自治，并在全国实施伊斯兰教法，引起在南部佔大多数的非穆斯林居民不满，引发第二次内