代化大型仓库之一。1996年1月4日，南航将货运处等部门联合重组为运输部。5月4日，南航湿租俄罗斯贝加尔航空的两架安－12货机正式投入营运，两架货机首航天津，并陆续开通广州至成都、沈阳、哈尔滨等航线。其首条国际货运航线于1998年1月开辟，执飞广州至越南胡志明市的定期货运包机，每日一班，次日往返。2000年3月，南航货运用湿租亚特拉斯航空的波音747-400型飞机开通深圳-安克雷奇-芝加哥－深圳的货运航线，正式开始使用全货机经营。其自购的首架波音747-400F型货机于2002年6月开始交付使用。