码头前往尖沙咀中港码头及上环港澳码头航程约为55分钟，而前往屯门码头航程约为40分钟。码头天台并设有直昇机停机坪，由空中快线直升机有限公司提供往来港澳的直昇机服务，航程大约为15分钟。2013年中，为改善已经使用20年的外港码头的环境和设施，海事及水务局开展了外港码头的扩建用来改善环境，也更新及重新佈局码头设施。2014年底，海事及水务局完成更新及重新佈局码头设施。2019年7月21日，由于香港示威警民冲突，海事及水务局宣佈香港港澳码头不适合使用，故外港客运码头在23:30开出尾班船后停止服务，