策遇刺身亡，而曹操与袁绍正在官渡交战，曹操上表征召华歆。孙权打算不放行，但华歆则以孙权能与曹操交好为由劝他放行。孙权于是让华歆应命。华歆走时有千余名宾客和旧友送行，并给他数百金。
回归朝廷.华歆到洛阳后任议郎，参司空军事，后历任尚书、侍中、尚书令。建安十八年（213年），曹操进攻孙权的重镇濡须口，并表华歆为军师。建安十九年（214年），伏皇后当年的图谋泄露，曹操知道后大怒，逼献帝废后，更先替献帝写好诏书，命郗虑持节接收皇后印绶，又命尚书令华歆领兵入宫捉拿伏皇后。华歆率兵入宫搜捕伏皇