沙尼亚政府下台，扶植亲苏的新政府上台。新政府在1940年7月20日宣布「爱沙尼亚社会主义共和国」成立（简称ESR），后更名为「爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国」。新政府向苏联「请求合併」并获得「接纳」，在1940年8月6日正式成为苏联的一个加盟共和国。苏德战争爆发后，爱沙尼亚于1941年被德国占领。许多爱沙尼亚人站到纳粹德国的一边对抗苏军，并参与犹太人最终解决方案以及一些不利于苏联与白俄罗斯人民的行动。苏联在1944年重新夺回爱沙尼亚，并重建了「爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国」，一直到1991年之前爱沙尼亚都