西洋中为祈求和平铸造的铜钟等，都是国家一级、二级文物。博物馆中实物藏品超过2万件，并且有海图5万份、文献书籍2万册。在众多展品中不乏珍品，比如民国时期的船员证件、船舶国籍证书、船舶所有权证书、1875年东海岸海图等。同时也有振华4号轮在亚丁湾成功击退海盗的实物、北京奥运会开幕式上的表演道具船桨等有趣的收藏。
社会捐赠.博物馆的展品来源主要有国家划拨、博物馆购买、社会捐赠等三种方式，保护资金有财政资金和社会捐赠两种方式。上海市人民政府于2007年通过了《上海中国航海博物馆捐赠办法