别集》（收入《卍续藏》第73册）；订正宋濂着、袾宏辑的《护法录》（《嘉兴藏》第21册）。其中的《楞严经疏解蒙钞》曾获梁启超称赞。入清之后，钱谦益努力在创作中塑造“遗民僧”的形象，以寄托故国之思和恢复之志，如“四钵尚擎殷粟米，七条还整汉威仪”。在参加反清复明运动时期，钱谦益认为“西方极乐国土之观，与吾人忠君爱国之心，同此心也”，为此结交了“遗民共作悲秋语”的读彻、“俯躬称国恩，敛容称故主”的道独等僧人。
着作.诗文辑成《初学集》110卷、《有学集》50卷、《投笔集》2卷、《苦海集