省苏维埃政府工农检查委员会委员，曾在红军大学第四分校学习，任中国工农红军学校第四分校二连指导员。1934年任红六军团政治保卫队队长，随红六军团西征。此后，他调任红二军团六师十八团政治委员。参加长征。其间，率部任红二军团前卫。1936年2月，余秋里在云南乌蒙山区与国军万耀煌部队作战时，为掩护团长成钧，左臂负伤，被迫截肢。1936年11月，入抗日军政大学学习。
抗日战争时期.抗日战争爆发后，余秋里任中央军委总政治部直属政治处副主任。1938年起，任八路军总政治部组织部组织科科长兼巡视团