达克沃斯被调到利维坦号，进驻西印度，巴加也跟随前往，并被达克沃斯任命为护卫舰马格西尼（Magicienne）号上的代理中尉。 1798年5月，他被派往海德·巴加（Hyde Parker）的旗舰女王号，后于次年5月1日担任窝拉疑号的代理船长， 在墨西哥湾和古巴沿岸进行了几个月的巡航。 1800年巴加返回英格兰，并参与封锁布雷斯特港近一年。 1801年10月他晋升为上校， 11月就任纳尔逊所属舰队中亚马逊号战舰的指挥官，此后担任该职位将近11年。 后一度随舰队前往西印度，特拉法加海战时亚马逊号在西方巡航，未