候属南亚热带海洋性季风气候，年平均气温22.9℃。海域水深较浅，海草床生长面积约540公顷，种类包括喜盐草 "Halophila ovalis" 、矮大叶藻 "Zostera japonica"、贝克喜盐草 "Halophila beccarii" 和二药藻"Halodule uninervis" 等，以喜盐草为优势种。还分布有潮间浅滩，潮流深槽，潮流沙嵴和海底平原，适合儒艮摄食及藏身。
管理机构.保护区设有广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站，隶属广西壮族自治区环境保护局。管理