史上寺院屡遭地震、兵燹破坏。明洪武十六年（1383年），日本僧人沙门志满曾长途跋涉来凉州朝拜大云寺，并主持募化重修。1927年4月23日，河西发生7.8级地震，大云寺又遭严重破坏，寺内的古钟楼得以留存。1981年9月1日，被甘肃省人民政府重新公布为省级文物保护单位。