台厦道陈滨主持重修，次年改建为规模庞大的庙宇。雍正三年（西元1725年），清廷敕封关公的祖先三代公爵，并制神位，供奉于后殿三代厅。且于雍正五年（1727年），奉旨举办春秋二祭，使之成为全台规模最大，也是唯一拥有「祀典」尊崇的武庙，并与「全台首学」之台南孔子庙并列，享有「祀典武庙」之称。日治时期后，武庙不再列入官方祀典，也失去其原为官方单位之优势地位，但仍在人民心中仍维持其信仰上的崇高地位。民国七十二年（1983年）12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，祀典武庙名列其中，开始规划