三日不得食，以致哗变大掠。崇祯闻知大怒，下诏逮捕如杞、鸿功。崇祯四年（1631年），斩于西市。其子耿章光上书鸣冤，后平反昭雪，弘光帝加封左佥都御史。
着作.着有《与争录》、《抚晋疏稿》等。
家族.有子耿章光，进士，官尚宝司卿。