改善环境也可能破坏环境。建造房屋或园林可能导致直接的栖息地破坏，而使用泥炭、岩石等园艺材料、使用自来水灌溉园林、园林产生温室气体造成的气候变化则可能导致间接的栖息地破坏。部分园艺活动也可能导致园林内外生物的死亡，例如使用农药不仅会杀害蛞蝓和蜗牛，还会杀害刺猬、欧歌鸫等捕食者；过度的使本地物种灭绝。