担任为期三个月的访问学者，在这三个月中，走遍台湾各县市，深入了解台湾，期间曾至金门，是金门开放观光后首位到访的中国学者。同年，参加中美战略对话，担任台湾问题小组召集人。1995年，两岸关系因李登辉访美而陷入低潮后，辛旗参与多份对台文件的起草，成为中华人民共和国政府对台政策的主要智囊之一。1996年，辛旗应克林顿政府邀请，赴美国访问一个月，与美国政界、学界、军界人士交换意见。1997年、1998年多次参与中美二轨对话。2000年参与中、美、日三国高层战略磋商。2001年起多次率团访问美国、印度、韩国、蒙古、朝