站位于与交界的明治通地下。月台採用岛式月台1面2线设计。大厅与月台两侧部分地区採用明挖工法，中央区域採用潜盾工法。为了避开东西线与神田川，站体与隧道较深，月台距离地表约30公尺。剪票口分别位于月台两端，各有两出口通往明治通两侧。其中一个出入口位于早稻田大学西早稻田校区（理工学术院、各理工学部等）校地内。本站以北约350米是东西线的轨道，而且由于接近高田马场站，故曾有计画建设换乘通道。但由于需要避开维生管线和神田川，最终搁置换乘通道的计画。开业当时两月台皆设有月台门，但仅涩谷方向月台设有可动式踏板