后宫位于马祖村，是岛上妈祖的信仰中心，信仰者众，香火鼎盛。南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。妈祖生前为善人间，又得地灵之利，于农历九月初九在此羽化昇天。明朝时，妈祖受封为天妃；清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称；因此，供奉妈祖的庙便命名为天后宫。早年庙貌陈旧，民国32年和平救国军司令张逸舟曾督饬重建，后又经多次整修。现为宫殿式建筑，整体庄严，并且结合两岸三地工匠共同完成，雕樑画栋