黄化鲤等人重修此庙，事后立碑及增加供奉的长生禄位，即今该庙尚存的「重兴总赶宫碑记」与「黄化鲤长生禄位」。进入台湾日治时期后，该庙在明治三十六年（1903年）与大正元年（1912年）整修过，而当原本位于大南门内开漳圣王庙((兴南宫)因要兴建台南第二寻常高等小学校校舍而被拆毁后，其神像便被移到此庙供奉。民国八十几年间，开漳圣王由原兴南宫管理人员后代子孙请回后，至今下落不明。二次大战结束后，台湾进入民国时期，该庙在民国三十六年（1947年）由张江霖等人进行整修，民国五十五年（1966年）时再修，而民国七十