全陷于孤立的齐燮元被迫下野，流亡日本。1925年（民国14年）冬，齐燮元在湖北省复出，被吴佩孚任命为十四省讨贼联军副司令。后来，因败于中国国民党的北伐军，齐燮元被迫下野。
亲日政府的活动.1930年（民国19年），阎钖山、冯玉祥挑战蒋介石，齐燮元参加了阎钖山、冯玉祥一边，被任命为江北招抚使。阎、冯败北后，齐燮元逃入天津英租界。后来迁往北平隠居。1937年（民国26年）12月，王克敏创建中华民国临时政府，齐燮元参加，任治安总长。此外，还兼任清乡总署督办、议政委员会常务委员。