水质原本良好，不过其中从喜马拉雅山的到德里的的这一段，长375公里的河段，在到之间有15个下水道的污水流进亚穆纳河，因此在沃济拉巴德之后的污染非常严重。官方人员描述这条河有如污水沟渠一样，其生物需氧量（BOD）在14至28 mg/l之间，而且含有大量的大肠桿菌。亚穆纳河的污染源有：家庭废水及都市废水、由于森林砍伐而造成的土壤侵蚀、农业生产产生的肥料、除草剂、杀虫剂等农业废水、商业活动产生的迳流以及工业废水。