铁路台东线是瑞穗乡对外铁路运输的重要管道，经此往北可通往花莲市，再经北回线、宜兰线、纵贯线则可达宜兰、基隆、台北及台湾西部各地；往南可通往台东，再经南回线、纵贯线则可达屏东、高雄及台湾西部各地。台东线铁路在瑞穗乡境西部以大约呈南北方向贯穿而过，原设有富源、瑞北、瑞穗三个车站，目前瑞北站已撤而仅剩两站。瑞穗车站是一个三等站，位于全乡政经中心瑞穗村的闹区，除少数特定班次以外，东线铁路各级列车一般均有停靠，为乡内民众及货物往来外地的重要出入口。富源车站也是一个三等站，位于富源村，列车停靠班次略少于瑞穗车站