朱粲打败，奔还江都。618年春，宇文化及杀害隋炀帝，立他的侄子秦王杨浩为帝。宇文化及杀害了大批的隋朝高官和宗室，但是没杀杨恭仁，反而任命他为吏部尚书。宇文化及率骁果军北返，败于李密，宇文化及派杨恭仁守魏县（今河北邯郸）。当时元宝藏据有魏郡，619年，唐朝大臣魏征劝说元宝藏，捉住杨恭仁送于京师，献给唐高祖。唐高祖李渊在隋朝时和杨恭仁就是朋友，遂封杨恭仁为上柱国，承袭观国公爵位。武德二年（619年）春三月，杨恭仁被任命为门下省黄门侍郎。因为杨恭仁熟悉西北军情，唐高祖任命杨恭仁为河西道安抚大使、检校凉州总