辞退了自己的尊号和兵仗，足利义满也没有提出异议。此后后龟山出家，法号金刚心，开始隐居的生活。身边只有阿野实为、公为父子以及六条时熙等亲近的公卿侍奉，吉田兼熙、兼敦父子在身边进讲神道。应永17年（1410年）11月27日，由于室町幕府违反了明德和约中两统迭立（由南朝系大觉寺统和北朝系持明院统交替继承皇位）的条件，准备立后小松天皇的儿子躬仁亲王为太子；后龟山突然出奔嵯峨，秘密临幸吉野，欲召集旧南朝势力以示抗议。此后，后龟山法皇过着贫穷的生活。然而1412年躬仁亲王登基，成为称光天皇。1415年伊势国司北畠满