1872年4月5日（明治5年2月28日）兵部省废止，陆海军分割而设置海军省（太政官布告第62号）。两个小舰队于同年6月23日（5月18日）编成「中舰队」，指挥官为伊东祐麿大佐。此中舰队于1875年10月25日解散，舰队同月28日分属东部指挥官（伊东祐麿少将）和西部指挥官（少将）。依据同日的海军省号外，日本海域以和能登岬的连结线为边界画分为二，东侧为「东部」（主要基地：横滨），西侧为「西部」（主要基地：长崎）。1876年8月31日、设置东海、西海镇守府（太政官第83号达），东西部指挥官下的舰船由两镇守府