辉注先后两次参加乡试，考中生徒。但潘辉注一直郁郁不得志，直到明命二年（1821年）他编纂的《历朝宪章类志》刊行之后，才获得明命帝的赏识，授翰林院编修一职。明命六年（1825年），潘辉注作为副使出使清朝。归国后任承天府府丞，明命十年（1829年），改授广南协镇。明命十二年（1831年），再次作为副使出使清朝。翌年被谴，降职出洋效力，前往荷属东印度的首府巴达维亚（今雅加达）公干。归国后，于明命十五年（1834年）授工部司务。不久以生病为由辞官退隐。明命二十一年（1840年）病逝于山西省广威府先丰县青梅总青梅