中西部为盐水溪、曾文溪淤积平原，近三百年来增加大量土地，平坦适合农作。东部为阿里山山脉、玉山山脉分支，有部分丘陵、山地分布。河川东向西流，有多座水库分布。乌山头水库供应台南县市饮水，曾文水库可远供应至嘉义县市。因为全境位于北回归线以南，气候温暖，属于热带季风气候,冬季偶有大陆冷气团来犯。南瀛大地貌最彻底改变的当属清道光三年（1823年）的嘉南大水患。此次大水山洪，挟带大量土石泥沙沖入台江及倒风两大内海，不但使曾文溪改道，盐水溪南移，更将内海及滨海口全部填成陆地─北从盐水港、下营茅港尾、蔴荳港到西港、安定