通列车可直接从长崎往返东京。1945年4月因遭受美军空袭，车站月台及当时停靠的列车遭到炸弹炸毁，车站建筑也连带部分损毁；同年8月长崎又遭到原子弹攻击，使得剩余的车站建筑全部遭到烧毁。第三代的车站建筑在1949年完成，其特色为在屋顶的三角形边缘採用了花窗玻璃。1957年往返于东京和长崎之间的特级卧铺列车开始营运，1958年一度改名为「和平号列车」（日文：），1959年再更名为，一直到2005年，长崎车站直达东京车站的特急列车才停止营运。1982年，长崎车站往南至长崎港车站的路段停止使用，第三代的车