发后，他被推举为山东省各界联合会会长，负责劝山东巡抚孙宝琦宣布独立。1912年，中华民国成立后，任山东都督府最高顾问，兼秘书长、参谋长。1912年3月，任山东岱北观察使，任内将沾化古剎所藏的1872册经典图书送交山东省图书馆保存。5月，进步党成立，7月统一党山东支部成立，靳云鹏等人任名誉会长，任副部长。后获聘为山东都督府最高顾问兼秘书长、参谋长，并当选国会议员。后又调任河南豫西观察使，并历任汝阳道、河洛道道尹。1916年辞职回乡后，被获聘为总统府秘书。1918年当选国会议员，并任齐鲁金石书画馆监督、山东