。在汉代已因与匈奴的战争而设置西域都护。在唐代设有安西四镇，后因安史之乱逐渐放弃，此后该地区遭受了突厥族穆斯林的伊斯兰化。在9世纪后，塔里木盆地西部逐渐被喀喇汗国佔据，东部则是信仰佛教的高昌回鹘。在10世纪后伊斯兰教成为喀喇汗国官方宗教，通过向于阗和焉耆进攻向东传播。但一直停留在阿克苏一带。在1390年，东察合台汗国后王黑的儿火者向吐鲁番和哈密一带进攻(在秃忽鲁帖木儿时已传至库车)，在大约15世纪中那个地区伊斯兰教已取代佛教成为一般人的信仰。北疆的伊斯兰教则是由准噶尔汗国征服阿尔蒂沙尔后，带去的