在奥斯曼帝国保护下）控制匈牙利东部（），而南部地区被奥斯曼帝国吞并。1531年，德意志选侯选举斐迪南为“罗马人民的国王”，使他成为查理五世皇帝的直接继承者。由于斐迪南企图利用捷克军队去镇压德意志新教徒，波希米亚在1547年曾发生一次叛乱。当施马尔卡尔登联盟进行反查理五世的战争时，斐迪南极支持其兄压制德意志地区的新教诸侯。1552年新的宗教战争爆发时，他又充当查理五世与施马尔卡尔登联盟之间的调解人（查理在这次战争中失败）。在扎波尧伊·亚诺什去世后，他的遗孀将特兰西瓦尼亚和匈牙利东部割让给斐迪南（155