初，中华人民共和国与吉尔吉斯建交。其后，两国达成协定，在联合堪测边界后举行谈判，以解决边界问题；经过多轮谈判后，中国与吉尔吉斯先后在1996年和1999年签署协议，解决全部边界争议。1996年中旬，吉尔吉斯经济学家建议以提出改革开放的邓小平命名首都比什凯克一条街道，使吉尔吉斯能够从中华人民共和国改革开放的经验上学习。2010年吉尔吉斯南部种族骚乱中，约7000名当地华人被困南部地区，或是往批发市场的住宅区里暂避；中华人民共和国驻吉尔吉斯大使馆计划护送华人到安全地区避难，当地亦有华商商会安排保安员保护