仁大学神学院。毕业后前往德国慕尼黑哲学院攻读哲学博士。自1997年台湾省教育厅开始推动生命教育课程研拟时，便受邀进行指导工作，现为国立台湾大学哲学系教授暨生命教育研发育成中心主任。原配万淑宜病逝后，孙效智于2007年4月与患有罕见疾病的前人间卫视主播杨玉欣结婚。2012年至2016年，杨玉欣担任不分区立法委员，孙效智协助其进行多项政策研究，先后推动《安宁缓和医疗条例》第三次修法与《病人自主权利法》之立法，担任《病人自主权利法》起草者，并于《病人自主权利法》试办期间协助子法及配套措施之建置。