于奥勒良城墙外，少了一层保护，而成爲他们攻击的目标，其后教宗良四世收复教堂后建设以保护教堂；1099年，教宗乌尔巴诺二世连同安瑟莫召开，重申反对叙任权斗争及神职人员与世俗领主的不良关系。到了15世纪，教堂结构日益变旧，亚维农教廷迁回罗马后，莱昂·巴蒂斯塔·阿伯提和贝尔纳多·罗塞利诺提出重修教堂，维修半圆形后殿，并于在圣殿正面加建多层阳台。阿尔伯蒂断言圣殿有结构问题：儒略二世原本打算保留此建筑，但其后改变主意，计划重建教堂。因爲圣殿对教会历史有重大意义，当时人民对此计划有很大反响，最后大殿里的祭坛得以