学学科排名财团法人高等教育评鑑中心基金会 公佈之WOS（Web of Science）排名，为国内大专院校2002年至2006年在20个学门中研究论文之质量指标，其中20个学门皆属于自然科学与工程类学门，长庚大学共有9个学门进入排名。其中临床医学、神经科学与行为学排名第二，仅次于台湾大学土耳其中东科技大学（Middle East Technical University）学术机构于2010年发布以学术表现为主的大学排名（University Ranking by Academic Performan