身份得到了清朝官员的容忍甚至提倡，对此亨利·施瓦茨（Henry Schwarz）称，“从某种意义上说，清朝的胜利是伊斯兰的胜利”。1860年代，整个西北地区爆发大规模反抗清朝统治的穆斯林武装起义，中国方面史称“同治回乱”。1867年，中亚浩罕汗国将领阿古柏率部进军新疆，攻占了库车、库尔勒，收复天山以南地区，建立“哲德沙尔汗国”，后改为“洪福汗国”。1870年代初，阿古柏政权已实际控制了几乎全部新疆地区。1870年末，由左宗棠率领的清军攻占新疆，消灭了“洪福汗国”，清军收复新疆之战。1884年，新疆正式建省