入口设置在往龟冈的方向，而月台在京都方向的端点就紧贴着隧道出口，因此无法进出。由于车站桥樑横跨的保津川（桂川）本身也是京都市与龟冈市的市界，因此保津崃车站横跨了两个城市，只是依照车站出入口的位置在龟冈市境内之由而归属于龟冈市境内的车站，与过去设籍京都市西京区境内的旧保津崃车站有些不同。除此之外，虽然位于龟冈市境内，但在JR的特定都区市内制度中，保津崃车站仍然被归属是「京都市内」诸站之一。
车站结构.对向式月台2面2线在桥樑上的高架车站。由于没有转辙器与绝对信号机，被分类为停留所。