4年起施蒂利亚由哈布斯堡王朝第二支支系，内奥地利支系所继承。在内奥地利大公查理二世统治之下施蒂利亚首府格拉茨成为了反宗教改革的中心，1585年新成立的格拉茨大学亦成为耶稣会士反宗教改革的据点。反宗教改革行动持续至下一任内奥地利大公，查理二世的儿子哈布斯堡的斐迪南二世在位时期，斐迪南二世于1619年成为全哈布斯堡领地的唯一统治者，并身兼神圣罗马皇帝。1600年斐迪南二世驱逐施蒂利亚区内所有信奉新教的人口，包括天文学家约翰内斯·开普勒。同一时期施蒂利亚地区亦不断遭受鄂图曼帝国的军事入侵。自1526年摩哈赤战役之