国家公园里充满了高品质的栖息地，棕熊、加州神鹫和在过去的历史时间内已经绝灭了而且，无论是在加州还是在联邦濒危物种法下，另外37个物种目前正处于特殊状态。目前对约塞米蒂野生生物和它们所拥有的生态系统最严重的危害包括自然火系统的失去、外来物种、空气污染、栖息地零碎化以及气候变迁。在更当地化的基础上，诸如路杀以及人类食品的获得等因素已经影响了野生物种。约塞米蒂的黑熊曾经因为强行进入泊好的车偷食食品而着名。它们还是约塞米蒂国家公园垃圾堆的一个多年鼓励的旅游奇观。黑熊聚集在垃圾堆而吃该公园游客的垃圾，而游客们聚集