2006年7月13日，纪万生在TVBS频道政论节目《2100全民开讲》的电话连线中批评，中华民国总统陈水扁就像市井无赖，从党外运动时期就一直说谎，现在更把总统府变成金光党；台湾的检调大多沦为陈水扁的捍卫者，他将发动大规模群众抗争，到法务部部长施茂林、法务部调查局局长叶盛茂等检调高层家门口抗议。 2006年7月14日，纪万生批评，台湾社等「本土社团」为陈水扁护航、讨好陈水扁，「台湾苦难时，你们在哪？读圣贤书，所学何事？」他又说，当权者必须为其家人贪赃枉法的行为负责，「现在已到了临界点，台湾陷入危险沉沦的境