研究。2006年返回台湾进入国立中央大学水文科学研究所（2008年改名为水文与海洋科学研究所）任教至今。
研究.吴祚任的研究主要是海啸、土石流数值模拟与台风涌浪模式计算。2007年12月5日，吴祚任指出位于台湾西南外海的马尼拉海沟可能是引发海啸的高危险区域，如有规模8.0以上地震在此地发生，台湾西南部将会受到海啸威胁。2011年3月11日日本发生规模9.0的大地震引发大海啸后，马尼拉海沟受到台湾学界和官方重视。