结果，使用三种基因（"rbc"L、"atp"B及）的分析，加上形态学的限制条件，导致薯蓣目之下各科的重新编排。本科在APG II 的扩阔了，还包括过往在APG I属于肉质腐生科的物种。结果在这个分类，薯蓣目物种被重组成为三个科。这个分类办法在被子植物APG III分类法(2009)保留不变。与此同时，部分进行中的研究仍然质疑这种三分关系，认为较早期的分类更能表现出薯蓣目各属间在演化过程的关系。根据这些研究结果，他们认为薯蓣目的组成如下：严谨定义的水玉簪科非洲水玉杯属 （"Afrothismia