表示:「没有马爷，就没有今天的我。」马兆骏于1998年结婚，妻为郭美珒（Juby），育有一子两女。妹妹马毓芬曾为歌手，参与过很多歌手的唱片合声，现为专业音乐制作人；哥哥马兆骅亦曾为音乐工作者。他于2006年12月发行新专辑，并于翌年2月开始在中国广播公司「iRadio」音乐网任DJ。
逝世.2007年2月23日22点，马兆骏与妻子一起到顶好超级市场永和店购物，在22点47分突然昏倒并唿吸不顺，旋即送往永和耕莘医院急救，到院前已无生命迹象；在当晚23点05分宣告马兆骏不治逝世