大经堂的壁画分上、下两个部分，下部壁画为经堂四周墙上的壁画，现已基本无存，仅经堂大门左、右两侧的壁画尚保存完好，壁画内容为四大天王、无量寿佛、欢喜佛、裸体女菩萨像等等。上部壁画是指经堂天井的西、南、北三面墙上的绘画，主要内容是萨迦派知名人物的肖像及其他藏传佛教重要人物的画像，画中人物均面向中心佛堂，三人一组。西面壁画中有，金刚手菩萨、莲花生、扎巴恩协的画像；南面壁画中有，古如·阿娃土日、永达米玛、卓米·释迦益西、尊者·查巴坚赞、查普巴、贡嘎坚赞像等等；北面壁画中有，索南尊姆班禅、衮嘎宁波、卓衮·却杰帕巴、阿