20多名共产党员和亲共人士被捕入狱。1946年7月11日，在周恩来、张治中等人的协调下才获释出狱。回到延安后，马明方历任中共中央西北局副书记兼中共晋南工委书记，西北人民革命大学校长，西北局后方工作委员会书记等职。
建国后.中华人民共和国成立后，马明方出任中共陕西省委书记、陕西省人民政府主席，中共中央西北局第三书记、西北行政委员会副主席、西北军区副政委等职。1954年8月，调入中央工作，任中共中央副秘书长、兼中组部副部长，协助中央秘书长兼中组部部长邓小平的工作；1956年1月起，还兼