刺史、归义侯，隔年（401年）更被派还西秦故都苑川镇守，并归还其部众。至后秦弘始四年（402年），乞伏炽磐逃奔后秦，姚兴也授他官位，不久更加干归散骑常侍、左贤王。干归于降后秦时期，曾经受命与齐难等后秦将领到姑臧（今甘肃武威）接受后凉王吕隆投降。干归又屡攻仇池，先后攻破仇池所领的皮氏堡和西阳堡。干归更于405年攻破吐谷浑，其中吐谷浑君主大孩更在败走后不久去世，干归俘掳了一万多人。
复国与遇刺.弘始九年（407年），姚兴认为干归的势力逐渐强大，难以控制，于是趁其入朝的机会将其留在长安当