署检察官侦查终结，依煽惑他人犯罪、侵入建筑物、妨害公务、毁损等罪起诉93人。2015年5月5日，台北地检署检察官第二波侦查终结，依侵入建筑物罪追加起诉39人，合计共起诉132人。2016年5月20日，蔡英文就任总统，民进党政府上台，新任行政院院长林全裁示针对行政院提告太阳花学运人士在2014年3月23日夜间至3月24日凌晨进入行政院一事，对126位被告撤回告诉乃论的刑事告诉。21名被告涉嫌非告诉乃论部分，台北地方法院继续审理。2017年4月10日，台北地方法院一审宣判，11名被告依妨害公务、毁损