利尔-史密斯建议囊泡虫的祖先是一种有叶绿体的，并发展成了色藻界 (囊泡藻界假说). 但是，色素体只出现在相对衍生的(而不是比较古老的)群体, 其它人的观点是囊泡虫最初缺少色素体，可能是双鞭毛虫与顶复门生物分别独立获取色素体。也很可能是囊泡虫总门与不等鞭毛总门的色素体这个细胞器有一个共同起源，是从红藻那里获得了色素体.
进化.囊泡虫的共同起源可能是一种吸食(myzocytotic)被掠食者的细胞，有两条鞭毛, 微孔, 刺丝胞(trichocyst), 棒状体(Rhoptry),