交通.两国由新柔长堤和马新第二通道连接着的。目前两国正计划建造一个衔接两国的新柔捷运系统，预计于2018年通车。在2013年，新加坡和马来西亚还同意建立马新高速铁路。该项目预计将在2026年完成，届时将会连接吉隆坡大马城和新加坡裕廊西。
争端.1965年，东姑阿都拉曼将新加坡州自马来西亚联邦除名，新加坡州获得独立并成立新加坡共和国，另外，新加坡与马来西亚间在；就位于柔佛沿岸的白礁存在领土争议，国际法院于2008年时以12票赞成，4票反对，裁决该岛主权属