00石的旗本，永井直清也因此领有石高增至1万2,000石成为大名，并将其居所定于长冈，在此建立长冈阵屋，也因此成立了，但在1649年其被转封至后，此地区成为分属皇室、公家、幕府及相关人员的领地。1868年江户幕府结束后，先后隶属新成立的京都裁判所和京都府；1889年实施町村制，现在的长冈京市辖区在当时分属、、，1949年这三村合併为长冈町，1972年长冈町改制为市，但因为当时在新潟县已有长冈市，因此改制时同时改使用长冈京市做为新的名称。
交通.辖内有西日本旅客铁道的东海道本线、