当时与特提斯洋相接，两者的交界处相当于今日的Rona湾、巴伐利亚、维也纳平原。在中新世，潘诺尼亚海与特提斯洋隔离，而特提斯洋逐渐消失于今日的西亚地区。在东方的瓦拉几亚黑海地区，有个海洋，两者之间借由杰尔达普海崃（Đerdap Strait）连接。在海平面最高的时候，潘诺尼亚海最南到塞尔维亚，摩拉瓦河河谷成为潘诺尼亚海的一个海湾，并与爱琴海连接。潘诺尼亚海存在了约3,000万年。在更新世中期消失，约60万年前，而特提斯洋早已消失。