林卡岛的一部分在1938年建立为自然保护区。科莫多岛在1965年对外宣布成为保护区，并在1977年时成为联合国教科文组织生物圈保护区。1980年三个岛屿合建国家公园，并在1984年扩大到包括弗洛勒斯岛在内的周边海域。1991年获联合国教科文组织列入世界遗产名录。1995年以来，国家公园管理局一直获美国的环保组织美国自然保育协会支持。2000年时，保护区管理局和美国大自然保护协会共同撰写一个关于增加海洋和陆地能源开发问题的新的管理计划。绝大多数资源的压力源于公园以外捕鱼业和商业企业所带来的问题。然而，