结构，具有32个含氧杂环（环醚）、22个甲基、28个羟基和两个硫酸酯基，其中硫酸酯基有着重要的生物学效应，对其毒性起到了决定性的作用。它是由生物产生的非蛋白，非多糖分子中最大的，最复杂的之一。刺尾鱼毒素的分子结构是由东北大学、哈佛大学和东京大学通过核磁共振及辅助的质谱和化学合成确定的。然而，近年来Gallimore与Spencer等人在参照生物合成原理及水生生物聚醚的合成模型后认为目前的结构中的一个环形结（J-K环形结）有问题，因而怀疑整个结构的准确性。 Nicolaou和Frederick则认为即使考