党内也任职中央执行委员与中央评议委员，在担任内政部长期间，签署命令废止编印我国大陆地区地图注意事项。2006年1月，转任农委会主委。2009年，中华民国县市三合一选举，苏嘉全担任民进党的选战策略小组召集人。2010年5月20日，苏空降参选2010年台中市市长后，辞去民进党秘书长一职，但11月27日的五都选举最终在不被看好的情况下小输给国民党提名、寻求连任的胡志强。吴乃仁于选后请辞祕书长一职，主席蔡英文于同年12月20日宣佈苏嘉全重新接任秘书长，于同日的中执会后正式上任。2011年9月9日，苏嘉全接受