Xen的生物被传输到了地球。（黑色高地事故）当弗里曼正努力逃出研究所为伤害找寻帮助时，发现自己被两股势力追杀：敌对异形和「危险环境战斗部队」，是一队为清除所有异形和杀光研究所的人灭口而派遣的美国海军陆战队之特殊作战部队。另外，有一位神秘的中年男人G-Man间中出现，似乎在监视弗里曼。最后，弗里曼透过所有倖存的科学家和保安的帮助去到黑色高地的Lambda综合设施（标志是λ），目的是前往Xen找出关闭传送通道的方法。（其实Xen生物都是善良的，而它们是被控制的：何况人类盗取晶石，增加了对人类的愤怒，战争也是