3年（1179年）的政变中，后白河法皇的院政被废止，平家恢复了明云天台座主的职务。寿永元年（1182年）担任大僧正，此后担任平家的护持僧，调和平氏政权和延历寺之间的矛盾。平家撤出京都的时候，明云继续担任延历寺天台座主之职。翌年（1183年）木曾义仲率部袭击后白河法皇的宫殿法住寺殿，明云在战斗中被杀。当明云的首级被献给了木曾义仲时，木曾十分蔑视他，将其首级扔进了西洞院川中。明云死后，木曾义仲任命自己的追随者俊尧为新的天台座主。由于明云以最高级僧侣的身份在战场上参与杀人，最后战死，因此在《愚管抄》中