北方邦巴拉班基一座名为金图尔的村落出生。19世纪中，他离开了印度前往伊拉克纳杰夫朝圣，后来在1839年到伊朗霍梅恩定居。在一封写给阿亚图拉优素福·卡什米里的信里，霍梅尼确信他的祖父有克什米尔人血统。霍梅尼在霍梅恩出生，他在6岁时即开始学习伊斯兰教的圣书古兰经及基本的波斯语。翌年，他在当地的学校上课，学习宗教等传统学科。他的幼年时代都在远亲贾法尔和兄长莫尔塔礼·帕桑迪德的帮助下接受宗教教育。第一次世界大战结束后，霍梅尼原本被安排到伊斯法罕一所伊斯兰神学院就读，但是他反而到阿拉克的另一所神学院就读，接受阿亚