该层提供化学和物理保护，并能防止大分子接触细胞膜。与细菌不同，古菌的细胞壁缺少肽聚糖。古菌鞭毛操作类似细菌鞭毛，它们的长梗是由在座部的旋转马达驱动。然而，古菌鞭毛在组成和发育上有着明显的不同。这两种类型的鞭毛是从不同的祖先进化而来的。细菌鞭毛与III型分泌系统共享一个共同的祖先，但是，古菌鞭毛似乎已经从细菌IV型菌的性菌毛进化而来。对比，细菌鞭毛是空心的，并且是由其子单元从中心孔向上移动到鞭毛的末端装配，但是，古菌鞭毛是由在基座中添加子单元合成。
遗传学.古菌通常拥有单个环状的