年奉命成立军医总监部，并担任总监、军医设计监理委员会主任委员，兼陆军军医学校校长。1929-1938年是名义上协和医学院的校长。1938年辞卸部、署职务在香港建立协和医药公司。1949年去台湾协助发展医学教育；1959年因病赴美就医，1961年8月在纽约圣路加医院逝世，享年71岁。＊杜聪明创立高雄医学院时，未有校地即开始招生，悖于法令规定，然当时教育部长张其昀因杜聪明在医学与政治圈的声望为信任基础而特准招生。刘瑞恆对此事不满，并行文教育部，若教育部不命令高雄医学院关门，他将不分配美援给教育部。