印度向克什米尔派兵。真纳批评印度教的克什米尔土邦大君不顾其臣民大多数是穆斯林加入印度，并开始直接支持入侵的非正规军。一开始真纳还打算直接派巴基斯坦军队进入克什米尔，但是由于遭到了英国指挥官的反对而未能如愿。1948年9月11日真纳因肺结核和肺癌逝世于卡拉奇。巴基斯坦政府在卡拉奇为他建立了一座真纳陵寝纪念堂，真纳逝世后入葬此处。
立法者.从1910年真纳首次被选入孟买的立法机构开始到他1948年逝世他在立法机关里工作近40年。他是一个优秀的议员，这也是他反对政治革命和动乱的原因。他