终找到了尼欧，他认定后者就是转世的救世主，但尼欧却对此身份有所怀疑。尼欧通过与莫菲斯的电脑程式训练，发现只要看破真相，并坚定相信在虚拟世界中的一切都不是真的，就可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力的程式加以改变甚至破坏，以此做出各种违背物理定律的事，例如：一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等，这在「母体」中也适用。尼欧莫菲斯等人再次透过连接器进入「母体」拜访先知，先知告知尼欧「现在的他」并不是救世主。他们返回真实世界的途中，母体派出多个以史密斯（）为首的特工追杀。特工有