国防部发布第十波阁员名单，确认林全内阁最后一位部会副首长。奉总统蔡英文核定，军政副部长一职由海军司令李喜明上将出任，司令职位则由海军副司令黄曙光中将接任，并获总统拔擢晋升二级上将。人事案将于六月一日生效。2016年6月24日，政务委员施俊吉转任台湾证券交易所董事长；台湾省政府主席由政务委员许璋瑶接任；行政院副秘书长由何佩珊接任。2016年9月19日，行政院发言人童振源转任国安会谘询委员；由民进党不分区立委徐国勇接任。人事案将于十月一日生效。2017年2月3日，行政院发言人徐国勇宣布内阁小幅度改组