世纪70年代，越南战争结束后，联合参谋长建议废除部分司令部以削减美国在海外的驻军。出于政治原因，这个指挥部门艰难的留下来了，不过负责的地域和资源有限。20世纪80年代，萨尔瓦多，尼加拉瓜和其他地方的内部冲突激起了美国对拉丁美洲的军事兴趣。反过来，罗纳德·里根政府又振兴了美国的南方司令部。冷战结束时，像美国其他军事组织一样，司令部发生了历史性的变化。美国南方司令部迅速开展了包括禁毒在内的一系列活动，扩大了其重点关注地域，包括加勒比地区，并提高了履行人道主义使命的能力。 1997年9月，美国南方司令部迁