史可以溯及18,000年前的旧石器时代，区内有多处绳文时代的遗迹出土确认，尤其在本乡高地周边发现了大量贝冢和绳文式土器。1884年（明治17年），在本乡向丘弥生町（现在的弥生一丁目）的贝冢中发现的土器被依发现地而称为“弥生式土器”，这即是后来演变而成的弥生时代称谓的由来。1896年（明治29年）在六义园至本乡通的东侧（现在的本驹込五丁目）又出土了弥生后期的遗迹。至今为止，在文京区和丰岛区的接壤地区已经确认了大片的历史遗迹出土。进入战国时代后，属于上杉氏管辖的地区，并受到太田氏、丰岛氏等豪族的影响，而后又