自菲律宾巴拉望岛的惊奇猪笼草之间存在着近缘关系。长毛猪笼草也与产自棉兰老岛的盾叶猪笼草近缘。
自然杂交种.已发现了两种关于长毛猪笼草的自然杂交种。
爱德华猪笼草与长毛猪笼草的自然杂交种.哈里猪笼草为爱德华猪笼草与长毛猪笼草的自然杂交种。其亲本之间存在着密切的近缘关系。其为亲本的中间型，可能很难与之区分。1882年，弗雷德里克·威廉·伯比奇原将其描述为一个物种。1908年，约翰·缪尔黑德·麦克法兰在他的专着中首次认识到其起源于杂交种，描述依此进行了描述