加首都设立具大使馆性质的中华民国特别代表团。代表团除具商务、领务功能外，并享有外交优遇。1998年9月9日，马达加斯加内阁会议片面废止协议，使代表团功能受到很大限制，后于2000年8月30日宣布裁撤。1997年1月，马达加斯加副总理阿坎姆夫妇应世界自由民主联盟（世盟）邀请访台。
签证.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。没有给予任何地区的公民免签证待遇，持中华民国护照的中华民国公民可于抵达首都的伊瓦图国际机场时办理落地签证入境，签证费视停留效期而定。签证相关事宜，可询问马达加