流出层析柱的速度不同，多种化合物因此分离。通常分子小的化合物先流出层析柱，分子大的化合物比较难通过硅胶孔隙，所以大分子化合物较慢流出层析柱。经过层析柱分离纯化的化合物从层析柱末端流出时，可串联各种仪器检测，如：质谱仪、电子捕获侦测器、热导检测器、火焰电离检测器、光离子化检测仪、热离子侦测器(Thermionic Ionization Detector)...等分离的化合物被气相层析仪后面串连的检测器检测到，产生相应的信号，并被转化为电信号输出。在色谱柱中固定相的作用是分离不同的组分，使得不同的组分在