是JR西日本琵琶湖线（本身是东海道本线的一部份）与近江铁道本线的交会车站，也是所在地彦根市的主车站。在JR西日本部分，本站隶属于JR西日本京都支社的管辖范围，属JR西日本大坂近郊都会路线网都市网路（）范围内的车站之一。至于近江铁道部分，彦根车站是该公司车辆基地的所在地，由于里面放置了许多该公司曾经使用过的各式旧型车辆，因此特别设置了「近江铁道博物馆」（）对外公开展览。位于彦根市中心地带的彦根车站周围围绕了许多该市重要的公共与商业建筑，其车站西口正面约500公尺处可以见到幕府时代彦根藩井伊氏一族的根据地、