5年，日本宣佈无条件投降，于同年9月16日签署投降书的仪式，举行地点正是总督府。签署仪式所用的长桌，现时于香港历史博物馆展览。
第二次世界大战后.由于日本人进行过维修工作，是故第二次世界大战后总督府继续用作总督之官邸。香港总督杨慕琦于1946年迁回官邸，将日式装置拆除，并且将其改为兴建成为4间睡房和浴室，惟日式塔楼及日式瓦顶因为工程难度及实际需要而获得保留。香港总督葛量洪则在房间墙壁上镶嵌饰板，加装壁炉，增加兴建露台及安装独立空气调节等，于主楼门廊入口添置一对石狮子。香港总督麦理浩