年（民国27年）冬，万福麟不再担任前线指挥官。此后，万福麟交卸军职，脱离政治，担任闲职。1940年（民国29年）5月，被任命为辽宁省政府主席，此为象征性职务，不提名省政府委员及厅长。第二次国共内战中，1948年（民国37年）8月，万福麟被任命为东北剿匪总司令部副总司令，但无实权。1949年（民国38年），万福麟逃往台湾，被任命为总统府国策顾问。1951年（民国40年），万福麟病逝台中。享年72岁。