结合并不会刺激甲状腺分泌甲状腺激素，但由于促甲状腺激素因此被阻碍而无法与受体结合，于是导致甲状腺激素分泌量远少于自身所需，因此患者呈现甲状腺功能低下。上面这类因自身基因异常所导致的免疫系统异常，尽管通常可以通过药物进行较为良好的控制，但一般不可能通过药物治疗根治。而对于某些非关键器官，例如甲状腺，可以通过手术摘除的方式根除疾病的病态反应。但术后需要长期服用相关药物以补充体内无法制造的物质，例如甲状腺激素等。而另一种抗体相关的疾病则与“正常的”外来物有关。例如对于怀孕的妇女而言，其腹中胎儿，又或者进入