私、反偷渡、反渗透、反突击」的任务。海巡部即为专责执行海岸巡防任务的军种。海巡部编组基本上继承警总，以「忠爱」为军风，制度面也是以警总为骨干。另一些有意思的历史痕迹，如位于海巡部时期位于寿山的台南师管部（原南警部），使用的餐具均有「警总」刻字；行政的预算经费中，拨与情报、作战部门的经费有「山海防费」项目等。部分单位的装备，尚留有「海军陆战队」或「宪兵」字样。
架构组织.初期，海岸巡防司令部分别在台湾本岛与澎湖县地区，设置北巡部、中巡部、南巡部、东巡部四个地区，下