军区第一军分区司令员、中共太行一地委书记，率部参加反扫荡战争。
第二次国共内战时期.第二次国共内战时期，秦基伟出任太行军区司令员。1947年8月，晋冀鲁豫野战军第九纵队在河南博爱王卜昌地区成立，秦基伟任司令员。尔后第九纵队编入“陈谢集团”，南下黄河进入河南。1947年8月，截断陇海铁路。年底，配合华东野战军出击平汉线，歼灭上万余国军部队。1948年，参加洛阳战役。同年5月，发动宛西战役、宛东战役，并参加豫东战役。10月，率部占领郑州。11月，秦基伟参加淮海战役，围歼国军第12兵团。