同，千禧校舍标准将中、小学校舍明确分为两类。当中，中学版本校舍的设计标准较为统一，均设30间课室，但礼堂设计分为早期及后期版本：早期版本（除健明邨附设的两所同类校舍外，均于2000-01年落成）的窗户外观与第二代灵活式校舍礼堂相若，而后期版本（除仁济医院罗陈楚思中学外，其他同类校舍均于2002年及以后落成）则改为与类似小学千禧校舍的样式；此外，后期版本校舍特别室翼的窗户阔度，亦较早期设计的有所增加。至于小学版本校舍较则有弹性，提供24、30及36间课室的选项（当中，36间课室版本校舍虽然曾经批出，但未曾兴建