有部分南朝遗臣持续留在吉野山区中继续与室町幕府对抗直到15世纪末。16世纪初期支配伊势国的北畠晴具企图进军大和国，因此先控制了吉野，并在此区域与大和国的、、十市氏、发生多次战争。江户时代后，此区域被划为幕府直属的天领，并在1795年由位于西北侧宇智郡的五条代官所负责管理。
交通.进入吉野的铁路交通以近畿日本铁道的吉野线为主，可在奈良县中部橿原市内经橿原线、大坂线、南大坂线转乘；西日本旅客铁道的和歌山线仅可抵达吉野西北部的五条地区。