'端加上腺嘌呤的机率最大化。值得注意的是，制造用于TA克隆的目的基因的DNA聚合酶不能有3'-5'外切活性，否则产物的3'端不会多出一个额外的腺嘌呤。
制造载体.首先，将想要使用的载体用能产生平滑末端的限制酶线性化。之后，用末端转移酶在其末端加上一个2',3'-双脱氧三磷酸胸苷（ddTTP）。使用ddTTP才能确保只在末端加上一个胸腺嘧啶残基。胸腺嘧啶残基会被加到3'端上。一般市面上的TA克隆试剂盒中会附有一系列的可直接用于TA克隆（即3'端有一个额外的胸腺嘧啶）的载体。Sec