1150年以后的400年间，全苏格兰为罗马天主教教区之一。现代意义上的苏格兰教会是在1560年苏格兰宗教改革之后形成的。约翰·诺克斯（1514年－1572年11月24日）是苏格兰的宗教改革家，是苏格兰教会的创立者，他曾流亡日内瓦受教于宗教改革宗师约翰·加尔文，因而反对天主教，坚信政治权力乃由神赐，属于人民。宗教改革推翻了天主教的主教制，承袭犹太教的遗传：教会由德高望重的老者担纲，诞生了长老教会（Presbyterian Church）。长老教会其治会由牧师和由信徒选出的长老负责，而行政组织则分四层或三层