邦议院47个席位，并且首次与社民党组成了联合政府。约施卡·菲舍尔成为施罗德政府的副总理兼外交部长，除此之外还有其他两个绿党成员在政府中担任部长（安德亚·菲舍尔，后来是雷娜特·库埃纳斯特，以及于尔根·特里廷）。执政期间，绿党调整其反战的立场，如同意支持阿富汗战争，以及支持加强德国在欧盟和北约的角色。2002年的联邦大选中，绿党以8.6%得票获得55席，成为仅次于社民党和基民盟的第三大党，继续与社民党组成联合政府。
再次成为在野党.2005年9月18日举行的联邦大选，因解散议会而提