16S核糖体RNA（16S ribosomal RNA），简称16S rRNA，是原核生物的核糖体中30S亚基的组成部分。16S rRNA的长度约为1,542 nt。卡尔·乌斯和乔治·福克斯是率先在系统发育中使用的16S rRNA基因的两个先驱者。一个细菌的细胞中可包含多个具有不同序列的16S rRNA。
功能.已知16S rRNA具有如下几项功能：
通用引物.由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因（16S rDNA）是高度保守的，16S