葡国境内有600多种鸟种，这其中包括定居型及沿途经过的候鸟两种分类，每年都有新的鸟种出现。圣维森特角和等地于春秋两季有数千于欧洲和非洲两地迁徙的鸟群经过，而亚速尔和马德拉则是美洲、欧洲和非洲三个大洲鸟类迁徙的中转地。葡国境内拥有100多种淡水鱼，大如欧鲶，小如一些生长于小湖泊的地方型物种。由于栖息地丧失、水污染以及干旱的影响，其中一些物种处于严重濒危之中。葡萄牙海岸的上升海流使得当地富集营养，成为世界上最具营养的海水之一，其中分布有数千种海鱼，包括沙丁鱼、鲔鱼和鲭鱼等；其他海洋物种包括发光浮游生物等。葡