闭门不纳，樊子鹄攻陷唐州。魏孝庄帝即位，樊子鹄任平北将军、晋州刺史，封永安县开国伯，兼尚书行台。529年，元颢入洛阳，元颢属下薛修义、陈双炽攻打晋州城。樊子鹄出城作战，击败薛修义。以功任抚军将军。召还任都官尚书、西荆州大中正。后兼右仆射，为行台。率贾显智到东徐州讨平吕文欣。归还后，受车骑将军、左光禄大夫，封南阳郡开国公。尚书如故，假骠骑大将军，率领所部为都督。尔朱荣在晋阳，首都洛阳的事务，委托给樊子鹄。后出任散骑常侍、殷州刺史。殷州当年旱灾，樊子鹄害怕百姓流亡，贷与贫者谷物，派遣人牛充当劳动力，维持殷州