多核变形虫的原始形态又再一次被怀疑，Joe I. Griffin的研究表明沼泽多核变形虫确实拥有不成熟的基础鞭毛，它可以进行简单的有丝分裂，Griffin表明多核变形虫既不是真核细胞生物的原始形态，也没有和其他变形虫类存在很大的不同，它仅仅是一种变形体鞭毛虫。1995年，反对多核变形虫属于原始形态的唿声越来越高，分子分析表明沼泽多核变形虫的祖先很可能拥有线粒体。几年过后，很明显，所有变形虫纲的生物都被确认它们的线粒体已经消失。换句话说，多核变形虫并不是处于早期的原始真核生物，而是已经退化并失去了它们祖先的细