亨利二世和凯瑟琳·德·美第奇的第七个孩子，也是他们未夭折的最年幼女儿。她的名字来自她的教母瓦卢瓦-昂古兰姆的玛格丽特，其也是她的一位姑姑。她的兄弟姐妹中有四位欧洲的国王或王后以及一名公爵夫人，他们是她的两个姐姐伊丽莎白（腓力二世的第三任妻子）和珂罗蒂雅（洛林公爵查理三世的妻子）以及她的几个兄弟弗朗索瓦二世，查理九世和亨利三世。玛格丽特对她的父亲并没有太深的印象，因为他死于发生在她的姐姐伊丽莎白和腓力二世婚礼上的一场比武，当时玛格丽特只有六岁。玛格丽特对她的母亲的感情非常的矛盾，既充满钦佩又夹杂着恐惧。她