着时间推移，这些溼地变成了横贯南极山脉下的煤层。二叠纪末期，冈瓦那超大陆的大部分地区因为气候的持续转暖而变得燥热。
中生代（2.5亿年–6600万年前）.气候的持续转暖导致极地冰盖融化，冈瓦那超大陆的大部分区域成为沙漠。这时东部南极洲出现了许多种子蕨，并有大量砂岩和页岩沉积。三叠纪早期，类似哺乳类的合弓纲动物在南极洲很常见，这当中也包括了水龙兽。南极半岛在侏儸纪（2.06–1.46亿年前）时开始形成，周围岛屿也开始浮出海面。银杏、松柏、本勒苏铁、木贼、真蕨和苏铁在此时期都相当繁茂。