僧，甚至干预诉讼，横行乡里，成为元代的一个社会问题。不过，元世祖曾在礼节上歧视伊斯兰教，例如不尊重其宰羊方法，伊斯兰教徒被逼吃死肉，此法令亦适用于基督教徒。元朝对宗教管制较为宽松，使得民间如白莲教、明教等借此建立秘密组织，进行抗元起事。各类佛教中以藏传佛教最为兴盛. 藏传佛教约唐中期自吐蕃传入唐朝，专以祈祷禁咒为事。汉传佛教在唐武宗时遭受打击，宋朝时只剩禅宗慢慢恢复，然敌不过道教与理学。藏传佛教中，萨迦派（花教）自窝阔台汗至元世祖期间逐渐获得蒙元朝廷的尊重。忽必烈早在攻击吐蕃时即于萨迦派的喇嘛扮底达讲和