任命为全国人大财政经济委员会副主任委员，乃辞去浙江省省长职务。2013年3月，连任全国人民代表大会财政经济委员会副主任委员。2002年11月，在中国共产党第十六次全国代表大会上当选为中国共产党第十六届中央委员会候补委员。2007年，当选为中国共产党第十七届中央委员会委员。他是中共十六大、十七大代表，第十届、十一届全国人大代表。2013年3月，当选第十二届全国人大常委会委员。自卸任浙江省长后，吕祖善一直坚持在浙江省博物馆做义务讲解员；截止2014年12月4日，已进行47场义务讲解。吕祖善选择到博物馆做