玛格丽特公主从童年时期开始就被作为各大皇室联姻的候补者。 1560年，她的父母曾想让她和腓力二世的王子唐·卡洛斯结婚。当15岁的唐·卡洛斯在众多新娘候选人的肖像画中见到玛格丽特时，他评价她道“这位年幼的公主是最美的」。 但这个计划和之后的玛格丽特与马克西米利安二世的儿子鲁道夫于1563年的联姻都不幸告吹。 在法国宗教分歧爆发的初期，凯瑟琳·德·美第奇于1562年将她的女儿们以及幼子法兰索瓦送往昂布瓦斯，而亨利和卡尔则留在卢浮宫同他们的母亲一起生活。 1564年1月到1566年5月，玛格丽特和她的王兄查理