东端则连接汲水门及马湾海崃。这个海崃是由南中国海或维多利亚港往珠江口城市或澳门的重要水道之一。由于龙鼓水道之中有不少岛屿，例如沙洲、龙鼓洲和大小磨刀，所以通过的船只一般都沿着水道北部位置行驶。而于1990年代，水道中的赤鱲角被大规模移山填海，成为香港国际机场新址。
设立主要航道.自1980年代起，由于发电厂及水泥厂兴建，加上深圳西部海口发展，使龙鼓水道海上交通日益繁忙，船舶间交叉及对头相遇情况日增，而小型船只佔用航路，对大型船只航行构成影响。香港政府海事处于2008年起展开