彪悍的普鲁士人作用不大，反而令其更常受到普鲁士人的袭扰掠夺。于是，于1226年，条顿骑士团应波兰公爵康拉德一世之邀、得教廷及神圣罗马帝国御准，发动北方十字军征服普鲁士并建立条顿骑士团国。此后，骑士团的宗教战争不断扩大，无远弗继，更将目标放至波兰的友邦立陶宛大公国，导致与波兰龃龉日深，最终爆发波兰-立陶宛-条顿战争。于战事末段，骑士团于坦能堡大败，虽然战争最后以双方和约作结，但骑士团自此已由盛极转衰，国运江河日下，无力再发动大规模战争。此后的一个世纪内，条顿骑士团国饱受内乱、强邻波兰-立陶宛扩张、甚至新教思潮