港湾鼠海豚无法咽下比较大的鱼，因此它们吃的鱼一般都小于25厘米。港湾鼠海豚主要在海底翻腾寻找食物。每头动物每天约需要4.5千克鱼。除人外港湾鼠海豚的天敌包括鲨和虎鲸动物。比如在格陵兰鲨和大白鲨的胃中发现过港湾鼠海豚的残体。不过港湾鼠海豚最大的天敌还是虎鲸，此外其它齿鲸对比较小的港湾鼠海豚也非常危险。科学家多次观察到宽吻海豚和短喙真海豚用头撞港湾鼠海豚的体侧，由此对港湾鼠海豚带来重伤。港湾鼠海豚的寄生虫主要有海七鳃鳗、线虫、吸虫、绦虫和棘头动物。属的线虫是通过鱼进入港湾鼠海豚体内的，在港湾鼠海豚的胃中常常