释世界而非流行的希腊神话故事。这些具创建性的哲学家的实观方法为自然主义提供了坚实的基础。在启蒙时期，包括培根和伏尔泰在内的哲学家，为把超自然从对自然界的探索中排除，提供了哲学思辩轮廓。后来的科学革命中，将科学研究中的神学包袱彻底清除，这个运动在现代生物学和地质学的发展过程中达到顶峰，拒绝任何来自广泛社会的宗教对科学的字面解释。“方法自然主义”一词最近才出现。1983年，惠顿学院（）的哲学家Paul de Vries用“方法自然主义”来描述“对上帝不置一词的研究方法”，使之与“否认上帝存在”的“形而上