万历帝即位后，官员交相推荐。张居正认为丘橓的行为是「怪行」，「非经德也」，竟不予召用。。张居正死后，万历十一年（1583年）秋，起丘橓为右通政。还未上任就被擢为左副都御史，坐一柴车赴任。在入朝后，陈述吏治积弊八件事情。他随后上疏，称当时给事中魏时亮、周世选，御史张槚、李复聘因忤逆高拱被贬，文选郎胡汝桂以忤尚书被倾，应当甄别录用。御史于应昌诬陷刘台与王宗载同罪，王宗载被戍变而应昌没有罢官。劳堪巡抚福建，杀侍郎洪朝选。御史张一鲲监应天乡试，王篆子王之鼎借机中式。钱岱监湖广乡试，先期请张居正少子张还就试