包括、维生素和矿物质补充剂，少量多餐以及避免高脂肪食物。有时营养需要透过静脉注射给予，称为静脉营养。使用的药物会包括抗生素、制酸剂、洛哌丁胺、和生长激素。不同类型的手术，包括肠道移植，对一些人可能会有助益。短肠症候群每年发生比例为百万分之三。据估计，美国有15,000人患有此病 它被欧洲药品管理局列为罕见疾病。。预后取决于小肠的剩余量或者是小肠是否仍然与大肠保持连接。