真穗猪笼草与长叶猪笼草之间的相关性较弱，为69%。与其子类群莱佛士猪笼草和苏门答腊猪笼草的相关性为58%。
自然杂交种.真穗猪笼草和与其他许多同域分布的猪笼草物种之间都存在着自然杂交种。包括白环猪笼草、长叶猪笼草、苹果猪笼草、小猪笼草和苏门答腊猪笼草。
真穗猪笼草与白环猪笼草的自然杂交种.白环猪笼草和真穗猪笼草混合分布于巴东高地和打巴奴里的许多地区。它们之间的自然杂交种似乎也常见于西苏门答腊省的天普河附近。查尔斯·克拉克在其1998年发表的专着《苏门答腊岛