人为了方便管理，将此妈祖庙、观音寺、城隍庙、土地祠合于一处，在1917年由当地仕绅成南投崇神会管理。配天宫等于该年一起迁移到今中山街的所在，今行政区域为南投市崇文里。1994年，庙方再以七百万元购入庙埕用地。各殿依然维持原来的庙名，如后殿仍挂着县长洪樵榕在1958年赠的庙匾「慈云寺」。
祭祀.以主殿的妈祖为主神，中庭龙边配祀桉桌爷、虎边配祀註生娘娘，以及神农大帝五谷王、中坛元帅（三太子哪咤）及财神爷、月下老人等，偏殿供奉城隍爷及福德正神。后殿祀佛除本尊观音外，并祀地藏王菩萨及十