子神龛，上有雕塑家杨英风所做之郑成功塑像，但近年整修后有不少反弹声浪。此外在塑像之前为昔日庙里的神像金身，该神像一度在民间轮祀，直至近年才迎回安座。后殿中央则为依祀典庙宇的惯例所设的太妃祠，供奉郑成功之母翁太妃田川氏。而在太妃祠之左，则为供奉宁靖王朱术桂与其五妃的宁靖王祠，右边则为供奉郑成功长孙郑克及其夫人陈氏的监国祠。
郑成功文物馆.郑成功文物馆系于1964年兴建，由贺陈词设计，典藏台南市历史文化文物。此馆所在约为原开山神社之社务所，而馆藏之渊源可追溯至台湾总督府于大正八年（