1945年之前曾名为“柏林弗里德里希-威廉大学动物学博物馆”。因其具有跨区域意义，研究工作又牵涉到政府和国家利益，2009年1月1日，柏林自然博物馆正式成为一家公法基金会，并被冠名为“自然博物馆-柏林洪堡大学莱布尼茨进化及生物多样性研究所”，成为德国莱布尼茨学会成员。2009年9月24日，博物馆成为“洪堡圈”的创始成员之一。
馆藏.柏林自然博物馆藏品超过三千万件。其中最着名的藏品是世界最高的腕龙骨骼化石标本——布氏腕龙（"Brachiosaurus brancai"）。这件化石标本