驻联合国大使李肇星和马其顿驻联合国大使在美国纽约签订建交公报，建立两国之间的外交关系；在建交公报中，马其顿被称为「马其顿共和国」（官方国名），因而受到希腊的强烈反对。中华民国方面在1997年起派遣人员到马其顿，与马其顿内部革命组织民族统一民主党、等反对党进行往来，这些反对党在中表现不俗；在国会选举后，马其顿的总统和总理分别属于不同的政党，两人是政敌关系，但总统才是真正的掌权者。据说，中华民国承诺向马其顿提供3亿美元的现金，并在当地建设一座工业园区。1999年1月27日，中华民国与马其顿建立外交关系；但是