然而，就是这样一个海上帝王般的王直，在明廷却视为“东南祸本”，名列通缉令榜首。2000年，日本长崎县福江市的12名日本人在王直原籍安徽黄山市歙县捐资修建了王直墓。王直墓引起了网络和舆论对王直的功过是非的激烈争论。2005年1月31日晚，两位认为王直是汉奸的大学教师砸毁了王直墓碑。其中的郭泉后因政治异见而被捕。
影视.着名武侠电影导演胡金铨在1975年执导电影《忠烈图》（Valiant Ones），即是以明朝扫荡以王直为首的集团。此外，还有由香港导演李惠民执导，由洪金宝、崔林、李