美国国家科学基金会编制的排名中，USF的研究支出排在全美第50名，在佛罗里达州仅次于佛罗里达大学。南佛罗里达大学有20项研究生项目入选2012年《美国新闻与世界报道》评定的美国最好的研究生专业前100名。南佛罗里达大学同时也是美国研究治疗阿兹海默病、帕金森氏症、亨丁顿舞蹈症等疾病的顶级研究中心之一。