伴随着极高的折损率，飞行员因此把他以谐音的含意讽刺为「九九式棺材」或「穷穷式舰爆」。而九九舰爆的后继机种：空技厂D4Y彗星的研发落后，生产与设计也出现许多问题，以致于战争末期，许多仅受过粗浅训练、毫无实战经验的飞行员还是驾着九九舰爆上战场，成为美军战斗机的标靶，最后只能以神风特攻队的自杀机作为结尾收场；而九九舰爆因缺乏防御设备，因此在自杀任务时折损机率更大。在日本战败时，上千架产量的九九舰爆只残存135架。但九九舰爆仍然保有一个纪录：二次大战时期击沉盟军最多军舰的航空机。
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