叙功升都察院右佥都御史，巡抚陕西，随即遭到吏科都给事中吴麟征的弹劾，加之农民军势大，陕西岌岌可危，上疏乞归，崇祯十六年（1643年）三月，被冯师孔取代了职务，弘光元年六月十四日（1645年7月7日）病逝于家中。
学术.蔡官治对“五经”当中《礼记》颇有研究，乡试时依靠治《礼》经夺得经魁，晚年着有《礼记删繁》一书。
家庭.祖父蔡见龙，父蔡铎，母严氏。正室胡氏，继室项氏、夏氏。有七子：长子蔡诒来，以贡生资格出仕清朝，官至浙江严州府儒学训导；次子蔡诒秉；三子蔡诒谷