为一极危物种，在1999年（至少一只混杂于大凤头燕鸥群中）与2000年（一个大凤头燕鸥群集附近发现四头成鸟和四头雏鸟）马祖列岛的中岛上发现纪录以前，在文史记载上，已经逾百年未出现过，使其曾一度被认为已经绝种，故有「神话之鸟」之称。于此之前，在中国大陆（山东省北部海岸、福建省闽江口）、菲律宾、泰国、印尼、和沙劳越也曾有它们的踪影。2004年在浙江韭山列岛发现另一处繁殖地。其数目的下降被归咎于滥採鸟蛋。牠们能够在马祖存活，可能的原因是马祖过去为一处军事禁区，进入当地被限制有关。目前马祖将黑嘴端凤头燕鸥订为县