台湾独立建国的建国党成立，「我想以有生之年贡献给台湾这片土地，希望眼睛尚未阖上之前能够见到台湾独立建国成功，这是我的梦！」当时已年届81高龄的李镇源，抱持着这样的想法，接下了该党第一任主席的重担。2000年4月7日，李镇源等建国党创党元老23人召开记者会，以建国党的阶段性任务完成为由，宣布集体退出建国党。李镇源说，独派支持的陈水扁与吕秀莲在2000年中华民国总统选举当选正副总统，建国党已完成阶段性任务，他们无必要留在建国党内，以免受「台湾人分裂不能作伙」之讥；今后他将与包括陈水扁政府在内之朝野各界为台湾