不同学者有着不同的看法。这一时期，宗喀巴推行宗教改革，格鲁派兴起并传入蒙古，达赖、班禅活佛转世制度确立，影响深远。清朝鉴于格鲁派势力的壮大及其在蒙古地区的影响力，确立了扶持格鲁派的政策，册封达赖和班禅。清政府多次在藏区用兵，并设置驻藏大臣，颁布《西藏善后章程》，整顿西藏政治体制。
近现代.近代以来，西方势力入侵西藏。英国于清末入侵西藏，并与清政府签订《中英续订藏印条约》。辛亥革命爆发后，藏区和中原同样风雨飘摇，动荡多事。关于这一时期的西藏是独立于国民政府还是受国民政府管辖，