行第三，次兄侯明锋为知名医师，有「南台湾乳癌第一刀」之称，曾任小港医院院长。侯友宜与妻子任美铃，育有三女一子。1992年5月15日，儿子侯乃维在健康幼稚园火烧车事件中丧生。侯友宜是艺人林郁智（纳豆）表舅。
早年生活.侯友宜小时为棒球好手，曾为朴子少棒队捕手。就读朴子国小和东石国中，在嘉义中学毕业后，同时考取国防医学院、高雄师范学院与中央警官学校，家人希望他步入杏林或杏坛，但侯友宜看了《十大神探》一书之后，排名第一的主角就是会「壁虎功」的刑警，加上上大学后想放松，才会选择自认为课业压