中国国民党，即世所称新国民党，胡任主席，曹被当选为新党华北书记长（后任中央党部副书记长）。1951年曹任远任北京工业学院（今北京理工大学）教授。历经思想改造、三反、五反等政治运动，受到不同程度的批判。1957年反右斗争中，因与大右派、民革发起人之一陈铭枢时有过从，被划为右派分子，受到不公正的待遇。从此远离北京，在西北等地漂流浪迹达20余年。1980年，曹的右派问题得到平反。曹任远在为国家培养科技高级人才的同时，不忘着书立说，着有《现代有机化学》、《定性分析化学》、《染料化学》等专着。