这段时间，因为日军水土不服，罹患霍乱疟疾死亡者，远比这阵亡的这数字还要多。
战争第二阶段.6月14日，台湾总督桦山资纪自基隆乘火车入台北大稻埕（但事实上铁路因战乱已近不堪使用，行驶数里后即遣夫在后推行）。6月17日，桦山总督于台北城内原「台湾布政使司衙门」的总督府举行台湾「始政式」。6月19日近卫师团派出拥有数千名的「混成支队」南下进攻桃园、新竹，本以为会如之前平稳顺利，却意外遭到北台湾客家人的游击式的反抗。6月24日至26日，李秉瑞与吴汤兴、胡嘉猷、姜绍祖、徐骧、傅德