务首长遭调查、侦讯、起诉及法庭审理。由于民进党执政时期其中遭波及的民进党公职人员较多，直到政党二次轮替国民党重新执政以后，民进党对此认为检察机关明显偏袒，要求立法院民进党团扩大检举国民党政务官特别费问题。在该事件之后，前台北市长马英九的秘书长余文与杜正胜幕僚郭秀霞、陈香微是少数因特别费被判刑的人士，而首长皆被判处无罪。法官蔡守训审理马英九案时，判决马英九无罪，但判决陈水扁国务机要费案认定有罪，引起民进党抗议两案审理标准不同。2011年5月立法院通过特别费除罪化，但是由于并没有将国务机要费除罪化，仍有泛绿