以上，受到了公司董事会的赏识，在1612年以25岁的年纪破格升任首席商务员带领两艘船再度起航至东印度。1613年重抵万丹后，与荷属东印度公司派在东南亚的总督建立了良好的工作关系。这年荷兰舰队刚从葡萄牙手中抢过索洛尔岛，这岛是通往中国人最喜欢的檀香木的帝汶的门户，这段期间，由于生丝在欧洲卖出很好的价钱，公司急于打开对明朝的贸易，董事会一再要求下属设法同中国建立联系，所以科恩写信提出了以檀香木交换生丝的报告，获得了公司的赞许。同年10月，经过万丹的评议会同意后，科恩被任命为万丹和雅加达的商馆馆长，同时又