分类系统.玛君龙被分类于兽脚亚目的阿贝力龙科演化支，而阿贝力龙科与西北阿根廷龙科共同组成阿贝力龙超科，阿贝力龙超科则是角鼻龙下目的一个分支。阿贝力龙科恐龙的特征是：高头颅骨、钝口鼻部、面部骨头的凹凸不平表面（与鲨齿龙科的趋同演化结果）、缩短的前肢（与暴龙科的趋同演化结果）、以及结实的后肢。如同许多的恐龙科，阿贝力龙科内部成员的演化关系非常混淆。数个亲缘分支分类法研究显示在系统发生学上，玛君龙与南美洲的食肉牛龙有接近亲缘关系，而其他属则无法确定演化位置。一个最近的研究，使用最完整的资讯，不将玛君龙与印