鞭毛是很多单细胞生物和一些多细胞生物细胞表面像鞭子一样的细胞器，用于运动及其它一些功能。在三个域中，鞭毛的结构各不相同。细菌的鞭毛是螺旋状的纤维，像螺丝一样旋转，属于生命系统中的旋转运动。古菌的鞭毛表面上和细菌的类似，但很多细节不同，和细菌的鞭毛可能也不是同源的。真核生物，比如动物、植物、原生生物细胞的鞭毛是细胞表面结构复杂的突出物，像鞭子一样来回抽打。
类型.三种类型的鞭毛已经被区别：细菌的，古菌的，和真核生物的。这三种类型之间的主要区别概括如下：
细