修订了《峄县志》。张居正死后，经孙继先举荐，恢复官职。申时行担任首辅之后，再度启用贾三近，授光禄寺卿，不久之后以都察院右佥都御史，负责去河北赈灾，因赈灾得力升职为大理寺卿，未等上任，家里传来父亲病重的消息，贾三近第三次请假归乡。万历二十年（1592年），宁夏副总兵哱拜起兵举事，万历帝启用贾三近，授职兵部右侍郎，但是贾三近以父母年迈身体有病请辞。万历二十年（1592年），贾三近因背疽病逝。由于峄县古时候名叫“兰陵”，加上贾三近文学才华和《金瓶梅》中诸多的峄县方言，学者张远芬《金瓶梅新证》认为兰陵笑笑生可能