联陆军，成为准将。路易斯维尔的联邦官员为此指控他犯下了叛国罪并因此没收了他的财产。巴克纳之前还因担心夫人在芝加哥的财产也会因类似原因遭没收，所以提前将其过户给了自己的小舅子。他成为威廉·J·哈迪（）准将统领的中肯塔基集团军里的一位师长，驻扎在肯塔基州的鲍灵格林。
多纳尔森堡.1862年2月，北军准将尤利西斯·辛普森·格兰特夺得位于田纳西河上的亨利堡，然后开始向附近坎伯兰河上的多纳尔森堡进军。西线战区总司令阿尔伯特·西德尼·约翰斯顿（）上将派巴克纳等4名准将一起防守该堡。部队总指挥约