院由国家卫生健康委员会直属或直接监管，其中包括3所直属医院和31所直接监管医院。。北京医院、北京协和医院、中日友好医院为直属医院。其余31所直接监管医院为国家卫生健康委员会管理的事业单位，委管医院预算由国家卫生健康委编列、机构编制事项报中央编办国家事业单位登记管理局备案；自2009年起，对这些医院的监管责任陆续下放到省级，由当地卫生部门属地化监管；上海市人民政府、广东省人民政府为其辖区内委属医院提供专项财政拨款。