掌终结者的工作，尽管他在大联盟还没拿到过救援成功。结果在仅仅一周之内（7月30日到8月5日），贺南德兹就连续搞砸三场救援，同时苦吞四连败，包括连续被波士顿的大卫·欧提兹，以及底特律的伊凡·罗德里奎兹击出再见全垒打。不久，贺南德兹的终结者位置就由汤姆·马斯特尼接替。在终结者实验以灾难收场之后，贺南德兹被下放到印地安人3A的水牛城野牛队，重新担任先发投手。他在九月再次被升上克里夫兰，并以先发投手身分结束球季。贺南德兹在2006年的战绩是1胜10败，防御率5.42。
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