以产生对动物或植物有毒的物质，称为，其中对人类影响较大的包括霉菌在腐败的食物中产生的毒素，以及有毒蕈类的毒素，例如某些鹅膏菌属产生的毒伞肽。麦角胺是另一种在人类历史上相当重要的真菌毒素，食用被污染的谷物会导致麦角中毒。黄麴毒素由某些能够感染谷物、坚果的麴霉属真菌合成，有很大的与致癌性。其他包括赭麴霉毒素、展青霉素、都可能污染人或牲畜的食物而造成中毒。真菌毒素是真菌的次级代谢物，许多真菌专门用于合成毒素的生化代谢路径已被发现，这些毒素可以抑制其他真菌生长或避免被食用而增加真菌自身的适应度。许多真菌的次级代