前锋，在桓玄从后跟随之下作为前锋东下。杨佺期与桓玄一直前进至横江，抵抗的司马尚之因兵败而撤退，司马恢之所率水军覆没，杨佺期于是继续进攻至石头城。不过，此时王恭却因部将刘牢之叛归朝廷而被杀，刘牢之更正领兵入赴建康，令杨佺期和桓玄惊惧，于是回守蔡州。当时桓脩向司马道子建议可以利诱杨佺期和桓玄倒戈，而当时司马道子亦因不知荆州军的虚实而十分忧心，故此听从，授予杨佺期都督梁、雍、秦三州诸军事、雍州刺史，而殷仲堪却被贬任广州刺史。当时殷仲堪不能接受被贬广州，命令桓玄进攻建康，不过及后就因听闻杨佺期接受朝命而急急西返