制动系统，拖车的基础剎车装置为煞车碟。制动系统根据TIMS的指令，而得到需要的减速度。再者，搭配了再生制动，是因为在列车密度低的路线煞车失效的频率很低，很少需要用空气制动，但考虑到环保，故安装了再生制动用的剎车斩波器。转向架的车轮径860mm，与E653系和E751系基本一样（动车转向架是DT64系，而拖车转向架是TR249系）。採用低断面隧道用的单臂PS36型（0番台）、PS37型（500番台）集电弓，PS36型和PS37型有着兼容性。而警笛用了音乐警笛、预备用电警笛和AW2/5S形空气警笛。