96年，成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。2000年4月，北京医科大学与北京大学合并，组建了新的北京大学，北京医科大学成为北京大学医学部。现在的北京大学医学部集人才培养、科学研究、医疗服务于一体，“医”“教”“研”并重。医学部主任是中国工程院院士詹启敏。北医学科齐全，科研突出。发表的科技论文，自然科学基金多年来保持中国大陆医学院校首位。中国的乙肝疫苗，试管婴儿，变性手术，丙肝疫苗，自身血液回收系统，骨髓移植，颈椎病的治疗，肾脏移植等等均率先诞生在北医。北医科学家还发现一批世界级的科研成果，如