辖了西沙、中沙和南沙群岛。有关学者指出，明代《郑和航海图》标绘的「石塘」和「万生石塘屿」指的就是今天的西沙、南沙群岛。明代黄佐所着《广东通志》记载「七洲洋」即今西沙群岛，属于巡海备倭官巡海设防的范围。 清朝设立崖州协水师营,负责南海海疆巡视。清代《泉州府志》和《同安县志》记载了广东水师副将吴升对南海海域巡视的史实。 《琼州府志》和《崖州志》则记载:「崖州协水师营分管洋面，东自万州东澳港起，西至昌化县四更沙止，共巡洋面一千里，南面直接暹罗、占城夷洋」。这清晰地表明，清代水师巡视范围涵盖了包括西沙、南沙在内