团离开主力部队进行佯动以牵制追兵，在成功达到战略目的后，独立在贵州、四川和云南边境地区活动52天，行程1000多公里，最后在四川西昌境内与红军主力部队重新会合。同年9月，红军分裂，何长工随红四方面军南下。在张国焘另立中央后，何长工参与对毛泽东的攻击，被张国焘封为“政治局候补委员”“组织部部长”。其后担任甘肃省苏维埃政府主席。1937年1月，进入抗日军政大学学习。
抗日战争与第二次国共内战时期.抗日战争爆发后，何长工任两延（延长、延川）河防司令员兼政委。1939年，任中国人民抗日军政