一人。南京兵部亦设。清朝顺治元年（1644年），沿置职方清吏司，设郎中七人，满洲五人，汉族二人；员外郎五人，满洲二人，蒙古一人，汉族二人。另掌管关禁、海禁。下设承发、督漕、关引等科，直隶、两广等甲，分别办理各项事宜。光绪三十二年（1906年），兵部改为陆军部，职方清吏司裁撤。