科二世决定投降。2月13日，投降正式生效。3月20日，奇维泰拉·德尔·特隆托投降，国祚731年的两西西里王国灭亡。3天之前，撒丁国王维托里奥·埃马努埃莱二世称意大利国王。
晚年的流亡生活.被废黜王位弗朗切斯科二世与夫人流亡教宗国首都罗马，教宗庇护九世让其居住在奎里纳莱宫，后移居法尔内塞宫。1870年，意大利军队入侵罗马，弗朗切斯科二世与夫人被迫流亡奥地利、巴伐利亚和法国。1894年12月27日，弗朗切斯科二世在奥地利南蒂罗尔的阿尔科去世，终年58岁。弗朗切斯科二世性格软弱，