为紧密（组蛋白包覆率及双螺旋化的程度较较高）。异染色质一般分佈于细胞核的边缘地带。异染色质大多是由不具遗传活性的卫星序列（satellite sequences）所构成。其中的基因皆受到不同程度抑制，有些即使在真染色质内也无法表现。在细胞週期的S phase中，异染色质比真染色质更晚进行复制，且只在真核生物中存在，着丝粒及端粒皆属于异染色质，雌性体内去活化的X染色体（也就是巴尔氏体）也是。