致海关税收也被作为赔偿的来源。平均当时中国人每人须赔偿一两，在法文合约版本赔偿金额的是450百万，而中文版本是450兆两（当时「兆」指的是「百万」而非「万亿」）。清朝履行支付造成后来清末新政受到影响，且为防止被侵略，国家投资以军备优先，使北洋军统帅袁世凯权势大增。而依靠列国及外国资本银行的借款，加强对外国的依赖，民众在增税压力下及穷困生活对清朝感到不满，最终加速清朝灭亡。
部分免除与废除.慈禧太后一直被视为义和团事件的罪魁祸首，因此李鸿章在「惩办祸首」的问题上与列强多番据理力争