所担任访问学者。回国后长事任职于中科院上海药物研究所，曾任合成室主任、研究生部主任、学术委员会副主任、副所长等。1996年出任上海药物研究所所长。1999年当选中国科学院化学部院士。2004年出任中国科学院上海生命科学研究院党委书记。2005年起任上海中医药大学校长、中科院上海药物研究所学术委员会主任。2008年，当选第十一届全国政协委员，代表科学技术界，分入第三十一组。
社会兼职.陈凯先曾担任过新药研究国家重点实验室学术委员会主任，中国科学院新药研究专家委员会主任、973计划首席