祯即位，清除阉党，倪元璐上疏求毁《要典》，孙之獬、霍维华等力言不可，至五月上旬，下诏毁《三朝要典》，曰：“自今以后，官方不以此事定臧否，人材不以此书定进退，惟是三朝原无遗议，绍明前烈，注意编摩。诸臣各宜捐去成心，勿滋异论，务衷朕清平之治。”南明弘光时，阮大鋮等人打算重修《三朝要典》，不久清兵渡江，遂作罢。清代修《四库全书》，《三朝要典》曾被列入禁毁书目。