2009年出任卫生署长，是第二位由纯公共卫生出身，非医师背景者出任的署长。2011年1月5日二代健保一案在立法院三读通过后，即向行政院长吴敦义请辞卫生署长获准。卫生署长卸任后以公益为名，将买入时单价新台币3000元的公事包进行网拍，由鸿海集团董事长郭台铭以500万零900元整赢得竞标，连同杨志良以得标者名义加码捐出的50万元，刷新之前健保单一捐款人200万捐款纪录。而郭台铭在面交时在该公事包上写上「好胆爱心包」五字后，还给杨志良。2011年7月，出书《拚公义，没有好走的路》，但书中却称没医德为兽医。