柽章、吴炎、吴之镕、吴之铭等十四人凌迟处死；杭州将军松奎，浙江巡抚朱昌祚以下所有官员，革职查办，撺掇松奎收贿的程维藩被诛。归安、乌程的两名学官处斩。湖州原任知府陈永命于康熙元年（1662年）罢官，至山东台儿庄，自缢于旅馆。棺材被运回杭州，开棺磔尸。其弟江宁县知县陈永赖，也同时被斩。归安县学新任训导王兆祯、推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞。妻子被发配宁古塔（现黑龙江省牡丹江市附近）者几百人。顾炎武在山西汾阳闻知惨事，悲愤万状，作《》及《祭吴潘二节士诗》。金庸《鹿鼎记》首篇即以庄廷鑨明史案