琦对于服贸争议提出看法，表示：国际贸易协定包含台湾与大陆的服贸协议，可以先实施。如果成效不彰，也可启动紧急磋商机制喊「卡」。4月3日，陆委会主委王郁琦表示不可能接受民间版「两岸协定缔结条例草案」，因为民间版本以「国与国」关系定位两岸关系，这是违背中华民国宪法，因此会使得两岸协议签不成。6月底，与来访的张志军会晤；然而张在高雄张被泼漆攻击，因而草草结束访问行程离台。
2015年.2月10日，北检上午对张显耀做出不起诉处分，王郁琦随即提出辞呈请辞陆委会主委一职，2月17日由原国