被准许在畿内传教。弗罗伊斯与1570年来日的义大利传教士奥尔冈蒂诺（Organtino Gnecchi-Soldo）一起在京都进行传教活动，得到许多信徒。弗罗伊斯的着作中提到织田信长虽是异教徒，但是对于基督教始终抱着宽容的态度（弗罗伊斯的着作出现许多《信长公记》没有的记述，是研究日本史的重要资料之一）。1576年京都南蛮寺（教堂）在奥尔冈蒂诺的指挥以及众人的协力下完工。1577年弗罗伊斯将京都地区传教负责人的职位转让给奥尔冈蒂诺，到丰后担任地区负责人的职务，在大友氏领内从事传教事业。赴任后，与大友宗麟、