在休宁县屯溪镇（今黄山市屯溪区）正式成立。辖长江以南第六、七、八督察区，计22县。皖南行政公署秉承安徽省政府主席的命令，在所辖区域内执行一切政令，以安徽省政府主席名义行文，由行政公署主任副署。行皖南政公署设主任1人，在安徽省政府委员当中提请1人，由国民政府简派之，综理全署事务，监督所属职员及机关。皖南行政公署成立时，任命戴戟为行署主任，由于与李品仙等新桂系人物之间发生矛盾，后来被免职。民国29年（1940年）1月，黄绍耿接任行署主任，黄属桂系，对于皖南错综复杂的局面难于应付，被免职。民国31年（1942