水扁由于先前已选择参选台北市长，所以理论上已无法参加总统选举的党内初选，不过因为陈水扁具有高度民意，且已无身任公职，所以部份民进党人士有意为陈水扁修改四年条款。陈水扁本人则公开吁请民进党同志勿为其一人量身订做规定，也口头表态支持许信良出马，但最终在大老黄信介等有力人士的大力支持下，民进党通过修改四年条款使陈水扁得以解套参选。同年7月，陈水扁在民进党党内初选胜过许信良，获民主进步党提名为总统候选人，许信良稍后愤而脱党参选。副总统候选人为时任桃园县县长吕秀莲，选战并以「年轻台湾，活力政府」为政见主轴；「全民政府