的损伤性突变则对植食性昆虫和通过杀死宿主微生物来获取营养的微生物有影响。调节植物根部的微生物群落要比从叶片上去掉几个病原体难得多，因为调控根系微生物组成可能需要考虑免疫机制，而这些机制可能在研究叶片微生物时根本就用不上。2015年有人研究了一系列"拟南芥"激素的突变株，这些突变株至少有一种激素的合成或信号途径出现问题，他们希望发现这些突变对根际与根中微生物群落的影响。水杨酸信号途径的突变会导致内寄生细菌门类组成的变化，这些变化在很多受影响的科中表现一致。这说明水杨酸可能是微生物群落结构的一个关键调控因子