刘粲上表称若司马邺死，则百姓无所望，不会为李矩、赵固所用。建兴五年十二月二十日（318年2月7日），愍帝在平阳被杀。次年三月，噩耗传到建康，司马睿遂在众人劝进下即位建立东晋。
家庭.史书没有记载愍帝是否有后妃。愍帝曾想纳表兄荀邃的女儿，征荀邃为散骑常侍，但荀邃担心凶险没有去长安受命。
祭祀.晋元帝司马睿自认为上承武帝大统，即自认为愍帝伯父。但元帝没有听太常华恒所议为惠帝、怀帝、愍帝另外立庙，而是从骠骑长史温峤所议，从《春秋》尊尊之义，在正殿永远保留惠帝