台湾清治末期至日治初期，水头地区为一街庄，称为「水头庄」，隶属于埔里社堡。该庄西北与埔里社街为邻，北与枇杷城庄为邻，东边及南边为蕃地，西南边为珠仔山庄，西边一小段与生蕃空庄为界。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于南投厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「埔里社区」，隶属于南投厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，埔里社区仍隶属于南投厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「水头」大字，隶属于台中州能高