西亚和巴布亚新几内亚之间的界河。中部高地地区有许多小湖泊，主要有帕尼艾湖、蒂芝湖，北部近海有龙贝拜湖和森塔尼湖。
生态.巴布亚省约有16,000种植物，其中124种为特有。巴布亚省的着名动物：巴布亚省的自然保护区包括洛伦茨国家公园和瓦苏尔国家公园。2006年2月，一支联合考察队的科学家宣称，他们在印尼巴布亚省热带雨林中发现了数十种新物种，当中还包括先前认为已绝种的树袋鼠。巴布亚的生态正面临伐林和开矿产生的水污染的威胁，树种也因生产而发生变化，比如将原生的热带雨林换成种植油