院系并入四川大学、重庆大学等校。1947年，国立东北大学（医学院）并入中国医科大学。1949年，国立东北大学（文、法、商学院）并入东北大学（解放区），现发展为东北师范大学。1949年，国立东北大学（农学院）参与合并组建沈阳农学院，现更名为沈阳农业大学。1949年3月，东北行政委员会决定，以东北大学工学院为基础建立沈阳工学院，校址设在原沈阳奉天工业大学和市第二工科学校。
中华人民共和国成立后.1950年4月，东北人民政府工业部决定筹建东北工业大学，包括沈阳工学院、抚顺