拜中书侍郎。大同十年（544年），萧大连与兄萧大临跟从梁武帝前往朱方。梁武帝令他们学习骑马，大连、大临据鞍往还，各得驰骤之节，梁武帝很高兴，赐予他们所乘之马。后改任给事黄门侍郎，转侍中，不久兼石头戍军事。太清元年（547年），出任使持节、轻车将军、东扬州刺史。太清二年（548年），侯景围攻建康，萧大连率众四万前来赴援京城。太清三年（549年），与叔父邵陵王萧纶勤王，与萧纶子永安侯萧确不合，势同水火。京城沦陷，援军四散，萧大连复还扬州，担心萧纶要害自己而想害他，萧纶察觉后逃到禹穴。梁武帝被困饿死，侯景