至日治时期，海关撤站始丧失贸易功能。但仍为农产品集散中心，日治时期糖厂的设立对北港近百年来的经济亦带来不少助益，朝天宫的建庙、妈祖信仰的广泛流传，使得北港近三百年来成为台湾远近驰名的港镇。行政区划方面，日治时期，北港镇范围原属斗六厅（后嘉义厅）的大槺榔东顶堡，1920年成立北港街，属北港郡，定型现今的北港镇范围。战后该街改制为台南县北港区北港镇，1950年全台湾调整行政区域，划分为十六县五省辖市一管理局，北港镇改属云林县，由于当时云林县县治设于斗六镇，引发北港地区有人民要求合併入紧邻的嘉义县，但最后并没