康败给了中国国民党提名的候选人林郁方。败选后，段宜康明确表示，拒绝担任国民党执政下的监察委员，也表示：民进党人物绝对不能担任国民党执政下的监委，以免替国民党背书或被国民党虐待。2008年4月1日，段宜康发表〈民主进步党改革刍议〉，认为民进党在2008年总统选举惨败的原因有三：㈠「清廉形象受质疑，个人操守问题恶化为全党的集体堕落」；㈡「本土化价值成为对外切割和对内斗争的工具」；㈢「执政内容背离进步价值」。2012年9月，行政院原住民族委员会主委孙大川赴立法院内政委员会报告编列经费前往西藏考察「中国大陆