新长铁路在通车运营之初由新长铁路有限责任公司负责运营。新长铁路有限责任公司是江苏省最大、中国合资铁路企业之中排名第二的铁路公司，于1997年9月成立，公司总部在南京市。2005年初，新长铁路公司与宁启铁路公司合并，新公司固定资产109亿元，管辖新长和宁启两条铁路线, 两条线路总长896公里。2006年5月公司总部迁驻扬州市。
经运分离.2008年5月31日18时，新长铁路公司实行资产经营与运输经营相分离的运营管理体制，对管理关系进行相应的调整变更，在运输经营上建立上海铁路局与新