武帝特地召见他，却见他十分悲伤，令得太武帝也哭了，命他离去。太武帝随从们见状不明所以，太武帝则知高允在国史之狱中因着太子的努力才得免死，现在太子死了，故此十分伤心。
文成所重.后来中常侍宗爱先后弒太武帝以及随后由他拥立的南安王拓跋余，陆丽、游雅及源贺等人遂在承平元年（452年）发动政变拥立文成帝，杀宗爱等人。高允在此事上其实也有颇多参与，但却没像陆丽等接受封赏，反而不发一言。不过文成帝很看重高允，对他的礼敬规格很高，不唿其名而常以「令公」称唿他。政事上对高允反对给事中郭善明大建宫室