结束之后，宋真宗在孔圣佑陪同下，到曲阜县祭祀孔子。于是赏赐孔圣佑祭田一百顷、钱三十万，帛三百匹、御书一百五十卷。宋真宗崇信道教，大中祥符五年（1012年），改曲阜县为仙源县，任命孔圣佑为太常寺奉礼郎，后任大理寺评事。天禧五年（1021年），朝廷任命他以光禄寺丞知仙源县事，袭封文宣公，为第十二代文宣公。改为赞善大夫。宋仁宗天圣十年（1032年），孔圣佑在太子中允任上去世。享年三十五岁去世，没有子嗣，他的堂弟孔宗愿袭位。