一所作为“天文研究所办事处”。1938年底，办事处选定昆明东郊大羊方旺村东面的凤凰山建筑天文台房屋，于1939年7月落成，因地取名昆明凤凰山天文台。抗日战争胜利后，1946年6月天文研究所东归南京，将部分财产设备留下，成立凤凰山天文台，作为天文研究所与云南大学的共管机构，由云南大学教授王士魁兼任天文台主任。但由于经济问题，天文研究所派出的职员辞职，双方共管名存实亡。1949年，中华人民共和国政府接管南京的天文研究所后，改名紫金山天文台，紫金山天文台在1950年联系云南大学，恢复对凤凰山天文台分支机构的共管，