后父林应寅回漳州终老，而林平侯继续留台。之后，以数十万两银捐得新竹县县丞（辖台湾北部）。1806年之后，又以捐官方式捐得同知，并分发广西。历任浔洲、桂林，后因政绩颇佳，升任南宁与柳州知府。1818年告老还乡回到台湾，依然鉅富，因兴直堡（今新北市新庄区）泉州人兵声勐烈，举家迁居大科崁（今桃园市大溪区）。1844年去世前，曾将财产分为「饮」、「水」、「本」、「思」、「源」五商记分给后代；分得「本」、「源」两商记的两子林国华与林国芳将商号合併并冠以姓氏，即为林本源家族，由于林本源家族迁往板桥，又称「板