有大型颞颥孔、大型鼻孔，可能促进唿吸，或拥有某种感应或保存湿气的器官。杯鼻龙还具有大型松果孔，上颌向齿列外突出，形成喙状嘴。头骨的外表有者深的凹槽与裂缝。微小的牙齿相当类似鬣蜥的牙齿，后段的牙齿具有垂直的齿尖。
发现.杯鼻龙是羊膜动物第一波辐射演化出的动物之一。杯鼻龙目前已经发现三个种："C. hancocki"、"C. romeri"、以及"C. bransoni"。"C. romeri"的体型较小，化石发现于奥克拉荷马州克里夫兰县。"C. hancocki"可能是从"C. ro