三桂引清兵入关，满族建立的清朝八旗军又击败李自成，定都北京，并继续向南方进攻。与此同时，明朝遗臣在南京拥立明宗室福王朱由崧，建立了史称南明的偏安政权；在清廷欲取代明朝入主中原的态势明朗后，南明转而联合各地的汉族武力抗清，但军事不利，弘光、隆武、绍武、永历诸朝廷先后遭清军消灭。郑芝龙所部原是隆武朝的主力，主要在福建境内活动；郑芝龙降清后，郑成功陆续接收其势力，继续在东南沿海武装抗清。1658年－1659年间，郑成功大举攻打清江宁府（原名南京）失败，实力大损；迫于形势，决定夺取由荷兰东印度公司支配的大员