毅两度于2006年10月3日及10月10日参加反贪腐倒扁集会，要求陈水扁下台，但因罢免案未过门槛而不了了之。
爆料蔡英文领18%骂18%.2011年，民进党勐烈批评军公教人员优利存款利率18%议题时，反被邱毅爆料时任民进党主席蔡英文和游钖堃、姚嘉文、陈哲男、郭瑶琪等绿营高官也都还在领18%。邱毅并计算蔡英文的存额度达新台币410万元，换算年领优惠利息73万元，平均每月领六万多元，也是「肥大官」之一，遭到批评「别人领18％就是不公不义！民进党领18％就变成天经地义！」，引发轩然大波。