多雨；冬季严寒，山谷中少雪而高山地带大雪纷飞。这里年平均温度为0度，其中7月份高山雪线以下的地区平均温度为15-17度，冬季最低气温达到-62度年均降水量在500-700毫米之间。
水系.阿尔泰山径流较丰富，发育了额尔齐斯河与乌伦古河。两河皆构成典型不对称的梳状水系。额尔齐斯河是新疆境内唯一外流河，中国境内流域面积5万平方公里，全长546公里；河水补给来源主要为降水、积雪融水和冰川等，多年平均径流量100多亿立方米，占阿尔泰地区总径流量89%，注入斋桑泊，最后流入北冰洋。乌伦古河全