内明德时，曾参观了德国舰队。从1906年2月中旬至3月底，梅克伦堡号在威廉港的帝国船厂进行年度检修。整个1907年的训练进程都波澜不惊，但至1908年4月初，在梅克伦堡号舷侧一个鱼雷舱室发生的重大事故几乎使它沉没。海水开始涌入舰只，并仅能通过从外侧封闭鱼雷管来阻挡；维修工作一直持续至5月。1908年7月至8月，梅克伦堡号参加了前往亚速尔群岛的训练巡航。它还与战列舰洛特林根号一同，以分舰队内最精准的炮击成绩赢得“凯撒射术奖（）。在12月中旬，它再次回到威廉港进行年度检修。梅克伦堡号平安无事的度过了1909