央车站位于距市中心以东2公里处，建设于1970年代，作为新的交通中心以替代在1963年地震中受损的最早的火车站。新建设的车站有10个月台，但由于列车班数并没有那么多，因此并非所有月台都投入使用。马其顿铁路运行有自斯科普里开往塞尔维亚贝尔格莱德及科索沃普里什蒂纳的国际列车。在过去曾运行由开往希腊塞萨洛尼基的国际列车，在2010年希腊经济危机之后，希腊国家铁路因经营上的理由暂停运行这班列车。
巴士.斯科普里中央巴士枢纽位于中央车站附近，自这里有众多开往北马其顿国内主要城市及塞尔维亚贝尔