是JR湖西线名义上的西端起点，站内设有该路线的零公里里程桿，但在实务上行驶于该线上的列车，其实都会继续前进至隔邻的京都车站才折返。除了JR与京都市营地下铁外，在山科车站站前广场上，尚可见到京坂电气铁道所属的车站、京坂山科车站（）。京坂山科是连结京都与大津的京津线沿线车站之一，由于只需少许的步行即能往返于JR与京坂所属的站区之间，转车便利。
车站结构.
JR西日本.月台位于地垒上，可对应12节编组列车的岛式月台2面4线。
京都市营地下