式耜的拥戴，曾多次上疏请封亨歅为亲王。永历四年（1650年）孔有德再次率清军攻破桂林门户严关，桂林守军闻风而逃。朱亨歅与瞿式耜、张同敞都不愿出逃，遂被清军俘虏。不久，瞿式耜、张同敞被孔有德杀害于叠彩山风洞前，朱亨歅则被缢死于西门外民房中，享年五十有五。钱海岳《南明史》称朱亨歅与子朱若春、朱若昇哭辞祖庙，然后与宗室黑旧爷、崇善、长史李甲六人在宫中自缢。后永历帝追赠朱亨歅为靖王，赠朱若春为靖江王、朱若昇为辅国将军。