名以免被追杀。在日本期间，他与吴世昌、权东镇、朴泳孝、赵羲渊等流亡日本的原官僚交流，通过日本的明治维新认识到人才培养的重要性，提出朝鲜选拔青年去日本留学，并且主张内政改革和近代化。1904年甲辰改革运动期间，与权东镇、吴世昌一起组织进步会。由于李容九等教徒变节，组建亲日团体一进会，孙秉熙在1905年宣布“教与会分离”，将东学改名为天道教。次年，孙秉熙返回朝鲜，将李容九等62名亲日教徒开除教籍，1919年，孙秉熙主导了三一运动，在朗读朝鲜独立宣言书之后遭到警察逮捕，判处惩役3年。后因病保释出狱