（光绪33年）秋瑾被处决。朱瑞受到怀疑，为逃避浙江省当局的追究而逃走。1909年（宣统元年），朱瑞到安徽省担任安徽督练公所参谋处提调兼测絵学堂监督。浙江陆军第二十一镇于1910年成立后，1910年（宣统2年），朱瑞回到浙江省任步队营管带。后来任陆军第二十一镇第81标代标统，驻杭州郊区笕桥。在浙江省他为重建光复会而奔走。1911年（宣统3年）11月4日，为了响应武昌起义，革命派在浙江省发动革命。朱瑞参加革命，率军攻占军械局，光复杭州。不久，沪军都督陈其美发出进攻南京的指令，朱瑞担任浙军支队长，参加进攻