研究表明，马仲英很可能在盛世才的要求下于1937年被斯大林下令杀害。
对后世的影响.马仲英在新疆的征战为后来新疆的发展留下了深远的影响：
文学作品.
大马的逃亡.1934年，曾发现楼兰古城的瑞典探险家斯文·赫定最后一次中国探险，在哈密城外的戈壁滩上，遇到逃亡中的马仲英。赫定为马仲英的年轻和传奇所激动，回国后写下《大马的逃亡》（英文：Big Horse's Flight. The Trail of War in Central Asia