后来遭到政府查禁。1904年7月3日，吕大森、刘静庵、胡瑛、宋教仁等成立科学补习所，时功璧任该组织的财务会计。后因黄兴领导的华兴会长沙起义失败，有关该组织和华兴会关系的文件被政府查获，1904年10月科学补习所遂被湖广总督张之洞查封。后来，时功璧参加了刘静庵、曹亚伯于1906年2月成立的日知会，时功璧负责将该会翻印的《革命军》、《勐回头》、《黄帝魂》、《湖北学生界》等革命刊物散发到武昌各处。1906年春，时功璧加入中国同盟会。同年冬，日知会受孙中山指示，准备配合萍浏澧起义，但被张之洞觉察，日知会总干事刘