开往长崎市的公车，并在长崎市内被发现后和警方对峙，最后一人被射杀另一人被逮捕后判刑，是为长崎公车劫持事件。1981年，教宗若望保禄二世访问长崎，并倡议废除核武器。1982年，长崎市发生，市内在降水开始7小时后雨量就达到530毫米，262人因此遇难失踪，眼镜桥等重要遗迹也被沖毁。1983年，眼镜桥的修复工程竣工。3年之后其他受损的六座石桥也得到修复。长崎市在1990年代之后发生过两次市长被枪击事件。1990年，时任长崎市长本岛等被极右团体，幸而留得一命。但2007年，时任长崎市长伊藤一长在被山口组之后抢救无效