，开始过着漂泊的生活。1895年5月，以陆军通译身分前往台湾，实地研究台湾原住民；多次走遍台湾全岛，探访当地部落，收集不少人类学、历史学、民俗学、考古学、植物学、地理学资料并整理成书。有「台湾蕃通」、「台湾蕃社总头目」的称号。1900年，森丑之助与鸟居龙藏在台湾山地进行人类学调查时，临时兴起攀登新高山的念头，在忍受两天几乎断粮的危机后，一行人越过塔塔加鞍部，经前峰、西峰，于4月11日早上登上其主峰。1915年5月17日布农族拉荷·阿雷引发大分事件后，森丑之助倡议非镇压式的理蕃事业并赋予原住民自治权。