013年赛季，远藤保仁代表大坂飞脚出战日乙联赛33场并帮助大坂飞脚夺得联赛冠军和重返日职联赛的升级资格。赛季结束后远藤保仁获选日乙联赛年度最佳球员。2013年5月，远藤保仁入选日职联赛编年史最佳阵容。2014年11月8日，日本联赛杯决赛大坂飞脚对阵广岛三箭，远藤保仁在第38分钟助攻队友帕特里克取得进球，最终大坂飞脚以3-2的比分逆转对手夺冠。2014赛季，远藤保仁代表大坂飞脚出战联赛全部34场比赛、日本联赛杯及天皇杯赛11场比赛，帮助球队夺得包括联赛、日本联赛杯、天皇杯冠军的三冠王荣誉。赛季结束后远藤保