它存在于十二指肠肠壁的粘膜下组织中，并分泌一种由重碳酸盐组成的粘液素，用于中和消化物中的胃酸。空肠粘膜下层的肠腺可分泌消化酶与粘液。肠壁还有孤立及集合的淋巴滤泡。肠腺分泌，弱碱性，含有肠致活酶和多种消化酶，有的酶可能不是肠腺分泌，而是脱落的肠上皮细胞溶解后进入肠液的。小肠每天约有200克左右的上皮脱落到肠腔。离幽门越远，小肠液的分泌量越少，酶的含量也越少。小肠的三部分在微观角度看起来较为相似，但是也存在着重要的区别，以下表格展示了这些区别：
生理功能.在胃中的食物通过幽门处