由台湾县知县张宏于康熙五十年（1711年）捐俸兴建，最初位置是在东安坊的县署北边，因为未留下相关记载而无法得知当时的规模。干隆十年（1745）知县李阊权捐资修缮，并砌城隍庙前石道。后来到了干隆十五年（1750年），知府方邦基、知县鲁鼎梅将庙移到了镇北坊赤崁楼右边，但隔年（1751）鲁鼎梅又移到了县署北边。之后屡次修建，其中知县薛志亮于嘉庆十二年（1807年）修建两廊，扩大了庙宇规模。同治十三年（1874）府城设有团练总局，并将府城内外分六段，其中的北段保甲局即设于县城隍庙。而在日治时期，该庙被日军佔用，