格构思改为文艺复兴建筑风格。1520年，曼努埃尔一世死后，哲罗姆派修道院的建筑工程逐渐停滞不前。1550年，建筑师Diogo de Torralva重新开始了该修遁院的建筑工程。他加入了主教堂、唱诗班的席位，并完成了该修道院内两个楼层的工程，仅採用文艺复兴的建筑风格。他的工作于1571年由Jérôme de Rouen（亦称Jerónimo de Ruão）完成，他最后在建筑中加入了一些古典的元素。该修道院的工程于1580年正式结束，因为西班牙的埃斯科里亚尔修道院建设工程已耗尽所有经费。1755年，