研究都是短期的，无法有效评估基因改造萤光鱼的风险。另外的反对者则担心转基因生物不是自然界原有的品种，对于地球生态系统来说是外来生物。转基因生物的种植会导致这种外来品种的基因传播到传统生物中，并导致传统生物的基因污染。许多环境保护组织，包括绿色和平、世界自然基金会、主妇联盟和地球之友等都反对基因改造工程。