通的金沙洲至西堤、海心沙至长洲航线由于航程超过10公里和有空调，票价将由原来的2元加至3元。其余航线的票价也有变化，像原先中大码头至芳村码头的航线票价是一个站1元，超过一个站2元，新票价将统一改成2元。调价后水上巴士票价纳入广州市公交地铁优惠范围，使用羊城通15次以上按6折优惠。广州学籍小学、中学学生凭羊城通学生卡享受5折优惠。老人优待证60－65周岁按5折优惠，65周岁以上免费。广州市残疾人，三至四级按5折优惠，一至二级免费。