科尔特斯因为在探险队上花费了许多钱，后来的生活相当贫困，他在西班牙时，曾在1544年2月向皇室申请索赔，但之后的三年都未受处理。带着失望的心情，科尔特斯决定要在1547年回到墨西哥。但当他到达西班牙的塞维利亚时，他罹患了痢疾，最后在塞维利亚省的卡斯蒂列哈德拉库埃斯塔因胸膜炎而过世，当时62岁。他留下了许多麦士蒂索人及白人的子女，在遗嘱中有提及要让这些子女及他们各自的母亲有好的照顾。科尔特斯在遗嘱中有提到他希望遗体可以葬在墨西哥。他的女儿卡塔利娜女士（Doña Catalina）在科尔特斯死后很快也就过世