一年九月十一日），因病辞任，改任安徽铁路矿务总理。1909年（宣统元年）1月，升任云贵总督，到昆明赴任。任内，他在云南省开发矿山、振兴实业。此外，他还起用蔡锷、唐继尧等留学日本的学生，创设云南陆军讲武堂，为新军的创设及强化作出了贡献。此外，他还参与同英国等诸国就领土问题进行交涉，并作为总督、巡抚的代表奏请清朝朝廷施行宪政。李经羲在以上内政改革等方面抱持开明态度，对镇压革命派也并不积极。其手下的蔡锷、唐继尧等新军军人为革命派倾倒。1911年（宣统3年）10月29日夜，革命派发动昆明重九起义。李经羲被俘