使得台江内海逐渐陆化。道光十五年（1835年）嘉义县与台湾县的县界调整，以改道后的「曾文溪」为新县界。该年也设立了西港仔保。进入日治时期后，西港仔保改为西港仔堡，在明治卅四年（1901年）隶属于盐水港厅，明治四十二年（1909年）行政区划调整后改隶台南厅。大正九年（1920年）行政区划改为州郡街庄制，今西港区一带设西港庄，属台南州北门郡。二次大战后，民国卅十五年（1946年）将西港庄改为西港乡，隶属台南县北门区。「县辖区」裁撤后，直属于县。2010年12月25日因行政区划改制，改为西港区。