1901年），杨调任甘肃学政兼高等学堂监督，金树仁追随杨增新到省城，入甘肃文高等学堂。毕业后，又入法政学堂。完成学业后，金树仁先后任龙泉书院、凤林书院院长。宣统元年（1909年），金树仁参加科考，举为孝廉方正，同年又应己酉科试，考取拔贡。1911年辛亥革命后，中华民国第一届国会选举，金树仁当选议会议员、众议院议员。
入疆.杨增新主政新疆省之后，金树仁于1915年到杨任下，任书记官兼科员。第二年六月，参加全省县长考试，以甲等成绩分发任阿克苏县县长。其后十余年，金树仁皆在新疆基层历