裁撤，独林朝栋与张李成两营被保留纳入清军，而林本人也在台湾建省后颇受重用。
抚垦事业.1885年十月，林朝栋驻扎新竹与后壠（今苗栗县后龙镇）两处海口。这段期间罩兰庄（今苗栗县卓兰镇）发生当地台湾原住民猎杀居民的事件，林朝栋陈报刘铭传，刘铭传便命林朝栋展开抚番（安抚汉人与台湾原住民之间的关系）工作。11月23日，武荣社原住民围攻罩兰社，林朝栋派兵解围，之后亲自督战，并与柳泰和合军抚平附近一带的山社，最后武荣社头目油格不敌逃走(后接受招抚，改名北都巴博为义军主要将领)，于是该社接受