学院与学系.崇基学院共分61学系，提供约54项主修课程及46项副修课程。学生必须分属香港中文大学八个学术学院中，包括：文学院、理学院、社会科学院、工商管理学院、医学院、教育学院、工程学院及法律学院。崇基学院是香港中文大学唯一提供神学以及音乐这两个科目的书院。
校牧室.崇基学校的校牧室是香港中文大学九所成员书院中独有的。宪章上列明校牧的职责是：负责主领校内之宗教活动；协助关顾学生的福利、群体性和社会性的生活；执行校董会指定的其他工作。 校牧室主要工作包括