系而得到袁世凯重用。民国二年（1913年）10月，出任熊希龄内阁内务部次长。民国三年（1914年）4月，当选蒙古、西藏、青海三省区选出的约法会议议员。同年5月，徐世昌任国务卿兼礼制馆总裁，銭能训任政事堂右丞兼礼制馆副总裁。民国四年（1915年）1月，由袁世凯授中卿，还曾获得二等嘉禾章。10月，銭能训署理平政院院长兼文官高等惩戒委员会委员长，翌年4月，正式就任平政院院长。民国六年（1917年）7月张勋复辟期间，被任命为农工部左侍郎。同年12月，銭能训出任王士珍内阁内务总长。次年2月辞职。此后曾代理国务总理