领事馆员工办公地点位于西耶路撒冷。在2010年以前，公民及签证服务办公地点在东耶路撒冷。 2010年10月起，领事服务办公地点迁至被绿线分割的一处建筑群中，此建筑群的部分位于于1949年停战协议形成的“无人地带”。
现况.2019年2月，美国国务卿迈克·蓬佩奥18日宣布，美国驻耶路撒冷总领事馆并入美国驻以色列大使馆，3月4日起正式实施。蓬佩奥说，总领馆变更为大使馆下辖的“巴勒斯坦事务处”，办公地点暂时不变。巴勒斯坦方面认为，美国给耶路撒冷总领馆的自主权“降级”是在发出政治信号，即