锡伯族和满族同源，都是女真人的后裔。还有人认为，锡伯族不与满族同宗、也不属于东胡，而与鄂伦春族同祖。鲜卑后裔说为锡伯族内部大多数人所认可，近年还得到了分子人类学的DNA证据支持。
隶属科尔沁.明朝时，锡伯族居于以伯都讷（今吉林省松原市宁江区）为中心的嫩江下游、松花江中上游、洮儿河流域地区。嘉靖中期，被南下的蒙古科尔沁部收服。万历二十一年（1593年），锡伯部作为九部之一，参加古勒山之战，最终被努尔哈赤击败。锡伯部小部分战后即归顺建州女真，大部分仍居原处，后随科尔沁部归附后金。