明文设置的部门机构；其他部门则以个别法律，作为其拥有中央政府机关之地位的法源依据。在中央行政机关之中，中央选举委员会、公平交易委员会、国家通讯传播委员会和促进转型正义委员会共4个二级机关，以及飞航安全调查委员会和不当党产处理委员会共2个三级机关为「独立机关」。依照《》第三条第二款之规定，独立机关系指「依据法律独立行使职权，自主运作，除法律另有规定外，不受其他机关指挥监督之合议制机关」；各独立机关首长皆採取任期制，不随内阁改组而有所变动。
法源依据.规范中央行政机关整体架构的法律