ection::::林郑月娥.杨鸣章被委任为香港主教后，他被指与当时才刚刚上任的第五任香港特别行政区行政长官林郑月娥私交甚笃。因为杨曾被批评他靠拢权贵，外界对他与林的关系作出讨论。杨其后说林是一名天主教徒，与她认识多年，关系不错，并说因为林曾经出任社会福利署署长而在工作上认识对方，所以没有理由拒绝她，不与她来往。
与教区其他神父关系.杨鸣章多年来被外界传言他与教区内其他神父的关系一般，甚至恶劣。
中国宗教自由.杨鸣章曾被中国天主教徒批评他在大陆信徒面对的