大多数这些非蛋白质分子的分子量小于300 Da。 这种小分子混合物非常复杂，因为参与代谢的分子（代谢产物）种类多样性是巨大的。 例如，在植物中可能产生多达200,000种不同的小分子，尽管并非所有这些小分子都存在于同一物种或单一细胞中 。 单个细胞中代谢产物数量的估计预测不到1000个，例如大肠杆菌和面包酵母。
水.细胞质基质的大部分是水，占典型细胞总体积的70％左右。 细胞内液的pH值为7.4 。 而人体细胞质基质pH值范围在7.0-7.4之间，如果细胞生长则通常更高。 细胞质