起义光复武汉三镇后，清廷调陆军大臣荫昌率大军南下，并命海军提督萨镇冰率舰队逆长江而上，以夺回武汉。湖北军政府积极应战，自1911年10月18日至11月27日，武汉保卫战历时40余天。蔡汉卿参加了战斗。最终，汉口、汉阳先后被清军夺回。武昌起义后，因和黎元洪同乡，蔡汉卿曾一度升任师长。中华民国时期，1918年至1920年，蔡汉卿担任中华民国第二届国会参议员。1923年2月15日，获封将军府将军。黎元洪下台后，蔡汉卿乃解甲归田，回到家乡洪湖。
晚年生涯.1938年日军占领武汉前，蔡汉