质球。并没有发现孢尾体。
鞭毛结构.在毛基体侧有一个失效的细胞中心粒。9个互扣的支柱将毛基体固定在质膜上，在过渡带上有终板。以横向角度观察过渡带上的鞭毛小管，可以见到内部的环状结构。毛基体并没有根。大部份游离孢子的核会有部份在核糖体群中，故偏向侧面。在核糖体区以外的细胞质中，会有细小的液泡及高尔氏体。包含少量核糖体的粒线体会聚在盘状的崤上。
生命周期.蛙壶菌有两个主要的生命阶段：无柄及繁殖的游动孢子囊，和活动及有鞭毛的游离孢子。游离孢子只会在短时间内很活跃