约3年时间来发掘近60,000多平方公呎的遗址。并经平壤建设建材大学等专家通过学术复原研究完成了复原设计及以彩色绘图演示。重建工程在公元2000年开始动工，在4,000多平方公呎的土地上，复原了26幢建筑物，并修建了现代化道路、桥樑、能停泊观光大客车的停车场，以及120,000平方公呎的绿化园林。在公元2005年10月31日，重建开城灵通寺的工程竣工。
建筑.重建后的开城灵通寺由出入口、主建筑群、禅房及浮屠所组成，主建筑群由东西两组厢房所组成，西厢由南门、屏门、普光院、重阁院、崇福院