于1940年12月20日举行三十周年及献堂礼。1940年香港政府削去圣堂前面地段，另补后面地段，故圣堂也需增加建筑。战后复元，于1949年3月25日举行祝圣大典。1953年张绿芗牧师就主任职，倡议兴办幼稚园及兴建牧师宿舍。翌年黄蒲霖牧师继任，首先兴办小学，校舍于1959年2月竣工；1963年筹办中学，明年即告落成，使教育工作与传道工作得以配合，而莫庆尧中学亦已迁往九龙荔枝角海丽邨。
建筑特色.圣马利亚堂现时已成为香港现存两座中国文艺复兴式教堂之一（另一座是九龙马头围的圣三一座堂