死病疫情的影响，阿让的经济出现迅速衰败，人口大量流失。1435年10月，加龙河发生特大洪水，阿让几乎全城被浸泡在水中，大批建筑物被损毁。1463年，整体合并至加斯科涅。宗教战争期间，阿让居民保持对天主教的虔诚，而新教徒则占领了30公里外的另一座城市——内拉克，由此形成了两城对峙的局面，直至《南特赦令》的颁布。16世纪后，阿让所在的加龙河平原地区成为重要的农业生产区，阿让也再次得到发展，欧洲李成为当地的代表性农作物，由于其制成梅干后容易保存并可实现长途运输，使得“阿让梅干”出口至法国各地，阿让的果农们也由此获