民政府的统治中心和外国势力有极强影响之地区，非但没有遭到毁灭性的打击，还能有效的指挥全国的共产党活动。在中共中央迁入苏区，特科取消后，在中央苏区成了了国家政治保卫局，延续了中央特科的职能。随后在抗战时期先后成立了中共中央城市工作部，中共中央社会部，中共中央调查部等机构。中共在中国大陆取得政权后，在公安部下属成立政治保卫局，在1980年代又成立国家安全部作为政治保卫和情报机构。中央特科也可视为中共以及中华人民共和国政治保卫和情报工作机构的最初模型。中共获得内战胜利后，中央对地下潜伏的党员的处理方针是“降级