拥有日本第二多的外国学生，其中包含不少中国大陆、越南、尼泊尔的留学生，却传出在2018至2019年内有743名留学生下落不明。2017至2019年的失踪人数一共有1610人。使该校被文部科学省在2019年要求该校目前先暂停招收新生，即使收到居留签证或学生签证的申请，入管厅也不会核可。目前法务省入国管理局已经确认，2017年入学的数十名留学生在他们的留学签证到期后依旧留在日本，成为非法居留。东京福祉大学已被勒令停止招生「研究生」或外国学生。此外，中国留学生的收费，即学费和入学金总额要较他国家学生的费用高出