被重新安葬在梵蒂冈圣伯多禄大殿的地下室，安放在他弟弟和父亲的墓穴旁边，也就是后来将要竖立斯图亚特王朝纪念碑的地方。他的母亲也埋葬在圣伯多禄大殿。他的心脏仍然保存在弗拉斯卡蒂大教堂，放在纪念碑下地板下的一个小瓮里。查尔斯没有婚生子女存活，这使得其弟“约克公爵”亨利成为“亨利九世”（在苏格兰称“亨利一世”）。但亨利身为主教，终身未婚，他死后，老王位觊觎者绝嗣，詹姆斯党人转而支持查理一世幼女的后人、萨伏伊家族的撒丁尼亚国王卡洛·埃马纽莱四世为“英国国王查理四世”，但此后詹姆斯党的拥护对象都没有提出继承英国王位