在后鸟羽上皇与顺德天皇父子的谋划下，加封刚出生的皇子怀成为亲王，五日后再封为皇太子。父亲顺德天皇为承久之乱作准备，在承久三年（1221年）四月二十日让位给年仅三岁的怀成亲王，是为仲恭天皇。同年，祖父后鸟羽上皇发起承久之乱向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令，很快便被北条泰时和北条时房所率领的幕府军撃败。后鸟羽上皇、顺德上皇被发配到隐岐岛及佐渡岛（土御门上皇并未参与讨幕，本来不是被处分对象，但他却自愿随父亲后鸟羽上皇及弟顺德上皇一同受流配之刑。）。承久三年（1221年）七月九日，仲恭天皇被废黜，