始有人在此定居，居民主要从事贸易，与西伯利亚土着作毛皮交易。其时俄国政府已于当地设办事处负责收取毛皮税。1686年，获官方升格为都市。其时本市亦开始与中国人进行交易，以木材、毛皮以换取中国之丝绸、茶叶。到1900年，本市赢得「西伯利亚巴黎」的绰号。十月革命后俄罗斯内战爆发，伊尔库茨成为许多激烈冲突的场所。1920年，最大的反布尔什维克部队指挥官亚历山大·高尔查克在伊尔库茨克被处决，有效摧毁了反布尔什维克抵抗运动。在苏联时代，伊尔库茨克被苏联规划为工业城市。其中1950年伊尔库茨克水库建成于安加拉河上