效果通常以活化性部分凝血激素时间测试来监测。活化性部分凝血激素时间测试是试验血浆凝固的时间，与凝血酶原时间测试不同。
使用方式.因为肝素是个高阴电性的大分子，一般以静脉注射或皮下注射方式给药；不建议以肌肉注射方式给药，因为会造成血肿。由于普通肝素在生物体内的半衰期约为一到二小时，因此若能以点滴的方式给予效果会较佳。低分子量肝素的半衰期较长，约为四到五小时；因此可以以每天一剂的方式给予。在长期抗凝血剂的治疗上，肝素一般只使用到口服抗凝血剂（如：华法林）开始发挥作用即停止给药。已针