发生本能寺之变，织田信长横死的同时，康忠被任命为甲州奉行，为了加强对旧武田领的统治，驻守在诹访郡高岛城，和依田信蕃共事。天正13年（1585年）参加第一次上田合战，也和依田一同平定了佐久地方。天正18年（1590年）小田原征伐后随家康移封关东，和大久保忠世一同负责上总国的民政。天正19年（1591年）受封武藏国菖蒲（现在的埼玉县久喜市）和私市（现在的加须市），共计5000石。文禄2年（1593年）5月去世，享年56岁，墓地位于埼玉郡樋之口村（现在的久喜市）。之后被儿子康长改葬于今泉村（现在的上尾市）