丰六年（1856年）3月19日，徐类思主教接到罗马教廷传信部的来信，通知其传信部已于当年1月21日撤销南京教区，代之以建立一个委托于耶稣会的江南宗座代牧区，他本人将移驻湖广代牧区。徐类思主教随即指定了两位代权主教，由他俩负责徐离开时教区的工作，耶稣会的郎怀仁神父作为耶稣会会士的代权，圣家会的龙保理神父作为非耶稣会会士的中外神父的代权。同年4月7日，徐启程离开上海。南京教区的撤销和江南宗座代牧区的建立意味着葡萄牙对中国内地保教权的结束。同年五月十六日（6月18日），在今天虹大厦处，由杨神父及金奚荣、金秀昌