兵顽抗，但郑成功部队装备了藤甲兵，即以三人为一组，一人执藤牌掩护，一人砍马，一人砍人。在明军勐烈的攻击之下，清军溃不成军，王邦俊率领败军落荒而逃，明军取得了磁灶战役的胜利。
影响.磁灶战役大大鼓舞了闽南的抗清民众，郑军旧将黄兴、黄梧先后归附郑成功。而郑成功叔父郑鸿逵也倍感欣慰，将其部分兵力拨给郑成功。