任何有关独立现状的更动，都必须经由台湾全体住民以公民投票的方式决定。」同年李登辉总统提出特殊两国论，把两岸关系定义为「特殊的国与国关系」。1995年至1996年间，李登辉总统访问美国，前往母校发表「民之所欲，长在我心」、强调「主权在民」的公开演讲。江泽民领导的中华人民共和国政府不满此次访问，并试图影响第一次中华民国总统直接选举结果，而举行飞弹军事演习。双方的一系列举动，使原本转趋平静的两岸关系转为紧张，台独运动主要的抗争对象遂转化为海崃对岸的中国共产党政权及中国国民党保守派。
现