督教已传入波斯尼亚，大量该时期的文物可以证明这一点。337年至395年，罗马分裂，潘诺尼亚行省和达尔马提亚行省被划入西罗马。该地区后来被匈奴人攻占。455年，被东哥特人占领。6世纪，在东罗马皇帝查士丁尼一世发动的哥特战争中，东哥特人的王国被东罗马击败，现波黑南部地区一度成为东罗马的一部分。
中世纪.6世纪，起源于今天波兰南部的斯拉夫人与阿瓦尔人结盟，而后于6世纪和7世纪在东南欧开始共同入侵东罗马，并在萨瓦河和亚德里亚海之间的土地定居。其后更多的南斯拉夫人第二波入侵该地区