月，桥本龙太郎当选自民党总裁，接替河野洋平，出任自民党总裁。1996年1月11日，社会党首相村山富市辞职，桥本接任日本内阁总理大臣。1998年，自民党再次在参议院选举失败，桥本辞职。自民党其后与公明党组建联合政府，维持参众两院的多数。2001年，小泉纯一郎当选自民党总裁，成为日本内阁总理大臣。小泉担任首相长达五年半，是少数在任较长的首相之一。任内加强与美国的关系，推动邮政私有化等政绩。2003年，小泉获得连任。同年，自民党总裁的任期由两年延至三年。不过，任内由于坚持每年也参拜靖国神社，导致与中国、韩国的