件告一段落后，李卓敏官复原职，参与行总解散事宜；其后他获调任为中华民国驻联合国亚洲暨远东经济委员会常任代表，1949年至1950年再改任行政院善后物资保管委员会主席。然而，当时正值第二次国共内战，国民党与共产党形势逆转，连连失利的国民政府在1949年败走台湾，同年10月1日，共产党在北京宣告中华人民共和国成立，标志着国民政府在中国大陆失势。面对时局动盪，再加上中国大陆主权易帜，失意于国民政府的李卓敏在1950年辞任行政院善后物资保管委员会的职务，并于1951年应母校加州大学柏克莱分校的邀请，赴美出任该校