铁道已经设有「别府港站」，加上两站的地理位置，比站名初时名为「别府北口站」，后来由于此站成为别府町的中心车站，车站周边比较繁荣，因此改名为电铁别府站。
车站构造.车站是一座高架车站，设有2面2线的相对式月台。在车站北边设有山阳新干线高架桥（在西新町至手柄之间唯一高架车站。建设高架桥是由于后述的与别府铁道立体交错）。闸口只有1处并位于地面。售票柜台无人当值。由于车站已经完成无障碍化工程，月台与闸口之间设有升降机连接。<br>另外，在1988年（昭和63年）兴建改善工程前，车站