明郑的行政区划主要集中在今日的台南市以及部分嘉义县与高雄市，以四坊二十四里为基础，另设有「一府二州三司」。在福建沿海岛屿还设有思明州、思明县。
沿革.明永历十五年（1661年）郑成功攻下台湾，五月佔普罗民遮城，改赤崁为东都明京，总名「东都」。设一府二县，另设一司为澎湖安抚司。郑成功死后，其子郑经改东都为东宁，并于承天府之上再设东宁总制府。另升天兴县与万年县为州。又于澎湖安抚司外加设南北路两安抚司。