本五岁随父至北京，禀承父学，以父荫补入刑部。同治四年（1865年），沈家本举乡试，此后却连年失意科场，直到光绪九年（1883年）方中进士，留刑部补官。历任郎中、奉天司主稿兼秋审处坐办、律例馆帮办提调、协理提调等职，专营案牍、奏谳之学，「以律鸣于时」。光绪十九年（1893年）冬，任天津府知府。二十三年（1897年）夏，调保定府知府。光绪二十六年（1900年），升署直隶按察使。尚未成行，庚子拳乱事起，八国联军入保定，沈家本因曾为一教案力争，受诬告曾助拳匪，遭拘留入狱数月。光绪二十七年（1901年）十月，