核对兵卒并淘汰多余的部队，节省开支。万历初年（1573年）因与张居正不合，称病辞职，后张居正去世，朝廷官员纷举荐。他因此恢复官职，担任保定巡抚，成功赈灾获鹿县的饥荒。之后升任南京户部右侍郎。万历十二年（1574年）后召为北京户部左侍郎，改督仓场。万历十四年（1576年）升任户部尚书，当时明朝国运开始衰退，他力主减少山西灾荒地区的税费，并增加边疆屯田。当时万历帝弟潞王从京师返回封国新乡，万历帝用三十万白银为他购买珠宝，后在宋纁强烈要求下，减少了十万两。万历帝为自己庆贺增加二十万白银，宋纁坚决反对，最终