大学校长梅贻琦于1955年在台湾新竹复校，仍沿用原名。1952年，中国高校进行院系调整，清华大学文、法、理、农、航天等院系外迁，吸纳外校工科，转为多科性工业大学，在土木、水利、计算机、核能等领域贡献卓越，被誉为“工程师的摇篮”。1978年后，逐步恢复理科、人文社科、经济管理类学科。1999年，原中央工艺美术学院并入，成立美术学院。2006年，与北京协和医学院合作办学，培养临床医学专业学生。2012年，原中国人民银行研究生部并入，成立五道口金融学院。2013年，黑石集团捐助成立清华大学苏世民书院及奖学金，