林罗山为祖的林家的朱子学被江户幕府指定为官方的学问。另外，江户中期以降，国学、兰学和其他大衆思想受儒教的刺激而兴起。
近代思想.相对于在儒教和佛教之中发展的近世日本思想，明治维新之后，急速的受西洋思想影响，英国的启蒙思想、法国的人权开始流行。由横井小楠和福泽谕吉的近代主义的出现作代表。日清战争及日俄战争的时期以降，日本的资本主义大为发展。为了对抗社会矛盾的基督教和社会主义也在近代化后发展，和各种社会运动结合。此外，受外国学问的刺激，形成民族主义的思想学问。