宗干道二年（1166年）十一月，其母逝，归葬婺州。南宋孝宗干道六年（1170年），任太学博士，兼国史院编修官、实录院检讨官。干道八年（1172年）二月，其父去世，久居明招山守墓服丧。淳熙三年（1176年），因李焘推荐，升任秘书省秘书郎。吕祖谦与朱熹、张栻过从甚密，时称“东南三贤”。曾与朱熹一同讲学于浙江浦江的月泉书院，论学主“明理居敬”，认为“居敬有力，则其所穷者益精；穷理浸明，则其所居者亦有地”。祖谦反对空谈阴阳性命之说，开创“吕学”（“婺学”），为金华学派的代表，开“浙东学派”先河。吕祖谦极力主