特别委员会笔头理事就任。同年12月，总理府社会保障制度审议会委员。2000年7月，出任第二次森改造内阁的内阁官房副长官。2001年4月，续任第一次小泉内阁的内阁官房副长官。2002年9月，续任第一次小泉第一次改造内阁的内阁官房副长官。2003年9月，小泉纯一郎连任自由民主党总裁后，任自民党干事长。为自民党1980年大平正芳以来，23年以来第一位与党总裁属同一派系的干事长。2004年9月，由于日本自民党在参议院选举以一席之差输给民主党，故请辞干事长职，但由于连同公明党执政联盟仍控制参议院，因此只被小泉降职为自