川军势力展开争夺。1924年（民国13年）3月，他被北京政府任命为川黔边防督办兼陆军第34师师长。在此期间，袁祖铭同唐継尧讲和。1925年（民国14年）1月，袁祖铭任贵州督办。然而袁祖铭此后继续在四川省内参与内战，贵州省政则委托部下王天培、彭汉章、周西成料理。同年6月，袁祖铭同川军指挥官刘湘联合进攻川军势力强大的军事将领杨森并取胜。此后刘湘同杨森和解，双方联合进攻袁祖铭。翌年5月，袁祖铭在同川军作战中败北，逃往湘西（湖南省西部）。
转向和末日.此后袁祖铭率残部投靠广州国民政府。