，接下来又落下纳粹德国之手（1941至1944年），然后再被苏联吞并近半个世纪（1944至1990年）。在此期间，使用立陶宛国旗是违法行为。立陶宛被苏联吞并后更名立陶宛苏维埃社会主义共和国，二战结束后立刻使用的旗帜类似苏联国旗，主体为红色，左边的金色锤子与镰刀上方有金色无衬线体拉丁字符“”，是立陶宛语“立陶宛苏维埃社会主义共和国”之意。1953年，旗帜上的“”由五角星代替，红色减至占据上方三分之二，下面分别是宽十二分之一的白色窄条和宽四分之一的绿色宽条。
恢复现代国旗.1988年，