，同时新建清隐堂、迎薰楼、关房，大殿也进行了重修，新建建筑均未能存留于世。清代开始，保国寺建筑活动开始增多。康熙二十三年（1684年），由僧显斋、景庵主持，将北宋大殿扩建一周，并增加重檐，用以放置罗汉、诸天等像，这使得大殿从北宋的面阔三间、深三间的单檐歇山顶建筑变为面阔七间、深六间的重檐歇山顶建筑，与江南常见清代佛殿建筑基本无异。同时法堂、天王殿等建筑也经过重修。《保国寺志》将此次维修称为“中兴”。干隆、嘉庆年间寺院频繁改建，钟楼、鼓楼新建，寺院逐渐接近现存的格局。宣统二年（1910年）天王殿焚毁，次年重建