分类.原先被认为地龟的亚种，1992年后被分裂为独立的物种。
栖息.日本地龟栖息于原始林和次生林组成的低山常绿阔叶树林，沿树林的潮湿的山涧也会找到牠们的踪迹。主要在陆地活动，夏天则多在水中活动。 杂食性动物，会吃昆虫、陆生蜗牛、蚯蚓、植物的叶、芽、花蕾、果实等。 卵生形式繁殖，在人工饲养下每年6-8月可下蛋4-6个蛋，曾有案例显示蛋会在7月孵化。
与人类的关系.日本地龟数量已大幅减少，由于其栖息地的破坏，同时被被马路上的汽车辗死和跌进路边的沟里而