动党、时代力量代表聚餐，于会后表示自由台湾党没有加入独派整合支持时代力量的行列，「自由台湾党并不同意这种放弃主张台独的整合」。2016年总统及立委选举，自由台湾党的目标为取得三席不分区立委，并声明在「不危害台湾独立」的前提下支持民主进步党总统参选人蔡英文，并公开邀请有志参与2018、2020年议员、立委选举之年轻人为党出征，惟详细办法尚未公佈，与第三势力以区域立委提名权作为交换的作法不同。虽然时代力量澄清并未以此作为交换条件，但仍引起民进党内部不满。2016年立委选举，自由台湾党立委候选人全部落选。