十四年（1899年）擢安徽按察使，入觐后改三品京堂，在总理衙门行走。次年，补内阁学士。义和团运动爆发后，拳民入北京，围攻各国使馆。徐桐、崇绮称“民气可用”，纵容拳民。在御前会议上，联元与崇绮争论，谓：“民气可用，匪气不可用。”八国联军攻陷天津大沽后，载漪等仍一味主战。联元反驳：“甲午之役，一日本且不能胜，况八强国乎？傥战而败，如宗庙何？”载漪斥其言不祥，七月十七日，与徐用仪、立山一同被斩。后得到平反昭雪，予谥文直。