6日抵达台湾，经基隆至杨梅车站旁仓库暂存。1949年，运台之第二、三批文物分别于一月六日和二月二十二日抵达台湾，接着迁运至台中糖厂仓库寄存。1950年，随故宫文物迁入新建成的雾峰北沟库房，全家定居雾峰北沟15年。庄严晚年自号六一翁，是在他六十一岁时，仿欧阳修的六一，每日必做六件事：写字、散步、喝酒、静坐、打拳、奉行自己。1964年，升任故宫博物院副院长。1965年，因故宫于台北外双溪的新馆落成，原北沟库房之文物全数迁往新馆，庄严一家移居台北。1969年，他自国立故宫博物院副院长职务退休，转任中国文化学院