善派遣舟师断绝敌军饷道。康熙十五年（1676年），于洞庭湖打败敌军，攻取君山，分兵助攻长沙。康熙十六年（1677年）四月，吴三桂逃奔衡州，复出湘潭，分遣兵侵袭两粤。康熙十七年（1678年），朝廷下诏斥责尚善率师无功，令其部队驻守长沙，而以岳乐统领大军攻取岳州。尚善奏请亲自效力率领舟师攻克岳州，圣祖准许。吴三桂部将杜辉等侵犯柳林嘴，清军迎击，舟师来会，两军合战，杜辉败走。同年八月，尚善卒于军中。康熙十九年（1680年），追论退缩之罪，削去尚善贝勒爵位。圣祖顾念尚善旧劳，授其子门度辅国公爵位，准许世袭。