片战争爆发，眼科医局停业。1842年11月，医局重新复业，已不限于眼科，改为综合性医院。此后，教会医院都设置专职或兼职神甫牧师，进行布道活动。19世纪50年代，伯驾将医局交由嘉约翰主掌。1856年第二次鸦片战争时期，医局焚于战火。1858年嘉约翰在在南关增沙街租一华人住宅，改装为医局，1859年5月重新开业，正式定名为博济（Pok Tsai）医局。1866年迁仁济大街（即孙逸仙纪念医院现址），定名博济医院。此后数十年间，医院不断改进，至1935年医院百年时，总共为200多万名病人做过治疗，受外科治疗