因条件恶劣，部分文物常遭白蚁和仓库渗漏危害。1939年6月，国立中央博物院筹备处部分贮放重庆的143箱文物也先后3批分别转往昆明和乐山；隔年8月再分别迁到贵州安顺和四川南溪李庄镇，与中央研究院历史语言研究所合署办公。北路7,285箱文物，由马彦祥、那志良、吴玉璋、梁廷炜和曾湛瑶等人分3批设法在大屠杀5天前押离南京，沿津浦铁路至徐州，转陇海铁路经西安运至宝鸡关帝庙和城隍庙暂存，后改汽车载运，历时48天才在1938年4月10日分别运达汉中文庙与褒城宗营镇的马家祠堂、范家祠堂和大庙；5月26日起经四川广元蜀道