常随着蒋中正的去留而变动：如1931年蒋中正下野时，修改《中华民国国民政府组织法》使主席变成不负实际政治责任，因此林森在担任主席的12年间只是虚位元首；直到1943年林森逝世后，蒋中正代理主席进而真除，主席一职又恢复成首长制。1937年－1945年第二次中日战争期间，中国处于战时政治体制，国民政府实际最高领导人是国民政府军事委员会委员长蒋中正。
广州时期.1925年7月1日国民政府于广州正式成立，国民政府委员会也同时运作。第一任主席由汪兆铭当选，但因政治因素而时常被后世史学家忽略。