他也开始在军队中肃清同情左翼者（他下属中其中一位左倾者即为后来在1965年发动九三〇事件的翁东中校）。在这段期间，苏哈托体认到，要消灭共产主义和伊斯兰激进份子，必须让他们获得经济和物质上的满足。1956年9月3日，苏哈托晋升为陆军上校，任指挥官，以三宝珑为根据地，管辖中爪哇及日惹。后来，苏门答腊及苏拉威西群岛上的军事指挥官们，发动一连串反对雅加达政权的政变。1957年3月，苏卡诺颁布戒严令。苏哈托成为了两省的戒严执行长官，掌握了控制公民事务的权力。他开始自主筹措经费以供养军队，军饷其实应该是由「财经办公