源.有关母乳微生物群的启源还不完全清楚，目前有许多相关的假说。母乳中的微生物群可能是源自乳房的，或是婴儿的。在哺乳或是婴儿吸吮乳头时的母乳倒流也可能导致乳腺中的细菌形成，透过发现在哺乳时有一定程度的母乳倒流。另外，微生物群也可能从母亲的消化道，透过树突状细胞产生的肠-乳途径（entero-mammary pathway）进入乳腺。
环境因素.人体母乳益生菌会收到不同因素的影响，例如母亲自身的身体质量指数（BMI）、婴儿性别、生产方式及母乳喂哺模式等等。Soto等人的研究表明，在怀