讲述天明一行人进入墨家的堡垒──机关城后，机关城被卫庄一行攻陷的故事。一方面，主角三人通过智慧与勇气的重重考验。另一方面卫庄等人挟持端木蓉逼迫墨家就范。情势的恶化，为第三部《诸子百家》揭开序幕。
诸子百家.2009年5月在迅雷看看网站上放出样片，2009年11月底制作完成并送交审查，年末审查通过。原本预计共26集，后先后增加至30集和34集。同期分批上市DVD。《秦时明月之诸子百家》于2010年7月26日在央视CCTV-1《第一动画乐园》首次播出。每天下午17：00连播三集《诸