于是巧妙地用兵并迎击，抵挡织田军的勐攻长达1年半的时间。不过因为长期的守城战，兵粮耗尽，己方的丹后、但马诸豪族亦相继被撃破，而且因为光秀的离间，部份豪族更投向织田氏，于是陷入困境，终于在天正7年（1579年），向光秀降伏。此后，与弟弟秀尚一同被送到安土城，被信长命令于6月2日在安土的净巖院慈恩寺中，被处以磔刑。辞世句是「」。
子孙.根据丹波篠山市的传说，次男甚藏由乳母抱走并逃到味间，后来改名为波多野定吉，仕于。