利过渡成为首任卫生署署长，由于原医务卫生署署长一职与其直辖上司卫生福利司同属首长级「D6」职级，为了在行政上更确切地反映两者关系，卫生署署长连同医院事务署署长同被降级至首长级「D5」职级。在卫生署署长任内，他主管公共卫生和社区医学等事务，积极向外推广器官捐赠计划、健康城市计划和参与一系列的医疗改革，并在1993年创立香港社会医学院和出任首任院长一职。1992年及1993年，他又署任卫生福利司一职，管辖医院管理局、卫生署、医院事务署和社会福利署各事宜，任内促成《1992年医生註册（修订）条例》获立法局通过