台湾之后，她进入国立台湾体育学院任教，并担任该校女子足球队的教练。1999年，她被指派为中华台北队的助理教练，并于2003年，她成为中华台北队史上第一名女性主教练。
执教经历.由于台中蓝鲸女子足球队原先的总教练堀野博幸受到中华民国足球协会的青睐而转任中华台北女子足球代表队，因此原先是堀野博幸助手的吕桂花接替总教练一职并带领台中蓝鲸赢得2018年台湾木兰足球联赛及2019年台湾木兰足球联赛的冠军，达成了三连霸且两度获得了最佳教练奖。此外，2019年时还因长期于全台湾教导小球员、巡回开