斯联邦的46所医科大学共同成立中俄医科大学联盟，巴什基尔国立医科大学为创始成员之一。每年有超过150名学生和教师到其他地方进行长时间的学术交流。2015年，巴什基尔国立医科大学与哈尔滨医科大学签订合作协议，前者的部分博士生可以到后者继续学习，并有机会学习汉语，就读联合博士（3年）和硕士+博士（4年）课程。2018年11月，该校有17名学生正在哈尔滨医科大学学习，还有一些学生则被派往四川大学学习。2017年到2018年，巴什基尔国立医科大学先后派出访问团，到吉林大学、哈尔滨医科大学、北京大学人民医院等地进