五官掾，负责户曹事务；很快他转职信义县令。何之元的族人何敬容位高权重，经常派人造访他，但他始终不去。别人问他为何，他说：「以前楚人观起得宠，有马的人都逃跑了。他德行不足而责任重大，一定接近失败，我恐怕未有利益就已经惹祸。」明白的人都称赞他。安西将军武陵王萧纪担任益州刺史，起用何之元为安西刑狱参军。侯景之乱，萧纪以太尉承制，授他南梁州刺史、北巴西太守；萧纪自成都举兵东下，何之元和蜀中民众抗表请求不要举兵，但萧纪认为他聚众闹事而囚禁于船舰中。萧纪兵败，他跟随邵陵太守刘恭到郡，很快江陵失陷、刘恭去世，王琳征召他担