会实际运作的行政与建议方案功能则被同年稍早成立的行政院大陆委员会、海崃交流基金会与国家统一委员会等新设立机构所替代。
后续.与其他许多于台湾解严后的政府机构相同，光复会也拥有零星未完善处理的土地资产。2006年3月，光复会位于西门町、价值新台币上亿元之厅舍，被民主进步党台北市议员蓝世聪、刘耀仁指称遭该会退休工作人员非法侵佔并收租营利。目前已于2020年7月3日确定将其转型成为西门町旅客服务中心。