十六年（1643年）癸未科进士，选翰林院庶吉士。李自成大顺军队破北京，选授降臣官职，以王自超年少不更事而不用。王自超贿赂选司杨枝起，得到补用承诺。一说以原官任用。因此被妻子祝氏痛斥。南明安宗朝廷议定从贼之罪，王自超等位列“另存再议者”名单。顺治四年（1647年），闻清兵入关，定鼎中原，忧愤自尽卒，年仅三十。有《柳潭遗集》。