同年主持国庆阅兵「同庆操演」。2009年任国防部参谋本部联准室主任。2010年1月16日，调任陆军副司令，但因届龄无缘晋升二级上将，副司令还没当满一年就在同年12月27日退伍。
担任中华民国红十字会秘书长.退伍后，担任中华民国红十字会秘书长。此外，担任陆军官校校友总会副会长，多次参与「中山‧黄埔‧两岸情」论坛，如2013年武汉第四届论坛、2014年香港第五届论坛。
参加政党活动.2016年大选中，吴斯怀参与第三势力小党军公教联盟党（MCFAP）的活动，