因县治位于云林坪之上，因而将此新县命名为云林县，不过陈世烈就任首任知县已是隔年四月十日的事。然而因此地位于清水溪与浊水溪流域，于大雨时易被河水氾滥影响。而继任巡抚的邵友濂又认为县城的位置太靠近内山，于是在光绪十九年（1893年）将县治移到斗六，并建新县城。县治移走后，该城便迅速地荒芜，成为耕地。