998年，任中国人民银行副行长。1989年，兼任中国人民银行党组成员；1995年，升任中国人民银行党组副书记。在中国人民银行任职期间，陈元开创了中国现代化金融支付系统——CNAPS的建设，并促成了中国内地同香港之间的金融合作。1998年，陈元调任国家开发银行行长、党组书记。同年，改任国家开发银行行长、党委书记，一直任至2008年。2008年，改任国家开发银行董事长、党委书记。从1998年起，国家开发银行的不良贷款率直线下降。陈元和搭档高坚引领了债券市场的一系列创新。1998年起，陈元通过国家开发银行进行