时，CDC 6600主要被用于高能核物理研究，包括一部分在阿尔瓦雷斯气泡室中录摄的核事件分析。CDC 6600起初于一年前被运至位于瑞士日内瓦附近的欧洲核子研究组织，也被用于高能核物理的研究。一般来说CDC 6600被认为是第一个成功的超级计算机，每秒浮点运算次数达1M，超过之前最快的IBM 7030约三倍。它从1964年到1969年一直保持世界最快的计算机，直到让渡其继任者CDC 7600。CDC 6600的系统架构被用在更简单（也更慢）的CDC 6400上，和另外一个拥有两个6400处理器的6500