军队的缉捕目标之一，他随即前往台北藏匿；在缉捕不到杨阿寿的状况下，军队强押其子周金波（因「抽猪母税」习俗而改姓）与杨国仁至当地军警机关，杨国仁随后遭枪杀，周金波则被其妻周李宝玉营救脱险。同时，杨阿寿被冠以「鼓动抢米参加事变」等相关罪名；为求自保，他写下悔过书（「自新书」）承认相关事物。二二八事件后，杨阿寿续任基隆市参议会议员，并接任副议长职务，又持续在基隆市仁爱区孝一路经营「长寿齿科医院」。