总统曼努埃尔·罗哈斯派遣麦格塞塞去华盛顿参加游击队事务会议，协助美国国会通过罗杰斯退伍军人法案，为菲律宾的退伍军人争取福利。在所谓的1949年“肮脏的选举”中，他再次连任众议院议员，并担任众议院国防委员会主席。1950年8月初，麦格塞塞向总统埃尔皮迪奥·基里诺提交一项镇压共产主义游击队的计划，被基里诺任命为国防部长。任内提高了军队的形象，改变人民对菲律宾军队的冷漠和不信任态度，并赢得他们的尊重和钦佩。1953年2月28日麦格塞塞辞去国防部长职务，成为民族主义党提名的总统候选人，1953年11月10日