中华人民共和国国家旅游局局长韩克华于3月25日下午致电日本运输大臣石原慎太郎，对高知修学旅行团部分团员不幸遇难表示沉痛哀悼。3月26日，上海市副市长刘振元在遇难者入殓仪式上致悼词。3月25日，中国外交部副部长朱启祯前往上海。中国国务院秘书长陈俊生、国家经委副主任叶青等6人受代总理李鹏的委托，于3月26日上午到达上海处理“3·24”旅客列车相撞事故的善后工作。时任上海铁路局局长韩杼滨及上海铁路公安局、上海铁路分局领导在事发当天下午前往事发现场，上海市委副书记、副市长黄菊亦于当天下午到场，铁道部部长李森