009年6月，因应澳门确诊首宗猪流感影响，毕业典礼首次移师中学部举行，幼小部则以通讯方式邀请毕业生家长到校领取毕业证书。<br>2009年9月，因应流感开始扩散，某些班级学生身体不适总人数达总人数两成，部份班级停课。<br>2009年10月，台湾辅英科技大学拜访此校，并与高三同学举行座谈会。<br>2009年11月，东南学校创校60周年，举行盛大庆祝活动，包括“东南校史廊暨教学成果展”揭幕仪式及“东南60周年校庆联欢宴会”。<br>2010年4月，新加坡教育代表团访问东南学校，并进行交流。<br>