之乱于咸和四年（429年）被平定，孔坦将获授吴郡太守。不过，孔坦自以年少，不适合到有大量贤士豪杰聚集的吴郡当太守，如此庾亮及王导都属意孔坦任丹扬尹。不过由于当时丹杨郡经历过两年战乱，民间一片衰败困苦，孔坦又再推辞，但眼见王导等迟迟不允，就感慨地说：「昔日肃祖临终时，诸君都在御床旁边接受遣诏。孔坦关系疏远，地位低下，不在顾命之列。现在有艰难了，就先想到用微臣了。现在我就是砧板上的肉，任人宰割了！」说罢就拂袖而去。最终王导等人都放弃，改其为吴兴内史，封晋陵男，加建威将军。在吴兴郡时，孔坦以自家米粮赈济饥荒中的郡