罗湖及落马洲站除外）提供低至半价的特惠车费，但亦基于优惠的性质而改为只可以使用学生个人八达通享有优惠，否则必须购买成人单程票。。
两铁原有优惠.除了学生票价之外，两铁合併后初期，原地铁系统的不少优惠，如昂坪360免费回程优惠、机场快线免费接驳等优惠，并没有扩展到原九铁系统；而原九铁系统的不少优惠，如西铁及马铁的月票制度、香港居民可使用的日票（本地线乘车证）等优惠，同样亦没有扩展到原地铁系统，有部份优惠甚至被取消，因此惹来非议。后来，港铁公司于2008年9月28日启用新的票务系统时，