两层、地上二层，局部三层。地上二层是高架候车室，设有8个检票口，三层为商业空间。一层为进站层和站台层，共设置5个站台面合计10个站台；西侧用作地铁13号线站台，东侧4个站台为550米长1.25米高站台，用于京张城际铁路的列车停靠，两条正线所在的站台设有屏蔽门。地下一层为到达层、换乘大厅与地下停车场。
城市通廊.清河站B1层城市通廊四周设有国铁地铁共享安检区，实现了国铁、地铁、市郊铁路之间安检互认，乘客换乘时无需重复安检。
地铁站.清河站地铁站是北京地铁13号