放阿塔瓦尔帕，不久之后，以阴谋杀害自己兄弟和反对皮萨罗一行的罪名，阿塔瓦尔帕被处决。印加帝国灭亡。
被征服后.西班牙人征服了印加帝国后，皮萨罗扶持了阿塔瓦尔帕的兄弟曼科·卡帕克二世作为傀儡，一段时间后，曼科·卡帕克二世竭力抵抗西班牙人，并利用皮萨罗和一位合伙人迭戈·德·阿尔马格罗在分赃问题上起的争端，以比尔卡班巴为中心起兵，一度夺回了库斯科城。曼科·卡帕克二世在比尔卡班巴建立新印加王国，并和他的后代死守比尔卡班巴长达36年之久，最后在1572年失守。最后一位萨帕·印卡，图帕克·阿马