学界所重视，不过在坊间，出身名门的随船植物学家约瑟夫·班克斯则比库克更有名气。班克斯甚至一度希望取代库克指挥第二次的探索旅程，但最终在旅程开始前选择退出。班克斯退出后，约翰·雷茵霍尔德·福斯特（Johann Reinhold Forster）及其子格奥尔格·福斯特遂取而代之成为第二次旅程的随船科学家。
第二次探索（1772年－1775年）.从第一次探索返国后不久，库克就在1771年8月29日获擢升为海军中校。翌年，库克再次受皇家学会所托，展开第二次航海旅程，探索传闻中「未知的南方大