东晋时，江州成为军事重镇，侨置新蔡郡。咸康六年（340年），州治迁至寻阳郡柴桑县（今江西省九江市西南）。永和元年（345年），州治迁回南昌。不久又迁至柴桑。
南朝.南朝宋孝建元年（454年），武昌郡改属郢州。至此，江州领十郡：寻阳郡、豫章郡、鄱阳郡、庐陵郡、临川郡、南康郡、建安郡、晋安郡、安成郡、南新蔡郡。南朝梁天监中（502年－519年），分晋安郡置南安郡。普通五年（524年），建安郡改属东扬州。大通二年（528年），分豫章、庐陵、临川三郡置巴山郡。后分寻阳郡侨置太原郡。承圣