，水质迅速的恶化，自1980年代以后水质完全改观，溪水变得乌黑、恶臭、混浊，溪水脏臭不堪，鱼虾几乎绝迹。并有大量之白色畜牧废水泡沫或偶尔有死猪等一类的动物尸体顺流而下，景象甚为恐怖。因此有「黑龙江」之称。除河口（将军溪出海口，两岸有珍贵的大面积野生红树林景观）有涨退潮稀释作用而水质较中上游稍佳外，中、上游沿岸因主要污染源之大量畜牧废水排入，属于「严重污染」之水体。工业废水（以台1线纵贯公路以东的「官田工业区工厂为最主要污染源）、两岸之家用生活污水之污染程度尚在其次。将军溪原本是「次要河川」（现称「县