曾被认为是最原始的两侧对称动物。但是，在1980年代中期以来的研究发现原来被分类为扁形动物的一个群体──无腔动物门，离最初的两侧对称动物较任何其他现代类群更近。除去无腔动物后的扁形动物门是一个单系群，即是有一个共同祖先及其所有后裔组成的。扁形动物门属于冠轮动物，是较复杂的两侧对称动物的三个进化支之一。近年来的分析显示出已重新定义、不再包含无腔动物门的扁形动物门，是由两个单系群，即和所组成的；而绦虫纲、吸虫纲和单殖纲则组成了被杆体纲下的一个分支──底下的单系群，至于传统的涡虫纲物种范围则涵盖了除新皮类外的所有