吉斯斯坦第二大的宗教信仰。第一批基督徒最早在七世纪就存在。这些基督徒属于聂斯托里（景教），而今天聂斯托里教派信徒只存在于伊拉克，伊朗和叙利亚。
俄罗斯正教会.俄罗斯正教会在19世纪出现在吉尔吉斯斯坦。自1868年以来定居了许多从俄罗斯和乌克兰的欧裔侨民。现今有20％的吉尔吉斯斯坦人口是俄罗斯正教会信徒。
罗马天主教会.吉尔吉斯斯坦天主教信徒约有1000人，主要是透过耶稣会传教士传入。在比什凯克，塔拉斯和贾拉拉巴德有三个天主教堂。
犹太