返回桃园开设「林写真馆」。1943年台湾总督府为管理战争期间摄影情报，并加强底片、药水等摄影物资的管制，由情报科举办第一届「台湾登录写真家」活动，入选者除获得名衔、获得购买底片的配给外，并出版《登录写真年鑑》。该活动在1944年举办第二届，登录者有邓南光、林寿镒等知名摄影师。1950年代，他曾因为简国贤与简刘理拍摄婚纱照遭情治单位逮捕监禁于国防部台湾军人监狱。2011年3月22日下午5时30分，林寿镒因心肺衰竭逝世桃园自宅，享年九十五岁。