内的两股主要力量——中华民国国军驻疆部队和三区革命政权皆倒戈于中国共产党。9月，新疆和平解放。但此后，甘肃，青海，宁夏与新疆省皆有叛乱发生。叛乱分子主要为回族、撒拉族等穆斯林民族。
背景.1944年，苏联政府在新疆省主导了反抗国民政府的三区革命，建立东突厥斯坦共和国。虽然信仰伊斯兰教，但回族与汉族同样成为三区革命中被东突厥斯坦共和国种族清洗的对象（杀汉灭回）。中华民国政府支持者大多数是马步芳的中华民国国军的部队。其中包括曾经在新疆与苏军对抗的马虎山。其他包括抗日战争时期击败日军的。