被免职，王恭亦因失土而被降号。太元二十一年（396年），孝武帝去世，晋安帝即位，会稽王司马道子以太傅身份主政，任用被认为是奸佞的宠臣王国宝为尚书仆射，权倾朝野，此举令到王恭很不满，最终决定起兵诛除王国宝。王恭除了联结昔日也是孝武帝派往作外藩的荆州刺史殷仲堪外，也召刘牢之为司马，借以获得北府军的实际控制权以增加自身实力。隆安元年（397年），王恭上表讨伐王国宝及王绪，并起兵向建康，最终司马道子主动将王国宝及王绪收捕处死满足王恭要求，王恭亦因而罢兵，反而还派刘牢之领军讨平原本约定在吴郡响应自己，但此时欲不肯听