911年辛亥革命爆发，马玉仁随徐宝山拥护革命，升为第四十七团团长。中华民国成立后，马玉仁随徐宝山投靠袁世凯，镇压二次革命，因功于1913年升任扬州混成旅旅长。1914年，任扬州统领。1916年，任江苏第一混成旅旅长。1917年，冯国璋代理大总统，任命李纯为江苏督军。同年7月，淮扬镇守使、第五混成旅旅长刘洵（冯国璋的外甥）调防南京，李纯命第一混成旅旅长马玉仁兼代淮扬镇守使。同年8月14日，冯国璋以代总统名义委任马玉仁署理淮扬镇守使。1920年7月，直系曹锟、吴佩孚在奉系张作霖的支持下，发动直皖战争，马