在2005年设立了希望能颠覆既有动画常识的「noitaminA」，以及在2018年新设主要播出创新题材及瞄准海外市场的动画作品+Ultra两个时段。这两个深夜动画时段的主要动画作品包括《交响情人梦》、《蜂蜜幸运草》、《图书馆战争》、《东之伊甸》、《东京地震8.0》、《罗马浴场》、《PSYCHO-PASS》、《四月是你的谎言》、《阿宅的恋爱太难》、《约定的梦幻岛》等作品。
儿童节目.由于富士电视台在建台初期的节目方针是「母与子的富士电视台」，因此富士电视台在早期特别重视儿童节目的制作