霍集占留在伊犁。不久，阿睦尔撒纳在原准噶尔地区发动叛乱，霍集占乘机逃回喀什噶尔，组织军队，和清军展开斗争争取独立。1758年秋天，定边将军兆惠统兵3000进攻叶尔羌，久攻不下，屯兵黑水河边，称为黑水营。坚守三月。1759年1月，清朝援军到达，大破大小和卓军。大小和卓分别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡牛羊万余”。大小和卓又逃往巴达克山。巴达克山国王素勒坦沙在清朝的反复军事威胁下将二人杀害，头颅运到北京后制成藏传佛教法器骷髅碗。波罗尼都之子