担任二本松城代、浅香城代发挥内政才干，处理城郭兴建、道桥普请、浪人召用、武具整备等工作表现出色，与大石纲元、岩井信能合称会津三奉行，并与前田庆次交好。此时能元的知行高为11000石。曾受上杉景胜命令修复神指城。
关原-丰臣军.关原之战时于小峰城担任守备，并于革笼原与岛津忠直率军队防守，战后，上杉家遭到家康减封为米泽30万石，能元也退出二本松城及浅香城，随上杉景胜移往米泽，协助直江兼续整备城下町，世代为米泽上杉藩士。庆长17年（1612年），与直江兼续、水原亲宪、岩井信能、山岸尚家及