少保兼太子太傅。孝宗继位后，当万安及尹直先后致仕后，刘吉便为首辅。为了怕被言官批评攻击不断，还建议提拔很多言官，如贺钦、强珍等数十人，作为拢络手段；但是还是有人不领情，还是不断批评，如林俊、张升、曹璘、欧阳旦、方向、陈嵩等。刘吉针对这些，非常气愤，于是与太监蒋琮合作，驱逐了许多大臣、御史。之后，中外侧目，言者就渐渐不敢批评。孝宗初登位期间，刘吉结合道士，颇受宠信，初即位进少傅，兼太子太师，吏部尚书。及《宪宗实录》成。又进少师、及华盖殿大学士（全衔为特进光禄大夫柱国少师兼太子太师吏部尚书华盖殿大学士知制诰