库尔喀喇乌苏、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤（镇西府）等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理。回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔等城。光绪十年（1884年），新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。
藩属国.清朝共计有过大约19个藩属国（非同时期）：属国在列强势力开始进入远东后尽数独立出清朝或是遭列强佔领；中亚的属国先后被俄