马确的父亲司马腾及兄长司马虞、司马矫和司马绍都因剿除并州盗汲桑、公师藩时，被反贼李丰打败而遭杀害，司马确继袭父亲的爵位。他历任东中郎将、都督豫州诸军事，镇守许昌。永嘉之乱（310年）时，司马确在南顿县被石勒杀害，并无子嗣。晋室先以章武王司马混的儿子司马滔继承其祀，后来改为以汝南威王司马祐的儿子司马弼为后袭爵。刘裕篡晋后，司马确一脉的封爵亦被除掉。