站是JR东日本所属的地方交通线山田线与三陆铁道所属的谷湾线（，原JR宫古线）之交会车站。宫古车站在2002年时入选东北车站百选（），叙述理由为「吹得到海风的繁荣港市之车站」（）。
车站结构.
JR东日本.侧式月台1面1线，可进行列车交会的地面车站。各月台以跨线天桥连络。
三陆铁道.JR月台的西侧侧式月台1面1线与岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站。山田线直通列车于JR的月台开出。