月发射水星-宇宙神6号，完成美国历史上首次载人轨道飞行。这次任务一度考虑由谢泼德再次执行，但最终选择由约翰·格伦完成，谢泼德在地面负责与飞行舱通讯。同年的水星-宇宙神7号送斯科特·卡彭特进入太空，谢泼德则继续在地面担任飞行舱通讯员。1963年，选定由戈尔登·库勃执行，谢泼德作为替补宇航员待命。发射前不久，库勃因技术人员未经允许私自改动他的宇航服而感到不满，于是驾驶F-106战斗机低空飞过卡纳维拉尔角的航空航天局大楼。主管因此计划叫停库勃的任务，改由谢泼德执行，但最终仍然决定继续由库勃完成。水星计划原定的最后