车站发送客流量开始下降。1991年广深准高速铁路开建，1994年完工，本站至区间列车时速可达200千米。2004年广深绿皮慢车8443/8444停运后，车站不再办理客运业务。同年年底广深铁路开建第四线，第四线在车站上行方向跨越既有高速线并下穿广深高速公路。当时铁路部门曾计划在广深四线开通后于广州至新塘区间开行市郊列车，但之后不了了之。2011年车站曾进行信号改造，安装自动闭塞反方向设备。
使用情况.新塘站是广深铁路的中间站，设有4条股道（2条正线、2条到发线）和2座总长8