湾的宗迈建筑师事务所接手。此时故宫院长周功鑫宣布，故宫南院确定以花卉为主题，定位为花卉文化博物馆，可于2011年底完工，并于隔年启用。此次发言引起嘉义县长陈明文等人不满，在民进党和南部民众的抗议声下，南院最后又重回亚洲艺术文化博物馆的定位。同年8月，莫拉克台风夹带豪大雨使朴子溪水位暴涨，造成南院预定地部分区域淹水及设施受损，使故宫南院必须再次检讨防洪措施，并再经环境影响评估相关程序，此时南院的开馆日期传出将延至2015年。同一期间，于2005年完工的故宫南院愿景馆，土地租约到期必须搬迁，时任嘉义县长陈明文指