6系共计4编组投入“超级小町号”运营。列车在运营初期以300km/h的最高速度行驶，“超级小町号”与“隼号”的混编运行亦一同开始。另外，部分E5系“疾风号”也于“超级小町号”进行混编运营。2013年4月以后，每月1-2编组陆续落成，依次替换现有的E3系0番台。另外，由于“小町号”E3系替换的影响，部分列车开始在东京站–盛冈站之间与「疾风号」的混编列车运行。因此最高速度为275km/h。不过在时刻表订正前，会按照3月时刻改正的班次继续运行。2014年2月27日，量产试制车S12编组完成量产化改造，同