府所辖的上海地区起初设有华亭县和上海县，后来于嘉靖、万历年间，增设了青浦县。苏州府所辖的上海地区则设有嘉定县及崇明县。明永乐年间（15世纪初），为了解决吴淞江长期淤积、通航不畅的问题，政府主持进行了一项称为“黄浦夺淞”的大型水利工程，即拓宽黄浦江和吴淞江的下游，原来吴淞江的下游成为黄浦江的入海水道。隆庆三年，海瑞主持吴淞江水利工程，吴淞江此后彻底成为黄浦江的一条支流。从此以后，黄浦江成为这一地区主要的航运通道。到弘治年间（1488年－1505年），上海县已经是“人物之盛、财赋之多，盖可当江北数郡，蔚