政府也以「新竹市轻轨运输系统规划及建设执行计画」为名，自行规划新竹市内的轻轨运输系统路网，建议路网採红、绿二线，总长27.2公里、设32站，预估预算约130亿，然而最终因经费问题不了了之。
优先推动方案.2003年2月24日，交通部同意以「结合新竹捷运红线与台铁内湾支线改善」作为新竹都会区大众捷运系统的优先推动方案，随后交通部高速铁路工程局随即依此展开相关规划，于同年6月完成《新竹都会区大众捷运系统先期计画－台铁内湾支线改善规划报告》，并于7月8日提报交通部审查，交通部便于8月25