国教徒自己设立自己管理。1949年之后，政府强制所有基督新教教会中断与海外的关系，包括原有的中国自立教会，都服从于统一的，由政府设立的管理机构，即中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会。未加入三自的教会都视为非法，并禁止其活动。1966年起，“文革”期间，新教跟其他宗教一样，受到全面禁止，大多数教堂挪作他用或遭拆毁，教会活动转入地下进行。1978年起，改革开放以来，宗教活动逐步获得解禁，教堂亦逐渐复堂。目前海外传教差会派遣传教士来华传教的方式和中国自发教会组织跨地区传教仍然受到禁止。由于“文革