。在蒙古撤退后，丘橓率领同僚陈述善后事宜，并指出边疆防卫弊端。嘉靖帝认为丘橓不早弹劾杨选，罚六十杖刑，斥为民，其余官员被贬边疆或杂职。丘橓归乡时，只有一箧衣服，一束图书而已。隆庆初年，起为礼科给事中，他没有赴任。随后，擢南京太常少卿，进大理少卿。因病罢免。万历帝即位后，官员交相推荐。张居正认为丘橓的行为是「怪行」，「非经德也」，竟不予召用。。张居正死后，万历十一年（1583年）秋，起丘橓为右通政。还未上任就被擢为左副都御史，坐一柴车赴任。在入朝后，陈述吏治积弊八件事情。他随后上疏，称当时给事