存续期间，主官由第三舰队司令长官兼任。第一机动舰队是日本海军历史上第一次在正式编制名称中采用“机动”一词；此前的“机动部队”均为临时性的战斗编制，并非正式的舰队编制。
历史.1942年7月，日本海军重新编制以航空母舰为主的第三舰队。此时海军内部已经有不少声音，要求以航空兵力为主要作战力量，希望能让第三舰队和以战列舰为主的第二舰队合起来编组一支新的舰队，这样就能让机动部队和前卫部队直接归属于统一的指挥机构下作战，从而精简指挥层级。同年10月圣克鲁斯群岛战役爆发，在随后的研究会上，