争升温，加上游击队派领袖金日成在党内逐渐得势，国内党开始受到打压。同年，国内派的首领李承烨被指意图发动政变而被处决，多名成员也被卷入其中。然而，考虑到朴文奎对农业有较高的技术知识，有利用价值，他因而没有遭到肃清，反而被加入重用。1967年，他再度当选最高人民会议代议员及常任农业委员会总书记。1970年，他成为朝鲜劳动党中央委员。由于长期患病，于1971年10月15日逝世。