由于技术问题从1962年至1966年巴基斯坦国际航空在东巴基斯坦只使用SH-3海王直昇机直升机。1966年条件改善后这条航线上又恢复了正常运行。1964年巴基斯坦与中华人民共和国建交后巴基斯坦国际航空开始飞北京，成为第一个飞往中国的非共产主义国家。第二次印巴战争爆发后巴基斯坦军队征用巴基斯坦国际航空做货流和运输服务。1966年维克斯子爵型飞机退役被四架霍克薛利三叉戟型取代。后来这些飞机被卖给了中国民用航空局。
1970年代.1970年代里巴基斯坦国际航空重新开放了其跨大西洋航线，引