到隔年再迁至难波京为止，这段时间本地也成为日本实质上的政治中心。在战国时代本地为自治性很强的地区，除了发展出甲贺流忍术，甚至曾发展出，以合议的方式处理地区的问题。战国时代末期中村一氏获得甲贺郡的领地后，曾在甲贺郡北部建立，此后水口冈山城又曾先后交由增田长盛、长束正家；1600年关原之战中，由于长束正家加入西军，在西军战败后水口冈山城遭到废除，此地区在接下来的八十年前成为幕府的直属领地，并设有东海道五十三次之一的，同时也新建。1682年原石见藩主改封至此，建立在江户时代末期，郡内大多数地区成为幕府