回到瑞典的乌普萨拉，担任了医学和植物学教授。在1740年代，他旅行遍及瑞典各地，搜集和分类各种植物和动物。在1750年代和1760年代，他继续搜集和分类各种动植物，并将成果出版了好几卷。当他逝世的时候，他已经是欧洲最受赞誉的科学家之一。他相信神创论。瑞士哲学家卢梭在给林奈的信中写到“告诉他我知道地球上没有人比他更伟大”。德国学者歌德写过：“除了莎士比亚和斯宾诺莎，再没有其他的先人对我的影响比林奈更强。”瑞典作家斯特林堡说过：“林奈实际上是个诗人，只不过碰巧成为了博物学家。”除了这些赞誉，林奈还获称为“植