议设醮祈皇嗣，被知府王天民嘲笑”，世宗相信此言，免王仪、毛伯温职位，并下王天民入狱。朱祐不久竟然恢复爵位，王仪被除名，毛伯温、吴山、王天民均得罪。王仪离开苏州府时，百姓走在阙下乞留，世宗不许。不久因举荐，升任抚州府知府。苏州府百姓数次请求王仪还任，经巡抚侯位上报，终于获批。王仪在苏州进行土地调整、改变赋税设置，不久因治理排名知府第一，进浙江副使，治饬苏、松、常、镇兵备。当时巡抚欧阳铎进行均田赋税，王仪于是辅佐并推广其方法。后因操江王学夔讨贼失败，王仪连坐被停俸戴罪。不久，升爲山西右参政，寇军抵达清源城时，王