又取中自己的学生焦竑为举人。嘉靖四十四年（1565年），转任南京礼部仪制司郎中。嘉靖四十五年（1566年）升任四川布政司右参议，万历二年（1574年）调任山东布政司右参议，万历四年（1576年）升为陕西按察司副使，万历五年（1577年）因被陕西巡抚董世彦参劾而罢官归里。万历十九年三月二十四日（1591年4月17日）去世，享年六十六岁。
藏书.沈启原父亲沈谧官至湖广参议，沈启原也历署好缺，沈家因此聚敛了巨额财富，有仆人数千，为江南屈指可数的巨室。沈氏父子都爱好藏书，沈谧建万书楼，