5楼及6楼为中空式构造，除常设展示之外，每年亦有4、5次计划展览及活动举行。常设展示室以江户、东京、通史等各区域划分，有绘图、浮世绘等资料、日本桥（比例1/1）与中村座（比例1/1）的复制品、长屋的大型模型、可动模型、可以手持的千两箱等展示物设置、城下町的江户、庶民的日常生活、火灾、食生活、文化、东京区域，及明治维新、文明开化、东京大空袭等的展示。博物馆亦设置图书室（7阶）、映像会堂（1阶）与图书馆（B1阶）等学习施设。曾举行的特别展包括水木茂（2004年）、与拿破崙（2006年）等主题展览。