月副院长陈康白主持工作，并于1944年5月被任命为第三任院长。1944年10月，陈康白随王震的南下支队远征南方，李强为第四任院长。
机构组成.教育处长屈伯川、干部处长卫之、总务处长陈宝诚/杨作材。延安自然科学院下设有大学部和中学部。大学部设有物理、化学、地矿学和生物学等四个系。徐特立于1941年10月提出了科学教育机关、科学研究机关和经济建设机关三位一体，与军工局、建设厅等机关所属的工厂、农场结合起来，共同组成“学校管理委员会”，因此把化学系改为化学工程系，物理系改为机械工