午5时送达振兴医院急诊室时已无生命迹象，经抢救仍在晚间6时35分宣告不治，享寿87岁。2007年1月18日，秦孝仪治丧委员会举办秦孝仪告别式，丧礼依佛教仪式进行，灵柩覆盖中华民国国旗和中国国民党党旗，备极哀荣。
国父墨宝案.李敖与蒋家政治理念不合，因而常年批判秦孝仪。1982年，李敖就发表了一篇文章《给秦孝仪先生上一课》，批评秦孝仪的文章与编书错误百出。1994年11月14日，蒋经国庶子章孝慈在北京参加会议时，突发脑溢血昏迷，随即转回台湾治疗。李敖听说章孝慈病重，决定举办李敖