6年与民主进步党结盟，推动二月政改。1998年起内斗消息频传，虽然席次略有减少，但不影响第三大党的关键地位。2000年代以后因宋楚瑜成立亲民党，使得原本内部就已经不团结的新党加速瓦解。2001年，新党在台湾本岛完全丧失主流政党的地位，只保住金门县县长和该县立委各一席，被亲民党和台湾团结联盟所超越，退居第五大党。2004年，多位仍保有新党籍的政治人物由国民党提名参选，国新共推一席不分区立委曹寿民，而当年民进党执政不利也使得政党席次衰退力道减低，不过地方议会席次仍持续减少，亦无法重返主流政党的地位，再退至第六大