声明退出民主进步党与政坛。5月6日请辞获zh-cn:准; zh-tw:准;，外交部部长黄志芳、国防部副部长柯承亨也同步跟进请辞获zh-cn:准; zh-tw:准;。在回到民间后，又因安亚专案、鐽震案等指控，遭受长期的司法调查。他至高雄市内门区务农，台面上远离政治圈。2012年大选过后，蔡英文辞掉民进党主席，邱义仁主张民进党应该发展「不叫台独的台独」。所涉案件法院陆续判决无罪后，邱义仁至日本京都产业大学及北海道大学担任访问学者，时间约一年半。2014年蔡英文回任民进党主席后，邱义仁以顾问身