问题是水污染。高锝酸盐和碘离子（）溶解性好，不易被土壤、岩石和矿物吸附，很有可能随水迁移。比较而言，钚、铀和铯更容易被土壤吸附。通过某些微生物活动，锝可以在一些环境富集，比如在湖底沉积物中。因此，锝的环境化学是相当活跃的研究领域。还有一种处理方式是核嬗变。欧洲核子研究组织（CERN）已经证明锝-99的嬗变可行。用中子流轰击金属锝-99生成短寿命产物锝-100（半衰期为16秒），后者经过β衰变变成钌-100（稳定同位素）。这个方法对锝-99靶的纯度要求很高。如果靶中有微量锕系元素，比如镅或者锔，它们会在中