为浙赣铁路复线和原横南铁路上饶永平联络线工程的一部分进一步进行改扩建，包括站场扩容和站房重建等项目。1998年10月18日上饶新站房建成开通。上饶站由上饶车务段管理。1963年4月南昌铁路局撤销后曾经为南昌铁路分局的直属站，1997年3月1日复归上饶车务段管理。
新站.因浙赣铁路电气化改造，2004年在灵溪镇（今灵溪街道）松山村风炉塘兴建新站，2006年4月16日上午9时开始启用新上饶火车站，客运全部转移至新站，老站仅保留部分货运业务。新站结合站前广场总面积10000平方米，站