坂神·淡路大地震之后，日本各地的高架桥进行了耐震补强工程，东西线地上区间亦不例外。地铁博物馆因此在2002年7月1日至2003年5月31日关闭，并在此期间刷新展览品，于2003年6月1日重新开放。
馆内展示.地铁博物馆再现了银座线开通时上野站的月台景观。除了展示东京地铁实际使用过的车辆外（银座线旧列车、刷新后的丸之内线一号车（300型），博物馆还设有地铁运行模拟器、铁路模型展示、地铁竞猜、电影上映。并设有图书室，展示和铁路有关的专门书籍及普及书籍、绘本等读物，并收录有《东京地下铁