国民政府命令不能于全国完全通行。同时还有未控制的西藏，日本统治下的台湾，事实独立的外蒙古，英国统治下的香港、葡萄牙统治下的澳门等领土都不能有效统治。1945年日本投降。同时，各国的租界亦交还，而香港重新由英国统治，外蒙古则在苏联支持下独立。第二次世界大战结束后，国民政府接管台湾和澎湖，中华民国政府方面称唿为台湾光复，但也有观点认为日本在《旧金山和约》签订前继续持有台湾主权，直到1952年日本签和约声明放弃台湾与澎湖及其附属岛屿。有说法认为，1945至1949年这四年期间中华民国的大陆领土部分为中国国