何塞·德·圣马丁和西蒙·玻利瓦尔在瓜亚基尔会面，以计划南美独立的未来。1829年，在秘鲁和大哥伦比亚共和国的战争中，秘鲁军队占领瓜亚基尔7个月之久。1860年，厄瓜多尔内战中，瓜亚基尔战役发生在该城。战役一方是加布里埃尔·加西亚·莫雷诺和胡安·何塞·弗洛雷斯将军领导的临时政府军队，另一方是获秘鲁承认的瓜亚斯首长吉列尔莫·佛朗哥领导的军队。最终临时政府军获得胜利，在厄瓜多尔境内清除了秘鲁的影响。1896年，大火毁坏了这座城市的大部分地区。1898年，瓜亚基尔市政厅（）正式将《十月九日之歌》（，