马司，设中、东、西、南、北五城兵马指挥司。五城兵马指挥司为正六品衙门。明代的兵马司由巡城御史提督，并不隶属兵部。兵马指挥则由锦衣卫派任，多为恩荫寄禄的外戚领衔。亲王、郡王妃的父亲无官职者，亲王妃父授兵马指挥、郡王妃父授副指挥，不管事。清朝的兵马司隶属于都察院。该部门主要负责治安，火禁及疏理沟渠街道等事与明代同。