征与镇压刘震寰、杨希闵叛乱。1925年3月，韩宪元升为步科军官生，1926年1月毕业。之后历任国民革命军排、连、国民革命军第八十八师五二四团营长等职。1934年考入中央陆军官校高等教育班第十一期学习，毕业后历任五二四团团附（军衔中校）、代团长、团长（军衔上校）。1937年8月，淞沪会战爆发。韩宪元作为国民革命军第八十八师第二六三旅第五二四团团长，在上海闸北作战。11月8日，撤离上海，11月底参加南京保卫战。12月12日，在南京雨花台阵亡。国民政府追赠其为陆军少将。