继承家督的大宝寺义兴为了强化与上杉家之间的关系，便收充长作为养子，并改名为大宝寺义胜。此项举动惹怒亲最上反上杉派的国人众，开始攻击大宝寺义兴，最后义兴居城陷落自杀，充长亦逃回实父繁长的身边。1588年，与父亲繁长共同攻击最上，发动十五里原之战，成功取回庄内地方的统治权。之后充长与上杉景胜一同臣从于丰臣秀吉。1591年，和父亲繁长有煽动藤岛一揆的嫌疑，被流放至大和国。后参加文禄之役才获得赦免，重回上杉氏阵营。1614年，父亲繁长去世后改回本名本庄充长继承本庄氏家督。死后由末弟本庄重长继承家督。