日（八月初五）凌晨，康有为携仆人李唐离京。光绪皇帝第三次召见袁世凯，之后袁回天津。慈禧太后、光绪皇帝接见日本前首相伊藤博文，当天深夜又接到荣禄密报，说光绪帝欲软禁慈禧。9月21日（八月初六）凌晨，慈禧太后临朝，宣佈戒严，火车停驶，率卫队软禁光绪帝于中南海涵元殿，废除新政，搜捕维新党人，然后下诏慈禧训政。当天步军统领率兵围南海会馆宅，搜捕康有为未获，但在此拿获康广仁和康的弟子程大璋、钱维骥。之后又搜查了粤籍官僚张荫桓寓所，没有发现康有为，将张逮捕。9月24日（八月初九），刚毅奉慈禧谕令开始搜捕四军机章