曹丕称帝后，尚书不再是丞相属官，成为独立的政务机关。尚书省设尚书令一人，第三品，尚书左、右仆射各一人，第三品。由于中书省的设立，尚书省不再决定政策，改为负责具体国务的处置。下设五曹：吏曹（掌官员迁调）、左民（掌人民户籍、税赋）、客曹（掌属国事务以及与东吴蜀汉的外交事务）、五兵（掌军官选任与军队训练）、度支（掌国库）治事，每曹设尚书1人，第三品。尚书之下设侍郎、郎中等官，有殿中、吏部、驾部、金部、虞曹、比部、南主客、祠部、度支、库部、农部、水部、仪曹、三公、仓部、民曹、二千石、都官、中兵、外兵、都兵、别兵、骑