是中国福建省福州人，他是家中的次子，父亲倪文修，母亲倪林和平，胞兄倪述祖（倪柝声）日后成为着名教会领袖。1928年，倪怀祖毕业于上海圣约翰大学化学系，1930年获硕士学位，留校任教。1937年，其堂兄、商业巨子倪树祖（“Peter倪”）投资创办上海中国生化制药厂，倪怀祖起初担任厂长，后来专门负责研制药品，任化学师、技术经理。他陆续发明、研制成功多种药品。1939年，胞兄倪柝声出任厂长。1950年，中国政府下令将生化制药厂并入沈阳东北制药总厂，倪怀祖担任技术总顾问，试制成功维生素C和DDT等。1952年回