中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，吴怡在温家宝内阁中，出任负责外贸商务、公平交易、以及卫生事务的国务院副总理。当新一届政府成立不久，中国被世界卫生组织列入SARS疫区，而当时因首都北京处于疫区重灾区，卫生部部长张文康及北京市市长孟学农被撤。4月23日，吴仪兼任新成立的国务院防治非典型肺炎指挥部总指挥。4月26日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第三号《中华人民共和国主席令》，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会常务委员会第二次会议，免去张文康的卫生部部长职务；任命吴仪兼任卫生部部