军联络组的职务严格限制于遣送日军的纯粹军事任务。在1946年4月1日，美军联络组完成遣送在台日军的任务，撤离台湾。
编制改组.1946年3月19日美国撤销“驻华美军司令部”，在南京市黄埔路4号另设“美国军事顾问团”，总部设在南京，上海设有办事处，在北平、成都、杭州和台北各派有小型联络处。按照中华民国国防部组织架构为对象配备，国防部各司、厅、局、处及陆军总司令部、海军总司令部、空军总司令部、联合勤务总司令部及宪兵司令部，美军顾问团都派顾问或联络官进驻，总计约有2000余人。例如，时任中