居民继续争取独立。在塞尔维亚和黑山境内的阿尔巴尼亚裔和塞尔维亚裔的居民之间的流血冲突不断升级。1998年，塞尔维亚和黑山总统米洛舍维奇以军事方式对付科索沃的分离分子，不少当地平民因而被杀，引发80多万名阿尔巴尼亚裔居民的逃亡潮。米洛舍维奇被指控从事种族清洗。此后美国及北大西洋公约组织采用外交手段介入没有结果，于是决定发动空袭，迫使塞尔维亚撤军，科索沃战争爆发。2001年米洛舍维奇被捕，随后被国际战犯法庭以种族清洗罪起诉。2007年11月17日举行的2007年科索沃议会选举中，哈辛·塔奇领导的科索沃民