，此外因该方案涉及大蚝湾自然生态而未能通过环评，环境保护署亦没有为有关工程发出环境许可证。故此，政府在2001年起重新审视并详细研究「沿线改善方案」（即现时东涌道的定线），最终在2004年获通过动工。审计署曾就此事发表「东涌道改善工程计划摘要」，就路政署作为有关方面的监工，并没有找出最佳的方案而白白花了多三年时间才开展改善工程而表示关注。路政署最后表示同意审计署的意见。然而，在1998年至2004年期间，路政署在东涌道多处地方进行小型改善工程，包括扩阔部份路段、增加避车处数目及分阶段在凌晨时份间歇性