2016年夏季奥林匹克运动会南苏丹代表团派出3名运动员参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的2016年夏季奥林匹克运动会。这是南苏丹自2015年8月2日取得国际奥委会会员资格后第一次参加奥运。
田径.南苏丹有三名田径运动员获外卡邀请，得以代表南苏丹参加奥运，其中古尔·马里亚曾以独立参赛者的身份参加过2012年伦敦奥运、玛格丽特·哈桑曾以独立参赛者的身份参加过2014年夏季青奥会。