大法官解释，柯文哲非《公务员服务法》规范的公务员，监察院与公惩会应无管辖权。台大医院在收到监察院公文后，决定扣薪处份。其妻陈佩琪医师对此感到不满，于8月20日召开记者会批评台大，部份医界人士对柯文哲进行连署声援。2012年6月，柯文哲等医界人士组成陈水扁民间医疗小组，并由柯文哲担任召集人，该小组判定陈水扁身体状况不佳并发起连署，希望法务部能让扁保外就医。2017年9月30日，由于柯文哲在TVBS《少康战情室》接受赵少康专访时称「他（陈水扁）一开始是装的，后来变成真的病」，因而被陈水扁民间医疗小组免除召集