教官，母亲为张丽锦。堂姊金士会是知名编剧与舞台剧演员，曾于舞台剧版《暗恋桃花源》等剧中同台演出。1997年，与演员叶雯合作舞台剧《你和我和爱情之间》，两人陷入爱河。两人从未结婚。2006年叶雯过世时，金士杰与她两名女儿为她举行了告别式，并曾在《民生报》发表悼念文章。2009年3月14日，与他在台北艺术大学的指导学生涂谷苹结婚；婚后，生下双胞胎一男一女，取名为金邦行和金邦予。同年，金士杰获得国家文艺奖。2015年与外甥方序中等人，合力举办「小花。门里门外 家 写真」摄影展，以家庭