了很多传统数据探索技术，易于理解的网络语言和分析框架使它优于任何标准的分析方法。由于使用网络方法，同时适合整合互补基因组的数据，它可认为是一种系统生物学或系统遗传数据的分析方法。加权基因共表达网络分析通过在相似的模块间选择模块间枢纽基因，也使基于网络的元分析技术成为可能。
历史.加权基因共表达网络分析方法是加州大学洛杉矶分校大卫·格芬医学院人类遗传学教授、加州大学洛杉矶分校菲尔丁公共卫生学院生物统计学教授Steve Horvath、他在加州大学洛杉矶分校的同事、实验室成员（主要有P