勃艮第的玛丽去世后，菲利普在父亲监护下获得了外祖父勃艮第公爵大胆的夏尔留下的领地，即所谓勃艮第遗产（包括原勃艮第公国的一部分、尼德兰和弗朗什孔泰）。1492年他开始独立管理勃艮第。1496年10月20日，菲利普与卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世和阿拉贡国王费尔南多二世的女儿胡安娜结婚。这宗婚姻是奥地利与西班牙结成针对法国的家族联盟的计划的一部分。由于斐迪南二世的独子胡安的死亡，未来统一的西班牙的王冠被传给了他的女儿胡安娜，从而最终落入哈布斯堡家族手中。1502年菲利普伴同其妻接受了卡斯蒂利亚议会的宣誓效忠，随