012年1月27日因在浴室滑倒，中风昏迷，随即送到行政院卫生署屏东医院；2月7日转到普通病房，可自行唿吸，但仍昏迷。2012年2月12日16时许病情恶化，19点05分宣告脑死，享寿90岁；同月18日上午10时，在高雄市召会举行安息聚会。曾纪恩本为佛、道教信徒，持传统信仰；年八十时改信基督教，故身后事採用基督教仪式举行。
褒扬令.总统马英九于2012年2月18日颁赠褒扬令，内容全文为：「体坛耆宿曾纪恩，嵚崎朗畅，干济朴实。少岁负笈东瀛，秉果毅之志，怀通敏之才，卒业日本海军航