后，马建忠一直埋头整理《文通》一书，于1898年（光绪廿四年）出版。该书以西方语文的语法为本，对照从古书中精选的例句，研究古汉语的语法规律，创建了一套汉语的语法体系，是奠定汉语语法学基础的开山之作，对后世汉语语法研究产生了巨大影响。1931年，语言学家杨树达着成《马氏文通刊误》由商务印书馆印行，将《文通》补完增订。1900年（光绪廿六年），马建忠再度应李鸿章之召，任上海行辕襄理机要。8月14日，因赶译长篇急电而猝然去世，终年55岁。
思想.马建忠主张废除釐金，收回关税主权，发展