对明世宗迷信方术而下狱，并廷杖八十，戍烟瘴，竟死杖下。隆庆初，朝廷追卹先朝建言杖死诸臣。然而中官追恨从谦，从中阻挠。给事中王治、御史庞尚鹏力争未果。
家族.曾祖马信可；祖父马公辅，封经历；父马忠；嫡母史氏；生母赵氏。侄马一龙，嘉靖九年顺天解元。