重要的铁路枢纽，巴黎－马赛铁路、里昂－马赛铁路、马赛－文蒂米利亚铁路和法国高速铁路地中海线在此交汇。马赛圣夏尔站位于马赛市中心，是当地主要的铁路车站，该站每天开行数十班高速列车（包括TGV、Ouigo和少量AVE），其中近半数前往巴黎，另有长途班次可直达里尔、布鲁塞尔、南特、雷恩、勒阿弗尔、梅斯、卢森堡、斯特拉斯堡、法兰克福以及马德里，节假日还开行直达伦敦的欧洲之星列车；马赛每天开行4班前往波尔多的城际列车，沿途停靠蒙彼利埃、图卢兹等车站。在区域列车方面，马赛有五个方向的区域列车线路，分别前往纳博讷、里昂、