骨质突延伸到前后节尾椎，因此达尔文翼龙的尾巴相当坚挺。不同于其他悟空翼龙科，达尔文翼龙的头部有垂直薄头冠，边缘呈鉅齿状。头冠的鉅齿状边缘，可能生前覆盖者角质，因此头冠在生前的形状可能更大。根据头颅骨外形、牙齿的形状，达尔文翼龙的标本可分成三种型态。吕君昌、大卫·安文等人在2010年命名的模块达尔文翼龙，头颅骨后段较长，牙齿间隔宽、外形呈钉状。玲珑塔达尔文翼龙的头颅骨较短、较高，牙齿较短、呈圆椎状。粗齿达尔文翼龙的牙齿非常粗壮。吕君昌等人同时提出一个理论，达尔文翼龙的三种不同型态牙齿，可能分别特化成以不同