就一名乘坐该公司由日本往斐济的航班上的斐济士兵，向一名同机的日本女乘客射尿的事件道歉。虽然机组人员向该名日本女乘客免费提供了一套从机上免税购物服务中的服装替换、纸巾及杀菌肥皂，但此事件在日本国内媒体造成很大轰动，并成为了头条。亦由于此事件，日本人抵制前往斐济旅游，令太平洋航空来往斐济及日本的航线及斐济的旅行业遭到严重打击，而东京航线也因此而于2009年停办，直至2018年7月3日才恢复。
机师跳槽.大量太平洋航空的机师跳槽到一些中东、澳洲及亚洲的航空公司以赚取更高收入，以致太平洋航