39年3月，又获任命为天津海关监督，接替温世珍。民国28年（1939年）4月9日，程锡庚在天津遇刺身亡。当晚19点30分左右，正在天津英租界大光明戏院看电影《》的程锡庚被枪杀，当场死亡。同时，在大光明影院欲捉枪手的白俄人曼舒罗夫（音译）被枪击成重伤，瑞士人格拉萨被射杀。暗杀程锡庚的组织是青年自发形成的群众团体“抗日杀奸团”（该团部分人员为军统天津站人员，但该团和军统天津站无隶属关系），该团成员祝宗梁（南开中学学生）、袁汉俊（该团总务干事、南开中学学生）等人执行了暗杀程锡庚任务，由祝宗梁亲手枪杀了程锡庚。