发电尾水洩放至万里溪，导致光复乡马太鞍溪周围居民产生疑虑，而西宝发电厂的预定地下厂址亦在钻探时遭逢高温地热，引起居民认为兴建发厂会影响当地温泉开发及观光发展的疑虑，使得西宝水力发电计划在2005年（民国94年）度及2006年（民国95年）度的预算均遭到立法院删除。2009年（民国98年）2月19日台电再次检送经修改过的西宝水力发电计划陈报经济部核转行政院申请西宝水力发电计划复工，惟因西宝水力发电计划修正后，其原计画内容已大幅度变更，因此须重新办理环境影响评估，而台电认为时程已来不及于2010年（民国99