年生于重庆。父亲是清代的学者，曾执教大学多年，因此自小饱受中国古典诗书的熏陶。少时曾入富顺江阳书院学习，1914年入南开中学， 1920年入北京清华大学文科。由于受五四运动的影响，具有爱国反帝思想，毕业后孙瑜通过公费留学赴美国威斯康星大学就读大三，后转入美国哥伦比亚大学攻读电影，以期用电影来表现他的爱国情绪和思想，也是中国系统地学习西方电影的第一人。
电影作品.孙瑜编导的第一部影片是《潇湘泪》，而真正开始体现孙瑜新派风格的是他在联华公司导演的《野草闲花》和《小玩意》。《野草闲花》描