宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，李瑞清辞去两江师范学堂监督职务。离校时，卖去自己的车马，将钱散发给贫穷的学生而去。清帝逊位后，李瑞清以遗老自居，自称清道人，久寓上海，坚不为民国任职。1920年八月初一逝世，享年54岁。逝世后，挚友曾熙、弟子胡小石共理丧事，将其遗体葬于南京南郊牛首山梅岭罗汉泉，在墓旁植梅花300株，筑室数间，题名“玉梅花庵”，以志其号。1916年，南京高等师范学校（由两江师范学堂改建而来）校长江谦在校园西北角六朝松旁，建茅屋三间，取名“梅庵”，以志怀念。