于第二次国共内战对医务人员的迫切需要，龙井医科大学被东北军政大学接管，后改名为“东北军政大学吉林分校医学院”。兴山中国医大的李震勋任院长，卢基舜任副院长。在此期间，卢基舜为应对延边狂犬病问题，带领原疫苗研发团队又研制出狂犬病疫苗。1948年1月，由于中国医科大学和东北军医大学合并后的改编，“东北军政大学吉林分校医学院”改名为“中国医科大学第一分校”。学校领导也改为由中国医科大学总校调来的人员担任。卢基舜转为只承担生化教学工作。随着第二次国共内战局势的变化和人员的撤离，延边在吉林省教育工作会议精神指导下于1