高层原本属意把他送到金门防卫司令部担任参谋长，但是金防部核心主官为上将职缺，孔令晟过于资浅，因此在嘱託胡宗南与罗列运作下回到海军陆战队。民国四十四年（1955年）升任海军陆战队陆战第一师少将师长，任至民国四十七年（1958年）。师长卸任后，赴美美国海军陆战队指挥参谋学校（美国海军陆战队大学所属军事指参学院）短期深造，民国四十七年（1958年）返国，任命为中华民国国防部少将作战助理次长，参与国光计画，负责向中国大陆渗透的特种作战相关任务。也由于蒋中正将国军主持特种作战交由蒋经国管控，因工作职务孔令晟与蒋经