称为识别位点（），指会与DNA连结的特定蛋白质模体所指定连结的核酸序列。识别序列也属于回文序列。以转录因子 Sp1 为例，能结合于序列 5'-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3', 此处(G/T)表示该位置只要是鸟嘌呤（G）或胸腺嘧啶（T）其中一者即可结合。比如，限制酶 PstI 能识别、结合并切割序列 5'-CTGCAG-3'。