1915年2月撤出前线服务。由于公海舰队受训船员的短缺、加上在战争时期运作老旧舰船的风险，致使德皇腓特烈三世号及其姊妹舰被停用。该舰于3月6日在基尔遭减员，并被指派为海港防务舰。第五分舰队的官员于4月25日登舰，直至此时已晋升为海军少将的贝加斯离开前往韦尔特号。11月20日，德皇腓特烈三世号最后一次退役。它被解除武装，并于1916年后被用作驻扎在基尔的监狱船。从德皇腓特烈三世号及其它同级舰上拆卸的火炮被重新安置至沿海炮台；其中有八门置于利鲍外围的、四门分别置于诺德奈岛和叙尔特岛。翌年，舰只被转移至弗伦斯堡，