年十月十九日），清朝与荷兰组成联军进攻厦门、金门，郑军不敌，退往铜山。战后军心不稳，大将周全斌降清，郑经只好退回台湾,并将「东都」改为东宁。1664年3月，郑经放弃闽南沿海诸岛，全面撤守台、澎，于初十日抵达台湾。这次退守湾，是郑氏所代表的南明抗清势力的总撤退，不仅郑经所辖的军队、官员都撤入台湾，明朝的缙绅遗老，也随郑经来台，此批入台总人数约有7000人。1665年，清荷联军继续进攻澎湖，遭遇台风、无功而返，清朝于是放弃了攻佔台湾的企图，转而与郑经谈判。清朝的立即威胁解除后，郑经开始强化对台湾