与其进行了比较，作者指出小瓮猪笼草的茎、叶片和花序与贝里猪笼草“几乎是一模一样的”。此外，2009年之前关于小瓮猪笼草的描述中还曾将产于汉密吉伊坦山的贝里猪笼草误认为是小瓮猪笼草。不过，小瓮猪笼草的捕虫笼和更小的植被群落特征与之存在着巨大的区别。马丁·奇克和马修·杰布2001年的专着中指出，托莫里猪笼草的下位笼和贝里猪笼草“显着相似”。
自然杂交种.已记录到了两种假定的贝里猪笼草自然杂交种：贝里猪笼草与美林猪笼草的自然杂交种、贝里猪笼草与棉兰老岛猪笼草的自然杂交种。