，九岁封新安郡王，同母姐萧氏，是晋王杨广的王妃。隋文帝仁寿四年（604年），杨广即位，立萧氏为皇后，以萧瑀为尚衣奉御，兼检校左翊卫鹰扬郎将，委以机要。累官至银青光禄大夫、内史侍郎。萧瑀爱经术，善属文，信奉佛教。性鲠急，鄙远浮华。雁门之围后，炀帝出兵高句丽，萧瑀力谏，炀帝将萧瑀外贬为河池郡守。李渊起兵后，攻克长安，招降萧瑀。义宁元年（617年）十二月丁酉日，萧瑀降，授光禄大夫，封宋国公，任礼部尚书，后改任民部尚书。曾任秦王（李世民）府司马。武德元年（618年）六月，拜内史令。唐高祖李渊对其委以心腹之任