战后，蒙藏委员会随中华民国政府迁往台北。1993年2月，蒙藏委员会在七世章嘉在台驻钖地原址台北市青田街设立「蒙藏文化中心」（今蒙藏文化馆）。2017年8月14日，林全内阁宣布不再编列预算，预计同年年底前依据〈行政院功能业务与组织调整暂行条例〉先以行政命令将蒙藏委员会停止运作，相关业务改由文化部与行政院大陆委员会承接，预将于年底正式裁撤。8月17日，行政院院会通过《蒙藏委员会组织法》废止案，废止案经立法院审议通过，将由行政院大陆委员会承接蒙藏会的情势蒐整与研判业务（共六员），并和外交部负责与政治相关的部