卸任后李登辉成为台联的「精神领导」。1999年2月接受伦敦《金融时报亚洲版》专访时，李登辉透露，卸任退休后，会积极从事帮助弱势团体的工作，并且到山区传教，将心力投注于建立一个公平正义的社会。。2006年11月4日，台湾团结联盟提名台北市长参选人周玉蔻发表一封公开信《挺腐化的民进党，台湾万劫不复》，表明「李登辉不会和彻底腐化无能的民进党站在一起」，也唿吁台北市民不能再继续支持民进党提名的候选人。李登辉在这封信末尾亲自签名，日期是在国务机要费案和首长特别费案的起诉书双双出炉之前。2007年1月29日