崇祯十二年（1639年）正月，清攻佔济南府，朱由被掳至关外。崇德七年（1642年）二月，朱由因病去世，清太宗命礼部以礼葬之。因朱由的独子夭折，由纪城王朱由侎的庶第四子朱慈在崇祯十三年（1640年）袭爵。
辨误.《明史》记载，朱由在当世子时即去世，崇祯八年（1635年）袭爵者、崇祯十二年（1639年）被俘者为其弟朱由枢。钱海岳《南明史》记载，崇祯十三年（1640年）袭爵者为朱由枢的堂弟朱由栎。但据崇祯十一年（1638年）德府玉牒底本中记载的宗室人名，朱由枢、朱由栎二