秀吉下令移封，但信雄抗命，被除封，此地成为丰臣秀次的领地。文禄4年（1595年）以后为福岛正则的居城。庆长5年（1600年），关原之战东军利用此城作后方据点，战后福岛正则被转封到安艺，领主由德川家康的四男松平忠吉取代。庆长12年（1607年），家康九男德川义直成为了城主。庆长14年（1609年），德川家康下令将清洲藩的本城从清州改迁到名古屋，庆长15年（1610年），清州城的城下町被迁移到名古屋城下，清洲城亦被作名古屋城的筑城材料。特别是名古屋城御深井丸西北橹使用了清洲城天守的建材，所以亦被称作清洲橹。