水道的形成，至今还未成定论。一般认为，在更新世晚期，台湾海崃露出海面，形成连接台湾岛与中国大陆之间的陆桥，随着黑潮支流、南海水不断向北涌进，长久下来的下切侵蚀着海床，逐渐在台湾岛与澎湖群岛之间形成一条纵向水道，这条水道即「澎湖水道」。2002年，台南市政府为保育台江地区的自然资源，提出设立国家公园来推动。2009年正式设立，并定名为「台江国家公园」，海域面积达34,405公顷，范围包括澎湖水道，涵盖盐水溪至东吉屿之间，宽5公里，长54公里，水深20公尺。其掌管了海域资源，举凡澎湖水道的海谷地形、古生物化