屿位于西太平洋位置，在台湾本岛（达悟语称做Ilaod）的东南方，在绿岛的南方，南临巴士海崃与菲律宾之巴丹群岛遥遥相望。巴丹群岛最北端的雅米岛，距离小兰屿99公里。即东经121度5分，北纬22度间。面积有48.3892平方公里，热带地区气候，属海洋性气候，年雨量常在3,000公釐以上，年降雨日数达224天。兰屿为火山岛地形，最高点红头山海拔548公尺，大部分为山地，岛上丘陵绵亘，溪流分歧，只有沿海部分为平地、海岸线曲折，热带林木遍佈。 兰屿的地质以角闪石的安山岩质熔岩及玄武岩质的集块岩为主。