3年6月5日获得国葬待遇，葬仪委员长由米内光政担任。同时，山本被追授元帅军衔、大勋位菊花章。稍早（5月27日），纳粹德国也宣佈追授山本橡叶双剑骑士铁十字勋章，在获颁这一勋章的159人之中，只有山本不是德国人。他的部分骨灰被葬在东京，剩下的部分则运回家乡长冈市安葬。
评论.山本五十六一般被认为是当时大日本帝国海军中最有能力的指挥官之一，他的主要功绩包括对海军编制和战术的显着改进。同时，他也因为一连串的失败战役遭受指责。总的来说山本被认为是一位思维清晰且颇具勇气的指挥