主志贺氏变得疏远。大友氏的领地肥后、筑后国、筑前国逐渐被肥前国的龙造寺氏和萨摩国的岛津氏攻略。天正14年（1586年），在岛津义久开始侵攻丰后国（丰萨合战）后，失去忠诚心的家臣们相继离反，还有高桥绍运在战死（岩屋城之战）等，大友氏陷入灭亡危机。与受丰臣秀吉派遣的援军（因为宗麟的请求）长宗我部元亲和仙石秀久等一同与岛津军战斗，但是在户次川之战中大败，并失去家臣利光宗鱼、户次统常。在父亲宗麟和家臣柴田礼能、臼杵镇尚、志贺亲次、佐伯惟定、木付镇直、狭间镇秀、帆足鑑直、朽网鑑康、森镇生、田北统员、清田正成、吉冈