结束后，库东于1793年5月30日当选为公共安全委员会委员，在战略政策和警务人事的计划，他密切的与罗伯斯庇尔和圣茹斯特合作。获得这个职位三天后，库东第一个要求逮捕并宣佈吉伦特派为国家的敌人，进行审判。
里昂.由二月下旬到五月初，里昂发生的骚乱不断扩大。1793年7月5日，国民公会判定里昂市处于“叛乱状态”，九月公共安全委员会决定派代表到里昂镇压终止叛乱。 库东成为派往的代表，需在1793年10月9日结束里昂的叛乱。他抵达后他对里昂的动盪很疑惧，担心起义，而不允许当地雅各宾派行政部门