建造草寮奉祀，神像由来甚古，或曰为随郑延平王来台的泉州府安溪县军民，自安溪清水巖与湄洲朝天阁迎来奉祀者，故信众皆来求祷，万事遂愿，从此香火鼎盛，尤其病者均能康复。不久，台湾凤山县衙门官民迎天上圣母前去凤山奉祀，从此草庵仅奉清水祖师。台湾日治时期，台湾总督府征收庙地以筑砲台，乡民于是将祖师请入洲仔庄建小庙奉祀，是称「洲仔祖师庙」。二次世界大战时，皇民化运动勃兴，官方在庙旁建筑了「讲习所」，授以日文教育。日本官吏收缴台湾民间信仰神像，乡民「黄忠」与「李兴」等人将神像私藏家中，以免于难。中华民国接管台湾后