党（左派）省党部的活动，结识了杨闇公等共产党人，思想逐渐倾向亲共。1926年9月，又参加了由杨闇公主持召开的军事会议，引起刘湘猜疑，被调任第四师副师长，撤去实权。1926年12月1日，为配合北伐战争的胜利进军，中国共产党重庆地方执行委员会杨闇公、刘伯承、朱德、陈毅等在四川的泸州、顺庆（今南充）地区独立领导和策动部分四川军阀部队举行了一次大规模的武装起义---泸顺起义，郭勋祺均积极参加。1927年重庆三·三一惨案发生后，曾掩护陈毅等共产党人脱险。1931年，任四川第二十一军第二独立旅旅长，派往湖北参加围剿