学校统一部署进行的院系调整，从调整前的南京大学、金陵大学2所大学及华东水利专科学校、华东药学专科学校2所专科，转变为调整后的9所大学，即：南京大学、南京工学院（现东南大学）、南京农学院（现南京农业大学）、南京师范学院（现南京师范大学）、华东水利学院（现河海大学）、华东航空学院（现西北工业大学）、南京林学院（现南京林业大学）、南京药学院（现中国药科大学）、第五军医大学（并入第四军医大学）。1953年，中央人民政府高等教育部对各高校的系科专业进行了局部调整。此后数年间，南京高校又先后经历了西迁和“教育大跃进”，