细菌能降解多种有机化合物的能力也常被用来清除污染，称做生物修复。举例来说，科学家利用来分解美国乔治亚州的三氯乙烯和四氯乙烯污染。
历史.细菌这个名词最初由德国科学家埃伦伯格在1828年提出，原文「"bacteria"」一词是新拉丁语，为「""」的复数格。是由希腊文（"bakterion"）拉丁化而来。意为“小棍子”，因为一开始发现的细菌是桿状的。1866年，德国动物学家海克尔建议使用“原生生物”，包括所有单细胞生物（细菌、藻类、真菌和原生动物）。1878年，法国外科医生塞迪