暗中利用伪装的以色列任击败阿拉伯军队，引发民众和军方不满，1949年3月发生军事政变（据称由中情局支持），库瓦特利被免除职务，经过短暂的监禁，流亡埃及。政变领导人胡斯尼·扎伊姆成为政府领袖，此后一系列的政变使叙利亚陷入动荡不堪中。1955年，在哈希姆·阿塔西的自由选举口号支持下，作为民族党领袖的库瓦特利再次当选为总统。但此时他的职位只是礼仪性的国家元首，对叙利亚国内政治几乎没有影响。而泛阿拉伯民族主义已经席卷叙利亚，库瓦特利的政府分别同埃及和沙特阿拉伯缔结共同防御条约。1956年11月叙利亚政府为支援埃