被东郊区人民政府用作粮食仓库，隶属民政局。同年7月，九天普化宫被移交房地产管理局。后来被北京市交电公司用作仓库，这时仅剩后殿。1955年，东四区合作社为了完成购铜的任务，将九天普化宫雷祖殿内重5吨的明代铜铸真武大帝像当成废铜砸碎，装入麻袋，企图运到永定门仓库熔化。后来经过举报，文物组出面干涉，铜像残片才未被送去熔化，但如今这些残片早已下落不明。2002年，经过中共朝阳区委、朝阳区人民政府协调，北京市交电公司腾退了九天普化宫，北京市文物局遂拨款修缮。朝阳区文化委员会在九天普化宫仅存的后殿门上悬挂蓝底金