当即决定他免试入学，作南开经济研究所的研究生。1940年8月，停顿了数年之久的清华庚款公费留美考试又重新举行，共招取16名（外加林森奖学金1名），每个学科1名，其中绝大多数为理工科，而文科只有2名，吴于廑以“特优成绩”考取了清华大学第五届留美公费生，入哈佛大学文理科研究院深造，1944和1946年在哈佛大学先后获文学硕士和哲学博士学位。与韩德培、张培刚并称哈佛三剑客。1947年，吴于廑先生应周鲠生的邀请，回国到武汉大学任教在哈佛大学先后获文学硕士和哲学博士学位，。历任武大历史系主任、武大副校长。1950