2005年末，他被指在「Ba叔案」中收受贿款，被廉政公署调查，被警队暂止一切的职务，假后被调往总部支援课，负责内勤事务。2006年3月8日下午，他被发现半昏迷于大埔汀角路一间村屋内，怀疑曾经企图自杀。警察在现场发现有烧炭的痕迹，并且发现有药丸，但是没有遗书。冯建民被送往那打素医院，情况严重但无生命危险，警方将案为企图自杀案。2006年9月8日下午，冯建民在葵涌祖尧邨堕楼身亡，于9月29日，在世界殡仪馆设灵。