尼斯堡的犹太人开始被遣送至、和奥斯威辛集中营等地。
第二次世界大战.1944年，，城市遭受重创，大火燃烧了几天几夜。城市历史中心，特别是阿尔茨塔特、克奈普霍夫和勒贝希特被完全摧毁，位于其间的大教堂、城堡和大学均未能幸免。在苏联红军于1944年10月进入之前，柯尼斯堡的许多人逃离城市，尤其是当苏联人在内梅尔斯多夫和贡宾嫩进行屠杀的消息传来时。1945年1月13日，由伊万·切尔尼亚霍夫斯基率领的苏联军队到达柯尼斯堡并形成包围直至月底，但德国人的一次成功突围使得大量平民得以逃离。