澳洲航空和捷星航空，因此放弃营运澳亚航空，澳洲航空首席执行官Geoff Dixon 宣佈于2006年7月起，澳亚航空将停止营运其带有澳亚航空色彩的机队，原本的机队亦会重新涂上澳洲航空的标志和色彩。在湿租协议下，澳亚航空将会使用澳洲航空的飞机和人员来营运澳洲航空的路线。7月1日，澳亚航空的机队併入澳洲航空机队。澳亚航空的飞机很快涂上澳洲航空的涂装，负责国内航线和横塔斯曼海航线。飞机仍然由澳亚航空拥有，以履行湿租协议，在此协议下，澳亚航空负责部份日本和菲律宾航班，包括每天两班往成田国际机场和尼诺伊·阿基诺国际机