根据《科尔贝条约》，路易九世开始对佩皮尼昂进行封建统治。1276年，阿拉贡国王、巴塞罗那伯爵海梅一世建立了马略卡王国，佩皮尼昂成为其大陆领土的首都。随后的几十年，被认为是佩皮尼昂历史上的黄金期，是制衣、制皮、打金及其它奢侈品制造的中心。1285年，腓力三世在征战阿拉贡王国失败后的回国途中在佩皮尼昂逝世。1344年，佩德罗四世再次将马略卡王国和佩皮尼昂一同成为巴塞罗那国的一部分。几年后，由于黑死病传染，其近一半人口死亡。1463年，佩皮尼昂被路易十一攻占。1473年，佩皮尼昂发生反抗法国统治的起义，但