亚独立后，西帝汶成为新成立的印度尼西亚共和国的一部分。1999年东帝汶危机因东帝汶公投宣布独立而爆发，亲印尼的东帝汶民兵组织制造了血腥的暴力屠杀事件。随着以澳大利亚为首的进驻东帝汶，亲印尼民兵和20多万东帝汶人逃入与东帝汶接壤的西帝汶成为难民。在联合国难民署的帮助下，大量难民返回东帝汶，但引起亲印尼民兵以这些难民为人质的报复，致使东、西帝汶治安局势不稳。2000年9月6日，三名分别来自克罗地亚、波多黎各和埃塞俄比亚的联合国难民署雇员在驻西帝汶办事处遭5000名携带大砍刀的亲印尼民兵攻击而身亡，西帝汶与东