自偿率使得计画更容易通过，但也增加地方的出资比例。这造成凤山计画高雄市政府分摊比例从左营至高雄段的25%，提高至55%，从27亿元增加到约97亿元，比中央政府负担的80亿元还多17亿元。地方经费的增加引起高雄市政府不满，新财务计画颠覆了以往如台北铁路地下化专案，中央政府与地方政府所需分摊的工程经费比例，高雄市政府希望中央政府能够维持专案补助到原来的75%。
凤山出口引道争议.由于「铁路立体化建设及周边土地开发计画申请与审查作业要点」，导致铁路地下化出口碍于经费因素，只能设在凤山