岛内运行的干线公交线路使用1-299路号，岛内高峰区间线路使用300-359路号，思明区社区公交线路使用400-419路号，湖里区社区公交线路使用420-459路号。
厦门岛外及跨岛内外线路编号规则.岛外及跨岛内外线路编号中，同安区、翔安区、海沧区、集美区的代表数字分别为6、7、8、9。岛外线路都是三位数。若是跨岛内外线路，则线路号的第一位是该线路驶往辖区的代表数字，而第二位数字为“4”或者“5”。若是跨岛内外高峰线路，则线路号前两位均为驶往辖区的代表数字。若是岛外各区之间的往来线