余的起诉与判决不当，是为「桥头事件」。1979年4月，余登发因「知匪不报」与「为匪宣传」等罪，被法院判处有期徒刑8年、褫夺公权5年。1980年，余登发仍再度获准保外就医。晚年余登发居住于仁武乡八卦寮自宅。1987年，许信良返国时，余登发曾经前往台湾桃园国际机场支持。1989年9月13日，余登发被发现死于自宅卧室血泊中，法医杨日松和美国知名法医赛瑞尔·韦契特认为是他杀，其他7位法医认为是意外，后来用投票表决通过是意外，推翻他杀之说，但真实原因仍争议不决，如今仍是一桩悬宕已久的命案。当时他的儿媳妇余陈月