重新归还至罗马教廷，但因众多档案的运输费用庞大，使教廷人员决定丢弃一些被认为是无用的文件，也有一部分的文件在运送过程中遗失，造成最终没有将所有档案存放回档案馆。1855年，档案管理员开始抄录和出版档案馆中的资料，并在1870年公开了当初天文学家伽利略·伽利莱因日心说而在罗马遭审判的审判书抄本，引起当时天主教会的关注。1870年9月10日，在义大利王国向教宗国宣战后，于20日攻入罗马城，教宗国实质上灭亡，当时教廷下令不允许任何人进入档案馆。直到1881年，教宗良十三世才开始开放一些研究人员进入档案馆研