学佺上奏要求发放赈济，朝廷予以批准并拨款三百万赈济款。他还用四川的行税来抵坐税，以免除受灾百姓的负担，并在四川集资修路铺桥。后来蜀王府发生火灾，蜀王朱宣圻要求地方官筹集70万两银予以修复，曹学佺以不符合《宗籓条例》为由拒绝了这个要求，造成与蜀王关系恶化。万历三十九年（1611年），曹学佺升任四川按察使。万历四十一年（1613年），因为蜀王中伤，曹学佺被削官三级，归里回到福州，临行前蜀中民众遮道送归。在家乡期间，他在福州洪塘东歧岭下状元街北建造了私家园林石仓园，内有藏书楼藏书万卷。他还和诗人徐、赵世显等结诗