略又拜访好友曾樱，曾樱时任观察使，为福州知府的上司，他与艾儒略会面之后就立即去信福州知府要他妥善处理对耶稣会士的判决，并回访耶稣会士，以向社会暗示耶稣会与高层官员的联系。福建教案期间是艾儒略传教和出版事业的低潮，他在曾樱和蒋德璟的保护下，被迫躲藏于泉州府和兴化府，也曾前往漳州府。在泉州期间，他先后发现了四块古十字架以及景教碑，成为研究泉州历史和基督教传教史的重要材料。
教案之后.（1639年——1649年）1639年起，福建反天主教的气氛开始缓解，教会和教堂得到恢复，农历七