旧下属请求朝廷让苏峻再度上任，朝廷接纳并加授苏峻奋威将军，及后又改任临淮内史。太宁二年（324年），在江州遥控政权的王敦再次进攻建康，打算篡位，尚书令郗鉴于是召刘遐和苏峻入卫京师。王敦此时派苏峻之兄劝苏峻不要应命，但苏峻不听，仍率军入援建康。王敦党羽钱凤和江南豪族沈充打算乘苏峻军远道而来，尚因疲倦而未及战斗而进攻苏峻，以免经充足休息后顽强抵抗，于是进攻竹格渚。苏峻于是率领韩晃在南塘截击王敦军，并大败对手。王敦之乱尾声时亦与庾亮追击逃走的沈充。事件平定后，苏峻因功进使持节、冠军将、历阳（今安徽和县）内史，