上疏弹劾兵部尚书石星误国，经略使宋应昌扶同欺蔽等罪。又奏请明神宗册立太子，并搭救于孔兼、陈泰来、顾允成等人。不久升为祠祭司郎中，督学两浙，旋即转任金衢兵备道。后升浙江按察使，治兵海上，功绩懋着。宁波人为其建生祠祭祀。升浙江右布政使，寻改左布政使。当时任内浙东旱灾，浙西水灾，洪启睿竭尽全力接济难民，并上疏朝廷，奏请免除浙江的税赋，开仓赈济灾民等措施，皆被朝廷採纳允准。不久致仕归乡。着有《还山十誓》等，万历四十四年（1616年）逝世，享寿六十一岁，有子洪承绂。
家庭及关联.曾祖父洪宙、