811年，自称有疾，上表请求辞职，得到准许。黎文悦取代了他，成为新的嘉定总镇。1819年，嘉隆帝欲征调真腊的农夫来开凿永济运河。阮文仁认为这会引起真腊人的不满，强烈反对。嘉隆帝接受了他的建议，并重新任命他为嘉定总镇。翌年入京弔唁嘉隆帝。1821年因明命帝准备去北圻巡视，阮文仁被明命帝召回顺化，任命为董理军国重事，辅佐皇太子阮福绵宗（即后来的绍治帝）。1822年，阮文仁在顺化逝世，享年70岁。明命帝为他辍朝三日，追赠他为翊运同德功臣，特进柱国、上将军、上柱国、太保郡公，谥忠谨。1824年，附祀于阮福映的世