家位置有些偏僻的中医做针灸可能有疗效，他让我开车带他去，这是这么长的时间他第一次让我为他做一件事情。”2012年3月14日，发现胰腺癌复发。2012年10月，癌转移至肝脏。2012年10月底出现昏迷。2012年11月1日晚20点48分，医治无效在北京协和医院去世。按照陈祖德生前遗愿，不搞遗体告别仪式，不开追悼会，骨灰撒入故乡上海的黄浦江。
家庭.祖父陈济成为中国首倡幼儿教育的教育家，汉奸，曾任汪伪政权驻伪满大使。外祖父陈端志是着名历史学家。陈祖德的父亲陈一冰，1937年