吉的保护以及「町众」的支持下，又逐渐复兴。特别是丰臣秀吉对都城进行了大规模的改造，对散落在各处的寺院进行建设，现在在京都的都市构造中还能看到当时的痕迹。17世纪政治中心转移到江户（今东京），京都人口超过50万，成为继江户、大坂之后的日本第三大都市。明治维新以后设立京都府，将以前的京都分为「上京区」和「下京区」。1889年，上京区和下京区合併为京都府管辖下的京都市。现在的京都市因为将周边的村庄合併，以前京都的范围严格的说仅是现在京都市内的一部分，和现在的京都府，京都市都有所不同，但京都这个称唿一般就是