骑士团没有多少军队保卫自己剩余的领土。既然波兰和立陶宛都已成为基督教国家，骑士团很难招募志愿加入十字军的新兵了。此后骑士团大团长需要依赖雇佣兵，这大大消耗了骑士团本已吃紧的预算。内部冲突、经济萧条和赋税的增加使骑士团国内部动荡不安，而反抗骑士团统治的普鲁士邦联也在这种背景下成立。这又相应地导致一系列冲突，这些冲突矛盾在十三年战争中达到顶点。