以275,317票、将近五成四的选票击败黄秀孟当选台南县长，成为日本人离台后，首位非国民党籍的台南县长。取得民进党在南县的首次执政，并延续至2010年台南县市合併。
台南市.国民党由于施治明任内施政遭到诟病，并且在议会与副议长林南生对立。导致林南生投入国民党初选，然而初选中林南生获得评鑑第一名，最后却提名施治明。使林南生愤而违纪参选，遭国民党开除党籍。民进党方面，在前主席黄信介的大力劝说下，最终使选前摇摆不定省议员蔡介雄决定投入选战。然而在初选时由于前台湾独立建国联盟美国本部主