。民国二年（1913年）3月，宋教仁遇刺身亡，作为国民党员，许世英以司法总长身份阻挠宋教仁遇刺案的审理调查，被革命派的黄兴严词纠弹。同年10月，许世英转任奉天省民政长。民国三年（1914年）春，成为约法会议议员。获授少卿加中卿衔，二等嘉禾章。5月，任福建民政长（后来改称巡按使）。因和福建护军使李厚基不睦，于民国五年（1916年）4月辞任。袁世凯死后，许世英因为地缘关系，加入段祺瑞领导的皖系。民国五年6月，任内务总长，7月任交通总长。在府院之争中，他因在津浦铁路购车舞弊案中被控受贿而辞职，由权量暂代。