部成立，取代原有的军政部海军署。陈季良兼任常务次长（后该职转予练习舰队司令陈训泳）。1930年4月，兼任海军陆战队总指挥。1933年7月5日发生薛家岛事件，原东北海军海圻号、海琛号、肇和号驶往香港，准备南投广东海军。海军部立即派宁海号偕海容号、逸仙号前往香港试图说服三舰官兵，终究慢了一步，三舰加入了广东海军。同年10月26日，福建省政府及第十九路军与中国工农红军达成协定，停战结盟，共同抗日反蒋。11月20日中华共和国人民革命政府成立，福建事变爆发。驻闽海军陆战队拒绝听从新政府命令，海军各舰也云集