遭指责，体力消耗大。2004年，轮由省府主持时，以米食取代太牢，而学子喜欢拔的牛毛，则先从牛墟收集。2011年秋季祭孔时，马英九出席，为成立以来首次有国家元首参与。2015年首度加办春祭。因少子化危机，该年秋祭变通首度有两位女佾生，但该年刚好碰到台风而取消。2017年，首度由孔氏七十七代子嗣孔德运担任崇圣祠祭典分献官。