与大友义镇（1560年）、毛利元就与尼子晴久（1560年）、毛利元就与大友宗麟（1563年）、上杉辉虎与北条氏政以及武田晴信（1564年）等等，使将军威信有所提高。同时出于怀柔政策，任命大友义镇为筑前、丰前守护，任命毛利隆元为安艺守护，同时批准三好长庆、义兴父子使用桐纹作为家纹。此外将自己的偏讳「辉」字授予了战国大名毛利辉元、伊达辉宗、上杉辉虎（即谦信），以及足利氏一门的足利辉氏等人（此前名叫「义藤」的时候曾将「藤」字授予细川藤孝、足利藤氏和筒井藤胜），将足利将军家的通字「义」字授予了岛津义久、武田义信等人