5年间布耶王朝占领了巴格达和伊拉克的大部分。赛尔柱人击败布耶王朝后，巴士拉随之被塞尔柱帝国统治。在阿拔斯王朝统治期间，巴士拉成为了一个重要的文化中心，阿拉伯学者海桑、文学家都居住在这里。
中世纪.1122年巴士拉成为了伊马德丁·赞吉的封地。这一时期出生于巴士拉的着名人物中包括拉希德丁·锡南，阿萨辛派首领。1258年，旭烈兀汗率领的蒙古军队攻占了巴格达，结束了阿拔斯王朝的统治。在这一时期，巴士拉曾向蒙古人投降，因而未被屠城。十四世纪马木路克王朝和蒙古人的地图各自将巴士拉列为其