当时状态是距离当地最近是都电的教育大学前停留所（1910年 - 1971年），及与之相邻的清水谷町停留所两个车站。当地居民与拓殖大学所在地的地名陈情希望改名「茗荷谷站」，最后为了纪念埋于茗荷谷地下的车辆基地而命名为茗荷谷站。另外，所有町名在实施后都成为小日向。
车站结构.设有相对式月台2面2线的地下车站。月台在地下铁隧道出口，本站～后乐园站间为地面线路。月台部分位于地面。剪票口也在地面。车站南方有。1993年至1998年进行车站改良工程，新建车站大楼与拓宽月台（大手町方向从6.