争爆发后，时任中华民国财政部长孔祥熙命徐新六和李铭负责维持上海租界内的金融秩序。1938年8月，中华民国政府拟组织代表团赴英国商议借款问题，在香港的徐新六获邀参加，并被内定为首席代表。8月24日，搭机从香港飞往重庆途中，飞机在广东上空被日军击落（史称桂林号事件），徐新六遇难身亡，时年48岁，国民政府授予烈士称号。
着作.有《币法考》等着作留世。