开始，有一次最大的叛乱，直至清顺治十五年（1658年）失败，前后历时31年。战争推翻了明王朝政权，期间使处于辽东的清军有机可乘，趁机入关打败叛乱军，征服了中国。明思宗崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河城（今辽宁锦县），祖大寿围于城内。孙元化急令孔有德以八百骑赶赴前线增援，然登州辽东兵与山东兵素不和，孔有德抵达吴桥时，因遇大雨春雪，部队给养不足，士兵抢劫哗变。孔有德在登州发动吴桥兵变，自号都元帅，孙元化忠于朝廷不愿称王，孔有德放他逃离登州。明廷派兵镇压后，投降后金。