法委员后，宣布竞选立法院院长，得到新党立委一致支持，民进党和新党短暂组成「在野联盟」，却因同党扁系立委张晋城跑票，功败垂成，以一票之差败给国民党提名的刘松藩，俗称「二月政改」。1996年3月23日，台湾首次总统直接民选，民进党所推出的正副总统候选人彭明敏、谢长廷败选，国民党的总统李登辉成功连任，领导民进党选战的施明德为负起政治责任，辞去民进党主席一职，由张俊宏暂代，之后由许信良接替职务。随后施明德全力推动美丽岛口述历史的研究。1997年4月1日，因于1992年推动总统直选时，违反集会游行法，与黄信介