十一年（1895年），万应远筹建了一所男校，即明强中学的前身。光绪三十一年（1905年），他又开办了一所专门收广东籍女童的小学校，即崇德女中的前身。同年，他还开办了一所供膳宿的圣经学校。1900年庚子事变爆发，原先分散在各地的传教士避往上海，这时美北浸礼会和美南浸信会两大差会开始协议联合创办一所大学。1901年，万应远作为美南浸信会代表，与美北浸礼会代表柏高德磋商。1902年，美北浸礼会和美南浸信会决议在上海创办一所浸会大学及神学院，成立教育行政会负责校务，并遣万应远返回美国筹款。1903年，万应远博士