剖学分类认为，河马科与猪形亚目亲近，骆驼科则与同样拥有复杂多胃构造的反刍亚目亲近，而水生的鲸豚类是与它们不相关的外类群，独立于偶蹄目之外，被单列为鲸目。然而，分子遗传学的研究却显示，河马科是鲸豚类的旁系群，反刍亚目又比猪形亚目更接近它们，而骆驼科所在的胼足亚目则是最早与它们分化的基群。在系统发生树上，全撰类与胼足亚目互为旁系群，其现存各演化支的分化关系如下：