62亿5千3百万港元拨款，作为工地平整及基础建设工程费用。2013年12月，发展局表示因应建筑工人薪酬及重型机器费用飙升，前者最多增加46%、后者上升30%至40%，加上机电工程价格上升54%，以及于2012年进行的地底勘探时有延误，其后发现隧道岩土断层比较预期多，此项需要额外增加7亿港元预算，以上种种致使莲塘／香园围口岸工程费用大幅度地增加，项目超支近53%，预计需要逾248亿3千2百万港元，将会于2014年2月向立法会申请额外拨款。2014年1月7日，立法会发展事务委员会再次否决莲塘／香园围口岸