施零星的乡村传教活动，通常效果不佳。1950年的美援政策让一些教会从事发面粉的社会工作，因此被讥为面粉教，此时盛行将面粉袋加工成内裤使用，至今仍然可以找到印有中美合作的加工内裤。
普世教协与护教反共对立.1950年代世界局势处于冷战状态，同时西方发起了普世教会合一运动以及1948年成立了普世教会协会（简称普世教协或WCC），由于普世教协的立场接纳社会主义国家，并且主张承认中华人民共和国，导致意识形态与政府当局冲突。台湾基督教环境因此分为两个阵营，名义上是教义之争，实际上政治意识形态