在天正13年（1585年），被赐予播磨国明石郡的新领地6万石，并以为居城。不过在不久后，秀吉发出伴天连追放令。吉利支丹大名陷入苦况，但是右近为了信仰，不惜舍弃全部领地和财产。此后暂时受小西行长庇护，在小豆岛和肥后国等地隐居。天正16年（1588年），受前田利家邀请而前往加贺国金泽，并得到1万5千石扶持俸禄。天正18年（1590年），在小田原征伐中，虽然是被流放处分的身份，不过亦属于前田军而从军。在修筑金泽城时，右近以先进的畿内筑城法知识，大大得到应用。此后亦受到利家的嫡男利长继续庇护，在政治、军事等家政