后退往湖北九宫山，战死于此。将其攻灭后，清朝以广大的北方地区为依托，转向东南进攻南明弘光朝廷，以达到各个击破的目的。在清军一连串的军事打击下，南明诸政权、大顺、大西政权被消灭，南明的残余势力诸如郑成功等退居东南沿海一带继续抗清。1662年，郑成功从荷兰人手中夺取台湾，奉南明永历帝为正朔，对抗清朝。在清朝完全占领中原之后，明朝的支持者们并没有被彻底消灭。他们或是流亡海外，或转入地下活动，形成天地会、洪门等反清复明的秘密结社组织。
康熙时期.
削平三藩.1