6–4打败世界第一费德勒，只失一盘，卫冕成功，拿下第三个冠军与第三个大满贯。温布顿锦标赛，他连续第二年进入决赛，并以6–7、6–4、6–7、6–2、2–6在鏖战五盘后败给费德勒。美国公开赛，他进入第四轮后，以6–7、6–4、7–6、6–2败给同胞选手大卫·费雷尔。年终网球大师盃进入四强后，纳达尔4–6、1–6连丢二盘，败给费德勒。他还夺得了三个大师赛单打冠军（印地安泉，蒙地卡罗、罗马红土赛事）和二个黄金国际赛冠军（巴塞隆纳、斯图加特红土赛事）。
2008年：终于突破，法网四连霸与第一