融资问题、兴建成本上升等种种原因而造成多次预算超支及延期通车的问题，属于香港高铁争议的一部分。到最后超支到844.2亿元封顶。
概要.第一次延误由港铁公司在2014年4月15日对外公佈，港铁称广深港高铁工程因地质复杂及2014年3月香港暴雨发出黑色暴雨警告时大量雨水浸毁钻挖机而延误，原定2015年完工则要延期到2017年底通车。第二次延误同样由港铁公司公佈，于2015年6月30日，港铁宣佈造价升至853亿元，较原预算大增三成；通车日期也拖延，由2014年所称的2017年底，延至