往河西圪㙩沟机场，用飞机押往南京。在南京，蒋介石命国防部军法总监部会同卫戍总部审判黄樵松。11月11日的审讯中，军法当局问黄樵松“你为什么要叛变”，黄樵松回答：“我不是叛变，我早就不愿意帮蒋介石打屠杀人民的内战，更不愿意为阎老贼当炮灰。”并且还说：“晋夫宣传部长是我请来的，我的谍报队长是我命令他去的，要杀杀我，他们无罪。”民国37年（1948年）11月27日早晨，黄樵松、晋夫、王正中3人在南京军人监狱被处决。