，拜仁自动获得了欧洲冠军联赛分组赛阶段的参赛资格。分组赛抽签于2016年8月25日在摩纳哥的举行。拜仁作为第一档种子队被抽入D组，将面对上赛季半决赛将自己淘汰出局的西甲季军马德里竞技，以及荷甲冠军PSV埃因霍温和俄超亚军罗斯托夫。早在6月下旬，德国足球联赛协会便发布了新赛季的德甲完整日程表。拜仁被选定参加赛季赛季揭幕战，于8月26日主场对阵云达不来梅。拜仁以6比0赢得比赛，成为卫冕冠军在开季的最大比分胜利。其中阿隆索于第9分钟首开纪录，莱万多夫斯基在四分钟后跟进破门。随后，莱万多夫斯基于下半时开场仅1分