天主教传教士亚历山德罗如此评价：
发展与没落.圣保禄学院在1594年创立，1762年关闭，期间培养了一批深远地对中国的文化教育的发展，以及对整个远东作出重要影响的历史文化名人，当中被中国《辞海》载录的圣保禄学院师生就有汤若望、毕方济、艾儒略等十多人。中国历史学博士费成康对圣保禄学院有以下评价：1758年，葡萄牙国王若瑟一世在一次刺杀事件中生还，当时的首相庞巴尔除了借行刺事件清除政敌，还将矛头指向耶稣会。1759年，庞巴尔颁佈令宣佈耶稣会及其传教士为非法，称之为「国王和国家的敌人