建藏匿，于是诘问孙建。孙建说「人称臣下与漕中叔交好，于是众臣将罪责推脱与我」，王莽于是没有追究孙建。居摄二年（7年）九月，东郡太守翟义起兵打倒王莽，轻车将军成武侯孙建被任命为奋武将军和虎牙将军王邑、强弩将军王骏等六将军共同讨伐翟义。十二月，孙建、王邑在陈留郡圉县歼灭翟义军，翟义被捕杀。
新莽时期.始建国元年（9年），王莽建立新朝，孙建封成新公，立国将军。与甄丰、王兴、王盛并称四将。始建国二年（10年）十一月、孙建遇到自称汉成帝之子刘子舆的男子，将这个男子（武仲）逮捕。次月，王莽命蔑