期爆满，学校自香港特别行政区政府于1998年推出「千禧校舍」计划及「小学全日制」政策后便积极争取分拆上下午校并将其中一校迁入清河邨新发展区，但由于当时特区政府不欲支持乡村办学背景学校发展，故对学校的要求不予积极回应，迟至2003年才获教育统筹局分配位于天平邨北面新发展区中计划兴建的新校舍，但条件是上水惠州公立学校要将上下午校合併，并在搬迁新校舍时交出彩园邨的原校舍。天平路新校舍最终于2008年落成并投入使用，而位于彩园邨的校舍经过翻新后由政府转交予东华三院马锦灿纪念小学（原东华三院港九电器商联会小学下午校）