年（1629年），后金大军入犯京畿，京城戒严，与孙承宗再度被起用，获赐尚方剑，总理诸路勤王大军。崇祯三年，进左都督，加太子少保、荫本卫世千户。不久，再度“以病归”养宁夏。崇祯六年（1633年）五月，蒙部插汉、虎敦兔连合河套各部大举进犯宁夏，宁夏总兵官贺虎臣战死，明廷任命马世龙代理宁夏总兵官。世龙生长于宁夏，对宁夏山川、地理、形胜十分熟悉，加之攻防战备有方，半年之内，与来犯之敌在贺兰山一带和玉泉营、枣园堡等地数战皆捷，斩毙敌军二三千之多，世龙威名大震西陲。崇祯七年（1634年），病逝。论功追赠太子太傅。