积为2700平方米的站舍，除办公房舍外，设有软席候车室、售票厅、餐厅。一般旅客候车室只有800多平方米，还有3个旅客站台和雨棚，于1904年正式投入运营。新站房投入运营后，每天向海参崴、满洲里、旅顺口等3个不同方向开行两对旅客列车和一对客、货混合列车。日俄战争之后，旅客列车分为快车和慢车，但对数没有增加。1909年10月26日，时任日本韩国统监的伊藤博文在哈尔滨站被韩国独立运动义兵参谋中将安重根刺杀。1934年，拉滨铁路与滨北铁路接轨，哈尔滨站成为5条铁路干线的交汇点，成为重要枢纽。为此哈尔滨站又修