也让王琨任郎中、驸马都尉、奉朝请。宋文帝即位后，王琨堂兄侍中王华获文帝信任并掌握权力，王华因着其父王廞在东晋末年因叛被诛，其一系门户衰落，故特别亲待王琨，并多度推荐他。王琨于是历任尚书仪曹郎，州治中，左军谘议参军、领録事参军、宣城太守，司徒从事中郎、义兴太守等职。后又调为北中郎长史、黄门郎、宁朔将军、东阳郡太守。宋孝武帝即位后，王琨曾担任廷尉卿，后转任竟陵王骠骑长史、临淮太守。又转任尚书吏部郎。孝建三年八月丁未（456年10月9日），王琨出任持节、都督广交二州军事、建威将军、平南将军、平越中郎将、广州刺