有相当多样的生态环境与栖地型态，其中有蔗田、水稻田、防风林、沼泽地、淡水地、咸水地、红树林、河口、及潮间带等，此地的动物、植物种类繁多，每年具有许多稀有鸟类在此栖息繁殖，区内保育鸟类有东方白鹳、黑鹳、黑面琵鹭、唐白鹭、雀鹰、赤腹鹰、灰面鹭、鱼鹰、诺氏鹬、彩鹬、小燕鸥、红尾伯劳。并且鳌鼓湿地亦为候鸟的重要过冬区。经济价值层面，鳌鼓湿地附近沿海具有极高产值的渔业资源，以文蛤与牡蛎为大宗，为台湾渔业的重要产区。因其马蹄形状，鳌鼓湿地森林园区是从台湾卫星地图最容易找到，台湾唯一受海堤围阻，滨海却不感潮的大型湿地