库斯科。此时的殖民政府已从各地调来援军，最初支持起义军的克里奥人感到恐慌，不再支持他。克里奥人是起义军最重要的一股势力，在他们退出后，印地安人因为没有战争经验，不断战败，有的甚至听见枪响便逃离了战场。形势迅速逆转。3月21日，殖民政府军攻入起义军的中心卡纳斯省，孔多尔坎基大败，全军覆没，被殖民政府逮捕。他数度越狱失败。5月18日，殖民政府在库斯科将孔多尔坎基的妻子米卡埃拉·巴斯蒂达斯、长子伊波利托（Hipólito）、叔父法兰西斯克·图帕·阿马洛（Francisco Tupa Amaro）以及其他几名将军