迁任黄门侍郎。当时朝廷正在商议禁止岭南的酋长私自蓄养军队，郑惟忠说：“执政者不可随意变革当地的习俗。《吴都赋》上说：‘家有鹤膝矛，户有犀渠盾。’说明古时当地土着就有蓄藏兵器的风俗，如果限制了他，能不带来麻烦吗？”议论于是停止。不久，转任大理卿。节愍太子李重俊与将军李多祚等人举兵诛杀武三思，事后兵败被杀。牵连兵变的守门军人被判处流放，皇后韦氏的党羽密奏中宗请全部诛杀。中宗令大理寺推断，郑惟忠上奏说：“今大案刚刚判决，人心未宁，若更改推，必递相惊恐，则反侧之子，无由自安。”中宗又下敕令百司庭议，最后还是维持原判