筑被毁，仅存东、西路建筑。次年，清圣祖用广善库金准备重修。康熙三十九年三月（1700年）开工，康熙四十一年六月（1702年）完工。干隆二十六年（1761年）再度重修，工期一年。这两次重修，清圣祖、清高宗分别御题碑文，满文汉文对照，立碑并加盖碑亭。清朝道光十六年（1836年），东岳庙第十七代道士马宜麟募集善众的资金修建东路的春秋殿，把东路和中路打通；还重修了西路的斗姥殿、火祖殿，新建仓神殿、海神殿；在马道口（今金台路附近）设义园（即公墓）；重修了芳嘉园的三义庙；在东岳庙内创办义学，收容贫寒子弟入学。清