外，一些混种株（strains）系——比如巴克法斯特蜂——孕育了出来。亚种之间或甚至株之间的行为、颜色及解剖学特性可以千差万别。西方蜜蜂的系统发生树是所有蜜蜂种类之中最神秘的。它们似乎分岔于其东方亲属而已，分岔时间于晚中新世。这与下述假说吻合——由于中东及邻近地区的沙漠化，导致了植物减少而难以提供食物来源，树木减少而难以提供筑巢地点，最终导致了基因流动的停止，因此穴居蜜蜂的祖先分成了向非洲东部发展的西方群和向亚洲热带发展的东方群。西方蜜蜂的亚种的多样性可能是更新世早期大规模辐射适应的结果，上一个冰河