次生于明治19年12月1日，毕业于东京帝国大学医学部。1913年金井进入日本内务省传染病研究所。后他转入北里研究所（北里柴三郎创立），此后他于1920年到英国留学，大正11年（1922年）在国际联盟事务局保健部工作。1922年6月，金井取得东京帝国大学医学博士学位。1923年他回到日本，在庆应义塾大学任医学教授。1924年，经北里柴三郎推荐，他被日本国策公司南满洲铁道株式会社（本部设在大连）任命为地方部卫生课长。此后他推动成立了满铁卫生研究所，并任首任所长。期间，他任大连市议会议员、大连市参事会会员。1