由于只需少许的步行即能往返于JR与京坂所属的站区之间，转车便利。
车站结构.
JR西日本.月台位于地垒上，可对应12节编组列车的岛式月台2面4线。
京都市营地下铁.设有月台幕门的岛式月台1面2线。地下铁东西线的车站制定了各站的车站颜色，山科站的车站颜色为紫藤色。
使用情况.作为睡城都市化的山科区内唯一JR车站，往京都、大坂方向的通勤通学客众多，而滋贺县内湖西线各站、琵琶湖线各站间的转乘站（尤其高校生）也较多。