子就会以不同的速率通过基质。
凝胶制备.“凝胶电泳”的第一个部分「凝胶」，是指用来分离分子的基质（matrix）。大致上凝胶是个可以被科学家控制多孔性（porosity）的交联聚合物。在分离蛋白质或小的核酸（DNA、RNA，或寡核苷酸）的时候，凝胶通常是用不同浓度的丙烯酰胺和一个交联剂聚合而成，形成不同大小网眼的聚丙烯醯胺网状系统。分离较大的核酸（超过几百个硷基对时）较常用的基质是纯化的洋菜胶，洋菜胶是海藻（seaweed）的萃取物。在以上两者里的凝胶都是形成固体但是具孔隙