胺基酸会合併成为蛋白质。胺基酸的转译后修饰会附在蛋白质其他的生物化学官能团（如醋酸盐、磷酸盐、不同的脂类及碳水化合物）、改变胺基酸的化学性质，或是造成结构的改变（如建立双硫键），来扩阔蛋白质的功能。 再者，酶可以从蛋白质的N末端移除胺基酸，或从中间将肽链剪开。举例来说，胰岛素是肽的激素，它会在建立双硫键后被剪开两次，并在链的中间移走多肽前体，而形成的蛋白质包含了两条以双硫键连接的多肽链。其他修饰，就像磷酸化，是控制蛋白质活动机制的一部份。蛋白质活动可以是令酶活性化或钝化。
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