。在三之宫、大坂方向的上行班次中，除了部分班次外，均可于加古川站转乘新快速。而这些班次会在西明石站转变列车类别为快速。在晚上10至11时段只有前往西明石的普通列车。在姬路方向的下行班次中，大部分前往姬路或网干，在早上和晚上有少许班次前往上郡或直通至赤穗线的。
建设南出口请愿.在车站启用时一直只有北边出入口（于上行线旁），若需前往车站南边，而离开车站后向东行走180米，随后使用行人天桥跨越路轨。或向西行走370米到达行人专用平交道。因此，车站南边居民于1989年成立「JR曾根站周