噶尔汗国的直接统治之下。1757年，清朝平定阿睦尔撒纳，灭准噶尔汗国。定北将军班第释放了被蒙古人囚禁在伊犁的阿帕克和卓曾孙波罗尼都和霍集占。不久二人发动叛乱，史称大小和卓之乱。1759年，清军进驻喀什噶尔，并在当地派驻了总理回疆事务参赞大臣，管理新疆回部的军政要务清朝灭亡后，1913年中华民国设疏勒县。1933年，趁着中国内地内乱，沙比提大毛拉、穆罕默德·伊敏在此短暂成立东土耳其斯坦伊斯兰共和国政权，不久马上被中华民国政府消灭。1952年中华人民共和国由疏勒县析置喀什市，1986年喀什被定为中国