1936年10月，苏井观带领红四方面军卫生部部分人员，随军西渡黄河，改组为西路军卫生部任部长。西路军失败后，随李卓然、李先念、程世才等到达新疆。。在新疆，苏井观组织卫生人员学习业务技术和从事医疗活动。 1937年12月回延安后，任延安边区医院院长、八路军医院院长。1938年11月起任中共中央军委总卫生部部长。1941年到1945年任陕甘宁边区留守兵团卫生部部长。1942年6月至1945年8月任中共中央军委后方勤务部卫生部部长。1943年兼任陕甘宁晋绥联防军卫生部部长。1943年与张琴秋结婚，二人无子女。