各对台机构有很深的疑虑和担忧。早年，中华民国国家安全局曾指前中国社会科学院台湾研究所所长姜殿铭是中华人民共和国国家安全部第15局局长；但姜殿铭原为新华社记者，后曾任《光明日报》副总编辑，历来属于宣传部门。2000年12月初，中华民国国家安全局副局长在民主进步党立法院党团会议上称，2000年内曾来台湾进行学术交流的中国社会科学院台湾研究所副所长余克礼“不仅是大陆对台政策的高层智囊，实际身份还是‘国安部第15局副局长”；但最终确认的信息是中华人民共和国国家安全部与余克礼无任何关系。2005年，余克礼表示，台湾有