署官缺而升署后军右营都司，1892年实授此职，并调任“镇南”舰管带。中日甲午战争中，蓝建枢在1894年8月17日率“镇南”号随舰队护送清朝兵船至鸭绿江口大东沟，并进入江口协助清朝陆军登陆，1895年初又参加了威海卫防御战，后“镇南”舰被俘，蓝建枢随北洋海军残兵退往烟台，并被直隶总督王文韶“船亡人存”、“实属咎无可辞”的罪名，请暂行革职、听候查办。1903年，时任直隶总督兼北洋大臣的袁世凯以“自革职留营以后，颇知愧奋”、“才足任用”的理由保奏蓝建枢官复原职，并出任烟台水师学堂正教习，第二年10月任“通济”