1523年）改芒部府为镇雄军民府。嘉靖五年（1526年）置归化长官司（治今彝良县奎阳镇），属镇雄军民府。万历三十七年（1609年）改镇雄军民府为镇雄府。清雍正年间，鄂尔泰先后在东川，乌蒙进行改土归流，“先怀以德，继畏以威，然后徐议改流”。乌蒙镇总兵刘起元贪暴残忍，“于是远近夷民皆无生之气，有死之心。”禄万福发动大规模的土司叛乱，总兵刘起元、游击江仁、知县赛枝大被杀。鄂尔泰调集云南、贵州、四川三省兵力，「…分道穷搜屠杀，刳肠截脰，分悬崖树间…务获渠魁，尽屠丑类」。雍正五年（1727年）乌蒙府、镇雄府改属云