廿二个球季中最低的一季。但是太空人队当年平均每场得分仅有3.5分，且在克莱门斯的32次先发中被完封9次，其中包括五次1-0的比赛结果。2005年球季的最后一次先发，克莱门斯投出生涯第4500次三振。10月9日在大联盟史上最长的比赛中（休士顿太空人队对亚特兰大勇士队），克莱门斯以代打身分出赛在15局时出场并主投三局，在第18局时赢得胜投。在赢得国家联盟冠军后，克莱门斯在世界大赛第一战出战芝加哥白袜队时仅投两局便因肌腱受伤退场。这个系列战太空人队被白袜队横扫出局。2005年球季后，太空人队拒绝克莱门斯的薪资