水的水源与位于湖东南方八公里的北海道区水产研究所虹别鲑鳟事业所附近的涌水，或是位于位于湖北方约四公里处的神之子池来自相同的伏流水。在湖中间有一小岛，被称为神婆岛（），湖岸周围是海拔600公尺左右的陡峭火山口壁，东南端是最高峰「神之山」（カムイヌプリ，标高857公尺）。现在整个破火山口范围内列为阿寒摩周国立公园的特别保护地区，禁止车船进入。
神婆岛（中岛）.摩周湖中央的神婆岛（也被称为中岛）是露出湖面的英安岩质火山穹丘顶端部分，在1960年的调査中发现其表面的腐叶土仅5至10公分