同济大学从事研究和教学工作；历任同济大学教师、副教授、教授；自动控制教研室主任、电气工程系副主任、现代制造技术研究中心主任、信息中心主任、科技德语中心主任，CIMS研究中心主任等职；1989年出任校长助理；1993年晋升为副校长。1995年，吴启迪当选同济大学校长；她不仅是同济大学建校八十八年以来的第一位女校长，更是中国第一位经民主推举产生的大学校长。在任校长期间，吴启迪注重产业和学术研究的结合，特别是机电一体化、CIMS等高新技术的研究；通过加强学科建设和师资培养，诸多的研究成果给学校增加了收入；同时