8年11月15日，根据中共中央、国务院、中央军委相关文件规定，对毕业生进行了分配。1969年8月，根据黑龙江省革命委员会通知，学院736名干部参加了“赴边疆毛泽东思想宣传队”。1969年12月4日，国防科委副主任罗舜初传达中央军委指示：决定学院内迁至三线办学，偏重军工迁至长沙。1969年12月20日，国防科委传达中央军委指示：学院主体（院直领导机关、4个系以及基层单位）内迁长沙；航空工程系迁西安，并入西北工业大学；原子工程系迁四川省重庆市北碚，组建重庆工业大学（后该系调出并入国防科学技术大学）；舰船工程