设备（包括列车）也因为严重老化，故障频发。2018年上任的纽约市公共运输局总裁安迪·拜福德决定将对纽约地铁车站和信号系统进行翻新及升级工程，预计将耗资400亿美元，耗时10年。拜福德来自英国，之前曾在伦敦地铁工作，在担任多伦多运输局总裁期间曾负责对多伦多地铁进行局部翻新。他在任期间列车准点率由2018年8月的68.8%提升至2019年8月的84%，同时推出OMNY电子收费系统。纽约市在2020年3月起一度成为2019冠状病毒病重灾区，纽约州州长安德鲁·科莫批评纽约地铁令人恶心。随后纽约地铁开始大规模清洁