番号改为十六师，2001年（民国九十年）1月因应精实案，师部改编为「十六师指挥机构」，所辖的六一六旅驻地桃园杨梅改编成联兵旅一一六旅、六一七旅驻地新竹关西改编成联兵旅一〇六旅、六一八旅驻地苗栗头份改编成联兵旅一一八旅。2004年（民国九十三年）4月因应精进案，第一一八旅裁撤、第一一六旅移驻斗焕坪并改编为后备九〇二旅、一〇六旅改编为后备九〇三旅。2006年（民国九十五年）7月，第九〇二旅併入第九〇三旅、驻地不变。2007年（民国九十六年），「十六师指挥机构」裁撤。2013年（民国一〇二年）元旦，后备第九〇三旅