政府优先发展铁路的政策，九广铁路公司决定转型为规划、设计及建造大型新网络的机构。公司应政府邀请，就多条新铁路的兴建进行详细研究及提交建议书。这些新项目包括3条东铁支线：于大围接驳东铁的马鞍山铁路、红磡站至尖沙咀东部的支线、以及作为第2条过境铁路通道的落马洲支线。
近年发展.1996年3月6日，中国政府成立广深铁路股份有限公司。2002年9月24日，港府邀请九广铁路公司兴建及经营九龙南线。2002年6月25日，港府宣布九广铁路公司投得沙田至中环线（沙中线）的兴建与经营权。