业室副主任襄助草拟对中国大陆的反攻计画，后因国际环境牵制，国内政情变化而停止。1963年晋升少将，于1966年调任第一士官学校校长，1969年调升国防部计划次长室（联五）中将执行官。至1976年应郑为元上将之命调任中部地区警备司令，后因高雄市升格为直辖市，蒋经国命郑为元遴选资深中将调高雄市座镇南部，常持琇获选改任南部地区警备司令，并将原在台南市驻地移至高雄就职，掌理南部六县市。担任南部地区警备司令期间，发生美丽岛事件。美丽岛杂志社在高雄举办抗议活动，活动指挥官黄信介与常持琇进行交涉，希望让活动顺利进