袁世凯政府猜忌。1913年，他担任吴淞中国公学教务长。1915年辞去教务长职务后，他到北京，历任北京大学讲师、教授，北京法政专门学校教员，讲授中国法制史。1916年，北京大学在中国首设社会学班，请康宝忠讲授社会学，他也被誉为中国首位社会学家。1919年五四运动中，他被选举为北京大学教职员干事会干事，北京教职员联合会总务干事、主席。1919年11月1日，他在北京法政专门学校讲课时，于课间突发急病去世。
家庭.二哥康心如，着名金融家、四川美丰银行总经理、陪都参议会议长。