毛主席分庭抗礼为借口，砸烂了“皖南大学”校牌，并擅自更改为安徽工农大学。皖南大学革命委员会于是报请安徽省革命委员会，将“皖南大学”改为“安徽工农大学”。省革委会于1968年9月11日批准学校改名。1968年8月，工人毛泽东思想宣传队进驻学校，举办“毛泽东思想学习班”。12月，安徽工农大学革命师生员工在工宣队、军宣队的领导下到泾县黄田公社搞“斗、改、批”，接受贫下中农再教育。1970年初，为安置中国科大，安徽省革委会决定将合肥师范学院并入安徽工农大学，将合肥师范学院整个校园无偿让给中国科大。“文革”开始后