谟被提拔为福建总督，请辞未获许可，请求上京入觐。次年七月，至京师，面见圣祖。承谟病体尚未痊愈，圣祖命御医为其诊治，并赐药物。待病情稍有好转，即赴福建就任。圣祖赐其冠服、鞍马。福建总督驻所原在漳州，此时由于即将撤籓，故移驻福州。吴三桂起兵反清后，承谟察觉耿精忠也有异志。当时朝廷正讨论裁兵，承谟上疏请求缓行，又准备征调防御。其事未行，耿精忠也已叛变，声称有海盗出现，约请承谟商议。巡抚刘秉政依附耿精忠，催促同行。承谟知道事情有变，侍从建议带兵跟随护卫，承谟说：「众寡不敌，备无益也。」，就此前往会见。精忠露刃相胁，