法磁谱仪 AMS研究中心）、汽车工程研究院、生命科学研究院、城市工程科学技术研究院、南京通信技术研究院、智能运输系统（ITS）研究中心、现代计算机集成制造系统(CIMS)研究中心、集团经济与产业组织研究中心等近百个学术科研机构。东南大学目前在美国和白俄罗斯设有3个孔子学院，同时与全球100多所大学和研究机构签订了合作交流协议，在校留学生人数达到1989人，其中学历留学生1547人，留学研究生618人，学历留学生和留学研究生数均居中国江苏省第一。东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院是教育部批准的第一个中外