受制于东晓南路高架桥的桥墩，车站主体设于东晓南路东侧的地底。为方便乘客进出，付费区设于站厅西侧，站厅付费区内各自设有两条扶手电梯、一台专用电梯（升降机）以及一组楼梯以连接两个不同方向的站台。东晓南站现时有少量商店，包括便利店、面包糕饼店、洗衣店以及书店等。站内亦设有自动售卖机、自动照相机、建设银行自动柜员机、羊城通充值机等自助服务。亦设有“好易”机，可充值羊城通，缴纳水电费以及交通罚款等服务。
月台.东晓南站设有两个侧式月台，位于东晓南路东侧的地底。两个侧式月台在乘客眼中看似