名为东北人民政府农业部兽医研究所。1955年，研究所改隶中华人民共和国农业部，称哈尔滨兽医研究所。1953年，研究所的制药部门分离，另在大成街26号成立农业部哈尔滨兽医生物药品制造厂。而研究部门则迁至东大院新的研究大楼内，1957年划归新成立的中国农业科学院，定名中国农业科学院兽医研究所。1965年，改称中国农业科学院哈尔滨兽医研究所。