吉林、黑龙江三个行省，裁撤吉林将军和黑龙江将军，改盛京将军为东三省总督，并加授钦差大臣的头衔。东三省总督同时为三省最高行政、军事长官，理论驻地分别为三省的行省公署，但原则上在奉天行省公署办公。同年五月壬辰（6月12日），徐世昌正式上任首任东三省总督。宣统元年（1909年）正月，徐世昌调回中央，任职邮传部尚书，钖良接任东三省总督。宣统二年（1910年），东三省总督兼任奉天巡抚。宣统三年（1911年）三月，钖良告病离职，赵尔巽继任，为末任东三省总督。同年10月，辛亥革命爆发。次年2月12日，清帝逊位