于2006年11月新中环码头启用后与天星码头一起清拆，但皇后码头的清拆限期比天星码头长，早年谘询市民之时，并没有人表示反对此决定，故只留皇后码头的牌匾。2000年代后期，香港人的保育意识随保护海港协会反对维多利亚港填海工程因而孕育，至2006年保留旧中环天星码头事件时保育意识达到高峰。香港人开始反省以往只顾经济发展而忽略了文物保育，将本土文化及集体回忆一手摧毁。事件后，时任房屋及规划地政局孙明扬在传媒聚会时指出，早在2002年中西区区议会会议中，当时区议员通过保留皇后码头牌匾，无说保留上盖，而且规划蓝图