杀造成了七万四千至十万不等的人的死亡。这些大屠杀结束了长江中下游的反清武装抵抗。有几个忠诚的勤王者成了隐士，并希望着清军败溃。虽然他们退出了世界，但至少象征着在继续反抗外族统治。南京沦陷后，两支明宗室建立了两个新的南明政权：一个是以福建沿岸附近为中心隆武皇帝唐王朱聿键——明太祖朱元璋的九世孙——而另一个是浙江附近的“监国”鲁王朱以海。但由于双方彼此不服，无法联合抗清，不但无法反攻满清，也导致丧失维持政权的机会，造成汉人政权走向衰亡。1646年7月，贝勒博洛领导的新的南方军事活动使鲁王的浙江朝廷陷入混乱状