第九子，萧子范、萧子显弟。南齐建武四年（497），萧子云受封新浦县侯。南梁天监初年，降爵为县子。萧子云从小勤奋学习，文采过人。30岁任秘书郎，后迁太子舍人，着《东宫新记》。累迁北中郎外兵参军、晋安王文学、司徒主簿、丹阳尹丞，北中郎庐陵王咨议参军，兼尚书左丞。大通元年（527年），除黄门郎，俄迁轻车将军，兼司徒左长史。二年，入为吏部。三年，迁长兼侍中。中大通元年（529年），转太府卿。三年，出为贞威将军、临川内史。还除散骑常侍，俄复为侍中。大同二年（536年），迁员外散骑常侍、国子祭酒，领南徐州大