开发和高新技术的产业建设为主导的综合性基地型研究所。软件所有计算机科学国家重点实验室和基础软件国家工程研究中心等研究部门。软件所主办的学术刊物有《软件学报》、《中文信息学报》和《计算机系统应用》。
组织结构.软件所本部现址为中国北京市海淀区中关村南四街4号，同时设有无锡分部、重庆分部、哈尔滨分部、广州分部（广州中国科学院软件应用技术研究所）、青岛分部和贵阳分部。软件所设总体部、软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部5个研究部。