继续担任军委秘书长。1965年11月后，罗瑞卿被解除一切职务，林彪重新主持中央军委日常工作。由军委副秘书长、副总参谋长杨成武代理总参谋长，兼军委办公厅主任。然而，杨成武未被任命为国防部副部长。
机构“消失”.1966年5月，文化大革命开始后，中央军委的正常工作受到极大的影响。这期间，军委的日常工作先后由军委办公会议和军委办事组处理。1958年7月军委扩大会议通过的《关于改变组织体制的决议》不再被执行，军队对外直接使用“中央军委”的名义，不再出现“国防部”。