台湾后即占用宁靖王府以为居住，后来因避清帝猜忌才将之改建成天妃宫。旧有方志除《福建通志》（郝玉麟监修，谢道承编）记载「康熙二十二年靖海将军侯疏请崇祀奉」外，《台湾府志》等书多载为康熙廿三年（1683年），然而根据蒋维锬参照施琅〈舟师抵台湾疏〉与江日昇《台湾外记》的记载，施琅是在康熙二十二年八月十三日（1683年10月3日）从澎湖抵达鹿耳门，且当年十一月廿二日（1684年1月8日）便离开台湾，期间忙着处理明郑官员百姓薙发内渡等善后事宜，应无暇处理天妃宫之修建。而根据季麒光的说法，实际上负责天妃宫修