厂周围之土地规画成占地32.7公顷的「深层海水产业发展园区」。研究中心最早定名为「深层海水低温利用及多目标技术研发模厂」。2009年7月，深层海水研发中心正式动工，总经费耗资新台币6.8亿元。然而厂区工程开工不久即遭逢莫拉克台风侵袭影响，预先埋设于海平面下方700公尺深的管线遭暴涨的知本溪所夹带之土石掩埋。工程部分海底管线修复后便持续进行，最终于2011年10月正式完工开始试营运作业。经济部水利署于工程结束后将研发中心移交经济部技术处，经济部技术处再将研发中心委由工业技术研究院与石资中心来进行深层海