化部委派，陈锦清筹建第一所专业舞蹈学校，任筹委会副主任兼文化部舞蹈教员训练副主任，培养了中华人民共和国首批专业舞蹈教师。1954年，北京舞蹈学校成立，戴爱莲任校长，陈锦清任副校长并主持日常工作。1964年，陈锦清接替戴爱莲，出任北京舞蹈学校校长。文化大革命期间，陈锦清遭到残酷迫害，但在诱供、逼供之下，她仍坚持立场，实事求是。原北京舞蹈学校学生江青后来去了台湾，也成了陈锦清罪状之一。在“四人帮”鼎盛时期，她拒绝了“四人帮”的多次拉拢。粉碎“四人帮”后，她重返北京舞蹈学校主持工作，果断迅速地平反了北京舞蹈学