。弘光元年四月初八，以结党乱政为由逼雷演祚自尽。清兵攻陷南京，阮大鋮由太平府逃往朱大典在浙江金华的军营。朱大典兵粮充足，更有意要将军务交由阮大鋮处里。军中譁然，即以公檄声讨其罪名，逐之出境。后随方国安降清。
身死.随清军攻仙霞关（今属浙江），在五通岭上突然头面肿胀，贝勒劝他留下养病，阮大鋮却反驳说自身无病，认为此言是东林、复社之徒所造，要耿献忠不可听信。到仙霞关下，阮大鋮下马步行，且言“筋力百倍于汝后生也”，表示自己无病。不久“马抛路口，身踞石坐”，僵仆石上死。时天气炎热，尸体