七年（1660），广州巡按御史张问政弹劾马雄庇商抗课，降二级。顺治十八年授广西提督，筑清真寺，经营伊斯兰教坟山，又延聘经师李秉旭、马明龙、马承益、皇甫经、舍起灵等至柳州讲学，时称“马大老爷”。康熙十二年（1673年），爆发三藩之乱，当时马雄驻柳州，投靠吴三桂，广东十府失其四，康熙帝大为惋惜。十四年（1675年），马雄及王弘勋攻高州，与战不利，退驻肇庆。康熙十五年（1676年），康熙多人遣使前去招降，均未果。康熙十七年正月，病死锥容（今广西壮族自治区鹿寨县雒容镇）。葬于柳州清真寺。康熙十八年（1679年）其子