在低地筑巢的失败率达70-80%。牠们以往可能在塞舌尔最大的岛屿上繁殖，但现时已知只在马埃岛、钖卢埃特岛、北岛、普拉兰岛及其他周边小岛繁殖。牠们于1977年被重新引入到普拉兰岛。对塞舌尔隼的威胁包括有失去栖息地、被掠食及与入侵物种的竞争。大家鼠、猫及仓鸮都令蜥蜴的数量大幅减少，且会吃塞舌尔隼的蛋及雏隼。仓鸮及家八哥也佔据了很多适合筑巢的位点。以往因误会塞舌尔隼会猎食家禽及迷信牠们是死亡的先兆而遭人类猎杀，但这种情况已经很少出现。