41年至1952年之间，滨小清水曾是北海道制糖（今日本甜菜制糖，简称「日甜」）所拥有的地方轻便轨道线小清水轨道与国铁路线的转车站（在路线创设时车站仍名「古樋」）。2007年时，JR北海道曾在滨小清水与藻琴两站之间进行可同时在铁轨与一般路面上行驶的双模式车辆（Dual Mode Vehicle，DMV）之试营业运行。
车站构造.对向式月台2面2线的地面车站。与2号月台之间设有站内平交道。2号月台的有效长度只有3节，而包括机车在内有6节的「」运行期间，月台将临时设置延伸至全部客车