全球97%的集装箱船通过，投入巨资开凿的尼加拉瓜运河没有太大价值。2016年6月，巴拿马运河扩建工程完成，运载量大增3倍，加上全球航运长年低迷，预计尼加拉瓜运河即使建成亦未必有足够使用量。
环境影响.运河工程另一争议是对尼加拉瓜湖以及沿线自然生态的影响。尼加拉瓜湖是尼加拉瓜最主要的淡水水源， 一旦发生来往船只泄漏石油的事件，将带来严重而持久的后果。此外，运河开凿过程中可能会发掘出毒性沉积物，导致碳氢化合物污染、盐度和浑浊问题；运河会破坏动物的原有迁徙模式，船只的通行亦可能为