被杀害后，一色藤长协助足利义昭从兴福寺逃脱。元龟四年（1573年）足利义昭被织田信长从京都追放后，跟随足利义昭的一色藤长在备后鞆投靠了细川藤孝。后担任细川家笔头，从此没有参战记载。
异说.传闻一色藤长在庆长五年（1600年）的关原之战参加西军，最后战死沙场。