琉球群岛的管辖权给予日本，海内外学生发起一连串保钓运动，郑愁予因中担任爱荷华大学保钓会主席，遭中华民国吊销护照滞留美国。2004年自耶鲁大学退休，获聘耶鲁大学驻校诗人。2005年郑愁予返台担任国立东华大学第六任驻校作家，现任国立金门大学讲座教授、国立东华大学荣誉教授。于金门担任讲座教授的期间创作的诗集《和平的衣钵：百年诗歌万载承平》获得第10届全球生命文学创作奖，其中收录的诗作｢当撞响和平之钟到八百二十三声」被刻在金门和平纪念园区钟的和平钟旁。2016年起受邀为东海大学驻校诗人，2017年更荣聘为东