定比定律及倍比定律，也支持分子学说，因此许多化学家接受分子学说。可是许多逻辑实证主义者及像恩斯特·马赫、路德维希·波兹曼、詹姆斯·马克士威、约西亚·吉布斯等物理学家不接受分子学说，认为分子只是一种方便处理的数学结构，不是实际存在的物质。一直到让·佩兰在布朗运动相关的研究中，才证实了分子学说。
特性.
分子大小.大部分的分子无法借由电子显微镜看见，最小的分子是H，其键长为0.74 Å。有机合成中常用到的分子大小约从数Å至数十Å。曾经制造过直径1000 Å（100