进党的重点选举诉求之一。但是在这一次的选举中，民进党政府，甚至时任总统陈水扁本人的清廉作风遭到在野党质疑，最主要的批评就是陈水扁当选前一直攻击国民党黑金，当选后却立即与前总统李登辉结盟，两人关系形同父子。此外，也有报导称，一直被指责是地方黑道大佬的立委颜清标被时任总统陈水扁多次召见；还有报导则称时任总统陈水扁会见南部一地下赌盘庄主，这些都对时任总统陈水扁的改革形象造成严重冲击。但是许多亲泛绿阵营的学者则主张，黑金问题其实是泛蓝阵营（更准确一点说，应该是国民党）过去长期执政时，为掌控地方势力，特意扶植地方黑道