过两年，因此约翰逊有资格再度竞选连任，但因为国内反越战声音，约翰逊在新罕布什尔州初选中仅以49%对42%微弱优势取胜，加上他在党的权力及地位日益受到挑战，党内多位候选人罗伯特·甘迺迪参选，他最终被迫以雪曼式声明宣布不再参选而放弃连任，转而支持副总统休伯特·汉弗莱。汉弗莱在当年充满血腥暴力的党大会取得提名，最终仍败给前副总统、共和党的尼克森。
卸任后生活.1969年1月卸任总统后，约翰逊回到德克萨斯州斯通沃尔的牧场，并与前助手和演讲作家一起，他将起草约翰逊的第一本书《我们面对的选择