太后下令在城市中央修建杜伊勒里宫和花园，并将它与卢浮宫连接起来。1572年8月24日的圣巴托罗缪之夜，巴黎发生了天主教势力对基督新教雨格诺派的大屠杀，屠杀从巴黎扩散到其他一些城市，持续了几个月之久。波旁王朝时期，巴黎继续向四周发展，直到后来路易十四兴建凡尔赛宫，并将宫廷和行政机构迁往凡尔赛宫。此时的巴黎环境肮脏，道路曲折，街道狭窄，房屋稠密，且多为木结构，是一座典型的中世纪城市，拥有近50万人口和25,000间房屋。鼠疫在16及17世纪又多次侵袭巴黎，夺走许多人的生命。
18至19世