将转福宁参将。之后，原要擢广西参将却未就任，万历三十七年(1609年)，调松潘副将，因征建南有功与整顿地方土司，而升四川正总兵官。万历四十八年(1620年)，黄守魁升南京右军都督府佥书兼提督大教场水陆二营事务。天启元年(1621年)，黄守魁实授骠骑将军。同年秋，明政府与后金战争紧张，黄守魁实授都督佥事。当他带亲属至重庆处理接兵后勤事务时，交兵的奢崇明却举起反旗，发起奢安之乱，杀死巡抚徐可求，并且前去追杀其他官员。当时只有数百兵在船上的黄守魁，与兵登岸搏战。因敌众我寡，船被逼至重庆阅江楼附近时，黄守魁