国立阳明交通大学台南校区位于台南市归仁区高发三路301号，邻近高铁台南站，是国立大学内最后一个设立的大学分部。校园佔地8.2公顷，总面积预计达49.2公顷；2009年校区内第一栋建筑「奇美楼」落成启用，并开始招收第一届学生。目前台南校区设有光电学院与智慧科学暨绿能学院（AI学院）各硕士班、博士班。
历史沿革.台南校区位处台南市归仁区高速铁路台南车站特定区东侧。自交通大学有了与新竹科学园区成功的经验后，2002年起便积极与全球光电产业佈局最完整的台南科学园区接洽，以前瞻性的应用科技和