年，设有幼稚部、国小部、国中部、高职部四部。1985年，行政中心、国中部、高职部迁到新化，幼稚部、国小部仍留原地。2000年，奉行政院核立改名为「国立台南启聪学校」。2002年，设高职部综合职能科，招收智能障碍学生。2012年2月1日，改隶于国立台南大学，更名为「国立台南大学附属启聪学校」。
相关事件.2011年，被人本教育基金会揭发集体性侵及性骚扰案件，由教育部接管。学校在短短8年内，发生164件师生集体性侵害与性骚扰事件，被害人多达92人，年纪最小者仅小学2年级，案发地