本质上仍属古典科学的范畴，因此拜占庭科学在每各个时期都与古代异教哲学和形上学紧密相连，纵使部分人士反对异教学说，但为数众多杰出的古典学者们仍在正教会中担任高阶职务。拜占庭帝国从未停止对古代着作的研究，雅典的柏拉图学院早在公元4、5世纪时起就已开始推动对古典学的研究，设于亚历山卓的哲学学院同样也是生机勃勃，此外君士坦丁堡大学的教学内容全然与世俗学科相关，摒除了所教授的神学科目。而使是后者也提供古代典籍的相关指导，并且在其课程中传授包括文学、哲学与科学在内等知识。由于修道院学校将重心专注于圣经、神学与礼拜仪式，