教堂一样遭到了义和团团民的围攻和破坏，1900年6月14日，南堂被义和团烧毁，同时被毁的还有东堂、西堂、圣尼古拉堂、通州天主堂等建筑。1904年第四次重修的南堂主堂和附属建筑竣工，这就是人们今天看到的宣武门天主堂的建筑。1979年12月21日，中国天主教爱国会自选自圣主教傅铁山在宣武门天主堂接受神职，成为文化大革命后天主教宗教活动在中国大陆恢复的一个标志性事件，同时也标志着南堂再次成为天主教北京教区的主教座堂，目前天主教北京教区行政管理所就设立在这里。
建筑.宣武门天主堂共有三