郑氏治台时期，主要的生产根据地集中在台湾南部与基隆一带，淡水并未有郑军设防；直到清治时期嘉庆年间，淡水延海一带海盗猖盛，清廷在1808年（嘉庆十三年）加派兵力，驻防该地。1813年（嘉庆十七年），在目前沪尾砲台现址兴筑砲台作为淡水河口驻卫之责。中法战争后，清廷命台湾巡抚刘铭传加强台海防务，于全台重要海口地区兴筑砲台基地，计有基隆、沪尾、安平、旗后、澎湖等五处共十座砲台，以御外国军队。当时于沪尾炮台上设有四座砲座，为12吋阿姆斯壮后膛砲一尊、10吋阿姆斯壮后膛砲一尊、8吋克鲁伯后膛砲两尊，现皆不存。