对共和党的胜利作出激烈反应，相继宣布脱离联邦，南北战争由此打响。
南北战争.1861年4月，邦联陆军炮轰萨姆特堡，南北战争正式爆发，林肯号召7.5万人加入北军应战。韦弗所加入的部队之后会成为爱荷华州第2志愿步兵团的连，他还获选为连队中尉。统领第2团的是前联邦众议员塞缪尔·瑞恩·柯蒂斯（）上校，1861年6月，他获命前往密苏里州，保护这个边界州的多条铁道。韦弗所在连这年夏天主要在密苏里州北部活动，没有参与实战。这一期间，他与克拉拉的第二个孩子、也是第一个儿子出生，起名詹姆斯·贝拉米·