期的国立东南大学曾被国民党视为「反动势力的大本营」。经过整肃合併后方成为尔后的国立中央大学，由罗家伦带领下成为当时中国高教第一学府。中共建政后，中大师生校友逃往台湾者甚多。南京的国立中央大学经历了复杂的分割变迁，在1949年更名为国立南京大学，隔年迳称南京大学。1952年中国大陆高校院系调整时，南京大学文、理学院与金陵大学文、理学院相併并搬迁到金大鼓楼校址，成为新南京大学；以工学院为主体在原中央大学四牌楼本部组建南京工学院（后易名东南大学）；农学院与金大农学院合併成立南京农学院，校址最初设在原中大丁家桥二部