有「头屋一交流道」及「头屋二交流道」，在该市水流娘地区（该地深入公馆乡）与省道台6线交会处设有「公馆交流道」，可供利用以前往苗栗县海线地区及山区。在一般省道方面，台6线（龙港－汶水）行经苗栗市至公路、经国路，向西北可连络后龙镇，向东南可连络公馆乡、狮潭乡及大湖乡。台13线（内湖－丰原）行经苗栗市为公路、国华路、中山路，向东北可连络头屋乡、造桥乡锦水地区、头份市及竹南镇，向南可连络西湖乡五湖地区、铜锣乡、三义乡及台中市后里区、丰原区。台13甲线为台13线的旧路，向东北可连络后龙镇丰富地区、造桥乡及竹南镇。