PBC作为一种人为的近似，不可避免地对模拟引入偏差，影响计算结果的有效范围。即使对于最简单的兰纳-琼斯流体，PBC的引入对NVE系综下的模拟的取样也有轻微影响，从而对物理量的统计值引入系统误差，故而引入PBC的NVE系综被建议称作NVEPG系综。径向分布函数g(r)在r大于半个盒子边长时是不准确的，r等于盒子边长时更是有人为的尖峰。在固体体系中，涉及振动的研究，声音，冲击波或声子的波长范围受体系大小的限制。对于长程力例如电磁相互作用的计算，需要使用特殊的方法(如Edwald加和，PPPM方法等)。相行为