时间写下了《说文解字注》30卷，王念孙推祟说，自许慎之后「千七百年来无此作矣」。嘉庆二十年（1815年）五月《说文解字注》全书刻成。《说文解字注》一书仍有缺点，段玉裁本人太过自信，勇于改“篆字”从己，却没有充分证据。冯桂芬着有《说文解字段注考正》，王绍兰着有《说文解字段注订补》， 张舜徽亦着有《说文解字约注》。
逸事.史学家唐德刚在大学时期曾指出《说文解字注》中对「县」解释为“县者悬也，悬于郡也”，那就说错了。唐认为是“县者悬也。悬而未决或悬而未封”，而非“悬于郡者也”。