生在1968年提出中性演化理论来解释这一现象，在1969年King和Jukes也不约而同地提出这一理论。理论的提出者们猜想，绝大多数已知物种的基因差异在自然选择上都是“中性”的，亦即这些基因上的差异所产生的表达的分子之间的差异不影响自然选择中物种的适应度。由此，中性演化理论认为这些基因组的特性既不从属于自然选择，也不能被自然选择所能解释。这一观点建立在基础上——密码子简并性指的是组成密码子即便核酸序列不同，但编码得到的氨基酸也可能相同。例如，"GCC"和"GCA"均是丙氨酸的密码子。因此，许多可能的只有