陈瑞仁讯问，说南线专案是从2003年年中一直持续到2005年，金额约新台币五百万至六百万元。2006年10月5日，中国国民党立法委员李庆华在立法院法制委员会质询时质疑有没有南线专案，中华民国国家安全会议副秘书长王西田说「国安会没有南线专案」，中华民国国家安全局副局长杨国强也说国安局没有这方面预算。李庆华说，陈水扁宣称国务机要费用于中国情蒐、南线专案，还向陈瑞仁提供名单，实际却是国务机要费被陈水扁中饱私囊；根据他获得的资料，陈水扁以「假名单」、「假情报员」向检察官谎称有南线专案核销国务机要费，借以摆脱伪造