之前，帝汶原本是位于马来群岛上的一个贸易据点，这里所产的檀香木是其主要输出品。最早一批来到的强权分别为十六世纪初的葡萄牙人和十六世纪末的荷兰人；他们都是为了寻找马六甲的香料群岛。葡人最早于1556年在今天的Pante Macassar附近登陆，并有一群道明会传教士建立了Lifau镇。1613年，荷兰人控制了帝汶岛的西部。在接下来的三个世纪中，荷兰人渐渐掌控大部分的马来群岛，除了葡萄牙掌握的帝汶岛东半部。葡萄牙人引进了玉米作为粮食作物，以及咖啡作为商业出口作物。葡萄牙人引进了罗马天主教、拉丁字母书写系