亚与印尼交恶，旋即爆发军事冲突，史称「印马对抗」。1965年8月9日，由于联邦政府和新加坡州政府之间的政治分歧日益严重，加上有传闻因为当时的马来精英惧怕新加坡的华族人口会削弱以马来人占多数的原有人口比例，致使新加坡被迫选择独立，从而离开马来西亚。虽然马来西亚政府后来克服这两个危机，但因其产生的内部矛盾仍旧导致1969年间五一三事件的事件发生。马来西亚为此进入紧急状态，政治生活和国民自由受到限制，这个措施维持至今。从1970年开始，巫统（）在华人和印度人领袖的协助下组成国民阵线，在马来西亚几乎达到一党制的地步