，朱元璋派廖永忠前去将他迎回应天，至瓜步时船翻而死。不久，跟随徐达攻取淮东，张士诚派水师进逼海安，朱元璋命廖永忠回军水寨抵御，徐达于是攻克淮东诸郡。廖永忠又随军征伐张士诚，攻取德清，进克平江，被授为中书平章政事。廖永忠随即担任征南副将军，率水师由海路会合汤和，征讨并降服方国珍，进克福州。
洪武年间.洪武元年（1368年），兼任同知詹事院事。率军平定闽中诸郡，至延平，击败并俘捉陈友定。随即被授为征南将军，以朱亮祖为副将，由海路攻取广东。廖永忠事先写信给元左丞何真，对他晓以利害。何真马