5－7毫米，具短蕊柱足，子房下位，倒卵形，子房柄扭转，柱头3裂；花药较大，近顶生，花粉团2个，粒粉质，由可分的小团块组成，无花粉团柄和粘盘。由于天麻远看似一支赤色的箭，故又名赤箭。蒴果每株约30枚，长圆形或倒卵形，长1.2－1.8厘米，宽8－9毫米。种子多数，2－4万粒每果，极小，粉末状。花期6－7月，果期7－8月。
变型.天麻共分5个变型，分别是原变型红天麻（"Gastrodia elata" f. "elata"）、乌天麻（"Gastrodia elata" f. "gla