武官及副将以下400余名中级武官阵亡。据统计，清朝前后投入超过二亿两白银，相当国库五年财政收入，使国库为之一空，“川楚之役，则诸将会饮，虽深箐荒麓间，蟹鱼珍错辄三四十品，而赏伶犒仆之费不与焉。凡粮台地，玉器裘锦成市，馈献、赂遗、赌博，挥霍如泥沙”。八旗、绿营等清朝正规军之腐朽在起义中暴露无遗，清政府被迫依靠地方团练镇压起义。干隆后期，贪渎成风，各种社会矛盾激化，官僚大肆兼併土地，贪官污吏横行。毕沅在湖广总督任上时，和湖广的巡抚福宁、布政使陈淮三人朋比为奸。更早之前，御史钱沣曾奏劾毕沅于甘肃冒赈一案侵蚀公