成立后，孙岳被江西都督李烈钧招聘，任参赞军务兼督办庐山牧场。1913年（民国2年）二次革命爆发，他任讨伐袁世凯的讨袁第1路军总司令。后来二次革命失败，他和李烈钧流亡日本。此后，他秘密归国，到陕西省华山隠居。其间，他和后来国民军的同僚胡景翼相识，策划响应护国战争。
北京政变.1916年（民国5年）6月袁世凯死去后，北京政府内的皖系、直系、奉系3大势力分别发展。孙岳因为同曹锟的交流而加入直系，任曹锟部的军官教导团团长。此后，他先后参加了直皖战争、第一次直奉战争。1922年（民国11年）