就像所有陆地动物，兽孔目被二叠纪-三叠纪灭绝事件严重影响，繁盛的丽齿兽类全部灭亡，只有二齿兽类、兽头类、犬齿兽类的少数物种残存下来，存活到三叠纪。异齿亚目仅存大型、笨重、草食性的肯氏兽科，牠们与中等大小的犬齿兽类（包括草食性与肉食性）在全世界繁盛持续到三叠纪早期与中期。牠们在三叠纪末期从盘古大陆上逐渐消失，但牠们仍在赤道地带与南方持续存活一段时期。有些仍持续演化出真犬齿兽类，至少有三群存活者：一些不属于真犬齿兽类的原始犬齿兽类，存活过二叠纪-三叠纪灭绝事件，例如三尖叉齿兽，但最后也在三叠纪中期消失。