年的九州征伐中，亦跟随南条元续、龟井兹矩、荒木重坚、垣屋光成等军参战，在日向国高城撃退岛津家久军（根白坂之战）。九州征伐后，加增因幡、但马国内至约5万9百石知行，军役合共有5千3百5十人（『宫部文书』）。天正18年（1590年），参加小田原征伐。同年，把家督让予嫡子长房，不过只是在形式上退位，实际上没有隐居，继续政务上的活动。
晚年.文禄元年（1592年），在文禄之役中，驻守肥前国名护屋城，虽然请求渡海参战，不过没有被允许（『吉川家文书』）。文禄2年（1593年），在大友义统被改易