关系最近的物种。但根据它们叶片和捕虫笼的形态特征仍可很容易将其区分开来。疑惑猪笼草的唇较宽，笼盖下表面的腺体数量较多，且其展开的角度可超过180°。疑惑猪笼草笼盖的翻折角度是特征性的，除非有障碍物阻碍，否则其上位笼的笼盖总是呈现出这样的角度。在约阿希姆·那兹和安德烈亚斯·维斯图巴在对细猪笼草的描述中，将其与关系密切的物种进行了形态特征的对比，其中包括了疑惑猪笼草。2001年，查尔斯·克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，共利用了70个形态特征。以下为猪笼草进化树的“第1分支