被列为贫齿目的一个成员，后来被科学家认为与其他有蹄类有关系，认为它起源于踝节目而被归类为有蹄总目。直到近年分子生物学发展，通过分析其遗传序列，才知道旧有的踝节目与有蹄类均为多系群，即有关分类的成员实际上来自不同的演化支，而管齿目实际上与长鼻目、象鼩目、海牛目等有更亲近的关系，所以被归类于非洲兽总目。管齿目是正在衰亡的一个类群。化石不多，但是非洲的土豚尚没有受到威胁。
内部分类.根据2009年莱曼等人的分类，本科包含下列物种（“†”为已灭绝）：