年哈尔滨工业大学威海分校更名为哈尔滨工业大学（威海）。2000年原哈尔滨工业大学、哈尔滨建筑大学合并，成立新的哈尔滨校区。2002年2月，教育部正式批准设立“哈尔滨工业大学深圳研究生院”，实现了哈工大在哈尔滨、威海、深圳“一校三区”的战略格局，为中国首例。在此格局下，三校区之间的学科交叉互补设置，哈尔滨校区依托中国东北重工业基地，形成了航天、机械、材料、土木、环境、力学等国家重点学科，威海校区“立足海洋，服务国防”，形成了船舶、海洋、生物、汽车、信息、管理等重点学科、新兴学科和基础学科构成的学科体系