组织条例未依循行政程序送审立法院修法通过，以及教育部卸下中正纪念堂匾额以及牌楼上的「大中至正」字样，而引发争议；随后台北市政府文化局依《文资法》将中正纪念堂的建筑主体、大中至正牌楼、公园广场、围墙以及回廊，认定为暂定（市定）古蹟。5月10日，教育部部长杜正胜发佈教育部令，订定《国立台湾民主纪念馆组织规程》。5月19日，时任总统陈水扁宣布正式改名。6月7日，立法院法制、教育联席委员会决议废止台湾民主纪念馆组织规程；在旧组织条例未失效，新组织法未生效下，泛蓝阵营认定民主纪念馆不存在，也依此冻结民主纪念馆预算。2