1874年写成他最重要的系统动物学着作《海胆的重新分类》（"Review of the Echini"）。亚历山大·阿加西兹因经营铜矿赚取了一笔财富，曾向哈佛博物馆及其他研究生物学的机构捐献巨款。1874～1885年任哈佛博物馆馆长。1875年，他勘察了秘鲁的的的喀喀湖，考察了秘鲁和智利的铜矿，并为博物馆收集秘鲁的文物。1877～1880年参与美国海岸和大地测量局“布莱克”号轮船的三次疏浚考察，随后出版了2卷全面介绍考察成果的着作。1910年亚历山大·阿加西兹在乘坐亚得里亚号从南安普敦到纽约的途中逝世。