自南向北流经杰克逊维尔，并将整座城市一分为二，后在市中心以北向东注入大西洋，其主要支流是这里的在地河流。跟佛罗里达州的大部分地区一样，杰克逊维尔的地势也十分平坦。根据美国地质调查局的数据，杰克逊维尔的最高点海拔仅有40英尺（12.2米），与休斯顿和迈阿密列为全美50大都市中海拔高度最低的城市之一。由于地势低洼，杰克逊维尔很容易受到洪水和风暴潮的影响。
气候.杰克逊维尔属典型的副热带湿润气候，大体上终年暖和，雨热同季。冬季温和，微潮，时而偏向温暖，日最高气温低于或等于的平均日数为