督教徒改信伊斯兰教，以至驱逐或屠杀控制地区内的基督教徒。大量居于伊斯兰国控制地区的基督徒逃离家乡，但他们逃难时可能会被武装份子截停，财物亦遭到没收。伊斯兰国武装份子曾在利比亚绑架21名信奉基督教的埃及劳工，先迫令其下跪，再把他们斩首。除了基督徒外，雅兹迪教徒也，迫害手法包括绑架、人口贩运、驱逐、酷刑及杀害等。伊斯兰国亦迫害其控制地区内的什叶派穆斯林；该组织认为，什叶派的穆斯林是叛教者，要使伊斯兰教纯洁，就必须让他们全部死去。伊斯兰国有神职人员在佈道时表示，什叶派穆斯林是伊斯兰教的敌人，又声言要「在真主的