7万的爪哇劳务者被送往其他日本佔据的东南亚地区，只有52,000被遣返，这意味着这些劳务者有八成的死亡率。与此同时，在爪哇以及苏门答腊的一小部分，日本人训练并且武装了很多印尼青少年，并且给了这些部队的本土领袖有限度的政治权力，试图建立起类似满洲国那样的傀儡政权。在日军佔领下，印尼民族主义者苏丹·夏赫里尔组织地下学生抗日运动，同时进行抗日运动的有左翼的阿米尔·谢里夫丁，谢里夫丁获得来自荷兰政府的25,000古尔登的资助，以其马克思主义和民族主义为宗旨，创建了地下反抗组织。除了阿米尔·谢里夫丁以外，多是华人