布特罗斯-加利对秘书处进行改革，在一定程度上精简了组织的规模。他的继任者科菲·安南（1997年-2006年在任）面对美国撤资的威胁进行进一步的管理改革。20世纪90年代末和21世纪初，联合国授权的国际介入形式多样。联合国在塞拉利昂的任务得到英国皇家海军陆战队的支持，而对阿富汗的入侵则由北约领衔。2003年，在安理会决议未能通过授权的情况下，美国仍然入侵伊拉克，新一轮的对联合国是否有效的争论就此展开。在秘书长潘基文任下，联合国维和行动介入苏丹的达尔富尔冲突和刚果民主共和国的基伍冲突，并派出观察员和化学武器