冯异战于士乡亭，结果兵败被杀，李轶仍然闭城门不救。冯异见李轶讲信誉，便把情况上报刘秀。刘秀却故意将信件泄露给朱鲔，朱鲔很生气，便杀了李轶，从此城中守兵有很多背离投降的。朱鲔又派讨难将军苏茂带领上万人攻打温县，朱鲔则亲自带领几万人攻打平阴来牵制冯异。冯异派校尉带兵与寇恂一同抗击苏茂，自己则绕过黄河，攻打朱鲔，两边都获得大胜。后来刘秀又在冯异的建议下登基。
击破赤眉.建武二年（26年）春，冯异被封为阳夏侯，他领兵攻打阳翟贼人严终、赵根，并获得胜利。这时赤眉军和延岑扰乱三辅，大司徒邓禹不