过整备之后升级成新干线路线使用，或甚至导入可变轨距列车运行，因此届时新鸟栖也会变成九州新干线鹿儿岛与长崎两条路线的分歧车站，以接驳线的方式导引鹿儿岛线上的列车，进入长崎本线的路轨。在九州新干线各级的列车之中，最速达的瑞穗号（）与和山阳新干线直通运行的樱号（）列车并没有在此站停靠，而停靠的列车主要是往返于九州新干线范围内的部分樱号列车与全部的燕号（）。至于行驶于长崎本线上，包括「鸥」、「绿」、「豪斯登堡」（）在内所有经过本站的特急列车，皆配合九州新干线的通车而在本站停靠。
车站