仰在反宗教改革中倖存下来。新教信徒是斯洛文尼亚的少数信仰群体；大多数新教信徒居住在东部的普雷克穆列（Prekmurje）地区，其中大多数属于路德宗。
正教会.斯洛文尼亚的正教会信徒大多是塞尔维亚人，斯洛文尼亚的正教会基督徒属于萨格勒布和卢布尔雅那塞尔维亚正教会大主教的管辖范围。
伊斯兰教.斯洛文尼亚的穆斯林在种族上主要是波士尼亚人和其他斯拉夫穆斯林。2014年，斯洛文尼亚有48,266名穆斯林，约佔总人口的2.4％。根据2002年斯洛文尼亚人口普查公佈的数