等军事法院以及地方军事法院，除最高军事法院应设于中央政府所在地外，均由中华民国国防部视部队任务需要设置。且需注意的是，最高军事法院虽然名曰「最高」，但并非表示其为军事案件的终审机关。关于最高军事法院所做出的判决，在释字436号解释之后，可以依案件性质上诉至普通法院中的高等法院或最高法院。立法院于2013年8月6日三读通过修正「军事审判法」第1条、第34条和第237条。现役军人于非战时之期间，若触犯「陆海空军刑法」之凌虐部属罪、以强暴、胁迫、恐吓或其他不正当方法阻挠部属请愿等，以及违犯杀人、妨害性自主