月18日，为了给即将打响的莱特湾海战做准备，日本海军命令能代号前往汶莱。能代号作为第2水雷战队的旗舰，伴随栗田中将的主力舰队（A舰队）航行。1944年10月24日，在锡布延海战中，从美军航母起飞的超过250架舰载机对A舰队发动了11次攻击。尽管大和号，长门号，榛名号，妙高号和利根号均受损，能代号却安然无恙。在第2天的萨马岛海战中，能代号的6英寸主炮数次击中，不过，她的右舷也遭到了美军驱逐舰的5英寸火炮的炮击。她也合作击沉了美国海军。后者是海军史上少有的被炮火击沉的两艘航空母舰之一。（另一艘是光荣号航空母