晋沿袭西晋军事制度，但已有变化。因为皇权衰微，中军往往有名无实，同驻京师的还有扬州都督所属军队。外军大多由世族的军队组成，统军将领称霸一方，其中荆州军甚至超越中央。东晋多次北伐，确有助巩固偏安之局，但如果方镇具有野心，往往借此篡位。关于兵源方面，因为战乱军户大减，兵员改以募兵补充，或直接征兵。其中由北方流民招募组成的北府兵，屡次击败强敌，在东晋后期等级如同中军。
人口.西晋统一全国后人口仍未恢复到东汉水准，八王之乱及五胡乱华更使人口数急剧锐减。五胡乱华期间发生多次大屠杀，例如刘聪、