国民政府主席的国民政府，在此时期内的政府各部门首长大多皆为国民党党员。由蒋中正指派、并与总统府共同为行政部门主体的行政院院长，共历任八位九任（行宪后大陆时期：翁文灏内阁、第二次孙科内阁、何应钦内阁、阎钖山内阁。台湾时期：第一次陈诚内阁、俞鸿钧内阁、第二次陈诚内阁、严家淦内阁、蒋经国内阁）。其中时任中华民国副总统陈诚分别于1950年及1958年两度兼任行政院院长。国民政府时期（行宪前）历任行政院院长及内阁分别为谭延闿内阁、第一次蒋中正内阁、第一次孙科内阁、汪兆铭内阁、第二次蒋中正内阁、孔祥熙内阁、第三次蒋