争议的最早的化石被子植物是古果属植物；最早的与现生类群亲近的化石被子植物是蒙特塞克藻，其与金鱼藻科互为姊妹类群。另有潘氏真花等位置未定的古种子植物，部分学者主张其为被子植物，也有学者质疑其为松柏类裸子植物。若干项关于被子植物起源时间的研究认为，依据分子钟的结论，被子植物可能起源于侏罗纪甚至三叠纪，但尚无可靠的化石证据支持，分析指出，这可能是由于早期被子植物在生态上并不重要，或者其生活在化石化作用难以发生的环境中。
系统发生.
外类群.依据目前的研究，植物界