03年总主教Hieronymus von Colloredo执政时期，萨尔茨堡成为启蒙运动的中心，教育体系以奥地利作为模板进行了改革，萨尔茨堡吸引了不计其数的学者和艺术家。
政教分离后.萨尔茨堡在神圣罗马帝国时期是其一个独立的总主教教区，直到1803年神圣罗马帝国通过法律，实施政教分离，萨尔茨堡总主教失去了统治地位，萨尔茨堡与弗赖辛和帕绍合并改由弗朗茨二世的兄弟托斯卡纳大公斐迪南三世管辖，并获得选帝侯资格。1805年奥地利人在奥斯特里茨战役中失利后，奥地利的蒂罗尔州被割让给巴伐利亚