豪族保境以拒蜀兵。光武帝发兵平定公孙述后，西南诸郡归附。东汉时牂柯郡辖境不变，唯省都梦一县，领十六县。
魏晋南北朝.蜀汉建兴三年（225年），分牂柯郡南部置兴古郡，治宛温县，辖汉兴、漏卧、句町、镡封、进乘、贲古、西丰、西随等县。西晋因之，牂柯郡移治万寿县。东晋时釐置夜郎郡。南齐改称南牂柯郡，下辖且兰县、万寿县、毋敛县、晋乐县、丹南县、绥宁县。梁复为牂柯郡，大寳以后废。
隋唐五代.隋置牂州。大业三年（607年）废州，复置牂柯郡，治牂柯县（今贵州省黄平县西北）