不断被中国大陆网友举报、抵制。2017年，他担任剧本总策划的中国大陆电视剧《特化师》在深圳卫视首播，因其“台独”问题被下档。2018年，他在导演偶像剧《蜜汁炖鱿鱼》时，亦被大陆网友不断举报，，环球时报亦为其澄清过，并无台独具体行为，后来剧集改名为《亲爱的，热爱的》，并不得已删去其导演名号。剧集虽在2019年夏热播，但随即在7月底、8月初发生涉及台湾问题的地图事件。中国网友舆论认为是瞿友宁借地图表达其“台独”的政治立场，瞿友宁和剧方由此陷入舆论漩涡。这一点瞿导坚决否认见过那张图，并且曾在微博发影片澄清，但未能