城居住。原来的喇嘛苏木（靖远寺）遂遭到废弃，原有全部建筑逐渐被毁，后来寺址被平为耕地。清朝同治五年（1866年），在同治新疆回变中，伊犁回众攻克伊犁将军衙门，伊犁将军明绪自杀，前任伊犁将军常清被杀。惠远城普化寺被毁，所藏全部佛经后来转移到靖远寺。光绪十四年（1888年），锡伯营八旗军民集资，在如今的孙扎齐牛录城堡内重建靖远寺。靖远寺是由锡伯营八旗八个牛录共同建造，八个牛录各建一座砖窑，专门烧制靖远寺建造时需要的砖瓦。从1888年到1893年，靖远寺经过5年才全部建成（一说为光绪十七年即1891年始建