2年7月，任中共北京市朝阳区委书记。2015年6月获中共中央组织部表彰为全国优秀县委书记。
云南.连续三任中共昆明市委书记（仇和、张田欣、高劲松）落马后，2015年7月29日，程连元调任中共昆明市委书记。2015年12月，兼任滇中新区管委会主任。2016年3月，升任中共云南省委常委、中共昆明市委书记，跻身副部级官员行列。2016年4月，不再兼任滇中新区管委会主任。