私人海商和政府关系一直紧张，而浙江铤而走险走私海上者不可胜数；宁波之乱后，海禁更加严格，于是以福建、浙江破产海商为主的真假倭寇横行浙闽沿海，直至戚继光率军平定。清初，改浙江承宣布政使司为浙江省，军事上由闽浙总督节制。由于浙江曾经顽强抵抗，清人采取了剃发易服、军事镇压、迁界禁海等手段来巩固其在浙江的统治，极大打击了浙江的经济社会；对两浙文人则大兴文字狱，明史案、吕留良案等惨案不可胜数。明末清初，大量浙江籍遗民为反清复明、避难经商而东渡日本，其中最有代表性的就是朱舜水。康干盛世时期，康熙、干隆二帝多次南巡至