研究》一文总结道：“在经历了将近一个世纪的研究之后，淡水豚类是并系的，淡水豚类的4个现生属分别属于4个独立的科，白鱀豚类至少是一个科级的阶元，这3点已经成为鲸类学家的共同认识”。2004年 IUCN《濒危物种红色名录》以及周开亚主编的《中国动物志·兽纲第九卷》正式将白鱀豚单列为一科。白鱀豚科是现生哺乳动物中唯一由中国人命名的科，也是20世纪在现代鲸类中唯一新建的科，更是20世纪在哺乳纲下确立的最后一科。
系统发生.白鱀豚科与其他齿鲸类群的分化关系。符号“†”表示已无现生种类。