相见的空档，织田信长在联合了北近江的浅井家成功挺进山城，并在10月2日成功击破了三好三人众的主力部队，迫使后者撤往阿波。另一方面，松永久秀和三好义继则对信长表示臣从，信长至此成功取得了畿内局势的主动权。10月18日，足利义昭正式就任为室町幕府第十五代征夷大将军，信长凭借着扶持将军的威望迎来了一段辉煌时期。永禄十二年（公元1569年）1月，三好三人众与三好笑岩趁着信长返回岐阜的空当，再度从和泉登陆，对当时位于本国寺的足利义昭和明智光秀发动突袭，是为本圀寺之变，但败于细川藤孝、三好义继以及摄津的国人众伊丹亲