7年的罗马之劫中帮助查理五世攻打教宗国且趁机夺回在康布雷同盟战争中被教宗儒略二世佔领的摩德纳及雷焦公国，更加深了他与教宗克勉七世之间的矛盾，这使得依玻里多二世的枢机之路更加艰难。
法国宫廷生涯.克勉七世于1534年9月去世，法尔内塞家族的教宗保禄三世继位，而阿方索一世也于隔月去世。依玻里多二世的哥哥埃尔科莱二世继承费拉拉公爵，埃尔科莱二世继位后也积极的与教宗交涉，希望能让自己的弟弟顺利当上枢机，为家族牟利；新任教宗依旧没有这么爽快的答应，因为他希望先解决摩德纳及雷焦的领土问题。