平民伤亡巨大。发生过多次回族军队对汉族平民的屠杀，如1863年十月，回军在宁夏府城（今银川）的屠城，「汉民十余万被屠殆尽」和1869年九月，马化龙的回军在灵州屠杀汉民十余万人。战争长达13年，甘肃省（包括今宁夏）损失约80%人口。之后，很多回民迁徙到哈萨克斯坦和吉尔吉斯斯坦，逐渐发展成为东干人。东干人现今散布在吉尔吉斯斯坦楚河州和哈萨克斯坦江布尔州，人口约10万。
中华民国.北洋政府时期，五族共和中的“回”，乃泛指信仰回教，即伊斯兰教的民族，不单指回族，也包括维吾尔族。国民政府时期