1月，获授陆军少将位。西安事变后的翌年1月，任第27路军总指挥。自此冯钦哉脱离了杨虎城所率的西北军。
抗日战争以后.同年9月，冯钦哉被任命为第二战区第14军团军团长，翌月代理第14集团军总司令。同年夏，任山西宣慰使。10月，任第一战区副司令长官，驻洛阳。1941年（民国30年），任察哈尔省政府主席。抗日战争胜利后的1946年（民国35年）10月，任第十一战区副司令长官。他还兼任张家口绥靖公署副主任，并当选制宪国民大会代表。1947年（民国36年）12月，冯钦哉就任国民政府主席北