006年8月10日施明德提出「百万人民倒扁运动」，发动台湾各地百万人民倒扁运动表达对扁政府不满，亦导致民主进步党在2008年中华民国总统选举丧失执政权。卸任同年，陈水扁本人则因家庭密帐案等问题接受调查，后因龙潭购地案与买官案以实质影响力说三审定谳入桃园县龟山的台北监狱服刑中。2009年9月11日，民主进步党籍中华民国总统府副秘书长马永成国务机要费案二审判无罪 。特侦侦办表示总统府公文佚失案中马永成中无具体犯罪事证，因此予以签结。2012年6月27日，据《壹週刊》报导，前行政院秘书长林益世遭检举于立法委