其它结构域一起（）执行转录因子的功能。B3结构域的一级结构为100-120个氨基酸残基，二级结构为七个β折叠和两个α螺旋，三级结构为假棒状（pseudobarrel，），从DNA结构的大沟处结合DNA分子。
B3 蛋白家族.在拟南芥（"Arabidopsis thaliana"）中，有三个主要的转录因子家族带有B3结构域：和是最早通过NMR解析过溶液状态的B3结构域的结构
相关蛋白.限制性内切酶EcoRII的N端结构域，BfiI的C端结构域有和B3结构