尿嘧啶。因为尿嘧啶会相对容易地被更正过来，所以CpG岛内胞嘧啶不易形成突变而会被保留下来。其他的硷基修饰还包括细菌的腺嘌呤甲基化，以及使动质体（一种生物）的尿嘧啶转变成「J-硷基」的糖基化等。
脱氧核醣核酸损害.有许多不同种类的突变原可对DNA造成损害，其中包括氧化剂、烷化剂，以及高频电磁辐射，如紫外线与X射线。不同的突变原对DNA造成不同类型的损害，举例而言，紫外线会造成胸腺嘧啶二聚体的形成，并与相邻的硷基产生交叉，进而使DNA发生损害。另一方面，氧化剂如自由基或过氧化氢，可造成多