创教教主萧抱珍五传至李居寿时，元世祖兴建太一宫，并让他居之，获得太一掌教宗师印。然而元朝以藏传佛教为国教，元世祖曾命烧去一些「捏合不实」的道经如《老子化胡经》等，然而仍然册封各派宗师以安抚之。元朝的基督教（即天主教）称为也里可温教，唐朝时基督教的分支景教（聂斯脱里派）因唐武宗的禁止而式微，到元朝时基督教再度传入中国。当蒙古人数度西征时，欧洲频繁发动数次十字军东征，征伐西亚的伊斯兰教徒，因此欧洲人有意和蒙古结盟，共抗伊斯兰教徒。贵由汗时，教宗曾派使者到和林见贵由汗；元世祖时圣座又派方济各会教主由海道抵大都