台湾与菲律宾对于巴士海崃的经济海域划分尚未协商，因此常发生菲律宾军队扣押甚至枪杀台湾渔民的事件，引发双方外交上的冲突。2013年5月9日，台湾屏东县琉球乡籍渔船在巴士海崃上遭菲国公务船用机枪扫射，造成船长之父中弹丧命，引起双边关系紧张。总统马英九召开国安高层会议，决议自15日起，终止菲律宾劳工入台申请、召回驻菲律宾代表、要求菲律宾驻台代表返菲等三项反制措施。民间也引发相当程度的反弹声浪。2016年5月，达沃市市长罗德里戈·杜特蒂于2016年菲律宾总统选举中胜出，中华民国驻菲律宾代表林松焕立即祝贺，他表示