也是由真菌合成的，例如由合成的，以及由土麴霉与平菇合成的。真菌也能生产抑制病毒、癌细胞生长的药物，例如产于云芝的抗癌药物已在欧洲与日本等地作为抗癌药物的使用，产于香菇的香菇多糖也在日本等国被用在癌症治疗中。
传统医学.许多真菌是中医等传统医学使用的药材，中医用来入药的真菌包括姬松茸、赤芝与冬虫夏草等。冬虫夏草是子囊菌门的真菌中华虫草寄生于幼虫后，死亡的幼虫与菌丝所组成。最早将冬虫夏草入药的地方是西藏与尼泊尔，十五世纪的藏医医生舒卡·年姆多吉（Zurkhar Nyamnyi Dorj