庵于清朝康熙二年（1663年）重修。到清朝光绪初年，慈悲庵仅剩三间大殿，光绪二十年（1894年）重修，形成如今的规模。清朝以来，因此处风光自然，一直是名士、文人聚会游览之所。林则徐、龚自珍、秋瑾等人生前都常来这里吟诗、游赏。戊戌变法中的康有为、梁启超、谭嗣同等人曾在此多次集会，戊戌变法失败后被处决的康广仁埋葬在附近。章太炎反对袁世凯称帝，也被囚禁在慈悲庵附近的龙泉寺。五四运动前后，少年中国学会在此活动，李大钊、毛泽东、周恩来等人都先后到过这里。1920年1月18日，毛泽东、邓中夏、罗章龙、萧三及“辅社”