人民大会党内部分裂，奥博特军队的前将领阿乔利人蒂托·奥凯洛成功发动军事政变，推翻奥博特。但穆塞韦尼和全国抵抗运动不满他们四年来的革命成果被全国解放阵线独占，而且他们认为后者在奥博特第二次执政期间侵犯人权，声誉受损。 不过全国抵抗运动最终同意由总统丹尼尔·阿拉普·莫伊领导的肯尼亚代表团主持，与全国解放阵线举行和谈。和谈于8月26日至12月17日举行，期间讨论过程十分激烈，会后达成的停战协定随即失效。后来双方在内罗毕达成终极协议，内容包括停火、坎帕拉的非军事化、全国抵抗军与政府军的融合以及吸收全国抵抗军人员