战爆发后，市轮渡因战争遭到严重破坏，业务萎缩至三条航线，到1945年，市轮渡原有的长渡轮只余两艘，并都出租，普通渡轮只剩3艘并且因引擎故障无法运营。1947年3月，官商合办上海市轮渡公司成立，逐渐恢复原有航线。截至1949年，市轮渡共有东东线、其秦线、塘董线、庆定线四条对江轮渡，长途轮渡沪淞线一条，南陆线车渡一条。渡轮19艘、钢质浮码头13座，木码头2座。1949年12月28日，上海市军管会征用上海市轮渡公司。1956年，上海全市渡轮行业进行公私合营改造，传统的民营舢板因安全问题全部取消，同时购置增添新