目与其他小型鸟臀目恐龙佔据者中到小型的植食性恐龙生态位。翼龙目支配着飞行生态位。侏罗纪后期，第一批鸟翼类出现，牠们演化自小型手盗龙类恐龙，但是并未成为天空的优势物种。第一批哺乳类于此时出现。但是数量稀少，对恐龙而言不构成威胁，只能在树洞或者地下以昆虫为食。滑体两栖类出现。
海洋.侏罗纪的海洋里，鱼类持续发展和海生爬行动物逐渐壮大、成为优势物种，此时的海生爬行动物包括：鱼龙目、蛇颈龙目、海生鳄鱼（地蜥鳄科与真蜥鳄科）。在无嵴椎动物方面，出现了数种新的演化支（例如短尾下目（