明初为三岔河卫，后为蒙古人所佔；清初抚定蒙人，设伯都纳站；康熙年间另建砖城于其南，称新城，设伯都讷副都统；雍正年间，即就新城置长宁县；光绪年间，改置新城府；民国3年（1915年）改府为县，复改回作扶余县。城濒松花江东北岸，当北满水路之要冲。有人说这里是高句丽人安置被勿吉人打败扶余王一家的地方，是高句丽千里长城北部起点。2013年1月24日，经国务院批准，撤销扶余县，设立县级扶余市。
2020年吉林松原扶余市重大交通事故.2020年10月4日晨5点40分左右，扶余市514省道39