1938年夏，因为无法忍受日本帝国主义的暴行，专心于学术，不顾燕大校务长司徒雷登的再三挽留，坚决辞去燕大社会学系系主任和法学院院长的职务，携妻子冰心南下，投入抗日。
抗日战争前后.1938年南下之后，在昆明云南大学任社会人类学讲座教授，1939年筹建云大社会学系，任系主任并兼任文学院院长。在此期间，他筹办云南大学与燕京大学合作的实地调查工作站，并参与成立云南人类学会。但实地调查工作站的工作受到国民党机构内部人员阻挠，困难重重。1940年底，不得不到重庆的国民政府国防最高委员会参