A的五种碱基中，有三种是嘧啶的衍生物：胞嘧啶（Cytosine）、胸腺嘧啶（Thymine）、尿嘧啶（Uracil）。其中胸腺嘧啶只能出现在脱氧核糖核酸中，尿嘧啶只能出现在核糖核酸中，而胞嘧啶两者均可。在碱基互补配对时，胸腺嘧啶或尿嘧啶与腺嘌呤以2个氢键结合，胞嘧啶与鸟嘌呤以3个氢键结合。