得浑身发抖，郭正域怒斥太监，太监们才给他生火。升任礼部侍郎，常管翰林院。万历三十一年（1603年）三月，礼部尚书冯琦病故，由郭正域代理尚书。同年楚太子案，主张判别实情，得罪沈一贯，郭正域只好辞官。而后的“第二次妖书案”狱起，差点被沈一贯害死，在太子与东厂提督陈万化的运作下，郭才得以倖免。郭正域博通载籍，勇于任事，有经济大略，自守介然，故人望归之。惜扼于权相，遂不复起，于万历四十年（1612年）病卒，后四年，赠礼部尚书。光宗遗诏，加恩旧学，赠太子少保，谥文毅，官其子中书舍人，谥文毅。