1983年（民国七十二年）12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，澎湖天后宫名列其中，并留下修建纪录。1997年（民国八十六年）5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。澎湖天后宫改为国定古蹟。2011年（民国一百年）再启修建，2014年（民国一百零三年）竣工。2019年（民国一百零八年）10月27日，中国国民党籍总统候选人韩国瑜参拜澎湖天后宫，时任主委蔡光明意欲比照总统规格、打开庙宇中门迎接，被韩国瑜办公室以身分不符而婉拒。蔡光明为表