ection::::政治生涯.1999年陈水扁代表民进党参选2000年中华民国总统选举，蔡明宪筹组阿扁之友会，蔡明宪的表弟张光瑶（曾任宏碁业务经理、台中市工业区厂商协进会理事长）担任该会执行长。2001年，民进党在新潮流系运作之下提名蔡明宪竞选台中市市长，市长张温鹰退党竞选连任，均落选。2002年4月至2004年5月，蔡明宪担任驻美国代表处副代表。2004年5月至2006年1月，担任国防部副部长。2006年2月至9月，担任国家安全会议副秘书长。2006年7月，民进党全国党员代表大会决议「解散派系