边将军兆惠统兵3000进攻叶尔羌，久攻不下，屯兵黑水河边，称为黑水营。1759年1月，清朝援军到达，大破大小和卓军。大小和卓分别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡牛羊万余”。大小和卓又逃往巴达克山。巴达克山国王苏勒坦沙将二人杀害。波罗尼都之子萨木萨克逃居浩罕汗国，后来萨木萨克及其子张格尔又数度进入新疆策划起事。