外中国国民党籍立法委员孙大千便在陈水扁访问帛琉时，表示在野党猜测此举若非借由搭乘总统专机表示中华民国总统出访期间仍掌握权力外，便是希望透过总统专机的通讯系统密切掌握国内百万人民倒扁运动的情资。不过由于传出时任中共中央总书记江泽民从美国购买的专机遭到安置窃听器以取得情报，中华民国国家安全系统认为美国情报单位亦试图背后掌握自身动态，以防范台湾海崃冲突，并注意到总统行政专机亦购自美国的大型客机，因而曾计画对飞机机身内部进行全面通讯侦检，以彻底解除有关安装窃听器材的怀疑。
机组人员.中