彩蛋以满足喜爱探索的玩家，例如玩家非常热衷，同时也是前作中就出现的G-Man彩蛋。虽然G-Man在游戏中正式出场的机会很少，但是如果玩家注意观察的话，就会在多处场景以及屏幕上看到G-Man的身影。如果玩家输入了穿墙秘技，则可在更多的地方发现藏在墙后的G-Man。这些彩蛋除了给玩家提供小小的娱乐之外，也象征主角的一举一动都处在其监视之下。另外一些彩蛋则如可以传送小型物体的微型传送器、爱丽克斯绘制的克莱纳卡通画像等等，大部分的彩蛋都出现在克莱纳博士的实验室、黑山研究所东区、反抗军基地这些较为平静的地方。