到战火毁坏，史称“书院毁半”，随后院长丁善庆率诸生捐资又逐次修复。1868年（同治七年）巡抚刘昆主持进行了一次大规模修建。清末，岳麓顺应历史潮流，设译学、算学等科，增置时务和西学图书，进行了教学改革。
改制（清末至今）.清末实施新政，废书院而兴学堂，“zh-hans:岳; zh-hant:岳;麓书院”于清朝光绪二十九年（1903年）被湖南巡抚赵尔巽奏废为湖南高等学堂（1897年长沙时务学堂创立，1899年改为求实书院，1902年改为湖南省城大学堂，1903年与岳麓书院合并组