952年8月7日，台湾的圣统制度正式建立，圣座再将西部平原地带的云林县、嘉义县（市）、台南市、台南县、澎湖县等6个县市独立出来，设置嘉义宗座监牧区，由阳谷教区主教牛会卿担任宗座监牧。1961年3月21日，圣座再将台南市、台南县、澎湖县划出，成立台南教区，罗光神父担任教区首任主教。1970年，圣座又将澎湖县划出台南教区，独立设置澎湖宗座署理区，为圣座直属的教会管区，1991年澎湖县回归台南教区管辖。
堂区.台南教区共管辖47个堂区、13个兼管区（非独立堂区），整个教区另划分为五个总铎