保护国，但其管治仍然完全在北婆罗洲特许公司的手中，英国只保留控制北婆罗洲的对外关系。从1890年到1905年，英国政府将其殖民地纳闽置于北婆罗洲的管治下。北婆罗洲公司的管治对地区的发展有很大的影响。虽然普遍和平，但当地居民仍偶尔不满征收的税费和因欧洲种植园引起的土地损失。最严重的反抗是1894年至1900年的末沙烈战争，以及于1915年姆律族的Rundum起义。