革命期间他备受攻击，被迫停止研究，直至文革后期才继续开展。1976年《中国鲤科鱼类志》下卷出版，两卷共70余万字，系统描述了中国鲤科鱼类113属412种。1977年，伍献文就任水生生物研究所所长，不久又兼任中国科学院武汉分院院长。1979年，他又与朱元鼎等共同发起组织中国鱼类学会，被选为名誉理事长。1982年，因起在鱼类分类学的杰出贡献，他的研究成果被评为国家自然科学二等奖。1983年，他当选为英国林奈学会外籍会员。1985年4月3日，伍献文病逝于武汉，享年85岁。