男依所率领的大海人皇子部队于7月7日（8月8日）在息长的横河拉开战端，之后便连战皆捷。7月22日（8月23日）在瀬田桥之役（滋贺县大津市唐桥町）中大败近江朝廷军，7月23日（8月24日）大友皇子自杀。隔年，（天武天皇2年（673年）2月，大海人皇子建飞鸟净御原宫并登基，是为天武天皇。近江朝廷亡、国都移至飞鸟（奈良县高市郡明日香村）。此外，为了论功行赏与回复秩序天武天皇实施了诸如服制改定、八色姓、冠位制度改定等措施。也推展了古日本中央集权的步调。