于旧石器时代后期，约自前145世纪至前10世纪左右，分佈于整个日本列岛。这个时代被称为绳文时代。绳文人按照地域可以分为4到9个集团。后来弥生人自朝鲜半岛迁入并征服了绳文人，与绳文人不断融合混血形成了今日的日本大和民族。而弥生人也把绳文人驱往虾夷地（北海道）和西南诸岛、琉球等地，该地居民仍旧保持着与绳文文化类似的文化与人种，分别为擦文时代和贝冢时代日本国立科学博物馆与国立遗传学研究所、东京大学等组成的研究团队成功完成了绳文人的全基因组解读。由此可以推断绳文人是在3.8万～1.8万年前从大陆集团中分离出来