高奣映朝见永历帝。高护送永历帝逃往永昌，但在腾冲失散，只得与高奣映一起返回姚安。1659年，永历帝被杀，高不愿臣服于清朝，传位给高奣映并在鸡足山大觉寺出家为僧，高奣映随即内附清朝。由于年幼，政事暂由母亲木氏福管理。翌年中秀才。1674年，吴三桂起兵反清，任命高奣映为四川按察使，令其至川东催收兵粮。高奣映不愿臣服，趁1677年清军与吴军在长江对峙之机告老还乡。在吴军节节溃败之际，高奣映阻击胡国柱部与马宝部的会合，并劝云南各地将领归降清廷，被清廷仍旧任命为姚安府世袭同知，并加云南布政司参政道衔。同年高奣