割据（台湾郑氏）或明朝降将的反叛（三藩之乱、李成栋坚守广州）以及清末反满革命力量的发展（兴中会/同盟会）。而白莲教和太平天国等起事原因，有认为是农民反抗清廷腐败剥削的，也有认为是邪教的。另外云南、陕西、甘肃、新疆等地的穆斯林也多次发生民变或起事，如陕甘回变。这些基本上以西北部，西南部少数民族为主，虽然波及不如上面那么大，但是许多都持续了十几年。与清初江南抵抗不同，此时清廷保护汉族民众免于受害获普遍支持。其中规模最大的太平天国，历时十余年，波及大半个中国。连年战乱造成平民死伤惨重，国民经济遭到严重破坏