免疫佐剂也可能引起一些副作用：佐剂常混有微量的其他物质，这些物质进入有机体后也可引起抗体的产生，影响抗体的特异性。注射完全佐剂可引起局部炎症反应，使局部组织坏死。
抗原与抗体之结合模式.除了与抗体结合之外，抗原还可以被B细胞受体（BCR, B Cell Receptor）和T细胞受体（TCR, T Cell Receptor）识别。B细胞受体和抗体结合抗原的模式基本相同，都是基于蛋白质大分子折叠形成的三级结构进行识别。因此当蛋白质抗原变性，原有的三级结构被破坏后，抗体和B细胞