尔-约瑟夫·普鲁东的着作派给这位年轻的沙皇官僚——使得克鲁泡特金首度接触无政府主义的理念。库克尔后来从行政职调任至科研部门。1864年，克鲁泡特金被任命到满洲北部进行地理考察，从外贝加尔山脉一路考察到黑龙江。不久后又参加了另一个考察活动，是次则沿着松花江一路考察，直到到达满洲心脏地带为止。该些考察为地理学作出了不少贡献。由于在西伯利亚基本不可能实行任何真正的行政改革，故克鲁泡特金只能全心全意投入到科学探究当中，并取得不少成功经验。克鲁泡特金亦继续吸收其他政治经典，像是约翰·斯图尔特·密尔和亚历山大·