清同治六年（1867年），此尊「蓬莱老祖」神像在一次于今石门区出巡时，显灵落鼻示警，人称落鼻祖师，村民惊相走报，人人离家围观。突然发生地震，全村屋毁，由于村民尽出，村中无人，竟无人伤亡，而祖师更受民众崇敬。在清德宗光绪十年（1884年）10月，清法战争西仔反时，法国军队进攻淡水。淡水人迎出清水祖师助战，竟然大胜法军。据说祖师显灵，本地屋顶有和尚护卫，使法军惧而撤退，乡民普信是祖师显神威。到了二次大战，受到盟军轰炸，有二枚掉到祖师庙的未爆弹，信众归因于祖师护祐，清除火药后，改成烛台，置于正殿两侧纪念。