教会的“改造”和“渗透”，让教徒继续接受梵蒂冈的领导，拒绝在教会内部开展“反帝爱国运动”，他组织并亲自督导了“不投降、不退让、不出卖”的中华圣母军支团，阻止圣母军成员向政府登记和退团，拒不参加官方教会“中国天主教爱国会”。1955年9月8日晚，龚品梅、金鲁贤等183人在上海被逮捕入狱。1960年3月，龚以“龚品梅反革命集团”首犯的罪名，被判处无期徒刑，剥夺政治权利终身。龚被关押30年后被释放。当时，由中国信徒自己创立的基督徒团体地方教会认为自己早就实行了“三自”原则，在1949年以后的最初两三年内基本未