「奸民不可纵，外衅不可启。」认为要严逞肇事的义和拳民，并与八国联军议和。但是载漪等人主战甚力，朝廷大臣都接受了主张。徐用仪奉慈禧太后的命令到使馆讨论缓兵的事宜，被主战派认为是奸邪。7月28日，许景澄与袁昶先被杀害。8月11日，徐用仪被逮捕，并送到庄王载勋府邸。徐用仪并没有辩驳，只说：「天降奇祸，死固分耳！」，与立山、联元一同于菜市口被处死。过了三天，联军进入北京，而慈禧太后与光绪帝往西离京。同年12月，光绪帝下诏为徐用仪等人平反，恢复旧有的官称。宣统元年（1909年），追谥「忠愍」。浙江人为他设立祠