元代中外医药交流更加广泛，在药物相互贸易中，政府还派遣人员去各国採购。阿拉伯人、法兰西人开始来华行医。回回孳物院的建立，更促进了中国医药和阿拉伯医药的交流。
明清时期.明代医药学家李时珍（1518－1593年）历时27年编成《本草纲目》（全书52卷，约200万言，收药1892种，附图1100多幅，附方11000余首），流传于世。除《本》书外，李时珍还编着有多项中医学书籍，如《濒湖脉学》等。这一时期，人工栽培的药物已达200余种，种植技术也有很高的水平，如川芎、茎节的无性繁殖；牡丹、