。但是马英九连任不久，即因无法提振经济、无法解决土地征收等社会正义议题、两岸政策与民众沟通不良等不当施政而饱受各界批评。2013年起，马英九在处理洪仲丘事件不当，导致公民1985行动联盟发起白衫军运动；同年9月，马英九因立法院长王金平涉嫌关说，发起九月政争，引发政局动盪。一年后，两岸政策与两岸经贸问题处理失当，对马英九政府和中国国民党的声望造成严重打击，更引发出要求马英九撤回两岸服务贸易协议的太阳花学运，导致中国国民党在当年地方选举中，失去地方多数执政权，两年后失去中央政权与立法院多数席次。2015