对而划分出来的。不过，序列相似性如今依然是推断同源性特征最常用的指标，因为已知的蛋白质序列数量要远远超过已知的蛋白质三级结构数量。受限于蛋白质结构数据的不足，蛋白质超家族的划分仍然十分依赖序列相似性的分析。
结构相似性.蛋白质结构在进化上比蛋白质序列更为保守，具有相似结构的蛋白可以具有完全不同的的氨基酸序列。在足够长的进化时间尺度上，氨基酸序列（一级结构）上的相似性几乎难以发现，但是二级结构的元件和三级结构的基序仍然是高度保守的。一些蛋白动力学特征和构象改变的方式也有可能被保存