嘉五年（310年），分云南郡叶榆县设东河阳郡。建始年间，分云南郡蜻蛉，弄栋二县属兴宁郡，云南郡领云南、东姑复、西姑复、云平、邪龙5县。咸和八年（333年），成汉李雄占据宁州，设立建宁国。建元元年（343年），成汉设汉州，云南郡先后属建宁国、汉州。东晋爨氏自袭宁州刺史，晋末南北朝云南郡属爨西之地。隋朝开皇初年，爨氏降隋，开皇三年（583年），废云南郡，设南宁州总管府。天宝元年（742年）改姚州为云南郡，下辖姚城县（今云南省姚安县仁和镇清河村）、长明县（今云南省姚安县大龙口镇）、泸南县（今云南省大姚县七街乡