据山本博文所着「」记载，毛利家向幕府报告保留长门国的萩城，岩国城受到废除，而幕府的反应是「毛利家有周防国与长门国两国，因此周防国的岩国城应该没有废除的必要。（）」。毛利家内部基于支藩统制上必要，因而先行废除。
其他例外.仙台藩白石城与熊本藩八代城等，虽为大名的家臣，但因对幕府有功绩，其子孙的居城例外不属于废城的对象。秋田藩的大馆城与横手城（于戊辰战争中烧毁）属于对象外，包含久保田城在内，被允许拥有3城。这是属于大大名的佐竹氏转封至秋田的抵押，亦有一说为政情不安定地区被允许拥有城