喂哺的婴儿的肠道微生物群成分与其母亲的母乳成分相近似.。研究亦指出母乳微生物群及婴儿肠道微生物群具有相似性，因此认为饮食摄取（包括母乳益生菌）可以帮助建立婴儿肠道微生物群，也对其免疫发展有益。母乳样本中常见的菌种有、乳桿菌属、葡萄球菌属、链球菌属、拟桿菌属、梭菌属、、肠球菌及埃希氏菌属。有关母乳的元基因组学分析发现其中主要以葡萄球菌属、拟桿菌属及为主。母乳微生物群会随族群及女性的个体差异而不同，不过在一个以美国女性为基础的研究中，观察到在其研究样本中有相同的九种菌种，因此认为在母乳微生物群中有主要菌种，