北里与埃米尔·阿道夫·冯·贝林曾被提名首届（1901年）诺贝尔生理学或医学奖（最终15人名单内），但只有贝林获奖。虽未获奖，但北里、贝林2人共同开发血清疗法的史实已被确认。日本学界设有贝林、北里奖（），纪念他的贡献。2015年，为纪念北里教授而设立的、北里大学分别迎接100週年、50週年之后的第一年，该校教授大村智获得日本人第23个诺贝尔奖、第3个诺贝尔生理学或医学奖。理事长、校长在祝贺声明中，视之为「北里的继承人」：前理化学研究所所长、诺贝尔化学奖得主野依良治评论：「（大村智的获奖）达成了北里柴三郎教授