了早前在同一跑道起飞的一架庞巴迪CRJ的尾波乱流（wake turbulence）导致失事。相似的事故在2001年亦有发生，当时美国航空587号班机起飞时进入了一架早前起飞的一架波音747客机留下的尾流，结果因过度使用方向舵导致整个垂直尾翼脱落，飞机随后失速坠毁，机上265人无一倖免。可是，后来又发现5481号班机的飞航轨迹并没有飞进CRJ客机的尾流内。 美国国家运输安全委员会（NTSB）指出，空难是由两个因素造成的。飞机起飞后至失速前，即使机员将驾驶盘推前，它的攻角依然异常的高。在这架飞机最近的维