政府逮捕，从此失踪一去未回。陈仪于4月18日发布「二二八事件首谋叛乱在逃主犯名册」者共30名，黄朝生再名列其中，但他与多位议员在被通缉前早已被杀害，尸首亦下落不明。闽台监察使杨亮功在「二二八事变奉命查办之经过」中报告称询问陈仪部属台湾警备总部参谋长柯远芬时，证实黄朝生等已遭私自处决，证实一些只想调停冲突，从未参加任何暴力行动的台籍菁英也在这时期遭滥杀。