3年后，他又历任中共吉林省委常委、副书记，吉林省人民政府副省长、省长等职。1992年，王忠禹被调入中央工作。先后担任过国务院生产办公室副主任，国务院经济贸易办公室副主任，国家经济贸易委员会主任职务。1998年3月，在朱镕基“内阁”中，王忠禹被任命为国务委员兼国务院秘书长、国家行政学院院长等职。2003年3月，王忠禹届满离职。随即，他又当选为第十届全国政协副主席（排名第一位）。2008年，退休后的王忠禹，又当选中国企业联合会会长。