对中华民国国民的72小时过境免签证。1999年9月，日本政府并进一步放宽对台湾游客赴日多次签证之规定。九二一大地震后，日本政府和民众积极援助台湾救灾。
陈水扁时期（2000年5月20日－2008年5月20日）.2002年起，日本外务省修改内规，把可与台湾官员接触的日本官员级别由以下提升至以下。2002年5月14日，日本内阁官房长官福田康夫在记者会中表示，日本支持台湾列席世界卫生大会担任观察员。这是日本政府首次公开支持中华民国参与世界卫生大会。15日，日本驻日内瓦代表团公使表示，