堂为本作进行了很多宣传，不辜负作为一款被广泛认为是有史以来最伟大的游戏之一的N64游戏的重制版。在游戏评论网站GameRankings上的基于55份对于本作的评论中，《时之笛 3D》获得了93.84%（满分100）的高评价；而在另一个娱乐打分网站Metacritic上有85份对本作的评价，最终它同样获得94（满分100）的高评价。评论者们对本作中附带的《时之笛 里》中重新编排的镜像迷宫、大幅度提升的游戏图像、视觉效果、音质更好的背景音乐、新的操控方式和新加入的“BOSS挑战”模式以及裸眼立体3D效果都称赞有