间，普鲁士城市陆续获得齐格蒙特・奥古斯特的保证，享有信奉奥古斯堡派的自由；利沃尼亚也在1561年的维尔纽斯协定中获得同样的特权，享有国王赋予贵族及中产阶级信奉路德宗的自由，同时确保对天主教的宽容。1563年及1568年齐格蒙特・奥古斯特国王陆续废除了立陶宛大公国内东正教信徒不得担任最高公职的限制令。除了东正教信徒及亚美尼亚人外，居住于城市及众多立陶宛农村的鞑靼人、犹太人及来自土耳其的卡拉伊姆人在波兰也都享有宗教宽容。