密码被美军破译，这直接引致了山本一生之中最大的败绩——损失四艘航舰和228架飞机的中途岛海战。美国海军历史专家莫里森直接称攻击中途岛是“愚蠢之举”。1945年8月15日玉音放送后，海军兵学校监事长中将当着全体学生的面说“中途岛之役战败时，山本元帅应该切腹的。”认为山本的温情主义（指不处罚南云忠一）和情报战败北是很大的错误。
流行作品中的登场.多部电影中出现了山本五十六的形象。其中最出名的是1970年电影《虎！虎！虎！》中对珍珠港事件交战双方人物的塑造。影片中由日本演员山村聪饰演