仍签订条约，清朝须负赔偿费，日本撤兵。日本政府利用此事件，以及小田县民于卑南族领地之事件，使清朝承认牡丹社事件，日本出兵台湾为「保民义举」，令日本领有琉球的承认，并将势力扩及台湾。翌年1872年，日本政府设领事进驻福州探窥台湾情形，并暗地里派遣陆军少校桦山资纪（后为首任台湾总督。）与在中国留学的水野遵到台，做实地调查。与此同时，以破例年薪一万二千银元将美国前驻厦门领事、精通台湾事务的李仙得 (C.W. LeGendre) 聘为外务省顾问，进行向台湾出兵的准备。对李仙得甚至答应将来任命他为台湾总督。李仙得