建于明万历二十年（1592年），乃奉明神宗生母孝定李太后的旨意创建，以供养水斋禅师用。明神宗赐寺名“长椿”，寓意其生母健康长寿。因受皇家庇护，长椿寺曾十分繁盛，一度被称为“京师首刹”。清朝康熙十八年（1679年），该寺建筑在京畿大地震中受损，后由首辅冯溥捐款，于清康熙二十年（1681年）重修。后来，干隆二十年（1755年）再次重修，此后屡有修缮。长椿寺旁边，有清朝初年文人龚鼎孳所修的妙光阁。妙光阁在清朝干隆年间倒塌，嘉庆年间重建，改名“浙寺”，今浙寺早已拆除。该寺原有三件镇寺之宝。第一件为渗金多宝佛