安危的情况下，便催促为信赶快返回领地。之后秀吉命令蒲生氏乡修筑九户城，信直也将本据地从三户城移到九户城，并将九户城改名为福冈城。而所失去的津轻3郡（平贺郡、鼻和郡、田舍郡）则改封和贺郡及稗贯郡作为补偿，成为共领有9个郡的10万石大名。11月时与长子南部利直上洛向秀吉道谢。1592年，参加文禄・庆长之役，率领约1000名兵力至肥前国的名护屋城参阵。渡海至朝鲜后隔年得到归国许可。
晚年.从肥前国回国后，便开始巩固领地内的治安与建设，以及欲在盛冈建筑新居城。由于领地在九户政实之乱