移植版的声效、图形和关卡有时有别于原版——超级任天堂版明显地用汗取代血、老鼠取代狗、删掉了所有纳粹指涉，但核心玩法和美术都得到保留、许多移植版只包含Apogee章节，但iOS移植版包含《命运之矛》。2007年，FormGen全部章节的PC、OS X和Linux版在Steam发布。2009年买下id Software的母公司贝塞斯达软件为庆祝《德军总部3D》，于2012年发布了《德军总部》的免费网页游戏版。
评价.Id对《德军总部》的商业成绩没有明确的期待，但希望首个月收入在6万美元