鱼便、饲料等作为氮的来源，有时甚至会在水族箱中加入少量的氨以培育细菌。过程中，氨、亚硝酸盐及硝酸盐的含量需不时作监测。待硝化系统有一定基础之后全缸换水2/3以上，才将生物放入。另一个方法是密集地种植生长速度较快的植物，如浮萍，依靠这些植物去消耗水中的氮化物。据一些专门种植水草的水族人士的报称，植物消耗氮化物的能力远比传统的除氮方法更有效率，水中的氮化物含量减少至不能侦测到的水平。一个水族箱如果没有适当地「养水」，水中的有毒废物就会快速地积累至一个高浓度，杀死水族箱内的生物。