至太建初年迁转为武毅将军、始兴平南府长史，领任长沙内史，不久隶属章昭达西征江陵，偷袭周军船舰，因功封富川县侯，食邑五百户。其后他历位散骑常侍，迁使持节、都督荆信二州诸军事、宣远将军、荆州刺史，入朝官位左卫将军。陈后主即位，增加他的食邑到一千户，其余如故。至德四年（586年），樊勐获授使持节、都督南豫州诸军事、忠武将军、南豫州刺史；隋朝将领韩擒虎渡江时他在建康，第六子樊巡代行南豫州事务，韩擒虎进军攻陷当地，擒拿樊巡和其家属，当时樊勐和左卫将军蒋元逊领青龙八十艘为水军于白下巡逻，防御隋朝的六合兵，后主知道樊勐的