前身为的「」，对首相和拥有最高指挥权的德国皇帝负责。「帝国海军部」存在期间历经数度改组，立为「帝国海军总司令部」，1889年4月1日又被分割为三个机关——「海军总司令部」、「国家海军部」和「海军办公厅」。1899年3月14日，「海军总司令部」由「海军参谋本部」取代。