亲房定病死，于是成为越后守护。受到守护代长尾能景的补佐，但是以把越后上杉家变成战国大名为目标，在明应7年（1498年）下令停止守护不入的特权等，企图制约在地领主的特权，于是与能景等人对立。仍以守护代身份尽忠的能景在永正3年（1506年）于越中国中与一向一揆战斗时战死，能景的儿子长尾为景拥立房能的养子定实，公然向房能翻起反旗（有一说法是因为房能对在越中被包围的能景见杀不救，因此遭为景怨恨）。翌年（1507年），据点被定实和为景的军势急袭，于是为了投靠显定而逃向关东地方，但是在途中留在直峰城，受到为景军追撃