七代当主畠山义总的时代达到鼎盛。义总死后大名则沦为傀儡。1560年（永禄3年），第九代当主畠山义纲虽夺回实权，却在1566年（永禄9年）的政变中被逐出能登国。1577年（天正5年），上杉谦信攻入能登国，畠山氏灭亡。
江户时代.前田利家的长子前田利长在关原之战中支持德川家康的东军，战后被赐予越中国。利长在江户幕府的幕藩体制下是统有加贺国、能登国、越中国三国的加贺藩藩主。加贺藩前田家虽是外样大名，却是大名中石高之首，领有约120万石。1639年（宽永16年），前田利常将家督让给长子前田