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民进党秘书长.2014年蔡英文回任民进党主席之后，同年5月28日，吴钊燮获邀担任民主进步党秘书长，仍兼任民主进步党的驻美代表。2015年6月3日，TVBS新闻独家报导，蔡英文秘密拜访美国贸易代表署，蔡英文与立法委员萧美琴看到记者时脸色难看，吴钊燮一度伸手阻挡记者拍摄。
国家安全会议秘书长.2016年5月20日，蔡英文主政下的民进党政府正式上任后，吴钊燮被任命为国家安全会议秘书长。
总统府秘书长.2017年5月18日，总