903年），回京任职，为吏部左侍郎，充参办机密院事务。成泰十六年（1904年），申仲升任广南布政使，但与广南总督胡第不和，被胡第密旨参奏。成泰十七年（1905年），申仲被派往北圻任职。任候补场督教。不久改任上审院判官。维新元年（1907年），改任北宁按察使，加布政衔。后累任北宁巡抚、兴安按察使和海阳按察使，维新九年（1915年），任上审院总督。启定六年（1921年）五月，申仲回京任职，升授协佐大学士。八月，领学部尚书，充机密院大臣。启定七年（1922年）正月，改领兵部尚书，兼领学部尚书，并兼都