建立喀喇汗王朝（也有说为回鹘，一说为样磨、葛逻禄），这对维吾尔族伊斯兰化的发展产生了深远的影响。此时维吾尔族的生产由游牧为主逐渐转变到以定居为主。天山一带和南部原来的印欧语系民族逐步被回鹘同化。从1124年至13世纪初，今新疆境内的维吾尔族祖先先后被西辽与乃蛮等政权统治。1209年，高昌回鹘“亦都护”主动要求臣服于成吉思汗的蒙古帝国。同年置达鲁花赤监之。1324年併入察合台汗国，初建都阿力麻里，即今天的新疆霍城县水定镇西北。元代文献中，将回鹘翻译为畏兀儿。1371年，西察合台汗国亡国，西域分裂成许多