时广州的岭南大学委派了司徒卫先生到香港开办分校，最先开办了小学(即今天的岭南小学)。及后香港沦陷，学校被迫停课。第二次世界大战抗战期间，广州沦陷。岭南大学于1938年11月至1941年间，暂借香港大学上课。香港重光后，于1946年开初中部（即今天的岭南中学）。
植根香港.中国共产党在1949年取得中国大陆执政后实施高校院系调整，大量有宗教背景的高等院校被併入其他院校甚至停办。在广州的岭南大学于1952年被併入中山大学，但岭南机构在香港的办学历史并没有因此停止，更于1954年设立