西藏设州县，建城池，任命流官统治，后经三世章嘉的劝阻乃止。珠尔默特那木札勒叛乱平定以后，驻藏大臣制度始通过《西藏善后章程》得以确固。干隆四十五年后，驻藏办事大臣与驻藏帮办大臣始有严格区分。驻藏大臣多由满洲、蒙古旗人充任，历任173人中汉人只有8人。如道光年间，汉军旗人徐锟、孟保、钟方等人任驻藏大臣。清末广东人张荫棠、温宗尧任帮办大臣，汉军旗人赵尔丰任驻藏办事大臣。驻藏大臣任期为三年。雍正十年（1732年）谕令曰：“嗣后驻藏大臣、章京、笔帖式皆酌量于绿营换班之期，三年一换。更替之大臣自成都带领换班官兵