7月，高宗李熙退位，皇太子李坧即皇帝位，是为纯宗，皇太子妃尹氏随之成为皇后。她便成为继明成皇后闵氏的新一任中殿，同时也是大韩帝国唯一一位生前做过的皇后的人。由于纯宗没有生育能力，尹氏自然无法为其诞下子女，因此在1907年（隆熙元年）9月立严贵妃之子英亲王李垠为皇太子。同年11月，尹氏随纯宗皇帝由庆运宫搬往昌德宫居住。尹氏做皇后期间，曾入女学，并设置女侍讲，她还曾亲自下旨振兴女子教育。后来尹皇后还在宫中学习日语。据载，尹氏入宫后必须循规蹈矩，她进入昌德宫以后20多年间从未迈出宫门一步，一年之中只有一两次在昌德