此后，余杰成为完全靠稿费维持生活的独立作家。2000年以来，其作品越来越难于在中国大陆发表，遂更多发表于香港《开放杂志》、《苹果日报》、台湾《印刻》杂志以及美国中文网站《观察》、《民主中国》、《人与人权》、《议报》、《博讯》等。2003年，受洗成为基督徒，余杰开始深切介入一系列人权案件。先后参与多封重要公开信的起草或签名，为遭审判的西藏活佛阿安扎西、被判处重刑的“新青年读书会”成员、被起诉的家庭教会牧师蔡卓华、被剥夺人身自由的盲人维权人士陈光诚等人唿吁。余杰一直密切关注以“天安门母亲”为代表的“六四”受