54,649种动物和维管束植物，是全球生物多样性第二丰富的国家，仅次于领土比哥伦比亚大七倍的巴西。哥伦比亚境内至少有442种哺乳类动物（世界排行第六名）、1,821种鸟（世界排行第一名，包括国鸟安地斯神鹰）、518种爬行动物（世界排行第七名）、714种两栖动物（世界排行第二名）、2000种海洋鱼类、世界第二多样化的淡水鱼种类、250万种鞘翅目昆虫（世界第二），还存在359种濒临灭绝的动物（2014年数据）、30万种无嵴椎动物。哥伦比亚的维管束植物有51,220种，排名世界第二，兰科植物的种类更是世界第一。