本治朝方针转趋软化，内田响应同化政策成立同光会，主张朝鲜内政独立。
中国革命与战间期.1897年，经宫崎滔天介绍，认识孙文，协助其革命事业，参与惠州之役。1905年7月，在内田良平的牵线下，抵达东京的孙文于内田的住处筹备成立中国同盟会。同时期，内田良平也支持菲律宾独立运动的埃米利奥·阿奎纳多，及印度独立运动的。1911年，中华民国成立之后，因民初混乱而对华失望后的内田转向「支那分割」论，与川岛浪速等人唱导「满蒙独立论」，影响日本政府作为。1918年，支持日本政府的西伯利亚出兵。