此后，尹昌衡任直系的江苏督军李纯的顾问。1920年（民国9年），他与孙文（孙中山）联合，在四川省和云南省活动。1921年（民国10年）他回到成都。此后他事实上从军政界引退。1937年（民国26年）10月，他当选成都的在野军人会执行委员。1949年中华人民共和国成立后，尹昌衡留在四川。1953年5月26日，尹昌衡在重庆逝世，葬于重庆南岸黄桷渡上山谷。享年70岁（满68歳）。
家庭.配偶颜机，是颜楷的妹妹，颜缉祜的女儿，由骆成骧出面向尹昌衡提亲。