航空公司如南非连接航空、康姆航空、库鲁拉航空、芒果航空、纳米比亚航空、萨法航空以及南非快运航空则提供往返南非国内或飞往邻国的航班。至于南非较小的机场则包括布隆方丹的布拉姆菲舍国际机场、德班的沙卡国王国际机场、克留格尔普马兰加国际机场、东伦敦机场、波罗克瓦尼国际机场及伊莉莎白港机场。虽然南非缺乏内河航运，但海运却十分发达，96%以上的进出口都是通过海运来实现的。南非主要港口有开普敦、德班、伊莉莎白港、东伦敦、莫塞尔湾、理查兹湾以及，可与世界各大港口通航。2009年，位于伊莉莎白港东北20公里处的新港口开放