护性填土物后，所处水深由港岛岸边之海图基准面下方约1米下潜至浮标附近约7米，与附近港澳码头内之中央水道附近约13米之水深有较大差异。而隧道于穿过「港澳１」浮标后进入维多利亚港「中航道」下方约13米水深之海床，并于「中航」灯浮标以东处转向东北方，在西九文化区内之「九龙通风大楼」登岸，并下穿M+博物馆后前往九龙站。