信浓町站是一地面车站，月台上方建有车站大楼「JR信浓町大厦」。但由于神宫外苑地区较高，本站月台反而位于较低的位置，令车站大楼的地面层成为本站唯一出入口。车站南侧则是首都高新宿线的平行路段。车站大楼于1992年10月落成启用。在此以前，本站与邻近的千駄谷站一样，于下行线南侧设有一临时月台。临时月台只供东京六大学棒球联盟比赛举行时使用，80年代停止使用后并没有再启用。车站大楼落成后，近四谷一边的一段临时月台曾被保留，其后才被拆除。
月台配置.月台採岛式月台1面2线设计。月台的原有