90年7月在美国病故，临终前同意儿子李鹏雄和亲族成立基金会的计画。
身后.1997年李科永后辈成立李科永文教基金会，李科永文教基金会陆续在和李科永有渊源的县市捐赠图书馆，落成后交由当地政府管理。第一座李科永纪念图书馆在竹南镇竹南运动公园落成，之后李科永文教基金会在台北市士林区、宜兰县罗东镇、高雄市中央公园、台中市南屯区陆续捐钱兴建图书馆。