但其时权臣桓温的势力亦一直增强。52岁时于太和六年十一月己酉（372年1月6日）被桓温拥立为帝，改年号为咸安。次年七月己未（372年9月12日）病逝。在位期间仅有250日，期间桓温擅权。
生平.
封会稽王.永昌元年（322年），晋元帝下诏封司马昱为琅邪王，作为自己入继大宗后父亲爵位的继嗣。咸和二年（327年）因其母丧，请求服重而改封会稽王，官拜散骑常侍。咸和九年（334年）转任右将军，加侍中。咸康六年（340年）进抚军将军，领祕书监。建元元年（343年）加领太