户幕府后，原属江户幕府直属的领地成为无领主的状态，裁判所主要是继承江户幕府所设立的奉行所及支配所的功能，各裁判所下设置总督及副总督负责管理；在设立之初，由于戊辰战争的缘故，其中的新潟、佐渡、箱馆这三个裁判所实际上并未由新政府所掌控。第一个设立的是1868年1月27日（旧历）成立的大坂裁判所，到同年4月为止，共陆续成立了12个裁判所。同年闰4月21日（旧历），新政府颁布新的政治大纲，决定採用，因此各裁判所也开始改设为府或县。