法院・青莲院・三千院（天台三门迹）的法亲王就任天台座主者渐次增多。室町时代也有出自足利将军家者，也有成为天台座主后还俗，就任将军之例，如尊云法亲王（还俗后之护良亲王）、义圆（还俗后之足利义教）等。元龟2年（1571年），正亲町天皇的皇弟觉恕法亲王因织田信长的比叡山烧讨逃往甲斐，受武田信玄保护。江户时代，日光山轮王寺作为宫门迹（轮王寺宫、日光门迹），明历2年（1656年）以降，轮王寺宫也就任天台座主，被称为三山管领宫。明治维新后，废止太政官任命，天台座主的称号废止，但是，天台宗内外期望复活之声多，