45年（昭和20年）11月30日，海军省根据第680号敕令而废除，改为第二复员省，处理旧海军军人的复员业务。第二复员省于1946年（昭和21年）6月被废除，与负责陆军业务的一同纳入，原海军省的财产全部交由大藏省（现在的财务省）处理。海军省资料的一部分由防卫省和厚生劳动省继承。海军省的建筑物在东京都千代田区霞关。由英国建筑师约西亚·康德尔设计，于1894年完成。在二战中受到损坏。战后，至1985年完全被拆除。原址上现在为农林水产省本部办公楼（中央联合办公楼第1号馆）。
组织机构.