查妙法师购地创建，1972年交由会彻法师主持，其取佛法中「信、愿、行」之意涵，故取名为「信行寺」。1997年法鼓山台东办事处因环境所致而意欲另寻新场所，幸遇信行寺也在寻觅适当接掌者，因而促成了法鼓山台东信行寺的成立。1997年12月25日办事处正式迁至台东县台东市信行寺，，并持续掌理法务迄今。
云来寺.2006年10月7日正式启用的云来寺，座落于台北市北投区公馆路上的云来寺，是法鼓山团体中最新完工的寺院建筑。而云来寺的来由，也与1989年农禅寺的被告知拆迁有关，由于农禅寺将被拆迁，