配备完整的中央机关，主要官员也随皇帝在上都办公。在忽必烈之后，元成宗、元武宗、元文宗、元天顺帝、元惠宗都在开平登基。忽必烈曾坐镇上都击败与他争夺汗位的阿里不哥，后来还在上都下诏讨伐南宋。东道诸王叛乱后，忽必烈在上都一带集结部队，进军今海拉尔河、大兴安岭、嫩江流域击败叛军。平定海都之乱过程中，内蒙古在部队集结、粮饷转运中有重要地位。元代中后期汗位争夺的很多事件也在内蒙古发生。南坡之变发生在上都西南二十里南坡店（今正蓝旗），英宗被弑。元泰定帝在上都驾崩后，燕帖木儿在大都叛变、拥立元文宗，倒剌沙等人在上都拥立阿速