骨头在内，都编入于赫伯斯翼龙。赫伯斯翼龙的亲属关系有争议，目前难以确定赫伯斯翼龙的种系发生学位置，相关研究无法达成共识。在1978年，奥斯特罗姆首先确认赫伯斯翼龙属于翼龙类。在1981年，彼得·加尔东（Peter Galton）将赫伯斯翼龙归类于翼手龙亚目。在1988年，罗伯特·卡罗尔（Robert L. Carroll）在他的古嵴椎动物科普书籍，将赫伯斯翼龙归类于翼手龙科。在1991年，彼得·沃尔赫费尔（Peter Wellnhofer）根据骨盆结构，提出赫伯斯翼龙不是翼手龙亚目，而是更原始的喙嘴翼龙