绕着其产品和商业运作等各个方面。软件的易用性、稳定性以及软件安全问题是受到批评的共同目标。踏入21世纪，Microsoft Windows和其他程序的安全漏洞成了一些恶意软件事故中的目标。微软还被指责在产品中锁定销售商和消费者，软件没有遵循现行标准。Linux和Windows的总体拥有成本比较也是长期的争议点。公司一直是政府和其他企业众多反垄断诉讼的中心。2004年，欧盟裁定微软在欧盟微软竞争案中罪名成立。此外，Microsoft程序的最终用户许可协议经常被批评过于严格。
对消费