日，在首届泛珠三角区域经贸合作洽谈会上，铁道部和广东省政府签订协议，协议规定铁道部、广东省各出资50%，共同投资成立广东珠三角城际轨道交通有限责任公司，负责包括广珠城轨在内的珠三角城际轨道交通线的建设和未来营运。7月29日，该集团正式注册成立。中国国务院在2005年3月16日审议通过《环渤海京津冀地区、长江三角洲地区、珠江三角洲地区城际轨道交通网规划》，至2005年5月召开的广珠城际轨道交通工程初步设计审查会上，再经调整后的广珠城轨设计方案获得初步确定。新方案中广珠城轨在原线路上作了大幅调整，南段线路（