车站。门司车站基本上是一平面车站，但有2004年改筑的站房设置于跨线天桥之上，其中检票口也位于天桥上。昭和时期连接日本本土与中国及韩国之各特别急行列车均以本站作为终点，例如第一、二列车（暱称「富士」）。
车站结构.曾为岛式月台4面8线，现时在海侧的敷地缩小了1面（旧7、8号乘车场）废止，余下3面6线的地面车站。2004年（平成16年）完成3层高的跨站式站房。此外，门司铁路隧道九州一端的入口，亦位于站场范围内。