因有政绩，迁元城令。当时泰山附近百姓作乱，孔宙被提拔为泰山都尉镇压他们，孔宙用一个多月就让他们解甲服罪，恢复了本地的耕作和通商。延熹五年（162年），孔宙带着十岁的孔融抵达东汉当时的首都洛阳，年龄还小的孔融与朝廷官员李膺有一番对话。不久，孔宙因病致仕。延熹六年（163年）正月，孔宙过世；故吏门人去名山采石，于延熹七年（164年）七月，立碑示后人，即《孔宙碑》。碑今存曲阜孔宙东庑。其碑阴载其门人有：
子.子孔褒、孔谦、孔融。