市南山区太子路与水湾路交叉路口西侧，车站主体平行设置在太子路正下方，其北侧是水湾村，南侧为水湾市场等。2009年6月3日，水湾站实现主体结构封顶。
车站结构.水湾站是一个地下两层10米岛式月台车站，总建筑面积为10,000平方米。
楼层.水湾站的结构共分两层，其中一个岛式月台设于下层，而上层则为车站大堂。车站设有两条轨道。2014年2月17日一名IBM女性项目经理突然倒在水湾站C出入口的台阶上，在行人通知地铁站工作人员期间，有7人从旁边经过均未施救