便改建为墙门，此外郑氏家庙则改称为郑氏宗祠。之后2000年再次整修竣工，而2002年4月29日则正式改名为「郑成功祖庙」，并且对外开放。
建筑特色.此庙为三开间三进的格局，座东朝西，由前殿、正殿与后殿组成，整体外观简朴不华。门前古井为创建时期遗迹，前庭则栽有七弦竹及置有幼年郑成功及母亲田川松之雕像。前殿之入口内凹，为「凹寿式」的形式，而两旁则有开了圆孔窗的耳房。正殿奉祀郑成功神像，与历代郑氏祖先、圣贤等神位，并悬有清干隆三十六年（1771年）的「三圭世钖」匾额，为郑成功第四代孙郑汝