、副院长均由1948年选出之第一届监察委员行使同意权。1991年宪法增修条文通过后由于监察院改为非民选机关，院长、副院长同意权改由国民大会行使。1997年以前院长、副院长并非由大法官兼任，任期亦与大法官不同。
宪法增修后.中华民国宪法增修条文于1997年第四次增修后院长、副院长须由大法官兼任，其任期不受保障，不同于其他大法官。于1999年2月1日后任命之司法院正副院长皆为大法官兼任。2000年宪法第六次增修后，院长、副院长任命权由国民大会改为由立法院行使。
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