化兵器展开排山倒海的攻势，令到木叶濒临灭国危机。医术高明的神农及其徙弟亚丸到达木叶，希望木叶首领—纲手派出忍者小队，前往亚丸的故乡拯救乡民。原来空忍亦袭击亚丸的故乡，寻找空忍的旧时总部遗址。木叶首领—纲手于是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反击空忍，而漩涡鸣人和春野樱和日向雏田则跟随神农回到亚丸的故乡，发现了空忍的总部遗址，可是神农却被空忍杀死了。另一方面，背叛了木叶的宇智波佐助受命于大蛇丸带回曾赐予他再生禁术且已完全修练完成此术的男人亦是佐助认识的，也同时向亚丸的故乡进发。在遗址内，被打肚子打到吐血的鸣人