威廉港进行定期维护，之后恢复了训练职责。在船厂期间，一副消磁线圈被安装在上方，以保护舰只免受磁性水雷的伤害；而舰只的防空武器也得到加强。工作完成后，埃姆登号于1939－1940年冬季重返培训岗位。
威悉演习行动.随着德国以“威悉演习行动”为代号集结兵力入侵挪威，埃姆登号被分配至行动的第5组，任务是夺取奥斯陆。它于3月12日在斯维内明德、即该组开始组建时入编。这一部队还包括有旗舰——重巡洋舰布吕歇尔号和吕措号、三艘鱼雷艇以及八艘（R艇）。4月5日夜晚，埃姆登号与布吕歇尔号进行了探照灯