87年解严后，宗教信仰有了充分的自由，日本佛教才又重回台湾弘法。日本佛教有真言宗系的高野山真言宗在台湾布教，也有僧侣亲自前往真言宗两大道场之一的高野山修行。净土真宗系则有台湾人自建道场者，也有净土真宗亲鸾会在台弘法。目前在台湾，还有创价学会、灵友会、立正佼成会、真如苑、阿含宗等类佛教之新兴宗教与日莲正宗、真言宗等传统宗派在台弘法。此外，临济宗妙心寺派和曹洞宗等宗派至今仍持续与昔日有缘之寺庙进行交流，如临济宗妙心寺派的临济护国禅寺、曹洞宗的东和禅寺、真言宗的庆修院等。其中，临济宗妙心寺派日僧东海亮道法师，