002年，马查尔与他的部队重新加入苏丹人民解放军。南苏丹独立后，马查尔担任第一副总统，至2013年7月被总统基尔免职。
南苏丹内战.马查尔于2013年12月发动军事政变，企图推翻南苏丹总统萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特为首的政府。双方内战持续，至2014年已造成超过一万人丧生。2016年，马查尔回国履行《南苏丹和平协议》，2016年4月就任「南苏丹民族团结过渡政府」第一副总统，自任期开始时生效。2016年7月，支持马查尔的士兵与支持基尔的士兵在首都朱巴发生冲突，造成约300人丧生。事