琪在虹口区广灵路小学时就展现出足球才能，其后进入上海少体校，如今的名帅朱广沪成为他的启蒙教练。1993年底，上海申花足球俱乐部成立，原上海队的朱琪就被选入一线队。1995年甲A联赛，朱琪与祁宏、吴承瑛、谢晖等年轻球员一起成为球队夺得联赛冠军的核心。主帅徐根宝离开申花队后，此后的三个外籍主教练斯托依科夫、安杰依、墨里西都对朱琪的能力大加赞赏。朱琪也凭借其出色的表现赢得了在中国国家队的主力位置。1999年巴西教练拉扎罗尼入主申花后，朱琪与球队一起陷入了低谷，申花队落到了历史最差联赛成绩，而朱琪也不适应拉扎罗