授他丞相从事中郎，但他因为路途危险而不接受任命；晋愍帝加他官左将军、陈留太守，到父亲逝世时去职，守丧期满后袭封父亲的西华县公爵位。晋愍帝打算纳荀邃的女儿入后宫，就先任命他为散骑常侍；不过他害怕长安被攻陷就拒绝应命，并东渡长江，晋元帝任命他为军谘祭酒。大兴年间荀邃官拜侍中，他和掌权的刁协成为姻亲；刁协想提拔他为吏部尚书，但他拒绝了。其后王敦讨伐刁协，刁协党羽都被杀，唯独荀邃因为疏远刁协而获免。王敦上表让荀邃担任廷尉，他以生病婉拒，后来出任太常和尚书。到苏峻之乱爆发，他和与王导、荀崧在石头城侍候晋成帝；至乱