于1292年至1293年对爪哇岛发动的海上远征也失利。1274年和1281年，忽必烈两次派军征伐日本（文永之役、弘安之役），但均以失败告终。一般认为台风是造成失败的最大原因。
帝国分裂.蒙哥于1259年去世后，其弟忽必烈与阿里不哥争夺汗位（1260年－1264年）。忽必烈听闻蒙哥汗死讯时尚在鄂州一带与南宋作战，后听说留守蒙古本土的阿里不哥准备集会称汗，立即与南宋议和之后北返回到开平（今内蒙古多伦县），于1260年5月在以东道诸王塔察儿为首的蒙古宗王及汉人儒臣的支持下抢先集会称汗