然事实上毛文龙本人也有尚方宝剑，明代记载尚方剑仅能斩监司、副将以下官员 ，并不能斩杀总兵官。但明末袁崇焕也能据此剑杀东江镇总兵毛文龙，虽然这也引起了崇祯帝不满，而成为袁日后被处决的原因之一。尚方剑虽然只有一把，但受赐的官员可以将其生杀大权分配属下，例如播州之役中，李化龙请得万历帝之尚方宝剑后，给属下总兵及监军各发一剑，嘱咐他们也可以用收到的剑去行使尚方宝剑同样权力。明中叶后，尚方宝剑大量赐与官员，甚至有流落外地而朝廷不知的情况。清代主要以沿用自明代的王命旗牌，行类似尚方宝剑的权力，但先斩后奏大权每面旗牌