军汉弗莱·马歇尔的旅团并被授予少校军衔。虽然他在困难条件下为马歇尔的部队获取补给的能力值得称道，但已64岁并且缺乏军事经验的霍伊斯对马歇尔来说价值仍然有限，并且他习惯于越级直接和联邦战争部长沟通的做法也让自己和马歇尔格格不入。1861年11月，肯塔基州邦联政府在该州拉塞尔维尔召开邦联州主权会议，委任霍伊斯担任邦联州政府审计员，但他为了继续在军中服役而拒绝了这一任命。不过他在1862年1月25日写给邦联总统戴维斯的信中告知对方，自己正应邦联州长乔治·W·约翰逊的请求前往鲍灵格林帮助对方管理州政府。两天后他