其主要职能类似美国的中央情报局及英国的军情六处。其总部原先位于拉瓦尔品第，后迁往伊斯兰堡。现任局长为法兹‧哈梅德中将 (Faiz Hameed)，于2019年4月就任。
恐怖主义援助指控.1990年代后期三军情报局就开始扶植虔诚军、穆罕默德军等伊斯兰极端主义份子。2007年，阿富汗当局表示一名被扣押的塔利班发言人哈尼在审讯过程中承认穆罕默德·奥马尔正在受到巴基斯坦三军情报局的保护，住在巴基斯坦的奎达市。2008年，阿富汗政府指责巴基斯坦三军情报局介入了先前针对阿富汗总统卡