林文庆晚年像一位小市民般隐居在新加坡。他最后在1957年1月1日逝世，享寿88岁。他最后被埋葬在新加坡的。
家庭.林文庆结过两次婚。第一次是在1896年和黄瑞琼（Margaret Huang）在长老教会结婚，他们有四个儿子：林可胜（Robert Lim Kho Seng）、林可明（Francis Lim Kho Beng）、林可能（Walter Lim Kho Leng）和林可卿（John Lim Kho Liau）。黄瑞琼是诗巫闻人黄乃裳之女，她在1905年过世。林文庆的长