，流域总面积为10.64平方公里，佔新竹市总面积的10%。三姓公溪有两条主要支流：源于古车路山附近的北坑和源于永春芒山东麓的南坑。这两条支流皆位于竹东丘陵的西部。
北坑.北坑的源头是在竹东丘陵八分寮山系中一个海拔100米左右的摩天岭的一条小溪，距离青草湖约1500米。溪水先流入摩天岭与石渣崙山附近的低地，汇集源自于茄苳湖山的支流，经茄苳湖山区后北流，至富群社区折向西北，纳狮头山南坡的支流，经内狮、狮头，至玄奘大学前纳韮菜坑溪，续流至隘口与南坑合流。
南坑.