年10月由他主持研制的天河-1A以峰值速度每秒4700万亿次、持续速度每秒2566万亿次浮点运算成为当时世界上最快的超级计算机。2004年晋升少将。2007年任国防科学技术大学教育长，2009年任副校长，2011年升任国防科技大学校长。同年当选为中国科学院院士。2013年晋升中将军衔。2017年任军事科学院院长。2019年12月明确为正战区级，并晋升上将军衔。
奖项和荣誉.杨学军曾获得过何梁何利科学与技术成就奖（2011年）、陈嘉庚科学奖（2012年）等奖项。