单位为农委会渔业署，渔港所在地渔会则为实际经营的机构。目前台湾地区共有第一类渔港9处、第二类渔港215处。下列渔港是委託当地政府管理：前镇渔港（高雄市政府）、南方澳渔港（宜兰县政府）、八斗子渔港及正滨渔港（基隆市政府）、新竹渔港（新竹市政府）、梧栖渔港（台中市政府）、东港盐埔渔港（屏东县政府）。
附游艇码头之渔港.游艇得申请停泊于高雄市兴达渔港、鼓山渔港及旗津渔港、基隆市八斗子渔港（碧砂港区）、新竹市新竹渔港、台南市安平渔港及将军渔港、台东县新港渔港及金樽渔港、澎湖