明共同携带霍乱细菌，赴北京计画毒杀袁世凯，但因警卫森严而无法如愿。
结婚和离台.1915年毕业后，翁俊明进入台北马偕医院实习。1915年元旦，与台南富绅吴筱霞之长女吴湘苹结婚，并请史学家连雅堂担任司仪。不久，台南地区发生西来庵事件，日本军警大量屠杀当地居民，翁俊明全家搬到福建厦门。1916年在厦门开设俊明医院，1926年又在上海开设俊明医院，均暗中结合同志，掩护革命工作。他虽执业西医，亦极重视传统中医的现代化，曾于1926年在上海创办「中华医学专科学校」，又于1930年