曾国藩的湘军和陈玉成的太平军反复拉锯战中，安徽南部流失大部分人口，经济遭到严重打击，战后从河南、湖北居民移居皖南，文化习俗发生巨大改变。宣城地区尤为重灾区，该地的方言从吴语变成多种官话与西部吴语混居的状态。同时期，捻军也发源于贫困而土匪横行的安徽北部。李鸿章在合肥附近招募淮军赴江浙作战。太平天国之后淮军成了清朝的一支重要力量。
中华民国.中华民国成立之后，1912年津浦铁路通车，蚌埠兴起。1912年柏文蔚督皖。1913年倪嗣冲督皖。1920年张文生督皖。1922年马联甲督皖。192