敦之乱被平定后，诸葛恢以其协助讨伐领导叛军的王含之功进封建安伯，拜后将军、会稽内史。后来被征召为侍中，先后迁任左民尚书、武陵王师、吏部尚书。后升为尚书右仆射，加散骑常侍、银青光禄大夫。后领选本州大中正、尚书令，续领吏部及散骑常侍。咸康八年（342年），晋成帝遗诏以诸葛恢和武陵王司马晞、会稽王司马昱、中书监庾冰及中书令何充一同作为顾命大臣。同年晋康帝即位后加侍中、金紫光禄大夫。永和元年（345年）逝世，享年六十二。朝廷追赠左光禄大夫、开府仪同三司，谥号为敬，并祠以太牢之礼。