退居幕后，宣教事务大多由继任者罗伯图斯·尤纽斯负责。到了1637年，干治士的任期再次届满，就决定返回荷兰。1643年，干治士再次来到巴达维亚，担任拉丁文学校校长兼图书馆馆长。1647年4月，干治士于巴达维亚过世。
西拉雅文化.干治士牧师的《台湾略记》纪录了西拉雅文化，西拉雅人原来是多神信仰，干治士牧师指出，由于原住民没有文字可以纪录，宗教经验靠口述的传承，只要切断这个口述传统，就会和以前失去连结。经过荷兰喀尔文宗教会的佈道，在三十几年之后，西拉雅人改变信仰型态，变成只有崇拜阿立祖的