举神童，学政彭元瑞试之以文，语句老成；面问经义，对答如流。彭元瑞叹道：「子异日必为国器！」戴敦元不负人望，年仅十五即举乡试，干隆五十五年（1790年）登癸丑科进士，选翰林院庶吉士，散馆改礼部主事。出典山西乡试，升郎中。嘉庆二十四年（1819年）出任广东高廉道。道光元年（1821年）擢江西按察使。道光二年（1822年）迁山西布政使，不久调湖南，护理巡抚。道光三年（1823年）召授刑部侍郎，十年未迁，专治刑狱。道光十二年（1832年）擢刑部尚书，典会试。道光十四年（1832年）卒，朝廷优诏赐恤，称其「清介自持，