利和捷克大贵族的反对迫使斐迪南放弃了将这些国家完全纳入奥地利统治的做法，他在1559年承认这些国家的独立地位。1564年斐迪南一世在维也纳去世，遗体葬于布拉格圣维特大教堂。
家庭.斐迪南在1521年5月25日与匈牙利国王乌拉斯洛二世的女儿安娜·雅盖洛结婚，这桩婚姻使波希米亚与匈牙利两国成为哈布斯堡王朝领地。斐迪南夫妇的子女有：