承了上奥地利、下奥地利、波希米亚和匈牙利西部（Restungarn），其他领地分给了他的兄弟查理二世大公和斐迪南二世大公。刚刚加冕的马克西米利安相信，彻底的宗教改革是必须的，他有意准许神职人员结婚，但并没有获得教皇庇护五世的同意。在1566年3月的奥格斯堡帝国议会上，人们普遍预计马克西米利安会站在新教派的一边，但他却拒绝了新教派诸侯提出的要求，虽然广泛讨论了日益严重的宗派主义，但却没有采取真正的压制措施。这次会议的唯一一个结果是支持并援助再次爆发了的土耳其战争。集结了大规模的军队后，马克西米利安出兵保卫