鲸鱼是由陆地回到海中，而河马则是属于另一分支。熊神鲸大部份时间生活在水中，其发达的前后肢显示牠们较多在浅水区出没，甚至于步上陆地。原鲸科是最先发展出尾叶的，但熊神鲸则没有。
化石发现.于2001年在巴基斯坦俾路支省发现的化石显示熊神鲸的脚踝拥有距骨及骰骨，可见早期鲸鱼是有前后肢的。牠们的化石分佈在印巴地区、非洲、欧洲及北美洲，相信是因牠们喜欢较温暖的气候，尤其是热带地区。对于熊神鲸的祖先并未有共识，但相信是演化自早期肉食性的偶蹄目。DNA分析发现河马是熊神鲸的最近亲。熊