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讨伐桓玄.隆安五年（401年），孙恩再度进攻，被刘牢之击退后沿海北上，进逼京口，司马元显以栅阻断孙恩水军过石头城，又率兵拒战，但屡战不利，建康危急，只因北府军将领刘裕击败孙恩，最终令孙恩北走江北才解决危机。不过同时，荆州刺史桓玄借孙恩威胁京师的机会，声言率兵讨伐。司马元显在孙恩军退后就下诏书阻止桓玄，桓玄唯有罢兵。不过司马元显对桓玄十分畏惧，张法顺亦劝司马元显出兵消灭桓玄。司马元颢于是派张法顺到京口联结刘牢之，但刘牢之迟疑。张法顺回去后就认为刘牢之有貮心，建议司马元显杀了他。司