一边一国论」，引发国内外不少争议。2004年2月28日，大约有200万台湾民众以牵手方式排列成长约500公里的人链，反对中国大陆部署针对台湾的飞弹设施以及支持反飞弹公投，是台湾有史以来最大规模的运动。3月20日，陈水扁成功连任总统，但因选举前夕发生枪击事件，部分人士质疑选举结果并发起抗争；年底，民主进步党于立委选举中未能过半，无法全面执政的局面再次延续。2005年，任务型国民大会召开修订宪法，将修宪权力移交给国民；此外，中华人民共和国于同年通过《反分裂国家法》，首次以法律形式表示「一个中国」的主张，