必烈在上都一带集结部队，进军今海拉尔河、大兴安岭、嫩江流域击败叛军。平定海都之乱过程中，内蒙古在部队集结、粮饷转运中有重要地位。元代中后期汗位争夺的很多事件也在内蒙古发生。南坡之变发生在上都西南二十里南坡店（今正蓝旗），英宗被弑。元泰定帝在上都驾崩后，燕帖木儿在大都叛变、拥立元文宗，倒剌沙等人在上都拥立阿速吉八（天顺帝）。上都一方出兵攻打大都，被击败。文宗让位于和世㻋（元明宗）。让位后，文宗在上都附近与明宗相会时，燕帖木儿毒杀明宗，文宗在上都重新登基，史称天历之变。元末，红巾军在至正十八年攻破上都，焚毁宫室