4月30日黎明，郑军在大雾中抵达鹿耳门。雾散了之后，荷军看见海上郑军船舰的桅杆，有如森林，十分惊慌。揆一立即传令备战，要求荷兰人回到热兰遮城内，并要荷军上尉贝德尔（Thomas Pedel）在大员街设置四门大砲。当时台湾南部的海岸线在今天台南市区的赤崁楼一带，东印度公司在岸边筑有普罗民遮城（即赤崁楼）。近海处有连串沙洲，围成一片名叫台江的潟湖内海。沙洲间有若干水道，多淤浅难通大船，只有鲲身半岛旁的港道（南水道）为主要进出通路，而东印度公司在鲲身半岛尾端筑有热兰遮城守卫。台江偏北处，北线尾沙洲和北方沙滩间