发展造成了重大冲击，仅在青海省的核基地内，截止1971年9月就有四千多名职工受到迫害和审查、310多人伤残、40多名职工自尽、5人遭到枪决。期间，知识分子被视为反动分子、资产阶级、反动学术权威，受到广泛的批判和迫害，甚至被贬低为“臭老九”。1968年“两弹一星元勋”姚桐斌被毒打致死、“两弹一星元勋”赵九章自杀身亡，而包括“两弹元勋”邓稼先、 “氢弹之父”于敏在内的许多科研工作者及其家属受到政治迫害，部分拥有英美留学背景的科研人员被污蔑为“间谍”或“特务”，只有钱学森等少部分人因为周恩来于1966年特别列出的