鹿耳门妈祖庙是清朝时位于今台湾台南市安南区境内鹿耳门一地的妈祖庙，于清朝晚期毁于洪水。该庙后来又有鹿耳门天后宫、鹿耳门圣母庙等称唿。目前位于台南安南区土城的正统鹿耳门圣母庙与显宫的鹿耳门天后宫皆主张是该庙的继承者。两庙对于「鹿耳门妈」（开基妈）的下落说法不同，土城正统鹿耳门圣母庙主张鹿耳门妈寄祀在海安宫，后于日大正七年（1918年）被迎回，而显宫的鹿耳门天后宫则主张鹿耳门妈（开基妈）是被供奉在当地民居，由值班炉主祭祀，现存于该庙之中。为与现在的鹿耳门天后宫、鹿耳门圣母庙区分，本条目使用「鹿耳门妈祖庙」称