多人所预料的那样引起伊斯兰原教旨主义的高涨，而是逐渐又重新认识了伊斯兰信仰。根据皮尤研究中心的报告，目前乌兹别克斯坦的穆斯林人口为96.3％。
基督宗教.在伊斯兰教传入之前，乌兹别克斯坦有东方教会基督徒社群，包括亚述人（历史上与景教相关）和叙利亚东方正统教会。在公元七世纪到十四世纪之间，在今天的乌兹别克斯坦境内存在景教社群。景教基督徒主要分布在布哈拉和撒马尔罕。在中亚地区发现的文物中，有许多十字造型硬币在布哈拉周围地区被发现，大部分可追溯到公元七世纪末或八世纪初。事实上，在布哈拉附