国政府从未对外公布。在印度，他帮助原来清朝驻西藏的官兵从西藏返回中国内地。1916年3月2日，陆兴祺请假，此后又长期请假，直到1924年仍在请假。1916年3月2日至1922年，陆兴祺的秘书李嘉嚞代行办事长官职权。1925年2月1日，陆兴祺当选段祺瑞召集的善后会议会员。2月25日，九世班禅到达北京，陆兴祺从加尔各答到北京看望，并告知班禅有关西藏的消息。8月28日，北京临时政府执政段祺瑞令，“特派陆兴祺为国民代表会议西藏议员临时选举监督”。 南京国民政府蒙藏委员会时期，陆兴祺仍被视为参谋。1929