港口的台江内海（今台南市区）后，设立了台湾第一个城镇。此后经过郑氏王朝与清朝的发展，二百余年来台南一直是全台首邑。日治时期，台湾经济重心逐渐北移，导致台南重要性减退，不过依旧保持着台湾的文化首都地位。1920年，日本殖民政府设立台南州。1950年，国民政府将行政区划改为台南县与省辖台南市。2010年，台湾直辖市大改制，台南县市合併，成为新的直辖市台南市。
史前时期.日治时期时，有学者提出学说，认为在300万到1万年前间，更新世冰河期海平面下降时，台湾海崃曾数度化为陆地。当时以狩