40年代后，随着高雄驿（高雄车站）东移新设，市区开始向东往前金、大港埔一带扩展。同时基于南进政策需要，日本人开始以高雄作为工业发展基地。然而二战末期，在美军军机的密集空袭下，高雄港与市区受到了严重破坏。此外，日本于二次大战期间占领南沙群岛，更名为「新南群岛」，1939年（昭和14年）3月划归台湾总督府高雄州高雄市管辖。战后广泛流传的谬误，多称此应为历史上第1次将东沙群岛、西沙群岛和南沙群岛纳入行政体系。但是，根据昭和14年（1939年）3月30日之台湾总督府令第31号和台湾总督府告示第122号，新南群岛