云守大伴古慈斐一起被禁锢于卫士府，不久放出。淳仁天皇在位期间，历任尾张介、山阴道巡察使，天平宝字五年（761年），叙任从五位下、骏河守，历任地方官。翌年，任文部少辅。764年，任美作守，再次转为地方官。同年九月，发生惠美押胜之乱，惠美押胜自宇治逃往近江国，向各地派遣使者调动兵马。淡海三船与正在近江国建造水库的造池使判官佐伯三野一起逮捕了惠美押胜的使者，支持孝谦上皇的活动。叛乱平定后，三船因功，自正五位上昇了三级，叙勋三等，任近江守。天平神护二年（766年），获赐功田20町。称德天皇（孝谦天皇重祚）在