于仲文勘录尚书省中事，他发现许多问题，皇帝嘉奖他明断。文帝每次忧虑江南货物转运京师的水陆交通不畅，仲文请求挖开渭水，开通漕运渠道。文帝认为此事可行，就让他总领其事。开皇九年（589年），文帝开始伐陈之役，于仲文拜行军总管，隶属秦王杨俊，率水师自章山出汉口。陈郢州刺史荀法尚、鲁山城主诞法澄、邓沙弥等请降，杨俊皆令于仲文接纳。开皇十年（590），越州人高智慧起兵自立，作乱江南，于仲文复以行军总管讨之。当时三军缺乏粮食，米价很贵，仲文私卖军粮，被免职。次年恢复官爵，率兵驻屯马邑以防御突厥。数旬而罢。