前总统马英九表态「六四必须翻案」，「自由民主应是两岸共同语言」的立场。但由于政策上主张增加两岸交流的态度经常遭到对手阵营指责为「中共同路人」。国民党现在较少强调统独议题，而改以经济民生议题为主要的政见。2008年1月，马英九以总统候选人的身份提出「不统、不独、不武」的新三不政策，以及两岸开放直航班机、开放台湾企业赴大陆投资限制等政见，作为他的两岸政策。2004年立委选举，多数新党之参选人登记为国民党籍身份参选；2008年立委选举，多数亲民党之参选人亦登记为国民党籍身份参选，因此不少亲民党及新党人士已回归