一起「叛乱案」，发生在一九九一年的国立清华大学。历史所学生廖伟程曾拜访台湾独立运动推动者史明，并在校内筹组《台湾人四百年史》读书会，检调竟于清晨五点闯进校园宿舍将他带走，并依《惩治叛乱条例》起诉，求处「唯一死刑」。刘兆玄身为当时清华大学的官派校长抗议法务部调查局进入校园逮捕学生的强硬作风，凸显出他崇尚自由、不畏权势的风格。1993年时以国立清华大学校长身份出任交通部部长，由于离任交通部长简又新在任内爆发十八标弊案，使交通部的形象继前任交通部长张建邦的华隆案后，再次受到严重打击，身为学者的他被连战委以重任