2000年5月20日担任副总统，任县长的时间过短，未能打下基础，使代理职务的许应深于2001年底卸任后，民进党连续三届，未再取得执政权十三年。桃园升格直辖市后，直到郑文灿于2014年第一届桃园直辖市长选举中，以不到三万票之差爆冷门险胜选情看好的末代县长吴志扬，才让绿色重返桃园执政。
声明离开民进党.2018年5月30日，吕秀莲发表声明：「对于一个失去党德和党魂的政党，与其痛苦留下来，不如归去。道不同，不相为谋！ByeBye，民进党！」5月31日，吕秀莲表示，民进党已经和她过去认