凝血酶III发生连结。高剂量的肝素会使内皮细胞与其结合的位置出现饱和的现象；虽然肾脏也会清除肝素，但速度很慢，这也就是为何低剂量的肝素半衰期比高剂量短的原因。
化学.
肝素的结构.虽然大部分制药级的肝素的分子量介于 12 到 15 kDa之间，天然的肝素的分子量可以从 3 到 30 kDa。肝素以及硫酸肝素都属于碳水化合物家族中的糖胺聚醣，由重复的硫化双糖单位组成。在肝素中较常出现的双糖单元包括了以下这六种类型，最常见（牛肺中约佔85%，猪肠黏膜则有75%）的