，阻止该mRNA被转译，或加速其降解。虽然小干扰RNA(siRNA; 20-25 nt)的产生，通常是由分解病毒RNA得到，然而也存在内源性的siRNA。而siRNA引发RNA干扰的机制类似miRNA，有些miRNA和siRNA，能造成其目标基因被甲基化，从而促进或抑制该基因的转录。.此外，在动物生殖细胞内，所活跃的Piwi-interacting RNA(piRNA; 29-30 nt)，被认为能预防转座子，并在配子的发生上，扮演重要角色。许多的原核生物，具有CRISPR RNAs，其作用机制类似