于1990年11月兼併永康糖厂及麻豆糖厂，麻豆工场继续制糖作业。于1992年10月兼併玉井糖厂。1994年7月麻豆工场停压佳里糖厂接管。1995年7月玉井工场停压，厂区由善化糖厂接管。1998年7月1日佳里糖厂裁撤，由善化糖厂接管。于2003年7月併入仁德糖厂及新营糖厂。善化糖厂于2004年举行庆祝建厂一百週年活动。善化糖厂与云林县的虎尾糖厂为现今台糖公司仅存维持蔗糖压榨制造的两座制糖工厂之一，其余各糖厂厂区皆已进行事业转型。
沿革事记.1904年，创办台南制糖株式会社1906