混淆，于是更名为旺角东站，惟车站代号仍为MKK，并不是MKE。
扩建计划（已搁置）.在两铁合併前，九广铁路公司曾经研究重建旺角东站，顺带扩建新世纪广场等现有设施。当时九铁预料重建后的车站将会位于现址南面，更接近旺角市中心及位于弥敦道的旺角站，但是计划一直被搁置。
车站翻新.
翻新月台.两铁合併后，港铁公司翻新东铁线各月台，以遮掩车站残旧的观感。工程包括重新为各车站配主题色，并加入花的代表，为月台横樑及柱子翻上月台配色的油漆，贴上印有车