海军已茁壮，便再次起兵，企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨，还没到马耳他，在海上就遇上了以基督教国家组成，由西班牙王国的无敌舰队为主力的神圣同盟舰队于勒班陀海域展开了勒班陀战役，土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后，马耳他骑士团国进入鼎盛时期，帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。
马耳他的陷落.骑士团在马耳他岛的统治一直持续到18世纪。1798年，当时法国大革命后成立的共和国政府，与英国为敌，法国决定派遣大军远征埃及，以干扰英国与海外最大殖民地印度的连系，当时远征军的统帅