三十七年（1772年）出任江苏镇江府知府，调扬州府。因为处置东台徐述夔诗词文字狱迟缓，褫职，发配军台效力。很快捐复原官，留在江南。父丧，夺情启用，免于父丧，署安徽宁国府知府，随后又遭母丧，丁忧去职。守丧结束后，长期称病不出。干隆五十五年（1790年）特升江南河库道，迁浙江按察使。干隆六十年（1795年）迁山西布政使。山西州县仓库原本大幅亏欠，谢启昆上任不到一年，即悉数补齐。高宗惊其才能，因浙江财赋地亏尤其严重，特将其调任布政使，三年后，弥补亏空达五成。谢启昆出生于书香之家，亦雅好文学，任浙江布政使之暇，