在福州（福京天兴府）登基，年号隆武。1646年10月6日被清军俘虏。此后，国姓爷郑成功家族以「延平王」之名，先后以厦门和台湾为基地继续抵抗清军大约40年之久。清朝时福州是与琉球首里通航贸易的指定口岸。清代，在福建本土，增设了福宁府和龙巖州、永春州。清圣祖康熙二十二年（1683年）台湾并入福建省版图，于清德宗光绪十二年（1886年）单独设省。1842年的《南京条约》将厦门和福州辟为通商口岸，向外国商人开放。1902年在厦门还开辟鼓浪屿公共租界。在洋务运动中，左宗棠开办福州船政局及船政学堂，成为近代中国海军