一边教书，一边继续做业余研究。此时农村、城市开始“搞四清”，杨天石被内定为“新生的资产阶级知识分子”。1964年，批资开始，杨天石还在《新建设》杂志上发表了一篇关于明朝泰州学派的文章，文章批评了历史家侯外庐等人的观点，引起争议。70年代初，社科院近代史所已经恢复业务，决定编中华民国史，先编资料，其中一个题目叫“南社资料”。近代史所的王学庄发现杨天石在“文革”前《新建设》杂志上发表过一篇文章，叫《论辛亥革命前的国粹主义思潮》，里面有一段专门讲南社。于是邀请杨天石加入。1972年，杨天石出版了一本