第13飞行师团（）为日本陆军航空师团之一。
沿革.1945年（昭和20年）2月、在南京编成负责华南及华中地区之作战任务，司令部设置于汉口。最初担负广东方面对空陆航空战战备任务，同时担负战略任务。1945年5月、第5航空军进出朝鲜。第5航空军也负责华中方面三角地帯（上海、南京、杭州）之东西航空战备任务，司令部移驻南京。