辞职归乡。之后起用为光禄寺丞，因高洪掌管吏部，再次借病辞退。万历初年，屡次升为南京刑部侍郎，此后召为北京工部左侍郎，署尚书职。曾经屡次弹劾上疏减免浪费、减少江浙织造等。后父丧丁忧归乡，死后赠右副都御史。后赐谥端清。
家族.曾祖沈汝梁；祖父沈煓，贡士；父沈塾，母闵氏。沈节甫有两子沈㴶、沈演，同登万历二十年进士，均为明朝重臣。