办公至完成北迁武汉的此段期间，以中国国民党中央执行委员与国民政府委员临时联席会议作为临时领导机构，徐谦为联席会议主席。3月，国民政府组织法第一次修正，废除主席，设常务委员。
宁汉分裂.1927年4月18日－1927年9月20日宁汉分裂。武汉与南京两地均设国民政府。在武汉方面，该委员会废除主席，而在蒋中正主导的南京国民政府方面，也未设主席，除常务委员增为7名外，其余选任制度均与武汉国民政府相同，而汪精卫、谭延闿、宋子文更是武汉国民政府常务委员兼南京国民政府常务委员。这种混乱情形直到1