科大学正式更名为北京协和医学院，鉴于与清华大学紧密合作办学的需要，同时使用「北京协和医学院--清华大学医学部」的名称。更名后仍为独立法人单位，原隶属关系、人员编制、资产关系和经费管理体制保持不变。2016年6月，北京协和医学院院校长曹雪涛院士与中国科学技术大学校长万立骏院士在合肥签署《中国科技大学北京协和医学院战略合作框架协议》、《生物医学交叉学科人才培养计划（Ph.D. Program）合作协议》，探索生命医学交叉人才培养的新模式。2018年，北京协和医学院长学制临床医学专业培养模式改革试点班开始