一次最为知名的意外发生于1984年12月4日，25岁人员陈岳文在边境新屋岭靶场练习时发生意外，太阳穴受到鎗伤，在被送往医院期间殉职。1987年2月4日，26岁人员陈逸南在元朗青山白泥靶场练习时发生意外，肺部受到鎗伤，被送往医院期间心脏一度停顿，在英军医院昏迷12日后才回复知觉，然而因为反应变得迟钝，被逼离开特别任务连。1998年4月6日，在启德机场举行的反恐演习中，两名人员从直升机坠下。另外一次较为知名的意外发生于1991年1月15日，特别任务连及美国海军海豹部队第六分队在美国维珍尼亚州对外的公海上进行的一