线两个相对独立的部分组成，两部分相互垂直，由换乘通道连接。换乘通道连接1号线北站厅和3号线站厅，中央被栏杆隔开以统一换乘客流走向，整个换乘通道步行需时大致约3分钟。
1号线部分.1号线站台位于南京火车站站房地下呈南北向，与国铁南京站站场垂直。地下一层为站厅层，由于车站下穿南京站普速场，1号线站厅分为南北两个独立站厅，采用明挖法施工，总建筑面积为12930平方米，设有5个出入口，分别通向红山南路、南京站及龙蟠路，于2005年8月12日启用。2014年6月28日，1号线北站厅重新开放，