丰十年（1860年5月），太平军攻陷苏常，咸丰帝准备调湖北巡抚胡林翼为两江总督，肃顺认为：“胡林翼在湖北措注尽善，未可挪动，不如用曾国藩督两江，则上下游俱得人矣。”是年，英法联军来犯京师，力劝咸丰帝置国际公约于不顾，绑架外交使节巴夏礼，后随咸丰帝“北狩”热河（今河北省承德市），授御前大臣、内务府大臣，至是以户部尚书协办大学士，署领侍卫内大臣。咸丰十年（1860年）八月二十二日，英、法联军火烧圆明园。咸丰十一年七月，上疾大渐，召肃顺及御前大臣载垣、端华、景寿，军机大臣穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛入见，受顾命。