龟山天皇创建，首任住持为大明国师无关普门。南禅寺是日本最早的由皇室发愿建造的禅宗寺院，因此位列京都五山之上，为日本禅宗最高寺院。
历史.南禅寺始建于镰仓时代正应四年（1291年），起初是龟山天皇的离宫。文永十一年（1274年）龟山天皇让位给其子后宇多天皇并成为法皇后，就将自己的离宫改建为襌寺，并请来大明国师无关普门担任开山住持。