格为由陈诚自兼总司令的卫戍总司令部，郭忏则出任武汉卫戍总部参谋长兼第94军军长。1938年10月只会武汉撤退，出任洞庭湖警备司令，率部警戒洞庭湖区。1939年5月任长江上游江防军总司令，巩卫重庆陪都。兼任张自忠的第三十三集团军副总司令。1940年5月，枣宜会战中失守宜昌，被撤职交付军法审判，判处五年有期徒刑。1941年，陈诚向蒋介石进言，让郭忏调第六战区长官部任陆军少校，陈诚任其为第六战区长官部代参谋长，复职中将之后实授参谋长。1944年1月升副司令长官兼参谋长。抗战胜利时，第六战区于武汉受降，郭副长官出任