事交通运输部设有：政治部、办公室、综合局、第一运输局、第二运输局、第三运输局、航空运输局、铁路运输局、交通战备局、科技训练局、军车监理所、车辆检测中心、总后勤部军事交通运输研究所等部门；直属院校有中国人民解放军军事交通学院（副军级，驻天津）、中国人民解放军镇江船艇学院（正师级，驻镇江）、中国人民解放军蚌埠汽车士官学校（正师级，驻蚌埠）；军事代表办事处有：在深化国防和军队改革中，2016年1月中国人民解放军总后勤部撤销，组建中央军事委员会后勤保障部。中国人民解放军总后勤部军事交通运输部改组为中央军委后勤保