第五季中曾遭受一次“大血洗”，四成工作人员牺牲。在总统查尔斯·洛根的授权下，副总统浩尔·加德纳（Hal Gardner）直接下令国土安全部兼并CTU。目前CTU属国土安全部管辖。
解散.CTU在第六季之后，因为使用酷刑的问题，被国会解散；CTU的工作人员也被遣散，其中更有部分前CTU人员因为酷刑和违反人权的问题被以布莱恩·梅耶参议员主导的参议院特别委员会起诉。杰克·鲍尔就是当中的重要调查对象，他被控端罪名很可能使他下半生都要在监狱度过。虽然CTU不复存在，但是它的成员依然在反恐