为士林漳州人的妈祖信仰中心。然而在咸丰年间的漳泉械斗中，芝兰街（旧街）遭到焚燬；日后该庙异地重建，并更名为慈諴宫，成为新街的重要中心。日治时期的慈諴宫有部分空间曾被借作他用，例如在1898年时，慈諴宫东侧一栋曾作为台北辨务署士林支署的办公室；此外在芝兰一堡第一区区长陈景南等人出资下，也曾借用慈諴宫的一部份作为八芝兰公学校的分教场。该分教场从1904年4月启用后，运作到1904年12月八芝兰公学校迁到今天士林国小的位置为止。分教场停用后，又改为区役场的联合壮丁事务所。1921年「士林信用组合」创立时，也曾