本政府将神户港和其邻近的大坂港合併指定为超级中枢港湾及国际货柜战略港湾。希冀能通过降低港口使用费、扩充港口设施等方法提振神户港的竞争力。神户港不仅是货运港，也是日本重要的客运港。神户港建有日本最大的客船用码头，有众多大型邮轮停靠神户港。神户港亦开通有前往上海等地的定期客船航线。近年神户市将神户港的西半部地区划为亲水区域，期望能开发观光和文化等新的港口价值并让神户港成为更易被市民和观光客所亲近的港湾。
空运.神户市唯一的机场为神户机场，开业于2006年，坐落于港湾人工岛南面海域的人工