使用方法，由1988年6月22日生效的《关于确定市徽市旗图案的决定》和《关于制作、使用南京市市徽市旗的规定》具体订明。南京市政府同时制定了展示市旗和市徽时必须遵从的条件，以下作出相关简述。
象征意义.市旗为长方形，上部三份之二为红色，象征太阳的光辉，代表光明和未来，也象征烈士的鲜血，因为南京的今日是烈士牺牲而得来，希望南京市民依先烈的遗志建设好城市；下部三份之一为粉绿色，象征大地，代表生命力；红色和粉绿色中间有一条白线，象征长江，因为长江是南京文明的摇篮，也是历史的见证。市徽镶