拜占庭帝国与961年征服克里特推翻克里特埃米尔国之后，伯罗奔尼撒迅速繁荣了起来。自10世纪末期开始，军区时常与希腊军区一并管理。到了11世纪末期，合并管理已成定制，两个军区皆由拜占庭海军的首席指挥官大将军管辖。但因大将军并不在军区之内，地方行政仍由当地裁判官处理，这一职位通常由法官等高级或杰出的官员担任。12世纪时希腊-伯罗奔尼撒联合军区被细分为一系列更小的财政区划。拜占庭对此地的统治延续到了1205年，第四次十字军东征拜占庭覆灭之后，拉丁国家亚该亚侯国建立于此。