、弥生古坟时代的遗迹上野忍冈遗迹（うえのしのぶがおかいせき），部分在幕末维新期的动乱中烧毁，而遗迹还包含了埋于地下的江户时代寛永寺主要伽蓝与子院群建筑。1994年起，随着再开发的进行，也在国立科学博物馆馆内、国立西洋美术馆前庭部分、东京艺大校内、东京国立博物馆馆内进行挖掘工程。近年台东区教育委员会也进行挖掘调査，在公园内及周边地区断断续续的进行。关于调查结果，科学博物馆馆内挖掘出寛永寺子院青龙院（しょうりゅういん）遗迹、弥生时代的竖穴住居遗迹与埴轮片。相邻的西洋美术馆馆内则有许多古坟时代竖穴住居遗迹，过去