与菲律宾独立，一方面出于资源的考量而将印尼置于日本帝国军政体系下。日本当局将爪哇岛视为政治上最重要，但是经济上最不重要的地方。爪哇居民是日军主要的劳力来源。和荷兰政府的禁止政策不同，日本人鼓励爪哇岛上印尼民族主义的发展，增加爪哇人民的政治练达度（在苏门答腊方面也在后来执行类似的策略，但当时日本的败迹已相当明显）。在日本海军的控制下的其他岛屿，则被认为政治上不重要，但是经济上佔重要地位的地方，这些地方採行高压统治。爪哇岛与其他岛屿受日本佔领经验上的不同，为日后的印尼独立战争造成很大的影响。日军也提供印