东侧主要建筑为面阔三间的金刚殿。金刚殿现为海淀区八里庄小学的教师办公室，殿内壁上嵌有60方明代三十二体篆集字金刚经刻石，其中北墙10方，东墙25方，西墙25方。另在殿外的西南廊下的墙壁上镶有一块与经石同样规格的跋。
保护.中华人民共和国成立后，摩诃庵一度被公布为海淀区文物保护单位。1987年，摩诃庵的保护范围和建设控制地带被划定。1995年，摩诃庵被公布为北京市文物保护单位。2002年9月25日，北京市文物局出资修缮摩诃庵，该工程耗资共计159.54万元人民币。2004年，摩诃庵的