任总兵都元帅。炳文纳儒士温祥卿于幕下，协助策划防守。炳文固守长兴十年，前后历数十战，多次打败张士诚。朱元璋向张士诚全面进攻时，炳文带兵攻克湖州，围平江（苏州）。朱元璋建立明朝后，授镇国上将军兼右率府副使。耿炳文随大军征讨中原，攻克山东沂、峄等州，攻下汴梁，巡视河南，侍从太祖北巡。又随常遇春攻占大同，攻克晋、冀。随大将军徐达征讨陕西，打败李思齐、张思道。洪武二年（1369年），镇守陕西，疏通泾阳洪渠十万余丈，给老百姓带来了很多好处。洪武三年（1370年）任命为秦王府左相兼陕西行省右丞，封长兴侯，食禄一千五