政府文献仅列出实际统治区（即台湾地区）之行政区域，并弃用「中华民国全图」。2006年2月28日，陈水扁总统宣布终止国家统一委员会的运作，同年爆发百万人反贪腐运动试图罢黜陈水扁，未果。2007年9月，在中国大陆北京市举行的第二十九届夏季奥林匹克运动会之圣火传递路线原包含台北市，但最终因为国旗问题及路线等谈判破局，加上台湾认为圣火经台北之后到香港，认为是矮化台湾的主权国家地位，圣火未能途经台湾，是为自柏林奥运开创圣火传递的活动有史以来首座城市于邀请下而无法传递的纪录。
马英九政府：200