拔1715米。地势由西北向东南倾斜。境内河谷、盆地、山地相间分布。最高点是位于巍山、弥渡和南涧三县交界处的小高山，海拔3037米；最低点是位于青华乡漾江村公所的漾濞江边，海拔1050米。
水系.巍山境内河流分属元江-红河和澜沧江-湄公河两大跨国水系，以中部的无量山为分水岭，西部属于属澜沧江水系漾濞江流域，东部属于红河上游元江流域（元江在巍山境内称“西河”），红河的发源地就位于县境西北部永建镇境内。
气候.巍山气候属北亚热带高原季风气候。全县除少部分高山冷凉