日抵达德克萨斯州休斯敦林顿·约翰逊太空中心开始接受训练。在受训两年后，克拉克成为航天飞机任务专家（），获得飞行资格。1997年7月至2000年8月间，她进入美国宇航局宇航员办公室，从事航天器有效载荷和宜居性方面的工作。2000年9月，克拉克获选参与STS-107任务。这是她的首次航天任务。哥伦比亚号航天飞机STS-107任务原计划于2001年发射，但在多次推迟后改至2003年。北美东部时间2003年1月16日上午10:39，克拉克乘坐的哥伦比亚号自美国肯尼迪航天中心发射升空，与她一起执行任务的还有里克·赫