口永良部的地名最早出现在江户时代，当时称为「口之永良部岛村」，隶属大隅国驭谟郡，依据「天保乡帐」纪录石高为142石，「鹿儿岛县史」则纪录为184石。1889年实施町村制后，口永良部岛村即与位于屋久岛北部的七个村合併上屋久村（现已合併为屋久岛町），成为大字「口永良部岛」。2007年全岛被划入雾岛屋久国立公园的范围，2012年又与屋久岛一起被划设为新设立的屋久岛国立公园。
火山活动.推测口永良部岛是在约50万年前所形成，在1万5千年前至1万1千年前期间应该曾经发生两次大规模爆发