的基因发展出了重组抑制机制以保护这个雄性特有的区域。Y染色体不断沿着这种路线演化，抑制Y染色体上的基因与X染色体上的基因发生重组。这个过程最终使得Y染色体上约95%的基因不能发生重组。
退化.同源染色体的基因重组本是用于降低有害突变保留的几率、维持遗传完整性的，但Y染色体因不能与X染色体发生重组，被认为容易发生损毁而导致退化。人类的Y染色体在其演变的过程中丢失了原本拥有的1,438个基因中的1,393个，减少到45个基因，约每一百万年丢失4.6个基因。据推算，若Y染色体仍以这样的速