称在日治时代逐渐演变成"Mukway"，而后音译成为「木瓜」。此外，木瓜溪流域在太鲁阁族语中被称为「"Yayung Mglu"」，词意取自周围状似喉头的溪流地形。
特色.木瓜溪上游坡度变化大，有利于水力发电，建有铜门水坝与龙溪发电厂、龙涧发电厂、水帘发电厂、清水发电厂、清流发电厂、铜门发电厂、榕树发电厂与初英发电厂等八座电厂，其中以龙涧发电厂的发电量最大。木瓜溪的水力发电排名于台湾第三，仅次于大甲溪与浊水溪。山脚的铜门村及桥南岸的文兰村是太鲁阁族聚落。铜门村附近是着名的观光景