年（明治25年），在田口卯吉的推荐下，杂志《史海》转载了久米的论文〈神道乃祭天之古俗〉（神道ハ祭天ノ古俗），结果此论文被当时的神道家攻击，久米被迫辞去前述的职务（久米邦武笔祸事件）。1895年（明治28年），在大隈重信的招待下转入东京専门学校（现在的早稻田大学），在该校讲授日本古代史和古文书学直到1922年（大正11年）退休。死于1931年。1982年（昭和57年），在JR山手线目黑车站前，为纪念久米父子的功绩，成立了久米美术馆。
家庭.其长男为着名画家久米桂一郎。