国内外的民航航线，台南飞行场内属于日本航空输送的设施遂移交给大日本航空。
二战时期.原为民用机场的台南飞行场在1940年转由日军海军航空队使用，民航业务迁到该年3月1日正式启用的新机场（位于永康庄，约在现在的永康区台南应用科技大学附近），新机场名字沿用「台南飞行场」一词，但该座民用台南飞行场在1943年底也因日军战况恶化，民用飞机与驾驶皆被军方征用而转为军用机场。1944年10月的台湾空战中，台南机场成为重要攻击目标，机场设施方面有1栋机库失火，1栋机库与两栋附属建筑被