5所，由教育部、工业和信息化部、交通运输部、国务院侨务办公室、中央军委、国家民委、中国科学院、中国社会科学院、外交部、公安部、国家安全部、应急管理部、海关总署、国家民航局、体育总局、地震局等多个部门直属管理。其中，教育部直属高校现有75所、工信部7所、国家民委6所、中央统战部2所、公安部6所、交通运输部直属1所、应急部直属4所、国家移民局直属2所、中国民航局直属2所、其他均为1所。