交通.省道台2乙线经过水碓子地区南端边界处，往西北转东北可于林子接台2线主线，再往北可前往三芝、石门、金山、万里、基隆等地；台2乙线往东南可前往北投、士林、台北市区，亦可接洲美快速道路、环河南北快速道路快速进入台北市区。省道台2线经过本地区东北部，往西北转北可于林子接上台2乙线，往东南亦可于竿蓁林南部边界接上台2乙线。市道101号经过本地区东部，往东北转北可前往三芝，往南可前往淡水市区。