209年，牛津的镇民与学校的师生发生冲突。一批大学的学者为了避难而迁移至东北方的剑桥镇并成立学者协会，后更发展为剑桥大学。他们希望借此延续他们的学术精神与传统。早期的学生按地理位置分为两批：北边的学生主要为苏格兰人及特伦特河以北的英格兰人；南边的则为爱尔兰人、威尔斯人及特伦特以南的英格兰人。在接着的数个世纪里，地理位置仍决定着学生们应属的书院及学堂，这也是牛津大学的早期文化之一。除此，许多修道会（包括道明会、方济各会、加尔默罗会、奥斯定会）开始拥有影响力，并向学生提供宿舍及学堂。差不多在同一时间，不少捐助