唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持，齐集众喇嘛讲习经典、宣扬佛教，同时雍正帝还允准在内蒙古多伦诺尔“动帑银十万两”，兴建大刹，并且“使章嘉唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持于此”。庆宁寺、善因寺是继多伦汇宗寺之后，清廷再度在蒙古地区由国库拨银兴建的大型藏传佛教寺庙。出于对内、外蒙古两位藏传佛教领袖章嘉、哲布尊丹巴的平等对待，庆宁寺、善因寺的构制也基本相同。干隆十一年（1746年），干隆帝赐该寺“智源觉路”匾额。“文化大革命”期间，善因寺破坏严重。1998年7月18日，善因寺的山门大楼遭雷电噼开并发生