，事发，唐高祖大怒，囚禁了李建成。杨文干害怕举兵谋反，被李世民平定。事后，齐王李元吉的劝说下，唐高祖释放了李建成，而归罪于杜淹和东宫的属官韦挺将他流放到巂州。李世民知淹无罪，赠以黄金三百两。626年，玄武门之变后，李世民即位为唐太宗。召回了杜淹，拜御史大夫，封安吉郡公，赐实封四百户。因为杜淹通晓古代典章，特诏东宫仪式簿领，由他主管。627年，杜淹判吏部尚书，参议朝政，成为宰相之一。前后推荐四十余人，后来多为知名官员。杜淹曾推荐刑部员外郎郅怀道，太宗问杜淹：“郅怀道才行怎么样？”杜淹回答：“怀道在隋朝