以大日如来为普门本尊，其他诸佛菩萨则为一门本尊。并依修法之种类与目的之不同而各有不同之本尊。本尊大别有字、印、形等三种，且各有无相与有相之分。字者，如(Vaṃ)、(Hrīh)、(Hūṃ)，分别为大日如来、阿弥陀佛、阿閦佛的种子字。印者，如观世音之莲花、辩才天之琵琶等三昧耶形。形者，指相好具足之尊形。净土教古来即以阿弥陀佛或弥陀三尊（阿弥陀佛与观音、势至）为本尊。日本净土真宗则于绘像、木像为本尊之外，另以名号为本尊。其名号有六字（南无阿弥陀佛）、九字（南无不可思议光如来）、十字（归命尽十方无碍光如来）等三