当广泛，可以取代相当多的石化燃料的用途。但藻类生物质燃料的成本相当高，约是其他生质燃料的10-1000倍。
燃料用途.藻类的脂类及油性部份在提取后可以经过转化程序变成生质柴油，而余下的碳水化合物成份可经发酵过程制成乙醇和生物丁醇。
生物质柴油.美国能源部在1978年－1996年曾经进行一个名为与微生藻类相关的研究，结论是生物柴油是目前唯一的方法能够产生足够的燃料以取代柴油满足全球的需求。而相对其他生物质生质燃的方法，藻类生质燃料是较为可行的方法。因为藻