曾被Chasen归类为大鼷鹿（）并成为其模式标本。然而，爪哇鼷鹿实际上是一种小型鼷鹿，Van Bemmel在1949年因此将之归类为小鼷鹿（）并成为其模式标本。直到2004年，Meijaard与Groves的研究认为隔绝在爪哇岛上的鼷鹿明显与其它地方的小鼷鹿不同，应归类为独立物种。