鹤车站为高架车站设计，站内配有岛式月台一座与两条乘车线。东舞鹤车站同时是舞鹤线与小滨线两条铁路线的终点站，在这里两条路线的轨道虽然是互通的，但实际上除了小滨线的末班车会直通运行至西舞鹤车站过夜停放，作为隔天的首班车开往敦贺车站。其他班次列车并不从舞鹤线直通运行进入小滨线。由于这缘故，同一条乘车线的两端会同时有不同路线的列车停靠，其中小滨线那头的列车在抵达东舞鹤后会回头朝敦贺方向离去，而来自舞鹤线绫部与西舞鹤方向的列车，抵站后则是回头朝原本的方向离去。
使用情况.1日平均上车人次如下