以震动天下人耳目，然潜居京城数月，无隙可乘，乃失意南归。其间，他因为研制炸药而受伤，一只眼睛失明。同年秋，黄兴、刘揆一、宋教仁等人策划在长沙起义。得知华兴会在湖南起义计划，杨乃留在上海，与章行严等密设爱国协会，以为接济，并结合留日各省同，遥为声援。杨和蔡元培、杭辛斋等加以配合。后来起义事泄，他改名“杨守仁”，流亡日本。后来他回到长沙，与黄兴和宋教仁一道。至11月，遂于长沙创立华兴会。1906年，他在东京加入中国同盟会。1907年，他到上海，和于右任等人等创办《神州日报》，并任总主笔，任职80天，以“寒灰