1983年，吴于牛津大学神学研究所毕业回香港，由中华基督教会借调到香港中文大学崇基学院出任校牧一职。任内推动校牧室搬迁事工，令校牧室由众志堂迁回崇基礼拜堂，加强主日崇拜及週会等事工。吴天安是香港中文大学崇基学院「大学讲章」的创办人，崇基学院仿傚英国牛津、剑桥等校的制度，于主日崇拜推行中英双语并用的「大学讲章（University Sermon）」，邀请不同学科的教授讲道，将学术、神学与信仰共冶一炉。 1989年起，吴氏在礼拜堂开始施行洗礼，共有8位领洗，由于崇基礼拜堂并非独立堂会，领洗者归入中华基督教会堂会