绪二十九年（1903年）署湖南巡抚。光绪三十年（1904年）4月，内调署户部尚书。光绪三十一年（1905年）4月，复外调出任盛京将军。1906年1月1日，盛京将军赵尔巽奏准奉天设商务总局，调查全省矿产及各项商业。5月25日，清廷电饬袁世凯、赵尔巽、程德全等协力进剿马贼。10月19日，清廷以盛京将军赵尔巽奏奉省应办事宜为难，谕军机大臣等奉省所用人员，准其奏咨调往，所需款项随时咨商户部设法协济，并勉赵尔巽力任该职，所有练兵、理财以及农工商业，务当认真筹办。1907年3月17日，赵尔巽札行各州县，通谕民间