月，肖卡特转任国防部副部长，成为叙国防部长达乌德·拉吉哈中将的副手，也成为国防部的一个重要任务。不过叙军队在事实上是归巴沙尔总统的弟弟马希尔·阿萨德领导的，肖卡特也因此与马希尔发生过不止一次的冲突。
叙利亚动乱及其死亡.在2011年3月开始的动乱中，肖卡特与叙总统巴沙尔·阿萨德、总统之弟马赫尔一道是强硬派的代表，他领导政府军抵抗反政府武装，并于2011年9月升任国防部副部长。他是巴沙尔总统任命的军事危机处理机构的成员，其他成员包括国防部长达乌德·拉吉哈、国家安全顾问希沙姆·伊赫蒂亚