事务委员会主任委员期间，2016年5月中，在台北市议会因不满中国国民党台北市议员李芳儒之质询内容而用阿美语骂李芳儒「借刀杀人」，引发争议，最后向李芳儒道歉。2016年5月底，陈秀惠被揭发曾在原住民妇女种子人才培训课程中说泰雅族妇女有陪睡客人之传统，引发北原山猫等原住民族人公开要求下台。2017年1月23日，陈秀惠以完成阶段性任务及父亲逝世为由辞职。