他们制备了芥子毒气、路易氏剂、氰酸、光气和二苯氰胂，进行了多次毒气试验，不少中国人、苏联人和蒙古人在试验中身亡。在侵华日军的溃败时期，516部队把部队的主体建筑摧毁，以掩盖其罪行，旧址只剩下军官宿舍、碉堡、烟囱、地道等建筑物未被夷平。到了1945年日本投降后，516部队销毁了证物和化学武器试验设施，并把剩余的毒剂和炮弹就地掩埋、或是抛进嫩江。