运动中，如肃清反革命分子运动、四清运动、清理阶级队伍运动（文化大革命运动的一段插曲），一次又一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物，“活人要落实到人头，死人要落实到坟头”。到1976年后，不再提及军统。1950年6月，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续执行情报蒐集，并参与台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等案件。1955年，情报机构改制，保密局改组为国防部情报局，保防侦查等业务拨归「法务部调查局」（今法务部调查局）接管。一般说来，该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。