台湾高速铁路公司经营全长345公里的台湾高速铁路系统。高速铁路缩短各个都会区的通行时间，使得台北市至高雄市的往返时间降至96分钟，在2013年共有4,749万人搭乘高速铁路，2014年的营收更达约380亿元。台北都会区、高雄市区和桃园市还兴建台北捷运、高雄捷运和桃园捷运，台中捷运和新北捷运仍继续建设。中华民国在台湾岛上有7座重要商业港口，5个主要国际通航港口为基隆港、苏澳港、台中港、高雄港和花莲港，政府还在苏澳港、基隆港、台北港、台中港、安平港和高雄港设立自由贸易港区。至2013年年底，共计72家港区事