正年间，因雍正禁教而被拆除。同治十年（1871年）发还遗址。同治十三年二月二十三日（1874年4月9日）建成新堂。外观为中西结合式建筑，呈十字形，内部宫殿式，可容千人。是年，成立松江邱家湾总铎区，为总铎座堂。光绪十二年二月初二（1886年3月7日）及光绪十二年二月初五（1886年3月10日）教会因和参观教堂的应考童生发生冲突，扣留部分童生，引起考生与当地民众义愤，捣毁并焚烧堂内圣物及附属学校，史称“邱家湾教案”。松江府知府恩兴、江南提督李朝斌调兵弹压，赔3万两银修复教堂，并在南汇县城拨地供教会建堂。