至今，华航亦有参与执行台商包机任务。2007年，华航网站上开始出现特惠机票及限时抢票（含免费机票）的优惠广告，也出现类似廉价航空公司的做法。同年4月1日，华航全体空服员、地勤人员更换制服，历史悠久的蓝、紫色系旗袍制服走入历史。同年5月11日，华航与西北航空签约，自2007年8月1日起成为伙伴，合作哩程计画与共用机场贵宾室。。2008年7月4日，两岸定期航线开始营运，华航CI-7957航班成为第一个自台湾启航的航空班机。2009年，华航为庆祝创立50週年，在旗下机队涂上50週年纪念彩绘。同年3月18日