998年担任2营营长。1999年，邓福德担任参谋长联席会议副主席的行政助理，为约瑟夫·罗尔斯顿和理查德·迈尔斯工作，也在战略规划总监麾下担任全球及多边事务处处长，直到2001年；随后，回到第1陆战师，担任第5团团长、师参谋长、副师长等职，期间部署在伊拉克将近2年，伊拉克参战期间在时任师长詹姆斯·马蒂斯手下工作，获得了“战斗的乔”的绰号。2012年10月10日，奥巴马总统提名邓福德为驻阿富汗国际维和部队司令兼驻阿美军司令，随后由于时任司令约翰·艾伦上将涉及到彼得雷乌斯丑闻，国防部长莱昂·帕内塔要求参议