此后来在永禄4年足利义辉命令逃亡在外的前信浓守护小笠原长时归国。
统治末期.1558年（永禄元年）足利义辉回到京都以后，三好长庆的权力依然很大，畠山高政和六角义贤对此非常不满，在畿内举兵反对三好氏。在久米田之战中，三好氏一族的三好义贤战死，三好氏出现了衰退的迹象。1562年（永禄5年），原本与三好长庆同盟垄断幕政的政所执事伊势贞孝突然与长庆反目，但义辉转而支持长庆，改任摄津晴门为新的政所执事。这激怒了贞孝，举兵叛乱，但于9月被长庆击毙。这使将军的势力重新抬头，逐渐开始掌握幕政。15