中东地区的罗马驻军起冲突，并提供传统的罗马盟友支援。前49年，凯撒在渡过卢比孔河后将庞培驱离罗马，但庞培仍为强者，克丽奥佩脱拉七世在此时提供士兵与粮食支援庞培，并谣传与出使到亚历山卓的庞培儿子传出恋情。她最后遭到托勒密十三世阵营的宦官波提纽斯和将领阿基拉斯反对而结束，可能在前48年克丽奥佩脱拉七世就被迫离开权力中心，因为当时一些文件中仅有托勒密十三世一人的名字。之后她就被迫流亡叙利亚，但很快就招募一支部队，企图从外打回埃及，因此托勒密十三世和其摄政也领着大军进驻埃及门户重地培琉喜阿姆（Pelusium）