日，就在马英九就职总统之际，迅速崛起的蔡英文在选举中获得73,865张选票（得票率57.14%），以票数击败蔡同荣和辜宽敏，成功当选党主席。5月21日，蔡英文接替谢长廷出任第十二届党主席，除了是民主进步党历史上首位女性正式党主席，也是台湾第一位女性主要政党领袖。蔡英文随后表示该党将致力推动深化台湾本土化运动，同时捍卫社会正义。蔡英文还批评马英九只提及更紧密的海崃两岸关系，质疑其在台湾国家主权问题的立场，并驳斥马英九政府的「九二共识」。在总统府抨击蔡英文为独立极端分子后，她则批评政府未回答其问题，