犯吐出在神海岛上有「Jolly Roger」。而柯南他们前往位于太平洋中的美丽小岛「神海岛」渡假。这座岛屿自古流传着一则有关于沉没在海底的古代遗迹「海底宫殿」，以及300年前实际存在的女海盗「安·宝尼」、「玛丽·丽德」所遗留下来的宝藏传说。在毛利小五郎的带领下，小五郎、小兰、园子、阿笠博士、少年侦探团一行人来到神海岛。小兰与园子在海底宫殿附近海底潜水，少年侦探团则在玩神海岛观光安排的寻宝游戏，小五郎则在酒吧喝酒。正在享受潜水乐趣的小兰和园子，意外遇到了一群正在寻找宝物的宝藏猎人，不料其中一名猎人