两座侧式月台配置、两条通过路线的高架车站。由于站内无任何待避线的配置，为防止直达列车高速过站不停时造成的安全疑虑，在月台上配置有自动安全栅门。在月台长度方面，为了配合东北新干线与秋田新干线的列车串连运行，水泽江刺的月台可停靠10节标准新干线规格与7节迷你新干线规格、共17节车厢编组长度的列车。