台湾依马关条约割让日本后，1895年（日本明治28年）日本殖民当局先在此设置「曾文兵站司令部」，军事管辖善化里「东堡」及「西堡」；1896年（明治29年）划归「曾文宪兵屯兵所」，同年开始实施文民统治，改为「湾里办务署」。1898年（明治31年）编入「大目降办务署」，改为「湾里办务支署」。1901年（明治34年）全台分为二十厅，在台南厅湾里支厅下分善化东里区及湾里区，设区长统辖，并设置了铁路车站湾里驿；1920年（大正九年）实施地方制度，两区合併为「善化庄」，置「庄役场」，由台南州新化郡管辖