化树基底的早期支系，但已确认的最早恆河豚化石仅有1.2万年历史。A|白鱀豚、亚河豚等其他淡水豚曾被视为恆河豚的近亲，而遗传学研究显示牠们之间的演化关系十分疏远，各自隶属不同的科，这意味着恆河豚是一个相当孤立的珍贵孑遗物种。2021年2月5日，中国政府发布新的《国家重点保护野生动物名录》，将恆河豚列为国家一级保护动物，然而，布拉马普特拉河上游（中国境内称雅鲁藏布江）的恆河豚分布区位于藏南地带，该地实际为印度所控制。
分类简史.恆河豚是由两位互不相关的作者 Lebeck