10赛季，邓卓翔与山东鲁能签约，并于2月24日在与广岛三箭的亚冠联赛中替补出场完成俱乐部首秀。由于赛季初跟随国家队集训和比赛，错过了鲁能的土耳其拉练，和球队的磨合不佳。在亚冠赛场鲁能泰山客场对阵浦项制铁的比赛中罚丢点球，随后多场比赛没有获得出场机会。2010赛季中期的间歇期结束后，邓卓翔逐渐获得球队首发位置，在山东鲁能客场对阵青岛中能的比赛中直接任意球得分，收获赛季个人首个俱乐部进球，本赛季出场28次，打进5球，并获得其职业生涯首个中超联赛冠军。2012年1月，江苏舜天和山东鲁能为邓卓翔的转会达成一致，