大作和村冈长太郎后来亦因皇姑屯事件被编入预备役。据《小矶回忆录》记载，1928年6月16日河本大作从中国东北回到日本东京，对小矶国昭私下吐露自己是谋杀张作霖的真凶，并在自己死后出版的回忆录《我杀张作霖》中承认杀死了张作霖。张作霖死后，日本未能立刻占领满洲，日本政府为了掩盖真相，谎称皇姑屯事件系“南方国民政府便衣队员”所为。案发之后，日本陆军省反对公布本案的真相，以免影响日本的国家形象并进一步刺激当时中国强烈的反日情绪，使中日双方爆发军事冲突。1946年，远东国际军事法庭审理日本战犯时，就是将皇姑屯事