2003年，申花以一分优势压倒国际，夺得了最后一届甲A联赛的冠军。但是由于当时球队为了夺冠而行贿，冠军头衔于2013年2月18日被收回。2007年2月8日，俱乐部的主管者发生了第二次重大变更，另一支中超球队上海联城的投资人朱骏收购申花俱乐部，将两支球队合并，俱乐部更名为上海申花联盛足球俱乐部。新成立的申花俱乐部获得了2007年A3联赛冠军以及2008年中国足球超级联赛亚军，这也是俱乐部历史上第八次获得职业联赛亚军。2009年，赛季结束后，俱乐部董事局主席朱骏亲赴欧洲，聘请到了曾获得世界杯季军的名帅