任北京大学校长期间，为北京大学确定了五色的校旗。校旗的右边为红蓝黄三色横列，左边是纵列的白色，白色之中有一黑色圆圈，圆圈中是篆文的“北大”二字。红蓝黄代表科学，分别指“现象的科学”（物理、化学等）、“发生的科学”（历史学、生物进化学）、“系统的科学”（植物学、动物学、生理学）。白色是红蓝黄三色的总和，代表融贯科学的哲学。玄学不能用科学的概念证明，用黑色作为代表。蔡元培认为，研究科学的人最多，其次哲学，再次为玄学；人一生中研究科学的时间最多，其次哲学，再次为玄学。所以，校旗上红蓝黄三色所占面积最大，其次白色，