陈士京看到海师没有进展，广东的情况日益不利，就自己一人在同安的鼓浪屿筑室隐居，题名“鹿石山房”，赋诗自遣。郑成功率领水师攻入长江，请陈士京参预岛上留守事。陈士京染疾病逝世，享年六十五岁。当时朱以海在南澳，听到陈士京的消息震悼，亲自写祭文纪念他。清朝赐谥陈士京节愍。