巴龙同时具有兽脚亚目与蜥脚形亚目的特征，因此很难去归类。在2007年，瓜巴龙的第二个标本被发现，这个较完整标本有助于与其它早期蜥臀目恐龙相比。波拿巴与其同事根据这个标本，提出农神龙非常类似瓜巴龙，而将其归类于瓜巴龙科，但是他们并没有提出瓜巴龙科的系统发生学定义，也没有将瓜巴龙科定义为演化支。他们另外将所知有限的"Agnosphitys"归类于瓜巴龙科。波拿巴等人发现瓜巴龙科与兽脚亚目有更多的共同特征，而非早期蜥脚形亚目（或原蜥脚下目）。波拿巴等人宣称，瓜巴龙科可能位于往蜥脚形亚目的演化过程上的分支，