括LTQ轨道阱质谱，MALDI（基质辅助激光解吸/电离）和ESI（电喷雾电离）。
色谱法.液相色谱法是蛋白质组研究中的重要工具。它可以根据它们对基质的亲和力非常敏感地分离不同种类的蛋白质。
墨点法.西方墨点法可以被使用来定量某些蛋白质的丰度。 通过使用对目标蛋白质具有特异性的抗体，可以从蛋白质混合物中探测特定蛋白质的存在。