业系统的开展而烦恼，而购入功能齐全的QDOS后，微软即修改其代码以迎合IBM的要求。最后，微软的产品被IBM採用作新电脑的作业系统，而这次合作亦成为微软日后壮大的垫脚石。艾伦在1983年因罹患霍奇金氏病而辞去微软的职务，后经过几个月的放射治疗及一次骨髓移植治癒。2000年11月，艾伦正式离开微软的董事会，但在力邀之下留任高级策略顾问。艾伦卖掉六千八百万股微软股份后，仍持有一亿三千八百万股。
慈善事业.1989年，艾伦给华盛顿大学捐款1800万美元用于建造新的图书馆。图书馆以