在圣但尼圣殿加冕为法国王后。再婚后，安妮共怀孕九次，其中五次流产、两个儿子是死胎，只有两个女儿存活。由于，王位假定继承人昂古莱姆的的法兰索瓦的母亲，显现出相当大的政治野心，当时有流言指她用巫术谋害安妮所生的儿子。其后安妮主要居住在布卢瓦城堡，又在南特主教座堂兴建她父母的坟墓。安妮王后对义大利艺术品有高度兴趣，而当丈夫生病时她就返回拜访布列塔尼。同时，作为女公爵，她积极努力让公国维持独立性。她安排她的继承人、长女克洛德和前夫的孙子卡尔订婚，以巩固法兰西和西班牙的同盟关系以成就义大利战争的胜利。双方于150