团体继续受到政府打压。在1980年代的两伊战争时期，哈梅内伊协助带领国家，并与势力壮大的伊斯兰革命衞队发展紧密的关系。他以对军事、预算及行政细节上有浓厚的兴趣而知名。1982年，伊拉克军队在伊朗本土被击退，他不赞成霍梅尼向伊拉克本土反击的决定，时任伊朗总理米尔-侯赛因·穆萨维也站在哈梅内伊一方，但在后来的2009年伊朗选举抗议里却与他敌对。1985年总统选举，哈梅内伊成功连任，得票率达85%。
出任最高领袖.在伊朗伊斯兰革命领袖霍梅尼去世后，哈梅内伊在1989年6月4日被伊