拥有从身体突出14.3公分长的肋骨，之间有皮膜连接，可能是用来在树间滑翔，就像现代的飞蜥。孔耐蜥属于孔耐蜥科，是一个滑翔爬行动物，属于鳞龙形下纲，该下纲也包含了现代蜥蜴与喙头蜥。孔耐鳄（"Kuehneosuchus"）是其近亲，两者可能是同一物种，或是两性异形。气动力学研究指出孔耐蜥可能不是滑翔者，而是利用肋骨与皮膜在树间降落。在2008年的研究指出当孔耐蜥以45°降落时，时速可达每秒10到12公尺。飞行时的俯仰动作可由舌骨上的皮瓣来控制，如同现代的飞蜥。