郑成功亲率大军，对防御坚固的荷军首府「热兰遮城」进行攻打。经派杨朝栋谕揆一投降无效后，即调集火砲朝城堡砲轰，然而在从大员市镇朝城堡进攻时，却遭荷军居高临下击退。之后郑军即採取长期围困，同时将多数部队派往各地囤垦以解决粮食不足的问题。五月二十八日，「荷兰东印度公司」得知台湾战况后，决定派七百人、战舰十艘赴台，于七月初五日抵达。之后双方稍有接触，但均无较大战事。至八月二十三日（9月16日），双方再度海战，郑军经一小时激战，击毁荷舰二艘、俘小艇三艘、杀敌百余人，其余荷舰逃往远海。闰十月，荷军发动作最后一次攻击