以撇除旧校名「腓特烈·威廉大学」所含的君主封建意涵。「柏林大学」一词在1948年之前专指今天的柏林洪堡大学（例如小说围城中所称的柏林大学）。冷战结束前，「柏林大学」则普遍又指的是柏林自由大学。这两所「柏林大学」如今是各自独立的大学。两所「柏林大学」的医学院就于2003年合併成柏林大学夏丽特医学院（）。
院系设置.柏林自由大学现有12个学院: