灰质炎、痘病毒、疱疹和流感的研究上取得了突出成绩。伯内特对流感的研究做出了重大贡献，他发明了培养和研究流感病毒的技术，包括红细胞凝聚化验。他参与了一种流感活疫苗的研发，但二战中实验这种疫苗时未获成功。他对流感受体的兴趣使他发现了神经氨酸酶，这种酶由霍乱弧菌分泌，这个发现为Alfred Gottschalk 关于糖蛋白和神经氨酸酶的底物、唾液酸的重要工作打下了基础。1951至1956年，伯内特继续了流感病毒的遗传学研究。他考察了毒力的遗传控制，证明了病毒会以很高的频率重组；这个发现没有得到足够的重视， 几