建文元年（1399年）燕王朱棣反叛他的姪子建文帝，发动了靖难之变，建文四年（1402年）燕兵破应天府城，朱棣登基，是为明成祖，明年改元永乐。永乐元年（1403年），朱棣决定北平府改为顺天府（今北京），立为陪都北京。永乐十九年（1421年），明成祖正式迁都，史称永乐迁都，南京应天府成为陪都。南明弘光元年（1645年），清军佔领江南，改应天府为江宁府。
官制.洪武初年，应天府设知府、同知、通判及经历、知事、照磨等官。后添设治中、推官。洪武三年、陞格为正三品衙门。赐银印。