广州发动空袭，市二中校舍遭受严重破坏，当局决定将市一中与市二中合并为市高中和市初中。同年10月，广州沦陷前夕，市高中和市初中均停办。抗战结束后，由于市一中校址被广东省干部训练班占用，市一中便于1946年在西关原市二中的校址复办。同年，广州市政府请来立法委员王孝英担任校长，负责复办市二中的相关事宜。在王校长的周旋下，干训班于1947年迁出粤秀山（今越秀山）原市一中的校址，市二中随即迁入并得以复办。
中华人民共和国成立初期.解放军进驻广州后，军代表赖奕辉于1949年11月接管市二中