用「云林」在地基调，并引入「虎斑」、「虎尾」意象，以37组姿态各异的巨型波浪柱列，架构流线型的车站建筑。云林站的建材运用轻质金属、玻璃及具有发电功能的太阳能板，导入自然採光及通风，减少资源消耗，达到节能环保，云林站打造为绿建筑。而站区广场及绿地则种植大量乔木树阵为「林」，而且还精心穿插佈置「云」型线条的步道，充份展现「云中之林」的在地风华。
站区.云林站特定区面积达422公顷，站址是日治时期日本帝国海军航空队虎尾飞行场，附近仍有若干遗迹。云林站特定区与邻近中部科学工业园区虎尾园区将成