嘉措前往廓尔喀，劝说廓尔喀出兵入侵后藏，劫掠扎什伦布寺的财宝。1788年第一次入侵以议和告终。1790年廓尔喀又第二次入侵，清廷派四川总督鄂辉、大将军福康安与廓尔喀军交战。清军越过喜马拉雅山进兵廓尔喀都城，廓尔喀王被迫投降，却朱嘉措则畏罪自杀，史称“廓尔喀之役”。此后，干隆帝宣布却朱嘉措为叛国者，同时下令夏玛巴不得转世，红帽系僧人也被迫改宗黄教。清军平定廓尔喀后，颁行《钦定藏内善后章程》，正式确立活佛转世的金瓶掣签制度。