涉及未成年的性行为，认定内容实际上属于电影分级的「限制级」。九把刀则感到十分懊恼，甚至亲​​自前往行政院新闻局办公室提出上诉。之后为了降低年龄分级而重新剪辑4次，在经过审查后电影列入允许12岁以上儿童都能观赏的「辅导级」类别。香港和澳门地区将电影列入「IIB」分级，尽管实际上对于电影并无年龄限制，但认为该片不适合青少年和儿童、建议家长予以指导。则将《那些年，我们一起追的女孩》列为限制级电影，要求观众超过18岁才能进入电影院观赏。马来西亚上映的版本内容仅删减约1分钟，许多敏感的场景仍遵照原始版本予以保留，只有