改为广东布政使司，潮州隶之。成化十二年（1476年），割海阳县地置饶平县。嘉靖三年（1524年），析潮阳县并惠州府海丰县地置惠来县。嘉靖五年（1526年），割饶平县北部地区置大埔县。嘉靖四十一年（1562年），割惠州府、潮州府、汀州府、赣州府四府五县边地置平远县，隶江西赣州府。嘉靖四十二年（1563年），割揭阳、海阳、饶平县地置澄海县。嘉靖四十三年（1564年），平远县割还置县前原属汀州府、赣州府之地，又析程乡县地来属平远，平远改隶潮州府。同年，割潮阳县黄坑都、水都、洋乌都置普安县