成拥立段业称凉州牧，建北凉，蒙逊附之，获授镇西将军、张掖太守。
屡见智谋.398年，蒙逊深知西郡战略价值高，遂大力支持段业进攻该郡的决定，并受命进攻。然而蒙逊攻郡城十余日不下，改为引水灌城，终逮获太守吕纯而返，晋昌郡王德及敦煌郡孟敏战后皆向北凉归降。蒙逊以功封为临池侯。同年后凉张掖守将吕弘率众弃城东归，蒙逊以「归师勿遏，穷寇弗追」为理反对段业追击，但段业不听，终为吕弘所败，段业更因蒙逊才得安全撤退，因而叹道：「我没有听从子房的话，才会有此结果！」后蒙逊又反对段业以将领臧莫孩担任新建