港湾，有很长的海滩；南面的科戈附近有低陡崖。内陆为高原，地势向东面的加蓬边界高起，一般海拔500～1000米。由东向西流的贝尼托河（旧称姆比尼河）贯穿大陆地区中部。各岛都是火山岛，为喀麦隆火山在几内亚湾的延伸。比奥科岛由3座死火山锥构成，有火山湖和肥沃的熔岩土壤。北部的一座火山巴希莱峰海拔3011米，为全国最高点。
气候.赤道几内亚全国属于湿热带气候，有适中的干季。大陆海岸地区年降雨量在2400～4600毫米之间；内陆地区降雨较少，且在6～8月。比奥科岛多雨，11～3月为微干期，其余