期间，光绪帝于光绪二十四年（1898年）裁撤湖北、广东、云南三省巡抚，以总督兼管巡抚事，但在戊戌政变之后被恢复旧制。清末新政时，湖北、广东、云南三省巡抚于光绪三十一年（1905年）再度被裁撤，由总督兼管其事务。光绪三十三年（1907年），东北改制，吉林将军、黑龙江将军、盛京将军的三个辖区分别被改为吉林省、黑龙江省和奉天省。原盛京将军被改为东三省总督，与奉天巡抚形成督抚同城的局面，成为当时唯一一个督抚同城的地区。宣统二年三月十九日（1910年4月28日），奉天巡抚被正式裁撤，由东三省总督管奉天巡抚事。至此