己酉科举人，嘉靖四十四年（1565年）考中乙丑科进士，改庶吉士，进编修，升侍讲学士、吏部右侍郎、左侍郎，期间屏绝私交，好推毂贤士，却不会告知他们。时权相张居正约沈鲤于家宅同写奏折，沈鲤却以「国政绝于私门，非体也！」加以推辞。万历十二年（1584年）冬拜礼部尚书，这离他任六部官才不过两年，然因他素负物望，因而时论也不认为他升官太骤。沈鲤鲠亮刚介，在典制学政事上多有建白，京师久旱，鲤备陈恤民实政以崇俭戒奢为本，且请减织造。不久京师地震，又请谨天若戒，恤民穷。畿辅大侵，请上下交修，词甚切。帝以四方灾，敕廷臣修省，