家栋因而被查处。1985年，何家栋辞职退休。同年，陈子明创办了中国行政函授大学，何家栋受邀担任校长。1987年，任北京社会经济科学研究所顾问。1988年3月，该研究所接办《经济学周报》，何家栋任总编辑。1989年6月11日，该周报停办。 1989年六四事件期间，何家栋主动声援、帮助学生。2004年5月，与陈子明共同创办了改造与建设网站，担任网站的法人代表。2005年8月，该网站被当局关闭。2006年10月16日，因病在北京的一家医院中去世。何家栋的文集因为当局的阻挠，而未能如愿印出。Secti