鲜明对比，PCI连接基于总线控制，所有设备共享双向32位并行总线。PCIe是一个多层协议，由事务层，数据交换层和物理层构成。物理层又可进一步分为逻辑子层和电气子层。逻辑子层又可分为物理代码子层（PCS）和介质接入控制子层（MAC）。这些术语借用自IEEE 802网络协议模型。PCIe通过协定进行电源管理。
物理层.于使用电力方面，每组流水线使用两个单向的低电压差分信号（LVDS）合计达到2.5 Gbit/s。传送及接收不同数据会使用不同的传输通道，每一通道可运作四项资料。两个P