置征东元帅府。明代永乐年间明廷设置奴儿干都指挥使司管辖奴儿干地区的所有军事建制机构。都司的主要官员初为派驻数年而轮调的流官，后为当地部落领袖所世袭。仅现中国国内部分的黑龙江两岸明廷就设置百余卫所实行管辖。至清代，黑龙江一名成为官方名称，为清初犯人流放之地。冯景尝言：“今乌喇得流人，绳系颈，兽畜之。死则裸而弃诸野，乌鸢饱其肉，风沙扬其骨……”康熙时始废流放乌拉，但雍正五年李煦又被流放至此。雍正十年（1732年）在乌拉建成「望祭殿」。1683年设黑龙江将军管辖黑龙江流域。之后清廷同从东欧探险的沙皇俄国军