翰林院编修，进春坊右中允，入直皇长子讲席。当时矿使四出，刘曰宁上疏痛陈其害。后历官右谕德，掌南京翰林院，迁南京国子监祭酒。不久，起少詹事，因母丧未能就职。守丧期满，召为礼部右侍郎，协理詹事府。万历四十年（1612年）九月初一，卒于赴京途中。追赠礼部尚书，天启初，追谥文简。