于墨西哥城的墨西哥国立自治大学是美洲最大的大学，学生人数超过30万。它是墨西哥最好的大学，主校区“Ciudad Universitaria”在2007年被列为世界文化遗产。 该城市的第二大大学是墨西哥国立理工学院。此外该城市还有大都会自治大学、伊比利亚美洲大学、墨西哥学院在内的十几所大学。美国加州大学在此也有长期的项目。