清光绪3年），恆春知县周有基将红头屿（兰屿）併入清帝国版图，隶属恆春县。1895年，因被包括在马关条约中，第二款第二项「台湾全岛及所有附属各岛屿」的范围内，成为大日本帝国殖民地。殖民政府禁止一般人进入兰屿内开发，并设立研究区。1897年，日本人鸟居龙藏第一次入内探勘，称居民「"yami"」（雅美），这是达悟族以前被称为雅美族的由来。1903年，美国班杰明号船只遇飓风漂流到兰屿，双方起了误会而发生冲突。后来日人在兰屿设立驻在所，此为国家体制机构进入兰屿之始。 1923年，日人在红头设立蕃童教育