此后，王占元依然作为直系的成员活动。但由于湖北统治的失败，王占元在军事及政治上的力量大减，对国政的影响有限。1926年（民国15年）9月，应五省联军司令孙传芳的邀请，王占元出任训练总监，参与阻止中国国民党的北伐。1928年（民国17年）4月，王占元被张作霖任命为陆军检阅使。但是，此后不久，北京政府就被北伐军打倒。国民政府时代，王占元转入实业界。王占元利用此前储蓄的巨额资产投资不动产、各种工厂、银号，获得巨大商业利益。1934年（民国23年）9月14日，王占元在天津逝世。享年74岁（满73歳）。