用户界面中，控制窗口位置与外观的软件。许多窗口管理器是为了桌面环境编写，与桌面环境一同发布的，例如被GNOME使用的Mutter。同时也存在不少独立的窗口管理器，如Openbox、Awesome等。大部分窗口管理器是为X Window系统，针对Linux、BSD等操作系统设计编写的，用户可以通过选择窗口管理器更改电脑的图形用户界面外观和使用方式。对于微软Windows操作系统而言，用户可以选择利用替代壳程式的软件来修改图形用户界面。例如，LiteStep可用以修改Windows 95、98或NT