子被杀害，闽学会亦遭取缔。光绪二十五年（1899年）调詹事府右春坊右中允，掌记注纂修之事；继任司经局洗马，掌经籍、典制、图书刊刻之事；又迁翰林院侍讲，太常少卿，掌坛庙祭祀礼仪。光绪二十六年（1900年）夏，亲贵大臣相信义和团民有神术，可以抵御外敌，光绪帝命张亨嘉察视，张亨嘉认为拳民不能依赖，并谏西太后勿用义和团，勿围攻外国使馆，险被构陷杀害。待两宫西狩，又上「奏请回銮折」。庚子之乱结束，二十七年光绪帝、慈禧太后回京，迁大理寺少卿，是年十一月，奉令提督浙江学政。杭州旧有藏书楼，因兵燹被燬，邵章等重建之，