斯兰教被接受的同时，其教义也被融入了当地人长久以来的一些信仰，所以爪哇岛的伊斯兰教带有明显的本地特色。“荷兰东印度公司”在巴达维亚（今天的雅加达）建立了“贸易和行政管理总部”。在殖民统治时期，荷兰人将注意力集中在雅加达和其他一些海滨城市，例如三宝垄和泗水。荷兰殖民者还通过一些归顺的本土势力，间接对这个多山的岛屿进行统治，例如爪哇岛中部的马打兰王国。19世纪，荷兰政府从荷兰东印度公司手上接管了东印度群岛，1830年荷兰统治者开始实行所谓“耕种制”（荷兰语cultuurstelsel en cultuu