2007年转任国立台湾大学物理系暨天文物理研究所教授，以及梁次震宇宙学与粒子天文物理学研究中心研究员。2011年1月17日借调至国立自然科学博物馆担任馆长。
研究.孙维新的主要研究是活跃星系核与类星体、交互作用星系、星系演化与恆星形成。并且有鹿林山星际物质发射线巡天计画、垦丁天文台教育训练计画、BATC多色巡天计画与青藏高原天文台科研及教育计画等研究与教学计画。孙维新于2007年在西藏阿里地区开始建立天文台，目前已完成，于2011年开始观测。该天文台可在台湾进行遥控。Sec