序列同质性.在大型的rDNA序列，rDNA的之间的多态性非常低，这表明rDNA的串联阵列通过协同进化演变。在对9种果蝇的5S串联重复序列区域彼此进行比较后得出的结果表明，因这一区域插入和删除较为频繁，在5'端以及3'端两侧发现有保守序列。他们可能在DNA复制或通过的过程中发生新合成链的。
序列趋异对系统发生学的解释.ITS序列因为变异不影响核糖体的生成，所以远端物种如人类和青蛙之间进行ITS束序列的比较是不恰当的，但这特性却很适合在近亲之间比较差异。当然反过来说，rDNA编码区域