张献忠攻陷成都。1647年，清肃亲王豪格入川，俘获利、安二位神父，带回北京。清顺治末年，川东巡抚许缵曾之母许太夫人（许徐甘弟大，徐光启的次孙女）从陕西请了穆格我神父来川复兴天主教，在成都、保宁（阆中）和重庆3座城市建立了教堂。1696年10月15日，教宗英诺森十二世批准从福建代牧区分设四川代牧区。1753年，教廷将四川的传教权授予巴黎外方传教会。1815年，嘉庆皇帝强化禁教，将法国籍主教徐德新等11名传教士，斩首于成都，并悬头于城门三日。1856年4月2日，四川代牧区分为“四川西北代牧区”和“四川东