正在出访邦交国的总统蔡英文在Twitter以日文表示「我在国外得知了京都动画纵火杀人事件的消息，并且感到震惊且心碎。京都动画是许多台湾人，青春时的回忆。为逝者祈福，也愿伤者早日康复。」2019年9月5日，日本海上保安厅的9艘船舰为了避开玲玲台风，在台湾海崃、与那国岛北方巡航并开启自动识别系统。2019年9月17日，日本台湾交流协会罕见针对中华民国与邦交国断交发表声明，台北事务所代表沼田干夫指出，日本台湾交流协会由两岸关系及地区的和平与稳定的观点，继续高度关注这次事件，期盼透过两岸当事者之间的直接对话