指导训练的能力强，受到袁的信任。袁世凯任山东巡抚后，王士珍参谋全省军务。他还曾赴日本考察军事训练。1900年（光绪26年）王士珍参与镇压义和团之乱。同年，山东省内的黄河决口，他率工兵队筑垻，减轻了灾情。1902年（光绪28年）春，北洋军政司始设于保定，王士珍任总参议。北洋常备军编成，王士珍任左翼翼长。此后，他历任军学司正使、军政司正使、北洋军第2镇统制官、第6镇统制官。其间，他为北洋常备军的训练和正规化整备贡献了力量。1906年（光绪32年）冬，王士珍被任命为新设的陆军部右侍郎。翌年，他任江北提督兼