八旗蒙古军队亦归驻藏大臣统辖。干隆五十八年（1793年）两广总督福康安领兵平定廓尔喀入侵后，奏请颁行《钦定藏内善后章程》二十九条，再次确定了驻藏大臣及噶厦的职权。章程规定驻藏大臣地位与达赖、班禅平等。达赖喇嘛、班禅额尔德尼、西藏各地大唿图克图的转世金瓶掣签，以及达赖喇嘛坐床典礼，须由驻藏大臣主持。达赖喇嘛等僧官不得直接上书皇帝，须由驻藏大臣转奏。各大寺庙堪布（住持）如有缺出，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选。噶伦及其下的噶厦僧俗官员均为驻藏大臣下属。噶厦办理的各项政务，须由噶伦禀告驻藏大臣及达赖喇嘛，不得擅自