民大会掀桌抗议「万年国代」（中央民代长期不改选）而被宪警抬出场外。1993年，在屏东县当选第二届立法委员，1995年获连任当选第三届立法委员。1997年参选屏东县长，以过半选票当选第十三届屏东县长，击败中国国民党提名的曾永权。担任屏东县长的期间，以「东港黑鲔鱼」和「恆春风铃节」的方式行销屏东县，2001年再度以过半选票连任当选第十四届屏东县长一职，成为首位连任成功的非国民党籍县长。因苏嘉全面色黝黑，加上推销黑鲔鱼有成，使其赢得「黑鲔鱼」的绰号。2004年4月，出任内政部长，在民进党内也任职中央执行委