结合血红素不同的是，细胞色素c通过分子中的半胱氨酸巯基与血红素共价结合。 目前没有细胞色素e，但有细胞色素f（细胞色素c中的一种）。 此外，细胞色素d仅存在于细菌中。在线粒体和叶绿体中，细胞色素常常结合在电子传递和相关代谢途径的复合物酶中。细胞色素P450是一个完全不同的细胞色素酶超家族，命名是根据其还原态（血红素上的铁原子被还原，并结合有一氧化碳）的特征Soret带峰（Soret peak）吸收波长为450nm。这类酶主要参与类固醇的合成和毒物的氧化代谢（解毒作用）。