王敦以诛刘隗、刁协之名起兵，谢鲲向王敦称刘隗只是「城狐社鼠」，反对王敦起兵。王敦听后大怒，命谢鲲出任豫章太守，但却不派他到豫章上任，反倒要他随自己进攻建康，要借助他有才的声望协助自己。同年王敦攻陷建康，及后谢鲲建议任用极有名望的护军将军周顗和骠骑将军戴渊，令因王敦举兵而不安纷乱的群众安心；而王敦亦曾经和谢鲲说要以周顗为尚书令，戴渊为尚书仆射。然而，王敦最终却因忌惮二人的名声而将二人杀害。谢鲲在从未知王敦有杀周顗的意图下得知周顗的死讯，惊愕不己，如亲人逝世一般。王敦参军王峤因力图谏止王敦杀周顗而被收捕并将