任户科给事中，有直声。先后仕礼科右给事中、太常寺少卿、南京太仆寺卿、通政使，崇祯十五年（1642年）擢兵部右侍郎，崇祯帝对他倚重，崇祯十六年（1643年）五月，晋升为兵部尚书。冯元飙并为东林党健将。多智谋，喜弄权术，与兄冯元飏好结纳，并称“二冯”。出任兵部尚书前，冯已是重病在身；任上李自成起义，明朝已风雨飘摇，大厦将倾。河南、湖广地尽陷，关、宁告警。鉴于战事日紧，冯元飇自料不能有所为，八月，托病告归。南明时，跟随福王，弘光元年（1645年）病逝。
逸事.天启间，冯元飇曾被委任为揭阳