天皇之后，更加引起后水尾天皇的愤恨，后水尾天皇为摆脱幕府控制，在无预警的情况下让位于兴子内亲王，是为明正天皇，是日本史上第七位女天皇。奈良时代的称德天皇之后共859年以来的首位女帝。由于年纪还小，实际上仍由后水尾天皇摄政。由于明正天皇是当时三代将军德川家光的外甥女，和德川家有血缘关系，所以在她任内与幕府保持良好的关系。1643年让位给异母弟后光明天皇，成为太上天皇，并由幕府方面得到每年五千石的贡米。明正天皇退位后又多活了50多年。明正天皇先后历经后光明天皇，后西天皇，灵元天皇，东山天皇四朝。直到元禄九年