。干隆十一年（1746年），调任陕西阳平关守备。以忠于职守，勤于治军，保辖区无事。干隆十二年（1747年），大金川事起，两年后，朝廷以大学士傅恆为经略兼四川总督，率兵进剿，深本奉命参战，以功封武德将军，留守甘肃。干隆二十一年（1756年），深本奉甘肃都统之命出抚金厂、巴里坤等部落，不辱使命。以功进怀远将军，旋升山丹营游击。干隆二十五年（1760年），转江西建昌总兵。深本戎马二十余年，为官清廉，不携家眷，至建昌方接妻儿相随。干隆二十七年（1762年）卒于建昌任内。遗属扶柩还乡，归葬南岳。其墓至今尚存。