他单位则迁往第3号馆。最初计画时，新第2号馆将由自治省、消防厅（现隶属总务省）、警察厅与原旧2号馆内的建设省（现隶属国土交通省）与人事院等机关入驻。第2号馆与第3号馆的地下结构是相通的，之间并未设安全检查点，因此可以于两馆之间自由移动。另外，2号馆亦与霞关车站相连接。
入驻机关.中央合同厅舍第2号馆过半数的楼层均由总务省的相关机构使用，该建物的管理亦由总务省负责。