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车站结构.
车站楼层.16号线甘家口站是地下二层岛式车站，车站总长273.9米，总宽23.2米，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，站厅层为3号线预留换乘节点。16号线车站以“三里河秋色”为设计主题，以银杏为代表性设计元素，站厅至站台扶梯旁的玻璃上印有银杏树图案。
站台.16号线甘家口站设有一座岛式站台，位于三里河路地底。站台设有两台通往站厅的直梯。本站月台南端设有一条存车线，现时16号线所有列车皆使用该组存车线进行折返，正线南端