球队遭遇了五连败，排名一度下滑到降级边缘。6月2日对阵另一个同城对手上海申鑫的德比战中，上海东亚以6比1的大胜对手，中止了连败的势头。随后，上海东亚排名在积分榜中游徘徊，并最终以第9名完成了球队的中超处子赛季。
杯赛.在2013年中国足协杯比赛中，上海东亚前两轮轮空直接晋级第三轮。第三轮东亚主场迎战中甲对手重庆力帆,结果东亚最终在点球大战中淘汰对手。第四轮东亚客场挑战青岛中能，最终在点球大战不敌对手，淘汰出局。
季前备战.2012年12月3日，上海东亚队在