局长的行使权力。联邦安全局约有8位的副局长，其中包括2位首席副局长、5位部门或是理事会的副局长、1位代表莫斯科市州理事会的副局长。叶利钦任命米海尔·伊文诺维克·巴斯科夫上将为联邦安全局局长。
历任局长.1996年6月20日俄罗斯总统叶利钦任命米海尔·伊文诺维克·巴斯科夫为首任联邦安全局局长，也任命尼可雷·柯巴莱欧夫为继任局长，现任俄罗斯总统弗拉基米尔·普京也曾经是联邦安全局局长。