伊利沙伯二世于1965年10月批准此设计，而这面旗帜则于1966年5月12日正式成为曼尼托巴省旗。（安大略省议会也是在相似的情况下通过安大略省旗的设计。）省旗的设计于2010年11月15日列入加拿大纹章局的纹章及旗帜名册内。盾牌中的白底红十字来自哈德逊湾公司的纹章，代表该公司由英国人建立；该公司过去曾操控包括现曼尼托巴省地域在内的鲁珀特地带。盾牌底部则绘有一只站在石上的水牛，代表居于当地并在过往以捕猎水牛为生的原住民族。