尽管人们目前还不十分清楚荧光假单胞菌促进植物生长的过程是如何实现的。这其中可能的方式有：假单胞菌促进了宿主植物的系统抗性，使得植物能够更好地抵抗病原体；打败其他的土壤（致病）微生物（如分泌来获取铁元素）；产生对其他土壤微生物有害的化合物，如吩嗪类抗体或氰化氢。上述所有方式均已得到了实验证实。其他具有生物防治功能的假单胞菌还有：，产生吩嗪类抗生素抑制特定真菌病原体生长；产生一种一直格兰仕阳性细菌的抗生素类物质di-2,4-diacetylfluoroglucylmethane。
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