东风4C型机车相同的三级空气滤清系统，第一级为波纹状滤网，第二级为离心式旋风惯性过滤器，第三级为金属骨架纸质滤芯过滤器。冷却辅助室设有冷却水系统和散热装置，冷却系统的设计类似于东风4C型柴油机车。冷却水系统分为柴油机的高温水系统，以及机油热交换器和中冷器的低温冷却水系统。冷却室顶部装有V字形布置的肋片扁管式铜散热器，其中包括8个高温冷却水系统散热器单节和22个低温冷却水系统散热器单节，散热器上面设有一个直径为1800毫米的轴流式冷却风扇。冷却室下部设有静液压变速箱、后转向架牵引电动机通风机、、机油热交换