吉村于进入岐阜县立大垣中学（现在的岐阜县立大垣北高校），但是在中学4年级时退学。之后转入东京私立日本中学（现在的日本学园高校），隔年顺利毕业。1929年，吉村公三郎于松竹蒲田撮影所担任助手见习。入社后、吉村曾担任岛津保次郎、五所平之助、丰田四郎、成濑巳喜男助理导演。1939年，吉村拍摄处女作《女こそ家を守れ》。吉村之后与高峰三枝子、原节子、京町子等女演员合作，因此被称为「女性电影巨匠」。1943年10月，吉村公三郎因为受到政府征招而入伍，担任机关枪队的小队长，前往南方战线。1947年，吉村返回日本拍