刚开始对台湾并无强烈的领土野心。部分官吏认为「台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损」，倒不如「徙其人而空其地」，因此皇帝有意放弃台湾，后因率兵攻台的将领施琅力争，才将台湾併入大清帝国之版图。清治初期，与福建厦门合署台厦道，道署下设一府三县，即台湾府、诸罗县、台湾县、凤山县，隶属于福建省。但是，自从朱一贵事件后，清政府于雍正元年（1723年）不但将台湾与厦门分署，从台厦道升格为台湾道，又在诸罗县北部增设淡水厅与彰化县。雍正五年（1727年），正式于台南运作的台湾道行政区划之下，除既有一府四县一厅外又于澎湖群