王导进位侍中、司空、假节、录尚书，领中书监。早前，司马睿又任命丹阳尹刘隗为镇北将军，驻镇淮阴，表面是防卫北方胡人，实质是为了防备荆州牧王敦。同时，因为司马睿忌惮王敦，连带王导亦被他疏远。但王导仍然处事认真，安守本份。
王敦之乱.永昌元年（322年），王敦以诛刘隗为名，在武昌起兵作乱，并得龙骧将军沈充响应。司马睿闻讯大怒，征征西将军戴渊和刘隗入卫建康。刘隗入建康时百官迎接，令他十分得意；入宫后劝司马睿尽诛王氏但遭拒绝。同时，王导又率子姪二十多人，每日到宫待罪，最终都得司马睿宽恕，并任