地铁票价听证时，均表示很失望，该听证会亦被称为“史上最忽悠”的听证会。虽然遭遇到诸多反对，新票价方案仍然于2010年12月28日起实施。
车站命名和翻译.在一期工程建成初期，车站命名曾引起争议，原因就是站名不够大众化，不通俗。科学馆、大剧院知名度低，建筑陈旧，却作为繁华地区的地铁站名，为公众所诟病；深大站、高新园站、皇岗站的站名与实际位置不符，极易误导乘客。曾有人大代表提出更名的提案，但由于改名成本高昂而未果。仅有皇岗站因实际位于福田口岸而改名。此外，部分车站命名并不符合实际依据，