站埋深为23.76m，为地下岛式车站。由于5号线、11号线在火车南站站换乘，因此该车站设计为地下三层结构。因站厅建立于杭州南站到达层，与杭州南站枢纽融为一体，故本站不设出入口。
未来发展.远期规划中，地铁11号线或将在此与5号线实现换乘。