冠军，得以升上香港乙组足球联赛，初时成绩平平，之后成绩逐渐改善，于2000–01年开始连夺三届季军，在2004–05年球季更获得香港乙组足球联赛亚军，惟最终放弃升班，留在乙组作赛。2005–06年球季，淦源曾经改名为韩中（Korchina），在香港乙组足球联赛中，以 8 胜 5 和 11 负得 29 分的成绩，排联赛第五。一季后，用回原名淦源参赛。淦源于2007–08年球季，夺得香港乙组足球联赛冠军，首次升上香港甲组足球联赛作赛。球队升班后以李思明、梁子骏、梁智驹等前东方足球队球员，以及前港脚史提夫