戈萨总教区晋铎。教宗若望保禄二世于1996年9月22日将他任命为萨拉戈萨总教区辅理主教，领萨萨比领衔教区主教衔。1998年至2004年担任巴瓦斯特罗-蒙松教区主教。2004年11月4日，出任卡拉奥拉暨拉卡尔萨达-洛格罗尼奥教区主教。由于类斯·马丁内斯-席斯塔贺枢机荣休，奥梅拉因此于2015年11月6日调任为巴塞隆拿总教区正权总主教。2017年5月21日，教宗方济各在圣伯多禄广场的主日公开接见后公佈将于同年6月28日擢升若望·若瑟·奥梅拉为枢机。