于途中。任内本州百姓遭遇饥荒，萧复擅自用同州境内的京畿观察使储粮赈灾，被弹劾、削阶，停刺史职。朋友们来安慰他，萧复怡然说：“我让别人受益，稍被惩罚不应该吗？”三年（782年）卸任同州刺史，七月被任为兵部侍郎。建中四年（783年）十月，时值淮西节度使李希烈叛，德宗任皇子普王李谊为荆襄等道行营都元帅，统领讨伐李希烈的各路军队，以萧复为户部尚书、兼御史大夫、元帅府行军长史。因“行”与萧复父讳“衡”同音，特诏改行军长史为统军长史。但李谊还未离京，在长安等候东征李希烈及其他军阀的泾原兵在未能得到应有赏赐后兵变