656年，转太子太傅。659年，任太子太师、同中书门下三品。唐高宗废王皇后、立武昭仪为皇后，长孙无忌、褚遂良强烈反对，于志宁保持中立。长孙无忌被杀后，于志宁连坐、被免职，左迁荣州刺史。664年，转华州刺史。665年，于志宁去世，赠幽州都督，谥号为定。追赠左光禄大夫、太子太师。