日本海的一侧建立一个海军军事基地，1889年（明治22年），舞鹤湾因其湾口狭窄，适合用于防御，且湾内风浪平静适于停靠较多舰船，作为军港有着优良的地理优势。遂决定在舞鹤设立镇守府。然而，由于吴和佐世保是优先建设的关系，舞鹤军港的建设费用主要来自于第一次中日战争结束后清朝政府向日本方面支付的赔偿金。由于舞鹤地区多山地，开削地盘的工程耗费了大量的开支，1899年（明治32年）年底，土地整修的工程接近完成。此时同期开始镇守府各项设施的建设。1901年（明治34年）10月1日，舞鹤镇守府正式开张办公，初代司令长官