由第二军第四师兼任，属第二军代管，1950年5月改由喀什军区领导）、阿克苏军分区、莎车军分区（1950年2月19日成立）、和田军分区。1951年10月26日中央军委命令，新疆军区喀什军区改为新疆军区南疆军区，仍由第二军军部兼任；1951年11月16日在疏勒县举行更名大会。1953年3月，撤销第二军番号，保留南疆军区建制，第二军党委改为南疆军区党委。1985年6月14日，在百万大裁军中，根据中央军委命令，撤销南疆军区。1985年12月31日停止办公，成立南疆军区善后办公室。南疆军区所属各军分区及部队转隶新