1945年，出任国立中央大学校长。1947年赴美，先后在哈佛大学和麻省理工学院等校进行短期访问，从事科研工作。1949年任华东教育部长，同时担任上海交通大学校务委员会主任。1950年赴北京任中国科学院近代物理研究所所长，同年12月任中国科学院副院长。中国物理学会的创始人之一。曾任中国物理学会会长、中国科学技术协会副主席、《中国科学》和《科学通报》主编等。1977年11月30日在北京逝世。
纪念.2000年，中国物理学会为纪念胡刚复等五位物理学界前辈，设立了胡刚复、饶毓泰、叶企孙、吴