，医院骑士团只剩600名可用兵力。有明显的证据表明，奥斯曼帝国的军力曾高达4万人，只有1万5千人最终回到了君士坦丁堡。瓦莱塔大团长宫的圣殿（Throne Room）圣米迦勒及圣乔治大厅挂着由所绘的围城壁画，其中4幅于1576年至1581年完成油画现存于格林尼治的王后宫。围城结束后，一座新城市瓦莱塔建成了。这座城市的名字是为了纪念那位抵御了大围攻的大团长。1571年，它成为了骑士团的总部，并且作为马耳他的首都至今。1574年，罗马宗教裁判所在马耳他成立，取代马耳他原本由天主教巴勒莫总教区管理的宗教裁判