甚至与寺院间发生过多次战争，包括南都烧讨、，至战国时代逐渐被武士势力所掌控。战国时代后期，掌握了畿内一带的松永久秀在奈良一度建立了以控制周边区域，1575年塙直政成为大和守护后，一度成为其居城；但1576年塙直政战死后，多闻山城也随之遭到废弃。江户时代后，幕府将此划为直属领地，在此设立了奈良奉行，现在市区的奈良町地区即从这时期开始发展而成；此外，在现在奈良市辖区的南部和东北部也有部分区域属于津藩和柳生藩。19世纪明治维新后，现在的奈良市辖区曾先后隶属奈良县、堺县、大坂府，直到1887年重新设立了