任北平行营主任兼任（孙中山）奉安委员会委员兼总务组主任。1929年1月1日至25日,国民党中央为削弱各地方实力派兵力,整理全国军事,召开编遣会议,会上成立了编遣委员会.该年3月11日又任命何成濬等为中央编遣区办事处委员。同年,为讨伐桂系,于4月5日建成讨逆军第九军,任命何成濬为军长。不久,何成濬任武汉行营主任,该军结束。蒋桂战争爆发后。何成濬从南京赶赴天津，再致电阎钖山派傅作义将其从天津护送到北平。然后一边游说刘春荣师及魏益山师使其拥护南京中央，一边游说唐生智拥护南京中央并利用其影响力策反桂系中的湘籍部队。