宗主教圣统香港及东南亚都主教教区管理教务。
其他基督宗派.在台湾亦有一些较少与其他教派来往的小型教派，传教方式方式特立独行。例如江端仪在1960年代创立的新约教会，江端仪去世后由洪以利亚带领。新约教会的圣山位于高雄市那玛夏区的钖安山。至于众多国际小教派，如东方正统教会（非指正教会）、旧天主教会、基督科学教会等则无相关社群、仅偶然伴随外籍人士出现在台湾人眼中。在街头及校园等可常见到骑单车穿白衬衫的摩门教（耶稣基督末世圣徒教会）教士。耶和华见证人其基于圣经真理的教义与主流基督教派