年2月15日，日军攻占新加坡后，制造了新加坡大屠杀，辻政信是参与者之一，有证言称辻政信说过“要新加坡华人减半”。后辻政信调任参谋本部作战课作战班长，途中在菲律宾，以大本营参谋指导作战的名义去电本间雅晴中将的第14军，以大本营名义下达杀俘虏命令，并制造巴丹死亡行军。这是战后盟军把他列为战争罪犯通缉主要原因。山下奉文曾在他的日记中写道：“这个男人太过自以为是，不过有一点点小小的才干，其实是个不足托付国家大事的小人物，使用上要加以注意。”此外他好大喜功的曾要求将重要地点的占领日确定为纪元节，天长节，陆军纪念日