化学相似性（或称为分子相似性）是指二个元素、分子或化合物在结构上的相似程度，或是在参与化学反应时效果的相似程度。若是探讨在生物上的效应及其相似程度，一般会使用化合物的，否则会使用化合物的活性度来衡量参与化学反应时的效果。化学相似性（或分子相似性）的概念是化学信息学中最重要的主题之一 。在化合物性质预测或设计特定性质化合物的现代研究中，化学相似性都有重要的作用。而有些药物设计研究会利用大型化学品资料库进行筛选，也和化学相似性有关。上述研究的基础是Johnson和Maggiora的相似性质定律：「相似的化合