入印尼武装部队（"Tentara Keamanan Rakjat / TKR"），苏哈托也在印尼正式独立时，晋升到了少校的位置。他受命指挥第一军团的第五营，此营原隶属苏达索诺（Sudarsono）上校所属的第六师。1945年10月前，这个师控制了整个日惹，负责管理尚未遣返的投降日军。盟军随后抵达印尼，企图将印尼恢复战前状态。英军从其佔领的三宝珑进军日惹，引发共和国军的抵抗，他们不想再次回到荷兰的统治之下。1945年10月-12月，双方在马格朗和（Ambarawa）进行一连串的战斗。共和国军击退英军，迫使