60年之间，北凉在这段时期统治着高昌，北凉的统治对高昌佛教的发展起到了非常重要的作用。《北史》记载，高昌国有八城，皆有华人。北凉灭亡后，到麴氏高昌时，皇室对佛教的重视只增不减。据《西州图经》记载，在唐朝时吐峪沟石窟被称为丁谷窟，佛窟规模不减，并有修缮。高昌回鹘期间，石窟被修缮。数百年间，吐峪沟石窟荣登东疆第一宝窟之位。至公元15世纪时伊斯兰的到来，吐峪沟石窟遭才被废弃。
近代考古及现状.19世纪中20世纪初，俄日英德等国探险队先后深入吐鲁番等地，窃取了大量文物包括壁画、 雕刻、泥塑