刘劭篡位后，江州刺史武陵王刘骏、荆州刺史南谯王刘义宣及会稽太守随王刘诞等分别起兵讨伐刘劭，并奉武陵王为主。四月，讨伐刘劭的军队逼近建康（今江苏南京），刘劭就怀疑义恭，特意命他住在尚书下省，另命义恭诸子住侍中下省。当时刘劭想杀掉三镇留在建康的家属，义恭与何尚之成功劝阻。当时萧斌及刘劭弟始兴王刘濬劝刘劭派水军与讨伐军决战，义恭见讨伐军水军简陋难战，故特意提出以逸待劳作拖延，并博得刘劭取信。后两军于新亭交战，义恭一直跟随刘劭，未能脱身。至刘劭败后，义恭谋取石头城，但因萧斌等先守而不果，于是借派往东堂选将的机会骑马