父亲一样，自幼熟读兵书，喜欢练武，有次练武时不小心伤到一只眼睛，只剩一眼能见事物，因而得到「目仔少爷」的称号。1868年林朝栋与杨水萍结婚，婚后杨水萍鼓励他考取功名，但林朝栋对考试没兴趣，故无未听从妻子的建议。1870年，林朝栋二叔，林家当时的家长林文明被控侵占虏人以及带头威胁官府等罪而被官府密谋，被凌定国突然斩杀于审堂之上。因此，林家在林朝栋祖母林戴氏与叔公林奠国带领下，展开长达15年的诉讼案件，其间并四度前往北京控诉，而林朝栋也曾前往福州和北京诉请冤情，但始终没有结果，不过因捐官而获得兵部郎中之职务