公庙地区为一街庄，称为「王公庙庄」，隶属于小竹下里。该庄西北与中林仔庄为邻，北与二桥庄为邻，东北与潭头庄为邻，东南边为林仔边庄，南边及西南边为港仔埔庄，西边一小段与凤鼻头庄为界。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于凤山厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「林仔边区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，林仔边区改隶属于台南厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「王公庙」大字，隶属于高雄州凤