在江户时代结束前，加佐郡的大部分地区皆为丹后田边藩之领地，仅西部小部分区域隶属和幕府直属领。1869年实施版籍奉还后，丹后田边藩由于与同名之故，改使用田边城的别名为舞鹤藩，1871年实施废藩置县后加佐郡改隶属新设立的舞鹤县和宫津县，但同年立刻又被併入丰冈县，直到1876年丰冈县被废除才被併入京都府。1879年实施时，正式的设置了近代的行政区划「加佐郡」，郡役所设于舞鹤（位于现在的舞鹤市）。