南市，台南一中毕业，大学时就读国立台湾大学土木工程系，大三时曾担任台大土木工程系学会会长，1977年毕业。服役时入陆军工兵学校受训，为第廿七期预备军官。1980年10月赴美国留学，1981年入北卡罗来纳州立大学攻读土木工程硕士。郭倍宏在高中时期曾加入中国国民党，并曾为司法行政部调查局线民监视校内团体；然而1979年高雄市发生美丽岛事件，使他对国民党有了重大改观。郭倍宏的阿姨丁窈窕在台湾白色恐怖时期的1956年被枪决。作家林文义所着的书《菅芒离土：郭倍宏传奇》于1989年发行初版时也记载郭倍宏有「校园特务