齿常之在青海七年，吐蕃对其深畏惮之，不敢擅开边隙。嗣圣元年（684年），黑齿常之升任左武卫大将军，仍然检校左羽林军。
唐朝干城.武则天掌权后，为巩固自身统治，大力任用黑齿常之等边将。684年，徐敬业在扬州起兵反对武则天，十一月初四，武则天令黑齿常之率军进讨，十一月十八，平定徐敬业起义。武后垂拱元年（685年），黑齿常之开始主管全国边务。垂拱二年（686年），后突厥汗国可汗骨咄禄入侵河东道，黑齿常之迁任左鹰扬卫大将军、燕然道副大总管，率军抵抗，在两井之战中取得大胜，进爵燕国公