任职可法幕府时捉刀。崇祯十六年（1643年），镇守武昌的左良玉扬言就食金陵，一时人心惶惶；南京兵部尚书熊明遇以侯恂对左良玉有恩，请侯方域假託父亲的名义致书退之。不料与复社成员有仇的阮大鋮趁机诬陷侯方域与左良玉联络，是要做内应。侯方域避祸宜兴，借住在陈贞慧家中，仍在弘光元年（1645年）一月被逮捕而卒获释。遭逮之际，侯方域以家眷託陈贞慧，并为儿女定亲，从此两不相负。不久阮大鋮入弘光朝廷为官，继续迫害复社人等，将陈贞慧逮捕入狱；侯方域以数千两银游说高官，才使陈贞慧获释。入清后，侯方域参加科举，应河南