陕甘总督节制。甘肃新疆巡抚下设甘肃新疆布政使一员，主管新疆行政；甘肃新疆提学使一名，主管新疆教育；抚标（巡抚直属军队）4营，兼辖喀拉噶巴尔逊、玛纳斯、济木萨、库尔噶喇乌苏、吐鲁番、精河各营。各道下设道员、知府、同知、县令。新疆提督一名，从一品。受甘肃新疆巡抚和陕甘总督节制。负责除伊犁将军辖地外的新疆军务和驻防。提标（提督直属军队）5营，兼辖回城协2协（驻哈密）、莎车2协、英吉沙、和田、玛喇巴什各1营。下辖正二品总兵两人，阿克苏总兵4营，巴里坤总兵4营，满营城守尉各一名。