寒热之分的药材制成，所以服用不当会令病情恶化。另外，猴枣散并不能用作保健药来强健身体。中医认为因其药性苦寒，如经常服用，会损害人体元气，导致肺脾虚损，用法不当会造成婴幼儿腹泻。亦会抑制小孩长高的情况以及影响身体发育。部分猴枣散为增加定惊安神的作用，会加入朱砂等矿物，过量可能导致肝肾毒性。2011年，香港卫生署因汞含量超标、药粉重量超标召回万应猴枣散等多款儿童用中成药。2013年，中国科普作者方舟子曾质疑猴枣散中全蝎有强毒性，细辛含有毒物质马兜铃酸，会对肾脏造成不可逆的损伤，且与肝癌有关，唿吁禁止使用此种