发贫血，必须洗肾，一度住进台大医院治疗，此后固定每週洗肾三次，定期回台大追踪治疗。圣严法师在2008年12月31日到医院接受定期检查后，发现罹患泌尿道相关癌症，在医护人员建议下，于2009年1月5日入住台大医院进行治疗。后于17日当天向医院请假外出，回到北投农禅寺、云来寺与祖庭文化馆，与信众见面。因多年肾脏病缠身，台大医院曾建议换肾，但圣严法师仍坚持不换。法鼓山一名法师说：「师父本身对生死有一定的看法，他的佛法观念就是，色身败坏是一个自然的结果，不用再去做额外的事情。师父也讲过说，他已经那么老了，换一个新的