便有传言称孙怀山可能因涉嫌贪腐落马。但在2016年调任全国政协港澳台侨委员会主任后，外界认为其问题并不严重，打破了此前的传言。2017年2月7日，孙怀山在中共金湖县委书记张志勇陪同下调研大佛寺，此后坊间再度传出孙怀山可能落马的消息。2017年2月26日《明报》报道，孙怀山在农历年假期后因涉及贪腐被中央纪委带走“双规”。2017年2月27日，政协第十二届全国委员会常务委员会第十九次会议在北京开幕，七个专委会都由主任汇报工作，惟有港澳台侨委员会由副主任杨衍银汇报，主任孙怀山缺席。2017年3月2日，据中央纪委监