渗透”的过程中，通过质子穿过这层膜的运动，将能量从电子传递链转移到ATP合酶中。实际上，这就像一个简单的电路，质子通过电子传递链中的质子泵酶，从膜带负电位的N端流向带正电位的P端。这些酶如同其中的电池，做功来驱动电流在回路中流动。质子的移动产生了跨膜电化学梯度，这通常称为“质子动力”。它包含两部分：质子浓度差（H梯度，ΔpH）和电势差，其中N端有负电荷。ATP合酶接通电路，让质子顺着电化学梯度流动，回到膜的N端，从中释放储存的能量。这动能驱动着酶的部分结构旋转，并与ATP的合成相偶联。质子动力的两种