年8月前凤翔号仍作为训练这些战机的母舰运用，1940年11月改装时为考量船体复原性将高射炮更换为九六式25毫米高射机炮，并再度延长飞行甲板。复役后的凤翔号在1940年11月15日编入第三航空战队（司令官角田觉治），母港由横须贺改至吴港。同战队舰艇有龙骧号航空母舰和羽风、秋风、太刀风号驱逐舰。由于飞行甲板长度不足，加上升降机等基础设备限制，日本海军在1940年12月的评估中认定凤翔号已经不适合操作像是零式舰载战斗机等新型战机，顶多只能做为舰载机转降平台，这也让日后凤翔号的运用大幅受限，这时候的凤翔号只操作九六