。 该系统根据真菌形态和产孢方式将半知菌亚门分3个纲： 
半知菌分类与命名的交叉问题.根据国际命名法规，每一个生物的种只能有一个合法的学名。但是，一部分子囊菌和担子菌的无性阶段被归入半知菌，有性阶段又被划入子囊菌门或担子菌门中，导致同一个真菌种被交叉划分在不同的单元中，同一个种有两个学名。因此，1992年在美国俄勒冈州新港(Newport, Oregon)召开的真菌全型会议(Fungal Holomorph Conference)上决定废除半知菌亚门这一分类。然而现在许多