被免疫系统中的肺泡巨噬细胞吞噬后可以在肺中造成感染，有些新型隐球菌可以在巨噬细胞内存活，导致感染的潜伏期，对抗真菌剂的抗性，甚至因此有能力侵犯其他器官。新型隐球菌在巨噬细胞内会启动抗氧化压力的基因表现，以避免被巨噬细胞胞内的自由基破坏，另一种抗性机制与减数分裂有关，多数新型隐球菌都是a交配型，a交配型的菌体的细胞核一般是单套，但也可能发生「单核体结实」（monokaryotic fruiting），细胞核分裂后再核融合后形成厚垣孢子，双套的厚垣孢子可以行减数分裂产生担孢子 ，此一过程受到基因（与其他真核生物