联侵略阿富汗之际，他成为圣战者，同苏联傀儡政权阿富汗民主共和国的军队展开游击战。他作战英勇，在对苏军作战中曾四度负伤。1986年，在喀布尔郊区的一场战斗中，奥马尔失去了右眼。养伤期间途经奎达的一所伊斯兰学校，在此期间他与被誉为“全球圣战之父”的阿卜杜拉·优素福·阿扎姆相识并拜他为师，广泛传播圣战思想。奥马尔后来前往卡拉奇说教，在那里他认识了着名的奥萨马·本·拉登。1989年，苏联军队自阿富汗撤退，阿富汗随即。1992年，苏联扶植的纳吉布拉傀儡政权垮台，奥马尔回到坎大哈，组建伊斯兰学校。1994年，奥马尔