死源赖家岳父比企能员一家及赖家的长子源一幡，废黜了源赖家将军之职，流放他到伊豆修禅寺(静冈县伊豆市)中幽禁。北条时政立赖家之弟、年仅十二岁的源实朝为鎌仓幕府第三代将军，自为幕府政所别当（幕府最高行政机关的首长），开始称为鎌仓幕府执权，代将军掌管幕府实权。元久元年（1204年），北条时政又派遣刺客暗杀源赖家。元久二年（1205年），北条时政又平定了有力御家人畠山重忠父子的叛乱，同年8月，受后妻牧之方等的怂恿，阴谋杀害源实朝，而另立女婿平贺朝雅为将军，但遭北条政子、其子北条义时的反对而失败，北条时政从此退隐