医院的前身加拿大教会医院创办于1908年，1929年更名为仁济医院，1951年中华人民共和国接管仁济医院，并将之更名为川南第二医院。1953年，川南第二医院与原自贡市立医院合并为自贡市人民医院。1974年，原自贡市人民医院外科部从院中拆分出，组建自贡市第四人民医院。2003年和自贡卫校（现四川卫生康复职业学院）实质性合并组建自贡市仁济医学中心，2008年增挂自贡市传染病医院牌子。
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