酰胺键连接到多肽C-末端，然后连接到乙醇胺，然后连接到各种各样的糖，最后连接到磷脂酰肌醇脂质部分。最后，肽侧链也可以共价修饰，例如，上面列出的大多数多肽修饰发生在翻译后，即在核糖体上合成蛋白质后，通常发生在真核细胞的亚细胞内质网中。化学家已将许多其他化学反应（例如，氰基化）应用于蛋白质，尽管它们未在生物系统中被发现。
切割和连接.除了上面列出的那些之外，一级结构的最重要的修饰是肽切割（通过化学水解或通过蛋白酶）。 蛋白质通常以无活性的前体形式合成;