。十八年（1943年）4月，警备府转移至高雄，设置高雄警备府，原马公警备府改编成马公方面特别根据地队。战后于1946年4月30日废止。
文化资产.高雄警备府主建物在战后改名为「镇海楼」，1949-1954年作为中华民国海军总司令部官舍使用、后又改作为海军教育训练暨准则发展指挥部使用，2019年以「原日本海军高雄警备府(左营海军镇海楼)」之名，被列为历史建筑。