往来的事最终被发现了，卢克雷齐亚的家人命令她引诱阿方索回到罗马，之后他们在内皮见面并在1499年9月回到梵谛冈。卢克雷齐亚在1499年11月1日产下他们的孩子，与她父亲同名的。
谋杀.在1500年7月15日的傍晚，阿方索在圣伯多禄大殿的入口台阶上被数个杀手袭击，并且被刺中头部、右手臂和腿，当刺客准备将他带走时，阿方索的卫兵赶到并将刺客们打跑。阿方索被带到金碧地利圣母堂疗伤，但由于他的病情并不乐观，之后被带到波吉亚塔，由他来自那不勒斯的医生、他的姐姐珊莎以及他的妻子卢克雷齐亚照顾。