杨廷和遂称病不入朝，武宗于是传旨军队出发南征，尽管当时御史王阳明已经起兵勤王，平定了宸濠之乱。武宗南巡总共两年。杨廷和留守朝中负责，因为他做事镇静稳重，遂被朝廷内外推重诚服。他前后请求武宗回驾的奏疏共有数十封，均没有得到省察。武宗从南方返回后，驻扎于通州。杨廷和等人列举古代案例，请武宗回大内御殿举行受俘仪式，然后将叛逆被擒的朱宸濠等人正法。但武宗此时已因落水染疾而深感不适，他于是召杨廷和等到通州接受要务，并于行在寓所将朱宸濠等诛杀掉，再返回京师。
选立皇嗣与总揽朝政.正德十五年