抗生素、毒素、激素、色素等。不同种类的微生物所产生的次级代谢产物不相同，它们可能积累在细胞内，也可能排到外环境中。代谢的调节微生物在长期的进化过程中，形成了一整套完善的代谢调节系统，以保证証代谢活动经济而高效地进行。微生物的代谢调节主要有两种方式：酶合成的调节和酶活性的调节，前者是通过调节酶合成的数量实现代谢调控，后者是通过改变酸碱环境或酶结构来实现对代谢的调控。另外人工控制微生物代谢的措施包括改变微生物遗传特征，控制生产过程中的各种生化条件等。
主要分类.微生物主要分为以