当荒木村重反叛织田信长之时，曾与村重一起出兵攻打信长，但是后来妹婿古田重然前来劝说，最后使清秀在有冈城之战背叛荒木村重，投降信长，反攻村重的侧翼。之后陆续担任丹羽长秀及池田恆兴的部下。在本能寺之变后，成为羽柴秀吉的部下。天正11年（1583年），在贱岳之战中担任秀吉方第二波先锋，与高山右近、三好秀次防守大岩山砦，遭到柴田军勐将佐久间盛政的勐攻而战死，享年42岁。次子秀成其后成为丰后国冈藩初代藩主，延续直到幕末。