西亚首都吉隆坡建立大使馆，马来西亚驻大马士革大使馆则于翌年2002年建立。2003年，叙利亚总统巴沙尔·阿萨德访问马来西亚，时马来西亚最高元首端姑赛西拉祖丁亦在同年访问叙利亚。2005年，叙利亚与西方国家的关系因受到一系列经济和政治制裁而被削弱，例如美国召回驻大马士革大使，这些政策让叙利亚更加重视与其盟国伊朗和俄罗斯以及东方国家特别是中国、印度和马来西亚增强关系，由于马来西亚与叙利亚一样大部分国民为穆斯林，故马来西亚得以从中受益，一些叙利亚精英贵族把他们的孩子送往马来西亚学习英语，而不是有如以往般送往西