日军以海陆空夹击而迅速被击溃。12月25日，日军攻入湾仔并逼近金钟海军船坞，由于英军弹药不足，在孤立无援下亦无法扭转败局，总督杨慕琦为免徒增伤亡，于下午决定投降，而驻守炮台的守军接到投降的消息后，随即破坏炮台设施，避免炮台被日军利用。1945年8月香港重光，香港仔炮台因为没有实际需要而被废弃，炮台的设施亦被移除。随着鸭脷洲的发展，多个住宅项目陆续落成，炮台所在的玉桂山需要兴建玉桂山配水库等水务设施应付岛上人口增加的需求，炮台的大部分建筑物亦因此被拆卸，现在只剩下少数营房及掩体的遗迹。