穗车站是一个设有2座岛式月台（月台长度：135米、215米）共4条乘车线的地面车站，其中2条留置线主要是提供给自札幌车站折返的列车暂时待避使用。车站本体与月台区位于整个站区的南侧，而车站北侧大部分的土地都是车辆维修厂与调度中心的用地。职员配置车站，设有绿窗口（营业时间5时30分至20时00分）及自动闸机。
货运.JR货物目前还有在苗穗设置货运站，但主要只提供车携货运（）的临时收发件服务，并无货运列车停靠也没设置任何专用线。在货运业务最盛的1970年代，苗穗车站曾经设置有通往26