。1939年，被委任为教务长（主任），主持学校的教育行政工作，颇见成效。同年，方加聘留日雕塑家肖传玖、留法画家及艺术评论家唐隽等为教授。1940年，由于校内人士矛盾，该年暑假末被续聘，引起学生不满，攘成严重学潮，藤固、常书鸿均被解职，数名学生如丁天缺等被迫离校。该事件后被称为「安江学潮」。同年秋，方干民为天主教神父雷鸣远绘制大幅油画像，及为梵蒂冈中国天主教会总主教于斌画像，于斌回赠一张自己的照片留念。1941年，会见国民党中央执行委员会党史编纂委员会主任张继，建议设立一史画部门，得张氏允许，