A类基因（影响萼片和花瓣），B类基因（影响花瓣和雄蕊），C类基因（影响雄蕊和心皮）。这些基因编码转录因子，在开发过程中结合在其各自的区域中导致组织规格。虽然通过拟南芥花发育的研究，但这种模式一般适用于其他开花植物。
光觉.感光光敏色素A，B，C，D和E介导的红色光为基础的向光性反应。理解这些受体的功能，帮助植物生物学家理解调节，萌发，黄化现象，和避荫的植物信号传导级联。蛋白检测UV-B光并排解响应这种DNA损伤的波长。拟南芥被广泛用于向光性，叶绿体定位，气孔开度和其他受蓝光