柜买了5万8000元的衣服，其中5万元以礼券支付，另8000元付现。柜姐开8000元发票给他，吕学樟质问为何不是5万8000元？柜姐解释礼券在购买时已开了发票，吕学樟不满，怒甩发票离去。
太阳花学运.2014年，吕学樟借考察中央研究院之机会，对参与太阳花运动的副研究员黄国昌实行政治检查，引发网路广泛讨论。外界质疑，司委会考察中研院是针对黄国昌个人，而其为太阳花运动成员并参与决策；同时，外界亦担忧此行为会造成中研院寒蝉效应。吕学樟表示，黄国昌虽已违反行政中立原则，「但他只是个副研究员