战时期，经济部组织亦常有增减改隶等变动。1946年5月，资源委员会改由行政院直辖。1946年6月，行政院全国水利委员会改组为行政院水利委员会。1947年4月，行政院水利委员会改组为水利部。1947年12月行宪之后，经济部曾一度改回「工商部」与「全国经济委员会」。1948年8月，全国经济委员会裁撤。1949年4月，国军内战失利南退，迫使中央政府决定南迁。为简化中枢行政起见，以统筹主管全国经济行政及经济建设事务，1949年5月10日总统令制定公布《经济部组织法》，将工商部再度改回「经济部」，设置工业司、矿业