1947年行宪后，蒋中正就任中华民国总统，此地改为中华民国总统府。1948年5月改挂了木包金“总统府”三个大字，大门上的“国民政府”四字被周钟岳的手笔“总统府”取代。1949年初，在国共内战中面临失败的中华民国政府迁往广州。4月，中国人民解放军发动渡江战役，24日凌晨35军占领总统府。1949年中华人民共和国成立后，此地一直是江苏省政府、政协等政府机关的办公场所。1980年代开始，政府单位陆续迁出，1982年以太平天国天王府遗址名义成为全国重点保护文物，1998年在总统府旧址上筹建南京中国近代史遗址博物