航货运开设了首条从广州始发的货运航线：广州－阿姆斯特丹。2010年11月3日，在荷兰阿姆斯特丹举行的国际航空货运协会航空货运论坛暨博览会上，南航货运与天合联盟正式签署了入盟对标协议。南航货运按计划加入天合联盟货运，成为中国首家加入国际航空货运联盟的航空公司。2018年11月15日，中国南方航空发布公告，决定自2019年1月1日起不再续签天合联盟协议。有分析称南航此次退出该组织是为了未来加入寰宇一家而做的准备。2019年12月24日，中国南方航空货运有限公司正式注册成立，注册资本10亿元，接手南航