得后者之佛教色彩增强。以佛法护佑国家为由，鹿岛大明神（タケミカヅチ）及香取大明神（经津主神）迁座至御盖山（即奈良县奈良市三笠山），受本地垂迹思想影响，祭神称为权现。本殿以外的摄、末社也受到本地垂迹影响：有一份名为《春日权现灵验记》的绘卷，相传乃作为法相宗之教学或成唯识论之学习者为了维护春日权现而作。当时盛行「春日曼荼罗」，大多描绘本殿（一殿至四殿）、若宫等地本地佛。
神佛习合与分离.明治维新的改革运动提倡神佛分离、废佛毁释，春日权现遭到废除。在经济财力恶化下，兴福寺的僧侣大多还俗