早上(公众假期除外)繁忙时间将军澳线採用2+1制度，所有列车以（北角）为下行终点站，每2班列车有一班以康城为上行终点站，其余则以宝琳为上行终点站。即3班列车採用以下编排：此外，由2012年8月27日起，星期一至五早上约8时30分，港铁安排一班由列车将军澳站起接载乘客往北角站，以舒缓将军澳站月台挤逼情况。由2012年11月12日起，增加一班由康城站往北角站列车，于7时12分开出。受2019新型冠状病毒疫情影响，各项防疫及抗疫措施令市民减少出行，乘客量大幅减少。港铁曾在2020年2月29日至10月18日