领地，由足利氏的谱代家臣代管，征收年贡。幕府也向各地守护、地头课税。此外，幕府还在交通要道征收关税。在足利义满的时期，幕府开始在京都对高利贷行业征收土仓税，对酿酒行业征收酒屋税。日本与明朝的对外贸易也是室町幕府的重要财政收入来源。中国的元末明初时期，九州和濑户内海地区的武装商人集团也从事对外贸易，不过在商业不顺利的情况下，他们就变为海盗（倭寇），骚扰中国和朝鲜沿海地区。明朝建立后曾派出使者，要求室町幕府禁止倭寇。应永4年（1401年），足利义满下令九州探题，要求禁止倭寇，同时向明朝派出使者，建立邦交。足