直犹豫不决，刘裕亦迅速返回建康，诛杀诸葛长民。义熙十年（414年），刘穆之进位前将军。次年（415年），刘裕率兵讨伐司马休之，留中军将军刘道邻监留府事，刘穆之加任尚书右仆射，领选，留府事无大小都由他决定。义熙十二年（416年），刘裕北伐后秦，留世子刘义符监太尉留府，刘穆之再次留镇建康，转尚书左仆射，领监军、中军二府军司。刘穆之在建康总掌朝政，又要支援在外出征中的军队，做事来也十分顺畅。义熙十三年（417年）九月，刘裕灭后秦，佔领关中，并打算以关中作基地继续进行北伐。但刘穆之于十一月辛未日（11月27