备行动时，海上自卫队暂时行使海上保安厅任务，因此海上自卫队比照适用、。现在海上保安厅的定翼机飞行员是委託海上自卫队的进行训练。
防卫大臣的指挥权.第80条规定，自卫队防卫出动与治安出动时，若有必要，可由内阁总理大臣命令纳入防卫大臣指挥。这是来自于初期海上保安厅（之后的海上警备队与海上自卫队）的成立原型美国海岸防卫队，在战时接受美国海军指挥的设定。但由防卫大臣指挥时，其行动范围与活动权限与平时相同（特别是武器的使用必须服从）。依自卫队法施行令第103条，防卫大臣是透过海上保安