续对抗由刘毅所统领的讨伐军队。义熙元年（405年），刘毅等军攻下江陵，司马德文亦与安帝一同在何无忌护送下返回建康。回建康后，司马德文迁大司马，并于义熙四年（408年）加领司徒。
参与北伐.义熙十二年（416年），刘裕预备北伐后秦，时刘裕图以晋室名声安抚北方人民，故想奉司马德文之名北伐，司马德文因而上书出兵，以修谒晋室山陵，最终刘裕就与司马德文一同率兵出发。义熙十三年（417年），刘裕成功灭亡后秦，同年年末班师东归，司马德文亦跟随，至次年（418年）夏季，刘裕到达彭城（今江苏徐州