998年至1999年初，中华民国政府制定颁布《犯罪被害人保护法》、《犯罪被害人保护法施行细则》及《财团法人犯罪被害人保护协会捐助及组织章程》，以保障人民权益兼促进社会安全。1999年1月21日，犯罪被害人保护协会经提报奉法务部核准成立，于隔日向台湾台北地方法院办理财团法人设立登记，并正式成立于同月29日。1999年4月1日，该组织于中华民国法务部下辖各地方法院检察署所在地成立办事处，并于其中个别设置主任一位及工作人员等职务，以负责执行辖区各项保护工作。2003年12月11日，该组织所属各地办事处改制