国民政府逮捕入狱，在狱中7年坚持不屈。抗日战争全面爆发后，1937年10月惠浴宇被释放出狱，随后到延安进入中国人民抗日军政大学学习。抗日战争期间，惠浴宇受中共党组织和陈毅的直接派遣，赴苏中开辟苏中抗日根据地，创建了苏中地区第一个县级抗日民主政府——江都县抗日民主政府，并任县长。该地区成为新四军挺进江北的先头阵地，为开辟苏北抗日根据地创造了条件。新四军东进后，惠浴宇又奉命率部分武装完成了恢复江都、开辟兴高宝抗日根据地的任务，使苏北抗日根据地与淮南抗日根据地连成一片。他历任中共苏中工委书记，中共苏北临时特委