宗教批判.方舟子对宗教持批判态度。在新语丝，方舟子作为无神论者多次批评基督教。他揭露重庆道士李一与唯一教、奥修静修会的邪教性质，及质疑李一动辄半年的辟谷、长达两小时的胎息等非常传奇的个人经历。2011年2月5日，方舟子与歌手王菲在网络上展开了一场对「一尊佛像」的见解，方舟子认为公众人物的宗教信仰宣传会误导大众。但方舟子也主张宗教信徒应享有信仰自由的权利。
对基督教的批判.方舟子对基督教的批判尤为深入、持久，在新语丝网站上专门设立了“批判基督教专辑”。9