洪森放弃学业，加入柬埔寨共产党（又称红色高棉、赤柬）的游击队，改名为洪森，历任连长、营长、团长。洪森在1975年4月16日的一次战斗中失去左眼，因此需要配戴「义眼」代替。1975年，赤柬攻占金边，推翻了龙诺政权之后，柬埔寨共产党总书记波布进行了大规模屠杀，许多民众与赤柬重要干部遭到残酷的迫害。1977年6月，洪森与赤柬东部大区第二十区党委书记谢辛、省委书记韩桑林等地区领导人越境投靠越南，并迅即成为反对赤柬势力的重要领袖。在越南人民军第七军区的帮助下，由洪森为指挥员的125团于1978年5月12日在越