6月的第二次长州征伐担任海军总督并击退幕府舰队，夺回了周防大岛。而在小仓方面，于序盘攻势时与肥后藩在小仓城的战斗势均力敌，使得长州藩的局势一度呈现好转的状态。由于幕府军总督胆小寡断而激怒了加入幕府军的诸藩们，他们威胁随时要撤兵。7月时则因为收到将军德川家茂死去的消息，使得小笠原决定撤退，此事因此决定了幕府的败战。这次的败战使得幕府的权威大大的坠落，成为庆应3年（1867年）11月大政奉还的巨大转捩点，但是晋作自己却在此时患了肺结核，于是不得不在樱山展开疗养生活。同年的5月17日（庆应3年4月14日），还