其所结合的蛋白的行动进行调控；而除去磷酸，则是一种反向作用(如果磷酸化是激活作用，则去磷酸化就是抑制作用)，磷酸酶就在这里扮演了重要的角色。
蛋白磷酸酶.
丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白磷酸酶.磷酸化的丝氨酸和苏氨酸在生理条件下十分稳定，因此可以需要用磷酸酶来除去磷酸，以进行调控。已知的四种丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白磷酸酶如下：前三种酶的催化结构域具有序列同源性，但底物特异性不同。通过细胞内定位和特定的抑制蛋白，可以对丝氨酸/苏氨酸特异性蛋白磷酸酶进行调控。