是1684年由施琅入台后改为妈祖庙，但近来学者指出明郑时期东宁一地已有天妃宫，宁靖王舍宅的对象即是当时的住持僧圣知。该庙是全台最早由官方兴建且列入官方祀典的妈祖庙，其在台湾府城也有重要地位，为府城公庙，是以大天后宫举办迎妈祖活动时，可以跨越府城内各个庙境募集经费，有「通城虎」之称。此外府城各庙举办庆典时，都会将第一号轿番签保留给大天后宫妈祖。此外由于大天后宫原为宁靖王府邸而在政治上亦有重要象征地位，故施琅当时在此接受郑克塽的投降并立「平台纪略碑」，台湾民主国第二任总统刘永福将此作为「总统府」。Sec