公元一世纪克劳狄一世统治期间，一场大火毁灭了波隆那，虽然尼禄后来重建了这座城市，但城市一直衰败不堪。历罗马帝国灭亡后，它作为拉温纳督主教区的重要城市频遭哥特人洗劫。后来圣白托略（San Petronio）重建城市，并修造波隆那圣斯德望圣殿。伦巴底国王利乌特普兰德在728年佔领这座城市，成为伦巴底王国的一部份。8世纪末，查理曼在哈德良一世的恳求下进攻伦巴第王国。774年法兰克人佔据波隆那，成为卡洛林帝国城市。波隆那大学于1088年建成，成为欧洲有史以来第一所大学。在13世纪，波隆那已是欧洲第五、六大城市，