病无法前往，不久即病逝。开皇末年，隋炀帝为太子时，设置了四个道场。606年（隋大业二年），吉藏奉命住持扬州的慧日道场，并给予丰渥的奖赏，在此时写作了《三论玄义》一书。他在此时与僧粲论师进行辩论，往复四十余次，最后获胜，声名因此更盛。隋炀帝后来又在首都长安设立日严寺，请吉藏前往居住。619年（唐武德二年），唐高祖成立十大德来管理众多僧众，吉藏成为十大德之一，曾经居住过实际寺与定水寺。唐齐王李元吉钦佩吉藏的风范，请他当自己的老师，邀请他进入延兴寺。623年（武德六年）五月，过世，享年75岁。Sect