有一个清楚确定的目标，就是要建立地方教会里团体的见证。他认为建立教会，建造基督的身体，使个人的基督，扩展为团体的基督，是神在今天的主要工作。因此，他无论传扬福音、教导圣经、造就青年信徒、带领特会或训练、并出版文字，都是为此目标。他在这方面的代表作有《工作的再思》《圣洁没有瑕疵》《教会的正统》以及《聚会的生活》等。倪柝声主张恢复到使徒时期的教会生活，效法圣经中初期教会的榜样，提出一地只能存在一个教会的地方教会原则，亦公开谴责宗派的罪恶，自然造成各宗派团体对他的反感，批评这是属灵上的骄傲。倪柝声亦主张恢