云任督办公署总参议。1932年，刘镇华调任豫鄂陕边区绥靖督办，督办公署驻河南南阳，马步云仍任总参议。1933年5月，刘镇华任安徽省政府主席，马步云任安徽省政府委员兼民政厅厅长，曾代理过安徽省主席。1937年5月，安徽省政府改组，马步云调往南京任国民政府行政院参议。七七事变后不久，南京疏散人口，马步云携家回西安，任国民政府军事委员会委员长西安行营设计委员。1939年，他当选陕西省临时参议会参议员。1941年6月，熊斌任陕西省政府主席，7月马步云任陕西省政府委员。1944年熊斌离任，马步云任教于西安北洋工学