，终于清楚自己的使命，便和女主角崔妮蒂（Trinity）两人强行攻入位于地表，人类几乎无法进入的机械城市。虽然在重重阻碍中，尼欧借由救世主不分世界的超能力成功进入机械城市，但崔妮蒂在此牺牲。尼欧进入机器城市后，与身为机器首脑的机械主（其地位相当于诺斯底主义中的上帝，详见「缓和二元论」处）达成停战协议。而代价是尼欧必须进入母体，删除叛逃异变的强大病毒——史密斯。经过一番苦战之后，尼欧败了，被史密斯所感染复制，但是机械主也因此获得了史密斯的代码，从而成功将其清除，在最后一刻拯救了仅存的人类，还有被机器大