大事。不久，箱馆战争随着旧幕府军战败而结束。凌云虽然与榎本一起行动而有共同的立场、但因为对于敌我方皆施以平等的治疗、另外也因为拥有丰富的医学知识而受到新政府的高度评价、因此减轻对于他的处罚。（但是负责处理箱馆战争的黑田清隆以「失去这么有为的人材，是国家的损失」为由，主张不要对他进行处罚、但凌云并未接受）
箱馆战争后.箱馆战争之后、凌云回到东京开设医院。虽然新政府开出许多职位邀请他就任、但全被他拒绝，并选择担任一名医生而要将「神之家」的精神加以实践。这家医院相当成功、对于贫穷的