于父亲在地方上的声望地位，他进入了大多为日本人就读的南靖寻常高等小学校（今南靖国民小学）。9岁时父亲送他一套简易摄影器材，之后李淳阳开始自学摄影。小学毕业之后，考上了需读5年的嘉义中学校（今嘉义高中）。到了16岁，李淳阳阅读尚-亨利·法布尔所着的《昆虫记》，开始对昆虫产生兴趣。中学毕业后李淳阳报考了当时的台北帝国大学农林专门部（今中兴大学前身），虽然分数最高，却因为当年不收本岛人（台湾人）而落榜。后来他在家人与亲戚的督促下前往日本报考并就读东京农业大学农学科，学习植物病理学。到了1941年，也就是李