速度是由鼠标滚轮进行控制，但一些玩家发现在游戏中有时滚轮会失效一段时间。IGN网站曾发表评论称：“星际迷航：遗产PC版的操控达到了让人恼火的程度。”；ActionTrip网站则称：“星际迷航：遗产是一个好游戏，但PC版却以糟糕的操控系统毁了它。”；GameSpot也对PC版的操控颇有意见，评论称：“学习星际迷航：遗产PC版的操作就像做噩梦一般。”。作为一款宇宙模拟类游戏，游戏的自由度并不算太高，所有的星舰只能在地图规定的范围内穿梭。其真实性也被人诟病，例如若星舰撞上其他物体，星舰本身不会受到任何伤害，而