5年到杨任下，任书记官兼科员。第二年六月，参加全省县长考试，以甲等成绩分发任阿克苏县县长。其后十余年，金树仁皆在新疆基层历练。1926年，因政绩显着，升任新疆省公署政务厅厅长。 
主政新疆.1928年7月7日，杨增新遭军务厅长樊耀南刺杀身亡后，掌握军队的金树仁当日随即出兵讨伐樊耀南并逮捕杀之，同年11月17日，国民政府正式任命金树仁为新疆省主席。金树仁管理新疆期间，政府官员多用汉人及其亲信，施政及管理上也一反杨增新的怀柔作风，处处对穆斯林实施严格的控管，尤其是开征「屠畜税」以及