该学堂仿照日本陆军士官学校的制度，并聘请日本士官任教。孙道仁的军事改革为福建省新军的建立奠定了基础。此后，孙道仁在福建军界任职，1911年（宣统3年）被任命为福建提督。同年，武昌起义爆发。孙道仁原同革命派有联系，再加上情势所迫，乃于11月5日加入中国同盟会。孙道仁率福建新军于11月8日起义，打倒了闽浙总督。同月，福建临时政府成立，孙道仁被推举为福建都督。1912年（民国元年），袁世凯正式任命其担任福建都督，并授陆军中将位。1913年（民国2年）7月二次革命爆发，在革命派的许崇智的压力下，孙道仁于7月