并立有《敕赐妙应寺碑》、《妙应寺助缘檀越芳名碑》、《开山大檀越碑》，三碑均已无存，仅《敕赐妙应寺碑》的碑额尚存寺内，中国国家图书馆有三碑的拓片。妙应寺的面积只有1.3万平方米，大约是万安寺的八分之一，范围也仅为万安寺的中部南侧狭长地带。明朝妙应寺是一座汉传佛教寺院，采用伽蓝七堂的建筑格局。这种建筑格局延续至今。明朝成化元年（1482年），明宪宗敕令在白塔周围用砖造灯笼108座，“以奉佛塔”，同时于每月朔望派中贵（太监）奉香烛灯油。成化四年寺院建成后，司役监太监廖秀又出资为该寺购得一些田地。弘治乙丑年（1