内的实际政务由一群称做“内众”的重臣负责，文龟元年，政元制定了内众合议及统合的规章。文龟二年（1502年），政元正式确定养子细川澄之爲继承人。翌年五月，又迎细川赞州家的六郎爲养子，是为细川澄元。政元废嫡导致家中支持澄之与澄元的势力的对立日益尖锐。永正元年（1504年）九月，内众、摄津守护代药师寺元一谋反，政元将其镇压。永正三年（1506年）七月，讨伐河内的畠山义英、畠山尚顺，再次派遣赤泽朝经侵入大和国。然而，厌恶了战乱的政元决定去奥州旅行，不过由于三好之长的劝谏而作罢。永正四年（1507年），入侵纪