中华中医男科丛书》、《王琦男科学》、《男科中西医汇通》、《中医藏象学》、《经方应用》、《藏象概说》、《伤寒论讲解》等，并且有日语、朝鲜语、英语等语言的译本。
学术思想.王琦教授在中医方面的主要贡献有：创建和完善了中医体质学、中医男科学、中医藏象学、中医腹诊学四大学术体系。他带领课题组进行的研究《中医体质分类判定标准的研究及其应用》获得了2007年度国家科学技术进步奖二等奖。