宗教自由.杨鸣章曾被中国天主教徒批评他在大陆信徒面对的某些问题上发声不够，包括遭到非法拘禁或软禁的主教和神父这个问题。杨则回应说在这种情况下要留有余地，并不能「赶狗入穷巷」（把狗逼进死胡同里）。
中国强拆教堂十字架事件.近年，中国政府因为强行清拆在天主教和基督教堂顶部的十字架（例：浙江强拆十字架运动）或把教堂整座清拆的行为而遭到国际舆论一定程度之抨击。杨鸣章被委任为主教后，在一个记者会上就因为清拆十字架一事的言论而遭受批评，并被指他正袒护中共政府。杨在记者会上说清拆十字架时