国际天文联会确定以三字母缩写“”代表水蛇座。比利时天文学家尤金·德尔波特1930年正式划分星座边界，水蛇座呈12条边组成的多边形。星座在赤道坐标系统的赤经位于至，赤纬在−57.85°到−82.06°之间。水蛇座离南天极很近，北纬30度线以北均不可见，南纬50度线以南才比较方便观测。正如赫尔曼·梅尔维尔的《白鲸记》所述，水蛇座与南船座“位于灿烂的南极天空下”，体现作者在捕鲸作业中积累的南天星座知识。将南十字座长轴用直线连至蛇尾一，再把线条延长到4.5倍就能抵达南天极点。水蛇座的中天是在10月26日午夜左右。