辉煌的时代，是当时禅宗教派之轴心。以邵元为代表的一批日本僧人亦到少林寺求法。明朝初期，官方并不崇尚武学，少林武术不见经传。嘉靖时期，日本倭寇袭扰中国沿海，大将军俞大猷、戚继光等率兵征讨。在闽期间，戚继光召集了全中国之武术家与当地少林僧人研究出一套对抗倭寇海盗之拳法及棍法。因僧侣抗倭有功，政府大规模修整寺院，少林寺还享有官府所赐予的免除粮差等特权。其后，少林僧人至少有六次被明朝政府征调，参与战事，并屡建功勋，所以朝廷又多次为少林寺树碑立坊修殿，而少林功夫在全国武术界的权威地位也得以确立。满清时期，嵩山少林寺被