科学院湾之名来源于圣彼得堡科学院（，今俄罗斯科学院）。1843年，德裔俄罗斯探险家亚历山大·冯·米登多夫代表科学院前往泰梅尔半岛，完成考察后沿鄂霍次克海海岸前往黑龙江低地河谷，发现该海湾后命其以科学院之名。1852年至1889年，美国捕猎弓头鲸的捕鲸船常出现于该海域，船员们称唿南部的乌尔班湾为水星湾（有时亦适用于整个科学院湾）。1854年，一名名为本杰明·F·温的船长报告称有45艘船只在该海域从事捕鱼活动。1855年与1856年各有一艘船只在该海域失事，分别为萨格港的华盛顿号与新贝德福德的纳切兹号。