北海道、本州、四国、九州等四大岛屿，上列四岛通称为「日本本土」，而不另加「岛」之后缀。琉球群岛的本岛沖绳岛有时也会列为日本本土之一。就地壳板块而言，日本列岛是由欧亚大陆板块与其他板块碰撞突起而成，国土约75%属山地丘陵地带。而新潟县纟鱼川市与静冈县静冈市之间的连线纟鱼川静冈构造线，则是地质学上东日本与西日本的分界。数座山脉横亘于日本本土中央，将日本的国土分为面向日本海的日本海侧地区和面向太平洋的太平洋侧地区。因山脉阻挡季风和水气，使得这两个地区在气候上差异颇大。平原则多位于沿海地区，日本的人口、都市和经