当时，宪宗欲恢复郕王位号，命廷臣商议。商辂极言明景帝有社稷功，应当恢复位号，宪宗于是意决。宪宗还在建玉皇阁于皇宫之北，命内臣执事，礼与郊祀等，商辂则请罢免。此外，太监汪直掌管西厂，屡次制造冤案。商辂率领同官陈十一罪，与宪宗对抗。之后商辂亦说服内阁大臣万安、刘珝、刘吉等内阁重臣，加上九卿项忠等亦弹劾汪直，当日罢黜西厂。虽然汪直不再掌管西厂，但仍然受宠，遂诬陷商辂收授指挥杨晔贿赂，而御史戴缙再次歌颂汪直功劳，请恢复西厂，商辂于是力求离去。后诏加少保，赐敕驰传归。商辂既去，士大夫更加俯首侍奉汪直，没有再敢与之