且兼任自治区高校工委书记；1991年又出任内蒙古自治区人民政府副主席。1992年1月，调任西藏自治区党委副书记；同年11月，接替胡锦涛出任西藏自治区党委书记。陈奎元在西藏待了八年。2000年，他被调任河南省委书记。2003年1月，上调中央，出任中国社会科学院院长、党组书记。同年3月，在全国政协十届一次会议上，陈奎元又当选为第十届全国政协副主席；并于2008年3月获得连任。2013年4月，卸任中国社会科学院院长、党组书记，由王伟光接任。
争议.于2013年11月19日对陈奎元以及