形以山地和高原为主，沿海有狭长的平原。主要的大河位于北部的加里曼丹岛，其中卡普阿斯河全长1143公里，为印尼最长的河流。此外印尼还拥有众多的湖泊，其中位于苏门答腊岛北部的火山口湖多巴湖面积1130平方公里，为印尼最大湖泊，也是世界上最大的火山口湖。位于巴布亚岛巴布亚省顶峰县西南的查亚峰海拔4,884公尺，是印尼及大洋洲的最高峰。印尼地处环太平洋火山带，处于太平洋板块与印度-澳洲板块之间，地震和火山活动频繁，全国共有火山400多座，其中活火山150多座。着名的活火山有默拉皮火山、喀拉喀托火山、马拉皮火山等