建，直至1955年，在约旦控制该市期间。用于建造清真寺的土地系希腊正教会捐赠。在过去，灯泡出现之前，伯利恒的穆斯林和基督徒提供橄榄油点亮清真寺的周围是常见的，这是在该市宗教共存的证据。2006年2月20日，由于来自中国政府的压力，巴勒斯坦外交部取消达赖喇嘛参观该清真寺的安排。2007年2月，以色列国家安全局在奥马尔清真寺逮捕了阿訇为哈马斯招募的20名男子。尽管如此，在2007年圣诞夜巴勒斯坦国总统马哈茂德·阿巴斯来访时，清真寺依然保持了平静。