直属领先后改隶属大津裁判所及大津县，在1871年实施废藩置县后，原属各藩的区域改隶彦根县、淀县、膳所县；不过在仅四个月之后的府县整併中，全数区域都被併入长滨县，此后经历更名为犬上县后，在1872年底，犬上县又与当时负责近江国南部区域的滋贺县合併为现在的滋贺县。1889年日本实施町村制，设立余吴村，1954年余吴村与北侧山区内的和合併新设立的余吴村，1971年升格为余吴町；2000年代日本政府启动平成大合併，因此在2010年与周边位于湖北区域的虎姬町、湖北町、木之本町、西浅井町、高月町一同併入长滨市。