英国和德国同意了荷兰在1885、1895年的条约中所提要求，同时英国也声称拥有东南新几内亚，也就是后来成为的地区；德国则宣称拥有东北新几内亚，后来成为了德属新几内亚。荷兰殖民活动收效甚微，大多数人回到爪哇，1938年时，荷兰仅在荷兰地亚有50名定居者、马诺夸里有258名定居者。荷兰殖民当局在塔纳默拉成立了用以关押政治犯。
第二次世界大战.1942年，西新几内亚北部沿海及附近岛屿被日本占领。1944年，麦克阿瑟领导的部队从巴布亚新几内亚发起了分为四个阶段的新几内亚战役以解放巴布亚。