目名称爲习惯用法，科不列名称；属除"Halospirulina"和"Trichodesmium"之外均标爲“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加註"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其它细菌统一爲系统发育分类系统。此外，因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物，包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物，此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定爲“某菌”或“某蓝菌”，但应注意避免与其余细菌重名。