行政院农业委员会渔业署（简称渔业署），缘于成立于1984年的「行政院农业委员会渔业处」。是台湾渔业事务的中央主管机关，下辖渔业广播电台。
未来组织规划.预计配合农委会改制为农业部后，更名为「农业部渔业及保护署」，并将署本部由高雄迁至台北，并另设南区分署。