备学堂铁路工程班1893年首届毕业生。毕业后加入陆军，任德文译员及军校德文教习多年。清朝末期，历任胶济铁路、关内外铁路、京张铁路工程司，北京练兵公署大楼及兵部大楼监修、津浦铁路北段总稽查及会办、津浦铁路黄河大桥监修、津浦铁路南段副总稽查及会办等职。中华民国初期，沈琪历任北洋政府交通部技正（1912年），交通部路工司司长（1914年7月20日—1916年10月13日），中华工程师学会会长（1915年—1917年、1919年—1922年），交通部技监（1917年）、邮电学校代理校长（1917年），铁路技术委