80年代初期，排进屯门河的污染量约等于30万人口，亦即整个屯门区2/3人口所产生的家庭污水。上游一段的污染来源主要是工厂及禽畜农场，中下流一段，则为工商业楼宇及住宅。
改善工程.为了改善屯门河的污染问题，香港政府于1983年在兆康苑附近建造泵水站，将严重污染的河水抽走，以减低下游市区的污染问题，同时又成立地区水道养护及管理工作小组，以协调各部门资源，对抗污染，包括疏浚河床、劝谕工厂东主纠正错驳的排污渠。1987年，政府又实施禽畜废物管制计划。有很多农民选择停业，以符合资格领取特惠津