断和解释受体与配体分子之间可能的作用模式。药效团模型还可以用来辅助分子的结构改造，对于结构复杂的分子，可以考虑保留药效团结构对其进行简化，这样简化的同时依然能保持生物活性。药效团最直接的用途是用来判断一个分子是否具有某一类的药效特征。近些年，随着化合物数据库和计算机技术的发展，用药效团模型对数据库的进行虚拟筛选得到了广泛的应用，已经成为发现先导化合物的重要手段之一。
药效团识别软件.早期的药效团研究往往以人们的经验去判断，随着计算化学和药物设计方法的发展，出现了多种药效团识别软件。