多肽.除在小肠分解食糜中的蛋白质外，丙胺酸胺肽酶还可借由移除荷尔蒙、细胞激素和趋化因子等多肽N端的胺基酸调控其活性，例如促进发炎反应的被切割后活性即大幅降低；促进吞噬作用的被切割后虽失去作用，但仍可与完整的多肽竞争受体，成为其拮抗剂；促进发炎反应的CXCL11被切割后也可抑制其原本的功能。此外丙胺酸胺肽酶还可切割以将其分解，以及将血管收缩素IIIN端的离胺酸切除，将其转为血管收缩素IV以降低其活性。
调节免疫.免疫细胞中的丙胺酸胺肽酶还有些与其蛋白酶活性无关的功能，包括促进吞噬作