琉文化经济协会首次组成正式代表团访问琉球。2006年5月30日，中华民国外交部将「中琉文化经济协会驻琉球办事处」改名为「台北驻日经济文化代表处驻琉球办事处」；2007年2月又改为现名「台北驻日经济文化代表处那霸分处」。2016年，中华民国前总统李登辉访问日本沖绳石垣岛时表示，「台湾和石垣的关系密切，台湾人对石垣的凤梨产业贡献很大，我要对他们的辛劳表示敬意。」。2016年、2018年，在平和祈念公园设立为纪念沖绳战役的台湾战亡者的「台湾之塔」和「为国作见证」纪念碑。