院总裁由内阁总理大臣兼任。总裁之下设副总裁4名及总务长官、政务部、经济部、文化部各部长（副总裁4名由现任陆海军大臣、外务大臣及大藏大臣兼任）。在华北、蒙疆、华中、厦门设立了「连络部」作为当地的联络机关。为，兴亚院的干部主要由陆海军的将校担任。1942年（昭和17年）11月1日与拓务省、对满事务局、外务省东亚局、外务省南洋局统合改组为大东亚省。后来成为内阁总理大臣的大平正芳曾由大藏省派遣、在兴亚院蒙疆连络部和经济部工作。1939年6月至1940年10月，历任蒙疆连络部经济课主任、课长。在任期间，他把执行由