选总统、副总统，达成第二次政党轮替，也使中国国民党在1996年首次总统直选后第一次达成掌握中央行政及立法部门的「完全执政」局面。马英九就任总统后，政府同时开始对前任总统陈水扁涉嫌贪污的侦办。马英九政府将改善两岸关系做为施政重点之一，以对中国大陆当局提出活路外交、签订《海崃两岸经济合作架构协议》（ECFA）、举行江陈会谈等方式以加强两岸合作；对于两岸的政治地位，不同于李登辉的「特殊国与国关系」，他主张「一中各表」的关系，并且认同九二共识。2009年8月发生八八水灾，由于马英九政府未能及时反应，错失紧急动员