18岁的蔡元培设馆教书。1885年，到杭州参加乡试。清光绪16年（1890年）庚寅恩科贡士，因故未参加当年殿试，光绪18年（1892年）壬辰科补殿试，中二甲进士，同年五月，改翰林院庶吉士。光绪二十年四月，散馆，授翰林院编修。中日甲午战争爆发，《马关条约》签订后，蔡元培深受震动，开始广泛涉猎译本书报，留心时事，学习日文和西学，同情维新派。
革命生涯.1898年秋（清朝光绪二十四年）戊戌变法失败后，清政府杀害了他所崇拜的谭嗣同，使他深感清廷政治改革“无可希望”，断然离开翰林院南