忠献成功抵御了蒙古的数次进攻。崔忠献之子崔瑀执政时，将都城从开京迁往江华岛，以避开蒙古的兵锋。然而在与蒙古的战争中也削弱了以崔氏为首的武臣政权的实力。此后高丽文臣主张同蒙古讲和，试图利用蒙古的势力来恢复王权。最终武臣金俊于1258年杀死了崔竩，将都城从江华岛迁回开京。武臣政权内部发生冲突，亲元的高丽元宗被废。元宗假借蒙古的势力，以对抗林衍的武臣政权，最终于1270年杀死了林惟茂，武人时代结束。
军事机构.武人时代的军事机构有都房、三别抄、重房等。
行政机构.