当时规划线路的北段是沿机场路和106国道行走，中途在机场路岗贝路口附近设站，亦名为机场路站。后来在2000年方案中，由于旧机场已落实迁往花都，因此三元里以北的2号线北段线路也改为沿旧白云机场中轴线行走，车站位置亦变更为现时的位置，由于邻近当时刚落成的广州体育馆亦名为广州体育馆站，后来规划当局亦提出在旧机场地区规划成为广州城市副中心——白云新城，亦因此将后来规划名称亦更名为白云新城站。在后来的规划中，6号线辗转成为现时的12号线，仍在本站换乘。因此车站在建设时也已作出相应预留。但在2016年12号线因应接