期间，穿越阿尔卑斯号的发车频率均为每天双向对开1班。直至2000年以前，它都是在相同运行线路中速度最快、中途停站最少的客运列车。穿越阿尔卑斯号最初的运行线路为奥地利维也纳－瑞士苏黎世，初始车次编号使用TS11/12次。自1959年起，列车路线延伸至巴塞尔始发及终到，并先后调整车次为TS462/463次和Ex462/463次。当它在1987年变更为欧城列车后，车次又改为EC62（西行）/63（东行）次。为了节省时间和反向列车的运行需要，列车最初并不在萨尔茨堡中央车站停靠，而是在埃利克斯豪森通过一条展线直达