入长江，攻佔下瓜洲、镇江、江浦等地，包围南京，清廷震动。之后郑军中清军缓兵之计遭击败，被迫回到闽南大本营。永历十四年（1660年）7月清军大举围攻厦门的郑成功，至次年春败退，郑军取得厦门大捷。永历十五年（1661年）郑成功派儿子郑经留守金厦，自己率部攻佔台湾。永历十六年（1662年）郑成功逝世，郑成功从攻克台湾到逝世为止，仅仅统治台湾1年又数月。郑经从厦门来到台湾接手经营，并继续沿用永历年号。1663年，郑经放弃金厦两岛。三藩之乱时郑经乘机率兵反攻大陆，攻佔福建漳州等府县，一度声势浩大，但不久败退台湾。