去求得偏袒支持，或匿名进行公开人身攻击或传播谣言的行为都是不可接受的，必须加以制止」。虽然傅新元的公开信没有直接提到新语丝，但由于其时间恰好在方舟子揭露四川大学丘小庆、魏于全之后，这封公开信还是在新语丝上引起强烈反弹，而方舟子也评论说该公开信不符合言论自由的原则。傅新元则在5月10日和17日两次发文给新语丝，说明自己并不是反对言论自由。
《自然》杂志的报道.英国《自然》杂志在2006年曾发表一篇特别报道及一篇社论提到并评论方舟子管理的“新语丝”网站，认为该网站虽然“在监督科研方