高中。三年后的1999年，联邦国与美国之间的军事冲突即将一触即发，神秘巨塔的秘密也日渐趋于明朗化。另一方面，佐由理的行踪也因神秘巨塔的解密而曝光。佐由理是从中学三年级的夏天开始的三年内，因不明原因所引发的疾病而持续睡眠，并在发病的那年夏天即转往东京的医院住院观察。在得知神秘巨塔与佐由理有着重大关系的冲击秘密后，浩纪与拓也两人便再次完成中学当年所无法实现的梦想。而浩纪在谨记着当时的约定下，载着佐由理飞往那云之彼端、约定的地方……