第100师团（だいひゃくしだん）是大日本帝国陆军师团之一。基于1944年（1944年）5月制定的「十一号作战准备」（「准备」），以驻扎在菲律宾的4个独立混成旅团为基础改编而成的师团之一。
沿革.1944年6月，以驻扎在菲律宾棉兰老岛的独立混成第30旅团，依照在日本本土编成的部队编制整编，编入第35军。第100师团承继独立混成第30旅团的任务驻屯于达沃市。1945年（昭和20年）4月17日，美军在棉兰老岛西海岸的哥打巴托登陆进攻帕劳。在美军优势兵力的压迫下，师团退守至帕劳西北