中长期的折磨之后于1747年5月26日（干隆十二年）在福州西门外被斩首，时年66岁。他殉道后一年的1748年，另外四名先后被捕的西班牙神父施方济、华雅敬、德方济及费若望也被处决。
影响和评价.清代中期时，政府认为白多禄所代表的天主教会居心叵测、扰乱中国的礼教、威胁政府统治，甚至认为教会用幻术使女性终身不思匹偶而成为修女，因而认定白多禄传播异端，危害巨大。而中国共产党方面认为白多禄属于“作为近代殖民主义、帝国主义侵略中国工具的外国传教士”一类的人物，并对梵蒂冈在2000年为包括白多禄