委改为中共晋豫区党委，聂真任书记。不久，晋豫区党委和太南区党委合并为中共太南区党委（后改为中共晋豫区党委），迁驻太南区平顺县境内，属中共晋冀豫区委领导。晋豫边区党的工作采取精干隐蔽、长期埋伏、以待时机的方针，转入秘密工作时期。1939年5月，朱瑞与徐向前搭档赴山东领导游击战。同年8月，山东八路军部队进行重新编制，徐任八路军第一纵队司令员，朱瑞任政委，统一指挥山东和苏北地区的八路军部队（主要为山东纵队），组织山东抗日游击战争、对抗侵华日军扫荡，并进行整军及推行三三制。10月，任中共山东分局书记和山东军政委