真核生物分为四界。在20世纪80年代之前，单细胞的原生生物的分类还处于很混乱的阶段，直到DNA测序技术的成熟使系统发生学出现，改变了这一状况，也使人们开始重新谱写真核生物的分类。
2005年国际原生生物学家协会分类.根据系统发生学的研究，根据进化分支上的同源性，2005年的提出了一种在当时被普遍接受的真核生物分类方法，分作六类（supergroups）。这种分类方法并没有明确这些类是生物分类学上的哪一等级，但其它文献将其当作「界」。但是，这一「六界说」很快就遭到了新的研究的