南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。天启四年（1624年）8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。明朝政府警告驻扎的荷兰舰队澎湖为其领土，并建议他们移往并非明朝领土的台湾设立基地。天启四年（1624年）9月，福建巡抚南居益、总兵俞咨皁统率三军与荷军苦战七个月，炸毁红毛城，终于收复澎湖，荷将高文律（Kobenloet）等十二人被补。此一战役，明军共动用兵船二百只，兵力一万人，交战七月，耗军费达十七万七千余两，