为九大类群，共计十八个门。包括隐真菌门、、芽枝霉门、壶菌门、、新美鞭菌门、、、、、、、、、球囊菌门、、子囊菌门与担子菌门。此次分类所作出较大的改动包括认定微孢子虫属于隐真菌门、将壶菌门进一步分拆、将蛙粪霉从虫霉菌中独立成一门、将毛霉门进一步分拆等。微孢子虫是一种单细胞生物，在动物细胞内行绝对寄生，因为基因组与胞器都高度退化，一度被认为是原始的真核生物。不过DNA序列分析显示微孢子虫属于真菌，而且是所有其他真菌的姊妹群，是真菌演化上最早分支的演化支。近期还有研究认为微孢子虫与隐真菌门关系密切。壶菌与现