法行政部政务次长（部长为李元簇）。在司法行政部期间，王甲乙参与了《刑法》及《民法》的修正。1980年，实施“审检分隶”，司法行政部改为法务部，王甲乙仍任政务次长，任职不到一个月。任内除参与推进“审检分隶”外，还参与制订《国家赔偿法》，还协助研拟内政部（邱创焕任部长）主导制订的《公职人员选举罢免法》。1980年8月14日，任司法院行政法院院长。任内，主持行政法院搬迁三次。当时行政法院的法官来源复杂，许多是由行政官、统计长、典狱长、参事、行政秘书调任而来，王甲乙逢法官出缺时，积极延揽司法院的副厅长、高等法院的庭