入监服刑，应合併入监执行七年，扣除已执行部分，服刑约三年三月。。实际仅服刑1年3个月后获假释出狱。2013年5月31日，立法院在会期最后一天深夜，由中国国民党籍立法院副院长洪秀柱主持，中国国民党籍立法院长王金平下令清场后，各党团一致同意，三读通过由林沧敏代表中国国民党提出的《会计法》99条之1修正案，将以过去的假发票报帐行为除罪化。这个修法被视为是为颜清标除罪而做，但大学教授报假帐的行为并没有除罪，因该法条漏了一个「教」字，让教授可能被排除在外。该修正案的通过引起社会舆论的普遍不满，总统要求行政院长转请