州在长崎县内有连接鸟栖站和长崎站之间的长崎本线、连接肥前山口站和佐世保站之间的佐世保线、自早岐站至谏早站之间的大村线三条路线。其中长崎本线和佐世保线是连接长崎县和外县的铁路大动脉，大村线则是长崎县内南北方向的主干道。往返于长崎站及博多站之间的特急列车「鸥号列车」和往返于佐世保站及博多站之间的「绿号列车」是长崎县主要的铁路联外交通方式。行驶在长崎站和佐世保站之间的滨海快线则是长崎县南北铁路交通大动脉。就乘客数来看，长崎站、谏早站、佐世保站是长崎县内客流量最大的车站。现在JR九州正在兴建武雄温泉车站至长崎车站之