本线在停止货运业务前所提供的主要货运业务有货柜运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往香港与中国大陆，最远至乌鲁木齐。在上水屠房运作以前，载着牲畜的列车（俗称「猪车」，因运载的牲畜以猪只为主）经过车站时留下的气味是不少人的童年回忆。红磡货场设有国际邮件中心，处理来往中国大陆的平邮邮件。由于中港铁路货运在灵活性、时间及成本上远不及水路和公路，从2000年代起，中港两地的货运量上升时，市场对中港铁路货运需求却急剧下降。2009年10月29日，港铁公司宣佈经仔细研究后，决定于数个月后停办中港跨境货运市场佔有