战略学会秘书长王崑义说，由于新潮流系组织结构过分「列宁式政党化」，新潮流系不愿与非该系成员的盟友分享许多政治利益，导致「只要跟新潮流没有牵扯的学者或绿营人士，十之八九都有反新系的情结」；例如2009年2月8日，国立东华大学民族发展研究所教授施正锋投书《联合报》，「左攻陈水扁，右击蔡英文，上下挥击新潮流系」。2010年9月8日，一边一国连线高雄市议员陈致中竞选总部发言人陈嘉爵爆料，之前他与陈致中去探望陈水扁，三人谈到没有立委加入一边一国连线，陈水扁立即对他说“那我们来成立反新潮流连线好了，你第一个报名”，