到原先预计，在建造营运移交(Build-Operate-Transfer)BOT模式下，专营公司可以在不需要批准下随时提高收费以争取提高回报率，结果与西区海底隧道一样，大榄隧道同样以高昂收费见称。以2019年1月1日起的收费为例，私家车收HK$48，西区海底隧道为HK$70；而巴士（除双层巴士外）的收费比西隧更高，比大老山隧道高出约四倍，未能分流使用屯门公路前往元朗一带的车流，更导致屯门公路一带道路及新界东的挤塞情况未有改善。预计要到2025年5月大榄隧道30年专营权届满，交回政府后，两者挤塞情况才有望改善