王仲孚为首的急统派学者的意见《认识台湾国中教科书参考文件》强势通过，黑箱编入高中课纲，引起全台高中生的反对与包围教育部抗议。2016年3月，政党轮替，马英九临下台前提名朱云鹏为国安基金管理委员会民间委员，任期两年。2017年起担任台湾研究基金会董事长。
热门事件.
2009年请辞政委事件.2009年4月26日，壹周刊报导称朱云鹏跷班偕女友出游，引起风波。朱透过声明认为政务委员属责任制，该报导以「跷班」形容与工作性质不符，但因此事件而辞去政务委员职务。