海邀请马步云回陕西襄助军务，并委托马步云代发讨陈檄文。12月21日上海各个报刊登载了马步云代拟代发的陕西讨陈通电。1918年1月，马步云、王一山、焦子静等奉孙中山支持陕西护法斗争的指示回到陕西，此时三原起义已爆发，靖国军已树立起旗帜。马步云到正围攻大荔的郭坚部，被郭坚任命为该部参谋长。1918年8月，于右任回陕西任靖国军总司令，讨陈义军被统编为六路，郭坚任第一路司令，马步云任第一路参谋长。该路由耀县向西进发，11月攻克凤翔，在凤翔设立民政厅，马步云任厅长，总揽陕西省西部十余县的民政权。此时北洋政府派出的支援