岁、旭川、函馆三座机场有定期国际航班运行。北海道内的机场中以新千歳机场乘客数最多。新千岁机场在2017年乘客数达22,717,980人，是日本乘客数第四多的机场。在新千岁机场之后，北海道旅客较多的机场是函馆机场和旭川机场。北海道内还有Air Do和北海道空中系统两家航空公司。Air Do主要经营由羽田机场前往北海道各机场和自新千岁机场前往日本各地的航线。北海道空中系统则经营丘珠机场至利尻机场、钏路机场、函馆机场、三泽机场以及函馆机场至奥尻机场和三泽机场的航线。