日本通过《安保法案》，中华民国外交部发言人王珮玲表示，此举是将新修订的「美日合作防卫指针」的内容法制化，巩固深化美日同盟，予以正面看待，希望日本政府以前瞻性思维和正面积极的态度，为国际社会的和平、安定和繁荣做出贡献。2016年4月25日，台湾渔船东圣吉16号在国际水域作业时遭到日本公务船扣押。日本限26日中午以前收到保证金170万元新台币，否则连人带船拖往日本，一旦人船扣进日本，将判决渔船侵入日本领海，到时就必须付更高额的罚金，引发中华民国政府不满。29日，中华民国总统当选人蔡英文表示“全力捍卫”。