京沦陷，日军在南京进行大屠杀，超过30万人被杀害。之前国民政府已从南京迁至汉口，后来迁至重庆。而在1940年至1945年间：在日本支那派遣军扶持下，以汪精卫、周佛海、李士群等为主要成员，在南京建立所谓的“中华民国国民政府”，即“汪精卫政权（日本军扶植的傀儡政权）”，对沦陷区实行卖国日伪统治。不过，当时已经迁都重庆（战时首都）的中华民国国民政府，即重庆国民政府；自始至终并不承认“汪伪政权”。抗战期间，蒋中正统帅国民革命军与日军22次大会战，国民革命军陆军死亡、失踪321万人，海军几乎全灭。1945年，第二