府的统治不满。外蒙古的独立派人物达木丁苏隆、马克思尔扎布被逮捕投入监狱，达木丁苏隆甚至在监狱中被拷问至死，更激起了外蒙古人的愤怒。巴德玛多尔济成为了众矢之的，外蒙古人纷纷谴责他，说他是懦夫。1920 年1月初，西北筹边使兼西北边防司令督办外蒙古善后事宜徐树铮改组了外蒙古自治官府，将其并入西北筹边使公署，外蒙古自治官府所设的包括内阁总理大臣在内的各项职务随之取消。巴德玛多尔济因而去职。他受到了甚至包括儿童在内的蒙古人的羞辱和嘲讽，不得不逃到一个偏远的地区隐居，不久郁郁而终。