主国建年号「永清」，制定蓝地黄虎的国旗，并发表宣言，向各国通告建国宗旨。未料，日军在5月29日于基隆背后的澳底登陆，6月3日攻陷基隆。于是台湾民主国中包括唐景崧和丘逢甲等来自清廷的首脑们逃亡到中国大陆，惟独台湾出身的首脑仍奋力抵抗。6月下旬，余众又在台南拥立大将军刘永福为民主国第二任总统，刘永福为筹措经费曾发行钞票、邮票。之后3个月，台湾民主国和日军发生不少规模不小的血战。但到10月下旬，刘永福也弃守内渡中国大陆，日军佔领台南，台湾民主国宣告倾覆。
第二期的抗日游击战(1896～