埔墟站附近就流出大埔海（即吐露港），并没有和林村河汇合。在1970年代，由于大埔新市镇的发展，大埔海部份的地方开展了填海工程，令大埔河延长到广福邨附近，而且令大埔河和林村河汇合，再在元洲仔附近流出吐露港，形成了今日的面貌。大埔河上游录得具保育价值的爬虫类及鱼类，包括全球只在香港及广东沿岸发现的香港蝾螈。而大埔河亦有稀有蜻蜓品种纪录，并是观鸟热点，沿河则有碗窰村陶窰遗址。大埔河于2006年10月开展河道工程，并在2009年完成，令大埔河的排洪能力获得改善。