龙井地区原为平埔族群拍瀑拉族水里社的社域。荷兰人领台时，本地区由半独立状态之大肚王国统辖。明郑王朝初期，由于大肚王国并未归顺，导致双方发生数次武装冲突，最终大肚王国分崩离析。其后明郑将本地区划归承天府之下的天兴县管辖。清朝领台后，本地区隶属诸罗县。康熙末年，汉人移民陆续在大肚溪沿岸垦拓荒地。水里社社址原在大肚溪出海口附近，康熙末年已迁至大肚台地的山麓地带。到了道光年间，本地区已有三块厝、田中央、海墘厝、山仔脚、茄投庄、龙目井、海埔厝、竹坑庄、水里港、福头崙、福州厝、新庄仔、涂葛堀等汉人聚落，分属于大肚