1612年1月20日去世，去世时只剩下神圣罗马帝国皇帝这个空头衔，马蒂亚斯在1612年6月13日继承了鲁道夫的皇位。1618年5月布拉格发生了第二次“掷出窗外事件”，波希米亚新教派为了捍卫先前鲁道夫文件赋予他们的权利，将两名皇帝的使者扔出窗外，引发了三十年战争（1618年—1648年）。
艺术的狂热爱好者.鲁道夫对当时的艺术和科学表现出浓厚的兴趣。他同天文学家第谷·布拉赫和约翰内斯·开普勒联系密切，先后任命他们为皇家天文学家编制星行表。后来开普勒在第谷·布拉赫观测资料的基础上，于1