呕吐，脱发，痛经，卵巢囊肿和疲劳，而罕见的副作用包括皮疹、荨麻疹和结节性红斑。去氧孕烯也可能导致发生乳房溢液、异位妊娠和血管神经性水肿加重。含有去氧孕烯的复方口服避孕药的严重副作用可能包括静脉血栓栓塞、动脉血栓栓塞、激素依赖性肿瘤（如肝肿瘤、乳腺癌）和黄褐斑。 
药物过量.过量使用去氧孕烯没有严重的有害影响。症状可能包括恶心，呕吐以及针对年轻女性来说的轻微的阴道出血。在安全性研究中，对女性使用剂量高达750μg/天的去氧孕烯对实验室和其他各种参数没有不良影响，也没有报告主观副作用。