n::::演化.早期有研究指人类冠状病毒NL63与229E病毒序列的相似度为65%，与猪流行性腹泻病毒（PEDV）的相似度为61%，但其膜蛋白（M）基因3端的部分序列与PEDV较为相似，显示NL63病毒演化的早期可能与PEDV病毒在该区域发生了重组。分子钟分析显示NL63病毒与229E病毒在距今约1000年前从共同祖先分支，随后NL63病毒又渐分成两大演化支，但两演化支间又因感染同一宿主而多次发生重组。不过2009年，有研究发现蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒与229E病毒的亲缘关系，比后者与NL63病毒的关系更为