有孔虫界（学名：）为原生生物的一条主线。它们的形态差别很大，但主要部分均为变形虫状（amoeboid）并有丝状、网状或小管型支撑的假足。它们部分会制造可能有复杂结构的外壳或骨架，而这些外壳或骨架成为绝大部分的原生动物化石。它们差不多全部都拥有管状嵴的线粒体。有孔虫界分为三类：其他类别有可能被归入丝足虫类，但部分分支则较为接近有孔虫门。她们为及，分别为植物及动物的寄生生物，与及特别的阿米巴。有孔虫界的不同组别主要因为基因上的相似性而被认为是近亲。她们亦被认为是丝足虫类的伸延。有孔虫界的名称Rhizari