加入志在反清之洪门。1895年1月，孙中山到香港，经孙之好友，辅仁文社成员尢列撮合；将孙于1894年11月在檀香山设立之兴中会与辅仁文社合併。合併后的组织名为兴中会，杨衢云被选为会长（当时亦称总办或伯理玺天德，即President），孙为秘书，在香港中环成立一商号“干亨行”作掩饰。1895年10月，兴中会在广州起义，由杨衢云在香港任总指挥。由于事机不密，为清政府所获悉。陆皓东等七十多人被捕，杨及孙同被通缉。香港政府受清政府压力，迫令二人离境，于五年内不准入境。杨衢云经新加坡，前往南非约翰尼斯堡，之后