导致重洗派被迫害，历史学家曾争论他是否使苏黎世成为一个神权政治的城邦。之后宗教改革扩及瑞士邦联其他地区，但有些城邦仍倾向维持天主教，瑞士邦联因此依宗教分裂为支持宗教改革的城邦联盟，以及支持天主教的城邦联盟。1529年，战争尚未爆发。该年，慈运理与马丁·路德在德国马尔堡会面协商，企图整合双方在宗教改革思想上的分歧。中，前14条半都达成共识，但最后讨论圣餐礼时对圣餐意义的观点却完全不同，导致两派整合失败。马丁·路德认为圣餐中基督的确实质降临，是为同质说。而慈运理则认为圣餐只是一种纪念基督的象征，即象征说。