至少是「特殊国与国关系」，把两个不同政治实体，修正为两个国家，这是由国安会和「强化中华民国主权国家地位」小组所研议，并未经过国统会讨论或同意。国统会功能逐渐弱化。2000年政党轮替后，国统会几乎停止运作。
废除争议.2000年陈水扁总统在就职演说中曾以“中华人民共和国无意武力犯台”为前提，提及“没有废除国统纲领与国统会的问题”的原则（“四不一没有”原则之一）。泛绿认为中国大陆并无和平解决两岸问题诚意，如中国大陆对台飞弹部署不断增加，多达一千多枚，又通过《反分裂国家法》以法律条文