刘毅亦因参军羊邃的竭力保护之下才得存活。刘毅回建康后得刘裕安抚勉励，官复原职；刘裕又要讨伐卢循，以刘毅知都督中外诸军事留府事，而刘毅自以兵败，上请解任，降任后将军。后加江州都督。
自矜遭祸.义熙八年（412年）四月，刘毅迁都督荆宁秦雍四州及司州之河东河南广平、扬州之义城四郡诸军事、衞将军、开府仪同三司、荆州刺史，持节。当时荆州编户数并不够十万，器械亦缺乏，于是又求得兼督交、广二州。而刘毅到江陵改易官员，如以亲信郗僧施为南蛮校尉，又留着江州兵众和豫州州府文武万余人，更加以患重病为由请