肌肉组织与分开的两片腹鳍，和之后两栖动物和四足类动物的演化有直接的关联性。此总纲之下包括腔棘鱼纲及肺鱼四足大纲。
演化.肉鳍鱼最早出现在距今 4.23 亿年前的志留纪的晚期。大部分于距今 6500 万年前的晚白垩纪灭绝。其中的腔棘鱼曾被认为完全灭绝，直到1938年才在非洲东南海域深海捕捉到活体，之后并在印度等地区多次被发现而证实仍然存活于深海中。目前仅存一目二种，即矛尾鱼，被认为是鱼类中的活化石。大多数肉鳍鱼已绝种，目前已知体型最大的肉鳍鱼为石炭纪时期苏格兰的希氏根齿鱼，体长可