，母亲是万里小路贤房之女万里小路荣子。他在位的年代正处于战国时代、安土桃山时代期间。
生平.永正十四年五月二十九日（1517年6月18日）方仁出生于京都御所，为后奈良天皇长子。1533年（天文二年）亲王宣下。1557年，因为后奈良天皇驾崩而即位，但是因为皇室经济实在极端匮乏，因此一直到毛利元就等人捐出钱财，天皇才在1560年（永禄三年）举行即位仪式。朝廷财政窘迫，使得权威扫地，这样的情况一直到织田信长上洛以后才有改善。信长需要借由天皇的权威，发出给敌对势力的和谈敕命。包括157