军调离香港，申请于1947–48年度直接加入香港甲组足球联赛，获得香港足球总会批准，并获得该届联赛季军。1950–51年，九巴赢得高级组银牌冠军，夺得球队史上首项重要锦标。1953–54年，九巴首次夺得香港甲组足球联赛冠军，同年乙组队亦夺得香港乙组足球联赛冠军，成为「双料联赛冠军」。1955–56年，九巴于一场甲组联赛以 15–0 大胜海军，刷平了巴付陆军于1909年1月9日 15–0 大胜的香港甲组足球联赛历来最大比数赛果纪录。1960年，香港足球总会首次举办青年赛事，共有 15 队参加，