通大学化学系，后来转入清华大学，1951年毕业。1951-1956年就职于中宣部理论教育处，了解科学家们的思想政治动态。1956年至1958年在中国核工业部的原子能研究所工作。1958年至1960年去苏联莫斯科核子研究所进行学习和研究。1960年回国参与氢弹的轻核理论组，任共产党总支部委员。何祚庥自称文革被扣帽为“反革命修正主义分子”。何祚庥在就职于中共中央宣传部理论教育处期间，曾经参加了中共发动的各种政治批判和政治运动。例如梁思成与中国古代建筑、杨献珍与“合二为一”理论等等。1952年5月21日，