鲁国大长公主捐资兴建后殿作为神寝。天历元年（1328年），元文宗即位，公主进京朝贺，适逢寝殿完工，元文宗赐名“昭德殿”。在元朝末年的战乱中，庙宇遭受严重破坏。明朝开始，玄教并入了正一道，东岳仁圣宫称为“东岳庙”。明朝永乐十九年（1421年）迁都北京。正统十二年（1447年），明英宗修葺东岳庙，五月开工，八月完工。完工后，明英宗亲撰《御制东岳庙碑》，将前殿改名“岱岳殿”，供奉东岳大帝；后殿改名“育德殿”，作为东岳大帝与淑明坤德帝后的神寝。明朝嘉靖三十九年（1560年），干清宫太监偶因疾感，到东岳庙祈祷