而且下半身无法行动。不久之后，即以健康原因辞卸行政院长职务，从而淡出政坛。
晚年.中风后的孙运璇仍偶有露面，但需以轮椅代步，身体虚弱，只有偶尔出席公益活动和国民党活动，他曾拍摄公益广告唿吁大家注意自身健康，按时量血压，他也是董氏基金会的名誉顾问。1996年，孙运璇的旧同事与旧部属如徐立德等人共同成立了孙运璇学术基金会，由时任行政院副院长的徐立德担任董事长，并由孙运璇在「科技发展方案」时，在半导体等产业培养出来的企业家如当时台电公司董事长张钟潜，中兴工程公司董事长张斯敏，联华电子公司