复原职的同一年，清朝入侵朝鲜，史称丙子胡乱。林庆业据守白马山城抗击清军，将清军阻挡在白马山城防线以北一带，同时向朝鲜朝廷要求增援。然而朝鲜的大臣金自点想要独据抗清的战功，封锁了林庆业增援的消息，导致了清军的成功南下。不久以后，清军逼近朝鲜首都汉城，朝鲜仁祖逃亡南汉山城避难。清军又包围了南汉山城，朝鲜仁祖出城投降，并同清朝签订和约，成为清朝的藩属国。此时，林庆业接到了朝廷勤王的诏书，率军前往南汉山城救驾，甚至击毙了皇太极的外甥要槌。然而，在到达南汉山城之前，朝鲜就已经投降了。虽然皇太极得知了自己的外甥被林