搜刮遂失民心。原为明将、镇守山海关的吴三桂带领清军入关，并于一片石战役击败大顺军。清朝摄政王多尔衮与顺治帝入关，北京成为清朝的首都。李自成退回陕西，最后被清军围歼于湖北，大顺亡。
南明与明郑.甲申之变后，明朝在南方尚有势力，史称南明。南明主要势力有四系王，分别是福王弘光帝朱由崧、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键与绍武帝朱聿、桂王永历帝朱由榔等。当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高