封其为一等伯。袁世凯逝世后，杨增新长期任新疆省长。他靠老练的政治经验与军事实力，平定哈密、阿克苏的动乱，分化并镇压了各地哥老会与农民起事，并与伊犁军政府和谈达成统一；尔后逐步排除军政府人物的影响力，掌握实权。到他去世为止的17年中，虽然杨增新名义上接受北洋政府的管辖任命，后来接受南京国民政府领导，但他是新疆的实际统治者。杨增新同时调整新疆的政制，集中权力，解决了清末以来新疆巡抚、伊犁将军、各处参赞大臣事权不统一的问题。
内政.在内政方面，杨增新推行老子的「无为而治」，信奉“浑噩长为