，清军三路入滇，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。永历十五年（1661年），吴三桂逼迫缅甸国王交出永历帝。莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。永历十六年（1662年），永历帝父子及眷属25人在昆明被吴三桂用弓弦缢死，同年，李定国闻讯后发病死于缅甸勐腊，但是缅甸果敢地区尚留明朝残余军队，尚未被清军肃清。
明郑王朝.永历被害后，全国较大规模的抗清活动就只有夔东十三家军与在台湾的明郑两支了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川