平解放后，他前往北平出席中华全国第一次自然科学工作者代表大会筹备会议。中华人民共和国成立后，1950年，任中国科学院水生生物研究所副所长兼太湖淡水生物研究室主任。他领导鱼类分类组科技人员走访中国各地的水域，并采集鱼类标本，着重对占中国淡水鱼类一半的鲤科鱼类进行研究。1954年，研究所及太湖研究室迁到武昌，成为以淡水生态学为主的中国水生生物学研究中心。1955年，选为中国科学院院士。1964年，《中国理科鱼类志》上卷出版，在国内引起重大反响。然而在文化大革命期间他备受攻击，被迫停止研究，直至文革后期才继续