定拉巴尼续任总统18个月，总理直接任命内阁，各派系均可参加政府。希克马蒂亚尔趁机安排亲信进入内阁，使与拉巴尼之间的关系恶化，原本支持拉巴尼的前阿富汗民主共和国乌兹别克族将军阿布都·拉希德·杜斯塔姆转为支持希克马蒂亚尔，并与拉巴尼的政府军开战。不断内战使塔利班有机可乘，至1996年9月27日喀布尔被塔利班攻陷，拉巴尼政权被推翻，他和马苏德将军退到北部地区展开反抗活动。1996年以后的拉巴尼政府虽然仅能控制阿富汗东北部的小部分国土，仍然是联合国承认代表阿富汗的政府，直至2001年塔利班政权被推翻，新的临时政