虹行动」的八位请愿人士闯进主教座堂，扰乱正在进行中的主日弥撒，以抗议天主教会反对同性婚姻的立场。上述事件后，陈日君主教与一些同性恋组织的人士会晤，澄清教会立场，并重申教会并不歧视同性恋人士。
反对校本条例.2004年教统局在香港教育改革中，引入俗称为校本条例（正式名称《2004年教育（修订）条例》）的管理政策，要求全港学校要在2009年前成立法团校董会，陈日君不但强烈反对，更控告政府，声称如果在与政府的诉讼中败诉，教区会放弃部分学校主办权。陈日君说：「讲穿了，也就是政府要办学团体权