然而，由于共和国议会拥有解散总理政府的唯一权力，由总统任命的总理必须得到议会中大多数代表的信任，否则提名的总理可能面临不信任动议。总统拥有解散议会的自由裁量权（葡萄牙人称其为“原子弹”），总统沈拜奥在2004年底利用这一特权罢免了备受争议的总理佩德罗·桑塔纳·洛佩斯，尽管当时多数议员支持政府。2003年总统桑帕约也干预限制葡萄牙参与伊拉克战争——作为武装部队的最高指挥官，他禁止葡萄牙军队参与战争，因此与当时的总理若泽·曼努埃尔·巴罗佐产生了冲突（从2003年到2005年，共部署了128名国家共和国卫队）。