掘到东北角的荷兰砲台残蹟，以及通到堡垒地下室的门户，因此将之为历史馆。战后重加修缮，成为台南市立历史博物馆。1974年又重修一次，而成今貌。原先赤崁楼紧临民宅，出入口设于今赤崁街侧。二次大战时期，总督府以防空为由，拆除民宅，辟建台町地内1888坪的（疏开空地）
战后至今.战后，原本防空地一度成为摊贩聚集地，随后由市政府整顿环境后，将出入口改至防空空地侧，即今民族路的售票处与广场。而赤崁楼着名的地标：9块赑屃碑，是在1960年由大南门迁来。之后赤崁楼庭院中又陆续聚集了二十多块古碑