生于动物宿主。大部份的动物物种都可以被微孢子虫寄生，包括人类。它多数感染昆虫，也是甲壳和鱼的常见疾病。一般的来说，已经命名的微孢子虫会专门感染指定的物种。而部分物种可能会感染人类，它们多是伺机感染原，在人体免疫力下降时才造成感染。约有10%的物种是嵴椎动物的病原。