初名义时、伊时。通称三郎次郎、左内、弹正、号栖林，生于日本萨摩藩，为萨摩藩家臣，种子岛氏第19代当主。为第一位将蕃薯引进日本本岛的人。
生平.其父种子岛久时。种子岛久基出生于1644年（宽文4年）。1675年（延宝3年），由藩主岛津光久，为他举行加冠及元服的成年礼。1681年（天和元年），与藩主岛津光久的11女，千代松结婚。1686年（元禄11年），琉球国王尚贞致赠他一笼蕃薯，种子岛久基命令家老西村时乘，率村民种植，作为荒年食粮。随后，蕃薯种植传布到日本全国。