民帕米尔人被迫迁往塔吉克西南部。1991年塔吉克斯坦独立后，该区改名为“戈尔诺－巴达赫尚自治州”，当1992年塔吉克斯坦爆发内战时，自治州政府单方面宣佈独立，成立巴达赫尚自治共和国。在内战期间，许多帕米尔人被塔吉克人等其他族群杀害，该州也同时成为塔国伊斯兰政治反对派的大本营。后来自治州政府放弃了独立要求。
地理.帕米尔高原的最高处，以及苏联中亚细亚五座海拔7,000公尺以上的山峰其中三座都位于本州：独立峰（前称列宁峰，海拔 7,134公尺，在吉尔吉斯边界上），伊斯梅尔·萨马尼峰（