举九龙西地区直选，结果未能晋身立法会。2006年，李慧琼获香港特别行政区政府委任为中央政策组非全职顾问。2007年区议会选举，李慧琼在土瓜湾北（G13）选区第三度当选。2008年，由于港岛区的民建联前主席马力于2007年过世，党内重量级议员曾钰成被派往港岛区参选，于是李慧琼便排在民建联名单首位出战2008年立法会选举九龙西选区，最后胜出，更成为该区之选票最高名单。值得注意的是，她在多次选举中与不少议员一样有同时以民建联与建制二号工联会的政党联系参选。2011年4月19日，李慧琼当选民建联副主