雌猫的两条X染色体各拥有橘与非橘的基因，某些区块的毛色会因带有非橘基因的X染色体失去活性而表现为橘色，反之为非橘色。由于正常情况下仅有雌猫拥有两条X染色体，因此绝大部分三色猫都为雌性。在少数的例子里，因多出一个以上的X染色体（克兰费尔特氏症候群）或嵌合体的情况会出现雄性三色猫，一般没有生育能力；在日本亦因为雄性三色猫稀少的缘故，将其视为一种幸运的象征。