升任总检察厅检察长、司法官惩戒委员会委员。1918年（民国7年）3月他任第三次段祺瑞内阁司法总长。翌年6月到12月，他在龚心湛临时内阁、靳云鹏临时内阁司法总长兼署内务总长。第一次靳云鹏内阁、萨镇冰临时内阁他仍任司法总长。1920年（民国9年）7月，直皖战争皖系败北，朱深被直系通缉，经日本公使馆帮助，逃到天津。1925年（民国14年），临时执政段祺瑞掌权，他任京师警察总监兼京师市政督办，任职1年后辞任，改任北京电灯公司协理。1937年（民国26年）12月，王克敏在北平成立中华民国临时政府。朱深参加该政