帝国的主教，包括基辅都主教伊西多尔于佛罗伦斯大公会议上，签订了与罗马教会的合一条约。承认了罗马教宗在各教会中的优先权。1441年，当消息传回莫斯科大公瓦西里二世处时，他否决了该会议的决定。同年，伊西多尔被解除职务，并以叛教的罪名遭驱逐。之后，由于当时君士坦丁堡内部倒向天主教的趋势较为强烈，基辅及全俄罗斯都主教的职位空缺了几年。1448年12月，主教约拿经过主教公会的决议，被拥立为基辅及全俄罗斯都主教（常驻莫斯科行使权力）。五年后，由于君士坦丁堡陷落。东罗马帝国及其教会走向灭亡。莫斯科实际上成为了独立的教会。