00年获颁行政院文化奖，2002年荣获国家文艺奖，同年国立台北艺术大学颁发名誉博士学位给黄海岱。2006年获选为探索频道《台湾人物志2》的六名主角之一。2007年云林县议会决议将黄海岱的生日1月2日定为「云林布袋戏日」。黄海岱于2007年1月16日因感冒住院，其后併发肺积水造成唿吸衰竭在2月1日进入加护病房。但因药石罔效，遂遵照民间习俗于2月10日11时30分送返家中，弥留至翌日凌晨0时15分过世，享嵩寿106岁。其告别式于3月10日云林县国立虎尾科技大学体育馆举行，公祭当天同时举办追悼会，总统陈水扁特