但最终外国人居住地和市区融为一体，造就了现在函馆具有异国风情的景观。幕府在函馆修建了五稜郭和砲台等防御设施，将函馆作为北方统治的据点。1868年10月，榎本武扬率领的旧幕府军攻占五稜郭。翌年5月，新政府军对旧幕府军的据点箱馆展开总攻并取得胜利，是为箱馆战争。战后幕府设立开拓使，并将虾夷地改名为北海道，箱馆改名为函馆。明治时代的函馆是北海道的玄关，城市迅速发展。1895年，政府在函馆湾进行填海工程，港口和市区的规模都大幅扩大。然而随着北海道厅的成立使得札幌正式成为北海道的行政中心，札幌的外港小樽迅速发展为