到此的商人大多为穆斯林，所以桑科雷清真寺经常有穆斯林到此礼拜。这座清真寺以此积累了大量的书籍，不仅成为礼拜者的聚集地，也成为了学术中心。在当时的廷巴克图，书籍比其它任何商品都要昂贵，不少当地学者开办了私人图书馆。
巅峰时期.曼萨·穆萨统治末期（14世纪早期），桑科雷清真寺已被改造成一个伊斯兰大学，是除亚历山大图书馆之外，非洲藏书最多的地方。桑科雷大学的学术水平优于同时期的许多伊斯兰学术中心，规模最大时能够容纳约25000名学生，且拥有世界上最大的图书馆之一，存有40万至70万份手稿