含有许多和人类微生物群系不同的细菌群。母乳微生物群可能是婴儿体内，偏利共生、互利共生，或潜在益生菌之肠道菌群的来源。世界卫生组织（WHO）对益生菌的定义是：「当达到足够数量时，能对宿主的健康有益的微生物。」。
来源.母乳是乳酸菌的自然来源，初生婴儿透过母乳餵养可以获取乳酸菌，母乳也可视为是共生食物。健康母亲的母乳中，正常细菌含量约为每毫升103菌落形成单位（CFU）。母乳中的菌种非常复杂。在所有母乳样本中可检测的超过100种可操作的中，只有9种菌类是所有样本共有的（链球菌，葡萄