亮蓝会先将其自由电子丢给蛋白质的可电离区，造成蛋白质构型改变，并暴露其疏水性区段。于是蛋白质的三级结构会以凡得瓦力与染剂结合。此外，染剂中的负电区会与蛋白质中的正电区相互结合，与蛋白质结合的考马斯亮蓝会因此稳定其蓝色构型，造成溶液颜色改变，此时即可利用光谱仪来测量此变化。与蛋白结合之后的染料，在一段时间（2 分钟到 1 小时）之内，其吸收光谱图在 595 nm 处有一个最大吸收峰。 染料在与蛋白结合前，以阳离子形态存在，显红色或者绿色；与蛋白结合之后，染料分子的阴离子形态被稳定，显蓝色。染料的吸收光谱在