系统的班次大致以交替方式运行，大宫站－大船站段早上每小时运行6班，其他时段每小时运行约4班。日间新宿站的湘南新宿线发车时间固定为南行每小时00、15、30、45分，北行毎小时09、19、39、49分。所有班次均以E231系列车运行，所有列车均有两辆双层绿色车厢。
列车编号.湘南新宿线列车的列车编号是4位数字与1个英文组合而成（例：2100Y），由以下的规则决定：
广播与指示的介绍方法.
广播介绍.车内的自动广播介绍是在