1日，原隶属空军第四三九运兵反潜混合联队之反潜机大队（S-2T机型），奉令移编本军，改编成立飞行第一大队，并于2007年1月1日进驻台湾桃园基地，满足本军航空兵力运用需求，2012年迁回台湾花莲基地。自2013年7月1日起，海军固定翼反潜巡逻机移交中华民国空军，海军航空指挥部也在同一天降编为海军反潜航空大队。
主要武器装备.自2013年7月1日起，海军固定翼反潜巡逻机移交中华民国空军体系，海军航空指挥部也在同一天降编为海军反潜航空大队。