70年末，莫斯科开始出现鼠疫迹象，到1771年春季变成流行性大瘟疫。1771年3月24日，俄罗斯帝国政府参议院通过一项法令，瓦甘科沃将被用作墓地，用于埋葬因瘟疫而亡故者。到1887年，墓地已经扩大到37.5公顷。第二次世界大战期间，这里的万人冢埋葬者博罗金诺战役、莫斯科战役的无名烈士。2016年，瓦甘科沃公墓安装了免费的无线局域网，以方便游客找到希望访问的名人墓地。