，在财政支出、回收土地，以及车站选址、设计等问题上，引起了香港社会人士的关注与彼此之间的冲突，并发生了撑高铁运动、反高铁运动和香港反高铁拨款警民冲突等事件。公共专业联盟同时指，政府提出之工程费用，超过沙中线、南港岛线和西港岛线的总和，也足够兴建两条青藏铁路。即使按原来395亿的预算，每公里的造价也高达1.9亿美元，是全世界最费的英法跨海隧道的2.3倍，更是正在兴建的京沪高铁的7.8倍。就着工程费用及菜园村、大角咀收地问题，由公共专业联盟协调的「新高铁专家组」，提出了一项新方案，表示以锦上路作为香港区