，花柱细长，比子房长1.5－2倍，约1－2厘米长，先端膨大，柱头3浅裂。蒴果矩圆形，有钝棱，顶端较平，长2－3厘米，宽1.2－1.8厘米。花期6－8月，果期8－10月。染色体数2"n"=24。山丹耐寒性相当强，因此被USDA列入耐寒性第5类。山丹的种加词""意为“矮小的”，因为其植株高度较其他百合矮小。有说法称山丹每年只会多开一朵花，因此可以根据当年开放的花朵数目判断山丹的年龄。
易混花卉.在陕北地区，广义的山丹丹花上包括山丹和同属于卷瓣-{zh-hans:组;zh-hant: