本科.中山大学、华南理工大学、华南师范大学、广州中医药大学、广东外语外贸大学、广东工业大学、广州大学、广东药学院、广州美术学院、星海音乐学院、广东工业大学在番禺小谷围（广州大学城）均设置有校区。而大学城二期建设中，暨南大学、广州医科大学等五所高校也将落户番禺。
专科.广州番禺职业技术学院（番禺理工学院）、番禺广播电视大学、广东女子职业技术学院、广东文艺职业学院、 广州科技贸易职业学院等。
中学.广东第二师范学院番禺附属中学、广东仲