宋时人口超过59万，其中城内人口超过十万。宋代福州的农业高度发展，还是宋朝造船业的中心，其商品经济发达、海外贸易发展迅速。文化上，两宋时期福州一共出了文状元10名，武状元11名，进士2247名，奠定了福州科举文教在中国领先的地位。1276年，蒙古军队攻占临安后，南宋益王赵昰升福州为福安府以福州为行都称帝，改年号景炎，十一月，蒙古军队攻占福州，赵昰从海路南逃。元代福州大部分时间作为福建首府，元末的1359年到1362年，亦思巴奚军一度占领福州，其后元朝的陈友定取而代之。1368年（洪武元年）明朝军队占领福州。