来亚海军部队（）条例正式由殖民政府颁布，并以新加坡兀兰为基地。这一时期，马来亚海军部队的主要任务是进行海岸巡逻，防止马共游击队从海外获得补给。此外，马来亚海军部队也负责新加坡等港口防务。1952年8月，为表彰马来亚海军部队在紧急状态期间的表现，英女王伊丽莎白二世正式授予马来亚皇家海军（）的名号。
独立建国与马来西亚化.独立后不久的1958年，马来亚联合邦通过与英国政府谈判，将原属英国海军的资产转移给新成立的马来亚皇家海军。此处的“皇家”指代的是最高元首暨马来亚三军最高统帅。在马来西