阔台汗国的海都意图夺回汗位而联合钦察汗国与察合台汗国反元，史称海都之乱。直到1304年元成宗时期，元廷与这三大汗国达成和议，并与伊儿汗国一同承认元朝的宗主地位，成为元朝的藩属国，而元朝设立的行政机构（如行中书省和宣政院）也未包括这些领土。而且元成宗并赐伊儿汗国君主刻有“真命皇帝和顺万夷之宝”等汉文印玺，实质上也承认其独立性。到1309年元武宗时期，元朝和察合台汗国先后攻灭窝阔台汗国，于元文宗年间编纂《经世大典》时，将钦察汗国、察合台汗国与伊儿汗国作为元朝的藩属国。
行政区划.元朝行