内共生理论对于分类学的最重大影响在于，在该理论下，核基因组和细胞器基因组的演化历史并不一致，因此可以通过二者的差别来判断内共生的发生。英国牛津大学汤玛斯·卡弗利尔-史密斯研究组的分子系统学的结果显示，原始色素体生物（Archaeplastida，包括灰藻、红藻、绿藻、轮藻和有胚植物）是最早与蓝藻内共生获得质体的生物类群，其他藻类的质体都并非直接来自蓝藻，而是通过与原始色素体生物内共生而间接地获得质体，该研究组还将Plantae （Plantae ""）定义为原始色素体生物。 在近年来的系统发育和分类