抗日战争爆发后，马鸿逵与其兄弟马鸿宾的部队合编为第十七集团军，马鸿逵任第十七集团军总司令及第八战区副司令长官。大约1938年，日军军事参谋长板垣征四郎企图说服马鸿逵等建立日军傀儡政权“回回国”，又游说马鸿逵追随祖上继续效忠清朝，拥护满洲国。马鸿逵通过宁夏省国民党部书记周百隍回复，指出他的很多亲戚包括伯父马福禄都在北京之战对八国联军作战时阵亡，而日军在当时占联军的大多数，所以他不会和日本人合作。日本投降后，1945年12月出任西北军政副长官兼西北行辕副主任。国共内战爆发，马鸿逵站在蒋介石的中国国民党一方