室、一个拥有具有40万号标本的菌物标本馆和一个的具有17000多株菌种的微生物菌种保藏中心。是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际保藏单位。现任所长刘双江。
历史沿革.微生物所成立于1958年12月3日，所址位于北京市海淀区中关村。2007年，微生物所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。1958年至1976年的18年间，研究所先后成立了八个研究室：真菌研究室、病毒研究室、生理生化研究室、生物物理研究室、遗传研究室、农业微生物研究室、工业微生物研究室和地微生物