肠道菌群（'、'或""）指在人类及人类以外动物（包括昆虫）的消化道内生存的微生物复杂群落。肠道宏基因组（metagenome）是肠道的所有基因组的聚集体。在人体内，肠道是人类微生物群系中的一个利基生态位。与一般商业上应用单一物种的益生菌相比，人类肠道微生物的生物多样性一旦降低，会影响其宿主的消化功能。所以现时有研究利用多种益生菌的活生物制剂去模拟肠道菌群的多样性，以加强益生菌对人体的功效。人体内的细菌种类多达3万种、数量约100兆至1000兆。