任菲律宾政府的军事顾问。太平洋战争爆发，日本帝国开始进攻美国，麦克阿瑟也在1941年7月被召回军队，担任 远东美军  (USAFFE)的最高指挥官，接管了菲律宾和美国在远东的所有军队。1942年3月，日本发动菲律宾战役，麦克阿瑟的部队被迫从吕宋岛撤到巴丹，而他的指挥部及家眷则转移到了科雷希多岛。当时美军在其它战场接连失利，巴丹防线也成为了媒体和舆论的焦点，麦克阿瑟也因此成为了盟军抵抗日本的唯一希望。担心科雷希多岛将很快被日军占领、麦克阿瑟沦为战俘，总统富兰克林·德拉诺·罗斯福命令麦克阿瑟前往澳大利亚