第二次世界大战开始后，敌方攻击和意外事故将QEA共十架飞机的机队摧毁了一半，当时机队大部分由澳大利亚政府征收用于战事。水上飞机航线在1943年恢复，从珀斯的天鹅河（Swan River）到锡兰（今斯里兰卡的肯克拉湖（Koggala）。这条航线连接英国海外航空（BOAC，即帝国航空的继任公司）到伦敦的航线。澳航的袋鼠标志在1944年启用，最早使用的是悉尼到卡拉奇的“袋鼠航线”，英国海外航空运营从卡拉奇到英国的剩余航段。1947年，QEA被由工党总理本·奇夫利领导的澳大利亚政府收归国有。母公司QANTA