派驻麻豆，兼督管大武壠、哆啰嘓、诸罗山社。永历九年（1655年）后，诸罗山社与打猫社同归诸罗山管辖。荷人对平埔族村落的控制，除了透过牧师、地方教师及政务员外，还将原住民村社纳入南部、北部、东部、淡水等四个地方会议。永历十五年（1661年），郑成功率军入台，5月改赤崁地方为东都明京，设一府二县，一府即承天府，二县即天兴县、万年县，永历十八年（1664年）后，郑经提升天兴、万年二县政治层级，天兴县改为天兴州。永历三十七年（1683年）郑氏降清，康熙二十三年（1684年）将台湾纳入版图，属福建省台湾府，辖三县