受倭寇困扰，周边县份多次被洗劫，福州城也四度被围攻。经过戚继光的讨伐，倭患渐渐消除。1624年底，艾儒略随叶向高来到福州，开始在榕传播天主教，并于1625年协助在宫巷建造了福州福州第一座天主教堂——三山堂。1645年，明唐王朱聿键在在南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等人拥护下，于福州称帝，改元隆武，改福州为天兴府，号福京，作为南明政权首都。1646年，清军攻占福州，隆武帝政权失败，天兴府复名福州府。清朝初年，福州一度成为郑成功与清军拉锯战的所在。1660年，三藩的靖南王耿继茂从广州移驻福州