辽东巡抚泰宁三卫与海西部长犯边诸事，随后召还。左都御史陆完改任，朝廷推举替代者，三次均不得报准，随后举荐石玠为右都御史，掌管都察院。御史李隐弹劾其攀附权贵，武宗未予答覆。正德十年（1515年），拜为户部尚书，任内多次反对中官干涉朝政，并反对武宗北出居庸关。正德十四年，因得罪权贵小人而辞职归乡，家居两年去世，赠太子少傅。
家族.曾祖石友智；祖父石麟，教谕，赠御史；父石玉，进士，曾任按察司副使。母赵氏（封孺人）。
着作.有《东滹漫藳》。