同属后鞭毛生物，两者在演化上的关系也是分类学的研究热点之一。真菌广泛分佈于全世界，但多数真菌体型很小，或存在土壤与水域中，常被人所忽略，某些物种会产生称为孢子果（Sporocarp）的大型子实体，也就是蕈类。真菌可与动物、植物或其他真菌产生互利共生或寄生等交互作用，例如与植物形成菌根，以及与藻类或蓝绿菌形成地衣。部分真菌中的生物硷与聚酮等许多物质具有的物质，称为，对包括人类在内的动物有毒。一些物种的孢子含有精神药物的成份，被用在娱乐及宗教仪式上。真菌可以分解人造的物质及建物，并在人类及其他动物造成疾病，