七次大公会议亦在尼西亚举行。塞尔柱帝国于1081年攻陷尼西亚，并随即以此城作为帝国的新首都。直至1097年，拜占庭才在第一次十字军帮助下重夺尼西亚。在12世纪科穆宁王朝的统治下，尼西亚重新复甦为一座相对稳定和繁荣的城市。1204年，君士坦丁堡在第四次十字军东征中被攻陷后，直至1261年收复君士坦丁堡为止，尼西亚一直是拜占庭继承者尼西亚帝国的首都。然而，当希腊人恢复统治君士坦丁堡后，尼西亚的重要性逐步下降。尽管1290年，拜占庭皇帝安德洛尼卡二世曾到访尼西亚，并指导修复当地的防御工程，晚期拜占庭帝国已无法