国土的最南部是琉球群岛，范围包括了沖绳县和鹿儿岛县南部的岛屿地区。沖绳地方古为琉球国，17世纪初被日本征服统治，但直到19世纪才划归日本领土，二战后为美军接管，直到1972年日本才重新统治沖绳。沖绳地方有其独特历史及民俗。琉球群岛自北向南主要的群岛有吐噶喇群岛、奄美群岛、沖绳群岛、先岛诸岛，其中沖绳群岛与先岛诸岛属沖绳县管辖。
地质灾害.日本地处四个板块的交界处，地震和火山活动十分活跃。1800年至2005年，在内陆地区发生的造成50人以上死亡的地震，平均9年发生一次；在海底发生的