当元残余势力北遁后，期间明军在戈壁设置了四十多个卫所。明太祖和明太宗时期与北元、鞑靼和瓦剌的边界大致沿着阴山、大青山向东北至西拉木伦河一线。15世纪30年代后，由于气候变化，地球表面的气温逐渐转向寒冷，沙漠日渐扩大，环境恶化，明王朝的北界逐渐退缩到以今明长城为界。明成祖以后，明廷开始陆续在与蒙古交界地区修筑长城，并设置九边，加强对蒙古的防卫。zh-cn:;zh-tw:;明成祖永乐元年（1403年）至永乐七年（1409年）间，明朝陆续在松花江、黑龙江流域和乌苏里江两岸设置羁縻卫，并统合为奴儿干