1976年文化大革命期间，南开大学正常教学秩序被破坏，大多数教师受到打击迫害。其中，1966年至1971年五年未招生。1978年2月17日，国务院转发教育部《关于恢复和办好全国重点高等学校的报告》，确定南开大学为第一批全国重点高等学校。1994年，天津对外贸易学院并入南开大学。1995年，南开大学入选中国首批“211工程”院校。2000年12月25日，入围“985工程”。2017年9月，南开大学入围“世界一流大学建设高校”。
筹备办学期间.南开大学最初为南开系列学校的一个组成部分，