10月20日，张愚之在北京，由当地教会长老阎迦勒陪同，前往拜会激烈反对三自运动的史家胡同基督徒会堂负责人王明道。1955年，各地地方教会陆续宣布退出“三自”。
青海.1956年1月29日，在肃反运动中，张愚之和李渊如、汪佩真、蓝志一等大约30名同工因不参加三自组织而被捕，被打成“倪柝声反革命集团”的骨干分子，被判刑12年。在被捕的第一年中，张愚之被提审三百多次，日夜不停的审讯，使得他的身体健康迅速恶化。此后，他被送到遥远而寒冷的青海劳改，干制造砖瓦土胚的重活，不允许家人前往探视