上海所有的宗教机构一同作为“四旧”被关闭，附近江西中路原培成初级中学一些红卫兵受指使纵容，侵占了圣三一座堂。圣品人被勒令接受批斗，然后被遣送到工厂、农村进行体力劳动。座堂东北侧最具宗教特色的维多利亚哥特式八音钟塔，其尖顶作为帝国主义侵略的标志，被上百名红卫兵用绳索将其拖下，整整用了一天的时间，这一天被在场观看的居民留下了深刻的一幕。几天后即有幕后机构派出成年人士神秘进驻，接管了座堂、图书馆、档案楼及全部教牧人员的办公楼生活区域，实施系列查抄并悉数没收。此后几个月里，那些十四、五岁的红卫兵占据座堂内部圣堂区域