。2005年，在阿赫蒂萨里和CMI的调停下，自由亚齐运动和印尼政府进行了和平谈判。双方在2005年8月15日达成协议：自由亚齐运动彻底解除武装、放弃亚齐省独立要求，印尼政府从亚齐省撤出非本地驻军和警察部队。2005年11月14日，联合国秘书长科菲·安南任命阿赫蒂萨里为科索沃最终地位问题谈判特使。2006年初，阿赫蒂萨里在维也纳建立了联合国科索沃特使办公室（UNOSEK）。反对阿赫蒂萨里解决方案的人士试图破坏他的名誉。但一些巴尔干媒体关于阿赫蒂萨里腐败及不正当行为的报道被美国国务院新闻发言人汤姆·凯西