所有耶稣会士逐往澳门。明太祖亦禁止人民进行科学研究，且鄙薄科学技术，认为皆是「无益」之物并加以毁坏：“明太祖平元，司天监进水晶刻漏，中设二木偶人，能按时自击钲鼓。太祖以其无益而碎之”。
学术着作.作明中晚期学术着作众多，如李时珍的《本草纲目》、宋应星的《天工开物》、徐光启的《农政全书》、方以智的《物理小识》、程大位的《算法统宗》、吴有性的《瘟疫论》、徐霞客的《徐霞客游记》，这些科学家几乎都是明朝有功名的士子。1637年宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出合乎科学的解释