向该组织提供武器弹药及军事教官。在塔利班支持下，“东突解放组织”将多批新疆维吾尔族青年送到阿富汗的训练营地接受伊斯兰教极端思想和武装训练。1998年，本·拉登资助“东伊运”和“东突解放组织”数百万美元，支持他们开展宗教极端活动和暴力恐怖活动。阿富汗塔利班执政期间，“东突解放组织”在马扎里沙里夫、霍斯特专门设有训练营地。1999年，“乌兹别克斯坦伊斯兰运动”武装进攻吉尔吉斯南部期间，买买提明·艾孜来提向“乌兹别克斯坦伊斯兰运动”资助60万美元，其中的20万美元用于培训参与此次军事行动的东突恐怖分子。