子郑经在厦门起兵，打败了叔父郑袭，回台南继位，1664年改东都为东宁、天兴县为天兴州、万年县为万年州。英国东印度公司曾与郑氏政权签订通商条约，允许英国在台设立商馆，当时英国人直称其为「台湾王国」或「福尔摩沙王国」。郑氏在陈永华的辅政下，建立完整的中央政府体制，抚土民，通商贩，兴学校，进人才，定制度，设孔庙，行科举，境内大治。郑经死后，原要传位给长子郑克臧，但权臣冯钖范及刘国轩发动政变，郑克臧被杀，幼子郑克塽继位，于1683年郑军水师在澎湖海战中被施琅和姚启圣所率领的清军水师打败，郑克塽被迫投降