个别省份只有巡抚而不隶于总督者。总督、巡抚军民兼治，但总督偏重于军事，巡抚偏重于民政。各省仍设布政使、按察使，分管民政、财赋、司法。布政使又称藩台、方伯，按察使又称臬台。分黑龙江将军、盛京将军等，外蒙古统于驻乌里雅苏台办事大臣，内蒙分设各盟，新疆分统于伊犁将军、驻乌鲁木齐办事大臣，青海设西宁办事大臣，西藏设驻藏大臣。清末光绪年，新疆、东北陆续建省，而青海、西藏、内外蒙古依旧。
佐官、属官与胥吏.在长官之下，有数量非常庞大的佐官、属官与胥吏，他们有些类似于现代的公务员。其设置也非常复