祀在后殿的福德正神移到佛头港景福祠合祀。之后道光十三年（1833年）、光绪三年（1877年）时，亦有整修。进入日治时期后，由于三郊资助过刘永福抗日，以及与中国大陆内地间的贸易之中断，导致三郊商号不是被查抄就是倒闭，连带影响到为三郊所管理的水仙宫。日本大正五年（1916年）时曾进行整修，但在昭和十六年（1941年）时，台南州知事一番濑佳雄（）宣布解散原三郊与洋行买办合组的「台南三郊组合」，併入「台南商工会议所」，并拍卖包含水仙宫在内的三郊产业，不过水仙宫与大天后宫因为总督府官员宫本延人及其他官员介入而暂缓