N演算法与MPM演算法，皆为自相关函数法的进阶版，但仍侷限在单音的音频侦测，若讯号为复音，同时有两个音源，往往会採用频域的方法。
基于频域的算法.若讯号为复音，要同时侦测两个以上的音源之频率，在频域中是可行的，首先会先将讯号转为频谱，常见的方法是透过快速傅立叶变换，可在有限运算资源下，得到非常有效的准确度。常见的频域方法包含泛音内积频谱法、倒频谱分析，最大似然估计法，他们都是由预设的频率对照表，试图从讯号频谱特征中，找到对应之频率。为了改进从离散傅立叶频谱得到的基音估计，