复校后，各类经费受到政府各方面限制，教育部之经费运用也不够灵活及透明，导致学校各类发展受到限制，资产及校地都仅有中小型规模。除此之外，政府在高等教育的投资上显有不足，各类硬体条件甚至不及南京时期。因此为了增加自主性，国立政治大学曾有行政法人化之提案，由董保城担任国立政治大学法人化研究小组主持人。学术发展方面，由于缺乏医学及理工学院，造成政大各类学术评比排名受到低估，也无法有效发展跨领域研究。政大与国立阳明大学及台北市立联合医院缔结联盟，建立「联盟医疗系统」，但长远而言，两校若能合併将可获得更大效益。政大