政府首脑也进行过数次互访。瑞典首相英瓦尔·卡尔松和卡尔·比尔特分别于1991年和1993年到日本进行官方访问及参加会议。2004年时，约兰·佩尔松首相赴日参加首脑会谈，期间商洽了双向旅游、促进投资、资讯业和福利等领域的双边合作，并探讨了北朝鲜、伊拉克和联合国改革等国际情势。2006年5月，小泉纯一郎成为首位访瑞的日本首相，到访期间与瑞典洽谈了两国对人口高龄化的对策，以及双方在国际和平、人权及开发等先进国共同议题上的友好合作。2008年4月，瑞典首相弗雷德里克·赖因费尔特与日本首相福田康夫又在东京举办首脑会议