武市从白札升为上士格留守居组，然后在3月时成为京都留守居加役。文久3年8月18日（1863年9月30日），长州藩因为「八月十八日政变」而被逐出京都，形势开始逆转，勤王派势力急速衰退，被公武合体派取而代之，土佐藩也因为这个情况，使得公武合体派的前藩主山内容堂的影响力再度大增，武市于同年4月，为了拜託容堂调停萨长之争而归国，6月，武市一派的、、遭到逮捕，后被以阻碍藩政改革为由而下令切腹，武市也在3个月后锒铛入狱，其他勤王党同志也一个个被捕，武市在狱中一直否认下令暗杀吉田东洋。但之后因冈田以藏的自白而决定