1997年秋天接受前台北市长陈水扁委託研究通用拼音，并于1998年1月发表，同年4月台北市政府市政会议通过街道路牌拼音系统採用通用拼音(1998年版)。
改良通用拼音.通用拼音在台北市推动上路后，余氏仍持续修改通用拼音法，到2000年时，余氏已将zh、q、x排除在通用拼音法之外，2002年通用拼音成为中华民国官方规范时，仍保留1998年版「音节开头字母大写」的用法，此一用法在2003年再次改版时被余氏删除，同时也禁用「ㄨㄟ(-uei)」、「ㄧㄡ(-iou)」两韵尾的缩写(-ui/