新八代站共有两座站房，分别供在来线和新干线使用。两个站房并不相连，换乘时必须先离开一个站区，再进入另一个站区。在来线站房为跨站式站房设计，剪票口位于二楼。月台为对向式月台2面2线配置，上行与下行各使用一条轨道。新干线站房为高架车站设计，月台为岛式月台2面4线设计，但现时只使用中央两线而形成对向式月台2面2线配置。未来有计画在外侧两线重新铺设新干线轨道，即实现原本岛式月台2面4线的配置，并可供列车待避。
月台配置.在九州新干线全线通车前，只使用12号月台（通车后并没有更改编