后，辗转逃至上川岛、，及后再转而向澳门埋首。葡人先是转往上川岛一带落脚，至1542年，葡人又佔领浪白滘。1545年，明政府封锁上川岛。1553年，葡萄牙人贿赂海道副使汪柏，终取得停泊船只于澳门的权利和澳门居留权，获得更多在中国的利益，并继续拓展葡国在远东的版图，而澳门亦落入葡萄牙手中成为殖民地。
遗址.今香港大屿山的大澳一带仍保存着葡佔屯门的据点「番鬼塘」（粤语「番鬼」意指「西洋人」）。