由于时局变化，他开始以“不为良相，即为良医”想法，开始专心从医，将自己名字的“黔”字拆开，得到“今墨”，取意墨子兼爱精神和医学绳墨。因为医术高超，逐渐和萧龙友、孔伯华、汪逢春并称北京四大名医。1925年孙中山病重期间，曾前往医治。1929年，余云岫提出《废止旧医案》，视中医为巫祝，要求取缔中医。施今墨组织华北请愿团，到南京政府请愿，终于使政府放弃了这一议案。1930年，参与创建北平国医学院，并任副院长。1932年，任中央国医馆副馆长，创立华北国医学院并任院长。此间陆续资助中医的教学和改革工作。