川宫能久亲王率领近卫师团于5月29日自澳底登陆，随即展开为期数月的乙未战争，行经基隆、台北、新竹、清水、彰化、嘉义等地，但因感染霍乱（一说疟疾）于10月28日病逝于台南。11月4日，由横须贺上陆返抵东京，当下日本官方公文与电报称其因病返国。11月5日，宫内省告示第十四号发表《近卫师团长能久亲王殿下薨去ノ仪》，公布亲王之死讯，后将能久亲王遗体运至丰岛冈墓地于11月11日举行国葬。台湾日治时期50年间，能久亲王被日本人神格化，在台湾神社（现地址为圆山大饭店）以能久亲王为主祀的神祇，其「终焉之地」则兴建台南神