马黑拉的穆斯林发生冲突，穆斯林将基督徒迁离摩罗泰岛。在1627年和1628年时，特尔纳特的哈姆扎苏丹（Sultan Hamzah）将许多岛上的基督徒迁至特尔纳特岛上的Malayu。之后，此地受到荷兰东印度公司的管辖。原属此县的摩罗泰岛于1942年初被日军攻陷，1944年9月的中美军收复岛屿南部，并将其作为1945年初盟军反攻菲律宾以及5、6月反攻婆罗洲的中转站。从20世纪80年代开始，该县的采矿及伐木产业大幅增加，并因此常与当地居民发生冲突。此地经济依靠渔业和森林资源，产生的财富却流向雅加达或在当地