在地的总会管理教会事务并迈向自立的目标。台湾卫理会主要是在1949年国民党撤退来台后由原在中国的卫理公会传入，1953年在台北正式建立台北卫理堂，1963年招开首届临时年议会，建立南北两教区。1972年台湾教会自立，定名中华基督教卫理公会。基督复临安息日会在1951年成立了台湾基督复临安息日神学院，1955年成立台安医院。基督教宣道会于1963年到达台湾，并声称其会员人数为2300人。门诺会于1948年出现于台湾原住民的医疗救援项目中。
正教会.台湾基督正教会，于2