神经连接也可由连接组学的方法测绘，例如神经肌肉接点（neuromuscular junctions）。
工具.在宏观层面上用于连通组学研究的主要工具之一是扩散MRI。 微观级别的连通组学研究的主要工具是化学脑保存，然后是3D电子显微镜，用于神经回路重建。 将荧光与3D电子显微镜相结合的相关显微镜可以产生更多可解释的数据，因为它能够自动检测特定的神经元类型，并可以使用荧光标记对它们进行整体追踪。要查看全分辨率的第一个微连接组之一，请访问"开放连接组项目（Open Connecto