同时改行定额租赋，牧民负担较前加重。光绪末年，阿勒泰的哈萨克牧民大批逃往镇西（今巴里坤）、木垒、乌鲁木齐与绥来（今玛纳斯）等地山区，有的还逃往青海，大体上形成了此后中国境内哈萨克的分布状况。
民国时期.中华民国成立后，杨增新被袁世凯任命为新疆都督，后长期任新疆省长。伊犁将军改称伊犁镇边使，阿尔泰办事大臣改称阿尔泰办事长官，仍直属中央，1914年伊犁改镇守使，开始归新疆省统辖。1916年，塔城参赞改为道尹，兼管哈萨克族部落，直属新疆省长兼都督统辖。1919年，阿尔泰改道尹，划归新疆省