子的颜色有时也能通过菌褶的颜色反映，但并不准确。如紫丁香菇（"Clitocybe nuda"）的紫色菌褶会掩盖住它淡粉色的孢子。历史上曾根据孢子颜色对蘑菇进行分类，如口蘑科（Tricholomataceae）的种类大多具有白色孢子。近来分子学研究表明一些孢子颜色不同的真菌也有较近的亲缘关系。