本科毕业，1985年获硕士学位。 。1986年起赴西德波恩大学读博士，1989年年初返回中国，从事原生动物研究。曾获“长江学者奖励计划”特聘教授、国家自然科学成果二等奖、中国青年科学家奖。2010年2月海洋生物多样性与进化研究所成立，宋微波负责领导纤毛虫研究。