本海军为了准备对俄罗斯帝国的战争而急剧扩大规模，这使得三须的工作量比起以前出任人事课长时要更繁重，但也使其地位更加举足轻重。1904年（明治37年），日俄战争爆发。三须作为第二舰队第二战队司令，参加了战争，并和俄国太平洋舰队符拉迪沃斯托克（中文旧称海参崴）分舰队展开了长期的对抗。期间因为无法拦截符拉迪沃斯托克分舰队、使其屡屡破袭得手，三须没少挨他的上司、脾气暴躁的第二舰队司令长官上村彦之丞海军中将的痛骂。直到蔚山海战第二战队击沉俄舰一艘、重创两艘，事实上瘫痪了符拉迪沃斯托克分舰队，这才让三须的处境有所改