《法制晚报》证实，新生在入学后，会被迫进入“烦闷室”（学生称“小黑屋”）关足7天，在此期间，学生无法外出，一日三餐由工作人员送进去。书院的一名学生称，烦闷室是一间“大概10多平的小黑屋，有些发霉的绿色军被，床旁边就是一个蹲坑”。豫章书院官方解释称其为“森田疗法”（森田疗法主张对精神病人隔离静养）。从烦闷室出来，新生就开始正常上课、生活。早晨五点半，学生们开始新的一天，他们先拜孔子、进行“晨仪”，再进行学习。晚上时，书院会进行考德，对大家的表现进行点评，犯错误者会受到体罚。学生依问题严重程度会遭到程度不一的体