后收复华南各省，最后因为距离互相难以照应，内部又发生叛变而节节败退。1661年，清军攻入云南，逃亡缅甸的永历帝最后被吴三桂杀死，南明亡。此时只剩下台湾的明郑（郑成功势力）和缅甸果敢的明军，清朝基本佔领明朝全部领地。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、广东与福建等地，史称三藩。多尔衮在清军攻入关内后推行剃发易服政策，导致关内汉人对清廷态度骤变，甚至极力反抗，如「入关之初，严禁杀掠，故中原人士无不悦服，及有剃头之举，民皆愤怒，或见我人泣而言曰，我以何罪独为此剃头乎？」，而明朝