都御史，王恕在吏部，两人都处事刚直不阿。他们起草的疏一发出，天下传诵。王恕离开后，声望都集中于马文升。到他在吏部任职时，已经八十岁。长须修眉，遇事侃侃而论不减当年。
正德朝.弘治十八年（1505年），明孝宗驾崩，马文升奉遗诏向明武宗请求淘汰传奉官七百六十三人，武宗下令除留太仆寺卿李纶等十七人外，其余的全部淘汰。正德元年（1506年），御用监宦官王瑞要求任用新近被淘汰的七人，马文升不接武宗诏书。给事中安奎探听到王瑞受贿，弹劾王瑞。王瑞十分怀恨，诬告马文升违抗圣旨，再下廷议，皆以马文升