定于9月28日发动的阴谋事变，提前到了9月18日，即震惊中外的九一八事变。南次郎在内阁会议上为关东军制造的既成事实极力粉饰，说成是“行使正当自卫权”，并背着天皇暗中鼓动关东军扩大事态，以便迅速攻占中国东北全境，并在未经天皇和内阁批准的情况下，擅自命令日本驻朝鲜军司令官大将林铣十郎派兵过鸭绿江，奔赴沈阳支援关东军。使得日佔东北建立满州国成为既成事实。
战争罪行审判.1945年11月19日，盟军占领军司令部签发对南次郎的逮捕令：南次郎是第一批被逮捕的28名甲级战犯之一。1946年1月