朝光绪二十七年（1901年），迁建到清河大桥北侧。迁建后的清真寺，主要建筑采用传统四合院布局，设有大门、二门、水房、礼拜大殿、南讲堂、北讲堂等建筑。民国二十九年（1940年），居住在清河镇的丁、高、李、夏、安、白等姓的穆斯林群众集资重修清河清真寺。中华民国时期，全国各地废除私塾，兴办学堂，北平的穆斯林聚居区马甸、清河、安河桥等地都在清真寺内开办了学校。清河清真寺腾出该寺后院的几间闲房，招收附近回汉学童，开办四年制初小，定名为“清河镇私立穆明小学”，该校教授国文、算术、经文。1957年到1966年初，清河