谋生之道，才往台北盆地移动，因此具有旅馆功能。咸丰八年（1858年）《天津条约》，各国商船开始进出淡水港，北台湾的茶叶亦由淡水出口，使淡水商业走向繁华。鄞山寺、淡水龙山寺皆于该年重修。同治十二年（1873年），鄞山寺再度重修。在日本政府积极建设基隆港政策下，北台湾商港地位从此转移，淡水因此商业转向没落，当地庙宇香火也受到影响。鄞山寺庙运一蹶不振，庙里几尊骨董神像及唐山师傅所刻之雕花天花板，被宵小洗劫一空。1980年代，朱天心以「奄奄一息的破庙」形容其印象。今寺址为邓公路15号，自初建之后百年三次