职权、侵吞国家财产等罪名起诉阿利雅。1994年阿利雅被判9年有期徒刑，但1995年获释。1996年阿利雅再次因种族灭绝罪被捕，但案件尚未审理国内发生暴动，阿利雅逃亡瑞典住在女儿家中。2000年以后，他才得以回到祖国。2011年10月7日时任总统的巴米尔·托皮的官方网站以简讯发布拉米兹·阿利雅的死讯，并未提及其死因。