儒门所採取的手段过于危险、很可能造成巨大伤亡，本质上不值得赞许，也不符合良心犯的定义；对媒体在报导时将杨儒门「英雄化」感到不满，并将这些报导视为台湾媒体争议之一。对于中国国民党立法院党团等要求特赦，而陈水扁总统也顺应要求特赦，有些人表达不满，其中包括民主进步党立法委员蔡启芳。蔡启芳批评：「做错事就是必须接受处罚，以正社会视听；否则要是哪天再有人心声不满、而出现『第二个杨儒门』的手法时候，他也可以大声说『我是良心犯、正义犯，我做的都是正确的』来要求特赦，这样台湾不大乱才怪。……不管杨的出发点是多善意，结果就是