念败走甘松（今甘肃叠部县东南）。龙飞元年（396年），吕光称天王，以吕纂为太原公。次年，吕光攻西秦，派吕纂、杨轨及窦苟等率三万兵攻金城（今甘肃兰州市），攻陷了金城。同年，吕光杀沮渠罗仇及沮渠麴粥，令得罗仇侄沮渠蒙逊反叛。蒙逊堂兄沮渠男成也推了建康太守段业为主，吕纂奉命讨伐段业，然而因为沮渠蒙逊率众到临洮为声援段业，吕纂在合离大败给段业。同时，太常郭黁在姑臧作乱，吕光立即召回吕纂，当时诸将顾虑段业会乘大军撤退而从后跟随，建议乘夜暗中撤走，不过吕纂看准段业无谋略，乘夜退走只会助长敌人，于是在退兵时前派了使者