死亡和分解。腐烂的组织向大气大量排放碳。腐烂的植物沉入不含氧的水库底部，由于缺乏流水来增加水的含氧量，最终分解成甲烷。
河流生态系统的分割.水坝还会成为动物在上下游栖息地之间迁徙的障碍，比如美国和欧洲的鲑鱼。水坝阻碍了它们去上游产卵，从而威胁到它们的繁殖，减少鱼群的数量。因此，人们采取了种种措施来给鱼留下通道。新建的水坝常常有人工的“鱼道”或“鱼梯”。也有地方采用驳船来运送鱼群去上游产卵。鱼群向下游迁徙也会受到水坝的阻拦，造成向下迁徙鱼群数量的减少，除非它们能安全经溢洪道游出。水库