击败李自成，中藻趁乱逃归福安故里。隆武元年（1645年），唐王立于福京，中藻被擢拔为兵科给事中，因得罪郑芝龙罢职。隆武二年（1646年），隆武帝败殁于福建汀州，中藻组织义军万余人（多为畲族子弟兵），以孤军转战闽浙俩省之间，攻下泰顺、福安、古田等七县。鲁王入闽监国，中藻被封为东阁大学士兼兵部尚书。。永历二年（1648年）四月初六攻克福宁州城，杀死清首任福宁州知州宋若苏。永历二年（1648年）十一月中藻亲率士卒五千名守浙江庆元，清总兵刘世昌、马得功等进剿，十一月初二日庆元城破，中藻移驻福安。永历三年（1