成的辅助蛋白，且与人类冠状病毒NL63和猪流行性腹泻病毒（PEDV）的ORF3（亦位于刺突蛋白与外膜蛋白的基因之间）同源，原本分为ORF4a和4b的基因组是实验室病毒株发生的突变。
演化.2007年，有一新型冠状病毒从美国圈养的羊驼体内被分离，即羊驼冠状病毒（Alpaca Coronavirus、ACoV），其序列与229E病毒的相似度高达92.2%，并可能曾与229E病毒发生重组。2009年有研究显示人类冠状病毒229E可能是从非洲的蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒演化而来，两者可能在距今