柔然攻灭高昌，扶植阚伯周为高昌王，交河归属高昌。公元501年，麹嘉在此地建立高昌国，史称麴氏高昌，直至公元640年为唐所灭。公元640年至公元九世纪初归属唐朝交河县，西域最高军政机构——安西都护府一度设在这里（公元640年－公元658年），九世纪中叶属高昌回鹘管辖，十四世纪末毁于黑的儿火者对该地区的“圣战”。交河故城的毁坏和废弃被认为与黑的儿火者在高昌地区强制推行伊斯兰教有直接关系。交河城作为高昌地区重要的佛教中心，是推行伊斯兰教过程中必然被摧毁的目标之一。在1992-1996年的考古工作中，在交河故城中