监也纷纷捐资。经冯保选址，于万历五年三月（1577年）择吉日开工，万历六年六月（1578年）完工。该寺兴建前，“依其旧制”应当称“藏经香火院”，但明神宗榜书寺名“敕建万寿寺”，该寺自此得名。万历六年六月（1578年），万寿寺完工之后，明神宗令内阁首辅张居正撰写了《敕建万寿寺碑文》。万寿寺继承汉经厂制度而建，故为内府的附属机构，比一般皇家寺院更受礼遇。内官监太监张进奉命主持该寺事务。万寿寺建成后，在寺外广源闸下游辟一处下院，作为焚修僧人及游僧的住所，名为紫竹院。到了清朝，此处下院演变为紫竹院行宫。