大港头镇至青田县石溪称大溪，属中游河段；石溪以下始称瓯江。主要支流自上而下有松阴溪、好溪、小溪和楠溪江。瓯江中上游河段除局部小平原外，全系山区，水急滩多。流域四周为重要木材基地，多以木筏外运。下游为台地及滨海冲积平原，江面较宽。瓯江干流流经市县为：龙泉市、丽水市莲都区、青田县、温州市鹿城区及乐清市。以下依上游至下游顺序列出各主要支流及其干流流经行政区：