市设立多处工业区，促进工业发展。1995年科技部在台南市建立南部科学工业园区，带动光电及半导体业大量的就业机会，提升经济成长及人口吸引，台南市是台湾少数人口正成长的地区之一；以下为台南市境内的工业区及其管理单位：原台南县政府在多年以前曾计画引进炼钢、石化等重工业。而最着名亦最具争议的开发案滨南工业区在十数年反覆争论后，已因环境意识及台湾产业转型而中止，并于2009年在当地成立台江国家公园。
三级产业.服务业为台南市经济结构之主力，以金融业、批发与零售业居多，尤其以金融业为盛。