坂昌澄之弟。弟弟是高坂昌定。
生平.天正3年（1575）5月长篠之战兄长昌澄战死。3年后（1578）父亲死去，昌元继承家督。武田胜赖允许他代理海津城职务。武田氏与上杉氏和睦后，海津城兵士移防至沼津城。天正10年（1582）织田信长开始进行武田征伐，昌元放弃沼津城回到甲斐防卫新府城。由于没有与织田军进行任何战斗，就将沼津城奉送给敌方一事，遭到胜赖怀疑，被胜赖命令回到海津城。武田氏被信长屠杀殆尽后，昌元归属北信浓领主森长可。信长死，武田家遗臣发起一揆，森长可逃亡，昌元率信浓国人众阻