58年实行各宗派联合礼拜以后,不再专属于中华基督教会一个教派。文化大革命期间曾被占用，1981年归还教会，并加以整修。1992年被列入南京市文物保护单位名单，2002年被列入江苏省文物保护单位名单。
建筑.教堂西南侧墙角镶嵌有冯玉祥将军于1936年为教堂落成而题写的正方形花岗岩楷体竖书石碑“因为那立好了根基的就是耶稣基督”。