昌起兵作乱，并得龙骧将军沈充响应。司马睿闻讯大怒，征征西将军戴渊和刘隗入卫建康。刘隗入建康时百官迎接，令他十分得意；入宫后劝司马睿尽诛王氏但遭拒绝。同时，王导又率子姪二十多人，每日到宫待罪，最终都得司马睿宽恕，并任命为前锋大都督，对抗王敦。及后王敦攻破石头城，击败戴渊、刘隗、王导、周顗、郭逸、虞潭等人的进攻，并攻陷建康，自任丞相专掌朝政。王敦入城后怪责王导在晋愍帝死后，反对他另立幼主以便专擅朝政，但王导仍秉正地议论，王敦无法争论。后王导加任尚书令。同年司马睿因王敦之乱忧愤而死，遗诏王导辅政。太子司马绍继