期间，他筹办云南大学与燕京大学合作的实地调查工作站，并参与成立云南人类学会。但实地调查工作站的工作受到国民党机构内部人员阻挠，困难重重。1940年底，不得不到重庆的国民政府国防最高委员会参事室工作。在此期间，他负责边疆的民族、宗教和教育问题，兼任蒙藏委员会顾问和边政学会常务理事。抗战胜利后的1946年，他被委任为中国驻日代表团政治外交组公使衔组长和盟国对日委员会中国代表顾问。但不满于美国扶持日本的政策和国民党的腐败，于1950年辞职，1951年回国。
中央民族大学任教前后.