长度为22个核苷酸的不完全的miRNA：miRNA*双链体 。整个发夹长度和环尺寸都会影响Dicer的加工效率。由于RNA的不完全配对性质，miRNA：miRNA*双链体的配对程度也会影响切割 。此外，一些富含G的pre-miRNA可以潜在地利用G-四联体，来替代典型的茎-环结构。 例如，人的pre-miRNA 92B就使用G-四联体，来抵抗Dicer在细胞质中的介导切割。 虽然双链体的任一链，皆可作为潜在作用的功能miRNA，但通常只有一条链会掺入RNA诱导沉默复合体（RISC）中，在其中该miRNA