的基因型分型亦有重要意义，例如，如需追溯某个体的遗传学父亲或母亲，只需十至二十段基因组区间即可（如单核苷酸多态性，）。相比于人类全基因组多达三十亿的核苷酸，这是极小的一部分。当对转基因有机体进行基因型分型时，通常只需检测一段基因组区间即可。一个聚合酶链式反应常常足以完成转基因小鼠的分型，这对当今哺乳动物的医学实验极其重要。常用的基因型分型算法和工具包括：GATK , Mach 等，其中适用于家族研究的工具包括FamLDCaller, LDIV 等。
参考文献.'Genot