顺、大西农民军余部支持抗清而得以延续，但内部依然矛盾重重。后期大西孙可望祕谋篡位失败投降清朝，透露南明军事情报；朱由榔只能狼狈西奔缅甸，又被缅甸国王宾德勒出卖交给吴三桂，在昆明处死。
监国鲁年间.弘光元年闰六月，鲁王朱以海在台州监国，史称监国鲁，和唐王朱聿键屡起冲突而无法合作，不久逃亡到舟山，与张名振、张煌言、郑成功合力抗清。舟山陷落后，朱以海移居金门，很快去监国称号，奉永历正朔。