东林党争对其仕途窒碍最大。其中两次京察，均被党人承机譭誉，终被朝廷两度削籍。晚年的丁元荐因而对任官心倦，多次辞却东林党人重任官职之请。据《明史》本传终句载，东林党争祸害，主要因东林党及浙党相互交恶。直至丁元荐临行将就木之时，浙党所弹射的东林党人中，就以李三才、丁元荐及于玉立最为盛，死后依然被人一直譭誉，党争于明神宗在任之时始终无日无之。
着述.丁有着《赤水玄珠序》、《西山日记》二卷、《尊拙堂文集》十二卷、《程朱道命录》，以及《名山言海印谱》二卷。