吕贝克返回的巴赫还带来了许多新奇的演奏想法，例如自由花俏的和弦与装饰音、不定性的转调与变奏等等，导致教友难以辨清圣咏旋律。这些时人看来「怪异」的做法引发了投诉，教会当局在1706年2月及11月给予巴赫警告，但巴赫不是很在意。1706年末巴赫尝试角逐米尔豪森的风琴师职位，并在1707年的复活节试奏后得到该份工作。在那里有更好的薪酬、更高的地位，而且最重要的是有更好的唱诗班。同年10月，和他的第二代堂姐结婚。巴赫此时已是经验丰富的管风琴师，负责监督教堂受损乐器的修复工作。在巴赫检查过布拉修斯教堂的管风琴后，