程陆续于2000年代完成，部份原本曲折的旧河道被废弃，有的仍可流向新支流。现时的锦田河已成为排洪河道，全长约50公里，干流水平长度则约13公里，而流域面积约为44.3平方公里。干流上游进入锦田平原东部后，分别在金钱围和港铁锦上路站附近，与流经清潭水塘和河背水塘的支流汇合，再于高埔村与源自观音山的支流（石岗河）汇合，最后在南生围与大生围之间及甩洲以南，与山贝河汇合流出后海湾。锦田河河道改善工程完成后，下游会汇合元朗排水绕道，以及源于牛潭尾一带的排水道；而位于南生围鱼塘内的一段旧锦田河，河水仍可如常流动至山