果加入获卢旺达新政府和乌干达支持的「刚果解放民主力量同盟」（AFDL）反政府武装。第二次刚果战争于1998年爆发，恩孔达加入反对卡比拉政府的「刚果民主联盟」（RCD），在刚果民主联盟分裂后，恩孔达归属于获卢旺达支持的「刚果民主联盟－戈马派」。「人权观察」指恩孔达需要对2002年在基桑加尼的一次屠杀事件负责。第二次刚果战争于2003年结束后，刚果民盟－戈马派的部队获收编入刚果政府军。恩孔达在2004年获晋升为将军，但他拒绝离开北基伍省，并率领数百名部下叛离刚果政府军，退入森林对抗刚果政府。20