用在研究骨质疏松症，和骨质密度侦量仪一样，此两样都能侦测骨矿物质的密度（BMD），也就是骨强度的指标，然而电脑断层的结果不一定和骨密仪一样（BMD测量黄金准则），不但贵，病人接受的剂量又高，所以不常使用。
中轴骨骼和四肢.对于中轴骨和四肢，CT通常用于对复杂的骨折进行成像，尤其是在关节周围的骨折，因为它能够在多个平面上重建感兴趣的区域。 分辨率为0.2 mm的骨折，韧带损伤，和脱臼很容易识别。 借助现代的双能CT扫描仪，已经建立了新的应用领域，例如痛风诊断的辅助。Section