精简，杨永明成为最后一任中华民国行政院新闻局局长。卸任新闻局长后，杨永明重回国安体系，于2012年5月底再度任命为国家安全会议谘询委员。2012年8月，杨永明获任命为国家安全会议副秘书长。2013年7月12日，杨永明拜会基隆市议会议长黄景泰时表态参选基隆市市长，并说总统马英九已经核准他辞任国家安全会议副秘书长。7月17日总统府发布总统令，任命驻美代表处副代表张大同为国安会副秘书长，8月1日生效。10月11日，对外宣告退出基隆市长初选。