中共中央办公厅、国务院办公厅（中办发[1999]1号）批准，新华航空公司成为神华集团全资直属公司。至2001年重组前夕，新华航开通由京津始发飞往中国内地50多个城市的共80多条航线。然而自开始运营以来，新华航不断亏损，其负债率一度高达98％，即使是神华集团入主之后也难以改善。再加上2001年中国民航业迎来以三大航（国航、东航、南航）为主导的兼并重组潮，如新华航一样的地方航空公司也走到必须考虑重组的地步。南航、国航均曾考虑重组新华航，但因为种种原因告吹。
海航重组新华航.海南航空