艾米达拉回那卜星的机会，与她秘密结婚。
克隆人战争时期.在随后的克隆人战争中，由于战争的需要，绝地议会同意了欧比旺的提议，将安纳金升格为绝地武士；他与欧比王的关系也开始转为如兄弟一般。在战场上，安纳金屡建奇功，还收了一个名叫亚苏卡·谭诺的学徒。安纳金的武艺在战争中飞速提升，跻身顶尖绝地的行列，多次与黑暗原力使用者作战，尤其是与强大的西斯尊主杜库伯爵多次对决，虽然没能取胜，但差距渐渐缩小。战争期间的安纳金虽然自负而且过于冲动感性，但他充满热情而且善良无私，身手矫捷，原力强大，勇敢