历史.1972年中国古生物学家杨钟健及赵喜进等人在叙述合川马门溪龙的研究中建立了马门溪龙科。峨嵋龙科（Omeisauridae）于2002年被建立并包含峨嵋龙与马门溪龙两属。但这个分类很少被使用，近年也被弃用，因为根据国际动物命名法规的规定，马门溪龙科拥有优先权。至少有一个研究提出马门溪龙科其实是鲸龙科的一个分支，而将牠们归类为马门溪龙亚科（Mamenchisaurinae）。
分类.以下演化树显示马门溪龙科在蜥脚下目的大概位置，位于基础的真蜥脚类