近卫天皇以来，没有参议、纳言的官历而升为大臣、摄关的，基通是第一个。安德天皇即位后，又进近卫基通为从一位，改称摄政。然而，随着平清盛于治承5年（1181年）去世，平家不敌源氏势力，于寿永2年（1183年）被木曾义仲军逼得奉安德天皇弃都西走。平家当主平宗盛催促基通一同西走，基通走到七条大宫时，反悔不行，最终没有和平家一同西走。安德天皇被平家带走后，京师无主。法皇召集廷臣商量拥立新君，攻入京城的木曾义仲想拥立以仁王的王子北陆宫为新帝，但基通不接受，与木曾义仲相争，最终北陆宫没有入选，而选立安德天皇的异母