2016年肯尼亚民众抗议铁路阻碍动物迁徙，请愿信要求铁路工程改变施工线路。中国外长王毅称，铁路全线设置14处野生动物通道，「长颈鹿穿过可以不低头、不弯腰，那是一幅多么美妙的人与自然和谐相处的景象」。据肯尼亚运输部数据，蒙内铁路营运首年有98.9亿肯尼亚先令亏损，主要原因是货运量偏低，首个财政年度仅有990,488吨。当局预期随着货运量上升，蒙内铁路在2018/19年度可以取得盈利。2018年铁路货运量增加至超过400万吨，预计2019年上升至500万吨。2019年8月3日，肯尼亚税务局和肯尼亚港务局