自强号等自强号相继引进后，台铁对于EMU200型电联车设备老旧以及各种缺失，而在2001年开始进行招标，由台湾车辆得标后，从2002年开始至2004年将剩下来的30辆电联车全面进行改造与更新，改造后改为9辆为一个编组，而避免编号上的不便，更名为EMU1200型电联车，并将原有的形式与车号在重新编码后消灭。