正式服役，F·W·罗门和威廉·斯通分别被任命为“蓝色”和“金色”代号轮值船员组的指挥官。2006年8月1日至2日夜间，当内华达号以潜望深度通过胡安·德·富卡海峡时发生了一起事故：当时一艘名为“菲利斯·邓拉普”的拖船正拖拽着两艘从夏威夷州的檀香山前往华盛顿州的西雅图的货船前行，从其下经过的内华达号被拖船与其中一艘货船之间的拖链缠住。虽然其后潜艇扯破了拖链，但是其上的光导纤维亦遭到破坏。2006年和2007年，内华达号潜艇上的“蓝色”代号轮值船员组连续两次获颁“战斗效力勋章”。该奖章通常授予各潜艇中队中