最为紧密的近缘关系，在自野外重新发现细毛猪笼草的分别之前，很多学者认为该物种可能是豹斑猪笼草的一个同物异名。但细毛猪笼草与之不同之处在于，其具有更突出和发达的毛被。而与陈氏猪笼草相比，细毛猪笼草的捕虫笼更接近圆柱形，更矮胖，且两侧不向内收缩。有腺猪笼草具有同样发达的毛被，但却缺少发达的笼盖附属物，且具有许多突出的花外蜜腺。
自然杂交种.尚未发现细毛猪笼草的自然杂交种。在一些早期的资料中曾出现过其与劳氏猪笼草和维奇猪笼草的自然杂交种，但现在发现前者实为暗色猪笼草与劳氏猪笼草的