自白石到来，斩杀违命的徐赤特，又以沈林子参中军军事。刘裕于义熙七年（411年）升任太尉，沈林子亦转参太尉军事，并于次年随刘裕讨伐荆州刺史刘毅。义熙十一年（415年），沈林子随刘裕讨伐荆州刺史司马休之，当时郭亮之召集蛮族佔据武陵郡城，而当时的武陵内史王镇恶因讨伐蛮帅向博抵根而领兵在外，并对抗司马休之部将朱襄，沈林子于是领兵进攻武陵，在七里涧斩杀郭亮之，平定了武陵郡。及后沈林子又率军进攻屯据石城（今湖北钟祥县）的鲁轨，并与赵伦之攻破石城，又追击出奔襄阳（今湖北襄阳市）的鲁轨。因襄阳守军不纳鲁轨与司马休之等人