领四十五县。太康三年（283年）省宁州，其地复入益州，置南夷校尉管辖。惠帝太安二年（303年），复置宁州，领建宁郡、兴古郡、云南郡、永昌郡，又分建宁郡七县置益州郡，割益州之牂牁郡、越巂郡、朱提郡来属，共八郡。永嘉中，分牂牁郡置平夷郡、夜郎郡，分朱提郡置南广郡。宁州刺史王逊分兴古郡置西平郡。
东晋十六国.十六国时，宁州为成汉所据。李寿分兴古、云南、永昌、牂牁、越巂、朱提及河阳郡置汉州。晋永和三年（347年），桓温灭蜀，宁州复为东晋所有。因避桓温父桓彝之讳，改平夷郡为平蛮郡。晋成帝时，