多为黄河所侵，但黄河少有入淮之事。北宋末年，战乱频繁加上故意破坏，黄河乏人管理，黄河决溢多次入泗淮。自明中叶以来，“每淮水盛时，西风激浪，白波如山，淮扬数百里中，公私惶惶，莫敢安枕者，数百年矣”，破釜塘、白水塘、富陵湖、泥墩湖、万家湖等陂塘和小湖连接成洪泽湖。淮河长期不再有入海口，改在三江营汇入长江。清朝咸丰五年（1855年），黄河再度在河南铜瓦厢决口改道，此后黄河大致以山东大清河河道为入海口至今。从古至今淮河受到的人工干预太多，水库、运河、人工河渠将其分割得支离破碎，难以找到淮河的干流或主河道。淮河因