细菌又发生了第二次的剧烈演化，有一部分的古细菌与其他细菌内共生，成为了现今真核生物的祖先。有部分科学家提出假说，认为真核生物的祖先吞下了一种α-变形菌门的细菌，成为后来的线粒体，或是。之后，有些已经拥有粒线体的生物，吞下了类似蓝菌类的生物，形成了后来的叶绿体，这一支后来演化成了藻类和植物。另外，有些藻类还有可能再吞入其他藻类进行内共生，此假说称为二次内共生。
形态学.细菌无论是在体型上或型态上都具有相当巨大的变异，有关细菌型态上的学门即被称为型态学。细菌细胞的大小大约是真核生物