是一种令免疫受损的机会性感染病原，一般影响肺部及泌尿道，或造成烧伤、伤口及其他血液感染，如败血病。虽然很不常有，但绿脓桿菌亦会造成肺炎。在隐形眼镜清洁不完全的状况下也有机会造成眼睛角膜感染。在很多与唿吸器有关的肺炎研究中指出，绿脓桿菌是其中一种需要隔绝的细菌。绿脓菌素(pyocyanin)－一种蓝绿色的有毒代谢物，就是绿脓桿菌的致病因子之一，且在氧化应激下能使秀丽隐桿线虫死亡，但是有研究指水杨酸能抑制绿脓菌素的生成。 10%在医院感染的病症都是由绿脓桿菌所引致的。囊肿性纤维化病人的肺部是最先感染绿脓桿菌的一