然发现自己实力与其他选手相差甚远，这都令他感到非常沮丧。后来得到教练的鼓励及支持，他开始加强耐力、速度的训练，并从各方面作出补救，扬长避短。在2006年举行的多哈亚运会上，余晓东有幸和南韩名将李亨泽、中华台北的王宇佐和曾高踞ATP双打排名榜第一、有「印度双雄」之称的帕斯、布帕蒂组合交手，可惜当中赛事全部落败。2007年余晓东放弃全职训练，并修读副学士课程，曾欲挂拍的他最终决定继续港队生涯，继续带领港队出战台维斯盃。2008年4月30日，经过香港奥委会的挑选后，余晓东脱颖而出，于5月2日奥运圣火在港传