但731部队在这场大规模生化战实践过程中并不成功，虽然有效对当地军民实施生化屠杀，友军却也遭池鱼之殃；后世统计日军约有1700人死于生化攻击、超过1万日军出现战病案例，导致日军虽然在战术上成功，但战果上却出现与既往有异之伤亡比。主导这次大规模生化攻击的石井四郎在1942年8月1日遭撤换。　　　　　　　　　　　日军摧毁国军衢州等机场，并破坏交通网、拆除铁路、夺取军用物资，达成其战争目的，另夺占矿产丰富之金华。惟就整体局势来说，此一作战对日本原有意发动的四川作战产生牵制，日军失去全面进攻四川之时机，又此战之