冲突爆发后两国关系迅速恶化，者于1987年开始宣称拥有该区主权。随后两国的种种领土与文化冲突助长了各自的民族主义发展。自1998年起，亚美尼亚开始指控亚塞拜然当局在纳希契凡自治共和国境内摧毁许多亚美尼亚十字架石。2006年5月30日，亚塞拜然拒绝了欧洲议会人员探查其境内的一处古墓，英国保守党外交事务发言人表示：「这和阿富汗塔利班摧毁佛像的行为非常相似，他们已经以混凝土封存了该遗址并在其上建造军营，如果他们没有甚么需要隐藏的，我们就不该被拒绝採访。奥地利籍的欧洲议会成员则说希望能在秋季安排访问，他声称：“