4日，远征之旅循常规的启动。皇帝号于6月18日来到新加坡驻地，并在经停香港和厦门之后抵达上海。它取代了伊雷妮号成为东亚分舰队司令、海军少将的旗舰。它们首先前往日本港口函馆进行了访问，然后分舰队的舰只大多驻泊在中国沿海。1896年初，在由威廉二世发出的克鲁格电报引起的英德两国外交紧张时期，皇帝号和其他几艘海外巡洋舰曾受命返回德国水域。但该命令很快就被撤销了，因为它被认为是英国软弱的表现。1896年3月和4月，分舰队在横滨停留了很长时间，以期改善与日本的关系。随后，皇帝号在进入厦门港时撞上了一块未知的岩石。其船