不影响氯氮平的生物利用度。 氯氮平的生物半衰期在稳态条件下约为14小时（随每日剂量而变化）。氯氮平在肝脏中通过细胞色素P450系统广泛代谢为适合在尿液和粪便中消除的极性代谢物。 主要代谢产物诺氯氮平（去甲基氯氮平）具有药理学活性。 细胞色素P450同工酶1A2主要负责氯氮平代谢，但2C，2D6,2E1和3A3/4似乎也起作用。诱导（如:香烟烟雾）或抑制（例如茶硷，环丙沙星，氟伏沙明）CYP1A2的药物可分别增加或减少氯氮平的代谢。 例如，吸烟引起的新陈代谢诱导与非吸烟者相比，吸烟者需要高达两倍的氯氮平剂