4年至1958年被任命为海军部长。在他担任海军部长期间，他负责葡萄牙商业海军的全面重建。订购了56艘船，排水量总计超过30万吨。还通过了还包括了允许葡萄牙现代造船业形成的法规。托马斯在担任海军部长期间的行动为他在海军界赢得了良好的声誉，不像他在葡萄牙武装部队和葡萄牙政府的几个同事在各自任期内所获得的恶名。
总统.1958年，托马斯被当时的总理安东尼奥·萨拉查选为执政党的国民联盟总统候选人，接替弗朗西斯科·克拉维罗·洛佩斯担任共和国总统。他的对手是反对党支持的温贝托·德尔加多。最