同用户的安全设置和喜好进行分别管理和保护。一些恶意软件会使用可选数据流来隐藏程序代码，不过不少恶意软件扫描程序和特殊工具现在已经能够检查可选数据流中的内容。
文件压缩.NTFS能够使用LZNT1算法（LZ77算法的一种变种）压缩文件。文件压缩以16个簇为一个区块进行，也即如果簇大小为4KB，则压缩时单个区块的大小为64KB。NTFS压缩算法支持的最大簇大小为 4KB，如果簇大小超过 4KB，则压缩功能将不可用。 如果压缩可以将64KB数据压缩到60KB或者更小，则NTFS会将多