有原本不被认为是真菌的生物（微孢子虫、隐真菌门、核形虫）被归入真菌界或与其关系密切的类群中。各类群真菌的关系仍未有定论，是现在真菌研究的重点之一。
命名与词源.真菌的英文「fungus」直接源自于拉丁文对蘑菇的称唿，古罗马作家老普林尼与贺拉斯的作品中都有这个称唿，而拉丁文的「"fungus"」则是来自希腊文的海绵「σφογγος」（"sphongos"），因蘑菇与霉菌形态上的特征而得名。此一字根也出现其他欧洲语言中，例如德文意指霉菌的「Schimmel」也源于此字根。真菌学是以