2002年10月，邱君强并担任德国作曲家Hans W. Koch的歌剧Unbezahlbare Arien世界首演的指挥。2006年11月，邱君强接任国立交响乐团常任指挥的职位，于2008年底卸任。邱君强的父亲是邱再兴文教基金会创办人邱再兴，妻子为双簧管演奏家谢宛臻。