召募刁协随从时竟然全都推辞。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。不久在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史张茂。
专掌朝政.司马睿后命令百官到石头城见王敦。及后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公；王敦假意辞让。王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人都支持他，王敦于是打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政，但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，王敦无法得逞。但王敦却因周顗和戴渊二人有很高的名声和才能而十分忌惮，将二人杀害。