副总统候选人后，他和自己的竞选搭档一样进行前门廊竞选活动，竞选期间大部分时间都待在纽约的办公室。两人之后在11月的大选中成功胜出。身为副总统的霍巴特成为麦金莱的亲密顾问，在首都也很受欢迎，他的机智和幽默感都对总统有所助益。1899年中期，麦金莱希望战争部长拉塞尔·A·阿尔杰（）辞职，但双方的沟通上出现了问题，霍巴特于是邀请阿尔杰到自己位于新泽西州的家中避暑，并告知对方总统的意图，阿尔杰于是在返回首都后向麦金莱递交了辞呈。1899年11月，加勒特·奥古斯都·霍巴特因心脏疾病逝世，享年55岁，纽约州州长西奥