总科一同组成海豚形类，这表明白鱀豚、亚河豚、拉河豚与海豚、鼠海豚、独角鲸等海豚总科的关系相对亲近，而与恒河豚却十分疏远。2002年周开亚发表《白鱀豚系统发生位置的研究》一文总结道：“在经历了将近一个世纪的研究之后，淡水豚类是并系的，淡水豚类的4个现生属分别属于4个独立的科，白鱀豚类至少是一个科级的阶元，这3点已经成为鲸类学家的共同认识”。2004年 IUCN《濒危物种红色名录》以及周开亚主编的《中国动物志· 兽纲第九卷》正式将白鱀豚单列为一科。白鱀豚科是现生哺乳动物中唯一由中国人命名的科，也是20世