当场被任命为中国战区日本官兵善后连络部长官。中国政府派令冈村宁次为中国战区日本官兵善后连络部长官，把日本全军及侨民的遣返事务委任冈村宁次来办理。1945年9月12日至1948年3月底，“联络班长”冈村宁次被中国政府软禁在南京。1947年4月30日，新闻局举行首次记者招待会，局长董显光在回答记者时称：「冈村宁次系日军投降及遣送事宜之联络班班长，其工作尚未完毕；至于本身战罪部分，尚待将来决定。」1948年3月底被解往上海候审。同年8月中旬被正式送进上海战犯监狱，但不久以“保外就医”名义在上海黄渡路秘密住所被