或以上不同流感病毒时，新组装的病毒颗粒就可能同时包含之前不同病毒的RNA片段。新的重排毒株会体现出原始毒株的部分特性。历史上一些重大的流感大流行就与流感病毒的基因重排有关。比如1968-69年的“香港流感”H3N2病毒就是来自于1957-58年的“亚洲流感”H2N2病毒的基因重排（抗原转变），而2009年流感大流行中的H1N1流感病毒同时包含有猪、禽类和人类流感病毒的基因序列。 感染蛇的沙粒病毒科中，由于基因重排，也出现了高度的基因多样性。