1563年）考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。此官署直至1622年，荷兰东印度公司据澎湖为止，但在1624年，明朝福建巡抚南居益又派兵进攻澎湖，并取得了澎湖之战的胜利，从而将荷兰共和国势力驱逐出澎湖，再度占领了澎湖列岛。到了16世纪中期，包含倭寇在内的海盗在中国东南沿海一带活动，并将台湾作为躲藏地点。海盗在中国沿海劫掠，遇到官兵追击，就逃至澎湖，然后再到台湾，成为除了少数汉族拓荒屯垦移民之外的另一部份住民。同一时期，葡萄牙人是最早抵达东亚与殖民台湾的欧洲探险者，但是与台湾的实质关系仅止于用鸦片和稻米来交换