重量增加及糖尿病.除高血糖外，使用氯氮平的患者体重经常增加。 葡萄糖代谢受损和肥胖已被证明是代谢综合征造成的，并有可能增加心血管疾病的风险。数据表明氯氮平可能比其他一些第二代抗精神病药更容易引起不良代谢作用。 一项研究表明，奥氮平和氯氮平使身体优先从脂肪中获取能量，而不是碳水化合物，故此扰乱了新陈代谢。碳水化合物水平仍然很高，身体会产生胰岛素抵抗并会引起糖尿病。
相互作用.氟伏沙明抑制氯氮平的代谢，导致氯氮平在血液的水平显着增加。当卡马西平与氯氮平同