然2010年由于发生甲仙地震导致高铁出轨导致暂时停驶，曾一度由立荣航空复飞台北-台南航线，但属于临时性质。此后至2013年，台南机场的定期航线班机，仅有澎湖、金门两条离岛国内航线，年载运仅有28万人次，为全盛期的9分之1。2011年6月30日，交通部民用航空局核定开放不定期国际及两岸包机业务，台南机场成为台湾第9个可以营运国际／两岸航线的机场。曾有数次不定期的包机起降，至2013年之后陆续有中华航空、中国东方航空越捷航空等，开辟香港、武汉、大坂及胡志明市等地定期航线。台南机场亦在同时同步开启外籍航空班机