北的太平军赖文光部与捻军合并，于1865年在山东菏泽高楼寨摧毁了中原最后一支直接听命于清朝皇室的野战军科尔沁部僧格林沁野战骑兵（另一支直接听命于清朝皇室的野战军为江南大营），这导致了长城以南广大中国本土已经没有直接听命于清朝皇室的大军，清朝皇室不得不重用湘军与淮军而尾大不掉。东捻军于同治六年十二月十一日（1868年1月5日）在扬州东北瓦窑舖覆灭，西捻军于同治七年六月二十八日（1868年8月16日）在山东茌平徒骇河被李鸿章淮军消灭。最后一支留下太平天国年号的残余捻军袁大魁部，于同治八年（1869年）在陕北保安