科学理论.直到化学作为一门科学开始发展的时候，对原子才有了更进一步的理解。1661年，自然哲学家罗伯特·波义耳出版了《怀疑的化学家》一书，书中他声称物质是由不同的“微粒”或原子自由组合构成的，而并不是由诸如气、土、火、水等基本元素构成。1789年，既是法国贵族，又是科学研究者的拉瓦锡定义了元素一词，从此，元素就用来表示化学变化中的最小的单位。
现代原子理论.道耳顿的理想没有涉及原子内部结构。随后，在1897年，第一个亚原子粒子──电子，被发现。1911年，新西兰物理学家卢瑟福发现