入法虽然具备以上优点，但也受到许多批评，例如为了顾及检索而令编码规则相对较繁复，没有容错编码，取码字形问题，版本差异问题，导致规则略显繁琐、取码或遇问题，而被一些人视为畏途。另外仓颉输入法并未为常用字之快速输入设计简快码，没有类似于五笔的词组输入方法，标点符号之输入也略嫌不便，因此没有成为最快速的中文输入法。不过，仓颉输入法有一些衍生版本，改进了上述的批评点，例如加入容错编码、不同字形的取码、简快码、词组输入，同时容许不同版本的取码等。它们都标榜可以由传统仓颉输入法轻松跳至衍生版本。当中有一些版本更提升