于1947年施行后，内战已全面爆发，《省县自治通则》因而无法制定，行宪前的地方自治法律也继续沿用。1949年政府迁台后，在《省县自治通则》无法立法的情况下，行政院于1950年4月通过由台湾省政府以行政命令制定的《台湾省各县市实施地方自治纲要》，成为台湾省实施地方自治的基础。台北市、高雄市于1967年、1979年分别升格为直辖市后，行政院仿效台湾省之前例，分别制定《台北市各级组织及实施地方自治纲要》与《高雄市各级组织及实施地方自治纲要》作为自治准据。当时各省、直辖市之行政首长均为中央派任，而上级政府侵夺下