各角色在坠机前的生存细节为中心。第二季开始关注幸存者和“其他人”之间的冲突，以及信仰和科学的不断碰撞。在解决之前一些谜题的同时，又产生了新的疑问。在舱口中，杰克和洛克对枪支和药物控制权的争夺愈演愈烈，在“长线骗局”（The Long Con）一集中，索耶通过诡计最终取得了控制权。本季又引入新角色，包括在机舱尾部的幸存者（Tailies）以及其他岛上居民。有关舱口的疑问得到解决，它是由达摩计划以科学研究为名于数十年前建立，用来进行科学实验。一位名叫德斯蒙德·休谟的人在舱口内已经居住了3年之久，每108分钟