阿济斯和卓始祖为莽苏尔，父为阿赞，其族属、事迹均无记载。阿济斯和卓原居于吐鲁番，为当地一小头目。阿济斯和卓依附于厄鲁特蒙古准噶尔部，受到策妄阿拉布坦的信任。康熙五十九年（1720年），清兵第一次进入吐鲁番。吐鲁番各势力如莽苏尔（察合台后王）、莽噶里克、额敏和卓等纷纷向清军投诚。阿济斯和卓则逃往准噶尔控制的地区。雍正三年（1725年），朝廷与准噶尔部议和，清军主力从吐鲁番撤回，策妄阿拉布坦派阿济斯和卓领兵返回吐鲁番，将归降清朝的额敏和卓之兄二人杀害，并裹挟数千户吐鲁番居民迁往喀喇沙尔（今焉耆县）。途中有一千余