南疆和北疆以天山山嵴线为界划分。历来是游牧民族繁衍生息的处所。汉朝北疆有匈奴、乌孙游牧，属西域都护府。北魏时柔然、乌孙、悦般、高车等尽有山北之地。北周时又有突厥、铁勒迁入。唐朝在此设州县，北庭都护府驻金满城（今吉木萨尔）。元朝时设的别失八里行尚书省。明朝时，此地为蒙古瓦剌游牧区。在15世纪，新疆南部伊斯兰化。北疆仍由信仰藏传佛教的蒙古人所主导。清朝时，为准噶尔汗国根据地，即所谓南回北准的北准。。干隆年间，清朝灭准噶尔汗国。准噶尔灭亡后，甘肃、南疆的外来人口填充此地。晚清时，俄罗斯征服中亚，清政府割让