裴行本等大臣，后来改为流放，来俊臣坚持处死，徐有功当廷驳斥。长寿二年（693年），徐有功坚持称窦德妃（后来唐玄宗之母）的母亲庞氏无罪，庞氏得免死刑，改判流放，但他本人却被削职为民。后重新启用改任左司郎中、司刑少卿。卓然守法，矢志不渝。当时人称赞他就是汉朝的张释之、于定国，亦无以加此。长安二年（702年）逝世，年六十八（《旧唐书》记为“六十二”），追赠司刑卿。唐中宗再度登基后，追赠越州刺史，遣使就家吊祭，赐物百段，授一子官。