师空海的孙弟子来到大峯山修行后，再度兴起了修验道的信仰，从此吉野的金峯山开始聚集大量山岳信仰的宗教及信徒，并逐渐扩大发展到整个吉野的地区。11世纪时任左大臣的藤原道长来到金峯山参拜，带动皇族、贵族前来金峯山参拜的风潮，此后包括、藤原赖通、藤原师通、白河上皇都有来到金峯山参拜的纪录。
鎌仓时代以后.鎌仓时代末期，后醍醐天皇企图推翻鎌仓幕府引起元弘之乱，其子护良亲王即在吉野发兵对抗幕府，并在抵抗幕府军；后醍醐天皇在瓦解鎌仓幕府后实施建武新政，引起武士阶层的不满，导致延元之乱的发生，