丰九年（1859年）湖北巡抚胡林翼奏调赴鄂，阎总司粮台营务，累迁郎中，擢四品京堂。旋得胡疏荐，授湖北按察使。同治元年（1862年）严树森继为巡抚，亦推阎敬铭湖北贤能第一，署布政使。同年，调迁山东，先后署山东盐运使、山东巡抚、工部右侍郎等职，参与剿太平军、捻军及宋景诗叛乱。1866年主持对山东黄崖教的镇压。光绪二年（1876）任山东巡抚。光绪三年（1877年）山西饥荒，奉命察视赈务。光绪八年（1882年）擢户部尚书，查云南军费报销案。光绪九年（1883年）充军机大臣、总理各国事务衙门行走，晋协办大学士。光