部派员赴总统府查账，并将疑涉不法的相关资料函送台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心调查。负责此案的陈瑞仁检察官曾经讯问陈水扁、吴淑珍、马永成等人，要求他们就国务机要费的支出作出说明。2006年11月10日晚，查黑中心由检察官陈瑞仁、周士榆亲自带队搜索万海航运。依据检调对外公佈的调查报告，万海航运副董事长陈柏廷2005年在Tiffany买定价新台币105万元的钻表（打折后价格为新台币99万元），送给陈致中当结婚贺礼；但是吴淑珍不喜欢，想换新台币147万元的钻戒；吴淑珍后来强硬要求Tiffany破例打折兼换货