化、原始社会文化等等都是一脉相承，没有出现断层或大的改变这一理论与一些基因研究结论矛盾。1990年代，中国遗传学者陈竺和金力的遗传学研究指出现代亚洲人与古代亚洲直立人之间并没有直接关系存在；现代的东亚人是约5万年前由非洲迁徙而来的人类后代。同时期的吴新智则于1998年建立了“连续进化附带杂交”的东亚人起源模型，成为本土起源说的最新发展。2005年，吴新智发表论文回应称，化石证据和旧石器证据支持现代人起源的多地区进化说，基因证据则不一定支持单地起源说。 吴新智认为，目前的基因研究有所不足，化石证据效力比基