中午时分在登陆地点上向南调整。受西风带影响，该系统进一步加速至每小时55公里并改向东北偏东移动，日本气象厅宣布南玛都于4日上午7时在长崎市附近登陆。登陆后南玛都受到地形影响，再加上垂直风切变加强，导致此系统明显减弱。南玛都在11时和下午4时分别于爱媛县宇和岛市和和歌山县田边市再度登陆，中国国家气象中心在下午5时7分率先把南玛降为热带风暴，香港天文台于下午6时45分跟随。伴随西风带而来的冷空气随即渗入此系统，破坏其暖心结构而令其开始转化过程。中国国家气象中心在晚上8时22分表示南玛都转化为温带气旋，并对其停止