有3个教省、16个教区（包括3个总教区）以及777个堂区，并设有一个主教团做为教会最高领导机构。日本信仰天主教的人口为434,111人，佔日本全国人口的0.34%，其中包括神职人员（包括主教、神父与执事）2,695人，修道者4,997人（含修士161人、修女4,836人）。开教历史悠久的长崎县（长崎总教区）则是特例，天主教信仰人口佔当地总人口逾4%。除了教堂外，天主教会在日本各地亦设有多处文教与社福机构，包括医疗机构42所、社福机构643处、各级学校828间等，其中上智大学与南山大学为日本着名高校之一。