中央执行委员。应新桂系的李宗仁、白崇禧招聘，赴广西省任抗敌青年军团政治部主任，负责民众训练。抗日战争爆发后，赴南京，任国民政府军事委员会大本营第四部副部长。1938年（民国37年）夏，三民主义青年团成立，黄季陆任中央团部常务干事兼宣传处处长。其后，历任内政部常务次长、四川省党部主任委员。1943年（民国32年）1月，任四川大学校长，在抗日战争中为该大学的扩充作出了贡献。1945年（民国34年），黄季陆当选中国国民党第六届中央执行委员。第二次国共内战期间，历任制宪国民大会代表、四川党团统一委员会委员。