结合位点在特定细胞情况下有一个单独的序列会与蛋白质牢固地结合。但是自然选择会偏向较低能量的结合，作为一种调节转录输出。这种最普遍的序列称为野生型序列。这纵然不是最有利的序列，最近证据显示多种基因（包括原癌基因）都有G四股结构作为潜在调控信号。在演化生物学的一个主要问题是修补启动子序列在演化过程中的重要性，例如人类血统从黑猩猩分开后的改变。某些演化生物学家建议启动子的演化或调节区域可能比序列编码更重要。
启动子序列.
原核生物启动子.在原核生物中，启动子包含