面有细毛的地舌菌属物种归入本属中。随后许多真菌学家发表了本属的其他物种，其中中国真菌学家邓叔群与戴芳澜皆对本属物种的分类贡献良多，两人发表了许多中国的毛舌菌属新种。截至2018年，真菌资料库Index Fungorum中属于毛舌菌属的学名共有48个（包含物种、变种与等阶级的分类单元），一篇2008年的研究则认为本属下共有19个物种。子囊孢子的形状与其中的数目是本属物种的重要分类依据，刚毛的形态亦有参考价值，而子实体与侧丝的形状则因种内变异过大而不能作为分类依据。许多分子系统发生学的研究皆显示本属是一个有效的