衣的反革命集团青年骨干分子”批斗，，白天照常上课，每晚去公安局交待问题到深夜。1957年，工作从苏州调到妻子梁尚仁（上海华山医院口腔科医生）所在的上海。1958年5月3日，32岁的俞崇恩作为“倪柝声反革命集团青年骨干分子”关押，随后送往福建省北部山区的将乐县劳动改造（砍伐运输竹子），在此度过三年大饥荒的极度饥饿的日子。1962年改到上海市管理的安徽宣城军天湖农场，劳动改造共21年。1979年获释，被华东师范大学招聘为英语教师。1984年被平反，宣告无罪。1986年，俞崇恩在史伯诚和江守道的帮助下前往美国。