在2008年，理察·巴特勒（Richard J. Butler）提出皮萨诺龙部署于畸齿龙科，而且是已知最早、最原始的鸟臀目恐龙。在1967年，Rodolfo Casamiquela命名皮萨诺龙时，也建立了皮萨诺龙科（Pisanosauridae），模式属是皮萨诺龙。在1976年，何塞·波拿巴（José Bonaparte）提出皮萨诺龙科是畸齿龙科的异名，之后皮萨诺龙科被废除、不被正式使用。
古生态学.皮萨诺龙的化石发现于阿根廷的伊斯基瓜拉斯托组（Ischigualasto Fo