有闽南人航海家的身影；此外，由郑芝龙与郑成功父子所建立的海上舰队更以自身的航海实力帮助南明政权与满清对峙；并且在南明败亡之后，于海外的台湾击败荷兰西方强权，建立东宁政权；最后，清廷又借助同为闽南人的施琅击败了郑家军。然而，闽南人优秀的航海与商业实力招来清朝皇室的猜忌，因此在泉州港实施海禁，改以广州为对外商港，这除了导致闽南地区没落之外，也造就了明末清初东南沿海的海盗兴盛。清朝末年，清国成为世界上最贫穷的国家，更大量的闽南人到南洋经商，从此又多了一大班闽商富豪，五口通商之中两个口岸便是在福建省的。闽南人在清朝