正模标本（编号YPM 796）是一个部分身体骨骼。在1912年，R. L. Moodie将这个化石叙述、命名，当时归类于两栖动物的Amphibamidae科。在1972年，罗伯特·L·卡罗尔（Robert L. Carroll）等人将头甲林蜥改归类于原古蜥科，这个分类被广泛接受。