占领建康，召王骞为大司马谘议参军。任侍中，兼越骑校尉。萧衍建立梁朝，王骞降封南昌县侯，转任度支尚书。天监四年（505年），出任东阳郡太守，后来转任吴郡太守。天监八年（509年），召回朝廷担任太府卿，兼后军将军，转任太常卿。天监十一年（512年）担任中书令，加员外散骑常侍。梁武帝萧衍在钟山造大受敬寺，王骞不事产业，有旧墅在钟山八十余顷。王骞旧墅在寺旁，梁武帝想要买其田宅赐佛寺，王骞说：「此田不卖。若是皇帝以勅命所取，所不敢言」。梁武帝萧衍大怒，于是市评田价、强制接收庄园。王骞以此忤旨，左迁吴兴郡太守。