安娜山脉佔据了流域的北部、东部及南部大部分地区，而圣华金山则与流域的西南部接壤。除了圣胡安溪外，它的两个主要支流阿罗约特拉布科及贝尔崃谷溪都同样发源于圣安娜山脉。虽然流域内有超过一半的土地处于未经开发的状态，但亦有为数不少的城市位处其中，包括达纳角、拉古纳希尔斯、米申维耶霍、兰乔圣玛格丽塔、圣克利门蒂、圣胡安 - 卡皮斯特拉诺，以及非建制地区的等。流域内有着四个主要的沖积河谷：圣胡安溪谷、阿罗约特拉布科溪谷、奥索溪谷及贝尔溪谷。圣胡安溪谷位于流域的南部，其中都市化程度较低的地区集中于溪谷的西南部（例如圣