公开确认退出香港队：「早前我已直接与香港队教练摩力克及助教通过电话，向他们解释，我自己因为私人问题需要时间处理，所以想退出香港队。」有传媒指他受到关于他场外生活的报导而影响。不过，不久后他就重返香港队。2012年12月1日，东亚盃外围赛第2圈，香港在旺角大球场迎战关岛，开赛仅2分钟，陈肇麒接应林学曦右路传中，近门射入先开纪录，他再在17分钟，陈肇麒接应麦基右路快放传中，顶入为香港队拉开2–0纪录，最终香港凭陈肇麒梅开二度以2–1险胜关岛。2012年12月7日，东亚盃外围赛第2圈，香港队在香港大球场迎战中华台