曾做记功、过的表格，称之为「功过格」，功过格在晚明甚为盛行，刘宗周弟子张履祥更称“竟为近世时人之圣书。”隆庆四年（1570年）中举人，万历十四年（1586年）登进士第三甲第一百九十三名，任宝坻县令。后升为兵部职方司主事。此时日本对朝鲜发动侵略战争万历朝鲜之役，随经略宋应昌、提督李如松率兵入朝鲜。李如松与日倭谈判，佯称将赐厚禄，日倭信以为真，没有设防。如松遂袭破日倭于平壤。袁了凡认为李如松此举有损国威，并斥责其部下滥杀无辜，冒领军功。倭兵袭击袁了凡，了凡以三千兵力击退之，而李如松却败于倭兵。万历二十一年，