.刘永福归国后，回到广东，被授予南澳镇总兵职务。清廷对黑旗军颇为猜忌，不断削减黑旗军人数、减少武装实力，最后只剩下三四百名老兵跟随刘永福，其余全部遣散回乡。
在台湾.甲午战争爆发之后，刘永福于光绪二十年（1894年）被清廷调往台湾协防，并重新招募黑旗军。刘永福至台湾后，与巡抚唐景崧不睦，唐景崧命其镇守台南，自己则镇守台北。《马关条约》签订后，台湾被割让给日本。清廷令唐景崧等驻台官员都弃岛内渡，但台湾仍有不少汉人拒绝向日本投降。台北士绅丘逢甲拥立巡抚唐景崧为台湾民主国大总统，并