不到两年后获得马英九政府首任行政院院长刘兆玄的邀请，于2008年5月20日马英九政府上任后担任国家科学委员会主任委员至2012年2月5日，国立中央大学校长则暂由原副校长蒋伟宁代理。李罗权卸任国家科学委员会主任委员后，于2013年9月1日代理中央研究院地球科学研究所所长，2014年1月1日真除。