奉祀註生娘娘、虎边神龛奉祀福德正神，开基中坛元帅神像为康熙年间分灵之「老祖」，供信众膜拜。二楼大雄宝殿则供奉释迦三尊（释迦牟尼佛、文殊菩萨、普贤菩萨）、观世音菩萨、弥勒菩萨、韦驮、伽蓝护法、十八罗汉。三楼凌霄宝殿上祀道教尊神玉皇上帝、南斗星君、北斗星君，供善信祈求延寿消灾。三楼龙边光明灯殿奉祀中坛元帅、虎边太岁殿奉祀六十甲子太岁星君，提供信众点光明灯、安太岁的服务。三凤宫的门神为「平涂彩画」，为庙宇绘画大师潘丽水之作，潘之彩绘以庄严细腻闻名，于台湾极富盛名，值得一览，高雄三凤宫被誉为「潘丽水