基督宗教的人口约191万，佔日本全国居住人口（含旅日外籍人士）约1.1%。
战国时代至安土桃山时代.基督教聂斯脱里派（中国称为景教）于5世纪顷、由秦河胜等人传入日本。但是、历史的文记录不多、不明确之处很多。西班牙籍的天主教耶稣会传教士方济·沙勿略首先将基督教传播到日本。1549年8月15日（圣母升天节），沙勿略在日本朋友弥次郎的引介之下，携同两位耶稣会士（岛来斯神父、斐迪南修士）经麻六甲海崃，辗转抵达日本九州南部的鹿儿岛。沙勿略成为第一位踏上日本国土的天主教传教士。年底，鹿儿岛