阮淦死后，其婿郑检专权，成为世袭的郑主。阮淦的儿子阮潢出镇顺化，成为世袭的广南阮主。1592年，第二代郑主郑松攻破昇龙，灭亡莫朝。莫朝残余势力逃往高平。郑主势力越来越大，开始凌驾于黎皇之上，甚至可以随意废立君主。1627年，广南阮主终于与郑主决裂，爆发郑阮纷争。自此阮主虽名义上自称是黎皇的臣子，但不再向黎廷朝贡。1672年，郑阮纷争以均势而结束，郑阮双方约定以江为界河，以北为郑主所辖的北河，以南为阮主所辖的南河。郑主专心攻打北部的莫氏，阮主则致力于向南开拓领土。1677年，郑主一举攻灭莫朝残余势力，郑