共和国自葡萄牙共和国获得独立后採用，以取代殖民地时期所使用的葡萄牙国旗，并自此成为该国的官方旗帜。该国国旗的设计灵感源自圣多美和普林西比解放运动党（, MLSTP）的旗帜，而这两面旗帜也几乎相同。
历史.葡萄牙人在16世纪佔领圣多美岛和普林西比岛，并随后把这两个岛屿纳入葡萄牙帝国范围内。4个世纪后，一场于1953年发生的巴特帕（）大屠杀不但唤起了民族主义思想以及引发随后的独立斗争，也导致一个争取独立的政治组织圣多美和普林西比解放运动在7年后成立。当时由独裁者萨拉查领导的葡萄牙政府拒