。公元前121年，西汉在焉耆屯田。焉耆以其独特的地理位置，发达的经济文化成为古丝绸之路上的重镇，是西域三十六国最强盛的国家之一。北魏时在此设镇。唐在此设督都府。1954年3月5日，焉耆回族自治县成立。
行政区划.下辖4个镇、4个乡：另有兵团企业、农牧团场、南疆铁路和塔里木河南石油勘探公司等驻焉单位17个。
人口.县域总人口16.87万人，居住着回、汉、维、蒙等29个民族，其中汉族占43.27%，回族20.75%，其他少数民族45.98%，是新