法官认为邱义仁当时记错了，判决两人无罪。高检署上诉后，2015年11月，最高法院驳回上诉，无罪定谳。
王立强案.2020年1月9日，国民党义务副秘书长蔡正元与大陆商人孙天群指称，指使王立强炮制共谍案的是邱义仁。对此，民进党立委管碧玲与庄瑞雄召开记者会反驳，转述邱义仁的话「这辈子没有去过澳洲」。
称台湾不会推动独立，「除非疯了」.2020年10月12日，邱义仁在美国乔治城大学视讯会议中说，台湾人民对两岸关系的务实，不会选出疯子领导人，「台湾任何务实的政治人物