。赖索托龙的分类历史相当复杂，长期以来与法布尔龙混淆，法布尔龙是相同地区发现的另一种小型鸟臀目动物。在2005年，理查德.巴特勒（Richard J. Butler）公佈了一个新的鸟臀目种系发生学研究，他认为赖索托龙是新鸟臀类演化支的基础物种，新鸟臀类演化支包括肿头龙亚目、角龙亚目、以及鸟脚亚目。在2008年，巴特勒公佈另一版本的研究，认为赖索托龙是种非常早期的装甲类恐龙，装甲类演化支包含剑龙亚目、甲龙亚目。斯托姆博格龙可能是赖索托龙的成年个体。
描述.赖索托龙是种小型、二足草