对足够量的DNA用限制性核酸内切酶进行酶切，随后凝胶电泳分离不同长度的片段。电转移到膜上（参见南方墨点法，此步可省），用标记的16S rRNA探针杂交。由于一个生物的基因组中通常有多个核糖体基因，分别存在于不同长度的酶切片段中，因此核糖体分型可以得到类似指纹的结果。