成为罗马帝国的国教后，在沙普尔二世统治期间，从公元339年起，他发现基督徒与居住在萨珊王朝国内，与沙普尔二世敌对的基督徒可能共谋，因此对基督徒加以迫害。 沙普尔二世在对罗马帝国的战争中也对国内的基督徒征收双重税。居住在苏萨（Susa）的基督徒叛乱后，沙普尔二世在339年动用300头大象来摧毁了苏萨。 后来他重建了这座城市，并安置了战俘和织工，据信那是他于359年在阿米达击败罗马人之后所创造的。织工织出了锦缎。 沙普尔二世将其重命名为Eran-Khwarrah-Shapur（“由沙普尔制造的伊朗的荣耀”）。