来，这就存在着许多争议，其他的教会传统有不同看法。现代学者认为，福音书作者约翰、《启示录》作者拔摩岛的约翰、以及使徒约翰，可能是三个不同的人。在帕皮亚的着作中提到一位约翰长老，他有可能就是福音书作者约翰。
文献记载.根据《约翰福音》的结尾，这本福音书的作者的写作目的是为了为耶稣所爱的门徒作见证。而且在《约翰福音》中，从来没有直接写出作者就是耶稣所爱的门徒，或是使徒约翰本人。因此，有学者认为，福音书作者的年代应该晚于十二使徒，可能与使徒约翰是不同的人。从文章风格来看，传统上认