4年，与弗朗西斯科·皮萨罗、合作，决定探险南美洲。8月初，他们得到了向南远征的必需品。阿尔马格罗留在巴拿马，负责招募新兵，以及为皮萨罗的探险队提供补给。在几次对南美洲的探险之后，皮萨罗于1529年来到秘鲁。1532年，皮萨罗在卡哈马卡击败印加皇帝阿塔瓦尔帕并俘虏了他。不久以后阿尔马格罗也来到秘鲁，为皮萨罗带来了更多的士兵和武器。在印加帝国被征服之后，两人最初共同合作并统治新建立的城市。皮萨罗派遣阿尔马格罗去追击逃往基多的印加将军基斯基斯。另一位征服者塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔，在未经皮萨罗的允许下率先