该寺宋朝曾改为道观，称「神霄宫」。明朝时遭强佔沦为私邸，至万历年间又回复旧观。后又为民家侵佔，至1928年圆瑛法师主持雪峰崇圣寺时收回法海寺重修、作为崇圣寺下院。于1948年，忠心法师创办「法海中学」，招收失学之贫寒青少年就读。文革时、除殿堂建筑外悉遭红卫兵严重破坏、佛像等一切陈设尽毁，房舍又被工厂、机关等单位佔用。1976年后中国落实宗教政策，再收回并加以重建毁损房舍、及逐步整修内部架构。山门上有赵朴初所书匾额〈法海寺〉，现亦为福建省及福州市佛教协会所在地。法海寺于2011年2月7日凌晨3点12分发生大