腓力二世是葡萄牙国王曼努埃尔一世的外孙）。合并后的帝国又因为过于庞大而失掉了它的绝对优势，无法应对来自新兴势力的竞争。在西非、中东与远东地区，英国与荷兰逐渐蚕食掉了葡萄牙的一部分殖民地。孟买在后来被作为结婚礼物赠送给了英国。只有澳门、东帝汶、果阿、安哥拉、莫桑比克与巴西还在葡萄牙的实际控制之下。荷兰人曾经夺取了巴西将近一半的土地，但最终还是被葡萄牙人夺回了。
新兴国家的竞争.非伊比利亚半岛的国家并不认同《托德西利亚斯条约》。法国、荷兰（从西班牙取得独立后）与英国均有着航海的传统