伊宁市政府被民众严重破坏。据中国资料显示，当时参与暴动者约5万6千人得到苏联驻伊宁领事馆庇护下进入苏联中亚地区，但学界认为这个数字仍然太保守。1960年代末，托乎提库尔班、尼牙孜·乌买尔、司马义·依不拉音·哈斯木帕尔沙等建立全疆范围内分裂组织东突厥斯坦人民革命党。1969年8月20日，麦盖提县暴乱分子抢劫县民兵武器库。向边境运动时，被公安围歼，枪支弹药及其他凶器被缴获。阿洪诺夫等10名独立分子被击毙，其余均被俘。在中央政府指示下，自治区革命委员会责成公安保卫部门在全疆进行清理，至1970年3月破获全案。