被中国国家发改委和建设部列为“轨道交通第二批待批城市”中的首位。在2006年9月25至26日举行的《东莞市城市快速轨道交通建设规划》专家评审会上，《东莞市城市快速轨道交通建设规划》通过了专家评审。与会专家建议把该规划中2008年至2015年建设108公里铁路的目标调低至约60公里，并优先考虑2号线的发展。专家同时建议对穗莞深城际线(现名为穗深城际线)和与其路线重合的1号线作进一步研究，以作统一协调和优化。曾有提议指出R1线可与穗莞深城际线共线运营，以避免重复建设浪费投资。但该提议随后遭到否决，R1线与穗