河床位置出现白色菌丝。检验水质后证实阿摩尼亚超标100倍，绿色力量高级保育经理估计来源是附近石门甲村的生活污水。环境保护署则回应说4次巡查后无发现生活污水被排放至河道，在持续监测下「河溪水质指数评级为极佳」。环保团体亦指出目前东涌河主干流上游已被截引至石壁水塘，环团提倡在食水供应足够前提下考虑增放河水到下游，将能改善河水生态。