互依托，优势互补，教研相长。院校设有19个研究所（以及2个分所）、5所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院。2012年1月5日，院校召开京津地区全体干部大会，宣布了卫生部党组关于院校领导班子调整的决定。曹雪涛担任中国医学科学院院长，曾益新任北京协和医学院校长。2018年1月24日，国家卫计委在协和医学院干部会议上宣布，前中日友好医院院长、中国工程院院士王辰担任北京协和医学院院校长、党委常委。
与清华大学的关系.北京协和医学院与清华大学部分专业合作办学，两校及其院系