亲流亡松源寺期间与盐泽氏之女生下一男吉直和一女。小野道高于天文23年8月27日（1554年10月3日）病死后，直亲于1555年返回井伊谷，与家臣之女结婚，并生下一子虎松（后来的井伊直政）。1560年井伊氏当主直盛随同今川义元率军攻入尾张国，于桶狭间之战遭遇织田信长突袭后战死，直亲继承家督。当时远江正处于被称为“远州之乱”的动荡时期，正当此时，小野道高之子、家老密告今川氏真直亲企图与松平元康内通反叛今川氏，令直亲遭到怀疑。1563年，直亲经由亲族新野亲矩调停，在前往骏府城向氏亲谢罪的途中，被今川氏重臣