「我的立场很简单：台湾的未来，应当由台湾人民自己决定。不管决定的结果是什么，我都尊重并且接受。」在2017年6月4日的离台记者会上表示，台湾若不愿意流血，就不要再讲独立，因为「那就是嘴炮」，此话引起许多绿营台独人士不满，认为受到背叛；自由台湾党主席蔡丁贵认为中国人的看法毕竟跟台湾人的看法是不相同；但是蓝营前立委、统派的邱毅表示王丹此言相当中肯，认为王丹只是说了真话而已。
争议.
中国民运人士内部.
曹长青.根据曹长青的说法，王丹在秦城