定上存在着许多不相容的通讯协定，其资料封装在乙太网的资料帧，因此像路由器或网路交换器不会因这些不相容的协定而有所影响。但主机和从站需要使用相同的通讯协定才能通讯。有些标准，像是Modbus，已经由其原始版本衍生出可以运作在工业乙太网上的版本。而Profibus也发展其相容于乙太网的协定PROFINET。其他的协定，像是EtherNet/IP，只开发乙太网传输层的部份。工业乙太网的协定可以封装在TCP的资料帧内，使得处理上更标准化，但在主机和从机上都需要和TCP相容的通讯协定栈。以下是一些常见的工业乙