，至福建福州。隆武帝封武英殿大学士兼吏部、兵部尚书。但兵权落入郑芝龙手中，时清廷颁布剃发令，江南人民求救于南明隆武朝廷，芝龙养兵自重，不发一兵一卒。黄道周只得返乡筹兵筹粮。隆武元年（1645年），九月十九日道周募众数千人，马仅十余匹，另有一月粮，出仙霞关，与清兵抗击。施琅曾一度与他前往，不久却径自返回福建。夫人蔡氏叹道：“道周死得其所了！”十月初抵达广信（今上饶），募得三个月兵粮，分兵三路，向清兵发起进攻，一路向西攻抚州（今临川），另两路北上分攻婺源、休宁，不久三路皆败。十二月六日，黄道周率队向婺源出发