城之战中，天皇为幕府所掳，流放至隐歧岛，并立持明院统之光严天皇即位，改元正庆，是为北朝第一代天皇。但勤王势力（护良亲王、楠木正成等）仍不放弃，两年后在京都与幕府势力（主要为六波罗探题）决战，此时幕府派出的大将足利尊氏阵前倒戈，破六波罗探题军，另一勤王军新田义贞趁机攻破镰仓，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇也被勤王军救出，回到京都，罢黜光严天皇，复位，并废院政与关白，此时国家政权一统于天皇，史称建武新政。然而不久足利尊氏复叛，借平中先代之乱的借口屯于镰仓，拒还京师。在第一次进攻京都失败后逃至九州，寻求当地势力欲东