败，孙遭到罢免。其后，他南下南京参加革命派的起义。他任苏松宁扬镇五路军总司令，驻长江以北，同清军展开激战。此后他被任命为陆军第9师师长。中华民国成立后，孙岳被江西都督李烈钧招聘，任参赞军务兼督办庐山牧场。1913年（民国2年）二次革命爆发，他任讨伐袁世凯的讨袁第1路军总司令。后来二次革命失败，他和李烈钧流亡日本。此后，他秘密归国，到陕西省华山隠居。其间，他和后来国民军的同僚胡景翼相识，策划响应护国战争。
北京政变.1916年（民国5年）6月袁世凯死去后，北京政府内的皖系、直系、