得以进入美国。但是赫南德兹回绝了这项特许，而选择接受哥斯大黎加的庇护。因为若他当时立刻成为美国公民，他只能参加一般的棒球选秀，并只能与选中他的球队谈判；但是若身为非美国公民，他可以用自由球员的身份来谈判。2个月后，赫南德兹拿着纽约洋基队安排的签证进入美国，与该队签下4年660万美金的合约。
征战大联盟.1999年是身为洋基一员的赫南德兹最风光的一年，他共拿下了17胜9败的战绩，生涯最高的157次三振以及214.1局的投球局数，在球季结束后他获选为1999年美国联盟冠军赛的最有价