2年5月1日成为首位台籍海军总司令，至1994年4月16日卸任。其后转任总统府战略顾问。1996年5月30日，李登辉批准由庄铭耀出任驻日代表。2000年陈水扁当选总统后延揽其担任国家安全会议秘书长。后因肝疾日笃，免除国安会职务，于2001年9月接替林金茎担任亚东关系协会会长。2002年1月6日因肝癌末期导致肝衰竭，于当日上午8时14分病逝于台北荣民总医院。
尹清枫案.1993年12月10日，爆发海军总部武器系统获得管理室上校执行长尹清枫命案。虽然案发之后海军总部方面立刻成立军