月，王维舟出席了西北局高级干部会议，毛泽东亲笔书赠王维舟“忠心耿耿，为党为国”的奖状。1945年6月，王维舟在中共七大上当选为中央候补委员。1946年，王维舟到重庆，任中共四川省委副书记。第二次国共内战爆发后，任陕甘宁晋绥联防军副司令员。其后，他协助贺龙组织军区工作，开展新式整军运动等军队政治工作，并组织后方支前。1948年2月，王维舟担任陕甘宁晋绥联防军区副司令员，1949年2月又担任西北军区副司令员。
中华人民共和国成立后.1949年12月，王维舟率部随贺龙进入四川、重庆。