不和，颇受抑制。崇祯十二年（1639年），杨嗣昌弹劾孙传庭假装生病请求卸任，崇祯帝怒，把孙传庭囚狱。崇祯十三年（1640年），李自成移军河南，时河南大饥，史载：饥民“惟恐自成不至”，“从自成者数万”。崇祯十五年（1642年），李自成第三次围攻开封，崇祯帝想起孙传庭，把他从狱中释放，起用为兵部右侍郎，奉命兵援汴梁。不久孙传庭代替汪乔年为陕西总督，斩杀跋扈的贺人龙，接着传庭又转战河南之地，连战连胜，李自成遂向冢头寨（在今南阳境）转移，途中大量抛弃财物，明军竞相争夺而乱阵，贼返兵而击之，此役“天大雨，粮不至，