由于缺乏汉人信徒，元代也里可温教亦随蒙古在中国大陆统治的结束而终结在华之宣教事业。明朝以后，基督教在华之传播几乎停止。直至明中叶，葡萄牙人登陆澳门，多明我会及方济各会再次卷土重来，然亦未能重新开拓在华事工。重新开启基督教在华传教事业的，是十六世纪之耶稣会士。
陈垣与「也里可温」.《元史》之中早载有「也里可温」一词，但历来史家均不明其义。晚清年间兴起西北史地之学，研究中国之西北地区与中国之关系，其中尤着重元史之研究，然而由于《元史》中多蒙古语而难以了解；另一方面，由于当时驻外使节