医院医疗期间，虽经该院相关科别所组成之医疗团队倾全力治疗，然而邱小妹脑干功能逐渐丧失，经医师分别于1月23日10时20许、14时5时许完成脑死判定程序，邱小妹最终因脑部遭钝挫伤致急性硬脑膜外腔出血，最后因中枢神经性休克而死亡。最后在家属的同意下，邱小妹的肝脏和肾脏捐献给其他有需要的人。。
法院判决.就邱小妹父亲，邱光仁的部分，其后经台北地检署以「台湾台北地方法院检察署94年度侦字第1308号」起诉书予以起诉，并经台北地方法院94年度少连重诉字第1号判决以伤害致人于死罪判处有期徒刑1