1939年第二次世界大战爆发，地铁被迫减少班次，并关闭大批客流量较低的车站，最终只有85个车站继续营运。1940年巴黎被德军占领后，日客流量跌至仅30万，不过此后逐渐恢复到以往的水平。由于战前传统的巴黎路面电车停止服务，第二次世界大战期间，地铁和自行车一起成为巴黎当时仅有的交通工具。1943至1944年，巴黎遭遇盟军的轰炸，有几个地铁车站遭到严重损毁。战后，巴黎地铁因受二战影响迈入漫长的重建期，直到1960年代仍有许多车站尚未重新营运，其中部份就成为幽灵车站。不过，战后初期，由于公交车停开，地面公