1979年，西黄寺被列为北京市文物保护单位。1980年，北京市人民政府对清净化城塔及清净化城塔院进行了全面修缮。1983年，西黄寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。2001年，清净化城塔被定为全国重点文物保护单位。1987年9月1日，中国藏语系高级佛学院在西黄寺的清净化城塔院正式成立，十世班禅亲自担任第一任院长。每年都有来自西藏、青海、内蒙古等地的活佛及高僧在该院接受高等佛教教育。中国藏语系高级佛学院在塔院的后身还新建了藏式风格的办公教学楼，称“阳光楼”。2004年起，西黄寺每年举办盛大的辩经法