川家康所拥有的伏见城，造成伏见城再次烧毁，但德川家康为了继续监视丰臣家，再次迅速的完成重建；最终德川将柯在此就任征夷大将军，此后建立了江户幕府。江户时代后，纪伊郡南部大部分区域成为幕府直属的领地，其余地区则分属皇室、公家，在最南侧区域也有部分区域属于淀藩。明治维新后，原属幕府、皇室和公家的领地被划入新设立的京都府，原属淀藩的区域在1871年短暂改隶属淀县后也旋即被併入京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「纪伊郡」，郡役所设于伏见町（位于现在的京都市伏见区）。