只为小祠安座神位，以祈求丰收鱼产。干隆年间，由林云氏捐资重修，献赠「代天府」匾，后于干隆廿三年（1758年）仕金氏于再度重修。林爽文事件后，干隆五十三年（1788年），干隆皇颁赐十面纪功碑来表扬福康安等人战功，并以赑屃像为碑座。原规划九座安置在台湾府城的福康安祠，另一座运到诸罗县城。但从福建运抵台南入港的搬运过程，一座坠海，只好赶制一座补送到诸罗。嘉庆廿一年（1816年）重修殿宇，献赠石器、香炉、烛台。道光十五年（1836年）增建东西厢与修葺殿宇，并立大石碑为纪念。同治六年（1867年）再重修。