传闻转会费高达80万元。效力南华的5个赛季为球队赢尽所有锦标，也获得不少个人奖项。2009年，陈肇麒首次当选香港足球先生，及后多次成为本地华人首席射手。2012年，陈肇麒受绯闻及当众抽烟等新闻影响，形象插水，多间广告商与其解约。2012年5月23日，南华宣佈与陈肇麒解约。2012年7月10日，陈肇麒流着眼泪宣佈加盟中国足球甲级联赛球会广东日之泉，当陈肇麒在提及母会南华时更多次落泪，表示对不起球会、球迷和罗杰承先生，希望球迷给予机会。成为继吴伟超和梁振邦后，第三名到中国大陆参与职业足球的香港华人职业足球员