往屯门、东涌、沙螺湾、大澳之渡轮服务的航线，后于2005年9月2日改由富裕小轮营办，同时改由慧丰园公众码头上落；而东涌来往屯门的渡轮亦于2008年7月1日一度停办，其间两度重新招标无人问津，由龙运巴士T39线取代，直至2008年9月16日富裕小轮加开来往屯门至东涌直航班次，T39线亦于同日停止服务。2009年3月23日，此两航线改回于屯门码头上落。2003年，香港特区政府终于决定将屯门码头发展成为继港澳码头和中国客运码头之后第三个跨境码头，于年底公开招标，最后由西北航运公司投得，原计划开办往澳门航线，但