战后，部分学生转入天津水师学堂继续学业。1894年甲午战争后至1944年刘公岛汪伪海军起义期间，威海水师学堂曾先后被英国和日本占据。中华人民共和国成立后，学堂为中国人民解放军海军管理使用。1988年，“水师学堂”作为“刘公岛甲午战争纪念地”之一，被国务院公布为全国重点文物保护单位。2000年，水师学堂收归中国甲午战争博物馆，并进行了修复保护。2004年6月，完成了全面维修并对外开放。
建筑.威海水师学堂残存的原建筑有东西辕门、照壁、小戏楼、旗杆座以及英国皇家海军陆战队营房、军官