以核糖体DNA（ITS）的序列分析铆钉菇科类群的亲缘关系，结果显示该科可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，不过分布于俄罗斯西伯利亚东部的""可能是本科最基部的类群，在演化树上分支时间比色钉菇属和铆钉菇属两大类群分支的时间还早。另外米勒也认为铆钉菇科中单型的腹菌（"Gomphogaster"）可能是属于铆钉菇属的类群。2009年，另一则以ITS序列分析铆钉菇科类群亲缘关系的研究则显示铆钉菇属为一单系群，为色钉菇属的姊妹群，其中"G. borealis"为铆钉菇属演化支中的基群。2018年又有一则研究以ITS序列