中山于11月28日返回广州，重新担任陆海军大元帅兼主席总裁，并重组护法军政府，继续护法运动。「第二次护法」开始。1921年1月12日，非常国会在广州复会。4月2日，非常国会开会，取消护法军政府，组织中华民国政府。护法军政府终结。4月7日，选举孙中山为非常大总统，于5月5日在广州就职。第二次护法运动正式开始。