宫颈癌，第一年就发现2000多个病例。之后，这项政策扩大为全国性活动，蔚为知名的「六分钟护一生」，拯救许多女性同胞的生命。卫生局局长生涯告一段落后，涂醒哲进入中央政府改任行政院卫生署防疫处处长，不久后升任为行政院卫生署疾病管制局副局长。2000年民主进步党执政后，复升任为行政院卫生署疾病管制局局长。涂醒哲担任行政院疾病管制局长时，为了减少民众手部接触传染的危险，在全国宣导「湿搓沖捧擦」的洗手五步骤，让孩童远离肠病毒。2002年，涂醒哲就任行政院卫生署副署长，同年的9月，成为代理署长，接任全民健康保险