加拿大军队的三军统帅是加拿大女王伊莉莎白二世，称作加拿大武装部队总司令。然而，从1904年起，加拿大君主授权总督代行及使用三军统帅的衔头及职责。现任加拿大总督是朱莉·佩耶特。宣战一定由「加拿大君主」或「加拿大总督」签署。根据西敏制的民主政府体制，加拿大总理拥有实质上的军队调度和部署的决策权。加拿大国防部长是专责国防事务的内阁，掌管国防部。加拿大军队的最高军职是国防参谋长，为总理的最高军事顾问，掌管国防总部。向国防参谋长提供建议与协助。加拿大武装部队由位于首都渥太华的国防总部指挥。Sect