天主教哥打巴托总教区（）是罗马天主教会以菲律宾南部棉兰老岛西部城市哥打巴托为中心的一个总主教区，包括哥打巴托省、苏丹库达拉省和马京达瑙省。下辖两个教区。主教座堂为圣母无原罪座堂。2006年有教友856,000名，佔辖区总人口达45.5%。由77名司铎名管理28个堂区。1950年8月11日设哥打巴托暨苏禄自治监督区，属卡加延-德奥罗教区。 1976年6月12日升为教区。1979年11月5日升为总教区。现任总主教为，荣休总主教为奥兰多·克韦多枢机。