居正死后立刻被反对改革的政敌清算。张府一些来不及退出的人被囚禁于内，饿死十余口。生前官爵也被剥夺。
万历时期.张居正死后初期，神宗尚能保持对朝政的兴趣，但不久就开始怠政。在国本之争后，更是采取消极态度怠政。明神宗在位期间对内有东林党争、国本之争与万历怠政等严重事件；对外则有万历三大征与后金崛起等大型战役。万历一朝成为明朝由盛转衰的转折期 。国本之争是贯穿于明神宗中期至晚期的重大政治事件。主要是围绕着皇长子朱常洛与福王朱常洵（郑贵妃所生）。神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。朝中上