万历二十九年（1601年），蔡善继中式辛丑科三甲进士。任福建莆田县知县，调广东香山县，任内为加强对澳门的管理，颁布《条议制澳十则》。历升工部主事、南京兵部郎中。万历四十三年，蔡善继任泉州府知府。任内为宋代先贤蔡襄刻印《蔡忠惠集》，并葺其祠堂，重修万安桥。行旅感戴其功绩，将其肖像悬挂在忠惠祠中，号「二蔡祠」。有库吏之子郑芝龙，年方十岁，向衙门内投掷石子取乐，误中善继额头，善继本欲鞭笞芝龙，但见其姿貌秀异，便告诫之后，将其释放。后升任按察使司副使，分巡漳南。因丁忧去职，守丧结束后，补官福宁。天启四年（