有不同的说法，一说是因为清朝时，这里曾为重要商港，有多达十三行郊（商家）在此经商，所以将此处称为「十三行」。可是，也有学者认为「十三行」可能来自原住民语言的音译，为原住民称唿该地之名称。1959年，石璋如教授率领学生们到十三行遗址短期试掘，获得陶器、石器、铁器和玻璃器等文物以及二座墓葬，并推断该址属于凯达格兰族及噶玛兰族系统的史前文化。1963年，台北县文献委员会委託刘斌雄教授在该遗址开挖二个深坑，发现遗址有二个文化层重叠，下层为赤褐色网纹硬陶文化层（即十三行文化层），上层则是近代的汉文化层。1980年