rkgroups 3.11支持一个可以在FreeDOS下运行的调试模式，但是这个模式会比在标准模式下运行的先前版本还要有限的多。
Windows 9x和Windows Millennium Edition.Windows 95，98和Me把一个仅剩下内核的MS-DOS作为Boot Loader。 FreeDOS不能作为这个装载器的替身；然而，它可以被安装并通过一个引导管理器程序在这些系统之间使用，例如FreeDOS中包含的"METAKERN"。
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