长江南岸的芜湖县在明朝发展成新兴的经济中心。明成祖发动靖难之变，入主金陵后，永乐迁都，定都北京，原直隶地区改称南直隶。1635年明末流寇李自成部攻陷凤阳，掘明朝皇室的祖坟，焚毁朱元璋曾经出家的“皇觉寺”。
清朝.1645年，清军攻占南京，将南直隶改为江南省；干隆二十九年，大清会典正式说明江南省已经分为江苏省和安徽省，江苏省和安徽省分别为全国十又八省之一。省界与今天比较变化不大。晚清时期，太平天国定都南京，安徽南部是其主要粮食和军事基地，在曾国藩的湘军和陈玉成的太平军反复拉锯