十旅、第十三旅分别改称第三十七师、第三十八师，另外以豫西军区部队组成第三十九师。1949年4月，该军参加渡江战役，其第一〇九团获第四兵团授予“渡江杀敌第一功”锦旗。1949年5月22日，第十三军攻占南昌。1949年9月随第四野战军参加粤桂边追歼战，攻占广西省，进军云南省展开滇南战役，在滇南活捉中华民国陆军副总司令汤尧。1950年3月，兼滇南卫戍区。第二次国共内战中，该军共歼敌5.3万多人。
1950年后.1950年1月，第十三军抽调干部、战士1700多人、骡马1000多匹，组成辎重