内国的若江城，由妹夫三好义继庇护，而槙岛城在战后则封给了信长的妹婿细川昭元。在一乘寺唿应足利义昭的渡边宫内少辅跟矶贝新右卫门则在听闻义昭兵败后开城投降，随后离开。在静原山筑砦对抗的山本对马守被明智光秀率军围攻，在10月时攻陷，并斩杀山本对马守，一般认为足利幕府已于此战后灭亡。