在日军佔领下，印尼民族主义者苏丹·夏赫里尔组织地下学生抗日运动，同时进行抗日运动的有左翼的阿米尔·谢里夫丁，谢里夫丁获得来自荷兰政府的25,000古尔登的资助，以其马克思主义和民族主义为宗旨，创建了地下反抗组织。除了阿米尔·谢里夫丁以外，多是华人、安汶人和美娜多人参与反抗组织。1943年9月于南加里曼丹亚汶泰，在坤甸事件仍未爆发前，曾有一项由印尼民族主义者和荷兰人共同策划对抗日军的起义计画，但被揭发而失败。1944至1945年同盟军的对日战争，同盟军绕过印度尼西亚，并没有进入人口密集的地区，例如爪哇