臣秀吉时代开始后、基督教势力扩大。十六世纪末叶相继发生各地信奉佛教或神道的大名迫害吉利支丹的事件；相对的，信奉天主教的吉利支丹大名与吉利支丹烧燬本地寺庙和神社并迫害僧侣等事件也时有所闻。此外，葡萄牙商人将日本人当作奴隶贩卖到海外的事情爆发后，丰臣秀吉遂于天正15年（公元1587年）颁佈《伴天连追放令》，定天主教为邪教。不过着眼于南蛮贸易的实际利益，并未大规模地迫害该教。因此天主教仍在暗地里布道传教，受洗成为吉利支丹的日本人也不会被公家强迫还俗。不过，文禄5年（公元1596年）10月发生西班牙船舰「圣菲利浦号