药院，负责管理药品制作及储存，“秩从五品，掌授各路乡贡，诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。”这时仍然设有尚药局，后来由于尚食局和尚药局常在药膳方面发生联系，故在至元二十年（1354年）省并尚药局为尚食局。此后御药院和太医院共同形成了元朝医药管理的最高机构。明朝未设御药院，而设有御药局，后改称圣济殿。清朝设御药房。