担任总裁。后定官制，孝孺改为文学博士。惠帝对方孝孺有知遇之恩，使方孝孺十分感激，他也决心竭尽全力辅助惠帝治理天下。 当时各地藩王势力日益增大，惠帝听从兵部尚书齐泰和太常寺卿黄子澄的削藩建议，以加强中央集权。驻守北平的燕王朱棣（即后来的明成祖）遂以「清君侧」为名，誓师「靖难」，挥军南下京师。惠帝亦派兵北伐，当时讨伐燕王的诏书檄文都出自方孝孺之手。因为燕军骁勇善战以及建文帝等人的错误指挥和判断，王师逐渐失利。建文三年，燕军攻占大名。方孝孺建议道：“燕兵在大名长久停顿，天气炎热，定会不战自疲。请急命辽东部