等人之间的矛盾夺回朝政大权，于是拒绝了陶谦的建议而应召入长安，复任太仆，陶谦等亦唯有作罢。
愤恨猝逝.初平四年（193年），朱儁代周忠任太尉，录尚书事。明年因日蚀而被免官，改行骠骑将军事，持节镇关东。不过，朱儁尚未出发，李傕就在兴平二年二月乙亥日（195年3月2日）杀了同为董卓旧将的樊稠，令诸将互相猜疑，郭汜自疑李傕将加害自己而与李傕相攻，长安于是大乱，朱儁于是不出，留拜大司农。后汉献帝下诏命朱儁与太尉杨彪等十多人游说郭汜，要他与李傕讲和，但郭汜不肯，更留朱儁等人为人质。朱儁性格刚