1498年，萨佛纳罗拉被推翻，并被以异端罪火刑烧死。之后由继续统领佛罗伦斯共和国。1512年美第奇家族在教皇儒略二世的军队支援下，进入佛罗伦斯，共和国随之瓦解。乔凡尼·美第奇成为佛罗伦斯统治者。1527年美第奇家族再次被逐。1530年在神圣罗马帝国军队协助下，美第奇家族重返佛罗伦萨。1532年罗马教皇克勉七世任命亚历山德罗·德·美第奇为佛罗伦萨世袭公爵，共和国成为佛罗伦萨公国。