武则天掌权后，为巩固自身统治，大力任用黑齿常之等边将。684年，徐敬业在扬州起兵反对武则天，十一月初四，武则天令黑齿常之率军进讨，十一月十八，平定徐敬业起义。武后垂拱元年（685年），黑齿常之开始主管全国边务。垂拱二年（686年），后突厥汗国可汗骨咄禄入侵河东道，黑齿常之迁任左鹰扬卫大将军、燕然道副大总管，率军抵抗，在两井之战中取得大胜，进爵燕国公，食邑三千户。垂拱三年（687年），突厥再次入侵朔州，黑齿常之改右武威卫大将军，充任神武道经略大使，以李多祚、王九言为副手。追蹑突厥军至黄花堆，大破之，