学生决定集体向南京请愿，他担任晋京请愿团队总指挥，并在5月12日指挥编队演习；5月13日，他与副总指挥胡国定等人率领交大师生分批冲至上海北站。尽管当时火车站取消全部向南京方向的火车，但交大学生仍然自行组建机车和车皮、重新铺设铁轨，并自驾至麦根路，直至被蒋经国率领的青年军202师包围。直至14日凌晨，朱家骅与交大代表达成协议，史称“护校运动”。5月20日，国民政府淞沪司令部开具逮捕交大进步学生黑名单，其中张公纬也在被捕名单中。之后他在江泽民的掩护下，由中共地下党引导转移至晋冀鲁豫边区工作，改名余力。Sec