和球队进行了大换血，上海广电集团和上海文广集团这两家上海大型国有企业接手俱乐部，俱乐部更名为上海申花SVA文广足球俱乐部。此后，同为上海大型国企的上海电气集团也收购俱乐部部分股权。俱乐部兼并了第一任主帅徐根宝创立的上海有线02足球俱乐部，从而获得了杜威、孙祥等年轻球员。但是球队原有的核心申思、祁宏、吴承瑛却也先后转会到新出现的同城对手上海中远国际队，上海足坛形成了两强争霸的局面。2003年，申花以一分优势压倒国际，夺得了最后一届甲A联赛的冠军。但是由于当时球队为了夺冠而行贿，冠军头衔于2013年2月18