事委员会常务委员改为5—7人，加推何应钦、陈诚、程潜、李烈钧、唐生智、朱培德、陈绍宽加入常务委员会；军事委员会会议由副委员长冯玉祥及常务委员负责；指挥与调动军队，由常务委员、军政部部长何应钦负责。后又增加徐永昌、陈调元为常务委员。1935年行政院禁烟委员会改隶军事委员会，由委员长兼任禁烟总监。虽说此阶段军事委员会是为了抵抗日军而设置，不过就事实上，至1937年第二次国共合作之前，该委员会最大任务乃是应对第一阶段之国共内战。为此，军事委员会设立了诸多国民政府军事委员会委员长行营、剿匪总司令部、绥靖公署