公、赐紫金鱼袋的身份被任为守吏部尚书，散官封赐如故，与刑部侍郎刘从一、谏议大夫姜公辅并加同平章事为实质宰相。因兵乱，萧复的姐姐也不能归葬，后来才由萧复的次子奉其丧在某乡原暂时安葬。
拜相.朱泚称帝，国号秦，很快围攻奉天，朔方节度使李怀光救了奉天之围。萧复请求改革，建议不给宦官兵权，召回监军宦官。德宗很不悦。萧复又说：“陛下践祚之初，圣德光被，自从用了杨炎、卢杞败坏朝政，以致今日。陛下如能改变想法，臣敢不竭力？如果希望臣为了苟安而依附阿谀，臣实不能，不敢当宰相。”又曾与卢杞一同奏