前俄军保密恰当，并将召集士兵的行动，解释为追剿俄国逃匪，如哈萨克人和柯尔克孜人等叛乱份子。恭亲王奕䜣本人亦正忙于应对陕甘回变，忽略了俄军入侵的可能性，导致清廷一开始并未察觉俄军入侵，直至乌鲁木齐都统额宸联同明谊上奏，清廷才发现俄军入侵。清军方面，以伊犁将军常清为首，指挥塔尔巴哈台参赞大臣钖霖以下各军。在俄军入侵造成的混乱下，常清曾一度不知所终，因此北路塔尔巴哈台推举乌里雅苏台将军明谊为总指挥，南方伊犁则由其堂弟明绪代伊犁将军职，以抵抗俄军。
战争过程.
俄军