在镇压革命派时被陈树藩的部下胡景翼偷袭活捉。陆建章被迫将陕西省的统治权交给陈树藩，以换回陆承武，随后他逃回北京。到北京后，陆建章先投靠张勋。张勋的辫军复辟失败后，他改投直系，并利用第16混成旅旅长冯玉祥在北京政府内抬头。1917年（民国6年），他被将军府授予炳威将军，同年他就任总统府高等军事顾问。皖系同直系在如何对待南方政府的问题上发生路线对立，陆建章作为直系的重要干部，在其中出谋划策。因此，段祺瑞的皖系对陆建章的反感加深。1918年6月，督军团在天津开会，议论对西南用兵问题。力主南北和谈的冯国璋派