1482年，马赛及其所在的整个普罗旺斯伯国划入法兰西，彼时，西欧诸地出现浪潮，路易十二于1501年颁布法令，下令驱逐国内的犹太居民，马赛的犹太商人纷纷逃离，犹太街区随即消失。16世纪初，弗朗索瓦一世在执政期间开发马赛港口外部的弗留利群岛，并在此修建伊夫城堡。1524年，神圣罗马帝国曾在此发动但未能成功，此后伊夫城堡被扩建成为军事堡垒，成为马赛海防设施的一部分。16世纪末，马赛市长通过强硬措施对抗萨瓦公爵，并大肆任命其亲信为官员，企图将马赛建为一个独立自主的贸易口岸，最终于1596年2月17日被吉斯公爵派