由于面积大、管理妥善，切诺基国家森林内的生态环境维护地非常好，动物种类繁多。
哺乳类.在切诺基国家森林内可以观赏到的哺乳类野生动物有：美洲黑熊、浣熊、郊狼、臭鼬、北美负鼠、狐狸、松鼠、美洲河狸、美国大山猫、花栗鼠、北美水獭、北美土拨鼠以及白尾鹿。
鸟类.该区域常见的鸟类有：美国麻雀、哀鸽、霸鹟、雨燕、家燕、冠蓝鸦、北美红雀等。其中勐禽有：红头美洲鹫、白头海鵰、鹰、游隼。
爬行类.爬行类动物则有：响尾蛇、铜头蝮、卡罗莱纳箱龟、拟鳄龟、美