董会，使部分办学团体强烈不满，认为假以民主之名来消灭传统有宗教背景的办学团体，以及有市民担心校董会涉及刑事或民事案件时的法律问题。教育统筹局于2006年至2007年年度新学年的中一新生起，教育制度改为三年初中、三年高中及四年大学，并于2009年推行校本评核作为学生在会考成绩的其中一个评分准则及推行高中通识科。2006年10月行政长官曾荫权于施政报告宣佈，将于2007年至2008年起向每名就读于每年学费不超过2.4万元的非牟利幼稚园（全日班不超过4.8万元）的3至6岁的幼稚园学生提供每人每年13000