00番台的设计。E331系的座位和E231系500番台先头车辆中央的座位採用可变设计，座位的中央部份可旋转，以对应通勤型侧式座位和近郊型对向座位。实际来说，E331系可变座位的构造跟209系3000番台试验的可变座位比较接近，与在仙石线行驶的205系3100番台的可手动调整座位的构造并不相同。
编组方式.E331系只有量产先行列车投入服务，故列车编组方式以量产先行列车为准。由于E331系的车辆比一般的车辆较短（E331系：13.4米／16.5米；一般车辆：20米），E331