88年，任黑龙江省第七届人大常委会副主任。1988年、1993年，王军连续当选为第七、第八届全国人大代表。1993年12月，王军离休，享受省长级医疗待遇。2014年11月19日，王军在哈尔滨病逝，享年94岁。11月23日，遗体告别仪式在哈尔滨举行。习近平等领导表示哀悼，并向家属表示慰问。习仲勋夫人齐心委派其子习远平到王军家中吊唁并出席遗体告别仪式。 
家庭.王军的丈夫吕其恩曾出任哈尔滨市长，两人于1943年在延安成婚，婚后育有四子，分别是吕宁、吕龙、吕毛和吕波。