票后决定独立，随后爆发了1999年东帝汶危机。公投结束后，一些反对独立的激进分子以及受到印尼军队支持的东帝汶亲印尼民兵部队开始对平民发动袭击。暴行很快发展成为以首都帝力为中心的全国性骚乱。据信，大约有1400人在此次事件中丧生。一批得到联合国许可的、以澳大利亚国防部队为主的东帝汶国际部队（INTERFET）进驻东帝汶并展开维和行动。
公投.1999年，迫于来自于原宗主国葡萄牙等欧盟国家和其他国家强烈的国际压力，印度尼西亚政府决定于8月30日举行公投决定东帝汶的未来。多达78.5%的