前571年（周灵王元年），楚国在今六合区设棠邑，是南京政区建置的开始。据传说，吴王夫差前495年曾在南京筑冶城。前473年（周元王四年），越国大夫范蠡在今中华门外秦淮河南岸筑越城，是现南京城区建城史的开始。前333年（周显王三十六年），楚威王在石头山筑金陵邑，是现南京城区内设治所之始，南京的别称“金陵”由此而来。前210年（秦始皇三十七年），金陵邑改为秣陵县。直至汉末，现南京地区只设县级政区。
六朝时期.东汉末年，割据江东的孙权于211年将治所移到秣陵，在金陵邑旧地筑石头城要塞，