机构实际上是由全国总指挥官领导。组织的日常事务是由马来西亚圣约翰理事会（St. John Council of Malaysia）管辖，该理事会的主席由全国总指挥官兼任。该理事会的成员也包括马来西亚圣约翰救护机构的主要官员等等。依据《1972年马来西亚圣约翰救护机构法令》的规定，全国主席和全国副主席的职位都将被自动赋予马来西亚的现任首相和现任卫生部部长担任。
会员.马来西亚圣约翰救护机构的会员籍对所有拥有良好品格，良好体格、来自各行各业、对急救感兴趣和年龄介于17至65岁之间的