仲率部袭击后白河法皇的宫殿法住寺殿，明云在战斗中被杀。当明云的首级被献给了木曾义仲时，木曾十分蔑视他，将其首级扔进了西洞院川中。明云死后，木曾义仲任命自己的追随者俊尧为新的天台座主。由于明云以最高级僧侣的身份在战场上参与杀人，最后战死，因此在《愚管抄》中被慈圆勐烈抨击。然而另一方面，《今镜》却对明云在「佛法衰微的末世」对弘扬佛法的贡献作出了高度评价。