嘉靖年间福州府倭患甚重，戚继光曾两度入闽平定倭寇。自明朝晚期起，欧洲的葡萄牙、西班牙、荷兰、意大利等国同福州的接触渐趋频繁，1624年底，艾儒略将天主教传入福州。1645年，明唐王朱聿键在福州建都称帝，升福州为天兴府号福京，改元隆武，1646年，清军击溃隆武政权后攻占福州。清初，清军与郑成功一度在福州地界进行拉锯战，1674年至1676年，耿精忠又据福州反清。动荡的局势导致清政府施行海禁、迁界政策，强迫福州沿海居民内迁，重创福州沿海的社会经济，直到1684年迁界政策取消。明清两代较为稳定的社会环境使福州城