morants）最重要的地点，在台湾稀见的鸬鹚在这总是成群聚集，目前发现的野鸟近二百种，其中以鹬科最多。沙滩上常见幽灵沙蟹轻巧身躯在沙滩上奔驰，速度可达每秒3至4公尺。慈堤外及水头、后丰港、浯江溪口、古宁头、咙口、鸡髻头等处的泥滩地有稚鲎。稚鲎、欧亚水獭，这2种仅剩慈湖尚有存在，而数量在金门地区也有日渐减少的趋势。疑因天气暖化，2008年6月曾出现大批毒水母入侵繁殖，金门国家公园管理处接获通报，紧急派员清除。