军舰队下辖航空队的母港和归属地。此外，大凑军港被指定为镇守府要港部下辖的「要港」（）之一，并在日美开战之前升格为，但没有部署。这五处军港在二战之后由海上自卫队接管，并以「舰船母港」为现今的主要机能。目前，横须贺和佐世保的两个港口均为驻日美军海军基地及其第七舰队在事实上的母港。位于日本本土以外的部份其它日军军港，包括台湾的马公、满州的旅顺以及朝鲜半岛釜山附近的镇海地区等要港，于1941年11月20日被升格为级别。而对马的和朝鲜半岛元山附近的永兴地区则一度被指定为临时要港部。此外，也是日军的指定要港之一。