书院再度兴盛。随后书院因批评时政，遭当道之忌，明世宗、张居正皆曾毁书院；尤其是东林书院事件，魏忠贤尽毁天下书院，书院乃大没落。清初对书院加以监管，至雍正十一年（1733年），才改採鼓励态度，正式明令各省建书院，书院渐兴；惟不分官立私立，皆受政府监督，不复宋元时的讲学自由。直到庚子后新政，庚子诏令将全国书院改制为新式学堂，书院制度瓦解。清末中国颁布壬寅学制，并取消科举制度，中国教育由儒学为主体的教育转入近代新式学科教育。1922年北洋政府颁布壬戌学制，建立起现代教育制度。中华人民共和国教育超初实行苏联共产