十四个系，官佐、学员、学生、士兵共计8194员。另为重视军医学校之传统，各科期别仍沿用军医学校原期别衔接编排，仍以军医学校成立日期11月24日为院庆，虽然为军医学校的延伸，但实际上大部份的官职与教职来自协和医学院体系的卫生勤务训练所。国防医学院随着国共内战情势告急，国防医学院决定展开第八次迁校，1949年该校师生、仪器分成三批（2月16日、3月16日、5月4日分别抵台）乘坐安达轮转进台湾，于上海江湾遗留下来的校舍演变为今日的中国人民解放军第二军医大学。国防医学院转进台湾后，部分教职员生曾入驻台北县新店镇