模较大的妈祖庙，无不在山门上大书「开基妈祖」或「开台妈祖」，标榜自己的香火乃是直接从福建湄洲祖庙而来。1990年代，在两岸交流开放以后，台湾许多妈祖庙蜂拥前往福建湄洲岛进香，并捐款兴建殿宇。这使得妈祖庙和「妈祖遗迹」已经安在文化大革命中被破坏殆尽的湄洲岛，重新迅速兴建了大量豪华现代的宫殿、参道和牌楼。这种对于主从关系的争论，有时会造成宫庙之间的不睦。知名的遶境路线有云林县北港朝天宫和台中市大甲镇澜宫。但在1988年，因为朝天宫单方面使用「妈祖回娘家」等字眼，并且无中生有地宣称「大甲妈是北港妈的分灵」