杀夫之罪判决「杨乃武斩立决，葛毕氏凌迟处死」。同治十二年十一月初六，上报浙江按察使蒯贺荪。杨家不服，到杭州喊冤告状。杨乃武胞姐杨淑英（菊贞）曾在兵部右侍郎夏同善家做过保姆，透过夏同善与刑部分管浙江司刑狱林文忠将案卷送至军机大臣兼总理各国事务衙门大臣翁同龢手里，认为疑点重重，上呈同治帝，同治皇帝认为事件不可思议，并面报两宫太后，随即下旨刑部，令浙江巡抚杨昌濬重新审讯，并遣监察御史王昕私访民间，得知爱仁堂并无卖砒霜。可惜杨昌濬为保面子和曾参审官员的乌纱帽，竟依仗左宗棠拥兵边疆之势，复以「通姦谋命」上奏。