终都得司马睿宽恕，并任命为前锋大都督，对抗王敦。及后王敦攻破石头城，击败戴渊、刘隗、王导、周顗、郭逸、虞潭等人的进攻，并攻陷建康，自任丞相专掌朝政。王敦入城后怪责王导在晋愍帝死后，反对他另立幼主以便专擅朝政，但王导仍秉正地议论，王敦无法争论。后王导加任尚书令。同年司马睿因王敦之乱忧愤而死，遗诏王导辅政。太子司马绍继位后，王导解任扬州刺史，改拜司徒。太宁二年（324年），王敦因与司马绍作战战败愤惋而死，王敦之乱平定。司马绍回皇宫封王导为始兴郡公。后又改命王导为太保、领司徒，剑履上殿，入朝不趋、赞拜不名。