领了金门、厦门、铜山、南澳等沿海地带作为根据地，滋扰当地清朝统治。
从禁海到迁界.在顺治十三年（1656年），为了切断当地民众对明郑势力的支持，清朝政府下令颁布禁海令，勒令禁止沿海居民出海，要求海岸设置防卫工事，阻拦明郑势力或者海盗等敌对清朝势力的登陆。顺治十七年（1660年），即郑成功进军南京后一年，清廷听从福建总督李率泰疏言，将临近厦门的同安排头、海澄的沿海地区民众迁移进内陆地区，有学者认为这是清政府对于迁界令的小规模试验。也有学者认为，后金时期满州政府在辽东沿海的沿海居民内迁