仁纯（F.R.Johnson）上任为止，而在这之后，该校使用汉文、日文与英文上课，并于1906年经台湾总督府立案改名为「长老教台南高等学校」。1914年第三任校长万荣华（Edward Band）上任，并为了校务发展打算迁校，新校址即今天所在地，为昔日台湾府城的东门城郊。最初建有两栋传统木构架形式教室（今体育组与谘商中心），在其北边有两栋宿舍，称为「东学寮」与「西学寮」（今光盐与友爱学舍），而讲堂则位在教室南边。而在1923年时，因万荣华校长希望与学生朝夕相处，而自费兴建宿舍（今校牧室）。然而后来因太平洋战