香港城市大学校长郭位表示，支持学生以和平方式对社会的未来发展表达意见。他又指，学生在过去几天的罢课行动中表现和平克制，校方感到欣慰，但周末期间发生的对抗场面，无助问题的解决，校方对此表示遗憾。他又唿吁各方用对话及理性手法共同为社会的未来谋取福祉。香港中文大学校长沈祖尧多次向全校师生发出公开信，表达校方以及自己的立场。在示威者和警方有激烈冲突的9月28日，沈祖尧在文中表示看到当日傍晚的激烈冲突时，「心里有说不出的难过」；又唿吁参与示威的同学冷静下来，并立即撤离现场。他亦表示中大会启动多项措施，为学生提供支