皇基于统一南方与获得象牙、犀角、珍珠等等南方财富，发动秦攻百越之战。约在前221年－前219年间，派屠睢率领五路大军南下攻打西瓯国与古南越国。虽然大军攻下古南越国首都番禺，但是地广人稀，时常有游击袭击粮道，战事拖延三年。而后派史禄于湘江和珠江支流漓江建立灵渠，以便运粮给南征军。这样南征军得以深入到西瓯国内，攻杀其君长吁宋。然而游击依旧未止，屠睢最后也被击杀。前214年秦始皇再派任嚣与赵佗率楼船士入援，并且先后派士兵、罪犯或百姓武装移民，岭南地区得以粗安。此后，于番禺设置南海尉以控管岭南三郡（南海郡、桂林郡与