湖较多，如屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖、十和田湖等。沿海地区则有一些湖泊是海迹湖，如八郎潟、霞浦、滨名湖、中海等。为实现发电和河流开发等目的，日本也兴建有很多水库，规模较大的有黑部水库和德山水库等。
海洋.日本周边海域分别为东边的太平洋、南边的菲律宾海（日本多视作太平洋一部分）、西边的东海、西北边的日本海，以及东北边的鄂霍次克海。本州与四国之间的海称为濑户内海，当中散佈多个海岛。日本国内的主要海崃则有北海道和本州之间的津轻海峡、本州和九州之间的关门海峡以及本州与四国之间的明石海崃、鸣门