斐迪南二世尽量使天主教的反宗教改革佔上风。斐迪南二世是一位狂热的艺术收藏家，因斯布鲁克附近着名的阿姆布拉斯城堡中的收藏品就是由他的时代开始收藏。他画廊中的画像及盔甲的收藏皆是价值连城，亦因此斐迪南二世债台高筑。现时这些收藏品皆存放在阿姆布拉斯城堡及维也纳的艺术史博物馆中。1580年，其妻菲莉宾逝世。1582年，斐迪南二世娶了他的外甥女安妮·凯瑟琳，他的妹妹埃莉诺及其夫曼切华公爵威廉的女儿。斐迪南二世于1595年1月24日逝世。因为他第一段婚姻的儿子没有继承权，而第二段婚姻只诞下女儿，所以蒂罗尔重