样性似乎继续下降。至今为止的已知白垩纪鱼龙类只有三属、"Caypullisaurus"、慈母椎龙、扁鳍鱼龙，虽然牠们分佈于全世界，但是其种类很少。在白垩纪中期的森诺曼阶/土仑阶灭绝事件中，这些鱼龙类与上龙类消失。而流体力学性能比较差的动物，例如沧龙类和蛇颈龙类继续存活，而且非常繁茂。鱼龙类的高度特化特征，可能是牠们的灭绝原因。牠们无法猎食新出现、速度高、繁盛的真骨附类鱼类；而沧龙类的突击的猎食方式，较适合猎食真骨类鱼类。
系统发生学.以下演化树是根据藻谷亮介的鱼龙类研究而来：