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行政独立发展期.1989年，圣若瑟教区中学第五校正式开办中学部，同年B座行政楼正式落成启用。1991年，该年9月，圣若瑟教区中学第五校获教育暨青年司准办英文教学，增中学英文部。2010年，首次联同圣若瑟教区中学、圣保禄学校、圣玫瑰学校、圣德兰学校、圣善学校及玛大肋纳嘉诺撒学校举办教区学校联合运动会。2012年9月，由于澳门大学停办预科课程，原中学英文部学生完成五年中学教育后无法升读大学，因此增设中六课程，以便涵接大学课程。2013年4月，天主教澳门教区谕示委任郭