杨方兴上任之后，修筑各堤，消灭土匪，后又引咎辞职，表奏提拔方大猷。顺治十年，黄河决堤于封丘大王庙，毁灭县城，沖毁安平堤、邳州、朱源寨。杨方兴发动夫役数万人治河，堤防一筑好就决堤，给事中周体观弹劾方兴，方兴抗辩，自请辞职，皇帝慰留。顺治十一年，给事中林起龙又攻击方兴贪污，但朝廷查明方兴清廉而贬了起龙，治水到顺治十三年才勉强成功，耗费白银八十万两。后直隶总督李荫祖弹劾方大猷贪污，方兴亦弹劾大猷，皇上认为方兴不先举发，责备他。给事中董笃行又弹劾方兴徇私包庇，方兴降级留任。十四年，乞休，加太子太保致仕。方兴