时哥吉拉又再度出现，于是便将机龙派上阵，没想到机龙与哥吉拉作战时居然萌生了自我意识，开始不受控制，此时哥吉拉逃走了，但是机龙却开始四处破坏。日本政府只好暂时停止机龙作战的计画，但是此时哥吉拉却出现在东京湾，自卫队无论如何攻击都抵挡不住，哥吉拉并且登陆了品川开始破坏，但是机龙队队员却因为没有接到出动的命令，只能待在基地眼睁睁地看着哥吉拉蹂躏着自己的城市，于是机龙队的队长只好去找首相要求机龙出动...