印度支那殖民政府总督保罗·博（Paul Beau），指责他纵容越南官员的贪污腐败，要求殖民政府在政治、经济、教育、法律制度等方面进行近代化改革。1907年，潘周桢与梁文玕效仿日本福泽谕吉设立庆应义塾的先例，在河内成立东京义塾，宣传新思想。翌年与陈季恰、黄叔沆发起。受此影响，潘周桢被逮捕，判处死刑。东京义塾也随之被殖民政府强制关闭。在法国友人的交涉下，改为终身流放崑崙岛。1911年获释，但仍被监视居住。1915年前往巴黎定居，并被禁止回到越南。
流亡巴黎.在巴黎期间，潘周桢与阮生恭（