外借予柏立基师范专科学校（Sir Robert Black Training College）及葛量洪教育学院（分校）。其后再于1978年再转借五育中学，扩校计划亦无疾而终。该校舍现为圣公会圣提摩太小学所用。1992年九龙船坞纪念学校成为首批改成全日制学校，运作至1995年被香港教育署以收生不足理由杀校，林曾惠琼女士成为最后一任校长。九龙船坞纪念学校学校停办后原址先后成为多间学术机构的临时校舍，当中包括协恩中学附属小学及香港兆基创意书院。现今该校校舍仍然空置着。