所有大型灭绝事件对植物造成的影响，只有到科的层级。若以种层级来看，减少的物种大部分可能是埋藏过程造成的假象。若以优势物种与地理分佈来看，可发现植物生态系统有重大的变动。在二叠纪/三叠纪交界时，优势的植物群改变，许多陆地植物突然开始衰退，例如荷达树（裸子植物）与舌羊齿（种子蕨）。在二叠纪/三叠纪交界之后，原本佔优势的裸子植物被石松门取代。一个针对格陵兰东部沉积层中的花粉与孢子研究，显示在灭绝事件发生前，当地有密集的裸子植物森林。在海生无嵴椎动物群衰退时，这个大型森林也开始消失，而小型草本植物开始多样化