1997年订定「过渡时期紧急垃圾处理计画」，建造小型垃圾焚化厂。预计全数完工后，垃圾焚化处理率可达90%以上。焚化处理所佔垃圾总清运量的比例逐年升高，到了2006年垃圾焚化处理的比例约佔总清运量80%，垃圾掩埋处理的比例则降至16%左右。前行政院环境保护署署长郝龙斌在任期间，提出了「一县市一垃圾焚化厂」的政策，预计兴建36座大型垃圾焚化厂，但因各地抗争及垃圾量不足而只兴建26座。其中云林及台东2座因为爆发弊案或争议而没有运转，后因垃圾代烧议题导致「垃圾不分蓝绿」新闻事件。