军再次整编取消军级编制后，耿飚任红一军团二师四团团长。参加历次反围剿战争。1934年10月10日，耿飚所部作为二师先锋参加长征征途，此后参加湘江战役。1935年初，红军进入贵州境内后，耿飚率部在江界渡口强渡乌江，攻占娄山关，为红军主力开辟前进通道。遵义会议后，升任红一军团一师参谋长。继又率部通过彝族地区，抢渡大渡河，夺占泸定桥，随军抵达陕北。1935年11月，率部参加直罗镇战役，在攻打甘泉时颈部负重伤。1936年2月，率部参加东征战役，此后进入抗日军政大学学习。12月，任新到达的红四方面军红四军参谋长。