大复校初期，行政单位由圣言会、耶稣会、天主教台湾地区主教团（中国圣职单位）三单位各自分立，各所属行政单位、学院及学生宿舍皆独立运作。至21世纪初叶，辅大已初步完成行政单位的「三合一」。以董事会为最高决议机关，设有教廷督导（Chancellor，相当于校监）。
学院.辅大现有12个学院。在台复校后，曾有在台南恢复农学院、在高雄设置海洋学院，开办航运部、水产部、海洋学部及海洋工程部，共十余系的计画，现已放弃。
进修部.原夜间推广部，目前哲学系，宗教系进修学