有一位巴伐利亚公爵。威尔汉姆于是成为首任巴伐利亚里的公爵，他也是大名鼎鼎的茜茜公主的曾祖父。尽管马克西米利安四世约瑟夫同情法国大革命，但巴伐利亚的军事和财政状况让他根本无法摆脱奥地利的控制。1800年12月，法军在中击败奥地利-巴伐利亚联军后，让·维克多·莫罗率领的法军再次占领慕尼黑。1801年2月9日，法国与神圣罗马帝国签订《吕内维尔条约》，巴伐利亚失去了莱茵-普法尔茨、和（虽然条约第七款中提到要给予巴伐利亚领土补偿）。奥地利这种完全不把巴伐利亚的利益放在眼里的行为促使巴伐利亚于同年8月跟法国秘密签订