1572年（隆庆六年）在耶稣会主办的罗马学院学习哲学和神学，并师从数学家克拉乌学习天算，其时范礼安也是他的老师。在这段时期，他还学会了拉丁文和希腊语，而且也会使用葡萄牙语和西班牙语。
印度之旅.1577年（万历五年）利玛窦获准赴远东传教。1578年（万历六年）3月24日，利玛窦从里斯本出发乘船和其他14名耶稣会士一起前往印度传教。一路上绕过好望角，途经莫桑比克，经过6个月的航行，终于在9月13日到达印度果阿——葡萄牙在亚洲最重要的殖民地。路途非常辛苦，在到达果阿前，船上来自莫桑比克