1582年，本能寺之变发生时，留守安土城的是蒲生贤秀。信长死于本能寺之变后，蒲生贤秀及氏郷父子两人从安土城转移至日野城。山崎之战后，明智秀满率领的所属明智军退去，安土城天主阁週边及本丸建筑尽皆烧毁。本能寺之变后成为织田氏的居城，信长的嫡孙织田秀信于清洲会议之后入城，主要使用二之丸为主；但是为了让丰臣秀吉的养子丰臣秀次于八幡山城筑城，安土城于1585年废城。
近代.1918年，成立“安土保护会”旨在保护安土古城现状。1926年，依据1919年施行的史蹟名胜天然纪念物保存法，指