在澳洲的麦克阿瑟建立了西南太平洋地区盟军总司令部，部署所属的盟军部队抵抗日军南进并组织反攻。当时麦克阿瑟属下军队主要由澳军和美军组成，但也包括少量撤退荷属东印度部队、英军和其他部队。1944年12月麦克阿瑟晋升五星上将。太平洋战争后期，指挥美军在西南太平洋执行“跳岛战略”，选择性攻佔有利于美军推进的岛屿，包括菲律宾群岛及冲绳岛，直到大日本帝国于1945年8月无条件投降。
驻日盟军总司令.战后自1945年8月至1951年间担任驻日盟军总司令，统筹对日本的军事佔领。在战后处置方针上，