因而在刘氏主政台湾期间受到重用，除了负责抚垦业务外，也接掌当时台湾最重要的外销品之一—樟脑的管理工作，并统帅当时全台湾最具战力的部队「栋军」，一肩扛起台湾中部的治安与国防工作。而他内渡之后，旗下的栋军十营仍未解散，重新整装投入乙未战争的中部战场，成为台湾民主国对抗日军的主要战力，可惜最后仍寡不敌众，在人数、武器等劣势下溃散瓦解。不过也有人认为，如果林朝栋未内渡，而是亲自领导栋军对抗日军，财务就不致如此匮乏，也许会让战局会对台湾民主国更加有利。甚至如果唐景崧未以广勇代替栋军，则台北城也许不会如此轻易的落入日军