的三个山神：大己贵命、田心姬命、味耜高彦根命，合称二荒山大神（836年被赐予「正五位下」的神阶，869年又被赐予「正二位」的神阶）。由于神社与与日光东照宫相邻，并同样坐落于日光连山山麓，依据日本神道教与佛教融合所衍生出的「本地垂迹说」指出，日光连山中的男体山的山神为「大己贵命」，也代表「千手观音」；女峰山的山神为「田心姬命」，也代表「阿弥陀如来」；至于太郎山的山神则是「味耜高彦根命」，也代表「马头观音」。例行大典日为每年4月17日，也是德川家康的忌日。另外在男体山山顶另有二荒山神社的奥宫（建于782年）