垣岛北部地势较高，南部则地形平坦。石垣岛东海岸有日本最大的裾礁，和西表岛之间的海域则有日本最大的堡礁。西表岛地形多山，岛上的是沖绳唯一的煤矿，在二战之前曾有开採。石垣、西表两岛附近还有小滨岛、竹富岛等离岛。八重山群岛最西侧则是以丘陵地形为主的与那国岛和波照间岛。位于沖绳县东部的大东群岛和琉球群岛之间隔有琉球海沟。南大东岛和北大东岛是隆起环礁地形。沖大东岛则是罕见的隆起卓礁地形。
水文.沖绳县有约300条河川。受地形限制，沖绳县的河川短小湍急，水流量经常在短时间内就因降雨而迅速变化，