牙康乃馨革命后两国才建立外交关系。在南斯拉夫联邦共和国期间以及在南斯拉解体后，葡萄牙与之一直保持着关系，虽然南斯拉夫后来改名为塞尔维亚和黑山，并在黑山于2006年7月宣布独立后改名为塞尔维亚共和国。1999年4月，葡萄牙参加了北约轰炸机从意大利阿维亚诺空军基地起飞对塞尔维亚的轰炸。1999年，作为北约维和行动的一部分，葡萄牙还向科索沃提供了军队。1999年4月，塞尔维亚就葡萄牙在南斯拉夫联邦共和国使用武力向国际法院提出申诉。截至2007年，葡萄牙在科索沃仍有大约300名士兵。