解放区政务委员会常务委员会决定合併黑龙江、嫩江两省政府为联合省政府，于毅夫任主席。中华人民共和国成立后出任黑龙江省人民政府主席。1952年调任中共中央统战部副部长。1958年6月，他“响应关于干部下放劳动锻炼的号召”，到吉林省永吉县担任第一县委书记，并兼任吉林市第一市委书记。1960年任中共吉林省委书记处书记。
晚年经历.1965年起改任第四届全国政协常委。文化大革命期间被捕入狱长达7年。文革结束后，又出任第五届全国政协常委、吉林省政协副主席等职。1982年在长春逝世，