后半时，人们把和这个和寺院有关系神当作镇守寺院的守护神。710年（和铜3年）的兴福寺附带着春日大社是最早的一个例子。此外，东大寺是向与大佛协力建立的宇佐八幡神劝请而镇守的，而这个就是现在的手向山八幡宫。其他古代的有力寺院，有延暦寺和日吉大社、金刚峯寺和丹生神社、东寺和伏见稻荷大社等等，这些寺社亦持有守护神。这个段阶，神与佛是同一信仰体系的中心，使两者其完全地认识别的存在，两者大约也可视为同一存在。为了这个段阶特殊的神佛习合给区别出来，因此也把称做神佛混淆。在多数的神社旁建立神宫寺，也在原本的寺院建立神社