不论党主席选举时是否与新潮流系对立，往往上任后均大量任命新潮流系成员担任秘书长或党务主管，新潮流系也均能与之合作愉快、各取所需。1997年，蕃薯藤获得新潮流系免费提供办公室，引起外界质疑：中华民国视讯网路协会理事长李世勋说，蕃薯藤主要成员均是当年野百合学运分子，与民进党渊源甚深，再加上目前办公室由民进党免费提供，「易遭外界认为富有浓厚的民进党政治色彩」；蕃薯藤创办人陈正然回应，民进党「不能、也不会」利用蕃薯藤资源，不做商业化活动是蕃薯藤不变的坚持，「除非商业化能够顾及原始理念，否则宁可放弃」。199