请示他，方正化只说：“我方寸已乱，诸公好为之。”城池被李自成军攻克，方正化击杀数十名大顺军，大顺军问：“若为谁？（你是谁？）”方正化厉声说：“我总监方公也！”大顺军攒刀砍杀了他，他手下太监也都死了。当时内臣殉难者，更有故司礼掌印太监高时明，司礼秉笔太监李凤翔，提督诸监局太监褚宪章、张国元四人。东厂提督太监王之心家最富，投降大顺军，大顺军勒索他的财物，拷打致死。南明时，建旌忠祠祭祀诸死难者，以王承恩为正祀，内臣方正化等附祀，而王之心也被祭祀。