卢永根在美国的亲人几次试图说服他留下，但卢永根都拒绝了。1983年5月，卢永根晋升华南农学院教授；1983年11月，担任华南农学院院长。1993年11月，卢永根当选中国科学院院士。退休后，卢永根对水稻研究依旧热情不减，不顾年迈多次亲自前往野外搜集野生水稻资源。2015年5月，卢永根和哥哥将故乡花都的两间祖屋，以他们父母的名义捐给了当地的罗洞小学。2017年3月，卢永根与妻子徐雪宾将毕生积蓄880万余元全部捐赠给华南农业大学，成立教育基金以支持贫困学生、扶持农业教育事业。晚年的卢永根还决定在身后将遗体捐献