决策机构，在县长及副县长之下，设有13个内部单位、7个所属一级机关、17个所属二级机关、23所各级学校暨1所幼儿园。金门县县长是金门县政府之行政首长，负责综理县政，并指挥、监督所属职员及机构。现任金门县长杨镇浯为中国国民党籍第7届金门县县长。金门县议会是金门县的最高民意机关，代表金门县全体县民立法和监察县政府之施政。县议员由公民直选选出，任期为四年，可连选连任。共有19位县议员，第一选区10席县议员、第二选区7席县议员、第三选区2席县议员，议长、副议长由19位县议员互选产生。