将原住民改宗成基督徒，也是荷兰统治时代的施政重点，而西拉雅族的部落最接近热兰遮城，因此宣教士便从西拉雅部落，开始推动基督教信仰。当时西拉雅人的某些社会风俗，并不相容基督教义，例如不到36、37岁的妇女怀孕必须堕胎、夫妻分居。西拉雅人为多神信仰，并由称为尪姨的祭司负责祭祀，尪姨也会借由占卜、预言等方式影响西拉雅社会风俗，尪姨也负责对妇女堕胎，宣教士因此将尪姨视为最大的传教阻力。为了减少尪姨的影响力，1641年荷兰人便把250名尪姨，流放到西拉雅部落北方的诸罗山，并进行基督思想改造。直到1652年，才准许她们