1988年12月，纽约地铁启用三条换乘通道及三座新车站：三座新车站为苏特芬林荫路-射手大道-JFK机场车站、牙买加中心-帕森斯／射手车站和牙买加-凡维克车站。当日多个列车服务发生变动，J/Z线于1988年12月11日开通跳站停靠列车服务。此外IND福尔顿街线快车服务也从仅在工作日行驶改为除凌晨外全日服务，因曼哈顿大桥而停运的B线、D线、Q线由该服务临时替代。1989年5月12日，纽约地铁最后一列有涂鸦的列车结束服务。此后纽约地铁甚少出现有涂鸦的列车。1989年10月29日，63街线通车。该线的