之间，自古就是京都与东国交通网来的枢纽。12世纪后，出现名为「山科荘」的荘园，并由藤原北家分支出负责管理。15世纪末，僧侣莲如在此建立山科本愿寺，其周围建立了土垒等防御工事，形成了，此后在16世纪初的之中烧毁，此后本愿寺的势力才转移到大坂建立石山本愿寺。1889年日本实施町村制，现在的山科区范围在当时设立为山科村，1926年改制为山科町。1931年，山科町併入京都市，最初被划入东山区；直到1976年，京都市将原属山科町的范围自东山区画出，设立为现在的山科区。
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