与许多其他的清洁剂相同的是，十二烷基聚氧乙醚硫酸钠具刺激性。文献中指出十二烷基聚氧乙醚硫酸钠对动物及人体会造成眼睛及皮肤的刺激。有些含该化合物的用品也含有低浓度的致癌物1,4-二恶烷（ 可能高达 300 ppm) ，来自其乙氧基化制程之副产物。1,4-二恶烷为国际癌症研究机构认定之二B类致癌物，故使用上之安全性受质疑。