民都为他申冤，获复职。弘光元年（1645年），随同福建布政使周汝玑等三司官员迎立隆武帝。累擢广东按察使、布政使，加太仆卿，但未赴任。隆武二年（1646年）九月，傅云龙得知隆武帝在汀州被杀，带兵入卫，到南靖时到处乞求支援，但无人和应。卢恕兵败经过，清朝军队向漳州招降，傅云龙说：「死则死耳，何降为！」不久他被挟持见清朝官员，同样大骂不屈服，和龚可楷、金丽泽、张大衡、李某等人一同被杀。尸体暴晒三日不腐，士民都环绕尸身痛哭。永历年间，朝廷追赠兵部尚书，谥忠节。
家庭.子傅廷升，任中