酸的胺基，行脱水缩合反应而成的-CO-NH-键，具有双键的性质，与邻近共六个原子在同一平面上，因此C-N不可自由转动，肽键是构成蛋白质架构的连系带。对于含半胱氨酸，甲硫氨酸或色氨酸的肽，脱氧缓冲剂对其溶解必不可少，这类肽易于空气中氧化。含谷氨酰胺或天冬酰胺的多肽也容易降解。多肽在-20℃很稳定，特别是冷冻干燥并保存在干燥器中，在将它们暴露于空气之前，冷冻干燥多肽可以放于室温。