87年，他获得安徽师范大学历史学硕士学位，导师为魏晋南北朝史学者万绳楠。1987至1988年，他在中国社会科学院近代史所进修史学理论。1995年，卜宪群于中国社会科学院研究生院获历史学博士学位，研究方向为秦汉史，导师为林甘泉。1988年至1992年，在安徽大学历史系任教。1995年起供职于中国社会科学院历史研究所，历任助理研究员、副研究员、秦汉魏晋南北朝史研究室副主任、主任、所长助理、副所长、所长。主要学术兼职有：国务院学位委员会历史学科评议组成员，中国史学会副会长、中国秦汉史研究会会长，国家社科基金评审委