第二次世界大战结束，中华民国接收台湾。林熊祥回到台湾。1947年，涉入谋议台湾独立案，被判刑1年10个月有期徒刑，但也因此躲过二二八事件后的政治整肃。林熊祥在此事件后不涉入政治，专心于发展家族事业。在其兄林熊征过世后，林熊祥成为长房的族长，曾任台湾水泥常务董事。此外，他曾任台湾省通志馆顾委会委员，台湾省文献委员会委员兼总纂、副主委及主任委员，负责编纂《台湾省通志稿》。1973年，在台北过世。
家庭.其妹林慕兰嫁给严琥（严复之子），为严侨、辜严倬云与华严之母。其妻陈师