始插入火星轨道，火星气候探测者号的无线电在UTC9时04分52秒（比预期还要早49秒）终止联络，当时探测器已经进入火星的另一侧，但是它与地球通讯从未重新建立。探测器由于人为错误，导致探测器在低于预期的高度接近火星，最终因为大气层的压力来解体。后来的火星侦察轨道器才完成火星气候探测者号的预期目标。
失败原因.1999年11月10日，火星气候轨道器事故调查委员会发布了第一阶段报告，详细介绍可能导致探测器发生事故的问题。在此之前，天文学家在1999年9月8日完成弹道修正机动-4的计算，随