元朝，此后不了了之。
明朝.1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海政策予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰佔领澎湖为止，才免予实授。1368年（元至正二十八年；明洪武元年），泉州路改为泉州府，隶属福建行省，辖晋江、惠安、南安、同安、安溪、永春、德化七县。泉州府辖下包含澎湖寨巡检司。1371年（明洪武四年；北元宣光元年），福建行省改为福建布政使司，泉州