将军区马沙沟注入北门潟湖南侧与台湾海崃。目前政府定义为「直辖市管区域排水」，正式名称为将军溪排水。出海口有红树林主要以水笔仔为主，其他还有海茄苳与土沈香零星分佈。
河川概述.将军溪流域涵盖台南市北门区、将军区、佳里区、学甲区、麻豆区、下营区、官田区、六甲区等地。清代以前原名沤汪溪、又名湾里溪，为古曾文溪主河道，位置正好处于倒风及台江两大内海之间的半岛陆地。今将军溪下游河道宽广，即为昔曾文溪下游出海口的残迹。清道光3年7月（1823年）豪雨使山洪暴发，土石流致台江内海淤积，曾文溪改道