卢永祥的资金援助，试图东山再起。因拖欠军饷而感到愤怒的海军士官受到教唆，鼓动海军一部独立于北京政府。林建章被上海的海军领袖处推戴为领袖，结成海军沪队。林建章还对北京政府方面发动收买攻势，一部分舰艇被引诱投归林建章。后来，1924年（民国13年）江浙战争卢永祥败北，林建章麾下的海军陆续回归北京政府，林建章被迫下野。同年10月，段祺瑞重新上台任临时执政，林建章于11月任其手下的海军总长，取得海军统率权。1926年1月，在许世英内阁中，杜锡珪重新代理海军总长，林建章再度被迫下野。后来，他曾被国民政府聘为海军部