龙潭流出进入镇江，在南京境内长约95千米。江中较大的沙洲有八卦洲、江心洲等等。长江南京段在下关设有水位站，历年平均低水位为2.98米，汛期警戒水位为8.5米，百年一遇洪水水位为10.6米。秦淮河是南京最知名的地区性河流。它的南北两源分别在溧水区东庐山和句容市宝华山南麓，在江宁方山汇合后流至南京城通济门外又分为内外两支。内秦淮即“十里秦淮”，流经南京城南部，出西水关与外秦淮复合后汇入长江。紫金山及其横贯南京城的余脉为城内水系的分水岭，南侧的青溪、珍珠河、进香河等汇入内秦淮河，北侧的金川河水系与玄武湖水系相通。