完竣的镇衙门则设于马公城内。而1886年起，至1895年5月乙未战争爆发；日本广岛混成支队攻下澎湖为止，澎湖总兵共历任了吴宏洛、王芝生、张其光与周振邦等四人。事实上，早于1721年，清朝政府因应朱一贵事件，也曾于台湾澎湖设澎湖镇之军事专责单位，并由蓝廷珍担任总兵一职。不过该官职或衙门旋即于翌年取消，蓝廷珍则改叙台湾镇总兵。