但事实上，「台湾」一词早在明朝泰昌元年（1620年）就首次出现于公文上，明末何乔远所着之《镜山全集》中，也出现「台湾」这个名称。而大量移民形成「埋冤」之地，却发生在清领初期，所以《台湾通史》的说法并不正确。连横在卷一〈开辟纪〉的纪载亦引发相关争议。吴密察认为〈与荷兰守将书〉系由连横杜撰，因之前从无明清文献有此文，与荷兰所藏书信也不同。陈昭瑛认为连横是改写江日昇《台湾外记》所记「此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。」改成「然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我。」