与八打雁（Batangas）、坦尚尼亚奔巴岛、马菲亚岛与桑吉巴、印度大卡吉盐沼地、墨西哥尤卡坦州穆赫雷斯岛及奥尔沃克斯岛、马达加斯加贝岛、印度尼西亚乌戎库隆国家公园等地，以色列埃拉特也有非常少数的鲸鲨聚集。虽然鲸鲨通常出现在近海地区，不过人类也曾经在沿岸、潟湖、珊瑚礁、河口与运河发现牠们的踪影。人类也曾经在700公尺深的海域发现过鲸鲨。鲸鲨通常单独活动，除非在食物丰富的地区觅食，否则牠们很少群聚在一起。雄性鲸鲨的活动范围比雌性更大，因为雌性鲸鲨比较偏好出现在特定的地点。2011年，生物学家在墨西哥尤卡坦