角连字符可表示一个空白字符；且在氨基酸序列中，U和*是合法字符（见下文）。标准中不允许数字，但部分数据库使用数字来表示序列的位置。支持的核酸编码如下：支持的蛋白质序列编码（25条氨基酸和3条特殊编码）如下：
序列标识符.NCBI标准定义了标题行中序列唯一标识符（SeqID）的格式。在的手册页中有写到：“formatdb可以自动地解析SeqID并创建索引，但在FASTA定义行中的数据库标识符必须遵守FASTA定义行格式的惯例。”下表为NCBI FASTA定义行的格式（另见"