。不久，李自成攻破京师，胡统虞被执。随即清军入关，胡统虞改名换姓，南逃至顺天府固安县。清廷下诏以原官起用，胡统虞固辞不受。大学士范文程亲携厚礼前往邀聘，并称：“统虞，今之许衡也，不可失。”最终，胡统虞被强拉进京，授国史院检讨职。清顺治三年（1646年）充会试同考官。同年八月，充顺天乡试正考官。次年，破格拜为国子监祭酒。顺治六年（1649年）纂《太宗文皇帝实录》，任副总裁。同年拜秘书院学士，教习庶吉士。顺治九年（1652年）充会试正考官。试后有士子不满，会元程可则等功名被削，胡统虞降六级调用。四月，降补秘书院