台糖改用总厂制后，新营亦为五总厂之一，而除自身之外，新营总厂下辖有岸内、乌树林、南靖、蒜头四厂，直到民国五十六年（1967年）改行大厂制后仅辖新营、岸内、乌树林三厂。后来随着制度再次调整，新营总厂成为辖有新营、岸内、乌树林、南靖、蒜头、麻豆、佳里、善化、玉井、永康十厂的大总厂。而在制度调整之外，新营总厂的制糖方法于民国七十一年（1982年）改为新亚硫酸法，并进行其他设备改良工程，直到民国七十六年（1987年）改回用石灰法制造二砂、一砂。而在岸内糖厂于民国八十一年（1992年）10月1日组织裁併，併入新营