安排，终于在1998年授权九广铁路公司兴建西铁。原先路线在节省成本的前提下，只连接天水围新市镇至深水埗新填海区的新车站，而延伸至屯门的铁路，当局认为在轻铁的帮助下，押后至第二期再作研究。然而，在屯门区居民强烈反对后，香港政府最终同意把第一期计划南延至屯门市中心。同年9月15日，行政会议正式通过兴建西铁工程的第一期，即兴建连接屯门站至南昌站的铁路路段，而这个耗资464亿港元兴建的铁路系统于2003年12月20日正式通车，成为第一条连接新界西北的重铁路线，以及九铁公司第二条重铁路线。
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