1937年7月7日芦沟桥事变，翁俊明立即声明脱离日本国籍。1938年5月，日军攻陷厦门，他到英属香港。1940年9月，奉命在港成立中国国民党「台湾党部筹备处」，就是后来的「中国国民党台湾省党部」。1943年，中国国民党台湾党部筹备处秘密迁到日本人佔领下的福建漳州，并开设「中正医院」以为掩护。1943年11月18日晚间，翁俊明饮酒后中毒，在漳州去世，享年52岁。一说遭到毒杀。翁炳荣是他的儿子，翁祖模、翁倩玉是他的孙子女。