元年（1567年）八月，王世贞伏阙为父辩冤，又得大学士徐阶相助，王忬平反，追复官职。隆庆二年（1568年），王世贞起补河南按察司副使，兵备大名，隆庆三年（1569年）擢浙江布政使司左参政，分守杭嘉湖。隆庆四年（1570年）履山西按察使，十月底丁母忧。万历元年（1573年）起复，除湖广按察使，九月改广西右布政使，未到任，十二月擢太仆寺卿。万历二年（1574年）以督察院右佥都御史督抚郧阳，万历四年（1576年）擢南京大理寺卿，未到任，九月因以“荐举涉滥”被吏部纠察而夺俸；十月，南京刑科都给事中杨节弹劾他“大