开始携眷也是于斌力争来的。1945年9月，抗战结束，于斌也得以返回自己的代牧区——南京。
南京教区主教.1946年4月11日，圣座宣布在中国建立天主教正常体制──圣统制，于斌升为南京总教区总主教，成为当时仅有的3个华人总主教（田耕莘、于斌、周济世）之一，当时，于斌还致力于在天津、北平、南京、上海、西安、重庆6个城市设立《益世报》网，并筹组天主教益世广播电台。次年又在南京创办鸣远新闻专科学校（纪念雷鸣远神父）。1946年，于斌当选为制宪国民大会主席团成员。
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