舰队司令部（）是纳粹德国海军的一个指挥机构，由1925年4月1日的「海上部队总司令」（Oberbefehlshaber der Seestreitkräfte）一处改编而来，直到第二次世界大战爆发前都一直直属于海军总司令之下，其最高负责人为「舰队司令」（Flottenchef）。1939年9月1日二战爆发后，「舰队司令部」改由各处的「海军集群司令部」直接指挥。1939年11月，「装甲舰司令」（Befehlshaber der Panzerschiffe）接替「舰队司令」之职，其原所属船舰也併入舰队司令部中。