便前往好友李瑞汉家。因林连宗前几日与台湾高等法院院长杨鹏，商量司法人事改革，引起陈仪猜忌，被诬以「强力接收台湾高等法院第一分院，并自任院长」之罪名逮捕。傍晚，警总与宪兵第四团人员至李家捉拿李瑞汉兄弟，林连宗也一併被带走，从此失迹。直到近年才解密的国家安全局档案中显示：林连宗在1949年11月28日的「二二八事变正法及死亡人犯名册」中，名列第二位，仅次于张七郎。