港超级联赛的成立，取代香港甲组足球联赛成为顶级联赛，元朗亦成为港超九支创始球队之一。球队继续获赞助商冠名，以「天行元朗」（I-Sky Yuen Long）名义参赛。球队在此季取得联赛第6名。2015–16年度球季，球队罗致多名年轻港脚，但亦同时放走赵俊杰、苏来强等本地球星，领队「飞碟王」陈浩然亦告离队，将由前南区，教头冯凯文接任新帅。2016年4月24日主场 4–1 击败黄大仙，宣告护级成功。2016年5月15日，元朗事隔近40年再次杀入香港足总盃决赛，双方实力有一段距离，飞马在元朗之上上。元朗是首