选任10人担任董事，负责除了教务以外的事物。然而随着董事的权力逐步的增大，与学校师生之间的矛盾逐渐扩大，使得校长人事不稳定，多次更迭。1929年6月29日，教育部宣布取消清华大学董事会，实施校长领导制，并规定校长负责综理清华校务，校长由教育部长提请国民政府任命，然而因为政权不稳定，国民政府选派的人选有时与师生产生冲突，校长人事仍然不稳，1930年5月至1931年4月，清华甚至没有校长，学校事务由校务会议处理，直到1931年梅贻琦担任校长，人事才算稳定。1937年，抗日战争爆发，清华、北大与南开在长沙