冯黄凤亭中学三十五周年校庆，该校于2013年3月8日至10日举行了典礼暨开放日，并邀请了教育局沙田区总学校发展主任陈慕颜莅临主礼。期间，亦举办了三十五周年校庆友校室内赛艇邀请赛，与东华三院其中八间中学，包括东华三院黄笏南中学、东华三院张明添中学、东华三院黄凤翎中学、东华三院甲寅年总理中学、东华三院吴祥川纪念中学、东华三院吕润财纪念中学以及东华三院马振玉纪念中学比赛。东华三院冯黄凤亭中学的学生以往曾发生过意外。在2014年8月20日，该校一名16岁中四男生林耀威在寓所温习功课期间，突然失控斩伤女同学张佩玲