技考古系成立，李学勤兼任学术委员会主任，并长期担任该校科学技术与文明研究中心理事。2001年出任台湾新竹清华大学中文系客座教授。2002年，任韩国明知大学客座教授。2011年9月29日，李学勤受聘担任中国文字博物馆馆长。2013年1月5日，由清华大学和复旦大学牵头的出土文献与中国古代文明研究协同创新中心成立，李学勤任首席专家。此外，李学勤还曾任国家文物鉴定委员会委员、中国史学会副会长、中国楚文化研究会理事长、中央文史研究馆馆员、南京师范大学柳诒徴史学讲座教授、南开大学文博专业兼职教授、安徽大学历史系名誉