台1面2线的地面车站。全部列车几乎都在1号线发车，2号线每日仅有早晨1班列车发车，其他时间则作为留置线使用。因此，一人控制用的月台感应器仅设于1号线。剪票口至月台间有斜坡，剪票口在车站大楼「atre龟户」内。龟户线通车时，当时有列车直通总武本线两国桥站，旅客列车直通运转废止后至开通为止，两路线间仍有货物列车运行（但现在JR与东武线路已完全独立）。本站也是东武铁道最南端的车站。
月台配置.（来源：东武铁道:车站构内图）
使用情况.龟户站与邻站锦纟町