分配至第一分舰队的第二支队，取代了旧铁甲护卫舰巴伐利亚号在支队中的位置以及战列舰腓特烈·威廉选帝侯号在练习舰队（）中的旗舰地位。1900年7月上旬，腓特烈·威廉选帝侯号连同被分配至第一分舰队第一支队的其余勃兰登堡级战列舰，受命前往东亚海域协助镇压义和团运动。因此，德皇威廉二世号及第二支队的其余舰只于7月8日被转移至第一支队，受海军少将指挥。8月15日，年度秋季演习开启；舰队最初是在实行战术演习，随后编成战斗队形巡航穿越卡特加特海峡，并于9月21日在波罗的海西部进行演习。在这些演习期间，德皇威廉二世号均是