实质关系仅止于用鸦片和稻米来交换一些原住民族的物品，并没有进一步殖民的企图。约在1617年，明朝水师军官赵秉鑑意图谋反，他以东番为根据地，于赤崁首次筑城寨。1624年，颜思齐在魍港（另一说在笨港，今云林北港及嘉义新港地区）设立十寨作为据点，其继承人郑芝龙后来成为中国东南沿海势力最大的海盗，并在1628年接受明朝招抚。同年闽南大旱，郑芝龙曾提议招募饥民移民、开垦台湾，亦有学者认为此提议从未执行。这段期间郑芝龙曾强力控制中国东南沿海的商船，以及中国大陆对台湾的贸易。17世纪起，中台湾的原住民族曾出现一个