吴南轩出任校长的风潮，蒋介石表示要严惩为首的学生，派钱昌照赴北平查办。钱昌照经过调查，向蒋介石发出电报说明情况，并且主张吴南轩辞去清华大学校长职务，另寻新人选接替。蒋介石复电同意。钱昌照遂聘翁文灏任清华大学校长，受到清华大学教授与学生欢迎。1931年九一八事变后，学生经常到国民政府大院示威及请愿，钱昌照力主不要镇压学生，只能疏导。
资源委员会.1931年冬，日本加紧侵略中国。钱昌照遂向蒋介石提出创办一国防设计机构，以富国强兵、抵制外侮，同时还可延揽人才。该建议获蒋介石同意。1932