，1至3号线为骨干线路，并为本岛分别向北、东、西方向形成放射状骨架，而4至6号线则为辅助线络，于本岛与周边组团发展，第一期建设规划包括了1、2、3号线的一期工程。
骨干建设.在建设规划批准的半年后，即2012年11月17日，轨道1号线一期工程用地预审亦获国家国土部批复。其后，厦门市立刻开始进行线路施工等前期准备工作，包括线路环评和工可的研究。但由于1号线跨海段涉及国家中华白海豚保护区，令1号线的环评报告经过了较长时间的论证审批，导致施工时间推迟了一年。最终，环境影响评价报告于201