是驻日美军和日本自卫队的设施。此处设有美国海军的佐世保美国舰队基地（）和海上自卫队的佐世保基地（；）。该港替美国太平洋舰队在东亚的前线部署单位或来访舰艇提供后勤支援等服务。
历史.佐世保海军基地自1883年时，第二丁卯舰舰长东乡平八郎入港勘测后，便逐渐被视为一座重要的军港，从原本江户时代的小渔村发展成日本帝国海军的作战基地及造船设施。1889年时在此设置了「佐世保镇守府」，使佐世保成为西日本的防御重心、以及对亚洲大陆的出兵据地。1905年的对马海崃战役中，已成为大将的东乡指挥联合舰