水禽重要的越冬地和迁徙歇地，对研究掌握有关湿地与各种鸟禽的关系起着重要的作用。范围包括三山镇的鸬鹚屿、海口农场、龙江出海口、东阁华侨农场、东壁岛、八尺岛等滩涂湿地。福清湾湿地已经被国家重要湿地名录所收录。目前已观测到国际濒危物种的国家一级保护动物中华秋沙鸭，世界濒危鸟类、国家二级保护鸟类黑脸琵鹭，濒危物种黑嘴鸥以及斑嘴鸭、绿头鸭、针尾鸭、红嘴鸥、黑瀑冰鹭等其他大量珍稀鸟类，是候鸟的越冬天堂。据统计，鸟群最多时达两万多只。2004年冬季，在福建福清海湾湿地，观鸟爱好者发现有60只左右全球濒危物种的黑脸