大革命后期，杨荫东兼任中央对台工作领导小组办公室副主任，配合中央有关部门参加特赦战犯，特赦台湾武装特务，清理监狱，宽大释放国民党县团以上人员，落实投诚起义人员政策，处理右派等工作，持续五年。1979年12月，恢复中央对台工作领导小组。1979年底，邓小平亲自主持对台工作，邓颖超、廖承志负责中央对台工作领导小组。中央对台工作领导小组办公室列为中共中央直属单位，杨荫东任副主任，1982年春任主任，1985年9月离职。1991年3月27日，中共中央、国务院决定，原中央对台工作领导小组和国务院台湾事务办公室