王费利佩二世（或称腓力二世）强行合併葡萄牙，成为葡萄牙国王菲利佩一世。而在腓力二世属下个人联盟的情况下，葡萄牙仍是自治的构成国家，不是西班牙属下的行政区。所以基于这一类行政的情形，葡萄牙使用以塞巴斯蒂昂的旗帜为基础的国旗，西班牙则使用自己原来的旗帜。哈布斯堡王朝作为葡萄牙的统治者，他们的旗帜也加入葡萄牙的纹章。1640年，国家重获独立，一场政变使布拉干萨公爵若昂即位为若昂四世，他把旗帜上的尖顶拱盾稍作改变为圆弧形，也就是「葡萄牙式盾」。这项改变使皇室徽章和国徽分成独立的旗帜。
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