，并入东京帝国大学时，反对移管而辞去所长。此时，以志贺洁为首的研究所全体职员一起提出了辞呈。传研骚动。11月5日投入私人费用设立北里研究所。第一任所长。大正四年（1915年），在设立恩赐财团济生会芝医院（现在的东京都济生会中央医院）的同时成为第一任院长。大正五年（1916年）11月，合并府县的医师会，成立大日本医师会，就任会长。大正六年（1917年），北里柴三郎致力于庆应义塾大学医学部的创立，成为第一代学部长（医学专业1920年（大正9年）改称为医学部）。大正十二年（1923年），日本医师会创立。就任第一任