织上有可能威胁到统治者地位的宗教也往往被打为邪教而受迫害，比如五斗米道、白莲教。同时宗教斗争也有发生，佛道之争从民间一直延续到朝廷。另外，虽然中国民间本身比较宽容，以及始终有将各个宗教混在一起的趋势，但是对于一些外来宗教产生抗拒的反应，产生了很多歧视甚至是实际迫害。例如在庚子拳乱中，不少中国新教及天主教传教士被义和团杀死，甚至是普通基督徒也不能倖免。
现代.现代社会特别是第二次世界大战结束及联合国成立后，世界人权宣言及公民权利和政治权利国际公约生效后规定保障各国的公民的宗教