后来的足利义稙，他在1508年再任第十二代将军）亲自讨伐细川氏，后者反而策动京都当局，罢免了义材将军的职位。是为明应之变。自此以后，室町幕府的威信完全丧失，幕府将军沦为大名上洛后用以操控政局的傀儡罢了。除了近畿动盪不安外，关东的局势也不甚安稳。当初足利尊氏开创室町幕府的时候，为了对抗南朝，不得不把幕府设在京都，而他把其根据地关东地方的镰仓分封给自己的儿子，是为鎌仓公方。镰仓公方由关东管领为辅佐。鎌仓公方府与室町幕府的体制类似，逐渐发展到能与幕府对抗的程度。最终，在室町时代中期、第六代将军足利义教时，爆发