达政府支持洛朗-德西雷·卡比拉为首的四大叛军团体联盟，叛军发动第一次刚果战争，迅速控制北基伍省和南基伍省后西进。扎伊尔政府军组织不力，士气低下，面对叛军攻势基本没有抵抗，领土不断丧失。1997年5月，叛军控制扎伊尔全境。蒙博托流亡国外，扎伊尔更名“刚果民主共和国”。1998年，刚果新政权排挤卢旺达势力，卡加梅转为支持新叛军，引发第二次刚果战争，战争持续到2003年，导致数百万人死亡和极其严重的破坏。2010年，联合国发布报告指控卢旺达爱国军在两次刚果战争期间大规模侵犯人权，犯有危害人类罪，卢旺达政府否认指控