医学博士学位。1988年至1997年间，曾先后在美国加州大学旧金山分校附属医学中心、瑞典隆德大学医院、比利时布鲁塞尔自由大学医学院访问研究。1996年，晋升为上海医学院教授。2011年4月28日，出任复旦大学党委常委、复旦大学副校长。冯晓源是中华医学会放射学会候任主任委员，并担任上海医学会医学教育学分会主任委员。他是上海生物医学工程学会副理事长，兼任放射工程专业委员会主任委员。他曾担任多种学术刊物编委，包括《中华放射学杂志》（副总编）、《中国医学计算机成像杂志》（责任主编）等。