本有切割半胱胺酸-甘胺酸双肽的的功能，将其命名为半胱胺酸-甘胺酸酶（cysteinyl-glycinase），认为此RNA有切割蛋白质的活性。1957年有研究阐明此酵素实为纯化过程中未能移除的蛋白质，而非RNA。早期此蛋白因最早从猪肾脏分离的过程出现在微粒体（microsome）样本中而被称为胺肽酶M（aminopeptidase M，M代表微粒体），1980年此蛋白重新被命名为胺肽酶N，因其较易分解中性的氨基酸而得名（N代表中性），其中尤以分解丙氨酸的效率最高。