再避讳，客观记录了清代帝王诞生后的名字，如「太祖生」改为「生努尔哈赤」、「太宗生」改为「生皇太极」等等，又删除了宣统退位后在民国年间给予旧臣的封号、谥号，其他各传增订或改正的地方还有很多。其次，还新编了《南明纪》、《明遗臣列传》、《郑成功载记》、《洪秀全载记》和《革命党人列传》。这部分内容大多源于国府撤台引发的政治需要和学术兴趣，虽然由于政治取向问题使得某些史评未必客观，但台湾学者对这一部分下了很大工夫。他们广泛收集史料，增补了许多史实。从彭国栋《清史纂修纪实》一文所见，仅《南明纪》就引用了五十五种史料