微囊菌属（学名："Microcystis"）是色球藻目蓝菌的一个属，常见于淡水中，其中包含会造成有害藻华的铜绿微囊菌（"Microcystis aeruginosa"），其毒素会导致肝脏、胆囊病变。
命名.微囊菌的学名"Microcystis"来自拉丁文的"mikros"（小）与"kystis"（囊状物）。
特征.如命名所显示，微囊藻的特征是小型的细胞，且没有鞘的包覆。细胞常聚集成大至肉眼可见的群落，本为圆形，但随细胞数增多会逐渐出现孔洞并变不规则。其原生