，噶尔丹不得已回军。不待噶尔丹回军，留守本土的僧格之子策妄阿拉布坦已经平定了叛乱，但是他的才干引起了噶尔丹的猜忌，噶尔丹甚至暗杀了其弟索诺布阿拉布坦，迫使策妄阿拉布坦率领部众逃至博尔塔拉河，噶尔丹亲率追兵，仍被击败。1689年，清朝和俄罗斯签订《尼布楚条约》，俄罗斯放弃对噶尔丹的公开支持。1690年，噶尔丹驻地科布多发生大旱，噶尔丹被迫率军东征，此时，策妄阿拉布坦乘虚而入，占据了准噶尔本土。后路被断的噶尔丹只得一股作气，与清朝争夺水草丰满的漠南地区。6月21日，噶尔丹击败清军，兵锋直指据北京仅有700里