ee-Wilson方法的方程形式为：formula_10其中formula_11为结构参数，若结构母环中第i个位置有第j类取代基则结构参数取值为1否则为0，formula_12为参照分子的活性参数，formula_13为回归系数。除了回归分析，遗传算法、人工神经网络、偏最小二乘分析、模式识别、单纯形方法等统计分析方法也会应用于二维定量构效关系数学模型的建立
发展.目前，二维定量构效关系的研究集中在两个方向：结构数据的改良和统计方法的优化。传统的二维定量构效关系使用的结构