修谱要“严核假冒，表彰懿行，斥除匪类，务秉至公”，并规定凡不孝、不悌、干名、犯义、僧道、邪巫、优卒、贱役和不按规定行辈表字命名的，均不准入谱。这次修谱按《史记·孔子世家》定名为《孔子世家谱》，在内容安排及分户上也作了一些调整。该谱共24卷。卷首有衍圣公孔毓圻、世职知县孔兴的序文和凡例等。卷一为姓源，卷二为年表，卷三为世系，卷四为中兴，卷五至卷二十四分别记载了20派60户的繁衍状况。卷末附有《流寓记》和《跋》。《流寓记》概括记述了外徙10个支派，包括浙江衢州西安县孔传子孙，河南开封仪封县孔惟时子孙