1月22日起担任总统助理和副国家安全顾问。2005年1月26日，哈德利在康多莉扎·赖斯被任命为美国国务卿之后接替赖斯的职位成为布什国家安全顾问。哈德利从2002年起是白宫伊拉克问题小组的成员。他在2003年以未能尽职为由向布什提交辞呈，但被后者拒绝。英国泰晤士报曾报道哈德利是鲍勃·伍德沃德在普莱姆事件（“特工门”）中的消息来源，但这个报道是错误的，后来副国务卿阿米蒂奇承认自己是伍德沃德的消息提供者。 前美国总统吉米·卡特在其着作《巴勒斯坦：和平而不是隔离》中不点名批评哈德利在2005年阻止他与叙利亚