，与旧运输省的铁道局、自动车交通局、航空局、港湾局保留。旧北海道开发厅成为单独的北海道局。另外，旧国土厅的防灾局移交内阁府管辖。2008年10月1日，国土交通省新设了「观光厅」、新设统合了「」的事故原因究明业务与「航空・铁路事故调查委员会」的「运输安全委员会」、废除了「船员劳动委员会」，以及把原属于该委员会的「中央劳动委员会」及「交通政策审议会」等移至其他部门管辖等大幅改组。是次在中央省厅中新设外局，是中央省厅重组以来的首次。2011年7月1日，为了确立省内横向体制与相关行政一元化，进行局处重整。河