华北水利水电学院为首批硕士学位授予权单位。1990年，迁至河南省郑州市办学。至此开始了地跨两省一市（河南省、河北省、北京市），一校四址的办学格局。2000年，从水利部划归地方，以河南省管理为主。2001年，华北水利水电学院北京研究生部并入北京工业大学。此次分离中华北水利水电学院损失了一大批教授和知名学者以及水利部、北京市、河北省重点实验室。2003年，遗留邯郸的华北水利水电学院（邯郸）大专分部与当地高校合并组建河北工程学院（后更名河北工程大学）。2009年，水利部与河南省签署共建华北水利