元灭宋之后，採取高压政策统治百姓，抗元复宋的起义不断爆发，至元二十年，原南宋琼州知州林获次子林桂芳与宋宗室后裔赵良骢兄弟在泷水县罗旁起义，抗元复宋。号称罗平国，改元延康。不久被元军镇压，林桂芳等人被杀，起义失败。
明清时期.明洪武元年（1368年）六月，朱元璋派征南将军廖永忠捕杀久据新会的农民起义领袖黄斌，正式将新会纳入明朝的版图。洪武二十四年，新会开始围筑县城，县城西起犀山东至马山，周长六百六十丈，县衙建于城内。至万历年间，城池修筑至会城河边，周长约五公里，新会城成为了广东第三