魏黄初三年（222年），在西域置戊已校尉，龟兹受其节制。晋太宁二年（324年），龟兹受前凉统治。前秦建元十九年（383年），吕光率兵西征，龟兹臣于前秦。晋太元十一年（386年），吕光建后凉政权，以其子为西域大都护，龟兹为其管辖。北魏常泰七年（422年），北凉沮渠蒙逊灭西凉，西域三十六国皆辖属贡献，龟兹受其统治。北魏太平真君十年（449年），北魏派遣万度归讨龟兹，龟兹等天山南路诸国归属北魏。唐贞观十四年（640年），唐朝置安西都护府于交河城，显庆三年（658年），治所移至龟兹，龟兹仍为西域政治、经济、文化