原住民族的抗日行动有以莫那鲁道为首的雾社事件。也有日军主动出击剿灭原住民的战争，如太鲁阁战争。1896年，日本公布《六三法》，授权台湾总督得颁布具有法律效力之命令。早期总督都是武官，权力极大，融行政、立法、司法、军事权于一人。前三任台湾总督桦山资纪、桂太郎、乃木希典的任期都不长；第四任总督儿玉源太郎的任期则长达8年，但实际治理台湾的是民政长官后藤新平。基于「生物学原则」，后藤新平借用了源自中国的保甲制度并加以重新制定，并且在儿玉源太郎任总督时，废除由前任总督乃木希典所颁布的三段警备制，将全台纳入警察管辖。