1916年（民国5年）6月袁世凯死去后，北京政府内的皖系、直系、奉系3大势力分别发展。孙岳因为同曹锟的交流而加入直系，任曹锟部的军官教导团团长。此后，他先后参加了直皖战争、第一次直奉战争。1922年（民国11年），他任第15混成旅旅长兼冀南镇守使，驻河北省大名。1923年（民国12年）10月，孙文下令讨伐曹锟，孙文手下的李石曾访问孙岳。孙岳和李石曽是滦州起义以前就相识的朋友。当时孙岳自身也受到吴佩孚的压迫，遂承诺投向孙文方面。1924年（民国13年）9月第二次直奉战争爆发前后，孙岳同冯玉祥、胡景翼联络