被捕.2003年5月，尤科斯石油公司安全部门负责人阿列克谢·皮楚金以谋杀罪名被捕，7月2日，尤科斯股东普拉东·列别杰夫被检方从医院病房中带走，理由是认为他与1994年国有化肥公司Apatit的非法占有股份案件有关。10月25日凌晨，霍多尔科夫斯基在新西伯利亚机场被捕，随即被以欺诈和逃税罪名起诉，转至莫斯科水兵寂静看守所进入拘留程序，尤科斯案正式爆发。
第一次起诉.尤科斯案的第一次起诉包括了如下罪名：盗窃他人财产、故意破坏造成他人财产损失、欺诈、逃税、伪造身份、大规模有组织挪用他人