物（基质），在有萤光素酶的环境被氧化成为氧化萤光素和以可见光的形式放出能量。现在还不知道有多少种萤光素存在，但下方会列出一些有较好研究的化合物。萤光素有许多类型，然而所有类型都利用活性氧而发光。
萤火虫.萤火虫萤光素是一种在多个萤科物种的身体内发现的萤光素，是萤光素酶(EC编号1.13.12.7)的底物。荧光素酶使荧光素发出特征性黄色亮光。和其它的荧光素一样，萤火虫荧光素需要氧气来发光，ATP和镁也被发现是荧光素发光必需的。｀
淡水螺.一种纽西兰北岛特有