易逐渐复苏，1474年成为福建市舶司的所在地。福州还是中国和琉球交往的枢纽，福州柔远驿专门用于接待琉球使者、商人。嘉靖年间福州府倭患甚重，戚继光曾两度入闽平定倭寇。自明朝晚期起，欧洲的葡萄牙、西班牙、荷兰、意大利等国同福州的接触渐趋频繁，1624年底，艾儒略将天主教传入福州。1645年，明唐王朱聿键在福州建都称帝，升福州为天兴府号福京，改元隆武，1646年，清军击溃隆武政权后攻占福州。清初，清军与郑成功一度在福州地界进行拉锯战，1674年至1676年，耿精忠又据福州反清。动荡的局势导致清政府施行海禁、迁界