作为祝寿场所，光绪帝下旨修缮万寿寺。此次修缮除维修装饰全部建筑外，还复建并扩建了千佛阁，并且仿干隆年之例，在无量寿佛殿后面增建光绪御碑亭一座。光绪二十年十月（1894年），户部尚书翁同龢奉旨撰写《重建万寿寺碑文》。
近代风雨.中华民国时期，万寿寺不再是皇家佛寺。原有僧众依靠清朝留下的庙产、地产维持寺院。到1949年前，僧人仅余十多人。该寺组织的庙会起初尚有一定规模，后来逐渐冷清，直到彻底停止。中华民国时期，万寿寺按行政区域归属西郊区西直门外分署第七派出所管辖，地址是长河广源闸二