年内蒙古经济大幅下挫。政府对牧区采取的政策较为谨慎，牧区受损不大。经过政策调整，自治区的经济之后逐渐好转。1966年，文化大革命开始不久，时任中共中央政治局候补委员、国务院副总理、国家民族事务委员会主任、中共内蒙古自治区党委第一书记、自治区政府主席乌兰夫就遭到批判。一连串罗织罪名、上纲上线后，中央、地方指控乌兰夫反社会主义、反毛泽东思想、破坏国家统一、策划民族分裂，将乌兰夫定为中共内蒙古党组织中最大的走资派。奎璧、吉雅泰、孔飞、毕力格巴图尔等人被株连。不久，中共内蒙古自治区党委、自治区人民委员会被文革领