审讯他的是他的老朋友，已降清的洪承畴。洪承畴与史可法是非常好的朋友，本来想要救史可法，却来不及，一直引以为憾，但当时广泛谣传史可法在扬州未死，死的只是一个形貌相似的人，苏州孙兆奎因起兵失败，被押到白下，洪承畴问孙兆奎说：“先生在军中，是否知道扬州阁部史公死了呢，还是没有死呢？”孙兆奎回答说：“经略从北方来，是否知道原在松山之战殉难的督师洪公真的死了呢，还是没有死呢？”洪承畴非常恼怒，急忙叫部下把孙兆奎推出去斩了。包捷闻孙兆奎死讯，哭于内桥。