式存在于细胞质中，细胞质内也无任何有膜的细胞器（如粒线体或叶绿体）。有些分类学者将原核生物归于原核生物域（Prokaryota），但现行的三域系统不採此说，而是将古菌域和细菌域的生物视为原核生物，原核生物本身不作为生物分类的层级。大部分原核生物为单细胞生物。根据《伯杰氏细菌鉴定手册》，原核生物分为四大类，“有细胞壁的革兰氏阴性真细菌”，“有细胞壁的革兰氏阳性真细菌”，“无细胞壁的真细菌”，“古细菌”。环境中常见的原核生物有细菌、放线菌、古细菌、螺旋体、衣原体、支原体、立克次氏体和蓝细菌等光合性细菌。P