不必废统。 而立法院长王金平则强调说，当初国统会与国统纲领是行政院院会通过后颁布实施的，这与立法院上会期审查总统府预算时通过决议，要求总统府内非编制组织包括人权委员会、科技谘询委员会停止运作的情形不同，因为这些组织都是没有法源依据的。中国国民党主席马英九则表示，陈水扁要对自己的行动完全负责。
宣布终止.2006年2月27日，陈水扁在主持国安高层会议后最终决定，国家统一委员会「终止运作」（cease to function），不再编列预算，原负责业务人员归建；国家统一纲领也「终止