后来更开征备受争议的威士忌消费税。1794年，他又协助华盛顿平息了为抗税由西部农民发起的威士忌暴动。1795年卸任财政部长之后，他回到纽约从事法律工作。然而作为联邦党领袖他仍然参与政治事务，并在亚当斯内阁中有巨大影响力。1798年，汉密尔顿在XYZ事件后动员军队，对抗法国，并被任命为一支新军的指挥官。美法短暂冲突虽然在海上进行得十分激烈，却从未正式宣战。最后，总统约翰·亚当斯寻得了避免战争的外交解决方案。后来他与亚当斯政见不合，使得后者在1800年美国总统选举中落败。当副总统托马斯·杰斐逊与阿龙