。1925年（民国14年），他任吉林省财政厅厅长兼永衡官银号会办。1927年（民国16年）5月，他任吉长道尹。张学良东北易帜投向国民政府的1928年12月，孙其昌任吉林省政府委员。此后，他兼任吉林省建设厅厅长，1931年（民国20年）辞职。同年，九一八事变爆发，他加入熙洽组织的吉林省政府，任财政厅厅长兼永衡官银号会办兼烟酒事务局局长。翌年，满洲国正式成立，孙其昌任财政部次长。1933年（大同2年）6月，任黑龙江省省长。翌年龙江省成立，任该省省长。1935年（康德2年）1月，任满洲国财政部大臣。193