随外婆周锦华移居台湾新竹，后来两兄弟同时在台北东吴大学就读。其后章孝慈在美国南美以美大学获政治学硕士，在美国杜兰大学取得法学博士。1992年任东吴大学校长。1994年11月14日在北京进行学术访问时因脑溢血中风陷入昏迷，于北京治疗数日后以飞机经香港转送回台湾治疗；虽然他此后从未清醒，但仍获东吴大学校方保留其校长职务，直至卧病一年多后过世。
家庭.章孝慈与其夫人赵申德育有一子章劲松及一女章友菊。