次年成为博士生导师。1999年春调入上海交通大学，出任中国第一个科学史系之首任系主任。2003年6月出任上海交通大学人文学院首任院长。2012年任上海交通大学科学史与科学文化研究院院长。
学术贡献.1997年至1999年在夏商周断代工程中负责两个专题：《武王伐纣时的天象研究》和《三代大火星象》。1998年12月20日断代工程会议上江晓原结论，武王伐纣是前1044年1月9日。