火山中休眠的巨兽拉顿。零号怪兽伴随着巨大热带风暴往岛飞行，即使马克一行人试图将拉顿引向零号怪兽的位置，但拉顿却被零号怪兽轻易打败。哥吉拉赶来跟牠再次交战，过程中咬断零号怪兽的一颗头。然而美国海军决定自行消灭威胁，对巨兽位置发射一颗名为「水中氧气破坏剂」的原型导弹，使方圆两英里内的生物全部毙命，哥吉拉也失去生命迹象。唯独零号怪兽毫发无伤，断头甚至重新再生回来，拉顿对零号怪兽屈从，各地遗址中栖息的巨兽受到其召唤而甦醒，沿路摧毁经过的城市。组织科学家陈艾琳透过一系列神话记载得知零号怪兽名为基多拉，一只试图统治地球