1928年7月7日，新疆交涉署长兼军务厅长樊耀南发动新疆七七政变，新疆省政府主席杨增新在出席新疆俄文法政专门学校毕业典礼时遇刺身亡。当天樊耀南被金树仁处决。7月9日，金树仁召见新疆省议会议长饶孜阿吉及地方官员，介绍事变经过。金树仁旋即接到南京国民政府行政院复电，金树仁遂与新疆省政府各厅署长及张培元、黎海如等人决定先行就职。1928年7月16日，金树仁迁入新疆省政府办公，新疆省政府各委、厅、南北疆将领、各族王公，纷纷致电拥护。1928年8月26日，南京国民政府以平乱有功，任命金树仁为新疆省政府主席兼新疆总司