里山炮台等厦门要塞核心阵地，战至11日下午，日军登陆部队更是攻入了厦门市区及厦门大学。在激战中，国民革命军第75师副师长韩文英、445团团长水清浚负伤，警备司令部参谋长楚怀民、营长宋天成阵亡，残余的中国守军退守云顶岩、金鸡山一线。在日军的炮击和轰炸中，厦门大学建筑遭受严重破坏，城区平民伤亡也非常严重。5月12日，中国守军尚未从厦门撤出部队，仍在胡里山炮台、高崎和市区鹭江道等处据守。从五通方向登陆的日军与从黄厝方向登陆的日军在厦门市区汇合，对残余中国守军发动最后总攻。5月12日下午，日军攻占胡里山炮台和厦