。除了深圳（蛇口）、虎门、台山、新会、顺德等邻近城镇外，船务还开展至广州（洲头咀）、肇庆、海丰、陆丰、汕头，甚至远至广西梧州、厦门、泉州和上海。其中广州（洲头咀）、海丰、陆丰、汕头、厦门和上海航线使用大型客轮航行。后来陆上交通渐成方便（广深高速公路和深汕高速公路通车），香港回归后中港空运班次增加，跨境船务开始减少；此外，由于邻近九龙站Union Square住宅区于2000年代初、中期陆续落成，而水翼船噪音会对居民造成严重滋扰，故喷射飞航辖下的水翼船（波音929及Foilcat）自2000年代中期已不获准停