少甲状腺激素调整过程中的的副作用。在兽医学中，也会用甲巯咪唑来治疗猫的甲状腺功能亢进症。
不良反应.在服用甲巯咪唑时，需注意是否有像是发烧或是喉咙痛的症状，这些症状表示可能有出现，粒细胞缺乏症是一种罕见但是严重的副作用，是因为白血球数量低下（更具体的说法，是缺少中性粒细胞的嗜中性白血球低下）。其鑑别诊断方式是暂停用药，并且进行全血球计数。若使用重组的人可以帮助其复原。其他已知的副作用有：
药物交互作用.若是有以下情形的患者，服用甲巯咪唑会有不良影响：: