岛后，纵队配合中华民国国军开展抗日游击战争。1944年秋，中共将其改编为“广东省琼崖抗日游击队独立纵队”，简称琼崖纵队，由冯白驹领导。1945年二战结束时该纵队已经占领了海南岛近五分之三的地区，队伍发展到七千人。随后第二次国共内战时期，编入中国人民解放军。1949年，该纵队开始配合解放军四野部队攻占海南岛。1950年解放军由临高登陆海南岛后，配合进行海南岛战役，中华民国党政军机关败逃台湾，海南特别行政区复归广东省，设立琼崖专区。