级艇在二战中击沉了82,770吨商船并击沉了七艘军舰（包括一艘潜艇），占到了苏联海军潜艇二战击沉吨位的三分之一。苏联海军的S级潜艇在第二次世界大战时进行的其中一次最有名的实战是在1945年1月30日，当时有一艘德国客轮古斯特洛夫号载着10,582名从拉脱维亚的库尔兰，但泽和东普鲁士撤走的德国军民，当晚一艘苏联S级潜艇S-13号在马林斯科艇长指挥下发现了它并向它发射了3杖鱼雷把其击沉，最新估计造成9000人死亡，为航海史上最高的沉船死亡人数。2月10日，S-13又发现了德国医院船“斯图本”将军号把它错当