中世纪中期，随着的推进，马赛出现了一分为二的局面：其中主教的权利逐渐扩张，其所在的上城通过实现政教合一；下城则由马赛子爵独立管理。第三次十字军东征时期，理查一世于1190年从马赛出发，前往西西里岛与腓力一世会合，征战耶路撒冷。1247年，安茹国王查理一世与普罗旺斯伯爵之女联姻，从而继承了伯爵爵位。1257年，为保护当地的贸易自由，查理一世与马赛主教签订了《》。1343年，普罗旺斯女伯爵乔万娜一世获得了马赛上城的司法权；1348年，。1347年11月1日，马赛发现首例黑死病病例，此后疫情在马赛蔓延，