豌豆的黄色或绿色的色彩等位基因的遗传与紫色或白色的花色等位基因的遗传是不相关的。这种现象被称为孟德尔第二定律（又称为“独立分配定律”），即来自父母的不同基因的等位基因被随机抽取来组成具有多种组合结果的子代。有一些基因不是独立归类的，这也就解释了遗传中的遗传连锁现象（具体内容见后）。不同的基因常常能够通过某种方式来影响同一种性状。例如，在蓝眼玛莉（Blue-eyed Mary，一种植物）中存在一种能够决定花色为蓝色或洋红色的基因以及一种能够决定花是否有颜色（即白色或有色）的基因；当一株该种植物含有两个白色