总长普拉迪普·科斯拉。在教务总长之下，有九个教务次长分管学术事务、研究、多样性、海洋科学、学生事务、规划、公共关系、商务关系和健康科学。
学院系统.本科学院系统是该校的一个特色。其组织方式是从牛津大学和剑桥大学引用过来的，与普林斯顿大学类似。每个学院有它自己的校园和学生宿舍，其学科也各不相同，每个学院的学科要求和学术哲学也各不相同。不论学生选择哪个学院，学生也可以在圣地牙哥加大所提供的任何学科里获得学士学位。圣地牙哥加大有六个本科学院:1964年建立的瑞弗尔学院是该校的第一