元朝灭亡后东西交通断绝，基督教再度式微。犹太教称为术忽或主吾，犹太人大多定居开封、杭州、大都与和林等城市。由于犹太商人擅长理财，元廷视为财政来源之一。元朝的伊斯兰教（又称回教）称为木速蛮教，也是于唐武宗后式微于中国，而后流行于西域中亚各国如畏吾儿、花剌子模等国。成吉思汗西征时降服许多西域回教国家，使得伊斯兰教徒仕于蒙古朝廷甚多。由于色目人（即西域各族）擅长理财，元世祖统一中国后更任用色目人，给予极大的权力。这些都使得伊斯兰教盛行于中国西部、云南地区等，部分色目商人也有定居于沿海广州、泉州、杭州与扬州等地