批判，并建议“抑损虚华，斥远邪佞，罢兴土木”。于是出知密州。二年后，迁左谏议大夫。后任给事中。天禧年间，朱能献《干祐天书》，他复上书力斥其妄。宋仁宗即位，择名儒为侍读，命孙奭担任翰林侍讲学士，每讲至君昏国亡之事，必反复规讽。参与修《真宗实录》。孙奭奉敕与邢昺等校定诸经正义，考正《尚书》、《论语》、《孝经》、《庄子》、《尔雅》等书的谬误，用以补充陆德明《经典释文》的不足。天圣四年（1026年）宋仁宗命孙奭等人详校唐代律疏，天圣七年（1029年）校毕刊行。孙奭等曾撰《律音义》一卷与律文并行。知审官院，判国子监。