达芬奇则为帕西奥利的另一部作品《神奇的比例》配上了精确漂亮的插图。1499年法王路易十二攻占米兰，他们的资助人斯福尔扎被驱逐。12月帕西奥利和达芬奇结伴离开米兰。他们逃到曼托瓦，在“文艺复兴第一女士”伊莎贝拉的宫廷里短暂停留。1500年三月他们到达威尼斯，之后到达佛罗伦萨，两人合住一间屋子。1494年比萨大学因学生暴动，迁往了佛罗伦萨。帕西奥利就在比萨大学担任几何学教授至1506年。期间他曾于1501-1502年前往博洛尼亚大学任教，遇到了在那里任教的希皮奥内·德尔·费罗，两个人或许探讨了三次方程的