孝骏早年丧父，由母亲抚养成人。1931年~1935年，就读于国立中央大学艺术系小提琴专业，师从马思聪。1936年，赴法国巴黎留学，后获音乐教育学博士学位。1947年，从法国回国，任中大教授。内战期间移居法国巴黎，1962年举家移居美国。马孝骏曾先后创立了纽约、巴黎、台北的儿童管弦乐团，出任中国文化学院（现中国文化大学）音乐学系教授兼主任。1991年，马孝骏在美国去世，其妻为歌唱家卢雅文，其子为大提琴演奏家马友友。
参考.