1955年正式公开招考研究生，导师有钱穆、唐君毅、牟润孙、潘重规等。新亚研究所于1956年迁入九龙靠背垄农圃道新校舍，并于1960至1961年开始招收外籍研究生。1962年，再增设东南亚研究室。1963年，香港中文大学成立，新亚书院与联合书院、崇基学院同为成员学院之一，新亚研究所随新亚书院成为香港中文大学之一员，并受中文大学经费补助，同时4名负责导师获授予中大讲师职位，继续负责所务。在最初的中大显径邨现址建校方案，新亚研究所设于现时的显径邨显贵楼位置；但在马料水建校方案中，已经没有为研究所预留专用房