药学系.药学系于2012年11月10日上午正式成立，定位于应用基础研究，研究药物化学、肿瘤药理学、离子通道与痛觉药理学、药物制剂及药物递送、药物代谢与毒理等领域。2015年12月25日，成立清华大学药学院。
第一附属医院.北京华信医院（清华大学第一附属医院），院长吴清玉。
第二附属医院.清华大学玉泉医院（清华大学第二附属医院），院长左焕琮。
北京清华长庚医院.北京清华长庚医院位于天通苑，由台湾长庚纪念医院及台塑集团支持建设合