伐期间进入南京城的国民革命军进行一系列激烈的排外活动，针对外国的领事馆、企业、教会、学校和住宅区进行攻击、焚烧和抢劫，文怀恩也在此之中遭到杀害。戴安邦将他葬于清凉山西南，1929年立碑，今已无存。
住所.1902年，文怀恩在江西庐山牯岭117号建造一幢856平方米的避暑别墅（今中八路359号别墅），是当时庐山别墅中规模最大的一幢。1932年，这幢别墅卖给了江西省主席熊式辉。1959年和1961年的庐山会议时，朱德在此居住，1970年，陈伯达也曾在此居住。1996年，作为庐山别墅之一