乐迁都，南京应天府成为陪都。南明弘光元年（1645年），清军佔领江南，改应天府为江宁府。
官制.洪武初年，应天府设知府、同知、通判及经历、知事、照磨等官。后添设治中、推官。洪武三年、陞格为正三品衙门。赐银印。同时，将知府改为府尹。同知更为府丞。洪武二十七年、添设检校。
行政区划.应天府下领八县。
人口.洪武二十六年（1393年）编户一十六万三千九百一十五，口一百十九万三千六百二十。弘治四年（1491年），户一十四万四千三百六十