官署，两宋与金朝普及，在元明清时代为县级衙门底下的基层组织。配置于巡检司的官员称巡检，官位等级并不高：以清朝例，只是九品官。
元朝.元朝的巡检司通常为管辖人烟稀少地方的非常设组织，除了无行政裁量权之外，也没有常设主官，其功能性以军事为主。
明朝.明朝的巡检司又分为文武官管辖两种，如洪武廿年为防范倭寇即在福建设置五卫十二所四十二巡检司。府州县巡检司亦设有巡检司，归地方官管辖，但其设置、裁撤、考核皆由兵部掌管。
清朝.清朝沿用明制，不