克罗地亚和波士尼亚与赫塞哥维纳境内的塞尔维亚人分别使用武力手段来要求建立塞族自治区，此举则引发了克罗地亚战争（1991年至1995年）和波士尼亚战争（1992年至1995年）。这两场战争造成塞尔维亚在经济上的衰退，再加上北约派出维持和平部队阻止了部分塞尔维亚人对别族的种族屠杀，在克罗地亚和波士尼亚与赫塞哥维纳境内的塞尔维亚人所追求的自治目的始终未能达成。在这两场战争中，关于各方对平民进行种族清洗式大屠杀的指控层出不穷。1995年在波士尼亚与赫塞哥维纳发生的斯雷佈雷尼察屠杀，有人怀疑是米洛舍维奇控制下的塞尔维