巴哈纳奏事完毕，顺治帝问及民间疾苦及国家无益之费用，巴哈纳举临清採砖及通州五闸运漕二事以对应，顺治命即永行停止。其后，兼任正白旗满洲都统、任一等阿达哈哈番、三等阿思哈尼哈番，驻防河间的牛彔额真硕尔揭发上告户部派发粮饷不均，下法司鞫问，部议巴哈纳阿谀附上睿亲王多尔衮，厚待白旗，刻薄黄旗。当时正值多尔衮案中党羽全部下狱，巴哈纳坐罪应判死刑，顺治帝下命从宽，削了他的世职，夺去他的官位，籍没他三分之二的家产。顺治九年（1652年），东山再起出任刑部尚书。顺治十一年（1654年），巴哈纳会同诸大臣分赈京畿周围附近的地