菌分类和诊断疾病的标准方法。革兰氏染色可侦测到厚壁菌门和放线菌门菌群，这些菌群包含许多重要的人类病原体。耐酸性染色程序可辨识出放线菌门属的“分枝桿菌属”和“”的存在。
生化检验诊断.用于鑑定感染原的生化检验方式，包括检测特定传染原代谢或酶产物的存在。由于细菌会用其属和物种的特定模式来对碳水化合物做发酵，因此可透过检测发酵产物而找出细菌。当细菌在特定的液体或固体介质中生长时，通常可以检测到酸、酒精、和气体。从受感染的组织中分离出酶，也是诊断出感染的一种方式。例如，人体既不能制造RNA