元朝侵略南宋时，宋端宗南下逃亡福州，各地闽人多起兵抗元。南宋灭亡后，大量闽人逃亡到海南、雷州等地，乃至大越（今越南）、占城、真腊（今柬埔寨）等国。明朝建立后，虽然实行海禁，但大量闽人仍偷偷地出海贸易。其中，漳州的月港（今漳州龙海市）为重要的走私港口。洪武年间，琉球王察度向明朝朝贡，朱元璋派闽人三十六姓移民琉球，作为琉球与中国交往的使团。永乐年间，郑和下西洋，有不少闽人跟随郑和船队移民到国外。此后，闽人的海上活动非常活跃，甚至组建了海上贸易武装力量，以闽南商人最为突出。郑成功之父郑芝龙便是在日本活动的闽商