亚共和国当时实质上的独立，使联邦政府重新控制该地区。在战争初期俄军及车臣当地的亲俄民兵联手对抗车臣分离分子，经过冬季围城后，于2000年初夺取车臣首府格罗兹尼。车臣分离分子在此后数年继续以游击战对抗俄军并残忍杀害战俘，另外车臣叛军也有发动针对平民的恐怖袭击，并焚毁作为俄罗斯族宗教场所的东正教教堂。然而实际上俄军及叛军双方也都被指犯有不少侵犯人权的事件。到2009年止俄罗斯大致上已经重创叛军的活动能力，大规模的战斗已停止。俄国陆军及内务部部队不再驻守各条街道，在战争中损毁严重的格罗兹尼正在重建中。不过