西南苗族和当地其他原住民族的武装反抗，后来还有回族部队定居在湖南常德，其后裔仍然生活在那里 。明代航海家郑和也是回族。有说法指出明朝对伊斯兰教政策其实很宽容，只是使用强迫通婚的方式使一些外来少数民族逐渐被融合（不包括回回）。然而有学者指出，明朝允许穆斯林信奉伊斯兰教，而按照通婚的法律来说回族是被允许与本民族通婚的，大明律限制的只有蒙古族等，回回并没有受限，《大明律》列明：“凡蒙古色目人，听与中国人为婚姻，务要两相情愿，不许本类自相嫁娶，违者杖八十，男女入官为奴。其中国人不愿与回回（《大明律》另外的地方“