奉旨接替李定勋，于澎湖群岛担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海崃的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。1885年（光绪11年）清法战争结束后，原任澎湖水师协副将周善初作战不利，被革职流放黑龙江，苏吉良被调返澎湖，第二度出任澎湖水师协副将。