内容丰富，兼具历史与教育意义。2010年台南县市合併后，由台南市市政府相关单位继续延续收集保存并展示菜寮溪挖掘出之化石之工作各项展览业务。左镇区为台湾重要珍贵古化石出土区，加上有许多平埔族历史文物收藏与民间人士大力奉献、推展与支持，加上为加强与国立台湾博物馆的长期合作，台南县政府1997年在化石馆另增建一栋国立台湾博物馆台南分馆－台南市自然史教育馆，自然史教育馆目前共有三层楼，一楼为当季特色展，二楼则为化石展，三楼则为平埔族文化展，除了可以强调地方特色外，其最重要的目的则是希望培养民众对于自然史与自然资