。之后他们再度登程，并于1506年抵达拉科鲁尼亚。可是就在此时，胡安娜之父斐迪南二世宣布：因为胡安娜实际上已经成为菲利普的囚徒，所以应该是他本人，而不是菲利普，方能成为卡斯提亚的共治君主。翁婿二人的争执险些酿成西班牙的内战。菲利普当年9月在布尔戈斯死于斑疹伤寒，这虽然使内战的危险消弭无形，但却使得胡安娜彻底疯狂，人们几乎无法将其从其夫的尸体边拖走。斐迪南五世设法使胡安娜承认了他的共治权，之后，就将其囚禁在托德西利亚斯城堡之中。1516年，斐迪南五世去世，并指定胡安娜之子卡洛斯取得共治权，成为卡洛斯一世，