克边疆区与阿穆尔州划归远东军区范围。1953年4月23日，远东军队总司令员指挥机关改编为新的远东军区指挥机关(驻哈巴罗夫斯克)，远东军区指挥机关改编为第53集团军指挥机关，滨海军区指挥机关撤销。新的远东军区辖区范围包括：哈巴罗夫斯克边疆区、滨海边疆区、阿穆尔州、堪察加州、马加丹州和萨哈林州。1967年6月17日，苏联最高苏维埃主席团决定以前红旗远东特别集团军的红旗勋章转授给远东军区，远东军区改称为红旗远东军区。1979年，苏联设立远东军队总司令部，作为远东战区(方向)战略军团指挥机构。总部设在乌兰乌德。