呈现“水墨丹青，城市山林”的设计理念。站房共有三层，一层为候车厅（两层通高），设有1340个座位，天花吊顶采用水波纹装饰；此外还有卫生间、售票厅、进出站天桥等设施，二层为商业、设备用房等。
站线配置.丹徒站共设4台10线，有沪宁城际铁路经过，连镇客运专线在丹徒站接入沪宁城际高速铁路，通往上海方向。其中沪宁城际部分二台四线，设有两座长450米、宽7米的侧式站台。连镇客运专线上下行正线外包沪宁场，并在车站东侧汇入沪宁正线：其中上行场和下行场各设有1条正线、2条到发线和一座长450米、宽