退役车臣叛军，以及他们的亲属和同情者等人物发起夜袭，然后对他们採取强迫失踪和等行动。在2005年，人权观察指出在俄罗斯境内发生的强迫失踪事件已经增加至反人类罪的规模，并认为俄罗斯已经成为强迫失踪领域的世界领导者。2004年，车臣独立分子在别斯兰劫持了1,200名人质，阿尔法小组与另一特种部队信号旗小组负责强攻体育馆，行动中令两支部队至少有11名干员阵亡。是次行动中俄罗斯军方和联邦安全局的强硬营救手段亦遭到外界批评。这些批评包括军队动用战车、装甲运兵车和武装直升机参与营救行动，以及进行攻坚的特种部队干员在