隋文帝派他到凉州（今中国甘肃）一带检查牧政，查到两万匹私马，隋文帝大怒要杀主管马政的监官，屈突通说，为马杀人非仁政，他愿一死以为一千五百人请命。当时流行的话说：「宁食三年艾，不见屈突盖；宁食三年葱，不见屈突通。」屈突通执法甚严，其弟屈突盖也和他一样。仁寿四年，隋文帝驾崩，隋炀帝杨广即位，授备身郎将、正议大夫。大业七年，跟随杨广征讨高句丽，升右光禄大夫、左候卫将军。大业十一年，炀帝南巡江都，授左光禄大夫、右骁、左候二卫大将军，委以镇守都城长安的重任。唐高祖起兵，屈突通为隋朝守山西永济，兵败被俘，后归唐