昌祚为大清帝国官员，并为汉军正黄旗，亦为监生。1724年前往台湾担任由福建盐驿道调任福建分巡台湾厦门道。1727年，福建分巡厦门道升格更名为福建分巡台湾道，他亦为首任主官。1727年，任满的吴昌祚回中国担任山东按察使。雍正四年（1726年），邵族「骨宗事件」出草频传，吴昌祚受令做为「水沙连役」总统，十一月初二抵台湾府，二十六日与巡台御史索琳会于虎尾溪畔，拨兵北路参将何勉与淡水同知王汧率领北军扎兵南投社，从乌溪上游进督、自己则率南路军则从浊水溪上游进督，十二月初三同时朝水沙连社与头领骨宗进军，执行「顺者抚