葡萄牙，和部分德意志邦国再次结成反法同盟。反法同盟在战场上取得了节节胜利，但1800年俄国退出同盟给了法国以喘息之机。远在非洲指挥埃及远征军的拿破仑秘密返回法国，重组政府和军队。1800年6月14日，法军在拿破仑指挥下取得了马伦哥之役的胜利，瓦解了第二次反法同盟。1802年3月27日，亚眠和约签订，英国和法国也结束了战争状态。法国大革命战争结束，欧洲获得了短暂的和平，但很快就卷入了规模更大的拿破仑战争。