业上利用微生物制造柠檬酸都没有被提起过。1917年，美国食物化学家詹姆斯·柯里发现某些类型的黑曲霉可以高效地制造柠檬酸。两年后，辉瑞利用这一技术开始进行柠檬酸的制造。这一制造技术仍是目前最主要的制造方法。在这个技术中，黑曲霉被放入含有蔗糖或葡萄糖的培养基中进行培养，以生产柠檬酸。糖类的来源包括玉米浆、糖蜜发酵液、玉米粉的水解产物或其他廉价的糖类溶液。在去除霉菌之后，向剩余的溶液中加入氢氧化钙，使柠檬酸反应生成柠檬酸钙沉淀，分离出沉淀之后再加入硫酸就可以得到柠檬酸。
柠檬酸循环.