流亡政府迁往墨西哥城。胡安·内格林于1945年卸任总理，继任总理。1945年第二次世界大战结束后，流亡政府希望胜利的盟军能帮助推翻佛朗哥政权，但希望破灭，流亡政府的影响力大减。1946年流亡政府迁回巴黎。流亡政府与墨西哥、巴拿马、危地马拉、委内瑞拉、波兰、捷克斯洛伐克、匈牙利、南斯拉夫、罗马尼亚和阿尔巴尼亚建立了外交关系。美国、英国和苏联没有承认流亡政府。1975年，佛朗哥去世，波旁王朝的胡安·卡洛斯一世重建民主制度，西班牙进入民主转型期。1977年，流亡政府决定承认君主立宪制，7月1日正式解散。