与沉积物污染，引致水质欠佳及异味滋扰。透过香港政府渠务署不断改善明渠水质，排放由大埔及沙田污水处理厂处理过的水清刷河床，至2000年代见到显着的成效，河水清澈见底，生机盎然，亦吸引了鹭鸟在河道两旁的树木栖息及觅食。
覆盖建议.渠务署于2005年1月宣佈斥资12亿港元为16段明渠进行覆盖工程，计划于2010年将沿彩虹道一段的启德明渠覆盖，工程耗资4.89亿港元，预计于2014年完成。黄大仙区议会交通及运输事务委员会于2007年9月通过动议，要求政府尽快全面覆盖启德明渠上游，以便进行绿