寺庙一度被废弃，只剩修学院村的地名。明历元年(1655年)由后水尾上皇发起重建，于万治2年(1659年)时完成。在此之前上皇的第一皇女梅宫出家后，利用现在中御茶屋附近的草庵创建了圆照寺，而寻找适合建造皇家离宫用地很久的上皇，将圆照寺迁移至大和国的八嶋（奈良市八岛町），然后在此地修建了上、下两个御茶屋。在当时与幕府的关系紧张的年代中，能于短时间内建立规模如此大的山庄，实在是一件不容易的事。中御茶屋是寛文8年(1668年)为了后水尾上皇的第八皇女，光子内亲王(朱宫)所建的。当时将东福门院(后水尾上皇的皇后，