另设旗主，由皇帝亲自统帅。清朝末期，镶黄旗下辖84个整佐领、2个半分佐领，约有旗丁两万六千人，算上家眷总人口约13万人。《光绪会典事例》记载镶黄旗的佐领的名额比例为：宗室一个、觉罗四个、新满洲四个、蒙古九个、俄罗斯一个、满洲六十五个半。皇帝和后妃、先朝妃嫔，以及未分府的皇子和未出嫁的公主（皇女）也在此旗。雍正元年（1723年），依雍正帝的旨意，在北京城中初设八旗都统衙门。其中，镶黄旗满洲、蒙古、汉军都统衙门设于拐棒胡同，是为“该管旗官公所”。雍正六年（1728年），奏准将安定门内大街官房一所作为满蒙