2013年10月2日9时08分，北延段再次遭钻管打穿隧道，事发地位于白云大道北站附近、往体育西路方向的隧道上方，钻管掉落隧道，所幸列车及时停车，未发生碰撞。事件导致三北白云大道北—永泰区间停运，同和站—体育西路站、机场南站—龙归站小交路运行，龙归站—嘉禾望岗站单线往返运行。9时52分后逐步恢复正常行车。2015年3月19日7时40分，北延段永泰至白云大道北区间因信号系统故障导致大批乘客延误，持续约40分钟。2015年4月25日17时56分，主支线天河客运站至客村段双向发生列车信号设备故障，导致行车间