胆者查理在南钖战役里被雇佣兵出卖而阵亡。遗留下的庞大公国领地以及在低地得来的财富都尽归查理的独女勃艮第的玛丽继承。1493年，玛丽嫁予哈布斯堡王朝的奠基者马克西米利安一世。1506年，他们的孙子查理继承了勃艮第公爵头衔，标志着勃艮第公国正式被併入神圣罗马帝国而不复存在，因此，金羊毛骑士团的领主权也随之由勃艮第大公，转为对神圣罗马帝国皇帝效忠。查理五世亦进一步加强骑士团的规律，金羊毛骑士一旦犯罪，必需由其他成员联合审理；除非当中最少六名成员同意，否则不能逮捕该名被控的骑士。而在审讯期间，被控者不受羁押只需