他参加第三次拉特朗公会议，但米海尔同样予以拒绝。不过，米海尔最后确实仍以书信的形式参与了这次的会议，并且根据信件中所得到的资讯，写下一篇关于卡特里派的长篇论文。公元1180年，某些对其心怀不满的主教推举他从前的学生狄奥多尔·巴尔·瓦本以约翰之名担任阿米达的牧首，开启了教派长达13年的分裂期。米海尔对此採取强硬的手段，他逮捕了敌对的牧首狄奥多尔，将其监禁在巴尔·索马修道院内，并正式废黜他的职位。部分修士私下让狄奥多尔逃出修道院，狄奥多尔脱身后继续逃往大马士革，企图向萨拉丁寻求帮助，惟并未成功。此后狄奥多尔