主进步党宣佈参选台北县县长，选举期间和段宜康一起提出「新民进党运动」；但因民进党台北县汐止市党部主委蔡茂雄性侵少年案、高雄捷运外劳弊案、全国工人总工会理事长郑素华走路工事件等疑似贿选等事件影响，于同年12月3日投票结果以19万票之差败给中国国民党提名的周钖玮。2006年11月28日，罗文嘉在美国波士顿大学发表演说，表达对国务机要费案的看法，认为陈水扁并未贪污，但批评南线专案等抗辩为说法前后矛盾的「很糟糕」策略。罗文嘉因而饱受挺扁人士抨击「忘恩负义」，民进党扁系立法委员高志鹏批评「全世界的人都可对阿扁划清