位期间，因为孝武帝沉溺于饮酒，朝政落于会稽王司马道子之手，然而司马道子信任奸佞之徒，尤其王国宝卑下的奉承司马道子，很得司马道子宠信。孝武帝自以司马道子并非治国之才，又以王国宝与其宠信的王珣等不睦，于是先后任用了王恭为青兖二州刺史、郗恢为雍州刺史、殷仲堪为荆州刺史，用以藩镇之力量拱衞王室，并支援在朝内的王珣等人。太元二十一年（396年），孝武帝被张贵人所杀，因为突然暴死，故未及写下遗诏命王珣、王雅等人为顾命大臣。司马道子执掌朝政，宠信王国宝及王绪，更将重要权力授予他。王恭对此十分不满，多次严肃的正言其非，