会试落第。嘉靖三十八年（1559年），沈启原终于考中进士，官南京工部屯田司员外郎，代理真州（今江苏省仪征市）钞关税务四十多天，代理期满后负责管理征收芦田的赋税。嘉靖四十一年（1562年），升为本司郎中。嘉靖四十三年（1564年）任应天乡试同考官，是科解元沈位出其门下，又取中自己的学生焦竑为举人。嘉靖四十四年（1565年），转任南京礼部仪制司郎中。嘉靖四十五年（1566年）升任四川布政司右参议，万历二年（1574年）调任山东布政司右参议，万历四年（1576年）升为陕西按察司副使，万历五年（1577年）因被