3赛季主场迁回市区，落户浦东源深体育中心体育场。2013赛季，上海申鑫在艰难中坚定前行，踏踏实实走完了回上海的第二个赛季，上海申鑫以联赛第七的成绩，力压同城中超兄弟申花和上港，成为2013赛季中超联赛上海足球版图上的第一名。2014赛季，由于浦东源深体育中心体育场顶棚需要整修，上海申鑫主场再度设在金山足球场。2014年11月2日，中超联赛最后一轮比赛，提前保级的上海申鑫秉承了公平竞赛的精神，没有与对手打默契球、让分球，送大连阿尔滨降级。最终，上海申鑫以9胜6平15负的成绩排名联赛第11。2014赛季