立法院表决《全民健康保险法》劳资负担比例条文的时候，新潮流系却以「在场却不投票」方式，与其他党派的立法委员一样放水，因此被工人立法行动委员会打入「新国民进党」这个「烂苹果家族」。1994年中华民国省市长暨省市议员选举，民进党台北市市长初选是陈水扁与谢长廷的「长扁之争」，新潮流系精算其利益投注陈水扁；陈水扁当选市长后，任用多位新潮流系成员作为回报，开启了日后「扁新合作」，也固定了民进党派系联手分治的模式。1995年，新潮流系在台湾中部成立「春雨文教基金会」，原本仅筹办一般艺文活动；2000年，邱太三接