球总会改选投票意向问题，引发球会内部纷争，最终宣布退出联赛，只保留赞助会员身份。2009年7月，离岛足球队入信足总申请重新加入香港丙组(地区)联赛，获得足总董事局批准，惟球季开始前却放弃参赛。2012-13年度球季，离岛足球队加入恢复举办的香港丁组足球联赛，并邀请到陈志滔及邓简余担任正副领队，梁振权担任教练， 王福荣与周昭雄两名前甲组球员助阵。