载客量在2005年12月达到九铁公司定下每日20万人次使用的目标。此外，西铁通车初期客量偏低，与快速公路网络扩张及完善化不无关系。在1998年大榄隧道启用后，元朗区有了直达市区的快速公路，而屯门公路的塞车情况亦大幅缓和，再加上汀九桥、西九龙公路、西区海底隧道这些在三号干线所途经公路的配合；大量可直达市区的巴士路线开办，西铁就明显显得失色。但随着九龙南线于2009年8月16日通车，西铁线终于可直达尖沙咀（尖东站）这些核心地段。使西铁线班次于非公众假期的星期一至五早上繁忙时间由3.5分钟加密至3分钟一班