受此影响，香火不振，并在大正七、八年（1918、1919年）左右被拆除标售。天后宫被拆毁之后，庙中神像分祀于安平各庙宇。大妈与配祀撑扇宫娥寄祀在海头社广济宫；二妈与千里眼顺风耳寄祀在十二宫社三灵殿，后因庙宇狭窄而移于港仔尾社灵济殿；三妈初寄祀在王城西社西㡣殿，后改祀于囝仔宫社妙寿宫。二次大战后，地方人士希望能重建天后宫，经台南市政府拨允安平古堡前原水师衙门土地后，于民国五十一年（1962年）重建，四年后（1966年）的4月11日完工，迎回分散各地的神像。在这之后庙宇仍不断扩建，约到民国六十四年（1975