实行之前，下游流域的湿地总面积更超过1.2平方公里（300英亩）。可惜的是，现时仍存在于流域内的湿地只剩下当初的0.3%。后来，当地政府提出溪流保育计划，当中包括动植物栖息地的保育计划。圣胡安溪流域有16个重要的植被带，包括河岸湿地、山地林地、浓密常绿阔叶灌丛及等。季节性或间接性河岸湿地在一年内至少有数个月的时间会出现在流域的不同位置，包括圣胡安溪、阿罗约特拉布科上游、卡纳达·戈贝纳多拉、贝尔崃谷溪及其他上游河溪，以及沿着奥索溪及埃尔霍诺克溪的零星区域。森林位于高海拔地区，且其位置靠近水道。在一些朝南的