与西藏格鲁派的关系，因拉藏汗种种诋毁，钦差无可奈何，只得邀请仓央嘉措去北京辩解。行至青海地界时，康熙帝降旨责备钦差办理不善。正在钦差进退维谷的时候，仓央嘉措主动舍弃了达赖喇嘛的名位，决意遁去。钦差只得以途中得病圆寂、依照乱臣之法弃尸于野上报。此后，他游历印度、尼泊尔，以及康区、卫藏、安多、甘肃、蒙古等地，弘扬佛法。松巴·益西班觉、达木却嘉木苏（《蒙古政教史》作者）、法尊法师，以及才旦夏茸、却太尔、多识仁波切等现代学者都认同这种说法。还有一种说法认为六世达赖喇嘛并没有死，而是被清朝秘密软禁在五台山栖贤寺直