9年7月16日），明军逼近上都，元顺帝离开上都，当天到达应昌。六月十七日（1369年7月20日），明军将领常遇春攻克上都。元顺帝在上都和应昌曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明朝军队击败。
驾崩.庚戌狗年元顺帝至正三十年、明太祖洪武三年四月二十八日（1370年5月23日），顺帝因痢疾崩于应昌，享年50岁。死后得谥号顺帝，蒙古语称“乌哈噶图汗”。明太祖认为他“顺天应人”，上谥号顺皇帝。皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，史称元昭宗，并于1371年改元宣光。至正三十年五月十六日