然而，台湾总督府于1912年5月将台南出张所废除，将菸叶专卖改由专卖局菸草科自行管理；但由于业务范围广泛，专卖局无法负荷，先于1914年4月设立打狗出张所，而后又于1916年将打狗出张所废除，改回台南现址设台南出张所。1942年，度量衡器纳入专卖，原属殖产局的度量衡所改隶属专卖局，而原度量衡所台南分所则改为「台南支局度量衡分室」。
升格为支局.台湾总督府为了1922年7月的酒类专卖实施，专卖局在「台南出张所」内设置了「台南专卖支局」，负责食盐与酒的专卖，并将盐埕的台南支局则改为安平