株是用作基因组参考序列的菌株。白色念珠菌两种常用菌株的基因组已经完成，其中SC5314菌株完成于2004年，是之一。白色念珠菌核基因组的一大特色是密码子CUG对应的胺基酸不像其他生物中为白胺酸，而是丝胺酸，同属念珠菌演化支的其他物种亦有此现象，这种遗传密码发生例外的情形在真核生物的细胞核基因组中是相当罕见的，在原核生物中也仅出现在起始密码子。此现象可能使白色念珠菌长期处在的状态，有助于提升其对逆境的抗性。有研究分析比较白色念珠菌与酿酒酵母基因中的CUG密码子，发现白色念珠菌的CUG密码子（编码丝胺酸）在