最高人民法院、最高人民检察院合署办公的模式，各缩编为一个办公室，由保卫部门统管，对外仍然保留三部门的名义。军事法院、军事检察院事实上成为军队保卫部门的组成部分。1962年1月中央工作会议后，民主与法制建设一定程度上获得加强。1962年5月24日，中华人民共和国国防部颁发《各大军区机关基本组织体制编制系统表》，将军事法院自保卫部门分出，恢复单独列编。1962年9月3日，保卫、军检、军法三个部门正式分署办公。后来谭甫仁被中央军委任命为最高人民法院军事审判庭庭长。到1964年底，全军军事审判机关基本恢复。1965