“圣灵抵抗军”的所作所为引发国际社会的广泛关注和谴责。9·11事件后，美国政府将约瑟夫·科尼及其领导的圣主抵抗军列入恐怖组织名单。2005年，国际刑事法院以危害人类罪、战争罪等指控，向包括科尼在内的该组织五位主要领导人，发出逮捕令。2006年国际刑警组织也向其发出了通缉令。地区政府多次联合行动，清剿该反抗军。国际上，美国民间成立了Invisible Children的公益组织，唿吁国际社会关注乌干达地区相关事件，并提请尽快缉捕科尼，结束其军队的罪行。在其游说下美国已派出一支小规模部队前往该国协助逮捕