任校长为郭沫若，郁文任党委书记。赵忠尧、钱学森、华罗庚、郭永怀、赵九章等当时的学科带头人分别兼任近代物理系、近代力学系、数学系、化学物理系、地球物理系等系系主任并时而亲自授课。在建校第二年，即1959年，被列为全国16所重点大学之一，成为当时最年轻的全国重点大学。1959年8月，中国科学情报大学并入该校，成立科学情报系。1963年7月14日，学校举行首届毕业典礼，时任副总理的陈毅、聂荣臻以及校长郭沫若等参加了毕业典礼。从1963年开始，科大曾短暂地招收过一些研究生，并有成立研究生院的计划，但由于文革的原因，