安全会议」上严斥日本知名经济学家大前研一所谓「中华联邦」的论述，认为「一国两制」台湾人民都无法接受了，何况比一国两制「更糟糕」的联邦。12月，日本前首相森喜朗来台湾访问与总统陈水扁会见。2004年3月19日，陈水扁在总统选举前一日遭枪击受伤，首相小泉纯一郎曾致电慰问。2004年5月，日本在世界卫生大会全会中，对于「邀请台湾以观察员身分参与世界卫生大会」的提案表决，首次投下赞成票。2005年，日本政府恢复给予对增进台日经济文化交流有重大贡献之中华民国籍人士。2月，美日两国就安保协议达成「共通战略目