为印度尼西亚在东南亚的霸权主义而紧张，然在2005年，新加坡与印尼签暑一项谅解备忘录，两国之间互相开放更多的航权，新加坡总理李显龙在2005年印尼巴里岛会见了印尼总理苏西诺，并于2005年巴厘岛爆炸案仅止两天后，双方就同意加强打击恐怖主义，并讨论了经济、贸易和投资的合作，总体上印尼和新加坡关系是往好的一面展开，然而目前也有些问题如印尼禁止出口花岗岩和砂至新加坡，而这两项材料是新加坡建筑业所需要的。
与中华人民共和国的关系.冷战时期，新加坡曾是世界上最坚决反对共产主义的国家之一。虽然