水量变化的影响，盐度起伏很大。河口生态系统的基本结构与陆域或海洋生态系统不尽相同。这里的生产者包括浮游植物以及较大的水生植物。大部分的生产者是以残碎物的形式进入此生态系统的食物网中；而残碎物先被分解者（细菌及菌类）分解，再为栖息此地的消费者（软体、节肢动物及鱼类）所利用，而这类消费者又成为鸟类的食物。由于此生态系统的消费者消耗的基础生产量不多，因此，河口生态系统中过多的基础生产量，则可提供给其邻近的沿海生态系统。
位置.河口生态系统位于河口附近，水域由河川及海洋之交会所构成。就