至国立阳明大学、国立中央大学等校。期间，该馆组织亦多有变革。在校长刘炯朗指示下，2000年起，国立清华大学图书馆再次启动新馆的筹建工作，并于2013年正式迁入学习资源中心，以其为新总馆之所在。
组织.国立清华大学图书馆为国立清华大学所属一级单位，置馆长、副馆长各一人，并设有採编组、资讯系统组、典阅组、服务与创新组、综合馆务组、特藏组等6组及南大分馆与人社分馆等2分馆为二级单位。现任馆长为林文源，副馆长为萧菊贞。
馆舍现况.国立清华大学图书馆设有1所总馆