期喙嘴翼龙类。颈椎长、鼻孔和眶前孔合成为一个鼻眶前孔（Nasoantorbital fenestra），这些属于后期翼手龙类的特征；在早期喙嘴翼龙类，鼻孔、眶前孔是分离的。与其他悟空翼龙科相比，达尔文翼龙的头颅骨后段/口鼻部比例较大，头颅骨后段较长，鼻骨薄，肠骨延长。达尔文翼龙的牙齿间隔宽，最大型牙齿位于口鼻部前端，牙齿外形成钉状。手掌骨头相当短，短于大腿的股骨。尾巴长，有超过20节尾椎，薄的骨质突延伸到前后节尾椎，因此达尔文翼龙的尾巴相当坚挺。不同于其他悟空翼龙科，达尔文翼龙的头部有垂直薄头冠，边缘呈