苏峻得人心而感到厌恶，担心会成为祸患，于是打算讨伐。苏峻害怕，于是领部下数百家南迁广陵，并获任命为鹰扬将军。此时周坚在彭城叛乱，苏峻协助平定，因功任淮陵内史，后迁兰陵相。
王敦之乱.永昌元年（322年），王敦之乱爆发，权臣江州牧王敦起兵进攻建康，苏峻收到诏命要抵抗。但苏峻占卜后结果不吉，迟迟不进。及后朝廷军队被王敦击败，王敦攻入建康并自任丞相，控制朝政。苏峻于是退至盱眙。此时苏峻任淮陵内史时的旧下属请求朝廷让苏峻再度上任，朝廷接纳并加授苏峻奋威将军，及后又改任临淮内史。太宁二年