长沙湾、葵涌、石岗、牛潭尾及米埔，最后经过皇岗进入广东省深圳市福田区，除石岗车厂外全线走线地底。2011年8月10日，隧道钻挖工程开始。由于工程因为种种原因而出现延误之情况，港铁透过各种方法赶工，至2015年3月初，全长2.6公里、穿越新界鸡公岭地层的牛潭尾至大江埔隧道路段工程完成钻爆，并且成功贯通，意味着全长12.9公里、以钻爆形式建造的广深港高速铁路香港段隧道工程全部完成。赶接而来的是在隧道护壁衬砌墙、路轨铺设及建造行人通道等相关工程。
试车.2016年9月26日：首列用于该线