亲自造访了牧首，并在基督教这一课题上与他进行了深入的交谈。在苏丹的要求下，根纳季乌斯撰写了着作《宣信书》，该书随即被翻译为阿拉伯语及奥斯曼土耳其语。由于圣索菲亚大教堂已经被佔领，根纳季乌斯移驻至圣使徒教堂。三年后圣使徒教堂因失修被毁，他又移至帕玛卡里斯托斯教堂行使职权。东罗马灭亡后，所有希腊裔人民被划分为罗姆米利特。而真纳迪乌斯则被指派为罗姆米利特的首领。由此普世牧首变成了奥斯曼帝国政府中既有行政权力，又有宗教权力的职位。根纳季乌斯并不满意自己的职位。他曾经至少两次尝试退位。1456年，他宣佈退休，