西大学（今南昌大学）任党委书记、副校长。文化大革命中，被卷入“新疆叛徒集团案”案，1967年10月被押往北京关押在监狱8年。1975年春获释。1978年，中共中央为“新疆叛徒集团”案平反。同年，调任中国科技大学党委副书记、副校长。1979年底，调任暨南大学党委第二书记、第一副校长，广东省政协常委。离休以后，任广东省老年大学副校长、马列主义研究会会长。是享受副省级待遇的离退休干部。2004年3月10日，李云扬在广州逝世，享年91岁。