垄湾堰原坝基地基不稳导致拦河堰右端被洪水沖毁50公尺。因此台湾总督府方面再于原遭沖毁的拦河堰上游2公里处，重建一座新进水口，以导水隧道贯通旧进水口，并在旧进水口之构造物旁兴建挡水墙两座以防漏水，而构造物本身也改作为沉砂池。战后，土垄湾发电所转交由台湾电力公司进行管理，而土垄湾堰也随之交由台电公司继续维护，民国93年（2004年），7月敏督利台风造成台湾中南部地区的七二水灾，因山区降下豪大雨，造成荖浓溪溪水暴涨，当时土垄湾堰首当其冲受到洪水沖击仍屹立不摇，然而在民国98年（2009年）8月，莫拉克台风侵袭