命者的鼓动下，黄钟瑛在九江宣布舰队起义，归附革命军，并参与组织了陆海军联合委员会协助革命军作战。停战协议时，海军各舰代表选举程璧光为总司令，黄钟瑛为副总司令，但因前者滞留英国，由黄钟瑛出任代总司令。1912年中华民国临时政府在南京成立后，黄钟瑛经大总统孙中山任命为海军总长兼海军总司令，授大将军官阶。黄钟瑛随即着手整顿海军。南北议和后，刘冠雄经北洋政府任命为海军总长，而黄钟瑛续任海军总司令，但他提出辞职，并在1912年4月11日离职，同年12月4日在上海病逝。