946年初，苏军违约将东北移交中共，激化国共军事冲突，并侵佔大连。在美国斡旋下国共展开谈判，但未有实质协议。7月，美国总统杜鲁门决定对国民政府实施武器禁运，12月，制宪国民大会公布《中华民国宪法》，但遭中共抵制。1947年，国共内战全面爆发，政府发佈动员戡乱令。苏联支持下，外蒙军队入侵新疆。因台湾省行政长官公署施政错误等因素，台湾爆发二二八事件。1948年9月，与外蒙战争结束。
台湾时期.1948年8月起，政府陆续组织军队、文物、黄金、外汇及民众迁往台湾。1949年1月，发生太平轮