.磷钨酸曾用来和不同的染料沉淀，形成，例如硷性染料或是三苯甲胺染料，例如的衍生物。
生物样本染色.磷钨酸常用在细胞样本的染色，常和苏木精一称使用，称为，有些三色染色试剂也会用到磷钨酸，在配合透射电子显微镜使用时，会用磷钨酸作负染色法。
分析.磷钨酸钾和其磷钨酸盐不同，由于磷钨酸钾的溶解度低，曾被提出用来作钾的重量分析法。
蛋白质沈淀.在许多分析方法中，磷钨酸都会用来沈淀蛋白质，磷钨酸曾被视为极性蛋白质的「万用沈淀剂」不过过来