持将军的威望迎来了一段辉煌时期。永禄十二年（公元1569年）1月，三好三人众与三好笑岩趁着信长返回岐阜的空当，再度从和泉登陆，对当时位于本国寺的足利义昭和明智光秀发动突袭，是为本圀寺之变，但败于细川藤孝、三好义继以及摄津的国人众伊丹亲兴、池田胜正和荒木村重组成的援军，再度退回阿波。至此，织田信长、足利义昭与三好三人众、阿波三好家这两股势力之间形成了分庭抗礼的对峙之势。但也就在这样的背景下，足利义昭和织田信长也开始了暗中较劲。足利义昭试图模仿自己的兄长义辉，重塑幕府的荣耀，这使得他与仅仅把他当做傀儡的信长