府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活，而废止「三县四厅」，设「二十厅」之行政单位，将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六五厅。1905年9月，新盖的苗栗厅厅舍落成。1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅，苗栗厅废止，大甲支厅除鲤鱼潭庄外街庄皆併入台中厅，其余支厅併入新竹厅。