那年，大正六年（1917年）考入台湾总督府医学校预科就读，同年母亲去世。石钖勋曾表示在医专时期，出现台湾学生与日本学生的对立，然而校方往往坦护日本学生。石钖勋与医专同班同学吴海水、丁瑞鱼、张梗、甘文芳等人则时常出面打抱不平，遂形成领导集团。而已经在大稻埕大安医院开业的学长蒋渭水时常来找他们聊天，并开始交换意见讨论。当时医学校分两部，专门科及本科，两者课程完全相同，然而专门科专收日人学生、台籍学生只能读本科；本科毕业生开业区域仅限台湾岛、专门科毕业生开业区域却没有限制，引起石钖勋不满，有次他将诗写在教室黑