文卷册牍俱失……公愤极，欲策马赴敌以死”，由刘蓉等人力劝乃止。咸丰九年十二月（1860年1月），左宗棠因樊燮案离开骆秉章幕府，荐举刘蓉替代自己。次年骆秉章升任四川总督，刘蓉被荐为四川布政使。1862年太平军翼王石达开由广西、贵州入四川，骆秉章命刘蓉扼守大渡河。太平军受困于大渡河，粮尽援绝，石达开赴清营谈判时被擒，刘蓉将其押送至成都处死。以功旋任陕西巡抚。刘蓉长于谋划，适合幕僚工作，尤不适合官场。1865年，刘蓉被指控为官不廉，被革职。陕甘总督上疏称陕西士民请求刘蓉留任，仍代理陕西巡抚。同治五年（1866