51年，他出任沪江大学教授、生物系主任。1922年至1926年，任沪江大学副校长。1929年至1942年、1946年至1951年，担任沪江大学理学院院长。1937年抗日战争爆发后，军工路的沪江大学校址遭日军占为兵营，沪江大学本部迁至城中区商学院，与东吴大学、圣约翰大学组成教会联合大学。太平洋战争爆发后，日军占领上海租界，教会联合大学解散，沪江书院成立，郑章成主持教务。1944年至1945年，郑章成接替朱博泉担任沪江书院院长。