疫苗有一定的副作用。首次接受注射的人士有千分之一的机会出现不危及生命的不良生理反应，如过敏（）及中毒；所有接种人士有两千分之一的机会出现可能威胁生命的副作用；而疫苗所致的死亡率则仅为0.000198%（每一百万人中的1-2名），死因多数为脑炎及针头刺入处坏死。考虑到上述风险及天花病例的逐步减少，美国及欧洲分别于1972年及1970年代停止儿童疫苗接种。除此，美方亦分别于1976及1990年停止向医护人员及新兵进行常规注射（被派遣中东及韩国的部队除外）。到了1986年，所有国家均停止了常规天花免疫接种。现在，