院国家科学委员会（国科会，后升格科技部）与、荷语区校际微电子研究中心（IMEC）、（VIB）皆签有双边合作协议。就基础科学研究、微电子及半导体科技、生物科技等领域推动学术合作与研究人员交流；国立交通大学与比利时荷语鲁汶大学及IMEC分别签有合作协议，推动硕、博士研究生及研究人员合作研习；中央研究院农业生物科技研究中心则与VIB、根特大学有频繁学术交流。2015年12月，中华民国国家图书馆在根特大学设立比利时第一个「台湾汉学资源中心」。2017年9月，为推动绿能发展，中华民国科技部政务次长苏芳庆率团访