着作李时珍的《本草纲目》也在南京编辑出版。清朝初年，吴敬梓定居南京，写下了《儒林外史》，书中对南京的景物和文人的活动有大量细致入微的描写。《红楼梦》的作者曹雪芹出生在南京，《红楼梦》中的12个主要女性角色命名为“金陵十二钗”。清朝初年孔尚任的着名戏剧《桃花扇》以明末清初朝代交替时期的南京为背景，描写复社文人侯方域与秦淮八艳之一李香君的爱情故事。清代文人袁枚也选择定居南京，在城西构筑随园。民国初年，朱自清和俞平伯以南京秦淮河为题，写作了同名散文《桨声灯影里的秦淮河》。1930年代，赛珍珠在南京住所中完成了