直通车在香港段范围内排放污物，因此列车由中国大陆进入港段期间及列车通过石龙桥期间，乘务员会把列车洗手间锁上。按照《香港铁路附例》（香港法例第556B章）第6条，无集便装置客车在港段排放污物会触犯有关法律。直通车首款装有集便装置的客车，为中韩合制的25C型客车，曾于2000年至2007年间行走肇港直通车。另外中国从瑞典购买的「新时速」X2000型、九铁从日本购买的「九广通」KTT客车车厢及目前运行沪九直通车和京九直通车的25T型客车以及广铁集团于2012年12月21日在广九直通车投入营运的25T型客车亦有