类生态环境的改变，以及新型航机发动机噪音降低的影响，每年平均遭受鸟击次数约十余次，所幸皆无造成航机损伤，也无影响飞行。相较于美国及澳洲机场，高雄机场鸟击次数虽略高于美国机场，但低于澳洲机场年平均鸟击次数。但却是台湾的民用机场中少数较易遭鸟击的机场，包含屏东机场均是。此外并根据「交通部民用航空局对航空站四周一定距离范围禁止饲养飞鸽作业要点」，以跑道为基准，东西两端向外延伸各五公里，南北向外各二点六公里范围内，禁止饲养飞鸽。禁养范围内养鸽户须列管，机场管理单位每年定期前往复查，确定养鸽户没有放飞而有碍飞安。