在耶路撒冷成立阿马尔菲医院，其目的是帮助及提供医疗服务给前往圣地朝圣的穷人与病人。在1099年第一次十字军东征期间佔领耶路撒冷后便成为一天主教军事修士会。在之后陆续丧失天主教圣地的情形下移至罗得岛，但还是保持其主权独立地位，之后再迁往马尔他，该地当时是西班牙驻西西里岛总督的行政中心。纵使最后骑士团遭拿破崙逐出马尔他岛，但存活下来的团员依旧继续活动。
团名、旗帜与徽章.耶路撒冷、罗得岛及马尔他圣若望独立军事医院骑士团，较为人熟悉的名字是马尔他骑士团，它是受国际法所接受的主权独立天主教