两国无正式外交关系，目前也没有在对方首都互设具大使馆性质的代表机构。对南苏丹的相关事务由。
政治.
外交.1993年7月，中华民国政府拨款30万美元予红十字国际委员会，採购医疗药品援助苏丹南部灾民（时为苏丹共和国的领土）。2011年7月9日，中华民国外交承认南苏丹共和国。
签证.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。持中华民国护照与邀请函或声明书的中华民国公民可附回邮信封将相关文件寄至南苏丹驻美国大使馆申请签证。经南苏丹转机，须办