进度和节约建筑材料，日军拆毁了马来亚半岛许多铁路，并将桥梁、铁轨、车辆等物资送往泰缅铁路使用。战争结束之后英国殖民政府开始逐步重建马来亚的铁路系统。1946年，英国决定重组属下的海峡殖民地和马来亚联邦，将其所有苏丹国（新加坡除外）与原属马来属邦的玻璃市、吉打、吉兰丹、登加楼及柔佛，宣布合组成立马来亚联邦。1948年，在马来民族主义者的强烈反对下，马来亚联邦又再重组成马来亚联合邦。同年，根据英国制订的马来亚铁路条例，马来联邦铁路被改组为马来亚铁路（MR），政府管理机构为马来亚铁路管理局（MRA）。1950