戏中出现的问题.游戏中的问题一直是巨商游戏玩家人数不断下跌的原因，尤其外挂问题甚为严重。加上其他网络游戏大肆宣传及其他网络游戏的竞争，双重打击下令部份地区的巨商曾经变为冷门网络游戏。
外挂问题.游戏橘子所管理的巨商伺服器一向有外挂程式横行，使巨商的平衡受到破坏，其中以加速器及打工外挂问题最为严重。中、港、台的伺服器都受到外挂的影响，其中香港伺服器因外挂造成垃圾资料增多而多次异常封闭（现在情况没有改善），但对于日本的伺服器的影响就不大。从2011年中起，外挂问题再次横行港/日/国巨商