1961年向萧光琰亲自道歉，他又不计前嫌地重新积极工作。在文化大革命期间的清理阶级队伍运动中，萧光琰被批判为“反革命特务”，遭受批斗和大字报攻击，家里被强制迁入了几户人家。1968年10月5日，萧光琰被工宣队（文革时期派驻各单位的组织）抄家，并被抓进牛棚（文革时期拘禁知识分子的地方）里面监禁，他深感绝望；为了博取“成功抓住美国特务”的功劳，工宣队把萧光琰指称为特务机构成员，而人们也顺应潮流来攻击萧光琰。工宣队锲而不舍地不断对他进行审讯，用上拳打脚踢、刑具鞭打的武力方法来逼供，要他不断写揭发自己罪行的“检