建省主席的陈仪为台湾省行政长官。10月25日，中华民国开始接管台湾、澎湖。1949年，中华民国政府中枢于国共内战失利迁往台北。福建与台湾因国共内战长期对峙。1979年，大陆在改革开放伊始，发出《告台湾同胞书》，以「和平统一」取代原来的「解放台湾」。对此蒋经国在台湾以“三不政策”作为回应。1980年11月，闽台首笔小额贸易成交，1981年第一家台资企业在福州落户。福建自1981年起开放4个口岸为台船停泊点和台胞接待站，是改革开放后两岸贸易和人员往来之先河。1987年台湾开放民众到大陆探亲，两岸民间经贸活动