山海拔548公尺，大部分为山地，岛上丘陵绵亘，溪流分歧，只有沿海部分为平地、海岸线曲折，热带林木遍佈。 兰屿的地质以角闪石的安山岩质熔岩及玄武岩质的集块岩为主。受到菲律宾海板块的挤压，兰屿正以每年八公分的速度旋转、移向台东，约120万年后就会在台东县台东市位置连接，成为海岸山脉的一部份。
气候.兰屿与台湾本岛不同, 是全台湾唯一被归类于热带雨林气候的地区。年温差小, 终年气温温和但潮湿多雨, 同时也是全台湾日照时数最少的地区之一。山区与平地平均温差3到4度(气象站设置于标高