684年豫王李旦被立为皇帝，苏瓌官拜朝散大夫、尚书水部员外郎，不久兼任侍御史，又改任夏官员外兼官尹丞，历任水部、祠部郎中兼判司礼事，后外任为朗州、歙州刺史、并州武兴令、检校冀州刺史，因来俊臣的缘故，长期外任汾州、鼎州、同州、汴州、扬州、陕州刺史。中宗神龙初年，苏瓌入朝任尚书右丞，加银青光禄大夫，迁尚书左丞、户部尚书，又拜侍中，留守京师，兼理冤狱。他调查左道官员郑普思夫妇（为韦皇后亲信），与仆射魏元忠联手，逼迫中宗将郑普思流放到儋州，余党判死刑。中宗回到京师长安后，苏瓌外派为河北安抚使，加金紫光禄大夫