后期吏治腐败，国库空虚。地震发生后明朝从国库调拨大量资金用于救灾，导致明朝国库连续两年亏空，加上地震引发的自然灾害和瘟疫导致明朝政府税收减少，对明朝的国力和财政状况亦造成不同程度的影响。
改革与中兴.明穆宗即位后，先后任用徐阶、高拱与张居正等名臣。1567年位处执政之首的明世宗旧臣徐阶策动朝官弹劾高拱，迫高拱辞官回乡。高拱亦不甘示弱，一年后策动朝官弹劾徐阶。徐阶也被迫正式退休。朝廷的实际政务渐渐落到张居正的手上。隆庆末年，高拱回朝出任内阁首辅。隆庆朝名臣名将荟萃，陆上与鞑靼首领俺答