63年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被奥斯曼帝国所併吞。在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。并规定凡是穆斯林，可进入上层社会；农民如改信伊斯兰教，可免交某些捐税。过去的学者认为，在现今波士尼亚与赫塞哥维纳境内的穆斯林族大多是由于这种政策所造成的。然而近年来的研究则认为波斯尼亚人改信伊斯兰教多数并非被迫。奥斯曼帝国占领区儿童从小脱离父母和家庭，进行集中教育和培养，使之成为近卫军的一种兵源，迫使塞尔维亚人和克罗地亚人后代土耳其化。他们还将其占领地区的人分等级，给予不