程万琦小时候随家人移居香港。球员时代曾效力香港篮球联赛均安篮球队。1965年，成为均安篮球队领队兼教练。1969年任香港篮球总会主席，1989年任香港篮球总会永远名誉会长。1972年至2002年，任亚洲篮球总会主席。1975年，协助中国篮球协会取代中华民国篮球协会在亚洲篮球总会的中国会席。2002年至2006年，成为国际篮球总会第一位华人主席。现任香港跆拳道协会会长。