两栖动物也灭亡。三叠纪-侏罗纪灭绝事件使当时至少50%的物种消失。这次灭绝事件造成许多空缺的生态位，使恐龙能成为侏罗纪的优势陆地动物。三叠纪-侏罗纪灭绝事件发生于盘古大陆分裂前，经历时间短于一万年。这次灭绝事件，也造成三叠纪恐龙、侏罗纪恐龙的明显差异。在德国图宾根发现一个化石地点，可以观察到明显的三叠纪-侏罗纪界线。统计显示，这个时期的物种多样性衰退，跟物种形成的减少较有关联，而非物种灭亡的增加。目前已有数个关于这次灭绝事件原因的理论：早期理论认为，根据三叠纪晚期与侏罗纪早期的土壤、化石中的同位