年56岁。死去时，他穿着熙笃会修士的白色法衣。在他死后，遵照遗嘱他的头衔被如下划分：合法继承人康拉德四世获得罗马人民的国王和西西里国王称号；曼弗雷德受封塔兰托，并摄政王国事务；亨利七世虽然因为叛乱而被剥夺了继承权，但他的子嗣继承了奥地利公爵和施蒂利亚公爵。腓特烈二世的遗愿是，在不影响国家威望的前提下，将所有从教皇手里夺取的土地归还教皇，同时大赦天下，减少赋税。然而，康拉德四世在继位后四年就去世，王朝地位岌岌可危。腓特烈二世的这一遗愿最终也未能实现。在腓特烈二世去世之后，军队中的伊斯兰教穆斯林们将他收殓