Loma Prieta地震也对圣荷西造成部份伤害。其他靠近圣荷西的断层分别为Monte Vista断层、海沃德断层带、北Calaveras断层、和中Calaveras断层。瓜达卢普河起源于圣塔克鲁兹山脉，往北流经圣荷西，于北圣荷西Alviso区流入旧金山湾。在瓜达卢普河流经南圣荷西的Almaden谷社区，原先是当地旧水银矿的名称。从这里开採的水银曾在加州掏金潮时被用在由石英矿中提炼出黄金的过程里，和于1870年到1945年之间美国军队引爆器的制造成份之一。圣荷西的最低点为海平面，位于Alviso区里