委任了砂拉越人Donald Stephens为侯任首席部长（Chief Minister Designate）以组织地方议会政府，形式上被英国予以自治地位。1963年9月15日，英女王结束对沙巴的统治。隔日，北婆罗洲改名为沙巴，与马来亚联合邦、砂拉越和新加坡，共同组成独立的马来西亚。同年，北婆罗洲铁路亦改称为沙巴州铁路。此后，由于这条铁路运量小加上营运成本较高，而且沙巴州也兴建了不少道路，使得沙巴州铁路逐渐步入衰退期。1963年，连接港口的韦斯顿支线停运；1970年，丹南至美拉叻段亦宣告停运；1974年，亚