大量氨的地方有相当大的数量的存在（具有大面积的的蛋白分解区，以及污水处理厂）。在自然界中硝化细菌在湖泊和河流中得以茁壮成长，是因为生物排放了氨含量高的污水，废水和淡水有很高的氨氮输入，海水则略低一些。
氨氧化成硝酸盐.在自然界硝化作用是铵（）或氨（），以由两个无处不在的细菌群体催化硝酸盐（）一个两步氧化过程。第一反应为由“亚硝化”物种代表的氨氧化细菌（AOB）把铵的氧化为亚硝酸盐。第二个反应是由硝化物种代表的亚硝酸氧化细菌（NOB）把亚硝酸盐（）的氧化硝酸盐，Section::