后，达尔文的信仰渐减，并倾向怀疑主义。这时虽然他仍继续协助进行一些教会事务，但已经不会在星期日上教会。他倾向相信痛苦是自然法则，多于神的试练。当他被问及他的宗教取向时，他指出他从来不是无神论，但不可知论是对他的心思更准确的描述。达尔文在自传里亦曾表示，福音书的真确性存疑，他也没有充足证据相信基督教是神的教义。1915年在一份美国报章第一次发表的作者不详的文章"The Lady Hope Story"，作者提出达尔文老年在病榻时再度信奉基督教，却被达尔文的子孙及历史学家否认。他的女儿表示，达尔文未再信奉基