纹始得请领或换发新版国民身分证之相关规定」暂时停止适用。2005年9月28日，针对「全民指纹建档」一案，司法院大法官公布，宣告该案法源应不再适用。2005年10月，黄文雄辞去国策顾问职位，转任台湾人权促进会顾问。2006年12月4日，黄文雄在台湾绿党网站发表〈我为甚么支持绿党？〉一文，公开表态支持台湾绿党的理念以拓宽台湾的多元政治光谱，并批评泛蓝与泛绿关怀的议题主要侷限于国家认同与省籍差异而非公共议题。2013年，两公约施行监督联盟首任召集人黄文雄表示，「拆大埔」的不公不义已是全国共识，年轻人突袭蛋