便在建文元年（1399年）七月起兵叛乱，朱棣在文武官员面前哭着发誓说：“陷害诸王，并非天子之意，而是奸臣齐泰、黄子澄所为。”
靖难之役.开始惠帝信任黄子澄与齐泰，迅速发兵削藩。但这两人本是书生，军事并不是他们的长处。惠帝派老将耿炳文讨伐燕军，初战不利。黄子澄说胜败乃兵家常事，不足以忧虑。惠帝听从黄子澄的建议，以曹国公李景隆接替耿炳文，齐泰极力反对但无效，到达营中，燕军一天前已经走了。李景隆接任后，表现更令人失望，连败于郑村坝、白沟河，丧失军队辎重、士兵马匹数十万。不久，又败于济南城