亘任职东京帝国大学东洋史历史系助理教授，直到1925年，白鸟库吉退休，箭内亘接任「东京帝国大学文科大学史学科」东洋史学第一讲座。1926年，箭内亘病逝，享年52岁。
学术争议.箭内亘指出《元史》，《新元史》及《蒙兀儿史记》记载耶律留哥起兵反金是在蒙古太祖七年（1212年）均属错误，并考证正确的起兵时间应该在太祖六年春夏之交，然而中国历史学者李则芬经过考证却认为正确的时间应该是太祖六年九月左右。
对中国学术界的影响.由于受到日本学者如箭内亘和主张满蒙非中国论