争爆发后，任中央研究院地质研究所特约研究员。抗日战争胜利后，1946年任南京国立编译馆编纂，编《岩石学名词》和《地质学论丛》，获中国地质学会葛利普奖章。1949年，任浙江省财政经济处地质研究所顾问。1950年8月25日，中国地质工作计画指导委员会成立，李四光出任主任委员，由总理周恩来任命章鸿钊为该委员会顾问。中国科学院聘任为地质学科专门委员，为南京市人民代表大会特邀代表。1951年9月6日，章鸿钊因患肝癌病逝于南京。