征并负伤。明治7年（1874年）6月，晋升为陆军少佐，并担任步兵第11大队大队长。同年8月，随军参加牡丹社事件，明治8年（1875年）2月，调任步兵第13联队，任大队长，并参加神风连叛乱的平定。明治10年（1877年）2月，参加西南战争。2月21日熊本城围城战期间率军在城内坚守。4月8日天明前，率领一个步兵大队突破萨摩军防线，并和萨摩军后方登陆的政府军取得联系。在战斗中，奥保巩的脸颊被敌弹穿透，其用左手摀住伤口，右手持军刀继续指挥战斗。4月20日，在熊本晋升为步兵第14联队代理联队长。明治11年（1