客流高峰时段，广深铁路每13至20分钟就开行一对准高速、“新时速”旅客列车，并适当增加高速列车在沿线大站的停靠，以疏导客流。继引入X2000动车组担当广九直通车用车后，广深铁路公司亦曾打算将「蓝箭」引入直通车服务，并于2001年在香港九广东铁及何东楼维修中心进行动态界限及影子测试，但最后因技术条件不符而没有採用。然而，由于“蓝箭”动车组的设计、制造、试验时间较短，加上系统整合经验不足，列车投入运行后逐渐暴露了一些质量问题，首两年是其故障高发期，严重影响了列车正点运行。截止2002年底，8组“蓝箭”动