在相对稳定的拔林渡河，造成原先较大的市镇──麻豆摒除在铁路服务范围外。详见纵贯线 (南段)#选线。1930年的日治时期才开始有系统的治理，自纵贯铁路桥以下至河口之间的两岸筑堤以约束水流，才有今日曾文溪的面貌。治水计画整体于1939年大功告成，目前在台19线西港大桥下游北岸尚立有「曾文溪治水工事纪念碑」，叙明完成两岸堤防长达39公里。
曾文溪水系主要河川.以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道：
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要