负责巡防各港口、沿岸地区、离岛查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡的司法警察，战时亦可成为第一线精锐之战斗部队。分署人员编制，多为中华民国国军现役军人。前身为以原南部地区海岸巡防司令部改制而成的行政院海岸巡防署海岸巡防总局南部地区巡防局。分署本部设在高雄市茄萣区，执法范围为台南市、高雄市及屏东县的海岸地区（含小琉球），全长279.9公里。2018年4月28日改制。