上课，由邓广铭负责院务，同学包括任继愈、逯钦立、王叔岷、马学良等人，又得以同时向史语所的丁声树、董作宾、李方桂、全汉昇、王献唐、屈万里等诸先生请益问学。王氏后选定《吕氏春秋》为研究题目，并以《吕氏春秋比义》为题，耗时三年以注疏体完成论文（导师为汤用彤、傅斯年），共计24册，约200余万字。1943年，旋即受聘于四川大学文科研究所任讲师，兼任成华大学教授。1945年，日本投降。北京大学复员，迁回北平。王利器乃受聘于北京大学中文系任讲师、副教授，讲授《史记》、《庄子》、《文心雕龙》。同年5月，王氏首