506年9月25日在布尔戈斯死于伤寒。这就确保了斐迪南二世对卡斯蒂利亚的权力，因而也保证了西班牙的统一。费尔南多死后，王位通过胡安娜由她与费利佩的儿子卡洛斯继承，在卡洛斯一世统治时代，西班牙是欧洲最强大的天主教国家。卡洛斯和其弟斐迪南先后成为神圣罗马帝国皇帝。
家庭.1496年，费利佩与胡安娜结婚，两人共有2子4女：