免疫实际上可能有益。进一步思考自体免疫中有益的因素，人们可能会为了证明自体免疫是哺乳动物生存的一种自卫机转而提出假设。免疫系统不会随机失去区分自身和非自身的能力，攻击自身细胞的结果可能是为了维持血液化学平衡的循环代谢过程。其次，在感染早期当有限的外来抗原（当病原体很少时）限制了免疫反应，自体免疫让免疫系统可以快速反应。斯坦芳诺娃等人在 2002 年的研究中，为只表现一种（MHC class II）分子（H-2）的老鼠注射一种能与 MHC class II 结合的 anti-MHC class II 抗体