3年他参加二次革命，失败后与廖仲恺逃到日本。1914年9月，他奉命返回广东，帮助邓铿主持广东讨袁的军事指挥，并且受邓铿委派到新加坡、马来亚等地筹款，后来又主持了驱逐袁世凯手下的广东都督龙济光的军事活动，但遭到失败。1915年11月，他到日本加入孙中山中华革命党，12月任中华革命军广东司令长官。1917年爆发护法运动，他任广州大元帅府军事联络，并掌管机要文书，成为孙中山主要助手，随孙中山率北洋政府起义海军南下护法。1918年5月，护法运动失败，孙中山辞去大元帅职务，朱执信随孙中山从广州到上海，参与办理海外