代结束之际，加东郡分属幕府旗本、一桥德川家、小野藩、姬路藩、、棚仓藩、古河藩、、领地。随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，曾分别先后隶属兵库裁判所、兵库县、小野県、姬路县、鹤舞县、棚仓县、古河县、三草县、壬生县，1871年全数被整併到饰磨县内，1876年再次整併后属于兵库县。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「加东郡」，郡役所设于社村（位于现在的加东市）。