97年利用马关条约的满清赔款，高校的法学部及工学部组成京都帝国大学，高校改设大学预科。同年设置理工科大学。1899年设置法科大学以及医科大学。1906年设置文科大学。（帝国大学不设学院，下设分科大学）大约20年后这些分科大学改称学部（学院之意）。在第二次世界大战后的学制改革中，第三高等学校剩余的部分（大学预科）併入京都大学。
学术与学风.京都大学起源于日本第2所旧制帝国大学「京都帝国大学」，「自由的学风」、「自重自敬」是大学讴歌的精神基础。京都大学吉田校区则是京都大学总部的所在地。