为2,264平方千米（874.3平方英里），是美国本土陆地面积最大的城市。其中陆地面积为1,962平方千米（757.7平方英里），佔总面积的86.66%；水域面积为302平方千米（116.7平方英里），佔总面积的13.34%。1968年，杰克逊维尔市与杜瓦尔县合并（其中杰克逊维尔海滩、海王星海滩、大西洋海滩和鲍德温没有参与合并），现杰克逊维尔市占杜瓦尔县总面积的98%。杰克逊维尔市北接拿骚县，西邻贝克县，南接克莱县与圣约翰斯县，这些县与杜瓦尔县一道形成了杰克逊维尔城市圈。上述五县与帕拉特卡小都市圈（普特