为朝廷重臣，深谙行阵，廷臣“无出其右者”，请求开复职衔，令往边和抗敌。于是，阮知方开复为兵部尚书，前往边和。路过广南时，阮知方和省臣陶致、阮轩商议增修沱㶞屯。嗣德十五年（1862年），越南和法国达成《西贡条约》，阮知方返回顺化。同年，北宁省发生叛乱，阮文盛推举黎维褞为盟主，反抗阮朝。廷臣再次以阮知方深谙行阵为由，举荐他担任西北总统军务大臣，前往平定叛乱。阮知方到任后，平定了北宁省叛乱。次年，阮知方升署协办大学士。随后，阮知方收复了太原省，抓获了叛乱首领。不久阮知方又改任总统海安军务大臣，讨伐据守海阳和广安