在印加帝国被征服之后，两人最初共同合作并统治新建立的城市。皮萨罗派遣阿尔马格罗去追击逃往基多的印加将军基斯基斯。另一位征服者塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔，在未经皮萨罗的允许下率先攻入基多，却发现基多城被另一位印加将军卢米尼亚维焚毁。危地马拉总督佩德罗·德·阿尔瓦拉多希望找到印加帝国的黄金，因而给他们提供了更多方位的帮助。1534年，阿尔马格罗和贝拉尔卡萨尔在钦博拉索山脚下重建了基多，命名为“圣迭戈·德·基多”，这就是今日基多城市的原型。1533年，皮萨罗和阿尔马格罗因为印加皇帝阿塔瓦尔帕宝藏的归属问题，