北—东南走向经过员潭子坑地区，未设交流道，但西北边的石碇交流道距离甚近。由此往东南可达坪林、宜兰、罗东、苏澳等地；往西北可至南港衔接国道3号。市道106乙线是连络木栅、坪林的道路，经过本地区。由该处往西北可前往深坑、木栅等地，往东南可前往坪林接省道台9线。