，书院根据当时形势设置地理、算术、天文等课程，追随洋务运动“中学为体，西学为同”的口号，但仍没有摆脱儒学。咸丰十年（1860年），太平军攻陷苏州，文庙被烧毁，府学和书院成为废墟。1874年，巡抚张树声耗费巨资在原址重建。
荣誉.康熙皇帝赐额“学道不淳”。干隆皇帝弘历六次南巡，六次驻跸。干隆十三年（1748年），赐额“白鹿遗规”，并多御诗嘉勉，苏州中学校园内至今仍保存着干隆御碑墙。干隆四十六年（1781年），苏州府学的学生钱棨连中三元，为了表示对他的纪念，府学中建立了“三元坊”，现在