一个新的公国在这一地区形成，并成为东法兰克王国形成的德意志王国和神圣罗马帝国。在奥托王朝内斗期间，巴伐利亚因976年克恩顿公国分离而遭削弱，1070年至1180年间，神圣罗马帝国皇帝对巴伐利亚再度持强烈反对的立场，其中以韦尔夫家族为甚。在与韦尔夫和霍亨斯陶芬王朝的最后争斗中，狮子亨利被皇帝腓特烈一世剥夺了巴伐利亚和萨克森的封地，腓特烈一世将巴伐利亚传给了维特尔斯巴赫王朝，该王朝一直延续到1918年。1623年三十年战争期间，巴伐利亚公国晋升为选侯国。