939年，瓦克斯曼担任了美国战时细菌委员会主席。他利用自己早年对土壤微生物的研究结果，研制出保护士兵与军事设备的杀菌剂，他还帮助海军解决了损害船体的细菌问题。这一年，瓦克斯曼的一位研究生发现了两种从土壤中分离出来的抗菌素：短杆菌酪肽和短杆菌肽，后者对革兰氏阳性菌十分有效。但由于短杆菌肽对人体毒性过大，只能用于动物的各种细菌感染上。这一发现激励了瓦克斯曼继续探索土壤中抗菌微生物的医疗作用。他建立起一个由50名研究生与研究助理组成的团队，对成千上万种土壤中的真菌和微生物进行了系统分析和研究。1940年，瓦克斯曼