准噶尔翼龙科（Dsungaripteridae）是翼龙目翼手龙亚目的一科。在1964年，中国古生物学家杨钟健建立准噶尔翼龙科，以包含准噶尔翼龙属，之后被命名的湖翼龙、惊恐翼龙，也被归类于准噶尔翼龙科。在2003年，亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）提出准噶尔翼龙科的演化支定义，包含：准噶尔翼龙、湖翼龙、惊恐翼龙的最近共同祖先，与其最近共同祖先的所有后代。克尔纳当时列出六个共有衍征：相当小的眼眶、眼眶位于投颅骨的相当高位置、眼眶下方有一个洞孔、口鼻部上方有高嵴冠，嵴冠从鼻孔前方开始隆起