变成了阚、张、马、麴四氏王。晋朝，车师前国归晋，晋朝戊已校尉仍设在高昌。西晋灭亡后，凉州（今甘肃武威）建立了前凉。东晋咸和二年（327年），前凉王张骏攻占高昌，擒获叛将戊已校尉赵贞，始置高昌郡，立田地县。隶属沙州（今甘肃敦煌）。东晋太元元年（376年），前秦苻坚灭前凉。高昌郡属前秦、隶属凉州。东晋太元十年（386年），奉命西讨龟兹（今库车）的前秦大将吕光入破伊吾关、攻占凉州。后凉建立后，高昌、车师前国属后凉。太元十八年（394年），吕光遣其子吕覆为西域大都护、镇守高昌。东晋安帝隆安一年（397年），后凉建康