许云基接手了太田赖常主持的实验室。接着，许云基领导台籍技师们屡次改良原子核物理实验室。首先，他的团队制作威尔逊云雾室以观测α粒子轨迹，改良了太田赖常时期只能观察而无法记录其轨迹的缺点。接着，他们改造加速器以产生高能的中子，并提高原子核反应的层级，并利用氦-4反应产生14.1MeV的高能中子来研究其所引起的子核反应。许云基团队也将该加速器之离子源改装为，并为了进行离子溅射实验而将加速器彻底改装为重离子加速器。另外，他们的研究团队也使用以派热克斯玻璃烧杯和中广报废的高功率真空管电极改造而成的水银整流管制造重水。