993年11月建交；菲律宾在南非行政首都比勒陀利亚设有大使馆，南非亦于马尼拉设大使馆。两国之间的关系友好密切，并是一些国际组织的共同成员，包括不结盟运动和77国集团。
文化关系.南非大约有1,890名菲律宾人，他们大多在服装业、渔业、建造业、包装工业等行业工作，少数则为专业人士。一些菲律宾人与南非人通婚，并迁到南非生活。2007年2月，南非电视台于黄金时段播出的屡获殊荣的菲律宾电影《》，得到当地影评人的正面评价。
经贸关系.于2008年，南非是菲律宾在