政第巴索南群培也有很大的发言权。此后十年，此二者成为左右西藏意向的重要职位。五世达赖喇嘛取得政权之后，决定将统治中心从哲蚌寺搬迁到拉萨的新宫殿。1645年，他派遣索南群培来到拉萨的红山，在吐蕃赞普松赞干布宫殿的遗址上建立自己的宫殿。这个宫殿被命名为布达拉宫，「布达拉」便是「普陀洛」在藏语中的音译。历代达赖喇嘛被视为观世音菩萨的化身，因而得此命名。整座布达拉宫的建设花费了四十三年的时间，在落成的时候五世达赖早已圆寂。1645年至1650年期间，西藏曾多次受到尼泊尔的入侵。此后西藏与尼泊尔和解，西藏与印