西昌行辕：1939年2月设立，张笃伦为行辕主任。“辅导西康省政”。1946年3月撤销。改设西昌警备司令部。
昆明行营.国民政府军事委员会委员长昆明行营：1939年日军进占越南，封锁滇越国界。1939年12月21日设立昆明行营。主任龙云，副主任吴鼎昌（贵州省政府主席）。1945年10月2日，杜聿明的第5军发动昆明事变，逮捕军事委员会委员长昆明行营主任兼云南省政府主席龙云，撤销昆明行营。
汉中行营.国民政府军事委员会汉中行营，1945年2月11日设立，行营主任李宗