到沈庆之那里参与讨伐鲁爽，并加辅国将军。四月，鲁爽被杀，垣护之转在柳元景率领下进攻臧质及刘义宣的联军，出镇新亭（今江苏南京南）。当时王玄谟正率军于梁山（今安徽和县南）与义宣等相持不下，玄谟以对方兵强而急欲增援，孝武帝于是命元景等人进兵南州（姑孰，今安徽当涂县），垣护之所率水军首先出发，到达时即遇到来袭的庞法起，并大败对方。其时王玄谟写信给柳元景以西垒失陷，仅守东垒，兵力悬殊为由请求退守姑孰，元景不准并打算率领全部军队支援梁山。垣护之就建议元景分派军队去支援，元景认同其计策，于是给护之精兵，由他入援梁山。垣护