前有三套蓝藻分类系统，分别爲NCBI、Bergey's手册及Cavalier-Smith（2002年，仅分至目)。本文採用的Bergey's手册中蓝藻内的分类，不论目科属，均爲形态分类，其中目在手册中爲“Subsection”而非“Order”，目、科均未列名称，此处目名称爲习惯用法，科不列名称；属除"Halospirulina"和"Trichodesmium"之外均标爲“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加註"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调，与其