部分序列是许多（甚至是所有）类型的细胞所共有的。这提示哺乳动物中共有的基因数也许达10,000个，包括了各种类型细胞所需的功能。编码这种类型的功能的基因，有时被称为“持家基因”或“组成型基因”。这类功能不同于特定细胞表现型所需的特定功能（例如卵清蛋白或珠蛋白的功能）。编码特殊功能的基因称为“奢侈基因”。
分析.许多生物特异性转录组数据库已经被构建并被注释了，以帮助鉴定在不同细胞群中差异表达的基因。RNA测序(RNA-seq)正在出现（2013年）作为测量生物体转录组的首选方法，