利尊氏对朝廷保持着一定距离。1333年（元弘3年），后醍醐天皇将义良亲王（后来的后村上天皇）任命为陆奥太守、北畠显家任命为镇守府大将军，驻扎陆奥；成良亲王为上野太守，由足利尊氏、足利直义拥戴，驻守镰仓。当时在灭亡镰仓幕府的战争中立下大功的征夷大将军护良亲王，被足利尊氏视为眼中钉。次年（建武元年），在尊氏的谗言下，后醍醐天皇下令逮捕了护良亲王，由足利直义关押他于镰仓。1335年（建武2年），北条氏余党拥立北条高时的遗子北条时行，在信浓国举兵叛乱，史称中先代之乱。叛军军势很盛，曾一度攻佔镰仓。足利直义逃