后在皮岛驻扎。由于毛文龙部占用明朝部份兵饷，工科给事中潘士闻、尚宝卿董茂忠上书弹劾请撤毛文龙。兵部商议时，袁崇焕提议派遣官员至皮岛管理兵饷核查银钱帐用，而遭到毛文龙抵制，因此招致袁崇焕更决意诛杀毛文龙。崇祯二年（1629年）六月初一，袁崇焕与毛文龙在皮岛会见，并商议军事。经过连续三日的谈判，毛文龙始终不接受袁崇焕主张的“皮岛设文官监军；粮饷由宁远转发；改编部队”等建议，谈判失败。之后袁崇焕劝其归乡，而毛文龙则称自己了解辽东局势，并能解决满洲、顺势攻占朝鲜。此后，袁传副将汪翥上船密议，通宵部署诛杀毛文龙。