基隆见日本人并一路引领日军进台北城。日军于6月7日未发一弹即顺利进城。日军入城后即布告安民。17日，台湾总督桦山资纪举行「始政式」。日军在进台北城时没受到什么抵抗；渡过淡水河向南方推进不久，在三崃、在大溪都受到了真正的抵抗。6月下旬，台湾民主国余部在台南拥立大将军刘永福为第二任大总统。为筹措经费，刘永福曾发行纸币、邮票等。有些学者将刘永福在台南所建的政权称之为「台南共和」（Tainan Republic）或「第二共和」（Second Republic）。此后三个月，台湾民主国和日军发生不少规模不小的血战