始祖鸟目中，但大部份支序分类学的研究都认为牠们是在鸟纲之外。原始祖鸟最初被认为是属于始祖鸟目，但大部份古生物学家都认为牠们是属于偷蛋龙下目。其他的如侏鸟及乌禾尔龙等都有可能是始祖鸟的异名或不是属于同一类。金凤鸟起初被认为是属于始祖鸟类，但后来却确认是伤齿龙科。