。催化位点通常与一个或多个与底物结合的结合位点相连。催化位点与结合位点共同组成了酶的活性位点。酶的其余部分起维持活性位点准确的方向以及动力学特性的作用。在一些酶中，催化与任何一个氨基酸都没有关系。这类酶另有与催化辅助因子结合的位点。一些酶亦可能包含变构位点。小分子与变构位点的结合可使酶发生构象改变，进而使酶的活性降低或升高。一些具有生物催化活性的RNA分子称爲核酶。这类分子可能单独发挥催化作用，也可能在与蛋白质结合成复合物的条件下发挥催化作用。最常见的核酶应是核糖体。核糖体是蛋白质以及具有催化活性的