派钱恂任湖北留日学生监督，驻日本。其间，钱恂联络日本各界。他还将自己的两个儿子（其中长子为钱稻孙）、一个儿媳、一个女婿带到日本留学。经孙中山介绍，钱恂加入兴中会。钱恂还曾以笔名“太公”为浙江籍留日学生刊物《浙江潮》撰写《海上逸史》两篇，分别题为《葛玛航行印度事》、《陆治斯南极探险事》。钱恂的进步倾向受到湖北守旧人士非议，张之洞多次警告钱恂，钱恂乃于1901年辞职。此后，张之洞改派钱恂为湖北筹办处及交涉事务委员。1903年，钱恂和妻子单士厘进行了80天旅行，自日本经朝鲜、中国东北、俄国西伯利亚到欧洲。单士