成为新成立的全国HIV流行病学与临床研究所所长（现为柯比研究所）。1991年，他获任世界卫生组织AIDS临床研究与药物开发全球计划委员会主席，1994年被委任为全职教授，并获颁UNSW自然科学博士学位。库珀与另外两名HIV/AIDS研究者（荷兰籍约普·兰格、泰国籍Praphan Phanuphak）在泰国曼谷创立HIVNAT（HIV荷兰-澳大利亚-泰国研究协作）研究所。三人也发起一个计划，增加获得抗逆转录病毒药物的途径，让柬埔寨的HIV患者得以获得治疗。柯比研究所自1986年成立至今，一直由库珀担任