游玩时目击黑暗组织的可疑行动，独自前往交易现场时却遭另一名同伙从背后偷袭击昏，并灌下代号为「APTX-4869」的神秘药物。后来虽然倖免于死，但身体就此缩小为小学一年级时的模样；情急之下化名为江户川柯南，在邻居阿笠博士的建议下，寄住在毛利兰的父亲毛利小五郎家中。同时他也凭借着过人的推理能力，以及使用阿笠博士为他发明的各种道具，让小五郎成为全球知名的名侦探，并借由平时的案件调查努力找寻有关黑暗组织的线索，并和怪盗基德（黑羽快斗）展开精彩的对决。
角色.随着剧情的发展，尚有许多警官