1960年代盛行不衰。1940年代末旅居香港，1950年代初回中国大陆，出任北京京剧团（现在的北京京剧院）团长（总团长），1962年起同时兼任北京市戏曲学校校长。中华人民共和国摄制的《群英会》、《秦香莲》京剧电影保存纪录了他的京剧表演艺术，中央人民广播电台和中国唱片公司给他录制了许多广播京剧和京剧唱片。马连良因《海瑞罢官》事件被迫害致死。在文化大革命中被抄家与关进牛棚里，马连良曾与老舍、萧军、荀慧生、白芸生等一起被批斗，当场剃成阴阳头，墨汁淋在脑袋上，围跪在大火四周，一面灼烤，一面用钢头皮带抽头