倒风内海，滨海沿岸逐渐成为陆地，导致港口淤塞。同治元年（1862），台南地区发生大地震，茅港尾亦受到摧毁。光绪11年（1885）分设茅港尾东、西二堡。此后自然条件的改变加上兵戎和瘟疫，港口地位就此让给了麻豆港。
日治时期.到了日治时期，大正9年（1920）地方制度改革，茅港尾东西二堡合併改称「下营庄」，划归台南州曾文郡管辖，辖下有：下营、十六甲、麻豆寮、大屯寮、茅港尾等五大字。下营行政中心因而西移至现今所在地。
战后－中华民国.战后改设台南县下营乡