超逃回四川。回到四川后，吕超投入中国同盟会会员、川军第5师师长熊克武手下。1913年（民国2年），升任第5师第2团团长。同年，随熊克武参加二次革命，败北后逃往上海。其后，吕超赴日本留学，入浩然学社。1914年（民国3年），孙文（孙中山）在日本组织中华革命党，吕超加入该党。同年12月，吕超归国，秘密从事反袁活动。
四川混战中.1915年（民国4年）12月，护国战争爆发。吕超自任中华革命军川南司令，同进军四川省的蔡锷所率的护国军第1军汇合。吕超在四川南部同袁世凯派军队作战，立下军功