还根据宗教信仰和种族背景对人们进行归类。施行国家无神论政策，废除所有宗教，对伊斯兰教、基督教及佛教信徒进行广泛镇压，民柬政权曾屠杀了近25,000名佛教僧侣，宗教界知名遇难者中包括僧王胡达、天主教金边宗座代牧区主教约瑟夫·奇马·萨拉等人。该政权特别针对穆斯林、基督徒、受过西方教育的知识分子、一般受过教育的人、与西方国家或越南有联系的人、残疾人、华人、老挝人、越南人进行迫害。酷刑处决在全国非常普遍，数千名被指控与前政府有关联的政客或官僚被处决。这一系列血腥事件被称为红色高棉大屠杀，据估计造成了150万至300