回到四川，加入川军第4师师长刘存厚的军队。中华民国成立后，邓钖侯继续在刘存厚部任职。1915年（民国4年）12月护国战争中，邓钖侯作战勇敢、立下军功，受到护国军蔡锷赞赏。后来，邓钖侯仍归刘存厚部，1917年（民国6年）升任旅长。翌年2月，刘存厚败给熊克武，撤退到陕西省南部时，邓钖侯反对刘存厚支持北京政府的政治姿态，故未跟随刘存厚。熊克武就任川军总司令后，任命邓钖侯为第2师师长。
四川内战.1920年（民国9年），熊克武将滇军逐出四川，邓钖侯被任命为川军第1军第3师师长（第1军军