爵詹姆斯·赫本通常被认为精心策划了达恩利的死，但他于1567年4月获判无罪，并在翌月迎娶玛丽。反对这对夫妇的起义爆发之后，玛丽被囚禁在列文湖城堡。1567年7月24日，她被迫逊位给她与达恩利所生的一岁儿子詹姆斯六世。玛丽意欲夺回王位，失败后逃往南方，向其表姑英格兰女王伊丽莎白一世寻求保护。玛丽一度声称伊丽莎白的王位应属于自己，包括称为北方崛起的反抗者在内的许多英格兰天主教徒视玛丽为英格兰合法君主。伊丽莎白视她为威胁，把她囚禁在英格兰内陆的各种城堡和庄园里。经过十八年半的监禁，玛丽被判在1586年密谋暗杀伊丽