整了球队的战术，由主攻改为防守反击。球队在休整期后，表现神勇，后半程抢到28分，最终获得了中超联赛第八名，实现了保级争八的目标，也创下了球队历史最好成绩。赛季结束后，高洪波本来准备再次续约，执教厦门继续征战中超。但是，一直支持发展足球的厦门“足球市长”张昌平突然升职为福建省副省长，市政府原本许诺给厦门队的资金无法到位，球队前途黯淡，高洪波决定不再续约，离开厦门蓝狮，与长春亚泰签约。高洪波的教练组随后也集体辞职。
长春亚泰.从厦门蓝狮辞职后，高洪波在2006年底成为了长春亚泰的新主教