蒋的态度再起变化。16日，蒋介石在日记中写道：“俄武官来问新四军冲突之消息用意，因此对此案处置更应严肃坚决”。17日，蒋介石由于顾虑到中共方面的强烈反应，接受何应钦、白崇禧等人意见，发布命令，宣布新四军为叛军，取消新四军番号，将叶挺交军事法庭审判，国共关系恶化。国民政府军事委员会的通告称新四军“于四日晚，全部潜赴茂林，分兵左中右三路，向该师（四十师）袭击，该师仓卒被袭，不得不加以抵抗，借资自卫，第三战区顾司令长官，为整饬纪纲，乃下令制裁。至十二日止，该军已被全部解散，所有拿获该军长叶挺等，现已交军法审讯