始至终都不是明朝中枢的正式行政机构，所谓内阁只是文渊阁的别称。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中重臣担任，只有有实无名之地位，而没有法定地位。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为「票拟」制度，又授予宦官机构司礼监「批红」。票拟之法补救可君主不愿面见阁臣之弊，但内阁大臣与皇帝沟通，全赖司礼监（宦官）。由是开启明朝宦官专政之大门。
六部.明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书、侍郎各一。胡惟庸案之后，朱