建于南泉山，故又称南泉寺。元大德五年（1301年）住持明照大师慈昱和尚奉敕大修慈化寺。明洪武十八年（1385年），明太祖赐建龙亭一座，并御书“天下第一禅林”。其后，明英宗又赐敕额“南泉山大护国慈化禅寺”，明宪宗赐敕额“广慈护国大慈化禅寺”。慈化寺现由中国佛教协会理事、江西佛学院副院长妙安法师主持。