2020年7月1日起，上海站开始开行经由沪苏通铁路的城际动车组列车和跨线动车组列车。2020年12月11日起，上海站开始开行由连镇客运专线运行的跨线动车组列车。
下辖车站.上海直属站是上海局集团的直属车站之一，管辖上海站、上海南站、上海虹桥站三个大型客运车站及、、三个沪宁城际铁路小站和宝山路客技站、光新路站存车场2个技术作业场；2020年新增管辖沪苏通铁路安亭西站。原先上海直属站还曾管辖上海南动车所和虹桥动车所，2013年6月被划至新成立的上海动车段。