用轻量化的整体承载式全钢焊接结构箱型车体，车体全长14,100毫米、全宽2,900毫米。由于ED46型电力机车的设计为单机运用的干线客运机车，因此采用了前端非贯通型的结构，并采用大面积前窗玻璃以改善司机的嘹望视野，这种前端外形亦被后来的EF60、EF70型电力机车所沿用。机车采用车体通风系统，侧墙百叶窗是车内设备通风冷却的主要进风窗口，车体两侧均设有两扇侧窗和五个通风百叶窗。
电气系统.ED46型电力机车是交—直流电传动的整流器式电力机车，机车主电路由空气断路器、主变压器、水银整流