棋挟持事件中，当时的刑事局长杨子敬主张攻坚，侯友宜则认为可先尝试谈判，因此单独爬入官邸斡旋，带出受伤的卓懋棋、大女儿梅兰妮。经过媒体连续七个小时对陈进兴电话连番轰炸后，侯友宜用陈进兴妻子张素贞作为交换，抱出卓懋棋领养的七个月大的男婴，其后陈进兴指名要与谢长廷谈判，谢长廷在侯友宜陪同下进入官邸谈判，承诺为陈进兴妻子张素贞辩护，成功安抚陈进兴情绪，带出卓懋棋的小女儿克莉丝汀，并请来监察委员叶耀鹏当面接受陈进兴夫妇陈情，陈进兴终于弃械投降。1998年，升任内政部警政署刑事警察局副局长。2001年，升为桃园县政