金融学院（现中央财经大学）财政系财政专业学习。1984年8月，大学毕业后的侯凯来到审计署财政审计司工作，历任科员、副主任科员、主任科员。1987年12月，加入中国共产党。1992年5月，任司综合处副处长，1994年4月升任处长。1997年6月，到河北省香河县挂任副县长。1998年9月，结束挂职的侯凯出任财政审计司司长助理。1999年11月，升任副司长，最后于2003年2月升任司长。2007年1月，侯凯离开长期工作的财政审计司，调任驻哈尔滨特派员办事处特派员。2009年2月，他回到北京，出任署办公厅主任。