，部本部有总务司、人事室、秘书厅、参事厅、技术厅、会计室、统计室、农林司、工业司、商业司、矿业司、水利司，附属机构有中央农业实验所、农本局、金水流域农场、江西农村服务区管理处、西北种畜场、中央工业试验所、技工训练处、工矿调整处、全国度量衡局、商标局、商品检验局、地质调查所、矿冶研究所、採金局、导淮委员会、江汉工程局、黄河水利委员会、华北水利委员会、扬子江水利委员会、泾洛工程局、珠江水利局、金沙江工程处、川康水贷会、湖北堤工专款保管委员会、中央水工试验所、水利设计测量队、水利航空测量队、气象研究所、田壁工程处