校以＂福建协和大学农学院＂的名字创办起来，并经历了多次分拆及合并过程。
福建农学院.中华人民共和国成立后，福建协和大学农学院、厦门大学农学院、福建省立农学院等合并组建福建农学院。1958年，森林系单独分出设立福建林学院，位于今南平市延平区，是当时福建省“八大”本科院校之一。
福建农业大学.1994年，福建农学院更名为福建农业大学。
福建农林大学.2000年，福建农业大学和福建林学院合并为福建农林大学。2000年10月，福建林学