二年（1923年）4月27日生于台南州北门郡将军庄，3岁时即与父母到中国居住。中学读鼓浪屿鹤龄英华书院。昭和十八年（1943年）进入日本东京第一高等学校就读，一年后进入上海圣约翰大学主修政治系。1948年陈奇禄自上海圣约翰大学毕业后，返回台湾，任《公论报》国际版主编，并兼〈台湾风土〉主编。1949年入国立台湾大学历史系担任助教，辞去《公论报》职位，仍主编〈台湾风土〉。《台湾风物》创刊后，陈奇禄也参与《台湾风物》的编辑。之后进入美国新墨西哥大学、伦敦大学亚非学院深造。1953年自美返国后，晋升台大考古人类