建立的目的主要是协助英殖民政府对马来半岛及新加坡的防御，特别是在亚洲局势趋于紧张，以及日本推行大东亚共荣圈计划之后。二战期间，英殖民政府在槟城成立分队并改名为马来亚皇家志愿海军（）。太平洋战争爆发后，马来亚海军一度扩充到1450余人，主要支援同盟国军队在印度及太平洋的行动。随着日本战败投降，马来亚海军仅剩余600余人，而且由于战后资金缺乏，1947年马来亚海军曾一度被解散。
马来亚皇家海军的成立.1948年12月24日，马来亚紧急状态期间马来亚海军又恢复运作。1949年3月1日，马