岛屿中央为火山喷发口形成的洼地，呈现出外形良好的火山陷落口地形。海岸多为悬崖分佈，而碎裂的安山岩，在经过海水的磨蚀及氧化而形成赤红色及黑色砾石滩，是小兰屿海岸的一大特色。
生态.目前所有记载小兰屿生物的文献资料非常缺乏，仅有在日治时代调查并记载小兰屿为白腹鲣鸟的生殖地之一，但在经过这数十年期间，这些白色的大鸟可能早已销声匿迹，目前记录仅有两栖爬虫类曾经作过局部调查，沿岸潮间带及亚潮带之海岸生物，更是没有文献记录。
小兰屿蝴蝶兰.小兰屿蝴蝶兰，又称为桃红蝴蝶