5月20日，蔡英文主政下的民进党政府正式上任后，吴钊燮被任命为国家安全会议秘书长。
总统府秘书长.2017年5月18日，总统府发布人事异动，吴钊燮转任总统府秘书长。
外交部部长.2018年2月23日，行政院发布人事异动，吴钊燮转任外交部部长。2月26日到任。2018年5月1日，中华民国与多明尼加断交。5月24日，中华民国与布吉纳法索断交。8月21日，中华民国与萨尔瓦多断交。2019年9月16日，中华民国与索罗门群岛断交。9月20日，中华民国与吉里巴