完成世锦赛后，孙瑜因为膝伤而暂别国家队，回到广东队治疗。在医生的建议下，原计划接受手术治疗的她最终改以保守治疗，并在香港进行了两个月的康复训练。在膝伤得到较好控制后，她在2018年4月重新回到国家队，开始恢复训练。2018年8月16日，孙瑜在自己的新浪微博正式宣布退出中国国家羽毛球队。
主要比赛成绩.只列出曾进入准决赛的国际赛事成绩：
世界冠军头衔.孙瑜在羽毛球生涯中共夺得 2 项羽毛球世界冠军头衔。