1945年8月，杨基铨负责代表台湾总督府接待前往办理接收事务的国民政府官员。此后，他先后出任台北市政府秘书、台湾省行政长官公署财政局财产课长兼任秘书。二二八事件发生后，杨基铨精神陷入紧张恐惧之中。1947年6月，杨基铨应台湾省政府农林厅厅长徐庆钟邀请到该厅水产科服务。1952年，杨基铨报名赴美进修考试。杨基铨报考水产部门及格。与工程部门录取的高玉树、公共卫生部门录取的许子秋、农业经济部门的李登辉等三十六位台湾籍青年获招募选取前往美国进修；随后，他在美国实习「水产行政」一年，并自该国渔业政策中