他是一位虔诚的天主教徒，他提倡反宗教改革，例如邀请耶稣会的成员到他的领地。但是于1572年，查理二世亦在格拉茨及于1578年在布鲁克向内奥地利议会作出重大的让步，最后演变成对基督教的容忍。由于内奥地利需要负责对抗土耳其大军的侵略，他们于1579年在克罗地亚建立卡尔洛瓦茨城堡，以查理二世的名字命名。查理二世亦因对艺术及科学的帮助而受人纪念，其中作曲家奥兰多·德·拉絮斯及音乐理论家洛多维科·扎科尼都是他的门客。1580年，查理二世将安达卢西亚的马带到斯洛文尼亚的利皮查以培养出新种的利比扎马。1585年，