统治下萨满教蔚为兴盛，乃至元朝蒙古族统治中原，萨满信仰在皇室、王公贵族及民间都有显着的影响，在国家重要祭仪时，都由萨满巫师主持祭仪典礼。在成吉思汗在位时期在宗教方面推行兼容并蓄之政策，萨满教、基督教、道教、佛教、伊斯兰教等皆曾在国家内流行过。直至元朝，忽必烈在位时期，其国师八斯巴曾向忽必烈及皇后、皇子等人宣扬佛教，于是佛教取代萨满教在皇宫中的地位，但仅限于蒙古上层统治阶层，民间仍以萨满信仰为主。16世纪下半叶，蒙古土默特部阿拉坦汗（俺答汗）迎进宗喀巴的藏传佛教格鲁派，1578年阿拉坦汗和达赖喇嘛三世索南嘉措