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故事.2183年，前作事件发生后不久，诺曼底号在一次针对桀斯部队的巡逻时遭到不名飞船袭击，船员被迫放弃诺曼底号。薛帕德将Joker推入最后一个逃生舱，然后因飞船爆炸被抛向太空。太空服破裂后，薛帕德被拉入附近行星的轨道，因窒息死亡。他/她的身体被塞伯鲁斯收回，后者开始了“拉撒路计划”（Lazarus Project），其唯一目的是让薛帕德起死回生。两年后，薛帕德在手术台上复活，并在雅各布·泰勒和米兰达·罗森的陪同下逃离了这个遭自己的机械守卫袭击的研究站。薛帕德被带到幻影人面前