南苏丹人民能够「享有自由和自决」，并且认为借此才能够在与苏丹展开谈判时获得有利地位，进而促使苏丹政府签署双方都能接受的和平协议并且停止对于南苏丹的攻击。之后其和亲近苏丹政府的南苏丹国防军开始有所交流，甚至在2002年7月时与苏丹政府达成协议，不过在第二次苏丹内战时南苏丹解放运动并未直接参与双方的战事。然而南苏丹解放运动认为2005年1月9日签署的《》与过去的条约并没有甚么不同，顶多获得更多的国际关注。2011年4月11日，南苏丹解放运动发表声明唿吁南苏丹应该要建立更具包容性的政府，随后苏丹人民解放军进驻