馆新馆建设工程立项，2001年5月开始建设，2002年12月28日开馆，新馆占地16,000平方米，建筑面积10,282平方米，有十个展厅，总投资达3,887万元人民币。2009年4月1日，晋城博物馆开始免费对外开放。同年5月，晋城博物馆被评为首批国家二级博物馆。2010年9月，博物馆由于没有消防车通道而闭馆。然而，闭馆后改造工程并未能如期开始。据媒体报道，2012年底时改造工程还没有动工，消防车道改造预计花费100万元，晋城市政府仅拨款60万元用于屋顶维修。两年多的时间内，晋城博物馆只能在外办流动展览。