一号线第一码头站、开禾路口站、思北站、斗西路站、二市站、文灶站、金榜公园站、火车站、莲坂站、龙山桥站、卧龙晓城站、东芳山庄站与二号线，三号线共线。蔡塘站、金山站、市行政服务中心站、双十中学站、县后站、T4候机楼站与二号线共站。全线除T4候机楼站因建在集美大桥上故为地面车站外，其余24座车站均为高架车站。在县后站与集美大桥南站之间有隧道一座，穿过厦门高崎机场。过海后设嘉庚体育馆站，诚毅学院站、 华侨大学站、 中科院站 、 厦门北站。全线仅开禾路口站、T4候机楼站没有连接线，其余各站均设有连接线。其中斗西