程中的化合物，如药物与毒物。这些代谢途径作为生物转化方式广泛存在于在所有主要生命体类别内，在遗传学上被认为起源颇古。在代谢过程中发生的化学反应常为通过对毒物进行修饰而解毒（但在某些异形生物质代谢中产生的中间体本身也存在毒性）。研究药物代谢的学科称为药物代谢动力学。