后来又撤走了在“三区”的大批苏联人员。后期是随着第二次国共内战全面爆发，国民政府在新疆省也实行反苏反共策略，原来参加联合政府的“三区”方面人员在1947年撤回，随后在1948年成立了新疆保卫和平民主同盟，直到1949年“新疆和平解放”，“三区”方面与中国共产党方面首次建立直接联络并合流。
争议.对于此次事件及其后事件的评定，看法普遍不同。中华民国政府和众多民众对此次事件虽无明确定性，但从用语上可判断普遍认定该事件为暴动、叛乱。中国共产党对此次事件曾高度评价，誉其为“三区革命