6年就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行。其重申、补充旧有章程，整顿和完善西藏地方吏治。但根据此章程亦放弃了驻藏大臣的部分权力，如对商上财政的审核权及停止派兵巡查部分地区等。咸丰二年（1852年）任钦差大臣阻击太平军，在扬州外围建立“江北大营”，计马步兵一万八千人。咸丰四年（1854年）秋天，琦善殁于扬州军中，卒谥文勤。
评价.琦善在后世的评价中，受鸦片战争影响而以负面居多，但也有人认为当年琦善有“自知之明”，他所约订的《穿鼻草约》已是晚清损失最小的条约。蒋廷黻说