以达赖喇嘛闭关不见人为由，隐瞒了其死讯达十五年。直到1696年，才对外公佈死讯，并在翌年推举仓央嘉措为第六世达赖喇嘛。
宗教政策.在刚刚取得政权后不久，五世达赖喇嘛为了政教合一，强力打击敌对教派，没收了他们寺院的财产，并迫使他们改宗格鲁派。其最大政敌噶举派被打击程度尤为严重。然而，在确立格鲁派的统治地位之后，五世达赖一改之前的强硬作风，採取了兼容并蓄的政策，并允许他们复兴自己的寺院。五世达赖採取各派所长，修习了各派知名的教法，例如向宁玛派上师学习大圆满法，并建立「莲师八相灌顶仪轨」