二次鸦片战争，在他的随军日记中详细地记述了英法联军对圆明园的破坏，他的这段日记是研究圆明园历史的重要史料。战争之后不久郇和升任厦门副领事，并被派驻台湾。在这段时间前后，英国设立了打狗英国领事馆，郇和被任命为英国驻打狗第一任领事。在打狗领事任内，郇和在汉族和平埔族聚居的地区进行过比较全面的自然调查，但并未深入台湾山区和内陆。1861年1月返厦门。同年7月（咸丰十一年六月）四度访台，郇和向台湾府城金茂号店东许逊荣承租其位于今台南市卫民街万昌街口的卯桥别墅，设立第一个办公处，以为英国驻府城副领事馆。台湾府