，开始执行研究任务。2014年3月于台湾北方预定海域作业时，发生海研五号与海上保安厅冲突事件，同年10月10日，在澎湖外海因海难触礁沉没。
海难与后续.2014年10月10日，前往金门任务途中因台风黄蜂之外围环流，再加上农历九月十五风暴潮所造成之强风以及巨浪而折返台湾，下午五时许，行经澎湖龙门外四海里处时，遭逢九级风势，船只疑似触礁，右舷倾斜船舱进水发出遇险讯号，船体故障失去动力，不但如此，连三台备用发电机都失效，由于海象恶劣，立即发出求救讯号。当晚9时30分，其于澎湖县湖西乡龙