四张选票平均投给泛绿的候选人，而非只投给自己属意的唯一一位候选人。泛蓝与泛绿都在选举的末期公佈了配票方法。而配票的方式有时会有所争议，引发一些选举恩怨。在台北市，泛蓝阵营的中国国民党与亲民党协商失败，中国国民党宣布的配票方式排除亲民党的立委候选人，秦慧珠以不到300票的落选被认为是泛蓝配票协商破裂的结果。在苗栗县，国民党宣布的配票口号是「山线投给何智辉、海线投给刘政鸿」，引发苗栗选区亲民党候选人徐耀昌的抗议。在这次选举中常见的配票方式有依照地区划分，依性别划分（通常是两人），依出生月份划分（通常是三