1924年4月1日，斯通被他在阿默斯特大学的同学卡尔文·柯立芝总统任命为美国司法部长。他认为斯通会被公众认为是不受指责的，可以监督对哈定政府各种丑闻的调查。这些丑闻迫使哈定的司法部长辞职。斯通将调查局(BOI)改制为联邦调查局(FBI)，由约翰·埃德加·胡佛担任首任局长。并指导他改造机构让它像英国苏格兰场和比其他任何警察组织更有效率。作为一名积极的司法部长，斯通在联邦法院为他的部门的许多案件辩护，并对由柯立芝的财政部长安德鲁·W·梅隆家族所控制的美国铝业公司发起了反托拉斯调查。Section: