002年，顺丰取消加盟制，改为直营制，同年于深圳福田设立总部。2003年SARS事件爆发，人们不出门消费，加速网购模式兴起，再次为顺丰带来发展契机。当年经济萧条，顺丰顺势与扬子江快运签下包机5架的协议。2009年底，顺丰购买两架货运飞机，并创立顺丰航空，当时这是中国唯一拥有自己飞机的民营快递。2012年数据显示，顺丰营业额逾200亿人民币，拥有30架全货运包机、逾5000多个营业驻点、150余个中转场以及1万多台营运车辆。顺丰控股2015年收入达473亿元，按年升23.6%，盈利为19.67