立于政党之外的内阁，他主导修改《》及制定《》、《》、《》及军部大臣现役武官制等制度，对社会运动及劳工组织加以规范，也强化了官僚制度的稳定性。第二次山县内阁期间，中国发生义和团之乱，日本也借各国无暇出动足够兵力时主导组织八国联军。1900年9月，元老伊藤博文成立立宪政友会，预备作为其政策之后盾。山县与伊藤向来不睦，并对伊藤亲组政党殊为不悦，遂于9月26日提请辞职。10月，内阁总辞，由伊藤继任组阁。
内阁成员.除部分特殊情况外，本内阁阁员皆于1898年11月8日就任。