秋》，刚刚阐发题目时，诸位儒生都到的时候。元善私下对何妥说：“名望已经确定，敬请不要困扰我。”何妥答应了。等到元善走向讲堂，何妥就援引古今疑难问题来发难，元善大多不能回答，元善深深痛恨何妥，两人从此有嫌隙。元善认为高颎有宰相的才干，曾经对隋文帝说：“杨素粗疏，苏威怯懦，元冑、元旻不过像是鸭子。可以托付国家的，只有高颎。”隋文帝开始认为元善说的对，等到高颎获罪，隋文帝认为元善的话是为高颎游说，深切的责备埋怨元善。元善忧虑恐惧，他之前就患有消渴病，于是疾病发作去世，虚岁六十。