4 队连同欧联小组赛第三名的 8 队球队可进入三十二强淘汰赛。如在小组中两队得同分则顺次序根据以下准则定出胜方：
淘汰赛.
三十二强.8 队欧洲联赛冠军盃分组赛第三名的队伍加入第一圈淘汰赛，共计由欧洲足协盃分组赛阶段晋身的 24 支球队总共有 32 队进行主客两回合比赛，赛事首回合于2007年2月14日及15日进行，而次回合则在2月22日进行。
十六强.赛事採取主客两回合淘汰制，赛事首回合于2007年3月8日进行，而次回合则在