幼聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。天草四郎接受了天主教思想，在民众中宣传「天地本同根，万物是一体，其间并无尊卑之别」的教义，被教民奉为「天童」、「救世主」。于宽永十四年（1637年）率领三万数千名（一说两万数千名）来自岛原（长崎）和天草（熊本）的基督徒起义，佔领岛原半岛南部的原城，在城上竖立十字架，挂上画有十字架和圣像的旗帜。12月9日、12日，幕府先后接到岛原、天草农民起义的消息，急派板仓重昌为幕府专使，赴九州镇压起义军。板仓到达九州后，对起义军发动两次进攻均失败。幕府再派松平信纲前往九州督战，