9月至10月参加了阿尔比恩行动（时任舰长为海军上校海因里希·罗哈特）。行动的目标是入侵和占领当时属于俄罗斯共和国的爱沙尼亚岛屿萨雷马岛、希乌马岛和穆胡岛。1917年10月12日05:07，当巴伐利亚号进入射击阵位以掩护在帕默罗特的抢滩登陆时不慎触及了一枚水雷，造成七名水兵丧生。尽管受到水雷的破坏，巴伐利亚号仍然持续轰击希乌马岛南端的托夫里岬岸基炮台，直至当日14:00才解除阵位。在1917年11月1日返回基尔之前，舰只于10月13日在进行了初步修理。在1918年停战后，巴伐利亚号连同公海舰队的大部分舰只