非常国会继续担任参议员。到广州后，很快获两广巡阅使陆荣廷赏识，升任广西督军署秘书长。1917年11月，莫荣新任广东督军，任广东督军署少将参谋长。1918年，参议员在非常国会联络汤漪等人提出并且通过了《修正军政府组织法案》，将大元帅制改为总裁合议制，排挤孙中山。孙中山曾两次企图炮击桂军莫荣新。第一次约在1917年11月中旬，但炮未打响。第二次是在1918年1月3日，这次炮击是在援闽粤军成立之后发生。在此次炮击的准备期间，孙中山命朱执信指挥陆上军队，并且命许崇智、罗翼群协助陈炯明举事。但计划事先即因参与部队