受封灵州县公。又分原四千户食邑中的二千二百户给幼子傅畅封爵；更以原本封爵赐给侄儿傅隽，改封为东明亭侯。同年，楚王司马玮以贾后假造的皇帝诏书诛除汝南王司马亮和卫瓘，傅祗因接诏后迟疑而遭免官。一年后任光禄勋，后又因公事而免职。元康六年（296年），氐人齐万年获秦雍两州的氐族和羌族叛民推举为主，并称帝反晋。傅祗任行安西军司，加散骑常侍，与安西将军司夏侯骏一同讨伐齐万年，但无甚进展，直至三年后才在孟观的努力下平定齐万年。战后曾先后任卫尉和散骑常侍，后加光禄大夫，门前施放行马。永康元年（300年），赵王司马伦