区还有着发达的通勤铁路系统，除了上文的加州火车，还有美铁营运的、东湾沿岸的首府走廊号 ("Capitol Corridor")来往圣荷西和沙加缅度，以及列治文出发往圣华金县的线 ("San Joaquin")；圣荷西则有来往中谷地区史塔克顿等地的阿尔塔蒙特走廊特快(Altamont Corridor Express，ACE)；在索诺马县和马林县之间，还有索诺马-马林地区轨道交通（简称SMART)。
空中交通.旧金山国际机场是湾区最重要的机场，为联合航空和维珍美国航空的枢纽站，亦是