06年，与中国政府政见不和的香港主教陈日君升为枢机并发表令中国政府不悦的言论，因此官方教会进行报复性“自选自圣”，未经圣座认可祝圣三位主教，双方关系再度恶化。2006年5月，教宗本笃十六世对中国天主教爱国会系统将马英林祝圣为昆明教区主教，将刘新红祝圣为芜湖教区主教的做法深感悲哀。教廷宣布，中国自圣的两位主教和两位负责祝圣的主教因此被自科绝罚（自动革除教籍）。至2008年双方的一系列动作表明双方关系缓和，教宗接见中国驻意大利大使及外交部官员。2012年以后，由于教廷与中国政府就任命主教问题的分歧，中国官方