明隆武二年（1646年，清顺治三年）起，郑成功领军多次奉命进出闽、赣，与清军作战，颇受隆武帝器重。然而真正握有军政大权的郑芝龙，却无意全力抗清，甚至在清军南下福建时，命令仙霞关守将施福（又名施天福，施琅族叔）将军队撤回隆武朝廷所在地福州。此举导致清军攻入闽北时几乎没有遭受抵抗。清朝大学士洪承畴为泉州武荣人，郑芝龙同乡，在其承诺给予郑芝龙三省王爵的利诱下，郑芝龙不顾郑成功、郑鸿逵等人的反对，决意带着其他几位儿子北上，归顺清朝。郑成功劝阻父亲不成，只好率领约二十余人到南安孔庙祭孔，焚烧儒衣，向孔子痛哭发誓