，至2003年10月改任保安局常任秘书长。2003年，任职财经事务及库务局副秘书长期间，主持讨论问责高官要改组属下的职位安排，因政府未提交全盘资料，议员通过动议要撤回六份新开职位文件。应耀康虽然未有尽公务员责任，但仍批评立法会议员处理拨款浪费时间，惹来李国宝怒斥为「傲慢自大」。2007年4月晋升至首长级甲一级政务官。2007年11月至2012年7月期间调任财经事务及库务局常任秘书长（库务），过去多年协助财政司司长曾俊华制订财政预算案。2012年7月因家事休假大半年，2013年6月借调到竞争事务委员会出任