去世前拒绝用中医治病。1925年中医界谋求将中医纳入学校体制，却因受医界抵制而流产。1929年余云岫以委员身份出席中央卫生委员会会议，要求全面废止中医，并由第一届中央卫生委员会会议通过了《废止旧医以扫除医事卫生之障碍案》，但因中医获得了党国要人陈果夫的支持，未能实施。上海的中医为此把3月17日定为所谓“国医节”。1933年在讨论《中医条例》（草案）时，行政院长汪兆铭说“中医言阴阳五行，不懂解剖，在科学上实无根据；至国药全无分析，治病效能渺茫”，主张“凡属中医应一律不许开业，全国中药店也应限令歇业