，分别是气候转变、猎杀及栖息地消失，彼此并不排他的，有可能是相互影响的。
气候转变.澳洲在4000万年前与冈瓦那大陆分裂后，经历了很长时间的干旱化。虽然过程反覆，但整体降雨量却明显下降。最近的冰河时期并没有令澳洲大陆结冰，但却使气候变得更冷及干旱。有指降雨量的减少令双门齿兽灭绝。不过，另有指双门齿兽曾经历了多次类似的冰河时期，不见得最近的一次可以令牠们完全灭绝。而且，气候转变得最剧烈的时候是在双门齿兽灭绝之后2万5000年前，受影响地区亦非整个澳洲大陆，当中一些地区仍保存温和及