结束后又迁入上海。1950年中国科学院成立后，动植物研究所和北平研究院动物研究所的部分研究人员在上海合建水生生物研究所。1954年水生生物研究所迁至武汉。近年来研究所着力于水环境保护、渔业可持续发展等方面的研究，亦主办《水生生物学报》期刊，是国家斑马鱼资源中心的依托机构。