合局副局长。1982年，新的国家经委成立后，朱镕基开始担任国家经委委员兼技术改造局局长。1983年，朱镕基担任国家经委副主任、党组成员。1985年，担任国家经委常务副主任、党组副书记，直到1987年初赴上海任职。在国家经委工作期间，1984年出任清华大学经济管理学院院长。
调任上海.1987年11月1日，朱镕基当选中共中央候补委员，同年12月调任中共上海市委副书记。1988年4月25日，任上海市市长。1989年8月，兼任中共上海市委书记。在任期间，他由于关注民生疾苦，强调干实事不摆