袁世凯称帝，魏邦平回广东，响应云南蔡锷发动的护国战争，配合护国军击败了龙济光的海上部队。1916年，魏邦平被广东督军莫荣新任命为护国第五军总司令，率部赴阳春县剿灭龙济光残部。回到广州后，魏邦平见桂系占据广州，反对孙中山，便上书辞职，并遣散了第五军。时任广东省省长的朱庆澜极力挽留魏邦平，任命魏邦平为广东警务处长兼广东省会警察厅长。1918年2月，广州城厢市政公所设立，杨永泰任督办，魏邦平任会办。1918年10月22日，广州城厢市政公所设办事机构于育贤坊禺山关帝庙。因其管辖范围超出了城厢，广州城厢市政公所遂