下葬的日子，桓玄白天哭丧到晚上就去游玩了，有时甚至一日之间多次出游。又因桓玄性格急躁，唿召时都要快速，当值官员都在省前系马备用，令宫禁内烦杂，已经不像朝廷了；另桓玄又兴修宫殿、建造可容纳三十人的大乘舆。百姓更因而疲惫困苦，民心思变。北府旧将刘裕、何无忌与刘毅等人于是乘时举义兵讨伐桓玄。元兴三年二月乙卯日（404年3月24日），刘裕等人正式举兵，计划在京口（今江苏镇江）、广陵（今江苏扬州市）、历阳和建康四地一同举兵。其中刘裕派了周安穆向建康的刘毅兄刘迈报告，通知他作内应，然而刘迈惶恐，后更以为图谋被揭向桓玄报