北门郡为台湾日治时期的行政区划。1920年合併台南厅的「北门屿支厅」与「萧壠支厅」为北门郡，该郡隶属台南州。北门郡管辖佳里街、西港庄、七股庄、将军庄、北门庄、学甲庄。辖域即今台南市佳里区、学甲区、西港区、七股区、将军区、北门区等地。郡役所设于佳里街，所址为今中山路与进学路口的黄东公园大饭店。
郡名由来.郡治为佳里街，但以北门为名。这种模式可能与同州东石郡，台中州大甲郡一样，系佳里、北门两街庄当时因实力伯仲，总督府决定郡役所位于佳里之后，考量「民心融和」，故另取北门作为郡名，又佳