联系可追溯至古代，科摩罗曾发现唐朝时的瓷片，当地岛屿昂儒昂岛也出土了两片南宋时的中国青瓷。有指，明朝时七下西洋的郑和船队在航行过程中曾途经科摩罗群岛，但这说法需要进一步考证。科摩罗最早的华人来自马达加斯加，他们只到了科摩罗群岛中的马约特岛（现为法国海外省，主权有争议），没有到达今科摩罗的其他领土。1894年上半年，共54名中国人来到非洲的法国属地，其中包括科摩罗。
现代.1973年12月，联合国大会通过决议，确认科摩罗群岛的领土完整，并要求统治当地的法国维护科摩罗的统一与完整；