39年任海军省舰政本部长。1941年晋升海军大将、吴镇守府司令长官。10月，东条英机内阁组建，欲任命他为海军大臣，但被他拒绝。12月，太平洋战争爆发。1942年，任军事参议官。1943年，任横须贺镇守府司令长官。1944年5月3日，联合舰队司令长官古贺峰一大将死于飞机失事，丰田副武接任司令长官。战争后期，日本在太平洋战场连遭惨败，1945年4月，包括大和号战列舰在内的第二舰队在丰田副武的命令下组成海上特攻队，前往冲绳实施海上特攻。4月7日，美国潜艇在九州岛西南海面发现了这支舰队，旗舰大和号被击沉。4月2