河流，高屏溪则是流域最广的河流。政府设有经济部水利署为主管机关，划分中央管河川、跨省市河川、县市管河川。受山脉走向影响，河流多流向西方或东方。且因中央山脉位置偏东，主要河川位在西半部。尽管台湾降雨丰富，河川大多因夏季雨季而保持流量，冬季便露出河床；仅有淡水河、大汉溪、基隆河全年有稳定水量。湖泊则多在西侧且仅少数为天然湖泊，最大的天然湖泊为8平方公里的日月潭，另有曾文水库、乌山头水库、石门水库等水库和埤塘。台湾澎湖列岛风力较大，地表崎岖，地表径流较少，淡水资源不足。台湾省北方三岛（棉花屿，花瓶屿和彭佳屿）