入有明内海，东部大野川、五濑川、耳川及大淀川注入濑户内海。
地质地貌.由于整个日本列岛位处于欧亚大陆板块和菲律宾板块之间，这两个活跃板块活动令九州以至全日本的地形显得破碎。九州的海岸线曲折多弯，形成不少零碎岛屿，九州的海岸除宫崎日南海岸较平直外，其余曲折异常，多内海及港湾。九州的河流短促，多山而少平地，山丘地就占了全岛的85%，在大分县境内的久住山1,788 米（5,866 英尺）为全岛的最高点；在九州中部的熊本县境内，为着名的阿苏火山所在地。九州北部有筑紫平原（筑后川流域