到宽永15年（1638年）的岛原之乱后，幕府把原城残存的石垒等彻底破坏。昭和13年（1938年）原城遗址被认定为国家级历史遗迹。挖掘调查时，除了铅弹和十字架，也出土了万人坑。
岛原之乱.在元和的一国一城令后成为废城的原城，在宽永14年（1637年）时聚集了全国的耳目，爆发了世称“岛原之乱”的事件。岛原藩主松仓重政、胜家父子由于岛原城建设费用而财政窘迫的缘故，实施苛政并严酷地压制天主教，引发农民起义。这场起义不仅蔓延到岛原半岛和天草，岛原城和富冈城也被袭击。可是，起义军的攻城并不