全国干线铁路网至今仍未实现，这有时会被看做是这个大型机场的缺点。不过，关于改善机场铁路的计划和想法仍在不断进行讨论，例如增加一条快速铁路系统或连接至ICE列车网络。机场东部的埃尔丁环线尚未竣工；西部的纽法恩折返线已于2018年尾完工，每小时有一班往来于雷根斯堡的RE列车通过纽法恩折返线经弗赖辛直连机场。此外，弗赖辛停靠自慕尼黑总火车站经雷根斯堡、比尔森往来布拉格等地的 ALEX 列车，这些地区的乘客亦可在弗莱辛中转巴士、S-Bahn 及 RE 前往机场。
慕尼黑磁悬浮计划.在慕尼黑