拆除原4道，原位新建3股存车线，新建3道（2站台），原3道变为新4道（3站台），车站两端增加交叉渡线4组、牵出线两组（预留双线），II道为无站台正线；新建8米旅客天桥一座；站南侧除信号楼以外建筑全部拆除，原位还建新候车室等设施。昌平北站改造后负责办理京包（2018年4月10日起取消普速客运）、京通线普速列车始发终到。改造工程还包括新建昌平北站至南口站的联络线一条，在七间房附近设七间房线路所，但未能按时完工。在昌平北站恢复客运业务初期，K276/3/4/5,1458/5/6/7原在北京北站调向和原京包线运