.由于EMU100型车龄已经超过40年，故障频繁且零件已经停产，已经达使用年限，于2009年6月16日起退出正班营运，作为EMU300的备用车，固定运行星期日七堵至彰化及田中到七堵的1121、1120次自强号运用，偶尔支援七堵到斗六、斗六到苏澳、苏澳到树林1015、1024、2044次自强号运用，并准备报废（时程未定），预计留下一组当作铁道文化保存展览之用。之前最后一班平日EMU100型的编组列车为2009年6月15日嘉义经海线至七堵的1002次自强号。在此后为因应EMU300改造中车辆不足，星期日七