校改名为「圣约翰技术学院」。同年，增设应用英语系、电脑与通讯工程系。停招日间部五专。2004年，增设电机工程系硕士班、四技国际贸易系。停招进修部在职专班二专。
升格科技大学.2005年，再次奉教育部核准而得以改制升格为圣约翰科技大学（并将校名的英文名称改为St. John's University）。机械系改名机械与电脑辅助工程系。2006年，增设电子工程系硕士班。增设工学院、商管学院、电资学院。2007年，增设工业工程与管理系硕士班。2008年，增设数位文艺系、行销与流通