四个已灭绝的目及五个现存目，以及其他因为未能分类的而被归入真异齿下纲的各个物种分类。当中包括下列的各个科与总科，而已灭绝的分类则标上 † 标记。
古异齿下纲.古异齿下纲（）包括以下各个分类：
心蛤目.心蛤目（Carditida）包括下列各个总科与科：
真异齿下纲.真异齿下纲（）包括以下各个分类：
异韧带总目.异韧带总目（Anomalodesmata）原来是一个亚纲，在2010年的分类被下降至成为异齿亚纲