测试没有显示出与欧罗巴人种的遗传基因相似（他们有与藏族、安达曼人相似基因）。另一説法阿伊努人始祖是北上的太平洋南岛人种，第三种説法是古亚细亚人。
现存阿伊努人和历史上虾夷人的关系.
日本古文献中的虾夷人.北海道古称虾夷（），日本史书上也有不少关于「虾夷人」的记载。在日本武尊传说成立的时代（6世纪），依照《日本书纪》的记载，日本武尊经由海路进入陆奥国（今本州东北地方）攻打东夷日高见国。征讨后，「虾夷既平，自日高见国还之，西南历常陆（今茨城县东北方）」（转引自沈淑