用现有的生物学知识表征代谢特征。
分离方法.最初，代谢组学样品中的分析物包含高度复杂的混合物。通过将某些分析物与其他分析物分离，可以在检测前简化该复杂混合物。分离实现了多种目标：在这一步中可以分离出检测器无法分辨的分析物; 在质谱法(MS)分析中，离子抑制减少; 分析物的保留时间用作关于其身份的信息。这种分离步骤不是强制性的，通常在核磁共振和基于“霰弹枪”的方法如(Shotgun lipidomics)中被省略。
检测方法.核磁共振波谱法和质谱法两大分析