界盃亚洲区外围赛展开，由于香港与中国被编入同组，赛事成为焦点。同年香港在小组赛四胜两和一负，其中更两次以0–0守和中国，陈肇麒在两场港中大战也后备上阵。2015年10月13日，香港代表队面对海拔2,400米的高原环境兼寒冷天气，加上突如其来的暴雨在，作客不丹一仗中，苦战至临完场89分钟前凭陈肇麒接应左路角球顶入全场唯一的入球，以1–0绝杀不丹，并打破自己多年的国际赛入球荒，赛后陈肇麒指因为太累入球后也做不出激动表情。 其后陈肇麒于2016/17球季两球向香港队以家庭原因而免役未能为香港出战，直到2017年8