1959年传出汶莱将获独立，奥玛阿里赛义夫汀三世与英国签订了汶莱政途去向的协议。在位期间又积极发展当地经济，今日汶莱之所以有此成就，得益于他，故他亦有汶莱现代化建筑师之美誉（Arsitektur Moden Brunei）。在位后期发生汶莱暴乱，首都斯里巴加湾市因为国家政途问题发生叛乱，不久后平息，阿扎哈里流亡。1967年10月4日他退位让予其长子--哈吉·哈桑纳尔·博尔基亚，其后封为汶莱太上皇 (Kebawah Duli Yang Teramat Mulia Paduka Seri Begawan Sul