康复下，球队越战越勇，先后夺得首次阶段联赛冠军，令日职联史上，首次无须进行总决赛来决定全年总冠军。高原直泰亦成为中山雅史之后，球队第二位同时夺得日职联神射手及最有价值球员。高原直泰前往德国发展，球队并提升了青年球员成冈翔、大井健太郎、菊地直哉，可是中山雅史及名波浩受伤患困扰，球队不得不重用2001年亚洲最佳年青球员前田辽一及河村崇大为首的一众年青攻击球员，可惜首阶段联赛只能屈居亚军。季中，藤田俊哉亦前往荷兰发展，磐田山叶未能重拾王者之风，在次阶段联赛最后一周，被同是争夺冠军资格及首阶段联赛冠军的横滨水手