丹津把他迎到塔尔寺。康熙五十九年（1720年）清兵两路入西藏，册封格桑嘉措为七世达赖。次年，在布达拉宫坐床，拜五世班禅为师，授沙弥戒。学习《菩提道次第广论》等，后来入哲蚌寺学习经文。1727年，五世班禅为他授比丘戒。西藏发生阿尔布巴和隆布鼐、扎尔鼐谋杀康济鼐事件，1728年十二月，七世达赖迁居理塘避祸。1730年，奉雍正帝诏书移居泰宁惠远寺。1735年，回到拉萨管理宗教事务。1750年配合清政府平定珠尔默特那木扎勒之乱。1751年，朝廷颁布《西藏善后章程》，首次正式规定了达赖喇嘛的世俗权力，噶伦的权力则被削