罪诸医乎？」朱元璋闻言，问马皇后有何交代或心愿未了，马皇后说：「愿陛下求贤纳谏，慎终如始，子孙皆贤，臣民得所而已。」不久马皇后崩逝，享年五十一岁，朱元璋恸哭不已，遂誓言不再册立皇后，因此后来有李淑妃、郭宁妃等人在马皇后逝世后代掌后宫。同年九月，马皇后入葬孝陵，谥号孝慈皇后。马皇后死后，宫人经常感怀，因此有歌谣传颂马皇后：「我后圣慈，化行家邦。抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。」
谥号.洪武三十一年（1398年）六月，朱允炆追尊祖母为孝慈昭宪至仁文德