非洲多地都有流行。其中，在撒哈拉以南非洲的死亡率高达85％至90％。据估计，2009年每十万人口中因疟疾死亡人数最多的地区为科特迪瓦（86.15人）、安哥拉（56.93人）和布基纳法索（50.66人）。2010年的估计显示死亡率最高的国家是布基纳法索、莫桑比克和马里。疟疾地图计划旨在通过描绘全球疟疾流行状况来确定疟疾流行范围，评估，并于2010年发行一张恶性疟原虫的流行地图。，共有95国家仍为疟疾疫区，每年有1.25亿国际游客到过这些国家，超过3万人感染。在大的疫区里，疟疾的流行分布很复杂，疫区常常紧邻