祯十七年（1644年），甲申之变，北京城破，周祚降李自成。清军入关后，又归附，任吏部考功司郎中。再迁刑部侍郎。官至保和殿大学士，户部尚书，康熙十四年（1675年）卒，谥文清。
事迹.康熙十一年（1672年），卫周祚奏请纂修《大清一统志》，称“各省《通志》尚多阙略，宜饬儒臣修纂。举天下地理、形势、户口、田赋、风俗、人才灿然具列汇为《一统志》，以备御览”。清圣祖令礼部议奏，最终颁令修志。