溪在触口山与浊水溪汇合时，清水、浊水同流，因为浊水的水量比较大，颜色又浓，清水混合浊水，一清一浊，故得名。清水溪的上游为阿里山溪，发源于阿里山脉标高2,663公尺的大塔山，其主流至丰山附近与石鼓盘溪会合后，才始称「清水溪」。清水溪的主流转向西，在流经草岭、倒交山后，再转向北，流经樟湖、槟榔宅后，至桶头开始，河道两度方向改变，因此出现河阶与攻击坡，继续流经林顶、瑞竹、过溪，最后于触口注入浊水溪主流。
地理.清水溪流域的地形东南侧较高，向西北侧降低，地表岩层分布以中新世桂竹林层的砂