认为这封书信行文不是妇人会写出来的，就怀疑是他的门生仇玄达代作，于是斥责他。仇玄达对此相当愤怒；而其时谢邈舅舅之子冯嗣之亦不满不获谢邈礼待，二人遂与孙恩勾结，协助了他们进攻吴兴郡的计划。隆安三年（399年），孙恩之乱爆发，孙恩部众胡桀及郜骠攻破吴兴郡治东迁县，时谢邈侄谢方明劝其出走避难，但谢邈不肯，最终在城陷后被捕，孙恩部众逼他面朝北方，谢邈厉声说：「我又不是得罪天子，为甚么要面朝北方！」然后就被杀。