通鉴纲目》成，改兼文渊阁大学士。皇太子立，加太子少保，进吏部尚书。成化十三年（1477年）进谨身殿大学士。商辂为人平粹简重，宽厚有容，大事决议均毅然莫能夺。仁寿太后庄户与民争田，明宪宗欲徙民至塞外。商辂称：「天子以天下为家，安用皇庄为？」此事方息。干清宫门起火，工部请派人在四川、湖广地区采木，商辂请少缓，得到批准。悼恭太子去世后，明宪宗因继嗣为忧。当时纪氏生皇子朱祐樘，已经六岁，但左右内臣均畏惧万贵妃而不敢言。之后，张敏告诉宪宗，宪宗大喜，欲宣示外廷，遣中官至内阁谕意。商辂请敕礼部拟上皇子名，于是廷臣相