领导人努·密苏阿里及其他一些领导人分别发表声明，公开反对这份协议，称其“非法”，并扬言要告上国际法庭并重新发动武装斗争。2014年3月27日，菲律宾政府在马尼拉同摩洛伊斯兰解放阵线签署邦萨摩洛全面协议，该协议将以“邦萨摩洛”政治实体取代目前的棉兰老穆斯林自治区，标志着菲律宾政府与南部伊斯兰分离运动之间长达17年的和平谈判宣告完结。和平协议主要内容包括停火、成立邦萨摩洛政治实体、下放权力、尊重“邦萨摩洛人民的权利”等。2018年7月23日，参议院通过邦萨摩洛基本法，隔日众议院也批准了该法案。7月27日