毫米的肾结石常可从尿液自行排出，有时结石造成阻塞与剧痛，可以使用止痛剂如diclofenac，或平滑肌解痉剂如buscopan，来使输尿管扩张，加速结石排出。患者最好多喝水，每天三公升以上，并适度运动，有助于排出结石。较大的结石可能会造成严重阻塞，或合併血尿、感染等状况，就需要做碎石手术。自1990年代起，大部份的肾结石患者可以用体外震波碎石术治疗，对身体的伤害极小，而且一般都不用住院。有些无法用震波解决的结石则需要用内视镜，如输尿管镜（从尿道口进入，大小有如一支线香），或肾脏镜（从腹侧打一个洞进入肾脏