700系E编组的一编组8节车厢改为6节车厢，因此可运用的车厢供少了两节，为了解决这问题，而在驾驶室后方增设设备间，以便容纳减去那节车厢内所装设的机器，故最头和最尾的两节车厢，只在车厢尾部设有一对车门。在制动系统方面，800系与700系E编组同样都配备有再生制动装置，而针对紧急煞车的情况，两端车头都配备有瓷粉喷射装置（，一种可以喷洒氧化铝粉末以增加铁轨摩擦力的装置，是传统撒砂装置的进化型）。配合九州新干线的高纵坡度特性，800系列车还额外设计有抑速制动功能。800系全车皆搭载半自动式悬吊系统（Semi-A