炎三年（1129年），曹洞宗禅师正觉任住持，推行“默照禅”，时称中兴。淳熙五年（1178年），宋孝宗因史浩奏请，赐天童寺“太白名山”四字。嘉定年间，因史弥远奏请，天童寺被列为“禅院五山十刹”之第三山。1225年，曹洞宗第十三代祖如净禅师任住持。时日本僧人道元在天童寺师从如净，回国后创立日本曹洞宗。宝祐四年（1256年），寺院毁于火，后重建，元至正十九年（1359年），方国珍捐资重建宝阁。明洪武十五年（1382年），明太祖朱元璋敕赐寺额“天童禅寺”，同时御封为天下禅宗五山之第二山。永乐十三年（1415年）