祖先历代都是学者，其祖父藤原季纲曾担任大学头之职。藤原通宪的父亲藤原实兼在其7岁的时候突然死去，于是通宪被送给亲戚高阶经敏当养子。由于高阶氏是法皇的院近臣而且是摄关家家司，通宪在高阶氏的庇护下学习，变得博学。此后通过鸟羽上皇的第一宠臣藤原家成的关系，与平忠盛、平清盛父子开始来往。通宪的博学得到了鸟羽上皇的赞赏，被叙为崇德天皇的六位藏人；他的妻子藤原朝子还成为了雅仁亲王（后为后白河天皇）的乳母。此后又被任命为鸟羽上皇的院判官代，参与了《法曹类林》的编纂。通宪一直希望在祖先世代供职的大学寮里取得一个职位