1935年（民国24年）12月，他任厦门市市长。很短时间后他便辞任。1936年，他任国民政府外交部特派员。抗日战争爆发后，他参加中华民国临时政府。1938年（民国27年）1月，他被任命为北京特别市市长。1940年（民国29年）3月，汪精卫建立汪精卫政权（南京国民政府），余晋龢留任北京特别市市长。后来他任华北政务委员会委员。1943年（民国32年）1月，他升为华北政务委员会常务委员、并任该委员会建设总署督办。2月，他任全国筹堵黄河中牟决口委员会主任委员，3月他任全国经济委员会常务委员。日本投降后，