建筑结构上，阿提克·钖南从其他土耳其的清真寺和圣索菲亚大教堂汲取了相关灵感，这座清真寺的设计比起其他拜占庭式的宏伟建筑设计较为简单，基本上它仅有一座中央圆顶，并依靠位于基卜拉上方的单个半圆顶来支撑。原始的法提赫清真寺建物毁于中，后在1771年时于苏丹穆斯塔法二世的监督下完成大规模的修缮和重建。法提赫清真寺的库里耶具有重要的建筑意义，阿提克·钖南于清真寺的东面与西侧修建了一个庞大的附属建筑群，库里耶内部包括一间图书馆、一座公共厨房、一家医院、一间安养院、不少于八所的伊斯兰学校，以及穆罕默德二世和他妻子的陵