下颌有26颗牙齿，总共有54颗牙齿。努尔哈赤翼龙的翼展估计为2.4到2.5公尺。目前已发现身体骨骼的大部分部位，除了部份颈椎、肋骨、尾巴、两个手指还没有被发现。
分类.在2005年的命名研究中，研究人员提出努尔哈赤翼龙有许多翼手龙亚目的特征（汪筱林等人使用定义：包含无齿翼龙、帆翼龙、古魔翼龙科在内的最小演化支）。努尔哈赤翼龙的肱骨三角嵴（Deltopectoral crest）形状扭曲，是帆翼龙、古魔翼龙科所独有的特征。根据汪筱林等人的亲缘分支分类法分析，努尔哈赤翼龙属于准噶尔翼龙