6月，他就任察哈尔民众抗日同盟军军事委员会常务委员。然而，当蒋介石讨伐并包围冯玉祥时，孙称病返回张家口，引起冯玉祥的极大愤怒。8月，冯玉祥下野，抗日同盟军由宋哲元接收。孙逃往天津。此后，孙良诚处于隐退状态。抗日战争爆发后的1939年（民国28年），冀察战区司令兼河北省政府主席鹿钟麟任命孙良诚为冀察战区游击指挥官，孙良诚乃复归前线。1940年（民国29年）春，他任鲁西行署主任。但是，国民政府中央在装备、补给方面对其给予冷遇，1942年（民国31年）他被罢免鲁西行署主任职务。怀抱不满的孙良诚乃投靠南京的