尊随之转客居江宁。康熙十七年举博学鸿词，授翰林院检讨，入直南书房。康熙二十三年（1684年）一月，因携带楷书手私入禁中抄录四方所进图书，为掌院学士牛钮所劾，降级谪官。后数年，康熙驾巡河上，至江浙，赐其御书“研经博物”四字。曾与修《明史》。藏书八万卷。《清史稿·朱彝尊传》称：“当时王士祯工诗；汪琬工文；毛奇龄工考据；独彝尊兼有众长。”康熙四十八年（1709年），十月十三日子夜卒，年八十一。
着述.有《经义考》（生前刊行一百六十七卷，后人补刻为三百卷）、《日下旧闻》四十二卷、《明诗综》