版问题.台湾版介面开放之后，因为粗劣的翻译（仍然充斥着许多日文，翻译成中文的部份也大多文法不正确）等问题而得到许多负面的批评；许多台湾用户仍宁愿使用日本版服务。
中国大陆的屏蔽.2010年12月9日，Niconico动画在诺贝尔和平奖颁奖典礼前夕，被中国大陆防火长城屏蔽，方式是服务器IP地址封锁和域名关键词过滤。2013年2月7日，Niconico动画在中国大陆地区逐渐解封。当天即有大量中文视频、弹幕和留言出现在网站上，24小时热门榜一度被中文刷屏，随后站方开始考虑对此进行限