美国军政府设置了由沖绳当地居民所组织的「沖绳谘询会」，作为与当地居民沟通的管道。美军在佔领沖绳群岛后，也先后进入宫古群岛及八重山群岛，并恢复原本的宫古支厅及八重山支厅的机能，以维持当地社会运作。1946年（昭和21年）2月，美军将原属日本鹿儿岛县的奄美群岛从日本政府管辖中划分出来，并放入美国在琉球群岛的军政府管辖下。美国原本认为，琉球群岛与朝鲜半岛同样是被日本的帝国主义所统治的殖民地，因此计画将琉球群岛交由联合国託管后，由日本分离出并独立，美国军政府也是以此为目标来运作。但是以苏联为首的共产主义国家