12月至1999年1月期间经过天津文化遗产保护中心的考古发掘，发掘出了元代建筑基址和明、清时期天妃宫的大殿基址，还出土了大量元、明、清时期的生活器皿和建筑构建。这次考古是天津市第一次在天津市区范围内发现地层关系明确的元代遗存。2002年3月20日，天津市人民政府将天妃宫遗址列为天津市文物保护单位。2002年5月1日，该遗址改建为天津市元明清天妃宫遗址博物馆并正式对外开放。
天津市元明清天妃宫遗址博物馆.天津市元明清天妃宫遗址博物馆占地面积为5800平方米，建筑面积为3000余平方米