49年，乔巴山拒绝去莫斯科参加斯大林的70岁生日庆典，而是派泽登巴尔代替自己前去参加，使得他与斯大林的个人关系恶化。1950年，泽登巴尔及其同事敦促乔巴山像图瓦人民共和国一样，请求蒙古加入苏联，乔巴山严厉地斥责他们。1951年底，乔巴山前往莫斯科治疗肾癌，但1952年1月26日死于莫斯科。得知乔巴山的死讯后，年迈的斯大林评论道：“他们一个接着一个死了。谢尔巴科夫、日丹诺夫、季米特洛夫、乔巴山……死的如此之快！我们必须把老医生换成新的。”在随后大清洗的医生案件中，乔巴山也被列为「克里姆林宫医生谋杀苏维埃领