港的途中，因浓雾所造成的能见度低而与莱比钖号轻巡洋舰相撞。经过14小时损管人员的清理和调整，两者终于被分开。欧根亲王号舰艏遭到损坏，而莱比锡号几乎被撞成两半，该舰之后被改作浮动炮台。欧根亲王号在格丁尼亚修复后继续其炮火支援任务以及运送德国难民。之后逃向哥本哈根并与1945年4月20日到达，但燃油短缺使得该舰无法移动出港。在二战结束时，欧根亲王号是德国海军唯一尚能运作的大型水面战舰。1945年5月7日，欧根亲王号向盟军投降。
加入美国海军后.投降后，欧根亲王号交由美国海军管理且继续服