亲政，是为建武新政。然而，这些举措触动了武士阶级的利益，造成了他们的不满。足利尊氏借讨伐幕府残余势力，出兵关东，平定了这次叛乱之后，以讨伐新田义贞为名义，于次年攻入京都。足利尊氏在与保皇派楠木正成等人的战斗中一度失败，但后来建武3年又再度攻陷京都，拥立光明天皇、幽闭了后醍醐天皇。不久，后醍醐天皇从京都逃到吉野（今奈良县吉野町），宣称自己的正统。这时，日本出现了两位天皇，南北朝时代开始。1338年，足利尊氏被北朝任命为征夷大将军，于京都开设幕府。由于后来第三代将军足利义满在京都室町建造了花之御所作为政务场所，