酿酒酵母、与）以及某些蕈类，生活型态包括腐生、寄生或与藻类或蓝绿菌形成互利共生的地衣。子囊菌门的重要成员还有麴霉属、青霉菌、麦角菌与镰孢菌属等。有一些子囊菌只有观察到无性生殖，没有观察到有性世代的纪录，但分子序列分析足以显示其分类属于子囊菌门。也因为其减数分裂的产物子囊孢子会留在子囊中，而不会马上散播出去，子囊菌门的真菌（粉色面包霉菌）曾是遗传学研究的重要工具。担子菌门真菌的菌丝特化出称为担子的桿状构造，以进行减数分裂产生担孢子。多数蕈类都属于担子菌门，另外担子菌门还包括锈菌与黑粉菌等重要的植物病原菌、