DNA，含有两个蛋白质结构域。第一个结构域是DNA结合结构域，其由真核转录因子并包含锌指所构成；第二个结构域是核酸酶结构域，它由FokI限制酶构成，并负责DNA的催化分解。
分解DNA结构域.type IIs 核酸内切酶FokI的非特异分解域经常被用做 ZFNs 的分解域， 这个分解域需要二聚化来分解DNA。 因此一对ZFNs只能用于定位非回文的DNA位点。标准的ZFNs每个域的碳端都融合了分离域。为了让两个分离域二聚化并分解DNA,两个单独的ZFNs需要结合在不同的D