持、妥协.而在沖田总司病重之际，永仓也负起带领第一队的重责大任。从1868年（庆应4年）与新政府军战斗的戊辰战争，到后来京都的鸟羽伏见之战，在枪林弹雨中永仓率领的敢死队给了萨长联军相当深刻的印象。战败后仍率领着原新选组改名的甲阳镇抚队奋力战斗，然在甲州胜沼之战依旧不敌装备精良的新政府军，率领剩余残部撤退到江户。但是后来与近藤与土方不和，与原田自组靖兵队（靖共队）奋战。然而在米泽藩等待会津藩援军时，得知会津藩已经投降后，永仓回到江户并接受松前藩之保护。后成为藩医杉村介庵的婿养子。
明