1978年，中国恢复职称，为云南大学历史学教授。1979年12月，任云南民族学院院长。中共云南省委常委讨论肯定了马曜提出的“三三制”办学方针，于是马曜主持学院制定了1980-1985年发展计划,并使这个计划都变成了现实。经过马曜多年的辛勤建设，云南民族学院已从一所培训少数民族干部的学校，发展成一所系科比较齐全的民族高等院校。1980年，任国家民族事务委员会学术委员会委员；当选为中国民族学会副会长。1981年，当选中国西南民族研究学会会长、中国史学会理事和《四库全书存目丛书》等50余个团体的学术