时协助许添财出版《台湾经济大震撼》一书，这也是当时少见批判中国国民党其经济政策的专论。另外在郑南榕也曾经针对后来成立的民主进步党有所批评，这包括当时的民主进步党主席黄信介、祕书长张俊宏以及美丽岛系等成员。不过他也曾经因撰文指称国防部联合后勤司令部总司令温哈熊、中华民国陆军军官学校校长汤元普和退役的陆军特种兵司令张锦锟等人涉嫌贪污，而遭到后者向法院指控郑南榕犯下诽谤罪。而针对诽谤罪的指控郑南榕则会亲自前往法庭出席应讯，他并曾经表示他愿意为其杂志所报导的内容负全部的责任。此外担任《自由时代周刊》负责人的郑南榕还