3年调陆军二七师七十九团团长职务，创中校任团长之先例，1955年奉调国防大学联战系进修，毕业后留校任教官晋升上校，升级后奉调陆军第十军上校参谋长。1958年常氏随军移防金门兼金防部副参谋长，此时八二三砲战发生，参谋长中伤送医，其职务由将军代襄助司令官胡琏上将。常氏于砲战中腿部负伤，因战功携伤任命升调至六十九师师长，该师系在抗战时期，以「十万青年十万军」成军的二0七师为基础而改变的陆军精锐部队，常持琇接任时为上校官阶，其副师长为少将官阶，亦创下军中之首例，常持琇接任师长后仍驻守金门，赓续执行藏于坑道下之工