和系列之前的游戏一样，《奥德赛》同样拥有现代故事线，继续《刺客信条：起源》蕾拉·哈桑的故事。本作中出现许多真实的历史人物，如：出场的其他历史人物包括阿尔西比亚德斯、苏格拉底、柏拉图、索福克勒斯、阿里斯托芬、希波克拉底、布拉西达斯、菲狄亚斯、阿希达穆斯二世、欧里庇得斯、狄斯比斯等。此外，本作中也出现许多希腊传说的神话生物，如：百臂巨人、刻耳柏洛斯、美杜莎、斯芬克斯、米诺陶洛斯、独眼巨人等。
秩序神教.秩序神教（Cult of Cosmos）是游戏中的反派组织。此组织图谋为