在1562年，明朝琉球使节郭汝霖出使琉球国，途经赤尾屿，当时称为赤屿。郭汝霖将赤屿视为琉球界山。在其撰写的《石泉山房文集》中有「赤屿」一诗。根据这个记录，日本学者石井望认为当时该岛屿被视为琉球国和公海边境界线的参考位址。1895年1月14日，日本政府以无主地先佔原则宣布正式将钓鱼台以及周遭的岛屿纳入沖绳县管理范围，而这也包括作为钓鱼台列屿之一的南小岛。同年4月17日，于甲午战争中战败的大清帝国和大日本帝国签订《马关条约》，清朝割让台湾以及附属岛屿给与日本，中国政府主张钓鱼台列屿包含在该条约中被割让的台湾附属