历时二十年撰写《续资治通鑑》。《续资治通鑑》在毕沅生前仅初刻一〇三卷，后因毕家涉贪污遭籍没而止，书稿散佚，桐乡冯集梧买得全稿补刻成二二〇卷。《续资治通鑑》跟《资治通鑑》撰写风格差异极大，《续通鑑》大量引用旧史原文，叙事详而不芜；虽有取舍剪裁，但无类似温公的改写熔炼，亦无“毕沅曰”等史论，梁启超说“读一二次便不愿再读了”。《续资治通鑑》作者虽挂名毕沅，然名家钱大昕、邵晋涵、章学诚、洪亮吉、黄仲则等均参预其事，此书实成于众人之手，加之编书时断时续，难免脱讹衍倒，参差牴牾。张之洞《书目答问》在毕沅书下注: “