司多数主要致力于连接JR车站与偏远城市的铁道。大都市内还存在地下铁。日本的地下铁是以或是（）的形态来运营的。除了JR与私铁，还有一种由地方政府与在地企业合资的第三部门铁道公司，大多经营原国铁与JR的路线，以维持地方上居民交通与货物列车行驶需求。路面电车根据，大多数不属于严格意义上的「铁道」。路面电车正逐渐撤废中，但现在一部分都市仍在运行，也存在地方公营企业的形态和民间企业的形态。
JR集团.1987年，原属公营事业机构的日本国有铁道（国铁）进行分割及民营化成为JR集团，主要由