训随金陵大学内迁成都。1948年李方训为他在离子特性方面所作出的贡献获得美国西北大学荣誉科学博士学位。1949年他加入中国民主同盟。1952年金陵大学和南京大学合并后李方训出任南京大学副校长。1955年李方训进入中国民主同盟中央委员会，并于同年当选中国科学院院士。