安二年（302年），河间王司马颙举兵讨伐在朝内掌政的长沙王司马乂，索靖被其任命为使持节、监洛城诸军事、游击将军，领秦、雍、凉义兵，前往洛阳与司马乂作战。在作战中，索靖大破对方，但自己亦受了伤，终因伤重而死，享年六十五岁。最终司马颙击败了司马乂，追赠索靖为太常。后来，索靖又被改赠司空，追封安乐亭侯，并获赐谥号为庄。