相互结合，出现了政教合一的倾向。
元明清.1246年，萨迦派领袖萨迦·班智达赴凉州，与蒙古帝国阔端太子会晤，商定藏地纳入蒙古帝国版图，行政事务归蒙古管辖；藏传佛教可在蒙古传播，蒙古王室皈依藏传佛教，宗教事务归萨迦派领袖管理。元朝时期，在中央，封萨迦派领袖为帝师，并设置宣政院，负责管理全国佛教事务和藏区军民事务；在藏区，驻扎军队，设置驿站，划分十三万户。在此基础上，八思巴建立了隶属于元朝的政教合一的自治政权——萨迦政权，对藏区进行统治。14世纪下半叶，萨迦政权的地位为帕木竹巴政权