二郡为獠郡；置东宕渠、甘松、始平三獠郡；置北部都尉。建元二年（480年），巴郡改属巴州。永明元年（483年），省巴州，巴郡还属益州。建武三年（496年），置齐开、齐通二左郡。至齐末，益州领二十实土郡：蜀郡、汶山郡、犍为郡、东江阳郡、晋原郡、梓潼郡、广汉郡、西遂宁郡、东遂宁郡、巴郡、新城郡、齐乐郡、齐基郡、东宕渠獠郡、越嶲獠郡、沈黎獠郡、甘松獠郡、始平獠郡、齐开左郡、齐通左郡；十六侨郡：南阴平郡（有实县）、宁蜀郡（有实县）、江阳郡、始康郡、巴西郡、永宁郡、安兴郡、南新巴郡、南晋寿郡、怀宁郡、安固郡、北阴平