此后，他凭借出色表现入选了中国国家队。2004年，肖战波与青岛合同期满，以自由转会形式加盟上海申花，正式公布的身价高达420万元，而外界普遍认为实际成交价远远超出这一数字，接近千万，转会成功的肖战波也是中国足坛极少数获得五年长期合同的球员。2005年底，杜威远赴苏格兰凯尔特人之后，肖战波接任申花俱乐部的队长。2007年初申花联城大合并，肖战波成为“四队长”之一。不过2007年11月，肖战波由于在比赛前被安排为替补，擅自离开了球队，因此遭到了俱乐部处罚半年年薪的严厉制裁，被戏称为“战神门”。但是2008年