为了帝国最后一块完整的核心地域，因此也被重新划分成了几个区域，也即是后来的军区。从地域上来看，每一个军区都包含了数个旧行省，只有少数例外沿袭了原有界线。第一批的四个军区分别为：亚美尼亚军区（, Thema Armeniakōn，“亚美尼亚驻军”）、安纳托利亚军区（，“东方驻军”）、色雷斯西亚军区（，“色雷斯驻军”，切勿与后来设置的“色雷斯地区军区”混淆）、扈从军区（，“扈从军团”）。亚美尼亚军区于667年被首次提及，由亚美尼亚驻军移驻地发展而来，管辖范围包括了本都、小亚美尼亚和北卡帕多西亚，军区首府驻于阿马