1828年，当它快到南美洲时舰长普林格尔·斯托克斯自杀，菲茨罗伊临危受命成为舰长。途中他们遇到突然的风暴，2名船员遇难，在菲茨罗伊的指挥下得以返航。1831年12月，小猎犬号再次出发，1836年10月返航。舰上配备的博物学家就是后来创立进化论的查尔斯·达尔文。脾气暴躁的菲茨罗伊与达尔文时有冲突，但仍支持后者考察安第斯山脉和加拉帕戈斯群岛。此后三年菲茨罗伊忙于整理4卷调查报告，其中第3卷由达尔文执笔，即是《小猎犬号航海记》。
新西兰总督.1843年，由于他在航海方面取得的成绩，英