乙球队和睦法兰克福的教鞭；并成功率队升入德甲。随后一个赛季，法兰克福在德甲以第14名完赛，同时还进军了，但以0比1不敌拜仁慕尼黑。这是丰克尔自1998年（率杜伊斯堡）以来作为主教练参加的第二场足协杯决赛，当时的对手同样为拜仁慕尼黑。由于拜仁直接获得了欧洲冠军联赛的参赛权，法兰克福得以以杯赛亚军身份参加2006-07赛季欧洲联盟杯。尽管表现不错，但他们未能从分组赛中突围。法兰克福在2006-07赛季德甲再度以第14名完赛，并闯入了德国足协杯的半决赛。2007-08赛季则以第9名完赛，使之成为丰克尔在执教生涯中