混成支队的5500名日本军队登陆澎湖，台南府粮捕海防通判陈步梯虽统管步兵12营、砲兵2营、海军1营，人数达5000人以上，但却完全无法抵抗日军攻势，让日军两天后3月22日完全控制澎湖全岛。1895年6月，陈步梯因两天内失守澎湖的严重失责，被闽浙总督边宝泉逮捕审明为斩监候。不过在秋决前，狱中候斩之陈步梯以「未有兵柄」理由，遭减刑下刑部议。