后在混战中双方各有胜负。1566年三好家为三好长庆举行了葬礼。三好三人众起兵上洛，企图拥立平岛公方足利义亲为室町幕府第十四代将军。1567年三好义继逃离高屋城投奔松永久秀。1568年三好三人众攻入松永久秀领有的大和国境内，但突然遭到织田家武将的柴田胜家、坂井政尚等人的围攻，力战不敌后退往阿波。而三好义继与松永久秀则向织田信长投降。隔年正月，三好三人众再度举兵进入畿内，与织田信长拥立的十五代将军足利义昭及织田军作战，失败后再次退回阿波（本圀寺之变）。1569年三好三人众与足利义昭和解，开始支持足利义昭