安军务大臣，讨伐据守海阳和广安的残余叛军。嗣德十八年（1865年），阮知方遣阮文伟击退侵犯海阳的叛军。不久又联合清军，收复被叛军佔领的海宁。嗣德十九年（1866年），是年大计，阮知方升授武显殿大学士。同年十月，因为平定叛军的功劳，阮知方和另一位平叛功臣武仲平被召回顺化。嗣德二十一年（1868年），吴鲲在高平起兵叛乱，阮知方奏请前往高平平叛，嗣德帝以兵部事繁，而阮知方年高多病为由，不许。寻改阮知方为工部尚书，仍充机密院大臣。嗣德二十四年（1871年），加太子太保衔。随即，阮知方因错革除太子太保衔，降为协办