节能方面也属世界领先。日本在2012年的铁路运量达230.4亿人次，为全球最繁忙的铁路网。东京是日本的海陆空交通总枢纽，同时拥有目前世界上最复杂、最密集且运输流量最高的通勤铁路系统，东京地铁则是世界上流量最大的城市轨道交通系统。此外，日本还是世界上地下街最多的国家。日本的铁路密度亦处世界领先水准，且客运路线基本实现电气化。日本拥有1,020个港口，数量雄居世界前列，为世界海运大国。为增加在国际海运市场的竞争力，目前日本政府将国内6大商港划为3个「」，分别为「京滨港」（东京港、横滨港）、「名四港」（名