海水中，多寄生于动植物，或在动植物的残骸上行腐生生长。海洋真菌所生产的次级代谢物在工业与医疗上可能有很大的应用潜力，已有相关的抗癌药物正在开发中，还有一种的子囊菌"Ascochyta salicorniae"生长在海藻上，其生产的一种次级代谢物可能有治疗疟疾的功效
种类与分布.海洋真菌包括生长在红树林等河口湿地的类群，以及生长在各层海水，包括深海热泉中者。炭团菌属的"Hypoxylon oceanicum"、海丽壳（"Kallichroma tethys"）、的"Leptospha