帝便下诏免去桓脩官职，没多久又命他代替王凝之担任中护军。不久，桓玄大破杨佺期、殷仲堪，晋帝封桓脩为征虏将军、江州刺史，但不久又贬他为中护军。桓玄执政后，命桓脩都督六州军事，担任右将军、徐兖二州刺史、假节。后来桓脩迁任抚军将军，加封散骑常侍。桓玄篡晋建楚后，封桓脩为抚军大将军、安成王。最后，刘裕起兵遵伐桓玄，桓脩为刘裕所杀。