到1924年。布鲁塞尔市建立之前，当地曾经是一片沼泽地。而黄菖蒲也是一种能在沼泽中找到的花朵，因此被选为布鲁塞尔的市花。布鲁塞尔-首都大区于1989年建立后，于1991年3月5日使用了第一面以黄菖蒲为图案、以深蓝色为底色的大区旗。黄色和蓝色又分别对应了欧洲旗上的蓝色和黄色配色。1991年启用的市旗比例为2：3，黄菖蒲图案带有白边，配色方案如下表所示：
新的大区旗.2014年，改换新的大区旗提上议程，理由是布鲁塞尔-首都大区的面貌相25年前初建立时已经有了很大的变化，而且新的市旗图