合后，常遇春操纵轻舟，将蛮子海牙的船队一分为二，然后从左右两侧勐攻，将其大败，尽获其船，江路重新畅通无阻。随即受命驻守溧阳。至正十六年二月，跟随朱元璋进攻集庆，功劳最大。
讨陈友谅.攻占集庆后，常遇春随徐达攻取镇江，进取常州。张士诚军将徐达围困在牛塘，常遇春前去援救，擒获敌将，晋升为统军大元帅。次年，攻克常州，升为中翼大元帅。又随徐达进攻宁国，被飞箭射中，他裹住伤口之后坚持战斗，攻克宁国。另外攻取马驼沙，以水师攻取池州，晋升为行省都督马步水军大元帅。又随徐达攻取婺州，转任同佥枢密院