办公期间却因病接受治疗。2016年3月底病情恶化后，藤田转入加护病房急救，但同年4月6日时仍因肝癌逝于市内的，享寿66岁。其遗体在圣州伊塔佩塞里卡-达塞拉的墓园进行了火葬。
个人生活.藤田进在家中三个孩子里排行长男，父亲是日本福岛县白河郡出身、于圣保罗自由区创办日系书店「太阳堂」（）并担任社长的藤田芳郎（），母亲则名作藤田千代子（音译；）。藤田进后娶菲律宾大学前政治科学教授玛莉亚·利珈雅（）为妻，两人于菲国首都马尼拉成婚。藤田生前着有《巴西日本外交关系120年》（）等学术文献，亦谙