杰姆战败后逃到罗德岛，巴耶塞特登上王位。随后在1499年，他发动对威尼斯的战役，并攻占了威尼斯人在伯罗奔尼撒最后的据点和一些在亚得里亚海沿岸的城市。而在1511年，巴耶塞特镇压了了由伊斯迈尔一世和马木留克组成的反叛军。在巴耶塞特晚年的时候，他的儿子塞利姆和自己的哥哥艾哈迈德同样为了继承权而开战，塞利姆战败逃亡克里米亚。当艾哈迈德正准备加冕王位时，支持塞利姆的土耳其禁卫军杀死了他，并强迫巴耶塞特二世在1512年4月25日退位，由塞利姆继承皇位。退位后，巴耶塞特离开首都，前往出生地方隐居，却于途中去世，死后