二二八事件中的亲身经历，都影响戴国煇后来的历史研究方向和思维。1955年，戴国煇赴日本就读东京大学农经系。在东京大学攻读博士班的时候，开办东京大学中国同学会，并先后担任第一、二届总干事。曾在1961年以东京大学中国同学会总干事的身分邀请时任中国农村复兴联合委员会农业经济组技正李登辉赴日演讲，李登辉勉励他「多多考虑，用一点心研究台湾经济史」。也因其开办东京大学中国同学会、并筹组读书会，被中华民国驻日本大使馆认定为左倾、没收其中华民国护照，而无法返台。后来直至1969年，去国13年后，方始第一次回台访问。