869年版籍奉还后担任鹿岛藩知事，1871年7月废藩置县后被免职，迁居东京。1872年8月奉命前往美国考察；次年担任一职，成为明治天皇的亲信。在1877年西南战争之际曾随天皇前往京都。1878年担任宫内御用挂、文学御用挂。1879年4月，日本在琉球藩旧地设置沖绳县，锅岛直彬担任第一任县令。在沖绳县令任上，锅岛直彬让佐贺县（当时属长崎县）出身的30余名亲信分据要职。同时提出「旧惯温存」的施政方针，沿袭了琉球国土地、租税、地方制度等等旧制，将施政重点放在了劝学、劝业等等方面。另一方面，锅岛直彬支持并奖励