水坑站位于马鞍山路中央地面，佔地约3,760平方米，共分为3层。大堂位于地面，月台设于大堂之上，而行人隧道则位于大堂之下。大堂与月台层之间并设有升降机和扶手电梯，方便乘客上落。
大堂.大水坑站大堂内设有7间商店，包括便利店、微波炉便当售卖店及物业顾问等，以及自动柜员机。
月台.车站设有两个月台，採用岛式月台方式排列，月台北面设有预留空间以便屯马线一期列车增至8卡行走，预留空间会于沙中线兴建时于预留结构上扩建，现时扩建工程已经完成。此站是屯马线一期往乌溪沙方