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2016年-期待重回Top5.赛季一开始，一样选择布里斯班国际赛为澳网做热身，八强赛遭到伯纳德·托米奇的复仇，三盘落败。澳网在第四轮直落三击败特松加后，八强不敌乔科维奇，平生涯澳网最佳纪录。2月的250级赛事「曼菲斯网赛」锦织圭成功卫冕，和乔科维奇、费德勒、纳达尔一同成为达成单赛事四连霸的现役球员。500级赛事「阿卡普尔科网球赛」，在第二轮就爆冷败给山姆·奎里。3月的台维斯盃率日本队客场迎战莫瑞率领的英国队，以总比数1：3落败，锦织圭个人斩获1胜，并和莫瑞在第四点展开五盘大战，