入15球，在射手榜上位列三甲再次成为本地华人首席射手，他今季制造了多个难度极高的入球(如季初对热刺和高级组银牌决赛对杰志的两个高难度入球)，替球队取得联赛冠军和银牌冠军，尽扫各项锦标，亦协助南华在亚协盃历史性杀入4强。 2010年3月，陈肇麒与南华队友李威廉，一同获香港足球总会提名角逐香港杰出运动员选举，并且于公众投票成为票王，最终却意外落选，引起舆论质疑选举结果。2010年1月30日，陈肇麒于康宝高级组银牌决赛协助南华以4–2反胜杰志夺得冠军，陈肇麒除了射入4球夺得神射手奖项之外，他同时亦夺取赛事的最佳球