这个赛季不适应拜仁的新任主教练佩普·瓜迪奥拉的战术而令他在季初的表现并不理想。瓜迪奥拉把拜仁的阵式转为4-2-3-1从而取代前任主帅尤普·海因克斯的4-1-4-1阵式。虽然曼祖基奇花了一些时间来适应，但他仍然在联赛里有着正常的发挥。他在2013年至2014年德国足球甲级联赛赛季最初两轮比赛都首发上阵并射入2球。曼祖基奇在欧冠小组赛主场安联球场对阵莫斯科中央陆军的比赛中打进自己在这个欧冠赛季的第一个进球，协助拜仁3:0大胜对手。他在11月作客比尔森胜利的欧冠小组赛中顶入全场比赛唯一进球，协助拜仁锁定淘汰赛阶段