共建政后，许良英于1952年从浙大被调到中国科学院，在《科学通报》编辑室主任。1955年因为“反胡风和肃反运动”，被批判和停职审查一年。1957年中国科学院哲学研究所自然辩证法研究室创建时，与于光远一同担任负责人。1957年反右运动期间，许良英被划为右派，因抗拒强迫劳改的处置而被开除公职与党籍，并遣送到老家接受劳改。1962年编译《爱因斯坦文集》，至1970年出版。1978年5月，中共中央发布[1978]55号文件，即《贯彻中央关于全部摘掉右派分子帽子决定的实施方案》，许良英恢复了党籍并回到北京市，