艺植物入侵柴山森林，其中以黄金葛、吊竹草最为严重，此二种植物可以进入原生林的地被，形成优势之族群并挤压原生植物的生存空间，导致植被单一化。也因为木栈道在柴山的大量铺设，许多涌入的登山客也大量盗採及破坏栈道週边的植物。据统计，2003年时，北柴山步道旁的密毛魔芋被破坏率高达15％。另外，1989年柴山开放后，由于台湾保育意识抬头，使得台湾猕猴族群大增，猕猴成群向登山客索食，甚或因向游客或当地居民抢食甚而咬伤游客的情况时有所闻。且由于长期的餵食，导致猕猴数量激增并冲击猴群间原始的互动，已严重影响柴山上猕猴健