。随即实授侍郎，又调户部，管钱法堂事。干隆二十五年（1760年），命为军机大臣，“广交外吏，颇有簋篮不饰之议”。干隆三十年（1765年），擢户部尚书。三十三年，加太子太保。三十六年，协办大学士。三十八年，晋文华殿大学士，兼户部尚书如故。对同在军机处的和珅极度反感。干隆三十九年七月，太监高云从以“泄露朱批记载”事发，高云从供出于敏中曾向另一位太监观亮询问朱批记载，帝为之震怒，“于敏中侍朕左右有年，岂尚不知朕之办事”。干隆下令处斩高云从，并指责于敏中，“贵幅泽有限，不能受朕深恩。于敏中不知痛自愧悔耶？”