犹太游击队）组织了一次隔都起义，起义失败后，隔都被完全毁灭。立陶宛265,000名犹太人中有大约95%都被屠杀，许多人被杀的地点是在旧城中心以西10公里处的Paneriai。1944年7月，苏联军队重新夺回维尔纽斯。内务人民委员会（NKVD）逮捕了波兰家乡军的领导者。维尔纽斯被并入苏联，不久以后成为立陶宛苏维埃社会主义共和国的首府。第二次世界大战结束后，大批的波兰人立即被从苏联占领的立陶宛驱逐到波兰，同时将立陶宛人移入维尔纽斯。这一历史事件大幅改变了维尔纽斯的人口构成。1989年8月23日，爱沙尼亚、