亡海上，后走石浦，依附张名振，至普陀山。郑芝龙之侄郑彩迎鲁王到福建。顺治六年（1649年）九月，张名振、阮进等袭杀隆武政权将领肃虏伯黄斌卿，十月迎鲁王至舟山群岛，以参将府为行宫。顺治六年（1649年）清军攻占舟山，张名振、张苍水奉鲁王航于海上，朱以海随张煌言等至厦门依靠郑成功，不久移驻金门。取消监国号，浙东政权结束。康熙元年（1662年）病卒，一说被郑成功杀害。
清灭南明永历政权之战.永历帝为清军所破，遁入缅甸，后为缅甸王献与吴三桂，南明彻底灭亡