员会第一部与国民政府参谋本部合併组成军令部，刘斐为第一厅厅长。3月24日，随从蒋介石、白崇禧等飞抵徐州，后留在徐州协同李宗仁指挥台儿庄战役。1939年5月，刘斐兼代军令部次长。1940年8月正式升任。1945年，蒋介石裁撤军事委员会军令部，设立国防部，刘斐任参谋次长。从是年秋天起，刘斐开始提出辞职。终获批准，只挂衔最高战略顾问委员会委员。1946年国共内战爆发后,为章先生存心做出了许多错误的部属和献议,使国军受到非常不利的后果。具体表现在叫王泽濬四十四军由海州撤向徐州,叫黄百韬带一个兵团去援救王