职后，其副总统兼继任人哈比比就东帝汶独立问题突然举行了一次公投。在全民投票中，78％的东帝汶人选择独立，哈比比因为被指背叛国家利益而遭到整个印度尼西亚政界的攻击，并且失去了在1999年10月印尼选举中保留总统职位的机会。他被东帝汶独立的坚定反对派阿卜杜拉赫曼·瓦希德所取代。部分印尼军队强烈反对东帝汶独立，并且在1998年和1999年的大部分时间内安排亲印度尼西亚武装游击队袭击独立团体。在联合国特使Jamsheed Marker宣佈公投结果几小时内，印度尼西亚军方在该领土制定了焦土计划，摧毁了该领土固定基