少优秀的学生，其中最着名的是《圣经》英文版的翻译者约翰·威克利夫。到了16世纪亨利八世在位期间，贝利奥尔学院一直有着很强大的天主教势力，曾经试图抵制亨利八世的宗教改革。天主教的影响力直到伊丽莎白一世时期依然存在。在度过了伊丽莎白时期短暂的繁荣之后，英国内战的爆发使得学生数目和学校收入的减少；1642年学院又被迫借给国王所有的现金（220英镑）和所有的白银（约合334英镑），但国王从未向学院归还过这笔款项（学院至今还保留着国王的借据）。1666年的伦敦大火又烧毁了学校在伦敦的地产，使学校的财政状况雪上加霜