晶器生于香港，他与家人吕鑫器、吕矗器及吕磊器皆曾就读于九龙黄大仙献主会溥仁小学，而他又曾在天主教福德学校读书。之后他在1973年时开始就读位于九龙城土瓜湾的新亚中学。至1978年中五毕业后，他到台湾继续升学，直至1985年加入耶稣会中华省。他之前在台北辅仁大学宗教学研究所修读哲学学士和神学教育硕士课程（分别于1988年和1994年入学），其论文主要研究「天主教的禁食与今日信友生活」课题。吕晶器于1997年1月1日接受司铎圣职，又曾任国立台湾大学光启学社及淡江大学学生辅导和圣召推行等工作。直至2000年，