依据颅骨外型以及分布地理位置可分为五个亚种：
演化.直到1909年前，自然历史学家透过大臼齿样式的相似性将河马与猪分类为同一群。然而诸多证据，包括血液蛋白质、分子系统发生学、DNA与化石纪录，都显示河马现存关系亲缘最近的类群为鲸豚类。河马与鲸豚的共同祖先自反刍亚目分化，而在不久之后河马与鲸豚也分别分化为两个独立的演化支。最新的理论认为河马与鲸豚的半水生共同祖先最早于6000万年前与其他偶蹄类动物分化而河马与鲸豚之间则是于5400万年前形成两独立的演化支。Section:::