殖民政府在库斯科将孔多尔坎基的妻子米卡埃拉·巴斯蒂达斯、长子伊波利托（Hipólito）、叔父法兰西斯克·图帕·阿马洛（Francisco Tupa Amaro）以及其他几名将军残忍处死，并强迫他前去旁观。在这些人被处决后，殖民政府用四匹马将孔多尔坎基分裂肢体处死，随后砍下他的头示众。孔多尔坎基的起义大大动摇了殖民政府的威信，从此各地纷纷爆发反对西班牙殖民的起义。最终，秘鲁在1824年取得了独立。孔多尔坎基被今日的秘鲁人当作民族英雄之一。1985年发行的500元秘鲁币上有他的头像。