人民共和国成立后，毛懋卿仍经营鄞奉长途汽车公司，参与1956年公私合营，留任公司领导。1957年，参与发起宁波市中国国民党革命委员会（“民革”），并担任宁波市民革委员。后任宁波市政协委员，浙江省政协委员。1959年，应昔日同事周恩来总理邀请，赴北京天安门参加中华人民共和国成立10周年庆典观礼，并受到党和国家领导人亲切接见。此后担任第四届全国政协委员。文化大革命时期，受到周恩来特别保护，隐姓埋名，移居江苏无锡太湖边宾馆。晚年移居上海。1970年，因病逝世于上海华东医院，享寿94岁。身后骨灰安葬家乡宁波