机车作为补机以作故障时救援之用。尽管如此，由于EF50型电力机车功率较大，因此在二战以前通常用于牵引优等列车。1952年（昭和27年）4月，随着高崎线完成电气化改造，其中五台EF50型电力机车转配属高崎第二机关区，担当高崎线的旅客列车牵引任务；同时，上野至水上的机车交路实现直通运转，自此EF50型电力机车亦开始出现在上越线。1954年（昭和29年）2月，EF50-2、EF50-4号机车在高崎第二机关区报废，另外三台机车后改配属东京机关区。1958年（昭和33年），所有EF50型电力机车均告报废。