乳类91种（其中46种是特有种，固有率51%）；鸟类368种（其中15种是特有种，固有率4%）；爬虫类64种（其中28种是特有种，固有率44%）；两栖类58种（其中44种是特有种，固有率76%）；鱼类214种（其中52种是特有种，固有率24%）。北海道的棕熊和白尾鹰、冲绳的椰子蟹和竹叶青蛇都是日本的知名动物。日本列岛虽在冰河时期自然环境严酷，但并未出现大量生物灭绝的情况。加上岛国的地形又使得外来生物较难入侵，使得岛上的生物实现了不同于大陆生物的独自进化过程。然而自明治维新以来，因人类的捕猎和外来生物的入侵，