改名东莞郡。隋文帝开皇九年（589年），东莞郡被撤销，併入南海郡，而宝安县治仍然在南头城。
隋唐五代.唐至德二年（757年），宝安县改名为东莞县，县治迁移到安怀县，即今日东莞境内。南头城至此失去行政中心地位，转而成为海防重镇。唐玄宗开元二十四年（736年），朝廷在南头城附近海边，设置了一个军事要地屯门镇，隶属于安南都护府，指挥所在南头城内。
明.洪武二十七年时，在南头城基础上修建了东莞守御千户所城。万历元年（1573年），又从东莞县分析出新安县，县治设在南