争议.反对者的主张之一是资源应该投入保育即将灭绝的濒危生物，而不是去复活已经灭绝的生物。科学美国人的一篇专栏评论指出去灭绝研究的主要应用应该是用来重新提高濒危生物的基因多样性。另一个问题是许多生物的特征，包括一些育幼行为、求偶信号和猎食技巧，是透过学习得来。只用基因资讯复活的生物无法发展出原本的行为，而会学到代理孕母或养父母的行为。除此之外，去灭绝也有道德争议。将已经灭绝的生物重新带回野外会对现存的生物造成影响，甚至成为入侵种。科学社群也讨论了科学家的傲慢、动物福利、人类利益等问题。Secti