殿后方的拜亭之后，便是大士殿。该殿为新建的钢筋混凝土建筑，一楼中央为正殿，供奉观音菩萨，其左为功德堂，右为南山堂，而二楼中央则主祀千手观音，旁有小型的地藏王殿与郑王殿，此外这里还附设有民国六十八年（1979年）创办的「慧光图书馆」。其中南山堂是纪念佛教南山律宗创始人道宣而建，而功德堂里则有北园别馆时的古井，因郑经的生活起居用水来自此井，故名郑经井，此外这里还有当年凿井挖出的白色海螺化石，乃镇寺之宝。在弥勒殿与大雄宝殿的两边有左右护龙，其中左护龙仍是日治时期昭和八年（1933年）整修时的样貌，呈现日式建筑