世纪时已经被列入当时日本的十个主要港口「三津七凑」之一。1575年织田信长将越前国交给柴田胜家后，此地由柴田胜家的养子柴田胜丰负责，并在1576年新建丸冈城；1583年柴田胜家被羽柴秀吉击败后，丸冈城为丹羽长秀辖下的领地，并由成为城主。1600年的关原之战后，成为德川家康次子结城秀康的领地，并由其家臣今村盛次成为领有2万6千石的城主。不过在1612年今村盛次因涉入而失势，改的本多成重成为新的丸冈城城主；之后又因为越前松平家内的纷争，1624年本多成重自越前松平家的家老身分转为独立的大名，设立丸冈藩。