斯至苏黎世的西行班次中，一等车厢会编组在列车前进方向的前端，而在布克斯至维也纳的东行班次中，它们也会编组在列车前进方向的前端。这样的安排旨在令一等车厢的乘客在两端的终点站都能最接近车站大堂（两端均为尽头式车站）。在进行封闭改造施工或沿线发生自然灾害如雪崩和泥石流的情况下，穿越阿尔卑斯号的运行线路也会做出临时调整。例如在2005年8月至12月受到风暴吹袭而导致线路中断期间，列车就曾绕行慕尼黑中央车站，再迂回通过巴伐利亚的阿尔高铁路前往布雷根茨。
历史.1958年6月1日至2010