建病房大楼，增设zh-cn:小儿重症监护室;zh-tw:儿童加护病房;zh-hk:儿童深切治疗部;。同年，医院获选为全国儿科医学重点学科单位。医院于1995年获评三级甲等医院，其儿科学于次年列入全国重点学科。2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并。儿科医院改为复旦大学附属，更名为复旦大学附属儿科医院。21世纪初，儿科医院在新生儿、传染病、小儿外科领域的治疗和研究已在中国和国际上颇有影响。2000年，医院还曾成功完成罕见的连体婴儿分离手术。2008年时，儿科医院已经承担了上海全市40%以