桑耶寺、喜德寺等众多寺庙受到不同程度毁坏。元朝时，在蔡巴万户长的支持之下，喜德寺在原址的基础上扩建，从拉康逐渐发展成扎仓，编制增至20多人，并且规定了固定的供养制度。14世纪起，喜德寺成为热振寺的属寺，以及热振活佛的驻锡地。有说法认为喜德寺属于四大林之一（其他包括丹杰林寺、策墨林寺、功德林寺），但实际上此说是错误的，四大林确切应指丹杰林寺、策墨林寺、功德林寺、策觉林寺，均在七世达赖和八世达赖之间相继建立。喜德寺早先属于宁玛派寺院，主要念诵胜乐金刚、密集金刚、大威德金刚等经典。第三世热振活佛时期，