因“倾共”嫌疑而被逮捕，后经谭延闿、冯玉祥等作保而获释。1928年初，孔庚赴上海。1930年，参加了北平反蒋扩大会议。1932年2月获聘为国难会议会员，同年4月参加了洛阳会议，回武汉后以湖北省政府奉安孙中山灵柩委员的名义赴南京，旋即遭到软禁。此后，经居正、蒋作宾等人营救，孔庚恢复自由。回到武汉后，孔庚和南夔等人创办张楚中学，孔庚任董事长。1933年2月，孔庚任湖北省政府委员，任职期间提议将蕲水县更名为浠水县，还参加了鄂豫皖剿匪总司令部视察团。后来，孔庚被免职，此后离开政界，投身教育事业。1937