育部秘密联系，自1939年起，重庆国民政府教育部又拨发部分经费。1943年夏，经董事会议决改为大学制度，后又更名为中国大学，并设立文、理、法3个学院。除了原有各系之外，又增设了商学系和数理系。1944年，增设史学系，并设文科、法科两个研究院。1945年日本投降后，国民政府教育部宣布，该校与后方大学同等待遇，学生无需经过甄审。何其巩也被蒋介石委任为国民政府军事委员会委员长驻北平代表。何其巩托张卓然向国民政府教育部提出，希望教育部补助经费，并正式承认中国学院改称“中国大学”并立案；但教育部回复称“中国学院准备每