生处简任技正。1956年，他被调任为台湾省立钖口疗养院院长。1959年，他在台湾省公共卫生教学实验院成立后成为首任院长，并兼任台北公共卫生教学示范中心主任。1962年，台湾省政府改组，黄杰出任主席并邀请许子秋接任台湾省政府卫生处处长职位；他在任内推动霍乱扑灭、小儿麻痺症及日本脑炎控制、家庭计画等计画。1963年，许子秋获京都大学颁发医学博士学位。1965年，许子秋利用其私人人脉未经外交途径进口日本已过期的沙克疫苗，是根据日本制剂标准，而世界卫生组织标准之标定系「自检定合格起两年」，经由卫生处寻求