共产党党员被捕（当时据称岛内有共产党员900多人），其中包括已经离开台湾到达浙江定海的朱谌之及其工作状况。保密局获供之后，立刻拘留了吴石，并通知定海方面逮捕朱谌之，然后押送回台湾。该案最后以军事法庭在1950年5月30日宣判吴石、朱谌之等6名涉案人员死刑告终。另外四人是：吴石的副官聂曦、联勤总部中将第四兵站总监陈宝仓、王正均、林志森等。六人于6月10日在台北马场町刑场伏法。国防部第三厅副厅长吴鹤予少将，监禁十年。1973年，周恩来追认吴石将军为革命烈士。