杨启彦只余下香港职业训练局主席一项公职。香港特首曾荫权曾称道杨启彦在任内，积极发展九铁网络，并成功向世界各地的财团集资以兴建九铁新支线 。
晚年.虽然在公众和传媒面前从不吸烟，但杨启彦向来有吸烟的习惯，晚年更因此患上心脏病及肾病。他在1998年进行心脏「搭桥」手术后，才开始立心戒烟。于2003年12月，他又接受心脏「通波仔」（冠状动脉扩张及支架植入手术）手术，同时离任九铁，其后身体状况转坏，他在2004年患上肾衰竭，2006年2月经医生转介到北京进行换肾手术，同年9月中曾在玛丽