等（1999）认为，病毒是比细菌和原生生物更重要的食源性疾病的病因。其中包括肝炎病毒A和小圆结构病毒（包括诺如病毒）。小圆结构病毒被认为是非细菌性肠胃炎的最重要的病因。
原生生物.原生动物在初级农作物中存在。例如苹果汁和水中的小隐孢子虫以及树莓、莴苣和水中的等同食源性原生动物会引发感染。对免疫缺陷患者，腹泻可能较严重。
海产品毒素.麻痹性贝类中毒（PSP）、腹泻性贝类中毒（DSP）、神经性贝类中毒（NSP）、遗忘性贝类中毒（ASP）、雪卡毒素及鲭鱼中毒。其中P