超成立之初，由于硬件设施不能达到中国足协所制定的中超准入标准，辽宁队的参赛资格曾引起过很大争议。首两届暂停降级制度以便扩充球队数量，于2006年恢复“升二降二”的升降级制度（但由于2006年四川冠城解散、2007年上海申花与上海联城合併、2008年武汉光谷退出、2012年大连实德解散及2019年天津天海解散，故这五年都只实行“升二降一”，即从中甲中升两队，降一队到中甲）。2008年赛季起正式恢复到原先计划的16支球队“升二降二”制度。2020、2021年中国足球联赛系统因疫情采取赛会制，2020赛季实行