了政务院以外，还有蒙古军总司令部、参议会与政务院地位平行。此外还设有秘书处、司法局等机构。同时，蒙古联盟自治政府还设有日本人组成的顾问部，实际掌控军政大权，下设总务部、财政部、保安部等部。1938年3月，政府主席云端旺楚克病逝。1938年7月，德穆楚克栋鲁普接任政府主席，随即对政务院进行改组，对人员进行了任免。1938年8月1日，政务院正式改组，废除了政务院的总务部、财政部、保安部3部制，改行1厅4部制（总务厅，民政部、财政部、保安部、畜产部）。总务厅下设总务处、人事处、主计处、外交处等；民政部下设内务