将继续保持失活状态；内细胞团的细胞（inner cell mass，未来将成为胚胎）中的Xi则会复原，之后再失去活性。以老鼠为例，其第一次X染色体去活化受基因铭印影响，全部使父系X染色体成为Xi，母系X染色体成为Xa，第二次去活化则是随机选择。这种机制使胎盘的X染色体全为母系，可能可以避免其受母体细胞排斥（但由于控制排斥的基因多不在X染色体上，关闭胎盘的父系X染色体可能无法避免移植排斥，目前这种说法未有定论）。
演化意义.正常男性只有一条X染色体，女性却有两条，使两者X染色体的剂量