1年，林奈正式描述了银杏，并以biloba作为种加词，以表示银杏叶片二裂的特点。十九世纪后半叶，由于银杏的种子与榧属（"Torreya"）和粗榧属（"Cephalotaxus"）的种子相似，银杏被放入松柏类的紫杉科（Taxaceae）。1896年，日本东京大学的植物学家平濑作五郎（）发现了银杏具有多鞭毛的游动小孢子，而与松柏类的无鞭毛小孢子明显不同，显示出银杏在进化上的特殊的地位。此后，银杏长期被归于裸子植物。但随着大量化石的发现和分子生物学的发展，人们发现裸子植物并不是一个单系群，一般把各类裸子植物都被提