迁海后渔盐业废置、田园荒芜，沿海居民深受迁海之苦，广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界。据《新安县志》记载，1668年（康熙七年），在新安县沿边设置21座墩台，包括九龙墩台。1669年（康熙八年）朝廷终允复界，本区居民陆续迁回。因此新界五族于上水设立报德祠恭奉两公该祠及邓族于锦田设立周王二公祠内设周王二公书院并每十年打醮一次以作答谢。清朝中叶，随着清朝与外国有更多接触，接近当时贸易中心广州的香港也成为各国商船的停留点之一，当中以瀑布湾最为着名。而朝廷亦加强对香港一对的军事防卫，例如设立官涌炮台等。清嘉