蒙古是蒙古帝国时代，有河中商人来到蒙古。伊斯兰教在蒙古的最早证据在1254年。鲁布鲁克在蒙哥的汗庭和林发现两座清真寺。在元代各种宗教自由发展，但皇族多数是藏传佛教徒，普通人多数则是萨满教徒。真正的蒙古穆斯林是四大汗国的王室，他们与他们手下突厥化。突厥化蒙古人不久就接受伊斯兰教，到1350年代三汗国（察合台汗国、金帐汗国、伊儿汗国）也完成本地化与伊斯兰化。完成伊斯兰教化的蒙兀儿人基本脱离蒙古习俗。而在中国的明清时代，蒙古高原的蒙古人则全民信仰藏传佛教。中国历史上，将多支信仰伊斯兰教的蒙古人称为蒙古回回