物种有些不同，除包含较多的葡糖醛酸与甘露糖，还含有O-乙酰基团，是感染时主要的致病因子。
物种.隐球菌属下约有37个物种，但近来正採用新方法来重新鑑定该属中物种的分类。隐球菌属下的物种通常栖息在土壤中，对人类无害，但该属中的新型隐球菌是造成人与动物感染的主要物种，常使爱滋病患者罹患严重的脑膜炎或脑膜脑炎。罗伦隐球菌（"Cryptococcus laurentii"）与浅白隐球菌（"Cryptococcus albidus"）也是隐球菌属下的常见物种，通常对人类无害，但有案例显示它们