额尔德尼和隆多喇嘛请他回到安多弘法，故同年7月贡却丹贝仲美启程，11月回到拉卜楞寺。26岁时，贡却丹贝仲美留在伊嘎曲辛他的静修处和拉卜楞寺，修菩提道次第等，后来赴家乡卓格，应弟子们请求而讲经。1791年，贡却丹贝仲美正在察科达察寺修行，突然听说二世嘉木样活佛在青海甘都圆寂，随步行赶到甘都进行悼念，并护送其灵柩回到拉卜楞寺。1792年3月14日，31岁的贡却丹贝仲美升任拉卜楞寺第21任总法台，任职7年。其间，他在卓格新修了寺院“噶丹拉雅林”，并经常在这里静坐冥想，直到圆寂之前。1796年，贡却丹贝仲美