为轮藻纲被编入绿藻门、链形植物门，或是链型植物下界，其他系统分类学家把轮藻纲分在轮藻门之下，因为轮藻纲与绿藻门仍有明显的差异。且不论轮藻纲的真实分类，大多数植物学者都同意轮藻是最接近有胚植物（陆生植物）的一种生物。不管在生殖、光合作用、cpDNA（叶绿体的DNA）的分析，还是其他特征，都显示有胚植物是由轮藻演化而成。