4月5日，他被任命为总理，接替辞职的奥马尔·塔特姆·利。时年39岁，为马里历史上最年轻的总理。同年5月17日，他前往北方城市基达尔访问，引发北方武装叛乱组织与政府军的激烈交火，造成局势动荡。此后要求他引咎辞职的唿声不断。2015年1月8日，总统易卜拉欣·布巴卡尔·凯塔签署总统令，任命莫迪博·凯塔为新任总理，穆萨·马拉则当天递交辞呈。他放弃参加2018年总统选举。2020年5月，他角逐马里国民议会议长，但仅获8票。
立场.在反对逃犯条例修订草案运动的立场方面，他表示“非常欣赏香港警