90年，当潜伏于乌干达军中的爱国阵线士兵叛离乌干达军队并向卢旺达发动攻击，穆塞韦尼并未特别给予爱国阵线支持，但根据法国历史学家热拉尔·普鲁尼尔推测，穆塞韦尼事前应对卡加梅的计画知情。卡加梅发动战争初期，穆塞韦尼开放爱国阵线部队能自由穿越乌干达领土进入维龙加山脉，此一方便为爱国阵线部队作战时提供了充裕的撤退空间。1998年的一次各国领袖会谈中揭露，乌干达曾于卢旺达内战期间给予爱国阵线部队物资上的援助。爱国阵线战胜后，两国在政治和贸易上持续良好的互动。卢旺达与乌干达于第一次刚果战争中为盟军，双方的共同目标为