3球的情况下，以 3–3 逼和南华，最后凭互射十二码以 4–2 胜出，首次赢得高级组银牌冠军，兼且首次取得亚洲足协盃参赛资格。2012–13年，由于太多球员伤病的关系，于最后一圈比赛击败杰志，才以第 8 名的成绩力压另外两队，护级成功。2014年贺岁盃足球赛，公民足球队与厄瓜多尔足球队昆卡组成联队，夺得冠军。2月4日，公民与昆卡宣佈结盟。
留在甲组.2014年2月，公民足球队回覆香港足球总会将不会申请参与新职业联赛所必须的的足球会牌照。同月11日，香港足球总会行政总裁薛基辅