湖南守旧党不满，守旧党弹劾他，幸得杨深秀为他剖辨；杨深秀更奉旨奖励陈宝箴，而严责旧党，令在湖南的议论稍为平息，陈宝箴的阻碍减少。（《杨深秀传》，梁启超）陈宝箴积极参与维新。他曾命湖南各州县订购《湘学报》。光绪23年，又赞助长沙的时务学堂。光绪24年二月初一，亲临讲演于南学会。但是到了8月初，陈宝箴在压力下奏请朝廷烧毁康有为的有煽动性的《孔子改制考》一书的木板，并禁止再版。1898年，戊戌政变，因推荐刘光第、杨锐，以「招引奸邪」之罪革职。移居于江西南昌西山晴庐。1900年去世，时年七十。另说被慈禧太后