者发来的恶意邮件及刺杀威胁，但山本的反应却是消极而平和的。山本写道：日本陆军厌恶于山本不断反对三国轴心的言论，派出宪兵队“保卫”山本，实际上是监视居住。山本为了防备暗杀甚至在家里放了机关枪。不久，1939年8月30日，山本被调离海军次长的职位，出任日本帝国海军联合舰队司令。这是米内光政内阁下台前最后的举措之一，使山本能在海军舰艇上办公，躲过可能的刺杀威胁。米内很确定如果山本留在岸上，则一定会在1939年内被刺杀。
1940-1941.1940年12月15日，山本晋升为海军大将。此