壳较薄，未能抵御海流的冲击。在石炭纪的早期，海胆纲动物明显的有着较少的物种，而此情况一直维持到二叠纪。在古生代完结前，牠们濒临绝种的边缘，只有于二叠纪时的六个品种。到了三叠纪早期，牠们的数目开始增加。从侏罗纪至白垩纪，海胆纲动物衍生出不同的种类。在中生代及新生代，是牠们最辉煌的时期。但是，大部份的化石只存在于某些地区及成某些形状，不过仍然显出牠们的丰富。举例说，在德克萨斯州，"Enallaster"就是能从白垩纪石灰岩的露头中获得过千的数量。有些海胆化石（如在英国及法国发现白垩纪的"Micraste