军北伐，仅第十六师一部随右路军北上，主要为预备部队，曾进入江西及南京。1927年发生广州张黄事变，李福林支持张发奎。广州暴动期间第五军为主力镇压。事件后李福林解职归田，次年由徐景唐出任军长。
南京国民政府.1929年，爆发蒋桂战争，徐景唐支持桂系，被效忠蒋介石的陈铭枢及陈济棠部大败。第五军被缩编为国民革命军第5师，军级番号遭到剥夺；但是该番号随即在中原大战爆发前夕遭复职的鲁涤平所使用（下辖第18师、第50师）。中原大战后，在第二次江西剿共战争期间下辖部队遭中国工农红军击溃，18