时常使用。在1987年由斋藤成也和根井正利建立该方法。 该方法，后来也应用在电脑演算法之中。该法依赖距离矩阵资料，由序列建立支序图或亲缘关系图的方法。先由序列算出每一对细菌间的演化距离，将所有的演化距离资料整理成一个距离矩阵，再利用距离矩阵的资料画出树型。