涉及毒品与其他案件，需等结清菲律宾所有法律程序后才能遣送。
交通.
航空.因航权争议，以致两国定期航线于1999年10月1日停航，后经数次协商，于2000年1月28日签署复航换函，31日复航。9月26日，在台北修订《台菲航权协定》。
事件.2020年2月11日，菲律宾对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，宣布除菲律宾公民及持有菲律宾永久居留权者，均禁止两岸四地的旅客入境，同时禁止菲律宾民众前往。菲律宾亚洲航空也宣布取消往来台湾的航班，