北门区市区里南15线永隆桥以南的一处叉路，从此起点以曲折的市区道路往东南穿越北门区市区，会由北门区区公所北侧经过，在道路对面的东北侧是一片大水塘，为之前北门盐场废晒后留下的旧盐田。本线穿出市区后，先与台17线外环道新线交会于十字路口，并继续往东南侧穿过旧盐田、渔塭形成的大片水塘中间，当开始出现农地分佈时，也进入了东侧玉港里境内。南12线转弯东行穿越农地，路边的农户及住宅越来越密集，在进入灰磘港村落后，止于至玉湖国小北侧的叉路口，与南北向的南9线相接。南12线起点所连接的南15线在市区永隆宫以北至起点路段