照坛城的形状布置该寺格局，他圆寂之后，寺院开始活佛转世制度。拉隆寺从建寺开始，便经常派僧人赴中国内地朝廷进贡，该寺的大门上也曾悬有明朝皇帝所赐的横匾，寺院壁画中也有明显的中国内地青绿山水画风格的影响。到第三世活佛崔称多吉时，五世达赖将拉隆寺改宗格鲁派，并且为该寺册封了庄园、土地、属民。该寺寺志引用封文称：“凡是太阳可以照到的地方，凡是有流水的地方，凡是有牧草生长的地方，都是拉隆寺权势可济的领地。”根据见过此封文的老僧人称，封文是用藏文、汉文两种文字书写，盖有五世达赖及中国内地皇帝的印章。自五世达