管会请辞委员获准。2006年11月6日，中华民国总统府公布人事令：林忠正已准辞职，应予免职，自2006年10月30日生效。一审宣判，林忠正遭判有期徒刑16年。2009年8月21日，台湾高等法院二审宣判，林忠正受贿改判有期徒刑14年徒刑、褫夺公权5年。2010年12月30日，中华民国最高法院驳回林忠正上诉，以贪污、洩密等罪判决林忠正有期徒刑14年、褫夺公权5年定谳。2011年1月26日，林忠正在施明德、林向恺、姚立明及杨宪宏等人陪同下召开记者会表示，「我沉默，不代表我认罪」，他得知判决后曾想过