并公告列强，成立虾夷共和国继续对抗新政府军。土方就任陆军奉行并（陆军副司令，中将缺）、兼箱馆市中取缔（警察总长）及陆海军裁判局长（陆海军宪兵总监）。先有近代东洋海战史首见之接舷作战，也就是着名的宫古湾海战，土方以回天一舰突入新政府军泊地，强袭官军旗舰甲铁，但因甲铁拥有新兵器格林机枪而不幸功败垂成。明治2年（1869年）6月20日（阴历5月11日）、新政府军箱馆战争总攻击开始、新选组队士岛田魁守备的辩天台场被新政府军包围，陷入孤立。土方率领少数士兵突围相救。土方一夫当关，力阻自七重滨大举进犯的新政府军