，沈葆桢升任江西巡抚。同治三年（1864年），清军攻破太平天国首都天京（今江苏南京）后统帅曾国荃纵兵屠城廿万，姦淫掳掠三日夜火光不息；忠王李秀成率众突围失败，唯幼天王洪天贵福及洪仁玕、黄文英等辗转逃至江西，皆为沈葆桢部擒获并以斩草除根为目奏准慈禧太后全处凌迟极刑，其中14岁的幼天王因此成为人类史上凌迟死刑纪录最年幼者。
船政大臣.同治五年（1866年），左宗棠于福建福州设立马尾造船厂，左仍在筹备中旋即被调任陕甘。左宗棠荐沈葆桢代其事，沈于次年（1867年）被任为船政总理大臣，任内对