吴母在街上遭受行劫，于受惊下导致吴伟超提前出世，吴伟超与家人初时居于九龙湾临时木屋区，于7岁搬迁至大围的显径邨，曾就读香港中文大学校友会联会张煊昌学校，后在1998年毕业于沙田美林邨乐道中学。他自小喜爱踢足球，最欣赏的球员为英格兰的碧咸，于13岁参加《可口可乐暑期足球计划》，不过由于身为前广州着名球员的父亲要求很高，初时都不看好吴伟超可以成功，在两年后，他经父亲介绍代表沙田参加劲量盃，至8强时才被香港体育学院淘汰，结果吴伟超的表现得到体院教练陈融章赏识，被获得邀请进入体院接受训练。