也远走亚特兰大猎鹰、全明星防守截锋也退休了，这使得49人队最终以5胜结束2015年赛季；2016年赛季，整个赛季气氛低迷不说，又在季前热身赛对绿湾包装工时发生了四分卫卡佩尼克的「国歌风波」事件，让49人队整季都处于一种动盪不安的局势中，最后也仅完成对洛杉矶公羊队的主客场双杀，拿下仅有的2胜，以2胜14负结束球季；2017年休赛期期间四分卫卡佩尼克离开，但也在这期间找来上季担任亚特兰大猎鹰队进攻组教练的Kyle Shanahan担任新球季的主帅，期盼能将帮助亚特兰大猎鹰队打进超级碗的经验能够帮助49人队，完成