元二十九年（1292年）封皇孙甘麻剌为晋王，统领“太祖四大斡耳朵之地”。元朝建立以后，大都的皇宫为土木建筑而不是帐篷，但斡耳朵的名字和制度仍旧保留。忽必烈也设有四斡耳朵，分别由他的帖古伦大皇后、察必皇后及其妹南必后、塔剌海后和伯要兀真后掌管。各斡耳朵都有自己的封邑。其后的元朝皇帝也有自己的斡耳朵，各有属民、纳税和皇室岁赐等收入，去世后留给后妃和其皇家继承人。元朝政府还设立了专门的三品官职以管理已故皇帝的斡耳朵，例如元成宗的斡耳朵由长庆寺管理。