至上郡的跋那山，斩杀曷多汗，并将跟随他叛逃的人全都杀死。皇始元年（396年），长孙肥跟随拓跋珪征伐后燕，被任命为中领军将军。拓跋珪驻在晋阳，后燕皇帝慕容宝的并州刺史、辽西王慕容农放弃城池夜晚逃跑，长孙肥追赶他到蒲泉，擒获他的妻子儿女。拓跋珪将后燕都城中山包围，慕容宝放弃城池直奔和龙。长孙肥和左将军李栗率三千骑兵追赶他，到达范阳，没赶上而返回。于是攻下研城戍，俘获一千多人。中山城内的人立慕容详为君主，拓跋珪包围他。慕容详于是派出步兵一千多人，想伺机冲击包围网。拓跋珪命令长孙肥挑战，假装退却，慕容详的军队追