异形（Scrin）唤醒，并开始攻击地球，并试图在地球上各个红区建造共19座的阈限之塔（一种超巨形的传送装置，建造完成后便无法被摧毁的高塔）。在一次的阴谋中，NOD兄弟会干部奇丽安‧夸特被指背叛NOD并被杀害，其后在一次军事行动中，LEGION成功在中国大陆把泰西塔斯设备夺回，但就被另一位NOD兄弟会干部爱莉纱‧柯瓦克斯输入病毒，使LEGION无法运作。最后，兄弟会再次战败，泰西塔斯再被GDI夺去，但肯恩早有后着，他重新开动LEGION并唤醒他藏在地下的生化人大军。最后成功在-{zh-hans:落基山