纯化可疑或“推测性”菌落，可大大缩短周转时间。另一个优点是可以预测细菌对。 单个质谱峰可以预测金黄色葡萄球菌的耐甲氧西林(methicillin resistance), MALDI还可以检测耐碳青霉烯的肠杆菌科的碳青霉烯酶，包括鲍氏不动桿菌和克雷伯氏肺炎菌。 但是，大多数介导抗生素抗性的蛋白质的蛋白质峰解释范围都大于MALDI-TOF的2000–20,000 Da范围，并且仅偶尔出现，如在2011年NIH的KPC暴发中，可以得出峰值与赋予耐药性的蛋白质之间的相关性。
寄生虫学.