会减弱免疫系统抵抗感染的能力。接受治疗的患者在接种疫苗时必须经过主治医生批准，并且禁止注射活疫苗（如轮状病毒疫苗、嵴髓灰质炎疫苗）；最近注射疫苗的患者则应避免使用此药。一般来说，医生不推荐怀孕时使用巯嘌呤，因为研究证实使用巯嘌呤（或类似的硫唑嘌呤）的孕妇的胎儿异常率与流产率分别是正常人的7倍和20倍。 但不同于有同样效果的甲氨蝶呤，巯嘌呤并不是一种有效的堕胎药；1999年的一项研究中所有使用它堕胎的孕妇身上在两周之后都观察到了胎儿心脏活动，因而不得不进行吸引流产。
致癌性.巯嘌