高速铁路等大众运输大力警戒，高雄市政府警察局也派出「黑衣特勤队」，巡逻高雄捷运车站。事变发生地点台北都会区防备最为严谨，内政部警政署亦已经派80名保安警察进驻台北捷运，支援巡逻勤务。台北市政府警察局与新北市政府警察局每天派遣共近1000名警员，于大台北各捷运站内外携枪站哨，并在每班列车内配有至少一名制服警察（便衣警察不计）巡逻，甚至台北市警察局还指派霹雳小组特勤员警持德制MP5冲锋枪在车厢内巡逻。另外有台湾大学法律系教授李茂生在脸书上发表言论质疑警察携带过多武器，称「这个政府真的是疯了，上层的人就没有一