之后成为福斯电视网的卖座影集。杜考夫尼参与了第一季到第六季的拍摄，并且演出了《X档案》的电影版。直到第七季才因合约争议而退出。他偶尔会在第八季中现身，到了第九季才完全离开，而《X档案》也在第九季（2002年）结束后就不再拍摄。此外，他曾经出现在动画《辛普森一家》的其中一集。《X档案》结束后，杜考夫尼于2007至2014年在《加州靡情》中饰演剧中主角Hank Moody。2014年3月，NBC宣佈全新电视剧，名为《水瓶宫》，由杜考夫尼主演。他在剧中饰演一名1960年代的警官，负责调查一个小规模犯罪组织