控北京后，任命孙科为清华校长，孙科不就，遂改派罗家伦为校长，易名“国立清华大学”。罗家伦于校长就职演讲中，提出要四化办学（廉洁化、学术化、平民化、纪律化），并实行军营化管理，遭学校师生拒绝。任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改，延请了蒋廷黻、张奚若、萧公权、冯友兰、张子高等几十位着名教授。1929年4月，罗家伦因查出清华基金帐目亏空，要求改革，与清华大学董事会发生矛盾，提出辞职。同月，清华大学师生发起解散董事会，回归教育部管辖运动。5月，清华重归教育部管辖；6月，清华大学董事会解散，清华基金改由中华教育文