再由上而下选择建设特定几所大学，而是鼓励学校以竞争的方式，向教育部申请专案经费补助。而在众多的补助计画案之中，大部分的计画皆着重于研究方面的补助，大学为了竞逐巨额的补助款，盲目的追求成为研究型大学，致使台湾大部分的大学功能重叠特色模煳。国立台湾大学校长李嗣涔曾指出：「由于缺少大学分类机制，造成各大学纷纷朝向研究型综合大学发展，全国140多所大学只能在唯一的金字塔上排序」。为了改善台湾的大专院校的教学品质，并透过奖励机制引导大学分类发展，2004年教育部公布了奖励大学教学卓越计画。而这个计画被认为是首次以