10月，彭冲参加新四军，任新四军第二支队政治部宣传队副队长。1938年6月，彭冲任新四军第二支队政治部秘书。同年9月，任新四军高淳办事处主任。奉上级指示，彭冲率工作组在安徽省当涂县开展群众工作，经过两个多月，使中共在当涂的影响及群众基础加深，该地区成为新四军东进之后在苏南开辟的新根据地。同年11月，中共当（涂）芜（湖）县委成立，彭冲任当芜县委首任书记。1939年7月，任新四军第二支队政治部民运科科长。1940年后，历任新四军江南指挥部新三团政治处主任，新四军第6师18旅53团、52团政治处主任，独立团政治委