必须要和其他折叠完成的结构进行组装。一般的α螺旋结构和β折叠结构很快就可以快速折叠因为有分子内的氢键稳定其结构，此现象第一个发现者为莱纳斯·鲍林（Linus Pauling）。蛋白质折叠另外还有共价键结参与──两个半胱胺酸（cysteine）间形成的双硫键（disulfide bridges）或是金属的聚集（metal clusters）。为了使能量达到稳定分子会形成中间产物：熔球（molten globule）型态。事实上，每个蛋白质的胺基酸序列都含有在蛋白质在特定状态折叠的讯息，这并不表示的胺基酸