五年（409年），刘裕北伐南燕，刘穆之随军；次年灭南燕后因应卢循叛乱威胁建康，刘穆之又随刘裕率军回守建康。刘穆之在这两件事上都经常在背后计谋划策，决定要事。刘毅因而厌恶刘穆之，常故作平常地和刘裕表示刘穆之权力太重，但刘裕却更加信任刘穆之，并让刘穆之转任其司马。义熙八年（412年），加刘穆之丹杨尹。
屡掌后事.同年，刘裕率军攻伐荆州刺史刘毅，诸葛长民监太尉府留事，留守建康，总摄后事，又留刘穆之辅助他，故加刘穆之建威将军。当时诸葛长民自认为自己多行不法之事，经常怕被惩治，刘毅于同年被击