908年（明治41年）3月4日，筑地新校舍落成。1911年（明治44年）3月，在学校隔壁的东京施疗医院落成，学校师生开始面向社会提供诊疗服务。1922年（大正11年）10月21日，为了接收选科生入学，同时为了更好地为普通民众提供诊治服务，学校从旁边的海军经理学校处接收了若干旧校舍，改造成为病房。1923年9月1日的关东大地震对学校造成了严重的破坏，军医学校、东京施疗医院以及正在改造的病房全部在大火中焚毁。当月4日，学校在海军省内开辟了临时事务所，救治地震受灾群众。同年10月1日，借用芝区白金台町北里研究所的