六日（1263年6月13日），忽必烈立枢密院，以枢密院为中央最高军事管理机关，以燕王真金守中书令，兼判枢密院事。至元元年（1264年），忽必烈立总制院，以总制院统领全国宗教事务并管辖吐蕃地区，以国师八思巴领之。至元二十五年（1288年），尚书省右丞相桑哥认为总制院职责重大，故向忽必烈奏请根据唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使者的缘故，改名为宣政院。忽必烈同意，并任命桑哥和脱因为宣政院使。至元五年七月四日（1268年8月13日），忽必烈立御史台，以御史台为最高监察机关，以右丞相塔察儿为御史大夫，以张雄飞为侍御