，凤眼蓝能够通过对水体环境质量来影响水体的浮游植物、沉水植物以及藻类生物的光合作用，抑制其生长。此外，凤眼蓝的爆发以及其腐烂阶段同时会大量地消耗水体中的溶解氧，水下动物比如鱼类活动繁殖空间将会减少，甚至会造成鱼类大量死亡。相类似于改变了水体中原来固有的食物链，从而减少此水域中生态系统的稳定性。
影响人类生活.凤眼蓝大量爆发式的生长，常常会覆盖所在水体，阻塞河道、航道，妨碍水上交通运输。据报道，武汉市境内汉江下游曾连续二十天出现大面积凤眼蓝，对长江下游的船舶安全航行构成直接威胁。在浙