兴建孔庙、玄天上帝庙、关圣帝庙等汉人寺庙。也利用免除徭役措施诱使原住民接受汉化教育，相对于荷兰的语言本土化政策，明郑时期的宗教政策不仅打击基督教，也严重打击原住民语言。
清朝时期.1683年6月（康熙22年）施琅攻陷台湾，之后向康熙表达台湾的重要性争取经营台湾，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖「天妃」赐晋天后，1684年（康熙23年）清廷准奏，此后主流信仰改为祭拜妈祖，透过宗教传播方式让台湾居民转移认同感接受大清政权。此后又因干隆、嘉庆的禁教政策，使得东亚很长一段时间没再出现传教士