此后与那国町便改为加强与姐妹市花莲市的交流，于2007年5月28日在花莲成立「与那国驻花莲市连络办事处」，其功能包括：与花莲市公所的对口单位、与那国町民的领事业务、通商经济代表处、旅游宣传。在2008年经花莲市长蔡启塔及与那国町长外间守吉的积极推动下，复兴航空一度开设花莲至与那国岛之间的包机航线。2012年4月29日，台湾水上摩托车协会在花莲市及与那国岛缔结姊妹市三十周年期间，与花莲县花莲市公所合办庆祝活动，由中华民国移民署官员在花莲港设立临时出境检查站验证后，耗费五小时在太平洋航行一百五十公里，于下午