为“重点改造对象”、“反动学术权威”，被发配到协和医院病房做护工。1969年4月中旬，协和医院革委会宣佈「解放」林巧稚。1971年2月6日，周恩来总理在人民大会堂举行的一个会议上亲自接见林巧稚。1972年，林巧稚任副团长率中华医学会代表团出访美国、加拿大。1973年，受聘为世界卫生组织医学研究顾问委员会顾问，任期5年，至1977年。1974年，林巧稚任中国友好参观团团长率团出访伊朗，同年赴日内瓦出席世界卫生组织召开的医学顾问委员会会议，会后考察了瑞士、法国。1978年12月，林巧稚和楚图南率中国人民友好