世宗不许。不久因举荐，升任抚州府知府。苏州府百姓数次请求王仪还任，经巡抚侯位上报，终于获批。王仪在苏州进行土地调整、改变赋税设置，不久因治理排名知府第一，进浙江副使，治饬苏、松、常、镇兵备。当时巡抚欧阳铎进行均田赋税，王仪于是辅佐并推广其方法。后因操江王学夔讨贼失败，王仪连坐被停俸戴罪。不久，升爲山西右参政，寇军抵达清源城时，王仪大开城门，敌军怀疑而逃去。此后王仪筑城郭，积糗粮。嘉靖二十一年（1540年），升任右佥都御史，巡抚宣府，率总兵官郄永等击退蒙古入侵龙门，晋升右副都御史。因寇乱入万全右衞，而被夺