军进攻。永历四年（1650年），城破被捕，囚于桂林叠彩山临时监狱，作《浩气吟》。42天后，于闰十一月十七日（1651年1月8日）与张同敞在桂林叠彩山风洞前仙鹤岭下就义，有绝命诗：
身后.瞿式耜殉国之后，永历帝追赠粤国公，谥文忠。干隆四十一年（1776年），追谥忠宣。《明史》有传。清顺治十一年（1654年），其孙瞿昌文护柩回常熟，安葬于常熟宝岩祖基。康熙十八年（1679年），迁葬于虞山拂水岩牛窝潭。其墓至今尚存，现为江苏省文物保护单位。
轶事.永历六年（