在命名捻船头翼龙时，根据口鼻部中段较为狭窄的形状，而将牠们归类于鸟掌翼龙科。根据大卫·安文的说法，口鼻部上侧的隆起冠饰，也是鸟掌翼龙超科的常见特征。捻船头翼龙的颅顶头冠，则可能是鸟掌翼龙科真鸟掌翼龙类的共有衍征。捻船头翼龙的自衍征包含：齿列的排列模式、前上颌骨与上颌骨间骨缝往斜后方倾斜、上颌腭骨的中央稜嵴，起始于第九对牙齿的上方。