段时间以穆斯林不断反乱为特点。满人统治政策是对蒙藏回汉分而治之以夷制夷。清代第一次回乱是顺治年间米喇印，丁国栋反清复明，同时清代也禁止去麦加与建新寺。这段时期有几次大反乱。
早期甘肃新疆陕西回乱.1757年干隆平定准噶尔后把大小和卓从伊犁放出，派他们统治喀什一带，当时白山派和卓霍集占在南疆建巴图尔汗国。之后被平定，在1765年乌什有反办事大臣活动。在甘肃老教与新教不合，引起老教勾结官府镇圧。马明心被杀，激起苏四十三与田五暴动。新疆在平定大小和卓后大致安定，但在道光年间浩罕又