美西战争后，西班牙政府将菲律宾以二千万美元的代价，售予美国。马拉坎南宫在美属时期亦成为文人总督的官邸，这期间扩建的行政大楼Kalayaan Hall已转型为博物馆。总计有18位西班牙的总督（军事总督）、14位美国的菲律宾总督（文官总督）、和除了菲律宾革命期间获选为首位菲律宾总统的艾米里俄·阿圭那多（Emilio Aguinaldo）住在自宅外的每位总统都曾居于马拉坎南宫；但自1986年柯拉蓉成为总统以来，只有艾若育总统真正住在宫内，其他总统都住在附近。 从1986年人民力量革命后，马拉坎南宫曾多次