税务出张所（先后担任雇员、检税吏）、嘉义自动车会社（今嘉义客运）任职，其后回母校嘉义农林学校担任教师及棒球队教练。第二次世界大战结束后返回故乡台东，先任职于台东糖厂，其后转至台东农校（今国立台东专科学校）担任教师，1947年接任校长。当时教务主任是南志信邀请的毓鋆。陈耕元大力推动东部地区的棒球运动。1958年因车祸逝世。妻子蔡昭昭出身云林北港的大户人家。
纪念.1985年时，郭光也为纪念前辈陈耕元对棒运的贡献，结合其妻蔡昭昭及次子陈建年创办「耕元盃」比赛，但举办到第五届