的甘陕总督王辅臣与察哈尔王也伺机进行叛乱，在京郊还发生了杨起隆叛乱。康熙帝沉着应对，稳定王辅臣，平定了察哈尔与粉碎了杨起隆之乱，康熙帝派军平定三藩的势力，“以全国敌一隅”，用了八年时间最终平定了三藩的势力。三藩平定后，台湾郑氏政权经常袭扰内地，康熙帝派姚启圣为福建总督，派施琅精练水师进攻台湾，后郑克塽投降清朝，1684年清朝设立台湾府，使台湾收入清朝疆域。此时俄罗斯沙皇国经常侵略北方黑龙江流域，1685年到1686年，进行了雅克萨之战，命令清军两次进攻沙俄；1689年，派代表索额图与沙俄代表签订了《尼布楚条