革改造，1945年又改称台湾省水产试验所高雄分所，继续从事水产研究。台湾省政府成立后，于1947年公布台湾省水产试验所组织规程，1948年先改属台湾农林公司水产分公司，次年再改隶台湾省政府农林厅，其主要工作为改进台湾水产业及办理试验研究。高雄分所原位于鼓山区哨船头街7号，从事南部地区各项渔业加工试验即沿近海渔场调查。1976年，迁建至前镇渔港旁的现址（前镇区渔港北一路1之1号）。1984年，为了配合中央政府之渔业政策，将原来之水产加工试验业务归併基隆总所加工系，而高雄分所之研究方向则以海洋渔业及渔业生物资源