国土地面积60%的亚马孙林区，区内是被亚马孙雨林覆盖的广阔的低地，位于山脉以东。秘鲁境内大部分河流发源于安第斯山脉，注入三个主要流域之一。注入太平洋的河流多为间歇性，斜度较高，长度较短；亚马孙河支流的长度较长，流量较大，流出高原区后斜度降低；注入的的喀喀湖的河流则以长度短、流量大为特征。秘鲁境内最长的河流依次为乌卡亚利河、马拉尼翁河、普图马约河、雅瓦里河、瓦亚加河、乌鲁班巴河、曼塔罗河和亚马孙河。 
气候.与其他赤道国家不同，秘鲁的气候不是单一的热带；安第斯山脉和秘鲁寒流使全国