宫内膜无法为怀孕做好充分准备，因而使受精卵无法正常着床，并导致流产。（"Mycoplasma genitalium"）感染与早产和流产的风险增加有关。感染会增加流产的风险：风疹（德国麻疹）、巨细胞病毒、细菌性阴道病、HIV、衣原体（披衣菌感染）、淋病、梅毒和疟疾。
免疫状态.自体免疫可能是反覆或晚期流产的原因。在自体免疫引发的流产，妈妈的免疫系统会攻击成长中胎儿或中终正常的怀孕进程。自体免疫疾病可能造成胚胎基因异常，进而导致流产。例如，乳糜泻会增加流产风险（）约 1.4 倍