教育部、交通部派员接办了学校，先后更名中长铁路医科大学、铁路医学院。1946年正式更名为国立沈阳医学院，由徐诵明出任院长。1948年11月被东北人民政府卫生部接管，并入中国医科大学。
建筑.原南满医学堂、满洲医科大学旧址现位于沈阳市和平区北二马路92号、南京北街155号，校园内保留下来的建筑包括本馆（现中国医科大学基础二楼）、附属医院本馆（现中国医科大学附属第一医院门诊楼）、礼堂、图书馆等。2008年，南满医学堂旧址被列为沈阳市文物保护单位。2014年，列为辽宁省文物保护单位。