疾病美尼尔氏综合症，导致头晕、恶心等症状，不适宜参加太空项目，被无限期禁飞。他于1963年11月获任命成为航空航天局宇航员办公室主任，负责宇航员训练和任务计划等工作。1969年，谢泼德接受手术治疗后恢复飞行资格，开始参与阿波罗计划。1971年，他成为阿波罗14号指令长，驾驶“心大星”号登月舱降落月球，成为第五位登陆月球的宇航员，也是登月时年龄最大的一位宇航员、水星计划7人中唯一一位登月者。他在月球表面时曾打出两颗高尔夫球，是人类历史上的唯一一次月球高尔夫。1974年，谢泼德自航空航天局和海军退役，之后晋升为