部法学研究所（1978年改为中国社会科学院法学研究所）工作，研究刑事诉讼法，曾任法学研究所研究室副主任，1980年至1985年任法学研究所副所长。后来，吴建璠出任中国社会科学院研究生院法学系主任、教授。1985年7月起，吴建璠参加了《中华人民共和国香港特别行政区基本法》、《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》的起草工作。吴建璠是香港特别行政区基本法起草委员会委员、澳门特别行政区基本法起草委员会委员，香港特别行政区筹备委员会委员、香港特别行政区筹备委员会预备工作委员会委员，中国法学会理事、中国法学会香港法