，开始记录耶稣会在日本的活动，执笔《耶稣会日本年报》；后来将精力投入在记录日本各地的见闻上，开始编纂《日本史》。织田信长在本能寺被弒后，丰臣秀吉一开始继承信长对基督教的政策，但是当基督教势力扩大后，开始感到不安。1587年6月19日丰臣秀吉发布《伴天连追放令》，命令耶稣会传教士立即停止传教、在20日内离开日本本土、并破坏京都等地的南蛮寺，弗罗伊斯于是来到长崎定居。1590年，弗罗伊斯偕同归国的天正遣欧少年使节及范礼安在聚乐第会见了丰臣秀吉。1592年与范礼安一起远渡澳门，1595年返回长崎。1597