。编成时阿留申群岛的阿图岛・基斯卡岛巳成为日本军的根据地，编成后主要执行千岛列岛・桦太方面的哨戒任务。昭和19年10月，依旧在北东方面舰队编成下的第五舰队作为水上警戒部队参加了南方作战，雷伊泰湾海战。其后昭和19年12月，第五舰队正式转属南西方面舰队，北东方面舰队解队。第十二航空舰队编入联合舰队，至终战皆任千岛・桦太方面警戒任务（司令长官由大凑警备府兼任）。