干宁三年（896年），李茂贞借口昭宗命宗室诸亲王建立军队一事，乃为了攻己，因此进军京师，昭宗出奔华州（今陕西华县），依韩建。李茂贞的凤翔军进入长安后，宫室、房舍全部付之一炬。数年后，昭宗归长安，李茂贞与唐政府和好，并于光化四年（901年）被进封为尚书令、侍中、岐王。同年稍后，宣武节度使朱全忠进军京师，李茂贞有挟天子以令诸侯之心，遂胁持昭宗至凤翔，并迫使昭宗嫡女平原公主下嫁自己的儿子李继侃。但朱全忠不久兵围凤翔，凤翔被围困甚久，粮食不继，李茂贞于是在天复三年（903年）向朱全忠请和，归还昭宗，辞尚书令，