大多数成员与苏格兰联合长老教会（United Presbyterian Church of Scotland）合併，成为苏格兰联合自由教会（United Free Church of Scotland）。而新学院于1929年，随着苏格兰联合自由教会与苏格兰教会合併归于后者下。 而少数没与苏格兰联合长老教会合併的苏格兰自由教会，则于1907年在隔壁继续他们的神学训练，自2014年改名为爱丁堡神学院（Edinburgh Theological Seminary）。1935年，新学院正式与爱丁堡大学神学系合併