但国内出现的民族冲突，特别是世俗化的印度教徒和信仰伊斯兰教的巴基斯坦之间的对立，使得英属印度分裂成由印度教徒占主导的印度联邦（即后来的印度共和国）和以伊斯兰教徒占主导的巴基斯坦自治领（即后来的巴基斯坦伊斯兰共和国和孟加拉人民共和国）两个新的国家，造成了印巴分治。而由于在英国占领印度之后，印度次大陆才对印度东北部实现控制，所以在印度独立后，印度东北部出现了诸多如阿萨姆联合解放阵线、波多民族民主阵线、特里普拉民族解放阵线等多个分离组织。1972年，第三次印巴战争后，东巴基斯坦通过孟加拉国解放战争，从巴基斯坦分裂