只有手掌亚结构域有一个由四条反向平行的多肽链构成的β-折叠结构和两个α-螺旋结构，在各类RNA复制酶中高度保守。其中，手掌亚结构域有三个高度保守的基元（A、B，以及C）。基元A（D-x(4,5)-D）和基元C（GDD）在空间上并列。这两个基元中的天冬氨酸残基与镁离子和锰离子相连。而B基元中的天冬酰胺残基则与在脱氧三磷酸核苷中选三磷酸核糖核苷的过程有关，上述过程可以确保合成的是RNA而不是DNA。RNA复制酶的结构域的组织形式保守，其催化中心也是一样。RNA复制酶的催化中心是由一系列包含保守的氨基酸残基的基元