战时归顺女真，皇太极命其掌书记，考试中孝廉，授予牛录额真之头衔，又提拔为内秘书院学士，参与编修《清太祖实录》。杨方兴嗜酒，曾在酒后沖犯皇帝圣驾，被判死刑，皇太极赦免他，命他戒酒。顺治元年，随着清兵入关。七月授予河道总督之位。李自成进兵，决黄河堤，水淹汴梁，水灾频仍，土匪蜂起，杨方兴上任之后，修筑各堤，消灭土匪，后又引咎辞职，表奏提拔方大猷。顺治十年，黄河决堤于封丘大王庙，毁灭县城，沖毁安平堤、邳州、朱源寨。杨方兴发动夫役数万人治河，堤防一筑好就决堤，给事中周体观弹劾方兴，方兴抗辩，自请辞职，皇帝慰留