因乞休未批准，坐停一年俸禄。起用为广东右布政使，再次辅佐陈金平定府江贼乱。升任都察院右副都御史，赈灾湖广饥荒，再次出巡湖南定诸夷疆地。宁王朱宸濠有谋反之谋，其上疏陈江西军政六事，设防备方略。明世宗即位，召吴廷举为工部右侍郎，随即改兵部右侍郎。上疏诋毁陆完、王琼、梁储及少傅蒋冕，而自以为己昔居宪职无一言，乞罢黜以儆幸位。当时陆完已经得罪，王琼、梁储已经罢免，吴廷举借以诋毁蒋冕，蒋冕遂求罢。明世宗则降吴廷举为南京工部侍郎，而挽留蒋冕。嘉靖元年，吴廷举乞休。改南京户部右侍郎，迁右都御史，巡抚应天诸府。嘉靖