圣若望主教座堂内有8个小堂，分别供奉骑士团8个部分的主保圣人。在座堂左侧有以下的小堂：盎格鲁-巴伐利亚小堂原名圣物小堂，保存几个世纪以来骑士团获得的圣物。普罗旺斯小堂供奉圣弥额尔。法国小堂供奉圣保禄。意大利小堂供奉亚历山大的加大肋纳。德国小堂供奉基督显容。在座堂右侧有以下的小堂：圣体小堂原来供奉圣母。奥弗涅小堂供奉圣巴斯弟盎。阿拉贡小堂供奉圣乔治。卡斯蒂利亚、莱昂和葡萄牙小堂供奉圣雅各伯。
艺术品.该堂最着名的艺术品是卡拉瓦乔的杰作《被斩首的