学通识教育统筹主任，并与李鹏飞同为新城电台节目「战龙在野」的主持。到了2000年香港立法会选举，冯检基重回立法会，并于2004年选举和2008年选举中成功连任，代表民协的唯一议席。2005年，特首曾荫权提出政改方案，冯检基要求政府提出更民主的方案，曾宪梓指责冯检基「食咗老虎胆」。 民协与政府谈判到最后一分钟，但政府拒绝让步，冯检基最后投下反对票。2007年香港区议会选举，民协由原来25席减少至17席，选后冯宣佈辞去主席一职。2010年，民协与民主党及一众学者成立普选联，向政府争取更进步温和的政改