甲五十名考取进士，并深得主考张位的赏识，但为避投靠之嫌，曹学佺有意与官居吏部尚书高位的张位保持距离，直至万历二十六年（1598年）张位因受排挤而放逐通州，其门生怕受牵连而没有去探视，这时只有曹学佺为其送行并准备旅程。
仕途.考中进士后，曹学佺被授予户部主事一职，后因台省迁怒于他，被调任南京天柱大理寺左寺正的闲职，之后又任南京户部郎中。万历三十七年（1609年）被委任为四川右参政，在他的任内，四川发生灾荒，曹学佺上奏要求发放赈济，朝廷予以批准并拨款三百万赈济款。他还用四川的行税来抵坐