为李如松此举有损国威，并斥责其部下滥杀无辜，冒领军功。倭兵袭击袁了凡，了凡以三千兵力击退之，而李如松却败于倭兵。万历二十一年，李如松以十项罪名弹劾袁了凡，袁了凡被停职返乡。居乡期间又参与编修《嘉善县志》等。卒年七十四岁。天启三年（1623年），吏部尚书赵南星追叙袁黄军功，赠尙宝司少卿(从五品)。
着作.所着《了凡四训》，享誉后世，并被拍成大型《了凡四训电影》 与《了凡四训电视剧》 。
评论.王夫之曾批袁了凡对于经义的解释，识见狭小，引人错误。Sectio