任两江总督的何桂清，王有龄告诫何桂清勿弃城潜逃：「事棘时危，身为大臣，万目睽睽，视以动止。一举足则人心瓦解矣。」李秀成围攻杭州，城内无粮，亦无援军，有龄死守杭州两个月，城破时自尽殉难，李秀成感佩他的忠义，用好的棺木装殓其遗体送还清兵，一说厚葬。清朝追赠光禄大夫，谥壮愍，赐祭葬，入祀昭忠祠，并在死节地浙江、家乡福建专祠奉祀。欧阳昱称之为「城破殉难，晚节独胜桂清」。
轶事.相传红顶商人胡雪巖是攀附王有龄而成为商业鉅子，但王有龄的事蹟行传中，包括《清史稿》，几乎不见胡雪巖。安徽耆老口述，