涅瓦河两岸有一些小客运车站。它也是伏尔加─波罗的海水路与白海-波罗的海运河终点。圣彼得堡最高的桥樑是2,824米（9,265英尺）长的大奥布霍夫斯基桥，于2004年通车。5月到10月之间，水翼船往返圣彼得堡市中心与沿海城镇（喀瑯施塔得、罗蒙诺索夫、彼得宫城、谢斯得罗列茨克和泽列诺戈尔斯克）。在气候温暖的月份间，许多小船及水上计程车穿梭在圣彼得堡运河上。圣彼得路线公司经营两条渡轮路线，分别是赫尔辛基到圣彼得堡与斯德哥尔摩到圣彼得堡。
铁路.圣彼得堡拥有城际及市郊铁路网路，包含