壬午科举人，次年联捷进士，授吏部郎中。明亡后绝意仕进。永历元年（1647年），郑鸿逵与郑成功于福建泉州的桃花山会师。沈佺期与乡绅林桥升、郭符甲、诸葛斌举兵响应，十八年（1664年）退守铜山，来到台湾。郑成功礼遇之，被尊称为「中丞」沈佺期曾与陈士京、张煌言、徐孚远、卢若腾、曹从龙六人一同组成“海外几社”，诗词唱和。以医药济人，被称为「台湾医祖」，民间传有图画《沈中丞悬壶问世》。三十六年（1682年）秋卒。延平郡王祠有供奉其牌位。