年，就读于上海音乐学院附中，并升入上海音乐学院本科。师从沙汉昆、陈铭志、王云阶、黎英海等前辈学习作曲。1964年9月，转学入读中国音乐学院，1965年，于中国音乐学院毕业。毕业后，在中国音乐学院与中央音乐学院任教。1983年-1996年，先后担任中国音乐学院音乐研究所副所长，中国音乐学院教务处处长，中国音乐学院副院长，中国音乐学院院长等职务。樊祖荫还是《中国音乐》的主编，中国少数民族音乐学会会长和中国传统音乐学会副会长。