6年及1998年分别加入香港特别行政区筹备委员会委员和澳门特别行政区筹备委员会委员；同时，正式出任港澳办常务副主任，并且出席全国人大常委会香港特别行政区基本法委员会及全国人大常委会澳门特别行政区基本法委员会。1995年底，陈佐洱指责香港政府大幅增加社会福利开支，最终可能会「车毁人亡」，他亦因为此番话而为香港人所熟识。他认为，制止港英政府高福利政策而省下的钱成为后来香港特区政府抵抗亚洲金融风暴的救命钱。2009年，陈佐洱获香港公开大学颁授荣誉博士。2015年，陈佐洱批评香港在回归后没有依法「去殖民