崎第一个站起来，代表北洋大学全体学生表态坚决罢课，支持北京学生的爱国行动。孙越崎等人还发起成立了天津学生联合会。同年6月4日，在天津学生举行游行示威时，孙越崎和马骏、谌志笃、沙主培作为天津学生代表，前往直隶省长公署，与直隶省省长曹锐谈判，要求省长曹锐给北京政府发电报，让北京政府释放被捕的北京学生，并拒绝签署卖国条约。最终请愿取得胜利。此次罢课共持续三个多月。孙越崎等许多同学因为参加罢课而遭到北洋大学开除学籍。后来，孙越崎多亏蔡元培的帮助，方进入北京大学采矿系继续学习，于1921年毕业，获得工科学士学位。