在她任内与幕府保持良好的关系。1643年让位给异母弟后光明天皇，成为太上天皇，并由幕府方面得到每年五千石的贡米。明正天皇退位后又多活了50多年。明正天皇先后历经后光明天皇，后西天皇，灵元天皇，东山天皇四朝。直到元禄九年十一月十日（1696年12月4日）明正天皇过世，享寿七十二岁。谥号「明正」二字是由古代元明天皇与元正天皇两位女帝谥号各取一字，葬在京都的月轮陵。