使清朝，报告阮惠之丧，请求册封阮光缵为新的安南国王。景盛五年（1797年），吴时任奉命为国史监修，整理刊行吴时仕的《越史标按》。次年（1798年），奉命修筑北城文庙（今河内文庙），并建议景盛帝阮光缵实行各种考试。嘉隆元年（1802年），西山朝被阮福映推翻，取而代之的是阮朝。吴时任、潘辉益投降，被押至顺化。翌年阮福映命令将吴时任、潘辉益等人押至北城文庙前当衆鞭笞。因吴时任与阮朝大臣邓陈常有隙，邓陈常命人将其打死。
着作.吴时任着有《邦交好话》（又名《邦交录》、《邦交集》）、《