遗址南北长约100米, 东西宽约50米，文化层堆积中部厚, 南部薄, 厚30～175厘米，为典型的贝丘遗址。小珠山遗址距其东侧的吴家村遗址约300～400米，一条小河从两处遗址之间流过，小珠山遗址距黄海约为1300米。1978年, 辽宁省博物馆、旅顺博物馆和长海县博物馆曾对小珠山遗址等五处广鹿岛的史前遗址进行了小规模调查和试掘，并在1981年提出辽东半岛新石器时代文化可分为三个文化类型, 也即三期, 即小珠山上层、中层、下层文化。2006年5～8月、2008年4～7月，中国社会科学院考古研究所、辽宁