台湾府治移到省城，附郭地区（原彰化县东北部）设台湾县。原本的台湾府治及附郭则改为「台南府」、「安平县」。台湾府的府治所在地台湾府城涵盖今台南市中西区东半部、东区小部分及北区小部分，设省之后改设于新建的省城。台湾府的主官为台湾知府，建省前后分别受台厦道、台湾道、福建台湾布政使及福建台湾巡抚等官职制约。1895年，台湾被清朝政府依照《马关条约》割让予日本后，台湾府不再设置。
沿革.康熙廿三年四月十四日（1684年5月27日），康熙帝听从侍郎苏拜会同福建督、抚、提督的上疏，在台湾