三年（1887年）九月初八日皇帝同意此上疏，于是云林县成为台湾府所辖四县之一。云林县治先设于林圯埔（今南投县竹山镇）九十九崁上的云林坪，并因县治而得名，由准知县，也就是当时的斗六门县丞陈世烈来负责筑城相关事宜。之所以会选于此地筑城主要是因为此地是八通关古道的起点，与开山抚番政策有相当的关系。但因第二任台湾巡抚邵友濂认为县城的位置太靠近内山，1893年县治从云林坪移到了斗六门（今斗六市）。据连雅堂台湾通史：「云林县始于建省之时，则为抚垦之计尔，先是光绪十三年，划嘉义以北之地，经营新邑，择治于林圯埔（今竹山