亲近的类群为奇蹄目，其次为翼手目（蝙蝠）。勐兽类与奇蹄目共同组成朋兽类（Zooamata），再加上翼手目组成飞马勐兽类（Pegasoferae），而鲸偶蹄目则是牠们的外类群。后续发表的一些分子研究未能支持此观点，特别是 2011 和 2013 年分别来自中国和英国的两项系统发育研究，都得出飞马勐兽类及朋兽类不是自然分组的结论。因此，“勐兽有蹄类假说”获得了学界更多的支持，真有蹄类被认为是一个合理有效的演化支。“勐兽有蹄类假说”提出的劳亚兽总目内部的分化关系（根据线粒体 DNA、核 DNA 与蛋白质特征构