大学的研究携妻儿一起回到中国大陆，任北京大学副教授，并任国务院农村发展研究中心发展研究所副所长。他是中国第一位“海归”经济学家，并带回了整整30箱的西方经济学术资料，为中国的经济学研究提供了基础。1993年，林毅夫升任北京大学教授。1994年8月林毅夫与易纲、海闻、张维迎、张帆和余明德等6人在北京大学创办中国经济研究中心，林毅夫出任主任，是中国经济学研究的最前沿，也一直是中国政府决策部门重要的智库之一。林毅夫说，中国经济研究中心有三个定位：作为中国经济学教学的革新中心、作为中国改革开放的政策研究