于职业军人服从长官命令的特性，隔天他便要家人寄回物品并缴回退伍令，后于2002年2月升任为军管部司令。2002年8月6日陈邦治晋任二级上将，成为中华民国海军陆战队第一位二级上将。2003年2月1日转任总政治作战局局长，2005年2月1日再转任海军总司令，是中华民国海军史上第一位陆战队官科出身的总司令，也是海军建军以来第3位非传统舰艇作战兵科的总司令2002年3月因应国防二法实施，军管区司令部更名为国防部后备司令部，为使后备司令符合配置官职旗标准，国防部因此新增「后备司令旗」，并完成的修法程序。2