奉行小栗忠顺之托，大鸟与同为幕臣的、、等一同创立传习队。大鸟任步兵队长，负责士兵教育。10月23日，升任步兵头并（校级军官），负责的教育和训练工作。庆应4年（1868年）1月28日，晋升为步兵头。鸟羽伏见之战后，在江户城召开的会议（）上，小栗忠顺、、榎本武扬与大鸟等强硬派主张继续作战。2月28日，大鸟获擢升为步兵奉行（将级军官），成为幕府陆军高层之一（老中一人、若年寄两人、步兵奉行三人）。4月1日，江户开城，大鸟率领传习队撤出江户，经本所、市川，抵达小山、宇都宫与今市、、会津等地，与、土方岁三等抵抗分子会