6月新潮流系大老吴乃仁突然请辞台湾证券交易所董事长，2006年7月新潮流系成员史哲突然请辞行政院劳工委员会劳工保险局总经理，「是否受到媒体诸多负面报导而请离，值得国人细究」；2006年底的台北市议员选举，新潮流系新秀李伟民选前涉及贿选导致选后被起诉求处有期徒刑六年，而反贿选是民进党在选举期间的核心价值；所以，「以前的新系算是不错，最近瘟疫连连，就让系内成员与支持者共同反省吧」。2007年5月15日，中央研究院中山人文社会科学研究所助理研究员徐永明说，新潮流系在2007年民进党立委初选党员投票的表现不佳，