该铁路目前之资金来源为「林务发展及造林基金」，该资金目前尚有余额且仍有多座森林游乐园区收入持续挹注，应不致再短期内面临短缺；但表示该铁路目前由林务局与台铁共同营运之作法会导致相关单位之内部行政问题，因此双方最快在2017年3月订定完成相关移转计画并送交行政院核定。2017年6月15日，行政院核定阿里山森林铁路于2018年7月回归林务局，林务局将成立专责单位管理阿里山林业铁路。2017年7月5日，阿里山线奋起湖至十字路路段复驶。2018年3月10日，Google在台湾、香港及日本的首页涂鸦纪念阿里