得父亲旧部，佔领吴会以报父仇，并留孙翊在内的家属给张纮照顾。
继兄人选.孙翊性格骁悍果烈，有其兄策之遗风。吴郡太守朱治举荐为孝廉。孙翊严厉急躁，喜怒随心所欲，朱治常常用道义向他责备数说建安五年（200年），与二兄孙权俱受司空曹操征辟。不久孙策去世，临死前张昭等大臣希望孙策将兵权交给个性与孙策相似的三弟孙翊，但是孙策却属意二弟孙权，将印绶兵符交给了孙权。
镇守丹杨.建安八年（203年），舅父吴景因已故骤逝，孙翊以偏将军领丹杨太守，时年二十。当初孙权杀吴郡