制国时代属于近江国甲贺郡，742年圣武天皇开始在本地的紫香乐村建立离宫，743年圣武天皇行幸至此后，将此定名为紫香乐宫，并以此地做为皇居，直到隔年再迁至难波京为止，这段时间本地也成为日本实质上的政治中心。在战国时代本地为自治性很强的地区，除了发展出甲贺流忍术，甚至曾发展出，以合议的方式处理地区的问题。战国时代末期中村一氏获得甲贺郡的领地后，曾在此建立，此后水口冈山城又曾先后交由增田长盛、长束正家；1600年关原之战中，由于长束正家加入西军，在西军战败后水口冈山城遭到废除，此地区在接下来的八十年间成为幕府