朝时，又改称为应天府，为明朝初期的首都，辖区大致相当于今日江苏省的南京市、句容市及溧阳市。明朝政府迁都北京后，应天府为南直隶首府。清朝顺治二年改称江宁府，初期为江南省省会。康熙六年（1667年），江苏省、安徽省分别建省直到清末，江宁是统辖江苏、安徽、江西三行省的两江总督驻地，和江苏巡抚驻地苏州府同为江苏省省会。同时，又在江宁设立江宁布政使，管辖江宁府和江苏省长江以北的扬州府、淮安府、徐州府、海州直隶州、通州直隶州和海门厅。管辖安徽民政的安徽布政使也曾长期驻扎在江宁。城东明故宫旧址驻扎有八旗军队，设江宁将