些拥有优良港口的城市的失守对岛上的穆斯林统治造成了沉重的打击。最终，1091年，处在西西里最南端的诺托以及阿拉伯人最后的据点马耳他岛被攻占，使得诺曼人完成了对整个西西里的征服。在整个11世纪，地中海地区的穆斯林势力开始不断地衰退。神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世采取了很多压制性的措施，以此来取悦那些害怕伊斯兰势力靠近教宗国的教皇们。这最终导致了西西里穆斯林的起义，而起义反而引发了有组织的抵抗和系统性的报复，标志着伊斯兰教对西西里岛的影响进入了尾声。在霍亨斯陶芬王朝的亨利六世（Henry VI）及其子腓特烈二世