高层易人，刘源及河南省委在六四天安门事件中的态度不仅使刘源本人的仕途受挫，连整个河南省也遭一股势力大肆攻击。在六四天安门事件后的20年间，河南省几乎没有中央任何利好政策，经济、教育遭打压。
迁职军界.1992年5月，刘源任武警水电指挥部第二政委兼水电指挥部副主任，率部参加长江三峡水利枢纽工程建设，被授予武警少将警衔。离开河南省那天，刘源没有声张，只是去了新乡七里营乡刘庄村告别，许多人还是跑到郑州火车站为他送行。1998年任中国人民武装警察部队副政委。2000年晋升武警中将警衔。