南北对峙的前沿：北方的金和南方的南宋。1161年金朝海陵王完颜亮出兵伐宋，在今安徽马鞍山采石大战失败。1234年，金亡于蒙古帝国。1276年，元军攻占南宋京城杭州，淮西制置使夏贵投降，安徽全境归大元。
明朝.1368年，明太祖朱元璋建立明朝。由于定都于金陵应天府（今日南京），现今的江苏省和安徽省直属中央六部管理，称为“直隶”。该区域跨长江和淮河南北，首次将经济和文化差异很大的广阔地区，包括今安徽北部朱元璋的家乡凤阳，今安徽南部多山的徽州，和今江苏南部以富裕着称的太湖流域，都划归同一