为室町幕府位于京都，其政治色彩又开始复甦，另一方面为发展经济，还衍生出所谓的「町众」阶层，是一种由富商及市绅所组成的自治团体。在开启日本战国时代的应仁之乱中，京都几乎被烧尽。此后被卷入战乱中，一时衰弱下来。这时候的京都，分为上京和下京。在这之后，在织田信长和丰臣秀吉的保护以及「町众」的支持下，又逐渐复兴。特别是丰臣秀吉对都城进行了大规模的改造，对散落在各处的寺院进行建设，现在在京都的都市构造中还能看到当时的痕迹。17世纪政治中心转移到江户（今东京），京都人口超过50万，成为继江户、大坂之后的日本第三