代表陪同下，搭乘汽船溯河进入广东英国长老教会地点，会议成员建议马偕前往汕头，但汕头当时已经有平信徒史密斯先生（Mr. Smith）负责佈道。经过一段时间的考察，马偕决定到淡水宣教。1871年12月30日，马偕抵达台湾打狗（高雄），当时打狗旗后医馆由万巴德医生（Dr. Patrick Manson）的弟弟万大卫医生（Dr. David Manson）接管。当时台南二老口街（现今启聪学校博爱堂附近）的医馆由德马太医生（Dr. Matthew Dickson）负责，马雅各医生已于1871年11月离开台湾返回英