正在商议行动的宫部一派，近藤勇、沖田总司、永仓新八、藤堂平助首先冲进去厮杀，以十人歼灭池田屋里面尊王攘夷派人士约三十人，后世称为池田屋事件。得知消息后的幕府公开致赠感谢状与赏金表扬新撰组功劳。禁门之变后，近藤勇为了募集团员归乡。随后接纳伊东甲子太郎入队。庆应元年（1865年），侍奉永井尚志前往广岛。接着庆应三年，近藤勇正式成为旗本，并得到御目见得(可与将军面见议事)的身分，近藤勇可以幕府代表的身分与各要人谈判交涉。庆应三年（1867年）3月20日，伊东甲子太郎以监视萨摩藩名义组织御陵卫士，与新撰组分离。