之作法会导致相关单位之内部行政问题，因此双方最快在2017年3月订定完成相关移转计画并送交行政院核定。2017年6月15日，行政院核定阿里山森林铁路于2018年7月回归林务局，林务局将成立专责单位管理阿里山林业铁路。2017年7月5日，阿里山线奋起湖至十字路路段复驶。2018年3月10日，Google在台湾、香港及日本的首页涂鸦纪念阿里山林业铁路通车106年。同年3月12日阿里山林业铁路因故停驶，直至同年6月27日才恢复正常营运。2018年6月27日，林务局强调阿里山林业铁路回归林务局后随行