成化三年（1467年）明宪宗召商辂入京，恢复其内阁官职。商辂疏辞，宪宗称：「先帝已知卿枉，其勿辞。」商辂于是进言陈勤学、纳谏、储将、防边、省冗官、设社仓、崇先圣号、广造士法凡八事。得到宪宗嘉奖採纳，而当时罗伦、孔公恂等均恢复官职。次年，天有彗星，给事中董旻、御史胡深等弹劾朝中不称职的大臣，言及商辂。御史林诚诋毁其曾经参与易储，不宜用，宪宗不听。商辂因此求罢免，宪宗大怒，命朝廷逮捕言官，并欲加重谴。商辂则称：“当时我曾经请陛下宽待言官，现在又指责他们，恐不公允。”宪宗欣慰，只是廷杖董旻几人后恢复官职。之