。从1952年至1966年，他一直担任上海同济大学建筑系副主任、教授。1958年，由梁思成教授推荐，黄作燊参加了北京十大建筑设计，因为时代的限制，黄的设计方案未被录用。同年，梁思成邀请黄作燊在清华大学建筑系任教，黄谢绝，仍回到同济大学。1966年文化大革命开始，黄作燊与家人饱受迫害，被同济大学红卫兵指控为国际间谍、反动学术权威等，多次被批斗，其上海安亭路故居，曾被上百名同济大学红卫兵作为“反面教材”参观。1968年“清理阶级队伍”，黄和妻子被隔离审查近一年，释放后身患重病。1975年病逝，享年60岁。1