堑地区原住民旺盛的贸易企图，使其成为荷兰时代中后期最有价值的岛内运输港，清初的竹堑地区也难以在短时间内蓬勃崛起。
明郑.明永历十五年（1661年），明军进攻台湾，杨祖率左先锋阵军队于新港仔以及竹堑一带屯垦。几个月后，台湾中部的大肚王国击退明军，杨祖受伤败回赤崁。汉人直至1711年以前，再无于新竹地区进行有效的屯垦经营。1681年，明军为了准备与清军攻台湾的战争，积极修筑防御工事并征调各地的原住民，各社原住民不堪其苦，纷纷反叛，杀通事并抢夺粮饷，攻击往来商人。郑克塽指派亲军陈绛率