与其合作、参加“三自”的基督徒（如郑惠端），谈话不久后即被公安机关逮捕。1958年，上海市实行基督教联合礼拜，徐汇区原来分属于中华基督教会、圣公会、卫理公会、基督复临安息日会、灵工团、自立会、五旬节圣洁会、灵粮堂的17座基督教新教教堂的信徒都集中到上海国际礼拜堂和救主堂实行联合礼拜，李储文继续担任该堂牧师，但是由黄培永任联合礼拜主席。直到1966年8月，文化大革命爆发，上海各礼拜堂的神职人员无一幸免，均遭到残酷野蛮的批斗，这时李储文才被迫向批斗他的红卫兵公开表明了自己共产党员的身份，随后被有关部门保护起来。