12月，孙连仲调往首都南京，任首都卫戍司令。12月16日，行政院第24次会议决议，接受河北省政府委员兼主席孙连仲辞职，免除相应的“本兼各职”。1949年3月，随国府迁台。
晚年.此后，历任总统府战略顾问、总统府国策顾问、中国国民党中央评议委员、中国国民党中央纪律委员会委员，并和庞炳勋合开餐馆度日。1990年（民国79年）8月14日，孙连仲在台北市病逝。享年98岁（满97歳）。