振苏教授、陈十一教授先后应聘为长江计划特聘教授和实验室负责人。2000年，经国家科技部批准，实验室改名为湍流与复杂系统研究国家重点实验室。2001年，固体力学、流体力学、一般力学和力学基础被确定为教育部重点学科。2004年，生物医学工程专业作为北京大学力学与工程科学系的新增研究生专业正式招生。截至2002年，先后在北京大学力学与工程科学系工作的教职工有453人、博士后有65人；先后在北京大学力学与工程科学系学习的本科生有2829人、硕士研究生有507人、博士研究生有156人，总计3492人。