民国三十九年（1950年）废县辖区由县直辖乡镇。民国七十年（1981年）马公镇升格为县辖市，全县辖有1市（马公市）、5乡（湖西乡、白沙乡、西屿乡、望安乡、七美乡），共有6个乡市。
政治.
县政机关.澎湖县政府是澎湖县的行政机关，在中华民国政府架构中为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项，澎湖县的自治监督机关为行政院各部会（主要为内政部）。县长由全体县民直接选举产生，任期为四年，连选可连任一次。澎湖县政府并置县政会议，为县政最高决策机构，在县长及副