党部以「所携证件不符规定」为由拒绝，其后他支持谢长廷竞选市长。2007年尤清出任中华民国驻德国代表，9月9日抵柏林履行职务。着作有《监察院春秋》、《立法院风云》、《尤清选集》、《尤清对话》、《你站在哪一边》等书。2010年5月23日，民主进步党第13届党主席选举尤清获总得票数8406票及得票率9.71％，败给寻求连任的蔡英文。这场选举的电视政见发表会协商会议，蔡英文连续缺席三场，自称受蔡英文指派代理出席的新潮流系刘进兴强硬要求尤清接受蔡英文阵营开出的条件，引发尤清不满。|-