入锦田平原东部后，分别在金钱围和港铁锦上路站附近，与流经清潭水塘和河背水塘的支流汇合，再于高埔村与源自观音山的支流（石岗河）汇合，最后在南生围与大生围之间及甩洲以南，与山贝河汇合流出后海湾。锦田河河道改善工程完成后，下游会汇合元朗排水绕道，以及源于牛潭尾一带的排水道；而位于南生围鱼塘内的一段旧锦田河，河水仍可如常流动至山贝河。
河堤道路.河道治理工程完成后，新的干流和支流两岸遗下当年给予工程车辆使用的道路，这些道路与区内道路连接，间接为元朗平原提供额外的道路网络。干流（雷公