后金井先返回满洲国新京。太平洋战争爆发，日军占领新加坡后，金井曾到新加坡研究英国的东亚政策。1942年4月，金井回到东京。1943年4月，金井出版《满蒙行政琐谈》一书。日本投降后，金井一度为“公职追放”对象，1947年后解除。东京审判时，金井曾经就蒙疆的鸦片种植问题出庭作证。1948年，金井在日本杂志《文艺春秋》上发表《在沙漠中创建国家之事》一文。1961年3月11日到5月1日，金井在日本的《信浓每日新闻》分40回刊登“至蒙古自治政府成立”的回忆录。昭和42年12月3日金井章次去世，享年81歳。