沈有容都司一方面派人侦察敌情，了解气候、风向、海流情况，另一方面造船、练兵、储粮。同年冬，福建巡抚朱运昌发密札令“剿东番倭”，沈有容率24艘军舰渡海前往台湾，大破倭寇。焚沉倭寇船只6艘，斩首15级，夺回被掳男女370余人。沈有容在大员驻扎二十多天，随行的陈第根据台湾当时的原住民风土民情写成《东番记》一文。
荷、西、汉人在台湾.1604年，荷兰人韦麻郎佔领澎湖，明浯屿都司沈有容率兵船五十艘（约两千人）到澎湖，要求韦麻郎离开。由于双方兵力亦相差悬殊，韦麻郎于12月15日离开澎湖，转往台