1岁丧父后，由曾经念书的六叔蔡铭恩（茗珊）指导学习《史记》、《汉书》、《文史通义》等等。1883年，17岁的蔡元培考取秀才后，开始博览群书。1884年，18岁的蔡元培设馆教书。1885年，到杭州参加乡试。清光绪16年（1890年）庚寅恩科贡士，因故未参加当年殿试，光绪18年（1892年）壬辰科补殿试，中二甲进士，同年五月，改翰林院庶吉士。光绪二十年四月，散馆，授翰林院编修。中日甲午战争爆发，《马关条约》签订后，蔡元培深受震动，开始广泛涉猎译本书报，留心时事，学习日文和西学，同情维新派。S