媞子内亲王并不长命，在成为女院的5年后，于堀河天皇朝永长元年八月，崩御于六条院，得年仅21岁。根据史书上记载；「上皇最爱门院（指媞子内亲王的院号郁芳门院），居则同宫、行则同车」，显示出白河天皇相当宠爱媞子内亲王。媞子内亲王死后，和亡母—藤原贤子共同长眠于上醍醐陵。