以私校之实，收费却为公校标准，引发公立国中不满。又因中华民国教育部每年耗资数亿新台币经费补助各该四校，被质疑资源分配不均，代用国中续留与否引发争论。2015年时，云林县县长李进勇即指出：代用国中「考量时代需求不同，将确实检讨是否有存在必要」。台南市议员王家贞即于2020年指出，「代用国中的存在，已不具时代意义」。教育部于2000年相关会议结论认为，考量四所学校「继续代用之意愿」，继续代用，不再转型，「如各校自愿转型，本部亦乐观其成」。代用国中之一东南国中校长戴渝2005年接受云林县议员质询时，认为若