主义者的判决感到愈发沮丧。也正是此时，他打着“反谍计划”的幌子，开展起一个肮脏的秘密项目。该项目在1971年被曝光前，始终运作着。这次丑闻使得胡佛领导下的联邦调查局因此遭到了自成立以来最尖刻的批评。反谍计划最早被用来瓦解美国共产党，后来又被用来对付诸如黑豹党、马丁·路德·金组建的南方基督教领袖会议（SCLC），三K党，新纳粹主义者组织美国纳粹党以及其他团体。它的破坏手段包括渗透，盗窃，非法窃听，伪造文件和散布针对目标组织主要成员的谣言。一些作家认为联邦调查局在反谍计划中运用的手段还包括煽动暴力和谋杀。1