策返回江东自立。太傅马日磾在寿春，辟朱治为官吏，升为吴郡都尉。当时吴景在丹杨任官，而孙策受命为袁术攻打庐江，刘繇深怕为袁术、孙策所吞併，产生误解、猜疑。但孙策的家人都在州中，于是，朱治派人到曲阿迎接孙策母亲及孙权等幼弟，提供养护，对孙家甚有恩惠。后朱治从钱唐想进至吴，吴郡太守许贡在由拳抵抗他，两军发生战斗，大败许军。许贡南逃投靠山贼严白虎，朱治遂进入吴郡，代领太守事务。孙策成功平定江东，197年，朱治被举为孝廉。200年孙策被许贡门客所伤，不治。朱治与张昭、周瑜等继续帮助孙权。202年，孙权表朱治为吴郡