以后汤岛圣堂建有文部省，国立博物馆（现在的东京国立博物馆和国立科学博物馆），东京师范学校（后更名东京教育大学，最后成为现在的筑波大学）东京女子师范学校（现在御茶水女子大学）。后来文部省搬往霞关，国立博物馆搬往上野，东京师范学校搬往文京区大冢现在搬到茨城县筑波市，东京女子师范学校也搬到文京区大冢。现在汤岛圣堂部分土地上兴建了东京医科齿科大学。大成院的建物本来仿造中国式样，油漆成红色的柱子，外观为绿色。1799年（宽政11年）按水户孔庙改建建筑物涂成黑色。1922年汤岛圣堂被指定为国家级历史遗迹。1