次发生哗变，杨岳斌无法解决问题，遂于1866年请辞，清廷改派左宗棠接任陕甘总督。1866年，回军攻陷靖远县城。有断言以为「“汉人”死者男妇约十万」。1867年四月，回军攻陷合水县城，「人民杀毙饿死者十有六七」。
回军败亡.左宗棠接任陕甘总督后，认为「进兵陕西，必先清关外之贼；进兵甘肃，必先清陕西之贼；驻兵兰州，必先清各路之贼」。左宗棠首先进攻捻军，1868年西捻军被平定后，左宗棠回到陕西进攻回军。有鉴于前任杨岳斌因粮饷不足而一筹莫展，左宗棠计划推行屯田，以及从外地买粮运入陕甘。