铁路均已复线电气化，并备有电动列车川行。位于东马的沙巴设有一条蒸汽式铁路，从丹南至该州首府亚庇，而砂拉越则没有铁路。吉隆坡是目前该国唯一设有城市轨道交通的城市，系统综合了各种交通载具如、通勤列车、轻快铁、单轨铁路、捷运和快捷巴士等城市轨道交通，位于十五碑的吉隆坡中央车站是该国最大的火车站和公交枢纽，备有通往吉隆坡国际机场（机场快铁）和梳邦机场（天空花园线）的机场铁路服务。此外，乔治市、新山和古晋也有意建造城轨系统，其中新山将会设有以快捷巴士为主的公交系统，并有一条地铁线通往新加坡；乔治市和古晋则有待中央