于是提出新建议，将条约中第三方的法国公司踢开，结余的款项付给哥伦比亚。哥伦比亚参议院在谈判中意图诡诈，罗斯福对于欺骗法国公司的做法感到厌恶。1903年，罗斯福做出最后决定，出于对巴拿马运河利益的考虑，支持巴拿马独立。独立战争仅持续了几个小时，哥伦比亚军人每人接受了50美元的贿赂，便放下武器。1903年11月3日，巴拿马共和国诞生，启用美国事先起草的宪法。不久，美国与巴拿马缔约，以美金一千万元的代价拥有巴拿马运河的开发和使用权。1904年运河工程开工，1914年竣工。
远洋舰队与远