对于清政府的腐败痛心疾首。故此，邓荫南和兄长邓灿加入了当地三合会组织，致力于反清事业。1894年，适逢中日甲午战争，清政府在战败日本后被迫签下丧权辱国的马关条约，倍加邓荫南对清政府的不满。同年10月，孙中山到檀香山宣传革命运动，经孙眉介绍下，邓荫南初与孙中山接触。邓荫南比孙中山年长20岁，但被孙中山的革命思想和远见所深深感动。同年11月，邓荫南加入孙中山革命事业的重要组织兴中会，同时参加在何宽家中举行的兴中会成立会议，更被选为兴中会副主席。邓荫南擅长打猎，枪法准绳，懂得自制炸药、炸弹，甚得赏识。而在兴中会中