并连年征战，史称五胡十六国时期。东晋虽然是司马氏政权的延续，但司马氏在政治上威望不高，朝廷由世族大家把持，最先的一个乃出身琅琊王氏的王导，其后又有陈郡谢氏的谢安、谢玄等等。而世家大族中的代表者有南下的王、谢、袁、萧等侨姓，和本身居于江南的朱、张、顾、陆的吴姓。最初东晋有赖权臣王导主持大局，一方面拉拢江南士族，一方面又安排予从中原南下的士族，并以司马氏作为共同拥戴的对象，司马氏实际上成为傀儡。晋哀帝曾自嘲政治大事就日后篡晋自立的桓氏（桓楚）主导，自己则只负责宗庙祭祀等小事。世家大族本身并不真正忠于司马氏，