被廷杖六十，罢黜为民。夫人郑氏误信石星被杖毙，竟触柱而死。万历初年（1573年）重新起用为给事中。历官大理丞、太仆卿。万历十八年（1590年）改任户部尚书。官至兵部尚书。纳浙人李茂之女为妾，结识沈惟敬。万历二十年（1592年）日本丰臣秀吉入侵朝鲜，占平壤，明军赴朝鲜增援，日军退守釜山，是为朝鲜之役。石星一意主和，派沈惟敬到平壤和小西行长谈判，并佯言秀吉恭顺受封。副总兵杨元弃南原而走，日军逼近汉城。不久，日军破朝鲜闲山岛，万历帝大怒，逮捕石星下狱，死于狱中。