清光绪年间，刘铭传担任台湾巡抚时，湖南勇到台湾驻守防御法国（中法战争），同时带来瞿公真人神像，作为医神，保庇伤兵。刘铭传重视士兵的信仰，就把瞿公真人神像供奉在台湾巡抚衙门，并规定士兵若欲参拜可直接进入衙门参拜，不必通报。清光绪十三年（1887年）在台北府城北门外建庙（庙附近为清朝机械局）。台湾日治时期日本人拆除旧台北城墙后，此庙迁到今日的天水街。明治三十一年（1898年）以板桥林家林祖寿之名重建，当时庙址为大稻埕得胜街33番地。板桥林家对瞿公真人之信仰传说与求子顺利有关，不过说法有二。一说刘铭传推荐林