秦始皇二十一年（前221年），始置棠邑县。隋朝废北周时所置六合郡，开皇四年（584年），废尉氏县、堂邑县、方山县，合为六合县。唐朝时，属扬州、广陵郡。明代之前多属扬州，洪武二十三年（1389年）始属应天府（治所在今南京市）。1949年1月25日，中华民国政府六合县县长周君轸逃往南京。26日，中共江淮军区第一军分区司令员艾明山等人率部进入六合县城。同日，中共六合县委、县政府迁进县城办公。27日，成立六合县军事管制委员会。中国共产党政权全面接管六合县。1966年3月15日，六合县、江浦县、仪征县、金湖县