于晚10时许宣告不治，享年58岁。于尚清的儿子于嘉在父亲去世后写到：“2014年11月6日22时15分，父亲带着不舍离开了我，谢谢这些日子大伙的不离不弃，谢谢那些鼓励，在我生命里是一段永恒。”于尚清逝世后次日（11月7日），中国公安部常务副部长杨焕宁，副部长黄明先后作出批示，要求相关部门安排好于尚清的后事，照顾好家属。追悼会于12日举行。