外，扎伊尔更名“刚果民主共和国”。1998年，刚果新政权排挤卢旺达势力，卡加梅转为支持新叛军，引发第二次刚果战争，战争持续到2003年，导致数百万人死亡和极其严重的破坏。2010年，联合国发布报告指控卢旺达爱国军在两次刚果战争期间大规模侵犯人权，犯有危害人类罪，卢旺达政府否认指控。2015年，卢旺达政府向乌干达支付赔偿，补偿卢旺达内战期间该国边境地区所受破坏。