是相当实用的。这个重组体系由单个酶组成，即可以让一对被称为Lox序列的短目标序列进行重组的Cre重组酶，除此之外不需要插入其他的额外蛋白或序列。Cre重组酶和源Lox序列（即LoxP序列）是从P1噬菌体中获取的。通过合适地插入Lox序列可以使特定基因活化、沉默或者和其他基因交换位置——在DNA的层面上，许多操作都可以进行。Cre酶的活性可控，可以使之只在一种特定细胞类型中表达，也可以使之由特定的外部刺激（如化学信号、热刺激）触发表达。这些特异性DNA修饰对细胞系追踪以及有致命性的突变研究十分有效。