扶助基金会除总会外，目前共有22个分会。除最早于2004年7月1日受理民众申请时同时于台北、台中、台南、高雄、花莲等县市成立的5个分会外。2005年1月又于桃园、新竹、彰化、宜兰、台东等5县市成立分会；在发起律师的坚持下，该年7月，又快马加鞭地增设基隆、苗栗、南投、云林、嘉义、屏东、澎湖、金门以及马祖等9个县市的分会。2006年12月，再成立板桥分会（现已更名为新北分会），并于2009年8月31日成立士林分会，2017年8月成立桥头分会，以及2018年3月12日成立原住民族法律服务中心，为弱势的民众服务。