与犹太人的关系.若望保禄二世曾经发表过一些有关教会与犹太人关系的演讲，并经常对在犹太人大屠杀牺牲的犹太人表示敬意。1979年，他成为了第一个访问波兰奥斯威辛集中营的教宗。他是少数在犹太文化下长大的教宗。2000年3月，他访问耶路撒冷，他说：「犹太人是我们信仰上的兄长。」一些人认为这是承认天主教由犹太教所分出来，而耶稣最早的跟随者是犹太人。　
修补与东正教的关系.1999年5月，若望保禄二世受罗马尼亚东正教宗主教之邀，访问罗马尼亚。5月9日，他与泰奥克蒂斯