暴露的结缔组织发生复杂的生物作用和化学作用而形成溃疡创面，从而形成口腔溃疡。但这只是口腔溃疡的一种形成原因之一，不排除其他的致病性因素所造成的口腔溃疡问题原因的存在。
病因.已知的致病因素包括柑桔类水果（比如橘子和柠檬）、口腔物理创伤、急速减肥、食物过敏、免疫反应等等。维生素B1、维生素B2、维生素B6、维生素B12、锌、铁以及叶酸（维生素B9）缺乏也可能造成复发性口内炎。硝烟酯和某些化疗也被发现同口内炎相关，也有研究显示口内炎同对牛奶过敏有关联。口内炎是贝歇氏症（Behçet's