9年）时，通判韩蜚声重修，并于后院建魁星楼；道光九年（1829年）春，通判蒋镛与副将孙得发捐俸倡修，同时将魁星楼移建到今址。同治十二年（1873年）名儒林豪将魁星楼命名为「登瀛楼」，该楼后于光绪元年（1875年）在董事蔡玉成邀集下修建，隔年冬天落成，当时山长施槃为此着有〈登瀛楼落成记〉。然而后来书院因光绪十一年（1885年）的中法战争而受到战火破坏。1895年3月，日军佔领澎湖后，一度将书院作为野战医院使用，后于昭和六年（1931年）当地人重修后改为孔庙。二次大战后，澎湖孔庙于1963年重修，仅有魁