“以土官治土民”，承认各少数民族的世袭首领地位，给予其官职头衔，以进行间接统治，专制朝廷中央由于实力不够，敕诏命令实际上并没有能够得到实施。有些土官以世袭故，恣肆虐杀百姓，为患边境，“汉民被其摧残，夷人受其荼毒。”。甚至土司家族内部发生械斗或是战争，康熙三十八年（1699年），东川彝族禄氏家族因争夺土府继承权，互相残杀。
过程.为了完全控制西南少数民族，以解决土司割据的积弊的名义，明清两朝的君主，开始酝酿解决这个问题。改土归流一般采取两种办法：“一是从上而下，先改土府，后改土州