创校校长、以及在香港高等教育发展方面的表现，他先后在1967年和1973年获英廷颁授CBE（名誉）勋衔和KBE（名誉）勋衔。鑑于他本身持有中华民国国籍，后来入美国国籍，并非英国国籍，因此两项勋衔均属名誉性质。此外，他在荣休当年也获中文大学校方特别颁授荣誉法学博士学位，而其他曾向他颁授荣誉博士学位的大学还包括香港大学、美国的密歇根大学、马奎特大学和匹兹堡大学、以及加拿大的西安大略大学等。李卓敏卸任中文大学校长前，中文大学校董会还特意把筹建中的医学院基本医学大楼命名为「李卓敏基本医学大楼」。大楼由港府全数拨款资