民国政府即举行未公开之审判，初判将读书会成员中「涉案情节重大」的郭琇琮、吴思汉、谢涌镜、邓火生、王耀勋、朱耀珈、许强、高添丁、张国雄、卢志彬等10名判为死刑。9月21日，台湾省保安司令部将所谓「匪台北市工作委员会叛乱案」的判决书 呈报国防部总政治部主任蒋经国，最后定夺。 因为国民党党内政治气氛更为紧缩，台湾政府又将初判时12年的刘永福、蔡炳、李东益3人与无期徒刑的谢桂林四名被改爲死刑，加上蔡瑞钦因他案遭枪决，于是牵涉该案而执行死刑的一共增加爲15名。另外，则有谢新杰、林义旭、林丽南、高明柏、杨成吴、吕聪明、