920年，中华民国海军总司令蓝建枢倡议集资重修昭忠祠，并由陈兆锵主持修缮，并合原九冢为一坟，并将中日甲午海战中福建籍的阵亡将士入祀。1984年再次大规模修缮。昭忠祠的现建筑坐西北向东南，包括了戏台、前殿、后殿等建筑，均为福州式的穿斗式木构架、双坡顶、带风火墙的结构，祠南侧为墓，长49米，宽10.9米，高1.03米，墓前方形拱顶亭有“光绪十年七月初三日马江诸战士埋骨处”石碑。目前，昭忠祠连同烈士陵园和中坡炮台一起被辟为马江海战纪念馆。