卓变形虫属的物种以细菌、藻类与其他原虫为食，甚至可能食用一些多细胞的无嵴椎动物，与其他变形虫一样透过吞噬作用，由伪足将食物包围，形成一囊泡，再以酵素分解消化。吞噬作用可在细胞膜各处发生，不具有等专司吞噬的区域。变形虫科的类群大多不具在环境不利下形成囊体以进行休眠的能力，"C. illinoisense"是本属已知唯一会形成囊体的物种，其囊体直径约250微米。亦有早期的报导指卡罗来纳卓变虫可形成囊体，但受到一些学者的质疑。