娜基莉为沖绳县地区带来了强风及大浪影响，沖绳县地区普遍波高达到4-6米，部分地区甚至高于7米。沖绳县气象局对除久米岛以外的区域发出了暴风警报。
北海道、青森.娜基莉在其热带气旋生命史时并未对北海道或青森县产生影响，但其在日本海的锋面对北海道及青森县产生强降水及强风，北海道的上川郡及留萌郡数个测站同样打破历史极值。北海道不少地区出现了山体滑坡，洪涝灾害。
参见.同期出现的西北太平洋热带气旋：带有季候风低压特征的热带气旋：