共和国成立后就废除了作为封建领地的旗组织，只保留了艾马克和苏木，仅并入俄罗斯联邦的图瓦保留了旗的称唿，成为次于共和国的行政区划。
中华人民共和国.1945年日本无条件投降后，中共政权和国民政府开始争夺，包括今内蒙古自治区在内的东北地区。中共的部队与党政干部开辟内蒙古与蒙汉杂居区。1948年时，中共政权基本已管辖东北全境。与国民政府相比，中共政权更为强势。在蒙古王公、札萨克丧失统治权的因素下，中共政权得以用联合政府的名义解决旗县并存的问题。如在敖汉旗和新惠县，成立“敖汉旗-新惠县联合