认为“寸磔忠贤，不足尽其辜”但是熹宗未採信，批覆“是欲屏逐左右，使朕孤立”。魏忠贤恨甚之，于是妄兴汪文言狱，以“党同伐异，招权纳贿”等罪名，逮捕杨涟等人入狱。七月，杨涟与左光斗遭酷法拷讯，五日后，竟惨死狱中，时年五十三岁，死前书《狱中绝命辞》。左光斗、魏大中被打死后均体无完肤。杨涟被阉党锦衣卫都指挥佥事许显纯以铁钉穿脑，当场毙命，死状最为惨烈。当其遗体被家属领出时，全身已经溃烂。
身后.明思宗即位之后，诛灭魏忠贤等阉党，并为杨涟等人平反冤案。杨涟赠太子太保、右都御史，谥为忠烈，其子