常在分子生物化学中用于修饰糖类环的目的，因为许多五元和六元糖具有邻位二醇。 从历史上看，它也被用来确定单糖的结构。 高碘酸盐的裂解可以以工业规模进行，以形成在造纸中使用的。 
氧化反应.高碘酸盐都是强氧化剂。 它们可以氧化邻苯二酚成1,2-苯醌，把对苯二酚氧化成1,4-苯醌。 硫化物也会被它们氧化成亚砜。 高碘酸盐的氧化性很强，可以制备其它强氧化剂如：高锰酸盐， 四氧化锇和四氧化钌。
利基用途.高碘酸盐对于某些钌基氧化物是有高度选择性的蚀刻剂。