成大量货物不断积压，加上与停机坪服务营办商缺乏协调，使混乱问题更加剧。亚洲空运中心其后与毗邻的机场空运中心作出安排，在后者分拆、贮存和收集积压的货物，使严重挤塞情况逐渐纾缓，积压的货物到1998年8月13日清理完成。由于亚洲空运中心的运作及系统规模较超级一号货站为小，因此遇到的困难及影响亦较为有限。亚洲空运中心一号货运站的最高处运量为每年42万公吨，但由于航运业急速发展，中心在2004年的处理量已达55万公吨。亚洲空运中心有限公司于2004年6月3日宣佈耗资17.5亿港元增建以多层仓库设计的二号货运站，