座菌目的物种通常是由它们颜色鲜艳的，或产生孢子的结构来确认。这些颜色通常是黄色，橙色或红色。
地位未定属.根据Lumbsch等人(2007)发表的《2007年度子囊菌大纲》，以下各属虽然属于肉座菌目，但并未指属于任何一个科（即地位未定，"incertae sedis"）：