由几种蛋白质形成细菌细胞膜内部和外部之间的通道。通道传输系统包括三种蛋白质：、（MFP）及（OMP）。此分泌系统可以输送各种不同的分子：从离子、药物、到不同大小的蛋白质（20-900kDa）。所分泌的分子可以从大肠桿菌的肽大肠杆菌素（10 kDa）到萤光假单胞菌的细胞粘附蛋白（900 kDa）。
分子注射器.有些细菌（像沙门氏菌属、志贺氏菌属等）可以透过分子注射器（molecular syringe）注射养份或毒素到其他单细胞生物的细胞中。最早是在鼠疫桿菌中发现此机制，而且证实可以