贝奈斯从苏联返回家乡，实际上又恢复了他总统的职位。他的这个第二次任期的主要任务在于重建捷克斯洛伐克为一个统一的民族国家。1945年5月16日贝奈斯回到布拉格后在布拉格老城对许多欢迎他的人发表演讲说：1945年10月14日他在另一次演讲中说：在波茨坦会议上美国、英国和苏联同意使用“人道的手段”对德国人的强迫迁移。贝奈斯签署的贝奈斯法令中不仅宣布驱逐德国人和匈牙利人，而且因为他们是“卖国贼和（德国的）合作者”以及是不受欢迎的民族而无补偿没收所有财产。此外捷克斯洛伐克的部分企业被国有化。按照这个法令在19