有医疗价值，如灵芝、云芝、桑黄、茯苓及冬虫夏草等。药用真菌如灵芝、樟芝等多富含多醣体及三萜类化合物；在传统医学的观点，认为有解毒、活血、增强免疫力、消炎、抗癌、延年益寿等功效，至于实际的功效仍需要进一步的研究。一些菇类也可被当作食品，如香菇、洋菇、金针菇、松茸、松露和木耳等。
毒菇.相对于食用菇，也有许多对人类有害的毒菇；已知的如：有致命毒性的鳞柄白毒鹅膏菌、毒鹅膏、苞脚鹅膏菌、拟稀褶红菇、火焰茸，会造成神经系统异常的豹斑毒伞、毒蝇伞、橘黄裸伞，会影响肠胃消化系统的褐黑口蘑、绿