娘庙的正殿，娘娘庙的规制自此由“娘娘行宫”升格为“娘娘离宫”。嘉庆帝又赐名“敕建惠济祠”，并赐御书庙名匾额，使妙峰山娘娘庙的地位达到顶峰。清朝末年之后，妙峰山香火逐渐低迷。抗日战争时期，妙峰山的庙宇受到严重损毁，庙会随之衰落；与此同时，妙峰山成为中国共产党的游击区及根据地。1939年、1945年，八路军挺进剧社先后两次在妙峰山庙会向香客宣传中国共产党的抗日主张。1946年，在妙峰山娘娘庙举行了展现中国共产党领导的军队的业绩的大型新闻照片展览。中华人民共和国成立之初，庙会停办。1985年庙宇获得初步修复，