少数人仓皇南逃。此后，阿睦尔撒纳自任领袖继续反对清朝。1757年初，清政府开始新的军事行动，分两路推进。准噶尔军在清军的追剿下，全线溃败。阿睦尔撒纳投奔俄罗斯。1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定。由于准噶尔部反叛无常，清朝在完全控制今日的新疆地区之后，清军在兆惠等的带领下，按照干隆帝的旨意消灭了准噶尔部，屠杀了数十万准噶尔人。据魏源记载：「计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三。