已知自然存在结构相似的神经毒素有超过50种，统称为石房蛤毒素类，除了石房蛤毒素本身外，还有 （NSTX）、、 （dcSTX）等。
自然存在.自然界中，石房蛤毒素实际上是一些双鞭毛虫门下的藻类所合成的，如、，以及淡水中的蓝细菌如鱼腥藻属、一些束丝藻属、、、浮丝藻属等。被贝类进食后，累积在中。此外，石房蛤毒素也曾在亚洲河鲀的一些物种和巴西的罗非鱼体内发现存在。产自美国的野生河鲀，其体内石房蛤毒素浓度与产自南美、日本菲律宾和泰国的相似。河鲀体内累积另一种着名的神经毒素，即河鲀毒素。