广铁路公司最重要的服务之一，而且是当年兴建九广铁路的主要原因。可是东铁线的本地客运大幅扩张，使直通车不论增加班次或缩短行车时间上都遇上困难，可能要等待广深港高速铁路通车方有改善。目前共有三条直通车路线，在香港境内都沿东铁线的路线行走，分别是每日9班的粤港直通车（广东线），和每两日一班的京九直通车（北京线）及沪九直通车（上海线）。
高速铁路.广深港高铁南起于西九龙填海区香港西九龙站，北讫于香港与深圳市的边界，总长26公里，途经大角咀、深水埗、长沙湾、葵涌以及新界的大帽山、石岗、鸡公岭