1987年11月2日开放台湾民众赴中国大陆探亲，两岸民间交流日益频繁，也由此衍生出海上犯罪、偷渡走私、文书查（验）证、财产继承、婚姻关系、经贸纠纷等诸多问题。为解决上述因两岸民间交流而衍生之问题、并兼顾两岸情势，由行政院主持民间各界成立海基会，以协助中华民国政府处理与中国大陆相关的事务。
成立经过.1990年11月21日，海基会召开捐助人会议，并举行第一届董监事第一次联席会议，通过《财团法人海崃交流基金会捐助暨组织章程》，选聘第一届董事42人、监事6人。1990年11月26日，海基