营运后仍有不足，且须开行基隆、瑞芳~嘉义、后里~屏东、潮州等长距离班次于中部路段重叠以维持中部各站服务水准。EMU900型520辆全数加入营运后应可有所改善。
女性优先车厢.自 2006年6月1日起，台铁于通勤电联车内试办「女性专用车厢」服务，多于列车的中间或其中一端车厢，并以劝导的方式希望民众配合，但无强制性的处罚措施。因实施配套措施不足，导致效果不佳，加上社会大众对此措施仍有疑虑，故试办半年期满后宣佈不再实施。但是在2010年5月26日晨间，于屏东车站到枋寮车站之间的区间车上发