日，汉斯·法郎克设置了犹太人委员会，以便犹太人为纳粹办理政务。这些政务主要是登记所有该地区活着的犹太人口、征税以及强制劳动。纳粹占领初期，克拉科夫大区约有二十万犹太人，占总人口的5%。“克拉科夫特别行动”期间，180名以上的大学教授和学者被押送到了萨克森豪森集中营以及达豪集中营。他们中的幸存者之后在意大利名流的请求下获得了自由。1939年12月，城中开始设立克拉科夫犹太人区，1941年3月之后，所有城中的犹太人口全数迁入区内，许多人或者病死，或者饿死。莱茵哈德行动中，这些犹太人都被送入了集中营，如：贝尔