和云南形成社区。这些社区的后代与当地汉族完全合併，直到明代才有自我个性形成回族。
压迫.虽然穆斯林作为色目人在中国受重用，但因生活和宰牲习俗与蒙古习俗牴触受歧视(沐浴与宰牲方式)。在明代征服云南过程中，双方也有穆斯林军队，如郑和父亲在元梁王军队。
科学.穆斯林科学家被带到中原参与制订暦法和从事天文工作，如贾马鲁丁。穆斯林医生和阿拉伯语医疗书籍，特别是在解剖学，药理学和眼科，这段时间在中国流传。忽必烈给予穆斯林医生很高地位。阿维森纳的医典在此时代译成