当时以沈世宏为首的环保署曾提出「碳交易」概念，认为高雄市增加的排碳量，可到中国大陆黑龙江种树抵减，「大林电厂增加二氧化碳的排放，将自台电其他电厂减量来交换，或购买国内外碳权」。陈菊指出这是荒谬的作法，她不同意，高雄人也不会同意。新新闻周刊称：「在政党轮替后，马英九上台二十天就推翻专案小组结论」、「做出让高市空气更肮脏的结论」、「在没有地球暖化问题时，北部的电厂就规划使用天然气，却要南部人忍受煤炭污染；国民党的北部菁英将南部当作是厕所厨房，才会准备增加大林的污染。」及「支持台电的两位专案小组委员，完全不