照目的地所在的地区和飞行方向分门别类，而所有定期客运航班编号都是以三位数制定。然而，与国泰不同，港龙航班的尾缀编号并非以飞行方向决定的。不论飞行方向，港龙大部分返港航班的尾缀编号都是单数，如从高雄返港的KA451航班；相反，离港航班的尾缀编号都是双数，如香港飞往高雄的KA432航班和香港前往广州的KA782航班。只有马来西亚及菲律宾是例外，单双号码刚好相反。至于四位数的航班编号，港龙则沿用国泰的制度。节日性加班机以2字开头的四位数的航班编号标示，而包机方面则以8字开头的四位数的航班编号标示，例如2012