在卡塔尔公开赛八强4-3击败马龙，是下放省队以来首胜马龙，初露茅头。2008年11月全国乒乓球锦标赛，连挫马琳、王励勤、王皓（分别是当年北京奥运男单金、铜、银牌）夺男单冠军，2009年2月确立为「八大主力」，名列第七。然而张继科错失第一次上位机会，2009年世乒赛3月中国队内选拔循环赛，争夺7个单打名额，张继科名列第四，惟总教练刘国梁不满张继科在比赛中不服从战术暂停指令最终败阵而不给男单直通横滨名额，改为保荐预选较差的老将王励勤、马琳及同期的马龙单打。2009年的横滨世乒赛，张继科夺得男双季军和混双亚军