寺住持代管，宗教生活也附属于普宁寺。清朝干隆时期，普佑寺设“四学”即显宗经学、密宗经学、历算学、医药学。普佑寺是“外八庙”喇嘛的扎仓，不但培养“外八庙”的喇嘛，而且蒙古各部喇嘛也被选送到该寺学经，学费全部由清政府承担。道光六年（1826年）宣布停止木兰秋狝后，承德避暑山庄及“外八庙”的地位日降。清宫档案中可见普佑寺的规模、陈设、维护均有明显变化。中华民国时期的照片显示，普佑寺已残旧不堪。1948年11月，中国人民解放军第二次占领承德第，新成立的承德市人民政府布告：“查本市所辖外八庙乃全国稀有着名古迹