2016年夏季奥林匹克运动会圣多美和普林西比代表团是圣多美和普林西比所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团。这是该国第6次参加夏季奥运。圣多美和普林西比在这届奥运派出3名运动员参加2个项目的比赛。该国选择让皮划艇运动员Buly Triste担任开幕式旗手，Triste也成为首位担任该国代表团开幕式旗手的男运动员。
田径.圣多美和普林西比有两名田径运动员获外卡邀请，得以参加奥运。
皮划艇.
静水.圣多美和普林西比有一名皮划艇竞速