第二进院落的主殿是大雄宝殿，面阔五间，前出抱厦三间。它是寺内最主要的建筑，檐下绘制了金龙和玺彩画，抱厦梁架上悬挂着干隆帝御书的“法海真源”匾额。殿前有明清石碑六通，记述了修寺的历史经过。殿内正中供奉着明初制作的毗卢舍那佛、文殊菩萨、普贤菩萨像，合称“华严三圣”像。与“华严三圣”平行的，左侧供药上菩萨、无尽意菩萨、药王菩萨像，右侧供观世音菩萨、大势至菩萨、弥勒菩萨像。它们与文殊、普贤一起，又合称为“八大菩萨”。此外，在大殿的两厢还分列着清代木雕的十八罗汉像。
第三进院落.第三进院落