部门的预测均已考虑到莲花东面的台风灿鸿，由于灿鸿同样会採取偏西路径，当灿鸿靠近时将发生「藤原效应」，使莲花在数日后的路径出现变数；而灿鸿将比莲花强大，莲花因而会受灿鸿牵引，这使数值预报的预测分歧相当大，纵使莲花逼近吕宋后北上影响台湾的预测为主流，莲花移入南海吹袭广东沿岸的预报亦开始出现，而最终应验的预报是后者。联合台风警报中心在翌日（3日）凌晨2时将莲花升格为热带风暴，与上一次升格仅相距6小时；而香港天文台则较为滞后，在当日下午12时45分才将莲花升格为热带风暴。受惠于菲律宾以东海域的炎热海面，加上强劲的高