运输指挥部（正军级），青藏兵站部归该指挥部领导。1978年2月，遵照中央军委颁发的新编制，青藏兵站部成为中国人民解放军总后勤部的直属单位。青藏兵站部驻西宁，统管西宁-格尔木-拉萨的后勤事务。2015年12月，在深化国防和军队改革中，青藏兵站部转隶中国人民解放军陆军，成为中国人民解放军陆军青藏兵站部，属于中国人民解放军西藏军区管理。