·总武快速线、上野东京线（由东海道线、宇都宫线、高崎线、常磐线组成的运行系统）、京叶线；西侧路线有埼京线、湘南新宿线（由宇都宫线、横须贺线、高崎线、东海道线组成的运行系统）。中央线快速、中央·总武缓行线横贯东京都中央，是东京都的东西方向大动脉。青梅线、五日市线是JR东日本在多摩地方的东西方向路线；八高线、武藏野线则是南北方向路线。东京都有东京、品川、上野三个新干线车站，东京站是东海道·山阳新干线、东北·北海道新干线、秋田新干线、山形新干线、上越新干线、北陆新干线的起点。JR东海将品川站作为修建中的中央新干线