加入中国共产党组织而受到何应钦部反共人员的围攻。李仲公遂辞去东江绥靖委员会公署秘书长职务，离开汕头，到广州并结识了邓演达。广东国民政府成立国民革命军，蒋介石任总司令。经何应钦举荐，李仲公任总司令部参议、总司令代表，奉派赴四川、贵州联络刘湘、赖心辉、周西成、彭汉章等将领响应北伐。途中得知宿敌袁祖铭回贵州，行至南宁的李仲公折返广州，随军参加北伐。“整理党务案”后，李仲公接替叶楚伦任中国国民党中央执行委员会中央党部书记长，并任国民革命军总司令部秘书处处长，负责蒋介石的文案工作，先后草拟了《讨吴佩孚檄》、《