委会副主任，和首都大专院校红卫兵代表大会核心组组长。1968年3月28日，北大拥聂反聂两派发生了大规模武斗至4月26日。8月，工宣队、军宣队进驻北大解除了两派的武装。此时聂元梓已失去北大造反派的领袖地位，只是其中一派头目。1969年4月在中国共产党第九次全国代表大会上，聂元梓当选第九届中央委员会候补委员，但不久后（1969年11月）就被安排到江西鲤鱼洲北大分校农场劳动。1971年初被隔离审查，限制行动自由。1973年被安排到北京新华印刷厂参加劳动，1975年转回北大仪表厂劳动。