他也持续丰富当时已名声在外的收藏，此时的法尔内塞家族收藏数量已非常庞大，包括许多名家如提齐安诺、拉斐尔、科雷吉欧、乔瓦尼·贝利尼等人的画作，在拉努乔一世·法尔内塞在位时期因没收了一批叛乱贵族的藏品，获得了老彼得·勃鲁盖尔、、安德烈亚·德尔·萨尔托、朱利奥·罗马诺等人的杰作。法尔内塞家族绝嗣后波旁家族继承了这些遗产，在费迪南多一世在位时期博物馆的收藏遭遇了巨变，因拿破崙于18世纪末佔领了拿坡里，费迪南多一世仓皇地将部分馆藏随着他一起流亡至巴勒摩，拿破崙更将部分藏品运回巴黎，剩余的馆藏也于1806年被搬出宫