转为反苏反共。陈潭秋向中共中央建议将在新疆工作的干部调回延安，保存革命力量。同时，陈潭秋还组织在新疆的中国共产党党员整风学习，要求党员为随时可能被捕做好准备。1942年9月17日，毛泽民、陈潭秋、林基路等在新疆工作的140多名中国共产党党员及家属被盛世才扣押软禁。陈潭秋随之被投入监狱，遭受酷刑，被逼迫声明“脱党”。但他始终不屈，坚决不声明“脱党”，并痛斥盛世才的罪行，宣传中国共产党的抗日民族统一战线政策。1943年9月27日深夜，陈潭秋、毛泽民、林基路等人在迪化（今乌鲁木齐）被盛世才秘密处决，陈潭秋享年