ZR控件向后兼容支持Circle Pad Pro外设的游戏。有些游戏，比如"异度之刃3D"，专门针对升级后的硬件进行了优化，并且是新任天堂3DS设备的独家产品，该游戏不支持在前任任天堂3DS型号上进行游玩。 2016年3月，任天堂开始在虚拟主机上发布超级任天堂游戏，游戏支持“完美像素”模式，这种模式可以让游戏玩家使用原始的正方形像素进行游玩，而不是以原来的4：3比例。与以前的型号一样，所有3DS游戏和下载的软件都是区域锁定的（DS卡带游戏仍保持无区域限制）。 由于其尺寸的差异，为原始任天堂3DS外形而设