65年校园被毁的Kentucky University与财政遇到困难的特兰西瓦尼亚大学合并，校名仍然为Kentucky Univeristy，校园则迁至特兰西瓦尼亚大学所在的莱克星顿。在土地拨赠法案的资助下,（该法案规定每个州可以从联邦政府得到30000英亩的土地，用于建立教授军事，工程与农学的学院），肯塔基大学农业和机械学院成立。1869年该学院授予第一个学位，同年詹姆斯·肯尼迪·派特森出任校长。1878年由于指导思想不和，学校分裂，一部分保留Kentucky University的名字,后来改回原名特兰