跟武田义统父子对立之际，勾结三好家臣松永长赖在永禄4年（1561年）发动叛乱，但因为朝仓义景发兵支援武田义统，逸见昌经跟松永长赖战败，遂重归武田家中。永禄9年（1566年）6月，逸见昌经再度对武田义统竖起反旗，却又败北，但随着武田义统过世，其继承人武田元明遭到朝仓义景攻击战败，逸见昌经重新获得自立的机会。并在元龟元年（1570年）以武田家臣的身份参加织田信长对越前朝仓家的进攻，并获得原属武藤友益的3千石领地。天正3年（1575年）时逸见昌经率领若狭水军参与对越前一向一揆的镇压。天正9年（1581年）