人进攻建康以图篡位，支持王敦的沈充亦拒绝朝廷招降而起兵响应王敦。虞潭知道后，便从家乡余姚招集宗族和郡中士族起义兵讨伐沈充。晋明帝于是任命虞潭为冠军将军，领会稽内史。不久王含和沈充等人都兵败被杀，王敦之乱被平定，虞潭于是罢兵。后先后迁任尚书和右衞将军，加散骑常侍。次年晋明帝死，晋成帝即位，朝廷任命虞潭为吴兴太守，秩中二千石，加辅国将军。并以讨伐沈充之功而进封零陵县侯。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，朝廷加虞潭督三吴、晋陵、宣城、义兴五郡军事。但次年建康就被苏峻攻陷，并派军进攻吴国内史庾冰，逼使庾冰