后掌政，并由何充辅政。何充过世后改由蔡谟与司马昱辅政。晋穆帝在位期间东晋虽然北伐失败，但是由于桓温消灭了在四川立国的成汉，并且于永和十二年（356年）三月夺回洛阳，虽然不久就因为粮运不继而撤退，东晋的版图仍然有所扩大。昇平元年 ( 357年 ) 晋穆帝行冠礼后褚太后归政，晋穆帝开始亲政。361年7月10日，晋穆帝过世，得年十八岁，9月9日，葬永平陵。由晋成帝长子琅邪王司马丕继位。晋穆帝是中国历史上第一位出生时母亲是当朝皇帝原配皇后的皇帝。