桦山资纪在萨英战争及戊辰战争爆发时加入军队。1871年（明治四年），他被晋升为大日本帝国陆军少佐。1872年（明治五年）12月，他在八瑶湾事件发生后多次前往噶玛兰等地区侦察当地情况。1873年（明治六年） 5月，他被派任为全权特使成员之一，参与缔结日清条约中关于牡丹社事件的谈判。随后，他晋升陆军少将。1874年（明治七年），他转入大日本帝国海军。1880年，他出任大警视。1883年（明治十六年），他晋升为海军大辅。1886年（明治十九年），他晋升为海军次官。他自1890年5月至1892年8月之间任职