卡通自然保护区（俄语：）是一个位于俄罗斯阿尔泰共和国戈尔诺-阿尔泰斯克的自然保护区（严格自然保护区），坐落于南西伯利亚阿尔泰山脉的中部高地。卡通河流经卡通自然保护区的一个山谷，同时也是鄂毕河的源头。卡通河的源头位于海拔高度为的别卢哈山，这也是西伯利亚最高的山，位于卡通自然保护区的东部边缘。国际上来讲，卡通自然保护区是重要的生物多样性中心，构成了阿尔泰金山世界文化遗址的一部分。
地貌.卡通自然保护区涵盖了多种地貌，包括冰川、高山苔原、草地和森林。大部分地形是通过冰川形成的，同时还有小