指挥部、后备指挥部、政治作战局、主计局、军备局、军医局等军事机关／机构，以及所属业务与学术单位。并于部外设立行政法人国家中山科学研究院及财团法人国防安全研究院。国防部是行政院下的所有部门里唯一一个有设置副部长、及未设政务次长的部门。依照《国防法》的规定，总统统率全国陆海空军，为三军统帅，行使统帅权指挥军队，直接责成国防部部长，由部长命令参谋总长指挥执行之。
历史.国防部的前身，可追溯至1912年中华民国建国时，南京临时政府的陆军部和海军部。1925年，国民政府成立，同时设置国民政府