富汗跟北方联盟接触，并成功说服他们与美国结盟，以对付塔利班。特别活动部特工在2001年11月时得到了本·拉登藏身在阿富汗的托拉搏拉山区的情报，但是由于美军特种部队和阿富汗北方联盟部队发生了矛盾，暗杀本·拉登的计划无法得到执行。2020年，美国与塔利班达成协议后，美军将会逐步从阿富汗撤军，训练和支援阿富汗军警及执行秘密作战的任务也将交由特别活动中心主导。
伊朗.在1953年，特别活动部被奉命与英国秘密情报局合作策动政变推翻民选伊朗总理穆罕默德·摩萨台，并重新扶植沙阿穆罕默德·