化消极处理态度，经他人告发后才发布通缉，但是迄今仍未就类似案件建立配套措施，对于「叛逃人员」之法律适用问题，迄今也仍未定论，引发外界争议，斲伤国军威信并影响当事人权益。2014年6月12日，监察院通过叶耀鹏与李复甸的调查报告，认为国防部与法务部认定林毅夫投敌为「继续犯」提出通缉，是侵害人身自由及居住迁徙自由。监察院主张此事为既成犯，声请大法官会议进行解释。