持认为其自首属贪生怕死，新任财政部部长李湛阳对此进行澄清，但懋辛乃被推为蜀军政府参谋长。1912年4月，成都和重庆的军政府合并，在成都设四川都督府，尹昌衡任都督、张培爵任副都督，但懋辛任成都府知府兼四川团务督办。熊克武奉孙中山命率部返回四川时，万县刘汉卿率巡防军奉都督尹昌衡手下军团长胡景伊之命截击。但懋辛闻讯提前通知熊克武，并找副都督张培爵商量，力图阻止火并。但是战事依然发生，刘汉卿被熊克武击败。
反袁世凯.1912年7月，四川都督尹昌衡率兵赴川边，袁世凯乃派胡景伊代理都督。四