兵王化行与台湾兵备道王效宗认为台湾缺少佛寺，遂在此兴建寺庙，因为是位于柴头港溪入海之处，所以命名为「海会寺」，而因为该寺为台湾第一座官建佛寺，便循唐玄宗所开之例，又称「开元寺」。到了1750年（干隆十五年），巡道书成重修该寺，且因该寺多石榴又是禅宗流派临济宗在台湾的本山，便改寺名为「榴禅寺」，但不久又恢复旧名。1772年（干隆四十二年），台湾知府蒋元枢整修该寺，并奠基该寺的格局，并留下碑记。18世纪末，该寺正式名称改为开元寺，海会寺之名则成通称。而1796年（嘉庆元年）时，为庆祝皇帝登基，台湾总兵哈当阿遂取