京大校长小西重直提出罢免泷川的要求，小西校长拒绝；但根据文官分限令，泷川仍被迫停职。面对这个事态，京大法学部全体31位教授提出辞职以表抗议，但是未得到京大当局和其他学部的支持。接着，小西校长也被迫辞职，随着强硬派的新任校长松井元兴（理学博士，后为立命馆大学校长）的上任，事件迅速得到了平息。最终导致了泷川教授被免职，佐佐木惣一（后为立命馆大学校长）、宫本英雄、森口繁治、末川博（后为立命馆大学校长、总长）等教授也被免职，其余14名教官辞职的结果。泷川事件导致京都帝国大学的17名原任教官辞职，并转往立命馆