目新Macross级移民船团Macross 29（ツーナイン、Two Nine）正面临着经济低迷、高失业率等各类社会问题。围绕着爲了振兴船团而举办的「Miss Macross Contest」（ミス・マクロス コンテスト），交差着爱与梦想的全新物语在以杰特拉帝武力再兴主义组织「Neo Zentran」（ネオ・ゼントラン）派领导人维戈、安锡和樱三个年轻人间展开。