初期，由于成为建设平城京（位于现在的奈良市）的木材搬运港而开始发展，也因此得到「」（木之港）的地名。西元740年圣武天皇将首都迁至此地，在此建立恭仁京，但在744年首都再次被迁移至难波京（位于现在的大坂市）。此后，此地仍持续成为皇族相关人员的领地，直到明治维新后被划入京都府。1889年实施町村制，现在的木津川市在当时分属、、、、木津村、加茂村、、，共8个行政区划。其中木津村、上狛村、加茂村先后在1893年、1926年1928年改制为、上狛町、；而后在1950年代的昭和大合併期间，相乐村被併入木津町，当尾