3年中甲联赛中，最后一轮该队主场击败北京理工队，以3分优势力压广东日之泉获得联赛亚军，队史首次升入中国足球超级联赛。12月4日，俱乐部正式将注册地迁至黑龙江省足球协会，以满足中超主场与注册地一致的要求，平息了冲超后球队迁往外地的传闻。这也是哈尔滨市乃至黑龙江省首次拥有参加中国顶级足球联赛的俱乐部队，中超球队主场分布也因此向北拓展了。2014年中超联赛，哈尔滨毅腾队列联赛末席降级，但主场哈尔滨会展中心体育场上座率则高居该年联赛第三位。2015年中甲联赛中，因在与大连一方的关键比赛中，俱乐部有疑似消极比