2006年4月28日，六四天网公布了中国第一个八九死难者索赔初步成功的消息。12月31日，黄琦改组六四天网为中国天网人权事务中心，创办了中国大陆第一家综合性人权组织。6月3日，获第六届中国人权青年奖。2007年1月26日，成立中国天网人权事务中心丹麦联络处。2007年6月，中国天网人权事务中心在美国成功注册。2007年2月，黄琦获赫尔曼·哈米特奖。2008年中国汶川大地震后，黄琦积极参与救灾活动，同时为地震中死亡学生的家长提供帮助，而且在网上撰文揭露“豆腐渣”工程。6月10日晚，黄琦和天网人