99年，1754年，1796年，1825年和1852年。1898年8月18日，美西战争后，西班牙总督Fermin Jaudenes 在这座教堂准备马尼拉向美国投降的条款。在第二次世界大战期间，日本占领了菲律宾，圣奥斯定堂被改为关押囚犯的集中营。在马尼拉战役的后期，数百名王城区居民和神职人员作为人质被日本军队关押扎起这座教堂，其中许多人在长达三周的战役中遭到杀害。这座教堂本身在美国和菲律宾军队的轰击中幸存了下来，只有屋顶受损，成为城墙内七座教堂中唯一幸存的一座，但是毗邻的修道院被完全摧毁，于20世纪70年