有鞭毛，多核变形虫也无法进行有丝分裂。多核变形虫作为有核细胞却缺乏其他真核生物所拥有的细胞器，一时间多核变形虫被认为是真核生物原始的样子，它们处于细菌和真核生物之间的过渡。1973年，有人提出在沼泽多核变形虫的祖先在其进化演变之前，真核生物已经开始出现线粒体。在1976年，Jean M. Whatley写道沼泽多核变形虫可能是目前最原始的真核生物。因此，多核变形虫可能是现代真核生物的雏形。而根据共生体学说，共生的内部细菌，可能在后来演变为现代真核细胞的线粒体。这些共生细菌的功能目前仍不清楚，Whatley认