突然发兵进攻，朱亨嘉逃回桂林。受困于桂林的朱亨嘉，释放了瞿式耜，希望瞿式耜能帮他守城。瞿式耜与中军官焦琏召陈邦传共同捉拿朱亨嘉，在八月二十五日朱亨嘉被俘，隆武二年二月（1646年）年被押到福建，四月被缢杀。子朱若极是有名的书画家，明亡后为避祸而该换姓名为石涛。
朱亨嘉的结局.朱亨嘉的结局，记载颇异。不过几个地点相差太大，即使当时文献也是记载各异，很难考证，除非出土新的文物或者发现新的更可靠的文献。