清扬（孙立人将军夫人）、李子宽及台湾斌宗法师的援手，得以出狱。出狱后，与斌宗法师结为知己，但仍然需要东躲西藏，经济仍然困难。南洋的信徒曾经来信邀请慈航法师回南洋，但慈航法师放心不下来台的学僧，决定与他们共进退。1950年底，受汐止静修禅院达心、玄光比丘尼的邀请，至静修禅寺讲学，并筹办弥勒内院，成立弥勒内院护法会。当时台湾并没有佛学院，弥勒内院成为当时最有规模的佛教学院，并为从中国大陆逃难至台湾的僧侣提供庇护。慈航法师认为教育、慈善、文化是佛教最大的志业，并以此理念努力弘传佛教。1952年，李子宽与大