尔朱仲远关右部众抵抗，而金祚留在东秦，尔朱天光失败后曾一度归附高欢，授官车骑大将军。大行台贺拔岳推荐他担任东雍州刺史，命令他在百顷攻打仇池杨绍先，惟贺拔岳在他未回来时就被所杀。金祚打败仇池后曾不知去向，高欢派侯景慰谕他才回来，封爵安定县公。其后他随魏孝武帝到邺城，宇文泰授他官为兖州刺史，历任太仆卿、卫尉卿，不久除授东北道大都督、晋州刺史，入据东雍州，遭尉景打败，金祚投降东魏。邙山之战，他担任大都督击败西魏，除授华州刺史，到北齐建立后加开府仪同三司，封爵临济县子，逝世后赠官司空公。