867年（清穆宗同治6年）整修，但是迟至1875年（清德宗光绪元年）才完工。清水巖原有三殿，格局完整，目前仅剩三川殿及正殿。日治初期的1896年（明治29年），清水巖被台湾总督府充做为总督府国语学校的附属学校。台北州立第二高级中学后来也在1922年（大正11年）于清水巖址草创，并把此事记载入其校歌。「州立第二中学」也就是现在成功高中的前身。1940年（昭和15年）后殿遭回禄之灾，迄今未重建。 1985年，因辟建停车场而挖出一批长期埋在地下的清水巖后殿石材。 1997年，开始按修复计划分期整建，至今已完成