明宪宗继位后，进少保、华盖殿大学士，管理经筵事。同年春，因日黯无光，李贤进言明宪宗修身勤政。改日又进言称减少浣衣局没官妇女，宜放还其家。宪宗均批准。同年五月又进言宪宗远内臣，重用老臣，并减少开支。此后每次遇灾变，李贤必与同官进言。当初，李贤屡次弹劾锦衣卫门达恣横，于此两人关系甚差。宪宗重用门达，门达则命其党羽多投匿名书诬陷李贤。李贤于是乞罢，有诏慰留。吴皇后被废时，有言官要求严惩宦官牛玉，言及李贤。宪宗命卫士住宿李贤家，护送其进出。成化二年，李贤父丧，后诏起复，李贤三次请辞，不予批准。后再次请辞，同年冬去世