3头猪只死亡。元基因组学研究结果显示此疫情为一种新的冠状病毒所致，即猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV），于2018年由华南农业大学研究员马静云与武汉病毒研究所研究员石正丽等人的研究团队发表于《自然》。此病毒的基因序列有高达95%与菊头蝠冠状病毒HKU2（Bat-CoV HKU2）相同，且后者曾在养猪场附近的蝙蝠洞中被检测出，另外从2013年－2016年于广东各地採集的菊头蝠样本经定序后，亦发现四种病毒与猪急性腹泻综合征冠状病毒序列相似度高达96%－98%，因此此病毒很有可能即是起源自感染蝙蝠的