90年代，东亚热河生物群的发现首次证明有羽毛恐龙的存在，同时过去属于冈瓦那大陆的地区相继发现如半鸟等构造上极度接近鸟类的兽脚类恐龙，加上出现亲缘分支分类法等新的研究方法，更进一步支持了这个理论。恐龙与鸟类的关系，吸引了许多人对于恐龙产生兴趣，尤其是兽脚亚目的种系发生学。今日对于兽脚亚目种系发生学的了解比先前更为深入。
单系群.恐龙最初被认为是个单系群，具有共同的祖先。但哈利·丝利（Harry Seeley）不同意这个说法，于是根据骨盆的形态将恐龙分为两个目，蜥臀目（Sauris