非洲（特别是东非和马达加斯加）之间古老的贸易联系，航运路线是从印度尼西亚海域经过塞舌尔，马达加斯加和南非到达加纳。这也是为了证明印度尼西亚古老的水手和定居者如何到达马达加斯加。
高层互访.2008年11月，马达加斯加总统马克·拉瓦卢马纳纳访问了印度尼西亚，并会见了印度尼西亚总统苏西洛。这是他第二次访问印度尼西亚，之前在2005年，拉瓦卢马纳纳在万隆亚非会议週年期间已访问印度尼西亚。
合作.两国都有兴趣改善各个领域的合作，特别是农业，文化，能源和贸易。两国之