年7月，社会自由党正式提名他参选在10月举行的总统选举。2018年9月，他在竞选活动中被一名疑似有精神问题的亲左翼人士刺伤，一度失血4成。他在2018年10月7日举行的2018年巴西总统选举首轮投票中取得4成多选票。博索纳罗承认他喜爱美国总统唐纳·川普，多项理念都紧跟美国总统特朗普，如对中国极有戒心，多次发表反对中国投资的言论，批评「中国人不是在巴西买东西，而是买起巴西。」他也在选战中提出「巴西优先」以及「让巴西再次伟大」。在2018年10月28日的次轮投票中，博索纳罗以55%过半得票击败劳工党