年度舰队演习，是从8月26日至9月14日举行。舰队演习刚一结束，德皇腓特烈三世号便在基尔的退役，并被其姊妹舰德皇巴巴罗萨号所取代。退役期间，舰只进行了广泛的现代化改造，一直持续至1909年。其150毫米炮中有四门被移走，但增加了两门88毫米炮。全部十二门机炮均被拆除，安装在舰艉的鱼雷管亦是如此。德皇腓特烈三世号的舰艛还遭到部分削减，以减轻舰只过度横摇的倾向，而其烟囱则得到加长。完成重建后，德皇腓特烈三世号被分配至波罗的海的预备役编队，在一年的大部分时间内都停航。它于1910年8月至9月重新启用，以配合经