中华民国成立后，郑祖荫当选南京中华民国临时政府参议员，后随参议院到北京任职，不久因不满袁世凯的国会而离职返回福州任都督府秘书长。1913年因参与福建的二次革命而一度被捕。1917年为了逃避军阀李厚基的迫害而离开福建，到广东投奔方声涛。1920年12月，受林森之邀到广州任护法国会非常会议秘书厅秘书。李厚基被驱逐出福建后，林森任省长，郑祖荫任省公署秘书，但仅两个月后就随着林森的失势而离任。1927年北伐军占领福建，郑祖荫先到省政务委员会工作，后任省主席公署秘书。1933年福建事变期间暂避南京，事变失败后回福州任