年12月8日，日本开始进攻香港。新界及九龙沦陷后，驻港英军撤出九龙，九龙陷入无政府状态。奶路臣街和柯士甸道的校舍在战时遭到抢掠，学校档案散失不全，只有两位校长林海澜和周清霖填写之学校日志得以保存。同年12月，日军攻进九龙西，耶稣会教士协助居民撤退到香港岛，九龙华仁被迫封校。日佔时期，困难情况下华仁继续授课；直至1945年7月1日，日军着华仁停办。是年8月，日本战败投降；9月，华仁复课。由于桌椅战时已被当为燃料，学生要自备桌椅上课。战后柯士甸道分校改为天主教小学德信学校。
窝打老道