1996年至1997年的日本驻秘鲁大使馆人质危机，他试图通过谈判和平解决。直到1999年1月9日，由于Augusto Vargas Alzamora荣休，因此西普里亚尼接替成为利马总教区总主教。2001年2月21日，被时任教宗若望·保禄二世册封为司铎级枢机，领圣嘉民·德·雷列斯堂区司铎衔。他曾参与2005年和2013年教宗选举秘密会议，当时选出的是教宗本笃十六世和教宗方济各。他曾是宗座秘鲁大学校长。2011年7月19日，他被教宗本笃十六世任命为宗座拉丁美洲委员会委员。2014年3月8日，他被教宗方济