善家 E. W. Scripps 和他的姐姐 Ellen Browning Scripps 在最初十年为协会提供了完全资助。 协会起初位于科罗纳多酒店的船屋里，1905年来到拉霍亚湾附近，最后在1907年搬到了现在的位置。在1912年，协会成为加利福尼亚大学的一部分，且更名为斯克里普斯生物研究所(Scripps Institution for Biological Research)。1916年起，研究所每天在码头展开测量。 1925年10月改为现在的名字，即斯克里普斯海洋研究所(Scripps Ins