遭到烧毁，其本人甚至参加讨伐，令民众反感，负有使反日势力增长之责任，故上奏免其官职并要求缴还勋章与位阶证明书。拓殖务省于8月29日发文给赏勋局，于9月2日正式撤除松村雄之进的官职、要求缴还勋章与位阶证明书。不过隔年（1897年）3月27日，新任台湾总督乃木希典又以松村雄之进早年治台有功之故而向拓殖务大臣请求办理叙位为从七位位阶的手续。
返回日本.在这之后松村雄之进返回日本，于明治三十一年（1898年）任北海道宗谷支厅长，后来又于明治三十五年（1902年）第7回众议院议员选举中当选，