熙帝于1700年批示说：“敬孔敬祖为敬爱先人和先师的表示，并非宗教迷信”。双方争持不下，最后清廷下令必须遵循「利玛窦规矩」传教，不然就不准传教，逐出中国，是为「禁教令」。1722年，雍正帝彻底推行禁教令，使得清朝初年西方基督教在中国传教被终止，到了道光帝时，连钦天监也不任用传教士。不过清朝皇帝对于教禁并没有彻底禁止，嘉庆年间（1807年），新教教士英国人马礼逊，曾借工作之便私下在广州进行传教的工作。鸦片战争后，清廷虽并未正式撤销禁令，但基督教的传教自由已经由不平等条约获得确认，于是欧美各地的基督教教