1989年10月任地质矿产部副部长、党组副书记（正部级）。1994年4月至1998年3月任地质矿产部部长、党组书记。1998年4月起任国家环境保护总局副局长（正部级）、党组副书记，同时任全国矿产资源委员会副主任。2002年1月至2004年12月任中国地震局局长（正部级）。2009年12月退休。
肯定《唐山警示录》.2004年7月，宋瑞祥在中国地震局局长任内，肯定了张庆洲的报告文学《唐山警示录》，并为该书作序，使该书突破阻力（由于该书记录了唐山大地震漏报及震区青龙县、开滦煤矿