1997年7月1日香港特别行政区成立后，吴木金随着皇家海军撤出香港而正式退休。晚年的她由一位她十分疼爱的姪女照顾起居生活，可是她与不少昔日的海军朋友失去联络，多少感到伤感。2009年2月19日，她在香港逝世，终年92岁，包括香港《南华早报》和英国《泰晤士报》和《每日电讯报》在内的英文报章都特地撰文回顾她的生平，作为悼念。
个人生活.外界对吴木金的个人生活所知甚少，据报已婚的她育有两名女儿，都在英国读大学，其后移居美国生活。