分阶段完全隐没在海水之下，而兼性海生真菌（facultative marine fungi）则通常生长于陆地上或淡水中，但也有能力生长在海洋中，甚至在海洋中产生孢子繁殖。截至2013年，共有444种真菌被认为属于海洋真菌，其中10种（分属于7个属）属于担子菌门，360种（分属于177个属）属于子囊菌门，其他则属于壶菌门或其他含有的低等真菌。有些海洋真菌只有孢子被发现，生长型态不明，且还有更多种生活在海洋中的真菌可能尚未被发现。许多海洋真菌难以在实验室中培养，但可透过分析海水样本中存在的rDNA序列以推知生活