在1994年7月，他再远赴美国，在哈佛大学约翰·F·甘迺迪政府学院国际金融和贸易专业修读公共管理硕士，并在1995年6月取得学位。1998年，刘鹤调至国家计划委员会下属的国家信息中心，担任正局级常务副主任，兼中国经济信息网公司董事长。2001年，他进入国务院，任国务院信息化工作办公室副主任、党组成员，同时为国家信息化专家咨询委员会主任。
中央财经领导小组.2003年起，刘鹤在隶属中国共产党中央委员会的中央财经领导小组出任办公室副主任。在2011年起兼任国务院发展研究中心党组书记、副