949年7月台湾警备总司令部结束，成立东南军政长官公署，任军政长官，辖区为台湾与苏浙闽潮汕沿海地区，负责收容整编撤出大陆的军队。
撤离中国大陆.1949年1月1日，蒋以《总统令》明令发表陈任台湾省政府主席。1月5日，陈正式就任台湾省政府主席，兼台湾省警备总司令部总司令。蒋催促陈就任，足见蒋对于安排陈主政台湾之急切与重视。1月11日，蒋致电陈，指示治台方针六点。1月12日，蒋告诫陈，「台湾法律地位与主权在对日和会未成以前，不过为我国一託管地之性质，何能明言作剿共最后之堡垒与民族复兴之