学科能力竞赛主要分为二大类科目，数理（数学、物理、化学、生物、地球科学）和资讯两大类。数理科目以笔试、实验设计与操作、口试为主；部分科目除了竞赛之外，还会安排额外的非考试性参访活动。资讯科目以笔试、程式设计为主，可使用解题语言限制为PASCAL、C、C++。依照竞赛计画规定，学科能力赛的竞赛命题范围以普通型高级中等学校课程教材范围为原则，并包含部分相关基础科学理论题目，以评测参加学生之潜能。