主要并入华东师范大学和复旦大学，圣约翰医学院与震旦大学医学院、同德医学院合并成立上海第二医学院（后改名为上海第二医科大学，2005年改为上海交通大学医学院）。上海圣约翰大学的人员则奔赴香港；其中校董会主席欧伟国联同其他教会大学前高层，在香港另行设立崇基学院，以示对中国教会大学之传承。1963年，崇基学院併入香港中文大学，成为港中大三所基本书院之一。
校园.圣约翰大学的校园位于上海市区西部苏州河的一个转折处，其建筑设计结合了中国和西方的元素。1954年前曾是华东师范大学分部所在地