1年6月，林基路调离库车县。行前，库车县城各族民众夹道相送，有些维吾尔族老人还与他相拥而泣。1942年1月，林基路任乌什县县长。为稳定物价，林基路主持成立了乌什县平价委员会，处罚囤积牟利的奸商。他还亲手绘制出乌什县区划水系草图。1942年9月，毛泽民、陈潭秋、林基路等在新疆的中国共产党党员及家属被盛世才扣押。不久，毛泽民、陈潭秋、林基路等人被投入监狱。在狱中，林基路遭受严刑拷打，几度晕死。但他坚持不屈，在审讯中揭露盛世才的阴谋，宣传中国共产党人在新疆的功绩。1943年9月27日深夜，毛泽民、陈潭秋、