将柠檬酸再次裂解为乙醯辅酶A以及草醯乙酸，并以乙醯辅酶A为原料合成脂肪酸。而脂肪酸合成的另一部分需要NADPH，这样的还原能力由草醯乙酸返回粒线体穿越内膜时提供：首先草醯乙酸被NADH还原成为苹果酸。接着将苹果酸脱羧形成丙酮酸后进入粒线体，在此借由丙酮酸羧化酶将丙酮酸转化形成草醯乙酸。如此一来，乙醯辅酶A由粒线体移往细胞质的过程会形成一分子的NADH。整体看来，此反应为自发性反应，简化如下：合成胺基酸有六种必需胺基酸和三种非必需胺基酸的合成需要草醯乙酸以及丙酮酸。天冬氨酸以及丙氨酸是由草醯乙酸以及