华民国建立外交关系，当时首任驻教廷公使为谢寿康。1946年中国教会圣统制建立后，教廷于首都南京设立驻华使馆。
政府迁台后.1949年中共建政、中华民国政府迁至台北后，驻华公使黎培理总主教（Antonio Riberi）并未离开中国大陆，也未前往台湾维持与中华民国的官方关系，而是留在大陆指导教会及教产工作。但随着中共政策变化以及黎培理与当局矛盾加剧，黎培理被驱逐出境。他于1951年9月6日到达时为英国殖民地的香港，翌年转往仍由中华民国政府统治的台湾恢复与中华民国的关系。虽然教廷与