万书楼，藏书三间；沈启原继续扩充父亲的藏书规模，建造了新的藏书楼，并将藏书整理成《存石草堂书目》10卷。又与门生焦竑在明人黄省曾所辑《谢灵运诗集》的基础上，根据自己的藏书加以增补，刊行了《谢康乐集》4卷，虽号称善本，但实际上疏于考证，把不少他人作品归于谢灵运，文献学价值不高。沈启原晚年，沈家遭遇火灾，大量藏书被毁。
家庭.祖父沈复，父沈谧官至湖广布政司右参议，母盛氏；弟沈启南，捐官为光禄寺署丞；妻钱氏，生一子沈自邠，万历五年（1577年）中进士，授翰林院修撰，先于沈启原两年去世；孙