石稀少，无法确定牠们的分类位置。哈利·丝莱只确定孔椎龙是恐龙的一属。在1888年，理查德·莱德克（Richard Lydekker）将牠们归类于蜥脚类恐龙。在1909年，冯·休尼将牠们归类于兽脚亚目的虚骨龙科。近年研究多认为孔椎龙是疑名，也无法确定属于蜥臀目或鸟臀目。无论牠们分类为甚么，孔椎龙是生存于下白垩纪的欧洲。