爬行类动物则分别有25种和90种，其中蛇佔50多种，蜥蜴佔20多种，另有约24种两栖类及约10种龟鳖类动物。香港特有种包括鲍氏双足蜥（"）和卢文氏树蛙，连同其他动物受到《野生动物保护条例》保护。在南丫岛深湾繁殖的绿海龟，则是唯一在香港繁殖的海龟。香港境内昆虫亦种类繁多，包括超过230种蝴蝶、110种蜻蜓，当中也有香港独有的品种。至于水生动物方面，香港水域拥有最少150种具有渔业价值的海洋生物，而由于香港地理位置关系，主要品种属热带，但海流及季候风亦会带来温带品种。香港水域最为常见的鱼类是鲱鱼类（'）、黄