审旗扎萨克期间，又将查干庙禁地出售给陕西省，该庙遂于清朝光绪三十年（1904年）又迁至今嘎鲁图镇重建。当时，建有大经堂25间、神祇庙5间，宗喀巴庙5间、明王殿5间，此外还有喇嘛住房90余间、佛塔3座。当时，该庙领属于维古尔金参领区。主奉天母、大黑天、大威德金刚。该庙农历正月初八日至十六日举办正月法会，农历正月十五日跳查玛舞。农历三月十一日至十六日举办修供法会，农历四月初一至十六日举办守斋法会和供养法会，农历初八日至十二日举办大黑天朵马修行，农历六月十一日至八月初一日举办夏令安居法会，农历七月十五日跳大查