次参加世界杯外围赛，更因为日本的退出，令印尼成为第一支打入世界盃足球赛决赛周的亚洲球队，但是第一场比赛就以0-6败给匈牙利队，而遭到淘汰，自此之后未曾再进入过世界盃决赛周。2012年2月29日，印尼在2014年世界盃外围赛亚洲区第三轮最中一场比赛出战巴林，印尼足协在赛前以非法联赛的名义，将数名主力球员禁赛。另派出经验不足的新球员出战，结果在上半场狂失4球，下半场再丢6球。最终以0-10的分数惨败。由于当时巴林与卡塔尔有很大机会最终出现同分以得失球差决定出线资格，事后引发国际足总怀疑有假球嫌疑，派出调查员