何具体的叛乱罪证，只好指控「研究关于协助匪军登陆之五项工作」以便为中共攻台内应作准备等罪名。台湾省保安司令部军法处作出判决，曹开等六人各处有期徒刑十年。
入狱.1950年，年方二十二岁的曹开先监禁于台北监狱，1951年4月转到火烧岛服刑至1959年，与许多医生、作家、音乐家、教师等关在一起。弟弟在曹开入狱之后才出生，两人相差了二十四岁。入狱之初，父母也曾经为了援救他，反而被骗了一些钱。 服刑初期的曹开曾经尝试写古诗，并研读新诗，而真正开始钻研并写作数学诗，也是在火烧岛这段期间。