求过高自制率及保护主义，改与条件更差的美国福特汽车合作，台湾的汽车工业直至国民党放弃后才开始发展。所以林浊水指称此政策反而造成汽车工业发展的不充分。
不重视环保.而任内专注经济成长不够重视环境保护的做法、也令后人有攻击点。前中国文化大学教授、台南市长许添财即曾忆及其在文大授课时，一名日本教授曾批评台湾政府不重视环保，但被孙运璇回以「台湾目前还很穷，不必考虑这些」。。
自责没做好人文教育.孙运璇在他的回忆录中表示，公职生涯中最感遗憾的是，在经济部长任内太专注