市手外科研究所、北京市骨科疾病研究治疗中心。此外，全国计算机辅助外科学会、计算机辅助外科研究和应用中心也设在该医院。
院区.北京积水潭医院设有两个院区：积水潭院区、回龙观院区。积水潭院区即该院的老院区，棍贝子府旧址处，位于北京市西城区新街口东街31号。回龙观院区位于北京市昌平区回龙观镇回南北路，于2013年1月28日正式建成并投入试运行。