正本四份，于文渊、文源、文津、文溯四阁陈设，并“请交武英殿刊刻颁行”。因有各馆未成之书尚须续纂提要、依类归入，所以拖到干隆五十一年曹文埴才奏请开始刊刻，并缮写式样。然因随后查出李清等人有禁书，《总目》又经覆查、修改等，直至干隆六十年十一月始刊竣刷印装潢（陶湘编《故宫殿本书目》着录为干隆五十四年刻本不确），是为殿本。《四库全书总目》殿本从基本完稿到武英殿刊刻完工，花了近十五年工夫。如上所述，这期间《总目》一直处于修订、调整状态。殿本与浙本同年刻成，而且浙本还早殿本一个月，所谓“浙本翻刻殿本”之说纯属向壁虚造。