977年5月，教宗保禄六世委任麦卡里克为纽约总教区辅理主教及领衔教区领衔主教。他于同年6月29日晋牧并选择出自《若望默示录》第二十二章第20节的「Come Lord Jesus」（主耶稣来吧）作为主教牧徽的格言。他出任纽约总教区辅理主教期间亦担任和哈莱姆的副主教。
墨图根教区主教.墨图根教区于1981年11月19日成立，而麦卡里克于1982年1月31日在就任为该教区首任主教。在任期间，他设立了5个新堂区。此外，他亦有监察教区的天主教妇女议会、拉丁裔人和黑人事务委员会、反堕胎运动