自全市各地区集中营的病人，都被送到公济医治。当时，根据战时情况，公济医院实际上打破了只接受外籍病人的传统，并且中国病人可住入任何等级的病房，同时添设产妇间。1945年8月15日，抗战胜利，全院上下一片欢腾。当天下午，不同国籍的人们齐集修女院中，高唱赞美诗，以此庆祝抗战的胜利。抗战结束后，国民政府委派派曾任国民政府军事委员会委员长侍从室医官的朱仰高来沪，于9月25日正式接管公济医院，与此同时公济医院成为市立医院。当时，由于战争的破坏，医院从软件和硬件等多方面遇到各种阻碍。幸得当时上海市卫生局进行接济，