转任民部中大夫，进爵为文城县公，增加封邑总计一千八百户。晋公宇文护将要废掉周孝闵帝，召集群臣商议，薛端很是有不同意见。宇文护不高兴，将薛端外任为蔡州刺史。薛端行政宽容仁惠，百姓官吏都敬爱他。很快薛端转任基州刺史，基州与西梁和南陈交界，要加以镇守安抚，总管史宁派遣司马梁荣催促薛端去上任。蔡州父老向梁荣请求留下薛端，前去请求的有一千多人。薛端到了基州，很快因病于闰六月五日去世，时年虚岁四十四，遗言丧葬从简，府州赠送的助丧财物不要接受。朝廷赠予薛端原本的官职，加大将军，追封文城郡公，谥号惠。薛端先是权葬于穰城，于