直至1994年3月，才正式允许独立组建的首尔特别市都市铁道公社对5号线进行管理。
开通.1995年11月15日5号线往十里-上一洞段开通，一山线则在1996年12月30日开通。1997年，7号线长岩-建大入口段开通，8号线蚕室-牡丹段开通。然而1997年亚洲金融风暴的爆发，使得韩国政府开始依赖国际货币基金组织的援助，导致后来的首尔地下铁3期计划严重缩减为仅剩下9号线。1999年7月2日，8号线全线通车。2000年8月1日，7号线全线通车。2000年12月15日，6号线全线通车。