很经常会出现。最后，伪结及base triples亦会出现在RNA。由于RNA二级结构差不多全都是由硷基对作为中介，它可以说是确定在一个分子或复合物中哪些硷基成对。但是，传统的华生—克里克硷基对并非唯一在RNA的配对方法，霍氏配对方法亦很普遍。脱氧核糖核酸（DNA）的二级结构主要是各种形式的螺旋，特别是B型双螺旋、此外还有A型双螺旋、Z型双螺旋、三螺旋和四螺旋结构等。除了上述3种最常见的标准二级结构（B型、A/C型和Z型）外，细胞内DNA在特殊条件下亦可形成其他几种非标准二级结构，如弯曲(bendin