迁任衡阳王陈伯信的王府中录事参军、入朝任用为尚书祠部郎，转官始兴王陈叔陵的中卫府记室参军。陈叔陵谋反被诛杀后，陈后主对朝臣说：「阮卓从来不参与谋逆，应该要嘉许。」至德元年（583年），他入朝任官德教殿学士，很快兼任通直散骑常侍，为王话副手出使隋朝。隋文帝早知道阮卓名气，遣派河东薛道衡、琅邪颜之推等人和他饮酒赋诗，赐予礼物。回国后，除授招远将军、南海王陈虔的王府谘议参军，后来因眼病不就任，隐居在小屋，改建亭宇和修整山林园池，招待朋友，以文酒自娱。祯明三年（589年）入隋，到江州时想起父亲在当地去世而生病逝