三级古蹟，而同地的新庄广福宫为二级。
失窃神像.1980年代初，台湾陆续发生寺庙古神像失窃事件。案发时间大多发生在凌晨，由于庙祝年老体衰或人手不足，窃贼先行潜入，再用大搬家方式窃走神像。继新庄两间大庙的新庄广福宫的木雕狮、新庄武圣庙五尊关帝君雕像被窃后，1980年12月19日清晨，新庄慈祐宫也有廿六尊在中殿的神像被窃，有十八罗汉、註生娘娘侍女、土地神、山神、四海龙王等。庙祝李证羊推断窃贼一定预先埋伏在殿内，等人睡稳，才「里应外合」，放「外合」的人进来偷。当天庙方向新庄警察分局报案