助苏贞昌治理台北县。在副县长任期内，台北县政府兴建或整顿莺歌陶瓷博物馆、渔人码头、十三行博物馆、金瓜石黄金博物馆等公共建设，同时北县的卫生安全设备及社会福利制度亦有所发展。2001年副县长任期届满。2006年，林万亿应行政院长苏贞昌之邀，担任行政院政务委员。任期内规划及推动「大温暖社会福利套案」，订定「长期照顾十年计画」，并率先实施「弱势家庭脱困方案」(1957福利关怀专线电话方案)。此外，在林万亿任内，身心障碍权益保护法、紧急医疗法、精神卫生法等法案也有进展。林万亿在2006至2007年任内也参与国