阿克萨清真寺避难。之后，坦克雷德叫停了屠杀，为清真寺中的人们提供保护。当城南的守军听闻北边失守后，他们也放弃了防守并逃亡堡垒，雷蒙德及普罗旺斯士兵于是也杀入城内。耶路撒冷的驻军统率与雷蒙德达成了一项协议，堡垒中的军队偃旗投降，以换取雷蒙德使他们安全撤往亚实基伦的保证。当日余下的时间内屠杀仍在持续。穆斯林被不分青红皂白地杀戮，躲进教堂的犹太人们也被十字军纵火焚烧致死。接下来的几日内，坦克雷德在清真寺的俘虏同样被杀死。虽说如此，城内还是有穆斯林和犹太人在屠杀中幸存，他们或成功逃生，或被赎回。而城中的基督教徒却因