玉藻身居谏垣，履行职责，上疏论事，言辞激烈，致使诸臣不悦。王玉藻于是力求罢职，经太常寺卿庄元辰竭力挽留，方继续供职。浙东陷落后，王玉藻未能赶上鲁王逃离，投水池自尽，水干未死。于是逃往剡溪，以野草为食，每日临水作诗，仰天起舞，慷慨悲歌。最终归隐北湖，誓不剃发易服，作绝命词而离世。遗命不冠收殓。《清史稿·遗逸》有传。