取代曹魏建立晋朝，从普通士族上升为皇族。西晋末，河内司马氏人口损失严重，仅有少数人南渡。东晋灭亡后，河内司马氏又成为普通士族，一部分继续留在南方出仕南朝，一部分则在晋宋之际逃往北魏。南朝河内司马氏中较突出的支系有：北朝的河内司马氏则回归故里河内郡温县，其支系有：
隋唐.隋唐时期，河内司马氏继续发展，产生了“三祖司马氏”的说法，其包括以下三房：除了“三祖司马氏”，有记载的支系还有：