办军务的刘铭传也决心要辞去「福建巡抚」一职，专注于台湾建设。光绪十一年（1885年）六月，清廷虽然未开设台湾巡抚一职，但是让闽浙总督杨昌濬兼署福建巡抚，命刘铭传专办台湾善后事宜。光绪十一年九月初五（1885年10月12日），慈禧太后据军机大臣、总理各国事务衙门大臣会同议奏的结果，颁诏决定：“台湾为南洋门户，关系紧要；自应因时变通，以资控制。着将福建巡抚改为台湾巡抚，常川驻扎；福建巡抚事，即着闽浙总督兼管。所有一切改设事宜，该督详细筹议，奏明办理。”。而对于设省之事，刘铭传认为时机尚早，上奏〈筹度台湾情形