学生迁入中院住宿。一楼的实验室，到1930年代，已有分析化学实验室3个，并有普通化学、有机化学、物理化学、微量化学实验室各一个。二楼教学楼则先后用于中院、师范班、特班、政治班等的教学，后来则长期用作数学系和化学系的教室及办公室，东侧还有工程制图大教室。蔡元培1901年受聘为南洋公学特班总教习时，曾住在中院3楼60号。1963年、1999年中院两度大修，至今仍在使用。
相关建筑.新中院，建于宣统二年（公元1910年），位于徐汇校区，为一座砖木结构的外廊式建筑，现为董浩云航运博物馆