年职业化的上海申花足球俱乐部成立时他却选择了离开，后来据主帅徐根宝回忆，是担心自己无法通过中国足协当时规定的强制体能测试。之后他加盟上海浦东，随球队征战甲B联赛。邱京巍视力很差，被称为“瞎子”，但是却屡屡凭借出色的球感获得进球。退役后的邱京巍与好友范志毅合作，曾经担任过香港澎马流浪以及苏州趣普仕等队的主教练、执行教练。2010年2月，他出任上海东亚助理教练，协助主教练范志毅。