剑龙最早为奥斯尼尔·查尔斯·马许在1877年所命名；在19世纪后期，马许与另一位考古学家爱德华·德林克·科普之间有俗称为「骨头大战」（Bone Wars）的竞争，而剑龙是首先被发现与描述、命名的众多恐龙之一。化石的发现地点是科罗拉多州莫里森的北部，属于莫里逊组地层，这些最早出土的化石，成为装甲剑龙（"Stegosaurus armatus"）的正模式标本（holotype）。剑龙属名「"Stegosaurus"」的意义，源自「有屋顶的蜥蜴」，这是因为马许一开始以为剑龙身上的板状构造，是有如屋瓦一般地覆盖在整