查研究室主任、中宣部文革委员会主任等职。这期间阮铭以极左面目出现，迫害知识分子。曾在《人民日报》和《中国青年》杂志上发表文章攻击钱伟长、马琦等“右派”知识分子，并在尚未定论之前率先宣布王蒙是“右派”。文革初期他以《鲁迅文集》的某个注释有问题为由，在《红旗》杂志和《人民日报》上发表文章攻击周扬。卡玛·亨顿（Carma Hinton）的纪录片《天安门》里有当年阮铭身佩大红袖标，主持万人批斗大会的特写镜头。由于文化大革命的缘故，1967年起在宁夏回族自治区贺兰县农场接受监督劳改，并受到军事管制小组的隔离审