沙进驻接收，竖立起石碑并举行接收和升旗典礼。设立「西沙群岛管理处」及「南沙群岛管理处」，由海军管辖。民国39年（1950年）5月，解放军攻陷海南岛。国军在撤离海南岛的同时，驻守南沙及西沙的国军一齐撤离，仅保留东沙群岛的驻军。解放军于5月13日进驻西沙的永兴岛；菲律宾民间人士则佔领了包括南沙太平岛在内的9座岛礁，大肆盗採磷矿。民国45年（1956年），中华民国政府先后派出海军立威部队、威远部队和宁远部队三次「威力侦巡」宣示领土主权，驱离南沙群岛的菲律宾人员，派遣海军陆战队戍守太平岛。6月5日，成立「东沙守备区