从此一蹶不振。1682年，施琅师法郑成功收台之法，攻克澎湖岛，于1683年占领台湾，明郑结束。为防止台湾的东宁遗民以东宁王室的名义反叛，康熙帝下令将郑成功、郑经等郑氏在台王室陵墓悉数掘发，迁葬中国内陆。郑成功受封明朝爵位「延平王」，在正式文告中皆谨守藩王的身份，多自称「本藩」（；；），历法上，始终奉南明永历帝的永历年号为其正朔，因此，永历帝死后亦持续使用；于现存对其他政权的诸多外交文书中皆以「大明招讨大将军」的官职与「延平王」的爵位（郑经则称世子）作为其官方身分号召恢复明朝，有人指出明郑应为南明的延续；