朝廷晋升他为少傅、太子太傅、谨身殿大学士，并录用其子任中书舍人。不久，流寇刘六、刘七、齐彦名起事，杨一清举荐马中钖前往征讨。杨廷和则称其只是文人，不能胜任；后来马中钖果然不能平寇。杨廷和遂请求逮捕马中钖入狱，改以陆完代替，并斩杀原来接受贿赂纵容流寇的参将桑玉，从而军威大振。之后，武宗又听从学士陈霁进言，调各镇边军征讨河南赵鐩等民变势力，并举荐彭泽为总制，此后各路叛军被悉数平定。论功时，朝廷录用杨廷和一子为锦衣卫千户，杨廷和则坚持推辞；武宗遂特加其任少师、太子太师、华盖殿大学士。