技部也在2000年初成立了磁悬浮预可行性研究小组，同年年底磁悬浮项目获得立项。2000年6月，上海市政府决定在上海建设高速磁悬浮，尽管磁悬浮速度有无与伦比的优势，但磁悬浮还没有在中国的高速铁路网络得到广泛使用。因此，上海磁浮的盈亏情况、磁悬浮的电磁辐射、噪音等对人体健康的影响均是专家和民众关注和争议的焦点。1999年，秦沈客运专线开始建设。该线于2003年建成运营，有铁道部官员认为，秦沈客运专线是中国第一条真正意义上的高速铁路，但中国国家铁路局官网未予以承认。为了挑战外资主导地位，在2002年，铁道部推