长安时，任命胡殷为尚书，封随王。更始三年（25年），刘秀属下邓禹和赤眉军都要西进长安，卫尉张卬对更始诸将说“赤眉军早到达后，我们就会被消灭。不如抢掠长安，向东逃回南阳。事如不成，我们再到江湖中，重新做强盗。”多数将领同意。胡殷和王匡、张卬、廖湛、申屠建、隗嚣一起进言更始帝东逃南阳，更始帝不同意。胡殷和张卬、廖湛计划劫持更始帝，刘玄出皇宫向东投奔驻屯京兆尹新丰的赵萌。张卬加入王匡军，被更始帝、赵萌、李松反撃。胡殷投降赤眉军，引导他们攻下长安。同年九月，长安陷落，更始政权灭亡。同年、胡殷、王匡投降光武帝刘秀派遣