留于京都期间，尼子经久元服并拜领京极政经的偏讳，改名为尼子经久。经过五年的人质生活后，尼子经久离开京都返回出云。1478年，尼子清定隐退，由尼子经久接任家督之位。
流亡生涯.应仁之乱后，作为尼子氏主君的出云、飞驒、隐岐、近江四国守护京极氏权力逐渐衰弱，尼子经久则趁机发展势力，侵占京极氏在出云国的寺社、土地。1482年，室町幕府要求出云国缴纳庄园段钱，而尼子经久无视幕府的命令，私自下令扣押段钱并拒绝上缴。1484年，幕府下令剥夺尼子经久出云守护代的职务并且下达讨伐令，三泽氏、三刀屋氏