以《不是冤家不聚头》获得香港电影金像奖最佳女主角奖；1995年她凭《女人四十》（1995年）获得同一殊荣，并获得香港电影金紫荆奖、香港电影评论学会、柏林影展银熊奖及台湾金马奖最佳女主角奖。同年亦为她赢得亚洲电影人协会颁赠「最高成就奖」，而《虎度门》则获亚太影展及台湾金马奖最佳女主角奖。因着多年来演出成就，1997年萧芳芳获颁英女皇MBE勋衔及香港艺术家年奖。2000年后萧芳芳受耳患困扰，使身体状况欠佳，因而减少演出专注进修，取得了儿童心理学硕士学位。1998年，她创立了护苗基金，积极宣传「保护儿童免受性