8岁回到日本，之后先后在北九州市立浅川中学、九州国际大学附属高等学校和福冈大学接受足球训练。2009年8月7日，他在第33届总理大臣杯全日本大学足球锦标赛决赛中打进一球，率领福冈大学3比1击败高知大学，历史上首次捧得总理大臣杯冠军，并获得2009年天皇杯的参赛资格。在天皇杯中，永井谦佑在福冈大学参加的3场比赛都有进球，帮助福冈大学在第一轮4比0击败北海道地区联赛冠军北海道电力，第二轮3比2战胜日乙球队水户蜀葵，直到第三轮才以1比6不敌大坂飞脚被淘汰。永井谦佑在大学的毕业论文是《2010年世界杯足球赛进球