宗矩之类的大名中选出，但是，之后改由石高3千石～5千石级的旗本之中选任。大目付是旗本职之中相当于江户城留守居・御三卿家老的最高位。江户时代中期，职役从监察官转为传令（将幕府命令传达全国大名之职）或殿中（江户城中）的仪礼官，成为名誉职・闲职。另外，由道中奉行・宗门改役・铁砲改役等5职兼任。定员5名。兼任道中奉行的大目付是5人之中的笔头格。此外，和京都所司代・大坂城代等同様是作为将军的代理。地位在属于若年寄的目付之上，权威较高。
诸藩.会津藩、大垣藩、米泽藩等诸藩也存在设置此职位者