一次膝盖受伤却成为黄志毅职业生涯的转折点。此后几个赛季黄志毅的膝盖旧患复发频繁，严重影响他在球场的发挥。他甚至缺席了广州医药在2008赛季的所有比赛，直到2009年5月15日，黄志毅在广州队主场1比1战平山东鲁能的比赛中替补出场，完成自己的中超首秀。2009赛季结束后，黄志毅因伤病被挂牌。2009年赛季结束后，广州队投资方撤出并且面临因曾打假球的严厉处罚，对队内的多名球员进行了调整，黄志毅成为离队的球员之一，其后黄志毅选择了退役。12月18日，黄志毅和珠三角职业足球超级联赛球队江门千色花队签约准备参加五