成为军人，历任广州江防司令部参谋长兼代理司令、广东全省航政局监督、贵州督军公署参谋长。后来，他成为王天培率领的国民革命军第10军的副军长，参加北伐。北伐期间，曾任徐州警备司令。1938年（民国27年）3月，高冠吾参加中华民国维新政府。历任绥靖部次长、南京市政督办（后南京特别市市长）。维新政府解散后，高冠吾继续留任南京特别市市长。1940年（民国29年）3月，汪兆铭（汪精卫）的南京国民政府成立，高冠吾被任命为中央政治委员会委员（此后，连任第四届中央政治委员会委员）。6月，任江苏省政府主席。1941年1