处了几个县长和公安局长，其中有的被逮捕，有的被撤职。方未艾的工作引起一些势力不满，有人告密称方未艾是为共产党工作，方未艾乃被撤职查办。此后方未艾到新疆学院和女子中学任教，但仍被中国国民党方面的警务处严密监视。1947年10月末，方未艾夫妇离开新疆赴甘肃省，以经商为生。1949年初，包尔汉任新疆省政府主席，派人到兰州找方未艾回新疆工作，被方未艾谢绝。包尔汉的熟人傅希若、文成章、聂福利等人应邀去新疆，都被委以要职。1949年兰州战役后，经中国人民解放军第一野战军政治部主任甘泗淇和第二兵团司令部宣传部长胡友之