靖至万历年间，寺院由十方住持制改为分房制，寺院逐渐衰败，寺产四散。万历十五年（1587年），寺院毁于山洪，建筑材料几乎无存。崇祯四年（1631年）起，由密云禅师主持寺院重建，至崇祯十三年（1640年）基本建成，形成当下的格局，此时的天童寺规模达到最盛。清顺治十七年（1660年），世祖为寺院题“敬佛”。雍正十一年（1733年），御赐“慈云密布”匾额及金字《心经》。寺院藏经阁和法堂曾分别毁于康熙和干隆年间，后均重建。同治年间，寺院与镇江金山寺、扬州高旻寺、常州天宁寺并列为禅宗四大丛林。在此期间，天童寺重修了天王