球优惠制遭到淘汰。赛季结束后，穆勒共录得在德甲联赛出场31次射入20球，德国杯出场5次射入4球，以及欧冠联赛出场12次射入8球。他在德国超级杯中取得1入球。
2016-17赛季.穆勒的新赛季始于2016年8月14日的2016年德国超级杯，他在比赛中射入1球并帮助拜仁以2比1战胜普鲁士多特蒙德。在联赛中，穆勒曾遭遇长达999分钟的进球荒，直至第14轮主场对阵沃尔夫斯堡的比赛中于第76分钟才射入首球。
2017-2020的三个赛季.2016年安切洛蒂入主拜