管理西藏政府。达赖喇嘛成为西藏的精神和政治领袖；1750年后，中国不再任命西藏王，默认达赖喇嘛对西藏（不含康巴、安多和拉达克）的主权。1911年辛亥革命后，拉萨发生驱逐汉人的水鼠年骚乱，驻藏大臣撤离西藏返回汉地。十三世达赖喇嘛自印度返回西藏，发佈水牛年文告，宣佈解除同清朝的关系。此后，虽然北洋政府改设西藏办事长官一职，其后的国民政府又设立蒙藏委员会驻拉萨办事处，但实际上在整个中华民国大陆时期，中央政府都无力对西藏内部事务施加影响，中共学者亦指出「中央政府与西藏地方的关系极为不正常」。噶厦成为西藏的最高行