国青队主教练松本育夫的劝说下由高中时代的前锋位置改打后卫位置。同年，井原正巳随筑波大学获得日本大学足球选手权大会的冠军。1988年，大学二年级的井原正巳首次入选日本国家足球队。1990年，从筑波大学毕业的井原正巳加盟日本足球联赛的日产自动车（现横滨水手）。在1990-1991年赛季，井原正巳联赛出场22次，打入两球，获得该赛季日本足球联赛的最佳新人，并帮助日产自动车获得1991年的天皇杯冠军。1992年，井原正巳在1991-1992年赛季联赛共出场22次，打入0球，并帮助日产自动车获得1992年