将军衔之主治医师担任，不再具有国防医学院副院长职衔，而是由该院执行官担任国防医学院副院长职衔。相较于医师，该院药师、护士、护理师、医检师、放射师、治疗师等虽然亦列为广义之国军人员，但多数为文职身分。值得一提的是，该院早期之勤务员亦多有军职身分（大部分为士官）；然现多数勤务员以外包之人力公司为主，留存下来之老士官已是少数。
分院与院区.
三军总医院汀州院区（原三军总医院民众诊疗处）.院址为台北市中正区汀州路三段40号，设有门诊、急诊、住院（仅有急诊留观床、唿吸