祕密军失去了许多支持，组织也受到相当影响，被迫撤离位于贝鲁特的总部，其过去的盟友巴勒斯坦解放组织撤回支持，并转而向法国情报单位提供关于亚美尼亚解放祕密军的情报。1988年4月28日，亚美尼亚解放祕密军的创始者与领导人在希腊雅典一个富有的社区被枪杀。土耳其国家情报局表示哈戈皮安被杀后，亚美尼亚解放祕密军即告解散，另外有土耳其消息指后，许多海外亚美尼亚人停止了对亚美尼亚解放祕密军的资助，使其无法继续运作。1980年代晚期后，亚美尼亚解放祕密军因内部分裂与缺乏资金而活跃度大减，但至1990年代还有零星活动，包括1