出5,000马来亚元，以及在1940年7月再捐出1,000英镑。随着远东和东南亚局势日益严峻，他进一步获政府委任为平粜局局长，到1941年5月还获政府根据《防卫（补偿）规例》委任为补偿委员会委员，参与审理在槟城地区因防务工作而引起的赔偿个案。不过，当太平洋战争和马来亚战役在1941年12月相继爆发后，当地局势因日军入侵而急转直下，而槟城也于同月失守沦陷。作为海崃殖民地立法局议员和槟城的华民代表之一，邱善佑在槟城沦陷后即遭日军拘捕。当时日军威迫大马各地的华人代表凑集5,000万马来亚元，作为支持「大东亚共荣圈