路宁海县水车（今浙江省宁海县）人，明朝官员。郑士元有才学，洪武四年（1371年）中进士，后升爲湖广按察使佥事，有荆、襄士兵抢掠民女的事件，官吏不敢过问，郑士元向将领说话，所掠妇女得到归还。安陆有冤狱，御史台已定案，郑士元仍上奏是冤案，最终得直。后因空印案被牵连而下狱。出狱后，因其弟郑士利上言解释空印案，而被输作江浦。