外祖诸葛诞导致诸葛诞败亡，虑其为仇，故构陷其为杨骏一党，夷其三族。由于司马繇专权，一天之内恣意赏罚达三百余人，故而招致司马亮的疑忌，加上司马繇之兄司马澹从中挑拨，最终导致司马亮将司马繇免职，后流放东北带方郡。永宁元年（301年）九月，复任东安王。永康元年，司马繇起复为宗正卿，后升为尚书左仆射，不久因母亲去世，守丧于邺。晋惠帝起兵讨伐司马颖时，司马繇力劝司马颖投降。但是司马颖很快击败朝廷军队，反而忌恨司马繇，将其处死。
嗣子.司马繇兄司马觐之子司马浑继嗣司马繇。