队偕同运用，搜索，击沉敌军军舰。也由于目标是敌国军舰，因此日本在二战前开发了各式各样类型的潜舰去支援潜舰战术。随常规潜艇之外，更包括运输潜艇（如伊三六一型潜水舰及波一〇一型潜水舰）；水上飞机补给潜艇（伊号第三五一潜水舰）；微型潜艇（如甲标的）及人操鱼雷（回天）。其中比较特别的是航空潜舰「伊四百型潜舰」，这种潜艇携带3架晴岚攻击机，可以隐密地移动到目标（当时设计的目标为巴拿马运河的闸门）附近，然后上浮放出飞机起飞轰炸。还有一点值得关注的则是日本潜艇用的九五式鱼雷（九三式氧气鱼雷衍生型）可以算得上是二战时期最先