清初蒙古分为四大部。1690年至1697年间乌兰布通之战与三征噶尔丹使噶尔丹战死，创立多伦会盟以保护喀尔喀蒙古。雍正时期将喀尔喀蒙古併入清朝。1729年听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。
西藏.青藏地区的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏，之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时，藏区政事交由第