舰队澎湖为其领土，之后荷兰人于澎湖之战 (1624年)被明军击退，转往台湾。然而此战之后，明朝虽再次取得澎湖，却未复设澎湖巡检司之职。
清朝澎湖巡检司.清康熙二十三年（1684年），澎湖地方循明郑旧制，设置巡检司，官署设于大山屿文澳（今马公市西文里），隶属台湾县辖下单位，长官作巡检，配置一员，后因改单独设置澎湖通判而终止；巡检司名籍如下表：
管辖区域.澎湖群岛：90个大小岛屿所组成，以下列出主要有人居住的岛屿