染色.磷钨酸常用在细胞样本的染色，常和苏木精一称使用，称为，有些三色染色试剂也会用到磷钨酸，在配合透射电子显微镜使用时，会用磷钨酸作负染色法。
分析.磷钨酸钾和其磷钨酸盐不同，由于磷钨酸钾的溶解度低，曾被提出用来作钾的重量分析法。
蛋白质沈淀.在许多分析方法中，磷钨酸都会用来沈淀蛋白质，磷钨酸曾被视为极性蛋白质的「万用沈淀剂」不过过来的研究发现磷钨酸的确会和胍基、ε-氨基酸及咪唑基产生沈淀，但不会和α-氨基酸沈淀。
医疗用途.