三世纪(1204年)，原拜占廷皇室后裔所建的伊庇鲁斯君主专制国成立，约阿尼纳成为了继阿尔塔 (希腊)以后国内最重要的城市。公元1337–1340年，安德洛尼卡三世分解了专制国，约阿尼纳重新成为了拜占庭的一部分，但数年后塞尔维亚人佔领了该城。约阿尼纳在塞尔维亚帝国统治期间蓬勃发展，成为了一个重要的经济和文化中心。公元1358至1416年，约阿尼纳成为了重建的伊庇鲁斯君主专制国的国都。公元1430年，鄂图曼土耳其佔领了约阿尼纳，开始了其长达480多年的统治。1647–1830年，约阿尼纳一直是希腊启蒙运动的