俱乐部主教练沈祥福在2009年初参加了中国国家队的主教练竞聘，他的去留问题也引起外界的关注，然而从国家队在2009年的赛程来看，沈祥福应暂时不会离开广州，广州医药的主帅在短时间内也不会有变动。在球员的构造上，广州医药也进行了比较大的调整，马亮、高明、杨朋锋、何塞等球员合同期满后未获续约，而是租借了长春亚泰的崔威、深圳的李健华及天津泰达的李本舰。在外援引进上，广州医药并未使用中国足协新出台的“4+1政策”（即每队4名外援+1名亚援）的亚洲外援名额，在与勐龙、拉米雷斯和迪亚哥续约后，又向巴西国际租借迪亚哥的胞