军被平定，王蕴转任侍中。然而在乱时开东府门迎叛军的抚军长史褚澄却转为吴郡太守，司徒左长史萧惠明说：“褚澄开城纳贼，为大郡太守，王蕴被甲死战，弃而不收，赏罚如此，何忧不乱！”时主朝政的褚澄兄褚渊感惭愧，遂用王蕴为宁朔将军、湘州刺史。王蕴轻躁薄行，当时沈攸之为荆州刺史，王蕴和他交好。时以「四贵」之一掌握朝政的权臣萧道成是沈攸之政敌，王蕴遂与攸之图谋推翻他。王蕴借母亲去世，罢官还都的机会，在巴陵停留十余日，期间和沈攸之商定图谋。当时萧道成世子萧赜为郢州行事，王蕴至郢州，想要除掉萧赜，据夏口，与荆州联合。萧赜察