中黑格兽科在南方有蹄目内被分类在型兽亚目之下。事实上，型兽亚目是为印齿兽（即中黑格兽属的异名）来命名的。除了中黑格兽科外，型兽亚目传统上包含了其他细小的南方有蹄目。近期的意见认为要将古蹄兔科及黑格兽科加入到型兽亚目中。这两科以往分类在黑格兽亚目中，但系统发生学研究指若将牠们排除在型兽亚目以外，型兽亚目则会成为并系群。在型兽亚目中，中黑格兽科较为接近古蹄兔科及黑格兽科。中黑格兽科及黑格兽科都是源自于古蹄兔科。中黑格兽科下的三个亚科是Fiandraiinae、Mesotheriinae及Trachyther