仍为他的儿子葡萄牙国王佩德罗五世担任葡萄牙摄政。1869年他拒绝成为西班牙国王。在晚年的时候，斐迪南二世与歌剧歌手Elisa亨斯勒结婚。斐迪南是一个聪明的艺术与现代自由主义思想的人。他擅长于蚀刻、陶器和画水彩画。他是英国皇家科学院院长和科英布拉的玫瑰十字会的大师。1838年他建在辛特拉的佩纳宫，野生建筑梦幻的折衷主义风格充满象征意义可以与新天鹅堡的巴伐利亚国王路德维希二世相比。他在这座城堡里与他的第二任妻子度过了他的余生。