992年左右藏身到苏丹首都喀土穆，因卡洛斯在苏丹到处惹祸，和行爲多有违反沙里亚法，苏丹政府便认爲他不是个穆斯林；加之苏丹政府还深受「包庇恐怖分子」的指责，于是决定不再庇护他。1994年8月14日，熟睡当中的卡洛斯被自己的个人警卫交付给了法国干员，并且飞往巴黎。他被指控谋杀两名警察以及一名法国潜藏于PFLP的干员－Michel Moukharbal。卡洛斯被关在La Santé监狱中等待审判。审判从1997年12月12日开始，12月23日结束，他被判有罪以及无期徒刑。2003年6月，卡洛斯在狱中出了一本关