请回沈祥福之后，球队的成绩也稳步提升。该赛季，来自塞尔维亚的射手耶利奇荣膺中国足球先生和中超联赛金靴奖。2006赛季，国安将主场迁至丰台体育中心体育场，球队也重回中超三甲行列。
2007年至2010年.2007年，韩国“铁帅”李章洙走马上任，国安队在经历了上半程的不稳定表现之后，在下半程奋起直追进入争冠行列。但是国安在10月4日主场迎战争冠最大对手长春亚泰时0:1败北，最终获得当季亚军。随后的赛季国安获得联赛第三名，亚冠联赛却未能从小组突围。2009年，国安获得了来自市政府的资金支