遭当道之忌，明世宗、张居正皆曾毁书院；尤其是东林书院事件，魏忠贤尽毁天下书院，书院乃大没落。清朝入主中原，对书院加以监管，顺治九年（1652年）的〈上谕〉便要求「不许别创书院」；但因为书院制度由来已久、可补学校制度的不足，顺治十五年（1658年）在偏沅巡抚袁廓宇的请求下，修复衡阳石鼓书院，以「表彰前贤、兴起后学」。雍正十一年（1733年），改採鼓励态度，正式明令各省建书院，书院渐兴；惟不分官立私立，皆受政府监督，不复宋元时的讲学自由。直到庚子后新政，庚子诏令将全国书院改制为新式学堂，书院制度瓦解。