集的《寺门高僧记》中，所收录僧侣行尊的三十三所巡礼和西国三十三所巡礼是相关最早的史料，据说，在11世纪末左右，行尊进行三十三所巡礼时，当时三室户寺是第三十三个，也就是最后的巡礼地。寺院在康和年间(1099-1103年)，由三井寺的僧侣隆明复兴。之后在宽正年间（1460-1466年）的火灾烧失伽蓝，虽然重建了，但在天正元年（1573年）因织田信长与足利义昭间的相争而烧毁。现存的本堂是在江户时代 末期的文化11年（1814年）重建。
本尊.本尊是千手观音，是严格的秘佛、从未公布