》发表多篇社评及评论文章为「双查方案」辩护，其后《明报》的新闻版面被指只偏重支持方案的报导，而反对方案的报导则很少提及，期间也引起本地不同报章之间的论争。12月2日，大专学生到明报报社门外焚烧《明报》，抗议明报处理「双查方案」一事的手法。12月8日，香港记者协会发表声明指金庸干预报社採访安排，指定记者採访一些支持方案的人，并要求金庸辞职。
2005年香港世贸会议示威报导.《明报》在2005年香港举办世贸部长级会议其间有关南韩农民示威行动的报导被批评者指摘为不公正、不合理及有抺黑之嫌