尔因叛国的新事证而被捕下狱，但一个月后因为控告者揭露为冒名人士而被无罪释放。此时，当初指控詹姆斯幼子为抱来的传闻逐渐破解，越来越多人认知到詹姆斯·爱德华确实是正统的王子；而玛丽亦体悟到光荣革命的不合法与违背良知，因此在日记里感伤地纪录说，她与妹妹的裂痕是上帝给予的惩罚，是「不道德」革命所铸成的罪孽。（玛丽等于是抢夺了弟弟合法的王位继承权）
国教表率.玛丽非常虔诚，一天至少要祷告两次。她所颁行的政令大多是打击违反宗教禁令的放荡、饮食享乐和卖淫等的；她以自身品行作出良好表率，改善了16