史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督，同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知后退至寻阳，由桓玄任盟主，最后双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，併其辖地。司马元显担忧北府军不可靠，征江东豪族佃民以建立新军，称为「乐属」。这却使「东土嚣然」，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，