四十四年（1616年）登进士，授盐城县知县、朝邑县知县。崇祯七年（1634年）升任户部主事、礼部祠祭司郎中。崇祯十年（1637年）贬江西吉安府推官，累陞淮徐兵备佥事、河南按察司佥事。不得漕运总督史可法赏识，崇祯十五年（1642年）改山西按察司佥事、分巡冀宁道。崇祯十七年（1644年）正月，李自成农民军逼近太原。毕拱辰随巡抚蔡懋德、布政使赵建极、副使毛文炳、蔺刚中等协力守城。城破，蔡懋德自缢。赵建极、毛文炳、毕拱辰三人皆被执，大骂李自成，皆被杀。