扁效力远不如四年前高，有些评论家甚至称他已经“信用破产”。台湾学术界很多人也批评李远哲，再度破坏李远哲本人上任中央研究院院长时发表的「学术中立」原则。台湾商界的两名重要人物，台塑董事长王永庆和长荣董事长张荣发虽然没有公开支持连宋，却批评政府迟迟不开放三通。其中张荣发一直是时任总统陈水扁的长期支持者，但是时任总统陈水扁上台后因三通问题两人关系破裂。台商的回台投票率是历次选举中最高的，非正式的统计，他们中的大多数人在公开场合都表态支持连宋。台商投票主要是因为民进党中有人指责台商“不爱台湾”，而且迟迟不开