居以外，另外六座古厝的黄氏子孙不愿意将其古厝列为古蹟，所以政府将这六座古厝本身和週边相关列为非古蹟的古建筑保存区。不过后来2012年深坑黄氏兴顺居的黄氏后代子孙开会决定向新北市政府申请让兴顺居成为古蹟。新北市政府于2012年12月正式通过兴顺居为与深坑黄氏永安居并列的唯二古蹟。
指定理由.根据新北市政府文化局，深坑黄氏兴顺居被指定为古蹟的理由是因为该建筑出于优良匠师用砂岩、红砖与高级木材来做主体结构且精雕细琢，并且历经百年仍然能够保持完整。