兼所长。1938年到1945年间在上海法租界里的国立北平研究院上海药物研究所（现在中国科学院上海药物研究所）做研究工作，历任特聘客座研究员、代理所长。搬到昆明的中央研究院化学研究所由时任中研院总干事任鸿隽兼所长。1940年3月9日蔡院长病逝英属香港，庄在同年3月13日当选由评议会第1届评议员选出的第2届聘任评议员。 抗战胜利后，中央研究院化学研究所等各所搬回上海，接收日本人留下的上海自然科学研究所重建。1948年4月1日就任评议会第2届评议员选出的第1届数理组院士（化学专业另3院士是吴宪