依此法设置行政院（国民政府行政院）。同年10月8日，国民政府通过谭延闿为首任国民政府行政院院长。当时的行政院设有内政、外交、军政、财政、农矿、工商、教育、交通、铁道、卫生等10部。同年10月25日，行政院院长及十部部长宣誓就职，行政院正式办公。《中华民国宪法》于1947年元旦公布施行后，续定行政院为国家最高行政机关；同年3月31日，《》公布。1948年5月，初设15部3会1局。1949年1月7日，行政院邀集相关部会首长会商政府机关疏散事宜，决定将各机关核心移至广州，将大部份人员疏散于各地或南京以