4年（1341年），北朝发布院宣，五山任由尊氏决定。同年，尊氏选定第一位为南禅寺・建长寺、第二位为圆觉寺・天龙寺、第三位为寿福寺（鎌仓）・第四位为建仁寺（京都）・第五位为东福寺（京都）・准五山（次席）为净智寺（鎌仓）。之后，五山的决定及其住持的任免权归于足利将军个人的惯例也就此成立。延文3年（1358年），2代将军足利义诠改订将净智寺昇格为第五位，同时在第五位加上鎌仓净妙寺、京都万寿寺，共计4寺，京都和鎌仓各选定5寺为五山。之后，3代将军足利义满的时代，因管领细川赖之的请求，五山加入临川寺 （永和3年（13