剧毒而不可食者如海檬果、毒番石榴，或虽可食但含有致癌物如槟榔，通常不被认为是水果。有部分植物繁殖器官虽可食用，但因食用价值较低，亦不会特别称之为水果，例如茄苳果实、菲岛福木果实等。而有食用价值之植物繁殖器官中，于人类文化中通常不认为其为水果者，有 坚果、豆类、谷物。在西方文化中，大黄也常被视为「水果」(culinary fruit)，但食用的部位是叶柄，且通常是煮成果酱食用。
植物学.大多数水果的主要食用部位在植物学上属于真果，但也有许多水果吃的不是真果，而是其他部位，包括：