2001年，捷克在联合国大会的总辩论中，为中华民国参与联合国案执言。2006年4月，捷克众议院过半数议员连署支持台湾取得世界卫生大会观察员资格，并有意义、制度化参与世界卫生组织（WHO）。2009年5月8日，担任欧盟轮值主席国的捷克发表声明欢迎中华台北受邀以参加第62届世界卫生大会（WHA）。2019年5月，55名捷克众议院议员、捷克参议院副议长等25名议员、布拉格市长贺吉普分别连署致函世界卫生组织唿吁邀请台湾出席世界卫生大会。2020年5月，捷克参议院外交、国防暨安全委员会，以及卫生暨社会