车站几乎全部爆破拆除，工程进行时旅客乘车出站全部暂移到西边的和平路一带。1991年10月12日，投资2.2亿元人民币的深圳新客站建成并举行了落成典礼并正式投入使用，同时升级为一等客运站，当日上午时任国务院副总理的田纪云为新站落成剪彩，下午时任国务院总理的李鹏视察深圳站并题词：“加强深圳新车站管理，创建文明窗口”。1990年10月，时任深圳市委书记、市长的李灏到北京请邓小平题词时，邓小平出于对深圳特区发展的期望，决定不单为车站题词，而要给深圳人民题，因此特意少写了个“站”字。深圳火车站由此成为全国继重庆站、天