察人联席会决定王金平接任第三届董事长。任内，2002年4月4日，王甲乙率队参访中国大陆。1996年10月24日，届龄70岁，自最高法院院长职位上退休。1999年5月20日，出任无给职总统府国策顾问。王甲乙还曾在司法官训练所、中国文化大学、中兴大学、辅仁大学等校兼职任教。卸任最高法院院长后，仍在东吴大学教民事诉讼法。2002年7月7日，王甲乙应“洪钧培文教基金会”的邀请，发表《司法改革新思维》演讲。2011年，发表新书《我的奋斗人生：从小工友到最高法院院长》。2015年12月7日凌晨过世，享寿八十