者为昆·贡却杰波）、雅桑（创始者为雅桑·却吉门兰）势力，共同与帕竹（创始者为帕木竹巴·多吉杰波）作战。当时，帕竹已经是西藏最强的地方势力。最终，蔡巴、萨迦、雅桑均被帕竹击败，蔡巴的辖地几乎全部被帕竹夺取，蔡巴的势力自此衰落。蔡巴·贡噶多吉之子格雷桑布曾受元朝的司徒封号，其子孙在明朝时仍拥有“都指挥使”的官衔，但已无多大势力。蔡巴噶举派随蔡巴领主的失势而衰落。蔡巴寺、贡塘寺在元朝末年改为桑浦寺的属寺；格鲁派兴起后又改宗格鲁派，蔡巴噶举派的传承自此断绝。 蔡巴寺后期被毁，如今的蔡巴寺是1950年代初重建。