。2013年12月24日，该署因南苏丹内战爆发而恢复对菲律宾劳工去南苏丹工作的禁令。2015年10月21日，该署根据外交部的建议放宽禁令，允许国际组织的菲律宾人员返回南苏丹，条件是当地雇主要负责菲律宾雇员的撤离工作。该禁令特别放宽予为日本对外实施政府开发援助（ODA）的主要执行机构之一独立行政法人国际协力机构在当地的建设项目负责的。2016年6月30日，鑑于南苏丹民族团结过渡政府的成立和当地局势的改善，菲律宾海外就业管理局允许一度返回菲律宾的劳工重回南苏丹，但须要他们在南苏丹有工作证明。