2016年大选中，吴斯怀参与第三势力小党军公教联盟党（MCFAP）的活动，表态支持洪秀柱任国民党候选人。在换柱争议后，吴斯怀出席退役将领岁末联欢餐会，希望社会讨论王如玄的军宅案，要回归法治。他认为台湾应承认九二共识。在中国国民党败选后，支持洪秀柱任中国国民党主席。
主导反对年金改革运动.2016年，吴斯怀与胡筑生、黄耀南、年金改革委员会委员李来希、刘亚平等人组织监督年金改革行动联盟，由吴斯怀任发言人，组织军、公、教退休人士，监督与质疑蔡政府年金改革内容，号召在9月3日参与「军公教反