校长罗瑞卿带领下迁往晋东南抗日根据地（太行根据地）。留下四个学员队在延安组建抗大三分校。1939年7月的抗大五期，学员数量达到一万三千三百多人（含第一、二、三分校学员数），其中知识青年约占学员总数百分之八十左右。总校领导机关率第五期大部分教职学员与“华北联合大学”的教职学员共五千多人，合编为一个纵队，挺进敌后。当时因日军对晋东南根据地进行大规模“扫荡”，总校临时改变行军路线，转道晋察冀根据地，在河北省灵寿县陈庄一带休整两个月后，才继续向晋东南根据地挺进，于1940年2月抵达晋东南地区的武乡县洪水、蟠龙一带继