反复辟活动但事败，离开北京南下。张勋复辟失败后，段祺瑞“再造共和”，但不恢复《中华民国临时约法》及国会。孙中山乃在上海召集陆海军及国民党要人开会，决定在南方另开非常国会（又称国会非常会议），组织临时政府，并致电北京国会议员南下护法。孙中山到广州发动护法运动。到广州参加广州国会非常会议，继续任国会参议员。1917年9月1日，在广州国会非常会议上，成立中华民国军政府（护法军政府），孙中山当选中华民国军政府大元帅。护法军政府成立后，滇系、桂系军阀逼孙中山辞职，军政府领导权落入以岑春煊、莫荣新等桂系为首的西