大定二十九年（1189年），改龚县为宁阳县。至此，兖州领四县：嵫阳、曲阜、泗水、宁阳。大蒙古国成吉思汗十五年（1220年），佔领兖州，降为普通州，隶济州。蒙哥汗二年（1252年），升兖州为节度州，隶东平路。至元二年（1265年），併泗水县入曲阜县，宁阳县入嵫阳县。至元三年（1266年），复置泗水县。至元五年（1268年），复降兖州为普通州，隶济州。至元八年（1271年），升济州为济宁府，兖州仍隶之。至元十六年（1279年），升济宁府为济宁路，兖州仍隶之。大德元年（1297年），复置宁阳县。至此，兖州仍领