馆一行人时，里面却没有斋藤。他也未参加浪士组，所以被认为他初次加入到新选组的时机应该是在新选组于京都募集人手时。他加入后不久，斋藤就在近藤等人上洛时与他们分开行动（但与近藤一起上洛的人也未与他统一行动）。
新选组.文久3年（1863年）3月10日，芹泽鸭・近藤勇等13名人创立新选组前身的壬生浪士组（精忠浪士组）。同日，包括斋藤等11人一起入队，并一同隶属于京都守护职的会津藩主松平容保的麾下。新选组选出干部时，斋藤竟破格以20岁之姿被拔擢为副长助勤。之后组织重新编制时，他成为第三队组