一名在寺池洗衣的孕妇发现而被杀，后来寺方称为「池头夫人」，配祀在註生娘娘旁。为纪念与漳州人械斗死的泉州五县人，庙后曾设有五泉庙，后扩建时拆毁。同治六年（1867年），寺身再遭台风侵蚀，再集资大修。黄龙安于同治年间在大嵙崁建立分香庙大溪龙山寺。当刘铭传要在艋舺下崁到板桥港仔嘴之间架设台湾铁路火车桥，艋舺三大姓的黄川流，怕自己在在下崁的房屋风水被破坏，以龙山寺公印作民意阻止兴建。刘铭传就将桥改建在枋隙（今台北大桥附近），导致从此大船便没有办法驶进艋舺，艋舺日渐萧条低沉，大商贾也相继搬迁到大稻埕。Se