尽，何人登基；日月复来属大明，牛八元来是土星。」这些民间宗教如白莲教与天地会，在清朝中叶以后，发动许多起义活动，如：川楚教乱、林爽文事件等等，对清朝国力造成很大的损伤。
伊斯兰教.从元朝开始，西域伊斯兰教教徒大量来到中国各地，穆斯林居住于甘肃、陕西、四川、山西、直隶、广东、云南等省。清廷对伊斯兰教採取放任的态度，尊重他们的信仰，用他们的法律来处理纷争，但是比起元、明前两代来说较为没落，清朝防制回人的法律极严，内地各省，回人犯法，判罪较一般犯人为重，凡罪当流徒，一般人民可申请存留养亲