964年，中华人民共和国文化部整风。王昆仑在中共中央统战部就《红楼梦人物论》和《晴雯》作检查。同年，赴北京市通县张家湾参加四清。1965年，率北京慰问团赴北大荒慰问参加支边的北京青年。
文革入狱.1966年5月，文化大革命爆发，彭真被撤销中共北京市委第一书记及北京市市长职务，由李雪峰兼任中共北京市委第一书记。中共北京市委于1966年5月下旬改组，1966年6月4日公布新中共北京市委名单。1966年8月18日，毛泽东在天安门城楼检阅红卫兵，与王昆仑进行了交谈。当时，王昆仑作为北京市副