干隆四十八年（1783年）三月，将库存明实录及皇帝宝训，共4757本，移出史馆，一併焚毁。此后，就只有明史馆传钞的那部实录为最善之本了。而随着岁月的流逝，这部实录亦日渐残破。民国年间，实录藏于北平图书馆中，称为红格钞本，其后经过辗转迁移，现在则藏于国立故宫博物院图书文献馆。
明实录可能缺卷.近代历史学者吴晗认为，因为《熹宗悊皇帝实录》里记载了冯铨的丑事，冯铨降清以后，凭借职权方便，把记有他丑事的那一部份原本偷走了，故「明实录」的传抄本也缺了那一部份。