月24日起，因未能就菲律宾对北婆罗洲的要求达成令人满意的解决，菲律宾政府下达关闭菲律宾驻吉隆坡大使馆的命令。在接下来的八个月中（即1963年9月至1964年5月），两国之间的外交和领事关系被暂停。1964年2月10日至12日，时任菲律宾总统迪奥斯达多·马卡帕加尔和马来西亚首相东姑阿都拉曼在泰国金边举行的首脑会谈中达成协议。随后4月30日，两国通过泰国政府的指定代表交换了正式协议的照会。菲律宾于5月18日在吉隆坡开设领事馆。1966年6月至1968年6月的两年时间里，菲律宾和马来西亚之间的关系平静而稳