港时也运用了微型潜艇进行侦察。随着战争的延长，第六舰队开始对民用目标进行攻击，同时也进行了布雷行动。日军一度同纳粹德国海军联手，对印度洋地区的英国商船进行袭击，不过次数并不多；军令部始终更关注如何让潜艇伏击盟军的主力舰。1942年，日军潜艇成功击沉两艘航空母舰、一艘巡洋舰和数艘驱逐舰，同时击伤一艘航母和两艘战列舰。1942年后，日军潜艇甚少袭击盟军运输船，而是更多地在索罗门群岛战役等战役袭扰盟军作战舰队，以及为守岛部队运送给养和增援部队。战争中期开始，盟军加大了对日军潜艇的打击力度，日军潜艇损失日益加剧