1414年，扬·胡斯遭到逮捕。在1415年康士坦斯大公会议中，扬·胡斯被认定是异端，遭火刑处死。胡斯派信徒与天主教会之间爆发胡斯战争。2010年，新教基督徒佔捷克人口的1％，其中有0.5％属于，0.4％属于，其余0.1％属于。历史上与捷克有联系摩拉维亚弟兄会也有少数信徒。
佛教.在2001年的人口普查中，捷克共和国有6,817名佛教徒。大部分在捷克的捷克的越南人是佛教徒，2008年1月在乌斯季州的瓦恩斯多夫开设了第一座越南佛教寺庙。捷克也有10座韩国佛教寺庙，其中布拉格和布尔诺