。天正10年（1582年）织田信长在本能寺自尽，织田军也从信浓国饭山城撤退。信能被景胜任命为饭山城守备，致力于修复城池，整备城下町，为存续至今的饭山市的发展奠定了基础。天正12年（1584年）参与讨伐反景胜派新发田重家，立下多次功勋。天正17年（1589年）曾出兵救援同为信浓国领主之一的小笠原秀政。在军事领域之外也有优秀的行政手腕，因此在上杉氏臣服丰臣氏，不在领国之时被任命代理政务。文禄元年（1592年）文禄之役中被任命为领国的留守。根据泉泽久秀的「文禄三年定纳员数目録」信能的知行高为2983石，列