地面是用灰白两色相间的大理石铺砌。教堂内最大的祭坛有15米宽，26米高，祭坛分4层，分别用碧玉、缟玛瑙或红大理石的柱支撑。4层搁板上共有15座铜制雕像，最高一层是基督和圣母的雕像，旁边是圣彼德和圣保罗的雕像。在大祭坛的两侧有两组铜铸雕像群，这是意大利米兰的艺术家们创作的艺术精品，一组是卡洛斯五世国王和他家人的雕像，另一组是菲利普二世国王与他的3位妻子和一个儿子的雕像。祭坛周围挂满了着名绘画大师绘制的圣像、宗教画或各种精美的雕饰。主座堂的楼底下是先王祠，那里埋葬了从16世纪中期至20世纪初期（即从卡洛斯五