更名为上海上港集团足球队。而后，由上海东亚93/94年龄段组成的乙级队上海中邦队解散，上海东亚从中转入了大部分球员，并入一队和预备队。2013年赛季开始前，高洪波加盟球队，担任上海东亚主教练。人员方面，球队替补战怡麟与刚刚从上海申花租借回归的主力后卫柏佳骏离队转会至上海申花，而东亚则从杭州绿城签入了自由球员吴禹寅，其他内援名额则用在了从中邦引入的年轻球员上。
联赛.上海东亚的2013年赛季虽然以一场1比4不敌北京国安开始，但随后球队一度取得了2胜3平的不俗战绩，排名也达到了第六。