了几种简单的化合物，像是水、甲烷（CH）、硫化氢（HS）、氨（NH）和磷化氢（PH），它们在对流层深处（低于10巴）的丰度暗示在木星的大气有丰富的碳、氮、硫还可能有氧。与太阳的数值相比，比率为2–4倍；惰性气体氩、氪和氙的丰度看上去比太阳丰富（参见表），氖是缺乏的，其它的化合物，像是砷（AsH）和甲锗烷（GeH）的量仅是可以被检测出来。木星大气层的上部包含少量简单的碳氢化合物，例如乙烷、乙炔和联乙炔（丁二炔），这些都是甲烷受到来自太阳的紫外线照射和木星磁层的带电粒子影响产生的。当前存在于大气层上部的二氧化碳