1980年代，中科大思想活跃，方励之、温元凯等人对时政的评论曾全国闻名。1986年12月，中科大学生针对合肥市西市区人大代表选举问题，走上街头发起“要求进行民主选举”的游行，成为全国范围的第一次学潮，进而扩散至北京、上海等地，史称八六学潮。随后，校长管惟炎（1985年接任校长）和副校长方励之被撤换。
第三次创业（1993年至今）.1993年，国家制定了《中国教育改革与发展纲要》，提出要办好100所左右的重点大学，开始实施“211工程”；随后1998年，教育部决定重点支持部分高校创