相良赖房作为德川军的内应，迅即离开大垣城，不久相良赖房的家臣犬童赖安成功游说九州大名秋月种长、高桥元种，西军的垣见一直、熊谷直盛、木村由信先后被杀害。东军进军大垣城三丸，福原长尧一路率兵抵抗，但是节节败退，最后只剩下二、三十多人仍坚持战斗。9月23日，西尾光教成功游说福原长尧投降。9月28日，长尧在伊势自尽。此外在京畿一带，家康得知五奉行之一长束正家返回水口城时，便立即派池田辉政、稻叶贞通进攻水口城。9月30日，长束正家开城。10月3日正家自尽。另外，细川幽斋在小野木重胜解除对田边城包围时，反攻小野木的