仅十岁，冯保进一步受到重用，取代孟冲任职司礼监掌印太监，仍主管东厂，在明神宗的登基仪式上，冯保始终站立在御座旁边，满朝文武大为震惊，并且心生不满。高拱见冯保的权力越来越大，心里无法容忍，授意内阁阁臣提出“还政于内阁”的口号，组织一批大臣上书弹劾他。冯保与高拱的关系恶劣，遂抓住高拱曾在穆宗驾崩后说“十岁太子如何治天下”的把柄，于是与张居正联手除掉高拱，并向孝安皇后和孝定太后告状，高拱因此被革职回家闲住，罢官归乡，写了《》四卷说明此事。支持高拱的一批大臣也被查办。冯保与张居正协理孝定太后负责神宗的教育。神宗称唿