合军为了替换VF-11展开了一项名为「超新星」的计画，开发新一代的可变型战斗机。卡尔德以通用银河公司的试飞主任的身分，于殖民星伊甸上的新爱德华基地负责YF-21的测试工作。已是统合军中尉的勇也在此时调返故乡，以试飞员的身分加入计画，为另一竞争团队试飞YF-19。而成为「夏浓之苹果」经纪人的谬，则是为了公司的造势活动而回到伊甸。在不预期的机缘中，三人终于又同时回到故乡。这样的重逢，挑起了他们心中尘封已久的心结。在新仇加旧恨下，勇与卡尔德两人在超新星计画中开始了激烈的互角。同时，统合军也正在进行一项秘密计画