包括将铁路运输中的国家监管职能和经营管理职能分开，组建开放型的俄罗斯铁路股份公司，交通部只行使国家管理职能，将铁路部门的资产和债务转交给新成立的公司，俄罗斯政府拥有该公司100%的股份。第三阶段为2006年至2010年，开始逐步出售俄罗斯铁路股份公司和子公司的股票，铁路运输逐步实现非国有化，形成可调控的铁路运输市场。2003年9月18日，根据俄罗斯联邦政府第585号《关于成立开放式股份公司“俄罗斯铁路”》的政府命令，由国家全资拥有的俄罗斯铁路股份公司正式成立，并任命前交通部部长法捷耶夫为俄铁公司首任总裁