华莱士产生矛盾，克莱顿辞去了政府职务，但不久即重返政府。1944年底，克莱顿出任负责经济事务的助理国务卿，任内他大力推行自由贸易，他是哈里·杜鲁门总统参加波茨坦会议时的经济顾问，也负责向亨利·史汀生和杜鲁门就原子弹引起的问题提供对策。克莱顿强烈支持对欧洲提供经济援助，他是1947年马歇尔计划的主要推动者之一。1948年，克莱顿退出公众服务。