号飞越以来，哈勃望远镜显示海王星上已经出现巨大变化。这意味着海王星大气有着非凡的动力，能够让它的外观在短短几星期内完全改变。目前仍不清楚北大黑斑的本质，但有可能与1989年观测到的大黑斑一样，是海王星大气云层中的一个空洞。北大黑斑伴随着高海拔的明亮白云。有人认为它们是海王星大气底部的气体通过黑斑来到大气上层、冷却后，形成的甲烷冰晶体云。海王星所释放出的能量是它从太阳那里所获得的能量的2倍，驱动了大气活动。由于云层的底部被内部的强大内热加热，使得海王星的大气十分活跃（比天王星更有生气，而天王星几乎没有