有头小畸形、移行异常、胼胝体发育不全及在左脑有大量的神经胶质与软脑膜异位。于1977年，另一个婴儿于出生后十天死亡，其母亲亦是有酗酒恶习的。尸体解剖显示有严重的脑水肿、异常神经移行及细小的胼胝体与小脑。胎儿酒精综合症都会与脑干及小脑的改变、胼胝体及前连合发育不全、神经移行失误、缺乏嗅球、嵴髓嵴髓膜膨出和孔洞脑畸形有关。
神经上的破坏.当结构性破坏并不可见企存在时，可以评估神经性破坏。就胎儿酒精综合症，神经性破坏是因生前孕期酒精暴露对中央神经系统、周边神经系统或自主神经系统的破坏