在接触游离氯气时产生三卤甲烷。 三卤甲烷是致癌的消毒副产物 ，它的产生与水中自然含有的有机物的氯化反应有关。 在pH 7以上操作时，二氧化氯优于氯气， 它也可以在氨和胺的存在下用于控制供水系统中的生物膜。 二氧化氯在许多工业水处理应用中用作杀菌剂，包括冷却塔，工艺用水和食品加工。 
在公共危机中的用处.二氧化氯作为氧化剂或消毒剂时有许多用途。 二氧化氯可用于空气消毒， 并且是2001年美国炭疽攻击事件后用于美国建筑物净化的主要试剂。在新奥尔良，路易斯安那和周围的墨西哥湾沿岸发生20