旧好，次年（1956年）2月26日（正月十五）将北港的糖郊妈送回朝天宫，并打算在该年农历三月十七日再次让北港妈南下府城。然而在准备期间却传出北港方面要让六妈南巡驻驾，台南与北港方面为了此次活动要称为「进香」还是「南巡」起了冲突，台南延平诗社杨乃胡因此事撰对联贴于大天后宫，讽刺地说「天则在先，擅改进香为驻驾；后来居上，竟忘谒祖作行宫」，最后双方再次断交。而在二次大战后，大天后宫本身也历经多次重建，其中较主要改建者包括民国四十八、四十九年（1959、1960年）将三川门由单檐改成假四垂屋顶，以及民国