入市委常委差额人选当中，市委将“年轻有为”的孙政才增为候选人。时年39岁的孙政才以差额的身份成为“黑马”，意外当选北京市委常委，并使得时任市委常委、市委宣传部部长的蒋效愚落选。半年后，孙政才出任北京市委秘书长。孙当选时任北京市委书记的是后升任中共中央政治局常委的贾庆林，而后北京市领导班子人员发生变动，刘淇接替贾庆林任市委书记，王岐山接替因SARS事件引咎辞职的孟学农出任副书记兼市长。传媒报道称，孙政才在任市委秘书长期间，“结构性地站在市委书记一边”，与王岐山颇为不睦。
孙妻疑涉他