地球化学循环与食物链中扮演重要角色。真菌将有机物分解成二氧化碳释放，使碳元素重新回到食物链中，且作为腐生生物，真菌可将氮元素从有机物中分解释放，对氮循环不可或缺。
共生.真菌与许多生物都有交互作用，其关系包括互利共生、片利共生与寄生。
与植物.真菌与植物形成菌根的共生关系，对植物的生长与许多生态系的维持都相当重要，超过九成的植物与真菌形成菌根，其中许多依赖菌根生存。菌根的演化历史十分古老，早在4亿年前就已出现，可以促进植物对硝酸盐与磷酸盐等关键无机盐的吸收