其相对的自由和独立，帕多瓦大学成为了世界的学术和研究中心。同时，因为共和国的经济、政治实力，帕多瓦也成为了文化中心。就是在这个时期，帕多瓦大学采用了 ""Universa Universis Patavina Libertas"" 作为它的校训。1493年，法学院转移到了"Hospitium Bovis"，是一个在当时很大的旅店，之后经过扩大和改建，变成了帕多瓦大学的主校址，博宫。1545年，帕多瓦植物园公开于众，是世界上第二早的植物园。1595年1月15日，西罗尼姆斯·法布里休斯创办了世界上第