系统中甲壳亚门动物，尤其是小的作为浮游动物的甲壳亚门动物，起了一个非常关键的作用。它们食用水中的浮游植物，由此控制这些植物的生长。在浮游动物中它们所占的数量比例最大。同时它们也是其他大的水中动物的直接的或间接的食物。人也直接食用一些甲壳亚门动物（比如虾、螃蟹和龙虾等）。甲壳亚门也被用来净化用水，它们有过滤尘埃、细菌和单细胞生物，结合毒质等作用。此外，吸附在船体上的藤壶可以加大船在水中的阻力，带来经济损失。