1658年，郑成功让鲁王朱弘桓留驻两年。1661年（永历十五年），郑成功出兵攻台湾时，从金门料罗湾出发后，首先抵达澎湖。1664年（永历十八年），郑经设澎湖安抚司。这是自明朝1622起不再设置澎湖巡检司之后，时隔40年澎湖再次有了官署。1665年，清荷联军继续进攻澎湖，遭遇台风、无功而返，清朝于是放弃了攻佔台湾的企图，转而与郑经谈判。1680年10月，施琅抵达厦门即将攻打明郑，明郑大将刘国轩前往澎湖强化守备，筑城与砲台，同时在海边建造矮墙并配置火铳，阻止清军登陆。1681年（康熙20年，永历35年）