治初期，柯子林地区为一街庄，称为「柯仔林庄」，隶属于竹北一堡。该庄当时为头前溪众分流中的沙洲地，轮廓为略呈西北—东南走向的梭形，东北侧由西至东分别与九芎林庄、倒别牛庄、石壁潭庄为邻，西南侧由东至西分别与北及东北与荳仔埔庄、崁下庄为邻。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「柯子林」大字，隶属于新竹州竹东郡芎林庄。战后芎林庄改制为芎林