，以给事中梅国楼等荐，复官右都御史，总督河道，万历十九年（1592年）冬，加太子太保、工部尚书兼右都御史。次年，以病辞休。归后三年卒，葬于今湖州八里店镇三墩村曹家墩。
治河.潘季驯四次治河，习知地形险易，成绩显着。他主张综合治理黄河下游。认为黄河运河相通，治理了黄河也就保护了运河，黄河淮河相汇，治淮也就是治黄，既不能离开治黄谈保运，也不能抛开治淮谈治黄。他指出，黄河下游善徙的主要原因，在于水漫沙壅。因此治理上应筑堤束水，借水刷沙。由于黄河挟带大量泥沙，有“急则沙随水流，缓则水漫沙停