他唿吁库瓦特利辞职，而且在《复兴报》上发表了数篇文章批评库瓦特利总统和政府总理贾米勒·马尔丹贝伊。事后马尔丹总理下令逮捕了阿弗拉克。而不久（1949年），库瓦特利政府被一场由叙陆军参谋长胡斯尼·扎伊姆领导的军事政变推翻。扎伊姆宣称叙利亚还未准备好建立自由民主制，于是下令取缔了所有政党。在扎伊姆当权期间，才获自由不久的阿弗拉克再次被捕，被关押在臭名昭着的马扎监狱中。扎伊姆的统治没有持续太久，于1949年8月被推翻，民选总统哈希姆·阿塔西取而代之。阿塔西组织成立了一个民族团结政府，重获自由的阿弗拉克被任命为教育