原师通、白河上皇都有来到金峯山参拜的纪录。
鎌仓时代以后.鎌仓时代末期，后醍醐天皇企图推翻鎌仓幕府引起元弘之乱，其子护良亲王即在吉野发兵对抗幕府，并在抵抗幕府军；后醍醐天皇在瓦解鎌仓幕府后实施建武新政，引起武士阶层的不满，导致延元之乱的发生，后醍醐天皇战败后携带三神器逃至吉野，重新建立朝廷，成为南朝，与新成立的室町幕府所拥立的北朝对抗，使得日本进入南北朝时代，吉野也因此曾短暂成为南朝的首都；1392年南北朝统一后，仍有部分南朝遗臣持续留在吉野山区中继续与室町幕府对抗直到15世纪末。