猎犬号在原舰长自杀后的临时舰长。当菲茨罗伊成为正式舰长后，他即将进行后来相当着名的一次航海。菲茨罗伊要求蒲福帮他安排一位「受过良好教育的绅士科学家」作为旅行中的同伴。蒲福在经过访查后邀请了查尔斯·达尔文参加该次航行，后来达尔文就以该次航行的发现出版了《物种起源》，并提出了演化论。蒲福还排除了许多反对意见，让英国政府支持1839到43年间詹姆斯·克拉克·罗斯的南极探险期间进行大规模的地磁场强度量测，并且在欧洲和亚洲也有配合的量测计画（规模与之后的国际地球物理年计画相若）。蒲福促成了可靠的英国沿岸潮汐表