运作基地，疫情对其继续运作构成威胁。应加拿大总督查尔斯·蒙克（）的请求，布莱克本前往百慕大，对那里的军人和平民提供援助，一直到7月中旬才短暂返回哈利法克斯。岛上的疫情仍在继续，布莱克本于9月再度前往救助病患，直到10月中旬疫情出现消退。对此他得到了100英镑的奖励和英国女王维多利亚的表彰。内战剩下的时间里，布莱克本在加拿大的经历和行为缺乏记载，但有传言称他曾参与一场在新英格兰煸动大规模暴动的阴谋，目的是转移北军注意力，以便邦联间谍托马斯·海因斯（）可以在芝加哥的道格拉斯营引领一次越狱。有关这一阴谋的消息传到