孙中山护国军军务院于广东肇庆成立。1916年7月，周骏彦于日本归国，在广东的孙中山诚邀周骏彦加盟，出任大元帅府国法院书记官长。1916年5月18日，周骏彦战友陈其美于上海被暗杀。周骏彦悲恸不已，并参与了陈其美后事料理工作。周骏彦与庄崧浦在陈其美故乡浙江省湖州市为其选定墓址。1917年8月，陈其美归葬湖州碧浪湖畔岘山山麓，周骏彦撰写挽联一副：“扶桑游学，已逾十年，幸得交缔元龙，甘拜下风，侠骨义肠谁与比；沪渎谈心，仅隔一日，何意惨同渔父，惊闻噩耗，私情公谊我何堪。”1919年至1923年期间，周骏彦曾担任