学院上海实验动物中心、中国科学院上海文献情报中心等相继整建制进入。上海生命科学研究院与研究所之间实行“一级法人、两级管理”的体制，研究所是具有相应人事权和财权的学术研究机构。此外，药物研究所、巴斯德研究所还具有法人资格。2019，中国科学院生物化学与细胞生物学研究所、中国科学院神经科学研究所和中国科学院植物生理生态研究所重新成为独立法人事业单位。