战争爆发，中国沿海沿江的各类工矿企业、高等学校和文化团体也纷纷内迁至四川，四川成为中国的大后方。同时300万川军出川抗战，为抗日战争作出了杰出的贡献。民国28年（1939年）9月，蒋中正兼任四川省主席，同月，重庆成为一等院辖市，一个月后便再升重庆市为陪都。民国29年（1940年）11月，蒋中正辞去四川省主席职务，由张群兼任。同年12月，重庆成为永久陪都，划离四川省，四川成为战时的直隶省。
国共全面内战.民国35年（1946年）之后，邓钖侯、王陵基先后任四川省主席。民国38年（1