醍醐天皇逃走，并于12月28日在吉野开创南朝。日本一分为二，一方为以足利氏为首的京都朝廷（北朝），一方以前建武政府成员为首之吉野朝延（南朝），此时南朝仍掌握大半日本领土。1338年，足利尊氏讨灭南朝两大主力新田义贞、北畠显家，成功统合大半的日本，受封征夷大将军、源氏长者，正式开创室町幕府。同年后醍醐天皇驾崩，北朝势力首次压过南朝。