四年，升福建按察使、同年改福建参政。崇祯十年，改湖广按察使、后再改山东右布政使。崇祯十四年，以右副都御史衔任登莱巡抚。次年，改南京工部右侍郎。之后历任兵部侍郎、蓟辽总督。明亡后，任南明隆武朝的工部尚书、兼东阁大学士、太子太保，后改吏部尚书兼文渊阁大学士。永历五年（1651年），大清国张学圣、马得功乘虚袭厦门，“时曾樱在城中，或邀之遁，樱曰：此一块清净土，正吾死所，岂复泛海求活耶!遂自缢。时（农历）二月三十日也。门人阮旻钖、陈泰等冒险出其尸，乡绅王忠孝殓之，殡于金门。”（引自夏琳《闽海纪要》）