印度尼西亚历史是由其地理位置、自然资源、一系列人类迁徙和联系、战争与征服和贸易、经济和政治所塑造。
史前时期.由化石及使用工具显示直立人约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。于2011年在邻国东帝汶发现遗迹，推测在4.2万年前当地居民及有高超的航海技术；由于发现捕捉及食用大量深海鱼如鲔鱼，可能具备跨海至澳大利亚或其他岛屿的技术。南岛民族约于西元前2000年移入印度尼西亚，构成现代多数印度尼西亚人，且遍布于群岛，侷限了美拉