在国王出逃前夕，城中宫殿、社稷、衙署、城门以及宫内珍宝、历代典籍、文物礼器全部被朝鲜方面焚毁，而宗庙独存。日将平秀家长盛入城后曾处其中。后长盛焚宗庙，移寓南别宫，指挥诸路之倭向北追击。1593年4月，日本军队撤兵南下，临行前将城中人民屠戮殆尽。是年11月宣祖国王返京时，宫阙俱烬，荆棘满城，百官依墻壁以坐，不得不以月山大君旧第爲行宫，桂林君家爲大内，沈义谦家爲东宫，故领相沈连源家爲宗庙，以附近大小民家爲阙内各司（称时御所）。光海君时期将宗庙和宫殿择要修复。壬辰倭乱之后，汉城又经历了后金军（1636年改称大