。里人取雕真武上帝像，而金其身，额曰‘江南第一灵坛’」明朝嘉靖年间(1559年)倭寇入侵将寺庙损毁。明朝隆庆年间（1567～1572年）柯实卿筹措善款，乡贤蔡经捐地重建寺庙，并作匾额；“武当行宫”。清朝顺治年间（1661年）因清政府为打击郑成功势力发布辛丑迁界。。霁云殿又遭破坏。直至康熙（1687年）在原地址重新修复。中华人民共和国建国后曾被作为晋江县烈士纪念室和郑成功纪念馆。该建筑物为泉州市文物保护单位。
建筑以及文物.霁云殿建于安海镇东北侧，殿宇采用歇山顶九嵴重檐，三进