明历2年（1656年）时由土佐藩的第2代藩主：山内忠义的次子：山内忠直，受封幡多郡中村（四万十市）附近的3万领地而开始立藩。元禄2年（1689年）第3代的山内丰明因受当时的幕府将军德川纲吉所宠而破例提拔担任若年寄的要职，但之后德川纲吉再提拔其担任更高位的老中时山内丰明却以病为由而推辞，德川纲吉对此大怒，不仅扣减了他3千石的俸并就此废藩。不过，中村藩在尚未立藩前，土佐藩的第1代藩主：山内一丰的弟弟：山内康丰以及他的儿子：山内政丰，经过康丰与政丰的2代治理，从庆长6年（1601年）到宽永6年（1629年）间