漠」的高雄市注入活水。公职方面，1997年8月倪氏获选为台湾省立美术馆馆长，于任内推动诸多体质改善计画，包括展览、典藏及馆舍建筑体之改造，使省美馆之形象为之一变。任内历经1999年改制为国立台湾美术馆后，休馆并启动馆舍整建工程。为整建而请爆破艺术家蔡国强炸毁台湾美术馆的行动爆破艺术（1998年举办之〈不破不立〉艺术展）更堪称任内经典。在教学生涯方面，倪再沁迟至1995年方获得静宜大学教职，由高雄市迁往台中市。2000年十月卸任国立台湾美术馆馆长后，先赴佛光大学艺术学研究所任教。2001年转任东海大学