会会长为实质上的地区领导人。直到美军进驻先岛群岛恢复政府运作后，自治会才自行解散。根据1952年实施的旧金山和约，先岛群岛也成为美国治理的地区。随着1972年的沖绳回归，先岛群岛再次成为日本的领土，但因为先前美军统治的关系，使得与那国岛的上空成为防空识别区的界线，先岛群岛西侧三分之一的领空被划为台湾的中华民国防空识别区。