巴基斯坦和阿富汗的难民组建了着名的圣战组织塔利班。最初塔利班人数只有30人左右，配备步枪16挺。但塔利班痛恨腐败的军阀，救出了被军阀诱拐的少女，获得了民众的广泛支持，其他伊斯兰学校的学生也加入他们的队列。到1995年，塔利班已成为一股庞大的势力，占领了赫拉特。1996年，塔利班占领阿富汗首都喀布尔，把纳吉布拉酷刑处死，建立新的政教合一政权——阿富汗伊斯兰酋长国，俗称塔利班政权。奥马尔被推举为最高领袖，获得“穆民的长官”（Amir al-mu'minin）的称号。成为最高领袖的奥马尔很少去首都喀布尔，长期