元服礼并正名直继，同时继承了井伊家家督（第25代）以及佐和山藩藩主之位，另外还接收过父亲遗留下来威名远播的军团赤备队。
修筑新城.庆长8年（1603年），德川家康正在部署辖下各地的防卫据点，以便制衡当时抗拒听令的西国（关西）诸位大名。井伊直继因此接到通知要在藩内动工，另行建筑一座新城。经过一番辩论，井伊家重臣木俣守胜建议新城选址于琵琶湖畔的彦根山（又名金龟山）之上，其优势是可以借由内湖水路之便迅速往还京都，有利通讯和贸易；另外堡垒座落在中山道与北陆道（北国街道）出口，可以作为东国、