一度于1989年8月20日结束客运业务，于2014年1月9日才恢复行驶；东港线、东势线分别于1991年3月1日、9月1日停驶。为了应付日益增加的北部通勤旅客，台铁购入首批通勤电联车EMU400型，并于1990年11月9日正式启用。随着台湾省政府功能业务与组织调整案实施，台铁于1999年改隶中华民国交通部，全称加上「交通部」字样，改为「交通部台湾铁路管理局」。
2001年至2010年.进入21世纪，台铁开始进行捷运化计画，将西部干线转型为长程运输与短程通勤并重，并着手提升东