，先后出现了孟他努派、诺瓦天派、多纳徒派、神格唯一派、亚流派、湼斯多留派、优提克斯派等流派，帝国政府只在四世纪末确认尼西亚正统派，以维持教会正统。
聂斯脱里派和东方教会的分离（428年-498年）.公元五世纪初，埃德萨学院对于基督论的教导，认为基督的神性与人性为不同的位格（「基督二性连接说」）。这导致玛利亚无法被称为是神之母（the mother of God），只能算是基督之母（the mother of Christ）。这种观点最着名的倡导者是聂斯脱里，公元428年聂斯脱里出任