雷德里克·德·豪特曼（）曾跟随第一次荷兰远征印度尼西亚的船队前往东印度，彼得勒斯·普朗修斯根据两人观测结果首次划定包括水蛇座在内的十二星座，并于1598年印上35厘米直径天体仪，与约道库斯·洪第乌斯合作在阿姆斯特丹率先出版。1603年，德国天体绘图师约翰·拜耳在《测天图》第一个绘出水蛇座。德·豪特曼同年将星座划入南天星表，取德语名称“”，意为“水蛇”，代表探险期间遇到的蛇类，与神话无关。1756年，法国探险家兼天文学家尼可拉·路易·拉卡伊在南天活动星图将水蛇座称为“）”，意为雄水蛇，与代表雌水蛇的长蛇座区别