国台湾研究会的最高权力机构是会员代表大会。理事会是会员代表大会的执行机构。常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使理事会的部分职权，对理事会负责。本会设会长、副会长、秘书长，其中秘书长为本会法定代表人。1991年起，全国台湾研究会、中华全国台湾同胞联谊会、中国社会科学院台湾研究所每年联合主办“海崃两岸关系学术研讨会”，简称“三台会”，截至2018年第27届均未曾停办。2013年10月11－12日，二十一世纪基金会与全国台湾研究会主办首届「两岸和平论坛」。