山中有巴列姆山谷是中部高地地区的核心。两个山脉之间为塔里库－塔里塔图平原。省内有喜马拉雅山脉和安第斯山脉之间的最高峰，也是印度尼西亚及大洋洲的最高峰查亚峰，海拔，山峰顶部有赤道上的永久冰川。南北沿海的低洼地延绵数百公里，分布有湿地、热带雨林、热带草原和红树林。除了高海拔峰峦，大部分地区都是湿热的热带雨林气候。
河流与湖泊.由于地处热带雨林地区，本省水系发达河流众多。巴布亚省最大河流是位于毛克山脉以北的曼伯拉莫河，由塔里库河和塔里塔图河两条河汇合而成。南部最重要的河流是迪古尔河，东部