万州城区内有高铁站万州北站、火车站万州站等。目前区内有达万铁路（已于2002年建成通车，2010年完成电气化改造）、宜万铁路（已于2010年12月正式通车）、渝万城际铁路（即郑渝高铁万渝段，已于2016年11月28日建成通车），在建、待建的还有郑万高速铁路（即郑渝高铁郑万段）、渝西客运专线、万黔铁路，规划中的有西安到万州的高铁、万州到达州的高铁。万奉铁路：正启动前期工作，已提交规划报告，准备开工。
航空.万州五桥机场于2003年竣工，为4C级民用机场，设计年吞吐量50万人