达重庆后不久，1940年6月24日，雷鸣远因黄疸病逝世于歌乐山。同年7月18日，中华民国国民政府以1287号褒扬令公开褒扬。11月29日，重庆市召开追悼雷鸣远神父大会。台北的国民革命忠烈祠亦有设他的灵位。雷震远、雷鸣远的着作《内在的敌人》，该书揭露八路军于1940年皖南事变前突袭国军三个军共6万多人，却没有动不足50英里外的日军。