因析大都督府为五，分统诸军司卫所。皇陵所在各置卫，不隶于都指挥使司。皇帝亲军上二十二卫，称亲军指挥使司（锦衣卫即其中之一），不隶五都督府。明初，都指挥使与布政使、按察使并称都布按三司，同为封疆大吏，明朝共置有21个都指挥使司。明武宗正德年间，皇帝好大喜功，多聚宵小之徒，俱充以军职，遂为世所轻。清代保留了三司当中的布政使、按察使，都指挥使与卫所一同废除。《明史》评称“内之部科，外之监军、督抚，叠相弹压，五军府如赘疣，弁帅如走卒。总兵领敕令于兵部，皆跽，间为长揖，即谓非礼。至于末季，卫所军士