980年12月口试通过，取得巴黎大学政治学博士。回国后，任职中国文化大学。卢修一于巴黎大学进修时，得法国社会科学高等研究院（EHESS）名教授──戴高乐时期的将军（M．General Jacques Guillermaz）所指导，选择「日本统治时期的台湾共产党」做为博士论文的专题。这篇论文在学术界传说为卢被捕的导火线，海内外许多人认为卢因论文之故受有关当局注意已久。此博士论文于1989年由卢修一自行由法文翻译为中文后，交由前卫出版社于1990年进行出版《日据时代台湾共产党史：1928-1932》，2006年