系在中国境内流域面积大于100km²的支流有53条，大于1,000km²的支流有17条，大于5,000km²的支流有4条。主要支流有李仙江、籐条江（勐拉河）、盘龙江与普梅河（南利河）等，这4条支流在中国境内自成独立水系，流入越南后分别称为黑水河、南那河、泸江与儒桂河。