份上述的档案系统都有两种建置方法。系统可以以日志式或非日志式建置。日志式档案系统可以以较安全的手法执行系统恢复。如果一个没有日志式建置的档案系统遇上突然的系统崩溃，导致资料建立在一半时停顿，则此系统需要特殊的档案系统检查工具才能复原；日志式则可自动恢复。微软的NTFS与Linux的ext3、ext4、reiserFS与JFS都是日志式档案系统。每个档案系统都实作相似的目录／子目录架构，但在相似之下也有许多不同点。微软使用「\」符号以建立目录／子目录关系，且档案名称忽略其大小写差异；UNIX系统则是以「/