汉中来犯，李国翰与驻防西安内大臣和洛辉分兵夹击，大破叛军，进位世职二等。顺治三年（1646年），大将军肃亲王豪格师至，命令李国翰与巴颜逐捕延安余寇，寇保张果老崖，掘壕围困敌军，乘夜攻克其寨，歼其渠，获马二百余匹。遂跟从肃亲王南下四川，歼灭张献忠，复率兵渡涪江，击破张献忠部将袁韬，进世职一等。顺治五年（1648年）四月，授职定西将军，同平西王吴三桂镇守汉中。顺治六年（1649年），明宗室朱森滏与其将赵荣贵以万余人侵犯阶州，李国翰督兵赴援，每战必先众陷阵。诸将请曰：「将军任讨贼之重，柰何轻身犯锋镝？脱有不戒