时的左派报章却斥骂他为「汉奸」，更重提他当年担任总督察的时候，曾经在1954年带队拘捕派发工会传单的左派电车工人，对他加以抨击。尽管如此，为了肯定他多年来在警队的表现，他于1967年6月进一步获英廷颁授女皇警察奖章（Q.P.M.）。方奕辉后来曾任职交通部，并曾于1967年9月短暂以署理总警司身份担任交通部总警司，主管交通管制事务。1968年4月，他正式成为首位华人总警司，是当时警队内担任最高职级的华籍警务人员。方奕辉后来于1969年7月短暂调任为警察公共关系科总警司，到同年10月转任港岛区副指挥官，一直