在中山大学期间，他坚持科学精神，与中山大学生物系董爽秋（系主任）、张作人、费鸿年，地质系主任张席提，中山大学医学院林椿年等教授共同揭穿了光华医学院教授罗广庭博士的所谓“生物自然发生之发明”的骗局。1935年至1937年，任北平研究院动物研究所研究员，兼中法大学教授。1937年，他接受北平研究院院长李石曾的建议，到上海创建了上海生物研究所，任研究员兼主任。1937年八一三事变爆发后，在上海的朱洗陷入困境，实验室工作被迫停止，生活来源几乎断绝，朱洗乃寄居朋友家坚持写作。1942年太平洋战争爆发，朱洗被迫回到家乡