::::序列分析.1977年，噬菌体Φ-X174成为第一个被完整测定基因组序列的生物体。自此以后，越来越多生物体的DNA序列被人类测定。通过对这些序列的分析，人们希望获知其中对应蛋白质编码的基因和基因调控序列。不同物种间的基因比对既能够解释和预测他们蛋白质的功能的相似性，又能够揭示不同物种间的联系。由于数据量巨大，依靠人工分析DNA序列早已变得不切实际，这使得人们不得不采用计算机分析数千种生物体的数十亿个核苷酸组成的DNA序列。由于DNA序列中普遍存在变异现象，这些计算机程序需要识别大量相关但是不完全相同