置在吉野十分危险，在广桥兼宣的交涉下，法皇回到了京都大觉寺。应永31年（1424年）4月12日，在这个电闪雷鸣的夜晚，后龟山法皇驾崩于大觉寺。享年75岁或78岁。小仓宫家是后龟山法皇的嫡系后代。法皇在临终前要求自己的儿子小仓宫恒敦继承自己的遗志，从持明院统（北朝系）手中夺回皇位。后龟山的后代先后自称天皇，是为后南朝运动。明治44年（1911年），日本政府宣佈了南朝一系为正统，后龟山天皇被当作日本历史上的第99代天皇。
系谱.后村上天皇第二皇子。母为阿野实为的女儿，是否与嘉喜