只限于东部苏门答腊和 加里曼丹等地。航空运输则相当重要，尤其是水运及陆运欠缺及不存在的地区。民航客机都可以涵盖国内所有主要城市。
商用船只.由于印度尼西亚有大型群岛，海上运输在该国不同地区之间提供航运服务。 常用的船只包括大型货柜船、渡轮，客轮、帆船和小型机动船。传统木制船只仍然在印度尼西亚群岛之间广泛使用，提供岛间货运服务。主要的印尼双桅帆船传统港口是雅加达的巽他格拉巴港和望加钖的。有频繁的渡轮服务横跨各个岛屿之间，特别是从苏门答腊岛经爪哇岛到小巽他群岛。在苏门答腊，爪哇和巴