年9月14日。1900年2月13日，该舰被列为舰队旗舰投入服役。其为安装在两座双联装炮塔内的四门，最高速度为。德皇威廉二世号一直担任德国活动舰队的旗舰，直至1906年被新战列舰德国号所取代。此前，它曾多次参加舰队的训练演习和出访外国港口。当划时代的无畏舰于1908年开始投入使用后，德皇威廉二世号被迫退役并作储备闲置。1910年，它被重新启用，在波罗的海担当教练船职能，但于1912年再度撤出服务。随着1914年8月第一次世界大战爆发，德皇威廉二世号及其姊妹舰被带回现役，在第五战列分舰队内充当岸防战列舰