6年（1937年）随国民政府各机关迁至重庆（后曾为重庆市纪律检查委员会址）办公。民国34年（1945年）抗战胜利后，迁至南京市中山北路61号（今中山北路254号）原铁道部旧址办公。民国38年（1949年），行政院迁台后由阎钖山召开的首次院会中，决议总统府与行政院以「介寿馆」（今总统府厅舍）为办公场所，于是确定行政院与总统府共署办公。此共署情形直至民国46年（1957年）后行政院迁出为止。行政院于1957年迁入目前的院址行政院中央大楼（通称行政院院区）办公，位于台北市中正区忠孝东路与中山北路交叉口（此