夏官屯的防线，退守龙固集，并派绅士孔宪泰赴曹州劝吕秀文取消独立，服从省里的命令。同年5月11日，国民军吕秀文部在曹州被张宗昌部毕庶澄缴械。1929年2月至5月，他任山东省政府工商厅长，并任山东省政府委员。同年3月30日，接收济南委员会委员长崔士杰以及郭同、李庆施、吕秀文（接收胶济委员）共4人先后抵达济南，受到日方专车迎接。同年4月25日，孙良诚因对胶济接防办法不满而向蒋介石及谭延闿称病请辞，吕秀文代理山东省政府主席。中原大战结束后，他任陆军第二十九军副军长（军长宋哲元）。抗日战争爆发后，他随军南下。