藤无论在那一场战事都在最前线作战。在近藤勇于流山向新政府军投降后，斋藤则与留在江户的土方岁三等人一度分离，并率领一部分队士前往会津。一方面，另外有斋藤因伤而脱离前线，所以不在流山的说法，这个说法，是由率领队士前往会津的久米部正亲或安富才助所说。土方在同年4月参加宇都宫城之战，却因为脚伤而脱离战线，并经由田岛而来到若松城，并与斋藤等人会合。斋藤等人的新选组在会津藩的指挥下，于闰年4月5日时，参与。8月21日也参加。败战后，他撤退到若松城下。与土方会合这件事，则是在这次撤退的最后，猪苗代。之后，土方等人前往庄