直接使刘皇发不能以当然议员资格竞选连任屯门区议会主席。其后当政府委任刘皇发为区议员时，何君尧更动员抗议有关任命。
区议会.在出任屯门区议会议员之时，何君尧反对政府不必要地扩建香港堆填区，他不赞同政府浪费公帑去购买日落科技在石鼓洲兴建焚化炉，他倡导离子气化技术处理香港垃圾问题，那是一个更先进、更清洁的技术，更符合经济成本效益的科技。他亦对兆康苑5B区的发展表示关心。
2012年参选立法会.何君尧于2012年首次参选，但只获得10,805票，排名倒数第三落