本本籍的神职人员和平信徒遭到迫害，其中踏绘即为这段时间所发明与使用；而外国籍的传教士也被禁止进入日本。虽然如此，仍有部分平信徒持续礼仪，并以各种秘密的方式（如将圣像雕塑成佛像造型）将信仰延续下来，其中大多数集中在今日的长崎县境内，这些人在日后被称为「隐匿基督徒」（）。
禁教解除后至今.日本自江户时代初期便实施的锁国政策，于19世纪中叶起在西方列强挟着船坚炮利要求的情势之下面临挑战，但这也给了天主教重启因3个世纪的禁教而中断的日本传教事业的契机。有鑑于此，圣座在1846年成立日本宗座