后，慕容绍与兄长慕容楷出仕前秦。前秦建元二十年(384年)，慕容垂称燕王，改元燕兴，后燕始。燕兴三年（386年）慕容垂称帝，慕容绍官拜镇南将军。建兴十年（395年），魏王拓跋珪反叛，后燕伐魏。右仆射、镇南大将军、陈留王慕容绍带兵1万8千负责断后。于该战事中，遭遇北魏军由山坡上方攻击，慕容绍战至最后一刻，中乱箭阵亡。谥悼。