动车组列车附有中国东方航空公司和上海铁路局“空铁联运”产品的虚拟航班号，虚拟航段区间为MU6001~MU6199。第三种是始发站或终到站不在沪宁城际铁路正线上，但由上海市或南京的其他同城车站始发终到，经由沪宁城际铁路的列车：比如上海虹桥站→南京站、上海站→南京南站等等。但是要注意的是，上海虹桥站至南京南站经由沪宁城际铁路运行的列车每日仅有两对，虽有部分列车始发终到站为上海虹桥和南京南，但实际经由京沪高速铁路或经由沪杭高速铁路、宁杭高速铁路运行。另外本线于节假日会加开临时列车，由动车所内闲置车底担当。