次恳切地谏止刘牢之，但刘牢之都不从，还是向桓玄投降。桓玄及后击败了司马元显，并将司马元显和其党众，以及司马彦璋也处死了。何无忌知道司马彦璋被处死，就在集市上痛哭，获当时的人称许。刘牢之及后被桓玄调为会稽内史，被刘牢之视为削夺其权力的行为，于是图谋起兵讨伐桓玄。然而，刘牢之将计谋告诉刘裕后，刘裕却以人情皆附桓玄，拒绝支持刘牢之。当时何无忌亦问刘裕自己去向，刘裕说：「我看刘牢之肯定会失败，你可随我返回京口。若桓玄守晋臣之节，我就与你辅助他；否则，我就与你共谋消灭他。」何无忌听从而与刘裕同返京口，而刘牢之亦因得不