之外，也是行驶于饭田线上的特急列车「伊那路」的停车站之一。水洼车站的站区是设置在一个可以俯瞰水洼町市街的山边高台上，隔着水洼川与市街相望，乘客下车后需走过一座横跨溪流的吊桥进出街区。
车站结构.岛式月台1面2线与设有侧线的地面车站。站舍与月台以近平冈方向的站内平交道连结。站舍位于下行线侧。设定为始发终到站。中部天龙站管理的无人站。曾经为简易委託站，但已于2010年10月1日无人化。