司「日本航空系统」更名为「日本航空株式会社」（）。合併后「日本国内航空」负责日航的国内航线网络，「日本国际航空」则兼负国际航线及国内支线。2006年，「日本国际航空」及「日本国内航空」合併为单一品牌「日本航空」。2005年10月25日，日航申请加入寰宇一家航空联盟，并于2007年4月1日正式加入。现时，日航广泛地与其他寰宇一家成员实行代码共享，包括美国航空、英国航空、国泰航空、澳洲航空等。2008年4月1日，日航将其原有子公司日本亚细亚航空併入主线日本航空。在1975年至2008年间，由于台湾的政治