署医院及青岛病院建筑基本保存，门诊楼曾被改造为三层平顶。自1990年代起，青医附院院内的老建筑陆续被拆除。1990年，江苏路19号督署医院办公楼旧址被拆除。1998年，原门诊楼因楼体严重老化而拆除，以建造新门诊楼。至2000年督署医院旧址列入青岛市历史优秀建筑时，大部分老建筑已被拆除。2006年下半年，平原路大门建于1900年代初的门房被拆除。2007年5月上旬，位于江苏路大门门房北侧的督署医院大药房旧址（拆除前为肿瘤治疗研究中心）被拆除，该建筑属于督署医院首批建成的建筑，拆除前是该批建筑中唯一存留的。