为南港大坑庄、什三份庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于深坑厅，编入第九区。1903年（明治三十六年）4月，第九区拆出玉桂岭庄，其余改称「枫仔林区」，该庄属之。1920年（大正九年），该庄改制并雅化为「鹿窟」大字，隶属于台北州文山郡石碇庄。战后石碇庄改制为石碇乡，隶属于台北县，大字亦改制为村。2010年（民国99年）12月，台北县升格为新北市，石碇乡改制为石碇区，村改制为里。
鹿窟事件.鹿窟一带本以产茶为业，约有200户，山上耕地少而以种植包种茶或蕃薯为主，