允许干扰宗教活动，除非危害公共秩序。阿塞拜疆的反犹太主义案例很少。2004年美国国务院关于阿塞拜疆人权问题的报告指出了一些宗教自由遭到侵犯的事例，例如由于伊玛目的政治活动而被干扰的Jama 清真寺宗教活动。所有的宗教组织都必须向政府进行登记，浸信会，耶和华见证人和神召会等团体继续被剥夺宗教登记。耶和华见证人的官方网站记录了阿塞拜疆政府对耶和华见证人信徒犯下的一些不容忍行为。由于纳哥诺卡拉巴克战争，纳戈尔诺-卡拉巴赫地区地区的清真寺已经关闭，阿塞拜疆的亚美尼亚使徒教会教堂同样也关闭或遭到破坏。阿塞拜疆政府当局