被召回长安任尚书左丞。永隆元年（680年）四月，因官秩不够高，拜黄门侍郎，特诏同中书门下三品，为实质宰相，与侍中郝处俊、左庶子高智周、给事中刘景先兼修国史。开耀元年（681年）七月，迁中书令。永淳元年（682年）四月，高宗想任用黄门侍郎郭待举、兵部侍郎岑长倩、秘书员外少监、检校中书侍郎郭正一、吏部侍郎魏玄同，对崔知温说：“待举等资任尚浅，且令预闻政事，未可与卿等同名。”于是授郭待举四人同中书门下平章事，从此外司四品以下知政事者皆用此衔。弘道元年（683年）三月，崔知温卒，以礼葬，赠荆州大都督，谥忠。唐德