系军队在国军内部颇受其他派系部队（如：新桂系等）的敌视，因而在作战中常常发生支援不利甚至见死不救的情况，使得黄埔系军队在第二次国共内战中损失惨重，尤其是在规模最大的淮海战役中，中华民国国军黄埔系军队损失过半。1949年后，部分黄埔系军队和将领大多追随中华民国政府迁往台澎金马地区，而作为黄埔系发迹的中华民国陆军军官学校也在台湾高雄市成功复校至今。由于时代发展及变迁，台湾海崃两岸交流加深，历史研究逐渐深入，现今越来越多的民众倾向于将抗日战争的主要功绩归属于由蒋中正领导以黄埔系军队为核心的国民革命军。