哥切萨雷·波吉亚、乔凡尼·波吉亚都有染，这恶化了他们的婚姻关系，也因此他们并没有小孩。她与乔凡尼的恋情有时也被认为是1497年切萨雷谋杀乔凡尼的原因之一。珊莎的弟弟，比谢列公爵阿拉贡的阿方索（1481－1500），于1498年娶了乔佛里的姊姊卢克雷齐亚·波吉亚。珊莎周旋于波吉亚家族间的生活在切萨雷为了确保法国帮助他打仗而娶了纳瓦拉公主后开始变得混乱，因为这让切萨雷开始对与其他义大利城邦直接冲突产生了兴趣，而当然这也包括长久以来一直被法国虎视眈眈的那不勒斯，也就是她的家乡。她的弟弟阿方索于1500