年甲午战争期间，林朝栋奉台湾巡抚邵友濂之命率领四营镇守狮球岭砲台，之后又陆续增援两营兵力，然而唐景崧接任巡抚后，又将他调回台中，而以广东来的勇兵代替。1895年4月17日清朝与日本签订马关条约，将台湾与澎湖割让日本。5月24日，在台湾各地士绅支持下，台湾民主国成立，以唐景崧为总统，以抵抗日军接收台湾。而林朝栋早在四月初决定将家眷送到厦门避难，自己再只身返回台湾对抗日军。然而林朝栋返台后，日军已于5月30日登陆澳底，一路挺进，唐景崧见局势不妙，立即逃回中国；时辜显荣代表艋舺士绅，打开台北城门，迎接日本军进