康熙十三年（1674）年参与响应吴三桂的浙闽一带反清起事，然而最终失败。他只得在康熙十五年（1676），应长崎兴福寺法主澄一道亮之邀，以杜多俦或越杜多的化名自杭州东渡日本，，十二月抵达舟山， 同月三十日抵达九州，次年正月抵达长崎。因日本的锁国令，他在延宝五年（1677）正月至延宝七年（1679）十二月一直居住于专供外国人停留的长崎，驻兴福寺。实际上因为他不属于澄一道亮的临济宗，为了入境还被迫向澄一行弟子礼。延宝七年夏，和水户藩主德川光国（水户黄门）使臣、朱舜水之学生今井弘济会面，后者表示德川有意邀请东皋