基质中的柠檬酸可转运到细胞质基质中。细胞质基质中的ATP-柠檬酸裂解酶可将柠檬酸裂解爲乙酰辅酶A以及草酰乙酸。后者即可用于脂肪酸合成过程。这样的机制也能保证只有当柠檬酸循环的强度达到一定强度的条件下，柠檬酸才可以用于脂肪酸合成。另外，输入线粒体的脂肪酸（脂肪的消化产物）也能通过转化爲乙酰辅酶A进入循环。
卟啉合成.另外，琥珀酰辅酶A亦是卟啉环合成的重要中间体，卟啉中大部分的碳原子都来自琥珀酰辅酶A。卟啉是（包括血红蛋白、肌红蛋白和细胞色素等）的重要组成成分。