81年，阮福映诈称生病，召杜清仁入宫。杜清仁未意识到这个圈套，入宫觐见，被阮福映的卫士杀死。这次暗杀的动机尚不清楚，可能是因为杜清仁功高震主的缘故。虽然阮福映意识到杀死杜清仁之后东山军将发动叛乱，但却无法防备，这使得阮军的实力受到严重削弱。杜清仁是西山军最为畏惧的一位阮军将领。杜清仁的死让西山军看到了阮军内部的不团结，不久以后便再次出兵佔领了西贡。杜清仁同阮福映的部将武性、朱文接二人，併称「嘉定三雄」（Gia Định Tam Hùng）。