966年文革爆发后，新中共北京市委派工作组到北京市民政局，局机关成立了“文化大革命领导小组”。1966年8月成立了由7人组成的“文化革命委员会”，领导全局的运动，原局领导干部全部“靠边站”并受到批判，中共党组织生活停止。11月1日，北京市民政局将管辖的雍和宫现有附属出租房屋83间和原护国寺、隆福寺、福祥寺、资福院的喇嘛庙殿计58间移交北京市房地产管理局。1968年9月1日，解放军毛泽东思想宣传队进驻北京市民政局负责全局工作并领导运动。1968年10月14日，解放军毛泽东思想宣传队根据北京市革命委员会的指示，