争爆发后，陈安仁任广州市民众抗日敌后援会常委，任内带头捐款，并推动广州市各界捐献财物，援助抗日。1938年，日军占领广州后，陈安仁赴广东省战时省会韶关，任第七战区编纂委员会委员，编写华南抗日史、军事条令。民国33年（1944年），日军占领韶关，陈安仁任第九战区少将参事（军长级）。民国34年（1945年）抗日战争胜利后，陈安仁在广州任中国史学会理事，国民政府教育部史地教育委员会委员，发表了多篇史学及地理学方面的文章。民国35年（1946年）7月4日，陈安仁任国民政府立法院立法委员，兼任国民政府外交委员