马公要港部是台湾日治时期于1901年7月2日将澎湖马公港定为「要港」而设置的军事管理机构，隶属于第三海军区，于1941年11月20日改编为马公警备府，1943年4月1日再改编为高雄警备府。
沿革.关于马公要港部设置的缘由，主要是过去历史上澎湖对于台湾岛有着相当重要的地位，几乎大多数打算进攻台湾的势力，都会先以澎湖作为基地，但日治时期初期的澎湖仅靠一条电缆与台湾本岛联络，一旦有状况只能自行应付，而当时澎湖一带只有几座清朝留下来的砲台、少数守备兵与一队水雷敷设队，遂打算设置要港部以强化