蒙逊在宗族聚集参加二人丧礼的机会举众叛凉，斩后凉中田护军马邃及临松令井祥与众盟誓，十日之间就招合了万多人，屯兵金山。同年，蒙逊堂兄沮渠男成拥立段业称凉州牧，建北凉，蒙逊附之，获授镇西将军、张掖太守。
屡见智谋.398年，蒙逊深知西郡战略价值高，遂大力支持段业进攻该郡的决定，并受命进攻。然而蒙逊攻郡城十余日不下，改为引水灌城，终逮获太守吕纯而返，晋昌郡王德及敦煌郡孟敏战后皆向北凉归降。蒙逊以功封为临池侯。同年后凉张掖守将吕弘率众弃城东归，蒙逊以「归师勿遏，穷寇弗追」为理反对段业追击，