子系统学中的新发现，同一种生物可能有几个不同的学名在流通(请参阅同物异名)。不稳定的另外一个原因是命名应遵循优先原则。规范植物 (包括 真菌、蓝藻) / 栽培植物 / 动物 / 细菌 / 病毒的命名法规是不同的。例如，ICBN (植物)命名法规不允许重名， 而 ICZN (动物)法规则允许(如："Gallus gallus")。 曾经建议用统一的BioCode来把几个命名法规替换，但考虑到对系统发生树进行命名的PhyloCode而存在争议。
种以下层级的命名.Section::