清代一号沉船在完成发掘后将在博物馆进行现场修复，届时参观者可以一览修复过程。
争议.2014年9月25日，北仑新闻网在新浪微博发布微博，介绍中国港口博物馆重要文物“元基督教圆柱形十字架石刻”，随后被泉州网友发现该文物为2013年顾珀故居失窃的墓塔石几乎完全一样，该事件在泉州引起极大反响。随后中国港口博物馆表示，愿意与石刻所有权人协商处置办法。
参观信息.中国港口博物馆开馆时间为每周二至周日，周一闭馆。开馆时间为9:00至17:00，16:00停止参观者进入