导致较低的荧光信号强度：爲检验细胞中的目标序列是否容易被探针杂合，及测试最佳杂合温度，可利用“克隆荧光原位杂合”(clone-FISH)进行试验：将rRNA基因结合入质粒，转化至大肠桿菌中表达，构成核糖体，再用荧光标记的探针杂合。FISH可与流式细胞术联用，对特定荧光标记的细胞进行计数或者分离。