昆虫研究计划并未停止。在就学之余空闲时间，他仍继续于台湾北部：如乌来，草山等山区探索考察，而主要内容也着重于他早先钟情的昆虫研究。1926年，常常翘课的鹿野，仍把精力放在山地的昆虫採集，并开始对台湾原住民产生兴趣。而其研究处所，包括台湾中部的南投布农族、邹族势力范围。1927年，无视学业进度严重落后的鹿野继续于台湾山林研究，并在8月前往红头屿（今兰屿）并对其岛屿地理与达悟族有深入的研析，而他也是少数于1920年代末期前往红头屿的日人或学者。翌年，他还将这期间，对于红头屿达悟族大型渔舟之调查报告刊登于日本本地