总指挥部很难从北京高校学生自治联合会中获得资金。
腐败指控.不同群体之间的冲突以及学运组织缺乏财务管理产生了外界对他们的腐败指控。学生领袖甚至被怀疑腐败。成千上万的捐款（大部分来自香港）流入学生组织，但尚未进行会计处理。北京工人自治联合会指控学生领导挪用资金；他们声称，这些学生从普通公民和国外获得了巨额捐款。学生腐败问题从未得到彻底解决。学运领导人包括吾尔开希、周勇军、柴玲和封从德等人都遭到指控。一些人声称，根本没有人管控学生所收到的捐赠的处理方式，只有学生单方面声称这些资金被用于