对1998年谢深山参与台北县长选举时，工委会发起的反辅选活动，与郑村棋发生严重冲突，双方争议至今仍未化解。 
担任公职.1993 年，尤清任台北县长时，郑村棋出任劳工局专员兼劳教中心主任。1998-2002 年，马英九任台北市市长时，郑村棋出任台北市劳工局局长，在受访时表示，一部分原因为了证明体制外运动者，不是只会在体制外批判，也敢拿权力，更可以把事做好，另一部分原因是要证明工运不是只能跟民进党合作，也可以跟国民党合作，重点是可以合作，但绝对不能依靠。郑村棋当劳工局长任内，