水谷琢元（生殁年不详）为日本江户时代围棋棋士，棋力六段，活跃于天明年代。为本因坊家外家水谷家首位家督，后其子水谷琢顺成为二世。
生平.拜于九世本因坊察元门下，1777年升上三段，留下与业余棋士小松快禅黑三目胜的纪录。之后可以被察元让先而升为四段，且战胜小松快禅，使察元感到惊讶。1782年开始与安井家年轻家督仙知仙角对局，一开始仙知先一胜一败，之后琢元被让先相先一胜四败一和。1784年开始与分先下了二十六局，十二胜十三败一和。1786年五段，晚年升上六段。1797