真核生物中，在进化过程中会经历极端的扩张和收缩，有时会与全基因组复制相一致。 蛋白质家族的这种扩张和收缩是基因组进化的显着特征之一，但是其重要性和后果目前尚不清楚。
蛋白质家族的用途和重要性.随着已经被测序蛋白质总数的增加以及对蛋白质组分析的兴趣不断扩大，人们正在努力将蛋白质组织成家族并描述其组成结构域和模体。 可靠地鉴定蛋白质家族对于系统发生分析，功能注释以及在给定的系统发育分支中探索蛋白质功能的多样性至关重要。（Enzyme Function Initiative，缩写：EFI）