同时创建细胞遗传学实验室，取得不少富有特色的研究成果。1942--1945年，李汝祺在中国大学生物系任教授兼主任，1945年秋进入北京大学医学院解剖科任教。两年后转北京大学理学院动物系任教授兼医预科主任。1948年，李汝祺为了解国际上将种群遗传学和数理统计结合起来进行研究的最新成就和方法，以客籍教授身份赴英国伦敦大学约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹的实验室工作。1949年夏回到北京。此后一直在北京大学的动物系和以后的生物系任教授。1950年代前期，因李汝祺不认同李森科学派的学说，他曾一度被停止遗传学教学和