《SEED DESTINY》共使用四套片头和片尾主题曲。与最初的在《SEED》中类似，这些歌曲由高调和崭露头角的艺术家们所演绎。同样的，其中一些很有特色歌曲成为顶级单曲，如T.M.Revolution的《》。第三支片头主题《我们的去向》由十五岁的新人高桥瞳演绎，并于2005年4月13日发行。曾在前作实力演绎第三支片头主题曲的玉置成实，也在本作再次倾力奉献。此外，《SEED DESTINY》中使用的两首插曲大受欢迎并创造很高的销量，分别是由FictionJunction YUUKA演绎的《》以及T.M.Re