1469年，第一尚氏王朝末代君主尚德王死去，重臣金丸改名尚圆并继位，建立第二尚氏王朝。第三代尚真王在位时，将各地按司集中安置到首里居住。他在加强中央集权的同时，以防止叛乱为名收缴民间武器，并与中国、日本、朝鲜和东南亚展开广泛的贸易，征服宫古、八重山、与那国等岛，迎来了第二尚氏王朝的全盛期。至1537年，其继任者尚清王攻取奄美群岛，奠定琉球“三省三十六岛”的版图。1609年，萨摩藩在德川幕府的许可下发兵侵略琉球，将尚宁王及众多王公大臣掳至鹿儿岛城，史称「己酉倭乱」。在明朝的交涉下，萨摩藩释放了琉球君臣，