小笠原群岛.由于人口较少，且小笠原群岛上有来自欧美的居民，因此最初由东京府直接管辖。
隐岐群岛.隐岐群岛上最初曾设置海士郡、知夫郡、周吉郡、稳地郡四郡，并设置郡役所负责行政之管理；直到1889年废除四郡，设置隠岐岛厅，隶属岛根县管辖。
吐噶喇群岛及奄美群岛.在设置鹿儿岛县后，奄美群岛就属于县府直接统治，而岛厅之下的地方行政单位则是延续过去琉球王国施行的间切，替代町村的设置。
沖绳县.明治时代最初沖绳县仍延续琉球王国时期的