年赛上显示出良好的潜力而被汕头市乒乓球学校教练看中，不久后被引进到汕头。1994年在中国青少年锦标赛中勇夺男子单打冠军后成为国家队的成员。惯用右手直板的马琳于1996年赢得了亚洲杯的男子单打项目冠军、亚洲锦标赛的男单季军与混双赛事冠军。1年后，马琳于美国公开赛男单中得亚军、亚洲盃男单赛事夺冠。1998年，马琳在亚锦赛中夺得了男双、男团冠军、马来西亚公开赛男单赛事冠军、中国及黎巴嫩公开赛男单项目得亚军、世界盃男单名列第5，表现出众。1999年，马琳于世乒赛中得到男单亚军与混双赛事赢得了冠军、世界俱乐部