司马尚之初任祕书郎，后迁散骑侍郎。太元十三年（388年）父亲司马恬以兖青二州刺史出镇京口，司马尚之迁振威将军、广陵相。太元十五年（390年）父亲去世，司马尚之袭封谯王，并离职服丧。
王恭举兵.服丧后，司马尚之任骠骑将军、会稽王司马道子的谘议参军。隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭举兵讨伐掌政的司马道子宠臣王国宝，司马道子不能抵抗，被逼诛杀王国宝以求平息事件。当时散骑侍郎刘镇之、彭城内史刘涓子等人皆因是王国宝党羽而被收捕，将被处死，司马尚之认为刑狱不能牵连太广，劝司马道子释放他们