能直接自由选择角色组成队伍，对比前两作的系统进行了一些改动。但这些微小的改动是在为《拳皇'97》与街头霸王系列分道扬镳办出特色做了铺垫。本作亦能够输入特定密码指令，使用隐藏人物神乐千鹤、杰尼兹两位头目。
剧情.本作剧情承接《拳皇'95》，事件源于大蛇一族意图复活他们的主、地球的意志之一「大蛇」，并令世界毁灭。本作中，最后一位三神器后代的神乐家年轻女当家神乐千鹤登场，八神庵因与上次的队友不合，则与两名善于战斗的女性玛裘亚及拜斯组队，两人真正身份为八杰集的一员。故事后段知道了神乐是被人