于鹿儿岛市，是萨摩藩士今村明清的三子。今村明恆毕业于东京帝国大学并留校任职。1896年明治三陆地震发生后，今村明恆于1899年提出该地震中侵袭本州岛三陆海岸的海啸是因为海面下海洋地壳的变动所造成。1905年今村明恆发表文章，表示在未来50年内东京和周围关东地方将会发生巨大地震，并造成超过10万人死亡，因此主张採取预防措施；但此说法遭到另一位地震学家大森房吉批评造成人心不安。不过，今村明恆所担心的状况在1923年成为事实，关东大地震摧毁东京和邻近的关东地方，超过10万人死亡。1939年今村明恆任职于东京大学地