林毅夫仍被国军视为叛变逃亡军官，一旦返台将面临《》调查与审判；而陆委会与内政部入出国及移民署则表示，仍同意核发入境证件，但返台后法律责任将由林毅夫自负。林毅夫当时正在美国访问，他的妻子陈云英赴香港等候。最后，局势未能好转，林毅夫确定无法赴台，而由美国飞至香港后返回北京，由陈云英赴台代其追悼，林毅夫则在北大朗润园设灵堂遥祭先父。因配合军事审判法修正，军事案件全数移由司法处理。林毅夫案全案卷证，于2014年1月13日移由司法检察署接办，法务部研议后已认定林属「继续犯」，移交后仍持续通缉。