2001年4月，他与小泉纯一郎竞选自民党总裁失败，未能再次出任首相。2004年，因为卷入收受日本牙医联盟的1亿日元政治献金的疑云而被迫辞去桥本派会长职务。他决定不参加2005年日本大选，退出政坛，由次子桥本岳继承政治版图。2006年，他曾表示反对小泉纯一郎参拜靖国神社，认为中日两国只有在政治外交上成功，才能在经济合作上取得成绩。
逝世.2006年6月4日，桥本因腹痛入住东京国立国际医疗中心，被诊断为肠道缺血，经手术治理后情况未见好转。6月30日病危，并于7月1日下午因多个器官衰