爪哇海盗攻陷，国王摩希婆提跋摩被杀，王子（后来的阇耶跋摩二世）被虏。水真腊由此受到爪哇的夏连特拉王朝（山帝王朝）统治，直至阇耶跋摩二世从爪哇逃回，称王独立。阇耶跋摩二世统一了水、陆真腊，定都吴哥东北约三十公里的荔枝山，建立了吴哥王朝。吴哥王朝，又称高棉帝国，至12世纪国势臻盛，文化灿烂，版图包括今日柬埔寨全境以及泰、寮、越三国之部份地区。13世纪，上座部佛教由斯里兰卡传来。明宣德五年（1430年）暹罗入侵柬埔寨，包围吴哥城七个月，最后攻破吴哥。由于吴哥太近于暹罗，故放弃吴哥，迁都金边。此后，柬埔寨国势衰