西班牙被迫离开台湾，天主教在台湾也一度中断。清治咸丰九年（1859年）5月18日，三位来自菲律宾的西班牙籍道明会传教士郭德刚（Fernando Sainz）及洪保律（Angel Bofurull）等人及五位中国教友传道员，从中国大陆横渡台湾海崃抵达打狗港（今高雄港），同年12月在靠近今日高雄爱河河口的地方购地兴建简易传教所（即今玫瑰圣母圣殿主教座堂），成为天主教会在台湾的第一个据点。此为天主教正式在台湾发展之始，至2009年已逾150年。
清治时期.天主教传入台湾后，早期隶属于