人民解放军控制外，其余的土地仍在西藏噶厦管辖之下。1950年昌都战役后，原西康省西部暨康区金沙江以西区域（原由西藏噶厦实际控制）作为昌都地区设立了昌都地区人民解放委员会，直属中央人民政府。昌都地区从此被划在西康省之外。此外，1952年4月28日，第十世班禅额尔德尼来到拉萨，此后经西藏噶厦同班禅堪布会议厅谈判，双方就如何恢复班禅额尔德尼的固有地位和职权达成协议。此后，班禅额尔德尼于6月9日离开拉萨，6月23日回到了历世班禅额尔德尼驻锡的日喀则扎什伦布寺。在这段时期，中华人民共和国政府方面给予西藏噶厦高度自治，