晋廷经数十年方镇压。东晋初期，道教的架构、章法尚未形成，直到东晋中期发生改革，才形成组织化的宗教体制。当时北方道教注重功德及道规，南方则注重经法及义理。受到佛教散播的刺激，道教加速吸取儒玄思想，丰富本身理论。炼丹术盛行，深化相关理论。东晋时，着名道士葛玄后裔葛洪，结合神仙学说与道术理论，并加入炼丹等理论，整合道教理论。他所着的《抱朴子》，外篇论时局与道德，内篇论道家学论和炼丹、养生之道。杨羲、许谧及许翙着《上清经》，最后发展成上清派，主张简化修行力法，贬斥房中术，以存神为主。葛洪之孙葛巢甫着《灵宝经