双层中的上层由旧金山轻轨（Muni Metro）列车行驶，而下层则由BART列车行驶。下层的BART路线并没有走完市场街地铁隧道全程，其路线在市政中心/联合国广场站后就转向西南，沿地底行驶；而在市场街地铁隧道的东北端，BART层则接上海湾隧道，通往奥克兰。上层的旧金山轻轨路线在市场街地铁隧道西南端接上更古老的双峰隧道，而东北端则从地下爬升至地表，接上内河码头周边的路上轻轨。内河码头隧道口（Embarcadero portal）启用于1998年，并非隧道原始的一部分，目前由N线及T线使用。K线、L线、