皮卡丘。这个皮卡丘不会进入精灵球，会跟随在主角的后面。当主角转头时可以查看皮卡丘的心情，皮卡丘的心情会随着亲密度而变化，而亲密度的增减取决于皮卡丘在游戏里的表现。如果皮卡丘的等级提升、亲密度就会提升，如果它失去战斗能力，亲密度就会下降。此皮卡丘无法进化成雷丘，玩家也无法遇到野生的皮卡丘，所有NPC也不会使用皮卡丘。
故事.如同《精灵宝可梦 红》和《精灵宝可梦 绿》，《精灵宝可梦 黄》的舞台发生在关东地区，有151种宝可梦在不同的地理环境中栖息。游戏的目标仍然相同，不过有些微的变动。