为中心的统治体系得到确立。1868年（庆应四年/明治元年），明治政府宣布实行“祭政一致”，复兴神祇官机构，成为神道国家化的开端。同一时期，明治政府宣布实行神佛分离，通过行政命令的方式令神道和佛教进行分离。在伴随神佛分离进行的废佛毁释运动中，民众将神社中的佛像、佛塔、佛堂等佛教设施拆毁，神社中的佛教僧侣也纷纷还俗。明治政府进行神道国家化的目的之一是抑制基督教在日本国内的传播。1870年（明治三年），明治天皇发布《》诏书，神道的地位得到确立。1871年（明治四年），日本政府废除神职的世袭制，神职改为选任制。