鲜王朝亲明的立场并没有改变。1636年，皇太极在征服东北和内蒙大片地区后称帝，改国号清，让朝鲜王朝称臣，但遭到拒绝。同年12月，皇太极亲自率领十万军队入侵朝鲜半岛，俘虏躲在江华岛的仁祖后妃、王子和宗室76人，迫使被围困在南汉山城的仁祖投降，臣服，史称“丙子胡乱”。仁祖之后的孝宗曾试图联合南明、三藩割据势力、台湾郑氏政权等反清势力北伐灭清，但最终因财政困难而计划搁浅。清控制整个中国后开始逐渐与朝鲜王朝交好，送还被扣作人质的朝鲜王子，消减贡物要求，还两次邀请朝鲜王朝与八旗军队结联军北上讨伐侵扰中国东北边