妻子、母亲的安危，吴大猷离开北京。原本吴大猷以及北大、清华和南开三校师生在抵达长沙之后，随即便在当地成立临时大学，然而战火蔓延，长沙的空袭警报日渐频繁，经过饶毓泰夫妇的极力相劝，吴大猷接受在四川大学的讲座。当时同吴大猷一同接受四川大学讲座的还有萧公权和张洪沅两人，而他们3人的薪资都比四川大学的教授微高，以致在校内引起一些争议，也因为这次的事件，吴大猷萌生去意，在1938年的夏天再随饶毓泰教授前往昆明西南联合大学执教。1938年，西南联大的物理系正式成立。由于战乱的因素，物理系的教授实际上是由北大