国立东北大学（工学院）参与合并组建国立西北工学院，现发展为西北工业大学。1939年，国立东北大学（农学院）改建为奉天农业大学。1946年5月, 东北大学迁回沈阳，东北大学(回沈后留川部分)改建为川北农工学院，后发展为川北大学、四川师范学院（现四川师范大学、西华师范大学），部分院系并入四川大学、重庆大学等校。1947年，国立东北大学（医学院）并入中国医科大学。1949年，国立东北大学（文、法、商学院）并入东北大学（解放区），现发展为东北师范大学。1949年，国立东北大学（农学院）参与合并组