曾被察哈尔部控制的内喀尔喀五部，只剩下扎鲁特部、巴林部，皆归附后金。清康熙年间，新疆西部伊犁（今中国新疆博尔塔拉蒙古自治州）一带、号称准噶尔部的卫拉特蒙古人进攻喀尔喀，喀尔喀活佛哲布尊丹巴唿图克图率臣民逃往内蒙古，向清廷求援，康熙亲征，破准噶尔可汗噶尔丹，诏令喀尔喀部返蒙古本部，蒙古全境从此併入清朝版图。此外清廷先后在内蒙古设立喀尔喀左翼旗、右翼旗，在青海设立喀尔喀南右旗（南右翼后旗）。于二十世纪初，喀尔喀蒙古从清朝的统治下独立，1921年革命后，在决定国家体制上有两种意见，1945年在雅尔达会