与其自身的性倾向无关。跨性别者可能会认为自己是异性恋者、同性恋者、双性恋者、无性恋者，也可能拒绝给自己的性取向贴上标签。「跨性别」一词也与双性人有所不同，该术语描述的是天生具有「不符合男性或女性身体的典型二元概念」的生理性别特征的人。跨性别的相反词则为顺性别，其指的是的性别认同或性别表现与其出生时的指定性别一致。个人对于外表的感觉良好和舒适而且接受其性别认同的情况则称为「跨性别一致」（transgender congruence）。<ref name="10.1177/0361684312442161"