指挥所，或是舰队、编队司令官所在的舰。由于海军传统，会把本舰指挥官官职旗（）悬挂于桅杆，而舰队司令官也有其特定旗帜，当指挥官在某特定船舰上，该舰应升起其官职旗。所以此舰称为指挥官的「旗舰」。因此，“旗舰”并非一个舰队中某个固定的船舰。在早期风帆时代，军舰以大取胜，而且指挥官与其幕僚也需要较大空间进行作战计画和会议讨论，所以指挥官通常搭乘舰队最大之军舰，此舰是固定的，非不得已（如战损）不会变动。但20世纪以后，军舰空间增大、防护增强、通信技术改良，主要水面舰都能提供指挥服务，因此舰队指挥官也逐渐以舰队中速