迪在1924年去世，霍梅尼即继续在另外两名导师贾瓦德·阿加·马利基·大不里士及拉菲伊·可疾维尼的指导下学习哲学。不过，对霍梅尼影响力最大的老师是米儿咱穆罕默德·阿里·沙哈巴迪，还有历史上着名的苏菲主义学者，包括穆拉·萨德拉（Mulla Sadra）及伊本·阿拉比（Ibn Arabi）。霍梅尼在登上政治舞台前在纳杰夫及库姆的神学院担任了数十年的讲师，教授政治哲学、伊斯兰历史及伦理，并且很早就成为了什叶派伊斯兰教的顶尖学者。霍梅尼的一些学生（如莫尔塔扎·穆塔哈里）其后也成为主要的伊斯兰哲学家及玛尔札。作为一