2012年6月在当年历史教科书定案出版前，研究专长为政治领域的政治系教授张亚中获临时「增聘」为历史科审定委员，被质疑为酬庸非历史专业系所者是马政府要把手伸进历史教科书，企图拥抱贬抑台湾与多元文化的大中国史观。张亚中主张中华文化为主体，不应切割中华文化和台湾文化；张亚中声称50,000-5,500年前的长滨文化和4,000-3,000年前的华夏文明可能有关；张亚中主张以「荷据」(荷兰佔据)或「荷领」(荷兰佔领)取代「荷治」(荷兰统治)，西班牙用语亦同；将「郑氏王朝」、「东宁王国」改为「明郑时期」；「日本统治」