不足为理由对学校下杀校令，之后学校申请特别视学亦未能达标，最后学校行政出现严重混乱，原校长黄泽生、余锦泉、黎柏昌等亦管理不善，未能收生，不堪压力离职，随后由张洁玲女士接任，直至学校结束，学校最终于2011年停办，学校办学83年，最后一任校长为张洁玲女士，校监为张佐华先生。2011年7月13日下午6时正，是东华三院李志雄纪念小学最后一届毕业典礼暨开放日（学校称为「黄昏聚会」），学校开放给公众人士参观，当天很多老师和旧生回到学校。学校更展出大量文物给大家参观。约晚上8时正，学校把校舍所有灯光关上作为告别仪式