，各地混成旅团任务开始以缉捕盗匪为主。1907年8月，日本军方、日本政府与台湾总督府在研议后，决定以「统治权渐趋稳定」，「恢复民政」等由撤除三地之守备混成旅团，并将地方治安维护权利全部交还警方。而台湾驻军于废止所属六步兵联队之后，将旅团重新缩编成台湾守备队，兵力则从两万人骤降至6400名兵员左右。重编后，仅在台北与台南各设台湾第一及第二守备司令部，两司令部辖下各拥一联队之步兵与山砲中队，另外则在基隆与马公各设一要塞重砲队。1919年，因应台湾总督转为文官，台湾守备队则再整编为台湾军，另派台湾军司令官