系统分类学.锤舌菌纲下有许多物种过去因未发现有性世代而被归为半知菌，直到最近才被归入本纲中。过去的分类系统将锤舌菌纲归属于中，后来分子系统发生学的研究表明盘菌类并非单系群，而将其分拆成包含锤舌菌纲在内的数个独立的纲。多数学者认为盘菌亚门中，锤舌菌纲是粪壳菌纲的旁系群。分子证据也显示锤舌菌纲下可分为若干亚纲，但锤舌菌纲本身是否为单系群，仍需更多实验证据证明。
特征.锤舌菌纲下的多数物种大多在子囊盘（apothecia）中产生子囊。子囊是圆柱形的并且没有囊盖（O