永华招募开垦此地，先后开辟了二甲、三甲、四甲、五甲、六甲、七甲等不同面积的土地，并以此为村名。1897年日治时期初期一度成立六甲办务署，辖区约为今柳营、下营、麻豆、六甲、官田、大内等区范围。1901年至1920年的日治中期再度设六甲支厅于盐水港厅、台南厅之下，以六甲为行政中心而得名，辖六甲区、官佃区、内庄区，约为今六甲、官田、大内三区。1920年实行五州制，成立六甲庄，隶台南州曾文郡管辖，与六甲区范围相当。战后再改为台南县六甲乡，2010年12月25日改称六甲区。六甲区境内有多处聚落