。然而，穹顶下部支撑环建成之后，建筑的完成不再是个问题。1564年2月18日，米开朗基罗在罗马去世，享寿八十八岁。这时距离他的89岁生日只有三个星期。根据他的遗愿，遗体自罗马运回佛罗伦斯，安葬在佛罗伦斯圣十字圣殿。
最后遗作.梵蒂冈官方报章《罗马观察家报》于2007年12月6日报道，圣座在圣伯多禄大殿一间办公室内找到可能是着名艺术大师米开朗基罗的最后遗作，估计是他死前一年为兴建圣伯多禄大殿所画的一份草图。 
作品.翅膀