泰元年，设提督团营，命兵部尚书于谦兼领，之后罢去。成化三年，再设，以本部尚书或都御史兼任。嘉靖二十年，命尚书刘天和辍离部务，另给关防，专理戎政，之后改由兵部侍郎协理戎政。万历九年裁革，十一年复设。天启初年，增设协理一人，后革除。崇祯二年，再设，以庶起士刘之纶为兵部侍郎担任。