姚启圣妹婿为明季广西巡抚黄锡衮，清初东阁大学士，是康熙擒下鳌拜的功臣。黄锡衮有一妹夫为原属明郑之施琅，三人为姻亲。姚启圣多次举荐施琅，终得任用。但是施、姚随即发生冲突，最后，康熙帝听信施琅，交付水师，命姚启圣负责后勤补给。随即打败台湾东宁国，俘虏了郑克塽。施琅封侯爵，姚启圣却一无封赏，心里愤恨不平。同年十一月，姚启圣患背疽，一怒而逝。次年，内阁官员们认为姚启圣修缮船舰、军械时，浮报高达白银四万七千多两，应追缴。康熙帝顾念姚启圣有功劳，不追究这件事。