站建设成本超过5亿元。《南方都市报》报道称， “新一代客票系统一期工程项目”中标的2个公司价格分别为1.99亿元和1.3亿， 而业内人士称，一般客票系统的造价不会超过3千万元（不包括硬件费用）。事实上，12306一期工程3个亿（含硬件）的花费，相比百度、阿里巴巴或腾讯一年的巨额开销，并不算贵。
身份证验证漏洞.2014年1月6日，发现使用假身份证可以订票。12306称，该网站未与公安系统联网，对身份证号信息没有审核环节。目前对身份证进行审核环节的，只有车站售票窗口、公安制证窗