于1560年出兵兼并骑士团领地萨列马岛，企图建立缓冲并参与瓜分行将灭亡的骑士团的领土立窝尼亚地区。弗雷德里克二世统治时期最重要的事件是1563年至1570年与瑞典的战争（所谓北方七年战争）。瑞典国王埃里克十四世企图通过战争取得在北欧的霸权，并因此与西班牙结盟；弗雷德里克二世则想要夺回丹麦在波罗的海地区的传统优势。战争初期丹麦占据上风，从海上封锁瑞典，并于1563年攻克瑞典的艾尔夫斯堡要塞。但是瑞典海军在1565年打破了丹麦的封锁，侵入霍兰和斯堪尼亚。战争演变成开支巨大的消耗战，弗雷德里克二世与贵族的关系