孩时就死去，孙辅由兄长孙贲独力抚养。后来，孙辅当扬武校尉，辅佐孙策平定江东三郡。建安二年（197年），孙策讨伐丹杨、宣城、泾、陵阳、始安、黟、歙七县，命令孙辅驻守历阳防御袁术，同时招揽人民，将因战乱流散江东的人民组织起来。又跟随孙策进攻陵阳，攻破联合山越人对抗孙策的祖郎，并将他生擒。建安四年（199年），孙辅随同孙策攻击庐江郡太守刘勋，其间身先士卒，立功。战后孙策任命他为庐陵太守，安抚属城，分别置官吏。后迁平南将军，假节领交州刺史。后来，孙辅担心孙权无力守护江东，趁孙权出行就派人与曹操通讯，被人告发