1306年起就设在北京。至近代，新式教育兴起，国子监和科举制度被取消，而1898年中国近代第一所国立综合性大学京师大学堂（今北京大学）在北京成立，同时行使全国最高教育行政机关的职能，取代了国子监的地位。民国时期，北京（北平）虽有一段时间不再作为中国的首都，但仍是中国的文化教育中心。时至今日，北京是中国拥有最多高等院校的城市，聚集了众多着名大学，更具有包括北京大学、清华大学、中国科学院大学在内的几所国际知名的高等学府。据统计，2009-2010年度北京共有普通高等院校88所（其中民办普通高校15所），