叶莫拉耶夫领导的39号工厂于莫斯科迁徙至伊尔库茨克，继续进行轰炸机的现代化改装。叶尔莫拉耶夫于1944年因斑疹伤寒感染而逝世。设计局交由苏霍伊管理。他是尼娜·伊万诺芙娜（Нина Ивановна）的第一任丈夫，在他去世后，她于1946年改嫁为科罗廖夫的第二任妻子。