整个中世纪发生多次不同宗教间的冲突。伊斯兰征服波斯期间，穆斯林与琐罗亚斯德教信徒有冲突。阿拉伯－拜占庭战争、十字军东征、收复失地运动、拜占庭－奥斯曼战争期间，基督徒与穆斯林冲突; 萨满在蒙古征战期间，和佛教徒、道教徒、穆斯林和基督徒有冲突;穆斯林征服印度次大陆期间与印度教徒和钖克教徒冲突。许多中世纪宗教运动强调神秘主义，如基督教的卡特里派和相关运动、西班牙的犹太教神秘主义（卡巴拉），印度教的和伊斯兰教的苏菲主义。 一神论在基督教基督论和伊斯兰教认主学中形成明确的形式。 印度教的不二论也在阿迪·商羯