主要配合包机航空服务的需要。皮埃蒙特航空是此型号的启动客户，于1986年订购25架，首架于1988年投入服务。最后一架737-400于1998年交付给捷克航空。737-400F并不是波音公司正式生产的型号，而是由737-400改装为全货机的型号。阿拉斯加航空是首家航空公司改装成货机型，能装上10个托盘。阿拉斯加航空亦把5架737-400改装为客货混合型737-400Combi。原先四十架737-400被交付时，其引擎未经过空中实际测试，仅做过地面的风向测试和风洞测试，导致引擎有瑕疵。直到发生英伦航空