皇以及皇太子直仁亲王等北朝重要皇族都被南朝俘虏。不久义诠率军反扑，夺回了京都，并在没有三神器的状态下拥立后光严天皇重建北朝。1353年阴历6月，足利直冬和山名时氏攻陷京都，但不久被收复。
将军就任后.1358年（正平13年 /延文3年）阴历4月，足利尊氏逝世，12月义诠继任征夷大将军之职。当时中国地方的山名氏和大内氏叛服无常，九州地方的怀良亲王等南朝势力依然健在。义诠继任后，立即对南朝的河内和纪伊发起进攻，攻下了赤坂城等城。而另一方面，1361年（正平16年 / 康安元年）与执事