冯该等驻湓口等军事调动，更建立了武宁郡和绥安郡分别安置迁徙的蛮族以及招集的流民。朝廷曾下诏征广州刺史刁逵和豫章太守郭昶之，亦被桓玄所留。
夺取朝权.元兴元年（402年），司马元显下诏讨伐桓玄，在京的堂兄桓石生密报桓玄。桓玄既封锁长江漕运，令东土饥乏，又因孙恩之乱未平，故认为司马元显无力讨伐，于是一直在荆州等待时机，蓄势待发。然而收到桓石生的通报后，桓玄甚惧，打算坚守江陵。不过卞范之却劝桓玄出兵东下，以桓玄的威名和军力，令其土崩瓦解；反不应主动示弱于人。桓玄于是留桓伟守江陵，亲自率兵