112万石的所领安堵。文禄元年（1592年）开始，秀吉2度出兵朝鲜，毛利军作为主力军共派兵3万协助。秀次事件后，文禄4年（1595年），叙任从三位权中纳言，时称安艺中纳言。庆长2年（1597年），两川体制剩余的小早川隆景去世。小早川家臣认为养子小早川秀秋不足以辅佐，纷纷回归毛利家。然而这些回归者在毛利家中仍然被以外人看待，致使出奔者愈来愈多。就连隆景的重臣鹈饲元辰也企图出奔，但是被辉元杀害。同年，秀吉任命五大老。庆长3年（1598年）8月，丰臣秀吉死去之际，临终拜託辉元尽力辅佐遗儿丰臣秀赖。Se