拉达克军队并驱逐到拉达克的首府列城（Leh），迫使拉达克人把劫走的许多珍贵物品还给了托林寺。但托林寺遭此劫难所受破坏仍然甚大。
改宗格鲁派.1683年，托林寺由宁玛派改信格鲁派，并成为拉萨三大寺之一的色拉寺的属寺。自此，托林寺的堪布例由色拉寺杰巴扎仓（bye-ba-grwa-tshang）派遣，后来形成了完整的选任制度。第一任托林寺堪布是格鲁派高僧古格阿旺扎巴（gu-ge-ngag-dbang-grags-pa）。他到托林寺任堪布后，对寺院全面整治，为托林寺重兴起到决定作用。自