出任国务院副总理后，楼继伟被调入国家经济体制改革委员会，出任宏观调控体制司司长。期间，他参与设计了中国1994年税制改革，是当时外汇管理体制改革的牵头人。1995年9月，外放贵州省工作，任副省长。1998年3月，在朱镕基当选国务院总理后不久，楼继伟出任财政部副部长、党组副书记，继续主持财税改革的工作。楼继伟在财政部副部长的位置上，任职长达九年；历经项怀诚、金人庆两任财长。2007年初，中国政府决定要成立主权财富基金，57岁的楼继伟再次获得重用，先是在2007年2月被提升为正部级的国务院副秘书长，领导新公司筹