在童年时进入乡下的私塾学习，1951年只身远赴香港。崔琦曾于香港培正中学及金文泰中学接受教育，因此懂广府话。他毕业后以获得的教会奖学金赴美留学，于1958年入读美国伊利诺州（基督教学院），主修数学。毕业后，崔琦进入芝加哥大学物理系，并在1967年获得博士学位。1968至1982年在麻省理工学院与美国贝尔实验室担任研究员，从事固态物理研究。1982年转任普林斯顿大学电机工程系教授至今。
荣誉.1984年获得美国物理学会。1992年当选中华民国中央研究院第19届院士。1998年与罗