在3000系搭载了多种保安装置的基础上，对03系列车的搭载保安装置做了进一步更改：安装有东急型和东武型的ATS，后来又安装了东急型的新ATC。不过列车在1997年后，对日比谷线开始逐渐更新ATC。随着列车在2013年3月26日不再乘入至东横线，东急型的ATS开始陆续拆除。
车辆控制情报管理装置.本款列车装备有车辆控制情报管理装置（Train control Information manegement System，简称TIS），由三菱电机在1988年制造，在日本国内的铁路车辆中首