并有诏令禁止鼓吹反政府以及违背儒家道德伦常的野史、笔记、文集等诸多书籍收入《四库全书》。清政府也销毁其中少数禁书，主要针对特定文人，如干隆三十四年六月，钱谦益所着《初学集》、《有学集》；干隆三十八年五月十七日上谕将某些书籍抽去，“止存书名”，不收其书，汪子祜《西四集》因“卷五吊岳武穆诗语意偏谬”遂列入禁书；魏焕《九边考》，因“多指斥文句”，予以禁毁。宋人王柏《诗疑》、《书疑》，因质疑儒家经典《诗经》、《书经》内容，被四库提要指责“师心杜撰，窜乱圣经”；夏允彝《幸存录》、夏完淳《续幸存录》因带有强烈反清思想，