过四方机车车辆厂生产的JWK-1S型微机控制系统，以及大连机车研究所和四方机车车辆厂合作研制的WK-1L型、WK-2型简统化微机控制系统，其架构和原理皆与WKL98-2类似。
PLC控制系统.第三代的东风5型柴油机车使用以日本欧姆龙CQM1H型可编程控制器（PLC）作为核心的控制系统。控制系统具有柴油机恒功率控制、机车低恒速控制、辅助电机控制、机车逻辑控制、机车各系统保护、高原修正设置，以及故障检测、保护及显示纪录等多种功能，司机操作台上并设有彩色液晶显示器显示机车状况。PLC对柴