至1662年的荷兰统治时期，首任台湾长官（荷兰语：Gouverneur van Formosa）即为原澎湖风柜尾城的指挥官宋克。此外，荷兰东印度公司将风柜尾城拆除下来的材料运至大员，做为热兰遮城的建材。
后续.曾于明朝任官的沈鈇在1624年（天启四年）上书〈为处置彭湖启基善后永固敏疆事〉，文中称「红夷」（即荷兰方）虽潜撤大湾（即台湾本岛），但为求彭湖长治久安，献上六策：一、专设游击一员镇守彭湖；二、招募精兵两千余名环守彭湖外海；三、造大船、制火器；四、招兵民开垦彭湖，以助粮食；