僧人文翠改建，称为无尽岩。元代时被废寺，于明代重建，改称为普照寺，并迁建于今址。清代初期又因战乱废寺，后于康熙22年（1684年）得靖海侯施琅捐资修复并扩建，因增建大悲阁供奉观世音菩萨与浙江普陀山观音道场类似，遂更名为南普陀寺。到民国初年，南普陀寺已成为闽南香火鼎盛的佛教寺庙。文化大革命中，南普陀寺曾遭红卫兵砸毁，在寺东成立五金电器厂，寺西开辟演武小学和瓜田。文化大革命后于1976年，成立“南普陀寺管理处”，尔后在寺庙临时主持人妙湛法师的努力下逐步恢复寺院。直至1989年恢复推举方丈的制度，并于次年撤销