为全国大旱作法求雨，获康熙帝宠信，被封为唿图克图，御赐全套马鞍鞯、48两金的黑金印以及白檀木印各一枚，另赐圣旨封册、皇室文书、匾额、虎牌等等。石门寺初建时，位于今址稍靠上一些，即旧寺寺址。清朝顺治九年（1652年），五世达赖在赴北京途中曾到该寺。清朝雍正元年，青海蒙古贵族罗卜藏丹津反清，青海的个别寺院及藏族部落受其煽动或欺骗，也参与其反清活动。故甘肃、青海地区民众遭到杀戮，寺院遭到毁坏。石门寺便是在雍正二年（1724年）被清军焚毁。康熙六十年（1721年），六世达赖仓央嘉措自内蒙古阿拉善来到青海赛库