亲王号再度参与水下爆炸试验“Baker”，原子弹在水下90英尺处引爆，大量船只沉没，其中包括2艘战列舰。距爆炸中心1,990码的欧根亲王号仍然幸存，甚至未受到严重的损伤，但遭到了严重的辐射污染。1946年8月，欧根亲王号正式退役，并于同年9月被拖拽到瓜加林环礁（）。1946年12月21日，欧根亲王号在意外中损坏舰艉并严重进水，次日倾覆于环礁内。1978年，欧根亲王的左侧推进螺旋桨被打捞上来并且存放在了德国基尔的莱博海军纪念馆中，作为对德国海军的纪念。