部队的高级军官被逮捕，普雷查维休斯将军则被投入位于拉脱维亚萨拉斯皮尔斯的集中营。大约半数剩余的部队组成了游击队，并分散到乡间准备对德苏战争推进的苏军展开游击战争。德军在1944年9月中旬撤离爱沙尼亚和拉脱维亚时，则在那里留下了进行游击战的基础，阿道夫·希特勒允许爱沙尼亚部队中愿意留下来保卫家园的士兵：主要是来自武装党卫军第20掷弹兵师（爱沙尼亚第一师）的士兵留在当地。此外进行游击战的人员还包括1945年库尔兰集团军群覆灭时在拉脱维亚半岛库尔兰半岛被围而投降的部队，很多爱沙尼亚和拉脱维亚士兵以及一些德国士