（863年）闰六月，曹确被授同中书门下平章事，为实质宰相，加中书侍郎、监修国史。曹确精通儒学，处事谨重，遵守法度。五年（864年）五月，兼工部尚书。八年（867年）三月，唐懿宗想任自己最喜欢的乐工李可及为威卫将军，曹确谏：“太宗定文武官六百四十三员，对房玄龄说‘朕以待天下贤士，工商杂流，应该厚给钱财，不可假以官职，与贤者比肩而立、同坐而食。’大和年间，文宗欲以乐工尉迟璋为王府率，拾遗窦洵直谏，即改为光州长史。不可任李可及为将军。乞求以两朝故事，另外除授李可及其他官职。”但懿宗不听。李可及得宠时，只有曹确屡次