1917年7月，吴任讨逆军西路先锋，时冯玉祥任东路先锋，参加讨伐张勋复辟。1918年护法战争时，吴任北洋政府陆军第三师师长，随曹锟入湖南作战，攻岳州，陷长沙，占领衡阳。8月2日，吴忽然通电全国，电文曰，「阋墙煮豆，何敢言功？」并主张「罢兵共和」。段祺瑞生气的说：“秀才造反啦！”吴撤兵时，驻地移交给张敬尧，军容齐整，全军高唱《登蓬莱阁》。
巡阅使.1919年，吴通电拥护五四运动，高谈「劳工神圣」。1920年5月，吴从湖南北撤，集结于保定地区。7月，跟随曹锟参加直皖战争，与奉系合