建筑结构皆为硬山屋顶，铺设红色板瓦，没有装饰瓦当、滴水，屋嵴皆为马背收尾，屋椽尽处有封檐板，可以看出浓厚闽南建筑风格。庙宇主祀风神，在其左侧神龛原先陪祀知府蒋元枢，然而如今神像已经失窃，改祀武财神爷；右侧神龛陪祀佛祖。此外，在庙里面，还有祭祀着雷公与电母。门上屋樑悬挂着「和以被物」匾，是在日治时期由信徒捐赠的文物。
三协境.由南沙宫、金华府及药王庙所共同联防之区域，并以风神庙为主庙，防御区域是在城外五条港之南河港和南势港。
交通.大台南公车