在地原为宋代魏了翁所创鹤山书院（元代迁建于此），明代改书院为衙署，宣德五年（1430年）设应天巡抚，干隆二十五年（1760年）设江苏巡抚，均常驻苏州。明清两代在此办公的历任巡抚共215人，着名者如海瑞、林则徐、汤斌、梁章鉅、宋荦、陶澍等。辛亥革命时巡抚程德全在此宣布江苏省脱离清廷独立，并将其改作中华民国军政府江苏都督府。2005年7月至2006年3月曾进行保护性抢修。