他升任中华民国海军总司令，获将军府授予“瀛威将军”。但是随后，他和得到皖系支持的的第1舰队司令林建章矛盾激化。林建章利用不满北京政府拖欠军饷的海军军官另立势力。1924年(民国13年)9月第二次直奉战争直系败北，杜锡珪被迫下野。林建章成为海军总长，杨树庄任海军总司令。
代理国务总理.1925年（民国14年）12月，杜锡珪重任海军总长。1926年6月，在奉系的压力下，颜惠庆摄政内阁倒台，杜锡珪以海军总长代理国务总理（同时代行大总统职），成立杜锡珪临时摄政内阁。然而，杜锡珪没有自己