圳机场航空限高要求遭到否决，东隧西桥和全隧两种方案进入最后比选，2013年，广东省政府常务会议同意深圳和中山两市联合支持的“东隧西桥”方案为推荐方案，“长隧道”方案作为备选方案。
阻隔航运.由于深中通道经过的伶仃航道是南沙港和广州港的主要出海航道，广州方面担心，深中通道的跨海大桥限制了进出船只的高度，影响广州建设国际航运中心的地位。广州市随即向省政府请示，建议采用全隧方案，并称此方案可实现广深中三市共赢。广州市人大常委会主任陈建华在广东省十三届人大一次会议召开期间提交议案，希望采用