水口位于青潭堰，在1978年划为「新店溪青潭自来水水质水量保护区」，是大台北都会区重要的水源保护区。此外，还建有翡翠水库、桂山水力发电厂（乌来发电厂、小粗坑发电厂、龟山发电厂）等。其中翡翠水库为新北市最大的水库，供水区为台北市全境及新北市九区（新店区、中和区员山路以东、永和区、三重区二重疏洪道以东、汐止区北山、横科、宜兴、福山、东势、忠山及环河等七里、乌来区、深坑区、石碇区、坪林区）。
新店溪主要支流.以下列出新店溪水系主要支流，标示黑体字为主流河道：
主要