金朝的衰落，在13世纪初，蒙古人的领袖成吉思汗铁木真统一这一地区的所有族群，建立蒙古国。后来忽必烈与阿里不哥争夺汗位导致帝国分裂，忽必烈统治的范围（即后来的元朝）包括这一地区及中国领土的大部分以及周边某些地区。元末明初，蒙古统治阶级被朱元璋等汉族势力逐出汉地。蒙古人后主要生活在大漠南北，直至今日。今蒙古国（外扎萨克）清朝称喀尔喀蒙古，并设有乌里雅苏台将军驻防。今内蒙古自治区之南部地区即察哈尔和归化城（今唿和浩特）地区，以及东部隶属黑龙江将军的唿伦贝尔副都统辖区归为八旗体制，其余部份清朝设「盟」、「旗」予