枢密院掌管兵权。然而元朝的中书省已成为中央最高行政机关，元朝不设置门下省，尚书省时设时不设，仅元世祖时期与元武宗时期有设置，所以门下省与尚书省的权力皆交给中书省。中书省统领六部，主持全国政务，形成明清内阁制的先驱。其组织架构继承南宋体制，宰相的称唿共有中书令、司统率百官与总理政务等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中书令缺则总领中书事务。平章政事又居次，凡军国重事，无不参决。副相方面有左右丞、参政等。六部共有吏部、户部、礼部、兵部、刑部与工部，内有尚书、侍郎。尚书省主要负责财政事务，不过时置时废。枢密院执掌军