幕府军投降之后，新政府废藩置县及废除大名，并宣布在北海道全境设11国86郡。1869年天皇和新政府迁都，从京都移驻江户，并把江户改称为东京。同年，新政府创建了开拓使，北海道开始进入大规模开发时代。除了政府动员的移民之外，亦有自发性的大规模移民，其代表例为带广的晩成社。为了加强国防，还设置了屯田兵制度。1882年，开拓使被废止，政府改设函馆县、札幌县、根室县三个县来管理北海道（三县一局时代）。1886年，政府决定废除三县，改设。日本后来有出兵台湾之议。1871年10月，一艘琉球国船只于台风后漂流至台湾东南