ding domain）。第三个区域最靠近复合物内部，称为乙醯基转移酶区（acyltransferase domain），能使乙醯基转移。不同区域之间会相隔20到30个不等的氨基酸。E3上则有黄素腺嘌呤双核苷酸（FAD），而组成FAD的主要物质，是核黄素（维生素B）。另外NAD中含有菸硷酸（维生素B），CoA的组成物之一则是泛酸（Pantothenate；维生素B）。
整体结构.哺乳类动物体内的丙酮酸脱氢酶复合物直径大小，大约是50奈米，约是核糖体的5倍大，可以在电子显微镜下直