和博多之间的铁路交通。岛原铁道经营有岛原半岛的岛原铁道线一条铁路路线。松浦铁道经营有西九州线一条铁路路线，该路线也是日本最西端的普通铁路。长崎电气轨道经营长崎市内的路面电车系统，共有四条路线，是长崎市内重要的公共交通手段。长崎县内有西九州自动车道、长崎自动车道两条高速公路，并且还有、、、等多条收费公路。长崎县内各城市之间的巴士以及开往外县的高速巴士主要由、、等企业运行。海运和空运是往返长崎县本土和各离岛之间的主要交通方式。壹岐岛和对马岛和九州本土之间的渡轮航线主要开往福冈市。五岛列岛和九州本土之间的渡