行这种协调的管理制度，导致御药房管理较为混乱。清朝顺治十六年（1659年）规定，御药房所有事务划归太医院管理，不必申报礼部，但次年又将生药库拨归礼部管理，所需的药物都需要事先开列明细，经过礼部认可之后，通知生药库采买，这种规定削弱了太医院统管医药的职能。康熙十年（1671年），又规定御药房不属太医院管理，而设置总管太监、管库首领等等，这导致太医院与御药房分立，削弱了二者的联系与配合。道光之后，各省例贡药材直接交内务府，其他所产药材均议为价款，由内务府随时采买，这导致生药库近乎形同虚设。《钦定大清会典》载