6学年，高秉常主教谕令圣若瑟教区中学第五校行政独立，委任何发全神父为该校校长，亦表示该校和圣若瑟教区中学正式分家。1987年迁夜间部至第二校上课。1989年5月1日起行政部门大改组，合併为「圣若瑟教区中学行政中心」。翌年的夜间部增设葡萄牙文、电脑、普通话、英文等课程；修订多个规章，包括《校务规章》、《教务规章》、《体育规章》等。1990年度夜间部增设中四、中五文商科课程；成立「圣若瑟教区中学教师联谊会」。1991年3月19日，即圣若瑟教区中学建校60週年，教宗若望保禄二世向圣若瑟教区中学发出贺词；同