终战后，陈杏村曾在林献堂等前往上海与其会面并于自宅宴客。1945年10月16日，陈杏村在上海住处遭以「卖国」罪名逮捕并搜索，其子女皆前往新台湾同志会寻求依附。1946年9月，台湾光复致敬团前往上海，林献堂协助处理当地台籍人士事务，也指派叶荣钟等前往监狱拜访陈杏村、蔡寿郎等十九名被羁押者。1947年1月前后，陈杏村被军事检察官徐乃堃以「战争犯罪」罪名起诉；在南京军事法庭上，她的委任律师李餐霞以「若仅有献机或贷款行为即使之负支持战争之罪责，不免失之过当耳」为由进行辩护并请求判以无罪。1947年5月17