枢纽规划建设九江新客站，于1995年11月16日奠基，1996年3月正式动工。1996年9月1日京九铁路开通运营，尚在建设之中的九江站利用建成的部分投入使用，并于11月1日开办客运业务。1996年11月25日九江站建成竣工，原九江站更名为九江西站（现名九江北站）。1997年1月15日车站举行竣工仪式，并于当年春运前夕全面投入使用。昌九城际铁路建设期间，铁路部门对九江站站场进行站台加高和无站台柱雨棚建设，2010年4月完成。同年9月20日昌九城际铁路开通。2018年9月20日九江火车站北广场和外广场的改造