。然而，敖德萨黑海人足球俱乐部在1998年面临财政危机，球会被逼售卖主力球员并降下乌克兰二级联赛作赛。它在1999年重新升上乌克兰足球超级联赛作赛，但以倒数第二名完成赛季，再一次降下乌克兰二级联赛作赛。在2002年，敖德萨黑海人足球俱乐部重新升上乌克兰足球超级联赛。在随后数个赛季，敖德萨黑海人足球俱乐部都成功保持在乌克兰足球超级联赛作赛。它更在2006年取得联赛第3名，参与2006/07赛季欧洲联盟盃。在2010年，敖德萨黑海人足球俱乐部由于表现不济降下乌克兰二级联赛。然而，敖德萨黑海人足球俱乐部在翌年马上