切腹，而与岛津氏共同对抗丰臣军。估算可支撑一月的坚城岩石城仅仅一日就被丰臣军攻下，秋月军心生畏惧而烧掉益富城退守到古处山城，这时秀吉命令村民在夜里点起篝火、在城墙上贴上木板和白纸、制造一夜修复益富城的假象，此举使得秋月军丧失战意而投降。种实以剃发、献上楢柴肩冲、国俊之刀和交出女儿龙子为人质，换取秀吉的宽恕。
转封和死亡.征讨九州后，秀吉命令秋月氏转封到仅3万石的日向国高锅城，失意的种实宣布将家督之位让给长男秋月种长。庆长元年（1596年）9月26日，逝世于日向高锅城，享年49岁