因山势陡峭水流湍急，上游侵蚀作用强烈不适利浮游生物，中游流速减缓堆积作用盛行，下游区常见沙洲泥地。 由于开发过度垃圾污水污染严重，森林滥伐及人为大量毒鱼、电鱼等，使得许多珍贵鱼类濒临绝种。因大甲溪两岸森林被滥伐与兴建拦沙霸，使台湾濒临灭绝动物樱花钩吻鲑（冷水性鱼类）无法生存，目前仅分布在上游的七家湾溪流域。
植物.生产者主要是一些附着性的藻类，和岸边植物的断枝、落叶和碎屑，所以植物种类不多。
动物.多为水栖昆虫如水虿、石蚕蛾、蜻蜓与蜉蝣的幼虫、涡虫