年，从东京帝国大学退休，获宫内省聘为侍医。宫内省根据他的建议，在神奈川县设立叶山御用邸供嘉仁亲王（即之后的大正天皇）疗养身体。1905年，获颁勲一等旭日大绶章，同年与妻子一起返回德国，担任热带医学会会长及人类学会会长。1908年，应时任韩国统监伊藤博文邀请，再度前往日本。1913年8月31日，埃尔温·贝尔兹于德国斯图加特因心脏病逝世，享寿64岁。妻子在埃尔温·贝尔兹逝世后于德国续住10年，但未取得德国国籍而返回日本。