恐惧而辞职逃回益阳。元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐篡位的桓玄，长沙郡公陶延寿任命承天为辅国府参军，并派他与刘裕通好，因而获授浏阳令。不久，何承天离职还都，并获刘毅任命为行参军。后又先后任宛陵令及宁蛮司马。离任宁蛮司马后，刘裕又以承天为太尉行参军。义熙八年（412年），刘裕率众攻打荆州刺史刘毅，留了诸葛长民守戍建康。不过诸葛长民自以多不法之事，意图乘时作乱。丹杨尹刘穆之感忧心，就故意秘密问何承之有关刘裕西征成败，承天回应说不担心西方之事没及时解决，反倒忧虑刘裕回来时如两年前因卢循之乱赶回建康时的轻捷，