军政部（后改属陆军参谋本部），不归海军部管辖，引起海军不满。海军不承认电雷学校毕业生的资格，认为他们程度不佳，不提供军舰给电雷学校实习，也不让他们拥有海军军籍，形成海军内部的派系斗争。电雷学校最初的带队官由黄埔军校中派来，之后逐步由黄埔海军学校、青岛海军学校毕业的学生取代。在1932年草创时由于缺乏船只，欧阳格还得以私人关系向浙江水上警察局商借炮艇「海静号」作为实习之用，而后虽然获得使用民船与海军旧舰供实习使用，但与其他海军学校相比起来仍属寒酸。直到1935年向江南造船厂订购同心、同德两艘舰艇后，才拥有