.维修完毕后，格奈森瑙号一同与沙恩霍斯特号参加大西洋的破交战行动，在1941年1月到3月内的柏林行动中，格奈森瑙号击沉了14艘船，而沙恩霍斯特号击沉了8艘，大多来自没有护航的船团。它们也成功避开了与英国战斗舰护航的船团战斗。在这期间，两艘船一直自法国布雷斯特修整后前往大西洋出击。1941年4月初，英国皇家空军轰炸司令部派出轰炸机轰炸该港，迫使格奈森瑙号离开干坞，停泊于港内。4月6日，格奈森瑙号被皇家空军飞行中尉的的轰炸机击伤重创，后来就一直于布雷斯特港中整修直到同年12月。
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