争全面爆发后，中国国民党当局迫于形势下令恢复因政治原因而被开除出党的所有党员的党籍，并宣布赦免过去的政治反对派。李济深、陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴、李章达等人回到中国国民党内参加抗战。1938年10月，日军攻占广州。此后适叶挺辞去“广东第四游击司令”职务，第四战区命李章达继任，李章达到深圳设立指挥机构。1939年春，李章达被被调回韶关，任第四战区军法执行中将总监，任内曾经秘密协助和支持中共领导下的活动。1939年9月，李章达因“不肯填表重新加入国民党”而被迫辞去军法执行总监的职务。当时蒋介石命所有军事单位转