生应急指挥中心和28家大型三级甲等医院为主，辅之以社区医疗机构。同时，在各郊区县开始建设三级甲等医院的分院，并进行村卫生室的标准化建设。截止2012年，上海市共有医疗卫生机构3465所，专业卫生技术人员14.61万人。1988年春季，上海市爆发了甲型肝炎大流行，期间上海市卫生防疫部门全力动员进行积极防治，此次疫情共造成超过30万人感染和31人死亡，疫情过后上海市政府总结经验并逐步完善了突发传染病疫情的防控预警机制以及应急处理预案。2003年中国大陆SARS事件期间，得益于先前甲肝大爆发取得到经验和防控体系