地区有500余只的双髻鲨和上百只丝鲨。马尔佩洛岛周边海域还是野生兇勐砂锥齿鲨在世界上少数的几个存在的地区。马尔佩洛动植物保护区主要致力于保护植物和野生鸟类，目前这里已聚集了大约60种鸟类。此外，在该岛及其周边，还发现了25000多只纳斯卡海鹅、17种珊瑚、约400种色彩斑斓的热带鱼和棘皮、软体、甲壳、节肢、环节等动物。
保护.1986年，哥伦比亚政府批准设立马尔佩洛动植物保护区，以此保护岛内的生物多样性。同时，哥伦比亚政府在岛屿周边设立禁渔区，哥伦比亚军方在岛上建立了基地，防止