格诺派表现出不妥协的态度。在查理九世统治时期，他重新掌权，与吉斯公爵弗朗索瓦和圣安德烈元帅组织三巨头执政，实际上将国王变成傀儡。1562年他在德勒战役中指挥王室军队打败胡格诺派，但旋即第三次被敌人俘虏，1563年获释，同年蒙莫朗西指挥军队将英国军队逐出勒阿弗尔，重新夺回勒阿弗尔。1567年与胡格诺派的战争重新爆发，蒙莫朗西在巴黎近郊圣但尼战役中指挥军队与第一代孔代亲王路易一世·德·波旁率领的胡格诺派军队激烈交战。他在此役中受致命伤两天后去世。