腱/关节毒性。 在药物过量的情况下可能会导致肾衰竭和癫痫发作。儿童和老人发生副作用的风险更大。与其他氟喹诺酮类药物相比，吉米沙星对心血管系统的毒性较为突出。
相关研究.一项最新研究表明，吉米沙星在体外细胞和小鼠体内均具有抗乳腺癌转移活性。