el 299的设计。B-17E的机身长度拉长了10英呎，并拥有较大的后段机身、垂直尾翼、尾舵与尾翼；同时它也增加了机尾机枪这个防御火力点。机首大致上仍保留早期B-17的设计，但在驾驶舱后部上方增设一具史佩里公司制电力驱动防御砲塔，以及一具在炸弹仓后方的球型枪塔（早期的-E型则在同位置的配置是一具史佩里645705-D遥控枪塔，但由于难以使用而遭致抱怨连连）。经过这些改良的E型较D型增重20%，但有效强化了B-17的防御能力。搭配涡轮增压器的R-1820引擎也是在这个型号导入，这项革命性改良大幅强化发动机的高