派穆斯林和什叶派穆斯林之间的教派冲突，而战乱前后都伴随着两大教派间的冲突乃至杀戮。还有一种说法是亦思巴奚军意在反叛元朝，是波斯人企图以泉州为基地建立亦思法杭国的事变，这种说法在史学界也颇具影响力。另外一种说法是亦思巴奚兵乱是元朝宫廷斗争在福建的反映，是元顺帝朝廷中以阔廓帖木儿为首的老帅派与以太子爱犹识里答腊为首的太子派之间为争夺元朝最大港口泉州的巨额商业利益而引发的派系斗争、而亦思巴奚军诸首领仅是宫廷斗争的工具甚至牺牲品。