兴安则称：「向者此辈创议南迁，不审置陛下何地。」英宗稍解，于是改释商辂为民。后来，英宗常自言自语道：「辂，朕所取士，尝与姚夔侍东宫」，不忍弃之。但因忌恨者多，竟不敢复用。
成化年间.成化三年（1467年）明宪宗召商辂入京，恢复其内阁官职。商辂疏辞，宪宗称：「先帝已知卿枉，其勿辞。」商辂于是进言陈勤学、纳谏、储将、防边、省冗官、设社仓、崇先圣号、广造士法凡八事。得到宪宗嘉奖採纳，而当时罗伦、孔公恂等均恢复官职。次年，天有彗星，给事中董旻、御史胡深等弹劾朝中不称职的大臣，言及商辂。