忠贤不知情，气怒阮大鋮过于躁进，后魏忠贤兴起「汪文言狱」，东林党六君子被捕。后来左光斗、杨涟等人冤死狱中，阮大鋮实已身在乡里，并未参与此事，但他却自诩：“我坐而运筹，能杀人于千里。”因此乡里皆言阉党之恶行皆出自阮大鋮。
崇祯朝.崇祯二年（1629年），御史毛羽健弹劾大鋮为阉党之人而罢官，因名列逆案，终崇祯一朝不再被启用。罢官闲居，阮大鋮开始创作文学作品。崇祯八年（1635年），农民起义军迫近桐城。大鋮避居南京，广召勇士，当时复社中名士顾杲、杨廷枢、黄宗羲等憎恶其为人，作《留都防乱公