稣会当初选择该地段的原因，是因为地势较高且空气清新，以及考虑到可俯瞰内港和南湾甚至十字门的景色。1594年12月1日，范礼安的提议最终得以落实，圣保禄学院、会院和教堂在圣保禄公学及圣尔马定经院合併、扩建的基础上正式启用，在启用之时是远东地区第一所西式大学，也是一所授予正式学位的高等教育机构。学院内设有文法学部、人文学部、伦理神学部等，由其培养的传教士也远赴到日本、中国大陆、越南、泰国、柬埔寨等地传教。
教堂前壁的建造过程.1601年，一场毁灭性的大火彻底摧毁了圣保禄学院教堂，学