弘光元年（1645年）一月被逮捕而卒获释。遭逮之际，侯方域以家眷託陈贞慧，并为儿女定亲，从此两不相负。不久阮大鋮入弘光朝廷为官，继续迫害复社人等，将陈贞慧逮捕入狱；侯方域以数千两银游说高官，才使陈贞慧获释。入清后，侯方域参加科举，应河南乡试，为副贡生；晚年悔此举，着《壮悔堂文集》明志。《清史稿·文苑》有传。清初作家孔尚任撰《桃花扇》剧本即是写侯方域与秦淮名妓李香君的爱情故事，反映南明一代兴亡的历史剧。
着作.《壮悔堂文集》十卷、《四忆堂诗集》六卷，〈李姬传〉(李香君传记