将出发时，骠骑长史桓石生派使者告诉桓玄，桓玄决定顺江抵抗，更传檄京师，列举司马元显罪状。二月丙午日（3月26日），晋安帝在西池为司马元显饯行，及后司马元显就登船准备出发，但却迟迟未发。桓玄到寻阳时仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气上升。而原先答应当内应的庾楷被桓玄发现图谋，被囚禁，而朝廷亦派了齐王司马柔之以驺虞幡命桓玄罢军，但被桓玄前锋所杀。二月丁卯日（4月16日），桓玄至姑孰，派军击败并俘虏司马尚之，司马休之弃城逃走。前锋都督刘牢之却怕击败桓玄后会不容于司马元显，竟想借桓玄除去司马元显后再伺机消灭桓玄，所