十一年（1895年）中式乙未科进士，留军机处任职。在北京期间，凌福彭和张荫桓过从甚密。光绪二十年（1894年），在凌福彭举办的聚餐中，康有为结识了张荫桓。光绪二十六年（1900年）春，凌福彭的女儿凌叔华出生。同年，庚子事变爆发，凌福彭和梁士诒、关冕钧、陈伯陶、麦鸿钧等人携家眷等共一百多人逃出北京，途中险些被乱民杀害，后避居怀柔县。同年10月，凌福彭回到北京，即被补授天津府知府。因天津被八国联军控制，直到两年后才得以上任。光绪三十一年（1905年），改署保定府知府，次年实授。光绪三十三年（1907年）