埃尔二世是拜占庭皇帝约翰五世与其妻海伦娜·康塔库尊娜的次子。曼努埃尔二世曾于1365年及1370年前往西方寻求对拜占庭的支持，另自1369年起担任帖撒罗尼迦总督。1373年获立为储君及共同统治者，后来曾经被送往奥斯曼帝国作为人质。1378年，答应以非拉铁非换取奥斯曼帝国对内战的援助。其父于1391年2月去世后逝世后，回到本国继承帝位，并与苏丹建立了良好的关系，成为附庸。为了换取奥斯曼帝国承认其统治，被迫拆除黄金之门的防御工事。1394年，拜占庭帝国与奥斯曼帝国的关系转差，曼努埃尔二世试图与约翰七世修