杨广出征，元寿为行台左丞，兼领元帅府属。南陈灭亡，元寿为尚书左丞。开府萧摩诃让儿子去江南重收快死的妻子的家产，御史也不弹劾。元寿将御史韩微之、刘行本和萧摩诃一起弹劾。后元寿改任太常少卿、基州刺史、太府少卿。进位开府。隋炀帝继位，汉王杨谅举兵反，左仆射杨素为行军元帅，元寿为长史。身先士卒，平定后以功劳授大将军，迁太府卿。608年，拜内史令，从隋炀帝西讨吐谷浑。元寿率军屯驻金山，东西连营三百余里，围困吐谷浑可汗伏允。还军，拜元寿右光禄大夫。611年，兼左翊卫将军，从征辽东高句丽，612年正月甲辰，元寿行至涿