调回海军部门工作，并参与电子防空系统的研究。钱勇杰在1969年4月调任的副舰长，并随舰参与越战。当时春节攻势已经结束，美国正在推行「越南化」政策，将战事逐步移交南越军方高层，故此舰队无须激烈作战。1970年10月钱勇杰离任，归属美国驻越海军，先后参与西贡行政及防务事宜。1972年2月至1973年6月，钱勇杰担任舰长，并再次随舰到越南执勤。钱勇杰在1973年至1974年间于进修，后来在1974年至1977年间于美国海军军令部长室任职。1977年至1979年，钱勇杰出任舰长，再在1979年至1981年间