居国外，加上昔日受到洛克菲勒基金会的海外机构资助，南开大学经济研究所在政治上受到打压和排挤，曾被勒令整顿，诸多科研教学人员受到不公待遇。1952年，高等学校院系调整之后，南开大学经济研究所一度暂时停办状态。1958年，在原南开经济研究所的基础上建立了中国科学院河北省分院经济研究所，但仍设立于南开大学校内。拆分后的中科院河北分院经济研究所仍与南开大学经济系保持学术交流，并多次举办学术交流会。1959年5月，时任国务总理周总理来到南开大学视察时，对南开经济研究所持基本肯定态度并询问：“何廉为什么不回来，可以