主细川政元遭到暗杀后，政元的3名养子为了争夺当主之位而展开内斗。义兴支持3名养子之中的细川高国，而此时的兴元则跟随义兴上洛，成为大内家的主力四处征战，大约有4年时间留在京都，在船冈山之战中击败了细川澄元、三好之长一派势力，并重新拥立遭到放逐的征夷大将军足利义稙复职。此时出云国的尼子经久却趁义兴率军上洛之际，巧妙使用手段拉拢、併吞了原本从属于大内家的国人领主，迫使大内义兴不得不放弃在京都的势力，赶回西国对付尼子家。兴元于此时也跟随着义兴行动，返回了自己的领地，而安艺、备后地方成为尼子氏和大内氏势力激战的地