晋武帝废水衡都尉，改立都水台，置都水使者，主管舟航及运部。南朝前期沿袭晋制，宋孝武帝元嘉三十年（453年）裁撤都水台，改置水衡令。孝建元年（454年）复立都水台，置都水使者。都水使者为第四品，置参军事、河堤、谒者等僚佐。梁武帝天监七年（508年）置十二卿，改都水使者为太舟卿，位居十二卿之末，属于冬卿，位视中书郎，官班九。太舟卿主管舟航堤渠，置丞、五官、功曹、主簿等僚佐。南朝陈基本沿袭梁制，太舟卿为第三品，秩中二千石。下表列出南朝可考的都水使者、太舟卿。