1594年12月1日，范礼安的提议最终得以落实，圣保禄学院、会院和教堂在圣保禄公学及圣尔马定经院合併、扩建的基础上正式启用，在启用之时是远东地区第一所西式大学，也是一所授予正式学位的高等教育机构。学院内设有文法学部、人文学部、伦理神学部等，由其培养的传教士也远赴到日本、中国大陆、越南、泰国、柬埔寨等地传教。
教堂前壁的建造过程.1601年，一场毁灭性的大火彻底摧毁了圣保禄学院教堂，学院部分也大部分受损，后来一场突袭的台风更进一步将之破坏。由于澳门在这段时期的商业十分兴旺，在财力丰