筹建了华北联合大学音乐系。1940年返回延安鲁艺，1945年后，他又担任东北鲁迅艺术学院院长、东北音乐工作团团长。1954年，吕骥当选第一届全国人民代表大会代表，1949至1957年间任中央音乐学院副院长、1953、1960、1979年三度当选中国音乐家协会主席，1985年成为名誉主席及国际音乐理事会名誉会员。他于2002年1月5日在北京协和医院病逝，遗体于当月23日上午在八宝山革命公墓火化。江泽民、李鹏、朱镕基、李瑞环、胡锦涛、李岚清等表示哀悼。
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