.果胶酶常用于涉及植物材料降解的过程中，例如加快果汁的提取。果胶酶在酿造中的功能是双重的，首先，它有助于分解植物（通常是水果）原料。其次，成品酒中果胶的存在会导致混浊或轻微混浊。果胶酶可用于分解果胶，从而使葡萄酒澄清。果胶酶降低了生产果汁所需的活化能并催化了反应。果胶酶也可用于脱胶。添加螯合剂或用酸对植物材料进行预处理可增强酶的作用。同时也可以作为食品添加剂在畜牧业中得到广泛应用。