北府军将领的记载不详，仅见太元十九年（394年）后燕进攻廪丘一带，攻至东面海边之事，一直在北方的刘牢之因不能救援郡县而被免职，王恭亦因失土而被降号。太元二十一年（396年），孝武帝去世，晋安帝即位，会稽王司马道子以太傅身份主政，任用被认为是奸佞的宠臣王国宝为尚书仆射，权倾朝野，此举令到王恭很不满，最终决定起兵诛除王国宝。王恭除了联结昔日也是孝武帝派往作外藩的荆州刺史殷仲堪外，也召刘牢之为司马，借以获得北府军的实际控制权以增加自身实力。隆安元年（397年），王恭上表讨伐王国宝及王绪，并起兵向建康，最终司马道