政治上的最高责任，对外则代表国家行使国防外交国安等权责，对五院有协调争议权，并直接任命最高行政首长行政院院长。「行政院」主要功能为协助行政院院长处理各项行政事务；广义上则涵盖各中央行政机关（即俗称之「部会」，均隶属行政院管辖）。行政院通常别称为该国之内阁（非法定名称），行政院院长、副院长、秘书长、副秘书长、发言人、政务委员与各部会首长为内阁阁员，其成员定期召开行政院会议。自1990年代末期，中华民国政府採取台湾省虚级化措施之后，台湾省虽然依旧存在，但原省政府所辖机关皆会併入中央政府，因此行政作业实质