；在日本侵佔荷属东印度期间，档案馆的馆藏并没有受到损坏。1949年荷兰把东印度群岛的主权移交给印尼之后，档案馆也交由印尼政府管理，并改组为国家档案馆。国家档案馆在1975年迁入位于雅加达南区的新大楼。
馆藏.世界各国收藏的荷兰东印度公司档案当中，以印尼的收藏最为丰富，这些档案的记载从1612年开始，至1811年结束。印尼国家档案馆所收藏的荷兰东印度公司档案共有15000份（佔全球所有荷兰东印度公司档案特藏的一半），需要用长达1.8公里的书架来储存这些档案。印尼、荷兰、印度、南非和斯