。明年，又用红盐池捣巢功，进右都御史。成化十年，因母老乞归，慰留不许。成化十三年，召为兵部尚书，后论陈钺掩杀贡夷罪，帝以汪直缘故宽宥，陈钺于是屡次诬陷余子俊，恰逢其母丧丁忧，被免。守丧期满，拜为户部尚书，加太子太保。成化二十年（1484年），命兼任都察院左副都御史，总督大同、宣府军务。因工部侍郎杜谦等弹劾浪费兵饷，遂落太子太保，致仕去。次年，再召为兵部尚书，仍加太子太保。弘治元年（1488年）疏陈十事，不久因病去世。赠太保，谥肃敏。
家族.其子余寰、孙余承勋、余承业均为进士出身