然而明治维新之后，日本的鸟类学走上了一条完全不同的道路。从1890年代之后，当中国的鸟类学还停留在“西方人研究东方鸟的时代”时，一些日本本土的鸟类学家开始在鸟类学界崭露头角。随着日本帝国政治和军事影响力的扩张，日本鸟类学家不仅活跃于日本列岛，还纷纷前往东南亚和西太平洋诸岛屿进行考察。1895年台湾被清政府割让与日本之后，日本的鸟类学家陆续前往台湾，难以计数的鸟类标本和调查数据从台湾运回日本本土。黑田长礼、蜂须贺正氏、山阶磨芳等着名鸟类学者都对台湾的鸟类学研究作出了杰出的贡献。日本鸟类学家对台湾鸟类的研究