决赛以 1–2 不敌杰志连续三季四大皆空，而球员朱兆基赛后亦当选决赛最有价值球员，2017年5月20日，南华于季后附加赛4强以 1–6 不敌东方龙狮无缘来届亚洲赛。2017年6月5日，南华宣佈由于未能找到班主注资，决定来届退出香港超级联赛并申请降班至香港甲组联赛，重点培育青年球员，已获得香港足球总会董事会接纳。这将是南华百年来首次从顶级联赛降班。
2019-20球季.一批老将如蔡仲贤、李树烊、郭裕洪、杜瀚滔等球员离开，再提升杨宪乐等千禧后小将上一队，令球队真正年青化。亦签入两名