相当比例（尚未成功培养），也有肠道中分离出的种类（餐古菌目）。它们和其它古菌主要区别在于16S rRNA的序列。从系统发育树上看，泉古菌的分支相对较短，且非常接近古菌的基部。按照伯杰氏手册，目前本门只分一个纲（热变形菌纲／Thermoprotei）和四个目（未包含餐古菌）。
参见.古菌分类表#泉古菌门(Crenarchaeota)