3年后，于1651年9月23日祝圣。期初该堂供奉的是最卓越的耶稣会会士之一和天主教传教会的主保圣人方济各·沙勿略。1767年，随着耶稣会被取缔，该堂成为一个协同教会。两年后, 在1769年, 该堂改为供奉马德里的主保圣人圣依西多禄，圣徒的遗体也从圣安德肋堂的主教小堂迁来。它的内部后来由着名建筑师罗德里格斯修复，设计了新的祭台，装饰丰富。1885年天主教马德里总教区成立时, 该堂成为临时主教座堂。直到1993年阿穆德纳圣母主教座堂完工，才恢复为协同教堂。1936年, 这座建筑在西班牙内战的初期