于2001年再次升上英超，之后渐在英超站稳，更两次取得参加欧洲赛的资格。2007年，带领保顿八年的领队艾拿泰斯离开，保顿亦因为球员老化问题，成绩开始滑落，多个球季都要为护级而战。至2011年至2012年球季，保顿只得英超第十八名，护级失败，于2012年至2013年球季开始在英冠联赛角逐。保顿降落英冠后，数季只在联赛榜中下游位置。2015/16年度英冠联赛，保顿长期位于榜末，护级形势相当恶劣。在2016年4月9日，保顿以1-4败给打比郡后，提早五轮联赛宣告护级失败，来届降至英甲。保顿降班后首个球季在英甲取