海路回建邺，不久除授使持节、散骑常侍、宣毅将军、都督郢巴二州诸军事、郢州刺史，增加食邑到二千五百户。陈后主至德二年（584年），陈慧纪迁官使持节、散骑常侍、云麾将军、都督荆信二州诸军事、荆州刺史，赐一名伎女，再增邑食邑到三千户。祯明元年（588年），西梁萧琮的尚书左仆射安平王萧巖、晋熙王萧瓛率领二万多人向陈慧纪请降，他以士兵迎接，同年以接应降军的功劳加侍中、金紫光禄大夫、开府仪同三司、征西将军，增食邑到六千户。。隋朝军队越过长江攻打南陈，清河公杨素率军走过巴崃，陈慧纪派遣南康太守吕忠肃和将领陆伦拒守，结