物理教研组的基础上，恢复物理系。复系时，物理系全系教职工总人数197人。原工程物理系系主任张礼教授担任系主任（1982-1984）。1984年8月，整合组建现代应用物理系。周光召院士兼任系主任（1984-1988），刘乃泉任常务副主任。1985年，清华大学理学院恢复，周光召担任理学院院长。以后熊家炯（1988-1990）、陈皓明（1990-1994）、顾秉林（1994-1999）先后担任清华大学现代应用物理系系主任。1999年现代应用物理系重新更名为物理系，顾秉林（1999-2000）、王青（2000-20