始无法接受事实，甚至一度不肯打球，最后在长辈与教练劝说下才慢慢接受事实，并重新投入棒球运动。1998年，王建民进入台北市立体育学院就读，并成为第三届亚洲青棒锦标赛中华青棒代表队。由于获得曾效力日本职棒的总教练高英杰指导，及获得有「指叉球王子」之称的学长蔡仲南教导指叉球下，王建民投球技术获得进一步提升。在1999年，台湾青棒则是蓬勃发展，同年曹锦辉投出台湾青棒史新高的155km/h快速球、而左投的郭泓志也达到152km/h，加上IBAF世界青棒锦标赛在台湾举行，很多国外球探纷纷来到台湾。而在同年，王建民除