缩略词CERN在法语里原本代表欧洲核子研究理事会（），是一个1952年由11个欧洲政府建立的，临时为实验室设定的理事会。在临时理事会被解散后，新的实验室在1954年9月29日被改名为欧洲核子研究组织（），这个缩略词仍然被保留着。前任CERN的董事－科瓦尔斯基（Lew Kowarski）在任时，CERN的名称正式更改为European Organization for Nuclear Research，新名字的缩略词OERN显得有点突兀。而沃纳·海森堡认为「虽然名字是这样，但缩略词仍然可以是CERN。」