1943年，五百旗头真出生在大日本帝国兵库县西宫市，当时正是第二次世界大战即将结束的时候。1962年，五百旗头真进入六甲高等学校读书，1967年，他从京都大学法学部毕业，1969年，他完成了同大学院法学研究科修士课程，1987年，他获得京都大学的法学博士。1969年，五百旗头真去广岛大学政治经济学部担任助手，后来晋升为讲师、助理教授，1976年，他晋升为教授。1977年，担任该大学法学部教授。1981年，五百旗头真自广岛大学退官、神户大学法学部教授。1998年，他担任日本政治学会理事长，直到200