疏请求补建，而尚书白圭则以陕民困乏，奏请缓役。随后蒙古寇乱发生，余子俊先后与朱永、许宁击退。边寇入侵河套地区，明朝屡次发兵征讨均无功。成化八年，朱子俊进左副都御史。明年，又用红盐池捣巢功，进右都御史。成化十年，因母老乞归，慰留不许。成化十三年，召为兵部尚书，后论陈钺掩杀贡夷罪，帝以汪直缘故宽宥，陈钺于是屡次诬陷余子俊，恰逢其母丧丁忧，被免。守丧期满，拜为户部尚书，加太子太保。成化二十年（1484年），命兼任都察院左副都御史，总督大同、宣府军务。因工部侍郎杜谦等弹劾浪费兵饷，遂落太子太保，致仕去。次年