元朝与察合台汗国及窝阔台汗国交战时，畏兀儿人首当其冲，受到重大破坏。吐鲁番被察合台汗国攻陷，亦都护带着大量部众迁居元朝境内。元末开始，畏兀儿之地渐渐被伊斯兰化的东察合台汗国佔领，以王族亦都护家族爲代表的拒绝伊斯兰化的畏兀儿人东迁甘肃永昌一带，大部分同化于汉族等其他民族，一部分成为裕固族的一大族源，留在原地的畏兀儿人慢慢被察合台人同化而消失成为维吾尔人族源之一。畏兀儿人曾经居住的地方历史上被称为维吾尔斯坦（主要指北疆，而不包括南疆喀什等地的阿尔蒂沙尔）。
九姓与托古兹古兹.学者们发现