人亦突破黑名单的限制，发起迁台运动，并逐渐抛弃武力革命的激进形式，纷纷偷渡返台参与政治，并于1992年将总部迁回台湾，联盟领导人张灿鍙、郭倍宏、李应元等人亦在此一行动中被捕下狱。
现况.目前台湾独立建国联盟总部设在台湾，另外设有美国本部、日本本部、加拿大本部、欧洲本部及南美本部。现任主席为陈南天。目前较着名的台独联盟盟员有前国安会秘书长陈唐山、前环保署长李应元等人。
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