萧惠基任征虏将军、卫尉。居母丧中他请求解任，萧道成同意。服丧期满，任征虏将军、东阳郡太守。宋齐两朝历任四郡内史、太守。并没有积蓄财产。召还建康后为都官尚书、转任掌吏部。永明三年（485年）因久病改任侍中，受号骁骑将军。永明五年（487年），转任太常，加给事中之位。齐武帝派他为皇孙南郡王萧昭业加冠。永明六年（488年），萧惠基卒。享年五十九岁。追赠金紫光禄大夫。其子萧洽。