在温泉关战役遭受大败，波吕克塞尼达再度率领舰队主力于爱奥尼亚海岸巡弋，当得知罗马裁判官盖乌斯·李维·萨利纳托尔（Gaius Livius Salinator）率领罗马舰队抵达提洛岛，波吕克塞尼达斯强烈劝说安条克三世允许他即刻就前去对抗，要趁着罗马舰队与帕加马欧迈尼斯二世、罗德岛的舰队会合前就先击败罗马舰队，虽然安条克三世採纳他的意见，但已经为时已晚，罗马舰队与帕加马舰队已经会合，波吕克塞尼达斯依旧要与罗马联合舰队作战，因罗马联合舰队有数量上的优势，使他在科律克索战役惨遭大败，这场战役中13艘塞琉古船舰被俘虏