学名时，同时使用无性阶段和有性阶段的两个学名依旧是普遍现象。随着分子遗传学研究的深入，今后也许用不着发现菌类的有性阶段，也能够根据遗传学特征直接判断其分类归属。
系统发育和分类学.无性繁殖真菌的系统发育分类现在通常使用分子系统发生学。 通过对DNA序列（例如rRNA）或多基因系统发育的比较分析构建的系统发生树可用于推断无性繁殖真菌与其性繁殖对应物之间的关系。