人民会议选举中当选为代议员，又被委任为教育部部长。1952年，他兼任朝鲜社会科学院院长。1953年，游击队派和国内派的权力斗争升温，加上游击队派领袖金日成在党内逐渐得势，国内党开始受到打压。同年，国内派的首领李承烨被指意图发动政变而被处决，多名成员也被卷入其中。然而，考虑到白南云有较高的教育水平，有利用价值，他因而没有遭到肃清，反而被加入重用。1961年，他成为为最高人民会议常任委员会副委员长。1969年晋升最高人民会议议长。1974年获委任为祖国统一民主主义战线委员长。1979年6月21日离世。S