6月，马玉仁被北伐军李宗仁部击败，马玉仁被俘，旋即获释。1930年，冯玉祥、阎锡山联合反蒋介石，任命马玉仁为第十六路军总指挥兼第二十七军军长。不久，马玉仁在战斗中负伤，到大连治伤时，被蒋介石的南京国民政府逮捕。不久，蒋介石同冯玉祥、阎锡山议和，并获张学良斡旋，马玉仁获赦免，回到家乡。1937年抗日战争爆发后，马玉仁在家乡盐城组织抗日游击部队，后来被国民政府编为苏鲁战区第一路抗日游击军，马玉仁任少将游击总司令，率部在江苏盐城、阜宁同日军作战。1940年1月3日，日军100余人突然袭击马玉仁所驻的安乐港