桂西橘等人配合捻军，借机反抗孔府；捻军在曲阜县焚掠，逼近县城。与此同时，宋继鹏率领白莲教徒数万人于邹县东北起事，往来邹县、泗水、曲阜之间。孔繁灏一面向山东巡抚、兖州总兵谘文，详细报告了白莲教叛乱情况，请官府尽快剿灭，一面派探子侦查消息，组织团勇自卫。同治元年（1862年）九月二十日卯时，孔繁灏在北京去世，谥「端恪」，享年五十七岁。