读了一年后因为要养家，加上看见《工商日报》的政府招聘政务主任广告，于是决定辍学，并于1966年加入政府。当时，他已于1965年加入香港青少年管弦乐团，翌年成为青年团首席。萧炯柱于政府工作初期任职政务主任，后被保送至伯明翰大学修读公共行政课程，曾是任前港督麦理浩的私人秘书。他于1970年代取得皇家音乐学院小提琴演奏文凭，同时自修二胡等中国乐器。在工余时间又会带领香港青少年管弦乐团参加国际音乐汇演筹款。不久，基于对启迪他人对学习音乐的兴趣，萧炯柱在1974年註册和成立香港青年音乐协会，义务教授青少年学习音乐