粤军占领漳州，并成立了辖闽西南26个县的闽南护法区，为孙中山开展护法运动的基地。在闽南护法区内，援闽粤军由20个营的警卫军扩编为2个正规军，邓本殷部改编为援闽粤军第六支队，驻安溪，邓本殷兼任安溪清乡督办。1920年8月，孙中山命援闽粤军兵返回广东驱逐旧桂系。返回广东之前，邓本殷部同罗绍雄、李炳荣等部奉命进攻援闽粤军后方、和旧桂系关系紧密的浙军陈肇英及地方军张贞、杨子明等部，在泉州溪尾、官桥等处双方展开战斗，浙军及地方军退到山区。回粤之战开始后，邓本殷部同罗绍雄支队、熊略支队编为中路军，在参谋处长叶举