间，也发生中华人民共和国在台湾海崃进行飞弹试射演习，企图影响中华民国选举，导致美国出动独立号与尼米兹号两艘航空母舰前往台湾海崃与花莲、台东旁侧太平洋海域的事件。这个引发国际关注的事件被称为台湾海崃飞弹危机。
选举结果.由于中国人民解放军进行飞弹演习，针对着时任总统李登辉，结果不少选民转向支持李登辉。让李登辉及连战成功击败其他候选人，当选正副总统。
各县市详细投票结果.（注：领先者使用红色字体标出）