年军统将其改为军统局本部直属看守所，称「军统局重庆看守所」，主要关押中华民国政府认为级别较高的政治犯。1943年中美合作所成立后，白公馆内犯人被迁移至渣滓洞。白公馆改名为「中美合作所第三招待所」，供美方人员居住。第二次世界大战结束后，中美合作所撤销，美方人员回国，白公馆才又恢复为看守所。并且军统将西南的军统集中营，息烽监狱、望龙门看守所、渣滓洞看守所合并，成立了白公馆看守所，后称“国防部保密局看守所”。国民政府将渣滓洞、白公馆等设为监牢，关押异见人士及政治犯，被批评是白色恐怖。原地下贮藏室改为地牢，