4年1月6日，他假期届满返台。1884年5月24日，借用新楼医院东北角的一间房子做为机房，开始印刷的工作，此为台湾教会公报社之创立。巴克礼名其书房为「聚珍堂」，俗称「新楼书房」。这是台湾最早印刷术之开始。1884年7月，巴克礼往山地教会巡视，罹患疟疾，为了疗养身体，乘船到汕头。同年清法战争，法军舰攻击台湾，住在台湾的宣教师避难到厦门。1885年1月，巴克礼乘帆船回台湾。1885年7月（光绪11年6月），巴克礼主持台湾府城教会报（Taiwanfoo Church News）第一号（今日之台湾教会公