由李志坚执教的丙组地区深水埗。直到2009/10年度球季，刘卓轩协助深水埗夺得丙组冠军，首度升班上乙组作赛。2010年10月，他参加NIKE青年足球大中华区选拔战，在36名球员中勇夺冠军，取得代表大中华区四个席位的其中一个，并在2011年1月与队友梁冠聪，陈肇钧及黄威一同前赴英国参加世界区选拔赛。2010/11年度球季，他再协助深水埗夺得乙组冠军，于两个球季内助球队由丙组升上香港顶级联赛。虽然深水埗在顶级联赛首季在10支球队中敬陪末席，只角逐一季便要降回乙组作赛，但刘卓轩的护球能力己令人印象深刻