因“美合事变”而中断学习，学员分配到各地区各部队。1940年9月，特委决定撤销原东、西路指挥部，冯白驹任独立总队总队长，庄田任副总队长。独立总队首次设立支队建制，成立第一支队（支队长吴克之，政委陈乃石，副支队长林伯熙，活动于琼文地区）、第二支队（支队长马白山，政委符哥洛，参谋长王山平），同时成立直属特务大队和第四大队，总兵力三千余人。中共中央书记处1940年11月7日对琼崖工作的指示中有关琼崖干部问题提到：琼崖的党和军队中有许多久经考验的贫雇农干部，这是很好的骨干，但是知识分子党员太少，而且过去党和部队不注