南大街地底，每个站台中部均设有通往车站大堂的直梯；9站台北端设有交叉渡线，并预留继续往北延伸条件。以及两条联络4号线和9号线的单横渡线。16号线站台为岛式站台，位于国家图书馆总馆南区南侧地底。
换乘.2012年12月30日，9号线的北京西站以北路段通车，4号线与9号线实现同方向的同台换乘，而反方向换乘则需要先上到站厅层，再下到另一个站台。2020年12月31日开通的16号线中段车站同4、9号线车站垂直，通过一条长约150米、宽12米的换乘通道实现三线换乘，通道两侧设有电动步道