同年12月7日，受纪州藩委託，负责保护藩士，并因此遭到海援队及陆援队队员等16人袭击（）。与三浦一起召开酒宴时，由于新选组迟到，造成与舟津釜太郎因此死亡，则为了保护斋藤而身受重伤，但斋藤则因为穿着锁帷子而无事。至于三浦虽然颜面受伤，却保住性命。将军德川庆喜进行大政奉还后，新选组跟随旧幕府军参与戊辰战争。庆应4年（1868年）1月参与鸟羽伏见之战，3月转战甲州胜沼。斋藤无论在那一场战事都在最前线作战。在近藤勇于流山向新政府军投降后，斋藤则与留在江户的土方岁三等人一度分离，并率领一部分队士前往会津。一方面，