86年4月加入中国共产党。1986年8月，孙金龙研究生毕业，获得工学硕士学位，被分配到辽宁省地质矿产勘查局坑探工程大队担任技术负责人，后来任该工程大队副大队长。1989年7月任大队长兼党委书记、总工程师。其间，1990年被评为“全国劳动模范”（中华全国总工会评选）、“辽宁省劳动模范”。1991年7月至1993年2月，孙金龙任中国地质工程公司副总经理。1991年7月至1992年6月兼任巴基斯坦CRBC项目部经理。1993年2月，升任中国地质工程公司总经理兼临时党委书记。同年起，享受国务院政府特殊津贴。