消息，派人将仓央嘉措接到拉萨，立为第六世达赖喇嘛，并派夏仲·阿旺雄努向满清朝廷通报。甘丹颇章政权隐瞒达赖逝世的消息如此之久，令康熙帝非常愤怒。他向甘丹颇章政权送出诏书，对此事进行谴责，此后甘丹颇章政权与满清的关系恶化。后来，甘丹颇章政权又同准噶尔大汗策妄阿拉布坦发生了对立，致使外交上受到了孤立。1702年，野心勃勃的拉藏汗继承了和硕特大汗之位，使得甘丹颇章政权的处境更加危险。1703年，桑结嘉措为了缓和甘丹颇章政权与和硕特汗国的关系，从第巴之位上退隐。其子阿旺仁钦继任第巴之位，但实权却仍旧掌控在桑结嘉措