务处位于九龙尖沙咀冠华中心的总部于1990年1月22日搬迁入该大楼并正式启用。1992年，该大楼改名为人民入境事务大楼，至1997年因部门改名而将大楼改为现名。
1999年台风破坏大楼外墙.1999年9月16日台风约克袭港，香港天文台曾悬挂十号飓风信号，入境事务大楼的玻璃幕墙被吹毁，以致大量政府文件被吹至地面。
2000年纵火案.2000年8月2日，大批声称拥有居港权的中国人带着易燃液体和打火机到入境事务大楼要求与官员见面，并威胁自焚，期间施君龙等人在现场