隈之庄之战击败守昌，攻陷。守昌一族被诛杀。宗运对外与大友氏维持主从关系，与肥后及则保持同盟，借以确保阿苏氏的存续。天文15年（1551年），菊池义武趁大友家二阶崩之变时，举起反旗，大友义镇出兵肥后镇定地区试图镇压。阿苏氏派宗运率军配合大将。惟教进攻菊池义武部将合志隆重守备的，但未能攻落，双方以交出人质讲和后撤退。永禄5年（1562年），岛津氏势力扩展至肥后国，与冲突。天正6年（1578年），大友氏于耳川之战被岛津氏击败后，在肥后地区的影响力降低，肥后的国人众大多跟从岛津氏或龙造寺氏，只有宗运坚定维持