奶制品污染事件后，行政院卫生署虽然成立行政院卫生署食品药物管理局管理食品安全项目，然而由于食品管理业务相关预算过少使得主管机关只能每年挑选几个产品进行抽验，同时改组后的人力编排反而让主要执行人力不足，对此他批评说「根本就是一个骗局」。2012年时，马英九在赢得2012年中华民国总统选举后随即宣布要讨论扩大进口美国牛肉，而政府首场美国牛肉跨部会小组会议上推翻社会普遍认知，表示美国牛肉所含的莱克多巴胺与瘦肉精必须有所区隔。对此林杰樑则在新闻媒体上引用数据大力批评马英九政府开放进口美国牛肉的标准以及专家小组一