地鱼类群落，亦有很多稀有品种，有记录的淡水鱼共16种，其中14种是原生的初级淡水鱼，佔全港40%，其中更有较罕见的南方波鱼、纹唇鱼和大剌鳅等。莲麻坑铅矿山上有一个荒废矿洞，矿场下段通道为蝙蝠提供了不受干扰的歇息地，成为香港最重要的蝙蝠集居地，有大量长翼蝠、南长翼蝠等蝙蝠品种居住。矿场内的通道和邻近地区在1994年被列为具特殊科学价值地点（SSSI）。然而，莲麻坑生态正面对多个危机，包括东部走廊计划、防洪工程、外来物种薇甘菊侵害、非法捕猎野生动物等。虽然政府建议将莲麻坑部分地区划为郊野公园范围加强保育