时，中共势力也潜伏进入生化药厂，从事地下工作。张汝励受到倪柝声的庇护（其妻张品蕙的六叔），逃避追捕，并担任药厂总经理。中共高层吴克坚常来生化药厂，与张汝励见面。此外药厂内还渗透进不少中共党员。有许多教会信徒也在中国生化制药厂工作，每天早上开工之前都先祷告。中国生化制药厂职工只领取微薄的工资，结余的利润大量用于教会事业，包括购买福州鼓岭训练所用的房舍以及海关巷执事之家的房子。倪柝声投入大量精力到中国生化制药厂的经营活动，在地方教会中产生非议，此后愈演愈烈；加上了人身攻击，几乎所有同工长老都否定倪柝