为了避免林朝棨遭到军队调派，于1937年引介他出任满州国新京工矿技术院（后改名新京工业大学）教授。1939年转赴华北政务委员会统治下的北平，在日本控制下的北平师范大学和北京大学教地球科学。二战后，于1946年7月回到台湾，应时任省立台中师范学校（今国立台中教育大学）的好友洪炎秋之邀，担任该校教务主任之职。1947年1 月，改任教于台湾大学地质系，戮力将日治时期的日文地质文献翻译成中文，使得学术承传不致于中断。在台湾大学任教期间，林朝棨曾两度被借调至政府部门任事。1949年及1952年4月两次借调至台湾省政府