活污水的污染，局部也有一定影响。如今抚仙湖仍属云南省高原湖泊中水质最好的一级清洁水体。由于抚仙湖水质优良，适合潜水等活动，云南省公安厅特种警察支队反恐潜水训练基地和中国船舶重工集团公司七五O试验场试验区即设于抚仙湖西岸澂江县尖山村。抚仙湖沿湖地层以二叠纪灰岩为主，其次为砂页岩和玄武岩。湖区泉水和溶洞分布广泛，这些泉水和溶洞多为抚仙湖地下水的补给水源。湖区属于中亚热带高原半湿润季风气候，年均气温15.5℃，年降水量879.1毫米。湖水多年平均水温17.3℃。
生物.抚仙湖拥有