，杜钖珪以海军上将的军衔出任马尾的福州海军学校校长职务，但并未就职。1932年1月，他被聘为国难会议委员。1933年11月，福建事变在福州爆发后，杜钖珪拒绝与福州的中华共和国政府合作而离开福州赴上海暂避。1933年（民国22年）12月28日，杜锡珪在上海病逝。享年60岁（满59岁）。杜钖珪死后，南京国民政府对其明令褒扬。他的陵墓位于福州西门外怀安村，即如今的福建农林大学校园内，其墓志铭后来被福州市文物管理委员会保存收藏。