衡阳县知县余天溥具体负责修复工程。这一时期，书院科举化，石鼓书院成为传授举业、培养科举人才的基地。康熙七年(1668年)，知府张奇勋扩建书院。康熙二十八年（1689年），知府崔鸣再次扩建。咸丰三年（1853年）9月至咸丰四年（1854年）正月，曾国藩、彭玉麟在衡州创建湘军水师，驻石鼓书院。光绪二十八年（1902年），石鼓书院改为衡阳官立中学堂。光绪三十年（1904年），再改为湖南南路师范学堂。
民国至今.民国时期，石鼓书院相继改为“衡郡女子职业学校”和“湖南省立第三师范学校”。因