沈肇元（），号懈谷，浙江湖州府德清县人，明朝政治人物。
生平.父沈光宙，岁贡，官知县。万历二十二年（1594年）甲午科浙江乡试举人，二十六年（1598年）戊戌科进士，歴官南康县、掖县知县。