，而万年县县治则设于二赞行（今台南市仁德区二行里）。此外，明郑还先后设置了思明州、思明县，管辖厦门、金门等岛屿。1662年，郑成功逝世，世子郑经经历政争后掌权，对行政区划进行变革。全面实施并沿用郑成功设置的郡县制度，但稍稍做出变革。保留承天府，京畿承天府主事官为承天府府尹，改二县为二州，即地方的天兴与万年两州主事官则为知州（郑成功在位时期则为两县知县），于天兴州以及万年州之下，设有「二十四里」。为了安抚原住民族，于原住民居住地区，设置澎湖、北路以及南路等三个安抚司，其主事官为安抚使，形成「一府二州三司」