009年8月21日，台湾高等法院二审宣判，林忠正受贿改判有期徒刑14年徒刑、褫夺公权5年。2010年12月30日，中华民国最高法院驳回林忠正上诉，以贪污、洩密等罪判决林忠正有期徒刑14年、褫夺公权5年定谳。2011年1月26日，林忠正在施明德、林向恺、姚立明及杨宪宏等人陪同下召开记者会表示，「我沉默，不代表我认罪」，他得知判决后曾想过要轻生，但他认为必须活着证明自己清白、活着看到司法改革，才打消自杀念头。2011年2月11日，林忠正入监服刑。2016年，林忠正担任台湾通讯传播产业协进会顾问、东森媒体集团