一条线粒体基因组组成。其基因密度约为每一个基因有五个千碱基对(kbp)。秀丽隐杆线虫的基因组中，内含子占26%，基因间区段占47%。据估计，全基因组中的非编码RNA基因在16,000种左右，很大一部分编码的是piRNA。许多基因排列成簇，其中含有大量的操纵子序列，数量尚不清楚。在真核生物中，线虫是少数基因组中含操纵子的生物之一，其他例子包括吸虫和扁形动物等。
蛋白编码基因.基因组包含大约20,470个蛋白质编码基因。约35%基因在人类基因组中有同源基因。
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