到1996年春季经过26年的流亡才偷渡回台湾公开露面。假如黄文雄当时没有参与刺蒋案，可能会是台湾第一位留美的社会学博士。黄文雄日后受访时表示：
回台湾推展人权运动.1992年，黄文雄主动找上在欧洲访问的陈菊，陈菊回台后于《自立早报》刊载〈二十一年生死两茫茫——喜见刺蒋案黄文雄志士〉一文，台湾人才首次得知黄文雄「别来无恙」。1996年4月，黄文雄以偷渡方式入境台湾，5月6日公开现身并发表声明。偷渡入境的黄文雄后来虽被起诉，但胜诉而获判无罪。黄文雄反对中国将来民主的统一。他