不得已，只好在11月命袁世凯为总理大臣，以便讨伐革命党人。袁世凯一面以武力压迫南方革命，另一方面却暗中与革命党人谈判，换取利益，而革命党人亦认为袁是能领导中国的有力领导人，遂行谋定，是为南北议和。不久，袁与北洋诸将领通电支持共和，宣统帝宣布退位，大清被中华民国取代，原内阁总理大臣的功能则被中华民国国务总理取代。1917年张勋统兵拥宣统帝即位，发动复辟事件，自命为「政务总长」兼「议政大臣」，事件不久即被讨伐而结束。