90年），第十二世住持存应上人受江户幕府第一代征夷大将军德川家康的皈依，营造扩建了大伽蓝，被指定为德川家灵庙之一。同时也被指定为关东十八檀林之首，增上寺因而越来越兴旺。庆长3年（1598年），由于江户城的扩建，寺址迁移到现在的芝。德川家康还捐赠三解脱门、经藏以及大殿的建立等。当时的朝廷还册封存应上人为「普光观智国师」的封号，并赐予常紫衣（袈裟）。这时的增上寺，在宗派上的地位已跟位于京都的知恩院相等，寺庙的领地高达一万余石，寺领之内有48院，学寮有一百多间，在当时称为「寺格百万石」。延宝8年（1680年）