961年12月14日，中华民国与上伏塔共和国建立大使级外交关系。于首都瓦加杜古设立中华民国驻上伏塔共和国大使馆，并派驻大使。1973年9月15日，上伏塔与中华人民共和国建交，10月23日，中华民国与上伏塔断交。1984年8月4日，上伏塔更名为布吉纳法索。1994年2月2日，两国恢复中断20年的大使级外交关系。于首都瓦加杜古设立中华民国驻布吉纳法索大使馆；于首都台北设立布吉纳法索驻中华民国大使馆，并互派大使。2017年1月，传出两国的邦交不稳，布吉纳法索外交部长巴里（Alpha Barry）主