。1944年3月，他被任命为陕西省政府主席兼陕西省保安司令。1945年5月，他当选中国国民党第六届中央监察委员。抗日战争结束后，他留任陕西省政府主席。1947年7月19日，国民政府派祝绍周为陕西选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1947年9月他兼任中华民国监察院监察委员。1948年7月，他由陕西省政府主席转任京沪杭警备总司令部副总司令兼政务委员会副秘书长。第二次国共内战国民党败北后，祝绍周于1949年秋迁居台湾。在台湾，他任光复大陆设计委员会委员、浙江同郷会理事长等职