来人民族主义又激起华人的反对。华人惧怕马来人和伊斯兰教的支配地位，许多华人因此参加马来亚共产党。在英国军方的强烈镇压，以及马来人和华人政治领袖的协商退让下，共产党暴动被扑灭，1957年多民族的马来亚联合邦宣告独立。1950年代至1960年代，英国在东南亚的四个殖民地先后取得独立或被授予自治地位，当中包括英属马来亚（1957年8月31日起独立并改称「马来亚联合邦」）、新加坡（1959年6月3日起自治建邦）、英属砂拉越（1963年7月22日起自治）与英属北婆罗洲（1963年8月31日起自治并改称「沙巴」）。