吉再度命令日本全国大名出兵讨伐朝鲜，是为庆长之役。这次出兵日军吸取了文禄之役过度深入而败的教训，主力以全罗道为攻击目标，在固定阵地后再向忠清道等朝鲜各地发动进攻。日军先于漆川梁海战大败朝鲜水军，再于占领全罗道的道都全州后，在忠清道的稷山与明军激战，是为稷山之战。在开战后两个月内，日军横扫了全罗、忠清两道，并再度逼近汉城所在的京畿道。同时，为了加强防守阵地以作持久战，日军开始在朝鲜半岛南部各地建筑倭城以作为防守据点。庆长3年（1598年）初，最东边的蔚山城的遭受明・朝鲜联合军攻击，但保卫成功（第一次蔚山城之战