冯友兰教授出任校长。11月，与盟军合作于昆明成立译员训练班，并成立师范学院初级部。联大期间，学生参与青年从军运动，应征飞虎队翻译、入缅作战、参加印度远征军。联大期间，清华单独设立昆明办事处、研究院、特种研究所。研究院自1939年起逐渐恢复，设有文科、理科、法科3个研究所共12个学部，招收研究生。特种研究所依靠庚款基金利息，拥有农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所，服务军事研究，研制军用飞机、，研制出中国第一个电子管。抗战胜利后，各研究所并入相关各系。战争中，清华园遭到严重破坏，建筑物40%以