帜，纹章则放在中央。具体地说，旗帜是白色矩形底，中央的纹章轮廓改成尖顶拱盾形，红色花边的城堡增至十一个，盾形纹章的顶上则置着开放式的王冠。这面旗帜专门使用为代表王国的旗帜；因为曼努埃尔一世有自己个人的旗帜，其中的设计包括浑仪。1578年，在致命战役三王战役前夕（正值塞巴斯蒂昂统治期间），国旗再次被修改：将城堡减回七个，并把王冠改成封闭式的三拱冠，象征一个强大王权。随着塞巴斯蒂昂「失踪」，他的大伯父恩里克主教替代他进行短暂的统治。1580年，西班牙国王费利佩二世（或称腓力二世）强行合併葡萄牙，成为葡萄牙国