恭起事被平定。王珣于是上还符节，并获加授散骑常侍。隆安三年四月乙未日（399年5月30日），王珣获加授衞将军。隆安四年（400年），王珣以疾病解职，同年五月丙寅日（6月24日）去世，享年五十二岁。朝廷追赠车骑将军、开府，谥号为献穆。桓玄辅政时改赠司徒。