延人统计，全台有361座庙宇被毁，819座庙宇被移作他用，妈祖信仰与其他民间信仰一样受到打击。
战后时期.来台的中华民国军队如同当初日军来台一样，佔用各地庙宇，如台南大天后宫在1945年10月被62军军眷佔住，引发民众不满，对此石觉将军在1949年下令军眷不得佔住庙宇以免引发更多的民怨。而后在戒严时期台湾的宗教信仰自由受到限制，庙会活动被视为迷信、铺张浪费的活动而遭到禁止，为此政府还在1963年颁发了〈台湾省改善民间习俗办法〉。但即使受到限制，各地庙宇仍有变通办法，例如让宗教庆典与