一期工程完成时并未启用，直至2007年7月1日方启用，但是当时福田口岸仍未开通，故地铁乘客仍不能由此前往香港，需要过境前往香港的旅客仍需在此搭乘其他交通工具前往临近的皇岗口岸。直到2007年8月15日福田口岸开通后，地铁乘客便可通过口岸检查，在香港境内的港铁落马洲站转乘东铁线或其它交通工具前往香港各区。2008年8月15日，皇岗站更名为福田口岸站。
二期工程（2007-2011）.2004年地铁一期通车后，深圳地铁网络没有立即继续扩展。2003年深圳市规划局即制定了《深圳市城市轨道