葡萄牙、西班牙商人开始在东亚进行贸易，加上明朝的海禁政策有所缓和之后，琉球国的贸易地位大幅下降。宫古群岛和八重山群岛长期处于群雄割据的局面。1474年，宫古岛当地豪强仲宗根丰见亲归顺琉球国，宫古岛进入琉球国控制范围之内。1500年，琉球国派军队攻灭石垣岛统治者远弥计赤蜂。1522年，仲宗根丰见亲攻占了与那国岛，至此琉球国完全控制了八重山群岛。琉球群岛北部的奄美群岛也在1466年时完全进入琉球国的统治范围。1609年，萨摩藩主岛津氏侵略琉球，国王尚宁被迫投降。此后琉球国成为萨摩藩的属国，并将奄美群岛割