后来的土御门天皇）之后，次年京都就发生了政变，九条任子就被废去中宫之位，其父兼实也被罢免官职。这次政变的幕后主谋就是源赖朝。建久9年（1198年）1月11日，后鸟羽天皇禅位给了儿子为仁亲王，是为土御门天皇。此后，后鸟羽上皇开设院政，辅佐土御门、顺德、仲恭三代天皇。他积极对院政进行改革，并在1199年源赖朝死后对镰仓幕府持强硬态度，试图将镰仓幕府控制在自己手里。
北条氏大权独揽.二代将军源赖家被废黜后，源千幡被后鸟羽上皇赐名「实朝」，立为镰仓幕府第三代将军，试图扩大朝廷在幕府的