除籍的几艘大型舰艇如伊四〇〇、伊四〇一、、伊号第二〇三潜水舰在苏联的反对下被送到美国进行分解。在第二次世界战争（太平洋战争）结束前，日本海军为弥补渐渐处于劣势的主力舰队组建不少以“一人换一舰”为目的的“特别攻击队”（）。这些部队包括樱花式特别攻击机，震洋式攻击艇，式特殊潜水艇，回天式鱼雷和式手持水雷。1945年（昭和20年）6月，大约两千架特攻部队的飞机在冲绳岛战役中击沉34艘战舰，击伤364艘。
遗产.日本海军省在日本战败后解体，成为“第二复员省”，协助滞留海外的军舰和海军人