车长室移除改为车门。以及将车侧终点显示器（Destination Indicator，简称DI）更换为LED显示幕，位置并从车门上方移至车窗上方。
涂装与暱称.EMU1200型外观涂装不同于过去在自强号电联车使用的米黄色、米色与褐色等三种颜色组合而成的哑铃式涂装，而採用以白色为底，下缘涂装为红色，而在驾驶马达车正面，则为横式的橘色线与白色线交互穿插，以及在车身左侧涂上台铁的英文简写「TRA」；因此EMU1200型被铁道迷称为「红斑马」，外观也类似日本特急电车。Section::