3年10月5日，麴町署的办公地点从原本的第三大区厅舍移动到刚完工的厅所内，不过新署仅是一栋瓦葺式的木造平屋，内部除了警员办公室外，还有击剑道场、等候室、电报室。1903年6月19日，麴町警察署正式迁至麴町一丁目的现址办公。1923年9月1日发生了关东大地震后，整座警署毁于祝融之灾，麴町警署被迫将业务移转到临时警局处理，1926年3月30日，才在原地建好两层高的钢筋混凝土建筑。1936年的二二六兵变中，日本陆军内部派系「皇道派」的一批官兵佔领了警视厅本部，其机能一度交由麴町警署代行，当时昭和天皇还亲自联络