是透过耶稣会传教士传入。在比什凯克，塔拉斯和贾拉拉巴德有三个天主教堂。
犹太教.现今吉尔吉斯斯坦剩下不到一百名犹太人，主要是布哈拉犹太人，还有一小部分是德裔犹太人。在苏联时代结束之后，大部分吉尔吉斯斯坦犹太人移居到以色列，德国和美国。
萨满教.吉尔吉斯人保留许多古老的萨满教习俗，许多萨满习俗和伊斯兰教仪式混合，形成民间伊斯兰教。
其他宗教.历史上吉尔吉斯斯坦曾经存在过摩尼教、琐罗亚斯德教（祆教）和景教