使社会的各个阶层的汉人联合起来反抗大清统治，所以极大地阻碍了大清的征服。在1645年8月24日和9月22日，前明将领李成栋分别对嘉定和松江反抗的人民进行屠杀。而江阴还同约一万名清军进行了八十三天的对抗。当城门最终在1645年10月9日被攻破时，降清明将刘良佐对全城人进行屠杀，这场屠杀造成了七万四千至十万不等的人的死亡。这些大屠杀结束了长江中下游的反清武装抵抗。有几个忠诚的勤王者成了隐士，并希望着清军败溃。虽然他们退出了世界，但至少象征着在继续反抗外族统治。南京沦陷后，两支明宗室建立了两个新的南明政权：一