年遣返事件衍伸为「台港第一宗跨海人权诉讼」，由香港与台湾法轮功学员一起控告香港政府，香港法院2009年裁定香港法轮大法协会胜诉。香港首席法官马道立在判决中罕见批评香港政府没有透露有关禁令的信息。中华民国政府高度重视。2003年事件，中华民国政府副总统吕秀莲协同总统府人权谘询小组、法轮功学员召开记者会，提出抗议并要求香港政府公开道歉，并质疑香港自由沦陷。2007年事件，中华民国政府陈水扁总统亲自接见遭遣返学员，并谴责港府。新竹科技公司经理、台湾法轮功学员钟鼎邦2012年6月在中国大陆探亲期间遭中共当局