霍集占，清军在库车、叶尔羌（今莎车）、和阗等地与大小和卓交战。干隆二十四年（1759年），大小和卓兵败西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部）境内，被巴达克山首领素勒坦沙擒杀，叛乱遂平。大小和卓之乱的平定标志着清朝全国统一战争的完成，是干隆帝的十全武功之一。此役之后，西域天山南路重新纳入中国版图，清朝疆域臻于极盛。回部平定后，清廷设伊犁将军统辖新疆各部，设总理回疆事务参赞大臣管理回部。此后的六十多年中新疆没有发生大的动乱。
道光时期.
平定张格尔的“圣战”