匈奴、羯等民族和使用叶尼塞语系语言的民族有同源关系。除此之外，认为叶尼塞语系和汉藏语系同源，为德内-高加索语系一支。另外亦有建议叶尼塞语系可与纳-德内语系合併成为德内-叶尼塞语系或提纳-高加索语系。
基因.叶尼塞语系的使用者Y染色体单倍群绝大多数为Q-M242，主要为Q1b1a3-L330。凯特人的单倍群Q占比可高达90%以上。