88年，邱正雄在央行担任业务局长时，被华南商银聘为总经理，而后又升任为央行副总裁兼经济研究处处长，1990年后成为央行的专职副总裁。
财政部长.1996年6月，李登辉就任首届民选总统还不到一个月时，时任央行副总裁的邱正雄被任命为连战内阁的财政部长；一年后，亚洲金融危机爆发，台湾也同时爆发本土型的金融风暴，但由于他的处置得当，而受李登辉先生盛誉为『全世界最具财金干才的财政部长』之人。1997年8月31日，连战内阁由于治安恶化的因素总辞，由立委萧万长组阁，邱正雄获得留任。Sec