学堂校园的整体规划和四大建筑的设计，以及位于上海郊外江湾的私立复旦大学校园的规划设计；前者规格较高，属于地道的西洋风格，后者规模较小，基本上也属于中国古典风格。1918年7月在上海外滩开办了个人事务所，作为他在上海的分公司。1928年，墨菲受到蒋中正的注意，受聘担任南京国民政府的建筑顾问，主持制定了1929年南京的首都规划，并在南京等地设计了一批建筑作品，如紫金山国民革命军阵亡将士公墓纪念塔、堂和南京国民政府铁道部大楼，都属于政府机构的官方建筑，继续采用中国复古形式。此外，这一时期负责设计南京中山陵