于太田赖常仅具理学士学位而缺乏博士学位，无法接任荒胜文策的讲座教授职位，仅能继续担任助教授一职。为此，太田赖常多次建议河田末吉重建原子核实验用加速器，但他的提议并未被採纳。在这段时期，太田赖常多次被河田末吉派往台湾各地高山出差，利用气球等器具收集大气中的中子数据，协助宇宙射线研究之进行。由于第二次世界大战的发生，太田赖常于1941年3月转任台北高校教授物理，成为该校之物理教授。继而与助手伊藤贡一同被台湾总督府工业部，位于新竹的天然瓦斯研究所聘任，协助解决战争期间的能源问题。接任助教授的内藤实也在被授予勋