鹿耳门附近地区的底泥受到具有毒性的汞污染（汞中毒）。除此之外，制造农药、除草剂及木材防腐剂之五氯酚钠时会产生戴奥辛，厂区存放的五氯酚钠长期受到雨水沖刷，使得厂区之土壤及地下水遭到五氯酚及戴奥辛污染。由于中石化安顺厂之污染物性质复杂，同时存在有戴奥辛及汞二种不同污染物，整治技术难度高，需採多重技术处理；且因为厂址受污染面积大，造成整治土壤量庞大，而中石化安顺厂又是国内唯一整治场址范围含带有水域底泥污染之场址，整体厂区内所需设置之整治设备规模是国内前所未有。2001年，台南市政府环保局以土壤及地下水污染