在广州说，李宗仁与何应钦任命傅秉常为外交部长，目的在讨好中共与苏联：傅已婉拒任命，何请叶公超暂代外交部长。4月29日，美国驻广州公使克拉克报告他拜访孙科：孙科显得紧张不安，几乎不能对话，虽坚称政府会保卫上海，却说得未见信心。孙科离职前往香港。1949年去美国。1950年，游历巴黎、西班牙等地。
晚年.1952年，孙科定居美国洛杉矶，以种菜、读书度日。1964年到台湾。曾任中华民国总统府资政。1966年9月1日，接任考试院长。1967年出任东吴大学董事长。1973年9月13日，孙