行人隧道横过弥敦道地底，在通往B1和B2出入口的阁楼中间，有一个原通往工业贸易署大楼（旺角中心二期）地库的出入口，自1989年起一直封闭，直到2018年6月16日重新对外开放，成为B4出入口。此外，旺角站离东铁线旺角东站约500米路程，自2003年旺角行人天桥系统启用以后，旺角东站被纳入服务范围，经B3出入口直接经行人天桥前往旺角东站，需时约15分钟。本站多个出入口在反修例运动期间遭到破坏，经港铁复修后，原设于部分出入口建构物顶的港铁立方标志被全数移除，另D1和D2出入口原以玻璃作为建材，复修后玻璃部分