台湾府、嘉义县都为福康安建造生祠、塑像，并再次图形紫光阁。福康安上疏请求征募熟番进行屯田，并陈善后诸事宜，主要有注重军事，稳定治安，整顿吏治，整肃邮政等，干隆帝全部同意。随后授任闽浙总督。干隆五十四年（1789年）正月，因安南阮惠进攻黎城（今河内市），孙士毅军败退，干隆帝又将他调任两广总督。诏书未至，福康安上疏请求前往两广掌事。干隆帝嘉奖福康安的忠诚，说：“大臣把国家看作自己的家庭一样休戚相关，就应当像他这样。”阮惠更名阮光平，乞求投降，福康安为之上疏陈情，请求罢兵，干隆帝批准。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳