由于其远离其他陆地的地理环境，小笠原群岛有「东洋的加拉帕戈斯」之称，拥有极为丰富的自然生态系统，在2011年入选世界自然遗产。位于小笠原群岛西侧的西之岛自2013年开始发生多次火山喷发，令面积扩大至4.1平方公里。火山列岛位于小笠原群岛南侧，最大岛屿是硫磺岛，在二战时这里曾是硫磺岛战役的战场。沖之鸟岛和南鸟岛都是孤立岛屿，前者是日本领土最南端，后者是日本领土最东端。凭借岛屿地区的经纬度跨度，日本约三成的专属经济区由东京都管辖。东京都海岸线长度有763.9公里，其中东京湾沿岸海岸线长193.8公里，几乎全