哲与李可灼。方从哲为了脱罪，说「李可灼没有罪，给皇帝治病就该赏银。」定调为「进药不效，但亦臣爱君之意」。泰昌元年（1620年）十一月三、二十日，连续两次上书乞休。熹宗慰留之。十二月二十八日，批准。李可灼发戍边疆。天启年间，徐大化请起从哲，但从哲不出。崇祯元年（1628年）卒。赠太傅，谥文端。
家族.长子方世鸿，廕尚宝司丞。其人不学无术，万历四十六年（1618年）狎妓时涉入妓女坠马事件。被巡城御史薛贞弹劾。从哲上疏请辞，得到神宗慰留。