留学日本，学习铁路，并加入同盟会。回中国之后，他曾经参加辛亥革命，并曾在南满铁路任工程师。后来潘祖诒到福州和陈启涛共同创办《闽报》并担任主笔，报社被查封之后到广州担任非常国会议员。1926年春，潘祖诒在北京参加了李大钊等领导的三·一八运动，遭到段祺瑞政府通缉。1926年底，潘祖诒回到福州，担任《福建民国日报》的主笔。后因其文章惹怒蒋介石，又遭蒋介石通缉，遂逃至浙江杭州，自1928年至1937年在杭州居住。其间高梦旦委托他替商务印书馆翻译外文科学文献，其译作有的收入《万有文库》中。抗日战争期间，潘