云南省特种林试验指导所，行政上由云南省农林厅领导。1955年改名云南省热带作物试验指导所，改由云南省农业厅领导。1956年撤销，改设云南省农业厅热带作物局。1957年3月，改建云南省农垦局。1970年成立云南生产建设兵团，原云南农垦及下辖各农场组建成4个师、18个团和5个独立团，由昆明军区领导。1974年撤销兵团建制，成立云南省农垦总局，下辖西双版纳、德宏、临沧、红河、思茅、文山6个农垦分局，各团改为国营农场。1983年成立云南省农垦农工商联合企业总公司，保留农垦总局的行政名称。1994年转型为经济实体成立