实现。程序运行中逐行读取并执行脚本内容。LAMMPS脚本主要由四个部分组成：初始化、定义原子、设置参数、进行模拟。LAMMPS还可编译为共享库，提供接口供程序调用，通过其它编程语言实现复杂的功能。从2015年3月的版本开始，LAMMPS也可编译为Python模块，使用Python脚本进行分子模拟工作。