一再阻挠，他暗中调查才发现此人是调查局线民。2000年政党轮替、陈水扁政府上台执政后，谢聪敏担任总统府国策顾问。2007年4月，谢聪敏曾参与「公审蒋介石」活动。2008年1月4日，谢聪敏在以声援台湾团结联盟为主旨的「挺台联，正本土」记者会中抨击，台联精神领袖李登辉提出的台湾经济及社会问题应该受到重视，民进党却要捏死这种声音，证明民进党「表面上要打倒蒋介石，却都在学蒋介石」。2009年，谢聪敏与白色恐怖政治受难者团体指台湾警备总司令部当年发布的台湾省戒严令未依法按级呈报代理总统李宗仁、再由李宗仁提交立法