政院，博弈主管机关至今未定，而尚未送进立法院。交通部参考国外做法，认为博弈主管机关应由具警察权的内政部负责，才能防堵洗钱或意图犯罪的国际赌客，及时掌握资讯并执行，有效预防犯罪。此外，防制洗钱的阳光法案也未见踪影，几年内还不可能真设置赌场。前内政部长李鸿源在公投通过后质疑，马祖水、电、油等资源缺乏，机场、港口腹地小，「现在一、二万人都不够用，如涌进一、二百万观光客，不得了，马祖资源怎么够？」行政院于2012年7月9日召开会议决定由交通部担任博弈业主管机关，主导整体离岛开发休闲观光计画。交通部长毛治国表