三年（1808年），迁安徽按察使，对冤狱多有平反，升布政使。嘉庆十八年（1813年），擢升浙江巡抚。不久，授漕运总督，在任五年，未有失误。李奕畴对下属宽厚，结果因下属牵连，降四级，又降主事。嘉庆二十五年（1820年），宣宗即位，命奕畴以尚书头衔守护昌陵。道光二年（1822年），以原品休致。道光十九年（1839年），中举已六十年，重赴鹿鸣宴，加太子少保。次年，重逢庚子恩科会试，子李铭皖又登第，父子同列恩荣宴，人称盛事。道光二十四年（1844年）卒，享寿九十一岁。《清史稿》有传。