两头落空，萧苑瑜也错失连任的机会，政治前途就此重挫。失去立委身份的萧苑瑜，本来只好降级登记参选2002年的嘉义县议员，但在投票日前因为家族内部因素而决定弃选，开票结果拿到748票。萧苑瑜曾一度试图卷土重来，于2004年中华民国立法委员选举代表无党团结联盟参选全国不分区立法委员，次序排在第2位，却因该政党总得票率未跨越5%门槛而落选。其二婶蔡贵丝于2002年获选嘉义市议员并被选为议长，萧苑瑜担任其机要秘书直至2010年蔡贵丝连任议长失败为止。蔡贵丝于2012年经补选回锅担任议长，其机要秘书由萧文亿