封为皇太子，成为中国史上唯一改信基督宗教之太子。也是南明最后一位太子。永历十五年（1661年），吴三桂擒朱慈炫，他大骂吴三桂：「逆贼！大明负了你甚么？我父子俩负了你甚么？使我有此下场？」遂于永历十六年四月十五日（1662年6月1日）与其父一同被绞杀于滇京五华山篦子坡，年十四岁，郑经追谥为哀愍太子。其身亡处时人称为逼死坡，即今天的昆明市五华区的华山西路。