也追随兄长的脚步，参加了几次地方民兵营。1792年，克拉克在正规军被委任为陆军中尉，被分配到安东尼·韦恩的第4候补军团。在那里他担任了4年的向导（tour）并参加了鹿寨战役（Battle of Fallen Timbers）。并且在这个期间，认识了梅里韦瑟·刘易斯上尉。克拉克于1796年离开军队，之后常待在他的路易斯维尔庄园，或以旅行消磨时间。1803年他向刘易斯请求参加远征军团，做为刘易斯的副手，他集中了地图图画、远征必需品供应的管理。1806年远征返回后，克拉克花费了很多时间整理收集的信息，这些资料