沿用到现在。若昂二世的国旗是最后使用纹章旗帜作为「国旗」者。在1495年他去世后，继承人彻底地改变了国旗的样式。
1495年–1667年.曼努埃尔一世在1495年继承王位。曼努埃尔一世首次把传统的正方形纹章旗帜换成纵横比2:3的矩形旗帜，纹章则放在中央。具体地说，旗帜是白色矩形底，中央的纹章轮廓改成尖顶拱盾形，红色花边的城堡增至十一个，盾形纹章的顶上则置着开放式的王冠。这面旗帜专门使用为代表王国的旗帜；因为曼努埃尔一世有自己个人的旗帜，其中的设计包括浑仪。1578年，在致命战役