物的能力（可能经由影响宿主多条代谢路径造成）、与降低其孢子萌发的能力等。有些真菌在受到病毒感染时，会启动RNA干扰以抑制病毒，而病毒也可能制造抑制RNA干扰的物质加以反制。有时真菌病毒会给宿主带来正面影响，例如在中，其胞内的真菌病毒可以编码一种溶解细胞膜的毒素，此毒素可杀死其周围未被病毒感染的其他酵母，而被感染的酵母本身则对此毒素免疫，嗜杀酵母在医疗、食品工业与农业上皆有应用价值。也有研究发现黄石公园中，生长于禾本科植物组织中的内生真菌被真菌病毒CThTV感染时，其本身与植物对高温的抗性皆会提高，若移除