即位为后朱雀天皇，祯子内亲王晋中宫，同年三月，女御藤原嫄子中宫宣下，因此祯子升为名义上地位较高的皇后。嫄子中宫和祯子皇后两后并立，使祯子无法忍受，因此祯子离开后宫，居住在宫外的阳明门院。藤原嫄子为中宫约一年，于长历三年（1039年）逝世。但藤原嫄子逝世不久，后朱雀天皇又将藤原生子立为女御，祯子皇后便从此带着儿子尊仁亲王不再入宫。长久元年（1040年），女御藤原生子因待产而离开后宫返回娘家私邸，后朱雀天皇才将祯子皇后和—尊仁亲王母子接回宫中。
晚年.宽德二年（1045年）