郡也因为土断而变成一般州郡。自汉灵帝中平五年（188年）实施的的州郡县三级制，到隋平南陈后改为州县二级制而结束。南朝的州设刺史，郡设太守，只有丹阳郡因为是首都所在地而设尹。县设令、长。自刘宋以后，令多于长。与郡同级的有王国和公国，设内史和相。还有特为习称蛮民及僚族、俚族等少数民族设置左郡、左县和僚郡、俚郡。例如有南陈左郡、东宕渠僚郡等。当时州郡县有等级之分，大致上以距离首都远近为品级高低之分，诸州佐吏则按州的等级设置官员。扬、荆二州还有「二陕」之称唿。南朝疆域方面，刘宋继承东晋疆域，基本上为二十二州上下