1690年代写了很多处理圣经的文字解释的宗教小册子。亨利·摩尔的宇宙信仰和拒绝笛卡尔二元论影响了牛顿的宗教观念。在他发给约翰·洛克的一个从未发表的手稿中，他质疑了三位一体的存在性。 
皇家铸币厂监管.1696年，牛顿通过当时的财政大臣查尔斯·孟塔古的提携迁到伦敦作皇家铸币厂的监管，一直到去世。他主持英国最大的货币重铸工作，此职位一般都是闲职，但牛顿对该职位非常认真。他估计大约有20%的硬币是伪造的。伪造货币在英国是大逆罪，会被处以极刑。为那些恶名昭着的罪犯定罪是非常困难的；不过事实