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保护.在整体上处于危险境地的淡水豚中，亚马孙河豚的状况相对而言是最安全的。尽管如此，IUCN在1994和2000年发佈的红色名录中都将它归入了「易危」（vulnerable）的级别中。与栖息地日益萎缩的恒河豚以及新近灭绝的白鱀豚相比，亚马孙河豚的栖息地和种群规模长期以来保持得还算稳定。因雨林的妨碍，全面的考查一直未得实现，据估测，亚马孙河豚的总数量大约在1万头左右。并没有直接针对亚马孙河豚的猎杀行为，但是渔民爲了防止渔业生产受到干扰，或是爲了保护渔具，偶尔也会杀死一些河豚。