两地在历史、自然、人文方面有相当的差异。而人工河有台南运河，开凿于日治时期。但由于航运功能渐失，战后运河尽纳家庭及工业废水，一度造成严重污臭。经过多年整治，今日安平已不再有废水入河，并随着安平旧港重新打通，水质已改善许多。市境也有多座水库分布，由于水资源丰沛，供应台湾40%用水，也促成市境内发展高需水量的农业及高科技电子业。较着名的水库与湖泊包括乌山头水库、南化水库、虎头埤等。嘉义县境内曾文水库大霸出水口往台南，并流经曾文溪流域。
气候.台南市全境位于北回归线之南，属副热带季风