明万历十年，漕运总督汤世隆为佑漕运，奏请明神宗生母、永乐店人、慈圣太后李氏重修，李太后信仰金花圣母，而佑民观又在其家乡的大运河边，所以李太后对该观多有布施。崇祯八年（1635），仓场侍郎程注、管河御史禹好善共同重修该观。清朝顺治八年（1651年），顺治帝慕名来到佑民观，亲自来观中上香求子，并赏银五百两，又经通州士绅田文孝募捐三百两银子，用于修缮该馆以及香火之资。后来，该观在干隆、光绪、中华民国等时期多次修葺。清末民初，佑民观共有十多位道士，庙产有十多顷，此外还有骡马、大车、雇工。该馆还有分观，比如潞