更改文体，不採用八股文。被盈廷、礼部尚书许应骙多番阻挠。又上书建议设立译书局、派皇室游历各国、派遣留学生，均被採纳。面试京朝官，每日见20人，试用当中人才，罢免老庸愚不通时务的人，引起不满。同时，他积极帮助、赞扬实行新政者，为他们上书或辩白，如湖南巡抚陈宝箴被守旧党弹劾，为杨深秀即为其剖辨。戊戌政变的前一日，八月初五（9月20日），杨深秀上奏奏请“与英、美、日合邦”，杨深秀说：八月初六（9月21日），慈禧太后归政，其后杨深秀深诘皇上被废的原因，固请慈禧撤帘。八月初九（9月24日），在宣武门外闻喜会馆