同的位置和酵素形成交互作用，在位置20的羟基形成氢键并键结酵素里的第533号天门冬氨酸(Asp533)。喜树硷最关键的构造在于它的掌性碳，掌性碳是S并非R，因为R是没有活性的。而内脂环的位置有两个氢键去跟第364号的精氨酸(Arg364)做键结。D环的位置和一带正电的胞嘧啶形成键结并且借由与DNA-拓朴异构酶的共价复合物形成氢键，进而稳定了复合物，此氢键是位于D环上位置17的羰基和嘧啶环上的正电胞嘧啶间。喜树硷和DNA形成的复合物，如果在细胞S期时和复制叉碰撞后，即会产生毒性。Section