户时代，郡内大部分区域也成为幕府直属领和彦根藩的领地，此外也有部分区域属于淀藩、、膳所藩、和旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，1871年实施废藩置县后，原先属于各藩的区域改隶属彦根县、丰桥县、淀县、膳所县。在1872年的府县整併中，郡内全数区域都被整併为长滨县，但长滨县在三个月后更名为犬上县，不过在同年年底犬上县又与滋贺县合併为新设立的滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「伊香郡」