运河在南北战争中严重受损。战后虽然营运良好，公司也尽力偿还部分贷款，但洪水以及其他问题仍然困扰运河。在1889年发生一次大洪水，使得坎伯兰有18个月无船只航行。嗣后运河所有权落入巴尔的摩与俄亥俄铁路公司，但铁路公司的主要目的是为了避免路权落入竞争的西马里兰铁路公司（Western Maryland railroad）。在1924年的洪水以后，因为铁路公司将水力卖给磨坊，对运河仅进行了部分修复，之后便渐渐荒废了。1938年，联邦政府从铁路公司取得运河所有权。至1940年时，运河最初的35公里修复了。嗣后在