巴拉圭被巴拉圭河分为东西两个非常不同的部分：西部的大查科地区人烟稀少，半干旱，东部则是森林地区，巴拉圭98%的居民住在这里。因此巴拉圭河是巴拉圭最重要的一个地理现象。巴拉圭河流过巴拉圭中部约400千米后皮科马约河注入巴拉圭河，然后它流经巴拉圭的首都亚松森，成为巴拉圭与阿根廷的边界河，这样它继续向南西南方向流275千米后注入巴拉那河。
利用.巴拉圭河与巴拉那河一起组成了南美洲中部的最重要的河流，其流域从巴西南部、玻利维亚的部分经过整个巴拉圭一直延续到乌拉圭和阿根廷的北部。不像当地