山、大别山、防虎山等，流域总面积13130km²，其中巢湖闸上面积9130km²，闸下面积4000km²。流域内河流共33条，分别属杭埠河-丰乐河、派河、南淝河-店埠河、柘皋河、白石山河、兆河、裕溪河7大水系，其主要出入河流有9条，分别为合肥市巢湖市、庐江县境内的南淝河、十五里河、派河、柘皋河、双桥河、兆河、白石天河（白石天河后汇引入杭蚌河）、裕溪河等河，以及流经六安市舒城县与合肥市肥西县的杭埠河，其中入湖水量最大的是杭埠河，约占总入湖水量的60％左右。裕溪河是巢湖唯一的出水通道，同时最后经由裕溪口汇入长江