共和国的继承国南非联邦继续向英国施加压力以容许他们把贝专纳兼併到联邦内。可是由于持续受到茨瓦纳人的广泛反对，和当地最终于1966年自行从英国独立并改名博茨瓦纳，因此这个领土要求结果并不能实现。因为贝专纳在取得独立之前并没有一面专属的殖民地旗帜，所以英国国旗一直都是该保护国事实上的官方旗帜。另一方面，由于当地于1966年设计新国旗时邻近的南非正在实行种族隔离政策，因此设计师便决定採用一面与南非国旗形成对比的旗帜，例如新设计上的黑色横条以及两条薄白色条纹便象征了博茨瓦纳境内生活的非洲人和欧裔白人之间的和平以