国民党第一次全国代表大会在广州召开，李石曾当选为中央监察委员，之后连任第二至第六届中央监察委员，以及第七至第十届中央评议委员。1924年10月，冯玉祥发动“甲子兵变”，11月5日命鹿钟麟逼溥仪自废帝号，永离紫禁城。李石曾奉冯玉祥之命，前去接收紫禁城，绍英面诘之，石曾笑而不答。李石曾建议冯玉祥设立中央古物保管委员会，及清室善后委员会。这两个委员会均由李石曾任委员长。华世奎对李石曾极不满，见人辄骂李是“文正孽子”。段祺瑞更为不满，公然声称「日后还把皇帝请回来」。1925年9月，“清宫善后委员会”制定了“故宫