名为「中国香港业余体育协会暨奥林匹克委员会」，并首度派出代表团参与上海第8届全国运动会，单车好手黄金宝取得香港在全运会的首面金牌。会长霍震霆和义务秘书长彭冲于1998年正式上任，港协暨奥委会也于1999年修章，并删除会名中的「业余」二字，与时并进。会长霍震霆在2001年成为首位来自香港的国际奥委会委员，于2004年雅典奥运会中，李静及高礼泽取得香港主权移交后首面奥运会奖牌。2005年，奥运大楼成为港协暨奥委会总部后，香港运动员就业及教育计划和香港运动禁药委员会于2008年成立，标志着港协暨奥委会迈向新的里程