976年，车站始建。2008年1月，该站停办客运业务。2019年4月30日，车站重新办理客运业务。市郊铁路怀柔-密云线同时增设该站。2020年6月30日，市郊铁路通密线增设该站。
接驳交通.该站站前广场开行有H80路公交车前往雁栖镇和怀柔城区。 
客流.该站以节假日旅游客流为主，工作日客流较少。2020年10月1日至8日国庆节假期期间，雁栖湖站出入站旅客10007人次。