先后批驳传统炼金术及贤者之石的论说。穆罕默德·伊本·扎卡里亚·拉齐在他的着作《盖伦的疑惑》（Doubts about Galen）里首次利用实验来证明亚里士多德四元素说及盖伦体液学说（Humorism）的谬误。纳西尔丁·图西陈述了早期的质量守恆定律，认为物质本身可以转化，但是没法消失。学者亚历山大·冯·洪堡和威尔·杜兰特（Will Durant）认为中世纪的穆斯林化学家是化学的创立者。
数学.穆斯林数学家在这个时期的成就包括波斯籍伊斯兰数学家花剌子密发展的代数及算法、球面三角学的发