在第二次苏丹内战结束、签署停火协订以后南苏丹所採用的，在2011年南苏丹独立以后正式成为国旗。在此之前（2005年-2011年），此旗帜是由苏丹人民解放运动所使用。黑色部分象征南苏丹人民（以黑人为主），红色代表为自由而流的血，绿色代表土地，蓝色代表尼罗河，而黄星则象征伯利恆之星。
象征意义和表示.南苏丹政府规定，国旗的颜色代表南苏丹的这些描述：