但实务上许多医院仍然拒绝承认同性伴侣户政註记的效力，仍然不能保障所有婚姻权利。
声请释宪.2013年3月，祁家威与一名邱姓男子到台北市万华户政事务所登记结婚，遭到驳回，理由是《民法》规定必须「1男1女」才能结婚。祁家威不服，向内政部诉愿遭驳后，提起行政诉讼，但台北高等行政法院认定户政事务所的行政处分于法并无违误，2014年3月27日判祁家威败诉。祁家威继续上诉，但在2014年9月25日时，最高行政法院驳回上诉定谳。祁家威认为民法第4编亲属第2章婚姻规定「使同性别二人间不能成立法律上