（530年1月5日），元祉在值班宿卫宫廷时突然发病去世，虚岁五十一，朝廷赠予使持节、太保、司徒公、都督冀定瀛沧四州诸军事、冀州刺史、王如故，谥号武昭，永安三年二月丁未朔十四日庚申（530年3月28日）葬于洛阳瀍涧之西。
其他.河阴之变后，魏孝庄帝回到宫廷，派遣黄门侍郎山伟巡视晓喻京城。山伟前往参加东阿县公元顺的葬礼，悲伤不止。返回后，魏孝庄帝奇怪的询问说：“黄门为什么声音嘶哑了？”山伟以实情应对。魏孝庄帝敕令侍中元祉说：“宗室死亡很多，不能全部周济。元仆射清廉贫苦的节操，死后更加鲜