机车自1966年4月以后就停运及封存，至1971年2月10日正式除籍报废，在东能代机关区存放一段时间后被解体处理。
技术特点.
总体布置.DF90型柴油机车是客货运通用的电力传动柴油机车，采用底架承载的全钢焊接结构非贯通箱型车体，车体外形与同时期的EF58型电力机车较为相似。车体底架是由四根槽钢和钢板焊接而成的箱型钢结构，侧墙采用轧制钢板和构件组成的轻量化钢结构。车体两端各设有一个司机室，司机室内机车运行方向的左侧设有司机操纵台，右侧设有副司机座席及手制动手柄