连任成功，于同年5月20日就任第13任总统。马英九政府共历时8年，内阁有刘兆玄内阁、吴敦义内阁、陈冲内阁、江宜桦内阁、毛治国内阁和张善政内阁。刘兆玄内阁并于2008年5月20日宣示就职，因八八水灾处置不当，宣布于2009年9月10日总辞。随后，总统马英九任命吴敦义出任行政院院长，时任桃园县县长朱立伦出任行政院副院长（副院长职2010年5月17日由陈冲接任）。陈冲内阁于2012年2月6日上任。陈冲是继1997年萧万长后，12年来第一个具财经背景的行政院院长。但由于陈冲的健康原因，内阁于2013年2月7