楚地支持这两科拥有相近的亲缘关系，但由于这两科和其它真双子叶植物的关系尚未厘清，所以在2003年出版的APG II分类法对红珊藤目的分类有所保留，继续将这两科直接置于核心真双子叶植物之下。直到摩尔（Moore）等人的研究进一步支持这一分支是檀香目加上石竹目及菊类的旁系群，红珊藤目的地位才得以确立。2009年出版的APG III分类法于是采纳了这一分类。
种系发生学.红珊藤目和其它真双子叶植物的亲缘关系如下：
演化.据推断，红珊藤目的主分支大约在1亿1千25