以下是自体免疫性疾病的一些例子。有关更详尽的资料，请参见。
乳糜泻.乳糜泻与和淋巴球增生性癌症有很密切的关系。在乳糜泻，自体免疫性反应是由于人体对摄入的麸质（主要是来自小麦、大麦、和裸麦）丧失免疫耐受性所引起。因为胃肠道包括食道、胃、小肠、大肠、直肠、和肛门，摄入的麸质在过程中都会经过，人体罹患胃肠道癌症的风险会增加。如果在饮食中把麸质去除，则可部分减少或者消除胃肠道癌的发生率。另外，乳糜泻与淋巴球增生性癌症，两者之间有关联性。
炎症性肠病.炎症性肠病与胃肠