帝知其阴谋，与中常侍郑众计杀窦宪。永元四年（92年）夏四月丙辰日，大将军窦宪返回京师。六月，和帝以窦宪谋逆，下令逮捕其党羽，谒者仆射没收大将军印绶，改封为冠军侯，遣窦宪和窦笃、窦景、窦瓌都回封地。窦宪、窦笃、窦景到封地后，都被迫令自杀。当时正在编撰《汉书》的史家班固亦受窦宪牵连，死于狱中。
评价.范晔的后汉书对窦宪有较高的评价，认为他的功绩是超过了卫青霍去病。“卫青、霍去病资强汉之众，连年以事匈奴，国耗太半矣，而猾虏未之胜，所世犹传其良将，岂非以身名自终邪！窦宪率羌胡边杂之师，