植物吸收水分与无机盐的效率，并抵抗部分植物病原。对许多土壤中的无嵴椎动物来说，菌丝体是重要的食物来源。是由菌丝体特化而成的坚硬构造，为低温、缺水等逆境时，真菌在土壤中形成的休眠构造。
应用.真菌在生态系中最重要的角色之一就是分解有机养分。石化工业产物、杀虫剂与污染物等有机物质都可能成为真菌生长的基质，所以只要它们的毒性不会影响真菌的生长，真菌即有能力将它们分解并移除，此即为真菌修复（Mycoremediation）。美国真菌学家保罗·史塔曼兹提倡了以菌丝体作为生物过泸材料的方法