澳坑溪流向于深澳国小之前溪段位于深澳坑路的左边、过「路面桥」（而「路面桥」之前往右为朝福美寮方向）即国小前及之后则溪段位于深澳坑路的右边。后沿路流经三坑、五坑、六坑（六坑后和台湾铁路管理局经营的铁路支线深澳线并行至瑞芳交点相思岭分叉处），于新北市瑞芳区瑞芳车站附近的台铁深澳线和宜兰县铁路交点分叉处、在相思岭下注入基隆河。基本上深澳坑溪从贡仔寮开始一路顺着深澳坑路地势由高向低流向瑞芳，且和鱼坑溪对向在瑞芳相思岭附近一北一南注入基隆河。