琬为总兵官，王越提督军务，控制延绥、宁夏、甘肃三边，总兵、巡抚均听从其节制。后下诏罢免蒋琬，以王越代任，至此三边设总制。后论功加封为太子少保。当时纪功郎中张谨、兵科给事中郭镗等弹劾其滥杀冒功，王越方自以功大赏薄，遂怏怏，称疾还朝。次年与左都御史李宾同掌都察院事，兼督十二团营。汪直掌管西厂用事，与王越结交。王越在朝廷上遇到大学士刘吉、刘珝，称「汪直行事亦甚公。如黄赐专权纳赂，非直不能去。商、万在事久，是非多有所忌惮。二公入阁几日，何亦为此？」刘珝则答道「吾辈所言，非为身谋。使值行事皆公，朝廷置公卿大夫何为？」