天主教肯亚军中教长区（；）是肯亚一个罗马天主教军中教长区，直属圣座，负责牧养信奉天主教的肯亚军人及其家眷。军中代牧区于1964年1月20日成立，1986年7月21日升为教长区。军中教长区于2004年时有21个堂区和11名司铎。军中教长现时出缺。