2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子50米蛙泳比赛于9月14日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为2个级别。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：SB2级：SB3级：