特由准噶尔逃至内地。干隆二十四年（1759年），清军平定大小和卓之乱，回部各城纳入版图，置叶尔羌办事大臣、帮办大臣，驻叶尔羌回城（今莎车县城）。道光十一年（1831年），总理回疆事务参赞大臣由喀什噶尔移驻叶尔羌，改叶尔羌办事大臣为叶尔羌参赞大臣，总理回部南八城。同治三年（1864年），新疆各地陆续爆发民变，次年（1865年）叶尔羌参赞大臣武隆额离任。光绪四年（1878年）清军收复回部各城，叶尔羌隶属于“西四城善后总局”。光绪八年（1882年），新疆改行郡县制，叶尔羌地方置莎车直隶州。光绪二十八年（190