国国民党内的非主流派出走，成立新党，强调外省人及中国民族主义的认同。1996年，发生台湾海崃飞弹危机。李登辉以建立台湾主体性为诉求，当选台湾首任民选总统，也成为首位台湾出生的中华民国总统。
陈水扁时期.2000年，出现第五套横式新台币，台币面额500元与1000元纸钞上的蒋介石肖像被移除，分别改为梅花鹿（NT$500）与帝雉（NT$1000），图案分别换成四个小学生（象征国民教育）和少年棒球队（象征体育）。2002年，出现台湾正名运动。中国国民党指责这是一种去蒋化及去中国化