菌丛内的微生物平衡，并造成真菌的过度生长。爱滋病患者、糖尿病患者、癌症患者、接受器官移植者、接受甾体治疗者及接受化疗者等免疫缺乏者受到全身性感染的风险也较高。
病原性真菌.造成病原性感染的真菌可感染免疫力正常的人群，其感染通常从肺部开始，并扩散至全身，且此类真菌常为温感两型性，意及在不同温度下型态有所差异，在一定温度之下为菌丝型，之上则为酵母菌（单细胞）型。常见了两个例子为及，两者均为北美洲常见菌种。
伺机感染性真菌.伺机感染性真菌为人体之正常菌种，或环境