登进士第二甲第二十七名。选庶吉士，任翰林院编修。郭与沈鲤善，而瞧不起沈一贯，与一贯有过节。万历三十年（1602年）任詹事，曾为太子朱常洛讲官。时值寒冬，太监不给太子生火取暖。朱常洛冻得浑身发抖，郭正域怒斥太监，太监们才给他生火。升任礼部侍郎，常管翰林院。万历三十一年（1603年）三月，礼部尚书冯琦病故，由郭正域代理尚书。同年楚太子案，主张判别实情，得罪沈一贯，郭正域只好辞官。而后的“第二次妖书案”狱起，差点被沈一贯害死，在太子与东厂提督陈万化的运作下，郭才得以倖免。郭正域博通载籍，勇于任事，有经济大略，自守