将两端司机室改造为带有贯通门的贯通式结构，以便机车重联时乘务人员通过到另一台机车，车头外形因而变得与DF50型柴油机车相同，车体涂装亦改为采用灰色和红色构成的双色涂装。DF40型柴油机车装有一台川崎重工业制造的V6V22/30型柴油机，由联邦德国的曼恩集团（MAN）转让技术及授权生产。曼恩的柴油机曾经被应用于第二次世界大战中的德国U型潜艇，后来由川崎重工业制造的DF50型500番台柴油机车亦采用了经过改良的V6V22/30MA型柴油机。V6V22/30型柴油机是一种四冲程、12气缸、水冷式的V型中速柴油