情弊仍未改善，复有社会异议分子潜入，欲图不轨，故英宗至治二年（1322年）后又遭禁断。此后该教的僧人渐渐远离“白莲宗”的名号，回归到正统佛教当中，而民间仍在继续流传，并与弥勒信仰、明教等相混合，称为白莲教，成为民间秘密宗教之一。元末韩山童之红巾军及朱元璋起兵反元，皆利用之。
教义.现存茅子元的着作只有《圆融四土三观选佛图》。从作品本身来看，富有浓厚的调融各家的意味。他还擅长把复杂深奥的佛学理论以直观的图表形式表达出来，并配以生动通俗的解释，便于下层民众理解。和天台宗的传统不同，