璇逝世后，灵堂设于荣总介寿堂，供民众哀悼，总统陈水扁颁发褒扬令给予褒扬：2月25日由总统府指示以国丧大礼办理治丧事宜，由前副总统连战担任主祭，覆以中华民国国旗、国民党党旗，时任总统陈水扁、副总统吕秀莲及五院院长皆前往致祭。公祭结束后火化，骨灰安葬于基隆市七堵区的欣欣安乐园。其妻俞蕙萱，在1947年，两人在上海结婚。两人一共育有四名儿女。
轶事.年轻时的孙运璇，估计自己能做到山东省建设厅厅长就已经心满意足了。1947年，孙运璇结婚三天后，与其父孙蓉昌短暂至台湾小住，孙蓉