至少在发育初期）会有一条细长的神经管，这可能是半索动物和嵴索动物及其他后口动物的共同祖先所具有的原始特征。
形态.半索动物同时具有背神经索和腹神经索，呈蠕虫状，左右对称，仅接近口部有嵴索的形迹。其身体可分为三个部份：吻管、颈部和躯干。半索动物有开放式的循环系统和一个完整的消化道，但肠道内的肌肉组织并不完全，食物大多是利用覆盖着其内壁的纤毛来输送的。
分类.半索动物门主要可分成两个纲：肠鳃纲（通常称做柱头虫）和羽鳃纲。第三个纲－，是基于只知道其幼虫的单一物种