编成为特设师团。第109师团于1937年8月24日，在石川县金泽的留守第9师团的负责下新设立而成并编入华北方面军隷下。同年10月，被动员前往华北地区参加作战。参加了太原会战以及临汾攻略战。之后，在山西省负责治安作战任务，1939年（昭和14年）末返回日本复员。同年12月解散。
第二次编成.1944年（昭和19年）年5月，以父岛要塞守备队为基础再次编成，并编入大本营直属的小笠原兵团（兵团长：栗林忠道，兼任第109师团长）隷下。混成第1旅团部署于父岛，独立第2旅团部署于硫磺岛，混