选。弘光元年（1645年），清军破南京。黄淳耀驻守嘉定，清军围堵嘉定并切断其后援，嘉定危如累卵。嘉定城破前，同榜进士王泰际曾劝黄淳耀打开西门，给逃难的百姓放条生路，淳耀断然拒绝。嘉定失陷后，淳耀同其弟黄渊耀自杀殉国，于西城僧舍自缢死。黄淳耀死后，其弟子陆元辅将其遗像悬挂于书房，朝夕瞻拜，终生不缀。《明史》有传。清干隆年间，追谥忠节。
着作.着有《陶菴集》二十二卷，1654年为陆元辅所辑。