山、后山的地形阻隔、交通困难的问题。他认为开山、抚番须同时进行，并要积极开发后山地区，以免为外人所佔。因此他急于打通前后山联络通道，分北路、中路、南路同时进行；北路由噶玛兰厅苏澳至花莲奇莱，共计205里、中路由彰化林圮埔至花莲璞石阁，共计265里、南路由屏东射寮至台东卑南，共计214里，而中路即是三路中至今仅存，被列为国定古蹟的八通关古道。
抚番.沈葆桢增加行政区域，以招抚征服高山族（生番），将埔里地区单独设立埔里社厅，改「北路抚民理番同知」为「中路抚民理番同知」，移驻埔里。另在后