类的APG 分类法将其合并入新设立的禾本目。最初香蒲科仅有香蒲属一属，由于香蒲属与黑三棱科黑三棱属可形成单系群，2003年APG II便建议将这两个单型科合并，2009年APG III遂将黑三棱科并于本科。
种系发生学.在禾本目中，与香蒲科最亲近的科是凤梨科，两者互为旁系群。香蒲科与其它禾本目亲属的关系如下（节点有“†”标志的分支表示其自助法支持率介于60-80%之间，无标志者为80%以上）：