羽上皇坚持下，十六岁的土御门天皇让位给当时十四岁的守成亲王，是为顺德天皇。父亲后鸟羽上皇及弟顺德天皇为承久之乱作准备，在承久三年（1221年）顺德天皇又让位给年仅三岁儿子的怀成亲王，是为仲恭天皇。同年、后鸟羽上皇发起承久之乱向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令，但是很快便被北条泰时和北条时房所率领的幕府军撃败。后鸟羽上皇、顺德上皇被发配到隐岐及佐渡。土御门上皇并未参与讨幕，本来不是被处分对象，但他却自愿提出与父亲后鸟羽上皇及弟顺德上皇一同受流配之刑。土御门上皇被流放到了土佐国，后改为流放阿波国，因此被