制度的影响，内务府一度被宦官机构——十三衙门取代。但是十三衙门这一机构不能适应满族统治集团的政治需要，随着清王朝在全国统治的巩固，十三衙门也就重新被内务府所取代。根据《钦定总管内务府现行则例》的记载，“国初设立内务府。顺治十一年（1654年）裁，置十三衙门。十八年裁十三衙门，仍置内务府。”。清朝中期，内务府由于实行了严格的奏销及监察制度，加之当朝皇帝勤俭而令系统运作良好，尤其是财政管理颇有成效。康熙帝曾赞誉道：「明季宫中，一月用万金有余。今朕交内务府总管，凡一应所用之银，一月止五六百两，并合一应赏赐诸物