958年，东黄寺、西黄寺的逹赖喇嘛庙因破败而被拆除。自此西黄寺建筑仅剩下清净化城塔及清净化城塔院。1979年，西黄寺被列为北京市文物保护单位。1980年，北京市人民政府对清净化城塔及清净化城塔院进行了全面修缮。1983年，西黄寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。2001年，清净化城塔被定为全国重点文物保护单位。1987年9月1日，中国藏语系高级佛学院在西黄寺的清净化城塔院正式成立，十世班禅亲自担任第一任院长。每年都有来自西藏、青海、内蒙古等地的活佛及高僧在该院接受高等佛教教育。中国藏语系高级佛学