挥嘉定三屠，大肆劫掠屠戮，从此“远近始剃发，称大清顺民云”。是年十一月，授吴淞总兵。顺治四年正月，李成栋陷肇庆，永历帝朱由榔奔桂林。李成栋认为自己对清廷有大功，却仅授以提督，受总督佟养甲节制，内心不快。陈子壮之妾张玉乔被李成栋纳为内宠，常思反清复明，不久自刎死。李成栋养子李元胤劝他反清，袁彭年知成栋不快，“稍稍以辞色挑之”。
反清.顺治五年（永历二年，1648年）初，南昌金声桓、王得仁举事反清，李成栋本身亦对清廷不满，于同年四月在广州发动兵变反正，归附南明永历政权，封广