明朝与蒙古互市。俺答汗所修建的库库合屯是现在的唿和浩特市的基础。此外在1578年俺答汗率先以高规格礼节与索南嘉措在青海湖畔察卜齐雅勒会晤，授予其达赖喇嘛称号，取缔了蒙古人长期信仰的萨满教和“翁衮”偶像，下令在蒙古地区传播藏传佛教格鲁派。到了十七世纪中期，戈壁南北的大部分蒙古人已信仰藏传佛教。
清代.清朝的满族皇帝通过联姻或征服的方式逐步将整个蒙古收入版图，天聪六年（1632年）林丹汗被后金皇太极击败，后金灭察哈尔部，皇太极封林丹汗之子额哲为贝勒。崇德元年（1636年），皇太极被漠南