类.不等鞭毛类物种的分类至今仍然有争议，不同的分类把物种归等为门级、界级或两者之间。因此，硅藻类物种其实可以根据其父系分类单元而被置放于不同的位置上，并相对调整其子系分类单元。本条目使其定位于纲级。传统上，硅藻纲物种分为以下两个目：前者是后者的并系群。较近期的分类把硅藻分为三个基本分类，也有再细分为更多细目的。这分别主要是由于羽纹硅藻类之间的分别，主要在于有没有壳缝，即瓣膜的緃向槽。