武装部队，在陆军部队工作，1991年8月被任命为一名精卫兵军官。他所担任过的职务包括：第一精卫兵营营长（2003年－2005年）、第七步兵旅旅长（2009年）、第三师师长（2011年－2013年）和陆军总参谋长（2013年－2014年）。此外，他也曾在国防部担任过以下职务：三军策划与变革处处长、三军作战处国防政策司司长和副参谋长（作战）。林清耀也曾在2006年至2008年之间兼任教育部高等教育处主任，专负责与高等和技术教育有关的政策、规划和筹资，并监管私立教育。他在1998年到英国沃明斯特上由英国陆军举办的