从西二旗站驶出，设置清河站、小营西路站、上清桥站、学清路站、六道口站、学院桥站、西土城站和蓟门桥站，全长12.6km，设8座车站。预计2022年年底开通运营，清河站预计2021年开通运营。远期可能会从蓟门桥站南延至国家图书馆站，并与9号线贯通。但是由于9号线将计划北延至西二旗，并有可能与昌平线贯通运营或换乘，因此9号线即可为13号线分流，达到昌平线南延的作用。后来南延计划再度复活，把原来的9号线北端延长线一分为二，以明光桥西站（13号线）为分界。国家图书馆站、皂君庙站及明光桥西站属9号线北端延长线，明光