论.木村资生的理论一出现就伴随着激烈的争论。争论多数围绕着任何基因组里，到底有相对多少比例的等位基因是中性的，而又有多少不是中性的。与多数外行人的感知不同的是，这一争论与自然选择是否发生并无关系。木村资生称，分子演化是由具有选择性的中性演化决定的，而在表型层面，性状的改变可能由自然选择而非遗传漂变所决定的。根据分子演化的中性理论，种群内的数量应当与有效族群大小成比例。而遗传多样性比起普查得到的种群规模远小得多，由此产生了"遗传差异的悖论（paradox of variation）"。高水平的遗传多样性