研究院」，当时是在中央研究院中举行成立揭牌。国卫院刚开始的研究单位大多是散佈在各个相关的研究机构或租借办公大楼中。2004年，位在苗栗县竹南镇的新竹科学工业园区竹南园区内的新院区完工之后，所属的研究与业务单位才陆续搬到竹南院区。2007年9月，在国立成功大学校区成立南部癌症研究中心。2012年，国家卫生研究院员工筹组工会，并于7月6日举行揭牌仪式，创会会员数322人。