前往南澳镇、石碣镇赴任。清廷对黑旗军十分猜忌，经过多年裁减，黑旗军只剩下三四百名老兵，其余遣散回乡里。1894年，甲午战争爆发，刘永福奉清政府命令重新编组黑旗军，前往台湾协防。台湾巡抚唐景崧令其进驻台南。翌年清朝战败，将台湾割让给日本。刘永福与台湾士绅丘逢甲在台湾策动独立，成立台湾民主国，拥立唐景崧为总统。在不久之后的乙未战争中，日军联合部份倾日的台湾人先遣分队，将黑旗军击溃。随后唐景崧弃职而走，刘永福带领残军，在台南自立为大总统。战事失利后，化装乘英国籍轮船「塞里斯号」逃到厦门。失去了主帅的黑旗军，在与日