二年（886年）乃自署为西川监军使，带领拱宸奉銮军奔成都，依附其兄西川节度使陈敬瑄，在四川建立势力范围。僖宗下诏削田令孜官爵，流放端州，但因田令孜在陈敬瑄庇护下，诏书无用。大顺二年（891年），令孜义子壁州刺史王建攻入成都，陈敬瑄与田令孜开门出降，被囚于雅州，二年后王建以田令孜图谋作乱为名将其绞死。临刑时，对行刑者说：“我曾经官至左右神策十军兼十二卫观军容使，要杀我，也不得无礼！”于是教行刑者缢人之法。至死神色不变。陈敬瑄亦被处决。干宁年间，有诏追复官爵。