1999年，全国首家一流水平、一流设施的青岛市疾病控制中心投入使用，使青岛市对预防控制、治疗各类流行传染病、地方病、职业病以及卫生检疫有了强力的保障。2003年，青岛市继消灭天花后，消灭了丝虫病；同时青岛在全国第一个实现以市为单位结核病防治微机化管理，艾滋病实验室软硬件建设也处于全国前列。进入21世纪，青岛市开展公共卫生“两个体系”（疾病预防控制体系、医疗救治体系）建设，建立了市、区（市）两级指挥协调体系和突发公共卫生事件应急处理中心；建立公共卫生突发事件应急反应电子信息网络，提高了传染病疫情的监测和预警、