结构。另一个较常用的方法是红外光谱，它可以侦测因氢键所造成胺基的震盪。而光谱中，测定二级结构最准确的方法是利用核磁共振光谱所纪录的化学位移，由于仪器和样品制备上的原因，这一方法较为少用。
类型.
蛋白质.蛋白质的二级结构包含局部残基之间由氢键所调节的相互作用。最普遍的二级结构就是α螺旋及β折叠。经计算后发现其他螺旋，例如3螺旋及π螺旋，在能量上有着有利的氢键模式，但这些螺旋却是在自然的蛋白质中是很稀有的，要α螺旋在中央进行不利的骨架包装后，才可在末端中发现。紧