加入中国共产党。历任共青团江苏省苏州市委副书记、书记、江苏省委副书记、书记，中共无锡市委副书记，淮安市委副书记、代市长、市长，江苏省人民政府秘书长等职。2008年起担任全国人大代表。2011年10月，48岁的樊金龙当选中共江苏省委常委，11月起接替李云峰，兼任省委秘书长。2018年1月31日，樊金龙当选江苏省人民政府常务副省长。2019年11月15日因江苏响水天嘉宜化工厂爆炸事故遭到党内警告处分。