周伯通虽然与瑛姑在华山上重逢，但是仍然逃脱，同时也替下部小说《神鵰侠侣》预留了伏笔。周伯通再次于《神鵰侠侣》第十六回「杀父深仇」登场，淘气的周伯通在忽必烈的营帐戏弄蒙古军营的众位武林高手，其后因为在绝情谷捣乱不慎被人用渔网掳去，使杨过追逐至绝情谷，与小龙女团圆；逃脱后，周伯通继续游戏江湖，并遇上小龙女，在她身上学会了指挥玉蜂的技艺。周伯通虽然天性胡闹，但反而收了稳重的耶律齐为徒，令他感到很讽刺，于是吩咐耶律齐不得向人透露师父的身份，反而令聪明绝顶的黄蓉猜到了耶律齐的师父就是周伯通。故事后期，在杨过