第二代藩主光圀，因为深受中国朱子学当中「尊王贱霸」、「正名分」等思想的影响，所以认为自己身为朝臣的责任要高于保护德川宗家的利益，他的此种观念无形中影响了水户藩所属下级武士的思想。因而在幕末时水户藩的许多下级武士成为尊皇攘夷派的成员而与幕府对立。幕府大老井伊直弼即是于樱田门外之变中，死于水户藩脱藩武士之手。幕末时，水户藩藩主德川齐昭，在日本应付外国列强的外交政策选择上，持顽固的「攘夷」立场而与幕府的「开国」政策对立；在将军继嗣问题上，则是与幕阁、南纪派对立的一桥派领袖之一；水户藩并且曾经不经过幕府允许而私