840年左右，回鹘西迁，成为天山以南的主体民族，疏勒也归附于其建立的黑汗王朝，并改用突厥语名称喀什。893年成为回鹘都城。915年，其汗萨图克·布格拉汗皈依伊斯兰教，喀什地区逐渐伊斯兰化。960年，伊斯兰教成为喀喇汗王朝国教。之后，喀喇汗与信仰佛教的于阗进行了长期的宗教战争，一度惨败。但是在圣战的号召下，终于在1006年，喀喇汗国依靠来自于伊斯兰地区的支援军队征服了于阗。1017年，契丹辽朝军队西征，引起喀喇汗国内乱，1041年，分裂成东西两部，喀什成为东喀喇汗国首都。1134年，东喀喇汗国被西辽征