他的幼名是与市、六右卫门常经，洗礼名是Don Felipe Francisco （日语片假名为），是山口常成的儿子、支仓常成的养子。在出使之前，支仓常长曾参与1597年侵略朝鲜的庆长之役，担任铁砲及足轻组头（火绳枪及步兵组长）6个月，是1591年镇压葛西大崎一揆（暴动）的将领之一。
西班牙与日本在16世纪、17世纪的交流.西班牙与日本的交流于16世纪开始。由于当时的西班牙人安德烈斯·德乌尔内塔（）发现了由菲律宾航行至墨西哥（当时的新西班牙）的方法，因此后来不断有西班牙商船经由菲律宾