位置接近的活性残基来获得催化活性。这个活性中心系统是如此的精密和完美，以致活性中心及其相邻氨基酸序列在同一家族的各酶中具有最高的相似性，亦即在进化中几乎保持不变，这种性质称为保守性。在催化三联体中，最常见的亲核基团是丝氨酸的醇羟基和半胱氨酸的硫醇巯基。与氧原子相比，硫原子电子层数多了一层。这使得硫原子的原子半径更大（大约大了0.4 Å），且更易变形。就软硬酸碱理论的角度而言，硫负离子比氧负离子是更“软”的碱。虽然硫的电负性比氧小，但硫原子还拥有空的3d轨道可充填电子。因而硫负离子是比氧负离子更弱的碱。（例如