（1568年），严清以右佥都御史巡抚贵州。未上任，改为四川巡抚。他在四川任内担任巡抚多年，下属畏惧他的威严、相互劝诫并加以自律，所以一时之间四川官员少有贪赃违法的案件。他废除了团操成都的安排，并接受番人入贡。当时陕西民变流窜作案到四川境内，当时巡按御史王廷瞻弹劾严清纵容流寇。当时大学士赵贞吉进言劝阻，隆庆帝不听，命解除严清官职，严清遂辞职不出仕。万历二年（1574年），明神宗起用严清为山西巡抚。不久，万历三年，改为贵州巡抚，历任南京、北京大理寺卿。万历五年，任刑部右侍郎，同年改吏部右侍郎、吏部左侍郎，万