国保安部部长与波希米亚和摩拉维亚保护国副总督两职的海德里希在一次出访时被英国派来的捷克暗杀部队暗杀，希姆莱就暂时担任帝国保安部表面上的部长，实际职务由布鲁诺·史崔克贝齐（Bruno Streckenbach）负责。之后才把此职务正式交给党卫队上将恩斯特·卡尔滕布伦纳。1943年8月24日希姆莱取代威廉·弗利克成为纳粹德国的内政部长，而弗利克则成为波希米亚和摩拉维亚保护国总督。
犹太人大屠杀.从开战前到战争初期，希姆莱仅命令党卫队将犹太人驱逐出境，但到了1938年，调职到奥地利「犹太