的早逝、长女千姬与三女胜姬婚姻不幸以及次子忠长的仕途不顺遂，使得小督晚年充满苦恼。1626年11月3日（宽永三年九月十五日），正当秀忠与家光两将军前往京都谒见天皇时，小督于江户城西之丸去世，享年五十三岁。小督死后得到非皇族女性所能得到的最高封位，获赠为从一位，法名「崇源院殿一品大布阵昌誉和兴仁清大禅定尼」，墓在增上寺。