。今日对于兽脚亚目种系发生学的了解比先前更为深入。
单系群.恐龙最初被认为是个单系群，具有共同的祖先。但哈利·丝利（Harry Seeley）不同意这个说法，于是根据骨盆的形态将恐龙分为两个目，蜥臀目（Saurischia）与鸟臀目（Ornithischia），共同属于主龙下纲（Archosauria，现改为主龙类），两个目的成员之间没有特别的关系。因此，恐龙不再被视为一个天然演化支，在科学中没有意义，只有大众媒体继续採用恐龙这名词。这个状况持续到20世纪的中后期。在1974年