靖难之役、夺得皇位后，于1403年升为北京顺天府，称为「行在」，同时完善京杭大运河，以保证其物资供应。1421年正月，朱棣迁都北京，以顺天府北京为“京师”，而原本的京师“应天府”改为“南京”。1626年5月30日，北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厰大爆炸，死伤2万多人，原因不明，朝野震惊，中外骇然，明熹宗下了一道罪己诏，表示要痛加省醒，告诫大小臣工“务要竭虑洗心办事，痛加反省”，并下旨发府库万两黄金赈灾。1643年，北京内爆发明末大鼠疫重大疫情、造成20多万人死亡，被认为是明朝灭亡的重要因素之一