皇帝也在皇宫接见了他。玻尔兹曼晚年精神状况欠佳，情绪经常起伏不定，与躁郁症症状类似。他自嘲式地将他变化不定的情绪归咎于他在忏悔星期二和圣灰星期三间出生的缘故。迈特纳指出与玻尔兹曼亲近的人都能看出他有严重的抑郁和自杀倾向。1906年9月5日，在的里雅斯特附近的度假时，玻尔兹曼在情绪失控中自缢身亡。他被葬于维也纳中央公墓，墓碑上镌刻着波兹曼熵公式：其中formula_2表示自然对数。
哲学观点.玻尔兹曼的分子运动论是在预设原子和分子确实存在前提下建立的。但当时几乎所有的德国哲