，麦迪逊依然是出众的民主共和党领袖，反对亚当斯政府。1798年，美国和法国爆发非正式冲突，在加勒比海上海军和商船打成一团。联邦党人建立常备军，通过《客籍法和镇压叛乱法》，针对参与美国政治的法国难民和共和党编辑。作为回应，麦迪逊和杰佛逊秘密撰写《肯塔基及弗吉尼亚决议案》，认为对方法案违宪，称：“州在争辩恶法时，应‘反对邪恶蔓延。’”因唿吁州政府否决联邦法律，决议不受欢迎，连党内自己都看不过去。杰佛逊进一步称如果各州愿意，可以退出联邦，但麦迪逊劝说他收回极端言论。 杰佛逊于1800年再度竞选总统，麦迪逊再次任大