。菲律宾政府因无法就对北婆罗洲的要求达成令人满意的解决方案而关闭大使馆，并召回了所有马来西亚的外交官，以迫使马来西亚政府解决争端，两国之间的外交和领事关系直到1964年5月才恢复。1968年11月，在菲律宾国会议员小贝尼格诺·阿基诺揭露事件后，声称费迪南德·马科斯正在训练一支部队准备进攻马来西亚并夺回沙巴领土，导致马来西亚中断了与菲律宾的所有外交关系。菲律宾总统费迪南德·马科斯也下令大使馆再次关闭。
结构.菲律宾驻吉隆坡大使馆是一栋两层的住宅结构，建于1962年，1987年被菲律宾