和查士丁尼一世分别主持召开大公会议。罗马主教马丁曾企图主持第二次大公会议，但他旋即被君士坦丁二世下令押解至首都监禁，而后遭到流放 。其次东罗马皇帝拥有控制五大教区，即罗马、君士坦丁堡、耶路撒冷、亚历山大城和安条克教区的教会高层的任命权，君士坦丁一世、狄奥多西二世及查士丁尼一世分别罢免教区内的大教长及主教职位，教宗维吉吕更被软禁于君士坦丁堡达7年之久。但教会一直力图希望摆脱皇权的控制，君士坦丁一世时，主教有权审理世俗法庭审理过的任何案件，而主教的判决被认为是终审判决，狄奥多西一世时，教会进一步获得了税收和司法