南各岛划归中国，但未达成协议，1895年甲午战争后，清政府在事实上承认旧琉球王国为日本领土，先岛群岛也确定成为日本的领土。由于日本政府对先岛群岛的的近代化较本土慢，人头税等旧有的制度依旧存在，直到20世纪初才废除。在二次大战后，先岛群岛并没有受到太平洋战争的破坏，但因日本政府在沖绳县的政府组织于美军佔领后失去机能，使得先岛群岛成为无政府状态，岛上居民曾在八重山群岛组织八重山自治会进行实质上的自治，自治会会长为实质上的地区领导人。直到美军进驻先岛群岛恢复政府运作后，自治会才自行解散。根据1952年实施