东京大学医学院之间的问题。尔后，应时任中华民国教育部部长阎振兴的邀请，林清凉于1970年8月返台任教，并计划与许云基和黄振麟二位教授一同培养科技人才。在这段期间，林清凉曾在东京大学、马萨诸塞大学阿默斯特分校以及史丹福大学担任研究员及访问学者，并主要进行原子核结构、核反应与介子交换流功能等相关研究。
担任教职后.1970年，林清凉参与并主持东吴大学物理学系的成立，并于8月1日起担任该系首位系主任，同时也是当时该系仅有的二位教师之一，直到隔年8月方由何侗民接手系主任一职。1972年7月