氟胸苷滴眼液常见的副作用包括瞬间的烧灼感，刺痛，局部刺激和眼睑的水肿。对于抗癌制剂三氟胸苷∕替吡嘧啶的副作用，现时只有对组合药整体的数据，尚无对该药物组合当中个别的组成部分进行评估。
交互作用.现时针对三氟胸苷交互作用的研究都是体外实验。在这些研究中，三氟胸苷透过了（CNT1）和1和2（ENT1, ENT2）进入细胞。影响这些运输蛋白的药物都有可能影响三氟胸苷的血浆浓度。作为一种胸腺嘧啶磷酸化酶抑制剂，三氟胸苷还可能与齐多夫定等该酶的受质起交互作用。三氟胸苷滴眼液的全身性吸收微不足