本花纹鸭与南美洲的和纽西兰的一起被归入湍鸭族（Merganettini），它们被认为与秋沙鸭和较为接近，1940年代恩斯特·瓦尔特·迈尔根据解剖特征将花纹鸭归入属于钻水鸭的鸭属中，不过后续又有研究将花纹鸭移回独立的花纹鸭属中。花纹鸭在演化上自成一个孤立的支序，尚不知哪些物种与其关系较近。
生态.现时花纹鸭只分布在新几内亚北部的山区，而不在低地出现。这种鸭可以潜水觅食，也可以像钻水鸭在水面附近寻找食物，其食物包括植物、昆虫，可能还有小型的鱼类。花纹鸭的繁殖季从五月开始，持续到十月