怀上穆济波的骨肉而被迫与他结婚，二人育有二女，但不久后秦德君离家出走。1926年在西北大学任教授。1930年穆济波得知秦德君人在上海，并与茅盾分手，曾来上海寻妻未果。1945年在重庆南温泉创办私立草堂国学专科学校。娶台湾经济部长李国鼎之姐李国桢为妻，好友吴宓称其晚年与妻“举案齐眉”，家庭幸福。