大双筒望远镜所选择的台址引发了巨大的争议。附近圣卡洛斯阿帕契印地安人保留区的部落宣称格拉汉姆山是他们的圣地；环保人士宣称天文台的建设会让北美红松鼠的亚种，属于濒危物种的格拉汉姆山红松鼠的处境会更加危险。环保人士和部落居民提起了40次诉讼，其中8次在联邦上诉法院结束。该计画在美国国会通过相关法案后在法律上占了上风而得以进行。大双筒望远镜和它所属的天文台在8年内遭遇两次重大火灾，最近一次发生于2004年夏季。而当地的松鼠持续生存，专家则认为松鼠数量波动和坚果产量有关，与天文台造成的环境变化无关。Sec