936年陈济棠以抗日名义再次反蒋，但手下的空军、陆军宣佈效忠中央，海军亦投奔陈策。
抗战中防衞广东.1937年抗日战争爆发后，陈策兼任虎门要塞司令，负责广东沿海防衞，主力防守虎门，数次击退日海军攻击。1938年与当时居往香港的李福林合演反间计，诱使日军登陆虎门，在海上击毙日军数百人，但陈策在此役左脚受伤，而且伤口长期未能癒合，后来他被诊断出患有糖尿病，于是前往香港就医，并接受截肢手术，将腐败的左脚切除，再装上义肢，因此被称为「独脚将军」。
出任国民政府驻港代