e II topoisomerase）：该类型与DNA复制有关。可将一条DNA双股螺旋上的两股DNA皆切断，产生缺口，使另一条双股螺旋能够穿过此缺口，之后再将通道重新黏合。属于这类型的有拓扑异构酶IIα与拓扑异构酶IIβ等。两种类型皆可改变DNA的环绕数。<br><br>
临床意义.许多药物经由干扰拓扑异构酶以产生疗效。例如广效氟化奎林酮类（fluoroquinolone）抗生素能够破坏细菌第二型拓扑异构酶的机能。另外还有一些化学治疗药物能干扰癌细胞的拓扑异构酶