前三年突破设计容量，为缓解2号航站楼的压力，首都机场于2003年开始改造1号航站楼，2004年6月主体完工。2004年9月20日，整修一新的一号航站楼重新投入使用，专门承载中国南方航空航班。2005年1月29日，自1949年两岸分治56年后中国大陆和台湾之间首次不中停香港的台商包机在机场降落，为两岸直接通航铺路，春节包机直航开始后，搭乘人数不断增加，逐渐改为现行两岸城市间的定期航班。2003年8月，首都机场在原东跑道（36R/18L）以东1525米处兴建第三跑道以及在新跑道与原东跑道之间修建新航站楼