击事件发生时，林肯号正待在港口里。在2002年7月20日林肯号前往支援持久自由军事行动，并再一次支援了南方守望任务，之后林肯号前往拜访了澳大利亚的珀斯。在那里林肯号接获命令前往波斯湾参加美伊战争。在美伊战争中，林肯号的机队和其战斗群一同参与了最初对伊拉克的轰炸行动和空袭。在这次行动里，林肯号的机队进行了约16500次的飞行，并投射了160万磅的弹药。林肯号于2003年5月返回圣地牙哥，并获得总统乔治·W·布希的参访。林肯号在2004年10月15日再次出海。当2004年印度洋大地震发生时，林肯号正停留在