该寺多次重修，其中明朝崇祯元年（1628年）、清朝康熙四十一年（1702年）的重修规模较大。雍正七年（1729年），赐该寺御碑，并建碑亭一座。干隆三十二年（1767年）因附近地区失火殃及该寺，故再次重修该寺。光绪二十五年（1899年）又重修。寺内现存清朝康熙二年（1663年）裕亲王所书“清真”木匾，干隆五十二年（1787年）“真一无二”牌匾，分别悬于大殿敞厅两侧墙壁。寺内还有雍正七年（1729年）御赐碑，干隆三十五年（1770年）《重修礼拜寺碑记》。辛亥革命后，宋教仁、蔡元培等人常在此议事，支持孙中