奴易兹到日本监禁，1632年才又恢复贸易，但日本在不久之后进入日本锁国时代。除此之外，因为荷日两方政府对于其所有领地都有司法权执行的权力，为此两方也发生过冲突。荷兰东印度公司佔领台湾的期间由1624年至1662年被明郑延平王郑成功打败为止，称之台湾荷兰统治时期。当年的建筑如热兰遮城、普罗民遮城等仍留至今，唯多已倾圯。《荷兰联合东印度公司的起源与发展》一书中，内容为Cornelis de Houtman于1595年第一次东印度航海至1630年代荷兰人的航海纪录、报告。书中有关台湾的部分有韦麻郎（Wij