反对者称目前对转基因食物进行的安全性研究都是短期的，无法有效评估人类几十年进食转基因食物的风险。另外的反对者则担心转基因生物不是自然界原有的品种，对于地球生态系统来说是外来生物。转基因生物的种植会导致这种外来品种的基因传播到传统生物中，并导致传统生物的基因污染。许多环境保护组织，包括绿色和平、世界自然基金会和地球之友等国际机构都持有该种观点。在台湾，则有主妇联盟环境保护基金会、主妇联盟生活消费合作社、台大种子研究室及绿色阵线协会等组成之「台湾无基改推动联盟」，监督政府制定政策及进行消费者教育等工作。S