贸易的盛行，以及对马岛与朝鲜之间的贸易开放，前期倭寇也逐渐式微。前期的日本人为主体倭寇，被称为「真倭」；戚继光《纪效新书》倭寇的盔甲、武器、剑术战法描述的非常清楚。
后期倭寇.后期倭寇基本上是中日混编队，因明朝太祖皇帝朱元璋的海禁政策，从而沿海地区之民衆不得从事海上经商，故而大部分的晚期倭寇都是些走私行商不成，最后被朝廷逼成倭寇的南方汉族商人。故此，明晚后期的倭寇亦可分成两方面：
高丽贱民参与说.东京大学教授田中健夫提出一种说法，1370年到1390年