职期间，石双琪患重病，不停吐血，但仍然坚持工作，最终中共保定地委做出决定，命其住院治疗。在易县任职期间，1963年当地发生了特大洪灾，他率30多位干部赴重灾区救灾，冒险强渡北、中、南三条易水河，最终赶到刘家台水库组织救灾。1965年，石双琪调任中共贵州省毕节地委副书记。文化大革命中，石双琪受到迫害。1977年，石双琪调任中共贵阳市委书记兼贵阳市革命委员会副主任。1980年，石双琪调任中共保定市委第二书记。1982年7月，出任保定市人民政府市长。1986年7月21日，石双琪在保定逝世。