与红藻关系接近。1998年，英国生物学家汤玛斯·卡弗利尔-史密斯将本纲类群与虫霉菌目、、、等归入古真菌门（Archemycota）的一个纲Zoomycetes中。后来才由分子证据确定虫囊菌纲属于子囊菌门。
寄生.虫囊菌纲的物种多寄生于节肢动物，其菌丝体大多已退化至相当程度。除了的类群之外，本纲的物种几乎都是节肢动物的绝对寄生菌。昆虫纲中有十个目（蜚蠊目、鞘翅目、革翅目、双翅目、半翅目、膜翅目、等翅目、食毛目、直翅目与缨翅目）的物种会被本纲真菌寄生，而其他节肢动物中，马陆（倍足纲）与