有宋迄今历六百余年”一段推断，学宫应建于宋代。元至元十四年（1277年），崇明升为州，学校升为州学。延祐初年，议建文庙，有当地人捐椒园地。泰定四年（1327年），千户杨世兴捐建大成殿五间，学宫同时作为最高学府与祭祀孔子的场所。但此后不久，建筑就毁于潮水。至正年间迁建。明洪武二年（1369年），学宫降为县学。宣德年间，给事中彭璟请恢复学宫旧制。正统二年（1437年），典史刘清开凿泮池，架桥其上。正统五年（1440年），知县张潮建明伦堂。正统十一年（1446年），有木材顺海水漂至，知县王锐借此增修殿堂、门庑