至1959年，帕巴拉·格列朗杰任西藏自治区筹备委员会委员、宗教事务委员会副主任。1959年3月，拉萨发生大规模骚乱，帕巴拉·格列朗杰的哥哥、西藏噶厦堪穷、西藏自治区筹备委员会官员索朗降措在拉萨街头被骚乱群众打死。同年3月28日，中华人民共和国国务院总理周恩来发布命令，责成中国人民解放军西藏军区彻底平息“武装叛乱”，并且决定解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政府职权，由十世班禅代理西藏自治区筹备委员会主任委员，并任命帕巴拉·格列朗杰、阿沛·阿旺晋美为副主任委员。此后，帕巴拉·格列朗杰一直担任