，江西巡抚解学龙以“忠孝”为由，向朝廷举荐黄道周，认为他“可任辅导”。崇祯大怒，下令将二人入狱，以“伪学欺世”之罪重治，户部主事叶廷秀、监生涂仲吉等力救，也被逮入狱，后周延儒曰：“张溥、黄道周，皆有些偏，只是会读书，所以人人惜他。”帝沉默不语。改廷杖八十，充军广西。崇祯十四年（1641年），杨嗣昌病死。崇祯想起黄道周的“清操力学，尚策励”，赦其罪，并复官。道周告病回家，专心着书。明亡后，任南明礼部尚书，“严冷方刚，不偕流俗”，杨廷麟曾力荐他充讲官兼直经筵。弘光帝亡后，至福建福州。隆武帝封武英殿大