凯法利尼亚曾受罗马帝国、拜占庭帝国和那不勒斯王国统治。西元1479年始，岛屿归鄂图曼帝国管辖直至1500年，一支由西班牙、威尼斯人组成的军队佔领了岛屿。从此凯法利尼亚就成为了威尼斯共和国的海外领地。1797年坎波福尔米奥条约后，法国从威尼斯手中获得了伊奥尼亚群岛的统治权。自16世纪至18世纪，凯法利尼亚与扎金索斯岛一起成为了世界上最大的葡萄干出口地，并拥有一支大型的运输船队。西元1799年起，凯法利尼亚成为受俄军保护的塞普丁修拉共和国的一部分，宗主国为鄂图曼帝国，直至1807年法国重新佔领为止。然而到了