澳门东亚运基建小组以判给金额与最终结算金额结算下，整个工程项目只超支10.5%；行政长官何厚铧于11月17日出席在澳门立法会进行的行政长官答问大会时表示澳门东亚运动会体育馆的相关工程因专案需要并按正常合法开标程序进行。当中喻为「澳门开埠最大贪污案」的欧文龙贪污案，东亚运动会体育馆也是涉及工程项目之一，其涉及贪污款项约5,000万澳门元。
建筑质素问题.《澳门日报》于2007年5月7日头版报道中指出澳门东亚运动会体育馆东南面的道路、停车场及体育场馆配套设施一带的地基出现达0.4米的沉降