把固态的基质取出后洗脱，目标分子即刻被洗脱下来。如果分离的目的是去除溶液中某种分子，那么只要分子能与介质结合即可，可以不必进行洗脱。
特殊用途.亲和色谱的用途很广泛，可以用来从细胞提取物中分离纯化核酸、蛋白质，还可以从血浆中分离抗体。分离重组蛋白就经常使用亲和色谱。通过基因修饰为蛋白加上一些人为的特性，这些特性使蛋白选择性地与配体结合，从而达到分离的目的。亲和色谱的另一大用途是从血浆中分离抗体。