为主力部队离开山西省参加了日本华北方面军策划的冀中大扫荡作战。作战结束后，第41师团在河北省德县（现属山东省陵县）设 置了师团的司令部。
太平洋战线.1942年（昭和17年）11月，师团从华北转战新几内亚，编入第8方面军隷下的第18军。先遣队步兵第239联队以及师团主力分别于1943年（昭和18年）2月下旬和同年5月进攻新几内亚东部的韦瓦克。然而，此时第51师团已经在莱城、萨拉毛亚战役战败，后来在芬夏范战役中第20师团遭到重创，此时的第18军已经处在已被摧毁的状态。。1944年