帝大明七年（463年），改隶南徐州。次年复归扬州。南梁太清三年（549年），侯景叛乱，攻占吴县，改吴郡为吴州。大宝元年（550年）二月，复改吴州为吴郡。陈后主祯明元年（587年），析扬州地置吴州，治吴县，吴郡隶属吴州。
隋唐.隋文帝开皇九年（589年），灭陈，废吴郡，改吴州为苏州。隋炀帝大业三年（607年），改苏州为吴郡。吴郡领五县：吴、崑山、常熟、乌程、长城。唐高祖武德四年（621年），平李子通，改吴郡为苏州。唐玄宗天宝元年（742年），改苏州为吴郡。吴郡领六县：吴、嘉兴、崑