依发现地而称为“弥生式土器”，这即是后来演变而成的弥生时代称谓的由来。1896年（明治29年）在六义园至本乡通的东侧（现在的本驹込五丁目）又出土了弥生后期的遗迹。至今为止，在文京区和丰岛区的接壤地区已经确认了大片的历史遗迹出土。进入战国时代后，属于上杉氏管辖的地区，并受到太田氏、丰岛氏等豪族的影响，而后又成为后北条氏势力范围。1590年（天正18年）丰臣秀吉打败后北条氏之后，将德川家康的领地迁往江户，文京区的地界因而设立诸多武家住宅及寺庙、神社，埋葬德川家康生母的传通院 ，以及由德川纲吉之母桂昌院创建的