形态发生（，字面意思是"形状的开始"）是一个生物体发展形态的生物过程。它和细胞生长之调控、细胞分化被视为发育生物学的三个基本主题之一。这个过程控制了细胞在胚胎发育过程中的空间分布。形态发生也可以发生在一个成熟的生物体，在细胞培养或肿瘤细胞群中。形态发生也描述了单细胞生命的发展形式，这些生命形式在它们的生命周期中没有胚胎阶段，也可以描述一个分类群体内一个身体结构的演化过程。形态发生反应可能是由荷尔蒙、环境化学物质引起的，例如其他生物体产生的物质，作为污染物释放的有毒化学物质或放射性核素，以及其他植物，