自然生态环境得以维护发展。截至2019年，境内维管植物超过3,300个物种或变种，当中2,100个为本土植物，油杉、红皮糙果茶（又称克氏茶，"）及大苞山茶（又称葛量洪茶）等稀有植物已经由渔护署成功繁殖。陆栖哺乳动物则有55种，当中以赤麂、猕猴、赤腹松鼠、臭鼩以及各种蝙蝠最为常见。鸟类方面，香港有超过550种雀鸟，本地繁殖的鸟类约有120种。由于香港位处亚洲候鸟迁飞路线上的中途站，因此湿地、草原等成为多种野生鸟类的栖息地。濒危品种黑脸琵鹭亦会在香港过境。位于新界西北部的米埔沼泽区最多候鸟栖息，所属的后海湾湿