另外两个较小的门，有爪动物门及缓步动物门，为节肢动物的近亲并具有类似的特征。蜕皮动物也包括线虫动物门，可能为第二大的动物门。线虫多半仅可于显微镜下可见，栖息于几乎所有含水的生态系，部分物种为常见的寄生虫。线虫动物门的近亲包括线形虫动物门、动吻动物门、鳃曳动物门及铠甲动物门。线虫与这些近亲物种的体腔不具有体腔膜，又称为假体腔。
螺旋动物.螺旋动物是原口动物下的一个大类，在胚胎早期阶段以“螺旋式”卵裂进行发育。关于螺旋动物的系统发育仍存在一定争议，但目前认为它包含了一个大演化支——冠轮