凯被任命为署理山东巡抚。但而后义和团团民进入北京，并在慈禧太后同意之下开始杀害外国人，造成了庚子拳乱，1900年，八国联军之役爆发，山东省在袁世凯治下得以维持稳定，并且加入东南互保。
清末新政.1901年李鸿章去世，袁世凯接任直隶总督、北洋大臣，成为疆臣之首、北洋之主，同年他顺利从八国联军手中接收天津。任直隶总督期间，袁世凯大力襄赞新政，包括废除科举、兴办学校、督办新军、发展实业、奖设工商等。1901年上奏呈请建立山东大学堂（今山东大学前身），后来参与到北洋大学（今天津大学前身）、