黄奇帆转任重庆市副市长；次年5月，又当选第二届中共重庆市委常委。自2002年10月起，他一直担任中共重庆市委常委，市政府副市长、党组副书记的职务，主要分管工业、教育、财税、金融等方面的工作。2004年中国股市频创新低，外界有传言，黄奇帆有可能会代替尚福林出任中国证监会主席的职务。重庆市政府的官员还曾出来辟谣。随着时间的推移，这种传言也就不攻自破了。然而，在进入2008年后，中国股市再次大幅下挫，民间对于尚福林即将下台的消息又开始流传，而黄奇帆则一直被视为是最佳继任者。2009年11月30日，中共中央