于是邹应龙被改任兵部侍郎兼右佥都御史，巡抚云南。邹应龙到任后就揭发沐朝弼的罪恶，沐朝弼最终被逮捕治罪。万历帝初立（1573年），云南大姚的铁索箐部落发生暴乱，邹应龙领兵平定。之后又合土汉兵进讨，斩获各千余人。邹应龙被提拔为太常寺卿，省牲北郊，东厂太监冯保传唿至，导者引入，正面爇香，俨若天子。邹应龙大惊，随即弹劾冯保僭越放肆，冯保深恨之。就利用京察的机会，让邹应龙辞职。此时临安土官普崇明、普崇新兄弟构争。普崇明引借广南侬兵作为援助，普崇新则召交州兵。之后交州兵退去，而侬兵还留在当地，邹应龙命令部将杨守廉前