艰后回朝，重新启用，万历三十六年（1608年），补任惠州府知府，随擢广东巡按副使，监管惠州、潮州。万历三十八年，入京贺万岁，上疏乞求退休，批准。天启元年，再次启用为南京光禄寺少卿，不久改任太仆寺少卿，徐时进皆不就职。明熹宗特加大理寺卿。顺治二年（1645年）卒于家，年八十四。监军徐风垣是他的后人。
着作.徐时进着有《欧罗巴国记》，是已知最早记述欧洲的中文书籍。另有《啜墨亭集》、《鸠兹集》、《逸我堂余稿》等。