992年6月6日，国旗再作出修改，即新月开口对准上方，四星排列随之改为横线排列。1996年10月5日，科摩罗国旗再一次修改，长宽比例改为7比5，新月开口对准右方，四星排列随之改为竖线排列。并在国旗左下角和右上角分别写有白色的“穆罕默德”和“真主”阿拉伯文字。2001年12月23日，科摩罗通过全民公投，改国名为“科摩罗联盟”。为确定现在使用的五色国旗，一直延续至今。