。迁江西按察使。有进士因纳妾而杀妻，抚按欲缓其刑责，马森坚决将其治法。历江西左布政使，擢右副都御史，巡抚江西。升刑部右侍郎，改户部。马森在江西时，曾推荐布政使宋淳。后来宋淳巡抚南、赣，因贪赃被查，马森受牵连，左迁大理寺卿。任内多次查清疑狱，与刑部尚书郑晓、都御史周延并称「三平」。因病归里，又起为南京工部右侍郎，改户部右侍郎，督仓场，不久转左侍郎。嘉靖四十四年（1565年），以右都御史总督漕运，兼巡抚凤阳，次年，迁南京户部尚书。隆庆元年（1567年），升户部尚书，厉行节俭。隆庆三年，以母老乞归养。万历