调整给南开大学新技术实业集团公司，成为天津市第一家划拨给高校的工业企业。1991年，叶嘉莹应邀在南开大学成立中华古典文化研究所并任所长。1994年，外经贸部直属的天津对外贸易学院并入南开大学，参与组建南开大学商学院。1995年，南开大学入选中国首批“211工程”院校。同年，侯自新接替母国光出任南开大学校长。1997年7月，在南开园被日军炸毁60周年之际，南开大学重新铸造校钟悬挂于大中路旁。1998年5月，南开大学与天津经济技术开发区签定协议，由天津经济技术开发区投资3.2亿元人民币在开发区建设南开大学泰达学