力肃清中国共产党。1946年（民国三十五年）3月，任江西省政府主席。1947年（民国三十六年）7月19日，国民政府派王陵基为江西选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1948年（民国三十七年）4月，回到四川省任四川省政府主席。1949年（民国三十八年）夏，为中国人民解放军迎撃，王陵基出任四川反共救国军总司令，年末败退至雅安。1949年12月11日，四川省邓钖侯、刘文辉、潘文华联合投向中国共产党。其最后的直属部队举行起义投向中国共产党方面，是为彭县起义。王陵基乃化装