路公司在2005年9月推出「九铁快线－迪士尼乐园」服务，是来往罗湖站或落马洲站与迪士尼乐园之过境旅客铁路巴士联运服务，乘客于东铁罗湖站或落马洲站登车，然后在上水站转乘豪华巴士前往迪士尼乐园，全程约需1小时。有关路线已于2007年11月起停办，其原因由于大榄隧道直达较转乘快数倍。
月台及车站翻新工程.两铁合併后，港铁为东铁线各车站月台进行较低成本的翻新工程，以遮掩东铁线车站月台残旧的观感。工程包括重新为各东铁线车站配主题色，并加入车站代表植物，为月台横樑及柱子翻上月台配色的油漆，贴上