联科学院发动了对控制论以及共振论的批判，并将其宣布为“伪科学”。何祚庥曾使用马克思主义反对现代量子理论。1994年12月，中共中央、国务院颁发了《中共中央、国务院关于加强科学技术普及工作的若干意见》的决议。在这个时期，何祚庥开始反伪科学，比如何祚庥和司马南否定了水变油一说。
反对气功和法轮功.博讯曾报导，1997年时何作庥通过罗干，给江泽民致信提出要在全国禁止「法轮功」，但江泽民回复表示“政治家有政治家的难处，事情没有发展到某种程度，是不能下结论的，否则就可能有坏的效果”。西方学