事部军政署署长。此后，他获国民政府授予中将衔。1940年（民国29年）3月，汪精卫组织南京国民政府，杨毓珣被任命为中央政治会议议员。1945年（民国34年）2月，他被任命为山东省省长。4月，他兼任驻济南绥靖主任公署主任。日本二战投降后，他以汉奸罪被国民政府逮捕。1947年（民国36年），他在狱中逝世。享年53岁。