，清廷决定以满汉分榜的形式开科取士，麻勒吉考取会试第一、殿试一甲第一，被授予修撰。清世祖对其非常器重，于次年将其擢升为弘文院侍讲学士。顺治十一年（1654年），升为学士，担任经筵讲官，教习庶吉士、清太祖、太宗圣训编纂副总裁。顺治十四年（1657年），南明将领孙可望降清封王，清廷命麻勒吉为使，学士胡兆龙、奇彻伯为副使，授予孙可望敕书印信后共同返京。直隶总督张玄锡在迎接使节一行时，被麻勒吉严词训斥，责其怠慢失仪。张玄锡不堪受辱，自杀未遂，后上疏揭发麻勒吉、奇彻伯严词勒索等情节。于是清世祖追究麻勒吉逼迫大臣、