府城因为是京杭大运河上漕运（南方粮食运往京城）和食盐贸易的控制点，因而名列中国长江以北少数几个最繁荣的城市之中。
清朝.1645年，满族清朝军队攻占扬州和南京，俘虏南明弘光皇帝，随即将南直隶改为江南省，最初设一位江南布政使司（驻江宁府），以及三巡抚(江南巡抚、凤庐巡抚和操江巡抚)。根据康熙年间的《大清会典》，布政使为一省之长。因此江南布政使的到任，可以认为江南省成立。清军在扬州、江阴和嘉定等地遭到激烈的抵抗，发生了扬州十日、嘉定三屠等惨剧。顺治十八年，江南布政使分为左、右两位，分