推派为滇军总司令。同年4月20日周钟岳辞去省长职务，顾品珍在金汉鼎等人的提议下，于4月23日兼任省长。同年12月，顾品珍支持孙中山的北伐，1922年1月，任云南讨贼军总司令。同年2月，唐继尧除了寻求旧部下支持，也向驻广东的滇军寻求援助。顾品珍虽告知孙中山企图拦截，但无兵力的孙中山最终无力阻止驻广滇军回滇。顾品珍迎击唐军。起初，顾军的数量超过唐军，但顾军发生内讧，统率困难。3月20日，顾品珍驻宜良鹅毛寨时，支持唐的云南土匪吴学显率军突袭顾品珍的指挥部。在混乱中，包括警卫营营长、参谋长等核心亲信接连遭到射杀