主张「武力统一」中国，对湖南（护法军政府）和四川（西南军阀）积极用兵，也乘机扩大皖系的势力。而冯国璋则主张「和平统一」。两人对此的分歧越来越大，出现「第二次府院之争」。段祺瑞的出兵在川、湘都遭遇失败，而冯国璋又暗中联合各地军阀对抗段祺瑞，直系的曹锟、李纯、王占元、陈光远四名督军在湖南战事吃紧之时突然通电主和，段祺瑞不得不在10月19日辞去陆军总长职务，由王士珍继任；11月22日更是辞去国务总理，由外交总长汪大燮代理。