后把总会的会址迁到开罗。1938年，穆斯林兄弟会的分会，由最初的15个，扩展为300个。1939年，在穆斯林兄弟会全国第五次会议召开时，哈桑·班纳宣誓了他们将致力于建立以伊斯兰信仰为统治核心的目标，穆斯林兄弟会开始成为世俗性的政治团体。当时的埃及国王法鲁克一世以及控制议会的瓦夫德党都希望拉拢这个新兴势力来牵制对方，穆斯林兄弟会利用这个时机快速壮大。1948年11月，在发生数次爆炸事件及冲突事件后，埃及政府正式宣告穆斯林兄弟会为非法组织，逮捕了其中多名成员。1952年，开罗大火，穆斯林兄弟会的成员，被