浅井长政等警护下进军京都。在途中受到南近江六角家六角义贤六角义治父子的阻碍，但由于六角家不敌织田家的军力而向伊贺撤退（观音寺城之战），在父亲足利义晴所建的桑实寺驻扎，顺利到达京都。三好三人众退出京都。10月18日朝廷封足利义昭为征夷大将军，同时叙从四位下参议兼左近卫权中将的官位。就任将军的义昭下令将对弒杀兄长义辉持纵容态度、怂恿天皇将封足利义荣为将军的近卫前久流放，并让二条晴良复任关白之职。义昭又将自己的偏讳授予管领细川昭元、畠山昭高，以及关白家的二条昭实，试图巩固自己的统治，掌握了兄长义辉所拥有的山城