于交叉链接剂只会结合在自然状态表面的残留物。蛋白质相互作用往往过于微弱或很容易地被检测到瞬间的状态，但是，透过交叉链接，此相互作用可以被稳定，捕获并且分析。一些常用的交叉链接剂的例子为亚氨酸酯交叉链接剂二甲亚胺，N-羟基丁二酰亚胺酯交叉链接剂BS3和甲醛。通过交叉链接剂，每个交叉链接剂透过交叉链接诱导离胺酸的亲核攻击和随后的共价键合。零长度的碳二亚胺交叉链接剂EDC功能透过转换成羧基结合到赖氨酸残基或其他可用的伯胺胺反应的异脲中间体。 SMCC或它的水溶性类似物，磺基-SMCC，通常使用于制备抗体 -