.花屿的地质组成与澎湖群岛其他岛屿相当不同。澎湖群岛的地质大多由基性的玄武岩质的火成岩所构成，但仅有花屿由安山岩质与酸性流纹岩火成岩所构成。大约于9000万年前到5000万年前形成，为澎湖群岛最古老的岛屿。从地质年代上来看，澎湖群岛的地质主要是由更新世火山作用造成，可以从岩层构成年代分为数个地质层，由新至老分别为海滨堆积层、湖西层群、小门屿群以及渔翁岛群。但花屿的石英斑岩硅质岩层却较渔翁岛群更为古老，为古生代至中生代的岩体，地质上与中国福建较为类似。岛屿外形略成三角状，整体来说地势由东北倾向西南，