江府知府恩兴、江南提督李朝斌调兵弹压，赔3万两银修复教堂，并在南汇县城拨地供教会建堂。1966年文化大革命爆发，邱家湾天主堂被迫关闭，并被松江县教师进修学校印刷厂占用。1992年上海教区收回了教堂，次年重新开放。1995年7月10日，被公布为松江县文物保护单位。