高丽高宗25年（西元1238年），受到高丽蒙古战争战事波及被全部烧毁。1969年进行勘查，发现金堂、讲堂、塔址等遗迹的础石。1976年在皇龙寺遗址进行大规模考古调查，发现皇龙寺独特的一塔三金堂式寺院配置，估计寺院遗迹面积达2.9公顷，约为佛国寺的8倍。皇龙寺遗迹出土了4万多件文物，建筑下半部的基坛构造已可确认，但上方建材无法正确考证，因此只修复基坛部分。皇龙寺遗址已被列为韩国指定史蹟第6号。芬皇寺（）紧邻皇龙寺遗址北方，是新罗高僧元晓曾修行过的寺庙。芬皇寺推测建于新罗善德女王3年（西元634年），寺内文