应4年（1868年）担任「春日丸」的小头，参加戊辰战争。在明治新政府中，井上的经历与伊东祐亨非常相似。日清战争中，伊东祐亨战功卓着，两人又几乎同时晋升。新制度制定后，井上良馨任「」号中尉军官，明治5年（1872年）任「春日号」舰长。他赞成西郷隆盛的征韩论。在担任「春日号」舰长期间，镇压佐贺之乱、出兵台湾。明治7年（1874年）10月，井上良馨迁任「」舰长，次年3月被派往朝鲜，威胁李氏朝廷，9月15日，炮击江华岛炮台，并攻占炮台，被称为江华岛事件。此后归国回长崎向川村纯义中将报告。同年10月任「清