间的外交和领事关系被暂停。1964年2月10日至12日，时任菲律宾总统迪奥斯达多·马卡帕加尔和马来西亚首相东姑阿都拉曼在泰国金边举行的首脑会谈中达成协议。随后4月30日，两国通过泰国政府的指定代表交换了正式协议的照会。菲律宾于5月18日在吉隆坡开设领事馆。1966年6月至1968年6月的两年时间里，菲律宾和马来西亚之间的关系平静而稳定，在此期间，两国缔结了《反走私协定》。两国还积极参加了东南亚国家联盟（东盟）的成立。 同时两国政府重申遵守过去的协定，即《马尼拉协定》和1963年联合声明。后者提到了菲