十多位功臣为列侯，给予他们尊崇的地位，只解其兵权，刘秀诛杀功臣一说源于戏剧，令刘秀蒙受「不白之冤」。其实，在统一中国之前，他就开始削弱国防建设，废郡国兵制，罢郡国都尉。削弱地方兵权的同时，导致后来无力抵御外患，而豪强地主的部曲家兵则迅速发展，像东汉末年的董卓就是一例。刘秀以后不设丞相，而是“虽置三公”但“事归台阁”；一方面削弱三公权力，使三公成为虚位，另一方面又扩大尚书台的职权，成为皇帝发号施令的执行机构，所有权力集中于皇帝一身。”《后汉书·申屠刚传》说：“时内外群官，多帝自选举，加以法理严察，职事过苦，尚