个任务时得到优待，海军官员起初反对麦凯恩进入美国战争学院，因为进入该校深造的军官至少要达到中校军衔，而他的中校军衔这时尚未正式生效。麦凯恩于是向父亲的朋友、海军部长约翰·华纳（）呈请，后者同意他进入学院学习。进入学院后，麦凯恩深入研习越南历史和法国及美国在当地的战争，还把在越南沦为战俘的经历写成长篇论文《行为准则和越南战俘》（），作为对行为准则遵守度测试的答卷。到毕业时，麦凯恩已经认定，是美国政坛和军事领导人犯下的错误导致越战最终这样收场。他也接受反战团体有在美国行使集会抗议权利的自由，对那些因反战而逃避兵