他反对哈布斯堡与绝对君主制，并支持宗教宽容；他甚至将国王看做被人利用的棋子和愚昧无知的外国人。国王想罢免扬·扎莫厄斯基的国政大臣兼立陶宛首相（盖特曼）职位，却因为宪法限制国王的权力，使他不能任意罢免高级官员。于是在1591年的瑟姆议会上，国王和扬·扎莫厄斯基一派大臣的冲突公开爆发，不但国王自觉被羞辱，扬·扎莫厄斯基甚至还亲自带兵，阻止与哈布斯堡联姻的准王后——奥地利的安娜进入波兰境内，意图让婚礼不能举行。结果扬·扎莫厄斯基的行动失败，新王后奥地利的安娜反而很快就获得波兰国内上下阶层的欢心；扬·扎莫厄斯基