1916年6月，随着袁世凯迅速灭亡，朱启钤成为助袁世凯称帝之「四凶」之一，被新大总统黎元洪下令通缉，朱启钤政治生命从此走下坡路。朱启钤逃到天津英租界。1917年参与经营中兴煤矿股份有限公司和中兴轮船公司。直到1918年（民国七年），朱启钤才被代理大总统冯国璋下令赦免。同年8月，朱启钤当选安福国会参议院副议长，还发起国人开发北戴河等工程。翌年2月南北和谈时，朱启钤任北京政府方面总代表，在上海同南方政府代表唐绍仪交涉。5月和谈破裂后，他再到天津隠居。此后，朱启钤在实业界活动，开办山东中兴轮船公司和煤矿公司总经理