其关键步骤为决定和酵素作用下，基质的过渡状态结构。像是，动力学同位素效应。此外，其过渡态类似物的结构，也可以透过类似和动力学的同位素互补的计算方法预测出来。以下两个简单的方法介绍。
动力学同位素效应.动力学同位素效应就是，利用同位素标志反应物，取代自然基质和反应物的键结。动力学同位素效应的值为turnover number和所有反应步骤的比例。 固有的动力学同位素效应的值来自于，原子在过渡状态和基态之间的键的震动环境的不同。透过动力学同位素效应的角度，可以了解酵素催化反应的过渡态，