向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令，但是很快便被北条泰时和北条时房所率领的幕府军撃败。后鸟羽上皇、顺德上皇被发配到隐岐及佐渡。土御门上皇并未参与讨幕，本来不是被处分对象，但他却自愿提出与父亲后鸟羽上皇及弟顺德上皇一同受流配之刑。土御门上皇被流放到了土佐国，后改为流放阿波国，因此被称作土佐院和阿波院。土御门上皇没有参与倒幕，因而受到了镰仓幕府的礼遇，当地的守护在阿波国为上皇建造了宫殿。1231年10月出家及驾崩。1242年（仁治3年），四条天皇撞伤头部不治而死。 在讨论由继承人时，朝廷官员主张由顺