侯县（今属福州市），为家中第三个儿子。当时其父亲吴毅正留学日本，期间曾接受指导围棋，同年10月举家从福建迁居北京。吴清源祖籍中国浙江杭州石门，其祖父吴维贞曾为官道台，亦热爱围棋，后来家道中落。七岁起跟爸爸学棋。北京当时几个围棋高手也让他受益，如顾水如、刘棣怀、汪云峰。青少年时期，在中国棋坛中已无敌手，当时的北洋政府总理段祺瑞曾经赞助他生活费一年至失势且曾对弈一局。北平「日本人俱乐部」的日本棋手闻风后邀请他下棋，果然名不虚传。1927年（昭和二年），井上孝平五段去北京游访时，让二子与吴清源对弈，结果中盘大