另外在1944年成立了第二高雄海军航空队，两只单位均为教育训练用，未投入实战。
高雄海军航空队（二代）.为练成飞行训练生而增设的中间・惯熟练航空队，使用初代高雄空的番号而编成。虽是练习航空队，但也使用教材的零式舰上战斗机、九六式陆上攻击机兼任台湾周边的对潜哨戒任务。
第二高雄海军航空队.为补完高雄空而设置的初歩・中间练习航空队。比二代高雄空更着重于练习的部队，设置之初即被排除在战力外。