高科技产业集中地区，吸引索尼等企业投资设厂。2009年，长崎县在波佐见町新建了工业园，并吸引佳能在此设厂。发达的渔业使得长崎县的水产加工业生产金额在日本也居于前列。矿业在长崎产业近代化历程中有重要作用。长崎市的高岛煤矿是日本首个使用蒸汽机开採的煤矿。端岛又名军舰岛，是长崎县的海底煤矿开採中心之一，在鼎盛时期兴建了日本第一座钢筋混凝土公寓，并有超过5.000人在岛上生活。然而1960年代之后，随着能源革命的进展，长崎县的煤矿急剧减少，1974年时已只剩高岛煤矿和池岛煤矿两个煤矿。2001年，池岛煤矿关闭，