2月，出任西北有色金属研究院党委副书记；2001年，任研究院副院长、兼党委副书记；2005年，任党委书记、副院长。在研究所任职20多年后，2007年6月，杨冠军出任商洛市市长；2013年2月，被任命为陕西省住房和城乡建设厅厅长。2018年1月，任陕西省政协副主席。