圣若瑟中学第二、三校的新校舍，1959年落成启用，分设男、女中学部。自1962年开始，圣若瑟中学执行新的教育行政政策，由圣方济各会的修女主持女子部校务。1964年，在体育馆后地段扩建校舍，英文部迁入上课。1965年度创办一制特别师范科。至1967年，聘慈幼会神父主持男子部校务。1972年，圣方济各会退出，男女子部均由慈幼会神父掌理。
圣中合併期.1974年7月，罗玉成神父出任圣若瑟中学校长，并宣佈直属主教府，先后由邓思恩神父及罗启瑞神父任副校长。在1979年，高秉常主教训令圣若瑟中