万历十二年，担任南京礼部尚书。南京御史谭希思上奏抨击宦官、外戚，并请求遵循旧制，在内阁设置丝纶簿，在宫门设置铁牌。神宗下诏指派南京都察院负责勘查、问讯，打算以诬陷、期满罪名处理谭希思。袁洪愈已经改任别职，代替他的人还没到任，于是他详细陈述谭希思意见，在王可大《国宪家猷》和薛应旗《宪章录》两书中都有记载。神宗认为他的依据不是朝廷颁布的制书，仍然降下谭希思职务。不久袁洪愈上奏请求禁止私自拜见显贵，并极力陈述屯田荒废的害处，请求商人依法承担盐售，以免内地急速运送。朝廷讨论后都予以施行。万历十五年（1587年）