七年(1589年)黄守魁为武进士探花，初任南京浦子口守备，被王用汲升为河南都司佥事，调江西升四川都司驻建昌，因征战杨应龙有功升大同参将转福宁参将。之后，原要擢广西参将却未就任，万历三十七年(1609年)，调松潘副将，因征建南有功与整顿地方土司，而升四川正总兵官。万历四十八年(1620年)，黄守魁升南京右军都督府佥书兼提督大教场水陆二营事务。天启元年(1621年)，黄守魁实授骠骑将军。同年秋，明政府与后金战争紧张，黄守魁实授都督佥事。当他带亲属至重庆处理接兵后勤事务时，交兵的奢崇明却举起反旗，发起奢安