7年（1589年）、政宗在折上原之战大捷，灭亡了芦名氏，成为名副其实的奥州霸主。义隆受到政宗的压迫，只得再次从属于伊达氏。天正18年（1590年）、丰臣秀吉追究没有参加小田原之战的责任，义隆遭到改易被没收了领地（奥州仕置），大崎氏就此灭亡。之后，经前田利家、德川家康等人的斡旋，向秀吉表达复兴家业的请求，双方一度约定大幅度减少大崎氏原有领地，而只给与旧领的一部分（『宝翰类聚楢山文书』所记）。但是在发生葛西大崎一揆事件后，约定作废，政宗也因镇压有功，获得葛西‧大崎12郡的封赏。此后，义隆辗转流落到最上氏、蒲