请杜聪明回任医学院院长的同时，请他接替陈礼节担任台大医院院长，同时兼小儿科主任。1953年，时任医学院院长的杜聪明离开台大，时任校长钱思亮请他接台大医学院院长。1956年兼任台大护理系首任主任。1966年到1967年间担任高雄医学院院长。1972年台大阎振兴校长任内，由医学院院长转任教务长，直到1979年退休为止。
家族.魏清德长子，弟魏炳炎。长子魏达成、三子魏拙夫、孙子魏柏立，四代十余人都是医师。其妻颜碧霞，为颜国年之女，出身基隆颜家。