斐迪南二世于1637年去世，他的儿子和继承人斐迪南三世将承担三十年战争的真正后果。
家庭.1600年，斐迪南与自己的表姐、巴伐利亚的玛丽亚·安娜结婚，两人共有3子3女：玛丽亚·安娜于1616年去世。1622年，斐迪南与艾蕾诺拉·贡扎加结婚，两人没有子女。