9月，菅直人与鸠山由纪夫合作组成民主党并出任该党代表（即党首），并就任该党政策调查会长。1998年4月，民政党、新党友爱等合流组成新的民主党，菅直人继续出任该党代表；同年7月，自民党在参议院选举中惨败，在野党参议员推举菅直人为内阁总理大臣，惟众议院通过小渊惠三为内阁总理大臣导致菅直人未能当选。同年11月9日《週刊文春》指菅直人和女主播户野本优子进行婚外情，惟菅直人表示二人只是一同过夜；事件最终令菅直人辞去民主党代表一职。2002年9月，菅直人出任民主党干事长；并于12月第二度出任该党代表。2003年9月