，光海君受封翌日便随宣祖离开汉阳北逃；而立储一事，8日后才在平壤公告天下。当敌军迫近平壤，宣祖心虚胆怯，欲渡鸭绿江逃往辽东，表示宁愿死在天子疆土（明朝境内）也不愿成为日本人刀下亡魂，但只得都承旨李恒福一人支持。大多数官员，如领议政柳成龙、左议政崔兴元、右议政尹斗寿皆反对宣祖的提议。商议之下，决定将朝廷一分为二（分朝），一部分人随宣祖渡江，其他人则在光海君的带领下驻守朝鲜。光海君受命权摄国事，担任抚军司代替宣祖赴前线抚军，表现出色，得到许多义军领袖和百姓的支持。然而，分朝却使得宣祖和光海君的关系越发生疏。