义澄恢复自己的势力之后试图复辟，派遣细川澄元、三好之长、三好长秀等进攻京都，但为细川高国、大内义兴、畠山尚顺等人所败。随后义澄派人暗杀义稙的阴谋宣告流产。1510年（永正7年），足利义稙派遣细川高国、大内义兴攻打近江，被近江国人众击退。此后足利义澄又向丰后国的大友亲治、播磨国的赤松义村发出御内书，寻求复辟的支持。翌年八月十四日（1511年9月6日）义澄与足利义稙、细川高国、大内义兴对峙时在近江国水茎冈山城（滋贺县近江八幡市）死去，享年32岁（满30岁），法名法住院殿旭山道晃。足利义澄死后的第九天，义澄派