.马林鱼队在拿下冠军后进行球队重建，布朗被交易到圣地牙哥教士队，换来、拉飞尔·梅迪纳和潜力新秀。他在教士队待了1年，投出生涯最高的257次三振，以及18胜7败、防御率2.38的成绩，在赛扬奖票选中排名第三。1998年，布朗在国家联盟分区赛中对战休士顿太空人队表现出色，主投的2场比赛都帮助教士队以2比1击败太空人队。系列赛首场先发对上蓝迪·强森时，他在前8局没有让任何打者上垒，并投出生涯新高的16次三振，季后赛史上仅次于鲍勃·吉布森在1968年世界大赛的17次三振。布朗带领教士队在国家联盟冠军赛中，