被置入中央政权的控制之下。1587年（天正15年），丰臣秀吉封生驹亲正为赞岐国主。生驹亲正在入封赞岐之后兴建高松城及城下町，并对境内农地进行检地，还积极进行新田开拓，对之后赞岐国的开发有重要作用。1640年（宽永17年），生驹氏因发生内讧而被被改封出羽国，赞岐国出现由东赞的（高松藩）和西赞的山崎氏（后改为京极氏）（丸龟藩）分治的局面。1694年（元禄7年），丸龟藩分出支藩多度津藩，确立了江户时代赞岐国三藩并立的局面。赞岐各藩均积极兴建储水池以发展农业。日本最大的储水池满浓池始建于8世纪初期，但在12世纪