运输施设整备支援机构将所持有的JR东海224万股股票里的约195万股在一般市场中沽出，然后在2006年4月5日再将剩下的JR东海股票以1股115万日圆全部沽出（合共28万6,071股，总额约3,289亿日圆）。从此JR东海变成民营化，再加上已上市的东日本旅客铁道（JR东日本）和西日本旅客铁道（JR西日本），本州岛上的三间JR公司都成为民营化企业。在1987年分割民营化初期时日本国铁所留下的3,191亿日圆长期债务，以及在1991年所承担的新干线铁道保有机构5兆900亿日圆的债务偿还，是JR东海在营运上需