2006年因涉入中信金海外结构债交易案，即红火案，请辞中信金副董事长一职，随后潜逃至日本。2007年11月24日自日本返回台湾首度公开说明中信金插旗兆丰金等案情，并转为污点证人，协助釐清扁案的来龙去脉。曾被特侦组指控涉入龙潭购地案。2011年，他在红火案中作证表示，给扁家三亿是检察官越方如教唆伪证，是因为怕被羁押，但是特侦组声明除辜仲谅之外，另有其他证人证实辜仲谅有给钱，陈水扁、吴淑珍也承认有收到钱，辜仲谅在红火案的证词应为诉讼策略。2013年6月，红火案改判，辜仲谅改重判9年8月。2014年8月，红火