与砲台建构成的松前藩戸切地阵屋这样，以军事目的修筑的阵屋。甚至于像函馆奉行所这种将阵屋发展到极限的状况。通常会有阵屋的地方，像幕府直辖地（天领）的代官所、一般在三万石以下没有城的小藩、各藩的郡代官所、大藩家老的领地或是旗本的领地。另外，领地拥有飞地的大名也会在上面设置分署型的阵屋。した。
三大阵屋.上总国饭野阵屋、越前国敦贺阵屋、周防国德山阵屋被称为三大阵屋。