麦格塞塞逃到山里，躲避日本搜捕至少4次。他组织了西部吕宋岛游击队，1942年4月5日任上尉指挥官。1945年1月29日清理了三描礼士省海岸的日军，帮助美国军队和菲律宾联邦军队登陆作战。1946年4月22日，麦格塞塞在一些前游击队员的支持下，当选为菲律宾众议院自由党议员。1948年，总统曼努埃尔·罗哈斯派遣麦格塞塞去华盛顿参加游击队事务会议，协助美国国会通过罗杰斯退伍军人法案，为菲律宾的退伍军人争取福利。在所谓的1949年“肮脏的选举”中，他再次连任众议院议员，并担任众议院国防委员会主席。1950年8