东第2混成旅旅长。翌年5月，任北京政府陆军部顾问，被召还北京，因被怀疑参与二次革命，而遭京畿军政执法处处长陆建章逮捕。随后，通过和陆建章有姻亲关系的冯玉祥游说，商震被释放。1914年（民国三年）2月，商震被陆建章任命为河南省仓库总办。同年，陆建章赴陕西省镇压白朗镇压，商震随行，被任命为陕北卫戌司令部参谋长。翌年3月，升任陕西省第1旅旅长兼陕北卫戌司令。1916年（民国五年）6月，护国战争中，袁世凯方面的陆建章失势，商震投山西督军阎钖山，被任命为团长。
在晋系中崛起.1917年（