城和马六甲三个辖地合併成海崃殖民地，并置海崃殖民地总督一职。至1858年，海崃殖民地转属于英属印度，至1867年复由英国殖民地部管理，并在同年独立为皇室殖民地。在1867年起，海崃殖民地总督还同时管辖印度洋的圣诞岛和科科斯群岛，而且还同时兼任马来亚和汶莱两地之高级专员。至1906年，北婆罗洲沙巴的纳闽港也划归海崃殖民地总督管辖。在第二次世界大战期间，除科科斯群岛外，海崃殖民地所有领土全为日军佔领。至战后，海崃殖民地一度成立军政府，而海崃殖民地总督一职名义上继续存在，惟未几到1946年，海崃殖民地为英政府