高松站或阿波池田站开出的区间车都以此站为终站。本站以南开始进入山区，人口稀少，加上电化区域只覆盖至本站，由高松站开出的普通列车又以电车为主，没办法继续往南开到阿波池田站，形成必须以琴平站为终点的状况。琴平站也是所有特急列车及全定期列车的停车站，而来往东京至高松的寝台特急「Sunrise 濑户」逢假日亦会延长行驶区间至本站为止。过往也曾经有临时列车、如「月光高知」（）通过本站，但该列车自2008年冬季后已经暂停运行。
车站结构.站舍为大型单层混凝土建筑，外貌富有欧洲建筑特色，相比