。之后在西班牙人（1584年）、荷兰人（1609年）、英国人（1613年）也先后开始在平户建立了各自的商馆。1623年英国在后，决定退出东南亚，也因此关闭了在日本的商馆。同时日本开始加强对欧洲传教士的管制，1624年关闭了西班牙的商馆，1639年因岛原之乱，日本驱逐所有葡萄牙人，关闭了葡萄牙商馆。最后仅存的荷兰商馆也在1641年被强至迁移到长崎的出岛，日本自此正式完成「锁国」，出岛的荷兰商馆也成为欧洲在日本唯一的往来机构。1810年至1815年期间荷兰本土遭法国吞併，也波及到荷兰的海外殖民地南非、圭