初次被任命为驻札大臣时，多以正二品副都统衔上任，级别大致相当于内地的总督。驻札大臣通常长驻一城，管辖该城及其附属地区的军事及重要行政、司法事务。日常性的行政事务一般由当地官吏（如伯克、札萨克、噶伦）自行管理。驻藏大臣、乌里雅苏台将军、库伦办事大臣、伊犁将军、总理回疆事务参赞大臣还负责一部份外交事务。道光以后，驻扎大臣多由宗室、贵戚出任，官员素质下降，任期普遍缩短，侵渔百姓、倦怠公务之事时有发生，造成清代中后期严重的边疆危机。光绪九年（1883年），清廷筹建新疆省，始裁撤新疆各路驻扎大臣，仅保留伊犁将军。