历任小马坊使，僖宗当普王时，奉侍甚勤，并得宠，共同起卧。唐僖宗即位，擢令孜为左神策军中尉。令孜识字、能书法，能处理政事。僖宗称他“阿父”，僖宗爱斗鹅，常到兄弟们的王府中戏耍，政务都交给令孜。令孜卖官鬻爵，径直矫旨。广明元年（880年）黄巢之乱，变军入长安，令孜挟持僖宗奔四川。中和元年（881年），僖宗至成都（今属四川），令孜既有保驾之功，为左金吾卫上将军，又封晋国公。光启元年（885年），僖宗回长安，以令孜为左右神策十军使，更加专恣自肆。当时国库空虚，军费不足，令孜奏请收安邑、解县两盐池之利全归神策军。