美援朝停战后，1954年2月调任哈尔滨军事工程学院副院长。1961年陈赓去世后，刘居英接任哈尔滨军事工程学院院长。1966年4月1日哈尔滨军事工程学院集体转业归属地方，刘居英是院领导中唯一脱下军装没有调到其它部队的，担任哈尔滨工程学院院长兼党委书记。文化大革命开始后，1966年8月被撤销职务受到冲击迫害。1970年获释。1972年6月任中国人民解放军海军政治部主任。1978年5月任铁道兵副司令员。1982年，任引滦入津工程总指挥。1987年1月离职在北京休养。刘居英是中国共产党第八次全国代表大会代表、第