秘书长李应元后来亦因参选台北市长而辞职。在2002年11月，发生渔农会信用部风波，游钖堃因此三次向陈水扁辞职，后来对行政院作出小幅改组。2003年末，新党籍的环保署长郝龙斌因对公投的理念不合而请辞。游内阁在陈水扁连任后进行大规模改组，行政院副院长由叶菊兰继任等。由于2004年的立法委员选举未能完成国会过半的目标，故未能于2005年依惯例请辞后续任。游内阁振兴经济有成。上任时，台湾一方面遭受2001全球网路泡沫化影响，经济创有史以来第一次负成长（－1.26%），一方面面临核四风暴后遗症、产业转型关键