与蒙特内哥罗间的关系并没有因为西方国家支持维持现状而改善。后来在欧盟的调停下，双方于2002年3月14日在贝尔格莱德签署协议，决定将联邦变为由两个各自拥有经济、货币以及关税决定权的半独立（semi-independent）国家所组成，并且更名为「塞尔维亚与蒙特内哥罗」。另外依据此协定通过了联邦的新宪章，明定宪章通过三年后任何一方都有权提出脱离联邦。蒙特内哥罗于2006年5月21日举行独立公投，独派以55.5%的微弱优势决定终止与塞尔维亚的联邦关系（欧盟规定的有效结果票数为55%）。6月3日，蒙特内哥罗议会正