商业部根据第一任总统曼努埃尔·罗哈斯发布的第94号行政命令重新命名为农业和自然资源部（Department of Agriculture and Natural Resources,DANR），原商业局併入。1959年9月14日，农业和自然资源部自马尼拉搬迁至位于奎松市的现址。1974年5月，时任总统斐迪南·马可仕发布第461号总统令，将农业和自然资源部拆分为农业部（Department of Agriculture）及自然资源部（Department of Natural Resources，今）