2018年6月4日，吴茂昆请辞后首次接受媒体专访。2018年7月3日，监察院宣布弹劾前教育部部长吴茂昆。2019年1月9日，移送公务员惩戒委员会审理后被判记过一次。
政治主张.2013年10月24日，吴茂昆明确表示台湾和中国大陆是国际关系、国与国的关系。2014年3月18日，爆发太阳花学运；正在美国的吴茂昆于20日即致信给东华大学学生：「针对最近《两岸服贸协议》在立法院引起争议，学生攻佔议场大厅，进行抗争，本校同学也发起了花莲大学生集结北上行动，到立法院前静坐，据了解也会