国家政军指挥中心内部设有12人座、战时用于召开国家安全会议的会议室及可容纳210人的22间办公室、寝室，而为了召开视讯会议、录制战时电视广播、召开紧急记者会，也设有一间提供卫星新闻转播传输系统的新闻发佈室。除此之外，国家政军指挥中心的资讯系统比照国军联合作战指挥中心的规格所建造，具备C4ISR的指管通情能力。