1947年11月，孙立人将陆军训练司令部迁到台湾的高雄县凤山镇，并从新一军调去几百名他在税警总团和在缅甸作战时期的干部，一同前往台湾训练新兵，在台湾建立新军。
台湾时期.1949年1月21日蒋中正发佈“引退文告”，由副总统李宗仁任代理总统与共产党进行和谈。2月11日，美国麦克阿瑟将军派一名中将特使到台湾，以专机邀请孙立人到东京会谈。同月，青年军第二零一师调台湾受训。1949年9月1日，孙立人正式就职台湾防卫司令，第二零一师10月在金门参加金门战役。11月，蒋中正在国民党中央