氧化产生的氢离子（质子）有助于产生质子梯度， ATP合成酶用于产生ATP。转移到质体醌的赋能电子最终用于还原 为NADPH或用于非循环电子流 。 
结构.PSII的核心由两个同源蛋白D1和D2的假对称异二聚体组成。 与所有其他光系统的反应中心不同，其中位于叶绿素二聚体上的最开始的光诱导分离的正电荷由两种单体平均分配，在完整的PSII中，电荷主要位于一个叶绿素中心（70-80％）。 因此，P680具有高度氧化性，可以参与水的分解。 光系统II（ 蓝细菌和绿色植物）由大约20个亚基