什噶尔回城后大肆屠杀“异教徒”和“叛教者”，以堆积人头塔而臭名昭着，不久后进攻喀什噶尔汉城、叶尔羌、英吉沙尔等地未能得逞，撤出境外。清廷多次要求浩罕汗国引渡倭里罕，均未能成功。同治四年（1865年），倭里罕又自浩罕投奔盘踞南疆的阿古柏，而后倭里罕和一批布鲁特人士兵趁阿古柏在叶尔羌作战失败而发动政变，倭里罕拥立张格尔之子布素鲁克为汗，阿古柏反攻喀什噶尔回城，41天后城破，倭里罕被处死。