于水表。疟蚊幼虫透过位于第八腹节上的气孔唿吸，因此必须不时浮至水面。幼虫大多时以藻类、细菌和其他表层微生物为食，只有在受到干扰的时候才会潜入水中。孑孓既可整个身体急动来游泳，又可用口中的刷状物来推进。幼虫的发育经过四个阶段(蜕期)，之后便变态进入蛹期。在每一个蜕期的结尾，幼虫会蜕皮，脱去外骨骼，以提供继续生长的空间。孑孓栖息地的范围甚广，但很多种类还是更喜欢清洁和未受污染的水。疟蚊的孑孓会生活在淡水或咸水的沼泽、红树林、稻田、长满草的沟、小溪、河流及临时的小储水池。很多种类都比较喜欢有植物的栖息