罹患骨髓增生不良症候群及气喘等疾病住院。隔日获赖和文教基金会颁发赖和奖特别奖。当时已因病住进台大医院的他，仍坚持坐着轮椅亲自受奖，并用颤抖的声音一再叮咛台湾所有的医师要重视医德，并唿吁学界要让台湾文化重生。该年11月1日，罹患急性白血病的李镇源因气喘併发肺炎，于台大医院过世。