南部的尼亚巴隆哥河（），分别朝北、东和东南方向转向后流入鲁武武河并形成卡盖拉河，卡盖拉河将沿坦桑尼亚东部边境流向正北方。尼亚巴隆哥河与卡盖拉河最终都将流入维多利亚湖，有观点认为其位于纽格威森林的源头也是尚未完全确定的尼罗河的源头。卢旺达湖泊众多，其中以基伏湖最大。该湖位于艾伯丁裂谷底部，沿卢旺达西部边境延伸，最深处有480米，是世界上最深的20个湖之一。其它几个面积较大的湖泊包括布雷拉湖（）、儒洪多湖（）、木哈子湖（）、鲁韦鲁湖（）和艾希玛湖（），其中艾希玛湖是阿卡盖拉国家公园东部平原一系列湖泊中最大的一个