2006年日本羽毛球公开赛为第25届日本羽毛球公开赛，亦为2006年世界羽毛球大奖赛赛站之一。本届赛事于2006年10月10日至16日在日本东京内的国立代代木竞技场举行。主赞助为体育品牌YONEX，总奖金为18万美元。