以下妻城为据点的佐竹派的下妻多贺谷氏和三经等以下总太田城为据点的结城派的太田多贺谷氏，家臣亦分开两边。保住大名地位的重经对秀吉的不满与日俱增，其后以患病为由拒绝参战万历朝鲜之役，导致大半领地被没收。庆长5年（1600年）的关原之战爆发，作为西军的重经与佐竹义宣一同突击东军背后，最终西军战败，觉得自己有责的重经在武藏国府中（现东京都府中市）蛰居。庆长6年（1601年），重经领有的下妻6万石被全部没收，后来在义宣的协助下移居出羽国。
其他说法.多贺谷三经服从于结城氏一事是在小田原征伐之