清朝的尚可喜及耿继茂重夺广东，香港地区则继续属广州府新安县管辖。南明永历年间，参将李万荣曾于荃湾北部的城门谷至针山一带建石城抗清，失败后率余部到魔鬼山向驶经鲤鱼门的船只勒索过路钱。
迁界与复界.清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，遂于康熙元年（1662年）下令迁海，沿海居民须向内陆迁徙50里，范围包括大部份香港地区。迁海后使当地居民家园尽失、人去楼空、渔盐业废置及田园荒芜。加上实施海禁，香港本区受严重影响。迁界的惨痛记忆依然在嘉庆年间生活的林氏族人在族谱中的记述记叙下来。康熙五