而整个地区的开垦需要投入大批资金和人力，不是个人所能胜任，于是产生了开垦组织。先民早年之所以沿河拓垦，其原因之一是距离河岸近，取水灌溉均甚方便；此外深坑属山区，交通不便，利用陆路交通倒不如水路来得便利，是以居住河边取其近便。大约道光年间，深坑、石碇、平溪、坪林等地的农产品，甚至远从宜兰来的商旅货物，都由山上挑担送到深坑与石碇交界处的枫子林渡口上船送到外地贩售。当时的深坑成了染料、茶叶、樟脑的集散地，这个状况一直持续到日治时期。所以深坑在当时变成了台北大文山区的政治中心。
近代发展