职于学习院大学、东京大学等，并组织成立「亚细亚学会」、「东洋协会」、「满鲜历史地理调查室」等学术机构。
学术观点.师从那珂通世，弟子有津田左右吉、榎一雄等人。白鸟库吉主张邪马台国北九州説。白鸟库吉提出“尧舜禹抹杀论”宣称尧、舜、禹是春秋战国以后创造出来的，是虚构人物，震惊日本汉学界。白鸟库吉认为日本的东洋史如要与国际学术接轨，就需要先在未知领域取得开拓性成果，所以就当时欧美人主要的学术成果在中国、蒙古、中亚等地域来看，满州与朝鲜地域的研究是值得耕耘的。