以后，从京都迎接贵族摄关家藤原氏甚至皇室成员出任将军，即“摄家将军”与“亲王将军”时期。在将军九条赖经的时代，将军支配众多有力御家人以对抗北条氏，在京都则有将军的父亲九条道家执掌公家最高权力，延历寺等大寺社也被九条家控制，此时九条家的势力达到顶点。但在宝治合战后，九条家失败。此后，幕府的政权被北条得宗家所世袭的执权所领导，史称得宗专制。而幕府也很大程度上左右朝廷的政局、摄关的更替及皇位的废立等等。镰仓时代的朝廷仍然维持了院政时期以来的政务治理，并在镰仓幕府的影响之下积极实施诉讼审判制度改革。朝廷与幕府之