二战时印尼对日本佔领的反抗扮演重要脚色。日本支持印尼民族主义，印尼民族主义的领导者得到晋升。日本佔领时期，荷兰公民被拘禁，导致大量空缺出的政府机构职位改由印尼人担任，虽然最高层的位置仍由日本人担任。1945年八月，日本投降两天后，民族主义运动领导者苏卡诺(Soekarno)与穆罕默德·哈达(Mohammad Hatta)宣布印尼独立，荷兰最后重新控制了大部分殖民地，但游击队的抵抗仍持续进行，印尼人和国际间多数都支持独立。1949年12月，荷兰正式承认印尼独立，在1949年签订的条约中，西新几内亚仍归荷兰