与变卖其庙产，在1959年时更遭逢八七水灾，屋宇与门墙都遭到严重的破坏。直到1984年大肚乡公所聘请着名建筑学者研究调查，1985年经由中央政府与地方政府出资进行修复工程，并且名列第三级古蹟。民国八十八年（1999年）9月21日的集集大地震之后，原台中县（今台中市）共有14古蹟遭到损坏，磺溪书院也曾经被外观判定为「有立即性危险」的建物，不过所幸受损情况并不严重，并在民国九十一年（2002年）底修复完成。
近代沿革与影响.台湾日治时期虽然日本大力的在台湾推行日本教育，但是刚开始书