增加了土壤的多孔性，制造了能用于通风与排水的孔道。
微生物.土壤中的微生物在土壤营养方面也扮演着重要的角色。例如，一些自养或异养的微生物可以固氮。这些细菌有固氮酶可以将空气中的氮气与水化合来制造氨水，又被细菌利用来转化成其他有机化合物。有一些固氮细菌如根瘤菌在豆类植物的根部生长。根瘤菌与豆类植物组成了一种互利共生的关系，以氨水来换取植物提供的碳水化合物。然后，其他的异养生物又从植物中获取碳。这一过程包括细菌或真菌的遗体以发酵或降解的方式回到无机物状态。
菌根