，《旧唐书》说秦琼参与玄武门之变，事后被封为左武卫大将军，食益州实封七百户。秦琼晚年因历次作战负伤太多而疾病缠身，常对人说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”贞观十二年（638年）去世，谥号：壮，追赠徐州都督，陪葬昭陵，唐太宗在他墓地内立石人石马，以旌战阵之功。
后事.贞观十三年（639年），秦琼被改封为胡国公。贞观十七年（643年），秦琼与长孙无忌等人被图形凌烟阁，封为凌烟阁二十四功臣之一。
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