蒙古人于是在西藏驻军、普查人口、设立驿站，在元朝中央设以八思巴为首的宣政院和派亲王出镇，一直到元末帕竹政权成立为止。
后续.1641年蒙古和硕特部首领顾实汗发兵攻打西藏藏巴汗政权，并于次年（1642年）再次降服前后藏，建立和硕特汗国。1716年，蒙古准噶尔汗国派兵入侵西藏，次年（1717年）攻入拉萨，杀死了和硕特汗国末任可汗拉藏汗，和硕特汗国灭亡。西藏遂为准噶尔汗国所统治，直到三年后（1720年）准噶尔军被清朝军队驱除出西藏，西藏成为了清朝的藩属。