友会天水围飞马击败。虽然球队于2009年5月1日反胜康宏晨曦后提早一轮夺得联赛锦标，完成联赛3连冠，但当球季南华未能得到两个以上的锦标。
打入亚洲.南华于2008/09年球季的本土赛事未有进步，但亚洲赛事却令人眼前一亮。2009年亚洲足协盃赛前因以往赛事成绩欠佳而未被看好的南华，在分组赛中以不败成绩首名出线。十六强的单回合主场赛事中对战经常击败香港球会的新加坡球会内政联，在全季最多的8,972人主场入场支持下，大胜4比0，成功晋级八强。2009年8月尾，香港队参与在台湾高雄举行