，杨基铨在偕同刘秀华前往日本参加台北高校同学会后腹部开始常感不适，后于台大医院检查发现肝脏长有恶性肿瘤，且癌细胞扩散日益严重。2004年6月16日22时17分，杨基铨病逝于台大医院病房。
家庭.杨基铨与刘秀华育有一子杨平生；杨平生后毕业于建国中学，并获保送国立台湾大学物理学系，后留学加州大学，复任职于IBM公司，与其妻珊迪（Sandy）育有一子四女，并定居南加州。