府掌控北京，6月11日，国民政府大学院、外交部致电清华学校原教务长梅贻琦，令其代理校务。22日，学生会发布宣言唿吁改办清华大学。8月，大学院大学委员会举荐孙科任校长，孙科当即辞职；17日，南京国民政府会议批准由大学院院长蔡元培、外交部长王正廷议案，任命罗家伦为校长，29日，王正廷向罗家伦发布训令，任命其为“清华大学”校长。罗家伦、张奚若、钱端升起草学校规程，力争添加“国立”二字，9月5日大学院正式发布《国立清华大学条例》，18日，罗家伦宣誓就职并宣布国立清华大学成立，任职期间，罗家伦对学校组织结构大加整改。