《国家广播电视总局关于2018年3月全国国产电视动画片制作备案公示的通知》里面显示围棋少年第三部已经通过备案，从中可得知围棋少年第三部一共有52集，每集22分钟。
故事梗概.
第一部.明朝末年，江南沿海地区倭寇横行，江流儿之父江灵运身为朝廷密派的朝廷大员到江南暗中调查通倭事件，而江流儿被临时寄养在凌云寺，江流儿在凌云寺与三个小和尚同时对弈围棋大胜，老和尚圆德深感江流儿是百年不遇的围棋天才。 抗倭英雄妖刀王被人怀疑通寇，江灵运在调查中，中了福王手下的暗箭身亡