入东京绿茵的少年队及青年队。在少年队时，小林裕纪与森本贵幸同期。而在青年队时，则与埃及日本混血儿奥沙玛·艾森尼同期。其后，小林裕纪选择在明治大学升学，并在大学三年级时，在获选为最有价值球员。大学毕业后，小林裕纪加入磐田山叶。同期加入球队的，还有山田大记和金园英学。2011年，在联赛开幕战中，以正选姿态登场位置是防守中场。除了其中一场比赛因为肠炎缺阵外，其余联赛赛事皆有出场。而且，作为一个新人，难得地在33场联赛中，有32场是整场赛事上阵。对球队的攻守作出重大贡献。此外，日本联赛杯分组赛第一轮对福