期至日治初期，南靖地区为一街庄，称为「南靖庄」，隶属于嘉义西堡。该庄北与十一指厝庄为邻，东与外溪洲庄为邻，南边隔八掌溪与上茄苳庄、崩埤庄相望，西边为后堀庄、蔴荳店庄，西北边为下半天庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台设置二十厅，该庄隶属于嘉义厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「南靖」大字，隶属于台南州嘉义郡水上庄。战后水上庄改制为水上乡，隶属于台南县，大字亦改制为村。1950年云、嘉、南分治，水上