1940年后，历任新四军江南指挥部新三团政治处主任，新四军第6师18旅53团、52团政治处主任，独立团政治委员兼中共江苏泰州县委书记。1945年6月后，彭冲历任新四军第1师18旅、华中野战军第6师18旅、华东野战军第6纵队18师52团政治委员。第二次国共内战时期，彭冲率部转战，先后参加了苏中战役、鲁南战役、莱芜战役、孟良崮战役等。1947年9月，彭冲任华东野战军第6纵队18师政治部主任。1949年2月，任第三野战军第24军72师副政治委员。
从福建到江苏.中华人民共和国成立后，