为令天主教和新教双方协议，于是在1530年在奥格斯堡召开会议，可惜无果。无论是在诸侯间、诸侯与皇帝、皇帝与教皇间，都出现了复杂而激烈的矛盾。支持新教与支持天主教的诸侯相互对立，在长期斗争期间曾几度兵戎相见。德意志支持新教的诸侯在1531年组成了施马尔卡尔登联盟，反对皇帝和天主教诸侯。但其后在1547年，施马尔卡尔登联盟被查理五世所瓦解。1550年，查理五世颁布《血腥诏令》严禁任何人刊印、抄写、持有、保藏、出售、购买、散发所谓异端创始人、伪传教师的文集，更对再洗礼派进行镇压。为扩张世俗皇权的诏令引起教皇和