部分人解读为普通诽谤刑事案件，同时被另一部分人解读为文字狱政治迫害事件。2007年6月22日，陈水扁说“我就是为了蓬莱岛案，我办杂志去批评，所以阿扁就是那时候，没有新闻自由（入狱），我是一个受害者。”2003年，宋楚瑜指控陈水扁没有资格在美国领取人权奖，因为陈水扁是诽谤他人而入狱，并不是为人权奋斗而入狱。这种说法被支持陈的人士反驳，说担任中国国民党文化工作委员会主任的宋当年就是前线指挥与执行的加害者之一。2008年，陈水扁因涉嫌贪渎被羁押，还有报道将该事与蓬莱岛杂志案对比。蓬莱岛杂志案原告冯沪祥