菌都是致病的（参见柯霍氏法则）。然而，现代观点认为致病性是取决于整个微生物的生态系统。细菌可能参与在免疫功能低下的宿主的机会性感染，透过质粒感染获得毒性因子，从而转移到宿主体内的其他部位，或对其他细菌总数的变化作出反应。例如，带有耶尔辛氏菌属的小鼠拥有淋巴结感染可能透过「免疫疤痕」的机制来为乳桿菌属继续感染这些部位清扫道路。
相关概念.
毒性.尽管宿主的身体非常虚弱（病原体导致宿主的健康受损的趋势），当其毒性可以从患病的宿主中传播时，病原体可以从患病的宿主于传