海者无数」，整个金门东半岛，几被洗劫一空，金门守御千户所城守军无人驰援，为金门最惨重的倭寇掠劫。明朝末年，郑芝龙称雄闽台海域，以金门、厦门为基地，树旗招兵，后接受明朝招抚。1633年，郑芝龙与海盗刘香、荷兰东印度公司联军在金门料罗湾爆发海战，史称崇祯明荷海战，郑军胜。1645年，（清顺治2年）郑芝龙降清后，先派其弟郑鸿逵屯金门。不久，金、厦为拥护鲁王朱以海的郑联、郑彩兄弟所据。 南明郑成功于1646年在烈屿吴山会文武群臣，并派林习山驻守烈屿，以此做为「反清复明」根据地之一。1650年（顺治7年；南明