4年（1868年）爆发的上野战争中（属于戊辰战争）被完全摧毁，后来也没有复原。
历史.起初是德川家为了在关东地区建造一个具有影响力的宗教中心，于是建造仿造比叡山的延历寺来建造宽永寺。元和8年（1622年）时，江户幕府第二代将军德川秀忠与当时的天台宗高僧天海大僧正发愿兴建一座大寺院，并捐献土地准备开始建造宽永寺。宽永2年（1625年），第3代将军德川家光在现在的东京国立博物馆的原址兴建了僧侣的住所。因为京都有比叡山镇守，为了与比叡山相对，所以宽永寺山号取为东叡山。天海于宽永20年