随父亲到湖北汉口，并在汉口就读新式学堂。1902年（清光绪二十八年）在兄长方声涛和姐姐方君瑛之后赴日本留学，在东京成城陆军学校学习。在校期间，他积极参与政治活动，于1903年加入了拒俄义勇队，1905年则与兄方声涛、姊方君瑛、嫂曾醒和郑萌参加入了刚刚由孙中山在东京创办的中国同盟会，成为了同盟会的第一批会员之一。不久后母亲逝世，方声洞返回福州治丧，并创办书报阅览所，宣传革命。1906年，方声洞再度赴日，进入千叶医专学校（今千叶大学医学部）学习，为的是研究化学、制造炸弹。1908年，他又到汉口与王颖结婚，婚后又