尉健行作自己的副手，任中组部副部长。1985年，更进一步，接任乔石担任中组部部长，并在当年9月召开的中共全国代表会议上，被增选为中央委员会委员。在任中组部部长期间，尉健行亲自考察了大量青年干部，落实中央关于平反冤假错案的要求，坚决清理“文革”中的“三种人”，受到时任中共中央总书记胡耀邦的赏识。1987年，胡耀邦下台后，尉健行受到波及，被调任到新恢复设立的中华人民共和国监察部担任部长、党组书记，并连任第十三届中共中央委员。在任监察部部长期间，尉健行主持了数项监察系统的法律法规，并在全国各地县级以上重新架构