岛屿位置距离极远。赤尾屿周边还有若干小岛礁，包括望赤岛、小赤尾岛、赤背北岛、赤背东岛、赤背西岛、赤背南岛、赤头岛、赤冠岛、赤鼻岛、赤嘴岛等。赤尾屿距离作为列屿主岛的钓鱼台约110公里，而距离石垣岛则位于北方150公里处，另外在其正南方还分别有宫古群岛的多良间岛和水纳岛；而其绝对位置则位于东经124度33.4分、北纬25度55.2分上，面积为0.0609平方公里。赤尾屿的最高峰为海拔高度75公尺的赤坎岭，其位置则在岛屿中部偏南处，另外岛上其他高地还有岛屿北部的系缆石。另外在赤尾屿北方附近的小岛礁则被日本视