9月，孙中山在广州成立中华民国护法军政府，并自任为军政府海陆军大元帅，领导护法运动。翌年（1918年、民国7年）1月6日，孙中山先生即任命资铿为闽南军司令，并授予护法军政府陆军少将位衔。当年蒋介石下野曾寄寓林家，但是同年4月，皖系军阀卢永祥下派福建督军李厚基侦知此事，电令厦门镇守使唐国谟逮捕拘禁，幸得工部局及各国领事出面干涉而获释。自此事件后，资铿率队转战闽中，并先后陆续收复永春、仙游、德化、永安等七县。
与陈炯明之间的矛盾.尔后陈炯明奉命率军进入闽南地区，孙中山以「兵谋贵于统一」