被废去太子之位后，随文德天皇即位，正子内亲王被尊为太皇太后。贞观年间，正子内亲王将当年父亲嵯峨天皇之旧宫嵯峨院改建为大觉寺，亦将丈夫淳和天皇之离宫淳和院作为道场。贞观二年，正子内亲王于淳和院举办大斋会，延请诸寺名僧开讲法华经，又率清和天皇及皇太夫人藤原明子供养诸寺及佈施百姓，之后正子内亲王受菩萨戒于延历寺座主圆仁，法名良祚。贞观十六年，正子内亲王所居的淳和院失火，正子内亲王乘素车出逃于松下院避难，不久改居本院洞里殿。元庆三年三月，太皇太后正子内亲王逝世，享年71岁，遗言火葬，不起山陵，棺用朽木即可，