在禁锢期间读何休写的《公羊墨守》、《谷梁废疾》、《左氏膏肓》，郑玄不同意何休的见解，“蜂起而攻之”，也写了三本书反驳回去，史载“发《墨守》，针《膏肓》，起《废疾》”。何休看了感叹说：“康成（郑玄字）入吾室，操吾戈，以伐我乎！”党锢解除后，被朝廷征召为司徒。后授议郎，因多次陈忠言，再升谏议大夫，光和五年（公元182年）逝世。
学术.何休的学术主张以春秋公羊学为中心，他的公羊学着作是中国春秋学的重要内容，影响了清代晚期的常州学派以及民国的古史辨派。皮锡瑞指出何休的“三科九旨”