都督府仓曹参军。孝昌三年（527年）冬，樊子鹄奉尔朱荣命至洛阳。见到灵太后应对称旨，被灵太后授以直斋，封南和县开国子。担任尔朱荣属下行台郎中，代行上党郡太守。建义元年（528年）尔朱荣出兵洛阳，以樊子鹄为假节、假平南将军、都督河东正平军事、行唐州事。唐州刺史崔元珍闭门不纳，樊子鹄攻陷唐州。魏孝庄帝即位，樊子鹄任平北将军、晋州刺史，封永安县开国伯，兼尚书行台。529年，元颢入洛阳，元颢属下薛修义、陈双炽攻打晋州城。樊子鹄出城作战，击败薛修义。以功任抚军将军。召还任都官尚书、西荆州大中正。后兼右仆射，为行台