中国国民党当选为第三届、第四届立法委员。2001年立法委员选举，陈鸿基仍获得中国国民党提名，因与时任台北市议员的另一位国民党提名候选人陈雪芬共同提出「国、民合作」议题而名躁一时，结果双双落选。2002年11月2日，陈鸿基宣佈退出国民党，并加入台湾团结联盟担任组织部主任。2004年10月获派为台北驻日本经济文化代表处副代表。2007年9月担任亚东关系协会会长。