公司，控告蔡令怡违反《总统副总统选举罢免法》，意图使人不当选。蔡令怡称其口误，为此道歉。 遭控告的邱毅则于12月16日至监察院，检举蔡英文、何美玥及前国发基金管理会副执行秘书何俊辉三人涉嫌滥权、自肥、图利，并至台北地检署控告蔡英文诬告。12月13日，特侦组至国发基金管理会，调阅相关案卷公文。民进党批特侦组沦为选举斗争工具，特侦组发言人陈宏达表示，先保全证据才能发现真实，检察机关一切依法而为。
苏嘉全农舍与祖坟争议.2007年12月，时任行政院农业委员会主委的苏嘉全被民众检举其在屏