结构鉴定是伍德沃德研究生涯的一个特色。这种方法改变了沿用已久的冗长繁琐的传统分析方法。1944年，伍德沃德与其学生William von Doering完成了用于治疗疟疾的奎宁生物碱的人工合成。当时的宣传称此项突破可以解决因东南亚国家被日军占领而造成奎宁药材短缺的问题，但是当时的合成工艺无法做到工业化大量生产。然而这却是化学合成的一个里程碑。伍德沃德从德国人保罗·拉贝1905年将奎宁前体奎宁毒素转化成奎宁的事实中获得启示，意识到合成奎宁毒素即意味着可以合成奎宁本身。伍德沃德完成这个工作的时候，有机化学总