深圳主要客运码头为蛇口客运码头（已迁到蛇口邮轮中心），并兼顾出入境检疫。码头每日有大量定期航班往返香港中环、中港城、香港机场等地。深圳机场福永码头是深圳的另一海上客运站点，有航班直航香港机场和香港中环。
航空.航空方面，香港国际机场位列全球最繁忙的机场第8名，而深圳宝安国际机场位列第39名。深圳机场和香港机场之间的海上航班也于2003年9月通航，实现了中转旅客的对接。2016年7月28日，前香港天文台台长林超英称深圳宝安机场第三条跑道即将开工建设，有可能会影响香港国际机场第