两大部分，另设有附属园林。墓园葬有南宋末年来华传教的伊斯兰教先知穆罕默德十六世裔孙普哈丁，以及其他穆斯林或回族人，例如明朝和清朝期间的扬州知名阿訇。园林原本是1984年建成的东郊公园，在1987年11月划为墓园的附属园林。普哈丁墓在1957年列为江苏省文物保护单位，曾因故取消，后在1982年重新列入，其后在2005年成为全国重点文物保护单位。2012年11月，普哈丁墓列入海上丝绸之路申报为世界文化遗产的遗产点之一；普哈丁墓申报世界遗产的准备工作在2015年完成，并在2016年送交世界遗产委员会审议。普哈