侵入意大利时，教宗国的北方领土也被法国吞并，并成为内阿尔卑斯共和国的一部分。1798年，法军长驱直入教宗国腹地，攻占罗马城，并成立罗马共和国。教宗庇护六世被俘，流放到法国。1800年，反法同盟与法国达成和议，第二次反法同盟解散。此后法国恢复教宗国，庇护七世返回罗马。但是，1808年，法军再度进攻教宗国，并将其彻底灭亡。罗马城和教宗国的西半部被并入法国，东半部则并入以拿破仑为国王的意大利王国。在1815年维也纳会议上，教宗国被重建。此后的历任教宗在教宗国内推行一系列保守政策。直至庇护九世时期，由于18