005年8月2日，陈水扁提出了四阶段论，即“中华民国在大陆，中华民国到台湾，中华民国在台湾，中华民国是台湾”。四天后，又提出了一个原则、三个坚持、五个反对作为处理两岸事务的准则。2006年陈水扁宣布《国家统一纲领》「终止适用」，并于2007年提出了“四要一没有”，即：台湾要独立，台湾要正名，台湾要新宪，台湾要发展；台湾没有左右路线，只有统独的问题。不过，这并未引起中美的强烈反应，两岸经贸往来仍持续发展。2008年全年，“小三通”旅客运量达97.4万人次。
互惠协商.2008年3月2