，两人于1857年11月结婚。度完蜜月后，两人于1858年1月定居新奥尔良，布莱克本开始继续行医。他写的一首短诗表明两人曾有过一个叫艾比（）的女儿，但这个孩子显然还是婴儿时就夭折了，她的出生和死亡日期仍然不详。
南北战争时期.南北战争爆发后，布莱克本对南方邦联抱有同情。因年纪太大而不能加入美利坚联盟国陆军的他于是担任肯塔基州州长比利亚·麦高芬（）的使节，从路易斯安那州获取军火用于肯塔基州的防卫，但他未能实现取得这些武器的目标。1862年初，他成为斯特林·普莱斯（）少将手下的外科医师