镇将巡抚都怯懦不敢出战，酿成大乱。吴桥发生兵变，多城被攻陷，巡抚余大成、孙元化都主张招抚。农民军骚扰山西，巡抚宋统殷下令，杀死贼寇的抵掉死罪。丘民仰先后上疏议论他们的错误，后来的事情都像他说的那样。遭逢妻子过世，请假回家。出任河间府知府，升天津副使，调往大同，在汝宁监察军队，升永平右参政，调去督察宁前的军事防备。丘民仰善于处理繁重的事物，所以调任的都是重要的地方。崇祯十三年（1640年）三月提升为右佥都御史，代替方一藻巡抚辽东，考察巡视关外的八座城，驻守在宁远。崇祯十四年（1641年）春，锦州被围困，填