里就斩杀颜延，归降朝廷，并命刘敬宣及高雅之率军袭击王恭。当时王恭正在阅兵，刘敬宣突然袭击令王恭部众溃败，而高雅之亦已关上城门，王恭于是出逃，最终被捕处死。隆安三年（399年），孙恩起事，刘敬宣随父率军讨伐，并领兵从敌后进击，终击败了孙恩叛军，攻下了会稽郡，孙恩率众逃到海岛中。隆安四年（400年），司马元显升后将军，召刘敬宣为其谘议参军，加宁朔将军，不久加淮南太守，又迁任后军从事中郎。隆安五年（401年），孙恩进攻刘裕驻守的句章，但久攻不下，刘敬宣于是自请救援刘裕，终击退孙恩。刘敬宣在平定孙恩之乱时，