马帝国的城市。1482年，勃艮第公国解体，贝桑松被划入哈布斯堡王朝当中。1654年，西班牙哈布斯堡国王腓力四世将贝桑松与弗兰肯塔尔进行地位交换，贝桑松由此失去了帝国自由城市的头衔。1674年，法兰西王国与哈布斯堡军队在贝桑松展开了激烈的并取得胜利，成为法荷战争的一个转折点。贝桑松及弗朗什-孔泰地区于1678年根据《尼美根条约》重新成为法兰西王国的领土，并成为一个行省，直到法国大革命结束。17世纪末，法国工程师沃邦在贝桑松修建，并于1693年完成。十八世纪，贝桑松成立了大学和讲堂，并开设了法国第一个公共图书馆