加工区之缘故，各类货品进出频繁，在各处出口皆设有多重检查哨，以防不肖人士挟带走私进出。又此处出区的货品多属高单价保税品(如晶圆、面板、马达、电浆成品、积体电路板等)，出区之后或前往其他科学园区(双东工业区、南部科学园区(南科)、中部科学园区(中科)、新竹科学园区(竹科)、头桥工业区、中坜工业区、泰山工业区和内湖科学园区等)，甚至直接前往高雄港、高雄小港国际机场、桃园国际机场运往国外，故此加工区设有海关办事处；部分报关业者也以此为主要据点，协助货主将货品安全送抵客户手中。