37国、82个城市参赛，两千一百多名选手报名，竞争激烈。大会团体成绩排名，第一名曼谷，第二名北京，第三名首尔，第五名台北。其中在2006年8月26日游泳池畔的颁奖典礼上，中华台北队陈仪柔(获得50公尺自由式金牌)、刘士玮(获得50公尺蛙式金牌)在赢得游泳金牌上台领奖时，北京代表队队员先后强行抢走在观众席和台北市教育局人员手中的青天白日满地红旗，接着陈仪柔与刘士玮身披青天白日满地红旗准备上台领奖时，又被人抢走旗帜，双方因此爆发口角冲突。而事后，大会也决定，未来任何城市选手在颁奖礼上都不得携带旗帜。