拉善左旗东北有少量蒙古族穆斯林，唿和浩特、包头等地散居有维吾尔、哈萨克等族穆斯林。宋朝时期，今内蒙古地区即有基督宗教的信徒。宋代，克烈部约二十万人改信景教。其他蒙古部落也有景教信徒。回纥人曾由摩尼教改信景教。元代，多位天主教传教士自欧洲来传教，若望·孟高维诺在大都建立汗八里总教区，并曾在汪古部境内（河套地区）建立教堂。元代灭亡后，中国的天主教衰落。清代，天主教从西湾子（今属河北省张家口市）开始再次向内蒙古各地传播。1840年，罗马教廷设立蒙古代牧区，后来几次改划教区。中华人民共和国成立后，将内蒙古划为五