不同水温的环境产生不同的生理适应。而因应高盐环境，许多海洋真菌菌丝细胞内有多元醇等有机物以降低水势，避免脱水。
演化.对于海洋真菌的演化，有一种假说认为真菌在拓殖陆地以前已在海洋中演化多时，现存物种中，真菌演化上最早分支的类群隐真菌门中即不乏海洋真菌，且其中许多在演化树上是较深的支序（即该类群出现的时间已久），它们可能即是由真菌登陆前古老的海洋真菌类群演化而来，另一种假说则认为现存的海洋真菌是从陆生真菌演化而来，其论点为淡水真菌中在演化树上较深的演化支比海生者还多，另外海洋真菌多属