南京市金陵中学时期（1988年至今）.
金陵中学初期.1988年5月，经南京市人民政府批准，学校由南京市第十中学更名为南京市金陵中学。杨祖恒校长邀请着名书法家、全国政协副主席赵朴初先生题写了校牌，同时聘请了陈裕光先生为名誉校长。1988年10月6日，金陵中学举办了隆重的100周年校庆，钟楼的大钟敲响了100响。学校树立了“建校100周年纪念碑”。1996年10月，金陵中学在初步建立起教学体系的基础上，制订了《以学分为制约和激励机制的高中全面素质教育改革方案》