物碱等分子上去除磷酸基，进行去磷酸化作用，在碱性环境下最为有效，故得名碱性磷酸酶。
细菌碱性磷酸酶.在革兰氏阴性菌中，碱性磷酸酶位于细胞膜以外的周质空间。因为周质空间相比细胞内部受环境变化的影响更大，故细菌碱性磷酸酶更不易失活、变性和降解，能保持较高活性。至于碱性磷酸酶为何分布于此目前还未完全清楚，一个简单的说法是碱性磷酸酶在此切割出游离的磷酸以供吸收。支持这一观点的证据是碱性磷酸酶通常在细菌面临磷酸不足时合成。然而，也有其他的可能性存在，比如磷酸基团的存在通常会阻碍生物大分子透过