1963年10月28日苏联部长会议第1106-399号决议，和1963年11月4日卫生部长第79号令，苏联卫生部决定组建“空间生物学与医学研究所”。1965年更名为“生物医学问题研究所”。苏联解体后的1994年成为俄罗斯国家级学术中心。2001年隶属俄罗斯科学院。1967年开始编辑出版《航空航天与生态医学》期刊。
研究方向.根据2011年9月27日俄罗斯科学院第196号决议，医学生物问题研究所的主要研究方向为：