旧金山国际机场是湾区最重要的机场，为联合航空和维珍美国航空的枢纽站，亦是美国往亚洲的主要出发站之一，亚洲主要的航空公司大都在此设有航班。奥克兰国际机场与圣荷西国际机场主要提供国内线服务，面向航空公司主要为西南航空等廉价航空；国际航班曾仅限于墨西哥，而由于硅谷与亚洲的紧密联系，目前已有海南航空开办的圣何塞国际机场至北京首都国际机场，以及全日本空输开办的由圣何塞国际机场至东京成田国际机场的直达航班。奥克兰为西南航空的枢纽站以及和捷蓝航空的重点城市。
水上交通.除了高速的路面交通，湾区还