隧道完工后，纵贯线全线在该年4月20日完工通车。纵贯线的工程原本预定要耗费十年，但结果提早一年完工，耗用经费也比预估的少，遂将经费投入基隆车站的改建与台湾铁道饭店的兴建，此外由于纵贯线未经过南部要地凤山厅行政中心凤山街，遂兴建打狗（今高雄港车站）到九曲堂的「凤山支线」（工程期间为1907年4月到9月），该支线后来延伸成屏东线。而纵贯线的兴建，基本上是奉行「速成延长主义」，尽可能地要让铁道早日通车，故施工上要求越快越好，经费也是能省便省，故忽略了不少实际营运上可能会面临的小问题，车站等设施也都因陋就简。而