护卫总司令部，统括第一、第二海上护卫队在内的全部护航兵力。1944年（昭和19年）6、7月间的塞班岛战役中，日军驻军全军覆没，二海护司令部因设置在塞班岛，亦于是役全灭，7月18日二海护解散。1944年5月20日，日军组建第三海上护卫队，负责东京湾至纪伊水道的护卫。三海护所属兵力比起一海护来说极为贫弱，同年11月末，新航母信浓在三海护负责的海域内遭到伏击沉没。1945年4月15日三海护解散，改组为第四特攻战队。1944年4月10日，第四海上护卫队成立，负责九州（佐世保、鹿儿岛）到（沖绳岛等）之间的航路