，1935年3月任陆大校长。陆军内部的争权斗争激化，同年7月，真崎的教育总监职务被免去，8月相泽事件中，时任陆军省军务局长永田铁山被中佐持刀砍杀。1936年（昭和11年）2月，发生二二六事件，小畑因部下陆大教官事件中有牵连，以监督责任被问责。同年3月晋升中将，二二六事件后“肃军”运动中皇道派势力被清洗，同年8月小畑被编入预备役。1937年七七事变后中日战争全面爆发，被召集担任宇都宫留守第14师团长，后因健康问题，召集令被解除。太平洋战争日军在战局中失利，他因参与打倒东条内阁，以期结束战争而被宪兵队监视。