道新干线、小田急电铁小田原线、箱根登山铁道铁道线、伊豆箱根铁道大雄山线，其中小田急与箱根登山铁道直通运转。2003年完成跨站式站房后正式连通各线。JR东日本东海道本线车站停靠东京站起讫列车，与经新宿站直通高崎线的湘南新宿线，以及经东京站、上野站直通东北本线（宇都宫线）、高崎线的上野东京线。湘南新宿线原则上以本站为终点。东海道新干线1日有15班（下行8班、上行7班）「光号」、「回声号」停靠。另外，其他路线也有许多以本站为起终点的班次。JR小田原站的事务管码为▲460126。
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