些研究发现性别认同与大脑结构之间存在相关性。在失去外部器官后，幻肢是一种常见的，通常是痛苦的经历。Ramachandran（2008）发现，虽然近三分之二的顺性别男性手术切除了阴茎后会有幻肢的现象，但是跨性别女性经历性别重置手术后只有三分之一的人会有幻肢。然而，这项研究忽略了单纯截肢及性别重置手术之间的差异。截肢时连接阴茎和大脑的神经会被切断，而性别重置手术中一些阴茎和阴囊可以再次使用以产生阴道腔，阴唇和阴蒂。在这种情况下，生殖器连接到大脑的神经会有一些保持完整的功能。三分之二的跨性别男性报告了从童年开