联合国环境署和人居署的总部落户内罗毕，这些都提升了他的国际声望。肯雅塔于1966年在无反对下当选总统，1970年和1974年两次连任肯尼亚总统。1969年他封禁了唯一的反对党肯尼亚社会联盟，使肯尼亚成为一党制国家。1978年8月22日，他逝世于蒙巴萨，享年86岁，葬于奈洛比市中心的乔莫·肯雅塔陵墓中。副总统丹尼尔·阿拉普·莫伊继任成为总统。肯雅塔之子乌胡鲁·肯雅塔继承了他的政治才能，是前任肯尼亚非洲民族联盟主席，但在2002年的总统选举中败给了姆瓦伊·齐贝吉，后于2013年终于当选总统。