为全国首批具有博士学位授予权的高校，1996年进入211工程建设，2000年经中华人民共和国教育部批准设立研究生院，2011年成为优势学科创新平台项目重点建设高校。
校园环境.南京航空航天大学有三个校区，官方名称分别为明故宫校区、将军路校区和天目湖校区，另有江北新区国际校区在建。明故宫校区简称“本部”，将军路校区别名“江宁校区”，简称“江宁”，天目湖校区又称“溧阳校区”。明故宫校区位于南京市秦淮区，在中山东路以南、瑞金路以北、御道街以东，原址为明代南京故宫，太庙位列其中