华东第二通道之后，南京东机务段余下的ND5型机车分属南京东运用车间、南京北运用车间和蚌埠运用车间。南京东运用车间的ND5型机车主要用于牵引宁芜铁路南京东至芜湖东的货物列车、京沪铁路南京东至常州东的摘挂货物列车，以及用于南京周边地区（例如尧栖支线南京东至栖霞山北）的调车及小运转作业。南京北运用车间的ND5型机车主要担当宁启铁路南京东至海安的货物列车。而蚌埠运用车间的ND5型机车则主要用于牵引符夹铁路蚌埠东至青龙山、水蚌铁路蚌埠东至合肥东的货物列车，以及京沪铁路徐州北至蚌埠东、蚌埠东至南京东沿线的摘挂货运任务。