47年中华民国内政部方域司公布的名称为舰长暗沙，1983年中华人民共和国中国地名委员会公布的标准名称为“舰长礁”。西方文献一般称为“Royal Captain Shoal”。
名称来源.1773年12月，英国东印度公司商船“皇家船长号”（）满载中国货物（瓷器，茶叶，丝绸，玻璃制品，黄金等）和少数乘客，从中国广州前往英国设在沙巴北部的巴拉邦岸岛（在马来西亚邦耳岛西侧）的自由贸易港，航行到第四天即12月17日，在凌晨2点半，撞到了一座海图上没标注的无名岛上，这座岛后来被命名为“Roya