华民国九龙海关全体人员转投中国大陆，即于当时的广东省宝安县设立海关，更名为中华人民共和国九龙海关。1988年3月，当时的九龙海关率先实行报关电脑自动化工程，使入出境旅客行李物品的验放速度大大提高。1997年香港回归后，改名为中华人民共和国深圳海关，管辖深圳市和惠州市两地。目前，共有在职干部职工8000余人，设有53个机构，其中副厅级机构2个，正处级机构52个；内设职能处室21个，下设隶属海关32个。深圳口岸业务量大，海、陆、空、铁、邮监管门类齐全，各项业务规模均居全国海关前列。