身为封臣，司法上不受《台湾告令集》约束，而是依各自部落的习惯审理案件，并由派驻在当地的政务员辅导与监督。然而涉及死刑或流放台湾岛外的案件，需交由台湾议会审理。
地方会议.大员当局把台湾画分成北部地方会议区、南部地方会议区、淡水地方会议区、卑南地方会议区四大区域，原住民依其所属区域推举代表与会。会议系分区召开，开会日期亦有不同，南部、北部皆由长官主持，并于赤崁开会；淡水及卑南分别由驻于安东尼堡、卑南社的代表主持。原则上每年开会一次，也有因故停会，1657年就因南台湾爆发天花，仅于淡水