中华革命党讨伐是为二次革命，同年3月，袁世凯被迫宣布取消帝制，6月在绝望中死去，护国战争结束。袁世凯死后黎元洪继任总统之位，段祺瑞则成为国务总理，但两人却因为意见不一而交恶，不久段祺瑞擅自向德国宣战，黎元洪将段祺瑞撤职，但段祺瑞却率军讨黎，黎元洪不得不向张勋求助，1917年6月7日张勋却率五千名辫子军攻入北京并扶植溥仪为帝，黎元洪又向段祺瑞求助，段祺瑞便用12天讨平复辟，黎元洪也辞职。中华民国进入北洋军阀各派系（皖系、直系和奉系等）控制中央政府时期，地方政府则由各个军阀派系割据。
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