对于宗教事务很是虔诚，他对于诗歌和冥想生活也有着浓厚兴趣。巴耶塞特二世跟其父亲一样包容东西方文化。与许多苏丹不同，巴耶塞特非常努力去确保内部政务顺利地推行，所以他被冠以「正义者」的称号。他在任内为了征服由威尼斯控制的摩里亚采邑，发动了多次战役，海上与威尼斯共和国爆发的佐奇奥战役则决定了鄂图曼帝国日后成为地中海东部的海军强权的关键。这些战役的最后一役在1501年结束，巴耶塞特二世终于控制了米斯特拉斯及莫奈姆瓦夏的主要要塞。
王位之争.穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆