政院长不需要由立法院同意，只由总统任命即可。连战虽然退下火线，但同时招来民选台湾省长宋楚瑜的强烈反弹，为日后宋楚瑜脱党参选种下远因。1997年，国民大会通过第四次增修条文，正式落实国发会的决议，连战专任副总统，改由立委萧万长出任行政院长，年底国民党于县市长选举中受到前所未有的惨败，在多处县市出现国民党内闹分散选票的情形下，团结的民进党夺得了占百分之七十以上人口的县市的执政权。1998年，台北、高雄市长兼立法委员选举（简称三合一选举），国民党夺回台北市执政权，但同时失去高雄市，在立法院则重新夺回简单多数。