政府和工厂同意协助居民迁村。1986年至1987年期间，林杰樑继续和和国立台湾大学团队则开始追查各种造成慢性病的不当行为，其中先后揭露高雄市后劲地区的台湾中油炼油厂制造的空气污染、二仁溪河畔焚烧废电缆造成的污染事件等。另外林杰樑也曾经出钱出力调查新竹的台湾中油公厂外围居民是否暴露在有毒环境，由于其认真的态度而感动许多当地民众。然而由于不害怕相关单位和组织的施压，使得他成为团体医疗组织的少数人并且一度遭到排斥，但是执着理念的林杰樑仍然继续研究毒理学并且专心从事研究；并且等到其研究结果投稿并且出现在国际期刊