不想与伊斯兰国对敌，不过阿克萨战士仍然效忠基地组织。2016年2月17日，超过400名阿克萨战士的成员与高层人员转投努斯拉阵线。2016年9月20日，美国国务院宣佈把阿克萨战士列为恐怖组织。2016年10月，阿克萨战士与自由沙姆人伊斯兰运动在伊德利卜省境内的冲突加剧，在数个城镇和村庄发生了其中一方驱赶另一方的事件。在上述冲突期间，据报有800名武装分子转投阿克萨战士，使得该组织的成员人数增至1,600人。同月阿克萨战士宣称效忠征服沙姆阵线。2017年1月20日，盘据伊德利卜省的不同反对派团体再度