演化分类学的主流是以形态相似性来进行分类，并以出芽的纺锤形画法表示演化历史。过渡形态被放在不同支系之间的分叉处，兼有主干上的特征及分枝上的特征。待支序分类学兴起后，演化历史改用棍状的支序图表示，只有一层层巢状重叠的单系群可以被定义为生物类群。例如原本鸟和爬行类被视为两个独立的类群，支序分类学将鸟类视为爬行类底下的一支。从支序分类学的观点，过渡生物代表的是一根分枝的早期，还没有演化出分支末端的形态。因此，「过渡化石」是个误导人的名称，因为分化是发生在各个类群之内，也就是支序图的各根棍棒上，而不是类群之间的