子托付给武内宿祢，命其从四国外侧航至纪伊，自己则穿越濑户内海面对亲王军。航行途中，皇后船舰遇到困难无法前进，便在古水门占卜并分别以叶山媛令、海上五十狭茅和长媛令献祭给天照大神、稚日女尊和代主尊三位神祇，终能顺利出海，躲过亲王军而回京。回京后，皇后命武内宿祢率军讨伐熊忍王。由于武内宿祢使计得宜，熊忍王军大败而逃。在海上一番追击后，走投无路的熊忍王投海自尽，叛乱结束。该年10月，皇后正式摄政，并于隔月埋葬先皇于河内国长野陵。
摄政.皇后摄政三年，立亲生皇子誉田别尊（即日后的应神天皇