流入圣胡安 - 卡皮斯特拉诺市内。在穿过5号州际公路后，溪流会流进带有混凝土堤坝及土质河床的梯形防洪河道内，并先后与及汇合。最后，溪流会流经圣胡安 - 卡皮斯特拉诺及达纳角之间的边界，并直接流进北端的一个淡水潟湖内。该潟湖由沙舌形成，并阻挡河水流进太平洋，但在流量高的时候河水亦会越过沙堤并溢出至卡皮斯特拉诺湾。
流域.圣胡安溪流域横跨橙县南部及一部分河滨县，共佔地347平方公里（133.9平方英里）。圣安娜山脉佔据了流域的北部、东部及南部大部分地区，而圣华金山则与流域的西南部接