孙良桢主持屯田，一年岁入二十万石供军粮。至正十五年（1355年），担任河南行省平章政事。至正十六年（1356年），入朝担任中书省平章政事，知经筵事。至正十八年（1358年），右丞相太不花被弹劾罢官，他代替领兵，节制河北诸军。至正十九年（1359年），知枢密院事，跟随孛罗帖木儿攻打察罕帖木儿部将八不沙，后来率达达军回京。