日，邓子恢兼任新四军第四师政委。8月23日，华中局决定，成立淮北军政党委员会，邓子恢为书记。。1942年11月25日，淮北地区实行党政军一元化领导，撤销淮北军政党委员会，邓子恢任淮北区党委书记，同时兼任淮北军区政治委员。 1944年7月25日，在豫湘桂会战河南沦陷背景下，新四军四师向路西发展恢复豫皖苏边区，开展河南抗战局面，彭雪枫率领四师主力5个团执行西进任务，邓子恢等率领两个团和地方武装坚持淮北路东根据地，配合支援主力西进。1945年当选中国共产党第七届中央委员。
第二次国共内