吏奉旨催促，因笃不从，以死抗拒，后在母亲的规劝下，秋季入京。奉命编修《明史》。因受到顾炎武的批评，再度辞归。与周至县李二曲、眉县李柏合称“关中三李”，“生平与李二曲交最密，天生宗朱子，二曲讲良知。”晚年抱病卧床，助王鸿绪修改《明史稿》。康熙三十一年（1692年）壬申十一月二十二日卒，年六十二。着有《受祺堂诗集》。