企图策动黑龙江巡抚周树模「反正」，但没有成功。南京临时政府成立后，胡秉柯任总统府秘书，南京临时参议院议员。南北议和后，胡秉柯到青岛、武汉、南京、苏州、上海等地发表演说。1913年初，胡秉柯当选民元国会参议院议员，此后他受到中华民国临时大总统袁世凯约见。宋教仁遇刺后，他离开北京南下，刚抵达汉口即遭逮捕，经多方营救后出狱，随即致信北京方面，唿吁袁世凯辞职。1913年7月12日，李烈钧在湖口起兵讨伐袁世凯，在南京的胡秉柯主张成立中央政府，但其主张无人响应。二次革命失败后，他不断咳血，1914年冬，在上海病逝。