在位时，后金与明朝不断发生战争，朝鲜也卷入战争当中。仁祖登位后掌权的西人党却支持宗主国明朝对抗满清，满清面对明朝与朝鲜的夹击，决定向较弱的朝鲜开刀。清天聪元年（1627年）皇太极与贝勒阿敏亲自领兵入侵朝鲜，史称丁卯胡乱，朝鲜军队不敌清兵，仁祖与群臣逃往江华岛，结果朝鲜与满清议和，约为兄弟之邦，朝鲜并向满清岁贡。由于朝鲜不满，依旧不臣服，皇太极于1636年再次派兵入侵朝鲜，韩国称为丙子胡乱，清兵势如破竹，直捣朝鲜首都汉阳（今首尔），仁祖逃至南汉山城被清军所围，订下极其苛刻的和约，朝鲜成为满清的藩属国，与明