国十五年（1926年），陈陶遗获悉孙传芳密令吴江县公署逮捕柳亚子，便派人暗中提前通报柳亚子，使柳幸免于难。民国十六年（1927年）初，陈陶遗劝说孙传芳联合北伐的国民革命军，但未被采纳，陈陶遗遂辞职。民国廿二年（1933年），他应上海市临时参议会会长史量才邀请任该会秘书长。民国廿六年（1937年）日军进占上海，他因病留沪，此后汪精卫、冈村宁次曾邀请他出山任职，皆被他拒绝。抗日战争胜利后，1946年中国国民党要他出任上海市参议会议长，也遭其拒绝。民国卅五年（1946年）4月27日，陈陶遗去世，黄炎培等人为他