（如氨基酸）来说相对简单，它可以通过细胞质迅速扩散。然而，疏水性分子，如脂肪酸或固醇，可以通过特异性结合蛋白通过细胞质基质转送，特异性结合蛋白将这些分子在细胞膜之间穿梭。 通过内吞作用或分泌途径进入细胞的分子也可以通过在细胞质的囊泡内被运输，这囊泡是被马达蛋白携带沿着细胞骨架移动的脂质小球。细胞质基质是原核生物和真核生物的大部分代谢作用的发生位置。 例如，在哺乳动物中，细胞中大约一半的蛋白质被定位于细胞质基质。 最完整的数据可在酵母中获得，其中代谢重建表明大部分代谢过程和代谢产物都发生在细胞质基质中。