东汉改设五校尉，继续统领宿卫兵，秩比二千石，官高职显，很多由皇族和亲信担任。城门校尉继续执掌雒阳十二城门。到汉末灵帝曾经特设西园八校尉，掌管京师附近的兵权。但此时随着军权分散，各地诸侯并起，校尉的名号开始多见，如骁骑校尉（曹操）、折冲校尉（袁术、孙策、夏侯惇）、鹰扬校尉（曹洪）等，而地位则居于越来越多的各中郎将之下。在北方等少数民族地区的驻军长官也称校尉，护羌校尉、护乌桓校尉等。
魏晋以后.汉朝以后，基本效仿东汉五校建制，不过校尉的地位日渐低落。西晋时沿袭曹魏，有