阵汉诺威96的比赛中右膝外侧副韧带撕裂。3月份，武藤嘉纪在训练中再度受伤，赛季报销。在2015-16年赛季中，武藤嘉纪在德甲联赛中出场20次，打入7粒进球并贡献3次助攻；在德国杯出场1次，打入0球。2016年8月27日，在德甲联赛首轮美因茨客场对阵多特蒙德的比赛中，武藤嘉纪在比赛第81分钟替补出场并打入1粒进球，但最终美因茨仍以1：2的比分不敌多特蒙德。9月18日，在德甲联赛第3轮美因茨客场对阵奥格斯堡的比赛中，武藤嘉纪在比赛第67分钟替补登场并在比赛第81分钟打入1球，帮助美因茨以3：1的比分战胜奥格