天启二年（1622年）进士，与王思任、倪元璐、黄道周、王铎合为“天崇五才子”。授行人，升吏部主事，因直言见忌，归里筑指树园闲居。明亡后长期从事抗清活动，顺治四年与如皋人赵云、李七等举兵反清。兵败被逮捕入狱。顺治六年（1649年），大赦出狱，暗中与海上鲁王通信。其子李旦被任命为御史。后因家童谢庭兰告密被捕。李之椿绝食七日死，李旦被斩于西市，同死者有48人。李之椿妻许氏被关于嘉兴玄妙观，亦绝食亡。着有《徂徕集》、《指树园集》、《霞起楼诗集》等。