特摩斯一世将哈特谢普苏特许配给他以便得到正式合法的王权。哈特谢普苏特也有一个妹妹妮斐鲁碧提，但史书文件并没有关于她的详细记载，仅与父亲图特摩斯一世和母亲雅赫摩斯王后出现于一副壁画，她可能早夭。哈特谢普苏特与图特摩斯二世生有一个女儿，涅弗鲁利，她可能是图特摩斯三世的皇后，但没有任何文物显示他们有婚约，在哈特谢普苏特倒台前去世，享年16岁。她的祖母是仙塞妮普。仙塞妮普的家世不详，丈夫身份有待考察，或为阿蒙霍特普一世的姐妹或妾室，出现于停灵庙的几副壁画。部分学者认为哈特谢普苏特在与图特摩斯二世结婚前拥有一个情人赛