文自杀一事向苗栗县长刘政鸿丢掷鞋子而被起诉，邱显智担任陈为廷等人义务辩护律师，主张此举乃正当防卫，更多次争取传唤刘政鸿出庭。该案二审判决有罪免刑，鞋子发还陈为廷，邱显智对此表示这在实务上相当罕见，有「为德不卒」之感。2014年3月15日，邱显智接任台湾人权促进会会长，三天之后即爆发318太阳花运动，邱显智亦以台权会长身份参与立法院场外的活动、短讲。运动退场后，邱显智担任陈为廷、黄燕茹等人的辩护律师。此外318太阳花运动参与者魏扬因在运动期间参与割蓝委行动称国民党籍新竹市立委吕学樟为「缩头乌龟」而遭吕学樟控告