议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持而终无所成。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死。郑芝龙向清军投降，由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿键死后，其弟朱聿在广州受苏观生及广东布政司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。1646年永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，例如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠