GB硬盘上产生错误。一些OnTrack或者是EzDrive 的驱动解决了这些问题。 FreeDOS可以同一种叫"DOSLFN"的驱动使用，它支持长文件名（参见VFAT），但是大部分早期程序就算装载了这个驱动也不能使用长文件名。FreeDOS没有支持NTFS或ext2的计划，但是有一些外部第三方驱动能达到使用这些文件系统的目的。为了接受ext2文件系统，LTOOLS（与MTOOLS相当）可以在ext2文件系统上读取和写入数据。NTFSDOS和NTFS4DOS一类产品则提供了对NTFS的支持。 目前Fr