分重要事情的发生顺序都有一些混乱矛盾。因此金庸在1999年至2002年期间，结合众多资深金迷的意见和建议，重新修订，称为世纪修订版（新修版）。这一版本对书中年代、人物年龄、事迹先后等细节纠正很多，周伯通的年龄、江南七怪的年龄范围都有微调，也合理解决了郭靖、黄蓉的年龄问题，还对黄药师众弟子年龄和关系重新改写：曲灵风变成了大弟子、梅超风出场时由流行版「四十来岁」年纪年轻至「二十多岁」……除此之外，还给了黄药师一段家族身世，并对九阴作出解释，按易经，阳为奇数，阴为偶数，所以《九阴真经》的最高境界应为阴阳相容、