过相较于Rf1等蝙蝠病毒ORF3b胺基酸序列和SARS病毒的相似度超过90%，BM48-31病毒ORF3a胺基酸序列和SARS病毒的相似度仅有约45%。
分类.种系发生学研究结果显示BM48-31病毒与BtKY72病毒组成一个演化支，两者基因组序列相似度为81%，此演化支是SARSr-CoV演化树的基群，与其他SARSr-CoV分家早于SARS-CoV和SARS-CoV-2分家的时间。