与外交的黑船来航事件以后，传教活动才再次兴盛于日本，现在日本正式的基督徒不超过总日本人口的1%。
伊斯兰教.日本伊斯兰教穆斯林主要是来自亚洲其他国家的小型移民社群。根据估计，2008年日本80-90％的穆斯林是来自印度尼西亚、巴基斯坦、孟加拉国和伊朗的外国侨民。日本穆斯林总人口为70,000-100,000人，而“日本人穆斯林的估计数范围从几千到几万”。
犹太教.日本的犹太教主要由居住在日本的犹太人信奉。
印度教.日本的印度教信徒