北洋军系影响力是基于他长期主掌军队训练及养成，新军逐渐编练成形的同时，段祺瑞也逐渐在军队中植入属于他专属的伦理性影响力。1909年1月2日，袁世凯一度失势，遭清政府下令“着即开缺，回籍养疴”，袁临别前将北京私宅赠与段祺瑞。段祺瑞则在同年12月回任陆军第六镇统制。1910年5月25日，清廷以段祺瑞督办北洋陆军学务有功，赏头品顶戴。12月18日加侍郎衔，外放任江北提督，驻江苏淮安清江浦，负责本地治安。1911年武昌起义爆发后，清朝政府重新启用袁世凯，袁世凯将段祺瑞召回北京，10月25日段升任清军第二