936年2月，杨森升为陆军中将。抗日战争爆发后，杨森任国民革命军第六军团军团长，在上海方面展开军事活动。1938年1月，任国民革命军第二十七集团军总司令。1939年10月，兼任第九战区副司令长官。抗日战争结束前的1945年1月，杨森被任命为贵州省政府主席。1947年7月19日，国民政府派杨森为贵州选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1948年（民国三十七年）7月，转任重庆市政府市长。1949年6月，兼任西南军政长官公署副长官。1949年11月10日至12月7日，成立