崇善里位在由台南市东区中华东路、仁和路、善东路与崇善路围成的区域之中，东邻和平里与仁和里，南临德高里，西邻崇德、崇文、崇成三里，北邻崇信里。此区原为农地，且为德高里的一部分，后来到了民国七十一年（1982年）8月1日才从该里独立出来。