秦淮河与金川河是南京城内的两大水系。紫金山及其横贯南京城的余脉形成了它们的天然分水岭。分水岭南侧的青溪、珍珠河、进香河等汇入内秦淮河。北侧的金川河水系与玄武湖水系相通。玄武湖水质为4类，而金川河则污染严重，为劣5类水质。市区内除玄武湖外、还有莫愁湖、南湖、紫霞湖、月牙湖（原城东护城河一部）等大小湖泊。
气候.南京属于北亚热带季风气候，四季分明，冬夏长而春秋短，年平均气温16摄氏度。夏季盛行西南风，历史最高气温40.7摄氏度（1959年8月22日），号长江流域三大火炉之一（另两大