内务省停职)。明治二十四年（1891年）8月，获得医学博士学位。返回日本根据福泽谕吉们的援助设立传染病研究所。明治二十七年（1894年）2月，传染病研究所迁移到芝区爱宕町，制造藤萝抗血清，并开始进行治疗。1894年5月，在被日本政府派遣调查的香港爆发的严重鼠疫。至6月，北里柴三郎发现了作为感染症的腺鼠疫的病原菌。大体上同时，亚历山大·耶鲁山也发现了鼠疫菌。明治三十二年（1899年）3月，传染病研究所移交给国立（内务省），4月就任所长。明治三十四年（1901年），北里与埃米尔·阿道夫·冯·贝林曾被提名首届