有7股道，其中正线2股、到发线5股，建有站台5座：其中包括1座基本站台和2座岛式站台。站台上方被500米长无柱雨棚覆盖。站台与站房间设有进站天桥和出站地道1处。
旅客列车目的地.2019年前，南通站为宁启铁路的一个中间站，但由于南通东站至启东站的宁启铁路二期工程迟迟未完工，所以南通站成为了宁启铁路旅客客运的尽头站，因此当时南通站所有列车均为始发列车。2019年1月起，南通站开行始发往方向的始发普速列车。2020年7月1日，南通站开行往返上海站和上海虹桥站方向的城际动车组列车，经本