参谋本部更为无权，参谋总长、次长及下属职员任免，以及各师、混成旅参谋人员任免不再受参谋本部控制，各实权机构对前线军队混乱指挥，影响参谋本部行使职权。1916年6月陆军大元帅统率办事处裁后恢复总统府内置军事处，1924年11月裁撤。1927年7月12日，陆军部与海军部合併成立军事部，并把航空署以及不属于内阁管辖的参谋本部合併归一。参谋本部改为军事部参谋署。
广州军政府.1917年8月31日，国会非常会议通过《军政府组织大纲》，设大元帅府参谋处，下设参谋总长一人，参谋次长二人，陆、海军