般被归为内口纲），或者是和昆虫纲有着不同关系的数条线。特别是双尾目，和昆虫纲的关系比弹尾目或原尾目更为亲近。亦有一些证据猜测六足亚门可能不是同源的，尤其弹尾目可能属于其他类群。分子分析猜测六足亚门是由其旁系群－Xenocarida分支出来的，大约在志留纪刚开始时，正好和陆地上的维管植物出现同一时期。