浦区朱家角镇淀峰的淀山湖，在吴淞口注入长江，是长江入海之前的最后一条支流。黄浦江上游接纳太湖流出的诸河，是太湖向东海泄水的主要通道，现时78%的太湖入海径流通过黄浦江排入东海，主要有淀山湖、太浦河、红旗塘、上海塘等四大主要水系。主要支流包括吴淞江、蕰藻浜、川杨河、淀浦河、大治河、斜塘、园泄泾、大泖港。浦东、浦南地区临海，以川杨河、大治河、金汇塘、紫竹塘等河道引黄浦江水灌溉当地土地。黄浦江市区段水深10米左右，最深处17米左右，曾是上海航运业的核心水道，有着名的十六铺码头。如今其航运地位逐渐被深水海港