君士坦丁堡牧首发生激烈冲突，结果被以米海尔·普塞尔乌斯为首的帝都贵族推翻。以君士坦丁·杜卡斯为代表的杜卡斯王朝取得了皇位，该家族对官僚阶层作出种种让步，使帝都贵族更加得势。杜卡斯王朝在1071年抵抗塞尔柱帝国的侵略时在曼齐克特一败涂地并丢失了几乎整个安纳托利亚，并被其将领尼基弗鲁斯·波塔尼亚特推翻。在这种混乱的政治斗争中，伊萨克一世的侄子阿莱克修斯·科穆宁扩大了势力，在1081年推翻了尼基弗鲁斯三世，重建了科穆宁王朝。阿历克塞一世是科穆宁王朝的真正奠基人。在科穆宁王朝时期，东罗马帝国已不具有马其顿王朝时