38年9月—1946年7月的童年成长于贵州贵阳，他在一次专访提到「我小时候就是在这里长大的，算是半个贵州人，之后因为工作又多次来到贵州，很多儿时的记忆，至今都还记得。（切换至贵阳话）我还记得甜酒和干糍粑。」。 1946年贵阳中央医院迁址广州（今广东省人民医院），钟南山由此定居广州。1949年入岭南大学附小（现中山大学附小），升入今广州华南师大附中。1955年考入北京医学院（今北京大学医学部），1960年毕业。1959年8月在第一届全国运动会的北京市集训队的一次测试，400米跨栏跑出54.2秒（手动计