3年4月14日），还未见到大政奉还的高杉过世，得年27岁。临终时有父母和妻儿在身旁陪他，并且据说和山县狂介、等人也在高杉临死前和他见过面，但根据田中残余的日记来看，他那时人正在京都，所以详情不明。高杉之墓位于现在的山口县下关市。后来因为木户孝允和大村益次郎等人的要求，于是高杉和吉田松阴、久坂玄瑞、坂本龙马及中冈慎太郎等人，一起被迎接进入现在的靖国神社受到表彰和祭拜。高杉的辞世之句为「」（让这无趣的世界变得有趣吧）。在他的彰显碑上写着：「动如雷电、发如风雨、衆目骇然、无敢正视者、此非我东行高杉君哉