林志昇在一片形势大好的氛围下，决定参选高雄市长，并将主要竞选目标锁定在民主进步党的候选人陈菊。2006年12月林志昇参选高雄市长以最低得票数1746票落选，林志昇的竞选总干事苏南成与林志昇划清界限、分道扬镳。2007年3月，在林何美属理论所谓的中华民国流亡政府的体制之下报备成立政党；林志昇等人以台湾平民行动党挂牌上市，由于市议员保证金垫款与支持者捐款处置不当，导致财务纠纷以及柳信福、陈祖贤、林义宪和邓芬慧之间的内讧；林志昇无力敉平，辞去台湾平民行动党主席职位。2007年6月，林志昇又成立了台湾平民民