68年，明治维新后，政府重新允许基督教传播，但明治宪法规定大日本帝国以神道教为国教。然而基督教的影响力已不如当年在安土桃山时代传入时强大。虽然日本在维新时吸收了大量西洋文化。二战中，日本军政府为了方便掌控制定宗教团体法，将日本所有差会解散，并组织日本基督教团(日本キリスト教団)。日本军政府惟恐基督教势力受美国影响和支配，强制关闭了许多教会，并监禁不愿意加入日本基督教团的基督徒。
二战后.1947年制定的日本国宪法，完全保障宗教自由，日本逾四百年打压基督教传播的政策才正式终止。