其中九龙湖校区为主校区，丁家桥校区为医学院所在地。晓庄和长江后街校区已不承担教学和科研任务，校区建制被撤消。浦口校区已整体移交民办的独立学院东南大学成贤学院使用。
四牌楼校区.东南大学四牌楼校区位于六朝园囿遗址之上，明朝时为南京国子监的所在地。校园内的六朝松有上千年树龄，相传为梁武帝手植于六朝时期，是东南大学的象征之一。四牌楼校园是原国立中央大学旧址，主要建筑大多为民国时期所建，多为西方古典主义风格。2006年，以“中央大学旧址”之名列为第六批全国重点文物保护单位，其中大礼堂是东南