光绪十九年（1893年），两广总督李鸿章将水陆师学堂分为水师学堂和陆师学堂，水师诵堂改为“广东黄埔水师学堂”。水陆师学堂从1887年至1893年共招生八期。光绪二十七年（1901年）学堂总办林贺峒（林则徐之孙）。光绪三十年（1904年），粤督岑春煊调京卿魏瀚（原为福建船政会办）来粤任黄埔总办，即水师学堂总办，兼黄埔船局总办和黄埔鱼雷局总办。不久，魏将黄埔鱼雷局附属鱼雷班学生40名并入水师学堂，并改名为“广东水师鱼雷学堂”。主要课目有：天文、驾驶、海上气象学、电气学、水路测量、海岸要塞、弹道学、射击