很大名气的枣祗投到曹操麾下，“共举义兵，周旋征讨”，深得曹操器重。汉献帝初平三年（192年），曹操佔领兖州，自领兖州牧，任命枣祗为东阿令，镇守东阿。枣祗致力于劝课农桑，积谷屯粮，勤修武备，组织操练军民，并将城防工事加固修缮一新。兴平二年（195年），吕布、陈宫乘曹操出兵徐州之机，突袭东阿，被枣祗率军民顽强击退。汉献帝建安元年（196年），曹操迎献帝到许都，枣祗受封羽林监，宿卫宫中。枣祗此后因为提出并推行屯田制被提升为陈留太守，但不久就因病去世。事隔多年，曹操对枣祗还念念不忘，追封枣祗为列侯，并让他的