后，依照惯例，西藏噶厦、班禅堪布会议厅、札什伦布寺均分别开始了寻找第九世班禅额尔德尼的转世灵童的工作。班禅堪布会议厅于1941年指认贡布慈丹为班禅转世灵童之一，但拉萨噶厦对此一直不予承认，噶厦在拉萨另外指认了两名转世灵童。1943年春，班禅堪布会议厅拜嘉雅活佛为贡布慈丹的副经师。1944年在拉卜楞寺拉科活佛拉科·晋美赤烈嘉措（同年成为贡布慈丹的正经师）主持下，于宗喀巴诞生处圣迹前举行仪式，从10名灵童中确认贡布慈丹为第九世班禅额尔德尼的转世灵童，授法名“确吉坚赞”，迎请至塔尔寺供养，接受严格的经学教育，