98年，浙江大学、浙江医科大学、杭州大学、浙江农业大学合并组建为新的浙江大学，浙江医科大学校本部更名为浙江大学西校区（即浙江大学湖滨校区），2009年4月29日再次更名为浙江大学医学部（包含医学院和药学院）。现任医学部主任是中国科学院院士、神经生物学博士段树民。2007年，浙大医学院成为新加坡卫生部门承认的八所中国大陆医学院之一。
院系设置.医学部设有基础医学院、公共卫生学院、临床医学一系、临床医学二系、临床医学三系、口腔医学院、护理系和药学院共8个院系，拥有8家附属医院。