尔斯·克拉克对产自苏门答腊及西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，利共用了70个形态特征。但本斯通猪笼草与菱茎猪笼草一起还未确定到底是归入山地分支还是高贵分支分支。
自然杂交种.仅发现了一个关于本斯通猪笼草的自然杂交种。安德鲁·赫里尔于巴卡山山脚本斯通猪笼草与奇异猪笼草分布地相互重叠的地区发现了它们的自然杂交种。