多孔动物门可能也具有此类基因，但原先定义的副同源异形基因动物（不含多孔动物门）应为单系群，此名称也被持续使用。
演化.副同源异形基因动物中，扁盘动物门在演化树上的位置尚不清楚，有研究认为其为所有其他副同源异形基因动物（合称浮浪幼虫样动物）的姊妹群，也有研究认为其为刺胞动物门的姊妹群。