1日18:00配合口岸开通正式投入服务，成为城巴首两条来往出入境口岸的独营专利巴士路线，以及城巴首两条并不服务机场或大屿山的新界区独营专利非过海巴士路线。不过，并非屯门区所有地区均有直达深圳湾口岸的服务，其中屯门西北区的良景邨、宝田邨及屯门东北区的富泰邨，欲要前往深圳湾口岸，必须转车才可前往，再加上B3过份迂回，在多名屯门区议员争取下，运输署终于批准城巴B3及B3X作出以下重整，并于2008年8月16日起生效：B3A开办时的头车由山景于0645开出，但由于B3分拆前，由屯门码头开出的头车为0600，