因应2019冠状病毒病疫情，香港特区政府宣布需要进一步暂停部分香港出入境管制站运作，故自2020年2月4日起落马洲管制站对应的皇岗口岸旅检通道暂时关闭，货车检查通道仍正常开放。
未来发展.因应2019年深圳市口岸办公室根据《粤港澳大湾区发展规划纲要》对深圳各口岸功能进行优化和调整，加上口岸使用时间较长设施设备陈旧老化和安全隐患，皇岗口岸将进行重建，总建设工期预计约3年半。建成后，皇岗口岸将取消货车通关，改为纯旅检通道，与港方实施「合作查验、一次放行」（即一地两检），同时引入广深中轴