父亲曾任外务大臣；弟弟鸠山邦夫与鸠山由纪夫政见相左，曾是自民党的核心成员之一，亦是麻生内阁的总务大臣。鸠山与妻子鸠山幸育有长子。1986年，鸠山由纪夫以自民党身份参加众议院大选举，并且顺利首次当选。原为自民党成员，1993年因为政治改革理念跟随小泽一郎脱党，先后加入新党先驱、旧民主党，并在细川内阁中担任内阁官房副长官。1998年菅直人创立了新民主党，他其后两次担任民主党代表。2009年8月30日，再任民主党代表的他带领民主党在众议院选举中取得历史性的压倒胜利，终结了自民党长期的执政地位；20