在当时的永代岛建立了这座神社，称作「永代嶋八幡宫」，社有地达60,508坪。在尊崇八幡大神的德川将军家保护下，本社被平民称为「深川八幡様」。广大美丽的庭园也是知名的景点。此外，长盛法师还在此地建立。在不断发展下，本社周边形成了门前町（现在的门前仲町）。
明治、大正.明治维新后的社格为准勅祭社，该制度废止后列为府社，但仍获得皇室尊崇。永代寺之后因神佛分离令废寺。1896年（明治29年），旧永代寺塔头吉祥院继承更名，成为现在的永代寺。
昭和以后.