究中认为，始祖鸟并不是鸟类，而是一种小型兽脚类恐龙。有一些研究指所有的始祖鸟标本都是属于同一物种。但是标本之间亦存在明显的分别。就如慕尼黑、爱希施特、索伦霍芬及瑟马普利斯标本就较伦敦、柏林及哈勒姆标本小或是更大型，有着不同的脚趾比例、更细长的鼻端、向前的牙齿排列及可能存在的胸骨。这些差别就像（或更大）现今不同种鸟类之间的差别。可是这些差别亦可以不同年龄作为解释。2017年的一项研究认为第四件标本哈勒姆标本是一种近鸟类，并重新命名。2019年研究者将一件2017年发现第十三件前肢标本鉴定为鸟翼类新种。Se