分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。2003年这种分类法出版了修订版《被子植物APG II分类法 (修订版)》，2009年又出版了 APG III，2016年更新到 APG IV。
背景.1970年代之后，被子植物的分类系统似乎到达一个稳定的状态，借助于新技术从事传统的分类学研究，并由于此类资料的大量累积，当时仍极为常