卸任总统后.1997年卸任总统后，拉夫桑贾尼在1999年夏季于德黑兰大学讲道，期间赞扬政府採用武力镇压学生示威。2000年，拉夫桑贾尼再度在议会选举当中竞逐。在德黑兰选区当中，拉夫桑贾尼是最后一位当选的议员（德黑兰选区合共选出30名议员）。最初伊朗内政部宣佈他并没有当选，但宪法监督委员会后来裁定许多选票无效，这使拉夫桑贾尼当选被指造假。拉夫桑贾尼最终当选，但在宣誓就职之前辞任，拉夫桑贾尼解释他认为「他可以在其他的职位上为人民服务得更好」。2005年，拉夫桑贾尼再度出马竞选总统，败于马哈茂德·艾哈迈