行了几次“肃反”，处决了不少人，导致部分党员非常不满，进而导致马来亚共产党分裂出马来亚共产党（马列）和马来亚共产党革命派，原有的马来亚共产党依旧存在并继续参战。马来西亚政府因曾与英国一同经历过第一次马来亚紧急状态，因此在应付叛乱者已有经验，马来西亚政府在国会通过并引入新的政策来打击马来亚共产党，这包括成立安全和发展法令（KESBAN），推广邻里守望计划以及RELA计划。1989年12月，在国际冷战结束之际以及缺乏中华人民共和国的支援的情况下，马来亚共产党宣布解散，最终在泰国南部与马来西亚政府以及泰国政府