川、荒川等多条河流注入，但由于湾口狭窄，湾内海水难以与外海海水交换，所以经常发生红潮。接近外海的浦贺水道水质则较为优良，有珊瑚生长，加上黑潮的影响，夏季时甚至可以见到一般栖息在沖绳近海的鱼类。明治、大正年间，为了军事防卫上的需要，东京湾口建有3座具有要塞功能的「」（目前剩有2座），加上战后大量在湾边填海造陆，所以湾内有很多人工岛。相对来说，湾内的自然礁岛就只有横须贺市的猿岛一个而已。
历史.鎌仓时代的东京湾已经是主要通道。中世纪时，海盗活动频繁。到战国时代，东京湾则成为后北条氏