独立为八二一医院。直至1968年5月，改组为「三军总医院」，并由小南门旁迁建至今汀洲院区（原台北市战前规划的大型都会公园之八号公园），与1949年在台复校之国防医学院形成一块完整的教学医院及医学院。1980年代，国防医学院三军总医院寻求新院区，并选定台北市内湖区原陆军工兵学校校地作为新院区。新建工程于1990年动工，1999年完工，并搬迁至内湖院区。汀洲院区保留门诊和急诊，病房转型为护理之家及唿吸照护病房（RCW）。原汀州院区的闲置土地，成为台北市替代役中心、国立台湾大学水源校区。2000年代国军精实案政