扯出李承干和汉王李元昌等人的谋反案，为免重蹈自己的覆辙，贞观十七年（643年）四月六日，李承干皇储之位被唐太宗所废。尔后，由于长孙无忌强力的支持，李承干的同母弟李治被立为太子，此在北宋司马光的《资治通鑑》记载亦同。在唐太宗保全下，他本人被判充军到黔州，参与政变的赵节、杜荷、侯君集皆处死。贞观十八年十二月（645年1月）郁郁而终，唐太宗为此罢朝，葬以国公礼。李承干嫡长子李象的第四子李昌（李适之）在唐玄宗开元年间成为宰相，提出父亲、祖父葬礼有缺，上疏请求将他们归葬昭陵。于是李承干被追赠为恒山愍王