之后，公家朝廷的实力弱化，在室町幕府的帮助之下继续维持，室町政权的统治者则作为公家与武家政权的首班，成为“公武统一政权”的实际领导者。
室町时代 （1336年－1573年）.足利氏原是上野豪族，而且更是鎌仓幕府将军源赖朝同族，足利尊氏在京都的室町开设幕府，是为室町幕府。南北朝的统一是第三代将军足利义满进行的，今谷明认为他统一以后曾企图篡夺皇位，但是现在的更多研究则倾向于认为足利义满不曾有篡位的企图，足利义满受明朝册封的“日本国王”称号也并未在日本国内使用。一些学者认为，足利义满