该群岛召开首届菲律宾下议会（后更名菲律宾众议院）。塔夫脱担任战争部长期间共两次前往菲律宾，两次都曾到日本与当地官员会晤。1905年7月的会晤一个月后，日本和俄国在美国调停下议和，最终签署《朴茨茅斯和约》结束日俄战争。塔夫脱与日本首相桂太郎面谈后签署备忘录，其中不含新内容，只是重申官方立场：日本无意侵略菲律宾，美国不反对日本控制朝鲜。美方对大量日本劳工前往美国西岸颇感忧虑，1907年9月塔夫脱第二次到访日本期间，该国外相林董非正式地同意少向此类人员发放护照。
1908年大选.Se