苗木城主，关治兵卫成为城代。1600年（庆长五年），因为川尻直次于关原之战中支持以石田三成为首的西军，德川家康命远山友政攻打岩村城、苗木城，并在战后赐予其苗木城附近领地，远山家重回东美浓旧领（旧领安堵）。
明治以后.1869年（明治二年），苗木藩藩主（友禄）因版籍奉还而成为。1871年（明治四年），苗木藩因废藩置县而废藩，改为苗木县。1884年（明治十七年）7月7日，明治天皇下诏授予各华族爵位，远山友详被封子爵。1981年（昭和五十六年），苗木城遗址被指定为国之史迹。2017年