地铁以车站数量计算是世界上最大的地铁系统，（如果互相连接的车站算作一个则是个车站）。车站分佈在曼哈顿、布鲁克林、皇后区和布朗克斯四个区。史泰登岛铁路并不是纽约地铁一部分，该铁路缺乏与纽约地铁的轨道连接，来往史泰登岛与其他区的乘客必需乘搭史泰登岛渡轮或MTA巴士，乘客可免费转乘地铁和巴士。来往曼哈顿和新泽西的纽新航港局过哈德逊河捷运（PATH）以及皇后区的甘迺迪国际机场捷运（AirTrain JFK）都接受纽约地铁的MetroCard，但不是由MTA营运，也没有免费转乘。不过，罗斯福岛缆车虽然也不是由MTA营