锦衣卫屈打之下成招，成为妖书主犯，由于《续忧危竑议》中写的都是朝廷之事，一个秀才无法知悉这样的内容，定是朝廷的人所为，不过陈万化发觉了皦生光以前写「郑主乘黄屋」以诈骗人财之事，已是大逆之罪，足以判死刑，所以就打算用皦生光来顶罪，以保全所有大臣。刑部尚书萧大亨想将“妖书”牵连到他讨厌的郭正域，拷打皦生光，逼其招供，但是生光宁死不屈。万历三十二年（1604年）四月，皦生光被判斩首，神宗大怒，改为凌迟，此事就此打住。第二次妖书案究竟谁是幕后主使，在史传中众说纷纭，