化学科学的飞跃进步以及人类对自然界特别是对化学运动认识的深入，化学哲学还会有新的发展。
化学的基础.当试图定义何为化学和它所研究的领域时，许多重大的哲学问题便引发了。原子和分子通常被认定为化学理论的基础研究单位，但是分子结构和化学键的传统表述却不能解释很多物质的性质，包括金属、金属配合物和芳香性此外，化学家经常使用其实根本不存在的化学概念，比如共振结构，来解释分子结构，以及不同物质间的反应。这些解释性的工具利用语言和模拟图示来描述化学物质和化学反应，然而实际中它们并非如此。