内河通航里程达5528千米，现有直营客运航线9条，以黑龙江、松花江、乌苏里江为骨干，哈尔滨港、佳木斯港为枢纽的水运网贯穿全境。主要航线有：
航空.省内有两座国际机场：哈尔滨太平国际机场、牡丹江海浪国际机场，三座国内机场：齐齐哈尔三家子机场、萨尔图机场和佳木斯东郊机场，航线通往全国重要城市和境外城市。支线机场数量居国内前列，覆盖鸡西、伊春、加格达奇、漠河、建三江、大庆等地；绥芬河市有中国首个民营机场。据2016年统计，哈尔滨机场旅客吞吐量居东北三省之首。
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