程规定驻藏大臣地位与达赖、班禅平等。达赖喇嘛、班禅额尔德尼、西藏各地大唿图克图的转世金瓶掣签，以及达赖喇嘛坐床典礼，须由驻藏大臣主持。达赖喇嘛等僧官不得直接上书皇帝，须由驻藏大臣转奏。各大寺庙堪布（住持）如有缺出，由驻藏大臣会同达赖喇嘛拣选。噶伦及其下的噶厦僧俗官员均为驻藏大臣下属。噶厦办理的各项政务，须由噶伦禀告驻藏大臣及达赖喇嘛，不得擅自隐匿。噶伦、戴琫（即代本）级别的官员出缺，由驻藏大臣与达赖喇嘛开具候选名单上奏皇帝，由皇帝拣选任命。前后藏其余官员由驻藏大臣分别会同达赖、班禅选补。凡西藏地方边防、驻军