871年升为陆军中佐。1872年，兵部省将军队分为陆军及海军两队，林清康选择转投海军。及后曾到海军省军务局勤务和台湾蕃地事务局工作，又先后出任兼水平本部长、海军省副官兼军务局长、东海镇守府副官以及神戸临时海事事务局长，又曾经参加过佐贺之乱、牡丹社事件和西南战争。1880年，因军功而获进升为海军少将。及后六年间曾出任东海镇守府司令长官、海军省副官、规程局长、参事院议官以及元老院议官，1886年1月升为主计总监及会计局长。1889年获调回前线，复任为少将，并出任海军将官会议干事及技术会议议长，一年后进升为中