（1928年改称北平），福佑寺乃改为班禅驻北平办事处，寺内有喇嘛驻锡焚修，喇嘛们的食用开销由雍和宫划拨。此后，凡到北平的蒙古族、藏族佛教徒，经常到福佑寺朝拜班禅，请班禅摩顶。直到1960年代初，福佑寺仍为班禅驻北京办事机构。1984年，福佑寺内建“中国民族博物馆”，收藏和中国各民族文化有关的文献、文物、影视等资料。1984年，福佑寺被公布为北京市文物保护单位。福佑寺的建筑及佛像保存较好，但福佑寺一直不对外开放。
建筑.福佑寺坐北朝南，外垣门西向。该寺共有三进院落，建制和雍和宫类似，