方辖区方面，台湾抚垦局于大嵙崁设「抚垦总局」，统辖全台之抚垦事务。「抚垦总局」辖下还设有大嵙崁抚垦局、东势角抚垦局、埔里社抚垦局、叭哩沙抚垦局、林圯埔抚垦局、蕃薯寮抚垦局、恆春抚垦局与台东抚垦局。该八个地区抚垦局其下再分设分局，分局则设委员、通事、医师、教师、理发师等。总的来说，中央之「台湾抚垦局」、「抚垦总局」或「地区局」、「分局」等主要任务为开垦协调、山林开发及所谓对台湾原住民之「训教」、「耕读」。