出身于上海浦东，曾先后过效力四川全兴、北京宽利、青岛海利丰、上海九城等多支国内球会。樊伟军于2005年到香港发展，以国援身份加盟流浪。2007年，转投南华，至2009年夏天不获续约，遂加盟四海流浪。2012年夏天，樊伟军转投香港乙组足球联赛球队愉园，协助球队于2013年重返甲组，并担任助教兼球员，至2014年1月7日因为涉嫌打假波而被廉政公署拘捕。