“同植善缘，疆域乂安，中外禔福……一心向化，享我国家太平之福。”该寺与多伦善因寺为同年同月同日由雍正帝允准兴建的“大刹”。《清实录·第七册·世宗实录（一）》载，雍正帝于雍正五年十一月庚午日允准“着动用帑银十万两修建大刹”于漠北库伦地方，以供第一世哲布尊丹巴唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持，齐集众喇嘛讲习经典、宣扬佛教，同时雍正帝还允准在内蒙古多伦诺尔“动帑银十万两”，兴建大刹，并且“使章嘉唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持于此”。庆宁寺、善因寺是继多伦汇宗寺之后，清廷再度在蒙古地区由国库拨银兴建的大型