一个犹太商人家庭。由于对犹太学生人数设限，他被拒入读勒沃夫理工大学（现利维夫理工学院），最终1932年他毕业于布拉格工业大学。1936年他与齐拉·缪勒 (Cyla Müller)结婚。二战初期，维森塔尔居于波兰的勒沃夫。基于苏德互不侵犯条约，该地成为苏联的军事佔领区。他的继父和弟弟遭苏联的秘密警察NKVD探员杀害。维森塔尔被迫结束公司，改于工厂工作。当纳粹德国于1941年入侵苏联时，他与家人被拘捕。他与妻子首先被囚禁于，被迫修建铁路。波兰的地下抗德组织营救了他的妻子，以换取他所绘制的铁路交点分布图。