逝世后，黎元洪继任大总统，他下令恢复《临时约法》和大总统选举法，废除《袁记约法》。同时，政府和参与护国战争的护国军也达成妥协，因此由国务总理段祺瑞组成新内阁。此内阁中，表面上南方派占有多数，而且获得外交、内务、财政、海军四个重要部门的权力，但是由于北洋军阀势力在袁世凯死后迅速扩张，南方派多受制约，未能真正执行权力。此届内阁寿命约11个月，最终在黎元洪和段祺瑞的府院之争中倒台。从1917年4月开始，段祺瑞和黎元洪就围绕对德宣战问题争论不休，段祺瑞操控督军团向国会施压，要求通过对德宣战案。国会拒绝督军团