-14、25、26号码头为散杂货码头，28-31号码头为大宗货物码头，22、23号码头为化学品码头，10号码头为多功能码头，3、4号码头为客运码头，8、27号码头为港勤码头，安平商港现有客运航线至澎湖东吉屿（每週二班）1990年间起有客轮往返于马公港，目前停航中。另预定开航往来中国福建省厦门市之客运航线，目前已有货轮行驶。另外有安平、蚵寮、北门、马沙沟、将军、青山、下山、四草等8处渔港；昔日台南运河亦有汽船往来安平及市区，在公路发达后已停驶，但有观光复驶之议；另外在安平渔港、四草、曾文水库、虎头