马诺夸里目前暂无铁路，西巴布亚有计划修建一条铁路连接查亚普拉和索龙。一期工程在西巴布亚省，从索龙到马诺夸里，长390公里，该段线路预计2018年开工，2019年结束。二期工程从马诺夸里向南连接巴布亚省的纳比雷。该项目由国家财政预算出资，被认为是印尼建设爪哇岛之外铁路网络的突破性进展。任代尼机场有飞往省内小城镇、邻省巴布亚和国内各大城市的航班。2010年4月13日，从索龙起飞的MZ836号航班，一架载有103人的波音737-300客机，因在恶劣天气下着陆马诺夸里任代尼机场，反弹冲出跑道并跌入跑道北端的