1947年2月底发生二二八事件，民怨至此总爆发，各地发生军民冲突，政府增援国军抵台镇压屠杀与清乡。3月23日，国民党三中全会通过将陈仪撤职查办。4月22日，鉴于行政长官公署治台失败，行政院会议通过撤销台湾省行政长官公署，改组为台湾省政府。5月16日，台湾省政府正式成立，台湾省政府主席（简称省主席）取代台湾省行政长官成为台湾省的最高行政首长，由魏道明出任首任主席。台湾省政府主席在1991年以前一直负责台湾省内事务，由中央政府任命省府委员，并举派其中一员任职主席。1994年，首次举行台湾省省长直接民选，由宋