到萨摩、大隅、日向三国。平定九州后迁入聚乐第，同年十月于北野天满宫举办北野大茶会，邀请农民与公卿贵族，据说儿时玩伴石川五右卫门也有参加。1588年秀吉开始实行刀狩令，加强了兵农分离的政策。1587年，禁止基督教。1589年北条氏的家臣猪俣邦宪夺取了真田昌幸管辖下名胡桃城，导致秀吉下令全日本大名讨伐北条氏，不服从者将会受到没收领地的处分。次年3月1日秀吉率大军向北条氏攻击，攻陷北条各个支城下逐渐向小田原城包围，7月后北条氏第四代家督北条氏政、第五代家督氏直父子开城投降。氏政、氏照两兄弟切腹自尽，氏直被流放