顿就任总统后，任命诺克斯为第一任战争部长。诺克斯在任期间，美国先因土地纠纷而发动美国印第安战争，到1793年又与法国陷入准战争状态。诺克斯派出军队攻打西部边境的印第安部族，同时筹组美国海军，以应付法国的海上威胁。至于对内方面，诺克斯亦有筹组民兵，对付威士忌暴乱。1795年诺克斯辞职退休，专注于土地炒卖，一度成为缅因州最大地主。然而诺克斯在收地时对开拓者过于苛暴，令他的名声受损。晚年诺克斯因投资失利而欠下巨债，被迫出售大量土地。1806年10月22日诺克斯误吞鸡骨、引发喉咙发炎，于三日后病重死亡。