释放黄乃裳，福建省长汪声玲也因处理失当而被撤职。
晚年活动.出狱后，黄乃裳致力于在闽清开凿福斗圳用于农业灌溉，工程于1919年2月完工。1916年，他在福州创办伸报。1920年12月1日，孙中山在广州重组军政府，为福建军阀李厚基所不容的黄乃裳离开福建，应邀出任元帅府高等顾问。1921年6月，因身体原因返闽休假。在福建期间，先后被林森和萨镇冰聘为福建省长公署高等顾问。1924年7月，黄乃裳因肝病回闽清休养。同年9月22日病逝于闽清城关梅城镇。
身后.