海空雄鹰团先后经过三次重大改装。2003年，该团在海军航空兵部队率先装备苏30MK2战机，同时移驻安徽。2005年12月23日，海军在东海舰队航空兵举行集会纪念“海空雄鹰团”命名四十周年，中央军委委员、海军司令员张定发讲话。2006年1月，特级飞行员张建出任海空雄鹰团团长。2000年代，海空雄鹰团先后完成数十次战备巡逻、海空警戒、重大演习等任务，创下了解放军首个新型战机对海攻击、新型导弹首次发射100％命中等新纪录。2007年6月，该团所在的海军航空兵第四师师长魏华彬在该团某大队组建了海军航空兵第一支三