纪委都没有料到，马发祥居然会跳楼自杀。12月1日，其遗体在北京八宝山革命公墓火化。12月2日，海军党委机关报《人民海军》第一版发佈了海军副政委马发祥中将于11月13日因病不幸逝世，享年61岁，中央军委委员兼海军司令员吴胜利上将等海军领导12月1日在八宝山革命公墓东礼堂出席遗体告别仪式的消息。文中称马发祥为“中国共产党优秀党员，海军优秀政治指挥员”。