分的站区是JR九州直接经营的直营车站，但在来线的站区却是委託由JR九州的子公司、九州交通企画所经营的业务委託车站。在筑后船小屋停靠的新干线列车，主要是以只行驶九州新干线范围的燕号列车为主，至于由新大坂发车的山阳、九州新干线直通列车中，仅有一小部分的樱号列车会在本站停车。至于在来线列车部分，在本站还没牵址改名之前，船小屋车站原本只是个仅有普通列车停靠的小站而已，但由于目前肩负了两系统间的转车需要，行驶于鹿儿岛本线上的快速列车皆会在此停靠。然而比较特殊的是，行驶于鹿儿岛本线上的特急列车「有明」因为用途不同，