以教育界人士身份竞选云南省参议员，结果二人都顺利当选省参议员。该职位可以利用合法讲台,对以蒋介石为首的国民党进行斗争。同年11月下旬，昆明学生举行“反内战，争民主”的示威游行，结果遭到国民党军警镇压，造成了4人死亡60多人受伤的一二一事件。对此马曜怒斥国民党的反动暴行，并在省参议会提出“驻滇军队不得直接抓人,以维护人权”的提案。随后又提出了反内战反三征(征兵征粮征税)的主张。还举行抗议国民党当局杀害李公朴、闻一多的斗争。1946年，办《新云南》周刊，反对内战。1947年，被聘为云南大学中文系讲师副教