入境服务外，所有香港政府部门服务暂停。香港交易所及中央人民政府驻特别行政区联络办公室于当日中午亦有进行默哀仪式。在中环港外线码头，所有泊岸的渡轮亦在中午12时鸣笛哀悼。港九小轮和港灯都在南丫岛对开海面的肇事现场拜祭亡魂。海难船只当事公司，和记黄埔和长江实业旗下物业由10月2日起下半旗致哀，旗下公司于10月4日下午默哀3分钟，其中港灯公司在中环圣约翰座堂举行追思会，逾400名员工及高层出席。港九小轮则由总经理伍兆缘率领员工在海难现场进行海祭。英国驻香港总领事馆于10月4至6日下半旗。美国驻香港总领事杨甦棣