68年，戊辰战争爆发，江户幕府倒台，于是朝阳丸便被易手至明治新政府。于航行期间，锅炉突然破损，气体泄漏，以至无法继续航行。一年后由成为舰长，由品川出发，在幕府军追击下向北航行。同年，朝阳丸参加箱馆战争，并且十分活跃，曾撃中松前城。6月6日受命参加箱馆湾海战，20日明治新政府发动箱馆总攻击，幕府军舰蟠竜丸在折返途中试图作出垂死挣扎。同日早上大约七时三十分，蟠竜丸击中朝阳丸的炸弹储存库，之后朝阳丸被击沉于海中。舰长中牟田仓之助虽重伤但活了下来，其他的船员当中，有五十七人死亡（其中三人为上岸后不治），另外五人