灭，自己执掌朝政，并以王愉为会稽内史。次年（401年）年末，桓玄篡位称帝，桓玄当时又以王愉为尚书左仆射。元兴三年二月乙卯日（404年3月24日）刘裕等人正式起兵讨伐桓玄，并于三月庚申日（3月29日）于建康设立行台，加王愉前将军。不过，王愉自以自己是桓玄父桓温女婿，皆受其父子宠视，又因曾经欺侮刘裕，于是心不自安，与子王绥联结司州刺史温详图谋起兵攻击刘裕，但图谋泄漏，王愉与其子孙十余人与温详等皆于辛酉日（3月30日）被刘裕诛杀。