善果寺遭严重破坏，佛像和文物全部遭到毁灭或掠夺。中华民国时期，善果寺十分颓败。1926年，善果寺僧众顺应办学风尚，腾出该寺部分房屋开办学校，招收附近儿童就书。1931年九一八事变后，许多东北难民流亡北平，善果寺内曾开粥厂救济这些难民。1926年，在三一八惨案中被杀的刘和珍的遗体从北京女子师范大学移灵善果寺，在善果寺举行了装殓、告别等葬仪。1949年以前，善果寺西面是皈依寺，南面是王子坟，北面是广西义地、宜昌义地（义地是公共坟地）。中华人民共和国成立后，在文化大革命前，政府在善果寺附近开展绿化，辟成小型