峰、关山及南横公路梅山至垭口段。国家公园面积共103,121.4公顷，行政区包括南投县信义乡24,163.8公顷、嘉义县阿里山乡1,404公顷、高雄市桃源区34,936.9公顷、花莲县卓溪乡42,616.7公顷。
区划.农委会林务局南投、嘉义、花莲、屏东四个林区管理处所有之土地占国家公园面积逾91%，剩余面积分别为台大实验林8,328.3公顷及信义乡东埔村1邻的原住民保留地574.8公顷，两者位于园区西北角，共占园区面积8.64%。玉山国家公园区域内共有两处列为生态保护区域