主要副作用是胃肠道反应，包括恶心，腹泻和腹痛，此外也可能出现头痛。当口服用药时，有各种不良反应的分散报告，包括：骨髓抑制（白细胞减少，中性粒细胞减少，粒细胞缺乏症，再生障碍性贫血和血小板减少症），以及脱发，周围神经病，胰腺炎，肝脏问题，心肌炎。还包括心包炎，过敏反应和肺纤维化反应，红斑狼疮样反应和皮疹（包括荨麻疹），药物热，间质性肾炎和肾病综合征，通常在停药时可逆。很少出现服用美沙拉嗪与结肠炎，史蒂文斯约翰逊综合征和多形性红斑的症状恶化相关不良反应。美沙拉嗪是柳氮磺胺吡啶的活性部分，其在体内代谢为磺胺