，新疆、蒙古没有发生大的变乱。道光以降，俄罗斯、英国的殖民者深入费尔干纳盆地和克什米尔，逼近中国西境，新疆又进入动荡时期。大小和卓西逃后，干隆皇帝下令改革维吾尔人原有的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄，并实行回避。通过有限度的“改土归流”，伯克阶层由世袭贵族转变为清朝的地方官吏。在军事方面，于回部各城设驻札大臣，领八旗、绿营兵镇守，各城大臣以总理回疆事务参赞大臣为首。干隆二十七年（1762年），置伊犁将军统辖新疆各地，以领兵追击大小和卓的领侍卫内大臣明瑞补授。“军府制”逐渐确立。