过六轮投票后，在6月21日11时22分，会议举行地西斯廷小堂的烟囱冒出白烟，表示枢机团已选出新教宗，正式确认新教宗已被选出。当选者为米兰总教区总主教，意大利籍枢机若翰·蒙蒂尼，并取为「保禄六世」。
背景.1963年6月3日，若望二十三世因腹膜炎于梵蒂冈宗座宫离世，终年81岁。若望二十三世离世16天后，1963年教宗选举秘密会议于1963年6月19日正式开始。根据规定，枢机团团长Eugène Gabriel Gervais Laurent Tisserant枢机在自己不当选的前提