但是战争结束后，肯雅塔离开了他的妻子，于1946年回到了肯尼亚。同年，他同克瓦米·恩克鲁玛一道创建了泛非大会。肯雅塔回国后，支持当地兴起的茅茅运动，因此于1952年被捕，1953年4月8日，他被判处7年徒刑。1959年，他被释放，但是被流放到偏远的洛德瓦尔。1960年，肯雅塔被缺席当选为肯尼亚非洲民族联盟主席，肯尼亚全国上下都要求尽快释放他。最终，肯雅塔于1961年8月21日被释放。
独立后.1963年，肯尼亚非洲民族联盟赢得了大选，肯雅塔出任自治政府总理，其间他唿吁全国和解并