该基地划归国防部第五研究院，基地司令员孙继先调任国防部第五研究院副院长，此后8年未任命基地司令员。1964年5月，该基地自国防部第五研究院划归国防科委领导。1965年8月，中国人民解放军总政治部批准，组成栗在山为书记、李福泽为副书记的基地第二届党委。文革期间，1968年该基地工兵团发生“六一〇事件”，即基地设备研究所造反派大闹基地工兵团。1974年初，批林批孔运动展开，该基地司令员李福泽被点名批判，国防科委检查组将“六一〇事件”作为揭批司令员李福泽的要害之一，该基地召开揭批李福泽大会后，各试验部、工区随