5月，调任陆军军官学校武汉分校第六队区队长。1931年至1936年间，高魁元参与第一次国共内战。1936年，因战功升任国民革命军第十八军第十四师第四十二旅第八十三团团长。
中年经历.1937年，中国抗日战争爆发，高魁元参与淞沪会战、崑崙关战役及湘西会战。战争中，升任国民革命军第九十九师少将师长。1941年，以师长之职参加第三次长沙会战，奉命守备湘阴之新墙河、归义、营田一线。1942年3月，高魁元任国民政府军事委员会高级参谋。第二次国共内战中，再任第一一八师师长，因治军颇力偶