这以后，斯维登堡对生理学和人体解剖学进行了认真的研究，特别着重研究了血液和大脑。提出人的灵魂位于大脑，特别是位于大脑细胞的皮层。但是他的解剖学上的成果并未受到同时代科学家的注意。晚年主要研究神学。他将巨大的精力用于解释《圣经》，并叙述他在定中对神灵和天使世界的所见所闻。他认为上帝的存在是不可描述的，因为它本身既是实体又是形式。但是上帝的本质能从它的爱和智慧这两种基本品质中得到理解。在与自然界相一致的神灵世界里，上帝的本质是精神的太阳；它的温暖是爱，它的光明是智慧。他在《天堂与地狱》一书中的第一章即指出，