圣保罗男女中学设有两个校舍，分别为麦当劳道校舍及李庄月明楼，以前坚尼地道临时校舍已归还政府，另在附近的歌老打路设有健身室及室内游泳池，供校内学生上体育游泳课之用。
麦当劳道校舍.麦当劳道校舍是学校的主校舍，现时中一至中六均在麦当劳道校舍上课，并设有多个实验室及于SIP新翼设有多个特别室。主校舍旁有一座已经拆卸的校舍，原为圣保罗男女中学附属小学（麦当劳道）的校舍，及后在圣保罗男女中学附属小学合併后成为高小校舍。2008年为配合中学校舍扩建工程拆卸，中学新翼工程随即展开，于201