夷地改为直辖地，并设立箱馆奉行所，加强对道南地区的控制。黑船来航之后，幕府在1854年（安政元年）再次设立箱馆奉行所。同年神奈川条约签订之后，箱馆和下田对美国开港。并在1859年美日修好通商条约签订之后和横滨、长崎一併开港。箱馆在开港之后本来计划修建类似出岛的和市区隔离的外国人居留地，但最终外国人居住地和市区融为一体，造就了现在函馆具有异国风情的景观。幕府在函馆修建了五稜郭和砲台等防御设施，将函馆作为北方统治的据点。1868年10月，榎本武扬率领的旧幕府军攻占五稜郭。翌年5月，新政府军对旧幕府军的据点箱