94年9月17日，中日甲午之战爆发，叶祖珪率靖远舰参加黄海海战。1895年1月20日，日军在荣成龙须岛登陆，向威海卫进犯。2月9日，中午时分，"靖远"舰中弹，祖珪被小轮船救起，送往刘公岛。甲午战败，北洋水师覆没，1895年4月17日，和邱宝仁、萨镇冰、李鼎新、林颖启被“暂时革职，听候查办”，待罪天津。1899年，清廷重建北洋水师，撤销了叶祖珪的革职处分，授为北洋水师统领，与萨镇冰一起担负重振北洋水师的大任。是年，意大利派军舰6艘来华恫吓，强索浙江三门湾为租界，下达通碟威胁清廷，以示决绝。「海天」舰管带刘