会提高新生儿死亡的风险，其中第一型女阴残割佔15%，第二型及第三型女阴残割分别佔32% 及55%，其原因还不清楚，但可能和性器官及泌尿道的感染以及瘢痕组织的存在所造成。研究者认为女阴残割和母亲会阴的受损及产后出血有关，也可能会让婴儿需要接受心肺复苏，甚至死产，其原因可能和分娩中，胎儿娩出的第二阶段时间过长有关。
心理影响、房事.关于女阴残割造成的心理影响，根据一篇2015年发表的系统综述表明，现行几乎没有可靠的信息。一些小型的调查发现，受过女阴残割的女性遭受焦虑、抑郁和创伤后心理压