1998年夏的嫩江、松花江流域特大洪灾中，亲自走遍了黑龙江省确定的22个重灾县（市），指导防疫工作。任内，他大力纠正卫生系统的不正之风，亲自暗访了许多医院、门诊，对发现的问题及时处理，这对黑龙江省全省医疗系统震动很大。2002年12月，他当选为中国民主促进会中央专职副主席。王佐书是第八、九届全国政协委员，第十届全国人大常委会委员，财经委员会委员。第十一届全国人大常委会委员，教科文卫委员会副主任委员。第十二届全国人大常委会委员。他还享受国务院特殊津贴。