巴塔哥尼亚内乌肯省发现一个小型爬行动物化石，关节脱落、分散位于一个砂岩石块上。他当时估计这个地层的年代约1亿6300万年前，相当于侏罗纪中期。在1974年，阿根廷古生物学家Rodolfo Magín Casamiquela将这个化石进行叙述、命名，模式种是小赫伯斯翼龙（"H. pigmaeus"）。属名意为「赫伯斯的蜥蜴」，以发现化石的拉菲尔·赫伯斯为名；种名在拉丁文意为「侏儒」。Rodolfo Magín Casamiquela命名这个新物种时，认为牠们是种小型虚骨龙类恐龙，类似美颌龙，并将新物种归类