文革期间受冲击。文革期间到北京，曾要求周扬去向冯雪峰道歉。1971年7月被解放。1975年4月调离中山大学转任北京图书馆顾问。
家庭.独生女冯真，画家，1950年代苏联留学。中央美术学院教授。
评价.陈寅恪夫人唐筲曾说冯乃超：“虽是个老党员，但倒是个念书的。”