其后，因应阿拉哈巴德条约的条款，沙·阿拉姆二世离开德里，逗留在安拉阿巴德，由他的两名儿子代表他主持政务。虽然后来沙·阿拉姆二世回到德里，但是国势日慼。英属东印度公司势力日渐壮大，由双方一同统治，变成由英属东印度公司主宰。沙·阿拉姆二世屡次被南方的马拉塔帝国所败，甚至德里被攻陷及沙·阿拉姆二世被囚。最后于1803年，英军打败马拉塔帝国入主德里，救出又老又盲的沙·阿拉姆二世。1806年，沙·阿拉姆二世逝世，王位由次子阿克巴·沙二世继承。