水利局协商，东大工科与河海工程学校合併组建河海工科大学，由茅以升出任首任校长，设机械工程、电机工程、土木工程、水利工程系。1934年，中大在南京近郊征地8千亩，准备建设新校园，然而这一工程被1937年7月爆发的抗日战争打断。由于淞沪战事恶化，10月罗家伦决定利用建新校区的经费将学校直接西迁重庆沙坪坝松林坡，11月所有学生顺利抵达。中大1939年在重庆柏溪另建分部容纳低年级新生，还增设航空工程系、水利工程系以及工科研究所。1945年抗战胜利后，吴有训出任中大校长主持复员回迁，1946年11月1日在南京开学