基因工程在医学、研究、工业和农业中的都有所应用，并且可以广泛应用于植物、动物和微生物。
医学.在医学中，基因工程已经用于制造药物，创建模型动物，进行实验室研究和基因治疗。
生产.遗传工程用于大规模生产胰岛素、生长激素、follistim（用于治疗不育）、人白蛋白、单克隆抗体、凝血因子、疫苗和许多其他药物。小鼠杂交瘤，融合在一起以产生单克隆抗体的细胞已经通过基因工程人源化以产生人单克隆抗体。正在开发遗传工程改造的病毒，其仍然可以赋予免疫性，但缺乏感染序列。