不久，即遭逢二二八事件，参与民军者如黄金岛等。另外，国民政府为因应国共内战，在台湾招募近2万人，加入当时的中华民国政府军队，其中原台籍日本兵为数众多，旋即投入国共内战，又因国民政府各战线失利而节节败退，故约1万5000名在中国战场上牺牲。尔后，迁台的中华民国政府，重用了台籍日本兵里受过高等教育的知识分子，如前总统李登辉等来协助重建台湾。但亦有部分人在后来的白色恐怖期间，不幸遭蒙冤狱受难。
背景.日治之初，由于殖民地法制与日本内地不完全相同，因此日本对台湾统治政策，经历特别统治主义（