英九任内推动的「普通高级中学语文及社会领域课程纲要微调」中社会领域历史科台湾史相关课程调整引发之争议。该调整案由前国立台湾大学哲学系教授、前中国统一联盟第一副主席王晓波主导，涵盖语文领域国文科、社会领域历史科、公民科等科目课程纲要的修正。调整案是否去台湾化、合乎中华民国宪法受到一些公民团体及学生的质疑。也有历史系教授认为，台湾史课纲字数修改超过三成，是实质修改。后该调整案被蔡英文政府废止。
课纲微调概述.「普通高级中学语文及社会领域课程纲要微调」是马英九政府执政时，中华民国教育