数日后，桂王朱由榔在广东肇庆亦登基称帝，年号永历，是为「永历帝」。绍武、永历二帝为争正统，随即开战，结果永历军大败。次年，清军攻陷广州，绍武帝兵败殉国，永历帝自此成为南明唯一的统治者。永历十三年（清顺治十六年，1659年），清军攻陷昆明后，永历帝流亡缅甸东吁王朝。永历十五年（1661年）夏历十二月初三日，被缅甸国王莽白送交昆明吴三桂，永历十六年四月十五日（1662年6月1日），永历帝父子在昆明，遭以弓弦处绞。死后，台湾的郑氏王朝（东宁王国）仍沿用永历年号，至1683年（永历三十七年）清朝佔领台湾、郑克塽