8月15日，受洗成为基督徒。8月27日凌晨因病辞世，享年86岁。2016年9月8日，行政院院会通过文化部所提「杨南郡先生褒扬令申请案」，肯定杨南郡先生致力南岛语族历史、文化与古道踏勘研究之贡献。2016年9月18日于济南教会举办告别礼拜，副总统陈建仁出席颁发「褒扬令」，原住民族委员会追颁「一等原住民族专业奖章」。礼拜结束，依照杨南郡遗愿，树葬于木栅富德公墓咏爱园。2017年8月，由其妻子王素娥(笔名徐如林)所撰写的传记书《连峰纵走：杨南郡的传奇一生》出版。
家庭.其妻王