规模最大、教徒最多、苯教仪轨保存最为完整的寺院之一。孜珠寺的苯教禅院系统讲述苯教经典，并且传授苯教无上瑜珈等各种修习方法。该寺还保存有古老的苯教裸体神舞。许多苯教经典、仪轨仅完整保存在孜珠寺，比如每十二年演出一次的神舞——《极乐与地狱》。孜珠寺弘扬显宗、密宗、大圆满等佛法，有完整的大圆满传承系统，尤重修炼大圆满密法。
建筑.苯教有四大神山的说法，这是指阿里的冈底斯山、林芝的苯日神山、昌都的孜珠山、玉龙的梅里雪山。孜珠山的六座山峰上遍布着大殿、经堂、僧舍，极盛时期，此地的僧人达到二、