2000番台列车可分为两种：第一种服务「白鹭」号的S编组，另一种则是供特急列车「THUNDERBIRD」加挂用的附属编组，称为R编组。现时，所有2000番台S编组列车已全面退出北陆地区，并改造为直流电专用车，以289系的名义服务南纪地区的黑潮号列车和北近畿地区的东方白鹳号，下方会作出介绍。
S编组.S编组列车是用作取代服务特急「白鹭」号和「加越」号的485系列车，于2003年（平成15年）3月15日正式投入服务，服务来往名古屋和富山的「白鹭」号部分班次。同年6月1日全面取代「白鹭