蔡元培一生凡三娶。1889年3月与元配王昭（仲明）结婚。1900年，王氏病逝，翌年续娶黄世振（仲玉）。1921年1月，黄氏病逝。1923年7月，续娶周峻（养浩）。周氏于1975年8月病逝。他们共有五子：蔡阿根、蔡无忌、蔡柏龄、蔡怀新、蔡英多；二女：蔡威廉、蔡睟盎。蔡元培6岁入读私塾。11岁丧父后，由曾经念书的六叔蔡铭恩（茗珊）指导学习《史记》、《汉书》、《文史通义》等等。1883年，17岁的蔡元培考取秀才后，开始博览群书。1884年，18岁的蔡元培设馆教书。1885年，到杭州参加乡试。