到延庆站改造施工的影响，S2线主线终点站调整至八达岭站，并设置免费接驳专车前往延庆城区，2020年12月1日延庆站重新启用。
票价调整.高票价和车站位置偏远导致S2线客流稀少，在运营过程中逐渐沦为“运椅子”专线。在票价方面，刷一卡通乘坐北京公交919路从延庆到德胜门只需4.8元，S2线列车票价毫无优势；而在车站位置方面，八达岭站到八达岭长城景区需要步行10到15分钟，而延庆站至延庆镇中心也需要再换乘公交车。因此，在旅游淡季，即使S2线列车减少至8对，仍然无法避免亏损运营的局面。