地铁1号线的最终规划就由早期的南北线发展而来。随后于1993年发布的《南京市快速轨道交通路网规划》等文件基本延续了1986版规划南北线的走向。1990年2月12日，南京市地下铁道工程筹建处成立，1992年，南京市结合中山南路南下工程建设一号线试验站——三山街站。1994年，由于国家宏观调控，工程被迫停工。但南京市政府在此后对新街口等地的控制规划中提前预留了地铁出入口、高架桥等地铁发展空间。最终南北线（1号线）一期工程（小行至迈皋桥）最终于1999年正式获得批准开工。2000年5月三山街试验站复工，12月12