有专门用于发酵工程的黄麴霉菌，是经过筛选的无害菌种，可以放心食用。传统上，麴按原料、处理方法、形态、添加物和微生物来源分类，各个分类法互有交叉，较为混乱。酿酒时，麴霉和酵母通常一起使用。
制作方法.麴以不同用途的麴菌孢子作种麴，用米粉、蒸熟的米饭或熟大豆等作原料酦酵制成，以酒麴为例。传统酒麴的制法是天然接种微生物，因此有可能多种麴菌混杂在一起，比较有名的种类包括乌衣红麴和黄衣红麴，其中乌衣红麴是由红麴霉菌、黑麴霉菌和酵母共生而制成。现代酿酒工业使用的麴一般是纯种酒麴