有些物种，如大多数细菌、"Drosophila"属果蝇、拟南芥的基因体特别紧凑，非编码DNA较少。相较之下，哺乳动物和玉米的基因体则有大量的重复序列、较长的内含子以及非编码DNA。基因的内容和分佈会改变其突变率，而影响该基因以及整个物种的演化。带有较长内含子会使编码序列之间的距离增加，而使基因比较容易发生重组，包括异位重组（ectopic recombination）, 也因此容易造成新基因的形成。
染色体数目与结构.一个生物的基因体内的染色体数目在物种之间有非常大的变化，并和其D