7年，细菌物种的概念是大于70%的DNA相关联，并具有相同的表型性。但是随着对大量细菌基因组测序的完成，这种概念区分方法变得模煳、不确定——测定同一物种的不同菌株，常会有新的基因出现。这个概念常被用于总体基因体学、演化生物学，应用的物种也有被延伸到植物或古菌。泛基因组包含核心基因和附加基因。核心基因是所有个体都拥有的基因，附加基因则为非核心基因的基因。在附加基因组中，若仅有一个个体具有该基因，则可称之为独特基因（）。为了允许註解及基因序列组装的错误，对核心基因组较为宽松的定义可称之为软核心基因（soft