普朗克学会及德国比勒费尔德大学资助在德国比勒费尔德大学数学系从事合作研究；1989年至1995年在西北大学任教；1997年至1999年任中国科学院应用数学研究所副研究员； 2000年至今任中国科学院数学与系统科学研究院创新基地副研究员。2003年荣获中国数学会第九届陈省身数学奖。
学术贡献.巩馥洲研究员主要从事随机分析等方面的研究，已在国内外重要学术期刊上发表论文十八篇。自上个世纪九十年代起研究Malliavin分析及环（loop）空间上的随机分析学。率先证明了环空间上加权一阶So