中共中央分局委员，邓子恢返回闽西领导游击战争，与张鼎丞、谭震林等继续指挥游击战争。
抗日战争时期.1937年，在赣闽活动的中共游击部队与国军进行谈判，并获得成功。1938年3月1日，邓子恢与张鼎丞、谭震林率领的闽西南红军改编为新四军二支队，并任新四军政治部副主任兼民运部长，部队北上。1939年，邓陪同新四军军长叶挺处理高敬亭问题，此后新四军离开大别山，部队进入江北地区。。1939年5月5日，邓子恢任新四军江北指挥部政治部主任。1939年7月1日，新四军第四支队分编成第四、第五支队，