23位县市长席次中，民主进步党及中国国民党皆取得9席，亲民党则取得台东县及连江县2席。此外，金门县县长选举则由新党籍的李炷烽胜出，而无党籍人士傅学鹏及陈丽贞则分别在苗栗县县长及嘉义市市长选举中胜出。其中傅学鹏获亲民党支持，而陈丽贞获民进党支持。总括来说，泛蓝取得13席，泛绿取得10席。
选举结果.各县市之县市长选举最高票及次高票之名单（粗体者为寻求连任者）：政党轮替之县市：※备註：王建煊乃中国国民党、亲民党与新党共同提名，然由于中央选举委员会无法接受一位参选人由多个政党共同