乱事起，八国联军入保定，沈家本因曾为一教案力争，受诬告曾助拳匪，遭拘留入狱数月。光绪二十七年（1901年）十月，沈家本获释后返回北京，擢升刑部右侍郎，历任修订法律大臣兼大理院正卿、法部右侍郎、资政院副总裁等职。宣统三年（1911年）任法部左侍郎、袁世凯内阁司法大臣。民国二年（1913年）6月9日病故，享寿72岁。着有《沈寄簃先生遗书》甲编二十二种，乙编十三种、《沈碧楼丛书》十二种、《寄簃文存》。沈家本故居位于北京市西城区（原宣武区）金井胡同，1990年被公布为宣武区文物保护单位（今西城区文物保护单位