元年（公元58年）邓禹病重，汉明帝多次亲临询问病情，并以子男二人为郎。五月病逝，谥元侯。
家族.
子女.邓禹有子十三人，其中名称、事迹可见于史料的如下。
后裔.三国时期蜀汉重臣邓芝和魏国重臣邓飏是他的后代。