异、特色鲜明、规模适度、结构合理的世界高水平研究型大学”的目标，并大力推动高层次人才的培养和引进以及积极营造创新环境。从2003年开始，中国科学院开始进一步支持科大的改革和“全院办校、所系结合”的办学方针。2003年底，中科院下属的多个研究所的所长或院士被聘任为科大多个学院院长或系主任。并且在2003年至2006年期间，学校还与中科院的多数院属单位签署了全面合作协议。通过以中国科学院为依托，学校参与了国家大科学工程建设。在此期间，学校举办了两次较受关注的校庆活动：四十周年校庆和五十周年校庆。Se