藩士沖田胜次郎之长子、有两个姐姐。1845年时父亲去世，大姐沖田光与沖田林太郎（本名井上林太郎）结婚后继承沖田家户主。九岁左右（1851年-1853年其间）成为江户天然理心流道场──试卫馆主人近藤周助的内弟子，同时和日后组织新选组的重要人物近藤勇及土方岁三等人成为同门师兄弟。沖田凭出色的功夫在1861年（时年19岁）拿到免许皆传，年纪轻轻就成为天然理心流试卫馆塾长，被称为无比的天才剑士。据说塾长在任期间沖田指导剑术的方式相当粗暴。1863年，沖田加入浪士组前往京都，在浪士组分裂之后和近藤等人留下来组