划界后，因各旗牧地固定，“旗”成为蒙古地区的基本行政单位，其长官为扎萨克或总管。旗下设“佐”（苏木），相当于乡。自此蒙古各部落被纳入统一的行政体系之中。在地域上，蒙古地区大致分为察哈尔、内蒙古、西套蒙古、外蒙古（包括土谢图汗部、赛音诺颜部、车臣汗部、札萨克图汗部）、科布多与唐努乌梁海。清代蒙古又分为内属蒙古与外藩蒙古。内属蒙古包括察哈尔、归化城土默特、唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海等部，各旗由朝廷派遣官员（一般为总管）治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，处于半自治状态。在外藩蒙古，