尊氏与天皇关系迅速恶化，最终尊氏在镰仓发动延元之乱，率部前往京都，驱逐天皇于比叡山；但不久天皇纠集势力反扑，尊氏逃往九州岛。随后以大宰府天满宫为据点再次反攻，通过凑川之战击败楠木正成、新田义贞，攻佔京都，灭亡建武政权。拥立光明天皇，并成为征夷大将军，开设幕府。后醍醐天皇逃往吉野开设南朝朝廷，与幕府对抗。室町幕府早期是由足利尊氏和弟弟足利直义一起执政的双头政治。后来二人对立，发生观应扰乱。此后尊氏为攻灭南朝等反对势力而奔走，试图巩固幕府的统治，在他去世前，南朝已没有足以攻灭北朝之武力。尊氏于1358年病故