之后，君士坦丁堡普世牧首的驻地先被移到圣使徒教堂，又于1456年移到帕玛卡里斯托斯教堂，直到1587年。五年后，奥斯曼帝国苏丹穆拉德三世将该堂改造成清真寺，并命名为费特希耶清真寺（"Fethiye Camii"，征服清真寺），以纪念他征服格鲁吉亚和阿塞拜疆。原来的建筑被大大改变。为了适应祷告的要求，移除了大部分内墙，以便产生更大的内部空间。该建筑曾一度荒废，1949年，美国拜占庭研究所和敦巴顿橡树园恢复其原初的辉煌。 主殿仍然是清真寺，而小堂成为博物馆。。