尾龙类的异特龙超科中，但在这个超科内部的位置却被有争议。异特龙超科的特征是鼻骨与泪骨上方有一对稜嵴，颈椎上有高大的神经棘，以及其他特征。高棘龙最初与异特龙被分类为异特龙科，后期的一些研究也支持这个分类法。很多其他科学家将高棘龙与鲨齿龙及南方巨兽龙分类在鲨齿龙科内。如同大部分其他的大型兽脚类恐龙，高棘龙最初被发现时只有零散的化石，使牠们的分类经常改变。J. Willis Stovall与Wann Langston, Jr.最初将高棘龙分类于腔躯龙科（Antrodemidae），是异特龙科的同义词。在195