限制.由于Edman降解是以化学试剂对N-端氨基的修饰为基础的，因此当N-端被其他化学基团所封闭时，就需要先去除这些基团，然后才能进行测序。此外，蛋白质中含有半胱氨酸残基时，有时两个半胱氨酸残基会发生二硫键交联。这种情况下，需要先用过酸将二硫键氧化为–SOH，然后才能用Edman降解测定序列。另外，由于所有反应都在封闭或体外的环境之下，势必会达到平衡，因此若在第一个试管里加入PITC，它会和试管内的第一个氨基酸的N-端氨基结合，可是由于平衡原理：PITC + 一段氨基酸序列 = PITC-氨基酸 +