城的所在地由于为京都与琵琶湖水上交通的枢纽，在江户时代成为幕府直属的天领，并成为东海道五十三次其中的，同时在此也设立负责管理位于近江国的幕府直属领及旗本领地。位于大津南侧的膳所藩由于紧邻京都，又位于琵琶湖以水运连接奈良、大坂的入口，在江户时代都是由谱代大名负责此地，曾先后交由户田一西、本多康俊、负责，1651年后再度交由本多氏治理直到江户时代结束。而大津市的北部区域在1698年后曾封给同是谱代大名的并设立，但在1826年堀田氏改封至下野国后，藩厅亦随之移至下野国的佐野，因而也更名为，因此滋贺郡的北部