2月，卢永根加入了中共地下组织的领导的“新民主主义青年同志会”。1949年8月9日，卢永根加入了中共香港地下组织。高中毕业后，卢永根被组织安培回内地，到广州的岭南大学去读书和从事革命工作。1949年8月，卢永根顺利考入广州的岭南大学医学院，同时领导岭南大学的地下学联工作。但不久后，因事务繁忙，加之医学院学业繁重，卢永根转入了课业负担稍轻的农学院，自此开始接触农学。1952年11月，全国院系调整，岭南大学农学院和中山大学农学院等合并为华南农学院，卢永根因而成为华南农学院大四的学生。时任院长丁颖是卢永根的老