加盟国的独立，剩下两国组建的南联盟民族成份较为单一。两国的主体民族虽然分别是塞尔维亚人、黑山人，不过两者在文化方面极为相似。黑山民族主义者主张黑山人是和塞尔维亚人不同的独立民族，但有相当多人认为黑山人是塞尔维亚人的支系。南联盟的少数民族有阿尔巴尼亚人、马扎尔人、罗马尼亚人等。在科索沃自治省，占人口多数的阿尔巴尼亚人和占少数的塞尔维亚人之间的民族矛盾日益加剧，两族的冲突在南联盟时期始终都是严重的问题。南联盟认为自己是南斯拉夫联邦社会主义共和国的继承国，但其他原加盟国对此表示反对。联合国也未许可南联盟继承南