至2020年，驻印尼大使馆仍未开馆。2003年，婆罗浮屠远征船队访问了马达加斯加，从印度尼西亚驶往加纳的阿克拉。这艘船是从婆罗浮屠小组重建的，重演航程显示了印度尼西亚与非洲（特别是东非和马达加斯加）之间古老的贸易联系，航运路线是从印度尼西亚海域经过塞舌尔，马达加斯加和南非到达加纳。这也是为了证明印度尼西亚古老的水手和定居者如何到达马达加斯加。
高层互访.2008年11月，马达加斯加总统马克·拉瓦卢马纳纳访问了印度尼西亚，并会见了印度尼西亚总统苏西洛。这是他第二次访问印度尼西亚，