细胞被激活是种激活自体免疫性疾病的步骤。坊间对于这些机制所知相对有限，但是当前有用在解释由感染所引发的自体免疫性疾病（例如格林－巴利综合征和风湿热）的理论其中的一种。
病理生理学.人体的免疫系统通常会产生T细胞和B细胞，能与自身抗原发生反应，但是这些自身反应性细胞通常在免疫系统中变得活跃之前就被杀死，或者是处于株落失能状态（由于过度激活而在免疫系统中被静默地移除），或被调节T细胞将它从免疫系统中的作用中移除。当这些自我反应的机制中的任何一种失效的时候，在免疫系统中的自我反应细胞库中