儿子皆早夭，他唯一在世的弟弟朱由检继承皇位，当时朱由检年仅十六岁，是为崇祯帝。朱由检即位后，勤于政务，事必躬亲。崇祯十五年（1642年）七月初九，因“偶感微恙”而临时传免早朝，遭辅臣批评，崇祯连忙自我检讨。天启七年十一月（1627年），崇祯帝在铲除魏忠贤的羽翼崔呈秀之后，再将其贬至凤阳。途至直隶阜城，魏忠贤得知大势已去，遂与一名太监自缢而亡。此后崇祯帝又杀客氏，崔呈秀自尽，其阉党二百六十余人或处死、或发配、或终身禁锢。与此同时，平反冤狱，重新启用天启年间被罢黜的官员。起用袁崇焕为兵部尚书，赐予尚方宝剑，