，兄侯莫陈顺、侯莫陈崇，弟侯莫陈凯。八岁丧父，养母至孝，善事诸兄，内外莫不敬之。以军功封灵丘县男，邑三百户。随北魏孝武帝入关。为西魏权臣宇文泰直荡都督。大统二年（536年），迁尚药典御。三年（537年），拜太子右卫率，进爵为侯。随陇右十州大都督、秦州刺史独孤信征讨叛乱的岷州刺史、赤水蕃王梁仚定。累迁北秦州刺史。十四年（548年），拜车骑大将军、仪同三司。北周孝闵帝登基后，侯莫陈琼进爵武安县公，增邑并前二千户。出为郢州刺史。武成二年（560年），迁金州总管、六州诸军事、金州刺史。保定元年（561年），拜大