昌代理总召。2005年12月31日，段宜康表态在本次补选中支持游钖堃。2006年8月25日，段宜康和郭正亮、洪奇昌等人举行「反省从容忍开始，稳定是执政的天职」记者会，发起「容忍运动」，提议民进党中央领导人共同容忍百万人民反贪腐运动及共同制止王世坚、林国庆等党内同志以百万人民反贪腐运动总指挥施明德的「私德问题」攻击百万人民反贪腐运动，并扬言将在民进党中常会提案要求党中央「约束党公职人员不得发动或配合动员，否则祭出严厉党纪」,遭外界批评:违反民进党党章第27条「在党内对本党之路线、策略、纲领、政策及主要干部