其令旨却成为了源赖朝、源义仲等各地源氏起兵讨伐平家的理由，最终平家政权被推翻。京都的朝廷曾一度将东国所流传的以仁王令旨当作伪物，直到建久7年（1196年），以仁王一直被称作「刑人」，当作谋反的人物。（《玉叶》建久7年正月15日条）。长子北陆宫，在以仁王举兵失败后逃亡北陆道，后来被举兵讨伐平家的源义仲奉为主公。源义仲率源氏武士进入京都后，曾一度试图将北陆宫扶上皇位，但被后白河法皇拒绝了。次子若宫则被平家逮捕，被迫出家，法号道尊。今京都府木津川市有高仓神社。