州内有8个机场：托木斯克、科尔帕舍沃夫斯克、斯特列热夫斯克、亚历山大、卡尔加索克、别罗雅尔斯克、革得罗夫斯克、帕拉别里斯克。州内的货运主要是河运和汽运。河运是州里所有运输方式中最古老的一种，目前河运是州里主要运输方式。托木斯克州的主要交通干线是鄂毕河和其它支流托木河、丘雷姆河、克季河、瓦休甘河。铁路运输方面有唯一的一条铁路线：“泰加——托木斯克——白雅尔”与西伯利亚主干铁路相连。全州的中心主线与托木斯克相连。在南边是公路与之相连。管道运输方式在州里具有重大意义，它满足了在州内开採石油、天然气的运