飞行业务位于第二航厦，与中国国际航空、联合航空、韩亚航空、全日空、新加坡航空、土耳其航空、纽西兰航空、加拿大航空以及等星空联盟成员共用第二航厦（泰国国际航空目前仍使用第一航厦）。此外，在松山机场及高雄国际机场也有经营亚洲及两岸航班。除了台湾桃园国际机场，曼谷的苏凡纳布机场也是长荣航空的重点机场，连接欧洲所有航线（巴黎及部分维也纳直飞航班除外）。长荣航空的航线网路受到台湾的政治地位影响，飞航欧洲和一些亚洲国家的限制较大。过往两岸直航尚未开放之时，台湾的航空公司无法直接飞入中国大陆，必须利用香港和澳门两机场