治在吴、越两国故都吴县（今苏州）。秦二世元年（前209），天下反秦。项羽在吴袭杀秦会稽郡太守，率领八千江东子弟起兵。汉代秦后沿袭会稽郡。而今天的浙江南部由东瓯国统治，后来东瓯内附被迁至江淮，而与东瓯争斗的闽越被汉朝最终消灭，今浙江全境都归于中原王朝统治。东汉永建四年(129年)，将钱塘江以西划为吴郡，以东为会稽郡，吴县（今江苏苏州）成为新设的吴郡治所后，会稽郡治所迁回山阴县（今绍兴）。东汉末年，吴郡富春县（今杭州富阳）人孙坚及其子孙策、孙权逐步掌控包括吴郡、会稽郡在内的江东地区。汉献帝建安十三年（208