女真部南迁，并不断侵犯辽东都司。明宪宗成化五年（1469年），明廷修建辽东边墙。16世纪末开始，建州女真酋长努尔哈赤开始兴起，统一女真部，明廷设置的卫所逐渐消亡。明神宗万历四十四年（1616年）努尔哈赤称汗，建国后金。明神宗万历四十七年（1619年）萨尔浒之战后，后金军队破辽东边墙，佔领辽东都司大部土地，明朝控制区一度仅至山海关，后在孙承宗、袁崇焕等将领的抗击下，收复锦州以西地区。。
西北地区.明成祖永乐年间，西北疆界达到今新疆东部哈密地区，并设置沙州、安定、阿端、曲先、赤斤蒙古、