平纪念碑落成典礼上，以国家元首身分代表政府致歉。1997年，台湾历史学会、吴三连台湾史料基金会、台北市政府主办首场国际学术研讨会。2003年，时任总统的陈水扁向二二八事件的受害者家属颁发恢复名誉证书。政府和学术单位也对事件细节展开研究，其中《二二八事件责任归属研究报告》在2006年出版，指控蒋中正要为事件负起责任，但亦有其他报告认为二二八事件受到日本政府应该负起责任。2007年，陈水扁再次代表政府向受害者道歉，同年二二八国家纪念馆正式成立。而在2010年，时任总统的马英九亦代表政府向受害者道歉。Sect