官殿庙身坐北朝南，主祀三官大帝，俗称「三界公」；虽庙阶属公庙，却因地处市区边陲，信徒多来自红木埕地区（顶芸）。
嘉荫亭赋.胡格作于干隆三年（1738年）：
新闻.2016年农历小年夜期间发生高雄美浓地震，造成台南永康区维冠大楼倒塌多人死伤的惨剧。澎湖三官殿在震灾过后，天官大帝寿诞前夕捐献台南市政府新台币一百万元做赈灾之用。