有少数学生长期跟诊。倪海厦医师其学生众多，遍及世界各地，包括许多中西医、科技人、文化人、大陆中科院院士、台湾中研院院士、美国国家学院院士等等，较为人知的如广西中医药大学博士班导师《思考中医》作者刘力红教授、美国工程学院院士孟怀萦教授、斯坦福大学学者李宗恩博士等。
死因.2012年1月29日夜晚在台北家中昏迷，送台北医学大学附属医院急救，2012年1月31日于台北医学大学医院病逝，诊断是心肺衰竭。没有举行公开葬礼，只有对亲朋好友及学生举行追思音乐会，追思会由倪海厦儿子及学生李宗恩