林旭、刘光第等四军卿架空原有的军机大臣，但受到保守派的反对。光绪在军事上，陆军改练洋操，为掌握军事召袁世凯来京，下旨进行一系列整顿：
戊戌政变.光绪二十四年（1898年）8、9月间，由于变法操之过急，坊间盛传慈禧太后有以借“天津阅兵”废弑光绪帝的阴谋。光绪帝惧怕变法失败，听信康有为的意见，打算不经过慈禧太后同意，亲自提拔候补侍郎袁世凯，以新式陆军发兵，杀慈禧提拔的直隶总督兼北洋大臣荣禄，围颐和园（慈禧所居）。慈禧得知消息，立刻从颐和园返回紫禁城，发动政变幽禁光绪帝，戊戌变法宣布失败