穆尔河区舰队正式成立于1906年7月。由于阿穆尔河是清朝与沙俄界河，其成立目的是保卫沙俄边界安全并确保阿穆尔河上的交通畅通。1910年，俄罗斯阿穆尔河区舰队共有28艘船只，其中包括8艘搭载砲塔的巡逻舰和10艘较小的巡逻舰。1917年12月，俄罗斯苏维埃联邦社会主义共和国又重组了阿穆尔河区舰队，该舰队后来参与了俄国内战。1918年， 日本霸佔了阿穆尔河区舰队，并于1920年5月夺走了阿穆尔河区舰队几乎所有的船只。随着俄国内战的结束，苏联人开始重建舰队。在1925–26年，随着日本人将之前霸佔的船只还给苏联