法师重修「凌云静室」，更名为「凌云寺」。释圆光和释净园相继出任住持。因后继乏人，致使门庭破落，凌云寺归乡绅邓伯裘管理，并将之辟作休憩场所。1901年，妙参法师应黄慧清居士等之邀请来香港，游至观音山，见寺门已荒凉，于是会同徒众稍事修葺，并劝使邓伯裘改奉佛教，更使乡人捐出寺院土地，又募捐重修寺门，于寺侧建禅堂大楼，于山门前开凿莲花塘，并围篱建墙，至1924年春才完工。妙参法师发愿辨女衆丛林，将凌云寺化爲十方道埸，在她主持下，依照镇江金山寺的律仪，除晨、昏二课外，并聚衆于禅堂坐香谈禅，余下时间则念佛静修，