，1907年回国，先后担任成都府中学堂、四川公立法政专门学校教习。1910年，吴虞与父亲发生冲突，被舆论斥为“非理非法”逆子。四川教育总会会长徐炯召开会议，将他逐出教育界。新文化运动期间发表《家族制度为专制主义之根源论》，1919年11月，吴虞在《新青年》6卷6号发表《吃人与礼教》，大力攻击「吃人的礼教」。胡适称他是“只手打翻孔家店的老英雄”。曾任《西成报》等报纸主编。但吴虞本人却抱怨女儿长大后就开始不肖。1920年他任北京大学、北京高等师范学校国文系教授。晚年，他任教于四川大学。1949年在成都病