通常在肝脏的肝细胞中进行。与尿素循环相关的反应可以经由两种途径制造NADH，其中一种会用到草醯乙酸：在细胞质中，反丁烯二酸会被延胡索酸水合酶催化形成苹果酸。接着，苹果酸经过苹果酸脱氢酶转化为草醯乙酸并制造一分子的NADH。最后，草醯乙酸会经由循环转化出天冬氨酸作为转氨酶，维持氮原子在细胞中的流动性。乙醛酸循环乙醛酸循环是柠檬酸循环的一种变型：植物以及微生物利用异柠檬酸裂合酶和苹果酸合酶进行同化作用。乙醛酸循环在中间步骤与柠檬酸循环略有差异，但是草醯乙酸在其中扮演了相同的角色。这意味着草醯乙酸在此循环