被收为大清版图，于台湾南部设凤山县。原本县治设置地点考虑设在凤山庄，但考虑到兴隆庄在明郑时期已经开发，且有龟山、蛇山的屏障，再加上清初着重「海防」佈署，最后将县治设在兴隆庄（今左营区）。但设县初期，官员仍在接近府城的土墼埕办公，兴隆庄方面仅在莲池潭旁建立文庙。后来康熙四十三年（1704年）「奉文归治」后，当时的知县宋永清才在兴隆庄修筑县署等设施。在此同时，县治周边种植莿竹分隔内外。这与清初的「不筑（砖石）城政策」有关，为一种变通方式。直到康熙六十年（1721年），因为有朱一贵在台湾南部举事，首先攻破凤山