因拒不交出罪犯喇嘛登增，库伦办事大臣三多将巴德玛多尔济革职。宣统三年（1911年），巴德玛多尔济捐出办理新政白银二万两修建公路，库伦办事大臣三多向朝廷请旨恢复其商卓特巴职位，命其回库伦办事。 1911年辛亥革命爆发，同年12月1日，土谢图汗部亲王杭达多尔济、赛音诺颜部亲王那木囊苏伦等人宣佈外蒙古独立，随后拥立第八世哲布尊丹巴唿图克图为博克多汗。1912年，巴德玛多尔济被任命为第一任宗教与国务大臣。1915年，中、俄、蒙三方最终签订了《恰克图协定》，承认外蒙古的完全自治，中国拥有外蒙古的宗主权。随后，