四函的甲辰春本《函海》，收书一百五十八种，新增《函海后序》和四集他自己的着作。同年冬，《函海》再版，因此本扉页有“干隆甲辰本衙版”字样而得名干隆本衙本。此版扩充至30函，收书却减少至一百五十四种，主因一些汉代书版被毁，因而改收录“自晋而下”的着作，并加上杨慎和李调元自己的着作。干隆末年李调元回到故乡四川，居于罗江，再次增补此书，此即万卷楼本。邓长风认爲这版《函海》有四十函，詹航伦则认爲有三十函。嘉庆六年（1801年，辛酉年） ，李调元依照万卷楼本对函海做了最后一次修订，共四十函，收书一百五十九种。其校勘