机关再次迁回本址，开展地下革命活动，直至厦门被解放军占领。从抗战胜利至1949年十月的四年间，中共闽中厦门工委在全市共建立5个党总支、21个党支部，发展中共党员300余名，建立了大量革命联络站。工委曾开展群众运动、“统战”工作，并支援游击战争，配合解放军占领厦门，这些活动的开展都与妙法林有直接或间接的关系。此外，妙法林还是第二次国共内战期间中共泉州中心县委、中共海澄工委设在厦门的秘密交通站。
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