，升南京兵部职方司郎中。当时民变蜂起，江北混乱，许文岐辅佐尚书范景文整治军备，深得景文倚重。迁黄州府知府，射杀敌前锋一只虎。崇祯十三年（1640年）下江防道副使，驻蕲州，守孤城两年，屡次退敌。擢督粮参政，坚持城守，未赴任。不久，荆王府将校郝承忠串通张献忠，次年大兵来攻，文岐发炮，歼敌甚众。将近夜半，大雪盈尺，敌人攻破西门入城，文岐展开巷战，最终被执。张献忠闻其名声，不杀，将其拘于后营。一同关押者有举人奚鼎铉等数十人。文岐见张献忠老营大都为被掠良民，密谋策反老营，约定四月起事，以柳圈为信。计划泄露，张献忠