橄榄球队担任防守边锋。库珀是球队的优秀运动员，曾与博·麦克米兰（）、雷德·罗伯茨（）、马蒂·贝尔（）和雷德·韦弗（）等人同场竞技。球队另一位成员老约翰·Y·布朗（）之后成为库珀的政治对手。在查理·莫兰的指导下，球队在1918年赛季取得4连胜，但由于西班牙流感爆发，这一赛季被迫缩短。中央大学是当时肯塔基州最富盛名的高校之一，但老约翰希望儿子进一步拓宽教育面，在中央大学就读一年后，库珀转至纽哈芬市的耶鲁学院。他在耶鲁的同学包括斯图尔特·赛明顿（），两人之后会在联邦参议院共事。库珀积极参与耶鲁的多项课外活动，