）2月17日举行重光陞座典礼，由时任总统陈水扁主持，担任正献官。同年（2006年），大天后宫分灵到日本横滨妈祖庙，规格仿镇殿金面妈祖。民国百年（2011年）时，大天后宫举办多场活动，包括原台南县市合併后的第一次「府城迎妈祖」，将原有遶境规模扩张到原台南县，另外还有北港妈南下「大天后宫会香·南都巡历」，双方预定往后三年一科。供奉大天后宫檀越主宁靖王朱术桂为主神的竹沪华山殿也举办活动，送宁靖王神像造访五妃庙、郑成功祖庙与祀典武庙，最后在大天后宫举行三献礼。
住持僧侣.大天后宫在清朝