间谍使命来比较是次要任务。研究莫利间谍活动的学者认为他是“美国第一次世界大战时期最好的秘密特工”。战后不久，与莫利同时期的人表示了他们对莫利和一些被怀疑的同事的考古工作双重性的疑虑。其中着名的人类学家弗朗茨·博厄斯的抗议信发表在1919年12月20日的《国家》（"The Nation"）上。虽然信件没有指出怀疑的考古学家，但它公然抨击了那些中美洲的间谍“把间谍活动伪装成科学，玷污了科学”。信发布10天后，博厄斯被美国考古协会谴责。直到今天，关于“考古间谍”的争论还在继续，一些评论者指出那些在野外合法工作的考