07年4月18日起开行，现由广州局集团广深铁路股份有限公司广九客运段广深车队负责客运任务。列车使用和谐号CRH1A型电力动车组或CRH6A型电力动车组（广深公司定制版），运行广深铁路I、II线，全长139公里，最大运营速度为180公里。途经东莞站、常平站、樟木头站，部分列车经停平湖站。截止2020年4月10调图，广深动车组日常开行63对列车，周末开行82对列车，另加10对高峰线动车。每日最早开车时间为6点，最晚开车时间为22点52分，大部分时段发车间隔为10分钟。其中广州东站/广州站至深圳站下行使用