尔朱荣后，于永安三年十月授任元显恭使持节、都督晋州建南汾三州诸军事、镇西将军、晋州刺史，兼任尚书左仆射、西北道行台、大都督节度薛善乐、薛修义、裴元隽、薛崇礼、薛憘族等诸军，率领禁军，西援平阳，抵御尔朱世隆。尔朱兆攻入洛阳后将魏孝庄帝害死，元显恭在正平被尔朱世隆的部将刘贵击败，元显恭被擒获，后被害死在晋阳。魏孝武帝元修初年，朝廷赠予元显恭卫大将军、并州刺史，又再次赠予车骑大将军、仪同三司、都督并州诸军事、并州刺史，其余官职如故。太昌元年十一月十九日己酉（532年12月31日），元显恭迁葬于山陵谷山。