2辆车厢的车门无法开启。之后在进行废除平交道、月台延伸工程后，月台可停靠8辆编组列车，消除部分车门无法靠站的状况。同为涩谷站邻站的京王井之头线神泉站也有类似状况。另外，月台延伸问题也引起反对平交道废除等的声浪。甚至也有部分地方民众认为本站距离近邻的中目黑站与惠比寿站不远，「何不废除代官山站？」，引起了地方运动。最后，代官山站最后得以保留，并废除平交道，月台往隧道延伸。为了2013年（平成25年）3月16日开始与东京地下铁副都心线相互直通运转，涩谷站至本站区段进行地下化工程。地下化工程同时也改善本站往