年12月22日首度试验飞行，比起Ju 88和Ju 188更好，虽然高层军官对该机性能和用途非常满意和有趣，并下令全力生产，但是同盟国日以继夜轰炸本土重工业区，导致生产过程慢，直至翌年8月才可以交附和服役。可是第1型的速度仍然慢，所以在第3型改用容克斯Jumo 213引擎(增设水ㄧ甲醇喷射装置，2,100匹马力)来提升更高的高度上的速度。直至战争结束时，Ju 388生产数量仍然未知，原因之一是使用了各种前置飞机作为原型，其中一些在完成之前被盟军炸弹损坏或摧毁。此外，一些正式记录在生产结束之前终止或彼此矛盾