。2000年10月象神台风造成汐止淹水，汐止收费站建筑内部也发生严重积水。2001年9月纳莉台风再次造成收费站淹水，于9月16日至9月19日暂停收费四天。2010年4月，国道三号山崩事件发生后隔日，汐止收费站于4月26日起暂停收费以纾解台北基隆间因国道三号封闭而增加的车潮，直到同年6月19日国道三号正常通车后恢复收费。2006年，汐止收费站开放大车与小车各一电子收费（ETC）的车道，2012年7月加开小车电子收费的第二个车道，2013年12月30日，因全面实施电子收费，汐止收费站于2013年12月3