大火灾之后，恩里克三世（1379年-1406年在位）重建了该市，并将自己安全地置于有城墙保护的艾派度皇宫内。费迪南二世与伊莎贝拉一世迁入马德里的盛大欢迎仪式宣布结束了卡斯蒂利亚与阿拉贡的争斗。
文艺复兴时期.首都位于托莱多的卡斯蒂利亚王国与首都位于萨拉戈萨的阿拉贡王国被卡洛斯一世结合成现代的西班牙。尽管查理偏袒着马德里，但是他的儿子腓力二世（1527年-1598年在位）才是将王宫迁到马德里的第一人，他在1561年将王宫迁到马德里。虽然他没有官方正式宣布迁都，但是事实上马德里已是西班