边为蔴园肚庄、东海窟庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「三崁店」大字，隶属于新竹州新竹郡六家庄，大字下有「三崁店」、「水坑口」小字名。1941年（昭和十六年），六家庄与旧港庄合併成立竹北庄，本地区改隶之。战后竹北庄改制为竹北乡，隶属于新竹县，大字亦改制为村。1950年桃、竹、苗分治，本地区隶属不变。1988年，竹北乡升格为竹北市，