最严重的是受到少子化的影响，大专院校招生缺口日益增大，2010年大专院校之招生缺额已达2,336人，预计2021年在164所大专院校中将有三分之一倒闭，将对台湾高等教育体系产生剧烈的冲击。有鑑于此，立法院于2011年1月26日通过《》第七条修正案，赋予教育部对大专院校整併规划与主导权限，教育部于2012年6月22日订定《国立大学合併推动办法》，规定在提升整体竞争力的目标下，其可于衡量高教资源、招生状况等因素后，主导国立大学合併事宜。
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