长期关押于狱中。章纶在狱中没有纸笔，用铁钉在瓦片上划字，共作诗194首，后汇编为《困志集》。其中《贯城十二咏》写道：“蛟龙失势在池中，他日乘云入汉霄！”，表达了他乐观的心态。
为政.英宗发动夺门之变，宣布复辟，章纶出狱，升任礼部侍郎。章纶性亢直，不能谐俗，直言进谏不为众官僚所喜，得罪了不少人，任礼部侍郎二十年不得升迁。石亨贵幸，宴请公卿，章纶也在受邀之列，但章纶素来看不起石亨的为人，推辞不去。英宗复位初年，山东水灾，守臣上疏请减免租赋，户部不同意，奏疏被杨善搁置不报，章纶上疏力