致一物种数量减少的主要因素，最后导致濒危，甚至绝种。一位知名生物学家——威勒森（Wilson），在西元1989年估计每年因雨林栖地破碎化而消失的生物，每年就可达10000至10500种，因此控制栖地破碎化是目前极需解决的问题，在地狭人稠的国家或地区（如：台湾、捷克等……），设置的自然保护区以及国家公园等保护区的形状、大小配置可划分的精细些，而幅员广大的地区则应发挥保护区设计（如:加拿大、美国、墨西哥、巴西以及中国大陆等领土大的国家）。