1912年中华民国建立，中华民国临时约法中保障了宗教自由，加上当时很多革命人士以及支持革命的人也是新教徒（例如：孙文、宋教仁、廖德山，以至后期的蒋中正和张学良等），因而在民国初期基督新教的发展比清朝时好。1927年南京国民政府成立，同年底蒋中正与宋美龄完婚，宋家是基督教家庭，蒋中正也为此受洗为基督徒，也成为中国史上第一位正式信奉上帝的领导人，由于国家领导人信奉的关系，基督新教在中华民国的发展变得相对宽松顺利许多，甚至政府还给予某种程度的支援与鼓励发展。抗日战争时期，因为战争，男性大多参军，外国传教