沱江道郑角密发动叛乱，陈仁宗命昭文王陈日燏前去招安。郑角密投降，入京朝见了陈仁宗，并留其子为人质。1281年，派遣宗室陈遗爱出使元朝，元朝以陈朝皇帝「不请命而自立」为由，立陈遗爱为安南国王，派柴椿以兵千人护送归国。1282年，陈朝杀死陈遗爱及其同党。元朝以此为借口，遣安南行省右丞唆都领兵五十万，进攻谅山。陈仁宗同太上皇一起来到陈舍湾指挥抗元。副都统军、仁惠王陈庆余击败了元军。此后，越军又于1284年和1288年两次击退了元军的进攻。1290年，因牛吼蛮在哀牢（老挝）支持下不服陈朝统治，陈仁宗御驾亲征