们也称正殿「太子太保殿」、「太子公殿」，后简称为「太子殿」。康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅增建梳妆楼、朝天阁、佛殿、僧房，按石祖庙又建中殿、观音亭、土地庙等，当时有五组建筑群，殿堂楼阁十六座，客房斋堂等建筑九十九间，规模宏大。湄洲祖庙惜已于文化大革命期间全毁。1980年代以来，海内外信徒捐资对湄洲祖庙进行重建，台湾信徒捐献为最多，现有建筑基本都是文革后所重建的庙貌，但许多湄洲妈祖金身现存于台湾庙宇，如鹿港天后宫、新竹长和宫、北港朝天宫。
建筑.湄洲祖庙为长323米、宽99