。在担任总统期间，恩赫巴亚尔致力于把蒙古从原社会主义国家转变为自由民主主义国家。美国曾经在其任内向蒙古国提供2亿8500万美元的援助。2010年，蒙古人民革命党恢复原党名蒙古人民党。该党前主席恩赫巴亚尔在2011年另起炉灶，注册成立了新的“蒙古人民革命党”，而且当选该党主席。2012年4月13日，因涉嫌腐败问题，恩赫巴亚尔在乌兰巴托被警方逮捕。他面对包括挪用原本献给佛寺的赠与，及非法将一家酒店私有化等多项贪污指控。2012年8月2日，贪污罪名成立，恩赫巴亚尔被判处有期徒刑四年，并处没收部分财产。