与门下并立的中书，故与六科相对俗称「中书科」，但是其地位大为下降，职能也大幅削弱，事实上只是内阁与翰林院的誊抄机构。中央的重要事务执行机构为五寺，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺，与唐宋相比，减省了四寺：宗正寺被并入宗人府，卫尉寺被并入兵部，司农寺与太府寺被并入户部。大理寺与刑部和都察院合为三法司，负责重大刑事案件的复审与复核。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹与全国牧政；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾。
监察