（1面2线）组成。这站是全日本拥有自动旅客广播及LED出发显示屏之车站中纬度最北的一个。在过去名寄曾是由两个岛式月台组成、共2面4线月台配置的车站，但自从深名线及名寄本线停用后关闭了其中一条乘车线。在晚上，部分列车会在此站逗留至翌日。车站大堂内设有绿窗口（营业时间为7:40～20:50）、名寄站旅游中心（营业时间为星期日及假日9:30～17:30）、自动售票机、小吃店、小食亭。
巴士路线.所有站名称「名寄车站」。