一万七千年前冰盖融解后，巽他陆棚一部分被淹没，山脉和较高的地方成了浅海浸入的岛屿或半岛。马来群岛地处热带，赤道横穿整个群岛，群岛大部为热带雨林所覆盖。群岛的25,000个岛屿包括了许多较小的群岛。其中最大的群岛如下：五大岛屿包别是苏门达腊岛、婆罗洲、苏拉威西岛、爪哇岛、吕宋岛和棉兰老岛。另外一个有时会被包含进来的新几内亚一般被归属于大洋洲美拉尼西亚群岛。马来群岛地理上是世界上最多活火山的地区之一。构造抬升产生了高山，最高者有沙巴的京那巴鲁山（海拔4,095.2米）；如果计入新几内亚，则是巴布亚