见蒋经国，希望他不要採取极端手段，并说：「不宜流血，第一，流血制造烈士；第二，流血国际视听一定不佳；第三，我们终究要在这块土地耽下去，血流入土地，再也收不回。」蒋经国于是决定以宽大方式处理，避免流血事件。 此外，他也在当时协助该事件受难者的亲友，并参与林宅血案和陈文成命案的善后事务。《永远向前—纪政的人生长跑》书中提及，沈君山与田径运动员纪政结识于1978年，纪政让沈君山留下深刻印象。1979年，国际奥会执委会在日本名古屋召开，为争取中华民国会籍问题，当时为「中国会籍危机处理小组」成员之一的沈君山，坚持