末明治维新实施废藩置县后一度隶属和歌山县，1872年的第一次府县整併后，将原属牟娄郡位于熊野川已被的区域划入度会县，1876年第二次府县整併后再被併入三重县。1879年实施时，正式从牟娄郡分出设置近代的行政区划「北牟娄郡」，并在尾鹫南浦（位于现在的尾鹫市）设置郡役所。