台后因其赫赫名声，蒋介石仍委以重任，让他先后出任第五十军军官战斗团团长、澎湖防卫部副司令长官。1957年，吉星文入“陆军大学”深造后，晋升为陆军中将，调赴金门，任“金门防卫部”副司令长官，成为司令官胡琏的副手。1958年8月23日18点30分，中国人民解放军对金门砲击，短短数小时之内落弹5万7千余发，史称「八二三砲战」。胡琏为了给前来金门视察的国防部长俞大维接风洗尘，正准备在“金门防卫司令部”所在地太武山麓的翠谷水上餐厅（现为金门金湖镇明德公园）举行一个盛大的晚宴。当时吉星文与赵家骧中将、章杰少将先去餐