后，改任总统府顾问兼财政委员，专门负责整理旧税事宜。1914年8月，改任山东省财政厅厅长，任内获得山东将军靳云鹏、山东巡按使蔡儒楷的尊重。杨寿枏还致电财政部，要求缓办杂税，称“民间不苦税则之重，而苦税目之繁。请择税收丰富科目简单者踏实举办。”于是，他在山东省专门办理验契、田赋、公债，使山东省税收较此前增加了1000余万元，居当时中国全国第一位。1917年2月，段祺瑞内阁时期，杨寿枏任财政次长，后因财政总长李经羲因病未到任，杨寿枏代理部务。当时，各省各自为政的情况十分严重，税收常不解往国库，国库入不敷出。