制，正式由原有的传教区体制转为教区制；而台湾的教区数目，也逐渐由原本的1个监牧区，增加至7个教区、1个宗座署理区。
普世教协与护教反共对立.1950年代世界局势处于冷战状态，同时西方发起了普世教会合一运动以及1948年成立了普世教会协会（简称普世教协或WCC），由于普世教协的立场接纳社会主义国家，并且主张承认中华人民共和国，导致意识形态与政府当局冲突。台湾基督教环境因此分为两个阵营，名义上是教义之争，实际上政治意识形态之争，当时主导相关活动的人物为美国基要派牧师与国民党要员张静愚，