聪明，有神童之名，14岁成为乡村学校老师，1901年考入高中名校京都市第三高中。1904年考入日本第三高等学校（现在的京都大学人间健康学部），指导老师为白鸟库吉教授，羽田亨从这时起开始学习支那边疆史和民族史，并显露出了外语天赋。1907年7月他从东京帝国大学文科大学史学科毕业，毕业论文为《蒙古窝阔台时代的文化》。1907年9月，羽田亨考入刚刚成立的京都大学研究生院，师从东方学教授、汉学泰斗内藤湖南。
授教经历.1909年9月，从京都帝国大学毕业的羽田亨留校任文科大学史学科讲师，