足利义辉的三弟也遭到杀害，母亲庆寿院自杀身亡，这场震惊日本的刺杀行动史称永禄之变或永禄大逆。松永久秀和三好三人众随后立足利义维之子足利义荣为傀儡将军，而足利义辉的二弟、在兴福寺出家的觉庆在细川藤孝、一色藤长等人的帮助下，投靠近江国的和田惟政，后辗转前往越前国投奔朝仓义景，还俗后改名为足利义昭。
争夺畿内.永禄之变过后半年，松永久秀与三好三人众迅速反目。1565年12月，三好三人众率军袭击了松永久秀控制下的饭盛山城，三好义继被迫到避难。得到主公三好义继、三好康长、安宅信康等三好一门众