同其学名显示的，微囊藻属的特征为小型的细胞，细胞大小仅有3至8微米，且其外没有鞘包覆。细胞常聚集成肉眼可见的群落，这些群落本为圆形，经过时间发展可能会产生孔洞并呈不规则形状。原生质体的颜色是浅蓝绿色，但因细胞中具有充满空气的囊泡在光下可能呈暗色，这是光学显微镜下微囊藻的鑑别特征之一。囊泡提供微囊藻足够的浮力，使其停留在有足够光线和二氧化碳提供生长的水层。
生态.铜绿微囊藻较偏好高温，但毒性与最高生长率不一定有关联，在实验室培养中，摄氏32度具有最高的生长率，但毒性最强的温度是摄氏2