尚书·禹贡》最早提出“三伏三见”的特性，甚至《梦溪笔谈》亦载：“今历下凡发地皆是流水，世传济水经过其下，东阿亦济水所经”；卷三十九《庐江水》，则是一条不存在的河流，很明显是受到《山海经》的误导。郦道元以岷江为长江之发源，这是受到《尚书·禹贡》的误导。大陆郦学专家陈桥驿甚至认为郦道元并没有到过三崃，实是参考袁山松的《宜都记》。《水经注》喜引奇文，有时并不加以考订，清人全祖望称其“过于嗜奇，称繁引博”，凌扬藻也说“但嗜奇博，读者眩焉”，卷一还包括印度河和恒河的上源在内，也存在不少错误，明代杨慎称其“泛引佛经怪诞