年9月1日，晋升陆军二级上将，历任国防大学校长、国防部军备副部长与陆军司令部司令等职务。2016年12月1日，升任参谋总长，于2017年4月28日届龄退伍，正式结束军旅生涯。2018年2月26日，出任退辅会主委，重回政府接掌要职。2015年，陆军东引地区指挥部指挥官杨嘉智少将涉嫌酒后性骚，国防部陆军司令部两性平权委员会确认杨违反两性营规，却仅给予记过二次惩处。陆军司令邱国正上将认为惩处过轻，决定将杨移送司法侦办。这也是陆军首次将轻惩的将领移送法办。2017年4月25日，总统府发布人事令核准邱国正退伍