八岁读完十三经，早年从学于戴震。干隆三十年（1765年）高宗南巡，钦赐举人。干隆四十年（1775年）中进士，选翰林院庶吉士，散馆改工部主事。升郎中，擢监察御史，转吏科给事中。嘉庆四年（1799年），仁宗亲政，白莲教战事正酣，念孙上陈剿贼六事，弹劾国相和珅，直声震朝野。同年，授直隶永定河道。嘉庆六年（1801年），河道决口，赔两万七千两，特旨留任督办河工。事竣，赏主事衔。河南衡家楼段黄河决口，奉命前往勘查，又赶赴台庄治理河务。不久，授山东运河道，在任六年，又调永定河道。后来永定河再次涨水决口，王念孙引罪，