世达赖移居西黄寺。五世达赖在北京居住了五个月，后经内蒙古代噶（今凉城县岱海）返回西藏。此后，历世达赖经常遣使到北京朝贡，使者照例均居住在西黄寺内。雍正元年（1723年），喀尔喀哲布尊丹巴唿图克图及蒙古王公造佛像、宝塔、藏经，送寺供奉，西黄寺修葺一新。干隆三十六年（1771年），经章嘉唿图克图牒理藩院大臣，西黄寺获得朝廷重修。干隆四十五年（1780年），干隆帝御题山门额曰：“彚宗梵宇”。《钦定日下旧闻考·卷一百七·郊垧北一》载：
增建清净化城塔院.干隆四十五年八月十三日（17