入香港特区政府，任职首任食衞局副局长，乃首批获行政长官曾荫权委任的副局长之一。他以停薪留职方式「过档」政府，被香港大学学生会及校友质疑 。梁卓伟回应两者并无利益冲突，停薪留职做法是跟随大学及政府既定机制办事。他亦指考虑过家人及公众的意见后，决定放弃加拿大国籍。梁卓伟在副局长及政治助理的民望调查中，在市民心目中的熟悉排名在众多副局长中最高。外界对梁卓伟的评价好坏参半，他在处理2009年香港甲型H1N1流感疫情中的表现备受评论赞赏，在处理2009年人类猪流感疫情和三聚氰胺事件上被外界称赞表现淡定及专业。