亭担任太岳纵队政治部主任。1942年初，王新亭率南进支队到中条山区开辟抗日根据地。1944年，任太岳军区副政委兼政治部主任。
第二次国共内战时期.抗战胜利后，王新亭任太岳军区司令员、晋冀鲁豫军区政治部主任，指挥太岳军区部队参加上党战役、邯郸战役，并参与指挥晋南战役。1947年7月，王新亭任晋冀鲁豫野战军第八纵队司令兼政委。同年12月，参加运城战役，第八纵队第二十三旅用三千公斤炸药从北城爆破攻城，进入城内。1948年3月，王新亭率部参与临汾战役。5月17日晚，解放军攻入临汾，生擒国军