巴尼亚王国在被霍查领导的阿尔巴尼亚共产党游击队推翻，成立阿尔巴尼亚民主政府，并启用新旗帜。旗帜仍为红底，中间仍绘有一只双头鹰，在左上角绘有黄色的锤子与镰刀的标志。1946年，阿尔巴尼亚人民共和国正式成立，启用新国旗。国旗仍为红底，中间仍绘有一只双头鹰，双头鹰上方加了一颗金边红色五角星，红底和金边红色五角星均象征共产主义，1976年，改国号为“阿尔巴尼亚社会主义人民共和国”，国旗保持原状。1991年，阿尔巴尼亚劳动党政权瓦解，改国名为“阿尔巴尼亚共和国”。1992年4月7日，国旗上的五角星被删除，2002