作《左氏条义》理顺分明。他的另一位助教虞僧诞精通杜学，就写作《申杜难服》答谢崔灵恩，并行于世。最初儒者论述天总是秉持「浑」、「盖」其中一种意思，两种论点不相容，崔灵恩将两者融合立义。之后他出任长沙内史，再任职国子博士，很多人都找他听讲；外任明威将军、桂州刺史，在任内去世。他有着作集注《毛诗》二十二卷，集注《周礼》四十卷，制《三礼义宗》四十七卷，《左氏经传义》二十二卷，《左氏条例》十卷，《公羊谷梁文句义》十卷。