2006年9月，在纽约参加联合国大会时，他说苏丹希望非盟留在达尔富尔直到重新建立和平。不久之后，非盟和联合国安理会宣布7000人的部队将继续留到2006年12月31日。2009年3月4日，设在荷兰海牙的国际刑事法院以巴希尔涉嫌在达尔富尔地区犯有战争罪和反人类罪为由，正式对巴希尔发出逮捕令，这是国际刑事法院首次对一个国家的现任元首发出逮捕令。但是他仍然在发出逮捕令后出访了厄立特里亚。2010年7月12日国际刑事法院对巴希尔发出新的逮捕令，对他提出三项和西部达尔富尔地区所犯罪行有关的种族灭绝罪指控。国际