。监国鲁元年（1646年），浙、闽相继失守，钱肃乐跟随鲁王朱以海转战东南沿海诸岛屿。曾力辞吏部尚书，理户部之职。拜为兵部尚书。监国鲁三年（1648年），钱肃乐病逝于琅江一船上，遗体被安葬于福清县黄蘖山麓。鲁王闻讯，大为震悼，赐九坛，制文祭之，追赠太保、吏部尚书，谥忠介。肃乐起兵时，同产弟从军者四人，从子一人，又族弟三人曰肃文、肃度、肃绣。以上着作因战乱已佚。
着作.钱肃乐的诗文被汇编成《钱忠介公文集》行世。