果糖1,6-双磷酸（英语：fructose 1,6-bisphosphate）是果糖-6-磷酸经过磷酸化之后生成的分子。在糖解作用中，一个果糖-6-磷酸反应生成果糖1,6-双磷酸，需要消耗一分子的ATP，并且是由磷酸果糖激酶（英语：Phosphofructokinase）进行催化。果糖1,6-双磷酸接下来会在醛缩酶（英语：Aldolase）催化之下，分成甘油醛-3-磷酸（G3P）与二羟基丙酮磷酸（DHAP），前者将直接进入糖解作用的下个步骤，后者则必须先转变成前者。