柯士甸因健康欠佳而离开香港，但在1864年2月获委任为英属洪都拉斯总督。有指柯士甸任内批准将大幅土地出售予美国财团，引来殖民地部不满，导致他在1868年被撤换，2月调任香港辅政司。柯士甸在任辅政司前后十年，身兼行政、立法两区当然官守议员，先后历仕麦当奴爵士、坚尼地爵士和轩尼诗爵士三任港督，1876年获授CMG勋衔，是香港开埠以来第一位获此勋衔的辅政司。在任内，他有份修建港督山顶别墅，以及开拓九龙发展，香港多处地方均以他命名（详见下面「以他命名的事物」一段）。另外，柯士甸曾分别自1874年10月15日至1