政府侍郎。清兵入关又降，仍任原官。为多尔衮出谋划策，以安抚为主，疏请减免京畿田租以收买民心。又献策十不从──“十不从”，有：“男从女不从”、“ 生从死不从”、“倡从优伶不从”、“仕宦从而婚姻不从”等。皆得到採纳。不久保荐丁魁楚、丁启睿、线国安、房可壮、左懋泰、郝絅等。顺治二年（1645年），京师米贵，金之俊疏言：「大兵直取江南，应令漕督及巡漕御史赴任。金陵底定，举行漕政。」促使清廷迅速重开漕运。同年，调任吏部侍郎。顺治三年（1646年），疏请酌定进士铨选制度。顺治五年（1648年），擢工部尚书。次年乞假