孤立其势力，遂班师回朝。录功，加右副都御史。次年，改任陕西巡抚，历任户部右侍郎、户部左侍郎。弘治十三年，火筛大举犯大同，边将屡败。敕令许进与太监金辅、平江伯陈锐率京军抵御，无功而返。言官劾金辅等人，许进于是致仕归里。
正德年间.武宗继位，起用许进为兵部左侍郎，提督团营。正德元年（1506年），代刘大夏为兵部尚书，半年后改吏部尚书，次年加太子少保。许进以才见用，能任人，性通敏。刘瑾擅政时，许进多虚与委蛇，但最终仍使得刘瑾不悦。当时许进刚总督团营，与刘瑾同事。每次参阅操练，其谈笑指挥，