平洋战争爆发，学校停办。1947年10月学校第一次复校。1949年9月复称北京协和医学院。1953年学校停止招生。1951年改名中国协和医学院。1957年并入中国医学科学院。1959年在原协和医学院的基础上成立了8年制的中国医科大学。1970年，文化大革命期间，学校停办。1979年8月复校，校名改为「中国首都医科大学」。1985年改为「中国协和医科大学」。2002年9月，教育部、卫生部两部领导签署了清华大学与中国协和医科大学紧密合作，共建“清华大学北京协和医学院”的协议，中国协和医科大学进入“2