，出土的大批文物无法保存，发掘出土的丝织品变硬腐化。郑振铎、夏鼐为此上书国务院，请求立即停止再批准发掘帝王陵墓的申请，国务院总理周恩来同意了他们的意见。定陵挖掘成为中国考古史上的一大悲剧，不主动发掘帝王陵墓自此成为中国考古界的定规。此外1966年文化大革命爆发后，定陵更遭到严重破坏，保存在定陵文物仓库中的万历帝、后的尸骨被红卫兵以「打倒地主阶级的头子万历」的口号被揪出。1966年8月24日，万历帝、后的三具尸骨以及一箱帝后画像、资料照片等被抬到定陵博物馆重门前的广场上批斗并焚毁。