类间的关系到现在仍然不太清楚。举例说：海笔目的海笔和苍珊瑚目的蓝珊瑚(Helioporacea)到现在还是被划归不同的目。过往的八放珊瑚亚纲可分为六个目：部分现被归入海鸡冠目所有亚目：现时的系统发育分类如下，当中的钙轴珊瑚亚目与全轴珊瑚亚目原属柳珊瑚目。