博卡萨以法国政府军事援助团的身份回到中非共和国，于1960年负责创建中非共和国国家军队。1961年，他升为上校。他离开法国陆军而加入中非共和国的军队，他在法军服役期间共获军功章12枚，这些奖章也是他后来时常向访客拿出来展示的纪念品。他是中非共和国总统戴维·达科的表哥，也是前一任中非领导人巴泰勒米·波冈达（在中非共和国独立前夕死于空难）的外甥。1964年，博卡萨被任命为三军参谋长。
政变.1965年末，达科总统怀疑博卡萨意图叛变，授意宪兵司令于晚宴谋杀博卡萨，不料遭博卡萨探听到消息。