有参战，之后，以重臣身份辅助继承人忠政。庆长5年（1600年），在忠政移封至信浓国川中岛后，被任命为城代。同年，在关原之战中，森氏受德川家康命令，为抑制真田氏而被阻止出兵，在德川秀忠引发第二次上田合战时，亦在海津城待机。不过忠政没有完全旁观，为了对攻撃上田城进行援护，受忠政命令，单独负责牵制真田军。以寡兵在真田军北面的地藏峠附近持续战斗，其中，弟弟传三郎、彦五郎立下战功，得到加增。不过，之后在葛尾城受真田信繁攻撃时，因为对于忠政对井户家的待遇不满的家臣，在主人不在时，独断地打开城门，并唿唤真田军入城，甚