受制于西沙路及西贡半岛的路况，只许转向较佳的车辆行走，因此开线初期主要派出不长于11.3米的双层巴士行走，2016年底经测试后逐步放宽至容许12米车辆行走。2014年1月11日，299线10辆丹尼士三叉戟10.6米（ATS）随路线改组而过渡，在280X线开线前，本线一度为全低地台路线(后因280X开线，而由本线调走多部用车，由富豪奥林比安11米取代)。2016年1月24日起再成为全低地台路线。现时本线使用7辆亚历山大丹尼士Enviro 500 MMC12米（ATENU）双层空调巴士，均属沙田车厂。