由于台东县选举区初选落败的赖坤成代打争取连任，萧退居二线担任辅选角色，最终民进党不分区立委分配到13席，虽然赖坤成落败，但萧顺利当选，并继续经营花莲。2015年，民进党征召萧美琴投入2016年中华民国立法委员选举花莲县选举区，击败国民党挑战三连霸的王廷升，最终顺利胜选，为民进党于单一选区两票制实施后首度囊括花莲县区域立委名额。2020年1月，萧美琴以七千余票的小幅差距败给人称「花莲王」的傅崑萁，长达十年的经营仍不敌傅崑萁强大的基层实力与五星级县长民间声望，得票退至十年前的四成余，仅在丰滨乡以非常些微