高等教育方面更是开辽宁地区甚至是北方风气之先。沈阳近代高等教育始于光绪年间创办的的奉天大学堂。本着“中学为体，西学为用”的思想，制军增祺于清光绪二十八年（1902年）筹办奉天大学堂，在维护封建道德和中国传统文化的前提下，吸收现代科学技术。清末民初，盛京将军赵尔巽在沈阳创办盛京讲武堂、奉天法政学堂、奉天游学预备学堂、奉天省立女子师范学校等若干高等院校。此后，在奉系掌权期间冯庸创办了冯庸大学。满洲国时期，沈阳出现了由日本人新建的各类学校及教育场所，其中包括满洲医科大学，奉天国立农业大学，南满中学堂等院校。