态的基础下，使用分子力学的能量极小化方法，预测对象折叠后的结构。
"规律法".此法先从已有的蛋白质一级与三维结构之关系找到规律，再用该规律推测出对象折叠后的结构。
蛋白酶解（Proteolysis）.蛋白酶解经常用于探测出在广泛的溶液情况中（有许多影响因子）分离出没有被折叠的蛋白质。便是一个很好的例子。
蛋白的不正确折叠与神经退化症.有些不正常的蛋白聚集与许多疾病相关。朊毒体相关的例如：克雅二氏症（Creutzfeldt-Ja