内伊上任前后，政权遭到强烈反对，当中包括暴力和非暴力的抗争、暗杀、游击活动及叛乱，国家以镇压和恐怖手段回应。逾千名谋叛集团的成员遇害，他们大多被革命法院判处死刑。1982年，政府宣佈法院会被严加约束，但多个政治团体继续受到政府打压。在1980年代的两伊战争时期，哈梅内伊协助带领国家，并与势力壮大的伊斯兰革命衞队发展紧密的关系。他以对军事、预算及行政细节上有浓厚的兴趣而知名。1982年，伊拉克军队在伊朗本土被击退，他不赞成霍梅尼向伊拉克本土反击的决定，时任伊朗总理米尔-侯赛因·穆萨维也站在哈梅内伊一方，但