0年赊旗镇的内地会受到白莲教围攻，传教士逃离。《辛丑条约》签订后，路德会返回南阳，内地会回赊旗镇，信义会也进入南阳县境，遵道会返回桐柏县境。这四个教派，到20世纪80年代仍遍及全区各县。
佛教.佛教何时传入南阳已无法考证，创建于东晋永昌年间公元324年的弥陀寺，为佛教在南阳最早的寺院。文化大革命时期，佛教受到严重冲击，僧尼被赶出寺院，殿宇僧舍被拆除或占用，经卷、文物遭到严重破坏。主要寺庙有：香严寺、法海寺、豫山寺、龙兴寺、菩提寺、水帘寺、福胜寺、丹霞寺、慧照寺、鄂城寺。