2000年5月29日至6月4日，2700名巴布亚人代表在查亚普拉召开了巴布亚全国代表大会，会议通过了一个决议草案，草案中宣称巴布亚将脱离印尼统治而独立，印尼总统瓦希德宣布此草案为非法。2001年9月28日，自由巴布亚运动的武装组织袭击并一度占领了查亚普拉以南700公里的伊拉加。2004年，由流亡英国的西巴布亚领导人本尼·温达设立自由西巴布亚运动，鼓励联合国在西巴布亚举行独立公民投票。 该运动获得一些国际着名的人物支持，如诺贝尔和平奖得主大主教德斯蒙德·图图。截至2010年，有13,500名西巴布亚