5年再度勇夺「日本一」头衔（媒体称之为「悲愿达成」）。2000年，王贞治再度率领鹰队打进日本大赛，对手正是由长嶋茂雄再度担任监督的巨人队，因此得到「ON 监督对决」之称，不过最后巨人队以4胜2败成绩击败鹰队，夺下优胜。2004年6月7日，鹰队在与北海道日本火腿斗士队的比赛中获得胜利，王贞治取得监督生涯的第1000胜（日职史上第11人）。另外，王贞治也受託在2006年3月举办的第一届「世界棒球经典赛」中，担任日本棒球代表队的监督。虽然征召美国职棒大联盟日籍球员的过程并不顺利，也曾因日本队在亚洲区预赛与八强