时任行政院长游钖堃指派政务委员林盛丰前往调查，调查结果认定叶世文过度开发，专业判断有问题，游钖堃因此下令撤换其太鲁阁国家公园管理处长之职，改调内政部营建署专门委员，后升任组长。随后又升任内政部建筑研究所主任秘书。2005年，监察委员廖健男、陈进利、林时机在调查后，共同提起合欢山主峰景观改善工程纠正案，纠正案中认为此次工程未先取得土地使用权同意书与施工许可迳行施工，行为违法且有过度开发、影响生态的可能，要求行政院改善。同年，叶世文升任内政部建筑研究所副所长，并取得国立台湾大学管理学院硕士在职专班高阶公共管