887年）设台湾三府增至云林县、苗栗二县，云林县治虽在林圯埔 ( 今南投县竹山镇 )，但每年雨期浊水、清水两溪氾滥，致使交通时常中断，而且县址过于偏东甚为不便，遂于光绪十九年（1893年）迁至斗六。
日治时期.1895年4月（清光绪二十一年三月，日本明治二十八年四月），清朝和日本签订《马关条约》，将台湾割让予日本。5月底，台湾军民起而反抗日军接管，爆发乙未战争，至11月中旬始宣告平定。在乙未战争中，抗日义军曾于8月27日八卦山之役结束后，撤守云林县。在斗六与日军近卫师团进行遭遇战