于第一类渔港的则归于第二类渔港，主管机关为当地直辖市、县市政府。据渔业署当前规划，目前第一类渔港共有9处，分别是基隆市正滨渔港、基隆市八斗子渔港，宜兰县乌石渔港、宜兰县南方澳渔港，新竹市新竹渔港，台中市梧栖渔港，台南市安平渔港，高雄市前镇渔港，屏东县东港盐埔渔港，第二类渔港则有215处。已经废止的旧制中，台湾的渔港共分成四类，第一类渔港使用范围为全台湾（全台、远洋渔业），第二类渔港是属于区域性（近海渔业），第三类渔港为地方性（沿岸渔业），第四类渔港主要是离岛或偏远地区的作业渔船避风港（临时停泊或避风）。