但长宗我部家难以抵挡秀吉大军，后来由谷忠澄提议投降。战后羽柴秀吉将阿波、赞岐与伊予收为己有，仅留土佐一国给长宗我部家，元亲上洛谒见秀吉表示臣服之意。
丰臣之下.1586年，丰臣秀吉攻打九州时，元亲的嫡长子长宗我部信亲也参战（户次川之战），但因为军监仙石秀久的错误判断，使得信亲及宿敌十河存保战死。元亲伤心欲绝，从此性情大变，并开始溺爱四子长宗我部盛亲。1588年，元亲将居城迁到大高坂城，之后却困于继承人选择，甚至因为此事件肃清反对派的一门众，如比江山亲兴、吉良亲实，长宗我部家之局势因