瑞长跪悼念遇难学生的史料时间不符。段政府又称示威学生为“暴徒”。有回忆者称段祺瑞在三一八之后在家中也吃荤，在其他场合吃素只是与信佛有关。3月18日，段祺瑞及北京国务院通电谓本日惨案乃徐谦等鼓动所致，下令通缉徐谦、李大钊、李石曾、易培基、顾孟余五人。朱家骅、蒋梦麟、鲁迅等几十人也上了黑名单。徐谦等乃避入苏联使馆。李大钊、鲁迅等人被迫转移，国共两党领导机关则迁入苏联使馆。这就伏下后来张氏父子查抄苏联使馆契机。全国舆论沸腾。3月19日，各地舆论纷纷谴责国务院门口屠杀。3月20日，北京政府自知理屈，国务总理