改编为独立的社会机构，理顺了管理体制。此外，台湾方面中华民国红十字会与大陆方面中国红十字会也是两岸交流的重要窗口之一，在海基会和海协会沟通方式建立前尤其重要，早期在未开放通邮时期，曾经负责转信、寻人的业务，随后两岸红十字会于1990年签署《金门协议》，协助遣返来自中国大陆的偷渡客。两地发生重大灾变时，也互相透过红十字会象征性捐款，表达友善关切之意，但偶尔也会因主权之争而起争执，着名例子如1999年九二一大地震时，9月22日中国红十字会秘书长孙爱明表示任何国际红十字会要捐助给台湾地震的款项和救灾物