于成本较高且无法应用于高通量筛选。对于此项技术的改进由wong等人报道：使用等位基因特异性的引物进行PCR，可以把单链和双链的结果区分开来。这项技术对于基因铭印的检测非常有效。
甲基化敏感的单链构象检测.这项技术是以单链构象多态性检测（, SSCA）为基础发展而来。因为序列不同的DNA在未变性前会形成不同的二级和三级结构，SSCA可以将长度相同但序列不同的单链DNA在不变性的情况下通过凝胶电泳分离。SSCA对于只有一个核苷酸发生改变的两条DNA链的敏感性较低；但在DNA甲基化的