当时在水兵间流行在弹药库前玩「点燃信号用酒精并吹熄后，就着臭味饮用」的恶作剧，在恶作剧的进行中，有一说是有水兵不留神翻倒了有火的洗脸盆，另一说是下瀬火药的变质。这个爆炸沉没事故被认为是秋山真之少佐埋头于宗教研究的原因之一。10月23日，海军凯旋式敷岛号战舰替换三笠成为旗舰。事故当时，联合舰队司令长官东乡平八郎大将在岸上因此平安无事。同时，刚到任舰队附属军乐队的瀬户口藤吉海军军乐长在事故当时也不在船上，因此逃过一劫。不过，很多军乐兵由于该事故殉职。三笠成为预备舰，1906年8月8日打捞起到佐世保工