工厂（今）进行改造后投入关门隧道区段使用，并改称为EF81型400番台机车（401～414）。改造完成后，401～408号机车配属门司机关区，409～414号机车配属大分运转所。为减少海水对车体结构的盐害和腐蚀，车体顶盖采用具有良好耐腐蚀性能的聚氨酯树脂复合材料涂层，受电弓亦涂上防锈漆。车体仍然采用与基本番台相同的耐候钢车体，车身涂装也同样是赤13号红色涂装。由于该型机车没有使用列车供电装置的需要，车端的列车供电插座和供电状态指示灯亦被移除，但主变压器和硅整流器内的供电电路仍被保留。考虑到关门隧道区