重新隶属于新罗。高丽肃宗时期，济州岛成为高丽的耽罗郡，并曾一度为元朝的牧马场。1295年，耽罗开始被称为济州。元朝末期，高丽恭愍王实行叛元政策，驱逐元朝在济州的势力。岛上的牧胡三千余人起兵反抗，恭愍王派遣崔莹等人镇压，平定了牧胡之乱。1404年取代高丽的朝鲜朝廷下令废除星主，1406年置济州牧使。1416年（朝鲜太宗16年），朝鲜王朝在济州设立济州牧、耽义县、大静县，实行3邑制。1864年（高宗元年），济州岛被划归全罗道观察史管辖，1894年改县为郡，设立济州、大静、耽义郡，由牧使管理。1905年（高宗42