国国军记载，10月13日部队便撤离南日岛，然而中华人民共和国方面说法则是10月15日撤离。由于这场战役的主规划本身便非为占岛设计，作战完全是以见好即收；收容的解放军俘虏在10月22日押往高雄，随后抵达台北。中华民国方面统计，中华民国陆军缴获轻武器有冲锋枪、步枪1000余支、轻重机枪60余挺、小炮等重火器40余门，损失少于100人，俘虏800余人。中国人民解放军统计南日岛人民损失鸡633只，鸭11只，猪324头，黄牛3头，衣服660件，粮食2835斤，门板75块，棺材12口，羊10只，还有11群众被杀害