党轮替，在野的泛蓝阵营寻求整合，以期夺回执政权，时任台北市市长的马英九以清廉形象与高个人魅力被视为未来可以击败陈水扁的政治明星；2004年中华民国总统选举，国民党的连宋配以微弱差距再度败给民进党，马英九被推为「泛蓝共主」；2005年，马英九击败立法院长王金平，成为中国国民党主席，其后，陈水扁爆发国务机要费案，引起了社会不满，导致倒扁运动正式产生，泛绿阵营支持度大幅低落，终于在2008年中华民国总统选举时，马英九击败了民进党的谢长廷与苏贞昌，成为中华民国总统，达到其从政生涯最高峰，台湾完成第二次政党轮替。