是一场发生在 U-TIC 和联邦之间的战争，它触发了格诺西斯的到来，并导致米尔奇亚被吞噬在一个时空异常中。
人物.游戏主角是贝克达公司雇佣的人类科学家卯月紫苑（Shion Uzuki），以及她创造的原型反格诺西斯战斗机器人KOS-MOS。在联邦飞船沃格林德号（Woglinde）上，紫苑与联邦官员安德鲁·切连科夫（Andrew Cherenkov）和路易斯·维吉尔（Luis Virgil）互动，阿伦·里奇利（Allen Ridgeley）协助她完成了该项目。随着故事的发展，紫苑和KO