随秀吉征伐播磨三木城时大为活跃，又加封至5000石，与宫田光次、户田胜隆、尾藤知宣并称秀吉四天王。本能寺之变后，神子田正治参加山崎之战、贱岳之战，为秀吉夺得天下出有大力，因此晋任为庭濑城主，领一万二千石。但是后来在小牧长久手之战中镇守二重崛城时，被织田信雄击破，引起秀吉大怒，将神子田正治废为庶人，流放到高野山，四处流浪。在天正十五年，丰臣秀吉出兵攻打九州时，人在丰后的神子田正治前往情求参战，以恢复名誉地位，不但被秀吉拒绝，反而赐他切腹自尽，并枭首京都。据说竹中半兵卫曾看重神子田正治的才能，认为他