吕好问上疏蔡京过恶，乞役海外，黜朋附之尤者以厉其余。又建白削王安石王爵，正神宗配飨，褒表江公望，张庭坚、任伯雨、龚夬等，除青苗之令，湔元符上书获谴者，章前后疏十上。每奏对，帝虽当食，辄使毕其说。不久改为兵部尚书。靖康之难后，金人立张邦昌，以好问为事务官，吕好问劝迎赵构为帝。建炎元年，高宗即位后，太后遣吕好问奉手书诣行在所，高宗劳之曰：「宗庙获全，卿之力也。」除尚书右丞。丞相李纲以群臣在围城中不能执节，欲悉按其罪。吕好问也曾替张邦昌说公道话，责问李纲说：「王业艰难，政宜含垢，绳以峻法，惧者众矣。