帆翼龙是中大型翼龙类。早期研究估计，头颅骨长达65公分，翼展长5公尺。在2012年，古生物学家马克·维顿（Mark Paul Witton）估计最大型的头颅骨（编号NHMUK R3877）长43公分，翼展约4.3公尺，约是无齿翼龙的一半大小。因为帆翼龙的吻突平坦而圆形，牠们有时被戏称为鸭嘴翼龙。帆翼龙拥有小型、锐利的牙齿，牙齿成三角形、侧向扁平，咬合时牙齿会互相交错，相当适合捕食鱼类。头颅骨略短，大部分牙齿集中于颌部的前段。最近的研究认为帆翼龙可能是种食腐动物。
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