仍依循南部线及北部线各自独立营运习惯，南北仅一班直通车（6点台北出发，17:13分抵台南，19:55分抵打狗）。基隆至台北路段修筑双线于1912年完工，增加了北部铁路的运能。台北至竹南和台南至高雄的路段双线化也于1935年完工通车。基隆和苏澳之间的宜兰线于1917年动工，南段（苏澳－礁溪）与北段（基隆－瑞芳）于1919年通车，但因为经费不足全线至1924年才完工，把宜兰和台北首次以铁路连接起来。南州至枋寮的屏东线路段于1941年通车。但二次大战末期，战略上日军为防止盟军自恆春半岛登陆台湾，且钢铁原料不足