科学副博士学位。回国后，胡启恒在中国科学院自动化研究所，先后从事生产过程自动控制、模式识别等方面的研究工作；主持中国最早用于邮政信函分拣自动化的手写字符识别机的设计，曾获科学大奖；领导建立了中国第一个模式识别国家重点实验室。1980年至1982年，应美国凯斯西储大学邀请，任该校应用物理与电机工程系客座研究教授，从事决策规则推断的研究。1983年，出任中国科学院自动化研究所所长；1988年，升任中科院副院长；期间，曾兼任中国计算机学会理事长，中国自动化学会理事长。1994年，作为中国科学院副院长和“中关村