下和约后，同盟军舰队被迫全数解散。舰队司令官乘坐的是旗舰，平均拥有40门主炮，数量最大的有80门，舰体上下一般是通讯天线。宇宙历790年代，舰队指挥官旗舰除第13舰队旗舰休伯利安（Hyperion）号外，其他旗舰都是「阿基琉斯级（Achilles）或帕特罗克洛斯级（Patroclus）」两种，不过根据建造时期先后，可由观察舰身细微部分发现不同之处。军阶在准将以上的指挥官才会有专门旗舰，但是舰队总司令使用之旗舰性能和装备都更好一些。旗舰一般舰身长在800至1,100公尺左右。主要武器是中子炮及飞弹，外加3