，内政部警政司保安特警突然逮捕洪子瑜；洪氏随后遭指控牵涉沈镇南匪谍案。洪氏先被关押于台北保安总队队部，后又受台湾保安司令部军法处连续审讯。最后，洪氏获判移送绿岛新生训导处接受「感化教育」；此后，他在监视下持续接受「劳动改造」3年又3月。出狱后，他因留下政治犯前科一时无法找到稳定工作；后来，他因其写作能力被赏识而以受立法委员委託誊写资料、撰写质询讲稿等为业。
家庭.洪子瑜与鲁曼珍结婚并育有洪秀柱等4位子女。在他入狱后，鲁曼珍变卖首饰，并从事针织以支持家中经济。