ction::::争议.争议多半以命题、量尺分数为主。
命题.因为教材採取一纲多本的缘故，有些观念并非每种版本都有提到，因而部份学生、家长和老师提出疑问。而教育部表示只要读好一本而学得一纲即可应考。
量尺分数.基测分数计算採用量尺分数制。错的题数所分配的扣分并不相同。所错题目越少，每题扣分越重，所错题目越多，每题扣分越轻。以2007年第一次国中基测为例，国文科全部答错和答对10题的分数都一样是「1分」；错5题扣13分、但5科都错1题却扣21分。高分群和低