1990年，武警部队进行第二次院校体制任务调整，将武警学院划归公安部直属管理；武警技术学院消防管理系、消防工程系及消防专业移交武警学院，武警学院内卫系、政治系、高级系移交武警技术学院。2004年，开始招收硕士研究生。2017年1月11日，中华人民共和国教育部发出《中华人民共和国教育部高等学校章程核准书第101号（中国人民武装警察部队学院）》，内称：“根据《中华人民共和国高等教育法》《高等学校章程制定暂行办法》，你校党委会审议通过，并经公安部同意，报我部核准的《中国人民武装警察部队学院章程》，经教育部