（俄罗斯，丹麦-挪威和萨克森-波兰-立陶宛）的联盟以及1695年至1697年的大饥荒，该大学从塔尔图搬到了派尔努。最终，于1699年8月28日在派尔努（Pärnu）运行的古斯塔沃·卡罗琳娜学院（Academia Gustavo-Carolina）由于大北方战争期间派努（1710年8月12日）向俄罗斯军队投降而被关闭。根据投降条款，俄国人同意在派尔努维持大学。然而，这所大学只是在1802年由波罗的海德国人的波罗的骑士团（Ritterschaften）重新开放，当时这家新的德语授课大学重新启动，并由具有改革精神