方统计文化大革命期间全校3000多名师生中，583人被非法立案审查，437人被牵扯进158件集团性冤假错案，246人受到各种程度的冲击，21人被迫害致死，其中有学校原党委书记高仰云、化学家陈天池教授等。南开大学校内曾成立过南开大学“八一八”红色造反团等红卫兵组织，历史系曾出现了文革中罕见的活人展览，让受害者在展厅中向观众当面说出自己的罪行。
改革开放后.1976年，文化大革命结束，南开大学的教学秩序开始逐渐恢复。1978年2月17日，国务院转发教育部《关于恢复和办好全国重点高等学校