前台湾省长宋楚瑜在马祖地区的得票率高达七成三，其次国民党连战也有二成四的支持率，当选总统的民进党陈水扁则仅得不足两个百分点。而在2001年中华民国县市长选举中，代表亲民党参选的陈雪生，以五成六的得票率，击败国民党提名寻求连任的刘立群，连江县也首度出现了政党轮替。在2004年中华民国总统大选中，连战在连江县取得了九成四的票数，而陈水扁的得票率则是百分之六。在2005年中华民国国民大会代表选举中，国民党在连江县取得了六成九的票数，亲民党一成三，而民进党则首度拿下超过一成的票数。2005年中华民国县市长暨县市