寺之变后帮助身陷敌国的德川家康。在江户时代也十分活跃。伊贺国领内多山，促进了领内忍者众的形成。观点认为，伊贺国内的忍者起源于镰仓幕府末期在当地活动的“”（反对镰仓幕府的叛军）。在日本律令制时代之前，统治伊贺国的是伊贺国造。过去的伊势国，领土曾包含《延喜式》中伊贺国的领地，伊贺国是在公元680年从伊势国分立的。律令制时代后，伊贺国领内多为东大寺等寺社持有的庄园。镰仓时代，伊贺一带的守护先后由大内氏、山内氏、千叶氏担任。镰仓幕府末期，在伊贺一带活动的恶党演化成了后来的伊贺忍者。日本战国时代中，1581年爆发