撤离数量多达四十余万人，如果中止土兵，百姓听闻后仍然会生疑；况且贼首仍然潜伏，届时再调兵则为难。宪宗于是听从项忠主张，并约束其禁止扰民，用心安抚。同年十一月，项忠派遣副使余洵、都指挥李振率兵追捕，在竹山县遇到李胡子，被明军擒获。小王洪的五百余众，屯于钧州龙潭，亦被明军擒获。此后遣送还乡者有四十万人，俘斩二千人，编戍者一万余人。当时流民从明初洪武年间以来，家业延子孙，未尝有为非作歹的人。军队进入后，死者枕借山谷。其戍边湖广、贵州的人，又多死于路途中，弃尸于江浒。言论者谓项忠此役，实为多滥杀。十二月，都