中国学会、曙光社、人道社、青年互助团五个团体的20余名代表在慈悲庵北厅召开联席会议，讨论五四运动以后的斗争方向及各团体联合的问题。1921年7月、8月间，李大钊通过少年中国学会会员陈愚生租赁慈悲庵南房两间，开展秘密活动，到1923年间，邓中夏、恽代英、高君宇等人常来此参加会议。到中华人民共和国成立前夕，慈悲庵建筑已破败。中华人民共和国后，随着陶然亭公园的创建，慈悲庵也获得修缮。1976年，慈悲庵在唐山大地震中受损。1978年至1979年，慈悲庵作为革命纪念地获得重修，原址全面恢复，陶然亭恢复为敞轩形式，