为基督徒，余杰开始深切介入一系列人权案件。先后参与多封重要公开信的起草或签名，为遭审判的西藏活佛阿安扎西、被判处重刑的“新青年读书会”成员、被起诉的家庭教会牧师蔡卓华、被剥夺人身自由的盲人维权人士陈光诚等人唿吁。余杰一直密切关注以“天安门母亲”为代表的“六四”受难者及其家属、受到官方打压的基督教家庭教会及上访者和遇难矿工等弱势人群的基本人权。2003年，余杰与王光泽、刘晓波等发表公开信，唿吁当局“迅速迁移毛泽东尸体，将毛主席纪念堂改为文革博物馆，将毛像从天安门城楼取下”。2004年，在六四事件十五周年前