1998年，升任中共河南省委副书记；前后历经侯宗宾、李长春、马忠臣三任省委书记。1999年调中央，出任中组部副部长，成为曾庆红的副手。2002年12月，黄晴宜转任中华全国妇女联合会副主席、党组书记、书记处书记；2003年8月，在全国妇联换届选举中，接替顾秀莲出任全国妇联书记处第一书记。 2008年3月，当选中国妇女发展基金会第五届理事会理事长。 2010年1月，已逾正部级官员退休年龄的黄晴宜卸任全国妇联领导职务； 当年2月，第十一届全国政协第八次常委会决定增补黄晴宜为社会和法制委员会副主任。