没有跨膜区域，且为非共价结合。在β的“上方”（指远离细胞膜的一端）为α链的α区和α区，构成了MHC的肽结合区。β微球蛋白不止参与形成第一类MHC分子，还能组成与之类似的表面受体，如CD1和等。β2微球蛋白还有一个功能，就是能与结合，来调控铁调素在肝脏中的表达。铁调素会与肠上皮细胞和巨噬细胞膜上的作用。可以降低食物中和红血球回收的铁质摄取，该功能的丧失会导致铁过量和血色沉着病。