港铁于中期报告中修改了走线，新的路线与当年的《铁路发展策略2000》提出的计划相似，以丫形分岔设计，一方面同样连接东铁线落马洲支线落马洲站，并且取消兴建洲头站，改为兴建另一条分岔线到古洞站作为东铁线及北环线的换乘车站，以梅花间竹的方式轮流前往落马洲站或古洞站。若果落实，北环线将会成为通往落马洲铁路口岸的第2条铁路。2012年4月20日，北环线兴建计划搁置多年后纳入最新一次的公众谘询内容，走线更长远至可以伸延至打鼓岭。顾问指出，因为新发展区的规划情况近年大幅改变，故此原本建议于凹头、牛潭尾及新田兴建的车站