2000年1月28日，中华民国成立行政院海岸巡防署，取代中华民国国军，正式接管太平岛。
21世纪.2001年12月，建置完成具有20.3kW容量的太阳能电力供应装置，以作备用电源。2003年8月16日，中华民国内政部部长余政宪率领行政院经建会副主委张景森、研考会副主委蔡丁贵、海岸巡防署副署长游干赐、高雄市副市长林永坚等一行人前往视察，并举行一等卫星控制点设置动土典礼。2005年，中华民国原本专责南海政策的「南海小组」，由国安会「周边海域情势会报」取代，作为处理台湾週遭争议