平军、捻军，累功升至副将。后来他被刘铭传派任骑旅先锋，转战于山东、安徽。在安丘之役，他因功擢升总兵，赏“奇勇巴图鲁”勇号。1874年，日军侵略台湾，自琅峤（今恆春）登陆。章高元奉命随军入台湾，事后撤回大陆，驻江阴。1884年，法军入侵台湾，章高元随刘铭传渡海守卫台湾。当时法军已占至基隆，他誓死请战，率部“乘夜蹈入法兵垒，短兵肉搏，锋利不可当，法兵多死”。在西仔反淡水之役中，章高元率部取得大捷。战后，他因功升简署澎湖镇总兵，赏换“年昌阿巴图鲁”勇号。1885年（光绪十一年）奉旨接替张家宾担任台湾镇总兵。他