驻华北地区，编入第1军的指挥下负责山西省方面的警备任务的同事，同其他治安师团一样也在1939年夏之后参加了各种治安作战。1942年春，第41师团作为主力部队离开山西省参加了日本华北方面军策划的冀中大扫荡作战。作战结束后，第41师团在河北省德县（现属山东省陵县）设 置了师团的司令部。
太平洋战线.1942年（昭和17年）11月，师团从华北转战新几内亚，编入第8方面军隷下的第18军。先遣队步兵第239联队以及师团主力分别于1943年（昭和18年）2月下旬和同年5月进攻新几内亚东部的韦瓦