使张觐邦投降。班师回朝后，武仲平获得嗣德帝的重用，翌年被任命为协办大学士，与另一位平叛功臣阮知方同掌朝政。1868年，投降阮朝的太平天国余党吴鲲（吴亚终）起兵造反，攻破高平省城。武仲平被嗣德帝任命为河宁总督兼宣太谅军次钦差大臣，前去征讨，在清朝将领冯子才的支援下将其击败，收复了高平省城。1870年，中国山贼苏泗（苏国汉）乘夜攻破谅山省城，俘杀担任总统北圻军务的段寿，武仲平越城逃跑。嗣德帝将他调回顺化，以黄继炎代之。此后武仲平历任户部尚书兼机密院大臣、刑部尚书、礼部田劝等官职。1883年法国发动北圻远