民国导演协会票选为「年度最佳导演」。2004年，《不散》代表台湾参加角逐奥斯卡最佳外语片。蔡明亮获法国文化部颁发文艺骑士荣誉勋章，是第一位获此殊荣的台湾导演。2005年，《天边一朵云》在柏林影展正式竞赛单元中首映，虽然获得杰出艺术成就银熊奖、亚佛雷德鲍尔奖与费比西国际影评人奖，但因电影内的裸露与性爱场景，在台湾引起争议。蔡明亮也在今年受邀担任瑞士卢卡诺影展评审。2006年，德国慕尼黑电影博物馆举办「蔡明亮电影回顾展」，共放映十二部作品。2006年，他回到马来西亚拍摄的《黑眼圈》再度进入威尼斯影展