战爆发，德国入侵波兰后，克拉科夫很快就被德国军队佔领，纳粹党迫使他们迁入克拉科夫犹太人区。大约五岁时，他只有就读小学几个星期，直到「所有犹太孩子突然被退学」。他被退学后，在未来六年中不被允许进入另一间学校。罗曼·波兰斯基父亲及成千上万的犹太人被送到奥地利茅特豪森－古森集中营，而母亲则被送往奥斯威辛集中营，抵达后不久即死亡。波兰斯基当时躲起来，看到他的父亲正在队伍中。他的父亲看见他，就怕儿子被德国士兵发现，驱赶他离开。波兰斯基于1943年逃出克拉科夫犹太人区，受到一些波兰天主教家庭帮助。罗曼·波兰斯基出席