是否把台湾併入版图产生争论，不少大臣认为台湾孤悬海上，治理以及防守花费不小，主张弃守。最后施琅上奏〈恭陈台湾弃留疏〉以台湾战略地位重要，说服清廷将台湾併入版图。
传说.依据《天妃显圣录》记载：施琅进攻澎湖时，抵达八罩岛，岛上缺乏淡水。清军挖开退潮后的沙地，发现有淡水可供饮用。妈祖还告诉清军「二十一日必得澎湖，七月可得台湾。」和郑军决战的日期，清军将士还看到妈祖现身。施琅认为是妈祖庇佑清军战胜，因此于康熙二十三年（1684年），康熙帝加封妈祖为护国庇民妙灵昭应仁慈天后。