校进行改组，按照当时中华民国的教育令改为六年制普通高中；分为初中三年，高中三年，校名改为「台南市私立长荣女子中学」。董事会并聘请了在学校贡献甚多的刘主安先生为第一任校长，那些于太平洋战争期间被迫返英的宣教师，又纷纷回来协助教学及推展宗教活动。国民政府接管台湾后鼓励私人兴学，于1946年颁佈「台湾省私立中等学校管理规则」不过长女是属于较晚完成立案手续的学校之一，乃因学校在战后未立即办理财团法人设立登记，所以无法立案，校产亦无法登记，直至1955年（教育部因国民学校毕业人数逐年增多，初级中学未能配合扩充，造