说是由开设京都石清水八幡宫的行教所开创，护国寺在明治时期神佛分离以前，是贺集八幡宫（贺集八幡神社、淡路国府八幡宫）的神宫寺。由于贺集庄在贞应2年（1223年）的淡路国大田文纪录中，是属于高野山宝幢院的领土，所以贺集八幡宫和护国寺在中世时期皆受到淡路守护细川氏的庇护，但在至德3年（1386年）因火灾而烧毁，到寛永8年（1631年）才再兴。祭祀的本尊是，是在平安时代后期所作，被指定为日本国家重要文化财。在近世，是阿波蜂须贺家的菩提寺。池泉回游式庭园是南淡路市的指定文化财（名胜）（1988年指定）。