格敦高卢首领文德克斯率军北上，在贝桑松附近与其展开了激烈的斗争。战后，罗马皇帝尼禄为了补偿这一地区的损失，将贝桑松设为殖民地，使得该市获得了较大的发展，成为了罗马帝国内的主要工商业中心，斗兽场、温泉、广场等建筑也在同期得以建成。西罗马帝国灭亡后，克洛维一世统一了包括塞夸尼人在内的多个高卢部落，开创了墨洛温王朝，贝桑松也由此成为首批成为法国直属领地的城市之一。
中世纪.中世纪早期，贝桑松属于勃艮第王国，但其城市历史缺乏详细记载，直到公元9世纪，贝桑松才以“”一名出现在了史籍当中。