分类.在金虎尾目之中，已知泽茶科（）是现存植物中与本科关系最密切的旁系群，然后才是金丝桃科（）、胡桐科（）与川苔草科（）。 
分类沿革.过去，藤黄科在1982年的克朗奎斯特分类法之中被归类于五桠果亚纲山茶目，包含27个属，下分两个亚科：藤黄亚科（）与金丝桃亚科（）。随后分子学的研究发现旧有的黄藤科是个并系群，于是，1998年的被子植物APG分类法将金丝桃科与藤黄科分开并列于金虎尾目，到2009年APG III， 红厚壳属（'）及黄果木属（'）等也被进一