挑战。各种计算算法已应用于序列比对的问题，包括缓慢，但正规的像动态规划的优化方法和高效率，但不彻底的启发式算法，或大型数据库搜索设计的概率方法。
双序列比对.双序列比对方法涉及寻找（局部）最优匹配片断或蛋白质（氨基酸）或DNA（核酸）全局比对。
全局比对.全局比对是指将参与比对的两条序列里面的所有字符进行比对。全局比对主要被用来寻找关系密切的序列。由于这些序列也都很易通过本地比对方法找到，现在全局比对也有些被认为只是一种技巧。另外，全局比对在应用于分子进