1997年4月至2000年10月，任中共中央办公厅副主任兼中直管理局局长，中央精神文明建设指导委员会委员、办公室副主任。2000年10月至2002年10月，任中共中央办公厅副主任，中央精神文明建设指导委员会委员、办公室副主任。2002年10月，任中共重庆市委副书记，2002年11月兼任中共重庆市委党校校长，2005年5月兼任中共重庆市委移民工委书记。其间，2005年11月至2006年1月在中央党校第38期省部级干部进修班A班学习。2006年7月，中共中央批准，姜异康不再担任中共重庆市委副书记、常委、委员