与吉安乡，为吉安乡与寿丰乡的分界河，最后在经东华大桥后注入花莲溪。木瓜溪拥有铜文兰溪、清水溪、清流溪、龙溪（又称巴托兰溪）、凤溪（又称巴托鲁溪）、桧溪、丸田溪、天长溪与奇莱溪等支流，其中以清水溪为最主要的支流。木瓜溪发源于高耸的能高南山、奇莱主山及其南峰，而被命名为「木瓜溪」则是因为木瓜山耸立在该溪进入平原的要口。
名称源由.木瓜溪一词应源自初期最早建于此地的Tgdaya（德克达雅）族群；由于他们早期来回于雾社和上游山区的巴托兰（Btulan）部落之间，而巴托兰部落之族人被雾