云南吴三桂、广东尚可喜、福建耿精忠为朝廷的最大割据势力，威胁中央集权在华南地区的权威。康熙十二年（1672年），康熙帝下令撤藩。平西王吴三桂举兵反清，靖南王耿精忠、平南王尚之信先后响应。起兵初期，吴三桂旧部纷纷倒戈反清，经过八年的战争，康熙帝最终平定了三藩之乱。
攻克明郑.1645年，郑芝龙、郑鸿逵兄弟于福州拥戴唐王朱聿键称帝。1646年，清军入福建，郑芝龙降清，郑成功出走金门，以「忠孝伯招讨大将军罪臣国姓」之名誓师反清。1661年4月，郑成功以「大明招讨大将军」的名义，经热兰遮城