查办林家，并任命杨在元为台湾镇总兵，黎兆堂为台湾兵备道，以顺利完成整肃林家的任务。不久，英桂指派候补知府，亲丁曰健派的凌定国为专员，并于十月抵达彰化，随即展开审理工作。凌定国将有关林家的旧案全部翻出，共列出 47 件案子，并展开长达数月的审理，然而至隔年正月时，林家仍佔上风，林文明更提出销案的请求，因而导致此次以「整肃」林家为目的的审判局势大变。1870年2月16日（同治9年），杨在元与黎兆堂密令凌定国处决林文明，加上当年三月时凌定国勒索林家八千两未果，终导致林文明丧命；4月17日，凌定国于彰化县公堂上