靠运作模式也暂停。以上七条线路的服务在10月28日全面恢复正常。一连串的列车服务变动导致九一一事件后只有IRT莱辛顿大道线在曼哈顿中城及下城之间运行，该线在BMT百老汇线恢复服务之前极为拥挤。另外莱辛顿大道线华尔街车站一直关闭到9月21日。IND第八大道线E线的一个枢纽站位于世界贸易中心五号大楼地下，在此次事件中结构未受损坏，但被大楼倒塌扬起的灰尘覆盖。E线列车服务临时延长至布鲁克林尤克利德大道车站以替代暂停运营的C线（此外A线和D线也在59街-哥伦布圆环车站以北以慢车模式运行，在夜间和周末替代C线