西部边界的卢文佐瑞山绵亘96公里，主峰为玛弗瑞达峰，海拔4519公尺。东部边界的额贡峰海拔4322公尺，东部的国家公园和狩猎预定地，面积共达9526平方公里。南部大部份地区海拔仅1524公尺；北部海拔只有610公尺。东北是酷热干燥的沙漠，西部是雨量丰富的森林区，东部有一望无埌的平原。惟大体说来，乌干达是个湖泊纵横的高原。世界第二大湖的维多利亚湖有一半属乌干达境内，它扩大了乌干达东南方的一部份领土，因此形成一个赤道上的湖泊高原。
水系.乌干达境内有很多河流，卡顿加河注入维多利亚湖。维