径35公里，深度620。耶基斯陨石坑已完全被危海形成时的熔岩所掩没，只有坑壁上部以及一群中央峰峰顶露出在表面之上。陨坑东侧残壁依稀可见，而西侧壁则更高，也更易分辨，北侧壁上一道纤细的山嵴一直延伸至西北偏北的卫星坑"耶基斯 E"。碗状的坑底相当平坦，反照率类似于附近的月海，与周边环境没有明显区别，东南部地表上显示有数座陨坑构成的短沟壑。
卫星陨石坑.按惯例，月图上最靠近耶基斯陨石坑的卫星坑，将通过在其中心点旁放置一字母而标示出它们。