巴寺的正殿位于院内左边二楼。木如宁巴寺的建筑共有三层。寺内最早的建筑为“臧巴拉”佛殿，位于主殿西侧的僧房中部，其布局及结构带有吐蕃早期风格。该佛殿还有许多早期传说。乃琼寺的乃琼护法释迦亚培在其着作中认为，该佛殿曾是吞弥·桑布扎创造藏文之圣地，也是吞弥·桑布扎的资料室。该佛殿正中拱围着面积非常小的神龛，龛内供奉臧巴拉塑像。佛殿中心的墙体大部为夯筑的土墙。藏文史料记载，五世达赖时期，在传召法会中，臧巴拉佛殿曾作为乃琼寺僧人的法会堂，鼎盛时期该寺曾聚集114名僧人。该寺现存许多精美的壁画，大多绘于十三世达