返途中试图作出垂死挣扎。同日早上大约七时三十分，蟠竜丸击中朝阳丸的炸弹储存库，之后朝阳丸被击沉于海中。舰长中牟田仓之助虽重伤但活了下来，其他的船员当中，有五十七人死亡（其中三人为上岸后不治），另外五人重伤。于箱馆战争后，后人为追弔朝阳丸阵亡船员，于函馆山建立「己巳役海军战死碑」。