主教常发生冲突，若干科学研究或异见人士被指为异端，甚至遭到迫害。阿拉贡王国神学家米格尔·塞尔韦特参与了新教改革，后期又发展了反对三位一体论，并对加尔文进行激烈的人身攻击。虽然同时被天主教和新教宣布有罪，但最后他是被新教的日内瓦理事会以异端的名义烧死。意大利神父焦尔达诺·布鲁诺布鲁诺相信宇宙有无限个，上帝则是宇宙的灵魂。这种主张后来被圣座指为「异端」。1592年，他因Moncenigo的告发而被天主教宗教法庭控以「异端邪说」罪，从此被囚禁八年，但始终不撤回自己的主张。最后在1600年2月17日，布鲁诺在罗马