周朝瑞是万历三十五年（1607年）进士，授中书舍人，明光宗时，擢吏科给事中。天启元年（1621年）迁礼科左给事中。因王化贞事得罪魏忠贤的心腹徐大化。天启五年（1625年）魏党兴大狱，逮太仆少卿周朝瑞、左副都御史杨涟、佥都御史左光斗、给事中魏大中、御史袁化中、陕西副使顾大章。同年六月，下诏狱，锦衣卫都督田尔耕进行拷打，不久皆死于狱中，时谓“东林六君子”。崇祯初年（1628年）赠大理卿。南明弘光朝时，追谥忠毅。