1911年新建了第二代车站建筑，为二层楼木造建筑，其中的二楼最初被规划作为贵宾室使用，直到1931年才改做餐厅。1915年长崎电气轨道开始营业，同时设立了长崎车站前电车站。1930年长崎线自长崎车站往南延伸至长崎港内，让乘客可以直接进入长崎港转乘前往中国上海；同年长崎车站也导入准特急列车，在当时自长崎利用铁路前往东京的时间缩短至约21小时。1942年九州和本州之间的关门铁路隧道完成，同时开始营运可直接从东京驶至长崎车站的特急列车富士号列车，但仅一年后，富士号列车即调整营运范围，仅从东京行驶至博多，但每天