使用真正海水，而非同传统水族馆一样直接搬运海水，借此省却了每吨5000日元的运费成本，亦避免了运输时货车排放的二氧化碳。此外，馆内有完善的水净化循环利用设施，使得比起传统水族馆每日约总水量5%到10%的必要新水量，墨田水族馆仅需总量1%的新水。墨田水族馆水槽的全部水量当量约有700吨，每日用时30分钟制造7吨人造海水。