院前身是1952年由上海第一医学院（今复旦大学上海医学院）附属中国红十字会第一医院（今复旦大学附属华山医院）和附属中山医院眼科和耳鼻喉科合并组建的上海第一医学院眼耳鼻喉科学院，建院时病床40张。1955年改为眼耳鼻喉科医院，2000年随上海医科大学并入复旦大学改为今名。2006年，获得上海市五官科医院为其第二冠名。该院现设有眼、耳鼻喉、放疗、麻醉、急救、口腔、激光、整形八个临床科室和放射、病理、药剂、检验、营养等五个医技科室。该院的眼科、耳鼻喉科是国家教育部重点学科，其中“眼科”为全国四大着名眼科之一。