真菌的菌丝形成特化的构造，以更容易从宿主身上吸收养分，例如许多植物病原真菌具有吸器，许多球囊菌门的真菌则形成丛枝（Arbuscular）穿透共生的植物细胞以吸取养份。虽然真菌属于后鞭毛生物，其共祖有一根后生的鞭毛，但除了壶菌门以及原本属于壶菌门的新美鞭菌门和芽枝霉门外，其他真菌都已经失去了鞭毛。真菌的另一项特征是多数种类具有以几丁质与葡聚糖构成的细胞壁。
巨观结构.真菌的菌丝常是肉眼可见的，例如在发霉的墙壁或腐败的食物上，这种菌丝体俗称霉菌，而长在实验室培养基上的菌丝则一般称为