1409年，着名的黄教始祖宗喀巴在拉萨创立了第一次祈愿大法会。同年他在拉萨以东的旺古山上兴建了格鲁派的第一座大寺院——甘丹寺，黄教寺院得到发展。1416年，宗喀巴的弟子降央曲吉·扎西贝丹在大贵族柳梧·南喀桑布的资助下，在拉萨西郊约10公里外的地方修建了哲蚌寺，1419年，宗喀巴的另一个弟子降青曲吉在拉萨北郊修建了色拉寺。格鲁派以这三座大寺为基地，不断壮大自己的势力。大约16世纪初，宗喀巴大弟子吉尊·喜绕憎格专门研习密宗，在拉萨建立了密宗学院即下密院。后来贡嘎顿珠又在密宗学院的上部另建了上密院，形成着名的