自动分析仪仍用于一些临床应用中，例如新生儿筛查或Anti-D，但现在大多数仪器都用于工业和环境工作。ASTM （ASTM International），美国环境保护署（EPA）以及国际标准化组织 （ISO）已针对环境分析物（例如亚硝酸盐、硝酸盐、氨、氰化物和苯酚 ）发布了标准化方法。自动分析仪还普遍用于土壤测试实验室、肥料分析、过程控制、海水分析、空气污染物和烟叶分析。 
方法表.Technicon发布了用于各种分析的方法表，下面列出了其中的一些方法。 这些方法和后续方法可从SE