次国共内战，王树翰感到前途暗淡，乃辞职返回天津。1948年7月，获聘为总统府国策顾问。1948年中国人民解放军占领天津前，蒋介石派飞机接王树翰、张作相，但被二人谢绝。王树翰直到天津解放，再没有出山。中华人民共和国成立后，王树翰常游北京，为老朋友章士钊所闻，乃荐之中央文史研究馆。1953年，王树翰获聘为中央文史研究馆馆员。得知其子王锡和在台湾被逮捕，妻佟氏（佟道尹之女）离婚，王树翰十分焦急，不省人事。1955年2月8日，王树翰在天津寓所病逝，享年74岁。安葬在北京东北义园忠四十一列十位。