术流派之中长于用药。与隔山的伊贺流相异之处，在于甲贺流忍者对主君尽忠，但是伊贺流忍者与雇主之间仅有金钱契约的僱佣关系。甲贺众曾经服从于南近江的大族六角家跟后来上洛建立霸权的织田信长，在江户幕府成立后也为德川家康效力。甲贺流的大放异彩，首在六角家遭到室町幕府将军足利义尚讨伐时，六角高赖放弃居城观音寺城逃往甲贺，依赖甲贺众在钩之阵中屡屡奇袭足利军，以游击战打成胶着局面。甲贺流因为助战有功，其中五十三家地侍被六角家封为「甲贺五十三家」（在五十三家之中，六角氏特别发下感状赏赐的又称「甲贺二十一家」）。