K16的收费高昂（西铁通车首年提供折上折优惠，收费为$12.8，通车第二年后收费为$14.4，两铁合併后收费为$12.9），此路线客量开始下跌，但由于当时西铁线未能直达尖沙咀，故影响不大。然而，西铁线的延伸段九龙南线于2009年8月16日通车之后，天水围居民可乘搭西铁线直达佐敦、尖沙咀和红磡，由于此路线与西铁线的路段严重重叠，加上西铁设有月票优惠，令此路线客量出现明显下跌，无复当年的旧观。本线于平日非繁忙时间更只有10－15人乘搭此路线前往市区，因此九巴由2009年9月28日开始，大幅削减此路线班次，于