务委员许璋瑶接任；行政院副秘书长由何佩珊接任。2016年9月19日，行政院发言人童振源转任国安会谘询委员；由民进党不分区立委徐国勇接任。人事案将于十月一日生效。2017年2月3日，行政院发言人徐国勇宣布内阁小幅度改组，卫福部长将由前卫生署副署长陈时中接任、科技部长由教育部次长陈良基接任、农委会主委由宜兰县长林聪贤接任、劳动部长则由政务委员林美珠接任，而原先的四位首长仍会留在执政团队。2017年9月4日，有消息透露内阁改组，随后行政院在中午证实行政院长林全已于3日向蔡英文总统提出辞呈，总统府秘书长