所有旅客列车无法进入岛内的厦门站，故将部分进岛列车停运，或缩短到临近的厦门北站、漳州站、漳州东站始发终到。9月17日，对于部分滞留在岛上的动车组列车车底，南昌铁路局调用了内燃机车将这5列动车组列车车底车拖至厦门北站。同时，所有进入岛内厦门站的普速在杏林站加挂内燃机车（均不设列车供电系统）进岛。经过维修人员于9月16日夜至9月17日凌晨的紧急抢修，散布在轨道上的接触网立杆已被清理干净，铁路杏林大桥初步具备列车通过的条件。9月17日上午9时30分，在原本务机车前加挂内燃机补机的首班旅客列车：由开往的Z104