装海商集团首领郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑芝龙之子郑成功，1662年病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持而终无所成。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死。郑芝龙向清军投降，由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿键死后，其弟朱聿在广州受侍郎苏观生及广东藩司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成