与""等少数类群，许多真菌的生长范围受到水温限制，只存在温带或热带等不同水体中，且有些可广泛存在不同温度水体的真菌（如）可能在不同区域已有多种品系形成，分别因应不同水温的环境产生不同的生理适应。而因应高盐环境，许多海洋真菌菌丝细胞内有多元醇等有机物以降低水势，避免脱水。
演化.对于海洋真菌的演化，有一种假说认为真菌在拓殖陆地以前已在海洋中演化多时，现存物种中，真菌演化上最早分支的类群隐真菌门中即不乏海洋真菌，且其中许多在演化树上是较深的支序（即该类群出现的时间已久），它们可能即是由