线甲府站方向的特急列车也都停靠本站。除中野折返的区间车外，中央·总武线各站停车以此站作为运行系统的起迄点。此站以西（立川站方向）的双线铁路（复线）路段仅行驶特急列车与中央线快速电车。往大月、甲府方向的（中距离电车）至1993年11月30日为止皆停靠新宿站、此站、立川站三站，但在同年12月1日改点后，定期列车仅剩运行至新宿站的等临时快速列车停靠本站，中距离电车改停立川站、八王子站、高尾站。
车站结构.本站为岛式月台3面6线的跨站式站房。作为直营站（配置站长），三鹰站下辖吉祥