俸孔子牌位的大成殿有18根柱梁柱油漆碎裂掉落，南面墙壁大片剥落并钢筋明显外露，外围设施则花格砖墙倒塌、地板隆起等灾情。旗山区公所于地震灾后会同高雄市土木技师公会人员前往旗山孔子庙进行灾害受损鑑定。经建筑技师评估后认定大部分损坏为非结构性损坏，因此高雄市政府民政局动用灾害准备金，于2016年4月底发包修复旗山孔子庙，总修复经费约为新台币120万元，修复工程于该年8月上旬，928教师节之前完工重新启用。
建筑.旗山孔子庙方位座西朝东依山势兴建，因此孔子庙佈局上与以往传统设计不同，是