促进金马地区发展，也强化中央政府与地方的连结。2018年6月28日，行政院决定福建省政府自2019年1月1日起实质上裁撤，不再编列员额与预算，金马联合服务中心承接福建省政府所有员额与业务。中心置主任一名综理中心事务，执行长一名襄助主任处理事务，皆由行政院指派。金马服务中心的设置目的是作为行政院于金马地区之单一窗口，以加强服务离岛民众、促进区域均衡发展。
建制单位.
任务编组单位.金马联合服务中心共分两组办事第一组：业务发展组第二组：综合规划组