国焘自选去处。1938年11月，组建八路军驻桂林办事处，李克农任处长，开展统战工作。1941年1月皖南事变后，奉命撤回延安，任中共中央社会部副部长。1942年兼任中共中央情报部副部长，参与领导秘密情报组织的建设工作。1946年1月，李克农到北平军事调处执行部任中共方面秘书长，负责中共代表团的党务行政和情报工作。第二次国共内战爆发后，1947年3月，任中共中央后方委员会委员，在叶剑英领导下开展情报工作。1947年6月，李克农和康生下令将王实味秘密处死。1948年，任中共中央社会部部长和中央保密委员会主任委