皇泰元年，618年），善信募集银钱，建造庙宇，当时信众居士以曾有天竺高僧居此，故称「天竺寺」。朱熹在此讲学时，以观音普现人间，故将大殿取名为「普现殿」，后因为地处安海镇龙山之麓，才改名为龙山寺。因为此庙历史悠久，香火鼎盛，成为泉州三邑的共通信仰，逐渐分灵之外地，故本庙又称「龙山祖庭」。尤其台湾一地，就分灵建有许多着名的龙山寺，如艋舺龙山寺、淡水龙山寺、林口龙山寺（今林口竹林寺）、鹿港龙山寺、凤山龙山寺等。不论是祖庭本寺或海外诸多分灵寺庙，在战争或瘟疫中都常传出神蹟，也造就了各地龙山寺的香火鼎盛。