994年辞官退休。据了解，廉政公署曾在1993年指杨启彦曾私下与新华社官员见面，认为他对英国忠诚度不足，因此这成为了杨启彦不获升迁的主因。
九广铁路公司.退休后，杨启彦曾任职于私人机构信和集团，但期间又有传闻指他和公司主席黄志祥不咬弦。1996年12月，政府委任杨启彦出任九广铁路公司管理局主席兼行政总裁。其后，被传媒揭发杨启彦将九铁公司变为「独立王国」（如在未经招标下批出国际都会发展项目），加上落马洲支线设计不符环保要求被驳回事件，使政府立意整顿九铁公司的管理及营运。2001年