莱茵军团，12月参加霍恩林登战役(Hohenlinden)。1802年9月任驻瑞士军队总司令兼大使，1804年5月19日获法国元帅权杖。
拿破仑战争生涯.1805年8月内伊指挥第六军团参加第二次法奥战争，攻占埃尔欣根。11月从奥地利约翰大公手中攻占因斯布鲁克。1806年参加耶拿战役，并占领爱尔福特，迫使马格德堡要塞投降。1807年2月8日的艾劳战役中，内伊抵达增援及时挽救了拿破仑的战败，使战斗结束时战平。6月14日的弗里德兰战役中，担任右翼击败俄军。1808年6月6日，内伊被封为埃