。孝太郎租下了房租每月五千日币，免押金、礼金，价格特别便宜的屋龄25年公寓，可乐娜庄的106号房。决定住进这间只有三坪大（六块榻榻米大小，即原书名的「六畳间」）的房间开始新生活。但106号房却是间因为闹鬼，从来没人能久租的房间。开学典礼当晚，谣传中的幽灵——东本愿早苗出现在孝太郎面前。早苗主张是她先开始住在106号房，在双亲回来之前必须一直在这里等待，而想把孝太郎赶出房间。两人争了一个晚上未分出胜负而暂时休战，没想到隔天自称魔法少女的虹野由莉佳破窗而入，再过一天又出现号称古代文明末裔的地底人少女——仓野