罢免，蒋介石遂罢免了贺耀组的第3军团总指挥兼南京卫戌司令的职务。同年11月，贺耀组出任训练总监部副总监。
蒋介石的心腹.1929年（民国十八年）5月，贺耀祖被任命为国民政府代理参军长，1930年2月正式任参军长。中原大战之际，任徐州行营主任，为笼络冯玉祥部下、促使他们分崩离析作出了贡献。1931年（民国二十年）11月，当选中国国民党第四届中央执行委员。12月15日，蒋介石召开第四十九次国务会议，任命贺耀祖为甘宁青宣慰使。贺耀祖并兼任甘肃省政府委员。1932年4月，任参谋本部