图书馆进行了扩建改造，馆舍面积增至2.21万平方米。1994年，南大建立了南大图书馆浦口校区分馆。至2007年，分馆藏书已达到34万册。2007年5月，面积 3.05万平方米的浦口校区新馆——思源图书馆建成并开放。后因浦口校区划拨给独立学院——南京大学金陵学院，浦口分馆不再被视为南大图书馆的一部分。2009年10月8日，南大仙林校区图书馆正式落成。仙林校区图书馆以南大校友、企业家杜厦的名字命名，称为“杜厦图书馆”。2012年10月29日，杜厦图书馆全面开馆。杜厦图书馆建筑面积约5万平方米（包括300