政府剥夺少数民族在宪法赋予的自治权威，陷入内部冲突，包括克钦独立军在内的多个反政府武装反抗军政府，以寻求民族独立。
印尼与荷属新几内亚.1949年，在与本地武装发生多次战争之后，荷兰迫于国际舆论和国内经济的压力，被迫放弃了对印度尼西亚的统治权，印度尼西亚获得独立。1961年12月18日，印度尼西亚入侵荷属新几内亚，与当地的荷兰军队发生冲突，联合国于1963年5月将西巴布亚主权移交给印度尼西亚。在一场被印尼军方控制的颇具争议的公民投票之后，西巴布亚于1969年正式加入印度尼西亚版图。