基段铁路施工的同时，也开始进行往新竹方向的铁路路基调查，而光绪十四年（1888年）年初的路基探勘已经南至葫芦墩一带（今台中市丰原区），其探勘路线大约是从凤山崎（今新竹县新丰乡）至新竹县城（今新竹市），再南至苗栗县城（今苗栗县苗栗市），经三叉河（今苗栗县三义乡）、大甲（今台中市大甲区）、葫芦墩，然后计画让铁路通过原规划的台湾省城。另外光绪十三年年底到十四年，有不少铁条等工程材料自英国运到基隆与淡水。光绪十四年七月十八日（1888年8月25日），腾云号与御风号开始在已完工的大稻埕到钖口（今台北市松山区）路段