到安定后实施土断，使其州郡领有实地，户籍和赋役与一般州郡县相同。东晋政区随其疆域的变化而有增减。由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动；四川先后出现成汉、谯蜀等国；东南疆域大致固定。晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。成汉佔据四川，于347年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州。383年淝水之战，前秦惨败。隔年谢玄北伐，成功收复黄河、秦岭