，彭友东被调任西藏自治区团委书记助理，同年9月任党委秘书长助理兼办公厅秘书处处长。1996年7月，任西藏自治区党委副秘书长。1998年9月回到共青团中央，任学校部副部长。2001年3月任共青团中央办公厅副主任（正局级）。2003年1月，彭友东任中国科学技术协会科学技术普及部副部长，2004年6月任部长。2006年5月，转任中国科学技术协会计划财务部部长。2010年3月，升任中国科学技术协会办公厅主任。2010年10月，彭友东来到宁夏，任中共银川市委副书记、兴庆区委书记。2011年4月，任中共石嘴山市