帝得知清军兵败后，带领家小先自逃入镇南关。乌大经所率的云贵兵当时刚刚攻佔山西，听见炮声，也在向导黎文通指引下的率军逃归境内。孙士毅与诸将在昇龙城内饮酒作乐庆祝新年，毫无防备。得知西山军已攻入昇龙城内，惊慌失措，仅仅率领少数的骑兵仓惶向北逃跑。清军的提督许世亨、总兵张朝龙、尚维昇断后，皆阵亡。到了富良江边，为了防止西山军的追击，孙士毅下令切断了浮桥。无数清军争相渡河，官兵夫役万余人溺死于河中，富良江之水为之不流。孙士毅一行走了七天七夜方才到达镇南关，其随身印信全部遗失，被西山军缴获。在得知孙士毅逃归之后，