到了前499年，米利都和阿里斯塔格拉斯的僭主在波斯的支持下出海远征纳克索斯岛失败而被解任。阿里斯塔格拉斯趁机鼓动整个小亚细亚的希腊语地区起来反抗波斯的统治，由此拉开了爱奥尼亚叛乱的序幕。随着叛乱的发展，越来越多的小亚细亚小国被卷入到这场纷争中。雅典和埃雷特里亚则为阿里斯塔格拉斯人提供军事援助，于前498年协助后者占领并焚毁了波斯的地方首府萨第斯。前497年至前495年之间战况一时陷于胶着，但波斯人随后重组军队进击叛乱的震中米利都，在拉德海战中彻底击溃了叛军，于前493年将叛乱镇压下去。为了确保波斯帝国日