但柯文哲也曾批评蔡英文提出的台湾共识，内容不够清楚。柯文哲曾多次批评中国国民党，曾表示与民主进步党有共同的战略目标，就是「台湾人要做台湾这片土地的主人」。
参选台北市市长（2014年）.柯文哲在2014年1月6日表态参选台北市市长，并在座谈会中表示，台大医院失误移植爱滋病患器官案是决定参选的主因。 1月16日，成立竞选办公室，启动青年海选计画，征求工作人员和志工等。后来决定以无党籍身份参选，与获得民进党第一阶段初选出线的姚文智举行3场辩论，进行在野整合。 6月13日，整合民调结