96年，康熙帝亲自率军与其决战于昭莫多，获决定性胜利。妻子阿努可敦亦战死。1697年，康熙帝前往宁夏，组织对噶尔丹的包围，费扬古擒获噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。
败亡.康熙三十六年（1697年）闰三月十三日，走投无路的噶尔丹死于科布多布彦图河畔的阿察阿穆塔台地方。死因有两种说法：一是清代官方记录并得到普遍认可的“仰药死”（服毒自尽）；二是来自康熙朝满文奏折中记载的病死。其部属丹济拉、诺颜格隆等人将噶尔丹尸骸火化。随后，丹济拉携噶尔丹之女钟齐海及噶尔丹的骨灰，打算逃奔清朝。但策妄阿拉布