标准疗法，并可获得美国联邦医疗保险的赔付。对于出现临床征状恶化或严重复发的艰难梭菌感染者，目前有声音倡议用内窥镜施行的粪便微生物移植作为一线疗法。
溃疡性结肠炎及其他消化系统疾病.与治疗艰难梭菌感染不同，学术文献普遍认为治疗溃疡性结肠炎，需要多次和不断重复的粪便移植才能达致病情长期受控或治愈。
自体免疫疾病及神经系统疾病.研究人员正探究粪便微生物移植用于治疗肠胃科以外的病症，例如自体免疫疾病、神经系统疾病、肥胖、代谢疾病（包括糖尿病）、多发性硬化症和帕金森