001年，他进入国务院，任国务院信息化工作办公室副主任、党组成员，同时为国家信息化专家咨询委员会主任。
中央财经领导小组.2003年起，刘鹤在隶属中国共产党中央委员会的中央财经领导小组出任办公室副主任。在2011年起兼任国务院发展研究中心党组书记、副主任。2012年，他成为中国共产党第十八届中央委员会委员。翌年晋升为中央财经领导小组办公室主任，改任国家发展和改革委员会副主任、党组成员。在发改委中，他分管经济体制综合改革司，负责指导推进经济体制改革。期间，据报他曾为三任中共中央总书记