时日本当地的日本医生被征调到战场的缘故，造成日本的医生十分缺乏，因此郭章垣就留在应庆大学的附设医院当医生，并增进自己的外科医术。当日本宣佈战败之后，郭章垣才从日本返回台湾。由于当时郭章垣的经济能力不足以让他开设自己的诊所，而在日本一起求学的台湾同学陈拱北建议的台大教职，也因为经济因素予以婉拒。在总总考虑之下，郭章垣倾向在省立病院工作，但台北已经没有职缺。最后，在应庆大学医科前辈王金茂的推荐以及卫生局局长经利彬的协助之下，郭章垣出任宜兰省立病院院长。
宜兰病院院长时期.根据其家属