于废止所属六步兵联队之后，将旅团重新缩编成台湾守备队，兵力则从两万人骤降至6400名兵员左右。重编后，仅在台北与台南各设台湾第一及第二守备司令部，两司令部辖下各拥一联队之步兵与山砲中队，另外则在基隆与马公各设一要塞重砲队。1919年，因应台湾总督转为文官，台湾守备队则再整编为台湾军，另派台湾军司令官。除此，以台湾为名的同类型军队，尚有成立于1939年1月31日，由来自台湾军的波田（波田重一）支队、饭田（饭田祥二郎）支队改制重编的台湾混成旅团。以使用毒气闻名的此旅团则于改编前后参与了中日战争的武汉会战