总会决议将三郊产业，移交给台南州厅。时任台南州知事一番濑佳雄将三郊产业移交给「台南商工会议所」（今台南市商业会前身）。商工会取得三郊产业后，决定标售包括大天后宫在内的多笔产业，当时身任台湾总督府文教局调查官的宫本延人恰好到台南调查，于参访大天后宫时遇到石旸睢告知大天后宫面临标售拆除的危机。宫本延人得知后介入此一标售案，最后得以保全大天后宫。
战后发展.二次大战后，海崃两岸恢复往来，大天后宫在民国三十六年（1947年）便组团前往湄洲天后宫进香，并重新举办迎妈祖活动。但是由于当时的政治