理学系取得学士学位之后，于1953年进入该系工作，服务于该系光学实验室。1962年，他到瑞典乌普萨拉大学研究光谱学，返台后自行研制滑行火花放电光源，使得原子游离态光谱实验有更好的设备。1958年，崔伯铨接替方声恆主持了光学实验室。日后崔伯铨与他的团队也在锌、钠、镁等元素光谱中发现了一些未曾有文献发表的谱线，其中锌的未知光谱线就发现了700多条。在这段期间，崔伯铨也曾研制投影机等器件，替地质系制造伊伯特摄谱仪，以及和许云基合制氦氖雷射。1971年8月，崔伯铨接任台大物理系系主任，并于1977年7月卸任。1