008年总统任内发起「牵手护台湾、加入联合国」的2008年台湾入联公民投票，试图以台湾名义加入联合国，并透过公民投票向世界表达台湾强烈的公民诉求，但因为公投实质意义不大，最后未能通过。
马英九总统时期 (2008～2016).中国国民党重新执政后，中华民国的外交政策改採取外交休兵的方式，两岸关系以「不统、不独、不武」为原则下进行协商交流。同年八月北京奥运，中华民国代表首度于中国大陆使用「中华台北」名义参赛。2009年加入WHA(世界卫生组织大会)。2010年6月与中国大陆签定ECFA