汪不屈，被杖毙。六君子被收入锦衣卫诏狱，唯有顾大章被交予刑部，据说顾大章得到「燕大侠」（化名，指燕都大游侠）的救护、疏通，得以不死，另外五人皆遭到许显纯、田尔耕拷打而死。顾大章将六君子被拷打的情状宣佈之后，立即自杀而死。天启六年（1626年），又有东林七贤遭魏忠贤陷害而死。清末吴佩孚随恩师王绍勋研考史事，王感叹于神宗三十年怠政，曰：「无为而治兮不必生一神宗三秩」，吴立刻应声对仗：「有明之亡矣莫非杀六君子七贤。」将罪过归向天启帝。