于2003年9月1日开始，由原来的东莞常平口岸办理改为在列车运行在广州东站至深圳站区间途中办理出入境手续。广州东站海关、天河出入境边防检查站以及天河出入境检验检疫局等出入境查验单位人员会在广州东站或深圳站上车，在广深线运行途中为旅客办理手续。列车不停靠东莞站，进出境旅客无需下车即可办理有关进出境手续，节约了近一个多小时的时间。2003年10月1日︰上海站出入境大堂启用，乘客只需在始发站及终到站办理出入境手续，于9月开始执行的过渡性方案取消。同时取消杭州东、鹰潭、衡阳、郴州、韶关的停站及客运业务，运行时间