1994年，时年27岁的王彤文成为哈佛大学讲师，并于1997年担任该校助理教授。在哈佛工作期间，王彤文拥有自己的研究室，并在包括《科学》和《细胞》等一流的生物科技学杂志上发表多篇文章。王彤文曾被聘任为Pfizer公司和其他生物技术公司的技术顾问，多次在美国和国际会议上作学术报告。2002年，王彤文的研究室获得美国癌症研究协会（American Cancer Society ）100万美元的研究拨款。2012年，王彤文与生物学研究者Johnson AR, Lao S, Galanko JA, Zeisel