墟早期发掘标本，由李济、董作宾、石璋如等学者进行研究，晚近学者则以台湾与东南亚地区考古发掘为主。1955年由民族学家凌纯声筹设的中央研究院民族学研究所，成立初期继续探讨中国少数民族，并对台湾原住民社会进行抢救民族志研究。主题逐渐扩展到包含原住民、汉人、大洋洲、中国少数民族研究，目前为台湾阵容最庞大的人类学机构。台湾人类学的学术组织为台湾人类学与民族学学会。人类学相关系所数目在1980年代后逐渐增长，目前包括国立台湾大学人类学系、政治大学民族学系、清华大学人类学研究所、国立东华大学原住民民族学院、国立中央