旦的学科结构，为世界一流综合性大学的发展目标奠定了基础。但在合校初期，上海医科大学各医学院系和附属医院被调整为由校方统一管理，这一管理体制后来被证明不符合医学教育、临床和科研的实际，影响了上医的发展。2005年，复旦大学建校100周年，张江校区、江湾新校区先后建成投入使用。同年复旦学院作为本科一年级新生学院成立，作为学校实施通识教育的教学、研究和管理机构。2010年，在复旦黄山门事件中，一位民警在拯救遇险的复旦学生和校友期间殉职，复旦大学被救者反应冷漠引发巨大争议。2013年4月，上海医学院学生林森