代谢玄为青兖二州都督兼刺史，移镇彭城。谢玄随后因病获诏命回京口治疗，又转会稽太守，遂卸下对北府军的指挥权。
主相争夺.朱序代替谢玄于淮北统御北府军，并以粮运不便为由退屯淮阴，但他未有兼督徐州，后徐州刺史职由在建康居相位的会稽王司马道子所兼领。朱序上任一年后（388年）就转位雍州刺史，青兖二州刺史由谯王司马恬以都督兖青冀幽并、扬州之晋陵、徐州之南北郡军事身份继任，出镇京口。司马恬既受孝武帝倚仗而都督徐州南北军事及出镇京口要地，掌握北府军权，但其时仍有北府将领在淮北一带与北方政权作战的