1980年左右，南站地铁站进行了第二次大的翻新。工程拓宽已有的楼梯，并增加了通往总站大楼的电动扶梯。除此以外，地铁站在联邦档案馆附近新增出入口，在夏街下建造人行隧道连接各个地铁站入口。1985年，红线车站月台两端各延长60英尺以供新的红线列车停靠。大开掘工程规划中对波士顿南站又一次改造。夏街下方的红线隧道与大西洋大道垂直，新的93号州际公路北行方向隧道规划在附近，在铁轨下方挖掘新的隧道。第一条隧道完工后，车站新增银线使用的隧道和站台。新的银线站台建在原有的检票大厅的地方，并在上方加盖了新的检票大厅，乘客