年10月回迁复课。1941年太平洋战争爆发后，学校曾被日本占领并用作军队医院。1948年6月济南战役前夕，为避战火，该校再次将部分人员和物资南迁，文理学院被迁往杭州云栖寺，医学院被迁往福州协和大学，1949年10月返回济南。1951年，该校由中华人民共和国政府接管。1952年9月，全国高等院校进行院系调整，根据华东高等学校调整方案，齐鲁大学被解体撤销，其原有各个学院分别并入专业相同的专门学院——神学院和国学研究所撤销，理学院中的生物、物理、化学三系并入山东师范学院(今为山东师范大学)，药学系并入南京药学