学.羊肚菌的子囊果常具有形状、颜色与大小的多态性，且经常没有明确的微观特征加以区别，造成物种认定与鑑别的困难。过去有些学者甚至主张本属只有3至6种物种。另外部分物种的原始描述含煳不清与正模标本的丢失更加深了分类学研究的难度。2000年左右，Index Fungorum已纪录了约80种物种本属物种，随着分子技术的问世，本属下有更多新种被发表。2008年，常在森林大火后生长的 （"M. tomentosa"）被描述发表。2012年，有两篇研究分别发表了20种与19种本属的新种，不过有些新种之后被认为是同物异名