（民国14年），宁海军被编入冯玉祥的国民军并进行改组，马麟任国民军新编第26师副师长。1926年（民国15年），任甘边宁海护军使署参谋长。1929年（民国18年）2月，任青海省政府委员兼建设厅长。翌年，任甘肃全省保安司令。他还兼任骑兵第1师师长，驻扎兰州。1931年（民国20年）8月，其兄马麒逝世，马麟回到青海省，代理青海省政府主席，对省政府要事多与重要幕僚黎丹商洽，让马麒之子马步芳专心料理军事。但马步芳已对两人心生不满。黎丹鉴于朱绣、周希武的下场，遂辞职，转作监察委员。1933年（民国22年）