十六军驻扎在仙台。1956年11月，第九军移到沖绳的，其下辖的师交由其他单位指挥。1957年1月1日与美国陆军在琉球的司令部合併，负责美国陆军在琉球的行政监督。1961年，第九军的一部分被拆分为，隶属于美国太平洋陆军。1972年5月15日，沖绳重归日本控制，第九军也退出沖绳，与美国驻日陆军合併，在座间基地组成美国驻日陆军与第九军（U.S. Army, Japan/IX Corps），负责对该地区的美国陆军进行训练和行政监督，直到1994年第九军被解编，其血统也由继承。