非一条高速铁路，而仅仅是一条连接市区和边境的通勤“快速铁路”通道，除了构思设置少数中途站之外，也可以让来往香港与中国内地的城际直通车运行，减少东铁线的负荷。当时初步的走线方案有两个，起点站均设于红磡站，第一个是东线方案，新建线路经东铁线的粉岭南站，连接罗湖站，或于罗湖以东新建铁路过境通道，但需要内地方面的规划配合。而第二个西线方案为新建线路经锦上路站，连接北环线，最终到达罗湖站或落马洲站。2001年起，香港政府开始与中央政府提出香港“区域快线”的建议，并商讨就“穗港磁悬浮铁路计划”合作的可行性。于200