系活佛夏玛巴认为，六世班禅遗留的大量财产他也应该有份继承。但南喀嘉措不同意分财产给夏玛巴，其理由一是教派不同（班禅属格鲁派，夏玛巴属噶玛噶举派），二是财产应属扎什伦布寺公有财产，南喀嘉措和夏玛巴这兄弟二人均无权据为己有。夏玛巴乃勾结廓尔喀人入侵并掠夺扎什伦布寺财产。清朝驱逐了廓尔喀入侵者之后，夏玛巴畏罪自杀，夏玛巴活佛转世系统遂被清朝朝廷取消。南喀嘉措由于未能保住扎什伦布寺财产，被干隆帝召回北京，本拟对其治罪，但念其为六世班禅之兄，又是高僧，以前做过不少贡献，故最终未治其罪，而是将其安置在六世班禅居住过的德