没有形态分类学的问题。但也有一些小问题，例如有爪动物的分类位置（位于蜕皮动物和冠轮动物之间）有争议。
历史.大多数无嵴椎动物化石见于古生代寒武纪，当时已有节肢动物的三叶虫及腕足动物，但大多已灭绝。随后出现古头类及古棘皮动物。在古生代末期，古老类型的生物大规模灭绝。中生代出现大量软体动物现代属、种。现存的无嵴椎动物多出现于新生代。
分佈.无嵴椎动物多数水生，大部分海产，如放射虫、钵水母、珊瑚虫、乌贼及棘皮动物等，部分种类生活于淡水，如水螅、一些螺类、蚌类