处高架月台下的通道可以到达楼梯口或升降机口。至于第1代车站，为木制单层建筑，设有站长室、票务处、候车大堂等设施。1985年11月起停用。站舍后来被拆卸，改建为内子自治中心（），而在中心外围则竖立了一根石柱，写上「国铁旧内子站迹」（）七个字。设有岛式月台及侧式月台各1个，提供2面3线的配置，当中岛式月台能对应8辆编成的列车，有效长度亦比8辆稍长，因此作为特急列车停靠的主要月台；侧式月台有效长度只有4辆，只供普通列车需要备车时才使用。岛式月台设有楼梯及升降机供上落，而侧式月台则只有楼梯。Sect