一直是齐格蒙特国王的坚定反对者。双方常发生争执，但因为两方都不想打一场兵戎相见的内战，所以最后常是以扎莫厄斯基对国王公开道歉作结，两人的紧张关系一直持续到扎莫厄斯基过世为止。扎莫厄斯基与国王在许多意见和立场上相左，他维护宗教宽容政策，反对罗马天主教会与耶稣会权力增长，并警告国王，联邦会被牵进与瑞典之间爆发的毫无意义的王室战争，尤其还包括奥斯曼帝国连续不断的威胁。他的政策和行动被视作是波兰反对专制主义，且最后没有转为绝对君主制的原因，这一点与欧洲其他国家区别很大。1591年瑟姆上，国王与扎莫厄斯基之间的公开冲