年10月起，任中共中央办公厅调研室宣传组副局级调研员、副组长、组长、统战组组长，调研室副主任。1998年9月，担任中共中央统战部副部长。2003年3月，兼任全国政协副秘书长。2006年1月升任中共中央统战部常务副部长（正部长级）。2013年，针对越南共产党允许其党员信教，中国国内部分共产党党员要求党允许信教的声音，朱维群指出“我坚持中共党员不能信教”。2013年3月，任第十二届全国政协民族宗教委员会主任、全国政协民族地区城镇化建设调研组组长。
批评.美国哈德逊研究所客座研究员韩