起点车站。基山车站基本上是一平面车站，但有部分站房设置于跨线天桥之上，其中JR所属的检票口也位于天桥上，但甘木铁道所属的月台区却是没有检票口可以自由进出的设计。
车站结构.
JR九州.侧式月台1面1线、岛式月台1面2线与设有跨站式站房设备的地面车站。