75岁时向教宗申请退休，以盼望退休后能往中国大陆教学。但于同年3月21日，教宗本笃十六世御令陈日君继续留任主教一职。2009年4月15日，教宗本笃十六世批准陈日君退任香港教区主教。2013年1月17日，庆祝中华民国与圣座建交70週年，陈日君枢机赴位于台湾的天主教辅仁大学演讲、访问。
社会事务的参与.
政治立场.陈日君在政治立场上坚定支持香港民主运动，并强烈反对中共干预教会的传教活动及宗教自由。据维基解密透露，美国驻港总领事于2009年12月向美国上报的