取得职权后，段祺瑞除湖广总督之位外会办抚剿事宜；由于冯国璋攻克武汉三镇进度过顺，11月28日袁世凯任命段祺瑞调任第一军军统，第二军军统换由冯国璋担任。12月5日，段祺瑞下令第一军退出汉阳，开始进行南北议和，革命军黄兴、孙文等同意，倘能促使宣统退位，可由袁世凯担任中华民国临时大总统。1912年1月26日，在袁世凯授意下，段祺瑞等北洋军五十位将领联名发布徐树铮起草的《北洋五十将乞共和电》，向隆裕太后逼宫，不久，段祺瑞又发表《乞共和第二电》，直接挑明「谨率全军将士入京，与王公剖陈利害」，直接以武力恐吓隆裕太后