城原址为楚国修建的金陵邑。这座城池从此成为保卫建业城的第一要塞，肩负着长江防御的重要任务，城内储存有军粮和军械。自此“石头城”成为南京的代称之一。东晋至南朝时，石头城仍为重要的江防要塞。东晋时的王敦之乱与苏峻之乱中，石头城成为了各路势力争夺的焦点。东晋时庾亮、刘裕先后扩建该城，石头城规模得以扩大。后人为了加以区分，东吴时修建的石头城被称为石头小城，而东晋扩建的石头城是为石头大城，又称石头大坞。陈朝陈宣帝太建二年（570年）时，石头城再次得以扩建。隋朝时，建康城遭到平毁，石头城内新设立了蒋州州治。五代时，杨吴