武元年（317年）称晋王时，以孔坦任世子文学。元帝即位后，立太子，仍以孔坦为东宫官属，任太子舍人，后转尚书郎。当时台郎履新时惯例都会行策试，元帝于是就策问孔坦：「吴兴人徐馥当逆贼，杀害郡将，应该让吴兴郡举孝廉吗？」，孔坦说：「古代治四凶之罪也不牵连他人，鲧被治罪而儿子禹却兴起了。徐馥叛逆又怎可以阻碍一郡贤才。」元帝又问：「最大的罪恶就是奸臣贼子弒君，污染宫宅。这都会停止其故乡四科选举人才之事，现在你这样说有何依据？」孔坦答：「鲁国季平子驱逐鲁昭公出国，难道又可以因而放弃孔子了！」此后，元帝下令重启原本因战乱