南京大屠杀期间南京市地图等物证以证明东史郎所说的是事实。但是，东京地方法院并未审理而直接驳回上诉。2004年12月29日和2005年6月11日和12月15日相继传出病危消息。他因大肠癌于2006年1月3日上午11时45分于日本京都一家医院逝世。南京市江东门纪念馆随即在4日下午举行追思会；葬礼于1月6日上午十时于京都府京丹后市网野町举行，南京市政府派代表前往。