2月24日发表爱沙尼亚独立宣言时，旗帜成为了爱沙尼亚民族的象征，并被用作国旗。在1918年11月21日，国旗被正式通过。在1918年12月12日，国旗第一次放在视为国家象征的塔林赫尔曼塔上。
第一次苏联统治时期.1940年6月，苏联入侵之后，国旗被禁用。在爱沙尼亚独立日，1940年6月21日，国旗在爱沙尼亚象征的塔林赫尔曼塔上降下。次日，一面红旗被升起来。在7月27日，三色旗完全消失，改升爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国国旗。
德国占领时期.在1941年到194