西军战败后水口冈山城遭到废除，此地区在接下来的八十年前成为幕府的直属领地，并设有东海道五十三次之一的，同时也新建。1682年原石见藩主改封至此，建立在江户时代末期，郡内大多数地区成为幕府直属领、旗本和领地，此外也有少部分区域属于淀藩、、、、、、膳所藩、狭山藩，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理，不过在西部的信乐盆地则属于信乐代官所管辖。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县