所和中国科学技术大学期间推动了一部分制度改革。在学术上以低温物理、超导研究知名。1980年，管惟炎转为中科院正式研究员，同年当选中科院院士。1981年5月，52岁的他出任中科院物理所所长，接替刚刚退休的施汝为。任内与中科院物理所等离子体研究室室主任陈春先发生冲突，焦点是陈春先参与创建的北京等离子体学会先进技术发展服务部。1984年9月至1985年4月，管惟炎是中国科学技术大学代理校长，1985年4月正式接替严济慈成为第三任校长，直至1987年1月12日。在这二十八个月中，中央几次试图为中科大任命党委