聚体为相同的亚基组成，则加上“同源（homo-）”作为前缀，反之则用“异源（hetero-）”，如同源二聚体或异源三聚体。
侧链构象.残基侧链上的原子根据希腊字母表的顺序（α、β、γ、δ、ε等）来命名，如C指的是对应残基上最接近羰基的碳原子，而C则是次接近的。C通常被认为是主链骨架的组成原子。这些原子之间的键对应的二面角则相应以χ1、χ2、χ3等来命名，如赖氨酸侧链上第一、二个碳原子（即C和C）之间共价键的二面角为χ1。侧链可以有多种不同的构象，每一种类型的残基都有几种比较稳定的侧