铁门头沟线（磁悬浮线）原计划接入此站并作为终点站，但由于运量不足等原因，门头沟线东段被6号线西延代替，故慈寿寺站不再接入门头沟线。慈寿寺站西北侧，在慈寿寺站和海淀五路居站之间，并靠近慈寿寺站的是五路停车场，是地铁10号线和6号线列车停车库，其上盖为京投发展琨御府小区。
位置.慈寿寺站位于玲珑路（东西向）和京密引水渠及其两侧蓝靛厂南路（南北向）交汇处 — 慈寿寺桥西北侧。10号线呈南北向，6号线呈东西向，两线呈L形交叉。
结构.慈寿寺站是地下三层车站，6