至同年10月才返台。1947年，二二八事件后，白崇禧奉派至台湾调查与善后，白崇禧即透过张发奎急邀丘念台赴台宣抚，3月27日抵台后，主张宽大处理、停止逮捕，并于日后监察院的调查报告指出，官警妄杀于先，军宪枉法逞威过度滥杀于后。1950年代丘念台、杨亮功与台湾中部地区士绅以纪念丘逢甲而创建「逢甲工商学院」，尔后之逢甲大学前身。1967年逝于日本东京。1968年，丘念台的女儿丘棣华创建「竹林中学」