无法供送他继续学业。州长亨利·李三世是老哈里森的朋友，威廉接受他的建议决定放弃学医，投身军旅生涯。
前期军旅生涯.1791年8月16日，年仅18岁、与亨利·李三世见面还不满24小时的哈里森受命担任第一步兵团陆军少尉。他先被派往西北领地辛辛那提华盛顿堡（），随军参与西北印第安战争。西部军在阿瑟·圣克莱领导下惨败后，安东尼·韦恩（）于1792年接掌，哈里森也在此时晋升中尉。1793年，他成为韦恩的副官，得到在前线学习如何指挥军队的宝贵机遇，还曾参与1794年8月20日韦恩指挥的鹿寨