写了《〈古史辨派〉的阶级本质》与顾颉刚划清界限，前后发表于山东大学校报上的自我批判文章达六十多篇。批判胡适运动期间，童书业又再一次对古史辨派进行攻击。但均得到了顾颉刚的理解，认为其是不得已而为之。1951年，童书业撰文《论“亚细亚生产方式”》，否定亚细亚生产方式是东方奴隶社会说的说法，认为其实际意义为“农村公社制”。1955年，肃反运动时，与张维华、韩连琪被称作山东大学历史系三大反革命，罪名为“一夜之间杀了一千个共产党员”（为其父亲之妾所构陷）。由于反复的运动，导致童书业再次出现了神经症状，一度向学校递