命为宫内府特进官、议政府赞政、中枢院议官、京畿道观察使等高级官职，但由于崔益铉坚持儒学，思想保守，看不惯当时社会上的开化风气，更由于不满官场的腐败和倾轧，这些职务不久都被他主动辞退。他还对1897年大韩帝国成立一事持反对态度，他上疏称高宗如要称帝，当继承孝宗遗志，扫清中原，恢复大明，镇抚四夷，即使做不到这一步，如能真正自主自立，“则迨此皇统久绝之日，自任以继天立极，或无所不可”，否则只能流于有名无实而已。光武八年（1904年）日俄战争期间，日本控制了大韩帝国政府，强迫其订立《日韩议定书》，协助日本对俄国