就职后开始贯彻李登辉的理念「清党」；2007年10月29日台联中执会以违背党的核心价值、不服党的领导为由开除亲近民进党的廖本烟与黄宗源党籍，随后爆发「新旧台联路线之争」。党职立委黄适卓、尹伶瑛马上跳出来声援并质疑党中央有红衫军涉入，要求开除赖幸媛等人，何敏豪也跟随出走希望能争取民进党立委提名，但2008年立委选举时这些人都并未当选。11月起，台联部分党籍县市议员自认走「旧台联路线」纷纷退党加入民进党党团运作。清党之后台联党与陈水扁主导的民进党决裂，新台联党在单一选区两票制的新选制压力下也逐渐转型为「