部食药署署长叶明功调职，由副署长姜郁美接任。环保署废弃物管理处处长吴天基自动请调参事，源于废食用油涉及废弃物管理业务，处长一职由副处长赖莹莹接任。经济部工业局针对负责GMP业务的承办组长洪辉嵩予以记过1次处分。2014年10月3日，中华民国卫福部长邱文达，宣布为此事件负起政治责任，请辞下台。新任的卫福部长由蒋丙煌接任。
侦结起诉.
起诉郭烈成、强冠叶文祥等.屏东地检署10月3日侦结馊水油案，起诉主嫌郭烈成、郭的司机兼业务施闽毓，进威老板苏清煌、妻子郭春叶、