旺达爱国阵线比当初的全国统一联盟更军事化。 1990年10月1日，卢旺达爱国阵线的武装部队放弃了他们在乌干达军队的职位，入侵卢旺达北部，但被扎伊尔和法国军队击退，鲁维甘巴在入侵过程中战死，卡加梅遂接管军权。1994年4月6日，时任卢旺达总统朱韦纳尔·哈比亚利马纳乘坐的飞机被击落且亡于此次空难，导致约百万名平民死亡的卢旺达大屠杀展开，爱阵乘势再度进入卢安达，并在同年7月19日成功夺权。