关资料解除机密以供侦查之用，并询问总统府是否有南线专案存在；2008年5月30日，总统府发回函给最高检，表明：经清查2000年1月1日至2008年5月19日间总统府现有档案，以及2008年5月20日政权移交时前总统陈水扁、前副总统吕秀莲、前总统府秘书长陈唐山、前总统府副秘书长陈其迈及林佳龙办公室所移交的1744件机密文件清单，均无南线专案相关档案。2008年5月26日，总统府公布陈水扁政府所移交共计1744件档案清单，总统府发言人王郁琦说，移交档案依机密等级，含「绝对机密」1件、「极机密」144件、「机