次超过麦迪。但由于在与洛杉矶快船队的比赛中胫骨受伤，姚明这个赛季常规赛出场仅为48场。在季后赛中，他场均贡献25.1分、10.3篮板，不过火箭队还是以3比4不敌犹他爵士队止步季后赛第一轮。姚明在2006年全明星赛以1,319,868票高居榜首，科比·布莱恩特以1,213,387票位居第二。
2007-08赛季.2008年2月26日，在率领休斯敦火箭队获得12连胜之后，被诊断舟骨裂缝，手术后需要休息4个月，07-08赛季剩余将无法出场，随后火箭队在麦迪带领下，继续赢下10连胜，创