外在2008年陈校长任内，创立台湾第一个强调住宿学院（Residential College）教育的「清华学院」，撷取世界顶尖大学住宿学院之精神，融合清华特色，带给清华学子崭新的学习与校园生活环境。1980年代以来，两岸清华交流日渐频繁；1995年沈君山校长率团访问北京清华，签定「海崃两岸清华大学交流合作备忘录」，交往日益热络；2009年陈文村校长再次率团访问北京清华，签定「两岸清华大学学术交流与合作备忘录」暨「两岸清华大学教师与学生交流协议」，除加强两校之师生、学术交流外，并各自提拨基金，支持两岸清华