维新政府组织可以明治六年政变做为分水岭。在此之前新政府的组织以镇压叛乱、稳定税收和建制为主，加上公议的主张影响，因此主要实权集中在大藏省和兵部省，政府组织变动激烈。但明治六年政变后，以大久保利通和木户孝允为首的内治派见识到西方工业革命的富强，创立了内务省和工部省，和大藏省构成核心的行政体系，政府组织趋于稳定。政策也转向投入大量工业与交通建设，以及强化国家动员与监控能力。睦仁天皇取《易经》中的「圣人南面而听天下，向明而治」为年号「明治」。维新是来自《诗经》（《诗·大雅·文王》）的“周虽旧邦，其命维新”