989年4月1日，医务卫生署重组成医院事务署及衞生署两个部门；衞生署并接管文康市政科部份卫生工作。1990年，医院管理局成立，负责管理全香港公立医院。2012年4月9日，世界衞生组织委託香港衞生署成立全球首间控烟及烟瘾治疗合作中心，为医护人员提供戒烟课程培训。衞生署署长现时兼任辐射管理局主席、药剂业及毒药管理局主席、香港中医药管理委员会当然委员、医院管理局大会成员、精神健康谘询委员会当然成员、禁毒常务委员会官方委员以及香港爱滋病顾问局副主席。
车辆.目前已知2辆衞生