治政府指令下，在1942年初被派到雅丽氏何妙龄那打素医院担任助理院长及司库，该院当时被改称为「市民医院」，且隶属于日治政府卫生课，是日治时期香港唯一一所民事医院。一直到1943年1月，他才获准卸去医院的职务，恢复私人执业。1945年8月日本无条件投降和香港重光后，英国恢复对香港的殖民管治，港府以蒋法贤在香港保卫战和日治期间参与医疗救援有功，特于1946年向他颁授防卫奖章，以资肯定。
战后工作.二战后，蒋法贤继续积极参与香港各类医疗事务组织，当中包括在1946年至1949年担任香港防