朱盛淇的争取，清华选在新竹赤土崎建校。校地由中国石油公司提拨约40公顷的原日本海军燃料厂土地，在原子炉开工后，需要更多校地，因此新竹县长朱盛淇同意再拨约33公顷土地，此时的清华校地共约78公顷。1956年清华在台复校后首次招生，因校舍还未完工，以国立台湾大学为上课地点，至此清华校务在台正式运行。1957年，清华在新竹的教学大楼、办公大楼、教职员工宿舍、学生宿舍等相继完工，学生于是返回新竹上课。1961年原子炉兴建工程完工，此原子炉土木工程部分由校友华泰建筑师张昌华负责设计，机械装置则由中油、台电、台湾铝