1091年，十字军佔领了赛普勒斯岛，建立了赛普勒斯王国。并且开始任命自己的天主教主教，正教会的主教不是迁移就是失去教座。1571年鄂图曼帝国佔领了赛普勒斯岛，正教会恢复了一定的地位。然而因为鄂图曼帝国实行米利特制度的关系。赛普勒斯教会被交由君士坦丁堡普世牧首管理。总主教也恢复了影响力。1821年，在希腊独立战争中，赛普勒斯岛上也掀起了反对鄂图曼统治的活动，当时的总主教齐布理亚诺斯（Kyprianos）因为身为赛普勒斯民族主义者精神领袖的身分，与其他教会高阶神职人员一起遭到鄂图曼政权处刑，这一事件导