1940年，晋升中将。1943年2月，萧被任命为中国远征军参谋长。1944年12月，升任中国陆军参谋长。1945年1月1日，萧被授予青天白日勋章，不久升任中将。8月21日，萧毅肃在湖南芷江主持了抗战胜利受降仪式，代表中华民国政府接受日军代表今井武夫投降。1946年，萧调任重庆行营参谋长，次年升任副主任，1948年兼任重庆警备司令，6月12日调任中华民国国防部次长，年底任副参谋总长。1949年12月，萧撤往台湾。在台期间，萧制定了整训计划，为将各派系来台部队整合为一体居功至伟。1953年，