之后，开始通过向各地征收矿税银的方式，增加内库的内帑，大多数学者认为这是一项弊政，也有许多的反对意见，认为矿税也有相当的好处，如矿税入内帑后大多用于国家救灾，饷军救急等。
万历三大征.神宗在军事上任用干练将校，先后主持发兵平定了播州（遵义）杨应龙之乱的播州之役、平宁夏哱拜之乱的宁夏之役、抵抗日本丰臣秀吉发兵侵略朝鲜以及奴儿干都司的朝鲜之役，维护了明朝的内部统一及宗主国的权威。此三场战争合称万历三大征。后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚鉅，如仅朝鲜一役消耗国库便高达银八百八十三万五千