直至19世纪末，西班牙人一直与岛上的穆斯林苏丹国作战。1898年，西班牙与美国签订和约（巴黎条约）。西班牙以2000万美金把菲律宾卖给美国，自此棉兰老岛改由美国管治。二战后，菲律宾成为独立国家。1960年代，棉兰老岛西南部开始爆发暴力冲突（详见摩洛冲突），政治组织如莫洛民族解放阵线、莫洛伊斯兰解放阵线于1970年代相继建立。总统费迪南德·马可仕于1965至1986年统治菲律宾，期间政府被指鼓励吕宋和米沙鄢群岛的基督徒迁入棉兰老岛，导致许多本地人被迫迁离自己的家园。来自吕宋和米沙鄢群岛的移民经常强