恢复理科、人文社科、经济管理类学科，先后制定实施“211工程”、“九五”、“985工程”和“十五”规划，确定了“建设世界一流大学”的目标。百年校庆之后，制定“双一流”建设方案。
清华园前身.1958年，清华大学东主楼建设时曾挖出汉墓，2008年修缮东区八饭厅时挖出迁葬墓志铭石碑，为“皇明诰赠荣禄大夫前军都督府同知原任诰封怀远将军锦衣卫指挥同知管南镇扶（抚）司少溪田公暨原配淑人赠夫人党氏迁葬墓志铭”，“皇明诰赠”表示为明朝皇帝所赐。明代万历年间，在今圆明园南、北京大学西位置，为明神宗