1602年直政过世，长子井伊直胜（又名直继）继承父业，在1603年，彦根城才开始动工兴筑，当时彦根城的地理位置兼具保卫和战略优势，对关原之战爆发后的战乱有稳定效果。由于连年战乱，此木造城堡的建材多由一些残破的城守拆替而来，如西之丸的三重橹台建材来自浅井长政的小谷城，天平橹台建材来自丰臣秀吉的长滨城，太鼓门建材来自石田三成的佐和山城，天守阁建材则来自大津城的天守。1605年，城堡本体大至具有规模后，直胜才率领家属与家臣进驻。1614年，井伊直胜的弟弟井伊直孝由于兄长病弱，正式成为彦根城的第二代藩主。在16