对JR东日本通票使用者，开始贩售北越急行、伊豆急行、东武铁道这些与其他铁路公司共同经营路线的优惠券。由2008年7月1日开始，JR东日本通票使用者更可持通票免费乘搭北越急行全线、伊豆急行全线、东武铁道与JR东日本直通的特急列车，以及东武铁道下今市至东武日光或鬼怒川温泉的普通列车。由2010年10月21日起，配合羽田机场扩展国际线航班，可免费乘搭东京单轨铁路全线。2013年7月1日起JR东日本大幅度地更新了JR东日本周游券的适用内容，其中最主要的改变是取消了过去曾存在过的青少年票或绿车（头等车厢）