期肝癌。同年12月6日，嘉义农试所感念即将于他明年1月16日届龄退休，特地举办「台湾凤梨品种改良与病虫害管理研讨会」，有二百多人参加，其中有不少种植凤梨的农友赶来参加，想致赠金饰打造的金凤梨，但他这时卧病在床，由儿子张文腾代表接受。同月18日上午，总统陈水扁特定前往嘉义市探望，并颁发优秀农业实验人员奖状。2002年2月3日上午，张清勤病逝在嘉义市新民路416巷7弄的家中，安葬于嘉义县中埔乡深坑公墓。