意及先生等善意，恐仍须有识者之共同努力，方能有济。弟一时不能离台，希先生速驾来台，共负巨艰」。1月19日，他搭机飞到台北，1月20日从代理校长杜聪明（1948年12月7日开始代理）手中接任国立台湾大学校长。1949年6月学期结束前，发生文学院外文系李霁野教授弃职逃离台湾事件（李在四六事件后逃走，辗转到了天津）。1949年7月11日，笔名叶青的任卓宣在台北《民族报》发表《寄傅斯年先生的一封公开信——论反共教育与自由主义》，指控傅校长不但是蔡元培、胡适两先生之高足，且继承北京大学自由讲学、自由研究的传统