胜波尔图的欧冠四分之一决赛中，穆勒也取得进球并成为场上领袖。他在当季联赛以32场入19球完赛，而德国杯则是5场入1球以及欧冠联赛10场入7球。
2015-16赛季.穆勒是在对阵沃尔夫斯堡的德国超级杯中开启了自己的新赛季征程。在德甲联赛的头四场比赛中，他连续在对阵汉堡时射入2球、对阵霍芬海姆射入1球、对阵勒沃库森射入2球以及对阵奥格斯堡射入1球。其中在对阵勒沃库森和奥格斯堡的比赛中各射入一记点球。随后的三场比赛中，穆勒未能取得入球，甚至在第七轮对阵美因茨05时将点球射失。他随后的德甲