4年中法战争期间，法国海军将领孤拔佔领基隆，进攻淡水，封锁台湾海峡，并骚扰中国沿海各省。1885年（光绪十一年）7月29日，左宗棠在《台防紧要请移福建巡抚驻台镇摄折》中说明台湾必须迅速改建行省的理由。同年10月，清廷设福建台湾省，管辖原福建省的台湾府和台北府，原福建巡抚刘铭传改任台湾巡抚，台湾建省经费主要由福建财政承担。刘铭传在台湾巡抚任内，扩大抚番，增设郡县，并推动一系列洋务改革，将台湾建设成了当时大清帝国近代化程度最高的行省。
清朝割让台湾予日本.大清在甲午战争中被日本打败，于