由厦门返台，居住在台北市龙泉街一带。1946年，台湾民众协会成立，后在长官公署命令下，改组为台湾省政治建设协会，吕伯雄负责主要会务。同年，日本发生涩谷事件，蒋渭川与吕伯雄等人在台北市发起抗议声援活动，抗议美国宪兵团对台湾人的司法不公。1947年，二二八事件爆发，吕伯雄任台北二二八事件处理委员会组织组组长。在国民政府抵台清乡之后，吕伯雄被列入通缉名单，逃亡数个月。透过各种关系，最后被平反。在此事件后，吕伯雄不再参与政治，投入基督教传教活动。1958年，创立古亭基督长老教会，任长老。1988年3月去世，