台的海神天上圣母妈祖，故庙门朝东面海，希望妈祖能照佑海面渔船。另该庙尚祀有神农大帝、仓颉先师、大魁星君、文昌帝君、至圣先师、中坛元帅、福德正神等神祇，且颇多咸丰、光绪年间的对联，所祀之妈祖、千里眼、顺风耳等神像，大多来自唐山，雕精砌巧，匠心独具，系宜兰县难见之佳作。每年旧历三月天后宝诞头城庆元宫会邀集彰化南瑶宫、关渡宫、新港奉天宫、北港朝天宫等着名庙宇所奉之妈祖神像共会庙中，同享香火。1947年二二八事件爆发，庆元宫庙埕前右方，当时曾经处死并掩埋被国民政府杀害的罹难者：省立宜兰医院院长兼二二八事