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分类.先前被分类于接合菌门接合菌纲中，2007年接合菌门被认为是并系群而拆分成球囊菌门与、、梳霉亚门和等四个地位未定的亚门，虫霉菌目被提升到亚门的地位。2012年，Humber根据进一步的支序分析确定虫霉亚门是一个单系群，并将其定位为一个门。2018年Tedersoo等人将真菌分为十八个门，虫霉门也是其中之一。另一个争议点蛙粪菌是否属于虫霉菌，或应从虫霉菌中独立出来。1995年Nagahama等人的研究表明，蛙粪菌科和某些腐生真菌关系较近，也无明确证据支持其属于虫霉