悠游卡、一卡通付费。搭乘地区公共运输船需另付保险费用，其交通费用由金门县议会拨款补助。乌坵乡原属莆田县，与金门本岛间并无直接航班，仅有台中港有航次连络。
航空.金门机场为金门县对外交通的重要枢纽，目前有往台北、台中、嘉义、台南、高雄、澎湖各航线。早期金门的对外航空交通只有搭乘当时军用运输机。直到1987年9月远东航空开始飞航金门至台北航线(已停飞，因远东航空停止营运)，开启台金民航航线。后来陆续有复兴航空（已停飞）、马公航空（被长荣集团收购后改名为立荣航空）、华信航空、远