多古虫界的物种缺乏典型的线粒体，被称作「无线粒体原生生物」（amitochondriate），虽然大多数可能包含了功能上类似于线粒体、形态有很大变化的细胞器。其它的古虫界的生物有线粒体，线粒体嵴呈管状、盘状、薄片状。大多数古虫界物种有两个、四个甚至更多的鞭毛，很多物种有显着的腹部摄食沟（feeding groove）超微结构，内部由微管支撑。如果有系统发生的基因证据，其它缺乏这一特征的物种也可以归属于古虫界。
分类.古虫界在门/纲的级别上分为六类。
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