民国元年（1912年），卢永祥任陆军第24师师长，获授中将军阶。民国三年（1914年），任陆军第10师师长，驻上海。此后历任淞沪军副使、护军使、会办江苏军务、浙江督军。民国四年（1915年），袁世凯称帝，卢永祥授封一等男爵。袁世凯死后，卢永祥加入皖系。民国九年（1920年）7月直皖战争皖系败北后，他为了生存而靠拢奉系。民国十年（1921年）6月4日，他向全国发出联省自治的通电。民国十一年（1922年），他任浙江军务善后督办。民国十三年（1924年）9月，直系的江苏督军齐燮元和他开始了第二次直奉战