向台湾科技大学(前身为台湾工业技术学院)征召林聪明担任环境监测及资讯处处长，次年调任职掌环保署百分之七十预算的废弃物管理处处长。民国78年，国立台湾工业技术学院院长毛高文博士接任教育部部长，并邀请林聪明至教育部担任技职司司长；83年，衔命接掌劳委会职训局局长，任内因为改革外劳申请流程、推动证照落实制度执行绩效颇佳，获颁「行政院革新楷模奖」及「行政院模范优秀公务人员奖」民国90年，经遴选获聘担任国立云林科技大学校长，任内推动「老师3+1」(学校老师在授课三年后，可赴业界工作一年，以加强实务能力，同时增