衙建于城内，是为内城。成化十年（1474年），知县陶鲁以蚝壳修筑了新会子城，并开凿会城河。至万历元年（1573年），兵备佥事何子明增修二重城至会城河边，周长约五公里。至清干隆年间，新会城成为了广东第三大城，仅次于广州城和潮州城。嘉靖元年（1522年），佛朗机人别都卢及疏世利率领五艘船入侵新会，明廷派右都御史总督两广军务张嵿应战，史称西草湾之战，此战从西草湾 海面一直打到了哨州 海面，最后明军大获全胜。万历二十六年（1598年），西班牙驻菲律宾总督德鲁（）派萨穆迪奥（）在虎跳门河岸设立据点，不久被官府派兵驱赶