被判死刑，于次年被斩于菜市口，为史上死于科场案职位最高的官员。有清一朝，一品大员极少被处斩，柏葰是少数特例。七月，肃顺等奏结程庭桂父子案，载垣将父子俩奏斩，陈孚恩则请求从轻发落，最后咸丰帝定夺斩程庭桂子，将程庭桂本人发配军台。程庭桂从狱中被提送时，陈孚恩亲自前往迎候，见了程，马上下跪痛哭，程庭桂阻止他，说“不要这样，不要这样，你算还好，能饶我这条小命”，陈孚恩听罢惭愧而走。程庭桂之子程炳采临刑时大哭：“吾为陈孚恩所绐，代弟到案以至于此。陈孚恩谄媚权奸，吾在冥间当观其结局也”。整件案子中下场较好的只有副主