提升散热性能，柴油机出口冷却水温度可达98±3℃；而机油热交换器和中冷器则共用开式循环的低温冷却水系统。冷却室顶部装有V型结构的肋片扁管式铜散热器，包括12个高温冷却水系统散热器单节和32个低温冷却水系统散热器单节，以及两个直径为1,600毫米的轴流式冷却风扇。冷却室下方设有静液压变速箱、后转向架牵引电动机通风机、空气压缩机等，冷却风扇由静液压马达传动，牵引电动机通风机采用机械传动。辅助室内设有预热锅炉、空气干燥器、空调电源装置和控制箱等。东风6型机车的空气制动和手制动装置亦与东风4型机车大致相同，依然沿用