1972年, 1974年和1980年东德杯的冠军头衔。 俱乐部在1981年杀入了欧洲优胜者杯的决赛，但是在决赛中1:2惜败给了第比利斯迪纳摩，这可以说是球队史上最大的成就。
两德统一后.1990年两德统一之后，耶拿被安排在德国足球乙级联赛中。球队在1993年取得了联赛第8名，但是1994年球队的战绩迅速下降到联赛第17名而降级到第三级的德国北区联赛。不过球队很快再次晋级到了德乙联赛并连续且参加了数赛季。但在1998年球队再次掉到了德国第三级联赛（地区联赛），2001年更是降级到第四