，科尔沁部被编为一个万户，尊为“阿巴噶科尔沁”。明朝嘉靖初年，科尔沁部首领奎蒙克塔斯哈喇带领部众从鄂嫩河、额尔古纳河流域迁徙至嫩江流域。占领扎赉特、杜尔伯特、郭尔罗斯部和锡伯、卦勒察、萨哈尔察等部部分，形成嫩科尔沁部，即后世通称的科尔沁部。此部是明末辽东边外地区强大的蒙古部落集团之一。察哈尔部土蛮汗执政时期，科尔沁部臣服于察哈尔部。现代研究者认为，在初期他们与土蛮汗“仅仅是暂时的军事联盟而已，甚至土蛮汗曾用兵攻打（科尔沁部）者儿得部众。到了1575年，土蛮汗与科尔沁诸酋之间的关系明显缓和”。1583