教思想在学校的主导地位开始减弱。约翰·乔治·雅格比（Johann Georg Jacobi）在1784年成为了弗莱堡大学的第一位新教徒教授。当拿破仑在1805年攻破神圣罗马帝国得到前奥地利之后，弗莱堡在次年成为了新成立的巴登大公国的领土。因相对较小的巴登拥有一所历史更为悠久的大学——始于1386年的海德堡大学，弗莱堡大学的存在也开始受到了威胁。卡尔·弗里德里希和卡尔两位大公因资金紧张问题先后考虑关闭弗莱堡大学。
从阿尔伯特到阿尔伯特-路德维希.弗莱堡大学依靠着资助和之前的收入来