屿国中创立于民国三十五年（1946年），是西屿乡第一所，也是唯一一所国中，首任校长为颜荣华。西屿国中在民国三十八年（1949年）时曾一度併入省立马公中学（今国立马公高级中学），直到民国五十七年（1968年）才恢复独立设校。同年9月，台湾开始实施九年国民义务教育，西屿国中才将校名从最初的「澎湖县立西屿初级中学」改为现名「澎湖县立西屿国民中学」。