在巽他群岛海域遭遇同盟国（荷兰、美国、英国、澳大利亚）舰队，并交战。3月10日编入北方部队。4月11日，于厚岸町入港后被编为第5舰队旗舰。5月26日出航参与阿留申群岛战役。1943年（昭和18年）3月7日到13日，在阿图岛参与的运输任务。22日，在幌筵岛参与运输及出击任务。27日参与阿图岛海域海战，受到美军重巡洋舰““”(USS Salt Lake City, CA-25)的攻击，导致“那智号”轻度损伤，11名船员战死，21名船员受伤。9月6日20时56分左右，从向幌筵岛航行的“那智号”遭遇美军潜艇