年少孤贫，涉猎经史，弱冠时为州主簿。魏孝文帝初年，举秀才，对策上第，拜中书博士，后任尚书左丞。他博学多能，勤于职守。历任散骑常侍、刺史等职。孝文帝迁都洛阳，郭祚受孝文帝赏识，以工于文学受到孝文帝的亲接礼遇。孝文帝经常招他讲论义理，以及密议政事，任命他为黄门侍郎。与黄门宋弁等出谋献策，参谋帷幄，参定朝典。太和二十三年（499年）从孝文帝南征攻南齐，拜尚书，进爵东光伯。魏宣武帝时，郭祚出任青州刺史时，每逢不丰收之时，郭祚开仓赈恤。侍中郭祚兼任吏部尚书。他清廉公正，办事谨慎，量才授官，士人钦服。重惜官位，每次诠选