4月至宽平六年8月之间。《日本纪略》称该书于宽平四年（892年）5月1日开始编纂，然而《日本纪略》在这段时期的记载错漏颇多，因此可信度不高。源能有于宽平9年（897年）逝世，翌年宇多天皇禅位，该书的编纂也随之停止。后来，醍醐天皇命令继续编写该书，并于延喜元年（901年）完成。期间，菅原道真失势左迁大宰府，由三统理平转任总编纂。完成后的报告奏章中称编纂者为藤原时平、大藏善行二人。然而根据推测，编纂的实质中心为菅原道真、大藏善行二人。《日本三代实录》是六国史中记载最为详尽的一部，收录了大量诏敕和表奏文。