求恩大夫的故事》一书在上海出版。1956年夏初，调任北京外事干部学校工作。1957年因在双百运动时批评时政，后在反右运动时被划为“极右分子”，被开除公职。1958年4月17日下午，巫宁坤被送往北京市第一监狱，即“半步桥监狱”。1958年6月，被送往黑龙江省北大荒兴凯湖农场接受劳动改造。1960年10月26日，被转移至河北省清河农场的三分场（又称宁河农场）。1961年6月30日保外就医。1962年前往安徽大学任教。文革开始后继续受到各种批斗，被关“牛棚”。1970年4月底，出了“牛棚”的巫宁坤又被取消了职