也是一大困扰，才会选择二处兴建河底隧道解决须经常疏濬的问题。拓宽工程进行的同时北回铁路已经完工，当时台北南下的列车可直驶花莲新站（今花莲车站）后到达吉安，并在该站转乘窄轨的台东线火车，直到1982年6月26日全线四条轨铁道完工通车。但舞鹤－三民间的自强隧道因工程严重延误，列车暂时以原有旧线经扫叭隧道运行，直到1985年初才正式完成。之后原有窄轨列车逐一更换转向架或报废，再将四条轨改成现在的形式。
花东线铁路瓶颈路段双轨化暨全线电气化计画.自2000年起，为了提升台东线的行车效率