翰大学的田野工作团队在新墨西哥州的圣胡安县发现。在1993年，美国古生物学家阿德里安·亨特（Adrian Hunt）与史宾赛·卢卡斯（Spencer G. Lucas）建立了霍纳氏阿纳萨齐龙（"A. horneri"），也是目前唯一的种。属名是以古代美洲原住民阿纳萨齐人为名，阿纳萨齐人因他们的悬崖住所而着名，化石发现地附近的厦谷文化国家历史公园有很多这种悬崖住所。种名则是以着名古生物学家杰克·霍纳（Jack Horner）为名，他在1992年先叙述了这个化石。阿纳萨齐龙是否为有效的属，还有争论。在199