再度用回「大学教育资助委员会」的原名。香港教育学院（即现时的香港教育大学）于1996年纳入为受教资会的资助院校。2003年，政府拨出10亿港元推行等额补助金计划，教资会被指派为处理各院校申领补助金事宜的机构。2005年，政府设立10亿港元的配对补助金计划，又于2006年设立10亿港元的第三轮配对补助金计划，均由教资会负责统筹。2007年，教资会成立了质素保证局作为其辖下的半独立质素保证机构，协助教资会为各受资助院校的学士及深造学位课程的质素提供意。政府于同年设立首度涵盖非教资会院校参与的第四轮配