尼撒二世死后不久，国内阶级矛盾及民族矛盾加剧，最后一个国王那波尼德统治时，国王及马尔杜克神庙之间的矛盾加剧，并试图另立新神，那波尼德离开首都，以其子伯沙撒摄政。公元前539年，波斯人崛起，居鲁士二世率军入侵新巴比伦王国时，祭司竟打开大门放波斯军队入城，伯沙撒被杀，那波尼德被俘，新巴比伦王国不战而亡。
考古发现.19世纪下半叶，在巴格达附近发掘出很多泥版和圆柱，使人对古巴比伦的历史认识大增。其中之一是深具价值的一份文献，称为，现今收藏于大英博物馆。巴比伦王拿波尼度曾与儿子伯沙撒共同摄