0年代左右曾一手包办掌控国民政府的最高特务机构——总统府机要室资料组（国家安全会议前身），管辖国民党与中华民国政府之特务机构，时以「匪谍」名义遭滥囚甚至未经司法程序处死者不计其数，称为「五十年代的大屠杀大恐怖」，开明派如前台湾省主席吴国桢亦抨击蒋经国及彭孟缉残踏人权。而吴氏与蒋经国的不和也导致吴国桢1954年于美国抨击国民党政权的专权，称吴国桢事件。江南亦认为蒋经国于《自由中国》事件下令拘捕雷震。而1970年左右蒋经国于内阁时，曾革除杨金虎案、白庆国案、徐柏园香蕉案等贪腐弊端（不过徐柏园香蕉案被视为冤案），