门和后门对调，即正门从丰盛胡同3号改到兵马司胡同甲58号（今6号），与北平分所的正门兵马司胡同9号（今15号）接近。北平分所因为设有一新生代研究室（与美国下属的协和医院合办），所以日军一度未敢骚扰。该时期，北平分所由新生代研究室负责人裴文中代管。珍珠港事件发生后，日本和美国宣战，北平分所遂不能幸免。稍后，汪精卫政权下的华北综合研究所在北平分所内设立“华北地质研究所”，还多次邀请章鸿钊担任所长，均遭章鸿钊拒绝。后来由李岐山兼任馆长。后来，陈列馆曾被日伪军强行占据，标本多次搬迁到北京动物园附近的陆谟克堂