年考取台湾总督府台北高等学校理科甲组，毕业后原本考取东京工业大学，却因为父亲拒绝提供学费仅就读一个月，复于1941年4月考取台北帝国大学医学部，与来台湾的北京大学教授徐征学习北京话，亦阅读鲁迅、巴金、老舍等人作品，成为具有强烈中国意识民族主义者，暑假曾至中国的厦门、上海、广州等地。
就学时期.总督府台北高校是当时台湾高等中学校中的最高学府，在台北高校时期，经常有日本学生欺压台湾学生的事件，激起台籍学生反日思想，1941年太平洋战争爆发，郭琇琮与台北高校的同学蔡忠恕响应祖国抗日，在台