来，在护法运动中，他受到南方政府的孙文支持的四川靖国各军总司令熊克武的攻撃。6月，刘存厚撤退到陕西省宁羌（今陕西省汉中市宁强县）。当时，刘存厚被北京政府任命为第21师师长，在宁羌设临时的四川督军行署，统治陕西省南部。刘存厚的残暴统治激起了当时的陕西督军陈树藩的愤怒。
支配绥定.1920年（民国9年）5月，刘存厚与熊克武捐弃前嫌，联手驱逐四川省内唐継尧手下的滇军。8月，刘存厚任靖川军总司令回到四川，熊克武攻略成都驱逐滇军。同年12月，北京政府任命刘存厚为四川督军，熊克武为四川省长。