企孙出任清华大学校务委员会主任。1952年中国高等院校院系调整，叶企孙被调入北京大学，搬出清华北园7号，入住北京大学未名湖畔的镜春院。他是中国物理学会的创始人之一，几次出任副理事长、理事长。1955年当选为中国科学院数学物理学部学部委员。他也数次为熊大缜案提议平反，有人认为这实际上导致其在文革中受到迫害。
文革至逝世.“文化大革命”开始后，吕正操受到政治迫害。打击者提出当年的熊案，而作为熊大缜导师的叶企孙，在连国民党党员都不是的情况下，被诬蔑为国民党CC系（中统）在清华的核心人