共计百日后，在寿皇殿前举行火化，点火者为僧茆溪行森。此后顺治帝的骨灰继续停放在寿皇殿，直到康熙二年（1663年）四月二十二日，同孝献皇后董鄂氏及孝康皇后佟佳氏的骨灰自景山送往清东陵的孝陵安葬。 清朝康熙帝将该殿作为检查射箭之所。康熙帝去世之后，其子雍正帝将其“御容”奉祀于该殿。此时该殿及景山亦作囚禁之所。雍正八年（1730年）五月，又借口诚亲王胤祉参加怡亲王胤祥丧事时“迟到早散，面无戚容，交宗人府议处 ”。后胤祉即被关押在景山至死。干隆帝登基后又将其父雍正帝“御容”供奉于该殿。当时该殿跨度仅三楹。干