，主要的国际机场位于吉隆坡－雪邦、槟城、亚庇、古晋和新山－士乃。马来西亚的国家航空公司是马来西亚国际航空，提供国际与国内航班，此外有两家马来西亚被私营化的航空公司，即亚洲航空和飞萤航空。铁路系统由国营的马来亚铁道所拥有，总长。铁路线分布于西海岸以及东海岸内陆地区，而巴东勿刹站（临近泰国）至金马士站的铁路均已复线电气化，并备有电动列车川行。位于东马的沙巴设有一条蒸汽式铁路，从丹南至该州首府亚庇，而砂拉越则没有铁路。吉隆坡是目前该国唯一设有城市轨道交通的城市，系统综合了各种交通载具如、通勤列车、轻快铁、单轨