这些情况下，免疫球蛋白重基因与另一种具有促进增殖或抗凋亡能力的蛋白质形成融合蛋白。免疫球蛋白重基因的增强子元件通常会使B细胞产生大量抗体，现在可诱导融合蛋白的大量转录，从而对含有融合蛋白的B细胞产生过度的促进增殖或抗凋亡作用。在伯基特氏淋巴瘤和套细胞淋巴瘤中，融合蛋白中的另一种蛋白分别是c-myc （位于8号染色体的位置上）和细胞周期蛋白D1 （位于11号染色体的位置上），这赋予了融合蛋白增殖能力。在滤泡性淋巴瘤中，融合蛋白为Bcl-2 （在18号染色体上），从而赋予融合蛋白抗凋亡能力。