湾民主国抗日失败后，台南士绅推举英国牧师巴克礼于1895年10月20日会见日军，翌晨引领入城、日治时期开始。在日本政府施政下，1900年11月29日台南至打狗间铁道开通，台南厅舍（后改为州厅）、地方法院等公家机关相继成立。稍后的市区改正、台南运河开通、台南驿改建，使台南有了现代化都市的雏形。1920年台湾市制实施，台南合併邻近地区如安平等地，设立台南州辖台南市，兼作州厅所在地，直至1940年代以前，台南仍为仅次于台北的第二大城市。
中华民国时期.1945年3月，台南市受到二战盟军勐