海军军令权属于作为幕僚长的陆军参谋总长。1903年12月，根据修改后的战时大本营条例（敕令第293号），在战争时期，陆海军的军令部门也保持对等的地位。1903年以勅令第294号为基础设立的军事参议院，是大日本帝国军中回复天皇重要军务咨询的国家机关。当天皇要进行军事咨询时，军事参议院会召开参议会并将意见上奏给天皇，但不允许军官独自上奏。当有海陆军不相互干涉的军务时，可只由陆军或海军的参议官进入参议会。军事参议院由议长、军事参议官、干事长，和干事组成。议长由军事参议官中一般由军事元老担任，当发生紧急事件时议