侨办将集美侨校成建制并入华侨大学，成立华侨大学（集美）华文教育中心。1998年，7月8日，成立了以化学与生物工程系、应用化学系、材料物理化学研究所为基础的化工学院。1999年，华侨大学（集美）华文教育中心升格，成为华侨大学集美华文学院。12月，吴承业出任华侨大学校长。2000年，工商管理系、旅游系、管理信息系、国际经济系合并成立经济管理学院。外语系和大学英语部合并成立外国语学院。4月，华侨大学男篮获得第二届CUBA联赛男子总冠军。5月，电气系、电子系、电脑系合并成立信息科学与工程学院。7月14日