正土司扎西吉村（罗进宝）、副土司郭宗扎保（扎巴吉村）都兵败被俘。赵尔丰对巴塘起义军进行残酷镇压，屠杀藏民数百人，尸体抛入金沙江。又将正副土司等起义军首领“剜心沥血，以祭凤全”。邻近的乡城人准备支援巴塘，又遭赵尔丰血腥围剿，屠杀僧俗一千二百余人，捣毁当地藏传佛教寺院，致使当地民不聊生。经此事变之后，巴塘、理塘二土司被赵尔丰强制「改土归流」，正式废除。