马来西亚段估计以高架线路居多。途经橡胶园、油棕园和小园主农业地的路段占70至80%，最长的高架桥长38公里。高铁将连接位于吉隆坡新街场空军基地旧址马来西亚城的吉隆坡终站和位于裕廊东（裕廊乡村俱乐部原址）的新加坡终站，并于布城、森美兰芙蓉市、马六甲爱极乐、柔佛麻坡、峇株巴辖和依斯干达公主城设立中途站。高铁将通过一座横跨柔佛海峡的大桥从马来西亚驶往新加坡。公交会主席赛哈密曾经在2013年表示，隆新高铁的时速可达350公里，每小时发一班车。马新高铁通车后将开设三种路线：接驳吉隆坡和新加坡的快捷直达服务、大马国内线