学联被质疑有固定意识型态，其社会议题的立场未必被多数学生认可。例如，学联多年来与「争取子女居港权家长协会」及「居留权大学」发起行动，代表大专生要求政府回应超龄子女来港团聚政策；学联又是支联会创会成员，变相支持支联会五大纲领之一的「建设民主中国」，引来本土派学生不满。据学联解说，秘书长只负责执行的，立场由院校学生会决定；罗冠聪竞选时却发表政纲。
学联架构不民主.学联架构违反权力分立原则，被指是苏维埃。学联常委会由首席代表组成，代表会由各校代表团组成；大多数院校的代表团却由首席代表