琅邪国无嗣，晋废帝封司马昱爲琅邪王，改以司马昱子司马昌明为会稽王。司马昱辞让，所以仍以会稽王号封琅邪王。次年，诏进司马昱为丞相、录尚书事、入朝不趋，赞拜不名，剑履上殿、赐羽葆，鼓吹及班剑六十人，司马昱又辞让。太和四年（369年），桓温第三次北伐大败于前燕和前秦联军，豫州刺史袁真不堪被桓温所诬要负上北伐失败的责任而叛变。司马昱在涂中与桓温会面，商讨随后的行动，以桓温子桓熙为豫州刺史。
登基为帝.太和六年十一月己酉日（372年1月6日），大司马桓温废黜晋废帝为东海王，率百官到会稽王