庆三年（1569年）3月，更改程番府为贵阳府，“贵阳”作为行政区域的名称。万历十四年（1586年）设立新贵县隶贵阳府。万历二十九年（1601年），升格贵阳府为贵阳军民府。万历三十六年（1608年），划新贵县、定番州地之一部分置贵定县，隶属贵阳军民府。天启二年（1622年），奢安之乱时，被围城达一年，城中军民男妇四十万，饿死几尽，仅余二百人。崇祯四年（1631年），以宋氏亲领洪边十二马头地置开州（今开阳县）。明末，贵阳军民府辖新贵县、贵定县、开州（今开阳县）、广顺州（今属长顺县）、定番州（今惠水县），