月21日，中华民国立法院通过《离岛建设条例》第18条，订明「为促进离岛（指澎金马地区）发展，在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先行试办金门、马祖、澎湖地区与大陆地区通航」（俗称小三通条款），条例于同年4月5日实施。2000年12月13日，中华民国行政院根据《离岛建设条例》通过《试办金门马祖澎湖与大陆地区通航实施办法》，以作为小三通的管理依据。并于2001年1月1日开始实施定点定时的客运船班。目前有「金门—厦门」、「金门—泉州」、「南竿—福州马尾」、「北竿—福州黄歧」的小三通固定船班。2008年，政