前两名球队组成。制度要求所有参加香港超级足球联赛的球队必须经营 13 至 18 岁的青年学院，并且可能以新成立的青年学院联赛取代现时的香港预备组联赛。因应《凤凰计划》重新设计，香港职业联赛首届赛事延至2014–15赛季开始，并且将2012–13年的甲组联赛升降制度由原先的升4降2，改为升3降1，即由2012–13年度甲组联赛的首9支球队，加上乙组联赛的前3支球队，组成最后一届香港甲组足球联赛的12支参赛球队，再将2013–14年甲组联赛的11支参赛球队加上乙组联赛冠军球队，组成首届超级联赛的12支参赛球