当地人心仍然不稳，朝廷遂以窦瑾以使持节、散骑常侍、都督秦雍二州诸军事、宁西将军、长安镇将，进封毗陵公。窦瑾自出镇长安至后来受征回朝任殿中、都官尚书，散骑常侍前后共达八年之久，在当地人心中颇有威信及恩德。而回朝后窦瑾也很得太武帝亲任，对他的赏赐亦很丰厚。太平真君七年（446年），太武帝亲自统军镇压关中的盖吴起义，窦瑾就作为先锋去宣谕，讨平了巴氐及羌族的酋领，并降服了数千家，其余不肯降服的都尽数诛杀；另外又于五将山收降了蛮族首领仇天尔等共三千家。同年盖吴起义被镇压，窦瑾就留镇长安。后召回平城再任殿中、都官尚书，