文系毕业后留校，担任浦江清所设“元明清文学史”课程之助教。1958年，傅璇琮参加了一个以乐黛云为首的青年文学团体并准备创办一个名为《当代英雄》的“同人刊物”，后因此被认定为“反党小集团”，被划为“右派”。傅璇琮于同年3月因反右运动离开北京大学，被调入商务印书馆。
编辑与治学.傅璇琮进入商务印书馆后，被辞书编辑专家吴泽炎安排重编清代李慈铭的《越缦堂读书记》，为之重新标点断句并从作者日记中拾遗补阙。1958年六七月间，商务印书馆古籍编辑室取消而成立《辞源》编辑室，吴泽炎留下主持《辞源》