2年），长沙王司马乂击败掌权的齐王司马冏，以太尉、都督中外诸军事的身份辅政掌权。时在洛阳的谢鲲被人中伤，声称他将回避司马乂而出奔。司马乂于是就要鞭打他，但谢鲲竟主动脱衣受罚，没有一丝不满神情。获司马乂赦免后又不见喜悦。东海王司马越听闻谢鲲的名声，辟谢鲲为掾，但不久就因家僮犯事而被牵连免职。事后司马越又再辟他为掾，后转参军。但谢鲲见当时国家混乱，于是因病离职并到豫章郡避乱。后来，时任左将军的王敦任用他为长史。建兴三年（315年），杜弢的叛乱被平定，领导平乱的王敦因功获升任镇东大将军，谢鲲亦被封为咸亭侯。谢