1587年被波兰贵族议会（瑟姆）的多数派选为波兰立陶宛联邦的新任国王，并在大贵族扬·扎莫厄斯基（时任立陶宛首相盖特曼）的支持下，派兵攻击另一位王位竞选者——哈布斯堡王朝大公马克西米连三世。当1588年马克西米连与支持他的波兰权贵，试图攻佔当时的波兰首都克拉科夫时，扬·扎莫厄斯基领军在贝奇纳战役中大败马克西米连并将其俘虏，使其放弃对王位的要求。1592年11月17日，当父亲约翰三世死后，信仰天主教的齐格蒙特三世获得瑞典议会支持，即将继承新教瑞典的王位，亦代表波兰-立陶宛-瑞典的共主联盟可能会即将出现。