瑞丽”命名的植物有24种，包括瑞丽蓝果树、瑞丽紫金牛、瑞丽山龙眼等。1977年至2000年，德宏州高等植物调查组对瑞丽高等植物展开调查，查明瑞丽共有高等植物284科、943属、3,733种，包括国家保护植物45种、省级保护植物24种，国家一级保护植物有华南苏铁、银杏等。瑞丽的村寨周边多种植榕树，榕树喜生气根，形成“独树成林”的景观，芒令村的独树成林已开发为旅游景区。瑞丽市西北部的南畹河自然保护区是云南省级铜壁关自然保护区的一部分，面积70.47平方千米，保护对象是热带雨林和亚热带植物群落以及境内的国家保护动