南薰殿内的明间、次间各设朱红漆木阁，分为五层，安奉历代帝王像。每轴画像均采用黄云缎夹套包裹，装入枬木色小匣内，按照阁的层次分别安放。南薰殿的东室安奉历代皇后像；西室置有一木柜，贮放明朝帝后册宝。南薰殿内的木构及彩画均是明朝的遗物。南薰殿内明间有清朝干隆帝《御制南薰殿奉藏图像记》卧碣，文中记载了南薰殿内尊藏自太昊、伏羲以下的帝王贤臣画像（卷、册、轴）121份，所绘大小人像583名，其中帝后像为黄表朱里，臣工像为朱表青里。