年12月，日本挥军香港，香港保卫战一触即发。在战事期间，蒋法贤响应港府动员参与民事医疗防卫工作，并在香港大学本部大楼临时搭置的大学救济医院负责诊治伤员，直至香港在同年12月25日沦陷为止。香港沦陷后，蒋法贤在日治政府指令下，在1942年初被派到雅丽氏何妙龄那打素医院担任助理院长及司库，该院当时被改称为「市民医院」，且隶属于日治政府卫生课，是日治时期香港唯一一所民事医院。一直到1943年1月，他才获准卸去医院的职务，恢复私人执业。1945年8月日本无条件投降和香港重光后，英国恢复对香港的殖民管治，港府以蒋法贤