和袖廊都不得不废除。次年拆除正式实施，修道院因此仅余中殿，修道院本身也变成了坎特门农的教区教堂。1570年至1573年间在修道院东部建起了新的山墙，挡住了两扇窗户，而原来位于东部的皇家墓地也搬到了南部的新址。1686年，詹姆斯二世在荷里路德宫建造了耶稣会学院。次年其集会地点搬到坎农格特苏格兰教会，而荷里路德宫则变成了皇家罗马天主教礼拜堂及蓟花勋章礼拜堂。 根据詹姆斯·史密斯的规划，在修道院的安装了雕有蓟花勋章的座位，雕刻师是格林林·吉本斯。然而随着1688年的光荣革命，爱丁堡的暴徒再次洗劫荷里路德修道院