生在匈牙利王国，波佐尼——前匈牙利首都（今布拉迪斯拉发）。约翰·塞格纳的祖先是在匈牙利王国时期从施蒂里亚来到了普雷斯堡；十八世纪，他曾在普雷斯堡、杰尔、德布勒森学习，1725年进入耶拿大学。1729年获得医学证书后回到普雷斯堡，在那里及德布勒森开始了从医生涯。1732年为获取硕士学位，他又重返耶拿大学。1735年塞格纳成为首个数学教授，并在哥廷根大学获得了一个职位。 1755年，他又成为哈雷大学教授，在那里，他建立了一所天文台。约翰·塞格纳是那个时代最有名的科学家之一，是柏林、伦敦和圣彼得堡等多个学