宽永11年（1635年），制订「老中职务定则」和「若年寄职务定则」，同年升任为从四位下。宽永12年，改革寺社奉行制度。宽永14年（1638年），岛原之乱在肥前国岛原藩和肥后国天草郡爆发。起义军击败了前来镇压的3000人武士军队，并包围了藩吏躲藏的富冈城。后听说幕府军队正在前来，遂退守岛原南部原所领的原城。幕府军总大将三次发动进攻，其后因为焦虑而向敌人急攻，经过三次的攻击后，板仓本人战死，副将重伤。信纲原与户田氏铁负责战后处理工作，却因此接任总大将一职。接任后改以围城，等待起义军弹尽粮绝，同时请求荷兰军