幼年居于京都御所以及东宫御所。1868年（明治元年）8月27日，按其继承顺位，睦仁亲王以年仅16岁之龄即位为天皇，是为明治天皇。在1869年3月28日第二次行幸东京后，将皇室自京都迁移至东京城，之后的历代天皇皆以东京城做为皇居。按1889年颁布的《大日本帝国宪法》，明治天皇作为名义上大日本帝国陆军与大日本帝国海军的最高指挥官。1895年2月，明治天皇按《马关条约》，成为台湾群岛和澎湖群岛的最高统治者。1910年8月22日，按《日韩合併条约》，大韩帝国皇帝李坧将皇位及朝鲜半岛的统治权让予睦仁，睦仁成为大韩皇帝