南的乙训郡，大致为现在的长冈京市（南栗冢遗迹）和向日市上植野町。清和天皇贞观3年（861年）6月7日，国府再转移到乙训郡的河阳行宫。河阳行宫为嵯峨天皇所建造，目的是为了抵御外敌入侵，而政治会议亦在这里召开，位置大致为现在的乙训郡大山崎町。最初设有国司山城守，鎌仓幕府时期山城国设有守护所，最初由京都守护兼任山城国守护，承久之乱后，1221年～1333年 六波罗探题兼任此职，守护所也成为了六波罗。宇治河为边界，在室町时代初期以侍所兼任，后仍设守护，将上面三郡和下面五郡割开，将山城国一分为二后，上面三郡的