入民主进步党，1992年当选民进党不分区国大代表；1993年陈永兴获得总统李登辉提名为第二届监察委员，但未能当选；1993年陈永兴代表民进党参选花莲县县长，以四万五千票的高票败北。1995年陈永兴于花莲县当选第三届立法委员。陈永兴担任立法委员期间，对台湾教育改革、教科书改革以及保存台湾文化、台湾影像都有重大贡献。1998年陈永兴退出民进党，加入新国家连线并于花莲县竞选连任，但是与民进党提名的游盈隆一同落选。之后陈永兴在高雄市市长谢长廷邀请下出任高雄市政府卫生局局长，陈永兴在局长任内曾经因为拒绝关说而被人