正德八年（1513年），葡萄牙人佔据「」建立根据地，有指「屯门岛」即现时的内伶仃岛，但至今尚无定论。正德十三年（1518年），明朝水师进攻，破坏该根据地，史称屯门海战。嘉靖元年（1522年），于茜草湾对出的海域，明朝水师再大破葡舰，史称茜草湾之战。在清朝，内伶仃岛隶属新安县。1898年，清廷与英国签订《展拓香港界址专条》，深圳河以南的宝安县地方均被纳入为英国租界范围，理论上亦包括内伶仃岛，然而英方以该岛远离香港岛和九龙半岛为由，并没有接收内伶仃岛和其南面的万山群岛。1950年4月，中国人民解放军第4