君慧任秘书长，隶属于行政院。成立时宣布其职责与抗日战争爆发前国民政府的全国经济委员会一致。1943年1月，南京最高国防会议决定将全国经济委员会改组为最高经济审议机关，归国民政府直辖，由行政院长汪精卫任委员长，华北政务委员会委员长王揖唐、行政院副院长周佛海任副委员长，并以外交、财政、实业、建设、粮食各部部长以及华北财务、实业、建设各署督办担任委员会的当然委员。同时陈君慧仍任秘书长，并成立顾问室与经济调查研究所，聘请日本人担任最高经济顾问。1945年随汪精卫政权的垮台而解散。