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中世纪发展.1490年弗莱堡大学转交给哈布斯堡王室成员管辖，成为奥地利继维也纳大学后的第二所大学。像中世纪的其他大学一样，弗莱堡大学初设四大科系：神学、哲学、医学和法学。首届学生人数为140人。当时的哲学教育包括所谓“自由七艺”（文法、修辞、逻辑、算术、几何、音乐和天文），为所有学生必修科目。在哲学系拿到文学学士，是学生在其他三个科系进修的先决条件。当时约翰·罗伊希林、法学家乌尔里希·查修斯（Ulrich Zasius）等人在弗莱堡大学执教。弗莱堡大学的课程收录于格雷戈尔·