屈居两支南韩球队天安一和天马及浦项制铁而分组赛出局；1998年为2002年世界盃足球赛而兴建的横滨国际综合竞技场，这座全日本容纳人数最多的多用途体育场自此成为横滨水手的主场馆。当时球队拥有两位前西班牙国脚佳高查及沙连拿斯以及玻利维亚国脚巴尔迪维索，加入城彰二、松田直树及中村俊辅三位有潜质的年青球慢慢崛起成为主力，最终联赛取得殿军。
横滨飞翼合併（1999年－2002年）.1999年对横滨水手来说是特别的一年，同市球队横滨飞翼由于有球队投资者撤走资金，球队最大的赞助商全日本空输与日产