日本、中国等国移民巴西，在日裔巴西人宫坂国人的协助下，日侨移民到了巴拉圭的巴拉瓜里省，建了一座拉科尔梅纳镇，开始发展农业，种植蔬菜水果。第二次世界大战爆发后，两国于1942年1月28日断交。1945年2月7日，巴拉圭对日本宣战。1951年9月8日，旧金山和约签订，日本与巴拉圭均参与签订了合约，后日本于1951年11月28日批准该和约，两国于1953年1月15日复交。 1956年两国关系升格为公使级，日本也在巴拉圭建立了公使馆，并于1961年升格为大使馆。第二批日侨移民开始到巴拉圭南部伊塔普阿省的皮拉波和拉