住民部落已大幅减少，仅余搭搭攸社、毛少翁社及北投社三社。到了同治年间（1862年－1874年），北台湾人口已更为密集。此时淡水厅管辖六乡、十二堡、三百四十一庄，位于今台北市境内的有：而位于今台北市境内的原位民部落则有雷里社、搭搭攸社、毛少翁社及北投社四社。
隶属淡水县时期（1875年－1895年）.1875年（光绪元年），北台湾增设台北府，管辖大甲溪以北直达后山，下设三县一厅。原淡水厅以头重溪为界拆分成淡水、新竹两县，东北部另置基隆厅。府治初设于竹堑，1878年（光绪四年）