组壊灭而潜伏于京都、1864年长州藩发动禁门之变、于是他指挥长州军的忠勇队而有活跃的表现。不过无论如何，内藏太都确实倾向于尊皇攘夷、还展开各种活动。1865年、坂本龙马创立龟山社中、内藏太入社并且和龙马一起尽力于海军的创设。不过1866年、从长崎到萨摩藩的小型帆船・Wild Wave号在回航途中遇到台风、内藏太因此和Wild Wave号一样遭遇船难而死。享年26岁。由于英年早逝、当龙马听到自己所期待的继承者的内藏太过世时、发出了「你竟然比我还要先死。如果你比我先活着的话、我死了之后还有你可以继承整个