任中共陕西省委第一书记、陕西省军分区第一政治委员；后又当选第五届陕西省人大常委会主任。任职期间，马文瑞主持了全省的拨乱反正工作，争取到拨款整修西安城墙；并于1983年，首次提出在咸阳原空军专用机场旧址，兴建新西安机场。1984年5月，在全国政协第六届委员会第二次会议上，马文瑞被增补为全国委员会副主席；从此离开陕西，但对陕西工作仍时时关注。并于1988年，连任第七届全国政协副主席，同时兼任政协法制委员会主任。1990年初，和彭真等人倡议并成立了中国延安精神研究会；当年5月，被选举为首任会长。