之时琉球已沦为日本萨摩藩的附庸国，因此有人认为此事系杜撰。中国学者陶元珍亦是日琉同祖论的着名反对者，称「琉奸向象贤伪造出日人源为朝乃舜天王之父的谬说」，「实极可恨」。而在日本江户时代，又有另外一种「日琉同祖」的说法，认为琉球人也是中国古籍中所提到的「倭人」的一支。这种说法于1719年由新井白石提出。在《南岛志》的总序里，认为《山海经》与《海外异记》二书中提到的「南倭」即是琉球，并以一些琉球的歌谣和古语进行论证。在写于1781年的《冲口发》中，藤贞干更是认为琉球惠平也岛的天孙岳（今伊平屋岛的）是日本神话中