一生爱好释教，笃信“三生”、“转世”之说，又痛斥狂禅。钱谦益曾着《楞严经疏解蒙钞》（收入《卍续藏》第13 册） 、《般若心经略疏小钞》（收入《卍续藏》第26册） 、《金刚般若波罗蜜经颂论疏记会钞》；编定《紫栢尊者别集》（收入《卍续藏》第73册）；订正宋濂着、袾宏辑的《护法录》（《嘉兴藏》第21册）。其中的《楞严经疏解蒙钞》曾获梁启超称赞。入清之后，钱谦益努力在创作中塑造“遗民僧”的形象，以寄托故国之思和恢复之志，如“四钵尚擎殷粟米，七条还整汉威仪”。在参加反清复明运动时期，钱谦益认为“西方极乐国土之