常重视学生的品格教育，既不具有种族偏见，也不禁止学生使用母语，尊重台湾文化，关心毕业生并以他们的成为喜悦，影响了刘荣春等台湾医生。1909年2月23日，高木友枝视察欧美各国，4月1日创设台湾总督府研究所并任所长，任内做的总结报告共179篇，其中35篇白蚁研究、30篇医学研究、114篇化学研究。到了1910年，在台湾因鼠疫而死的已降到18人。1911年2月18日，他参加德累斯顿万国卫生博览会，发表过去十多年台湾医事卫生改善状况，出版介绍台湾卫生的德文着作《》。1912年前后，台湾总督府准备逮捕从事抗日