来亚海军一度扩充到1450余人，主要支援同盟国军队在印度及太平洋的行动。随着日本战败投降，马来亚海军仅剩余600余人，而且由于战后资金缺乏，1947年马来亚海军曾一度被解散。
马来亚皇家海军的成立.1948年12月24日，马来亚紧急状态期间马来亚海军又恢复运作。1949年3月1日，马来亚海军部队（）条例正式由殖民政府颁布，并以新加坡兀兰为基地。这一时期，马来亚海军部队的主要任务是进行海岸巡逻，防止马共游击队从海外获得补给。此外，马来亚海军部队也负责新加坡等港口防务。1952年8月，