登辉表示，林毅夫事件的根源在于台湾的教育失败，林毅夫当时被教育成爱台湾也要爱中国才有今天的悲剧，这就是台湾认同的问题，并认为林毅夫事件就是台湾教育失败的最好例证。再谈到，是否赞成让林毅夫回台湾奔丧，李登辉但却点出这个问题中更深沉的问题，就是台湾认同。他以圣经中摩西带领子民回迦南地建立新国度的故事，比喻有些人到了新半岛，却还不认同自己是神的子民。李登辉强调，台湾认同的问题需要做更大的教育改革。
国防部方面.1979年5月28日，二八四师政战主任李醇典奉命率员到宜兰林家说明，当时就告诉