20日，新政府军发动箱馆总攻撃，蟠竜丸折返，于折返途中击中新政府军朝阳丸的炸弹储存库，朝阳丸因此被击沉。这次事件一度令旧幕府军士气变得高昂，但不久后蟠竜丸就沖进了浅水区并且触礁。箱馆湾海战结束，明治新政府获胜。虾夷共和国在这场战争当中失去所有军舰，制海权也因此被新政府军所控制，于是战争舞台转为到陆地上。于6月27日，虾夷共和国正式投降，戊辰战争结束。