二十一年（1542年）授直隶常州府宜兴县知县。历改宁津、曲周，擢户部主事，历升工部郎中，迁宁国府知府。广东、江西盗起，朝廷擢逢时为广东兵备副使，与参将俞大猷镇压。隆庆初年（1567年）改宣府口北道，加右参政。不久，擢右佥都御史，巡抚辽东。四年正月移大同巡抚。与俺答斗智，俺答遣使定约，方逢时以功进兵部右侍郎兼右佥都御史。旋即因丁忧归里。万历初年（1573年）起故官，总督宣、大、山西军务，与王崇古共决大计，首尾共济，边境安定。累进兵部尚书兼右副都御史，仍任总督，加太子少保。不久，代崇古为尚书，署吏部事，加太