在690年去世，年仅二十八岁，持统乃即位。697年让位，改称太上天皇。《万叶集》中有其所作诗歌。死后葬奈良县高市郡明日香村桧隈大内陵。她在位时真正奠定三神器一说，之前由忌部氏上二种神器。
万叶歌人.持统天皇现存一首收录在《万叶集》卷一‧二八的和歌，此和歌同时收录于《小仓百人一首》：