发兵，但是周尚文没有参加，被弹劾罢免。之后，仍然起用为山西副总兵，并在偏头关袭击蒙古，以总兵官镇延绥。后与巡抚贾启不和，被罢免。之后起用在固原黑水苑成功抵御吉囊，任都督同知。嘉靖二十一年，周尚文被举荐，担任东官厅听征总兵官兼佥后府事，与严世藩交恶，后严嵩调解。之后担任大同总兵，抵御吉囊并杀其子满罕歹，追至凉城。周尚文遂进右都督，镇守宣府西阳和至大同开山口，进左都督，加太子太保。后因反侦察俺答汗偷袭，加太保，廕子锦衣世千户。他也因此成为明朝唯一的一位总兵加三公头衔者。此后数年中，镇守大同的周尚文屡次和