而将萧壠改名为「佳里」，并设置「佳里庄」，划归台南州北门郡管辖，为郡治；1933年12月升格为「佳里街」。战后改设为台南县佳里镇，2010年12月25日改称佳里区。
萧垄屠杀事件.因日本某亲王（据说是北白川宫能久）于台南盐水被暗杀，当时军队行经萧垄，而导致于1895年农历9月3日萧壠居民被血腥屠杀，死亡人数据达两千人。当时的生还者回忆：「事后，庄民前来收尸，整整装十八辆牛车之多，由于死亡人数太多，连棺木都一棺难求。」因此佳里区在每年农历九月三日，有祭拜因走番仔反而牺