是委託当地政府管理：前镇渔港（高雄市政府）、南方澳渔港（宜兰县政府）、八斗子渔港及正滨渔港（基隆市政府）、新竹渔港（新竹市政府）、梧栖渔港（台中市政府）、东港盐埔渔港（屏东县政府）。
附游艇码头之渔港.游艇得申请停泊于高雄市兴达渔港、鼓山渔港及旗津渔港、基隆市八斗子渔港（碧砂港区）、新竹市新竹渔港、台南市安平渔港及将军渔港、台东县新港渔港及金樽渔港、澎湖县七美渔港及吉贝渔港等十一个渔港。
其他类型.除了上述港口外，台湾另有交通船码头、游艇港