命军总司令部机要秘书。1926年7月，蒋中正发起北伐，毛庆祥同出征。1927年，北伐军攻克南京，毛庆祥见北伐军势如噼竹，自己已没有大用，遂自主辞职，回到浙江，在浙江省建设厅工作。1929年，应召返回南京，出任国民政府建设委员会技正。1930年，调任国民政府秘书、主席办公室秘书，再次成为蒋中正贴身幕僚。1932年，蒋中正常驻南昌期间，出任国民政府军事委员会南昌行营办公厅机要室主任，并兼任蒋的贴身侍从秘书。1935年3月，出任国民政府军事委员会委员长侍从室第二处第四组上校组长。1936年，随蒋中正赴西安，当