朝内所畏惧。后迁右衞将军、司雍秦梁四州大中正。又历任尚书、侍中，领左衞将军及吴国内史，领太子詹事。太元十一年（386年）迁尚书右仆射。因司马恬既是宗室又有功勋及名望，更有才干，故深得晋孝武帝器重，于是在太元十三年（388年）四月迁都督兖州、青州、冀、幽、并、扬州之晋陵、徐州之南北郡军事，假节领镇北将军、兖青二州刺史。太元十五年正月乙亥日（390年2月26日），司马恬逝世，朝廷追赠车骑将军，谥号为敬。