1946年4月起，白希清赴长春、哈尔滨、佳木斯等地筹建东北大学并任副校长。1947年7月任东北行政委员会卫生处副处长。后卫生处改为卫生委员会，他改任卫生委员会副主任委员。1948年东北行政委员会改称东北人民政府，他改任东北人民政府卫生部副部长。中华人民共和国成立后，1950年白希清加入中国国民党革命委员会。1954年调往北京，任中央卫生研究院副院长。1957年任中国医学科学院副院长、党委副书记。1978年起，担任中国医学科学院学术委员会副主任委员。1979年任中华医学会会长、党组书记。白希清是第一至三届