钖范与郑哲顺绞死，史称东宁之变。明郑时期结束，进入台湾清治时期之后，台厦道道员周昌也曾于清康熙二十五年（1686年）在此地建亭筑室，但不久就任满回京，该园又废。
建寺.1690年（康熙二十九年），台湾总兵王化行与台湾兵备道王效宗认为台湾缺少佛寺，遂在此兴建寺庙，因为是位于柴头港溪入海之处，所以命名为「海会寺」，而因为该寺为台湾第一座官建佛寺，便循唐玄宗所开之例，又称「开元寺」。到了1750年（干隆十五年），巡道书成重修该寺，且因该寺多石榴又是禅宗流派临济宗在台湾的本山，便改寺名