归中华民国政府后设金门县司法处，审判官由福建高等法院派员担任，当时院检不分，司法处之检察事务系由县长兼理。
1949年迄今.原先司法处系于金城镇旧基督教堂办公，后于1949年另建筑院舍在清朝县丞署及育婴堂旧址之部分基地。惟同年中国共产党军队于国共内战中一连串的胜利后南进福建，占领大嶝及小嶝，金门司法人员逃离，业务停顿，至1950年7月始行恢复，而处址则为军方使用。1952年1月，县司法组织条例重新制定，删除于县政府设立县司法处之规定，然金门县司法处直至1956年3月始正式改制为福