船只上使用以辨别所属国籍的旗帜叫做船旗（Ensign）。和陆地上类似的是，船旗也具有三种类型：民船旗，政府船旗和军舰旗。一些国家的船旗和国旗完全相同。然而另外一些国家，例如英国和日本使用特别的旗帜作为船旗。大多数国家没有更为具体的船旗，但英国例外。红船旗作为民用旗，白船旗作为海军旗，蓝船旗为政府所属非军用船只使用。对于军舰而言，另需悬挂舰首旗(Jack)，通常与国旗图案相关。
地区性旗帜.大多数国家的行政区都有自己的旗帜（省旗、州旗、郡旗、县旗、乡旗、村旗、镇旗、区旗），上面通