帝国管辖的自由城市丁克尔斯比尔和多瑙沃特以来，他一直与神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世发生争执，腓特烈三世任命勃兰登堡-安斯巴赫藩侯阿尔布雷希特三世为帝国总督讨伐路易九世。1462年7月19日，当阿尔布雷希特三世试图扩大自己在对法兰克尼亚的影响力时，路易九世在京根战役中击败他。1462年8月23日，在纽伦堡签署停战协定。最后，路易九世于1463年在布拉格与皇帝腓特烈三世达成和议，多瑙沃特归于神圣罗马帝国，争端才得以结束。路易九世驱逐所有拒绝接受洗礼的犹太人出公国。1472年，路易九世在因戈尔施塔特创立因戈尔施