仍受邀进入陈水扁竞选总部担任公投议题顾问，协助处理公投的论述。2004年陈水扁连任成功，周奕成形同被排除在核心之外，仅以熟悉国际事务及台湾民主化历史而出任台湾民主基金会主任，主持民主外交事务。周负责筹备美国前总统柯林顿、捷克前总统哈维尔、韩国前总统金泳三等人访台演讲，并筹组亚洲民主化世界论坛（World Forum for Democratization in Asia）等。2005年，谢长廷提出「和解共生论」，主张政党之间与两岸之间的和解与合作，幕后执笔者即为周奕成。谢长廷出任行政院长，周奕成一度