庶佑出生于日本京都府。为配合父亲的医生工作，童年在山口县宇部市度过。从毕业后，考入了京都大学医学部。大学时代，本庶结识了中西重忠（现知名生化学家）。在父亲与生物学家的建议下，本庶进入早石修门下学习。1966年大学毕业后，在作实习生。翌年考入京大医学研究所生理系专攻，早石修门下的西冢泰美是他的博士指导教授。研究生在读期间，本庶同时通过了。1975年取得医学博士（京都大学）。前述的早石、西冢教授，也是日本第一、第二位沃尔夫医学奖得主。
职业生涯.完成学业后，本庶曾在京都大学、东