希腊语ὕδωρ（"hydor" ：水）和χοίρος（"choiros"：猪）。系统发生学研究显示水豚属与岩豚鼠属有较近的亲缘关系，因此都被放在豚鼠科下。Woods 和 Kilpatrick 将其分在水豚亚科下，水豚亚科和岩豚鼠属在1200万年前的中新世中期开始分别进化。