越南的沦亡，都是我们记忆犹新惨痛的教训。今天我们不能做一个为自由而奋战的斗士，明天我们就会沦为漂流海上的难民。」同年12月，台湾爆发美丽岛事件，国民党政府借由事端大量剷除台湾反对党力量。孙运璇虽是技术官僚出身，却也不免卷入此政治事件。例如在立法院遭到党外立法委员的质询，他就曾说：「高雄暴力事件绝非官民冲突事件，而是少数分裂分子殴打执行公务的宪兵与警察。……根据军事审判机关起诉书，其中八名有叛乱罪嫌，依法军事审判；其余无叛乱罪嫌者，全交由司法审判。本案现在已进入司法程序之中，行政部门自当尊重司法独立，由司