由台湾渡行至厦门，化名「林保源」（树林保住其源，即「根本」之意也），做为汤恩伯的第5军管区司令官顾问，任命为中将。汤恩伯礼遇根本博，并以日文称他为「顾问阁下」，言听计从。由于国军在中国大陆战场连连失利，根本博向汤恩伯建议，将国军撤退到舟山群岛、一江山、大陈岛、金门与马祖，拉长与共军的战线，保障台澎，并伺机反攻，获得蒋中正的肯定。同年10月1日，中国共产党成立中华人民共和国。不久，厦门失陷，国军演变为必须在金门岛决战，根本博也着手策划堑壕战。10月9日至10月15日爆发大小嶝岛与角屿战役。根据第四十五师师