得了土耳其国籍，东京土耳其人协会为重建清真寺，把土地捐给土耳其政府，并委托土耳其政府重建。 土耳其以该国宗教局为首，成立了建设基金，从土耳其募集捐款，除了水、水泥和钢筋外，所有建筑材料和装饰品都从土耳其运来。清真寺由墨哈莱姆‧希尔米‧塞纳尔普设计、鹿岛建设承建。1998年6月30日动工，2000年6月30日竣工开放。
管理.大清真寺隶属于土耳其驻日本大使馆，水电费等由土耳其宗教局承担，清真寺的伊玛目也由土耳其宗教局派遣。清真寺也负责传播伊斯兰文化和土耳其文化。平时免费开放予非穆