曼达鳄与其他三属。在1965年，艾伦·查理格等人的蜥臀目研究中，提出曼达鳄可能是原蜥脚类的祖先，这个假设目前已被否定。在1993年，J. Michael Parrish的鳄型踝关节类（Crocodylotarsi）亲缘分支分类法研究中，提出曼达鳄是欧洲铁沁鳄的次异名，理由是曼达鳄、铁沁鳄的颅后骨骼部分极度类似。