。这些叛乱从1979年4月开始，持续多个月，甚至断年计，视乎地区而定。当中最惨烈的是库尔德族起义，由KDPI发起，持续到1983年，造成10000人死亡。1979年夏，新宪法给予霍梅尼一个权力庞大的职位——最高领袖。制定出掌管立法和选举的宗教化宪法监护委员会。新宪法于1979年12月公投通过。从1988年7月19日开始，历时约五个月，政府在全伊朗系统地处决了数千名政治犯。这事件一般称之为「1988年伊朗政治犯大屠杀」。主要目标是伊朗人民圣战者组织（PMOI）成员，虽然也有少量来自其他左翼政党的政治犯