分歧，历史是另一个不能忽略的问题。东正教11世纪和天主教分裂以后，一直也不承认罗马教宗的权威，并认为天主教远离了初期教会的传统；而新教和天主教在宗教改革之后一直存在冲突（例子有三十年战争和其他宗教战争，冲突长达数百年），也叫不少新教徒难以接受天主教。在北爱尔兰，新教徒和天主教徒过去的流血冲突已清楚说明了两者的历史分歧是一大障碍。其他的矛盾因素，在宗座促进基督信徒合一委员会的主席枢机主教卡斯帕的一段话中可见一斑。卡斯帕曾表示：「从一方面看，一些古老的对立已经被克服，彼此变得比较接近。从另一方面看，新的歧见又