向政策的期待，将招收名额增加为300人。台南商专前三年报考预科人数相当多，分别为291人、749人、632人，然而实际入学的只有40人、44人、81人，离招收名额仍有段距离，亦显示当时报考者普遍学力不足的情形。然而在1922年，台湾总督府为了因应内地延长主义政策的同化教育，修正《台湾教育令》以实施日台共学制度。此法令的修改，使总督府直辖的两所商业类实业学校略嫌多余，故当局遂决定将台南商专废校，在同年公告废校并停止招生。在1925年3月，最后一批学生（1919年预科入学的一年级生）毕业后，台南商专废校。