执教后，朱兆基近乎踢足每场赛事，更于2017年4月1日作客以6–1击败港会的联赛取得加盟后的首个入球，而南华高层更于季中向他提出续约，本应打算踢多一年便在南华挂靴的他在洽谈续约期间被球队管理层突然暂停倾约，虽然37岁的朱兆基在5月14日对前球会杰志的足总盃决赛踢足全场并顶入一球，但最终球队仍以1–2落败，再次四大皆空，不过朱兆基却于赛后当选决赛最有价值球员，以表现证明自己仍有能力续战职业联赛。季尾，南华宣佈经重新检视球队近年发展后决定来届退出港超联及转战甲组联赛，培育青年球员，朱兆基经向其他球队叩门后可