不同细胞所表达的不同蛋白质来区分它们。在免疫沉淀法中，也通过单克隆抗体来分离细胞溶解物中的特定蛋白及其结合物。此外在西方墨点法中用来分析通过电泳法所分离出来的蛋白质，以及在免疫组织化学染色法或免疫荧光染色法中检验分析待检验组织中所表达的蛋白质，甚至通过显微镜直接观察蛋白质在细胞中的分布情况。酶联免疫吸附试验（ELISA）及酶联免疫斑点（ELISPOT）等检测技术甚至可以通过单克隆抗体来对特定蛋白进行定量分析。
结构预测.抗体对健康及生物技术工业的重要性导致了对其高分辨率结构的知识的