年间只存山门、大殿，还有十多座木胎神像仆倒于地。庚子（1900年）之后，仅存废墟。1920年，中华民国北京政府将崇元观改建为陆军大学。1931年九一八事变后，此处改为冯庸大学。后张学良将该校更名为东北大学，并亲任校长，曾在该校内设飞行训练大队，训练飞行员。文化大革命时期，在此处挖防空洞，还曾挖出两个飞机头。抗日战争时期，日本占领北平，此处为日军修械所。一说此处为日军宪兵队，折磨市民，侮辱妇女。中华人民共和国成立后，修缮此处房屋时，曾挖出少女骨架一副，即为罪证。抗日战争胜利后，此处为华北中学，该中