选举期间，梁柏薰指控陈哲男收取不法政治献金，假借要帮他摆平官司，却不办事。台北地检署开始侦办。2006年梁柏薰回国投案，检方将陈哲男依贪污罪嫌起诉。
被监察院弹劾.2008年11月14日监察院召开审查会以10票对2票通过弹劾陈哲男，并送交公务员惩戒委员会。主查监委周阳山表示，弹劾陈哲男三项理由，第一，接受高捷外劳仲介业者招待，未经请假擅自出国，并与前高雄捷运副董事长陈敏贤涉足赌场等不当场所；在国策顾问任内，也未经报备，两度赴越南旅游；第二，指派总统府会计处专员高慎慎在上班时