屡建战功，担忧不被刘裕所容，于是率军至江陵与司马休之共同抵抗刘裕。原本宗之子鲁轨击败了徐逵之等人率领的前锋，但鲁轨及司马文思无法阻挡在马头（今湖北公安县东北）的刘裕主力渡江，反而自溃，于是刘裕一举攻下江陵，司马休之及鲁宗之北走，只有鲁轨留守石城（今湖北钟祥县）。不久，赵伦之及沈林子攻石城，宗之及休之来不及救援，只得和鲁轨北走襄阳，但留守襄阳的参军李应之背叛宗之，鲁宗之于是举家与司马休之等人一同投奔后秦。因鲁宗之向来得人心，人们都争相护衞他出境。后秦天王姚兴对鲁宗之授官。义熙十二年（416年），命鲁宗之进