由于菲律宾西南部的摩洛人叛乱，导致沙巴州东部地区多年来成为摩洛民族解放阵线等分离主义组织的目标，包括实行掳人绑架和勒索。自2001年以来，马来西亚一直是菲律宾政府与摩洛民族解放阵线之间和平进程的第三方促进者，马来西亚也通过维和行动支持菲律宾抵抗与阿布沙耶夫，摩洛伊斯兰解放阵线对棉兰老岛的叛乱。2014年3月27日，菲律宾政府宣布与摩洛伊斯兰解放阵线签署一项历史性和平协议，即（CAB）。在马来西亚的推动下，该协议将建立一个自治的邦萨摩洛政治实体，其规模大于当前棉兰老岛的穆斯林自治区。马来西亚政府也