1549年，基督宗教中的罗马天主教传教士进入日本，至17世纪初，教徒大约有75万人，而后德川幕府为了巩固统治，实行禁教政策，规定日本人必须要皈依佛教宗派，此刻日本人自认是佛教信徒，无论是实际上或是名义上。基督宗教教派直到19世纪后期，美军强制日本的江户幕府开放贸易与外交的黑船来航事件以后，传教活动才再次兴盛于日本，现在日本正式的基督徒不超过总日本人口的1%。
伊斯兰教.日本伊斯兰教穆斯林主要是来自亚洲其他国家的小型移民社群。根据估计，2008年日本80-90％的穆斯林是来自印度