安东贞美总督说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。这不只是我们统治的失败，亦是教育的失败。」将余清芳比为义和团；但二次大战后，中华民国政府将余清芳为抗日烈士，入祀忠烈祠，在台南忠烈祠立神主祭祀，并设碑纪念。事件结束后，西来庵即被总督府下令拆毁。台湾话俚语曰：「余清芳，害死王爷公。王爷公无保庇，害死苏阿志。苏阿志无仁义，害死郑阿利。」就是在讲述此事。
作品.
《食生芎蕉二首》.序