山地面积广大。地势南高北低。最高点天山博格达峰海拔5445米；最低点勐进水库海拔490.6米。山地面积占总面积50%以上，市区平均海拔800米。河流共有46条，均系内陆河，以冰雪融水补给为主，水位季节变化大，散失于绿洲或平原水库中，分别属于乌鲁木齐河、头屯河、白杨河、阿拉沟、柴窝堡湖5个水系。水资源总量为9.969亿立方米，其中地表水资源量9.198亿立方米，地下水资源量为0.771亿立方米。冰川资源丰富，主要分布在乌鲁木齐河和头屯河上游的天格尔山以及东部的博格达山，储量73.9亿立方米，年均消融量1.23