，但懋辛乃辞去成都府知府职务，赴重庆任熊克武的第5师参谋长。二次革命中，1913年8月4日，熊克武就任四川讨袁总司令，杨庶堪为民政厅长，刘植藩为总参谋长，但懋辛为副总参谋长。8月8日，但懋辛赴永川督战，此后不断取胜。但黄兴、李烈钧讨袁失败。四川都督胡景伊电告袁世凯求援，袁世凯派滇、黔、陕、甘、鄂五省军队会剿熊克武。熊克武率讨袁军退出重庆，第5师解散。1914年8月，但懋辛、李根源、陈炯明、李烈钧、熊克武、程潜等100余人在东京成立欧事研究会。1915年2月，四川的革命党人在上海开会，但懋辛与会。9月