各部部长配备局级干部。1966年1月28日，经中共中央批准，撤销公安部四局（原子能保卫局）。原子能保卫工作由第二机械工业部负责，公安部在业务上予以指导。文革初期，公安部领导班子：部长谢富治，常务副部长徐子荣，副部长杨奇清、汪金祥、严佑民、于桑、刘复之、凌云，政治部主任尹肇之（副部级）。
文革时期.1967年初，调整后的公安部领导班子：部长谢富治，常务副部长李震（原沈阳军区副政委，1966年9月调公安部任常务副部长，分工负责部内全面工作），副部长有杨奇清（分管业务工作）、汪金祥