胺（新研发的抗菌药物），但格布哈特认为海德里希将会痊愈，由此拒绝了这一建议。6月2日希姆莱到访时，海德里希已意识到自己将不久于人世，便朗诵了其父亲歌剧中的一个段落：海德里希在希姆莱到访之后陷入昏迷，并于6月4日（可能为4时30分）去世，享年38岁。尸体解剖表明其死于败血症。根据参与调查刺杀行动的刑警称海德里希死时的面容展现出了“神秘的灵性和全然反常的美，如文艺复兴的主教一般」。
葬礼.1942年6月7日海德里希的豪华葬礼在布拉格举行，此后其灵柩经火车运往柏林，于6月9日在新的总