6年国民政府颁布的《国民体育法》为法源，经谢东闵的推动下，于1949年成立，为台湾省体育会的下属单位。1967年5月12日，配合台北市升格为直辖市，将省属事务与全国性事务分离，其中全国性事务部分改组为中华全国棒球委员会，隶属于中华全国体育协进会（今全国体总）。1973年2月28日，配合全国各单项体育运动组织全面改组，改名为中华民国棒球协会。1987年，台湾成棒经营出现困境，棒协理事长唐盼盼与企业界推动职业棒球，成立中华职棒。此后，棒协主管三级棒球、业余成棒与国家代表队，职业棒球则由中华职棒经营。