吐量也再创历史新高，年吞吐量第四次突破了千万标箱。自开港以来，盐田国际已累计操作了1亿个标箱。2013年深圳港首八个月累计货柜吞吐量为1,526.26万个标准箱，按年增加1.17%，首度跑赢香港，进占全球第三位。2019年，受中美贸易摩擦影响，深圳港以2,574千万TEU（标准箱）的数据被宁波-舟山港超过，位居全球第四、中国第三，但排名仍高于广州港、香港港口同青岛港。