任港督彭定康却在1993年，选择以与杨启彦同年加入政府的陈方安生为首位华人布政司，相反杨启彦却只获平调运输司，结果有感意兴阑珊，先在同年9月辞去运输司一职，再在1994年辞官退休。据了解，廉政公署曾在1993年指杨启彦曾私下与新华社官员见面，认为他对英国忠诚度不足，因此这成为了杨启彦不获升迁的主因。
九广铁路公司.退休后，杨启彦曾任职于私人机构信和集团，但期间又有传闻指他和公司主席黄志祥不咬弦。1996年12月，政府委任杨启彦出任九广铁路公司管理局主席兼行政总裁。其后，被传媒揭