地处赤道之上，属于热带气候。
生物地理.华莱士以「马来群岛」一词作为其记录当地研究的重要着作的名称。他注意到似乎有一条隐形的界线将亚洲和澳洲的动植物分开。为纪念他的发现，科学界将划分这两区的界线称为华莱士线。冰河时期的分界线由婆罗洲和苏拉威西岛之间的深海海崃形成，并穿过峇里岛和龙目岛之间的龙目海崃。过渡区现称为华莱士区（Wallacea Zone），拥有源于亚洲和澳洲的混合种，以及当地的特有种。
物种.
动物.马来群岛的动物区系也颇丰