结核分枝杆菌，被包裹在一个保护性的胶囊内，可以防止被宿主内的补体所裂解。很多病原菌会分泌化合物来降低或误导宿主的免疫反应。还有的细菌可以生成生物膜来保护自身免遭免疫系统的攻击。这类生物膜出现在许多病菌感染中，如绿脓杆菌和伯克氏菌（感染特征为引起肺部的囊肿性纤维化）。其他一些细菌可合成菌体表面蛋白质，用于结合抗体，使抗体失效。这类的例子包括链球菌、金黄色葡萄球菌和。病原体逃避适应性免疫系统的机制更为复杂。最简单的策略是快速改变自身非必要的抗体识别表位（位于病原体表面的氨基酸、糖类），同时隐藏必要的表位。这