法院同列于第三审地位，但行政系统上隶属行政院司法行政部（今法务部），最高法院则隶属司法院。1980年7月1日，司法行政部改制为法务部后，正式实施「审检分隶」，原司法行政部的最高法院检察署与台湾高等法院检察署及其辖下各级检察署隶属法务部，原司法行政部的台湾高等法院及以下各级法院改隶司法院。。2018年5月25日，全国各地检察署正式摘除「法院」二字，直接更名为「最高检察署」。
历任检察总长.检察总长实际上即为最高检察署首长，除原首长职务内容外，检察总长最特别的即是其有提起非常上诉的