势日趋紧张，他又于1775年回到军队。1776年8月，斯科特晋升上校并执掌弗吉尼亚第五团。该团同年在新泽西州与乔治·华盛顿会师，并在华盛顿指挥下参与费城战役。斯科特为华盛顿指挥轻步兵，到1778年下半年还开始担任情报主任。费城战役接近尾声之际，斯科特开始休假，再于1779年3月重返部队，受命前往南卡罗莱纳协助南方战场的本杰明·林肯少将。他在亨利·克林顿开始围城前不久抵达查尔斯顿，结果在城内守军投降后沦为战俘。1781年3月获假释后，斯科特又于1782年7月经交换战俘获释，此后还在战争结束前完成几项招募任务。