运输舰队前往菲律宾马尼拉，增援当地美军兵力。12月7日时，该舰队正在夏威夷西南约的菲尼克斯群岛，幸运地躲过了日本对珍珠港的空袭。鉴于菲律宾局势恶化，12月9日，美国陆海军联席会议命令他放弃马尼拉的运输任务，返回檀香山。随后斯科特从前线调回华盛顿，担任海军作战部长欧内斯特·金上将的参谋。按照中途岛海战的英雄雷蒙德·斯普鲁恩斯中将的说法，斯科特显然很不乐意在这一关键时刻从事文职工作，于是他“故意把身边的每件事都弄得一塌煳涂，直到最终得偿所愿——派回海上执勤”。1942年5月，斯科特晋升为海军少将，派往太平洋战场