出任行政院长，年底国民党于县市长选举中受到前所未有的惨败，在多处县市出现国民党内闹分散选票的情形下，团结的民进党夺得了占百分之七十以上人口的县市的执政权。1998年，台北、高雄市长兼立法委员选举（简称三合一选举），国民党夺回台北市执政权，但同时失去高雄市，在立法院则重新夺回简单多数。民进党和新党的立法院席次均告萎缩。陈水扁阵营在台北市长选举中一度以「土狗、贵宾狗」和「新卖台集团的棋子」批评香港出生的马英九。陈水扁的失利和外省籍选民在国民党和新党候选人之间的主动弃保引发民进党内部反思，党内四大派系于选后进