当地局部生态破坏问题十分突出，多个保护地、碎片化管理的问题。该国家公园所在的祁连山脉是中国境内主要山脉之一，位于青藏高原北缘、河西走廊南侧，又名南山，地跨甘肃和青海，西接阿尔金山山脉，东至兰州兴隆山，南与柴达木盆地和青海湖相连，山脉西北至东南走向，有山地草原和针叶树林交替分布。
历史.
早期历史.祁连山国家公园因所在的祁连山而得名。“祁连山”之名源自古代匈奴，在古匈奴语中，“祁连”意即“天”，祁连山因此而得名“天山”；又因位于河西走廊以南，故称南山，历史上亦曾