意的是，目前组改后行政院海洋委员会海巡署内部仍设有的「情报组」，其并非由侦防分署所管辖，尽管两者部分业务、政策有所交流、指导执行。另外相较组改前较为不同的为，原各地区的机动查缉队删除「机动」二字、将原岸巡和洋巡各自成立的特勤队进行合併、成立专责随内政部空中勤务总队直升机出勤的「空勤吊挂分队」，而不再以海巡特勤队执行随机吊挂任务。并成立专责侦防分署内部网路和电子作业的资讯纪录科、成立专责研发及採买适合侦防任务使用的装备的科技鑑识科；另外原本必须经由各地区巡防局、两总局协调的各队人事调动问题，也随着侦防分署成立