就有人类移居到摩加迪沙，但因此地的气候非常不适合耕作，故长期以来皆是以畜牧业为主要产业，至中世纪时仍主要经营畜产品。
中世纪.虽然实际上的起源不明，但早在九世纪时，摩加迪休附近的地区就已经是索马利亚内陆地区与外界联络的要道。来自波斯或阿拉伯半岛的伊斯兰教（回教）教徒在约十世纪时来到附近地区开始殖民，由于他们相对上的经济优势，再加上长年与当地人的通婚，建立了一个稳定的混血文明，经常被通称为东非城邦文明。其主要组成人口，是因所使用的斯瓦希里语（Swahili）而被称为斯瓦希里人的亚非混