理日本全国11个教区。选出主教长的是圣公会总会的主管，现任的是拿但业植松诚（日语：<nowiki>ナタナエル植松诚</nowiki>，），教区各自独立，成为独自的宗教法人，原则上神职人员的人事也是由教区决定。作为教区的联合的日本圣公会，是普世圣公宗的一个教省，管理日本全国性的事务。日本教省的事务所设在东京教区的牛入圣巴拿巴教会的同一建筑物内。神职人员由主教、司祭、执事（也作“会吏”）3级别组成，主教是教区的首长，主教任命的司祭主要从事地方教会的工作。辅助司祭工作的是执事，同时也充当牧师以及辅助信徒集会、