天正3年（1575年）5月的长篠之战后父亲内藤昌丰战死后，内藤昌月继承其地位担任上野箕轮城代，由于内藤昌月过去是武田胜赖的侧近，所以十分受到信任，所以在天正7年（1579年）2月时允许他自称大和守。天正10年（1582年）3月，织田信长出兵武田家，武田胜赖兵败自尽，时在上野的内藤昌月随即跟真田昌幸一同转投织田信长，担任泷川一益的与力。同年6月发生本能寺之变后，由于泷川一益在神流川一役中败走，内藤昌月随之又改投降北条氏直。获得北条氏给予他国众的待遇。天正16年（1588年）5月25日病死。享年39岁。