理，是年十一月，黄乃裳与其叔黄福居受薛承恩牧师洗礼，皈依了基督教。信教之初，黄乃裳等人受到了村民的排挤，但由于村人同属于一个宗族，教徒们并没有受到更大的伤害。后来，皈依者渐多。1867年冬，许扬美牧师被派到闽清传道，将黄乃裳收为助手，授劝士职，并向他讲授圣经。自此黄乃裳开始研修英文，接触和学习西方文化知识。谈到皈依基督教的原因，黄乃裳认为他因为信仰孔孟之道的人言行不一而感到困惑，而在基督教中才找到了胜诸罪恶的途径。
供职美以美会.同治八年（1869年），黄乃裳母亲去世，他一度哀伤成