111年，汉武帝灭亡南越国后，置九郡，清溪属南海郡地。西汉绥和元年（公元前8年）南海郡改隶交州。三国时期，清溪属于东吴领地。东晋设东官郡，清溪为东官郡管辖。唐朝至德二年清溪为东莞之辖地。唐代以前，清溪因位置偏僻，一直都是人烟稀少的荒芜之地。五代时，清溪为南汉之地。宋代时属广南东路。绍圣年间，被眨至惠州的苏轼曾登上清溪北部的银瓶山，为美景所陶醉，作下了“银瓶山水天下流，风景美丽醉东坡，东坡攀登银瓶山，赞叹风景胜罗浮”一诗。据《东莞市清溪镇志》记载，自北宋末年因北方战乱，不少中原汉人南迁至清溪，如北宋靖康年