后又出任交通部长。1917年，张勋复辟，吴锦堂发表演讲，维护共和、反对帝制。
魂归故里.1926年1月14日，吴锦堂因病在神户逝世，享年72岁，家属遵其遗嘱将遗体运回家乡。吴锦堂灵柩由日本海运经上海后运抵慈溪并安葬。吴锦堂墓碑对联很有名，上联是“为爱湖山堪埋骨”，下联是“不论风水只凭心”，显示了其赤子之心。