当期报道内容。但随着报社频繁的人事变动引发了内容等方面的改变，人事变动也成为讨论的内容之一。但这部分内容的可信度还存在争议。
涉及方舟子的争议.《南方周末》在2005年因方舟子与于建嵘的争论与方舟子互相指责，在2012年又因对韩寒代笔之争的态度不合而矛盾升级，引发争议。2005年11月24日，方舟子在《人民日报》下属人民网的专栏撰文声称，2005年11月10日《南方周末》以两版的篇幅发表《于建嵘VS方舟子：两败俱伤的恶战》之专题，其中涉及方舟子的访谈内容在未经他本人同意的