参谋人员，「监督其教育并管辖陆军大学等学校」。设参谋次长一人，中将衔，协助参谋总长办理部务。1937年7月7日，卢沟桥事变爆发。1939年初，参谋本部和军事委员会第一部合併为军令部，变成军事委员会军令部。1945年8月，八年抗战结束，军事职权陆续回归行政院军政部。1946年6月，改为国防部参谋本部。
宪政时期.1970年至2001年《国防部组织法》修正前，参谋总长实为中华民国国军实际军令执行者。2001年制定《国防部参谋本部组织条例》后，明定其为国防部部长之军令幕僚、及三军联合作战