贤遭到杀害或被迫自尽，天启七年（1627年），崇祯帝（思宗）即位，崇祯有鑑于天启年间魏忠贤阉党的恶政，逼杀魏忠贤，贬斥了大量阉党官僚，魏忠贤被迫自杀，东林党余人才免遭魏忠贤的打击。崇祯二年，崇祯皇帝下令平反，为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院，史称东林党争。东林党与阉党之间的斗争一直延续到清朝初年。
尾声.部分东林党人如陈名夏，钱谦益，后来一同入仕清朝，部分党人则参与抗清活动，因而殉国成仁，或就此消声匿迹潜入地下抗清活动，如方以智等。