真菌的菌丝常是肉眼可见的，例如在发霉的墙壁或腐败的食物上，这种菌丝体俗称霉菌，而长在实验室培养基上的菌丝则一般称为菌落，菌落的形状与颜色常是鑑定真菌的重要指标。有些真菌相当长寿，且可以长到非常大的体积，美国马卢尔国家森林的一个蜜环菌菌落已生长到超过900公顷，其生长时间推测已超过9000年。子囊果与担子果分别是子囊菌门与担子菌门真菌的子实体，内含可以产生有性孢子的子实层。
生长与生理.真菌在固体介质中以菌丝形式生长，在水中则常以单细胞酵母菌形式生长，皆是为了提升表面积以增加吸收