末任武卫右军右路军统领。民国元年（1912年），任安武军统领。民国二年（1913年）1月，升陆军少将。民国四年（1915年）12月袁世凯称帝，获封一等男。民国七年（1918年）1月，任安徽陆军第1混成旅旅长、皖南镇守使、会办安徽军务善后事宜。当时属于皖系倪嗣沖的手下。民国九年（1920年）直皖战争，皖系败北，马联甲转投直系。民国十一年（1922年），安徽督军张文生遭到駆逐，马联甲被任命为安徽督军（督理）。次年（1923年）10月15日，获将军府授“联威将军”。民国十三年（1924年）第二次直奉战争，