在到达新疆后，与布素鲁克趁混乱夺取了喀什的穆斯林政权，并建立了哲德沙尔汗国，一时几乎占领新疆全境，宣布从浩罕独立，史称新疆回乱。这一事件切断了浩罕从新疆贸易中获得的利润。
浩罕汗国的灭亡.1864年，在阿古柏前往新疆的同年，俄罗斯帝国开始了对浩罕汗国的入侵。1865年，布哈拉汗国与俄罗斯帝国联手攻下了汗国北部重镇塔什干。1868年3月，浩罕汗国与俄罗斯签订保护条约，使汗国成为了俄罗斯帝国的从属国。战败之后借由政变上台的穆罕默德·胡达雅尔在浩罕市内开始兴建俄罗斯风格的新王宫，同时开始