受欢迎的食用鱼，野生大黄鱼面临沉重的捕渔压力，过度捕捞问题严重，捕捞产量不断下降。滥捕使存活20年以上的野生成鱼不断减少，捕获的野生黄花鱼很多也未成年，没有商业价值。野生黄花鱼捕捞业在1980年代衰落。回声探测器和炸药、拖网等捕鱼技术的使用，以及长江三角洲和珠江三角洲的围海造田、陆地排污等威胁到黄瓜鱼的繁殖和生存，2003年及2004年的野生黄瓜鱼捕获量已接近于零。2011年起福建省内有“官井洋大黄鱼国家级水产种质资源保护区”提供保护。