回国后又与陆士同期的土肥原贤二、板垣征四郎、以及陆士15期的河本大作等佐级军官先后共十九人结成了一个小团体“二叶会”。1922年担任参谋本部员，1923年晋升中佐，成为陆军大学校教官。1926年任参谋本部作战课长，小畑敏四郎与第1部长荒木贞夫、部下铃木率道一起大幅改订以「包囲歼灭战＋短期决战」为中心的「统帅纲领」，并在1928年正式改订。1927年晋升大佐。1928年8月，担任冈山步兵第10联队的联队长。这时期作家曾作为他的部下。据说作为联队长的小畑，彻底地禁止对新兵动用私刑，而且军规严厉，违反者多被送