责混乱不清，蒋介石遂将抗战、内战时期之军统及中统体系合併改组，成立「政治行动委员会」，并交由蒋经国主导该组织。蒋经国向蒋中正建言，反对孙立人的反攻大陆计画，认为他将会威胁蒋中正的地位与权力，主张拔除孙立人所有军权。同时向蒋中正汇报孙立人与民主派人士如胡适、雷震等人的交往状况。同时蒋经国还批准了特务机关得以任意逮捕民众并且对囚犯实施酷刑，这使得当时台湾社会因为秘密警察的种种作为而使得人权长期遭到侵犯。蒋经国召开军事法庭并且指控孙立人涉嫌和美国中央情报局密谋政变，孙立人兵变案爆发，其部属郭廷亮遭情治系统