近亲。当时是根据头颅骨的一些特征，而被归类于Trematochampsidae科，例如：侧向扁平的牙齿、下颌联合处宽广而凹陷。但近年发现，这些特征并不仅限于Trematochampsidae科，某些西贝鳄类也有这些特征，例如：波罗鳄、西贝鳄。艾利毛鳄的上隅骨，有构成头颅-下颌关节的一部分，许多基础型中真鳄类也有这个特征。近年的种系发生学研究，多将艾利毛鳄归类于西贝鳄类。艾利毛鳄被归类于西贝鳄类的基础物种，而没有归类于西贝鳄类的任何一科。艾利毛鳄被认为是佩文切鳄的近亲。