烈屿设巡检司，清代为防倭寇，立塞置汛。另外，南明郑成功也于1646年在岛上吴山会文武群臣，曾派乡籍俊彦林习山驻守烈屿，以此岛作「反清复明」根据地。
交通.
水路船舶.金门有料罗与水头两商港，水头商港同时为小三通指定港口，与厦门五通码头和泉州石井码头之间有定期航线外，也亦为烈屿乡（小金门）与金门本岛每天固定航线对开的地方。小金门的九宫码头及大金门的水头码头之间每天从早到晚每半小时各有两艘渡轮来回，每次搭乘需付全票60元新台币，半票30元新台币，船只可载运机车或