。真核生物体内的同源重组过程中发生于减数分裂时期，是染色体互换所造成的结果。除此之外，同源重组也能使遭受损害的染色体，得以利用与自身相似，且未受伤害的另一条染色体，来进行DNA修复作用。细菌的同源重组，则发生于细菌进行接合（conjugation）、转导（transduction）或是转化（transformation）的过程中。许多技术利用同源重组将基因导入生物个体中，形成重组DNA，方法又称基因标的（gene targeting）。