陈蕉琴晚年过着十分低调的生活，她的慈善捐助项目主要由她在1994年成立的陈蕉琴博士慈善基金负责。2011年2月7日，陈蕉琴于香港逝世，终年95岁，遗体安葬于柴湾歌连臣角天主教圣十字架坟场。由于陈蕉琴在20世纪八十年代积极支持英国的教育发展，所以与当时的英国首相戴卓尔夫人谂熟。戴卓尔夫人于2013年4月逝世后，其家属计划邀请陈蕉琴到英国伦敦出席丧礼，惟当时陈蕉琴已经逝世。
个人生活.陈蕉琴生前十分投入工作，曾表示工作和学习是她的唯一兴趣，在宝源任职期间她曾每天工作12至15小时，往往