在当地由于宣传末日思想而信徒大增。这引起了驻日盟军总司令部（GHQ）的关注，命令日本警察潜入该教团卧底。最终GHQ确定其行为违反波茨坦宣言并有欺诈嫌疑，1947年1月27日警方突袭了玺宇皇居，以违反食粮管理法的罪名将玺光尊和高级成员逮捕。狂热信徒双叶山定次试图将玺光尊救出，因有妨碍公务执行嫌疑而被捕。同年11月玺光尊因被鉴定为患有「夸大妄想性痴呆症」而不予起诉。此事件使玺宇教势力受到沉重打击，教徒们纷纷脱离玺宇教。后来玺光尊一行辗转东京、静冈、青森、箱根等地，但信徒日益减少。最终在神奈川县横滨市在少