日，民政局长陈哲男向吕学辉、黄庆堂、林万、蔡两传及廖武治允诺补助维修经费。同年5月25日，举行修护工程动土典礼，包括内政部长黄昆辉、文建会主委郑淑敏、台北市长陈水扁与民政局长陈哲男等共同主持，由华梵工学院建筑系主任徐裕健负责设计，夏铸九、薛琴、王镇华、辛晚教、徐明福、洪文雄等学者专家所组成谘询委员会。工程第一期修临哈密街的三川殿及东西护龙，第二期修正殿及内埕，第三期修后殿，第四期修周边环境及相关设施。1996年修护时，发现大门三川殿有半数左右的嵴樑已遭白蚁蛀蚀，三川殿屋顶恐有塌陷之虞，遂找来日本业者负，