是太空船的改良版，改良最大的部分为通讯与导航子系统。此太空船由俄罗斯联邦宇宙局用于载人航天。联盟MS进行了最小幅度的额外改装，以反映天线与感应器的限制，以及改善了推进器的放置。此飞船于2016年7月7日，搭载联盟-FG运载火箭首次升空，执行联盟MS-01任务前往国际太空站。此次任务在7月9日与国际太空站对接前，包含了2天的设计检查期。