，南华完全打压了其华校背景，校歌也在校长的施压下被强行翻译为纯英语。1999年，华文教育改革委员会建议南华成为特选学校。在教育部的批准下，南华于2000年起成为特选中学。2004年，南华再一次搬迁至现有的金文泰一道41号的校舍，隔年由新加坡总理李显龙正式开幕，重现其华校风采。2006年，南华改制成为自治中学。
校舍.南华占地30万平方尺，坐落于小山坡上，以1千281万新币建造。校园内建有养正大讲堂，生态花园及西区第一校区中华文化中心。