运动后，更多新思潮涌入清华，促进了清华学生的觉醒。1926年3月13日，举行纪念孙中山逝世周年大会，李大钊、陈毅来校演讲。3月18日，北京民众为反日本入侵游行请愿，遭段祺瑞政府打压，开枪扫射学生，是为三·一八惨案，其中清华学生韦杰三牺牲。1927年6月，国学大师王国维忧愤国事，于北京昆明湖自杀，震惊全国。梁启超亦因病离校就医。同月张彭春遭反对势力攻击而辞职，校园爆发「挽张去恶」风潮，学生游行要求改造清华，曹云祥校长被迫接受「教授治校」的治校原则。
国立清华大学初期.1928年，南京