往西安，交通大学开始两地办学。由于上海和西安两地管理上非常不便，1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，交通大学上海部分成立上海交通大学。
上海交大时期（1959年至今）.1961年2月，上海交通大学划归国防科工委，同时接受当时的高等教育部和上海市政府领导。学科体系局限于国防相关专业。中国文化大革命期间，上海交通大学正常的教学科研秩序遭到严重破坏，发展几近停顿。1970年，学校又划归当时的中国海军领导。文化大革命结束后，上海交通大学率先在中国高校中进行改