古代的佳里区位于滨海的萧壠半岛，西南靠台江内海，北临古曾文溪（今将军溪），当时的萧壠市街与佳里兴尚隔溪分处南北。十九世纪中叶古曾文溪改道、台江陆浮后，佳里区才位于内陆至今。本区在明郑时期隶属天兴县（州）下之永定里及开化里，到了清治时期则隶属台湾府诸罗县，1704年以前一直为县治所在；1787年后诸罗改名嘉义，继续隶嘉义县管辖；清末1887年改隶台南府。1920年台湾地方改制，与佳里兴堡合併，因古县治所在地佳里兴，而将萧壠改名为「佳里」，并设置「佳里庄」，划归台南州北门郡管辖，为郡治；1933年