已知兽脚亚目有几个血统独立地演化成羽毛及飞行，而始祖鸟的祖先是否懂得飞行已经失去了重要性。由于始祖鸟似乎是属于与今鸟亚纲没有关系的鸟类血统，牠的飞行能力可能仍是讨论的焦点，但却并非就现今鸟类祖先所讨论的项目。
比较.就始祖鸟与兽脚亚目恐龙、孔子鸟及现今的高等鸟类的比较可见下表：
古生态学.发现所有始祖鸟标本的索伦霍芬石灰岩的丰富及多样性提供了侏罗纪时期的巴伐利亚与现今的大为不同。纬度与美国佛罗里达州相约，而植物化石显示适合干燥环境及缺乏河流泥沙的特征，可见