5年许云基教授退休，加速器遭到拆解。技师们将之分藏各处近二十年。2005年6月22日，台大校长陈维昭主持台湾早期核物理纪录片四方合作签约仪式，在其他三方代表－国立科学工艺博物馆副馆长陈训祥、远流出版社总经理李传理、台大物理系暨中华民国物理学会理事长张庆瑞－见证下，宣佈将重建原子核实验室。2005年11月21日，台大校庆时，台大物理文物厅正式成立。2006年10月16日，记录原子核实验室加速器建造过程以及重建过程的科学史纪录片《冲破原子核》在台大首映。
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