镇首期落成及青马大桥通车，以及1998年地铁（2007年与九铁合併为港铁）东涌线通车，大大缩短由香港市区往大屿山的时间及路程。屿巴遂大力拓展往来东涌新市镇至大屿山各区的路线，并在同年6月1日开办N13通宵路线来往东涌和梅窝。1998年7月6日，新香港国际机场开幕，屿巴开办来往梅窝和机场的A35路线，并于同年11月1日将N13路线延长至机场，更改编号为N35线。同年引入三辆丹尼士飞镖SLF型巴士行走机场路线，是该公司首批低地台巴士。1999年4月1日，配合油麻地小轮中环至梅窝渡轮新增通宵班次，来往梅窝