起，汪精卫夫妇等人经河内逃往上海。1939年（民国28年）8月，汪精卫召开中国国民党第六次全国代表大会，陈璧君当选中央监察委员会常务委员。1940年（民国29年）3月，南京国民政府（汪精卫政权）成立。在南京国民政府中，陈璧君等人形成「公馆派」，重用褚民谊（陈璧君的义妹的丈夫）控制政局。由此形成与陈公博的对立。1944年（民国33年）11月，陈璧君将在日本名古屋死去的汪精卫的遗体迁回南京。日本投降后的1945年（民国34年）8月25日，陈璧君被重庆国民政府逮捕。1946年（民国35年）4月，被江苏高等