南唐之战后，金陵与后周的北方中央政权对峙。975年，北宋灭南唐后，重置昇州，后来又改为江宁府。南宋建炎三年（1129年），金兵南下，建炎南渡，宋高宗改江宁府为建康府，建康一度定为南宋首都，1138年宋高宗正式定都临安（杭州）后，改为江南东路首府，设为陪都并设行宫，建康虽然并非南宋行在，但终南宋一代一直是南宋的军事最前线。元朝时，改为集庆路，是当时东南纺织业的中心。
明清时期.1356年，朱元璋攻占集庆，改为应天府，南京成为抗元基地所在地。1368年，朱元璋建立明朝，以应天为京师