伴随BRT开始运行，BRT车站移动至邻近的道路上，并改名为带有副站名的「南气仙沼（市立医院入口）站」。以下为地震发生前的情况。侧式月台1面1线的地面车站。以前曾为1面2线。南气仙沼车站内设有绿窗口（营业时间：7时50分～17时30分）与自动售票机。除此之外，JR气仙沼旅游中心（）也设在站内，旅行社社员也兼负责售票窗口的业务。