最高领袖期间，他成功阻挠总统拉夫桑贾尼尝试与美国寻求妥协，又制止了总统哈塔米将伊斯兰共和国民主化的渴望。
大阿亚图拉的争议.许多穆斯林学家不承认哈梅内伊为大阿亚图拉。在霍梅尼去世的时候，哈梅内伊不是马尔贾和阿亚图拉。伊朗伊斯兰共和国宪法规定最高领袖必须是马尔贾。不过霍梅尼不满意他的候选继承人人选，到1989年4月，即是在他去世前三个月，他差遣人员修改宪法，使具备「适当的政治和管治能力」的伊斯兰法学专家都可以成为伊朗最高领袖。在这项新的宪法修订还没有举行全民公投的情况下，专家会议