鲁木齐的5个管理处则于12月13日改为管理局，授予区域管理局的职权。1960年11月17日，中国民用航空局改称“交通部民用航空总局”。1962年4月，第二届全国人民代表大会常务委员会第53次会议决定，民航局改称“中国民用航空总局”，为国务院直属局，由空军代管，各省的民航局（处）均由民航局垂直领导。 1969年11月20日，民航划转为中国空军的一部分，执行军队制度；各省民航局以民航系统领导为主，同时接受大军区空军的领导；民航系统实行义务工役制，着工作服和制服，不着军装。1980年3月，民航脱离军队