通过β-氧化分解。在动物细胞中，长脂肪酸转化为中链脂肪酸，随后转运至线粒体，最终分解为二氧化碳和水。在酵母和植物细胞中，这一过程仅在过氧化物酶体中进行。
其他相关的细胞器.与过氧化物酶体相关的其他微生物家族的细胞器包括在植物和丝状真菌的乙醛酸循环体，在动质体的糖酵解酶体，和在丝状真菌的伏鲁宁体（Woronin body）。