据这项综合协议安排，港府会每年一次过向广东省方面付款，在现行协议下，每日供水比率会有较大灵活性，以配合于本地收集所得的雨水在季节上的变化，这会使香港能更有效地控制水塘的存水水平，从而减少浪费情况，并节省抽水成本。2011年12月5日，时任发展局局长林郑月娥与广东省水利厅厅长黄柏青在深圳签署2012年至2014年东江水供水的新协议。根据新协议，香港将于2012年缴付35亿3,870万港元、2013年缴付37亿4,330万港元和2014年缴付39亿5,934万港元的固定总金额，作为购买东江水的费用。这增幅反