法总郎升为左副承宣。八年（1359年），红巾军攻陷义州，恭愍王以李仁任为西京存抚使，防备红巾军的进攻。红巾军平定后，赐二等功臣。十一年（1362年），与诸将共同收复开京，又赐一等功臣。十二年（1363年），元朝试图册立德兴君为高丽国王，恭愍王以李仁任为西北面都巡问使，兼任平壤尹，调度军粮。十四年（1365年），恭愍王以李仁任为三司右使，转任都佥议赞成事，赐号“纯诚同德辅理功臣”，升为左侍中。迎合恭愍王大兴土木祭祀王后的意愿，导致高丽国力衰竭。高丽恭愍王二十三年（1374年），李仁任被短暂免职，不久又继续