探视陈水扁时，说：「有机会，很想早一点去看一看他。」2009年1月20日，李鸿禧说，陈水扁的新书《台湾的十字架》很像林觉民〈与妻诀别书〉，「鸟之将死，其鸣也哀；人之将死，其言也善。」同时，由于该书的李鸿禧序文将中共中央总书记胡锦涛的名字写成台中市长胡志强，李鸿禧向胡志强致歉。2009年6月5日，李鸿禧到法务部矫正署台北看守所探视陈水扁，特地带来一张正面是陈水扁之母陈李慎、背面是圣母像的照片给陈水扁；在场记者向李鸿禧询问此张照片的意义，李鸿禧不发一言。2010年9月27日，一边一国连线正式成立，李