扁当选中华民国总统，台湾首度政党轮替。澄社曾对陈水扁政府的人事提出声明，反对陈唐山出任行政院国家科学委员会主任委员及赖国洲出任台视董事长。2000年7月31日，台湾发生八掌溪事件，舆论喧腾；2000年8月，澄社发表万言书，由瞿海源、陈东升、许松根、黄昭元、张世雄、石世豪、王业立共同执笔，征询社员意见后正式发表，对执政满三个月的陈水扁政府提出批判；此万言书对「新政府的历史定位」、「宪政体制与运作」、「政府效能」，与扫除黑金、财经、社会福利、环境、媒体政策、灾后重建等重大政策多所诉求。2002年6月，澄社社