1937年抗日战争爆发，因其在忻口战役的出色表现，升任为国民革命军第九十一军参谋长。1938年初，调任国民革命军第九十二军第二十一师师长，先后参加台儿庄会战、武汉会战、枣宜会战等战役。1943年，升任国民革命军第九十二军军长，领中将军衔，并率部参加了湘西会战。
内战时期.抗日战争后，兼任北平警备司令。1948年升任第十七兵团司令官。后任天津塘沽防守司令，长江防务预备兵团司令，福州绥靖公署主任兼华东军官团总团长。1948年，国共内战辽沈战役时期，侯镜如担任第十七兵团司令负责救援