估东沙环礁的海藻相可能比目前所知丰富甚多。目前可知的珊瑚有300种、海藻120种。动物方面，除珊瑚外，另有甲壳类动物、棘皮动物、软体动物等无嵴椎动物，以及鱼类。根据调查，珊瑚礁鱼类超过500种，其中数种极为罕见。因珊瑚覆盖率较好，因而常可见到大型无嵴椎动物。礁台表面地形十分平坦，偶而有些大型礁块突起，大多数是以珊瑚碎屑和活珊瑚群体所构成；表面有大小不一的潮地，潮池中的生物种很多，包括许多种大型藻类和海草。甲壳类动物的种类与数量较少，与1998年圣婴现象珊瑚大量白化死亡而造成大型虾蟹无法栖住在珊瑚分枝间，