两类剪接体所辨识和作用的内含子不一样，而且只能负责各自所辨识内含子的剪接。由主要剪接体识别并作用的内含子称为“U2型内含子”，而由次要剪接体识别并作用的内含子则称为“U12型内含子”。人类基因组中，U12型内含子的数量极为稀少（只有约700个），在人类内含子中所占比例不到0.5%。剪接体上的snRNA，除了U6 snRNA是由RNA聚合酶Ⅲ（RNA polymerase III）转录而成，其他snRNA都和一般mRNA一样都是由RNA聚合酶Ⅱ（RNA polymerase II）转录生成。U6 snRN