过生物链往上层生物传递。农业地区的肥料渗漏是一些地区主要的污染源，未经处理的污水排放也有相似的影响。这些污染源中所含的过多的养分除了会造成土地的富营养化外，因为养分通常是海洋系统的限制因素，所以这些过多的养分也会造成藻类的过渡繁衍（称为水华或藻华）及赤潮，这样会使海水中的含氧量降低以致海洋生物死亡。这种效应已经造成了波罗的海和墨西哥湾的。部分水华是由于蓝绿藻（蓝细菌）造成，这些蓝细菌会使贝类带有毒性从而使一些以贝类为主要食物来源的动物——如海獭受到伤害。核设施同样会造成污染，如爱尔兰海就因核燃料处理