97年（丁酉年）战事再度爆发。最后由于丰臣秀吉的病逝，日本军队于1598年全部从朝鲜半岛撤退。朝鲜王朝宫廷中的党派纷争、对日本军事能力的低估以及外交调解的失利使得朝鲜王朝迎战准备不足。装备有西方武器的日本军队，几个月内就占领朝鲜半岛南部，包括今天的首尔和平壤。1593年，明朝派出大规模军队到朝鲜半岛，与朝鲜王朝一道共同击退入侵的日本军,。李舜臣领导的朝鲜王朝海军在海上有效地摧毁日本军舰，掐断后方供给。朝鲜半岛民间的游击组织对入侵的日本军队抵御也遏制倭寇的攻势。虽然朝鲜王朝与明朝击败日本，但损失惨重。事后朝鲜