客运业务外，有田车站也是日本货物铁道（JR货物）的货运车站之一，JR货物在这里设有有田线外货运站（，简称为「有田ORS」），但此处托运的货柜之实际装卸点是在锅岛车站。
车站结构.侧式月台1面1线与岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站。1、2号月台由JR使用，3号月台由松浦铁道使用。各月台以跨线天桥连络。2011年3月起1号月台及2、3号月台各自启用了升降机。不设扶手电梯和自动闸机。