受到薄一波重视。1987年，邱晓华撰写的《我国农副产品出口情况、问题和对策》报告受到中央领导重视。他还参与了第一本《中国统计年鉴》的编制工作。1988年，30岁的邱晓华被破格提拔为国家统计局综合司见习副司长；不久被任命为综合司副司长。1980年代末，中国在全国范围内出现了“抢购风”，人们争抢、囤积食品和生活用品。随后国家进入经济治理整顿时期。1991年11月，在治理整顿的第三年，《人民日报》整版刊登了邱晓华的文章《对三年治理整顿的反思与回顾》，文中提出“治理整顿已经可以结束，留存的问题应在继续深化改革中