号在这场攻击中遭到4枚1000磅炸弹击中。于晚上9点23分引擎停机，6月6日午夜1点58分，由于无法控制舰上灾情因此指挥官山口下令弃舰，而自己则与舰长加来止男留在舰上。清晨5时10分，由驱逐舰卷云号发射了两枚鱼雷，将山口指挥官、加来舰长与飞龙号一起送入太平洋海底，不过卷云号的两枚鱼雷也解救了一群被困在飞龙号舱底轮机室的日本水兵，他们从鱼雷命中爆炸后的缺口处奇迹般地逃生，在海上漂泊15天最终有34人被美军营救。