在11世纪中叶分裂为两个部分后，东喀喇汗国的首部为喀什噶尔，西喀喇汗国的首部为乌兹根。东喀喇汗国在1211年亡于西辽，西喀喇汗国在1212年亡于花剌子模王朝。
名称.喀喇汗国，据大约在1077年成书的麻赫穆德·喀什噶里所撰《突厥语大词典》提供的片断材料，该汗朝自称“可汗朝”(al-Khaqaniyya)或“汗朝”(al-Khā-niyya)，汗室自认是波斯民间传说中与伊兰人世代争斗的图兰人英雄阿弗剌昔牙卜的后人。喀喇（qara）是突厥语里的“强大”之意，该词还有另一个含义是“黑”。