万历帝下诏赦免天下，郭惟贤因此请求召回被贬的大臣。冯保很厌恶此事，借机将他贬为江山县丞。冯保因罪被处置后，郭惟贤复职。上疏弹劾左都御史陈炌看权贵眼色行事，将御史赵耀、赵应元弹劾罢职，因此不能再掌管监察事宜。陈炌被罢免官职后，他又推荐王锡爵、贾三近、孙鑨、何源、孙丕扬、耿定向、曾同亨、詹仰庇等人，均被起用。主事董基劝谏皇宫内操练之事被贬，郭惟贤援救他，违背圣旨，调任南京大理评事。郭惟贤巡抚湖广，分封在德安府的景王，田土比别的藩王多一倍多，藩国已绝嗣，但景王赋额还在征收。等到皇弟潞王分封在卫辉，将景王的赋税