由于选举失利，许多国民党支持者对身兼国民党主席的李登辉感到愤怒，认为李登辉造成国民党的分裂，并且暗中支持竞选对手陈水扁。在台湾执政五十五年的国民党在没有任何心理准备的情况下首次成为在野党。2000年3月20日，李登辉被迫辞去国民党主席职务，党主席由副主席连战接任党主席，后于2001年3月24日国民党主席首度由党员直选中以97%的得票率高票当选。连战接任党主席之后，面对支持者的期待，除了改革国民党外（党员重新登记与党主席直选等），就是在下一次总统选举时击败来自民主进步党的强劲对手陈水扁。然而在2004年中