焉耆回族自治县（，），是中国新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州北部所辖的一个自治县。
历史.古焉耆为吐火罗人所建立的国家之一，操吐火罗语。公元前121年，西汉在焉耆屯田。焉耆以其独特的地理位置，发达的经济文化成为古丝绸之路上的重镇，是西域三十六国最强盛的国家之一。北魏时在此设镇。唐在此设督都府。1954年3月5日，焉耆回族自治县成立。
行政区划.下辖4个镇、4个乡：另有兵团企业、农牧团场、南疆铁路和塔里木河南石油勘探公司等驻焉单位17个。