随后任二品武官阿克苏总兵，驻防阿克苏。光绪十六年（1890年），擢升喀什噶尔提督，驻喀什噶尔，总统南疆地区军事，十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。董福祥在新疆驻守近三十年，除了抵抗英国、俄国在新疆的渗透以及保卫领土外，他重视新疆水利建设，曾开挖玉龙喀什河灌溉良田。
庚子事变.
事变前期.光绪二十年（1894年）甲午战争爆发，董福祥晋尚书衔，奉命率在新疆期间招募的甘军入卫北京，屯驻蓟州一带，受到慈禧的接见和赏识。二十一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又