艺系、园艺系、农产制造系和私立华西协合大学农艺系以及私立相辉学院农艺系合并而成；1952年全国高校院系调整，又将四川大学、云南大学、贵州大学、乐山技专、西昌技专、西南贸易专科学校、川北大学等10余所院校的农学院和部分农业及经济管理系科并入。1979年由国务院批准成为国家重点大学，直属于农业部。1985年西南农学院更名西南农业大学。2001年合并了荣昌畜牧兽医学院、中国农业科学院柑桔研究所，成立了荣昌校区。该校已经于2005年7月16日正式与西南师范大学合并成立综合性大学西南大学。