使用的氨基酸所固有的，因为即使没有进化史的人工蛋白质也很容易结合金属。人体中的大多数金属都与蛋白质结合。 例如，人体中铁的相对较高浓度主要归因于血红蛋白中的铁。
配位化学原理.金属蛋白中的金属离子一般是与多肽链上氨基酸残基中的氮、氧或硫原子或与蛋白质相结合的大环配体相配位。由于金属离子的特殊氧化还原性质，金属酶常用作催化生氧化还原反应的催化剂。除了由氨基酸残基提供的供体基团外，许多有机辅因子还起配体的作用。 也许最着名的是并入血基质蛋白中的四齿N大环配体。 无机配体如硫化物和