世纪中叶，吐蕃禁止佛教传播，桑耶寺也遭到封禁。10世纪后期重新开放后，这里遂成为宁玛派（红教）的中心寺院。萨迦派统治时期，对该寺进行过修葺，并派遣僧人住寺，此后就形成了宁玛、萨迦两派共处一寺的局面。
寺院布局.桑耶寺是以古印度波罗王朝在摩揭陀所建的欧丹达菩提寺（o-tanta-pu-ri，飞行寺）为蓝本兴建的，虽然后世因为火灾而多次重建，但建筑格局始终保持了初建时的风貌。目前寺内的建筑大都是在七世达赖时重建的，占地面积约11万平方米。寺院的平面为椭圆形，按佛经中的世界构造进行了布局