病原体.导致疾病的微生物被称之为病原体。虽然大多数细菌既不致病也没用处，但一些细菌会导致疾病。大肠型细菌虽然不会导致疾病，但常被用作水污染细菌指标。其它在地表水出现的微生物有时也会致病，如：高浓度病原体可能来自就地卫生系统（化粪池、旱厕）或排放未经足够处理的污水。这也可能是污水处理厂二级处理不佳所致（多发生在欠发达国家）。在发达国家，老城破旧的污水系统泄露（管道、泵、阀门）会导致卫生下水系统满溢。有的城市有合流下水系统，会因雨水冲刷而排放未经处理的污水。 淤泥（污水排放带来的沉积