民国三十四年（1945年）五月二十二日，清华大学、北洋大学、燕京大学的部分四中校友返校，向本校高三学生做反内战宣传。内六区警察局闻讯后派数十名警察持枪冲进学校，包围了礼堂，捆绑正在演讲的校友。在场的四中学生警察发生争执，有几名学生被刺刀刺伤。后北平市长何思源派专人来校为校友松绑，并向学生道歉。同年化学实验室发生爆炸，学生组织义演募捐用来重建化学实验室。民国三十七年（1948年）底至三十八年（1949年）初，中华民国国军占领校园，学校被迫停课，校舍成为为兵营，操场成为炮兵阵地，百余株树木被砍伐，课桌椅被焚