立以来发生过多起的丑闻或争议事件，涉及人权、贪腐、叛逃、违纪、犯罪等。
两蒋时期.
1949年.1949年7月13日，时任陆军步兵第三九师代理师长的韩凤仪强迫流亡澎湖的学生入伍，引发流血冲突。事发后，校长张敏之、邹鑑和五名学生刘永祥、谭茂基、明同乐、张世能、王光耀以「匪谍」罪名被押到台北马场町枪决。
1964年.1964年1月21日，陆军装甲兵副司令赵志华在台湾新竹县湖口乡装甲兵基地发动叛变未遂，被军事法庭判处死刑但未执行。1975年