向重复序列（IRS）、短独特区（US）及末端反向重复序列区（TRS）等四个区域，估计可编码78种蛋白质，其中有65个基因位于长独特区，11个位于短独特区，另两个则分别位于IRS与TRS。有三个基因为鸭瘟病毒特有，不见于其他疱疹病毒中。基因组中已知有两个复制起点，分别位于IRS与TRS区域。鸭瘟病毒感染宿主后，一般在消化道粘膜中复制增殖，并散播至腔上囊、胸腺、脾脏与肝脏等部位，属可以感染多种组织的泛嗜性病毒（pantropic virus），可造成宿主淋巴组织的坏死或凋亡，进而造成免疫抑制。Secti