定了“南开大学发展方案”，提出“知中国、服务中国”的办学宗旨，以及“以中国历史、中国社会为学术背景解决中国问题”的目标。1929年，南开大学改科为院，设立文学院、理学院、商学院及医预科，共13个系。同年9月，历史学教授蒋廷黻、经济学教授萧蘧、植物学教授李继侗三位留美骨干教师因私立南开大学经济实力薄弱，被罗家伦延揽至条件待遇优沃的清华大学任教。1931年，南开大学成立经济学院，创办化学工程系和电气工程系，附属于理学院，陈芝琴捐资建成芝琴楼。同年9月，位于保定的河北大学被改组，部分法科学生转入南开大学就读。