学院近代史研究所南京史料整理处是中国第二历史档案馆的前身。1949年中华民国政府迁台湾时，因久无馆长主持馆务，国史馆档案人员大多未能随政府迁来台湾，国史馆业务暂由国民党党史史料编纂委员会代行。1957年，国史馆在台湾复馆，初设于台北县新店镇（今新北市新店区）。1973年3月5日，行政院秘书处《台(六十二)档字第一八八一号令》通报行政院各机关，「各机关大陆运台旧档案及在台已失时效案卷、文牍，移送国史馆珍藏」。2002年1月1日，台湾省文献委员会改隶国史馆，更名为国史馆台湾文献馆。2006年