武宗，不久刘瑾伏诛。同年，杨一清奉召入朝，拜为户部尚书。论功加太子少保，赐金币。次年，改吏部尚书。杨一清为政通练、性情宽大。其在吏部尚书任上，恢复此前为刘瑾所陷害的官员，并派遣官员去中原平定盗乱等，此后加少保、太子太保，廕锦衣百户。此后因选用尚书靳贵，而进杨一清为少傅、太子太傅。干清宫灾，诏求直言时，杨一清上书称皇上视朝太迟，享祀太慢，在西内大造寺庙，在禁中留宿边兵，并阐述在京畿内设立皇店的弊病，以及江南织造等扰民事情。之后因病乞归，武宗仍然挽留。大学士杨廷和丁忧时，武宗命其兼武英殿大学士，进入内阁