所有诊断系统对中央神经系统在神经层面的受损有着相同性，因孕期酒精暴露造成的神经性异常会可以诊断出胎儿酒精综合症，且功能性异常也一样。神经性问题可以以硬体征或可诊断的障碍来表示，如癫痫或其他障碍。软体征则是较广泛及非特定的神经性异常或征状，如异常的动作技能、感音神经性失去听觉、步调不准、笨拙、眼睛手部协调不良或感觉统合失调。很多软体征都有着常模参照条件，而其他则要在临床进行评估。
功能性破坏.当结构性或神经性破坏都不可见时，所有诊断系统都容许以功能性异常来评估因孕期酒精暴露造成