质主要有细胞膜「表面蛋白」和「分泌型蛋白」。大部分分泌型蛋白质在氨基末端含有20至40个氨基酸的信号肽。而膜蛋白均含有跨膜疏水性的α螺旋结构。利用计算机程序可以预测这两类蛋白，从而挑选相应的cDNA构建蛋白质阵列文库。一旦cDNA文库确定后，可将cDNA克隆到表达标记蛋白的载体内，应用高通量自动化的蛋白表达系统来表达和纯化带有标记的靶蛋白。
比较.和cDNA文库相比，蛋白质文库稳定性差，因为蛋白质易降解和沉淀。为了保证蛋白质的活性通常需要新鲜制备用于筛选的蛋白质。