转任参议，尚惇奉命出使萨摩藩。咸丰二年壬子四月三日（1852年5月21日），就任摄政。咸丰三年（1853年），八重山遇上饥馑疫疠，尚泰王召见尚惇，指示他与三司官一起商议赈灾之事，他遵旨办理。咸丰八年（1858年），度支官向汝霖（恩河亲方朝恆）、日帐主取向永功（牧志亲云上朝忠）等人接受萨摩藩藩主岛津齐彬的指示，作为萨摩藩的中间人，与秘密与法国传教士交涉购买军舰一事。尚惇反对为萨摩藩提供协助，同年岛津齐彬去世后，他说服尚泰王撕毁了与法国人之间达成的契约。翌年牧志恩河事件发生，尚泰王召见尚惇，下教条六款，直斥向永