念早期应用在灵长类动物、非洲大象、犀牛等。目前以哺乳类动物主导保育物种中心的概念仍是主流，虽然偶尔会有其他分类的物种被列入旗舰种，但大型动物与哺乳类动物仍占多数。旗舰种的设立有时成功地拯救该物种免于濒危，或是挽救被破坏的栖息地，例如美国的白头海鵰 与海牛。
物种选择.目前被入选为旗舰种包括孟加拉虎、大猫熊、金狮面狨、非洲象、亚洲象等。这些旗舰物种的选择是根据大众青睐度而定，并且必须能融入文化与社会价值。也有少数物种并非传统上具有魅力的群体，或是不具有魅力但对当地是重要物种列入旗