恢复为三个地方法院，同时台南地方法院选择以清治时期马兵营街福安坑溪南岸（后编为南门町二丁目）作为新院址，由总督府营缮课小野木孝治（一说是森山松之助）设计，于1912年落成。1915年发生西来庵事件，同年8月20日台湾总督府在此设立临时法庭来审理。二次大战后，台南地方法院继续沿用，在1969年因墙壁龟裂拆除了西侧的高塔。内政部于1991年5月24日指定本建筑为国家二级古蹟（今为文化部所辖国定古蹟），直到2001年4月台南地方法院搬迁至安平五期重划区新址之后，开始进行整修，除了部分移交给高雄高等行政法院设立