亚反抗波斯暴君的时机似乎已成熟，酝酿已久的紧张局势最终被米利都的暴君阿里斯塔格拉斯的行为点燃，爆发公开叛乱，为了在公元前499年一次损失惨重的波斯支持的远征后自救，阿里斯塔格拉斯选择宣布米利都成为民主国家。这也引发了爱奥尼亚其他地区类似的反抗，波及到和伊奥利亚，是“爱奥尼亚起义”的开始。希腊城邦和埃雷特里亚也加入到了由阿里斯塔格拉斯引起的这场斗争中，在他们唯一的战役季节（公元前498年）期间，也促成了对波斯萨第斯地区的首府进行掠夺和烧毁。在这之后，爱奥尼亚起义持续了五年（没有了其他外在援助），最终被波斯