1月1日，《行政院卫生署中央健康保险局组织法》施行，更名为「行政院卫生署中央健康保险局」，中央健康保险局首长职称从「总经理」改为「局长」。2013年1月1日，二代健保正式实施。6月19日，制定《卫生福利部中央健康保险署组织法》，随后，7月23日，随卫生福利部成立，而改组为「卫生福利部中央健康保险署」。7月，健保署建置了以病人为中心的「健保云端药历系统」，提供特约医事服务机构的医师在临床处置、开立处方时及药师用药谘询时，可以即时查询病人过去3个月的用药纪录，避免重复用药的情形发生，提升用药安全及品质。20