隧道一併于1998年启用，于1998年7月2日由时任中共中央总书记兼中国国家主席江泽民主持开幕仪式，7月6日正式启用。连同其他相连基础建设，造价约为90亿美元，佔《香港机场核心计划》中成本的40%。为了赤鱲角岛上的文物，英皇御准香港赛马会拨款资助香港考古学会在岛上考古调查及发掘。行动于1990年展开，历时16个月。首要任务就在该岛上进行全面性调查，纪录旧坟墓和旧建筑物，并且找出原来的耕作模式。考古人员在深湾村、虎地湾及虾螺湾等多处考古遗址出土很多新石器时代中期至青铜器时代的陶器。在赤鱲角亚妈湾一座约于1