任了美国卡内基研究所、美国国立卫生研究院的客座研究员，在许多美国研究机关以客座身份活动。1979年，本庶担任大坂大学医学部教授。1982年，兼任京都大学医学部教授，1984年开始在京大专职，担任了京都大学基因实验设施的负责人。此后数十年，他又担任过弘前大学教授、京大研究科长、医学部学部长等职。2005年开始转为京大教授。除此之外，他也曾是日本免疫学会会长（第11代）、内阁府议员。