42年间以台湾远征军为名，于台湾北部的基隆与淡水两地建立军事力量。其中，基隆和平岛以圣萨尔瓦多城为根据地，淡水则以红毛城为军事要塞。不过，两地驻军合计约只有300余人。1642年，荷属东印度公司派出佣兵700名及战舰数艘，从大员出发，接连攻下西班牙所建两城堡，至此，西班牙于台的军事力量，随着荷兰人的趋走计划同时消失。
明郑时期.真正以军事力量有效统治台湾全境，应为明郑郑成功于台湾创设的明郑王朝政权，郑成功为闽南泉州人，在日本出生，继承了父亲郑芝龙的基业，他对日本、中国、台湾、南洋的