小学、中学、大学的怀理书院并于1888年改校名为汇文书院，分文、理、神、医、艺术等科。义和团运动时，学校因系教会学校，教学设备遭到破坏，后重建校舍，先后盖起了德本斋、德厚斋等学生宿舍楼。民国七年，即1918年，汇文学校大学部和在京其他教会学校合并，定名燕京大学，迁往海淀。原校址只留中学部和小学部，更名汇文中学和汇文一小。其中盔甲厂校舍转交给汇文一小；崇内船板胡同的汇文大院，留下大学预科和中学两部，由中国人高风山任校长。1959年，因建北京火车站，占用了大部分校舍，汇文中学遂迁至崇文门外培新街。