仍有不轨之处。由于林家身为平定事件功臣，在这波官司中获得优势，使其中多数官司无疾而终。然而，与林应时的官司却难以解决，甚至1869年三月这些案件交由台湾府审理后仍未能解决。民间官司之外，官府也对林家势力坐大感到畏惧，进而试图整肃林家。1869年五月杨在元北上巡视时，林应时同其他族人与洪家向他控诉林文明的行径，而杨在元也借机鼓励他人指控林家。而林文明见此情形，试图向杨在元申辩，但却遭到严厉驳斥。虽然如此，林文明仍试图向各官府抗争，以表明自己的清白。
冤案惨死.1869年九月，林家