1958年党选，林苍佑在总会长职挑战成功，从陈祯禄手中接任。林苍佑提议修改党章增强中央委员会的权力，尽管成功通过了提议，但分裂了党。 1959年大选，林苍佑要求增加马华竞选的议席从28个至40个，但巫统主席东姑阿都拉曼拒绝了。林苍佑之后辞去总会长职，由谢敦禄暂代。其他林苍佑支持者也退出马华以独立人士身份参选，导致马华折损一些议席，在31席中只赢19席。 林苍佑在1960年12月退党，之后在1968年成为民政党创始人之一。1961年，受到东姑的赏识的陈祯禄之子陈修信成为第三任总会长。 陈修信带领马华在1964