科尔寺于1581年（第三世达赖喇嘛时期）开始修建，第二世香根活佛（1908年－1949年）时期发展迅速，寺院僧人曾达到七千人。于中共建政后的年代，武装反抗亦于藏区蔓延，而长青春科尔寺亦不幸被战火波及，于1956年3月被「平叛」的解放军空军以轰炸机炸毁；改革开放后，寺院于1982年重建，恢复了法相院和密宗院，寺内大殿可容纳3500人。目前僧人近三千名，是康巴地区唯一能授格西学位的格鲁派寺院。2004年增补为第六批四川省文物保护单位。2013年3月5日列为第七批全国重点文物保护单位。