八年。2000年，他被调任河南省委书记。2003年1月，上调中央，出任中国社会科学院院长、党组书记。同年3月，在全国政协十届一次会议上，陈奎元又当选为第十届全国政协副主席；并于2008年3月获得连任。2013年4月，卸任中国社会科学院院长、党组书记，由王伟光接任。
争议.于2013年11月19日对陈奎元以及其他4个前中国政要发出逮捕令，并指控5人涉嫌在中国对西藏进行种族灭绝罪行。中国官方对西班牙法院这一做法表示不满，并指责提起诉松的境外组织。也谴责西班牙干涉中国内政，。