580年（太建十二年），进位督沔汉诸军事，因公务原因免官。581年（太建十三年），召还任中护军。出任护军将军、荆州刺史。582年（太建十四年），陈后主即位，进位征西将军，改封逍遥郡公。入朝为侍中、护军将军。589年（祯明三年）隋军渡长江，樊毅建议仆射袁宪，在京口、采石要地布置精鋭、加强防守，诸将赞成。施文庆封锁隋军情报，樊毅的作战计划没有实行。建康陷落后，南陈灭亡，樊毅入关中，不久去世。