个特化分支，这使传统的双子叶植物分类成为一个并系群而不再被视为有效分类。APG分类法对被子植物的基因研究确定单子叶植物是被子植物分支之下的一个单系群分支，分类有效，并设立了单子叶植物分支，内部分类则有许多变动，包括否定了兰目这个多系群分类，并成立了天门冬目、薯蓣目等新目。2003年经过修订的APG II 分类法也使用这种分类方法，包括传统分类中所有单子叶植物纲中的植物种类。APG II 分类法将单子叶植物分支中的植物分为10个目和2个单独的科， 其中部分目列入鸭跖草分支（一 个基因亲缘群体）。