15年间，把261系的车体倾斜系统拆除，而在2015-2016新制的列车更取消了这个设备。顺应全球性的禁烟趋势，在2006年3月18日实施的时刻表中，所有在北海道境内起讫的列车，全都改为全禁烟车。而许多由本州驶入北海道的列车，也陆续撤除车厢玄关处的烟灰缸，慢慢达到禁烟化的目的。事实上，JR北海道经营基础比JR九州及JR四国还要脆弱得多，当地地广人稀，夏季与冬季温差甚大，而冬季严寒常伴有暴风雪，加速铁路基建及设备老化及损耗，要花费更多人力物力应对，这使JR北海道在维护及营运成本比日本其他铁路公司都要沉