藤田东湖也与家老户田忠敬、勤王家寺社奉行今井惟典一起受到禁闭处分，并没收田禄邸宅。同年5月东湖被幽禁于小石川的藩邱，次年(1845)被转移到间岛小梅村，监视更严。嘉永5年（1852），撤销对于东湖的处分，重回藩政。安政2年10月2日（1855年），在安政大地震不幸遇难，享年50岁。
死后.德川齐昭受到很大打击。东湖之死对朝廷也是一个打击。齐昭将“两田”死亡的报告送给鹰司关白，鹰司立即转呈天皇。据说天皇对东湖的孝心深感钦佩。鹰司关白安慰齐昭，送书说：“可谓忠孝两全之士。想必万分遗憾，