领援军赶到库斯科，占领了城市。他的派系因此控制了库斯科，并且囚禁了皮泽洛的兄弟。曼科·印卡在撤退到奥兰泰坦博后，在一段时间内，继续进攻西班牙军队，曾在正面战中，击败过西班牙军队。后来他继续退到比尔卡班巴，在当地建立新印加王国并坚守了几十年。其子图帕克·阿马鲁最后兵败被俘，在1572年为西班牙人所处决。西班牙人拆毁了库斯科的所有印加建筑，在废墟上建造了另一座西班牙城市，并且继续殖民、开发前印加地区。征服印加过程，前后历时四十年。很多印加人都试图反抗，但都没有成功。西班牙人依靠残酷、勇气、狡猾，以及天花