仅经过确认的就高达32,777种，占全世界约23万种的14.6%。其中有1,872种是日本特有种。日本近海的真核生物种类数种排在世界第二，仅次于澳洲近海海域。可以说日本海洋生态系统的多样性也是世界前列。日本目前共有四处世界自然遗产，分别是白神山地、屋久岛、知床半岛和小笠原群岛。白神山地横跨东北地方的青森县和秋田县，拥有世界最大的山毛榉原生林。屋久岛位于鹿儿岛县南部，岛上有珍稀的绳文杉，其历史超过6,000年，有「神木」之称。知床半岛位于北海道东部，亦是许多珍稀动植物的生息之地。小笠原群岛因其远离大陆，岛