南安人郑芝龙拥立唐王朱聿键在福州（福京天兴府）登基，年号隆武。隆武二年八月十日（1646年10月6日）隆武帝被清军俘虏。此后，郑成功（国姓爷）先后以厦门和台湾为基地继续抵抗清军大约40年之久。
清朝.清朝在福建省增设了福宁府、台湾府和龙岩州、永春州。共设10个府、2个直隶州和63个县、5个厅：福州府10县（闽县、侯官、福清、长乐、永福、闽清、连江、罗源、古田、屏南）、建宁府7县（建安、瓯宁、建阳、崇安、浦城、松溪、政和）、泉州府5县（晋江、南安、惠安、安溪、同安）1厅（马巷）、兴化