庆应3年12月9日（1868年1月3日）发布王政复古的大号令，新政府因此诞生，江藤新平也与副岛种臣一起被派遣到京都，代表佐贺藩参与新政。戊辰战争中，江藤被任命为东征大总督府的军监，并与土佐藩士小笠原唯八一起前往江户进行侦察。在萨摩藩的西乡隆盛与幕臣胜海舟会谈并决定江户开城后，由江藤负责接受城内的文书。然后他回到京都与大木乔任连名向岩仓具视建议将江户改名东京（东京奠都）。面对以旧幕臣为中心的彰义队所产生的问题，与大村益次郎等共同主张讨伐，并以军监的身分在上野战争中将彰义队赶到寛永寺周围，凭借佐贺藩的阿姆斯