考量地形上的方便性后，改隶属萧壠支厅。
併入嘉义厅及台南厅.明治42年(1909年)10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，盐水港厅废止，盐水港、店仔口、前大埔、布袋嘴等地併入嘉义厅，北门屿、蔴荳、六甲、萧壠等地併入台南厅。1920年，台南州成立，盐水港支厅、店仔口支厅、前大埔支厅合併为新营郡，郡治设于新营街，代表纵贯线铁路经过的新营已接替盐水之地位，成为区域中心。
人口.以下为1908年底，盐水港厅下现住人口数超过三千人之街庄：