见了李济深及章伯钧等人，通过章伯钧与中共方面的周恩来取得联系。吴化文回到兖州后，山东野战军司令员陈毅即放回被俘的于怀安。1946年11月，陈毅与吴化文双方派代表联系，取得默契。1947年2月，山东保安第2纵队改组为整编第84师，吴化文任师长，该师归邱清泉指挥。1948年（民国37年），整编第84师调往济南。同年8月，整编第2师（师长阎子丰）被拨给吴化文，成立整编第96军，吴化文任整编第96军军长兼济南西守备区指挥官，整编第96军下辖整编第84师（师长吴化文兼）、整编第2师，归王耀武指挥。军统局还委任吴化