年辞去副校长职务。在中国科学技术大学期间先后担任数学系副主任、数学研究所所长、副校长、研究生院院长、校学位委员会主任、校学术委员会主任等职务。2000年从中国科学技术大学退休，仍担任中国科技大学“华罗庚讲席教授”。2002年与姜伯驹一同获得第五届华罗庚数学奖，并于10月31日在中国科技大学水上报告厅接受颁奖。2010年冬，因癌症进入中国人民解放军海军总医院进行治疗。2011年1月10日14时14分，龚昇因医治无效于北京去世。逝世后，经丘成桐与杨乐两人倡议，中国科学院数学与系统科学研究院与中国科技大学