寺进行修葺，但帕巴寺主体建筑仍保持历史旧貌，带有浓厚的南亚风格。帕巴寺是廓藏战争时的重要地点。1789年，中国清朝和廓尔喀（今尼泊尔）两国在如今吉隆镇帕巴寺附近举行和谈，中方代表在廓尔喀侵略军的武力胁迫下，在不平等条约上签字。1791年，廓尔喀人在聂拉木“雪康”大楼（如今该楼尚存墙基）以和谈为名，杀害西藏噶厦官员代表及随从，并且绑押了西藏方面两名官员送往廓尔喀首都加德满都关押。当年，廓尔喀侵略军进攻定日协格尔寺遭到顽强抵抗，不得不转而进攻日喀则。1792年，清朝的将军福康安奉命率领1700多人开至前线同