变化会影响母乳微生物群中的分类组成母乳微生物中的分类组成和多样程度也依母亲的地理位置有很大的不同，不过还需要有更多不同地方妇女参与研究，以了解不同地区的差异。产妇在围产期是否使用抗生素，和母乳中乳酸桿菌，双歧桿菌，葡萄球菌和的出现率有关。中非共和国的研究发现母乳中的微生物多样性越广，越会观察到母婴的社会网络密度。
哺乳阶段.母乳中的微生物群也会随哺乳阶段而不同，初乳中的微生物群多样性比较高。母乳中微生物群的的分类组成也有不同。一开始的母乳，其中的微生物以、、葡萄球菌、链