儒家的回族穆斯林学者马注也曾同南部的明朝遗民共同反清。在广州，有一座“回教三忠墓”，这是在满族侵略中国广州时，为纪念羽凤麒、撒之浮、马承祖三位反对清朝却被杀害的明朝穆斯林将领而建立衣冠冢。
陕甘与云南回变.这段时间里，穆斯林多次起事反抗清朝，其中规模较大的有同治陕甘回变、同治新疆回变和云南回变。清政府下令清剿叛军，云南回变中近百万人被杀，同治陕甘回变中上百万人被杀，另有人估计当时甘肃境内有九成汉民及三分二回民被屠杀。然而，在中国东部和南部各省的穆斯林并没有叛乱，也丝毫没