骨的长度为28公分，宽度为13公分。上颌骨的侧边有独特、延长的凹处，位在第9或10颗牙齿处。如同其他鳄形类，皱折鳄的其他头骨表面也是凹突不平。每块前上颌骨有5颗牙齿，每块上颌骨有16或17颗牙齿，牙齿间的间隔宽。吴肖春等人根据腭骨，认为皱折鳄不属于真鳄类；但从多于两排的皮内成骨鳞甲，以及鳞甲的形状，可知牠们比稜角鳞鳄等鳄形类，更接近真鳄类。他们认为皱折鳄类似伯尼斯鳄、沙漠鳄、以及一种发现于玫瑰谷地区的未命名鳄形类，但没有上述物种衍化。在2008年的一份亲缘分支分类法研究，皱折鳄与未命名的玫瑰谷鳄形类被分