院最初沿着美国东岸所设立，位于主要港口城市，以波士顿为起初，其后再在巴尔的摩设立。在法案通过时，美国东岸是唯一有港口的海岸。随着美国边界扩张，其他海岸亦设立了港口，海事医院亦跟随扩张。在1830至1840年代，海事医院亦建立在内陆水道，包括五大湖和墨西哥湾。在取得俄勒冈地区（1846年）和加利福尼亚（1848年）后，这些医院亦在1850年代设立于美国西岸。这些医院的资金来自所有水手1%薪金的固定税金。在1870年的重组，松散的海事医院网络转化成由中央控制的（海医署），并在华盛顿特区设置总部。医务