利义澄派发生战争，但在永正8年（1511年）8月船冈山之战爆发前义澄病死，而且此战中义尹派胜利。足利义尹的将军之位得到确定，改名义稙。足利义稙任命细川高国为管领、大内义兴为管领代，并以大内义兴为军事支持。然而由于足利义稙有很强的亲政倾向，永正10年（1513年）3月，由于与细川氏、大内氏、畠山氏等家族的对立，足利义稙逃往甲贺郡，并在当地生了病。一时间流传着将军死亡的说法，东寺和伊势神宫为将军的病愈而祈祷。同年5月义稙与各家族和解并回到京都。永正15年（1518年）大内义兴以领内有事为由，辞去管领代之职归国。