孝建元年（454年），宋廷开始收取北府军重地南徐州侨户的租税，开始动摇其义熙土断以来特殊的地位。而文帝以后北府军对军事及政治的影响力亦愈来愈弱，南齐建立后，齐武帝在永明二年（484年）撤销京口军府，宣告北府军正式结束。
研究.田余庆在其着作《东晋门阀政治》中将北府兵的发展历程分为四个阶段：田氏亦对北府兵的组成特点作出分析：