次后被以「参加叛乱组织」罪名判处有期徒刑10年，而唯一证物正是西装外套中那本《狂人日记》。此后，苏友鹏被长期监禁于绿岛；此间，他曾在狱中联合8位同为政治犯的医师及护士组成医疗自救会，并以其专业服务狱友及当地居民。
出狱生活.1960年5月13日，苏友鹏被释放并返回台湾本岛，随后回到台大医院任职，并于结婚后在铁路医院耳鼻喉科服务长达30年；但是，此间他仍长期遭受监控。1970年代初，苏友鹏因黄纪男登门造访遭调查局人员强行押回审问，并在一天后获释；苏友鹏返家后随即销毁其中所有外国杂