时代后整个犬上郡成为彦根藩的领地，同时中山道在郡内设有。19世纪末明治维新后，彦根藩在1871年实施废藩置县后设为彦根县，不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入长滨县，最初长滨县县厅虽然设于犬上郡内的彦根，但由于规划未来将会把县厅迁至坂田郡长滨，因而县名命名为「长滨县」，不过在县厅完成迁移后，又决定再将县厅迁回犬上郡内的彦根，因此依据犬上郡的郡名将长滨县更名为犬上县，不过仅半年后，犬上县又与滋贺县合併。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「犬上郡」，并在彦根町（位于现在的彦根市）设