被诬陷逮捕入京。大学士夏言力救免罪，孙继鲁却未表谢意，夏言因此不悦。改补黎平府知府，升任湖广提学副使，进山西参政。嘉靖二十三年（1544年），升山西按察使。改任陕西右布政使。嘉靖二十六年（1547年），以都察院右副都御史、巡抚山西。与时任总督都御史翁万达发生冲突，两人上疏互讦。恰逢嘉靖帝依赖翁万达，于是大怒孙继鲁私自上疏引往事议君上。而夏言亦厌恶孙继鲁，遂逮捕其下诏狱。疽发于脖颈，病死狱中。明穆宗即位后，赠兵部左侍郎，赐祭葬，廕一子，谥清愍。