数蛋白质在称为微小梁晶格的网络中紧密结合的观点是不太可能的。在原核生物中，细胞质基质包含细胞的基因组，在被称为拟核的结构中。 这是一种DNA和相关蛋白质的不规则块，可控制细菌染色体和质粒的转录和复制。 在真核生物中，基因组被保持在细胞核内，细胞核通过核孔与细胞质基质分离，核孔阻止直径大于约10纳米的任何分子的自由扩散。细胞质基质中这种高浓度的大分子会产生一种称为（Macromolecular crowding）的效应，即当其他大分子的有效浓度被增加，因为它们较小的体积移入。这种拥挤效应会导致细胞质中