领邦联陆军第二次向北方突袭时对西弗吉尼亚州战略地位非常重要的哈珀斯费里构成威胁，雷诺兹则负责城池防守。1863年3月31日，测绘工兵队取消独立编制，并入工兵队，雷诺兹继续在陆军工兵队任职。两支部队的军官都根据晋升时间保留原有军衔。随着内战尾声临近，拉科塔族的威胁逐渐浮现，雷诺德对五大湖地区的知识和经验就变得比指挥防守哈珀斯费里更为重要。1864年4月，他返回五大湖，成为测绘工作和灯塔建设的主管工程师，此后再也没有返回战场。就在战争正式结束前，雷诺兹于1865年3月13日因立功表现晋升准将。Secti