中华民国国防部进行覆判。死囚羁押于各师级单位之下的军事看守所，国防部判决死刑定谳，将卷宗归还各师级单位后，士官兵、尉官由师级单位少将（含）以上主官批准死刑执行令，校官、将官则由中华民国国防部部长批准死刑执行令。虽规定死刑于军事监狱内执行，但实务上多由中华民国宪兵部队以步枪或卡宾枪于「军事监狱附设临时刑场」，通常就是贴上「军事监狱附设临时刑场」海报的靶场执行。1999年军事审判法大幅修改后，军事审判改为四级三审制，国防部不分军种，依地区成立地方、高等、最高军事法院，而死刑、无期徒刑案件尚需由高等军事法院（