拉伯社会复兴党政府从1963年下台后，贝克尔转入地下活动，成为直言不讳地批评政府的人士。在这一时期，他被选为复兴党伊拉克分支的总书记（首脑）并任命他的表弟萨达姆·侯赛因为副总书记。1968年7月17日，贝克尔通过政变担任革命指挥委员会主席，并成为伊拉克总统，随后再次兼任总理，持续统治该国12年。1979年7月16日，他以“健康原因”告老引退，不再担任总统，仅保留革命指挥委员会主席的虚职，海珊则接任他成为该国总统和总理。贝克尔于1982年去世，死因没有公布。