徐继畬因此被彻底罢官，回到故里。当时正逢捻军之乱以及同治回乱，徐继畬协助官府率领团练协防辽州、上党、阳城等要地。深受当时兼任山西巡抚的沈桂芬的好评。咸丰六年（1856年）他被平遥超山书院聘为书院山长。同治四年（1865年），徐继畬被重新起用，任总理各国事务衙门行走并管理同文馆。之后又任太仆寺卿，授二品顶戴。同治八年（1869年）告老辞官，并于同治十二年（1873年）在家中去世。《清史稿》有传。
着作.《瀛寰志略》成书于道光二十九年（1849年），是由徐继畬根据自己在福建两广地