商人就将顶郊行政中心设于该庙，顶郊得到了宗教庇护与场地，拥有税金，团练，甚至诸如道路辟建、义渡、义仓、赈灾、巡更等公共事务，是顶郊军政的大本营。不过，这体系并没有将同安人的下郊纳入。19世纪，艋舺移民渐多，同安人为主的下郊，与三邑人的顶郊为了争取艋舺码头的泊船权利，加上同安人自己奉祀有乡土神霞海城隍，并未加入龙山寺的信仰圈，时常发生冲突。在公家官衙刻意忽视下，1853年，三邑人终于与同安人发生了俗称「顶下郊拚」的分类械斗。另外也有种说法，械斗发生原因，是因为同安县地处泉州府、漳州府两府（意即比起偏北