负责协调、处理泛珠三角区域9个省区共16个直属海关的合作工作，重大事项报海关总署党组。2005年2月，经海关总署批准，海关总署广东分署向社会公布了《海关积极参与和推动泛珠三角区域合作的十项措施》，启动了泛珠三角区域海关合作机制，在此过程中获得香港海关和澳门海关的支持及参与。
管辖范围.海关总署广东分署的管辖范围包括：广州海关、深圳海关、拱北海关、汕头海关、黄埔海关、江门海关、湛江海关。这七个海关均为正司局级。