法师邀请，担任三坛戒会的戒师。民国四十六年间，在狮头山短暂停留，利用嘉义市低矮的平房当佛寺，创建小灵山永明寺。民国四十九年一群信徒和慈善人士，为了「善护生物」，组织「长寿放生会」，推举法师为会长，定期放生。民国五十年清严法师从嘉义到台北，在台北县新店碧潭的芊蓁路，以一间民宅当佛寺，名为海藏寺，此地环境清净，是适合修行的好地方。
圆寂及后事.民国五十九年三月二十五日，清严法师如往常早起供佛早课，清晨四点多时就圆寂了，世寿四十七岁。圆寂前一个月，清严法师已事先预定两口坐缸。