W2、W8航路、澎湖马公到金门的W6航路都穿越了海崃中线，中华人民共和国政府对此不提异议。直至1990年代，台湾方面仍有军机越过海峡中线抵近侦察自苏浙一带至粤琼一带的中国大陆海岸线。
1990年代至今.1996年至1999年，台海危机发生时，中国人民解放军军机演习靠近台海中线，并有零星飞越台海中线的情况发生。2004年5月，时任中华民国国防部部长李杰公佈海崃中线的实际座标。2008年两岸直航定期航班及海上航班分别开通。2011年6月29日，中国人民解放军两架Su-27战斗机