军入城，后惠帝在宫内自焚而死（一说他由地道逃亡，从此失去踪迹）。燕王进京后，文武百官多见风转舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，结果被捕下狱。
不屈而亡.当时方孝孺已经是名闻天下的第一大儒，其学识品德为四海所称颂。朱棣起兵时，其谋士姚广孝曾对他说，“城破之日方孝孺是决不会投降的，但万万不能杀他，否则天下读书种子（能承先启后的读书人）将会灭绝。”朱棣点头答应。其实，朱棣也有意借用方孝孺的威信来收揽人心，所以当燕军攻破南京后，朱棣屡次派人到狱中向方孝孺招降，希望由他撰写新皇帝即位的诏书，方孝