八年（1848年）调闽县，进邵武府同知，移台湾鹿港。时反清武装林恭等陷凤山，知县王廷干、高鸿飞相继死，郡城岌岌可危。昭慈闻警讯，航海前往援助，协力守御。咸丰四年（1854年）擢台湾府知府，尽力搜捕余党。咸丰八年（1858年）进按察使衔分巡台湾兵备道，兼督学政。同治元年（1862年）戴潮春事件爆发，昭慈督兵驰抵彰化县，部署未定，兵败城破。孔昭慈在文庙前自鸩殉国。谥刚介。《清史稿》入《忠义传》。