4月（万历二十一年三月）由吏部尚书孙鑨、左都御史李世达和考功司郎中赵南星主持的癸巳京察，臣僚乘机徇私毁誉，结援同党，有大批的大臣被罢免，吏部文选郎吕胤昌、给事中王三余，均被斥黜，引起轩然大波。事后言官又劾论吏部稽勋司员外郎虞淳熙、兵部职方郎中杨于庭、主事袁黄（袁了凡）。1605年（万历三十三年）东林党人杨时乔与左都御史温纯主持乙巳京察，距癸巳已十二年，期间爆发了“楚太子案”，形成沈一贯与沈鲤两大集团的斗争，沈鲤借机贬谪浙党官员给事中钱梦皐、钟兆斗及御史张似渠、于永清，沈一贯则称病闭门家居，最后内阁只剩朱