，于80年代中期，因应小松岛线废线后，南小松岛站代替了原本的中心车站「小松岛站」而进行过翻新工程。，加设了商店位置及更换站舍外壁。现时除了站务室及候车大堂外，亦设有由JR四国属下子公司的面包店「Willie Winkie」，而便利商店则已经结业。设有岛式月台1座，提供1面2线的配置，有效长度比一较车站为短，只有3辆。月台长度并不能完全容纳第4卡。月台和站舍以平交道连接，位处于月台末端向德岛站方向，为无障碍斜道。有盖候车亭设于月台中央位置。两边转辙器均为Ｙ型，即两边轨道均为对等轨道。Section::