糖原磷酸化酶只能打断某些α(1→4)糖苷键，并不能作用糖原分子分支部分的α(1→6)糖苷键。而且，对于与分支点相距三个葡糖残基的α(1→4)糖苷键，糖原磷酸化酶同样是无能为力，这些糖苷键只有借助脱支酶才能水解。糖原磷酸化酶在哺乳动物中主要存在三种同工酶：肌型、肝型和脑型。
结构.糖原磷酸化酶由两个完全相同的97k亚基组成，每一个亚基与一分子磷酸吡哆醛辅基通过亚胺的形式共价结合，具N端（1～484aa）和C端（484～842aa）两个结构域。磷酸吡哆醛的作用不明，有研究显示用硼