东丰线的月台则是与南北线平行，但位于车站东翼的地底下。两条地下铁路线本身并没有交会，而是在札幌车站处以东西向的地下通路相连。车站的检票口位于地下一楼（但如果以周遭相连建筑物的地下室楼层来比较，其实已经有地下二楼的深度）。南北线的月台位于地下二楼，採一座岛式月台两条乘车线配置，而东丰线也是一样採一座岛式月台两条路线的设计。