厦门宗座代牧区独立出来，成立独立管区台湾宗座监牧区。1949年12月31日，圣座将台湾的天主教会划为台北宗座监牧区、高雄宗座监牧区两大管区，台湾东部分属两个宗座监牧区管辖。1952年8月7日，台湾的圣统制度正式建立，圣座再将西部平原地带的云林县、嘉义县（市）、台南市、台南县、澎湖县等6个县市独立出来，设置嘉义宗座监牧区，由阳谷教区主教牛会卿担任宗座监牧。1961年3月21日，圣座再将台南市、台南县、澎湖县划出，成立台南教区，罗光神父担任教区首任主教。1970年，圣座又将澎湖县划出台南教区，独立设置澎湖宗座署