.深圳湾口岸深圳口岸区曾经发生坏电脑事故，引致深圳湾公路大桥大塞车
恶劣天气下之影响.因连接深圳湾口岸的深圳湾公路大桥是跨海大桥，在恶劣天气（如八号烈风或暴风信号生效时）下深圳湾公路大桥将暂停开放，深圳湾口岸因而暂停服务。如皇岗口岸仍然开放，持有过境车辆封闭道路通行许可证的车辆可改用皇岗口岸。
接驳交通.深圳湾口岸启用当日，港方共有三条专利巴士路线（B2、B3及B3X）及一条专线小巴路线（新界专线小巴618线）于傍晚6时起投入服务，，而深圳方面亦有两条巴