669年在其基础上建立了大学，有四个学院。 1782年减少到只有一个阅览室（奥地利帝国的所有其他大学，除布拉格，维也纳和利沃夫大学外都遭到了同样的对待），后来皇帝弗朗茨一世于1826年重建了因斯布鲁克大学。哈布斯堡王室在19世纪50年代逐步关闭了奥洛穆茨大学，因为奥洛穆茨的学生和教授参加了1848年革命和捷克民族复兴。奥洛穆茨大学的礼仪设施转移到因斯布鲁克大学。原奥洛穆茨大学自1580年代开始使用的礼仪锤现在仍在因斯布鲁克医学院和神学院使用。2005年大学图书馆内发现了腓特烈二世与康拉德四世间通信的