知悉修会几近身无分文，即收回决定，改为给予修会两个选择 ── 在清水湾或大角咀建立校舍。最后，修士们于九龙枫树街和诗歌舞街交界处（当时被称为"九龙内地段6421"〔K.I.L. 6421〕）建立校舍。在这期间，嘉林边道的校舍便告弃置，同学被安排至九龙邓镜波学校暂时上课。1955年12月9日，新建的学校启用，为表示与上海母校（上海圣芳济书院，即现在的上海北虹中学）的关系，便将学校命名为「圣芳济书院」。至今，学校正门的「九龙内地段6421」地界仍然被保留。而且部份教士仍然执教。
教育