生于苏黎世的一个毛皮商家庭。他曾在伊拉斯谟的朋友约翰·雅可布·阿曼的指导下学习过拉丁语。1531年发生的第二次凯普尔战争夺取了他父亲的生命，他不得不返回家中，维持一家的生计。但在一些朋友如麦考尼尔斯·奥斯瓦尔德和海因里希·布林格的帮助下，他得以进入斯特拉斯堡大学和博格斯大学读书，在巴黎他找到了一位慷慨的资助人。1535年，法国各地发生针对新教徒的迫害活动，格斯纳回到了苏黎世，草草结了婚。不久他的朋友们帮助他进入巴塞尔大学就读。1537年他担任新成立的洛桑大学的希腊语教授，空闲时会从事植物学的研究。同年他