1月20日，马帅在足协杯决赛中头球破门，取得致胜进球，大连实德以1比0击败山东鲁能泰山，成为联赛杯赛双冠王。2006赛季，马帅依然担任球队替补前锋，联赛出场9次，虽没有进球，但依然是球队牵制对手防守的利器。他在该赛季的代表作是2006年9月1日的2006年中国足协杯半决赛第二回合，他在大连实德1比4落后浙江绿城的情况下在第83分钟和伤停补时阶段连入两球，帮助大连实德把比分扳成3比4，并以总比分6比5惊险进入决赛。2007赛季前的球队热身中，马帅和球队的荷兰籍主帅邦弗雷雷发生言语冲突，之后再也未能进入球队