珀宫最终落入德军手中。德国极其重视这一无价之宝，于是用火车将其运抵东普鲁士的柯尼斯堡，存放在城市的城堡当中对外展示。1945年初，反攻的苏军已进逼哥尼斯堡，希特勒下令对琥珀宫进行紧急转移，试图从海路将其运往德国中部。但在命令下达之后不久，哥尼斯堡即被英国皇家空军夷为平地。1945年4月9日，苏军占领该城，却未发现琥珀宫的下落，自此琥珀宫即告失踪。
可能下落.尽管琥珀宫很有可能在二战中毁于轰炸，但许多人仍坚信它仍存在于某地。如果说琥珀宫被纳粹用船运走了，据考古学家估计，最有可能的