划3月起逐渐增加航班。屯门首班航班于下午3时10分开出；澳门首班航班则于下午4时10分开出。航程约40分钟，较来往上环港澳码头至澳门的船程约快15分钟。2016年9月15日，屯门至珠海九洲港的跨境渡轮投入服务。2019年4月10日起，屯门至珠海九洲港的跨境渡轮停止服务。2020年1月28日，政府鑑于COVID-19疫情扩散，宣佈包括此码头在内的若干个跨境口岸，将于同月30日凌晨零时起暂停服务，是屯门码头首次在八号及以上热带气旋警告生效以外情况而需紧急关闭。
渡轮服务航线.