状病毒在此区尚有编码另一辅助蛋白ns4.9的ORF，但OC43病毒该区序列发生了缺失而阙如；另外OC43病毒的衣壳蛋白开放阅读框中有Ia与Ib两个较小的ORF，而牛冠状病毒在此处则是具有一个完整的ORF。
演化.刺突蛋白序列的分子钟分析显示OC43病毒与牛冠状病毒约于1890年左右从共同祖先分家，有学者提出假说指当时爆发的流感疫情可能即是OC43病毒引起，而非流感病毒所致。OC43病毒与牛冠状病毒虽序列相似度高达96.6%，但无证据显示OC43病毒可感染牛只，亦无证据显示牛冠状病毒