江守护大名佐々木氏一族，同时也是近江的名门山崎片家的女儿为正室。 天正10年（1582年）4月14日、秀吉的中国经略，进军冠山城、清正获「一番乗」的封号，成功讨取竹井将监。1582年织田信长死后，清正参加山崎之战，1583年在贱岳之战中杀死了敌将山路正国，从而取得重要战功，成为贱岳七本枪其中一人，获封3000石。1585年当秀吉就任关白一职的同时，获封从五位下主计头一职。1586年参加九州征伐。统一九州后，1587年（天正15年）取代施政失败的佐佐成政，1588年与小西行长受封新领地，两人各分得半个肥