香港主权移交，女皇盃没受影响，每年继续举办，路程并改为2000米。1999年，女皇盃夺得瑞士钟表制造商爱彼表冠名赞助，易名为“爱彼表女皇盃”；国际赛事编录标准委员会亦于同年把赛事评定为二级赛。2001年，女皇盃获评定为一级赛。2002年，女皇盃成为世界锦标巡回赛第二站赛事。2003年至2005年，因杜拜世界盃退出巡回赛分站行列，女皇盃则成为世界锦标巡回赛首站赛事，直至2006年，世界锦标巡回赛全面停办。2005年度冠军爪皇凌雨、2011年度冠军雄心威龙、2014年度冠军威尔顿及2016年度冠军明月千里为香港