有感于教会中缺乏有重大社会影响力的文人学士和上流社会人才，因此他决定走上传统的科举道路，通过科举仕途来扩大基督教的影响。光绪三年（1877年），黄乃裳以第二名中了秀才。光绪甲申年（1884年），黄乃裳父亲病故。光绪二十年（1894年），黄乃裳以第三十名中举人。
百日维新前后.光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发。在黄海海战中，黄乃裳的三弟，担任致远舰副管带的黄乃模与邓世昌一起殉国。黄乃裳深慨国家内忧外患，政治腐败，社会堕落，于是弃八股而从新学。他在北京结交了康有为，并参与了公