教中双身法出现的最早证据，加上学者认为双身法是无上瑜伽所有，故而如来藏唯识学派可能晚于无上瑜伽密教。在《楞伽经》之后，又集成《密严经》等。在此时，南印度曾经出现一个以《楞伽经》为主的小型宗派，称南天竺一乘宗、南宗，或楞伽宗。由求那跋陀罗传入中国，形成禅宗的前身。
后期.在护法与清辩等人“空有”诤论的时代，如来藏学派与唯识派合流，形成唯识古学与今学之争。在戒贤与智光“性相”诤论时代，如来藏学派也与中观学派合流，形成了后人所称顺瑜伽行中观派等派别，后来又引起中观派中对自性空与他性空