九届全国人大第一次会议上，当选全国人大常委会副委员长；并于同年9月当选全国妇联主席。2003年3月退休后，依然担任全国妇联名誉主席、中国红十字会会长等职。
出访台湾.2009年3月29日，彭佩云以中国红十字会会长的身份，率团访问台湾。尽管彭佩云已是2009年内，第三位访问台湾的中国大陆现任（或退休）国家领导人，但依旧造成话题。
争议.于2013年11月19日对彭佩云以及其他4个前中国政要发出逮捕令，并指控5人涉嫌在中国对西藏进行种族灭绝罪行。中国官方对西班