筋造2层（部份3层）建的「美浓太田站自由通路」连接南侧JR线剪票口1处及北侧的长良川铁道出入口。
JR东海.岛式月台2面4线的地面车站。设跨站式站房。此站有站长及站员执勤，有自动售票机及绿色窗口。并负责管理高山本线的坂祝与飞驒金山间各站，及太多线的下切站、可儿站、美浓川合站等车站。
长良川铁道.此站为长良川铁道越美南线列车的始发、终点站。月台设置于往北浓站方向右侧。2006年之后，铁轨不再与JR连通。
使用情况.根据「岐阜县统