45年11月25日，西南联大等校学生自治会在举办了反内战时事晚会，发动学生罢课反内战，遭到国民党军开枪威胁。12月1日，国民党军人和特务袭击西南联大，炸死4人，伤者50余人，史称一二一事件。1937年8月日军攻占北平之后，北京大学委派孟森、马裕藻、冯祖荀、周作人四名“留平教授”看管校产，学校每月发给每人50元维持费。除了周作人，另外三名教授都是因为疾病、年老而不能南下昆明，并在日本战败前去世。1938年，周作人与冯祖荀出名具函托时任傀儡政府教育总长汤尔和与日本人谈判，保住了北大二院。但是周作人不久就与日