5年间李朝兴接管时只剩下三甲九分。战后初期，庙本身因战乱倒塌成为荒庙，真武大帝的神像亦流落民宅。1955年万丹乡代表会，欲将庙产公金一半移作万丹初中（今万丹国中）礼堂之用。后由邱万对连同万丹十三庄头村长反对，经中国佛教会理事长圆融法师协助，向台湾省政府民政厅声请寺庙登记。登记日期为1958年10月，证号码为屏东府字第七二六号，登记寺产水田二甲○六分九釐。并请屏东县政府，归还建庙基金。邱万对到处筹款，万泉寺才有资金于1956年重建。1959年6月13日晚，道安法师前往此庙演讲，题为「佛教与神教之差