2002年，香港足球总会改革乙丙组赛事，吸纳地区球队并促使球员年轻化，借以提昇香港足球运动，新成立香港丙组(地区)足球联赛。大埔区议会于2002年9月3日的区议会全体会议上，通过支持地区足球队参赛，正式成立大埔足球会。其后，大埔夺得2003–04年丙组联赛总冠军，首次升上乙组作赛。
升班甲组（2005–2007年）.大埔足球会2005–06年球季，以 24 战 16 胜 6 和 2 负成绩，获得乙组联赛亚军，获得升上甲组资格，为历来首支升上甲组的香港丙组(地区)足球联赛球队。大