美国返回台湾后，发表了《台湾共和国基本法草案》和《心的锤炼：浅谈非武力抗争》两本着作。之后他与民主进步党人士发起300个小时的绝食活动，以支持当时在中华人民共和国发生的学生民主运动、并为民主进步党在当年度选举造势。1990年5月20日第八任中华民国总统李登辉与中华民国副总统李元簇于台北市国立国父纪念馆大会堂宣誓就职，同一天李登辉发布特赦令宣告林义雄、林弘宣、吕秀莲、陈菊、姚嘉文、黄信介、张俊宏、施明德、许信良等9人罪刑无效。在1991年3月31日，林义雄和方素敏捐出大部分家产共同创办慈林教育基金会，主张「拓