年（559年），文帝即位，殷不佞被任命为尚书左民郎，不就任。后为始兴王谘议参军、兼尚书右丞、转任东宫通事舎人。天康元年（566年），陈文帝崩，陈废帝嗣立，陈顼为太傅、录尚书辅政，甚为朝望所归。殷不佞素以名节自立，又受委东宫，乃与仆射到仲举、中书舍人刘师知、尚书右丞王暹等，谋矫诏出陈顼。众人犹豫，未敢先发，不佞乃驰诣相府，面宣敕，令相王还第。及事发，仲举等皆伏诛，陈顼雅重殷不佞，特赦之，免其官而已。陈宣帝即位，以为军师始兴王谘议参军，加招远将军。寻除大匠卿，未拜，加员外散骑常侍，又兼尚书右丞。俄迁通直