在侨姓和吴姓士族力量的协助及支持下，司马睿遣军将之一一讨平，以稳定当地。与南方积极经营相比，司马睿南镇建康后北方仍然陷于战乱之中，洛阳、关中地区及北方诸镇接连遭汉赵及石勒部队所攻。司马睿专心经营南方，虽在晋愍帝被俘后北方诸镇领袖如刘琨、段匹磾、邵续、段部及慕容鲜卑等皆联名上表司马睿劝进以示支持，司马睿亦曾发檄文北伐，但终未有出兵北征；而有北伐志向的祖逖自请北伐亦得不到支持，司马睿仅给了一千人的粮食及三千匹布作为物资，让祖逖自行募兵, 连兵器和盔甲都没有提供。祖逖努力招抚及进攻下成功收复黄河以南领土，并让