9年，英法政府通过慕尼黑协定，将捷克斯洛伐克卖给了希特勒。萨波托斯基在此期间领导共产党地下工作，组织人民进行斗争。最终不幸被捕，在萨克森豪森集中营囚禁了5年，直到1945年苏联红军解放捷克斯洛伐克全境。解放后，萨波托斯基积极参加捷克斯洛伐克共和国的社会主义建设。1945年6月当选为“革命工会运动”主席。1948年2月事件期间维护共产党利益，在同年6月新成立的政府中出任副总理。1953年3月，在哥特瓦尔德逝世后，萨波托斯基当选为总统。1957年11月4日因心脏血管栓塞症住院。布拉格时间11月13日凌晨