政部部长陈群企图以同乡的关系要其出任伪职，被翁敬棠拒绝。1941年太平洋战争爆发，日军进占上海公共租界。翁敬棠奉调至福建省战时省会永安县，在该县吉山乡设最高法院闽浙赣分庭，并任庭长。抗日战争胜利后，翁敬棠回到南京，任中央公务员惩戒委员会委员长。第二次国共内战期间，翁敬棠见国民党政府腐败，乃于1948年初辞职返回福州，任福建学院教授。南京政府发表翁敬棠为司法院大法官，他未接受；劝其赴台湾，他也未理会。中华人民共和国成立后，翁敬棠当选福州市第一届人民代表大会代表，并担任福州市人民委员会委员、福建省政协委