义满为太政大臣。战国时代对各地武家的官位滥授使从三位以上者增加。当中大内义隆登上从二位。此时代自称为公卿官职亦有姉小路良赖、姉小路赖纲父子、斋藤利亲等。另一方面、持公卿身分的公家土佐一条氏、北畠氏等亦战国大名化。织田信长掌握中央政权、占大纳言、右大臣等公卿地位。但在家臣和一门中位居公卿的只限其嫡子信忠而巳。丰臣秀吉为统制诸大名、利用官位之秩序。自占公卿最高位的关白太政大臣地位、诸大名则给予大纳言和中纳言等公卿地位。因此公家的公卿就任者激减。关原之战后德川家康霸权开始、家康实行公卿制度之再构筑