因为2005年小学期要另外向学生收学费，引起了部分学生家长的不满。虽然在校历上小学期占用了几乎所有期末考试到下一学期开学之间的时间（一般为一年的7月初至9月中旬），实际上小学期的所有安排几乎完全是由学部负责人（专业秘书）安排的，一般不会超过两周。由于学校内部管理效率很低，学生几乎是在期末考试前一个月才能知道小学期的具体安排，所以学生常常会感到暑期的学习与工作难以安排。
学生成绩考核方式.尽管大部分中国大学已经实行了很久的学分制，但是北京城市学院至今仍然保持着学时制（或说学分与学