瘠、战争和疫症的爆发都阻碍了赫尔辛基的发展。由于1561年古斯塔夫一世攻占了塔林，赫尔辛基就没有发展的意义了。所以有一段很长的时间赫尔辛基仍然维持在一个海边小城镇的规模，相比于其它在波罗的海沿岸繁荣的贸易中心来说，赫尔辛基的确是相形见拙。1748年建立斯韦阿堡海军防御工事对抗在伊丽莎白·彼得罗芙娜女皇统领下俄罗斯帝国的扩张压力，提升了赫尔辛基的地位，但直至1809年俄罗斯帝国于芬兰战争打败瑞典，合并了芬兰，成立了自治的芬兰大公国之后，赫尔辛基才正式开始发展成为一个主要城市。为了在芬兰境内消除瑞典的势力，和