中共，就不可能继续真正的国共合作；三、蒋已打下宁、沪，拥有东南四省苏、浙、闺、赣，倒蒋必无成，且吴佩孚尚据武胜关，孙传芳尚据浦口，张作霖尚据东三省，倒蒋徒使北洋军阀与日本帝国主义有利。”获释不过数日，李仲公便留书邓演达，不辞而别，从安庆搭乘驻安徽的黔军王天培部运输轮船，转赴南京。
南京国民政府.1927年10月，南京国民政府改组，李仲公任交通部政务次长兼汉冶萍公司整理委员会委员长、中国航空公司副理事长等职。蒋介石被白崇禧等人逼宫而下野、复职前后，李仲公在蒋介石同何应钦之间进行调解，