联酋禁止在卡塔尔注册的航班飞越上空。巴林严格限制任何卡塔尔航班飞越该国领空。作为回应，卡塔尔航空也暂停了沙特阿拉伯、阿联酋、埃及和巴林的航班业务。作为代替，卡塔尔的非洲与欧洲航线调整为飞经伊朗领空。巴基斯坦国际航空派出航班接载550名困于多哈哈马德国际机场的巴基斯坦朝圣者，飞往马斯喀特。私人飞机旅行也受到此次危机的影响。商务航空委员会官员表示，卡塔尔与断交国家之间的私人航班现在需要在第三国停留。在卡塔尔登记的飞机不能飞往断交国家，反之亦然。两位官员表示，尽管商业航线经营者可以申请不间断飞行航线，但