清朝方志并未明确记载该庙的创建年代，而最早记载安平开台天后宫的志书是康熙廿五年（1686年）的《福建通志》，只提到「天妃宫」在安平镇渡口一事。到了昭和八年（1933年）的《台南州祠庙名鑑》，才明确写说兴建于1668年。对此学者李献璋与石万寿的说法支持建于明郑之说，而学者卢嘉兴、蔡相煇的说法则质疑明郑究竟有无流行妈祖信仰。此外，据说开台天后宫的妈祖是郑成功从湄州天后宫迎请而来，该说法在日治时期初期的〈请求安平天后宫给还书〉便有出现。
发展.清朝统治初期的安平因为是重要港口的关系，