后来，南寺经过多次扩建及修缮，形成了规模宏伟的建筑群，平面呈方形，有高墙环绕，总占地面积14760平方米。萨迦南寺城墙内最早的建筑为拉康钦莫（大佛殿）。萨迦王朝为政教合一的地方政权。所以萨迦寺除寺院建筑之外，还有不少官署、府邸类型的建筑。1268年八思巴回萨迦寺时，为自己建了一座拉章（又译“喇让”，原指西藏宗教领袖住所，后来演变成宗教领袖办理政教事务的机构），专门管理其私人财物及相关事宜。八思巴圆寂后，传至贡噶洛珠坚赞时期（14世纪前半期），萨迦昆氏家族分裂成4个拉章，拉章以父子相承，而萨迦法王的法座则