孢子形成时进行。跟种子不同，孢子本身只有很少的营养储存。孢子又可分为游走孢子（zoospore）、静孢子（aplanospore）、似亲孢子（autospore）、孢囊孢子（sporangiospore）、厚壁孢子（akinetes）等。游走孢子无细胞壁，有1至2根鞭毛（flagella），具有运动性，释放后能在水中游动，长的鞭毛负责游动，短的鞭毛则紧贴细胞。