1600型莒光号车厢仅有39辆改造完成，而未改造完成38辆（莒光号车厢24辆+复兴号车厢14辆）报废除籍；其余未改造的35辆，则以原先车辆型式继续行驶。2004年春节起，10600系列莒光号加入营运；5月中旬起，莒光号常态编组由9辆缩减为8辆。台湾高铁通车营运，太鲁阁列车与普悠玛列车陆续加入营运后，无论东部干线还是西部干线莒光号班次均逐渐减少。2011年9月28日台铁进行列车车次调整，莒光号定期列车车次由二位数(当时已无个位数车次)调整为三位数，不定期列车仍为四位数，千位数字固定为5。201