。从乏燃料中分离锝-99是个漫长过程。在再处理工艺中，它出现在铀和钚回收后的高放射性废液中。经过几年的冷却后，该废液的放射性下降到一定程度之后，锝-99可以用几种化学萃取方法回收，产生高纯度的金属锝。
中子活化.钼-98经中子活化后可生成钼-99，然后衰变成锝-99m。其它锝同位素在裂变中产额较低，一般通过中子辐照前体同位素制备。比如，锝-97是用中子轰击钌-96生产。
粒子加速器.1971年，有人在医用回旋加速器用22兆电子伏特质子轰击钼-100（纯