对科学界造成影响的一种实用无神论叫做方法论自然主义—即“无论是否全然接收与认可，对科学方法内的哲学自然主义的接纳和假设。”实用无神论有多种表现形式：
理论主义无神论.理论主义无神论要求清晰的提出神不存在的证明，以回应诸如目的论论证与帕斯卡的赌注一类神存在的论证。否认神存在的论据有很多种，通常是以本体论，认识论以及知识论的形式表现，但有时也会表现在心理学与社会学的形式上。
本体论与知识论的论据.知识论无神论认为人不可能感知到神祇或其存在，其理论基础为不同