寺外，仅花莲吉安庆修院同属类似的寺庙。风格折衷了和、唐、禅宗，与观心寺相若。大殿建筑为单檐歇山式，格局为面宽三开间，进深亦是三间，近正方形。寺前方突出供放置香炉处，日语称「向拜」，以弧形的海老虹樑与主结构部分相连，在台湾寺院少有。这种向前伸出的形式，乃江户时代的建筑风格。写有「普济寺」的庙匾为1949年更名时，由于右任所题。屋顶属入母屋造，饰有五圆圈造型的真言宗鬼瓦与悬鱼。屋檐下方木条排列整齐，是处理出檐及装饰檐下的构造物，称作「垂木」。制成钟状的窗户亦具特色，称为「花头窗」。寺内铺设塌塌米，供奉千