他在1961年8月25日向国民军投降。虽然印尼政府已经在1961年颁令特赦沙弗鲁丁，不过被捕后，沙弗鲁丁一直在监狱服刑，直至1966年7月26日才重获自由。
晚年生涯.出狱后，沙弗鲁丁偏好以宗教表现自我，在讲道的时候，他会批评苏哈托治下的贪污现象。他在1980年领导五十人请愿书运动，并于1983年7月致信苏哈托，反对政府制定法案，要求所有政团必须把建国五项原则列为唯一的指导思想——他特别反对政府要求宗教政党服从建国五项原则的作法。于是苏哈托禁止沙弗鲁丁离开印尼，除非他要到外国接受治