市长的高玉树邀请，出任台北市政府建设局局长；在三年半任期内，他推动改善工商登记、开放公车民营、加强市场兴建及管理、推行不二价运动等。1972年，杨基铨应中华民国经济部长孙运璇邀请，出任该部常务次长，主管农业及渔业经济事务；随后，他在台湾渔业面临来自能源危机与经济海域方面等冲击时，一面主导船只燃油费用补贴，一面与美国、南非等国签订渔业协定。此外，他更在经济部常务次长七年又两个月任期内，多次代表中华民国政府访问各国及出席国际会议，并获得美国国际合作总署技术协力局颁发感谢状，也获多明尼加共和国颁赠勋章。1