代沿袭明制，高密县仍属莱州府。清光绪二十五年（1899年），德国强占民地民房，修筑胶济铁路，激起高密住民与德军冲突；6月高密县大吕庄民众阻修铁路，被德军枪杀20余人；1900年1月，高密武生李金榜及民众组织者孙文等率众阻止铁路，要求改线，时任山东巡抚袁世凯下令逮捕；9月高密数百民众在南流阻修铁路，又被德军枪杀3人。冲突直至1901年方结束。是为高密事件。光绪三十年（1904年），胶州升为直隶州，高密县改属胶州（治今胶州市）。
民国至今.中华民国时期，高密县先属胶东道（治今烟台市），