南侨机工不仅要抢运抗战物资，又担负起运送10万中国远征军入缅的任务。从1942年3月到4月，远征军先后在同古、仁安羌、腊戍等地同日军作战，解救出被日军包围的7,000多英军。日军占领缅甸后，又将滞留当地的技工杀害不少。普亮法师在日军攻陷新加坡不久后也因大检证而在樟宜海边遭到杀害。南侨总会也从此停止活动。经过八年艰苦抗战，1945年8月15日日本宣布投降。期间共有约1,028名技工在公路上因疟疾、轰炸以及山路险峻而殉职。南侨机工的档案丢失，复员工作遇到难题。陈嘉庚与当局交涉，亲自致函国民政府，敦促为南侨机