47岁的菅原道真补任参议一职，并兼任式部大辅，后因兼任左大辩、勘解由长官、春宫亮，而免去式部大辅的职务。寛平6年（894年）8月，他被任命为遣唐大使，但在道真的建议下，当时的日本朝廷废止了遣唐使的职务，同年12月，菅原道真兼任侍从。895年，他兼任近江守一职，后升任从三位权中纳言，兼任春宫权大夫；其长女衍子成为宇多天皇的女侍。次年8月，他兼任民部卿；寛平9年（897年），他的女儿和宇多天皇之子齐世亲王结婚，同年6月，道真升任权大纳言，兼任右近卫大将；7月，宇多天皇让位与醍醐天皇，醍醐天皇继续重用他，将他