多个恐怖组织。2009年10月，美推出5年内向巴基斯坦提供75亿美元援助的“克里-卢格法案”。两国建立战略对话机制。总计布什政府曾向巴基斯坦提供共124亿美元援助。奥巴马政府的援助则超过210亿美元。2011年奥萨马·本·拉登在巴基斯坦境内被美军击毙后，巴基斯坦逮捕涉嫌协助美国人确定本·拉登行踪的医生沙基勒·阿夫里迪，并以「叛国罪」等罪名判处其入狱33年（其叛国罪定罪在次年被推翻，刑期亦最终被缩减至7年），引起美国不满。2015年美国不满巴基斯坦在反恐战争中作战不力，拒绝支付三亿美元的军援，作为对巴