。其间两岸发生数次台湾海崃危机。1996年更因中华民国第一次全民直选总统而发生台湾海崃飞弹危机。而在1986年解严后，海崃两岸经济及文化交流日趋频繁，但长期分治为许多台商带来困扰。1991年，李登辉政府开始针对《中华民国宪法》大幅度修正、并制订《国家统一纲领》，主张分阶段统一中国。在这之后，他更提出中华民国在台湾的概念。2000年民主进步党执政后，陈水扁总统宣布终止适用国统纲领并采取维持现状的四不一没有政策，且提出「一边一国」主张，表示任何主权决定都应经过公民投票程序。2008年，马英九领导的中国国民党