对秘鲁贸易总额输出达813亿日元。秘鲁主要向日本出口铜矿、锌矿、液化天然气、鱼粉、锌合金等，而日本则主要向秘鲁出口汽车、轮胎以及钢铁制品等。另外，日本也是秘鲁第三大援助国。。
旅游.
签证.持有日本护照的日本公民可以可以免签证的方式入境秘鲁，停留最多183天，但秘鲁移民局对一般旅客均核发90天效期签证。前往亚马逊河流域宜事先注射黄热病的疫苗接种。经秘鲁转机，亦无需办理签证。秘鲁曾于1972年即与日本签订了互免签证的协议，但由于日本对部分中南美洲国家执行严格