A显示，一定比例吐火罗人男性的Y染色体为单倍群。中国自汉朝武帝时开始将势力渗入西域，车师因为位于西域东侧，受到汉朝极大压力，因此与匈奴联合，为其充当耳目，并攻劫汉朝使节。征和四年（前89年），汉朝同楼兰等国联兵围攻交河，车师投降汉朝。汉宣帝时，遣侍郎郑吉在车师境内渠犁屯田，立军宿为车师王，迁都于渠犁。元康四年（前62年），匈奴另立兜莫为王，率一部分车师国众退往博格达山北麓（今吉木萨尔一带）。自此车师分为前、后两国。神爵二年（前60年），匈奴日逐王降汉，丧失对西域的全部影响，汉始置西域都护府，任命郑吉