湾县志》（干隆十七年，1752年）已有记载，且写说该庙在荷兰人统治台湾时已兴建。另外该庙以青斗石雕刻的观音菩萨像，背部刻有「明万历丙辰年，弟子蔡保祯造」。而就荷兰东印度公司的文献资料显示，约在1659年12月左右时基于宗教与政治因素，荷兰东印度公司已将大目降社（在今新化区）居民迁到有一名牧师的新港社（在今新市区）以接受更好的基督教教育，而大目降社的耕地则被荷兰东印度公司以1500里耳卖给了汉人耕种，故新化地区在荷兰时期的确有汉人活动。由于官方文献记载该庙建于荷兰时期，遂有看法认为新化保生大帝宫是全台最早