合国监督下举行了全民公投，绝大多数的东帝汶人投票同意从印尼独立。在公投到1999年9月下旬多国维和部队进驻期间，由印尼军方组建和支持的反对独立的东帝汶民兵展开了大规模的焦土运动进行报复。民兵杀害了大约1,400名东帝汶人，并强行驱离了30万人到西帝汶成为难民。国家大部分的基础设施（包括住宅、灌溉系统、供水系统、学校、电网等）几乎100％被摧毁。1999年9月20日，以澳大利亚为首的国际部队进入以后，才结束了这些暴力行动。 经联合国託管约两年半后，于2002年5月20日零时正式恢复独立，国名为东帝汶民主共和国