笛》中的所有谜题都由日本教授多湖辉所作，在日销量1200万的头脑体操系列中的谜题就由他所作。游戏由Level-5总裁日野晃博创作，并围绕着“解谜×遇到的故事”（）的理念而设计，同时游戏讲述了雷顿如何遇到了他的学生路克。在雷顿教授系列第三作《雷顿教授与最后的时间旅行》发行后，开发者便设想做一部前传作品。虽是如此，但在系列第三作的开发过程中就有玩家询问日野，这是否是“系列的真正终结”，而这正是他创作雷顿教授第二系列一切灵感的源头。2009年3月，日野晃博正式在《Fami通》杂志公布了《雷顿教授与魔神之笛》，