仁宪皇太后亦病重，康熙帝亦因废太子之事心力交瘁，以致头眩足肿不能行，仍以帕裹足至宁寿宫亲奉汤药。仁宪皇太后昏迷之际，康熙帝跪于床下，捧仁宪皇太后手唿曰：「母后，臣在此」。仁宪皇太后闻言，「张目而视，不能语，执帝手视之」。同日酉时，仁宪皇太后崩逝于紫禁城宁寿宫内，享寿七十七岁。
死后追荣.康熙帝号恸欲绝，坚行割辫之礼以尽哀思，不亚于孝庄文皇后去世。当时有大臣认为孝康章皇后祔庙时间已久，想使孝惠章皇后的神主排在后面。大学士王掞说：「陛下圣孝格天，曩时太皇太后祔庙，不以跻