草醯乙酸借由柠檬酸合酶的催化与乙醯辅酶A合成柠檬酸。此外草醯乙酸也参与了糖质新生、尿素循环、乙醛酸循环、胺基酸合成和脂肪酸合成，同时它也是琥珀酸脱氢酶的抑制物。糖质新生糖质新生是一条由一连串11个酵素参与的代谢路径，能将非碳水化合物的基质转化为葡萄糖。糖质新生的反应由粒线体的基质开始。在此，丙酮酸受到丙酮酸羧化酶催化形成草醯乙酸。接着，草醯乙酸被NADH还原成苹果酸后再将苹果酸由粒线体移往细胞质。当苹果酸被移至细胞质后，苹果酸会被NAD+氧化回草醯乙酸。接下来草醯乙酸被磷酸烯醇丙酮酸羧化激酶去羧酸并