。确定反应机理十分困难，因为他们不能直接观察到。化学家可以将诸多间接测量作为证据而排除某些机理，但他们往往不确定剩下的可能机理是否正确，因为可能存在许多其他机理，他们没有测试过，甚至没有想过。哲学家们也试图阐明并不指向具体物理实体的化学概念的意义，譬如化学键。
生物哲学.生物学哲学探讨生物学和医学科学中的认识论、形而上学和伦理学问题。虽然长期以来一般的科学和哲学家哲学家一直对生物（例如，亚里斯多德、笛卡尔、莱布尼茨和甚至康德）感兴趣，但是直到1960-70年代，生物学哲学才作为一个