久，陈琛以母亲年老为由，改任南京户部主事。不久升任吏部考功司郎中。嘉靖元年（1522年）陈琛请求回乡归养。嘉靖七年（1528年）因大臣推荐下诏征用，但陈琛辞而不任。嘉靖八年（1529年）下诏命其任贵州按察使司佥事，后改江西提学佥事，陈琛皆以母老力辞不赴。嘉靖二十四年（1545年）闰正月二十一日，陈琛在家中病故。
遗迹.陈琛墓为泉州市级文物保护单位，位于晋江市秀林山麓，其墓志铭为张岳所书。嘉靖三十八年，泉州府知府熊汝达于泉州府文庙东（今育英门之左、华侨大厦新楼中段偏西一带）建陈琛专祠