车站在建成后经历了许多历史事件，如1912年元旦，孙中山由此站进入南京并宣誓就任中华民国临时大总统。此外，1927年北伐战争期间，军阀孙传芳也由此逃离。1930年，通往下关的热河路修筑完成。由于原南京车站过于老旧，已不再适应当时不断增长的客货运量，国民政府决定投资9万余元在惠民河东异地重建该站，定名下关车站，同时新建铁路轮渡以缓解沪宁-津浦直通人、物流中转不便的状况。新站于1931年建成，新站房面积850平方米，全部采用柳安木料，外墙中部及两翼皆使用花岗石。其中中间主楼3层，设有椭圆形候车室，楼顶中央有