安地斯的两条铁路桥，一些大型铜矿的运输路线因而中断。在清剿反政府游击队方面，藤森确有一番手段。他在位期间曾逮捕「光辉道路」领袖阿维马埃尔·古斯曼，结束了长达15年的恐怖时代，而获得人民的赞赏。在反恐手段中，藤森赋予军队权力，逮捕疑似恐怖份子者，并于军事法庭进行秘密审讯；又动员郊区的民众武装起来，组织自卫队，共同反恐。随着清剿行动渐见成效，游击队的活动于1992年起大幅减少，藤森声称他的行动大大消除恐怖份子的威胁，但其实功劳应归于国家的反恐理事会（），使多个恐怖组织的首脑被捕，尤其是逮捕「光辉道路」的