歼灭后，华东地区已经没有直接听命于清朝皇室的大军，淮军为李鸿章个人的募兵，清朝政府也不得不起用，李鸿章也只能代表他自己而成为实力派，游走于清朝政府与英国之间。同治二年十一月二日（1863年12月12日）李鸿章淮军克复无锡，无锡太平军守将黄子隆是“广西藤县人，躯干矮小，狡勇非常，目光炯炯若电，诈称不识字，不多言，亦无供状，临刑时颜色自若。”同治三年三月二十二日（1864年4月27日），陈坤书太平军与戈登常胜军及刘铭传淮军在常州激战。同治三年四月六日（1864年5月1日）常州被克复，陈坤书“昂然直立