有学会均由学生担任干事筹办活动。为配合三三四高中教育改革，学校在2012年开办通识学会，新闻联会亦于同年更名为文社。2015年，校园电视台併入摄影学会，英文名称更改为「」。
音乐及体育发展.高主教书院多年来积极参与香港校际音乐节和香港学校朗诵节，学校的管乐团中亦有不少团员是香港青年管乐演奏家的团员。在2008年及2009年，学校的弦乐团于第60及61届香港校际音乐节的弦乐中级组中夺得冠军。在运动方面，亦拥有各类运动校队，包括田径、游泳、足球、篮球、榄球、羽毛球、乒乓球、