生芝麻湾校址过于挤迫，因而申请迁至梅窝原为新界乡议局南约区中学的空置校舍，但遭到部份当地居民反对，并游行抗议迁入。2009年6月21日，香港电台城市论坛于正生书院举行，并邀请相关官员及地方人士，讨论正生书院迁校问题及共同商讨各种可能的多赢方案。专栏作家梁启智指有人提出「为何不把正生搬到特首办」作为讽刺。 陈兆焯校长后来表示曾经视察乡议局给予的6个选址分别为荃湾、元朗、西贡、上水和屯门的废置校舍都无一合适，表示对梅窝居民仍有信心及认为梅窝是最佳选择。部份梅窝居民认为他没有理会昔日部份当地居民的反对声音。S