军事法院、高等军事法院以及地方军事法院，除最高军事法院应设于中央政府所在地外，均由行政院国防部视部队任务需要设置。
检察体系.检察体系制度上于各法院设置检察署，分为最高法院检察署、高等法院检察署以及地方法院检察署，各置检察长和检察官，负责对刑事案件的侦察与起诉。虽然检察署均附属法院设置，但检察体系乃独立于法院体系运作，不受法院的指挥管辖，乃「审检分立原则」之体现。检察体系的最高首长为最高法院检察署检察总长，其具有非常上诉之权。
相关争议.战后的中华民国