那曲古时候为苏毗部落，是吐蕃王朝主要的军事粮草和马匹供应基地，唐宋以来为主要交通驿道。那曲县曾名黑河县，为了不致使黑龙江省“黑河市”与西藏的“黑河县”重名，1965年11月3日，经中华人民共和国国务院批准，正式将黑河县改名为“那曲县”。2017年改为那曲市色尼区。 
行政区划.下辖3个镇、9个乡：