讲批评政府、宣传民主宪政，为国民党当局所不容并受到监视。1945年2月7日， 费巩在日记中写道：“上午浙大毕业同学吴作和来访，示我以‘文化界进言’，要求政府召开党派会议，组织联合政府，取消党治特务及妨碍人身自由之法令、惩治贪污等，列名者有郭沫若、洪深、马寅初、张申府、柳亚子等数十人。吴来请我具名，即签名其上。”1945年3月5日凌晨，费巩因请假一年前往复旦大学讲学，在到达重庆千厮门码头后当即被军统特务绑架，先押于重庆警备司令部，后转至渣滓洞看守所。期间遇害，并被投入镪水池里毁尸灭迹。这就是震动西南的“费巩事