1349年（南朝：正平4年、北朝：贞和5年），能岛村上氏负责东寺领的弓削庄付近的海上警护。南北朝时代，掌握因岛、弓削岛等为中心的濑户内海制海权，在海上设关征收通行费，派遣引水人、负责海上警护等。战国时代，因岛村上氏臣从毛利氏。来岛村上氏臣从河野氏，村上通康改姓越智。能岛村上氏和河野氏保持友好关系，但是未臣属。之后，成为在中国地方扩张势力的毛利水军之一翼，在1555年（弘治元年）的严岛之战、1561年（永禄4年）的丰前簑岛合战、1567年（永禄10年）的毛利氏伊予出兵、1576年（天正4年）的第一次木津川