季节变化明显。年平均气温17℃，年降水量1894毫米，全年无霜期为272天、日照4400余小时。全年高温天气集中在7、8两月，极端温度达摄氏39度以上；低温则出现在1月份，极端温度摄氏-8以下。春夏之交，易受沿海地区强台风侵袭，形成风灾和洪灾。武夷山自然保护区与市区的气候差异较大，由于地处山区，海拔较高，夏季平均气温比市区要低好几度，降水更加充沛。武夷山市处在武夷山脉的迎风面，地势向海洋敞开，海洋气流顺势急速上升，经常产生强暴雨天气，尤以6、7月份最为集中。
动植物资源.福建武夷山