府院之争中，段祺瑞与黎元洪分庭抗礼，1916年9月倪策划皖系督军组织「十三省联合会」（即督军团）。1917年（民国6年）张勋拥立宣统帝，推行丁巳复辟时，他起初秘密支援。段祺瑞开始讨伐张勋后，倪的态度突变，任南路讨逆军总司令，参加讨伐张勋。复辟失败后，倪任长江巡閲使兼安徽督军，仍为皖系的中心。1920年（民国9年）7月直皖战争皖系败北，倪于9月被罢免。此后他赴天津意租界隐居。隐居期间，投资银行、纱厂、面粉厂、油漆公司等，还在英、日租界广置房地产。1924年（民国13年）7月12日，他病逝于天津。享年57嵗