其关入兵马司监狱，后命百官审北来太子于午门外，终裁断为伪太子王之明，是为崇祯太子案。三月庚申，宁南侯左良玉乃举兵于武昌，以“救太子、诛士英”为名顺流而下，黄得功、阮大铖率兵御之，南明发生内讧。正值此时，清军在豫王多铎率领下大举南下，攻陷归德、颍州、太和、泗州等地。弘光元年四月辛未，清军围攻江北重镇扬州。督师江北的兵部尚书史可法率城中百姓抵御清军，清军围困百日，损失惨重。史可法急忙向朝廷求援，但却因为镇将们个个拥兵自重、意图观望，最终扬州在被围五天后沦陷。清军攻破扬州之后进行了十天屠杀，史称“扬州十日”。