电梯、三条扶手电梯及一组楼梯往返月台。车站商店及自助服务方面，京溪南方医院站内设置便利店、自动售卖机、自动照相机、好易自助服务机。本站与3号线北延段各车站一样，设有航班查询方便前往机场登机的乘客。
月台.3号线设有一个岛式月台，位于广州大道北地底。
出入口.京溪南方医院站共设有4个出入口，现时仅开通C出入口和D出入口，A出入口和B出入口由于涉及征地拆迁问题而无法开通使用。同时，目前开通的两个出入口均位于广州大道北西侧，且相隔不过百米，因此如需前