硫酸盐处理后DNA序列的分析，分析的实际问题就是亚硫酸盐使碱基从C到U最终到T造成的区别（Figure 1）。
方法.亚硫酸盐定序法是常见的检测CpG位点甲基化情况的方法。其他非测序的检测DNA甲基化策略主要是针对某个位点或全基因组水平的甲基化情况。所有的检测策略都基于亚硫酸盐已将全部未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶的前提。理论上说，检测结果能将一对等位基因的甲基化情况分别展示出来。除下文介绍的检测方法外，还有和甲基化DNA免疫沉淀等方法。检测亚硫酸盐处理后DNA甲基化情况的手段仍