后，在中央学校军官教育队教书。不久，南怀瑾隐居峨嵋山大坪寺出家，法号通禅。在寺内钻研佛教典籍三年后还俗。后在云南大学、四川大学等学校讲学。1949年，南怀瑾随国民党来到台湾。他在台湾支持佛教印经工作，也协助中国佛教法师至台湾弘法。他在国立政治大学、辅仁大学及中国文化大学都有开课，之后成为中国文化大学教授。政坛要人如蒋纬国、白万祥、王昇、马纪壮、蒋彦士等人常前往旁听。许多文化界与财经界人士，如李传洪、尹衍樑、徐芹庭、古国治也是他的弟子。1983年，王昇遭蒋经国解职，解散刘少康办公室。王昇曾跟随南怀瑾学