年春正月乙巳，明廷派遣侍郎李贤、何乔新、贾俊去陕西、山西、河南等地赈饥荒之灾。成化二十三年（1487年）八月，孝宗继位，万安、刘吉忌之，外放至南京。孝宗弘治元年（1488年）正月，吏部尚书王恕举荐为刑部尚书，时人以「父子尚书」为美谈。刘吉叫唆御史邹鲁诬陷，弘治四年八月（1491年）辞官归里。弘治十五年十二月二十二日（1503年1月19日）卒。正德十一年（1516年），追赠太子太保，次年追谥文肃。
着作.乔新本人博览群籍，从政之余，抄录异书积累三万余帙，皆亲手校稿。着有《椒丘