身.开元寺的前身，是南明永历三十四年（1680年），延平王郑经为奉养其母董太妃而建的「北园别馆」（北园别宫），而在董氏去世后该园遂废，此外郑经长子、监国郑克亦是在此地遭大臣冯钖范与郑哲顺绞死，史称东宁之变。明郑时期结束，进入台湾清治时期之后，台厦道道员周昌也曾于清康熙二十五年（1686年）在此地建亭筑室，但不久就任满回京，该园又废。
建寺.1690年（康熙二十九年），台湾总兵王化行与台湾兵备道王效宗认为台湾缺少佛寺，遂在此兴建寺庙，因为是位于柴头港溪入海之处，所以命名为「海会