DF93型柴油机车装用一台日立制造的L12V 18/21m.A.型柴油机，由联邦德国的曼恩集团转让技术及授权生产，日本车辆制造试制的DD93型柴油机车亦采用同型柴油机。这是一种四冲程、12气缸、水冷式、废气涡轮增压的V型高速柴油机，气缸直径为180毫米，活塞行程为210毫米，气缸夹角为60°，持续功率为1100马力（820千瓦），额定转速为每分钟1500转。单位燃料消耗量为166（+10%）克/有效马力·小时，柴油机净重量为3900公斤。柴油机采用气动式调速器来控制转速，司机控制器的11个级位分别对应特定的