1962年1月中央工作会议后，民主与法制建设一定程度上获得加强。1962年5月24日，中华人民共和国国防部颁发《各大军区机关基本组织体制编制系统表》，将军事法院自保卫部门分出，恢复单独列编。1962年9月3日，保卫、军检、军法三个部门正式分署办公。后来谭甫仁被中央军委任命为最高人民法院军事审判庭庭长。到1964年底，全军军事审判机关基本恢复。1965年5月29日，最高人民法院军事审判庭改称“中国人民解放军军事法院”。军事法院设置四级：（1）中国人民解放军军事法院；（2）各大军区、海军、空军、公安部队军事法院