了元代，元帝国只统治吉尔吉斯一小部分领土，其余归汗国所辖。清朝则统治吉尔吉斯的部分领土；当时，吉尔吉斯族（在清朝被称为「布鲁特」）有15部愿意臣服清廷，并受清廷册封，授权治理当地。1860年代，俄罗斯帝国先后逼使清政府与之签订《中俄北京条约》和《中俄勘分西北界约记》，把吉尔吉斯人居住的地区划进俄国领土，当地的人也因而臣服俄国。
20世纪后.苏联时期的吉尔吉斯也与中国有交往：第二次世界大战时，有来自吉尔吉斯的军人参与中国抗日战争，在哈尔滨、大连等中国城市与日军交战；1955年，吉尔吉