。下游河床则受到滥採砂石的破坏，影响了桥梁的稳固性。同时河床上的农田及鱼塭也阻碍了水流；岸上的鱼塭则因超抽地下水导致土壤盐化与地层下陷。2013年1月28日高屏溪疑似遭人偷倒废弃物，自来水公司廿八日下午发现水传出酸臭味，立刻启动应变措施，高屏溪拦河堰停止抽水，由南化水库支援供水；预计这几天供水不稳，将造成大高雄地区两万户水压降低，其中约五千户停水四十五小时。由于每年11月至隔年5月为高屏溪的枯水期, 长年滥採砂石, 在加上溪床枯竭扬尘席卷, 沙尘暴已成高屏溪的另一特色. 扬尘事件日最高PM1