宾部队而编制。支援陆军上陆，黎牙实比市攻略作战等，菲律宾占领后转向兰印。根据陆海军协定，海军负责占领，陆军负责驻留。兰印占领1年后改名第二南遣舰队。
六代（1942年7月14日新编～1944年11月15日解散）.作为中途岛海战坏灭的第一航空舰队的后继部队，以没参加中途岛海战的翔鹤・瑞鹤为中心再建的机动部队。坏灭的第一航空舰队长官南云忠一中将和参谋长草鹿龙之介少将任第三舰队指挥官。第三舰队予定为空母六只（翔鹤、瑞鹤、瑞凤和飞鹰、隼鹰、龙骧２组）和战舰2只、巡洋舰4只、长良