前身）总裁后藤新平在奉天建立了大连医院奉天分院。1911年，日本关东厅都督与日本政府批准在大连成立南满医学堂，最初为医科专门学校，学制四年，同时招收日本学生与中国预科生。大连医院院长河西健次兼任首任堂长，并聘请东三省总督赵尔巽出任名誉总裁（此后张锡銮、段芝贵、张作霖先后继任名誉总裁）。1911年11月12日举行了开学典礼。1914年，山田基被委派为堂长，同时奉天分院改为医学堂附属医院。1917年预科分出，改为南满中学堂。1922年5月，根据日本国内大学令，南满医学堂由专科升格为本科，改名满洲医科大学，学