时大成殿尚在，并仍挂有御匾，公学校主要是使用后殿上课。大正三年（1914年）因为要新建校舍，拆除东西两庑与大成门。大正六年（1917年）以蚁害受损严重为由，大成殿、礼门、义路等建物遭到拆除，神位移到台南文昌阁。大成殿所在之地后来变成旧城国小操场。高雄大空袭期间，凤山旧城孔庙摧毁殆尽，仅存一栋建筑。