匿名信向杰斐逊告发他。其间，参与伯尔计划的俄亥俄州富翁哈曼·布伦纳哈赛特在《俄亥俄州报》上撰写了一系列文章，号召西部各州脱离联邦，让事态更加严重。1806年10月10日，伯尔的两名助手携带一封密码信给威尔金森，声称英国海军已加入计划，并敦促威尔金森沿密西西比河而下，突袭西班牙军队。但威尔金森临阵倒戈，写信向杰斐逊指证伯尔叛国。11月初，检察官戴维斯奉命逮捕了伯尔，并提起诉讼，但在3个地区法院，伯尔均以证据不足被陪审团宣告无罪。随即，他又遭到联邦法庭的指控，案件在里士满的一家酒店里进行，那里被改造成了临时法庭