《基督教要义》中没有为「圣灵论」单独写一个章节，必须从整本书的论述归纳他的观点。加尔文认为，上帝的灵与上帝的工作同时进行，而促成人的「相信」，当圣灵在人心中运行光照人心，使人在读了上帝的话而产生信心。所以人非用理性接受信仰，亦非用理性确认圣经的权威，而是圣灵那奥秘的力量所做的工作。
教会论.加尔文的教会论涵盖非常广，包括了基督徒的自由、教会的权柄、真教会的基本特质等，其中他所认为真教会的特质应该包括了：「传扬神的道」及「遵行圣礼」。所以传福音、聆听上帝的话及遵行圣礼都是十分重要的。