派则有清辨及佛护、月称等，起而复兴。中观论和唯识论被认为是大乘佛学的两个主要理论基础，被称为空有二宗，唐义净法师《南海寄归内法传》说：“所云大乘无过二种：一则中观，二乃瑜伽。中观则俗有真空体虚如幻，瑜伽则外无内有事皆唯识。”在印度南方，则有如来藏思想盛行，形成如来藏学派，后与唯识学派合流。
印度佛教晚期.佛教经论中对密意契经最早引述见于说一切有部《发智论》，无着《集论》认为需要对其进行秘密抉择。在笈多王朝时期，大乘佛教在吸收婆罗门教和当时新兴的怛特罗密教咒语、手印、宗教