东佛山的一个商人家庭。幼年被家人送去给人当养子而未成，不受家人宠爱并因患骨髓灰质炎而导致双腿终身残疾。1938年日军进入广州，全家人逃往澳门成为难民，陆启铿从小学失学。通过一位堂姐借给他的书籍自学，陆启铿于1942年以同等学力考入从南屏迁往澳门的中山县县立联合中学高中一年级，并于1943年转学到从广州迁往澳门的私立中德中学就读。1946年陆启铿考入国立中山大学天文系，并于1950年从中山大学毕业并留校担任助教，毕业论文为《模函数》。1951年，经华罗庚协调，陆启铿进入中国科学院数学与系统科学研究院筹备处