南京的中共代表团后回到解放区。1949年，方觉慧自武汉赴香港，在九龙居住一年多。因家中有十多口人，生活困难，他和千国勋等人自己动手盖房、种植蔬菜。当时同去九龙的还有刘文焕、程定远、方志平、王培礼、曹士杰、张弥川、艾时、杨啸伊、张刚、胡宗铎、涂思宗、宣铁吾等人。1953年，方觉慧赴台湾，继续担任第一届国民大会代表。1954年，参加国民大会会议，当选主席团主席。1958年10月10日，方觉慧在台湾病逝。
着作.方觉慧在香港、台湾期间，潜心着述。平生喜爱古玩，信仰佛教。方觉慧的主