迅速没落。在明日贸易断绝、日朝贸易衰微、琉球贸易衰退的同时，南蛮贸易出现，对日本的军事、经济都带来重大影响。葡萄牙人在1557年取得澳门作为贸易据点，1571年开设澳门－长崎的贸易路线，葡明日之间的三角贸易开始，葡萄牙人更垄断了明日之间的丝绸贸易。丰臣秀吉在16世纪末平定日本的连年战乱后，为了保护及鼓励海外贸易，在1588年发布《海贼停止令》取缔倭寇；另外为了区别商船与海贼船，于1592年给予堺及长崎的商人渡航朱印状，这被认为是最早的海外渡航许可証。不过，目前没有实物留存下来。