故行政院长难辞疏忽之责任而请辞，被蒋经国回以「你留下」。任内，孙运璇提出「台湾地区许多极具观光价值之天然资源遭受损害，应採取有效措施予以维护」，随即在1979年4月行政院院会通过「台湾地区综合开发计画」，其中指定玉山、垦丁、雪山、大霸尖山、太鲁阁、苏花公路、东部海岸公路等地区为国家公园预定区域，并指示内政部应积极办理。于1980年，国家公园之规划设立首次被列为政府重要施政计画之一，并首次获得政府正式编列共计345万元之规划建设国家公园经费。主要以原订之垦丁国家公园为规划对象，加上当时内政部长张丰绪，系屏