为认可法人设立。2004年4月1日，海洋科学技术中心解散，同时独立行政法人海洋研究开发机构设立。2015年4月，独立行政法人海洋研究开发机构名称变更为“国立研究开发法人海洋研究开发机构”。
概要.研究所是为海洋研究开发及地球物理学研究开发而设置。从日本最初的深海潜水艇的开发开始，为了推进国际地球观测项目，开发研究船等。同时，为难以长时间载人勘探的海沟勘探开发了无人探测器等。该机构的超级计算机“地球模拟器”，运算能力曾位居世界第一，该超级计算机主要用于大陆架存在的甲烷水合物·海底