合区和高淳区境内，为南京地区建置之始。前495年，传说吴王夫差在今朝天宫筑冶城，聚集了一批铸造铜器的作坊。周元王四年（前472年），越王勾践灭吴，范蠡于今中华门南的长干里一带筑越城。前333年，楚威王熊商灭越，相传曾埋金以镇王气，在石头山（今清凉山）筑金陵邑，故南京别称“金陵”。
秦汉时代.始皇帝廿六年（前221年），秦并天下，属九江郡棠邑县。始皇帝三十七年（前210年），秦始皇东巡会稽山至丹阳，置丹阳县。于江乘渡大江，因此置江乘县（于今南京栖霞区内）。同时，改金陵邑为秣陵县，