历史可追溯至干隆廿二年（1757年）。学者谢贵文认为根据《重修凤山县志》记载，「万丹」、「岐后」（旗后）、「大林蒲」等处有发达的渔业活动，在「岐后」（旗后）与「大林蒲」之间的红毛港地区当时很可能也有相当规模的渔业聚落，故有建庙之事应属合理。而在红毛港各个角头庙之中，朝凤寺也是唯一一间有被记载在光绪廿年（1894年）《凤山县采访册》的寺庙。此外建庙年代，也有干隆十年（1745年）和光绪十六年（1890年）之说。而朝凤寺的起源，据说是当初渔民在海上打捞到一尊观音像，遂带回聚落供奉，之后因相当灵验，遂建庙供奉