本、林兹、萨尔茨堡、格拉茨、莫斯科、贝鲁特和斯德哥尔摩。但只有往贝鲁特和斯德哥尔摩是正常的定期班次，往里斯本是季节性班次，其他欧洲目的地都是包机班次。之后往莫斯科的航班还中止了。1998年10月21日，突尼斯航空庆祝50周年成立，同时也开始了使用波音727型飞机。1999年，突尼斯航空和法国航空签署了一项协议，内容是组织联盟。空中巴士A330进入了突尼斯航空机队后，突尼斯航空有可能会开设航班往加拿大蒙特利尔。
目的地.在2008年9月，突尼斯航空共有53个目的地飞越非洲