引起僧侣的不满，1633年，僧侣们发动叛乱，古格王弟勾结拉达克军队围攻古格都城。1635年，古格王不敌而投降，国王及王室成员惨遭拉达克将士杀害，古格王朝灭亡。其地被拉达克王室统治，后来又被拉萨政府夺回〔1679年，五世达赖及其爱徒第巴桑结嘉措、持教法王达赖汗命令噶丹泽旺率蒙藏联军反击拉达克王的入侵，攻占拉达克首都列城，迫使拉达克王割让早年侵占的古格、日土等地并恢复称臣纳贡〕。安东尼奥·德尔·安德拉德建立的西藏第一个耶稣会被取缔，所有传教士被驱逐出境。他于1630年成为果阿邦耶稣会的主管，于1633年离职