离开广州对付桂系，广州防务交由教导团团长叶剑英负责。叶剑英当时为地下共产党员，乘机于12月11日发动广州暴动。事后黄琪翔成众矢之的，被免去各职，离粤后赴日本。1928年中再赴德国。
第三党.黄琪翔在德国柏林与原国民党内左派邓演达、叶挺、宋庆龄等接触。当时邓演达已经以「中国国民党临时行动委员会」名义活动。1929年孙中山移灵南京，黄以宋庆龄秘书身分回中国，转往上海。1930年8月9日，邓演达等于上海召开「中国国民党临时行动委员会」第一次全国干部会议。黄琪翔代表广东出席，被选为