个GPL授权的原生UNIX应用是Xournal。Xournal允许以不同的字体和颜色注释，以及用于为文本或段落的快速下划及高亮线条的规则。Xournal还有一个用于方形、矩形和圆形的形状识别工具。Xournal中的注释可以被移动、复制或粘贴。免费软件福昕阅读器，适用于Microsoft Windows，允许注释文档。Tracker Software的PDF-XChange Viewer的免费版允许不受限制的注释和标记。苹果Mac OS X内置PDF阅读器Preview也可以像免费软件Skim那样注释，后者支