2000年当选连任，在10月16日展开第2个3年任期。2001年8月1日，国立艺术学院改制国立台北艺术大学，他延续原有任期出任国立台北艺术大学第1任校长；2003年当选连任，在10月16日展开第2个艺术大学校长任期。2006年1月26日在行政院院长苏贞昌邀请下，出任行政院文化建设委员会主任委员，2007年5月21日卸任。2004年3月1日到2006年4月9日间兼任国立中正文化中心（国家两厅院）改制行政法人后的首任董事长。