历阴木蛇年（1677年），阿旺曲丹生于今化隆回族自治县德加乡尕玛普村。祖先姓“嘎”，其祖先巴青嘎罗的后代迁到此地，并且分成了四个部落，其父亲囊索恰多扎西为四个部落中的帕西部落的头人。1687年，11岁时赴夏琼寺，拜其叔父即夏琼寺法台阿旺次成为师，受具足戒，并初次学习藏文书写，起法名为“阿旺曲丹”。1689年，13岁时随叔父阿旺次成初学因明学。1691年，15岁时征得父母及叔父同意，赴卫藏在色拉寺学习佛法。1692年起，先后投格勒嘉措、桑洛格西阿旺宗智、仲然巴蒙古益希等高僧学习菩提道次第广论、瑜伽师地论等