49年透过圆桌会议的谈判方式​获得荷兰承认拥有主权，此时在海崃对岸的马来半岛于战后重归英国的殖民统治。
马印冲突和大印度尼西亚理想.二战后，「大印度尼西亚」的理念沉寂了一段时期。直到1950年代末期，苏卡诺强烈反对英国政府与东姑阿都拉曼联合倡议的「马来西亚」计划，「马来西亚」的概念是将马来半岛和北部婆罗洲联盟成一个新兴国家。这种敌对的政治立场，导致1960年代初期的印度尼西亚-马来西亚对抗，并在婆罗洲引起持续不断的小规模跨界战斗和军事渗透。苏卡诺认为，这个称为「马来西亚」的国家是被