用多字母替代式密码（），使用的是多个密码字母集。加密由两组或多组密码字母集组成，加密者可自由的选择然后用交替的密码字母集加密讯息。这么做将会增加解码的困难度，因为密码破解者必须找出这两组密码字母集。另一个多字母替代式密码的例子，这将更难解密，称作维吉尼亚密码（），亦作维吉尼亚方格，这是一种创新的加密方法。随着这个方格，它有26组不同用来加密的密码字母集。每个密码字母集就是多移了一位的凯撒密码。维吉尼亚方格看起来就是这样：为了使用维吉尼亚密码加密讯息，必须先选择一个关键字，接着重复这个关键字直到跟明文