诺拉·琼斯（Nora Jones）结婚。同年，他作为美以美会传教士来华，在南京传教并在汇文书院任教。1904至1905年，包文利用休假时间在哥伦比亚大学进修一年。1906年，他赴南昌任教区主理。1908年，包文回到南京，接任汇文书院院长。此前，院长师图尔坚持汇文书院独立经营，反对三书院合并。 包文继任汇文书院院长后，形势大变。包文认为：“中国之困亟矣，非以教育新民智不足以自拯救，而教育之宗旨宜纯正，规模宜远大，组织设备宜健全完善，然后始可以言得人才为社会用，今南京一隅设三校，其政不相谋，课程多重复，且为