知孙士毅逃归之后，安南境内的清军也全部退回境内。后黎朝遗臣们得知皇帝的逃跑和清军的撤退后，也纷纷逃往清朝境内。皇弟黎维祗欲逃镇南关，为西山军所阻止，遂在谅山起兵反抗，兵败被擒杀。至此清越战争以西山朝的胜利而结束。
结局与后续.干隆帝得知孙士毅战败后大怒，下令褫夺了之前给予孙士毅一等谋勇公的封号。同时命令福康安代替其职准备继续讨伐安南。福康安得知西山朝强大，欲停止干戈。而阮惠虽然在这场战争中大胜，但他对清朝亦有所顾虑。西山朝当时又与暹罗交恶，阮惠害怕遭到清朝与暹罗两大强邻的夹击，于是