内丹，即「性、命」为主，而且认为儒、佛、道三教是同源一理，以道禅结合、摄禅释性、先命后性独树一家之学。修炼则从传统命功着手，先须「炼己筑基」，待精满、气足、神全后，才正式进入炼丹阶段。在内丹修炼环境问题上，「南五祖」主张「混俗和光」、「大隐混俗」，不提倡出家。 
影响.南五祖的内丹理论对全真道有较大影响，他们促进了符箓派的改革，将内丹修炼引入斋醮活动中。他们亦留下大批内丹专着，是中国传统文化的组成部分，对气功学、医学、人体科学的发展有巨大贡献。