国法务部依据广大兴28号船载航程资料记录仪及船长证词判断，事发地点约为东经122度55分41.37秒、北纬19度59分47.27秒。 
跨部会组成17人联合调查团.5月16日上午，由中华民国外交部、法务部、屏东地检署、内政部警政署刑事警察局、海巡署、渔业署等跨部会组织17人联合调查团，启程前往马尼拉，对菲律宾海巡人员等具体行为事实做进一步调查，以利釐清案情真相，另外亦不排除将菲方涉案人员引渡回台。调查小组成员包括外交部条约法律司司长申佩璜、法务部国际及两岸法律司司长陈文琪、主任检察