界大战成为德日关系的一个转折点。柏林－东京轴心的军事化双边关系，以及德国和日本侵略战争的失败都对双方艰苦创造的文化和经济成就造成了破坏性影响。在这个困难时期，德国驻神户总领事馆成为了数百名来自亚洲各地的德国难民最重要的聚集点之一。1945年6月，神户遭到大规模空袭，德国领事馆被彻底摧毁。同年8月，因无力抵抗以美、苏为首的盟军攻势，大日本帝国向盟军投降。日德间的外交关系自此断绝，几乎所有德国人都必须于战后两年内遣送回国。尽管德日外交关系中断，但为了组织德国人遣返，特准领事馆继续存在，直至1948年才关闭。然而