基线，没有包括金门马祖，而中国大陆却早就将金马划入其领海基线内侧，中华民国等于是默认了中华人民共和国的做法。行政院新闻局指出，金门和马祖位于中华民国实质管辖的范围之内，在研究制订领海基线的过程当中，也从来没有放弃过这两个地区。当时的中华民国内政部长江宜桦在立法院接受质询时也强调，中华民国政府对于金门马祖的主权或是实际管辖权并没有退让。他说，预计在未来1年之内，金门和马祖将会被纳入第2批领海基线公布的范围。最后，马英九任内始终没有公布包含金门、马祖在内的第二批领海基线。