越境逃亡到西藏，在热日宗的春丕谷避难，廓尔喀军队继续向西藏推进，一度占领整个后藏并洗劫班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺，结果达赖与班禅向清朝中央政府请求援军。干隆皇帝先后两次用兵，最后由福康安和海兰察统率清军于1791年将廓尔喀人全部逐出西藏，并越境追击至尼泊尔王国首都加德满都城郊。廓尔喀军队在挫败清军前锋获得小胜后请降，从此成为中国的藩属，这也是干隆“十全武功”的最后一战。清军击退廓尔喀后锡金本欲收复其失土，但这时尼锡战争中假意援助锡金的不丹军队突然攻击锡金，导致本来就已经被廓尔喀人打得溃不成军的锡金腹背受敌，