血液中的病原，而肝脏中的则以伯氨喹（primaquine）治疗。（Tafenoquine）则能防止间日疟复发，也可用于根治间日疟感染。
重症疟疾.重症疟疾通常由恶性疟造成，其他种疟原虫一般只会造成较轻微的症状。重症疟疾建议使用静脉注射抗疟药。不论是成人或孩童，青蒿琥酯对重症疟疾的效果都优于奎宁；另一份报告指出青蒿素衍生物（包括蒿甲醚和蒿乙醚）对孩童的脑疟疾和奎宁一样有效。。重症疟疾的治疗也包括支持疗法，患者于重症加护病房中能得到最好的照顾，这包括控制高烧、监控、低血糖和低血钾S