市博物馆、太平天国历史博物馆、中国共产党代表团梅园新村纪念馆、南京市民俗博物馆、渡江胜利纪念馆、江宁织造博物馆、六朝博物馆、南京市考古研究所、南京市文化遗产保护研究所共9家南京市文化广电新闻出版局所属的文博馆所组成。2017年，南京市博物总馆被中国博物馆协会评为第三批国家一级博物馆。