对袁世凯后，被阎锡山免职。1922年，孔庚任孙中山大元帅大本营参议。陈炯明发动六一六事变后，孔庚任讨逆军中央直属鄂军军长。曹锟贿选后，孔庚任讨贼鄂军总司令。1927年3月，孔庚当选国民政府委员。蒋介石发动四一二事变后，孔庚同汪精卫、邓演达、宋庆龄、董必武等四十人联合通电宣布反对蒋介石。1927年5月，任湖北省政府常务委员，曾经一度主持湖北政务。同年12月，因“倾共”嫌疑而被逮捕，后经谭延闿、冯玉祥等作保而获释。1928年初，孔庚赴上海。1930年，参加了北平反蒋扩大会议。1932年2月获聘为国难会议