使得他们的地位最终变得无足轻重。历任皇帝经常干预教会事务，他们实际上可以任意废立牧首。许多皇帝甚至任命宦官担当牧首之位。相比之下，罗马教廷却成为一支独立和不受世俗统治者控制的强大力量。在俄罗斯正教会成为东正教世界最大的教会之后，身为该教会最高领导人的莫斯科牧首因此取得相当程度的权威，但没有因此改变君士坦丁堡牧首的首席地位。在君士坦丁堡于1453年陷落之后，奥斯曼帝国的苏丹们一度控制了对君士坦丁堡牧首的任命（如不能保证信徒对苏丹忠诚要处死）。但是今天的土耳其政府仅仅要求牧首承认自己是一个土耳其公民，并且允