独立台湾会虽然成立于海外，但是认为台湾独立的主战场在岛内，所以多次派员返回台湾进行工作。也因此，独立台湾会一共有4人「为从事革命工作慷慨捐躯」（郑评等人），有81人因此而坐牢。而且独立台湾会在台湾有不可轻忽的动员力，1991年5月，法务部调查局逮捕阅读史明着作的国立清华大学学生廖伟程、王秀惠、林银福、陈正然等4人，引发台湾岛内的抗争，而且从5月15日起要求释放廖伟程等4人的大量抗议群众进入台北车站进行长达14日的抗争，是为独立台湾会案。独立台湾会案发生时，台湾支持台独的民意算是少数，但是当时多数台湾人