拉这些都督府，后期为了行政方便，而与总督辖区分离。虽然名义上仍受到总督的管辖，但是法律授权这些都督特殊的军权。此外由于这些都督府距离总督辖区的首府过于遥远，因此这些都督府被准许与位于马德里的君主和印度议会直接通信。让这些都督府实质上独立于总督。都督府在波旁改革中进行了不少变革。西班牙王位继承战期间，都督府的编制在1713年首次被引入西班牙本土。七年战争战败后，波旁君主在美洲许多区域设立新的都督府。而在这些新的都督府中不只设立都督一职，也设了代官（），来负责民事和军事支出。
西班牙帝国