总督府实施的最大规模的大屠杀事件是1941年6月27日-28日的红色星期五屠杀，当时杀害了比亚韦斯托克隔都的5,000名犹太人。然而在整个纳粹德国占领区范围内，血腥星期日大屠杀并非最大规模的屠杀事件：1941年9月29日-30日发生在乌克兰总督辖区的娘子谷大屠杀事件中，第45警察营在基辅郊外的娘子谷杀害了33,000名犹太人。1943年11月3日，来自乌克兰的特拉夫尼基人以及来自汉堡的秩序警察第101后备警察营执行了丰收节行动，针对马伊达内克集中营及其分营的犹太人实施了最后处决，一次性杀害了超过43,000