中科大的改革和“全院办校、所系结合”的办学方针。2003年底，中科院下属的多个研究所的所长或院士被聘任为中科大多个学院院长或系主任。并且在2003年至2006年期间，学校还与中科院的多数院属单位签署了全面合作协议。通过以中国科学院为依托，学校参与了国家大科学工程建设：继1989年建成国家同步辐射实验室后，2003年中科大又独立建立了微尺度物质科学国家实验室，使中科大成为目前全国唯一拥有两个国家实验室的高校。在此期间，学校举办了两次较受关注的校庆活动：四十周年校庆和五十周年校庆。