一度怀疑其忠诚。直到开票当晚，李登辉取消了前往国民党中央党部的行程，因为「口袋里只准备了胜选谢词，没有落选感言」。由于宋楚瑜分流大量选票，国民党大选失利后，大批国民党支持者抗议选举结果。党内长期不满李登辉的人士要求其辞去党主席一职。他们一度包围位于博爱特区的国民党中央党部。在宋楚瑜宣佈将在党外组党之后，李登辉即辞去国民党主席一职，交予连战代理。2000年5月20日，正式离开总统府，与陈水扁进行权力交接，结束12年的统治。李登辉还签署了自愿放弃每月数十万元的终身俸与退休军公教人员优惠存款（十八趴）。