陵应天府为南京，改北京为京师，但尊重南京的故都地位，仍虚设了几无实权的南京六部等中央机构，称南京某部。
还都南京之议.刚刚迁都几个月后的永乐十九年（1421年）初夏，紫禁城的奉天、华盖、谨身三大殿遭雷击，尽皆焚毁。朝野议论纷纷。礼部主事萧仪认为，迁都后诸事不便，且弃绝皇脉与孝陵，有违天意。成祖大怒，将萧仪收狱，后杀之。永乐二十二年（1424年）明成祖死后，明仁宗即位。明仁宗因长期作为太子在南京监国，即位后，面对残破的北京皇宫，立刻有还都南京的打算，下令修葺南京宫殿。随即，北京六