到吉林任职后，吴大澂继续执行他以前采取的措施，获吉林将军铭安赞同。为此，两人采取了下述措施：光绪十年（1884年），中法战争爆发后，吴大澂率吉林防军3000人到云南、广西迎战。光绪十二年（1886年），吴大澂奉命与俄方勘定边界，得到了珲春副都统依克唐阿和宁古塔副都统塔容山的支持，签署了《中俄珲春东界约》。靖边军成为吴大澂谈判的后盾。光绪二十六年（1900年），俄国趁庚子事变出兵占领中国东北多地及珲春，靖边军反击，对俄国侵略军造成打击。