二十年（1592年），以都察院右佥都御史，巡抚福建。三年后，擢南京大理寺卿，调南京兵部右侍郎，不久改北部左侍郎。被论乞休。万历三十二年（1604年）卒于家。赠南京工部尚书，谥恭简。
学术.万历二十年（1592年）前后，许孚远同罗汝芳门人杨起元、王畿门人周海门在南京讲学，着名哲学家、文学家刘宗周即为其学生。撰作《九谛》。万历二十二年（1594年），建有共学书院。