次正式会议之前，袁世凯发电召宋教仁赴北京共商国事；宋教仁认为大局已定，遂毅然起行。临行前，陈其美曾经嘱咐宋小心袁世凯，于右任亦劝宋改行海路，皆不为宋所接纳。1913年3月20日晚上10时，宋教仁于上海火车站遇刺；两日后去世，时年32岁。数日后，正凶武士英及协凶应夔丞落网，并且在应夔丞家中搜出了一封代国务总理赵秉钧给他的密电码一册，「叮嘱『以后有电直寄国务院』」的密函一份及多件由内务部秘书洪述祖指使他行刺宋教仁的电函。故此历史学家都认为袁世凯或赵秉钧是幕后主谋。
二次革命及国民党分