十年（1815年），寺身因地震重建。咸丰三年（1853年），三邑人以黄龙安为领袖，于顶下郊拚击败同安人领袖林佑藻后，两族群分以龙山寺、保安宫作大本营，展开长期对峙，牺牲惨重。三邑人将此次械斗期间罹难者的血衣，埋在龙山寺周围的树兰下。他们也为感谢塔悠庄的乡亲帮助打同安人，遂将龙山寺观音像赠给，日后建立分香庙下塔悠金玉禅寺。龙山寺的军事组织曾多次穿越新店溪，直攻入漳州人大本营的板桥。龙山寺以在柯子崙的漳州人破坏龙山寺的水池风水为由，摧毁了同样主祀观音的中和慈云巖，迫使漳州人在板桥重建接云寺。与漳