系和清华大学建筑系部分并入北京林学院。1960年，被列为全国63所重点高等院校之一。
文革前后时期.1964年，园林专业因“园林教育革命”影响受到批判。1965年，北京林学院园林专业宣布停办，园林系被撤销。1969年文化大革命期间，林彪发出战备疏散的“一号命令”，北京林学院开始迁往云南。学院北京原址分别被中国科学院、中国农业科学院、北京大学、清华大学、中国科学技术大学研究生院等单位占用。北京林学院虽名为搬迁，但实为解散，后经国务院过问免于撤销，全校于1970年集中丽江，更名