成为执权时（1246年），他平定了上一任鎌仓幕府征夷大将军藤原赖经策划的政变。第二年（1247年），他便派安达景盛带兵于宝治合战中消灭有力御家人三浦泰村一族。幕府内能威胁北条氏地位的御家人皆已被清除。他重召经验丰富的叔祖、北条泰时的三弟、第三任川北方六波罗探题北条重时回京都为第二任连署。1252年，北条时赖解除第五任征夷大将军藤原赖嗣将军之职，改立宗尊亲王为征夷大将军，进一步巩固北条氏的地位。北条时赖的良好管理一直被人民称赞。他的主要改革工作是设置各项规定。他减少御家人守卫京都的差役。他亦曾经解决御家人