原住民一直起义反抗西班牙。两次比较主要的起义，分别是1742年安第斯丛林省份塔尔马和豪哈的胡安·桑托斯·阿塔瓦尔帕的那场和 1780 年围绕库斯科的高地的图帕克·阿马鲁二世的叛乱。当时，一场经济危机正在酝酿。秘鲁总督辖区遭到分割，划出了新格拉纳达和拉普拉塔，免税政策将商业中心从利马转移到加拉加斯和布宜诺斯艾利斯，矿产正在减少，纺织业也正在萎缩。这场危机被证明对图帕克·阿马鲁二世的原住民叛乱是有利的，并且注定了秘鲁总督辖区的逐步衰退。1808年拿破仑入侵伊比利亚半岛，将国王费尔南多七世软禁。随