德政府宣布禁止两家公司再进行任何合作，蔡司·耶拿甚至失去了出口权，改由德意志国内外贸易部（DIA, Deutscher Innen und Außenhandel）代理，两德蔡司彻底分裂。西德的蔡司AG在彻底分裂后旋即重新注册了Carl Zeiss的商标，以防止东德的公司使用。双方的商标纠纷一直持续到1971年。当年双方签订了一份协议，约定了双方的商标。蔡司·耶拿将使用过去的经典蔡司商标，而蔡司AG则使用放置在蓝色方框中的带棱角ZEISS商标。在产品上，西德的蔡司AG产能较小。东德的蔡司·耶拿比较专