供座厕，但是东铁线少部分厕所设计非常狭窄和使用率甚高，引致部分厕所卫生问题日益严重，结果有时厕所臭气沖天情况间中出现恶化。2018年，香港大学最新研究发现，东铁线扶手细菌抗药性基因最高，透过深圳过境乘客不断转乘而散播社区抗药菌至全港。马鞍山线（现为屯马线一期）检测出的耐药性细菌含量亦几乎与东铁线相同。
载客量饱和问题.由于东铁线早期车厢设计非常狭窄，导致大围站、沙田站和粉岭站成为前往九龙方向的人流瓶颈位「重灾区」，而此情况于大老山隧道巴士线投入服务后才显着改善。2014年立法会