有屏蔽门。地下一层为到达层、换乘大厅与地下停车场。
城市通廊.清河站B1层城市通廊四周设有国铁地铁共享安检区，实现了国铁、地铁、市郊铁路之间安检互认，乘客换乘时无需重复安检。
地铁站.清河站地铁站是北京地铁13号线、昌平线和19号线支线分别在国铁清河站附近（清河街道安宁庄附近怡美家园社区，与上地街道上地科技园社区相邻）设置的与国铁接驳的地铁站。其中，西侧站台为北京地铁13号线使用站台；另外地下二层为北京地铁19号线支线、昌平线站台。