3年（明治26年）任常备舰队长官，1894年(明治27年)7月18日任联合舰队司令长官，准备参加甲午战争。1894年9月17日12时50分左右，日本联合舰队与中国清朝北洋水师于黄海发生黄海海战，结果与战前预测相反，北洋水师大型主力舰被击毁（日本旗舰「松岛」4217吨、北洋水师旗舰「定远」7220吨、差距不到1倍）。日本取得黄海制海权。这是甲午战争中，对日本有利的重大转折点。此后在海陆战斗中，清军全面失败。1895年2月13日北洋舰队在威海卫之战被围投降，北洋舰队提督丁汝昌在前一天服毒自杀。伊东祐亨将缴获