5月离开八路军总部，随徐向前到山东任八路军第一纵队参谋处长。1940年6月，任八路军山东纵队参谋处长、山东军政委员会委员。1942年8月任鲁中军区司令员兼政治委员。1943年3月，根据中央指示，各抗日根据地实行一元化领导，任鲁中区委书记兼鲁中军区政委，王建安任军区司令员。1945年10月底，率领八路军山东三师和警三旅一万多人，从邹县出发，在龙口乘坐木帆船渡海，在辽宁省的庄河、皮口等地登陆。1946年1月在辽东同冀东十六分区一个团发展起来的两个旅合编为第三纵队，任第三纵队政委。1946年3月任辽东军区副司