似鸟龙科与其它恐龙相比相当独特，因此将此科分类于个别的似鸟龙下目。在1990年代，似鸟龙下目与似鸟龙科的内容随者不同作者的亲缘分支分类法定义而有所改变。例如，保罗·塞里诺在1998年将似鸟龙科包含所有的似鸟龙下目恐龙；但后来将似鸟龙下目扩大范围，成为一个基群演化支，并将先进的似鸟龙科置于似鸟龙下目之内，这个分类出现在2000年代早期的大部分文献里。
种系发生学.在1990年代早期，着名的古生物学家，例如托马斯·霍尔特（Thomas R. Holtz Jr）假设出兽脚亚目与夹跖龙类之