，拜御史大夫，在当时受到信任。617年，在隋炀帝出走江都后，与段达、皇甫无逸、韦津等同为东都留守。次年，隋炀帝崩，与达等推越王杨侗为帝。任内史令、开府仪同三司、光禄大夫、左骁卫大将军、摄右翊卫将军、鲁国公等官职，倍受重用。由于洛阳兵权为王世充把持，又有宇文化及另立秦王杨浩为帝，元文都遂建议杨侗招降当时势大的李密以跟王世充制衡。元文都因为此计大大得罪王世充，在杨侗意欲拔擢元文都担任御史大夫时，王世充大力阻碍，元文都鑑于王世充仗着兵权在手日益跋扈，因此入朝向杨侗进言须杀王世充，并与卢楚等谋趁世充入朝时伏兵杀