部纳编原警备总部北、中、南三个警备营为宪兵第239、240、241营。公元1992年（民国81年）8月1日，因应动员戡乱时期终止，整编中华民国宪兵（「忠爱专案」移编宪兵第212、214、215、216、219、221、230、319、328营）、中华民国陆军及中华民国海军陆战队部分兵力，成立「海岸巡防司令部」，全衔为「台湾军管区司令部暨海岸巡防司令部」，取代原本警总于行政院治安会报的海岸巡防主导地位。海巡部任务为「反走私、反偷渡、反渗透」，后期加上「反突击」。11月1日「台湾军管区司令部」更名为「军管区