璟收集余众坚守西州，被朝廷任命为西州都督。690年，武则天使唐睿宗退位，自立为皇帝，以武周代替了唐朝。692年，唐休璟建议武则天收复安西四镇——龟兹、于阗、疏勒、碎叶。武则天命王孝杰和阿史那忠节率军收复。圣历年间（697—700），唐休璟升任卫尉卿、凉州都督、右肃政御史大夫，持节陇右诸军州大使。700年秋，吐蕃将军麴莽布支攻打凉州，围攻昌松县。唐休璟率军到洪源谷，临阵登高，见吐蕃军队衣甲鲜盛，对麾下说：“自从论钦陵（吐蕃执政者，多次大败唐军，699年被吐蕃赞普器弩悉弄逼迫自杀）死后，他兄弟论赞婆归降