ecovirus"亚属，其中鼠冠状病毒可能与人类冠状病毒HKU1关系较为接近，互为姊妹群。此演化支的病毒基因组中皆有编码血细胞凝集素酯酶（HE）的基因，其他冠状病毒则无，不过许多鼠肝炎病毒病毒株（如MHV-A59与MHV-1）的血细胞凝集素酯酶都已因累积突变而变成伪基因，即虽仍有基因序列的痕迹，但不表现蛋白质，且具有血细胞凝集素酯酶的病毒株在体外细胞中复制的速度可能较慢，此现象显示血细胞凝集素酯酶并非鼠肝炎病毒感染、复制必须的蛋白。有研究分析鼠肝炎病毒刺突蛋白的结构，发现其N端结构域（NTD）与动物细胞的相