博物馆周围平坦的地区上主要是草坪。在文艺复兴时期教宗对宫廷和艺术表现的需求提高后在这里也布置了花坛，在巴洛克时期后这个趋势更加加强。利昂城和梵蒂冈办公区之间的地方是最初的花园：在这个丘陵地区里有茂密的树林，其树木主要为意大利石松、松树、冬青栎、柏树、雪松和棕榈。花园里有许多路。在西边一座城墙的碉堡上有梵蒂冈直升机场，这个机场是梵蒂冈城与罗马-菲乌米奇诺机场和罗马-钱皮诺机场的连接。
动物.在建筑密集的罗马市内梵蒂冈花园是一个自然群落生境。许多动物，尤其鸟类和小动物，在这里落脚。