元前500年至公元500年之间，当地属于Paqallamoqo和瓦鲁（Waru）文化，直到发展出瓦里神权政治-军国主义文明。从此开始了瓦里的残酷和杀戮文化。印加文明发源于本大区。有两个库斯科建城的传说。印加帝国合併了秘鲁、厄瓜多尔、哥伦比亚、智利和阿根廷的领土。1533年11月15日，西班牙人的到来使库斯科的印加开发中断了。1536年，曼科·印卡开始与入侵者战斗，并且由图帕克·阿马鲁接手，再由图帕克·阿马鲁二世发动所谓「大起义」；两人都在市长广场被处决。在1814年和1815年之间，马特奥·普马卡瓦