发展为一大势力，不仅控制了越后、佐渡两国，还攻入了关东地方和北陆地方等地。本能寺之变后，上杉景胜和丰臣氏交好，领有越后、佐渡、庄内三地，是五大老之一。但在1598年（庆长3年），丰臣秀吉移封上杉景胜至会津，终结了上杉氏对越后国约260年的支配。江户时代的越后国呈现诸多小藩和幕府领地并存的情况。在江户时代，越后国地震、洪水等自然灾害频发，多次发生饥荒，是当时日本骚动最多的地区之一。但另一方面，越后国各地都进行了大规模的新田开发以发展农业。佐渡在江户时代是重要的金银产地，因地位重要而是幕府的直辖领地，海