于1995年5月和1996年11月开始分别重建车站站房和扩建车站站场，其中站场于1997年1月14日完工投用，站房于同年4月启用，而复线闭塞则于11月28日开通。1999年1月新余车站和原樟树车务段合并成立新余车务段，2004年新余车务段又合并至宜春车务段，车站因此由宜春车务段管理至今。2004年新钢新周铁路复线开工，建成后新周铁路的上行列车不再需要切割新余站的浙赣正线。2007年为迎接第六次大提速，车站对原2、3站台进行迁建改造，同年车站升为一等站。
车站结构.Secti