代表自由贸易党在帕拉马塔选区（范围包括利斯戈）参选成功。乔治·里德在1904年当上澳洲总理后，因为要把部长的职位分给中立人士，所以没有再邀请库克出任部长。乔治·里德在1908年卸任自由贸易党党魁后，库克赞成自由贸易党与前澳洲总理艾尔弗雷德·迪金领导的保护贸易党合併成联邦自由党，与澳洲工党对立。在1909－10年，艾尔弗雷德·迪金再度当上澳洲总理，约瑟夫·库克出任国防部长。联邦自由党在1910年澳洲联邦选举被澳洲工党击败。