纪晚期到白垩纪早期（豪特里维阶）。准噶尔翼龙科属于准噶尔翼龙超科，并被推论是神龙翼龙超科的近亲。根据大卫·安文的说法，德国翼龙是准噶尔翼龙科的姊妹分类单元，但没有其他研究人员提出相同分类法。根据Brian Andres的2008年研究，准噶尔翼龙科是古神翼龙科的近亲，如果属实，准噶尔翼龙科将属于神龙翼龙超科。