内消除宗教的尝试并未马上影响到亚美尼亚。1932年，科伦一世成为了大主教。然而在1930年代末期，苏联试图消灭教会。1938年，科伦在大清洗中被暗杀的事件以及8月4日艾契米亚钦大主教的选举宣告了这一毁灭行动的高潮。教会转入地下和移居国外，因而得以幸存。共产党那些有能力的领导人像和也成为了大清洗的牺牲品，前者成为了莫斯科审判的被告。和斯大林统治时期的其他少数民族一样，好几万无辜的亚美尼亚人被处死和驱逐。1936年，贝利亚和斯大林将大批亚美尼亚人流放到西伯利亚来让亚美尼亚人口降至700000以下，这样合并亚