因为“将时间浪费在设计宇宙飞船”而被以叛国罪名逮捕的消息。他自己立刻决定，将自己在这个课题上的大量笔记全部脱手。曾经在他患斑疹伤寒的时候照料他康复的那位波尔塔瓦前邻居，同意为他保管这些笔记，并在第二次世界大战之后与她的女儿一起出逃的时候，把它们最终带到了美国。他还将自己已经出版的着作寄了一本到卡卢加的。
在第二次世界大战中作战与阵亡.1941年6月，康德拉图克作为志愿者加入苏联红军，并在1942年阵亡于卡卢加附近。他死亡的具体情况不详。他所在部队1941年10月曾卷入与纳粹军队的激