时，达赖及其卫兵被塔尔寺僧众200多人包围在塔尔寺社火院。为了不激化矛盾，马福祥单骑携带一名翻译前往调节。许多僧人向马福祥投掷石块。在马福祥开导下，双方和解。同时为避免进一步激化矛盾，陕甘总督升允致电驻藏大臣有泰，款留达赖暂留塔尔寺。马福祥在担任蒙藏委员会委员长时，在俄、英等各方势力之中周旋，缓和民族关系保护了中华民国领土。着有《蒙藏状况》一书阐述其理念。
着作.马福祥喜书法，善文辞，先后主持编着了《朔方道志》、《蒙疆纪要》、《青岛工潮经略》、《训诫子德书》等多种着述。