下辖11个镇：乌坵未实际统治，现由中华民国金门县代管设乌坵乡。2007年3月，经中华人民共和国国家发展和改革委员会批准，湄洲湾北岸经济开发区管委会为省级开发区，管辖忠门、东埔、山亭3个镇，行政区域属秀屿区。
特产.南日镇的南日鲍为中国地理标志产品。