1944年3月，杨基铨与台南出生刘秀华结婚，刘秀华为刘瑞山五女。并由林茂生担任证婚人；刘秀华来自台南，为虔诚基督徒，毕业于台南州立第一高女及日本女子大学，并曾在东京参加矢内原忠雄所开设的圣经班。1945年8月，杨基铨负责代表台湾总督府接待前往办理接收事务的国民政府官员。此后，他先后出任台北市政府秘书、台湾省行政长官公署财政局财产课长兼任秘书。二二八事件发生后，杨基铨精神陷入紧张恐惧之中。1947年6月，杨基铨应台湾省政府农林厅厅长徐庆钟邀请到该厅水产科服务。1952年，杨基铨报名赴美进修