自哈密入京，但途中清廷又命他以三品顶戴任署理陕甘总督，直到布彦泰到任。当时，适遇上以黑错寺为首藏人势力反抗清廷统治事件，是为黑错寺事件。林则徐下令用西式武器镇压藏民，其后又命达洪阿统兵进剿黑错寺，焚燬寺院、剷平村庄、捕杀藏民，手段残酷，此后，清廷在陇西、青海地区的统治得以加强。道光二十六年六月二十（1846年8月15日），邓廷桢因任陕西巡抚任内逝世，林则徐接任陕西巡抚一职。七月初九（1846年8月30日），林则徐抵西安，正值灾荒，灾民饥饿无援，人吃人事件常常发生，他採取平粜、当牛、缓征等措施赈灾抚民。