同期，他又成为负责培训政治工作队和武装游击部队的学院—金刚政治学院的院长。然而，1953年8月，即朝战结束不久后，国内派首领李承烨、朴宪永被时任最高领导人金日成指控为颠覆政府的间谍，金应彬的金刚政治学院则被指为是提供武装部队的机关，他因而被捕，并在其后被肃清，后再没有其消息。