活能力，也可以阻碍自噬小体成熟及自噬小体与溶酶体的融合过程，以逃避自噬介导的杀伤作用。砂眼衣原体抑制细胞内溶酶体酶的活性，阻碍晚期自噬小体与自噬小体与溶酶体的融合过程，导致自噬的完整性受到抑制，降低自噬的抗感染作用。除此之外，高危型HPV调节细胞内小分子核糖核酸的水平，影响自噬过程。例如miR-224-3p的高表达减少FIP200（参与自噬小体形成的蛋白）的水平，因抑制宿主细胞自噬而促进子宫颈癌的进展。
不育症.自噬在精子发生过程中起着重要作用。精原干细胞中的缺失或受损可引起不可逆