关系在1941年太平洋战争开始之后便中断。在战争期间，加拿大在通过后开始为了「国家安全」的目的而囚禁日裔加拿大人。日裔加拿大人被剥夺了众多权利，包括工作与私有财产的权利。两国间的直接战役发生在太平洋战争中，日本和加拿大军队在珍珠港事件的8小时后在香港保卫战中正式交战。该战役最终导致香港被日本佔领。
战后.广岛与长崎原子弹爆炸之后，1946年加拿大代表在日本向盟军无条件投降后返回东京。1951年日本也在渥太华开设外交事务处，准备未来恢复外交关系。日加关系的正式全面恢复是在旧金山和