略将天主教传入福州。1645年，明唐王朱聿键在福州建都称帝，升福州为天兴府号福京，改元隆武，1646年，清军击溃隆武政权后攻占福州。清初，清军与郑成功一度在福州地界进行拉锯战，1674年至1676年，耿精忠又据福州反清。动荡的局势导致清政府施行海禁、迁界政策，强迫福州沿海居民内迁，重创福州沿海的社会经济，直到1684年迁界政策取消。明清两代较为稳定的社会环境使福州城大规模发展。清代中前期，福州中国重要的海洋贸易中心，其主要贸易对象是琉球和日本，多有福州府人移民琉球和日本，同时也有相当数量人口的琉球人定居福