又想借机吞并高部。史可法于是亲自到高部善后，任命高杰的外甥总兵李本身当提督，统领高杰的部队，任命胡茂顺为中军提督，李成栋做徐州总兵。期间高杰的妻子求史可法收高杰之子为义子，但为史可法所拒。其后，史可法放弃徐州，退保扬州。弘光元年（1645年）四月，左良玉率数十万兵力，由武汉举兵东下，要清君侧、「除马阮」。当时，史可法移军驻泗州，保护明朝祖陵。马士英竟诎史可法尽撤江防之兵以防左良玉，史可法只得兼程入援，抵燕子矶，以致淮防空虚。左良玉为黄得功所败，及后左良玉呕血身亡，全军降清；史可法奉命北返，此时盱眙降清，