搭乘火车前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但他却受了伤一动也不动。其实他正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白与闇黑两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。面对酋雷姆的穷追不舍，在行进列车与飞行船间发生战斗，他们能否战胜这次的强大挑战呢？
场景.清风车站、洛祥（大都市）、废弃炼铁厂。
备註.本年度为台湾第一次跟进日本制度，