在燕京大学、北京大学的讲义进行整理修撰，到1941年6月完成，并以自己名字出版（此讲义由童书业执笔，且修订期间分处两地无法商讨，因此顾颉刚提议仅署童书业名）。1941年后，离开上海的童书业在江苏省宜兴、常州等地的中学辗转授课。1945年，返回上海，受上海博物馆杨宽的邀请，历任上海博物馆干事、历史部主任和总务部主任，并在复旦大学代课，同时担任无锡国学专修学校上海分校史地组教授、光华大学历史系教授。1946年，童书业患有严重的强迫官能症，后在上海虹口医院精神病专家粟宗华治疗下基本康复，至1947年初已经基本恢复