年鑑直到2005年止，仍然继续主张法理疆域面积1141万8174平方公里（中华民国大陆时期名义上的疆域），以及陆界大多停格在清末条约，就是包括外蒙古。2005年10月3日，又弃用法理上各省（市）县（市）行政区域代码。《中华民国年鑑》也于同年起不再将大陆地区列于《土地》一章之中。此后政府文献中仅列出实际统治区（即台澎金马）之行政区域。2007年，蒙古前总统彭萨勒玛·奥其尔巴特抵台访问参加全球新兴民主论坛，并与时任总统陈水扁会晤、参观国立故宫博物院。2012年5月21日，行政院大陆委员会发表新闻稿表