奖学金。8月28日下午四时，偕同夫人搭乘民航公司班机飞返日本。归国后定居山口县防府市，以山口县专门委员身分指导山口县农业实验场的研究者；并从1958年起担任山口大学的热带农学论课程。1972年1月21日逝世于冈山县，享年85岁。2003年，在矶永吉小屋发现矶永吉亲笔手稿与文物，还有两百多件的古典农学仪器，更正台湾稻米发展史的错误讯息；过去普遍认为蓬莱米台中65号育成者是矶永吉，但从文献上证实育成者是「台湾蓬莱米之母」称号的末永仁。
纪念.2009年7月28日，矶永吉在台北帝