昭和15年(1940年)改组为「陆军中野学校」，校地迁移至东京中野车站前，仍属陆军大臣管辖。昭和17年(1942年)转由参谋本部管辖。随着第二次世界大战末期美军大举空袭日本，中野学校也疏散至群马县富冈町。中野学校一开始是谍报特工技术学校，太平洋战争爆发后，为因应战况需要，昭和19年(1944年)在静冈县盘田郡设置二俣分校，传授游击战技术，因此逐渐转型为渗透敌后伪装特工游击战学校。二次大战结束后，据信有不少中野学校毕业学员在二次大战后，投入了东南亚国家的独立战争。在1945年日本投降后，于菲律