哈迪·莫哈末革职之后，安华成立反对党人民公正党参与翌年选举。之后他被控与其司机发生“肛交”行为，而违反该国的刑法。安华一直指责，此指控为诬陷、更是政治迫害，为的是阻止其以反对党党魁身份进入国会，两人被判罪成，安华被判处九年监禁。该判决于2004年被马来西亚联邦法院推翻，安华从监狱释放，但按法律，被禁止参政五年。第二起案件发生于2008年，安华复任下议员并担任反对阵线人民联盟领袖后，安华被指控强奸男助手，之后于2010年和2011年接受审判，2012年1月吉隆坡高等法院以证据不足宣布安华无罪释放。2013