在「抚番」期间，刘铭传对于不服统治的原住民採用武力征讨，许多台湾原住民部落不是被「破庄灭族」、「丧身灭社」，就是逃离原本的活动领域，往深山迁徙，然后将汉人移往台湾原住民区域开垦，剥夺原住民生存空间，也导致原汉关系的紧张不断，因此此政策之实施也可视为是清朝官方与原住民的一系列战争，经过原住民的抵御，大多部落仍未让刘铭传轻易佔领，因此最终仍无法撼动台湾高山族之传统政权。台东直隶州最后一任知州胡传（胡适之父）曾对刘铭传的“开山抚番”留下如此评语：