重金属如水银等，「污染程度犹如粪水」，化验由香港标准及检定中心受委托进行。其中，位于东江水起点的太园抽水站，每100毫升水中含有120万至320万颗大肠桿菌，最高超标达3,200倍。即使在密封管道直接抽出的样本，大肠桿菌亦达9.1万至93万不等，而氨氮最高含量亦达每升5.25毫克，超标近10倍。在小部分样本中，零星发现含量超标的重金属，当中包括铅、水银，其中一个在密封管道抽取的样本，发现每公升含0.014微克的水银，超标280倍，但其余样本再无此发现。不过，水务署强烈反驳该份报告，重申本港食水可安全