歼击倭寇有功，擢升为浯屿钦依把总，驻守浯屿水寨。万历三十年（1602年）移镇晋江石湖，同年七月，倭寇流劫广东、福建、浙江等沿海地区后窜入当时称「东番」的台湾以为巢穴。沈有容招募渔民到台湾“阴诇地势”、“图其地理”，并且加紧操练水军。同年冬，福建巡抚朱运昌发密札“令剿东番（台湾）倭”，沈有容拟“出其不意，攻其不备，率二十四艘军舰渡海前往台湾，大破倭寇。焚沉倭寇船只六艘，斩首十五级，夺回被掳男女三百七余人，从此台海上息肩者十年。并沈有容带军在大员驻扎二十多天。随行的陈第即根据台湾当时的原住民风土民情写成《东