征陈豨时，萧何协助高祖消灭韩信，被拜为相国，同时派了五百名士兵以保护之名就近监视；翌年征英布时，又不断派人探问萧何动向。萧何为了避免高祖猜忌，听从门客建议拒绝封赏，更强占民地自毁声誉，试图避开被杀害的危机。但当高祖让萧何向民谢罪时，萧何又忍不住请高祖将上林苑闲置的土地开放给贫苦百姓耕种，高祖怀疑他收买民心愤而回绝，并以勾结富商、谋盗国土的罪名将萧何予以囚禁，所幸获得其他官员直谏才得以释放。高祖死后，他辅佐惠帝。惠帝二年（前193年）七月辛未逝世。萧何一向很避讳与曹参相比能力，病危时推荐曹参继任相国。