光绪二十六年（1900年），在奉天府衙署内为笔生。光绪二十八年（1902年），王树翰任职奉天府巡防营统领部，后保升府经历。光绪三十一年（1905年），升任奉天府衙门机要科长。1908年，任奉天军械制造厂厂长。光绪三十一年八月清朝废科举之后，在北京成立吏部学治馆，培养官吏推行新政。宣统元年（1909年），王树翰循资（按资格）考入吏部学治馆学习。宣统二年（1910年），卒业返回奉天，任奉天清理财政局科员，兼任奉天被服厂副厂长。不久，清理财政局并入度支司，王树翰升任奉天度支司科长。
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