市位于长野县中央偏西处。在经过2005年的市町村合併之后，松本市市辖区西起飞驒山脉，东至，是长野县内面积最大的自治体。松本市中心位于两个山脉之间的松本盆地中部。松本市有「岳都」之称，日本第三高峰穗高岳和第五高峰枪岳都位于松本市辖区境内。着名观光地美原和上高地也位于松本市辖区内。松本市地形复杂，市内有众多沖积扇，纟鱼川静冈构造线亦穿过松本盆地东侧。因松本市内有较多断层，因此也是地震较多的地区，最近一次较强的地震发生在2011年6月30日，松本市内最大震度达5强。松本市主要的河川有梓川、、等河流。松本市的森林面