1663年），清军攻佔巫山城，郝永忠退至羊耳山（今奇峰乡），激战数日，双方死伤甚众，十二月，刘体纯自缢死，郝永忠、袁宗弟被俘杀。康熙三年（1664年）以二十万大军进攻夔东十三家，史称「重庆之役」，清军追到铜锣峡口始返。夔东十三家处境日渐困难，八月五日，李来亨被围于茅麓山，粮尽，杀妻后自缢死。至此，除王光兴、谭宏、谭诣降清外，其余将领均苦战到底，壮烈牺牲。
与南明及大西关系.夔东十三家大致上来说，分成两派人马：一派是大顺军余部，他们在李自成死后，先是四处游击，与南明永历朝廷有过合作