952年（昭和27年）转配属高崎第二机关区，与EF53型电力机车共同投入高崎线运用。1955年（昭和30年），EF55型电力机车参与了EH10型电力机车在东海道本线进行的120公里/小时高速运行试验。此后，EF55型电力机车亦被用于ED71型电力机车在信越本线碓冰岭区段进行的牵引和空转试验。1960年代，三台EF55型电力机车开始陆续报废。1962年（昭和37年），EF55-3号机车的电气设备被拆除，并用来试制交流、直流两用的ED30型电力机车。其余两台机车亦在1964年（昭和39年）正式报废，其中EF