方正值大旱，加上世宗梦见雷声，因此“睹其名大喜”，遂亲擢秦鸣雷为第一。授翰林院修撰，参修《国史》和《会典》。嘉靖二十九年（1550年）升左春坊谕德，嘉靖三十一年（1542年）主乡试，晋南京国子监祭酒。嘉靖四十四年（1565年）主会试，取陈有年、王一鹗、王锡爵等，后皆成为知名公卿、宰辅，嘉靖四十五年（1566年）改任南京吏部左侍郎，校《永乐大典》。隆庆五年（1571年）官至南京吏部尚书兼翰林学士。万历元年（1573年）正月十八日，兵科给事中赵思诚上疏弹劾秦鸣雷“只知嗜酒、不顾廉节”，疏下吏部，遂令其致仕。居家