孢子丝菌为墨西哥的菌株，拆分后的申克氏孢子丝菌则为美洲其他地区的菌株。后续有许多研究以其他基因序列进行分析，结果亦支持拆分。申克氏孢子丝菌原有一变种卢艾里孢子丝菌（"S. schenckii var. luriei"），发表于1969年，是1956年由一南非病患伤口中分离的菌株。2008年，Marimon等人以基因序列分析显示其为巴西孢子丝菌、球形孢子丝菌和申克氏孢子丝菌组成的演化支之姊妹群，而将其独立为一新种。申克氏孢子丝菌、巴西孢子丝菌、球形孢子丝菌与卢艾里孢子丝菌等本属致病的物种共同组成一单系群，而墨