1880年），上疏请求担任如西副使，嗣德帝不许。该年冬，改任吏部左参知兼管理商舶大臣。嗣德三十六年（1883年），阮仲合任吏部尚书。该年法国再度出兵北圻，陈兵香江口，兵临顺化城下，要求与越南定约。陈廷肃与阮仲合分别被协和帝任命为正副使，与法国签订《第一次顺化条约》。建福元年（1884年），阮仲合权署理山兴宣总督，大力剿灭草匪。咸宜元年（1885年），升侍郎衔，仍署理山兴宣总督。五月，咸宜帝出京抗法，阮仲合与阮有度、潘廷评向法国帅府商议。八月，同庆帝立，北圻经略大使阮有度回京。阮仲合代理经略使一职，署协佐