B因子（B-factor）”这个名称更为常用，其定义为单位为 Å。B因子可被看作是结构中不同部分的相对振动。低B因子的原子从属于结构中良好有序（well ordered）的部分，而高B因子的原子一般属于结构中非常柔性易变（flexible）的部分。蛋白质资料库中的每一ATOM记录（）都会包含某特定原子的B因子信息。