1881年5月17日，物业由澳门总督'在公开拍卖购入，作为官邸并予拓建。1884年后，用作澳门总督的办公地方。1966年的一二·三事件时，澳督府曾被众多示威人士冲击，在此发生警民冲突。在1999年12月19日，最后一任澳门总督韦奇立在此进行降旗仪式，为澳门回归仪式揭开序幕。自1999年澳门特别行政区成立，前澳督府即用作政府总部，作为澳门特别行政区行政长官及主要官员接见宾客之用途。由于其政治代表性，不少游行请愿或示威活动都是到此为终点站，在此表达诉求。每年，澳门特别行政区政府总部会设开放日，供市民及游客参