ODC第8版的系统分类名称数据库，将柄眼目物种按其输尿道的型态可分为下列四个亚目：然而，这种分类会导致有一大堆亚目地位未定的科，在系统分类学来说并不理想。
2005年分类.根据2006年威得、摩丹和纳格斯的分析，柄眼目是一个主干分支。根据2005年的《布歇特和洛克罗伊的分类》，柄眼目作以下总科和科的分类：
2017年分类.根据2017年的《布歇特等人的腹足类分类》，柄眼目被分为三个亚目：
生物多样性.目前本支序有约2万