就应该归还百姓，算是甚么旧例？」到四年（1631年）因病免官，九年（1636年）再起用为杭州知府，适逢海宁县恶人吴中彦杀人论死，属吏暗中拿出万金贿赂，他笑说：「这计谋曾经用过了，不正法不可。」严厉申请治罪，杭州人因为他不接受贿赂写下《殛豕安民录》。陞任温处道副使，肆虐沿海的海寇张宏铭竟然仰慕他的清望投诚，受降者万余人都哭着拉起他的衣袖，很快因病辞官，在路途病逝。石万程笃于孝友，曾设置义田义谷以送赠不能婚葬的族人，又精欲内典，着有《藕花集诗》、《禅谈古初刻》诸书，但大多失传。明亡百余年后，吴浙两地来到湘潭