棒队取得雅典奥运资格。2003年，中信鲸球员爆发涉及签赌打假球，总教练林仲秋请辞，徐生明应林仲秋之邀，接任中信鲸队投手教练、总教练，并以五百胜的成绩成为台湾职棒史上最多胜的总教练。2004年，率领中华成棒队参与雅典奥运，但并未打入四强。在此时，因痛风，长期服用止痛剂，同时有高血压，肾脏出现问题造成肾衰竭，需要接受腹膜透析洗肾。接受弟弟徐政明的活体捐肾，移植手术成功。2005年，媒体报导中华职棒签赌疑云，徐生明也遭波及。在球季结束后，徐生明遭到解职，徐生明坚持自身清白，拒绝接受任何后续的酬庸行政职