分兴盛，金朝与南宋时期即有全真教、太一教与大道教三派。全真教由王喆创立，主张修孝仅存一之德，然后学道。成吉思汗于西征时邀请全真教道士丘处机西行中亚，十分礼遇他，并且他掌管天下道教。丘处机后来与其弟子李志常写成《长春真人西游记》一书，具有重要的史料价值。大道教主张苦节危行，不妄取于人，不苟奢于自，从创教教主刘德仁五传至郦希诚，被蒙哥册封为太玄真人，掌管教务。太一教以传授太一三元法箓之术为主，从创教教主萧抱珍五传至李居寿时，元世祖兴建太一宫，并让他居之，获得太一掌教宗师印。然而元朝以藏传佛教为国教，元世祖曾命烧