被福岛正则等人所阻而不能与秀吉见面，于是在同日进入高野山。在七天后的7月15日，福岛正则、、前来宣达切腹命令，同日，秀次在的介错下切腹，之后重政和东福寺僧人亦切腹。秀次和同日切腹的相关人物的遗体被葬在青巖寺，首级被秀吉枭首，命令置于京都三条河原示众（今三条大桥）。此后的8月2日（9月5日），秀次一族亦被处刑，在秀次的首冢前，遗儿（4男1女）及侧室、侍女等一共39人被处刑。进行了大约5小时的处刑后，遗体被送到一箇所埋葬，这个埋葬地放置了放着秀次首级的石柜。此后秀次一族的埋葬地直到庆长16年，在豪商角仓了以