海岛的区位优势，故弃用了原「翁山」之名，以「富国强兵」之意改称昌国县，「意其东控日本，北接登莱，南连瓯闽，西通吴会，实海中之巨障，足以昌壮国势焉。」下辖富都、安期、蓬莱、金塘四乡，县治处富都乡的镇鳌山麓，全面开展城池建设。今六横岛太平庙中有王安石像。元至元十五年（1278年），因第二次东征日本的需要，升县为昌国州，实行州直管乡。元至元十七年（1280年），复置县，与州并存。元至元二十七年，撤县复州。元代昌国有6处城门：东江门、艮门、南门、舟山门、西门、上荣门。明朝洪武二年（1369年）又降为昌国县。