丘养浩、顺天巡抚刘泽等人一同论救，均被谴责。马永被罢免后，杜门读书。很久后，被举荐担任都南京前军都督府都督佥书，大同第二次兵变后，朝廷大臣再次举荐，召用时已经平定，再归南京。嘉靖十四年，辽东发生兵变，总兵官刘淮被罢免，马永代任辽东总兵。当时大清堡守将徐颢诱杀泰宁衞人，招致泰宁衞部长把当孩愤怒进攻，被马永击退斩杀。泰宁衞再次报仇，再次被马永击退。尽管当时辽东兵变平定后，叛军仍然趁乱进攻。马永率领家丁进攻，均平定叛乱。后晋升爲左都督。嘉靖十九年，死于任内，嘉靖帝赐祭葬如例。有子马应干。