明代内城有13座城门，现存的中华门、汉西门、和平门和清凉门均为明代城门，其中和平门上有清代城楼，其他城门的城楼都不复存在。明代南京皇宫是北京故宫的蓝本，现明故宫遗址午门、金水桥、西安门等建筑的主体尚存，三大殿等仅剩石构件基础。南京城墙和明故宫都是全国重点文物保护单位，南京城墙还被国家文物局列入申请世界遗产的预备名单。明南京城在城中心设鼓楼和钟楼，现存的南京鼓楼下层是明代建筑，上层是清代建筑，原钟楼上的明代铜钟保存在大钟亭。洪武年间，为了打通漕运路线，在溧水开凿了连通秦淮河与太湖的运河胭脂河，形成天生桥的景观