协地，因此，马那瓜于1852年被正式选为该国的首都。从1852年定都到1930年，马拿瓜都市发展迅速，但同时也遭逢许多天灾的破坏。这座城市在1876年和1885年受洪水侵袭，而和1936年的大火摧毁了这座城市的大部分地区 ；后来在尼加拉瓜总统安纳斯塔西奥·索摩查·加西亚的统治下，这座城市得以重建并开始迅速发展，在1970年代前，马那瓜已经成为中美洲最发达的城市之一。1972年马拿瓜再度遭受大地震的侵袭，造成超过一万人的死亡，这场地震与1980年代的内战严重破坏了城市的发展，到1990年代中期才开始复甦。