果将它们放到一个分支内就是错误的。共源特征确定后，要依照简约化的原理确定之间的关系（也是一种奥卡姆剃刀原理），另外也主要也依照分子进化理论，选取最接近的分支。现代不太容易出现由于研究者自身造成的偏差，因为一般分析都使用计算机软件，现在有各种复杂的软件可以用来分析和计算分支。但有时也会出现许多冲突，例如外形特征和基因分析完全不同等，造成分到不同的分支内，现在种系发生学提供了得到大部分人赞同的结论。现代DNA系列的测定已经比较容易，种系发生学得到分子数据的支持，计算机系统可以处理大量的数据，能精