台中、嘉义、台南、高雄及澎湖；南竿机场可飞台北、台中；北竿机场可飞台北；然金门县与连江县（马祖）二地之间并无直飞航班。
海运.金门县主要港口有料罗港区及水头港区（大金门）、九宫港区（小金门）。连江县（马祖）主要港口有南竿乡福澳港及马祖港、北竿乡白沙港、东引乡中柱港、莒光乡青帆港（西莒）及勐澳港（东莒）。