942年8月起任山东军区副司令员兼参谋长。原山东纵队机关改为鲁中军区机关，鲁中军区以罗舜初（原八路军第一纵队参谋处处长，山东纵队参谋长）为司令员，王建安兼鲁中军区副司令员。1943年3月兼任鲁中军区司令员。1944年，王建安率部讨伐汪精卫政权第三方面军吴化文部，克据点50余处，歼7000余人。旋克沂水县城，歼日军1000余人，使鲁中、滨海两根据地连成一片。1945年，率部连续进攻汪精卫政权厉文礼部、张步云部，共歼12300余人，收复4200平方公里地区。随后，又连续攻克临朐、博山、益都、莱芜、淄川、新泰、章