涉司、度支司、提法司、提学司、劝业道、文案处、旗务处。另外设有吉林省高等审判厅。其最高行政长官为吉林巡抚，全称「钦命陆军部侍郎衔都察院右副都御史兼副都统衔尝戴花翎吉林巡抚」，官阶从三品。计有二任：朱家宝（1907年4月20日～1908年9月9日）、陈昭常（1908年9月9日～1912年3月15日）。民国元年（1912年）3月15日，吉林巡抚陈昭常等承认共和，接受民国临时大总统袁世凯的命令，改衙署为吉林省都督府，改吉林省巡抚为吉林省都督。
组织.吉林行省衙署内设五司一道二处：