笨港在17世纪荷兰人所描绘的地图中，称为「Ponkan」。因为当时常有平埔原住民族出没其地，另有一说，认为Ponkan乃是平埔原住民族语，随后闽粤移民来此，汉人遂把这一河口港称为笨港，其位置约在今新港南坛水月庵与北港北坛碧水寺之间。笨港出现于清文献，始自康熙24年（1685年）《台湾府志》记载「一曰山叠溪，源流有三，至笨港入于海」。该地原为洪雅族猫儿干社栖地，汉人移入始于明朝天启年间漳州人颜思齐登陆筑寨，之后郑芝龙招闽籍垦户拓垦，陈衷纪、许友仪、林天生等漳泉垦首跟进，陈立勋建笨港街，清朝雍正之前港市盛极