999年9月，两国外长在纽约联合国大会期间进行了会面，讨论改善双边关系，随后两国于2000年4月在哥伦比亚举行的不结盟运动会议期间进行会谈，双方同意在原则上建立外交关系。2000年7月12日，时菲律宾外交部长和朝鲜驻泰国大使赵仁哲（音译；）在菲律宾马尼拉外交部举行了签署仪式，双方正式建交。菲律宾是与朝鲜建立正式外交关系的最后一个亚洲国家之一，北韩亦于同月加入了东盟地区论坛。据报导，在2010年初期朝鲜曾经提出在马尼拉设立常驻大使馆的要求，但被菲方拒绝。报导说，菲律宾当局的拒绝原因是因为考虑到朝鲜的外