菌门也曾被认为是壶菌的一支，其成员是厌氧生物，栖息于大型草食动物的消化系统中 ，它们缺乏粒线体，但有粒线体衍生而成的。新美鞭菌门的动孢子也具有鞭毛，还有些种类具有多根鞭毛。过去属于接合菌门的生物现在被分拆成数个不同的门，这些真菌包括会造成面包发霉的黑根霉、可用来制作豆腐乳的毛霉与。球囊菌门的真菌会侵入植物的根部，与植物形成，可帮助植物吸收土壤中的水分与无机盐，丛枝菌根在演化上出现的时间相当早，最早可追溯至四亿年前，这种互利共生可能对陆生植物早期在陆地的适应非常重要。球囊菌门过去属于接合菌门，2001年首