将蔡清琳枪杀，并另行砍下十多名义勇的头，与蔡清琳的尸骸一起交给日军。最后，日本军警就此事逮捕百余人。1907年12月在北埔开设临时法院审理此案，经审判后，该事件的首从共有9人被台湾总督府判处死刑，有期徒刑或行政处分者则为97人。并且秘密处死当地许多客家人。但由于当时对原住民採「怀柔政策」，对于赛夏族仅没收其枪械。而赵明政则佯死隐居避祸。1907年12月23日，发起事件的抗日人士全部被日军处死于内丰地区。
结果与影响.在第二次北埔事件后立有「五子碑」，以纪念事件当中遇害的五位日本