图包含了56个染色体，染色体短臂基数为60（2n=56；FN=60）。从性染色体可以分辨稻大鼠与库氏稻鼠，但很难单以此来分辨其他稻鼠属的物种。虽然稻大鼠没有LINE-1反转录转座子，但也会出现X染色体去活化。在实验室中也有出现融合或有额外臼齿及毛色较浅的突变体。不正常臼齿似乎是由源自自体隐性的突变。稻大鼠的血细胞压积约有50%，在啮齿类中算是高的；这可能是稻大鼠在水下游泳是增加氧容量的一种适应性。
雄性生殖构造.雄性稻大鼠的龟头长而粗壮，平均长7.3毫米及阔4.6毫米，阴茎骨长6.