公务员局长改称常任秘书长，执行问责局长的政策。将政策局的数目由十六个合併至十一个，并不再分为决策局和资源局，统称为决策局。这项改动导致政务司司长陈方安生提早辞职。
非典型性肺炎(SARS).于2002年在中国大陆广东顺德首发非典型性肺炎，并扩散至东南亚乃至全球。2003年首两季，严重急性唿吸系统综合症(SARS)肆虐，香港自3月起出现社区感染个案，导致医疗体系和经济遭严重打击，期间有近二千人感染，共299人死亡（包括6名医护人员）。政府于4月1日封锁淘大花园E座，4月起，全港所有学