2万票之差距惨败给林益世。余政宪因内政部长任内涉及台北南港展览馆1馆|南港展览馆弊案，外洩评选委员名单，因而被列贪渎案证人，并且在2008年10月15日于高雄国际机场欲出境时被请下飞机。经过台北地检署讯问后，台北地检署以洩密及图利罪向台北地方法院声请羁押余政宪。台北地方法院以余政宪有逃亡事实及涉及贪污为由，裁定羁押禁见，并移送台北看守所经法院审理，最终获判缓刑5年。2012年7月，民进党中央党职改选，余政宪参选中央执行委员（中执委），却首度以零票在中执委改选中落选。2014年7月20日，民进党第