干隆四十年（1775年）南堂又毁于火灾，干隆帝赐银一万两用于恢复教堂原貌，并且手书“万有真原”的匾额赐予教堂。道光十八年（1838年）由于反天主教势力与天主教摩擦不断，清政府为了息事宁人取缔了中国天主教的一切活动，宣武门天主堂被政府没收，直到第二次鸦片战争结束后才将教堂发还，1860年南堂由孟振生神父（Fr. Joseph Martian Mouly）主持重新开堂。1900年义和团运动爆发，宣武门天主堂和其他教堂一样遭到了义和团团民的围攻和破坏，1900年6月14日，南堂被义和团烧毁，同时被毁的还