太庙、景山均被移交给清室善后委员会接管。1925年，又交由新成立的故宫博物院管理。此后，故宫博物院对大高玄殿的瓦顶进行拔草，补渗查漏，油饰殿门，维修围墙。1937年卢沟桥事变后，大高玄殿被日军占用。抗日战争胜利后，被南京国民政府军队接管。随后，国立故宫博物院收回了大高玄殿的管理权。
占用与腾退.中华人民共和国成立初期，1950年，中国人民解放军向故宫博物院“借用”大高玄殿办展览，因属临时借用，双方仅有口头协议，并未签订书面合同。此后，占用单位长期占用大高玄殿不还。大高玄殿先后被