海上护卫队，加上从各镇守府、警备府抽调出来的战力，代替联合舰队，从事外海护卫任务。其中，第一海上护卫队负责从日本本土到新加坡的航线，第二海上护卫队负责从本土到楚克群岛（又译特鲁克群岛）的航线，战力包括少量旧式驱逐舰以及由商船改造而来的炮舰。战争期间日本陆军曾经针对护航问题向海军作出过提议，1942年9月，陆军设想要设计建造专门向前线进行运输的潜艇，1943年又再次建议，以TL运油船加装全通飞行甲板，改造成简易的护航航空母舰。而海军对此不以为然：对于前者，海军认为潜艇应该专心进行舰队攻击的本业；而后者，海