在航海历史馆中，展品按照时间被分别放入古代、近代、现代三个展区，介绍了浮力渡水、独木舟、木板船、帆、桨、橹、舵、指南针等造船和航海技术，介绍了中国航海技术的发展演变过程。展品有哥德堡号、扬武舰、汴河客船等模型，独木舟、羊皮筏子等实物，以及江苏海防图、清明上河图（清院本）等航海历史馆是中国航海博物馆的重点展馆。
船舶馆.船舶馆中主要介绍了船舶结构与设备和船舶制造。馆内有1:6大型万吨级货轮高仿真剖面模型，用以展示船舶结构，展出了明代快船、明轮船等模型，并且有船舶主机动力系统和驾驶室实