到广西梧州李济琛圩子。1936年8月，受李济琛领导的民族革命大同盟委托与张献廷持密信去陕北，联络反蒋，受到周恩来、李克农的热情接待恳谈，毛泽东、朱德亲自饯行。返回梧州时，王亚樵已被军统特务暗杀。1938年春，任皖北人民抗日自卫军第5路指挥。因与彭雪枫的新四军第六支队合作良好，1938年冬所部被桂系黄瑞华、蒙若刚部包围缴械。余亚农被逮捕后，经安徽省民众总动员委员会及社会人士营救始获释。在淮北老家闲居。抗战胜利后，应华中局书记邓子恢邀请赴苏北，与蔡蹈和、郑抱真等商谈。后到上海，经沈钧儒、沈志远介绍，