9年至2000年，李登辉聘请她兼任中华民国总统府国家安全会议谘询委员，及出任第六届国家统一委员会研究委员，成为身边的重要幕僚之一。1999年，在国家安全会议的专案委託下，担任李登辉执政最着名的「特殊的国与国关系」研究小组召集人。在这期间，她由中华民国国家安全局丁渝洲提拨研究经费，参与「特殊的国与国关系」解决方案的起草，是研究报告的主笔人。随着李登辉採用该研究成果，公开提出「特殊的国与国关系」理论后，导致1999年海崃两岸关系陷入紧张。这段历史曾让马英九在出席竞选活动时要求说明，中国共产党也借此指控她是「