，许多文人、贵族陆续造访本地，11世纪的清少纳言的作品集枕草子中也提到了有马温泉。但在11世纪末，有马遭到多次洪水破坏而没落，直到1191年，僧侣仁西到此重新开辟温泉，再次恢复了有马温泉的繁荣。16世纪的战国时代期间，有马多次遭到战争破坏，直到丰臣秀吉统一天下之际，于1583年初次来到有马，此后多次造访此地，并持续支援有马的发展，并于1597年在本地进行大规模的整修。此后本地的温泉水源便固定使用至今。江户时代有马成为江户幕府的直辖领地，也因为位于姬路至京都的交通道路（）上而持续繁荣。在当时的温泉