。对于实际生物体发展所涉及的机制的更充分了解，需要等到在1953年发现DNA结构，以及分子生物学和生物化学的发展之后了。
基因和分子基础.几种类型的分子在形态形成中是很重要的。形态物是可溶性分子，可以通过浓度梯度传播和携带控制细胞分化的信号。形态细胞通常通过与特定的蛋白受体结合而发挥作用。参与形态发生的一类重要分子是转录因子蛋白，通过与DNA的相互作用来决定细胞的命运。这些基因可以通过主管调控基因进行编码，并激活或破坏其他基因的转录；反过来，这些次级基因产物可以调节在基因调控网络的