隐修士圣马龙在奥龙特斯河畔担任一群隐修者的领袖。当他在410年去世后，他的追随者们建立了一座以他的名字命名的修道院，并开始发展起来。后来，一些基督一性论者（）杀死了约350位马龙修院的隐修士，该会便决定逃难到黎巴嫩山区。687年，在拜占庭帝国皇帝查士丁尼二世同意下，马龙尼派得以任命一位自己的宗主教，首任宗主教是若望·马龙。
穆斯林统治.之后，马龙尼礼教会因为叙利亚穆斯林征服，而开始了阿拉伯的统治。而这样也使该教会与拜占庭帝国的关系更改进。因此，拜占庭皇帝君士坦丁四世甚至直接提供