内亚猪笼草与巴布亚猪笼草之间存在着密切的近缘关系。在丹瑟的关于巴布亚猪笼草的描述中这样写道：“巴布亚猪笼草的营养器官与新几内亚猪笼草非常相似，但它生殖器官的不同足以使我将其独立为一个新的物种。”这两个类群在形态特征上的差别在于，巴布亚猪笼草的花序为总状花序，而新几内亚猪笼草的花序为圆锥花序或圆锥状总状花序。此外，不管雄性的还是雌性的巴布亚猪笼草的花梗都只带一朵花，而新几内亚猪笼草的花梗最多可带4朵花。巴布亚猪笼草叶片上的纵脉非常明显而羽状脉不明显，但在新几内亚猪笼草上却恰好相反。此外，巴布亚猪笼草叶