6年4月，北京市朝阳区文化委员会招标北京市文物古建工程公司对北顶娘娘庙进行复建，建成山门、二重殿、钟鼓楼以及东西配殿。该庙在2006年修缮之后，成为北京民俗博物馆分馆。2013年3月，第十二届全国政协委员、中国道教协会副会长兼北京市道教协会会长黄信阳在中国人民政治协商会议第十二届全国委员会第一次会议上发出提案，代表北京市道教协会及全体道教人士请求开放北顶娘娘庙为道教活动场所，将北顶娘娘庙交由道教界管理。
建筑.全庙占地约10000平方米，沿中轴线依次排列的主体建筑有山门殿、