上，杨启彦指田北辰是其好朋友，但被田北辰当面回应：「希望你不介意，我们不是好好的朋友」，令场面十分尴尬。田北辰亦曾在立法会会议上，批评杨启彦及其他九铁管理层「有傲气」。2003年，政府不与杨启彦续约，杨启彦只余下香港职业训练局主席一项公职。香港特首曾荫权曾称道杨启彦在任内，积极发展九铁网络，并成功向世界各地的财团集资以兴建九铁新支线 。
晚年.虽然在公众和传媒面前从不吸烟，但杨启彦向来有吸烟的习惯，晚年更因此患上心脏病及肾病。他在1998年进行心脏「搭桥」手术后，才开始立心戒烟