在东京的宅邸拜访。大久保对他说：「明治维新需要三十年才能完成。从明治元年到十年是创业期，有许多兵事。第二个十年最为重要，是整理内政、兴殖民产的时期；利通不肖，愿竭尽心力为之。以后的第三期，就要靠你们后进诸君了！」然而就在当天早上8点，大久保于上班途中在纪尾井町的纪尾井坂遭到石川县士族等六名刺客暗杀，史称纪尾井坂之变。岛田等人深为鹿儿岛私学校的思想共鸣，欲附和西南战争举兵不成，遂改而刺杀大久保。大久保死后，日本政府追赠为右大臣、正二位。并且为他举行维新以来第一场国葬，葬于东京青山灵园。