班次为4至15分钟一班，服务时间会配合香港迪士尼乐园的开放时间及地铁系统的服务时间，方便乘客由迪士尼乐园往返市区。
近年发展.2003年12月16日，为配合九广西铁试搭日，东涌线荔景站与奥运站之间新增南昌站，是香港第一个地铁与九广铁路共用的车站；美孚的转车通道也同时启用。2004年10月24日，为配合九广东铁尖东站启用，来往尖东站及尖沙咀站之间的行人隧道随着尖东站启用；尖沙咀站成为第4个与九铁连接的转车站。2006年9月18日，往返东涌至昂坪之观光缆车昂坪360开始投入服务