临时站时期.因月台工程发包不及，因此县府要求厂商在施作永久月台前，需在台湾灯会期间以钢骨与钢板建造临时月台（无站房）。办理客运时，本站由善化站指派站员售票。北上旅客需购买至善化站；南下旅客需购买至新市站，主要停靠车种为区间车与普快车。
历史.南科车站在台铁捷运化的增设车站中，属于后续计画。但由于台南县政府及交通部观光局在南科特定区LM区阳光电城主办当地举办2008年台湾灯会、以及疏解南科联外运输，在台南县政府要求下提前设站，并由县府垫付工程款。然而由于时间急