清除异己，株连逮问者不下千人。光倬受命负责讯问，载垣等人以密奉圣旨相要挟，光倬不为所动，秉公执法，并拖延此案。辛酉政变后，载垣、端华、肃顺皆死，有圣旨命刑部半月结案，光倬按期上奏，最终仅牵连商人马钖禄问罪，其余人都被释放。同治元年（1862年），原两江总督何桂清因之前对阵太平军时放弃常州城逃跑而最终押至京师，下狱论罪。余光倬依据《大清律》“地方大吏逃奔蹶事”，认为应以斩监候加重惩处，上奏请拟斩立决。朝中高官多为何桂清故旧，纷纷表示不应加重治罪，以求延缓其死。唯有给事中郭祥瑞等再次上疏弹劾，请求速