球后，穆勒成为赢得50场欧冠胜利的最年轻球员，比此前的纪录保持者zh-hans:利昂内尔·梅西;zh-hk:利昂内尔·美斯;zh-tw:莱纳尔·梅西;提前了十四个月。2015年12月9日，穆勒在对阵萨格勒布迪纳摩的比赛中于第46分钟替补弗兰克·里贝里出场。他在比赛中再度射失点球，但仍在分组赛的6场比赛中取得5球入账。同年12月18日，穆勒与拜仁签署了新的合同，使他能够继续留在俱乐部直至2021年。一日后，拜仁凭借穆勒射入的点球以1比0战胜汉诺威96，从而进入冬歇期。穆勒在联赛前半程出场17次并射