团军总司令兼第72军军长，奔赴前线。此后，他陆续参加了南浔会战、长沙会战、南昌会战。1939年（民国28年）6月，任第九战区副司令长官兼第30集团军总司令，驻扎江西省修水县。1943年（民国32年）春，获授陆军上将衔。1945年（民国34年）春，当选中国国民党第6届中央执行委员。
国共内战与晩年.战后，王陵基升任第七绥靖区司令官，尽力肃清中国共产党。1946年（民国三十五年）3月，任江西省政府主席。1947年（民国三十六年）7月19日，国民政府派王陵基为江西选举事务所主任委员；