武将和大名。父亲是别所安治。通称小三郎。
生平.在永禄元年（1558年）出生（有异説），家中嫡男。元龟元年（1570年），父亲安治病死，以叔父吉亲和重宗为后见役，在年轻时就继任家督。在很早期就顺从织田信长，继任家督的长治亦在天正3年（1575年）10月谒见信长（以年齢来推测，应该在这段时期元服，名字中的「长」字亦是信长的偏讳），翌年都在新年时探访信长。信长在压制中国地方的毛利氏时，长治与其唿应并担任先锋，但是对成为中国方面总司令官的羽柴秀吉不满，于是响应丹波国的波多野秀治（妻子