公投是人民权力，但若台湾现状未被改变，则不会施行公投；陈水扁更公开确立，只有在台湾受武力侵犯时，才会实施统独公投。1999年1月3日，民间全民电视公司举办「跨世纪国家走向系列辩论会」，沈富雄与郭正亮说修正台独党纲是民进党诚实面对自己的作法，林浊水与邱义仁反对修改台独党纲。1999年1月21日，陈水扁接受《联合报》专访时说：「民进党没有台独党纲，只有『公投台独党纲』。」2000年，陈昭南向民进党提案废除台独党纲，因党内争议太大，被总统陈水扁及民进党主席林义雄劝说撤案。
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