科三个研究所，下设十二个学部。西南联合大学办学条件仍然艰苦，校舍紧缺、缺少仪器、资金不足。部分师生不得不兼职以维持生计。尽管条件艰苦，西南联大办学九年间本专科、研究生毕业3,882人，在校生共8,000人左右，培养出了很多优秀人才，其中90人后来成为中国科学院、中国工程院院士（含外籍院士），6人获“两弹一星功勋奖章”（获奖章者共23人），3人获中华人民共和国国家最高科学技术奖，李政道、杨振宁获诺贝尔物理学奖。1945年8月，日本战败。由于交通条件困难、三校原有校舍有待修缮，西南联大继续办学一年。1946年5