神器弃都西逃，木曾军进入京都。虽然一开始木曾军受到后白河法皇乃至贵族、庶民的热烈欢迎，但由于先前养和大饥馑的影响，军粮不足的木曾军却开始大肆掠夺，军纪败坏，人心遂望源赖朝能进京平乱。9月，木曾军继续追击平家，兵发山阳道。闰10月，木曾军于备中水岛为平重衡所败，史称水岛之战。之后木曾军连喫败战，退回京都。
木曾义仲败亡.后白河法皇为制衡木曾义仲，屡次暗中催促源赖朝勤皇。但源赖朝反而趁势要求法皇下旨将东海道、东山道、北陆道等地的国衙领和荘园返还给各地国司或本所。法皇迫不得已，于寿永