整修之后保存良好的彦根城被指定为国家的特别史蹟，比知名的姬路城早了5年。1952年，新的文物保护法颁定，彦根城被列为日本的最重要的基础国宝之一。1987年，以展示彦根城城里文物的彦根城博物馆开幕，藏有约6万5千件重要文物，包刮井伊家历代历代征战所用的朱红盔甲、刀剑。以及能剧面具、茶道具、书画等艺术品。最重要的是也保存了彦根城自兴建至今所能找到的绘图和文献。1987年，由水户市赠送的黑天鹅群也开始在彦根城的护城河中生活，成为民众餵养、观光客取景的一角。井伊直弼童年在彦根城中居住之地被称为「埋木舍」也是保存的史