站拥有高架与地下混合的站体结构。与一般认知磁浮列车大都是以高架路线方式运行的作法不同，藤丘车站内的磁浮列车线月台是位在地底，反之市营地下铁所属的月台则採高架设计。
车站结构.
名古屋市营地下铁.2面2线侧式月台之高架车站。
使用情况.根据名古屋市交通局HP，2018年度一日平均上车人次为31,172人。
爱知高速交通.为1面2线岛式月台之地下车站。本站于出入口设置电梯3座与站内设置电梯1座以配合无障碍环境。