维亚人统治者爲了破坏马其顿人的民族主义思想，对民族主义者採取远比奥斯曼统治时期更残酷的镇压行动。1931年，南斯拉夫王国开始实施地方分权，斯科普里成为发达自治州的首府。1941年，南斯拉夫也被卷入战争，斯科普里爆发了大规模反战游行。1941年4月7日，纳粹德国佔领了斯科普里，之后该城又划给了保加利亚。保加利亚佔领军在各个领域实施了「保加利亚化运动」，设立了国立剧院、博物馆以及波利斯国王大学等高等教育机构。1943年3月11日，居住在斯科普里的3,286名犹太人被强制送往波兰的特雷布林卡集中营的毒气室。这