文澳祖师庙，主祀清水祖师陈昭应，今为台湾澎湖县马公市西文里的公庙，聚落四周设有六营以保境安民。根据干隆卅二年（1767年）胡建伟总编的《澎湖纪略》纪载，祖师庙建造于康熙年间，相传当时有一僧侣自泉州安溪清水巖东渡，来到文澳地区替居民治病，且不收取分文，故设立此庙感念。
沿革.祖师庙建造于原澎湖厅署西侧，坐北朝南、面海背山，风水甚佳。虽今日已是新式庙宇的建筑外观，究其历史渊源，祖师庙同澎湖水仙宫、澎湖观音亭、施公祠与东甲北极殿等，皆为澎湖在康熙年间已有文献纪录的祠庙。根据胡建伟《澎