002年至2005年，三保洞再次进行了重新修缮。
布局.三保洞建筑群包括五座主要建筑，由中式建筑和爪哇风格组成。五座建筑包括历史最久的三保洞和土地洞、船舡爷庙、铁锚庙和福兴庙，占地面积。土地洞位于建筑群北入口大门内，供奉了土地公。紧邻土地洞的是船舡爷庙，供奉了王景弘的棺椁。这里常被用于祈求生意上的顺利。在船舡爷庙以南是供奉有郑和像的三保洞大殿以及殿后的三保洞。在2002年修缮前，三保洞大殿一边长约，修缮后长约。洞中有一个祭坛，用于求签；祭坛下是三保井，传说中永不干涸且包治百病。