后，倒风内海急水溪和曾文溪的改道淤积逐渐陆化，港口数持续下降。日治初期绘制的《台湾堡图》中已无倒风内海，原内海位置已成平原，原先的河港转变成乡村集散中心，部分因人口外移严重成为农村。
倒风内海四大港.盐水港（月津港）：位于现今盐水区。在清朝时期不仅是贸易港，也是重要的军事要地，在中心市街筑有盐水城，港边建有护庇宫主祀妈祖。盐水港是倒风内海港口中唯一出现郊商(糖郊，郊、市郊、水郊、米郊)的港口。是茅港尾港到笨港间最大的城镇。发展的过程中，除了港口淤塞之外，民乱、内乱、水患和瘟疫等，