巡抚张汧爆发贪污案，张汧被逮捕问罪时，供出曾向徐干学行贿，并涉及高士奇和陈廷敬。后为康熙所庇，事遂不了了之。后又被许三礼劾“既无好事业，焉有好文章，应逐出史馆，以示远奸”，徐干学上疏请“放归田里”，五月，康熙准徐干学罢官，携书局即家编辑，随行有阎若璩、顾祖禹、胡渭与黄虞稷，致力于《大清一统志》编修，又仿司马光《资治通鉴》体例，与万斯同、阎若璩、胡渭等排比正史、参考诸书，纂成《资治通鉴后编》—百八十四卷。康熙三十年（1691年），徐干学因曾写信给前任山东巡抚钱钰，包庇朱敦厚，事发后，徐干学、钱钰均