跟随叶剑英等到湖南筹办南岳游击干部学习班，任上校教官，讲授毛泽东的“论持久战”战略思想，宣传中共全民抗战路线。第一期南岳游击干部训练班结束后，李振亚调广东工作。1939年9月，任东江抗日军政委员会参谋长。1940年8月，李振亚及妻子王超，与庄田调到海南岛工作，任琼崖抗日独立总队参谋长。1941年秋，在开辟乐万根据地后，创办“琼崖抗日军事政治干部学校”，并兼任校长、政治委员。他亲自主持制订教学计划，编写教材，主讲军事课并主持军事训练。1942年初，兼任琼总第三支队支队长，在六连岭为根据地。1942年夏