而且在印度还发现了基督教聂斯脱里派（景教）的信徒。这使得利玛窦他们在精神上非常振奋。利玛窦在印度和交趾支那传教四年。其间在果阿的神学院还学习了人文学科，在1580年（万历八年）7月26日晋升为司铎后，又学习了神学。他在印度认识到，应该允许当地人也学习哲学、教理和神学等欧洲文化，并且写信给耶稣会总部提出了这个问题。他认为：“如果阻拦他们与他人为伍担任职务——通过学问而出人头地——，我担忧他们会憎恨我们，而我们耶稣会在印度的主要目的，感化异教徒使他们皈依我们神圣信仰的使命，将会化为泡影。”这也是利玛窦进入明