07年雷根斯堡被提升为帝国自由城市，1245年又被腓特烈二世皇帝赋予城市自治权，由此也开始了雷根斯堡市民与主教和巴伐利亚公国之间持续数百年的争斗。在多年经济衰退的情况下，1492年雷根斯堡失去了帝国自由城市的特殊地位，城市内部也继续着不安定的状况，马克西米利安一世在1500年进行了干预，并强加给雷根斯堡一部新的城市法律，而雷根斯堡利用马克西米利安一世1519年去世到查理五世加冕之间的权力真空期，在一次大屠杀中，焚毁了雷根斯堡的犹太人区，驱逐了当时德国最大的一座犹太人居住区。1542年，在教区与城市议会的斗争