倜傥，不喜官场运作，长年无法升迁，师从盩厔（今陕西周至）人江融学习「古今用兵成败之事」。仪凤中，吐蕃多次侵扰边塞，元忠上书言“命将用兵”之得失，授秘书正字。文明元年（684年），魏元忠迁殿中侍御史。时扬州有徐敬业作乱，武则天派魏元忠到扬州协助大将军李孝逸作战。魏元忠多次为李孝逸劝谏作战得失，终而平定叛乱。永昌元年（689年）八月，被徐敬真、张嗣明等人诬称曾与徐敬业通谋，周兴、来俊臣判其死刑，但武则天惜其才，以其有平扬、楚功，仅流放岭南。长寿元年（692年）正月，来俊臣告发元忠、同平章事任知古、狄仁杰