改革委员会委员、副主任、党组副书记等职。1987年，在中共十三大上当选为中央委员，任中共中央政治体制改革研究室主任。1989年六四天安门事件中，鲍彤被撤职，并于5月28日在北京被捕。1992年3月，被撤销中央委员职务，开除党籍。7月，因泄露国家秘密罪和反革命宣传煽动罪两项罪名被判处有期徒刑7年。1996年5月，鲍刑满释放。此后，鲍彤一直生活在软禁中。
六四密件.2001年4月，香港《信报》刊登一篇题为「鲍彤在学潮和动乱期间言行的交代」的文件，该文件由鲍彤于1989年9月在秦城监狱撰