到云南，任云南省外经贸厅厅长，后又出任云南省外经贸委员会主任；一年后，升任云南省副省长。1998年4月，刘京回到北京，出任中华人民共和国海关总署副署长、党组副书记。2000年6月，刘京被任命为610办公室副主任、党组副书记等职。2001年1月兼任中华人民共和国公安部副部长、党委副书记。自2001年9月，担任610办公室主任；2001年1月被授予副总警监警衔。