将台湾省虚级化，将原由省政府负责的相关业务改由中央行政部门与区域联合服务中心承接，首先成立南服，陈水扁政府时期又陆续成立中服、东服以分担业务。而整併政区的部分，许多人提出如「三都十五县」（马英九提出）、「四省两特区双首都」（吕秀莲提出）及「六星计画」（谢长廷提出）等计画，然而改革的过程遇到许多阻碍。到了马英九政府时期，以马英九所主张的三都十五县计画为蓝图，实施更多的区划变更。1998年，中央政府实施省虚级化政策，使台湾省政机构大幅精简；原由省政府负责之政务，转由行政院及其所属的区域联合服务中心来共同承担