终点之外，在JR松浦线（也就是今日的松浦铁道西九州线）与沿线各车站转由松浦铁道接收营运之后，佐世保车站就变成JR系统之中地理位置最西的车站。
车站构造.JR、松浦铁道两间公司共用的高架车站，高架下设站舍、大堂。国道侧为「东口」、佐世保港侧为「港口」，东口侧起左边是JR九州车站、右边是松浦铁道车站。JR九州、松浦铁道都是直营站，设有自动售票机。JR九州是岛式月台3面6线、松浦铁道是岛式月台1面2线。
琐事.
JR最西车站.佐世保车站