副作用在临床试验中跟对照组相比是差不多的。。其他的副作用还有铁及维他命B12缺乏，但目前并没有太多的证据可以支持这说法。质子泵抑制剂可能有较高的骨质疏松风险及艰难梭菌关联的腹泻。长期使用氢离子帮浦阻断剂的研究很少。然而2017年7月3日由美国华盛顿大学医学院（Washington University School of Medicine）发表在BMJ Open期刊的研究报告指出若是长期服用(一年以上)，恐有死亡风险增加的疑虑。研究人员共收集分析2006年10月到2008年9月期间275,933名服