系馆是第二期工程。人类学系在洞洞馆刚竣工时便搬了进去；1988年农经系和农推系新大楼建成搬离，哲学系才搬进原农经农推这一栋。2006年6月，华硕电脑董事长施崇棠决定捐助新台币五亿四千万元，协助台大建立人文大楼。施崇棠表示，捐赠五亿四千万元象征着重新发扬五四精神。因空间不足，校方决定将洞洞馆拆除改建，引起洞洞馆保存与否的广泛讨论。2007年1月11日，台北市文化局邀请建筑学者汉宝德与古蹟学者李干朗、马以工、张崑振实地会勘后决议，洞洞馆中的台大农业陈列馆登录历史建筑，不得任意改动。如此一来，由于捐款中明定的使用