铁公司亦以双层「Ktt」列车（「广九直通车」）营运往返中国广州的城际客运服务，让中国铁路公司营运来往香港和内地六个城市之间的直通车，这些城市分别为东莞、广州、佛山、肇庆、北京及上海。港铁公司以动感号列车营运由香港西九龙站至广州南站沿途各站之间的城际高速铁路，让中国铁路公司营运由香港西九龙站至内地58个车站的高速铁路。港铁公司营运香港唯一连接中国大陆铁路网络的铁路。为充分开拓中国内地「港澳个人游」这个市场的庞大潜力，港铁公司与商业伙伴合作，为乘搭广九直通车来港的内地旅客提供特别优惠。与其他商业伙伴合办