过灵蹟。光绪元年（1875年），当地仕绅感念于此，又见北极殿残破，武庠生高其华（后出任澎湖水师协左营千总）、举人郑步蟾与郭鹗翔再度鸠资重建。昭和二年（1927年），当时董事以旧有规制狭小，乃增建川亭、钟鼓楼于殿内立碑谨记。大正十年（1921年）受「一新社」影响，开办鸾堂「聿新社宝善堂」。民国58年（1969年），北极殿降坛神谕指示，澎湖三官殿由是开办鸾堂「自新社三善堂」。惟二次世界大战期间，盟军轰炸妈宫，北极殿庙身严重受损，澎湖鸿儒吴尔聪（1872年－1956年）见状不忍，曾作诗云：「毒弹汝亦太无情