为在番假屋（ザイバンカイヤ）、大假屋（ウフカイヤ），其遗址位于今日沖绳县那霸市西1-2-16。琉球王府负责与在番奉行所交往的相关官职一般由那霸士族所垄断。由于琉球是萨摩藩的附属国，在番奉行所事实上起到了监视和干涉琉球内政的作用。琉球历史上着名的、北谷惠祖事件、平敷屋友寄事件以及牧志恩河事件，都有在番奉行所插足。明治维新后，萨摩藩遭到废藩置县的处置，改为鹿儿岛县。1872年，日本明治政府宣佈改琉球国为琉球藩，在番奉行所亦改为外务省、内务省出张所。1879年，日本吞併琉球、设置沖绳县后，原在番奉行所之地