之后又生下一个孩子。身为海军飞行员，麦凯恩的任务是从航空母舰驾驶强击机出击。越南战争期间，福莱斯特号航空母舰于1967年发生重大火灾并勐烈爆炸，麦凯恩险些丧命。1967年10月，他在执行第23次轰炸任务、飞至河内市上空时被敌军击落并身受重伤，随后沦为战俘达5年半之久，在此期间多次遭受酷刑。1968年，北越方面表示愿意提前释放麦凯恩，但他不愿抛下那些被关押时间更长的战友，直到1973年巴黎和平协约签署后才回国。回国后，麦凯恩进入美国战争学院深造，在佛罗里达州指挥大型训练中队，还被任命为联邦参议院的海军