委员，多次出席亚太经济合作会议（APEC）幕僚工作会议。2002年获蔡英文推荐出任总统府公共事务室主任，2004年跃升总统府副祕书长，深获当时总统陈水扁赏识。黄志芳以其在外交部、陆委会的历练，于担任总统府副秘书长后推动中华民国荣邦专案，陪同总统夫人吴淑珍女士参与2004年雅典残障奥运会，成功突破中共的外交封锁，推动陈水扁总统在非邦交国的「过境式访问」，陪同及单独出访近30次。
外交部长.2006年1月，黄志芳获陈水扁总统拔擢出任外交部长，2007年4月30日，中华民国成功与第2