中，除了伪体染色体区之外，还有个别基因可以不同方式调节自己的作用，逃开失活过程。
失活的时期.发生X染色体去活化的时间很早，在二细胞至四细胞时期就已发生，其中外细胞团的细胞（extraembryonic tissue，未来将成为胎盘）中的Xi将继续保持失活状态；内细胞团的细胞（inner cell mass，未来将成为胚胎）中的Xi则会复原，之后再失去活性。以老鼠为例，其第一次X染色体去活化受基因铭印影响，全部使父系X染色体成为Xi，母系X染色体成为Xa，第二次去活化则是随机选择。