维新帝登基，任命阮有排为辅政大臣。维新二年（1908年）正月，升署协办大学士。维新三年（1909年）二月，实授协办大学士。维新五年（1911年）正月，晋封为福门子（）。维新六年（1912年），阮有排拒绝执行法国派驻的中圻钦使挖掘谦陵的命令，时人称“废君无可，掘墓无排”（）。
成为机密院长.启定元年（1916年），启定帝即位，阮有排改任机密院大臣，晋封福门伯（）。启定二年（1917年）二月，吏部尚书张如冈退休。阮有排加太子少保衔，改任吏部尚书，兼管户部事务，成为机密院排序第一的机密院