鼓楼遗址进行考古发掘，发现了地下的原山门、钟鼓楼地基及台阶、石刻等遗址，经多次勘测和召开现场论证会，为山门、钟鼓楼的修复工程提供了依据。1998年初，北京市人民政府将白塔寺山门复建工程列为向市民承诺的60件实事之一。中共北京市委副书记李志坚、北京市市长贾庆林亲临山门施工现场指导工作。1998年10月，山门复建完工。此后，白塔寺复建钟鼓楼、配殿、厢房的工程逐步完工，寺院占地面积恢复到8300平方米。1998年10月25日，白塔寺举行山门复建工程竣工典礼，白塔寺重新对社会开放。1999年2月18日（农历正月初三