葡萄牙人有西劳经、鲁未略、拂朗亚兰达、方斯谷、额弘略、恭撒彔、安尼、阿弥额尔、萨琮、安多、兀若望、伯多彔等12人死亡，15人重伤。孔有德念旧，五年二月将元化和宋光兰、王征、张焘等人放还。孙元化与余大成、张焘回到京师，为政敌陕西道试御史余应桂、兵科给事中李梦辰所陷害，元化送镇抚司，狱中遭到酷刑，“手受刑五次，加掠二百余”。徐光启上疏称如孙元化有造反之意，“臣愿以全家百口共戮”，终无法挽回。崇祯五年七月二十三日（1632年9月7日）孙元化与张焘同被处死，宋光兰和王征、余大成充军。崇祯五年八月孔有德兵败于沙河