父亲章蔼士所开私塾读书。1899年，中秀才。1901年-1902年（光绪二十七年至二十八年），在县城私塾当家庭教师。1902年至1904年，在上海南洋公学东文书院读书。1904年该书院停办后，同年经原东文书院院长罗韫锡函召，到广州两广学务处襄办编辑教科书。1905年，章鸿钊官费留学日本，入日本京都第三高等学校。毕业后本拟入大学农科，但农科名额有限，乃决定改学地质学。1908年，进入日本东京帝国大学理学部地质系就读，1911年毕业获理学学士学位。1911年9月，在北京参加清朝学部举办的留学生考试，