杆线虫的肠主要包括20个多倍体细胞，表面覆盖有大量微绒毛，作用为分泌消化酶，以及储存脂质、蛋白质等。线虫肠道壁细胞中有大量颗粒状结构，称为肠颗粒（gut granules），这一结构也存在于小杆目其他物种体内。肠颗粒内部为酸性环境，参与内吞作用，与溶酶体相似，但体积更大。在紫外光激发下，这些颗粒状物体可发射蓝色荧光，在线虫死后尤为明显。对其作用的猜测包括用于储存、防御病毒、紫外光下的保护作用等。秀丽隐杆线虫的神经系统含有302个（雌雄同体）或383个（雄虫）神经元，其胞体主要位于头部、腹部和背部的神