七年（1644年）甲申之变前夕，奉旨出封淮府。后任弘光帝工科都给事中，迁大理寺左寺丞。不久受命祀南镇，刚到杭州桥山，弘光朝灭亡，“踽凉孤踪，飘泊江之南北”。明亡，隐居枣园，杜门不出凡三十八年，以着述为乐。
着作.曾将《南史》、《北史》删成《南北史合抄》。清康熙十六年（1677年）魏禧访李清时，为《南北史合着》作序。另有《折狱新语》、《澹宁斋集》、《三垣笔记》和《南渡录》等二十种。有子李楠。由于李清曾供职南京，留意国初史事，所作《三垣笔记》记载详赅可靠。曾与钱谦益等人合谋打开明孝