上书请求归养。次年（万历元年），获准返乡，距家500里，闻母病殁，徒步跣足日行百里奔丧。守丧三年，内外称孝。守丧结束复官，复任山西按察副使、山西右参政。1580年（万历八年），任宁夏巡抚。翌年改任宣府巡抚。1584年（万历十二年），加兵部右侍郎。1589年（万历十七年），擢升右都御史，总督宣府、大同、山西三镇。次年，鞑靼发生“洮河之变”。萧大亨在朝廷力排众议，反对妄开边衅，召会鞑靼酋长，责其背德之罪，顺义谢罪请归，还所掠洮河人口。1592年（万历二十年），宁夏边将勾结鞑靼反叛，为明军所破。萧大亨平叛有功