遣马叙伦和蒋梦麟回杭州，加上一个陈其采，主持浙江省政治分会。这时，杭州也执行“清党”令，褚辅成、沈钧儒也被扣。过后正式成立了浙江省政府，主席张静江，马叙伦兼任民政厅长，陈其采财政厅长，蒋梦麟教育厅长，马寅初等委员，邵元冲兼秘书长。1928年冬，中华民国大学院改为教育部，蒋梦麟任部长，马叙伦第三次任国民政府教育部次长。后又回北京大学任教。1931年九一八事变发生后，他发起成立北平文化界救国会和华北民众救国联合会，并任主席。1935年华北事变发生后，他拥护中国共产党提出的建立抗日民族统一战线的主张，倡设北平