羁縻性质的都司中，最有名的有统辖黑龙江和松花江流域、库页岛的北半部的奴儿干都司，在政教合一的青藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都司（但这是否代表当时的西藏受到了明朝的统治存在较大的争议，请参详明朝治藏历史），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫。这些具羁縻性质的行政区划与内地的都司、行都司性质不同。
巡抚与总督、督师.巡抚主理民政，原本是明宣宗时期派六部、都察院大臣以此为名义督抚地方行政，通常为三品侍郎级，但四品的佥都御史亦可担任。到明代宗时正式形成一级行政区。总督于明英宗时设置