正准备前往京都时，光秀接到了秀吉回师的消息后，出兵山崎。光秀回军于6月13日与羽柴秀吉、丹羽长秀、织田信孝等激战于天王山山麓的山崎（现在的京都府大山崎町及大坂府岛本町附近）（山崎之战），其中羽柴军约2万7千（池田恒兴4,000、中川清秀2,500、织田信孝、丹羽长秀、蜂屋赖隆等8,000。此外，也有称羽柴军兵力4万余的史料），明智军约1万7千。决战时由于黑田孝高佔据地势，加上多数部将选择支持打出讨逆叛徒口号的秀吉军，明智军溃败。光秀循小路欲逃回坂本，却于当日深夜在小栗栖遭到狩猎落败武士的土民袭击而受重伤