漳州龙海的月港。较大规模的有组织的海外移民也从明朝开始产生，移民目的地包括了台湾、东南亚、琉球和日本。正统十三年（1448年）二月，邓茂七在沙县发动农民起义，，连破二十余县，“控制八闽”，次年被平定。嘉靖年间（1522年－1566年），倭寇（日本海盗）活动渐盛，福建沿海受害严重。1557年和1558年，省府福州曾两次被倭寇攻陷。 隆武元年六月廿八日（1645年7月19日），泉州南安人郑芝龙拥立唐王朱聿键在福州（福京天兴府）登基，年号隆武。隆武二年八月十日（1646年10月6日）隆武帝被清军俘虏。