经济不是很好，恩斯特·阿贝的父亲还是决定支持他在耶拿大学(1857–1859)和哥廷根大学(1859–1861)的研究。在他是学生的期间，他当了家教以改善收入。他父亲的雇主持续的在资助他。1861年3月23日他取得哥廷根大学博士。1863年8月8日他在耶拿大学成为了一个合格的讲师。1870年任耶拿大学物理学教授。1878年任耶拿天文台主任。后来恩斯特·阿贝加入蔡司公司从事显微镜的设计和研究，对显微镜理论有重要的贡献，因此成为卡尔·蔡司的合作人。恩斯特·阿贝对光学玻璃有奠基的研究。1884年，恩斯特·阿贝和奥