11届参议院议员选举全国区，并获当选。担任了两届参议员后，藤井改为担任众议院议员。1993年，藤井退出自民党，并参与筹组新生党。同年，各在野党成功赢得选举，细川护熙成为首相。藤井在细川内阁及其后的羽田内阁中担任大藏大臣。此后，追随小泽一郎，协助创立新进党及自由党，并担任自由党干事长。当时藤井一直努力宣扬自党的主张——例如常说「我党主席（小泽一郎）都是这样说的」，及参与「週日讨论」（NHK）政经辩论节目等活动，借此进行宣传。2003年自由党与民主党合併后，藤井担任民主党干事长。任干事长时，藤井在调整党