之后帝国分裂，统治马其顿的是和他的儿子。这时，奥斯曼帝国打败了众多基督教国家（如塞尔维亚、保加利亚和希腊），逐渐威胁着巴尔干地区。1371年，奥斯曼赢得马里查战役后，马其顿地区大部分成为其附庸，在14世纪末被完全吞并。此后近500年间，马其顿都在奥斯曼帝国控制下，在此期间，突厥人的迁入形成了少数族裔。塞萨洛尼基后来成为那些在1492年被西班牙驱逐的塞法迪犹太人的聚居地。
复兴.19世纪，希腊、塞尔维亚和保加利亚三国的复国运动兴起后，对奥斯曼帝国在欧洲的的领土（被认定为“马其顿”