一个月后12月18日，御陵卫士的余党在伏见黑染週边袭击近藤勇。战斗中右肩受到了枪伤。不过，三树三郎是否有参与伏击并无实质理据。
鸟羽伏见战事.庆应4年1月3日在鸟羽·伏见于萨摩藩的中村半次郎（桐野利秋）指挥下蠢蠢欲动，与伏见奉行土方岁三所指挥的新选组战斗了。其后与讨伐幕府的东征军先锋队会合。这个东征军从1月10日开始改名为赤报队，成为2番队的队长，可是在同年2月解散了，被认为是假官军而受到困禁一段时间。于政府军招募第七队队员时加入了。同年六月担任军务局中士之职。Secti