及台湾举行总统大选大表不满，因而在台湾近海试射导弹及进行军事演习，美国为此两度派出航空母舰战斗群巡弋台湾海崃。1999年，李登辉接受德国记者专访时表明中华人民共和国和中华民国为两个对等的国家（即「两国论」或「特殊两国论」）。
陈水扁政府（2000年－2008年）.2000年3月18日的总统选举，执政的国民党分裂，宋楚瑜「新台湾人服务团队（后组成亲民党）」分散了国民党支持者的票源，最终由民进党提名的陈水扁、吕秀莲以2.5%的胜差比例当选中华民国第十任正、副总统，中华民国行宪后首次政党