着争议，通常有川街龙、始马门溪龙、天山龙、通安龙、峨嵋龙和元谋龙。以下演化树呈现可能的系统发生学位置：
古生态学.所有的马门溪龙都是植食性。凿型齿适用于从树上切割下针叶，也可咬下果实如种子蕨。马门溪龙的大部份物种发现于四川省的上沙溪庙组，地质年代为侏罗纪晚期牛津阶，约1亿6800万年前至1亿6200万年前。与其他许多恐龙共享栖地：植食性包含亲缘物种天府峨嵋龙；丰富的剑龙科，以多棘沱江龙、江北重庆龙、关氏嘉陵龙、四川巨刺龙为代表；小型原始鸟脚类鸿鹤盐都龙；肉食性则包含中棘龙科