19年进行的珊瑚礁普查显示，牛尾洲水域的珊瑚覆盖率跌幅为全港最高，从2018年的50.6%下跌至31.2%。此外，亦有渔民在每年十月至四月期间于牛尾洲一带潜水捕捞海胆供应餐厅。郊野公园及海岸公园委员会曾于2014年建议将桥咀洲、大洲和牛尾洲一带划作海岸公园。2015年，渔农自然护理署在牛尾洲北面水域设置「不宜碇泊区」，减低船锚对珊瑚的破坏。2018年，世界自然基金会亦建议在包括牛尾洲在内的香港七处水域成立海洋保护区。