置总督粮储兼理钱法，驻江宁，以协领鄂屯兼任，加户部侍郎，以重其事。时江北诸山寨并起，皆为明守。江宁城中有人谋为明廷内应，巴山侦知，捕斩三十人。未几，明潞安王朱谊石以二万人分三道攻江宁，巴山会招抚大汉奸洪承畴等督兵抵御，败朱谊石义军。避居嘉定的明左通政使侯峒曾已于顺治二年死难，四年，侯峒曾子侯元瀞通表明鲁王朱以海，取得敕书及一封黄斌卿致洪承畴的书信，但为柘林游击陈可所获，信中有「内杀巴、张二将」的字句，指的正是巴山及提督张大猷二人。多尔衮知道后，以敌谋设间，诏慰洪承畴，而谕奖巴山及张大猷「严察乱萌，公忠尽职」