日常管理、行动指挥、训练及船轮维修。水警总部设有指挥及控制中心，指挥全香港的警察轮船及快艇，并且联络各陆上总区，水警总部亦设有雷达实习中心、船泊组及水警警官餐厅等。地段内亦有后备发电机房、燃料贮藏室、吊重机和机械维修中心。踏进2010年代，由于香港岛东区的海滨行人路段将会陆续地通过改善和美化工程而串连起来，然而唯独是涉及水警总区总部所一段阻碍路段，逼使当局只能够通过美化毗邻的街道，以改善行人的步行环境。故此，规划署已经开始研究搬迁水警总区总部，以避免水警总区总部及水警港口分区警署佔用两座码头，及西湾河海