祝万龄（），陕西承宣布政使司西安府咸宁县（今陕西省西安市）人，明朝政治人物，万历丙辰进士。
生平.早年从师冯从吾，万历四十四年（1616年），登进士，官至保定府知府。天启六年（1626年），因反对魏忠贤毁学院，免职。崇祯初年，起为湖广黄州府知府。三年后，升任河南副使，监军磁州，因平贼有功，加河南右参政。因战事不力，削籍归乡。崇祯十六年（1643年），李自成攻佔西安，祝万龄深衣大带，赶至关中书院，哭拜先圣，自尽殉国。