混合，并且几种组织层次可以将特定分子定位于细胞质基质内的确定位点。
浓度梯度.尽管小分子在细胞质基质中快速扩散，但仍可在该区室内产生浓度梯度。 一个充分研究的例子是在开放的钙通道周围区域短时间内产生的“钙火花”。 它们直径约为2微米，持续时间仅为几毫秒，但有几个火花可以合并形成更大的梯度，称为“钙波”。 其他小分子（如氧和三磷酸腺苷）的浓度梯度可能会在线粒体簇周围的细胞中产生，尽管这些都不太了解。
蛋白质复合体.蛋白质可以结合形成蛋白质复合体，这些蛋白质复