41年2月3日至1941年3月21日，任人民委员会经济委员会委员。1941年3月21日至1944年5月15日，任人民委员会主席团委员。1940年在第三次召开后，3月5日贝利亚提交报告说现在关在乌克兰的波兰犯人都是苏联的敌人，然后经斯大林批准，执行卡廷大屠杀。
苏德战争时期.贝利亚在第二次世界大战苏德战争所做出的贡献被后来的官方故意遗忘。他曾是战时国家最高权利机关国防委员会成员，其任务从情报、外交到组织修造防御工事、工厂后撤和武器生产等，他也组织了游击队在德军后方活动。莫斯科保卫