利幕府爆发一分为二的内战。足利直义之子足利直冬在九州起兵，南朝的怀良亲王乘机从幕府管治下夺回九州。1351年，尊氏向南朝投降，达致正平一统。1352年，尊氏于关东平定观应之扰乱，其弟直义不久死去。同年4月，南朝乘尊氏前往东国之时攻入京都，被幕府二代将军足利义诠撃退，但南朝势力再度压过北朝。1355年6月，归顺南朝的足利直冬率南朝方的足利一门再度攻至京都，在与尊氏交涉后，同意撤退。1358年，尊氏去世前，北朝已掌握除畿内南部的整个本州岛、四国东部。南朝掌握九州全境、四国大部、畿内南部，南朝从此没落。1364年