二年级时，另行转投考南开大学，并且高分录取就学。一开始，他选择了较实用的「矿科」作为主修，虽发现第一年课程较繁重、但授课教授都是极有学问。其中一位物理教授饶毓泰，后来也成为吴大猷一生的知心密友。吴大猷就读「矿科」一年时，原捐资办「矿科」的捐赠者李组绅先生因事业失利，无法继续维持经济支持，「矿科」因此停办。吴大猷于「矿科」就读普通物理时，发现自己对物理学兴趣极高，加上南开大学提供他奖学金，吴大猷思考后，决定继续留在南开大学，并转选择「物理」作为主修方向(1926年)。1929年，吴大猷大学毕业