有正式的馆藏管理制度，馆藏目录由人工撰写。政权垮台后，档案遭到洗劫。1994年，与阿尔巴尼亚国家档案总局取得联系，提供了保护馆藏和更新设施的帮助。2003年，档案馆主办了第二届巴尔干伊斯兰文明大会。截至2004年，瑞士总共向这座档案馆捐赠了190万瑞士法郎。档案馆也开始大幅扩充馆藏。瑞士基金将中近200万条记录数字化，并为其建立了在线搜索系统。这一搜索系统于2017年正式上线。阿尔巴尼亚的档案馆每年会接到来自公众的近2.5万次查询，其中三分之一涉及国家档案馆，约有100名学者和学生前往该机构查找资料