经历2次倭乱之后身体就一直不是很好，宣祖三十三年六月二十七日病逝于皇华坊离宫（庆运宫），享年46岁，葬穆陵，全谥章圣徽烈贞宪敬穆懿仁王后。由于懿仁王后并没有生下子嗣，加上庶长子临海君不受到宣祖宠爱，因此册封世子时，临海君被排除在外。而懿仁王后当时将光海君视为己出，因此光海君被册封为世子时，懿仁王后出了不少力气。懿仁王后过世之后，宣祖迎娶了仁穆王后。