，古尔王朝又取代了加兹尼王朝。1206年，库特布·艾伯克建立奴隶王朝，巴基斯坦和印度开始处于同一政权统治之下。此后300年间历经了6个王朝（德里苏丹王朝），直至1526年被莫卧儿帝国取代。
近代.1757年后，巴基斯坦随印度成为英国殖民地，但穆斯林与印度教徒之间冲突依然严重。赛义德·阿赫默德·汗领导阿利加尔运动，其继承者于1906年成立了“全印穆斯林联盟”，曾一度与印度国大党合作，共同争取印度的民族独立，但1928年合作破裂。1940年3月23日，穆罕默德·阿里·真纳领导下的穆斯林