4月14日拨款5亿3,800万港元展开兴建工程，于2006年第4季度竣工。2007年6月22日由中国卫生部部长高强及卫生福利及食物局局长周一岳主持揭幕仪式。传染病医疗中心（S座）位于玛嘉烈医院EF座大楼对开斜坡，楼高17层，楼面总面积达21,600平方米，其中8层是负气压隔离病房，提供108张隔离病床，其中14张为深切治疗病床。各病房以独立隔离病室组成，每个病室设一或两张病床，病房安装双重负压电动互锁门，并配以负压空调及高效能空气过泸系统。病房设独立更衣区（洁净与污染区），同时亦设有独立淋浴室与厠所，医