。高祖凌敷，曾祖凌震，祖父凌约言，叔父凌稚隆，父亲凌迪知，世代有闻人。其父叔辈始事编刻，成为当时颇负盛名的书刻家。凌蒙初十二岁入学，期间科场不顺，屡试不中。万历二十五年（1597年）补廪膳生，最后转向着述。崇祯七年（1634年）五十五岁以副贡选任上海县丞，崇祯十五年（1642年），擢徐州通判并分署房村，去任前“卧辙攀辕，涕泣阻道者，踵相接也”。崇祯十六年（1643年）程继孔（陈小一）农民军起，凌蒙初入何腾蛟幕下，进献“剿寇十策”，参与镇压平定淮、徐民变，不久殉职。一说崇祯十七年（1644年）凌蒙初在