前分裂，民进党候选人陈水扁当选总统，实现全国首次政党轮替，执政期间推行台湾本土化和去中国化政策，促进人权保障。2001年，陈水扁欲停建核四，遭司法院反对未果。2002年，陈政府积极推动高铁、雪山隧道的建设，提出一边一国论。2003年，两岸实现包机直航，宋美龄逝世。2004年，陈在选举前受枪击，以微弱优势获得连任。2005年，国民大会冻结，立法院成为事实上的唯一国会。同年，高雄捷运弊案发生，致民进党地方选举失败。2006年，终止国家统一纲领，将中正机场更名桃园机场。同年，陈政府传出多起贪污弊案，引发倒扁运动。