行及外来移民的增多，彝族与外来民族同化融合，使其内部的分化现象突出，到清朝形成了撒尼、黑彝、白彝、彝亲、阿细、阿彝子等彝族支系。各支系中撒尼人口最多，占彝族人口的96.2%，他们许多是古代落蒙部平民的后裔，由原生彝族、氐羌人、内地汉族融合形成。石林的汉族自秦汉时期开始不断迁入县内，明洪武至永乐时代，由于屯田制度的推行，大量内地军户被调入石林，县内的汉族人口剧增，到万历年间其人口数量与彝族大致相同。清朝在云南地区推行汛塘制度，再次移入众多汉族兵士，此外中国内地的战争、饥荒等灾祸也是汉族迁入石林的原因。