98年5月22日，教宗若望保禄二世任命卑南族的曾建次神父担任花莲教区辅理主教，同年8月29日正式就职，成为第一位原住民族籍的主教。
堂区.花莲教区目前共管辖47个堂区、143个兼管区（非独立堂区）。此外，整个教区另划分为10个总铎区与牧灵区，其中总铎区由区内各堂区的主任司铎之中选出一位总铎，以利于教务管理，并作为各堂区与教区之间的连系桥樑。
教区各单位.
主教公署.花莲教区的最高统辖机构为花莲教区主教公署，本部位于