藩同事而相交好。累官通政使司右参议，升左参议。官至江西右布政使。其父病重，秦梁回家侍奉老父。从此不再出仕。嘉靖三十九年（1560年），秦翰修葺园居，凿池、叠山，改称“凤谷山庄”。万历二年（1574年），应知县周邦彦之请修订《无锡金匮县志》。万历六年（1578年）卒。葬于现无锡滨湖区大浮镇羊岐村大浮秦氏群。
家族.曾祖秦永孚，旌表孝子；祖父秦镗，南京都察院都事；父秦瀚，母殷氏。