昌二年（513年）夏季，连续多日大雨，河流沟渠泛滥，李彦前往视察水陆形势，根据情况疏通河流，徐州因此没有淹浸的灾害。朝廷嘉奖李彦，屡次下诏慰劳勉励。李彦再次入朝担任河南尹，升任金紫光禄大夫、光禄勋卿，改任度支尚书，又外任抚军将军、秦州刺史。当时，破六韩拔陵等人在北部军镇起兵造反，夏州、东夏州、豳州、凉州等地的造反纷然并起。李彦的刑法政令过于严厉，为属下所怨恨，城内百姓薛珍、刘庆、杜超等人趁着四方背叛，暗中勾结谋逆。正光五年（524年）六月，薛珍等人闯入州门，在内屋擒获了李彦，将他囚禁于西府，推举党羽莫折