菊石目化石就开始减少，直到新生代就完全消失。最后的生存线是于6500万年前的白垩纪-第三纪灭绝事件。于白垩纪晚期的生物集群灭绝后就没有菊石目生存，但却因个体发生学的分野而存留了一些鹦鹉螺类。若菊石目的灭绝是因火球撞击，周边的浮游生物会严重消失，造成菊石目繁殖的灾难。
传说.于中世纪的欧洲，菊石目化石被认为是石化了的蛇，故又被称为蛇石。相传这是由怀比特的希尔达（Hilda of Whitby）或圣派屈克等圣人事迹的证据。商人会在菊石目的开口刻上蛇的面。菊石目在尼泊尔卡格里达金河（Ga