人在政治上觉醒了，抗议这个联邦的形成。在一场聚会举起标语牌主张「马来亚属于马来人。我们不希望将马来人的权利和特权赋予其他种族」。有一个马来人组织告诉英国人，联邦的公民身份条款将导致「抹去马来种族及其土地和统治者的存在」。有一群马来保皇党和公务员，在拿督翁惹化领导下，成立了马来民族统一机构（或作巫来由人统一组织，简称巫统），以抗议马来亚联邦的形成。虽然联邦按照原定计划成立，但这项抗争运动持续下去，在1948年，英国解散了马来亚联邦，以马来亚联合邦取代之。这个联合邦恢复马来统治者的主权，紧缩移民和公民身份限制，