借助基因记忆追溯机器「Animus」而能直接进入前人之记忆。作为一名Helix 使用者之一的玩家进入圣殿骑士团最后一任大团长兼「圣者」（Sage）雅克·德·莫莱（Jaques de Molay）的一段记忆。1307年，刺客组织袭击圣殿骑士团位于法国圣殿塔的总部，莫莱託部下到地下密室藏好其管有之人类以前「第一文明」（First Civilization）遗物「伊甸之剑」（Sword of Eden）和一部法典后被捕和处死。此时现代刺客组织接触玩家，表示Abstergo 欲重组第一文明基因组从而实行一项目的