行控制系统采用由通用电气公司开发的“综合控制架构”（Consolidated Control Architecture，CCA）系统，与AC6000CW型柴油机车的控制系统大致相同。该系统以3台智能显示器作为机车的控制计算机，通过一个串联的ARCNET局域网通讯网络，控制机车上所有其他计算机和控制装置的运行，包括柴油机控制、牵引控制、制动控制、辅助电源控制、重联控制、粘着控制、故障诊断和检测等功能。NJ2型机车并装设了上千个不同功能的传感器，具有气压、温度、转速等检测监控功能，机车各主要部件的运作状态信息会