巴达维亚升任为高级商务专员，1647年被任命为日本出岛商馆馆长，曾于尼可拉斯·维堡担任台湾长官时批评费尔勃格郭怀一反荷事件镇压政策。1650年唯一儿子Balthasar Coyett在台湾热兰遮城出生。1656年6月升为台湾长官，5个月后台湾岛遭台风侵袭，损失惨重。1662年2月10日于郑成功攻台之役为明郑王朝郑成功军队围困9个月后，城内严重缺乏食物和饮用水，许多人死于水肿、腹泻和坏血病，教堂和仓库里到处是生病和受伤的人，被迫投降而缔和。揆一带着1000多名荷兰人与其眷属离开台湾，陆续回到巴达维亚（