は表や中奥とは铜塀で遮られており、一本（后に二本）の廊下でのみ行き来ができた。将军の御殿としての最初の本丸御殿は1606年（庆长11年）に完成、その后1622年（元和8年）、1637年（寛永14年）（同16年焼失）、同17年（明暦の大火で焼失）、1659年（万治2年）（1844年（天保15年）焼失）、1845年（弘化2年）（1859年（安政6年）焼失）、1860年（万延元年）（1863年（文久3年）焼失）と再建・焼失を缲り返している。文久の焼失以降は本丸御殿は再建されずに、机能を西ノ丸御殿に移している。