施明德表示 :「既然马市长具结说只要一审判刑就下台，我们就静观其变，目前没有打算发起抗议活动。」泛绿人士对此痛心疾首，认为这是双重标准，“只是施某在借机公报私仇，一吐怀才不遇之个人鸟气的世纪大骗局”。2006年11月30日，「倒扁」最后一夜，施明德赴泰国接受电视演讲访问。2006年12月7日，国务机要费案已经进入司法程序，运动总部希望民众暂时回归正常生活，施明德基于对人民的承诺『陈水扁不下台，绝不停止抗争』，并护卫反贪腐的火种，坚持将自己囚禁于百万人反贪倒扁总部，除非就医治疗和检查以及参与红衫军的重