年，周孝闵帝登基，北周建国，窦毅进爵神武郡公，增食邑，共计五千户。保定三年（563年），出征还朝，治左宫伯，转小宗伯，寻拜大将军。时出使突厥，朝议嘉奖，别封成都县公，食邑一千户，进位柱国。出为同州刺史，迁蒲州总管。徙金州总管，加授上柱国，入为大司马。隋朝开皇初年，拜定州总管。累居藩镇，咸得民和。开皇二年十二月甲戌（583年1月3日），逝世于州，年六十四。追赠襄郢等六州刺史，谥曰肃。窦毅性温和，每以谨慎自守，娶北周文帝宇文泰第五女襄阳公主。第二女窦氏，即太穆皇后。唐朝武德元年（618年），诏赠司空