行政中心分设于台湾基隆和平岛与大台北地区的淡水市镇。其中，设于和平岛一地之驻扎行政中心为圣萨尔瓦多城，而淡水长官驻守地则为今仍相当盛名的红毛城。
明郑时期.
延平郡王.延平郡王为明朝永历帝于1653年赐于郑成功的封号，因此一般来说，延平郡王指的都是郑成功。如：台湾各地今常见的延平郡王祠。不过即使如此，继任郑氏王朝统治者的郑经与郑克塽亦自称为延平郡王。而1661年起，延平郡王所辖领土除了福建一部份之外，也包含了南台湾。尤其是1664年，郑经失去福建大部领土后，延