1995年5月2日，日本内阁总理大臣村山富市访华，在访华期间成为首位参观卢沟桥和中国人民抗日战争纪念馆的现任日本首相。同年8月15日，村山富市发表了村山讲话。1995年8月15日，中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利50周年之际，中共中央总书记江泽民等党和国家领导人参观了该馆，江泽民批示建设该馆二期工程。1997年5月，该馆二期工程竣工，江泽民题词“高举爱国主义旗帜，以史育人；弘扬中华民族精神，振兴祖国”。1999年12月31日，“抗战馆隶属关系转变交接会议”在该馆举行，该馆由丰台区转隶中共北京