图书馆併入台南县立文化中心。台南市立图书馆获行政院及台湾省政府核定维持独立机关，不併入台南市立文化中心。民国八十九年（2000年），台南市立图书馆从教育局改隶于文化局（后改为文化观光处）。
县市合併后.2010年12月25日，台南市和台南县合併升格改制为直辖市，台南市立图书馆及辖下7所分馆称唿不变。台南县政府文化处图书馆，改称「南瀛图书馆」，由台南市立图书馆管理；原台南县各乡镇市立图书馆则改为区图书馆（31所）。以上各图书馆合称为「台南市公共图书馆」。2012年1月1日，南瀛图书馆