淮南，即将败亡之际，召回秦宗衡，决胜指挥使孙儒不愿回军，杀秦宗衡，夺其军权。朱全忠列二十八寨围攻蔡州，后因粮食短缺又见秦宗权已衰落不足为忧，转而攻打其他军阀，秦宗权趁机夺取许州生擒留后王蕴。龙纪元年（889年），宗权为部将郭璠逮捕，送给朱温，同年送往长安，斩于独柳下。京兆尹孙揆监斩，秦宗权大唿：“尚书觉得宗权是造反的人吗？只是我的忠心没能表露出来。”看的人都笑了。其妻赵氏也被斩首，一作被笞杀。孙儒败亡后，余部由马殷建立五代十国之一的楚国。秦宗权族弟秦彦晖之前随秦宗衡出征，后亦追随马殷为楚国将领。