赖朝交情甚好，并竭力劝说源赖朝起兵，复兴源氏。源赖朝推翻平家政权、建立镰仓幕府之后，文觉成为了幕府中的重要人物。他在源赖朝和后白河法皇的支持下，相继复兴了神护寺、东寺、高野山大塔、东大寺、江之岛弁财天等佛教建筑。在源赖朝大肆搜捕平家落人的时候，他为平维盛的遗孤平六代（平高清）求情，将六代收为徒弟并带到神护寺保护起来。源赖朝死后，文觉卷入了武家和皇家的斗争之中，并在1199年（建久十年）的三左卫门事件中受到牵连，被权大纳言源通亲流放到了佐渡国，平六代也在同一年被杀。1202年源通亲死后，文觉回到京都。