设立两个职权及管辖地域一模一样的机关，在德国法称为「机关职务不两立性」，在英美法则称为「禁止机关功能重叠原则」。特侦组得执行一、二、三审级检察官之职权，加上无限延伸的概括条款，混淆与各该审级的管辖界限，剥夺人民对于案件管辖的可预见性，损及人民受管辖权正当法律程序的保障。基层检察官亦有反对声音。九月政争爆发之后，时任行政院长的江宜桦为谋求保留特侦组，曾经提出修法，将特侦组改隷台湾高等法院检察署，然而该项提议最后并未完成立法。
特侦组裁撤.2016年总统选举，民进党蔡英文政府执政后