97年（民国八十六年）5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。澎湖天后宫改为国定古蹟。2011年（民国一百年）再启修建，2014年（民国一百零三年）竣工。2019年（民国一百零八年）10月27日，中国国民党籍总统候选人韩国瑜参拜澎湖天后宫，时任主委蔡光明意欲比照总统规格、打开庙宇中门迎接，被韩国瑜办公室以身分不符而婉拒。蔡光明为表欢迎之意，请出收藏据称达四百年以上的官印，亲手盖在韩国瑜的衬衫，并称是开庙有史以来第一次替人盖官印，象征保佑平安，以及预祝韩国