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沿革.11号线原为穗深城际铁路的一部分，即穗深城际线在深圳境内的路段。2004年国务院常务会议审议通过《中长期铁路网规划》，随后深圳市编制了《国家铁路深圳地区布局规划》。根据该规划，广深间远期将有三条轨道交通线路，即广深铁路、广深港高速铁路和穗深城际线。由于穗深城际线与深圳规划中的机场快线重合，因此早即有两者共线的方案。此外，现有1号线的机场东站只能到达深圳宝安国际机场A、B航站楼。而随着T3航站楼的建成使用，A、B航站楼已不再使用，11号线亦是T3航站楼的交通接驳工程。