1999年8月9日，仙山县重新分设为仙游县和慈山县；仙游县下辖景兴社、大同社、合岭社、完山社、轩云社、克念社、连抱社、乐卫社、内裔社、明道社、富林社、佛迹社、新芝社、知方社、越团社和林市镇1市镇15社。2007年4月9日，克念社、合岭社2社划归北宁市管辖。
行政区划.仙游县下辖1市镇13社，县莅林市镇。