1958年5月3日，32岁的俞崇恩作为“倪柝声反革命集团青年骨干分子”关押，随后送往福建省北部山区的将乐县劳动改造（砍伐运输竹子），在此度过三年大饥荒的极度饥饿的日子。1962年改到上海市管理的安徽宣城军天湖农场，劳动改造共21年。1979年获释，被华东师范大学招聘为英语教师。1984年被平反，宣告无罪。1986年，俞崇恩在史伯诚和江守道的帮助下前往美国。俞崇恩在劳改中，因为得到其他教会团体基督徒的关怀，才得以生存下来，开始公开批评地方教会太骄傲，没有爱心，个人崇拜，进而否定地方教会的「一地一会」立场。