Marv博士在前往布拉格的世界能源会议途中，被一群来自中亚地区的新兴国家赞给巴尔（Zanzibar Land）的僱佣兵绑架，他们企图以博士的性命和OILIX的配方来换取核武，威胁欧美和俄罗斯等大国。于是，美国政府派出秘密特种部队Foxhound的战士固蛇（Solid Snake），潜入赞给巴尔拯救Kio Marv博士和回收OILIX的研究资料。固蛇发现Big Boss他根本没有在世外桃源（Outer Heaven）事件中被杀，反而另起炉灶成立和统治赞给巴尔，继续研制新型号的搭载核武的步行兵器 - Met