天花的潜伏期大约为12天。一旦进入唿吸道，病毒会首先袭击口咽或唿吸系统表面的粘膜，然后入侵淋巴结并进行增生。在起始阶段，病人的细胞看似没有受到破坏，但大约在受感染后的第12天，这些细胞会破裂以致血液内的病毒数量骤升（此称之为），而第二波的病毒增生也会在脾脏、骨髓及淋巴结内发生。与此同时，病人会出现与一般感冒相似的：发烧（往往高达甚至超越 ）、肌肉疼痛、头痛等。由于消化系统也受到影响，故恶心及呕吐也是常见症状之一。到了第15天，首个表面征象出现：病人的口腔、舌头、颚部及喉咙上的粘膜会出现微红色的小点。与此同