建为尚书仆射、北道行台、总江北诸军事，镇守新秦（今江苏省六合区北）。550年正月廿五日，侯景派郭元建带兵攻打南兖州（治所在广陵，今江苏省扬州市），祖皓环城固守。十一月，侯景为征收租赋进入建康，北齐东徐州（治所在下邳，今江苏省邳州市）刺史行台辛术率军队渡过淮河以断其后路，烧掉他的粮食百万石，包围了阳平（今安徽省灵璧县）。侯景行台郭元建带兵去救援。551年二月，侯景把宋子仙、郭元建、张化仁视为佐命第一等功臣，任命王克为太师，宋子仙为太保，元罗为太傅，郭元建为太尉，张化仁为司徒，任约为司空，王伟为尚书左仆射，