于深涌沼泽区是香港特有的香港斗鱼的最大栖息地，保育人士随即进行紧急拯救行动（当时香港斗鱼仍未发展成独立品种，被认为是产自越南的另一品种），将沼泽仅余的其中一条30米长的水道中的202条斗鱼送到嘉道理农场。沼泽区的开发也导致仅在香港三处地方被发现的锈色羊耳蒜在深涌绝迹。
发展一览.除大磨刀岛之外，五福矿业也曾取得深涌附近鹅颈咀的採矿许可证，但未有证据显示有商业开採。2000年代初，有发展商希望于深涌兴建一高尔夫球场，但当一切准备就绪时，城规会不批准该地段由农业转为其他用途，因此