9月20日，在姆贝基的第二任期还有约九个月的时候，他在被召回后，宣布辞任南非总统一职。此前，法官裁定，姆贝基政府起诉雅各布·祖玛涉嫌贪污等的行动均属不当干预。2009年1月12日，最高上诉法院一致推翻尼科尔森的判决，但辞职仍然生效。他担任总统期间，南非经济以平均每年4.5%的速度增长，为经济的中间部门创造了不少就业机会。随着救助黑人政策实施，黑人中产阶级的规模显着扩大。黑人中产阶级的增长令南非对受过训练的专业人士的需求增加（专业人士因所致的移民而减少），但未能解决大部分非熟练人口的失业问题。姆贝基成功吸