设定于距《刺客信条：起源》故事发生前四百年的公元前431年，讲述了古希腊城邦之间的伯罗奔尼撒战争的秘密虚构历史。玩家扮演一名雇佣兵，可帮助以雅典为首的提洛同盟或以斯巴达为首的伯罗奔尼撒联盟。和系列之前的游戏一样，《奥德赛》同样拥有现代故事线，继续《刺客信条：起源》蕾拉·哈桑的故事。本作中出现许多真实的历史人物，如：出场的其他历史人物包括阿尔西比亚德斯、苏格拉底、柏拉图、索福克勒斯、阿里斯托芬、希波克拉底、布拉西达斯、菲狄亚斯、阿希达穆斯二世、欧里庇得斯、狄斯比斯等。此外，本作中也出现许多希腊传说