纪时，海盗活动频繁。到战国时代，东京湾则成为后北条氏与里见氏的海军的战场。江户时代，菱垣回船、樽回船等和船利用这个海湾进行海运。同时，由于江户幕府奉行闭关政策，为对付外国船只，就在湾内建筑了不少炮台（台场）以作湾岸防备，但最后东京湾亦成为美国海军将领马休·佩里与幕府谈判的场地。1858年，江户港、横滨港在日美修好通商条约中被开放。
发展.横滨港、东京港、千叶港、川崎港、横须贺港和木更津港全都处于东京湾之内。其中横须贺港为驻日美军及日本海上自卫队的基地。自明治时代，工业沿着东京湾