自泸州、乐山、宜宾进攻重庆侧后方，赖心辉自己率部主攻资中、内江。10月16日，赖心辉在滇军胡若愚部的援助下，攻破佛图关，夺取重庆。熊克武觉得赖心辉功高盖主，不愿保举其出任四川省省长，并且命但懋辛取代赖心辉出任前敌总指挥，这造成讨贼军方面一个多月未追击退至万县的杨森部。后来，袁祖铭、杨森反攻，讨贼军溃败。赖心辉败退至内江、资中，并和刘成勋共同宣布中立，退出战斗。熊克武部最终瓦解。 
四川省长及晚年.1924年2月，赖心辉通电拥护北京政府，获北京政府任命为四川陆军第一师师长兼四川边防军