支线正式启用，列车从红磡站延至尖东站为终点。2004年12月21日，马鞍山支线通车。2005年11月6日，九龙南线正式动工。2007年7月12日，九广铁路公司和地铁有限公司宣佈了沙中线的合併方案。2007年8月15日，历时3年多建成的落马洲支线正式通车，落马洲站、香港落马洲支线管制站及深圳福田口岸正式启用。
两铁合併.政府计画把地铁与九铁两组铁路网络营运合併。2004年2月24日，政府邀请地铁公司及九铁公司就合併计划进行商讨，预计6个月内完成磋商，可望于2005/0