二叠系为冒地槽沉积，局部夹火山岩，而欧龙布鲁克隆起带寒武一奥陶纪时为地台型砂页岩碳酸盐建造，厚700～2000余米，假整合于上元古界全吉群之上。祁连山保护区内有海拔高约3500多米的交通要道扁都口，自该山口向北可达甘肃省张掖市民乐县，向南可达青海省海北藏族自治州祁连县。
资源.祁连山国家公园自然环境复杂，具有丰富的生物种群，其森林生态系统具有一定代表性。据统计，祁连山国家公园内有高等植物1044种，分属于84科399属。陆栖嵴椎动物229种，其中更包括盘羊、岩羊、马麝、马鹿、林麝、