信藏传佛教噶玛噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打信仰主巴噶举派的不丹，给活佛噶玛巴封上「卫藏之主」的印信，但却仇视新兴的格鲁派。1617年，喀尔喀蒙古卫地信仰格鲁派的信徒，曾经组成联军企图攻打藏巴汗。1618年，噶玛巴派万余人前来救援，打败了由色拉寺僧兵与其他格鲁派势力所组成的联军，佔领色拉寺和哲蚌寺，杀死了起事的格鲁派僧人，其余的格鲁派僧侣只好逃往北方。彭措南杰因此平定了动乱，使前藏大部分地区也臣服于藏巴汗。现代藏学一般将这年定为藏巴汗取代帕竹政权统治西藏地区的开始。这也是西藏历史上「藏巴汗政权」