军曾经在中亚腹地进行过入侵新疆的大规模演习。文化方面，这段时期的独立思潮主要通过讲课、作报告、着书 、写文章等形式传播。其中较着名的书籍有《维吾尔人》、《匈奴简史》和《维吾尔古代文学》。
1980年代至2001年.1980年，胡耀邦採取怀柔政策，重建清真寺。他还制定了新疆六条，大致内容是：充分自治；修养生息；支援大量经费，促进农牧业生产用于新疆各族人民的迫切需要；恢复新疆文化教育科学事业；进疆干部分批分期调回内地等。中共新疆自治区党委在全区范围内大规模调整各级领导班子，增加少数民族