聪明代理校长和傅斯年校长，傅校长死后的1951年马廷英辞主任。马廷英和陆志鸿（东京帝国大学工学士）从此留在台湾，罗宗洛、陈建功、苏步青、蔡邦华后来永远离开台湾。到台湾后，1945年至1946年间，他率领专家赴兰屿调查动植物及地质情况。1947年，到南沙群岛及海南岛开展学术调查。他利用珊瑚成长率研究各地质时代各大陆的相对位置及迁移。1950年代，他还写出《石油成因论》一文，推测台湾西部及海域深处有可能蕴藏着大量石油及油气，这对开拓台湾资源有很大影响。1953年，发表地壳刚体滑动说。后来，他发表“古气候与大