日本国内自由旅行；增开神奈川、兵库作为通商口岸；允许俄罗斯公民在日本居住、逗留，购买、租赁、建造房屋，并享有信仰自由；自由贸易不受官吏干涉，关税依照最惠国条款制定；领事裁判权；俄罗斯享有片面最惠国待遇。一般认为《日俄修好通商条约》是俄罗斯对日本的不平等条约，俄罗斯通过此条约大大增长了在日本的势力。