时任南非国家总统弗雷德里克·威廉·戴克拉克宣佈废除种族隔离政策后，两国于1992年建立外交关系，并互设大使馆及互派大使。1994年，南非重返英联邦，因此两国互设的大使馆易名为高级专员公署，而亦由大使改称高级专员。1997年3月5日，时任南非总统纳尔逊·曼德拉访问新加坡，成为首位访新的南非国家元首。他在是次访问中与时任新加坡总统王鼎昌和时任新加坡内阁资政李光耀会面。2007年，时任新加坡总统塞拉潘·纳丹访问南非，成为首位访问南非的新加坡国家元首。2013年1月，在南非约翰内斯堡设立新海外中心，成为首间