联治疗臂伤期间，博古任代理书记。1943年6月28日，周恩来和林彪率南方局干部职工一百余人返回延安参加整风和七大筹备期间，董必武任代理书记，主持工作，至1944年11月。1945年12月，中共中央南方局改为中共中央重庆局，重庆局负责人同时也是全国政治协商会议中国共产党代表团成员。董必武任书记，王若飞任副书记。1946年5月，中共代表团随国民政府回迁至南京。中共中央重庆局由重庆迁往南京改称为中共中央南京局，公开对外名义为中共代表团南京办事处。周恩来负总责。1947年3月，中共驻京、沪、渝、平公开机关撤