有能尽力垦种，悉免起科”。同年九月，庞尚鹏上疏力攻武英殿大学士郭朴，御史凌儒复言朴。最终致使郭朴致仕回籍。隆庆二年（1568年）庞尚鹏升任右佥都御史。隆庆三年（1569年）十二月，河东巡盐郜永春劾尚鹏行事乘违。明神宗即位，御史计坤亨等上疏言尚鹏无罪。万历四年（1576年）任福建巡抚，清廉自洁，《虚室行》诗云“细视瓶中久无粟，举火终朝待邻曲。长饥近午始一餐，敢望丰年收万斛。”以推行一条鞭法和清理整顿两淮盐法而闻名。一条鞭法成闽省定制。后与胡守仁发生冲突，首辅张居正以重言谴责庞尚鹏。隔年罢官南归。家