年十月革命爆发，在俄国内战期间，恩琴随其长官格里戈里·米哈伊洛维奇·谢苗诺夫拒绝参加高尔察克的白军，而独自与红军作战。恩琴因其对敌我双方的残酷手段，而得到了「血腥男爵」和「疯狂男爵」的外号。他宣称要「灭绝所有的犹太人和共产党人」，支持米哈伊尔大公重建罗曼诺夫王朝。在这段期间，谢苗诺夫希望能在日本支持下，于贝加尔湖以东地区建立一个独立王国，甚至为此而抢劫协约国通过西伯利亚大铁路送给高尔察克的补给，间接导致了高尔察克的溃败。1919年7月，恩琴在哈尔滨娶了一位中国满族的为妻，夫妻双方只能以共同的英语进行交流。此