省理工学院的克里斯托弗·沃尔什课题组工作了一年，随后便作为一个化学方面的助理教授加入加州大学伯克利分校。1985年他成为劳伦斯伯克利国家实验室的项目首席科学家，之后在1994年他成为霍华德·休斯医学研究所的研究员。1999年，舒尔茨搬到位于圣迭戈的斯克里普斯研究所，同时也就任诺华研究基金会基因组研究所的创始所长。该研究所一开始是作为诺华的一个纯粹的基因组研究分部，在舒尔茨任职期间，员工比预计的翻了3倍（现在雇员约500人），并且开展了许多新药开发项目。2010年3月，他离开了诺华研究基金会基因组研究所。之后