且注重礼节的藤堂也在局内负责处理接待客人的工作。池田屋事件时，藤堂因为疏忽大意摘下头上的护具而遭人砍伤额头。但虽然负伤，还是继续奋战（为新选组中最初攻入池田屋里的四人中的其中一人），他的佩刀还因此变得破破烂烂，刀锷也出现无法修补的裂痕。事件之后，与近藤勇、土方岁三等人被幕府赏赐奖金（也有他们怎么样也不肯收下这笔钱的说法）。元治元年11月、新选组在江户进行大规模队士募集活动。藤堂十分积极的前往江户募集志愿者。经由当时出入在伊东道场的加纳的证述，藤堂在9月初旬来到道场邀请伊东大藏入队。这个道场的主人伊东