为台南市县「为南部地区的产、学、研科技重镇。未来合併改制后，将可作为云嘉南地区的核心都市」等理由，宣佈通过台南县市合併案。最后的定案与原本「三都十五县」的构想亦有不同：
改制争议.五都合併改制案确定后，仍有争议存在，并遭到当时在野党民主进步党的抨击。其中最广泛讨论的是：五个直辖市的总人口将佔全国60%以上，其他县市的资源会因大都市升格而被稀释并造成边缘化，城乡发展可能将有更大的落差。在直辖市内部方面，某些区域更不在都市化范围内，有五都总面积过大的质疑。除此之外，若依照马英九先前