在台风季节，都被列为土石流高度警介区。头前溪流经知名的新竹科学工业园区，由于工业区用水量大，但头前溪属短促型的急流，枯水期时流域内用水常遇紧迫，因此建有并有上坪拦河堰、隆恩圳拦河堰、燥树排拦河堰等水利工程，以及宝山水库及宝二水库。凤山溪是本县仅次于头前溪的重要，河长约45.45公里，流域面积约250.10平方公里，涵盖新竹县及桃园市，其中本县包含尖石乡、关西镇、新埔镇、横山乡、湖口乡、竹北市等行政区。凤山溪发源自新竹县关西镇、尖石乡与桃园市复兴区交界处的鸟嘴山（外鸟嘴山）西侧，于崁子脚附近与南边之头前溪