四年（1638年）他再次镇守南京，加太傅。北京失陷，徐弘基率领各大臣到江浦迎接福王朱由崧，朱由崧监国时奉宝劝进登基；不久他奉使祭告孝陵，上表「安定民心、选择首辅、选择名将、商议战守、严厉赏罚」五事，推荐起用熊明遇、张捷，晋左柱国、掌左军都督府印，与马士英、阮大鋮不和。十七年十二月（合1645年）去世，追赠太师，谥号庄武，儿子徐胤爵继承爵位。