2012年改由云嘉南服务中心负责。中服中心主要代替在台北的行政院，以单一窗口之方式加强服务中部地区民众，促进区域均衡发展。中心主任为名义上的负责人，实际上由执行长运作中心事务。
历史.2002年10月16日，总统陈水扁在中部科学园区筹备处成立典礼上，要求参照南服中心设置模式建立中部的服务中心，以协助行政院建立服务中部民众的单一窗口。2003年5月14日，行政院中部联合服务中心成立运作。
人事任用制度争议.2010年9月，民进党立委陈亭妃针对南部、中