铁合併后，原九铁路线最初基于营运初期的旧三个票务系统尚未赶及完全磨合，因此仍没有提供相关特惠票价，引起不少人不满。而根据港铁行政总裁周松岗于2008年7月17日公佈，港铁将于10月（9月28日）起在前九铁路线（东铁线头等附加费、港铁接驳巴士、罗湖及落马洲站除外）提供低至半价的特惠车费，但亦基于优惠的性质而改为只可以使用学生个人八达通享有优惠，否则必须购买成人单程票。。
两铁原有优惠.除了学生票价之外，两铁合併后初期，原地铁系统的不少优惠，如昂坪360免费回程优惠、机场快线免费接