岗建北门，因北庙位于门楼位置，于是把庙迁至现址。万历年间改建北庙，恢复道教性质，更名为三元宫（因道教以天、地、人为三元而得名），并沿用至今。崇祯年间扩建大殿，殿内供奉三元大帝，改鲍姑祠为配殿。清朝康熙三十九年（1700年），广州发生旱灾，罗浮山冲虚观住持杜阳栋来到广州祈雨，后留任三元宫住持。其在任期间，重修和扩建三元宫，面积达8000平方米，又购地600多亩，被尊称为三元宫的开山祖师。中华民国时期，曾把越秀山列为军事禁区，到三元宫参拜者锐减。陈济棠主政广东期间，提倡释、道，兴盛了三元宫。中华人民