球囊菌门（学名：Glomeromycota，AM fungi），又称聚合菌门、锈球菌门，是真菌界的一个门，目前约已发现400种物种。本门真菌可与陆生植物形成，这种共生构造可协助植物吸收土壤中的无机盐，尤其是磷的吸收，并据信是早期植物能适应陆地环境的重要关键。超过八成的维管束植物都能与球囊菌产生共生关系，且在苔藓植物等没有真实根部构造的植物中亦有树状菌根，可见丛枝菌根在陆地生态系的重要性。
主要结构.丛枝菌根原先称为囊丛枝内生菌根(vesicular-arbuscular mycor