府选派的人选有时与师生产生冲突，校长人事仍然不稳，1930年5月至1931年4月，清华甚至没有校长，学校事务由校务会议处理，直到1931年梅贻琦担任校长，人事才算稳定。1937年，抗日战争爆发，清华、北大与南开在长沙组成国立长沙临时大学，教育部派定蒋梦麟、胡适、梅贻琦、张伯苓、傅斯年等11人组成筹备委员会，三校的校长担任筹备委员会常委，并依照筹备委员会决议处理校务。1938年初，学校由长沙迁往昆明，更名为国立西南联合大学，领导体制与临大相同。1938年12月21日，常委会决议，由梅贻琦担任常委会主席，原