以抑制其表现，有些3'-UTR则含有沉默子，可与特定蛋白质结合而抑制转译。另外许多mRNA的3'-UTR上含有可促进或抑制mRNA降解的序列，如（ARE）、（IRE）等。许多3'-UTR上的突变与特定疾病有关。
序列.哺乳动物基因组中，3'-UTR的长度的变异很大，可短至60个、长至4000个核苷酸，人类的3'-UTR平均有800个核苷酸，5'-UTR则平均只有200个核苷酸。3'-UTR较长的mRNA转译的蛋白质含量通常较少，可能是较长的3'-UTR常含有较多的能抑制转译的miR