黄志芳获陈水扁总统拔擢出任外交部长，2007年4月30日，中华民国成功与第25个邦交国，东加勒比海岛国圣露西亚复交，并全面恢复大使级关系。2007年6月7日，哥斯大黎加政府宣布与中华人民共和国建交而与中华民国断交，黄请辞外交部长负起政治责任，获行政院长张俊雄慰留。2008年1月14日，中华民国与马拉威共和国断交。2008年5月6日，因「巴纽外交公款侵吞案」爆发，黄志芳为承担责任请辞下台。
卸任后.2010年5月10日，新加坡法院就「巴纽案」判决认定中华民国外交部遭到外交掮客讹诈