通往1号口和7号口，两个非付费区内均设有自动售票机、安检设备、进出站闸机和服务中心。同时经由两出口可连接地铁商业、市政配套商业、小汽车停车场等功能区。
出口.南京南站共有11个出入口，其中2-6出口位于1号线、3号线站厅，沿铁路南京南站到达层出站通道呈南北向布置；1、7出口位于换乘通道内；8-11号口位于S1、S3号线站厅（近铁路南京南站北广场），呈东西向布置。
车站文化.地铁南京地铁是南京地铁打造的文化车站之一，于2011年12月20日被命名为“博爱车站