布什邀请下出任副总统候选人。当时年届59岁的切尼多次因心脏病而接受治疗，但小布什多次力撑，他最终同意成为副总统候选人。小布什最终在选举人票险胜戈尔当选美国总统，上任后不久美国发生九一一事件，美国展开一系列的反恐活动，切尼亦是策划人之一，作风跟小布什和前国防部长拉姆斯菲尔德一样为鹰派人物，强调奉行单边主义和以强硬的军事手段解决对外关系。2004年美国总统选举，和小布什一同成功连任。当美国在伊拉克战争遭受大量恐怖袭击而受到影响时，切尼的民望亦跟小布什一样下挫，不少反战分子更在切尼的人像上画上魔鬼的图腾，讽刺切尼