日本儒学化不及朝鲜，但在江户时代，受教育的日本人都读过四书。仁义原则在日本儒家较为次要，受彰显的是忠孝，尤其以忠为核心德目。13世纪中叶，朱子学传入日本，流传于禅宗僧人与贵族之间。南浦文之为《四书新註》加上训读，开创日本朱子学的新局面。德川幕府早期，阳明学传入日本，朱子学与阳明学都开始盛行民间，同时儒学不断本土化，17世纪中叶，「儒学日本化」基本完成。着名儒者山崎闇斋发扬朱子学，利用儒家术语重述日本的神道思想，他与弟子都批评陆王心学。幕府儒官则接受了王阳明的心学，使儒学更为活跃。其后荻生徂徕提倡古学，强调