可能在6500年前至5000年前就存在着人类活动，这时期正值全球海退期。2015年1月27日出刊的《》杂志（Nature Communications）发表在台湾澎湖水道海域发现的原始人类下颚骨化石，此一经判断其生存年代距今约45万至19万年之间（更新世中期）的澎湖原人为旧石器时代早期的人类。这个化石，是台湾首度发现的直立人，将台澎区域的人类活动历史，由左镇人时代更往前推进，也使澎湖水道成为现今直立人在亚洲分佈的最东缘。
地理.
地形.澎湖水道南接澎湖海底