山城国设置守护，令三渊藤英据守伏见城。在政务上，义昭同兄长义辉一样，任命摄津晴门为政所执事，任命饭尾昭连、松田藤弘等为奉公众，再开幕政。之前因反叛兄长义辉而被灭的伊势氏，其末裔伊势贞兴被义昭允许复任官职。当时足利义昭暂时以山城国本圀寺（位于今京都府京都市山科区）为居住地。永禄12年（1569年）正月，当信长率军返回美浓、尾张时，三好三人众趁机反扑，突袭本圀寺（本圀寺之变）。奉公众和明智光秀所率的织田军奋勇抵抗，北近江的浅井长政以及摄津的池田胜正、和田惟政等也奋战，击退了三好三人众的进攻。这次事件暴露