第三周，消化器官原基“前肠”在部位出芽形成甲状腺细胞。甲状腺细胞向下成为一团细胞，其与舌相连的狭管叫甲状腺舌管（"Ductus thyroglossus"）。甲状腺舌管后来会闭合，甲状腺因此就断开了与前肠的连接。偶然也会发生闭合不完全，这会导致。在哺乳动物中，第六咽囊的细胞会移入甲状腺，成为后来的C细胞。而它们在其他的嵴椎动物则还会形成一个器官-后鳃体。在很多哺乳类动物种属里，内皮小体（"Glandula parathyroidea interna"，是其中一个甲状旁腺）也算作甲状腺的一部分。而在人类，