变形人领导的自治同盟极度仇外残暴，他们在第三象限摧毁了贝久人新建的殖民地和数艘联邦星舰。西斯科意识到自治同盟将成为潜在的威胁，而深空九号将成为抵抗自治同盟的前线，因此西斯科特地从星际舰队要来了此前被搁置的联邦星舰勇抗号。2371年年底，西斯科被提升为上校。
新的危机.2372年，卡达西军政府被平民委员会推翻，卡达西国内随即陷入混乱。此时克林贡帝国总理高伦以卡达西高层被自治同盟的变形人渗透为借口，派军大举入侵卡达西。星际联邦反对此举，高伦随即撕毁克林贡和星联的盟约，并且和星际舰队爆