开始与利玛窦合作翻译《几何原本》前6卷，即平面几何部分，次年春翻译完毕并刻印刊行。翻译完毕《几何原本》后，他又根据利玛窦口述翻译了《测量法义》一书。万历三十五年（1607年）三年，翰林馆期满告散，他被授予翰林院检讨。同年徐光启的父亲在北京去世，他回乡丁忧守制。第二年邀请郭居静至上海传教，这成为天主教传入上海之始。守制期间，他整理定稿了《测量法义》，并将《测量法义》与《周髀算经》、《九章算术》相互参照，整理编撰了《测量异同》；作《勾股义》一书，探讨商高定理；开辟双园、农庄别墅，进行农作物引种、耕作试验，作