在印尼总统苏哈托的世俗新秩序政府执政期间，巴希尔因各种活动，包括敦促当局执行伊斯兰教法而受到打压，被迫流亡至马来西亚长达17年。情报机构和联合国声称，阿布·巴卡尔·巴希尔是伊斯兰祈祷团的精神领袖，该组织因组织策划2002年巴厘岛爆炸案而闻名，并与基地组织有联系。巴希尔也被认为是2002年巴厘岛爆炸案主谋。2003年9月2日，雅加达地方法院一审判决阿布·巴卡尔·巴希尔4年监禁。2006年6月获释。2011年6月，巴希尔又因鼓动他人向恐怖主义活动提供资金被雅加达一家法院判处15年监禁。2014年8月，阿布