共和国首任总统埃米利奥·阿奎纳多成立农业和制造业部（Department of Agriculture and Manufacturing），被任命为第一任部长。
美国统治时期.1898年12月10日美西战争结束，菲律宾主权交由美国统治。在美属菲律宾政府主导下，优先发展如稻米等粮食作物，并同时开发渔业、林业和矿业等资源。1901年，通过271号法案，农业和制造业部改为农业局（Bureau of Agriculture），隶属于，1910年，农业局改隶。1916年11月18日，颁