611年，充南原府使。此时光海君得知郑文孚在壬辰倭乱期间深得北道地区的人心，在李恒福的推荐下，用其为吉州牧使。1616年，任兵曹分总管。1617年，任兵曹参判。但他不附当权的韩缵男，故而不被重用。1623年仁祖反正之后，受到李元翼的推荐，郑文孚受到朝鲜仁祖的重用，拜全州府尹。不久郑文孚因母丁忧，告假回乡。有一勋臣因与郑文孚相善，前去弔祭，发现他家墙壁上写有诗句：「楚虽三户亦秦亡，未必南公说得当；一入武关民望絶，孱孙何事又怀王」，回来后便告诉别人。受到李适之乱的影响，郑文孚当即被逮捕讯问。左议政赵翼力陈其