如偷漏巨额税款172亿元，数目超过生化药厂总价值，太过浮夸，也属当年流行的一种剥夺资本家财产的手段，令人无法相信。法院在量刑时似乎只是采纳起诉书的一小部分指控，其中没有提及奸淫罪名，显示其证据不足，未能采信。最后将倪柝声判处有期徒刑15年，关进上海市提篮桥监狱。倪柝声15年刑满以后，当局将他继续关押，，最后在1972年6月1日凌晨，倪柝声在安徽省广德县白茅岭监狱（属于上海市管理）逝世。现在倪柝声与妻子张品蕙、二弟倪怀祖、弟媳徐奉先一同安葬在江苏省苏州市郊外的香山公墓。1958年10月，倪柝声反革命集