谈判和英国表示支持合併，僵局得到解决。虽然婆罗洲土着未能获得马来人的特权，不过合组马来西亚已于1963年9月16日生效。
“马来西亚人的马来西亚！”.在1963年新加坡州选举中，以巫统为首的政党联盟通过新加坡联盟党挑战执政的人民行动党。巫统政治人物积极在新加坡为新加坡联盟党拉票，声称虽然执政的人民行动党政府表面上是多种族的，却是由华人所主导，在新加坡的马来人常被视为二等公民。不过，所有由巫统支持的马来裔候选人全数败给人民行动党。许多人民行动党党员认为，新加坡联盟党违背了先前所协议的