个武士家庭，原名釜次郎。19岁时曾赴北海道和库页岛探险，1856年进入长崎海军传习所学习西方科学。1862年至1867年被派赴荷兰留学。回国后被德川幕府任命为海军副总裁，成为实际上的幕府海军指挥官。戊辰战争开始后，榎本武扬率舰队停靠大坂天保山，在鸟羽伏见之战后将幕府藏金和伤员转移至江户城。不久，江户城无血开城，榎本武扬率八艘舰只和新选组等幕府主战派势力北上北海道，建立虾夷共和国，其后透过选举被推选为总裁。1869年，日本新政府军攻入北海道，虾夷共和国灭亡，榎本武扬入狱，后在黑田清隆奔走下于1872年获释