田浦、陈坑四个巡检司，后又增设烈屿巡检司。因金门固守福建东南海口，取「固若金汤，雄镇海门」之意而得名金门。明朝末年，郑芝龙称雄闽台海域，以金门、厦门为基地，树旗招兵。1645年（清顺治2年）郑芝龙降清后，先派其弟郑鸿逵屯金门。不久，金、厦为拥护鲁王朱以海的郑联、郑彩兄弟所据。 南明郑成功于1646年在烈屿岛上吴山会文武群臣，曾派林习山驻守烈屿，以此岛做为「反清复明」根据地之一。1650年（顺治7年；南明永历4年），郑成功驱逐郑氏兄弟，金厦成为其抗清基地之一。 不久明郑又重返金、厦两岛，至康熙平台后，金门