被准噶尔囚禁的大小和卓释放，并派波罗尼都招抚西域天山南路各城。不久阿睦尔撒纳反叛，大小和卓乘机控制了新疆西南部一带。干隆二十二年（1757年），霍集占杀死清军副都统阿敏道，举兵自立。次年（1758年），干隆帝发兵征讨霍集占，清军在库车、叶尔羌（今莎车）、和阗等地与大小和卓交战。干隆二十四年（1759年），大小和卓兵败西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部）境内，被巴达克山首领素勒坦沙擒杀，叛乱遂平。大小和卓之乱的平定标志着清朝全国统一战争的完成，是干隆帝的十全武功之一。此役之后，西域天山南路重新纳入