动工兴建。西元1992年太子宫新庙整体建设完工，农历12月启建「壬申科庆成祈安七朝清醮」。西元1995年启建「甲戌科祈安护国七朝圆醮」。西元1999年旧庙因921地震受损，同年评定为台南县定古蹟并进行后续整修。西元2011年5月参加祀典大天后宫「护国佑民 南都巡礼」，太子爷为「统兵大元帅」；6月恢复与台南普济殿之交流；10月参加「少年踹轮 保庇护台湾」，首次跨过浊水溪和新港奉天宫开台妈祖一同进入台北城；11月参加北港朝天宫「北港妈祖下府城 南都巡历大天后宫会香」，太子爷为「开路先锋官」。