万斯年之子。有子万承勋。是万经之师。少年时就有考据精细、学时渊博之名。除家学外，还师事于黄宗羲。擅长古文，“兼有剡源、震川两家之妙”，为时世所重。被黄宗羲誉为后辈学者中“惟言与慈溪郑梁二人”。大清康熙十四年（1675年），考中举人，初为正红旗宗学教谕，期满后授知县。晚年担任安徽五河知县，触怒上级，几论死，寻得免。
参与《明史》馆.康熙朝修明史，设史局，专修明史。康熙十八年（1679年），明史馆监修徐元文，总裁叶方霭得知万斯同、万言叔侄学识渊博、精通历史，于是延揽二人同入史局