淡水社、上淡水社皆为于今日万丹乡境内。早在台湾荷兰统治时期就有Pangdangh、Panendal两个音近万丹的纪载。康熙中叶，汉人越过高屏溪来开垦万丹。不久后即有万丹街之称，为屏东平原最早为汉人所开发的地区之一。雍正年间，县丞署建于万丹。万丹乡在台湾清治时期，属于凤山县所辖，昔日有一万丹港，可通外海。亦设有万丹汛，驻兵数十名。台湾日治时期初为阿猴厅港西下里，大正九年（1920年）改属高雄州东港郡万丹庄。战后属高雄县，1946年改隶屏东市管辖，设万丹区，1950年10月，改为屏东县万丹乡迄今。