黑卫士的下一任务为攻击埃及。1798年，拿破崙率军成功远征埃及（时为奥斯曼帝国行省），但却在尼罗河河口海战后遭到英国海军海上封锁，再加上第二次反法同盟又再成立，促使拿破崙于1799年潜行返国。然而法国仍然在埃及与叙利亚行使殖民统治，并威胁英国经地中海与印度之间的交通。1800年，英国决定派军攻打埃及，而黑卫士亦随队远征。1801年3月8日，英军在亚历山大港外的阿布基尔强行登陆，引发，黑卫士是其中一支抢滩的先锋部队。落败的法军在3月13日的尝试再次阻挡英军，但仍告失败。英军在这场战役派出同属苏格兰高地的及，