达赖喇嘛僧官系统之手，噶厦则成为达赖喇嘛属下的办事机构。噶伦的权力被大大削减，终清一代噶伦专权的情形不再出现。干隆五十八年（1793年），清军在廓尔喀之役后，福康安奏请颁行《钦定藏内善后章程》，更加细化了噶厦的职权。清末宣统年间，驻藏大臣联豫推行新政，赵尔丰在川边和康、卫地区主持改土归流，噶厦权力一度受到削弱。西藏独立运动人士所採纳的说法，同汉文史料的说法存在很大出入。夏格巴·旺秋德丹在其《西藏政治史》中认为，因为摄政一个人手中权力过大，1751年，时年43岁的第七世达赖喇嘛取消摄政职位，由“噶厦”来管