大清真寺原为圣约翰教堂，由十字军建于12世纪。1291年，它被马穆鲁克人改建为该市的大清真寺。该清真寺在黎巴嫩内战中受到破坏，并于2004年完成修复。
历史.1150年，十字军修建了原始的圣约翰教堂，供奉施洗约翰。原址是一个古罗马浴场。类似的罗马式建筑教堂在泰尔和塔尔图斯也有建造, 使用了罗马柱等回收材料。1291年，马穆鲁克人占领了贝鲁特，将教堂改建为清真寺，以哈里发奥马尔命名，不久成为大清真寺（"Jami’ Al-Kabir"）。在1350年增加了马穆鲁克风格的入口和叫拜楼