该寺建成后，起名“达丹彭措林寺”（藏语称“达丹彭措林”，），为觉囊派的重要道场。 1649年之后，五世达赖时期，强行将觉囊派寺庙改宗格鲁派，该寺为13座改宗格鲁派的寺庙之一，更名为“甘丹彭措林寺”，简称“彭措林寺”。藏文史书记载，多罗那他是藏传佛教觉囊派高僧及佛学家，也是外蒙古最大的活佛系统哲布尊丹巴转世系统的实际奠基人。多罗那他原名“衮噶宁波”，藏历第十绕迥木猪年（1575年）生于卫藏交界之处的喀热琼尊地方的一个佛学译师家庭。幼年在觉囊寺出家为僧，学习显密经论。青年时，师从多位来西藏的印度僧人学习佛法