战争.大政奉还后，新政府设置了，而五稜郭则在庆应4年（1868年）由箱馆奉行移交给箱馆府知事，并且成为箱馆府的政厅。同年10月21日，榎本武扬等率领旧幕府军登陆鹫之木（现森町）。箱馆府虽然派兵迎击，但是在各地均战败，最终在10月25日清水谷从箱馆逃亡至青森，翌日松冈四郎次郎的部队进佔已经空无一人的五稜郭。根据大鸟圭介的说法，当时的五稜郭的矮墙上虽然设置了二十四斤砲，但是难以发射，建筑亦未完善，当被攻击时，根本难以抵挡，旧幕府军针对问题，在冬天时修复堤坝，并且设置大砲，在护城河外建造堤坝以及在城门外兴建矮墙