五年至九年（1866年－1870年）间在清前期原址上改建而成，从原来的道教建筑变成了儒家的文庙和江宁府学（原来的江宁府学旧址则改为武庙，民国时期改为考试院，在今日鸡鸣寺附近的南京市政府一带）。朝天宫是江南规模最大、保存最为完好的明清官式古建筑群，现为南京市博物馆。
朝天宫建筑群.朝天宫建筑群中为文庙，东侧为江宁府学遗址，西侧为卞公祠。此外有卞公墓、忠节坊等。现设南京市博物馆。朝天宫街区内插建的建筑以江南小式建筑风格为造型主体，融入六朝时期的建筑元素。