94年先加建教员室、会议室以及学生会室。再于1996年至1998年加建校门大闸及保安亭，并扩建校舍的第五层和增设升降机。而校园师生亦于2008年建立「空中花园」来绿化校园。随着资讯科技教育推行，基督书院在2013至2014学年兴建电脑辅助学习中心，由香港中文大学前校长沈祖尧主持揭幕仪式。同时，该校的办学团体九龙城基督徒会拨款把学校五楼的多用途室改建为基督书院钻禧小教堂。2019年1月，学校一名女学生疑于校内服药自杀。校方报警后，自行将女学生送到威尔斯亲王医院治理。