例不得与试，后授三等侍卫，擢二等，文武双才，为人伉爽有奇气，敬慕孙白谷的为人，喜欢与朝野贤士游玩。光绪二十年，日本入侵朝鲜，朝廷商议出师，马钟祺上书自请，遂跟从戎军奉天。盛京将军依克唐阿器重他，并使其统镇边马队。之后日本朝鲜和谈，后归乡。光绪二十五年，李秉衡奉旨巡视长江，亲访于家，疏请从行。当时义和团乱纷起，李秉衡死难，马钟祺护送归丧。三天后，京师被破，马钟祺上吊自尽。其着有五伦大义、马氏日记等。