护法军政府撤销；11月29日，第二次护法军政府在广州恢复。1921年4月7日，国会非常会议通过《中华民国政府组织大纲》；5月5日，军政府撤销，设置总统府参谋部。1923年3月2日，陆海空军大元帅大本营正式成立，设参谋处参谋长。1925年7月6日，国民政府军事委员会成立，下设国民政府军事委员会参谋部。
训政时期.国民革命军北伐完成后，1928年11月10日，再改为国民政府参谋本部，职掌国防用兵及陆地测量事宜。参谋本部设参谋总长一人，上将或中将衔，参划军机，执掌国防用兵各计划，综理部务