时，升九江总兵。曾于江上破左良玉东下之军。隆武政权封其为成虏侯。以鲁王政权侍郎冯京第的建议，派胞弟黄孝卿与冯京第出使日本借兵，最终失败。鲁王监国逃至台州，后至舟山，黄斌卿不愿意让监国鲁王在舟山建立朝廷，鲁王只得逃往福建长垣。顺治六年（1649年）九月，张名振、阮进等袭杀黄斌卿，抛尸入海。张煌言有诗《吊肃虏侯黄虎痴》：“百年心事总休论，堕泪凭看石上痕。竹帛早应传魏胜，河山终不负刘琨。当时杖履知何在，此日衣冠赖孰存？一自将台星殒后，胡尘天地尚黄昏！”着有《来威堂存稿》、《东南纪略》、《闽浙杂咏》数十卷。