后来持守克尔文主义的人士，往往也喜欢政教合作的关系，不愿政府与教会严格的分离，而希望能彼此合作，比如信奉克尔文宗的英国清教徒移居北美之后，曾在麻塞诸塞殖民地建立了政教合作的体制。
浸礼宗.从再洗礼派开始就非常执着地、坚定地支持政教分离的原则，反对像圣公会那样与英国政府维持特殊结合关系的教会（英国君主为英国圣公会的最高领袖），并因此深刻影响了美国建国后的美国宪法第一修正案。因着浸信会在美国的影响力极大，不少独立教会也支持政教分离。另就新教内部的信徒来说，由于政教合一曾在基督教史上