年赛季结束后，厦门蓝狮解散，杨晨处于无球可踢的状态。2009年初，他加盟刚刚冲入中超的江苏舜天，成为助理教练，也从此结束了自己的球员生涯。2010年杨晨远赴德国深造，并于年底重返江苏队担任2011年赛季新任主帅科西安的助手。科西安下课后，继续留队任德拉甘·奥库卡的助手。2013赛季结束后，杨晨向江苏舜天俱乐部提出辞职，随后来到贵州人和俱乐部，担任领队职务。2015年，杨晨出任北京控股足球俱乐部领队及助理教练。