中山，被任为都督兖豫荆徐雍五州诸军事，镇邺城。十月，翟辽派丁零人故堤诈降乐浪王冀州刺史慕容温，将慕容温和长史司马驱刺杀，率两百户守军奔西燕，慕容农在襄国予以截击，全部截获，故堤只身逃走。此后，慕容农多次参与其父的军事行动，在六年（391年）打败了翟魏天王翟钊对邺城的进攻。七年（392年）六月，慕容垂伐翟魏，隔河对峙，秘密遣中垒将军桂林王慕容镇在河南立了营，翟钊回军攻慕容镇等营，往返疲惫，又不能攻克，将离去，慕容镇等引兵出战，慕容农从西津渡河与慕容镇等夹击，大破之。翟钊逃回滑台率妻儿和余部北渡黄河登白鹿山凭险