00年因为后土御门天皇崩御而登基。当时因应仁之乱造成了许多后遗症，朝廷在经济上有困难就是其中之一，不但后柏原天皇的登基仪式无力举行，连后土御门天皇过世四十三天后都未举行葬礼。为了节约经费的关系，将一些朝廷仪式都停办，一直等到本愿寺实如与室町幕府两方捐出献金，后柏原天皇才在登基的第二十二年（1521年）举办了登基仪式。天皇皈依佛教，擅长书法，曾以卖字画为生。在流行疱疮时，曾经分赠般若心经于各个寺庙，也曾在伊势神宫祈福过。大永六年四月七日(1526年5月18日)后柏原天皇驾崩，享寿六十二岁。