离世后，决定迁回香港，并获新亚书院安置于其学生宿舍知行楼地下舍监室居住，直至终老（中大另一个获同等礼待的资深前教员只有胡秀英教授，亦已于2012年去世）。孙国栋以钱穆的弟子自居，以钱穆《国史大纲》为体编辑中华文化教科书，非常重视历史精神；孙国栋晚年与柏杨论战，反对柏杨的「丑陋的中国人」之说，也批评《柏杨版资治通鑑》的肤浅。2013年6月26日，孙国栋于香港逝世，享年九十一岁。同年8月3日于香港殡仪馆举殡。
着作.孙国栋笔下的着作数目多，例如《评柏杨》、《生命的足迹》、《我的