拱顶形成一四边内弯的正方形空间，其上以一罗马式穹窿封顶，穹窿直径为12.5米，顶部高度为19米，开有三环各16个窗户，其中最高一环为假窗，另外两环具透风及採光功能，穹顶内刻有耶稣会会徽。圣堂内现存放着耶稣会传教士、被誉为东方宗徒的圣方济各·沙勿略的手肱骨（圣髑），是天主教会的重要文物。2009年，一部管风琴被安装在唱经台上，并不定期举办音乐会。
中西交流.
培养入华传教士.圣若瑟修院在天主教入华传播史上佔有举足轻重的地位，昔日修院是一所为中国天主教教区