认为这是一场非正义的战争，它所造成的破坏将远远大于想要拯救的价值观念。他也称赞伊斯兰教的教义，并对穆斯林虔诚的信仰和高尚的道德表示赞扬。尽管他强调，伊斯兰教是多样化的宗教，但他同时认为，将穆斯林指责为恐怖分子是错误的。而且他也不同意9·11之后布什的“反恐战争是一场十字军东征”的说法。本笃十六世主张各方和平解决伊朗核危机。2005年讽刺穆斯林先知穆罕默德的漫画风波发生后，本笃十六世表示了谴责的立场。他要求本着相互尊重的原则在世界各地实现宗教自由。2006年黎以冲突发生后，本笃十六世通过梵蒂冈电台谴责