的肥后南半国发生天草一揆、经小西行长说服无效，于是出兵强行镇压。
入侵朝鲜.1592年，丰臣秀吉派遣大军入侵朝鲜（文禄之役），在文禄之役清正率领第二番队、带领部下相良赖房、锅岛直茂大名级将领，与小西行长共同担任先锋攻取庆尚道、忠清道、京畿道。攻克汉城后，与小西行长及黑田长政在临津江击退朝鲜军，然后加藤清正独自率领二番队在海汀仓打败韩克诚，俘虏了朝鲜王子临海君与顺和君，之后进攻江原道甚至越过朝鲜北部边境攻打兀良哈。1593年第二次晋州城之战中，指挥龟甲车部队，负责由北面攻城。不久朝鲜