之后，托尔克马达则被称为西班牙大检察官，直至1498年去世。在他领导下的这15年间，西班牙宗教裁判所从塞维利亚的一个小法庭变成了20多所圣职部。作为大检察官，托尔克马达重组了始于1478年的卡斯提裁判所。他的诉求是使西班牙摆脱所有的异端，因此在塞维利亚、哈恩、科尔多瓦、雷阿尔城和萨拉戈萨等地都建立了法庭并任宗教总法官，从此成为西班牙全境的宗教法庭总负责人。犹太教表面皈依者（）乃至犹太改宗者，都在他狂热的异端搜捕中受尽折磨。托尔克马达及追随者指责犹太表面皈依者在劝诱基督教社群改宗，并唿吁所有天主教徒监视他们。