长提出“争取健康地为祖国工作五十年”口号，使得清华学生在德智体全面发展，并激励清华人至今。在马约翰等优秀体育教师带领下，1954年成立体育代表队，在北京市高校运动会上连夺6次男子团体第一和5次女子团体第一。共和国初期，学校校园不断扩大，原贯穿校园的京张铁路东移800米至今五道口处。新建中央主楼、西主楼、东主楼、工程物理系馆、精密仪器系馆（9003大楼）、各类实验室和校办工厂。在昌平新建原子能研究基地（今清华大学核能与新能源技术研究院）。
文化大革命时期.清华附中是文革红卫兵激进