年5月13日，在南斯拉夫社会主义联邦解体之后，卡拉季奇在帕莱被选为塞族共和国总统。根据宪法规定，他有指挥塞族共和国军以及任免军官的权力。上任后，卡拉季奇曾三次赴联合国总部就波黑未来展开谈判。1995年8月4日，克罗地亚军队开始向克罗地亚中部的塞尔维亚克拉依那共和国大举进攻。同时，卡拉季奇宣布解除总指挥拉特科·姆拉迪奇将军的职位并由他本人接任。表面上，卡拉季奇是因为姆拉迪奇丢掉了波斯尼亚西部两个重要的城镇而惩罚姆拉迪奇的。实际上，卡拉季奇是想显示他对指挥体系的调整。不过，姆拉迪奇将军不愿乖乖离开，支持他的波