不满于当局延宕拖延，同年八月再度来台察看，但因为琅位在属于「生番」地界的土牛线外，清方官员不愿介入，李仙得与官方的交涉无任何成果，于是在同治八年（1869年10月10日）自行进入琅与十八社总头目卓杞笃谈判，协议原住民不再伤害漂流于此的西方船难人员，是为南岬之盟。也因为这番经历，并能说台湾话，李仙得遂被视为「台湾番界」通。1868年5月李仙得坐砲舰「阿鲁斯图号」到打狗，介入樟脑战争。
日本顾问与牡丹社事件.李仙得在同治十一年（1872年12月19日）辞去厦门领事之职，1872年1