守护大名也纷纷干预幕府政务，足利义政很难拥有政治的主导权。当时守护大名由于家督继承问题发生了许多冲突，义政介入了这些内乱中，其第一次介入的纠纷是加贺守护富樫氏的内乱（加贺两流文安骚动），遭到管领细川胜元的反对。宝德3年（1451年）又任命织田乡广重任尾张守护代，但遭到尾张、越前、远江守护斯波义健以及守护代甲斐常治的阻挠。享禄三年（1454年），畠山氏发生御家骚动，畠山持国的侄儿政久与持国的儿子义就争夺家督之位。8月21日，山名宗全与细川胜元庇护政久，义就逃出京都。足利义政支持畠山义就，29日责令藏匿