2006/07年球季饱受伤患。虽然为阿森纳在本土赛事上阵17场，并射入10球，但他在二月赛季便提早报销。季中他因脚筋、脚部和背部的伤患而缺阵多时，但仍赶及在2006/07赛季欧洲联赛冠军盃对PSV燕豪芬时上场但落场不久便拉伤。翌日的扫描结果证实他因鼠蹊和胃部新患而须再养伤三个月，意味着他将会缺席本季余下赛事。温格将亨利的伤患归咎于2005/06球季的延长赛期，又重申亨利仍渴望跟队友在来季再闯一番事业。
巴塞隆拿（2007年－2010年）.2007年6月25日，亨利突然转会，转会费为