中央常务委员（后兼任秘书长）。他在日本占领的北平（当时已经被傀儡政府改称北京），在燕京大学和中国大学任教。他主张国共合作，同时与中共地下党接触，并曾介绍燕京大学等校的学生到中共抗日根据地交流。日本对美国宣战后，燕京大学被强占。1941年12月，留在燕京大学的张东荪被日军逮捕收监。当时张东荪被要求参加日本傀儡政权，但这遭到了他的拒绝。此后他被判缓刑保释出狱，但日本方面不许他离开北京，所以他实际上处于被软禁的状态，他遂一心写作。1944年（民国33年），中国民主政团同盟改组为中国民主同盟（民盟），他继续当选