的珊瑚礁主要分布于垦丁、兰屿、绿岛及小琉球海域，此区珊瑚礁热带鱼类约有1,500种，北部的亚热带珊瑚礁鱼类也约有800种。
近海区.低潮线以下的水域，其底部为大陆棚，有充足的阳光透入，又较不受潮汐和海浪影响。主要生产者有昆布、马尾藻等大型藻类，另外还有珊瑚、螃蟹、龙虾、鱼类等动物，是人类获取食物和资源的主要场所。
远洋区.远洋区海水上层，有充足的阳光透入，称为透光区。平均深度约为100公尺，但在少数清澈的海水中，透光区可延伸到200公尺。此区生物种类较近海