爆发的第二次世界大战，学校受到了极大影响，规模急剧萎缩。1944年12月盟军对吉森的空袭又摧毁了大部分的建筑，即使连主楼都未能幸免于难，在大火中化为废墟。大学附属医院所在的区域更是遭到了灭顶之灾，有42栋建筑被炸弹命中并被夷为平地。与此同时，大约90%的文学系的建筑被彻底毁坏。尽管如此，学校仍旧坚持从1945年1月10日起继续运转。但3月14日开始的新一轮轰炸又将目标指向了兽医学系所在的区域，并且还伴随着美军的地面攻势，学校不得不于当日再一次地宣布闭校。6月26日，卡尔·贝歇特（"Karl Bechert"