平安时代以后信仰开始盛行。平安初期，以杂密为根本，鎌仓时代后期到南北朝时代确立独自的信仰。室町时代，正式与纯密结合，分为真言宗系之三宝院流（当山派）和天台宗系之圣护院流（本山派）。和密教的关系深远，所以也被视为佛教的一派。庆长18年（1613年），江户幕府制定「修验道法度」，规定修验者分属真言宗系的当山派或天台宗系的本山派；但在明治维新后，此教派被禁止。但在民间仍然流行，因为大部分修验道的修士都在山野之间居无定所，很难对其有效控制。
宗派.修验道之法流大致上分为真言宗系之当山派