员的排挤与诬陷，李奉三被打成了「腐败分子」。后来在时任安徽省省长黄岩、安徽省政府秘书长郑抱真的直接干预下，才为他平反，调至中共安徽省委统战部任工商处长。李奉三后来又调任安徽省蚌埠市中级人民法院院长。在文化大革命期间，李奉三被迫停止工作，遭到红卫兵与造反派的批斗、侮辱、殴打与关押，子女们也都受到牵连而被下放劳动。
晚年.改革开放之后，在时任中共安徽省委第一书记万里的直接过问之下，李奉三被平反昭雪，调任安徽省地方志办公室副主任（副厅级）。在安徽省地方志工作期间，李奉三支持凤阳县小岗