1998年7月6日，新香港国际机场开幕，屿巴开办来往梅窝和机场的A35路线，并于同年11月1日将N13路线延长至机场，更改编号为N35线。同年引入三辆丹尼士飞镖SLF型巴士行走机场路线，是该公司首批低地台巴士。1999年4月1日，配合油麻地小轮中环至梅窝渡轮新增通宵班次，来往梅窝和大澳的1号线提供通宵服务，路线名为N1。
21世纪至今的发展.2001年1月24日农历新年，屿巴开办由红磡码头往昂坪宝莲寺的1R假日特别路线，成为屿巴第一条在大屿山以外作为起讫点的巴士路线。200