帕辛于1938年被兼并至慕尼黑，而车站也于同年10月1日获得了新的官方名称“慕尼黑帕辛”。根据国家铁路建设管理局针对慕尼黑铁路设施改造的长远规划，慕尼黑火车总站应转变为一座搬迁至上，并为此建造一条连接斯塔修斯至帕辛的林荫大道。但由于战争的爆发，只有一座整备站和闭塞站在当时也被称为“西站”的帕辛车站西侧建立，以及其它一些小型的工程建筑得到执行。而在这一时期提出的慕尼黑城市快铁系统的设想直到战争结束近30年后才得以实施。在1951年至1958年间，作为容量进一步大幅扩张的一部分，轨道场整体向北移动了约60米