当时现有的史书记载这位"传奇军师"，当时普遍认为山本勘助为虚构人物，东京帝国大学教授认为甲阳军鑑作者应为山本勘助的儿子并将他的一生传奇化，推测山本勘助其实只是山县昌景手下的一名小兵。
近代的研究与山本菅助.1969年10月，于北海道钏路市居民公佈祖先遗留下来的武田信玄亲手写的中提到信玄确实有「山本菅助」这位家臣（勘助与菅助日文同音）。经由北海道大学、信浓史料编纂室鑑定确实为信玄亲笔迹，此文书的确为战国时代的遗物。当时山本菅助是否真为山本勘助本人引起史学家的争议。而根据近代的研究