科日，南区于青衣运动场出战晨曦，凭着西班牙前锋雅高于补时三分钟的入球，连续两届获得联赛殿军，亦是香港超级联赛成立前，甲组联赛最后一个入球。不过，南区在球季结束后，宣布不参加新成立的香港超级联赛，留在甲组联赛角逐。尽管如此，南区教练团不变，阵容仍拥有邹嘉华、李思豪、梁金辉、哈成智等多名前甲组球员，以及外援球员兰特、，成为争升班实力分子，一直位居联赛前列位置。香港足总盃初赛亦杀入四强，获得决赛週参赛资格，于第一圈越级挑战香港超级联赛球队黄大仙，结果以0比2落败出局。2014–15球季，虽然已转往甲组作赛