在15世纪，这座城又历经了文艺复兴。1524年，西班牙王国和葡萄牙王国的谈判代表齐聚巴达霍斯旧市政厅，重新讨论各自领土范围的界定问题。参与的代表包括航海家塞巴斯蒂安·卡伯特和胡安·塞巴斯蒂安·埃尔卡诺等。为了向葡萄牙王国展示对巴达霍斯的主权，西班牙国王腓力二世在1580年8月将精简的皇宫设施迁至巴达霍斯。然而短短的2个月后，安妮王后在这里离世，腓力二世也于12月痛苦地离开了巴达霍斯。之后的几百年，这里一直平安无事。直到1640年的葡萄牙王政复古战争，将战火蔓延至巴达霍斯。
1660-