参加刘縯率领的舂陵军，起兵反新。更始元年（23年）正月，李轶和刘秀一起在泚水撃破新朝前队大夫（新制南阳郡太守）甄阜、属正（新制都尉）梁丘赐。同年二月，刘玄即位为更始帝后，李轶被任命为五威将军（五威中郎将）。新朝大军来攻，他和王凤、王常、刘秀一起守卫颍川郡昆阳城。他和刘秀仅十三骑夜间突破包围，请来援军，撃破新军（昆阳之战）。李轶虽然作为刘秀的助手，另一面，接近更始帝的部将，以取得高位。刘秀对刘縯说李轶不可信任，刘縯笑而不纳。五月末，刘縯之名声高，更始帝君臣深有危机感，李轶、大司马朱鲔谋划，诛杀刘縯和他