清同治七年八月二十一日（1868年），杨寿枏生于一个书香世家。从6岁起，杨寿枏开始读四书五经及资治通鉴，12岁随父亲杨宗济在溧阳学署读书，14岁学习制义和试帖诗。17岁返回家乡应试，获头名入泮。光绪十七年（1891年）应顺天乡试，中举人。此后，他三次应会试，但未中，乃放弃参加科举，专治史学，特别偏重于财政史。他取《九通》所列钱币、赋税、盐法、漕运各方面分别纂录，积累了丰富的分类资料。光绪二十三年（1897年），伯父杨宗濂署山西按察使，杨寿枏在杨宗濂的幕府中任文案。不久，杨宗濂升任山西布政使，时逢山西巡