基在哈尔科夫大学（位于乌克兰哈尔科夫）学习医学，在那里他参加了民粹派组织人民意志。1886年，他被禁止参加学生游行运动。有人将毕苏斯基的政治背景告诉给多尔帕特大学（位于爱沙尼亚塔尔图）的权力机关，故该校拒绝将他录取。1887年3月22日，俄罗斯当局以与维尔纽斯社会主义者密谋暗杀沙皇亚历山大三世的罪行逮捕毕苏斯基。事实上，是他的哥哥布罗尼斯瓦夫参与暗杀沙皇的计划，而毕苏斯基与此事的关系也不过如此。布罗尼斯瓦夫被处以在东西伯利亚强迫劳役的处罚。约瑟夫的待遇稍好一点：在西伯利亚流放五年，先流放于勒拿河岸的基廉