行政院辖下之蒙藏委员会为对口部会，并在西藏首府拉萨设置驻藏办事处，以处长为驻藏最高长官；1949年7月底，在噶厦压力下被迫撤离藏区。外蒙古则受苏联扶植，于1924年自行宣布成立蒙古人民共和国（今蒙古国），事实上脱离中央政府统治；1945年10月，在中国与苏联签订之《中苏友好同盟条约》协定下，外蒙古举办独立公投并通过，中华民国亦一度正式承认其独立结果。然而中华民国政府迁台后，向联合国控告苏联违反《中苏友好同盟条约》，联合国大会在表决后以25票赞成、9票反对、24票弃权之结果通过《联合国大会505号决议》谴责苏