008年1月沪九直通车更换车体提升车厢等级，改用最高时速可达160公里的25T型客车（南京浦镇车辆厂2007年新造）。同时调整了机车交路，并在广深铁路使用韶山8型电力机车作为广九段使用电力机车，时速140km（第3-4线）。2008年1月31日，受中国雪灾影响，一班原定于1月28日抵沪的T100次列车，于当天凌晨2时06分抵达上海站。晚点63小时58分钟，为沪九直通车自1997年开通以来，时间最长的一次晚点。2009年7月1日，铁道部实行新运行图，沪九直通车在沪昆线上按直达特快级别（最高速度160k