系统.于骨学（osteology）和脱氧核糖核酸序列数据中显示，穴鸮为小鸮属中的陆生动物（Terrestrial animal）变体。在分类方面形成了为数不少的亚种，但是牠们在外观上相异不多，并且尚有几个需进一步研究，方能证实。多数亚种被发现于安地斯山脉附近与安的列斯群岛上，唯独北方穴鸮（或称西方穴鸮）与佛罗里达穴鸮（Florida Burrowing Owl）被发现于美国。以下为穴鸮下属的亚种列表：
生态.在欧洲殖民美洲之前，穴鸮广泛的分布于新大陆各个适于其生存之地。但是