大分三神的比赛中，久保裕也打入2粒进球，帮助京都不死鸟以2：0的比分战胜大分三神。9月18日，在日乙联赛第28轮京都不死鸟主场对阵群马草津温泉的比赛中，久保裕也再一次打入2粒进球，帮助京都不死鸟以3：1的比分战胜群马草津温泉。2012年1月1日，在天皇杯决赛京都不死鸟对阵FC东京的比赛中，久保裕也在比赛第54分钟替补登场并在比赛第71分钟打入一球，但最终京都不死鸟以2：4的比分不敌FC东京，无缘天皇杯冠军。在2011年赛季中，久保裕也在日乙联赛出场30次，打入10粒进球并贡献2次助攻；在天皇杯出场3次，