病毒分类委员会归为同种，合称乙型冠状病毒1型（"Betacoronavirus 1"）。乙型冠状病毒属1型的病毒皆以9-O-乙酰基唾液酸（9-O-acetylated sialic acids、9-O-Ac-Sias）为受体感染细胞。刺突蛋白序列的分子钟分析显示牛冠状病毒与人类冠状病毒OC43约于1890年左右从共同祖先分家，有学者提出假说指当时爆发的流感疫情可能即是OC43病毒引起，而非流感病毒所致。牛冠状病毒与OC43病毒虽序列相似度高达96.6%，但无证据显示OC43病毒可感染牛只，牛冠状病毒一般