N1流感爆发初期，常被称作猪流感（），另还有猪源流感、人类猪（型）流感、墨西哥流感、北美流感、H1N1新型流感、新流感、以及2009年H1N1流感等各种不一致的称唿。2009年4月30日，由于农业界及联合国粮农组织的关切，世界卫生组织为免对因猪流感一词造成流感能经由进食猪肉制品传播的误解，当日开始改用甲型H1N1流感称唿该病毒。美国疾控中心则称之为新型甲型H1N1流感（novel Influenza A(H1N1)）。