现于15亿年前的中元古代。新元古代时，疑源类快速分化。但在新元古代末期，疑源类可能经历了一次大灭绝。古生代早期疑源类的种类和数量不断增长，虽然在奥陶纪末期又经历了一次灭绝事件，但此后又快速增长。泥盆纪灭绝事件后，疑源类的种类和数量就一直处于很低的状态。第三纪时，疑源类也处于消退状态，唯中新世略有恢复。疑源类主要出现在海相沉积地层中，在湖相和河相地层中也有发现。
亲缘关系.疑源类可以确认为是浮游生物，但它们之间的亲缘关系无法确定。疑源类不是一个单系群，可能包括有藻类、植物的孢子、