，RNA剪接还分为分子内 (intramolecular) 剪接 ("cis" splicing) 以及分子间 (intermolecular) 剪接 ("trans" splicing)。
剪接体.内含子经常存在于真核生物的蛋白质编码基因(coding gene)中，也存在于rRNA、tRNA以及许多病毒的基因组内。在内含子里，需要有 5' 剪接位点(5' splice site)、3' 剪接位点(3' splice site)及剪接分枝位点(branch point)来进行剪接