于列车摇晃颠簸与出轨问题则是铁路完工后未能给予适当保养和台湾北部多雨的气候造成的损伤所致。
日治时期.1895年4月17日马关条约签订后台湾被大清帝国割让给大日本帝国，而台湾本岛上则是成立了台湾民主国来抵抗日方的接收，双方爆发乙未战争。在乙未战争初期，台湾铁路被用来运送兵员至基隆与日军交战，据礼密臣的报导6月初时基隆火车码头里挤满许多逃难的民众，士兵一下车民众便挤上车逃到台北去，而当时基隆内外约有一万两千人的士兵，而在狮球岭砲台于6月4日失守后，基隆的铁道设施也随之由日军接掌，然而