抚垦署是台湾日治时期短暂设置过的一个机构，其业务根据〈台湾总督府抚垦署官制〉的规定，主要是掌管原住民族行政和山林资源开发相关事务。该机构是参考清治时期设置的抚垦局，于明治廿九年（1896年）设立，后来在明治卅一年（1898年）裁废并将业务交由辨务署第三课接管。
沿革.日本中央于明治廿九年（1896年）3月31日公布勅令第九十三号〈台湾总督府抚垦署官制〉，并于4月1日施行此制，而抚垦署主要负责的业务是原住民族（勅令原文称「蕃民」）的抚育与辅导生产，以及蕃地开垦与山林、樟脑制造相关的事