一部分回到了维特尔斯巴赫家族手中，并入已于1806年被拿破仑升格为王国的巴伐利亚。1253年，路易一世的独子鄂图二世去世，他的儿子们将其领地一分为二：长子路德维希得到上巴伐利亚和莱茵-普法尔茨，史称路德维希二世；次子海因里希得到下巴伐利亚，史称海因里希十三世。由于这一分家安排不符合当时的律法，巴伐利亚的主教们与波西米亚国王奥托卡二世于1257年结盟反对。同年8月，奥托卡二世率军入侵巴伐利亚，但兄弟两人合作成功退敌。海因里希十三世的长子下巴伐利亚公爵奥托三世作为匈牙利国王贝拉四世的外孙曾于1305年10月