发表了新的真菌分类系统，将真菌细分至十八个门。下面的演化树是根据Silar等人（2016年）与Tedersoo等人（2018年）做出的新分类系统绘制，包含真菌的主要分类单元。注意演化支的长度与演化距离无关：
分类类群.随着分子系统发生学的问世，以DNA序列为基础的分类方式渐渐取代传统分类系统，微孢子虫等许多在五界说被归属于原生生物的微生物被发现与真菌的亲缘关系较近，而被归入真菌界中。隐真菌门的物种是土壤与水中的微生物，它们缺乏细胞壁，可以像动物般以吞噬作用取得养分，DNA序列分析显