自5月29日日军登陆澳底、6月14日转进台北、10月21日攻入台南到10月23日日军控制全台湾为止，战事持续总时间约5个月。许多台湾商人如台北城辜显荣，为保全自身财产，选择和日军合作，甚至帮日军开路做间谍清除台湾反抗力量。另一方面不少地方仕绅如苗栗烈士吴汤兴，却选择和日军作殊死战。吴与同袍虽身死，却留下风骨永为后世景仰。初期反抗势力扫荡底定后，日本设台湾总督为殖民台湾最高长官，并设置台湾总督府作为在台的最高统治机关。初期，总督职务均由军人担任，以敉平当时各地的动乱组织；由于台湾人民的激烈反抗，日本每年为