科等课纲内容也被做出修正，但是其幅度不大，引起的关注也相对较低。马英九执政之初，搁置了陈水扁政府时通过的课纲（98课纲），组成专案小组，重新修改了高中课纲，即为101课纲，历经四年，在2012年初公布施行。但因这个课纲被认为立场延续了陈水扁政府时期去中国化的意识型态，属于一边一国的台独史观，不符合中华民国宪法，为反对台独、去日本化，推动一个中国的宪法主张，在2012年中开始进行了这次偏向中国民族主义的课纲调整案。赖和文教基金会等反对者认为修订不符合民主程序、不具专业性，以政治力指导教学，企图去台湾化