任都督中外诸军事、中都坐大官，听理民众诉讼，当时甚有名誉。延兴年间，魏献文帝集合众同僚，意欲禅位于三叔京兆王拓跋子推。王公卿士等都不敢先进言。拓跋云进谏求魏献文帝不要有违祖宗传统及弃黎民不顾。跟着太尉源贺、东阳公元丕等又进谏。魏献文帝于是传位于长子魏孝文帝元宏。后柔然侵犯边陲，拓跋云为中军大都督，跟从魏献文帝征讨，与敌军相遇于大碛。后来仇池及氐族谋反，以拓跋云为征西大将军讨平。除都督徐兖二州缘淮诸军事、征东大将军、开府、徐州刺史。拓跋云以太妃盖氏薨，上表要求解任，魏献文帝不许，拓跋云悲号动疾，魏献文