毕业后出任拓务省属官，随后旋转任于台湾总督府。1941年，杨基铨出任宜兰郡守；在任期间，他曾与日本籍宜兰市长抗争，也曾撤换一位日本籍巡查部长。1942年8月起，杨基铨转任台湾总督府事务官，历任农务课系长。昭和十八年（1943年）12月奉命转任回台北州，出任台北州产业部商工课长、工矿课长。当时为高等官六等、正七位。在商工课长时期结婚。1944年3月，杨基铨与台南出生刘秀华结婚，刘秀华为刘瑞山五女。并由林茂生担任证婚人；刘秀华来自台南，为虔诚基督徒，毕业于台南州立第一高女及日本女子大学，并曾在东京参