其余所有部分。查理五世的弟弟斐迪南继承了神圣罗马帝国的皇帝称号和有名无实的在德意志的最高地位，而哈布斯堡王朝的军事与经济实力来源—西班牙和尼德兰—都归于腓力二世。腓力二世总共继承了下列领地：西班牙、尼德兰、西西里与那不勒斯、弗朗什孔泰、米兰及全部西属美洲和非洲殖民地。
在西班牙和尼德兰的统治.腓力二世继续执行其父在西班牙执行的一切强化中央集权的制度。在他统治时期，中央政府真正开始剥夺一些历史上的王国和民族地域（阿拉贡，卡斯蒂利亚，巴伦西亚）的独立性。腓力二世扑灭了1590年至1