魏兰根推辞：“这个县处在贼寇之间，故成背叛。今当恤其饥寒，奈何并充仆隶？于是使奴婢还家，尽以归其父兄。”孝昌三年（527年）莫折念生关陇起义时，岐州城里的人囚魏兰根降莫折念生。大将萧宝夤收揽散士，兵威复振，州民杀莫折念生任命的刺史，推魏兰根复任。之后都督泾州、岐州、东秦州、南岐州四州军事，再拜光禄大夫。后转兼尚书。出使齐州、济州、南兖州、北兖州四州安抚流民。孝昌末年，位至安东将军、中书令。魏孝庄帝时，魏兰根自托于尔朱荣。尔朱荣死，求外任，永安三年（530年）十月初六，魏孝庄帝任命中书令魏兰根兼任尚书左仆射，