马国」、「一支国」的地名，这也是最早的有关长崎县的文献记录。长崎县本土的主要弥生时代遗迹有平户市的里田原遗迹。壹岐岛的原之辻遗迹被考古学界认为就是魏志倭人传中的一支国。公元4世纪以后，九州岛北部开始进入大和王权的势力范围之内。今天的长崎县内最早的前方后圆坟遗迹出现在5世纪前期。壹岐岛是长崎县内古坟最多的地区，其中双六古坟是长崎县最大的前方后圆坟。
飞鸟时代与大化革新.进入飞鸟时代后，日本在白村江之战中不敌唐朝新罗联军，为防备来自朝鲜的进攻而在对马、壹岐修筑防御工事。大化改新之后