三个校区，总面积高达264公顷（不含海洋科学学院），除了海洋科学学院，全校学术与行政皆整合于寿丰校区。
寿丰校区.为国立东华大学主校区，座落于环境优美的花东纵谷国家风景区，面积广达251公顷，左右耸峙着中央山脉与海岸山脉，北有木瓜溪，南有花莲溪，校区邻近于志学车站，为学生对外交通中枢，车站与校门间之中正路，汇集各式餐厅、小吃、饮料店、卖场，东华学生称之为「志学街」。
美崙校区.位于花莲市北侧，比邻于七星潭风景区，现为国立东华大学创新研究园区