于嘉义竹崎遭到逮捕。余清芳于事洩后即潜入山中，和同谋者江定商讨对策。1915年7月6日，在遭公家通缉下，以「大明慈悲国奉旨平台征伐天下大元帅余」名义发表了《》（多处抄袭唐朝骆宾王的《》），发动起事，7月9日余清芳、江定突击甲仙埔支厅（位于今高雄市甲仙区），7月14日江定之子江怜阵亡，8月余清芳、江定焚烧南庄派出所，逼近大目降（今台南市新化区）。日军、宪兵倾巢而出，与其在噍吧哖（今台南市玉井区）交战。余清芳曾任台湾警察，深知警察作息，发动奇袭，攻击多处警察厅，袭杀众多日警甚至是其眷属，并在噍吧哖附