（1947年）由台南市政府市长卓高煊、延平郡王祠管理委员会诸委员及地方士绅发起重修，并于六年后由台湾省政府指定为台湾史蹟。另外，据黄串条回忆，其在约1947年的参与的台南神社鸟居搬迁工程中，将台南神社的其中一附鸟居搬至延平郡王祠的三川门前。1950年，蒋中正提有「振兴中华」之匾额。于1960年代，为庆祝郑成功来台三百週年，计画延平郡王祠大规模重修，重建工程系由成功大学建筑系教授贺陈词主持，因贺陈词认为简陋之样貌不足以彰显郑成功之伟大，故于在民国五十二年（1963年）将该庙从原本的福州建筑形式改建为钢筋水