伊试图把幕政由「与雄藩协调」的体制拉回「由幕府主导、阻止朝廷介入政治」的政治路线出现破绽，造成幕府权威丧失，幕末的尊王攘夷运动开始激化。最终拉开依靠恐怖暗杀来达到政治目的的序幕。1864年（元治1年）天狗党之乱中，彦根藩士口号是为井伊直弼报仇，封锁中山道迎击从筑波山向京都进发的水户藩士。天狗党人不得不走美浓经飞驒进入越前，最后在敦贺投降，武田耕云斋等水户浪人352人在此被处决。彦根藩士处决水户浪人的刑场是来迎寺。
其后的井伊家.据当时的官方记载：「井伊直弼急病发作，在与病魔斗争