过境旅客可以乘搭公共交通工具于落马洲站公共运输交汇处下车，然后直接进入落马洲站的出境大堂过境，相反亦然。但此安排曾引起车站保安的争议，因为车站最初设计没有预料到会有人流从其他途径进入车站。
历史.落马洲站本来是西铁线延伸出来的北环线的其中一个终点站，但最后改为东铁线延伸出来的落马洲支线的终点站。支线于2003年1月动工兴建，工程耗资100亿港元，并于2005年4月19日举行落马洲站平顶典礼，主礼嘉宾包括环境运输及工务局常任秘书长罗智光、九铁主席田北辰、九铁署理行政总裁黎文熹及九铁新