被迫迁都于熊津（今韩国忠清南道公州市）。文周王在位期间，百济王权不稳，发生内讧，文周王被兵官佐平解仇暗杀。文周王之子三斤王即位后，解仇掌控国家大权。直到东城王（479-500年）即位后，百济王权才开始得到恢复。东城王在位期间，百济开始与中国南齐建交，并与新罗联姻共同对抗高句丽。武宁王时期（501-522年），百济国力开始逐渐得到恢复。大多数朝鲜三国的地图都将百济的疆土画成包括今天的韩国忠清道和全罗道。这是百济熊津时期和泗沘时期的核心地域。在这一时期百济还宣称曾短暂在中国（南朝宋）的辽西地区有过疆土。百