（2胜2败、2.01防御率）使他赢得国联分区系列战首战先发投手的殊荣，但是赛前一天做短跑练习时扭伤了小腿肌肉而被迫退出季后赛。他在2006年11月14日与大都会队续约。2011年8月18日，赫南德兹宣布从大联盟退休。退休后曾经担任ESPN体育广播（西班牙语）的2017年世界大赛球评。
谎报年龄风波.1998年赫南德兹与洋基签约时宣布他生于1969年。1999年八卦杂志"The Smoking Gun"挖出他在古巴的离婚文件，证实他其实生于1965年，也牵扯出他与前妻之间的小孩抚