朝最后一任国王——大流士三世在高加米拉战役中被古马其顿希腊统治者亚历山大大帝击败。当年十月，巴比伦沦陷于年轻的征服者。这次侵略的当地记述指出亚历山大的统治不扰民。巴比伦在亚历山大的统治下恢复了作为学问与贸易中心的繁荣。但亚历山大在公元前323年死于尼布甲尼撒的宫殿，随后，他的将军们——继业者瓜分了他的帝国。然后战争持续了数十年，巴比伦又处在纷争的中心。不断的动荡几乎掏空了巴比伦城。一块公元前275年的泥板记载巴比伦的居民被运送到塞琉西亚。这里在建造一座宫殿和以古代名字埃萨吉拉（Esagila）命名的庙