南县改制为台南厅后，改作为台南地区最高行政长官台南厅厅长的宿舍，称为「台南厅长官舍」。明治三十四年（1901年）至大正十九年（1920年）间，曾有六任厅长居住于此。后因地方行政制度废除厅改为州制，此建筑又改为内务部长官舍。二次大战后，该建筑一度成为中华民国政府高官官邸，并派驻有便衣警卫人员。官邸建筑物后由国立台南第一高级中学接收管理使用，土地则编属于台南市政府所有。而在国立台南第一高级中学接收使用后，官邸西侧原有主入口之前庭土地遭分割并新增一栋二层楼的前台南一中校长之校长宿舍（现已拆至一层楼并美化）。东