别是陕西（治甘州卫，今张掖市）、四川（治建昌卫，今西昌市）、湖广（治郧阳卫，今郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。2个留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳县）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥市）的兴都留守司。此外，还有统辖黑龙江、松花江流域和库页岛等地的奴儿干都司，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都司（但国际上对明朝是否实际统治了西藏存在较大的争议，请参详明朝治藏历史），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，不过这些属于羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。