全国除了北直隶、南直隶之外，定为十三布政使，俗称为「两京十三省」。自宣德年间开始出现临时任制、军事性质的总督或巡抚，如无特别授权监理粮或监理刑名则不得干涉布政使、按察使的职权。自明初到正统年间，布政使司地位等同六部，常有布政使进入中央为尚书、侍郎或副都御史出任布政使；景泰后布政司地位下降，没有同六部授官的情形。明朝布政使司的主官为左右布政使，其下设有：
清朝布政使司官制.清朝建立后，沿袭明制。顺治三年（1646年），各省仍置左、右布政使，贵州省不设右布政使；废除南直隶部院侍