下了一道罪己诏，表示要痛加省醒，告诫大小臣工“务要竭虑洗心办事，痛加反省”，并下旨发府库万两黄金赈灾。1643年，北京内爆发明末大鼠疫重大疫情、造成20多万人死亡，被认为是明朝灭亡的重要因素之一。
清代.1644年4月25日，李自成攻陷北京，崇祯帝在煤山自缢，明朝灭亡。清朝顺治帝入关后即迁都北京，亦称为京师顺天府，属直隶省。清廷在北京实行旗民分居政策，即满汉蒙八旗居住内城，非旗籍汉人和回民居住外城。旗人事务由九门提督管理，而汉族、回族事务则交给顺天府衙门管理。1853年8月28