封他为丽江知府。云南的吴三桂计划叛清，于1667年遣人征调丽江兵一千人，遭到木懿拒绝。吴三桂便派兵查抄木府，没收丽江土司的金印。翌年，将丽江辖下的诏国、你那、香罗、鼠罗、中甸五县割让给吐蕃。吴三桂逮捕木懿并押往昆明囚禁，还责令丽江赔偿遗失的税收；但康熙帝听从了云南巡抚李天浴的意见，免除了这一税收。1669年，吴三桂将丽江辖下的其宗和剌普送给吐蕃，并责令木懿赔偿重大税收损失。木懿不从，被吴三桂罢免官职，以其子木靖为新任丽江知府。木懿在昆明的监狱里被关押了七年，直到三藩之乱平定后才被释放回丽江。后来到了16