并将"中国科学技术大学烟草与健康研究中心"纳入中国科学技术大学创办高水平大学的发展方向。教学设备和方法进行更新，利用多功能教室以及多媒体计算机展开教学，并在校园中普及计算机网络，使得科大校园网成为国内高校中普及面和使用率最高的网络之一。1998年，朱清时担任科大校长，开始推动学校改革；直到2008年离职，朱清时的任期长达10年，也是首任校长郭沫若之后，任期最长的校长。在担任校长期间，他提出了把学校建成“质量优异、特色鲜明、规模适度、结构合理的世界高水平研究型大学”的目标，并大力推动高层次人才的培养和引进