之后停止进攻信浓国上田城的真田昌幸，向着美浓前进时亦碰上坏天气，与秀忠一起赶不及参战（上田合战）。根据『藩翰谱』记载，家康因为秀忠的失态而被激怒，全靠康政的调解，在伏见城的会面后秀忠才得到原谅。而且康政曾对秀忠进言应停止对上田城攻撃。在关原合战后成为老中，所领没有増加，而且被家康疏远。被家康冷待的其中一个可能性是，作为武功派家臣失态的康政被远离。另有一说是因为康政讨厌本多正信的权势，考虑到老臣争权是亡国的先兆，所以自己离开。一説是家康想康政加增转封到水户，但是康政以在关原之战中没有获得战功及在馆林较容易