在野党，但立法院仍由国民党为首的泛蓝阵营为多数。陈水扁上任后曾发表四不一没有。2002年8月，陈水扁任内公开表示台湾与中国大陆的关系是一边一国，引发台湾各界、中国大陆及美国的不少争议。2003年底，订立公民投票法，2004年首次举行。2004年总统选举，陈水扁及吕秀莲在总统大选前一天遭到枪击受伤，陈吕二人仅以两万五千多票胜差当选连任。泛蓝阵营以三一九枪击案等事件，对其当选的合法性提出质疑，并发动激烈抗争。2005年，任务型国大通过宪法修正案，规定立法委员选举改採单一选区两票制，这有利于两党制