常见的是枣色、黑色和栗色。较不常见的颜色包括灰色、沙色、暗褐色、和乳白色，如金黄色、鹿皮棕色、cremello和perlino。此外，还可以识别三种白斑色图案：、有边和。没有发现摩根马有图案。摩根马品种中已经发现了一种遗传疾病，就是1型，一种常染色体显性肌肉疾病，主要存在于和品种中，它是由基因的错义突变引起的。有十几个品种被发现存在该病的等位基因，而摩根马就是其中之一。不过，与牧马和挽马品种相比，摩根马的发病率显得很低。在一项研究的随机测试中，只有不到百分之一的摩根马携带了该病的等位基因，这在该项研究中