但即获委任为港大终身校董。曹善允虽然晚年身体欠佳，但仍不忘香港之公益事务，获得港府敬重。在1952年2月6日，英女皇伊利沙伯二世登基，香港臣民上呈《效忠女皇诏告书》，曹善允即为署名人之一；此外，根德公爵太夫人于1952年10月28日访问香港期间，为赞育医院于医院道的新址主持奠基仪式，曹善允虽然行动不便，但作为创院人之一，仍坚持应邀出席。在1953年1月20日正午12时30分，曹善允病逝于养和医院，终年84岁。曹善允的遗体即日移送万国殡仪馆，并由家人以曹存善堂名义在各大报章发表讣闻，复于1月22日举殡