到石头城，刘超与侍中钟雅徒步跟随。当时因天雨而道路不平，但二人都拒绝苏峻军提供的马匹，反显得悲哀而气正。苏峻听闻后对二人十分不满，但却不敢加害，只得让党羽许方等任禁军官职以作防备刘超等人。刘超在期间坚守忠节，不受苏峻贿赂，而且更在这战乱时间教授成帝《孝经》和《论语》。咸和四年（329年），因上一年苏峻已战死，改由其弟苏逸统军；而讨伐义军气势正盛，继续进攻建康。刘超于是与钟雅和建康县令管旆等人密谋救出成帝，并护送成帝到讨伐义军军中。但事情败露，苏逸于是命令任让领兵收捕刘超和钟雅二人。当时成帝哭着抱紧二人，