坚赞之请，在扎西多喀地方向僧俗民众讲经说法，二十五岁的根敦朱巴跟着他师傅团柱凯珠一同前去听讲，才和宗喀巴认识。从此拜宗喀巴为师，成为重要弟子，与喜饶僧格到后藏等地讲经说法。1419年宗喀巴在甘丹寺赤巴任内圆寂，其第一大弟子贾曹杰·达玛仁钦继为第二任甘丹赤巴后，根敦朱巴从贾曹杰那里学习显密二宗。1432年贾曹杰圆寂，经噶丹寺僧共同商定，邀请克珠杰（一世班禅喇嘛）就任甘丹寺赤巴，根敦朱巴又向克珠杰学习佛法。此后根敦朱巴返回后藏，在绛勤、打纳、日库等处讲经，门徒渐众。1447年，根敦朱巴得到桑主则宗本乃穹