嗣德二十四年（1871年），再次奉命率越南留学生赴法，但因风湿加剧而最终无法参与，并于该年11月22日去世，享年四十三岁。启定十年（1925年），阮廷追赠阮长祚为翰林院直学士，谥温穆。
评价.阮长祚生活的时代，其祖国越南深受法国的军事压力，但他设方想法寻求国家强起来，对此，学者陈荆和亦加以肯定：「阮长祚于法领之印度支那，对如何拯救面临帝国主义侵略濒临灭亡边缘之祖国费尽苦心，为摸索有效之方策，将自己之热情与生命贡献出来。」