乏几近绝迹的珍贵品种，如云豹(非台湾原生种)、蓝腹鷴、台湾穿山甲等。曾展示于台湾乡土动物区的动物包括：狐蝠、草鸮、食蟹獴。现阶段展示于台湾乡土动物区的动物包括：山羌、梅花鹿、水鹿、台湾野猪、蓝腹鹇、白鼻心、竹鸡、八哥、云豹、石虎、黑熊、水獭、台湾长鬃山羊、台湾猕猴、鼬獾、穿山甲。
热带雨林区.该区由两个半区结合而成；亚洲热带雨林区于1998年落成，模拟东南亚热带雨林的生态景观，依展示动线规划成河口生态、密林生态及林缘生态三大展示区，是台湾首座兼具雨林景观与活体动物的生态展