25年5月30日发生五卅惨案，激起中国反帝运动高潮。教会和教会学校受到了很大冲击。1926年，北伐开始，国民革命军所到之处，发生多起反基督教的事件，教堂、教会学校、教会医院多被占用或毁坏。1927年3月24日，国民革命军攻克南京，部份军人袭击英、美领事馆，攻击、劫掠外国传教士，杀害六位传教士，其中包括基督教金陵大学副校长文怀恩，史称“南京事件”。1927年4月，国共分裂，国共内战代替反帝运动成为焦点。同年12月1日，国民党领袖蒋中正与基督教美南监理会牧师宋耀如的女儿宋美龄结婚，对国民党对基督教态度有