4年起，投身卫生行政管理工作，历任甘肃省卫生厅副处长、副厅长、厅长。1995年，调任中华人民共和国卫生部副部长。1998年至2007年，任中华人民共和国卫生部党组副书记、副部长。2009年，当选为中国工程院工程管理学部院士。他还担任中华预防医学会会长、北京大学公共卫生学院院长、浙江大学公共卫生学院院长。此外，他被协和医科大学、兰州大学公共卫生学院聘为兼职教授。王陇德提出并领导建立了医疗机构传染病和突发公共卫生事件网络直报系统。他研究并提出的以控制传染源为主要内容的血吸虫病控制新策略，其主要内容已经被写入