2014年由法务部矫正署台南监狱接管；2015年7月16日改为现制。
历史.前身为位于台东县的「国防部泰源感训监狱」，1962年成立。1973年改名为「国防部泰源监狱」。1970年2月8日，狱中爆发泰源事件，事后多人被判死刑及无期徒刑。1974年迁至台南市北区实践街，更名为「国防部台南监狱」 （简称"台南军监"，别名"日新山庄"），1980年再迁至台南县六甲乡曾文街（今址，故又称"六甲军监"）。2005年11月1日中华民国国军「精进案」，国防部新店监狱（今法务部矫正署新店戒