到不少质疑。随着国家发展委员会档案管理局的成立，有观点建议将国史馆併入档案管理局。2017年12月15日，民主进步党的立法委员段宜康表示，国史馆是中华民国最荒唐机关，「什么时代了，竟还有官方修史」，他将于立法院提案修法将国史馆併入档案管理局；国史馆馆长吴密察表示，自由民主时代的确不宜再官方修史，应该要有先进国家都有层级够高的档案馆，档案管理局与国史馆合一是可考虑方向。2018年3月14日，时代力量立法委员林昶佐于立法院提案修改《国家发展委员会档案管理局组织法》，将国史馆併入档案管理局。