平民死亡是因为日军对平民的报复，平民死亡人数估计为40,000-70,000人，为当时帝汶人口数13%左右。最终日军控制帝汶直到1945年9月2日日本投降。1945年9月5日，日军指挥官会见了葡萄牙总督，将帝汶统治权交还给他。9月11日，澳大利亚抵达古邦港接受所有在帝汶上的日军投降。9月27日，2000多名葡军抵达葡属帝汶，当地人民举行了欢迎仪式。这些部队包括三个工程公司以及大量的粮食和建筑材料，被用于重建帝汶。