世.但是，李庥牧师屡次感染疟疾，身体日渐虚弱。1879年9月20日，李庥牧师热病复发，虽经安彼得医师（英语 :Peter Anderson）全力救治，仍于9月30日下午3时病逝于新楼医院宿舍。伊莱莎依照他的心志将他安葬在打狗宣道区。当晚，精于教会建筑及木工的施大辟牧师（英语 :Rev. David Smith）亲手为李庥牧师制作棺木。翌日，二十四位大学学生与宣教师护送棺木，从安平搭小火船到打狗；当日下午7时左右，众人将他的遗体安葬于打狗山山脚砲台下的打狗洋人墓园。