至元十九年（1282年），担任参议枢密院事。至元二十三年（1286年），担任同知上都留守司事。桑哥掌管尚书省，敛财迎合元世祖，董士珍不依附桑哥。至元二十八年（1391年），担任山东东西道肃政廉访使。元成宗即位后，召为兵部尚书，转任吏部尚书，出为江浙行省参知政事。大德七年（1303年），入朝为中书省参知政事。元仁宗即位后，他和各位老臣同议朝政。出任河南江北行省左丞。皇庆二年（1313年），召拜为御史中丞。当时水旱多灾，奏请以选贤能担任地方官，减轻刑罚；轻徭薄赋。他曾对元仁宗说“臣等死生至微，若顾其微而使君有过