，或是环境变化使族群规模缩小，都会使它们形成化石的机率相对较小。此外，化石几乎无法用来研究生物内部器官构造和机制。
生物地理学与物种分佈.由于板块移动造成的大陆漂移（如南美洲与非洲），以及冰河时期前后造成的海平面高度的变化（如白令海崃陆桥），改变了陆地之间的相连性，使得一些相差遥远的地区，虽然能够在地底下挖出许多相似的生物化石，如今却因为海洋或山脉的隔离，而使现有的物种具有相当大的差异。例如在南美洲的新世界猴、美洲豹与骆马；以及非洲的旧世界猴、狮子与长颈鹿。此外，与世界上其他地