Thulborn所叙述、命名的。属名是由古希腊文的「"alox"」及「"odon"」组合而成，分别指「沟」及「牙」的意思，故中文译名为沟牙龙；种名是以德国古生物学家Kühne为名。沟牙龙有类似鸟臀目恐龙的牙齿，牙齿上有垂直的沟。沟牙龙最初被认为是法布尔龙科，之后被彼得·加尔东（Peter Galton）归类于稜齿龙科，保罗·赛里诺（Paul Sereno）认为牠们是鸟臀目中的分类未定属。有近年研究认为牠们有可能是属于装甲亚目。