密》获得了安妮奖动画片音乐奖，2013年，他再度与斯皮尔伯格合作的史诗巨片《林肯传》再次获得金球奖和学院奖的提名。2000年，威廉斯入主好莱坞露天剧场名人堂和美国古典音乐名人堂，2004年，他获颁专为肯定终身为美国文化作出贡献的杰出人士而设立的肯尼迪中心荣誉奖。2005年，他还因之前一年在原声带上的工作成绩而获得。2005年，国际奥林匹克委员会授予约翰·威廉斯个人最高荣誉：奥林匹克勋章。2009年，美国总统奥巴马在白宫授予威廉斯，表彰他“在长达数十年的时间里在电影配乐领域取得的成就”（"as a