lter P. Coombs将牠纳入结节龙科之前，牠都未曾被认为是属于甲龙亚目的。 由于只有牙齿，孔牙龙并不引起太大的注意。在1998年，肯尼思·卡彭特（Kenneth Carpenter）及詹姆士·柯克兰（James Kirkland）在重新评估北美洲的下白垩纪的甲龙亚目时，暂时认为孔牙龙是种异常大型的结节龙科，比所有已描述的还要大。卡彭特于2001年维持孔牙龙是结节龙科的有效属，但却不将牠纳入其亲缘分支分类法中。在2004年，Vickaryous等人在评估装甲恐龙时，则认为孔牙龙是可疑名称，但没有论