郑经攻打中国福建失利回台后，该总制并未取消。1680年5月，陈永华因病辞卸该官职，并于同年7月逝世。之后，即无人担任该官职。
清治时期.
台湾道.台湾道为清朝特殊行政区划及官职。就官职而言，其职掌介于巡抚与知府之间，同性质官职尚有上海道或金陵道道员。而台湾清治时期这段时间，台湾道正属福建省所管辖，地位位阶为略低于福建巡抚，但高于如：泉州知府或漳州知府的建制，不过因为台湾道初设于厦门办公，清康熙朝尔后管辖范围与性质又与掌管内政的台湾府知府相近，因此部分文献以不同