警察本署照会台中台南等厅长，展开拘捕行动。当日（6月1日）赖渊国、赖氷、赖阿川等人便被逮捕。有关当局也透过保甲会议，通令各地搜查相关人士，并订出奖惩规定。6月26日下午，苏东海之父苏登科于阿缑厅蕃薯藔支厅管辖的车辇山被捕。6月29日，罗俊走避不及，于嘉义竹崎遭到逮捕。余清芳于事洩后即潜入山中，和同谋者江定商讨对策。
起事.1915年7月6日，在遭公家通缉下，以「大明慈悲国奉旨平台征伐天下大元帅余」名义发表了《》，该文章基本上为抄袭唐朝骆宾王的《》，发动起事。7月9日余清