49年（庆安2年），禅师赴日，为福济寺正式地建立了寺院诸堂。建设中获得了唐人的大量布施。山号定为“分紫山”，由来是蕴谦戒琬禅师曾居住的泉州紫云山。次年建立了观音堂。1656年（明历2年），蕴谦禅师将住持之位让与来到日本的木庵性瑫禅师，但4年之后木庵前往摄津国的，蕴谦再任主持。1672年（宽文12年），蕴谦因高龄而让位于慈岳。1910年，本堂（大雄宝殿）、青莲堂和回廊被指定为当时的国宝（相当于现行法律下的重要文化财产），但在1945年的长崎市原子弹爆炸中全部被焚毁。1979年，于大雄宝殿原址建立了为原子弹