家藩及幕府旗本藤挂氏的上林领，另有小部分区域属于、园部藩、、、。1868年废藩置县后，旗本上林领被划入久美滨县，1871年废藩置县后，其他区域分别隶属绫部县、山家县、柏原县、园部县、汤长谷县、篠山县、半原县，但在同年内经过数次整併后，最终全数被併入京都府。1879年实施时，正式的设置了近代的行政区划「何鹿郡」，郡役所设于绫部（位于现在的绫部市）。