併发症，例如较少出现骨髓抑制、不育、恶性肿瘤的风险。在持续的治疗上，霉酚酸的表现在反应和副作用方面也较环磷酰胺为佳。沃尔什提出在病人的没有丧失肾功能的情况下，应该先使用霉酚酸作为狼疮性肾炎的第一线诱导治疗。
跟其他药物比较.与硫唑嘌呤相比，霉酚酸比较容易造成腹泻，而其他副作用的发生风险则没有差异。然而霉酚酸的价格是硫唑嘌呤的15倍；因此霉酚酸对比硫唑嘌呤的确切作用目前尚未有最终结论。
不良反应.霉酚酸酯治疗相关的常见药物不良反应（大概出现于≥1％的患者）包