得信众捐赠金银布帛，建成此庙，规模细小。到清雍正元年(1723年)进行扩建，更名慈护宫；干隆年间又重修，名为莲峰新庙；经过1876年重修后，始成今日模样。庙内供奉格局亦保持至今，成为有别于其他寺庙的一大特色。莲峰庙曾是当年官吏和华人商贾的议事厅，直至清朝嘉庆和道光年间仍为官吏临澳办案的驻节处。为纪念民族英雄林则徐曾到访此庙，莲峰庙慈善值理会于1989年在庙前空地竖立林则徐雕像，1997年兴建林则徐纪念馆。
历史价值.与此庙有关的着名历史事件是清朝钦差大臣林则徐与两广总督邓廷桢到