地产、宫殿、庄园纷纷被没收，连教宗的正式宫殿——奎里纳尔宫也被没收，成为意大利皇宫。庇护九世退缩至梵蒂冈城堡内，并宣布自己为“梵蒂冈之囚”，以示对意大利强行吞并教宗国的抗议。在“梵蒂冈之囚”这段时间里，教宗将自己禁锢在梵蒂冈城堡内，其活动范围最远只达圣伯多禄大殿广场入口，教宗也不再巡幸其主教教堂——位于罗马城另一端的拉特朗圣若望大殿，以及罗马郊外的行宫。由于教宗国在历史上是一个独立的主权国家，不过在与国际往来上是以圣座的身份和许多国家互派外交使节，并作为一个国家得到各国的承认。意大利的共和主义者如加里波