8月，受近卫前久说服，将石山本愿寺让渡信长。教如退出大坂后，流转纪伊、美浓、飞驒、越前、越中、安艺、播磨各地，继续反对信长。天正10年（1582年），本能寺之变，织田信长被害。后阳成天皇建议之下，显如赦免教如。
本愿寺继承.文禄元年（1592年），显如圆寂后，教如继承法主。教如重用石山合战的强硬派，引起和显如共同撤退到鹭森的稳健派的不满，教团内部对立。
本愿寺教团东西分裂.文禄2年（1593年），丰臣秀吉罢黜教如，立准如为法主。庆长3年（1598年），