2012年，李慧琼循区议会（第二）「超级区议会」功能组别第二高票当选。2013年，李慧琼在特权法促政府呈免费电视发牌文件（大会修订动议）和引用特权条例促政府提交免费电视发牌文件（内会）投反对票。2015年4月17日，民建联改选领导层，李慧琼当选党主席，接替谭耀宗，成为该党首位女主席。自2003年曾钰成辞任主席后，民建联再次由曾任九龙西地方选区的香港立法会议员担任主席。2015年香港区议会选举，李慧琼在土瓜湾北（G15）选区第五度当选。2016年3月17日，李辞任行政会议成员，获行政长官梁振英