随后就因厌恶殷氏和庾氏强盛，又忌惮时任太宰的武陵王司马晞的军事才干，于是先上奏弹劾司马晞「聚纳轻剽，苞藏亡命」，并诬司马晞将成叛乱祸根，成功将司马晞及其子司马综免官。及后又派弟弟桓祕逼迫新蔡王司马晃诬称自己与司马晞、司马综、着作郎殷涓、太宰长史庾倩、太宰掾曹秀、散骑常侍庾柔等人谋反。桓温下令将他们收付廷尉，晋简文帝只有哭泣。后在桓温意愿下，廷尉上奏要赐死司马晞，简文帝不愿，下诏要再作议论。桓温于是上书请诛司马晞，言辞十分严厉急切。简文帝见此，只得写书给桓温：「若果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事