政院文化建设委员会于此成立「国立文化资产保存研究中心筹备处」，同时负责「国家台湾文学馆」与「国立文化资产保存研究中心」的筹设工作。隔年5月22日，在时任台南市市长张灿鍙与文资中心主任林金悔代表双方签约后，台南市政府正式移交旧台南州厅给文建会，随即委託国立成功大学建筑系进行原台南州厅古蹟建筑修复及新增建工程。整修工程于民国91年（2002年）年底完工，而后「国家台湾文学馆」于民国92年（2003年）10月正式开馆营运，并在民国96年（2007年）3月正式定名为「国立台湾文学馆」，而同在州厅的文资中心改制为行政