举引起一些地方教会的反感，更造成不少地区教会分裂，其中以福州教会最为严重。无论如何，倪氏在抗战后的教会观确是走向中央集权制、权柄主义发展，这一点引起了不少的批评。
失去自由.1949年大陆政局变化之前，倪柝声打发同工李常受去台湾开展。他自己在1950年初在香港带进了当地教会复兴，信徒人数大大扩增（其结果是不久兴建了天文台道的聚会所），但是他本人则力排众议，在3月从香港返回上海，照顾大陆上的数百处地方教会。1950年6月28日，中国政府通过“中华人民共和国土地改革法”，7月，