岛式月台车站，总建筑面积为10400平方米。
楼层.东角头站的结构共分两层，其中一个岛式月台设于下层，而上层则为车站大堂。车站设有两条轨道。
未来规划.深圳地铁13号线经过本站，在厦湾路地下新增地下岛式月台，相关工程预计2025年完成，届时本站将成为换乘站。2号线建设时未有预留换乘结构，因此两者将以通道换乘形式换乘。