，直到之后直接参与到越南战争当中。1963年7月，肯尼迪在越南面临了一个「吴廷琰危机」。南越是个佛教徒为主的国家，但南越领导人吴廷琰笃信天主教，对佛教歧视且迫害，屠杀了信奉佛教的示威者，引爆了佛教徒危机，怨声载道。杨文明等将军们发动了1963年政变杀死了吴廷琰，由杨文明取而代之。而美国政府同意政变的行动。肯尼迪同意了对吴廷琰政权的推翻，其中一个原因就是他担心吴廷琰可能会和中立政府（包括共产主义者在内）谈判，类似的事曾经在1962年在老挝发生过。国务卿迪安·腊斯克曾经说过，“对中立的妥协……就等于投降。”