京九铁路开通运营，阜阳站由区段站改建为客运站。阜阳客站改造后站房面积增加至10270平方米，其中候车室扩大到5662平方米，售票厅开设14个售票窗口。同时新建服务楼一座；站场规模3台9线，并设4条存车线。由于阜阳火车站的客流自20世纪90年代以来即以民工为主，尤以春运期间为甚，上海铁路局一度有“节前保沪杭，节后战阜阳”的说法。2007年7月31日，阜阳站开始大规模改造，次年1月29日完工，站台加高，并改用无站台柱风雨棚，运能扩大80%。目前京九本线车的机车乘务员多数在阜阳站更替，以北京局司机与南昌局司机