历29年后总站重回到尖沙咀，亦令尖东站成为其首个及当时唯一一个地底车站，该站设有连接尖沙咀站的行人隧道以便转乘。同年12月，马鞍山铁路（后称马鞍山线，现在的屯马线部分）通车，大围站大规模扩建成为转乘站。2007年落马洲支线通车，连接到落马洲管制站及深圳福田口岸。同时，支线亦预留位置，以便日后兴建古洞站。 2007年12月2日，九广东铁及其他九铁路线正式与地铁合併为港铁，并于当日起改称东铁线。2009年九龙南线通车后，总站在5年后重回红磡站并成为与西铁线的转乘站，尖东站成为西铁线的中途站，现时前往尖东站乘