"></ref><ref name="press/20200911genbirinji"></ref>。
1000番台.E3系1000番台列车是1999年山形新干线自山形站延伸至新庄站的部分开业时的增购车辆。列车编组跟400系一样，为7辆编组（5M2T）。其中L53编组是在2005年才投入服务。1000番台列车的车身被涂上400系的车身颜色，同时被标上「翼」号（）的标志，以统一山形新干线的形象。现时JR东日本拥有3列E3系1000番台列车（L51-53编组，共21辆