南而略偏西，由三川殿、拜亭、主殿所组成，而为了避免海边风沙，所以三处屋顶是完全相连的。其中三川殿与主殿为硬山顶，拜亭则为卷棚顶。该庙庙埕有一对小石狮子，据说是位久试不中的穷举人在考上进士后所捐。庙宇三川门前的两根道光十六年（1836年）蝙蝠石柱原为海山馆所有，为澎湖水师协副将王得禄所赠（上有其署名），是因日治时期海山馆变成民宅才移至该庙。石柱而该庙三川殿侧门门神所绘为三十六官将，拜亭、正殿间的侧门则绘有二十四节气。
祀神.妙寿宫除主祀保生大帝外，另有供奉朱府千岁、苏府千岁、朱府