代农作物中其含量有所下降，很可能是因为这些农作物被驯化了。现在，我们有可能利用基因工程技术来完全清除反营养物质；但是因为这些化合物可能对机体也有益处，所以这种基因修饰手段虽然可以使食物更有营养，却不能提高人们的健康水平。许多传统的食物烹饪方式如发酵、烹饪以及麦粒发芽通过减少像植酸，多酚，草酸这样一些反营养物质来增加植物食品的营养。在以谷物和豆类为主食的社会，这些食物加工方法为人们广泛使用。 一个重要例子就是通过发酵木薯来制备木薯粉：发酵使木薯中的毒素和反营养物质都减少了。