《惩治叛乱条例》实施的结果，造成从1950年代开始台湾警备总司令部便以戒严时期为理由，以该法与《戡乱时期检肃匪谍条例》等法律为法源，在扩充解释犯罪构成要件后纵容情治单位机关网罗所有人民的政治活动并加以限制。其中包括支持言论自由、支持组织反对党、支持台湾独立运动等政治异议人士，只要被政府认定有嫌疑都会被冠上反政府的罪名，也因此造成许多冤狱事件。在国家公权力长期滥用的情况下，人民基本言论或隐私权完全失去保障。动员戡乱时期在民国80年（1991年）5月1日结束后，该法并未随着废除。同月9日爆发的独立台湾会案