亚统治的Rakoczis之邀前往沙罗什帕塔克（Sarospatak，今属匈牙利）。在沙罗什帕塔克，夸美纽斯被授命改革诸侯拉丁学校。在诸侯Sigismund Rakoczi于1652年去世后，夸美纽斯必须再度离开特兰西瓦尼亚，并于1654年经过斯洛伐克和西里西亚回到莱什诺，在那里直到波兰士兵对这城市的破坏之前他一直留到1656年。之后夸美纽斯直到去世都住在阿姆斯特丹。夸美纽斯在1670年11月15日去世。七天后夸美纽斯于11月22日葬在纳尔登（Naarden）。2005年6月捷克票选「最伟大的捷克人」（"