车耀先在简阳美以美福音堂受洗，成为基督教徒。1924年，收容兵工厂旧部编为二十二师，开回成都驻防。1925年，参加四川内战，随军从温江、新津、邛州、峨眉直打到宜宾，任宜宾县城防司令。部队改由刘湘节制，改编为二十二师警卫二旅一团，车耀先任团长。1926年北伐战争爆发，同年12月川军刘湘部改编为国民革命军第二十一军，车耀先任四师十团团长兼国民党党代表，同时一批中共地下党员到其中做兵运工作，车耀先深受影响，开始接触中国共产党。1927年2月，刘湘与蒋介石合作，制造三·三一惨案，杀害了中共重庆地委书记杨闇公等，车耀