毛的真核细胞）是后鞭毛生物（动物、真菌和其他相关类型）和变形虫的祖先，而双鞭毛生物则为泛植物（植物和其近亲）、古虫界、有孔虫界和囊泡藻界等生物的祖先。汤玛斯·卡弗利尔-史密斯亦猜测无根虫(Apusozoa)实际上也属于双鞭毛生物，但此类生物一般被认为是地位未定。双鞭毛生物之间的关系并不很清楚。汤玛斯·卡弗利尔-史密斯把古虫界和有孔虫界分进 Cabozoa 且将泛植物和囊泡藻界分进 Corticata 中，但至少有一个其他的研究猜测有孔虫界和囊泡藻界会形成一个分支。