驾临御前讲席，杨廷和负责经筵事务。之后修撰《武宗实录》，杨廷和亦充任总裁官。他在此前已加特进，一品官已满九年，兼领大学士俸禄，赐予敕书旌谕，并加封左柱国。世宗多次召见对答，慰劳备至。杨廷和更欲有所作为，引荐任用正直之人，并安置合适职位。当时，给事中、御史等纷纷弹劾兵部尚书王琼贪污罪状，后者被逮入诏狱。王琼于是上疏告发杨廷和以自解，法司按奸党判王琼死刑。王琼极力自辩，得以减刑戍边，时人怀疑法司秉承杨廷和之意排除异己。又恰逢石珤自礼部尚书掌管詹事府后，改任吏部尚书，杨廷和又上奏改任他掌管詹事府时。时人称杨廷