任获得512票的签署支持，仅次于孙科。在4月20日下午的首轮投票中，于右任只获得了493票，却在同时竞选的六人中排名第四，而无法进入第二轮投票。1948年6月，于右任当选为监察院院长，刘哲当选为副院长。1949年，随中华民国政府迁居台湾台北市青田街官邸。于右任寓居台湾十五年，台湾书法风气首次出现碑学压倒馆阁帖的趋势。
逝世.1962年1月12日，于右任日记写道：「我百年后，愿葬于玉山或阿里山树木多的高处，可以时时望大陆（旁边自注：山要高者，树要大者）