城际间的运输由新竹客运、中坜客运和苗栗客运营运，由新竹市区通往新竹县、桃园市与苗栗县。与城区的客运相比，行经国道的长途客运则相当发达，班次频繁，中山高新竹交流道附近平均三分钟就有一班。大多来往于新竹至台北，目前于新竹提供服务的客运公司有：新竹客运、苗栗客运、中坜客运、台中客运、三重客运、统联客运、豪泰客运、和欣客运、国光客运、阿罗哈客运、首都客运、亚联客运、日豪客运，到其他县市相当的方便。目前国道客运皆已全数移至2016年启用的新竹转运站内营运，改善以往火车站前的交通混乱。新竹科学工业园区有免费专车