有人称肯尼迪本不应该支持这场倒琰政变，且由于政变不可控制，暗杀的可能性总会存在。肯尼迪怀疑吴氏兄弟的自杀论，认为两人实际上双双被暗杀。肯尼迪推论称吴氏兄弟为虔诚的天主教徒，不可能违反天主教戒律而自杀，但罗杰·希尔斯曼辩称吴廷琰和吴廷瑈可能将这次政变视为末日战场，从而为自杀论辩解。美国官员随即开始怀疑吴氏兄弟的真实死因。在政变军官准备将吴氏兄弟的尸体带到新闻发布会上以宣布政权更替时，中情局特工卢西恩·科奈恩暂时离开叛军总部，在回到住所时接到了中情局驻西贡情报站要求向美国驻南越使馆报告的电话。使馆将肯尼迪的命令