（1892年）停工。光绪二十年二月三十日（1894年4月5日），巡抚邵友濂会同闽浙总督谭钟麟奏准，将省会正式移到台北。而邵友濂任内，以节省经费、与民休息等理由，将刘铭传任内推动的新政废止，像是撤废西学堂、番学堂等等。
废除.1895年因大清帝国和日本帝国签订《马关条约》，将台湾及澎湖割让给日本，福建台湾省自然消灭。前后存在10年。
官制.福建台湾省设巡抚一人，正二品。其下设有布政使（从二品）、台湾道（加按察使衔，正三品）。