。同年返国后，先后任教于国立成都大学、成都师范大学、国立四川大学，曾任国立四川大学理学院院长、生物系主任。1934年前往国立北平研究院，出任特约研究员。1940年任西康经济研究所所长。1943年回到川大，并当选教授会主席。1946年起，先后受聘为上海《大公报》与香港《大公报》顾问，并曾任香港《大公报》编辑主任。中华人民共和国成立后，周太玄出任西南军政委员会与文教委员会委员。1951年任四川大学校务委员会主任委员（校长）。1952年任重庆大学校长。1953年调往中国科学院，历任编译局副局长、局长。同年加入