兵工厂西迁重庆簸箕石和南岸铜元局（今长江电工集团有限公司），并在1938年3月1日恢复生产，在抗日战争中提供了弹药3000余吨，手榴弹三十万余发和各类枪械约五十万支，是整个抗战期间最大的兵工企业，在军统授意下于1942年在九龙坡区的杨家坪绿瓦楼中（原国民革命军第8战区司令部所在地，现为重庆理工大学行政楼，重庆市文物保护单位）秘密开办了最早的"士继公学"，名义上为工厂的私立技工学校，实际是暗中培养抗战武器装备设计人才，为抗战做出了巨大贡献。抗战结束后1946年改名为21厂技校，后来成为重庆理工大学的前身。