教练挑选入伍，首次成为大港脚。2005年东亚足球锦标赛预赛，香港对关岛一役中，新扎港脚陈肇麒个人攻入了7球，最终助香港以15–0大胜关岛，不但创出开埠以来国际赛赢波最大比数，同时亦刷新了东亚足球锦标赛新纪录，此后陈肇麒声名大噪。2007年1月7日，在香港大球场举行的第29届省港盃次回合赛事，28分钟，陈肇麒把握广东队守门员一次失误门前剷射入网，为香港队反超前2–1，机警的陈肇麒成为一时佳话。结果香港队以4–2力挫广东队，以总比数4–3夺得第第29届省港盃。2009年8月25日，在高雄举行的东亚足球锦标赛