留镇有实力抗拒朝廷的命令。明命帝改镇为省之后，设置巡抚、布政使、按察使、领兵等职，由朝廷派遣上任。巡抚负责管理省内政治、教育，布政使负责管理赋税、丁田、丁壮并传达朝廷命令，按察使负责管理刑律、驿站，领兵负责管理军队。此外，又派遣朝廷大员前往重要的省份担任总督之职，其地位居于巡抚之上，负责考察官吏、维护疆界。对于少数民族聚居地，明命帝施行改土归流的政策，任命当地酋长为知州，并派遣流官监督内政。1834年，明命帝参照宋朝的枢密院和清朝的军机处，设置机密院。机密院之职由四名四品以上的大臣担任，奉特旨佩戴金牌。