，领导组建苏俄红军工作。苏俄国内战争时期，伏龙芝于1918年12月任东方面军第4集团军司令，次年3月起任东方面军南军队集群司令，下辖第4集团军、突厥斯坦集团军，4月10日起又编入第1集团军与第5集团军），指挥了击破高尔察克白军的布古鲁斯兰、别列别伊、乌法战役。7月任东方面军司令，指挥了解放乌拉尔。8月任突厥斯坦方面军司令，歼灭了高尔察克军队南集群，打通了与中亚革命者的联系。1920年当选为全俄苏维埃中央执委与俄共突厥斯坦委员会委员。1920年9月，伏龙芝被任命为南方面军司令员，击破了弗兰格尔白军对顿巴斯