到湓口时，亦为讨伐对象的江州刺史王愉逃奔临川，但被桓玄派兵追获。及后虽然庾楷大败给司马尚之，前来投奔桓玄，但桓玄也于白石大败朝廷军队。及后虽然王恭败死，但桓玄和杨佺期进至石头，令司马元显回防京师，并命丹杨尹王恺守石头城。不过，因为刚刚背叛王恭的刘牢之率北府军入援京师，桓玄和杨佺期因畏惧而撤回蔡州，与朝廷军对峙。当时司马道子打算利诱桓玄和杨佺期，令二人倒伐攻击殷仲堪，于是以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而殷仲堪就被贬广州刺史。此举却令殷仲堪大怒，并命桓玄和杨佺期率兵进攻建康。不过桓玄却对任命十分高兴，