5年）关原之战后，青山忠元支持西军被移封，由结城秀康管辖，并由家臣今村盛次为2万6千石城主。1612年盛次因越前騒动失势，由本多成重成为新的城主。1624年本多成重被流放至丰后国，松平忠直成为了城主，成立丸冈藩。1695年（元禄8年）第四代益重出现御家骚动而被改易。取而代之是纟鱼川藩主有马清纯，有马氏八代管治丸冈大带至废藩置县为止。丸冈城由明治政府接替后，剩下天守，其余建造物则被拆除。1901年丸冈城成为了城公园，而围着城堡四周的堀则在大正末年至昭和初期被拆除。1934年根据国宝保存法成为了日本国宝