纲的关系不明而弃用了头甲鱼纲的名字，而七鳃鳗的亲缘关系也受到质疑。其他学者将头甲鱼纲只限于包括与骨甲鱼目有明确关系的类群，如盔甲鱼亚纲及Pituriaspida。一些学者认为头甲鱼纲是林奈纲之一，其主要存活的代表是七鳃鳗和盲鳗。现时证据显示七鳃鳗从趋同演化中继承了头甲鱼纲的特征。故此，很多现今的研究都将七鳃鳗分类在七鳃鳗纲中。