义勇军被分发到日惹南部的，进行海防的工作。1944年4月至8月，他在茂物接受连长训练。担任连长后，他开始在雅加达、梭罗市和茉莉芬训练新兵。1945年8月，日本投降，。当时苏哈托正在遥远的贝雷贝格地区（维利斯火山半山腰）训练新兵，以填补1945年2月由在勿里达所领导的防卫义勇军反抗事件中，被日军处决的军人。
印尼独立运动.日本投降两日后，独立领袖苏卡诺和穆罕默德·哈达，并担任共和国的首任总统和副总统。苏哈托按日本的命令解散他的军团，并回到日惹。在印尼的独立几乎成为事实的时候，苏哈托与