斯图亚特一起在她的家庭教师夏洛特·德·维也纳以及巴隆妮·德·科峒的照顾下于圣日耳曼昂莱的皇家城堡度过了她的幼年时光。巴隆妮在玛格丽特结婚后更成为她的第一贴身女官。 在伊丽莎白和玛丽分别因为结婚而离开圣日耳曼昂莱后，玛格丽特也于1559年离开出生地移居到卢浮宫，在那儿她进入了她的两位兄弟亨利和法兰索瓦的社交圈，由此建立了她自己的广泛的，充满经典人性化的社交圈，这也是为什么她精通拉丁语，希腊语，意大利语以及西班牙语的原因。作为欧洲重要掌权皇室的女儿，玛格丽特公主从童年时期开始就被作为各大皇室联姻的候补者。