于1930年在文澜书院挂牌，1947年进驻越秀山，被认为继承了前述三家书院的办学传统。目前，该校区是二中的主校区，2007年开始成为纯初中部校区。
科学城校区.为建设示范性高中，在“初、高中分离”的政策下，广州二中在萝岗区（现黄埔区）广州科学城开办新校区。新的科学城校区于2004年动工、2005年落成，并于同年9月作为高中部正式启用。2014年，萝岗区政府将校区周围13.9万平方米的山林地无偿提供给二中使用，该地作为学生综合实践基地，已于2017年8月基本建成并投入使用。科学城