卫队的维他命补充品。1940年，恩斯特被指派为党卫军的营养总监。1943年，恩斯特开发了一种富含蛋白质的香肠，原本是要给党卫军的前线战士使用。在正式採用前，先在毛特豪森－古森集中营的370位收容人身上使用，而有些收容人死后，呈现极度营养不良和饥饿所导致的水肿。在他自己的回忆录中，恩斯特强调他唯一在乎的就是强化营养和对抗饥饿。然而1963年的一份报告，则谴责恩斯特草菅人命，对待人类如同对待实验用的天竺鼠一般。战后的西德政府禁止恩斯特继续从事任何医疗行为。恩斯特也曾与合作以透过发展替代医学的方式来避免癌症。