校党务指导员，并参加纂修《新纂云南通志》及《云南省志》，担任分纂员。民国28年（1939年），任中国国民党云南省执行委员、监察委员。1939年5月，入中国国民党中央第二期党政训练班学习。结业后，出任河口对汛督办兼河口警备司令部副司令。1940年，日军占领越南，云南省政府为防止日军侵犯云南，指令陈玉科拆毁滇越铁路碧色寨至河口段的铁路，并炸毁沿线多处桥梁。民国33年（1944年）11月，陈玉科任云南省第五区行政督察专员。民国35年（1946年）后，任昆明市市长，云南大学政法系教授、《云南日报》社社长。 19