月二日，吏部议覆都察院左都御史马齐疏言：「学士凯音布、侍卫马武等前阅中河回京时，奉旨召集九卿面问河工事宜，有大理寺卿边声廷不能奏对，託词耳蔽，应照才力不及例，降二级调用」。从之。康熙二十九年（1690年），任左都御史的马齐与理藩院尚书阿喇尼一起列位议政大臣。十月，署理兵部尚书。十一月，兼任署理理藩院尚书事务。康熙三十年（1691年）正月，授兵部尚书。三月，下诏安抚喀尔喀于沿边内外，避噶尔丹劫掠。马齐同侍郎布彦图等先往调集左右翼部长至上都河、额尔屯河两界中，候上亲行抚绥。四月，驾临阅视，命详定喀尔喀次