三年，三藩之乱爆发，吴三桂攻陷湖南。莽依图跟随镇南将军尼雅翰进攻岳州，在七里桥获胜。康熙十四年，吴三桂联合广西总兵马雄叛变，广东十座州府就失去四个。尚可喜请求朝廷出兵，康熙帝命尼雅翰率师赴广东，莽依图署江宁副都统，在肇庆驻兵。部队刚抵达广东，尚可喜之子尚之信已经叛节联合吴三桂。康熙十五年，吴三桂命范齐韩等人率兵围困肇庆，莽依图率兵突围，且战且退，随后在江西驻兵。莽依图听闻吴三桂派兵黄士标进攻信丰，于是率援兵出动，偷袭吴三桂军后部，与信丰城中合击，吴三桂军撤退，随后莽依图与会镇南将军觉罗舒恕，解围南康。康