质消毒。用二氧化氯处理过的水中不会产生有毒的三卤甲烷。此外，亚氯酸钠可用于对纤维、纸张、织物等的漂白。有机合成中，亚氯酸钠可将醛氧化为羧酸。类似的氧化剂还有氧化银、重铬酸吡啶盐（PDC）和高锰酸钾。
毒性.亚氯酸钠是一种强氧化剂，因此，可以引起正铁血红蛋白血症、溶血、肾衰竭。