珪曾任正员外郎。裴松之从小喜爱读书，8岁时已熟知《论语》、《诗经》诸书。后博览典籍，学识日进。晋孝武帝太元十六年（391年），裴松之任殿中将军，时年20岁。晋安帝隆安二年（398年），其舅父豫州刺史庾楷联合兖青二州刺史王恭等攻打建康。兵败，庾楷投奔夏口的桓玄。庾楷推荐裴松之担任新野太守。裴松之考虑风险过大，迟迟不肯动身。不久，军阀火并，庾楷死于桓玄之手。裴松之免去了一场杀身之祸。义熙初，裴松之先后担任员外散骑侍郎，吴兴故鄣县县令等职，后升调回朝廷，改任尚书祠部郎。义熙十二年（416年），太尉刘裕（即