文禄之役侵略朝鲜时立功，于是统算他自小田原征伐以来的功绩，加封加贺小松八万石，加上松任的旧领，封地共达十二万五千石，官拜从三位参议兼加贺守，随后丹羽长重移居小松城，被世人称为小松宰相或小松参议。 同年8月，丰臣秀吉病逝。丹羽长重亲近德川家康，监视与石田三成亲近的金泽城主前田利长。庆长4年9月，增田长盛与长束正家向德川家康告密表示以前田利长为首，结合了浅野长政、大野治长及土方雄久等人意图暗杀家康，德川家康迅速于10月进行反制让浅野长政被逼在甲斐隐居，大野治长及土方雄久则分别被结城秀康及佐竹义宣拘禁。而对坐