人在今塔威塔威省建立了菲律宾第一座清真寺。约十六世纪，穆斯林曾于棉兰老岛及邻近岛屿建立苏禄苏丹国、拉瑙苏丹国和马京达瑙苏丹国。1543年2月2日，西班牙人抵达棉兰老岛。至18世纪末，西班牙人已全面统治棉兰老岛，并在岛上广设堡垒和定居点，包括三宝颜、达沃市、伊利甘等。直至19世纪末，西班牙人一直与岛上的穆斯林苏丹国作战。1898年，西班牙与美国签订和约（巴黎条约）。西班牙以2000万美金把菲律宾卖给美国，自此棉兰老岛改由美国管治。二战后，菲律宾成为独立国家。1960年代，棉兰老岛西南部开始爆发暴力