尔德·冯·克莱斯特大将的和威廉·利斯特元帅指挥的，空军部队则由亚历山大·勒尔航空兵上将指挥。3月28日，德军开始佈署入侵部队，共分作东南方与北方两大入侵路线，前者由原预定用来进攻希腊而驻扎于保加利亚的第12军团下属部份单位担当，后者则由驻扎于奥地利格拉茨的第2军团进行。第12军团因为保加利亚当地交通设施不佳、天气恶劣，故依作战需求进行了重组。第2军团则是因为当时没有闲置单位，不得不动用到原配置于对苏战争的部队，而当时德军领导层也认为现阶段尚不致影响对苏作战的日程，南斯拉夫战役结束后也会立即将其调回东线。