策略与选战议题产生许多争议。新党放弃本党参选人王建煊，转向支持马英九，另有部分党员脱党参选议员。不断内闹的新闻重伤新党形象。1999年，新党提名李敖参选2000年中华民国总统选举，但许多新党公职人员却退党支持脱离国民党参选的宋楚瑜，李敖更不断抛出「许信良、李敖」配、「李庆华、陈文茜」配等组合议题，引发新一波的内闹。最终连全委会召集人李庆华都宣布辞去召集人、退党支持宋楚瑜。2000年3月宋楚瑜成立了亲民党，许多新党、国民党籍立委转为亲民党，新党在2000年4月以后正式退居国会第四大党，在大部分县市逐渐失去