曾祖孙继芳，祖孙宜，父孙斯亿皆有功名。鹏初少就读于家塾，十五岁至县城儒学门读书，万历十七年（1589年）中焦竑榜进士，选庶吉士，历官礼、兵二科给事中，万历二十三年冬，明神宗因“兵部考选军政，中有副千户者不宜擅署四品职”，被贬逐。后里居着书，曾提议修《儒藏》。汤显祖称：“公之所以为文也，盖江汉洞庭为水，渊鉅足以滋演文貌；而鹑首祝融为火，雄精足以显发神明。然则公之文为必传，传而必久。李（梦阳）、何（景明）七子之间，有以处公矣。”着有《遂初堂集》十卷。