回变平定时，他已升为云南巡抚。1875年云南巡抚任上，下令腾冲县腾越镇边防军民阻挡来自缅甸的英国武装探险队，击毙英国驻华公使馆书记官马嘉理，引发马嘉理事件，导致《中英烟台条约》的签订。1881年，岑毓英任福建巡抚，辖管闽台地区，于1874年发生的台湾牡丹社事件后加强西南海防。于任内不但整建两地军防水治，并于1881年前往台湾监督台北府城建城事宜，让本窒碍难行的建城事宜得以继续。1884年中法战争爆发，岑毓英奉调云贵总督，并参与宣光之战，虽后因战功任兵部尚书，不过对中法战争态度较不积极，颇成历史话