负债、生计逐渐窘迫，考察之旅也因此从一开始的自费中途转为公费。波特同样对此进行考证，得出石井可能只有去过法国和德国的结论，其他国家的考察（包括去麻省理工学院等事）可能只是搭乘火车经过或是战后胡诌的。1930年，石井从海外归国，此时的日本军部已因「皇姑屯事件」导致首相田中义一和军中高层辞职而重新洗牌，换上了一批更年轻、更具进取心的领导层，使石井的主张更能被接受。8月，石井晋升为三等军医正（相当于少佐），担任东京陆军军医学校教官，隶属于军医学校「防疫部」，同时兼任陆军兵器本厂干部。石井在「防疫部」的上司为其