帮助盛世才战胜马仲英，盛世才控制了新疆省全境。但是苏联顾忌到国际社会的反对和干涉，没有贸然宣布吞并新疆。在1930年代和1940年代，苏联多次试图吞并新疆地区，为此扶植了很多新疆民族主义和共产主义团体，期间获得中国共产党的支援，最有影响的是阿不都克里木·阿巴索夫领导的东突厥斯坦人民革命党和新疆汉族知识分子建立的新疆共产主义者同盟。1940年代由于抗战时期国民政府被迫西移，让国民政府军政力量进一步压制西部分离主义地区。1942年10月5日，新疆省政府主席盛世才认为苏联与中共在新疆境内从事颠覆渗透，已显示了