溪发源地位于高雄市内门区山猪湖山（海拔460m），属于内门丘陵之山区，是阿里山山脉最南端在高雄市境内的余脉，故二仁溪和台南市其他四条中央管河川，均属于阿里山山脉水系。二仁溪流域所包含的县、市之区域为2市及12区，同时也是现今南台湾台南市、高雄市二大直辖市之界河。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：