伴关系，其中Niwango将支付其两成的收益给JASRAC作为版权使用费。2008年7月2日，日本映画制作者联盟、日本动画协会、以及日本映像软体协会三团体，去信Niconico动画管理层Niwango，指出他们将加强管控其动画和相关内容，包括影片动画和MAD片等、并要求他们把包括MAD等侵权的动画尽快删除。这使得一些MAD制作者把MAD发佈地点转移到另一影片共享网站Zoome，然而该网站亦已关闭。
系统不稳定问题.相较于YouTube的稳定性与速度，Niconico动画普遍被认为系