志〈慈济宫碑〉的叙述，南宋时吴真人已经由医神提昇成地方守护神，水灾旱灾、盗贼入侵、行船遇险等事都可向其祈求平安。白礁医灵神祠的记载可见于孙瑀〈西宫檀越记〉（1087年）与《宋会要辑稿》，该祠在吴夲逝世之后便兴建，为当时的祖宫。绍兴廿一年（1151年）吏部尚书颜师鲁奏请为吴夲立庙时，乃改为「医灵神庙」。宋孝宗干道二年（1166年），梁郑公（梁克家）以吴夲之神蹟奏请赐庙额，而敕封「慈济」，青礁龙湫庙与白礁医灵神庙因此均改称为「慈济庙」。南宋淳祐元年（1241年），诏改庙为宫，两间庙因而改称「慈济宫」。