汉骠骑将军张意及其子中郎将张齐芳曾隐居于灵山，后舍宅为寺，名灵山寺，为保国寺前身，但三国至初唐的历史已不可尽考。唐武宗会昌灭法时，灵山寺被废，至唐广明元年（880年），国宁寺僧可恭上书请求重建寺院并获准，唐僖宗赐寺名“保国寺”。北宋初年，保国寺又毁，至大中祥符四年（1011年）天台宗传人法智大师的弟子则全途径寺址，见先前出家的寺院已毁，于是在此结茅，出任住持并重修寺院，经过六年时间完工，其中现存的大殿完工于大中祥符六年（1013年），时称“四明诸刹之冠”，至今仍存带有“甲子元丰七年”字样的下昂后尾，当为北宋