政治立场亲中及亲韩，并认为他没有资格指点台湾人。菅直人访台期间，传出原计画参访核一电厂和干式储存设施遭台电拒绝，但台电表示并未收到菅直人或相关团体的参访申请。
家庭.菅实是菅直人的祖父，是一名兽医；而菅寿雄是菅直人的父亲，曾任宇部市一家玻璃厂的厂长。菅伸子是菅直人的太太，也是他的表姐，被喻为「日本希拉里」；菅伸子是冈山县浅口市人；她在津田塾大学及早稻田大学均拥有学位。他们育有两名儿子；共同在东京居住。