过程中，种子的出现比花和果实更早；同时在胚珠的花粉室中，只看到有花粉粒，而未发现花粉管，这也是原始的性状之一。由此可见，种子蕨是介于蕨类植物跟裸子植物之间的一个极其重要的植物类型，并成为许多现代裸子植物的起点。
演化树.以下为种子植物演化树，种子蕨类的涵盖范围（绿线框）并未包含其共同祖先的所有后代（如被子植物及现代裸子植物），因而是个并系群。