朱瑞无论如何也未能做到旗帜鲜明，打算发表「中立」宣言。由于他的态度暧昧，和浙江省内各界支持护国军的舆论未能保持一致。4月12日，吕公望等护国军支持派发动政变，浙江讨袁军第2旅旅长童葆暄率众围攻浙江将军署，朱瑞逃往上海。此后，朱瑞肺病恶化，前往天津后，于1916年8月3日逝世。享年34岁。