于1966年7月29日的军事政变中成功将其推翻。该事件的政治背景其实是穆罕默德属于的尼日利亚北方部族和埃恩希所代表的南方部族彼此之间长久的冲突和矛盾。 在这次政变中，穆罕默德率部占领了拉各斯机场，为政变成功作出了宝贵贡献。他原本打算将此次政变看作使信仰伊斯兰教的尼日利亚北方脱离信仰基督教的南方的一个契机，然而不久之后就放弃了这种想法。这次政变的最终结果是成立了由葛文将军（General Yakubu Gowon）领导的新的军政府。在比亚夫拉战争中，穆罕默德被任命为第二步兵师的师长。1968年他被擢升为上