0公里者有浊水溪、高屏溪、淡水河、曾文溪、大甲溪、乌溪和秀姑峦溪，另有大安溪、北港溪、八掌溪、兰阳溪、花莲溪、卑南溪等河流。长达186.6公里的浊水溪是最长的河流，高屏溪则是流域最广的河流。政府设有经济部水利署为主管机关，划分中央管河川、跨省市河川、县市管河川。受山脉走向影响，河流多流向西方或东方。且因中央山脉位置偏东，主要河川位在西半部。尽管台湾降雨丰富，河川大多因夏季雨季而保持流量，冬季便露出河床；仅有淡水河、大汉溪、基隆河全年有稳定水量。湖泊则多在西侧且仅少数为天然湖泊，最大的天然湖泊为8平方公里的日