2004年立法委员选举中，尹代表台联当选云林县立委。但在2007年，台联党内有人质疑百万人民倒扁运动红衫军涉入党务、台联背离原本理想，而遭开除党籍；为了声援遭开除党籍的廖本烟及黄宗源，尹质疑台联党中央引进红衫军以及未按党纲处理开除党籍案，与台北市立委黄适卓共同声援。之后，尹与台联云林县党部主委等一百零一位云林党员公开宣布退党。尹与黄退出台联之后的一週内，台联民代陆续退党，形成台联创党以来最大规模的退党潮。退出台联之后，尹变成无党籍。2007年11月15日上午，民主进步党立法院党团总召集人柯建铭、干事长