被任命为援西军政治部组织部长。
抗日战争与第二次国共内战期间.抗日战争爆发后，任八路军驻兰州办事处秘书长，负责营救西路军失散人员。1938年春，朱良才到中共中央党校学习，此后调至晋察冀军区，任第三军分区政治委员兼政治部主任，与陈漫远组织三分区军民反击日军扫荡。1939年秋，朱良才调任晋察冀军区政治部副主任，参与组织政治工作，并宣传「狼牙山五壮士」、「民兵英雄李勇」、“子弟兵的母亲戎冠秀”等典型。抗日战争结束后，朱良才任晋察冀军区政治部主任。1946年1月，担任晋察冀军区军政干部