并开始他的冒险。游戏的目标是让主角在城都地区和关都地区四处蒐集宝可梦，击败各地的道馆馆主，蒐集徽章并挑战联盟，在击败了联盟的四天王及冠军后，玩家可以在白银山的山顶与赤红对决。玩家会与宿敌小银多次交战，也会与犯罪组织火箭队对抗，火箭队过去曾经被《精灵宝可梦 火红·叶绿》的主角击败并一度溃散，首领坂木也不知去向，火箭队的残党试图透过佔领广播电台，发出讯息联络坂木。游戏除了重制《精灵宝可梦 金·银》，也结合了《精灵宝可梦 水晶》的情节，例如剧情着重于描写其中一个传说宝可梦水君，也有对战开拓区、伙伴公园等设施。