女神雅典娜的特别圣斗士「圣斗少女（Saintia）」的故事。主人公则是其中一名圣斗少女小马座（Equuleus）的翔。在城户沙织以「银河战争」的开幕为开端，觉悟到自己要为将在圣域蔓延的邪恶曝光于天下而战的宿命之后，感觉到纷争气息的邪恶女神「厄里斯」在彗星「雷帕鲁斯（Repulse）」的引导下再次袭击地球，企图为大地带来流血混乱。爲了粉碎她的野心，身为雅典娜的侍女的圣斗少女们陆续展开了激斗。本作的时间线，在翔成为圣斗少女之前是原作中的【银河战争篇】(Galaxian Wars)期间，成为了圣斗少女之后