由于红色小巴所行走的路线并非固定，收费亦有可能随路线长短而有所变动，因此乘客乘搭红色小巴时，于下车时才需要缴付车资，车资按上车时所标示的价钱牌为准（延长目的地时如继续乘坐需要以原来车资加以新标示车资之和为准），例如荃湾往新蒲岗、坪石线于繁忙时段延至彩云及四顺，但此安排因应290A巴士开办于2016年1月29日起取消。红色小巴一般只会收取现金，现金车资直接交给司机（部分红色小巴设有钱箱以收取车资，不设找零），如有需要，司机会为乘客找续余额（一般情况下不接受HK$50或以上的纸币），但亦有部份红色小巴接受八达通