遂于1940年至1941年间进一步获港府委任为营养研究委员会委员，特别针对饮食和营养不良两方面，参与调查当时在港难民的健康营养状况。1941年12月，日本挥军香港，香港保卫战一触即发。在战事期间，蒋法贤响应港府动员参与民事医疗防卫工作，并在香港大学本部大楼临时搭置的大学救济医院负责诊治伤员，直至香港在同年12月25日沦陷为止。香港沦陷后，蒋法贤在日治政府指令下，在1942年初被派到雅丽氏何妙龄那打素医院担任助理院长及司库，该院当时被改称为「市民医院」，且隶属于日治政府卫生课，是日治时期香港唯一一所民事医