三世大胆地与德意志的新教诸侯（他们已与皇帝处于显然的敌对状态之中）结盟，作为对皇帝的持续敌意的回敬。1542年时，与查理五世的战争实际上已经开始。尽管德意志诸侯被证明是不可信任的盟友，克里斯蒂安三世对松德海峡的封锁却取得了显着的成果：荷兰人的商业活动因为海峡被封锁而受到打击，他们对查理五世的压力导致皇帝在1544年5月23日的施派尔帝国会议上与丹麦缔结和约。在这场冲突之后，克里斯蒂安三世的外交政策变得格外谨慎。他小心翼翼地避免卷入一切国际纠纷，拒绝参加1546年德意志诸侯反对查理五世的施马尔卡尔登战争；