认为袁崇焕杀毛文龙为泄私愤。也有说有证据毛文龙当时要降女真，袁崇焕杀毛文龙的事情“一无错处”。按袁崇焕上疏，毛文龙死前六个月早已无生（除非完全接受袁崇焕控制，而非名义服从），并不是因为毛文龙叛国。毛文龙被杀后有徐尔一等人上疏为其鸣冤。三个月后就发生了“己巳之变”，清军兵临北京城下，明廷大臣们多归因于毛文龙死后女真无后顾之忧所致。