，宋美龄逝世。2004年，陈在选举前受枪击，以微弱优势获得连任。2005年，国民大会冻结，立法院成为事实上的唯一国会。同年，高雄捷运弊案发生，致民进党地方选举失败。2006年，终止国家统一纲领，将中正机场更名桃园机场。同年，陈政府传出多起贪污弊案，引发倒扁运动。陈积极与中华人民共和国政府争夺邦交国，执政末期不惜採取金援外交政策。2008年入联公投案失败。2008年和2012年由国民党候选人马英九当选总统，并都在立法院获多数席次。上台伊始，发生联合号海钓船事件，与日本产生外交冲突。次年，台风莫拉克造成水灾