5个省市举办了公有民办二级学院共300多所，在校的本科生40多万人，初步建成了占地约7万亩，校舍约876万平方米、教学仪器设备约12亿元、图书约2000万册的高等教育资源。
整顿.在公有民办二级学院迅速发展过程中，出现了诸如独立法人地位不明确、办学性质、收费高低、招生模式等方面的问题。2003年4月，教育部颁发《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》。提出要对公有民办二级学院进行整改规范，规范后的二级学院称为“独立学院”。明确指出独立学院是普通高校按