派赴贵州任中国国民党贵州省党部主任委员。1938年调至重庆，任中国国民党中央军事委员会战地党务服务组中将组长。此时，在陪都重庆成立中华全国中苏文化协会，作为协调中华民国与苏联之间的友好活动的群众团体，王漱芳被任命为首届会长。1940年，王漱芳奉派随谷正伦赴甘肃省，谷正伦任甘肃省主席，王漱芳任甘肃省政府秘书长兼甘肃省民政厅厅长，还兼中央银行甘肃省分行董事长。谷正伦出身军人，一直任军职，且常赴重庆开会，故王漱芳负责甘肃省的日常行政事务。1942年，王漱芳根据中国国民党的方针政策及甘肃省的情况，撰写了《甘