竞争对手或批评者视为缺点，但有研究输入法的人士并不同意有关批评。包括：依字形来取码，而非依书写的笔画和笔顺取码；同一笔画可以剪开（例如「里」字的仓颉码为「田土」）等。批评者认为它违反汉字逻辑，令汉字走上「歧途」，是缺点。反驳者则指汉字在分析构形字理、字典部首归部时，都是按形状分析，会不依笔顺甚至剪裁笔画，因此这只是主观上接受与否的问题。有些竞争对手如呒虾米的发明人或拥护者甚至以攻击仓颉输入法来作爲文宣，一些输入法硏究者对此不予认同。
最新版本.目前仓颉输入法通行的最新公开版本是第五