也有的学者主张京都的天皇、公家朝廷与镰仓幕府是两个不同的政权及王权。在中央朝廷的秩序之外，权门势家均有各自的家政机构及法制体系，公家、武家、寺家各大权门势家各有自己的政所、武装力量，有着自己的庄园支配系统，并且在自己的支配范围内实施审判权。院政晚期，以平清盛为代表的武士势力登上中央政治舞台。在宗教政策上，中世的典型特征是显密体制。以延历寺、园城寺、东寺、兴福寺为中心的显密寺院承担镇护国家的职能，开展各样的密教法会、祈祷。而大寺社也有自己的家政机构、武装力量、庄园，作为“寺家”或者“寺社势力”与公家、武家