大革命期间被毁，1989年重建。大殿正中安放了3.8米高的南海神祝融。左右两旁有六侯塑像，分别是达奚司空的助利侯、杜公司空的助惠侯、巡海曹将军的济应侯、巡海提点使的顺应侯、王子一郎的辅灵侯、王子二郎的赞宁侯。祝融像的背后有一块照壁。大殿东侧有一个东汉大铜鼓和明代的铁钟。
昭灵宫.第五进名为昭灵宫，也称后殿，是南海神夫人的寝宫，相传她是妇女、儿童的保护神。是20世纪30年代陈济棠时期改建。
浴日亭.在南海神庙西侧，有一座小山丘，古时叫做章丘。山上有一座小亭，