自指定的谥号，来自平安时代的清和天皇。清和天皇别号水尾帝，清和天皇的后任是其子阳成天皇，阳成天皇因行事荒唐而被废。后水尾天皇与父亲后阳成天皇不和，他称父亲为「后阳成」，而自称「后水尾」，隐然有父子关系逆转之意。此外，当时幕府德川氏自称是清和天皇的后裔（清和源氏），故「后水尾天皇」这个名号也隐然有压倒德川氏的含意。天皇于生前指定谥号，在以往鎌仓时代的后嵯峨天皇，室町时代的后小松天皇也有先例。