，三年后成为全职教授，还获得了美国最佳有机化学家的奖项：美国化学协会的尼科勒斯奖（Nichols Medal）、哥伦比亚大学钱德勒奖（Chandler Medal）以及其他美国科学学术团体的奖项。1931年，科南特当选为哈佛化学系主任。1933年，劳威尔辞去校长一职，他和大学委员会经过了激烈的讨论、详细的考察，决定让科南特接任哈佛第23任校长。1933年5月，科南特正式成为哈佛校长，直至1953年科南特的校长任期结束，此后一直为名誉校长。1953年离开哈佛后，科南特接受艾森豪威尔的任命，任驻德国波恩