被归类在植物界的一门－蕨类植物门（Pteridophyta）里的，但因为蕨类植物是一个并系群而被现代的分类法拆分，并将链束植物单列为一个单系群。传统上，有三个植物类群被认为是蕨类：两个厚囊蕨类－瓶尔小草科Ophioglossaceae（瓶尔小草属、阴地蕨属和蕨萁属）和合囊蕨科Marattiaceae，以及薄囊蕨类。合囊蕨科是赤道蕨类的主要类群，有着肥大的地下茎，且被认为是蕨类主要类群－薄囊蕨类的近亲。而还有其他一些的植物类群被认为是「拟蕨」：石松门里的石松、卷柏、水韭、松叶蕨科里的松叶蕨和木贼科里的木贼