相传为白凤年间（8世纪后期）由役行者小角所创建的吉水院。南北朝时代，后醍醐天皇出逃到吉野，受到宗信法印的援护，于吉水院建立行宫为暂时的居所。后醍醐天皇驾崩后，后村上天皇制作了后醍醐天皇像，祀奉于吉水院。进入明治时代后，由于用佛教仪式供养天皇一事被以神佛分离观点检讨。明治四年（1871年）5月，五条县向太政官政府提案将吉水院改为神社，并计划另外创建奉祀后醍醐天皇的神社。太政官政府驳回了五条县的提案，但因为撤废金峯山寺是几近不可能的，奈良县仍将吉水院改组为神社，于明治六年（1874年）12月17日以后醍醐天