山地森林海拔800至1280米处。模式标本采集于锡布延岛海拔300米处。小花猪笼草属于非正式的“翼状猪笼草组”分类群下，其中还包括翼状猪笼草、塞西尔猪笼草、绝灭猪笼草、科普兰猪笼草、汉密吉伊坦山猪笼草、奇坦兰山猪笼草、仓田猪笼草、莱特岛猪笼草、棉兰老岛猪笼草、内格罗斯岛猪笼草、拉莫斯猪笼草、萨兰加尼猪笼草及超基猪笼草。这些物种之间存在着许多共同特征，比如叶柄具翼、捕虫笼笼盖下表面基部存在附属物，及上位笼基部通常较宽。