胜利后方在承平时期昇为联盟国将军。在指挥维吉尼亚西部的联盟国军，并负责卡罗莱纳海岸防务后，他成为美利坚联盟国总统杰佛逊·戴维斯的军事顾问。两人在西点军校即相互认识。
北维吉尼亚军团司令.在zh-hans:约瑟夫·E·约翰斯顿;zh-hant:约瑟夫·强森将军在1862年6月1日于七松之役负伤后，李继任北维吉尼亚军团司令，获得第一个领兵作战的机会，他迅即发动了一连串的攻势。在七日战役中，他面对由乔治·麦克莱伦率领，威胁首都里奇蒙的联邦军。联盟国部队因李将军的攻击行动而伤亡