年）九月，转任中领军。当时南齐国政由群小把持，王莹守职而已，不能有所是非。王莹从弟王亮推荐他担任尚书左仆射，永元二年（500年）三月，护军崔慧景在京口奉江夏王萧宝玄攻打建康。王莹受假节，率军在湖头抵抗崔慧景。崔慧景夜袭，王莹军败逃散。王莹从水上逃脱，回到台城。崔慧景被萧懿击败，王莹回朝任职领军府。四月，任尚书右仆射。萧衍起兵，王莹再受假节、都督宫城诸军事。
梁武帝时期.中兴元年（501年）十二月，萧衍平定建康，召任王莹为尚书左仆射。中兴二年（502年）正月，萧衍任相国，王莹任相国左