维持陕甘地区稳定，防范回民再次暴乱。其善后措施主要有：左宗棠安置投降回民时，把他们与汉民分隔安置，避免回汉杂居，并且分散安置。清政府限制被迁移的回民不得迁回原居地，回民如需远行，需要向官府申请「路票」，限期返回。马化龙降而复叛，终为左宗棠所杀。马占鳌因为在“新路坡”战斗中打死了左宗棠悍将傅先宗、徐文秀，并使进驻新路坡的四十营湘军全部溃散，一战成名。战胜后的马占鳌派自己的儿子马七五等十名战将的儿子——“十少爷”，赴定西左宗棠中军大营请降。接下来，马占鳌、马海晏等十二名首领亲赴兰州，夜宿在锈河沿清真寺。