他起诉。监察院于2011年9月16日通过弹劾案，该案移送公务员惩戒委员会审议。2012年2月29日，台中地方法院依背信罪判刑三年。经长期上诉后，2014年3月26日台中高分院再审，判处吴乃仁有期徒刑9个月。2014年5月28日，吴乃仁进入法务部矫正署宜兰监狱服刑。2018年12月14日，吴乃仁宣布退党退流，并说新潮流系的组成是个失败的实验。
家庭.吴乃仁与其妻詹彩虹生有一子一女，詹彩虹曾在陈水扁政府时期担任证券投资人及期货交易人保护中心总经理。其女吴怡青曾在大学担任国际贸易讲师