伍德沃德被任命为唐纳理学教授，于是他便不需要给学生上课，从而能把所有的时间都花在研究上。
早期工作.伍德沃德1940年代早期的工作集中在利用紫外光谱来阐明天然产物分子的结构上。伍德沃德收集了大量的实验数据然后总结出了后来称为伍德沃德规则的公式，此项成果可以用来帮助鉴定天然和人工合成分子的结构。利用仪器分析来作结构鉴定是伍德沃德研究生涯的一个特色。这种方法改变了沿用已久的冗长繁琐的传统分析方法。1944年，伍德沃德与其学生William von Doering完成了用于治疗疟疾的