在日本和歌山县西牟娄郡串本町（今东牟娄郡串本町）附近登陆，当地录得气压读数为955百帕斯卡，是为它的最低气压。海伦其后穿过本州，威力减弱，在移到北海道附近海域时速度突然减慢，并且在该处逆时针缓慢绕行一圈。9月19日，海伦与附近一个高空气旋合併，及转化为温带气旋。其残余经过北海道南部，最终于9月21日在北海道以东海域消散。
影响.在海伦到来之前，日本政府官员已警告居民提防大雨。日本国有铁道部分路段亦因应风暴关系而停驶，有不少乘客滞留。于9月18日，有大概六分之一的铁路班次延误或被迫取