E2与E1之间连结的区域，称为连接区（Binding domain）。第三个区域，也是最靠近复合物内部的区域则是拥有能使乙醯基转移的作用位置，称为乙醯基转移酶区（acyltransferase domain）。这些不同区域之间，会相隔20到30个不等的氨基酸。