历卅一年（1603年），又出现《续忧危竑议》一书，再次宣告郑贵妃欲以福王夺储位，辱及天子、宰相，是为「第二次妖书案」。此书为大学士朱赓所得，朱赓面奏神宗，神宗怒命东厂与锦衣卫侦办。此时浙党沈一贯乘机构陷东林党沈鲤、郭正域等人，事态扩大，株连甚多，连高僧紫柏真可禅师都因与沈鲤往来受波及，遭到锦衣卫打成重伤，随即涅槃。由于太子朱常洛向东厂陈万化施压，不牵连大臣，最后东厂归罪于顺天府诸生皦生光所作，皦生光遭到凌迟处死。除了妖书案，两次的楚藩案亦成为党争的导火线，与两次「妖书案」合称为二书二楚，又称楚宗之乱。