毕业后，朱昭阳在大哥朱骄阳鼓励下，瞒着双亲与好友曾人模搭乘轮船前往日本，插班进入东京私立麻布中学四年级，后又考上东京第一高等学校，成为首位考入该校的台湾籍学生；在经过当时新闻媒体广为报导后，他的父亲终于开始谅解其隐瞒双亲赴日的行为。此外，朱昭阳在抵达东京不久后，即在国语学校学长吴三连引介下加入「新民会」，并于其后与林献堂、蔡培火、杨肇嘉等相识，从此开始支援台湾议会设置请愿运动。1925年，朱昭阳考入东京帝国大学经济学部；后来，他于大二时通过行政科高等文官考试，大三时又通过司法科高考及大藏省就职考试。