终将立委初选机会让给李俊毅、王定宇。2015年3月15日，林宜瑾投入台南第2选举区立法委员党内初选，数名党籍市议员及上百支持民众到场力挺，以14.28%的支持落选。2017年2月民进党在基层农会选举惨败以后，林宜瑾在民进党中常会上向总统兼党主席蔡英文指控，党内高层任意放话，将败选责任推给与她同属新潮流系的台南市市长赖清德、高雄市市长陈菊等人，「太卑劣」。
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