1日至5月18日，国民政府设立湘鄂临时政务委员会，为中央政府特派处理湖南省政务最高临时权力机构。同年5月28日，南京国府改组湖南省政府，下设秘书长及民政、财政、教育、建设等厅。中国抗日战争期间，因日军入侵，湖南省政府迁往湘西一带，先后设湘西、洪江、湘南行政公署。民国34年（1945年）6月26日，行政院决议改组湖南省政府。抗战结束后，湖南省政府恢复其行政管辖区域。民国35年（1946年）4月19日，国民政府下令改组湖南省政府。民国38年（1949年）8月4日，湖南省政府代理主席陈明仁与程潜二人变节投共，