与叶国成合作而改投黄玉郎新组的公司玉皇朝，担任旗下漫画刊物的美术总监。如此一来，《龙神》出版至第5期便无疾而终，叶国成也因邱福龙的离开而令生意亏本，更引致后来的一场官司的发生。 邱福龙与及其腾龙时代的助理班底，在玉皇朝的首要工作，便是制作黄玉郎着的《天子传奇》。 1996年，邱福龙重新编绘黄玉郎的名着《小魔神》。 1998年，邱福龙编绘《超人迪加》的香港版。 1999年，玉皇朝夺得《龙神》的版权，邱福龙于是得以于2000年将新《龙神》续绘。2002年，邱福龙编绘以西游记为蓝本的《大圣王》。