转通直郎，除直秘阁，赐绯章服，并许就任关陞。靖康之变后，建炎二年（1128年）冬，孔端友随宋高宗南渡，先赴扬州陪位，高宗在扬州郊祀孔子，召孔端友及其从父孔传（孔若古）等侍祀。建炎三年（1129年）二月，金兵再次南下，高宗仓皇南渡，孔端友、孔传等奉孔子及亓官夫人楷木像，扈跸南迁。建炎四年（1130年）奉旨定居浙江衢州西安城区（今柯城区），建宗庙，赐田宅。金朝在曲阜另立孔端友的弟弟孔端操为衍圣公，从此孔子后裔南北宗分立。孔端友阶至朝奉郎，官居郴州知州，在官任上去世。孔端友无子，以跟随他南渡的侄子孔玠（孔端操幼子