由16个系组成，分别为法律系、工商管理与经济系、社会科学与哲学系、心理学系、新教神学系、历史与文化研究系、德语研究与艺术史系、外国语言与文化系、数学与计算机科学系、物理系、化学系、药学系、生物系、地理系、医学系、教育系。马尔堡大学还设有性别研究中心、近东与中东研究中心等16个不同学科的研究中心。马克斯-普朗克陆地微生物学研究所也设在马尔堡大学。马尔堡大学有新旧两座植物园，以及宗教收藏馆和民族收藏馆，还拥有四个博物馆：图像艺术博物馆、文化历史博物馆、解剖学博物馆和矿物博物馆。