祁连山脉在最北山嵴线之北面向河西走廊的山脚，海拔大致2200-2300米，以南各山嵴线之间所夹的各谷地，海拔大致2800-3400米。山脚的海拔可参见祁连山区8个气象站的海拔。
地质特征.祁连山属于昆仑秦岭地槽褶皱系的一个加里东地槽。北祁连山及河西走廊见中、下泥盆统不整合于下古生界（如武威杀木寺）及加里东晚期花岗岩（如九条岭南马良沟等）之上；拉嵴山见中、下泥盆统不整合于中、上奥陶统之上；南祁连山乌兰大坂见上泥盆统不整合于下志留统之上，代表祁连山主要于加里东晚期褶皱成山，基本由地槽变