民党中央执行委员会选为国民政府委员、惩吏院委员，兼管司法行政。民国十五年（1926年）1月，中国国民党第二次全国代表大会在广州召开，徐谦当选为中央执行委员会委员、常委。同时任国民政府委员兼司法部长。不久又任中国国民党北京执行部主任。1926年3月7日，中俄大学成立，原俄文法政专门学校校长徐谦出任中俄大学校长。1926年3月18日，徐谦和李大钊、赵世炎等人发起在天安门前举行“反对八国最后通牒国民大会”，徐谦任大会主席团主席。随后三·一八惨案发生。惨案之后，徐谦随即和李大钊、顾孟余等5人遭到临时执政段祺瑞通