位基因与绳文人和爱奴人最为接近，而东亚大陆人口的基因贡献则较少<ref name="DOI 10.1038/jhg.2016.110"></ref>。琉球列岛的原住民与外族（目前认为是从日本列岛过去的移民）混合成为今天的琉球人的时间大约在西元12世纪的御城时代左右才开始。而根据考古证据，史前时代的琉球群岛北部（奄美群岛、沖绳群岛）与南部（宫古群岛、八重山群岛）人口的全基因组差异性相当明显，目前遗传学家认为这是个遗传漂变现象而非与邻近地区的人口混合。
人口及身份构成.琉球国的人口