编码。当中亦有其他蛋白质二级结构编号，但却较少使用。
DSSP氢键定义.由于二级结构是以氢键来定义，所以氢键的正确定义十分重要。DSSP内二级结构的标准氢键是一个纯粹静电模型。对于羰基的碳及氧，指定的电荷分别为：而对于氨基的氮及氢，指定的电荷则分别为：而静电能是：根据DSSP，一个氢键只有在E少于-0.5 kcal/mol才会存在。虽然上述的方程式都只是一个相对于氢键能量的估算，但都一般接受作为定义二级结构的工具。
蛋白质二级结构预测.早期蛋白