帝起兵，背离了事前的豪族焦廉。冯勤成为铫期的心腹，后来铫期向光武帝推荐任用冯勤。历任郎中、给事尚书。办事得力，刘秀让他掌管封爵之制。史称封爵之制非勤不能。侯霸推荐阎扬，刘秀不喜欢阎扬，责难侯霸，冯勤为侯霸申明事理，免于责罚。建武九年（33年），冯勤昇进尚书仆射。建武二十四年（48年），因功封为关内侯。历任尚书令、大司农。建武二十七年（51年）五月，大司徒玉况死后，冯勤任司徒（官制更改，大司徒改为司徒）。光武帝时任三公的戴涉、朱浮都是因罪而死、光武帝对冯勤多次训戒。冯勤没有辜负光武帝的期待，恭约尽忠，才堪其任