长度约1828米，设2个车站，双向行车轨道。路线为双向行车轨道，设3站。由澳门莲花口岸站高架轨道起，进入地底河底隧道穿过澳门及横琴之间的十字门水道，到达横琴后以地底建设，设莲花大桥站及横琴口岸站。<br>乘客从横琴口岸站站台层下车后，往上一层到位于横琴口岸内的站厅层进行通关程序，再下一层到横琴站站台层转乘广珠城际轨道延长线往拱北至广州，从而实现两个不同轨道系统之间的无缝对接。在2020年年度财政施政报告中，走线改为设2站，分别设位于路凼城的莲花口岸站和位于横琴岛的横琴口岸站，到达横琴后维持以地底方式建