后三百年间，几支塞北游牧民族入侵华北地区并相继建立军阀政权，长江以南则在汉人的南朝控制之下。安徽中北部成为南北方对峙的前线，战火不断。383年在北方的前秦和南方的东晋之间展开的淝水之战就是其中比较重要的一次战役。
隋唐宋金元.隋文帝在位时代的开皇之治促使这一地区经济得到很大程度的恢复。隋炀帝大业六年(610年)到唐高祖武德七年(624年)经过短暂的混战，唐朝统一天下，并保持了一个多世纪的和平和统一。安史之乱中，安徽北部淮河地区遭受战火蹂躏。晚唐时875年王仙芝、黄巢之乱，从河南经安