6赛季接近结束时，贝肯鲍尔又作为代理主教练暂时掌管了拜仁，随即率队夺得了欧洲联盟杯，他们在决赛中击败了波尔多。1996-97赛季，特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘。但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升班马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也不得不再次离开了俱乐部。
重获国际成功（1998年-2007年）.在执教多特蒙德大获成功后，奥特马·希斯菲尔德于1998年至2004年间成为拜仁的主教练。在他入主的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠