斯沃斯岛会合，一同前往埃及。9月29日，小庞培亲眼目睹父亲被杀害。此后，科涅莉亚返回罗马，小庞培则参加阿非利加行省的抵抗势力，与、小加图、兄长格奈乌斯及其他元老，谋划抵抗凯撒及其军队。凯撒在爆发于公元前46年的首场战役——中取胜。前45年，凯撒又在西班牙的中击败庞培兄弟二人。格奈乌斯被处决，但是小庞培逃过一劫，前往西西里岛。公元前44年，凯撒在返回罗马后遭到谋杀。元老院任命小庞培为海军司令。但是事情并未重回正轨，而是引发凯撒继承者及其谋杀者之间的战争。奥古斯都、马克·安东尼以及马尔库斯·埃米利乌斯·