，伍锦霖成功与廖婉汝为国民党在屏东维持两席立委的成绩。虽然伍氏在2005年中国国民党主席选举中支持王金平，但在2005年8月，新任国民党主席马英九仍邀请伍锦霖担任国民党副秘书长一职，被认为是要借助在伍氏在南台湾的影响力，开拓国民党在南部的支持度。2008年总统选举中，伍锦霖负责主理中南部的选举组织工作。
马英九政府时期.由于伍锦霖办事能力高，加上其深谙台湾俚语，令他能应对基层事务自如，因此深获马英九欣赏和重用。伍锦霖于2008年6月卸任党职后，随即获时任总统马英九提名为考试院副院长