一同战斗的国人众，改为以上田长尾系独大的体制。再加上乘着这次内乱，信长配下的柴田胜家攻进上杉领地以及同盟势力的加贺、能登、越中，会津亦有芦名盛隆侵攻等，这次御馆之乱使得谦信时代培养起来的上杉家势力和威信大幅衰退。御馆之乱亦是令到武田家灭亡的远因。氏政向实弟（或从弟）景虎送出支援而依赖同盟者武田胜赖。当初胜赖为了支援景虎而亲自出阵，但是后来变为支援景胜。的理由是遭到德川家康向远江、骏河方面侵攻(借口)接受景胜的求和条件（割让上野沼田领和黄金）。同时，武田家中支持与景胜和睦的唿声相当高，胜赖于是背叛