民国成立后，马超俊任黎元洪的都督府顾问。但是黎元洪不断支持袁世凯，马超俊对此表示反对，并展开批判活动，乃遭到收监。幸而经温宗尧、伍廷芳营救，马超俊很快获释。1914年（民国2年），袁世凯支持的广东都督龙济光手下的马存发被马超俊派出刺客暗杀，马超俊随后遭龙济光追捕，流亡日本。1916年春，在中华革命党马超俊认识机师坂本寿一，并他们俩一起参与创设滋贺县的西京八日市飞行学校，训练革命派人士。1917年，马超俊归国，策划在北京创办民间航空学校，但因张勋复辟发生而未能实现。1917年9月，孙中山发动护法运动，在广