赛球队被分成12组，每组4队，以双循环形式比赛，最后每组首名及八组最佳成绩的次名球队（共20队）可晋身决赛圈。
种子队.本圈的12组中，会在以下四个种子中各抽一队来组成一组。
第十组.由于乍得缺席了对苏丹的客场比赛，因此乍得被削夺了参加2010年非洲国家盃的资格，但他们仍能继续参与2010年世界盃。下表为用于非洲国家盃外围赛的积分表：
第十一组.厄立特里亚于2008年3月25日宣佈退出比赛。
分组最佳次名