这次签署协议被舆论认为是日本向台湾渔民释放善意。中华民国在坚定维护主权及相关海域主张的前提下，借由搁置争议，共享渔业资源，就保护渔权与日方达成共识，让双方重叠专属经济海域渔业问题获得妥善安排，使久悬17年的台日渔业问题基于对等互惠原则达成具体成果。中华民国外交部表示这象征着两国友好关系树立新的里程碑，期待今后双方在此良好基础上，持续加强各层面友好合作关系。日本首相安倍晋三于2013年4月12日在首相官邸接见大桥光夫会长时表示：「台湾是重要伙伴，台日签署渔业协议对双方都很好。」
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