T细胞多样性很高，而每个T细胞都有专一性。接着，会辨识自身蛋白质的T细胞受器必须在还在胸腺内时消除。透过AIRE作用，胸腺髓质上皮细胞（mTEC）会表现身体其他各个地方的主要蛋白质（所谓的 TRA），而且将会和这些蛋白质反应的T细胞透过细胞程序性死亡（细胞凋亡）的方式消除。因此AIRE针对自体辨识的T细胞进行。当AIRE受损时，会辨识人体自身抗原的T细胞会离开胸腺，进入血液循环，并可能导致许多的自体免疫疾病。
功能.在胸腺中，AIRE会促进一个大范围的特定器官基因的转录，并制造出只