运动中，西什库主教座堂被上缴国家。1959年，北京教区选举姚光裕为主教，由皮漱石、宗怀谟、皮光裕等主教祝圣，未获教廷承认。1964年，姚光裕去世。主教座堂设在南堂。1966年8月，文化大革命开始，北京教区各教堂全部关闭，神职人员遭批斗、遣送劳改营。东堂被八面槽小学占用，西堂被改为仓库。1979年7月25日，北京教区选举傅铁山为主教，12月21日在南堂祝圣，由常德教区杨高坚主教主礼，张家树、王学明主教襄礼，未获教廷承认。1980年12月24日，东堂恢复活动。1985年，西什库教堂重新开