正18年（1590年）爆发的小田原征伐中，康长则在上野国与后北条氏交战。同年，康长离开三河国渥美郡仁连木（现爱知县丰桥市仁连木町），转为跟随移封关东地方的德川氏，领受武藏国东方1万石。在庆长5年（1600年）爆发的关原之战中，康长与水野胜成联手攻佔大垣城，康长凭此功绩在庆长6年（1601年）赐封上野，翌年移封至下总古河藩。庆长10年（1605年）4月，他获任命为从五位下丹波守（在宽永3年（1626年）升至从四位下）。庆长14年（1609年），他负责驻守于伏见城。庆长17年（1612年），康长移封至常陆。