1年12月，吴淞校舍被光复军占用，复旦一度迁校无锡惠山，月余返沪。1912年5月，暂借爱而近路（今安庆路）开学。9月，迁入李公祠。此后，马相伯去北京任要职，不能亲理校务。学校实际负责人为教务长胡敦复、庶务长叶藻庭。12月，学校发生风潮。为整顿校务，孙中山、王宠惠、陈英士、程德全、唐绍仪、于右任等组成校董会，重订章程，筹措经费，并推王宠惠任董事长，李登辉任校长。1913年3月1日，复旦重新开学。不久，“二次革命”爆发，校董多逃亡海外，学校经费来源断绝。李登辉采取提高学费、扩大招生人数的办法，在校生由九