清初，改浙江承宣布政使司为浙江省，军事上由闽浙总督节制。由于浙江曾经顽强抵抗，清人采取了剃发易服、军事镇压、迁界禁海等手段来巩固其在浙江的统治，极大打击了浙江的经济社会；对两浙文人则大兴文字狱，明史案、吕留良案等惨案不可胜数。明末清初，大量浙江籍遗民为反清复明、避难经商而东渡日本，其中最有代表性的就是朱舜水。康干盛世时期，康熙、干隆二帝多次南巡至浙江，衍生官场腐败；其后到鸦片战争之前，浙江内部已是吏治腐败、贫富悬殊，而由人口过剩又引发土地不足、粮食紧张、生态恶化等问题。道光二十年（1840年）中英爆发第