时伤未愈，故未参加起义。10月15日，黎元洪任都督的湖北军政府成立，孙武任军务部部长。1912年（民国元年）元旦，南京的中华民国临时政府成立。1912年1月组织「民社」，拥护黎元洪。2月，武汉革命党人发动“倒孙”运动。有文章称1912年初，孙武听闻孙发绪讲述孙文如何吹牛，南京政府如何卖国后，孙武表示“南京政府如此败坏，我宁可承认袁世凯，不承认南京”。旋又赞成袁世凯称帝。但根据孙武后人孙吉森所言，这种说法“很无稽”，孙吉森的说法是：“你看，1912年4月1日，孙中山辞去临时大总统一职后，4月9日去慰问武汉