999年，车范根再度率队保级成功，帮助深圳队在顶级联赛立足。车范根时期，深足球迷曾打出特色横幅：“车到山前必有路 ”来激励球队。
2000年代.
2000年至2009年.2000年，巴西人塔瓦雷斯因“平安六君子事件”下课，领队朱广沪接替成为深圳足球队的主教练，甲A联赛获第九名。2001年，在主教练朱广沪的带领下，球队获得了联赛第五名，在此后的数年间深圳足球队开始成为中国足球联赛的强队之一。2002年，球队开始在甲A联赛中崭露头角，获得了联赛半程冠军，是