时的庆亲王奕劻恢复京师大学堂。然1902年，京师大学堂复课之后不久，新任管学大臣张百熙以经费紧张为由，集体辞退了丁韪良等西教习。北大历史学者郭卫东认为“经费紧张”只是借口。
去世.1916年12月17日，丁韪良在北京去世，葬于西直门外的一块墓地。
身后评价.丁韪良被指控在八国联军占领北京期间出去抢劫，但这是某些人恶意的中伤 。大陆历史学家顾长声，在《传教士与近代中国》中故意篡改丁韪良在《北京被围目击记》(The Siege in Peking)中的文字，从