爆发宗教暴乱，而于1415年以反对罗马教会，并寻求其改革的扬·胡斯讲经师被火焚为暴乱的顶峰。接下来因胡斯战争破坏糟蹋波希米亚以及局部中欧的领土。
奥地利哈布斯堡统治（1526－1918年）.15世纪，信奉天主教的哈布斯堡家族透过继承，入主波希米亚，但是波希米亚乡民为纪念被罗马教会杀害的布拉格学者胡斯，多半皈依胡斯教派。1555年，哈布斯堡君主签署奥格斯堡宗教和约，授与波希米亚人宗教自由，以继续维持统治。宗教改革后，新教势力勃兴，1618年斐迪南二世因为强制推行天主教，引爆整个欧