进党提名并且于台北县第三选区当选为第六届立法委员，不过在2007年被列为十一寇之一。2007年，沈发惠参选民进党台北县第十二选举区立法委员初选，在党员投票阶段时遭遇父亲沈友仁（前台大医院副院长、小儿科主任、首届资讯主任）过世；而党员投票败给时任立委陈朝龙，未待进入民意调查阶段即于2007年5月7日宣佈退出党内初选、支持陈朝龙，并未竞选连任；不过陈朝龙最后仍然败给了连任多届资深立委、从双和空降此区参选的李庆华。2007年底，沈发惠出任民进党中央党部政策委员会首席副执行长。2008年5月，民进党在野后中央党