峻大加赞赏，转任秘书监。559年，废帝高殷即位，王峻任洛州刺史、河阳道行台左丞。560年，受诏命在洛州西境掘堑壕三百里，置城戍防备北周的间谍。河清元年（562年），任祠部尚书。到晋阳检校兵马，之后召还邺城，转任太仆卿。齐武成帝巡幸地方，王峻与吏部尚书尉瑾辅佐皇太子高纬、诸亲王留守邺城。食邑梁郡，转任侍中、都官尚书。北周军来犯，王峻以本官与东安王娄叡、武兴王高普率兵自邺城赴河阳抵御北周军。武成帝入洛阳，以悬瓠之地落入北周之手，王峻任南道行台，和娄叡率军南讨。齐军未至，北周军弃城而走，武成帝命他慰抚永州、郢