再办法界学院。同年冬出任北平净莲寺住持，并于次年将法界学院迁往北平。后在华北各地弘法多年。1947年，应陈大莲居士之邀南下，曾驻锡于上海普济寺、福州舍利院、邵武双泉寺等地。中华人民共和国成立后，慈舟法师于1952年接任南普陀寺住持。1953年当选中国佛教协会理事。1956年任期满后回到北京安养精舍静修。1957年当选中国佛教协会常务理事。1958年舍报，世寿82岁、僧腊48年。