在于它是通过实证研究和实验来探究物理世界的。出于这个原因，把本来是属于宗教及神学概念，以大量科学概念及科学术语包装成科学理论或科学定论，如教授创世科学和智能设计论，往往被科学界严厉谴责。最大的争议在于生物的进化，共同始祖、地球历史、太阳系的形成，以及宇宙的起源。如果，某一信仰系统只是认为是出自神灵或启示、而不会自称是科学的、不颠覆经典科学，就不算为伪科学。一些宗教性的论断，例如使用祷告来治病，本来属于宗教及神学，不属科学，如果只是声称出于神的医治或超自然力量的医治，则不属于伪科学。但如果声称可以用科