代就有朱印状，德川时代加以延续，状上会附上详细的航行目的地，以及幕府批准的准确日期，右上角则盖有将军的红色官印。日本西南的外样大名与有势力的商人便在德川家光下令锁国之前，航行着朱印船往来东南亚、台湾、马尼拉之间。
锁国政策.自丰臣秀吉年代开始，日本政府已经发觉西班牙及教会往往会带来的威胁，为免日本被殖民、防止西方思想传入以保障国内政治稳定及意图垄断对外贸易，于1624年与西班牙绝交，亦禁止船只往来日本及菲律宾，1633年正式颁佈锁国令，不准已出国之日本人回国，并于1638年岛原之乱