1604年至1635年的32年间，共有356船次的日本商船得到了海外贸易许可证渡航海外，平均每年有11船次，而不在官方统计的走私船更是不计其数。朱印船主包含大名、幕吏、商人及外国人等100多人，目的地主要有高砂（台湾）、吕宋、柬埔寨、东京、交趾及暹罗等东南亚地区。朱印船贸易促使许多日本人移居海外，迁移到东南亚各地形成日本人町。由于日本需要中国的货物，但不能直接到中国进行贸易，所以日本商人只好南下到台湾与中国商人会合，在此进行生丝、布匹、金银等商品的交易，使得台湾成为中国、日本二地商人的贸易转运站。