派员来台祭祀，天妃宫因而变为天后宫。康熙五十九年（1720年），翰林海宝、徐葆光出使琉球归来，为感谢妈祖保佑而上奏，使得天后宫被纳入春秋祀典，自此改称「大天后宫」，民间又有俗称为「大妈祖庙」。康熙六十年（1721年）发生朱一贵事件，有说法认为朱一贵攻陷台湾府城后，由于大天后宫的特殊来历，遂在此登基为「中兴王」，但是学者毛绍周认为此为后人附会之说，并指出《重修福建台湾府志》一书记载朱一贵是自称「义王」，年号「永和」，以道署为王府。而为了镇压朱一贵的起义，清廷派身为水师提督施琅之子施世骠来台，有说法认为是妈祖显