与随后的局势的发展，导致小琉球岛上的原住民族群被完全消灭。康熙年间朱一贵事件后，该岛被画为禁地，到了同治年间纪录有仅有数十渔民居住。直到光绪二十年（1894年）卢德嘉的《凤山县采访册》纪录有居民四百余户，男女二三千口。1930年时，琉球屿属于高雄州东港郡，有人口4624人。
地理.受黑潮支流影响，小琉球拥有台湾全境最高的年平均海温，海温终年都维持在摄氏25度以上，1月平均海温25.0度，7月平均海温29.4度。冬季时海温比同属台湾着名热带旅游景点的恆春后壁湖的22.0度1月平均