洋战区最高统帅由西南太平洋地区最高盟军司令麦克阿瑟担任。而太平洋地区的其他主要战场，盟军由美国切斯特·尼米兹将军指挥。麦克阿瑟和尼米兹都接受美国参谋长联席会议和西方盟军联合参谋部领导。
日军司令部.西南太平洋战区的大部分日军是南方军的一部分，后者于1941年11月6日组建，由寺内寿一指挥。南方军负责陆军在东南亚和南太平洋地区的地面和空中部队。海军联合舰队则负责指挥所有的日本舰艇、海军航空队和海军陆战队。由于日军在行动层面没有正式的联合参谋部，因此南方军和联合舰队在行动中的指挥结构和