之后，他又陆续转到合作金库以及中国农业复兴联合委员会（简称「农复会」）就职，担任研究员。由于农复会享有美援，待遇相对优渥，李登辉因此在该机关服务12年。在这期间，他曾经于1960年被警备总部会同调查局约谈，未经判决就被拘留四个月半。当时农复会的负责人沈宗瀚委託蒋彦士向情治人员交涉，后来无罪释放李登辉。1961年，在基督教主复宗台北市召会（俗称「台北聚会所」）受洗礼。在此之前，李登辉因为曾文惠的推荐，已经研读《圣经》五年，并跑遍全台北市各地的基督教会。1964年，获得美国洛克菲勒农业经济协会以及康乃