汤姆支付额外费用，进一步拖延了进展。额外的废土最后埋在将在特拉维夫和耶路撒冷之间，谷门转乘站旁边一个新的堆填区。此线在2011年1月和3月分别发生两次火灾，造成隧道倒塌，不过两次都无人伤亡。
意特拉溪.铁路线将通过以及圣经约书亚记提及的地点意特拉溪。这是工程的一个主要环境问题，同时也是环保组织反对的原因。环保组织的运动由的泽埃夫·哈科恩以及的亚伯拉罕·谢克德发起，基于德国隧道工程专家阿尔弗雷德·哈克的意见提出一个新设计，将2号和3号隧道合併成一条较长和较深的隧道，下穿意特拉溪。