不良反应的严重程度可分为I级至IV级。脑病史、血液中低白蛋白水平均可增加异环磷酰胺引发脑病的可能性。在大多数情况下，不良反应能够在72小时内自发痊愈。如果在输液的时候出现症状，应立即停止。严重的（III - IV级）脑病的最有效的治疗方法是静脉注射亚甲蓝，从而减少脑病的持续时间;它在此的作用机理目前尚不清楚。在某些情况下，可在异环磷酰胺给药前用亚甲蓝起到预防作用。对不良反应的其他治疗方法包括白蛋白和硫胺素，紧急情况下则应使用透析。