19年的最后一次修订中，民政部（原民政局）被废除，军事部份也改由台湾军司令官（直属日本首相、不隶于总督府）负责。于1940年代，日本当局为了推行大东亚共荣圈，计画将行政简化和内外地行政一元化，并于1942年11月将掌管日本属地（外地）的拓务省分割改制为大东亚省、内务省、外务省，而原监督管理台湾总督府之角色则从拓务大臣改由内务大臣担任，台湾总督府府内组织于同年12月亦为此进行了大幅度改制。不管怎样变动，约略来说，日治时期台湾总督府的行政组织可分为直属部局、所辖官署与地方行政三大部门。其组织特色为「总督专制