根据启动子特异性地表达，在需要定量或其他实验中慢慢取代了传统的化学染料。更多地，荧光蛋白被改造成了不同的新工具，既提供了解决问题的新思路，也可能带来更多有价值的新问题。
荧光显微镜.GFP和它的衍生物的可用性已经彻底重新定义荧光显微镜，以及它被用来在细胞生物学和其他生物学科的方式。。其中，最令人兴奋的就是用于超分辨显微镜成像。