穆斯林实行伊斯兰教法。触犯教法的男女穆斯林（包括外籍穆斯林）可被伊斯兰教法院判处鞭刑。伊斯兰教法鞭刑比司法鞭刑较轻许多，犯人受罚时穿得严严实实的，由同样性别的行刑官用藤鞭抽打背部，行刑官出手时也不可举起手臂。伊斯兰教法鞭刑在马来西亚较为罕见，但在邻国印度尼西亚的亚齐特区非常普遍。有许多人权组织强烈反对马来西亚实行司法鞭刑。国际特赦组织强力唿吁马来西亚政府立刻废除司法鞭刑，并描述说：“（马来西亚的司法鞭刑使到）每年都有几千人被迫承受系统性的酷刑。”
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