20世纪上半叶，有一些中国人创立的重要教派，例如石美玉创立的伯特利教会、倪柝声创立的基督徒聚会处和赵世光创立的灵粮堂，都发源于上海或以上海为主要基地。1951年传教士撤退以后，由新政府支持的负责具体管理全国基督教事务的中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会设立于上海，现址在九江路上海圣三一堂。1958年实行联合礼拜以后，上海市区的教堂数目从200多所下降到十余所，而这一规模大体延续至今。文化大革命结束后，教堂重新开放，这时出现了基督教信徒人数持续的急剧增长。2005年，上海现有可统计信徒18万多人。开