底核的一部分。也有一些学者主张将杏仁核划入基底核。哺乳类的大脑包含左右两侧的一对基底核，关于大脑中线对称。基底核可以从功能上划分为一系列并行回路，包括骨骼肌肉运动回路，边缘回路和动眼回路等。不同的回路投射到不同的目标区。例如骨骼肌肉运动回路主要投射到丘脑的腹外侧核（Ventrolateral nucleus, VL）。
回路和神经递质.左图所示为基底核的基本内部连接。纹状体（包括尾状核和壳）是基底核系统的主要输入通道。大脑皮层的诸多运动，前额叶和感觉分区投射到纹状体。如表2所示