寺创建年代缺乏资料。21世纪初，据该寺老僧人、70岁的阿旺尼玛说，该寺与热振寺同时兴建。1968年，经墨竹工卡县人民政府批准，该寺开始修复。如今的建筑是1968年后陆续修复的。主要建筑有大殿、佛殿、僧舍等等。邦萨寺收藏萨迦·班智达鎏金铜像，是由阔端（元太宗窝阔台次子）为纪念萨迦·班智达而亲自铸造后赠与的礼物之一，高0.45米。《佛教词典》载，萨迦·班智达是“萨迦五祖”（萨钦·贡噶宁波、索南孜摩、扎巴坚赞、萨班·贡噶坚赞、八思巴·洛哲坚赞）中的第四人，原名贝丹顿珠（1182年－1251年）。自幼随三