1998年5月参加北京大学百年校庆典礼，1999年与第二任妻子陆丙安结婚。旅居法国50年，2001年被南京大学授予荣誉教授称号。2002年3月为南京大学制作大型雕塑「孺子牛」，陈设于南大校园，作为南京大学百年校庆纪念标记。在欧洲期间，熊秉明曾是欧洲华文作家协会会员。2002年12月14日因脑溢血在法国巴黎突然去世，享年80岁。 
逸闻.作为童年好友兼邻居的杨振宁向中国美术馆捐赠熊秉明的三件雕塑作品，分别是《笔架》《骆驼》和《马》。