秘鲁司法部门开始启动对他的腐败调查。1992年4月5日阿尔韦托·藤森发动军事政变，动用军队解散了议会，改组了司法机构。5日当晚，军队前往加西亚家中抓捕他，他仗着身材高大蹿上邻居屋顶才得以逃脱，在朋友家中躲藏两个月后前往哥伦比亚避难，此后9年，一直居住在波哥大和巴黎。在流亡期间，加西亚反思，认为既要坚持阿亚创立的阿普拉主义、坚持民族主义和民众主义学说，又要总结自己执政成败的经验教训，发展阿普拉主义。
东山再起.2000年11月，藤森政府倒台。翌年1月18日秘鲁最高法院取消逮捕加西亚