二十年祭，同时为此将碑前的土地重新整地、植树、新设及整修亡者姓名碑，并在1916年新设了由民政长官下村宏所写的「新修芝山巖记」碑。1917年5月，被视为日人在台教育创始者的伊泽修二去世，故台湾教育会决议兴建「伊泽修二先生之碑」，碑文正面文字为台湾总督明石元二郎所写，此碑于1919年11月完工。1928年6月，台湾教育会召开评议员会，计画兴建芝山巖社（或作「芝山巖祠、芝山巖神社」）作为御即位大礼记念事业，并委託总督府技手井手薰设计。芝山巖社于1929年2月动工，同年12月动工，1930年1月31举行新殿祭，同