奖，加授兵部尚书衔。鲁王朱以海起兵，监国于绍兴，鲁臣不奉福王命令，派兵窥视温州，有兼併的意味。贺君尧部署兵力拒绝。而宁绍道于颖亦受命巡抚浙东。卢若腾遂上疏表示官多民少，号令不一，恐误封疆，希望能够退回自己的浙江巡抚一职，但明绍宗不允许。永胜伯郑彩杀兵部尚书熊汝霖，众臣畏惧其权势，不敢言明；惟有卢若腾直接揭发其罪，朝臣震惊。隆武二年（1647年）六月，清兵攻克绍兴，七月迫近温州，当时，卢若腾与贺君尧率师驻平阳力守，粮绝达六月，卢若腾七次上疏请援，均杳无音讯。城内居民意欲投降，卢若腾悍然拒绝，表