优良的珊瑚区，香港现有记录的84种石珊瑚，在公园内共找到64种。公园有着丰富及多样性的海洋生物，孕育超过120种珊瑚伴生鱼类，亦有巴布亚硝水母（Mastigias papua）、共生曲海绵（Sigmadocia symbiotica）、黑角珊瑚、阿拉伯宝螺、管虫（Protula magnifica）、细纹爱洁蟹、杂色角孔海胆（Salmacis sphaeroides）及方柱翼手参等海洋无嵴椎动物。 红树主要生长于海下湾主河口，是海下湾海岸公园最大的群落，约佔0.53公顷，此外，沿公园岸边亦有较细小的