人遭到处决，并且开始逃难。科普特人对苏丹国籍的限制渐渐增加，他们很难透过出生或归化获得苏丹国籍，因此常在出国旅行时造成问题。没收基督教学校以及在语言和历史教学中强调阿拉伯伊斯兰教，伴随着对基督徒儿童的骚扰和头巾礼服法的引入。一名科普特儿童因未能背诵古兰经而被鞭打。此外，电台停止了基督教週日礼拜的报导。随着内战在整个20世纪90年代肆虐，政府将其宗教热情集中在南方。虽然遭受歧视，但科普特人和北方其他历史悠久的基督教团体的限制比南部其他类型的基督徒少。今天，苏丹的科普特教会正式在政府註册，并免征财产税。