学原有的小学四、五、六年级中英文部及陈瑞祺永援分校的小学一至三年级学生迁来鲍思高，改名为「鲍思高粤华小学」，成为现今鲍思高粤华小学，并增设校监一职，由梁炽才神父担任，目的在于监察学校有否偏离慈幼会办学方针。2001年，本校结束幼稚园原有的学生拨归陈瑞祺永援分校幼稚园。2002年，梁炽才神父离任，江志钊神父接任校监职务。2003年，孔智刚神父离任，郑泰祺神父接任校长职务。2004年，考试制度由四学段改为二学段。管乐团及家长教师会成立。2005年，慈幼会来华百週年庆典及学校命名五週年。参与教青