使他仍待在破旧房子内，生活未获改善。1986年资助其绘画的妻子辞世，令其精神饱受打击，而媒体狂热报导的洪通热潮大约在此时已到了终点。1987年2月23日凌晨一点多洪通于南鲲鯓的家中睡梦中去世，享寿67岁，留下画作约300余幅。同年3月31日于台南法华寺举行告别式，由台南市长林文雄担任治丧会主任委员，日后与妻子刘来豫合葬。
身后.生前各国友人曾力邀洪通参加画展，均被其以担心遗失为由拒绝，1987年9月，美国文化中心艺术家杂志社举办了洪通遗作回顾展，展出作品70余件。被誉为「东