余官员由驻藏大臣分别会同达赖、班禅选补。凡西藏地方边防、驻军、通商(廓尔喀一年可到西藏一次,克什米尔三年一次)、铸币、外国朝贡等事宜，均由驻藏大臣统筹办理。驻藏大臣亦有权稽查西藏地方财政收支；并督察司法、户口、差役（乌拉）等事项。1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行，其中放弃对商上财政的审核权、奏罢训练藏军成例，削弱了此后驻藏大臣的权力，《清史稿》等说使清朝丧失了对西藏的财权和兵权。
上司.驻藏大臣的奏折通常送交军机处处理，但在有危机时由四