第5师参加山东护国军，原本因逃官而遭通缉，但是因袁世凯称帝失败猝逝，护国军改编为正规军，秦德纯的通缉因此撤销。1918年（民国7年），秦德纯任职于山东省第二补充旅第一团副官参谋，后调往段祺瑞由参战军改编的边防军第1师（师长曲同丰）司令部担任上尉参谋，进入皖系运作。民国九年（1920年）考入陆军大学第六期就读。因直皖战争皖军战败，边防军也因此撤销解编，人员装备被吴佩孚所属部队吸收。秦德纯因其资历因此未被遣退，而是继续在直系部队服务，1921年担任孙传芳总部参谋。1922年底，完成陆军大学教育毕业。1923