太平洋战争和马来亚战役在1941年12月相继爆发后，当地局势因日军入侵而急转直下，而槟城也于同月失守沦陷。作为海崃殖民地立法局议员和槟城的华民代表之一，邱善佑在槟城沦陷后即遭日军拘捕。当时日军威迫大马各地的华人代表凑集5,000万马来亚元，作为支持「大东亚共荣圈」的「礼物」，否则予以枪决。受到日方威迫的邱善佑最终交出百万马来亚元，才免遭杀身之祸。1945年8月日本无条件投降后，槟城的地位出现不少转变，由于槟城原属的海崃殖民地在战后遭到解散，结果当文治政府于1946年恢复后，槟城被归併入马来亚联邦，成为联