。2003年自台北市政府文化局卸任后，任香港城市大学客座教授、香港中文大学客座教授和台湾国立清华大学讲座教授，获香港大学孔梁巧玲杰出人文学者。发表探讨台湾、香港文化与处境的文章，结集为《面对大海的时候》、《思索香港》等书，引发讨论。2009年出版《大江大海一九四九》，影响广泛。2005年7月，成立龙应台文化基金会。2012年，龙应台任中华民国文化部部长，并于2014年随内阁总辞卸任。2017年后，为了照顾高龄的母亲，迁居屏东县潮州镇，并在2020年出版首部长篇小说《大武山下》。