美国空军合作的「天马项目」，试图提炼出魔方能量加以利用，但却造成魔方能量数值持续攀升。资深探员菲尔·考森和玛莉亚·希尔受尼克·福瑞局长的命令疏散整座基地，而魔方于地下实验室自行开启传送门将洛基传送过来。洛基杀光所有护卫后，用他手上的一把能灌输能量的权杖，洗脑操纵住福瑞的亲信克林特·巴顿，以及帮神盾局着手魔方项目的科学家艾瑞克·赛维格，在他们的陪同下带着魔方坐车逃离基地。没过多久，流出的能量爆发造成基地完全坍塌，福瑞为了应对外来威胁而命令所有人备战。考森相继召来正在卧底的特工娜塔莎·罗曼诺夫、因为伽玛射线