州、凉州等诸州军事，且代汝南王司马亮守卫关中地区兼加衮冕侍中衣服。司马骏不但扶御有功，颇有威望，而且成功劝服农桑两户与士卒平分力役。另外，他与同僚将帅士兵各自限田十亩，因此而获得良好名声。而他也曾下诏遣普下州县人民各务农事。在咸宁初年，鲜卑族首领秃发树机能发动叛变。司马骏讨伐叛党大获全胜兼斩三千余首级。他于是获进升为征西大将军，开府辟召，礼仪与三司一样，并且可以持节都督。一如以往得到的待遇。不久，司马骏遣七千人代凉州守兵，秃发树机能等人企图先劫佃兵。司马骏得知消息后便任命平虏护军文俶督凉、秦、雍州各路军