藤飞驒守等事，无法得到家臣的信望。同年，在森部之战中，失去斋藤六宿老中的日比野清实和长井卫安等人，遭到织田信长入侵美浓。永禄5年（1562年），有力豪族郡上八幡城城主远藤盛数病死。
美浓攻防战.为了应付信长的侵攻，打算与的浅井长政（曾是父亲义龙的进攻对象）结盟，不过被信长抢佔先机，于是长政与信长结盟，结果长政亦开始侵攻美浓国。此时，从义龙时代开始就是同盟的六角义贤侵攻浅井领地，于是长政撤退。永禄5年（1562年）起，斋藤龙兴透过三好家臣伊势贞助跟控制近畿的强豪三好长庆往来，