日病笃，饮食即吐，小便癃闭。6月5日中午袁猝晕，6月6日上午10时15分袁逝世。袁谢世之日，他的书案上有他亲笔书写的一句话“为日本去一大敌，看中国再造共和”。
身后.尽管他在遗嘱中说“余之死骸勿付国葬，由袁家自行料理”，继任者黎元洪则以“民国肇建，...（袁世凯）奠定大局，苦心擘画，昕夕勤劳，天不假年...所有丧葬典礼...务极优隆，用符国家崇德报功之至意”命国务院为袁世凯举办一场集古今中外皇庶官民新旧典章于一举的国葬。令各官署、军营、军舰、海关下半旗二十七日，6月28日出殡日全国