汉人比例增加，地名遂由「内围社」变成「内围庄」。日治时期，因日治初期台湾中南部尚有反抗活动而无法实施区划，内围地区暂由派出性质的台南民政支部凤山出张所打狗事务所管辖，1896年3月中南部大致平定而设县，内围地区划为台南县凤山支厅管辖，隔年台南县分出凤山县，内围地区改为凤山县打狗辨务署管辖，隔年又因行政组织缩编将凤山县併回台南县，打狗辨务署亦併入凤山办务署。1901年时，全台行政区划重划，凤山辨务署辖区改为凤山厅，内围又改由凤山厅打狗支厅管辖，1909年时则凤山厅併入台南厅，内围地区归台南厅大狗支厅的埤仔