兵将足利义昭放逐河内，此城便被焚毁，在其它地方另筑二条御所，之后献给皇太子。以及丰臣秀吉最初的京都居城，正名「妙显寺城」，又称为「二条第」。但是一般所提及的二条城，是德川家康筑城的二条城（朝廷则称之为二条亭）。1867年（庆应3年）第十五代江户幕府将军德川庆喜，在二条城举行「大政奉还」仪式，将政权归还给了明治天皇，二条城因而闻名。1871年（明治4年）二之丸御殿作为京都府厅舍。1873年（明治6年）除二之丸外归陆军省。1885年（明治18年）京都府的新厅舍完成移转新址后，二之丸御殿开始修理直到1892年（明