年十一月，改吏科都给事中，崇祯五年（1632年）正月，降左给事中，之后改太常寺少卿。崇祯九年（1636年）以都察院右佥都御史、巡抚山东。崇祯十一年（1638年）冬，清军经居庸关入华北，南下山东。杨嗣昌令颜继祖专防德州，济南空虚，不久清军破城，山东布政使张秉文、巡按御史宋学朱、副使周之训、翁鸿业等殉国，德王朱由被捕。事后，言官交章弹劾，颜继祖上疏归咎于杨嗣昌，自请撤职，然而崇祯帝坚持将其下狱，不久弃市。
着作.着有《又红堂诗集》七卷、《又双鱼集》七卷。序《萝轩变古笺谱》上、下两册。