“忠节”，以彰义忠。之后建祠于府城，以南明诸臣114人配享，春秋两季加以祭祀。沈葆桢并亲手书写对联云：“开万古得未曾有之奇，洪荒留此山川，作遗民世界；极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。”
两江总督兼南洋大臣.光绪元年（1875年），沈葆桢回中国大陆，上燕京后，被任为两江总督兼南洋大臣，负责督办南洋水师。沈葆桢以朝廷经费有限，分散建南、北洋水师感到不足，主动提议先集中力量建北洋水师。
逝世.光绪五年（1879年），沈葆桢在江宁病逝于任上。