99年财政年度收入为0，公司2000年上半年销售利率下降一半，股票价值下跌40%。艾尼克斯又在2001年日本《勇者斗恶龙怪兽篇2》的销售延迟中进一步受损，2001年上半年利润跌幅89.71%。史克威尔也在2001年遭遇财政困难，主因是剧情片《最终幻想：灵魂深处》的票房失败。然而，在2002年11月26日，艾尼克斯与史克威尔宣布，为相互降低开发成本并与国外开发者竞争，将在次年进行合并。合并延迟到2003年4月1日，随着合并，新的公司史克威尔艾尼克斯出现。艾尼克斯与史克威尔的合并至少在2000年就有过考虑。