61年（正平16年 / 康安元年）与执事细川清氏、畠山国清敌对的仁木义长投奔南朝，不久以后，细川清氏又在佐佐木道誉的谗言下叛降南朝，并协助南朝再次短暂地攻佔京都。1362年，在细川清氏、畠山国清先后失势后，足利义诠任命斯波义将为管领。1363年大内氏、山名氏先后前来参谒，幕府政权得到巩固；同时仁木义长和桃井直常、石塔赖房回归幕府，推进了同南朝的讲和。同年在义诠的奏请下，后光严天皇下诏编纂第19部敕撰和歌集──《新拾遗和歌集》。1365年阴历2月将邸宅迁到了三条坊门万里小路的新邸。其间义诠着手整备诉讼制度，缩