朝将军荀法尚、陈纪投降，侯莫陈颖和段文振渡长江安抚。担任饶州刺史，没有赴任，转任瀛州刺史，有善政。在职数年，因秦王杨俊有罪被连坐免官。百姓哭泣相送，为侯莫陈颖立碑彰德。不久，检校汾州事，后任邢州刺史。仁寿年间、吏部尚书牛弘巡察山东，侯莫陈颖政绩第一，被隋文帝杨坚赞赏。当时岭南地方的刺史、县令贪污之人很多，少数民族经常叛乱。隋朝于是派遣清廉的地方官收拾人心，于是召回侯莫陈颖。数日后，侯莫陈颖进位大将军，被派遣担任桂州总管十七州诸军事。到任后，侯莫陈颖大施恩惠、讲求信义，百姓、少数民族都高兴归附、溪洞的越族归顺