微生物的休息或是休眠阶段，多半是出现在细菌或是原生生物、无嵴椎动物偶尔也会有此阶段，此一阶段是让生物体可以渡过不利的环境变化，此阶段可视为是暂停生命，生物体的代谢变慢，并且停止进食及活动等行为。包囊形成（Encystment）也有助于微生物的散播，从一个宿主移到另一个宿主，或是移到更适合的环境。若微生物囊到了适合生长及存活的环境，其包囊会破裂，此一程序称为脱囊（excystation）。不利的环境包括缺乏营养或氧气、极端的温度、没有湿气或是存在有毒物质等，这些不利于微生物生长的条件会让包囊开始形成。