水质恶臭且混浊。东港溪上游原有一处鳄鱼养殖场，因为六一二水灾的关系，导致养殖场的眼镜凯门鳄被沖入东港溪，目前已在溪流中繁衍后代。据最近的捕捉纪录显示，河中最大的眼镜凯门鳄约有1.5米以上。
截弯取直.自2010年开始,水利署于万丹乡兴化村、竹田乡凤明村、崁顶乡力社村交界一带,同时也是麟洛溪(亦称隘寮溪)汇入点进行截弯取直的治水工程,原本的东港溪在流经兴社大桥后,会转向东流并画出直径约500~600公尺的半圆,再往西与麟洛溪交会。工程进行首先拆除连接兴化与力社的兴社大桥,再沿半圆直径