迁为若狭小滨城主，封地也仅余若狭十二万石。之后在天正十五年出兵九州时，丹羽长重再度被丰臣秀吉以丹羽军兵士违反军律的借口褫夺若狭的领地，减封为加贺松任城主，领地大幅缩水至四万三千石，自长秀以来的重要家臣如长束正家、村上义明、沟口秀胜、户田胜成等人也相继被丰臣秀吉策诱招募，转仕丰臣家。
小松宰相.庆长3年（1598年）4月，丹羽长重在文禄之役侵略朝鲜时立功，于是统算他自小田原征伐以来的功绩，加封加贺小松八万石，加上松任的旧领，封地共达十二万五千石，官拜从三位参议兼加贺守，随后丹羽长重移