之后当革命党拿下南京，宋以其卓越手腕，调和诸将矛盾，于孙文回国前，掌握南京政务。
民国成立.1912年（民国元年）1月1日，中华民国在南京成立，被任命为法制局局长，起草了一部宪法草案《中华民国临时政府组织法》。2月1日，宋教仁自桃源起身，经长沙、汉口沿江东下；嗣在上海、杭州、南京等地视察党务。宋任政事部主任干事。4月27日，出任唐绍仪内阁的农林总长。7月，因不满袁世凯破坏《临时约法》，辞去农林总长之职。7月16日，中国同盟会本部举行全体职员大会，讨论会务。代理总务部主任干事魏宸组提