SBML和CellML两种格式上传到数据库中。当模型上传后，系统会自动校验模型，并生成更多的数据格式供科研人员下载使用：SBML, CellML, XPP, SciLab, BioPAX和一些图形格式， 如GIF, SVG和applet。模型也可通过Web服务查询获取。
学术期刊的支持.当前BioModels Database得到很多期刊的支持。当一个生化模型的科研人员在发表关于生化模型的学术文章前，这些期刊会推荐作者将模型存在BioModels Database里。当文章发表时，