后，银杏长期被归于裸子植物。但随着大量化石的发现和分子生物学的发展，人们发现裸子植物并不是一个单系群，一般把各类裸子植物都被提升到门的分类阶元。由此，银杏类植物也被提升为银杏门。
分类.
形态属分类.银杏类化石的极为庞杂，大部分是营养器官，只有很少的化石是繁殖器官。常见的营养器官形态属有:常见的繁殖器官形态属有：
系统发育分类.周志炎 （1997，2003）依据繁殖器官，在系统发育分析的基础上对银杏目植物重新进行分类，是现在能