与海水温度的关系用到古气候研究中，研究地质时代的气侯变迁与冰川消长的原因以及海底地形等问题。1937年芦沟桥事变爆发，中国内陆各省食盐短缺，马廷英应政府之请，到沿海地区及其他各个产盐地进行勘量，并且指导开采井盐、岩盐的方法。1938年，应东北协会主持人齐世英的邀请，兼任东北中学校长（该中学成立于沈阳，九一八事变后迁到北平），率领已从北平迁至南京的师生继续迁移，经湖北、湖南、贵州各省而抵四川，到自贡自流井静宁寺复校。此后他辞职，重新投入研究工作。1940年任中国地理研究所研究员兼海洋组主任。1942年，率领中