续抵制三自或是之后推出三自的教会陆续被破坏或者转入地下。随着中国逐步开放门户，外国人进入中国的渠道简化不少，很多西方的宗教机构便开始尝试联系中国内地的信徒。对于罗马天主教，教士阶层虽拥有某些特权，但其地位低于教宗和本地机杼，亦唯有教宗才可以委任教士和行按手礼。教宗作为信徒的领袖，无法接受承认中国本地主教而不承认罗马天主教机杼的做法。而基督新教方面，一个教会组织的自立程度不是一个原则性的神学问题，但认为三自教会接受政府领导，便已不是真正的自立。中国三自教会的神学理论被很多人认为是属于自由派神学（三自教会自