该寺的开始，该世系也成为强巴林寺第一大活佛系统。由此形成了历代帕巴拉活佛担任法嗣堪布，住持该寺的惯例。只有在帕巴拉活佛圆寂或年幼时，由谢瓦拉活佛、甲热活佛、贡多活佛三位中，推荐一位住持该寺政教事务。西藏和平解放前，昌都宗是帕巴拉活佛掌权的封地，实行政教合一的统治。帕巴拉既是强巴林寺最高宗教领袖，又是昌都宗最高行政首领。帕巴拉政教合一的机构分为“孜勒空”、“雪勒空”。强巴林寺有五大活佛世系，依次为帕巴拉活佛、谢瓦拉活佛、甲热活佛、贡多活佛、嘉热活佛。这五大活佛世系的关系，在《土观宗派源流》中有记载：“