天安门事件过后，香港移民台湾的人数达到一年逾3,000人。香港、澳门回归后，中华人民共和国获得两地主权，港澳居民转化为中华人民共和国公民。中华民国政府将港澳定位于有别于大陆地区的特别区域，不再是侨区。中华民国政府不再向港澳居民核发华侨身份证明书。中华民国政府在1997年制定《香港澳门关系条例》，对港澳居民相关事宜进行管理。港澳居民可通过申请香港澳门居民台湾地区居留证，取得台湾地区的永久居留权。2012年，移居台湾的香港人逾600人，达到2001年以来之高峰，比较过去几年平均每年约200人，急升两倍。