2018年，王晓波经历小中风后，多次进出医院。2020年7月开始，出现肺积水病情恶化并于三军总医院治疗，情况虽稳定但身体虚弱。之后因个人表示希望回家，并由家属带回休养；于7月30日凌晨辞世于家中，享寿77岁。
着作.先后在台湾出版《先秦儒家社会哲学研究》、《先秦法家思想史论》、《韩非思想的历史研究》、《台湾史与台湾人》、《台湾抗日五十年》、《道与法：法家思想和黄老哲学解析》等着作，另编有《乙未抗日史料汇编》、《台胞抗日文献选新编》、《二二八真相》等：