洞穴中的桨足纲，但它们没有留下化石。最早的甲壳亚门化石出现于寒武纪。至今已发现的有鳃足纲、颚足纲、介形亚纲和软甲亚纲动物的化石。介形亚纲动物从出现以来就是浮游动物的重要组成部分。它们的壳常在沉积岩中出现，因此是重要的指标化石。在化石中常出现的还有藤壶。
分类.一般甲壳亚门动物与气管类动物（昆虫和蜈蚣）被看作是姊妹群。一些学者认为昆虫和蜈蚣是甲壳亚门内的动物。这个意见的由来在于对这些动物的胚胎发展的讨论。通过分子遗传学的研究和对精子结构的研究今天普遍认同过去属于独立的门的五口