23日，强台风刮倒学校大礼堂、办公楼，加之蒋军炮击，学校决定迁至塘边社建设新校舍。1960年，新校舍正式建立。这时学校有6个年级18个班，学生844人，教职工62人。1962年，郭沫若为学校题写校名。1966年“文革”开始，学校全面停课，9月，成立“红卫兵”总部，师生外出“大串联”。1968年上半年，“军宣队”进校，师生陆续回校，班级编为连、排建制。10月，厦门前线人民公社农业中学并入三中。月底，成立“厦门市第三中学革命委员会”。1969年10月学校复课。1970年设高林、西林、曾塔三个分校；8月，改校名