共组『山盟』，计画提出二十一世纪台湾的新愿景。2001年与2004年，以无党籍参选人身分于台北市北区参选立法委员，皆未能当选。其中2004年的诉求是推动内阁制，不问蓝绿只要黑白。2002年，参选高雄市长，主张高雄应成为自由港，作为台湾的香港与阿姆斯特丹，与中国重要港市直航，以因应全球化的经济变革。然而未能获得多数支持，终究落选。2003年，施明德应邀前往美国乔治梅森大学担任客座教授一年。这一年中，施明德在两岸事务上提出「一中欧盟化」的新主张，盼望打破两岸的僵局；对内提出内阁制的宪改方案，企图终结