宗室刘茂聚兵在京、密之间，自称为厌新将军，攻下颖川、汝南，人数达十余万人，耿弇与骠骑大将军景丹、强弩将军陈俊在敖仓攻击他们，将他们全部击破降伏了，刘茂投降，被封爲中山王。七月己亥，光武帝刘秀抵达怀，派耿弇率领彊弩将军陈俊在五社津驻军，负责荥阳以东的防务，吴汉则率领十一将军围困洛阳的朱鲔。建武二年正月庚辰（公元26年2月22日）刘秀封诸功臣为列侯，耿弇被更封为好畤侯。建武三年（公元27年）二月，在大司马吴汉属下与虎牙大将军盖延在轵西共破青犊贼。四月，刘秀亲征，邓奉投降，刘秀想要宽宥他，但被耿弇、岑彭两人谏