塞家族绝嗣后波旁家族继承了这些遗产，在费迪南多一世在位时期博物馆的收藏遭遇了巨变，因拿破崙于18世纪末佔领了拿坡里，费迪南多一世仓皇地将部分馆藏随着他一起流亡至巴勒摩，拿破崙更将部分藏品运回巴黎，剩余的馆藏也于1806年被搬出宫殿并被安置在现今的拿坡里国立考古博物馆，尽管历经周折，在波旁王朝复辟后大部分馆藏都被寻回，且由义大利各地陆续运送艺术品至此，其中圣玛蒂诺修道院提供了超过350幅的画作，大部分堪称精品，之后博物馆也持续收购许多画作，其中较着名的为收购了枢机的大量收藏及阿方索四世·德·阿瓦洛斯侯爵（Al