通判宜州，侬智高入寇，转运使发檄文要吕璹发兵会合，有人劝他不去，他不听，率二千人抄侬智高贼后路，得到很多首级和俘虏，安定了地方。撰写《征蛮录》一卷。历任漳浦令。漳浦县处山林蔽翳间，百姓遭受瘴雾蛇虎之害，吕璹教民焚燎而耕，使其免于这些灾害。任上因开漳圣王陈元光将军父子有功于闽地而史书阙载，作诗《威惠庙》：建立学校，选择老师，招募民兵以抵御汀州、虔州盗贼。离任后，百姓为他立生祠。后为开封府司录，嘉祐六年（1061年）十一月讯问宦官史志聪指使卫士伐木一案，官吏多为史志聪回护，吕璹坚持办案，史志聪被贬。