简易车站，不设有站舍。车站出入口同样位处国道55号“土佐滨街道”旁，不过相比邻站浅川站建筑在山坡上而要行一段颇长的斜道，本站位于路面，乘客只需沿楼梯或斜道便能到达月台。入口旁设有单车停泊处、停车位及广场，旁边建有「阿波海南站站前交流馆」．另一边则为便利商店。
月台配置.车站只设有侧式月台1个，列车不能交换轨道，有效长度为3辆。有盖候车亭及月台出入口均设于月台末端向浅川站方向。列车靠站时，下车为左边方向，上车为右边方向。过往在向海部站方向的路轨曾经设有路轨转辙器，能通往旁边已弃用