亲自担任第一任院长。每年都有来自西藏、青海、内蒙古等地的活佛及高僧在该院接受高等佛教教育。中国藏语系高级佛学院在塔院的后身还新建了藏式风格的办公教学楼，称“阳光楼”。2004年起，西黄寺每年举办盛大的辩经法会，且在辩经法会结束后授予11位藏传佛教高僧“拓然巴”高级学衔，此为新型的藏传佛教最高学衔。西黄寺为中共中央统战部管理，一直不接纳游客参观。
清净化城塔院的修复.2006年9月22日至2008年8月31日，中国藏语系高级佛学院对西黄寺（即清净化城塔院）进行了21世纪的第一次部