月30日，东帝汶举行全民公投，最终独立，当天托布鲁克号带着一部出发，以备从东帝汶撤离澳大利亚人和其他外国人的需要。东帝汶在公投后陷入动乱，9月中旬印度尼西亚政府同意国际维和部队（）进驻东帝汶。9月18日，托布鲁克号在英国驱逐舰护送下离开达尔文，21日抵达帝力。接下来9、10月间托布鲁克号6次前往东帝汶，直到11月才返回悉尼整修。2000年3、4月托布鲁克号又两度前往东帝汶。
2000年以后.2000年年中，所罗门群岛发生政治危机，6月初乌鲁法阿鲁总统被民兵劫持并随后辞职。6月8日，