城门下祭祀土地公外，东门城上供奉关圣帝君、西门城供奉妈祖、北门城供奉玄天上帝，现在这三尊分别在嘉邑东门东安宫、嘉义市朝天宫、开甲庙。镇南圣神宫为嘉义市1964年以前祭孔典礼的地点，市长会担任主祭。后因附近渐集结摊商成市造成人车拥挤，当地政府遂另建嘉义孔子庙。嘉义孔子庙祭孔时，乐仪队会迎请镇南圣神宫孔子神像于祭孔大典中观礼。在释奠仪式结束后，孔子像会遶境市区，并到民族国小参与敬师活动。