学生的建议之后，神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世于1158年颁布法令，规定了大学不受任何权力的影响，作为研究场所享有独立性，博洛尼亚大学的身份由此确定。
14-15世纪.从十四世纪开始，继法学之后博洛尼亚大学又迎来了众多研究逻辑学、天文学、医学、哲学、算术、修辞学以及语法学的学者。1369年，博洛尼亚大学建立了神学院。科学史和文学史上的一些重要学者曾经在这里求学、研究或从事教学工作，其中最着名的有圭多·圭尼泽利、但丁、 弗朗西斯克·彼特拉克、奇诺·达皮斯托亚（）、切科·达斯科利、雷·恩佐