也是造成高原脑水肿的原因之一。这些原因导致脑中充满液体，并造成严重的损害，例如脑肿胀如果不立即治疗，则会因脑疝而死亡。脑肿胀可能是出自于血管性水肿，也就是液体渗透过了血脑屏障，这个过程已经由MRI研究得到证实。缺氧导致细胞外液增加，通过了大脑内的血管内皮细胞，有可能是因为压力或是发炎而造成内皮细胞的体液洩漏。在MRI的研究发现高原脑水肿的患者通常胼胝体会有微出血，缺氧也可能使微血管通透性增加。据推测，高原脑水肿的主因可能是因为血管内皮生长因子所造成的血管通透性增加。在MRI的扫描中，高原脑水肿的患者在胼