任李登辉副官十四年，并受到李登辉影响坚决反共。一般军官多认为担任总统副官后可以飞黄腾达、平步青云，但王燕军却认为当总统副官工作太累，反而想回部队带兵，后因李登辉与王燕军感情融洽，李登辉也时常指定书目给王燕军阅读，王才不再打算离开。李登辉卸任后，王燕军退伍改为经商。2010年6月因为李登辉一句话「我老了，都被人欺负」，要王燕军回来帮忙，故王燕军重返李登辉身边，接下无给职的李登辉办公室主任、群策会秘书长职务，从2015年开始才在李登辉基金会领薪水、任全职。2020年7月底李登辉辞世后，总统府在台北宾馆设