兵责”为由，“特授（年羹尧）四川总督，兼管巡抚事”，同时改川陕总督鄂海为陕西总督。康熙六十年（1721年），又以年羹尧兼理四川陕西总督事，鄂海专办军粮事务，将四川陕西总督复合为一。雍正帝即位初年，西北局势不稳，青海台吉罗卜藏丹津起兵反清，被年羹尧、岳锺琪等率军镇压后，逃往准噶尔汗国。雍正七年（1729年），清廷要求遣返罗卜藏丹津未果后，再度出兵征讨准噶尔。雍正九年（1731年），因西陲战事需要，改川陕总督为陕甘总督，另单设四川总督。雍正十三年（1735年），因准噶尔战事结束，复设川陕总督，裁撤四川总督。