年，日本和南非建立外交关系。八年后，日本在开普敦设立领事馆。在南非种族隔离时期，日本是少数与南非有外交关系的亚洲国家之一。而在当时移民南非的日本人更可获「荣誉白人」的身份，除不具有投票权和被选权外，在南非的其他待遇与白人无异。1992年6月，时任南非国家总统弗雷德里克·威廉·德克勒克访日，成为首位访日的南非国家元首。1994年，日本和南非建立全面外交关系，但与此同时，两国更大的合作空间却因本国官僚及体制冲突而有所限制。2001年1月，时任日本首相森喜朗访问南非，成为首位访问南非的日本政府首脑。201