控制多孔性（porosity）的交联聚合物。在分离蛋白质或小的核酸（DNA、RNA，或寡核苷酸）的时候，凝胶通常是用不同浓度的丙烯酰胺和一个交联剂聚合而成，形成不同大小网眼的聚丙烯醯胺网状系统。分离较大的核酸（超过几百个硷基对时）较常用的基质是纯化的洋菜胶，洋菜胶是海藻（seaweed）的萃取物。在以上两者里的凝胶都是形成固体但是具孔隙的基质，外观和触感都像透明的果冻。不像聚丙烯醯胺产物，丙烯醯胺本身是种神经毒素，需要按良好药品实验研究规范（Good Laboratory Practices，GLP