与癌症有高关联性，罹患自体免疫性疾病会增加某些癌症的风险或机率。自体免疫性疾病透过各种机制引起发炎，造成发炎的方式并不会大幅影响罹癌风险，相对的，风险取决于自体免疫性疾病增加了癌症相关的慢性发炎。常见与癌症相关的自体免疫性疾病包括：乳糜泻、炎症性肠病（克隆氏症和溃疡性结肠炎）、多发性硬化症、类风湿性关节炎、和全身性红斑狼疮。
例子.以下是自体免疫性疾病的一些例子。有关更详尽的资料，请参见。
乳糜泻.乳糜泻与和淋巴球增生性癌症有很密切的关系。在乳糜泻，自体免疫