41年太平洋战争爆发后，日军接管上海租界，同仁医院建筑被日军佔领。医院一部分迁往爱文义路（北京西路），与广仁医院合并，另一部分搬迁至大西路、忆定盘路（延安西路、江苏路）并改名同仁第二医院。1945年第二次中日战争结束后，圣约翰大学将校门东边的梵皇渡路（万航渡路）一块土地划给同仁医院作为新院址。中国高等院校院系调整后，圣约翰大学撤销，同仁医院成为独立医院。1955年，同仁医院被政府卫生部门接管。文化大革命时期，医院改名为东风医院。1977年，医院搬迁至愚园路738号，1979年恢复同仁医院的名称。1970年代