方面来评估，即结构性、神经性及功能性的缺憾。所有上述的诊断系统都可以评估中央神经系统的受损，但标准不同。医学机构系统需要结构性及神经性缺憾来诊断胎儿酒精综合症。四位诊断代码及美国疾病控制与预防中心指引则要量度在3个或以上功能区的异常达至2个或更差的标准差。四位诊断代码进一步说明了中央神经系统受损的程度：
结构性破坏.脑部的结构性破坏是可见的，孕期酒精暴露会对脑部或其结构造成物理性破坏。结构性异常包括头小畸形，或其他脑部结构异常，如胼胝体的发育不良、小脑发育不全。确定头小畸形