将士书，回广州祭奠，并整理校务。后于7月1日陆海军大元帅大本营改组为国民政府。
两次东江战役的间期.6月，滇军杨希闵、桂军刘震寰发动叛变，蒋奉命令兼任广州卫戍司令，东征军右路军迫于后方变故，放弃刚战胜收复的县城西返，黄埔教导团由东江反攻广州，粤军则由广九铁路反攻。6月5日，大元帅府免去二人的滇、桂军司令之职，下令各部重夺广州。广州国民政府蒋为总指挥。杨希闵在反叛广州国民政府时，并没有让建国滇军属下完全得知，因此起事后，建国滇军第三军军长胡思舜与建国滇军第二师师长廖行超借故拖延布署，