清朝实施迁界令，鸡笼营运毫无起色，荷兰人遂退出鸡笼。另一方面，清朝也因缺乏强大水军，暂时放弃进攻台湾，让郑氏王朝得以在台湾存续。
初次接触.1653年，为了让清朝开放贸易，荷兰人与镇守广东的尚可喜、耿继茂交涉，却被两人以须得到顺治帝同意为由所拒绝。为此，巴达维亚当局于1655年派出使节团前往北京，获得顺治帝接见。不过顺治帝只把荷兰看作系前来朝贡的藩属，只同意每八年一次的朝贡贸易，而非自由通商。虽然这次交涉并不如预期，但至少清朝已不再视荷兰人为海盗，扭转了五十年来中国朝廷对荷兰人