魏投降南梁，元肃逃回朝，被授予给事中，转任直寝将军，又任直阁将军。天柱大将军尔朱荣在晋阳发兵时，元肃也参与了谋划。魏孝庄帝元子攸登基后，于建义元年四月甲辰（528年5月21日）封直阁将军元肃为鲁郡王，食邑一千户。当时北魏新设置了广州，就任命元肃为持节、后将军、广州刺史，很快调任卫将军、肆州刺史。元肃的弟弟元晔登基为皇帝后，封元肃为侍中、太师、录尚书事，很快改任使持节、都督青胶光齐南青五州诸军事、骠骑大将军、东南道大行台、青州刺史，没能赴任。普泰元年三月癸酉（531年4月5日），元肃被征召回朝担任太师。永熙二