，自幼好学，常夜读达旦。曾在常州龙城书院求学。隆庆四年（1570年），补邑庠生员，治程朱理学，曾到常州府知府施观民创办的龙城书院读书，期间「以文名世坊间。所刻诸论，皆其历试冠军之作」。万历四年（1576年），举乡试第一，万历八年（1580年）成二甲第二名进士，授户部主事，与李三才一起编纂《万历会计录》。万历十年，调任吏部稽勋司主事，历任考功司，与同年中举的魏允中、刘廷兰一起批评时政，反对首辅张居正。张居正病卒后，顾宪成改任吏部主事。请告归三年，补验封司主事。万历十五年（1587年），因与内阁对立，谪官桂