很多。例如粉岭站来往上水站的成人八达通车资为港币$3.9，而上水站来往罗湖站或落马洲站的成人八达通车资为港币$25.6，同样只乘搭一个车站，但车费却昂贵逾6倍。另外，当部份东铁线的港铁列车在本站清客后，便会暂停服务，返回何东楼车厂或前往罗湖编组站和上水屠房停泊。届时有关列车广播会在进站前提醒所有乘客下车，列车抵站后只打开岛式月台那边的车门，不会打开侧式月台那边的车门。
逃票问题.由于本站车费高昂关系，故此本站的逃票问题非常严重，这些逃票人士包括部分经常往返粤港两地的平行进口货品