藏本别建秘阁，分设“内藏西库”。崇文院藏书经常外借，丢失情形十分严重，宋真宗说：「近闻图书之府，甚不整齐；假借之余，散失尤多。」大臣朱昂曰：「院中四部书为朝廷所借者，凡四百六十卷。」。真宗大中祥符八年（1015年），崇文院大火，损失严重。仁宗景祐年间，王尧臣、张观、宋祁等奉诏编撰《崇文总目》，费时二十五年乃成，着录四部图书凡30669卷。