灵宫等建筑被奉军拆毁。中华人民共和国时期，元灵宫旧址成为北京市朝阳锅炉厂。“1985年4月4日实地考察时，元灵宫旧址为朝阳区锅炉厂占用，该厂门外西侧路南还存有原元灵宫中的石碑碑座，甚巨大。”元灵宫位于南苑小红门内稍西。其地在姚家村南，凉水河东北岸，北京地铁亦庄线以西。上文提及的“原元灵宫中的石碑碑座”是一个龟趺，位于北京市朝阳锅炉厂北门（位于南顶村路南侧）外向西行十多米处，南顶村路南侧。21世纪初，该龟趺嵌在临街的一户民居的墙下，头部已被砸断。日本东京大学东洋文化研究所藏有一张《南苑内元灵宫图样》。