诺·科托内、布林迪西的马加里托领导的抵抗。围城持续到8月，瘟疫流行，波希米亚公爵康拉德二世和科隆大主教菲利普相继去世，亨利六世也染病，虽然痊愈，却被讹传死亡，只得解围撤军。坦克雷迪在反扑时俘获了科斯坦察皇后，并将她囚禁在那不勒斯的蛋堡直至次年5月在教宗雷定三世施压下将其释放。1194年亨利六世再次征讨西西里时，阿利杰诺·科托内不战而降，西西里王国最终由霍亨斯陶芬王朝继承。腓特烈二世在该市创建了世界上最古老的国立大学：那不勒斯费德里克二世大学，使那不勒斯成为王国的知识中心。由于霍亨斯陶芬王朝与教廷发生冲突