地面为南桂路、新浦路及附近建筑，地下一层为站厅；地下二层为2号线月台层。
站厅.为方便乘客进出，南浦站站厅的付费区设于站厅西侧，站厅付费区内分别设有三条扶手电梯、一台专用电梯以及一组楼梯各自分别连接两个站台。南浦站现时设有便利店、鸭脖店等。站内亦设有中国建设银行自动柜员机、自助售卡/充值机以及好易自助服务机。
月台.南浦站设有一个岛式月台和一个侧式月台，位于南桂路地底。另外，本站设有一条贯穿车站的存车线。当2号线的南段出现故障时，往广州南站方向的列