勅使近卫前久的仲介和织田信长讲和，退出石山本愿寺，隐居纪伊国鹭森（和歌山县和歌山市）。但是，教如主张继续抗争。因此，教如被显如「义绝」（断绝关系），义绝后教如继续在石山本愿寺兴兵抵抗。8月，受近卫前久说服，将石山本愿寺让渡信长。教如退出大坂后，流转纪伊、美浓、飞驒、越前、越中、安艺、播磨各地，继续反对信长。天正10年（1582年），本能寺之变，织田信长被害。后阳成天皇建议之下，显如赦免教如。
本愿寺继承.文禄元年（1592年），显如圆寂后，教如继承法主。教如重用石山合战的强硬派