被合併而仍隶台北县。直至明治三十四年（1901年）实行二十厅制，南庄地区改隶新竹厅南庄支厅，行政区划才算稳定下来。日治时期制订规章许可制脑，并鼓励日本人入山经营脑业。明治三十五年（1902年），日阿拐不满日本制脑业者怠慢付工资且强夺祖传土地，遂联合泰雅族鹿场社及苗栗、新竹诸社，攻击南庄支厅及各地隘勇监督所。日方派兵讨伐月余才告平定，史称「南庄事件」。大正九年（1920年），废除厅、支厅、区，改设州、郡、街庄，南庄地区改制为新竹州竹南郡南庄，并设立庄役场，下辖员林、大南埔、四湾、田尾、南庄、北狮里兴6