，司马伦篡位，以司马肜为阿衡，给武贲百人，轩悬之乐十人。同年司马伦败亡，齐王司马冏主政，以司马肜为太宰，领司徒，又代高密王司马泰为宗师。
谥号之议.永宁二年五月乙酉（302年6月18日），司马肜去世，丧葬依汝南文成王司马亮故事。博士陈留人蔡克议谥号：「司马肜位居宰相，责深任重，皇族中尊贵而血缘亲近，而且是宗师，是朝野都仰望曕视的人。但大事来时，没有坚定的志节；危难来时，不能舍生取义；愍怀太子被废时，没听过他有一句谏言；淮南王起兵之时，不能随势支持义举；赵王伦篡逆时，他人不能主动抽身