奥恩被处决事件导致两国关系紧张，其后因新加坡政府承诺展开第三方调查而回复正常。1997年，新加坡总理吴作栋访菲，成立「菲律宾－新加坡行动计划」，以促进两国在经济、资讯科技、教育、人文交流及防务方面的合作。与该行动计划相关的备忘录于1998年12月14日在越南河内举行的第八届东南亚国家联盟首脑会议上签署。2012年台风宝霞和翌年台风海燕吹袭菲律宾期间，新加坡分别对菲律宾提供50,000新加坡元和200,000新加坡元的援助。
经贸关系.1994年10月13日，新加坡和菲律宾两国成