在漫长的和平与繁荣之后，城市在3世纪逐渐露出衰败的迹象。259年前后，阿拉芒人（Alamanni）的入侵将广场等公共建筑夷为平地，石料散落湖畔各地，后来多被日内瓦等地用作城墙的建筑材料。尽管如此，诺维奥杜努姆仍然有人居住，但逐渐失去了昔日的重要性。基督教大兴之后，西侧的日内瓦逐渐发展起来，后来居上。
中世纪.中世纪早期，诺维奥杜努姆的名称逐渐演变为尼永。卡洛林王朝的查理曼大帝将西欧的广大地区纳为领土，此时的尼永属于日内瓦的周边地区。勃艮第王国时，尼永从日内瓦独立出来。1032年