陆新干线未通车前，本站原称为「脇野田站」，属信越本线一部份，由负责管辖，过往由所管理、新潟支社旗下子公司「JR新潟商务」（）负责车票事务，但随北陆新干线于2015年3月14日开业，则改为直营站。车站取名「上越妙高」，是顾及车站设于上越市，同时邻近的妙高市又是知名度极高的观光热点，因此採用了两市复合的名称，这个名称也是最初上越市最初提议的2个建议之一。在北陆新干线未通车前，本站原称为「脇野田」。为配合与新干线转乘，月台由旧有地点向西迁移约120米，从原来的大和二丁目转至大和五丁目。同时，原在来线信越本线亦