发生灾荒时，郑芝龙曾送数万饥民到台湾谋生，相关费用再以租税的形式还给郑芝龙。此外，郑芝龙打破官方的海禁，几乎垄断了中国大陆沿海与台湾、澳门、日本、菲律宾之间的贸易。1626年，西班牙人伐尔得斯率领舰队从菲律宾马尼拉出发，沿者台湾东海岸来到鸡笼湾内的鸡笼岛上建立圣萨尔瓦多城作为统治中心。虽然西班牙人不被允许和明朝展开正式贸易，但却以免关税、免货物税，甚至免入关查验的方式，吸引走私商到鸡笼作生意。1633年（崇祯六年）荷兰东印度公司以台湾为基地对大陆福建沿海进行封锁、掠劫，明朝水师在郑芝龙率领下击败荷兰