守，不战而下。西班牙在撤军时焚毁原有城砦。亦有一说指西班牙于1637年即因军费因素决定撤守淡水，驻菲律宾总督并于隔年下令拆毁圣多明哥城调兵回菲律宾。此后圣多明哥城的遗迹成了考古界尚待发掘的一大难题。
荷治时期.1641年，荷兰东印度公司开始前往淡水与当地居民进行硫磺与鹿皮贸易，亦有纪录指该年荷兰已开始派船之在淡水河巡弋。在隔年8月攻下鸡笼之后，荷兰人开始计划在圣多明哥城原址附近重建城砦，以维持该地之硫磺贸易。他们以圣多明哥城之原有基础加以改良，并立即开挖新地基。他们并要求附近原住民