上的表皮细胞将氨基酸和碳水化合物从小肠腔内运送至毛细管中，将脂质运送至乳糜管中。被吸收的营养物质将进入血管中并随血液流动被运送至身体的其他器官去制造如蛋白质等身体必需的复杂化合物。没有被消化和吸收的食物将会进入大肠。小肠中的营养物质吸收过程主要发生在空肠中，但也有一些例外情况如下：
临床症状.小肠是复杂的器官，有很多因素可能会影响小肠的机能，以下列出部份的因素，有些是常见的因素，甚至百分之十的人们曾受到这些因素的影响，也有一些因素非常罕见：