9月18日，建立新国家阵线改组为新国家连线，彭明敏出任新国家连线荣誉会长。1998年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，彭明敏支持新国家连线提名之立法委员候选人与台北市议员候选人。
出任总统府资政.2000年5月，彭明敏出任总统府资政。
2008年以后.2008年10月8日，与63年前救他的陈新赐在美浓重逢。2011年4月9日，民进党举办2012年总统大选党内初选首场政见发表会，彭明敏是苏贞昌邀请的贵宾之一。2011年10月25日，台湾二二八关怀