，甲午战争爆发，未及应殿试而返台。光绪二十年（1894年），中日战起，遂协办台湾防务。次年，《马关条约》签订，清廷割让台湾。浚芝与台湾名士邱逢甲等联名奏请增加赔款以易台湾，勿割地资敌。书上，不报。浚芝劝唐景崧成立台湾民主国，领导军民抗日，并请召台南刘永福将军北上，部署抗敌机宜。后唐景崧软弱无能，且不听黑旗将军刘永福意见，闻日本占领军悬赏六十万银两欲购其首级，大惊失色，不听军民挽留，立即辞卸总统职位，假扮商人，乘轮内逃。台北失陷后，台南亦告失守。陈濬芝见局势已无可挽回，义愤填膺，纵横泪下，耻为异族之奴，愤