定竞选巫统署理主席时，纳吉成功当选巫统副主席。纳吉也在1993年，1996年及2004年成功捍卫此职。
资深部门.
国防部长（1991–1995）.1991年，马哈迪委任纳吉为国防部长。在纳吉的指导下，马来西亚军队于1993年在波斯尼亚参与及协助了联合国维和部队。 马来西亚部队受到了波斯尼亚人，塞尔维亚人及克罗地亚人的热烈欢迎。 马来西亚也在索马里协助维和任务，在摩加迪沙战役中协助美军时牺牲一名士兵。纳吉之后谴责联合国的索马里任务过于着重在军事行动， 表示马来