整地之际正好挖掘出大量品质良好的花岗岩，直接取之使用。同时，有关团体相继提供劳动志愿服务。此外，运送业者为神社建设提供材料运费减免，电器设备业者也捐献了电器设备。接着，1940年2月被指定为祭祀天照大神的官币大社，同年11月1日，伊藤博精公爵将御灵代带到南洋神社，执行了为期三天的镇座祭。南洋神社的落成被日本政府视为建立东亚新秩序的重要进展。
疏散与废止.第二次世界大战末期，为了躲避连续数日的空袭，1944年11月22日在帛琉本岛（巴贝图阿普岛）的丛林中设立临时本殿，将御神体迁