月1日和2日），船员内部发生叛乱，在五个船长中的三个船长联合反对麦哲伦，不服从麦哲伦的指挥，责令麦哲伦去谈判。麦哲伦便派人假意去送一封同意谈判的信，并趁机刺杀了叛乱的船长官员。大部分的人，包括胡安·埃尔卡诺，还被需要和被原谅。据报道，那些被杀害的人则被英式车裂，并被穿刺在海岸；多年后，他们的尸骨被弗朗西斯·德雷克爵士发现。不久，麦哲伦在圣胡利安港发现了大量的海鸟、鱼类还有淡水，饮食问题终于得到解决。麦哲伦还发现附近还有当地的原住居民，这些人体格高大，身披兽皮；他们的鞋子也很特别，他们把湿润的兽皮套在脚上