，才使得董卓感悟。于是皇甫嵩才被释放出来，之后被任命为议郎，又升任御史中丞。到了迁都后，董卓返回长安时，特别命令御史中丞以下的百官要在车前参拜，董卓用手拍了一下皇甫嵩，对他说：「你怕不怕？」，皇甫嵩笑而谢之。
晚期.初平三年（192年），王允与吕布等杀董卓，又命皇甫嵩攻在郿坞(今陕西省宝鸡市眉县)的董旻，灭董卓三族。王允掌政后先后升皇甫嵩为征西将军及车骑将军，董卓部将李傕等后进攻长安，杀王允掌政，又以皇甫嵩为太尉，因流星免官后又拜光禄大夫，迁太常，后病逝，赠骠骑将军。