禅宗、律宗等继续流传、发展，寺院林立，僧尼众多，中央和地方设有严密的僧官制度，加以监督，颁行了《勅修百丈清规》，雕印了着名的普宁寺版的大藏经。
明朝.至明代，禅净双修、三教合一的潮流下，着名的明末四大高僧（紫柏真可、莲池祩宏、憨山德清、蕅益智旭），虽然将禅宗的修行方法引入净土宗，以禅宗的心态修行净土，但是仍然是以净土为依归，与禅宗特重智慧开悟的风格已截然不同。净土宗在佛门及民间成为信仰主流。洪武元年（1368），朱元璋在金陵天界寺设善世院，命令慧昙（1304 —1371）主持管