魏；宇文泰则鸩杀了孝武帝，于大统元年(535年)另立文帝，定都长安，史称西魏。独孤如愿出任掌管荆州军政事务的都督、东南道行台(派驻地方兼管民事的官员)、荆州刺史，他领兵力挫东魏的弘农太守田八能，袭击穰城东魏西荆州刺史辛纂，平定了三荆。半年后，东魏高敖曹、侯景率军进攻穰城。独孤如愿寡不敌众，只好与部下杨忠弃城南下投奔梁朝。三年后返回长安，因自己兵败东魏，又弃城奔梁，上书给西魏文帝请求治罪。文帝免其罪，官复原职。大统三年（537年），独孤如愿跟从宇文泰出征东魏，在沙苑大败高欢亲率的10万大军，被封为河内郡公