由于这些尖锐的批评性文章，在随后展开的“反右倾”运动中，尤淇被定为“右倾机会主义分子”，被撤销党内外一切职务，行政级别连降4级，并被下放到无锡家乡从事农村劳动。但他并为因此而停止关心基层问题和普通民众的实际困难。1960、1961两年，他先后两次写信给毛泽东，痛陈人民公社的种种弊端，以及基层农民对人民公社的反感。在1966年开始的“文化大革命”中，尤淇因这两次上书而受到更加严厉的迫害。1970年，他被开除党籍和公职，下放工厂劳动。直到1981年“拨乱反正”后，才获得平反，并被重新任命为新华社安徽分社社长。