同所属的幕僚机构一併播迁台湾。1969年1月31日，《经济部公报》创刊。1979年11月，设置能源委员会；原商业事务中，证券管理、会计师部分改隶财政部。1981年1月，设立国际合作处、投资业务处、技术处、设置中小企业处；农业司、工业司改组为农业局及工业局。1984年7月20日，行政院农业发展委员会与经济部农业局合併，成立「行政院农业委员会」；农业事务移出经济部。1992年5月，为率先推动企业识别系统(CIS)，经济部总务司负责推动「经济部识别体系」，并委请中华民国对外贸易发展协会设计推广中心负责协助