中华民国于首都布拉提斯拉瓦设立具大使馆性质的驻斯洛伐克台北代表处（英文：）。2003年9月1日，斯洛伐克则于首都台北设立同等性质的斯洛伐克经济文化办事处（斯洛伐克文：）。
事件.2003年7月25日，斯洛伐克《》报导，中华人民共和国驻斯洛伐克大使馆强烈要求该国遵守「一个中国」政策，台斯双方机构之代表性仅止于对方首府，不能及于整个境内，且台湾旗帜、徽章不得悬挂于该国首都。号称「台版华尔街之狼」、兆良科技负责人罗栩亮，涉嫌虚报兆良资本额来发行未上市股票，非法吸金数亿新台币，于2