998年至1999年均在北礁东北礁盘上发现沉船遗迹。四次考古发掘共出水文物近3000件，大部分为唐代至清代的陶瓷器，由广东、福建、江西、浙江、湖南、广西等地民窑烧制。出水铜钱十万余枚，时代从秦汉至元明，以洪武通宝及永乐通宝最多。北礁沉船遗址反映了古代海上丝绸之路的繁盛。