继续抵抗。他被美国政府悬赏一千万美元进行通缉。奥马尔在坎大哈陷落之后下落不明，媒体认为他在巴基斯坦境内指挥塔利班对抗哈米德·卡尔扎伊政府以及来自北约的军队。2015年7月，阿富汗政府证实，穆罕默德·奥马尔因为肺结核，于2013年4月23日于巴基斯坦卡拉奇的一家医院逝世。美国政府也认为此消息高度可信。塔利班先是否认了这个说法，后来在翌日确认其死讯，不过没有公布其死亡日期，其公开的情况也与阿富汗政府所公布的多有出入。塔利班的二把手阿赫塔尔·穆罕默德·曼苏尔继承其位。
生平.奥马尔是