运输机首度降落太平岛，并在岛上设置「勤务派遣队」，负责机场跑道的维护。2月2日，时任中华民国总统陈水扁搭乘的C-130运输机于台北时间上午「10时32分」降落登岛，除慰问中华民国官兵，并主持机场跑道启用典礼，成为中华民国首位抵达太平岛的国家元首。不久，菲律宾方面由外交部长罗慕洛发表书面声明称，菲国对于这项发展（陈总统登岛）表示「严正关切，并对此事感到遗憾与不幸」。菲国亦旋即向中华民国提出「抗议」。稍后，扁政府外交部发表声明再度重申「南沙群岛为中华民国之固有疆域，中华民国对太平岛拥有唯一合法主权」；同时也表示