年10月、洪奇昌判有期徒刑2年4月。然而名律师宋耀明分析，此判决对吴乃仁与洪奇昌的背信罪认定似乎还有商榷空间，将对公务员产生重大影响。2014年3月26日，法院再审，判决洪奇昌无罪。
维基解密.2011年9月，维基解密披露美国在台协会机密电文，内容显示新潮流系在陈水扁政府时代瞒着中华民国总统陈水扁、与中华人民共和国政府私下交流，也显示洪奇昌透露新潮流系早在1997年就与国务院台湾事务办公室建立秘密对话管道；同月，陈水扁撰文揭发新潮流系的「背叛」行为，并说自己「向来不信任」新潮流系