蒙古纳入直接统治。青藏地区的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一全藏，之后分裂成青海与西藏和硕特。达赖六世时，藏区政事交由第巴（理事大臣）桑结嘉错管理，他联合准噶尔对抗西藏和硕特的拉藏汗，拉藏汗先下手杀桑结嘉错并废除达赖六世。1717年噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦入侵西藏，攻杀拉藏汗，并且佔领拉萨。清军多次被准军击败，最后于1720年由胤禵率军驱除成功，协助达赖七世入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区。康熙晚期，由于官员薪资过低以及法律过宽，导致官吏贪污，吏治败坏，并发生南山案文字狱事件，到雍正与干隆时期这种情况加重