利后，南京“伪中央大学”解散，复员南京的中大与金大协商，图书杂志归金陵大学，仪器设备与档案则由中大接收。中大的发展、变迁受政治时局影响甚鉅。民初北洋当局时期的国立东南大学曾被国民党视为「反动势力的大本营」。经过整肃合併后方成为尔后的国立中央大学，由罗家伦带领下成为当时中国高教第一学府。中共建政后，中大师生校友逃往台湾者甚多。南京的国立中央大学经历了复杂的分割变迁，在1949年更名为国立南京大学，隔年迳称南京大学。1952年中国大陆高校院系调整时，南京大学文、理学院与金陵大学文、理学院相併并搬迁到金大鼓楼