熹一同讲学于浙江浦江的月泉书院，论学主“明理居敬”，认为“居敬有力，则其所穷者益精；穷理浸明，则其所居者亦有地”。祖谦反对空谈阴阳性命之说，开创“吕学”（“婺学”），为金华学派的代表，开“浙东学派”先河。吕祖谦极力主张抗金，恢复失土。重视史学, 仿司马光《资治通鑑》撰《大事纪》12卷与《大事纪解题》12卷，还有《通释》3卷，内容较《通鉴》精简，史称“每条之下各注从某书修云云，以自附于述而不作之义”。可惜祖谦40岁左右健康转坏，患“萎痹”，自言“非药石所能料理”，43岁以后