、城门头路、百花广场及其它建筑；地下一层为广佛地铁站厅；地下二层为设备区；地下三层为广佛地铁站台层。
站厅.祖庙站站厅中部南侧被划分为收费区，站厅收费区内设有五条扶手电梯、一条楼梯以及专用电梯可供乘客前往车站月台。本站设有便利店，亦设有自动售卡/充值机以及好易自助服务机。
月台.本站设有一个岛式月台，位于建新路地底。
出入口.祖庙站设有4个出入口，其中车站投入运营时启用了A、C出入口，B、D出入口后来亦陆续启用。本站所有出入口