皖战争，与奉系合作，击败皖系势力，共同参与控制北京政府。9月率第三师进驻洛阳，任「直鲁豫巡阅副使」。1921年两湖巡阅使兼湖北督军王占元被川湘联军驱逐，吴佩孚被北京政府任命为两湖巡阅使，命萧耀南部占领湖北。允许共产主义人士在其控制范围内的京汉铁路、陇海铁路等铁路沿线组织工会。1922年4月，在第一次直奉战争中拥曹锟，将奉系军阀击退山海关关外，成为北洋军阀中的首要人物，军事实力最强。6月恢复约法，恢复旧国会，倡议南北议和统一。1922年8月，苏联派出驻华全权代表越飞抵达北京，曾致函吴佩孚和孙中山，希望