常有独岛等领土争端。但另一方面由于两国同是美国的盟友关系，对于朝鲜核问题和中国崛起等事件韩国和日本又不得不在某些方面合作来与美国共同应付这个局面。在2002年时，日本与韩国曾共同举办过世界盃足球赛。至目前为止，日本与朝鲜民主主义人民共和国之间仍未建立正式外交关系。
历史.
史前时期至三世纪.日本与朝鲜的最早的接触被认为可以追溯到公元前3世纪，据记载当时有人从朝鲜半岛的高句丽、百济、新罗、伽耶、渤海国等移民到日本的九州地区。
四世纪至十二