年，他担任日本政治学会理事长，直到2000年。之后，他担任同法学研究系·国际合作研究系教授。2007年，五百旗头真从神户大学退职，只担任神户大学名誉教授，同时担任防卫省防卫大学校校长。2012年，他从该大学校退任，国分良成继任。五百旗头真现在担任熊本县立大学理事长。
家庭.父：五百旗头真治郎（经济学者、神户大学名誉教授）兄：五百旗头博治（神学者、南山大学名誉教授）儿子：五百旗头薫（历史学者、东京大学法学部教授）儿子：五百旗头真吾（经济学者、同志社大学商学部准教授）甥：