，德国也在此期间实现了统一，于是在1990年11月，拜仁作为西部卫冕冠军参加了纪念性质的单场，于客场以0比1不敌东德冠军德累斯顿迪纳摩。
1990年代.在1990年至1996年的过渡时期，拜仁仅获得过一次德甲冠军。继1991–92年欧洲足协盃第二圈耻辱性的以总比分3比6（首回合便破纪录的以2比6失利）遭到丹麦球队淘汰后，在接下来的一年里，俱乐部并未获得欧洲赛事的参赛资格，直至1993年在同一项赛事的同一阶段被-{zh-hans:诺维奇城;zh-hk:诺域治;zh-tw:诺里奇城;}