下阿孛剌勾结阿黑麻的儿子真帖木儿入主哈密。次年，陕巴死后，拜牙即即位，奄克孛剌执掌哈密卫印信，协力辅佐。正德八年（1513年）拜牙即弃城投奔吐鲁番，奄克孛剌不从，投奔肃州。十年（1515年）为左都督。十二年（1517年）吐鲁番汗国进攻瓜州，他率军帮助甘肃总兵郑廉拒击。