击败老对手上海申花。沈祥福上任后，为解决球员青黄不接的窘境，国安俱乐部收购北京威克瑞足球俱乐部，而且在1998赛季保持了第三的名次。在此期间，北京国安曾经坐镇工人体育场，先后击败了意大利AC米兰、英格兰阿森纳、巴西弗拉门戈和格雷米奥，也一度赢得了“工体不败”的美名。
1999年至2006年.这一阶段，国安依靠从威克瑞收购的梯队逐渐实现了新老交替，其中徐云龙、杨璞和邵佳一随国家队征战了2002年世界杯预选赛以及正赛阶段的比赛。球队于2000年及2001年两度获得足协杯亚军；在联赛