学、科学、艺术不遗余力。改博物科为农业博物科，购置农田耕牛供学生实习之用。亲赴东瀛，聘请日本教习传授西方科学和近代工艺。创设图画手工科，设立画室及有关工场，并亲自讲授国画课，增设音乐科，培养了中国最早的近代美术师资和艺术人才。国画大师张大千、着名书法家胡小石、李仲干、黄鸿图皆出门下。在李瑞清的悉心主持下，两江师范学堂声誉卓着，名师汇集。自勉“视教育若生命，学校若家庭，学生若子弟”，以“嚼得菜根，做得大事”为校训，“俭朴、勤奋、诚笃”为校风，倡导“匡时而振俗”，主张融会贯通中西之学以造就“中国之培根、笛卡尔”