余杭站设置基本站台和侧式站台各1座，到发线2条（不含2条正线）。车站原址位于现址以西32米处，后经当地政府协调后向东移至现址以方便地铁换乘。车站目前每日大约停靠40趟列车，日均客流量近7000人次。2020年7月1日，车站开行始发终到列车，为往返上海虹桥站的早晚列车G7555/7556次。
车站结构.
站房.余杭站为高架站，长174米，面积13068平方米。车站外立面以“良渚文化”为设计意向，通过利用横线条使其像一座“玉琮城”。车站售票处、进出站口和候车室