退官。太尉黄琼甚感怜惜，劝杨秉留在京中，当时大将军梁兾位高权重，日益骄乱。元嘉二年，梁兾被诛，杨秉复职，乃拜太仆，迁太常。延熹三年，白马令李云上谏受罚，杨秉力争其无罪没有成功，遂免官。同年冬天又复官，拜河南尹。后因中常侍单超之弟单匡犯罪并贿赂友人刺杀兖州从事衞羽。事后事件曝光被杨秉知道，单匡怕杨秉追问此事便偷使友人越狱。尚书责备杨秉，并使其服劳役刑。之后被赦出。因太山太守皇甫规力荐杨秉，于是又复职，拜太常。延熹五年，代刘矩为太尉。当时宦官方炽擅任子弟友人为官，朝野怨之。杨秉同司空周景上疏劝桓帝罚之，