连江县明朝进士吴文华的后裔。早年加入中国共产党。1960年后，任中华人民共和国教育部高教一司研究生处处长。1972年11月至1978年3月，吴本厦任安徽省屯溪一中革命委员会主任，1978年4月至1979年1月，任安徽省屯溪一中校长。此后吴本厦调到安徽省教育厅工作。1979年3月15日，召开安徽省图书馆学会理事会大会，全安徽省70余人出席会议，大会决定恢复成立安徽省中心图书馆委员会，选举王劲草（安徽省科委）为主任，马数鸣（安徽省文物局）、吴本厦（安徽省教育厅）为副主任，并通过了《安徽省中心图书馆委员会组织