政变之后，历任刑曹佐郎、司宪府持平、同副承旨等职。后因反正之功，被录为靖社功臣。1624年任兵曹参判，封青原君。李适之乱中，任汉南都元帅，逮捕了兴安君李瑅并将其杀死。1627年，后金入侵朝鲜（丁卯胡乱），沈器远任四道都检察使、护卫大将、江华府留守、全罗道观察使、汉城府判尹、工曹判书等职。1636年，清朝入侵朝鲜（丙子胡乱），沈器远被任命为留都大将、诸道都元帅，负责防御汉阳都城和南汉山城。后因战败而罢免官职。1640年，再次被起用为护卫大将、南汉山城守御使。1641年，任兵曹判书，判义禁府事。1642年任