1962年4月10日，马锡五病逝于北京，享年64岁。中华人民共和国国务院总理周恩来亲自参加了在北京嘉兴寺举行的马锡五同志公祭大会。马锡五去世次日，中华人民共和国副主席、前最高人民法院院长董必武为其作挽诗：马锡五去世当日，时任最高人民法院院长谢觉哉在日记中写道：