005年，器官捐赠移植登录分配系统上路，其中的检验程序、表格设计、配对规则、电脑系统软硬体，以及器官劝募组织的制度，主要由柯文哲负责主导及规划。台湾的器官捐赠及移植制度在此后建立。2006年7月15日，柯文哲于《民生报》撰文 《反省、认错、道歉 谈赵建铭案》，自此受媒体注意，有时访问他对政治事件的看法。11月18日，台中市市长胡志强妻子邵晓铃在为中国国民党高雄市长参选人黄俊英辅选行程中，因厢型车车祸陷入深度昏迷，柯文哲建议为邵晓玲安装叶克膜，并立刻指派台大急救小组安装叶克膜，使邵晓铃存活率提高，最终得以