回中国大陆，李秉钧只得委请吴联元、陈舜臣、李春生等向日军请求，但不敢去。仅辜显荣基隆见谒总督。并让原居于台北城，而想返回中国的粤勇及民众，聚集于淡水港。当日军过泸名单的同时，远在台中的丘逢甲自任副总统，众人遂得以脱离日军之手。台湾日治时期后，李秉钧于明治28年（1896年）担任台北县事务嘱託，明治30年（1897年）4月授佩绅章，9月任台北县参事，并任总督府国语学校嘱託。明治34年（1901年），被任命为临时旧惯调查会事务嘱託。明治37年（1904年）病逝。