期继续沿用自EMU200型原有的自动列车警报装置（AWS）以及自动列车停止装置（ATS-SN以及ATS-P），台铁在2006年时引进相当于欧洲铁路交通管理系统等级一规范，简称ERTMS是欧洲铁路的保安装置，其中包含了欧洲列车控制系统（ETCS）。的列车自动保护系统（ATP），以及加入行车无线电话，并将原有的自动列车警报装置移除。
客室设备.EMU1200型车厢客室在改造时与台铁10500系钢体客车类似的设计，列车的座椅改用与推拉式自强号40PPT2000型车厢类似的新式的坐卧两用椅