进士，钦点浙江省即用知县，加同知五品官衔。不久因父丧丁忧，未能赴任。光绪八年（1882年）任宜兰县掌教、仰山书院祭酒。光绪二十一年（1895年）马关条约，割让台湾之后，日军欲利用杨士芳的声望，平定各地反抗，特任命其为救民局委员，参与防备。次年杨士芳出任宜兰厅参事，翌年获佩绅章。卒于明治三十六年（1903年）一月十日。