龙亚目的特征（汪筱林等人使用定义：包含无齿翼龙、帆翼龙、古魔翼龙科在内的最小演化支）。努尔哈赤翼龙的肱骨三角嵴（Deltopectoral crest）形状扭曲，是帆翼龙、古魔翼龙科所独有的特征。根据汪筱林等人的亲缘分支分类法分析，努尔哈赤翼龙属于准噶尔翼龙超科的帆翼龙科。努尔哈赤翼龙的分类位置非常接近帆翼龙，吕君昌的2006年研究也支持这个论点。在2008年，吕君昌提出努尔哈赤翼龙是辽宁翼龙的次异名。