将它与加利福尼亚丛林（）和下加利福尼亚沙漠分隔开来。北面是莫哈韦沙漠、大盆地（）和科罗拉多高原。东面是海拔较高的亚利桑那山脉温带针叶树林和西马德雷山脉森林。索诺拉-锡那罗亚热带干旱林是索诺拉沙漠和锡那罗亚州热带干旱林之间的过渡地带。索诺拉沙漠包括科罗拉多沙漠和尤马沙漠。
生态学.索诺拉沙漠生活着60种哺乳动物，350种鸟，20种两栖类物种，100种以上爬行动物，30种当地鱼类，并有超过2000种当地的植物。索诺拉沙漠是世界上唯一生长野生巨人柱的地方。和一般沙漠降雨量很小不同，索