东作战、向北发展的战略方针，在南京、上海之间先后取得东湾、延陵等战斗的胜利。11月，组建新四军江南指挥部，陈毅任指挥。1940年7月，陈毅率江南主力挺进苏北，成立苏北指挥部并任指挥。陈毅制订并贯彻了“灭敌、反韩、联李”的策略方针。10月与粟裕等指挥黄桥战役，歼灭韩德勤部主力1万余人，随后在盐城与南下八路军会师。11月，华中新四军、八路军总指挥部成立，陈毅任副总指挥并代理总指挥。同月，向中共中央、中央军委呈送《关于苏北统战工作的经过与主要经验》的报告，得到肯定并转发全军。12月，短暂兼任八路军第五纵队司令