山寺的不动明王像（国家重要文化财）。室町时代，大山寺受到室町幕府庇护，但也因幕府衰退而没落。此外，《》创作于室町时代后期。战国时代，大山为小田原北条氏控制范围，北条氏为了利用修验道势力，将大山纳入天台宗本山派玉泷坊旗下。天正18年（1590年）德川家康攻略小田原时，曾与大山修验道势力激战。
江户时代.江户时代，与德川家康敌对的大山修验道势力被迫下山，山内仅留清僧（学僧），之后大山寺从天台宗改宗古义真言宗，初代学头由成事智院住持实雄法师（古义真言宗）出任。庆长13年（1608