学校羽毛球队教练招他入队训练，从此展开了羽毛球手的生涯。一年后，吕轶转到少体校继续训练，再在三年后进入专业队。2002年，吕轶通过中国国家青年羽毛球队的集训，进入国家二队男单组，并在2006年年初升入一队。他升入一队后首次获派参加国际比赛，出战瑞士羽毛球公开赛，最终只能闯进16强；此后进行的德国羽毛球公开赛中，他也是八强出局；及至随后的一系列比赛，他也是在前两轮就遭淘汰。同年，吕轶的腰部在全国冠军赛时急性扭伤，需要一段时间的休养。2007年，吕轶伤愈后再次回到国际赛场，参加奥地利国际羽毛球赛，在男单