肥城市南部的主要补水河流，在航运等方面发挥着重要作用。历史上，大汶河多次爆发大规模洪水。大汶河也与漕河等河流一起塑造了汶阳平原的地形。除大汶河、康王河、汇河等较大的河流外，肥城市其他自然河流多为时令河。肥城市境内有数十个自然泉水，其中赵庄村一处泉水为温泉，当地后将此打造成了温泉度假村。肥城市境内无大型的天然湖泊，有尚庄炉水库、潮泉水库、大王水库、胡桥水库、群将湖水库、杨顾李水库、北仇水库等水库。尚庄炉水库面积约7平方公里，是肥城市唯一中型水库，也是肥城市最大湖泊，该水库用于当地防洪、供水，也可用于养殖鱼