一歧视丑闻，东京医科大学不能获得2019年度和2020年财政年度向大学提供财政补助，其后三个年度减少补助75、50、25%。另外一间涉类似案件的日本大学在外加橄榄球争议下也被减少35%的补助款。
入学弊案.2018年，日本文部科学省前科学技术・学术政策局长佐野太，利用职务，在挑选文部省支援私立大学名单时，与东京医科大学疑似利益交换，令其子得以入学，已被东京地方检察厅特别搜查部以收受贿赂罪名的嫌疑逮捕，而东京医科大学在不当获得进入文部省支援私立大学名单机会的同时，该校前理事长臼井正