无法完全淘汰三八式，因此日本帝国陆军在战争中同时装备了这两种步枪。随着战争演进，兵工厂为了提升生产进度，採用了越来越多节省成本的制枪方式。当中战争晚期的步枪往往因为制作粗糙而被称作「最后一搏」或「替代标准」步枪。一般而言，这些步枪与德国在1945年制造的毛瑟Kar98k一样粗糙。九九式有4种衍生型：标准的九九式短步枪、九九式长步枪（限量生产的衍生型）、二式伞兵步枪，以及九九式狙击步枪。标准步枪也附了一个框架型单脚架与一个防空用瞄准器。九九式是最早在枪管内侧镀铬（以方便士兵保养）的量产步枪。可是这些功能到