双岛式站台设计。采用明挖施工，车站主体长度为230m。 站台层设置有4条股道，其中设两条出入线连接万柳车辆段。站厅通往站台出入口都有表现大小不一的五彩圆圈图案的装饰墙。西郊线巴沟站最初的规划为地面站，西郊线从规划南水北调公园东侧在下穿蓝靛厂北路、昆玉河（京密引水渠）和北四环西路（火器营桥）后沿巴沟路北侧终点进入巴沟站。西郊线在该站设置单个侧式站台，在站台西侧设有交叉渡线，供列车折返使用，东侧铁轨连接巴沟车辆段。
换乘.巴沟站是城市轨道交通换乘站，地铁10号线和有轨电车西郊线于