给儿子庾爰之，并上奏求许；而辅政的何充却推举桓温出任荆州刺史。刘惔十分欣赏桓温的才干，但却知道他有不臣之心，于是向司马昱进言，称桓温不可以居于荆州这个能制胜的位置，而且要常抑其位号。如此刘惔反对让桓温出任荆州刺史一职，更劝司马昱自任荆州刺史，以自己为他的军司，但司马昱不听从；刘惔于是请求自任荆州刺史，但司马昱又不听。刘惔在永和三年（347年）担任丹杨尹，任内为政清整，门无杂宾。当时百官时有批评官员，于是诸郡往往都会列举一些官员罪行上奏，然而刘惔不同意这行为，更认为此风不去，百姓将会离心。于是作为首都建康