边精锐十三万与满洲八旗决战松锦，结果全军覆没；陕西、河南、山东等地发生蝗害、旱灾、大饥荒、人相食；李自成率17骑纵横中原，聚流寇达50万；张献忠在湖北谷城起义反明，祸乱两湖，岳阳楼毁于战火。因此明廷无暇顾及海外事务。1654年，多明我会意大利籍神父李科罗自马尼拉航抵厦门，蒙郑成功特准，建立教堂，举行公开礼拜。郑成功听闻西班牙人在吕宋的暴行，对在吕宋的西班牙人不满，计划遣使招降，如予拒绝，即派兵略取。当时在吕宋的华人有数十万人，人口不亚于台湾。。
第四次吕宋大屠杀.1662年4月