电影《海上花》（1998）后，对女性自主的相关题材更加热衷，就请长期合作的美术设计黄文英，开始针对《刺客聂隐娘》研究唐代相关背景，而那时李安尚未以《卧虎藏龙》（2000）掀起后来武侠电影的浪潮。但后来侯孝贤陆续投入《千禧曼波》，赴日本、法国拍片，执掌台北电影节与金马奖，还投入各种社运，加上《刺客聂隐娘》比全为内景的古装片《海上花》难度更高，所需资金更大，此案就一直延宕。2009年，侯孝贤与朱天文开始进行漫长的编剧工作，过程中并有作家阿城参与。2012年9月25日，《刺客聂隐娘》剧组在台北中影文化城举行开镜仪