洪水的影响，而尽量将洞口设置于较远的陆域地区，以避开河川范围。其中，南口延长可避免原溪口二号隧道南口附近平林圳氾滥时，洪水灌入隧道中；而北口延伸至较北侧亦可避免大规模的地堑开挖，降低产生土方量。
隧道启用及周边车站.溪口隧道于溪口车站之北方即已进入隧道段，而隧道中亦未设置地下月台，故溪口车站于2013年11月14日清晨本隧道启用同时裁撤。而原本于1982年废止的林荣车站，计画于本隧道穿越新光兆丰农场处复站，以促进观光并提供转运功能，并新命名为林荣新光车站。由于车站位于溪口隧道中