1647年进佔云南、贵州二省，加以经营、整顿后，成了后来南明军的后方基地。永历元年（1647年）八月，孙可望为劝降被俘的明朝官员杨畏知，接受其提出的条件，不再使用大西国号，暂以干支纪年。1652年，永历朝廷接受西军部将孙可望、李定国投诚抗清建议，在贵州安隆所设立行辕，西军改编为南明军。孙可望等整编了南明其他的武装部队，经整编后的南明军足以和清军作战。综观西军余部辅佐南明永历帝抗清数年间（1645年-1651年），南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建