赐丰臣姓。 1605年就任从五位上、侍从肥后守。1610年协助幕府负责建造名古屋城。在关原之战后，清正和浅野氏致力保护丰臣秀赖和丰臣家，包括1611年前往京都二条城，为家康与丰臣秀吉之子秀赖进行斡旋，返回领地途中在船上病发，6月24日病死于肥后的主城熊本城，终年五十，其死因亦有所争议，包括梅毒、花柳病、癞疮等。但有不少人认爲是德川家康爲了要摧毁大坂政权的保护伞，所以在二条城会面时，以毒馒头毒杀清正。墓地位于熊本市花园发星山本妙寺中净池庙以及山形县鹤冈市丸冈金峰山天泽寺。位牌在东京都港区白金台最正山觉林