由公安部管理。在行政建制上，秦城监狱自建成之日起，便隶属公安部十三局。在1980年代的体制改革中，随着“法制”秩序的逐步建立和完善，政法系统也实行了体制改革。1983年6月，依照由公安机关负责侦查、拘留、预审，由司法行政机关负责改造的分工原则，公安部和司法部曾联合发出通知，将各地原来分别隶属司法、公安、农垦系统的监狱和劳改农场统一移交司法行政部门管理。但秦城监狱属例外。1998年公安部预审局（十三局）改为监所管理局（十三局）后，秦城监狱属监所管理局（十三局）管辖。现设监狱长和政治委员，皆为厅局级副职。S