陈水扁爆发国务机要费案，最后李文忠与同党立委林浊水于2006年11月13日同时宣佈辞去立委一职。
2008年立委选举.李文忠在2008年中华民国立法委员选举期间，李文忠竟邀请具有现役军人身分的时任总统府战略顾问、前联勤司令季麟连上将站台拉票，违反国军「行政中立」规定，引发社会舆论批评，还害季麟连上将因此被国防部长李天羽重惩记过两次处分。2008年中华民国立法委员选举，民进党提名李文忠在台北县第十选举区参选立法委员，最后李文忠以50,869票、39.37%的得票率败给卢嘉辰。