社建设时，日本内务省神社调查会基于「一神一官币社主义」，因能久亲王已是官币大社台湾神社的祭神，其无法再作为其他官币社的祭神，故台南神社的社格在镇座时仅为「无格社」。台湾当局在此后仍期望台南神社能列格为官币社，台南州知事吉冈荒造在1923年7月向台湾总督田健治郎提出官币中社列格申请。台湾总督府的总务长官及内务局长亦多次向日本中央交涉讨论声列格之事，但碍于内规而仍无结果。直到新总督伊泽多喜男在1924年9月上任，地方再次向总督府提出列格申请，而总督于1925年5月再由向总理大臣提出列格申请，甚至亲赴东京说明台南