的继任者玛丽亚·特蕾西亚和约瑟夫二世统治之下，的里雅斯特进入了它最为繁荣的一段时期。在拿破仑战争期间，法国军队曾经三次击败奥地利军队，占领该市（1797年；1805年-1806年；1809年-1813年）。在最后一次被占领期间，拿破仑·波拿巴通过熊布鲁恩条约，将的里雅斯特并入伊利里亚行省（省会设在卢布尔雅那）。这一时期，的里雅斯特最终失去了自治权（甚至在1813年返回奥地利帝国后也未恢复），自由港的地位也被取消。这一时期，的里雅斯特的商业受到拿破仑的针对英国的“大陆封锁”政策的沉重打击。拿破仑战争以