，计画开挖五处考古探坑来加速抢救文物。2015年台东县政府也委託国立台湾史前博物馆，在金崙大桥第3、4号桥墩基桩处进行考古抢救工作。在施工期间除了因挖角到史前遗址而工程停摆外，也因施工地点临近河口和太平洋，当海水涨潮时很容易蔓延到施工场域，并且若遇到台风和雨季，金崙溪河水暴涨再加上海水倒灌，使得施工引道和工作场域常遭到沖毁严重影响施工进度。2017年10月5日晚间即将通车的金崙大桥发生一起自小客车撞击引道护栏的意外，也意外将护栏撞翻露出底部的短钢筋，造成民众质疑是否有偷工减料的嫌疑，对此公路总局高南