1998年由被子植物种系发生学组（APG，Angiosperm Phylogeny Group）出版的一种对于被子植物的现代分类法。和传统的依照形态分类不同，这种分类法主要依照植物的三个基因组DNA的顺序，以亲缘分支的方法分类，包括两个叶绿体和一个核糖体的基因编码。虽然主要依据分子生物学的数据，但是也参照其他方面的理论，例如将真双子叶植物分支和其他原来分到双子叶植物纲中的种类区分，也是根据花粉形态学的理论。2003年这种分类法出版了修订版《被子植物APG II分类法 (修订版)》，2009年又出版了