在新加坡沦陷期间悬空，到日本在1945年无条件投降后，因应战后局势，英国在设立临时军政府的时候未有立即复设辅政司，以为解散海崃殖民地作准备。
二战后的演变.在1946年4月1日，新加坡因海崃殖民地解散而自立为皇家殖民地，并由新加坡总督恢复文治政府，而原本属于海崃殖民地一部份的槟城和马六甲则併入新成立的马来亚联邦。有见及此，复设的辅政司一职获正名为新加坡辅政司，并由曾在军政府任职的麦克伦爵士（Sir Patrick McKerron）出任。到1955年2月，辅政司一职在《林德宪法》生