一说疟疾）于10月28日病逝于台南。11月4日，由横须贺上陆返抵东京，当下日本官方公文与电报称其因病返国。11月5日，宫内省告示第十四号发表《近卫师团长能久亲王殿下薨去ノ仪》，公布亲王之死讯，后将能久亲王遗体运至丰岛冈墓地于11月11日举行国葬。台湾日治时期50年间，能久亲王被日本人神格化，在台湾神社（现地址为圆山大饭店）以能久亲王为主祀的神祇，其「终焉之地」则兴建台南神社，并将其「薨去」之日（10月28日）定为台湾神社的例祭日。而北白川宫能久亲王的纪念史蹟，原先以台湾神社、台南神社、澳底征台纪念碑为主