改称为八个路或八个府的区划建制（「八闽」的由来）。在明代，倭寇经常袭扰福建，政府宣佈海禁，福建正常的海上贸易受阻。明末清初1645年（清世祖顺治二年）7月19日唐王朱聿键，在福州（福京天兴府）登基，年号隆武。1646年10月6日被清军俘虏。此后，国姓爷郑成功家族以「延平王」之名，先后以厦门和台湾为基地继续抵抗清军大约40年之久。清朝时福州是与琉球首里通航贸易的指定口岸。清代，在福建本土，增设了福宁府和龙巖州、永春州。清圣祖康熙二十二年（1683年）台湾并入福建省版图，于清德宗光绪十二年（1886年）单独设省