部殿，是讲授密宗和蒙医学的殿堂，也是五当召内唯一一座面东背西的殿堂。该殿堂内的学徒，如果学习密宗则通常需要10年左右的时间才可以毕业，而学习医学的学徒则担任起类似于校医的职务，负责为信徒治病，如今活跃在内蒙古草原上的不少蒙医大夫就是毕业于此。宫内供奉着大日如来、药师佛、无量寿佛、白度母等佛。
日木伦独宫.日木伦独宫建于光绪十八年（1892年），也被称作菩提道学部经堂殿，位于阿会独宫的西北方向，是全五当召位置最高的学殿。该宫由于在内五当召建造时间最晚，故也被称作“新庙”。该宫研究藏传