为巴巴罗萨作战中进攻苏联的德意志国防军地面单位提供炮击支援。同年9月，本舰支援了入侵西爱沙尼亚群岛的行动，并在炮击穆胡岛上的苏军阵地时遭苏联海军攻击，但成功脱逃。9月下旬，本舰被编入以铁必制号战舰为旗舰的德国波罗的海舰队；该舰队的任务是阻止苏联海军逃离波罗的海。莱比钖号于10月间返回基尔，并与舍尔海军上将号装甲舰进行共同进行了例行演训。1942年，莱比钖号成为训练舰队的旗舰，并在接下来的一年内执行训练任务。莱比钖号曾于1943年3月遭短暂除役，随后又于同年8月1日复役。此时舰上的武装均已渐趋老旧，本舰亟