物有机化学的发展，与经典的有机合成方法竞争越来越多，许多有机化合物（原料）可由生物催化剂合成。这亦带起了一个新的催化方法，称为“黑盒催化”，以代替从前将酶从分开的溶液中带进反应的方法。起始材料则称为基材。在工业生产中日益重要的今天，可以通过选择有针对性的酶，而获取更佳对映体纯度，一个对映体选择性酶促反应通常比非催化反应高。酶催化反应的主要缺点是：因为在疏水性溶剂中绝大多数酶会失去他们的活性。因此，在酶促反应前，必定要先将疏水性有机基质溶解，溶剂通常会选择清洁剂或环煳精。在反应中，如产生非均相产物，最常用的方