朝之后的中国史放到世界史中讲述，以及将台湾史独立成册，是基于民主进步党「一边一国 」乃至「两国论」的史观而设计，他因而主张将台湾史放在中国史的脉络中讲述。时任国立政治大学历史系教授的王寿南批评这是民主进步党一贯去中国化政策的做法。亲民党立法委员李庆华、李庆安兄妹召开记者会；李庆华批评该课纲是根据根据杜正胜的同心圆史观而设计，属于台独史观。中国国民党立法委员洪秀柱同样批评该措施为台独史观之表现，并认为台湾史不能独立在中国史之外教授。随着争议扩大，张元曾向社会各界解释该课纲并不是根据杜正胜的同心圆史观来设计