篡位心而不能得逞。而司马昱虽天子，其实如同傀儡皇帝，未敢多言，更怕又被桓温所废。当时司马昱见荧惑入太微垣，因晋废帝被废时亦有同样天象，故此十分不安，甚至对桓温亲信也是自己昔日僚属的郗超问桓温会否再行废立之事。郗超断言桓温不会这样作，司马昱仍十分感慨，并咏庾阐之诗：「志士痛朝危，忠臣哀主辱。」司马昱忧愤而得病，在咸安二年七月甲寅日（372年9月7日）因病急召桓温入朝辅政，桓温数度辞让，司马昱于是在己未日（9月12日）立儿子司马昌明为太子。同日在东堂去世，享年五十三岁。临终前，司马昱写了遗诏，要桓温依周公先例居