过程中脂肪酸可以释放出比糖类更多的能量，这是因为糖类结构的含氧比例较低。氨基酸既可以被用于合成蛋白质或其他生物分子，又可以被氧化为尿素和二氧化碳以提供能量。氧化的第一步是由转氨酶将氨基酸上的氨基除去，氨基随后被送入尿素循环，而留下的脱去氨基的碳骨架以酮酸的形式存在。有多种酮酸（如α-酮戊二酸，由脱去氨基的谷氨酸所形成）是柠檬酸循环的中间物。此外，生糖氨基酸能够通过糖异生作用被转化为葡萄糖（具体内容见下文）。
能量转换.
氧化磷酸化.氧化磷酸化中，通过如柠檬