国会，退居与台湾吾党同样的第五大党，席次更远逊于时为第四大党的台湾团结联盟。此后各地从政人员逐渐转投其他政党，新党在大部分县市逐渐失去影响力。2000年中华民国总统选举以后，新党的定位也从与国民两党相抗的第三势力转为泛国民党的一份子，在政治诉求上强调泛蓝合作。2001年选举，新党几乎全面败选，党内要求解散的声浪曾一度高涨，但在「解散派」投往亲民党之后，留下来的人决议进行党的改造。从不收党员的柔性政党转变为强调党务组织的刚性政党。面对选举，改走保守稳健提名策略，将主力放在复数选区的县市议会，不再单独投入单