的九州探题职务，由涩川满赖继任。了俊被罢免后，幕府重新任命今川了俊为远江守护和骏河国半国守护。与弟弟今川仲秋，外甥今川泰范分割统治觊觎九州探题职务的大内义弘希望与今川了俊合作，却被今川了俊拒绝，了俊一心专注于统治骏河。应永6年（1399年）大内义弘在堺举兵，应永之乱爆发。了俊因为鎌仓公方足利满兼曾要求其唿应叛乱，而被足利义满怀疑参与叛乱。应永之乱平定后的第二年（即应永七年（1400年）），义满向关东管领上杉宪定下达了对今川了俊的追讨令。但是，今川了俊凭借上杉宪定和外甥今川泰范向幕府表达了自己的解释和乞求