队上半赛季成绩不佳以及马加特的上任，球队在夏季转会窗进行了大幅度的人员调整。外援方面，阿洛伊西奥租借至河北华夏幸福，迭戈·塔尔德利因长期状态低迷下放至预备队，塞内加尔球员帕皮斯·西塞和意大利国脚格拉齐亚诺·佩莱加盟球队。内援方面，张文钊加盟广州恒大淘宝，宋龙加盟球队。最终，山东鲁能泰山在2016赛季联赛后半程中逐渐复苏，最终获得第14名，惊险保级。足协杯第四轮0比1负于上海绿地申花遭到淘汰。亚冠联赛八强赛被FC首尔淘汰。</onlyinclude>