亚纲之下，该分类法的睡莲目下有5个科：在1989年Dahlgren分类法里，睡莲目属于木兰纲木兰亚纲之下的睡莲总目（Nymphaeanae），莲科已被独立划为木兰总目之下的莲目（Nelumbonales）（后来1998年APG分类法中，莲科被归类为山龙眼目），因而睡莲目只包括三个科：在1992年Thorne分类法中，睡莲目属于木兰纲木兰亚纲睡莲总目，金鱼藻科则被独立划分为木兰总目之下的金鱼藻目（金鱼藻科1998年被AGP独立分出，2003年被APG II列为真双子叶植物分支的旁系群），睡莲目只剩两科