重阳仙游羽化后，弟子七真等人接任掌门。全真教由于地处金国当时的国境之内，所以在刘处玄、丘处机和王处一掌门时，都承认金国的政权。王处一更曾应金世宗的邀请进宫讲授道学。另一方面，蒙古可汗成吉思汗西征时，邀请丘处机前往西域与他会面，询问治国和养生的方法，丘处机以「敬天爱人」、减少屠杀、清心寡欲等为回应。成吉思汗称丘处机为「神仙」。因丘处机获得可汗的尊信，使全真教在元朝得以壮大。到了李志常后期，由于忽必烈偏信佛教，全真教受到严重打击，全真教刊行《老子化胡经》，说佛教是老子出西域，化身释迦佛，以教化胡人而创，