新教教堂近300座。着名教堂有建阳天福堂（福建最大的基督教堂）、莆田堂、福州花巷堂、天安堂、中洲堂、苍霞堂、铺前堂、福清福华堂、西大堂、厦门三一堂、竹树堂、泉州泉南堂等。在正式登记的教堂里聚会的基督新教徒有68万人，其中福州市在籍信徒人数超过20万人，莆田市、泉州市和福州下属的福清市在籍信徒约有10万。
天主教.天主教16世纪末传入福建，清光绪九年（1883年）成立福州、厦门两个教区；有20多个市县的天主教堂进行正常宗教活动。其中以福州市泛船浦圣多明我主教座堂和长乐城关天主堂最为着