东西向穿过出云市区，其中以出云市车站为主要车站，同时一畑电车也在出云市车站旁设有电铁出云市车站，可接往东北部的平田市区，并继续往东沿着宍道湖北岸进入松江市。此外一畑电车有支线大社线可以从川迹车站前往出云大社；过去西日本旅客铁道也曾经在出云市车站设有大社线可以直接前往出云大社，但此路线已经在1990年停止营运，目前仅有一畑电车的路线可以直接前往出云大社。高速公路山阴自动车道从市区南侧沿着中国山地的山麓地区通过，在2006年由松江市往西延伸至斐川町的斐川交流道，2011年再往西延伸至位于市区南部的出云交