年起，保国寺开始与专业机构合作，监测大殿动态数据，同时与清华大学等高校合作，对大殿进行激光扫描，获得全面的测绘数据。为了防止大殿毁于香火，寺内的宗教活动也被停止。
民间传说.传说采取灭佛政策的唐武宗死后，明州信众找到国宁寺（今天宁寺）住持可恭要求恢复灵山寺。可恭携明州剌史所撰文牒，至临潼便开始三步一拜，三日至长安城门。此时天降喜雨，化解了数月的干旱，唐僖宗遂同意灵山寺复寺，并赐名为保国寺。保国寺大殿西首梁头两侧有两只涂有石灰，直径约30厘米的木馒头。传说馒头为昔日灵山北麓定林寺