重新执政后，两岸政策取得一系列实质性进展。在原有的“小三通”基础上，两岸开通了周末直航包机，并于2009年起将包机改为定期班机。2008年6月，海协会与海基会在北京共同签署《》，并于同年7月开放中国大陆居民赴台团队游。2011年起，开放部分城市居民的赴台个人游。
党务政策与指导思想.继毛泽东思想、邓小平理论、江泽民提出的三个代表之后，胡锦涛提出包括科学发展观、社会主义荣辱观、和谐社会等理论，其中科学发展观已在中共十七大上被写入中国共产党章程，在中共十八大上，科学发展观更被列为党的重