疑包括政府投资补助的对象良莠不齐，八大科技的范围过于广泛等。「有的似乎是在科技界多数人毫不知情的情况下，由少数人『悄悄』列入的。……这种『本末倒置』的决策方式，已足令人吃惊。」。
汽车工业.民进党前立委林浊水指出，李登辉与日本丰田汽车合作发展汽车工业的方案条件不错，但孙运璇等官员要求过高自制率及保护主义，改与条件更差的美国福特汽车合作，台湾的汽车工业直至国民党放弃后才开始发展。所以林浊水指称此政策反而造成汽车工业发展的不充分。
不重视环保.而任内专注经济成