航行的船只要悬挂本国的国旗。但由于当时琉球的国际地位未确定，所以既不能挂美国国旗也不能挂日本国旗。琉球列岛美国民政府决定，将国际信号旗中的D旗右端切去三角形，以作为琉球船舶旗，所有琉球船只都必须悬挂这个旗帜。但悬挂琉球船舶旗出海的琉球船只经常被各国的海岸巡防队和海军误认为是国籍不明的船只而进行抓捕和攻击，引起很大麻烦。1967年，美国和日本政府签订协议，在日本国旗上增加写有英日双文琉球字样的三角形白旗，以作为新的琉球船舶旗。1972年美国将琉球交给日本，重设沖绳县，琉球船舶旗被废除，改挂日本国旗。