卅一年（1603年）发生「第二次妖书案」，又有人散发传单指责郑贵妃，浙党首辅沈一贯乘机大力斗争东林党人，郭正域差点被杀。此后，福王又不赴封国洛邑，长期逗留京师，窥探储位，于是大臣们又纷纷开始上书要求其按祖制离京赴藩居住，这其中以大学士叶向高、礼部右侍郎孙慎行最为强势。万历四十三年（1615年），梃击案发生之后，全国士庶都认为郑贵妃要刺杀太子，拥立福王朱常洵，在朝臣的压力下，神宗终于命常洵到洛邑就藩。
影响.国本之争是明朝后期万历年间的大事，诸多大臣都涉及到此事件中，许多人还被惩罚，