组织科学家陈艾琳透过一系列神话记载得知零号怪兽名为基多拉，一只试图统治地球生态系的远古外星巨兽。生长成型的摩斯拉羽化成蛾的样子，飞到哥吉拉栖息的百慕大发出美妙叫声，在旁边的基地「暴徒堡」的马克一行人探测到海底传出回应后，得知哥吉拉仍然活着，仅在深海的遗迹中养伤、补充身体辐射。队伍透过潜艇下潜至哥吉拉栖息的遗迹，但由于内部具有高度辐射量而无法靠近，而哥吉拉养伤过程会持续数年。众人计划靠一颗计时核弹将其催醒，芹泽决定做出自我牺牲，亲自开潜艇进入遗迹内部手动开启核弹，死前最后跟哥吉拉近距离接触。核弹爆炸让哥吉