586年（天正14年），秀吉准备征伐萨摩国大名岛津氏的势力，任命秀久与长宗我部元亲和十河存保一起担任九州征伐军，渡海作战的时候，仙石秀久为了抢功制定了有勇无谋的作战计画。依据这个计画作战的丰臣军在户次川之战被岛津家久所率领的岛津军彻底击败，包括元亲的嫡子信亲，十河存保等很多有名的武将因此战死，更显出秀久自己抛弃诸将的军队一路逃回四国的丑态。被这样的行为所震怒的秀吉，没收了秀久所有领地，把秀久放逐到高野山。
成为大名及晚年.在那之后经过德川家康的说项，在1590年（天正18年）小田原