许进整军准备。新宁伯谭祐率领京军援助，小王子只好率部撤退。随后又乞通贡，许进再次请求，孝宗许可。当时，大同的部队兵强马壮，边防设施修整完好。当时贡使每至关，都下马脱弓矢入馆，俯首听命，不敢大声喧哗。然而许进却与分守中官石巖相互弹劾，石巖被征还，许进降为兖州府知府。弘治七年（1494年），升陕西按察使。土鲁番阿黑麻攻陷哈密，俘虏忠顺王陕巴逃去，并派其将领牙兰守卫。兵部尚书马文升称，收复哈密的人非许进不可，于是举荐其为右佥都御史，巡抚甘肃。次年抵达镇守，对诸位将领称：“这群小人乘风转舵，称我们不敢深入边疆。