设立办事处，同时亦买下旅行社Obzor。1994年，克罗地亚航空接送了第100万名乘客。不久，教宗若望·保禄二世乘搭克罗地亚航空前往克罗地亚。1995年接收了另一架ATR 42和运载第200万名乘客。1996年波斯尼亚战争后，克罗地亚航空是首间恢复塞拉耶佛航线的航空公司。1997年接收了首架空中巴士A320并命名为Rijeka，1998年接收了首架空中巴士A319并命名为Zadar。同年，克罗地亚航空加入了。1999年接收了2架空中巴士飞机，并开始出售老旧的波音737，同年克罗地亚航空接送了第500万名