政策检讨时决议应积极执行参与两岸交流。台湾本土深绿社团对于其主张给予高度肯定。周子瑜事件发生时，赖清德表示「台独份子有自己的国旗，拿青天白日满地红的旗子，不是台独份子」。2017年6月5日，赖清德在台南市议会答询时说自己「亲中爱台」，和台中市长林佳龙的「知中」、台北市长柯文哲的「友中」、桃园市长郑文灿的「和中」，以及高雄市长陈菊的「和平发展」理念一样，部分独派表示不满，并有议员声称赖清德的立场反覆2017年6月23日，赖清德宣示其「主张台湾独立的立场没有任何改变」，又主张「亲中爱台」，蓝营、绿营