共和国选举后，由爱国者组成的政府将他特赦，桑胡尔霍后改定居于葡萄牙。1936年时组织爱国军事将领和他所创的组织—西班牙军事同盟企图推翻共和政府，并作为起事后的领导人。起事后爆发了西班牙内战，作为右翼国民军领袖的他并不信任佛朗哥，要自己前去指挥。原在里斯本的他要前去与国民军会合，但所搭的飞机却因为超载而出事。主要原因是他与他的随从坚持将军礼服一起带入马德里，导致起飞时坠毁，桑胡尔霍因此丧命。有传闻认为他与国民军第2人物埃米利奥·莫拉相同，皆遭到佛朗哥的暗杀，以防成为自己的政治对手，但没有相关的证据。