抵抗清军大约40年之久。清朝时福州是与琉球首里通航贸易的指定口岸。清代，在福建本土，增设了福宁府和龙巖州、永春州。清圣祖康熙二十二年（1683年）台湾并入福建省版图，于清德宗光绪十二年（1886年）单独设省。1842年的《南京条约》将厦门和福州辟为通商口岸，向外国商人开放。1902年在厦门还开辟鼓浪屿公共租界。在洋务运动中，左宗棠开办福州船政局及船政学堂，成为近代中国海军的摇篮。1883年，中法战争期间，法国袭击了马尾军港。福建还是近代西欧传教士人数最多也最活跃的省份。辛亥革命后，历届政权均设置福建省。