裁撤十三衙门，以重建内务府而代之，从而便消除了阉宦乱政的可能性。二是整顿吏治，定考核，严奖罚，加强对各级官吏的监督。这对于扫除前明贪风的影响，提高办事效率，是一个良好的开端。所有这些进展，都是在他们通力合作的情况下取得的。它为将来的康熙皇帝亲政奠定了治理国家的基础。康熙六年（1667年）三月，辅政大臣索尼等奏请皇上亲政，康熙皇帝谕曰：「朕年尚幼冲，天下事务殷繁未能料理，欲再俟数年」。辅政大臣屡行陈奏，康熙皇帝再三未允，辅政大臣等奏：「世祖章皇帝亦于十四岁亲政，今主上年德相符，天下事务总揽裕如恳切奏请」。