1971年取得南伊利诺州大学哲学博士，之后至南阿拉巴马州大学（University of South Alabama）任教。1973年，发生台大哲学系事件，4月，教育部宣布台大哲学所停止召生两年。孙智燊回到台湾，在文化大学担任客座教授。8月4日，经成中英推荐，孙智燊至台湾大学哲学系担任客座教授，同时出任代理系主任。孙智燊上任之后，向校长阎振兴取回哲学系教师改聘案，原计升任专任讲师的李日章、胡基峻、梁振生、杨惠南，被重新提报仍为兼任讲师。8月11日，宣布中国哲学座谈会为非法组织。根据《台大哲学系事件调查报