个全局优化的形式，其强制按照整个长度的所有查询序列对齐。与此相反，局部比对只确定局部的相似而整个长序列却往往大相径庭。局部比对往往是可取的，但可能更难以计算的，因为还有来自确定其他相似区域的挑战。各种计算算法已应用于序列比对的问题，包括缓慢，但正规的像动态规划的优化方法和高效率，但不彻底的启发式算法，或大型数据库搜索设计的概率方法。
双序列比对.双序列比对方法涉及寻找（局部）最优匹配片断或蛋白质（氨基酸）或DNA（核酸）全局比对。
全局比对.全局比对是指将