肯塔基州邦联政府是美国南北战争期间肯塔基州部分支持南方邦联的居民自发组建的影子政府。这个影子政府自始至终都没有取代州首府法兰克福的民选政府，后者强烈支持北方联邦。邦联政府只争取到肯塔基州部分居民支持，其管辖范围仅限于南方联军在州内占领的区域。不过，这个临时政府得到美利坚联盟国承认，肯塔基州也在1861年12月10日加入南方邦联，邦联战旗以中央交叉位置的一颗五角星来表示来表示该州。鲍灵格林成为肯塔基邦联州的首府。由于受到军事局势的影响，临时政府存在的大部分时间里都跟随着田纳西军四处流亡而运作。1862年夏