基地作为球队的基础，球员是由原上海根宝足球基地的球员组成。2006年上海东亚首次参加职业联赛，在当年的中国足球乙级联赛取得南区第七名。2007年上海东亚被分到该年中乙联赛的北区。然而东亚以9胜3平2负的成绩取得北区第一名，并在决赛阶段先后战胜安徽九华山与四川队，最终夺得了乙级联赛的冠军，成功升入中甲。
中甲：2008-2012.2008年升入中甲后，球队将主场设在上海地区第二个专业足球场金山足球场，首次参加中甲的东亚队最终取得了第六名。2009年，东亚的主场搬到了上海观