等教育毛入学率为57.9%，人均受教育超过14年，每万人大学生数量超过1100人，高等学历人口比例仅次于北京。2009年被推选为“中国最具教育发展力城市”。南京是中国重要的科研基地，南京高校和研究所主持的项目在国家科技三大奖中全部获得过一等奖。南京有中科院、自然科学研究和开发机构近600家，研究领域涉及自然科学和工程技术等各门类，科研设施较为先进，科研开发实力雄厚。2011年，全市共有各级工程技术研究中心256家，其中国家级14家、省级199家、市级43家。南京有2座国家实验室正在筹建，拥有国家重点实验室