渐往西侧的平原地区移动，使得熊本市拥有丰富的地下水资源，并成为全市的自来水水源，也成为全日本完全依靠地下水供水的城市中，人口最多的一个。也是世界50万人口都市中仅有的可依靠地下水就提供所有生活用水的都市。
气候.熊本市属于柯本气候分类法下的副热带湿润气候，当地夏季炎热，冬季凉爽。熊本市年平均气温在17 ℃左右，年平均降水量为1,500mm - 2,400mm，其中6月至7月的降水量达全年之最，降雪日数极少。当地有记录以来的最高气温是38.8℃，最低气温是-9.2℃。Sectio