于1592年开始建成，本来是被破坏的聚乐第的一部份，在指月山建成，筑伏见城的原因，是为了半退隐的太合丰臣秀吉所建，除了向家臣展示太合的权威外，也向天下众人展示丰臣政权的统治权威。1595年，关白、家督丰臣秀次地位被废、家族族诛，聚乐第遭废城，伏见城取代聚乐第成为丰臣政权新的统治中心。但是在1596年，发生伏见大地震，原本的伏见城被震毁，于是在桃山（今木幡山）建造新的城池。1598年，丰臣政权第三代统治者丰臣秀赖将居城从伏见城迁往大坂城，统治中心也随之转移至大坂城。1600年，伏见城被宇喜多秀家为总大将的