（1653年），“以川省兵马钱粮皆从陕西调发，诏陕西总督孟乔芳兼督四川”，即四川总督改由原陕西总督兼任，称为川陕三边总督。顺治十八年（1661年），康熙帝即位后，对督抚制度进行调整，改为“直隶各设总督一员，驻扎省城”。时任川陕总督李国英改四川总督，驻重庆，至此，四川总督才算是名副其实。
频繁调整.康雍干三朝，四川总督的建置调整频繁，先后多次与湖广、山陕、陕甘等总督分合。康熙七年十月庚寅（1668年11月28日），裁撤湖广总督，由四川总督兼任，改为四川湖广（川湖）总督，移驻荆