出版署改称“国家新闻出版总署”，石宗源继续留任署长。2005年12月，石宗源出任中共贵州省委书记；并在次年1月召开的贵州省十届人大四次会议上，当选省人大常委会主任；2008年1月获得连任。 2008年6月28日，“瓮安骚乱”事件发生；石宗源率队到达瓮安县调研；并在7月3日召开情况汇报会上公开承认，事件的背后有着更深层次的原因，更批评地方官员不作为。2010年8月，石宗源逾龄退休，并于8月28日，被十一届全国人大常委会任命为全国人民代表大会教育科学文化卫生委员会副主任委员。2013年3月14日，当选第