7年大连毅腾与降回乙级的大连顺发足球俱乐部合并。同年毅腾队离开大连火车头体育场，第一次将主场迁至外地，队名更名为鞍山毅腾连铁队。1999年有望冲入甲B的球队遭遇“69事件”，在抽签中失去冲甲机会。俱乐部以800万元人民币将毅腾一、二线队转售给大连实德足球俱乐部，一度退出了足坛。2005年，球队俱乐部将主场迁往哈尔滨，12月20日经中国足协正式批准更名为大连毅腾足球俱乐部哈尔滨毅腾队，重新进入职业联赛。2006年中国足球乙级联赛取得亚军，经过12年的努力终于成功重返次级联赛，升级中国足球甲级联赛。