职则不能选择自己下属，而在外地的府级副官、州县官员则用掣签方法，吏部的权力日益削减。李戴即任后，仍然谨守规定，于是倖免无罪。万历二十七年京察，编修刘纲、中书舍人丁元荐、南京评事龙起雷曾经以言事忤逆皇帝，三人全被闲置观察，当时朝廷上下对李戴不满。当时国本之争尚未结束，皇长子冠婚始终推延，李戴每次都劝导朝廷大臣进谏。万历三十年（1602年）二月，明神宗生病，下诏罢免矿税、释放牢狱囚犯、记录朝廷进言。几天后，神宗病稍微康复，马上命恢复矿税。李戴率众进言反对，后被太仆卿南企仲弹劾，李戴请求辞职，神宗没有准许