但是由于章惇强硬对付少数民族的政策，引发湖南、湖北一带的骚动，被贬为起居注。宋哲宗即位之后，章惇又因为废除新法的问题与司马光当着宣仁太后之前犯颜争议，而出知汝州。元祐九年（1094年），章惇于宣仁太后死后入京，出任尚书左仆射门下侍郎（首相），主持恢复熙丰新法，史称“绍述”，北宋国力因而得以恢复发展，更取得对西夏的多次战略性军事胜利。然而在章惇当政期间，绝大部分支持司马光的旧党党人都被放逐，甚至于贬到岭南等蛮荒地区；而章惇也进行言论控制，设立元祐提制局等单位对于反对新法的言论加以控制，甚至于在宫廷内部兴狱