王栋凭借14个进球成为中甲本土射手王。随后，也首次入选了朱广沪执教的中国国家队。2006年中超联赛，身为队长的王栋打入5球，长春亚泰也获得了中超联赛第四名，在对阵陕西的比赛中，王栋的一球45米吊射是中超历史上的第一千球，该进球并入选赛季最佳入球。2007年中超联赛第六轮到第九轮帮助球队得10分，长春亚泰问鼎中超冠军，王栋入选国家队司职前卫，参加2007年亚洲杯和2010年南非世界杯亚洲区预选赛。2013年，王栋在长春亚泰失去位置，同年二次转会期间，天津泰达有意引进王栋并与杜震宇重组震栋组合，出于保级的需