。菌丝可以是（无）或是有隔板的，有隔板的菌丝不同细胞核间有细胞壁将其分隔，使一个隔间具有一或数个细胞核，多核菌丝则没有隔板，基本上就是一个含有多个细胞核的巨大细胞。隔板上通常有小孔可以使细胞质与胞器流通，有时细胞核也可以通过小孔，例如担子菌门真菌形成的桶孔隔膜许多真菌的菌丝形成特化的构造，以更容易从宿主身上吸收养分，例如许多植物病原真菌具有吸器，许多球囊菌门的真菌则形成丛枝（Arbuscular）穿透共生的植物细胞以吸取养份。虽然真菌属于后鞭毛生物，其共祖有一根后生的鞭毛，但除了壶菌门以及原本属于壶