清治时期.在荒废了四十年过后，1724年时任台湾府淡水补盗同知的王汧开始整修红毛城。该次整修增辟了四座外围的城门，包含东、西大门与南、北小门。其中现存的南小门以石条砌成，上有雉堞，为中国式城门。然而，当时清政府并未在该城驻军。嘉庆年间，清军在红毛城下的河岸边东侧建造新砲台，并使沪尾水师驻守之。1860年，中英天津条约签订，淡水港亦随之开港。英国便在1861年于淡水设立领事馆，并于1867年与清廷订定《红毛城永久租约》，自隔年开始以每年十两纹银的租金永久租用红毛城，同时迁馆于该处并