口数字锐减为1620年的60万的主因是疫症。尽管不是有组织的种族灭绝，但结果不尽相同。学者现时相信，人口大幅度减少的主要原因是因为欧洲人带来的瘟疫疾病，例如天花，在美洲原住民之中是没有抗体的。印加城市被改了西班牙语名称，并被重建成西班牙式城市，中心为一座广场，并有一座面向官员住宅的教堂。有少数印加城市例如库斯科还保留着印加时代的石工作为墙基。其他印加城市就因为高海拔不适合西班牙人而荒废。
秘鲁总督辖区(1542年–1824年).1542年，西班牙王国宣布成立秘鲁总督区，包含了西班牙