地改革和镇压反革命，外国传教士陆续被逐出中国大陆，基督教各大公会失去来自英美差会的支持，在政治形势变化(控诉运动)并失去经济来源以后，迅速加入由中国新政府控制的三自爱国运动。此后，仍处于中国政府控制之外的就只剩下一些中国基督徒创立的团体，如耶稣家庭、真耶稣教会和地方教会，认为自己早就实行了“三自”原则，因此基本未受政局影响，继续大传福音，大讲属灵生命之道，在1949年—1951年间的短时期内继续迅速扩展，甚至达到历史上的鼎盛时期。不过，不久以后，这几个基督徒团体就在1950年代的几次政治运动中成为受打击的主