1953年和1956年先后出版了《〈实践论〉解释》、《〈矛盾论〉解说》两本书。1953年9月，李琪到彭真办公室担任政治秘书。1961年初，李琪被调到中共北京市委担任常委兼宣传部长。1961年，宣传部长李琪为北京经济学会做《经济规律的客观性》的报告，对“三面红旗”中出现的问题进行批评，倡导按照客观规律办事。在担任宣传部长后，他还曾短暂主管过北京市的文艺工作。1963年，江青为搞“戏剧革命”，到北京市进行“调查研究”。这使李琪被迫将主要精力放在戏剧，特别京剧上。此后，1963年，在李琪的领导下，北京京剧团根