各公司中第二短。铁路部门的总收益90%以上来自东海道新干线，而在来线的收入只有东海道新干线收入的一成以下（2018-19年度旅客运输收入，东海道新干线为12,918亿日圆，在来线为1,048亿日圆 ）。虽然JR东海总公司所在地名古屋的邻近地区（爱知县、岐阜县和三重县）是人口密集区，但因该地私人拥有汽车的比例居日本全国前几名，再加上同地区存在包括名铁与近铁在内、多家规模庞大的私营铁路公司带来激烈的竞争，以及行驶速度更快更舒适的特快列车多要通过其他JR公司的营运范围，导致JR东海所属的在来线路线在收支上情况严峻