保安司令部规定：“各省划区宣抚、化装潜入，秘密工作”，“设立前进指挥所，统一收编各地下军”，地下军在长春不得设办事处，各部队队长“必须在敌区工作”等。至1947年4月，中共已经基本消除北满地区土匪。5月，中共基本肃清东北解放区的土匪。1948年9月辽沈战役前，中共用三年时间基本解决了东北地区土匪问题。9月5日，中共中央东北局社会部发布第15号匪情通报，要求各地继续清剿残匪。11月辽沈战役结束时，东北人民解放军已攻占东北全境。标志中华民国政府对东北的管辖彻底结束。1949年1月15日，黑龙江省、合江省、嫩