支持后想要独立，因而与伊达氏对立。天正16年（1588年）、大崎氏家中发生宠臣纷争（大崎骚动），伊达政宗以协助镇压为名，发兵进攻、掀起了大崎合战。此战结果因黑川晴氏的反叛和最上义光出兵相助，大崎氏得到了胜利。但是，天正17年（1589年）、政宗在折上原之战大捷，灭亡了芦名氏，成为名副其实的奥州霸主。义隆受到政宗的压迫，只得再次从属于伊达氏。天正18年（1590年）、丰臣秀吉追究没有参加小田原之战的责任，义隆遭到改易被没收了领地（奥州仕置），大崎氏就此灭亡。之后，经前田利家、德川家康等人的斡旋，向秀吉