寺最早建于吐蕃赞普赤祖德赞（又称赤·热巴巾）时期。据《西藏王统记》记载，赤祖德赞崇信佛法，大建佛寺。其受养僧、时任大钵阐布的娘·丁增桑布于820年在大昭寺周围兴建了六座佛殿，其中东面为木如，即今木如宁巴寺。17世纪，五世达赖曾扩建该寺，并将其作为乃琼寺的神巫在拉萨城内的落脚点。每年传召大法会期间，乃琼寺僧众聚集在此举行典礼。藏语“宁巴”意为古老的。因为十三世达赖时期，该寺进行了大规模的修缮及扩建，同时乃琼护法释迦亚培在小昭寺东南、大昭寺东北方向兴建了一座新木如寺。由此，大昭寺以东的这座原有的木如寺便被称