在表皮、毛发、皮肤、指甲、鳞片或羽毛上生长的真菌，无论其宿主是生是死，皆属于皮肤癣菌，而非食肉真菌。 同样地，在动物的开口及消化管道生存的真菌亦不属于食肉真菌，也不属于内部病原体。而透过攻击和定殖昆虫的昆虫病原体也不一定被归类为食肉真菌，只有那些诸如冬虫夏草之类的真菌，其菌体在昆虫的体内生长，又或如虫囊菌目（）物种那样寄生于昆虫体内的物种才算。这些以线虫为猎物的食肉真菌，表现出两种不同的捕食机制：透过核糖体DNA的排序，显示这些捕食的机制在真菌的不同谱系内各自演化出来，是一个趋同演化的例子。