宝2年（702年）佐伯有頼（出家后为慈与）在立山山脚下创建了五智山円福寺，是来迎寺的前身。而在《妇负郡志》中，在久寿2年（1155年），円福寺僧侣林海因得到立山权现（本地佛是阿弥陀佛）的神谕在萩岛（现在的富山市妇中町萩岛）新建立了寺院。建久8年（1197年）接受法然的教导，被赐名光明坊的林海改宗为浄土宗，将円福寺的称号也改为来迎寺。文龟2年（1502年） 从萩岛移转至古寺町（现在富山市蛯町、白银町、常盘町），在宽文元年（1661年）因富山藩的命令移到梅泽町（现在地）。另外，在《莲门精舍旧词》中，也记载该