44年，因太平洋战争，再度改组，分成台湾产业金库与台湾农业会两个机构，台湾产业金库专职于金融事业。1945年第二次世界大战结束，中华民国接收台湾。1946年10月5日，中华民国政府接收台湾产业金库，改组为台湾省合作金库，属性为特种经营的金融机构（不具银行身分），至1985年才取得法人资格。2001年1月1日，合作金库配合陈水扁政府的金融改革（金改）政策，改制为合作金库银行股份有限公司；2004年11月，合作金库在台湾证券交易所正式挂牌上市。2006年5月1日，合作金库与同为公营行库的中国农民银行合併