945年6月，苏联当局以「担任纳粹德国总理希特勒的私人医生，同时为希特勒政府、纳粹党与亲卫队成员提供治疗」的罪名对哈瑟进行审判，但刑期不详。1950年，哈瑟的结核病越发严重，最终死于狱中；据记载其死亡地点为「布提尔监狱医院」，所指者应该是位于莫斯科特维尔区的布提尔卡监狱。