文虎克开始对显微镜作出巨大改进并最终生产出可放大200倍的透镜，学者们发现了精子、细菌、纤毛虫以及十分奇妙和多样化的微观世界。简·斯旺默丹的调查带来了昆虫学的新热潮，并建立了微观解剖和生物染色的基本方法。当微观世界正在不断扩张时，宏观世界却在收缩。约翰·雷等植物学家将洪水中新发现生物合并到一致的分类中和一致的神学（自然神学）。关于另一场洪水即大洪水的辩论，推动了古生物学的发展。1669年，尼古拉斯·斯丹诺发表了关于存活生物陷入沉积层及矿物中并形成化石的文章。虽然斯丹诺关于化石的理论十分着名并在自然哲学家