9年5月1日在台湾中正大学战略暨国际事务研究所公开发表「台湾主权未定」相关言论，斋藤正树当时说：「日本已在旧金山和约第二条放弃对台湾的所有权利、权利名义与请求权，因此，有关台湾的法定地位，没有独自认定的立场…」，引发部分在场人士抗议。中华民国外交部次长夏立言5月1日下午也召见斋藤要求说明，并对斋藤言论严正抗议。在现场听讲的台湾社会相关领域的领袖，赞扬斋藤正树对台湾主权定位的观点正确。斋藤正树已经声明那是他的个人言论，不代表日本政府的立场。之后斋藤于年底辞职。