日治时期，保生宫在明治卅一年（1898年）董事杨玉辉等人募款重建。明治四十年（1907年）董事刘老神等人集资再修，并从南鲲鯓代天府分香迎奉五府千岁。之后在大正二年（1913年）时，董事杨胜益主持重修。昭和三年（1928年），仕绅梁吉再次倡修。日治末期皇民化运动，该庙因无人管理曾一度荒废。二次大战后，于民国36年（1947年）由叶丁杞等人发起重修。民国50年（1961年）成立修缮筹建委员会，推举叶丁杞、黄添登、黄狗本、叶进登、张石蛋等共18名委员主持工程。该工程自同年（1961年）10月动工，次年（196