室则併入由大学本部开设之中国文化研究所，而来自美国哈佛燕京学社之援助亦改拨中国文化研究所。1976年，香港政府建议中大改制，将学科教学的工作统一归由大学中央办理，书院仅负责学生福利及通识教育等工作。新亚书院校董会九位董事，包括唐君毅、李祖法、钱穆、沈亦珍、吴俊升、徐季良、刘汉栋、任国荣、郭正达，以此违反中文大学之「联邦制」本意为由，集体辞职抗议。由此，唐君毅等人不再兼任任何中文大学教席或公职，专注于研究所所务。1981年，新亚研究所增设博士，招收有中国文学、史学或哲学之硕士学位者。在脱离中文大学