10月30日，革命派在昆明发动重九起义。起义成功后，蔡锷任都督的大汉云南军都督府成立，殷承瓛任该政府的参谋部总长。
远征西藏和田地调査.1912年（民国元年）6月，殷承瓛任西征军总司令官（援藏司令官）出征西藏，击破各地藏军。当时四川都督尹昌衡也出征西藏，因作战上的龃龉，滇军同川军之间发生纷争。同年12月，殷承瓛率队返回昆明。1913年（民国2年）10月，蔡锷离任云南都督职位赴北京，殷承瓛随从蔡锷赴北京，任北京总统府顾问官。1915年（民国4年）1月，任全国经界局清丈处处长（全国