入侵苏联（巴巴罗萨行动）后，西科尔斯基才第一次意识到战争的局势发生了彻底的变化。在英国外交部官员安东尼·艾登的大力支持下，西科尔斯基在1941年7月30日于伦敦与苏联驻英国大使伊凡·麦斯基展开磋商，重建波兰与苏联之间的外交关系，这两国关系曾在苏联1939年9月入侵波兰后破裂。该年后，西科尔斯基带着一支外交使节团（其中包括未来的波兰驻苏联大使斯坦尼斯瓦夫·科特和波兰驻苏联军事使节团长官齐格蒙特·希什科-博胡什）来到莫斯科。这时波兰政府与苏联达成协定（1941年8月17日的西科尔斯基-麦斯基协定），西科尔斯基为