施琅底定全台，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖「天妃」赐晋「天后」，康熙二十三年（1684年）清廷准奏，且进颁「护国庇民妙灵昭应仁慈天后」敕号，改台南宁靖王府为大天后宫，派满族大臣礼部侍郎（三品）雅虎致祭。雍正四年，皇帝又御书「神昭海表」匾，由台湾镇总兵林亮迎至天后宫敬悬，干隆时期清廷又颁旨改官祀，天后宫之名称逐渐普及至今。当时施琅从湄洲岛湄洲妈祖祖庙带来的古妈祖「黑面二妈」，目前安置奉祀在鹿港天后宫，供众信徒膜拜，此尊神像已有一千年的历史，目前全世界仅存一尊，中国大陆本有两尊开基妈，但都毁于「文化大革