三好三人众结盟，阻止织田信长上洛，当织田信长率领大军杀入近江后，六角家惨败，六角承祯父子丢弃观音寺城逃往甲贺（观音寺城之战），六角家也因此衰微。
晚年.之后六角承祯等人以游击战的方式在南近江一带反抗织田信长，并且响应足利义昭的反信长包围网，直到1570年投降；但是1574年六角承祯又逃亡伊贺并且有意东山再起，但没有成功。六角义贤在石部城持续对抗织田家，直到石部城遭到织田军攻破后（石部城之战），六角承祯便下落不明，有一种说法是他之后投靠石山本愿寺。后来又成为丰臣秀吉的御伽众，在庆长3年