FS被从方案中移除，IFS和Helper保持不变。Windows NT 4.0中增添了助手（DEFRAG）。微软原NTLDR被编写为从FAT、HPFS或NTFS编写NT内核，不过随后的版本放弃了对HPFS的支持。上述所有驱动程序和助手程序都是32位PE可执行文件。FAT文件系统从内核中移除，转移到一个IFS，并利用32位元处理能力进行了大量性能优化（称为FASTFAT）。最初的Windows NT 3.1包含FAT、HPFS (Pinball)和新创建的NTFS驱动程序，以及一个新且改进的CD-ROM文