利亚女中和中西女中，把两校合并成为上海市第三女子中学。原圣玛利亚女中的校址办起了上海纺织专科学校。1999年，该校被并入东华大学，成为东华大学纺织学院长宁分校区。
校园.圣玛利亚女中的校园长期比较完整地保留了昔日的风格，有爬满常春藤的钟楼、环绕操场一圈的走廊等。被列为上海市第四批优秀历史建筑。2005年-2006年，1号教学楼和一幢宿舍楼乃至回廊均被开发商拆除，另外四幢保留建筑的屋顶亦被拆除，只有钟楼幸存。2009年经媒体曝光后，引发社会关注。随后，长宁区规划局表示，将责令开发商