设有票务设施，客务中心及商店；地下二层为联络通道。
站厅.磨碟沙站分为南北两个站厅，均位于地下一层。两个站厅及两个月台无论在收费区范围以及非收费区范围均可由两条路轨下方的联络通道前往。车站商店及自助服务方面，磨碟沙站设置了便利店以及面包糕饼店；此外，本站亦提供自动售卖机、自动售卡/充值机、“好易”自助服务等。
月台.本站设有两个侧式月台，位于新港东路地底。此外，本站月台往万胜围方向的一端设有一组交叉渡线，以及来往赤沙车辆段的出入段线。出入段线在交叉