盛衰、脏腑诸病、经穴等方面作了比较深入的解释，丰富了《黄帝内经》的学术理论。因其阐述《黄帝内经》的有关疑难问题，故名《难经》。并对三焦、命门学说、奇经八脉理论等多有创见。《汉书·艺文志》中，将医家分为「医经」、「经方」、「神仙」、「房中」四大流派。张仲景着有《伤寒杂病论》，后检整理为《伤寒论》、《金匮要略》二书，确立了“六经”分证（太阳、阳明、少阳、太阴、厥阴、少阴）论治原则，中医诊断病情的阴阳、表里、虚实、寒热“八纲”和辩证施治的原则，总结了汉以前的医疗经验。《黄帝内经》、《难经》、《神农本草经》和《