当勐烈时，恩斯特搭着一辆德意志国防军的卡车回到柏林，取得医疗补给后带回紧急救护站。回到紧急救护站后，恩斯特继续进行手术。在恩斯特与温纳·哈瑟医师合作的七天之间，两人共计执行了三百七十多场手术。战后，他在与和合作的回忆录中，叙述了这一段恐怖的经历。在柏林战役的最后，恩斯特曾两度短暂与希特勒会面，第一次是希特勒希望对恩斯特、温纳·哈瑟医师和护士在医护站的服务；另一次则是在希特勒与爱娃·勃劳恩的婚宴上。1945年5月1日，申克在苏联红军攻破柏林后遭到俘虏。在投降之后，恩斯特与威廉·蒙克等其他德军高阶将领，在苏