2016–17年香港女子联赛足总盃是第 5 届香港女子联赛足总盃赛事，于2016–17年香港女子足球联赛结束后进行。赛事冠军由龙门首次夺得。
赛制.赛事分为两个阶段：小组赛及淘汰赛。小组赛会分成两个小组，根据联赛积分榜的成绩而定，排名 1–6 位的球队会进入「优胜组」，排名 7–12 位的球队会进入「晋级组」。「优胜组」所有球均可晋身淘汰赛，当中排名 1–4 位的队伍会列为种子队，而 「晋级组」只有前 3 位队伍可以晋级淘汰赛。