现有的证据并不支持以避孕药来治疗已经存在的囊肿。在观察数个月后，卵巢囊肿没有消失甚至变大或者外观异常时，可能会选择以手术方式切除，卵巢囊肿带来严重的疼痛时也可能选择以手术治疗。育龄女性的卵巢每个月都会产生小的囊泡，这是正常的现象，但有约8%的女性在更年期前会遇到较大、以致于会造成不适的囊泡。在停经后有16%的女性会得到卵巢囊肿，相较于停经前，停经后出现的卵巢囊肿是癌症的机会较高。