命为农工部左侍郎。同年12月，銭能训出任王士珍内阁内务总长。次年2月辞职。此后曾代理国务总理。民国七年（1918年）3月，第三次段祺瑞内阁成立，銭能训再任内务总长。10月，徐世昌任大总统期间，他再度代理国务总理。12月14日，正式任国务总理，组织钱能训内阁，并在翌年1月兼任内务总长。銭能训任职期间，皖系和直系间的对立加剧，其举步维艰，民国八年（1919年），五四运动发生，銭能训于6月引咎辞职。此后，他历任苏浙太湖水利工程督办、外交部顾问。民国十三年（1924年）6月5日，銭能训在北京寓所病逝。享