及佔领下的领土有系统地屠杀了1100万至1400万人，除了极少数免于此难。包含在集中营、犹太区的600万犹太人，除了毒气、许多人死于饥饿与疾病，或死于过度劳动。除了犹太人外，还包括部份波兰人、吉普赛人、共产党员、异议份子、抵抗组织、同性恋、肢体障碍者、智能障碍者、精神病患者及苏联战俘、耶和华见证人信徒及基督复临派信徒等。最大的屠杀中心是奥斯维辛集中营。据知希特勒从无巡视集中营及公开谈论屠杀的明确词语。犹太人问题最终解决方案是由纳粹领导高层希姆莱与海德里希在实行计划中扮演关键角色。虽无希特勒授权大屠杀的明