缘非常近，小蝙蝠亚目（Microchiroptera）与食虫目亲缘近。但以目前从DNA的分析认为，蝙蝠的两个亚目是从同一个来源所演化而来。甚至发现，有些小翼手亚目的蝙蝠的血缘更亲近于某些大翼手目的蝙蝠，因此重新将与狐蝠科较近的类群分类成阴翼手亚目，而与蝙蝠科较近的类群则为阳翼手亚目。并且相信两个亚目都是从会飞行的共同祖先演化而来。翼手目的动物在四肢和尾之间覆盖着薄而坚韧的翼膜可以像鸟一样鼓翼飞行。它们有一些其他类群所不具备的特征，这些特征包括特化伸长的指骨和链接其间的皮质翼膜，前肢拇指和后肢各趾均具爪可