为维持该校运转，教育部为该校垫支8月、9月经费。9月30日，芮歌尼正式答复，教会完全停止该校经费。由于会增加财政负担，并影响对中国天主教徒、基督教徒的争取和团结，政府方面并不情愿接办该校。1950年10月6日，周恩来在主持政务院第53次会议讨论教育部长马叙伦《关于处理北京私立辅仁大学问题的报告》时仍表示，虽政府接办了辅仁大学，但其他教会学校仍可继续自办。1950年10月12日，教育部宣布接办私立辅仁大学，该校由此成为中华人民共和国成立后政府正式接办的第一所教会大学。1950年12月30日，《人民日报》发表社