多禄大殿落成之后，原建筑被称为老圣伯多禄大殿，和现在的建筑物识别。800年圣诞节，查理大帝在此跪着做礼拜时，突然被教宗良三世加冕，并被其称为“罗马人的皇帝”。
重建.1503年，教宗犹利二世决定重建圣伯多禄大殿，并任命多纳托·伯拉孟特担任总设计师；大殿于于1506年4月18日动工，1626年宣布落成，即今日所见之圣伯多禄大殿。这次修建共由轮替了多位总监督，自一开始的总设计师多纳托·伯拉孟特后，在1514年拉斐尔被委任了总监的职位，再之后的1538年为小安东尼奥·达·桑加罗和