脱离战场，魏孝文帝愤怒责骂：「叔祖你一定不是世祖皇帝之孙，否则怎能如此不精明啊！」四月魏孝文帝驾崩，遗诏任命元嘉与北海王元详、咸阳王元禧、任城王元澄、尚书令王肃、吏部尚书宋弁六人共同辅政。
司州时期.宣武帝即位后，迁官至司州牧，景明二年（501年），元嘉上表提议在新首都洛阳宫城的四周，规划三百二十座坊里，每坊的周长共一千两百步，并征发司州地区各地三正的复丁充当劳役，此工程共调动了五万人，花了四个月的时间才兴建完成。
晚年.后征召入朝，担任尚书令、卫大将军，