新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属郡山县、西大路县、川越县、水口县、宫川县、淀县、宫津县、山上县、彦根县；不过在仅四个月之后的府县整併中，原属神崎郡和爱知郡的区域被併入长滨县，原属蒲生郡的区域则被併入大津县，此后两县在1872年10月整併为现在的滋贺县。1889年日本实施町村制，现在的东近江市辖区在当时分属、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、共24个行政区划；经历1950年代的昭和大合併后，这些行政政区划被整併