患稳定后，将位于顺济庙北的丹凤楼迁建于万军台上，此外于另两座高台上增筑了观音阁和真武庙。万历二十六年（1598年）奉巡抚赵光怀之令，知县许汝魁加高城墙五尺，同时于朝阳门侧新辟水门一座，以沟通40余年前修建城墙而被断绝内外的薛家浜。此后继任的知县徐可求、刘一爌对自大南门迆东至北门一侧，改以巨石垒筑以替换原版筑城墙，以防倾塌。万历四十六年，知县吕浚又有将城墙增高了五分之一，并建川廊八十间。万历年间又于西门北侧的箭台上建楼阁供奉关帝，即现存的大境阁。
修补改建.康熙十九年（1680年），