组织都受到了强烈的冲击，1561年闪电击中了教堂代表性的尖塔，火焰毁损了主要木造结构，虽有修复计画，又因内战停摆并未完成。1650年代，建筑已处于严重失修的状态，直至1666年伦敦大火，教堂建筑几乎付之一炬。1675年教堂开始重建，主要建筑师为克里斯多佛·雷恩，修建完成的主要外部样式即为现在所见的巴洛克式样貌。
前身.伦敦主教区成立于604年，位于拉德盖特山，同时第一座圣保罗大教堂也由肯特的艾塞尔伯特建立起来，供奉圣保罗。第一座大教堂可能是在7世纪末被毁，然后重建。第二座大教堂