要由枕状熔岩、火山角砾岩和第三纪玄武岩组成。乍一看，似乎岛上缺乏植被，十分荒芜，但实际存在的海鸟粪可以帮助藻类、地衣、苔藓、蕨类和一些灌木植物存活。
生物.根据专门为调查生物数量的潜水探险所得的数据显示，岛屿附近海域有一个独特的鲨鱼种群。这一地区有500余只的双髻鲨和上百只丝鲨。马尔佩洛岛周边海域还是野生兇勐砂锥齿鲨在世界上少数的几个存在的地区。马尔佩洛动植物保护区主要致力于保护植物和野生鸟类，目前这里已聚集了大约60种鸟类。此外，在该岛及其周边，还发现了25000多只纳斯卡海