埃及国王托勒密五世的女儿，母亲是塞琉古帝国的公主克利奥帕特拉一世（安条克三世的女儿）。约前173年，克利奥帕特拉二世按古埃及王室习俗与其弟、埃及国王托勒密六世结婚，成为埃及的王后和共治者。克利奥帕特拉二世执政时期发生的第一件大事是，塞琉古帝国国王安条克四世于前170年入侵埃及（所谓第六次叙利亚战争）。埃及人防守不力，首都亚历山大港遭到围攻；但由于罗马的干涉，安条克四世在前168年终于被迫撤军。在战争期间，克利奥帕特拉二世的幼弟托勒密六世（托勒密五世最小的儿子）被亚历山卓人废位，战争结束后复位；于是从前1