三届国大代表，当时新党桃园分部气势全盛，邱建勇与吴正群、陈盛等成功当选。1999年，新党提名李敖参选2000年中华民国总统选举，邱建勇与部分新党国大代表谢仲瑜、张馥堂，台北市议员许渊国退出新党，支持脱离国民党参选的宋楚瑜。2002年，邱建勇代表亲民党参选八德市长，获得13,492票，不敌吕学干的17,844票及张春松的23,021票，未能胜出。之后未有参与公职选举纪录，并转往教职，于中坜高中担任生物与地科教师。现则于新屋区务农种植有机蔬菜，并结合企业力量推广植树运动。