出站、售票、充值等服务。付费区位于站厅层西侧，可通往2号线和4号线站台，2号线站厅区比4号线站厅区离进出站闸机更远，且两个区域间设有通道。
站台.金马路站设有两座岛式站台，均为南北方向但处于不同楼层，分别供南京地铁2号线和南京地铁4号线使用。2号线站台位于地面，有两条楼梯和一座自动扶梯通往站厅，站台上设有候车座椅和卫生间等设施；4号线站台位于地下一层，有两条楼梯和一座自动扶梯通往站厅，站台上设有候车座椅和卫生间等设施。
出口.金马路站设有两个出口，位于站房