大围至红磡段最先预计2018年 通车。第二期则由于需要迁就湾仔填海计划第二期及中环湾仔绕道的建造工程，到2020或2021年 方能启用。2014年11月，运输及房屋局局长张炳良表示，因宋皇台站考古工作而停止车站工程、改动计划等，工程最少有十一个月滞后。大围至红磡段原定2018年12月通车，2020年12月再启用红磡至金钟段。然而2015年3月政府再向香港立法会提交文件，确定两路段最少需延迟一至两年，亦即分别在2019及2022年启用。
交通改道.在工程期间，铁路途经的不少道路，包