不隶属，而职能上却互相监督。清朝制度，总督、巡抚的印信称为“关防”，为长方形，表示该官职为临时派遣。相对而言，布政使、知府、知州、知县的印信称为“印”，为常驻官职所用，正方形。总督、巡抚的关防俱为银制，大小相同，长三寸二分，阔二寸。（注：尚书、侍郎、右都御史、右副都御史等都是一部堂官加衔，无上下隶属关系，其区别只是品秩上的。）总督官署称：某某总督部院或部堂衙门，民间或称“辕门”而非影视作品中的总督府，如：两广总督部院、两江辕门。部即兵部；院即都察院。总督的自称与部、院堂官相同，择一而称：本部堂