波罗热地区的哥萨克及其领地在武力上压制，在经济上剥削，使哥萨克先后发动一系列起义，其中早期的几次可以作为对什拉赫塔立法者的警告。1591年，克雷什托夫·科辛斯基发动科辛斯基起义，遭血腥镇压。1594年，哥萨克再次举起反旗，纳利瓦伊科起义席卷乌克兰和白俄罗斯大部。盖特曼斯坦尼斯瓦夫·若乌凯夫斯基在1596年战胜哥萨克军，谢韦林·纳利瓦伊科被处决。17世纪初，联邦与哥萨克关系相对缓和，这时联邦参加的多起战争需要登记哥萨克的更大程度参与。然而布列斯特联合使两者关系更加紧张，因为哥萨克已成为东正教最虔诚的信徒和