民政府和海关总署在苏州工业园区开展具有保税港区综合保税功能的海关特殊监管区域试点，并要求海关比照保税港区的监管办法对其实施监管。2007年8月28日开始正式运作、次年1月15日封关的苏州工业园综合保税区是中国首个综合保税区。2012年10月27日，国务院在《国务院关于促进海关特殊监管区域科学发展的指导意见》（国发〔2012〕58号）提出，逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区，实行统一化的要求。新设立的特殊监管区域，原则上统一命名为“综合保税区”。