派员，不久即撤职。1947年，他辞去中国大学代理校长的职务。第二次国共内战期间，他曾参与策动第十一战区起义，并参与游说傅作义起义。中华人民共和国成立后，他留在北京市。
逝世.1955年，何其巩在北京病逝，享年56岁。遗体葬在北京香山地区的福田公墓。