辞不接受，加尚服院使，遥授行省丞相。武宗的弟弟爱育黎拔力八达为皇太子，丞相三宝奴等用事，担心爱育黎拔力八达英明，李邦宁揣知其意，劝武宗立自己的儿子为太子。爱育黎拔力八达即位为元仁宗后，有人请仁宗谋杀李邦宁。仁宗以邦宁为三朝元老，反而加封他开府仪同三司、集贤殿大学士。不久李邦宁因病而死。