蓝斑中的这种神经黑色素（Neuromelanin）是由去甲肾上腺素的聚合所产生的。这与基底核的黑质通过聚合多巴胺产生神经黑色素的现象类似。
连接.蓝斑在中枢神经系统内的投射很广。其目标区包括嵴髓，小脑，下丘脑，丘脑的中继核团，杏仁核，端脑基底部，以及大脑皮质。蓝斑产生的去甲肾上腺素对脑的大多部位具有兴奋性作用，从而加强觉醒状态，并预备脑的神经元对未来刺激的响应。据某些估计，蓝斑内的单个神经元可以通过其巨大的轴突分支激活几乎整个大脑皮质。蓝斑接受下丘脑的传入。下丘脑是机体内稳态的