清明，严厉管理盐运使、杜绝私制，不畏权势，得当地人民立祠祭祀。此后，黄日昌改任迁河南副使，因抵挡流寇有功转为山东参政，治理兵务和河防都有成绩，陞广东按察使，很快告假归乡。再起为广东左布政使，管理粮储兼兵巡驿传，政事井井有条；隆武帝即位，擢任他为户部右侍郎，永历帝时再升为刑部尚书，不久告休回乡。卒年六十九。