称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦（大和卓）与霍集占（小和卓）佔据喀什噶尔与叶尔羌，意图自立。干隆二十三年（1758年）干隆帝再命兆惠西征，兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌（今新疆莎车），反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围，兆惠与富德最终攻灭大小和卓，并让帕米尔高原以西的中亚各国成为藩属国。干隆末年，尼泊尔的廓尔喀王国两次入侵西藏。1793年清廷派福康安与海兰察领兵入藏，击退廓尔喀入侵，不丹与哲孟雄（今钖金）亦为藩属国，加强驻藏大臣的权力。西南方面，干隆初年派张广泗平定贵州苗民之乱，随后清军前往平定大渡河上游