庙原名「圣公庙」或「圣公宫」，于干隆年间改称「总管宫」，后来到了道光年间讹传成「总赶宫」，在立了「重兴总赶宫碑记」后此名延用至今。该庙2000年代时的整修为台南市第一个由政府补助辅导私有古蹟自办修复的案例。
沿革.该庙于明郑王朝郑经时期，由明郑水师诸镇合建，当时该庙位于台江内海的海滨上，而每当中秋时节郑军水手们会聚集于此庙进行中秋博饼的活动。该庙此项活动一度中断，但近年来已恢复举行。入清之后，该庙于干隆六十年（1795年）由台湾道道台杨廷理捐款整修，于嘉庆元年（1796年）完工