用FAT，一个MS-DOS和早期版本的Windows所使用的文件系统；但是，他们一般默认使用NTFS（NT 文件系统）。FreeDOS不能和这些系统在一个单独的NTFS或FAT文件系统里和平共处，但是FreeDOS内核还是可以被添加到Windows NT Boot Loader配置文件，boot.ini，或React OS中的freeldr.ini来引导它启动。FreeDOS也可以在虚拟化软件Virtual PC和VirtualBox或Bochs和QEMU一类模拟器软件中运行。
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