藩置县后，淡路岛最初被拆分成南北两部分分属兵库县和德岛县，现在的洲本在当时大部分属于德岛县，旋即又与四国东半部整併为名东县，直到1876年才又被拆分出，併入兵库县。1889年日本实施町村制时，设立了洲本町，隶属津名郡，1909年起，陆续併入了、、、三原郡、，在1940年改制为洲本市，为兵库县内第六个市级行政区划。此后又陆续併入了、、、、五色町，形成现在的洲本市。
交通.现辖区内公共运输以客运为主。过去在1922年至1966年期间曾经有经营的铁路往返至三原郡（现已合併为南淡路市）