，土谢图汗和哲布尊丹巴率喀尔喀全族南下寻求清朝保护。但此时南疆穆斯林叛乱，噶尔丹不得已回军。不待噶尔丹回军，留守本土的僧格之子策妄阿拉布坦已经平定了叛乱，但是他的才干引起了噶尔丹的猜忌，噶尔丹甚至暗杀了其弟索诺布阿拉布坦，迫使策妄阿拉布坦率领部众逃至博尔塔拉河，噶尔丹亲率追兵，仍被击败。1689年，清朝和俄罗斯签订《尼布楚条约》，俄罗斯放弃对噶尔丹的公开支持。1690年，噶尔丹驻地科布多发生大旱，噶尔丹被迫率军东征，此时，策妄阿拉布坦乘虚而入，占据了准噶尔本土。后路被断的噶尔丹只得一股作气，与清朝争夺水