杉氏为后盾拒绝接受德川氏支配，这乃是因为昌幸除了信浓外在上野沼田亦有领地，而无法接受合约中信浓归德川氏管辖，上野归北条氏管辖的决定。德川家康于是在1585年（天正13年）进攻上田城，但遭到真田军击败。此即第一次上田城之战。1589年（天正17年），丰臣秀吉命令真田昌幸将沼田週边的真田氏领地转让北条氏，然而北条氏仍不放弃併吞真田剩下的地盘，最终演变成小田原之役。德川获得武田旧领后，家臣井伊直政在武田遗臣的协助下，仿旧武田军制中的赤备成立了后来着名的「井伊赤备」。