1990年代在沿上行线旁修建津浦下行滁河大桥，于1993年5月1日建成通车，原下行线随即拆除。目前永宁老线和原永宁北站被永宁街道政府改建为滁河水利风景区“津浦旧地·水岸庄园”项目。1990年代末宁西铁路南京枢纽规划期间曾计划将永宁站改建为编组站以分担南京东站的压力，同时计划修建东葛至林场、外包永宁镇编组站的津浦上行正线。2003年宁启铁路的东北联络线开工；2004年铁路部门更换了车站内的部分道岔，为铁路提速做准备并预留宁启、宁西接入点。宁启东北联络线于2004年完工并投入运行2006年11月铁路部门开