大规模的游行，并与反共爱国阵线和警方发生冲突，是六一二事件。1988年5月20日，时任国大代表的洪奇昌参与由云林县农权会发起之游行，当晚洪奇昌与群众遭到警方与镇暴部队镇压驱离，是520农民运动。520农民运动后，洪奇昌在家中遭到时任台北刑大队长侯友宜带二十余人霹雳小组攻坚，将洪奇昌拘提到案，要求洪奇昌对六一二事件与五二零事件进行说明。
立法委员时期.于1989年第一届增额立委选举中，洪奇昌于台南市当选、踏入立法院，是首位民进党籍人士在台南市当选立法委员；1993年转战台中市