。嘉庆元年（1796年）四月，请假回籍。次年正月，贵州南笼狆苗反清起事，冯元自告奋勇，前往军营効力。因战斗勇勐，经云贵总督勒保保奏，留在贵州，听候升用。嘉庆三年（1798年）三月，云贵总督鄂辉派冯元率领贵州官兵入川，勦捕白莲教众。五月，补授贵州台拱营参将。此后纵横数载，立功无数。嘉庆十年（1805年）五月，冯元陞任上江协副将。闰六月，擢古州镇总兵，同年八月卒。