由权越来越小，1789年法国大革命中它们完全丧失了它们的特权。留在神圣罗马帝国的51个帝国自由城市中有45个在1803年通过帝国议会的最后一次决议被其附近的领主们吞并。到1806年神圣罗马帝国告终时还有六个帝国自由城市：奥格斯堡、纽伦堡、法兰克福、不来梅、汉堡和吕贝克。
神圣罗马帝国灭亡后.1815年后在德意志邦联只有四个自由城市了：汉堡、不来梅、吕贝克和法兰克福。1866年法兰克福被普鲁士吞并，1937年吕贝克也被并入普鲁士。德意志联邦共和国成立后不来梅和汉堡作为联邦州保存了