1993年晋升为上海市计委主任，上海市综合经济工作委员会副书记；1994年进入中共上海市委市委常委，并出任上海市副市长。1996年，华建敏被调往中央，出任中央财经领导小组办公室副主任；1998年晋升主任。2003年3月17日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第二号中华人民共和国主席令，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，华建敏被任命为国务委员，兼国务院秘书长。之后他还担任国家行政学院院长，中央国家机关工委书记。五年任期结束后，在第十一届全国人大一次会议上，当选为全国人大常委会副委员