1995年，由中国古鸟类学家侯连海所带领的研究小组对该鸟进行了描述并命名为「圣贤孔子鸟」。很快人们就发现四合屯是个鸟类化石库，中国随即成为世界古鸟类研究的中心。到2000年前后，共发现了超过1000件孔子鸟属的化石标本。圣贤孔子鸟并不是孔子鸟属的唯一种。研究小组在1997年和1999年间再发现三个新种，但其中两种的存在受到争议。2009年，北京师范大学的张子慧等人在中国辽宁省西部约1亿2000万年前的下白垩统义县组地层发现了孔子鸟新种的完整化石，并命名为「费氏孔子鸟」（"Confuciusornis f