尺度物质科学国家实验室，使中科大成为目前全国唯一拥有两个国家实验室的高校。在此期间，学校举办了两次较受关注的校庆活动：四十周年校庆和五十周年校庆。
四十周年校庆.1998年，学校建校40周年。时任中共中央总书记、国家主席的江泽民为中科大四十周年校庆题词“面向二十一世纪，建设一流大学，培育一流人才”，时任中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长的李鹏题词“庆祝中国科学技术大学四十周年，为国家科教事业做出新贡献”；此外，原全国人大常委会委员长乔石，原国务委员张劲夫，当时的全国人大常