斯·德·托莱多为尼德兰总督。后者严厉镇压尼德兰人民的一切反抗活动，处死了大约8000人。腓力二世为坚定而狂热的天主教徒，他的很多政策中都能看到宗教信仰的影子。这大大影响了他在一些问题上的判断，并使政府卷入一系列宗教纷争。特别是由于腓力二世希望铲除各种异端或异教的决心，中世纪的宗教审判和迫害异端在他统治时期达到登峰造极的程度。腓力二世大力支持天主教宗教裁判所，使大批持异端邪说的人（无论是真有其事还是受到陷害）在火刑柱上化为灰烬。他的另一项政策则使1568年－1570年被强制迁徙到西班牙内地的摩尔人受到残酷