交涉，教会同意将教堂迁往西什库，由清政府出资修建新的教堂建筑。另有一种说法：光绪十二年（1886年），因整修西苑三海，清廷于是决定收回蚕池口教堂占地，在不远处另拨原西什库部分地面供建教堂。光绪十四年新建筑正式落成，比老北堂更加雄伟气派。1900年义和团运动爆发，西什库教堂成为拳民进攻的焦点，在当时的义和团营中曾经有顺口熘道：“吃面不搁酱，炮打交民巷；吃面不搁醋，炮打西什库”其中的交民巷指的是东交民巷使馆区，而所谓西什库指的便是西什库教堂，1900年6月－8月间北京的义和团团民曾经长时间围攻西什库教堂。