基。羟基自由基能辅助杀灭入侵的微生物。在第二种类型的杀灭中，来自中性粒细胞颗粒的髓过氧化物酶会参与反应。当颗粒与吞噬体融合为吞噬溶酶体后，髓过氧化物酶即能在其中进行反应。该酶会利用过氧化氢以及氯产生对细菌毒性很强的次氯酸盐，次氯酸盐在生活中也可用于漂白剂的制作。髓过氧化物酶包含色素血红素，因此中性粒细胞的许多分泌物（如脓和感染痰液）会呈现绿色。
非氧依赖性胞内杀灭.吞噬细胞也可以通过非氧依赖性的方法（oxygen-independent methods）杀死微生物，不过这类方法