菌自然产生的疾病只会在人类出现。在婴儿及孩童中，乙型流感嗜血桿菌会引致及急性细菌性脑膜炎。偶而地牠会引致蜂窝组织炎、及关节感染。自从1990年开始，美国使用HiB结合型疫苗后，HiB病症的患病率减少至每十万名儿童有1.3名儿童感染。但是，HiB仍然是发展中国家引致婴儿及儿童下唿吸道疾病的主因。没有荚膜的流感嗜血桿菌会引致儿童的耳朵感染（如中耳炎）、眼睛感染（结膜炎）及鼻窦炎，并且联带肺炎。
与肺炎链球菌的相互关系.流感嗜血桿菌与肺炎链球菌都能在人类的上唿吸系统中发现。一项有关牠们之