为了提升特别任务连的全体水平，首位华人主管欧阳照刚警司将水上攻击队合併至陆上攻击队，务求对每位人员皆施以海陆空三栖的全能训练，以大幅度地提升特别任务连的海事动员能力、机动性、效率及整体质素。此外，警犬队开始为特别任务连训练专门执行高危险性罪案及反恐任务的警犬（包括攻击犬等）。九一一事件后，特别任务连特别提升其装备水平及加强其核生化武器训练，引进了最新型号的枪械及核生化保护衣等。同时，特别任务连史上首次透过《警讯》于电视频道上被较为详细地介绍。2001年年初，时任警务处高级助理处长伍伟杰表示正在积极考虑每