陈日君鼓励大陆主教仿效首位基督徒殉道者圣斯德望，指出表明立场不会令他们「失落一切」。2014年10月，义大利杂志报导陈日君建议教宗方济各：「目前不要访问中国大陆，因为会被操弄，只能见到『爱国』的主教，而不是那些追随教廷的信徒。」陈日君说，「中国没有公民自由，因此也没有宗教自由，可怜的主教受到奴隶般的对待。」
支持港人争取真普选.陈日君枢机于2014年10月表示：教宗方济各在梵蒂冈大礼弥撒会见他时主动引用手无寸铁少年投石打倒全身盔甲手持利器巨怪的圣经故事，形容香港人向中国争取真普