主要换乘站，其中JR站区和京成站区的付费区是相连的，可使用专用换乘闸机直接换乘。京成线的终点站为邻接的京成上野站，但京成上野站的位置远离JR、东京地下铁上野站，加上京成本线所有列车均会停靠，因此大多经本站换乘。日暮里站与上野站、京成上野站的关系跟高田马场站与新宿站、西武新宿站的关系相似。
京成电铁.京成月台为3面2线，上行月台在一楼（1面1线），大厅在二楼，下行线月台在三楼（2面1线）。站房为跨站式站房。检票口分为北口与南口。另外，京成与JR之间还有中间检票口可供乘客转乘。