加工程序以提升去除棉酚的水准。未精炼的棉籽油含有高量棉酚，不能作为食用油使用。氯化铁经常用来将棉籽油脱色。棉籽油生产的副产品：棉籽壳可以用来将半纤维素分解萃取木糖、棉籽渣饼、棉籽粕为家畜饲料或菇类培植太空包肥料。
安全性.整合医学博士安德鲁·威尔在他的网站上指出，「视棉籽油为不健康的产品，因为它有过高的饱和脂肪酸而不饱和脂肪酸太低」。并且陈述「甚且，棉籽油可能会含有天然毒素，可能有农药残留（棉不列为粮食作物，农民在生长过程中使用了很多农药）」，这种说法也已被其他网站重申。然而，