子嗣源赖家及源实朝相继被杀后，源氏家族被灭。幕府将军已成为傀儡，任由世袭执权一职的北条家族废立，实权落在北条氏手上。在1274到1281年，蒙古帝国三次进攻日本虽然皆以失败告终，却使幕府元气大伤，最终衰亡。在1333年，北条氏摄政的镰仓幕府于东胜寺合战后被推翻。皇室中的两个家族，一为大觉寺统，另一是持明院统，相争帝位。经室町幕府的协调后，两个家族决定以更替方式轮流即位，即二统迭立。惟在1331年，大觉寺统不满此制，最后后醍醐天皇被流放。足利尊氏于大概1334至1336年间，为后醍醐天皇夺回帝位。