可能是该军团“西班牙”称号的由来。在内战中，第九军团参与了前48年的和法萨卢斯战役这些与庞培集团的决战和公元前46年进行的非洲诸战役。凯撒取得了最后胜利后，他解散了第九军团并将老兵安置在意大利的。凯撒遇刺后，屋大维重新征召了第九军团的老兵以镇压塞克斯图斯·庞培在西西里掀起的叛乱。在镇压了塞克斯图斯的叛乱后，该军团受命前往马其顿行省。在接下来的内战中，第九军团始终护卫在屋大维的身边参与对抗马克·安东尼的战争，并在亚克兴海战中立下了汗马功劳。屋大维登基后该军团又被遣往西班牙以征服。这场战争持续了12年（前2