1590年，查理二世于格拉茨逝世。由其长子斐迪南继承爵位，斐迪南就是日后的神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世（即奥地利大公斐迪南三世）。1619年奥地利全部领地在斐迪南三世的治下统一。
家庭.1571年，卡尔二世与巴伐利亚公爵阿尔布雷希特五世的女儿玛丽亚·安娜结婚，两人共有5子9女：