后，康熙帝为了开通贸易及避免准噶尔汗国的侵略，派遣皇十四子胤禵前往击退准噶尔汗国，恢复达赖喇嘛的统治，并为了统治方便而立了七世达赖喇嘛，准噶尔汗国因七世达赖喇嘛已立，加上大清帝国的势力介入而放弃对西藏的统治。五世达赖喇嘛统治西藏时建立了有效的行政体系（甘丹颇章和噶厦），但依然先后以和硕特汗国（固始汗的后裔）和清朝作为世俗政治上的领导者，甚至直接使用清帝国的法律，直到1912年辛亥动乱后清朝灭亡才结束其对西藏的政治干预。清朝在许多地方都有绿营兵投入准噶尔的战争并在西藏驻军，在1728年后在拉萨的驻军全数採用