启用后，因渗漏、降雨量少等多项因素长年呈现库容低迷甚至空库状态，因应澎湖县政府大力推动观光发展计画，台湾自来水公司于2005年在小池水库北方斥资新台币2亿元兴建西屿海水淡化厂，并联通西屿净水场共同供水，于2005年12月27日完成施工承包商签约，计画装设挪威阿科凌公司（Aqualyng）制造的海水淡化机组，预计每日淡水生产量可达750吨。
渗漏问题.小池水库自竣工以来持续围绕在坝体渗漏的棘手问题，由于小池水库竣工时，因西屿净水场尚未施工，长期在低水位状态下，小池水库的坝体渗漏状况并