雷拉遭当时实施禁教政策的江户幕府逮捕。在经历五个小时的连续刑求后，费雷拉宣布弃教；稍后更将其名改为日本式姓名「泽野忠庵」（さわの ちゅうあん）。他遵照当时日本法律的规定在一所佛寺内皈依，自称是「禅宗的信徒」；然而，在他的私人着作中，费雷拉表明他尊崇的是自然法的哲学：
叛教后的生活.在叛教后，费雷拉迎娶了一位日本女性并写了几本书，其中包括关于西方天文学与医学等知识的着作；这些书籍在江户时代广为流传。据信他也于1636年撰写了一本名为《显伪录》的宗教书籍，然而该书并未出版，且其作者是否