急诊每年共收治患者逾225万人次，住院手术达到2.8万次。医院下设45个科室，涵盖小儿内科、小儿外科、心血管科、眼耳鼻喉、感染传染、重症医学等各个专业。医院在新生儿、传染病、小儿外科领域的治疗和研究在中国国内和国际上都有一定影响，小儿心脏瓣膜置换术、先天性心脏病治疗、女童性早熟治疗等方面位居全国领先的水平。其新生儿科、重症医学科、小儿消化科、小儿外科、中医儿科等七个专科是中国卫生部（今国家卫计委）评定的国家临床重点专科，这一数字在全中国的儿童专科医院中是最多的。上海市医疗卫生部门也将儿科医院的儿科学、新生儿