61年10月，他也被指派领导陆军防空司令部1962年1月9日，苏哈托晋升少将，指挥曼达拉司令部，陆海空三军共约42,000兵力，并打赢在荷属新几内亚的战斗。原先荷兰企图违反1949年的规定，让新几内亚独立于印尼之外。身为曼达拉司令，他颁布范围扩及苏拉威西岛、摩鹿加群岛，和小巽他群岛的戒严令，影响范围约500万平方公里。苏哈托组织了3,000人的敢死队，从海上及空中进入争议地区。但这些敢死队员大部分掉进丛林，而没有对于荷兰的行政中心产生威胁。后来在大批共党游击队的帮忙之下，1962年8月15日，苏哈托冒险