会冲突，结果可能是道德上的或是危机。有时医疗伦理上的两难困境没有好的处理方式，有时医疗群体（医院及医护人员）的价值和病患、病患家属，甚至大部份非医疗群体的价值会有冲突之处。有时在医疗服务提供者之间，或是在病患家属之间也可能有价值的冲突。例如当病人拒绝接受输血时，自主和行善两项伦理就出现了冲突，在有爱滋病的年代之前，一般的处理方式是以救命为优先，而不考虑是否说实话的问题。