耳其人，北高加索人，哥萨克人和克里米亚鞑靼人与轴心国的合作主义导致了苏联当局的反应，其中包括苏联的人口转移，这使高加索人进入中亚。1991年3月，两个共和国都参加了1991年苏联公投，试图以不同的形式保护苏联，但很快就被当年8月的未遂政变所阻碍（八一九事件）。因此，乌兹别克斯坦和塔吉克斯坦都在1991年宣布独立，并成为独立国家联合体的成员，正式取代苏联。
塔吉克内战.1991年苏联解体后，当塔吉克人攻击塔吉克斯坦的乌兹别克斯坦货物而乌兹别克人在国内禁止塔吉克货物时，两族之间发生