。1973年除了被耶稣会选为该修会的阿根廷区省会长外，1980年更被调任圣米格尔神学院担任院长。伯格里奥在1986年起在德国法兰克福完成了他的神学博士论文。
晋牧.伯格里奥完成博士论文回到阿根廷后没多久就被派往有耶稣会背景的柯多巴教区。不久后他被布宜诺艾利斯总主教找去当助手，并在一年后升任他的首席助理。他于1992年5月20日在瓜兰西诺总主教的推荐下获教宗若望保禄二世任命为布宜诺斯艾利斯总教区辅理主教，领衔西班牙奥卡教区主教；并在翌月27日正式晋牧。由于瓜兰西诺总主教身体不适，