该站在地铁10号线一期（巴沟站至劲松站）工程名曾称为“万柳站”，一期工程区段通车前正式更名为“巴沟站”。10号线车站于2008年7月19日投入使用，西郊线车站于2017年12月30日投入使用。
位置.10号线巴沟站位于海淀区巴沟路（东西向）的北侧地下，呈东西向布置，东侧临近巴沟村公交场站以及巴沟路与万柳中路交汇路口。西郊线巴沟站位于10号线站位西侧地面，大致呈东西向布置，其西侧临近巴沟路与圣化寺路交汇路口。
结构.10号线巴沟站为地下二层车站，地下一层