，开拓使的业务被移交至农商务省，船舶也被借给北海道运输会社。同年，在北海道运输被合併入共同运输会社之后，共同运输会社也开始经营青函航路的业务，并和三菱之间展开激烈竞争。为防止两家公司都陷入倒闭，经过政府的仲裁，1885年9月，两家公司合併，并设立了日本邮船株式会社。1896年（明治29年）开始，函馆港开始了大规模筑港工作，政府对港内进行疏浚，并且设置了砂防堤、防波堤、灯塔，并且填海修建了码头。1907年（明治40年），函馆港被指定为第二种重要港湾。在翌年的1908年（明治41年），随着国铁开设了青函连络船