翌年，崔基龙被任命为金策工业综合大学副校长。1988年，成为朝鲜科学技术总联盟副委员长。1989年6月，晋升为高等教育部部长。1990年，入选党中央委员会的候补委员名单。同年，首次当选为最高人民会议代议员。两年后，出任国家学位授予委员会副委员长，并获金日成勋章。1998年，连任为最高人民会议代议员，又被任命为教育部部长。在随后的一年，边永立接任教育部部长，崔基龙成为熙川工业大学的校长。2001年，崔基龙被起用为慈江道的人民委员会委员长。2003年和2009年间，两度出任为代议员。2011年12月，离任人