长不但是蔡元培、胡适两先生之高足，且继承北京大学自由讲学、自由研究的传统风气。出任台湾大学校长后，亦将自由主义作风带到台湾来，在学术自由的掩护下，所聘教授中，竟有共党分子和亲共分子，以致学校成为政治上的特区，院系成为共产党细菌的温床，赤焰相当高涨。傅斯年发表了〈傅斯年校长的声明〉、〈傅斯年校长再一声明〉，表示「对于文学院教授李霁野无故离职，传闻前往共区一事，已经校内行政会议决议予以停薪处分，并函请警备司令部派员查明在案，校方完全依法办理，岂有袒护亲共分子之理？学校必定有闻便查，查明便办，绝不护短。」