两国声索历史上和民族上属于他们的土地，爆发领土冲突，最终演变成1918年至1920年间的阿塞拜疆-亚美尼亚战争。一系列的冲突直到两国被苏联兼并后才结束。
苏联时代.1922年，苏联成立，阿塞拜疆苏维埃社会主义共和国和亚美尼亚苏维埃社会主义共和国成为构成国，后于1936年成为独立实体。当时纳戈尔诺-卡拉巴赫自治州内部以及两国的关系是苏联所有构成国中最为和平友好的。虽然偶尔会发生冲突，尤其是1948年和1964年亚美尼亚民众抗议促使大批亚美尼亚人出走，但由于苏联的审查制度极为严苛，大部