次年正月（1662年2月）改元康熙。因康熙帝尚年幼，顺治帝的遗诏同时指派四大臣辅政大臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜，辅佐康熙帝，因此清朝的政局不受康熙帝实际掌控。
执政时期.康熙八年（1669年）五月，康熙帝发动突袭，捉拿了鳌拜之后，掌握朝政。先前鳌拜掌权时，钦天监官杨光先勾结鳌拜反对西洋学说，发生历狱案，汤若望被判处死刑。八月，因为杨光先从前依附鳌拜捏词陷害汤若望，康熙帝并趁此时间给汤若望平反以往不明之冤。康熙年间，宣布停止圈地，放宽垦荒地的免税年限。他还着手整顿吏治