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御陵卫士.庆应3年3月20日哥哥甲子太郎从新选组分离，组成了御陵卫士(高台寺党)，然后三树三郎也跟随了。同年11月18日，甲子太郎被新选组暗杀。三树三郎跑去收拾同志们的遗体时，被埋伏的新选组攻击，于是逃往萨摩藩邸保护。(油小路事件)一个月后12月18日，御陵卫士的余党在伏见黑染週边袭击近藤勇。战斗中右肩受到了枪伤。不过，三树三郎是否有参与伏击并无实质理据。
鸟羽伏见战事.庆应4年1月3日在鸟羽·伏见于萨摩藩的中村半次郎（桐野利秋）指挥下蠢蠢欲动，与