殿的格局改为重檐歇山式，隔年陈文达编纂的《台湾县志》附有文庙图，记载了当时孔庙的设施。雍正元年（1723年）二月，因诏封孔子五代，启圣祠改为崇圣祠，之后孔庙又经过几次修缮。到了干隆十四年（1749年），在巡台御史杨开鼎的倡议下，于该年十月重建孔庙，于干隆十六年（1751年）三月完工，而此次工程中大成殿与两庑的规模倍前，格局被记载在隔年王必昌编纂的《重修台湾县志》所附之府学宫图中。然后到了干隆四十二年（1777年），知府蒋元枢又加以整建，主要是在东大成坊外增建了泮宫坊，大成殿西边增设了府学署，为台南孔庙规