龟崙族南崁社所在地，因而得名。另说郑成功军队攻台时曾在南崁港停泊，由海上眺望该港地形为一断崖（崖在闽南语中称为崁），南崁恰在断崖之南，因以为名。（然而，正史中郑成功不曾到过台湾北部）
历史.日治时期1920年之前原有南崁区，属桃涧堡。1920年实施街庄制后，将原南崁区水汴头庄併入桃园街，芦竹厝、南崁下、南崁庙口、南崁内厝等併入芦竹庄，南崁顶庄併入龟山庄，延续至今造成南崁横跨两区之情况。其中芦竹庄役场设于南崁下278番地，奠定行政中枢地位。（此为芦竹庄志说法，战后之台湾省通志