之后，英国人也登陆印尼，建立殖民地。而荷兰变成了这些欧洲国家里面占领最多领土的国家。荷兰最初通过荷兰东印度公司对这些地区实行殖民统治。1799年东印度公司解散后殖民地被荷兰政府接管，史称荷属东印度。第一次世界大战结束后，当地人开始争取自治。到了第二次世界大战，当荷兰本土被纳粹德国完全佔领后，荷兰政府宣佈终止与当时最大贸易伙伴日本的贸易。1941年12月8日太平洋战争爆发，1942年1月日本入侵荷属东印度，很快印尼就被日军攻佔，其间日本为了在当地建立傀儡政权而军事训练青年、煽动印尼民族主义等行为令印尼日后