进行了改造。释妙舟《蒙藏佛教史》载，“新正觉寺。在万寿山迤东三里河，建于干隆年间。殿共四进，枕山临水，风景幽雅。规模宏敞，备极辉煌，万寿之水，环流寺门。寺内前额定喇嘛三十余名，民国十一年易为某宅公馆，寺内喇嘛奉令移居海甸陈府。”后来，正觉寺被转售与清华大学当作教职员工宿舍。1970年代起，占用正觉寺的海淀机械厂（今北京长城锅炉厂）等单位又拆改了寺内的古建筑。到2002年正觉寺复建之前，正觉寺的建筑中仅余山门、文殊亭、4座配殿、26棵古树。1990年代起，正觉寺的保护受到国家文物局、北京市文物局、圆明