久三藩之乱被清朝平定，清军进入广西。1677年，郑柞借黎熙宗的名义，以丁文左、阮有登等为将，再次讨伐盘踞高平的莫氏。莫元清兵败，逃往中国广西的龙州。自此以后，莫朝的残余势力彻底被消灭。据《钦定越史通鑑纲目》记载，莫敬宇（一说其子莫敬光）于1683年被清朝移交给了后黎朝。此后，莫氏子孙不是被擒获就是投降后黎朝。也有不少人被释放，成为郑主的官员。