撤销历代帝王庙中的元世祖及木华黎、博尔忽、赤老温、伯颜等五人的神位，获嘉靖帝同意，同时还撤销了南京历代帝王庙中的元世祖像。
清朝重修.清兵入关之后，顺治帝增加祭祀元朝和辽朝、金朝帝王，并加祭各朝的贤臣，入祀帝王及贤臣多有调整。到顺治十七年六月再次调整后，入祀帝王25位、贤臣39位。《清史稿·圣祖本记三》载，康熙六十年四月（1721年），康熙帝命“诏厘定历代帝王庙崇祀祀典”。《清圣祖实录》卷二九二载，康熙六十一年四月初六（1722年），康熙帝更进一步放宽入祀帝王标准称，“朕意以为