元代则十分宠信喇嘛，对于喇嘛特赐或追谥为帝师、国师、三藏国师、灌顶国师者，不胜枚举。有些国师，兼有政治的权力。最着名的即八思巴。元世祖忽必烈于中统元年（1260年）以八思巴（1235年—1280年）为国师，授以玉印，统释教。十年后（1270年）又将其封为帝师、大宝法王。明清两代虽保留国师尊号，但受赐者及其礼遇已远不如元代，仅为宗教官员。明代对管理西藏地方的僧人首领也称为国师，秩五品，赐银印，三年一贡，并许其依律唿毕勒罕转世承袭。清康熙44年康熙帝封章嘉唿图克图为国师，管理内蒙古地区的藏传佛教事务。