天皇一事被以神佛分离观点检讨。明治四年（1871年）5月，五条县向太政官政府提案将吉水院改为神社，并计划另外创建奉祀后醍醐天皇的神社。太政官政府驳回了五条县的提案，但因为撤废金峯山寺是几近不可能的，奈良县仍将吉水院改组为神社，于明治六年（1874年）12月17日以后醍醐天皇社的名义得到太政官政府承认。明治八年（1875年）2月25日改称为吉水神社，列为村社。。除了后醍醐天皇，吉水神社也是与源义经躲避源赖朝之地，以及丰臣秀吉举行吉野花见的本阵，有许多文化资产保存了下来。现存吉水神社本殿是原本的吉水院护摩堂