兴建高度只能高地面三层楼，然而实际兴建完成后却是地面六层楼。台东县政府方面认定整座焚化厂多处设施均是违建，加上台东县政府人员再重新审视合约时发现，当初签订BOO合约要求中，不足规定容量8成的垃圾量也得以焚烧8成量来计算处理费用，这使得县政府每年要令补贴新台币1亿多元的处理费用，不符效益，因此不给予使用执照，加上当地居民强烈抗争，使得焚化厂仍无法正式投入营运。台东县政府曾为此计画以兴建成本14亿、利息2亿的价格将焚化厂之厂房与土地收购，但县议会认为有图利嫌疑而不愿通过这笔预算。2009年（民国98年），台