主党候选进入肯塔基州众议院。1860年，他支持约翰·C·布雷肯里奇竞选美国总统。但是当美国内战爆发后，他仍然对联邦效忠，并努力阻止肯塔基州面临分裂或进入美利坚联盟国。1862年，他招募起有1244名士兵的，并在次年率部参加战役，包括抵抗1863年的摩根突袭。同年，雅各布作为的竞选搭档，出任肯塔基州副州长。然而两人和合作并未长久。雅各布攻击1863年《奴隶解放宣言》，认为该宣言并不合理，因为许多肯塔基州奴隶主都对联邦效忠，但是他们没有因释放奴隶而获得相应赔偿。同年，雅各布妻子莎拉去世。1864年，雅各