84年底，辽宁体育运动学院的足球教练张引招收77、78年龄段的少年学员。1985年，肇俊哲首批成为其学员。1993年进入辽宁青年队，1998年进入辽宁队的一线队。1999年帮助升班马辽宁队在当年即获得甲A联赛亚军、超霸杯冠军。2000年，肇俊哲进入国家队，作为一名技术全面的中场在右前卫和后腰的位置上展现出自己的实力。2001年，肇俊哲便成为了辽宁队队长。2002年，他入选了时任国家队教练米卢的大名单，参加了韩日世界杯。值得一提的是，他在小组赛第二场对阵巴西的比赛中一记突施冷箭击中门柱，险些改写历史，