中国没有宗教自由，麻烦就来了。」自此，陈日君多次申请前往内地访问及教学，均被拒绝。「我很气愤，便写信去骂中央，中央回信反骂我是梵蒂冈的联络人，不尊重中国政府，我便再写信去骂他（中央宗教局），此后就再没有信了。」陈日君在1998年出任助理主教时公开支持教廷对被义和团所杀教士封圣后，被政府禁止访问中国大陆长达六年，中国日报、新华社更多次发表对陈日君的批评。2004年5月3日，陈日君接受中国大陆“教会朋友”的邀请，访问上海，以私人身份参观访问，结束六年来的对峙。
退休.2005年9月