长春发生多次激烈的战事，并多次易手，但中国国民党与中国共产党均有保护建国忠灵庙旧址。内战结束后，建国忠灵庙旧址一带被划入军事院校控制区，旧址划归中国人民解放军空军航空大学（当时名为解放军空军第一预科总队）；因此，建国忠灵庙旧址受到保护，没有在大跃进和文化大革命时受到严重的破坏，直至1980年代仍是完好。虽然如此，建国忠灵庙旧址至今出现了不少损毁，例如本殿墙壁和天花的装饰被火烧燬，外墙在文化大革命被喷漆；旧址年久失修，而且民众缺乏保护意识，亦造成其他的损坏。1987年10月，吉林省人民政府公布第四批吉林省