吡硫鎓锌是良好的杀真菌剂和杀藻剂。吡硫鎓锌通过阻塞质子泵来干扰细胞膜的物质转运工作， 不过实验也表明，真菌可以低浓度情况下自行解毒。作为抗真菌剂，吡硫鎓锌最着名的用途便是治疗由秕糠马拉癣菌引起的头皮屑和脂溢性皮炎，也包括头皮癣、疥疮和酒糟鼻。 由于IARC将传统的治疗头皮屑和脂溢性皮炎的煤焦油列为第一类致癌物质，吡硫鎓锌成为煤焦油的替代品之一。虽然吡硫鎓锌能以不超过1.5%的含量加入洗发水（普通海飞丝洗发水中吡硫鎓锌有效成分含量为1%）等日用化学品，但是大剂量接触或食用可能会有致命危险（EU分类T+