学博物馆内有十一间各具特色的展览厅去介绍香港医科学术的发展历史和昔日疾病被扑灭的情况。主要陈列了多种不同之医疗用具、介绍香港医学卫生及护理工作、19世纪时香港鼠疫的情况及实验室展示、及中草药的介绍和展示。此外，香港医学博物馆内亦开设了展览厅介绍雅丽氏何妙龄那打素医院及东华三院的历史，同时馆内有太平山观景廊，图书室及演讲室。
建筑物.香港医学博物馆是一所英国爱德华式建筑物，有宽阔的走廊，使空气流通充足的窗户，屋顶盖上中式檐瓦，带有本地文化色彩