坑」遗址内的骸骨于1985年被发现，而在1998年更发现多208副骸骨，它们现在被存放在棺椁状的遗骨陈列室内展出。2006年4月21日也发现了另外19副新的骸骨，经南京市文物局专家进行考古和史学鉴定后，确定这是南京大屠杀遇难者遗骸。此外，南京大屠杀死难者国家公祭仪式自2014年起每年12月13日在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行，主办单位为中共中央、全国人大常委会、国务院、全国政协、中央军委，党和国家领导人会出席公祭仪式。