方设定为“AKB48的官方对手”的乃木坂46及其姐妹团体榉坂46也偶尔会以特集的方式在此节目中演出。这时节目名称会发生变化，如当节目是由乃木坂46演出时，该集的节目名会暂时变更为《乃木坂46 SHOW!》，且部分的单元名称也会有些许改变，例如原本的「高桥总监督的说教房间」单元，会被切换成「樱井队长的说教房间」。
NHK与AKB48的合作.虽然在《AKB48 SHOW!》正式开播之前，NHK也曾与AKB48集团进行节目上的合作，但主要都是侷限在部分成员的参与，或以短期特集的型态播出。