廷、苏贞昌两相竞争，卓荣泰时任总统府代理秘书长，协助陈水扁、谢长廷、苏贞昌之间沟通联系，其后促成「长昌配」。
蔡英文政府时期.卓荣泰于马政府时期于民间基金会服务，至2017年回归政坛，出任民进党副秘书长。2017年，卓荣泰于赖清德内阁担任行政院秘书长，外界评论其以协调能力着称，将在各部会和府院党扮演协调的角色。2018年11月24日，适逢民进党九合一选举大败，总统蔡英文辞党主席；卓荣泰于12月14日经民进党中生代的政界人士潘孟安、郑文灿、林佳龙、林智坚、黄伟哲、陈其迈、翁章梁七人共