庄太后的支持下，沉着应对，积极调兵遣将，三藩之乱最终在1681年被完全扑灭，而国家遭受了较大的损失，在四川、云南以及江西等地有不少人被杀害。
平定台湾.1683年（康熙二十二年），时宪历五月，康熙採纳了安溪大学士李光地的意见，授明郑降将施琅为福建水师提督，时宪历八月丙辰，福建水师提督施琅攻克台湾，郑克塽和刘国轩等上奏归降。
发展军备.康熙年间，由于战争连年不绝，平定三藩之乱以及抵御外来侵略的需要大量制造火器，无论是造炮规模、数量、种类，还是火砲的性能和制造