第一批99家科普基地之一，入选科普教育基地及科普研发基地，《大自然》编辑部成为科普传媒基地。2008年5月，成为国家文物局认定为第一批79家国家一级博物馆之一。2008年7月1日，正式向公众免费开放。
展览.北京自然博物馆的馆藏标本截至2010年底超过21万件。有各种动植物标本、模型、化石，以及鱼类活体，亦有人体标本展出。其中有相当数量为国家一、二类保护的动物植物标本，还拥有一定数量的模式标本以及具有特殊意义的珍贵标本，许多标本在国内、国际上都堪称孤品，包括世界闻名的古黄河象头骨化