捕至汉城，投入监狱。崔益铉被投狱后始终拒绝断发，表现出坚强的民族气节和志士精神。最终，建阳元年（1896年）2月10日，随着“俄馆播迁”事件的发生，亲日内阁倒台，“断发令”被废，崔益铉也得到释放。崔益铉被释放后，被高宗任命为“宣谕大员”，负责安抚各地义兵。这些义兵都是因“为国母报仇”和发对“断发令”而于乙未年冬起义的，其中柳麟锡等义兵领导人和崔益铉有密切关系。崔益铉对义兵运动抱同情和支持的态度，后来他自己也成了义兵首领。随后崔益铉被任命为宫内府特进官、议政府赞政、中枢院议官、京畿道观察使等高级官职，