大数院迁入新落成的理科一号楼。2001年，北大数院基础数学、计算数学、应用数学、概率统计四个专业被评为国家重点学科，其中前三个专业是再度入选，概率统计专业为首次入选。1995年回国之后，张继平还曾于1997年在美国普度大学任访问学者，1999年在香港中文大学访学，2001年在美国耶鲁大学访学，2004年在香港科技大学访学。
社会兼职.张继平在学术期刊《数学学报》《代数集刊》担任副主编，在《中国科学》《科学通报》《中国科学基金》等杂志任编委。学术兼职包括教育部科技委数理部常务副主