河豚（"I. g. geoffrensis"）与奥里诺科河盆地亚种（"I. g. humboldtiana"）等三个亚种，但也有观点认定玻利维亚河豚为一独立物种。2014年，本属有一新种被发表，该物种分布于阿拉瓜亚河与托坎廷斯河流域，与亚马逊河豚分布的亚马逊河不同，但认为该论文检视的标本过少，无法确定是否为独立物种，而暂不将其列为独立物种，目前该组织认定亚河豚属下仅有亚马逊河豚一种，且其下有亚马逊河豚与玻利维亚河豚两个亚种。