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耆那教.日本的耆那教信徒主要为居住在日本的印度侨民。截至2009年，日本全国共有三座耆那教庙宇。
阿伊努人信仰.阿伊努人主要分布在北海道和部分俄罗斯远东地区。阿依努传统信仰为万物有灵的信仰，神威（阿伊努语：kamuy），又称神居，是阿伊努语中对高等神祇的称唿。
中国民间信仰.大多数日本华人信奉融合中国民间信仰的大乘佛教，与日本人相似。
道教.道教于公元七世纪到八世纪从中国传入，不同程度地影响了日本的本