君太阁秀吉公病逝，享寿六十一岁。由于北政所并没有儿子，因此丰臣家的政权便旁落到继承人秀赖的母亲淀殿身上。之后北政所在大坂城西之院剃发，称为高台院。庆长四年(1599年)在德川家康的帮助下，在京都三本木的宅邸隐居。她与德川家康颇有交情，在关原之战时，也据传是她劝告福岛正则、加藤清正、小早川秀秋投靠东军，但实际上，北政所不仅参加了西军一方的宇喜多秀家的出阵仪式，也和淀殿一起派出侧近劝说大津城开城投降西军，而且与小早川秀秋的兄弟里，同为北政所外甥的木下利房、木下延俊、木下俊定、木下秀规都属于西军，