南怀仁在1641年9月2日入耶稣会。1658年随同卫匡国前往中国，1659年抵达澳门。南怀仁本来在山西传教，1660年受召前往北京协助汤若望神父。汤若望去世后，康熙八年三月初一日（1669年4月1日），南怀仁接替汤若望被授以钦天监监副。南怀仁也曾铸造红夷炮助清廷。康熙八年（1669年），南怀仁撰写《历法不得已辨》，逐条驳斥杨光先、吴明炫在历法推算方面的错误。针对中国传统的观象占候、堪舆占卜等观念，这一年他还撰着了《妄推吉凶之辨》、《妄占辨》和《妄择辨》。1672年南怀仁曾设计一个用蒸汽作为动力来源的车