于被台湾海崃所相隔，因此往来台湾都必须依赖航空、海运，其中以航空运输最为频繁。航空运输一天最多可达到108班次（以来回算）；海上运输一天最多可达到25班次（以来回算）。
航空交通.台湾地区往澎湖群岛的航空站有台北松山机场、台中清泉岗机场、台南机场、嘉义机场、高雄国际机场、金门机场；而澎湖群岛往其他地方的航空站有澎湖机场、七美机场、望安机场。有航行台湾往来澎湖群岛航线的航空公司有远东、立荣、华信、德安。下表总和了目前航空的情形
海运交通.澎湖群岛往来台湾的