党改组和联俄容共、扶助农工等三大政策。同年出任北京工业大学校长。1925年，孙中山、段祺瑞合作，马奉孙公命，有事于北京。遂出任北洋政府司法总长。1926年，调教育总长 (未就任)。 被国民党第二次全国代表大会开除党籍。1928年创办省立广西大学，曾三任广西大学校长。1931年九一八事变后马君武作诗《哀沈阳》两首，讽喻张学良，然而有关指控乃属诬蔑（见下章）。1940年8月1日，在桂林病逝。马君武墓位于今桂林市雁山区。
马君武《哀沈阳》.九一八事变后，马君武诗作