朱启钤拆除了正阳门箭楼北侧的瓮城。车站见证了许多历史事件。光绪三十一年（1905年），清政府派五大臣出国考察，预定9月24日在正阳门东火车站出发，遭遇革命者吴樾的炸弹袭击，五大臣出洋考察被迫延期。民国六年（1917年）6月7日，张勋率军入京拥废帝溥仪复辟，7月1日占领了车站。 民国十三年（1924年）10月23日，冯玉祥发动北京政变，占领了车站，在车站内安营扎寨，导致运输中断十天。1924年底，冯玉祥电邀孙中山北上赴京共商国是，孙中山12月31日在正阳门东火车站下车，当时北京各界三万民众在车站欢迎孙中山