，累迁户部侍郎。谢恩之日，面赐金紫之服。干符中，罢学士，出为御史中丞。孔纬器度方正温雅，嫉恶如仇。既掌御史台总理宪纲，中外不绳而自肃。历户部、兵部、吏部三侍郎。居吏部选曹，遵循格令。权要有请託，私请的书信满盈仍完全不理睬。执政者不悦，改太常卿。黄巢之乱，孔纬跟随唐僖宗幸蜀，改刑部尚书，判户部事。宰相萧遘在翰林时，与孔纬不合。于是，因户部取给不充足，将孔纬移为散秩官职，改太子少保。光启元年（885年），从驾还京。是时田令孜军败，沙陀逼近京师，僖宗移幸凤翔，邠州节度使朱玫引兵来迎驾。田令孜挟僖宗逃往