国84年（1995年）10月20日启用。现有员额为监长1名、教诲师1名、股长1名、科员1名、主任管理员4名、管理员16名，总计24名。2014年初，中华民国国防部最后一间军事监狱国防部台南监狱裁撤，交由台南监狱接管；于2015年7月成立为「法务部矫正署台南第二监狱」。
收容对象.台南监狱现今主要的收容对象，是男性重刑犯、普通累犯、再犯等，并自民国92年（2003年）11月1日起兼收容其他符合移监作业要点规定之男性受刑人，核定容额为2863名。较着名的收容人则有张钖铭、薛球