受禅即位后，升任上大将军，晋封爵位为安定郡公。后调为相州刺史，政绩当时第一。老百姓因此说到:“智慧无穷，清乡公;上下公正，樊安定。”征授司农卿，吏卒无不流泪伤别，商议立碑歌颂他的功德。樊叔略虽无学问，但是以心意为师，独出己见，与理暗合，故得皇上亲宠信任。高颎、杨素对他以礼相待。樊叔略任司农期间，也常参管九卿事务。性情喜爱奢侈，每饮宴，肴馔丰盛，水陆齐全。隋文帝开皇十四年（594年），随皇帝祭祠泰山，至洛阳，皇帝让他审查囚犯罪状。准备奏呈，早晨到监狱门口，在马上暴卒，享年五十九。追封亳州刺史，谥号襄。