安顺乡划入台南市，水上乡、太保乡划入嘉义市，斗六镇分出林内乡，土库镇分出褒忠乡，崙背乡分出麦寮乡，海口乡分成台西乡、东势乡，县治迁至新营镇，共辖有10县辖区67个乡镇。民国三十九年（1950年）调整行政区域，将斗六区、虎尾区、北港区等6镇14乡合併分出云林县，原省辖嘉义市与嘉义区、东石区的3镇13乡合併分出嘉义县，台南县由新丰区的5乡、新化区的2镇7乡、曾文区的1镇4乡、北门区的1镇5乡、新营区的3镇3乡等31个乡镇组成，辖7镇、24乡。民国五十七年（1968年）学甲乡改制学甲镇，民国七十年（1981年）县