17世纪末，第巴·桑结嘉措为了发展藏医，在药王山上兴建门巴扎仓（医药院），从各个寺院选拔了部分喇嘛来该扎仓学习藏医，该扎仓内供有用蓝宝石绘制的药师佛像。汉人由此称这座山为“药王山”。这座医学院一直存在到1959年，又称“药王山利众医学院”。在1959年拉萨骚乱中，中国人民解放军毁灭了这座医学院及其供奉有用珊瑚缀成的无量寿佛、绿松石缀成的绿度母、海螺缀成的观世音等佛像的寺庙，因为藏人涉嫌在此处放置大炮。后来，药王山被无线电发射台占用。1959年，门孜康与药王山门巴扎仓合并，建成拉萨市藏医医院。1980