1276年，蒙古军队攻占南宋首都临安。五月初一，文天祥、陆秀夫等人扶持出逃福建的益王赵昰为皇帝，定行都于福州，改年号景炎，升福州为福安府，行宫在福州濂浦平山福地。福州的行都地位维持了6个多月，十一月，元将阿刺罕、董文炳侵福安府（福州），十一月十五日，陈宜中、张世杰、陆秀夫拥端宗赵昰撤出行都福州从海路南逃，福州被元朝军队攻占。1322年（至正二年），跨闽江的万寿桥建成。元末时，福州也受到亦思巴奚战乱一定的影响，直到陈友定平定战乱才渐趋安定。1368年（洪武元年）十二月，朱元璋派汤和、廖永忠率舟师从闽江口挺进