湾府知府蒋允焄于清干隆三十年（1765年）对风神庙进行了第一次的整修，而清干隆四十二年（1777年）时的知府蒋元枢则又再次进行整修。这一次除了对原有建筑整修之外，蒋元枢还在庙的东侧建置公馆以让来台的官员暂居，并建设石坊以光大这座进出台湾的门扉。而在日治时期，由于日本在大正七年（1918年）进行的市区改正计画，而导致原本后半部所有的殿舍以及旁边的公馆遭到拆毁，神像移到原本的官厅。后来在大正十三年（1924年）时，当地的士绅集资在原官厅地点之上重建，而成今之风神庙。而在那之后仍进行了几次整修，如民国81年（