铁路七尾线及高速公路能越自动车道是穴水町对外主要的交通路线，利用能登铁道七尾线可至七尾车站再转乘西日本旅客铁道的列车，或是利用能越自动车道至七尾市再转入快速道路能登里山海道，都可以前往金泽市。在穴水町北部与轮岛市、能登町交界处有2003年开始启用的能登机场，也曾一度开设往返韩国、台湾的国际航线，不过目前仅有两班由全日本空输营运往返东京羽田机场的航班，自能登机场也有由北陆铁道集团所经营的客运路线可以进入穴水町的主要市区。自能登机场开车前往穴水町市区仅约需十五分钟，同时北陆铁道集团旗下的也有开设穴水町内的客