侍郎右副都御史衔。因患病求请病假，朝廷命两江总督书麟摄理漕运事务。痊癒后，回任原职。嘉庆元年（1796年）：仍任漕运总督、兵部侍郎右副都御史衔。这一年，户部决议江苏、浙江白粮全数运往京城粮仓，以多余的羡米为耗，浙江运粮船丁已经如议启航交运。管干贞主张江南剩余的储米较少，坚持抗议不执行，交吏部从严议处，五月二十一日遭降二级革职调用处分。嘉庆三年（1798年）卒，年六十五。管干贞工花鸟画，得恽寿平真传精髓，尤其擅长设色牡丹。