灭敌军后才引兵回蓟。永和八年（352年），身为殿中将军的慕舆根先于五月参与围攻邺城冉魏残余势力。其后中山苏林纠众，起兵于无极，自称天子。闰十月，燕王慕容儁派慕舆根前去助慕容恪作战，斩杀苏林。昇平四年（360年），前燕景昭帝慕容儁病重，临终时遗命大司马慕容恪、司空阳骛、司徒慕容评及领军将军慕舆根辅政。
慕容暐时期.慕容暐即位后，便以慕容恪为太宰，让他专摄朝政，而慕容评、阳骛和慕舆根则分别获授太傅、太保及太师，参辅朝政。当时慕舆根自恃自己屡有战功，显得高傲自大，心中不服慕容恪。