（395年）领太子少傅。又迁领军将军，尚书，散骑常侍。王雅爱护下级，恭敬谨慎且不徇私，故得到晋孝武帝很大的礼遇，即使不在朝内仍然多数召见他，并与他参议朝中大事；在酒宴时更特定待王雅到来以后才开始举杯喝酒；及至后来清暑殿建成，孝武帝与美人张氏一同出游华林园，只有王雅才获准陪同。因为这些礼遇过厚，故此当时有人以佞幸之臣去看待王雅。当时晋孝武帝更打算让他担当相当于副相的职权，但在太元二十一年（396年），孝武帝因被张贵人所杀而突然死亡，未及让王雅受顾命，在晋安帝继位后就由司马道子辅政，王雅等孝武帝宠信的臣子都