修《英宗实录》，进翰林院修撰。此后，刘健累官詹事府少詹事，充任东宫讲官，受知于尚为太子的明孝宗。
弘治朝.孝宗继位后，进礼部右侍郎兼翰林学士，入内阁参预机务。弘治四年（1591年），进礼部尚书兼文渊阁大学士，累加太子太保，改武英殿大学士。十一年春，进少傅兼太子太傅，代徐溥为首辅。刘健善断，谢迁善持论，而李东阳性温而多智谋。一时有“李公谋、刘公断、谢公尤侃侃”之赞。
正德朝.明武宗继位后，因听信刘瑾等太监谗言，刘健等遂谋划去除“八党”，结果计谋失虑，被刘瑾等