权力主要掌握于慈禧太后以及军机大臣决定，但因为早期负责的恭亲王和文祥都是具影响力的军机大臣，因此其提案大多能获通过。在1860年代在恭亲王领导下，总理衙门在外交事务的处理上有较多的发挥，包括处理《北京条约》之后的善后事宜，1866年接见西方的斌椿、蒲安臣等使团，1868年的《天津条约》修约相关问题，以及海关事务的处理等。但1870年代以后，恭亲王的权力因慈禧的排挤而下降，加上1870年开始，李鸿章就任北洋通商大臣，许多外交事务逐渐由北京的总理衙门转往天津，此后到甲午战争前后，李鸿章在天津的衙门成为事