立法委员选举中，担任萧美琴的竞选总干事，帮助民进党提名的萧美琴在花莲拿下首次得票率过半的历史纪录，现为国策顾问。
争议.时任立委的杜文卿于2005年12月搭机返国时超带香烟并咆哮机场海关人员，卢博基连同郭荣宗、张花冠、李镇楠、陈朝龙等六位民进党立委借由此事连番上场砲轰关税总局声援杜文卿因而引发争议。。