很不高兴，将他贬为商州刺史，废除了宋国公爵位。贞观二十一年，太宗再次授给他金紫光禄大夫，恢复了宋国公爵位。二十二年（648年）六月廿四癸酉，萧瑀随太宗前往玉华宫，在那里病卒，年七十四，遗命以单衣简朴安葬。萧瑀原来的谥号是“肃”，但被唐太宗改为贞褊公。追赠为司空、荆州都督。陪葬唐昭陵。