选举党内初选时程，新潮流系召开政协会议初步决定推荐4至5人参选全国不分区立法委员。2005年12月，原新潮流系成员翁金珠接受林义雄的託付，宣佈参选民进党主席；新潮流系总召集人段宜康以「翁金珠未与新潮流报备即自行参选」为由，自认督导不周而辞去总召，由洪奇昌代理总召。之后，由赖清德继任新潮流系总召。
名义上的解散.2006年7月23日，立法委员王幸男在民进党第12届第1次全国党员代表大会上提出「解散派系」议案，获得过半票数通过；「解散派系」议案将禁止以派系名义设办公室、招募会员、对