山光世向有关当局报告台北帝国大学附属医学专门部会客室内皇太子挂像遭断头，并发现蔡忠恕、郭琇琮、谢娥等学生轮流在同学家里聚会，又获报蔡忠恕与英美军队接触之消息。1944年3月17日，蔡忠恕被以「大学内抗日民族运动首领」罪名遭日本宪兵逮捕。1944年4月15日，当局以研读汉文、抗日等名义进行大规模搜捕行动，千余名具抗日意识的学生随后遭到逮捕；不久，蔡忠恕、雷灿南、郭琇琮、谢娥等皆遭刑求并判刑，蔡忠恕随后被关押于台北监狱。1945年6月，台北监狱在盟军轰炸行动中遭击中，蔡忠恕遭波及并旋即过世。