EF16 20～31）。这批机车主要配属于水上机关区，少数配属于长冈第二机关区（后来的长冈运转所），用来担当上越线水上至石打区段的补机任务。加上经过改造的11、12号机车，实际上共有14台“上越型”的EF16型电力机车。1980年以后，随着EF64型1000番台电力机车开始配属长冈运转所，被淘汰的EF16型电力机车于1982年全部报废。
车辆保存.EF16-28号机车：静态保存于上越线水上站附近的。