而单孔亚纲现在为独立的合弓纲，是蜥形纲的姐妹分类单元，较接近哺乳动物。在亲缘分支分类法中，兽孔目通常包括哺乳类，哺乳类是犬齿兽类的后代。现代哺乳动物的许多特征，例如毛发、乳腺、直立的四肢姿势，都演化自早期兽孔类动物。在约2亿7500万年前，盘龙目（楔齿龙科）演化出兽孔类。目前已发现最早的兽孔类动物，是二叠纪中期的四角兽。在二叠纪中期，兽孔类取代盘龙目，成为优势陆地嵴椎动物。在三叠纪中期，多样化的主龙类动物取代兽孔类，成为优势陆地嵴椎动物，少数二齿兽类仍保持多样性、存活到三叠纪末期。在约2亿2500万年前