发表《岩手县史》。1909年，伊能嘉矩完成《大日本地名辞书序编─台湾篇》；1922年（大正十一年）总督府设立「台湾总督府史料编纂委员会」，聘请伊能嘉矩撰写清代台湾历史，这就是后来对台湾史研究影响重大的《台湾文化志》。1925年8月9日，因为在台湾所染疟疾复发，进入盛冈一家医院治疗。同年9月30日，伊能嘉矩病逝，享年59岁。