厅治设于南投街。1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅，原斗六厅之林圯埔支厅（草岭庄除外）併入南投厅，下辖埔里社、草鞋墩、集集、林圯埔等四个支厅。1914年4月新设雾社支厅，支厅位置在雾社，处理雾社地区蕃地事务。1920年10月，时任台湾总督田健治郎为提高地方官的权限，废西部十厅，实施「五州二厅」制度，南投厅与台中厅合併为台中州，原所辖之厅直隶与草鞋墩支厅合併为南投郡、埔里社支厅与雾社支厅合改为能高郡、集集支厅改为新高郡、林圯埔支厅改为竹山郡。