祥第十六混成旅攻陷敍州，3月7日佔领纳溪，蔡锷率部移驻大洲驿。3月7日，袁世凯以冯玉祥攻敍「功劳卓着」，特封为三等男爵。1917年4月被免去第十六混成旅旅长职，7月率旧部响应段祺瑞之号召，讨伐张勋的辫军复辟，复任第十六混成旅旅长。1917年11月，孙中山举起「护法」大纛，段祺瑞调冯率第十六混成旅南下攻打孙中山、陆荣廷的护法军。1918年2月14日，冯在武穴通电发表主和，主张恢复国会，投向直系曹锟，被免职留任。1918年3月下旬，冯率部驻常德期间，受为其看病的医生影响，经常前往教堂听牧师布道，开始笃信