万年前的二叠纪时期，香港再次被浅海所淹，沉积物混入砂砾、海洋动物及珊瑚的残骸，经过沉埋、压迫，岩石被巨大的地壳力量扭曲及变形，形成折曲、拱起或断层的状态。这类岩石分布于吐露港的马屎洲和丫洲。1亿6400万至1亿4000万年前的侏罗纪时期，香港发生多次火山爆发，喷出大量熔岩及火山灰。香港的岩石约有一半由火山岩所形成。喷至火山口边的火山灰冷却成为切面是六边形的石柱，可见于果洲群岛及破边洲。而未有喷出的熔岩则在地底深处慢慢冷却凝固，形成藏有粗大矿物颗粒的花岗岩。1亿年前白垩纪的香港则是一片干燥荒芜，中国大陆的