意图不惜一切代价重创英国海军，以为德国取得更好的谈判地位。而当舰队在威廉港完成集结后，一些厌战船员开始骚乱。1918年10月24日，从威廉港启航的命令正式下达。自10月28日夜间起，有几艘战列舰的船员发动兵变，其中第三战列分舰队的三艘舰船拒绝起锚，图林根号和黑尔戈兰号甚至在船上发生破坏行为。在这次公开叛乱面前，启航的命令被取消。为了试图压制兵变，战列分舰队被分散。其中巴伐利亚号连同第3分舰队的其余舰只被遣往基尔。随着德国在1918年11月有条件投降，公海舰队的大部分舰只被扣押在斯卡帕湾的英国海军基地