赞扬大化，纠明刑政」，故不能接受这些宠赐。孔愉辞让因而得允，但司徒王导对其表中「姦吏擅威，暴人肆虐」很有意见，就质问孔愉所指是谁，孔愉于是大谈当时朝政得失，直至陆玩出手阻止才停下来。后来王导让赵胤当护军将军，孔愉就对王导表示晋室中兴江左以来当过护军将军是周顗、应詹，即使当前缺乏人才都不应让赵胤当上此该职。王导不听，亦因其守正而令王导有所记恨。后来合左右仆射为尚书仆射，由孔愉担当。后愉转护军将军，加散骑常侍。再转领军将军，加金紫光禄大夫，领国子祭酒。不久再以镇军将军外任会稽内史，加散骑常侍。重返会稽后，孔