程度上也受到朝鲜羁縻。努尔哈赤统一女真建立后金后开始攻打明朝，并想联合朝鲜。由于明曾在万历朝鲜战争帮助朝鲜，朝鲜并没有与后金联合而是帮助明朝攻打后金。1627年2月，后金为先除后患并清剿败退到朝鲜的明将毛文龙部队，征讨朝鲜，史称“丁卯胡乱”。因寡不敌众，仁祖被迫与后金求和，双方结成“兄弟之邦”。1636年8月，后金征服东北和内蒙大片地区后改国号为清，让朝鲜称臣，遭到仁祖拒绝。同年12月，后金再次大规模入侵朝鲜，俘虏躲在江华岛的仁祖后妃和王子，迫使仁祖投降，向清称臣，史称“丙子胡乱”。直至1644年皇太极去世