疏劾张经「糜饷殃民，畏贼失机」，后张经被斩于西市，胡宗宪则连升三级，成为右佥都御史。嘉靖三十五年（1556年）宗宪多次出战，东南沿海倭寇患稍定。时倭寇为患南方沿岸，宗宪聘用徐渭以定计谋，主要拉拢倭寇的头目，设计杀死诱捕徐海、陈东、麻叶等治罪。还招抚了汪直，但朝廷将汪直杀死，造成倭寇失控。三十九年（1560年）明世宗论擒获汪直之功，以“宗宪矢心为国，殚竭忠谋，劳绩殊常，宜加显擢，以示激励。”遂加擢其为太子太保、都察院左都御史兼兵部右侍郎，总督如故，三月之后被擢升为兵部尚书兼都察院右都御史。四十年（1561