北区的东方明珠总站，并新增3条由该站开出的新巴士路线、调整5条现有巴士路线，以及取消两条短线。原计划还会新增M1及M2路线，后取消计划。
第三阶段.第三阶段巴士路线调整于2009年10月18日实施，主要是新增2条巴士路线—36和50路线，以及21A、25和26A路线回程澳门时新增停靠亚马喇前地站。
第四阶段.第四阶段巴士路线调整于2011年6月12日实施，亦是本计划中最后一阶段及同时牵涉最多巴士路线的阶段。是次调整主要内容包括分流各条途经新世纪酒店站的巴士路