1991年当选为中国科学院院士（学部委员）。
荣誉.施教耐曾因磷磷烯醇式丙酮酸羧化酶的研究获1987年中国科学院科技进步二等奖。次年，因纤维素酶应用研究工作荣获1988年全国科技大会奖。1989年，被国务院侨务办公室、中华全国归国华侨联合会授予“全国优秀归侨知识分子”荣誉称号。2000年，获何梁何利基金技术进步奖。