控大湾区内的大型填海计划，如惠州环大亚湾新区、珠海横琴南部、中山市翠亨新区、东莞长安新区、深圳小铲岛码头及仓储配套工程，以减少海洋生态所造成的破坏。此外，广州地方上亦有反对广东省主导拟建「深中通道」和「伶仃洋大桥」，认为一旦落成，会阻碍大型货轮进出广州港及南沙港的航路。