程需全部拆除、变更设计案经专家学者审核同意后才能施做、山川和正殿的诗词题字要全部改写。2004年11月11日庙宇修复完工，同月17日举行入火安座大典。2016年，庙方向文化局反映12年前整修的彩绘、石地板和外墙已陆续龟裂。次年11月14日，立法委员王惠美邀请文化部、文化局官员勘查。文化部文资局专委陈嘉瑞见到损坏之处，判断当时整修没完全採用传统工法，彩绘脱落，石地板斑驳，可看出当初重修有瑕疵，将找专家学者勘查，再规画设计整修。
祭祀.鹿港寺庙分好几种，全鹿港人供奉的称为「合港庙」