四年十月，任司空。封楚国公。光启二年初，静难节度使朱玫主张另立襄王李煴为帝，萧遘反对，称病婉拒草拟文告。朱玫改请郑昌图起草，并对萧遘不满。田令孜挟僖宗仓皇出奔宝鸡，萧遘不满田令孜专权，未及跟随。当时萧遘弟萧蘧为永乐县令，前往依弟。光启三年，朱玫被杀，宰相孔纬与萧遘不合，诬陷萧遘从逆，拒绝随驾宝鸡，被赐死于永乐。时人哀之。