63年，是朱学术着作的第二高峰期。朱相继完成了完成了《中国软骨鱼类志》、《南海鱼类志》、《东海鱼类志》、《中国石首鱼类分类系统的研究和新属新种的叙述》等重要专着，奠定了中国鱼类水产研究领域的基础，基本探明了中国沿海各海区鱼类种类和资源的区系分布。文化大革命时期，上海水产学院解体。在极端困难的研究环境下，1973年，朱仍完成了《中国动物图谱·鱼类》编撰工作（与王文宾合着）。四人帮倒台后，朱多方唿吁上海水产学院复校。1979年，国务院正式批复上海水产学院复校，任命朱为院长。1983年，朱因年事过高，转任上海