（近秋田一方）设有行人隧道连接。此站设有侧线和留置线。此站是位于新潟地区的直营车站（设有站长），为一座管理车站，管理羽越本线加治站至府屋站之间，以及米坂线萩生站至越后大岛站之间（小国站除外）。此站设有3座可支援Suica的自动闸机、绿色窗口、自动售票机、指定席售票机、候车室、自动贩卖机、便利店（NewDays Mini）、多功能厕所（设有）。在闸口周边曾经设有旅行中心「村上站」。现时的车站大楼在1964年（昭和39年）竣工，随后进行了复古风的翻新工程，在2005年（平成17年）6月变成现时的外观