熙廿九年（1690年），志书中有纪录于清干隆、嘉庆年间便有可考之捐修纪录。根据庙内昭和年间改建碑文纪载，庙内祀有真武上帝与准提菩萨，而在遭逢兵燹与时疫之际温王曾显现过灵蹟。光绪元年（1875年），当地仕绅感念于此，又见北极殿残破，武庠生高其华（后出任澎湖水师协左营千总）、举人郑步蟾与郭鹗翔再度鸠资重建。昭和二年（1927年），当时董事以旧有规制狭小，乃增建川亭、钟鼓楼于殿内立碑谨记。大正十年（1921年）受「一新社」影响，开办鸾堂「聿新社宝善堂」。民国58年（1969年），北极殿降坛神谕指示，澎湖三官殿