582改宗加尔文派后，不打算放弃自己的领地，试图将科隆选侯国世俗化。这导致了科隆战争，教廷雇用了西班牙和义大利的佣兵，还有巴伐利亚也派出军队，以对抗为了保有新教选侯国的荷兰。1583年12月11月，科隆战争结束，新教的主教继承者放弃教区，并退休移居到斯特拉斯堡。这是一次成功的反宗教改革。最后由出自巴伐利亚公家族的继任了科隆总主教之位。从此之后到18世纪中叶，科隆总主教一席经常由维特尔斯巴赫王朝的巴伐利亚系成员担任。由于这段期间的科隆总主教也通常身兼明斯特和列日的采邑主教，因此科隆总主教成为了德国西北的重要领