为朗格多克行省的首府，该行省后改为，直至法国大革命。中世纪后期，蒙彼利埃多次遭受寒潮及黑死病疫情，造成了大量的人员伤亡；同时，受到宗教战争的影响，大批朗格多克地区的商人逃离，使得蒙彼利埃城市逐渐衰落。
近代.1598年，《南特敕令》承认了新教徒在蒙彼利埃的地位，雨格诺派逐渐这一地区的主要的人，蒙彼利埃在经历了几个世纪的衰落之后开始复兴。1622年，雨格诺派在蒙彼利埃与法兰西军队展开激烈的斗争，史称，成为了的第一场战役，后雨格诺派不敌皇军，被迫签订《》，退出了朗格多克地区，并拆除