1984年改任出口信用保险局总监，终在1986年升任为工业署署长，期间曾任署理工商司，及后又在1989年至1991年改任教育统筹司。到1991年，杨启彦获总督卫奕信委任为库务司，是首位华人出掌此职。当时不少人认为他是财政司或布政司的热门人选，惟时任港督彭定康却在1993年，选择以与杨启彦同年加入政府的陈方安生为首位华人布政司，相反杨启彦却只获平调运输司，结果有感意兴阑珊，先在同年9月辞去运输司一职，再在1994年辞官退休。据了解，廉政公署曾在1993年指杨启彦曾私下与新华社官员见面，认为他对英国忠诚度不