元璋征战有功，累封至燕山中护卫副千户。朱能自幼喜好读书，侍奉父母十分孝顺。洪武二十七年（1394年），朱能承袭父职，隶属于燕王朱棣麾下，后随朱棣北征，降服元朝太尉乃儿不花。
建文时期.建文元年（1399年），朱棣起兵靖难，朱能与张玉诛杀北平布政使张昺、都指挥使谢贵，夺取北平九门，进封指挥同知。随后，朱能夺取蓟州，杀守将马宣，攻破遵化。又随朱棣破雄县，生擒杨松、潘忠，逼降鄚州。不久，朱能随朱棣直奔真定，击败耿炳文，并率三十敢死士追击至滹沱河。当时，耿炳文整兵再战，朱能跃马大唿，直冲南