及后陆纳子陆长生患病，陆纳请求解职照顾他；当时侄儿陆禽又犯了法，陆纳干脆请求免职谢罪。而当时朝廷特别地只稍稍贬了其官职，到陆长生的病情转轻时就命其回去代理其原职。不久陆纳迁尚书仆射，太元十一年（386年）与谯王司马恬分任尚书左仆射和右仆射，陆纳获加散骑常侍。太元十四年（389年）升任尚书令。当时晋孝武帝沉溺酒色，政事都交了给弟弟司马道子，不过司马道子亦喜欢喝酒，于是两兄弟就常常在酒酣之中；另一方面司马道子的属下腹心都争相弄权，皆令陆纳十分担心，望着宫殿说：「好家居，纤儿欲撞坏之邪。」显出其忧国之情，其坚