自缢煤山，刘宗周徒步荷戈，诣杭州，责巡抚黄鸣骏发丧讨贼，又与故侍郎朱大典，故给事中章正宸、熊汝霖召募义旅，以备勤王。五月，福王朱由崧登极于南京，以宗周为左都御史。宗周自称草莽孤臣，屡次上书讨贼复仇，后因劾马士英、阮大鋮，被黜归里。顺治二年（1645年），多铎率清军攻陷杭州，刘宗周正在进餐，闻讯推食恸哭：“此余正命之时也”，决定绝食殉国。其门人王毓蓍率先投水自尽，他说：“吾讲学十五年，仅得此人。”有门生劝他：“死而有益于天下，死之可也；死而无益于天下，奈何以有用之身轻弃之？”答道：“吾固知图事贤于捐生，顾余老