温差较大，海底地形复杂多样，加上暖流和寒流互相交汇，使得日本近海生息着多种多样的生物。据日本海洋研究开发机构调查，在日本近海生息的海洋生物物种数仅经过确认的就高达32,777种，占全世界约23万种的14.6%。其中有1,872种是日本特有种。日本近海的真核生物种类数种排在世界第二，仅次于澳洲近海海域。可以说日本海洋生态系统的多样性也是世界前列。日本目前共有四处世界自然遗产，分别是白神山地、屋久岛、知床半岛和小笠原群岛。白神山地横跨东北地方的青森县和秋田县，拥有世界最大的山毛榉原生林。屋久岛位于鹿儿岛县南