93年11月，3号线延伸段、9号线和12号线等5条路线的大致走向才有所确定。而在首尔市政府之后的公布中，计划待地下铁3期完成后，首都圈电铁可以承担首尔交通75%的比重（此前计划首尔地下铁2期将承担首尔交通32%的比重）。然而1995年4月28日，大邱都市铁道在施工期间发生气体爆炸的意外事件。导致地下铁3期的建设计划作出了重新调整，将开工时间推迟到1996年至1998年之间。1996年，9号线的建设地点正式确定。1997年3月，完成了关于9号线的设计方案和施工方案。但因为接近7万亿元的资金不足，于是再度推