水解酶降解，而细胞内的微管骨架其实也会将自噬体运输到溶酶体，水解酶在二者融合降解自噬体内容物，Rab7及等因子参与此过程。目前已知Rab7与膜泡表面的脂分子尾部作用进行定位，而UVRAG则活化Rab7，将囊泡运送到靶位点。自噬过程通常涉及两种泛素样偶联反应，以维持吞噬体的扩展。第1种反应发生在LC3 (酵母Atg8在哺乳动物中的同源物)，LC3对溶酶体的形成是必需的。Atg4切割LC3获得弥散胞质状态的LC3-Ⅰ，LC3-Ⅰ其后与磷脂酰乙醇胺偶联，以形成膜结合状态的LC3-Ⅱ，LC3-Ⅱ其后定位于自噬体