政府成立后，陈干获授少将。光复徐州后，陈干所部改编为第三十九混成旅，陈干任少将旅长。袁世凯接任中华民国临时大总统后，陈干于1913年上书袁世凯，辞去旅长职务，将第三十九混成旅解散。 1914年，陈干回到家乡后着《陈氏家乘》、《倥偬集》、《诗选》等。彭翼仲、杭辛离、刘冠三、于恩波等为《陈氏家乘》作序、跋。吴敬恒为《倥偬集》作序。陈干还修建家祠，廖仲恺、宋教仁、章太炎为该家祠碑题词。1917年，陈干任山东政务厅厅长，1918年辞职，寓居青岛。 1922年9月5日，黎元洪任命陈干为鲁案中日联合委员会第一部