19日，国民政府派孙连仲为河北选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。同年10月，河北省政府由保定迁至北平市。11月底，蒋介石视察北平。孙连仲提出辞职，蒋介石同意。12月，孙连仲调往首都南京，任首都卫戍司令。12月16日，行政院第24次会议决议，接受河北省政府委员兼主席孙连仲辞职，免除相应的“本兼各职”。1949年3月，随国府迁台。
晚年.此后，历任总统府战略顾问、总统府国策顾问、中国国民党中央评议委员、中国国民党中央纪律委员会委员，并和庞炳勋合开