。抗日战争时期先后迁往湖南湘潭、贵州桐梓、四川重庆等地。战后于1946年与上海的新制海军官校合并而停办。1913年至1946年间，马尾海校共计有24届458名毕业生，分为航海、轮机、造舰、军用化学等专业。而担任过该校校长的则有王桐、张斌元、陈兆锵、沈觐宸、夏孙鹏、杜钖圭、朱天森、李孟彬、高宪申等。