内容涉及史观争议而引起部分团体不满。其中在这次台湾高中历史课纲微调案中历史科成为最具争议性的部分，总更动内容多达36%，其中又以台湾历史部分具有最大的争议处。国立台湾大学历史学系教授周婉窈便统计相较于101课纲，台湾历史的内容异动部分超过60%，其中台湾战后时期更改比率更高达近140%。另外包含地理科、公民科与国文科也有不同程度的争议，例如公民科部分仅概括性陈述台湾白色恐怖时期历史。对此周婉窈在Facebook个人页面上指出这次历史科课纲微调将会带来中华文化霸权主义，并且造成历史学严重退步等伤害。随后教育部