珍珠港事件爆发，日军展开对英国远东殖民地的侵略，柏立基遂在1942年1月26日被委派到情报兵团服役。数日后，虽然日军在1月31日攻下马来亚全境，并掳获50,000名战俘，但柏立基逃过日军追捕，且获军方指派参与「43号特别军事任务」，负责在婆罗乃一带组织游击队抗击日军。一直到1942年中，柏立基才被日军捉拿，此后，他以战俘的身份被一直关禁于马来亚的战俘营。据记载，柏立基在营中生活艰苦，闲时主要靠唸读诗文度日，他早年熟读过不少华兹华斯的诗文，结果这就成了柏立基的「良伴」。在1945年8月，日本宣佈无条件投降