1942年2月12日，山本五十六大将把大将旗移到战舰「大和」，「大和」便成为联合舰队旗舰。于1942年6月的中途岛海战，「长门」虽隶属于第一战队并一同出击，但并没有参与战斗。在战斗结束，后收容了航空母舰「加贺」的生存者返国。其后「大和」与「陆奥」前往加罗林群岛的楚克岛，但是「长门」却返回日本本土，每天能做的事情只有待机。1943年（昭和18年）6月8日，姊妹舰「陆奥」在「长门」的面前爆炸沈没。8月，进入楚克锚地待机。1944年2月从楚克岛撤退后，转到林加锚地作为基地。于1944年6月参加安号作战（），于