编辑。1999年3月，升任党建研究所副所长；同年5月，调任部研究室主任。2000年6月，彭清华再兼任部政策法规局局长。最后在2001年2月，提任中央组织部部务委员兼干部一局（干部调配）局长，明确为副部长级。在此期间，彭清华于1993年至1996年在湖南大学工业外贸专业在职研究生学习，获工学硕士学位；1996年至2001年，在中山大学企业管理专业在职研究生学习，获管理学博士学位。
香港.2003年12月，彭清华离开长期工作的中组部，调任香港中联办副主任。2007年7月，彭清华接替