。1949年的四六事件，可说是省工委覆灭前的星火；同年5月，立法院通过惩治叛乱条例；8月，光明报事件曝光后，蔡孝干变节，并将整个省工委组织供出，导致台大及师院许多菁英被枪决于马场町刑场，如师院学生赖裕传、陈金目、陈水木，台大学生王超伦、郭琇琮、傅炜亮、叶城松、张璧坤等，或遭判刑身陷白色恐怖牢笼之中如蔡德本、涂炳榔、陈英泰、曾群芳、邱妈寅、卢兆麟、张坤修等。
争议.有文献指出，军警进入校园逮捕学生的行为，其实获得傅斯年首肯。至少在四六事件上，傅斯年并非一般所认为的是「学生的守护者」。