盆地周围早期多为安溪移民所开拓，而清水祖师为安溪人的守护神，故大台北地区祖师庙林立。艋舺清水巖与三崃祖师庙、淡水祖师庙、瑞芳祖师庙，称为「大台北四大祖师庙」。但这些祖师庙中以艋舺清水巖最具有历史特色，不仅象征安溪人的移民势力，还见证了影响台北市历史甚鉅的械斗事件「顶下郊拼」。
兴庙沿革.台湾清治时期渡海来台的福建泉州安溪移民，公推翁有来为董事，募得佛头银三万元，为其从泉州府安溪县蓬莱乡清水巖，携来的清水祖师香火建庙。1787年（清高宗干隆52年）在台北艋舺现址修筑庙宇，1790