年（明治41年），随着国铁开设了青函连络船，函馆港成为连接北海道和本州之间的港口，地位更加重要。另外在1907年（明治40年），随着日俄渔业条约的签订，日本在俄罗斯领海内的渔业权得到扩大。函馆港在大正时代作为北洋渔业的据点，海产品的出口十分发达。在第二次世界大战中，函馆港扮演了将北海道的煤炭运往本州的角色。在1945年7月，美军对函馆港进行空袭，12艘连络船几乎全部被毁。
战后.在1951年，函馆港被指定为重要港湾，同时也被适用于港湾运送事业法。此外基于出入国管理令，政府规定有外国