北县县长尤清之邀担任机要祕书兼国宅局局长，但不到2个月时间，被《中国时报》记者揭露具双重国籍，因不愿放弃美国籍，而重返台大任教。2002年至2004年，担任行政院研究发展考核委员会副主任委员。2003年8月16日，随内政部长余政宪前往南沙群岛的太平岛。2004年5月18日，行政院宣布内阁人事名单，蔡丁贵由研考会副主委转任行政院环境保护署副署长。
参与社会运动.
任台湾教授协会会长时期.2007年7月15日，与台湾教授协会和908台湾国运动昨举办解严