令其将王晔落职。薛应旂反而罢黜诸杰，严嵩大怒。此后，应旂又罢黜常州府知府符验，严嵩令御史桂荣劾其挟私报复家乡郡守，谪建昌府通判。严嵩失势后复起，官至浙江提学副使。以大计罢归。无钖顾宪成兄弟年少，从其求学。万历二年（1574年）卒。长子薛近鲁之子薛敷政、薛敷教；四子薛近兖均成进士。
着作.应旂雅工场屋文字，与王鏊、唐顺之、瞿景淳齐名。着有《宋元资治通鑑》、《考亭渊源录》、《甲子会记》、《四书人物考》、《高士传》、《薛子庸语》、《薛方山纪述》、《宪章录》、《方山文录》、《浙江通志》等。