后于1986年、1989年、1992年、1995年获得中国国民党提名连任，担任立法委员长达十五年。黄主文担任立法委员期间，与吴梓等人都是集思会的重要成员，黄主文也担任过集思会的会长，并写作《新台湾人》等十六本书表明其问政理念。黄主文在李登辉担任中国国民党主席期间，曾经出任政策委员会副执行长、政策研究工作会主任与国民党中央委员。1998年黄主文出任内政部长，直到2000年。陈水扁当选中华民国总统后，黄主文出任国家政策研究院院长。2001年7月台湾团结联盟（台联）成立之后，黄主文出任台联创党主席；同年立