苏峻攻下姑孰，夺取在当地的盐米，庾亮才后悔。面对苏峻即将兵临城下，孔坦对人说：「看苏峻的势头，肯定可以攻破台城了，若不是战士，不用穿戎装。」城陷之日，身穿戎服的大多都被杀，其他人却无恙，当时人都称他有先见之明。及后，苏峻挟成帝至石头城，孔坦出奔讨伐军盟主陶侃，获其任用为长史。当时陶侃军夜筑白石垒，到天光就成，当时人们都怕苏峻军来攻，孔坦却以苏峻攻垒需要配合强东北风以限制援军支援，料定苏峻不会来。最终苏峻果然没来。当时驻京口的郗鉴率兵到茄子浦与陶侃军会合，而其时东线虞潭、王舒等与苏峻军的战事不利，孔坦进言认为