溼地生态形成几近毁灭性的灾害。台湾自-2006年起陆续已于中北部出海口皆可看见护花米草的身影，目前几乎北面沙滩溼地均已沦陷，高美溼地也是其中的受害名单之一。
动物.据《台湾重要野鸟栖地手册》记录，高美溼地有唐白鹭、泽鵟、鱼鹰、彩鹬、燕鸻、小燕鸥、苍燕鸥等7种为稀有鸟种，以及黑面琵鹭是属濒危鸟种，燕鸻、红尾伯劳、喜鹊等鸟种则应予保育。其它尚有东方环颈鸻、赤颈鸭、黄足鹬、黑尾鹬、翻石鹬、黄头燕等鸟种。由于云林莞草在潮溪注入之处与接近海堤的泥滩地大量繁殖生长，吸收了来自周遭排水沟挟