因子的调节是一个十分复杂的过程, 因为它取决于很多因素，其中最明显的是其他的DNA结合蛋白(包括转录因子等)以及局部的染色体结构. 早期的体外实验认为DNA序列决定转录因子的装配顺序，但愈来愈多的证据显示转录的激活取决于大量的转录因子的相互作用。目前表观遗传学似乎对转录激活也扮演重要角色。多阶段调节、控制机理机制均由重要的生物学反应提供，转录也不例外。转录水平的调节不仅仅是由基因产物（RNA或蛋白质）的量来调节，也受到转录过程本身的调节。以下是转录因子活性调节系统简明的清单。转录因子合成和其他的蛋白质一