全因素，复置澎湖寨巡检司。1567年（隆庆元年），史称隆庆开关。1604年（万历三十二年），荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求贸易。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑。1622年（天启二年），由于与葡萄牙人争夺澳门的军事攻击行动失败，荷兰东印度公司的武装舰队（包括七艘军舰、战士九百人）最