朝鲜共产党北部分局的第二书记。翌年又被推举为临时人民委员会的宣传部长和劳动局长，专门负责把企业收归国有。同期，以吴琪燮为首的国内派和以金日成为领导的游击队派就朝鲜共产党北部分局是否应改为北朝鲜共产党而争吵不休，吴琪燮因而被冠上「民族主义分子」和「托洛茨基主义左倾分子」之名。随后，他又被苏联派攻击为「反苏分子」。虽然如此，由于吴琪燮在党内有一定的地位，故他在1946年时反被选为北朝鲜劳动党中央委员。但在同年11月，他和郑达铉再被批为「否定领导」、「将资本主义用在社会主义」、「反党分子」和「自由主义者」。