人民代表大会第一次会议，被免去国务院副总理职务。改任第四届全国政协副主席，分管计委财经工作。文化大革命，邓子恢遭到迫害。1969年10月疏散广西，1970年6月回北京住院治疗。1972年12月10日在北京医院逝世。12月14日，中共中央召开追悼会，纪登奎主持，叶剑英致悼词。1981年3月9日，中共中央办公厅转发为邓子恢同志平反的通知，其中指出“他对农业集体化运动中一些重要问题所提出的意见，大都是正确的，过去党内对他和中央农村工作部的批判、处理是错误的，应予平反，强加的一切不实之词，应予推倒，恢复名誉