冬天时修复堤坝，并且设置大砲，在护城河外建造堤坝以及在城门外兴建矮墙，最终在1869年3月完工。同年5月11日，新政府军向箱馆发动总攻击时，旧幕府军以五稜郭的大砲砲击七重滨（现北斗市）以及箱馆港。然而，新政府军成功进佔箱馆市区，并且在5月12日，军舰甲铁从箱馆港内砲击五稜郭，成功击中奉行所，导致等人阵亡，多人受伤。另外，由于新政府军在各处阵地架设大砲，一同砲击五稜郭，导致旧幕府军在夜晚难以入睡，只能以石垣和堤坝为盾，并且竖起叠蓆和屏风抵挡。5月15日，辩天台场的部队投降后，在5月16日亦被攻佔，其后新政