.六甲蜜胺的具体作用机理仍不是特别清楚——一般来说将它列为烷化剂，如MeSH的分类；ATC则将其列为“其它抗肿瘤药”。目前较为普遍接受的说法是六甲蜜胺的其中一些分解产物起到了类似烷化剂的抗癌作用。口服六甲蜜胺后，肝脏中的细胞色素P450会催化其进行氧化与"N"-去甲基化，生成活性产物"N"-(甲基羟基)三聚氰胺（如三甲密醇，如下图中的 Carbinolamine metabolite）， 后者在细胞内进一步脱甲基生成甲醛、甲醇胺、亚胺离子（图中的 Reactive iminium ion ）等中间体。