队退出职业足坛并开始以出售年轻球员为业，将原球队整体转卖给深圳平安，包括李玮锋和李毅等16名极有潜质的年轻队员。1999年以430万出售曲波、杨君、白毅、彭鹏和曹春鹏等五名球员给青岛海牛俱乐部。2000年集体出售杨程、关震、吴泽、苑维玮、杨增奇、刘剑、李丹、万程、张金九名球员给山东鲁能泰山。2004年火车头队重回职业足坛，参加了乙级联赛。2006年中国足球乙级联赛中进入了最后的半决赛，但在点球大战中8-9败给了北京理工足球队失去了晋级中国足球甲级联赛的资格。2007年俱乐部因为注册问题遇