止孔教活动后，使得印度尼西亚华人第二波转信奉基督教。雅加达为印度尼西亚华人基督徒最多的地区，棉兰则有最大的印度尼西亚华人佛教徒聚居地。印尼90%人口为穆斯林，但华人穆斯林只佔少数，根据2010年的人口普查显示，3.6%的印度尼西亚华人是穆斯林。印尼中华伊斯兰教联合会（Persatuan Islam Tionghoa Indonesia，PITI）等组织协会于已经在19世纪末期已经存在。印度尼西亚华人穆斯林协会（PITI）在1963年重新成立为一个现代化的组织，但有一段时间的没运作。印尼孔教总会 （ Maje