大学习医。1911年（宣统三年）33岁，10月，中国发生武昌起义。11月，乃随留日医学生组织之赤十字社归国作救护工作，先至上海，旋即随革命军入南京。12月，受豫晋秦陇红十字会之托，赴陕西，做救护工作。1912年（中华民国元年）34岁，7月，任北京师范学校学监。1913年（中华民国二年）35岁，春天，再度赴日本学习。1916年（中华民国五年）38岁，夏天，大坂医科毕业。1908年至1916年留学日本期间，除1911年回中国一年外，余云岫从不缺课。当时余云岫深受日本明治维新以后，取缔汉方医学