狮子及基座移至正阳门和新华门。西洋楼遗址的汉白玉及砖瓦也多被军阀官僚运走，或被各家石作坊买去，就地改刻为其他石料。抗日战争日占时期，园内部分遗址在“奖励农业”的口号下被平山填湖，改为水田。
共和国建国初期的破坏.1950年代，周恩来曾指示：遗址要保护好，地不要拨出去，以后有条件可修复。曾计划将中国科学院北京植物园定址于此，但1960年代园内土地大多被附近生产队改为农田，大量人口迅速涌入，相继拆除了圆明园福海石驳岸、舍卫城残余城墙及地基、万春园三孔桥、运料门、长春园七孔闸等残存建筑，