Campbell上校招集了原FOXHOUND队员Solid Snake。为了解决这次的恐怖活动，救出2名人质。一边传达任务内容，一边接受各领域的专家们的支持，Snake单独潜入任务开始了……。
开发.在游戏在初步构思时，小岛秀夫本想在3DO平台上制作潜龙谍影的第三款作品。但是基于当时3DO主机的销量不好，故小岛决定转往PlayStation平台上开发系列续作。制作团队原定游戏名称为潜龙谍影3（英语：Metal Gear 3），但因游戏平台转移的关系，后决定命名为潜龙谍影（英语