了校长，还设有一位由广东省教育厅派驻东莞台商子弟学校的督学兼任副校长。学校虽然採用台湾学制，使用正体字及注音符号，教材亦是由台湾进口，但由于中国大陆方面的审核，教材上敏感的字眼如「中华民国」、「蒋中正」，以及敏感议题如「台独」、「台湾入联」、还有中华民国国旗和民国纪年皆会被涂掉。入学台湾之大学校院的大学学科能力测验，于2012年首次在广东及上海的台商学校设立考场，试卷在台湾的闱场印刷完成并弥封后，由试务人员搭机带往大陆，主办的大学入学考试中心并事先协调中国大陆海关不予以拆封检查，试卷也随身携带不託运