中央执监委联席会议、南京国民政府、蒋总司令等等，提出《清党建议案》，不同意杀戮。但当时这种声音并不占优势，国民党捕杀成风，气氛狂热。例如国民党各团体在上海召开五四运动纪念大会，甚至“议决通缉着名学阀章炳麟、黄炎培、沈恩孚、张君劢、蒋维乔、郭任远、朱炎、胡敦复、殷芝龄、袁希涛、张东荪、阮尚介、刘海粟、沈嗣、凌鸿勋等，俾警反动而申党纪案”。南京中央联席会议不得不申斥：“所称反动，并未举出何等实据，不得仅因群众一时激昂，辄予通缉。”
第二期清党.蒋介石下令清党后，除少数已经暴露身份的“共