接替蔡练生担任经济部智慧财产局局长，而这也是经济部首位女性局长。任内6年来，台湾专利审结期间一路飙升至40多个月，发明专利审查需费时近4年，审查期间耗时略长，积案不少，民间创新研发的投资延滞，不利产业升级，影响国家竞争力。担任智慧财产局长任内主导着作权修法多也次引发争议与民怨。2008年，中国国民党的马英九担任总统后，王美花继续担任经济部智慧财产局局长。2013年5月，在着作权团体游说下提出修法封锁境外侵权网站，该法案有违反《中华民国宪法》之虞，而引发行政滥权、侵害人民通讯自由的争议。这起事件