期.1901年底废除三县，将其下辖的辨务署升格为厅（部分有整併），全台加上原本的四厅共二十厅。而原厅下辖的出张所也废除，全台改为厅下辖支厅，并在支厅下与街庄社乡之间设置辅助行政机关区。1904年完成全台土地调查，自然村等级的街庄社乡被大量整併，并成为有界线的行政村。1909年将二十厅整併为十二厅，并将区改为正式行政区划。
州厅时期.1920年将除了花东两厅以外的地方实施与日本内地的县类似的州制（花东两厅则继续使用原本的制度），州下辖郡市，郡下辖街庄，市街-