他们一共有四个孩子，但只有一个儿子－未来的恩里克四世存活。胡安二世于1445年丧偶再婚，新娘是葡萄牙王子约翰的女儿葡萄牙的伊莎贝拉。伊莎贝拉与他有两个孩子：未来的伊莎贝拉一世女王和阿方索王子（1453年－1468年）。胡安二世在位其间继承其曾祖父恩里克二世所行的反犹太人国策，他公告巴利亚多利德法律以限制了犹太人的社会权利。在众多的其他限制中包括强迫犹太人穿着特别的衣服，并不准他们的担任任何行政职务。1431年，胡安二世将捧上摩尔人格拉纳达王国的王座以换取格拉纳达王国对卡斯提尔的敬意及其宗主国地位。