为马英九在2012年总统选举中辅选，而时任总统府秘书长廖了以则接任金氏的原职。因此，伍锦霖改任总统府秘书长一职，接替离职的廖了以。伍锦霖接任总统府秘书长被视为为马英九「救火」，再度投身辅选组织动员工作。2012年2月，伍锦霖离任总统府秘书长，遗缺由曾永权接任。同年4月，马英九提名伍锦霖回归考试院，回任考试院副院长职务。由于考试院副院长一职在伍锦霖任总统府秘书长期间一直悬空，外界视为「虚位以待」，几乎就是等待伍锦霖回任。伍氏在立法院行使同意权后，以66票赞成通过。伍氏在任副院长期间，曾主理年金改革事务。