「入联公投」），第6案为「以务实、有弹性的策略重返联合国及加入其它国际组织」（一般称「返联公投」）。由于两项公投的「领票率皆低于公民投票法所规定的选举人总数的百分之五十门槛」，故皆遭到否决。
结果分析.在本次选举结束以前，《亚洲週刊》总编辑邱立本表示，马萧将会以压倒性票数击败长昌配，还会领先高达两百万票。 2008年3月24日，亚洲创制公投中心分析，入联公投与返联公投都失败的主要原因，除了受到政党政治高度激化让公投必须和总统选举同时举行以外，就是缺乏公共辩论的空间，这样的公投