蒂冈第二届大公会议完结后，圣所于1969年重新佈局。主祭台于移动到主教座堂的处。空气调节系统于1988年安装，屋顶亦于同年进行修复工程。座堂屋顶后来出现渗漏，天主教香港教区于是在1997年起为座堂进行保育计划。这个计划包括将屋顶修复、将墙壁和装有无原罪圣母像的壁龛重刷。除此之外，教区亦更换主教座堂的地砖、增强照明及音响系统和在用作奉献中华殉道圣人的苦难小堂（现称中华殉道圣人小堂）安装新的彩绘玻璃窗。整个耗资110万美元的保育计划于2002年12月8日完成。由于这个计划成功将主教座堂内的文化遗产保存，联合