驱离佔据讲堂的学生，这个举动引起校内极大的反弹。7月2日安田讲堂遭到封锁，校方为了开启讲堂，而遭到学生更大的反抗。学生们因此罢课，重要的建筑物大多遭到封锁。11月校长以下的全校主任辞职。佔领工学院列品馆的马列派泷泽征宏（，明治大学学生）写下的「造反有理」标语甚为有名。9月30日佐藤内阁接受了日大的集体谈判。事件因此完全转变成为政治问题。11月22日封锁全校的全共斗派系共7千人，以及遭阻拦的日共（民青）系7千人从日本全国各地前来并对峙。全共斗内部以早稻田大学马克思主义革命派的藤原为中心，向各派反对全校