馆至马耳他议会所在地大教长宫。当时，负责档案馆事务的官员是建筑师米高·埃吕尔（）。1986年1月，讨论如何管理公共档案的政府委员会成立。该委员会决议建立一个独立的马尔他国家档案馆，并以拉巴特的前医院建筑为总馆。同时，位于姆迪纳的（）获确认可储存自医院骑士团佔领至英国佔领初期的马尔他法院档案。相关档案在1987年9月开始转移，并在1988年10月完成。至于转移其他档案至拉巴特的建筑的工作，则在1989年7月28日完成，而拉巴特的总馆则于1994年5月28日由第五任马耳他总统乌戈·米夫苏德·邦尼奇主礼开幕。