会于同年成立，并派队参赛1996年欧洲U-21足球锦标赛，首场外围赛于1994年9月6日主场对法国。2000年欧洲U-21足球锦标赛斯洛伐克U21在外围赛8战5胜2和1负，与葡萄牙绩分相同，但以较佳对赛成绩（1胜1和）获得首名出线；外围赛附加赛面对俄罗斯，主客两回合皆获胜累计4-1取得决赛週资格。斯洛伐克获选为决赛週主办国，分别在特伦钦、特尔纳瓦及布拉迪斯拉发举行比赛。竞赛首次分两组共8队角逐，斯洛伐克U21处于B组，同组包括3届盟主义大利、两届冠军英格兰及土耳其，斯洛伐克3战2胜1和，与义大利同分，仅