于1876年被废校。女学校所遗留下的校舍，于1888年由北海道厅改建成北海道厅旧红砖厅舍，作为开拓使、札幌县及北海道厅的总厅舍。札幌农学校的首任校长调所广丈，聘请了来自麻省的威廉·史密斯·克拉克为校长。克拉克曾在札幌农学校留下八个月，并以其科学精神及基督教道德精神薰陶了一班有为的年青人，包括佐藤昌介、新渡户稻造、内村鑑三等人。以新渡户稻造等人为中心，被称为「」（札幌集团）的这群学者，对于日后的北海道开拓，以至整个日本的发展都有一定的影响力。1882年，北海道的人口超越了20万人，于是日本政府废除了开拓