前，由于俱乐部的创始人是犹太人，他们甚至受到了纳粹政权的不公平对待。拜仁是德国足球南部高级联赛于1945年的创始成员，但在该地区的成绩从未超过第三名，因此没有资格参加总冠军的角逐——只有后者才有机会入围自1955年开始举办的欧洲冠军杯。在中，拜仁落后于同城对手慕尼黑1860，未能取得参加来季开始设立的全国性德甲联赛的准入资格，组织者将参赛权授予了其它排名较低的俱乐部，因为他们不希望每座城市的参赛队多于一支。尽管如此，该俱乐部还是在1962-63赛季得以首次参加欧战，并闯入了国际城市博览会盃的（一项非欧洲足联