958年6月，被送往黑龙江省北大荒兴凯湖农场接受劳动改造。1960年10月26日，被转移至河北省清河农场的三分场（又称宁河农场）。1961年6月30日保外就医。1962年前往安徽大学任教。文革开始后继续受到各种批斗，被关“牛棚”。1970年4月底，出了“牛棚”的巫宁坤又被取消了职工待遇，全家被下放到生产队劳动。九一三事件后，落实知识分子政策再一次提上日程，经省革委会文教副主任杨效椿和安徽师范大学校长魏心一的努力，1974年1月底，巫宁坤被调到安徽师范大学任教。1979年5月回北京到已改称国际关系学院的原单位