更名为和，西巴基斯坦铁路、东巴基斯坦铁路分别保留原有的分部管理体制、事业部管理体制。巴基斯坦政府将这两条铁路交由进行统一管理。交通部设交通部铁路司，该司由铁路总干事（DG Railways）领导，铁路总干事对铁路运营进行全面监督管理。1959年，巴基斯坦议会通过《1959年铁路委员会条例》，要求建立一个半自治的铁路委员会。铁路委员会由交通部铁路司铁路总干事、财政事务委员与工程事务委员组成，并由一些业务、财务和工程领域专家担任顾问。铁路委员会为东西两家铁路公司都任命了总经理。总经理负责采购、人员和运价等铁