2009年3月8日上演的亚军争夺战，以2－4不敌西贡，全季成绩与西贡同样是10胜3和1负得33分，深水埗因对赛成绩较差，最终只得第三名，因而错失丙组总决赛参赛资格。同届初级银牌，深水埗取得不俗成绩，于决赛力战下以0－2不敌沙田，屈居亚军。深水埗因此取得足总盃参赛资格。于5月16日在旺角球场举行的足总盃初赛，越级挑战甲组球队谢菲联，法定时间90分钟踢成2－2平手，加时后以3－5落败出局。在2009-10年度球季，深水埗除了保留原有主力方栢伦、梁冠聪及陈肇钧等港青代表，还罗致了前一届效力康宏晨曦的前香港足球