947年（民国36年）10月，任国民政府主席东北行辕政治委员会常务委员。同年11月，获授陆军二级上将衔。1948年（民国37年）2月，任战略顾问委员会委员。同年3月，当选行宪国民大会代表。1949年（民国38年），中国国民党主导的国民政府在第二次国共内战中败北，邹作华随国府国军迁往台湾。
迁台后的活动.1953年（民国42年）退役。此后，历任总统府国策顾问、光复大陆设计研究委员会委员。1954年（民国43年）2月，国民大会召开第二次会议。1960年（民国49年）2月