至1911年，科英布拉大学都是整个葡萄牙唯一的大学，这也为1911年以后里斯本大学和波尔图大学的成立奠定了师资和科研基础。科英布拉大学悠久的历史使其成为葡萄牙在科研、教育、政治与社会方面最具影响力的中心之一。科英布拉大学自2006年起开始加入欧洲博洛尼亚进程，至2009年所有院系均已加入博洛尼亚进程。博洛尼亚进程是为了整合欧盟的高等教育资源，打通教育体制，以确保欧洲各国高等教育标准相当。
架构.科英布拉大学由校长、参议院和议会协同管理，后者负责对校长和参议院成员的选举。校长与参