天皇系谱和僧侣传记、寺院历史等以佛教方面为主的内容，对鉴真、慈觉大师等僧人的事蹟均有详细记载。此书引用众多当时的记录，例如寺院传记、日记等，而这些文献于后世多已失传；而且《水镜》、《愚管抄》等鎌仓时代的史书也屡次引用《扶桑略记》的记述，所以它是继《六国史》以后较为重要的史籍之一。