会督阜查理的建议下建立大学，怀理书院更名为“汇文书院”，从此便以“汇文”作校名。学校随即大兴土木，增加课程，设文、理、神、医及艺术等科目，一跃踞于北京名学府之列。 1900年，庚子拳乱兴起，汇文书院惨遭烧毁。此后，时任校长刘海澜通过教会的施与，在崇内船板胡同原址重建汇文书院，并于1902年，重建德本斋、德厚斋等用作学生宿舍。1904年，为纪念前校长李安德，建安德堂楼作学生大讲堂，并于同年，改校名为“汇文大学堂”，学制四年。自此以后，来求学者日益踊跃。
中华民国时期.1912年起，