年时间写成了自己最伟大的着作《自然哲学的数学原理》。皇家学会最初承诺会付钱出版该书，但书写成之后反悔，认为该书卖不出去，会让学会承受太大的经济损失。哈雷只好自己出钱出版该书。1691年，哈雷制作了一个潜水钟。哈雷和五个同事利用潜水钟，下降至60英尺深的泰晤士河中，并停留了一个半小时之久。因为这种潜水钟非常沉重，很少用在打捞工作中，但是他仍然持续改进它的设计 。1691年，哈雷申请牛津大学担任萨维尔天文学教授，但是由于他支持无神论，遭到坎特伯雷大主教和艾德伟·斯蒂林弗利主教反对。后来数学家获得该职务，并获