仁曾长期担任民主进步党祕书长，与吴乃仁等人共同将民进党由传统的街头抗议路线转型为议会竞选路线。在邱义仁筹划下，民进党在议会中的席次逐渐增加，由地方势力进而成为立法院的主要反对党；其所属的新潮流系，也成为民进党的重要派系。1989年，邱义仁反对民进党美丽岛系大老张俊宏访问中国大陆，指责张俊宏访问中国大陆是「出卖台湾」；但1998年7月，时任民进党秘书长的邱义仁应厦门大学台湾研究所（厦门大学台湾研究院前身）邀请参加研讨会，返回台湾后公开表示，「民进党是选举党，选票就是答案，再现实不过」，所以在台湾海崃两岸关