洲町、二条河原和葛野郡的纸屋川町。1889年日本实施市制，上京区和下京区合设为京都市，但上京区和下京区的行政区划仍被保留。自1902年至1929年期间，葛野郡的衣笠村和爱宕郡的鞍马口村、野口村、、、先后被併入京都市，并划入上京区。1929年，上京区丸太町通以南的区域与下京区四条通以北的区域被分出设立中京区，原属下鸭村、田中村、白川村三个行政区划的区域则被划出设立左京区。之后至1948年期间，葛野郡的小野乡村、中川村和爱宕郡的上贺茂村、大宫村、鹰峯村、共六个行政区划又陆续被併入京都市入上京区；1955