为其父康熙帝庆祝六十大寿，特对该寺进行了大规模修葺，康熙帝特赐“万古柏林”匾额，悬挂在正殿内。干隆二十三年（1758年）又重修，干隆帝亲自撰写了重修碑文。该寺后部在清朝曾为佛学院。中华民国时期，曾被用做陆军医院。中华人民共和国成立后，此处曾被用做北京图书馆分馆。1988年初，改为文化部干部学院。如今，该寺主要建筑保存基本完好。1984年被定为北京市文物保护单位，2006年成为全国重点文物保护单位。
建筑.柏林寺坐北朝南，规模宏大，占地面积大约为2.4万平方米。建筑分为三路，共有