印度尼西亚统治的中心，大多数人忠于当地南马鲁古共和国割据政权的独立运动。1950年印尼政府出兵马鲁古，几个月后重新占领这座城市。许多重要的建筑在内战期间遭到严重损毁，例如南马鲁古共和国的主要基地维多利亚堡。1958年4月到5月在北苏拉威西省叛乱期间，美国支持叛乱分子并对其提供支援。基地设在台湾的中央情报局的掩护机构民航空运公司飞行员驾驶中情局在安汶及其附近反复轰炸并扫射目标。4月27日，中情局突袭了军事指挥所、一座油库和荷兰壳牌石油公司的建筑。对壳牌石油的攻击是有目的的：中情局下令打击外资企业的商业利益