常后期，由于忽必烈偏信佛教，全真教受到严重打击，全真教刊行《老子化胡经》，说佛教是老子出西域，化身释迦佛，以教化胡人而创，1257年，全真教道士与佛教僧侣在忽必烈面前辩论，道士败北，忽必烈下令把《老子化胡经》连同刻版一起焚毁。造成了全真教的一度低落。到元成宗时才重新正常发展。元代，金丹派陈上阳依附全真教，自称南宗，把王重阳这支称为北宗。金丹派其五位祖师，也被称为南五祖。与原来的全真道不同的是，南宗人士多不提倡独身修道。南宗从陈楠开始即兼行雷法，白玉蟾并撰有多种雷法着作。明朝以后，全真南北两宗多有相互