及广东藩司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。1646年，永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻，同时各地降清的原明军将领先后反正。1648年，江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。1650年，清军再次占领广州。1652年，李定国、孙可望发动第二次反攻，在桂林逼死定南王孔有德，又在衡州斩杀敬谨亲王尼堪。