溪、二仁溪各为台南市北、南天然市界。由于地势东高西低，河川均自东向西流入台湾海崃。另外，南台湾夏雨集中，河川水量随季节差别极大。冬日常见巨石砾砾，夏日则黄水滚滚。台南市大型湖泊不多，较着名的为台南公园内的燕潭，和巴克礼纪念公园内的梦湖。赤崁楼以西为昔时台江内海所在，今因泥沙淤积而成小湖泊或湿地，如四草湖、鲲鯓湖等，及安南区、安平区、南区内的许多鱼塭。是其他省辖市所难见到的景观。台南运河位于台南市五期重划区，初期航行尚称便利，惜当时规划不週，安平港出口泥沙日渐淤塞，航运功能渐失，战后运河尽纳家庭及工业废水，一