世纪时，柏柏尔人和图阿雷格族穆斯林贸易商做生意时把伊斯兰教传入西非，同时也有苏非派兄弟会在当地活动。廷巴克图、加奥和卡诺成为重要伊斯兰学习和文化中心。马里帝国最着名的国王是曼萨·穆萨（1312年至1337年），他是一个虔诚的穆斯林，在廷巴克图、基奥和杰内等尼日尔河流域城市扩大马里的影响力。他前往麦加朝觐的车队载满黄金使他成为传奇人物。正是在曼萨·穆萨时期廷巴克图成为非洲和世界上其中一个主要的文化中心。
穆斯林在马里.直到最近，马里的穆斯林被认为是较宽容的穆斯林，虽然仍出现一些紧