2002年，行政院为解决国营事业官僚化的问题以提升国营事业经营效率，首先公开征募台湾菸酒公司董事长，聘请民营企业董事长组成评审。黄营杉在第二次的评审中出线，获遴选担任董事长。黄营杉任台湾菸酒公司董事长2年期间，为台湾菸酒多赚新台币52亿元，其以「金牌台湾啤酒」为核心产品，击退青岛啤酒进入台湾市场的热潮。2005年7月黄营杉担任台湾电力公司董事长，并力行走动管理，试图提升台电的经营效率。2006年1月25日，黄营杉担任经济部长；2006年8月5日卸任，任期仅192天，卸任之后由行政院院长苏贞昌颁发一等功绩