王子马尔斯借由姊姊艾莉丝的帮助，而顺利逃脱并流亡到边境之国塔利斯，可惜艾莉丝却落入卡涅夫之手。为了复兴祖国及救回被俘掳的姊姊，马尔斯率领同伴一同对抗多鲁亚帝国的军队，并以击败卡涅夫及梅迪乌斯为目标。
开发.游戏旧作《火焰之纹章 暗黑龙与光之剑》在1990年由Intelligent Systems开发，对应平台为红白机。Intelligent Systems曾经开发了任天堂战争系列游戏，并由系列创作者加贺昭三设计和编写故事。当时，加贺构想了一种新型的角色扮演游戏，这就是后来的《暗黑龙