早期兽孔目没有皮毛；晚二叠纪演化出的兽齿类可能是目前所知唯一拥有皮毛的兽孔目。兽孔目由三个主要的演化支组成，恐头兽亚目、草食性的异齿亚目、还有大多是肉食性的兽齿类，而肉食性的巴莫鳄亚目是个原始物种的并系群集合。在一阵短期的多样性辐射演化后，恐头兽亚目在二叠纪中期（瓜达鹿白阶晚期）消失，但异齿亚目的二齿兽类与兽齿类的丽齿兽类与兽头类开始繁盛。在二叠纪末期，第一批犬齿兽类也出现。就像所有陆地动物，兽孔目被二叠纪-三叠纪灭绝事件严重影响，繁盛的丽齿兽类全部灭亡，只有二齿兽类、兽头类、犬齿兽类的少数物种残存下来