2016年夏季奥林匹克运动会印度尼西亚代表团将参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的第三十一届奥林匹克运动会。这是该国第15次派代表参加奥运。
射箭.印度尼西亚有一名女运动员在丹麦哥本哈根举办的2015年世界射箭锦标赛上获得参赛名额。之后又有三名男选手在2016年射箭世界杯上为该国获得男子团体和男子个人的参赛名额。
田径.印度尼西亚在田径项目上获得以下资格（每个小项最多三名来自同一代表团的运动员参赛）：
羽毛球.