6年右布政使和甘肃巡抚改驻兰州，1667年陕西右布政使司改为甘肃布政使司。1754年，陕甘总督从西安改驻肃州。1759年，陕甘总督改为川陕总督，甘肃巡抚改为甘肃总督。次年，恢复陕甘总督和四川总督的建制，1764年，裁撤甘肃巡抚，陕甘总督兼管巡抚事务，驻兰州府。1884年，新疆建省，陕甘总督管辖陕西、甘肃、新疆三省。
行政区划.清朝下辖八府、一直隶厅、六直隶州，共计六州、八厅、四十七县：