而由于巴丹群岛独特的地理环境以及恶劣的海洋气候，西班牙政府并未建立正式的政府机关统治。1894年日清甲午战争，清朝战败签订了《马关条约》，割让台湾全岛及其附属岛屿、澎湖列岛。此后，日本和西班牙签订协议，以巴士水道为两国国界。由于台湾岛的清朝-日本-中华民国主权变动，以及菲律宾的西班牙-美国-菲律宾-菲律宾第二共和主权变动，因此有学者研究称巴丹群岛的主权归属实际上存在争议。但官方并未关注过此地。