年，科佩尔被划入了阿奎莱拉大主教区，1278年随之并入威尼斯共和国，被更名为“Caput Histriae”，意为“伊斯特利亚之都”，今日Capodistria一词便来自于此。哈布斯堡家族夺得神圣罗马帝国皇位后，科佩尔作为的里雅斯特的一部分，被划成奥地利的领地。一战之后，被奥地利割让给意大利。二战之后，科佩尔作为第里雅斯特自由区的B区一部分，1954年被正式划入南斯拉夫，其意大利裔居民多半迁走。1991年，随着斯洛文尼亚的独立，科佩尔成为其唯一的商业港口。