年3月，苏哈托任步兵第三军团指挥官，辖四个营，共3,704人，以梭罗市为根据地。这支军团致力于打击盘据中爪哇省西北部的前伊斯兰国叛军，和在默拉皮火山一带进行剿匪。他也开始在军队中肃清同情左翼者（他下属中其中一位左倾者即为后来在1965年发动九三〇事件的翁东中校）。在这段期间，苏哈托体认到，要消灭共产主义和伊斯兰激进份子，必须让他们获得经济和物质上的满足。1956年9月3日，苏哈托晋升为陆军上校，任指挥官，以三宝珑为根据地，管辖中爪哇及日惹。后来，苏门答腊及苏拉威西群岛上的军事指挥官们，发动一连串反对雅加