6日，南华在佛山里水训练基地，与上届中超及亚冠盃双料冠军广州恒大踢友谊赛，结果南华凭陈肇麒下半场头槌入球与对手打成1–1，但广州恆大追和后陈肇麒与郜林发生争执，期间中国国脚黄博文更向陈肇麒叉颈，幸双方球员及时平息事件 。2016年7月30日，陈肇麒于南华在香港大球场迎战意甲冠军祖云达斯的AET国际挑战盃再次取得入球，最终南华以1–2仅负祖云达斯，赛后陈肇麒兴奋到将球衣抛到看台。2016年10月24日，南华意外以2–4不敌理文流浪全失3分，赛后评论矛头直指南华看守教练列卡度换人调动失当，外借黎耀昌予理文流