自成攻陷北京后，明朝南方皇族势力尚存，并建立了若干政权，历史上统称为南明（1644年-1662年）。南明主要势力有四系王，分别是福王弘光帝朱由崧、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键与绍武帝朱聿、桂王永历帝朱由榔等。当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。
弘光政权.南京是明朝的陪都，在南京明朝设有基本的（南京六部）。崇祯十七年（1644年）北京被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄