国务院副秘书长、兼机关党组副书记；半年后，出任中共北京市委常委、北京市副市长；1997年12月，晋升中共北京市委副书记。在朱镕基出任国务院总理后不久，1998年4月金人庆被宣布出任国家税务总局局长。此时正值亚洲金融危机，新一届政府依然提出了增加税收人民币1000亿元的目标。金人庆一上任，就先后在浙江、北京、四川分片召集了由各个地区的国税、地税局长参加的座谈会。在金人庆任国家税务总局局长的五年里，中国财政税收从1999年的突破人民币1万亿元，到2003年时已增加了一倍、达到人民币2万亿元。2003年3月1