音、振动等环境公害问题。
计画历史.交通部铁路改建工程局曾研拟多种施作方案，包括：东侧施作、临时轨、潜盾等，但皆未获核定。2009年，时任行政院院长刘兆玄核定採用「东侧施作」（东移）工法、以解决台南车站站体和月台均为国定古蹟而无法拆迁的问题、并减免施作临时车站与轨道所需的费用。以下为本案沿革：
计画工法.1993年3月，台湾省政府交通处完成《台南地区铁路立体化（郊区化）可行性研究暨规划》，预定採用「东侧施工」。而铁工局接手后，曾研拟多