北哈马黑拉县的主要宗教是基督教和伊斯兰教。穆斯林和基督徒自16世纪起居住于此，两个社群遵循“Hibua Lamo”的文化传统并和平的生活在一起。Hibua Lamo是穆斯林和基督徒之间的一个协议，没有相互间的侵略算计，并对共同关心的事务有所合作。县治托贝洛是个强大的基督徒社群，传教士曾于19世纪末20世纪初到访，他们在托贝洛建立了一座新教教堂。
冲突.1999年伊始，穆斯林和基督徒在安汶发生冲突；在北马鲁古，卡奥的基督徒社群袭击了大多数是穆斯林的马基安人。这扰乱了特尔纳特、蒂多雷