因斯布鲁克发动迫害巫师的审判，但由于他的证据不足审判被中断。1500年左右因斯布鲁克有约5000名居民。1629年至1630年在因斯布鲁克开设了德语地区第一座剧院。今天这个位置上是因斯布鲁克的会议中心。1665年最后一位蒂罗尔大公无子逝世，哈布斯堡王朝的蒂罗尔支灭绝，蒂罗尔归并入奥地利，因斯布鲁克因此也丧失了它首都的地位。1669年10月15日神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世开办因斯布鲁克大学，当时该大学共有四个系。1858年从因斯布鲁克通往慕尼黑的铁路造好，此后继续有去往其它地方的铁路建成，