1928年5月，程潜被李宗仁扣押，第六军由李明灏代理军长，不久，由胡文斗任军长，张轸任副军长。该军被迫由湖南开往江西。8月，胡文斗被部下戕杀，由张轸代理军长。随后第六军从湖南开往江西途中，番号撤销。1929年5月，国民革命军第二十师师长韩复榘背叛冯玉祥，投靠蒋介石，第二十师被扩编为第六军，韩复榘任军长。该军编成后，隶属国民革命军第三路军，先后参加讨伐湖北桂系和中原大战。1931年7月，第六军隶属国民革命军第一军团。1932年8月，该军驻防济南地区。1937年10月，因应中国抗日战争需要，该军隶