993年7月起，专任中共四川省纪委常委。1995年3月，李崇禧离开中共四川省纪委，出任中共甘孜藏族自治州委副书记。1996年3月，升任中共阿坝藏族羌族自治州委书记。2000年8月，被提拔为中共四川省委秘书长、办公厅主任、省直机关工委书记，成为时任中共四川省委书记周永康的大秘书；并于同年12月，成为中共四川省委常委。2002年5月，晋升中共四川省委副书记、中共四川省纪委书记。2007年5月，不再担任中共四川省纪委书记，专任中共四川省委副书记。2007年7月至2011年11月，兼任中共四川省委民工委书记。