血液样本中的寄生虫，可以做为疾病的早期诊断。疾病慢性期则是借由血液中的对克氏锥虫的抗体来确诊。恰加斯病可借由清除锥鼻虫与避免被锥鼻虫叮咬等措施来预防感染。筛检输血用的血液也是预防手法之一。截自2013年，南美锥虫病的疫苗还未被开发。感染初期时可使用苯并咪唑或硝呋莫司。 对克氏锥虫病的患者来说，药物治疗介入的时机点越早，成效越好，反之，成效越差。药物治疗对于已经进入慢性期的患者，能够延迟或避免产生末期的征候。苯并咪唑或硝呋莫司对于将近四成的人有部分副作用，像是皮肤相关症状、中枢神经毒性与消化系统的不适。