气候地形条件的差异，克罗地亚有多种类型的生态区，是欧洲生物多样性最丰富的国家之一，可分作四种生态区：亚得里亚海沿岸与内腹地的「地中海区」、涵盖大部分利卡和戈尔斯基科塔尔的「阿尔卑斯区」、德拉瓦河和多瑙河流域的「潘诺尼亚区」以及其余的「大陆区」。克国的喀斯特地形也形成特殊的生态栖息地，如兹尔马尼亚河和克尔卡河的峡谷和石灰华，以及，有些还栖息着唯一已知的穴居两栖类嵴椎动物—洞螈。克罗地亚境内也有面积的疏林，约佔国土的47.5%，其他栖息地类型还有湿地、草原、沼泽、沼泽、丛林、沿海和海洋栖息地。在植物地理学上