职台北市长期间，使用特别费核销领养流浪犬「马小九」的治疗费用，并将每月特别费半数汇入妻子周美青帐户，遭台北地检署以贪污罪起诉。最高法院最终判处马英九无罪，其部属余文则遭判有期徒刑，马英九被控用市长特别费医治马小九部分，台北地检署不起诉处分确定。。国务机要费案引发检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查。包括蔡英文、李登辉、谢长廷、苏贞昌、吕秀莲、游钖堃、连战、吴敦义等共七千多名政务首长遭调查，吕秀莲、游钖堃被起诉，但皆获判无罪。
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