在碣石镇设防保疆，碣石自此成为海防重镇。
明清.明洪武二十二年（1389年）朝廷为抵御东南沿海倭寇侵犯，遂设立碣石卫，时辖海丰、平海、甲子、捷胜四个千户所军士，为全国三十六卫之一。后于洪武二十七年（1394年）十月，广东都指挥使花茂请命率军筑城，碣石卫成为当时广东海防驻军七镇之一。<br>明亡后，清代初期朝廷沿用旧制保留卫所制度。但为了削弱华南沿海居民与郑成功等抗清势力的联系，朝廷先后于顺治十三年（1656年）与顺治十八年（1661年）颁布了禁海令与迁界令 ，致使康熙三年（166