6年（天聪十年），皇太极征东海女真瓦尔喀部，即开始造战船。1651年（顺治八年），令沿江沿海各省循明制，各设水师，其编制与陆军一致。此为清设水师之始。内河防务以长江为主体，沿岸各设水师。海防上，因清初海禁，又防台湾郑氏等反清力量，以致海防废弛。即使在平定明郑后，仍受海禁影响，水师多以防御为主，缺乏攻击性战舰。康熙时，清军先后平定三藩之乱（1673年1681年），远征台湾（1683年），1652年到1689年于雅克萨战役击败俄国，1696年平定噶尔丹。干隆时，更有“十全武功”，清朝军事力量达到极盛。S