约40多种为台湾特有种及特有亚种；另外还有约30种海生哺乳动物被记录。
翼手目 Chiroptera.蝙蝠因为指骨发展成翅膀的关系，成为唯一会飞行的哺乳动物，现今全球蝙蝠估计接近1000种，佔所有哺乳动物的四分之一，仅次于啮齿目。
兔形目 Lagomorpha.兔形目由两类动物所组成：兔科及鼠兔科。曾经被归入为啮齿目，直到20世纪才分开独立一支。与啮齿目最大分别为兔形目上颚有4颗门齿(两排)，而啮齿目只有两颗。