毕如蝙蝠，身不动摇，惟吸所过虫蚁；福如狼虎，虽人不免；陈如鼠蠹，钻穴蚀物，人不知之。”湖南石三保造反，赴常德、荆州督饷。嘉庆元年（1796年），枝江（今属湖北）人聂人杰等起义，毕沅自辰州（州治今湖南沅陵）赶赴枝江镇压，攻克当阳，擒获石三保、吴半生、吴八月等人，赴湖南镇抚。嘉庆二年（1797年）六月，手足麻木不仁，帝赐活络丸，七月，病逝于湖南辰州大营，归葬于灵岩山的东北麓。诏赠太子太保，未加谥号。
身后.嘉庆四年（1799年）朝廷追究镇压白莲教不力，又任内因胡齐仑任意侵贪、克扣军