登被聘请为首任燕京大学校长，作为燕大的长期领导人为该校的发展壮大作出不可磨灭的贡献。司徒雷登四处募捐，张学良将军曾为此大学捐款。为燕京大学在北京西郊建造了一所宫殿式的美仑美奂的新校园，不惜出重金延请中外着名学者如吴雷川、许地山、邓之诚、郭绍虞、顾颉刚、赵紫宸、容庚、钱穆、吴文藻等人来燕大任教，提升燕大知名度和学术地位。1928年，燕大与哈佛大学合作组成了着名的哈佛燕京学社，促进中美文化交流。到1930年代，燕大已发展成为中国学术水平最高的教会大学。司徒雷登提倡学术自由，注意与学生、员工互动交流，对学生和