兴要求公开发言，表达对三峡工程的不同意见，但遭到阻挠，黄顺兴等25名全国人民代表大会代表愤而退席。1993年，黄顺兴辞去了全国人大常委会委员职务。晚年，黄顺兴继续关心中华人民共和国的农业及环保工作、积极建言献策，为促进两岸同胞交流做了大量工作，继续坚持一个中国的原则，反对台独。2002年3月5日，黄顺兴在北京因心脏病逝世，享年79岁。3月13日，遗体在八宝山革命公墓火化。