中华龙鸟的身体与尾巴羽毛，可分为深色、淡色两种区块，某些研究人员推测这代表不同颜色的羽毛。陈丕基、董枝明等人认为这是化石的母岩在分开时，所造成的不规则排列。在2002年，尼克·朗里奇（Nick Longrich）提出，这些深浅区块，代表生前的羽毛色素，在化石化过程中保存下来；朗里奇认为深浅区块的排列过于规则，不可能是分开母岩、腐烂过程造成的。由于较深的区块主要分佈于背部，较浅区块分佈于腹部，而尾巴的深浅区块以条纹状排列，具有反荫蔽（Countershading，动物保护色的一种类型；动物的背部颜色深于腹部，