会利用大型化学品资料库进行筛选，也和化学相似性有关。上述研究的基础是Johnson和Maggiora的相似性质定律：「相似的化合物会有相似的性质」。
相似性的量度.化学相似性一般会表示为在描述空间中距离度量的倒数。距离度量依三角不等式成立与否，可以分为欧几里得度量或非欧几里得度量。
相似性搜寻及虚拟筛选.以相似性为基础的 是一种ligand-based的虚拟筛选，假设一资料库中查到和某一化合物类似的所有化合物都有类似的生物活性。不过此假设不一定成立，常常找