7年8月8日上午7时30分左右在中日友好医院病逝，享年101岁。根据柯俊院士生前遗愿，他的遗体被捐赠给母校武汉大学医学部作医学研究。
家庭.弟弟柯伟，金属腐蚀与防护专家，中国工程院院士；弟媳李依依，冶金与金属材料科学家，中国科学院院士。