陈胜、吴广因倡言秦法严苛，发动大泽之变，抗秦起义，吴广、田臧、李归等围攻荥阳，李由为三川守，守荥阳，吴广无法攻克。李由不能获胜，持续抗衡。直到秦将章邯来救援，才斩杀了田臧、李归等。后来李由又遭到项梁的部下项羽、刘邦等攻击，但忠心死守。赵高向秦二世进谗言，说李斯、李由父子是楚国人，与陈胜、吴广是同乡，互相勾结，想篡夺秦朝天下。后来秦二世将李斯腰斩，全家处死，李斯死时，李由已经在雍丘，死于刘邦部下勐将曹参之手。