3年（1944年）夏，他升任西北公路局副局长。抗日战争胜利后，他被任命为晋、豫、鲁区接收专员，驻北平办公。此后他转任鲁青救济分署副署长。民国37年（1948年）秋，秦德纯任山东省省长，孙继丁出任山东省政府委员兼秘书长。民国38年（1949年）3月，秦德纯兼任青岛市市长，孙继丁转任青岛市政府秘书长兼港务局长。同年5月，他奉命代理青岛市市长。同年6月国军撤离青岛，他随军来到台湾。1975年，他和杨展云、宋梅村创办《山东文献》季刊。他任社长。民国67年（1978年）9月11日，孙继丁病逝。