其间也有阿附秦桧、弹劾赵鼎等人的奏疏。绍兴二十四年（1154年）十一月，由吏部侍郎、端明殿学士转任签书枢密院事，兼权参知政事。当时秦桧专权，秦桧讨厌常州通判沈长卿，送大理寺审问，郑仲熊得罪了秦桧。于是侍御史董德元、右正言王珉将他弹劾罢为提举太平兴国宫，宋孝宗干道九年（1173年）三月，郑仲熊复官端明殿学士致仕。