其中10个为人手收费亭，2个为专利巴士专用的快易通自动缴费亭，而余下4个为快易通专用的自动缴费亭。2017年12月3日起，驾车人士可以在海底隧道的人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式Mastercard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。
接驳交通.红隧九龙入口位于港铁红磡站旁，由于东铁线暂未能直接过海，不少新界东部的居民会先乘搭东铁线到红磡站，再前往红隧收费广场的巴士站再转乘过海巴士，特别在早上上班时间，过海隧道巴士站经常挤满乘客，排队上车