祖保佑大军渡海来台而加以扩建；另一说则是海安宫与鹿港新祖宫一样，是福康安在林爽文事件后奏请兴建的庙宇。由于该庙位于昔日台南五条港中的南势港一带，邻近镇渡头，故又称「镇港妈祖」。
沿革.海安宫的记载最早可见于清嘉庆年间成书的《续修台湾县志》，据该书的记载海安宫位于西定坊港口，是干隆五十三年（1788年）福康安与各官员所倡建，由台湾府知府杨廷理负责办理，而当时庙有三进，并有御匾「佑济昭灵」。但是另有说法认为海安宫的妈祖香火是干隆元年（1736年）府城三郊从湄洲迎奉回台，干隆五十三年福康