函馆这一地名起源于在室町时代的1454年（享德3年），津轻豪族在时称「宇须岸」（（us-kes）或（us-oro-kes），阿伊努语的意思为「湾岸之尽头」）的渔村兴建宅邸，因建筑的外观像箱子，故以「箱馆」（和「函馆」日语发音相同）作为地名。1869年，虾夷地改名为北海道，箱馆也改名为「函馆」。也有认为是来自阿伊努语「hak-casi」（浅篱笆）的观点。
历史.在函馆市内发现了大船遗迹等遗迹，显示函馆自绳文时代开始就有人类活动。自鎌仓时代后期开始，随着畿内地区和津轻半岛之间的贸易量增