陆军总部设在原中央陆军军官学校内。不久陆军总部也全部空运到南京。1945年9月9日在陆军总部大礼堂举行对日受降仪式隆重。
行宪改编.1946年5月31日，国民政府宣佈中国因即将实施宪政，明令裁撤军事委员会及其所属各部会、以及行政院之军政部，改于行政院设立国防部。1946年6月1日，中国陆军总司令部与国民政府军事委员会军训部合併整编成陆军总司令部，直属同时成立的国防部。