成为法人，基督教也初次获得法律的地位。但是，此法是监督・统制色强的法律。第二次世界大战后，1945年（昭和20年），宗教法人令制定・施行，对宗教团体的规制撤废。1951年，宗教法人令撤废，认証制的宗教法人法制定。高度经济成长的同时，法华经系新宗教的创价学会、立正佼成会等势力大为发展。1990年代，麻原彰晃所创藏密系统邪教的奥姆真理教，引起松本沙林事件、坂本堤律师一家杀害事件、龟户异臭事件与东京地铁沙林毒气事件等一连串恐怖事件，造成1995年（平成7年）的宗教法人法一部改正。
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