尊氏在京都成立武家政权后，临济宗受幕府保护。室町时代初期，南禅寺的禅宗和旧佛教势力的延历寺的天台宗对立，成为幕府初期的政治问题。因为室町幕府的归依，梦窓疎石和弟子春屋妙葩拥有政治的影响力，导致武家和佛教界的接近，对贵族文化及武士文化带来影响，在三代将军足利义满时代的金阁寺（鹿苑寺）等北山文化和足利义政时代的银阁寺（慈照寺）等东山文化可见融合的迹象。受佛教影响的室町时代文化影响直到后世，如水墨画・书院造・茶汤・华道・枯山水庭园等。
战国时代.应仁之乱后，宗教势力因治安恶化而强化武力。