年（万治元年），隐元成功与幕府将军德川家纲会面，两年后获得了山城国宇治郡大和田作为寺院的领地。1660年（万治四年）在那里开创了新寺。隐元不忘故土，将这个寺院也命名为「万福寺」（福清的黄檗山万福寺，则被称为「古黄檗」）。1663年（宽文三年）建造完成，在法堂举行祝国开堂仪式，而相对于民众则举行「黄檗三坛戒会」。
创立黄檗宗以后.隐元是日本禅界黄檗宗的始祖，但当初并没有黄檗宗这个称谓。隐元本人自认为自己是临济宗的僧人，以临济正宗的僧人自居。其宗风、清规等都是模仿明朝时期临济宗的规矩，