嘉邑行善团在1965年由何明德与其友人组成行善堂，当时只是由一群志愿义工参加，不是一个正式的团体，1985年改名为「嘉邑行善团」。1997年何明德交代资深团员向嘉义市政府请成为正式社团法人，1998年2月何过世后嘉义市嘉邑行善团立案成立，并将其註册为商标，由李昆山担任创办人兼第一任理事长；但何明德遗族有不同意见，后于1998年6月另成立「何明德行善团」（非社团法人），由其女儿陈美智负责。2013年3月，嘉义市嘉邑行善团理事长林涂发连任任期届满，改选理事长，但因会员出席人数不足流会。2014年2月，嘉