兴建生物滴泸塔等辟味设施，确保污水沉淀池的臭味不会影响附近民居。第二期甲耗资171亿港元。渠务署指出，由于污水隧道系统位处地底深层，故此必须预先灌浆堵塞地底石缝，以防止地下水涌入。第二期甲採用钻爆方法挖掘竖井和深层隧道，共进行逾5,600次爆破，是香港历史上最多次爆破的单一工程，为此渠务署培训了13名爆破督导员和87名爆炸品运送监督人员，当中包括女性。
乙.第二期乙为为昂船洲污水处理厂增建生物二级污水处理设施。
财政.为了补贴《净化海港计划》的营运经费