总动员令」，判刑3年，入狱。狱中因胃出血，申请保外就医。获得病人绵纱大王石凤翔（蒋纬国岳父）之助，得以带长女赴日就医，留下另外4位子女在台。
旅居日本.初到日本时不会日语，加上其他因素，到人家中帮佣赚取生活费。后来庄淑旂到日本厚生省出示台湾的中医师执照，表明到日本研究癌症，日本厚生省安排他到日本国立刀根山病院旁听，照顾癌末病患，庄淑旂于1961年进入日本庆应义塾大学医学部，成为药理学研究生，1965年4月29日，庄淑旂在友人帮助之下，获得特赦。1966年1月19日，以41岁完成日本