9年蜂屋赖隆过世后由大谷吉继接替入主；不过1600年大谷吉继在关原之战战败后，领地遭到没收，敦贺城也在1616年遭到废除，1624年敦贺郡全郡被划入小滨藩，成为小滨藩的领地。17世纪末小滨藩藩主将敦贺郡内的部分领地分给姪子设立，次男得到包括敦贺郡和近江国高岛郡共一万石的领地设立敦贺藩，五男酒井忠根也得到敦贺郡内三千石而成为独立的旗本；因此在江户时代结束时，敦贺郡内的领地分别属于同为酒井氏的小滨藩、敦贺藩、安房胜山藩及酒井氏旗本。19世纪末明治维新后，旗本领先在1871年被划入本保县，同年底实施废藩置