很快又外任镇东将军、青州刺史，转任征东将军，加散骑常侍。邢杲发动叛乱时，军队围困青州的州城，元世俊依据城池固守，于是得以保全。建义元年四月庚子（528年5月17日），尔朱荣发动河阴之变，北魏大乱，元世俊向南梁献出青州投降。魏孝庄帝元子攸时期，元世俊担任卫将军、吏部尚书。尔朱兆进攻京城洛阳，魏孝庄帝诏令元世俊以本官为都督，防守河桥。等到尔朱兆到了黄河，元世俊一开始就没有抵御的意思，隔河遥相叩拜，随即用五艘船迎接尔朱兆的军队，尔朱兆因此得以攻入洛阳。京城遭到摧残，都是元世俊的罪过，当时的舆论怨恨他。魏节闵帝元恭