936年7月西班牙内战期间，初期阿贝赛报作出了虚假报导，报导中指出萨莫拉被共和党人打死了。而国民党则试图利用此来作为宣传。不过实际上萨莫拉是活得很好，并且如传言般开始流传着他的死亡，他被共和党的民兵逮捕，然后关押在莫德洛监狱。与他一起关押的囚犯是拉蒙·塞拉诺·苏涅尔和拉斐尔·桑切斯。他的生命被典狱长梅尔乔·罗德里格斯·加西亚救了，因为他自己愿意和看守踢和聊足球。在萨莫拉最终被释放后，阿根廷大使馆代替他说情。然后，他选择到法国尼斯，他在那里与何塞普·萨米蒂耶尔重逢。后来，他回到了西班牙，并于1938年12月8