冠军杯也因此停办。2002-03赛季，墨西哥冠军杯重新开办，但对垒双方却换成了墨西哥足球超级联赛春季赛和秋季赛的冠军。新版的赛事进行了4届后再度中断。2012年，全新诞生的墨超和墨甲运营主体Liga MX又一次重新启动了这项赛事，组织了一场墨超冠军与墨甲冠军之间的友谊赛。 2013-14赛季，Liga MX确定了当赛季的墨西哥冠军杯的对阵双方将会是2013年春季联赛冠军和2013年春季杯赛冠军。从2018赛季开始，墨西哥冠军杯冠军将会在新设立的的比赛中对阵美国职业足球大联盟冠军。