4月，恭让王自感李成桂实力强大，为求自保，与郑梦周商议密谋除掉李成桂。李成桂第五子李芳远遂派人将其刺杀于开城的善竹桥，枭首于市，抄没其家。1400年，李芳远继位后，又因梦周忠义，重新追封其为“大匡辅国崇禄大夫领议政府事、修文殿大提学兼艺文春秋馆事、益阳府院君”，谥号文忠，并将其入祀孔庙。郑梦周（圃隐）与李穑（牧隐）、吉再（冶隐）并称为“丽末三隐”，另有李崇仁（陶隐）。
后世评价.他的弟子多有所成，被称朝鲜理学之祖。