是除了隐龙（可能还有朝阳龙）之外的最基础角龙下目恐龙。因为鹦鹉嘴龙科是角龙下目演化树的早期分支，所以鹦鹉嘴龙可能并非其他角龙类的直接祖先。所有其他角龙类的前掌有五个趾骨，而鹦鹉嘴龙的所有种只有四个趾骨。此外，在鹦鹉嘴龙的演化过程中，失去了眼窝与鼻孔间的眶前孔，但其他角龙类（以及大部分主龙类）仍保有眶前孔。第五个趾骨与眶前孔被认为不太可能在演化过程中再度出现。虽然鹦鹉嘴龙已有许多种被命名，但牠们彼此间的关系尚未完全发现，也没有科学方面的共同定论。近年有数个详细的亲缘分支分类法研究，包含Alexander