朝康熙年间划归广东惠州管辖，二战时被日军佔领，划入台湾高雄州新南群岛，战后划入中华民国海南特别行政区；1990年划归高雄市旗津区中兴里代管。东沙岛目前无常住人口，但有海巡署官兵常态驻守于岛上，2000年2月1日以前为海军陆战队九九师派遣兵力进驻，中华民国政府亦于2007年1月17日在此成立东沙环礁国家公园，为中华民国第七座国家公园，并于该年10月4日成立「海洋国家公园管理处」管理之（隶属于中华民国内政部营建署）。东沙环礁国家公园包含南海的东沙岛与其环礁，及环礁向外延伸12海哩的附近海域，总面积为353,