，郑芝龙降清、田川氏在乱军中自尽；郑成功率领父亲旧部与宗族在中国东南沿海继续抗清，并成为南明后期主要军事力量之一。他仰赖沿海地区的税款与东洋商路维持部队，并与当时发展远东贸易的荷兰商人有所交流（见台湾荷兰统治时期）。自永历十一年（1657）起，郑成功三度率军北伐，一度从海路突袭围困清江宁府（原明朝南京），然最终遭清军击退。郑氏集团仅得凭借海战优势固守厦门、金门两岛，并遭到清朝实行海禁封锁。永历十三年（1659），曾任荷兰通事的何斌向郑成功建议攻取台湾，驱逐驻扎在大员（今台南市境内）的荷兰东印度公司驻军，