权时代，它是福岛正则的居城。关原之战后，福岛正则在前线作线非常活跃。被移封到安艺国广岛49万8千石。接替者是德川家康四男松平忠吉。1607年忠吉病逝，而无子继承。其后由德川义直入藩。因为1609年开始建筑名古屋城，清洲城因而被清拆，1610年义直为尾张藩藩主。清洲藩被废藩。