舰船拒绝起锚，图林根号和黑尔戈兰号甚至在船上发生破坏行为。在这次公开叛乱面前，启航的命令被取消。为了试图压制兵变，战列分舰队被分散。其中巴伐利亚号连同第3分舰队的其余舰只被遣往基尔。随着德国在1918年11月有条件投降，公海舰队的大部分舰只被扣押在斯卡帕湾的英国海军基地。巴伐利亚号也被列入扣押名单，将被移交。1918年11月21日，被扣押的舰只在海军少将路德维希·冯·罗伊特的指挥下，从它们的德国基地开始最后一次航行。舰队先与会合，再在由370艘英国、美国和法国军舰组成的大规模联队的监督下，开往斯卡帕湾。