，23岁的隐元参见了普陀山的潮音洞主，以在俗信者的身份担任了一年的茶头。1621年，29岁的隐元在故乡福清的黄檗山万福寺由鑑源兴寿剃度出家。但当时的万福寺由于倭寇的骚扰已经荒芜，为了重修佛寺，隐元四处云游化缘，以筹集寺院重建的费用。33岁时在嘉兴府海盐县金粟山的广慧寺跟随高僧密云圆悟参禅，隐元由于精通佛学，名闻金粟山。密云后来成为了万福寺的住持，隐元也跟随他回到了万福寺。1630年费隐通容继任住持，隐元受邀请任西堂，成为费隐最初的法嗣。不久离开万福寺前往狮子巖修行，1637年继费隐之后成为住持，七年后退