卓们开始了领地自治化。大约1710年左右，费尔干纳地区的明格部落首领沙鲁克开始反抗宗教政权，并于1740年定都浩罕，建立了浩罕汗国，摆脱了布哈拉汗国的统治。在当时的时期，以民族独立为目的而建国是很常见的。浩罕汗国建立当初，国家较为弱小，经常受到位于天山山脉北麓地区的准噶尔汗国的侵略。1757年，清朝征服了准噶尔汗国，并于1759年镇压新疆南部的大小和卓之乱，控制了整个新疆地区，使得浩罕汗国和清朝在塔里木盆地的喀什地方直接接壤。一些从清朝统治地区逃亡的瓦拉贵族，以及之前统治塔里木盆地的和卓们开始流亡到浩罕