主席有绝对的控制权。时任九铁公司主席的杨启彦，甫上任便安排詹伯乐、梁国新、丘李赐恩等前香港政府官员加入九铁公司，而九铁公司主席更可以自行釐订薪酬。另外，当九铁公司要求加价之时，有传媒揭发了九铁管理局以公司名义，独享3艘游艇、8辆名贵私家车、40多个公司俱乐部会籍等奢侈而非必要的福利，为外界所非议。另外，九铁公司亦在亚洲电视（2016年4月1日电视牌照终止）手中罗致资深新闻人潘锦全出任东铁社区及公众事务总监。政府有感该等问题日渐严重，特别在落马洲支线事件中，香港环保署的环境评估报告否决九铁公司兴建铁路贯穿