福宁调任山东，治理卫河运务，使干隆帝非常满意。五十九年（1794年），漳、卫二河泛滥，福宁疏通消除积水，抚恤黎民百姓。曹、单二县漫水，波及下流、被坝堰所阻，福宁赶往当地，根据情况开坝堰以泄水，并协调相关。之后调任河南，不久升湖广总督，驻襄阳，捕治起事的白莲教徒，擒获首领宋之清等。干隆六十年（1795年），调两江，当时贵州苗人首领石柳邓与湖北苗人首领石三保等聚众劫掠辰州，并放火烧城，福宁奉命留湖北平叛，来到镇筸防清军后路。嘉庆元年（1796年），湖北白莲教徒急攻来凤，福宁赶往龙山增援，将教徒击败，又会同四