支，起讫点与主线E11相同，但绕经东涌北。城巴E11S线是E11线的特别班次，祇于平日星期一至五单向由东涌（满东邨）往天后站，但八达通收费独立于E11线，开办至今亦不设任何转乘优惠。E11S线亦是自城巴E21X线于2013年5月1日起提供城巴机场快线转车优惠后，唯一一条没有提供任何转乘优惠的北大屿山对外巴士路线。
收费.全程：$21.0（E11(A)）／$23.0（E11S）
八达通转乘优惠.乘客登上本线后指定时间内以同一张八达通卡转乘以下