4年绘制的地图上也没有标註此座已完工的隧道，故日治时期可能是进行隧道扩孔工程，将本来仅能单线轨道的隧道改为可容纳双线轨道。日治时期的隧道工程于1895年12月10日开始动工，1896年6月15日完工。原始隧道立面以石砌，中央圆拱型以红砖砌，上方并有伊藤博文于1896年所题的《开物成务》匾额；隧道内设有一紧急通道。1975年，因西部干线电气化工程需求，《开物成务》匾额被取下，并进行拓孔改建为混凝土隧道。至2008年9月21日，原使用南港隧道的纵贯线路段改行新辟的汐止山岳隧道，该隧道做为铁路隧道的功能结束，