，使得他的排名创下个人新高，来到了世界第40名。7月，在温布顿过了三週后，他参加鹿特丹公开赛（Rotterdam Open），整站比赛未失一盘，在决赛击败2004年雅典奥运会单打金牌得主尼古拉斯·马苏，获得个人首个ATP巡回赛赛事单打冠军。随后在法国梅斯拿到了职业生涯第二座冠军，个人排名来到世界前20名。除此之外，乔科维奇在2006年马德里大师赛（2006 Madrid Masters）打进八强，也是其第一次打进大师赛系列的八强。该年度美国公开赛，乔科维奇打入第三轮，三盘败于前世界第一莱顿·休伊特。