中华民国成立后，谭反对与袁世凯议和，策划北伐。南北议和后，谭反对袁世凯出任中华民国总统，也反对宋教仁改组同盟会为国民党走议会道路，出任长江巡阅使闲职。1913年，宋教仁被暗杀，谭返回湖南策动谭延闿参加二次革命，失败后流亡日本。1915年回国参与护国战争。后又追随孙中山在1917年发起的护法战争。1920年病逝于上海，归葬家乡谭家山。