备受关注的钟楼部份则被弃置于屯门堆填区，当中更引发香港立法会休会辩论，及使行政长官曾荫权的民望一度下跌。2006年11月12日，由尖沙咀往返中环的渡轮服务由本来的爱丁堡广场码头改为中环七号码头。营办牌照2011年3月31日届满后，天星小轮停办红磡来往中环及湾仔航线。天星小轮指两线每年平均亏蚀200万元。2012年，天星小轮被揭发船队上无设置救生衣，上下层仅摆放约百个救生圈，及在船顶备置8只救生筏，安全问题备受乘客关注。天星小轮事后与海事处进行两次会议，在积极提升救生装置前，近期在每艘渡轮上多加逾10