五条港有各自的港道，但最后都汇聚在一起流入台南旧运河。五条港的汇合从最南边的安海港开始，先是在镇渡头（金华路四段、民生路二段与和平街交会处）与南河港汇合，接着往西北而行，沿途与南势港、佛头港汇合，直到与新港墘港汇合后改往西行进入旧运河。旧运河最后会进入盐水溪，从四草湖出海。当时各港均有各姓分据工作地盘，各自以原乡信仰成为心灵寄託而建立庙宇。
新港墘港.新港墘港属于德庆溪的分支，又称老古石港，是五条港中最晚出现的港道，也是最晚淤塞的港道。由于该港也用来运送水肥到城外的新围垦区的关