在家纲即将去世时，大老酒井忠清曾打算让有栖川宫幸仁亲王继任成为宫将军，不过后来被家臣堀田正俊阻止。而纲吉成为将军后把继承将军工作的功劳归给堀田正俊，将酒井忠清革职，让堀田正俊做大老的位子。然而，性格刚直的正俊时常批评纲吉的浪费，纲吉也就逐渐的疏远他。贞享元年（1684年），堀田正俊被若年寄稻叶正休刺杀，有认为是纲吉在幕后主导这个事件。此后，纲吉设置侧用人一职，重用牧野成贞和柳泽吉保，疏远老中，实施独裁政治。纲吉禁止以前战国那种杀伐的风气，且推崇重视德行的文治政治，亲自举办易经授课。而纲吉治世的前半部分被