1公里处并设有2座海底车站：龙飞海底站及吉冈海底站，平时为隧道维护用基地，若遇隧道内发生紧急状况时，可由这二处迅速将人员疏散以避免发生重大灾难。然而此两站于2014年3月已降格为定点，保留紧急逃生功能；知内站降格为号志站。该隧道兴建之初就已经考虑到新干线未来延伸至北海道，施工时在隧道内已预留新干线列车行驶的空间，故只须再加铺一条铁轨，成为兼容在来线规格窄轨和新干线规格的标准轨的三线轨道，即可直接让新干线列车使用，也因此必需使用特殊的闭塞系统。然而新干线通车后，在来线列车原可一车直达的青函（青森＝函馆）区