为锤头果蝠所以较食虫的蝙蝠的消化道长。由此它们可以提高其对蛋白质的吸收能力。此外锤头果蝠的消化速度比较高，食欲也比较大，这样能够吸收更多的蛋白质。通过吃非常不同的、含不同蛋白质的果实锤头果蝠也可以补充其蛋白质的需求。一般锤头果蝠将果子摘下来、带到附近的树上去吃。它们将果汁挤出咽下，而果肉则被吐出。因为锤头果蝠不吃果肉，因此它们一般不被看作是好的种子传播者。雄兽的觅食范围比较广来寻找高质量的食物（可达10千米）。雌兽则依靠它们熟悉的觅食路线，由此获得比较平衡的、低质量的食物。这可能是两性之间新陈代谢不同、身