导致的疾病例如硅肺。被细胞内吞的物质会形成吞噬体（一种囊泡），之后溶酶体与之结合，水解酶将吞噬体中的物质分解。 分解产生的糖类、氨基酸和其他小分子物质会进入细胞，成为细胞的营养物质。与之类似，细胞内衰老或受损的细胞结构会被内质网或高尔基体包裹，形成自噬体，之后被溶酶体结合并分解。在细胞生命周期的最后阶段，溶酶体会通过自溶作用来消化细胞本身。
顶体.顶体是只在真菌中发现的一种结构，也被认为是内膜系统的组成部分，与菌丝尖端的生长有关。顶体结构复杂，有囊泡、核糖体、微管和微丝，一般还