者血清中蛋白激酶B（AKT）和mTOR 信使核糖核酸水平下降、双相抑郁症患者脑内Bcl-2的水平下降，已知Bcl-2是通过与Beclin-1结合从而抑制自噬的发生。自噬对抑郁症等神经系统疾病的调节作用是正向，抑或负向仍然存有争议。有研究提示激活自噬能促进突触的发展，另一些研究则证实抗抑郁药可以通过抑制自噬，发挥抗抑郁的作用。
作为药物靶标.由于自噬失调与多种疾病的发病机理有关，因此科研人员投入了许多努力来鑑定和表征可以调节自噬的合成人工合成小分子或天然小分子。例如，巨噬细胞的自