下，蛋化石内可能还保存有曾经在发育中的胚胎的遗骸，在这种情况下，这件蛋化石其实也包含有实体化石在里面。现存的蛋化石纪录，其年代从古生代开始，包含有多种不同的动物群体所下的蛋。这些动物有无嵴椎动物及嵴椎动物所生的蛋：无嵴椎动物的蛋例如有菊石类的蛋；而嵴椎动物的蛋的种类较为多元化，有如鱼类的、可能属于两栖动物和爬行动物的。当中爬行动物蛋化石包括有众人多在中生代阶层发现的恐龙蛋化石。由于我们往往难以判断蛋化石是由什么类型的生物所诞下，除却包含有胚胎化石的蛋化石，其他蛋化石我们往往只能以靠其外型或其他可观察