多个案都是误捕及在网中溺死，这亦是世界自然保护联盟将其中五个短吻海豚的子群列为极危的原因。在缅甸，电渔法及淘金对短吻海豚造成严重的危害。虽然大部份渔民并非有意猎杀牠们，但因生活而误杀的不计其数。在越南及泰国曾一度盛行的炸渔亦造成不少的间接伤害。在某些亚洲国家，短吻海豚会被捕捉来观赏或表演。牠们对淡水的适应可以减少建造海水水族箱的成本。于2002年，在亚洲就有最少80个水族馆。不过，以往猎杀短吻海豚的目标是获取其鲸脂。短吻海豚现时被列为《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录一的保护物种，其贸易受到禁止。