丞相脱脱亲自率军南下攻陷徐州芝麻李军，一度压制民变军。然而脱脱在1354年南攻高邮张士诚军之际，被元廷大臣弹劾而功亏一篑。徐寿辉部最后分裂成两湖的陈友谅与四川的明玉珍。两淮郭子兴的部下朱元璋于1356年以南京为根据地开始扩充地盘；1363年与据有两湖的陈友谅作战，最后于鄱阳湖之战获得胜利；1365年占领两湖后于同年冬东进攻打据有江苏沿海的张士诚；1367年平定张士诚后，继续南下压制浙江的方国珍，至此江南无一人反抗朱元璋。另外，福建于1357年至1366年间发生色目军乱，史称亦思巴奚兵乱。与此同时，元朝在察罕