9日遭解雇，费舍尔起初获接替为苏黎世一线队的代理主教练，随后又获得一份期至2013年夏天止的正式主教练合同。在2010-11赛季，他曾率领苏黎世成为瑞士超级联赛亚军。2012年3月12日，他遭俱乐部即时解雇，继而于2012-13赛季的后半程开始接掌图恩足球俱乐部的帅位。至2015-16赛季，费舍尔出任巴塞尔足球俱乐部主教练，并与俱乐部签订了一份为期两年的合同。在他的治下，巴塞尔连夺2016年和2017年的，以及2017年的瑞士杯冠军。2017年4月，俱乐部管理层宣布将自2017-18赛季起任命新的主教练