蓝色代表自由党、红色代表保守党，两党为巴拿马主要党派。白色则代表两党团结互助。左上方的白底蓝星代表忠诚和廉洁，右下方白底红星代表法律的权威。十字线分隔成四块的设计方式，代表巴拿马位于南美洲、北美洲、大西洋、太平洋四个地域的交界处。红蓝白三色为沿用支持巴拿马独立的美国星条旗颜色。在每年的11月4日，即巴拿马独立节（"Día de Independencia"）的后一天，还单独庆祝一天的国旗节（Día de la Bandera），一全国性节假日。在这国庆期间，巴拿马的首都巴拿马城会有军事阅兵与大规模的国庆