在各方压力下，1949年荷军撤出日惹，并释放印尼共和国领导人。同年8月4日朱安达进入穆罕默德·哈达副总统兼总理组成的第二届内阁，改任无任所的国务部长。苏加诺当选印度尼西亚联邦共和国总统后，任命哈达担任联邦共和国总理组成新一届内阁。12月20日印度尼西亚联邦共和国内阁成立，朱安达任社会福利部长（或经济部长）。同年他参加在海牙举行的印度尼西亚－荷兰圆桌会议，并在后一次谈判中担任财经问题小组委员会主席。《圆桌会议协定》签订后，荷兰承认印尼独立，但印尼须继续实行联邦制，参加以荷兰女王朱丽安娜为最高元首的荷兰－印度