来西亚是奥地利在东南亚最重要的贸易伙伴之一。在2003年，奥地利出口至马来西亚的产品有机械、电子元件（特别是电机及其零件、纸张、纸板、电讯设备）和医疗药品下降了10.8％，总贸易额为8260万。马来西亚主要进口至奥地利的产品为，即电子和电气产品，尤其是半导体，减半至2亿3640万。在吉隆坡，奥地利贸易办公室为奥地利和马来西亚公司提供支持，以帮助他们建立新的伙伴关系。奥地利总统海因茨·菲舍尔于2010年11月7日至9日对马来西亚进行国事访问时，访问了吉隆坡和马六甲市。