许多闲杂人等，包括佛教禅宗大师紫柏真可亦被酷刑虐死，刑部尚书萧大亨想将“妖书”嫁祸给郭正域，但是太子保全郭氏，东厂提督太监陈万化乘机归罪于皦生光一个人，最后皦生光被凌迟处死，不连累其他大臣。
后记.妖书案后接着又发生了着名的「明末三案」，事实上都是东林党争的延续。