上都与其他殿相比而言较为讲究，建筑由供奉天后的正殿及侧殿组成，侧殿由砖石筑成的民房式，屋顶为硬山式；正殿是属于四架樑结构建筑，佈置上是院落式，中间有两侧的侧廊为卷棚式屋顶的，主建筑被二列各三枝柱分为三个开间，屋顶为琉璃瓦坡顶，两边侧墙顶部有防火作用的具有闽南特色的山墙。正觉禅林分别于1988年2月8日和2016年2月11日发生严重火灾，造成严重破坏。
摩崖石刻.妈阁庙内的山间约有24幅摩崖石刻，大部份是清代文人或官员游山时所题。历史学者汪欣欣和邓景滨认为，妈阁庙内的摩崖石刻以早期的