约有1,400名东帝汶人被杀害，并强行驱离了30万人到西帝汶成为难民。国家大部分的基础设施（包括住宅、灌溉系统、供水系统、学校、电网等）几乎100％被摧毁。1999年9月20日，以澳大利亚为首的国际部队介入以后，才结束了这场暴力行动。 经「联合国东帝汶过渡行政当局」管理约两年半后，于2002年5月20日零时正式恢复独立，国名为东帝汶民主共和国，成为国际公认的一个独立国家。2006年4月下旬，新国家领导人上台后造成国内局势紧张，法治接近崩溃。在东帝汶政府的请求下，以澳大利亚为首的国际维和部队（ISF）