共和国中央军事委员会授予“模范医学专家”荣誉称号。2006年获2005年度国家最高科学技术奖。曾任中国人民解放军海军军医大学附属东方肝胆外科医院院长，同济大学名誉教授。2011年5月，中国将17606号小行星命名为“吴孟超星”。2011年6月，受聘为福建医科大学名誉校长。2012年2月3日，当选感动中国2011年度人物。2019年1月14日退休。
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