国大陆大有落入共产党之势，马仪英为逃避共产党，在1949年秋天带同员生迁校香港，并选定九龙塘窝打老道115号为校址，向港府教育司署註册将学校名为九龙真光中学，由她出任创校校长。马仪英创立九龙真光之时，香港真光小学早已在1946年复课，并由该校校长何中中博士于1947年改名为香港真光中学。由于香港真光中学位于香港岛，而九龙真光处于对岸，因此在二战后初年，香港岛和九龙各有一所真光中学，两者亦继续互有联系。至于广州真光位于白鹤洞的校舍，在中华人民共和国立国和进驻广州后，即于1949年被市文教局接管，不再具教会