45年8月，吴大琨加入中国共产党。1946年10月，经中共党组织同意，吴大琨应邀到美国西雅图华盛顿大学任访问学者。美国国防部授予其“自由勋章”，华盛顿大学为其举行了授奖仪式。中华人民共和国成立后，1951年吴大琨离开美国经英国等地归国。1952年任山东大学马列主义教研室主任、历史系教授。1954年、1956年先后当选青岛市第一、二届人大代表。1957年后，任中国人民大学教授、博士生导师。在各种政治运动中，吴大琨多次受到冲击，中共党籍多次得失。反右时，吴大琨对曾经提携自己的章乃器进行积极斗争。在经历了"文