出任主任并住在宿舍内，负责圣经学院和柏木教堂。 妻子中田彩去世10天后，中田重治于1939年9月24日6:50在东京都淀桥区柏木市死于肠结核。9月28日，在森五郎的指挥下，在圣学院大讲堂举行了葬礼。遗体于新宿区的落合火葬场火葬，并被存放在圣学院内的纳骨塔中。 1951年，中田的遗体被重新安置，并与他的两个妻子一起存放在多磨霊园。