三子常洵立为太子。万历二十六年（1598年），有匿名者撰题《忧危竑议》，号称《闺范图说》之跋，广传京师。文中称吕坤与外戚郑承恩、户部侍郎张养蒙，山西巡抚魏允贞等九人结党依附郑贵妃。给事中戴士衡弹劾吕坤通过郑承恩向郑贵妃献书，交结宫禁，包藏祸心。最后御史赵之翰进言，认为武英殿大学士张位为主谋，张位被免职，张的人马礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作免官，国子祭酒刘应秋出京，给事中杨廷兰、礼部主事万建昆谪戍典史，是为“第一次妖书案”。吕坤对官场黑暗深为不满，称病退休。万历四十六年（1618年）病逝于家，之前将其未刊