（1787年）三月，闽浙总督李侍尧奏调粤东兵四千助勦，陆廷柱自请前往。次年三月，事平，五月，回南澳任。因受到柴大纪牵连，降三级调用。干隆五十四年（1789年）正月，干隆帝对其加恩，仍授南澳镇总兵。十月，调广东雷琼镇。干隆五十五年（1790年），参将钱邦彦在巡视洋面期间，遇盗被害。陆廷柱因此革职，留琼州协缉。干隆六十年（1795年），又被上谕斥责捕获懈怠，发往伊犁效力。嘉庆元年（1796年）卒。