将北海道的煤炭运往本州的角色。在1945年7月，美军对函馆港进行空袭，12艘连络船几乎全部被毁。
战后.在1951年，函馆港被指定为重要港湾，同时也被适用于港湾运送事业法。此外基于出入国管理令，政府规定有外国人出如的港口需按照检疫法管理，函馆港被指定为检疫港。函馆港自1952年开始修筑的中央码头也在1958年完成。在此期间，于1953年，函馆港被移交给函馆市管理。1952年，随着北洋渔业重新开始，函馆港的大马哈鱼、鳟鱼渔业一度重新发达。但在1977年，苏联设定专属经济区之后，函馆港