两栖类至少有15种，占台湾两栖类之半。其中除盘古蟾蜍、莫氏树蛙、梭德氏赤蛙和山椒鱼之外，大部分都分布在1,000公尺以下之潮湿地区。爬虫类至少34种，约佔台湾爬虫类之三分之一，其中特有种至少包含菊池氏龟壳花、标蛇、斯文豪氏游蛇、雪山草蜥、斯文豪氏攀蜥、台湾蜓蜥等6种。立雾溪主流及其支流发现有21种溪流鱼类，其中包括台湾缨口鳅、台湾石宾 、大吻鰕虎及粗首鱲等特有种4种。园区昆虫至少有1,150种，其中蝶类就至少有239种，且有宽尾凤蝶、曙凤蝶等28种属台湾特有种；蛾类据初步调查，已发现至少有340种。甲壳