毁释运动中，民众将神社中的佛像、佛塔、佛堂等佛教设施拆毁，神社中的佛教僧侣也纷纷还俗。明治政府进行神道国家化的目的之一是抑制基督教在日本国内的传播。1870年（明治三年），明治天皇发布《》诏书，神道的地位得到确立。1871年（明治四年），日本政府废除神职的世袭制，神职改为选任制。同年，日本政府颁布《乡社定则》，对全国范围内的神社和神职进行了序列化。
政策与制度.日本明治宪法（即《大日本帝国宪法》）中明记日本国民享有信仰自由，但在实际执行上，信仰自由被限定在不与国家神道抵触的范围