北大附中因其特殊的政治地位，又成为政治风暴的中心，受到迷惑和鼓动的青年学生爆发出野蛮的力量，在这里和临近的清华附中成立了全中国最早的数个红卫兵组织，有报道指出，文革中“老子英雄儿好汉，老子反动儿混蛋”的血统论口号也是源出于北大附中，（一说该口号起于北京外国语大学，由北大附中红卫兵领袖彭小蒙在全国叫响）在文革期间的北大附中校园甚至还出现了红卫兵殴人致死的恶劣事件。北大附中在经历了文革初期的混乱之后逐渐回复平静，一批敬业的教师在文化革命的恶劣环境中坚持教书育人，在逆境中取得了骄人的成绩，在1978年首次恢复