由于风切变不断增多，对流结构变得混乱，气旋出现短暂弱化。泽塔的结构较浅，缺少强烈的深层对流，但风切变对这种结构的不利影响也比较小，系统中因此重新生成对流，风暴也在逐渐强化。2006年1月1日下午18点左右，气旋在佛得角群岛西北方向约1665公里洋面达到风力时速100公里，最低气压994毫巴（百帕，29.35英寸汞柱）的最高强度。到了1月2日，泽塔因受东侧的中层低压槽影响而开始向西南方向移动，并且也没有像气象部门预测的那样弱化。1月4日，风暴对流因受风切变的持续影响而开始消亡，泽塔的强度也降至热带风暴的最