舰队司令小威廉·海尔赛负责战事的全权指挥，但海尔赛却因为严重皮肤炎而必须住院治理。海尔赛在5月26日率领企业号和大黄蜂号返抵珍珠港，并推荐自己的巡洋舰司令雷蒙德·斯普鲁恩斯接管第16特遣舰队，获得尼米兹即时同意。由于斯普鲁恩斯较第17特遣舰队司令法兰克·杰克·弗莱彻资浅，这也意味着弗莱彻将负责中途岛的战术指挥。5月27日，弗莱彻亦率领约克镇号返抵珍珠港。当时约克镇号估计需要90日才能够完全修复，但日军尚有一个星期便进攻中途岛。尼米兹决定绕过多个海军安全程序，命令船坞在三日内将约克镇号修复至作战状态，并且把萨