，蒙古大元军入侵南宋，南宋皇室沿海路南逃福建、广东，被元军消灭于广东崖山，部分臣民及勤王将士自福建、广东流亡海外。1293年，元军调派五百艘战船，两万军士进攻爪哇麻喏巴歇，无功而还。
殖民前的交流.在15世纪前，中国与现在的印度尼西亚很少有直接的联系。中国和印度尼西亚群岛的贸易掌握在印度尼西亚人手里，由西洋文中中国商船的标准名称「junk」来源于爪哇语「jong」中可看出端倪。「jong」在爪哇语中用来描述那些从中国南部长途跋涉到东南亚的商船。中国的史料中有僧人义净在5世纪经过这一