质输运的理论模型，导出了一个新的长期物质输运方程。1993年冯士筰与鹿有余发表研究成果《浅海Lagrange余流和长期输运过程的研究——一种三维空间弱非线理论》，该论文获第四届国家自然科学三等奖和1988年国家教委科技进步一等奖。1997年当选为中国科学院院士。后1999年冯士筰出版与合作者主编的教材《海洋科学导论》，2002年该教材获全国普通高等学校优秀教材一等奖，又成为厦门大学、中国地质大学等学校硕士研究生入学考试的参考书目；其教学成果《面向21世纪海洋科学专业的教学改革与实践》及《海洋科学类专业人