，此次战争在大明、日本双方会谈之后，暂于万历廿一年（1593年）告一段落。万历廿五年（1597年），丰臣秀吉再度攻打朝鲜，大明帝国为履行宗主国职责，再度出兵迎战日本军队。该年冬天，明政府因应日军可能会大举入侵福建海域，动员大量船队戍防彭湖，派遣「名色把总」一员做指挥官，率领冬、鸟型兵船共20艘，乘八百余员的军兵分为前、后、左、右四哨来彭湖海域汛防，此为初设澎湖游兵之始。
指挥官.游兵指挥官职称「把总」，把总在明代编制为中下级武官，受福建南路参将制约管辖。把总根据不同职务，尚有「