蛋白质三级结构（）是在生物化学里指蛋白质整体几何形状，亦称为其折叠。蛋白质分子是一连串的胺基酸一条线地接结，基本上假定其会有一可作用其生物功能的三维结构。对蛋白质三级结构的研究称为结构生物学。蛋白质的三级结构是由它的原子坐标定义的。这些坐标可参照或一个蛋白质结构域或整个三级结构。许多三级结构可以折叠形成一个四级结构。
蛋白质折叠.若蛋白质的一级结构较为弱，则必须借由分子伴侣（molecular chaperone）来帮助蛋白质折叠。其一级结构的强弱取决于自由能（△G），当它小于