令墨西拿总主教兰多内安排重建修道院。因此，在1235年，修士们将东罗马帝国的一处古老的防御工事（可追溯到乔治·马尼亚克的军事行动），改建为一座新修道院。1239年，由于与教宗的争吵，腓特烈二世下令摧毁这座建筑。该堂混合了不同的风格，主要是哥特式和西西里巴洛克。1823年3月5日，这座建筑在地震中受损，教堂重建为新古典主义风格。第二次世界大战期间的空袭也造成了损害。近几十年来，教堂被修复。1924年，教宗庇护十一世将其升格为宗座圣殿。圣方济各圣殿在巴勒莫的宗教生活中扮演着重要的角色：在这个教堂里，