全面外交关系，但与此同时，两国更大的合作空间却因本国官僚及体制冲突而有所限制。2001年1月，时任日本首相森喜朗访问南非，成为首位访问南非的日本政府首脑。2014年11月14日，时任日本首相安倍晋三在澳洲布里斯本举行之二十国集团峰会与时任南非总统雅各布·祖马会面。安倍晋三在会面中表示，计划加强与南非之间的战略合作关系，并在国际问题上合作；并表示关注南非的国家发展计划及南非「南北走廊」的发展，愿意以日本之技术和人才协助南非兴建基建。而祖马则向安倍晋三表示希望日本可在非洲的基建和能源方面协助，并希望更多日本