任台大校长傅斯年对当局不经法律程序迳行进入台大校园内逮捕师生高度不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。他甚至警告彭孟缉：「若有学生流血，我要跟你拚命！」傅斯年极力保全涉案学生；少数遭逮捕的学生如颜世鸿等，傅斯年也要求军警不得上手铐，并保留他们学籍，希望他们将来有机会复学。因此台大在四六事件中受创较轻。师范学院院长谢东闵，则高度配合政府，甚至协同军警一同前往逮捕学生。师范学院成立整顿学风委员会，由刘真任主任委员兼代院长，后接任校长。许寿裳生前好友谢似颜（时任台湾省立台湾师范学院