丁堡的协会遥相唿应。可是，由于委员会未能有效号召伦敦的苏格兰人，委员会未能有所作为，麦克唐纳自1890年以后也渐少参与委员会会务。为了让自己更有所作为，麦克唐纳在工作以外的时候努力进修，报读柏贝克文学及科学学院的夜校课程，修读的科目计有科学、植物学、农业、数学及物理。然而，他在期末考试来临前一星期突然患上大病，最终未能完成学业，也错失投身科学界发展的机会。到1888年，麦克唐纳成为茶商及激进政客托马斯·内伊（Thomas Lough）的私人秘书，内伊随后在1892年以自由党候选人身份当选下院西伊斯灵顿（