另一个则位于吉隆坡。1960年，马来西亚联邦政府表示两个校区将会分离并成为两所互不隶属的国立大学。马来西亚国会于1961年通过立法并于1962年1月1日将两所大学分离，位于吉隆坡的校区保留了马大的名称，而位于新加坡的校区则更名为新加坡大学。1965年，新加坡从马来西亚独立后，新加坡大学更名为新加坡国立大学。2012年，授予马大自治权。马大的学术水平广受世界承认，在2021年QS世界大学排名中，马大在世界大学排名中位居第59位、亚洲大学排名第9位、东南亚大学排名第3位、马来西亚国内排名第1位，也是马来西亚