有传言称王玄谟也被诛了，玄谟当时其实也相当恐惧。蔡兴宗曾对玄谟亲信包法荣表示王玄谟可以借废帝因出猎而召去玄谟五百旧部曲入宫的机会发动兵变，借由王玄谟大将的威望得朝廷支持，从而取得成功；可是包法荣将此计告知玄谟后玄谟却不敢做。同年，湘东王刘彧联结阮佃夫、寿寂之等人弒杀宋前废帝，自登帝位，即宋明帝。宋明帝对王玄谟相当礼敬，以其为车骑将军、江州刺史，并因应邓琬举晋安王刘子勋为帝对抗宋明帝朝廷，以玄谟为大统率领水军，让其担任司徒、都督征讨诸军事建安王刘休仁的副手。泰始二年（466年）转左光禄大夫、开府仪同三司，领护