1年1月，该军在伊宁改编为中国人民解放军第五军。1949年12月至1953年，马尔果夫·伊斯哈科夫任第五军副军长兼参谋长（1950年1月至1952年11月兼伊犁军区副司令员），1953年至1954年10月任第五军军长。经中共中央新疆分局书记王震、副书记徐立清及各位委员分别介绍，1949年12月30日，马尔果夫·伊斯哈科夫等15位新疆各民族干部在中共中央新疆分局所在地迪化市新疆分局办公大楼集体宣誓加入中国共产党（无候补期），马尔果夫·伊斯哈科夫成为中华人民共和国时期中国共产党在新疆发展的首批少数民族党员之一。