刘牢之在战后领晋陵太守。
背叛王恭.隆安二年（398年），王恭以讨伐司马尚之兄弟及王愉之名再度起兵，并联结了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄和豫州刺史庾楷。不过王恭经过上一年起兵逼令司马道子杀其宠臣王国宝后威名极盛，又因他出身门阀太原王氏，故此虽然倚重出身寒门的刘牢之为其爪牙，但其实只视之为一个行军将领而已，并不加以礼遇。刘牢之自负其才能，对于受到王恭如此对待十分愤恨，而当时司马道子世子司马元显受命为征讨都督，看出这一点后派了同为北府将领出身的庐江太守高素策反刘牢之，并允诺成功以后由刘