闻讯大怒，命刘隗等人回建康准备防守，司马睿更亲自披甲出镇城郊。王敦率军一路前进到石头城（建康西边的军事要塞），原本打算进攻刘隗镇守的金城，但杜弢劝他攻石头城，先攻破周札。王敦听从并进攻石头城，守将周札开城门投降，王敦又击败了戴渊、刘隗、王导、周顗、郭逸和虞潭的进攻，刘隗和刁协北走。王敦入石头城后，并不立刻到建康朝见司马睿，反而拥兵石头城，更纵兵四处劫掠。官众因乱逃走，只余安东将军刘超领兵与两名侍中一同侍奉司马睿，司马睿只得求和。王敦见王导时又怪责他当日在司马睿继位前不听自己劝告，改立幼主使他能专擅朝政，