999年，李登辉未提名王作荣续任监察院长，改提名钱复，此后退出政坛。
晚年经历.离任后，出版了自传《壮志未酬》，内容是他对国家的看法，以及对往事的回忆。王作荣卸任后，被聘为中国国民党中央评议委员会主席团主席。2000年，与历史学家戴国煇记录对谈，出版了《爱憎李登辉》一书，揭露关于李登辉的旧事旧闻。在2001年出版前，戴国煇因心脏病发作逝世。2012年5月12日台湾大学经济系与台湾金融研训院举办的「王作荣教授与国家发展研讨会」上，王作荣因上一个月在家跌倒致脑中风，住院后引发肺