隆庆、万历年间，先后开新运河于昭阳湖、微山湖东，下接泇河以通运，泗源既被引入新运河，自南阳湖至徐州一段故道，不久被淤为平地。直到1855年（清咸丰五年），黄河再度北徙，但是由于黄河夹带大量泥沙，留在泗水下游古道上的是一条高出两岸地面4-6米的废黄河。孔子逝世，被葬于曲阜城北的泗水岸边。