放射性物质、有害气体、滑坡、偏压、顺层等工程技术难题，为攻克诸多工程难题因而产生了38项科研成果，被誉为铁路隧道建设的“地质博物馆”。
设计施工.高黎贡山的地质条件使得普通钻爆法难以施工，于是高黎贡山隧道主要使用大直径敞开式隧道掘进机施工，全隧道采用“贯通平导+1座斜井+2座竖井”的辅助坑道设置方案。高黎贡山隧道的建设也将是中国西南地区铁路修建史上首次采用隧道掘进机施工。2017年5月27日，直径6.39米的隧道掘进机在重庆下线，此台隧道掘进机曾参与重庆轨道交通6号线的修建，累计掘