剂11096首（其中8000余首是李时珍自己收集和拟定的），约190万字，分为16部（水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、虫、鳞、介、禽、兽、人）60类。每种药物分列释名（确定名称）、集解（叙产地）、正误（更正过去文献的错误）、修治（炮制方法）、气味、主治、发明（前三项指分析药物的功能）、附方（收集民间流传的药方）等项。全书收录植物药有881种，附录61种，共942种，再加上具名未用植物153种，共计1095种，佔全部药物总数的58%。李时珍把植物分为草部、谷部、菜部、果部、木部五部，又把草部分为山