俄罗斯政府腐败，于2008年11月被俄罗斯执法机关拘捕。他被羁押在布提尔卡监狱，得不到人道对待，健康持续恶化，他于2009年11月16日由救护车转移到莫斯科东北部的一座监狱，马格尼茨基于同日在监狱内去世。马格尼茨基的死引起俄罗斯国内外关注，俄罗斯总统梅德韦杰夫于2009年11月同意展开调查，虽然有20个监狱人员在12月被开除，只是将事件当作监狱环境仍需改善，却没有对涉及贪腐及与马格尼茨基的死有关的高级官员究责。马格尼茨基当时任职于赫米蒂奇资产管理公司（），其首席执行官比尔·布劳德认为对马格尼茨基之死需要