建京都帝国大学的于1900年设立，其前身是京都法政学校，在1913年改为现名并在1922年按大学令昇格为大学。除了这三所大学之外，京都市的主要大学还有、龙谷大学、佛教大学、京都女子大学、大谷大学、花园大学、京都精华大学、京都外国语大学、京都教育大学、京都府立大学、等。1994年，京都市成立了京都大学中心（现改名为），其目的是促进各大学之间的合作，加盟大学的学生可听讲其他加盟学校的科目并取得学分。众多的大学使得京都的科研事业也颇为发达，京都大学的桂校区已成为京都市的一大科研中心。也有众多学会的总部设在京都