iPhone OS的主要版本（iPhone OS 3之后皆称为iOS）。继任者为2010年6月21日推出的iOS 4。iPhone OS 3首次引入了「剪下」、「复制」和「贴上」功能，使用户更方便移动文字或媒体；iPhone OS 3还新增了Spotlight搜寻功能，使用户能轻松寻找联络人、邮件及应用程式等内容。iPhone OS 3将主画面页数提升至最多11页，使主画面能容纳的最大程式数量提升至180个。在iPhone OS 3中，讯息应用程式首次支援MMS服务，同时iPhone 3GS上的相机应用