谢玄就任兖州刺史，镇守广陵（今江苏扬州市），大举招集兵勇以应付北方前秦的军事威胁。刘轨就因骁勇而获选。这些人就成为后来的北府军。刘轨后任冀州刺史。元兴元年（402年），桓玄大杀刘牢之麾下的北府旧将，其中包括刘轨的弟弟刘袭及刘季武。刘轨于是联结司马休之、刘敬宣及高雅之等人共据山阳，打算起兵反抗桓玄，但最终失败，被逼北走南燕。刘轨在南燕甚得南燕皇帝慕容德宠信，官至司空。元兴三年（404年），高雅之等人勾结青州大姓及鲜卑豪帅，谋刺慕容德，并推宗室司马休之为主。高雅之想邀刘轨同谋，但刘敬宣警告说：「刘公衰老，有