西宁卫，属陕西行都司管辖，下辖6个千户所，即：西宁千户所（治今西宁）、镇海千户所（治今湟中县通海镇）、北川千户所（治所在今大通县老城关）、南川千户所（治湟中县申中）、古鄯千户所（治所在今民和县古鄯镇）、碾伯守御千户所（治所在今乐都县碾伯镇）。1385年（洪武十八年）动工修建西宁卫城。现西宁七一路南侧保留的古城墙就是明西宁卫城的遗迹。
清时期.1645年（清朝顺治二年）清军佔领西宁。雍正三年（1725年），平定罗卜藏丹津后，改西宁卫为西宁府，属甘肃省。下设西宁县、碾伯县和大通卫。172