卓后裔入境。浩罕执政者随即派阿古柏领兵携波罗尼都曾孙布素鲁克入侵新疆。1865年9月至1870年间，阿古柏率领浩罕乌兹别克族军队相继攻占了喀什噶尔汉城、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、库尔勒等地，将天山南路各地的暴动首领全部消灭，最后控制了迪化，宣布建立哲德沙尔汗国。至清军由甘肃进剿时，阿古柏及其浩罕军队占据新疆南部达十三年之久。
俄国侵占伊犁.同治十年（1871年），俄国以防备阿古柏袭扰为由，派兵占领了伊犁一带，声称“代为收复”，待中国军队肃清内乱时归还，实则图谋永久割占。Sec