北部的土耳其人独立建国为「北塞浦路斯土耳其共和国」，塞浦路斯开始分裂，北塞浦路斯另起炉灶设计了一面与土耳其国旗相似的北塞浦路斯国旗。塞浦路斯国旗只有南部的希腊人使用。实际上大多数时候土耳其人使用的是北塞浦路斯国旗和土耳其国旗， 希腊人使用塞浦路斯国旗和希腊国旗。2006年，对原设计进行了修改，更改了地图和橄榄枝的设计及色彩，图案与原设计相比稍微放大，并将比例改为2:3。