006年及2007年，在高度保密的状态下，空军一号搭载乔治·沃克·布希总统到伊拉克探望驻扎当地的美军部队。空军一号机组乘务员有2组，每组26名，全部是军队编制。最高指挥官是机长，军衔为上校。
九一一袭击事件.九一一袭击事件中纽约世界贸易中心南塔遭到袭击后，布希总统在佛罗里达州的萨拉索塔艾玛 E.布克小学的访问被打断，搭乘空军一号由萨拉索塔-布雷登顿国际机场起飞。在那之后布希搭乘空军一号飞往了路易斯安那州和内布拉斯加州的空军基地躲避攻击，接着才飞回华盛顿哥伦比亚特区。