文化大革命开始后，周华章遭到攻击。为结束清华大学武斗，1968年7月27日，毛泽东派迟群（8341部队科长） 、谢静宜（机要员）率“工人阶级毛泽东思想宣传队”进驻清华大学两派进行武斗的校区。此后，在“清理阶级队伍” 运动中，周华章再度被揪出，被打成“间谍”、“反革命”、“反动学术权威”。1968年9月30日，周华章自杀身亡。“四人帮”及迟群、谢静宜倒台后，经周华章的夫人章臣懿要求，清华大学新领导班子对周华章案进行复查，1978年5月9日推倒了周华章背负的“间谍” 、“反革命” 、“反动权威”等罪名，