，“日诵数百言，复背如流。”不久丧父，学缝衣于杭州。崇祯间入乌程县学。喜为诗，好李白诗。明亡后，他为抗清事业奔走，“与乌程韩绎祖、费宏玑等首事倡议，迎芜湖黄总兵光着于太湖，遂复湖州。”乙酉夏，魏耕参与湖州起兵之役，事败，“披发为僧装，来往江湖间”。后与朱士稚、钱缵曾、陈三岛等“称莫逆交，聚谋通海上”。顺治十六年被指控为通海案的主谋，康熙元年（1662年）被杀。岳父凌祥宇受牵连被绞死。妻凌氏、次子魏崿自缢死，长子魏峤遣戍尚阳堡（今辽宁省）。着有《息贤堂前后集》及《雪翁诗集》。