西哥流感爆发，政府参考对抗参考2003年沙士经验，制定一系列的应对措施。政府成立大流感应变督导委员会，由食物及衞生局、食环署、卫生署及医管局等部门组成，负责统筹应对流感的问题，及与附近地区，包括澳门及广东省沟通，并于应变级别严重提升至紧急时，由特首曾荫权亲自领导督导委员会。委员会宣佈了多项措施，包括：卫生防护中心于2009年4月30日起，设立二十四小时热线，给曾经前往甲型H1N1流感疫情的地区，返回香港后七天内出现流感征状的人士查询。政府于2009年5月推行全城清洁大行动，以改善社区公共卫生