从1909年1月起退还帮助中国建立海外留学教育系统。最初称为「清华学堂」，为留美预备学校，即后来清华大学的基础。其他收款各国也都陆续模仿这一模式进行了不同程度的退款来进行指定用途的在华文化事业第一次世界大战爆发后，北洋政府于1917年8月对德意志帝国和奥匈帝国宣战，并停止向这两国赔付庚子赔款。一战后到1924年中国政府先后与德奥匈俄达成了停付的协定。其他各国也都先后达成了全部或部分庚款退款协定规定将此后收到的庚款用于指定在华事业，1937年中日战争开始起停付日本款，1939年停付法国庚款，1943年国民政府