王朝衰落后被印度-希腊人统治，后被斯基泰人和帕提亚人统治，公元二世纪之后被贵霜帝国统治，贵霜帝国国王迦腻色迦当政时期（129－152年），王朝疆域扩至克什米尔和喜马拉雅山以北的莎车和和田。三世纪到四世纪今巴基斯坦南部被萨珊王朝控制，四世纪时起，这里受到笈多王朝统治，五世纪末期来自于中亚的白匈奴逐步把疆域扩张到该地区。8世纪初，阿拉伯扩张到印度河流域，并将伊斯兰教传入，使大批当地居民成为穆斯林。阿拉伯帝国退出该地区后，这里被兴起于恆河三角洲一带的波罗王朝统治。11世纪初，巴基斯坦西北部处于阿富汗加兹尼王朝