六年（1667年），江南分省后，安徽巡抚与安徽布政使司辖区一致，安徽省亦在此后成型。干隆时，亦或以安徽巡抚驻地称安庆省。
衙门驻地.衙门驻地最初在安庆府。咸丰三年（1853年），因太平军攻佔安庆，省会迁到庐州（今安徽省合肥市），巡抚衙门随迁。同治元年（1862年），巡抚衙门迁回安庆，直到清末。
机构设置.无固定的机构设置，也不设官员。 衙门内一切保管及办理文牍等事务，皆聘用书吏、承差办理，有时也调用侯补佐杂官员及武辩临时充任。据《清会典》记载，巡抚衙门