为行政院提报的抗SARS名单上没有陈建仁。在行政院公佈的抗SARS有功医护人员的首波名单中，奖励三类人员或机构，分为第一线不顾自身安危投入抗SARS人员、第一线坚守岗位抗SARS之护理人员、与抗SARS有功之医疗团队等三类，首功人员有台大医院感染科主任张上淳、中研院副研究员何美乡、高雄荣总急诊部主任颜幕庸、台北荣总副院长李建贤、慈济大学教授叶金川、卫生署疾管局副局长许国雄、高雄医学大学教授何启功等人，陈建仁不在此第一线人员名单内。前卫生署长杨志良说抗SARS英雄很多，功劳不能统统归在陈建仁身上，但陈建仁上任