物的学习与记忆实验室。同年末，郭爱克第三次赴往德国，先后在维尔茨堡大学和马普学会生物控制论研究所进行学术研究。2000年起，任973计划前沿领域项目“脑发育和可塑性基础研究”课题的首席科学家。2003年当选为中国科学院院士。同年至2008年，出任中国科学院神经科学研究所副所长。2006年起任973计划前沿领域项目“脑的结构与功能可塑性”课题的首席科学家。
荣誉.1990年，郭爱克被中国科学院评为中国科学院有突出贡献的中青年专家。2006年，郭爱克荣获何梁何利基金会科学与技术进步