战争爆发后，贝特洛的实验工作被迫中断。他把妻子和孩子们送到乡下后，自己又回到了巴黎。1870年9月底，贝特洛担任了国防科学委员会主席。法国政府要求他在最短时期制定出生产火药的有效方法，他在几天之后就提交了一份报告，提出几种收集草木灰的方法，用来制取生产硝酸钾所需的碳酸钾。战后他和合作继续进行爆炸的研究，发现了爆炸波，被认为是爆炸机理研究的开拓者。他测定了爆炸波的速度，发现不少超过了声波的速度，并证实了爆炸波的速度只和爆炸本质有关。他一直认为这一研究也可以应用于和平时期。
农业化学