化过程中新建1条外包正线、3条到发线、1座旅客站台、面积2906平方米的候车室1座和1507平方米的行李房一间。1997年1月，车站建制合并至杭州直属站，设到发线有9条，基本站台1座、中间站台3座，依旧为客运二等站。1997年6月至1999年12月杭州站改造期间，杭州东站开始停靠原浙赣铁路、沪杭铁路和萧甬铁路的部分旅客列车。2002年，车站由二等站升为一等站。2005年浙赣线电气化改造后，每日停靠的列车增加到100趟。2007年第六次大提速前夕，车站将4、5站台改为高站台以适应动车组停靠。Secti