二十万阿族人在南联盟的军事行动中流离失所，沦为难民。阿族及西方普遍认为这是南联盟种族清洗政策的结果，认为塞尔维亚领导人米洛舍维奇当时图谋把科索沃的主要民族由阿族换成塞族。同时也有数万非阿族人（包括塞族人、罗姆族人等）沦为难民。1999年3月24日，北大西洋公约组织开始轰炸塞尔维亚。北约称战争的目的为保证阿族难民可以重归家园，但战争又造成数十万阿族人及塞族人逃离家园。战后，阿族人大量重返家园，但大量塞族难民则不愿回到科索沃。战争结束后，科索沃改由北约管辖，后来北约将管辖权交予联合国。部分西方国家如美国支持