使自己变强的「X抗体」的弱肉强食的世界来临了。再次幸存下来的数码兽们一个个地逃向了X程序触及不到的新数码世界……世界树为了保证方舟计划的顺利执行，把消灭异分子的任务交给了皇家骑士（Royal Knight）。皇家骑士是位于网络安全最高位的圣骑士团，由于圣骑士奥米加兽压倒性的实力，X进化数码兽们全都被消除，并濒临灭绝的危机……幸存下来的多路兽因此遇见了少年堂本光太，完成究极的X进化的多路战龙兽压制了皇家骑士！然而奥米加兽不管面对怎样千钧一发的危机，都不会背对敌人。发誓效忠世界树，即使成为异分子也要贯彻使命