47年4月2日执行首个非定期航班，由英国海峡殖民地新加坡出发前往吉隆坡。5月1日开始定期航班服务，由新加坡出发前往吉隆坡、怡保和槟城。在1940和50年代，马来亚航空继续扩展其业务，包括引入DC-3、DC-4、维克斯子爵、洛歇L-1049超级星座式、哈维兰彗星型和福克F27等客机。1963年马来亚、新加坡、沙巴和砂拉越组成了马来西亚联邦，这迫使马来亚航空更名为「马来西亚航空」，同时马来西亚航空亦接管了。1965年正式宣佈新加坡独立，又使马来西亚航空更名为马来亚－新加坡航空。马来亚－新加坡航空在接下来的数