星舰的AI能力也很低。尽管画质是星际迷航：遗产的主要卖点之一，但在PC版游戏中经常会出现丢帧、画面变为阴影、细节刻画不完美等问题。除画质外，游戏性也有很大的进步空间，例如玩家无法占领敌舰，也无法对本方星舰进行升级。在PC版星际迷航：遗产中，星舰冲量引擎的速度是由鼠标滚轮进行控制，但一些玩家发现在游戏中有时滚轮会失效一段时间。IGN网站曾发表评论称：“星际迷航：遗产PC版的操控达到了让人恼火的程度。”；ActionTrip网站则称：“星际迷航：遗产是一个好游戏，但PC版却以糟糕的操控系统毁了它。”；G