国大陆非法拘禁八个月后，林荣基质疑香港政府无法保障一国两制，在事件中亦无营救过任何一个人，书店同事及自己之所以能够短暂返港，只是因为他们选择了妥协或答应某种条件。林批评香港保安局局长黎栋国「没用、失责、失职」，因他不能够保障香港人在香港的安全，亦对特首梁振英「无话可说」，又表示在事件后不会向香港警方寻求保护，因为在雨伞革命中警察对学生使用的暴力，早已说明香港警察不站在香港市民一方。
对香港独立和台湾独立的立场.2016年6月19日，林荣基在接受新加坡传媒Channel NewsAs