1580）本愿寺与信长在朝廷斡旋下达成和解，佐大夫也在显如仲裁过程中降伏。为了争取佣兵福利，佐大夫和信长之间发生斗争，内部产生摩擦。2年后（1582）信长在本能寺之变中死去，杂贺众再次独立为佣兵集团。天正12年（1584）小牧长久手之战，佐大夫站在德川家康一方参战，但是羽柴秀吉于隔年（1585）率大军攻打纪伊，佐大夫在内部分裂及兵力物资缺乏下投降。死因一说是藤堂高虎向秀吉献策而被迫自刃于粉河（现在的纪之川市）。