社会反对分子潜入，故元英宗至治二年（1322年）后又遭禁断。此后该教的僧人渐渐远离“白莲宗”的名号，回归到正统佛教当中，而民间仍在继续流传，并进一步与弥勒教、白云教、明教等相混合，称为白莲教，成为民间秘密宗教。泰定二年（1325年），河南息州白莲教赵丑厮、郭菩萨宣传「弥勒佛当有天下」，聚众起事。元顺帝至元三年（1337年），河南陈州白莲教胡闰儿（棒胡）称弥勒佛已经降生，聚众烧香起事。顺帝至元四年（1338年），江西袁州彭莹玉、周子旺组织白莲教起事。顺帝至正十一年（1351年），元朝政府强征民夫堵塞黄