。因国民政府军整编二十一师抵达，战况不利，转入山区，纵队改称「台湾自治联军」，其后人员化整为零，张志忠转至莺歌活动。
被捕与枪决.1949年底，张志忠妻子季澐被捕。1950年1月中共台湾省工作委员会被中华民国政府破获，省委书记蔡孝干等被捕，张志忠等奉命进行组织重整，但工作日益困难。5月，张等13人被国防部保密局逮捕。1950年11月季澐遭枪决。1951年3月张被判处死刑。由于台共党人二次重组省工委由陈福星领导逃窜，政府对共党势力改剿为抚，先后招降台共四大金刚中的蔡孝干、陈泽民及洪