任马萧竞选总部全国无党联盟总会长。马英九胜选后，许崑源加入国民党。当外界询问他为何加入国民党时，许崑源称，自己的哥哥就是民进党元老，所以不是没有想过参加民进党，只是感觉自己的风格较贴近国民党，所以决定参加国民党，但不分蓝绿，都可以当好朋友。民进党籍议员洪平朗称，担任议会民进党党团总召集人时，民进党有议事需求去找许崑源，许崑源也很热心帮忙。2010年，他成为国民党议会党团总召集人，并当选县市合併后第一届高雄市议会议长。2014年，由于民进党于高雄市议会席次过半，国民党掌握议长大位的机率渺茫，许崑源遂放