对美政策。至安政四年（1857年）担任内大臣。次年因在《日美修好通商条约》勅许问题上与关白九条尚忠对立，与左大臣近卫忠熙同时被停职。此事令孝明天皇震怒，他在两天后派遣右大臣鹰司辅熙和权大纳言二条齐敬二人分别到近卫家与三条家府邸，任命他们为勅使。这次任命清华家出身的公卿，为长年把握朝政的摄关家与整个公家社会带来巨大冲击。安政六年（1859年）四月，三条实万受安政大狱牵连，需接受谨慎处分，不久他出家，法号澹空，同时升叙从一位，但很快就在谨慎处分的地方一条寺村逝世，享年57岁。文久二年（1862年），朝廷