铁路合併。对此，社会各界有不同看法。有人认为合併后可节省行政开支，使票价有下调空间。有人则认为合併会令该系统成为「独立王国」，造成垄断局面。2004年2月24日，政府邀请两间公司就合併计划进行商讨，预计6个月内完成磋商，可望于2005/06年度落实两铁合併安排。2006年4月11日，香港行政长官曾荫权公布，行政会议通过两铁合併方案，决定将九广铁路的经营权转交地铁有限公司，提供一连串车费减免方案（包括取消转车闸费及引入「可加可减机制」），并尽早处理沙田至中环线转车问题及移除两铁转车站的转车闸机。进一步