成立陕甘宁边区高等法院分庭，各专区专员兼任各分庭庭长。此后，马锡五作为陇东分区专员，根据陕甘宁边区政府所颁《陕甘宁边区高等法院分庭组织条例》的规定兼任分庭庭长。在兼任分庭庭长期间，他亲自深入群众调查并审理了封芝琴婚姻上诉案，创造了马锡五审判方式。后来陕甘宁边区的文艺工作者们根据封芝琴一案创编了鼓词《刘巧儿团圆》、剧本《刘巧儿告状》。后来这个案件还被改编成了着名评剧《刘巧儿》。此外，他还审理了曲子县苏发云三兄弟“谋财害命案”，释放了被错误关押的苏发云三兄弟，惩罚了杀人凶手。后来，他还处理了两起土地纠纷案等案件