鄯善镇改镇为州，元颢改任持节、征虏将军、鄯州刺史。鄯州与吐谷浑接壤，吐谷浑多次派兵侵犯北魏边境，元颢多次领兵与吐谷浑交战。孝昌二年二月，元颢发病，二月十一日（526年3月9日）在私人住宅中去世，虚岁五十五，魏孝明帝元诩诏令赠予使持节、都督冀州诸军事、车骑大将军、冀州刺史、司空公，赠予朝服一套，谥号武献，西魏大统六年十一月十一日（540年12月24日）葬于山北县武陵原。