晚年迁到杏花村，筑遁园隐居。思宗崇祯元年（1628年）卒，葬于江宁云台山。谥文庄。
着作.顾起元精金石之学，工书法。着有《顾氏小史》、《金陵古今图考说略》、《客座赘语》、《遁园漫稿》等。 
家族.父顾国辅，进士。弟顾起凤，万历进士。妻王氏，爲王可大之女。十五世孙顾知微，现代古生物学家，中国科学院院士。