3月，威尼斯爆发革命，他也加入反奥地利的战争中，他向教宗国北部边界派遣一支军队，1万名民族主义高昂的罗马青年加入了这支队伍。不过该年的革命最终波及到他，庇护一度逃离罗马，在马志尼的领导下罗马成立罗马共和国。不过流亡在外的教皇唿吁各国干预，法国总统路易·拿破崙唿应其请託，派军攻陷罗马城击溃共和国部队。仅管拿破崙劝他尊重自己的臣民，但庇护置之不理并恢复宗教裁判所，并拒绝赦免共和国的官员；另外，他强迫犹太人返回旧日的犹太人区，不过在1850年废除对该区居民征收人头税。庇护九世是教宗国最后一位君主，在罗马于