云林县政府（Yunlin County Government）是中华民国台湾省云林县最高层级的地方行政机关，在中华民国政府架构中，为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项。云林县的自治监督机关本为台湾省政府，但台湾省虚级化后，台湾省政府的业务与功能被大幅缩减，云林县的自治监督机关亦改为行政院各部会（主要是中华民国内政部）。云林县政府也是辖下各乡、镇、市的地方自治监督机关。
县府组织.云林县政府所辖组织，在县长及副县长之下，设有23个一级机关单位包括5个局、18个处。S