列古人类化石，其中最早的样品的年代为6.7万年前。学者认为，这些化石属于一个古人类物种吕宋人。尼格利陀人是早期的定居者，但是他们在菲律宾出现的时间还没有确切定论。至约公元前1000年，菲律宾定居者可以分为四个较为明显的种族。中国史籍中所提及的吕宋、苏禄、麻逸、古麻剌朗等国皆于今日菲律宾国内。在菲律宾当地，考古发掘甚至发现有日期在3世纪的中国瓷器。226年（东吴黄武五年），东吴官员宣化从事朱应、中郎康泰浮海巡抚，也曾到过今天菲律宾境内的臣延、耽兰和杜薄。康泰着有《吴时外国记》（《扶南传》）。裴松