三舰队第九战队。1939年4月，进行第二次改造，参照「最上」型等巡洋舰作出了整体改造。1939年11月25日，解除旗舰职务，转入预备役。1941年4月10日，作为旗舰加入第二舰队第五战队，4月18日正式再次服役。1941年12月，参与对菲律宾的侵略战争，掩护南菲律宾舰队。1942年1月4日，遭到美军空袭严重受创，35名士兵死亡，由「那智」号接任旗舰，返回佐世保维修。1942年3月1日，与「足柄」号前往爪哇支援追击盟军舰队的「那智」号及「羽黑」号。最终「妙高」型四舰共击沉三艘巡洋舰及三