海军接收日本降舰数十艘，美国也赠与登陆舰20余艘、护卫舰数艘，使得海军得以重建。而后爆发国共内战，部份海军撤出长江，另有大量海军人员因不认同国民政府因而脱离中华民国海军加入中国共产党。1950年政府撤往台湾后，海军舰队在多次海战失利下也分别由舟山群岛、海南岛撤退，以集中防卫台湾。
战后与迁台时期.1952年，中华民国海军进行改编，成立驱逐、巡防、扫雷、登陆、后勤等舰队。由于台湾四面环海，海军日益重要；所以陆续自美国接收退役军舰，扩充舰队，并更新武器系统，并曾在台海多次以军事对抗形式