组90辆（基本编组6列60辆、附属编组6列30辆）的组成营运，在那之后也继续增加车辆数量。根据2007年3月18日的时刻表改点，将在上野站到发的403系、415系、E501系等中距离电车全部替换，以E531系电车执行常磐线普通列车的中距离电车及上野站至取手站间的营运任务。另外，特别快速的全部列车也都由本系列营运。自此，常磐线上野到发的中距离主力皆使用E531系。两辆绿色车厢（头等车厢）自2007年1月6日起被编入原有的10辆编组；并且自2007年3月18日新时刻表实行起，所有的10辆编组都已经包括了绿色车厢