票当选第六届南投县立法委员。任期为：2005年2月1日-2008年1月31日。第七届立法委员南投县第1选举区应当选一名，吴敦义角逐连任，以得票率67.12%当选。任期为：2008年2月1日-2012年1月31日（2009年9月9日中途离职，因总统马英九任命担任行政院长一职）。吴敦义在第七届立法委员任内，2008年2月1日至3月26日院会出席15次、委员会出席19次，总计34次，缺席18次。2008年4月1日至4月30日院会出席4次、委员会出席13次，总计17次，缺席0次。