6年全国首创缓和医疗门诊。1999年马偕护校改制升格为马偕护理专科学校（今马偕医护管理专科学校）。1999年9月27日设立护理之家，住民年均87岁。屡次荣获行政院卫生署特优评鑑。2000年购置新竹市南门综合医院光复院区，并筹设为新竹分院。2000年接受石门乡捐地筹划老梅分院。2000年行政院卫生署医学中心评鑑评定会通过马偕纪念医院为正式医学中心。2002年新竹分院附设居家护理所。2003年台东分院附设居家护理所。2009年马偕医学院正式招生。2009年4月2日在淡水院区马偕楼7楼设置产后护理之家。2014年