干隆四十九年五月，为銮仪卫掌卫事大臣。六月，加恩补授内大臣。七月，朝廷平定甘肃石峰堡回族叛乱，军机大臣梁国治、董诰、福长安、并军机章京之勤劳出力者，一併交部议叙，俱加军功三级。干隆五十一年闰七月，福长安补授户部尚书。兵部尚书庆桂出差之缺由绰克托署理。行在兵部事务，仍着福长安带管。十二月，正白旗汉军副都统福长安、镶红旗蒙古副都统喀甯阿对调。干隆五十三年（1788年）二月，平定台湾林爽文事件，干隆帝以福长安夙兴夜寐、一体宣勤，交部议叙。三月，调镶红旗蒙古都统福长安、为正红旗满洲都统。干隆五十四年十月