毓贤唆使下，义和团焚烧教堂，屠杀教民。原本在太谷县的传教士及教徒被杀。孔祥熙及家人依靠乡亲收容方才脱险。义和团被镇压后，孔祥熙协助教徒后事，并且联络和帮助教会进行之后的善后工作。公理会对孔的表现甚为赏识，于是决定送他到美国留学。1905年，孔祥熙于俄亥俄州欧柏林学院毕业，之后进入耶鲁大学，主修矿物学。
学成归国.1907年，取得硕士学位。同年回到中国，在家乡太谷县在公理会的协助之下创办铭贤学堂。学堂包括中小学，孔祥熙自任校长，部分科目由公理会传教士任教。1908年，29岁的