一直以来都处于灰色地带，在部分地区甚至遭到政府打压，多个家庭教会遭到取缔，信徒被拘留。对自发教会的禁止，成为一个困扰中国人权状况的问题。
各地新教.
四川.最早进入四川的新教传教士，是英国伦敦会的杨格非和伟烈亚力。他们于同治七年（1868年）经湖北进入四川，遍游全省，对各地进行考察。从此到1949年12月为止，先后入川的传教士共计1808人。其中来自英、美、加三国的传教士，占全体传教士的93％。传教士人数在全国排位第四。
北京.基督新