98年连任，期间曾任立法院国防委员会、立法院教育委员会召集委员。2001年参选新竹市市长，林政则整合中国国民党势力入主新竹市政府。2005年竞选新竹市市长连任，以近七成的得票率连任,三度蝉联县市长满意度第一名。2009年底，卸任新竹市长，至中华大学出任教席。2010年2月24日，出任行政院政务委员兼任台湾省政府主席。2010年2月26日，正式接任台湾省政府主席。之后担任到2016年5月20日马政府卸任为止，前后长达六年余，为精省后任期最长的省主席。2013年，被推选为中华民国童军总会