eeBSD的Linux兼容层上时，有时有可能会原运行在红帽Linux上更快；运行在Wine上的性能基准偶尔也可以比拟它在Windows操作系统的运行效率。即使在类似的系统上，实现一个兼容层的细节也可能是相当复杂和麻烦；一个好例子是在NetBSDMIPS架构版本中的IRIX二进制兼容层。兼容层需要主机系统的CPU能（向上）兼容异质系统。举例来说，微软Windows的兼容层不可能在PowerPC硬件上运行，因为Windows需要x86的CPU；对于这种情况，只能进行完全仿真。