的巴士路线则主要由和运行。长崎港是九州的重要港口之一，2014年度有超过10000艘船舶入港。长崎港的客运航线以长崎市和长崎县各离岛间的航线为主。长崎港也是一座观光港，2016年的邮轮停靠次数近200次。长崎市辖区内没有机场，距离长崎市最近的机场是位于大村市的长崎机场，两地之间有巴士直达。长崎地形多山，部分坡道无法修建汽车可通行的道路。因此长崎市在人口较多的南大浦地区设置了扶梯公共交通系统，以方便市民出行。长崎市还在市内的天神町、立山、水之浦地区设有三处迷你缆车式公共交通系统，主要服务腿脚不便人士出行。