种说法称，该寺是藏历第十四绕迥（1462年）由第五世噶玛巴的弟子洛追创建。五世达赖执政时期，噶衮松饶林寺成为被强令改宗格鲁派的西藏“十三林”之一，寺名随之改为“甘丹曲果林”（意为“喜足讲经院”）。根据藏文史书记载：“西藏噶丹颇章政权的确立，使新兴的格鲁派达到藏传佛教各教派前所未有的高峰，并对西藏其他教派尤其是噶举派寺庙采取敌视措施，甚至发生激烈冲突，被新兴的格鲁派毁过等等。”西藏境内的噶举派寺庙势力受到格鲁派日益削弱，格鲁派制定严格的僧制以显示格鲁派的威信，对该寺也不例外。甘丹曲果林寺原来建筑规模很