1948年，荣获中华民国中央研究院第1届(数理科学组)院士。
临危受命.1948年5月31日，朱家骅被任命为行政院政务委员兼教育部部长。1949年6月12日，正值第二次国共内战末期，朱家骅卸下教育部部长之职，并撤离至广州，任中华民国政府行政院副院长。其后，中国大陆关入铁幕，朱家骅跟随中华民国政府撤离至台湾。1950年3月，朱家骅被任命为总统府资政。1950年7月，创办《大陆杂志》。同时也是中国国民党中央评议委员。1963年1月3日，朱家骅病逝。享年71岁（满69歳）。