1896年卑南、马兰联军于雷公火之役击败刘德杓率领的镇海后军后，相良率日本官兵自恆春乘船登陆卑南，并在新开园战役消灭镇海后军，瓦解台湾最后的清朝正规武装势力。同年4月7日，总督府正式任命为台东支厅长，五月间，台东支厅改制台东厅，于是相良长纲正式成为首任台东厅长，并兼任台东抚垦署长（代理）及台东国语传习所长。9月4日成立台东国语传习所，为东台湾最早的现代学校。相良长纲提倡原住民的教育，并採取怀柔政策。他与台东平原的各部落领袖合作，并由卑南大社、马兰社领袖马亨亨协助劝服花东纵谷及东海岸各地部落，相继平息麻荖