定十七年（1224年），宋宁宗去世，史弥远自此掌权，陈卓与史弥远政见不和。端平二年，曾入朝任参知政事。绍定年间（1228年-1233年），陈卓任吏部尚书，同签书枢密院事，因与史弥远在政见上相悖，没法留在朝中，于是请求致仕。以资政殿学士回乡，宋理宗赠金紫光禄大夫、太师、开国伯。陈卓回乡后，不营产业，以教书为业，筑世纶堂，闲居十六年。淳祐十二年（1252年），逝世，享年八十六岁。因家中贫寒，居然不能下葬。朝中的吴潜听说后，还特别写信帮助办理丧事。多年后，朝廷赐谥清敏。