二卷(第5部分)中牛顿还探讨了静止流体和可压缩流体的性质。第6部分中牛顿讨论了空气阻力对单摆运动的影响，还介绍了他自己完成的一些相关实验（在不同情况下观察单摆的运动以研究空气阻力的性质）。牛顿在这卷中对比了介质对不同形状的物体的阻力，试图由此推出介质中的音速，并描述了验证实验的结果。第二卷经得起时间考验的内容不如另两卷那样多。第二卷的写作目的被认为是反驳笛卡尔的理论。笛卡尔认为行星的运动是由于受到宇宙间的巨大漩涡的带动。在第二卷结尾处（命题53）牛顿指出漩涡理论是与天文观测结果完全矛盾的。Sectio