得以归里。崇祯二年（1629年），朝廷开始清算阉党，各地不拜魏祠者被重新起用。同年，士奇补获鹿县知县，次年二月调顺天府固安县。任内赈济饥民，修筑城池，颇有政绩。因得罪锦衣卫，被诬陷获罪，革职遣返。士民含泪相送。崇祯十七年（1644年），清兵入关。南明史可法镇守扬州时，延揽天下人才，士奇曾前往相助。抗清失败后，归隐山林，不谈时事。
着作.擅书画。着有《吟云居稿》、《诗集》等，皆已散佚。曾纂修崇祯《固安县志》。