验分析待检验组织中所表达的蛋白质，甚至通过显微镜直接观察蛋白质在细胞中的分布情况。酶联免疫吸附试验（ELISA）及酶联免疫斑点（ELISPOT）等检测技术甚至可以通过单克隆抗体来对特定蛋白进行定量分析。
结构预测.抗体对健康及生物技术工业的重要性导致了对其高分辨率结构的知识的需求。这些信息对蛋白质工程，修改抗体结合亲和性，以及识别特定抗体的抗原表位来说非常有用。X射线晶体学是其中一种研究抗体结构的常用手段，然而抗体的结晶过程非常耗时耗力。而通过计算机来研究晶体学问题，相对更快更便宜