938年8月，曾山兼任中共江西省委书记。1939年，曾山任中共中央东南局副书记兼组织部部长。1941年2月皖南事变后，任中共中央华中局组织部部长，参与领导华中抗日根据地的斗争。1945年，曾山在中共七大上被选为中央委员。第二次国共内战时期，历任中共中央华中分局组织部部长兼财经办事处主任，中共中央华东局委员、华东财经办事处主任。参与领导华东地区财政经济工作，动员大批人力物资支援前线。1948年9月，曾山主持接管济南的工作。1949年，任华东军政委员会副主席兼财经委员会主任并兼上海市副市长兼财经委员会主任。