:东京都交通局.月台位于地下3楼、改札口位于地下1楼，为1面2线岛式月台地下车站。由于月台位于曲线区段，视线不佳，长时间有铁路人员常驻。改札口只有1处。车站（所在地、新宿三丁目3-2）大部分位于新宿三丁目，月台西端与部份出入口（C7与C8）位于新宿二丁目。都营新宿三丁目站有地下连络通路连接地下铁新宿站。可由地下通路步往JR新宿站、都厅方向而不用走出地面。(6:00～23:00)2007年12月更新标示系统，採用与东京地下铁风格相近的设计。厕所位于付费区内。本站由都厅前站务管理所市谷站务区管辖。