」，其历史最早可以追溯到江户时代后期，幕府天文方设置的「浅草天文台」。1988年，东京天文台与文部省纬度观测所、名古屋大学大气研究所第三部门等3个研究机构，整併为国立天文台，为大学共同利用机关（日本一种以提供高等院校学术研究为目的的公设机构），直属于文部科学省管辖（2001年前为文部省）。2004年，日本的公立研究机构进行组织改造，各大学共同利用机关依据昨年通过的《》整併为4个「大学共同利用机关法人」；国立天文台在此次组织改造中，成为大学共同利用机关法人的分支机构，仍由文部科学省直辖。