基督新教于1843年，即上海开埠的同一年，由英国伦敦会的传教士麦都思传入。此后，来自英美各教派的差会陆续进入上海，其中规模较大的包括美南监理会、美国圣公会、美南浸信会和美北长老会，均在19世纪传入。它们兴建众多的教育、医疗以及慈善机构，例如圣约翰大学和沪江大学。许多全国性基督新教团体机构，都将总部设在上海。在华最大的差会中国内地会虽然在上海并无重要的传教事业，也将总部设在上海。20世纪上半叶，上海又出现不少华人创立的独立团体，影响较大的包括地方教会（基督徒聚会处）、伯特利教会以及灵粮堂。目前上海有可统计信徒