处玉山国家公园，基于生态的维护，减低人为干扰，如今属于生态保护区，会对登山者进行管制。据林俊义对八通关地区所做的动物资源的调查指出，哺乳类有14种，鸟类有81种，其中在森林、水域等栖地就有72种，爬虫类有百步蛇、龟壳花、台湾赤炼蛇等三种，两栖类有台湾山椒鱼、楚南氏山椒鱼等两种。据当地的原住民口述採访得知，在政府尚未计画开辟新中横公路之前，便经常到八通关草原狩猎，因此使水鹿在八通关草原绝迹。出没于草原区的鸟类有朱雀、星鸦、鹪鹩、煤山雀、金翼白眉、黑长尾雉、黄羽鷃嘴、火冠戴菊鸟；出没于森林底层的鸟类有深山竹