站站长、福建省保安处谍报股股长张超，引发戴笠当面向蒋介石控诉，一时与军统系关系紧张。CC派的福建省党部主委陈肇英攻击陈仪亲日不遗余力，掣肘陈仪人事安排，也对沈仲九延聘左派人士任职感到不满，也与CC派关系紧张。1941年8月，遭南洋华商陈嘉庚向国民政府主席林森指控其于闽省统制经济施政不当，又因福州被日军攻陷，驻军不战而逃，遭撤职返回重庆，后由CC派刘建绪继任福建省主席。1941年任行政院秘书长。1942年改任考核委员会主任委员。
与台湾的关系.1935年，日本在台湾举行「始政四十周年