劾大学士纳兰明珠专权，小于成龙与慕天颜等诬陷靳辅为明珠一党，事情查明后，康熙帝追究了小于成龙的责任。康熙三十一年（1692年），靳辅去世，小于成龙任河道总督，依然用靳辅之法治河，受到康熙帝的嘲讽。康熙三十五年（1696年），康熙帝亲征噶尔丹，小于成龙以左都御史督运中路军粮。康熙三十七年（1698年），治理浑河，修筑永清、固安堤防，康熙帝改浑河为永定河。康熙三十九年（1700年）三月初十，小于成龙去世，谥号襄勤。