除了中央政府层级的反制措施，自5月11日开始，中华民国各地方政府亦陆续宣布暂停与菲律宾之间的城市交流，或支持中央政府制裁措施。时任台北市市长郝龙斌宣布台北市政府即日起中断台北市与菲律宾一切形式交流，表示政府应该以「最强硬的态度」处理；稍晚时任新北市市长朱立伦亦宣布新北市政府跟进；时任台南市市长赖清德宣布台南市政府将暂停和菲律宾的城市外交活动；时任高雄市市长陈菊亦表态支持政治及经济制裁；时任台中市市长胡志强亦宣布与菲律宾姊妹市马加智市（Makati City）停止一切交流活动；时任基隆市市长张通荣也表态拒绝与