该寺住持起，该寺转为格鲁派道场。桑杰巴桑之后接任住持者，为宗喀巴的二庄严弟子之一贡嘎坚赞。其后，担任住持的高僧有“撷呐绕登、宗澈登、吉祥光、狮子宝、虚空海、十难论师加涅、十难论师阿竹、菩提宝、戒海、扎巴炯尼、理塘拉乌曲究”等人。从第二世夏坝活佛夏坝·应巴曲达开始，夏坝活佛世系成为麻通寺的法台。此后，第三世夏坝活佛夏坝·昂旺罗桑丹增应巴、第四世夏坝活佛夏坝·格勒克珠·降白降措先后继任该寺法台。1994年，第四世夏坝活佛出任下坝麻通寺住持。1997年，夏坝活佛主持了下坝麻通寺的整体修复工程，并且设立教育