II 分类法将单子叶植物分支中的植物分为10个目和2个单独的科， 其中部分目列入鸭跖草分支（一 个基因亲缘群体）。2009年修订的APG III分类法又将单独的无叶莲科（）提升为无叶莲目（）。2016年修订的APG IV 分类法将多须草科归于棕榈目。
系统发生学.单子叶植物在被子植物中的演化位置以及其下各分支的亲缘关系如下：