圣战者频频向苏联部队发动攻击，使苏联部队疲于奔命。1986年5月，阿富汗政府改组。国家情报局负责人穆罕默德·纳吉布拉接替卡尔迈勒出任人民民主党总书记。1987年起，阿富汗政府军单独向圣战者控制区发起攻击，尽管伤亡惨重，但仍没有夺下圣战者控制区。仅夺回帕克蒂亚省，阿富汗政府军获得了短暂的惨胜。
1987年1月至1989年2月：苏联撤军.在战争最后阶段，苏联军队准备撤出阿富汗。1987年1月1日，阿富汗政府军宣佈单方面停火6个月，与圣战者举行谈判。但因双方分歧太大，双方再度爆发激战。苏联