获得许可从上海海关取得百分之十的关税作为制造局的经费，1869年又提高到百分之二十，这相当于每年有至少40万两以上的经费。制造局最高领导人是督办，曾国藩、左宗棠、张之洞等人均曾担任，但晚清大多时期是由李鸿章担任，督办以下为行政主管，早期由李鸿章选任冯焌光和沈保靖为行政主管，并由上海道台（1865年时为丁日昌）加以兼督，实际的机械管理方面的工作则多由西方人负责，例如早期的首席工程师霍斯（T．F．Falls）为美国人。江南制造局底下僱用了大量的中国工人，包括满人和汉人，在其中操作及学习机器，因其专业技能