华民国政府迁徙来台，尹仲容连同李国鼎、严家淦、孙运璇等人为掌管金融与外贸的主要官员之一。1951年，美国以每年一亿美元的数额重新援助中华民国，他则参与负责美援资金的统筹运用。
经济部长时期.1954年，因为尹仲容的能力颇受副总统陈诚赏识，于是在陈诚卸任行政院长（仍兼副总统）前，任命尹仲容为经济部长兼中央信託局局长。因为尹仲容曾经服务于上海私人企业，深知市场经济的优点，遂于就任经济部长后积极提倡「计画式自由经济」思想，规划、执行进口替代与出口导向政策，改革外汇贸易措施。在进口