连母亲申请赴美探亲，都遭受国民党当局百般刁难阻挠。1988年，庄秋雄闯关回台，以台独联盟中央委员身分参加首度在台召开、第15届世台会，并公开宣布他是台湾独立建国联盟的中央委员。1992年10月，庄秋雄「正式」回台。在与兄长庄秋峰参加演讲会途中，前往洪奇昌在台中市竞选总部参观，遇上陈婉真要拆法院招牌的宣传车，并邀庄氏兄弟上宣传车。结果在警民冲突下，长兄庄秋峰为保护庄秋雄以七十之躯遭到警方殴打、拘禁看守所，最后在律师奔走下拘禁一个多月。庄秋雄与夫人邱千美居于俄亥俄州辛辛那提市。