盐水港、台南、蕃薯藔、凤山、阿猴等六厅，嘉义厅就此成立，下辖朴仔脚、东石港、新港（后改设竹头崎）、打猫、中埔、后大埔等六支厅。明治42年（1909年）10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，嘉义厅合併原斗六厅之大部分（除林圯埔併入南投厅外）、盐水港厅之北半部。大正9年（1920年）7月，时任台湾总督田健治郎为提高地方官的权限，废西部十厅，实施「五州二厅」制度，嘉义厅与台南厅合併为台南州。因台湾总督府决定废止嘉义厅，曾引发嘉义士绅组成「嘉义置州同盟会」，推动设置嘉义州。