629年12月22日在位。讳政仁（）。后水尾天皇是后阳成天皇第三皇子，母亲为女御近卫前子。他于1611年接受后阳成天皇的让位。原本后阳成天皇有意将帝位禅让给他自己的弟弟八条宫智仁亲王，因此后水尾天皇与其父之间关系并不和睦。后阳成天皇的让位是出于德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的女官已生下一子一女的事被传到当时将军德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，天皇不得不迎秀