1338年（历应元年 / 延元3年），足利尊氏被光明天皇封为征夷大将军，建立室町幕府。翌年后醍醐天皇在吉野驾崩，足利尊氏为后醍醐天皇在京都建立天龙寺。为获得建造寺院的经费，足利尊氏向元朝派遣天龙寺船。在与南朝的战争中幕府处于优势，北畠显家、新田义贞以及楠木正行等南朝名将先后战死。1348年（贞和4年 / 正平3年）攻陷吉野，烧毁了吉野全山。当时室町幕府中，足利尊氏将政务委託给足利直义管理，自己则以武士的栋樑的身份君临天下。日本历史学家佐藤进一，将这种状态称为由尊氏掌握主从制支配权和直义拥有统治权的「两头