国国防部「医疗机构整合」计划，国军北投医院和国军松山总医院整併入三总为三军总医院北投分院和三军总医院松山分院。2015年1月1日基隆民众诊疗服务处改为三军总医院基隆分院。
人员及编制.三军总医院医师之组成大部分来自于国防医学院医学系毕业生，少部分来自于其他医学院校医学系毕业生。造成此一情况原因是该院医师分为军职及文职，此两种身分的缺额是固定的。但需注意的是，并非军职医师就一定是国防医学院出身，部分非国防医学院出身之军职医师是来自于民间召募医学系毕业之志愿役军官，而军阶停年届满的军职