利亚、土库曼和也门共十一个国家或地区派队出赛。小组赛一共有5组共20队角逐，其中3组为西亚球队、2组为东亚球队，共8支球队可晋身淘汰赛，决赛以主客两回合制进行。到2006年，分组赛增加一组（西亚区）至6组，参赛国家多了巴林和约旦。随后到2007年，泰国和越南亦首次有球队参赛。亚协盃初期各国获得配额参赛均没有一个标准，而且发展尚未成熟，引致当时初期几乎每届赛事均有球队因各种原因而放弃参赛。
2009–2014年.直到2009年，亚洲足协盃进行了首次重大改革。亚洲足协对各国联赛实行评分