中生代三叠纪和侏罗纪期间，两岸间虽然许多地方已经出现海水，但主要还是陆地。台湾海峡位置上的地壳运动没有停止。到1.92亿年前的中生代侏罗纪和白垩纪之间，两岸间发生剧烈的地壳运动，此时台湾开始成为陆地，地质史上台湾称之为“南澳运动”（即由大南澳片岩演变为大理石），大陆称之为“燕山运动”。海峡最初的形成开始于白垩纪和古新世时期，也就是在5400万年以前，台湾中部地区开始被水淹，中间成为浅海，开始成为海峡。在始新世早期的地壳运动中，台湾开始“太平运动”，大陆开始“茅山运动”，两岸陆地连成一片。直到第四纪更新世