约在5－8月间，9月产卵。雌巨蜥会将卵产在地底或树穴以保护牠们。一窝卵平均有20颗卵，孵卵期为7个月。但是，人工孵化的科摩多巨蜥出生后，一般无法自卫，多数因而不能存活。头几年，年幼的科摩多巨蜥一般会在树上生活，那里有更大的生存机会。科摩多巨蜥约5年便达性成熟，可以长至2公尺长，牠们最多有30年的寿命。有文献提及科摩多巨蜥也能做到孤雌生殖，只是产下的都是雄性蜥蜴，由于科摩多巨蜥的性连染色体分为Ｗ和Ｚ，雌性的组合为ＷＺ，雄性的则是ＺＺ，在科摩多巨蜥的孤雌生殖中会让一个配子代替精子受精（非自然情况下，这种机制