1868年，由于不适应彼得堡的气候，维尔纳茨基家搬到了哈尔科夫。1873年维尔纳茨基在哈尔科夫当地的学校就读，第一学年结束后，全家曾前往维也纳和布拉格等地旅行。1876年全家迁回圣彼得堡。维尔纳茨基进入圣彼得堡第一高中就读。1881年高中毕业，进入圣彼得堡国立大学就读。
早期研究和教学.1885年，维尔纳茨基从圣彼得堡国立大学物理和数学系毕业，翌年与恋人娜塔莉亚结婚。1889年维尔纳茨基到意大利、德国和法国进行商务旅行，途中遇到了地质学家阿列克塞·巴甫洛夫，巴甫洛夫很欣赏维尔纳茨基