效下，泛蓝阵营认定民主纪念馆不存在，也依此冻结民主纪念馆预算。2007年11月9日文建会则将国立台湾民主纪念馆的主体建筑、正面牌楼、自由广场、回廊，登录为国定古蹟，但排除北市府认定的围墙以及「大中至正」字样。2008年8月21日，马英九政府时期的行政院会议中，直接废止《国立台湾民主纪念馆组织规程》，同日恢复「国立中正纪念堂管理处」的组织编制。2009年7月17日，文建会公告原国定古蹟「台湾民主纪念馆」名称变更为「中正纪念堂」。2009年7月20日，中正纪念堂匾额重新挂回，但在大门口牌楼上的匾额题字仍维持