路甬祥回国。此后，他一直任教于浙江大学；历任讲师、副教授、教授，流体传动研究室主任、机械工程系流体传动研究所所长等职。1985年出任浙江大学副校长，1988年升任校长。1991年1月，任国务院学位委员会副主任委员。1992年1月，路甬祥当选为中国科学院技术科学部委员；1993年，出任中科院副院长；1994年又升任常务副院长，同年还当选中国工程院院士；1997年7月起，任中国科学院院长，2011年2月卸任。期间，路甬祥还先后出任过中国科协副主席、国家教委高等教育咨询委员会主席、中国科技史学会理事长