更名为交通部上海工业专门学校，直至1921年与交通部下属的另外三校合并为交通大学。
校园.初建时的校区四面环河，位置现今校区的东部，徐汇校区的多数历史建筑亦分布于此。现今东侧草坪原为露天体育场，建筑环绕四周分布，建于1899年的中院位于草坪北侧，是徐汇校区现存最早的教学楼。后经多次购地扩建，逐步形成今日的校区格局。其中，南洋公学时期建筑位列第二批上海市优秀历史建筑。南洋公学初建时学生居住于上院，后在校区西侧修筑有执信西斋作为宿舍使用。