可以将氨基进行保护，然后反应。例如，2-氨基-4-甲基嘧啶和乙酸酐反应，氨基转化为乙酰胺基，再于NBS于四氯化碳中回流，甲基上的氢被溴取代，此时进行脱保护即得4-溴甲基-2-氨基吡啶。如果需要进一步反应，也可在反应中脱保护，如和2,7-二萘酚在碳酸钾、碘化钾的作用下，于丙酮中回流，可得到2,7-二(2-氨基嘧啶-4-基甲氧基)萘。和氧化剂（如高锰酸钾）反应，可以得到2-氨基-4-嘧啶甲酸。2-氨基-4-甲基嘧啶和邻硝基苯磺酰胺基甲酸乙酯在甲苯中回流反应，生成"N"-[2-(4-甲基)嘧啶基]-"N"