.玛卡拉鲸属的属名"Makaracetus"以印度教神话中的动物“玛卡拉”（Makara）命名，玛卡拉是一种半兽（通常形似大象）半鱼的神话动物，属名以"-cetus"结尾，意为“鲸”。种名"bidens"来自拉丁语，意为“两颗牙齿”，指其前颌骨只有两颗门齿。