名的考古发掘为台南市新市区（旧名新港）发现的新港文。着名文化代表有长滨文化、大坌坑文化、圆山文化和十三行文化。
石器时代.台湾原住民的祖先可能是在1.2万年前末次冰期结束之前，从东南亚岛屿等地迁徙至台湾（但此说法尚存争议）。根据考古遗址的发掘，台湾在旧石器时代晚期（约前50,000年前－7,000年之间），就已经开始有人类居住。以现有的证据而言，目前台湾最早的文化为长滨文化（以八仙洞遗址最具代表性），这是在东海岸所挖掘出来的考古遗迹。而在台南市左镇区一带，则挖掘出原始人类骨骸，史称