孔原被打成「黑帮」、「特务头子」，许明也遭到迫害，在1966年服安眠药自杀；孔丹也被迫到陕北「上山下乡」。文革结束后，他在1978年直接考上了中国社会科学院经济所研究生。1981年毕业后，在国家经委机关工作了一段时间，任张劲夫的秘书。1983年，他加入光大集团，负责沿海城市业务部。1984年，孔丹向陈云去信，希望中共领导层对他这种“红二代红卫兵”以政治上的优待。陈云同志1984年2月27日批示孔丹的信，：耀邦、（剑英暂时不送）、小平、紫阳、先念同志：我建议将此信和陈楚三的材料均印发政治局、书记处，并加发