打算让他改署记室参军，然而孔觊一直奉牋辞让，力陈自己没有担当记室重任的能力，义季驳不倒他，就打消计划。孔觊后获召为通直郎，历转太子中舍人、建平王友、祕书丞、随王刘诞的安东谘议参军兼领记室、黄门侍郎及建平王刘宏的中军长史。后再任黄门侍郎，又转临海太守。晋朝时，散骑常侍一职所选的人都是很有声望的人，和侍中一样严格，不过后来由于职责闲散，用人标准就下降了。孝建三年（456年），孝武帝想将散骑常侍的选任标准提高，遂下诏要求「简授时良，永置清辙」，吏部尚书颜竣就推举了孔觊及王景文出任此职。孔觊又兼领本州大中正。