贡与伊比利亚半岛另一大国卡斯提亚合併成为西班牙，因此西西里及马耳他亦开始被西班牙统治。
马耳他骑士团和拿破崙.十六世纪初，哈布斯堡家族的查理五世同时兼任神圣罗马帝国皇帝及西班牙国王，成为欧洲拥有最大权力的君主。1522年，驻守罗得岛超过二百年的医院骑士团被鄂图曼土耳其帝国逐出罗德岛。查理五世决定将被西班牙统治的马耳他，永久租让予医院骑士团，即现今的马耳他骑士团，这也是马耳他岛成为一个独立政体的开始。1551年，巴巴里海盗奴役马耳他附近的岛屿戈佐岛的所有5,000人口，并将他们送往利