大学士，诸大学士仍兼任尚书。顺治十八年，恢复三院旧制。康熙九年（1670年），仍另外设置翰林院，改三院为内阁，设置满、汉大学士四人。康熙十六年，设立南书房，将内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权。雍正八年（1730年），雍正帝因为对西北用兵，诏令在隆宗门内设立军机房，随后军机房改称为办理军机处，并规定诸大臣陈奏，平常事务使用奏疏，经由通政司递上，交给内阁拟旨处理；重要事情使用奏折，经由奏事处递上，交给军机处拟旨，皇帝亲自阅览，朱笔批示处理。从此以后，内阁权力向军机处转移，变成办理例行事务的机构，一切机密