化学屏障也可以保护生物体免受感染。皮肤和唿吸道能够分泌抗微生物肽，如β-防御素。而唾液、眼泪和奶水中含有的一些酶，如溶菌酶和，也具有抗菌作用。在生殖系统中，初潮之后的阴道酸性分泌物，以及精液中含有的防御素和锌，都可杀死病原体。另一个化学屏障的例子存在于胃中:胃酸和蛋白酶是抵抗病原体强有力的化学屏障。在泌尿生殖系统和消化道中，片利共生的发挥着生物学屏障的作用；这些肠道菌在一定条件下可以通过改变周围环境条件，如pH或可利用的铁元素，来与食物中的病原体细菌竞争。这种竞争一定程度上抑制这些病原体的生长，降低了