福建与台湾两地「巡抚分驻」、「建省分治」。于1885年慈禧太后下旨创建海军的同时，下诏闽台分治；9月5日，宣布台湾建省，但建省行政工作至1887年才完成，正式名称则为福建台湾省，首任台湾巡抚（西元1887年更名为福建台湾巡抚）为刘铭传。台湾省下设三府（台北府、台湾府、台南府），以及1直隶州（台东直隶州）。三府下总辖11县（宜兰县、淡水县、新竹县、苗栗县、台中县、彰化县、云林县、诸罗县、安平县、凤山县、恆春县），4厅（基隆厅、南雅厅、埔里社厅、澎湖厅）。1894年，大清与日本发生甲午战争，翌年大清