在京留守都卫为留守卫指挥使司，诸外都卫为都指挥使司，初设十三都指挥使司，设都指挥使、副都指挥使等官。洪武二十六年定天下都司卫所，共计都司十七，留守司一，内外卫三百二十九，守御千户所六十五。其后沿革，设废不一。都指挥使司初隶属于大都督府，洪武十三年，丞相胡惟庸谋反，废中书省，因析大都督府为五，分统诸军司卫所。皇陵所在各置卫，不隶于都指挥使司。皇帝亲军上二十二卫，称亲军指挥使司（锦衣卫即其中之一），不隶五都督府。明初，都指挥使与布政使、按察使并称都布按三司，同为封疆大吏，明朝共置有21个都指挥