任内对自己的原则妥协。他在保持小型海军、农业经济、严谨建构主义、与小政府等原则上退缩。自民主共和党分离而出的特挺奎德斯（Tertium quids）团体指责杰佛逊自毁原则。
最高法院大法官任命案.杰佛逊于总统任期内任命下列美国最高法院大法官。
创立大学.杰佛逊卸任总统职务后仍持续活跃于公共事务。他投入大部分心力成立一所新的高等院校，为解除教会对校务影响，使学生可专心致力于其他所大学所无法提供的新天地中。在一封1800年由他寄给约瑟夫·普里斯特利的信函