敖庆任主任。 1985年10月12日，吉林大学举行首批博士学位授予大会，授予10位研究生以博士学位。1986年1月，国家教委任命唐敖庆为吉林大学名誉校长，任命伍卓群为校长。1986年10月，召开建校40周年庆祝大会。中国国家领导人彭真、李鹏、方毅、胡乔木为学校建校40周年题词。1986年，吉林大学决定在双德乡建设南校区。 1987年，成立材料科学系。1988年3月，召开第九次党员代表大会，选举胡德宝任党委书记。1988年7月，吉林大学举行南校区建设工程开工仪式暨逸夫图书馆奠基典礼