3年，拉斐尔来到瑞士，并最初效力于，直至2005年被苏黎世签入。在加盟苏黎世后的后的首个赛季初期，时任球队主教练的吕西安·法夫尔仅将拉斐尔安排在主场比赛出场，因为他不适合法夫尔在客场的防守体系。在苏黎世的两个赛季中，拉斐尔均随队获得了。在2006年对阵圣加伦的一场瑞士超级联赛前，这位时年21岁的球员似乎并没有参加球队的集训，并且维持了10日便消失了。苏黎世方面认为他遭到了绑架，并作出了失踪申报。后来事实证明他是被巴西的球员经纪人与球队隔离，因为后者想要推高拉斐尔的市场价值。在2007/08赛季的下半程，拉