类似地，G•C对可以出现替代的碱基配对几何。 胡斯坦指出，如果DNA中存在替代的氢键模式，则双螺旋必须呈现完全不同的形状。 然而，很少观察到胡斯坦碱基对。
化学性质.胡斯坦碱基对具有与沃森-克里克碱基对完全不同的特性。 两个糖苷键之间的角度（A•T对中约80°）较大，C1'-C1'距离（约860 pm或8.6 Å）小于常规几何形状。 在某些情况下，称为'反向胡斯坦碱基对'，一个碱基相对于另一个碱基旋转180°。在一些DNA序列中，特别是CA和TA二核苷酸，胡斯坦碱基对作为瞬态