因此受到宣武帝及宣武帝舅舅高肇的猜忌。正始四年（507年），宣武顺皇后暴死，宣武帝欲立高英为皇后，元勰再三劝谏不可，宣武帝不听，且因此导致高英、高肇俱怨恨元勰。正始五年（508年），京兆王元愉反叛称帝，胁迫元勰的舅舅潘僧固共同起事，高肇派左卫将军元珍诬告元勰与元愉勾结谋反。永平元年九月戊戌（508年10月27日）宣武帝强召元勰入宫，让元珍带毒酒赐令元勰自杀，元勰抗辩自己无罪，坚决不肯自杀，被元珍部下杀死，虚岁三十六，朝廷追赠使持节、侍中、假黄钺、都督中外诸军事、太师、领司徒公，谥号武宣。其子元子