后金皇太极投降，并献出当年元朝末代皇帝元顺帝带走的传国玺。漠南蒙古遂被并入后金（后为清朝）版图，是为内札萨克蒙古。
盟、部、旗.内札萨克蒙古原分为二十五部，编为五十一旗。康熙年间，归化城土默特左右翼二旗改为内属，置归化城副都统。干隆以后，内蒙古共二十四部，四十九旗，设六盟：
设官.内札萨克所置官吏主要有：
封爵.内札萨克之爵位有札萨克和硕亲王、札萨克多罗郡王、札萨克多罗贝勒、札萨克固山贝子、札萨克镇国公、札萨克辅国公、札萨克台