嘉庆三年（1798年）顺天府乡试中举。次年，担任军机处行走章京。嘉庆六年（1801年）担任户部浙江司主事。嘉庆十二年（1807年）任军机章京、户部陕西司汉主事，后升任户部江南司汉员外郎。嘉庆十四年（1809年）任户部郎中。嘉庆十六年（1811年）任福建台湾道兼督学政、加按察使衔，在任期间解决地方纠纷、并保护当地土族、修建学校选拔人才。闽浙总督汪志伊上奏清廷，称赞糜奇瑜的政绩为“闽越治行第一”。嘉庆帝阅奏，特地下诏颁发“学筋汉清”和“政筋汉清”，表彰其治台功绩。嘉庆二十二年（1817年）任福建按察使。嘉庆二十