革职，前往直隶督修城工效力赎罪。同年八月，江南总督鄂尔泰奏报周学健于孝贤纯皇后丧事百日内剃头，不查究。江西巡抚开泰奏报在周学健原籍查出衮沂曹道吴同仁贿赂嘱託举荐之书信。十月中旬，在江南、闽浙全面彻查周学健于河道总督任内亏空。下旬，由大学士高斌、署两江总督策楞调查会审营私婪贿属实，拟斩，干隆帝下旨赐自尽。