900年又遭八国联军拆毁，建筑残败，佛像蒙尘，古柏被砍伐殆尽。中华民国时期，智化寺僧人靠出租房屋为生。抗日战争时期，日本占领北平后，智化寺情况更趋恶化，寺院内居住着经营各种小生意的人家，佛殿内常停棺柩，遍地是垃圾、泥水。1952年底，音乐家查阜西、杨荫浏等人采访智化寺京音乐，认为智化寺京音乐“最晚也和北宋的‘鼓吹教坊’有关”。1954年京音乐研究会成立。1955年，北京市文化局工程队进驻智化寺，迁走寺院内的住户。1957年智化寺被公布为第一批北京市文物保护单位。1958年北京市人民委员会拨款整修智化寺。