3年11月，林直勉又出任中国国民党临时中央执行委员会候补委员。1924年6月，林直勉担任陆海军大元帅大本营秘书，后来又兼任粤汉铁路督办。1924年11月，又兼任陆海军大元帅大本营会计司司长。1924年，中国国民党改组。林直勉反对国共合作，成了中国国民党右派中的活跃人士，曾与邓泽如联名上书孙中山反对改组。1925年8月20日上午，廖仲恺在惠州会馆门前遭枪击，当场身亡。当天，中国国民党中央执行委员会、国民政府委员会、国民政府军事委员会召开联席会议，决议特派汪精卫、许崇智、蒋介石组织特别委员会，授以政