厅的前身是1887年成立的内务省中央气象台。经移交文部省、运输通信省之后，1945年5月成为运输省组织。1956年升格为运输省外局，更名为现在的气象厅。2001年中央省厅再编，成为国土交通省外局。气象厅在2000年后担任世界气象组织的西北太平洋区域专责气象中心，负责有关世界气象组织对国际换日线以西的北太平洋洋面上生成的热带气旋达热带风暴或以上级别给予国际编号及命名工作。
组织.
地方支分部局.气象厅的地方支分部局有管区气象台与沖绳气象台两类