德为东三省防疫全权总医官，赴哈尔滨调查并开展防治工作。1910年12月24日，伍连德率助手即陆军医学堂高年级学生林家瑞到达疫区中心哈尔滨，领导防治工作，在四个月之内控制了疫情。 通过现代医学方法他确定了鼠疫是由唿吸道传播；他为防疫而设计的较为紧致、实用的口罩在后世得到了极大发展和广泛使用，并且被认为是N95口罩的始祖之一。1911年初，他在哈尔滨建立了中国第一个鼠疫研究所。1911年，隆裕太后传旨嘉奖，获赏医科进士。1911年4月3日至4月28日，11个国家的专家参加的“万国鼠疫研究会”在奉天召开，