得到袁世凯赏识，特改任马为宁夏护军使，节制阿拉善、乌审、鄂托克三旗，授陆军中将衔及二等文虎之章。护军使可以直接向北京政府上书言事，俨跻身地方大员。任内他讨伐白朗有功，维持了宁夏的秩序。
在北方各派之间.1920年（民国9年）7月直皖战争爆发，皖系的甘肃督军张广建因「甘人治甘」运动而被駆逐。张失势后，马觊觎甘肃督军之位，和汉族军人陆洪涛发生对立。最后通过北京政府的调停，蔡成勋继任甘肃督军。马被任命为绥远都统，但他不满，和陆洪涛的对立激化，双方发生冲突。最终，马福祥之子马鸿逵代理宁夏护军