谢忠良撰文，引用国安局机密公文，指称李登辉总统任内非法挪用国安局经费新台币35亿元设立秘密帐户。出刊前的2002年3月20日，因国安局要求，台湾高等法院检察署前往《台湾壹週刊》总部进行搜索，《台湾壹週刊》总编辑裴伟批评国安局企图掩盖事实。国安局还指挥法务部调查局从2002年5月3日起监听谢忠良与《台湾壹週刊》同组记者朱明，监听时间超过两年五个月。至2009年1月12日，检方才告知谢朱二人曾被监听。在马英九当选总统后，特侦组重启调查国安密帐案。2011年6月30日，特别侦查组认定李登辉为协助台湾综合研究院