越关系也在同时开始恢复。两国政府高层在1990年代初多次互访，举行多次双边峰会，签订多项倡议经济合作、经济建设的协议。马来西亚驻胡志明市领事处在1991年1月开馆，由此也可以看出两国关系的改善。两国经济关系日益密切之际，越南在1994年表示有意加入东南亚国家联盟zh-cn:（东盟）; zh-hant:（东盟）; zh-tw:（东协）;zh-sg:;，并于1995年加入东盟，得到马来西亚的支持和热烈欢迎。1990年代马越关系的特征是双边贸易和经济合作的推展；自2000年起，两国也开始在其他领域合作