的两根不等长的鞭毛。但是这些特征都没有在囊泡藻界中普遍出现。仅有的囊泡藻界的共同特征有:对于这样的非常多样性的界，很难总结出其共同特性。
生态地位.许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫. 卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒.但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中