于福冈设下大本营，在2月23日以东伏见宫嘉彰亲王为征讨总督，陆军中将山县有朋等人为参军，攻向佐贺，并且在3月1日攻佔了佐贺城。江藤和岛逃至鹿儿岛县，原本江藤打算投靠西乡隆盛但不果，江藤在3月3日从逃至四国，和等人会面，意图东山再起但是失败，在3月29日于土佐和阿波落网，而岛则早在3月7日已经在鹿儿岛落网。4月5日，大久保在佐贺设置临时法庭，主审法官判处两人枭首，11人斩首，136人入狱，240人贬为平民，7人禁锢，10,713人无罪释放。参与叛乱的士族11,820名，有罪人数是410人，阵亡人数是173人。