济宫仅一巷之隔，此后逐渐被认为是奠济宫的后殿。1940年代二次大战期间，盟军轰炸基隆市区，奠济宫受到波及，1957年以后陆续整修，于1964年大致修成今日样貌。1998年「后殿」清甯宫进行耗时五年的大修，改成三层楼的建筑，一楼供奉水仙尊王，二楼供奉田都元帅，三楼供奉玉皇大帝。