尔顿在XYZ事件后动员军队，对抗法国，并被任命为一支新军的指挥官。美法短暂冲突虽然在海上进行得十分激烈，却从未正式宣战。最后，总统约翰·亚当斯寻得了避免战争的外交解决方案。后来他与亚当斯政见不合，使得后者在1800年美国总统选举中落败。当副总统托马斯·杰斐逊与阿龙·伯尔角逐总统时，他因为私人恩怨帮助杰斐逊击败伯尔，使得杰斐逊当选总统，伯尔当选副总统。在他与亚当斯决裂后，他在党内只有几个支持者。1804年，副总统阿龙·伯尔竞选纽约州州长，汉密尔顿表示反对。1804年7月11日，伯尔向汉密尔顿发起决斗，