行政机关侵犯人权的权限，并批评促进转型正义委员会是「台湾警备总司令部」、「东厂」，而转型正义则已经变成「绿色恐怖」。而对于转型正义的议题，中国国民党并未有相关的因应。民主进步党则是批评中国国民党本身是在抗拒转型正义。此外，促进转型正义委员会的办公室位在台北市大安区，但是由于该地点邻近学校，曾经引发部分居民的抗议，并要求促进转型正义委员会搬迁他处。