%的太平洋黑鸭仍是纯种。有研究并发现两种鸭的粒线体DNA互有基因渗入，显示杂交发生频繁，且雄太平洋黑鸭与雌绿头鸭杂交，以及雌太平洋黑鸭与雄绿头鸭杂交的情形皆有。因两物种间缺乏生殖隔离的机制，杂种也具有生殖能力，太平洋黑鸭与绿头鸭杂交后可能会渐形成类似加姆岛野鸭的杂交种，最终使纽西兰纯种的太平洋黑鸭完全消失。