编纂改称纂修，仍扩增其员额，聘请元老同志参与党史编纂及考订工作；行政组织则设主任秘书，将原设三科改为编辑、征集、档案、总务四处，下分九科。1936年12月15日，邵元沖在西安事变中重伤逝世。1936年12月29日，临时会议通过推张继继任主任委员。中国抗日战争爆发后，编委会护送史料辗转南京、芜湖、九江、汉口、长沙、四川和重庆，最终到四川藏巴县亚光寺附近的吴家大洞，称「山洞辑园」。1940年，杨庶堪为本会副主任委员。次年，徐忍茹亦担任副主任委员。1947年，张继去世，徐忍茹继任。随着第二次国共内战爆发，编委