结束之后，参加了南联盟总统的选举，并获得胜利。随着米洛舍维奇成为联邦总统，他获得了南斯拉夫联邦军队和治安部队的直接指挥权。米洛舍维奇将军队投入到镇压科索沃分离获得的行动中。冲突在1996年至1999年期间激化，发展为科索沃战争。1999年3月开始，在美国的指导下，北大西洋公约组织（NATO）开始介入科索沃战争。北约认为南联政府在科索沃对阿尔巴尼亚人进行种族清洗。其中证据之一是过激派塞尔维亚人民族主义者沃伊斯拉夫·舍舍利在这时担任南斯拉夫的总理。舍舍利率领的民兵组织「白鹰」参与了克罗地亚战争和波黑战争，犯