首届起，设有文学奖、文学新人奖。文学奖用以奖励台南县资深作家的创作成就与共献；文学新人奖则意在鼓励当地文坛新秀从事创作。首届时还颁发特别贡献奖给郭水潭。这两个奖项都以结集出版的书籍为奖励对象。1997年，第五届南瀛文学奖开始设置文学创作奖，分现代诗、散文、小说等类。2001年增设儿童文学类，2003年设立传统诗奖，并将文学奖与文学新人奖合併为文学杰出奖，2006年又设长篇小说奖、剧本奖、文学部落格奖。2005年停颁文学杰出奖。目前南瀛文学奖共设有文学创作奖、剧本奖、文学部落格奖，创作奖则分现代诗、散