二级结构上有着不同的能力。脯氨酸及甘胺酸会在转角上出现，并且可以瓦解α螺旋骨架的规则形态，但两者却有着不正常的形态能力。在蛋白质内採用螺旋形态的胺基酸有蛋氨酸、丙氨酸、亮氨酸、谷氨酸及赖氨酸（胺基酸单字母编号为「MALEK」）；相反，大型的芳香性残基（色氨酸、酪氨酸及苯丙氨酸）及C分枝的胺基酸（异亮氨酸、缬氨酸及苏氨酸）则採用β折叠形态。但是，若单以序列来看，这些都不足以构成一个可靠的方法来预测二级结构。
DSSP编号.DSSP是「Dictionary of Protein Sec