医校并入医学部，同仁医院同时成为圣约翰书院附属教学医院。1882 年，同仁医院成功实施第一例眼科手术和卵巢切除术。1886年，同仁医院成立清朝首家医学博物馆。1909年，同仁医院引入救护车，这是清朝第一辆救护车。20世纪初，同仁医院从熙华德路搬迁至虬江路，1930年代又搬迁至海格路（华山路）。1937年淞沪会战爆发，医院又迁至愚园路、白利南路（长宁路）路口。1941年太平洋战争爆发后，日军接管上海租界，同仁医院建筑被日军佔领。医院一部分迁往爱文义路（北京西路），与广仁医院合并，另一部分搬迁至大西路、忆定