贸易网络的体系，转为大清帝国内需经济供应的一环，故雍正一朝可谓台湾地区产业结构转型的关键时期。不过，随着汉籍移民陆续增多，农作拓垦范围相应扩张，侵犯台湾原住民既有生活领域渐多，双方矛盾日益严重，引起原民不满、愤而反抗，以雍正年间爆发的邵族骨宗事件、道卡斯族大甲西社事件为代表，后续嘉庆年间尚有郭百年侵垦事件之发生，造成西部平埔族迁徙大至山区、丘陵地区。
干隆至同治时期.康熙皇帝收台湾之初，多择良吏派往台湾，如台湾知府蒋毓英、诸罗知县季麒光与台厦道陈璸任内皆颇有建树，但康熙皇帝晚年