1940年，辜振甫以优异的成绩从台北帝国大学取得政学科学士学位毕业，并进入满洲制糖，1942年辞职回台。此外，辜振甫曾在1940年代的台湾奉公壮年团本部中任有职位。此外也曾参与台湾商工经济会等组织。
民国.1947年，涉入谋议台湾独立案，遭逮捕及判刑一年七个月。但并非关在监狱而是软禁在寺庙中，最终以保外就医的名义释放。由于他所属的台湾水泥公司佔有最初开办筹资时的台湾证券交易所相对较多的股份，辜振甫因此当选台湾证券交易所第一任董事长，此外也协助出资建立台湾经济研究院，并与姪子辜濂