1990年代末车站在此迎来改造：在原站房旁新建站房，并实施客货运输分离。新建的站房于2000年9月25日投入使用。车站站场于2002年进行了复线化改造，之后又于2006年进行了电气化改造。绍兴站曾于2009年10月1日起开始停靠动车组列车，之后因杭甬客运专线绍兴北站开通而不再停靠动车组列车。绍兴站曾于2016年5月15日开行开往、的列车，但由于客流问题于次年4月16日停运。2017年绍兴站为接入绍兴风情旅游新干线而进行改造，站房部分被改建为城际列车专用进出站通道。同时车站西侧、原漓铁专用线作为动车组