特朗普亦没有与其进行通话。在特朗普成为美国总统后，麦凯恩即使投票支持其提名的大部分政府部长人选，但其与特朗普仍一直是关系不睦。他一直强烈批评特朗普主张改善和俄罗斯的外交关系。2018年5月，麦凯恩反对美国总统特朗普提名的吉娜·哈斯佩尔担任美国中央情报局局长；当时麦凯恩已经确诊脑癌，白宫联络室特别助理凯利·沙德勒因而在一次内部会议中对麦凯恩的反对表示“没关系，反正他快死了”，该言论遭到美国各界批评，事后白宫拒绝就此道歉，特朗普亦拒绝回应。
去世.麦凯恩晚年在2017年罹患脑癌