包括新竹教育大学的区域人文社会学系、应用科学系、数学系及清华大学的教育学程。虽然两校对于合併案完成持保留意见，但仍分别设立组织合併推动委员会，将协商重点放在计画书内容上。合併案也在学生BBS上热烈讨论，两校都有学生表态赞成，但多数持反对意见。在校长曾宪政主导下，新竹教育大学开始就相关系所展开初步讨论，计画在2007年年底或2008年年初提出两校共同愿景，并提报给教育部；尔后继续与学校教授、学生、职员协商，针对工作权和学习权等进行细部修正。为了能够保障行政职员的工作权，两校很快便同意全数保留新竹教育大学职