约翰三世·梅加斯·科穆宁（，拉丁化：Iōánnēs G′ Mégas Komnēnós，约1321年－1362年），是特拉比松帝国的君主（1342年9月4日－1344年5月3日在位）。他是皇帝米哈伊尔和所生的儿子。在女皇安娜被约翰的支持者所杀死后，他被拥立为帝国的君主，却在短短两年内便被迫退位并逐出教会，并在爱第尼居住直至其于1362年逝世。