少数族群.据报导，哈梅内伊反对在伊朗首都兴建一座逊尼派的清真寺。《亚洲时报》引述一名德黑兰学生称，前任改革派总统穆罕默德·哈塔米表示哈梅内伊没有坚守他的竞选时的承诺，允许在德黑兰兴建逊尼派清真寺。导致168人丧生的里海航空7908号班机空难发生后，哈梅内伊保持缄默，也没有宣佈全国哀悼，这引起了伊朗基督徒，伊朗裔美国人及其他伊朗社群的愤怒。与什叶派伊拉克教士穆罕默德·巴格尔·哈基姆的身亡比对，当时哈梅内伊发佈了通知，宣佈全国举行三天哀悼。
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