亲笔愿文，其署名为「太上天皇宽成」，时间是元中2年（1385年）9月。其现存最后的院宣是翌年阴历4月对越后守下达的，此后出家，法号金刚理（一作觉理）。1392年（元中9年 / 明德3年），阴历闰10月，南北朝统一，后龟山天皇退位并前往京都大觉寺，将三神器交给北朝的后小松天皇。没有证据表明长庆法皇曾经随行前往京都。而根据《大乘院日记目录》的记载，长庆法皇于应永元年（1394年）8月1日病逝，享年52岁。其晚年的居住地有吉野、纪伊玉川里（今和歌山县九度山町）、先在和泉大雄寺塔头长庆院（位于今大坂府高石市），