月下旬回京。1939年四月，为缓解水灾，段正元去天津十二天，同年作《元仁辑让求贤说明书》等书，意在凡身隐退。1940年1月26日段正元在北京逝世，安厝于海淀善缘桥12号山庄。
会见吴佩孚.1924年正月（旧历）段正元应吴佩孚之请赴洛阳。告诫吴“武力不可持”，劝吴放弃以武力统一全国的野心，吴未采纳。会见详情如下：
会见蒋介石.1930年冬天段正元在南京会晤蒋介石，两日会谈三次，劝蒋以“谦让和平”之法安定内外，并提出具体方案。蒋介石虽然表示赞成，终未实