微生物燃料电池（microbial fuel cell，缩写MFC），又称生物燃料电池（biological fuel cell）是一种生物电化学的电池系统，使用自然界细菌及仿真细菌交互作用产生电流。一般可分为两类——使用质子交换膜者及无膜式（membrane-less）。第一颗微生物燃料电池于20世纪初期展示，使用质子交换膜借由细菌透过电池阳极进行电子转移。无膜式的系统是属于新型的发展，可追溯于1970年代；这类型的电池，细菌通常具有电化学活性可氧化还原蛋白质（如细胞色素其外膜），可以直接传送电子至阳极。