让孔尚贤留在北京，孔尚贤把曲阜林庙、祭祀的事务交给儿子处理。万历二十二年（1594年）朝廷封他为衍圣公世子。万历四十七年（1619年）孔胤椿到北京看望父亲，返回曲阜途中得病十月初九去世，享年四十九岁。天启五年（1625年），在嗣封的衍圣公孔胤植请求下，明熹宗追封孔胤椿为衍圣公。