典型的特征，故现已将其归类为革兰氏阴性微生物（用革兰氏染色法不能将其细胞壁染成紫色），可导致砂眼，还会引致人类泌尿生殖系统的感染，女性的生殖系统比男性更容易受到感染。它的大小只有普通细菌的十分之一，特征跟病毒类似，可通过细菌过泸器，以及不能独立完成生物的代谢活动，不能用普通的琼脂培养皿培养。因此曾有一些科学家将砂眼衣原体定义为病毒。1955年，中国科学家汤飞凡分离出独立的砂眼衣原体。根据宿主种类及所致疾病的不同，沙眼衣原体分为三个生物变种：沙眼生物变种，淋巴肉芽肿（LGV）生物变种和鼠肺炎生物变种。