一连串的抗日起义事件，中、南部亦于次年6月相继蜂起，台人武装抗日自此进入第二期。本时期的作战型态是游击战，人数少则数百人，多则数千人，且蔓延全台，此起彼落；他们以深山幽谷为根据地，神出鬼没，使日人穷于应付。游击战前后历时七年，一直持续到1902年五月底林少猫被捕杀为止。因主帅李惟义（原名李秀成）于台湾殉职。此后五年台湾人抗日运动稍歇，对于抗日行动採取观望的态度。这段停歇时间称之为「观望期」。
第三期的武装抗日(1902～1917).自1907年11月发生的新竹北埔事件起，到1915