2007年十月其母亲病逝。广州教区前任主教林秉良2001年逝世后，甘俊邱于2006年10月获选为主教候选人，在次年一月时就已获得梵蒂冈的认可，十一月北京的中国天主教爱国会才批准广州教区的选举结果。2007年12月4日在广州石室圣心总主教座堂举行隆重的祝圣仪式，自此甘俊邱正式担任广州教区主教。甘俊邱本人在接受外国媒体和香港媒体採访时，多次重申致力改善中梵关系。不过广州市天主教爱国会副主席吕国存则表示，无论有否得到梵蒂冈的核准，甘俊邱都是广州教区选举出来的、实至名归的主教。2012年2月4日，德国女总理