十八年（1793年），共40册，编修者有王杰、董诰、彭元瑞、金士松、沈初、玉宝瑚、图礼、吴省兰、阮元、那彦成等十人。三编与《秘殿珠林》的三编同时进行，编纂工作始于干隆五十八年（1793年）二月，成书于嘉庆二十一年（1816年），共28函，参与编修者为英和、吴其彦、黄钺、姚文田、张鳞、顾皋、朱方增、吴信中、龙汝言、沈维鐈、胡敬等十一人。前后共耗时74年，朝廷命人缮写成「朱丝栏抄本」，深藏于宫中。《石渠宝笈》与《秘殿珠林》几乎是同时进行编撰工作，故合称《石渠宝笈·秘殿珠林》。1918年上海涵芬楼