十字军洗劫了这座教堂。历史学家Nicetas Choniates记载十字军洗劫了皇家陵墓，抢走黄金和宝石，没有一座陵墓得以幸免。皇帝赫拉克留的墓被打开了，他的金皇冠被盗，他的头发仍然在上面。其中一些珍宝被运往威尼斯，现在仍然能在圣马尔谷圣殿看到。米海尔八世从十字军手中收复君士坦丁堡后，在教堂竖立天使长米迦勒雕像，纪念这一事件，以及他本人。14世纪初安德洛尼卡二世修复教堂。此后由于拜占庭帝国衰落，君士坦丁堡人口下降，教堂年久失修。佛罗伦萨人Cristoforo Buondelmonti在1420年看到了破