行党内初选，并积极参与主持全国性的政论节目大话新闻增加曝光率。赖清德控诉王在选举中抹黑，王反批赖所属的新潮流欺压同党同志，初选的结果王以极微小差距败于赖清德。
张铭清访台争议与冲突.2008年10月19日，中国大陆海协会副会长张铭清以厦门大学教授身分扺台进行学术交流，由于张铭清于参访台南时宣称『没有台独就不会有战争』，王定宇因此透过电台节目，号召群众在台南县市各景点集结包围张铭清，表达强烈抗议。19日聚众包围担仔面餐厅，迫使张更改行程。20日在台南艺术大学週围抗议，要求张就三鹿奶粉