元显信任庐江太守张法顺，以其为谋主，又树立自己的党羽，桓谦以下的门阀权贵子弟都与其交往。司马元显当时为增加兵源，于是下令三吴各公卿以下，原为官奴而被门阀转为荫客的人移置建康，号称为「乐属」，但惹来当地门第士族的不满。
败坏朝政.孙恩就正值当时三吴民心不稳，于是自海岛进攻上虞，及后更攻陷会稽，三吴八郡皆响应孙恩。面对如此局面，朝廷内外戒严，司马元显以中军将军讨伐孙恩，并命谢琰率兵讨伐。不久谢琰与刘牢之暂时击退孙恩，八郡稍为安定，加司马元显录尚书事。当时司马道子父子皆录尚书事，但司马道