微型潜艇着名的作战是珍珠港事件，并将美国卷入第二次世界大战，它也是继19世纪中的美墨战争之后，第一次有另一个国家对美国领土发动攻击。
运用.曾经有军用微型潜艇的国家有日本、纳粹德国、苏联/俄罗斯、义大利、中华民国、朝鲜、伊朗、越南、美国、巴基斯坦、荷兰等等。日本在二战就有微型潜艇，如自杀式鱼雷回天。美国的军用微型潜艇用在特种部队身上。中华民国海军的第一代微型潜艇是SX-404级微型潜艇，但没有武装仅能运兵，在1973年除役。北韩把微型潜艇用在海战上，北韩现役的潜艇