]和艾根阳离子[HO]之类的水合离子团簇。在酸–碱反应中发生的氢离子传递通常被称为“质子传递”；根据酸碱质子理论，可以在水溶液中提供质子的物质一般被称为酸，可以在水溶液中吸收质子的物质一般被称为硷；酸、碱分别被称为质子的“给体”和“受体”。类似地，生物化学中的“”和“”之类的术语，所讨论的也是水合氢离子的运动。将氢-2原子的电子移除得到的离子叫做氢-2离子；由于含有一个中子，氢-2离子不是质子。类似的结论对氢-3也成立。
质子核磁共振.在化学里，“质子核磁共振”指的是对于在