肯迪、比鲁尼、伊本·西那及伊本·赫勒敦先后批驳传统炼金术及贤者之石的论说。穆罕默德·伊本·扎卡里亚·拉齐在他的着作《盖伦的疑惑》（Doubts about Galen）里首次利用实验来证明亚里士多德四元素说及盖伦体液学说（Humorism）的谬误。纳西尔丁·图西陈述了早期的质量守恆定律，认为物质本身可以转化，但是没法消失。学者亚历山大·冯·洪堡和威尔·杜兰特（Will Durant）认为中世纪的穆斯林化学家是化学的创立者。
数学.穆斯林数学家在这个时期的成就包括波斯籍伊斯兰数学家花