40年攻灭回纥，建立汗国。他们有自己的可汗，名为阿热(牙帐在阿巴坎河西)。阿热以下有丞相7人、都督3人、职史10人、长史15人、将军、达干(答剌罕)。在蒙古帝国崛起之前，他们一直扩张，版图直达今日的图瓦共和国。在吉尔吉斯汗国崩溃后，退回叶尼塞河。被辽朝和西辽降服，后来和其他林木中百姓被蒙古降服，归属中央汗国，划为九个千户，在1270年置断事官。西方最早提到吉尔吉斯人是569年，一个查士丁尼的使者得到一吉尔吉斯女奴。
蒙古人时期.13世纪，蒙古人侵入中亚地区，吉尔吉斯坦地区毁于一旦。