1906年前往台湾任职于台湾总督府殖产局。之后十多年间，他于台湾新高山、火烧岛、阿里山、红头屿、澎湖群岛等地大量採集台湾鸟类、哺乳类、爬虫类动物以供研究，其成果相当丰硕。菊池最为着名事蹟是于1906年受英国标本商欧斯顿委託，首次捕获了台湾独特种鸟类－帝雉（黑长尾雉"Syrmaticus mikado"），1918年奉总督 明石元二郎 之命捕捉帝雉，并在总督陪同之下亲自献给大正天皇，将帝雉饲养在新宿御苑内。除此，以菊池为名的动物种尚有菊池氏田鼠（"Microtus likuchii"）、菊池氏龟壳花、菊池