生草酰乙酸的反应可能在生理上来说是最重要的。苹果酸在胞质溶胶中由磷酸烯醇丙酮酸羧激酶和苹果酸脱氢酶产生。在线粒体基质中，苹果酸可被用于产生丙酮酸（由苹果酸酶所催化）或草酰乙酸，他们都会进入三羧酸循环。
补给代谢疾病.缺乏丙酮酸羧化酶是一种使补给作用大大减少的遗传性代谢紊乱。其他回补反应底物例如包含三庚酸甘油酯在内的奇数碳脂肪酸甘油三酸酯可被用来治疗此反应。