有缴纳年金而第二次被迫辞去党首职务。菅直人因此而淡出政坛外，还把头发剃光并以苦行僧人装扮巡礼四国八十八箇所。后来年金事务所发现是该所忘记记录菅直人缴纳年金，菅直人重返政坛，2005年连任众议员。2006年4月，菅直人得到民主党代表小泽一郎、干事长鸠山由纪夫等支持而出任民主党代理党首。2008年12月，菅直人当选为日本众议院预算委员会首席委员。日本民主党于2009年8月成为日本执政党，菅直人出任副总理（副首相），国家战略担当大臣，内阁府特命担当大臣（经济财政政策、科学技术政策）。2010年1月7日，菅直人