丧完毕后，还朝。干隆五十一年（1786年），出任军机大臣、上书房总师傅，教皇子颙琰读书，严加教训，并罚跪罚站。有一次干隆碰见皇子被罚跪，即令站起，并说：“教者天子，不教者天子，君君臣臣乎！”王杰见状答道：“教者尧舜，不教者桀纣，为师之道乎！”次年，拜东阁大学士，管理礼部。台湾、廓尔喀先后平定，两次在紫光阁绘像，加太子太保衔。王杰在朝廷中枢十余年，事有可否，未曾不将情节详细陈奏。当时和珅秉政，政事大多擅自决定，其他文武百官大都隐忍不发，只有王杰认为不可以时，就与和珅据理力争。干隆帝对王杰了解深刻，和珅即使