「筏仔头桥」北侧叉路口，名义上起点则位于该桥南侧的头港里「筏仔头」。起点过后，南6线大致向东而行，越过新田寮排水线上的「筏港桥」后，到达河道北岸处的学甲区三庆里红虾港村落。本线绕经村内弯道后再转往东行，经三庆新芳及红茄萣两个村落附近时，沿路依序交会南7线、南14线及南13线等三条南北向的短程区道。新芳原属新芳里，红茄萣则属红茄里，2006年2月学甲镇进行行政区域调整，将原本的顶洲、红茄及新芳里合併为「三庆里」至今。南6线续往东直行跨越区界后来到盐水区，在经过的第一个聚落孙厝里羊稠厝处，先与村落西北侧