纸币由日本银行发行，国立印刷局制造，称为日本银行券。另外，也有2000元的纸币仍在市面上流通，但已停止制造。2000日元纸币正面是守礼门，背面则有紫式部画像；主要是在冲绳流通。
新版纸币.2019年4月9日，日本财务大臣麻生太郎宣布了¥1000、¥5000和¥10000纸币的新设计，将于2024年开始使用。 新日圆钞票「F券」包括10000、5000和1000日圆，钞票正面更换了人物，分别是「日本资本主义之父」涩泽荣一、推动女子教育的津田梅子以及医学家北里柴三郎。至于钞票背面