第四个双冠王，领先第二名26分的成绩也创造了德甲联赛的历史。希斯菲尔德的统治期在2004年终结，该年拜仁的表现令人失望，甚至在德国杯赛上也负于德乙球队亚琛而止步不前。球队教鞭改由菲利克斯·马加特接掌，他带领拜仁连续获得了两次联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原奥林匹克体育场搬迁至了新的安联球场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07赛季的表现较为飘忽，除联赛表现不佳外，杯赛上也再次输给了亚琛，菲利克斯·马加特于是在冬歇期过后不久即遭解职。希斯菲尔