佛教传播的另一高潮相当于明神宗时代。蒙古土默特部俺答汗与索南嘉措在青海仰华寺会面，俺答汗上「达赖喇嘛」的尊号，成为藏传佛教再次传入蒙古的契机。到十七世纪中期，大漠南北的大部分蒙古人已信仰藏传佛教。 此时新起的格鲁派声势也发展迅速，并不断扩展。至1652年顺治九年，清世祖册封格鲁派领袖五世达赖为「西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤拉呾喇达赖喇嘛」。印度传入西藏的显教，代表性着作有五大部，就是《释量论》、《根本说一切有部律》、《俱舍论》、《入中论》、《现观庄严论》。藏文大藏经（包括《甘珠尔》和《丹珠尔》）近