须对抗鄂图曼，同时要尊重克罗地亚人的政治权益。1538年，奥地利将克罗地亚一分为二，分作平民区与驻军区，后者由政府派遣的军事长官控制，协助奥军。1593年，奥斯曼在钖萨克战役中败于克罗地亚。1667至1698年，「大土耳其战争」期间，奥军收复斯拉沃尼亚和大部分克罗地亚领土，仅剩波士尼亚仍在鄂图曼控制之下，造成现今两国的边界划分。战争对克罗地亚的人口结构造成强烈的冲击，许多克罗地亚人移民到奥地利，布尔根兰州的克罗地亚人即是当时移民者的后裔。为取代移民的克罗地亚人，哈布斯堡唿吁波士尼亚和塞尔维亚