539年之间成为新巴比伦王国的所在地。这个帝国由来自美索不达米亚平原东南角的迦勒底人建立。新巴比伦帝国最后一个国王是一个来自美索不达米亚平原北部的亚述人。巴比伦的空中花园是古代世界七大奇迹之一。巴比伦在衰落后又被阿契美尼德帝国、塞琉古王朝、帕提亚帝国、罗马帝国和萨珊王朝统治。
名称.希腊语形式的巴比伦名字（Βαβυλών）是对阿卡德语Babili的改写。公元前一千年巴比伦的名字与公元前二千年早期的名字Babilli相比发生了改变。根据主流的词源学，Babilli的意思是“上帝之门”