生理时钟.在动物中，褪黑激素参与同步昼夜节律，包括睡眠 - 觉醒时间，血压调节和季节性繁殖。它的大部分作用是激活褪黑激素受体，而另一部分则是它作为抗氧化剂的作用。在植物中，它具有抵抗氧化应激的作用。褪黑激素也存在于各种食物中。但中央神经系统才是控制内分泌系统及旁泌性系统的主要组织（曾经被人误认为褪黑素）。
制造机制.在正常情况下，由视网膜感知环境中的蓝光亮度，给出的光暗信号传递给松果体，令其在黑暗的情况下制造褪黑素，因此褪黑素亦称「黑暗荷尔蒙」。褪黑素的分泌于晚间中段时间最多，然