任命为冯子琮给事黄门侍郎，兼主衣都统。武成帝住晋阳旧殿，后主没有其他的宫殿，冯子琮奉命监督建造大明宫。宫殿完成，武成帝亲自巡查，发现宫殿不够宏丽。冯子琮说：“至尊年幼，承继大业，应以节俭治国，以示万邦。”武成帝称赞他。569年1月13日（天统四年十二月初十日）武成帝驾崩，仆射和士开秘不发丧三日。冯子琮怕和士开与赵郡王高叡、临淮王娄定远不和，发生伪诏高叡外任，剥夺娄定远禁卫权的事情。于是发丧。元文遥以子琮是胡太后的妹夫，会导致太后干政，説服赵郡王高叡、和士开外任冯子琮任郑州刺史。胡太后为齐安王高仁弘纳