她又被派遣以对付德国装甲巡洋舰。同年12月，纳尔逊号在苏格兰海岸触雷，其在朴茨茅斯维修至1940年8月。维修完成后纳尔逊号被派往罗塞斯防备德国登陆，之后被派往英吉利海峡。1941年4月至6月她主要执行商船护航任务。5月下旬纳尔逊号到达弗里敦并被调往直布罗陀防备德国战列舰俾斯麦号。同年六月，纳尔逊号被从直布罗陀调往H舰队，在地中海执行护航任务。1941年9月27日，纳尔逊号遭到意大利海军鱼雷攻击并重创，她返回英国进行维修至1942年5月。1942年8月，纳尔逊号作为旗舰返回H舰队，为前往马耳他的运输船