曹锟继续任师长、萧耀南继续任参谋长。1913年（民国2年），萧任第9团团长。因讨伐河南省白朗的贡献，他获得陆军少将衔。1914年（民国3年），曹锟任长江上游警备司令，驻岳州（现在的湖南省岳阳市），萧继续任司令部参谋长。1915年（民国4年）12月，护国战争爆发，曹锟、萧耀南入四川省讨伐护国军。此后，萧任卫队统领。1916年（民国5年）6月袁世凯死去后，曹改任直隷督军，率3个混成旅。萧任其手下第3混成旅旅长。1917年（民国6年），段祺瑞、曹锟命令萧耀南和吴佩孚进军湖南省同南方政府交战。1916年（民