义塾大学医学教授大森宪太等人经过反复论证，最终肯定了“zh-hans:维生素; zh-tw:维生素; zh-hk:维他命B1缺乏说”，否定了“细菌致病说”，历时数十年的脚气论战至此才尘埃落定。
晚年.1892年高木当选贵族院议员，编入预备役，就任东京医院（日后的）院长，从此专注于公共卫生工作。当时东京的贫民窟聚居区拥挤肮脏、设施欠缺，极易成为瘟疫的温床。对此他建议以英国伦敦为范本，将市中心的贫民迁至郊外，腾出空地修建商业中心；郊区与市区间以马车、汽车等公共运输相连，实现职住