04年收併国军基隆医院为三军总医院附设基隆民众诊疗服务处，一般民众称为「基隆三总」或「三总基隆分院」；2005年收併国军徐州路门诊中心为三军总医院台北门诊中心；2006年收併国军澎湖医院为三军总医院澎湖分院，一般民众称为「澎湖三总」。2013年配合中华民国国防部「医疗机构整合」计划，国军北投医院和国军松山总医院整併入三总为三军总医院北投分院和三军总医院松山分院。2015年1月1日基隆民众诊疗服务处改为三军总医院基隆分院。
人员及编制.三军总医院医师之组成大部分来自于国防医学院医学系