隧道段，早在2014-15年兴建期间已出现多处严重漏水的问题。而天花、墙身、石壆均有水渍。为解决问题，分判商需装上饰板遮掩渗水情况。而部分墙身饰板在2017年已开始生锈问题，有工程人员担心通车数年后隧道天花和墙身会塌下，危及驾驶者及乘客。路政署其后于中西区区议会中承认在巡查时发现轻微的锈渍，强调渗水情况已减少，并要求承建商清理，所有补漏费用由承建商负责，称不会延误通车日期。
工程问题.不过通车前举行的「公益金五十週年百万行」步行活动，参观的市民发现隧道多处有深浅不一的疑似水渍，而墙