天水围站及元朗站可让乘客转乘港铁。同为香港铁路有限公司营运的港铁西铁线于2003年12月20日通车（前称九广西铁及在2007年12月2日前由九广铁路公司营运），其车厂八乡维修中心设于八乡。港铁在元朗区共有4个站，增设1站，分别为洪水桥站、天水围站、朗屏站、元朗站和锦上路站。现在，乘搭港铁往返元朗区和九龙美孚站只需约20分钟。而落马洲支线亦已于2007年8月15日启用，其新建的过境车站落马洲站及落马洲支线管制站亦是位于元朗区，但与之连接的东铁线并不能到达本区市中心。
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