学建模有许多不同模拟软体和程式语言，也有人开发了协助建模的图形介面。目前常见的包括Mathematica、Matlab、Python、Open Source Physics、Easy Java Simulations、 STELLA、Wolfram SystemModeler等等。
模型的好坏.怎样才算是好的模型是科学哲学和科学史学者尚在研究的问题。常见的观点是好的模型应该要有以下特质：然而这些判准是主观的，没有固定的标准，而且符合这些特质的模型不见得比较正确，例如爱因斯坦曾说