87年，在柯旗化鼓励下，杨碧川发表自己的第一本台湾史着作《简明台湾史》。2002年至2004年，杨碧川在好友赵天仪安排下，担任静宜大学历史学系临时讲师，时薪新台币580元。2004年，杨碧川开始向静宜大学历史学系办公室申请转任教授，然而碍于中华民国教育部的法规而无法如愿，他拒绝续任临时讲师。2006年6月9日，杨碧川完成以扁家弊案为题材、模仿中华民国总统陈水扁语气写成的讽刺小说《我无罪》；2006年6月22日，杨碧川完成讽刺小说《毁灭民进党计画》，讽刺民进党早在组党时就已继承国民党的「贪婪、狠毒