C命名法不太相容，后者鼓励用数字来识别碳原子，而不是用希腊字母，不过用希腊字母识别仍相当受欢迎，因为它可以识别碳原子和官能团的相对位置。若有机化合物不止一个官能基，一般会以决定化合物名称或分类的官能基来作为参考的官能基，不过有可能会造成误解。例如和苯乙胺结构相常类似，前者可以还原为后者，不过硝基苯乙烯的α碳是在苯乙烯旁，而苯乙胺相同位置的碳则称为β碳，因为苯乙胺是胺类，因此从另一头开始计算碳原子的顺序。
例子.
蛋白质及胺基酸.α碳也适用在蛋白质及胺基酸上