孔子庙建于卓仔埔，即今日台南孔子庙，也是第一座官立的儒学学堂，人称全台首学。另外在地方上设立学校，只要年满八岁就要入学。陈永华还制定科举办法，在天兴州、万年州，每三年有二次州试，合格后再通过府试、院试，就可进入太学就读，以培养政府所需要的人才。此外为推动汉化，陈永华对于入学的原住民，特别免除他们的徭役。
治安.陈永华引进保甲制度，来维持地方秩序。以十户为一牌，十牌为一甲，十甲为一保。人民无论迁徙、职业、婚姻、出生、过世都要透过保甲向地方官员报备。在治安考量下，陈永华还禁止赌博。