3月7日（同治十一年）加拿大长老会的牧师马偕牧师抵台。此时期的传教工作初期常受到汉人暴力反抗，不时发生破坏教堂以及杀害教徒的事件，直到樟脑战争后传教士才有相对安全的环境，并且传教工作逐渐走向政教分离（如公开反对英国当局的鸦片贸易），传教语言主要使用白话闽南语，信仰核心为加尔文主义，以教育和医疗作为传教工作的基础建设，现存的有新楼医院、马偕医院、淡江中学、真理大学等。清治咸丰九年（1859年）5月18日，三位来自菲律宾的西班牙籍道明会传教士及五位中国教友传道员，从中国大陆横渡台湾海崃抵达打狗港（今高雄港）