本身则留在E1中继续作用。羟乙基氧化之后变成乙酰基，并进入E2，与硫辛醯基上的其中一个硫原子结合，已经氧化过的硫辛醯基离胺酸与乙酰基结合，成为醯基硫辛醯基离胺酸（Acyl lipoyllysine）。C.第三个步骤在E2进行，醯基硫辛醯基离胺酸会与辅酶A进行反应，此反应会使硫辛醯基离胺酸还原，并释出乙醯辅酶A。硫辛醯基离胺酸则经过下一步骤的氧化之后回到第二步骤作反应。D.第四个步骤中，E3的辅成基FAD会使上一步骤中还原的硫辛醯基离胺酸再度氧化，以回到第二步骤；而FAD经过反应之后，会变成FADH。