从兰州铁路局整建制划出，并入青藏铁路公司，实行公司直管站段的新体制，开始承担铁路建设和铁路运营管理的双重职能。2004年6月22日18时，兰州铁路局与青藏铁路公司正式交割运输指挥权，青藏铁路公司调度由铁道部调度直接指挥。2005年10月青藏铁路铺轨抵达拉萨市。2006年7月1日青藏铁路全线通车运营。2005年，青藏铁路公司管辖兰青线、青藏线2条干线，宁大、茶卡、哈柴3条直支线。营业里程1095公里，正线1102.598公里；配属机车139台、客车503辆；车站79个，其中一等站1个、二等站3个、三等站1