议员的李文英以仁爱院区1月10日的患者登记簿为据，指出院方有多个急诊的床位可以紧急调动。另外，李文英、蓝世聪亦对市府方面的调度提出了质疑，指出市府亦可在同样为市立医院如联合医院其他院区或万芳医院等为邱小妹提供安置。在政治方面，邱小妹事件也为当时的台北市政府带来了一场危机，有舆论指市府在此事件上处理失当。马英九市长至台北市议会国民党团说明时，甚至不满地表示：「一件事实调查有三次结果，市府不是昏迷指数三，根本是已经脑死了！」