方九功（），字允治，河南南阳府南阳县人，军籍，明朝政治人物。
生平.河南乡试第六名举人。嘉靖四十四年（1565年）中式乙丑科三甲第三十五名进士。
家族.曾祖方显；祖父方思聪；父方豸，母甯氏；继母张氏。