年获选为2006年世界棒球经典赛日本代表选手，不过他后来因伤婉拒日本队的征召。他的空缺则由宫本慎也来填补。他在2006年击出18支全垒打，并有2场比赛击出2支全垒打，也成为美国联盟击出最多全垒打的二垒手。他在2007年7月21日被芝加哥白袜交易至费城费城人，而费城人则将麦可·杜比（Michael Dubee）送至白袜队。井口资仁也成为费城费城人史上首位亚洲球员。他在费城人主要是顶替手掌受伤的蔡斯·阿特利，不过在阿特利归队后则以代打为主。井口资仁在2007年12月18日与圣地牙哥教士签订一年合约。他于