大学医学院毕业之后，隔年就返回台北，进入台北帝国大学医学部，有感于当时公共卫生观念之贫乏，在妻子柯秀贞全力支持下，决定投入预防医学之研究工作。他曾提醒庆应大学同学郭章垣回来台湾后要小心，但郭章垣依然在二二八事件时被处死，其余同业卢炳钦、潘木枝、黄朝生、张七郎等人也遭杀害。1950年代，陈拱北在美援会赞助下，与李登辉同时到美国进修，日后两人在后来工作上，仍有不少交集。陈拱北取得明尼苏达大学取得公共卫生硕士后，再回庆应大学得博士学位。1955年6月，陈拱北创办了台大医学院公共卫生学系和研究所，担任主任直