大部份水域水深只有1－3米。由于澳门半岛周围淤积严重，浅滩广佈，海水很浅，对航行极为不利。为了维持正常的航运，使船舶能够顺利出入外港和内港，从澳门半岛东南方约2公里，等深线约为5米的地方开始，人工濬深了两条航道供船只使用。外港航道向西北呈一直线直抵外港码头，长约2公里，水深6.2米。内港航道穿过澳凼大桥后绕过半岛南端进入内港、直抵筷子基、青洲、长约5公里，水深5.3米。船舶出入港，需严格按照航标指示，如果偏离航线，驶出航道之外，便会搁浅。特别是内港航道，弯曲狭窄，祇能小心翼翼地驾驶。而且，航道还要经常疏