特。他和传教士，除了在马拉巴发现圣多默教会的基督徒外，在印度其他地区都没有发现基督徒。 他们第一与该教会接触时，非常友好，并互相交换礼物。后来，由于该教会与拉丁礼的天主教会，在礼仪和教理方面有一定的差异。而且，葡萄牙傅教士开始干预，他们怀疑印度的基督徒是异端。要求将该教会的礼仪和管理改用拉丁礼方式，并断绝与东叙利亚的通信。使相方关系越来越紧张。1533年1月31日和1558年，葡萄牙在果亚和柯枝成立拉丁礼天主教教区。希望可以从而加强对圣多默教会的信徒的管理。当时，喀拉拉邦教会被定为是来自波斯景教，即异端。