满奋被杀，周馥却能逃脱。不久，司马颙派了部将张方进驻洛阳，上官巳等兵败出逃。张方控制洛阳后再废司马覃，而周馥也回来续守河南尹。同年十一月，司马颖因遭王浚等军讨伐而挟惠帝返回洛阳，张方于是乘机逼惠帝至司马颙根据地长安，留下周馥、尚书仆射荀藩、司隶校尉刘暾、太常郑球等留在洛阳设东留台。东台不久即复立早前被张方所废的羊皇后，但于永兴二年（305年）四月又遭张方所废，不久司马颙更假做诏书要东台置羊后于死地。不过东台并不愿意执行，面对一直送来的诏命，周馥遂与荀落及刘暾上奏请求不要处死羊后。虽然上奏令司马颙大怒并派兵追