三十六年（1697年）、光绪二十三年（1897年）先后重修或大修，但仍基本保持着明朝初始建时的格局。永寿宫是明朝妃嫔、清朝后妃的居所。明朝万历十八年（1590年），万历帝在永寿宫召见大学士申时行等人；崇祯十一年（1638年），由于国内屡屡出现灾异，崇祯帝在永寿宫斋居。清朝顺治帝皇贵妃董鄂氏、恪妃，嘉庆帝如妃曾在永寿宫居住。雍正十三年（1735年），雍正帝驾崩，孝圣宪皇太后居永寿宫，干隆帝则居干清宫南廊苫次，并且诣永寿宫问安。干隆三十七年（1772年），和硕和恪公主下嫁、干隆五十四年（1789年）固伦