在演化发育生物学中，深度同源性被用以形容生物体的和分化过程受控于一类同源基因机制的情况，这一类机制在不同物种之间具有高度保守性。
历史.1822年，法国动物学家艾蒂安·若弗鲁瓦·圣伊莱尔解剖了一只淡水龙虾，发现它的身体结构与嵴椎动物相似，但是却，从而指出二者之间器官发生的一致性。杰奥弗罗伊的同源性理论受到当时法国动物学家乔治 · 居维叶的指责。1915年，圣地亚哥·拉蒙·卡哈尔绘制了苍蝇视叶的神经连接图，发现这些神经连接图与嵴椎动物的相似。1978年，爱德华·路易斯建立了演化发