修道院开始重建，其中就包括包括国王阿方索一世和桑丘一世的坟墓，文艺复兴时期的漫画喷泉，祭坛和旧大教堂的凯旋门，以及其他作品。科英布拉大学由国王迪尼什一世于1290年在里斯本创办，是一所综合性的大学。该大学于1308年迁至科英布拉，但1338年国王阿方索四世将该大学归还里斯本。1537年，国王约翰三世提出将该大学迁至科英布拉王宫，并于1544年扩建为科因布拉王宫的一部分。从那时起，城市生活就以国立大学为中心。几十年来，由宗教团体建立的几所学院为官方机构提供了另一种选择，但随着葡萄牙教育的世俗化而逐渐终止。