籍贯云南安宁，州内有石淙渡。凡撰述题识皆以石淙系之，故时人称之为石淙先生。父杨景，为永乐癸卯举人。初任直隶霸州判官，后改湖广澧州判官，不久，迁广东化州同知。景泰十二年十二月六日（1454年12月24日），杨一清生于化州。天顺四年（1460年），父杨景致仕，携杨一清家居巴陵。少年时代，杨一清有神童之誉。荐翰林秀才，宪宗命内阁择师教之。成化四年（1468年），杨一清中式戊子科乡试，年方十四。成化八年（1472年）登壬辰科进士。因父丧，徙葬丹徒观音楼巷圆通庵北，并在此定居。服除后，授中书舍人。成化二十三年