开始，言论和施政不断和天主教会冲突。2015年11月30日杜特蒂提到该年1月教皇方济各访问菲律宾时造成马尼拉万人空巷、塞车严重，杜特蒂本人也被卡在车阵中五个小时；他表示“我想打电话给教皇告诉他‘教皇，狗娘养的，你回去吧，不要来这访问。’”事后杜特蒂向教廷书面致歉，并收到教廷回信。就任总统后，杜特蒂发动的反毒战争遭到天主教会批评违反人权。杜特蒂大肆反击，反批天主教会充满腐败，并自曝在就读亚典耀中学时，曾遭该校的天主教耶稣会神父法尔维（Paul Falvey）性侵，杜特蒂随后转至圣十字（Holy Cro