自西向东横贯全境，流程长达665公里，横穿巫山三个背斜，形成瞿塘峡、巫峡及西陵峡（湖北省境内），即长江三峡。长江、嘉陵江穿过重庆市的主城区，并在渝中区朝天门交汇，这两条河流合称“两江”。
湖泊.重庆最大的天然湖泊是位于黔江区的小南海，系1856年地震山崩堵塞溪流而形成的堰塞湖，水面面积2.87平方千米，水面海拔670.50米，平均深度30米，四周秀峰环列，湖中有朝阳寺岛、老鹳坪岛、牛背岛三个岛屿。重庆最大的人工湖是长寿湖，其前身是上世纪50年代修建的狮子滩水库，位于长寿区、垫江