秦含章1908年2月19日出生于大清江苏省常州府无钖县，是家中最小的孩子，祖上为江南望族。其父秦汝煜（1867－1925）18岁考中秀才，母亲苏氏（1868－1928）。秦含章3岁即被过继到姑父杨通观家中，9岁才回到自己父母身边，在父亲的私塾里学习《百家姓》、《千字文》。秦含章在13岁时随长兄秦柳江（1892－1960）学习中医。 
进入发酵工业.1931年进入比利时布鲁塞尔自由大学学习农产工业，1935年获得工学候补博士学位。1936年，秦含章进入德国柏林大学化学及发酵学院学习