来阮卓又迁转鄱阳王中卫府录事、晋安王陈伯恭的王府记室，仍然任职着士如故。欧阳纥被平定，交阯人往往聚集成盗匪，他卓诏出使招抚。交阯的日南郡、象郡出产金银珍珠和翡翠，前后的使者都取得不少，只有阮卓挺身而还，没有取去任何宝物，时人都认为他廉洁。不久迁任衡阳王陈伯信的王府中录事参军、入朝任用为尚书祠部郎，转官始兴王陈叔陵的中卫府记室参军。陈叔陵谋反被诛杀后，陈后主对朝臣说：「阮卓从来不参与谋逆，应该要嘉许。」至德元年（583年），他入朝任官德教殿学士，很快兼任通直散骑常侍，为王话副手出使隋朝。隋文帝早知道阮卓名