北港朝天宫等名庙，是由禅宗僧侣长期担任住持，甚至是禅师所创，北港朝天宫之禅宗法脉甚至传了十七代。当时，多数佛寺内亦奉道教与民间信仰神祇，如艋舺龙山寺、鹿港龙山寺，三教合一。
十九世纪末.1895年4月17日，代表中国的李鸿章与伊藤博文在日本马关春帆楼（今山口县下关市阿弥陀寺町赤间神宫旁的一间割烹旅馆春帆楼）签署《马关条约》，台湾与澎湖等附属岛屿被割让给日本。在日治时期，唐宋元明时期传入日本的禅宗（演变成日本佛教）再由日本传入台湾。在日治时期，日本临济宗妙心寺派和曹洞宗来台湾布教