现存有不少公元前4千年至前2千年的新石器时代遗址。1931年，第一位踏足赤鱲角的考古学家施戈斐侣在该岛发现了一件新石器时代的生活工具──石锛。这次新石器时代的发掘表明本地文化与中国北方包括龙山文化的石器时代文化是有分别的。1950年代，香港大学考古队在大屿山、赤鱲角和南丫岛已发掘出陶器、石制和青铜的捕鱼工具和兵器，风格与珠江三角洲一带的大湾文化相似。当时香港一带属于百越部族的居住地之一。至1980年代末，香港各地已有约100个考古遗址，当中大多与新石器时代有关。1990年代起，随着香港进行大量基建工程，