川县的高松陆军机场（现高松机场）负责教育从缅甸返回日本的飞行学生。之后他重返菲律宾上空作战，参与吕宋岛战役，他改乘四式战斗机参与战斗，日军在菲律宾战败后退守台湾高雄。他宣称在空战中，击落了4架美国海军的F6F地狱猫战斗机。1944年12月，他被提升为陆军曹长。随着日本在太平洋战争的败退，美军的轰炸机开始空袭日本本土，穴吹智被调回日本本土防御，负责迎击来袭的美军轰炸机编队，他驾驶五式战斗机与担任教官时的明野陆军飞行学校的飞行学员一起参与日本本土战役，他宣称最后一次的战果是击落1架B-29超级堡垒轰炸机。