吞噬作用吞噬这些病菌，之后，病原细菌会破坏细胞，并且以逆吞噬作用的方式离开此细胞，进入其他细胞。有些病原细菌会分泌酵素来穿透宿主细胞，本身即为一种破坏。
产生毒素.毒素是一些微生物产生的有毒物质，一般和病原细菌致病的特性有关。内毒素是革兰氏阴性菌外膜的脂多糖，当细菌裂解时会释放内毒素，这也是为何抗生素治疗后，一开始症状会加重，这是因为细菌死亡，释放出内毒素。外毒素是细菌成长及代谢时释放的蛋白质，在革兰氏阳性菌中较常见，当细菌死亡、细胞膜破裂时会释出外毒素。外毒素的效果会随所在组织而