治继续处于对立、以至互不信任、针锋相对，甚至时有火药味的状态。1996年中华民国首次举行总统直选，中国人民解放军第二炮兵部队却对台湾试射飞弹，造成台湾海崃飞弹危机，使两岸关系跌入冰点。1999年，李登辉提出「两国论」，引发中华人民共和国不满。2000年中华民国第二任总统民选，中华人民共和国国务院总理朱镕基以非常严厉的口吻批评「谁要是敢搞台湾独立，你就没有好下场！」，结果在野民主进步党总统候选人陈水扁胜出，完成中华民国历史上首次政党轮替。主张台湾独立建国的民进党首次执政。2002年，陈水扁提出「一边一国」主张