了让亲生儿子草壁皇子继承皇位，她不惜以谋反的罪名，把大田皇女的儿子大津皇子逮捕，并下令赐死，从此持统天皇的果决狠辣，干纲独断在朝中闻名，只可惜，持统天皇最疼爱的儿子草壁皇子，却在690年去世，年仅二十八岁，持统乃即位。697年让位，改称太上天皇。《万叶集》中有其所作诗歌。死后葬奈良县高市郡明日香村桧隈大内陵。她在位时真正奠定三神器一说，之前由忌部氏上二种神器。
万叶歌人.持统天皇现存一首收录在《万叶集》卷一‧二八的和歌，此和歌同时收录于《小仓百人一首》：