992年，荷兰真菌学家将本属物种分成38个节，随着更多物种被发现，本属中又设立了若干个新的节，不过具体分类情况十分复杂，有些物种不完全符合其所属之节的特征，或只有在生活史的某阶段符合。有些节下只含有一个物种。2002年，一项大规模的分子种系发生学研究以核糖体大次单元的基因序列分析伞菌目中各类群的亲缘关系，发现小菇属为复系群，其下部分物种应移入其他属中，小菇属的核心支序则与、等类群的关系较近。