万钢率领一个德国汽车工业的博士工程师代表团到中国考察汽车工业。1999年，万钢带团归国，提出开发清洁能源汽车的建议，并有了回国的打算。2000年的平安夜，经同济老校长李国豪劝说，并受科技部邀请的万钢回到了中国。不久，他被中华人民共和国科技部聘为国家“863计划”电动汽车重大专项首席科学家、总体组组长。2001年，万钢回到同济大学，历任校长助理、汽车学院院长、新能源汽车工程中心主任；2003年6月，出任同济大学副校长（主持工作）；2004年7月起，正式担任同济大学校长（副部长级），任至2007年；2006