掘人沃特方承认，整个发掘“毫无疑问是不够理想的”，因为印尼政府因担心盗宝行为，命令海底探索公司进行了全天候的发掘。支持者认为，对黑石号的发掘在印尼政府的请求下展开，符合印尼当地的法律，并符合当时的国际公约。部分学者对商业介入黑石号发掘表示支持，新加坡东南亚研究所研究员陆彩霞称，黑石号的发掘是“在东南亚困难的条件下进行的一项可敬的工作”，与其他商业行为不同，“沃特方的公司在发掘时正确记录了沉船的结构，保持了货物的完整性，考古发现得到了保留、研究、归类和出版”，“很难想象在没有商业行为介入下，这一工程将如何开展