对于京都最为不满之处亦为其交通状况。
市内铁路.京都市内铁路交通发达，除了主要服务长途旅客的新干线之外，也有多条服务中短途乘客的铁路路线。JR西日本在京都市内共有四条线路，分别是东海道本线（又可分为琵琶湖线和JR京都线）、嵯峨野线、湖西线和奈良线。东海道本线的琵琶湖线是连接京都和滋贺县的重要铁路路线，JR京都线则有众多开往大坂市和神户市的列车。嵯峨野线是山阴本线的一部分，主要服务居住在京都市近郊，前往京都市通勤的市民。在关西的五大私铁公司中，近畿日本铁道（近铁）、京坂电气铁