期间，经蔡铭哲居中，辜成允宣称，已交付4亿元给吴淑珍（吴淑珍只承认其中的2亿元），同时，也给与竹科管理局长李界木三千余万的佣金。特侦组以陈水扁与吴淑珍涉及贪污为由起诉，陈水扁辩称他本人不知情，且此笔款项为政治献金，购地为竹科管理局的权责，与此笔款项无对价关系，主张无罪。洗钱部份，另案起诉。
法院诉讼与监院调查过程.
刑事诉讼.
贪污部分.2009年10月24日，因红火案潜逃日本的辜仲谅，在特侦组策动下回国。辜仲谅否认曾主动找过前第一夫