联占领爱沙尼亚后，该党成为全联盟共产党（布尔什维克）的爱沙尼亚分支，改名为爱沙尼亚共产党（布尔什维克），并作为爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国的执政党。1952年，该党又采用了最初的名称。1990年，爱沙尼亚共产党内部主张爱沙尼亚独立的多数派宣布脱离苏联共产党的领导，并注册为独立的“爱沙尼亚共产党”，后于1992年更名为爱沙尼亚民主劳动党。党内亲苏联的少数派则组织了爱沙尼亚共产党（苏共），继续接受苏联共产党领导。但在1991年八一九政变失败后，爱沙尼亚共产党（苏共）遭爱沙尼亚当局取缔。