香港沦陷。在保卫战期间，王国栋负责留守香港大学，率领大学员生主持临时设于陆佑堂的大学救济医院，协助收留因玛丽医院额满而未能接收的病人；及至香港沦陷后，不少属于日本敌国的外籍居民遭遣送入拘留营，但王国栋获日方批准留在市区，负责维持大学救济医院、玛丽医院和赞育医院的运作。在1942年2月，即大学救济医院停办前两个月，王国栋在大学同事秦惠真医生暗中协助下，由西贡深涌村经大鹏湾逃出香港，几经转折下途经惠州、东江、曲江、衡阳、桂林、金城江、贵阳和滇缅公路，最终在同年4月中抵达当时属于国民政府战时首都的重庆，操流利