根康弘内阁的官房长官召集下出任谘询机构「阁员参拜靖国神社问题相关恳谈会」（）的座长，与来自法界、文学界及宗教界的14名委员调查靖国神社参拜争议在法律、社会及宗教方面的问题。1991年11月12日，林敬三于东京涩谷区的医院里逝世，终年84岁，死后获追赠为正三位，丧礼于东京芝公园内的增上寺举办。
荣誉.林敬三一生中曾获日、美两国授予勋章。由自卫队退休后，他在1977年4月29日获颁勋一等瑞宝章，使他成为第一位自卫官出身的受勋者。1987年11月3日，林又获授日本政府的勋一等旭日大绶章。