由中岛于市主持，随后改由沟上喜世任所长，当时仅有第一工场。当年制糖压榨量为180公吨，经逐年改善后为700公吨。1909年10月，日本财阀强制合併接收经营，由台湾制糖株式会社承继。1928年（昭和3年），扩建第二工场，压榨量增至1,000公吨。第二次世界大战战后，1946年（民国35年）由国民政府接收隶属经济部国营生产事业机构，并改名为台湾糖业公司第二分公司湾里糖厂。1950年（民国39年）7月各分公司改为总厂，改隶总爷糖厂。1961年（民国50年）7月更名总爷总厂善化糖厂，1967年（民国56年）7月