后，林挺生将他调到「机器工业同业公会」工作，出任专员，第二年出任财务组长。直到1965年退休。吴浊流早年得过肺病，六十岁后偶有咳血现象。1964年（民国五十三年）4月，创办《台湾文艺》杂志，培养了许多乡土文学作家，如：陈映真、黄春明、王祯和、王拓、杨青矗等人。1969年（民国58年）以退休金设立吴浊流文学奖，奖励后进，成为台湾文坛着名奖项。晚年吴浊流在1966年写成《无花果》一书，1968年在《台湾文艺》发表。日后完成《台湾连翘》。在《台湾连翘》一书中，吴浊流指出战后政府与党的不信任台湾人，与日本时