第二回合中，因扎吉打进一球，帮助AC米兰夺得冠军。同年，AC米兰在摩纳哥的路易二世球场以1比0战胜了波尔图，赢得了欧洲超级杯。在2003-04赛季里，AC米兰赢得意甲联赛冠军和意大利超级杯。在这个赛季里由于重伤病导致状态不佳，因扎吉的主力位置受到了托马森的挑战。到了赛季结束，因扎吉只为AC米兰打入了7个球。2004-05赛季是因扎吉职业生涯的低谷。由于伤病等原因，因扎吉出场次数不多，只为AC米兰打入了1个球。尽管这样，AC米兰还是给了伤病中的因扎吉一份到2009年的合约。在2004-05赛季欧冠决赛中