1524年任命达伽马可以享有总督的名称，是在1505年Francisco de Almeida后第二个有此名号的人。 达伽马的第二个儿子Estêvão任命为印度海军指挥官，取代梅内塞斯的兄弟。最后一个条件是约翰三世答应任命他的几个儿子可以先后成为葡萄牙马六甲舰队的队长。1524年，达伽马在印度已有「武力至上的问题调停者」的可怕称唿，他派遣了更多军舰到东非和西印度，企图替换当地的无能统治者杜阿尔特·德·梅内塞斯，并取得他的葡萄牙领地，但达伽马抵达印度果阿感染疟疾，不久就过世了。他被火化后埋在印度柯枝的圣