2015年6月3日，陈肇麒挥笔与南华续约，成为继陈伟豪后，另一落实留队的南华骨干球员。陈肇麒自重返南华后，入球数字大减，今季本地赛只攻入三球，而入球锐减或与过去几季被教练安排改踢翼锋有关。2015－16球季，陈肇麒被教练安排尝试中场分波，由前锋转型为中场，更多时间都要为射手供应射门传送，近季较多角球和罚球也由陈肇麒处理，故自己突入破门的机会自然变少，入球数字减少，但他在季内共为南华贡献10个致命传送，成功率达50%，是2015/16球季港超创造最多致命传送的最佳球员。2015年10月23日，陈肇麒于以3