9月8日，旧金山和约签订，日本与巴拉圭均参与签订了合约，后日本于1951年11月28日批准该和约，两国于1953年1月15日复交。 1956年两国关系升格为公使级，日本也在巴拉圭建立了公使馆，并于1961年升格为大使馆。第二批日侨移民开始到巴拉圭南部伊塔普阿省的皮拉波和拉帕斯，以及上巴拉那省的。自1954年史托斯纳尔发动政变以来，巴拉圭一直与日本保持着非常友好的关系，史托斯纳尔总统在任期间，每年十二月都会前往拉科尔梅纳视察工作。史托斯纳尔对于日本明治维新、战后经济的复苏拥有兴趣，因此史托斯纳尔在1972