丰六年（1856年），回京补内阁学士，兼刑部侍郎、顺天府（今北京市）尹。咸丰年间，黄宗汉与载垣、端华、肃顺等交结。七年，爆发第二次鸦片战争，广州沦陷，奉旨接替叶名琛担任两广总督，兼通商大臣。同治帝即位，爆发祺祥之变，载垣等顾命八大臣获罪，非斩则贬。少詹事许彭寿疏劾黄宗汉与陈孚恩、刘昆并党肃顺等，踪蹟最密。诏曰：“黄宗汉本年春赴热河，危词力阻回銮。迨皇考梓宫将回京，又以京城可虑，遍告于人，希冀阻止。其意存迎合载垣等，众所共知。声名品行如此，若任其滥厕卿贰，何以表率属僚？革职永不叙用，以为大僚媚者戒。”