大村喜前（嘉前）在丰臣秀吉征讨九州时加入了秀吉一方而确认了对领地的所有权。喜前是天主教诸侯,不过，迫于秀吉的压力而改变了信仰。1598年（庆长3年）秀吉死后，为了防备政局不稳开始着手建造玖岛城。次年1599年（庆长4年），把居城从三城城迁移了过来。江户幕府开始后也拥有领地，作为大村藩（2万7000石）而继续存在直到明治维新为止。城完成了作为藩厅的作用。从1614年（庆长19年）开始，由于纯赖的要求，进行扩建改造，这时候，从加藤清正这里接受了设计指导。由于接受了清正的指导，可以看到美丽的扇子和倾斜的石垣。