独立组建南京师范学院，陈之佛转任南京师范学院美术系教授兼系主任。1954年，当选为江苏省人民代表大会代表、中国美术家协会华东分会常务理事。1956年，获江苏省社会主义先进工作者称号，同年加入中国共产党。1958年5月，担任中国美术团团长，率团出访波兰、匈牙利等国。同年，调任南京艺术专科学校（现南京艺术学院）副院长，主持创设染织、装潢专业以及工艺美术专修科。1959年，当选为中国美术家协会理事。1960年，任中国美术家协会江苏分会副主席、江苏省文学艺术工作者联合会副主席。1960年7月，中国美术家协会江苏分会