89年），朱一新移任广州广雅书院山长。光绪十六年（1890年），康有为移居广州后，朱一新与其有过学术讨论。朱一新在学术上主张汉、宋兼并。光绪二十年朱一新去世。其遗着于光绪二十二年（1896年）秋由其胞弟朱怀新主持编纂刻印，成分订16册之《拙盦丛稿》。光绪二十三年十二月，广东学政恽彦彬奏请将朱一新宣付史馆立传，并赏卿衔。光绪二十四年十二月，礼部议奏照定章加五品衔，获得批准。宣统元年六月，两广总督张人骏奏请恢复朱一新原职原衔，取消之前的降调处分。