梭菌感染不同，学术文献普遍认为治疗溃疡性结肠炎，需要多次和不断重复的粪便移植才能达致病情长期受控或治愈。
自体免疫疾病及神经系统疾病.研究人员正探究粪便微生物移植用于治疗肠胃科以外的病症，例如自体免疫疾病、神经系统疾病、肥胖、代谢疾病（包括糖尿病）、多发性硬化症和帕金森氏症。，多项研究发现粪便微生物移植对帕金森氏症有帮助。医生Thomas Borody在被难辨梭菌感染的帕金森氏症病人身上试用粪便移植，发现病人的帕金森氏症症状有所减缓，有些病人的征状更未能被其他神经学家察觉。Thom