士林派儒士亦卷入大尹与小尹的斗争中。中宗死后，世子李峼继位，是为仁宗，尊继母王妃尹氏为王大妃，然而仁宗在位不到一年就去世。官方记载仁宗因为父王去世后太悲伤而得病，但民间有流言谓他被继母毒杀。随后由尹氏之子、十二岁的庆原大君继位，是为明宗。母妃尹氏封大王大妃，仁宗王妃朴氏封王大妃。尹氏并垂帘听政，与其弟弟尹元衡逐渐得势专权。明宗即位之初（1545年），尹元衡与同党郑顺朋等人诬告尹任及柳灌等士林势力叛逆谋反，结果尹任等人以叛逆谋反罪被赐死，大尹派被斗垮，史称“乙巳士祸”，此后尹元衡为首的小尹派专横骄肆日