空管制非常特殊，进场（APP）和离场（DEP）以及部分管制塔信号区（TWR）都包括了离此地不远的驻日美军嘉手纳空军基地，所以也同时负责嘉手纳空军基地的管制。那霸机场在第二次世界大战之后由美军管理，1972年沖绳返还后归还日本，1982年管理权完全移交航空自卫队。那霸机场也对来自太空的宇宙飞船或航天飞机提供管制服务，大多数都是来自美国太空总署的航天飞机。