1903年6月，《苏报》因发表邹容及章太炎的文章而遭查封，即苏报案，章太炎被捕，邹容投案，陈范流亡日本，杨秉铨则秘密离开上海，返回家乡。1911年10月，杨秉铨参加武昌起义。辛亥革命之后，他先后参加过蔡锷的护国战争、孙中山的护法战争，曾在孙中山的护法军政府和国民政府多个部门任职，1920年，任中华民国参议院议员、宪法起草委员。孙中山病逝后，杨秉铨见官场腐败，军阀混战，乃转而信仰佛教，最终退出政坛，直到1936年病逝。