尚未进入工业时代前，多数农林渔牧产品可以说是属于未使用非天然物质的生产方式。但实际上于现今多数有机农业标准中，仍排除或限制或是需有纪录监控部分天然物质或方法使用的能力: 比如人类的排泄物以及新鲜的动物排泄物等可能会导致人畜共通传染病病源扩散的物质。或是硫酸铜等天然存在但是必须严格监控土地累计使用量避免残留的物质。以及对天然非抗特定病虫害的物质或方法，比如鱼藤等的使用必须监控对当地生态特别是下游水生生物的影响。针对被动的相关诱捕措施包含捕蝇纸及夜间灯光、荷尔蒙或其他吸引物质的诱捕瓶等，也需要对当地生物的影响进