路走向分歧，宁启铁路工程在往后二十年一直没有立项。1992年至1998年，同样位于江苏中部的新长铁路一期和二期工程新沂至盐城段相继展开，宁启铁路的建设进程亦被加快。1999年9月，铁道部与江苏省达成合资建设宁启铁路的意向，并进行前期筹备工作。国家发展和改革委员会在2001年8月正式批复宁启铁路规划设计全长351公里的铁路。为带动六合的经济发展，经多月的方案论证，最终选定北线走向，铁路稍微绕道经过六合。2001年12月10日，铁道部通过宁启铁路六合段北线方案。宁启铁路的建设共分为二期。一期工程南京至海