（1645年），擢升为右佥都御史，郑鸿逵隔江乱放炮弹，清军佯败，以大筏置灯火于江中。杨文骢直向马士英报捷。是夜清兵乘夜，渡江而来。因不敌清军，逃至苏州，清军派降臣黄家鼎劝降，杨将黄斩首。再退至处州（浙江郦水市），大募义军。崇祯十七年（1644年），甲申之变，思宗殉国。清兵入关后，杨龙友任南明弘光朝（福王朱由崧）兵备副使。南京陷落后，又在隆武朝（唐王朱聿键）任兵部右侍郎兼右佥都御史，后升浙闽总督；文骢之子杨鼎卿为左都督及太子太保。隆武二年（顺治三年，1646年），清军入福建，在衢州战败，退至福建浦城被俘，