与最南端的恆春县城被占领后，台南民政支部才在11月13日正式于台南府城成立，厅舍使用清朝时的巡道署（今永福国小），并接收台湾民政支部的嘉义出张所，但安平出张所在12月31日被裁撤。支部长是，于该年（1895年）10月26日到达安平港。明治廿九年（1896年）4月1日，台南民政支部改回台南县，底下的出张所则改制为支厅，次年（1897年）6月10日改行六县三厅制，台南县只剩下原有的直辖地区（约为今台南市南半部及高雄市东北部），嘉义支厅变成嘉义县，凤山与恆春支厅变成凤山县，台东支厅则变成台东厅，而在县厅之下，