。2006年10月，南开大学体育中心竣工并投用。2007年12月24日晚，一辆别克轿车在学生活动中心刮蹭了一名骑自行车的学生并要求学生道歉，爆发冲突，被称为“别克门事件”。2009年，学校理念与深圳市政府愿望、想法无法融合，导致双方的合作破裂，南开大学深圳金融工程学院撤销，校址由南方科技大学接收作为启动校区。2009年，南开大学将梁思成设计的学生第七宿舍楼重新修缮，变更功能为文科创新楼。2010年，国家旅游局与南开大学签订战略合作协议，将其直属的中国旅游管理干部学院移交南开大学，与旅游学系合并为南开大学旅