他只停留数日，这段时间中他劫掠了岛上很多财富，并建立起傀儡政权统治。然后拿破崙留下部份驻军后，大军就继续埃及远征。法国强加的财政、宗教政策激怒了当地民众，令马耳他居民十分厌恶法国的佔领军，于是他们起来反抗法军，并逼使他们撤离城市要塞。当时与法国敌对的英国、西西里王国及那不勒斯王国也纷纷支援岛上反抗者，英国亦派出皇家海军封锁马耳他。1800年，驻马耳他的法军向英军投降。马耳他居民的领导者希望马耳他成为英国自治领。马耳他人发表了权利宣言，愿意“归属自由民之国王、大不列颠及爱尔兰国王陛下之保护及统治”。宣言亦