下述假说吻合——由于中东及邻近地区的沙漠化，导致了植物减少而难以提供食物来源，树木减少而难以提供筑巢地点，最终导致了基因流动的停止，因此穴居蜜蜂的祖先分成了向非洲东部发展的西方群和向亚洲热带发展的东方群。西方蜜蜂的亚种的多样性可能是更新世早期大规模辐射适应的结果，上一个冰河时期的气候与栖息地的变化对此推波助澜。人类几千年来对西方蜜蜂的集中饲养——包括杂交与外部引进——显然加速了它们进化的速度，并将其DNA序列充分混淆，以至于这许多西方蜜蜂的亚种之间究竟有何关联也已经说不清楚了。西方蜜蜂并非原产于美洲