帝除新设各地都尉外，还在中央新设大量特定名称的都尉之职，如水衡都尉、騪粟都尉及协律都尉等。这些都尉的职责与各地方都尉主领军事不同，主要负责特定事务而不限于武事。如协律都尉一职负责音乐事务，被汉武帝授予着名音乐家李延年。而水衡都尉汉武帝时仅是掌管皇家园林上林苑，不过魏晋以后却以之统领天下水军舟船器械。
三都尉.元鼎二年，汉武帝设立奉车都尉、驸马都尉、骑都尉，并称三都尉，各职均不止一人。奉车都尉掌管皇帝车驾，驸马都尉掌随驾车马，骑都尉监领羽林骑。三都尉之职位名称此后历代多有效仿，屡有废