列为圣徒，他的墓地也成为朝拜的圣地。同时，马六甲、罗马、东京天主教神田教会和澳门圣若瑟修院都珍藏着沙勿略的部份遗髑。2006年是圣方济各沙勿略诞辰五百周年纪念。纪念活动将持续整整一年。在方济各故乡纳瓦拉、方济各安葬地印度果阿以及马六甲、菲律宾和日本，朝圣活动已经拉开了序幕。