系所操的闽语其内部的分支相当之复杂，被分为以下几种的分支：闽东语（包括南片的福州话和北片的福安话）、闽北语、兴化语（今常称为莆仙话）、闽中语、闽南语（在东南亚华人社会中俗称福建话）、邵将语、海南话和雷州话。广东潮汕民系说的潮州话，以及闽南裔台湾人使用的台湾话，皆被视为闽南语的方言。