中，可用于清除伤口上的死亡组织。它也是一些牙膏或薄荷类糖的成份之一，有助于牙齿亮白。因为这些产品中的木瓜蛋白酶浓度都很低，而且还会被唾液进一步稀释，因此这种亮白效果比较小，需要长时间使用才能见效。木瓜酵素对敏感性或干性肌肤可能有刺激性，但低于凤梨蛋白酶引起之程度。此外，亦有新闻指若气喘患者食用嫩精，可能会影响健康。
生产.通常木瓜蛋白酶是以粗制品形式被生产，主要来源是从木瓜树的果实中提取乳液（latex）后制成的干货。乳液是通过割果实的颈部进行收集，或直接在果实上风干，