自1673年（康熙十二年），第一批移民者（徐阿华等十余家）先搭草寮，以后逐渐扩大，乃建庄住家，永久定居。至1691年（康熙卅年），已形成一有规模的汉人村落，户数达二十余家，并建立妈祖宫（现今旗后天后宫之前身）以为精神寄託。雍正四年（1726年），荷兰传教士编纂的台湾地图，称旗后为汉德那斯岛（Handelarrs），称旗后半岛为沙拉生头（Saracen Head）。咸丰十年（1860年），订立北京条约后，旗后地区成为通商口岸，同治二年成立旗后海关分关，打狗港自此成为国际