1989年，乐团开始体制改革，多次参与国内外各种音乐节和艺术节演出。并在1996年聘请香港指挥家叶咏诗出任首席指挥。1997年，乐团进行第二次体制改革，建立起有效的内部管理机制，同时还确立了「音乐季」的演出制度，更趋于职业化。1998年6月，星海音乐厅正式启用以后，音乐季的演出地点从友谊剧院转移到星海音乐厅。2000年后，乐团多次参与国际巡演。2001年11月，广州交响乐团成为中国首个在维也纳金色大厅进行音乐演奏的省级交响乐团。2003年，第二次出访欧洲成功演出，使广州交响乐团获得了国际着名