化石被称为体躯化石；而恐龙的遗迹如粪化石、蛋化石、足迹化石、胃石等也有可能形成化石保存下来，被称为生痕化石。一般而言，只有很小比例的恐龙最后会成为化石保存下来，况且绝大部分的化石都仍埋藏于地底。只有极少数的已被发现的样本保留有完整的骨骼，而其中保存有皮肤和其他软组织痕迹的则更为稀有。借由比较不同骨头的大小与型态，来重建一副完整的骨架，是一个复杂的过程，而重塑肌肉和器官则更为困难。亲缘分支分类法是以不同生物的特征来确定彼此关系，被成功地应用在恐龙的分类上。亲缘分支分类法与其他现代科学方法，有助于解决不完整