在2000年后期从其他水禽的流感病毒中，获得了新的基因。2001年5月，大韩民国在从中国大陆进口的鸭肉中分离到H5N1病毒。2002年，在香港发现有野鸟死于H5N1病毒，这是在亚洲野鸟中首次报告因H5N1引起死亡。2003年1月，香港九龙公园的水禽火烈鸟（flamingo）死于H5N1病毒。2003年5月，日本在进口的鸭肉中也检测到H5N1病毒。
2003年至2004年.2003年中期，H5N1疫情在亚洲开始零星发生，但这些都没有被监测，亦未报告。2003年12月，泰国动物园的