全宗出身丹波氏家族，是平安时代名医丹波康赖的二十世孙。祖父宗清、父亲宗忠皆担任权大僧都法印之职。原为比叡山菜树院的住持，1571年织田信长火烧比叡山，全宗(当时规定非出家人不得行医，直至江户年代医师一行仍由寺社奉行管理)并投奔曲直濑道三的门下，学习汉方医学并十分精通。后来受到丰臣秀吉的赏识并成为他的侍医，秀吉取得天下后，于天正年间任命全宗为施药院使，叙从五位下的官阶并给予昇殿的资格，赐姓施药院。施药院于730年由光明皇后创立，是对平民中的病人、孤儿进行保护、治疗、免费提供药物的的救济机构。但经过了八百年