在两个选区当选为第40届国民议会议员，但是出于内务部工作考虑放弃议员席位，继续担任首席秘书长职务，同年9月从内务部辞职。2005年10月作为独立候选人参加索非亚市长竞选，在第二轮投票中击败社会党候选人获胜，当选为首都索非亚市市长，11月10日接替斯特凡·索菲扬斯基（Stefan Sofiyanski）宣誓就职。2006年，鲍里索夫创建了中右翼的保加利亚欧洲发展公民党（GERB）（Граждани за европейско развитие на България–ГЕРБ，简称“公民党”），并任党主席