党提名与争取连任的民主进步党籍屏东县长苏贞昌竞选，最终伍泽元以一万两千票的差距当选。成为台湾民主化后首位国民党籍屏东县长。1997年，爆发台北县板桥市四汴头抽水站弊案，伍泽元因涉嫌于台湾省政府住都局长期间，图利特定厂商浮编工程预算三亿余元,收受贿款新台币600万元，依贪污罪起诉，一审判无期徒刑，二审改判十五年，不久以「病重须保外就医」为由，获以新台币360万元保释就医。1998年，伍于保外期间，积极投入选战，当选第四届立法委员，最高法院后将原案发回高院更一审。1998年4月，监察院调查发现时任副总统