败荷兰人，建立台湾首度的汉人政权，设有一府二县，即承天府与天兴、万年两县，以新港溪（今之盐水溪）为二县分界，嘉义隶属天兴县。西元1683年，清帝国领有台湾。清治康熙二十三年设台湾府统三县，即分郑治时代的万年县为台湾、凤山两县，改天兴县为诸罗县，县署设于佳里兴（今之台南市佳里区）。康熙四十三年（1704年），县治自佳里兴迁移诸罗山（即今嘉义市），诸罗知县宋永清以木栅为城，而自嘉义以北至今日的台北（台北市、新北市、基隆市）为止，皆属于当时诸罗县的管辖范围内。雍正元年（1723年），知县孙鲁改建土城堡，并重设护城