经北洋政府、中原大战和抗日战争，他也是中华民国非常重要的地方军阀之一。抗日战争初期，阎锡山与共产党人薄一波等组建牺牲救国同盟会、山西新军等，使得山西境内阎锡山部与八路军组成抗日同盟。太原会战后，山西大部被侵华日军占领。1939年冬，晋西事变后，薄一波率山西新军加入八路军编制，双方势力主要以汾阳、离石为界分别控制山西南北。阎锡山为了巩固自己在山西的利益，1945年抗日战争结束前后，他和日方达成协议共同防共。国军抢先进入太原受降，并留用日本军队。另一方，中国共产党也在山西迅速扩张其晋冀鲁豫、晋察冀和晋绥军区势力