1相比，SSH-2进行了一系列功能改进并增强了安全性，例如基于迪菲-赫尔曼密钥交换的加密和基于讯息鑑别码的完整性检查。SSH-2还支持通过单个SSH连接任意数量的shell会话。SSH-2协议与SSH-1不兼容，由于更加流行，一些实现（例如lsh和Dropbear）只支持SSH-2协议。
1.99版.RFC 4253规定支持2.0及以前版本SSH的SSH服务器应将其原始版本标为“1.99”。“1.99”并不是实际的软件版本号，而是为了表示向下兼容。
基本架构