原来自于多个方面。有部分抗原是由致癌病毒所生成，如能够导致子宫颈癌的人类乳突病毒。有很多情况下，肿瘤抗原是生物体内自身蛋白，只是因为在正常细胞中的表达水平很低，而在肿瘤细胞中表达过高。例如，酪氨酸酶的高量表达会将特定的皮肤细胞（黑素细胞）转变为肿瘤，即黑色素瘤。还有一种可能的肿瘤抗原来源是通常在调控细胞生长和存活中发挥重要功能的蛋白质，它们在异常情况下却能够诱导癌症的产生，因此被称为原癌基因。免疫系统针对肿瘤的应答主要是利用杀伤型T细胞来摧毁异常细胞，有时候也需要辅助型T细胞的参与。类似于病毒抗原，肿瘤