之后，藩欸的舆论向倒幕倾斜，庆应四年（1868年）戊辰战争后更确定了参与官军方的方向。同时进行军制改革，编成了西式部队，转战奥州。明治四年（1871年）废藩置县后，平户藩转变成了平户县，后来又合併于长崎县。明治十七年（1884年）松浦家当主诠受封为伯爵正二位勋二等，列席于华族（贵族）。外様　63,200石→61,700石→51,700石→61,700石
支藩.平户新田藩外様　10,000石