家臣上原元秀的军中投降。随后义材被押往京都，幽禁在龙安寺。在此期间，日野富子指示毒死义材，但失败了。
流离诸国和回到京都.足利义材在幽禁期间，得知自己将被流放到小豆岛，同年6月29日在侧近人的帮助下逃离京都，到达畠山政长的领国越中国的放生津，并受到了政长家臣神保长诚的保护，在该地区竖立幕府，称为「越中公方」或「越中御所」。后世史学家称之为「放生津幕府」。此时足利义材仅仅只是没有实力的亡命者。明应7年（1498年）9月，足利义材决定与细川政元方面交涉，前往越前国受到朝仓贞景的庇护