祖是元末菜农，因向明军报信而立功，得到朱元璋奖赏，并诏其回乡安居，然而朱元璋在手诏中误将“吕”姓写作“李”。至吕坤时，方上奏将“李”姓改回“吕”姓。嘉靖四十年（1561年），吕坤中河南乡试第三，隆庆五年（1571年）会试中式，但因母亲去世，回乡服丧。万历二年（1574年）守丧期满，补应殿试，中三甲第50名，同赐进士出身，出任山西省襄垣知县，万历四年（1576年）调大同县知县。万历六年（1578年）升吏部主事，之后多年没有升迁，于此期间结识杨东明 (万历进士)，吕坤长子吕知畏并娶东明长女为妻。万历十五年（