1658年，与沙皇关系恶化了的尼孔亲自卸任了大牧首的职位。1666年12月12日，圣主教公会将他贬为一介僧侣。但他始终坚持教会至高无上的权利。 波兰-立陶宛东部地区于1654年被俄罗斯兼并后，1686年，属于君士坦丁堡普世牧首的基辅都主教区被君士坦丁堡普世牧首划归由莫斯科大牧首管辖。
俄罗斯帝国时期.彼得一世在位时，由于彼得本人并不十分虔信宗教，但因为他希望彷效西欧国家如法国波旁王朝增强皇权，希望把教会控制在政权之下，因此他对教会采取了严厉的控制措施。他将宗主教的权利移至由他控