实施隔离审查的文件时，纪登奎提出“应该在中央文件中指出‘文革’的错误所在”。因为这一点，有人称纪登奎“是中央高层提出对‘文革’怀疑或者否定意见的第一人”。“文革”结束后，在政治上，纪登奎拥护华国锋。在中共十一大上，他继续当选中央政治局委员。然而，在邓小平掌权后，纪登奎受到指责、并被边缘化；特别是在中共十一届三中全会后。在这次会议上，纪登奎接受了来自各方的批评，决定退出中央，但一直没有公开。1980年2月，在中共十一届五中全会上，纪登奎正式辞去了所担任的所有领导职务。1983年后，纪登奎被安排到国务院