本殷部同洪兆麟、熊略等部向桂系林虎、马济防守的惠州发动总攻，一个多月后攻克惠州。1920年10月底，粤军攻占广州，旧桂系残部逃回广西，邓本殷奉命率部追击，在石龙之役中收编了桂军彭智芳部，后来又收复了广东南路地区。1921年1月，邓本殷部进占琼崖，扣留了旧桂系琼崖驻军的团长何福昌，整编了琼崖驻军，收复琼崖。孙中山回到广东后，重新组织广东军政府，整编援闽粤军，将广东省分设10个善后处，邓本殷部扩编为粤军第四独立旅（辖2个团共6个营），隶属粤军第一军（陈炯明兼任军长）。邓本殷升任旅长，并兼琼崖善后处处长，自此