任初期，实权掌握在大御所足利义视的手里。延德3年（1491年）正月，义视死去，足利义材同前管领畠山政长协调，欲独断幕政。然而这却将拥立义材的日野富子推向了对立面。同时管领细川政元也反对义材并支持清晃，一时间许多幕府高官都反对义材。同年8月，足利义材不顾细川政元的反对，继承前将军义尚的事业征讨六角高赖并成功将其驱逐。畠山氏在应仁之乱中分裂为畠山政长和畠山义就两派。明应2年（1493年）2月，畠山义就病逝，足利义材、畠山政长等率军赴河内，讨伐其继任者畠山义丰（基家）。然而反对派趁足利义材在外之机发动政变