9冠状病毒病在中国大陆爆发后，香港在2020年1月22日开始出现高度怀疑确诊个案，及后更出现多宗确诊个案。林郑月娥回应社会上有要求封闭中国大陆与香港之间的关口时，她认为封关是不切实际的。其后因应新型冠状病毒有在香港扩散的风险，政府将防疫级别提升至紧急，教育局将中小学及幼稚园的农历新年假期延长至2月16日。2020年1月，市民担心疫情扩散，市面上出现大批市民排队购买口罩及粮食的情况。2月4日早上，林郑月娥在行政会议前会见传媒，表示已向政府内部发出指引。除患病、在前线或人多聚集地方工作外，所有官员均不准佩戴