以后，只有朱陆二系传续不绝。
元朝.元代在全国大规模兴建书院，极大推动了理学的发展与传播。延祐复科后，程朱理学成为科举考试的内容，由此走上理学正统地位。
明朝.明朝中叶，王阳明承陆九渊而阐发心学，创立致良知之“阳明学”，集心学之大成。明末刘蕺山唿应胡五峰而盛言以心着性之义。明末王学亦走入末流，黄宗羲说：“明人讲学，袭《语录》糟粕，不以六经为根坻，束书而从事于游谈。”王是真说： “今之学者，偶有所偷窥，则欲尽废先儒之说而驾其上。不学，则借一贯之言，以文甚陋；