足协的报名表中开始以主教练的身份执教球队。2012年2月，他带领广州恒大队在2012年中国足球协会超级杯中2比1击败足协杯冠军天津泰达，获得超级杯冠军，李章洙在第三次参加该项赛事后，终于获得冠军。虽然广州恒大在2012年亚足联冠军联赛中有客场5比1击败K联赛冠军全北现代汽车，主场3比1击败J联赛冠军柏太阳神的辉煌成绩，但主场1比2不敌泰国冠军武里喃联和1比3不敌全北现代汽车等比赛却使李章洙陷入争议。很多媒体和球迷都对他的战术和轮换制度提出质疑。在主场不敌全北现代后，球队的头号球星达里奥·孔卡甚至在微博中表达