逼迫必须将家督的一职让与儿子六角义治而出家，并改名为六角承祯。但是六角义治是较其父亲更为愚蠢的君主，1563年，六角义治由于杀害六角家重臣后藤贤丰而引发观音寺骚动，导致六角家内部的严重分裂；1568年，织田信长发兵上洛（京都）时，六角承祯父子因与三好三人众结盟，阻止织田信长上洛，当织田信长率领大军杀入近江后，六角家惨败，六角承祯父子丢弃观音寺城逃往甲贺（观音寺城之战），六角家也因此衰微。
晚年.之后六角承祯等人以游击战的方式在南近江一带反抗织田信长，并且响应足利义昭的反信长包围网