2016年10月，发生透过经济部行文所属单位替凯达格兰学校国策班招生，被国民党立院党团批评违反行政中立，党国不分，公器私用。对此，王美花本人澄清不知情。但据传她同时也是凯校的招生组组长。2018年5月，爆发日本大创违法进口日本核灾地区食品案，立委黄国昌爆料王美花一直找他关说此事，甚至要求「只要让大创罚钱就好，不要撤销进出口许可」 2019年3月19日，原政务次长龚明鑫转任政务委员，王美花升任经济部政务次长。2020年6月20日，原经济部部长沈荣津升任行政院副院长，王美花升任经济部部长。Se