纵贯线、宜兰线及北回线、台东线等电化区间牵引莒光号列车及复兴号列车。E300型则是有加装M-A set之改造车E301、E302配属高雄机务段，E303－E315配属七堵机务段，其余皆配属彰化机务段。因无M-A set之故，主要在电气化铁路区间牵引货物列车以及行包列车，或是做为故障列车的救援机车，或作为辅助机车（补机）使用。除了后期引进的5辆E200型以外，其余车辆皆已使用40年以上，故障率升高且美国原厂已停止生产电力机车，零件来源减少。因此部分E300型已遭停用报废，作为零件供应车，优先支援E20