扁在接受美国《华盛顿邮报》记者专访时称，国亲接受中国的「暗助」。国亲对此强烈否认，并控告时任总统陈水扁，不过因时任总统陈水扁享有司法豁免权而未获受理。在统独的问题上，国亲旗帜也并非十分鲜明，始终不愿公开、明确地支持统一併以此为选举的主要政见之一。不过连战2003年10月在美国的一个智库会议上发表讲话时，再次表示国民党的立场，即支援一中各表，并向在场的美国政策顾问们解释了一中各表的含义。但国亲不愿意公开提一个中国或统一，有人认为主要是担心时任总统陈水扁会抓住把柄，批评国亲是「外来政权」甚至与中共勾结卖台。