物、植物、游憩及人文史蹟资源委託国立台湾大学及内政部国家公园计画委员会审议，并积极展开区域内资源与土地使用之规划。1985年2月7日，玉山国家公园计画遂经行政院于第1921次院会中核定通过，交由内政部公告实施。同年4月10日，成立管理处，原计画设于塔塔加，因土地问题与台湾大学协商不断，最后才改设于水里，并将办公处所暂时借用于民宅。1992年2月13日，玉山国家公园管理处暨训练中心新建工程正式动工。1995年4月11日，玉山国家公园管理处暨训练中心落成启用，并展开为期二天的典礼活动，结束10年来一