1949年11月，被选调到北京工作，任政务院机要处办报员、副股长。1952年9月起，开始在邓小平身边任机要秘书。1956年9月，任邓小平总书记处秘书。文化大革命中，王瑞林遭到迫害，1967年8月在中共中央办公厅学习班学习，1969年1月被下放到江西进贤五七干校劳动。1973年4月，回到邓小平身边工作。1976年8月任总参谋部动员部装备处参谋，在“批邓、反击右倾翻案风”运动中受到冲击。1977年3月，又回到邓小平处任秘书。1978年1月任中共中央军委副主席邓小平同志办公室主任（1978年1月至1981年6