重庆大学成为全国重点大学。1997年6月18日重庆市正式成为中国大陆第四个直辖市，重大得以再次快速发展，并于1997年12月成为全国211工程院校，2001年9月28日成为全国985工程院校。目前重大的主要管理机构及科研机构均位于校本部A区，也是主要的研究生教育基地，文理学部、工程学部、信息学部的主要院系都设立在A区，另外还有机械传动国家重点实验室、重大-SRI生物化学联合实验室等研究机构设立在此。