END OF EVANGELION》・《超时空要塞》・《超时空要塞 爱、还记得吗？》・《Macross Plus》4部作品初参战。DC版再加入了《Sunrise英雄谭》的原创作品《机甲世纪G Breaker》，是首次有游戏作品参战。另外，《机动战士GUNDAM F90》的高达F90V作为隐藏机体登场。原创机体无敌铁金刚凯撒亦继《超级机器人大战F》后继续参战。《超时空要塞》和《超时空要塞 爱、还记得吗？》之间出现设定差异是，基本都根据后者的设定为准。而故事舞台设定在上述两作30年后的《Macross P