政教合一的自治政权——萨迦政权，对藏区进行统治。14世纪下半叶，萨迦政权的地位为帕木竹巴政权所替代。明朝继续承认帕竹政权，并对各有实权的势力都进行分封，即“多封众建”政策。关于明朝与藏区之关系，不同学者有着不同的看法。这一时期，宗喀巴推行宗教改革，格鲁派兴起并传入蒙古，达赖、班禅活佛转世制度确立，影响深远。清朝鉴于格鲁派势力的壮大及其在蒙古地区的影响力，确立了扶持格鲁派的政策，册封达赖和班禅。清政府多次在藏区用兵，并设置驻藏大臣，颁布《西藏善后章程》，整顿西藏政治体制。
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