却被申花青年队教练范九龄选入申花梯队，2000年就曾获得过联赛上场的机会。2001年，他更加接过了转会离开申花的原中后场主力朱琪的18号球衣，正式进入一线队。申花先后两任塞尔维亚籍主教练都对他有很高的评价，寄予厚望。2002年，申花中场两名绝对主力申思和祁宏转会，当时22岁郑科伟也成为主要的中场人选之一。此后，郑科伟经常在申花队主力阵容中占据一席之地，2003年还随队获得末代甲A联赛的冠军，不过与申思、祁宏、朱琪等原申花中场相比，他却从未入选过国字号球队或者获得联赛最佳阵容等荣誉。而且，其出场也与申花主