八月十三日，卒于家中。同年，施瑯攻取台湾，「明朔始亡」。
身后.后来，湖南人曾静在阅读吕留良的着作之后大受激励，在雍正六年（1728年）派遣门徒张熙游说川陕总督岳钟琪反清，被告发下狱，酿成了轰动一时的吕留良案。雍正帝亲着作《大义觉迷录》一书颁行全国，亲自解说驳斥吕留良的言论。雍正七年（1730年）五月二十一日，雍正帝上谕：「曾静止讥及于朕躬（雍正帝自己），而吕留良则上诬圣祖（康熙帝）之盛德。曾静之谤讪，由于误听流言，而吕留良则自出胸臆造作妖妄。是吕留良之罪大恶极，诚有较曾静为倍