成为长冈藤孝的领地，但位于北半部的此区域仍属一色氏所辖。1582年一色氏在本能寺之变后加入明智光秀一方，于明智光秀战败后随之一同灭亡。1600年关原之战后，京极高知领有整个丹后国，但在1622年京极高知过世后，将丹后国划为三分，交给三位儿子分别成立、和峰山藩；此后现在京丹波市的南部区域属于峰山藩，北部属于宫津藩，西部属于幕府直辖领，设有久美滨代官所。在江户时代结束后，这些区域曾先后分属府中裁判所、久美滨县、峰山县、宫津县，直到1871年全数被整併到丰冈县，1876年第二次府县整併中，丰冈县被废除，原属丹