占据显着地位，蛋白质结构域通常被命名和被挑选出来; 例如，“钙调蛋白的钙结合结构域”。或者以几类最初发现此结构域的蛋白名称衍生而来，例如（最初发现于PSD95、DlgA和ZO-1这三个蛋白质）。由于结构域自身可以稳定存在，因此可以将不同来源的结构域通过基因工程人为地结合在一起，形成。
结构模体和序列模体.结构模体（structural motif）和是指在大量不同蛋白质中被发现的蛋白质的三维结构或氨基酸序列的短的片断。结构模体是一种结构组成单元，它是由几个二级结构的特定组合（如螺旋