回到昆明后，向卢汉介绍了情况，建议卢汉赴重庆消除蒋介石的疑虑。卢汉接受了杨文清的意见，亲赴重庆见蒋介石，最终平安回到昆明。卢汉回到昆明后，当即大规模着手准备起义。“九九”整肃之后，卢汉密令杨文清联合云南士绅向李宗仁请愿，以使被关押的革命人士获释。在李根源的帮助下，杨文清终于使李宗仁同意从宽处理。卢汉随即下令释放在押人员，使大批中国共产党党员和民主人士免遭杀害。1949年11月，云南起义基本准备就绪，卢汉乃称病请假，由杨文清代理云南省政府主席。卢汉让中国人民解放军总部派至云南协助起义的周体仁和林南园秘