地区第一位枢机主教田耕莘，有鑑于新店地区日益发达、医疗资源却亟感缺乏，积极筹建一个现代化医疗院所。因天主教台北总教区经费有限，田耕莘向海内外募款，获得西德天主教救济会及西德政府辅助开发地区经援会资助，终于得以创立医院。1966年2月，田耕莘因病逝世，主教罗光受教宗任命为台北教区总主教，担负起建院之责任，并在温中祥、王文升及施予仁等神父大力协助下，于1968年10月22日正式开幕，为了纪念田耕莘，命名为「耕莘医院」。1998年10月15日，与辅仁大学签约，作为辅仁大学医学院第一教学医院，亦为台大医院之建教合作