1942年，圣尼古拉堂地皮租约到期，业主王丁秀珍女士依约收走房产。1946年法院进行调解，教堂仍归东正教会使用。不久，上海东正教会分裂，加入苏联国籍的北京总会维克托总主教(Святин Леонид Викторович,1893-1966)与白俄伊望总主教为教堂发生争讼，白俄主教胜诉。1949年以后，俄侨大多离开上海。1955年8月，圣尼古拉堂关闭。1956年9月28日由苏联政府移交给中华人民共和国政府（业主王丁秀珍教授移居美国，2008年在美国加州圣莫妮卡去世）。1966年“文革”开始后，圣尼古拉