纪都为明朝生员。屠氏在明代治《易经》和《诗经》，而屠呦呦的名字亦出自诗经。屠呦呦曾祖屠宗年，清朝武官，湄云舰管带；祖父屠用悆，清朝生员。屠呦呦母系出自，是明靖难元勋荣国公姚广孝之兄姚广仁之后，屠呦呦外祖父姚咏白曾掌中华民国国库，是首任财政部国库司司长、中央银行常务理事，舅舅姚庆三也是杰出财政金融家。屠呦呦自小在舅舅家长大。屠呦呦的丈夫李廷钊在北京的钢铁研究院工作，曾获评教授级高级工程师。李廷钊是屠呦呦在宁波效实中学的同学，曾留学苏联。两人有两个女儿，大女儿在英国剑桥大学做行政教务工作，小女儿生活在北京。