1784年约瑟夫二世在维也纳授予波恩大学向学生授予全德意志民族的神圣罗马帝国承认的学术学位和博士学位的权利，由此波恩大学由学院晋升为大学。1798年由于莱茵河左岸归属于法国，科隆公国大学被迫解散。今日的波恩大学由普鲁士国王腓特烈·威廉三世作为第六所普鲁士大学于1818年10月18日建立。这是普鲁士的第六所大学，其余五所是柏林洪堡大学、格赖夫斯瓦尔德大学 、哥尼斯堡（现俄罗斯的加里宁格勒）大学、哈雷大学和布雷斯劳大学（现波兰的弗罗茨瓦夫大学）。新建大学的动机是为两个新成立的普鲁士省份莱茵兰和威斯特法伦提供