前往返台湾及东沙岛主要有军机和民航机来往，其中军机有中华民国空军的C-130运输机，为物资补给与公务用，每月第二週的週二当日往返，其载客量为70人，载重为8,000公斤；民航机为立荣航空客机，载客量限定为70人及1696公斤货品，每週四一往返台湾本岛高雄国际机场，供驻防人员搭乘。
海运.由于东沙岛海岸为深度1至2米左右的浅礁地形，大型船只无法靠近，必须停靠外海再以小船接驳上岸，船只靠岸必须仰赖人力搬运货物上岸，重型机械则赖吊车支援。岛上有海巡署巡防艇码头，可停靠海巡署3艘20吨级海