要在弗赖堡市议会在6月22日决定通过车站的新发展规划前完成。使用了超过50年的临时性车站大楼于1997年完成拆除，以便为新设施腾出空间。1999年9月29日，新的火车总站正式开业，而整个发展区域也随后在2001年7月18日完工。在重建的过程中，原有的科林斯式圆柱被替换，后者曾在1995年至1886年的车站改造中被用做支撑1道的两座站台檐棚。由于保留它们需要对顶部进行一项复杂的高度调整，德国铁路遂将其放弃。圆柱的其中一部分被送往了，安置在魏岑车站一座经过完全重建的旧站台檐棚中。其余的圆柱则被存放于弗赖堡土木