005年，谢长廷提出「和解共生论」，主张政党之间与两岸之间的和解与合作，幕后执笔者即为周奕成。谢长廷出任行政院长，周奕成一度是行政院新闻局局长人选，后据传因总统府反对而作罢。周随即被聘为行政院政务顾问，协助处理两岸及国际事务。2006年，周奕成在《中国时报》专栏中多次撰文，批判陈水扁的诸多外交与两岸政策作为违背了台湾的国家利益；其给民进党青年的公开信亦指出民进党领导层的许多问题，反映出其作为民进党内具有一定影响的青壮代领袖人物的反省能力。2006年，周奕成筹组世代论坛，做为推动修宪运动的机构。200