在塔吉克斯坦苦盏出谷，流至别卡巴德后转而向西北，流经乌兹别克斯坦和哈萨克斯坦后，注入咸海。全长2212公里，流域面积21.9万平方公里，河口多年平均流量500立方米/秒，年均径流量336亿立方米。锡尔河主要支流有阿汉加兰河、奇尔奇克河、克列斯河和阿雷斯河。