轨道交通系统（通常是地下铁路及其延伸）相比，区域铁路主要分别是：因为区域铁路可以使用原有的市际列车或货运铁路的路轨，建造成本得以大为降低。但亦有部分区域铁路为避免与其它列车争路而造成误点，而特意建造独立的路轨。区域铁路通常採用当地的既有铁路线的轨距。例如在英、美为 1435 毫米（4 呎 8½ 吋）标准轨距，在日本及瑞士为 1067 毫米窄轨。某些欧洲国家由于城市间的距离短，使到市际列车服务及区域铁路的分野亦变得模煳。例如荷兰及比利时的市际列车运载有很多通勤上班人士，它们使用的车辆、行车距离及