吉巴却临时改变主意，将接见仪式推迟。此一决定对布尔吉巴是致命的，使本·阿里预感前途险恶，终致决心废黜布尔吉巴，取而代之。1987年11月7日因政变辞职，被新任总理本·阿里以宪法第57条规定总统身体状况不允许他继续掌管国事时由总理接任为根据，宣布废黜、弹劾和罢免布尔吉巴，本·阿里接掌权力。
身后.2000年4月6日在家乡病逝，葬于莫纳斯提尔布尔吉巴陵寝。布尔吉巴的家乡莫纳斯提尔的莫纳斯提尔哈比卜·布尔吉巴国际机场即以他的名字命名。