二炮兵（2014年3月后第二炮兵不再归总直属队军事检察院管辖）、军委直属院校等大单位及其下属单位，总直属队第二军事检察院司检察管辖总参谋部及其下属单位。
2016年1月至今.2016年1月，在深化国防和军队改革中，组建中央军事委员会政法委员会，同时按照“调整军事司法体制，按区域设置军事法院、军事检察院”的精神开始军事法院、军事检察院改革。2016年6月，中央军委政法委在北京举行“全军军事法院、军事检察院调整组建大会”，明确了军事检察院由以往按照军兵种和武警系统设置调整成区域化设置，