道、唱日本国歌、行「国民礼仪」（遥拜日本皇宫），教会学校师生更被迫到神社参拜，教会所属学校和医院逐一被控制、被接收、或被迫关闭。由于英国、加拿大宣教师在1940年被遣返回国，台湾教会被迫全面「自立」，却无法跳脱台湾总督府的控制。1943年2月25日台湾基督长老教会被迫在彰化成立「总会」，1944年4月29日更和其他教派一起被纳入「日本基督教台湾教团」，台北幸町教会成为隐晦形式的国家教堂。日本基督教台湾教团直到1945年10月2日才宣布解散。
第二次世界大战后.民国三十四年(1945