切萨皮克湾因受侵蚀而有约81000吨泥沙进入海湾。并且这些侵蚀很不均衡，有些地方没有受到影响，有些地方则损失远大于平均水平，并且这样的地方并没有什么不同之处。侵蚀和风暴潮令许多隔板受损，潮水退去时还冲走了许多独立式建筑。。伊莎贝尔还导致切萨皮克湾中部的浮游植物出现不同寻常的增长，之后又在十月初突然恢复到正常水平。
各县所受影响.圣玛丽斯县海岸沿线有2米高的中浪，守望点州立公园遭受了300万美元（2003年美元，相当于年美元）的损失。该县有2500个码头被毁，另有1000个受到中等程