董卓废汉少帝，杀何太后，盖勋写信给董卓说：「从前伊尹、霍光权以立功，结局却令人寒心。董卓你不过是个微贱之辈，可想而知会有怎样的结果？恭贺你的人们在门外，但是悼念你的人们已经在你坟前了，不该慎行吗！」董卓拿到信，很忌惮盖勋。于是征召盖勋任议郎。左将军皇甫嵩有精兵三万驻扎在扶风，盖勋和皇甫嵩密谋准备讨伐董卓。此时皇甫嵩被征召为城门校尉，皇甫嵩没有採纳梁衍的建议，接受征召前往京师。盖勋认爲自己的军队太弱还无法独立行动，只好跟皇甫嵩一同因征召回京师。公卿以下百官对董卓没有不卑躬屈膝的，只有盖勋仅仅作揖抗礼，