60年代末至1970年代初，先后研制了具有协调运转功能的169系、189系、489系电力动车组，实现EF63型电力机车和电力动车组的同步牵引及制动控制，使电力动车组最大编组限制提高至12辆。此外，EF63型电力机车先后在1968年和1978年两次为日本皇室御召列车担任补机。1964年5月至6月期间，EF63 8、9号机车及EF62 17号机车重联牵引上行方向的御召列车。1978年10月期间，御召列车由原宿开往长野，并有EF62 11号机车担当高崎至长野间的牵引任务，并在碓冰岭区段使用EF63 11、13