论因年老，寻求自保，将帅升迁事宜，均听严世蕃指挥，名望因此受损。俺答汗之子辛爱因愤恨总督杨顺纳其逃妾，率众包围大同右卫城。世宗听闻，深为担忧，密问严嵩。给事中吴时来劾杨顺，又称许论昏聩失职，致使边疆出警。世宗因此削去许论官籍，严嵩试图劝解，亦不能救。嘉靖三十八年（1559年）许论重获起用，任蓟辽总督，击退把都儿等进犯。之后奏请增加兵饷，给事中郑茂批评许论请求过多，申请调查其侵冒之弊，世宗命许论回籍待命。给事中邓栋往核，果然发现虚报，许论因此被夺官闲住，不久去世。隆庆初年（1567年）恢复官职，谥恭襄。