年（1590年）九月，又上疏弹劾时任大学士的申时行，历数其十大过失，劝其反省改过。上疏被留中。万历十九年（1591年）进为南京礼部祠祭司郎中。十二月，吏部推孟一脉、蔡时鼎为江西提学，吕兴周、马犹龙为副。神宗厌恶孟、蔡的言语，用吕、马为正职。吏科都给事中钟羽正率同僚上言劝谏神宗任用孟、蔡以免有损谏官忠直之风，忤旨，钟羽正等分别被夺俸。后吏部又拟调蔡时鼎为尚宝司丞，仍不获准。万历二十年（1592年），蔡时鼎卒于官。家贫无以下葬，士大夫出钱为他治丧，都为他感到可惜。蔡时鼎平时极力研读经史并写作，从经史百家