周口内地会派人在赊旗镇考察并筹划新教区事宜，1886年在南阳府建立起第一座基督教教堂，1895年，挪威人狄来泰受老河口路德会派遣，在镇平县城花园街建立布道所一个，后因义和团运动爆发，外国传教士撤离。1900年赊旗镇的内地会受到白莲教围攻，传教士逃离。《辛丑条约》签订后，路德会返回南阳，内地会回赊旗镇，信义会也进入南阳县境，遵道会返回桐柏县境。这四个教派，到20世纪80年代仍遍及全区各县。
佛教.佛教何时传入南阳已无法考证，创建于东晋永昌年间公元324年的弥陀寺，为佛教在南阳最早的寺