今西班牙埃斯特雷马杜拉省的小镇特鲁希略（Trujillo），当时西班牙正处于统一的前夕。其父贡萨洛·皮萨罗·罗德里格斯·德·阿圭拉（Gonzalo Pizarro Rodríguez de Aguilar）是一位步兵上校，曾跟随及参与意大利战争，亦曾于纳瓦拉作战，得到一定战功。皮萨罗是个私生子，他的童年资料存留下来的不多，仅知他童年过的相当贫苦，而且没有受过什么教育，亦不会写字。在1500年代初期，皮萨罗本来在塞维利亚，后来加入了西班牙航海探险的船队，被委派过几次探险任务，曾远航到西印度群岛的伊斯帕尼奥拉岛