酿造酒精与面包烘培是酵母菌最常见、最古老的利用方式。此外, 许多酵母还能用于生产各类饲料以及工业营养物，比如（Single Cell Protein）、酵母提取物等。某些酵母耐酸、耐高渗透、分解吸收有毒物质，同时被广泛应用于污水处理领域。在科学研究上，酿酒酵母（"Saccharomyces cerevisiae"）作为模式生物被使用；另外一些酵母已经被开发为异源蛋白表达系统使用，利用基因技术在酵母细胞内表达外源蛋白质。
酒精饮料.酵母菌被广泛应用于酒精饮料，例如啤酒、果酒、蒸馏酒的