出动和星舰、连江舰、南投舰、花莲舰、金门舰、三艘巡护船、四艘巡防艇，共12艘舰艇全程护航；巡护舰队并配置必要医护及16名武装特勤队精英特战人力，全力保护渔船航行与渔民安全。
国防部.2012年9月24日上午，中华民国国防部部长高华柱赴立法院外交及国防委员会进行业务报告前受访时表示，23日下午在国家安全会议召集的会议中，各项分工都已经告知相关部门；国防部站在备援立场，依国安会各项任务分配，完成海空监控等准备：军方监侦与掩护部队已在正常区域，24日下午参谋本部相关联络官进驻海巡署，军方