如继续请求出关考查形势。乃进太仆少卿，充军前赞画。天启二年（1622年）至山海关，稳定军民情绪，重新布置防线，后金兵未敢妄动，但所召新兵惧怕出关，多逃亡。天启五年（1625年）三月六日，因上《清诛奸党疏》得罪魏忠贤，以侵吞军饷罪被逮进京，“五彪”之一的许显纯对他滥施酷刑，他宁死不屈，最后被发配滁阳。崇祯时，魏忠贤伏诛，何栋如赦还，闲居南京。崇祯六年（1633年），何栋如上《恢复辽东六议》；崇祯十年（1637年）又上《留都增设城垣疏》，受到兵部尚书范景文的重视，刘宗周亦为推荐。然而不久后，何栋如终病逝南京