名单、三度连任，1999年在台北市南区连任成功，第五届、第六届回锅担任不分区立委，洪奇昌连续六届未曾败选。是首位也是目前唯一于北、中、南三地参选皆未曾败选之民进党籍立法委员。洪奇昌担任立法委员时，曾担任党团干事长、党团总召集人等要职。不过在改制单一选区两票制的2008年适逢民进党陈水扁政府表现不佳、与遭逢十一寇事件之际，民进党仅被分配到14席不分区；名单排名第15的洪奇昌成为落选头，三连霸不分区失利，结束长达18年的立委生涯后渐淡出政坛。洪奇昌在陈水扁政府执政后较为低调，并多次在报章与访问中表示支持台湾