间，冯祖荀因罹患肺结核，没有南迁至西南联合大学，仍留在北京大学任教，安排未撤离的学生继续学习。他协助将数学系学籍档案转移至昆明，又尽力保护校内未能搬离的各项设备。他一直挂念南迁的数学系，直至1940年前后病逝。抗战胜利后，北京大学为其重新安葬，由校长胡适题墓碑。因文革时遭毁坏，1993年樊为其重修坟墓，苏步青题碑。