、军人以及学者、医生、教师、僧侣、艺人等，后期的犯人主要是红色高棉政权的党员、士兵甚至一些高级官员，如外务部副部长沃维、新闻部长符宁等，囚禁者中仅有7人幸免于难。大部分进入S-21的人实际上是无罪的。S-21的运作模式是，首先抓住一批“叛徒”，然后用酷刑逼迫他们承认他们的罪行。因为不认罪是不被接受的，即使是最忠诚的红色高棉党员也会最终承认他们为美国中情局做间谍、当越南共产党的走狗、暗中反对党中央，甚至是非礼幼女。接下来，他们被要求供出同党的名字，然后犯人们以及他们的家人会被带往琼邑克灭绝中心用锄头、镰刀