且被设定为低权重的有序资料。又例如核酸序列中的第三位硷基由于多不影响对特定胺基酸的配对，所以容易形成中性的变异，故应给予较低的权重以免对估计真实的系统发生树造成干扰。除了特征间可赋予不同权重，同特征内的不同状态亦可赋予不同的权重。这种情况常发生在核酸序列资料上，因为核酸转换机率并非全然相等。某些核酸转换的机率较低（例如A-C、A-T、G-C、G-T等）故可赋予较高的权重以表示需较多的步骤方可产生这些变化。
未知状态.有些系统发生学者偏好保留大量的未知状态（以「codice_1」