1944年，红军进军巴尔干半岛，迫使德军撤退，马其顿获得解放。保加利亚政府执意不从希腊领土撤军，在美国和英国的施压下，马其顿恢复了战前边界。保加利亚马其顿迅速恢复常态，但南斯拉夫马其顿的保加利亚爱国者经受了来自贝尔格莱德当局的种族清洗，而希腊马其顿则在希腊内战（1944.12－1949.10）中遭到破坏。内战之后，大批在保加利亚和南斯拉夫避难的前希腊人民解放军战士（他们形容自己是“马其顿民族”）被希腊当局禁止重返。他们中的大多数因在德占希腊期间的罪行被指控。
巴尔干战争与二战.