元将阿刺罕、董文炳侵福安府（福州），十一月十五日，陈宜中、张世杰、陆秀夫拥端宗赵昰撤出行都福州从海路南逃，福州被元朝军队攻占。1322年（至正二年），跨闽江的万寿桥建成。元末时，福州也受到亦思巴奚战乱一定的影响，直到陈友定平定战乱才渐趋安定。1368年（洪武元年）十二月，朱元璋派汤和、廖永忠率舟师从闽江口挺进南台（今台江），在南门外击败陈友定率领的元军，随后占领福州。
明至清中叶（公元1368年--公元1840年）.从明代起，福州一直是福建的首府。1368年（洪武元年），明朝设福州