表性的自动化方法包括FLOCK，免疫学数据库和分析门户（ImmPort），中的SamSPECTRAL 和flowClust以及中的FLAME。
应用.流式细胞术在很多领域中都有应用，包括分子生物学、病理学、免疫学、植物学、和海洋生物学等。在分子生物学中，它主要用于荧光标记的抗体。特异性的抗体与靶细胞上的抗原结合，能够通过流式细胞仪研究这些细胞的特别信息。这在医学中具有很广泛的应用，尤其是在器官移植、血液学、肿瘤免疫学和化疗、遗传学、精子分类（Sperm sorting）、和性别选择