期间，U-47 环航了英伦诸岛和进入比斯开湾。它在比斯开湾击沉了三艘商船（SS "Bosnia" 、 "Rio Carlo" 和 SS "Gartavon"）。
第二次巡逻及击沉皇家橡树号.1939年10月8日, U-47在君特·普里恩指挥下开始第二次巡逻。在1939年10月14日（离港后6天），U-47成功渗入英国皇家海军在斯卡帕湾的基地。虽然英国本土舰队的大多数的船只不在基地内，但U-47也成功找到目标，英国皇家海军战舰皇家橡树号（HMS Royal Oak）。U-47发现皇家