2001年1月3日，以色列军队在公海上拦截了一艘伊朗货轮，声称该货轮向巴勒斯坦民族权力机构秘密运送武器，并指出伊朗是巴以和平进程的主要威胁，是以色列真正的敌人。2005年，伊朗强硬派总统艾哈迈迪内贾德上台后，推行更为强硬的对以政策。2006年爆发的以黎冲突更是被认为是伊朗在黎巴嫩发动的代理人战争，伊朗革命卫队被认为直接协助真主党武装攻击以色列。据称，冲突中有6到9名革命卫队成员在战争中被以色列军队杀害。2009年9月18日，内贾德发表讲话称，质疑犹太人大屠杀，声称“犹太人大屠杀”是一个“谎言”，是以色列