大学任校长后，经济地理学家鲍觉民任所长。1950年5月，南开大学校务委员会任命哈佛大学博士王赣愚接任南开大学财经学院院长兼任经济研究所所长，直至院系调整、划归中国科学院。1962年，南开大学经济研究所重新划归南开大学后，曾经留学苏联莫斯科东方大学、莫斯科中山大学的季陶达教授任南开大学经济系主任兼任所长，陶继侃任副所长。文革中，南开大学经济研究所再次被撤销，直至1978年恢复重建，钱荣堃任副所长。1979年，南开大学副校长滕维藻兼任所长。1981年，熊性美教授任经济研究所所长。1983年，南开大学经济学院重建