直到1989年重又获准回台。1990年，陈唐山获李登辉总统邀参与国是会议。而陈唐山也发起「海外台湾人返乡运动」，协助台湾独立建国联盟成员回台。1992年，台湾政府解除黑名单，同年国会全面改选，终结「万年国会」。陈唐山加入民主进步党，并且参加同年底的立委选举，当选「侨选立法委员」。在立委任内担任立法院外交委员会委员，于任内向各国使节极力争取支持台湾以「台湾」名义加入联合国。并于1993年5月在立法院透过质询，迫使中华民国外交部正式宣布台独联盟不再是叛乱组织。
台南县长.1993年