1971年，秦华孙被派任中国驻塞拉利昂使馆三秘、二秘。1980年回国，担任中华人民共和国外交部新闻司处长、参赞、中国常驻联合国日内瓦代表团副代表等职。1987年，改任中华人民共和国常驻联合国维也纳办事处代表、大使。1990年再次回外交部，担任中华人民共和国外交部国际司司长，随后升任外交部部长助理。1995年，他担任中华人民共和国常驻联合国代表。1998年离任，当选为中国人民政治协商会议第九届全国委员会委员。他着有《出使联合国》一书。2017年2月3日在北京逝世，享年82岁。