新列车）到港，在两铁协议下，该等列车在本厂进行组装。2001年，地铁公司在九龙湾车厂举行「第一代载客列车退役仪式」，而港铁机场铁路列车亦有同场展出。这次亦是机铁列车唯一一次进入市区线区段。2003年至2004年，九龙湾车厂曾经为部份第三代港铁市区线现代化列车（H-Stock）进行迪士尼线改装工程。2003-04年，本厂曾为深圳市地铁集团（辖下深圳地铁于2004年开通）首批员工提供训练。2009-10年，本厂亦为即将接管深圳地铁4号线的港铁（深圳）公司员工提供训练。
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