费了约10%的市政预算，惊人的支出使得特里尔市不得不节省开支，教师的工资尤其受到节减，大学从一开始就处于严重的经济困境中。当校长Ambrosius Pelargus在1554年去世后，竟没有人能够接替他的职位，因为除了他以外大学已经没有了其他的讲师。在选帝侯Johann VI. von der Leyen的支持下，耶稣会在1560年接管了大学，并且重建了神学和哲学系，但同时却忽视了其他专业。因为地理位置偏僻，又爆发了鼠疫，特里尔的人口从1363年的约10000人降到了1542年的约8500人，经济状况跌也落