立高等教育部，清华隶属之；1958年，教育部和高等教育部合并为教育部；1963年，再次分设教育部和高等教育部，清华隶属高等教育部；1966年，两部再次合并；1970年6月，撤销教育部，成立国务院科教组，清华隶属之；1975年1月，撤销国务院科教组，恢复教育部，清华隶属之；1985年6月，撤销教育部，设立国家教育委员会，清华隶属之；1998年，撤销国家教育委员会，恢复教育部，清华隶属之至今。
主要负责人.清华在不同时期主要负责人有不同名称与职权，在清华学堂时期，主要负责人叫做监督，负