原寺城移到此地，当时与柴田胜家建造的北庄城是同时期建造的。本能寺之变后，胜丰迁到长滨城，由城代安井家清管治。1583年柴田胜家被羽柴秀吉击败，丸冈城为丹羽长秀辖下的领地，并由青山宗胜成为城主。1600年（庆长5年）关原之战后，青山忠元支持西军被移封，由结城秀康管辖，并由家臣今村盛次为2万6千石城主。1612年盛次因越前騒动失势，由本多成重成为新的城主。1624年本多成重被流放至丰后国，松平忠直成为了城主，成立丸冈藩。1695年（元禄8年）第四代益重出现御家骚动而被改易。取而代之是纟鱼川藩主有马清纯，有马