加萧子懋领宣城太守。永明五年正月戊子（487年2月10日），改任监南兖、兖、青、徐、冀五州军事、后将军、南兖州刺史，持节如故。永明六年十一月庚申（489年1月2日），改任监湘州、平南将军、湘州刺史。永明七年，加持节、都督。永明八年，进号镇南将军。期间谢朓曾作《酬王晋安》。萧子懋撰《春秋例苑》三十卷上奏，齐武帝嘉之，下敕令交付秘阁。永明九年，亲府州事。永明十年，入为侍中，领右卫将军。永明十一年，迁散骑常侍、中书监，尚未上任，武帝就因皇弟雍州刺史萧嶷去世而认为需要有威望的人代为镇守边地，于二月癸卯（493年