独立后，他立即着手组建效忠于自己的新式正规军，任命擦绒·达桑占堆将军为藏军总司令，聘请英国教官来训练这支藏军。不过，十三世达赖喇嘛的改革政策侵犯了许多僧侣和贵族的利益，遭致他们的强烈反对，其中包括与他长期不和的九世班禅喇嘛。1920年，达赖指派龙厦·多吉次杰与洛桑坦杨负责军队财务，以加强藏军的军事实力。他们要求班禅管辖的扎什伦布寺及其附属寺院交税，遭到班禅强烈抗议和拒绝。1923年，愤怒的达赖决定派军队前去逮捕班禅。班禅喇嘛在拉萨的官员被逮捕，其属下也被禁止出任中国的官职。班禅喇嘛察觉到对自身的威胁，便