担任约罗省省长，1895年至1899年担任洪都拉斯副总统，1903年至1907年、1912年至1913年两度出任洪都拉斯总统。1902年，博尼利亚在当年的总统大选中获胜，但是在任总统特伦西奥·谢拉拒绝交接职位，博尼利亚便将谢拉推翻，并迫使谢拉流亡至尼加拉瓜。他是宏都拉斯国民党的创始人之一。在博尼利亚执政期间，美国人经营的等果品公司在洪都拉斯得到了相当多的特权。洪都拉斯最大的剧院，以他的名字命名。