讯号系统，以增加每小时班次数目，减低减卡后对整体载客量的影响；而且有投资者因已上市的地铁公司未能取得此重要路线而担忧其前景，甚至担心现时完全由地铁独家经营的过海铁路业务会被蚕食，此说法被转化成认为九铁公司的沙中线会浪费资源的意见，或认为会构成恶性竞争。两铁合併之说亦因此而有所增长，是造成两铁合併的因素之一。但整体来说，这可使一直有盈余的东铁为九铁带来可观利益。日后东铁列车离开旺角东站后，将会从靠近爱民邨的现有隧道驶入地底，到达红磡站新建的地底车站月台。
两铁合併带来的变数.沙中线兴