陆探索，所需费用完全由他自己承担。作为补偿，国王要求德·巴斯蒂达斯给他四分之一的净利润。国王和王后为此发表了一份至今仍保存在西班牙国家档案馆的文章。1499年10月，他乘坐两艘船（"圣安东"和"圣玛利亚"）从加的斯出发驶向新大陆。他在这次航行中由胡安·德·拉·科萨和瓦斯科·努涅斯·德·巴尔沃亚陪同。到达南美海岸后，他从哥伦比亚的卡波·德·拉维拉（Cabo de la Vela）向西航行，试图探索加勒比海地区的海岸线。他在巴拿马/哥伦比亚海岸发现了一条河的河口，他将这条河命名为马格达莱纳河，河流注入的海湾