十三年二月癸卯（1674年3月15日）重新增设四川总督，以原两广总督周有德为四川总督，以便集中当地军事力量，对抗吴三桂叛军。康熙十八年（1679年），清军克复湖广，开始攻入四川云贵境内，然而川陕两省总督却在粮草转运问题上多次推诿，贻误军机劳民伤财。兵部尚书宋德宜建议“陕西四川不必各设总督，宜以一人统理两省”，康熙帝采用其建议，于康熙十九年十一月辛酉（1680年12月26日），传谕裁撤四川总督，改陕西总督为川陕总督。康熙五十六年（1717年），准噶尔汗国首领策妄阿拉布坦派将领大策零敦多布突袭和硕特汗国