在中共十三届一中全会后当选中共中央政治局常委（排名第三）、中央书记处书记、中纪委书记并保留中央政法委员会书记职务。1989年兼任中共中央党校校长。
“六四”决择.在六四天安门事件，五常委中李鹏和姚依林支持出兵镇压，赵紫阳和胡启立反对，乔石中立。香港科技大学社会学教授丁学良表示，乔石虽对学生民主运动持同情态度，但在邓小平、李鹏等人的强硬政策下，他选择了沉默，“因为乔石在关键的时候尽自己的力量来阻止使用军队来镇压学生的抗议。当然最后他要服从党的决定。但是他非常明确地表示他不赞成镇压