长上洛后亦未获得优渥的封赏(信长借道进江而上洛京都)，引起其父久政与浅井家众家臣的不满，加上在将军义昭的煽动下，长政渐渐压制不住亲朝仓家臣派的声浪，最后长政冷静的判断之下，响应将军号召讨灭信长，家中分裂不会严重化，但在众多旧臣施加的压力下，决定讨灭义兄织田信长，加入信长包围网的一环。
与织田信长互有胜负.元龟元年（1570年），织田信长与朝仓义景展开了金崎撤退战，浅井家出兵奇袭织田信长，浅井长政突然出兵救援朝仓家，信长察觉到盟友兼妹夫长政，转而支持守护朝仓家，与自己为敌后，即将率兵