辖正规军士约5,000人，其下设所，分为千户所和百户所，京城的禁卫军所辖卫所为48处。到洪武十五年，朱元璋决定改革禁卫军，建立了十二个亲军卫，其中最重要的就是“锦衣卫”。在锦衣卫组织当中，皇帝为直接的管理者。其中北镇抚司任务是「专理诏狱」，之后于明宪宗成化元年（1465年）增铸北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋需通过指挥使转达，而锦衣卫官员中不掌诏狱者亦不得干预其事。着名代表诏狱案件为：明初大将军蓝玉谋反案及明末首辅周延儒案，均为锦衣卫侦破立功。「三法司」（即刑部、都察院与大理寺）无权干涉锦衣卫所