由于有他父亲的雇主的支持，恩斯特·阿贝能够接受中等教育，并取得了大学入学资格，一般来说那是需要相当好的成绩。当他离开学校时，他的科学天份与坚强的意志力是明显的。尽管家里的经济不是很好，恩斯特·阿贝的父亲还是决定支持他在耶拿大学(1857–1859)和哥廷根大学(1859–1861)的研究。在他是学生的期间，他当了家教以改善收入。他父亲的雇主持续的在资助他。1861年3月23日他取得哥廷根大学博士。1863年8月8日他在耶拿大学成为了一个合格的讲师。1870年任耶拿大学物理学教授。1878年任耶拿天文台主任。