借由电子显微镜看见，最小的分子是H，其键长为0.74 Å。有机合成中常用到的分子大小约从数Å至数十Å。曾经制造过直径1000 Å（100 nm），是最大的分子一般分子虽无法由电子显微镜看见，但利用在特定环境下可以用原子力显微镜观察，甚至可以观察到一些小分子及一些原子的外观，而像DNA是高分子化合物，就可以用电子显微镜看见。大型的分子包括有高分子或超分子等。
半径.等效分子半径是指分子在溶液中所佔的大小。
分子式.分子的一个特征就是组成化合物的元素比例