御工事并征调各地的原住民，各社原住民不堪其苦，纷纷反叛，杀通事并抢夺粮饷，攻击往来商人。郑克塽指派亲军陈绛率军征讨反抗的原住民。反抗的各社原住民势力转入山区，其中竹堑社人转入十八尖山、客雅山等丘陵地，后来部份竹堑社人接受招降，落脚于武营头，但原在新竹的眩眩社却可能没有再回来原来的社域。
清代.1683年台湾併入清朝版图，竹堑改属诸罗县。1691年 福建泉州王世杰获准带领亲族180余人与福建银同同乡等以暗仔街为中心往市区发展，同时向竹堑社族人取得土地垦植，广兴水利开发良田，形成 闽南