此普遍认为内城整体布局有过变更，指内城北部是城墙建筑过程中，因军事或地理原因而进行的扩建。是为将南京城北部的山脉，特别是长江江防制高点——狮子山囊括在内城中，而做出的改动。亦有学者不认同“内城北扩说”，杨国庆推测，原以金川河为护城河的北部城墙东移，改以玄武湖为护城河，由此形成赘城。他/她推测若以金川河为护城河，内城整体形状还是南斗星与北斗星的聚合。
永乐迁都至20世纪初.永乐迁都后，以南京为留都。内城北部在此后未得到发展，成为地极僻静、人迹罕至之所。明末封闭北部的仪凤门、钟阜门、金