执行刑罚，待秋分之后再行刑”，高宗听从了。衡山公主下嫁长孙诠，于志宁上书反对，衡山公主没有为太宗守满三年孝，因此认为当年办喜事不合适，高宗同意了。于志宁任尚书左仆射、同中书门下三品，652年，兼太子少师。656年，转太子太傅。659年，任太子太师、同中书门下三品。唐高宗废王皇后、立武昭仪为皇后，长孙无忌、褚遂良强烈反对，于志宁保持中立。长孙无忌被杀后，于志宁连坐、被免职，左迁荣州刺史。664年，转华州刺史。665年，于志宁去世，赠幽州都督，谥号为定。追赠左光禄大夫、太子太师。