1995年12月任浙江省（绍兴市）会稽山旅游度假区管委会主任，1996年10月任共青团浙江省委副书记、省青联主席。2000年1月，葛慧君任共青团浙江省委书记，在共青团十四届五中全会上被增补为共青团中央常委。她还在中共中央党校世界经济专业进修，获在职研究生学历。2003年9月，葛慧君出任中共宁波市副书记、市纪委书记。2005年3月，转任中共金华市委副书记，金华市代市长、市长。2007年6月，在中共浙江省委第十二届委员会第一次会议上当选省委常委，同年7月任浙江省人民政府副省长，兼任中共浙江省委政法委副书