兰治亲王威廉。君主斑蝶的学名由卡尔·林奈于1758年的《自然系统》内确定。牠最初被分类在凤蝶属中。于1780年，Jan Krzysztof Kluk成立了斑蝶属，并以君主斑蝶为其模式种。由于拉丁语语法要求种加词与性别名称相符，故并不清楚斑蝶属的学名是来自希腊传说的埃及国王及宙斯的曾孙达那俄斯，或是来自达那俄斯的玄孙女达那埃的雄性化版本。种小名是来自达那俄斯的双生兄弟埃古普托斯的50个儿子之一的Plexippus。君主斑蝶与两个相似的近亲物种于2005年前同属于斑蝶亚属。这两个物种是牙买加及伊斯帕尼奥拉岛的