缓转乘通道的人潮，2012年至2013年2月增设电扶梯与专用剪票口、售票处，与丸之内线新宿御苑前方剪票口搬迁。2013年3月4日起，早晨尖峰时刻限定单向转乘，丸之内线无法借由通道转乘副都心线。
丸之内线.为岛式月台1面2线地下车站。站体位于新宿通下方，东端在新宿三丁目交差点附近。剪票口位于地下1层，月台在地下2层。过去伊势丹侧楼梯在月台东端，后为了挪出副都心线的连络通道空间，在2006年8月13日起往新宿方向移动约30公尺。剪票口也随之移动。2013年3月如上段所述再次搬迁