993年，获得副研究员职称，并出任研究中心信息部副部长；此后，历任研究中心情报中心副主任，研究中心办公厅主任、兼任学术委员会秘书长等职；1996年2月，获得研究员职称；1999年10月，晋升研究中心副主任；2003年，再次被派赴美国进修，在哈佛大学肯尼迪政府学院公共管理高级培训班受训。2006年10月，在国务院发展研究中心前后工作了二十年的谢伏瞻被任命为国家统计局局长；并于同年11月起，兼任中国人民银行货币政策委员会委员。2008年6月，谢伏瞻开始出任中国政府的另一智囊机构——国务院研究室的主任职务。