批评这种极端的还原论。这些批评者中有粒子物理学家、化学家、生物学家、固体物理学家和整体论者。他们并不向标准模型理论本身挑战，但他们认为基本粒子的特性并不一定也是它们所组成的原子、分子或更大的结构的特性，尤其是它们并不能表达很多粒子组成的系统的特性。基于混沌理论，一些批评者认为即使物理学家完全认识基本粒子的所有的特性的话，人们以此不能完全理解所有的自然的过程；另一些批评者怀疑人们能够完全理解基本粒子的特性。
公共政策.粒子物理学的实验结果需要使用巨大的粒子加速器才能取得。这些加速器非