897年10月26日，维新派严复等人在天津创办《国闻报》，杭辛斋也是参与者之一。接受光绪赐印后仅仅两天，维新运动失败，《国闻报》因报道“戊戌六君子”事迹被查封。杭辛斋隐姓埋名，逃到山东德州一带，暗中接洽义和团势力。1904-1905年，杭辛斋与其连襟彭翼仲在京先后创办《京话日报》和《中华报》，两份报纸都有巨大销量。杭辛斋在《京话日报》中连载《猪仔记》，揭露在英打工华人的悲惨命运，这也是民国时期第一份涉及外交的报纸。同时，杭辛斋任《中华报》社长及总编辑，针砭时政，大胆直言。
两度入狱