博物馆打从一开始就将花莲与台东排除在候选名单上的质疑，张善政一直没有回应。当时的原住民委员会则回应，本案是希望在大台北地区建立具代表性的原住民族博物馆，突显原住民族文化在台湾的代表性。如同提案初衷，本馆最初的预定地候选名单全部都落在大台北都会区内：台北市北投士林科技园区、新北市三莺新生地，以及桃园市桃园高铁站特定区。原民会认为新北市及桃园市提出的土地属于无偿拨用，因此优先考虑，而桃园高铁站特定区因属于高铁局及桃园航空城用地，土地取得时程预计将耗时四年之久，故择定新北市三莺新生地。除此之外，原民会考虑