别政策和有秩序遣返行动，那些羁留中心的重要性日渐减低，到1998年位于西贡万宜水库附近的最后一间羁留中心关闭，为惩教署的越南船民事务画上句号。
历史.越战在1975年西贡沦陷后结束，到1979年越南国内再出现排华浪潮，造成大批越南船民逃难到亚洲其他地区，单是这20余年间，就有大约20.3万人乘船偷渡至珠江三角洲。港府有见当时涌入香港的船民，便持开放态度及安排地方和人手以收容他们。1978年，港府决定在前皇家空军基地改建为启德难民营，并让监狱署接管，自此该署开始参与管理越南船民的工作