海水来自花莲七星潭的深层海水取水口所抽取。深层海水研发中心每个月自花莲购买8辆水车约2、300吨的深层海水，每年需耗费至少新台币240万元。深层海水研发中心完工启用时，原规画每日自海底抽取1万2000吨的海水，并计画用于低冷花卉、低冷蔬菜、矿物浓缩、藻类等研究目标。然而自从原佈设于台东海岸的抽取管线断流后，每个月自花莲购买的水量每天仅能分配到10公吨的水量能够使用，与一开始的设计值不到千分之一，让研发能量大受影响。而原抽取管断流后，经济部向原施工厂商要求修复，然而承包商认为管线断流的肇因是天灾不愿修复，