，桂系的军事力量在历史上又多次与蒋不合，只会造成蒋日后的行政阻力，大力反对李氏参选。不过，因李宗仁在对日抗战期间颇有战功，且于政界富有人望，蒋中正终无法迫其退选。劝退不成后，蒋中正乃在副总统选举当中，全力支持中华民国国父孙中山独子，曾任行政院院长，时任国民政府副主席、立法院院长的孙科。在总统选举过后，随即举行副总统投票。虽然蒋中正发表声明表示副总统应由文人担任，且表明支持孙科，但受到多位国大代表支持的李宗仁，竞选气势一直为六人之冠。于是在4月20日下午的首轮投票中，李宗仁获得了六位参选人最高的754票，