停自强号（2003次及2009次）。2005年8月3日七堵调车场改建启用。同时南下列车改经新站房，后站同时停用。同月后站站房拆除。
合併后.2007年1月21日于原后站址改建的新场站正式启用，前站随之废止。同时发行1000套纪念车票。2008年1月31日新站第一月台启用。2008年5月15日配合台铁改点，本站取代松山车站成为纵贯线主要对号快车的发车和终点站。2008年8月1日开放使用悠游卡等电子票证。2010年7月28日前站旧站房被基隆市文化局公告为历史建筑。2013年4月26日新