令部总长永野修身上奏天皇，正式取得了成立第五舰队的批准。7月25日，以细萱戊子郎为司令的第五舰队成立，同日编入联合舰队。第五舰队沿千岛群岛——日本本土东部海域——小笠原诸岛（小笠原群岛、火山列岛等）一线展开。随着阿留申群岛战役的开展，日军一度前进至基斯卡岛，因此小笠原诸岛的防卫转交予横须贺镇守府负责。1943年美军开始发起反击，第五舰队频繁在阿留申群岛一带与美军交手。同年8月5日，第五舰队与第十二航空舰队联合组成东北方面舰队。1944年10月，在南方的部分第五舰队籍军舰，参加了俗称“志摩舰队”的第二