连接组映射图意味着要建立神经系统的完整图谱，一个神经元接一个神经元的建立。这样做的挑战变得显而易见：在更复杂的生物体中，构成大脑的神经元的数量很容易达到几十亿个。仅人类大脑皮质就包含由10个数量级别的神经元所连接的10个突触连接。相比之下，人类基因组中碱基对的数目为3×10。如今，在微观规模上建立人类连接组的主要挑战包括：在当前技术的情况下，数据收集将花费数年；用于标注数据的机器视觉工具尚处于起步阶段，并且不够完善；理论和算法均不容易获得用于分析生成的脑图。为了解决数据收集问题，几个小组正在建立高通量串行电