中学全体中学师生参加在澳门运动场举行的「澳门同胞庆祝澳门回归祖国大型文艺表演」；2005年10月29日，圣若瑟教区中学初三至高三师生参与第四届澳门东亚运动会开幕典礼的表演。2006年3月19日，即圣若瑟教区中学建校75週年，教宗本笃十六世、澳门行政长官何厚铧等向圣若瑟教区中学发出贺词。
校本部重建.据澳门葡文报章《句号报》在2005年年中报道，由葡萄牙天主教大学和澳门教区合辧的澳门高等校际学院将迁往青洲。新校园的佔地面积约二万九千平方米，建筑费用达三亿五千万元。大学有意重新打造澳门