他首先研究了葡萄糖的性质，如葡萄糖被氧化为葡萄糖酸，葡萄糖被还原为醇，糖类与苯肼的反应形成苯腙和脎，后者成为确定糖类的特征鉴别反应。1888年到1892年他成为维尔茨堡大学化学系教授，这是他觉得很快乐的一段时间，他喜欢去附近的黑森林散步，对其中生长的地衣进行了研究，这一阶段他最大的贡献是提出了有机化学中描述立体构型的重要方法—费歇尔投影式，竖直线代表远离观察者的化学键，水平线代表朝向观察者的化学键，这样将三维结构的分子用二维形式表达出来，使得研究者便于互相交流。1892年他接替刚刚去世的奥古斯特·威廉·