克兰海湾大桥的路桥费盈余来支付成本中占比较大的建造海湾隧道的成本。1961年，新系统规划的终稿被交到了由五个县组成的理事会的手里。这个规划中有三条线下穿旧金山湾，并连接东部的康科德、东北部的里奇蒙、和东南部的费利蒙；此外，还有位于金门的、连接西北部诺瓦托和旧金山的跨海隧道，以及起始于帕罗奥图、在旧金山半岛上的支线。但是，圣马刁县却于1962年4月时，退出了地铁计划，因为他们担心高昂的建造成本，和圣马刁线将来自圣塔克拉拉县的消费者带去旧金山市区消费，而减少县内商店的收入，加上已经有南太平洋运输公司（加州通