在同年的乌尔比诺叛乱中他被叛军击败，但立刻与法王路易十二结盟并获得法军援助、迅速收复了失地，年底以残忍的方式处死一大批雇佣军队长（亦是义大利中部各城的小执政官）。这一惨案传开后，义大利中部的其他小君主纷纷出逃；至1503年中，切萨雷不只佔领卡斯泰洛城、佩鲁贾，更试图当上托斯卡纳执政官（其领地包围住佛罗伦斯），他已成为毫无疑问的中部霸主。
失势和结局.1503年8月，他父亲教宗亚历山大六世去世后，切萨雷·波吉亚也在同时病倒，无力反应，父亲之死标志他开始失势。他的对手在新教宗儒略二世的