内法传》说：“所云大乘无过二种：一则中观，二乃瑜伽。中观则俗有真空体虚如幻，瑜伽则外无内有事皆唯识。”在印度南方，则有如来藏思想盛行，形成如来藏学派，后与唯识学派合流。
印度佛教晚期.佛教经论中对密意契经最早引述见于说一切有部《发智论》，无着《集论》认为需要对其进行秘密抉择。在笈多王朝时期，大乘佛教在吸收婆罗门教和当时新兴的怛特罗密教咒语、手印、宗教仪规和瑜伽术身体训练方法的基础上，创造了一套极富神秘主义色彩的宗教实践方式，就是密宗，在波罗王朝时达到极盛。它采取师徒秘密传授