2003年，非典型肺炎出现爆发潮，他开始负责流行病学调查，于2004年起统筹设立卫生防护中心，同时出任总监，负责防控疾病及策划公共衞生紧急应变的工作。其后在2007年，调任医院管理局质素及安全总监。至2010年，获委任为港岛西医院联网总监／玛丽医院及赞育医院行政总监。同年11月8日秋季，梁柏贤接替已经离任的苏利民，出任医院管理局行政总裁，由于事务繁忙，他于2011年1月1日辞去医务委员会委员职务。