在1828年8月2日辞职，并离开基多，回到大哥伦比亚。他原先打算退出政治。1828年末，玻利瓦尔敦促苏克雷接替他，他一直认为苏克雷是自然的继任者。他先前曾告诉他，。1830年初苏克雷出任大哥伦比亚共和国议会主席，当时共和国内部分裂主义活动加剧，委内瑞拉和厄瓜多尔要求脱离大哥伦比亚而独立，他维护统一，反对分裂。在苏克雷得知玻利瓦尔已经辞职，并打算出国，他决定前往基多准备说服分裂主义者，6月4日在途中被埋伏在南哥伦比贝鲁埃戈斯山区的帕斯托附近的政敌暗杀，时年35岁。谋杀案的详情仍不清楚，对于