为了配合环境，工程分多段各有特色，包括钻挖式隧道、明挖回填式隧道、海底隧道、高架道路及地面道路等。路政署正在进行马头角城市设计概念研究，希望利用兴建干线的契机，改善当区环境。初步构思是把翔龙湾以南约3公顷的沿海土地活化，建议迁移验车中心，以腾出土地大量作绿化，希望该地与海心公园的整体绿化率提升至30%。
通风口.西九龙隧道出口和通风大楼原设于渡船街，距离骏发花园只有150米，路政署为了避免居民受到噪音影响，把出口西移至海泓道（距御金·国峯约350米），而通风大楼则移至西九龙交汇处（