九溪5条溪流，流域面积1805平方公里；木兰溪为境内第一大河流，流经县境东南部，从莆田三江口注入兴化湾，为潮汐所吞纳。 
历史.唐朝圣历二年（699年）析莆田县地西半部设清源县，属武荣州。唐玄宗天宝元年（742年），泉州易名为清源郡，属岭南道，别驾赵颐正以“县名同郡非便，奏请改之”，因境内有何氏九兄弟在九鲤湖羽化登仙的民间传说，改为仙游县，隶属清源郡。宋代兴化军管辖莆田、仙游、兴化三县。明嘉靖四十二年，名将戚继光曾在仙游县与倭寇爆发主要战事，史称仙游大战。倭寇被歼灭万余人，元气