系教授张元担任历史科课纲召集委员。在张元等人编写的历史课纲中，台湾史首次独立成册，脱离中国史范围教授，将中国明清两朝併入世界史教授，主张学生应由本土历史开始学习，进而学习中国史与世界史。在2003年，这份课纲首次公开，受到立法委员及媒体抨击，国民党立委洪秀柱与亲民党委员李庆华、李庆安皆召开记者会批评这份课纲具台独思想，张元因此辞去召集人职位，课纲修订暂停。此份课纲在2004年教育部长杜正胜任内被重新推动，以「普通高级中学暂行课程纲要」名称公布，在2006年（民国95年）开始使用，但因为95暂纲未完成完整的修