湖县离任后，正逢张之洞于1896年筹建湖北新军。54岁的吴殿英本来不愿赴湖北任职，但常州同乡赵凤昌（张之洞首席幕僚）对其大力游说，加上其子吴稚英已先期被赵凤昌调往湖北任官，故吴殿英最终来到湖北，成为张之洞负责军事教育的幕僚。 1896年，张之洞重任湖广总督，吴殿英被任命为都司衔监操官，负责组织训练湖北护军（湖北新军的前身）。为此，吴殿英还专门到日本考察了半年。在他的努力下，湖北新军在各方面都超过了旧式军队。他还参与创办湖北武备学堂。吴殿英还多次派学生到日本学习军事，其中就有黄兴。到辛亥革命前期，湖北