管辖斗六堡、溪洲堡、他里雾堡、沙连堡、鲤鱼头堡、西螺堡、打猫东顶堡、打猫北堡、大槺榔东顶堡、尖山堡、海丰堡、布屿堡、大坵田堡、白沙墩堡、茑松堡。斗六厅下辖有林圯埔、崁头厝、土库、西螺、北港、下湖口、崙背等七支厅。其范围包含现今云林县全境、南投县竹山镇和鹿谷乡。
沿革.1901年11月，台湾总督府以办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止「三县四厅」，设「二十厅」之行政单位，将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六等五厅，斗六厅因而