均每隔五十多秒就有一班车，但在减卡前提下或需压缩间隔至三十秒，方有足够车厢接走乘客，从而抵销月台压力。 另一方面，城际直通车日后会继续取道东铁线轨道往返红磡、东莞（常平）、广州东、北京西及上海站。换句话说东铁线列车将一如以往不享有绝对路权，但又不像东涌线和机场快线在某些路段可作四线行车（个别拥有四线月台的车站（如：沙田站）只能作为避车处），种种限制都影响到东铁线班次难有加密空间。
马鞍山线没有增加来往月台及车站大堂的设施.马鞍山线列车原为4卡列车，因应马鞍山线（现为屯马线一期/