之凤收犯人的贿赂，想要治他们于罪。刘之凤在下狱后饿死，方逢年想要救他不成，同时也失去了崇祯帝的信任，罢官回到浙江遂安。
南明.福王朱由崧立于南京，即南明安宗弘光帝。召请方逢年官复原职，不应。弘光元年（1645年），清军破南京。「鲁王」朱以海在浙江台州避难，随即在绍兴自立，称「监国」、「监国鲁」，三次召请方逢年任大学士。方逢年避于绍兴善法寺都御史刘宗周到善法寺拜访他，赋诗告别，后来刘宗周绝食二十天而亡，逢年也准备在善法寺绝食而死。等到郑遵谦起兵的时候，僧人破门而入，将他救出。绍兴城破