仍在抗日，所以台湾县与台南县的规划并未真正运作。
一县二民政支部一厅（1895）.由于抗日势力难以在短时间内平定，于是日本决定废止民政改行军政，于1895年8月6日公布《台湾总督府条例》（陆达第70号），规定在全台底定之前，在台湾总督之下组织军事官衙，并置参谋长辅佐总督，监督府内各局事务。之后总督桦山资纪依据该条例，于8月24日制定《民政支部及出张所规程》，并于8月25日以「民内第125号」通令颁行。于是除了保有台北县、澎湖岛厅外，台湾县与台南县都被裁撤，改为台湾、台南民政支部。县