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第二次国共内战期间.1945年9月，根据中共中央指示，与饶漱石等部署江南部队北上工作，组织华中军区、华中野战军和华中局等机构。10月，率新四军军部北移山东临沂。12月28日，任中共中央华中局常委。1946年1月，张云逸兼任山东军区副司令员，主持新四军军部和军区后勤及基地建设，同时指挥山东内线作战。1947年1月，任华东军区副司令员，领导华东地区的土地改革、支援前线、整风和地方武装、民兵建设等工作，扩建华东野战军力量。8月，张云逸率领中共中央华东局和华东军区机关转移到渤海惠民地区