如果形成普通的三联体则反应时底物就会与末端甲基发生排斥作用，致使定向变为不可能。所以这种酶起催化作用的苏氨酸位于其N端，N端氨基起到三联体酸性基团的作用。在催化过程中，氨基氮原子与酶分子内部的一个有序排列的水分子形成氢键并使之极化，从而令水分子夺取苏氨酸羟基上的质子，使得后者的反应活性（亲核性）大大加强，最终与底物发生反应。
丝氨酸-水-N端氨基和半胱氨酸-水-N端氨基.亦存在以丝氨酸-水-N端氨基或半胱氨酸-水-N端氨基为三联体的酶，例如青霉素G酰胺水解酶（PB超家族，S45家族