调降基因表现，但也有少部分会活化转录进行。反义RNA的作用机制之一，是借由与mRNA互补配对，来形成双股RNA，而被酵素降解。此外，在真核细胞内，也许多能调控基因的非编码RNA，一个常见的例子是Xist，它会附在雌性哺乳动物的其中一个X染色体上，造成其去活化。一段mRNA自身可能带有调控元件，例如riboswitches，在其五端非转译区(5' untranslated region)或三端非转译区(3' untranslated region)，包含有顺式作用元件(cis-regulatory ele