惠征乃忙于此事，直到将女儿送走后，方于咸丰二年七月到芜湖上任。到芜湖上任后，惠征不到半年便征入四、五千两白银。惠征到任不久，太平军便进攻长沙，因久攻不克而转赴湖北，附近地区民众反抗清廷的事件增加。惠征奉命亲自督率地方水师巡船，镇压民众反抗，安徽巡抚蒋文庆对惠征的年终考语为：“识见通明，办事详审，近委督率巡船，缉拿土匪，不遗余力。”咸丰二年十二月，太平军攻克湖北武汉三镇，随后顺长江而下，江西九江及安徽均告急。清廷任命两江总督陆建瀛为钦差大臣，督率三千兵丁，增防江西及安徽，但在湖北武穴老鼠峡遭太平军击败