宫中发生巫蛊之祸（前92年），丙吉因为曾经担任过廷尉府的官职，奉召入长安，负责在郡邸狱审理案件。当时汉宣帝尚年幼，因为系卫太子之孙而卷入此案，亦关押在郡邸狱中。丙吉知道卫太子本系冤屈，其孙更加无辜，便对其多加照顾，且故意拖延案件的审理，希望能够保全宣帝。后元二年（前87年），汉武帝病重，因怀疑长安狱中仍有天子之气，下令将长安狱中罪犯无论轻重全部处决。丙吉当夜闭门不纳武帝使者，坚不执行旨意，以保护宣帝。次日晨，武帝后悔自己的命令，撤回旨意，郡邸狱中所有人员方才得逃大难。霍光掌权后，十分器重丙吉，任命其为光