帝听后十分高兴隆安元年（398年），虞啸父外任吴国内史。同年获征还任尚书，但未出发就遇上青兖二州刺史王恭以诛杀尚书左仆射王国宝为名起兵，时因母丧在吴的前司徒左长史王廞响应了王恭，更版命虞啸父出任吴兴太守，让他到吴兴及义兴两郡招兵。不久，执政的会稽王司马道子杀掉王国宝及王绪回应王恭，王恭亦满意罢兵。但王廞响应之际就借机诛杀异己，故不肯就此罢兵，干脆叛乱，但旋即遭王恭麾下的刘牢之击败，从此失踪。时有关部门表奏虞啸父和王廞是同谋，应当处斩，然而朝廷以虞潭的功勋而赦免了啸父，让他以患病为由贬为庶人。隆安四年