邦政府宣布将关闭新加坡的中国银行分行，原因是中国银行在资助马来亚共产党的武装活动。由于该银行对新中贸易扮演着重要的角色，所以新加坡极力反对。但是，联邦政府还是宣布要在1965年7月关闭银行。两地在政治上也有冲突。1963年，由巫统、马华和国大党组成的联盟在联邦政府的支持下参加新加坡州选举。然而，联盟不仅未添一席，原本控制的芽笼士乃、甘榜景万岸和南部岛屿这三个选区也被人民行动党夺取。事实上，这场大选不像是联盟和行动党的竞争，更像是社阵和行动党的竞争。首相东姑阿都拉曼对此表示非常失望，甚至亲自来新加坡表达不