外交关系几乎重叠。
地理.台湾与菲律宾巴丹群岛之间隔着巴士海崃。巴士海崃以北衔接台湾的兰屿及台湾南端恆春半岛，以南衔接雅米岛及巴丹群岛。台湾的兰屿与菲律宾的巴丹岛原住民，能够靠着小舟往来。
民族.根据民族学的研究，两地的南岛语族原住民有深厚的血缘关系。台湾原住民的语言及传统歌曲与菲国原住民亦有高度的相似性，双方现已逐渐恢复连络。根据考古与语言学的理论，认为台湾是南岛语族的故乡，南岛语族的扩散是由台湾经兰屿、巴丹岛，到达菲律宾，再由东南亚岛屿迁往大洋洲。