1955年，鉴于当时的国际形势，同时也为支援西北教育建设，国务院决定在上海的交通大学在1955年至1957年两个学年中分批迁往西安。1956年暑假，西安新校舍落成，学校第一批西迁开始。但由于形势的变化和部分校内师生的反对意见，内迁工作不久中断。虽然所有中科院学部委员仍留在上海部分，但绝大多数青年师生，设施以及档案迁往西安，交通大学开始两地办学。由于上海和西安两地管理上非常不便，1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，交通大学上海部分成立上海交通大学。
上海交大时期