往后，孙黄在1913年宋教仁案发生后，针对讨袁的方式时再次有分歧，孙中山认为应该武装反抗，而黄兴认为应该寻求司法，走和平路线。孙中山发动二次革命时，黄兴响应起义，不久失败。孙中山把这次失败原因归结于党员不听话，特别是黄兴不听他的领导，要另组秘密的中华革命党，以服从他为第一要旨。最后黄兴并未加入孙中山当年7月所成立的中华革命党，而离开日本前往美国。在旧金山时他接到一些拥护者的来信，希望他另行组党。黄兴回曰：“领袖惟有孙中山，其他不知也！” 1916年黄兴逝世后，孙中山闻讯后悲痛欲绝，第二天即发函海内外