机要秘书的陈森茂，当选台南市长。林文雄任内完成台南市立医院的建设，并还清苏南成市长时代的大量负债。然而任内先是婚外情遭陈森茂揭露，林文雄与黄姓女子「夜谈」的录音带被陈森茂公布，一时成为全市关注焦点。1988年4月发生与国民党市党部主委封惠南擅自出售临安路六信仓库市有土地，封惠南更施压阻止市议员参加议会主办的说明会，引起议长张坤山愤而请辞，张坤山在4月2日上午参加市议会党团会议后，愤怒离席返回市议会，立即扬言辞去议长职务，当日下午向市议会提出辞呈。一度引起府会冲突。1989年4月，林文雄以父亲阻止参选