诸王将领参佐们的家眷当时还在建康，刘劭遂意图全部诛杀，只因何尚之成功劝止才得保住性命。同年刘劭兵败被杀，刘骏即位，即宋孝武帝，以何尚之复任尚书令，领吏部。孝建元年（454年）迁侍中、左光禄大夫，领护军将军；不久又辞领护军将军，转加特进，又再领尚书令。大明二年（458年），何尚之转侍中、左光禄大夫、开府仪同三司。后又曾兼领中书令。大明四年（460年）去世，享年七十九岁，以本官加赠司空。赐谥号简穆。