1994年4月15日，衡阳站首开衡阳←→广州的83/84、85/86次特快车次（现已停运），全程521公里，运行时间8小时24分，结束无特快列车始发的历史。衡阳站于1995年5月30日由一等站升格为特等站。2005年5月19日，车站建制与衡阳北站、衡阳西站合并管理。2010年10月21日，原衡阳直属站、原永州车务段、原郴州车务段合并为衡阳车务段。2017年9月1日开始，衡阳站启动了综合改造工程，对既有车站客运设备设施进行改造、新增扶梯和直梯，并对既有站台进行抬高工程。全部工程于2018年6月29日全