古典期晚期，佩滕盆地和危地马拉高地上已建立起多个大型城市。玛雅文明在古典期（约250年至900年）步入繁盛，各地较大规模的居民点数以百计，部分城市形成城邦，其间以复杂的贸易网相联系，北部低地的蒂卡尔和卡拉克穆尔城邦逐渐崛起。不过，分布于今墨西哥中部的特奥蒂瓦坎文明也在此时期对玛雅城邦展开侵略。9世纪，玛雅文明的中部地区突然出现集体性的政治崩溃，是为古典期衰落，引发连年内乱，大量城市陷入废弃，人口开始北移。到后古典期（1000年至1520年），来自墨西哥腹地的托尔特克人征服了玛雅地区北部的尤卡坦半岛，建立起强