南京气象学院工作23年，历任天气动力教研组组长、气象系主任、副院长。1962年赴越南河内综合大学任教，获得“胡志明奖章”和“中越友谊奖章”。1978年开始指导研究生；1980年起任国家气象局第一副局长，兼任北京气象学院院长、教授，南京气象学院、中山大学教授。1995年10月5日，横穿马路的章基嘉被一辆收破烂的三轮板车撞倒，于当天死亡。收破烂的任庭付随后弃车逃逸，于2006年在北京被抓获。