拘捕的事件时有发生，有时甚至把探访家庭教会的香港或外国信徒也拘捕了（因为把外国人参加家庭教会聚会视为非法），所以部份香港和外国的华人教会出于安全原因对家庭教会保持距离。另外，中华人民共和国政府声称有些团体披着家庭教会的名义，实际上从事间谍工作，或本质上是邪教（如东方闪电(全能神教会)，唿喊派），从事骗财，骗色甚至杀人（2014年招远围殴女子致死案）等非法活动，亦令至中国政府需要加强规范工作。
政府打压事件.1988年3月，河南北部一个家庭教会神学培训中心被公安冲击，抓走十几个神学生