接替已被打成反革命的根登担任总理，苏联专家们则可躲在“阿玛尔政府”的门面之后作恶。所以，在除掉阿玛尔前，莫斯科授意先发动宣传攻势以降低阿玛尔的声望。1939年3月，阿玛尔因“反革命集团庇护者”等罪名而被逮捕，并被押往苏联审判。在被关押期间，苏联内务人民委员会对他施以各种“非人酷刑”。 1941年7月10日，在蒙古人民革命党建党日，阿玛尔被宣判死刑。与阿玛尔同被逮捕并送往苏联处决的，还有当时的蒙古人民共和国国家元首、蒙古人民革命党创党元老道格松。阿玛尔在生命的最后一段时期，在狱中遇到了将其清洗的鲁布桑沙拉