表团以奥林匹克发源地首先入场，巴西代表团作为东道主最后一队入场外，其余队伍按照巴西葡萄牙语首字母顺序排列（个别国家/地区因政治原因调整了入场顺序，如北韩）。而难民代表团则是在巴西代表团之前入场（顺序为倒数第二）。
争议.美国全国广播公司曾向国际奥委会发出请求，要求本届奥运会开幕式代表团入场次序按照英语首字母顺序排列，而非葡萄牙语，原因是如果美国代表团按照葡萄牙语首字母顺序排列入场，会影响美国当地的收视率。但国际奥委会拒绝其请求，因为根据国际奥委会的规则，各届奥运会开幕式代表团入场次