1959年，第一届高中生参加香港中学会考。中学部校舍同年落成启用，1960年由港督柏立基爵士主持揭幕仪式。1966年，动工兴建室内操场及新校舍，并于1972年落成。1973年，首届中七预科生毕业。1975年，中学部由私立学校转为津贴学校。1976年，爱秩序湾村大火，木屋全数焚毁，学校主动借出室内操场及其他设备让灾民暂住。1996年再进行校舍扩建工程，耗资港币2000万元。2005年再于礼堂侧加建四层新校舍。目前校舍面积有5,800平方米。慈幼英文学校在1990年首次有学生（杨智恆）在中学会考取得九优一