顺复降清的总兵姜瓖起义反清，傅青主的两个同学王如金、薛宗周参加“交山军”进军太原，在晋祠与清兵交战数日，被杀，傅青主撰《汾二子传》文纪念。顺治十一年（1654年），傅青主因宋谦供出其曾接受南明的任命而入狱，称“甲午朱衣道人案”。被拷打。绝食九日，好友陈谧、戴廷拭、白居实、张天斗、木公、魏一鳌、古度等人多方营救，傅山的母亲说：“道人儿自然当有今日事，即死亦分，不必救也。”出狱后又去南方云游。归来后隐居太原府崛围寺（位于今太原市西北20公里）。取“它山之石可以攻玉”之意，号公它、公之它。康熙年间清圣祖下