天监元年（502年），南梁朝廷降萧子恪爵位为南康县子，除授散骑常侍，领步兵校尉，但他以病未拜任，徙任光禄大夫，很快但任司徒左长史；又外任永嘉太守。回朝后出任光禄卿、秘书监，再外任明威将军、零陵太守。天监十七年（518年），又入朝任官散骑常侍、辅国将军，到普通元年（520年）迁官宗正卿；两年后（522年）转迁都官尚书。普通四年（523年），萧子恪转为吏部尚书，两年后（525年）改任太子詹事。大通二年（528年），他外任宁远将军、吴郡太守，次年（529年）于郡舍去世，虚岁五十二，朝廷下诏赠侍中、中书令，