转经由灰磘港村落东侧、玉湖国小前路段南行，并在此连接通往北门市区的南12线。离开村落的南9线南行不远后，跨入学甲区境内，在学甲区境内路段所经之处为无聚落的渔塭区土地，继续南行后跨回北门区境内。回到北门区则为仁里里二重港范围，亦为本区道的终点，最后止于市道174号叉路口处。南9线沿线在村落外的路段，沿线两侧以台南市海滨传统的渔塭与水塘景象为主，仅在玉港里及仁里里村庄周围有少数土地作为种植作物使用。南9线路线历过数次的路线改编，主要是整併本线既有的「小蚵寮～北门南」及南19线「玉港～二重港」两段路线基础而来