（如结合位点）的序列是保守的。 基于结构的方法需要蛋白质的三维结构。这些方法又可以细分为基于模板和基于容器的方法。基于模板的方法寻找目标蛋白和具有已知结合位点的蛋白质之间的三维相似性。基于容器的方法在目标蛋白中寻找凹面或埋入容器，这些凹面或埋入容器具有疏水性和能形成氢键等特征，使得它们能够以高亲和力结合配体。 即使这里使用的是容器（pocket）一词，类似的方法也可以用来预测蛋白质-蛋白质相互作用中使用的结合位点，这些结合位点通常更为平坦，而不是在容器中。