1957年被划为“右派”。文化大革命初期于1966年9月在武汉因病逝世，享年81岁。
家庭.杨端六之妻为号称“珞珈三女杰”之一的女作家袁昌英。他们二人育有一子一女。女儿杨静远亦为作家，儿子杨弘远则是武汉大学生物系，植物学家、中国科学院院士，一家四人皆为武汉大学校友。