第百六十三号修改〈台湾总督府抚垦署官制〉，将原本隶属于台湾总督府的抚垦署改由地方县厅掌管，并允许视情况设置出张所。最后在明治卅一年（1898年）6月20日随着修改过的〈台湾总督府地方官官制〉施行，〈台湾总督府抚垦署官制〉遭到废止，抚垦署裁废后将业务交由辨务署第三课接管。
组织.
职员.根据1896年公布的〈台湾总督府抚垦署官制〉，台湾的抚垦署共有以下的人员：后来在1897年〈台湾总督府抚垦署官制〉进行修改后，台湾的抚垦署共有以下的人员：Section:::