五年（1625年）东厂魏忠贤兴大狱，诬陷杨涟等六君子，收受熊廷弼的贿赂，判定杨涟、左光斗各坐赃二万两银，魏大中三千。大中被捕入狱，被锦衣卫许显纯鞭笞拷掠，「严刑追赃比较，五日一回奏」，最后竟被诬陷坐赃而死。年五十一岁。其长子魏学洢领回尸体，匍匐扶衬归乡。崇祯初年（1628年）追谥忠节。着有《藏密斋集》。