期间，他又担负着处理海南房地产泡沫破裂后遗留下来的“难题”；并为海南确立了“生态立省”的工作方针。在2003年2月的一次工作会议上，王岐山提出“要把海南建成全国人民的度假村和中华民族的四季花园”的目标。2003年SARS事件爆发期间，当时北京市市长孟学农和卫生部部长张文康因防疫不力、瞒报疫情而被免职。在海南工作仅五个月的王岐山，出任中共北京市委副书记、副市长、代市长；并在2004年2月召开的北京市第十二届人民代表大会第二次会议上，正式当选为北京市人民政府市长。
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