东南军政长官公署（1949年8月15日－1950年3月31日），是中华民国国防部曾经设于台北介寿馆（今总统府厅舍）的中华民国军政单位。
成立经过.1949年6月21日，已下野的中国国民党总裁蒋中正为检讨过去军事、政治、经济何以失败的总因，作为今后军事与复兴大业之依据，乃于台北召开东南区军事会议，与会者包括东南区陆海空三军将领与各党政要员，陈诚任会议主席。该会历时七日，会中一项重要决议，乃正式确定组织「东南军政长官公署」，统一指挥辖区内军事政治，确立台湾为复兴基地，将嵊泗列岛、舟山群