台和石室的藏书秘籍，随献帝西奔，并于长安重建旧秩序，并借此保存经籍。
诛除董卓.董卓此时将长安都交付王允管理，王允亦假意奉承。董卓亦因此将王允推心置腹，不作怀疑，王允于是能在此乱局中扶持王室，亦受朝臣倚仗。但王允同时亦秘密地与司隶校尉黄琬、尚书郑泰等谋诛董卓，于是上表请杨瓒和士孙瑞从武关出兵攻伐袁术，实质是为讨伐董卓。但因董卓怀疑不许而令图谋失败，王允唯留二人在朝。初平二年（191年），董卓到长安，自为太师，赐王允二千食邑。初平三年（192年），王允与士孙瑞和杨瓒等人再图谋诛除