来自就地卫生系统（化粪池、旱厕）或排放未经足够处理的污水。这也可能是污水处理厂二级处理不佳所致（多发生在欠发达国家）。在发达国家，老城破旧的污水系统泄露（管道、泵、阀门）会导致卫生下水系统满溢。有的城市有合流下水系统，会因雨水冲刷而排放未经处理的污水。淤泥（污水排放带来的沉积物）也会污染水体。病原体也可能是家畜管理不佳所致。
有机、无机和可见污染物.污染物可以包括有机和无机化合物。水中有机污染物包括：水中无机污染物包括：大型污染物，即水面可见物品，或海洋废弃物，包括：