ard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。
改善工程.通车初期，将军澳隧道公路外的回旋处由于需要应付来自三个方向的车辆，导致形成瓶颈，为了应付交通挤塞的问题，有关方面在1990年代后期，落实了计划良久的分层交汇处建造工程，利用行车天桥、公路和引路，把前往不同地方的车辆分开。工程在2006年竣工，增强疏导交通效果之余，交通意外亦明显减少。
未来发展.
增设巴士转乘站.将军澳隧道以往是本港少数不设巴士转乘站的行车隧道，因应政府推动安达臣道发展计划