要属冲积海积平原地貌，地表有些起伏；零星分布剥蚀丘陵地貌，岛周围零散分布河漫滩和沙洲。地形以平原及丘陵为主，平原地面高程5米以下，而丘陵分布在中、西北、东南部，海拔在150米以下。高盖山是全岛之最高点，海拔202.6米。南台岛被闽江围绕的总长度约66公里。岛上内河错综复杂，共计有30多条，岛上东片区内河水流随外江一同涨落，且由出口水闸控制。
自然环境.南台岛属副热带季风气候，年平均气温19.6℃，夏季平均28℃，降水量1392.5毫米，蒸发量1413.7毫米。岛上分布玉兰、龙