说，在神的眼中算为义是恩典之一。第二个恩典则是：当人接受与耶稣基督联合之时，信徒便可进入「更新」的过程，使其内在生命更像基督。
圣灵论.《基督教要义》中没有为「圣灵论」单独写一个章节，必须从整本书的论述归纳他的观点。加尔文认为，上帝的灵与上帝的工作同时进行，而促成人的「相信」，当圣灵在人心中运行光照人心，使人在读了上帝的话而产生信心。所以人非用理性接受信仰，亦非用理性确认圣经的权威，而是圣灵那奥秘的力量所做的工作。
教会论.加尔文的教会论涵盖非常广，包括了