式启动以来，该计划在一部分学者看来存有争议。有人表示反对“官修正史”，认为国家没必要投入大量经费、组织专门力量编修正史，也有学者表示编修工程采用“承包”的办法并不是做学问的合理方式。美籍华人历史学家余英时也反对“盛世修史”的观念，认为重修清史和夏商周断代工程一样都是为了满足中国政府的政治目的。他同时表示研究历史不需要一本定史，并认为中国当代有足够水准的清史研究专家太少，无法编出一部高zh-tw:品质;zh-cn:质量的大型史书。