化学系的“有机化学”和“仪器分析”课程为国家精品课。分析化学为国家重点学科，物理化学为国家培育重点学科。化学系的科研方向主要涉及：生命过程中的化学问题，有机光电子材料与器件，新型晶体功能材料，超分子自组装和纳米结构材料，中药复方的分子生物学，导电高分子材料的合成与性能，以新能源及环境保护为目标的新催化系统等等。
主要实验室.清华大学化学系现有两个教育部重点实验室：“生命有机磷化学及化学生物学教育部重点实验室”和“有机光电子与分子工程教育部重点实验室”。清华大学分析中心设在化