二月（1553年初），光禄寺少卿马从谦举报提督宦官杜泰贪污，反被诬诽谤。孙允中与御史狄斯彬也上疏弹劾杜泰，世宗本因之前众臣谏言其醮斋之事怀恨，马从谦奏章中又提及此事，因此大怒，将马从谦和杜泰关入诏狱。允中、斯彬谪边方杂职（允中贬宜川典史）。三十三年稍迁宁国府推官，擢刑部主事，未几，改光禄寺丞，三十六年官尚宝司少卿。四十年迁官应天府府丞，四十一年罢归，寻丁父忧，万历元年卒，年六十八。
家族.曾祖孙铭；祖父孙景；父孙宪。母钱氏。