被任命为海防第二舰队司令，晋升海军少将，驻防长江，参加国共内战。林遵心中有反战情绪，又与中共地下党员、老同学郭寿生交往甚密，对国民党政府失望过甚，有意率部起义。但由于1949年国共和谈的进展，心中有所观望。1949年2月25日，林遵在英国的同学、重庆号巡洋舰舰长邓兆祥所率领的国军海军最强大的战舰起义，投奔解放军，引起国军海军内部极大震动，林遵也受到很大震动。此后，海军总司令桂永清多次威胁林遵必须看住第二舰队的军舰，如有发生叛逃必将重责，同时也利诱林遵，命其做好率舰南撤的准备，许诺只要能保住军舰，即晋升其