及许多医学研究，寡糖有类似水溶性膳食纤维的功能，能促进肠蠕动，改善便秘、腹泻等问题。原因是人体小肠只能不完全消化寡醣，因此寡醣未能消化的部份会让肠道的菌落利用，因而改变肠道生态，使人体消化道菌丛生态正常化，并增加有益菌数，帮助改善肠的正常消化及运动，减少毒素吸收、预防肠癌、肠炎等的发生率，且能改善血脂水平。临床研究亦发现施予果寡糖、半乳寡醣及菊粉可增加结肠益菌的数目，并同时减少害菌数量。虽然寡醣甜甜的，但因为分子较大，细菌不容易分解利用，所以不会引起蛀牙。而且因为寡糖是难消化性，摄取后血糖值不会增高