丘仲孚聪明有谋略，盗贼们都畏惧服从他之。太守徐嗣征召他补任主簿，历官扬州从事、太学博士、于湖县令，有能力名声。当地太守吕文显当时获得君主宠信，欺侮诋毁属下县份，只有他不屈服，因父丧辞官。齐明帝继位，丘仲孚得起用为烈武将军、曲阿县令，其时会稽太守王敬则举兵造反，趁朝廷没有防备，令造反的事刚传到朝廷，王敬则的前锋已到达曲阿。丘仲孚对地方吏民说：「贼军虽然精锐地乘胜追击，但他们其实是乌合之众，容易离散。现在若果收起船舰，凿开长岗埭，让洪水阻挡他们的路径，留下数天，官军一定来到，则大事会成功了。」王敬则军队