原因，他先后代表的是南斯拉夫社会主义联邦共和国和南斯拉夫联盟共和国。其中，代表前者参加了1984年欧洲足球锦标赛和1990年世界杯足球赛，代表后者参加了1998年世界杯足球赛和2000年欧洲足球锦标赛。他首次代表国家队出场是在1983年11月12日，对阵法国；而最后一次则是在2001年7月4日，对阵日本。
退役之后.2001年退役之后，36岁的斯托伊科维奇随即接替成为南斯拉夫足球协会主席。斯托伊科维奇的上任引人瞩目，在他任内南斯拉夫国家队却战绩不佳，2003年6月甚至在欧洲足球锦标