出现大规模的农民起义和灾荒，导致汉人数量一度减少。经过二百年的发展后，到明神宗万历二十八年（1600年），汉人的人口又增长到约1.5亿。之后由于明末饥荒、农民起义、清军入关、三藩之乱，导致汉人人口剧减。
清朝时期.明末清初，由于流寇扰乱、清兵入塞、入关战争中的屠城事年如扬州十日、嘉定三屠等与三藩之乱的关系造成人民生命与财产的损失。而饥馑、瘟疫使得中国人口又一次的急速下降。史学家葛剑雄认为明清之际人口的跌幅估计可达40%，从崇祯元年（1628年）以来平均每年下降19%，至顺治末年达到