忙时间及星期日及公众假期的班次明显减少。不过到2021年2月6日，港铁宣布9卡新列车投入服务后，在上班日早上非繁忙时间，有乘客表示原本不用等车，现在却要等一至两班，担心疫情过后情况会更差。此外，由于东铁线大部分路段属于露天路段，故每逢恶劣遇上天气如热带气旋影响本港时，本线路段容易因露天电缆损毁、山泥倾泻、塌树等各种原因导致不能提供完整服务。当恶劣天气过去时，本线服务往往因工作人员仍在进行抢修而未能恢复正常，往往出现本线车厢和沿线的车站月台和大堂甚至站外逼满乘客的现象。在2012年，东铁线每日平均乘客