月下旬，但懋辛在码头为熊克武、秋瑾等人送行。不久，但懋辛回到上海，向熊克武传达了中国同盟会总部的要求，该要求命他们以办学作为掩护，在上海创办联络站，负责日本、上海和中国内地同盟会会员的联络工作。1906年2月，经熊克武、但懋辛等中国同盟会会员努力，中国公学开学，该校即中国同盟会在上海的联络机关。同年6月，奉中国同盟会之命，但懋辛和熊克武赴上海西牢迎接因苏报案坐牢的章太炎出狱。随后，但懋辛派人将章太炎送往日本。不久，孙中山化名“高野”，乘坐法国邮轮经上海赴新加坡，但懋辛和熊克武负责保卫，并登船向孙中山汇报