县政府恢复建制，原金门军管区行政公署各行政区改为乡镇，成立三镇三乡，但地方行政的决策与指挥监督由金门防卫司令部下设「政务委员会」负责，以军领政。民国43年（1954年）6月莆田县乌坵地区设乡，指定暂由金门县代管，此时金门县共辖有金城镇、金沙镇、金宁乡、金湖乡、金山乡、烈屿乡、乌坵乡等二镇五乡。民国48年（1959年）增设金琼乡，并改金湖为镇。民国54年（1965年）9月撤置金山乡及金琼乡。民国47年（1958年）8月23日－10月5日，中华人民共和国声称「声援中东人民的反侵略斗争」，于金门爆发八二三砲战