系，主要是基于其与幼体的特征。现时这两个门跟纽形动物门及其他兄弟分类元共同组成冠轮动物总门 （Lophotrochozoa）。种系发生学研究基于79核糖体蛋白质（ribosomal protein）认为星虫动物门是环节动物门之下的成员，其后对其物种的线粒体的DNA分析，确认了本分类跟吸口虫纲（Myzostomida）及环节动物门（包括螠虫目及须腕科）的亲密关系。另外，有证据显示星虫动物在早期幼虫阶段时，其（）跟其他环节动物很相似，尽管这些特征在牠们成长后都消失了。以下详列星虫动物最普及的分类：Se