陈水扁生于台南县官田乡西庄村（今台南市官田区东西庄里）。父亲陈松根，母亲李慎，陈水扁为长子，下有1弟2妹。陈水扁本来要取名为「陈水遍」，是陈父拜託麻豆保济寺的定妙师父取的，后来登记户籍时，户政人员误记为「扁」字，于是便将错就错下来。陈父当佃农和长工为生，乃当时的三级贫户，由于当时营养不足，一般小孩出生后一段时间才报户口，以避免夭折之后还需要申报「除户」，故陈水扁的身分证登记出生日期为「1951年2月18日」。大学期间，陈水扁在某次旅北同学会中和曾文初中小他一届的学妹——就读国立中兴大学法