跨境巴士主要往来香港和广东省各地。香港的跨境巴士使用皇岗口岸、文锦渡口岸、沙头角口岸、深圳湾口岸及港珠澳大桥往返香港、澳门及中国内地。在皇岗口岸除了有往来落马洲与皇岗的皇巴士外，还有直通跨境巴士往来皇岗口岸与元朗锦上路站、湾仔码头、旺角（跨境全日通）、荃湾站（中港直通快线）、观塘蓝田站及尖沙咀柯士甸道（24小时跨境快线）。除此之外，还有一些由香港出发经皇岗、深圳湾口岸、文锦渡及沙头角前往广州、中山、佛山、新会、顺德等地的长途巴士。另外，乘搭跨境巴士到海关后，乘客需要携带行李全部下车并步行通过海关和移民检查，