拥立寄宿到朝仓氏的足利义秋成为征夷大将军，在足利义秋元服并改名为足利义昭时成为义昭的足轻大将，之后一同成为尾张织田信长的家臣。光秀在信长的统一事业中相当活跃，在立下许多功绩后成为坂本城城主和丹波龟山城城主。1582年，光秀在本能寺之变中讨杀信长，之后在山崎之战中败给羽柴秀吉后死去。光秀的族人（除了已经出家的人以外）在坂本城自杀，大名身份的明智氏灭亡。光秀之前的明智氏系谱有诸多説法，但是江户时代成为沼田藩藩主的土岐家是明智氏流，在同家流传下来的「土岐文书」是了解光秀以前的明智氏的动向不可缺少的史料。在这个