原大学办理文物清理与保存工作，10月21日追加预算核定补助500万元。2001年1月完成清理工作，清出文物达七百多件，堪用部分达百分之七十，存于员林果菜市场，并在3月委託中原大学办理清理文物整修维护计画。但因文物存放果菜市场铁皮屋内，环境不良，经由县长翁金珠多方协助，营建署提供员林国宅空屋作免费存放，于2002年3月完成借用手续，同月27日在员林国宅展出保存成果展。6月，公开评选委託曾文吉建筑师事务所办理兴贤书院设计监造，至年10月设计书图完成，送请专家学者审查并办理发包。2003年1月动工。为了解决十