目，独成一科——黑三棱科（Sparganiaceae Hanin, nom. cons.），1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其放在新设立的禾本目内。由于分子研究显示本属与香蒲属的关系最亲近，2003年APG II便建议将黑三棱科与同为单型的香蒲科合并，2009年APG III将其并入香蒲科。