校舍转徙上海租界和福建建阳直到抗战结束。几经战乱之后，由于侨生生源锐减，因此暨南大学不得不再次停办。1949年，原国立暨南大学由中华人民共和国政府接收；至同年8月20日，上海市军事管制委员会发表军教字第一号命令，将暨南大学文、法、商及理学院分别併入复旦大学及上海交通大学，地理学系併入国立南京大学（原中央大学），人类学系併入浙江大学。图书馆藏书于1951年分别调给华东师范大学和复旦大学。1958年经国务院批准在广州重建。然而由于其侨校的特殊性质，1970年因文化大革命再度停办，直到1978年经过多方努力，