1615年内藤信正被移封至摄津国后，长滨城即遭到废除。在江户时代末期，现在的长滨市辖区大部分都属于彦根藩的领地，此外也有少部分区域属于、、山形藩、、纪州藩、丸龟藩、、淀藩、、膳所藩、，其中也有幕府直属领和旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，山形藩因加入奥羽越列藩同盟与新政府对抗，战后于1870年被改封至此，在此设立朝日山藩；不过在1871年实施废藩置县后，原属各藩的区域改隶彦根县、郡山县、宫川县