队司令部设在日本横须贺港。
历史.第三舰队在第二次世界大战期间的1943年3月15日，由美国海军上将威廉·海尔赛宣布成立，其岸上总部则于1944年6月15日在夏威夷的珍珠港内成立。舰队管辖在索罗门群岛、菲律宾、台湾、琉球群岛到北美洲之间的整个太平洋海域。从1945年至战争结束，密苏里号战舰一直是该舰队的旗舰。舰队司令官威廉·海尔赛在二次大战结束后，率领他的舰队至日本东京湾，并在密苏里号战舰的甲板上接受大日本帝国签署的投降书。战后的1986年7月，第三舰队以科罗纳多号两栖运输舰作