859年发生的火灾将整座即将完成重建的圣堂烧燬。这种情况并不罕见，因为这个正在发展的殖民地经常发生火灾。
第二代圣堂（1860年至1886年）.神父到达马尼拉筹集重建圣堂的经费，结果来自菲律宾的善款有6000元。教宗庇护九世和罗马教廷传信部也捐出约1400元。欧洲和美洲的士兵、公司和绅士也有捐款。圣堂于1860年3月在原地重建，正面有两个一样的尖塔。圣堂内同时有5个祭台，其中3个祭台以大理石制造。这3个祭台中有两个分别是由J·J·布拉加（）和未来的意大利国王维托里奥·埃马努埃莱二世