于第三代八堵桥受1999年台湾921大地震影响，需要整修或改建，所以中华民国交通部台湾铁路管理局于2001年3月及8月将三代桥桥上路线暂时切换到隔邻的二代桥与四代桥，只不过同年9月16日跨17日纳莉台风来袭致河水暴涨，各桥均遭顺洪而下的货柜撞断。因此，台铁局专案工程处配合后续的基隆河整治计画，在原本二代桥与四代桥的位置重建新桥，是为第五代桥。第五代八堵桥依两百年洪水频率估算，桥面较旧桥提高1至1.5公尺（八堵车站站场同步垫高及变更配线），在2003年8月动工，新桥採用大跨距下承式钢拱桥设计，桥高24公尺