工机车的部分电气设备尽量减少铜消耗量，车体外板的厚度被减少，以木材等代用材料代替金属材料，并以混凝土作为配重以保持机车重量，这段时期生产的机车的质量和可靠性因而明显下降。EF12型电力机车投入运用初期，首先配属于国府津机关区和沼津机关区，主要担当东海道本线上军事列车的牵引任务，1942年的列车牵引重量为1150吨，至1943年又再提高到1200吨。1944年至1947年，大部分EF12型电力机车均转配属水上机关区，投入上越线水上至石打间的高坡区段运用。随着上越线全线于1947年完成电气化改造，所有EF1