3年建庙，庙又名「崁顶太子庙」。庙身原本朝向东南方，正对观音山。1991年，内政部营建署发布实施淡海新市镇一期计画，庙所在处纳入区段征收范围，居民遂发起抗争。当时因地籍资料并未完成移转，原地主领走了区段征收补偿费，导致庙地变为公有地。类似状况则有北投里福德宫，导致日后发生争纷。营建署考量像是淡水太子庙、淡水平安宫、淡水行忠宫等庙宇设立多年，便先将庙宇占用的公有地划为保护区。经协调，淡水太子庙可用当时公告现值标购505坪土地，总价新台币2200万元。营建署并以此庙为中心，兴建第一批一千八百九十户的国宅，其