医学院成为全国六所重点院校之一。1958年，原中央医院并入北医，成为第二附属医院（现北京大学人民医院）。从北大医院、建工医院和平安医院新组建了北医三院。1959年，北京医学院成为全国十六所重点院校之一。1960年，北京医学院组建北京第二医学院（现首都医科大学）。同时大批骨干师资西行洛阳、兰州、内蒙、酒泉等地支援地方建设。1985年，更名为北京医科大学。并成为全国10所重点建设院校之一。1996年，成为国家首批“211工程”重点支持的医科大学。2000年4月，北京医科大学与北京大学合并，组建了新的北京