嘉庆二十三年（1818年）毁于大火，后由道士化缘得以重建。庙最初有15房住持，后减至11房，每年左右各一房轮流主持殿事一个月，轮值者按月发放薪酬。1958年，大跃进期间，城隍庙被拆毁，仅仅留下柱基、石栏和庙内古樟。1990年代，在原来城隍庙遗址上修建了城隍阁，并在城隍阁旁边重修了周新祠。2006年，城隍山、伍公山整治期间，西湖景区管委会应市民何顺祖先生建议，将吴山周新祠的名称改为城隍庙。但根据后续报道，此处别称城隍庙，仍然主要称作周新祠。
祭祀主神.杭州城隍神在后唐清泰元年（934