圣战者的势力逼近喀布尔，他于1992年4月16日宣布向圣战者投降，并辞去总统职务。他试图逃离喀布尔，但遭到阿布都·拉希德·杜斯塔姆将军的阻挠，最终逃进联合国驻喀布尔办事处避难。
逝世.1996年9月26日，信奉伊斯兰原教旨主义的塔利班攻入喀布尔，取得了政权。虽然纳吉布拉和从小就结识的艾哈迈德·沙阿·马苏德是政敌，但马苏德仍两次提供机会帮纳吉布拉逃离喀布尔。纳吉布拉因相信塔利班会饶他一命，不会杀害他而拒绝了这个提议。1996年9月27日，塔利班士兵闯入联合国驻喀布尔办事处，将纳吉布拉从