两者中有任一分类群出现在不同的分枝点，即具有长枝吸引的证据。由于在分析时仅放入一长枝，此长枝不可能会吸引其他分类群，若处理间分类群的位置为一致的，则表示没有长枝吸引的问题。估计亲缘关系有几种其他的方法可供选择，包含最大似然法、贝叶斯亲缘关系推论、近邻结合法，和双叉树演算法（）。其中，前两者均使用似然函数，并且，若使用得当，理论上可避免长枝吸引。此两种方法均为参数的，表示其依赖一个明确的特征演化模型。其已被证明，对于一些次佳的模型，这些方法亦可以是不一致的。最大简约法的另一个问题为寻找最简约的树是一个