济学教授兼经济系主任。1943年，英国着名学者李约瑟访华，与王亚南深入探讨中国封建官僚政治问题。1944年，任福建研究院社会科学研究所所长。同年应邀兼任当时内迁至长汀的厦门大学经济系客座教授，讲授《高级经济学》、《中国土地问题》等专题。1945年秋，任厦门大学法学院院长兼经济学系主任。1948年，《中国官僚政治研究》出版。1949年1月赴香港，5月赴北京，任职于清华大学。1950年6月任厦门大学校长。是第一、第二、第三届全国人大代表，中国科学院哲学社会科学部学部委员兼常委、福建省政协副主席、福建省教育工