五个孩子中最小的一个。他的父亲理查德·韦格纳是一个神学家，在柏林文科中学教授语言。1886年，他的家人购买了赖因斯贝尔格附近的一间宅邸，他们将这里当作度假别墅。今天，当地校舍附近的建筑物设立有阿尔弗雷德·韦格纳纪念站和旅游资讯办公室。他后来毕业于柏林洪堡大学，韦格纳在1905年成为林登堡航空气象台助理。阿尔弗雷德·韦格纳与他的兄弟库尔特（比他年长2岁）对于气象及极地研究有同样的兴趣。他们率先使用气象探测气球来追踪空气。韦格纳兄弟在从1906年4月5日至7日间创下气球连续飞行的新纪录，在空中停留长达52.