台湾清治末期至日治初期，内林地区为一街庄，称为「内林庄」，隶属于斗六堡。该庄北边西段与石榴班庄为邻，北边东段及东边与咬狗庄为邻，南与棋盘厝庄、新庄为邻，西边为菜公庄、海丰崙庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「菜公区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，菜公区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「内林」大字，隶属于台南州斗六郡斗