公安局军事管制委员会以“现行反革命”罪名逮捕王佩英。她被捆绑毒打，1969年下半年被戴上牲口嚼子押往北京市各区游斗。她口内被塞入砖头，下颌被掰成脱臼。 1970年初，北京市革命委员会保卫组提出将王佩英判处死刑。1970年1月18日，经公安部领导小组谢富治等向中共中央请示，1月22日获批，由中国人民解放军北京市公法军事管制委员会下达“[70]刑字第19号”判决书，1月27日在北京工人体育场举行公审，王佩英被判处“死刑、立即执行”。当天即被押赴芦沟桥执行枪决。当时，由于担心她喊出口号，她的咽喉被细绳勒住。甚