礼上送怪兽。万历七年（1579年），张居正以帝诏，欲毁天下书院。何心隐极力反对，特撰《原学原讲》，声言要“持正义，逐江陵去位，一新时局”。再遭通缉。万历七年（1579年）在祁门学生胡时和家中被逮捕，押解到武昌，泰州学派许多重要人物奔波营救。湖北巡抚王之垣为讨好张居正，将之下狱，于同年九月二日用沙袋将其埋压致死。邹元标《梁夫山传》谓：何心隐“居燕畿聚徒讲学，因与司业江陵张公屡讲不合，遂构衅端。比江陵柄国，即首斥讲学，毁天下名贤书院，大索公、凡讲学受祸者不啻千计，即唐之清流、宋之朋党是也。公归，葬两尊人