止步半决赛导致了俱乐部上下的失望，因为他们的期望是瓜迪奥拉能够带领俱乐部夺得第六座欧冠奖杯。尽管拜仁的领导层试图挽留瓜迪奥拉，但这位西班牙主帅决定不再续签他的三年合同。随着瓜迪奥拉转而执掌英超俱乐部曼城，其原职位被意大利人卡洛·安切洛蒂取代。2016-17赛季的重要转会是来自多特蒙德的马茨·胡梅尔斯。在场外，乌利·霍内斯已从狱中获释，并于2016年11月再度当选主席。安切洛蒂率领拜仁完成德甲联赛五连冠，但没有赢得杯赛或欧冠冠军：在德国杯准决赛2比3输给了多特蒙德；而欧冠八强赛对阵皇马时，虽在主场1比2落