抗战结束后，赵祖康出任上海市工务局局长，主持制定了《上海市都市计划》。1949年5月24日，赵祖康被任命为上海市政府代理市长。次日，中国人民解放军占领上海。赵祖康命令上海军队停止抵抗，配合解放军完成了对上海的占领。5月28日，赵祖康正式将上海市政权移交给陈毅为首的中国人民解放军上海市军事管制委员会。1951年，赵祖康加入中国国民党革命委员会，曾任民革中央副主席、上海市人民政府副市长等职，是第一至七届全国人大代表。1995年1月19日逝世于上海。