中，这种替换往往是分子级别的，比如硅化木，原来的木质纤维中的碳质被硅质所置换，其微细结构比如年轮和细胞轮廓都清晰可见。常见的置换作用有硅化（Silicification）、磷酸盐化（Phosphatization）、黄铁矿化（Pyritization）、钙化（Calcification）、白云石化（Dolomitization）等等。不同成分的矿物置换所保存的化石精细程度也不同，以硅化保存的最高。
硅化.硅化是有机质充上硅的过程。硅是来自火山物质。Sigleo和Mustoe完成的研