于同年5月18日正式开工，车站部分结构位于一号线原有车站底下80厘米。5月30日，市桥站主体提前一个月封顶。而在同日，沥滘站开工。2004年8月3日，珠江新城至客村右线顺利通过640米宽的珠江，抵达南岸。9日，大石至汉溪区间右线贯通。10月22日，主线广州东站至林和西站区间工程完成；同日，岗顶站封顶。11月26日，客村站完成土建工程。随后于2005年2月28日，体育西路站封顶。5月23日，汉溪南至市桥北盾构区间左线贯通。2003年5月22日，广州地铁与阿尔卡特签订了价值4000万美元的基于Seltrac