3年初举行的县长补选中，民进党提名的高植澎首次击败国民党候选人郑永发。高并于同年底的1993年中华民国县市长选举中，以近六成的票数，顺利连任。在1997年中华民国县市长选举中，国民党提名的赖峰伟则以五千票之差，击败民进党提名的许丕龙，并于2001年中华民国县市长选举中顺利连任。在2004年中华民国总统大选中，连战在澎湖县仅领先陈水扁四百多票。而在2005年中华民国县市长暨县市议员选举中，国民党提名的王干发则以一千两百票的微幅差距当选县长，击败民进党提名的陈光复。2008年中华民国立法委员选举中，无盟