遭受到敌方毁灭性的核打击，陆基弹道飞弹和空基战略轰炸机等核子武器投射力量已经被毁灭之后，弹道导弹潜艇作为隐蔽的核攻击力量给与敌方毁灭性的打击，这被称作“第二次核打击”。在冷战年代东西方阵营都建造了相当数量的弹道导弹潜艇，以及装备这些潜艇的核导弹。相对于巡航导弹而言，终端速度很高的弹道导弹则更不易拦截，虽然误差比巡弋导弹高，但是利用核弹头的有效范围足以弥补这项缺点。一些早期的潜艇必须在水面发射导弹，同时使用危险性较高的液态火箭发动机。从美国研发北极星弹道飞弹之后的现代的弹道飞弹潜艇为了更加隐蔽则更多的是在