次间墙上开六角窗，梢间筑墙。隔扇、槛窗心屉为饰有梅花的斜方格。大慈阁悬“海藏法施”匾据称为清朝嘉庆皇帝手书。一层室内抱柱楹联为“禅门无住始为禅，但十方国土庄严，何处非祗园精舍；渡世有缘皆可渡，果一念人心回向，此间即慧海慈航”。横匾“慈云普荫”为晚清翰林潘龄皋所写。一层正中1.5米高的石质须弥座上为一尊高5.5米的木雕千手千眼观音菩萨像。2008年至2009年大慈阁募集资金将这尊观音像贴金，在2009年10月14日举办了开光法会。一层东、西壁画内容为十八罗汉和经变故事，绘于清末。二层、三层均为面阔三间、进深一