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古巴任职.战争结束后，古巴新政府成立并授予格瓦拉“古巴公民”的身份。1959年5月22日，格瓦拉同自己的第一任秘鲁裔妻子伊尔达·加德亚离婚，他们唯一的女儿伊尔达由格瓦拉抚养。6月，格瓦拉同参与了古巴革命且与自己志同道合的阿莱达·马奇结婚，之后他们共育有4个子女。首先，格瓦拉被任命为卡瓦尼亚堡军事监狱的检察长，负责对巴蒂斯塔时代的战犯（主要是政客和警察）进行审问和处理，一些资料认为格瓦拉一共刑决了156人，但一般推测，人数应该高达600人。1959年10月，并不懂经济学的格瓦