铁的转乘通道及D出入口亦同时启用。由于要跨越既有的地铁隧道，新车站须佔用荔枝角公园的空间兴建，故曾遭美孚新邨居民大力反对。当时两铁的美孚站并不似南昌站的形式视作同一车站管理；两站的分界位于转乘通道近D出入口的位置。
两铁合併.两铁合併于2007年12月2日实施，港铁公司将原有的地铁荃湾线和九广西铁的美孚站合併成为同一车站管理，并将九广西铁改称西铁线。由于旧有车站出入口代码出现重叠的情况，故港铁公司于合併后重新编配出入口的字母，西铁线大堂的A、B和C出入口更改为D、F和G出入口，以免