，与冯发生第二次府院之争，1917年8月14日，对德国及奥匈帝国宣战，正式加入一战，并派华工到欧洲，及换取列强对中国如大国的待遇。于1917年11月22日辞职。1918年3月22日复职。同年10月10日，冯国璋大总统的任期届满，安福国会选举徐世昌为大总统。段与冯约定共同下野。段祺瑞通过安福系继续在幕后操纵政权。1920年7月在直皖战争中失败，退隐天津。1924年10月23日，冯玉祥发动甲子兵变，推翻大总统曹锟，先邀请孙中山北上，后与奉系妥协，请段祺瑞出山，任中华民国临时政府的临时执政（国家元首）。