动，显露压抑多年的国内政治立场倾向。中国时报报导一年约四十岁女子报案供称程建人性侵。全案由士林地检署侦办。程建人反驳对方是胡乱指控，全是恶意谎言。而在士林地检署侦查之后，认为没有具体事证，决定不起诉处分。
轶事.1999年李登辉总统接受德国之声采访提出特殊两国论时，即由程建人陪同。2004年民进党政府连任成功而继续执政，时任驻美代表的程建人表示不想续任，最后由时任驻欧代表的李大维接任该职，而程建人接任李的空缺，形成两人职务互调的人事异动。