漫无目的地脱水，避免了大量副反应的产生。然而现在在肽链合成方面最常用的氨基保护基是9-芴甲氧羰基（Fmoc）。
其他反应.作为一个应用广泛的试剂，对甲苯磺酰氯在多种化学反应当中被认为都具有很强的活性。它还可应用于脱水剂以制备腈，异腈，二亚胺。 在一些不常见的反应中，锌可还原对甲苯磺酰氯为亚磺酸盐，CHCHSONa。
工业生产.对甲苯磺酰氯在实验室合成中并不昂贵，因为它是工业生产邻甲苯磺酰氯（一种生产糖精的原料）时的一种副产物，反应通过甲苯发生氯磺酰化进行：