出任浙江大学校长。1928年，蒋梦麟出任教育部长兼任浙大校长。10月3日 - 10月24日兼任国民政府大学院第二任院长。1929年，辞去校长兼职，在南京专任教育部长，他是国民政府教育部首任部长。1930年，因劳动大学停办与中央大学易长等案与吴稚晖等元老们意见相左，被迫辞职，10月返回北平。12月被政府任命为北京大学校长。1937年卢沟桥事变后，国立北京大学、国立清华大学、私立南开大学迁往长沙，组成长沙临时大学，11月1日复课。蒋梦麟任校务委员会委员。1938年2月，随学校迁往昆明，长沙临