六百余年的宰相制度自此废除，相权与君权合而为一，施行军权、行政权、监察权三权分立的国家体制。由于国家事务繁多，皇帝无法处理，洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。内阁只为皇帝的顾问，虽无宰相之名，但有宰相之实。此外他仍沿用元朝制度，在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部。并设立都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人；此外建立五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等五寺制度。此外他还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名；不久改为都察院，下设若干监察御史，负责监督各级官