快赐令元树自杀，元树当年虚岁四十八。没多久，杜德忽然得了狂病，说：“元树不停打我。”杜德直到死都这样惊叫不停。舍人李昭不久奉命出使秦州，到潼关驿站，晚上梦见元树说：“我已经向天帝上诉，等到阁下到关陇，终究不会放过你。”李昭醒来后心中厌恶，等到了陇口，为贺拔岳所杀。樊子鹄很快被为达野拔所杀。魏孝静帝元善见时期，元树的儿子元贞从建业请求跟随东魏的使者崔长谦前往邺城安葬元树，梁武帝答应了。魏孝静帝诏令赠予元树侍中、都督青徐兖扬豫五州诸军事、太师、司徒公、尚书令、扬州刺史。
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