学院时期）首任院长杜聪明博士所制定。据杜聪明博士回忆录记载，校徽的三角代表德育、智育、体育。校徽有青、白、红三色，表示青天白日满地红之中华民国精神；上面的「高雄医学」四字为校名，同时也望发展台湾高雄地区之医学。又山形之白稜线象征台湾最高、最雄伟的玉山；而下面的「大学」二字表示以乐学至上，研究第一，朝现代化医学大学发展的办学精神。
董事会争议.2016年4月11日、21日高雄医学大学第9届校友陈东荣、第20届校友张建国指出，高雄医学大学成为陈氏家族私产，陈启川、陈田植、陈田原