跑至今将军庄一带便断脚蹄，因而在此地建「将军府」为施琅将军与吴英将军共用，所经之田园成为「施侯租」，之后施琅率其族人以及吴王两姓亲戚入垦，因而形成「将军庄」。「当地人亦常简称为「将庄」。1920年台湾地方改制，于此地设「将军庄」，划归台南州北门郡管辖，战后改设台南县将军乡，2010年12月25日改称将军区。另外，区治设于沤汪，而非将军（将富里、将贵里）。
行政区划与聚落.将军区的村落大致上分布零散，但主要集中于东半部较内陆之地区。最大的聚落为东南