因为当地民田较多，农民阻拦，改在河南的番禺县石榴岗（原名飞鼠岗）为新校址。1936年秋大学全部学系正式迁入新校舍上课，三个学院学生达1000多人。当时陈济棠已下台，林云陔调京任职，陆嗣曾接任校长。之后由于政府人员调动，大学很难再获取发展经费。有研究称，蒋中正对以其政敌命名的学校感到不满。1937年卢沟桥事变后，勷勤大学三个学院陆续迁入内地。1938年，日军勐攻广州，南京政府以勷勤大学分散播迁为由停办并拆分，工学院并入国立中山大学，师范学院改名为广东省立教育学院，后来又改称广东省立文理学院（华南师范大学前