国家队生涯.斯坦科维奇代表前南斯拉夫国家队的首演是在1998年4月22日，对手是韩国。他梅开二度帮助球队3:1获胜。斯坦科维奇在1998年世界杯和2000年欧洲杯期间一直是南斯拉夫队（现已改为塞尔维亚队）的主力核心。2006年后，斯坦科维奇担任塞尔维亚队的队长。2010年南非世界杯期间，塞尔维亚在小组赛第一场1:0爆冷击败德国，不过后两场比赛负于加纳和澳大利亚使其被淘汰打道回府。2011年10月12日，在塞尔维亚确定无缘2012年欧洲国家盃后，斯坦科维奇宣布退出国家队。