部分民众误认为是磁悬浮的暗箱建设。2009年2月26日，广东的经济刊物《时代周报》刊登了一篇题为《上海磁悬浮地下重启？》的文章，文章中将使用磁悬浮联络线里程的沪杭高速铁路勘探点位认作是磁悬浮项目勘探，并以此批评磁悬浮建设。2013年4月20日，浙江省人民政府撤销该省的沪杭磁悬浮交通项目建设领导小组，而此前，沪杭高速铁路已于2010年10月26日投入营运。为了弥补磁悬浮项目搁置后虹桥机场与浦东机场之间快速轨道交通的缺失，经由上海外环线的上海轨道交通机场联络线于2018年12月获批，并于2019年开工。