运动障碍的风险是低于典型的抗精神病药物；这可能是由于氯氮平的抗胆硷的影响。患者从另一种抗精神病药转用氯氮平后，锥体外系症状可能会有所减轻。氯氮平携带五个黑箱警告，包括粒细胞缺乏、中央神经系统的抑郁症、白细胞减少症、粒细胞减少症、癫痫症、骨髓抑制、认知障碍症、低血压、心肌炎、姿位性低血压 （可能有昏厥）和癫痫。 癫痫发作阈值的降低可能与剂量相关，较少的初始剂量可降低癫痫发作的风险。较少的初始剂量也可降低姿位性低血压和其他不良心血管副作用的风险。许多服用本品的男性患者在性高潮期间会停止射精，尽管这在官方