13作为一些战败的补偿。之后在禁令宽松后容克斯在1921年开始成立自己专属的航空公司，并大量採用F.13于航班上，另后续1926年汉莎航空则将容克斯航空事业给併入。一些德国海外的国家也有将F.13用于军事方面，如苏联有将F.13交由给苏联红军使用。中华民国也曾将F.13改装成轰炸机用于战场，不过之后在1932年发生一·二八事变时、当时位于上海放置F.13的工厂则遭受到日军的摧毁。而美国邮政署部份的JL6飞机也有被改装成军机的纪录，虽然之后的改装成果未受美军方面青睐。
衍生机型