0月，武昌起义爆发，王占元的第3协被编入第1军，在冯国璋的指挥下参与镇压革命军。11月末，王占元部和李纯部合力从革命军手中夺回汉阳。因立下军功，王占元升任陆军第二镇统制，获授副都统衔。
直系的中心人物.1912年（民国元年），中华民国成立，此后各镇改为各师，王占元率陆军第二师驻扎保定。1913年（民国2年）二次革命爆发，王占元奉命镇压革命派。因立下军功，获授陆军上将衔。1914年（民国3年）3月，兼任豫南剿匪总司令，参与讨伐白朗。4月，任湖北军务帮办。1915年（民国4年），王占元