殿的柔道场和剑道场为主，四周分别为贵宾席、师范席、观览席、陈列室，西侧有相扑场、小道场及半室外的射箭场，东侧为管理用房。神武殿采用日本传统的建筑形式，建筑主立面朝向东南（日本方向），正门前台阶两侧筑有盆式香炉。覆有黑色陶瓦的大屋顶，雪白的墙壁，灰色花岗岩的基座，沉稳舒展的建筑造型处于幽雅的园林环境之中，颇具东洋古风。每逢神武天皇的祭祀日，当地日本人就从殿内抬出神武天皇的牌位外出游行，以表示战争之神外出巡幸。大殿的地下室内存放有死去的日本武士及阵亡的日本将士的骨灰。