牵引列车继续北上，沿途停靠郴州站、衡阳站，并晚点数小时到达株洲站。2004年11月11日起，至2006年9月期间，受浙赣线电气化提速改造工程影响，沪港直通车全程运行时间延长了三小时。2006年7月29日，中铁快运股份有限公司开始与上海铁路局、九广铁路公司合作，利用沪九直通车的行李车空余运能，开办上海至香港的包裹运输业务，并由中铁快运成立“K99/100次项目管理工作小组”进行管理。2006年10月起，沪港直通车执行向个人和家庭旅客打折的票价优惠。同时购买旺季来回程车票可享九折优惠，而淡季可有八折