共计九十四坪土地被征收，征收款约有新台币一千五百万元。因斯馨祠没有血脉相传的祭祀公业，所以钱款只能由身为地籍所有权人的“土地神”亲自领取，或由写于干隆四十四年的碑文中的八十三名出资建庙者的后人代领。但新店户政事务所无建庙者的资料，征收费只好提存在新北市政府专户，期限后若无人领取则将充公。新北市政府交通局捷运工程处允诺在捷运完成后，会将斯馨祠迁建到中央新村北侧的历史公园预定地。庙方副主委陈朝元表示，以往还提议要迁移到三崃，未来将迁移至公园预定地，只剩三十坪可盖新庙，计画兴建庙中庙，但没有得到政府征收费，