攻占黄岩、温州，并在曹娥江击溃方水军，方国珍退守舟山，十二月，方被迫率余部投降。方用部下詹鼎之计谋，归罪于堂侄方明善挑衅朱元璋，方国珍害怕因此罪被杀才起兵抵抗，朱元璋责备其反复无常，将其余部和台州府、县官吏全部迁徙安徽滁州屯田。投降后，为避讳朱元璋之父朱世珍，方国珍改名方谷贞。明朝洪武二年（1369年），方谷珍被任命为资善大夫、广西左丞相，但不得实官，仅食禄而已，赐第南京。洪武七年（1374年）三月卒，终年56岁。葬于南京城东20里玉山之源。太祖亲自设祭，命翰林学士宋濂作《故资善大夫广西等行中书省左丞方