积而日渐没落。光绪年间的海啸，同时沖毁此庙与东隆宫这两座地方公庙，两庙双双寻地重建。东隆宫迁建于现今的东隆里，恰好位在市街繁华之处，日后香火日益鼎盛；大清府却日后数临水难，几番耗资建庙，财力散尽，庙务日渐萧条。该年1894年的海啸，在东港的东隆宫、镇海宫、嘉莲宫、南隆宫之庙志及碑文上皆有记载。
改名嘉莲宫.第一次迁建不久，1925年的台风，让大清府再次被毁，后塭仔的保正陈用暨庄中父老前来与陈志渊（又作陈阿麻）协商第二次迁建拟要改换庙名，经陈阿麻建议改为「嘉莲宫」，涵义为纪念茄萣