疑万默有所偏私，故要将其处死，惟孔坦不肯署名，因而遭到讉责，被逼弃官返回会稽。太宁二年（324年），本获授领军司马，但未赴任就遇上王敦再度起兵攻向建康，孔坦遂随虞潭于会稽起兵讨伐王敦党羽沈充，任其长史。王敦之乱平息后，孔坦上任领军司马，后王导请孔坦为扬州别驾。晋成帝即位后，孔坦转任尚书左丞，尚书台中人都敬畏他。不久，苏峻之乱爆发，历阳内史苏峻出兵攻向建康，孔坦和司徒司马陶回当时就对王导表示应当先出兵断阜陵县界，守当利等江西诸口，以求一战决胜。即使苏峻未到，亦可主动进袭其城池，不要让苏峻先佔据那些地方。王