樊耀南出身耕读小康之家，为樊贞瑞长子。1896年，樊耀南与同籍李氏结婚，隔年中秀才，被张之洞进为廪生，1904年赴日本早稻田大学专攻法律，1908年毕业归国，1910年担任新疆法政学堂教员，1911年被任命为新疆审判厅厅长，同年审判厅撤销，回到内地参加辛亥革命，先在北洋政府国务院任职，后任总统顾问。
指派新疆.1917年黎元洪任总统，原本分派樊耀南到新疆任阿克苏道道尹，但被杨增新拖延改任为迪化道道尹，其后又任兼任督署军务厅长、外交特派员、俄文法政学校校长等职。1920年，樊耀南