质.马来群岛的水陆面积逾200万平方公里，将印度洋（南）和太平洋（北、东）分隔开，地形可分不同的两部分︰涵盖苏门答腊、婆罗洲、爪哇和部分新几内亚岛的大陆棚；而西部的巴里与婆罗洲之间，东部的阿鲁（Aru）与新几内亚东部之间的岛屿则为新褶曲海底山脉。本地区的核心是巽他台地，台地上面是浅海，台地亦称巽他陆棚（Sunda Shelf），巽他陆棚是东南亚大陆延伸的稳定地块。邻近的莎湖陆棚，新几内亚及其附属岛屿是莎湖陆棚的一部分，同样也是澳大利亚大陆的延伸。在这核心周围，本地区的其馀部分则是陆棚外缘一系列连续褶皱