龄石到后，假装亲待姚系祖，召他为自己参军；姚系祖亦自恃部众强盛，认为朱龄石不敢对付自己，于是应召。不过，朱龄石暗中查探了通往姚系祖居处的路径，乘宴会杀死了姚系祖，又派人突袭其居处，一举消灭了姚系祖的势力。后刘裕又先后两次召朱龄石复任其参军，又曾任徐州主簿及尚书都官郎等职。义熙六年（410年），卢循乘刘裕北伐南燕而起兵，刘裕于灭南燕后即回军对抗卢循，又以朱龄石为其参军。卢循军逼近石头城，朱龄石领中军，并率鲜卑步矟南渡秦淮河，与沈林子等抵抗卢循，终杀数百人，逼退敌军。平定卢循叛乱后，朱龄石改任宁远将军、宁蛮