典皇家科学院成立于1819年，其收藏品有一部分也来自皇家科学院，这些藏品1739年开始就收藏在博物馆所在地了。1786年它们对外开放参观，1965年时博物馆才从瑞典皇家科学院分割出来。现在的博物馆建筑由阿克塞尔·安德堡设计建造于1916年，后来斯德哥尔摩大学的校区也紧挨着博物馆建成。