辞去副院长职务，仅当内科主任。1985年1月，“一刀切”做法向下延伸，方圻又辞去内科主任，只当专职教授。1987年，方圻当选中共十三大代表。1993年，被中国医学科学院、中国协和医科大学评为“协和名医”。1994年，方圻获中国医疗卫生工作者最高荣誉“白求恩奖章”。2018年1月30日，方圻在北京协和医院病逝，享年98岁。2月5日，遗体告别仪式在北京协和医院举行，温家宝、吴仪等逾千人前来送别。