北大成为“五四”时期新文化运动的中心。赴任前，蔡元培的众多友人认为北大校方腐败，如赴任有碍名望。孙中山认为，“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国教育。”蔡元培慨然领命。由于延聘和支持李大钊、陈独秀、鲁迅，辜鸿铭等人任教讲学，使北大不仅成为全国重要的学术研究中心，而且由于他们这些教授作为或激进，或左倾，或保皇等不同思想的代表而使北大成为新文化运动摇篮。五四运动中同情学生爱国斗争。1919年7月，蒋梦麟答应代表蔡元培个人，非代表北京大学校长暂主北大校