住民起义的血腥镇压，西班牙得以巩固其统治。到1534年3月23日，皮萨罗和西班牙人已经把印加城市库斯科重新塑造成一个西班牙新殖民据点。建立稳定的殖民政府一事，初时一直都受到原住民起义和征服者派系纷争（皮萨罗与A|zh-hans:迭戈;zh-hk:迪高;zh-tw:迭戈;·德·阿尔马格罗之争）的拖延。这导致一场长久的内战爆发，而皮萨罗取得了胜利。1541年，迭戈·德·阿尔马格罗二世的党羽暗杀了皮萨罗，原本殖民政府的稳定就被随后的内战动摇了。尽管如此，西班牙并没有忽视殖民进程。最重要的里程碑是1