病致仕。同治元年（1862年），授命复出，以大学士衔补授礼部尚书，在弘德殿授皇帝读。五年（1866年），病卒北京，谥文端。
着述.祁寯藻儒学博大精深，精训诂，善诗赋，曾给道光、咸丰、同治三帝当讲官与老师，还教同治书法，世称“三代帝师”。着作有《马首农言》、《入山记》、《勤学斋笔记》、《京口山川考》等，其传世的书法墨宝及碑刻亦甚多。
轶事.咸丰四年（1854年）八月曾国藩湘军攻克太平军占领的武汉，咸丰帝闻捷色喜说，没想到曾某一书生“乃能建此奇功”。在傍的军机