是明治廿八年（1895年）5月21日日方发布对台湾最初的行政规划之际，系合併清治末期的台南府及台东直隶州，但拆出台南府的澎湖厅而成，下面又有安平、凤山、恆春、台东四个支厅。此时辖区范围涵盖南台湾及东台湾，约当今之嘉义县、嘉义市、台南市、高雄市、屏东县、台东县及花莲县。但由于日军当时并无法有效控制台湾中南部等地，同年8月24日改制为台南民政支部，且嘉义地区改由台湾民政支部管辖，下面并规划成立安平、凤山、恆春与台东出张所。随着日军逐渐南下，台南府城与最南端的恆春县城被占领后，台南民政支部才在11月13日正式于台