怡忠对台湾海崃两岸关系立场主张联合美国与日本对抗中华人民共和国，2006年就任民进党中国事务部主任后曾就此与时任国民党文传会主委郑丽文在报刊进行交锋。2007年12月22日，针对美国反对入联公投一事，赖怡忠批评，每到台湾重要选举时刻，美国就依照自身国家利益反对台湾内部依法进行的民主进程，已让台湾人民对美国的好感度日益降低；台湾人民看到的是，美国口口声声喊民主，却把台湾民主当成台海问题的变数，跟中华人民共和国同一鼻孔出气，进而限制民主，达到自认为「稳定台海」的目的，使得台湾与美国的共同核心价值渐行渐远。但