元景在朝中的势力，自令南阳、顺阳、上庸及新城诸郡出兵讨伐玄谟。玄谟下令境内外如常活动，图解众人对其谋反的怀疑，他亦上书向皇帝启奏，陈述事情起因，终令孝武相信谋反之事并非事实，并派主书吴喜公安抚。后玄谟转金紫光禄大夫，领太常。后又以本官加领起部尚书及北选。大明三年（459年）任郢州刺史。后又转平北将军、徐州刺史，加都督。玄谟任内因应北境爆发饥荒，于是捐出十万斛谷及一千头牛去赈灾。大明八年（464年）入为领军将军。同年宋孝武帝去世，王玄谟与义恭、柳元景、沈庆之及颜师伯皆受顾命，玄谟主理外监军务。宋前废帝接着即位