榕对于解除戒严和平反二二八事件等禁忌话题的激进言论，使得一些党外运动人士怀疑，甚至认为可能是要故意引起他人跟随。
被控叛乱.1988年7月时，郑南榕前往日本和美国并与在海外的台湾独立运动成员会面，同时取得台湾旅日法政学者、台湾独立建国联盟日本本部委员许世楷所撰写的《台湾共和国宪法草案》。由于当时尽管中华民国政府允许有关民主化的讨论，但是仍然对于明确提到台湾独立时给予限制。对于许世楷询问是否真的要刊登文章，作为杂志发行人的郑南榕则表示必须不断前进，避免原地踏步。在回国后，郑南榕随即在