后，四川总督策楞上奏《西藏善后章程》十三条，于当年颁行。《西藏善后章程》规定西藏之重要事务，如地方官员任免陞迁、调遣兵马、防御卡隘等，由噶伦请示驻藏大臣、达赖喇嘛酌定办理。驻当雄的达木八旗蒙古军队亦归驻藏大臣统辖。干隆五十八年（1793年）两广总督福康安领兵平定廓尔喀入侵后，奏请颁行《钦定藏内善后章程》二十九条，再次确定了驻藏大臣及噶厦的职权。章程规定驻藏大臣地位与达赖、班禅平等。达赖喇嘛、班禅额尔德尼、西藏各地大唿图克图的转世金瓶掣签，以及达赖喇嘛坐床典礼，须由驻藏大臣主持。达赖喇嘛等僧官不得直接上书