必须讨伐萨摩藩的主战论高涨，携带着《讨萨表》的幕府军队于上京途中于庆应4年1月3日在（京都）与萨摩藩军队发生冲突并进而演变成战事，史称鸟羽伏见之战。然而，幕府军在战局中陷入劣势。同时，明治天皇认定萨摩、长州藩一方的军队为官军并授予皇家军旗，使幕府军成为“朝敌”。淀藩和津藩为此脱离了旧幕府军阵营。德川庆喜于6日抛弃军队逃离大坂城，乘军舰由海路逃向江户。至此，鸟羽伏见之战以幕府完败告终。新政府于7日对德川庆喜发出讨伐令，于10日对以德川庆喜、松平容保（会津藩主，原京都守护职）、（主，原京都所司代）为首的幕府