。1966年，71岁的吕澂因文革避居江苏故居，后再迁于北京清华园，直至1989年7月逝世，虽然身体康健，但为避祸，此段时期没有新作品问世。
学术成就.吕澂指出，中国佛学的核心思想，有关心性本净方面的理论，虽然源自印度，但是从北魏以来，通过中国佛教思想家的变通、调和乃至别有用心的改造，终于生成与印度不同的理论体系。“本净”是明净、寂净之意，是不与嚣动的烦恼同类，而“本觉”则是指自性具有智慧、真知而言。由此，就解脱成佛的角度讲，“本净”是“可能的”、“应然的”，而“本觉”则是“现实