，聚集了36个藩的15万士兵向长州进军。另一方面，长州藩内部在下关战争后，出现了意见分歧。保守派（俗论派）掌握了政权，以致战事陷于不利处境。最终，长州军接受由幕府军西乡隆盛提出的条件，禁门之变责任者之三家老（国司信浓、益田右卫门介、福原越后）切腹、三条实美等五卿移转至他藩并拆毁山口城，结束了第一次长州征讨。
第二次长州征讨.1865年（庆应元年），高杉晋作等发动政变，打倒了控制长州政事的保守派，成立了倒幕派政权（功山寺举兵）。高杉等人采用西洋军制，装备以新式武器，进行了军事改革