世纪末开始，建州女真酋长努尔哈赤开始兴起，统一女真部，明廷设置的卫所逐渐消亡。明神宗万历四十四年（1616年）努尔哈赤称汗，建国后金。明神宗万历四十七年（1619年）萨尔浒之战后，后金军队破辽东边墙，佔领辽东都司大部土地，明朝控制区一度仅至山海关，后在孙承宗、袁崇焕等将领的抗击下，收复锦州以西地区。。
西北地区.明成祖永乐年间，西北疆界达到今新疆东部哈密地区，并设置沙州、安定、阿端、曲先、赤斤蒙古、罕东左一系列卫所。15世纪30年代之后，西北吐鲁番与青海蒙古部日益强大。1472年，