达5年时间，2006年2月，同时为前线司令，虽然该职位应在北卡罗来纳州布拉格堡，但他大部分时间待在阿富汗、美国中央司令部位于卡塔尔的前线指挥部以及伊拉克，直接指挥特种作战行动。 当时，他的工作被认为是非常关键且核心的。 2003年12月，成功捕获了萨达姆·侯赛因，2006年2月晋升为中将。作为新闻周刊所谓“美国军界最机密的部队”的领导，麦克里斯特尔一直很低调，直到2006年击毙基地组织重要领导人阿布·穆萨布·扎卡维。 在麦克里斯特尔的部队成功发现和锁定扎卡维后，他命令空袭击毙扎卡维，之后他带领部队空袭地点