战后改设台南县学甲乡，1960年代因纺织业发达，外来人口激增，设籍人口一度增为三万五千人，于1968年1月26日由省府核定于同年2月2日升格为学甲镇，同时也是台湾重新划分县市后第一个改制的自治单位、亦为最后一个由乡升格为镇的行政区。此外，学甲区曾在自来水普及当地之前为乌脚病主要流行地区之一。2000年代，学甲镇公所镇库负债严重，为撙节人事开支，第十届镇长李庄秀芬将全镇原26里，于2006年2月归併为十三里，为战后学甲镇最大幅的行政区调整。2010年12月25日因台南县市合併升格为直辖市，改制为台南市