判决生效，并建议将其降级处分。10月30日，萨拉查保留这一建议，直接宣布了自己的判决。门德斯被处以一年停职休整，期间每月只能得到正常薪资的一半，一年后提前退休。与门德斯有关的档案全部被密封。同时，门德斯也受到了萨拉查当局的法外惩罚——几乎全家被拉入黑名单，形同流放。有一次，他和家人来到里斯本的犹太社区食堂吃饭。有人告诉他：食堂是为犹太难民准备的。门德斯说：“我们也是难民。”
晚年.在晚年，门德斯被众多同事、朋友甚至近亲疏远。他曾乐观地认为自己会被国家平反昭雪。然而就在二战结束的