有北部与喀麦隆的界河－恩特姆河，中部发源于加蓬的贝尼托河（旧称姆比尼河），南部的木尼河。南部有科莫河及其支流和奥果韦河部分支流向南流入加蓬境内。
生态植被.赤道几内亚大陆区域遍布浓密的热带雨林植被，其中有加蓬红木、非洲红桃木和多种红木。野生动物有大猩猩、黑猩猩、猴子、豹、大象和鳄鱼。比奥科岛沿岸有红树沼泽，无大型动物。