头颅骨很长，有44颗低冠的牙齿。据信始祖马是草食性的，主要以树叶、水果及坚果为食物。有些科学家相信始祖马不只是马的祖先，也有可能是其他奇蹄目，如犀牛及貘的祖先。始祖马被认为是一类古兽马，而非严格意义上的马（horse proper），但这情形仅见于模式种的"H. leporinum"。大部份其他的古兽马物种都被认为是属于马科，且都被分类在其他的属中，如"Arenahippus"、"Minippus"、"Pliolophus"、"Protorohippus"、"Sifrhippus"、"Xenicohip