授工部尚书，同年六月改刑部尚书署直隶总督，嘉庆十三年春，北京城发生“敏学事件”，黄带子宗室爱新觉罗敏学大闹步军统领衙门，秦承恩捏造事实为敏学开脱，被革去刑部尚书一职，降翰林院编修，留在文颖馆效力。终官司经局洗马，三品卿衔。嘉庆十四年（1809年）卒。父秦大士，有子秦耀曾、秦念曾，兄弟翰林院侍讲学士礼部尚书衔秦承业为爱新觉罗旻宁老师。