类于德国翼龙科。克里斯多佛·班尼特则将德国翼龙归类于翼手龙科在亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）的2003年的系统发生学研究中，德国翼龙则是翼手龙属的近亲。同年，大卫·安文（David M. Unwin）则认为德国翼龙是种原始的准噶尔翼龙超科，准噶尔翼龙超科是群以贝类为食的翼龙类。
历史.模式种嵴饰德国翼龙的正模标本（编号BSP 1892.IV.1），发现于德国艾希施泰特县 的索伦霍芬石灰岩地层。在1901年，F. Plieninger将这个化石归类于寇氏翼手龙