后伏见城成为德川家康监视位于大坂的丰臣秀赖的据点，1600年关原之战前发生的伏见城之战，西军先进攻了德川家康所拥有的伏见城，造成伏见城再次烧毁，但德川家康为了继续监视丰臣家，再次迅速的完成重建；最终德川家康在此就任征夷大将军，此后建立了江户幕府。在江户时代初期伏见城遭到废除，改建，并成为淀藩的领地，由于位于京都与大坂之间，此地借由淀川的水上运输成为港口及宿场町继续发展。由于邻近京都，在19世纪江户时代末期的动乱中，着名的两次寺田屋事件即发生于伏见，决定德川幕府结束的关键战争鸟羽伏见之战也发生于此，此