国难后，由福王朱由崧即帝位，同年十月，以原官起用，以兵部右侍郎总督河南、湖广兼巡抚承天、德安、襄阳等地，未及赴任，随即代沈犹龙任广东巡抚，总督两广军务。隆武元年（1645年），唐王朱聿键于福州称帝，命丁魁楚以原官协理戎政，寻加兵部尚书，太子太保，赐尚方宝剑。靖江王朱亨嘉于桂林反叛，攻下梧州，监禁广西巡抚瞿式耜，丁魁楚檄令思恩参将陈邦传等突袭朱亨嘉，于桂林捕获朱亨嘉押送福州。隆武帝封丁魁楚为平粤伯，仍留镇两广。唐王灭亡后，丁魁楚与瞿式耜、兵部尚书吕大器等拥立桂王朱由榔在广东肇庆称帝，是为永历帝，进东阁