太祖收复了原南宋、金、西夏、大理的领土；对原属元王朝控制的东北、哈密等卫保持羁縻关系。新疆大部分地区由东察合台汗国控制。北元在明太祖北伐之下逐渐衰落。北元最终于（1388年）在明太祖第六次北伐的打击之下，被阿里不哥后裔覆灭。明太祖和明成祖时期，多次对北元、鞑靼和瓦剌用兵。当元残余势力北遁后，期间明军在戈壁设置了四十多个卫所。明太祖和明太宗时期与北元、鞑靼和瓦剌的边界大致沿着阴山、大青山向东北至西拉木伦河一线。15世纪30年代后，由于气候变化，地球表面的气温逐渐转向寒冷，沙漠日渐扩大，环境恶化，明王朝的北