原警备总部保安处成员大部分转入海巡署情报处），后期大部分成员已为军、警、文职人员都有，管辖范围为台澎金马地区海岸自海水低潮线以迄高潮线起算五百公尺以内之岸际地区及近海沙洲（如钓鱼台列屿），分为北中南东四个地区局。管辖范围之例外情形：如接获民众报案检举或检察官调集，单位依案发地点，查缉范围可延伸至内陆或山腰。2018年4月28日改制，新成立的「金马澎分署」则与前身无太大关系了，所辖范围也仅限于金、马、澎各外离岛而已。