个关卡，为NDS《G世代》系列之冠。系统上改变了以下几点：操控以触控移动机体位置来决定使用的武器，特定机师加上特定机体及武器更可使出Cross Drive组合技（与一般的分别是能攻击对方整个小队）。首次收录了《SEED DESTINY》外传《STARGAZER》。此作中能开发的：UC系列、《SEED》系列、《SEED DENSITY》系列、《W》系列、《SEED C.E.73 STARGAZER》中大部分机体及《SEED X ASTRAY》。此作中不能开发的包括「V2高达」（「V高达」是可以开发的）