伟必因殷仲堪优柔寡断的性格而无危险。殷仲堪亦派了殷遹率七千水军至西江口，桓玄派郭铨和苻宏击败他；及后殷仲堪又派杨广及殷道护进攻，桓玄再在杨口击败他们，直逼至离江陵二十里的零口，震动江陵。后杨佺期自襄阳来攻，桓玄一度退后避其锋锐，但终大败杨佺期，及后由部将冯该追获并杀掉他。殷仲堪出奔，又被冯该追获，及后被桓玄逼令自杀。桓玄年末消灭了杨佺期和殷仲堪，于是在次年（400年）向朝廷求领荆江二州刺史。朝廷下诏以桓玄都督荆司雍秦梁益宁七州诸军事、后将军、荆州刺史、假节；另以桓脩为江州刺史。但桓玄坚持要由自己领江州刺