医学科、小儿消化科、小儿外科、中医儿科等七个专科是中国卫生部（今国家卫计委）评定的国家临床重点专科，这一数字在全中国的儿童专科医院中是最多的。上海市医疗卫生部门也将儿科医院的儿科学、新生儿科、小儿外科、唿吸急救等专业设为重点。医院针对疑难病、癫痫、遗尿、哮喘、听力障碍、小儿肾脏病和泌尿系统疾病、小儿微创外科等专业设有专门的诊治中心。2014年，儿科医院主导建立了“复旦大学儿科医疗联合体”，是上海市五大区域儿科医疗联合体中最早建设的一个。联合体包含了复旦大学附属的儿科医院、妇产科医院、金山医院、第五人民医