963年9月16日正式成为马来西亚首相，但汶莱并没有加入这个联邦。然而，种族的因素使纳入新加坡的联邦发生了问题，联邦内的华族人口超过了40%。执政联盟的巫统与马华公会都对李光耀的人民行动党对马来选民的可能诉求感到紧张（人民行动党当时看起来像是个激进的社会主义政党，加上获华人支持，不但会威胁马来人佔多数的巫统的执政地位，也带来赤化的危机），因此他们试着在新加坡组织反对党势力去挑战李光耀在那的地位。李光耀的反击是威胁在1964年的联邦选举中在马来亚推出人民行动党的候选人，然而双方的作法皆违背了彼此于建国初期达