1960年5月，桥头建筑确定采用南京工学院钟训正的复堡式红旗方案。1960年6月，大桥总体建设方案编制完成，1961年4月得到国家计划委员会批准。为保证桥下能通过万吨海轮，大桥原设计净空高度为26米。有部门提出净空高度24米就可以保证万吨海轮通过，交通部部长王首道主持对24米净空高度方案的讨论，铁道部在修改设计方案时采纳24米的方案。但海军和航运部门对此有不同意见，时任中共中央书记处总书记的邓小平召集有关负责人研究后，决定净空维持24米。此后反对意见依然没有平息，最后由周恩来总理拍板决定净空高度为24米