九铁公司亦引进新一代列车、更新车队、开办京九及沪九直通车服务，以及发展物业，经营接驳巴士服务、过境货运业务、商场、车站零售服务和商务设施、物业管理、广告及推广业务。2007年12月2日，根据《两铁合併条例》，九铁公司的服务併入地铁公司，并命名为香港铁路有限公司。香港铁路有限公司营运九广铁路公司的铁路资产，期满后可予延续。铁路网络营运合併后，九广铁路公司仍拥有有关资产，所以现时主要为一间铁路资产持有公司，并负责监督港铁公司遵行服务经营权协议的条款，以港铁公司每年的付款用作投资，支付公司未偿还的债项，及管理