亚科：古神翼龙亚科、掠海翼龙亚科。古神翼龙亚科包含：华夏翼龙、中国翼龙、沃氏古神翼龙、"T. navigans"、雷神翼龙；掠海翼龙亚科包含：掠海翼龙、妖精翼龙。在2008年，吕君昌等人提出掠海翼龙亚科较接近神龙翼龙科，而离古神翼龙科较远，因此建立为掠海翼龙科，但是掠海翼龙亚科的命名较早。
系统发生学.古神翼龙科与其他翼龙类的关系，以及在神龙翼龙超科的演化位置，长期以来处在争论中，已有许多研究提出不同的演化树。古神翼龙科的成员也有争议，某些研究人员主张掠海翼龙亚科属于古神翼龙科，