1944年，当刚把德军赶出苏联国土，贝利亚就着手开始以通敌的罪名迫害少数民族的行动。主要对象是卡拉恰伊人、卡尔梅克人、车臣人、印古什人、克里米亚鞑靼人、伏尔加德意志人，他们都被流放到中亚。
战后时期.二战后，抢夺德国专家和研发核武器等首要任务，均由贝利亚负责。事实上他负责组织犯人开采的第一座铀矿早在1939年就在科雷马河附近建立了。在那里犯人等于没有任何辐射防护措施，二战末期起他更建立了更大规模的“核子古拉格”，大量的犯人被集中起来开采铀矿或是建设相关设施。在苏联的第一颗原子弹试爆