放弃，两年后在京都与幕府势力（主要为六波罗探题）决战，此时幕府派出的大将足利尊氏阵前倒戈，破六波罗探题军，另一勤王军新田义贞趁机攻破镰仓，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇也被勤王军救出，回到京都，罢黜光严天皇，复位，并废院政与关白，此时国家政权一统于天皇，史称建武新政。然而不久足利尊氏复叛，借平中先代之乱的借口屯于镰仓，拒还京师。在第一次进攻京都失败后逃至九州，寻求当地势力欲东山再起，最后从九州再次攻入京都，与朝廷军在凑川爆发凑川之战，而后朝廷大将楠木正成兵败自杀，足利尊氏则在京都再创武家政权（幕府），即后来的