全军覆没，中国东南沿海与台湾海崃海权拱手让给法军。而法方参战的在该年8月29日与东京湾舰队合併，东向攻打台湾，并在佔领基隆后夺取该地煤矿，作为封锁台湾海崃的动力来源。这使法军得以封锁台湾，佔领澎湖，甚至北上威胁北京的清朝政府，迫使其与法国重起谈判。中法战争后，有鑑于此战教训，清朝更重视沿海海防，自马江海战后，在马尾加强了防御；在闽江口琅岐岛建立金牌炮台，在其对岸建造长门炮台；闽江两岸之间还有天险南北龟岛，在两岛各设立了两门240mm大口径阿姆斯特朗岸防要塞炮，三门80mm格鲁申式速射炮并斥资购买国外战舰