政方面.陈水扁任内仅进行一次修宪，废除国民大会，使立法院成为唯一的国会，席次减半，并改为单一选区两票制。他制定公布《公民投票法》，使全国性公投与地方性公投获得法源依据，并纳入公投复决宪法修正案。后于2006年2月28日终止国统会与国统纲领，实质上放弃国家统一目标。
人权保障与族群正义.设立「总统府人权谘询委员会」，着重「人权入宪」与「人权修法」。制定通过《》、《两性工作平等法》与《》等法律。成立原住民电视台与客家电视台、客家文化园区、客家学院等。促进母语教学，教科书增加本土史地篇