武臣把持，国王权力被架空，期间科举制渐趋萧条。武臣政权结束后，高丽成为中国元朝的附庸国，并仿效元朝规定，经义考试首先要从四书中出题, 答案须根据朱熹的《四书章句集注》而不得任意发挥，废除东堂试而实施应举试，以程朱理学为主。恭愍王在位期间，高丽官员、教育家李穑在其任知贡举期间，参照元朝的科举制度制定了乡试、会试、殿试等三场制，称为「己酉科举制」，使高丽的科举制度更趋完善。科举在高丽初期举行的频率并无规定，至宣宗时则定为三年一考, 而在忠宣王时又改为隔年一考, 后来规定为一年一考或随时随考。前期至中期的会试