通总失去领地投奔秀吉。同时由于兄长得居通幸在攻取鹿儿岛城的战役中立下战功，且当时秀吉与毛利氏达成和解，处在秀吉麾下的通总遂回到了自己的旧领地，改「村上氏」为「来岛氏」。1585年在秀吉的四国征伐中，来岛通总于小早川隆景的麾下作战，充当伊予军的先锋，并在天正之阵中攻打原先的主君河野氏。由于这些战功，来岛通总获得了伊予国风早郡一万四千石的领地，成为大名。此后又在1587年（天正15年）参加九州征伐，1590年（天正18年）参加小田原之战。1592年，丰臣秀吉发动侵略朝鲜的战争。来岛通总隶属于福岛正则的第五番