商承祖一同居住。1956年11月，中央新闻纪录电影制片厂以他为对象摄制纪录片《探花晚年》。1956年12月返穗定居，任广东省政协常委、广东省文史研究馆副馆长，与次子商承祚一同居住于中山大学东北区9号。1960年7月，国务院总理周恩来聘任其为中央文史研究馆副馆长。据蔡国颂先生回忆，晚年的商探花喜欢到仰忠街天马巷友人家聚会。此雅集除商衍鎏商承祚父子外，还有冼玉清教授、容庚教授等。都尊称其为“商老太爷”。1963年8月28日在广州逝世，终年88岁。