元康六年（296年），氐人齐万年获秦雍两州的氐族和羌族叛民推举为主，并称帝反晋。傅祗任行安西军司，加散骑常侍，与安西将军司夏侯骏一同讨伐齐万年，但无甚进展，直至三年后才在孟观的努力下平定齐万年。战后曾先后任卫尉和散骑常侍，后加光禄大夫，门前施放行马。永康元年（300年），赵王司马伦诛除贾后并辅政，任命傅祗为中书监，续任散骑常侍加光禄大夫，以稳定朝中众人的心。傅祗虽然以病推辞，但司马伦仍派御史带他就职。王戎、陈准等人知傅祗就任，都安心地说：「傅公在事，吾属无忧矣。」次年司马伦篡位，傅祗改任右光禄大夫、开府