辞职，改任国民政府军事委员会委员并回到其夫人常淑清的故乡四川绵阳疗养。1940年4月5日病逝，享年56歳（满54歳足）。葬于绵阳市富乐山山麓。其墓碑由冯玉祥亲书“宋上将明轩之墓”。宋哲元墓在1967年被红卫兵捣毁，1978年重建，现为四川省文物保护单位。
评价.国共双方都对其做出积极评价。国民政府追授其为一级陆军上将。中共方面朱德和彭德怀赠挽联一幅：“一战一和，当年变生瞬间，能大白于天下；再接再厉，后起大有人在，可无忧乎九泉”。