城池过大，因黑死病与元顺帝北逃，人口仅剩万余，非常不利于防守，于是徐达决定将北城墙向南移2.8公里，加上古代城池建设不能超过都城的三分之一，放弃城北的闲地于坟地(或为蒙古包住宅区)。同时用城砖将城墙外侧包砌起来，以提高其防守能力。1399年朱棣发动靖难之役，于1402年夺得帝位，于1403年改北平为北京。1406年（永乐四年），开始筹划迁都北京，相继建成皇城、宫城，同时将南城墙南移0.8公里。1436年至1445年，明英宗对北京城墙进行了第二次增建，将城墙内侧用砖包砌；开挖太液池南海；建九门城楼、瓮