胞内所有表达的基因的集合称为基因表达谱通常用RNA-seq来测定。细胞内不同代谢途径组成了代谢网络。底物是否进入代谢途径，要视乎细胞的需要，即合成代谢物及分解代谢物浓度的独特组合（流量控制反应的动力）。代谢途径包括主要的代学反应（一般都是需要酶的）令生物保持牠的内环境稳态。
概览.代谢途径一般都有以下特征：
主要代谢途径.
细胞唿吸.细胞会使用多种不同但相关的代谢途径来转移由分子分解释放的能量至ATP内。这种作用会以不同的形式存在