明神宗误信税使阎应龙、张嶷妄言吕宋多产金银，派海澄县丞王时和、百户干一成等人偕张嶷前往勘金，引起西班牙殖民者的恐惧，于次年大规模屠杀当地华人，先后死者二万五千人。惨案发生后，徐学聚虽奉朝命移檄吕宋，数以擅杀罪，令送死者妻子归，竟不能讨。万历三⼗五年（1607年），削职归里，不久卒于家。
着作.着有《国朝典汇》二百卷、《历朝珰鉴》四卷等。
家庭及关联.曾祖父徐讲、祖父徐袍，曾任贡士，赠承德郎工部主事、父亲徐用光，曾任工部主事。母唐氏（封安人）。