内务省直辖管理那珂川，开始进行堤防整备等河川整备作业。战后的1947年（昭和22年）发生大洪水后，那珂川水系正式展开治水事业。1965年（昭和40年），那珂川水系随着《河川法》修正，指定为一级水系。现在的箒川汇合点至河口的区间成为直辖管理区间。同时期，栃木县、茨城县在主要支流、、等规划建设调节洪水的辅助多功能水坝，之后陆续完成西荒川水坝、、、、。然而，这些工程并未完全解决洪水水患，特别是1986年（昭和61年）8月的「昭和61年8月豪雨」与1998年（平成10年）8月的「平成10年8月豪雨」，造成那珂川