下辖十三澳、八十二社；此亦为清朝首次在澎湖一带建构独立行政建制。日治时期，台湾行政区划经过九次调整，而在1926年高雄州澎湖郡改制成澎湖厅，底下设马公支厅与望安支厅。马公支厅办公处设于马公街，而其上级行政区澎湖厅也设于该处。马公支厅管辖马公街、湖西庄、白沙庄及西屿庄，辖境总面值106.0950平方公里，其中以马公街的部分最大，佔33.9918平方公里，而西屿庄的部分则最少，佔18.7148平方公里。澎湖厅之管辖区域之东极为马公支厅湖西庄（今湖西乡）良文港，也即为马