III分类法中的胡椒目包含五科，2016年的APG IV分类法中本目则只包含三科：
内部分类.胡椒目内部各科关系如下：
沿革.1935年韦特斯坦分类系统（Wettstein system）将本目置于双子叶植物（Dicotyledones）离瓣花被亚纲（Choripetalae）单瓣花区（Monochlamydeae），仅包含胡椒科一科。1964年修定的恩格勒植物分类系统（Engler system）则将本目归类于双子叶植物纲（Dicotyledonea