千禧年初期)，有18个球季打晋级到季后赛，更在1981年、1984年、1988年、1989年级1994年这5个球季拿下最后的超级碗冠军，但在史蒂夫．杨由于脑震盪提早宣布退役，加上90年代中、后期绿湾包装工的崛起，95、96、97年连续3年在季后赛败在绿湾包装工手上，让49人队在90年代末期及千禧年初期不像在80年代如此唿风唤雨，但即使如此，也没有人敢小看这支经验老到的球队。
2003年-2016年.2003年~2010年连续8个球季49人队都未进入季后赛，2011年他们请来了史丹佛