江户幕府採取锁国政策后、颁布了「禁教令」。基督教徒被迫更改信仰以及被流放到外国。后来江户幕府为了阻止外国传教，决意与信仰天主教的西班牙及葡萄牙断交。
明治维新后.1868年，明治维新后，政府重新允许基督教传播，但明治宪法规定大日本帝国以神道教为国教。然而基督教的影响力已不如当年在安土桃山时代传入时强大。虽然日本在维新时吸收了大量西洋文化。二战中，日本军政府为了方便掌控制定宗教团体法，将日本所有差会解散，并组织日本基督教团(日本キリスト教団)。日本军政府惟恐基督教势力受美国影响和