和丙子胡乱之中力主抗清，与以吏曹判书崔鸣吉为首的主和派对立。1637年朝鲜仁祖决定向清朝投降之时（即丁丑下城），崔鸣吉奉命写降表，金尚宪扯裂之并痛哭失声。战后辞官隐居。但在1640年被告发与明朝勾结，被清朝逮捕，押往盛京（今沈阳）囚禁。1649年，被孝宗任命为左议政。翌年致仕。死后谥文正，追赠领议政，配享宗庙孝宗大王之位。
着作.着有《野人谈录》、《读礼随抄》等。后世为新安东金氏出身的朝鲜官员多是其后裔。