5-甲基胞嘧啶（5-methylcytosine）为胞嘧啶受到甲基化之后，附加一个甲基于5号碳上的的型态，结构改变，但与互补硷基的配对性质不变。5-甲基胞嘧啶是一种表观遗传修饰，参与的酵素称为DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase）。对于细菌而言，5-甲基胞嘧啶可见于各式不同的位置，可用来作为一种标记，保护DNA不受自身的甲基化敏感（methylation-sensitive）限制酶破坏。在植物体内，5-甲基胞嘧啶出现于CpG与CpNpG序列里。而对真菌及动物来说，则主要存在于Cp