后来杨佺期因病而改任新野太守，领建威司马。又迁堂邑太守，督石头军事。因病离任后，获荆州刺史殷仲堪招揽，成为其司马。
响应王恭.隆安元年（397年），南郡公桓玄劝殷仲堪举青兖二州刺史王恭为主，起兵讨伐王国宝。殷仲堪虽然同意但想寻求南郡相江绩、堂兄南蛮校尉殷顗及雍州刺史郗恢同意。不过，三人都不同意，江绩因态度强硬，殷仲堪就让杨佺期代替他出任南郡相一职。而在殷仲堪迟疑之时，王恭却派使者来主动邀约殷仲堪举兵，殷仲堪于是答允。不过却因王恭所驻京口离建康极近，而与他们远道而来的荆州军队不接军势