统一，使得东晋陷入严重的险境。383年，前秦天王苻坚以三十万大军侵晋，而晋只能征募到八万军队。但晋军训练有素，装备精良，秦军却多由被征入伍者组成。在淝水之战中，秦军被晋军击溃。此战得胜后，丞相谢安趁前秦崩溃之机，为晋朝收复淮河以北的大片领土。但桓温子桓玄作乱分散了晋朝的注意力，东晋直到刘裕崛起才将其击败。
刘裕北伐.常被认为南北朝最好的将领的刘裕于406年消灭桓玄势力。他随后对后秦、夏、南燕、北魏发起一系列北伐，除了伐夏以外，都成功了。这些胜利使得东晋收复中原，将北疆固定于黄河