忠堡立下头功，董率军勇勐作战，很快打消了左宗棠、刘松山等人对其的疑虑，左宗棠于是同意正式将董字三营编入官军序列，成为刘松山手下的一支劲旅。1870年2月14日，在金积堡战役中，刘松山不听董福祥的劝告，亲往马化龙营中受降，不料中弹身亡，临终前他将侄子刘锦棠托付与董福祥，董遂忠心辅佐刘锦棠。同治十年（1871年）3月2日，马化龙在被围将近两年后投降，被刘、董以藏匿武器的罪名处死。随后，董福祥用开花炮勐轰马家滩顽抗的回民军堡寨，回军死伤惨重，一日之内回寨尽毁。董福祥因功破格授予都司的职位。董其后受命镇守金积堡