1897年，台湾总督府将东石港指定为特别输出入港，允许其与中国贸易，以供应台湾中南部来自对岸的物资，如木材、陶器、布料等用品。1903年，在港边建造了堤岸，提供船只停留，并防止其被河水沖垮。当时的东石港路上交通仍不完备，且港口无法停靠大型船只，加上邻近安平港、高雄港的发展，东石港的贸易量自1919年逐渐衰退。民国时期1981年，开始兴建新的东石渔港，位在东石旧渔港下游的1.5公里处，至1986年渔港部份已完成，计有泊地11.25公顷。陆上设施主要有鱼市场、停车场、道路、照明设备。渔港用地新填筑之新生