政教分离后.萨尔茨堡在神圣罗马帝国时期是其一个独立的总主教教区，直到1803年神圣罗马帝国通过法律，实施政教分离，萨尔茨堡总主教失去了统治地位，萨尔茨堡与弗赖辛和帕绍合并改由弗朗茨二世的兄弟托斯卡纳大公斐迪南三世管辖，并获得选帝侯资格。1805年奥地利人在奥斯特里茨战役中失利后，奥地利的蒂罗尔州被割让给巴伐利亚，作为交换，萨尔茨堡和贝希特斯加登则划归了奥地利。1810年萨尔茨堡再次易主成为巴伐利亚的一部分，1816年维也纳会议后萨尔茨堡归还奥地利，而贝希特斯加登则继续归属巴伐利亚