台湾大学医学系毕业，专长领域包括新生儿科、一般小儿科、小儿神经内科、儿童急救加护等。现任台北市立联合医院和平妇幼院区小儿科主任暨专任主治医师。
简历.陈佩琪的父亲陈腾发曾任职马公国小，伯父陈腾蛟台北帝大医专1944毕业，是澎湖小儿科名医，叔父陈克孝第一名考入台大医科，1959毕业于美克利夫兰担任外科医师。陈佩琪毕业于马公高中，第一年考上国立台湾大学森林系，因立志当医生而于第二年重考上台大医学系，是马公高中第一位考上台大医学系的女生。她与学长柯文哲经相亲于1991年结婚，育有一子