不得不从中选择一样时，他选择了网球。十四岁时，费德勒进入瑞士国家网球中心接受训练。然而，为了能够更专心于网球，十六岁时，费德勒决定结束学校生涯，他逐渐崭露头角，青少年组排名步步高升。1998年，费德勒曾登上了青少年组排名世界第一。在该年的澳大利亚网球公开赛青少年组进入准决赛，同年拿下了温布尔登网球锦标赛青少年组的单打冠军（决赛以6–4、6–4直落两盘胜于乔治亚球员伊拉克利·拉巴泽。）和男子双打冠军（双打决赛与罗库斯搭挡，以6–4、6–4直落两盘击败米卡埃尔·洛德拉与安迪·拉姆）在同年的美国网球公开赛