大学生体育联盟二级赛组，其本人也受到刑事犯罪的调查。豪威尔·托德于1994年7月开始担任学校校长，并在校内建筑下大作文章，修缮并改建了多座历史悠久的建筑，使得密西西比学院的校内建筑更富个性。1996年9月，4名密西西比学院的学生在一个雨夜于20号州际公路上由于车打滑失控冲出高速并全部遇难，这是密西西比学院在校学生历史上最严重的一次事故。此后，一个佔地9,800平方米(106,000平方英尺)健身休闲中心落成，学校并于此期间新建及翻修了橄榄球场，网球场，棒球场，垒球场，足球场，以及各训练使用场地。