瑕丘一直为兖州治所。大明元年（457年），复置阳平郡。至此，兖州领六郡：鲁郡、泰山郡、高平郡、东平郡、济北郡、阳平郡。泰始四年（468年），兖州全境陷于北魏。北魏泰常七年（422年），佔领南朝宋兖州，仍治滑台。泰常八年（423年），割东平、济北二郡置济州。神䴥三年（430年），兖州济水以东陷于南朝宋。至此，兖州领四郡：东郡、陈留郡、濮阳郡、济阴郡。皇兴元年（467年）后，为区别于东兖州，又称兖州为西兖州。太和十一年（487年），割濮阳郡属济州。太和十八年（494年），併陈留郡入东郡，割东郡属司州，割济阴