太清甲午战争爆发的原委，只看到了最后的结果，因此马吉芬在美国报刊上撰文并各处演讲，将他所亲见亲历的北洋海军的战斗情况介绍给大众，但被舆论当作了疯子、狂人，认为是他头部的战伤使得他精神错乱。1897年2月11日，他在纽约的医院自杀，这一天正是北洋海军水师提督丁汝昌两年前自杀的日子。马吉芬穿着一身北洋海军军服，盛殓在铺盖着黄龙旗的棺柩中下葬。马吉芬的墓碑正面上方刻着交叉着的大清黄龙旗和美国国旗，中间有一只船锚，下面写着“菲里奥·诺顿·马吉芬/1860年12月13日－1897年2月11日/于1894年9月