后，俄罗斯政府指责是车臣分离主义分子所为，10月1日俄罗斯部队进入车臣。俄军的行动终结车臣伊奇克里亚共和国当时实质上的独立，使联邦政府重新控制该地区。在战争初期俄军及车臣当地的亲俄民兵联手对抗车臣分离分子，经过冬季围城后，于2000年初夺取车臣首府格罗兹尼。车臣分离分子在此后数年继续以游击战对抗俄军并残忍杀害战俘，另外车臣叛军也有发动针对平民的恐怖袭击，并焚毁作为俄罗斯族宗教场所的东正教教堂。然而实际上俄军及叛军双方也都被指犯有不少侵犯人权的事件。到2009年止俄罗斯大致上已经重创叛军的活动能力，大