林政权强制将沿海州居住的20万高丽人集体流配政策提出了抗议，以间谍罪被逮捕，擎天的妻子和女儿也被送到哈萨克斯坦的卡拉干达。1939年被释放后再次被捕入狱，被判8年牢狱，服刑中因心脏疾病死亡。但是准确的死亡时间、地点、死亡原因至今仍然不明。1998年追授建国勋章总统章。1974年李命英出版的《金日成は四人いた》表示当初流传的“金日成将军”被人说是陆士出身，而金擎天符合这一特征。。