冠比赛中射入一记壮观的凌空弧线球。在球队进入冬歇期后，穆勒给人留下了“作为职业球员几乎难以置信的第一年”的印象。他在该赛季后半段表现出了良好的竞技状态，却被卷入与队友罗本的内讧：在第20轮客场以3比1逆转取胜云达不来梅的比赛中，两人因为争抢主罚一记任意球而发生口角，穆勒遭到拳打，但双方在事后很快平息了事件。随后，穆勒再次打满了该赛季的所有比赛并射入19球（联赛射入12球），但拜仁的成绩却差强人意，在联赛中仅名列第三，且在德国杯半决赛中被沙尔克04淘汰。在欧冠十六强对阵国际米兰的比赛中，拜仁先于首回合在梅