地震发生于1812年，该次地震摧毁了仅在六年前建造的圣胡安·卡皮斯特拉诺传教站，四十人在土坯教堂倒塌时遇难。其他较为重大的地震发生在1862年、1933年及1938年。圣胡安溪流域内的土壤大部分为沉积岩，经风化侵蚀后逐渐崩解为碎屑，导致河流中下游的河漫滩有着大量的沉积物。根据1978年美国农业部所发表的土壤总体图，圣胡安溪流域内的土壤类型大致可分成六类，从低至高依次排列分别是梅斯-圣埃米吉迪奥（Metz-San Emigdio）、索伦托·莫乔（Sorrento-Mocho）、迈福德（Myford）、阿罗