。蜜蜂飞进史卡莉衣领，然后钻进钻出的桥段也是实际去拍的。原本蜜蜂学家诺曼·盖瑞博士（）认为这不可能做到，但经过几天的思考后，他想到了用追踪费洛蒙来操控蜜蜂动向的方法。片尾，癌人与史庄侯在突尼西亚的基地见面。该桥段于突尼西亚泰塔温取景，该地曾是《星际大战四部曲：曙光乍现》（1977年）中塔图因星球的取景地。《X档案：征服未来》在电视剧到之间的空档拍摄。为了让男女主角杜考夫尼和安德森能出演电视剧的第五季，剧组一週6天、一天16个小时马不停蹄地工作，就为了先把两人的戏份先拍完。重拍作业与第五季的制作作业同时进行。