党嘉义县党部主委以及嘉义市党部主委，并且曾经加入过民进党内次团正义连线。2004年，蔡启芳连任第六届立法委员，而且还担任台湾日光灯股份有限公司董事长。2005年12月15日，宣布参选民主进步党主席，但最终并未参加选举。2006年，民进党立委萧美琴有意草拟及游说《同性婚姻法》的法律制定案，遭蔡等23名立委提出反对连署，阻挡《同性婚姻法》一读。2016年5月9日，蔡启芳卸任立委之后，在嘉义市政府后方开设蔡启芳做唛固小吃店，并担任老板。但约在2017年即歇业。2017年5月25日，其子蔡易余于