九江指挥部迁至汉口办公。1948年3月，武汉行辕改为武汉绥靖公署。以两湖、江西、安徽、河南南部为主。 1948年7月1日，为统一华中「剿共」军事，国防部九江前进指挥所与武汉绥靖公署合并成立华中剿匪总司令部，驻汉口三元里。1949年1月22日，李宗仁代总统把所有的剿总改为军政长官公署。华中剿总改为华中军政长官公署，指挥长江防卫。华中军政长官公署在武汉易手后，撤至湖南、广西，后因所属部队于广西损失过大而撤销。