贡却丹贝仲美前往西藏拉萨留学，受到噶厦及八世达赖喇嘛的热烈欢迎，达赖喇嘛还专门接见了他。1778年8月7日，入哲蚌寺果莽扎仓学法。在该寺学法期间，拜霍尔·噶桑欧珠为师，还向八世达赖喇嘛献100匹马及350两白银，大量布施拉萨三大寺。后来，他赴后藏朝拜扎什伦布寺，并遇到了七世班禅额尔德尼，获班禅额尔德尼授密宗教义及仪轨，他给班禅额尔德尼献20匹马、200两白银。他又在西藏中部朝拜了不少寺庙，最后回到哲蚌寺。此后，他在该寺继续学习，掌握了五部大论、二十一部印度语注释；学习了哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺的哲学教科书，学