河口海岸研究院负责内容策划，由华东师范大学设计学院负责从建筑外观到所有馆内展项的设计。展馆外形犹如一条跃动的鱼，共设有四个常规展厅和一个临时展厅，重点介绍长江河口自然、生态、科技与历史，综合展示世界各主要河口相关知识。 上海长江河口科技馆正对长江、黄浦江的汇流处，与上海吴淞国际邮轮码头、吴淞炮台湾湿地森林公园共同构成滨江景观带。该馆设有四个常规展厅：