茎，上长有很多小鳞茎。还有一些百合具匍匐茎。大多数种类的百合鳞茎需深埋，但也有一些物种的鳞茎要浅埋在土壤中。很多百合还会长出茎生根。百合的鳞茎在土壤中自然生长，每年新生的茎在破土而出时偶生根，这些根可以辅助鳞茎基部的根。自然原生状况下，大多数百合是落叶植物，主要于严寒, 短日, 缺乏液态水的冬季休眠。 但部分分布于冬季温和且夏季高温(可能伴随干燥 如地中海型气候区)地区的百合（如白百合，松树百合，麝香百合），夏季短暂休眠后，秋季萌芽形成基生莲座叶丛，越冬后茎伸长开花。夏末时种子成熟。百合属有着各不相