先是为神宗拟上庙号显宗、谥号恭皇帝，后来，朝臣认为谥号的「恭」是晋恭帝，隋恭帝两位末代皇帝的谥号，先帝圣谟不可殚述，而帝尧运乃神之德，于是后改成为其上庙号神宗，谥号显皇帝。九月，在位不足三十天的明光宗便在红丸案之中暴毙。因光宗即位不到一个月即告驾崩，孙子熹宗朱由校即位后，于十月丙午（10月27日）葬神宗于定陵。弥留之际：临终遗言：
陵寝墓地.万历帝的定陵1958年被发掘，万历帝尸骨复原，“生前体形上部为驼背”、左脚略右脚短。文革时期的1966年8月24日，遗骨被红卫兵付之一炬。