疾病为由不上任，于太康四年（283年）改任尚书右仆射。后来出任镇东将军、都督青徐二州诸军事。永熙元年（290年），晋惠帝司马衷继位，司马晃入朝为车骑将军，加散骑常侍。元康元年（291年），贾南风谋诛杨骏，任命司马晃领护军驻屯东掖门。杨骏被诛杀后升任尚书令。后迁任司空，加侍中，继续任尚书令。元康六年（296年）春正月逝世，获追赠太傅，谥下邳献王。西晋的宗室王族，只有司马晃及高密王司马泰有节俭之名。