面军总司令，以替换洛朗·古维翁-圣西尔，但直到11月才得到指挥权。他保护初生的罗马共和国，抵抗那不勒斯法院和英国舰队。1799年尚皮奥内被迫率军撤出罗马，展示了自己的灵巧谋略。他几乎没费时间就赢得奇维塔卡斯泰拉纳战役并重新进入罗马，然后占领卡普阿和那不勒斯。在战领那不勒斯后，他被任命为那不勒斯军团总司令，由于他嗜好抢劫和没有遏制他军队的暴行，引起当地平民的极大反抗，在2月时他辞去职务，3月遭到拘捕。他受到不服从政府命令和染指那不勒斯公款的指控，但这有可能是他包括麦克唐纳将军在内的敌人们对他采取的政治行动