王巡召回到三辅，北任为车骑将军。地皇四年（23年）正月，王莽命他和纳言将军庄尤、秩宗将军陈茂、左队大夫王吴讨伐南阳反新军（拥立更始帝）。更始帝属下军队攻击长安，王巡随同大司马王邑率部队抗战。防卫线被击破，攻城军队从宣平门入城。王巡在渐台护卫王莽，九月初一，张邯遇到士兵，被杀。王邑、王林、王巡等人分别带兵在北阙下抗击。九月初三，王邑父子、王巡战斗而死。