时代开始就已经有人类活动。在绳文时代，位于现今京都市东北部的地区和山科盆地的丘陵地区已经有集落出现。到了弥生时代，平原地区也开始有集落出现。进入5世纪后，渡来人贵族秦氏开始在京都居住，其在京都盆地兴修水利，此为京都地区大规模开发之始。奈良时代末期，桓武天皇为了摆脱奈良佛教寺院势力的影响，于784年将首都从平城京（今奈良市）迁移到长冈京（今长冈京市）。然而仅过了不到10年，桓武天皇在和气清麻吕的建议下，于794年将首都又迁到位于山城国的平安京（也就是现在的京都市），自此开启平安时代，也开始京都作为日本首都