次遭到贪污、勒索、谋杀等罪名指控，尽管没有一项罪名被认定，但他在1990－1993年，1996－2004年被囚禁，前后在狱中度过11年多，2004年扎尔达里被保释出狱后与妻子布托流亡国外。
政治生涯.2007年10月5日，总统穆沙拉夫签署全国和解令赦免对布托的指控，扎尔达里随妻子布托回国。2007年12月27日，时任巴基斯坦人民党联合会主席的贝·布托在拉瓦尔品第参加集会在时遇刺身亡，随后扎尔达里接替布托出任人民党联合主席一职，他的儿子比拉瓦尔·布托·扎尔达里出任人民党主席。