1989年4月7日，李登辉总统任内，支持台湾独立的异议人士郑南榕为抗议政府对言论自由的箝制而自焚。后来李登辉持续推动修法促进思想自由、言论自由、新闻自由和学术自由，也下令释放两蒋时代因政治因素遭无限期软禁的人，如张学良、孙立人。1989年6月4日，中国大陆发生六四天安门事件，李于当晚发表声明：「中共所採取毫无人性的做法，必将受到历史的裁判，为抗议中共以武力镇压民主运动，登辉要以最沉痛的心情，代表中华民国政府和人民，唿吁全世界所有爱好自由，重视人权的国家与人士，对中共暴行给予最严厉的谴责。」1990年