京都心的最主要车站是上野站，主要服务前往千叶县及成田国际机场的乘客。西武铁道在东京都的据点车站是西武新宿站和池袋站，路线主要覆盖东京都西北地区。东武铁道拥有关东地方各私铁公司最长的营业里程数，在东京都的据点车站有池袋、浅草、龟户，是自东京前往埼玉、栃木、群马的重要交通方式。1927年开通的上野至浅草的地铁是东亚第一条地铁。东京的地下铁系统由东京地下铁和东京都交通局（都营地下铁）运营。东京地下铁的前身是由日本政府和东京都政府共同出资的帝都高速度交通营团，在2004年实现民营化。东京地下铁有银座线、丸之内线