义活动局限于偶尔到西贡旅行时，前去看望潘佩珠。1942年，第二次世界大战期间，他试图说服入侵的日军，宣布越南独立，但是该建议未被采纳。他创建了一个秘密的政党。当1944年夏天自由法国发现这个政党的存在时，法国人宣布吴廷琰为叛乱分子，准备逮捕他。于是他逃到西贡，伪装成一名日军军官。1945年3月，日本帝国发动三九政变，随后保大帝在日军支持下宣佈“越南独立”。日本人希望推举他出任保大的越南帝国首相，当日《西贡报》也以“爱国志士”为题向越南民众介绍吴廷琰。吴廷琰立刻拒绝日本人，后来吴廷琰后悔，试图归顺日本人，但是