仙寺人士出任中国佛教会台南县支会首届理事长，会址遂设于大仙寺。同年（1953年）也募得1百多万兴建三宝殿，次年（1954年）建斋堂与三宝殿两侧楼房。民国45年（1956年）经政府核准成立管理委员会，首届主任委员是吴八居士。民国53年（1964年）白河大地震，大雄宝殿外沿石柱倾斜、观音殿全毁，第九代住持开参禅师率寺众连夜挑土补强，才保全殿宇。事后四方信众再发起重建，募得70多万，之后重建工程在民国55年（1966年）完工。民国58年（1969年）因为当时大仙寺土地登记在部分信徒名下，为避免日后发生纠纷，