告归。当时张孚敬规定：“京朝官病满三年者概罢免”。他恰在罢免之列，从此，无意仕进潜心写书，将《宋史》和《辽史》、《金史》合为一书《宋史新编》，还并着《讲义》、《经义答问》、《史记考要》、《续莆阳文献志》、《艺余集》、《杂着》以及《河汾传》等书。据清刘声木《苌斋随笔》所载：「柯维骐为专一心志，矢志着述其《宋史新编》，竟毅然自宫。」在沈德符《敝帚轩剩语》《万历野获编》中也有同样记载。
家族.高祖柯潜为翰林学士，父柯英为徽州知府，兄柯维熊。