故事「幻想御手篇」的内容；后段12集剧情根据原作者鎌池和马的意见，分别原创已登场角色的不同日常小故事、以正传小说设定为基础的剧情「Skill Out篇」、及收结故事「乱杂开放篇」。2012年10月21日，电击文库创立20周年纪念作品《剧场版 魔法禁书目录：恩底弥翁的奇蹟》后宣布制作第二季，并名为《科学的超电磁砲S》，于2013年4月播放。前段16集对应漫画第二部故事「妹妹篇」的内容，并摘取部分对应原作小说的段落作补足，因此有部分片段是近乎将正传动画作完全重制；后段8集为原创故事「革命未明篇」。透过剧场版