逐渐以佛道为主流，并与玄学互相竞争。佛教在南北朝的蓬勃发展，已脱离先前依附儒、道的困境，于北魏刘宋时开始流行并逐渐中土化，时人对菩萨的信仰十分流行。当时佛教逐渐产生出学派，有名的有三论宗、涅槃宗、天台宗、律宗以及禅宗。三论宗奠基于南北朝僧肇、辽东僧朗、兴皇法朗、茅山大明、吉藏大师。因依鸠摩罗什所译的《中论》、《十二门论》和《百论》等三论立宗，故名为三论宗，属大乘中观派。净土宗的思想主要在《往生论》内，其代表昙鸾提倡他力、易行思想等思想。涅槃宗方面，《十地经论》有勒那摩提、慧光等所形成的地论学派，以及昙无谶翻