东欧剧变后脱党。2003年4月24日至2010年7月27日，担任捷克统计局局长。 2009年，捷克众议院通过不信任案，米雷克·托波拉内克内阁被迫辞职。随后，捷克总统瓦茨拉夫·克劳斯任命扬·菲舍尔担任过渡政府总理。2013年，扬·菲舍尔参加了2013年捷克总统选举，但在第一轮投票中得票率仅16.35%，未能进入第二轮投票。