每一个学生的留学国家、学习导师和专业方向做全盘考虑。在他的安排下，李安宅、费孝通和林耀华等均从名校毕业，回国后都成为学科骨干。此外，他还从制度上仿效牛津大学建立“导师制”，但因抗日战争爆发而中断。他培养的学生和弟子众多，着名学者费孝通、林耀华、黄华节、瞿同祖、黄迪、李有义、陈永龄均曾师从吴文藻。张海洋、关学君、龙平平和纳日必力格则是其关门弟子。