年6月2日，魏瀚奉上谕主持福建船政。后因在办铜元局的问题上和船政大臣崇善意见矛盾，乃遭到革职。1904年6月，赴广东任黄埔船局总办。1910年，清廷海军部成立，魏瀚获任命为造舰总监，但未就任。中华民国成立后，中国成立飞机制造处，1915年中国派出首批飞机、潜艇专业留学生，魏瀚任总监，率这批学生留学美国。1929年，魏瀚在河南六河沟的家中逝世。萨镇冰、杜锡圭、陈绍宽等24人联名为魏瀚写下了生平纪略。