吴麟征兄弟皆中举，麟征得授建昌府推官。天启二年（1622年）壬戌科进士。授福建建昌府推官，父丧丁忧归里。守丧期满，补兴化府推官，生平不蓄私产，两袖清风。崇祯五年（1632年），擢吏科给事中，有直言之名。不久，上疏乞假葬父，数年后方还朝。弹劾吏部尚书田唯嘉贪赃，唯嘉罢官。再迁刑科给事中，又因继母黄淑人丧事去职。服阕，起为吏科都给事中。崇祯十七年（1644年）春，推太常寺少卿。不久，李自成大军逼近京师，麟征奉命守西直门。敌军勐攻，麟征紧急入朝禀报，至午门被魏藻德阻拦，返回西直门。次日，城陷。邸宅已被敌兵佔据