1999年9月21日南投地区发生芮氏规模达7.3的大地震，此为20世纪下半叶台湾伤亡损失最大的天灾，被称作「九二一大地震」，后定此日为「国家防灾日」。21世纪伊始，2000年3月18日，由民主进步党提名的陈水扁、吕秀莲当选第10任正副总统，写下首次政党轮替的新页。于2001年1月1日，厦门与金马小型三通实施，展开两岸小规模正式通商、通航和通邮。同年以「台澎金马个别关税领域」名义加入世界贸易组织（WTO）。2002年8月，时任总统陈水扁公开表示中华民国（R.O.C.）与中华人民共和国（P.R.C.）的关系