题为主要特色而闻名中国的《思想战线》杂志。1973年，担任主编编写的《云南各族古代史略》，突出了古代云南各族人民对维护祖国统一的作用。1975年，任《思想战线》主编。1978年，中国恢复职称，为云南大学历史学教授。1979年12月，任云南民族学院院长。中共云南省委常委讨论肯定了马曜提出的“三三制”办学方针，于是马曜主持学院制定了1980-1985年发展计划,并使这个计划都变成了现实。经过马曜多年的辛勤建设，云南民族学院已从一所培训少数民族干部的学校，发展成一所系科比较齐全的民族高等院校。