卸任首相一职，升为军队元帅（Capitán-General）。1801年，戈多伊再度出任首相一职，就任不久向葡萄牙宣战。戈多伊率军入侵葡国，击败葡军，同年和葡国代表达成巴达霍斯条约。葡国割让奥利文萨予西国，并对英国关闭港口。1802年，和英国达成《亚眠和约》，以特立尼达岛同英国交换，收复梅诺卡岛。1804年，成为西班牙陆海军大元帅（Generalísimo）。1805年，英国袭击西班牙船队，戈多伊决定再度对英宣战。西法联军在特拉法加海战中大败，标志着西班牙彻底丧失其世界列强地位。1807年，戈多伊和法兰