赢得了四川各界的支持，为四川的社会稳定做出了贡献。1912年（民国元年）1月，尹昌衡开始同1911年11月在重庆成立的蜀军政府（都督张培爵）交涉合并事宜。3月12日，两政府合并，统一的四川军政府成立，尹昌衡继续任都督。当时，受到英国支援的藏军在四川省边境同川军发生冲突。4月22日，尹昌衡被袁世凯任命为征藏总司令。同年7月10日，尹昌衡率西征军从成都出发，不久便击退了藏军。9月25日，他兼任川边镇抚使，10月获授陆军中将位加上将衔。1913年（民国2年）4月，尹昌衡回到成都。