和陆军相等，尼米兹表示反对，他认为这和独立的潜艇部队一样没有道理。另外，尼米兹还要面对此时军部内要求将海军与陆军併入同一部门的声浪，他反对这种将限制海军发展、令其降低国家防御的角色。在尼米兹担任作战部长期间，前纳粹德国海军总司令卡尔·邓尼兹接受了纽伦堡大审，起诉其发动无限制潜艇战的罪名，尼米兹应其律师之要求，提供一份美军亦在对日战争中使用同样作法的证词，到最后虽然判定邓尼兹该罪名成立，但并未针对该罪名而受罚。尼米兹也于短短的任期中测试核武器对海军的打击力，主持了十字路口行动，另外还支援了核动力潜艇的开发