日、十五日照例要到大高玄殿拈香行礼。特别是逢大旱或大涝，皇帝均要在此进行祭天祈雨等活动。清朝康熙年间，大高玄殿因避康熙帝玄烨的名讳，而改称“大高元殿”，后又更名为“大高殿”，专门举办各种道教的道场。清宫档案记载，大高玄殿先后在雍正八年（1730年）、干隆十一年（1746年）、嘉庆二十三年（1818年）获得大规模重修。光绪二十六年（1900年），八国联军占领北京，烧杀抢掠。清宫档案记载，法军占领大高玄殿十个多月，大高玄殿的建筑和陈设文物遭严重破坏及掠夺，大批雕像、法器、经卷被法军抢走。《辛丑条约》