。光绪年间，清廷在牡丹社事件后决定将原番界以外地区纳入辖管范围，牡丹及高士佛等部落因而发生反抗事件；为避免乱事扩大，潘文杰往来各地游说诸头目与清廷签订合约。后来，潘文杰因此获清廷颁与五品军功。
晚年.1895年底，日本军队在登陆后遭潘文杰属下猪朥束社协同闽客族群抵抗，因而对其产生猜忌。后来，潘文杰率领族人协助日本军队，并在台湾总督府巡查抵达恆春时派遣手下前往迎接。同时，日军更委任他为台南民政支部恆春出张所事务嘱託，以协助调解族群纷争，并促进各部落归附日本政府。情势逐渐稳定后