菲将军接手麦克阿瑟的美军司令职务，不再设军事总督。塔夫脱想与菲律宾人合作，逐步实现菲律宾自治，在他看来该国数十年前就已独立。菲律宾许多美国人把当地人视为劣等种族，但塔夫脱曾在抵达前不久表示：“我们要彻底消除他们的这种看法”。塔夫脱不在正式活动中要求种族隔离，从社会角度平等对待菲律宾人。据内莉回忆，“政治立场和种族都不应该在任何程度上影响我们的态度”。1901年9月，麦金莱遇刺身亡，西奥多·罗斯福继任。塔夫脱和罗斯福在1890年左右交上朋友，当时塔夫脱是副检察长，罗斯福在公务员委员会任职。塔夫脱曾在麦