995年，玉井工场停压，厂区由善化糖厂接管；完成堆肥制造厂，解决蔗渣问题。成立杂作股1998年，佳里糖厂结束，由善化糖厂接管2003年，仁德糖场厂及新营糖厂关厂，合併入善化糖厂2004年，建厂百年
现况.2008年南靖糖厂停压，南靖原料课于2008年6月1日，併入善化糖厂。现在嘉义县以南地区，仅剩善化糖厂继续压榨甘蔗制糖，併入的各厂区进行转型开发。善化糖厂已不再使用铁路运输制糖原料，但在厂内仍使用铁路搬运已包装好的成品糖。除虎尾糖厂外，善化为2020年初仍在使用