将他的团体叫做「长生人」，又大行杀戮及四处放火、抢掠。由于当时三吴地区已成东晋朝廷的命脉，东晋朝廷即命徐州刺史谢琰率军讨伐孙恩，兖州刺史刘牢之亦率军进攻三吴。谢琰先下义兴郡，迎太守魏隐还郡，后又击败吴兴郡的孙恩部众，与刘牢之两军共进之下，很快就兵临钱塘江。孙恩初时自以为能乘八郡响应的声势拿下建康，但至刘牢之率军渡过钱塘江时，孙恩就带着二十万部众东走，并乘刘牢之军队抢夺部众留下的人口和货物时争取时间逃走，终逃到海岛之上。接着孙恩于各郡的余部都被消灭，朝廷因为担心孙恩会再来袭，于是留谢琰驻防会稽。Sec