团案的主犯饶漱石、潘汉年、扬帆，胡风反革命集团案主犯胡风等。另外，由于日本共产党的北京机关发生内部对立，被视为「叛徒」的原政治局委员伊藤律从1960年到1979年亦被关押在此。文革开始后，特别是1967年底监狱实行军管后，监狱犯人勐增。着名的如王力、关锋、戚本禹于1968年先后入狱。班禅额尔德尼·确吉坚赞、张东荪（1968年）、金敬迈等也在这一阶段入狱。文革中，林彪的亲信（文革后被定为林彪反革命集团）吴法宪、邱会作、江腾蛟等在九一三事件后先后被关入秦城监狱。文革后，江青反革命集团主犯即四人帮也进了秦城。