在一些分类法中，则有时会将其分成二至三科－瓶尔小草属的瓶尔小草科，以及阴地蕨与蕨萁的阴地蕨科。其中一遥远的物种－七指蕨有时则会被归在其单独的一科－七指蕨科里。而大多现代对此目内植物的处理则是将其都归类至瓶尔小草科之中。此类植物有着由孢子囊形成的短寿型孢子，诞生于和叶片分开的叶柄上；以及肥大的根。许多物种一年只会长成一片蕨叶。而有少数的物种只有能生育的穗，而非一般所谓的叶片。瓶尔小草目的配子体是在地底下的。其孢子不会在阳光之下生长，且配子体可以在不形成孢子体的状态下存活两个世纪之久。瓶尔小草属有着所有