加了鄂豫皖苏区历次反围剿作战。黄安战役中，城东嶂山阵地失守，他率部护卫徐向前直奔火线，指挥部队夺回了阵地。1932年，随方面军主力西进川陕苏区，次年部队扩编，秦基伟历任方面军警卫团团长、红三十一军第二七四团团长，参加川陕苏区历次作战。1935年，参加长征，担任红四方面军补充师师长，后担任方面军总部四局局长，参加西路军作战。1937年1月，率少数作战部队掩护西路军总后勤部，被马家军骑兵分割包围于甘肃临泽。率部坚守苦战数日突出重围。西路军失利后，经历九死一生回到延安。
抗日战争时期.