统庙宇格局不同，其独特之处在于它依山临海错落而建，融合在自然环境中。整座庙宇主要由牌楼和四座古殿组成，分别为正殿（又称石殿）、弘仁殿、观音阁和正觉禅林。妈祖阁的正面山门是一座以花岗石建成的牌楼，牌楼前有石狮子镇门，门楣刻有「妈祖阁」三字，两边分列石镌对联「德周化宇，泽润生民」，意指「妈祖恩德遍及整个宇宙，恩泽滋润所有老百姓」，牌楼上顶铺琉璃瓦嵴并以鳌鱼拱托宝珠做为装饰。山门后有另一座由花岗石建成的三间四柱冲天式牌坊，在「南国波恬」四字的左右两侧以篆书题写破体「珠光」和「宝气」，其中「光」宇以异体字「炗」