697年，两人因此诬告李昭德谋反，李昭德被下狱。来俊臣又诬告武氏诸王和太平公主、李旦、庐陵王李哲谋反。河东人卫遂忠告发来俊臣由此想窃取权力。697年6月26日（六月初三日），李昭德和来俊臣被同日处死，当时的人都痛惜李昭德，对处死来俊臣拍手称快。唐中宗神龙二年（706年）赠李昭德左御史大夫。唐德宗建中三年（782年），加赠司空。子李元纮，和后来的宰相李元纮不是同一人。