968年4月，原二机部313厂从北京迁来，借住双桂堂，将僧众全部赶出。“文革”期间，曾有部队驻扎，寺庙建筑受到破坏。第十五代方丈妙谈和尚以及当地宗教工作干部采取得力措施，保护双桂堂。为免遭毁灭，妙谈和尚买来围席，将佛像包裹，并刷上白石灰，以红漆写满“毛主席语录”，方使寺庙躲过“红卫兵”的破坏。1982年，妙谈和尚向政府反映情况，胡耀邦下令军队撤离双桂堂，并赔偿寺庙160万元人民币。1980年，寺庙得到修整。1991年4月16日公佈为四川省第三批省级重点文物保护单位。2000年9月7日列为第一批重庆市文物