八年(1620年)，黄守魁升南京右军都督府佥书兼提督大教场水陆二营事务。天启元年(1621年)，黄守魁实授骠骑将军。同年秋，明政府与后金战争紧张，黄守魁实授都督佥事。当他带亲属至重庆处理接兵后勤事务时，交兵的奢崇明却举起反旗，发起奢安之乱，杀死巡抚徐可求，并且前去追杀其他官员。当时只有数百兵在船上的黄守魁，与兵登岸搏战。因敌众我寡，船被逼至重庆阅江楼附近时，黄守魁已手无寸铁，高坐舰头，大声骂敌，最后自杀殉职，年七十。一位姓万的小妾也投水自杀。脱逃的属下将黄守魁密葬于江侧。事发之时，为阴历九月十七日。