二年（466年），兄益州刺史萧惠开起兵反对宋明帝，萧惠基受明帝之命使蜀，説服兄萧惠开归顺明帝，益州当地人反抗，联合氐族军包围成都。萧惠基宣示刘宋朝廷的威信，氐人邵虎、郝天赐斩杀反乱军首领马兴怀后投降。萧惠基被召还建康，担任太子中舍人。出任武陵郡内史，后为中书黄门郎。萧惠基善写隶书、下围棋，萧道成得知后与他交好。元徽二年（474年），桂阳王刘休范反乱，萧惠基姐姐是刘休范的王妃，萧惠基在萧道成属下为军副，跟随讨伐反乱。后出任豫章郡太守。召还朝廷任吏部郎，转任兼侍中。昇明元年（477年），袁粲、刘秉起兵，萧惠