现有7家动物用药残留、10家大肠桿菌群不符合规定，知名连锁早餐店呷尚饱、麦味登、拉亚汉堡、弘爷汉堡也在列。早餐店之环境卫生也影响到食品的安全，如台湾早餐店所贩售奶茶便被网友戏称为「解便祕圣品」，可能就是所用冰块不干净、或环境污染导致饮料中细菌孳生导致民众腹泻。台北市卫生局调查发现，台湾早餐店常用之油品中，许多可检出反式脂肪，部分反式脂肪含量高达2%以上。