集贤殿大学士。十三年（859年）八月，唐宣宗崩，唐懿宗即位，仍任夏侯孜为宰相，兼兵部尚书。夏侯孜的官爵曾为银青光禄大夫、守中书侍郎、兼刑部尚书、同中书门下平章事、充集贤殿大学士、上柱国、谯县开国男、食邑三百户，后进封门下侍郎、谯郡侯。懿宗追封母晁氏为元昭皇太后，九月，夏侯孜作其。十月，夏侯孜在工部尚书任上。咸通元年（860年），时值裘甫率领的农民变军席卷浙东，二月，夏侯孜说：“浙东有山海相隔，可以计取，难以力攻。”并推荐前安南都护王式虽出身儒家，但在安南任上威服中外，名闻远近，可当讨伐裘甫之任。宰相们也都以