末年三国时期，巴郡建制连续发生变化。汉献帝初平六年，刘璋分江州至临江置永宁郡，朐忍至鱼复置固陵郡，原巴郡管辖垫江以北的区域。到了建安六年，永宁郡改称为巴郡，原巴郡改称巴西郡，固陵郡改称巴东郡，并分置2县为巴东属国（后来的涪陵郡）。建安末，又从巴西郡分置宕渠郡，原来的巴郡一分为五，范围大大缩小。到西晋时，郡辖只剩下4县，基本都在今天重庆市范围，仍然以江州为郡治。
隋代巴郡.隋朝巴郡辖3县，治所江州改名为巴县。唐朝以后废除郡置，改为渝州，巴郡的名称不再使用。