杨基铨应中华民国经济部长孙运璇邀请，出任该部常务次长，主管农业及渔业经济事务；随后，他在台湾渔业面临来自能源危机与经济海域方面等冲击时，一面主导船只燃油费用补贴，一面与美国、南非等国签订渔业协定。此外，他更在经济部常务次长七年又两个月任期内，多次代表中华民国政府访问各国及出席国际会议，并获得美国国际合作总署技术协力局颁发感谢状，也获多明尼加共和国颁赠勋章。1979年8月，杨基铨转任台湾土地银行董事长，并在上任时强调「土地银行要成为最好的银行，不一定要做最大的银行」；其后，他曾二度受邀拜访日本相关单位。