照中央编办发15号《关于铁路公检法管理体制改革和核定政法专项编制的通知》及《关于铁路法院检察院管理体制改革若干问题的意见》的要求，上海铁路局一次性将杭州铁路运输法院整体移交给浙江省高级人民法院实行属地管理，纳入国家司法管理体系。2013年1月，中国共产党浙江省委员会政法委员会关于印发浙政法发9号《杭州铁路运输法院检察院改制移交工作领导小组协调会纪要（第2期）》的通知，将杭州铁路运输法院移交浙江省杭州市中级人民法院管理。杭州铁路运输法院作为专门人民法院，承担浙江省铁路的各类刑事案件、部分民商事案件的审判和执行