共有12个收费亭，其中8个为人手收费亭，余下4个（南行的1、4号和北行的9、12号）为快易通专用自动缴费亭。2017年9月24日起，驾车人士可以在人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式Mastercard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。隧道为一条双程双线分隔双管隧道，启用初期是先通行北行管道，实行单管双程行车，1年后南行管道才开放使用。在港铁南港岛线尚未通车前，隧道是南区居民（由香港仔至赤柱一带）来往港岛北部和两条海底隧道的重要途径，2016年香港仔隧道平均每日