中央高地和西岸的太平洋沿岸低地。尼加拉瓜东岸临加勒比海，又被称作米斯基托海岸，海岸线540公里，有较宽阔的低地，主要是热带雨林及沼泽地带；内陆为高原和山地，西岸临太平洋，海岸线350公里，为全国人口最密集的区域，但多活火山及地震；西南部有中美最大湖泊尼加拉瓜湖。全境属热带气候；年降水量一般2000毫米左右，东部较多，西北较少。
自然生态.尼加拉瓜地处热带，气候和海拔高度的变化使国内的动植物具有多样性，尼加拉瓜目前有78个保护区，面积超过22,000平方公里（8,500平方英里）