2008–09年香港足总盃是香港足总盃的第 35 届赛事。本届赛事获得获「成都谢菲联足球俱乐部有限公司」全力支持，成为这项锦标赛的冠名赞助商。本届赛事的参赛球队以往届有所分别，今届除容许甲组队参赛外，还给予香港初级组银牌冠军及亚军球队参赛，即是较低组别联赛的球队。上届亚军新界地产和富大埔今年再度打进决赛，对手是于本年度第 3 次杀进香港甲组盃赛决赛的天水围飞马，合演「新界打吡」。结果，大埔于本届赛事再进一步，在决赛以 4–2 击败对手，夺得球会史上首个甲组赛事冠军，这亦是继 30 年前的元朗后，