杰志后期更担任队长一职，成为杰志标志性的人物。2003－04、2004－05和2006－07季度，陈肇麒更三次成为香港足球明星选举的最佳青年球员。2006－07年度球季，陈肇麒因为遭受南华球迷不停地以粗言辱骂，于一场比赛中曾经向南华球迷举中指，因此被部分南华球迷戏称为「中指麒」。及后他在网上讨论区表示永远不会加盟南华。不过，陈肇麒的表现未受这件事件影响，之后亦常射入重要的入球，包括2007年足总盃中射入追平南华2–2的一球，和于2007－08年度球季开锣日射入一球，协助杰志以2–1击败南华。2007－08年