晚年.1895年底，日本军队在登陆后遭潘文杰属下猪朥束社协同闽客族群抵抗，因而对其产生猜忌。后来，潘文杰率领族人协助日本军队，并在台湾总督府巡查抵达恆春时派遣手下前往迎接。同时，日军更委任他为台南民政支部恆春出张所事务嘱託，以协助调解族群纷争，并促进各部落归附日本政府。情势逐渐稳定后，潘文杰因其在地方事务上的影响力、人脉及外交手腕，深受当局倚重。1896年，潘文杰协助当局劝导其辖下各部落儿童入恆春国语传习所猪朥束社分教场就读，因而促使新式教育逐渐推广。同年，台湾总督府民政长官