去三分之二国会议席优势，巫统的大臣在雪兰莪，霹雳和吉打失去职位。之后阿都拉宣布来届党选不蝉联主席职及首相职位，在2009年4月3日党选后由纳吉继承。
纳吉时代.在第13届大选中，尽管国阵总体失去7席，但巫统增加了9席。纳吉·阿都拉萨任内曾发生一个马来西亚发展有限公司丑闻，这宗丑闻是导致马来西亚政权交替的一个主要因素。第14届大选，国阵惨败，巫统首次失去执政党的地位。2018年5月12日，纳吉·阿都拉萨宣布辞去巫统以及国阵主席职位，即时生效，并让前副首相阿末扎希暂代位置。