波士尼亚与赫塞哥维纳联邦现在没有正式国旗。1996年至2007年期间，波赫联邦曾拥有自己的国旗。 旧国旗为白底，左侧有红色竖条，右侧有绿色竖条。中央为盾形图案。盾的下部是波赫国徽。左上是代表波士尼亚克人的盾徽，为绿色中有一朵黄色百合花。右上是代表克罗埃西亚人的盾徽，为红白格子图案。