根源在于官吏、兵丁、权贵的欺压等，主张严肃吏治，皆获准。康熙七年（1668年），调任户部，再调吏部。后因为辩议任用官员的制度和品级的授予，被御史季振宜弹劾，黄机经过再三辩护，方被免去罪责。不久因为迁葬而上奏归乡。康熙十八年（1679年）又奉旨回京，暂任吏部尚书一职管理刑部。十九年（1680年）正式授吏部尚书，想要告老还乡，没有被批准。二十一年（1682年），授文华殿大学士，兼管吏部。二十二年（1683年）再次奏请辞官归乡，被批准后卸任归乡。二十五年（1686年）病卒。朝廷追赠太傅、太师，谥号文僖。葬于灵鹫山