先于印尼与葡萄牙在5月宣布公投议定，1999年4月，一支准军事部队袭击了利逵萨的一处天主教堂，带走了约200人的生命。5月16日，一帮亲印尼民兵与印尼士兵在阿拉塔（Arata）村袭击了疑似的东帝汶独立支持分子；6月，另一支民兵袭击了联合国东帝汶特派团在玛利亚娜设驻的办公地。印尼当局自称无力阻止东帝汶内部不同政治派别之间的暴力行动，但遭到了奥尔塔等的嘲笑。 奥尔塔在1999年2月说：“在（印尼）撤军之前，他们想要如他们所承诺地结束东帝汶境内的混乱与不稳定的局面，这是我们数年来一直从印尼驻东军队那里听闻的。”