940至1945年，黄鸣龙回到国内任中央研究院化学研究所（昆明）研究员兼西南联合大学教授。其间进行了药物山道年的立体异构研究，并为国内外后续研究奠定理论基础。1945至1952年，黄鸣龙作为访问学者来到美国哈佛大学做研究，其间创造性的改进了沃尔夫－凯惜纳还原反应，此后简称为黄鸣龙改良还原法。后到默克药厂做研究员。1952年，黄鸣龙再次回国，任军事医学科学院化学系主任。1955年，选聘为中国科学院院士，并于次年转到中国科学院上海有机化学研究所工作。1958年，研究出了利用国产薯蓣皂甙元为原料，七步合成