后继续担任首相一职，他是国王哈迈德·本·伊萨·本·萨勒曼·阿勒哈利法之叔叔。他是世界上任职时间最长的首相。他在巴林首相职位上保有许多行政权力，不过在2002年的宪法修正案中，他失去了与国王及同等之罢免部长权限。2020年11月11日，哈利法在美国明尼苏达州罗彻斯特梅奥医院病逝，享年85岁，马来西亚首相慕尤丁发面子书向哈利法的家属和子民致哀，并指出哈利法坚持不懈地展开各项改革，为巴林带来了繁荣与进步。
与马来西亚关系.2001年10月31日，哈利法抵达马来西亚进行为期两天的访问，