手亚目的分类结果逐渐获得支持。阴翼手亚目的学名"Yinpterochiroptera"由原先大蝙蝠的学名"Pteropodidae"以及1984年由卡尔·库普曼（Karl F. Koopman）提出的"Yinochiroptera"组合而成研究转录组资讯的结果强烈支持了阴翼手亚目－阳翼手亚目的分类理论。研究人员也得以建构出分子钟，估计阴翼手亚目与阳翼手亚目约于六千三百万年前分家；而阴翼手亚目中的与狐蝠总科，则约于六千万年前分家。