（永明十年），邵陵王萧子贞为吴郡太守，王思远为吴郡丞，代行吴郡事务。以病为由请辞，回朝为司徒谘议参军，兼录事。转任黄门郎。494年（隆昌元年），担任使持节、都督广交越三州诸军事、宁朔将军、平越中郎将、广州刺史。宣城公萧鸾辅政，王思远没有到广州赴任，转任御史中丞，奏劾贪官不避权贵。告发临海郡太守沈昭略贪污营私。建武年间，转任吏部郎。从兄王晏（王普曜之子）担任尚书令，王思远想要回避，上表固辞。明帝萧鸾知其意，改授司徒左长史。497年（建武四年），王晏被杀，王思远没有牵连，转任侍中，掌管优策及起居注。王思远为