林和黑龙江设置将军统理军政，这三位将军都只能由满蒙的旗人担任。尽管绿营是清帝国主要的防御力量，但这一地区的防御依靠八旗军而不是绿营，清初时有八旗驻军三万五千人，仅次于内地诸省。作为重要的后备军力，这些旗兵腐化的程度也比较低。除了原有的驻防军外（始于顺治帝时），清政府还按八旗旧制，把北部、西部边境上的诸部落编为新旗，归吉林和黑龙江将军指挥。鸦片战争以后，清王朝内忧外患不断，大量旗兵调入关内作战，导致东北防御空虚，以致外国旅行家发现重要的边防重镇瑷珲“有容纳几千名士兵的造的很好的营房，但没有看到一名士兵