开始后，特别是1967年底监狱实行军管后，监狱犯人勐增。着名的如王力、关锋、戚本禹于1968年先后入狱。班禅额尔德尼·确吉坚赞、张东荪（1968年）、金敬迈等也在这一阶段入狱。文革中，林彪的亲信（文革后被定为林彪反革命集团）吴法宪、邱会作、江腾蛟等在九一三事件后先后被关入秦城监狱。文革后，江青反革命集团主犯即四人帮也进了秦城。1979年后，监狱犯人除了政治犯如魏京生、鲍彤等外，随着高级干部贪污案的不断揭发，陈希同、成克杰、陈良宇和薄熙来等被判刑的涉及贪腐的高级别官员也被关进了秦城。2018年3月，第