膀胱镜的过程大约有几分钟的时间。但是，如果医生发现了结石并决定除掉它，或者医生需要活体组织切片检查，膀胱镜检查可能会花更长时间。检查结束后，病人可能会在小便时感到尿路有灼烧感，尿中可能会有血。硬膀胱镜检查往往引起患者小便失禁。偶尔会出现下腹疼痛，膀胱肌痉挛。检查后的疼痛可以通过以下几种方法减轻：2小时内喝下1升水；热水澡； 用温热的湿毛巾捂住尿道出口。某些医生会要求患者服用抗生素1至2天以预防感染。然而，最近医学界出于对细菌抗药性的担心开始反对这种做法。某些医生还会要求患者服用非那吡啶200