噶玛兰地区、最南有瑯峤一带，以点状分部。按镇分地、按地开垦。而期间也侵害到原住民族的活动空间，导致明郑政权与原住民政权的武装冲突，如明郑政权对大肚王国领土的侵犯，则造成数次战争。因于大肚王国与瑯峤等在地政权的抵御，郑成功实际的统治范围，仅约北至二林（今彰化县二林镇），南达茄藤（今屏东县佳冬乡）。南明昭宗永历十六年五月初八（1662年6月23日），郑成功薨逝，时年38岁。从其抵达台湾至逝世，仅仅4个月。同年十一月，郑成功之世子郑经继位。此后郑经采用陈永华之议，建立完整的中央政府体制，使体制层次分明。