过已不可考。境内是杜鹃花知名赏花景点，森鸥外与夏目漱石等日本文学家曾在附近居住。现在的社殿是宝永三年（1706年）由德川幕府第五代将军德川纲吉建造。社殿7栋现为国家重要文化财。
历史.传闻根津神社是日本武尊在1900年前于千駄木创祀。之后太田道灌于文明年间（1469年～1486年）建造社殿。万治年间[1658年～1661年），该地成为太田氏屋敷地，因此神社往东方签移，之后签至团子坂上（现文京区立本乡图书馆周边、元根津）。宝永2年（1705年），江户幕府第5代将军德川纲吉