1名，专门管理宗教活动，领导上密院僧人修习密法；格贵1名，掌管教规、寺规的执行；强佐6名，分管上密院所属的庄园及僧众的生活供应。除了强佐之外，堪布、翁则、格贵均须由从拉萨三大寺取得“拉让巴格西”学位的学者出任，其任免须经达赖或摄政审批。上密院在“文化大革命”中遭到严重破坏，中共十一届三中全会以后获人民政府拨款修复。2000年代，上密院有僧人60多名，修习密宗教法。
建筑.上密院位于拉萨小昭寺旁边，占地面积约2万平方米，其范围包括小昭寺前左、右两侧的两层楼房，以及东侧由拉萨二中占