有罪，「欲加之罪、何患无辞」。政府委託的戒严时期不当叛乱暨匪谍审判案件补偿基金会，于2002年7月，根据程玉凤的调查，通过平反申请案，发放补偿金并正式为沈镇南恢复名誉。
纪念.沈镇南被列在1999年绿岛人权纪念碑，另外在2013年举办的「迟来的爱─白色恐怖时期政治受难者遗书特展」。