陈肇麒加盟杰志首季，由于表现出色，以18岁之龄成为杰志的正选前锋，绝对是少年得志。及后陈肇麒一直坐稳杰志正选多年，在杰志后期更担任队长一职，成为杰志标志性的人物。2003－04、2004－05和2006－07季度，陈肇麒更三次成为香港足球明星选举的最佳青年球员。2006－07年度球季，陈肇麒因为遭受南华球迷不停地以粗言辱骂，于一场比赛中曾经向南华球迷举中指，因此被部分南华球迷戏称为「中指麒」。及后他在网上讨论区表示永远不会加盟南华。不过，陈肇麒的表现未受这件事件影响，之后亦常射入重要的入球，包括2007年