1日京师大学堂正式开学，在李鸿章推荐下，光绪皇帝任命他为京师大学堂首任西学总教习，即北京大学首任校长，授二品顶戴。但一直以来，丁韪良担任北大首位校长的事实却被刻意抹去了。
经历义和团运动.1900年，73岁的丁韪良亲身经历了义和团运动，他目睹了义和团屠杀中国教民和外国传教士的行为，因此非常厌恶义和拳民，严厉地批评他们是野蛮的人，并站在法治的角度要求对义和拳民进行严惩，才能与他们的砍杀劫奸的行为相称。由于慈禧太后是义和团运动的主要支持者，所以丁韪良倡议放逐慈禧，并提议将海南作为对