。此后察度王时期，日本僧人赖重于波上山建护国寺。芥隐亦从日本而来，于1492年建立圆觉寺。在第二尚氏王朝时期，琉球的佛教达到鼎盛，圆觉寺、天王寺、天界寺併称为「琉球三大寺」。此外，那霸的崇元寺在当时亦颇有名。而据《中山传信录》记载，琉球人的佛教分为临济宗和真言宗两种。如今，佛教依旧是琉球人的主要信仰之一。
基督教.1622年，基督教传教士乘坐「南蛮船」来到八重山传教，是为琉球群岛基督教的传教之始。但当时日本江户幕府禁止基督教的传播，在萨摩藩的压力下，作为附庸国的琉球不得不开始禁