其后信长由那古野改迁至此，并进行大幅的增筑，此后10年间清洲城为织田家本据城（清洲之战）。于永禄6年（1563年），为了准备攻击美浓国斋藤氏于是信长迁移到小牧山城，此后此城成为番城，无城主。天正10年（1582年），信长于本能寺之变死亡，重臣们召开清洲会议，决定由次男织田信雄继承清洲城。天正14年（1586年），由信雄扩建了二重堀大天守、小天守、书院等。小田原合战后，丰臣秀吉下令移封，但信雄抗命，被除封，此地成为丰臣秀次的领地。文禄4年（1595年）以后为福岛正则的居城。庆长5年（1600年），关原之战