云与一名双生兄弟阮登科（）生于泰国宋卡一个难民营，对有关生父的事一直未知，直至2001年由美国前往澳大利亚之后。母亲Kim在阮祥云出生后不久便移民往澳大利亚，1987年与一名越南裔澳大利亚人结婚，阮时常指其继父经常打他们。在完成中小学教育后，阮原拟入读迪肯大学，后因经济问题而辍学，并从事销售。其弟因犯事面临指控，阮便打算运毒还债。在2002年12月，阮祥云拟从柬埔寨前往墨尔本，在经新加坡樟宜机场转机时，他被当地警方从身上搜到396克毒品海洛英，而被关押在樟宜监狱。根据新加坡的法例，任何携带超过15克毒品