宗的堂兄福王朱由崧称帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因为党争与宦官之乱而混乱分裂。1645年，清朝派多铎率大军南下南京，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清军攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被活捉后送到北京，1646年被处死。弘光帝失败后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国，而唐王朱聿键在武装海商集团首领郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑芝龙之子郑成功，1662年病死在金门。