与回鹘争夺北庭（今吉木萨尔），吐蕃占北庭。随后，攻占西州。吐蕃与回鹘对西州进行了长年反复的争夺，最终回鹘控制了西州。唐咸通七年（866年），北庭回鹘仆固俊克西州，建立以高昌为中心的高昌回鹘王国，国都高昌城。史称“西州回鹘”或“高昌回鹘”，后为西辽所灭。蒙古帝国征服了西辽，领有察合台汗国，其分裂为东察合台汗国（吐鲁番汗国）和西察合台汗国（叶尔羌汗国）。吐鲁番的名字由明朝开始流行，意思是「洼地」。据西域番国志，15世纪初明永乐帝受命的陈诚由陆路到访此地。清干隆二十年（1755年）平定准格尔，控制吐鲁番地区。