经过了八百年历史之后，当时的施药院已经名存实亡。全宗致力于恢复奈良时代的施药院，无论病人高低贵贱皆免费赠送药材以治病。施药院全宗也是丰臣秀吉身边的重要亲信之一，他曾代表丰臣氏同伊达政宗、佐竹义重等人进行交涉。1587年（天正15年）丰臣秀吉发佈的伴天连追放令也是由他执笔写成的。他致力于恢复荒废的比叡山。后陞爵正四位。庆长4年病逝，享年74岁（一说69岁）。全宗娶永原实贤的女儿为妻，生一子（施药院秀隆）一女，皆先于全宗病死。后以近江人三云资隆之子宗伯为养子。施药院宗伯的历代子孙担任施药院使的职务。