清除乙型肝炎病毒以控制病情，只有少数可以忽然痊癒。治疗后有可能使病毒基因的含量少于可侦测的水平，即为健康且传染性低的带原者。治疗方法包括口服药拉米夫定（Lamivudine）、阿德福韦酯（Adefovir）、新药恩替卡韦（Entecavir）、新药替诺福韦二吡呋酯（Tenofovir）、新药替比夫定（Telbivudine），和注射药物干扰素（PEG Interferon）等。每种药物的有效性差别不大，但对于具体患者这可能因人而异。治疗方案应由医师针对病人的具体情况制定。
乙型肝炎带