12年9月26日，经过两轮党内投票，当选第25届自由民主党总裁，成为首位回任的自民党总裁。同年12月16日，自民党在众议院选举大胜赢回执政权，确定将再次出任日本内阁总理大臣。26日，就任日本第96届内阁总理大臣。次年7月21日，安倍晋三领导的自民党于参议院选举中胜出，自民党夺回参议院控制权。12月26日，安倍晋三执政一周年之际，参拜靖国神社。2014年4月21日，回任内阁总理大臣后执政时间破482天，超越野田佳彦成为自2006年9月小泉纯一郎卸任以来在任最久的首相。11月10日，在中国北京出席亚太经合组