浓、上野和甲斐变成后北条氏、上杉氏和德川氏的目标，昌幸亦投靠了后北条氏。天正壬午之乱爆发后，真田氏在依田信蕃的介绍下转为效力于德川家康，昌幸亦因而获赐予箕轮城，甲斐二百贯文和诹访郡，并且安堵小县郡的知行。翌年，真田氏为了巩固在小县郡的统治，开始着手兴建上田城。天正12年（1584年），德川氏与羽柴氏之间爆发了小牧、长久手之战，家康为了避免腹背受敌，与后北条氏展开了谈判，后北条氏提出以佐久郡换取上野，于是家康便要求昌幸交出沼田。然而，昌幸并不愿意让出自己亲手打下来的城池，断言拒绝家康的命令，并且以次子真田