华民国政府逐渐放弃「武力反攻大陆」的国家政策，因此该委员会日渐缩小规模、也渐不受重视。1991年5月1日，光复大陆委员会主要法源之一的《动员戡乱时期临时条款》废止并宣告动员戡乱时期终止，并于1991年6月30日裁撤该委员会；该委员会裁撤时的主任委员为薛岳，副主任委员则有袁守谦、陈启川与杨毓滋。裁撤之后，该委员会实际运作的行政与建议方案功能则被同年稍早成立的行政院大陆委员会、海崃交流基金会与国家统一委员会等新设立机构所替代。
后续.与其他许多于台湾解严后的政府机构相同，光复会也拥