朝正统乙丑年（1445年）、嘉靖甲申年（1524年），清朝顺治十七年（1660年）、干隆二十一年（1756年）、干隆四十七年（1782年）重修。明朝初年，燕王朱棣下令重建该寺，依照辽朝的原状更换了舍利塔基座的砖雕，并扩大该寺规模。辅助朱棣称帝的高僧姚广孝拒绝了爵位及封号，至北京双塔庆寿寺退隐，后迁居该寺。清朝初年，天宁寺塔塔顶坍塌。干隆十年（1745年）励宗万写的《京城古迹考》记载，天宁寺“惟留古殿一间，殿中立无量寿佛一尊”。这座古殿即塔前的接引佛殿。《日下旧闻考》记载，清朝天宁寺内的塔前有山门、接