军区划分，为省的派出机关，其地位在省与府之间，清朝后期权力逐渐增加，《内政年鑑》便视之为正式行政区划）台湾岛方面，设一府三县。而总管厦门与台湾的台厦道道署设于厦门，台湾府则设于台南。而基层行政区划则沿袭明郑时期，各县下划分堡里乡澳，其下再辖自然村等级的街庄社乡。