：西班牙、尼德兰、西西里与那不勒斯、弗朗什孔泰、米兰及全部西属美洲和非洲殖民地。
在西班牙和尼德兰的统治.腓力二世继续执行其父在西班牙执行的一切强化中央集权的制度。在他统治时期，中央政府真正开始剥夺一些历史上的王国和民族地域（阿拉贡，卡斯蒂利亚，巴伦西亚）的独立性。腓力二世扑灭了1590年至1591年阿拉贡为保持其自治地位而发动的暴动。他并且取消一些城市的自治法规，可能是为了更有利于王室获得直接的税收。在腓力二世时代，西班牙的集权程度和官僚体系的臃肿可谓在欧洲中颇高。腓力二世对