新的威胁在十三世纪从东方而来，是为蒙古人西征。1206年，中亚的成吉思汗建立了强大的蒙古帝国。据说一名会见阿拔斯王朝哈里发的蒙古使节被杀，使之可能成为旭烈兀在1258年洗劫巴格达的原因之一。中亚的蒙古人及突厥人征服了大半个欧亚大陆，包括东面的中国、花剌子模、西面的俄国及东欧，以及累范特地区。后来突厥人领袖如帖木儿等虽然成为了穆斯林，但仍破坏了许多城市，屠杀大量人民，对美索不达米亚的古代灌溉系统造成无法修补的损害。这些入侵使一些定居社群变成游牧民族。另一方面，在蒙古西征及突厥殖民以后，由于缺乏强而有力的领