巴布亚240万居民中约有一半是出生于爪哇岛。族际婚姻正在增加，移民的后代已经当自己是巴布亚人。截至2010年，有13,500名西巴布亚难民生活在邻国巴布亚新几内亚，偶尔有越界战斗，因此巴布亚新几内亚国防军在巴布亚新几内亚西部边界设立巡逻队，防止自由巴布亚运动人士进入。此外，巴布亚新几内亚政府一直驱逐越界的西巴布亚居民，承诺没有诠行反印尼活动是西巴布亚移民留在巴布亚新几内亚的条件。自20世纪70年代末以来，自由巴布亚运动已对巴布亚新几内亚的商业项目和政治家进行报复性攻击，因此自20世纪80年代开始，巴布亚