同因公赴陕，未回任以前，派薜岳为该省政府委员兼代省政府主席。
抗战及内战.1937年7月21日，中国国民党中央政治委员会追认特派何应钦为川康军事整理委员会主任委员，顾祝同、刘湘为副主任委员。中国抗日战争时期，任第三战区司令，主持江苏、浙江、福建、江西、安徽东南五省抗战长达七年。1941年1月22日，顾祝同命令各县政府、县党部在最短时间彻底肃清皖南新四军零散人员。新四军事件时，顾祝同主要负责包围新四军及扣押叶挺。1945年9月，日本战败投降，何应钦在签字后举办宴会，顾祝同亦参