海军按照新的战时编制进行大幅度的改组，其中为了保证海上护卫的连贯性，实现护卫指挥的一元化，日军建立了伴随船队进行护卫的护航运输制度，即第一海上护卫队（负责东南亚至日本本土的航线，隶属于西南方面舰队）和第二海上护卫队（负责南洋群岛至日本本土的航线，隶属于第四舰队）。然而海上护卫队仅有一些老旧的舰船和特设舰艇（即商船临时改造而来的舰船），缺乏对空、对潜装备，舰艇数量也不足，在面对盟军的破交作战时无力应对，护航运输队不断遭受惨重的损失。其后日军开始不断建造新式的海防舰，同时将航空部队编入护卫部队内，试图增强海上护