次侵扰阿尔泰地区，甚至爆发了科阿战争。面对此种风险，主政新疆的杨增新曾向中央建议将阿尔泰特别区归并于新疆，改区为道，统一管辖，然而北京政府并未同意该建议。因为阿尔泰特别区归中央统一管辖，故每月定额2万元当地军政费用均由中央政府直接拨发。所拨款项多为中国银行和交通银行发行的钞票。由于阿尔泰特别区地处边境，不仅距离遥远，且一路上交通并不便利，导致了所拨款项经常无法按期运抵阿尔泰。也因此，兵变时有发生。“阿尔泰通用银券”的前身“阿币”的发行，就是为了解决款项无法按期到达的问题。“阿币”由阿尔泰办事长官公署印制