U」型的「千禧学校」准则兴建，经过校方与政府多轮磋商，新校舍的设计改为中学与小学互通的建筑，礼堂可容纳人数由700人增至1200人，校方和办学团体须承担设计改动带来的额外开支。新校舍于2003年7月如期落成，并在同年9月1日起的新学年启用，时任校长杨宝坤伴随旧校舍退休，由李志华接任。同时因应中华基督教会基全小学上下午校分拆成两所全日制学校，下午校师生及校长均转到新註册成立的英华小学，称为小学「复校」。新的英华小学为独立于书院的学校，首任小学校长由基全小学下午校校长简燕玲担任。于1964年接收英华书院小学