理周恩来签署国务院令，宣布解散西藏噶厦政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏政府职权，并在西藏实施民主改革，废除政教合一的封建农奴制。1965年9月，西藏自治区第一届人民代表大会第一次会议在拉萨召开，西藏自治区人民政府正式成立，阿沛·阿旺晋美当选为西藏自治区人民委员会主席。中华人民共和国政府多次公开指责美国对这场骚乱负有重大责任。中华人民共和国政府认为，中华人民共和国成立之后，由于冷战的需要，美国中情局直接资助了第十四世达赖喇嘛的两个哥哥，也在1950至1959年之间，支持达赖喇嘛公开和中华人民共和国对抗