天坛祷雨，百官遂从，显卿以祭酒导驾前驱。十月，改任詹事府少詹事，充日讲官。万历十四年（1586年）五月，充《大明会典》纂修官。六月，升任詹事府詹事兼翰林院侍读学士，并掌院事。万历十五年（1587年）二月，《大明会典》终于编纂完成，负责官员张位、于慎行、徐显卿等各升俸一级，并得以封赠家人。
侍郎.万历十五年年底，礼部右侍郎于慎行转任左侍郎，徐显卿补其缺。万历十六年（1588年）八月，朝鲜陪臣韩准到京进贺表，朝廷按例赐宴，徐显卿奉命陪同。九月，神宗亲自查验陵寝建