就八六学潮问题与几位中央负责同志的谈话中，他与刘宾雁、王若望被邓小平点名，要求开除党籍。1987年1月13日，中共中央纪律检查委员会颁布了《关于共产党员必须严格遵守党章的通知》，提要将宣扬资产阶级自由化的党员清除出党，保持党组织的纯洁性。同一日，《安徽日报》在第一版上就中共中央和国务院决定改组中国科技大学的领导班子发表题为《反对资产阶级自由化的重大措施》的社论，并由人民日报转载，社论指出：“方励之身为共产党员，利用他的工作之便和地位、名望，到处游说，发表了一系列错误言论和文章，肆意散布资产阶级自由化思想