採用海军蓝之涂色，其涂装方式均与R20型大同小异；直到1978年铁路电气化后，本型车也将原本的海军蓝涂装改为橘色系至今。而在2009年，台铁也挑选R101号恢复成蓝色涂装，然而其车顶採用灰色涂法，与原本所使用的全海军蓝涂装并不相同；直到2010年，因应旧山线复驶活动，台铁挑选了另一辆R123号恢复成蓝色涂装，则大致遵循原厂时期的涂装方式。2019年R123号再度进厂检修，台铁也在这次检修后将涂装变更为海军蓝，并调整车号字体，此次变更也使得R123号成为台铁柴电机车中第一辆完全复旧为原厂原始深蓝色的柴电机车，