，1920年，他获政府奉委非官守太平局绅，1923年再获委任为槟城乔治市市政局非官守议员，一任14年，到1937年才告卸任。此后，他被委以多项公职，当中包括华民参事局员、华民护卫司辖下保良局首总理、国殇纪念基金委员会主席和槟城中央医院委员等。1924年，英国温布莱举办大英帝国博览会，负责代表槟城参展的邱善佑获委任为「马来亚-婆罗乃馆」委员，并在同年当选伦敦皇家文艺学会院士（F.R.S.A.）。1934年1月，邱善佑进一步获海崃殖民地总督金文泰爵士委任为立法局非官守议员，以填补林清渊辞职后遗下的槟城华人议席。