配到吉林省延吉市，正式成为了一名中国人民解放军空军的飞行员。1998年，进入中国人民解放军航天员大队，成为神舟计划的第一批航天员。在神舟九号、神舟十号、神舟十一号的飞行任务中，先后三次入选备份乘组，但最终均未能成功飞天。2014年，第一批航天员中的李庆龙、吴杰、陈全、潘占春、赵传东5人因年龄原因停航停训，退出航天员队伍，邓清明由此成为首批航天员中唯一未执行过飞天任务，又仍在现役，参加训练的航天员。2018年，获得中宣部授予的“时代楷模”荣誉称号。