本线沿线车站之一，也是所在地余市的主车站。在被俗称为「山线」的函馆本线此路段中，余市是上下车乘客量数一数二的主要车站之一，甚至有专门往返行驶于小樽与余市两站之间的区域班车。行政上，余市属于JR北海道本社（札幌总部）的直辖范围，是一直营车站。包括特急「北海」、急行「二世谷」（）与「雷电」（）等优等列车，皆有在本站停靠。