多学科上做出了突出的贡献。博洛尼亚大学开创了被称为“自然魔法”的教学，即是我们今天的实验科学。彼得罗·蓬波纳齐（）通过对自然科学的研究向传统的神学发出了挑战，而乌利塞·阿尔德罗万迪则奠定了自然科学的基础，同时他对药理学的发展也有重要的贡献，并对很多动物、化石和自然现象做了收集和分类。与此同时，博洛尼亚大学成为了代数学的研究中心，其中的代表人物有卡尔达诺和费罗。加斯帕雷·塔利亚科齐（）开始了整形外科最初的研究，使得博洛尼亚大学在十七世纪迎来了医学发展的黄金时期，马尔切洛·马尔比基开始利用显微镜进行人体解剖学的