改任民政部大臣，同年7月他任民政部改组民生部之后的民生部大臣。1940年（康德7年）5月，孙其昌被降职为参议府参议。其原因是他对满洲国的经济政策不满。他任该职务直至1942年（康德9年）9月。1945年（民国34年）8月满洲国灭亡，孙其昌离开沈阳隐居北平。中华人民共和国成立后的1951年2月，北京市公安局逮捕孙其昌。1954年，孙其昌被处决。享年70岁。