南巡抚蔡汝楠想同他一起献上白鹿，被拒。嘉靖四十年（1561年）调任浙江巡按，总结实行十段锦法的经验，在浙江首先推行里甲均平法，后行一条鞭法。隆庆初年（1567年）经理“九边”屯务，“凡诸色人等有能尽力垦种，悉免起科”。同年九月，庞尚鹏上疏力攻武英殿大学士郭朴，御史凌儒复言朴。最终致使郭朴致仕回籍。隆庆二年（1568年）庞尚鹏升任右佥都御史。隆庆三年（1569年）十二月，河东巡盐郜永春劾尚鹏行事乘违。明神宗即位，御史计坤亨等上疏言尚鹏无罪。万历四年（1576年）任福建巡抚，清廉自洁，《虚室行》诗云