罩式车体，车体上部自前向后由电气室、司机室、动力室、冷却室四部分组成。柴油机进气和电气装置的冷却空气均经过离心式空气滤清器，并将通过发电机的部分冷却空气导入到动力室内，从而使动力室内的空气压力保存为微正压，以减少灰尘进入车内。为了将轴重限制在与GP40-2型柴油机车相同的29.5吨以内，GP50型柴油机车采用了由较薄钢板焊接而成的高强度主车架中梁，降低了车体下部结构重量。为了符合美国联邦政府于1980年1月颁布生效、关于限制铁路沿线噪声的若干标准，GP50型柴油机车设有排气消声器和低噪音冷却风扇。机车走行部