宋军还未到岸，一行人还在海上。宋军水师在张世杰的指挥下进行顽抗，在崖门海域里与元朝军队交战，史称崖山战役，这场战役关系到南宋小朝廷的存亡。结果，宋军全军覆没。1279年3月19日，丞相陆秀夫见无法脱逃，便背着这位刚满8岁的赵昺跳海殉国，杨太后亦投海殉国，宋朝正式宣告灭亡。
崩后.深圳赤湾（现属南山区）有宋少帝陵，据说是少帝遗骸漂至赤湾附近，由僧人发现，从其身穿龙袍看出是宋少帝，于是把他葬于此。1984年，蛇口工业区和香港赵氏宗亲会出资，修葺并扩建了宋少帝陵（或称祥兴陵），现为深圳重