年9月正式招收初一年级4个班的新生；但由于用地出现问题，此计划被迫取消。此后亦曾尝试将广州市第三十四中学转制为民办学校，但因越秀区教育布局调整而告吹。2002年5月，二中决定在原清泉街小学校址开办广州市越秀区二中应元学校，并得到批准。由于该处原有的公办学校被改为收费高昂的民办学校，此举曾引发争议。同年8月，原校舍一期改造及维修工程完工；同年9月，学校正式启用，并招收了首批200余名学生。学校校舍二期工程亦在2003年8月完成。2011年9月，为解决学校学生人均面积不足的问题，学校租用了原广州市规划局