联独立之后有过改善。但是在亚美尼亚在纳戈尔诺-卡拉巴赫地区取得显着战果之后双边关系逐渐恶化。在苏俄时代之前，亚美尼亚对土耳其就怀有深层仇恨，这种敌意部分来自于亚美尼亚大屠杀。很多亚美尼亚人视阿塞拜疆人为“土耳其人”因为他们有民族血缘关系。土耳其总理苏莱曼·德米雷尔说他受到巨大民意压力要求土耳其进行干预援助阿塞拜疆。但是德米雷尔反对进行此类干预，说土耳其对战争的干涉只会挑起更大规模的穆斯林-基督教冲突（土耳其人绝大多数是穆斯林）。土耳其从未真正向阿塞拜疆输送战斗部队，但是却运送了大量军事援助和军事顾问。1