回任海安总督。明命十九年（1838年），阮公着带兵前往撞山剿除清朝海匪。次年（1839年），回京任兵部右参知兼左副都御史。明命二十一年（1840年），阮公着自请前往镇西城，被任命为镇西城赞理机务，协同范文典、阮进林前往南圻和柬埔寨，镇压当地人的反叛。绍治元年（1841年），阮公着配合张明讲攻破柬埔寨12处营垒，因此加军功一级。不久因黎文德生病回嘉定，阮公着充镇西参赞大臣。同年，镇西城官军撤往安江省，朝廷追究镇西将领责任，罢免阮公着所有官职。不久朝廷又命他与范文典、阮进林、阮知方一起，镇压了南圻的林森之乱