立后，卢旺达国内充满着胡图族和图西族之间的冲突。几年内，有十几万图西族人流亡到周边国家。
内战.许多流亡与乌干达的图西族，成立了卢旺达爱国阵线.1990年10月1日，卢旺达爱国阵线从乌干达根据地侵入卢旺达。对此，当时的朱韦纳尔·哈比亚利马纳军政府声称图西族企图再次奴役胡图族人，对图西族采取了种族灭绝的政策。战争持续了两年，1992年，政府军和卢旺达爱国阵线在坦桑尼亚的阿鲁沙签订了停火协议。
大屠杀.1994年4月6日，一辆飞机在首都基加利上空失事，机上人员