同年阴历三月廿九（4月30日）即位。即位后的3年时间里由父亲后宇多法皇开设院政。根据后宇多法皇的愿望，后醍醐天皇将哥哥后二条天皇的遗子邦良亲王立为皇太子；并将自己的儿子降为亲王，否定了其皇位继承权。这引起了后醍醐天皇的不满，和法皇发生了矛盾。这也引起了镰仓幕府的不满，最终元亨元年（1321年）后宇多法皇的院政被废止，后醍醐天皇亲政。失去法皇这一保护伞的邦良亲王后来也没能即位。
倒幕.虽然镰仓幕府在1274年和1281年两次成功抗击元朝的入侵，但受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致