至2019年4月，国家卫生健康委员会共有44家直属（管理）医院。其中，北京医院、北京协和医院、中日友好医院为国家卫生健康委直属并监管的医院。其余医院为国家卫生健康委员会管理的事业单位，委管医院预算由国家卫生健康委编列、机构编制事项报中央编办国家事业单位登记管理局备案；自2009年起，对这些医院的监管责任陆续下放到省级，由当地卫生部门属地化监管；上海市、广东省人民政府为其辖区内委属医院提供专项财政拨款。