分，至2009年已有约1.34平方公里土地划入澎湖南海玄武岩自然保留区，2014年成立澎湖南方四岛国家公园，而东吉屿的东边海域划归台江国家公园。
历史.东吉屿战略位置特殊，自古即为澎湖赴往台南的海运贸易的转运站，曾经繁华一时。日治时代分别在岛上南北两端兴建军营及灯塔，并派兵驻守，控制邻近海域。当地居民放牧羊群，从北方的山头俯眺，红瓦白墙的古厝衬托着青草及黑白相间的羊群，景色颇为怡人。东吉屿西北侧相距500公尺处为锄头屿，是一座无人岛。西方约4.5公里处有西吉屿，本岛涨潮时面积为