大军团交由丈夫费尔南多掌管、压制，解除了贵族的军事威胁。她对于牧羊业老板所组的「马士达」公会则较为纵容，因为政府的税收主要来自牧羊业，这种情形一直持续到新大陆的财富大量输入西班牙之前。
1492年.1492年1月2日，伊莎贝和费尔南多的军队攻下了统治伊比利亚半岛南部七个世纪的摩尔人的最后一个重镇格拉纳达，完成在伊比利亚半岛基督教势力对伊斯兰势力数个世纪的征战收复失地运动。同年，在对克里斯托弗·哥伦布向西航海去印度的计划三次拒绝之后，伊莎贝终于同意资助哥伦布的探险。由于财政吃紧，