用人皆由干隆躬亲指教，嘉庆帝朝夕敬聆训听；宫中仍用“干隆”年号，中国第一历史档案馆藏《万岁爷进药底簿》封皮上书“干隆六十四年”。嘉庆四年正月初三日（1799年2月7日），干隆太上皇驾崩于北京紫禁城养心殿内，享寿八十八岁，结束了长达六十三年又四个月的统治。庙号清高宗，谥号纯皇帝。死后与二位皇后三位皇贵妃合葬于清裕陵。
身后之事.嘉庆四年二月二十一日，总管张进喜传旨交如意馆绘画太上皇帝圣容一轴，大边上花纹按照安佑宫供奉的圣祖和世宗圣容挂轴上的大边花纹式样绘画。圆明园四十景之鸿慈永祜的主