2001年5月31日举行全民公决，通过了含有独立条款的新宪法。2002年5月3日埃加勒逝世后，由副总统达希尔·雷亚莱·卡欣宣誓就任为代总统，后于2003年的第一次索马利兰全民直选总统中当选为总统。2006年伊斯兰法院联盟和埃塞俄比亚支持的索马里过渡联邦政府爆发索马利亚战事，虽部分战事有在索马利兰领土内但并没有直接影响。但自从宣佈独立以后，索马利兰与相邻的索马利亚东北部的邦特兰自治政府有领土纠纷。双方都声称对原索马里的萨纳格和苏尔两州拥有管辖权。邦特兰领导人阿卜杜拉希·优素福·艾哈迈德上校多次率部