但在石山本愿寺以及近江国朝仓氏、浅井氏等军势反扑后，信长军终于撤退，摄津、河内、和泉等三国都回到三好家势力下。但之后信长与这些势力取得和睦后，又退回阿波。
阿波的统治.元亀3年（1572年）由于与篠原长房不和，长治与异父兄守护细川真之共同进攻篠原长房，并将之攻灭（上樱城之战）。此外，弟弟十河存保为了复兴三好家，并对于长治的暴政提出谏言（根据记载，长治对于政治不甚关心，喜好猎鹰且耽于逸乐），于是警告长治赞岐国的香川之景及香西佳清有谋反的迹象，但长治忽视存保的警告，反而率兵3,000人