办公室辖下的部门，负责政府总部的运作、与廉政公署及申诉专员公署的联络、政府与立法会的联系、与外国驻港领事的联络、礼宾、政府档案及太平绅士计划等，过去的添马舰发展计划的统畴工作亦是由行政署负责。政府总部决策局于2007年7月1日重组，原由行政署负责的法律援助及可持续发展政策，分别由民政事务局及环境局接管负责。
争议事件.
避「中港关系」用词.2015年2月17日，署方向各部门发出《用词正确》的内部通告，要求在所有公文及通讯採用通告内的用语，使用涉及内地与