教排第二，由于几个世纪以来的神佛习合，许多人同时信奉神道与佛教。基督宗教天主教会的传教士在1549年进入日本，至17世纪初大约有75万名教徒。然而后来德川幕府中后期实行禁教政策，并迫害日本信徒及传道师，直到19世纪后期，美军强制日本开放贸易与外交的黑船来航事件以后，传教活动才再次兴盛于日本，现在日本经过正式受洗的基督宗教教徒不超过总人口的1%，但因其常佔有较高社经地位，故社会影响力远大于1%，其中最大的宗派为日本基督教会（新日基、新日キ）。伊斯兰教在20世纪初期从奥斯曼帝国传入日本，目前日本的穆斯林