丰富的德军在数量及技术上佔优势，马林诺夫茨基便领败兵沿着黑海岸边逃跑，德军试图包围消灭马林诺夫茨基军却失败，最后德军终于在尼古拉耶夫成功包围住红军，却被勐烈突围的马林诺夫茨基军再次突破包围转进到第聂伯罗彼得罗夫斯克地区驻防。 8月，他被派往溃不成军的红军第6军担任参谋长，很快他便昇为军长，他成功阻挡德军在前线凌厉攻势，并因此战功升为中将，之后大部队红军撤退到顿巴斯， 马林诺夫茨基带领红军第6军、红军第12军加入防御战，再次击退德军离开防区；1941年12月他被上级任命为苏联南方集团军群司令员(元帅职缺)