设总旗二，小旗十，大小联比成军 ，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事调发从征，无事则还归卫所。此法的实行，须有一套能保障军队数目的户籍制度配合，来维持卫所制的运行。明代的卫所兵制，实乃吸取中国历史屯田经验，参照唐朝“府兵制”创建的，一种“寓兵于农”，守屯结合的建军制度。明太祖夸口说：“吾养兵百万，不费百姓一粒米。”军户即户籍种类属军籍之户，初期的来源有二，一是元代原本的军户，二是现役军人之户，这在洪武二十一年（1388年）黄册编造之后更加以确立。