普世牧首管辖的都主教区，相对来说历史较短。普世牧首派遣的都主教通常都是希腊人（东罗马的主体民族）。都主教驻地最早是在基辅---罗斯的首都。十三世纪末尾，在蒙古人的铁蹄下，基辅失去了其政治、经济、文化中心的地位。都主教马克西姆将基辅教会主教座移驻至弗拉基米尔。他的继任者，都主教彼得于1325年将基辅主教座驻地搬迁至莫斯科。在蒙古入侵时期，正教会为罗斯的存亡做出了极大的贡献。蒙古人除了因政治因素杀害了一些人以外，大致上容忍了正教会的运作，甚至还免除了教会一定的税务。许多正教圣人在这一时期出现了，比如圣谢尔盖