致力主持台湾历史的纪录与史料整理。在他担任国史馆馆长期间(2000-2008)，该馆出版了许多过去国史馆一向忽略的台湾相关作品，例如系列出版《台湾民主运动史料汇编》、《台湾主权论述》、《二二八事件史料汇编(1-18)》、《雷震案史料汇编》(4册)、《二二八事件辞典》、《台湾劳工运动史料汇编》、《原住民族运动史料汇编》(2册)、《战后台湾政治案件案史料汇编》(13册)、《民主崛起—1980年代台湾民主运动访谈录》(2册)···。同时他也主持国家卸任元首与副元首相关史料之纪录与整理，例如蒋介石的大溪档案及蒋经国