极单简的动物，慢慢变成复杂的动物，以至于猩猩，更进而成人”。“依进化的道理推测起来，人是由动物进化而成，既成人形，当从人形更进化而人于神圣。是故欲造成人格，必当消灭兽性，发生神性还有人性，那么才算是人类进步到了极点。”在政治上，主张政教分离、宗教自由。宫崎滔天所着《孙逸仙传》记载了孙自己对基督教的态度转变的回顾：“余于耶稣教之信心，随研究科学而薄弱。余在香港医学校时，颇感耶稣教之不合伦理，固不安于心，遂至翻阅哲学书籍。当时余之所信，大倾于进化论。”1924年，时值全国非基督教运动高涨，孙也曾在《九七国耻