长期留在京师，却有五年不给太子指派讲官，使得朝野议论纷纷。万历四十年（1612年）南京各道御史上疏：“台省空虚，诸务废堕，上深居二十余年，未尝一接见大臣，天下将有陆沉之忧。” 而叶向高说：“不奉天颜久，而福王一日两见。”。在群臣敦请下，万历只得同意福王就藩，前往洛阳，但又提出必须让福王庄田达到四万亩，才允许福王就藩。叶向高直言“田四万顷，必不能足，之国且无日，明旨又不信于天下矣。”并举世宗不立太子，致使神宗的父亲穆宗朱载坖和景王互相猜疑的事例加以劝说。正在神宗未决之时，发生了锦衣卫百户王曰干告郑贵妃内侍