他有机分子上（如：色素、气味分子或费洛蒙）。在一般成长，发育以及繁殖的阶段，就有初级代谢产物的参与。工业中被大量制造的乙烯，就是初级代谢产物中的一种。而次级代谢产物则不会接参与那些过程，但它们在生理功能上具有重要的意义。它们囊括了抗生素和色素，像是树脂和松烯。放线菌素就是一种次级代谢产物，它们是从一级代谢产物的色胺酸转变而来的，但不是所有的抗生素都会把一级代谢产物当前体来使用。在代谢途径中，醣类中的葡萄糖和果糖就属于代谢产物。分子生物工业中生产的初级代谢产的例子来自一处的酶化学反应的输出成为另一些化