真正使侯孝贤在国际上享有一定知名度的是台湾三部曲（或称悲情三部曲《悲情城市》、《戏梦人生》与《好男好女》)，确立了台湾电影大师的地位。其中《悲情城市》是第一部获得威尼斯影展金狮奖的台湾电影。而《戏梦人生》则获得坎城影展评审团奖。侯孝贤担纲监制的《大红灯笼高高挂》也曾入围奥斯卡最佳外语片奖。《海上花》（1998）以19世纪末的旧上海为背景。2001年，侯孝贤执导了一部纪念日本导演小津安二郎100年诞辰的日语电影《珈琲时光》。2005年，侯孝贤执导电影《最好的时光》，该片讲述了三个时间段（1966、1911、