癌。隔年11月23日凌晨3时，杨日松疑因大肠癌于台北国泰医院病逝，享寿八十四岁。
褒扬令.时任中华民国总统马英九于2011年12月6日明令褒扬内政部警政署刑事警察局法医室前主任杨日松，褒扬令全文为：另外白色恐怖时期之林义雄林宅血案与陈文成命案还有瑠公圳分尸案也是由杨日松博士验尸