改由弗朗茨二世的兄弟托斯卡纳大公斐迪南三世管辖，并获得选帝侯资格。1805年奥地利人在奥斯特里茨战役中失利后，奥地利的蒂罗尔州被割让给巴伐利亚，作为交换，萨尔茨堡和贝希特斯加登则划归了奥地利。1810年萨尔茨堡再次易主成为巴伐利亚的一部分，1816年维也纳会议后萨尔茨堡归还奥地利，而贝希特斯加登则继续归属巴伐利亚，这个局面一直延续到了今天。1850年萨尔茨堡脱离林茨的管辖获得自治权，1919年举行了第一次民主选举。
纳粹德国时期和第二次世界大战.在纳粹德国的统治下，1938年4月3