一些知名高校，为了获得更多新的国家重点学科，并确保已有的国家重点学科不在下一轮评选中被撤销，往往会在相关学科加大扶持力度，且与其他高校开展激烈竞争。这在一定程度上促进了中国大陆地区高校科学研究水平的上升。由于第二轮国家重点学科出现了明显的两极分化（北京大学、清华大学等极少数着名高校获得了大量的国家重点学科，而绝大部分普通高校只获得寥寥几个甚至没有）。一些学者认为，今后的国家重点学科将越来越向少数着名高校聚集。另外，2000年前后中国大陆地区众多高校进行了合并，其中一些单个实力较弱的高校在合并后，第二