北韩后，裴哲成为朝鲜劳动党员，并被委任为联络部长。韩战期间，他又被指派为朝鲜党中央敌后游击指导处指导处长，负责带领在智异山的游击队。1951年6月底，裴哲派遣部分朝鲜干部战士编入中朝联军游击支队。然而，在战争结束不久后，国内派领袖李承烨被时任最高领导人金日成指控为颠覆政府的间谍，裴哲也被卷入其中。1953年，他因而被处决。