锌指核酸酶（），是人工改造的限制酶，通过融合锌指结构的结合DNA结构域和分解DNA结构域而成。可通过基因工程改造锌指结构域使锌指核酸酶针对复杂基因组里的特定DNA顺序。借助内源DNA的修复机制，锌指核酸酶可以精确改变高等动物的基因组。类似的技术还有类转录活化因子核酸酶。
结构域.锌指核酸酶是一种特定于位点的核酸限制内切酶功能：设计在特定的位置来结合并分解DNA，含有两个蛋白质结构域。第一个结构域是DNA结合结构域，其由真核转录因子并包含锌指所构成；第二个结构域是核酸酶结构域