东吴设司盐都尉。东晋咸和六年（331年），晋成帝分南海郡地设东官郡，兼置宝安县，为宝安立县之始。隋朝时改为南海郡辖。唐朝至德二年（757年），废宝安县，合归东莞县辖，隶属广州，于南头设屯门军镇。南汉（大越国）时置媚川都採珍珠，属兴王府。南宋灭亡后，相传宋帝昺投海死后，遗骸漂流至赤湾，葬于南山脚之下，今有深圳南山宋少帝陵。明朝统一全国，于南头卫城、大鹏所城二地设立卫所并筑城，负责防卫广东沿岸海上防务隶属广州，南头城遂有「全广门户」之称。深圳在明朝初年属东莞县，明正德十六年（1521年），葡萄牙人入侵南头城