六垛南闸，以防潮御卤。高良涧至淮安段总渠为淮河上中游与京杭运河航运纽带，也是淮（淮南）申（上海）煤运航线和南水北调东线输水干渠重要组成部分，下游阜坎船闸为通（南通）榆（赣榆）航线所必经。
附加建筑.沿总渠在渠首和渠尾分别建有高良涧进水闸和六垛挡潮闸，在与京杭大运河交汇处楚州城南建有运东分水闸，在阜宁建有腰闸，高良涧、运东、阜宁三闸均建有水电站。沿苏北灌溉总渠两岸，共建有灌排涵洞36座、渠北排涝闸2座。在苏北灌溉总渠的渠首（洪泽湖），与洪泽湖另一条出海通道二河之间，还建有高良