包庇，因而得罪宦官邓希诏，先后两次遭构陷，入狱长达廿八月。南明弘光帝授之为绍兴府知府，擢副都御史，王忠孝推辞不受。隆武帝朱聿键授王忠孝兵部左侍郎，后辞。永历帝授之为兵部右侍郎兼太常寺卿，再次辞而不受。
郑氏王朝时期.国姓爷郑成功起兵后，王忠孝投奔东都（后改称东宁，今台湾台南），后王忠孝在厦门帮助郑成功之子郑经。永历十八年（1664年）四月王忠孝随郑经到东宁，宿陈永华旧寓。永历十九年（1665年）冬末病，永历二十年四月廿八日（1666年5月31日）在东宁病逝，享年74岁。后归葬故