阿耶波多陨石坑几乎完全被静海盆地中的熔岩淹没，只有东半侧一段类似弧形山嵴的残壁突出在月海表面，其余部分边缘及坑底均已被熔岩填平。该残壁最大高出周边地形810米，内部容积约297立方千米。在1979年被国际天文学联合会正式命名前，该陨坑曾被称作卫星坑马斯基林 E（所谓的卫星坑标记法：以所靠近的主坑名+字母来命名）。