众攻击加礼山、鹅公髻、一百端、长坪头、大窝、大平等地警察分驻所，并杀害其中日籍人士；后来，他又率众攻入北埔支厅，将支厅长渡边龟作等警员及其家眷杀害（一说群众由北埔人何麦荣及赛夏族人共150余人组成，且蔡清琳始终未参与攻击行动）。不久，有关消息传到台湾总督府，当局立即自台中、新竹各地调派兵力前往镇压。蔡清琳所率群众久未等及清军出现支援，且一旦遇上镇压部队就溃败逃离；蔡清琳因而逃遁至当地山区，并藏身于大打禄之处。但是，发觉受骗的愤怒群众仍将蔡清琳寻获，并在暴乱中将其杀死，随后将其尸首呈献当局并表示投降。