採明挖覆盖工法于东侧施作永久隧道，即与1993年版本相同。东侧施作需征收之土地中，私有地占21%，拆迁户计407户。是一个长约8公里，宽7至30米的狭长土地；而地下构造完工后，地面腾出的空地将作通风井、逃生口以及公园道供民众通行。2013年3月，台南市政府评估各方案施工安全、可行性、文化资产保存与经济效益后，决议续採行政院核定案推动铁路地下化。
施工进度.
铁路地下化工程.台南都会区铁路地下捷运化工程分成三个阶段：
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