恩主导多项「创新教学」与「学习诊断」研究计画，与大学、中小学教师密切合作，以实际行动投入教育改革运动，期望能在教育人力品质的提昇上提供参考脉络。在大学高等教育的革新上，身为创所所长，柯志恩为淡江大学教育心理与谘商研究所奠定良好基石，在其任内多次被《远见杂志》评鑑为心里类别前十大最佳研究所。自2009年起担任淡江大学学务长，秉其创新理念将学务工作带至全新境界，于2015年获颁北区学务工作特别贡献奖，并连续六年被遴选为全国学务中心工作委员，掌握全国最新学务工作趋势，对全国学务决策也深具影响力。2016年