公署与台湾省政府交通处之下，成为台湾省的省营事业机构之一。1998年精省后，基隆港务局连同其他3个台湾省营的港务局改隶中华民国交通部管辖。为了强化台湾港口的竞争力，中华民国交通部实施「政企分离」的航港体制改革，将原由港务局统一掌管的港埠经营、与航务之政府管理事务，分由国营的台湾港务公司、以及交通部航港局来施行。依此措施，基隆港务局在2012年3月1日改制为「台湾港务股份有限公司基隆港务分公司」。基隆港务分公司除了港埠的经营外，亦从事港区联外公路的兴建，如基隆港西岸、东岸联外道路，以及已停用的西岸高架