时遭大火全毁，并在之后奉二条院之敕重建。天正时代间因兵乱（三木合战，1578年）又遭到火焚，整个伽蓝全燬。庆安3年（1650年）时，在当时姬路城城主本多忠政的援助之下，重建了伽蓝。之后江户幕府第三代将军德川家光将酒见寺定为「朱印寺」，此后历代将军皆继续赐状授地。酒见寺可以说自开基将来便一直受到历代天皇、幕府与藩主丰厚的保护与重视。