崇祯元年（1628年），接替仇时古出任松江府知府，任内捕杀盗贼、筑造海堤、救荒助役、修学课士，政绩卓着。薛国观被罢官后，其亲信王陛彦素来与方岳贡不合，便诬陷方岳贡贿赂国观三千金。方岳贡因此下狱，士民争相为其喊冤，巡抚黄希也亲自为其辩解。最终经过蒋德璟在崇祯帝面前提及，得以平反复官。不久，升任山东按察使司副使兼右参议，总理江南粮储，监督漕粮按时抵达通州，崇祯帝大喜，召见赐食，破格提拔爲左副都御史。随即兼任东阁大学士。次年，即崇祯十七年（1644年）二月，命以户、兵二部尚书兼文渊阁大学士总督漕运、屯田、