间更错失参与北京奥运的资格，施幸余陷入了一段长时间的低潮期，身边还有不少人不断劝她重投学业或放弃游泳。直到2009年世界游泳锦标赛，她才终于突破瓶颈，再次刷新其100米蝶泳的个人最佳时间，并将纪录完成在1分钟内。2009年11月，施幸余代表香港参加在越南举行的第三届亚洲室内运动会，在个人和接力项目共夺得3金4银1铜，其中更在女子50米蝶泳比赛以26秒61刷新香港的短池纪录。年底，她又在香港主场出战东亚运动会游泳比赛，先与韦汉娜、江忞懿及欧铠淳合作，以8分04秒86摘得女子4×200米自由泳接力银牌兼打破