逼依沿海一带南逃。宋端宗景炎二年及三年（1277年及1278年），宋帝昰与国舅杨亮节等曾两度逗留于大屿山，曾于梅蔚（今梅窝）及东涌等地稍作停留。及后在元军穷追不舍下，杨亮节和一队部队与元军一次交战中战死，为纪念杨亮节的忠勇事蹟，故后来大屿山一带建有多座杨侯古庙（或侯王宫，大澳、东涌等地建有）。景炎三年三月，端宗于大屿山北岸一带病逝，宋帝昺继位，其后才逃至新会。
明、清时期.明朝时期，大屿山的石壁、大澳、沙螺湾、东西涌等地方已有村落渐渐形成。正德年间，佛朗机（今葡萄牙）人滋扰屯门地区