三年红色恐怖统治和“红色高棉大屠杀”，直至1979年初越南入侵进而全面占领而迅速终止。1979年，柬越战争爆发，在反柬共统治的柬埔寨救国民族团结阵线（KUFNS）和越南军队的联合入侵下，丧失了大多数领土，屠杀停止并被公布于众。1979年1月7日，越南人民军攻克金边，并扶植成立一个亲越亲苏联的傀儡政权柬埔寨人民共和国，民主柬埔寨于西部丛林继续苟延残喘直到联合国託管。不过实际上除了苏联和亲苏联的国家之外，包括中美等联合国成员国多数国家不承认“柬埔寨人民共和国”的合法性，民主柬埔寨因而持续在联合国代表柬埔寨。