要被看作是需要杂交阵列的ChIP-on-Chip的替代品。 这必然会引入一些偏差，因为一个阵列仅限于有固定数量的探针。相反，尽管不同测序技术的测序偏差尚未完全了解，测序被认为偏差较小。与转录因子和其他蛋白质直接物理相互作用的特定DNA位点可通过染色质免疫沉淀被分离出来。 ChIP产生在活体内In vivo兴趣蛋白质结合的目标DNA位点文库。 大规模平行序列分析与全基因组序列数据库结合使用来分析任何蛋白质与DNA的相互作用模式或任何表观遗传染色质修饰的模式。 这可以应用于一系列ChIP蛋白和修饰，如转录因