2008年起增加高雄往返小琉球航班蝴蝶公主号，每周六、日有固定航班往返。民生物资、水源亦由东港补给。小琉球的交通船班非常密集，且航行时间短，至多二十余分钟，可以大量输送游客与物资，相较绿岛兰屿，小琉球几乎不会有交通多日中断发生物资缺乏的情形。对比绿岛兰屿因距离远风浪大会使多数人晕船减损游兴，单程小琉球船班亦难见到有人呕吐，这也使小琉球的交通相形更具优势。另岛屿上也有高雄客运601线环岛接驳公车，绝大部分登岛旅客以租用岛上汽车或机车为主，亦常见旅客自行携带机车搭船前往。。