卓翔在中国国家队主场和巴勒斯坦队的比赛中以首发球员的身份第一次代表国家队出场。2009年11月22日在杭州黄龙体育场进行的亚洲杯预选赛中国对黎巴嫩的比赛中踢满全场。这场比赛，是邓卓翔参加的第一场国际正式A级赛事，也是第一次在正式比赛首发，在比赛中助攻杜威打进全场唯一入球，最终帮助球队1-0战胜对手。2010年2月10日，在日本东京味之素球场进行的2010年东亚足球锦标赛中，邓卓翔与曲波配合连过韩国多名后卫后打进一球，帮助中国队以3比0战胜了韩国国家队，结束自1978年以来32年逢韩不胜的「恐韩症」，