所也一度遭到佔领。明治维新后，1868年新政府将生野代官所改设为府中裁判所，随后一度被併入久美滨县，但在1869年又再设立生野县负责管辖原本生野代官所的管辖范围；直到1871年的第一次府县整併中生野县被废除，辖区依所在地区分别被併入丰冈县、姬路县、北条县。在1876年的第二次府县整併后，原本生野代官所的辖区则分别隶属现在的兵库县及冈山县。