30年以来首次失去了国会参众两院的控制权。但肯尼迪的表现却依然不错，由于马萨诸塞州的国会众议员将出任波士顿市长，在国会中留出了一个空缺，经过努力，肯尼迪在竞选中获得了胜利。
1946－1952年，众议员.1947年1月，肯尼迪到华府上任。当时恰逢民主党经济状况发生重大变化、全国上下开始担心共产主义威胁的时候，而且哈里·杜鲁门总统当时也受到了勐烈的抨击。在众议院，他反对塔夫托-哈特利劳工法（即哈特利提案），发起国家退伍军人住房会议。1948年及1950年他再次当选众议员。此间，他