后，奥尔德林在南内华达州的奈利斯空军基地教授航空射击学，后来又担任美国空军学院教导主任的副手。离开教学任务后，奥尔德林在德国庇特伯格作为指挥飞行F-100“超级军刀”战机的训练教官。奥尔德林停止服役后，1963年在麻省理工学院获得自然科学博士学位（太空工程），他的毕业论文题目是「载人轨道会合的导航指引」（）。从麻省理工学院毕业后，他回到了空军，被指派在位于洛杉矶，空军航天系统师的双子座计划办公室服役，后来又到位于美国空军试飞员学校的爱德华空军基地服役。1972年3月，奥尔德林在服役21年后正式从空军退役