随着西学的传入，科学精神与实学风尚也开始流行。明末之际，伴随着朝代的更替与异族的入主，哲学家开始更多的思考现实问题与政治改良，如王船山、黄梨洲、顾亭林等。而明代晚期书院的兴盛，冲击官学的地位。许多知识分子利用在书院讲学之际借机批评时政，例如曾讲学于东林书院的顾宪成及高攀龙，就常讽刺时政，也使东林书院成为与当权派对抗的中心，进而造成东林党争。当时学者也会借用寺庙周边的空地举行「讲会」，倡导新的思想价值与人生观。以顾炎武、黄宗羲、王夫之并为明末清初三大儒。顾炎武提倡「经学即理学」，提出以「实学」代替宋明