并命令兵部恢复施琅的水师提督官位，并加宫保官衔，前往福建。1682年（康熙21年，永历36年）10月28日，施琅收到康熙交付专征之责的谕旨。1683年（康熙22年，永历37年）6月14日，施琅与水师在铜山誓师，统领3万多人，战船300多艘，直驶澎湖，为澎湖海战的起始。
清代.1727年（雍正5年）时，应闽浙总督高其倬之请，将原隶属于台湾县之澎湖设立澎湖厅，转为隶属于福建省台湾府管辖。1887年（光绪13年）时，台湾建省，于台湾中部新设台湾府（中路），原台湾府（南路）改称台南府，澎湖