职由滕代远接任；1940年改由王若飞担任。1941年，叶剑英回到陕北，随后担任军委总参谋长兼第18集团军参谋长。1945年8月23日，中共七大会后的中央政治局扩大会议决定组成新的中央军委，中央军委副主席彭德怀兼任总参谋长，叶剑英为副参谋长。整个第二次国共内战期间，只设有军委总参谋长（先后由彭德怀、周恩来担任）和军委作战部，并无总参谋部的名义。1947年6月，出现了中国人民解放军总部或总司令部的名义，但一直没有以总参谋部的名义出现。第二次国共内战爆发后，胡宗南率部进攻陕北，彭德怀任西北野战军司令员兼政委，