地下还有JR东日本 - 东京地下铁之间的连络剪票口。该连络剪票口未设自动转乘精算机，因此需要精算或是区间变更时须前往一旁的窗口由站员协助。另外，连络剪票口的自动验票闸门为JR东日本样式，窗口业务由东京地下铁职员执行。当JR线南邻的日暮里站所停靠的常磐快速线发生运输障碍时，若是与本站的东京地下铁千代田线（常磐缓行线直通）实施，尖峰时刻时会开放转乘剪票口因应。东北本线高架桥附近的入口虽可前往JR东日本、东京地下铁双方的站区，但该入口并没有东京地下铁的标志。
JR东日本.JR车站为