统蒋介石则召见孙并下达三项指示：返奈及利亚完成合约，完成自己的工作、正值动乱不要管，合同期满赶紧回来。不过因在台母亲病重，于1967年辞职返台。
交通部长与经济部长.1967年底，以技术官僚身份受中华民国政府高层重视的孙运璇在严家淦内阁中，担任交通部长。孙上任后，首先推行农村「村村有道路」的政策，此后交通部在全国广建道路，奠立了台湾汽车交通的基础。而此时正值十大建设之规划期，孙运璇也负责十大建设之中，北回铁路、桃园中正国际机场（现台湾桃园国际机场）、台中港、苏澳港、铁路电气化、南北