同时，获封从五位下主计头一职。1586年参加九州征伐。统一九州后，1587年（天正15年）取代施政失败的佐佐成政，1588年与小西行长受封新领地，两人各分得半个肥后国，清正获得肥后北半国19万5,000石、入主隈本城、天正19年（1591年）大规模改修熊本城作为居城。。清正在肥后国治绩良好，利用生麦特产品化进行南蛮贸易。除了商业政策外，在治水方面亦获得佳绩。天正17年（1589年）、小西行长所领的肥后南半国发生天草一揆、经小西行长说服无效，于是出兵强行镇压。
入侵朝鲜.1592年