政府在1981年时发行了有关芬莱的纪念邮票。在巴拿马城海湾前（他在运河之旁创造了可能），也矗立着一座芬莱的塑像。联合国教科文组织还颁发“卡洛斯·芬莱微生物奖”以纪念他。
荣誉.芬莱是哈瓦那皇家科学学会的成员。他能流利地使用法语、德语、西班牙语及英语，还能读懂拉丁文。他兴趣广泛，写了各种各样学科不同的文章，比如麻风、霍乱、重力以及植物疾病。然而，他的主要兴趣仍是黄热病，他也是有关这种疾病的四十篇文章的作者。他认为中间宿主是疾病的肇因，这个理论被人嘲笑了许多年。他是一位仁爱者，常常接诊