春初，回到北京复命，上《考察南洋各岛华侨商务折》。杨寿枏随即补工务司员外郎兼公司注册局总办、商标局会办。杨寿枏受到农工商部堂官器重，当时清政府推行“奖励工艺”政策时颁订的《奖励公司章程》、《办理实业爵赏章程》等多为杨寿枏拟定。宣统元年（1909年），载泽任度支部尚书，设立财政清理处，杨寿枏任度支部丞参兼财政清理处总办。任内，杨寿枏派监理官分别驻各省监督财政，并要求各省上呈财政报告以作编制全国预决算的依据，还拟出了六年内清理全国财政办法草案以及分年办理的程序。杨寿枏采用欧美各国办法，并参考中国过去的办法，