寂后，寻找第九世班禅额尔德尼的转世灵童的过程也出现了争议。班禅堪布会议厅于1941年指认贡布慈丹为班禅转世灵童之一，但拉萨噶厦对此一直不予承认，并在拉萨另外指认了两名转世灵童。经过诸多过程，最后在1949年6月3日，李宗仁颁布文书，确认贡布慈丹为第十世班禅额尔德尼。