前往北京，担任袁世凯总统府高等顾问。二次革命时离开北京，前往上海居住。1916年袁世凯称帝时，刘仲文通电全国表示反对。护法运动时，他赴襄阳策动襄郧镇守使黎天才率部独立，反对段祺瑞政府。1918年初，豫鄂陕三省联军总司令部成立，刘仲文任总参谋长。后因不敌吴佩孚与吴庆桐的部队，而退出襄阳。1919年底因肺病加重，回到上海就医。1920年4月12日在上海病逝，终年40岁。1922年，总统黎元洪追赠刘仲文为陆军上将。1928年10月21日，湖北省政府将其公葬于武昌卓刀泉伏虎山御泉寺后山之阴，碑上刻“首义元勋刘仲