不清楚真菌病毒在宿主细胞内的移动是主动或被动的过程，但一般认为它是随细胞内的原生质流流动，可以随之流到新生成的菌丝中 。许多研究观察到真菌病毒的颗粒在孔（septal pores）的附近出现，这些颗粒有可能可以随着原生质流穿透隔膜孔而在细胞间移动，不受伏鲁宁体的阻挡。真菌病毒与其他病毒基因组最大的差别，便是它们缺乏编码用以在细胞间移动的蛋白之基因，真菌病毒可能只在原生质内移动，只有在宿主细胞分裂或行时才被动地转移到其他细胞中。真菌病毒可以在宿主的有性孢子、无性孢子、甚至中出现，其中以无性孢子传播的效率较