作为「台湾神社台南御遗迹所」（根据1907年《台南及安平市街图》，台南的北白川宫御遗迹所也标有台湾神社的名称），并配置两名神职人员常驻。同年2月26日举行御遗迹所工事竣工奉告祭。据1901年5月30日《台湾日日新报》汉文版的报导，御遗迹所工程原来准备进口厦门杉木，但因经费过高改用阿里山木，但经费还是超出500圆，因此包办本项工程的日本人关善次郎自己出钱弥补差额，并选派台南县殖产课员及嘉义办务署三课员初型採办，并召用日本本土木匠二名，并预定1901年8月中完工。扩建后神殿在原北白川宫亲王寝殿南侧建有灵门、