团战士不及撤退遭俘，刘于舰上痛哭不已。1949年夏，52军参加了上海战役，于月浦之战和解放军进行激战。刘玉章后来撤退到舟山。1950年撤至台湾。刘玉章抵台后，1953年任中部防守区司令官，1954年在黄埔官校同期同学胡琏之后，出任金防部司令官，经历九三砲战，依砲战战训，领导金门挖山洞、掘战壕、凿地道，积极建筑防御工事；并开辟太武山登山公路。地下化的金门，对后来八二三砲战起了作用。1957年转任陆军副总司令，次年就任预备部队训练司令，于台湾八七水灾后，领导部队救灾。1959年12月并赴美国参谋大学特别班