家督。天正7年（1579年）南条氏背叛织田氏，天正8年（1580年）吉川元春进攻伯耆的时候与兄元续在八桥城之战败退，后来与吉川氏战斗，在岩仓城之战有活跃的表现，天正10年（1582年）羽衣石城陷落的时候在岩仓城守备的元清和元续都一起逃亡。天正19年（1591年）元续死去，南条元忠成为新任家督，后来在打吹城暂住处理政务（后来打吹城又叫「小鸭丸」）。出兵朝鲜的时候代替年幼的元忠出阵，率领1500人往朝鲜国。1600年关原之战属于西军的小西行长（这时恢复姓名为南条元清），战后成为加藤清正的家臣，剃髪并改名为小鸭元