前重要幕僚孙明贤涉嫌违反《两岸关系条例》将台湾精致农业技术输出中国大陆卖钱，其中多项涉及生物育种及表列禁止投资项目，包含稻米、蔬菜等。
被指涉入李全教贿选案.台南市长赖清德、立委段宜康等指控朱立伦的岳父高育仁、立法院长王金平、周五六、李和顺等于2014年底在幕后操盘贿选，在台南市议长选举期间都曾在台南替李全教请託相关议员。高育仁姪女高瑞贞随被李全教安排担任机要秘书。