俘虏时仍怒不可遏。勃兰特遭盖世太保逮捕并判刑后本该送往基尔处决，但在亲卫队全国领袖海因里希·希姆莱与亚伯特·史佩尔等人的极力干涉与卡尔·邓尼茨的直接赦免令下才得以逃过一劫。
审判与处决.第二次世界大战结束后，勃兰特与其他22位纳粹德国医疗从业人员因涉入纳粹人体实验与其他反人道罪行而于德国纽伦堡接受美军军事法庭审判。该场审判的正式名称为《美利坚合众国诉卡尔·勃兰特等人案》（United States of America v. Karl Brandt, et al.），一般通称为「医