森额尔德尼受比丘戒，修习密宗戒律。八岁，奉旨到热河觐见干隆帝。十三岁干隆驾崩，入京吊唁，觐见嘉庆帝。十四岁入藏学法，谒见达赖喇嘛。1806年受大戒。到北京觐见嘉庆，多次受到赏赐。1819年，为管理京都都喇嘛班第扎萨克达喇嘛，办理一切黄教事务，来往在北京嵩祝寺和多伦汇宗寺之间。1828年，道光帝赐他银质镀金大国师印和诰命。1834年，获得金制大国师印和金花。1846年，在嵩祝寺庆六十诞辰，道光亲书福寿二字还赐白玉如意。奉旨管理善因寺汇宗寺和康熙五十三年到雍正九年所建的所有寺庙。同年六月，入寂，道光帝命龛座供奉