上车用现金补票需要付额外的附加费用。车票价格在$2.25到$12.50之间，同时有多次乘坐或者月票可供选择。2016年，通勤系统每日平均旅客发送量为12万2600人，成为美国第四繁忙的通勤铁路系统。马萨诸塞湾交通局通勤铁路也是美国首个提供免费车载Wi-Fi的通勤铁路系统，其所有车组都有提供Wifi的车辆。
渡轮.系统由波士顿港的几条渡轮线路组成。其中一条线路连接市中心的水滨区与查尔斯顿的。其他的线路为通勤线路，连接市中心与、和塞勒姆。部分通勤线路由洛根将军国际机场运营。所有