.1949年中，中华民国政府移至台湾省台北市（今台北市，1967年升格为直辖市），中华民国总统蒋中正续聘毛人凤为保密局局长，毛是国府以“肃清匪谍”为目标而展开了行动，因此视为该政治活动的实际执行者之一。1952年接连发生「毛邦初事件」与「杜长城案」，蒋经国对毛人凤恨之入骨，杜长城与胡凌影等人被枪决。蒋经国开始进行情报改组，建立现代谍报体制。
情报局时代.1955年保密局改组为不再肃谍与保安的情报局，隶属国防部。毛人凤仍为首任中华民国国防部情报局首任局长，官拜上将，基本上已无实权。