此时，安德洛尼卡三世正与其祖父安德洛尼卡二世为争夺皇位展开内战。1328年，安德洛尼卡三世占领君士坦丁堡，他的祖父被迫退位。1341年安德洛尼卡三世逝世后，他们年仅九年的皇子约翰五世继位，安娜则成为了摄政。不过帝国政务则由安德洛尼卡三世交给约翰六世·坎塔库泽努斯负责。在君士坦丁堡牧首约翰十四世与朝臣阿历克塞·阿波考寇斯等人的支持下，安娜母子与约翰六世展开内战。双方最终于1347年达成和议，约翰六世为拜占庭皇帝，约翰五世则为其共治皇帝。同时，约翰六世将其女儿海伦娜·坎塔库泽努斯嫁给约翰五世。1351年