6年，李正诚被捕总会解散。1950年代初期，真耶稣教会作为中国自立教会，并未受到驱逐外国传教士的影响，仍处于活跃状态。1957年至1979年，真耶稣教会受到极左路线的压制和李正诚的出卖，长执下监，教友不许聚会，传教工作无法开展，一度萧条，几乎消亡。魏以撒遭到逮捕。1958年，中国各地又有一批真耶稣教会领袖作为反革命集团被捕，同时真耶稣教会的赶鬼治病活动受到批判。此后，中国大陆部分地区的真耶稣教会被令停止活动，部分信徒加入当地的联合礼拜，也有部分地区的真耶稣教会继续单独聚会。1979年至1987年，随