登基后，侯莫陈琼进爵武安县公，增邑并前二千户。出为郢州刺史。武成二年（560年），迁金州总管、六州诸军事、金州刺史。保定元年（561年），拜大将军。天和四年（569年），转荆州总管、十四州八防诸军事、荆州刺史。六年（571年）四月进位柱国，进爵周昌郡公。建德二年（573年）五月，拜大宗伯，九月，出为秦州总管。四年（575年）七月，随北周武帝东伐北齐，为后二军总管。不久改封修武郡公。大象二年（580年）六月，加上柱国。后事不详。