甘珠尔中收密部经典728部，丹珠尔收各种经疏、仪轨、成就法等计3120部，全部约合100余万颂，约当汉译3000余卷。日本和西方国家巳刊行很多校本，如《集密》、《摄真实论》、《宝箧庄严》和《成就法鬘》等等。日本密宗的根本经典，历代有以《大日经》、《金刚顶经》和《苏悉地经》为首的“五部秘经”、“三部秘经”、“五经二论”等不同的说法。此外《金刚经》、《理趣经》与《理趣经疏》、《大日经疏》等也很重要。藏密经书中，《圣妙吉祥真实名经》为藏密行者所广泛持诵，是一切密续最殊胜的根本经典。《时轮金刚密续》为无上瑜伽部