营运业务以为轻铁系统、东铁线及机场快线提供有效率的接驳巴士服务。不计九巴经营的东铁线接驳巴士服务，港铁公司共经营14条接驳巴士路线。港铁公司无权就新界西北的铁路服务范围以外的接驳巴士服务收取车费。因此，港铁公司与九龙巴士公司订立商业协议，经营前往大埔的东铁线(接驳巴士路线（K12、K14、K17及K18）。港铁公司一方面可从使用巴士服务但并无转乘东铁线的乘客身上获得收入，另一方面亦可透过九巴等专营巴士经营商所享有的燃油税优惠来降低成本。港铁公司的免费机场快线穿梭巴士主要服务乘搭机场快线乘客及机场