候选人与阿努尔福党候选人米雷娅·莫斯科索和萨尔萨舞歌手鲁本·布拉德斯竞选总统，最终以33%的选票赢得了选举，9月1日正式就职。任内他进行自由市场改革和政府服务私有化，加强与美国的亲密关系。1998年宪法公投失败后，次年他竞选连任失败，总统职务由米雷娅·莫斯科索接任。2009年9月，检察机关对他在担任总统期间的腐败指控展开调查，12月28日他被逮捕，并于2010年10月被指控洗钱。2011年4月最高法院法官驳回对他的指控。2012年2月，佩雷斯·巴利亚达雷斯因诽谤审计官Alvin Weeden被处以3