寺改奉格鲁派并建立热振活佛系统起，才由热振活佛主掌热振寺。《番僧源流考：西藏宗教源流考》以阿旺曲丹为第六世热振活佛，而热振寺志则以阿旺曲丹为第一世热振活佛。热振寺真正的活佛转世制度是从七世达赖时期开始的。热振寺的组织机构与其他格鲁派寺院不同，其内未设扎仓、康村，热振寺全部政教大权均由热振活佛掌握。热振寺的堪布均为弟子传承，活佛系统是该寺16世纪改宗格鲁派之后才开始的。热振活佛之下的热振寺寺院组织结构如下：热振拉章分为2处，即“热振寺拉章”（位于热振寺）、“拉萨拉章”（位于拉萨）。热振活佛任摄政期