康熙十五年（1676年）黄宗羲完成《明儒学案》后续修此书，仅成17卷并序而卒，其子黄百家续作，又成8卷，后由弟子全祖望、杨开沅、顾諟等人于干隆十二年至二十年（1747年—1755年）补述，全祖望于逝世前一年完成，未刊刻而卒，后来底稿归鄞县卢氏抱经堂的门人卢镐（月船）保管，残本归宿愿蒋学镛。宗羲六世孙黄征、七世孙黄直垕又补充为86卷，道光年间流入浙江学政陈少宗之手。道光十八年（1838年）王梓材、冯云濠受督学何凌汉委託，整认讹钟，始成《宋元学案补遗》100卷，共补遗约有七、八百条。王梓材《宋元学案补遗》序