靠近朝鲜半岛和中国的地理位置，因此成为倭寇的温床。1419年（应永26年），李氏朝鲜曾派兵攻打对马的倭寇根据地（应永外寇）。
日本战国时代.日本战国时代时，长崎地区主要大名有岛原半岛的、彼杵地方的、松浦地方的、五岛列岛的、对马的宗氏。1550年（天文19年），葡萄牙船舶停靠平户。天主教传教士方济·沙勿略也曾在这一年到访平户，开启了长崎地区南蛮贸易和天主教传播的历史。当时进行南蛮贸易的交换条件是允许天主教传教。有马氏、大村氏、松浦氏均允许天主教在自己的领地内进行传教，使得西洋文明开始