11月宣布正式成立成立华中分局，邓子恢为书记，谭震林为副书记，华中留下的新四军合并成华中军区，张鼎丞为司令员，邓子恢兼任政治委员。1946年4月，其与曾山奔赴延安会见毛泽东及其他中共领导，讨论留守江北的新四军战略。次月，邓子恢返回淮安，并组织土地改革。全面内战爆发后，参与组织了涟水战役，12月参与组织了宿北战役，此后转入山东作战。1946年底，华中分局与山东分局合并为华东局，邓子恢任华东局副书记，主持土改复查工作。 并对组建后的华东野战军（即后第三野战军）负责后援供给。1947年7月下旬，与张云逸等转移