算生物学的基本问题之一。对序列的两两比对，已经有了基于动态规划的较成熟的算法以及建立在此基础上的软件包BLAST。对于两个序列的局部比对问题，可以用史密斯-沃特曼算法来解决。多重序列的比对目前还缺乏快速并且十分有效的算法。
与生物信息学的区别与联系.某些人将计算生物学作为生物信息学的同义词处理；但是另外一些人认为计算生物学和生物信息学应当被作为不同的条目处理，因为生物信息学主要侧重于对生物学中所得信息的采集、存贮、分析处理与可视化方面，而计算生物学主要侧重于使用计算技术对生物学问题