1905年），清政府下诏停办丙午科乡试、会试，正式废除科举制度。江南贡院由此废置。
晚清废置至1949年.与其它单属一省的贡院不同，江南贡院做为江苏、安徽两省共用乡试考场，各项费用由两省共同承担。1905年废置后，江南贡院建筑、地皮的处置在江苏、安徽两省之间产生一系列矛盾。两省政府，对如何处置、收益分配，“屡议未决”。而在贡院建筑毁坏加剧的背景下，两省终在1917年达成《苏皖两省处分贡院办法十条》，除去留为纪念的明远楼等建筑外，其余地皮及附附物全数变卖，所得分成苏六、皖四。19