。在这方面类似于同样是软离子化方法的（ESI），不过MALDI更容易得单电荷的离子峰。MALDI方法过程分为三个步骤。首先，将样品溶液与合适的基质水溶液混合，并取微量混合液体滴置于金属样品板等待干燥。第二步，将脉冲激光照射到样本，引发样品和基质材料的电离和脱附。最后，分析物分子与电离后的基质在脱附过程中进行电荷转移反应，将分析物分子电离。在大多数的生物分子分析上，例如蛋白质及多肽，分析物通常都是以质子化或去质子化形式产生。在MALDI反应之后，所有产生的离子即被金属样品板上的电压加速进入质谱仪来分析。