乡联盟提出《金马与大陆小三通说帖》，表达希望能以「单向通航」、「定点直航」或「先海后空」、「现货后客」等方式，渐渐进行小三通。1997年4月19日，两岸开始进行高雄与福州、厦门间的「不通关、不入境」的境外通航。及至2000年3月21日，中华民国立法院通过《离岛建设条例》第18条，订明「为促进离岛（指澎金马地区）发展，在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先行试办金门、马祖、澎湖地区与大陆地区通航」（俗称小三通条款），条例于同年4月5日实施。2000年12月13日，中华民国行政院根据《离岛建设条例》