7月13日，日清战争开战之际，西海舰队司令长官兼佐世保镇守府司令长官相浦纪道少将推荐柴山以大佐军衔继任佐世保镇守府司令长官。柴山是日本海军史上唯一的大佐军衔镇守府长官。一周后晋升少将。战后的明治30年（1897年）10月8日，柴山晋升中将，被任命为常备舰队（联合舰队前身）司令长官。常备舰队职务卸任后，明治32年（1899年）1月19日就任日本海军大学校长，明治33年（1900年）5月20日，担任吴镇守府司令长。日俄战争中旅顺被日军攻陷，明治38年（1905年）1月7日，占领旅顺后，日本设立旅顺口