民国五十二年）翻修大士殿，改成两层楼的水泥建筑。在2000年（民国八十九年）完成前殿与正殿的整修，但有一些旧貌因而被修掉。
建筑格局与特色.开元寺坐西朝东，在蒋元枢整修之后为四殿两厢房的建筑群，为符合伽蓝七堂的寺院。从北园街上的山门进入后，便是宽广的庙埕，庙埕北边立有碑亭。而过了庙埕之后，便是三川门，其中央宽五开间，有三对由台南名师蔡草如所绘的门神，分别是中央的韦驮与伽蓝护法与两侧的四大天王。而在三川门之上，外挂有「开元寺」匾，内则挂「小西天」匾，门旁还有清代名士林朝英所书的楹联。