学城专线（万胜围站至新造站）的名义与2号线调整工程：琶洲至万胜围段及三号线首通段一同投入服务。此时只能在万胜围站换乘至4号线，通车初期由于列车不足，列车班次极其疏落，达到32分钟一班，每个4号线车站都贴有列车时刻表。而到2006年，4号线二期（新造至沖尾）的工程可行性研究报告亦获得批覆。2006年8月16日，4号线新造—黄阁段区间8标高架桥合龙，成为4号线高架段首段合龙的高架桥，以及首段采用拼接法建造的高架桥。2006年11月18日，新造至黄阁段长轨，于低涌站完成焊接，标志着四号线长轨正式铺通。2006