有和以往列车的车体不同的外观，也是其一大特色。另外，同样是由于採用关节式转向架的关系，每辆车辆均只配属其中一方连接的转向架。但包含控制室的先头车辆和两编组连接的车厢（请参阅编组方式一段）的车辆全长则达16.5米。车门方面，E331系採用了实验列车E993系的三门设计，和E993系不同的是，E331系的车门不是挂在车身外的，而是和以往的设计一样，安装在车体和车厢的分隔中。车窗则与E231系一体化车窗不同，E331系的车窗则採用209系和东京临海高速铁道70-000系改造车窗的设计──下半部分为固定车窗，只