战后，苏友鹏曾满怀热情参与「回归祖国」活动，但旋即对国民政府感到失望。1949年，苏友鹏成为国立台湾大学医学院第3届毕业生；当时的校长和院长分别是傅斯年与杜聪明。其间，苏友鹏身边多位同僚纷纷加入中国共产党，其中之一的王耀勋还曾引介鲁迅、茅盾、老舍、巴金等左派作家作品给苏友鹏阅读。
逮捕入狱.1950年5月13日中午，台大医院副院长林天赐致电苏友鹏请其速至院长室；随后，苏友鹏同许强（教授，第三内科主任）、胡鑫麟（副教授，眼科主任）、胡宝珍（皮肤泌尿科）等遭便衣情治人员逮捕