月17日荫昌到达信阳指挥，但由于北洋两军系袁世凯旧部，不听指挥，镇压并不得力，同时湖南、山西、江西、陕西等省相继宣告独立。10月27日，清廷召回荫昌，派袁世凯为钦差大臣督办湖北剿抚，并改任冯国璋为北洋第一军总统官，任命段祺瑞为北洋第二军总统官，荫昌随陆军第八镇留在前线参加反攻。11月1日，袁世凯内阁成立，荫昌被任命为军咨府大臣暂管陆军大臣事务。据叶恭绰笔记曰，“武昌变起，瑞澂逃，荫昌督师而不甚负责。当时清廷即分两派：一派主张严申军令，用亲贵督师，以张挞伐；一派主张起用袁世凯。争不能决，乃奏请隆裕太后决定