大学于1964和1967年分别建立了位于士嘉堡和密西沙加的分校。曾附属于多伦多大学的和从多伦多大学独立后，于1964及1965年分别加入了贵湖大学和约克大学。自1980年起，政府拨款的削减迫使大学更加积极地寻求财政资助。多伦多大学是加拿大第一所募集了超过十亿加币的基金的大学。1998年，因受到不公平待遇，地球物理学家陈建业起诉多伦多大学，索要100万加元的赔偿金，他于2000年撤诉后被复职为全职教授，并获得了包括研究经费在内的50万加元的补偿。2017至2018年期间，多伦多大学因人权方面的问题受到学生