问日本期间，以私人身份前往靖国神社悼念兄长。中华人民共和国外交部对此表态，称李登辉访日目的就是为“台独”造势，破坏中日关系，并对日方允许李登辉访日表示强烈不满。日本内阁官房长官盐崎恭久则将其定位为李的私人行程，不作任何评论。6月9日，李登辉在演讲中表示，台湾是一个独立国家，靖国神社问题是中韩两国处理不了国内问题而编造出来的，日本政界没有理由因为这项问题而被外国政府批评，日本祭祀为国捐躯的人理所当然。