近年数个研究根据基因、种系发生学证据，提出乌龟可能也属于双孔亚纲，因此跟现代蜥蜴、蛇、鳄鱼、鸟类是近亲，而与史前无孔亚纲、副爬行动物的关系较远。在2010年的一个种系发生学研究，再次提出正南龟是现代乌龟的原始祖先。根据这个分类研究，二叠纪中期的正南龟、三叠纪晚期的原颌龟都被归类于相同演化支，将造成龟鳖目不属于双孔亚纲，属于原本的无孔亚纲。这项研究提出正南龟、最早期的乌龟都具有类似的肋骨、嵴椎特征，因此正南龟是种过渡物种。这项研究也列出正南龟的类似乌龟特征，例如：宽广的T状肋骨、十节延长的干状嵴椎、宽广的身体