参加帝国大会选举中，在随后几年里，调和立法工作，以部分时间担任农业部长(1882)，商业及公共议题部长(1883年)和司法部长(1885)。随后主持米纳斯吉拉斯州省议会。宣布共和国之后，他1892年和1894年之间任米纳斯吉拉斯州州长，他执政期间贝洛奥里藏特(Belo Horizonte)定为未来国家的首都。在1902年佩纳成为弗朗西斯科·德·保拉·罗德里格斯·阿尔维斯的副总统，1906年他当选总统直到他逝世于1909年，他传给他的儿子阿尔瓦罗·佩纳几天。阿丰索·佩纳是第一位主张干预咖啡经济的巴西人