主角造成路线分歧。在内容方面，大部分的机体图像都重新绘制，战斗动画也进行强化。前作大多数驾驶员都没有的Cut-in战斗特写，在本作则是几乎人人都有。战斗BGM能依据机体或驾驶员，有复数的曲目供选择。2007年6月28日，PS2用的重制版《超级机器人大战OGs》发售。其剧情涵盖前作（OG1）、本作（OG2）、本作的OVA动画《超级机器人大战ORIGINAL GENERATION THE ANIMATION》和广播剧CD。
剧情简介.新西历187年，向连邦政府掀起反旗的神圣十字