沙群岛管理处主任张君然的推荐下，彭运生奉命乘“中海”号战车登陆舰从上海出发，经高雄、广州、榆林港南下，奉调远戍南疆，任海军南沙群岛管理处少校主任之职，成为海军驻太平岛首任指挥官。南沙群岛只有位于郑和群礁之上的太平岛派有驻军，彭运生率领袍泽40余人，戍守中华民国最南海疆，从1948年3月至1949年6月。1949年，海南地区筹备建省，太平岛由广东省改隶海南特别行政区。1950年，菲律宾民间人士进佔太平岛及其他南沙诸岛，开採磷矿。1952年，中华民国与日本签订中日和约，其中双方承认日本已在旧金山和约