十一月初二，清朝的尚可喜及耿继茂重夺广东，新会才正式纳入清朝版图。永历八年，南明安西王李定国接连三次攻打新会城，围攻新会城八个月之久，城中粮尽，守城清军吃城内居民充饥，到十二月初，吃掉居民近万人，其后章京鳌拜率八旗军赶到，以火箭大破象阵，李定国败走。康熙元年（1622年）清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，下令迁海，沿海居民需向内陆迁徙50里，加上实施海禁，新会受严重影响。后来广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界，到康熙八年（1669年）朝廷允许驰禁，居民陆续迁回。康熙五十七年，清政府设置崖门炮台，嘉