作者高桥和希的初案，高桥也着手于主要角色、主要怪兽卡、D轮等设计。「让舞台扩大到世界规模，其移动手段是必要的准备」、「前两作普通决斗已经淋漓尽致了，若要做续篇的话，想挑战新的决斗方式」等理由让D轮以及骑乘决斗成为本作主轴而被制作出来。高桥自己打算在前作「GX」中为「游戏王」做结尾，但系列作发展超过高桥一人的范围，牵涉到跨媒体的平台（ACG、原声带、集换式卡片），又因为和动画制作组有熟识，各个原因之下，以最终工作的精神承接本作。故事原案是高桥以前绘制的漫画草案。此时已奠定「燃烧的纳斯卡线不断冒出巨大的敌方