901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于台北厅，编入第二十五区。1906年（明治三十九年）1月，第二十五区、二十七区的部分街庄与第二十八区的全部街庄合併为「兴化店区」，该庄属之。1920年（大正九年），该庄改制并改名为「水碓子」大字，隶属于台北州淡水郡淡水街。战后淡水街改制为淡水镇，隶属于台北县，大字亦改制为里。2010年12月，台北县升格为新北市，淡水镇亦改制为淡水区。
交通.省道台2乙线经过水碓子地区南端边界处，往西北转东北可于林子接台2线主线，再往北可前往三芝、石门