任南京临时政府海军部正首领，数天后委任了海军总长，谭随即解职。1914年7月，广东发生水灾。11月13日， 谭学衡任广东治河事宜处督办，同年12月，谭学衡到达广州，设广东治河处。 此后他先后聘请了上海浦江浚河局总工程师海德生、工程少校柯维廉（二人均为瑞典人）任治河处总工程师，并且从1915年6月起， 率工程技术人员勘测西江河道，提出《西江防潦条陈》。1915年7月，发生乙卯大水，勘测工作不得不停止。谭学衡投入到抗洪工作中。1916年春，西江测量完毕，继续勘测东江、 北江和珠江。任内谭学衡还拟订了河道、港