，于是决定先废周王。时周王十岁的次子朱有爋告发父亲谋反，于是派曹国公李景隆以备边之名经过开封，将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化（今云南巍山）。建文元年（1399年）四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王不堪受辱，为保名节举家自焚；齐王被软禁在南京；代王被软禁在封地大同。两个月后，削岷王，废为庶人，徙漳州。由于惠帝削藩激化矛盾，藩镇与中央开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的诸王之首。而皇帝与朱棣之间的博弈亦逐渐走向明处，变得更加激烈。
朱允炆执政之初的政策问题