数已达五千例，前疾管局长苏益仁、涂醒哲等多位专家唿吁疾管署尽速成立中央指挥中心，以中央政府的力量主导防疫。疾管署长郭旭崧召开记者会回应，与台南市长开过防疫协调会报，会中决定暂时没有必要由行政院主导防疫。疾管署研判登革热疫情在9月底前就会受到控制，除非台南市政府寻求中央政府主导，或疫情进一步升高，到时再由中央接手主导。不过隔天郭旭崧就前往台南，进驻由原空军八一四医院改装的南区管制中心，就近支援台南市政府的防疫工作。9月8日疾管署长郭旭崧否认在台南开设前进指挥所，强调疾管署与台南市政府合作愉快，已有应变小组，无