因此，于2006年委外针对优先路线进行重新评估，一併进行整体路网的修正。台南县政府以修改台南都会区轻轨运输系统自交通部所规画的蓝线、绿线、红线方式，规画一由绿线、红线、蓝线、橘线及棕线等五线所组成的建议路网，分别起自台南县新化镇、高铁台南站、台南市安南区和顺寮地区、台南县永康市、台南县新化镇，迄至亿载金城、台南科技工业园区、安平工业区、保安工业区、台南机场，并规画于未来分别延伸至南科、台南县归仁乡、台南市安平区，称高铁－南科延伸线、仁德－归仁延伸线、安平延伸线，计五线三延伸线，在不含延伸线的情境下，总长