日，因同党总统陈水扁陷贪腐疑云，李文忠与同党立委林浊水向人民表达歉意同时宣佈辞去立委一职。2009年参选南投县长选举，败于中国国民党籍的李朝卿。2012年获民进党主席苏贞昌邀请担任民进党中央党部组织发展部主任。2013年6月1日，李文忠宣布再次参选南投县县长选举，并自即日起辞任民进党组织部主任。2013年11月18日，李文忠从民进党初选民调中胜出，代表民进党参加2014年南投县长选举，在不被看好的情况下爆冷门以5,643票的些微差距败于时任立委林明溱。
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