于有大量工具可用于研究果蝇遗传学，它们已成为研究基因在神经系统中作用的重要对象。 其基因组已测序并于2000年发表。大约75％的已知人类疾病基因在果蝇的基因组中具有可识别的匹配。果蝇被用作几种人类神经系统疾病的遗传模型，包括帕金森氏症，亨丁顿舞蹈症，小脑萎缩症和阿兹海默症等神经退化性疾病。尽管昆虫与哺乳动物之间的演化差距很大，但果蝇神经遗传学的许多基本方面已证明与人类有关。例如，通过检查日常活动周期被破坏的突变体，发现了第一个生物钟基因。