任命为宗正，三次升迁后任大司农。当时中常侍苏康、管霸受汉桓帝宠信，他们霸佔天下良田、优秀的产业、山林湖泽，导致百姓们穷困、州郡里的官员都忍气吞声。刘祐致书到那些被霸占的区域，依法令将二位所侵占的产业没收。汉桓帝知道后勃然大怒，将刘祐送往左校劳动工作。陈蕃多次向汉桓帝诉说李膺、冯绲、刘祐受到的冤屈，请求赦免他们的罪刑、让他们恢复官职。言辞恳切，甚至痛哭流涕，汉桓帝都不愿接受，直到应奉上书说情，汉桓帝这才下令免除三人的刑罚。刘祐被赦免后，复职任三卿（司徒、太尉、司空），刘祐经常声称有病请辞，请求退职回乡