，那一天不知甚么原因，整个幻想乡的天空笼罩着一片红色浓雾，即红雾异变。日光被遮住，使得这个幻想乡的夏天显得格外寒冷。博丽神社的巫女博丽灵梦为了避免这片红雾影响到人里的正常生活，因此对此事件展开调查。她在直觉影响之下，向湖的方向出发了；普通的魔法使雾雨魔理沙正在空中观览着湖，突然发觉红雾把视线都挡住了。想到怪物和人一样都是不靠水就不能生存之下，魔理沙就像是为了寻找什么有价值的宝物一样，毅然向湖的方向出发了。主角首先飞向了湖中的岛，这个地方似乎是红雾的源头。在湖边和湖中分别遇到了拦路的黑暗妖怪露米娅和冰