1912年（民国元年）1月，重庆成立的蜀军政府，熊克武经黄兴推荐担任该军总司令。3月任蜀军政府第1师师长。4月，在成都成立的大汉四川军政府同蜀军政府合流，熊克武任四川陆军第5师师长，继续驻扎重庆。1913年（民国2年）7月二次革命爆发，熊克武、杨庶堪等人共同发动反袁世凯起义。同年9月，被四川都督胡景伊击败。熊克武流亡日本，后到南洋募集革命资金。1915年（民国4年）12月，归国参加护国战争，随蔡锷所率护国军第1军返回四川。1916年（民国5年）6月袁世凯死去，蔡锷任四川督军，熊克武任川军第5师师长兼