中正委员长之命，连夜安排孔德成离乡。孔德成夫妇遂于1938年1月2日凌晨辞庙，从兖州乘火车经徐州、郑州，在1月5日抵达汉口并发表抗日宣言，曲阜的府务则交给孔令煜代理。其后迁居重庆，住在歌乐山畔，师从吕今山、丁惟汾、王献唐等人读书，亦颇受友人傅斯年与屈万里影响。期间主持成立孔学会，组织名家，召开讨论及宣讲会，研究弘扬孔子学术思想与民族精神。当时，四方学者云集重庆，对传统文化之研究有新旧观念与方法的论辩，孔德成所受冲击甚鉅。史学家吴湘相指出，孔德成在弱冠之年就已在学术丛林中找到一个正确走向：做一位纯粹学人，