治和台湾认同的道德危机：我们对总统、执政党和台湾公民的唿吁〉，唿吁陈水扁辞职下台。2006年7月16日，纪万生说，只有陈水扁下台，民主进步党才能改革及重生，否则民主进步党一定在2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举惨败；他也质疑，虽然陈水扁之女婿赵建铭因内线交易被求刑8年，但药商回扣案、赵建铭之母简水绵涉入内线交易案都没办，所以他对司法当然会有意见，假如司法继续不公义，他不排除发动群众抗争；但他澄清，他并没有指摘陈水扁贪腐，他是针对赵建铭，因为赵建铭被交保后依然态度傲慢，让人觉得贪赃枉法、作威作福。