葬区）明代后期富商郭龙岳购入地皮，在此兴建了自己的私家花园「兰园」。至明末，光牟、池月两位僧人向郭氏募缘得地建佛堂，依佛经「海幢比丘（梵语：）潜心修习《摩诃般若波罗蜜多心经》成佛」之意，将佛堂取名为海幢寺。
平南王屠广州城后.清顺治十二年（1655年），曹洞宗第三十三世空隐和尚在寺住持。此后，天然和尚、阿字和尚、古云和尚等名僧先后在此住持传法。在清军屠城佔据广州后，平南王尚可喜听从了天然和尚劝导，牵头扩建海幢寺，以超度在十日屠城中屈死的亡魂。在尚可喜的支持下，新建立官府内外人等均纷