；全片几乎以碇真嗣的视角呈现。
US作战.葛城美里领导部分前NERV成员组成反NERV组织「WILLE」，对NERV的EVA进行歼灭行动。WILLE所属EVA改2号机（搭乗者：式波·明日香·兰格雷）和8号机（搭乗者：真希波·真理·伊拉丝多莉亚斯）在卫星轨道上对被NERV封印的初号机进行夺回作战「US作战」。改2号机受到自动防卫系统「Mk.04A」的攻击，在8号机的援护射撃下进行突破。接着遭到与初号机收容在一起的「Mk.04B」的阻击而面临坠入大气层烧毁的危险，明日香向真嗣求救，