认为其不是摩尼教壁画而是佛教壁画。之后的研究例如对38号石窟、44号石窟的研究，学者认为其壁画是收到龟兹文化的影响的佛教艺术画。壁画的内容包括佛或弥勒说法图、千佛和比丘祥观图等。
历史.吐峪沟石窟兴建于公元443至460年之间，北凉在这段时期统治着高昌，北凉的统治对高昌佛教的发展起到了非常重要的作用。《北史》记载，高昌国有八城，皆有华人。北凉灭亡后，到麴氏高昌时，皇室对佛教的重视只增不减。据《西州图经》记载，在唐朝时吐峪沟石窟被称为丁谷窟，佛窟规模不减，并有修缮。高昌回鹘期间，石窟