首的叛变被晋廷平定。不过孙恩余众就以卢循为主，时新夺朝权的桓玄为稳定当地，就以卢循为永嘉太守。然而卢循并没有因为官位而停止作乱。元兴二年（403年）正月，卢循就派了姐夫徐道覆进攻东阳郡，但二月就遭建武将军刘裕击败。至八月，刘裕于永嘉郡击破卢循，并追击至晋安郡，卢循唯有乘船出海南走。
夺取广州.元兴三年（404年），卢循率军攻略南海郡，并进攻广州治所番禺（今广东广州）。广州刺史吴隐之抵抗百多日后被俘，卢循于是自称平南将军，摄广州事。义熙元年（405年），卢循派使者向晋廷朝贡，而东晋亦