要人。元治元年6月池田屋事件时，指挥土方队的支队，在接获近藤队攻入后与十名队员一起进入池田屋并且因为逮捕八名浪人而大大的活跃。在剑客成堆的新选组里，井上的剑术虽然不起眼，但是由于他相当了解自己的能力，所以在执行任务时总是能够顺利完成而且从未出错。庆应元年6月，由于组织再度编 成而担任六番队组长。庆应3年6月、新选组全员被幕府拔擢为幕臣，这时源三郎作为副长助勤而被赐与七十俵三人扶持。但是幕末的政局却受到大政奉还、王政复古等巨大命令的影响，连带的使得属于佐幕派新选组的源三郎渐渐处于劣势之中。Se