939年4月面世。
设计.九九式高等练习机在外表上和九八式直接协同侦察机几乎无分别，祇是由于飞行训练的需要而作了以下修改:
使用.九九式高等练习机在第二次世界大战期间一直作为大日本帝国陆军航空队和伪满洲国军空军的高级教练机，抗战胜利后，中国人民解放军在中国东北接收原日本关东军第四练成飞行队并在吉林省朝阳镇和沈阳机场找到完整的19架九九式高等练习机，另外在公主岭机场也找到其零件，经组装后总共有大约30架，解放军在林弥一郎（已改中国名字林保毅）等日本籍教练的