，布什提名了本·伯南克取代阿伦·格林斯潘作为美国联邦储备系统的主席。参议院的银行业委员会在2005年11月16日以13-1的票数通过推荐伯南克的提名，并且在2006年1月31日通过参议院的正式批准。伯南克在2006年2月1日就职。2006年11月的期中选举，共和党惨败，失去长达12年的国会参众两院的控制权。选举失利后，拉姆斯菲尔德提出辞职，小布什辞退国防部长拉姆斯菲尔德，小布什提名中央情报局局长罗伯特·盖茨替代之，盖茨在12月6日获得参议院通过，并在12月18日正式就任。
总统任