使其不敢再犯丽江边境。阿永年欲当蒗蕖州知州，未果，便暗杀政敌。木懿奉命前去讨伐，杀阿永年。崇祯帝大喜，令将蒗蕖州划归丽江管辖。1639年（崇祯十二年），封中宪大夫，加云南布政使司右参政衔；其父木增则加四川布政使衔。明朝批准在昆明为木懿建立“益笃忠贞”牌坊，以表彰其功绩。但木懿没有建立牌坊，而是将建牌坊的资金全部捐给户部，充当明军军费。崇祯帝升木懿为太常寺正卿、布政使右参政。1647年（永历元年），丽江被张献忠的流寇袭击，木府众多重要文书被毁。1659年（顺治十六年），顺治帝派兵进入云南时，木懿表示效