前此未曾任满任何公职，而在总统一职上最终亦未能例外。戴维斯于1862年2月22日就职，于6月1日任命罗伯特·李将军指挥北维吉尼亚军团，即美利坚联盟国部队于东线战场上的主力。同年12月，他至联盟国西部检阅联盟国军。1863年八月，戴维斯驳回李将军于盖茨堡之役战败后提出的辞呈。1864年，由于战局每况愈下，他巡行乔治亚州以鼓舞士气。戴维斯对联盟国的军事指挥曾受批评。直到战争末期任命陆军统帅前，此职务基本上由戴维斯亲自署理。李将军于1865年1月31日受命此职，但已为时过晚，李将军已无从建立或可致胜的全面