的日本国门以来，他对于幕府持有发言力，以及江户幕府大老井伊直弼独断与各国订下条约表示不信任，一时之间还表示意图要让位。孝明天皇对攘夷的意愿相当激烈，曾经质问大将军德川家茂这位征夷大将军究竟何时才愿意征夷。后来又将其妹和宫亲子内亲王嫁给第十四代征夷大将军德川家茂，推动公武合体运动，盼望能够进行锁国。后来家茂到京都的时候，天皇特别为了祈求能够攘夷而行幸贺茂神社与石清水八幡宫。一般认为，他对担任京都守护职的会津藩主松平容保极度信任。在妹夫德川家茂死后不到半年内，孝明天皇于公历1867年初过世，死因可能为天花。