今宜及其未备，徙封南昌，则羽翼既去，变无从生。”建文四年六月，燕王举兵入金陵，是为明成祖。卓敬被捕，成祖责怪他提倡削藩，是离间骨肉，卓敬却说：“惜先帝不用敬言”。成祖颇爱其才，把他下狱，使人以管仲、魏征的案例劝他投降。卓敬不屈，但求一死，成祖亦不杀。国师姚道衍与卓敬有仇隙，便在成祖面前进谗：“敬言诚见用，上宁有今日。”成祖深以为意，因而斩卓敬并灭族。根据史学家柴德赓的考証，姚道衍根本当时不在金陵，根本不可能劝成祖杀卓敬，这是《明史》的编撰者乱抄野史的结果。抄家时“一室萧然，唯有书画数轴”，朱棣叹