时的京九直通车和沪九直通车会停靠常平站约一个小时，乘客须擕带所有行李，在该站办理内地出入境手续。至1997年12月23日，经国家口岸管理办公室报请国务院批准，东莞常平铁路客运口岸更名为东莞铁路口岸。后经铁道部批准，常平站更名为东莞站。多条铁路的开通使得常平镇的经济迅速发展，被誉为“京九第一镇”。2003年10月1日起，随着北京西站和上海站的出入境大堂启用，直通车不再需要停靠东莞站，乘客只需在始发站及终到站办理出入境手续即可，而由上述车站出发的直通车往来红磡车卡，亦不再供乘客中途上下车。2012年5月