玺书以表彰其贤德忠贞。此后，命修《明太宗实录》，杨士奇与黄淮、金幼孜、杨溥俱充总裁官。不久，仁宗病重，召杨士奇与蹇义、黄淮、杨荣到思善门，命杨士奇书写遗敕召太子朱瞻基到南京。
宣德年间.明宣宗即位后，担任总裁修撰《明仁宗实录》。宣德元年，汉王朱高煦起兵谋反。明宣宗亲征平定叛乱。部队归还抵达献县单家桥时，户部侍郎陈山迎谒，并上言汉、赵二王沆瀣一气，请宣宗乘势袭彰德（今河南安阳）逮捕赵王朱高燧。杨荣支持陈山的主张，但遭到杨士奇的反对。士奇称：“说人叛变应当有实証，难道可以欺骗天地鬼神么