漳械斗；以及戏曲门派之间的西皮福禄械斗等。不过，这时期台湾各族群间除分类械斗外亦有合作。例如1796年，吴沙在拓垦蛤仔难时，有漳籍、泉籍与客籍人士共同入垦。
清朝后期治理台湾.1860年第二次鸦片战争后，清政府同意开放台湾安平、淡水通商，不久又开放打狗和鸡笼二港。1874年，日本出兵台湾制造牡丹社事件。1875年，清政府派沈葆桢为钦差大臣赴台湾巡阅，并调驻防徐州的淮军唐定奎部6500人前往台湾驻守。最终，以中日签订《北京专约》暂告平息。这次外交事件，促使清廷取消中国大陆人民渡台耕垦