005年的文章中表示：「作为一个中国人，我个人一向主张两岸最终走向统一。」王丹认为中共要的不是统一，而是利用民族主义情绪巩固自己的统治。如果两岸关系缓和，民族主义情绪势必会演变成对中国内部变革的压力，这是中共最担心的事情。2011年11月，王丹接受汪笨湖专访时表示：「如果我是当权者，我会允许台湾举办统独公投，并且尊重公投的结果，但是我会尽最大的努力来说服台湾人与中国统一。」王丹在2014年太阳花学运后一次接受PTT实业坊之访谈中改口说：「主张两岸最终会走向统一已经是十年前的事了，其实我并不这么主张。