进士。改翰林院庶吉士，授监察御史。巡视中城，有宦官求见，但被他拒绝。礼科都给事中胡汝宁奸诈狡猾，多次弹劾不去。冯从吾揭发他作奸犯科之事，遂被调往外地。当时正值考核外官政绩之时，冯从吾严格巡查，贿赂受请之事便不再发生。万历二十年（1592年）正月，冯从吾上疏告戒明神宗：“陛下郊庙不亲，朝讲不御，章奏留中不发。试观戊子以前，四裔效顺，海不扬波；己丑以后，南倭告警，北寇渝盟，天变人妖，叠出累告。励精之效如彼，怠斁之患如此。近颂敕谕，谓圣体违和，欲借此自掩，不知鼓钟于宫，声闻于外。陛下每夕必饮，每饮必醉，每醉必怒。