系被任命为右校尉。长官是上军校尉蹇硕，知名宦官。第二年，董卓专政，废去汉少帝刘辩、扶立汉献帝刘协，独断朝政。当时在都城任职的大小官员都告病离京，分别投靠各地有力的诸侯。淳于琼是当中的一位；他本人则追随袁绍奔往冀州。兴平二年冬，献帝的御驾在曹阳被李傕的兵马所追上，沮授知道了便劝袁绍将落难的汉献帝迎至冀州奉戴。淳于琼与郭图却认为：“汉室凌迟，为日久矣，今欲兴之，不亦难乎？且英雄并起，各据州郡，连徒聚众，动有万计，所谓秦失其鹿，先得者王。今迎天子，动辄表闻，从之则权轻，违之则拒命，非计之善者也。”