老和尚邀请，来台湾主持台湾佛学院（今圆光佛学院），收容并教育中国大陆逃难至台湾的僧人，将中国佛教的影响力推展到台湾。但因来台逃难的僧人太多，圆光寺无法负担，慈航法师与妙果法师意见不合，将院务交给台中来的圆明法师后，慈航法师带领数十名学僧，至基隆月眉山的灵泉寺，参加灵泉佛学院。不久，因为经济困难，慈航法师又至狮头山，向各寺院请求支持，开办狮山佛学院，但同样因经济困难，不久就停办了。1949年，圆光寺的台湾佛学院停办，慈航法师带领学僧至新竹灵隐寺，遭人密告是匪谍而下狱。佛教界表现冷漠，同为太虚门下的大醒法师