父亲阿旺札西札巴的副王。卓尾贡波的父亲阿旺札西札巴，是帕木竹巴王朝的最后一个重要领导人，第五世达赖喇嘛称他为“西藏之王”。他的母亲出自主导后藏的仁蚌巴家族。1524年卓尾贡波在父亲住的乃东西面的贡嘎建立宫殿。像他父亲一样得到了贡玛的头衔。他的儿子昂旺扎巴坚赞。卓尾贡波的儿子昂旺扎巴坚赞和卓尾贡波的弟弟扎巴迥乃造成了严重的内部纷争，1548年卓尾贡波死后导致了帕木竹巴权力完全分裂。卓尾贡波死后，在贡嘎竖立一座装饰着珠宝的佛塔安葬他的遗体。