目前流传下来的手抄本约70余种版本，据考究最古老的版本是庆长2年（1597年）细川幽斋所抄写的，称作「细川本」。此外，近代文学学者所藏之版本（仓野本），虽然欠缺版权页（），但经其他学者考究后认为是同一时期的手抄本。近世出版的《出云国风土记》，大多沿用尾张德川家的「德川家本」及上贺茂神社的「万叶纬本」等二种。另外，尾张德川家德川义直捐赠给日御碕神社的「日御碕本」（书写于寛永11年〔1634年〕），被岛根县政府认定为「指定有形文化遗产」。
研究史.江户时代初期以来许多学者投入研究此书，