时认为这些化石属于鸟类，体型相当于鹭大小，并归类于始祖鸟科。在当时，化石翼龙被认为可能是种北美洲原始鸟类，类似始祖鸟，但可能性不高。古老翼鸟龙也生存于侏儸纪晚期的北美洲，曾被认为属于恐龙驰龙科或是始祖鸟科。这些物种目前普片被认为是真手盗龙类恐龙。但根据中生代的鸟类化石记录，鸟类应该起源于欧亚大陆，而非北美洲。在20世纪的大部份时间，马什的分类遭到质疑，但由于化石过少，很少遭到研究。在1986年，约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）提出化石翼龙属于翼龙类。化石翼龙有可能属于翼手龙亚目，但因为化石过少