。2004年12月31日，苏贞昌宣布参加民进党第十一届主席补选。2005年1月30日，在只有一人登记参选的情况下，苏贞昌即以99.71%的得票率当选民主进步党主席，并于2月15日就任。党主席任内，举行「三二六百万人大游行」活动，抗议中国大陆通过《反分裂国家法》。2005年5月14日，带领民进党取得一百二十七席的任务型国民大会代表，成为国会第一大党。同年12月3日的三合一县市长选举结果，民主进步党执政的县市由十县市降为六县市，苏贞昌随即于开票结束后宣布辞去民进党主席一职。
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