43年，东部电气株式会社再被1939年所成立的东台湾电力兴业株式会社收购，并改名为「东台湾电力株式会社」，原东部电气株式会社旗下的各发电厂，包含砂婆礑第二水力发电所也都一併纳入到东台湾电力株式会社旗下继续营运。1944年，经营台湾西部电力业务的台湾电力株式会社正式合併东台湾电力株式会社。然而，同年台湾接连遭受多次台风以及暴雨侵袭，导致各地的水力发电所皆受到大小不一的损坏。其中，砂婆礑第二发电所发电用水的头水引水道遭到洪水破坏，但因当时太平洋战争已经爆发，大日本帝国面对盟军之攻势，逐陷入颓势，日本人无