前身。1872年11月28日，运上所更名为「税关」。1890年9月8日，设立函馆、新潟、横滨、大坂、神户、长崎六个地区的税关和其管辖区域。1902年11月5日，废除新潟税关，其管辖区域分配至横滨、大坂、函馆之各税関。1909年4月1日，桦太厅加入函馆税关管辖区域。1909年11月5日，门司税关从长崎税关中独立。1937年10月1日，设立名古屋税关，接管部分横滨税关和大坂税关的管理区域。1943年11月1日，海事行政一元化，税关业务由运输通信省海运总局属下的海运局接管，废除税关。