00型部分闲置编组用于行驶为员工加开的通勤列车。直到2014年，花东铁路电气化工程需要列车进行试车，EMU400型因此成为台东线通车以来第一辆进入之电联车种。
轶事.2015年10月，在EMU400型电联车退出营运之后，于台铁七堵调车场当中停放的部分该型号电联车被发现遭到涂鸦，由于调车场地形开阔且缺少监控设施，使得涂鸦者的身份无从查起，对此台铁相关负责人表示该案已经报警处理。