，遂改任大理院院长。1914年（民国3年）2月，他被任命为孙宝琦临时内阁司法总长。翌年，袁世凯称帝，章作为司法总长，否定了筹安会的违法性。袁世凯死后的1916年（民国5年）6月末，章宗祥接替陆宗舆改任驻日公使，到日本赴任。在日本，他和进行交涉以缔结西原借款，并同日本政府缔结军事协定。他还承认了日本方面在山东半岛的权益。他还和陆宗舆一起就对德国宣战向段祺瑞进言。1919年（民国8年）巴黎和会上山东问题成为中国关心的焦点问题。由于对日本采取让步态度，章宗祥、曹汝霖、陆宗舆被中国舆论纠弹。同年五四运动中，