健文乘着七一效应增加投票人数下，于同一年11月的换届选举以1,765票险胜角逐连任、夺得1,672票的民建联对手潘国华，双方竞争击烈，只以不足一百票票差分胜负（2.7%），林健文遂当选九龙城区议员（G12海心选区）结束潘国华短短8个月的任期。2006年民主党当时出现连串丑闻，林健文以民主党之社区工作表现欠佳为理由退党。2007年林健文时任民协副主席兼启德选区区议员廖成利律师的邀请下加入民协。2007年区议会选举，民建联潘国华再次参选，林健文则以民协的身份在海心选区竞逐连任，在票数未有增进下，被卷土重来的