车站结构.日立木车站为地面车站，有一座侧式月台、一座岛式月台，共三股轨道。月台上设有候车室，站房与月台间设有跨线桥。此站为无人站，由相马车站管理，设有Suica验票机、起站证明印制机（提供乘车旅客做为补票时的搭车站证明）、公共电话及厕所等设施。