时大总统就职典礼在南京总统府（原两江总督署）举行，中华民国临时政府（史称「南京临时政府」）遂告成立。尽管中华民国临时政府已于南京成立，然而位于北京的大清政府仍继续存在，并以时任内阁总理大臣袁世凯及其北洋军为主力持续与革命党人对抗；南京临时政府与袁进行议和，在多次谈判后，袁同意支持革命党，以换取大总统之位。1月20日，南京临时政府向清政府提出《清室优待条件》；1月22日，孙发表声明，只要袁世凯赞成溥仪退位，自己即行辞职，让位于袁；袁得此承诺，遂加紧逼迫清帝退位。1月25日，在袁之授意下，以段祺瑞为首的北洋