最早清水祖师庙是明郑永历十九年（西元1665年），随延平王郑成功来台的泉州府安溪县军民，自安溪清水巖迎来清水祖师神像、自安溪泰山巖迎来显应祖师神像；漳州府平和县移民自三平寺迎来三平祖师神像。合于四鲲鯓立庙祭拜，为四鲲鯓龙山寺。安溪清水巖网站则指出造于南明永历年间的台南龙崎区祖师公坛与彰化二林新兴宫，为全台最早供奉清水祖师的庙宇。
祭典.每逢旧历正月初六清水祖师生日、五月初六清水祖师得道日，各地祖师庙常以神猪、三牲祭拜清水祖师，以示崇敬，敬考清水祖师一生，为汉传佛教禅宗得道高僧