持者之间爆发了暴乱。一开始他被皇帝所支持的对立教宗Anastasius III Bibliothecarius推翻和关押，后来Anastasius受到的支持减弱后他被营救并与855年9月29日正式被立为教宗。本笃三世得以加固教宗在教会内的地位。他主张婚姻是神圣的，与贵族和高级僧侣的习俗败坏斗争。此外他对英国非教会人员罢免主教提出了抗议。在他的执政期间天主教与拜占庭东正教之间的矛盾加深。有人提出认为在本笃三世与良四世之间有过一个女教宗琼安，但这个说法被圣座反驳。提这个说法的人认为琼安的名字是在17世纪