1966年文化大革命期间，海幢寺惨遭浩劫，四大天王殿被清拆，寺内所有佛像被砸烂，文物也大多流失损毁。1980年代末，大雄宝殿成为音乐茶座和舞厅。1992年，广州市佛教协会收回被佔用的殿堂。1993年1月，成立海幢寺重修委员会，同年3月7日，经广州市人民政府批准，海幢寺举行洒净仪式，恢复正常的宗教活动，由市佛教协会副会长新成法师任方丈，同时负责海幢寺的重修复建工作。重修项目共投资1000多万元人民币，修复了大雄宝殿，重建了天王殿、塔殿、放生池和7层僧舍、藏经阁综台楼等。1997年又在大雄宝殿前空地东侧新