台北地检察署侦查期间传拘未到，遭检方通缉在案。2005年9月15日，又因中兴银行超贷弊案，遭台北地检署依背信罪嫌起诉。至2008年2月28日止，王志雄与同样被通缉的父亲王玉云潜藏中国大陆上海、崑山、杭州等地，于2012年10月12日遭中华人民共和国公安机关逮捕，由中华民国法务部调查局解送返台湾。王志雄向调查官表示，他是虔诚的基督徒，年事已高、心脏也不好，自认逃不过通缉时效，愿意返台接受司法制裁，检察官以背信罪移送法院。2013年9月4日，台北地方法院认定，中兴银行超贷案的主谋为王玉云，判决王志雄无罪