再度行渡台禁令限制汉人抵台，渡台者须向官府申报等；而同时期日本幕府亦厉行锁国政策，双方的往来遂中断长达近两百年。1871年，琉球国船队在台湾东南部遇害，是为「八瑶湾事件」。1874年，大日本帝国因八瑶湾事件出兵攻打台湾南部原住民部落的军事行动，是为「牡丹社事件」。日本方面则称为“台湾出兵”或是“征台之役”。
日本统治时期.1895年4月17日，清日甲午战争结束，李鸿章和伊藤博文在日本马关（今下关市）签署《马关条约》，台湾及澎湖被割让给日本。1895年5月23日，唐景崧发表《台湾民主