B2检票口，西侧设有A1、A2检票口，通往高架二层的四个站台。车站出站口位于候车室西侧，有两组楼梯连接两座高架岛式站台。出站口设6个出站通道，其中窄通道4个，宽通道1个，人工通道1个。
站场.镇江南站站台位于架空二层，有京沪高速铁路经过。车站设2站台6线，其中正线2条，到发线4条，站台为双岛式站台，编号1-4站台。1、2站台为京沪高速铁路上行列车停靠，可往京津、徐州、西安、郑州、东北方向；3、4站台为京沪高速铁路下行列车停靠，可往上海虹桥、杭州东、宁波、温州方向。