威尔入主白宫后，摩根索将精力转向为期刊和新闻界撰写文章。到1960年肯尼迪当选时，他已成为肯尼迪政府的顾问。约翰逊任总统后，摩根索对美国参与越南战争的异议更加强烈，为此他在1965年被解除了约翰逊政府的顾问职务，相关内容在有关政策顾问麦乔治·邦迪和沃尔特·罗斯托的书中都有涉及。摩根索认为这场内战的“全球意义”是“遥远的”，这些观点给他带来了相当大的公众和媒体关注。1965年6月21日，摩根索以“越南对话：邦迪先生与教授们”为题在电视上与麦乔治·邦迪进行现场辩论，埃里克·塞瓦里德为主持人。在辩论中，邦迪指责摩