过贿赂、恐吓和诸如此类的手段之后终于当选为皇帝（即查理五世），而腓特烈因此得到“智者腓特烈”这个外号。腓特烈三世虽然未曾放弃天主教，不过他确实赞同宗教改革倡议者的某些意见。1521年他在沃尔姆斯敕令对马丁·路德进行通缉后保护路德。腓特烈三世让路德在瓦尔特堡的城堡中避难，并使路德化名为“乔治骑士”。但腓特烈三世避免了与天主教势力尤其是查理五世本人公开决裂。腓特烈三世曾于1493年去圣地耶路撒冷朝圣，并被封为圣墓骑士。1525年腓特烈去世后，其弟约翰继承选侯职位，并继续支持宗教改革活动。