2007年4月7日，草山行馆遭受火灾仅剩正门与石墙，研判为人为纵火，台北市文化局表示将会重建草山行馆。重建后的行馆已于2011年12月30日正式对外开放。
防空洞.在2012年11月苹果日报及TVBS两间媒体将草山行馆与中山楼之间的草山防空洞曝光。此防空洞掩体于1954年完工，可以在战时作为总统之临时办公处所，并设计三个出入口供人员进出，而在2014年6月28日联合报也刊载此防空洞更详细的消息，并称为地下总统府。防空洞掩体由文化大学建筑系第一届系主任卢毓骏设计。Secti