降而设立于重庆。1945年9月，台湾省警备总司令部于重庆市成立，任务是负责遣返日本在台战俘、接收台湾与维持台湾治安，首任总司令为陈仪。这是警总的最早前身。1947年，更名为台湾全省警备总司令部，由彭孟缉中将出任总司令，正式于台北市办公。第一号命令是《台湾省戒严令》。台湾警备总司令部将台湾全境分为5个戒严区：中央政府在1949年退守台湾后，当时由数个军事单位（台湾防卫总司令部、台北卫戌总司令部、台湾省保安司令部、台湾省民防司令部）负责台湾内部安全，因各单位事权重叠、功能矛盾，为统一事权，当时中央政府高