内使双方成对峙之势，教宗自称为“梵蒂冈之囚”，这个局势一直持续到1929年。1964年他颁布了《谬误举要》，其中认为：理性与基督教信仰有所冲突，新教为基督教的另一种形式，天主教作为唯一的国教等观点为谬误。庇护九世于1878年逝世，他的封圣程序由教宗庇护十世于1907年2月11日开启，在当时引起了相当的争议，并在本笃十五世和庇护十一世在任期间关闭数次。在1954年12月7日，庇护十二世重启了封圣程序，且于1985年7月6日，若望保禄二世宣布他为可敬者。于2000年9月3日，在确认了以其名义而发生的奇蹟之后