在这些分析中广泛使用的另一种方法是质谱法。 在这里，准确测量未修饰的天然酶和灭活酶的质量会使与抑制剂反应引起的质量增加，并显示反应的化学计量。 这通常使用基质辅助激光解吸/电离-TOF(MALDI-TOF)质谱仪完成。在一个互补技术中，涉及用蛋白酶如胰蛋白酶消化天然的和修饰的蛋白质。 这将产生可以使用质谱仪分析的一组肽。 与抑制剂反应后质量变化的肽将是含有修饰位点的肽。
发现与设计.新的药物是长期药物研发过程中的产物，而发现新药的第一步往往是发现新的酶抑制剂。在过去，发现新抑制剂