在对于临时总统的持续争议中，比奈萨于1980年5月下台。此后，乌干达由保罗·穆万加主持的军事委员会统治。1996年，在第一次刚果战争中，乌干达为一大重要支持者，来推翻萨伊总统蒙博托·塞塞·塞科。在1998年至2003年间，乌干达军队参与了第二次刚果战争，并且支持刚果反政府武装。2005年8月，议会通过宪法修改案，允许总统的任期限制。2006年2月23日，乌干达总统和议会选举举行。乌干达选举委员会宣布，穆塞韦尼获胜，再次连任总统。在2011年的总统选举中，穆塞韦尼再次获胜，继续连任总统。