，邓荫南被任命为稽勋局名誉审议。邓荫南之后又参与过讨伐袁世凯、护法运动、驱逐莫荣新等等军事行动。1917年，邓荫南被任命为海陆军大元帅府参议。同年9月，邓荫南就任陆海军大元帅府军事委员会委员。1921年，邓荫南出任中华民国总统府参议、内政部农务局局长、东莞县县长、开平县县长。1922年6月，陈炯明发动政变，邓荫南曾举兵开平声援，又再次筹款资助孙中山讨伐陈炯明。1923年2月5日，邓荫南在澳门病逝。孙中山追授邓荫南为陆军上将，并予以1000银元治丧，并为其遗像题词：「爱国以命，爱党以诚。家不惶顾，老而弥贞