任中国海协会会长陈云林访台参加第二次江陈会谈，有许多泛绿公职人员拿国旗向陈云林呛声，民进党立委管碧玲则在立法院向时任行政院院长刘兆玄献上一面国旗，表达抗议。亦有另一方认为中华民国国旗与中华民国国号代表中国流亡政权，应该予以废除，并更改国号及国旗更换为「台湾国旗」。
对两岸问题的政经态度.泛绿对两岸间的经贸利益之重视，并不如对台湾主权的重视。不过部分泛绿人士不反对以欧盟模式跟中国大陆进行统合（前提是台湾必须为获国际承认的主权独立国家）。而在1990年代前，泛绿为了争取更多中间台湾选民