机构缩减，皇城开放，居民及商店入住，至清朝末年，皇城内外已没有分别。皇城内除宫城、太庙、太社稷、西苑之外，还有皇太孙宫（明英宗之后改为南内）、西内、大量内廷供奉机构（统称“二十四衙门”）以及仓库。明英宗天顺年间，开凿了太液池南海。明武宗在西苑内修建了豹房。嘉靖朝还在皇城内兴建了大高玄殿、大光明殿、玉熙宫等道教建筑。清朝迁都北京后，撤裁了明朝的二十四衙门，西部除保留太液池、西什库、大光明殿之外，均改为王府和八旗民居用地。东部区域除保留由南内重华宫改造而成的普度寺以及皇史宬、缎库外，余地也划拨给八旗居民