二次民族代表大会上，阿弗拉克仍然被选为新一届民族领导机构的总书记，即党的最高领袖。阿弗拉克为复兴党拟定的外交路线是反对英、美为插手中东事务而抛出的巴格达条约组织和艾森豪威尔主义，谋求实现阿拉伯民族的统一，为此要求作为阿拉伯国家中进步国家的代表——叙利亚和埃及率先实行合并。在复兴党的推动下，1958年2月21日叙利亚与埃及合并为阿拉伯联合共和国（简称“阿联”），原埃及总统贾迈勒·阿卜杜-纳赛尔出任阿联总统。然而由于合并前的埃及不允许非执政党存在，合并后依然如此，纳赛尔总统遂迫使阿弗拉克解散复兴党，而阿弗拉克