他的老同志回到古巴。格瓦拉则明确地声明，除非是为了在拉丁美洲国家进行革命活动，因地利之便，他会在绝对机密的情况下回到古巴进行筹备工作外，他将不再踏上这片土地。
玻利维亚游击战.1966年至1967年间，格瓦拉开始在玻利维亚带领游击队员进行革命活动。当地的玻利维亚共产党成员购买了尼阿卡瓦苏的密林地区移交给格瓦拉用作训练区域。格瓦拉及其古巴伴随亦编改了一些游击队员军队方式。格瓦拉的组织大约有50名游击队员，命名为“民族解放军”（史称“尼阿卡瓦苏游击队”），有着精良装备。早期他们在险峻的