象征该国丰富的自然资源和撒哈拉沙漠；红色象征为独立自由而斗争的烈士们所酒下的鲜血。此三色旗于1961年3月1日启用，它删除了原马里联邦旗帜中间的黑色人形图案（基于佔该国总人口90%的伊斯兰原教旨主义穆斯林强烈反对偶像崇拜的缘故）。马里国旗易同几内亚国旗混淆，两旗帜均由红、黄、绿三色组成，区别是马里国旗自左至右为绿、黄、红，而几内亚国旗自左至右为红、黄、绿。