年圆寂后，由阿底峡的另一位弟子南交钦波（1015年－1078年）继任堪布，任内扩建了热振寺。南交钦波圆寂后，由阿底峡的弟子衮巴瓦旺秋坚赞任第三任堪布。衮巴旺秋坚赞圆寂后，由仲敦巴的弟子博多瓦（1031年－1105年）任第四任堪布。16世纪热振寺改奉格鲁派并建立热振活佛系统起，才由热振活佛主掌热振寺。《番僧源流考：西藏宗教源流考》以阿旺曲丹为第六世热振活佛，而热振寺志则以阿旺曲丹为第一世热振活佛。热振寺真正的活佛转世制度是从七世达赖时期开始的。热振寺的组织机构与其他格鲁派寺院不同，其内未设扎仓、康村，