虽然细胞骨架不是细胞质基质的一部分，但是这种细丝网络的存在限制了细胞中大颗粒的扩散。 例如，在一些研究中，大于约25纳米（相当于为核糖体大小）的示踪粒子被排除在细胞边缘和细胞核附近的细胞质部分之外。 这些“排除隔室”可包含比细胞质基质的其余部分更密集的肌动蛋白纤维网状物。 这些微区可以通过从某些区域排除它们并将它们集中在其他区域来影响细胞质内的核糖体和细胞器等大型结构的分布。
功能.细胞质基质没有单一功能，而是许多个细胞过程的发生位置。 这些过程的例子包括从细胞膜到细胞内部特定位置