号客运大楼在3楼（地面层）的两端及中间均设有出入口分别连接地面运输中心及一号客运大楼抵港层。二号客运大楼的登机柜位设于第5层，共有3个登记区（N、P、Q），合共22间航空公司在此办理登机手续。乘客于二号客运大楼登机柜位的另一端进入3楼办理登机手续及通过香港海关后，便可前往第一层乘搭旅客捷运系统，前往一号客运大楼东大堂登机，和40-80，201-230号闸口。
翔天廊.翔天廊是位于香港国际机场二号客运大楼6楼的综合消闲娱乐中心，是航天城内的两座大型商场之一，于2007年初启用。翔天廊