拳乱后在太原迎驾，补归绥道。光绪二十八年（1902年），调直隶口北道。二十九年（1903年），晋江苏按察使。办盐务，杜私贩，反对改场垣为公司以及煤煎轮运之议。授江苏布政使。光绪三十二年（1906年），署安徽巡抚。任内，恩铭大力推行新政，并大胆採用严复等新人。政绩中尤以教育方面最为显着，例如创立安徽陆军测绘学堂、安徽讲武堂、安徽绿营警察学堂，安徽将校研究所，另外，也导入西式军事训练于办马队弁目、炮队弁目、步兵弁目、工辎弁目等。光绪三十三年五月二十六日（1907年7月6日），恩铭在安庆主持巡警学堂毕业典