府划分区属行政区域，现秦淮区大部分属第三区、第四区。中国抗日战争时，大批古建筑因战乱被毁坏或夷平，秦淮文化再次衰落。日军占领南京期间，秦淮分属第一、二区。中华人民共和国建立后，在原民国区划基础上成立南京市第三区，1955年时命名为秦淮区。1966年，文化大革命爆发，以革命城市遵义为名改为遵义区。1973年恢复秦淮区区名。1974年，因批林批孔运动的兴起，秦淮区内的大量儒学文化建筑被破坏。20世纪80年代起，南京市逐步开始保护和重建秦淮地区的历史文化建筑，并将夫子庙地区开发为历史文化旅游景区。1995年，原雨