红豆杉目在生物分类学上是红豆杉纲中的唯一目，在传统分类学中，红豆杉纲隶属于裸子植物门，但新的分类法认为裸子植物的五个纲（松柏纲、苏铁纲、银杏纲、买麻藤纲、红豆杉纲）并不都属于一个单系群，因此单独分为四个门，红豆杉目被合并到松柏纲中。