从此不再参加政治活动，并于民国37年(1948年)接任台中市医师公会第二届理事长。民国69年(1980年)，获全国好人好事表扬。民国85年(1996年)，获国际扶轮杰出服务奖。他通晓汉文、日文、德文、拉丁文、英文，并能够流利使用北京话。曾经担任南投客运董事长，以及化学制药、产物保险、农药公司等多种大型机构常务董事。
家庭生活.巫永昌与吴沛育有二男四女。