丁十字型，长轴长27米，短轴长16米，长轴两端分别为入口前厅及主祭坛。祭坛供放教堂的主保圣人圣若瑟像。与修院相比，圣堂比较华丽且装饰较多，其中较具特色的是主祭坛上两组四枝腰缠金叶的旋柱，柱头以破山花形式收结，以及入口前厅中四枝支撑二楼唱诗台，来自原圣方济各修道院的木制盘旋柱。四个拱顶形成一四边内弯的正方形空间，其上以一罗马式穹窿封顶，穹窿直径为12.5米，顶部高度为19米，开有三环各16个窗户，其中最高一环为假窗，另外两环具透风及採光功能，穹顶内刻有耶稣会会徽。圣堂内现存放着耶稣会传教士、被誉为东方宗徒