在流经巴塞尔之后，莱茵河构成了德国与法国的南部边界界河，然后在靠近卡尔斯鲁厄的莱茵施泰滕（Rheinstetten）进入德国境内。莱茵河有超过1000公里的河道位在德国境内，所以莱茵河也成为德国最长的河流。在德国境内有一些主要的支流注入莱茵河，例如内卡河、摩泽尔河与美因河，使得有每秒超过300立方公尺的水量注入莱茵河。在宾根（Bingen）与科布伦茨之间的莱茵河，穿过了莱茵河谷（Rhine Gorge）。莱茵河谷是因为莱茵河侵蚀所造成的，与地层的上升发生在同一时间，因为地层的上升提高了河道的高度。这