因当时中华民国政府肯定中华文化并欢迎侨生来台，于是投考师大国文系。大三回香港时，拜见当代新儒家学者牟宗三与唐君毅。当时适逢牟宗三于香港中文大学退休，应中国文化大学之邀回台讲学，借师大教室上课，使得杨祖汉有机会亲炙牟宗三。大四时，杨祖汉与王邦雄等人参与《鹅湖学志》的创办。师大毕业后，回香港新亚研究所攻读哲学硕士，1978年取得学位，又回到台湾，于中国文化大学哲学系（1979-2001）、中大中文系（2001-）任教至今。杨祖汉早年以研究牟宗三思想为主，致力于传承新儒家的思想，近年来亦对牟说提出修正意见，并