步分为逻辑子层和电气子层。逻辑子层又可分为物理代码子层（PCS）和介质接入控制子层（MAC）。这些术语借用自 IEEE 802 网络协议模型。PCIe通过协定进行电源管理。
物理层.于使用电力方面，每组流水线使用两个单向的低电压差分信号（LVDS）合计达到2.5 Gbit/s。传送及接收不同数据会使用不同的传输通道，每一通道可运作四项资料。两个PCIe设备之间的连接成为“链接”，这形成1组或更多的传输通道。各个设备最少支援1传输通道（x1）的链接。也可以有2，4，8，16，32个通