历三年（1043年）孔子四十六代孙，曲阜知县，文宣公孔宗愿建讲堂、学舍等。元至元四年（1338年）大修，建大成门、大成殿、毓圣侯祠、学宫等。元末，庙宇毁于兵火。明永乐十五年（1417年）孔子五十九代孙衍圣公孔彦缙重修。弘治年间，又以修阙里孔庙余资重修。清康熙十四年（1675年）、道光二十九年（1849年）再次重修，达到现存规模。1925年，孔子七十七代孙中华民国衍圣公孔德成集资修葺，并修颜母祠与尼山书院。1977年，公布为山东省文物保护单位。2006年，公布为全国重点文物保护单位。