广泛应用的CRISPR核酸酶，其次是Cpf1，其在的CRISPR/Cpf1系统中被发现。其它这样的系统被认为存在。由于其对DNA干扰（DNAi）的特性（参见RNAi），目前被积极地应用于遗传工程中，作为基因体剪辑工具，与锌指核酸酶（ZFN）及类转录活化因子核酸酶（TALEN）同样利用非同源性末端接合（NHEJ）的机制，于基因体中产生DNA的双链断裂以利剪辑。第二型 CRISPR/Cas 经由遗传工程的改造应用于哺乳类细胞及斑马鱼的基因体剪辑。其设计简单以及操作容易的特性为最大的优点，目前已逐步应用在各种