国民抗日军加入平西八路军晋察冀军区聂荣臻司令员指挥的八路军挺进军，改编为八路军晋察冀军区第五支队，高鹏任副司令员。同年12月加入中国共产党。1938年，第五支队改编为第三团，高鹏任晋察冀军区第一军分区副司令员。1940年，参加了百团大战。1945年日本投降后，高鹏调回东北。1945年后历任东北人民自治军总部参谋处长，辽宁省保安司令部参谋长，参加了秀水河子战役和四平保卫战。1946年，任辽西军区副司令员兼参谋长。中华人民共和国成立后，高鹏历任东北军区防空部队副司令员兼参谋长，东北军区空军副司令，沈阳军