了分所，由拉比担任主管。奥本海默于1942年尝试委任拉比和罗伯特·巴彻到洛斯阿拉莫斯从事一项秘密计划。他们认为科学研究需要是公民事务，因此认为奥本海默的军事实验室计划不会成功，并成功说服了奥本海默。为此计划受到了修改，新开设的实验室为公营实验室，按战争部的合同由加州大学运作。拉比到最后还是没有到美国西部去，但就同意了担任曼哈顿计划的顾问。拉比出席了1945年7月的三位一体核试。在核试那里工作的科学家设立了竞猜核试威力的彩券，预测从完全失败到4万5千吨黄色炸药爆炸当量不等。拉比迟到后发现彩券只剩1万8千吨