改后，加大垂尾面积，减小腹鳍，克服了原尾腹鳍过大对着陆的不利影响。飞机採用矩形二元进气道，用水平调节斜板进行调节。这是米格系列飞机首次採用两侧进气佈局，但尚未解决在土质跑道上起降时吸入外物的问题。在一次高速飞行中偏转副翼时因机翼严重扭转而出现副翼反操纵，飞机坠毁，试飞员丧生。查明原因后规定在高速下不用副翼，改用差动平尾进行操纵。但因全动平尾的转轴位置安排不当，在个别飞行状态下助力器的功率不足，舵片无法复归，再次机毁人亡。经分析后将平尾转轴向前缘移动了140mm。这是米格25研发史中的2个重要事件，前