近，遭秦桧迫害流放。绍兴十年，李纲去世，张元干作《挽少师相国公李公五首诗》悼念。绍兴十二年（1142年），胡铨流放新州（今广东新兴县）任编管，胡铨因得罪秦桧而朝中无人与立谈，「士大夫畏罪箝舌之苦，莫敢与立谈」。张元干不顾当时政局，冒政治风险，撰写《贺新郎．送胡邦衡待制》送行，表达其对投降派之不满及对胡铨之支持。秦桧于绍兴二十一年（公元1151年）得知此事，兴狱把张元干从福州逮捕至临安审讯，翌年初被除名削籍。
晚年.除籍后，张元干遂至江南。绍兴二十三年起，先后于苏州、虎丘、镇江鹤