到上海方面活动，创办东南大学商学院（后为上海商科大学）。1921年回到北京，当选北京大学经济学会会长。1923年（民国12年），中国经济学社创立，马寅初任社长，刊行杂志《经济学专刊》。
国民政府.1927年（民国16年）3月，北京政府的张作霖封锁北京大学，蔡元培投奔国民政府，来到杭州，任浙江临时政治会议委员兼代理主席。蔡元培招聘北京大学教授马寅初、蒋梦麟等人参加浙江省建设。马寅初出任禁烟委员会委员，从事取缔鸦片工作，并且准备创设农民银行。但不久，张静江（张人杰）出任浙江省政府委员，