上任不久的总统陈水扁的支持度一度严重下滑，陈水扁也因此两次道歉。当时兼任行政院灾害防救委员会主任委员的行政院副院长游钖堃因此辞职，行政院长唐飞亦处分许多相关官员。2000年7月24日，政府为整合国内救灾资源，强化国家救难机制，奉行政院指示，先由当时国防部国军搜救协调中心为作业幕僚，并以任务编组方式成立行政院国家搜救指挥中心，后因救灾仍宜编制于行政机关，于2003年改由内政部消防署承接作业幕僚及任务，目前国搜中心设于消防署厅舍，结合消防署、卫生署空中转诊审核中心轮值医师共同执勤，达到快速反应救援、同步协调