家贫，典当二万卷书于仁和黄坚仓。干隆元年（1736年）中三甲第三十六名进士，赐‘同进士出身’，时年三十二岁。初为庶吉士，不久受权贵排斥，散馆归班，干隆二年九月回乡，专心着述，授徒为业。应绍兴太守杜甲之请，任蕺山书院山长，因杜甲傲慢，不久辞去，又主讲过广东高要端溪书院。为谢山学派创始者，弟子有董秉纯、卢镐、蒋学镛等。其遗作由董秉纯整理。干隆二十年(1755年)，六月底，全祖望不复能言，日夜作鼾声如睡，七月二日，声渐微，卒年五十一岁。全祖望既逝，董秉纯、蒋学镛又请杭世骏校订《鲒埼亭集》书稿，并代为作序。杭世