辛亥革命爆发。1912年1月7日夜，冯特民、李辅黄等人组织领导了伊犁革命党人起义，1月8日凌晨控制惠远城，光复伊犁，宣告独立，并且很快稳定了伊犁局势。冯特民任起义军参谋长。起义后成立中华民国新伊大都督府，冯特民任外交部长。不久，冯特民率军同清朝新疆巡抚袁大化的军队在精河一线作战，相持数月。1912年5月停战议和，成立新疆都督府，杨增新任都督，冯特民任外交司长。但冯特民拒不赴任，乃改任伊犁外交司长、塔城道观察员等职。1913年10月26日，在杨增新唆使下，冯特民、李辅黄被杀害。