共八届十中全会上，邓子恢提出的支持包产到户的主张被当作“修正主义纲领”，受到严厉批判，撤销了邓子恢领导的中共中央农村工作部。1965年1月召开的第三届全国人民代表大会第一次会议，被免去国务院副总理职务。改任第四届全国政协副主席，分管计委财经工作。文化大革命，邓子恢遭到迫害。1969年10月疏散广西，1970年6月回北京住院治疗。1972年12月10日在北京医院逝世。12月14日，中共中央召开追悼会，纪登奎主持，叶剑英致悼词。1981年3月9日，中共中央办公厅转发为邓子恢同志平反的通知，其中指出“他对