荫南之父邓善昆务农为生，亦有习武，为人正直，遂加入天地会。邓荫南亦在父亲的影响下成长。邓荫南早年毕业于开平公学堂，后于1871年随伯父和兄长前往美国檀香山生活，并在华文学院毕业，期间因缘际遇与孙中山之兄长孙眉同船并成为深交。邓荫南同时在檀香山接触到基督教，不久便归信受洗，成为基督徒。及后，邓荫南转为经营农场、蔗园与糖厂，逐渐累积起财富。邓荫南为人乐善好施，深受当地华侨及土着所敬仰。邓荫南虽然事业有成，但依然不忘祖国，对于清政府的腐败痛心疾首。故此，邓荫南和兄长邓灿加入了当地三合会组织，致力于反清事业