2011年11月8日、11月11日与2012年7月26日。与原版相比，这一版本使用3D人物模型重头构建画面，加入了视角自动调节系统和一个附加关卡，并引入了制作的重混音轨，其日语版本还有NIS发行的其他游戏（包括《疯狂攀登者》、《农夫忍者》与Dragon Slayer系列）的角色客串。为了有更多时间完善《洞窟物语3D》，天谷大辅甚至辞去了软件开发的工作，转而担任《洞窟物语3D》的总监。他曾谈到，鉴于需要考虑多得多的细节问题，转向3D的确较为困难。
媒体评价.《洞窟物语》在评论家中赢得