高昌王都与朝廷通好，隋炀帝又让樊子盖检校武威太守，与两个蕃国打交道。612年（大业八年），隋炀帝征讨高句丽，在辽东战场上，樊子盖任摄左武卫将军，从长岑道出兵。后因在皇帝身边宿卫而未能出行。进授左光禄大夫，民部尚书如故。同年，隋炀帝回东都洛阳，以子盖为涿郡留守。九年，隋炀帝再次征讨辽东，命子盖为东都留守。这时杨玄感发动叛乱，来攻打洛阳城，子盖遣河南赞治裴弘策领兵迎击，却被打败，子盖斩弘策。国子祭酒杨汪对他稍有不恭，子盖又将斩之。杨汪下拜谢罪，顿首流血，很久以后才放过他。于是三军莫不战栗，将吏无人敢对他仰视