取得哥廷根大学博士。1863年8月8日他在耶拿大学成为了一个合格的讲师。1870年任耶拿大学物理学教授。1878年任耶拿天文台主任。后来恩斯特·阿贝加入蔡司公司从事显微镜的设计和研究，对显微镜理论有重要的贡献，因此成为卡尔·蔡司的合作人。恩斯特·阿贝对光学玻璃有奠基的研究。1884年，恩斯特·阿贝和奥托·肖特在耶拿创建肖特玻璃厂。1886年恩斯特·阿贝聘请光学设计家保罗·儒道夫为光学设计部主任。1888年，卡尔·蔡司逝世，恩斯特·阿贝成为了蔡司公司的东主。1905年恩斯特·阿贝在耶拿逝世，终年64岁。