文为广西总兵，率大军征讨叛乱的少数民族武装，激战数月，杀死瑶人二万八千多，获胜班师。又奉命在广西推进“改土归流”政策，新设南丹卫、奉议卫、庆远卫等卫所，复设立龙州军民指挥使司，并选派内地汉族将官镇守，加强了对广西的实际控制。洪武三十年（1397年），贵州侗族首领林宽起兵叛明，杨文再次率大军南下进剿，俘虏林宽两千多部众，平定叛乱。
靖难被俘.洪武三十一年（1398年），杨文受命为北平总兵官，归燕王朱棣节制。建文初年（1399年）驻守开平，燕王发动“靖难之役”后，杨文被调到辽东辅佐江阴