而石旸睢受聘为该馆的正式职员。而在他的规划下，于大南门附近辟地展示台湾历史馆活动收集到的石碑，即今之南门碑林。后来由于第二次世界大战的关系，台南市历史馆停止营运，史料分藏于馆南楼房与开山神社，而1944年赤崁楼整修后，隔年1月又有部分史料移到赤崁楼旁的蓬壶书院，预定于4月1日重新开放展览，却由于3月1日的台南大空袭导致该馆馆舍与馆南楼房内的史料被毁，该计划遂告吹。此外在1944年时，石旸睢曾受聘为台南高等工业学校（今成功大学）建筑科的「台湾古代建筑」之顾问。1945年8月15日日本投降后，为维护历史馆剩