独立股东在2007年10月9日的特别股东大会上投票通过合併方案。 两铁合併的程序在政府刊宪后完成，并于2007年12月2日合併，地铁公司合併后的中文名称将改为「香港铁路有限公司」，而英文名称则维持不变。2007年12月2日，地铁正式与九广铁路合併成港铁公司。
收费.两铁合併前，香港的地铁收费分成人及特惠两种。3-11岁的小童、65岁或以上的长者、12至25岁的全日制学生 才可使用特惠车资。3岁以下的小童则可免费乘搭。不同于其他不少地铁系统，香港的地铁收费并非划一，而是根据路程长