签署该协定，并于2008年7月1日正式生效，成为印尼首份签署的双边自由贸易协定。
审查.协定规定须在5年内进行全面审查，而印尼政府于2013年要求进行一次审查，自2015年起，两国同意重新谈判及检讨协定条款，印尼方面（由总统佐科·维多多主导）打算使日本投资者增加对该国基础建设的投资。谈判在2018－2019年间持续进行，初步目标是于2019年底完成磋商。 截至2020年1月，有关更新协定条款的谈判仍在进行。