割让，朝崧与家人内渡福建泉州。光绪二十三年（1897年）一度返回台湾停留数月。光绪二十四年（1898年）移居上海，次年返台定居。在台湾，林朝崧常与洪弃生、赖绍尧、林幼春、陈瑚、吕敦礼、陈怀澄等诗友唱和，明治三十五年（1902年）与姪子幼春及赖绍尧倡组栎社，明治三十九年（1906年）栎社正式创始。明治四十三年（1910年），栎社于台中举行“庚戌春会”，次年邀请梁启超来访。林朝崧晚年，投入台中中学及「台湾同化会」的创建工作。不久同化会由于台湾总督府打压而失败，林朝崧愤懑病故。
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