83年，阿坦巴耶夫成为吉尔吉斯共和国最高苏维埃主席团顾问兼秘书。1993年创建吉尔吉斯斯坦社会民主党并出任该党领袖，1995年2月当选为议会下议院议员。2000年10月，阿坦巴耶夫参加总统选举，但最终以6%低票落败。2005年9月，他被新总统库尔曼别克·巴基耶夫任命为工业、贸易和旅游部部长。2006年4月，他批评时任总统巴基耶夫徇私舞弊、阻挠政治改革并主动辞去职务。此后，他与同年请辞的吉议长捷克巴耶夫共同组建了「支持改革」反对派联盟。2007年3月29日，经时任总统巴基耶夫提名，阿坦巴耶夫接替阿齐姆·伊