为部队偏向于支持分裂国家，因此下令将其武器收缴存放。1861年7月20日，巴克纳宣布州委员会的所做所为让自己无法行使职责，因此选择辞去自己在州民兵部队中的职务。这年8月，北军陆军总司令温菲尔德·斯科特和战争部长西蒙·卡梅伦（）先后邀请巴克纳加入北军并可获准将军衔，其中战争部长的邀请还是来自亚伯拉罕·林肯亲自下达的命令，但巴克纳均选择了谢绝。此后邦联陆军的列奥尼达斯·波尔克（）占领肯塔基州哥伦布，破坏了该州的中立性，巴克纳也在1861年9月4日与之前许多州民兵部下一起加入邦联陆军，成为准将。路易斯维尔的联邦官