体III（细胞色素bc1，辅酶Q：细胞色素C氧化还原酶）的反应机制称为辅酶（“Q”）循环。 在这个循环中，四个质子被释放到正“P”侧（膜间空间），但只有两个质子从负“N”侧（基质）被吸收。 结果，在膜上形成质子梯度。 在整个反应中，两个被氧化成辅酶，一个辅酶被还原成。 在完整的机制中，两个电子通过两个细胞色素c中间体从泛醇转移到辅酶。总体：第1轮：第2轮：
复合体III的抑制剂.有三组不同的复合体III抑制剂。一些已被商业化为杀真菌剂（甲氧基丙烯酸酯Strobil