新站房日发送旅客由原来的91万人增加到450万人。2008年北京奥运开幕前夕，北京北站至北五环以内的线路进行了美化工程，并配套开行了北京市郊铁路S2线，直达八达岭和延庆，2011年部分列车又延长至北京市界外的沙城站。2016年11月1日，受到京张城际铁路施工的影响，北京北站停办客运业务，从北京北站开出的最后一班旅客列车为满洲里至唿和浩特的K273次。在改造期间，北京市郊铁路S2线改由黄土店站始发终到，而普速列车则改由昌平北站始发终到。在客运停办期间，车站继续保留售票业务，同时候车室暂时改建为羽毛球馆