克描述了威尔基猪笼草。之后，该类群便被认为与菲律宾猪笼草是同一个物种。马修·杰布和马丁·奇克认为菲律宾猪笼草与婆罗洲的刚毛猪笼草、粗毛猪笼草和大型平庸猪笼草之间存在着密切的近缘关系，且比与翼状猪笼草的关系更近。 菲律宾猪笼草是猪笼草属中能同时开放最多花序的物种。其单个植株可同时开放190枝花序。尚未发现菲律宾猪笼草的自然杂交种，也未有关于其变型或变种的正式描述，但在巴拉望的众多独立山峰上存在众多类似于菲律宾猪笼草的类群。