关系协会（今台湾日本关系协会）负责对日关系事务。1992年，亚东关系协会东京办事处改名为「台北驻日经济文化代表处」。日本在台湾设立的对应代表机构为日本台湾交流协会的台北事务所、高雄事务所。随着2017年1月1日「日本台湾交流协会」更名，驻日代表谢长廷认为代表处以「台北」取名容易被误解是台北市政府的驻外机构，因此建议代表处职员对外直接使用「台湾驻日代表处」来让日本民众清楚理解其身为外交机构的地位与功能。