为求与其和解就杀害王国宝，令人不敢再支持他。面对王恭举兵，司马道子委军事给儿子司马元显，由其统领司马尚之等领兵抵抗。庾楷先遣汝南太守段方出战，在慈湖与司马尚之交战，段方大败被杀。至九月己亥日，庾楷又于牛渚大败给司马尚之，唯有逃奔桓玄。王恭不久因部将刘牢之叛归朝廷而兵败被杀，殷仲堪与桓玄等人在寻阳结盟对抗朝廷，当时朝廷因不知荆州军队的虚实，故此十分畏惧，唯有下诏慰抚他们，请求和解，殷仲堪等人亦接受朝廷任命，各自返回方镇。不过，当时朝廷下诏并没有赦免庾楷，庾楷唯有依附桓玄，并被当时被任命为江州刺史的桓玄任命