菲律宾海海战中，矢矧号作为驱逐舰队的旗舰，指挥8艘驱逐舰为航空母舰护航。在1944年6月19日机动部队的舰载机攻击了美军第五舰队，但损失了大量飞机。矢矧号与驱逐舰浦风号救起了被美国潜艇击沉的翔鹤号上的570名水兵。从1944年6月末到7月初，矢矧号在吴港进坞改装，于舰身中部增加了两座三管96式25mm砲，以及13式对空与22式对海雷达。1944年7月8日矢矧号随舰队离开吴港回到新加坡。1944年10月22日矢矧号作为第十战队旗舰（司令官：木村进少将），参加了雷伊泰湾海战。在战役中遭到了美军第38特遣