9年的吴镇守府和佐世保镇守府，1901年的舞鹤镇守府等相继设立。但是，最初预定在室兰的设立计划，最终于1903年取消。清廷割让辽东半岛后，1905年日本海军于旅顺设立旅顺口镇守府（1906年改称为旅顺镇守府，1914年改制）。舞鹤于1923年受华盛顿海军条约的影响曾废止一段时间（降级为要港部），但于1939年恢复。镇守府在第二次世界大战结束之后的1945年11月被废除。而战后日本的海上军事组织——1952年成立的警备队和1954年成立的海上自卫队内，也设置了相当于旧日军海军区、镇守府的（现有、、、、