人类优秀的机器人诞生后，人类是为何而存在？《动漫画设计》的着者王受之则指出，本片提出一个相当严肃的问题：「人和机器人的区别究竟在哪里？」明治大学研究所特任教授冰川龙介也认为本片是对「人的本质的考问」。另一个受到探讨的层面在于「性」、「性别认同」和「自我认同」。日本现代文学及流行文化研究教授莎拉琳·奥尔博（）表示：「整个故事围绕着性/性别认同的本质，以及在一个机械复制体已经取代有性生殖的未来世界中，找寻自我认同的课题。」。开头草薙提到，她因为月经来了导致大脑出现异常电波；但有着生化躯体的她其实不会有月经。