晚六时，一场大火令圣保禄学院以及天主之母教堂付诸一炬，仅余圣保禄学院的部分地基及围墙，而教堂之前壁仍健全，因中国人简称São Paulo为"三巴"，而为了区别于另一间圣若瑟修院（称"三巴仔"），则称之为大三巴，又其形状有如中国的牌坊，故称为今天着名的大三巴牌坊。
学制.学院的学制分为两部分，一是初修院（即预科教育）、一是神学院（六年制），完成神学课程即可授博士学位。1594年12月1日正式开学时，该院已拥有了四个班级：1.250人的读写班；2.语法学班；3.人文学班；4.艺术课程班