冯自由在日本横滨跟随父亲冯镜如及叔父冯紫珊（冯镜如之弟）加入兴中会，年仅14岁，是年龄最幼的会员，父亲冯镜如被推为兴中会横滨分会会长。冯自由加入兴中会后，曾经先后在横滨、东京的康有为、梁启超所办的大同学堂学习。1899年，梁启超在横滨发展保皇会，出版《清议报》，冯镜如任总理，冯紫珊任经理。1900年，冯自由因反对康有为，改名“自由”。同年入东京早稻田大学学习，与郑贯一等人创办《开智录》半月刊，鼓吹革命，与《清议报》对垒。1901年，与李自重、王宠惠等人组织广东独立协会，又与王宠惠、秦力山等人发行《国民日日报