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明郑时期.颜思齐、郑芝龙攻台，有些人便到大龟肉（盐水旧称）居住。明天启三年（1623年）盐水糖郊「崇兴行」自湄洲迎来一尊妈祖（糖郊妈），合祀于福德祠，为现盐水护庇宫。台湾有不少妈祖庙将其源流追溯到郑成功与其军队，例如安平开台天后宫、本协朝天宫（台南后壁）、下桥头朝安宫（台南后壁）等庙，不过有学者如卢嘉兴则认为郑军信奉的是玄天上帝，明郑时期并未建妈祖庙。清朝为了巩固政权，宣扬妈祖帮助清兵的神蹟，展现清朝统治为顺应天意。但也有学者如石万寿则认为郑军子弟多来自妈祖信仰广布的东南沿海