廷下诏司马灵寿招募义士，得到两千多人，跟从西平公安颉攻破虎牢、滑台、洛阳三城，将五百余家迁徙到河内郡。司马灵寿又跟随讨伐柔然，西征凉州，所到之处都立下功劳。司马灵寿后出任辽西郡太守，任内治理受到清廉俭朴的称道。太和九年（485年），司马灵寿去世，朝廷赠予怀州刺史，谥号靖。司马灵寿娶太宰、顿丘王李峻的女儿，与岳父李峻来往关系不好，每次相见都被贬退，所以官职无法升到高位。