的努力下，2006年10月，新任日本首相安倍晋三对华进行访问，与中国建立“战略互惠关系”。而中华人民共和国总理温家宝也对日本进行访问（史称“融冰之旅”）。2007年回国后，王毅出任外交部党委书记、副部长；并在当年10月召开的中共十七大上，首次入选中央委员会委员。
出任国台办主任.2008年6月，王毅接任陈云林任中共中央台湾工作办公室主任、国务院台湾事务办公室主任。在任五年期间，两岸关系得到明显改善，2008年6月开始海峡交流基金会与海峡两岸关系协会进行高层会谈（最初为江陈会议）