十八年（1674年）至三十三年（1679年），郑氏复佔金门，作爲经略福建的前进基地。永历三十四年（1680年），清军二度攻佔金门，明郑投降，金、厦遂为清廷管治。永历三十七年（1683年），清军攻佔台湾后，实施复界，因迁界离开的居民陆续返回原籍。清代时为防倭寇，立塞置汛。清朝雍正元年（1723）于金门置有盐大使，管理盐业；雍正12年（1734）又将同安县城办公处移设金门，沙美依然设有浯洲场。光绪二十一年（1895年）七月，德意志帝国海军大臣向清廷外交大臣提出，要在中国寻找一个军港。当时的德国东亚巡洋舰