子阿僧哥等人为万安寺的殿堂设计“塑造大小佛像一百四十尊”。元朝姚遂《牧庵集》卷十一普庆寺碑文记载，大承华普庆寺的殿堂布局仿照大圣寿万安寺，只是规模比万安寺小。元朝赵孟頫的《大普庆寺碑铭》记载了大承华普庆寺的五进建筑的详细格局，可由此推测万安寺的格局。至大四年（1311年），元朝朝廷专设“万安规运提点所”，品秩为正五品，负责万安寺的修缮工程。天历三年（1330年），“以万安规运提点所既废，复立万安营缮司”。1978年北京市文物局大修白塔时，在塔刹部位发现了一条至正四年（1344年）修缮白塔的刀刻题记。