到了回回叛乱分子残酷的屠杀。并且与俄罗斯帝国合谋，通过伊犁危机让出外西北以换取沙俄资助。包括哲合忍耶派信徒在内的大量回回军民也因清朝的镇压而丧生。国民政府时期，哲合忍耶派也是反对国民政府的主要力量。在1930年代已拥有超过八万军队，是传统门宦中唯一可与马家军分庭抗礼者。在1948年板桥支系教主马腾霭与堂表兄弟沙沟支系教主马烈孙向解放军投降。二人之后代目前仍是中国共产党高级干部。