四年（1685年）乙丑科进士，官至吏部右侍郎，遭弹劾，托病辞官归。少与黄宗羲交游，探讨性命之学，宗羲有诗《赠仇沧柱》。着作多种，有《四书说约》、《杜诗详注》等，其中康熙三十二年脱稿的《杜诗详注》为杜甫诗学研究集大成之作，成就极高。研究《周易参同契》、《悟真篇》，精深入微。仇兆鳌另好阴阳仙术，着有《古本周易参同契集注》、《悟真篇集注》（陶素耜推崇此书“事理贯通，深达道妙”、“美不胜收”），晚年幡然省悟而止。康熙五十六年（1717年）十月初五，卒。