治运动十分关心。1990年12月9日，主张「政治民主」、「学术自由」、「社会正义」、「文化提昇」、以及「环境保护」的「台湾教授协会」在台北宣布成立，刘俊秀不但是创会会员，同时也当选为该会的执行委员会委员（台湾教授协会 2009）。1991年，法务部调查局侦办之「独台会案」发生，调查局干员在未通知校方的情况下，于5月9日凌晨直接闯入清华大学的研究生宿舍逮捕了当时就读于该校历史研究所硕士班的廖伟程，同日又逮捕了毕业于台湾大学社会学研究所的陈正然、民主进步党籍的社会运动参与者王秀惠、以及传道士林银福等三人