近海有海寇侵扰，阻隔海路，官兵多次围剿不利。阮登楷到任后，和清华总督段文长联名上奏，陈说官兵“三不便”，并提出应对之策，得到明命帝嘉奖，并因此暂代巡抚之职。当年清华出现流民，阮登楷又提议雇佣民工开港採石，以工代赈。明命十四年（1833年），北圻发生黎维良叛乱。阮登楷会同安静统督谢光巨、统制黄登慎一起镇压，将其击败。嗣德三年（1850年），嗣德帝派阮登楷为河静、乂安、清化经略大使，去北圻巡视。当时中国华南和北圻都在发生罕见的洪灾，不少百姓揭竿而起。中国山贼广义堂、六胜堂、德胜堂也窜入北圻境内，以三塘县