车站大堂及站台加装了自动扶梯和电梯，同时实现了旅客进站、旅客出站、货运完全分流。2004年至2008年间又进行了一次翻新，这次翻新程包括：屋顶、将3至6站台由低站台加高为高站台，并进行了加长、车站主楼、塔楼、天桥等等。2019年9月23日，哥本哈根地铁3号线（城市环线）开始在哥本哈根火车总站设站，这条地铁线共有17座车站，提供7*24小时服务。2020年3月28日通车的哥本哈根地铁4号线也在本站设站。