更上一层楼，在2012年4月8日，南区作客以 1–0 击败葵青，获得2011–12年香港乙组足球联赛亚军，历史性升上香港甲组足球联赛。
初次登上顶级联赛 （2012–2015年）.2012年11月3日，南区于主场以 3–1 击败公民，赢得球会史上首场甲组联赛胜仗。最终，南区升上甲组的首个球季以 18 战 6 胜 6 和 6 负成绩，获得联赛殿军，而教练冯凯文更夺得该年度最佳教练奖项。2013–14年球季，南区首度获冠名赞助，赞助商为皇室水疗，球队更名为「皇室南区」。2014年5