赞大臣一员，办事兼领队大臣一员。南路设总理回疆事务参赞大臣一员，管理喀什噶尔、叶尔羌（今莎车）、英吉沙尔（今英吉沙）、乌什、阿克苏、库车、和阗（今和田）、喀喇沙尔（今焉耆）等城办事大臣或领队大臣。东路设乌鲁木齐都统，管理古城（今奇台）、巴里坤、哈密、库尔喀喇乌苏（今乌苏市）等城办事大臣或领队大臣。嘉庆重修《大清一统志》以伊犁将军统辖之地为西域新疆统部。1763年，在伊犁河北岸兴建了一座城市，干隆皇帝命名为惠远城，作为伊犁将军的驻地。从此，惠远城成为新疆地区的首府。又陆续修建了宁远城（今伊宁市）、惠宁