轰哲蚌寺时，为阻止喇嘛们的惨重伤亡，仓央嘉措自愿出降被俘，被拉藏汗部准备途经青海押回北京。六世达赖喇嘛的结局各史料记载不一。按照清朝官方的说法，仓央嘉措于11月15日行至青海道附近得病圆寂，按照乱臣的处置方法，将尸体抛弃在野外。当时西藏官方亦称其在青海湖附近的公噶瑙尔圆寂。不过，有不少人怀疑他遭到了谋杀。不过，与官方史料记载截然不同的是，其他资料中却普遍记载着仓央嘉措逃脱的说法。其中一种说法是：康熙帝派人至西藏调停和硕特汗与西藏格鲁派的关系，因拉藏汗种种诋毁，钦差无可奈何，只得邀请仓央嘉措去北京辩解