杉谦信的勇武所折服，成为其麾下势力。上杉谦信平定越后之际，新发田纲贞的嫡子新发田长敦继承了家名，成为新发田城城主。新发田长敦侍奉上杉谦信后逐渐头角显露，以优秀的外交手腕着称，担任春日山城门的班职，并在各地的战役中活跃，因此受上杉谦信的重用，列为越后七手组大将之一。第四次川中岛之战中，新发田部队击溃了武田军诸角虎定部，并讨取老将诸角虎定，立下了大功。1568年，武田军进入信州长沼，新发田家受到上杉谦信动员的命令，新发田长敦率同一族的五十公野家出阵信州饭山，这以后他又先后担当了上杉家内政和充分发挥了其优秀的