出击收复澎湖。福建总兵俞咨皋、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。是年九月，总兵俞咨皁统率三军与荷军苦战七个月，炸毁红毛城，终于收复澎湖，荷将高文律（Kobenloet）等十二人被捕。天启五年（1625年）升任工部右侍郎，总督河道，因被魏忠贤、黄承昊等人劾奏而被罢官。崇祯元年(1628年)被重新起用，任户部右侍郎，曾提议增加军饷。工部尚书张凤翔因军械未能齐备而下狱，南居益代理工部尚书。不久，兵部尚书梁廷栋弹劾郎中王守履失职，南居益上疏说情