太平洋与大西洋，全长82公里，大致呈西北－东南走向。运河最宽处达304米，最窄处也有152米，是世界的航运要道之一。运河在太平洋一侧有两座船闸，在大西洋一侧有一座船闸。在大西洋一侧的船闸有三层，高达21米，每扇有745吨重，但平衡相当好，只要30千瓦功率的电机即可驱动开合。船室长305米，宽33.5米，船只在船闸中被提升26米，进入人工筑坝拦截查格里河形成的嘎顿湖，通过运河再经过一座单层船闸降到海拔16.5米，进入米拉弗洛湖，最后经过一座双层船闸降到海平面高度进入太平洋。每座船闸都是成对的，所以可以双行