学问深厚，尤注重通经致用。他担任尊经书院山长期间，重振了着名的“蜀学”，使蜀学派一跃成为当时中国学术的顶峰，因而在晚清及近代学术思想史上名垂千古。钱基博曾指出“疑古非圣，五十年来，学风之变，其机发自湘之王闿运；由湘而蜀，由蜀而粤（康有为、梁启超），而皖（胡适、陈独秀）; 其所由来者渐矣，非一朝一夕之故也。”足见王闿运在清末民初的历史地位。王闿运来到尊经书院后立即考试学生，题目是“玄端，冠端所用。”学生们答题大多依据干嘉学派大师阮元的《十三经注疏校勘记》等流行着作。唯独胡从简“取证经记，曲折旁通，”立即受