军大学校干事、监军部参谋长兼陆军大学校校长，协助德国教官梅克尔少校训练军队。1889年8月24日，儿玉源太郎晋升陆军少将，任监军部参谋长。改任陆军次官兼军务局长兼陆军省法官部长。甲午战争开始后，任大本营留守参谋长兼临时检疫部长，被称为“日清战争的萧何”。日军攻陷平壤和黄海海战后，由于掌握制海权后，立即组编陆军第二军。由于陆军大臣大山巖出任第二军司令官，他于是成为实际上的陆军大臣，从兵力部署到物资辎重，无一不躬行实践。1895年8月20日，日本明治天皇赐其金鸱勋章及旭日重光章，并授予男爵爵位。后擢任第