旋即与港菁队友林嘉纬一同外借杰志，一季后被杰志正式收购，当时陈肇麒的位置是中坚，但被香港青年军教练黎新祥认为他身材高大并且射术出色，看准他有前锋的潜质，所以开始改踢前锋。
杰志.陈肇麒加盟杰志首季，由于表现出色，以18岁之龄成为杰志的正选前锋，绝对是少年得志。及后陈肇麒一直坐稳杰志正选多年，在杰志后期更担任队长一职，成为杰志标志性的人物。2003－04、2004－05和2006－07季度，陈肇麒更三次成为香港足球明星选举的最佳青年球员。2006－07年度球季，陈肇麒因为遭受南华球迷