尼西亚经济实质成长的重要因素，然而独裁倾向的「新秩序」被指责用以贪污及压制反对势力。1997年，印尼于亚洲金融风暴经济遭受重创，引发大规模对「新秩序」政策的不满，并引发大规模排华动乱，苏哈托被迫于1998年5月下台，结束32年执政。1999年，东帝汶举行公投决定独立，也结束了25年来印度尼西亚备受国际谴责的军事佔领。苏哈托下台后，民主化进一步巩固，包括地区自治，并于2004年进行首次总统直选。政治及经济上不稳定、社会动盪、贪污及恐怖主义延滞了民主化进程，但于近年来经济情况有所好转。虽然在不同宗教及种