关原之战旧伤口破伤风复发的关系，早年病逝。法名为祥寿院殿清凉泰安大居士。墓所于滋贺县彦根市祥寿山清凉寺。逝世后，井伊氏开始直政没有实行的建造彦根城，因而同时间有佐和山藩和彦根藩同时存在。他有两名儿子。长男直胜因为多病体弱的关系，被分封至安中藩，而次男直孝则继承了家督。德川幕府执政二百多年间，井伊氏共有五名子弟先后出任德川家大老，可见井伊氏在幕府的影响力。刚投靠家康时，直政曾说：「愿为德川家之厚恩而身死以为报答！」家康曾评价直政：「平时虽言少沈默，但心平稳重，肚里想着不少计划，也为实行这些计划决不改移