三藩市国际机场站在国际客运大楼的三楼，隔壁为停车场G。车站设有两个出入口，一个设在三楼，通往国际客运大楼，另一个则通往停车场G和三藩市国际机场旅客捷运系统车站。
车站构造.三藩市国际机场站是一个总站。列车从101公路西边的架空三角线进入车站。三藩市国际机场站拥有四个月台，格局上与港铁彩虹站相似。不同之处在于三藩市国际机场站的两个岛式月台为相连港湾式月台。由于使用三藩市国际机场站的客量被高估，只有1号月台和3号月台被使用，而2号月台和4号月台则用作列车停泊之用。Section