航母突袭本土虽然有所准备，并且在外海600-700英里范围部署了渔船预警网（当时舰载机的续航距离约为200英里），却没有预料美国航母搭载航程较远的陆军轰炸机。事实上美军企业号和大黄蜂号就遭到日本预警渔船发现，而正从印度洋返国的第1航空舰队也派出赤城号、苍龙号及飞龙号三艘航母，由马公赶往追击。但因为美军航母早已调头，结果日军一无所获。空袭东京本身造成的损伤极为轻微，但大本营和联合舰队对于无法保护皇居引以为耻，决心尽快歼灭美国航母并展开报复。4月20日，大本营参谋本部第一部长正式批准MI作战，并表示陆军愿意提供