年（789年），由惠能弟子正干禅师创建，起初名字为般若堂，后改万福寺。希运法师在此出家，后义玄法师参学希运，在河北正定创立临济寺，临济宗从此扬名。历代都有修葺，清朝毁于倭寇入侵。万历二十九年（1601年），正圆禅师重建，后明神宗御赐藏经并敕“万福禅寺”。明朝崇祯十年（1637年），隐元法师任万福寺住持，并在清顺治十一年(1654年)应邀率众东渡日本并创立黄檗宗，对中日佛教及文化交流影响深远。后寺庙由于山洪而毁，在中日佛教界支持下，佛寺于1989年得到重修。