水利总局顾问。1950年6月回到唐山交通大学任教。1953年被调至清华大学任教。在随后的年间，他编写了重要的学术专着《洪流估算》和《工程水文学》。1955年4月，黄河三门峡大坝工程动工。同月，中华人民共和国水利部召集学者和水利工程师70多人就已开工的黄河三门峡水利规划方案进行讨论。在当时流传“圣人出，黄河清”的言论下，黄万里是唯一反对建造三门峡水库的与会者，并与其他专家在会上进行了七天的辩论。1957年6月19日，黄万里在清华大学校刊上发表散文《花丛小语》，被中共中央主席毛泽东批示“这是什么话？”，