国际航线连接坎帕拉、内罗毕、开罗、亚的斯亚贝巴及喀土穆。其它地方机场的跑道仍以泥地为主。道路因内战而遭受严重破坏。铁路方面，国内有全长248公里的窄轨铁路由苏丹南部边境连接至南苏丹第二大城市瓦乌。未来发展方面，南苏丹正计划将铁路延伸至首都朱巴及邻国乌干达及肯亚的铁路网。