新机能，例如《宝可梦》系列过去的主角都是男性，但《水晶》可以让玩家选择主角的性别，这是第一款可以选择主角性别的《宝可梦》系列游戏。游戏给每个宝可梦在登场时都增加了动画效果，例如火球鼠在进入战斗时，会闪烁其背后的火焰，这项功能并未出现在之后的《精灵宝可梦 红宝石·蓝宝石》和《精灵宝可梦 火红·叶绿》中，直到《精灵宝可梦 绿宝石》才加了回去。游戏中新增了与水君以及未知图腾相关的部分情节，还追加了新设施「对战塔」，可以让玩家进行类似《》的对战。日本版的游戏可以搭载移动适配器GB，让玩家可以连接GBC和手机，开启一