义.蛋白质超家族代表了我们现在鉴定蛋白质共同祖先的能力极限。现今，这是基于直接证据的，可以划分出的最大进化类群。它们也因此代表了一些极为古老的进化事件。例如，有些蛋白质超家族的范围包括了生物类群的全部五界，说明了这些超家族的共同祖先蛋白存在于地球上所有生物的最后共同祖先（LUCA）体内。
多样性.大部分的蛋白质（66-80%的真核蛋白质和40-60%原核蛋白质）含有多个结构域，在进化过程中，不同超家族的结构域之间会发生互相混合，事实上不与其他超家族发生重组的超家族是很难找到的。当结