党政府推行《客籍法和镇压叛乱法》，并认为民主共和党在「XYZ事件」后已经声名扫地。由于健康恶化，摩根没有在1799年寻求连任。出乎他的意料，共和党在当年的选举得利，并进而在1800年美国总统选举获胜。退出政坛后，摩根开始低调生活，并在晚年归信基督教长老宗。1802年7月6日摩根在温彻斯特去世，并在原地安葬。