式大屠杀的指控层出不穷。1995年在波士尼亚与赫塞哥维纳发生的斯雷佈雷尼察屠杀，有人怀疑是米洛舍维奇控制下的塞尔维亚特种部队所为，米洛舍维奇后来因此被控犯有种族屠杀罪。1997年7月，米洛塞维奇因任期到期，无法连任塞尔维亚总统，退而求其次竞选只包括塞尔维亚和黑山的南斯拉夫联盟共和国总统并当选。同年科索沃自治省的叛军“科索沃解放军”成立。他们袭击塞尔维亚和南联盟的保安部队，并杀害塞族官员和他们认定的与塞尔维亚合作的阿尔巴尼亚人和塞尔维亚人。塞尔维亚部队和科索沃解放军的冲突截至1998年造成在科索沃境内阿尔