巨噬过程中被溶酶体分解的蛋白质的肽被粘在第二型人类白细胞抗原的凹坑里。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。 
第三类MHC分子.与前两型不同的是第三类MHC分子主要属于补体系统，参加不分别免疫。它可下分为C2、C4和Bf。
命名.每个特定的人类白细胞抗原的名字分三个部分：
医学意义.在进行移植手术时人类白细胞抗原决定组织相容性。贡献者和接受者的人类白细胞抗原越相似，排异反应