成化十三年（1477年）福建己卯乡试第一名举人（解元）。成化二十年（1484年），登甲辰科进士，任礼部祠祭司主事。王恕看重他的才能，将其调任吏部稽勋司主事。后母丧丁忧归乡，之后复除，任礼部祠祭司员外郎，后改南京文选郎中，因父丧归乡。弘治十八年，担任江西提学副使，与宁王朱宸濠发生争议，被诬陷罢免。当时刘瑾知道遭受天下人非议，借用宋朝蔡京召杨时的故事，起用蔡清担任南京国子监祭酒。然而任命刚抵达时，蔡清已经去世。
成就.蔡清为人谦逊、乐善好施，着作颇丰，其作品《易经蒙引》、《四书蒙引》