经关岛流亡夏威夷。1989年9月28日，因心脏病发病逝于美国夏威夷州檀香山市，终年72岁。1993年其遗体被保存，停放在位于北伊罗戈省的。2016年11月18日，杜特蒂政府允许马可仕遗体于下葬 。据估计，马可仕家族歛财有十亿美元以上，前第一夫人伊梅尔达（Imelda）有鞋子三千双。惟根据民意调查机构亚洲脉动于2005年7月的调查，马可仕的满意度高达七成，比所有继任者都高。马可仕家族至今对菲律宾政坛仍有很大影响力，马可仕之子小费迪南德·马科斯亦曾任菲律宾参议员。