登辉被逐出党，黄辉珍在党内随之失势，邓志鸿这句顺口熘改为：「我是党的流浪狗，躺在党的大门口，谁要咬我就咬我，多大口就多大口！」败选后，黄辉珍并未向中国国民党办理党员重登记，黄辉珍与李登辉的关系仍十分密切；2002年游钖堃内阁组阁过程中，当时中华民国总统陈水扁在亲李登辉人士建议下起用黄辉珍。 2003年5月，SARS事件袭击全台之际，高雄市长庚医院也传出疑似SARS病情，南台湾风声鹤唳，民众大为恐慌。据《自由时报》报导，5月19日，当时的行政院长游钖堃指定政务委员黄辉珍负责南部七县市抗疫工作的总协调，「兼