原有的传教区性质的代牧区改为正式的教区。此后共设有21个总教区、100个教区，29个宗座监牧区（初具雏形、尚未成立正式教区的传教区域）。1949年中华民国政府迁台后，教廷继续承认其为代表中国之政府，并且在台北恢复设置「教廷驻华公使馆」（衔牌上为楷书正体字，并有拉丁文“Nuntiatura Apostolica in Sinis”——与当年在北京和南京时一样），并于1959年升格为大使馆。1971年中华民国退出联合国后，教廷召回驻华大使，改为参赞代办常驻台北的教廷驻华大使馆。（参赞代办是当大使暂时离职