预算来自车资营收，32%来自税收，15%来自其他收入，包括广告、出租车站空间及停车场收入。 湾区捷运的车资营收比为53%，在包含长距离及高使用率的全美公共运输系统中属于非常高的比例，因此常被拿来与邻近的加州通勤火车比较，并讨论是否将湾区捷运延伸到整个旧金山湾区。
收费.湾区捷运的收费与其他通勤铁路系统相若；与其他城市轨道交通系统相比则较高（尤其是长途车程）。收费多少视乎车程长短和车速。乘客若前往三藩市国际机场，途经海湾隧道或圣马特奥县则会被征收附加费（圣马特奥县并非湾区捷运成员之一