万历32年（1604），沁州重新恢复为省直隶州，脱离汾州府，万历四十年（公元1612年）石楼县有平阳府隰州改属汾州府，万历四十三年（1615），灵石县改直隶为平阳府，清代沿用朝制，建置未变。但在民国元年（1912）废府。
明朝.元朝时为冀宁路下属的汾州。明朝洪武九年（1376年）汾州升为汾州直隶州，直属山西承宣布政使司。万历二十三年（1595年）升为汾州府。万历三十五年（1607年），下属的沁州升为沁州直隶州。下辖六县、一州、州辖县一：
清朝.清朝汾州府隶