华民国军政府，设中华民国军政大元帅一人、元帅三人，行使中华民国行政权。9月1日，非常国会有九十一人投票，并不足法定人数，以八十四票选出孙中山为中华民国军政府大元帅，之后选出云南督军滇系唐继尧、两广巡阅使桂系陆荣廷为元帅；另外，以伍廷芳为外交部总长，唐绍仪为财政部总长（但未上任），程璧光为海军总长，胡汉民为交通部总长。孙中山于9月10日宣督就职，任李烈钧为参谋总长，李福林为亲军总司令，许崇智为参军长，陈炯明为第一军总司令，护法军政府成立。宣佈段祺瑞等为叛逆，誓师北伐。在孙中山的号召下，护法战争正式开始。