擦枪走火，引发列星顿和康科德战役，美国独立战争因此爆发。自波士顿之围开始，林肯便以麻省自治议会上议员身份，不断为各地赶来的民兵筹措物资武器，也开始征用舰艇负责海上私掠。他在1776年1月获麻省议会下议院任命为民兵少将。1776年秋季，乔治·华盛顿的大陆军在纽约及新泽西战役中接连受挫。林肯在9月率领麻省紧急编组的临时民兵，前往纽约州增援。他的部队在白原战役中担任后备，没有参与战事。林肯后来率军到罗德岛州及上纽约州戒备，错过了新泽西州的战事。他在1777年初才率领民兵抵达新泽西州摩利斯镇营地，正式加入大陆军