教终于回归她与罗马天主教的共融关系。而在1993年的天鹅绒分离后，捷克与斯洛伐克分为两个国家，许多教会建筑物的管理权也回到了斯洛伐克希腊礼天主教教会名下。1997年教宗若望保禄二世成立了科希策宗座代牧区。
现况.2008年教宗本笃十六世重组了斯洛伐克希腊礼天主教的架构，使之成为一个与教廷共融的自治教省。为此普雷绍夫教区被升格为教省总教区，科希策代牧区成为教区。此外另外自普雷绍夫教区内划分出布拉迪斯拉发教区。