氢酶复合体所进行的将丙酮酸变为乙酰辅酶A的转换尤其在肝脏中是一个重要的反应步骤，它切断了丙酮酸所有进行糖异生为葡萄糖以及作为转氨基底物的后路。这保证了丙酮酸进入三羧酸循环作为氧化磷酸化的底物，或者转变为柠檬酸以回到胞浆（三羧酸转运系统）中以作为生物合成脂肪酸和类异戊二烯的底物。总结：乙酰辅酶A接下来被用在三羧酸循环中。
其他生物.在厌氧生物中的丙酮酸氧化脱羧与有氧过程有所不同，其原因是该反应的电子受体是铁硫蛋白而不是NAD。该转换是被一种硫胺素依赖的酶所催化，该酶也可以催