在2001年1月31日推出。
故事背景.在前作的大战后过了数个月，西格玛（Sigma）仍然未被完全消灭，和平的日子过了不久，新的危机很快出现。这次，西格玛联同僱佣兵戴纳摩（Dynamo）把太空殖民地欧拉西亚(Eurasia)脱离轨道，落下到地球，以毁灭地球上的生物。在殖民地即将降下的同时，西格玛病毒不断降落到地球，感染地面的改造机械人，使人类和机械人都陷入一片混乱之中。这时，艾克斯和杰洛必需在16小时之内收集零件，以完成武器艾尼格码（Enigma），以消灭殖民地卫星。由于本