年10月1日，波罗的海航空首架萨博340飞机抵达里加，并在当天首航成功。1996年1月，波罗的海航空首架Avro RJ70飞机交付使用。同年7月，该公司加入北欧航空的常旅客计划EuroBonus。1997年4月，货运部门成立。1998年11月，首架福克50飞机交付使用。1999年1月，公司进行改制，由有限责任公司改为联合股份制公司，并在9月份起实施“欧洲航空运行标准”。当年6月，波罗的海航空的萨博340飞机全部退役，并由福克50飞机接替。新世纪到来之时，公司启用新式制服，并与北欧航空以及Globe Gr