的差异不影响自然选择中物种的适应度。由此，中性演化理论认为这些基因组的特性既不从属于自然选择，也不能被自然选择所能解释。这一观点建立在基础上——密码子简并性指的是组成密码子即便核酸序列不同，但编码得到的氨基酸也可能相同。例如，"GCC"和"GCA"均是丙氨酸的密码子。因此，许多可能的只有一个核酸的改变可能实际上是“沉默的”或者“不表达的”(参见：)，在生物学上被认为是作用极小或者没有作用的。建立在中性演化理论基础上的第二个假说即是：多数的进化实际上是等位基因遗传漂变的结果，而并不是诸如非中性基因的遗传连