内湾线列车随着新竹~竹东段整修，暂不行驶至内湾的列车，改以客运接驳。2008年跨站天桥装设升降电梯。2010年3月26日新竹车站开放使用台湾通搭乘新竹~瑞芳间的车站（不含暖暖），并接受台湾通加值服务。2011年1月1日因多卡通验票闸门启用，本站开放使用悠游卡，搭乘区间与台湾通相同，并接受悠游卡加值服务。11月11日为庆祝改建完工后内湾线全线复驶，以DT668牵引列车进行始航，自新竹车站发车。11月30日第四代站房整修竣工。2013年3月31日站内举办第四代站房竣工100周年庆祝活动，CK124被派出参展。车