战争需要，该军隶属国民革命军第三集团军。1938年1月，韩复榘因抗战不力被蒋介石枪毙，第六军番号撤销。7月，以国民革命军第五军第九十三师为基础扩编为第六军，隶属国民革命军第三十二军团。甘丽初任军长。该军组成后，即参加武汉会战。1939年，调往广西，改隶第九战区。1941年，该军改隶国民革命军第一集团军。1942年，第六军编入中国远征军开入缅甸，此时第六军下辖49师、93师、暂编55师。在缅甸东部与日军作战，后不敌撤退。第六军自景栋撤回云南，返国时全军仅存6千余人；1943年1月，军长甘丽初被免职，空缺由