逐渐形成三个将军辖区：盛京（奉天）、吉林、黑龙江，地位异于内地之行省。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。副都统下有总管统领各旗。在汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同关内。居于黑龙江、嫩江中上游的巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、钖伯等族，编入八旗，由布特哈总管、唿伦贝尔总管管辖。黑龙江、乌苏里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。光绪末年的甲午战争、八国联军之役与日俄战争严重动摇了清朝在东北地区的统治，迫使其废除满洲的旗民分治