以「大埔海形成层」（Tolo Harbour Formation）为主的页岩、石英砂岩为主，以及零碎的凝灰岩块，发现有蕨类等植物的化石，虽然就化石的产物与马屎洲不同，惟以岩性而言其分别是不大的，年代距今约2亿9,000万年至2亿4,800万年前的二叠纪沉积岩。
考古遗址.虽然此岛细小，但有不少新石器时代的遗物，如石器、陶瓷等，丫洲遗址是迄今新界东部地区最古老的文化遗存。1998年香港中文大学受香港政府委託，对新界东部大埔区进行文物普查工作，考古队调查试掘在丫洲南北两个平缓的马鞍形山