县署和成立「云林城工局」，但因经费不足，最初只种刺竹为城，后来勉强建了土城墙，其周长1160丈，高5尺宽8尺，建有四方城门，外面有刺竹与深7尺宽8尺的城壕。而因为城池的兴建，此地开始形成以斗六为中心的产业及交通网路，奠定斗六今日的基础。1895年的乙未战争中，日军攻下彰化县城后，在该年9月渡过浊水溪开始进攻云林县，由于在斗南遭到伏击而暂退回彰化整补三週，在9月29日集结了一万多人从县城北门一路经虎尾溪攻打斗六西侧，完成不到一年的该城此时发挥了一定的防御作用，但在从10月5日起的三天交战后，县城终告失守。