光祖被赐死，史称“己卯士祸”。在随后的50年中，朝鲜王朝朝廷党派纷争，腐败盛行。
中期历史.朝鲜王朝中期党派纷争夺越演越烈，国力削弱，倭寇与后金入侵使国家几尽毁灭。宣祖统治时期，士林派重新掌权但很快分裂成为东人党和西人党两派。东人党又分裂为南人党与北人党。西人党又分为老论派和少论派。随着权利在这些党派的更迭，随之而来的是血腥的清剿和相互不断的报复。1589年的己丑狱事就是其中一例。东人党的郑汝立有个抗击倭寇的组织，成员们进行军事训练。这个组织宣扬没有阶级的社会，因此其性质和目的受到