改封淮南县公。周孝闵帝宇文觉继位后，元伟出任晋公宇文护府司录。周明帝宇文毓初年，元伟出任师氏中大夫，接受诏令在麟趾殿校正图书，很快出任陇右总管府长史，加骠骑大将军、开府仪同三司。保定二年（562年），元伟升任成州刺史。元伟行政崇尚清静，百姓乐意归附，流民恢复常业的有三千多人。天和元年（566年），元伟回朝担任匠师中大夫，转任司宗中大夫。天和六年（571年），元伟外任随州刺史，以母亲年老推辞，没有上任，改任司宗，很快因为给母亲守丧而离职。建德二年（573年），元伟再度出任司宗，转任司会中大夫，兼任民部中大