三线闭壳龟有一个原名亚种"Cuora trifasciata trifasciata"及一个海南亚种"Cuora trifasciata luteocephala"。前者分佈于福建、广东及香港甚至澳门，后者目前只知分佈于海南岛。分佈于广西南部、寮国和越南的个体目前被认为是另一近缘种丽圆闭壳龟（"Cuora cyclornata"），由于部份人士(多为商家)难以接受自己所管有的不是「正宗金钱龟」，因此会俗称其为越南三线闭壳龟。这个近缘种学术上目前为止已知含3个有效亚种：安南丽圆闭壳龟"Cuora cycl