9月28日，由于俱乐部成绩不佳以及国家队重建等理由，本田圭佑2009年5月以来首次没有入选国家队大名单。不过之后2018年的友谊赛，本田圭佑重回国家队大名单。本田圭佑参与日本国家队2018年全部两场友谊赛。与马里的比赛本田圭佑于71分钟替补出战；而与乌克兰比赛本田则是首发出战，在65分钟被久保裕也换下。
2010年世界盃.2010年南非世界杯，本田圭佑所有4场比赛全部首发出战，首场与喀麦隆的比赛打入致胜进球，并被选为当场最佳球员。第3轮比赛与丹麦的比赛打入直接任意球首开纪录，并助