和原来游戏一样设置的单人游戏，除了主角由戈登·弗里曼换成了阿德里安·谢泼德。谢泼德被送去黑山研究所进行一项秘密任务，但是事态的发展已经不可控制，为了生存，他需要对抗邪恶的政府和那些怪异的外星人。
情节.正面交锋的故事情节延续了半衰期本传，所以玩家可以看到zh-hans:戈登·弗里曼;zh-hant:高登·弗里曼;，或者是见证原作中就出现的一则无线电通报正由自己的上级军官发布，或者是进入一些似曾相识的地方。在半衰期里面，一场被称做“串联共振”的事故撕开了一个空间裂口，大量