一般情况下，柠檬酸循环产生的还原辅酶会连同糖酵解过程产生的还原辅酶一同，在氧化磷酸化过程中氧化，生成大量的ATP。一分子的乙酰辅酶A在被柠檬酸循环代谢后，可产生两分子的CO分子、三分子NADH、一分子FADH，以及一分子GTP。柠檬酸循环可以代谢糖类、脂质，以及大部分氨基酸，因爲这三类物质都能转换爲乙酰辅酶A或柠檬酸循环的中间体，从而进入柠檬酸循环之中。另外，柠檬酸循环的许多中间体可供生物体利用。当中间产物不足时，可通过添补反应对中间产物进行补充。生物体最重要的填补反应是在丙酮酸羧化酶催化下，以一分