十一年（1692年）壬戌科进士，初授浙江西安县知县，广设学校。历官江南道监察御史，遇事敢言，不畏强暴，弹劾山西富绅李蟋龙，时称“一本参三相”。康熙三十八年（1699年）李蟠、姜宸英任顺天乡试主副考官，事后传闻作弊，落第士子愤怒，文揭贴遍京城，鹿佑弹劾之。康熙四十七年（1709年）河南大水，奉命救抚灾民，鹿佑亲临现场，督促检查。康熙五十三年（1714年）河南大旱，两次奏请朝廷，减免河南田赋。官至大理寺少卿，太仆太常正卿。着有《天方礼经》。