生局决定组建上海市疾病控制中心，并将上海市结核病中心防治所、上海市职业病防治院（临床部分）的业务和功能整合入该院，将该院更名为上海市肺科医院（上海市职业病医院）。2003年1月，成功实施亚洲第一例老年人同种异体肺移植手术。2005年3月，增设第三冠名“同济大学附属上海市肺科医院”。2013年9月，第二冠名由上海市职业病医院更名为“上海市职业病防治院”。2009年，中华人民共和国国内首例成功的活体肺移植手术在该院完成。2005年，上海市核化救治中心成立，设在该医院，下辖核辐射事故医学应急救治队、化学中毒事