4月舰队编制改订，隷下部队编有新设的第10战队（轻巡洋舰「长良」与驱逐舰12艘），且领有直属的护卫舰艇。同月发生座礁事故，除「加贺」号之外5艘航空母舰开始进出印度洋，战果有撃沈英国皇家海军「竞技神号航空母舰」，轰撃斯里兰卡东部省的亭可马里港（详细参阅"钖兰海战"）。因同年6月5日中途岛海战中败北损失4艘航空母舰，故而解散第1航空舰队。残存之航空母舰、护卫战舰等建制为空母机动部队，再编成第3舰队。
基地航空队时代.1943年（昭和18年）7月1日再编成基地航空部队，由大本营直辖。