派遣他去。平定后，皇甫绩被任命为苏州刺史。高智慧等人在江南作乱，苏州顾子元发兵响应，顾子元受命攻打皇甫绩。双方相持了八十天。顾子元素来感激皇甫绩的大恩，在冬至时，顾子元派使者送上牛肉和酒。皇甫绩便写书信给顾子元，顾子元得书信后，跑到城下顿首谢罪。后来杨素的援军赶到，合兵击破叛军。开皇十二年（592年），皇甫绩被任命为信州总管、十二州诸军事。不久皇甫绩因病请辞，诏令调皇甫绩回京，赐予御药。朝廷派使者前往探望他，络绎不绝，后来前往慰问的使者总能见到先前的使者。皇甫绩在家里去世，享年五十二岁。谥曰安。