川幕府的禁教政策。庆长17年（1612年）12月22日骏府城因火灾焚毁，家康在御所重建前暂住于正纯府邸。庆长19年（1614年）发生大久保长安事件，政敌大久保忠邻失势，本多父子正式掌握了幕府初期的政治。庆长19年（1614年）开始大坂冬之阵，在德川氏与丰臣氏讲和的过程中，本多正纯向家康进献了将大坂城内壕沟填平的策略。
秀忠时代.元和2年（1616年），家康与正信相继过世，正纯转往江户的将军德川秀忠处任职，成为年寄（后来的老中）。但自其父亲时代以来的权势，使秀忠及其亲信多有抱