关中，并帮助和鼓励回流的故民耕作，又置司隶校尉管治关中；认为这样可令人民不会流入关中军阀的手中，亦可以建设并稳定关中。荀彧将卫觊的建议告诉曹操，得到曹操赞同，于是派谒者仆射盐官，又设司隶校尉，令关中渐见安定。不久又召命卫觊为尚书。其后钟繇建议领兵入关中攻张鲁，卫觊反对。曹操听从钟繇的的建议，结果令马超等人以为攻打自己而举兵叛乱，令曹操十分后悔没有完全按卫觊的建议，特别重视卫觊。建安十八年（213年），曹操封魏公，建立魏国，卫觊任侍中，与王粲一同主掌制度。建安二十五年（220年），曹丕继任魏王，卫觊任尚书