拒绝了为日本人踢球，后又再拒绝在汪精卫政府任职，体现民族气节，并在大后方开始「体育救国」的历程，巡环重庆、成都、自贡、昆明作表演赛和义赛，筹集资金救济战孤、支援难民，为抗战募捐出赛达138场，在重庆国民政府还担任了青年军体育委员会常委兼体育总教官，授少将军衔。1945年二战结束，李惠堂返回香港球坛，因中国时局仍颇为混乱，李惠堂只能带领香港南华足球队转往东南亚比赛，也获得十连胜的佳绩。回港后李惠堂又参加了华协华联对足总西联的督宪盃足球比赛，年已四十多岁的他接连攻入数球，结果华联队以4－2击败西联队，这场比赛也