面素质教育改革方案》，引进了学分制，试图探索一条高中素质教育全面探索的改革之路。1997年，金陵中学开始开设高中、初中实验班。1997年3月，完成国家级示范高中评估验收。学校还新建了曹隐云科学馆、行健楼、汇贤楼、汇智楼等建筑。1998年，金陵中学与南京大学共同设立高中教改实验班，并在金陵中学挂牌南京大学实验中学。
21世纪.2000年，金陵中学被评为全国群众体育先进集体。2000年1月，金陵中学率先于全国在高一、高二年级开设研究性学习课程。2006年，学校取消初中部。2011年