·科穆宁大约出生于1112年，为受封头衔伊萨克·科穆宁和他妻子伊琳娜所生的儿子，伊萨克是当时拜占庭帝国皇帝阿历克塞一世的幼子。除此之外，约翰那位在历史上少有记载的母亲可能具有斯拉夫人的血统。
流亡岁月.伊萨克·科穆宁和他的兄弟约翰二世早年的感情极为融洽，但此后他们开始渐行渐远，到了1130年时，兄弟俩人的关系已经恶化至相当疏远的地步。约翰二世与伊萨克兄弟决裂的真正原因仍未能确知，历史学者尼基塔斯·霍尼亚提斯与约翰·金纳莫斯在他们的着作里也仅是简要地提到伊萨克的野心开始膨胀，渴望有朝