诬陷和迫害极为愤懑，进行了坚决抵制和斗争。文革结束后，他出任政协全国委员会常务委员、第一副秘书长，政协全国委员会机关党组副书记。1980年7月3日，薛子正在北京病逝，享年75岁。1980年7月16日，薛子正同志追悼会在北京全国政协礼堂举行，追悼会由乌兰夫主持，刘澜涛致悼词。