个车站于城门河东岸，另4个车站位于马鞍山。南端终点站大围站与东铁线汇合，为马鞍山线唯一的转线站。所有马鞍山线车站均为架空开放式，车站月台设置月台闸门工程已于2017年12月8日完成。为尽量增加月台空间，只有简单上色钢柱支撑庞大的月台上盖。沙田围站至乌溪沙站月台以岛式月台设计，路轨置于左右两边；至于大围站和车公庙站则将两组对行路轨置中，两个侧式月台设于左右两边。值得一提，马鞍山线是港铁唯一全线靠路轨右侧行驶的铁路，行车方向为「右上左下」（与观塘线延线及屯马线（大围 - 土瓜湾段）相同），有别于港铁大部