临床表现可用于诊断传染性软疣；传染性软疣病毒不能进行常规培养，手术活检可进一步进行诊断。传染性软疣病毒共有4种，分别是MCV-1型、MCV-2型、MCV-3型和MCV-4型。MCV-1型是人类感染最普遍的；MCV-2型常见于成人主要通过性传播。PCR技术可帮助确定并区分引起病变的是哪一种类型的MCV。
基因组.基因组为不分段的单分子线性双链DNA，由180000–200000个核苷酸组成。不同核苷酸之间通过共价键连接两端边缘以及重复复杂的序列。其中有160个基因已被确定。