中以后京极氏被转封到丰冈藩，此地改由谱代大名负责治理直到江户时代结束。1869年实施版籍奉还后，丹后田边藩由于与同名之故，改使用田边城的别名为舞鹤藩，1871年实施废藩置县后改设为舞鹤县，但同年立刻又被併入丰冈县，直到1876年丰冈县被废除才被併入京都府。1889年实施町村制，在现在的西舞鹤地区设立了舞鹤町，1901年日本海军在现在的东舞鹤地区设立了舞鹤镇守府，同时开始大规模开发东舞鹤地区作为官兵的住所。两地在1938年同时分别升格为和，1943年由于海军为了强化舞鹤港军事功能，舞鹤市和东舞鹤市合併