他在哲学、工程、步兵战术和炮兵等多项考核中均名列第一。同年7月4日，墨菲以该届杰出学员的身份和第一名的成绩毕业。同年，墨菲开始在宾夕法尼亚州的麦迪逊学院担任科学讲师。他于1855年回到弗吉尼亚，在林奇堡学院担任教授和学员教务长。1860年，墨菲来到了阿拉巴马大学担任教授和学员教务长。1861年，南北战争爆发，同年7月11日，墨菲与劳拉·欧文结婚。
南北战争.1862年，墨菲被推举为第41阿拉巴马步兵团中校，但不久后他又选择回到阿拉巴马大学继续担任教务长。1865年，南北战争进入了到