局不稳导致严岛神社逐渐衰败、荒废。直至1555年（弘治元年），毛利元就在严岛之战（严岛合战）中获胜，将严岛一带收归于自己的领土。在元就的庇护与支持之下，神社恢复昔日香火鼎盛的场面。1587年（天正15年），丰臣秀吉为了供奉在九州征讨中阵亡的将士，命令安国寺惠琼在神社旁的山坡上建造大经堂（读经所），被后人俗称为「」。进入江户时代以后，越来越多民众前往严岛旅游与参拜，称为「」，神社前的市街（门前町）与周遭地区也因参拜民众踊跃而带动发展。明治维新之后，日本进行神佛分离，（严岛神社的别当寺）与等原本神佛习合时代