1日 - 1246年2月16日在位。讳邦仁（）。他是两统迭立问题的肇始者。后嵯峨天皇禅位予其子后深草天皇后，又因爱幼子而反悔，废长立幼，逼退了后深草天皇，立了另外一位爱子恆仁为龟山天皇，造成两系皇统对立，后深草天皇子孙称为持明院统，龟山天皇后裔称为大觉寺统，双方后在镰仓幕府的调停下决定两系皇室分别继任天皇，史称两统迭立。