。在对克里夫兰印地安人的第三场比赛，穆西纳在比赛中三振15名球员平了美联冠军赛记录。（这项纪录后来被纽约洋基的罗杰·克莱门斯于2000年美联冠军赛对西雅图水手追平。）在2000年球季之后，穆西纳决定离开金莺队。2000年11月30日穆西纳和纽约洋基队签下了一个六年的合约。很多金莺队的球迷见到球队无法留下他。不少球迷认为金莺的总教练是错误的决定，穆西纳应该继续留队。
纽约洋基.穆西纳在洋基的第一个球季投的很好，获得17胜11败，自责分率3.15。穆西纳在2001年世界大赛