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外交.1993年7月，中华民国政府拨款30万美元予红十字国际委员会，採购医疗药品援助苏丹南部灾民（时为苏丹共和国的领土）。2011年7月9日，中华民国外交承认南苏丹共和国。
签证.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。持中华民国护照与邀请函或声明书的中华民国公民可附回邮信封将相关文件寄至南苏丹驻美国大使馆申请签证。经南苏丹转机，须办理过境签证。持南苏丹护照的抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多30天并不得延期