大垣藩后，淀藩主虽常有更迭，但是都由谱代大名担任藩主，与江户幕府维持了紧密的联系。其后，下总古河藩主以10万石入主淀藩，在宽永14年（1637年）将从南至北流向淀城的木津川改道为流向西面，避免了洪水的发生，并且扩建了城下町。万治元年（1658年），尚政将家督让给，并且2万石，永井直右7,000石和永井尚春3,280石。宽文9年（1669年），尚征转封至丹后，取而代之的是以6万石入主的主。宝永3年（1706年），宪之将家督之位让给，义孝在宝永7年（1710年）死去后由继任。正德元年（1711年），总庆转封至备