局势极为复杂。1612年（庆长17年）之后，德川家康更发布禁教令，对天主教严加镇压。在江户时代初期，平户和长崎都是获得幕府许可的贸易据点。1637年（宽永14年），岛原藩爆发岛原之乱。幕府将这一事件定性为天主教徒的一揆，对天主教的镇压更加严厉，并开始实施锁国政策。1641年（宽永18年），幕府驱逐居住在长崎的葡萄牙人，并将平户的荷兰商馆迁到长崎，获得幕府许可与西洋进行贸易的地点集中到长崎一地。另一方面，长崎地区在江户时代仍有众多天主教信徒在私下信仰天主教。现在长崎县的天主教信徒比例仍然大幅高于日本平均水准。