寺名为“米潘木却林”，法事照搬青海“阿拉腾寺” （意为“金寺”）的规程进行。嘉庆十一年（1806年），阿拉善亲王玛哈巴拉以工程竣工上报清朝理藩院，嘉庆帝赐名“福因寺”，御赐四体文字书写的“福因寺”匾额。经十几年发展，福因寺不断扩建，僧人已达百余名。清朝咸丰五年（1855年），福因寺兴建99间的朝克沁都贡（大经堂），同时扩建藏尼德殿、塔尔尼殿，及诸多拉布隆、仓吉斯等等。清朝同治八年（1869年）时，该寺僧人达993名。清朝同治八年（1869年），福因寺首次遭到摧毁。清德宗光绪三年（1877年），经过道布