其他上游河溪，以及沿着奥索溪及埃尔霍诺克溪的零星区域。森林位于高海拔地区，且其位置靠近水道。在一些朝南的山坡以及部分海拔较高的山坡及平顶山上，则分别发现了海岸鼠尾草灌木丛及浓密常绿阔叶灌丛的踪影。另外，在一些露岩及上亦长着许多稀有的植物群落。然而，许多外来物种亦被引入至圣胡安溪域内，其中包括芦荻、蓖麻及烟叶植物，并沿溪流迅速扩散。虽然橙县政府已採取措施并致力于清除流域内的芦荻，但它仍然佔领了圣胡安溪其支流的大片沿河湿地。圣胡安溪流域有着丰富多样的植物群落，因此在历史上该流域曾养活多达12种无嵴椎动物、5