军事教条主义的代表受到批判，7月10日，带病的刘伯承被架着在中南海怀仁堂做了检查。之后，9月13日，刘从军事学院领导岗位离任，实际上被闲置起来。11月17日，被免去高等军事学院院长兼政委职务。1959年9月，刘伯承任中共中央军委战略小组组长。1962年中印战争中，刘伯承担任解放军参谋顾问。1966年1月8日，刘伯承被任命为中共中央军委副主席。
文化大革命时期.1966年，文化大革命开始后，经常强调“居安思危”，不要忘记还有敌情；军队要坚持正面教育，不要卷入“造反”。1967年7月，