年蒙古窝阔台汗国君主海都在反叛的战争中一度攻占和林，元军直到次年才将窝阔台汗国军队逐出。不过，14世纪以来该城市得以恢复发展。大德十一年（1307年），罢和林宣慰司都元帅府，立和林等处行中书省。皇庆元年（1312年），元仁宗将和林等处行中书省改名为岭北等处行中书省，并将和林路改名为和宁路。元朝灭亡后北元政权以之为首都。但是由于失去汉地的经济支持，已大不如前。1372年明朝左副将军李文忠率军攻入哈拉和林，造成重大破坏。1380年明军再次攻克哈拉和林。1387年明朝军队在捕鱼儿海（今中蒙边境之贝尔湖），俘虏