获妻子卖出深水埗的自置单位给他资金经营五金生意，并转往荃湾定居，期间住所亦是由妻子负责供款。后来林发耿亦取得工商管理硕士学位。林发耿早年接受报章访问时曾表示他一生人最成功便是跟妻子方妙兰结婚。林发耿曾经加入民建联，后来于2003年退出，并加入新界社团联会，却以独立候选人身份参加区议会选举。2003年香港区议会选举，林发耿首次参选荃湾区议会绿杨选区，取得1,339票，以208票之差击败独立民主派对手陈启明而当选区议员。其后林发耿于2007年及2011年的区议会选举中分别取得2,303及2,408票