吉逝世（1598年9月18日）后的庆长5年（1600），五大老之一的德川家康向东讨伐会津的上杉景胜，石田三成却于关原率西军讨伐德川家康。黑田长政隶属东军正于关原作战，黑田孝高在九州丰前国中津城率九千黑田军，击破得到毛利家支援企图恢复旧领的大友义统，并认为上洛与取得天下不是难事而燃起野心，隐藏在东军德川家康名义下以夺取天下为目标攻城掠地，攻佔了丰前、丰后、筑前、筑后、肥前、肥后、日向等七国（仅余萨摩、大隅），黑田孝高的行动有促成九州统一的趋势。不过当关原之役一天内大势底定后，黑田孝高放弃争霸，隐居而不问政事。