任浙江大学副校长，1988年升任校长。1991年1月，任国务院学位委员会副主任委员。1992年1月，路甬祥当选为中国科学院技术科学部委员；1993年，出任中科院副院长；1994年又升任常务副院长，同年还当选中国工程院院士；1997年7月起，任中国科学院院长，2011年2月卸任。期间，路甬祥还先后出任过中国科协副主席、国家教委高等教育咨询委员会主席、中国科技史学会理事长、香港特别行政区“行政长官特设创新科技委员会”委员、发展中国家科学院（TWAS）副院长、中国机械工程学会理事长、国际科学院理事会（