全国的神社均由内务省管理，唯独靖国神社由内务省与军方共同管理。
战后运作.日本在1945年二战战败投降后，盟军占领当局（GHQ）曾准备废除军国象征的靖国神社，为此靖国神社举行了“临时大招魂祭”，把许多未死的人也一同祭祀。日本的战后宪法第20条规定政教分离，国家不可以介入任何宗教事务，因此靖国神社变成了一个非政府的宗教机构。但该神社改组为宗教法人才得以幸存。1955年以后，执政的自民党5次提出《靖国神社法案》，要求将靖国神社改为“特殊法人”，试图将之国营化，1974年由于日本社会