亦随着蒙古帝国在中国统治的结束而在中国消声匿迹。在明朝早期，罗马天主教在中国的传播完全停止。直至明中叶，在葡萄牙人在澳门的关系下，多明我会及方济各会才重新出现在中国。直至十六世纪，耶稣会重启罗马天主教在华传教事业。1583年，罗马天主教耶稣会传教士利玛窦、罗明坚来到肇庆传教，1601年传教士开始接触北京及沿海地区，其中亦包括台湾。
基督新教.1723年，清雍正禁教。1807年清朝时，英国基督教伦敦佈道会传教士马礼逊来广州传教。1854年英国基督新教公理宗传教士戴德生来华，深入中