至北京政府后，获得批准。因王普是皖南镇守使，军费由安徽省转拨，北京政府乃将批文下达安徽督军马联甲。马联甲扣下一半拨款，王普只得到另一半。王普将这50多万元迅速送至天津，交妻子倪道蕴保管。1924年9月，王普获授将军府通威将军。1924年10月，第二次直奉战争爆发，直系战败。王普乃通电反昊拥段，请段祺瑞主持北京政局。王普与倪嗣冲旧部的第二混成旅旅长李培基、第四混成旅旅长高世读、新任第一混成旅旅长倪朝芝等人共同制造舆论，反对马联甲督皖。为驱逐马联甲，王普等人还授意马联甲手下团长吴大鹤，以武力驱逐了马联甲。