在庆长9年（1604年），移师至于久保田神明山新建的久保田城，并且废弃凑城。元和6年（1620年），在城址的5遴址建成。由于凑城原本是平城，在城池被废弃后信残余的土地成为当地居民的屋敷，建立土崎凑在江户时代繁荣的基础。
交通.沿JR奥羽本线于土崎站下车，徒步约3分钟便可到达于凑城遗址兴建的土崎神明社。