仍然继续反对新政府。由于新政府军掌握军力优势，叛乱于同年11月即被平定。旧幕府海军将领榎本武扬率八艘军舰和幕府残兵至北海道，并在1869年1月建立“虾夷共和国”。同年6月，在新政府军的进攻下，榎本武扬投降。因战争开始的1868年干支为戊辰年，而被称为“戊辰战争”的内战至此结束。
五条御誓文.五条御誓文是日本明治天皇于庆应4年阴历3月14日（1868年4月6日）发表的誓文。明治天皇亲率文武百官在京都御所的正殿紫宸殿向天地、人民宣誓，揭示国是方针，堂堂开启了明治维新的历史序幕。誓文