日宣布离开新日本，2月26日宣布加入全日本，在10月接下全日本职业摔角公司社长。随后买下马场元子所有全日本的股票，于2003年9月20日正式担任全日本的董事长。掌握全日本的武藤，面对当时逐渐黯淡的职业摔角市场，积极地与其它团体交流，2003年与盟友桥本真也所带领的ZERO-ONE宣战，展开激烈的全面抗争，同年也与潮流服饰品牌BAPE联合举办「BAPE STA!! PROWRESTLING ZEPP TOUR」，并化身The Apeman Platinum。2004年1月4日，与鲍伯萨布（Bob Sapp