巴登分支，以及(1565年前称巴登-普福)—家族的分裂一直持续至1771年。然而，两个分支之间的关系并不友好，不断的均分对此也没有任何帮助。在宗教改革其间，巴登-巴登领导的几个分支仍然是虔诚的天主教徒，巴登-杜拉赫则带领其他小分支加入了新教联盟。三十年战争极大地破坏了几个分支间的关系。许多持异见者被流放到其他国家。 巴登在战争期间也遭受了严重的破坏。1648年签订的的威斯特伐利亚条约恢复所有家族分支的统治，同时保证了信仰的自由。随着战争的结束，分支间强烈的对立情绪开始消退。在“太阳王”法国国王路易十四发