嵴椎动物的起源可能接近头甲鱼纲。很多学者由于骨甲鱼目与缺甲鱼亚纲的关系不明而弃用了头甲鱼纲的名字，而七鳃鳗的亲缘关系也受到质疑。其他学者将头甲鱼纲只限于包括与骨甲鱼目有明确关系的类群，如盔甲鱼亚纲及Pituriaspida。一些学者认为头甲鱼纲是林奈纲之一，其主要存活的代表是七鳃鳗和盲鳗。现时证据显示七鳃鳗从趋同演化中继承了头甲鱼纲的特征。故此，很多现今的研究都将七鳃鳗分类在七鳃鳗纲中。