9年大选后担任国内贸易及消费者事务部长，2000年成为巫统副主席。在阿都拉·巴达威掌政期间慕尤丁担任农业部长（2004年－2008年）和国际贸易及工业部长（2008年－2009年）。2008年，他竞选并在巫统署理主席的职位中获胜，于2009年受纳吉·阿都拉萨委任为副首相兼教育部长。就职教育部长期间，他结束了英语教数理政策。当在野党要挑战他表态是否“马来西亚人优先”，他表示了争议性的“马来人优先”。2015年7月纳吉进行内阁改组，他被除名。2016年6月他被巫统开除党籍。之后与马哈迪·莫哈末成立土着团结党