政府征收用于战事。水上飞机航线在1943年恢复，从珀斯的天鹅河（Swan River）到锡兰（今斯里兰卡的肯克拉湖（Koggala）。这条航线连接英国海外航空（BOAC，即帝国航空的继任公司）到伦敦的航线。澳航的袋鼠标志在1944年启用，最早使用的是悉尼到卡拉奇的“袋鼠航线”，英国海外航空运营从卡拉奇到英国的剩余航段。1947年，QEA被由工党总理本·奇夫利领导的澳大利亚政府收归国有。母公司QANTAS公司同时被清算关闭。国有化后，澳航在昆士兰的剩余国内航线网络被划拨给同为国有的跨澳航空公司，这样澳