主义国家古巴，对古巴态度友好。教宗批评美国长期对古巴实施禁运，伤害了古巴人民，此行使他赢得了古巴政府与人民的信任，也帮助古巴天主教徒获得了更多自由。教宗后期也批评了走极端的企业资本主义。若望保禄二世直言反对种族隔离制度。1985年访问荷兰期间，他在国际法院发表了一篇慷慨激昂的反种族隔离演说，声明“没有一个种族隔离系统，也没有一项‘分别发展’政策足以成为人与人之间或种族间关系发展的可接受模式”。1988年9月，他到南非各个邻国出访，而示威性地避开了南非。出访津巴布韦期间，他还唿吁对南非政府实行经济制裁。