1585年，羽柴秀吉派遣羽柴秀长等人攻打四国霸主长宗我部氏，元亲下令将兵死守防卫线上，防止对方登陆，长宗我部元亲死守居城应战，初时羽柴秀吉要求长宗我部返还赞岐、伊予二国投降，但长宗我部仅愿返还伊予一国而激起战事。但长宗我部家难以抵挡秀吉大军，后来由谷忠澄提议投降。战后羽柴秀吉将阿波、赞岐与伊予收为己有，仅留土佐一国给长宗我部家，元亲上洛谒见秀吉表示臣服之意。
丰臣之下.1586年，丰臣秀吉攻打九州时，元亲的嫡长子长宗我部信亲也参战（户次川之战），但因为军监仙石秀久的错误判断，使