维也纳库佩韦瑟(Kuppelwiesergasse)12号的自家屋顶上建造了一座私人观测台。在这座安装有双倍蔡司折射望远镜的观察台，他对月球进行了长时期的观测。在1912年，他整理出版了一卷由他已故朋友约翰·内波穆克·克里格制作的的月面图。月球上的柯尼希陨石坑就是以他的名字命名的。1927年1月30日，鲁道夫·柯尼希去在维也纳的席津去世，享年61岁。1929年，他的望远镜被布拉格斯特凡尼克天文台收购和并安置在主穹顶下，现在仍在使用。