近2、3号口，设有一组通往站台的楼梯；另一个站厅位于站厅北侧，靠近1号口，内设连接1号线站厅的换乘通道，设有两组通往站台的楼梯。3号线站厅非付费区设有无障碍电梯连接站台，使用时需联系工作人员。3号线站台位于地面，与国铁上海南站股道平行。上海南站站为3号线的终点站，列车到站后需进行清客，待列车在前方折返线完成折返后再进行上客。
车站出口.上海南站采取1、3号线统一编号的方式，其中1-3号口位于3号线站厅，4-6号口位于1号线站厅，7号口位于1、3号线换乘通道（未来15号线站厅）中