上皇爆发冲突，引发保元之乱，清盛支持的后白河天皇最终胜出，叔父平忠正则由于靠拢崇德上皇和藤原赖长而被清盛斩首。平治元年（1159年）12月，在保元之乱比清盛功劳要大的源义朝得到的赏赐却比清盛少，加上拉拢信西失败，反而促使信西和清盛合作，深感不满的义朝与二条天皇亲政派的联手，引发平治之乱，虽然义朝成功逼使信西自杀，并且一度幽禁二条天皇和后白河上皇，可是最终败于清盛。永历元年（1160年），二条天皇和后白河上皇就朝廷的主导权的争拗进一步激化，二条天皇侧近和奉命企图软禁上皇，按《愚管抄》记载，上皇含泪要求清盛捉拿