她志愿加入美国海军后备军团，在WAVES服役。她体重过轻，不符合军方标准，但因战时人力短缺，军方仍然决定让她入伍。1944年7月，她从位于史密斯学院的预备军官学校毕业。以海军少尉的阶级，加入军方在哈佛大学展开的Harvard Mark I计划，在霍华德·艾肯手下工作，成为在这台电脑上第一个专职程式设计师。9月9日，Harvard Mark II因为不明原因停止运作，葛丽丝·霍普经过仔细检查后，发现是一只飞蛾飞进继电器，造成短路。她将飞蛾的残骸贴在研发记录薄上，说她发现一个bug，造成电脑停止运作。此后，