伊莉莎白的父亲是讷穆尔公爵，母亲是旺多姆公爵塞萨尔·德·波旁的女儿。她的姐姐玛丽-让娜-巴普蒂斯特于1665年嫁给萨伏依公爵卡洛·埃马努埃莱二世，是日后的萨丁尼亚国王维托里奥·阿梅迪奥二世的母亲。1666年，玛丽-法兰索瓦丝-伊莉莎白与葡萄牙国王阿方索六世结婚。她很快发现阿方索被首相所控制，对此不满的玛丽-法兰索瓦丝-伊莉莎白决定与阿方索的弟弟佩德罗合作取得政权。1668年，她和阿方索的婚姻在舅舅旺多姆公爵的同意下被废除，同年她与佩德罗结婚，两人的女儿伊莎贝尔·路易莎于隔年出生。1683年阿方索六世