多但年蒸发量达1680公釐以上，使岛上出现半干旱的现象，再加上岛上土质以砂土及裸露红壤土为代表，不宜耕作，故岛上农作以耐旱性杂粮为主。金门为海岛，属小型岛屿的生态体系。因金门开发得早，且经多次战争，大型野生动物资源较少，但有濒临绝种之保育类哺乳动物－水獭。另有属古老的活化石「鲎」及「文昌鱼」，十分珍贵。金门位于欧亚大陆边缘，且是候鸟迁徙的中继站，故鸟种最为多样，每年秋冬大批候鸟到此渡冬，形成特殊的景观。2013年起，厦门大嶝岛与小嶝岛间填海造陆，越界盗採海砂，导致金门沿岸国土流失，古蹟、碉堡设施