年起，车站站舍开始改建为跨站式站房，新站房于2011年启用，并以仓吉市区内的老街建筑作为车站外观的设计概念。
车站结构.仓吉车站的站舍为跨站式站房，设有南口和北口两个出口，两边可经由自由通路相通，月台为一个位于南侧的1面1线的侧式月台，与位于北侧的1面2线的岛式月台，合计为2面3线，两个月台皆可从跨站式站房直接进入。过去月台的编后从北侧开始依据编为1至3号，同时车站北侧过去曾经有一条服务线铁路；不过在2011年改为跨站式站房后的月台编后改为从南侧开始依序为1至3号，北侧的服务线