06-07赛季球队终于以北部联赛第二的成绩安心的再次升入德乙联赛。2007-08赛季球队排名垫底，降入新成立的德国足球丙级联赛。2011-12赛季结束后球队再次降级至德国足球地区联赛，2016-17赛季球队夺得东北赛区冠军，并在两回合升级附加赛中淘汰科隆维多利亚从而重返德丙联赛。
荣誉.卡尔蔡斯耶拿足球俱乐部在东德足球俱乐部时期获得的所有冠军头衔：
着名球员.在第二次世界大战之前，耶拿队向德国国家队输送了3位德国国脚（，1911-12年、，1935年、，1