陵卫士残党枪击负伤，因故无法指挥新撰组参加鸟羽伏见之战而在大坂城疗伤。
戊辰戦争.鸟羽伏见之战战败后的新撰组搭乘幕府军舰回到江户。庆应四年（1868年），受幕府之命，改名为大久保 刚的近藤担任甲阳镇抚队巡抚，向甲州出阵。但在甲州胜沼之战败给新政府军。此时，因为意见纷歧的原因永仓新八、原田左之助离队。之后再度改名为大久保 大和的近藤在五兵卫新田（今东京都足立区）招募旧政府（幕府）士兵继续反抗。然4月却在下总国流山地区（今千叶县流山市）休息时，遭新政府包围。近藤等人被带往越谷（今埼玉县