生产建设兵团公安、检察院、法院、司法及监狱管理等机构恢复建立，其中法院按三级设置，本院为新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院，三级法院均行使普通法院的审判权，死刑案件由新疆维吾尔自治区高级人民法院复核。 1998年12月29日，第九届全国人民代表大会常务委员会第六次会议通过了《关于新疆维吾尔自治区生产建设兵团设置人民法院和人民检察院的决定》，确立了兵团各级人民法院的法律地位，并就其机构设置、监督关系、案件管辖、人事任免等问题作了原则性规定。根据该决定，新疆维吾尔自治区高级人民法院生产建设兵团分院