时促成与国立交通大学、国立中央大学、国立阳明大学筹组台湾联合大学系统合作方案。而两岸清华大学与北京大学、复旦大学、苏州大学、兰州大学交流成果，亦颇可观。刘炯朗接任清华大学校长刚满一个月，清大校园内发生刑事案洪晓慧事件，校园气氛低迷，校誉深受打击。但是在远见杂志所做的学术声望调查，清华大学在他任内于1998、1999连续两年学术声望超越台大，排名第一。在清华大学担任校长期间, 亦开设离散数学与电磁学等课程, 课堂场场爆满, 课程生动活泼, 是少数校长仍走入课堂与校园学生人群的典范
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