度恢复后，马馼于1978年9月考入南开大学历史系中国史专业；毕业后，留校任教；历任南开大学分校教师、分校党委副书记，中共南开大学党委副书记兼学生工作办公室主任等职务。
纪检工作.1989年8月，马馼调中央政府工作。在短暂担任国家计生委宣教司副司长后，马馼被任命为国家计生委机关党委副书记、兼纪委书记，开始涉足中共纪检工作。此时，温家宝正以中共中央书记处候补书记、中共中央办公厅主任的身份，兼任中直机关工委书记的职务；在中直机关工委系统中，是马馼的上司。 1995年1月起，马馼出任中