此后（尤其是土木之变后），蓟辽的战事不断。尤其是正统土木之变与嘉靖庚戌之变，蒙古人都从大宁入寇。割大宁之事，多为后人所诟病。
设立内阁、特务统治、重用宦官.爲了更有效率地处理国务，洪武三十五年（1402年）八月初一，朱棣令解缙、黄淮入直文渊阁，预机务。随后扩充内阁至七人。从此内阁开始在明朝政治中发挥越来越重要的作用，甚至清朝仍沿用此制度。另一方面，由于朱棣是造反称帝的，对大臣有所猜忌，故恢复了洪武年间废除的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治；指挥使纪纲成为永乐朝一大权奸。随后，