七七事变后，青岛观象台职员于9月撤离青岛。1938年1月10日，日本海军占领青岛，观象台亦被日本海军接管。同年2月1日，观象台改名青岛测候所，恢复气象观测，但并未恢复天文、海洋、地磁等观测项目，原本每日24次的气象观测也减为每日6次。测候所曾先后隶属于兴亚院华北联络部青岛出张所和日本驻青岛总领事馆。据抗战结束后第一任观象台台长王华文（字彬华）所述，他早年曾于蒋丙然任台长时期在观象台实习，抗战后接收时发现观象台满目疮痍，许多仪器被日本宪兵破坏。1945年8月日本投降后，中国海军少将、海军华北区接收专员畲振