原面对更大量的西军部队，有可能输掉这场战争，因此德川家康对高次的功劳非常看重。战后井伊直政派使者请高次下山不成，后来由山冈道阿弥以及在关原会战中立下战功的弟弟高知亲自请求，高次才同意下山。家康立即重召他成为大名，并且将他加封到8万5000石的若狭国小滨藩及后濑山城。庆长5年10月进入小滨，翌年加封近江国高岛郡7,100石。1609年5月病逝，享年47岁。家督由长男京极忠高继承。