1962年恢复工作之后，他导演了戏曲艺术片《碧玉簪》、《尤三姐》。越剧戏曲片《碧玉簪》保留了原剧委婉细腻的唱、白、做、表，又突破了舞台的时空局限，在戏曲片领域进行了有益的探索，成为戏曲片中的精品。1966年文化大革命爆发后，吴永刚遭到残酷迫害。文化大革命结束后，吴永刚获得彻底平反改正。他应广西电影制片厂的邀请，拍摄了舞台艺术片《刘三姐》。拍摄期间，他在事故中受伤，不久又得知儿子病危，但他最终坚持拍完了本片。 1980年他作为总导演拍摄了电影《巴山夜雨》（吴贻弓担任执行导演），该片获得第1届中国电影金鸡