但此后爱奥尼亚的希腊语城邦一直在寻求独立。波斯人为了便于统治，遂给这些城邦委任了僭主。到了前499年，米利都的僭主阿里斯塔格拉斯在波斯的支持下出海远征纳克索斯岛失败而被解任。阿里斯塔格拉斯趁机鼓动整个小亚细亚的希腊语地区起来反抗波斯的统治，由此拉开了伊奥尼亚起义的序幕。随着叛乱的发展，越来越多的小亚细亚小国被卷入到这场纷争中。雅典和埃雷特里亚则为阿里司塔格拉斯提供军事援助，于前498年协助后者占领并焚毁了波斯的地方首府萨第斯。前497年至前495年之间战况一时陷于胶着，但波斯人随后重组军队进击叛乱的米利都，