此后，新一军继续攻占新维、腊戍、西保、南燕、皎麦等市镇。1945年6月国民党第六次全国代表大会上，郑洞国当选候补中央执行委员。8月，郑洞国任陆军第三方面军副司令。9月9日，郑洞国参加了中国战区日军投降签字仪式。他于1944年于印度境内修建了中华民国驻印军兰伽公墓。
第二次国共内战时期.1946年1月，郑洞国应杜聿明的邀请到达东北，任东北保安司令部副司令长官，代理因病就医的杜聿明的职务。郑洞国到任后，指挥国民革命军沿北宁路疾进，先进入苏军撤出的沈阳，此后攻占鞍山、营口、辽阳、抚顺