迁至重庆办公。12月1日，国民政府在重庆开始办公。1939年9月6日，国民政府明令定重庆为陪都。1940年，原属国民党的前行政院院长汪精卫受日军扶植，于南京又另组一「南京国民政府」（亦称「汪精卫政权」，详见下方），并在上海发表《和平建国宣言》，然而美国、法国等国均拒绝承认该政权；直到汪精卫逝世后，代主席陈公博于1945年日本投降后宣布解散。1943年8月，林森在重庆因车祸逝世。同年9月，蒋中正被推选为国民政府主席兼陆海空军大元帅，并兼国民政府军事委员会委员长和行政院院长。
南京政府（