疯）病会议后，高木友枝出差德国两年，至柏林传染病研究所在罗伯·柯霍指导下与奥古斯特·保罗·瓦瑟曼合作研究。1899年5月，赴柏林参加万国结核病预防扑灭会议，接着赴巴西参加有关花柳病预防万国会议。高木友枝后来并娶德国女子为妻。1900年1月，高木与北里柴三郎等人发表鼠疫流行症调查报告，5月，回日的高木友枝被日本政府命为医术开业试验主任，同月兼卫生局防疫课长，兼临时检疫局技师，10月临时检疫局技师废除，兼临时检疫事务官。1901年3月防疫课长解任，7月免临时鼠疫预防事务局顾问。
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