世钰客死扬州，马氏兄弟为姚氏料理后事，并刊刻其遗着《莲花庄集》。马曰琯更出资千金赞助朱彝尊刊刻《经义考》，还替郑板桥还清债务，袁枚说马曰琯“横陈图史常千架，供养文人过一生”。马曰琯与査慎行齐名，有“南马北査”之眷。雍正十二年（1734年），独资兴建梅花书院。干隆帝南巡时，赐御书。干隆二十年（1755年）卒，年六十八。杭世骏在写马曰琯墓志铭称：“以济人利物为本怀，以设诚致行为实务。”“倾接文儒喜交久敬，意所未达，辄逆探以适其欲。”着有《沙河逸老小稿》。有子马裕。