作改造都可以允许B系统（原BMT和IND的线路）的列车行驶，并借此提高载客量。但事实上，由于A系统不少限宽和转弯半径较小的线路都处于中心地区，采取以上的方式将使列车无法连贯运行。A系统中只有小部分线路采取这种方式进行改造，并被合并到B系统中，比如BMT阿斯托利亚线（该线原先由IRT和BMT联营，BMT派出的列车为特别设计的列车），此外也有计划建造连接线将第二大道线与IRT佩勒姆线连接。
整合后的扩张及机构重组.线网整合完成后，纽约部分高架铁路被关闭，包括IRT第二大道线（1942年