用花色素苷或其他植物色素在经历消化过程以后没有明显或直接的抗氧化价值。和受控试管状况不同，花色素苷在体内经过广泛代谢，原型只佔5%不到，其余的都是经化学修饰、被身体顺速排走的代谢物。血液的抗氧化余量在服用富含花色素苷的食物后上升或许是植物色素经代谢后生成尿酸所导致的。
花色素苷的分佈.花色素苷存在于细胞液泡内，尤其是花和果的细胞；在叶、茎和根部细胞也偶有发现。在含花色素苷的组织里，花色素苷多数集中在外层的细胞，例如上皮和外周叶肉细胞。花色素苷在大自然最常存在的形式为矢车菊素、翠雀花