1879年），新政府农业振兴政策的扩展，试验场的一部分设施移设至他处。在该地则成立了由宫内省管辖的新宿植物御苑（）。在此期间，庭园中设立了鸭池、养鱼池和动物园，作为日本皇室的皇家用地和农场而运营（动物园在大正十五年（1926年）由皇室赐给了东京府成为上野动物园）。同时，该地仍然继续作为进行果树和蔬菜栽培研究的模范农场，在日本国内首先采用温室技术栽培兰花等花卉，并致力于向日本民间普及由欧美传入的园艺。明治三十一年（1898年），福羽逸人成为御苑的负责人。明治三十四年（1901年），御苑栽培的3株菊花在巴黎