大臣一职空缺。光绪四年（1878年）清军收复回部各城，此后设立“西四城善后总局兼办喀什噶尔善后局”管理回部西四城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗）。光绪九年（1883年），裁撤参赞、办事大臣，改行内地的郡县制。喀什噶尔地方置疏勒直隶州，叶尔羌地方置莎车直隶州，不久均升为府。
辖区.喀什噶尔参赞大臣及协办大臣办理喀什噶尔地方事务，其所辖区域为：伯什克勒木、伊克斯哈拉、牌租阿巴特（今伽师县）、阿尔巴特、汗阿里克、塔什巴里克、赫色勒布伊、托璞鲁克、提斯衮、岳谱尔和（今岳普湖县）、英吉沙