军松山医院总指挥，可见陈水扁对黄的倚重。陈水扁卸任后，黄芳彦因卷入SOGO礼券案、SOGO经营权案及扁家海外洗钱案等多项弊案，于2008年11月秘密前往美国，行踪成谜；特侦组在其新光医院办公室及住所内搜出新台币1000万元现金并扣押。黄原列扁家洗钱案证人，但因其赴美后特侦组多次传唤未到，2009年3月3日改列被告，3月18日发布通缉，时效25年至2034年。
个人生活.黄芳彦家族是南投县草屯镇当地望族，黄的五个兄弟均为医师，家族有因癌症而死亡的病史（五兄弟中的三人因癌症病逝）。