御入侵并发动奇袭，击退进犯。此后，杨一清以延绥、宁夏、甘肃三地有警不相援，请求率领大臣兼任。刘大夏于是请求杨一清总制三镇军务（陕甘总督），正德元年（1506年），加都察院右都御史。杨一清在任期间因修建边疆防御，武宗赞同并发帑金数十万使其完成防御工事。太监刘瑾因杨一清不依附自己，而弹劾杨一清，他被迫借病辞职。之后刘瑾诬陷其冒领浪费边疆费用，而被逮捕入诏狱。大学士李东阳、王鏊论救方才救出。仍命致仕，先后罚米六百石。正德五年（1510年），封于陕西的安化王朱寘鐇谋反，武宗命复起杨一清，总制军务，与总兵官神英平