获民主进步党提名为总统候选人，许信良稍后愤而脱党参选。副总统候选人为时任桃园县县长吕秀莲，选战并以「年轻台湾，活力政府」为政见主轴；「全民政府，清流共治」则是改革基调。竞选主题曲是「少年台湾」。2000年总统大选，国民党又一次分裂，该党提名时任副总统连战参选，而前台湾省长宋楚瑜则脱党参选（属无党籍的「新台湾人服务团队」）。选举过程中，宋楚瑜的选情原本被外界看好，但在国民党揭发兴票案，以及公布具争议性的民调后，声势急转直下；最终选举结果陈水扁以39.3%的得票率当选总统，胜过第二名宋楚瑜的36.8%得票率