工业司司长，机械工业部副部长；期间，参与了中国《汽车工业产业政策》的制定工作，并组织实施了许多重大的合资合作项目。1998年3月后，吕福源又先后出任了教育部的副部长和对外贸易经济合作部的副部长。2003年3月，第十届全国人民代表大会第一次会议通过了国务院机构改革方案，决定成立商务部。2003年3月17日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第二号中华人民共和国主席令，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，吕福源被任命为商务部部长2003年9月初，吕福源被检查出罹患癌症；经手术和数次化疗后