文四年（1402年），燕军逐渐逼近京城应天府，惠帝谋求与朱棣谈和，便把黄子澄和齐泰眨谪到外地，仍密令二人募兵。黄子澄微服由太湖至苏州，与知府姚善倡义勤王。姚善上奏说：“黄子澄之才足以抵御灾难，不应当将他抛弃在清闲僻远之地，而令敌人高兴。”惠帝召黄子澄回京勤王，未至，燕军已经攻破京城。黄子澄想与姚善航海到外地寻求救兵。姚善不同意，于是便与前袁州知府杨任图谋举事，被人告发，都被逮捕。黄子澄被送到应天，朱棣亲自诘问他，黄子澄在朱棣面前抗辩不屈，被凌迟处死，家族不论老幼俱被斩杀，倖存的妇女则遭到惨无人道的凌虐。