真正成为寺院是在笈多王朝时代。
衰落与复兴.佛教在印度衰落后，国王对它注意减少了，加上嚈哒与阿拉伯入侵后更衰败。当时在波罗王朝护持下曾经复兴，十二世纪后完全荒废。在1880年后才重新有人注意，当时寺院被印度教徒管理，1891年斯里兰卡僧人达摩波罗开始夺回寺院运动，在1949年成立管理委员会与菩提伽耶寺法的条款，委员会必须包含四个佛教和印度教代表，任期为三年。但现在印度教徒与佛教徒为控制权仍然执拗。2013年7月7日，这里曾发生爆炸事件，导致一些僧人和游客受伤。