三年（1477年），初名“荣”。早年与徐祯卿一起读书，后来成为王阳明之父王华的门生。弘治十四年（1501年）中式辛酉科应天乡试第一名举人。弘治十八年（1505年）成进士。选翰林院庶吉士，授编修。此后宦官刘瑾专权，嫉恨翰林不附己，将翰林尽数外调。陆深任南京礼部精膳司主事，不久因病乞归。正德十一年（1516年），刘瑾伏诛，回京复原职。正德十二年（1517年），任会试同考官，取中舒芬、夏言等名士。正德十三年（1518年）九月十六日，升任国子监司业。丁父忧归里。嘉靖七年（1528年），任国子监祭酒，充经筵讲