2016年夏季奥林匹克运动会博茨瓦纳代表团派出12名运动员参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的第三十一届奥林匹克运动会。
田径.博茨瓦纳队在田径项目上获得以下参赛席位（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：
柔道.博茨瓦纳有一名柔道运动员获三方委员会邀请，成为首位代表博茨瓦纳参加奥运柔道比赛的运动员。
游泳.博茨瓦纳有两名游泳运动员获得外卡资格，得以参加奥运。