宁水道被淤塞长达一百余里。翁大立马上上奏，建议开泇口、萧县二河道。翁大立并配合潘季驯的工作，重新筑造堤坝，弥补决口。水灾不久消退，漕运得以再次畅通。但事后翁大立、孔昭等人仍因“迟误漕粮”遭削籍。隆庆六年（1572年）锦衣卫指挥使周世臣在自己家中被杀，把总张国维前来捕盗，惟有死者的婢妾荷花儿及家奴王奎在，遂声称二人通姦弑主。狱成，刑部郎中潘志伊对此怀疑，许久未结案。及翁大立以侍郎署部事，愤怒荷花儿弑主，强迫潘志伊尽快处决兇手。潘志伊依然存疑，翁大立就委命郎中王三锡、徐一忠同谳。两人竟无所平反，被置极刑。数