两年施工其于1985年完工启用。2010年高雄市县市合併后，使得合併后的高雄市拥有原高雄市设立的左营孔子庙，以及原高雄县的旗山孔子庙，为此合併后的高雄市政府将每年都会举办的祭孔大典改成两边轮流举办，以解决孔子庙闹双包的状况。2016年2月高雄市美浓区发生芮氏规模6.6地震，造成台湾南部地区多处灾情，旗山孔子庙也因地震发生而受损，供俸孔子牌位的大成殿有18根柱梁柱油漆碎裂掉落，南面墙壁大片剥落并钢筋明显外露，外围设施则花格砖墙倒塌、地板隆起等灾情。旗山区公所于地震灾后会同高雄市土木技师公会人员前往