于12月9日在昆明被逮捕。吴耀宗和朱友渔联名致电中央人民政府最高人民法院院长沈钧儒，要求对黄奎元案进行调査了解，“如无罪即释放”。圣公会港粤教区（1950年更名为华南教区）主教何明华也电请周恩来要求释放黄奎元，并以个人名义保证黄奎元获赦免后，必留在中华人民共和国。1950年2月中国人民解放军开入昆明后，1950年3月黄奎元获释。此后不久，黄奎元便自滇缅公路经缅甸潜逃到香港。何明华为表示愤慨，在香港不给黄奎元安排工作和生活，黄奎元不久便赴美国。