压力十分庞大，位于路线主要交会点的台北车站及忠孝复兴站也因此成为台北捷运的两大转乘站。本线因自通车以来便与板桥线直通运行，因此习惯上将两条路线合称为「板南线」。南港线的端点站南港展览馆站，此段地下轨道与台铁以及高铁共用同一个结构体。此外，包括汐止甚至基隆的居民，均曾提出南港线继续向东延伸的请求；但是延伸段设计上没有预留继续延伸的机制及空间，上行隧道结束之后的空间即为台铁、高铁隧道的连续壁，地下空间已经用完无法延伸。且由于路线与台铁路线大致平行，因此政府倾向由捷运化后的台铁路线负责通勤运输，或由民生汐止线