进入中央研究院历史语言研究所任职，并曾任国立台湾史前文化博物馆馆长等职务；现为该研究所特聘研究员，国立清华大学人类学研究所专任教授。
研究.臧振华的研究着重于台湾和菲律宾的史前考古，尤其着重于南岛语系。曾经主持南科考古遗址、八仙洞遗址等大规模考古调查。臧振华是台湾水下考古学的先驱，目前已在澎湖群岛等台湾沿海等海域寻获多艘沈船，并取得大量古物。
空难搜救支援.于2015年2月8日臧振华院士带领中研院水下考古队4人，支援复兴航空235号班机空难搜救工作。搜