设置郡县。统一全国后，派兵讨伐南越西瓯，即秦攻百越之战。他先后派屠睢（前221年）、任嚣与赵佗（前214年）南征。并且命史禄于湘江和珠江建立灵渠，以便运粮给南征军。平定百越后，移民罪犯五十万人至南方，以控制岭南地区。秦始皇在统一六国之后于渭水畔兴建阿房宫（未完工）、于骊山修建秦始皇陵（未完工）。并且四处封禅、五次出巡。在邹峄山（在今山东邹城）、泰山、芝罘山、琅邪、会稽山、碣石（在今河北昌黎）等地留下刻石，以表彰自己的功德。又依古代帝王惯例，于泰山祭告天地，以表示受命于天，谓之封禅。前210年最后一次东巡