他为中丞。统和二十八年（1010年）二月，奉皇太后萧绰之命出使北宋。回国后，为北院枢密副使。开泰三年（1014年），任左夷离毕。萧合卓常在辽圣宗侧近，明习典故，善于占对。开泰五年（1016年）四月，担任北院枢密使。开泰六年（1017年），萧合卓为都统，王继忠为副都统，萧屈烈为都监攻打高丽国兴化军，没有获胜。回国后，求任用的人在门前排队，萧合卓生活与之前没有不同。圣宗知道他清廉，把皇族之女嫁给萧合卓之子为妻。太平五年（1025年），萧合卓卧病在床。圣宗想要探望他，萧合卓以皇帝见而伤心固辞。十二月，北府宰相萧朴