派征南将军廖永忠捕杀久据不降的农民军领袖黄斌，正式将新会纳入明朝的版图。洪武三十年（1397年），千户宋斌以砖石围筑城墙，县城西起犀山东至马山，周长六百六十丈，县衙建于城内，是为内城。成化十年（1474年），知县陶鲁以蚝壳修筑了新会子城，并开凿会城河。至万历元年（1573年），兵备佥事何子明增修二重城至会城河边，周长约五公里。至清干隆年间，新会城成为了广东第三大城，仅次于广州城和潮州城。嘉靖元年（1522年），佛朗机人别都卢及疏世利率领五艘船入侵新会，明廷派右都御史总督两广军务张嵿应战，史称西草湾之战，此战