于许多板块的会合处，故而地质运动颇为剧烈，火山活动相当的活跃，整个地区各处散布着二百多座火山，其中约七十座在印度尼西亚、过去一百五十年间曾喷发过。在四个主要冰期，当时海平面比现在低过一百公尺（300呎），巽他与莎湖两陆棚露出海面，陆棚地面大河奔流，当时的动物和古人类可借陆桥穿越此处。当一万七千年前冰盖融解后，巽他陆棚一部分被淹没，山脉和较高的地方成了浅海浸入的岛屿或半岛。马来群岛地处热带，赤道横穿整个群岛，群岛大部为热带雨林所覆盖。群岛的25,000个岛屿包括了许多较小的群岛。其中最大的群岛如下：