赤道长波理论、赤道海洋动力学与圣婴事件）、台湾海洋环境调查、黑潮特性及其动力的研究、台湾海崃流场动力的研究、陆棚上海水交换动力探讨、南海环流与大气观测、南海非线性内波的特性研究与台风引发之海气交换作用等。唐存勇是流经台湾外海的洋流黑潮的专家，曾利用海研一号研究船发现黑潮涡流，解决台湾海洋学界「黑潮反流」是否存在的争论。
逝世.2013年5月5日，唐存勇疑似因为久病厌世，在台湾大学海洋研究所仓库上吊自杀身亡。