，从先前的热烈期待转为失望，因此，由执政团队退下来的、时任会长蔡丁贵也将台教会定位为重新回归实践、执行台湾独立建国的核心理念。教育改革运动上，协会于2001年6月16日发表〈立即撤换教育部长曾志朗〉声明，主张新政府在教育改革方面不进反退，认爲应撤换曾志朗部长，因其删除「认识台湾」课程，忽视本土教育，且拥有双重国籍、教改推动不力等。2002年9月，协会与台湾北社、台湾笔会、台湾东社、台湾中社共同发表〈请爲台湾学教育留活路〉声明，主张政府应积极推动台湾学教育、规划正规课程师资，并在大专院校设立「台湾学」相关