总统府发言人范姜泰基表示，马英九总统相当肯定与敬佩星云法师慈悲为怀、致力社会安定和谐的人道精神。至于林毅夫的个案，范姜泰基强调，林毅夫目前仍由国防部高等军事法院检察署通缉中；中华民国是法治国家，林毅夫若返台到案，将由军法机关依法办理。中华民国前总统陈水扁在《壹週刊》专栏中表示，如果台湾与大陆真是马英九总统所说「一国两区」，现任世界银行副行长林毅夫当年「何叛逃之有」？陈水扁表示，若依一国两区之说，林毅夫不过是从中华民国的「台湾地区」跑到「大陆地区」，都在「一国」之内，这样如何「叛逃」。陈水扁表示，中华民国