西亚、大波兰、波莫查、罗兹、但泽等曾为德意志帝国领土或有大量德裔人居住的地区併吞为国土，而其余区域则由亲卫队上将的汉斯·法郎克所领导的波兰总督府进行管理，对内施行「德国化」政策，在德国佔领期间，纳粹亲卫队于波兰境内建立了大量的集中营，关押犹太人、医生、公务员、教会人员与地主等群众，最后将其有系统地大量处决。在苏联1939年后的佔领区中，史达林则对波兰人实行「俄罗斯化」，同样杀害了波兰社会精英与政治反对者，其中尤以屠杀两万名波兰军官的「卡廷森林屠杀案」最为出名。在德国佔领波兰全国后，后者组织起地下抵抗势力—「