，这是有袋类、单孔目及非哺乳类的兽孔目的特征。始祖兽有真兽下纲祖先的一般齿式，即5.1.5.3/4.1.5.3。牠有5颗上门齿、4颗下门齿及5颗前臼齿。不过这不是现今真兽下纲的一般齿式，现今的真兽下纲各有3颗上下门齿及4颗前臼齿。从268个主要中生代哺乳动物分支及白垩纪真兽下纲主要的科中，始祖兽与"Murtoilestes"及"Prokennalestes"一同被置放真兽下纲演化树的底部。明显的，这三类都与胎盘类较与有袋目接近。始祖兽因齿列、手腕及脚跟的几个衍征而被分类在真兽下纲。始祖兽有毛发的