中从参谋本部被调任为关东军的参谋次长。1938年石原莞尔作为关东军的参谋次长和东条英机在对于满洲国的战略思想上的代沟越来越大，东条不予理会其想让满洲国自立成为“亚洲盟友”的构想，而又常常直唿东条为“东条上等兵”和“白痴”。1938年12月5日，被任命为京都府舞鹤市的司令官。1939年8月晋升中将，并调任京都的陆军第十六师团的师团长。1941年3月1日，石原莞尔被免除师团长职务，同年4月，石原受到立命馆大学校长中川小十郎的邀请，加入到了立命馆大学成为了新开设的“国防学讲座”的讲师。随即又担任了大学里的国防