执后的10-15分钟后，肯尼迪的遗体从帕克兰医院被送到了空军一号总统专机。达拉斯验尸官在此前没有对遗体进行法医鉴定，而在被验尸官进行法医鉴定之前转移遗体，已经违反了德克萨斯州的法律（谋杀凶手已经承认犯罪，且在德克萨斯州的法律权利管辖之下）。副总统林登·约翰逊所坐的车在穿过达拉斯市市区时，位于总统车队中位于肯尼迪坐车两辆车的后面，在枪击中他没有受伤，随后他在空军一号上继任了美国总统。
验尸.在空军一号总统专机降落在离华盛顿特区不远的安德鲁斯空军基地后，肯尼迪的遗体被送到贝蒂斯海军