生。清末余亚农长兄余申甫及次兄余丹甫就读安徽武备练军学堂。1904年余亚农考入武备学堂改的安徽陆军小学堂，徐锡麟时任安徽陆军小学堂会办，深受徐锡麟的恐怖行动民主革命思想影响。升入北京清河镇陆军第一中学。两年后入保定军官学校入伍生队学习。1910年经吴禄贞介绍秘密加入同盟会。武昌起义前夕，受吴禄贞派遣去汉阳联系湖北新军起事。辛亥革命后，被推为全椒民军司令，复应聘为柏文蔚的国民军第一军训练处代理处长。1912年2月入保定军校学习。二次革命时柏文蔚组建安徽讨袁军，余亚农离校南下讨袁淮上军张孟介（张汇滔）部