1968年至1978年担任新亚研究所所长期间，广邀学界名宿来校主讲文化讲座，令香港一时成为研究中华文化的重镇；但在其任内，由于研究所与大学间冲突变得白热化，新亚研究所先被大学终止补助，继而脱离了中文大学，在后继无人的情况下，使研究所一蹶不振。1973年新亚中学创办后，他出任其校董会成员。1975年，任台湾大学哲学系客座教授；同年确诊肺癌，虽经反覆治疗仍无效，1978年2月2日凌晨于香港病逝。葬于台北观音山朝阳墓园。国际哲学界公认他为「当代新儒家」的一位代表人物。2003年四川省宜宾市成立了「宜宾学院唐君