FE参与了在恰帕斯州清剿萨帕塔民族解放军的作战，但墨西哥政府并没有就该次军事行动知会过大众。消息指GAFE在1990年代曾接受以色列特种部队和美国特种作战部队的突击队和城市战训练，项目包括快速部署、枪法、伏击、反情报和威吓战术等。数名队员还曾经在西半球安全合作学院进行过针对和心理战的训练。目前特种部队军团专责于在墨西哥毒品战争中打击各个派系的贩毒集团，当中有不少知名的贩毒首脑已经被他们抓获。
争议.1994年，萨帕塔民族解放军佔据了墨西哥南部恰帕斯州的数个小镇，于是墨西哥政府派