财政部长邱正雄为行政院副院长、国民党副秘书长廖风德为内政部长、前监察委员王清峰为法务部长。4月28日，刘兆玄与准副阁揆邱正雄于台北市长官邸公佈第二波内阁人事名单，其中最受瞩目的教育部部长一职由前政大校长郑瑞城接任，陆委会主委则由有台联党籍、被视为前总统李登辉核心幕僚的前立法委员赖幸媛出任。基于赖幸媛以前曾指责江丙坤为「台奸」，深绿色彩浓厚，引来国民党基层的大反弹；而赖幸媛本人闭门不出。马英九亦多次出面坚持赖幸媛的人事案，并要反对的人多想想；第三天晚上赖幸媛亲访江丙坤并共同召开记者会说明。翌日亦亲自召开记者会