高等法院及最高法院判决.
一审.神户地裁一审判决，支持了校方的观点，驳回了原告的诉讼请求。法院的判决理由为：“如果是超出了保障信仰自由的界限，而且明显是反社会的行为，则法律不能给予保护。”（加持祈祷事件，最高裁判所昭和38年5月15日）。
控诉审及上告审.但是，大坂高裁与最高裁均撤销了一审判决，判定校方的一系列行为超出了裁量权的合理范围，违反了宪法规定，支持了原告的诉讼请求。最高裁第2小法庭在1996年3月8日全体一致通过的判决中指出：