中国学院的代理校长，并拒绝出任临时政府的公职。任内他延揽了一大批专家学者到中国大学任教。抗日战争结束后，蒋介石任命何其巩为国民政府军事委员会委员长驻北平特派员，不久即撤职。1947年，他辞去中国大学代理校长的职务。第二次国共内战期间，他曾参与策动第十一战区起义，并参与游说傅作义起义。中华人民共和国成立后，他留在北京市。
逝世.1955年，何其巩在北京病逝，享年56岁。遗体葬在北京香山地区的福田公墓。