住宅区都修建在山坡上。长崎市的街道宽度亦因地形限制而普遍狭窄，但仍被部分市民认为过宽，甚至有修建之后缩窄的例子。这也导致长崎市交通阻塞问题严重。但多山的地形也使得长崎港内最大水深达45米，利于船舶停靠，是一座天然良港。为获得平地，长崎市自近代以来多次通过填海取得建设用地。长崎市中心的主要河川有和中岛川。长崎市中心的主要平地也多位于这两条河流的沿岸和河口的填海地。在平成大合併之后，、、池岛、端岛等离岛被合併入长崎市，现在这些岛屿中不少是长崎重要观光景点。长崎多山的地形使得长崎以成为集约型多核都市为发展目标