该线由香港铁路有限公司（前身为地铁有限公司）负责监督建造及营运。香港政府在《铁路发展策略2000》中建议兴建「九龙南环线」。2002年9月24日，香港政府邀请当时的九广铁路公司就九龙南环线着手进行详细规划和设计工作。2003年12月20日，九广西铁（今西铁线）正式通车，以深水埗区的南昌站作为终点站 。虽然打着方便新界西北居民直达市区的旗号，但始终南昌站并非市区中心，以市区边缘作为终点站的做法为人诟病，这被认为是西铁线通车后乘客量比预期中要低得多的主因。当时有人认为，九龙南线的兴建对西铁线的日后发展尤为重要。