简棘龙有许多独特特征，因此将简棘龙归类于简棘龙科（Haplocanthosauridae），只包含简棘龙属。就目前为止的系统发生学研究，仍无法确定简棘龙与其他蜥脚类恐龙的演化关系。目前的版本包含：比新蜥脚类还原始的物种、原始大鼻龙类恐龙，与圆顶龙、腕龙科的祖先是近亲、原始梁龙超科，较其中的雷巴齐斯龙科原始。在2005年，德恩·奈许（Darren Naish）与麦可·泰勒（Michael P. Taylor）在他们的梁龙超科研究中，重新整理各种版本的简棘龙演化位置。以下图表是根据奈许、泰勒的2005年