建筑物及广场共约四公顷，包括本馆建筑群为展示情境，设有遗址出土各项重要文物常设展、特展厅、考古学习体验室。馆中介绍有关十三行文化、植物园文化、圆山文化等过去的遗迹与背景。
沿革.1957年，十三行遗址被勘查后定名并登录为二级国定古蹟。1989年，因八里污水处理厂将兴建于十三行遗址上，引起各方抢救十三行遗址；抢救计画由1991年7月第五次发掘开始，1990年第三次发掘、1988年的第二次发掘为考古研究计画。1992年由行政院文化建设委员会（今文化部）勘定后，确定遗址保存面积为313