蒙元时期.中原王朝对西藏进行直接管治的历史始于元朝，元朝时期的西藏政教合一制趋于定型，逐步形成了政教权力的高度统一，便于蒙古人对西藏的统治和治理，而且元朝在西藏还有严密和等级森严的基层组织。1240年蒙古征服吐蕃（今西藏）。忽必烈1260年登基成为大蒙古国皇帝，将西藏萨迦派八思巴封为国师、中原法王，1270年升级建立帝师制度，辅助元朝国政，并设置宣政院，使西藏纳入了蒙古的管辖之下，宣政院为专管全国佛教事务的机构，兼管设立于吐蕃的三个宣慰司。1260年，元世祖忽必烈召集拥护自己