近的另一条干线路线、上越线虽然是以隔邻的宫内作为终点，但行驶于该路线上的列车，实际上却是以长冈作为起讫车站。
车站结构.
JR东日本.在来线月台位于东口侧，是地面车站，3面5线。新干线月台位于3楼，是高架车站，对向式月台2面2线与中央通过线2条。此站现时为2面2线，并曾有计划扩建成2面4线，将上越新干线连接青森至大坂的计划中新干线「日本海纵贯新干线」（又称）。因此，青森至大坂之间需要与东京作T字型连结。然而直至现时为止，仍没有兴建羽越新干线的计划。