iga 联赛连续踢了三个赛季，直到1995年，球队又降回 Verbandsliga 联赛。1997年实再度重返 Oberliga 联赛。现在，做为更强大的一方，沙尔克04二队在 Oberliga 联赛中赢得了 A league 冠军被俱乐部促成进入德国足球地区联赛北区，在2003年时马上又遭到降级。再 Oberliga 联赛四个赛季后，2008年，沙尔克04二队重返德国足球地区联赛并进入西区联赛。沙尔克04二队曾有两次踢进德国盃资格赛，分别是1994–95赛季与2001–02赛季，在1994–95赛季时