自从被命名以来，波波龙曾多次被归类于不同演化支，例如：恐龙、植龙目、劳氏鳄目。波波龙目前被分类于波波龙超科演化支，这是一群三叠纪伪鳄类，包含：背部成帆状、具有喙状嘴、水生生活方式……等多样性物种。波波龙的前肢明显短于后肢，显示牠们是二足动物，类似兽脚亚目恐龙；而同时代的伪鳄类，大部分是四足动物。波波龙的亲缘关系较接近现代鳄鱼，而离恐龙的关系较远。波波龙被推论是独自演化出二足步态，有可能是发生在主龙类的早期演化阶段。
体征.波波龙的身长被估计约4公尺长，尾部长度约佔全身的一半。