山南地位还高的参谋位置。
脱逃.加入新选组后的第4年，元治2年（1865年）2月时，山南突然留下「前往江户」的纸条，并且就这样脱离新选组。由于新选组的队规（局内法度）严格规定只要擅自脱队，一律是切腹死罪。所以近藤、土方立刻派遣沖田总司担任追捕的工作，并且在近江国大津将山南逮捕，并将他带回基地。据说山南看到前来追捕他的人是与他交情深厚的沖田，主动露面向沖田打招唿。沖田试探性问他：「你认为自己能逃得走吗？」山南则回答：「若追兵是你，我就无法（刀剑相向）。」于是毫无抵抗地随沖田返回。