市内大量且集中的空气污染导致气喘和其他唿吸道疾病在纽约市民身上的发生率较高。市政府被要求只能采购最节能的设备，以供市政府办公室和公共住宅使用。此外，纽约有全国最多的使用清洁空气柴油混合动力和压缩天然气的公车，至2010年中有3,715辆混和动力计程车和清洁柴油车辆，佔全市计程车辆总数的28%，位居北美第一。纽约市政府曾在中发起诉愿，要求美国国家环境保护局将温室气体归类为污染物，此外市政府也主导绿色建筑的兴建，如赫斯特大楼。纽约市内的饮用水由卡兹奇山流域保护区供应，由于该地区水源得到保护较好，自然过滤