要调查情况，并不急于接管新界，在1899年4月才开始公佈接收详情。4月14日，以屏山邓氏为首的新界原居民各大氏族反抗，爆发新界六日战，政府在4月19日才正式接管新界。当新界乡民反英活动没有停止时，英军认为这是要求清军撤出九龙寨城的最佳时机。战后由于英国政府认为战争是由新安县官员策划，违反《专条》中的「不得与保卫香港之武备有所妨碍」，因此在5月16日派和100名炮兵义勇军入侵寨城，将城内官员和官兵全数驱赶。其后寨城一度荒废，几乎无人居住，寨城遂变成无政府状态。清廷总理各国事务衙门于5月22日发紧急电报予英