2004年，球队主场迁至深圳，球队更名为“深圳科健队”，当年球队列第10名。此时由于集团资金链断裂，加上俱乐部两年拖欠球员工资和奖金累计达800万，科健不得不退出俱乐部。在与多个买家谈判均告吹的情况下，一队自行解散，球员以个体形式卖出，队中较着名的吴伟安和吴坪枫两名主将分别转会至天津泰达和江苏舜天，杨智转会去了北京国安，队长唐晓菲加盟浙江绿城。俱乐部的二队则整体出售给了新成立的安徽九方。