部、长崎经济专门学校、长崎师范学校、长崎青年师范学校、长崎高等学校，是长崎县唯一的国立大学。现在长崎大学是一个拥有九个学院（多文化社会学院、教育学院、经济学院、医学院、牙医学院、药学院、工学院、环境科学院、水产学院），超过9000名学生的综合性大学。长崎县立大学是长崎县唯一的公立大学，前身是成立于1902年的长崎县立高等女学校。2008年，长崎县立大学和县立长崎西博德大学合併，使得现在长崎县立大学拥有佐世保市、长与町两个校区。长崎县立大学有经营学院、地域创造学院（位于佐世保市）、国际社会学院、信息系统学院、