克里斯托瓦尔·德·卡斯蒂利亚·萨莫拉（Cristóbalde Castilla y Zamora）于1677年建立。在19世纪中叶关闭之前，它主要是用于训练天主教神父。 秘鲁政府于1959年将其重新开放为国立大学。 1960年代和70年代，大学成为共产主义组织（包括秘鲁共产党 (光辉道路)）的温床。大学的校长是生物学家荷马·安戈·阿吉拉尔。