水库管理处附近形成本乡与台南市东山区的边界，续向西南流出乡境。二寮溪又名草兰溪，发源于高雄市那玛夏区河表湖山西麓，向西北流至县、市边界后，转向北沿边界流至二寮坑附近注入曾文溪。近年来政府规划「曾文水库越域引水计画」，预备在高雄市桃源区勤和聚落附近的荖浓溪河床上设置拦河堰，并兴建引水隧道及跨河输水桥，以穿越玉山山脉、楠梓仙溪、阿里山山脉，最后经由草兰溪注入曾文水库。
气候.大埔乡位于北回归线以南，人口集中区域海拔皆低于500公尺，为亚热带气候区，夏季长而冬季短，年平均温度约23.