立东京大学，赤门遂成为东京大学医学部的大门，一直到明治十七年（1884年）其他学部也迁至本乡为止。赤门在建筑样式上属于药医门，中央有一扇大门，大门两侧各有一扇小门，屋顶样式属于切妻造。门主体的两侧建有唐破风造样式的番所（警卫室），现在已无作用，仅作为古蹟保存，而且通常不开放进入参观。现今通过赤门后为称作「赤门总合研究栋」的研究大楼以及经济学部、教育学部的楼舍。