年5月，中华民国总统陈水扁任命张炎宪为国史馆馆长，也开启了用比较体制化之方式进行台湾史研究的另一个新纪元。2008年政党轮替后，张炎宪积极参与社会运动，陆续担任台湾二二八关怀总会理事长(2008~2012)、台湾教授协会会长(2011~2012)、台湾历史学会会长(1998~2000，2010~2012）等职；2013年6月接任台湾社社长，任期两年。2014年9月26日，张炎宪赴美国做台湾独立运动口述历史访问时，因心肌梗塞送医；于10月3日美国费城当地时间凌晨5时50分病逝。
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