2003年12月缩编为中国人民解放军空军南宁指挥所。2011年升格为副军级，更名为中国人民解放军空军南宁基地。在2016年深化国防和军队改革前，空军南宁基地隶属中国人民解放军广州军区空军。2017年4月18日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平在北京八一大楼接见新调整组建的84个军级单位主官，并对各单位发布训令；中共中央政治局委员、中央军委副主席许其亮宣读习近平主席签发的中央军委关于调整组建军兵种部队和省军区系统军级单位的命令、决定。在这次军级单位调整组建中，新组建中国人民解放军空军南宁基地，