擢谭纶为右佥都御史，巡抚福建，并举荐戚继光、俞大猷等参与战役。同年四月谭纶任总指挥，命戚、俞等分头进攻，一举灭敌二千多人，收复兴化。次年，倭寇再攻仙游，谭纶亲率戚继光部增援，攻下仙游，斩敌千余，迫使倭寇余部入海逃遁。隆庆元年（1568年）谭纶获任命为蓟辽保定总督，负责京畿防务。他再度举荐戚继光协防，自居庸关到山海关，修建防御台三千座，使东北一带防务大大加强。据称谭纶及其部下斩获的敌人首级，数目达二万一千五百。明神宗即位，起用爲兵部尚书。给事中雒遵弹劾其不称职，谭纶三次上疏请求罢职，均获朝廷降诏留用。万历五年