衍中因疫情蔓延而病卒于苏州怀宁会馆，先后由祖父陈章旭以及长兄陈庆元抚养成人，在家中学习《四书》、《五经》。光绪二十二年（1896年），17岁的陈独秀通过院试成为秀才，但在次年赴南京江南贡院参加乡试落榜，未能考中举人。光绪二十三年（1897年），考入杭州求是书院，学习法文和造船。同年接受家族包办婚姻，与高晓岚完婚后，前往南京再次参加乡试，仍然没考上。光绪二十四年（1898年），陈独秀前往东北的嗣父陈昔凡的住处。光绪二十五年（1899年）年底，义和团在山东起事，于是陈独秀回到安庆。
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