送往法国；4年之后，西班牙在加利良诺战役中获胜，那不勒斯在整个西班牙哈布斯堡王朝时期，都处于西班牙帝国的统治之下。西班牙派遣总督驻扎那不勒斯直接处理当地事务：其中最重要的是佩德罗·阿尔瓦雷斯·德·托莱多，他带给该市社会、经济和都市可观的进步；他也支持宗教裁判所。 在这一时期，那不勒斯成为仅次于巴黎的欧洲第二大城市。它是巴洛克时期的文化发电站，拥有卡拉瓦乔、萨尔瓦托罗沙和济安·贝尼尼等艺术家，Bernardino Telesio、乔尔丹诺·布鲁诺、康帕内拉和詹巴蒂斯塔·维柯等哲学家，和Gian Battis