一般察合台汗国分为分为畏兀儿斯坦（Uyghurstan），阿尔蒂沙尔(Alti-Shahr，意思是六城：莎车，喀什，和田，阿克苏，乌什和英吉沙），和西部蒙兀儿斯坦（Moghulistan）。东察合台汗国第一任可汗秃忽鲁帖木儿统治下，蒙兀儿人集体皈依伊斯兰教，而第五任可汗马哈麻加速了蒙兀儿人伊斯兰化进程。这个地区原是由东察合台汗国管辖，但到了15世纪，大批游牧民脱离乌兹别克的阿布海儿汗，跟随朮赤系的苏丹，克烈汗与贾尼别克前往此地。东察合台汗国也先不花二世及羽奴思汗拨一块蒙兀儿斯坦的土地（库齐巴什），收留了