航空49%的股权、爱沙尼亚政府拥有爱沙尼亚航空34%的股权，而Cresco投资银行拥有爱沙尼亚航空17%的股权。截至2007年3月，爱沙尼亚航空拥有380名员工。. 在2008年11月27日，爱沙尼亚总理安德鲁斯·安西普宣布北欧航空曾要求爱沙尼亚注资爱沙尼亚航空，以拯救航空公司。爱沙尼亚政府正在谈判，而渡轮公司Tallink则反对提议。
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