焕怕文龙的部下兵变，先祭拜了毛文龙的尸首，又拿出十万两白银，分赠毛文龙下属，并把原毛部兵士分为四份，分由毛承禄、徐敷奏、刘兴祚与陈继盛率领。这十二项大罪，有人认为其中有几条是当时守关将士之通病、有些是个人行为私德问题。至于私通外夷，袁崇焕本人也曾想跟女真议和；所谓交结近侍，袁崇焕本人也曾于魏忠贤当政时上折称颂其功德，并要求在宁远、前屯两地为魏忠贤修建生祠，而最后一条指责毛文龙不能收复失土，袁崇焕本人也不能复辽东寸土。当时，崇祯帝对于袁崇焕以尚方宝剑杀死毛文龙，是非常不满的，因为毛文龙本人也有一把尚方宝剑