玛丽想要任命伍斯特主教接替，但威廉否决了她的意见，玛丽只好顺从威廉的主张，改让林肯主教担任坎特伯里大主教。
骤逝与入殓.玛丽的体型高挑（180公分）而健康，她可以每天都在白厅宫和肯辛顿宫间往返办公。然而，她却在1694年末染上了天花。她在染病后为预防天花的感染范围进一步扩大而遣走了从未感染过天花的宫廷人员。当时再度怀孕的安妮听闻消息后，写信给玛丽说，为了见姊姊一面，她愿意冒任何风险；但是玛丽身边的第一女官德比伯爵夫人却未递交此信给玛丽。在12月28日过完午夜的凌晨时刻，玛丽病逝于肯