码头列为香港一级历史建筑，故此可能影响重置计划。后来立法会财经事务委员会在2007年6月15日表示决决同意拨款迁拆皇后码头。2008年4月，规划署发表中环新海滨城市设计研究的第二阶段公众参与活动，提出两个重置皇后码头的方案：一为将皇后码头重置于九号及十号码头之间，恢复其海事功能、将皇后码头重置于原址，保持与香港大会堂的关系，但是该海事功能将会丧失。2008年5月8日，香港政府表示皇后码头的组件安全放置在香港大屿山狗虱湾政府爆炸品仓库库内。香港政府计划兴建室内临时仓库，内设温度及湿度调节，妥善安置皇后