学院通州校址于2017年9月更名为“北京工业大学通州校区”，该校区为北京工业大学部分学院大一新生校址。1997年至2004年，学校经过学科结构性调整，对学科专业进行了调整、组合、撤并，建立和完善校、院两级管理体制，形成15个二级学院：机械工程与应用电子技术学院、电子信息与控制工程学院、建筑工程学院、环境与能源工程学院、应用数理学院、计算机学院、材料科学与工程学院、经济与管理学院、人文社会科学学院、软件学院、生命科学与生物工程学院、建筑与城市规划学院、外国语学院、实验学院（于2017年下半年撤销）、继续教