se Bonaparte）一度将南美洲的皮萨诺龙归类于畸齿龙科，但皮萨诺龙现在被认为是更基础的鸟臀目恐龙。相较牠们的不确定种系发生学位置，畸齿龙科的内部物种是较容易确立的。数个早期研究显示畸齿龙科是群非常原始的鸟臀目恐龙。基于前肢形态上的相似处，罗伯特·巴克（Robert T. Bakker）假设畸齿龙科与早期蜥脚形亚目如近蜥龙有关系，让畸齿龙科成为蜥臀目与鸟臀目之间的桥樑。过去数十年的主要假说，将畸齿龙科置为基础鸟脚下目恐龙。然而，有人提出畸齿龙科与头饰龙类有共同祖先，头饰龙类包含角龙下目与厚头龙下目