磡段原定2018年12月通车，2020年12月再启用红磡至金钟段。然而2015年3月政府再向香港立法会提交文件，确定两路段最少需延迟一至两年，亦即分别在2019及2022年启用。
交通改道.在工程期间，铁路途经的不少道路，包括漆咸道北、马头围道、浙江街、农圃道、世运道回旋处、太子道东需进行临时改道，而马头围道部分路段更在工程期间由原来的双向六车道收窄为双向三车道。在马头围道沿线的巴士站及小巴站亦需临时迁移。江苏街和落山道部分路段亦需分阶段临时封闭以建造土瓜湾站车站出口。为方便挖掘何