禄3年（1560年）期间被义纲方镇压。在这次内乱的过程中，义纲方的士气高昂，于是大名专制支配被确立。内乱终息后的永禄3年（1560年）至永禄9年（1566年）时期，是处于末期的能登畠山家相对比较安定的时期。在能登国内没有家臣谋反或内乱发生。于是向足利将军家的赠答在永禄4年（1561年）再度恢复，国内气多社的兴建亦得到朝廷许可。后来在永禄5年（1562年）被上杉谦信攻击的神保长职向义纲请求仲介并调停成功等，开始在外交活动上活跃。同年接受正亲町天皇的敕许而再度兴建能登一宫，自身亦通过朝廷和幕府来寄进7千疋钱