铜、锌与钼等。除了这些无机化学物之外，辅因子也包括一些有机物质，例如血红蛋白中与铁结合的血红素。另外有些维生素也可作为辅因子，如维生素C；或是辅因子的前趋物，如维生素B。
分类.辅因子可分为两大类：有机辅因子有时进一步分为"辅酶"（coenzymes）和"辅基"（prosthetic groups）。 术语"辅酶"具体是指酶，因此是指蛋白质的功能特性。 另一方面，“辅基”强调辅因子与蛋白质（紧密或共价）结合的性质，因此是指结构性质。 不同来源对辅酶，辅因子和辅基的定义略有不同。