继续在加拿大生活了一段时间，避免受到美国政府的起诉。1868年，他回到美国，协助抗击德克萨斯州和路易斯安那州墨西哥湾沿岸地区爆发的黄热病疫情。这时针对他的指控尚未撤消，但他并未遭到逮捕和起诉。1873、1877和1878年，他分别在田纳西州的孟菲斯、佛罗里达州的费南迪纳比奇以及肯塔基州的希克曼救治黄热病患者。这些善举修复了他在公众眼中的形象，还让他于1879年以“希克曼的英雄”之名获得民主党提名竞选肯塔基州州长，并在普选中以大幅优势战胜共和党对手沃尔特·埃文斯（）。担任州长期间，布莱克本对许多领域进行了改革