15日日本投降后，为维护历史馆剩余史料，石旸睢搬进蓬壶书院内一间陋房，号之为「思无邪斋」。同年10月25日台南市政府成立后，石旸睢成为「台南市立历史馆」管理员，而由于原历史馆馆舍已毁，遂在隔年以赤崁楼为历史馆馆舍，在5月1日时开放展览。1951年4月，台南市史料编纂委员会成立，6月改组为台南市文献委员会，石旸睢为首任委员之一。隔年台南县文献委员会成立后，石旸睢也受聘为该会顾问。1961年10月1日，石旸睢退休离开历史馆，隔年发现罹患癌症，进行治疗，最后于1964年3月3日12:47时病逝于「思无邪斋」。