第九辈法台扎巴尊追在元世祖时期，常驻北京讲经。纳塘寺逐渐建成之后，鼎盛时期共有4个扎仓、13个经堂，还有常住三千多僧人的僧舍。《卫藏道场胜迹志》记载：“寺庙内有加持力的佛像经塔极多，特别是一尊名为曲米度母（是从曲米迎请来的度母像）颇为神灵。还有颇罗鼐台吉时雕刻的《甘珠尔》大藏经版，释迦佛本生事迹版，十六尊者的挂像版等印版。其内供的佛宝遗物有仲敦巴大师的水晶手杖，很多噶当前辈祖师的用具遗物。特别是纳塘的历任座主都是十六尊者圣人的化身，他们曾经用过的资具很多是非常珍贵的。”该寺珍藏的佛像中，最灵异的是合金铜