级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。总制院的设立，是以宗教领袖统治西藏地区之始。藏传佛教在忽必烈的推崇下，在社会与政治上均有极高的地位。此后诸位元帝均受藏传佛教的戒律，藏传佛教也逐渐推广到蒙古各部。1270年，八思巴为忽必烈灌顶；忽必烈为报答他的灌顶之恩和造字之功，晋封他为帝师、大宝法王，并通过八思巴的举荐，任命了总管西藏事务的行政长官和13个万户府的万户长。 “百年之间，朝廷所敬礼而尊信之者，无所不用其极。虽帝后宾妃，皆因受戒而为之膜拜。正衙朝会，百官班列，而帝师亦或专席于坐