咸丰八年（1858年）、光绪八年（1882年）时均曾重修或增建，并增建了东西两座天池。中华民国初期改称为高庙。1942年3月31日，中卫高庙因庙会香火而烧毁了中楼和主庙部分，1943年6月动工修复，并加盖了钟楼、鼓楼、僧舍。整体工程1947年完工。中华人民共和国成立后，中卫高庙于1963年被宁夏回族自治区人民政府公布为自治区级文物保护单位。文化大革命中，高庙中的佛像被砸，大量文物被毁，寺内僧人也被全部赶出山门。此后文物部门接管高庙，并于1979年对高庙重新开始整修。1982年，中卫高庙重新作为佛教活动场所开