玛兰水灾沖毁田园，杨廷理赶往勘灾，同时继续规划噶玛兰各项事宜进度，这是他第四次入兰。十二月回府城，任「台湾知府」。嘉庆十七年（1812）初，朝廷核准设立噶玛兰厅。六月初八，杨廷理卸任台湾知府，待令内渡后补建宁府知府。八月，噶玛兰厅正式设治，首任通判为翟淦。设治初期，噶玛兰居民突发漳粤纠纷，杨廷理于八月底再次入兰，协助翟淦平争，并稍停辅佐开兰事宜。九月初，奉檄暂摄通判一职，至十二月十日卸委，此次入兰期间建成仰山书院。这是他第五度入兰。
逝世.嘉庆十八年（1813）初，因左臂风恙