青犊、铜马、尤来等军转入关中，余部向北转移。更始三年（25年）正月，赤眉军攻打更始政权，逼近长安。刘秀派邓禹率兵二万沿黄河北岸西征河东郡，派寇恂抢占河内郡，冯异守孟津，阻挡洛阳更始军北上。刘秀亲领大军北击尤来、大枪、五幡等部农民军，将他们在元氏县、卢奴县等地击败。刘秀轻敌，败于顺水，几乎被杀。农民军北逃安次县，被刘秀所败，余部转战渔阳郡，又被刘秀击败。于是转移到右北平郡无终县、土垠县。刘秀还军，派吴汉等十三将率军追击至浚靡。农民军逃入辽西郡、辽东郡，被乌桓重创。刘秀巩固河北，于是进攻洛阳、关中，与赤眉军