领导资源委员会投向新政权，此后与原资源委员会同仁长期受不公正对待。1980年代，与李锐、千家驹等人是知名的三峡工程反对派，1989年支持戴晴主编图书，迫使三峡工程延期上马。为给原资源委员会人员平反，孙越崎在98岁时致信中共中央总书记江泽民，江泽民随后在中南海接见并宴请孙越崎，谈资源委员会问题，并将此次接见的照片送给孙越崎留念，最终孙越崎争取到中共中央对原资源委员会人员的重新评价。中央及全国政协还先后为孙越崎隆重庆祝99周岁生日、100周岁生日，江泽民、李鹏、乔石、李瑞环等党和国家领导人先后为其祝寿、合影留念