014年昌子源首度入选日本国家队， 2015年对乌兹别克的比赛中完成国家队首秀。在2017年东亚杯上与中国的比赛中，昌子源刚过中场的一脚吊射，攻破了王大雷把守的大门，这也是昌子源在国家队的首个进球。在今夏进行的2018年世界杯中，昌子源作为日本国家足球队绝对主力除了小组赛最后一轮同波兰的比赛阵容进行轮换未能出场以外，在余下的三场比赛中均作为主力首发出场。而他也成为了日本常规首发阵容中唯一的一名效力于国内联赛的球员。在小组赛首轮对哥伦比亚的比赛中，昌子源成功的限制住了对手前锋法尔考的发挥，帮助日本2-