之后在护法运动失败后，再度改组，此时仿效列宁在苏联创立的党国体制，组织一党专政下统领所属军队（国民革命军），以及另外成立以党训政之国民政府，与获北方军阀支持的北洋政府对抗。自从1928年蒋中正领导北伐成功之后以来至1948年，中国国民党组建一党制的国民政府，中华民国的两大主要政党为国民党和中国共产党，但其双方建国理念与意识相反，除了在政治协商会议之时，有实体谈判与讨论外，基本上均为武装冲突，导致国共内战。另有对日抗战时组成的政党联盟－中国民主政团同盟（中国民主同盟）（民盟），在抗战胜利后的政治协商会议及