列之间单核苷酸多态性的数量，除以每世代的平均累积的突变数量，可以估算出两个支系分歧了多久，此方法称为分子时钟。取决于新突变的相对适应度，新的突变可能被不同的演化力量影响。如果新突变对个体有利或有害，会受天择影响，如果是中性（不影响适应度），则主要受遗传漂变影响。参见下方「各机制的相对重要性」一节。
遗传重组.遗传重组会交换不同染色体或同一染色体的不同区域之间的基因，而打破遗传连锁，让基因能够自由组合，并降低遗传便车效应（genetic hitchhiking）。这使得天择更有效