东吴时期，孙权改秣陵县为建业县，废江乘县为江乘典农都尉辖区，后迁都建业县，建石头城。晋灭吴后，恢复汉朝旧制，翌年将秣陵县秦淮河北改为建业县，又先后改为建邺县、建康县，于东晋及南朝时期定都建康县，并侨置南琅琊郡、费县等郡县。隋灭陈后，将建康、江乘等县并入江宁县，并于唐朝时先后改名为归化、白下、江宁、上元。杨吴时分上元县置江宁县，从此直至民国元年，鼓楼区境分属上元、江宁两县，先后属金陵府、江宁府、建康路、集庆路、应天府、江宁郡等治理。民国元年（1912年），以上元、江宁两县建南京府，为国都，次年以两县境重置