「人们说太尉（刘裕）和我不和，为甚么呀？」刘穆之就安抚道：「刘裕西征，将年老母亲和幼小弟弟都交託给将军，怎会不和呀！」诸葛长民听后一直犹豫不决，刘裕亦迅速返回建康，诛杀诸葛长民。义熙十年（414年），刘穆之进位前将军。次年（415年），刘裕率兵讨伐司马休之，留中军将军刘道邻监留府事，刘穆之加任尚书右仆射，领选，留府事无大小都由他决定。义熙十二年（416年），刘裕北伐后秦，留世子刘义符监太尉留府，刘穆之再次留镇建康，转尚书左仆射，领监军、中军二府军司。刘穆之在建康总掌朝政，又要支援在外出征中的军队，做事来