而为了统筹该项业务，也设置把总、屯务等官员来节制管辖。因为第一批所屯驻之人员均为兵士，因此也称平埔屯兵。1820年，平埔屯丁制度达到最顶峰，并做了某些改正，不过也因此，产生许多农地产权纠纷。而此种开垦土地和集结兵力的方式直到1887年，才在首任巡抚刘铭传的清丈定赋的政策下，予以做废。而此项清丈土地政策，更因与稍早屯丁制度遗留下的租佃权、土地所有权有所牴触与纠纷，进而爆发了施九缎民变。补：后屯丁多无力耕作，于是招募汉人入垦反而造成原住民的生活空间缩减。