对英国宣战后，拿日本护照的黄彰辉因此陷入失去行动自由，1941年12月10日，黄彰辉获信函告知他成为「敌国的外国人」 ，最后在英格兰长老教会协助之下，于1942年2月获得通行许可证，解除其敌国人民行动限制。之后黄在英格兰长老教会海宣会工作。在7月于伦敦大学亚非学院学习中国官话，并且自1943年起开始在SOAS教授日本语与福建话。也在此时认识后来成为他妻子的 Winifred Sounder(苏慰尔)。
战后.1945年日本投降战争结束，黄彰辉也开始申请返台，却因为英国仍处于复原期而