，后来更有荒木村重的谋反和毛利氏的援军等良好条件，一度撃退织田军，不久后遭到秀吉使用切断兵粮运输线（）的战法所影响（三木合战），和等支城陷落，亦失去毛利氏的援军，于是在笼城2年后的天正8年（1580年），以放过城内士兵的性命为条件，与妻子和兄弟一同自杀。介错是家臣三宅治忠。享年23岁（『信长公记』中记载是26岁）。辞世句是「」。法名「英应院殿刚觉性金大居士」。
死后.部份系图记载，别所重宗的嫡子吉治（后来的藩主）是长治的儿子，在城池陷落之际逃出。根据『北摄三田之历史』（着）