被任命为海军大臣，在第二次英荷战争和第三次英荷战争中他是英国皇家海军最高指挥官，虽然他作战勇敢负责，但英军仍在两次英荷战争中落居下风，草草收场。1664年荷兰殖民地新阿姆斯特丹被攻克后被改名为纽约（新约克），作为对他的成果的纪念。他也是从事奴隶贸易的皇家非洲公司的首领。
宗教.1668年或1669年詹姆斯转化为罗马天主教徒。他在国会内的敌人通过了一部立誓法。在这部法令中任何在英国接受军民官职的人必须发誓接受圣公会的信仰（并诅咒一些天主教的仪式和信仰）。詹姆斯拒绝发誓，因此他放弃了最