东大寺又自筹部分资金维修寺院。1993年，东大寺被列为甘肃省文物保护单位。2005年，东大寺活佛鲁迦堪布主持筹资5万元，在菜拉院核桃树旁兴建了一座高13米的菩提塔。2006年，周润发和杨紫琼参演的电影《黄石的孩子》曾在东大寺拍摄。2008年8月，首都师范大学和故宫博物院与永登县鲁土司衙门博物馆三方合作，对甘肃省永登县连城鲁土司的属寺妙因寺、显教寺、雷坛和红城感恩寺的壁画、塑像及永登县博物馆馆藏唐卡、佛像、佛经等进行联合考察。在完成考察鲁土司属寺的工作后，联合考察队又赴天祝藏族自治县东大寺、民乐县童子寺调