硷基不过，转录后修饰能够通过多种途径对RNA进行改造。比如，转录后修饰能够将稀有硷基（Ψ）加到RNA链上。假尿嘧啶与核糖之间的化学键是C-C键而不是尿嘧啶（U）的C-N键。胸腺嘧啶加到RNA链上的情形也很常见（最典型的例子是tRNA的TΨC环）。另外，次黄嘌呤也是一种常见的稀有硷基。次黄嘌呤爲腺嘌呤的脱氨产物，含有次黄嘌呤的核苷被称爲肌苷（I）。在基因编码的摆动假说中，肌苷有重要的作用。除以上列出的之外，经过编辑的核苷还有100多种。由修饰引发的结构性变化在tRNA中最爲明显，假尿嘧啶与经常在rRNA中