1-13）击败了赛会2号种子、东道主的谌龙，赢得首要超级赛男单冠军。同期11月，他出战香港羽毛球超级赛在，在男单准决赛以0比2（19-21、22-24）不敌印度的萨米尔·维尔马。同年12月，他出战世界羽联超级系列赛总决赛，在小组赛阶段分别击败了中国香港的胡赟以及德国的马克·茨维布勒，唯有输给了中国的田厚威，但仍然以小组次名出线；在准决赛鏖战三局以1比2（17-21、21-19、13-21）不敌中国的田厚威。2017年2月，简·奥·约根森代表丹麦参加波兰卢宾举办的欧洲羽毛球混合团体锦标赛，助球队赢得混合团