黑质细胞的离子堆积常伴随蛋白质包涵体一起出现，这可能和氧化压力、和神经细胞死亡有关，但确切机制仍未明了。
诊断.帕金森氏症的诊断仰赖病史和，目前没有检验方法能有效确认帕金森氏症，但脑部造影有时能排除其他症状相似的疾病。患者服用L-多巴后运动症状的改善能帮助医师确认病患罹患的确实是帕金森氏症。验尸时若能在中脑找到，则能证明该患者生前罹患帕金森氏症。随着病程进展，有时疾病自然会出现不是帕金森氏症的症状，医师便能排除帕金森氏症的可能，因此一些权威指引建议医师必须定期重新检视帕金森氏症病患