归巢核酸内切酶(meganucleases)也成为基因编辑技术所使用的酶之一。到2017年，已有九类酶可用于基因编辑技术。基因编辑中使用的核酸酶通过选择性切断DNA上的特异性位点产生双股DNA断裂(DSBs),随后经由非同源性末端接合(NHEJ)或同源重组(HR)修复断裂,在此过程中引入碱基改变。2019年3月，中国科学家贺建奎声称其通过CRISPR-Cas9技术实现了对两名婴儿的CCR5基因编辑从而使其获得了艾滋病的天生抗性。此做法引起了相关学界的巨大震动和对其的指责，也警示了人们基因编辑技术可能