寺为分会场。干隆帝即兴作《妙应寺八韵》，刻成石碑。
清末民国.光绪二十六年（1900年）庚子事变，八国联军攻占北京，冲进妙应寺将法器、供器等席卷而去，历代宝物和经卷荡然无存。当时该寺住持既望撰写了《妙应寺白塔历略》记载此事。清朝宣统年间，宣统帝、瑜皇贵太妃、瑾皇太妃布施银钱修葺寺庙，并勒碑记录。中华民国时期，1924年蒙古王公及善信居士募集万金修缮寺院。1925年8月，段祺瑞布施大洋一千圆铸铜钟（实为白塔华盖下的风铃）一口。1925年8月，黄参赞印成垿布施大洋五百圆铸铜钟（风铃）一