方区划隶属于元朝福建行省泉州路，主官为澎湖寨巡检。而澎湖寨巡检是元朝于澎湖群岛设置的官职，也是澎湖群岛首度设立正式的地方统治官署（前澎湖列岛归属于晋江县）。驻于澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，隶属于福建泉州路。而1366年尚在任的澎湖寨巡检陈信惠是元朝首位驻澎官员。
明朝澎湖巡检司.1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海政策而废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至16