扁当选总统后便决定改变态度，积极推动正式承认蒙古国是独立的国家。2002年1月，中华民国行政院修改《台湾地区与大陆地区人民关系条例施行细则》第三条，将「外蒙古地区」剔出大陆地区的定义。同年9月，双方于台北以及乌兰巴托互设大使馆性质之代表处。中华民国内政部宣佈，自2002年10月3日起，官方地图中去除蒙古地区为中华民国之领土，并不再发行《中华民国全图》。同日，中华民国外交部亦宣佈中华民国重新承认蒙古国为一独立国家。然而，中华民国年鑑直到2005年止，仍然继续主张法理疆域面积1141万8174平方公