长丝在其细胞内形成，但与其他生物体不同的是，这些细胞结构被理解的很少。
细胞结构、组成和运行.古菌和细菌的细胞结构大体类似。古菌和细菌一样没有内膜系统和细胞器。古菌也和细菌一样在细胞膜之外还有一层细胞壁，它们同样也具有一个或多个鞭毛结构。
膜.古菌膜由从那些在其它生命形式的强烈不同的分子组成，显示出古菌与细菌和真核生物关系都比较遥远。
细胞壁和鞭毛.大多数古菌（但不是Thermoplasma属和Ferroplasma属）具有一个细