15世纪的葡萄牙水手是这一地区最早的发现人之一，他们随即以当地生长的马尾藻对其命名。然而，年代更早的航海者可能也知道这一地区的存在，如公元4世纪晚期诗人阿维阿努斯（Avienus）所描述的大西洋的一部分海藻覆盖的地区，就是根据现已经流失的公元前5世纪的迦太基探险者希米尔科的记录。哥伦布和他的船员也对马尾藻海有所记录，并带回了关于海面上大量海藻的报告。
生态.马尾藻海是海藻马尾藻属的家园，海面上浮有大量的马尾藻。马尾藻对航运不构成威胁，历史上帆船被困的事件是由于当地经常出现的微风天气