时，波尔布特等人宣称要“洗净平民”，因而开始杀戮；自1976年起，波尔布特又认为“党的躯体已经生病了”，于是开始了对柬埔寨共产党内部人员的大清洗，中央高层领导以及军队总参谋部几乎被屠杀殆尽，1978年仅在柬埔寨东部地区就有十万干部和军人被杀。法国学者让·拉库尔特发明“自我屠杀”一词来形容红色高棉。由于酷刑、大量处决、强迫劳动和营养不良，造成了将近当时25%人口（约200万人）的死亡，其中有约40万人被柬共当作革命敌人杀害、死于各省的监狱之中；屠杀人口中包括了20-30万华侨、占柬埔寨华侨总人数的一半，此