随即镇压红军起事，由也先帖木儿率兵攻刘福通红军，节节胜利，宰相脱脱督战攻徐州，杀芝麻李，并由贾鲁攻濠州，答失八都鲁攻灭南北琐红军，南方元军与徐寿辉军队则互有胜负。至正十五年（1355年）战局有所转变，杜遵道、刘福通先立韩林儿为帝，号小明王，国号宋，都亳州，改元龙凤，杜遵道为丞相，后被刘福通所杀。其后数战后，击败答失八都鲁的军队，并展开反攻，甚至逼近元大都（今北京）。关铎率领的部队进入高丽并一度攻陷开城。南方红军则在湖广获得胜利，朱元璋则继承了已病逝的郭子兴在军中的地位，渡过长江，佔领集庆（今江苏南京）。