凯利于1944年生于印第安纳波利斯一个爱尔兰裔天主教家庭。他的父亲提摩西·凯利是一位消防队员，于一场火灾救助两个孩童时发生心肌梗塞过世。母亲则在约翰年纪很小时死于癌在。长成后，他进入印第安纳波利斯的布雷伯夫耶稣会高中就读。他的第一任妻子派翠西亚因一场车祸过世，当时她已怀有身孕。约翰的第二位女儿以此命名。他妻子过世后六个月，约翰与潘蜜拉·马登有一段短暂的感情。潘蜜拉原来是一位由绑架贩毒集团控制作为运毒者的妓女，在不期而遇后，与凯利合作欲举发这些犯罪者。当他们前往潘蜜拉以前活动的区域侦查与提供情报给警方