至2012年1月4日，根据新政府总部水喉管设计图则，从源头、分流位置及不同供水区域末端，抽取共31个水样本化验，初步化验结果显示，至少有9个地方验出病菌，包括行政长官和6个局长的私人洗手间，以及政府总部东西翼两个厨房或食堂锌盆，以及立法会1楼厨房锌盆。曾浩辉指出，特首、相关局长及政府总部的职员毋须暂停上班，可透过做好清洗消毒，以及加装过泸器减低菌量。不过传染病专家劳永乐指，这事件揭露政府总部整个建筑群的供水系统出现严重滋生细菌问题，2011年8月为了要赶工急于入伙，整个供水系统未验清楚，以致今日揭露滋生