纯种的河水牛栖息在印度的加济兰加国家公园及不丹马纳斯国家公园。牠们也分佈在缅甸西北部。
基因污染.河水牛受到基因污染的威胁。家养的水牛日间在森林内放牧，与河水牛有所接触，发生种间繁殖。种间繁殖令河水牛的血统受到污染，相信是源自于南亚。除了在印度以外，纯种的河水牛就只有在泰国可以见到，但数量只有约50头，而在沿越南、老挝及柬埔寨边界的安南山脉也可以见到。现时在亚洲其他地方的河水牛都并非纯种的河水牛，且也有被引进到阿根廷及玻利维亚。