正教会的教派分裂时期，尼孔将大司祭阿瓦库姆·彼得罗夫及众多异见者处以火刑，另一旧礼仪派的人物费奥多西亚·莫洛佐娃于1675年由于饥饿致死。其他人则逃往西伯利亚。这些处罚有些是强制的，有些则是受刑者自愿的。但他的雄心也加速了其势力的衰亡。沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇·罗曼诺夫认为有理由暂停他的改革举措。1658年，与沙皇关系恶化了的尼孔亲自卸任了大牧首的职位。1666年12月12日，圣主教公会将他贬为一介僧侣。但他始终坚持教会至高无上的权利。 波兰-立陶宛东部地区于1654年被俄罗斯兼并后，1686年，属于