民党的北伐大军兵临城下，张作霖离开北京，之后一些高校复校，包括北医在内未复校的高校成为北平大学的一部分，北医成为北平大学医学院。1937年卢沟桥事变爆发后，北平各高校纷纷西迁南迁，北平大学大部撤离到了古都西安并在那里和北洋大学等华北名校一起组成了西北联合大学。与此同时，部分未撤离北平的医学院教师在日占区继续行医、教学，并组建了北京大学医学院，院长为鲍鉴清。太平洋战争后北京大学医学院吸收了美属北平协和医学院的部分师资。如林巧稚，诸福堂等均曾在这任过职。有人也把1937-1945年这段时期称为“伪北京大学”