妈祖庙，可能是民间所兴建的小庙。《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》则认为康熙五十八年（1719年）是官员捐俸易地重建据《台南土城正统鹿耳门圣母庙庙志》所载，道光十一年（1831年）因曾文溪氾滥，下游支流改道而造成庙宇毁损，因此当地民众将神尊寄奉于三郊镇港海安宫，即「海安宫寄佛」。同治十三年（1874年），再次发生洪水，导致旧庙遭到沖毁。不过对于寄佛与洪水毁灭的时间，另有同治十年（1871年）大水毁庙，之后被抢救的神像才移往府城水仙宫与海安宫的说法。此外旧庙在咸丰同治年间有重修。
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