朝皇家所藏图书遭到严重损失。欧阳高、大小夏侯三家的《今文尚书》全部丧失，这使得从伏生流传下来的《今文尚书》经文、注疏均失传，于是郑玄所注的杜林漆书本《古文尚书》也就成为了当时主要的版本。东晋元帝时，豫章郡守梅赜又献上尚书经文58篇，自称传自于失传多时的孔安国《古文尚书》，包含《今文尚书》与杜林漆书之33篇外（原29篇被拆为33篇），又多了25篇《古文尚书》的篇目，并带有传说由孔安国所作之《传》（故此版本后来被称作《伪孔传尚书》），盛行于江南。隋代南北一统，南朝经学流入北方，唐代学者也深信不疑，贞观间孔颖达奉