由，不管信的是正教还是邪教，都是个人的事，不该受干涉”，但是“如果因为自己的信仰而危害了社会治安、威胁了别人的人身安全，骚扰、恫吓，则不该坐视，而应该追究法律责任”。
为孙维辩护.2013年4月，由复旦投毒案引发了对清华大学朱令投毒案反思。在些事件中方舟子言称对贝志诚、童宇峰、张捷不满而介入事件，认为贝志诚有杀人动机及嫌疑，并为嫌疑人孙维进行了辩护。
「打假资金」.2006年11月，何祚庥、郭正谊、司马南、袁钟成立了“科技打假基金筹备组”，由方舟子律师彭剑