返回部族，稳定了大批民族上层人士。通过一系列工作，其意识到云南边疆少数民族地区，由于土地占有不集中，阶级分化不明显，首倡可不必划分阶级和重分土地，通过“和平共处”，“直接过渡”到社会主义；用发展经济和文化、互助合作来消灭边疆民族的落后和贫困。其意见为中共云南省委所采纳。1954年上半年，马曜倡议的“直接过渡”意见，得到了时任中共中央主席刘少奇，中共中央秘书长邓小平的同意，并责成云南省政府实施。文化大革命时期马曜被关进牛棚。1972年，出任云南大学历史系教授,并创办了以研究民族问题为主要特色而闻名中国