时认识同为马来西亚国家羽毛球队成员的黄妙珠；至2007年，二人高调公开恋情，但在2009年8月曾一度宣布分手，其后又再复合。2012年11月9日，李宗伟和黄妙珠正式结为夫妻，婚宴在吉隆坡会展中心分两天举行，嘉宾包括最高元首苏丹端姑阿都哈林、首相纳吉·阿都拉萨等。李宗伟和黄妙珠现时育有两子。长子李嘉谦（Kingston）在2013年4月12日出世，次子则名李凯杰（Terrance）。父亲李亚财坦承，他为没有出席儿子李宗伟的婚礼而难过，自己并没在婚宴受邀名单内，所以只能独自在大山脚家乡收看电视婚宴直