。嘉靖元年，金山矿盗作乱，马永成功讨平，斩获过当，进右都督。大同兵变后，担任督诸军与侍郎胡瓒往平定，事后继续担任蓟州总兵。嘉靖三年，陆完去世，马永上疏请求体恤，请宽恕大礼议中获罪的大臣，嘉靖帝听后大怒，剥夺马永官职，并寄禄到南京后军都督府。巡按御史丘养浩、顺天巡抚刘泽等人一同论救，均被谴责。马永被罢免后，杜门读书。很久后，被举荐担任都南京前军都督府都督佥书，大同第二次兵变后，朝廷大臣再次举荐，召用时已经平定，再归南京。嘉靖十四年，辽东发生兵变，总兵官刘淮被罢免，马永代任辽东总兵。当时大清堡守将徐颢诱