9年）4月出任台湾总督併被授予勋一等旭日桐花大绶章，1907年（明治40年）晋封伯爵。日本统治台湾以后，台湾全岛的汉人抗日活动在一段时间后逐渐趋于平息，日本政府遂将目光转向处理原住民事务，并且决定採用武力对付原住民。因为佐久间曾经参与对原住民作战的牡丹社事件，日本遂决定启用他担任总督。佐久间在任内不断地对原住民用兵，其有名的「五年理蕃计画」，以北讨泰雅族，南抚布农族为原则，一方面以「以蕃制蕃」外，也对原住民发动「理蕃战役」（约160多次）。当处理原住民事务告一段落之后，随即卸下总督职务，并于3个月后以71