任职台北帝大期间，曾遭遇理农学部内部对立而分裂为理学部与农学部之事件。但由于其与荒胜文策领导之物理学讲座属于京都帝大系统，而非当时台大主要的二大派系：东京帝大系统与东北帝大-北海道帝大系统，因此并未卷入当时二派的激烈斗争之中。而由于宇宙射线研究在台湾总督府看来对战争并无帮助，因此当时河田末吉未被卷入战时学术动员的浪潮，再加上经费来源充足，河田末吉得以继续专心进行其纯学术研究。然而，助理教授太田赖常于昭和16年3月转任台北高校教授物理，继而与助手伊藤贡一同被总督府工业部天然瓦斯研究所聘任，协助解决战争期间