年从阿富汗撤军，阿富汗随即爆发内战，失去靠山的共产政权统治岌岌可危。苏联陷入政局动荡中，无暇顾及阿富汗，切断了对阿富汗共产政权的支持。此时圣战者的势力逼近喀布尔，他于1992年4月16日宣布向圣战者投降，并辞去总统职务。他试图逃离喀布尔，但遭到阿布都·拉希德·杜斯塔姆将军的阻挠，最终逃进联合国驻喀布尔办事处避难。
逝世.1996年9月26日，信奉伊斯兰原教旨主义的塔利班攻入喀布尔，取得了政权。虽然纳吉布拉和从小就结识的艾哈迈德·沙阿·马苏德是政敌，但马苏德仍两次提供机会帮纳吉布拉逃离