车会在本站避让特快列车（例如广九直通车等），南行会在2站台停靠避让，北行会在3站台停靠避让。不过不会上下客。
停靠车次.平湖站是广深动车组列车的停靠站之一。由该站出发可前往广深铁路上的广州站、广州东站、东莞站、常平站、樟木头站、深圳站。平湖站重新运营初期，广深动车组列车的所有班次都会在此停靠。2017年9月21日，因全国铁路调整列车运行图，广深动车调整了平湖站的停站频次。调图后，各方向经停平湖站的动车组频次约为半小时一班，结束了以往趟趟都在平湖站停站的惯例。目前停靠车次如下：