于河口、潮池、湿地或潮间带，具群居性，偶尔会与警戒性较高的水鸟聚在一起；主要在湿地或鱼塭等浅水域觅食，以喙微张并在水里扫动的方式搜寻鱼虾或甲壳类。休息时会出现嬉戏的行为，同伴间会互相理羽。
繁殖与保护.黑脸琵鹭于中国大陆、澳门、香港、台湾、日本、越南、泰国等地越冬（当中台湾为世界最大度冬区。其中，台湾占全世界数量约六成（迄2020年），而台南地区原以曾文溪口总数佔台湾的9成，促使当地设有台江国家公园等保护区。近年学甲区农会所设立的「学甲溼地生态园区」，于2011年首度发现黑面琵鹭踪