仲堪想保全荆州辖境和军队，不愿弃城，更骗杨佺期有军粮储备，杨佺期于是领兵前赴江陵。但到后殷仲堪只以饭来作其军饷，杨佺期大怒，不去见殷仲堪就去攻击桓玄，最终却被桓玄击败，而殷仲堪当时亦已出走酇城。殷仲堪知道杨佺期死后，就打算逃到长安，然而在冠军城遭桓玄部将冯该截获，并于柞溪被逼令自杀，侄儿殷道护亦死。事后殷仲堪葬在丹徒。