与穆斯林共同享有大部分相似的血统。更广泛地说，研究显示，科普特人是南欧人口和努比亚人口（两个经常被拿来使用的参考点）间的遗传中介，越往北部与欧洲的亲缘关系较大，而越往南部则与东非的亲缘关系较大。一项对埃及北部科普特移民的研究指出，他们与埃及的穆斯林以及黎凡特和南部沙特阿拉伯的人口关系最为密切。根据Hassan等人的Y-DNA（2008年）分析，大约45％的苏丹科普特人拥有单倍群J，其余则主要属E1b1b支（21％）。这两个父系血统在其他讲阿拉伯语的人群（贝雅，埃塞俄比亚人，苏丹阿拉伯人）以及许多努比亚人