9月7日（1658年12月），利隆隐居，利重接任家督，并且出任古河藩第3代藩主。此时，利重赏赐其弟土井利益、叔父土井利长、各1万石，另一名叔父则是5000石，因此古河藩的石高由13万5000石下降至10万石。同年闰12月27日，利重获任命为从五位下。宽文4年（1664年），由于在利隆时期，总共有477名土井氏家臣领有100石以上，与此土井氏10万9480石的知行相比，家臣佔的比例太高，因此利重便进行检地巩固藩政藩政。除此之外，由于利重分封了部份地方予土井一门，因此他将70名家臣派往分家，从而解决宗家人手