46年至1949年，先后在全国水力发电总处、水利部防洪司从事规划工作。1949年5月，中国人民解放军占领上海，方宗岱作为专家，在华东水利部从事水利规划工作。1954年，负责水利科学研究院的筹备，担任筹备处副主任。1956年起，任河渠研究所（今“中国水利水电科学研究院泥沙研究所”）的主要负责人，曾当选为北京市第三届人大代表。方宗岱为中国泥沙科学研究的创始人之一。1950年代黄河三门峡工程规划设计阶段，方宗岱便正确指出在三门峡修建高坝大库对关中平原可能造成危害，为此建议将泄水建筑物的12个深孔的进口高程降低