2016年3月30日，在内蒙古自治区十二届人大常委会第二十一次会议第二次全体会议上，巴特尔辞去内蒙古自治区主席职务，改任国家民族事务委员会党组书记。2016年4月28日，中华人民共和国第十二届全国人民代表大会常务委员会第二十次会议上，被任命为国家民族事务委员会主任。2018年3月，当选第十三届全国政协副主席。