成立于1961年。
历史.1921年11月19日，“经文和手稿研究所”成立，标志着蒙古的科研中心机构的创立。该机构后来扩建为“科学研究所”、“科学高等教育研究所”。在此基础上，1961年5月16日成立了蒙古科学院。蒙古国国家大唿拉尔于1996年通过了《蒙古科学院的法律地位》条款，依照该法，蒙古科学院成为发展蒙古国科学及尖端技术的科学研究中心机构。蒙古科学院是国际科学理事会的正式会员。
组织.截至2004年，该院设有16个研究所和中心，1所大学，10