及后迁任都督荆州江北诸军事、平南将军，镇守宛，改封为曲陵公。建兴三年（315年），作乱的杜曾围攻宛，荀崧见自己兵少而且食粮已尽，于是派女儿荀灌向襄城太守石览及南中郎将周访求救。二人派兵合力营救，杜曾见援军前来就逃散。杜曾不久就向荀崧请降，并请求讨伐丹水县的盗贼。荀崧寄望杜曾成为自己外援，于是不理陶侃的劝阻而答允。但杜曾随后便领兵围攻襄阳。荀崧随后使派兵突袭穰县，俘杀杜曾堂兄杜保。太兴元年（318年），晋元帝即位，征召荀崧为尚书仆射，与刁协共同制定礼仪。后转太常，任内建议设置《仪礼》、《公羊传》、《谷