izeae包含生长于菌丝层（subiculum）之上者，Hyaloscypheae包含子囊盘较小、有各种形状的毛，且为圆柱形者，Lachneae则包含子囊盘相对较大、毛表面粗糙且有、且侧丝呈披针形者。2014年，分子种系发生学的研究结果显示晶杯菌科并非单系群，且晶杯菌科的三个族中，只有Lachneae是单系群，子囊盘上的毛，Arachnopezizeae子囊盘下方的菌丝层都被认为并非共衍征，而是多次独立演化而来。因此该研究主张晶杯菌科的分类有待改动，而暂时将晶杯菌科包含的类群范围限制在一属中。