精英赛以黑马姿态勇夺亚军。赖沛君有鑑于自己身体条件不算太出色，兼项很难打出好成绩，必需作出取舍，故主动向混双教练陈仪慧表示愿意放弃女双，今后只专攻混双。
2016年-2017年 大奖赛及黄金大奖赛夺冠.2016年3月，赖沛君与陈健铭出战波兰羽毛球公开赛，在混双决赛以0比2（18-21、14-21）不敌赛会头号种子、波兰强档的罗伯特·马特斯亚克/娜蒂斯达·希尔巴，赢得亚军。同期3月，她与陈健铭出战奥尔良羽毛球国际挑战赛，在混双准决赛以0比2（13-21、19-21）不敌赛会4号种子、