因年迈而导致身体并不如前，而自己的精神状态变差，于是他选择辞职。他辞职后「将会在祈祷中度过」。两天后，他在圣伯多禄大殿主礼圣灰礼仪星期三的弥撒，这亦是他在教宗任内主礼的最后一次弥撒。当本笃十六世离开大殿的时候，人们均站起来鼓掌。同月17日，本笃十六世以西班牙语请求身处圣伯多禄广场上的群众「为他和新教宗祈祷」。
辞任教宗前.梵蒂冈发言人神父于2013年2月12日确认教宗本笃十六世辞职后不会变回枢机，亦不会出任罗马教廷内任何职务。教宗于2月24日主持任内最后一场《三钟经》祈祷活动，