广东与福建等地，史称三藩。多尔衮在入关后的政策让汉人十分不满，例如剃发易服政策使江南汉人极力反抗，明朝官员左懋第言“我头可断、发不可断，我早办一死矣。”，最后清军采取多次屠杀以镇压之，史称甲申国难，有名的有扬州十日、嘉定三屠与广州大屠杀等。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。南明延平郡王郑成功1661年取得了荷兰殖民者的据点台湾，