12年（民国元年）2月，鹿钟麟任第20师第39旅第2团副营长。1915年（民国4年），伍祥桢的第39旅扩编为第4混成旅，他留任副营长。同年，袁世凯任命陈宧督理四川军务。李炳之任旅长的第1混成旅，冯玉祥任旅长的第16混成旅和鹿钟麟所属的第4混成旅奉命随陈宧入四川。同年12月，反对袁世凯称帝的护国战争爆发，蔡锷率护国军第1军进攻四川。第16混成旅和第4混成旅在泸州迎击蔡锷，此时鹿钟麟和冯玉祥在滦州起义五年之后终于重新相会。第4混成旅在护国战争中于四川叙府被护国军刘云锋部击溃，鹿钟麟遂改归冯玉祥的第16混成旅