着1999年《阿姆斯特丹条约》的生效，有关申根区的相关法律和既有规范也准时起效。由于当时存在着对奥地利东部和南部与前共产主义国家之间的边境的忧虑，奥地利加入申根区的进程被暂缓执行。意大利则是出于其较长的海岸线的边境安全以及在其附近海域出现的大量北非、亚洲和巴尔干地区移民而被暂缓加入申根区。这两个国家于1997年才获批加入申根区。希腊也因为安全因素直至2000年才获准加入申根区。
成员.申根区目前包含26个国家，其中有22个属于欧盟成员。四个非欧盟成员国中，冰岛和挪威以北欧护照联