政府因为见俄国政府通过白云观和慈禧太后建立关系，也想通过白云观道士结交清廷，结果因俄国人阻挠，该计划实施不理想。1912年，由白云观方丈陈明霦发起，来自中国各地的18位全真派代表，在北京成立中华民国道教会。中华民国道教会本部机关即设在白云观内。中华民国时期，1930年代至1940年代，白云观多次发生重大危机。1930年代，白云观发生两次住持危机。1930年，南京国民政府颁布《寺庙登记条例》《监督寺庙条例》后，白云观自认已在北平市公安局登记，1930年6月因白云观未遵守北平市社会局限期登记的指令，白云