裁撤布伦托海办事大臣，布伦托海事务仍由科布多参赞大臣管辖。光绪三十二年十二月（1907年初），置阿尔泰办事大臣，阿尔泰乌梁海、新土尔扈特、新和硕特三部改隶阿尔泰。宣统三年（1911年）武昌起义发生后，库伦的第八世哲布尊丹巴唿图克图在俄国策动下宣佈外蒙古独立，并派兵西进乌里雅苏台和科布多。外蒙古各部札萨克多响应独立，只有科布多的杜尔伯特汗噶勒章那木济勒效忠清朝，仍聼参赞大臣节制。1912年5月，黑喇嘛丹毕坚赞、马克思尔扎布等率外蒙古军队围困科布多城。北洋政府电令新疆督军杨增新派兵援救，但新疆援军因俄国阻挠