山本愿寺的自治，当时的文件中即开始出现「贝冢」之名称，但一般的「贝冢」指的是大约绳文时代的遗迹，但本地至今仍未有发现过「贝冢」遗迹，因此地名「贝冢」的由来至今仍无确切的说法。此后寺内町虽然曾在1577年一度遭织田信长摧毁，但很快的又完成重建，并获得丰臣秀吉的认可；进入江户时代后也继续获得德川家康的认可，除了寺社领地外，贝冢市的其余区域则当时都属于的领地。19世纪明治维新后，先是于1871年被併入堺县，1881年再被併入大坂府。1889年实施町村制，现在的贝冢市辖区范围在当时分属贝冢町、、、、、、