，在西峰里家中自缢殉国，死前留下绝命联：“生前单管笔，死后一条绳。”另有说法称他是在鼓山涌泉寺自缢的。曹学佺死后，其家被清兵所抄，家人也遭逮捕，藏书被清军抢光。
治学成就.曹学佺毕生好学，对文学、诗词、地理、天文、禅理、音律、诸子百家等都有研究，尤其工于诗词，写景抒情诗是他的特长。他的私人藏书量达到上万卷。 在文学方面，他与徐、谢肇淛等人在诗文上颇有建树，并带动了自明朝中期以来沉寂的闽中文坛，被认为是明末福建文苑的复兴者。他与李贽、焦竑等学者都有交往，这两人对他的思想影响很大。同