可汗龙的化石起初被归类于雌驼龙，但后来发现该化石的手部与雌驼龙有相当大的差别，第三掌骨没有变大，于是将牠们分类于独立的属。可汗龙被归类于偷蛋龙科。在偷蛋龙科之中，与可汗龙亲缘关系最接近的可能是窃螺龙。偷蛋龙科的食性仍有争议，过去有以蛋为食、草食性、软体动物等理论。如同其他的偷蛋龙科恐龙，可汗龙可能是部分肉食性恐龙，牠们可能以小型嵴椎动物为食，例如：哺乳类、蜥蜴、可能还有其他小型恐龙。可汗龙可能是有羽毛恐龙。