唐山参选，对上国民党提名的省议员黄秀孟，时任总统李登辉更亲上火线，发出如果黄氏不能当选「我就切腹自杀」的诉求为黄氏背书。最后陈唐山仍以五成四的选票击败黄秀孟，台南县开启绿色执政。在1997年中华民国县市长选举中，陈唐山以十五万七千多票的优势击败时任蓝委洪玉钦，连任县长。陈水扁于2000年当选总统后，一度想延揽陈唐山为国科会主委，但因代理县长一事上摆不平而作罢，2001年陈氏任满转选立委，2001年中华民国县市长选举则由民进党提名的苏焕智以三万七千多票击败国民党提名的时任台北市教育局局长吴清基。在2004