居住在朽木（兴圣寺），以若狭守护武田元光等军事势力为后盾，同三好元长所拥立堺公方足利义维对立。享禄4年（1531年），细川高国在中岛之战中被打败，不久又在大物崩中兵败自杀身亡。战后细川晴元与三好元长对立。天文元年（1532年），细川晴元联合本愿寺的一向一揆对抗三好元长（享禄天文之乱），足利义晴移驾近江国的桑实寺，试图回到京都。晴元在得到本愿寺之协力下废去堺公方义维，三好元长也被杀。天文3年（1534年）在六角定赖、六角义贤父子为后援下，义晴得归回京中。此时将军权威完全荡然无存，成为傀儡。但足利义晴一直试