荆州别驾王康产及南郡太守王腾之的支援下于江陵复位。然而，不久桓振率领桓楚残部进袭江陷，安帝再度被俘。义熙元年（405年）正月，晋军收复江陵，安帝再度复位，改元「义熙」，随后获迎回建康。时朝廷就由刘裕为首，至义熙四年（408年）接替去世的王谧领扬州刺史、录尚书事时完全掌握朝权。安帝即位后，先有王恭两度举兵，荆州各地亦陷入割据状态，朝廷影响力量在司马道子父子主政时一度仅及三吴。内乱不休的晋廷因而无力守衞北方领土，至隆安三年（399年），后秦佔领洛阳及河南地区，南燕则佔领山东半岛，建都广固城。东晋再次丧失了淮