抗战胜利后，一度被任命为东北保安司令部司令，准备率部与中国共产党争夺东北，但由于陈诚作梗，改任云南警备司令。1945年11月25日，昆明各大学学生罢课示威，反对内战。11月29日，关召开记者招待会，声言军队“有开枪的自由”，命令学生复课。12月1日，一二一事件发生，关被迫引咎辞职。1947年，关麟征接替蒋介石出任中央陆军军官学校校长。1948年1月，关麟征调任中华民国陆军副总司令。1949年8月，中华民国代总统李宗仁任命关麟征为陆军总司令，并晋升陆军二级上将。
国共内战后在香港.