绿线的五条支线被分别制定字母编号用于区分，波士顿大学线为B支线，水城线为，比肯街线为C支线。马萨诸塞湾交通局对绿线的市中心终点站多次进行实验性变更，1964年11月18日，B线终点被延长至政府中心站。接下来的20多年里，B线的终点站曾被改至公园街站、干草市场站、波士顿北站和莱希米尔站，并最终改回政府中心站且一直保持到了2004年。
车站合并.B支线乘客一直抱怨其列车服务缓慢，其主要原因在于线路途径的路口和站点太多。据统计，B支线地表段途径27个繁忙的管控路口和18个车站。2003