平和的盗寇梁良聚集万人攻打龙巖、漳平；八月时广东的寇匪也攻龙巖。到十月，山寇徐连攻陷漳浦，傅云龙斩杀徐连部下数千人，很快因为杀害郑芝龙部下危害人民的武官而被弹劾罢官。人民都为他申冤，获复职。弘光元年（1645年），随同福建布政使周汝玑等三司官员迎立隆武帝。累擢广东按察使、布政使，加太仆卿，但未赴任。隆武二年（1646年）九月，傅云龙得知隆武帝在汀州被杀，带兵入卫，到南靖时到处乞求支援，但无人和应。卢恕兵败经过，清朝军队向漳州招降，傅云龙说：「死则死耳，何降为！」不久他被挟持见清朝官员，同样大骂不屈服