秀吉命令秋月氏转封到俸禄仅3万石的日向国高锅城。在丰臣政权下，曾参与征讨朝鲜的天正20年（1592年）的文禄之役、庆长2年（1597年）的庆长之役，庆长3年（1598年）的蔚山之战还曾立下战功。庆长5年（1600年）关原之战，隶属于西军负责守备大垣城；在西军瓦解后的9月17日，接受了东军的游说、在城中的熊谷直盛、垣见家纯、木村由信遭到杀害后投降，也保住了领地，成为秋月氏高锅藩的初代藩主。种长因为没有儿子，将女儿嫁给外甥秋月种贞（长野种信之子）并收为养子，但之后以种贞病弱为由废嫡，改立种贞和女儿所