始元年（公元前73年），居延县隶属张掖郡管理。东汉时分置张掖居延属国，后改为西海郡。魏晋南北朝时期，魏国、西晋、前凉、后凉和西凉续设西海郡。北魏时，阿拉善地区为凉州所辖。隋朝至唐代初期，阿拉善地区属甘州、肃州。垂拱二年（686年），唐王朝一度曾将安北都护府从漠北迁至漠南，都护府治所在同城，即今额济纳旗境内。唐玄宗天宝二年（743年），唐王朝设宁寇军，统领居延军务。1038年西夏建国时设12监军司，贺兰山沿线守军5万人。在居延地区设置“黑水镇燕军司”，治所为今额济纳旗黑城。元朝设亦集乃路，属甘肃行中书省管