参加庆祝中国福利会成立20周年大会，并发表讲话。1959年4月7日，第二届全国人大第一次会议召开，宋庆龄与董必武当选为中华人民共和国副主席，再次成为国家副元首，在官方报道顺序中排名第三，仅位列在党主席毛泽东和国家主席刘少奇之后。1961年5月，在其上海寓所会见毛泽东。9月，任纪念辛亥革命50周年筹备委员会副主任委员。1963年4月，从上海移居北京，此后定居于后海北河沿46号官邸。1964年1月，第三届全国人大第一次会议召开，她与董必武两人再次当选为国家副主席。1964年2月，国家副主席宋庆龄和国务院