单比赛中，却以2:4不敌瑞典老将瓦尔德内尔，止步16强，让其奥运男单冠军梦的实现推迟了四年。同年，马琳赢得了新加坡公开赛男双冠军以及世乒赛男团冠军。2005年，马琳于十运会中的男子双打得银牌、男子团体赛得铜牌。 同年，马琳于48届世乒赛中的男子单打得银牌，冠军由当前世界排名第二的王励勤摘下。2007年，马琳于49届世乒赛中的男子单打得银牌，冠军再由当前世界排名第二的王励勤摘下，但是马琳和陈杞合作获得男双冠军。2008年北京奥运会，由马琳、王励勤和王皓三人组成的中国男子乒乓球队，于男子团体决赛中以