前往香港，对皇帝号进行维修。随后，他改乘邮轮回到青岛，并改用威廉王妃号作为旗舰直至来年2月。准备好自1899年2月重新投入使用的皇帝号，则于4月14日随着分舰队司令的更迭而失去了旗舰地位。同年6月11日，皇帝号结束东亚派遣启程回国，期间为补充燃煤而曾在塞舌尔停留。行至巴勒莫时，它又受命于9月3日至5日在丹吉尔海面展示德国国旗。最后，舰只经由加的斯和普利茅斯，于9月21日返抵基尔。威廉二世随即在但泽湾登舰检阅了皇帝号；经过24年的服役后，该舰终于在1899年10月16日退役。这艘老旧的铁甲巡防舰于1904