节结构与重音.维吾尔语词根的音节结构是CVC（辅音+元音+辅音）的形式，其次是VC（元音+辅音），也有辅音+元音、元音+辅音+辅音、辅音+元音+辅音+辅音等形式。仅有2%的维吾尔语词根为开音节，因此闭音节词根在维吾尔语词根中占绝对优势。维吾尔语中存在复辅音，但是许多很多复辅音会通过省略变成单辅音或通过插音变成多个音节，如维吾尔语中的“计划”一词来源于欧洲语言中的“plan”，而现今维吾尔语中读作“pilan”。
文字.在喀喇汗国之前，古突厥语、回鹘语曾使用粟特文、突厥字母以及回鹘