第二年，橘远保讨伐藤原纯友，才平息了叛乱。除此之外，朱雀天皇在位期间，富士山喷发、地震、洪水等自然灾害也很多。另外，也许是天皇体弱多病的缘故，只立了两位女御，在位期间没有诞下任何皇子女。也正因如此，天庆7年（944年）4月，将同母弟成明亲王（后来的村上天皇）立为东宫（皇太弟），2年后的天庆9年（946年）4月20日，24岁的朱雀天皇让位。据说后来他对先前的让位感到后悔，并祈祷复位。天历6年（952年）出家，进入仁和寺。同年驾崩，享年30岁。