高宗在位的40余年间，蒙古人始终未能攻下江都。高宗四十五年（1258），主张继续抵抗蒙古入侵的武臣政权统治者崔竩被杀。蒙古人趁机再度入侵高丽。次年3月，高丽与蒙古议和。1260年高宗去世后，倾向附元的元宗即位，高丽正式成为蒙古藩属国。不过武臣政权的三别抄部队仍然继续反击蒙古入侵，直到1273年4月被元朝和高丽的联合讨伐所灭。忠烈王即位后，高丽开始与元朝联姻。高丽君主娶元朝公主为后，元朝则通过嫁到高丽的公主控制、干涉高丽朝政。1275年，元朝联合高丽攻打日本，兵败。1280年，元朝为再度攻打日本在高丽设征