岩层。在40万年前，台北盆地因山脚断层陷落而逐渐形成，芝山岩成为了盆地边缘的小山丘。至约1万1千年前，因海水面上升导致台北盆地逐渐成为一大淡水咸水交接的湖泊，芝山岩则成为阳明山下的小岛屿，直到湖水退去后形成今日样貌。芝山岩的地质为古老的大寮层，因大寮层的节理发达，加上长久以来的侵蚀作用，使得芝山岩拥有许多特殊的地质景观，包括太阳石、风化窗、洋葱石、石象、石砚、石墨等。
植物.因芝山岩曾为咸水湖中的小岛，故可发现皮孙木、搭肉刺、血桐、稜果榕、鲁花树等海岸生物，具有这种山丘上有海边植物