下台湾与击溃明郑水师过程中，认识到澎湖群岛其实是台湾本岛和福建漳泉的门户。而设置此水师协，也就是为了扼住台湾海崃之战略位置。隶属于台湾镇的澎湖水师协，其水师协内的最高长官为副将，官职品等则为从二品，共辖有左右两营兵士，兵力达2000人。1886年，中法战争于台湾发生俗称西仔反相关战事，战事过程中，孤拔所属法国舰队轻易攻佔澎湖，因此，清朝政府将澎湖水师协升格为澎湖水师镇，直接受台湾巡抚或之下的台湾道制约。不过从水师协升格后水师镇的的此清朝军事单位于1895年的甲午战争末期，遭日军击败。并在台湾日治时期开始