举制改为人民直选，任期由原本的六年改为四年，同时赋予总统发布紧急命令之权，以及任命行政院院长时不需经立法院同意等。1996年，李登辉搭档同党籍的连战于第九任总统选举中击败民主进步党（通称民进党）籍的彭明敏（副总统搭档为同党籍的谢长廷）、脱离国民党参选的林洋港（副总统搭档为无党籍的郝柏村）及陈履安（副总统搭档为无党籍的王清峰）当选为首任全民直选之总统。在2000年举行的第十任总统选举中，由民进党提名的的陈水扁（副总统搭档为同党籍的吕秀莲）击败由国民党提名的连战（副总统搭档为同党籍的萧万长）、脱离国民党参选