是一审尚未查明的事情，因而驳回一审判决发回更审。原告跟双方在更审过程中最终达成和解，结束抗争八年的历程。
各界回响.社运圈与当地居民对于环保署出尔反尔的行为感到愤怒，环保署轻蔑判决的行为更为各地环境案件开起非常不好的示范效应，如美丽湾案件中开发业者也同样的主张应比照本案不停工。在双方展开第二波争讼的期间，社运圈跟当地居民除了一面诉诸法律途径外，另一面也透过更多的体制外管道如行动剧等等提升抗争强度逼使环保署让步。而当地居民也主张中科三期进驻的行为已经对健康造成影响，如律师施淑贞指出