热兰遮城（今安平古堡），后来又在赤崁社地兴建普罗民遮城（今赤崁楼）。而对于各地的原住民，自1641年4月10日第六任台湾长官特罗登纽斯（Paulus Traudenius）召开「地方会议」后，在1644年将台湾划分成北部地方会议区、南部地方会议区、淡水地方会议区、卑南地方会议区，而台南市辖区即属于当时的北部地方会议区。进入明郑时期后，明郑将台湾改称东都，热兰遮城、大员市镇改称安平镇，全岛设立一府（承天府，府治在今赤崁楼）二县（天兴县、万年县），郑经时将东都改为东宁，二县改为二州。而在府县（州）之下，又有