此，内阁的权力日益增大，到明世宗中叶，夏言、严嵩等人执掌内阁，地位赫然为真正的宰相，亦可压制六部。然而，虽然首席内阁大学士（或称内阁首辅）有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红。首辅大学士的职权如同以往的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，如张居正结合冯保。明朝内阁由始至终都不是明朝中枢的一级行政机构，所谓内阁只是文渊阁的别称。明末清初三大思想家之一黄宗羲对明朝内阁作出如此评价：“或谓后之入阁办事，无宰相之名，有宰相之实也。曰：不然。入阁办事者，职在批答，犹开府之书记也。其事既轻，而批答之意又必自