绍兴年间毁于兵火，后得以重建。县学于明代曾两次迁往赣州城西北的景德寺（现郁孤台前）。清干隆元年（1736年），知县张照乘又将县学迁回了县学旧址。此后曾多次翻修。
现况.现存建筑主体建于干隆四十二年（1778年）占地约10000平方米，整个建筑群分为三组，采用平行轴线方式布局。中轴线：大成门、名宦祠、乡贤祠、东庑、西庑、大成殿、崇圣祠东轴线：魁星阁、尊经阁西轴线：节孝祠