唐继尧、李烈钧等宣布云南独立，于1915年12月25日成立云南军都督府，并发动反北洋政府的护国战争。南方其他各省之后亦纷纷宣佈独立，建立贵州都督府、两广护国军都司令部、中华民国军务院等政权，山东亦于1916年5月5日在周村建立山东护国军政府。 其中中华民国军务院是中央政权。袁世凯在内外压迫后宣佈取消帝制，并于数月后病逝。1916年7月14日，中华民国军务院解散，护国军政府随之解散。
护法军政府.孙中山自1917年起成立中华民国军政府以与北洋政府抗衡，但其主权治权仅及于南方省份，且不