办晨光书店，并且登报声明脱离中国国民党。1937年冬，孔祥林赴延安。1938年4月，入中国人民抗日军政大学学习，1938年6月加入中国共产党。自中国人民抗日军政大学第四期毕业后，孔祥林奉派赴山东抗日根据地任职，路经安徽涡阳时，经中共党组织批准，留任新四军六支队财务秘书。1941年皖南事变后，孔祥林任新四军四师后梯队政治处副处长，后来担任新四军政治部干事兼军直机关党总支书记。1942年，他任江苏省淮安县政府秘书。1944年任中共淮安县委副书记。1945年11月，孔祥林奉派到大连接管学校，此后历任大连师