团复签订合同宣言，并将日本圣教会编入教团第六部。1942年6月，当局以违反《治安维持法》为由逮捕监禁日本圣教会十数名传道人，并于1943年4月下令关闭教会，禁止所有传教活动。同时，台湾总督府警察在台南强迫教会交出信徒名册，但高进元牧师坚决拒绝其要求；西港教会王锦源牧师则因警察前往干扰而被迫关闭教会；甫自日本返台的许洲木牧师在大稻埕圣教会遭警察搜查并没收其全部信仰相关书籍。
战后发展.战后，该教会逐渐散佈于台湾各地，并改名为「基督教台湾圣教会」。1997年8月8日，远东宣教会