国古生物学家迪亚戈·玻尔（Diego Pol）所带领的研究队伍，将这些化石进行叙述、命名，模式种是阿根廷内乌肯盗龙（"N. argentinus"）。属名、种名是以其发现地的阿根廷内乌肯省来命名。正模标本（编号MCF-PVPH 77）包含：数节颈椎、肋骨、尾椎的人字骨、桡骨、以及左脚。化石发现于波特苏埃洛组（Portezuelo Formation）地层，地质年代相当于康尼亚克阶。
种系发生.内乌肯盗龙被命名时，被归类于驰龙科。之后的亲缘分支分类法分析，将牠们归类于驰龙科的半鸟