始开发《女神异闻录2 罪》。在创作《女神异闻录2 罪》的过程中，决定了《女神异闻录2》还需要与当前主角不同的另一个视角，而这为《女神异闻录2 罚》的设定奠定了基础。继此之后，《女神异闻录系列》进入了一个空白期，反而把焦点转向其他游戏，如《真·女神转生III－Nocturne》。《女神异闻录3》的概念于2003年由桥野桂提交给Atlus，桥野桂曾担任多个《女神转生系列》游戏的设计师，并曾担任《真·女神转生III－Nocturne》的总监。获得Atlus的认可后，开发于同年开始，这也正好是在《真·女神转生I