自己的消化系统组织。克罗恩病和溃疡性结肠炎的主要区别在于炎症发生的位置和炎症本身的不同。克罗恩病可影响到消化系统的任何部分，从口腔至肛门都有可能发生跳跃性病变，多发于回肠末端。而溃疡性结肠炎发病仅限于结肠和直肠部分。微观上，溃疡性结肠炎发病仅限于黏膜(肠的上皮组织)，而克罗恩病影响到整个肠内壁。另外，克罗恩病和溃疡性结肠炎在肠道之外也有不同比例的表现，如肝脏的炎症，关节炎，皮肤的异常表现和眼部的炎症。
诊断.虽然炎症性肠病有不同的形式，但是它们都有一些共同的症状：腹痛、