清军渡过雅砻江抵达瞻对，杀敌超过相抵之数，终于完全收服瞻对。于是鹿传霖请求归流改汉，陈述善后之策，奏疏呈上十余次。适逢成都将军恭寿、驻藏大臣文海交替上疏称其不便，达赖十三世也上奏解释，朝廷态度于是改变，鹿传霖最终被解职。光绪二十四年（1898年）任广东巡抚，旋即调往江苏，摄理两江总督。光绪二十六年（1900年）八国联军侵华，鹿传霖征集三营士兵入卫，在大同追及两宫銮驾。到达太原后，任两广总督。随后入直军机处，跟从慈禧太后、光绪帝前往西安。升任左都御史，迁礼部尚书，兼署工部。第二年，两宫回銮，鹿传霖兼任督办