靖四十四年（1565年）考中进士，授江西清江知县，改万安县，擢监察御史。因敢于直言，与首辅张居正意见不合，出为福建佥事、邛州判官，迁进贤县知县。官至陕西布政使参议。王圻晚年辞官归隐，专事写作。在村里植梅万株，谓之“梅花源”，自号“梅源居士”。是当时松江府四大藏书家之一。“年逾耄耋，犹篝灯帐中，丙夜不辍”。
着作.着有《续文献通考》254卷、《洪洲类稿》4卷、《三才图会》105卷、《两浙盐志》、《海防志》、《谥法通考》、《稗史类编》等。