在确保通讯的秘密性，例如间谍、军事将领、外交人员间的通讯，同时也有宗教上的应用。举例来说，早期基督徒使用密码学模煳他们写作的部份观点以避免遭受迫害。666年或部分更早期的手稿上的616年是新约圣经启示录所指的野兽的数字，常用来暗指专迫害基督徒的古罗马皇帝尼禄。史上也有部份希伯来文密码的记载。古印度慾经中也提及爱侣可利用密码来通信。隐写术也出现在古代，希罗多德记载将讯息刺青在奴隶的头皮上，较近代的隐写术使用隐形墨水、缩影术或数字水印来隐藏讯息。除了应用于军事外，西元四世纪婆罗门学者所书的《慾经》4中曾提及