传承在中国衰微，相关着作散失。在日本奈良时代，日本学僧将慈恩宗相关经典及学说由中国带往日本，成为南都六宗之一，其传承因此在日本流传下来。在中国，明末憨山德清一度想复兴慈恩宗，作《性相通说》简述其宗义，但受限于典籍不足，没有进一步发展。清朝末年，杨仁山至日本取回法相宗经典，引起学术界的风潮。在民国时代，欧阳竟无领导的支那内学院，在中国南方复兴唯识学研究，韩清净在北方也起而倡导，使唯识学派在中国重新恢复。支那内学院的研究，利用日本传回的慈恩宗着作，加上藏传佛教着作，以及欧美的梵文佛教研究成果，使唯识学研