昭和七年（1932年）淡水士绅李文珪、许丙等，开始将附近音乐团体「淡水轩」的西秦王爷庙、码头工人祭祀的富美萧王爷庙拆解，将神合併于清水巖奉祀，昭和十二年（1937年）完工，庙貌庄严宏大。
风水.传说淡水清水巖庙地极佳：庙前大屯山、观音山互相扶持，而淡水河位于两山之间，似一金龙入庙，为堪舆学中的大吉之穴，庙方说这块庙地是清水祖师神谕钦选的，祖师神案的座址为龙首，到庙中大门右侧大钟下方有一块围着红布的石头，庙方认为这颗石头就是龙珠。本穴昔年被北台湾风水大师林琅评论为「罗汉降龙」