建议在香港设立一所联合型大学，以崇基、新亚、联合三间学院为基本成员。1963年6月24日港督委派新大学临时校董会，关祖尧议员担任主席，协助政府实施委员会之建议。1963年10月17日，香港中文大学成立，崇基成为三成员学院之一。1963年尾，崇基交出崇基山植林区予大学本部作发展之用。首届学位考试于1964年春举行。 大学首毕业生，于1964年10月分别授予学位及文凭。硕士学位于1967年10月颁授。
学院与学系.崇基学院共分61学系，提供约54项主修课程及46项副修课