军西南方面军的武力与铁路运补能力颇有贡献，同时也削弱了德军第一装甲军团（Panzergruppe 1）的进攻阻力。在波罗的海方面，Ju 88运用在挪威、法国战役中同样的俯冲轰炸战术让它在爱沙尼亚的战役中成功的击沉数艘苏联海军船舰。在1941年8月8日塔林的Loksa Bay外海，KGr 806击沉苏联驱逐舰Karl Marx号·在8月28日时，KG 77与KGr 806运用Ju 88s总共击沉了2,026 的汽船Vironia号，2,317 吨的Lucerne号，1,423 吨的Artis Kron