回该国兵员至中国大陆成为台湾总督府与日本军方的首要工作。于新政记的叙述里面，对于投降者统以「没收其兵器弹药」与「安抚」两者为主要处理要点。其中，此要点也适用于攻佔英国红毛城领事馆电信局的300名清兵。为了快速遣返清兵，书中记载作者福岛安正特别写信至广东省地方官，描述清朝败退军队「情堪怜悯」，并请求中国官方「妥为照料」。除此，为了免生争端，遣送运输任务除日方船舰外，也委由英轮作为遣送运输工具。
治安内政.逢政权更迭，治安成为新统治者的重要议题。《淡水新政记》的报告中，详加记载巡捕编