后，李文汉、杨如轩、董鸿勋、邓泰中、田中谷等十多人在西山太华寺的树林中集会，会议要求联络全体官兵，为讨伐袁世凯进行准备。1915年12月25日，云南护国起义爆发，云南宣布独立，讨伐袁世凯。护国军分三个军，各军均有三个旅，每旅下辖两个团，杨如轩被分配至蔡锷的第一军，在朱德任团长的第六团任副营长。杨如轩参加了棉花坡战斗，率敢死队英勇作战，负重伤。战后，杨如轩因立下战功被升为团长。
南北之间.1920年，顾品珍率部自四川回云南，驱逐了唐继尧。杨如轩奉命在滇南剿匪，半年便将土匪吴学显等