加坡成为海军统帅汉都亚的封地，亦成为该苏丹国重要的贸易港口。1511年，葡萄牙占领了马六甲。逃亡到新加坡的马来将领在旧柔佛（Johor Lama）建立新的国都，在新加坡设置了港口官员。1587年，葡萄牙人占领了旧柔佛拉玛。1613年，葡萄牙人焚毁了新加坡河河口的据点。此后两个世纪内没有关于新加坡的史料。