显微镜学中使用的几种染色剂基于高碘酸盐（例如PAS染色法和）高碘酸盐也已经用作烟火制造术中的氧化剂。 2013年，美国陆军宣布将用高碘酸钠替代对环境有害的化学物硝酸钡和高氯酸钾，用于示踪弹药。 
其它含氧阴离子.高碘酸盐是碘的含氧阴离子之一。碘可以形成氧化态为 −1（其实不是）， +1， +3， +5或 +7 的含氧阴离子。 一系列中性的碘的氧化物也是已知的。