华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，赤崁楼名列其中。1997年5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。赤崁楼改为国定古蹟。
「嵌」「崁」之争.1965年，台湾省政府主席黄杰题字「赤嵌楼」时，有人提出异议应为「赤崁楼」，但经学者考证，明清史书均作赤「嵌」楼，是由平埔语的地名音译而定，康熙字典亦只收录「嵌」，而后官方採纳学者意见，官方文书及民间刊物自此均用赤「嵌」楼。然而2003年时，「本土文史人士」以「『崁』字较有本土意