9年时皈依西藏密宗贡噶上师，改为弘扬密宗噶举派（白教），亦改为供奉「大悲胜海红观音菩萨」与其护法「大威力主马头明王菩萨」。除此之外，该寺还供奉有月下老人，以及来自昔日位于祀典武庙西北边、毁于日治时期的「南星殿」中的祀神－西岳大帝及陪祀的速报司、功德司、牛头马面将军。
建筑特色.现在的重庆寺由拜亭与正殿组成，其寺门是在1969年因密宗弘法需要而移到拜亭处，此外在拜亭两侧还加建厢房。其寺门所绘的哼哈二将与四大天王和正殿龙虎壁的降龙伏虎罗汉均为台南名师潘丽水之作。而哼哈二将两侧的门扇上有