解，造成水中氧气减少。虽然城门河近年的污染问题已大为改善，但原生河床底泥中的微生物，在缺氧情况下分解有机物质，会释放出恶臭的硫化物，这就是臭味的来源。这些措施成效显着，城门河的水质逐渐得到改善。自1993年开始，水质指标由普通转为良好，河里亦开始发现鱼类及无嵴椎动物。1987年城门河的有机污染物生化需氧量约每天9,000公斤，1997年底，城门河的污水排放量减少接近90%，生化需氧量已降至大约每天1,050公斤。2015年3月，曾发现一神秘生物。有目击者认为是鳄鱼、也有认为是俗称为五爪金龙的圆鼻巨蜥