花俱乐部从其它职务转成为主教练。2008年9月，俱乐部宣布吴金贵因为身体原因离任，第三次告别申花主帅的位置。
进入浙江绿城.2008年12月底，吴金贵成为浙江绿城（后改名为杭州绿城）的第一副总经理，面对媒体怀疑其威胁主教练周穗安的位置的说法，他立刻表示自己不是为了替代谁，更多精力还是会放在青少年培养这一块。
国奥主帅竞选.2009年初，吴金贵曾参与竞选中国国家队和中国国奥队主教练，不过有媒体之后开始质疑其“学院派”教练理论考试成绩不理想，在原来被认为很