被上海的亲戚发现告状，1929年，王云阶被迫返回青岛，又被送到北京学商业，不久转入了北京师范大学，仍学音乐。毕业后，王云阶先在曲阜二师任音乐教师，又回青岛在青岛二中任音乐教师。九·一八事变后，王云阶应邀为山东大学合唱团排练演出了黄自的《抗敌歌》和《旗正飘飘》两首抗日歌曲，遭到日本驻青岛总领事馆抗议。抗日战争爆发后，青岛沦陷，王云阶在武汉、重庆等地从事抗战音乐工作。抗日战争胜利后，王云阶同夫人李青惠重返青岛。1946年，他又创作演出管弦乐《音诗》。之后奔赴上海，在上海昆仑影业公司从事电影创作专音乐，其