但曾贵海因理念不同而没有继续参与建国党运作。1999年担任钟理和文教基金会董事长。2000年之后筹组台湾南社，2002年担任台湾笔会第八届理事长，后出任中华民国教育部本土教育委员会委员及行政院教育改革推动委员会委员。2005年11月14日，曾贵海、黄昭堂、李乔、金恆炜、涂醒哲、王美琇、鱼夫、吴锦发、陈郁秀、陈菊、吴树民、文鲁彬、林育卉、林世煜、李筱峰、戴宝村、江霞、阮铭与陈鹏云在台大校友会馆召开记者会，宣佈成立「台湾群侠护台湾」助选团，唿吁选民在2005年三合一选举「以选票捍卫台湾主权」，同时也将督促陈