总督府派人向江定表示，只要他出降，绝不追究，加之粮食、武器匮乏，江定带领部属270余人下山向总督府投降。5月18日，总督府在受降完毕后突然于深夜出动大批警察将江定等272位受降者全部逮捕。台南的台湾话俚语曰：「余清芳，害死王爷公。王爷公无保庇，害死苏阿志。苏阿志无仁义，害死郑阿利。」（「害死王爷公」或作「赶走亭仔脚王爷公」）就是在讲述此事，事件结束后，西来庵即被台湾总督府拆毁，多数神像火化。
事后发展.由于，参与事件者遍布全台各地，据台湾总督府统计，被捕的人数多达1,957人，