承载式箱型车体，而没有采用DD51型柴油机车的中间司机室布置。DD53型柴油机车装有两套对称布置的动力传动机组，机车上部从前端至后端顺序布置有第一司机室、第一动力室、冷却传动室、第二动力室、第二司机室。车体两端各设有一个司机室，司机室前窗由三块较大的平面玻璃和两块较小的平面玻璃组成，司机正前方的玻璃还装有旋转除雪窗。司机室内机车运行方向的左侧设有司机操纵台，右侧设有副司机座席及手制动手柄。动力室和冷却传动室内的设备布置类似于新干线911型柴油机车，车体两侧设有大面积通风百叶窗和采光玻璃窗，车内设有双侧内