公司法及破产法部分可以提前施行，因此政府最终在 1893年7月先施行了部分法条。然后在1898年7月全面施行了旧商法。1893年3月，梅谦次郎、、等人以德意志商法为基础，再度起草了商法草案，并提交以伊藤博文首相为首的进行审议，最终梅博士与穂积陈重、富井政章共同完成了商法法案的定稿。1899年3月，新商法予以颁布，并在3个月后取代旧商法（破产法部分没有变化）开始施行。其中主要的修订包括：公司设立从许可主义变为更为自由的，提高了商业惯例的地位，对于商法未规定的内容则适用商业惯例，增加了公司合并的相关规定等。