刘轨果然不允，反让图谋败露，刘轨及高雅之相继被杀，刘敬宣就与司马休之出逃。二人走到淮河、泗水一带时知刘裕已举兵击败桓玄，于是重回东晋。刘裕亦以刘敬宣为辅国将军、晋陵太守，袭封父爵武冈县男。
复归东晋.刘敬宣回国不久，桓歆就与氐帅杨秋侵袭历阳（今安徽和县），刘敬宣参与讨伐。接着就迁任建威将军、江州刺史。刘敬宣在江州征集军粮、船舰以及其他军用物资，务求令储备丰盈，同年西征荆州的刘毅和何无忌等败给桓振，被逼撤守寻阳（今江西九江市），正是因为刘敬宣才得以迅速恢复元气。刘敬宣又击败了试图进攻