，设立海军总队司令部，由海军总队司令长官进行领导，其司令部参谋由联合舰队参谋兼任。小泽治三郎海军中将接手海军总队之时，东南方面舰队、西南方面舰队移出海军总队系统，改为大本营直辖。这是因为这两支舰队的时任司令长官草鹿任一海军中将、海军中将均为小泽在海军兵学校的同期生，且均在小泽前任职。按日本海军先任者不会归入后任者指挥的惯例，两支舰队不能继续留在海军总队编制内。