得一提的是，神舟路站、水西站、金坑站、镇龙西站、中新站、朱村站、山田站设置了越行线。
行车安排.21号线目前採取快慢车形式运营，普通车和快车开行比例为3:1。开行安排如下：另外，现时工作日早晚高峰时段亦会开行数趟往返员村－水西的短线普通车。现时21号线所有列车在报站前均会提醒乘客该班列车的种类和方向，车载走字屏更会因应列车种类使用不同的颜色显示：慢车为红色文字，快车则为绿色文字。全线车站月台显示屏均有显示接下来三班列车的种类、终点站和到达时间。因全线班次均以普通车为主