所以大力支持迎神赛会，历如1923年5月15日的《台湾日日新报》便报导台南州知事吉冈荒造等官员参与台南大天后宫与祀典武庙同日举行的祭典。然而1937年中日战争爆发后，展开的皇民化运动企图以日本神道教来取代台湾的其他宗教，1938年的「寺庙整理运动」据台北帝国大学教授宫本延人统计，全台有361座庙宇被毁，819座庙宇被移作他用，妈祖信仰与其他民间信仰一样受到打击。
战后时期.来台的中华民国军队如同当初日军来台一样，佔用各地庙宇，如台南大天后宫在1945年10月被62军军眷佔住，引发民