之后游客逐渐减少，2005年时只有27万人参观横滨海洋塔。2006年10月13日，接替横滨展望塔株式会社经营横滨展望塔的「冰川丸海洋塔株式会社」宣布由于游客减少导致经营恶化，海洋塔和邻接的冰川丸将在同年12月25日关闭。海洋塔转让给横滨市，冰川丸转让给日本邮船。横滨市在之后改建了横滨海洋塔，并公募业者改建了海洋塔的外观，对内部也进行了改建。在横滨开港150週年之际，横滨海洋塔在2009年5月23日重新开放。海洋塔外观由红白两色改为橄榄棕色。2011年1月15日，横滨海洋塔迎来了其开业50週年。横滨海