㸅晚年患异疾，不能亲女色，后宫中往往有抑郁致死者。明世宗晏驾，诏至荆州，朱宪㸅不衰不哀，为巡按所弹劾。隆庆二年（1568年）张居正上疏，明穆宗派刑部侍郎洪朝选、锦衣卫指挥使程尧相前往荆州，宪㸅立下一大白纛（白旗），上写“讼冤之纛”，被湖广按察司副使施笃臣视为造反，笃臣以官兵五百人围王宫，拿下宪㸅，彰明其罪迹，穆宗将其废为庶人，发配高墙，术玺迁往武昌安置。此后辽国由辽府宗理管理。朱宪㸅被囚禁月余，期间饮酒赋诗、了不为意，临行送往高墙之日，他撰写了一篇表文，向其母毛太妃辞别，写的时候他血泪淋漓，把文章全