联盟则于同月13日于立法院中兴大楼召开记者会声援杨儒门，国立清华大学中国文学系教授方圣平代杨儒门宣读书面声明。杨儒门表示，台湾农民追求的是公平交易、不是自由贸易的迷思。2006年2月17日，杨儒门入狱服刑。2007年6月19日，中华民国总统陈水扁在基隆市参加中华民国海军一三一舰队端午节餐会时，说杨儒门「其情可悯，并已服刑年余，表现良好，应无再犯之虞」，宣布特赦杨儒门。2007年6月21日14时10分，陈总统签署「华总一义字第09600080361号」令，特赦杨儒门；同日14时30分，法务部收到行政院函转