Y-5B水陆两用机营运，首班航线为台北─日月潭包机。营运初期项目多半为军事活动。1961年还曾至寮国代行战地运补工作。1962年添购DC-3、DC-4、YS-11等飞机后，向危险的中华民国国军任务告别，同时开启民用航空客运服务。1962年10月开设台北飞花莲的航班，成为华航的第一条定期国内航线。同年，中华民国空军为了不直接参加越南战争，而以华航名义支援美国军队，为美军执行运补和后送的任务。因应美国和中华民国国防部要求，华航于1966年开航台北到越南西贡（今胡志明市）的唯一一趟军包机航线；这条航线在1966年