平和平解放后，阎崇年转入北京六中读书。据他回忆，中学时代他的数学、物理、化学成绩优秀，很喜欢历史学。中学毕业后，阎崇年考入北京师范大学历史系。大学毕业后，那时的阎崇年对先秦史非常感兴趣，带着一篇自己写好的先秦史论文到中国科学院历史研究所明清史研究室主任杨向奎家中向他请教。1963年3月8日，杨向奎给阎崇年写了一封信，信中建议他改换方向、研究清史，理由是人们“厚今薄古”，中国古代史中清史时间更接近现代；先秦史需要考古发掘，在西安研究更方便，在北京不方便研究，而清代的宫室、文献、档案都在北京，在北京研究清史很方