朋友赴日本领事馆打探消息，得知孙中山反袁军的南京已遭袁世凯的军队攻陷，当晚方觉慧召集同志决定各自潜逃，方觉慧于当晚乘京奉铁路列车，到营口乘船赴上海。1913年8月11日，方觉慧抵达上海。此前，上海各报均刊登了王天纵破获国民党地下组织的消息，8月9日《申报》报导称，蓝剑豪因系袁世凯属下官员而立即被枪决，拱卫军官兵数十人也同时被处决，袁世凯以王天纵破案有功而重赏，并赐其名“王建忠”。故田桐、查光佛见到方觉慧之后十分惊喜。方觉慧到上海后，与詹大悲赴南京，同何海鸣重振讨袁军，和张勋、冯国璋战斗十多日，终告失