多真核生物中，当反义RNA上的硷基与基因的某段mRNA互补时，反义RNA可以抑制转译。反义RNA存在于细胞中之时，其互补的基因就不会合成蛋白质。这也许是一种对抗反转录转座子或病毒复制的一种机制（retrotransposons是以双股RNA作中介状态的转座子），因为这两者都能使用双链RNA当中介物。在生物化学的研究中，借由使用一段反义mRNA使得标靶mRNA无法作用（RNA干扰），这种方法已经被广泛用于研究基因的功能；例如利用RNA干扰技术，秀丽隐桿线虫中所有基因的作用几乎已经被研究完了。