武田氏灭亡，后来被送到安艺国的安国寺（不动院）。之后到京都的东福寺修行，因为是师傅竺云惠心亲近毛利氏的关系，后来成为了毛利氏的外交僧。不久，他立即发挥外交手腕，与大友家达成了和睦协议。1582年，在羽柴秀吉包围备中高松城的时候。秀吉收到织田信长在本能寺之变死亡的消息，为了与毛利军达成议和，与惠琼交涉。惠琼看出秀吉必须火速赶回畿内，便提出了对毛利家有利的条件。不过惠琼也给秀吉面子，让城主清水宗治切腹。之后，他判断天下情势，开始亲近秀吉，保住了毛利家的地位，由于其出色的外交手腕，最后被分封于伊予国六万石