量纤维食物的动物的消化道中大量存在。由这些厌氧真菌制造的多糖降解酶可以水解许多不易降解的植物聚合物，因此可以将非木质化的植物细胞壁全部降解。这些多糖降解酶形成多蛋白质复合体，类似于细菌的纤维小体。
命名.新美鞭菌门的学名基于新美鞭菌属（"Neocallimastix"）的学名，后者由古希腊语词根"neo-"（新）、"calli-"（美丽）和"mastix"（鞭）构成。其中，“鞭”指这类真菌具有多数鞭毛。按照分类学界传统，拉丁化的"mastix"一词在后接后缀时，要转化为"masti