活动被视为与土耳其共和国的政教分离和世俗教育制度不相容。此后，大部分苏非主义和伊斯兰其他形式的神秘主义派别的活动改为秘密进行，其中一些教派仍然拥有众多的追随者。为了避免仍然有效的这些禁令，这些组织使用“文化协会”的名称。 自公元4世纪起，该市就是希腊正教会的精神领袖君士坦丁堡普世牧首的驻地。目前的驻地为芬内尔区的圣乔治主教座堂。土耳其正教会和亚美尼亚使徒教会，各有一位宗主教驻在伊斯坦布尔。在保加利亚正教会的自主地位得到其他东正教教会的承认以前，其总部也设在伊斯坦布尔。土耳其大拉比也驻在伊斯坦布尔。许多地