提法使、黑龙江民政使兼巡防军翼长。1909年（宣统元年）钖良接替了徐世昌，倪被以渎职的理由罢免。1911年（宣统3年）10月，他任河南布政使帮办河南军务，后调任安徽布政使。1912年（民国元年），他任武卫右军翼长、督办皖鲁豫苏四省交界事宜。翌年，他任安徽清郷督办、皖北镇守使、安徽护军使、安徽都督兼民政长。1914年（民国3年），他被授予“安武将军”，督理安徽军务。1915年（民国4年）、袁世凯准备称帝，倪嗣沖和其他14名北洋军人推戴。同年12月、袁世凯称帝时，封他为一等公。1916年（民国5年）4月