行融合并形成一个双核菌丝体后才能进行有性生殖，并产生子实体（例如蕈类）。菌丝体的大小可以小到肉眼难以观察，也可以十分庞大。真菌透过菌丝体来从环境吸收水分与矿物质，也透过胞外消化吸收有机养分。首先菌丝释放酶到周围的基质中，将多醣、多肽等生物聚合物分解成单体，这些小分子养分随后透过或主动运输进入菌丝体中。菌丝体可将生物残渣分解，在水域与陆域生态系中都扮演着重要的角色，它们将有机的碳源分解，并在生长的过程中将其以二氧化碳的形式释放到大气中，完成碳循环。菌根真菌的菌丝体可以提升植物吸收水分与无机盐的效率，并