到了1636年更因为此前的粮食缺乏问题一直未见改善，开始将小琉球原住民绑架往巴达维亚（今印尼雅加达），此后小琉球由荷兰人承包予汉人开垦。虽然汉人开垦成效不彰，使小琉球原住民一度为殖民当局重新考虑留下开发该屿，但最后仍陆续掳走残存的原住民。荷治时期的屏东平原上为马卡道族居住地，形成大小不一的番社，向荷兰纳贡。1655年《荷兰时代的番社户口表》记载，屏东地区有平埔族9,145人。在荷治时期前期，称霸屏东东部的大龟文社与东印度公司关系友善，大员当局对其也相当礼遇，南路地方会议中所使用的排湾族话，被荷兰人称为大