室用上诉法院巩固了自己在殖民地的地位。西班牙人在1535年1月创立了秘鲁的政治中心利马。1542年，西班牙人建立了新卡斯提尔总督区（后更名为秘鲁总督区）。新总督区在弗朗西斯科·德·托莱多抵达后才开始组织完善。托莱多攻陷了新印加王国的首都和最后一个据点比尔卡班巴，并且处决了最后一位印加君主。他通过垄断商业，发展经济，并且兴建了波托西银矿，利用印加的徭役制度"Mita"，驱使印加人到银矿劳动。
影响.西班牙人到来，对南美原住民有极大的负面影响。印加人的人口下跌速度，比其他美洲原住民的人