元璋的部队随即进入闽北。这时陈友定又转攻闽北建宁，抵御朱元璋的部队，并在建宁锦江一役中诱杀了胡深，取得胜利。因这次战功，陈友定被元朝任命为福建行省平章事，成为掌控福建军政大权的最高官员。1366年（至正二十六年），福建先是有泉州赛甫丁领导的穆斯林部队亦思巴奚军占据福州，被陈友定击败而逃回泉州。后来兴化林珙与惠安陈同、柳伯顺仇杀，招致亦思巴奚军侵扰泉州和兴化一带，形成亦思巴奚战乱，陈友定也一一将他们平定，在福州斩首了作乱多年的亦思巴奚军首领那兀纳。为防御朱元璋部队从闽西方向的进攻，陈友定又修缮连城冠豸寨，