。三根车站在设站时，原本应该採用所在地名「深沟」，但因为深沟的发音「」对于日本人来说是个难读地名，因此在决定站名时，取其为三根山（）的入口车站之故，而命名为三根。三根车站站前原本设有驶往三根山缆车线（）山麓车站的名铁巴士路线，但该缆车线在1976年（昭和51年）废线，巴士路线也废线了一段时间，因此三根车站实际上早已不再算是三根山的入口车站。
车站结构.对向式月台2面2线的地面车站，设有跨站式站房。
使用情况.根据「幸田统计」，近年1日平均上车人次如下表