中有66位是华人领袖，代表了12个教区51个分区会12万教友。诚静怡被选为首任会长。总部设在上海。中华基督教会全国总会组织採四级制：最高级是全国之「总议会」，之后有省级行政区性之「大会」（或称协会），地区性之「区会」，及基层之「堂会」。现时，只有香港仍有保留中华基督教会全国总会之组织，就是中华基督教会香港区会。位于中华民国福建省金门县的中华基督教会闽南大会厦门区会沙美教会现时已加入台湾基督长老教会台南中会。