回到满洲国和接受关东军的指挥。1945年，在太平洋战争最后结束阶段，它被转移到台湾驻守。随后因第二次世界大战结束与其它的日本帝国军队残余一同被解散，他们大多没有参加过战斗。在历史上第12师团有一些较值得注意的指挥官包括安东贞美、内山小次郎、爱茂源、柴五郎和杉山元。
组织.第12师团在第二次中日战争开始时是1个44制师。后来在1930年代未及1940年代早期好像大部份44制师一样，该师被重组为1个33制师。师团创设时1898年（明治31年）第12师团中日战争爆发前1