游戏性上，PK版追加了大量新的剧情事件、交易品、宝物、遗迹、港口、船只种类等。此外，在PK版中玩家可以自由接受各同业公会的委托，还加入了船只定制、交易品进价表示等新功能。
大航海时代IV ROTA NOVA.2006年发行的任天堂DS（NDS）与PlayStation Portable（PSP）平台的移植版本，使用了“ROTA NOVA”的发行名称。相比于PC版本，《ROTA NOVA》加入了新地图、“黄金航路”系统、联机对战和帆船竞速等内容，而NDS版本则支持手写笔操作。而作