有些病原细菌要在特定的条件下才会导致疾病，例如由皮肤上的伤口或性活动进入体内，或是在抵抗力较差的情形下进入人体。链球菌属及葡萄球菌属属于常见的人类微生物群系，一般会在人体的皮肤或鼻咽部位，不过这些细菌也可能造成皮肤的感染，这些病菌也可能造成败血症、肺炎及脑膜炎，若严重的话，会导致系统性的发炎反应，造成大规模的血管舒张，休克和死亡。其他病原细菌是机会性感染，一般会在免疫抑制或是囊肿性纤维化的人身上发病。这类的病原细菌有绿脓桿菌、及等。
细胞内寄生物.专性细胞内寄生物（如披衣