跨部会的专案小组，称为「管中闵教授赴中国地区从事学术交流等活动适法性疑义谘询会议」，审视管中闵赴大陆兼职的相关情事。4月10日，教育部召开第一次「管中闵教授赴中国地区从事学术交流等活动适法性疑义谘询会议」釐清管中闵争议。4月14日，时任教育部长潘文忠以「希望让台湾大学校长遴选纷争有重新釐清的机会」为由请辞教育部部长获准。19日，由前东华大学校长吴茂昆接任教育部长。4月25日，教育部召开第2次跨部会谘询小组会议釐清管中闵争议。在专案小组会议中，由于无法证实管中闵赴中国兼职一事，官方委员之一的法务部