哈佛-史密松天体物理中心的总部位于马萨诸塞州的剑桥，在马萨诸塞州还有三处办公地点，还在亚利桑那州的霍普金斯山建有弗雷德·劳伦斯·惠普尔天文台（），拥有多镜面望远镜（）、超高能辐射成像望远镜阵列系统（）等设备，在夏威夷莫纳克亚参与建设了亚毫米波阵列，在智利的拉斯坎帕纳斯天文台参与建设了麦哲伦望远镜，在南极洲参与建设了南极望远镜。哈佛-史密松天体物理中心参与的空间望远镜项目有钱德拉X射线天文台（）、日出卫星（）、太阳和太阳风层探测器（）、斯皮策空间望远镜（）等。哈佛-史密松天体物理中心还下属有理论原子分