村上氏臣从河野氏，村上通康改姓越智。能岛村上氏和河野氏保持友好关系，但是未臣属。之后，成为在中国地方扩张势力的毛利水军之一翼，在1555年（弘治元年）的严岛之战、1561年（永禄4年）的丰前簑岛合战、1567年（永禄10年）的毛利氏伊予出兵、1576年（天正4年）的第一次木津川口之战等大为活跃。
村上水军解体.来岛村上氏在三家之中最早跟随丰臣秀吉，被视为独立大名，其他二家的能岛村上氏是小早川氏、因岛村上氏是毛利氏的家臣。1588年（天正16年）年，丰臣秀吉发布海贼停止令，村上水军停