383年担任源氏长者，兼任淳和奖学两院别当，受封「准三后」的称号，成为了公家和武家双方势力的首领，朝廷中几乎没有反对义满的势力。1392年，南朝的势力不断衰退，南北朝统一已成为必然发生的事情。在大内义弘的中介下，足利义满与南朝谈判。最终以持明院统和大觉寺统交替继承帝位为条件，南朝的后龟山天皇退位，并将三神器交给北朝的后小松天皇，南北朝统一，后小松天皇得到三个神器后，宣佈由自己的皇子实仁亲王继承皇位，被夺去了神器的南朝也只能屈服于北朝的统治。1393年，与足利义满不和的后圆融上皇逝世，义满的权力完全巩