秀吉病逝于京都伏见城内，享寿六十一岁。隔年，庆长四年（1599年），遵照遗嘱将灵柩安葬于京都方广寺阿弥陀峰山顶上，并在山上建造神社（今丰国神社）供奉丰臣秀吉的牌位。追赠正一位，并由后阳成天皇赐予神号丰国大明神（后来遭到禠夺）。死前他亦已託付前田利家监视德川家康及辅佐丰臣秀赖。而入侵朝鲜半岛的丰臣军在接获德川家康为首的五大老命令及以石田三成为首的五奉行安排下，向明国隐瞒了秀吉的死讯，随后逐渐从朝鲜撤军。可是这场战役丰臣氏为首的军队损失巨大，大名元气大伤；秀吉生前做出许多伤天害理的政治手段也大失人心（处死茶人千