佐渡两国除了幕府领地和旗本领地之外，还有桑名、会津、米泽、新发田、高田等藩的领地。其中桑名、会津两藩是支持幕府的势力，会津藩更是奥羽越列藩同盟的中心，因此越后也是戊辰战争中局势最为混乱的地区之一。新政府直到1872年秋季才得以控制越后国全境。1871年废藩置县时，越后、佐渡两国分为村上县、三日市县、黑川县、新发田县、村松县、峰冈县、新潟县、柏崎县、与板县、椎谷县、高田县、清崎县、佐渡县13个县。同年年底，这13个县整并为新潟县、柏崎县、相川县。1873年，柏崎县和新潟县合併。1876年，相川县和新潟县合併。