初建时，位于今址稍靠上一些，即旧寺寺址。清朝顺治九年（1652年），五世达赖在赴北京途中曾到该寺。清朝雍正元年，青海蒙古贵族罗卜藏丹津反清，青海的个别寺院及藏族部落受其煽动或欺骗，也参与其反清活动。故甘肃、青海地区民众遭到杀戮，寺院遭到毁坏。石门寺便是在雍正二年（1724年）被清军焚毁。康熙六十年（1721年），六世达赖仓央嘉措自内蒙古阿拉善来到青海赛库寺，石门寺及所属四大部落的头人前往朝拜，并请仓央嘉措主持石门寺政，仓央嘉措遂赴石门寺任法台。当时，嘉格戎六部以及十三寺僧众1500多骑，举办了迎佛仪式，