PCR测序的一种类型。在PCR扩增目的片段之后，焦磷酸测序可以检测出被亚硫酸盐作用而改变的CpG位点。发生了从C到T转变的位点可以由C和T的数量变化推出。该技术的主要问题在于成本较高且无法应用于高通量筛选。对于此项技术的改进由wong等人报道：使用等位基因特异性的引物进行PCR，可以把单链和双链的结果区分开来。这项技术对于基因铭印的检测非常有效。
甲基化敏感的单链构象检测.这项技术是以单链构象多态性检测（, SSCA）为基础发展而来。因为序列不同的DNA在未变性前会形成不同的二