名农神龙时，将牠们分类于蜥脚形亚目。在2003年，朗格发现农神龙的头骨与手部较类似兽脚亚目，可能并非蜥脚形亚目的物种。在2007年，约瑟·波拿巴（Jose Bonaparte）与其同事发现农神龙非常类似瓜巴龙，一种原始蜥臀目恐龙。波拿巴将牠们归类于瓜巴龙科。波拿巴发现这些恐龙可能是原始的蜥脚形亚目，或者类似兽脚亚目与蜥脚形亚目的共同祖先。波拿巴认为，瓜巴龙科代表者兽脚亚目与蜥脚形亚目的祖先较类似兽脚亚目，而非类似原蜥脚下目。
发现与种.农神龙的正模标本是在1999年冬季时，于巴