使移守宣府，改为广东左布政使。万历二十九年（1601年），拜官都察院右佥都御史，巡抚延绥。河套地区诸部落常常反叛，孙维城停止他们进贡、互市十余年。后来，他又收复松山，修筑边境城市，各部落首领异常恐慌，便加紧袭击。这时，吉囊、卜庄等乞求和议。听说巡抚王见宾离职，请求更为迫切。在宁夏着宰，也向巡抚杨时宁请求朝廷派兵。两镇均上奏，给事中桂有根请让边臣自做主张。孙维城刚代替王见宾，杨时宁也升任离开，由黄嘉善代替，二人一起相互约束。孙维城又陈上有关善后事宜六件，重新巩固边防。最初，孙维城在宣府，与总兵官麻承恩