官赴日本东京帝国大学学习。辛亥革命前回国，任职于浙江安定高等师范学院，讲授历史学和文化史。章好藏书，在安定任教期间开始广搜古籍。1913年后，出任北京大学、北京高等师范大学教授。1922年担任《地学杂志》主笔。1924年南下，任东南大学、中央大学、浙江大学教授。1931年病逝于杭州。去世时遗书满箧，其子章毓寄于同年11月将其遗书捐赠给浙江省图书馆，共计两万余册。浙江省图书馆对捐赠之书钤有“章教授捐赠遗书”之印。
评价.20世纪30年代，有人对中国近代通史着作进行评论时，将之