叶荃任护国军第5军总司令。民国6年（1917年），任驻粤滇军第5军总司令。后回云南，被唐继尧任命为靖国军第8军军长，出征四川。民国10年（1921年），叶荃回云南，因对唐继尧不满，发动兵变。但是，唐已经察知叶的计划，迎击的准备很充分。叶被打败逃亡，赴广东投孙中山。那时，偶然靖国军第1军军长顾品珍也发动兵变，唐未料想到，乃逃赴香港。在广东，叶荃被孙中山任命为将校团团长兼左翼总指挥。民国12年（1923年）2月3日，任中国国民党军事委员会委员。民国14年（1925年），叶加入冯玉祥率领的国民军（西北军）