宗说他已经决定了，但会为了萧复的意见而多停留一天。次日传来消息，朱泚旧部李楚琳兵变杀张镒，夺取凤翔。萧复以朝议大夫、守户部尚书兼御史大夫充荆襄江西等道都元帅统军长史、丰县开国公、赐紫金鱼袋的身份被任为守吏部尚书，散官封赐如故，与刑部侍郎刘从一、谏议大夫姜公辅并加同平章事为实质宰相。因兵乱，萧复的姐姐也不能归葬，后来才由萧复的次子奉其丧在某乡原暂时安葬。
拜相.朱泚称帝，国号秦，很快围攻奉天，朔方节度使李怀光救了奉天之围。萧复请求改革，建议不给宦官兵权，召回监军宦官。德宗很不悦。