红巾军对抗元军，开始了红巾军起义（参见元代民变）。1368年，汉人朱元璋灭亡元朝，建立明朝，八月攻佔大都，把蒙古势力赶回长城以北，回到蒙古高原的蒙古政权继续延用大元国号，史称北元，至1388年去大元国号（一说或1402年去大元国号），而结束后衍生为鞑靼和瓦剌。随着元朝败退至蒙古高原，原本作为元朝藩国的高丽国王，因为与元朝皇室关系密切而派兵反明，结果被亲明的大将李成桂回师灭亡，建立亲明的朝鲜王朝，成爲明朝的重要藩国。
中亚和欧洲.窝阔台汗国的领地在1309年被察合台汗国和元朝瓜分