《康熙大帝》、《清宫疑案正解》和《明亡清兴六十年》与「语录」仍对比，批评「语录」为「煞费苦心、污人清白，不惟不尊重事实，且人品和居心都大可怀疑」的「有心之士」所捏造：
被指否认扬州十日.2009年，网上流传一则新闻，内容为：「扬州市各级人大代表和政协委员上书，对阎崇年以学术研究的名义否认扬州大屠杀表示愤怒」。后来阎崇年在接受记者採访时表示网上流传的有关扬州十日的争议文章非他所写，他亦表示网上有人伪造他的博客，捏造出一些他与别人的讨论，又表示自己从来没开过博客。另外，扬州市人大办公室