朱庆澜被任命为营务处督办，负责奉天省的军事改革。1906年（光绪32年），朱庆澜任赵尔巽的直属部队的统领，驻扎沈阳。1909年（宣统元年）6月，赵尔巽转任四川总督。朱庆澜随其入四川省，任陆军第33混成协协统。1911年（宣统3年）2月，该协升格为陆军第十七镇，朱庆澜任该镇统制。朱庆澜遂招募了姜登选、程潜、方声涛等曾留学日本的军人，以强化军队。同年，新任四川总督赵尔丰武力镇压四川保路运动，四川省内处于騒乱状态。随后，武昌起义爆发，革命派的大汉四川军政府在成都成立，四川咨议局议长蒲殿俊任都督，朱庆澜被推