夏，清军攻克江西九江。孙之獬上疏请求前去招抚。在上疏中，他指出「志士忠臣每思垂名竹帛」，自称要对清廷感恩图报，根据占卜，此行必然成功，「一生勋业，留俟今日」。六月，清廷授其兵部尚书兼都察院右副都御史头衔，准其南下。孙之獬一到江西，即与同僚拜谒许真君万寿宫，立誓报主，又四处宣示皇恩，收买人心。他尽心为清廷效力，数月之内，即抚定数府。有柯、陈大姓人家，为元末武装陈友谅后裔，二百年来盘踞险阻，不听官差。孙之獬自甘委曲，前往招徕，使其地纳入版图。顺治三年（1646年），江西局势渐稳，孙之獬应召还朝。总兵金声