机车以全功率状态在直流区间运行时，架空接触网负载电流有可能超过在来线牵引变电所的容量限制，而网侧电压也会出现较大幅度的下滑，影响同一供电区间内其他列车的运行。除此之外，晶闸管整流器和GTO牵引逆变器也产生了较多的高次谐波电流，因而对铁路沿线通信设备造成电磁干扰。1990年代初日本泡沫经济破灭后铁路货运量增长乏力，JR货物不再急切需要大功率货运电力机车，遂终止了EF500型电力机车的量产计划。而作为唯一一台原型车的EF500 901号机车，于1994年完成性能试验后就停止运用，并且被长期封存于长町机关区。