问他前后所进言的有利国家的方略，并拜为谒者仆射，从此耿秉得到亲幸。每次公卿相会商议，汉明帝总让耿秉上殿，向他询问边疆事务，非常赏识他。
北伐匈奴.永平十五年（72年），耿秉任驸马都尉。十二月，与奉车都尉窦固屯兵凉州。次年二月，与窦固等分兵四路伐北匈奴，耿秉与其副手骑都尉秦彭率武威、陇西、天水招募来的士兵和羌胡万骑为其中一路，出居延塞，横穿六百余里大漠，抵达三木楼山，但敌人都四散逃走，只能不战而还，未能立功。
平定车师.永平十七年（74年），耿秉和骑都尉刘张