居民转乘轻铁，2000年12月1日起与269C、969、969A、969P、E34、E34P等线提供跨公司八达通转乘优惠。但使用659转乘其他巴士线的乘客稀少，主要客源是转乘轻铁的乘客，2002年8月18日起配合轻铁辅助巴士A71永久停驶，659绕经天水围公园及天瑞邨。 本线于2003年11月24日起投入服务，原本为一条临时路线，最初往来兆康及天恆，以方便天水围北居民往返蓝地，只在平日繁忙时间提供服务，最初计划九广西铁通车后永久停驶，但遭到强烈反对而获得保留。由12月1日起，本线的服务班次由9分钟一班增