月眼鱼科为辐鳍鱼纲骨舌鱼群月眼鱼目的唯一科，有些分类法将本科归入其姐妹群骨舌鱼目。
分类.
种系发生学.月眼鱼目与骨舌鱼目一起组成骨舌鱼群，骨舌鱼群各科关系如下：
内部分类.本科目前仅存一属2种，另有一化石属：