2016年夏季奥林匹克运动会爱沙尼亚代表团派出46名运动员参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的第三十一届奥林匹克运动会。
射箭.爱沙尼亚有一名女子射箭运动员在2016年射箭世界杯上获得奥运资格。
田径.爱沙尼亚在田径项目上获得以下参赛席位（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：
羽毛球.根据羽毛球世界联合会于2016年5月5日公布的世界排名，爱沙尼亚有一名男运动员获得奥运资格，之后由于一名双打运动员的