年（光绪二十六年）7月，温宗尧就任变法派的唐才常组织的自立军驻上海外交代表。同年8月，唐的自立军起义失败，唐被处决，温宗尧逃往中国南方。其后，历任两广洋务局局长、广东电话局总办、广东将弁学堂总办、江苏候补道。1904年（光绪三十年），作为英藏订约副大臣唐绍仪的随从访问印度。同年8月归国，在两广总督岑春煊手下负责外交事务。1908年（光绪三十四年），温宗尧任驻藏帮办大臣，驻拉萨办事。当时，为强化对西藏的治理，在川滇边务大臣赵尔丰支援下，清廷命钟颖率川军入藏。1910年（宣统二年），第十三世达赖喇嘛不满川军