、立法权和兵权，掌握着殖民地所有的管治资源，并且很多时是独立于日本内阁自主运作，只对天皇负责。台湾总督府成立之初，设民政、陆军、海军三局。民政局下置内务、殖产、财务、学务四部。此外，乙未战争期间曾短暂命高岛鞆之助为台湾副总督，高岛也是为期五十年之台湾日治时期内的唯一副总督。1896年，陆海军两局合併为军务局。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。之后在1898年、1901年皆曾修订总督府官制，最后在1919年的最后一次修订中，民政部（原民政局）被废除，军事部份也改由直属日本内阁的台湾军司令官负