战争，并加强武装以图自卫。也是在这段时期马基维利认识了另一位义大利的政治家和军人切萨雷·博吉亚，领略到他在扩展领土上採用的各种策略和统治手段之后，对他相当钦佩。然而到了1512年8月马基维利前往比萨时，经过一连串复杂的战役和外交角力后，美第奇家族在儒略二世的军队支援下攻陷了佛罗伦萨，共和国随之瓦解。乔凡尼·麦地奇（后当选教皇，为李奥十世）成为佛罗伦萨大公，身为共和国高官的马基雅维利丧失了一切职务，并在1513年以密谋叛变为罪名遭收入监狱，受到刑求拷打，但最终被释放。此时他已然一贫如洗，于是在距佛罗伦斯城