当时太平洋战争已经爆发，大日本帝国面对盟军之攻势，逐陷入颓势，日本人无力修复，最终原本台湾东部地区原总共有装置容量55,000KW的发电量在当时仅剩下清水第一发电所的7,000KW能够正常发电。
战后时期.1945年8月，第二次世界大战结束。同年10月，国民政府接管台湾，并成立台湾电力监理委员会进行台湾各地日治时期所遗留之发电设备的修复与接收作业。后再成立台湾电力公司进行台湾地区的发电与供变电业务。砂婆礑第二水力发电所再由台电公司接手后，运转不久即撤废。