许多反对者批评他造成了非洲和其他许多地方的艾滋病疫情。而他的支持者则说，若望保禄对禁欲和忠贞的强调在对抗艾滋病的斗争中十分有效。 若望保禄二世有时也因为他管理教会的方式遭到批评。尤其是针对他没能对教廷神父的性侵犯丑闻做出迅速的反应。还有人批评他在若望二十三世分权之后又将权力集中到梵蒂冈。因此，他被视为一位严格的独裁者，无法接受教会内部的不同意见。除了来自信奉现代化的人们的批评，传统天主教徒有时候也勐烈抨击他，要求恢复脱利腾弥撒并且撤回第二次梵蒂冈大公会议之后的一些变革，包括在原本拉丁语的罗马礼弥撒中