刘湛恩参与了光华大学的创建，并任光华大学校董兼教授。1926年，刘湛恩到芬兰赫尔辛基出席了青年会世界大会，并作为中国方面的首席代表在大会上演讲。在参加此次会议期间，其母在中国上海逝世。1928年2月，刘湛恩接受上海沪江大学校董会之聘，接替美国籍校长魏馥兰（F·J·White），出任沪江大学第一任华人校长。他提倡职业教育与公民教育，提出了“让沪江大学更中国化，更基督化”的口号，并倡导“积极的、前进的、建设的、牺牲的”沪江精神。在任期间，他扩充设备及课程，筹款建造图书馆、大礼堂、膳堂、体育馆、教职员住宅、思