共和国宣布从南斯拉夫联邦独立，此事并未引发新的冲突。保加利亚随即于1992年2月率先正式承认马其顿共和国的独立。新的马其顿宪法于1991年11月20日生效，并据此组建了基于议会民主制度的政府。基罗·格利戈罗夫成为马其顿独立后的首任总统，继任者为鲍里斯·特拉伊科夫斯基。2001年1月初，（UÇK）与马其顿共和国的治安部门发生武装冲突。2001年8月13日，马其顿共和国和阿尔巴尼亚人代表签署，通过给予马其顿的阿尔巴尼亚人更多权利的方式，解决了一部分冲突。2002年1月，对阿尔巴尼亚游击队和叛军的大赦结束了这场冲