他兼任清华大学文学院哲学系教授。1934年（民国23年）12月，张君劢应广东地方实力派陈济棠的聘请，到广州创办学海书院，张东荪任院长。两广事变陈济棠失势，收到清华校长梅贻琦之邀请，张东荪离开广州，此后他任清华大学文学院代理院长兼任《文哲月刊》首席主编、清华大学研究生院文哲导师、国民政府行政院驻北平政务整理委员会参议。1937年（民国26年）抗日战争爆发后，张东荪决定留在北平，任燕京大学哲学系主任兼任国防参议会参议员。1938年（民国27年）6月，他任国民参政会参政员（后来他继续任第二届国民参政会参政员）