885年，日本政府下令将两家公司合併为日本邮船会社，北海道的海运市场再次进入垄断状态。这一时期还开通了由函馆或小樽出发，前往北海道各地的航线。进入大正时期后，小樽、室兰、钏路、根室等港亦开通了不途径函馆，直接前往本州的航线。战后，日本政府决定将室兰港、苫小牧港、钏路港等太平洋沿岸的港口作为开发重点。而函馆港和小樽港的地位则相对下降。同时随着空运的发展，货运取代客运成为海运的主要市场。现在北海道拥有苫小牧港和室兰港两个特定重要港湾，以及函馆港、小樽港、钏路港等10个重要港湾和24个地方港湾。北海道现在和本州之