拿到北区第四，进入决赛阶段，决赛第一轮就被淘汰，没能升上甲级。2010年，王军又接受裴恩才的邀请，加盟江苏舜天教练组。年底，江苏舜天不再与裴恩才续约，王军与裴恩才离开南京，加盟中国足球乙级联赛重庆足球俱乐部，裴恩才任主教练，王军担任助理教练。2011年中国足球乙级联赛五轮比赛后，裴恩才的球队只拿到4分，裴恩才下课，王军也离开了重庆。同年6月，王军加盟贵州智诚，任助理教练，主教练是张宁。2012年，王军被中乙球队河北中基聘为助理教练。2012年底，王军接受武汉卓尔时任主教练郑雄的邀请，前往武汉担任郑雄的副手。