无孔亚纲是种传统上的用法，有学者提出这些无孔类动物的彼此关系很远，所以应该被分为几个演化支：出现在晚石炭纪的原始爬行动物（大鼻龙目）、生存在二叠纪的多样性无孔类爬行动物（前稜蜥形目）、以及现存的龟鳖目（海龟、陆龟、水龟）。最早的龟鳖目化石来自晚三叠纪中国的半甲齿龟（"Odontochelys semitestacea"），已经很类似现代乌龟。近年有科学家提出，龟鳖目的无孔类形态头颅骨，是种演化逆行现象。这个理论认为龟鳖目演化自双孔类爬行动物，在演化过程中失去两个颞颥孔，这理论还已经被普遍的接受。近期