和国家业务主管部门双重领导管理体制，武警总部对黄金、水电、交通、森林部队的军事、政治、后勤工作实施统一领导管理，国家黄金、水利电力、交通、林业主管部门分别负责其业务工作。中国人民武装警察部队司令部设立警种部。2001年4月，中央组织部、中央政法委、公安部党委联合下发《关于改进公安武警边防部队领导管理体制的通知》（政法〔2001〕11号），公安武警边防部队领导管理体制改为“双重领导，条块结合，以条为主”的原则，将过去的“分级管理，分级指挥”调整为公安部对公安武警边防部队的“统一领导管理”与地方党委政府通过