把所有保加利亚区人口全部疏散到德占区。1941年冬天遍佈的饥荒导致数十万人死亡，这个计画被迫终止，保加利亚佔领区人口于是在恐怖统治下又生活了三年。1943年5月，保加利亚也开始把犹太人遣送到德国的集中营里去了。同年，保加利亚陆军把佔领区扩展到德国控制的中马其顿，虽说保加利亚没有正式兼併这一地区。
民政系统.佔领前为了民政管理事务，希腊分国土为37个州。佔领开始后，一些州如兹拉马州、卡瓦拉州、罗多彼州和塞雷斯州被併入保加利亚，不再在希腊政府控制之下。其余33个州一一设立德意军队军政管