在南京大屠杀问题上，松井承认他知道有个别士兵犯下强姦、抢劫和谋杀等罪行，但他坚决否认南京曾发生过任何大规模屠杀事件。尽管如此，松井向远东国际军事法庭主张自己对其部属的犯罪行为负有「道德责任」，但拒绝自己需承担「法律责任」，声称个人的犯罪行为应由各师团的宪兵队负责，而非方面军司令。然而，松井又表示自己曾敦促任何违法者将受到严厉惩罚，检方很快便指出此项声明即表示已承认自己负有一定程度的法律责任。最终法庭除了第55项罪状，其余者皆判处无罪，包括与A级战争罪行有关的所有指控，也否决了以松井在「大亚细亚协会」的会员资