出任行政院研究发展考核委员会主任委员及国民大会代表。1993年，受行政院院长连战之邀，出任法务部部长，后转任行政院政务委员。在1998年台北市长选举中，以些微差距击败竞选连任的陈水扁。2002年以历史新高的64%得票率再次当选，至今无人能破。2005年中国国民党主席选举中，马英九成功当选，2007年因特别费起诉而辞职，并于同日宣布参选2008年总统大选。在2008年总统大选中，马英九以七百多万近六成的得票率当选，也缔造第二次政党轮替。2012年顺利连任中华民国总统。2015年11月7日，马英九在新加坡与