殖民地辅政司的前身，于1819年2月设立，当时的职称名为新加坡驻扎官兼指挥官（Resident and Commandant, Singapore），负责统领当地政务。驻扎官一职在1826年因海崃殖民地成立而改称参政司，到1832年，海崃殖民地总督由槟城迁到新加坡办公，自此总督取代参政司成为新加坡最高级别的官员。在1858年，英政府从东印度公司接管管治印度的权力，参政司的身份遂由原来的东印度公司僱员过渡成为殖民地公务员。在1867年，海崃殖民地取得皇家殖民地的地位，殖民地由原来从属于英属印度，改为直辖于