50种以上属慈鲷科鱼类，和75种非慈鲷科的鱼类。多数都生活在湖底。而鱼类最多的地方则是鲁库加河流出的河口，其中鲤形鲷就至少有2到6种。而掠食性的坦干依喀尖吻鲈（和非洲维多利亚湖边的掠食性尼罗尖吻鲈略有不同）就有4种。在坦干依喀湖中的慈鲷有98%都是湖中特有种。
无嵴椎动物.坦干依喀湖中有相当多特有种无嵴椎软体动物，如螃蟹、水蛭、桡足类动物（如剑水蚤）等。坦干依喀湖中有68种（其中45种是特有种）及15种双壳纲（其中8种是特有种）其中许多螺类特别之处是以淡水螺类而言特别厚的外壳，