复得很快，但她2岁的姊姊索菲却因此而死亡。长女的死亡导致伊丽莎白她的生活和休息造成影响，并和她的丈夫产生永久性的裂痕，他们的婚姻渐渐崩溃。1860年，伊丽莎白离开维也纳后，患上了唿吸系统疾病，后来有人认为是心身症。她在马德拉度过了冬天，在她仍坚参观完伊奥尼亚群岛后再回到了维也纳。不久之后抵达科孚岛时，她再次病倒。1867年，哈布斯堡王朝对动乱中的匈牙利提出奥地利-匈牙利折衷方案。伊丽莎白始终对匈牙利民族持同情心，方案达成后她与她疏远的的丈夫团聚一起，于布达佩斯加冕为匈牙利王后。随着两人的复合，不久她生下