46年，许子秋返乡任职台湾省行政长官公署民政处卫生局课员，并在不久后升任视察。1950年，他出任台湾省政府卫生处技术室主任。1951年，许子秋获美援资助，录取公共卫生部门。于1952年与江万瑄、工程部门录取的高玉树、水产部门的杨基铨、农业经济部门的李登辉等三十六名台湾籍青年前往美国进修，成为第一批由中华民国政府甄选出国深造的台湾籍人士。1952年，他获匹兹堡大学颁与公共卫生硕士学位。
推动政策.1955年，许子秋升任台湾省政府卫生处简任技正。1956年，他被调任为台湾省立钖口疗