共建清华大学附属中学分校（高中部）。1999年，清华二附中并入清华附中。2002年，清华大学附属中学与深圳清华研究院、清华大学附属小学一起在深圳创办了深圳清华实验学校。2003年，成立民办公助性质的清华大学附属初级中学。2004年，清华大学附属中学终止同47中的共建，撤销清华附中分校。2009年，成立清华大学附属中学国际部。2010年，与朝阳区教委合作创办“清华大学附属中学朝阳学校”。2010年，与昌平区教委合作创办“清华大学附属中学昌平学校”。2011年，“清华大学附属初级