1938年2月4日，帕彭被免职，但希特勒仍下令他安排自己与奥地利总理库尔特·许士尼格在贝希特斯加登会面。2月12日，希特勒向许士尼格提出最后通牒，令奥地利政府屈从于德国的威胁与压力，造就了3月13日的德奥合并。后来，帕彭在1939至44年担任驻土耳其公使。约瑟夫·斯大林曾派人在该国刺杀他，但不成功。二战期间，德国曾考虑任命帕彭为教宗特使，但庇护十二世咨询柏林主教康拉德·冯·普赖辛后拒绝此提议。
战后生活.战后，同盟国拘留并控告帕彭，令他成为纽伦堡审判二十四名被告之一。