并收复了辽东。后来由于被牵连，贬为定辽卫指挥使，后又召还。洪武七年（1376年），海上有倭寇警报，于是吴祯再次担任总兵官，率江阴四卫的海军捕倭；至琉球大洋，俘获倭寇。由此时常往来海上，在他任职期间，海上完全没有倭寇。洪武十一年（1378年），奉诏出征辽东，因病回南京。次年去世，追封海国公，谥襄毅。与吴良的肖像一同列于功臣庙。其子吴忠继承靖海侯。洪武二十三年（1390年）由于胡惟庸案被牵连（吴祯被指认为胡惟庸同党），削爵。吴祯墓在今江苏省南京市。吴祯女为朱元璋子湘王朱柏王妃。