交战终结并归还鎌仓后，完全从政务中引退，因此在此月以后，清方是名实兼有的关东管领（黑田基树说）。不久后死去，『续本朝通鑑』记载死去年份是文安3年（1446年），但是在文安元年（1444年）8月，有本应已隐居并把全部所领让予清方的宪实向次男龙春（后来的房显）写成让状，以及清方的菩提寺长泉寺是在文安2年（1445年）建造，因此在文安元年死去后，山内上杉家的家督再度空白。关于死因，有在越中自杀的説法（『上杉略谱』），但是毫无根据。