党内各系谋求和解，程潜方再被选为政府委员，中央执委。1935年升任二级陆军上将，任总参谋长。
抗日战争期间.1937年七七事变后指挥平汉路抗日。1938年起任第一战区司令长官，兼河南省政府主席。曾指挥兰封会战等大战役。6月，炸开开封花园口黄河大堤。同年底，改任天水行营主任，驻西安。1940年调任军事委员会副总参谋，至1945年抗战胜利。
抗战胜利后.1945年战争结束，程潜任武汉行营主任，掌管华中军政。1947年，在原籍湖南省醴陵县当选为第一届国民大会