本门之下分类单元如下：
繁殖.绿藻的繁殖方式多样，有无性生殖、有性生殖，又因单细胞植物体、多细胞植物体、生殖结构是否被营养结构包被而有不同；还具有接合生殖等特有的生殖方式。一些单细胞绿藻既能进行无性生殖，也能进行有性生殖，衣藻属是其典型代表。无性生殖时，单倍体核行有丝分裂，在细胞壁内产生最多16个子细胞。然后每个子细胞各自的细胞壁和鞭毛，并分泌一种分解亲代细胞壁的酶，这些子细胞——释放出来，各自发育成新个体。有性生殖时，衣藻的营养细胞在缺氮条件下形成配子，配子相互结合，形成二倍