水深20米～30米，海底丰富，水质清澈。南部和西南部有三个礁门，南部的东水道较狭窄，宽约18米；南门西水道宽37米，长275米，水深18米以上，大型船只可以在涨潮时通过该口进入潟湖，为一天然避风良港。
气候.美济礁属热带海洋性季风气候，全年为夏季天气，但由于海洋的调节，少有酷暑。每年10月至次年3月为东北季风盛行期，5月至9月为西南季风盛行期。年平均雨量丰富，但分为旱季和雨季，每年12月至次年5月为少雨期，6月至11月为多雨期。气温常年在27度左右，温差仅2摄氏度。美济礁平均每