年年底，王岐山回到中央受到国务院总理朱镕基重用，出任国务院经济体制改革办公室主任；两年后，被调往海南，出任中共海南省委书记、省人大常委会主任。在海南期间，他又担负着处理海南房地产泡沫破裂后遗留下来的“难题”；并为海南确立了“生态立省”的工作方针。在2003年2月的一次工作会议上，王岐山提出“要把海南建成全国人民的度假村和中华民族的四季花园”的目标。2003年SARS事件爆发期间，当时北京市市长孟学农和卫生部部长张文康因防疫不力、瞒报疫情而被免职。在海南工作仅五个月的王岐山，出任中共北京市委副书记、副市长