形成于前寒武纪的叠层石，其中较早的（如太古元）可能是单细胞蓝菌聚落所遗留的化石；较晚的（如显生元）则可能为真核绿藻的早期型态。而澳洲西部最古老的蓝绿菌叠层石为35亿年。现代叠层石主要可见于盐湖或潟湖当中，这些极端地带较缺乏动物的觅食，例如澳洲西部的鲨鱼湾。此外位于墨西哥北部沙漠的，也有发现一些处于淡水之中的叠层石。
形成.蓝菌行光合作用，周围的二氧化碳开始减少，产生了碳酸钙的沉淀。这些沉淀物被一层细菌的菌落周围的黏液抓住，这个过程不断进行，就变成了一层层的菌体和沉淀物的组合，也