查理五世排除了他的儿子谨慎者腓力成为皇帝的可能，这就永远阻止了奥地利-西班牙的合併或者成为共主邦联，因为奥地利和神圣罗马帝国的皇位由斐迪南的后代继承。作为皇帝，斐迪南一世的统治比较安定。他小心地维持着与奥斯曼帝国的相对和平。在内政方面，斐迪南倾向于中央集权。他在1527年颁布过一部对哈布斯堡家族世袭领地有效的宪法。但是，来自匈牙利和捷克大贵族的反对迫使斐迪南放弃了将这些国家完全纳入奥地利统治的做法，他在1559年承认这些国家的独立地位。1564年斐迪南一世在维也纳去世，遗体葬于布拉格圣维特大教堂。