京正负电子对撞机实现了“一机多用”，包括高能物理实验运行、同步辐射专用光实验与兼用光三种运行模式。兼用光模式使得在高能物理实验的同时能作出同步辐射实验。高能物理研究所通过它作出大量高能物理研究，曾精确测量τ子质量、R值（正负电子对撞经单光子湮没而产生强子的零阶截面），并发现了新的共振结构。而它的同步辐射装置则使其成为了多学科的大型公共实验平台，在其上实验了大量同步辐射专用光，包括曾测定了SARS冠状病毒蛋白酶等大批重要蛋白质结构。
重大改造工程.1999年北京正负电子对撞机开始