于光绪二十年（1894年）被清廷调往台湾协防，并重新招募黑旗军。刘永福至台湾后，与巡抚唐景崧不睦，唐景崧命其镇守台南，自己则镇守台北。《马关条约》签订后，台湾被割让给日本。清廷令唐景崧等驻台官员都弃岛内渡，但台湾仍有不少汉人拒绝向日本投降。台北士绅丘逢甲拥立巡抚唐景崧为台湾民主国大总统，并以刘永福为大将军。光绪二十一年（1895年）5月29日，日军在澳底登陆，乙未战争爆发。6月4日，唐景崧弃职逃往厦门。驻扎在台南府的刘永福得知后，于6月26日自立为大总统，设立议会，发行钞票以筹军饷。清廷封锁大陆与台