反正的功臣在赵光祖回乡之际再次发动政变，以反逆罪的罪名肃清朝廷内的士林派，而赵光祖回到家乡后亦被赐仰药而死。这次事件，后世史学家称为己卯士祸（기묘사화），而被杀的群臣则称为“己卯名贤”。士林派被压抑，勋旧派势力再度登场。以章敬王后（장경왕후）之兄尹任为首的大尹派及以文定王后（문정왕후）的兄弟、尹之任的儿子尹元老（윤원로）、尹元衡（윤원형）为首的小尹派对立；期间发生灼鼠之变，中宗所爱的敬嫔朴氏与其儿子福城君一同被赐死；使中宗时期的政局乱上加乱。对外方面，1510年，南部发生三浦倭乱