逃出了试验基地，而未曾逃走但幸存下来的FIVE则秘密被美国政府收留。长大后NINE和TWELVE于某日在青森县的核废料处理设施中合同抢走了秘密开发的雏形原子弹，之后他们二人以斯芬克斯的代号针对参与了雅典娜计划的政府官员进行复仇。于是他们成功地炸毁了东京都厅的部分建筑，以此向社会引起警示。半年后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新（其中九代表9）的9与久见冬二（日语中“冬”与10读音相同，二则指2）的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件