通的线路中只使用数字命名，而旧线路的指示也逐渐更改为全数字命名。更改前后名称对照如下：在2013年10月前未开通的线路的名称是工程用名。
车站.
换乘站.深圳地铁现有换乘站41个（不计罗湖站）。其中，车公庙站为四线交汇的换乘站，福民站、福田站、前海湾站、深圳北站为三线换乘站，其余换乘站皆为两线换乘站。三期线路中除4号线与11号线以外，任意两条线路皆可相互换乘，各换乘站皆可实现站内换乘，而无需出站。自四期落成后除4号线与11号线以外，2号线与6号线、2号线与