日本投降，国民政府接管台湾，本庙归公家所有，由当时代理三崃街长的艺术家李梅树教授管理，李梅树笃信清水祖师，爱好艺术，极其用心地进行了第三次的重建计划，从募款、设计、成立委员会、工程进行，费时费力，在1947年动土，由前殿开始进行全面整修，还买了台湾神社的鸟居改作龙柱。1963年正殿作樑；1975年鼓楼施工。1983年，主持重建三十多年的李梅树去世，重建委员会改选时一波三折，1995年因石栏桿的装设引起争议，1996年三崃祖师庙的重建告停。2018年4月13日，三崃长福巖经新北市政府公告为直辖市定古蹟。