车站位于武藏野台地东端的丰岛台，地层表面有关东壤土层、段丘砾层、东京层、上总层群覆盖，黏性土壤坚硬，砂质土壤也极为密实。车站周边的十分低。
东京都交通局.大江户线站区是以新宿七丁目十字路口为中心、位于职安通、拔辩天通下方的3层地下车站。月台採岛式月台1面2线设计。本站月台採明挖工法建造，其深度约18.3公尺，小于大江户线平均的22.3公尺。大江户线的车站设计採公开招募方式，因此各站皆有不同。本站的设计关键是「光」与「斜光」，需在地下空间表现出地面的自然光。站内的「放松空间」（ゆ