海口海事法院属海南省直属机构，人事管理和财政归属中共海南省委组织部和海南省财政厅，对海口市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，审判工作受海南省高级人民法院监督。
管辖.海口海事法院管辖海南省所属港口和水域及西沙、中沙、南沙、黄岩岛等岛屿和水域内发生的一审海事、海商案件，一审海事行政案件（含海事行政赔偿案件），一审海洋环境普通民商事案件（含海洋环境公益诉讼案件），上述案件的执行事项，以及海南仲裁委员会仲裁保全的案件、申请执行海南仲裁委员会裁决的案件（不含涉外仲裁案件）。海口海事法院