城巴争得你死我活的同时，香港仔专线小巴公司（现进智公交）开办了小巴39M线，但当时班次较本线疏，加上收费较本线昂贵，所以本线受到的影响。但到2000年代初期，小巴39M线服务水平持续改善，并推出多项转乘优惠及加密班次，及改经礼顿道；而本线途经容易挤塞的轩尼诗道，班次稳定度欠佳，所以本线客量也随之而下降。城巴于2004年中起，一度于非繁忙时间改派来自98线、赤柱线或其他客量偏低路线的巴士，以节省营运成本。自2012年起，鑑于小巴39M线多次加价及实行「 大包围班次 」，令班次稳定度欠佳及服务水平欠佳，并出