其间，1998年起兼任海峡两岸关系协会副会长。2000年7月，出任中共中央台办、国务院台办主任助理兼研究局长。2004年2月至2013年11月，任中共中央台办、国务院台办副主任。2012年3月，任厦门大学台湾研究中心主任。2013年2月1日，当选中国人民政治协商会议第十二届全国委员会委员，任全国政协港澳台侨委员会委员。