是中国科学院最初的15个研究所之一。1952年，中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入。1953年，药物研究室调出，组建中国科学院药物研究所（现为中国科学院上海药物研究所）。1956年，王葆仁领导的高分子化学组和钱人元领导的高分子物理组调出参建中国科学院化学研究所，成为那里的主要部分。1968年，有机所划归国防科委，改名“国防科委十六研究院第十研究所”。1970年，研究所复归科学院，定名中国科学院上海有机化学研究所。
研究领域.研究所设有生命有机化学国家重点实验室、金属有机化