游离孢子结构.蛙壶菌的游离孢子一般大3-5微米，呈长卵形，后端有一条19-20微米长的鞭毛，并藏有核糖体的铰链区。一般会有一层球状的膜包裹核糖体。在细胞体末端有一个细小的距，可能只是标本在甲醛固定时的加工品。核糖体的铰链区由1个内质网的内胞浆网槽、2-3个粒线体及大型的微体所包围。微体之间紧密排列，包围着约4-6个脂质球，有一些脂质球似乎是被内胞浆网槽所包围。一些游离孢子会包含较多的脂质球。并没有发现孢尾体。
鞭毛结构.在毛基体侧有一个失效的细胞中心粒。9个