位期间：1080年6月25日—1100年9月8日。亨利四世和额我略七世因主教叙任权长期争斗。1080年，因额我略七世第二次绝罚亨利四世，亨利四世遂在布雷萨诺（Brixen）召开宗教会议废黜额我略七世，并推选对立教宗克勉三世。1084年3月亨利四世佔领罗马，额我略七世出逃。3月24日，克雷芒三世在拉特朗大殿正式登位。3月31日，克勉三世为亨利四世加冕。不过克勉三世和亨利四世很快被额我略七世请来的诺曼人赶出罗马。克勉三世其后力图恢复在圣座的地位，并与额我略七世的继任教宗：维笃三世、乌尔巴诺二世、贾利二世