。闽籍商人当时以牙还牙，分别向清廷及美属菲律宾当局指控粤人串通英国商人诬告陈谦善，并请求让陈纲留任领事，但美国的态度仍然强硬。陈纲知道已经不可能留任，于是在同年二月十三（1899年3月5日），以「才识谫陋」未能胜任领事职务，以及母亲刚病故，需要「遵例守（丁忧）制」为由，主动向总理衙门请辞，原清朝驻古巴总领事黎荣耀则接任驻小吕宋总领事。翌年，黎荣耀被调往西班牙任临时代办，而在道员陈日翔到任前，陈纲再赴马尼拉担任临时总领事。
返回厦门.光绪三十年（1904年），陈纲回到厦门，适逢当时清