萧曅说牛弱，不能上路。皇帝敕车府给副御牛一头。敕主客：“自今诸王来不随例者，不得复为通。”为丹阳尹，常侍、将军如故。始不复置行事，得自亲政。转侍中，护军将军。给油络车。又给扶二人。武帝遗诏命他为卫将军，开府仪同三司，给鼓吹一部。武帝大行在殡，竟陵王萧子良在殿内，太孙萧昭业未立，众论纷纷。萧曅说：“若立长则应在我，立嫡则应在太孙。”萧昭业为皇帝，很信赖萧曅。隆昌元年四月辛巳日（494年4月27日），年二十八，萧曅去世。赐东园秘器，朝服。赠司空，侍中如故。谥昭。给节，班剑二十人。