渐老化的EF59型电力机车继续担任补机任务。1982年，新一代的EF67型电力机车投入“濑野八”区间运用后，EF59型电力机车开始逐步报废或封存，至1986年全部脱离运用。其中，处于不可动状态的EF59-10号机车于1987年国铁分割民营化时被西日本旅客铁道继承，并存放于下关地域铁道部下关车辆管理室，直至2006年（平成18年）7月正式除籍并拆解。