江州县至民国二十八年（1939年）止，巴县（含江州县、垫江县）县治均设于今重庆市渝中区，由巴县历来为重庆州治、路治、府治，县治在重庆城墙内，今存巴县衙门为清康熙六年（1667年）知县张冉重修。民国二十八年（1939年），县治外迁至人和乡（今九龙坡区华岩镇），民国三十年（1941年）迁往李家沱马王坪。1952年10月，县治迁往南温泉。1954年1月，县治迁往鱼洞镇（今鱼洞街道），直至1994年撤销。巴南区成立后区政府仍设于鱼洞镇。2009年11月，经国务院批准，巴南区人民政府驻地迁至龙洲湾街道龙海大道。