56年9月12日，查理五世宣布让位于斐迪南，后者遂成为神圣罗马帝国皇帝（一般认为到1558年查理五世去世后才是斐迪南的正式在位时期）。可能是迫于大臣与诸侯的压力，查理五世排除了他的儿子谨慎者腓力成为皇帝的可能，这就永远阻止了奥地利-西班牙的合併或者成为共主邦联，因为奥地利和神圣罗马帝国的皇位由斐迪南的后代继承。作为皇帝，斐迪南一世的统治比较安定。他小心地维持着与奥斯曼帝国的相对和平。在内政方面，斐迪南倾向于中央集权。他在1527年颁布过一部对哈布斯堡家族世袭领地有效的宪法。但是，来自匈牙利和捷克大贵族的