给政府自行营运和管理，收费维持不变，原有隧道费代用券停用，政府隧道费代用券则适用于东隧。政府于接管东隧后展开三条过海隧道分流的顾问研究，预计于2017/18立法年度完成，再将研究结果提交立法会讨论。此外为减轻东隧往九龙湾、沙田及大埔方向挤塞情况，观塘区议会现正研究于未来数年在观塘绕道架设电脑警告牌提醒驾驶者改用观塘道。
新香港隧道有限公司.新香港隧道有限公司（）曾经拥有由香港政府批出专营权营运东区海底隧道。公司创办于1986年，由中信股份有限公司、熊谷组、保华建业及丸红香港华南