面积达9270km，占总面积的65.7%；戈壁平原面积2630km，占总面积的15.6%。阿图什市河流众多，但多为季节性河流，常年流水的河流不多，水量稀少，地表径流不发达，存在大面积的无流区域和径流极度贫乏区。按流域划分，全市河流可分成两大水系：恰克玛克水系和布谷孜水系。除恰克玛克河上游少量冰川和融雪补给外，多数河流均为泉水补给，洪水和季节性山溪沟谷的径流则系融雪、降雨形成。 境内水资源7.376亿m，其中地表水4.228亿m，年径流量1亿m以上的只有恰克玛克河与博古孜河。阿图什市是典型的暖温带干旱