代后郡内大多数地区成为幕府直属领或是旗本领地，此外也有少部分区域属于淀藩、、大沟藩、、、狭山藩、、、、、、仙台藩、公家领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属淀县、西大路县、川越县、宫津县、吉见县、伯太县、宫川县、山上县、前桥县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设