三站（通州北关、通运门、北运河西站）使用了中庭式设计，首次在北京地铁车站中引入了中庭的空间形式。其中，通运门站为实现快慢车运行模式而采用了双岛式站台，因而成为了国内首个轨行区敞开的中庭式车站；而北运河西站直接设置在商业地块内，利用上方步行广场和绿地设置了天窗，为北京地铁首个设置天窗的车站。与国内其他设置中庭式车站的城市相比，北京的消防设计标准较高，为此这三座车站专门进行了消防性能化设计。北京地铁6号线一期的室内设计理念为“京城连廊”，突出线路串联内城、CBD、金融街、东部居住区等大量城市区域的特色。各个车