升任副主任，负责全民健身工作。由于在工作期间大力推动体育彩票的发行工作，孙于2001年被调任国家体育彩票中心主任，促使全国体育彩票发行额达到570亿元人民币。2003年，调任国家体育总局网球运动管理中心主任，带领中国女网取得重大突破，培养出李婷、孙甜甜、郑洁、李娜等着名运动员，并在2004年夏季奥林匹克运动会上拿到了女子双打冠军。2014年5月，江苏省委下发文件，孙晋芳任江苏省体育局党组书记。孙晋芳同时被提名为江苏省人大常委会教科文卫委员会副主任人选。