二元”对抗是马鲁古群岛早期历史的主题。1663年西班牙人放弃了在马鲁古地区的殖民活动。此后荷兰逐渐控制了这一地区，后成为荷属东印度的一部分。第二次世界大战被日军占领，印度尼西亚独立后归属印尼。
地理.北马鲁古省的岛屿大部分都是火山岛，属热带雨林气候。哈马黑拉岛上有杜科诺火山，特尔纳特岛上的瓜马拉马火山一直在活跃，整个蒂多雷岛是一个复式火山。哈马黑拉岛、摩罗泰岛、奥比群岛、巴占群岛等岛屿被世界自然基金会称为“哈马黑拉雨林生态区”，并拥有许多独有的动植物物种，包括世界上体型最大的蜜蜂华