2018年4月23日由中国载人航天工程办公室副主任提升为正主任，由副军升正军。但不到3个月的7月12日，杨利伟便被替换。而在2018年12月12日的一场公开活动中，杨利伟仍佩戴副军职资历章。另外，2018年12月公布的改革开放杰出贡献百人名单中，航天员景海鹏取代了杨利伟。1月19日，中国载人航天工程办公室通过其官方微博否定此消息，称杨利伟的职位变动属于达到领导干部任职最高年限后的正常转岗。2019年3月召开的全国两会上，杨利伟仍然以全国政协委员的身份参加会议并接受采访，从人民网微博发布的视频可见杨利伟仍佩戴