马祖行政公署是1950年12月15日由中华民国政府所成立的政府机关，成立地点位在连江县南竿地区。1953年8月15日马祖行政公署改制为闽东北行署，1955年7月1日闽东北行署改制为福建省第一区行政督察专员公署。