宫仍不存在，故对「龙虎宫」之说存疑。不过王郁雅〈台南市保生大帝信仰研究〉则根据良皇宫与广济宫的交谊等理由，肯定「龙虎宫」之说。另外关于「北线尾」的意思，除了指位于鹿耳门的北线尾之外，学者卢嘉兴则认为其意思是指良皇宫旧址所在地（小西门东北边）是北汕到福安坑口的尾部，所以称「北线尾」。
发展.依据干隆元年（1736年）匾额「回天之功」，可知当时庙名已经是「北线尾良皇宫」。该庙在清朝时已与南鲲鯓代天府往来，据说清朝时「南鲲鯓代天府千岁爷」每年都会被迎请到府城，因陆路不方便，所以是经海