车站在交汇口东，5号线车站在交汇口南。两座车站都是地下车站，2号线为岛式站台设计，5号线为较特殊的错层岛式站台设计。
站台.2号线站台位于安定门东大街地底，为岛式站台，吊顶上的灯具造型参考了佛像仰莲座，每盏灯有八组灯管，象征佛教的三界、五智，又包含四面八方之意，灯下吊挂有形似幔帐和经幡的装饰物。2号线站台西端为通往5号线站台的换乘楼梯。5号线站台位于雍和宫大街地底，为四跨错层岛式站台，西侧站台低于东侧站台。2号线月台东端设有一条渡线。
出口.雍和宫站共有7个出