外从隔邻的宫崎车站欲发往宫崎机场（）的列车也必须由南宫崎这里进入日南线之后，再由邻站田吉转入宫崎空港线。站内设置有两座岛式月台共四条乘车线，除此之外还配置了多达七条的停车用侧线。
车站构造.岛式月台2面4线与7条车辆留置用侧线的地面车站，钢筋混凝土2层的跨站式站房。1楼为食堂、厕所，2楼为闸口、商店，月台以跨线天桥与升降机联络。
外部连结.JR九州 – 南宫崎站