时间着手译写《柏杨版资治通鑑》，以「整体规划，分期出版」的方式发行，在台湾引起古书今读热潮，成为一时佳话。此外，柏杨更推出《丑陋的中国人》一书，在中港台三地，甚至远至美国，曾引起一番激烈争论。不久，中国学运爆发，中共于是迁怒于柏杨，当时其所有着作一度在中国大陆遭到全面查禁。自从1994年进行心脏手术，接着一连串大病之后，柏杨健康情况每况愈下，此时他已不再推出散文类着作，而其他类别着作亦愈出愈少。2006年10月因年龄及健康理由宣佈封笔，同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。2008年4月29日病