方法检测的能力在此受到限制。
宏基因组学测序诊断.鑑于造成身体虚弱和威胁生命的细菌、病毒和其他病原体种类繁多，因此拥有快速确定感染原因的能力变得很重要，但不一定容易达成。例如，虽然使用最先进的临床实验室方法做测试，但仍有超过一半的脑炎没被诊断出来。宏基因组学目前正被用在临床研究，有望成为一种灵敏且快速诊断出感染的单一全能方法。这种测试与当前的聚合酶连锁反应测试相似；但是，利用扩增的遗传材料，而不是使用特定感染因子的引物来做测试，不容易产生误差。在利用扩增遗传材料之后，再使用包含数千个