也有学者如石万寿则认为郑军子弟多来自妈祖信仰广布的东南沿海，郑军不可能无奉祀妈祖。而学者张耘书则认为即使玄天上帝与妈祖皆具有海神性质，但玄天上帝同时也有国家（明朝）守护神的地位，故明郑时期官方较为重视玄天上帝。而就近年来的研究，有学者认为台南大天后宫早在施琅入台之前便已变成，是为「东宁天妃庙」
清领时期.由于万正色、施琅等将领利用妈祖信仰助长军威，并将平台灭郑之功绩归于妈祖显灵，奏请将妈祖册封为天后，而后清朝政府来台处理民变时也多借助妈祖神明之名来镇压民众，在清朝官方刻意推广下，妈