2013年10月27日，球队于第 7 轮联赛以 3–1 击败日之泉JC晨曦，取得重返甲组以来首次主场胜利。在首个球季，由于屯门及愉园因假波案被逐出甲组会，元朗提前宣布保住顶级联赛资格，最终他们以第 7 名完成联赛。2014–15年度球季，随着香港超级联赛的成立，取代香港甲组足球联赛成为顶级联赛，元朗亦成为港超九支创始球队之一。球队继续获赞助商冠名，以「天行元朗」（I-Sky Yuen Long）名义参赛。球队在此季取得联赛第6名。2015–16年度球季，球队罗致多名年轻港脚，但亦同时放走赵俊杰、