和复州城、盖平城、熊岳城守尉。副都统官衔正二品。另有印务处，分左司和右司，各司设司达、班达、誊录等官员。光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，金州城被日军攻陷，衙门被迫撤离，次年因三国干涉还辽而恢复。1898年3月至5月，沙俄与清政府签订《旅大租地条约》和《续订旅大租地条约》强租旅大，保留金州城内为金州副都统衙门辖区实行自治。1900年7月27日，沙俄以中国公民勾结义和团为借口占领金州城，强行撤销副都统衙门，将官员流放至库页岛。金州副都统衙门撤回奉天，设虚衔副都统办事处。1904年2月，日俄战争爆