颁布的宗教压迫法案（已执行二十多年），试图让非国教徒获得信仰自由的保障。结果不但没有得到公众的好评，反而让英格兰人怀疑他想要恢复天主教（大多数英格兰人为敌视天主教的新教徒）。玛丽认为，父亲搁置议会决议的行为实属非法，而且当她的牧师以玛丽的名义写信给坎特伯雷大主教，询问圣公会对王家命令的看法时，也得到批评国王的回覆。大主教认为，詹姆斯国王的行动违法且违背（新教徒的）民意。更让玛丽灰心害怕的是，当1685年天主教的法王路易十四撤销《南特诏令》、迫害境内的胡格诺信徒（新教的喀尔文教派）时，詹姆斯拒绝援救逃难的胡格