2008年马英九当选中华民国总统后，辛旗曾透过苏起与王晓波等人向马英九传达应该更改历史课纲，以扭转台湾年轻人天然独的倾向，追求中国统一。后来马英九政府于2013年成立课纲检核小组推动课纲微调引发争议。2016年3月26日，辛旗证实，他曾与民主进步党新潮流系大老洪奇昌密谈，「包括我们跟他提出用『法政体系』做一个缓冲的余地，然后再从宪法当中来慢慢解套、为台独解套；他还是很认真的，他当时也听进去了」。辛旗对外主要以中国国际友好联络会副会长和中华文化发展促进会副会长身份活动。2013年香港《星岛日报》报导，