95年7月1日，车站名称经铁道部批准更名为花都站。而扩建工程则于1996年1月30日投用。1999年9月15日，车站名称由花都站改名为广州北站；原位于白云区江高镇的广州北站更名为江村站。2000年车站新建一条通往粮库的专用线。2009年，作为武广客运专线工程的一部分，车站进行改造新建高速场、新建进站天桥并对站房内部进行设施改造，原车站货场搬迁至白云区。施工期间广州北站暂停客运服务。同年12月20日，广州北站改造完工。由于当时广州南站尚未建成，车站成为武广客运专线的临时起讫站。过渡期间车站启用高速场西