抗战爆发后，骑五师扩编为骑五军，任军长。民国二十五年（1936年）秋，马步青奉命在宁夏中卫至皋兰一带部署骑五军堵截中国工农红军，使红军伤亡甚众。民国三十一年（1942年）骑五军移驻青海，被任命为柴达木屯垦督办。随后骑五军与八十二军合编为四十集团军，马步芳任司令，马步青任副司令。1948年8月初，临夏被解放军占领前夕，马步青携家眷、黄金和贵重物品逃往台湾，1977年2月9日病逝于台北。其长子马绪援曾任国防部常务次长。