货物列车减少，EF60型电力机车开始逐步分批报废。1985年4月，高崎第二机关区（今高崎机关区）、沼津机关区、稻泽机关区、冈山机关区、广岛机关区仍配属EF60型电力机车。1986年3月，高崎第二机关区的部分EF60型电力机车转配属龙华机关区，并投入坂和线和纪势本线运用，用来淘汰该线原本使用的EF58型电力机车，这些机车均加装了总风管以满足的空气弹簧及气动车门的用风需要。同年11月，坂和线和纪势本线的旅客列车全部改由113系、165系电力动车组担当，龙华机关区的EF60型电力机车亦同时停运报废。绝大部分E