队不可或缺的核心。在1993-94赛季德甲联赛第32轮对阵纽伦堡的比赛中，海尔默射入一记“幽灵进球”帮助球队以2比1获胜。但事后德国足协认定入球无效，本场需要重赛，最终拜仁以5比0大胜对手并夺得该赛季冠军。在为拜仁慕尼黑效力期间，海尔默随队赢得了3次德国足球冠军（1994年、1997年、1999年）、1次德国杯冠军（1998年）和1次欧洲联盟杯冠军（1996年决赛主场2比0、客场3比1战胜波尔多），并在最后两年成为球队队长。1999年，海尔默跟随拜仁经历了痛苦的时刻，他们在1999年欧洲冠军联赛决赛对阵曼彻