佔中示威发生前2个月，杨鸣章被问及如果有天主教徒因为佔中而被警方拘捕，教区会怎样处理。杨回应时以人家儿子因为吸毒被捕来做比喻，说他会想办法帮助。虽然杨曾澄清他无意用吸毒来比喻佔中人士，但杨的言论依然遭到非议。
同性恋.2015年香港区议会选举举行期间，时任天主教香港教区主教汤汉发出牧函，要求教徒投票时该考虑候选人对性倾向歧视条例的立场才投票。汤汉此举被受批评，其后杨鸣章为汤汉护航，但杨则再次以以吸毒作喻，这次用来比喻同性恋行为。杨亦因为此举而遭受抨击。
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