行踪成谜；特侦组在其新光医院办公室及住所内搜出新台币1000万元现金并扣押。黄原列扁家洗钱案证人，但因其赴美后特侦组多次传唤未到，2009年3月3日改列被告，3月18日发布通缉，时效25年至2034年。
个人生活.黄芳彦家族是南投县草屯镇当地望族，黄的五个兄弟均为医师，家族有因癌症而死亡的病史（五兄弟中的三人因癌症病逝）。
死亡.2021年1月28日，根据媒体的报导，黄芳彦于1月23日或24日在美国加州死亡，陈尸车内，享寿74岁。黄的医师弟弟黄重彦证实其死