一局势给了外部势力可乘之机。甲斐国的武田氏自16世纪中期开始攻入信浓国并成功佔领信浓全境。此后武田氏和以越后国为地盘的上杉氏发生激烈冲突，信浓国也成为两大势力主要争夺地区。武田氏在1575年（天正3年）的长筱之战之后开始瓦解。本能寺之变之后，信浓国呈现上杉景胜、德川家康、北条氏直三强争斗的局面。1590年（天正18年），丰臣秀吉在灭亡北条氏之后将德川家康移封关东，并将直接从属于自己的大名移封信浓。关原之战后，信浓国成为德川氏的领国。在江户时代，信浓国有众多小藩割据且大名频繁交替。城下町松本和门前町善光寺町（