四年（1647年）清军陷广州，邦彦抗清失败，全家被杀，恭尹只身逃出。永历时授以世袭锦衣卫指挥佥事之职。明亡后不仕，隐居西樵山中。三藩之乱时曾被牵连入狱，后得释。恭尹工诗，七言律诗对仗工整，诗风多哀感苍凉。晚年寄情诗酒，与屈大均、梁佩兰同称岭南三大家。又工书法，时称清初广东第一隶书高手。有《独漉堂全集》。葬于陈恭尹墓。