水河北边搬迁，依离新庄的远近与开垦顺序，陆续开辟了头重埔、二重埔、三重埔。干隆十年（1745年），李姓先民来二重埔开垦，民众从福建恭请神农大帝神像奉祀。当时垦民依靠沙洲一带耕作的田，所以拜起此农神来。干隆二十年（1755）元月十一日建此庙于三崁店，为今新庄区交界大汉溪畔，约金陵女中后方，取名「五谷先帝庙」，又名「五谷王庙」。因屡遭大汉溪水患，迁建于五谷王村。道光三十年（1850年）年由地方仕绅林茂盛倡议重建，扩建成两殿。由林本源家族、林顺成等人捐建，名字刻于重建碑、木刻诗签版上。台湾日治时期改名