65种，裸子植物有9种，双子叶植物有308种，单子叶植物有45种，其境内共发现13种植物是属濒危物种，分别是松叶蕨、垂枝石松、杉叶石松、拟日本卷柏、连孢一条线蕨、岩凤尾蕨、台湾粗榧、台湾黄杉、台湾杉、台湾红桧、台湾香檬、琉球山素英和小叶铁仔。其植群则有青刚栎－菲律宾楠群丛、青刚栎－台湾雅楠群丛、大叶柯－假长叶楠群丛和台湾红桧－大叶柯群丛等5种类型，其植被带可区分出亚热带常绿阔叶林、暖温带常绿阔叶林、温带常绿阔叶林下带及温带针叶阔叶混合林，高度分布自海拔250公尺攀升至2500公尺以上，但因温带针叶阔叶混合林