后入朝，累迁考功、吏部员外郎，转郎中、给事中、中书舍人。大顺中，历兵部、吏部侍郎，寻以本官同平章事。累迁中书侍郎、判户部事。干宁二年（895年）三月，以检校尚书左仆射、同平章事、河中尹、充河中节度等使再入朝。同年，崔胤随从唐昭宗出逃长安。返回长安后，加礼部尚书，并赐号“扶危匡国致理功臣”。干宁三年七月，复以左仆射兼广州刺史，充清海军节度领南东道观察处置等使。后罢崔胤政事，检校兵部尚书、广州刺史、岭南东道节度等使。因朱全忠的关系，复召拜平章事。天复元年（901年）正月，崔胤联合左神策军指挥使孙德昭打败