政学堂毕业后，回兰州先后任甘肃省立一中校长，这期间曾随黄炎培、袁观澜，陈筱庄、王天柱等人参加由教育部组织的考察团，赴欧美考察。他与弟弟水枬、牛载坤等人在1925年创办陇右中学（今兰州市第八中学），自己担任学校董事会董事长。水梓信仰藏传格鲁派佛教，拜喜饶嘉措为师，也参与兰州当地佛教协会的佛事。水梓先后任狄道县县长、甘肃省代理秘书长、甘肃自治筹备处处长、甘肃省教育厅厅长，考试院甘、宁、青考铨处处长、安徽省政府秘书长、制宪国民大会代表、第一届国民大会甘肃省代表。他对统治过甘肃的朱绍良、谷正伦、郭寄峤等人和