菌门的真菌（粉色面包霉菌）曾是遗传学研究的重要工具。担子菌门真菌的菌丝特化出称为担子的桿状构造，以进行减数分裂产生担孢子。多数蕈类都属于担子菌门，另外担子菌门还包括锈菌与黑粉菌等重要的植物病原菌、存在于人类皮肤上的马拉色菌属以及可造成机会性感染的新型隐球菌。
类似真菌的生物.因为形态与生活史的相似，黏菌、卵菌与都曾被认为是真菌界的生物，卵菌、丝壶菌与部分属于「Phytomyxea」的黏菌，曾与壶菌共同组成真菌界下的，更早以前还有、等分类单元。这些生物现在都已经证实不属于真菌，真