清军入山勐攻，途中被多次伏击，死伤颇多，直到10月28日进攻武荣社，林朝栋与前来台湾镇总兵章高元等人围攻，击杀100多人终迫使武荣、苏鲁等七社投降。12月6日，林朝栋因抚番有功得赏二品顶戴，并于十二月就抚石加禄北路二十四社（石加禄现译为霞喀罗）。该年，刘铭传开办抚垦总局等部门管理开垦事宜，林朝栋被命负责大湖与东势两地抚垦局的事务，从此负责台湾中北部地区的开垦与抚番工作，并延续到甲午战争之后。
平定施九缎事件.1888年10月5日，因土地丈量处理不当，彰化爆发施九缎事件，知县李嘉棠等