，新四军攻占淮安城，将大堂拆除，木材运到盐城用作武器原料，总督部院旧址则改为扩建的叶挺体育场。只有房基、础石仍存。2002年8月，淮安市楚州区在旧城改造中挖掘发现了明清时期的总督漕运部院遗址，在明清遗迹下3米处还发现有宋元代文化层。遗址被列为江苏省文物保护单位。并在此兴建了漕运总督署遗址公园，还计划在附近建造一座中国漕运博物馆。