是研究物种的演化历史，以及他与其它物种间的关系的学科，此亲缘关系被可视化为具支序的演化树（别名：系统发生树，系统发育）。系统发育有两个组成部分，分支顺序（显示组的关系）和分支长度（显示进化的量）。利用生物物种在不同的环境，地区进行不同的演化，以基因或是基因产物，也就是蛋白质的资讯，将物种演化的历史进行解析。比方说形态上的演化倾向等等。