为当年WTA巡回赛的大赢家，并将世界第一的争夺战延长至年终赛。年终，莎拉波娃虽于小组赛三战全胜，但在准决赛中败于贾斯汀·海宁，年终排名以世界第2作收，仍创下个人新高。
2007年：肩伤侵袭.澳网，莎拉波娃在时任世界第一的贾斯汀·海宁未参赛的情况下，以头号种子身份参赛，并一路打进决赛，不过最终惨败给当时刚复出状况极好的小威廉丝，但亚军成绩已足以使她重返世界第一。之后，莎拉波娃伤病不断，复出的海宁则接连夺冠，使得她的排名未能维持太久。红土赛季因为受伤，于法网赛前仅参加了伊斯坦堡