利根川进诞生于日本名古屋，在家中排行第二，上有一个哥哥，下有一个弟弟与妹妹 。他的父亲是乡下纺织厂的工程师，因为工作的关系必须要在各个工厂之间轮调，利根川进的童年也就这样子在乡下度过。他在当时东大公立升学名校就读期间对化学产生了兴趣，并在重考一年后进入京都大学化学系。大学时代，主授生物化学的山田广美教授向他推荐了由法国巴斯德研究所的弗朗索瓦·雅各布（）与贾克·莫诺（）撰写的一篇论文，文中提到的操纵子理论令利根川对分子生物学产生了浓厚兴趣。1963年大学毕业后，他进入京大病毒研究所跟随从事分子生物学的研究