89年，六四事件发生后，杨宪益接受英国广播公司采访，谴责当局血腥镇压，随后宣布退出中国共产党。1993年，杨宪益获香港大学颁发名誉博士学位。杨宪益2009年11月23日在北京煤炭总医院逝世，享年95岁。
家庭.杨宪益与戴乃迭育有一子二女。其后，杨的儿子到英国两年后于1979年自杀身亡。