干《台湾府志》提到凤山学田是康熙二十六年（1687年）购置等记载，认为杨芳声在兴隆庄建孔庙应是康熙二十五年（1686年）的事。凤山县孔庙的选址之所以位在莲池潭畔，显然与风水有关。《凤山县志》便提到莲池潭即是孔庙的天然泮池，且「凤山对峙，案如列榜。打鼓半屏插于左右，龟山蛇山旋绕拥护，真人文胜地，形家以为甲于四学」。也可能由于风水考量，日后筑城时孔庙仍留在北门外原址，即使县治搬到新城孔庙也没有跟着迁徙。
修建.康熙四十三年（1704年），台风侵袭、虫蛀，几乎倾圯。该年，凤山知县宋永