庙由来.据说二王庙前身为一小祠，于郑经于二王崙坠马逝世后建立。康熙四十一年（1702年），当地仕绅李文奇等人捐资盖庙，于该年十二月廿六日（1703年2月11日）开工，次年三月建成（1703年4、5月）。二王庙之由来除了纪念郑经的说法之外，还有纪念郑成功之弟的说法。此外除了永康二王崙有二王庙之外，根据蒋毓英《台湾府志》（1685年）的记载，在府城东安坊也有二王庙。
发展.据《钦定平定台湾纪略》记载，林爽文事件时，闽浙总督常青驻节在后甲关帝厅，而干隆五十二年（1787年）有林爽文