12年中华民国成立后，曾短暂续设理藩部。1913年北洋政府成立后，改由在北京的内务部蒙藏事务处接替；随后该处陆续改制为蒙藏事务局、蒙藏院。在北京成立蒙藏学校。1928年6月，国民革命军北伐攻入北京。7月11日，国民政府将蒙藏院改制为蒙藏委员会，隶属行政院。1929年2月，蒙藏委员会成立。1936年2月10日制定《》，开始管理西藏与蒙古的藏传佛教喇嘛转世相关事务。抗日战争爆发后，蒙藏委员会随国民政府辗转迁徙，抵达重庆。1945年抗日战争结束后，蒙藏委员会随国民政府移回南京。1949年夏，中华民国政