纪灭绝事件中，非主龙类的爬行动物有龟鳖目、鳞龙超目（包含现今的蛇、蜥蜴、蚓蜥）存活下来，此外还有半水生的离龙目（属于原始的主龙形下纲，消失于中新世）也倖存过这次灭绝事件。有超过80%的白垩纪乌龟，存活过这次事件。在白垩纪末，总计有六个乌龟的科，都存活到古近纪，并存活至现今。现存的鳞龙类包含：喙头蜥目、有鳞目。在中生代早期，喙头蜥目是群相当成功的动物，而且分佈广泛，但在白垩纪中期开始衰退。喙头蜥目目前仅存一属，仅存于纽西兰。现存的有鳞目包含：蜥蜴、蛇、以及蚓蜥，牠们在侏儸纪佔据了许多不同的生态位，并成