在战前已经完成局部电气化的东海道本线和中央本线牵引货物列车。1947年，上越线全线完成电气化改造后，EF13型电力机车开始在该线担当货物列车和旅客列车的牵引任务，直至越来越多的EF15型电力机车投入上越线。1960年代初，EF13型电力机车亦曾经被用于新干线列车转移和回送。EF13型电力机车被调离上越线后，重新投入到中央本线牵引普通旅客列车。由于EF13型电力机车只有蒸汽锅炉而没有新式的列车供电系统，在冬季牵引旅客列车时必须在机后一位加挂暖房车。EF13型电力机车作为一种战时设计车辆，在研制时就预计其使