信长以拥立室町幕府第15代将军足利义昭为由，挥军南向上洛。为支配京都地区和维持治安，设置京都所司代，由家臣村井贞胜负责。（村井贞胜后来在本能寺之变中随信长嫡子织田信忠逃到二条御所抵抗后死去。）信长死后，京都由丰臣秀吉统治，先后由桑原贞成、杉原家次、浅野长政（此三人在1582至1583年间短期任职）、前田玄以担任京都所司代。在室町时代、安土桃山时代，由于政权在关西，此职实际作用不大。及至江户时代，由于政权转移到江户，为加强对关西的控制，仿照鎌仓时代「六波罗探题」一职设立的京都所司代于1600年遂成定-