在2020年2月中至2021年第三季通车以后，现存大部分路段将继续由屯马线（西铁线与屯马线一期合併而成）使用；但红磡站相应月台及轨道（至隧道口附近）将会改道至原红磡货场（至今改道隧道口亦已经建成），而现有隧道口将被全面永久封闭并拆卸，所有列车亦不能再经红磡站2号及3号月台进入隧道。届时，当屯马线（启德至红磡段）通车前，西铁线将会改行新尖沙咀支线隧道口及新红磡站月台，而旧有行车轨道将不会与蓝田站后备行车隧道一样改作车务调动用联络线，因为屯马线与东铁线及城际直通车部分採用讯号系统及门距各有不同，此段路线不可能用