施行后不久，中国便进入中国抗日战争。1932年上海发生一·二八事变时，为了躲避战火，国民政府曾从南京迁都洛阳，并立洛阳为「行都」；1937年抗战全面爆发，在淞沪会战之后，由于南京沦陷在即，故国民政府于1937年11月21日宣布将所有中央政府机构由南京迁都重庆，而军事作战指挥中心则先移驻武汉，直至武汉会战后再移驻重庆。1940年9月6日，国民政府正式立重庆为「陪都」。直至抗战胜利后的1946年5月5日，国民政府发布「还都令」，宣布同年5月5日「凯旋南京」。国民政府还都南京后，于1946年11月15日召开制