离任九铁，其后身体状况转坏，他在2004年患上肾衰竭，2006年2月经医生转介到北京进行换肾手术，同年9月中曾在玛丽医院深切治疗部治疗，并向职训局请病假。杨启彦2007年2月3日因气促及咳嗽入院，但情况急速恶化，最终于香港时间2月8日晚上8时07分因肺炎引致肾衰竭在香港玛丽医院逝世，终年66岁。在杨弥留前，特首曾荫权曾在傍晚6时许往医院探望。而他死后，九铁一度下半旗致哀。几日后，有香港传媒引述消息指杨启彦是死于退伍军人症，但卫生署辖下的卫生防护中心及杨启彦的家人均以私隐的原因拒绝证实该传闻的真伪。然