到地中海期间，阿利·伯克号参与了波斯尼亚和黑塞哥维那禁飞区行动。在1998年第三次布署期间，阿利·伯克号参与了多场在地中海、亚得里亚海、红海和黑海举行的演习。在2000年-2001年第四次布置期间，阿利·伯克号出现在地中海、红海和波斯湾，以加强联合国对伊拉克的制裁。2003年第五次布署期间，阿尔·伯克号与西奥多·罗斯福号航空母舰战斗群一起，参与了持久自由行动和伊拉克自由行动。战争期间，阿利·伯克号向伊拉克发射了战斧巡弋飞弹，并护卫商船和海军辅助船通过阿拉伯海北部。阿利·伯克号还参与了亚丁湾反海盗护航。