州市辖区属于 扬州江都县，天长县等以及高邮军高邮县。宋朝时扬州一带科技文化也有长足发展，科学家沈括多篇科技文章在扬州地区完成，“二十四孝”朱寿昌的事迹也成为儒家孝道的一个典范。1127年，女真人的金征服了华北，流经江苏北部的淮河，成为北方的金和南方的南宋的边界线。而今扬州市的北部郊县也成为了抗击金国入侵的前线。13世纪，蒙古人控制了中国。元朝扬州属河南江北行省。
明清.自从1421年永乐皇帝迁都北京，明清两代将近600年间中国的统治中心在北京，而农业经济中心在江浙和两湖两广