新安江为市内主要水系，为钱塘江正源，源出休宁县境内，流经祁门县，复入休宁以后称率水，在屯溪与横江并流后，称为渐江，流至歙县，练江来汇，始称新安江，东流至街口镇附近后进入浙江省。黄山市境内还有发源于黄山北坡的青弋江，北流入长江，发源于祁门县的阊江，南流入鄱阳湖。黄山区境内、青弋江上游有太平湖，为人工水库，是黄山北麓着名景点和湿地公园。
气候.黄山市属亚热带季风气候，具有温和多雨，四季分明的特征，日照时数和日照百分率偏低，云雾多，湿度大，夏洪秋旱，对农业影响较大。年平均气温15-17℃