同时，研究人员也对重编程的方法进行了一定改良。比如，已有使用腺相关病毒载体感染、质粒载体转染、脂质体转入等非基因组整合技术爲核心的重编程方法。亦有研究表明，只通过转入特定miRNA（微干扰RNA）就可以使细胞重编程爲iPS细胞。将成体细胞与胚胎干细胞的细胞质融合，也可以使其重编程爲iPS细胞。只通过加入多种小分子药物的混合物，亦可达到将成体细胞重编程爲iPS细胞的目的。一些实验结果表明，通过改变转入的转录因子等方法，可以在一定程度上提高iPS的重编程效率。
性质.iPS细胞性质与胚