色的细胞很容易的被观察到。一些染色剂，如四氧化锇和铁氰化锇，化学活性非常强。作为强氧化剂，它们主要与交键类脂和不饱和碳碳键反应，从而改变样本组织的生物膜特性并将其染色。
染色剂.就透射电子显微镜来说，原子所带电子的不透明度与其原子序数有关，也就是和核外电子数有关。所以应选择有较强的电子散射能力且易被生物吸附的试剂作为负染色剂，一些常用的负染色剂有钼酸铵、乙酸铀酰、甲酸铀酰、磷钨酸、四氧化锇、锇铁氰化钾等。使用负染色法可以看到普通光学显微镜下无法看清的结构。该方法主要用于观察病毒