旗的大臣都希望由皇子继位，以继续保持两旗的优越地位。在两黄、两红和两蓝六旗不支持的情势下，多尔衮急召索尼前去三官庙商议册立之事。索尼当时说：“先帝（皇太极）有皇子在，一定要在皇子中选立新君，其他的人都没有继承先帝之位的合理性。”当天晚上，巴牙喇纛章京图赖去拜访索尼，告诉一定要立皇子。第二天黎明，索尼和鳌拜等两黄旗大臣在大清门盟誓，令两黄旗巴牙喇兵张弓搭箭，围绕着宫殿站立，索尼率领他们去崇政殿商议新君。顺治元年（1644年），索尼跟从睿亲王多尔衮率清军入关，进入了北京。顺治二年（1645年），索尼