以分区最后一名结束这两个球季。唯一表现耀眼的是贝瑞·邦兹，在1996年球季时他以42支全垒打与40次盗垒成功，成为达成40-40俱乐部的一员。在新人Bill Mueller身上也可以隐约见到巨人队的未来，1996年他在66场出赛里，打出了优秀的.330打击率。
1997年.因为这几年的战绩不佳，巨人队在1997年新聘Brian Sabean为球队，撤换了Bob Quinn。Brian Sabean一上任便做了一件有争议性的交易案，把明星三垒手麦特·威廉斯交易到-{克里夫兰印地安人}