具体事务由旗下总兵负责，期间受到留外海军军事学校正科班出身的刘步蟾等人为主的中高级官员的排挤，无视提督军令，军纪失控不振，后得李鸿章惜才力挺，以及中下级军官和外籍顾问的欢迎。
黄海海战.1894年，中日甲午战争爆发。在朝廷内以翁同龢为首的清流煽动下，光绪帝下令要寻战。李鸿章因北洋数年未添一舰，同时后勤弹药补给严重缺乏的情况下，要求丁汝昌尽量“弃战保船”。7月26日，丁汝昌率军出巡，意图寻求日军主力以报丰岛海战之仇。后无所获，遂返回威海卫，同时布置海军基地内水雷，以防日军鱼雷艇偷袭威