古有一个非法的天主教神学院。2007年，非法天主教会的几名神父被捕。2010年，一位天主教神父试图阻止中共拆除鄂尔多斯市唯一的天主教教堂，不过未能阻止，其本人也被捕。
其他教派.在额尔古纳、满洲和海拉尔有东正教教堂。唿喊派在内蒙古很活跃。 内蒙古是新教迅速发展的地区。内蒙古有170,000多名新教徒和1,000多个官方教堂。早在19世纪末，新教就进入该地区。 唿和浩特曾经有一个超过1500名教会成员的大型家庭教会。2008年，许多家庭教会领导人在锡林浩特被拘留。