他又应时任港督麦理浩爵士之请，调到香港担任总督政治顾问。在任职政治顾问期间，卫奕信着手于处理香港与中国大陆，以及东南亚地区的外交事务。当中，在1979年3月的时候，他曾陪同港督麦理浩爵士，以及行政局首席非官守议员简悦强爵士等人出访北京，和时任中共领导人邓小平会面。这是中华人民共和国成立以来，港督第一次与中共领导人所举行的会谈，在会谈中，由于邓小平明确表示中国必于1997年收回香港，从而揭开香港前途谈判的序幕。在1981年，卫奕信获调任为外交部南欧洲司总管，主理英国对南欧一带，包括土耳其、马尔他、希腊与西