0支球队，合共20支球队参赛。南北分区联赛于4月16日开始，8月27日结束。分区联赛结束后，于9月10日开始进行全国总决赛，分上下半区进行，直至决出全国总冠军以及升级名额。10月15日，经过半决赛两回合的比赛，丽江飞虎和保定容大分别淘汰了江西联盛和四川安纳普尔那，获得了2017年中甲联赛参赛资格。10月23日，丽江飞虎在决赛中2-0击败保定容大，夺得2016年中乙联赛冠军。