时反对党在东厂魏忠贤的羽翼下成为阉党，开始专权，并且迫害东林党人，东林党受到严重打击，有所谓东林六君子、东林七贤等被阉党杀害，直到明思宗即位，才整肃了阉党。在对外军事方面，以万历三大征最为显着，分别为平定蒙古哱拜叛变的宁夏之役、抗击日本丰臣政权入侵朝鲜王朝的朝鲜之役，以及平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，这三场战争几乎同时发生，其性质均不相同。明朝于三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗大量人力物力，成为国库空虚、财政拮据的重要原因之一。粗略统计出这八年间国家的军事开支高达一千一百六十余万两白银