部尚书改为正一品，改都察院为御史府、都御史为御史大夫。朱棣攻入南京后，恢复原制度。
永乐年间.
迁都之前.建文四年六月，燕王朱棣通过靖难之役登基，为明成祖，废除建文年号，复称洪武三十五年，翌年改元永乐。永乐元年，朱棣以北平为北京，置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。永乐十八年十一月，裁革北京行部。
迁都之后.永乐十八年，明成祖迁都北京后，罢免行部及六曹，以六部官属移