体腔及循环系统.螯肢亚门的体腔非常细小，在生殖系统及排泄系统之外只余少许空间。主体腔是将血液带到全身的血腔，管状的心脏会将后部的血液向前供血。虽然动脉会将血液带到特定的身体部位，但末端是开放的，并没有接合至静脉，是为开放式的循环系统。
唿吸系统.螯肢亚门的唿吸系统会就亚类所生存的环境而有所不同。现存陆生的螯肢亚门一般都有书肺及气管，书肺会经血液供应氧及移除废气，而气管可以不用经血液而发挥同样功能。鲎是水生的，故在类同位置有书鳃。已灭绝的板足鲎目估计是有鳃