三年之后有学校不跟随德育及国民教育科课程指引来开办课程，教育局会通过视学制度来处理，视学小组会指出其不足之处，要求纠正」，「目前需要接受『校本化』的现实，是比较可行的第一步。至于十年后有了更多经验，也许会有更好的平台做中央式的设计」。教育局长吴克俭在亚视国际台《时事纵横》节目称，全香港学生加上家长数目过百万，仅有10万人上街表达对此科之不满，可见香港有数百万「沉默大多数」支持国民教育推行；若个别学校表达不推行，教育局会派员协助，就开展国教科作讨论。
课程指引.2012年6月，教育局