佛任命休斯为美国首席大法官，休斯出任此职至1941年退休。作为首席大法官，他极力反对富兰克林·德拉诺·罗斯福的新政，并试图反对扩大总统对最高法院的影响的法案。在最高法院中休斯一般被看作是温和保守派的。在他的判决中他捍卫了新闻自由的权利，同时也同意罗斯福新政是合法的。1948年8月27日休斯在马萨诸塞州奥斯特维尔逝世。