纪今巴基斯坦南部被萨珊王朝控制，四世纪时起，这里受到笈多王朝统治，五世纪末期来自于中亚的白匈奴逐步把疆域扩张到该地区。8世纪初，阿拉伯扩张到印度河流域，并将伊斯兰教传入，使大批当地居民成为穆斯林。阿拉伯帝国退出该地区后，这里被兴起于恆河三角洲一带的波罗王朝统治。11世纪初，巴基斯坦西北部处于阿富汗加兹尼王朝统治之下。12世纪初，古尔王朝又取代了加兹尼王朝。1206年，库特布·艾伯克建立奴隶王朝，巴基斯坦和印度开始处于同一政权统治之下。此后300年间历经了6个王朝（德里苏丹王朝），直至1526年被莫卧儿帝