被软禁于卢浮宫，直到法兰索瓦以她是皇室的囚犯为理由拒绝和平谈判，亨利三世才下令将她释放。和平谈判后玛格丽特和她的母亲一起住在皇宫和结盟宗代表处（1576年由波瓦第尔敕令成立）之间。最终她还是得到允许投奔到丈夫那里，在以后的三年半，玛格丽特和她的丈夫在波城过着受人非议的生活。他们都有公开的情人，并且经常吵架。在1582年的一场病后，玛格丽特返回法国王室。但是亨利三世对她的声誉产生了反感，强迫她离开王室。经过很长的商谈，她被允许返回她丈夫的国家。但是她受到冷淡的接待。为了度过难关，她在她的封地阿让发动了一场