疆域最大时包括吐鲁番、哈密以及塔里木盆地。汗国版图的东达敦煌，南达吐蕃乌思藏，西南达博罗尔、巴尔蒂斯坦，与乌兹别克以费尔干纳谷地为界，北方以天山为界，与准噶尔相邻。
国名.17、18世纪当地作家着作中，有多个国名，其意均为“蒙古国”。近代多称“叶尔羌汗国”，中国学术界普遍接受并使用这一名称。欧洲史学家根据其早期统治中心在喀什噶尔，因此称为“喀什噶尔汗国”。波斯人则因其国是由成吉思汗后裔（蒙兀儿人）建立，因此称为蒙兀儿汗国。因为后来很多大城市由吉利吉思人管理，因此叶尔羌汗国有时被称