存空间正在不断收缩，另外越来越广泛使用的农药也威胁了他们的安全；朱鹮种群高度密集，至今只有一个野外种群，一旦爆发疫情很容易造成种群灭绝，另外自身繁殖能力低下与抵御天敌的能力较弱也是造成本物种濒危的重要原因。2014年5月28日，在中国大陆陕西省汉中市洋县被拍摄到王锦蛇攻击保护鸟类朱鹮的照片。
朱鹭的保护和人工繁殖.1986年在中国林业部的支持下，陕西省政府在洋县成立“陕西朱鹭保护观察站”专门负责朱鹮的保护与研究。从1993年至2003年，在陕西、北京等地共建立了十三个朱鹭保护地