基努斯之枪故意遗留在月球轨道、实行“亚当计划”等背叛SEELE的行为。SEELE对碇源堂的背叛行为早已察觉，并产生不满，认为「NERV已经成为了某人的私人机关」。TV版中，从SEELE在人类补完委员会的会议上质问碇源堂、绑架冬月、把第五适格者渚薰送至NERV本部、煽动日本政府出动战略自卫队攻击NERV本部等事件，可以看出NERV与SEELE之间渐渐明显化的紧张关系。
其他.
对人防御.NERV的成员会接受有关枪械使用的训练，并会在工作时候把手枪锁在