战不利，都督佥事陈瑄率水军附燕。随后，朱棣率燕军渡江，最终逼近南京应天府。谷王朱橞与李景隆开金川门变节，致使燕军进入都城。宫中起火，建文帝不知下落。
身后.燕王朱棣入京师应天府后，建文帝在宫中举火，皇后焚死，建文帝本人及其太子朱文奎则不知所踪，至今其下落仍是未定论的历史之谜。有称其从地道逃亡，也有别史称其离宫后出家为僧。朱棣入京后，先捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺及大批忠于建文帝的官员后，方称皇帝，是为明成祖。当时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为建文帝发丧，谥「孝愍皇帝」，庙号「