时对其开发、部署和管理则由美国司法部长负责。2003年1月，美国国土安全部正式投入运作，系统管理权亦随之转交该部。根据总统第五号令，安全警戒级别的确定应由国土安全部部长和总统安全事务助理商榷后做出。2011年1月27日，美国国土安全部部长珍妮特·纳波利塔诺宣佈国家恐怖主义咨询系统会于同年4月取代国土安全部警报系统。美国国土安全部发言人指出这个警报系统向人民提供「太少实用信息」，而国土安全部相信新系统必能向人民提供「具体的情况」，以及「这些情况将有一个肯定的结束日期」。
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