市长候选人而推荐为中共中央委员候选人，而中共中央决定由朱镕基出任上海市市长。1991年黄菊接替晋升副总理的朱镕基出任上海市人民政府市长，1994年晋升中共上海市委书记并进入中共中央政治局，长期执掌中国第一经济中心上海市的大权。2002年，黄菊成为中共中央政治局常委，2003年起担任国务院副总理、党组副书记。黄菊在媒体面前语调和缓，露面不多。他最后一次出现在国际场合是在2005年在瑞士达沃斯举行的世界经济论坛年会上。2007年6月2日2时03分，黄菊于任内病逝，享年69岁，成为继1992年李先念在全国政协