晚上6时半，孙手脚变冷，已不能再出声说话，医生説：已没有脉搏，请大家注意逝世时间；第二天上午3时，孙又醒来一次。3月12日9时30分，孙心脏停止跳动，唿吸停止，在北京逝世，享年58岁。同日12时30分，孙遗体移至协和医院进行防腐。孙临终前一日希望办基督教仪式葬礼，时值非基督教运动高涨。他嘱咐国民党各领袖，勿因宋庆龄的基督徒身份而歧视她。众人在商议仪式时产生极大争议，有人认为革命领袖不应受宗教利用。宋庆龄和孙科不顾中国国民党人之强烈反对，坚持在北京协和医院用基督教仪式为孙举行私人丧礼之后，才让中国国民党中