三年（1308年）持明院统的花园天皇即位时，尊治亲王被立为皇太子。在文保二年（1318年）因为花园天皇让位之故以三十一岁的壮年登基，同年阴历三月廿九（4月30日）即位。即位后的3年时间里由父亲后宇多法皇开设院政。根据后宇多法皇的愿望，后醍醐天皇将哥哥后二条天皇的遗子邦良亲王立为皇太子；并将自己的儿子降为亲王，否定了其皇位继承权。这引起了后醍醐天皇的不满，和法皇发生了矛盾。这也引起了镰仓幕府的不满，最终元亨元年（1321年）后宇多法皇的院政被废止，后醍醐天皇亲政。失去法皇这一保护伞的邦良亲王后来也没能即位。