受到绫波对真嗣的思念流入自己体内之后，开始追寻真嗣对他的感情。不过对于身边的人一个个消失而绝望的真嗣来説，他心想着绝对不再要任何朋友，但还是被渚薰所吸引。最终真嗣接受身为使徒的渚薰的瞬间，成了两人永别的时刻。
新剧场版.《福音战士新剧场版》系列是以新技术将《新世纪福音战士》系列再构筑为四部动画电影，虽然前期与原作有着相同的故事，但却走向全新的结局。其中碇真嗣也带有些许变化，真嗣被认为比电视版更加积极主动，渴望成长并且变得更加自信。尽管仍然怨恨他的父亲抛弃他，但在美里和绫波的推动下开