正式进行宗教改革。奥格斯堡加入施马尔卡尔登同盟。1548年在奥格斯堡的帝国大会上通过了一个解决宗教问题的过渡决议。七年后（1555年）通过了奥格斯堡和约，天主教于新教被平等对待。市内的天主教徒依然受奥格斯堡主教管理，他服从美因茨大主教。奥格斯堡归属巴伐利亚后奥格斯堡主教服从新设立的慕尼黑与弗赖辛大主教。最晚在威斯特伐利亚和约签署后奥格斯堡的新教徒获得了五座教堂。市内的新教徒一开始由市议会管理，在奥格斯堡归属巴伐利亚后他们属于巴伐利亚王国新教教会，这个教会一开始即包括信义宗的，也包括改革宗的教派。今