乙亥（401年6月28日），朝廷派冠军将军高素、右卫将军张崇之驻守石头城，辅国将军刘袭栅断淮口，丹杨尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃守备白石，左卫将军王嘏、领军将军孔安国屯兵中皇堂。征召豫州刺史、谯王司马尚之守卫京师。元兴元年（402年），桓玄进入京城后，将司马恢之和他的弟弟司马允之流放到广州，在路上将他们杀害。晋安帝复位后，追赠司马恢之为抚军将军。