威尔逊宫建于1873至1875年，原为国民旅馆（Hôtel National）。1920年，根据《凡尔赛和约》，国际联盟正式成立，并以此作为办公场所。1924年，为纪念刚刚去世的国联倡议者、美国前总统伍德罗·威尔逊，建筑改名威尔逊宫。1937年，日内瓦万国宫正式投入使用，国联方才迁出。此后数十年中，威尔逊宫由数个政府部门使用，后来重新成为旅馆。1980年代后期，建筑状况不断恶化，1985年和1987年的两次火灾对建筑结构造成了严重破坏。1993至1998年，瑞士政府和威尔逊旅馆集团公司对建筑进行了全面整