仁王向日本各地的源氏族人发出讨伐平家的令旨，赖朝与岳父北条时政举兵打败平氏军，佔据关东地区，以镰仓为根据地，积聚力量。后来攻灭堂弟木曾义仲的势力，1185年灭平氏。随后放逐并诛杀了有战功的源义经，强化了对诸国守护和地头的支配。1189年发动，攻灭了割据陆奥国地区的奥州藤原氏势力，统一全国。建久3年（1192年），正式出任征夷大将军，建立了被后世史学家称为鎌仓幕府的武家政权。由于过河拆桥杀死功劳最大的义经，使源赖朝在日本成为很不受欢迎的历史人物，后世不少创作都把他的形象化为妖魔鬼怪或是奸险卑鄙之反派人