惠帝倚任黄福。靖难之役时，朱棣制奸党二十九人名单，黄福位列其中。朱棣攻入南京应天府后，黄福迎附。李景隆指出黄福为奸党，黄福回答道：“臣固应死，但目为奸党，则臣心未服。”朱棣不予追问，恢复其官职。不久，升任为工部尚书。
永乐年间.永乐三年，陈瑛弹劾黄福不体恤工匠，于是被改为北京行部尚书。次年因事连坐，逮捕入锦衣狱，后被贬为事官。不久，恢复官职，因明军进攻安南，其负责总督军饷。安南平定后，明朝改安南为交趾，史称安南属明时期。朱棣命黄福以尚书头衔兼任交趾承宣布政使司布政使兼提刑按察使