，包含数个（通常只有两个）原子核。由此可衍生出成键、反键和非键轨道的概念：分子轨道法的基本要点，即LCAO-MO法的基本原则包括：除了遵照LCAO-MO的三条基本规则外，电子填充规则也适用于分子轨道理论：构筑原理、泡利不相容原理以及洪德规则。键级被定义为分子中成键电子总数减去反键电子总数再除以2得到的纯数，是分子稳定性的量度。键级大于零是分子存在的前提。
分子轨道的类型和符号.各种分子轨道具有不同的对称性，可依此将其分为σ、π与δ三种类型。