THE END OF EVANGELION》中，因为日本自卫队使用N²武器，使废墟人工湖直接被炸穿。最后在第三次冲击中，以黑之月为中心的地表完全被摧毁。
第2新东京市.第2新东京市（Tokyo-2）是在旧长野县兴建的用以取代旧东京市的日本新首都。旧东京在第二次冲击的一周后被新型炸弹毁灭，日本临时政府决定建设第2新东京市。于2001年动工、2003年执行首都机能。
东京.故事中曾展现部份水底下被毁的东京。在第二冲击引起的战争中，东京被投下第一枚N²炸弹而遭破