参谋的东征军以萨摩、长州等藩兵为主力，相继从京都出发。3月12－13日，东征军诸路接近江户，决定3月15日发起总攻。幕府主战派要求决一死战，但幕府重臣胜海舟看到了民心向背的严重形势，与萨长军统帅西乡隆盛谈判成功，劝说德川庆喜投降。4月21日，新政府军和平接收江户，软禁德川庆喜，但德川家得以延续。此后内战扩大到东北地方。政府军先后平定了彰义队、奥羽越列藩同盟、虾夷共和国等旧幕府残余势力。
东北列藩的抵抗.8月的会津战役是戊辰战争中的一场关键战役。政府军3000人迂回突袭会津藩的若