定义仍然有着太多的矛盾。这一原则在世界上也有诸多争议，如有反对者称此原则容易造成国家分裂、民族仇恨等，甚至可能会造成1990年代在克罗埃西亚战争中对塞尔维亚人的种族清洗。甚至有研究者认为，如果人民内部的观点不一致，那么自决是造成国内冲突的根源。第二次世界大战结束后，许多殖民地国家以自决为理念基础进行了全民公决，从而获得了国家独立，但是自第三波民主浪潮，特别是1990年代以来，民族自决运动开始危及到一些独立国家的领土完整（如印度北部的克什米尔独立运动），有的主权国家甚至爆发内战，进入分裂状态（如南斯拉夫内