南京国民政府合作，苏联开始积极扶植遭盛世才压迫的新疆各少数民族人士，组织各种武装及政治组织。1944年9月，盛世才因试图再度投靠苏联斯大林而被国民政府调离新疆。他的调离使新疆暂时出现权力真空，新疆北部爆发了多个起义。11月7日，起义部队开始攻打伊犁的首府伊宁，不久即取得胜利。11月12日，伊犁解放组织在伊宁成立东突厥斯坦共和国临时政府。伊宁沦陷后，极端民族主义者对当地汉族民众进行了大规模的屠杀，造成极其惨重的伤亡后才被临时政府制止。面对东突政权的反汉政策及对异教徒或者卡菲尔的抵制，迪化的国民政府当局通过中国