托辉特部统治直至17世纪。和托辉特部消失可能是和瓦剌持续的战斗。图瓦成为准噶尔的一部分。
清朝统治.清朝在通过与准噶尔的一系列战争此地建立统治。1757年后清廷将乌梁海人纳入统治，1762年，清设置唐努乌梁海四旗总管，总管下辖唐努旗等5旗（1764年增编1旗）、46佐领，乌里雅苏台将军定期派遣蒙古官员收取贡赋。在中俄《勘分西北界约记》的附约《乌里雅苏台界约》中，划定了唐努乌梁海西部边界，设立8个界牌。19世纪，俄国开始向此地进行移民。1860年《北京条约》清朝允许俄罗斯人前往乌