994年2月1日，91岁的蒲敏道神父辞去副主教职务，由吴终源神父接任。1996年4月29日，蒲敏道神父辞去圣心教养院长职务，转任“宗教辅导师”，院长由中华圣母修女会高慧琳修女接任。2002年7月23日，蒲敏道神父在耕莘医院逝世，享年99岁。民进党秘书长张俊雄将蒲敏道神父誉为“最值得尊敬的台湾人”。