侯岐曾同取秀才，又“江南三凤”之誉。十二岁时随父赴苏州虎丘铁花庵读书。雅好诗文，工书法，万历四十六年（1618年）中式第三名举人。天启五年（1625年）乙丑科进士，授南京兵部武选司主事。崇祯七年（1634年）兵部尚书张凤翼荐为职方郎中，力辞不就，乃改南京吏部文选司主事。由稽勋司郎中迁江西提学参议，再迁广东副使，未就任。起为浙江右参政，分守嘉兴、湖州。李自成陷北京后，隐居紫堤村。南明弘光朝授左通政使，推辞不就。南京失陷后，避居嘉定。弘光元年（1645年）闰六月十七日，侯峒曾与黄淳耀、董用圆、张锡眉等在嘉定