失败窜居海岛，元宗在开京重新登上了王位。不久近卫军的宋松礼及洪奎等人煽动三别抄军发动政变，杀死了林衍的儿子林惟茂，将其家属执送元大都。长达100余年的武人时代结束。在蒙古的授意下，元宗试图解散三别抄军。随后裴仲孙、金通精等人率三别抄军在江华岛叛乱，据珍岛，拥立承化侯王温为王，公然与高丽朝廷对抗。最终高丽与蒙古联军攻陷了珍岛，剿灭了三别抄军的叛乱。在元宗统治期间，蒙古试图以高丽为跳板征服日本。高丽被迫为蒙古提供兵力、战船、粮草等以为征讨日本作准备，加重了税收。1274年，元宗在远征日本的前夕逝世。