817万票成功连任，同年5月20日正式展开第二次任期。中华民国总统领导中央政府各机关，除掌握行政院院长与考试院各部会首长官员的任命权与考试院考试委员、监察院监察委员与司法院大法官之提名权之外，并且监督行政院各部会首长官员（内阁）的组成，行政院内阁为林全内阁、赖清德内阁、第二次苏贞昌内阁。由于民进党在2016年中华民国立法委员选举后成为立法院多数党，而立法院院长及立法院副院长均由各届立法委员之中互选产生，因此院长为苏嘉全、副院长为蔡其昌（均为民进党籍），两人自2016年2月1日任职至2020年1月31日。