后即回撤备战，但仍不敌日方的强大武力，身为起事领袖的莫那·鲁道饮弹自尽，参与行动的各部落几遭灭族，数百位族人在宁死不屈下集体自缢，余生者则被日方强制迁至川中岛（今南投县仁爱乡西北端的清流部落）集中居住与管理 。该事件爆发震惊日本政府与国际社会，除了使台湾总督府的理蕃政策遭到重大挑战，并造成时任总督石冢英藏、总务长官人见次郎等高层官员引咎去职。雾社事件是台湾人在日治时代最后一次武装抗日行动（汉人在西来庵事件后已放弃武力斗争，改採社会运动模式）。虽然在1896年日本佔据至1920年间，台湾原住民死士先后发动