发在事件后受到延迟，评论猜测与中港两地政府不满意其言论有关。最终他于1999年11月被调回台湾，升任行政院大陆委员会副主任委员。
政党轮替后.2000年5月政党轮替，郑安国出任国民党智库国家政策研究基金会政策委员，于2002年与苏起共同主编《一个中国，各自表述」共识的史实》。之后，郑安国于2004年10月起，担任台北市长马英九办公室主任。其后因市长办公室承办科员余文报销市长特别费过程有行政疏失，郑安国为负起监督不周责任辞职。