资料显示屏而比E257系提高105mm。而为了方便乘客上下车，E259系降低车厢离地面高度（253系：1,190毫米，E259系：1,140毫米），令车厢与月台的高度差缩短至40毫米。车门採用单趟门设计，宽935mm（有效宽度926mm），方便使用大型行李箱的乘客。普通车厢在两端均设有车门，而绿色车厢则只有在近驾驶室一端设有车门。侧面车窗为一块连续车窗，高度从253系的600mm扩大至750mm。E259系的车头形状和253系有很大分别——E259系採用类似 E351系的高驾驶室设计，以令列车连结时乘客