《日本书纪》称，天皇乃是太阳神天照大神之后裔，此理论成为日本君权神授的依据。旧时日本史书一直宣称天皇是「」，即所有天皇都来自同一家族，日本历史上，皇室从来没有出现过家族更迭。事实上，中古时期的日本小国林立，最后由位于本州岛中部（奈良县）的倭朝廷实现统一，倭（）也就成了日本的别称。倭朝廷成立前出现过多次王位的争夺，而当时历史纪录靠史官口头背诵，没有留下可供佐证的文字史料，然而东亚国家中除中国之外，存留有最早文字史料的国家即是日本。韩国的《百济记》、《百济新撰》、《百济本记》据传比日本书纪早，却除了《日本书纪》