之一，与其他真菌界的生物呈姐妹群。隐真菌与其他真菌最大的差异是它们生长时缺乏以几丁质组成的细胞壁，但其基因组中仍具有的基因，且显示其的内壁有发现几丁质 。因为缺乏细胞壁，隐真菌可以吞噬作用取得养分，有别于其他真菌只能行，即分泌酵素到胞外分解有机物后再以扩散作用吸收养分。隐真菌门生物的生活史仍不是很清楚。
发现历史.多数隐真菌门的生物无法在实验室用培养基培养，因此迟至DNA定序技术普及后，才由分析淡水样本中的微生物DNA序列而渐渐发现，种系发生学的分析显示隐真菌形成了一个独立的支序，