佔据中国东北地区，在清廷与各国议和后，俄国仍然不撤兵。1901年，高峰让吉首次分离出肾上腺素。1901年4月29日，皇太孙迪宫裕仁亲王（昭和天皇）出生。1902年1月30日，日英双方结成同盟，日英两国希望借盟约钳制俄国和德国在远东的发展。1904年，长冈半太郎提出了早期的原子行星模型，称为，建议电子的轨道就像土星环。，该模型后来被玻尔模型取代。
日俄战争.1904年日俄战争爆发，日本取得决定性胜利，但由于战争导致财政恶化，而俄国亦爆发血腥星期日革命事件，两国要继续战争都很困难。19