同执掌朝政，两派勾心斗角，严重对立。二条天皇所依赖的朝臣为藤原伊通和平清盛两人。平清盛的夫人平时子是二条天皇的乳母，二条天皇将平清盛昇为检非违使别当、中纳言，让他执掌兵权以为后盾。应保元年（1161年）9月，后白河上皇与平滋子生下了宪仁亲王（后来的高仓天皇）。二条天皇发现上皇欲立宪仁为太子，立即将院政派的主要人物平时忠、平教盛、藤原成亲、藤原信隆罢免官职，并废除了上皇的院政。次年召还了亲政派的藤原经宗等人，并将院政派的平时忠、源资贤等罢官流放，巩固了自己的统治地位。此后，二条天皇大刀阔斧地进行改革，