更多的理论认为鸟类的祖先是鳄形超目或槽齿类，比鸟类祖先为恐龙或其他主龙类的理论还多。在20世纪早期，格哈德·海尔曼（Gerhard Heilmann）出版了一本书，《鸟类起源》（"The Origin of Birds"）。海尔曼根据恐龙缺乏叉骨（接合的锁骨），而认为鸟类与恐龙间没有关系，他进而假设鸟类演化自鳄形超目或槽齿目的祖先，而非恐龙。后来发现的恐龙化石则发现了锁骨或叉骨，例如1924年发现的偷蛋龙，但在当时被误认为是间锁骨。在1964年，约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）叙述了平衡恐爪龙（