联盟各部门使用的电脑操作系统百分之百是微软和其它外国公司的操作系统，虽然没有证据说明美国的计算机软件公司和通讯公司在这场信息战中向美国军方提供了某些后门或计算机病毒，但如果有自己独立的电脑操作系统及相应的软件，在信息战中将比较不容易受到攻击。于是中国科学院软件研究所奉命研制基于Linux的自主操作系统，并于1999年8月发布了红旗Linux 1.0版。红旗Linux最初主要用于关系国家安全的重要政府部门。2000年6月，中国科学院软件研究所和上海联创投资管理有限公司共同组建了北京中科红旗软件技术有限公司