用户群支持来说是个负担，并给了欺诈用户更多的操作空间。TOTP代号的有效期会长于屏幕上显示的时间（通常是2倍或更长）。这是对认证双方的时钟可能有较大幅度偏移而作出的让步。所有基于一次性密码的认证方案（包括TOTP、HOTP和其他方案）都会暴露于会话劫持当中，比如可以在登录后强征用户的会话。尽管如此，TOTP仍然比单独使用传统静态密码验证的安全性强很多。上述的一些问题也可以通过简单的方法解决（比如为防止暴力破解，可以增加TOTP的位数，或者使用多个TOTP同时验证）。
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