任教于南京高等师范学校农科。1921年夏，南京高等师范学校改组为国立志南大学，并在原来农科下设立中国首个校园艺系。吴耕民出任副教授，并兼任主任。期间吴耕民并在金陵大学授课。1927年，参与创设国立浙江大学农学院，并出任教授，兼任系主任。1929年，赴欧洲诸国考察农学、园艺学。1933年秋，北上出任青岛农林事务所特约研究员。1934年，在山东大学农学院创立园艺系，出任系主任和教授。1935年，在西北农林专科学校建立园艺系，担任系主任和教授。
逸事.吴耕民精通日语、英语、法语三种