的临济寺钟楼及大雄宝殿等木造结构，都有遭白蚁侵蚀的严重问题。文化局自2000年开始编列古蹟维护补助经费。2001年纳莉台风时，破坏更为严重，寺方委请日本匠师抢修钟楼门，2001年12月22日举行卸瓦法会，有龙应台、庄永明、薛琴、郭中端等人参加。整修木材以宜兰的桧木为主，黑瓦片产自名古屋。修复耗资新台币8575万，其中文化局补助1085万，其余为寺方自行筹措，以及日本资助。2007年10月19日举行上梁仪式，2008年8月27日举办大雄宝殿修复落成典礼。2013年，文化局提出都市计画变更，将寺地变更为古蹟