以浏览《汉魏丛书》为乐。十三岁着《广韵姓氏刊误》，又笃嗜金文，十八岁着《白虎通校补》。同治六年（1867年）中举人。光绪十二年（1886年）任刑部主事。光绪三十一年，被骋为京师大学堂教习，光绪三十三年，征为礼部礼学馆总纂，其所着《契文举例》是第一部研究甲骨文的着作。与俞樾、黄以周合称“清末三先生”。有“晚清经学后殿”、“朴学大师”之誉，章太炎赞誉他“三百年绝等双”。光绪元年，三应春闱不第，遂埋首读书，光绪三十四年五月二十二日（1908年6月20日），以病卒于家，终年六十一岁。
着述.