对石炭纪的内部分类各个地区使用非常不同的系统，这些不同的系统在其使用地区和传统中却相当稳定。在西欧石炭纪一般被分为上下两个亚纪，在美国分密西西比纪和宾夕法尼亚纪，在俄罗斯分上中下三个亚纪。古生物学上的细节划分一般使用海生动物：䗴类、头足类、腕足动物、珊瑚等。陆地植物也被用来对晚石炭世作细节划分。
古生物.
植物.石炭纪，尤其是石炭纪晚期可以被称为是蕨类植物的时代。蕨类植物森林的规模可以从今天石煤层的规模中看出来端倪。这些在今天成为石煤的植物当中最主要的是：