最早的正式研究为1873年，Peyritsch纪录了五个属，共12种物种，并将这些物种归入中。1890年至1932年，美国真菌学家做了许多关于此类真菌的研究，他描述发表了103个属，共1260种物种。虫囊菌纲的分类地位传统上多有争议，曾被归入子囊菌门、担子菌门与接合菌门，甚至还曾被认为属于棘头动物门，或与红藻关系接近。1998年，英国生物学家汤玛斯·卡弗利尔-史密斯将本纲类群与虫霉菌目、、、等归入古真菌门（Archemycota）的一个纲Zoomycetes中。后来才由分子证据确定虫囊菌纲属于子囊菌门。