后，回到武昌，任武昌市政筹备处处长。1946年10月，武昌市政府成立，杨锦昱于1946年10月至1949年3月任武昌市市长。此后任汉口市政府秘书长，任内接受吴忠亚（受中共江汉二地委城工部部长邱肱良、中共天、京、潜县委城工部部长林涯萍委托）的策反，投向中国共产党方面，同警察局长李经世、警察总队长胡武一道，为武汉的“反逃亡、反搬迁、反破坏”工作作出了贡献。中国人民解放军攻占武汉后，杨锦昱被派往重庆国统区从事策反工作，但因有国民党特务跟踪而未果。1949年底，杨锦昱携妻赴香港定居，1970年代病逝。