日本－南非关系，是指历史上的日本和南非，以至当代日本国和南非共和国之间的双边关系。两国早在17世纪便有商贸往来，并在1910年建立外交关系。日本亦是南非的重要商贸伙伴之一。2012年，南非是日本在非洲的最大贸易国。
历史.日本和南非的关系，可追溯至1643年开普敦发现者扬·范·里贝克抵达长崎出岛。荷兰东印度公司驻日代表陪同里贝克出访。七年后，里贝克提议卖出南非野生动物到日本。1898年，南非首间日资商店「天皇商店」在开普敦开业，直至1942年因财产被南非政府充公而结业。1904