并改称「义民庙」。北港溪一如台湾其他溪河，非潦即旱；加上河道日益淤浅，离海愈远。1750年因河道南移，将古笨港街一分为二。北街（即北港镇）商业繁荣，南街（今嘉义县新港乡）则为官衙兵营所在地。至日治时期，海关撤站始丧失贸易功能。但仍为农产品集散中心，日治时期糖厂的设立对北港近百年来的经济亦带来不少助益，朝天宫的建庙、妈祖信仰的广泛流传，使得北港近三百年来成为台湾远近驰名的港镇。行政区划方面，日治时期，北港镇范围原属斗六厅（后嘉义厅）的大槺榔东顶堡，1920年成立北港街，属北港郡，定型现今的北港镇范围。