对伊拉克利翁进行了长达22年的围攻，血腥的战争使30,000克里特岛人和120,000土耳其人死亡。威尼斯人最终于1669年投降，奥斯曼帝国占领城市并其及整个克里特岛更名为“Kania”。后来，伊拉克利翁港逐渐淤塞，奥斯曼人将大部分生意都转到了岛西部的哈尼亚。1898年，奥斯曼人撤离，伊拉克利翁获得独立。1913年，城市成为希腊王国的成员并更名为现名，意为赫拉克勒斯之城（City of Heracles）。
基础设施.伊拉克利翁是重要的海运港口和渡口，人们可以在这里乘渡船前往锡