方同意每个岛都有一个自治政府，而之上则有一个三岛联合政府。2005年初，科摩罗通过了一部法律以界定三个自治政府以及联合政府的职责，该法律目前已在实施。2006年5月16日，科摩罗全国选举委员会宣布，在14日举行的总统选举第二轮投票中，艾哈迈德·阿卜杜拉·穆罕默德·桑比得票率为58.14%，当选科摩罗联盟新总统。
政治.科摩罗的政体是联邦结构下的总统制和地方分权制，联邦的立法权同时属于政府和国会。科摩罗总统同时是国家元首和政府首脑，宪法赋予三岛的每一个都有自己的总统处理岛内事