但是中华民国政府延续了日本殖民时期的作法，例如以行政长官公署来取代台湾总督府，使部份台湾人将中华民国视为外来政权。学者陈绍馨指清代台湾的汉人社会是「农业殖民」。 战后初期实行集军政大权于一体的「行政长官公署」制与日本时代的总督府性质并无二致。作家叶石涛与史明指出台湾近四百年来有五次被殖民（荷、西、清、日、中）的惨痛记忆。学者李筱峰表示台湾历经荷兰、西班牙、郑氏、满清、日本、再到中华民国，哪个阶段不是殖民统治？清帝国以武力取得台湾，使原本南岛民族的台湾成为一个移垦社会，除了「政教不及」的原住民区之外，属于「拓