非标准的遗传密码.虽然遗传密码在不同生命之间有很强的一致性，但亦存在非标准的遗传密码。在有「细胞能量工厂」之称的线粒体中，便有和标准遗传密码数个相异的之处，甚至不同生物的线粒体有不同的遗传密码。支原体会把UGA转译为色氨酸。纤毛虫则把UAG（有时候还有UAA）转译为谷氨醯胺（一些绿藻也有同样现象），或把UGA转译为半胱氨酸。一些酵母会把GUG转译为丝氨酸。在一些罕见情况，一些蛋白质会有AUG以外的起始密码子。真菌、原生生物和人以及其它动物的粒线体中的遗传密码与标准遗传密码的差