箱等一人控制专用设备，以及设置半自动车门。车门上方设置LED显示幕。
驾驶设备.驾驶设备以313系四期车为基础设计，将零组件共同化，因此KiHa 25型成为JR东海第一款使用单一把手控制方式的柴联车。列车的铁路安全装置採用自动列车停止装置（ATS）当中的ATS-S、ATS-P以及紧急列车停止装置（EB）、紧急列车防护装置（TE）皆在车辆出厂时设置。
转向架与动力机械.列车引擎採用康明斯N14ER系列（JR东海内部形式：C-DMF14HZD型）电子控制燃油型