该实验室最早是交通部电信研究所（中华电信研究院前身）于1969年成立的「时间与频率标准实验室」，从1974年12月开始受中华民国经济部委託来负责国家标准时间的测量与授时工作。
历史.以台湾时区而言，1945年以前日治时期使用日本标准时间。中华民国政府在1949年撤迁台湾前，将全国划分为五个时区，而其中的「中原时区」和后来的国家标准时间均较世界协调时快八小时。当时是由中华民国内政部主管时区的相关事务，中央研究院等机构负责实际的授时工作。1945年至1979年间，中华民国政府曾