国立自然科学博物馆服务，并于1998年起担任人类学组主任。任内对于台湾中部的史前文化进行深入的发掘及研究，包含鱼寮遗址、惠来遗址、中社遗址、南势坑遗址、大马璘遗址、水蛙窟遗址、营埔遗址、鹿寮遗址、古笨港遗址，以及玉山国家公园遗址等等。何传坤也曾推动台湾更新世动物化石的研究，促使两岸学者开始关注并进行澎湖海沟及左镇动物化石的研究。
逝世.2015年4月26日下午，何传坤偕妻子至台北市内湖区碧湖公园附近运动，不久失踪。4月30日，同事于该处扩大协寻，并于环山步道一带找到何传坤的遗体。