东风5型柴油机车通过铁道部鉴定，并交由四方机车车辆厂投入批量生产。2002年起，按照通用化、系列化、模块化、标准化的原则，南车四方机车车辆股份有限公司研制出第三代的东风5型柴油机车并投入批量生产，第三代车型装用1,800马力（1,324千瓦）的8240ZJC型柴油机，并采用了铁道部标准化司机室、无刷励磁同步发电机、交流辅助传动系统、以可编程控制器为核心的机车控制系统等新技术。至2006年停产为止，唐山机车车辆厂、大连机车车辆厂、四方机车车辆厂共生产了超过1,100台东风5型柴油机车。Section:::