832年，厄瓜多尔共和国从西班牙手中夺得了这些岛屿的主权，并随后给它们起了正式的西班牙文名称，但旧的名称仍在英文出版物中使用，这些群岛上的生物独特性，启发了1835年9月来访的达尔文，使他对物种可能的真正起源重新深思，进而成为二十多年后达尔文发表《物种起源》的开端。由于岛上的自然环境独一无二，厄瓜多尔政府于1959年将群岛列为国家公园加以保护。1978年，被列为世界上第一个世界遗产。2015年7月，美国最畅销的旅游杂志《Travel+Leisure》评选2015年世界上最棒的小岛，加拉帕戈斯群岛夺冠