S/11S/22S/12S型（1998年-2003年）.1998年 - 10月7日大改款的第二代Wagon R问世，造型设计延续第一代的风格，但是修饰得更圆润。内装质感更为提升，回转半径从4.6公尺缩成4.2公尺。为了方便与OEM和衍生车款共用零件，方向盘、轮圈盖等处皆无铃木的商标。由于积极导入直接点火系统（direct ignition system），除了沿用前代的F6A型引擎外，也搭载新开发的658c.c.直列三缸DOHC K6A型引擎。前者原厂代号为MC11S型，后者则是MC21S型。10月13日