1933年，旅沪的宁波富商叶子衡捐出江湾叶家花园，兴建澄衷肺病疗养院（上海第一肺科医院前身），颜福庆兼任首任院长。1938年，颜福庆被调至武汉，任国民政府卫生署署长。次年辞职回到上海。1951年，上海医学院改组，颜福庆被任命为副院长。1966年“文化大革命”期间，颜福庆受到迫害，家门口被刷上‘打倒反动学术权威颜福庆’的大标语，从此卧病不起。一位工宣队员曾要求颜自杀以谢人民。颜要求死后捐献遗体，被拒绝。1970年11月29日在上海逝世，病危时被家人送往其创办的上海中山医院，但院方冷酷拒绝收治，不久颜病逝。