虽然纳吉布拉和从小就结识的艾哈迈德·沙阿·马苏德是政敌，但马苏德仍两次提供机会帮纳吉布拉逃离喀布尔。纳吉布拉因相信塔利班会饶他一命，不会杀害他而拒绝了这个提议。1996年9月27日，塔利班士兵闯入联合国驻喀布尔办事处，将纳吉布拉从里面拖出来，指责他信奉无神论、背弃伊斯兰教、违反神的意愿、使阿富汗陷入混乱，将他当众阉割，然后被拴在一辆卡车后面拖着游街示众直至死去，年仅49岁。他的血腥的尸体被悬挂在红绿灯上示众以昭示“一个新时代的来临”，他的嘴里被塞满了钞票，所有手指都被砍掉，塔利班士兵将雪茄插在他手指的位置。