、丝状病毒、星状病毒、小RNA病毒、腺相关病毒、圆环病毒、唿肠孤病毒等。
分类.过去，分类学家依据体型将翼手目可以分为两个亚目：大翼手亚目和小翼手亚目，又被称为食果蝠和食虫蝠。正如它们的名字，前者体形较大，多以水果为食，如着名的狐蝠，翼展可达90釐米之巨；后者体形远较前者为小，除了食虫外，还有食肉和血，不过也有与大蝙蝠亚目食性相同的成员。后来的基因分子研究显示，这样的分类无法反映蝙蝠之间的真正亲缘关系，于是依分子研究结果，重新将翼手目整理成两个亚目：阴翼手亚目及阳翼手亚目。