提倡学生独立思考，他教的文史和伊斯兰教课程均由他自己编印教材和讲义，他还推动伊斯兰教经堂教育改革，率先在国内采用新教学方法教授阿拉伯语和宗教学。抗日战争胜利前夕，他到昆明继续翻译《古兰经》及其他译着。1945年抗日战争胜利后，由北京大学、清华大学、南开大学组成的西南联合大学分别迁回北平、天津复校，1946年马坚获聘为北京大学教授，成为北京大学东方语言文学系的创始人之一，并在该系建立了阿拉伯语专业，使阿拉伯语在中国首次进入高等教育，奠定了中国阿拉伯语教学的基础。至1949年，北京大学出版部和商务印书馆已先