。1949年以后随中央研究院迁居台湾，为研究明清史专家。1965年至1970年担任行政院国家科学委员会讲座教授，1982年当选为中央研究院院士。主要研究明清政治史与法制史、中国上古史、经学与宋明理学，其整理辑校《明实录》与《明代律例彚编》两套重要史料更是相关学者研究必备之专着。其关于戊戌变法的研究，受到学界批评。晚年与朱浤源及民间人士武之璋召集主持「二二八研究增补小组读书会」，对《二二八事件责任归属研究报告》提出反驳，出版《二二八事件真相考证稿》。2010年2月4日，中华民国总统马英九颁褒扬令。