琴酒从背后偷袭将他击昏，并灌下代号为「APTX-4869」的毒药。后来他虽然倖免于死，但身体就此缩小成7岁小学生的模样，因而寻求阿笠博士的帮助。然而毛利兰为了寻找失踪的新一也来到他家，于是在情急之下化名为江户川柯南。在阿笠博士的建议下，寄住于私家侦探毛利小五郎家中，并对任何人保密自己的真实身分，并借由平时的案件调查找寻有关黑暗组织的线索。
在衍生作品中.作为主角，他出现在《名侦探柯南》及其改编的大部分动画、电影、OVA、电子游戏、漫画特别篇和真人电视剧中。