乡试第二名。正德六年（1511年）辛未科进士第三甲第一百一十八名。由庶吉士授检讨。明武宗游幸宣化、大同时，元正作《五子之歌》以讽之。嘉靖三年（1524年）爆发「大礼议」事件，王元正与杨慎等二百多人死伏左顺门，撼门大哭，哭声响彻殿庭。杖死者十六人。谪戍茂州（今四川茂汶羌族自治县），卒于任上。隆庆初年，赠修撰。
家族.曾祖父王荣，赠知府；祖父王玺，知府封右通政；父亲王傅，曾任太㒒寺卿。母赵氏 （封恭人）。