研究的大旗，引入了田村实造、宫崎市定、佐伯富、那波利贞等一批学术精英，巩固了「京都学派」在史学界的学术地位。1936年羽田亨当选为帝国学士院院士、1938年12月成为教育审议会委员。1938年11月，京都帝国大学校长滨田耕作博士突然辞世，羽田亨被文部科学省任命为京都帝国大学第12任校长。 1943年，日本在第二次世界大战前线告急，羽田亨在一场学生入伍践行仪式上表示：“各位，安心走吧，望平安归来，学校的大门永远为你们打开，等候着你们。”许多学生流下了眼泪。据后来统计，在学生入伍仪式上，京都大学的在校生共有