信设施受创。1945年年初，日方重整台湾部队，第二台南航空队遂因而解散，而后在该年2月5日于台南成立。另外在二次大战期间，日军在新丰郡归仁庄设置机场，但设备简陋，应为台南机场的预备机场。
菲律宾与荷属东印度.1941年（昭和16年）10月1日，台南海军航空队正式在台南州台南市成立，归属于第二十三航空战队，部队的第一个指挥官为新乡英城。队里不少驾驶员都已经历过第二次中日战争的洗礼。在太平洋战争全面开始前，部队里拥有拥有45架零式战斗机和12架九六式舰上战斗机。1941年（昭和