50.4%白人、0.2%黑人、46.80%土着、0.3%亚洲人和2.3%混血构成。而西班牙裔或拉丁美洲人仅佔人口4.4%。
2000年.根据2000年人口普查，圣胡安县拥有14,413居民、4,089住户和3,234家庭。。其人口密度为每平方英里2居民（每平方公里1居民）。圣胡安县拥有5,449间房屋单位，其密度为每平方英里1间（每平方公里0.3间）。圣胡安县的人口是由40.77%白人、0.12%黑人、55.69%土着、0.17%亚洲人、0.03%太平洋岛民、1.70%其他种族和1