古蹟的书院正殿及拜殿全部倒塌。同年11月1日，管委会开会决定在拜亭先建简易建筑，供神像遮蔽，等内政部处理是否解除或维持古蹟，再设法作进一步建设。镇长许琼聪在同月18日同意重建。2000年1月3日，内政部核定文物清理纪录费新台币一百五十万元，5月委託中原大学办理文物清理与保存工作，10月21日追加预算核定补助500万元。2001年1月完成清理工作，清出文物达七百多件，堪用部分达百分之七十，存于员林果菜市场，并在3月委託中原大学办理清理文物整修维护计画。但因文物存放果菜市场铁皮屋内，环境不良，经由县长翁金珠