塞尔维亚人和克罗地亚人也相继进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪内，波斯尼亚以及黑塞哥维那地区多次分属周围的各个国家。1377年时特弗尔特科·科特罗曼尼奇（）建立了一个独立的波斯尼亚王国，但1463年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被奥斯曼帝国所併吞。在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。并规定凡是穆斯林，可进入上层社会；农民如改信伊斯兰教，可免交某些捐税。过去的学者认为，在现今波士尼亚与赫塞哥维纳境内的穆斯林族大多是由于这种政策所造成的。然而近年来的研究则认为波斯尼亚人