较多，约佔80%。功能性消化不良原因不明，通常没有证据证明器官疾病是病症肇因，但可能与生活节奏、饮食习惯等有关，诸如精神紧张、暴饮暴食、饮食不定时、缺乏运动、吸烟和酗酒等都容易引起消化不良。结构性消化不良则与其他消化系统疾病包括胃溃疡、十二指肠溃疡及胃癌有关。
治疗.处理消化不良一般会使用含消化酵素的药物，由多种酵素组合而成，可加速食物消化，消除肠胃不适；另外，又可视乎情况处方制酸剂药物。进一步检验包括幽门螺旋菌检查、胃镜及超声波检查等，以确实找出病因。