年6月16日（同治四年）英国长老会的马雅各医生抵台，1872年3月7日（同治十一年）加拿大长老会的牧师马偕牧师抵台。此时期的传教工作初期常受到汉人暴力反抗，不时发生破坏教堂以及杀害教徒的事件，直到樟脑战争后传教士才有相对安全的环境，并且传教工作逐渐走向政教分离（如公开反对英国当局的鸦片贸易），传教语言主要使用白话闽南话，信仰核心为加尔文主义，以教育和医疗作为传教工作的基础建设，现存的有新楼医院、马偕医院、淡江中学、真理大学等。
日治时期.此时期的基督教延续马雅各与马偕的长老会传教工