但大到朝鲜之役，小到顺天府祈雨，均由皇帝在内宫作出，并发各部门直接执行。
驾崩.萨尔浒之战后，辽东失陷，神宗郁郁寡欢，焦劳国事。万历四十八年（1620年）四月，皇后王喜姐病逝，明神宗在众大臣的催促下，已无心思为皇后操办葬礼。万历四十八年七月二十一日（1620年8月18日），神宗皇帝驾崩于紫禁城弘德殿内，享年五十八岁。临终前遗诏指出大臣应勉以用心办事，以及废矿税，起用建言而得罪的官员，并要求册封郑皇贵妃为皇后等。朝鲜一国为此举哀。皇太子朱常洛立即发内帑（皇帝私房钱）百万犒赏边