神宗让群臣商议，沈一贯奏言“不廷杖刘元珍，公议不可息”。刘元珍遭廷杖，钱梦皋等留用，贬刘元珍一秩（十年）并充边。吏部员外郎贺灿然、南京御史朱吾弼等继上疏，意京察因沈未能奏效。兵部主事庞时雍上疏陈沈罪状。明神宗大怒，贬庞时雍、贺灿然和刘元珍三秩充边。御史侯庆远、李冉等人欲救，明神宗再将刘元珍等削籍除名，并免钱梦皋等人职，仍留沈一贯为内阁首辅。万历三十四年（1606年），南京吏部给事中陈良训、御史孙居相再次上疏弹劾沈。是谓“京察之争”。沈一贯获准致仕回乡后，明廷中党争仍不息止，京察一事也一闹再闹。万历四十五