出入口则设在大堂层（C层），而西铁线月台（往屯门及红磡）则设在P层位置。
大堂.尖东站大堂位于梳士巴利道地底，南面为收费区，设有多组扶手电梯及楼梯连接月台。商店则位于大堂西面非收费区及行人通道旁，包括便利店、面包糕饼店、咖啡店、书店、花店、银行及速递等。此外，尖东站也有不少自助服务设施包括自动柜员机、自动售卖机、自动照相机等供乘客使用，以及香港邮政邮箱，方便乘客在车站内投寄邮件。
月台.尖东站曾经是东铁线唯一的地底车站；设有两个月台，以一个岛式月台设计排列