995年由中央研究院历史语言研究所陈仲玉教授所发掘的“东沙遗址”，位置在东沙岛内潟湖的北岸，该处在数百年前应可停泊小船或舢舨。虽然没有发现明显居屋的遗蹟，但从出土的铁钉可窥知可能有临时性木造建筑。遗址至少有50公尺长，20公尺宽的范围，其有明显的火、火堆木炭、煤渣、打火燧石、动物骨骸等，显然有炊食的活动，绝非临时的小型露营场地。从出土大量陶瓷片及文化层约20釐米厚等现象推测，古代先民的佔居时间并非短暂。另从出土的青花瓷器观察推断，约为清代中叶期间之遗物；调查亦发现岛外水深2公尺处有一批古钱币，且唐代至明初期