练组封杀部分相对高薪老球员以少付工资，黎斐亦因战术原因比过去少了出场机会。2009年1月，深圳队17名球员集体罢训，在深圳足协索要薪水并要求上榜转会，黎斐最终与深圳足球俱乐部达成共识，留队继续征战2009赛季中超。2010年赛季，黎斐被时任主帅高歌奇立为中场核心和队长，他也打出了一个出色的赛季。2011年，黎斐一度因伤淡出深圳红钻的主力球员位置，虽及时复出参加保级战，但因与特鲁西埃关系恶化，只能在边路出任替补，无力回天。赛季末还卷入莫须有的7君子罢训事件：7名球员代表自己与全队向俱乐部讨要未结奖