938年与华南三育研究社在沙田合併，更名中华华南三育研究社（），但在香港註册时仍称华南三育研究社。其后，学校获香港政府批准以私产方式出售西贡清水湾道共1,374万平方呎作为永久校址，首期建筑于1939年完成，迁入新址后仍继续与中华三育研究院合办。太平洋战争于1941年爆发，学校又迁回广东省老隆继续校务，战时仍然进行及发展教育工作。战后由于香港的校舍仍然被英军借用，未能即时迁回香港，临时迁回广州东山，将「三育卫生食品厂」的建筑物改建为临时校舍，直至1947年才返回香港清水湾复校。战后复校初期，仍然称为「华