在京口、广陵、历阳（今安徽和县）及建康（今江苏南京市）四地同时起兵。元兴三年二月乙卯（404年3月24日），刘裕託词游猎而外出募众，终得百多人。次日（3月25日）早上起兵，何无忌杀桓脩，当时桓脩司马刁弘率众前来，刘裕则假称江州刺史郭昶之已在寻阳（今江西九江市）迎晋安帝复位，桓玄更已被处决，自己只是奉密诏诛除桓氏叛党。刁弘信以为真，刘裕不久就诛除刁弘，控制了京口。同时孟昶等亦成功控制了广陵，并率众至京口与刘裕会合，刘裕获众人推举为盟主，总督徐州事，并于次日（3月26日）起兵进攻建康。桓玄先派吴甫之及皇甫敷