协议》不受到全民监督而得以实施，并且批评这是中国国民党为了资方在中国大陆的利益所做出的举动。而中央研究院法律学研究所助研究员黄丞仪则评论说《海崃两岸服务贸易协议》本身并非行政命令，并且认为任何两岸协议的缔结与监督都必须考量到《中华民国宪法》以及独特的海崃两岸关系。