巴塞尔是从法国和德国穿越瑞士的南北公路交通枢纽，A2通往伯尔尼，A3通往苏黎世。巴塞尔的机场完全位于法国领土内，但同属于瑞士和法国。巴塞尔城市半州共有3座国际火车站，分别是瑞士火车站、法国火车站和德国火车站，除此之外还有4座地区火车站。通过莱茵河上的水运，巴塞尔同瑞士的其他地区以及邻国连接起来。巴塞尔莱茵河港口是瑞士经济的一个重要支柱。