大楼内计有西贡民政事务处、西贡区议会秘书处、食物环境衞生署的西贡区环境卫生办事处、地政总署的西贡地政处、西贡公共图书馆及西贡邮政局等政府部门办事处。随着位于将军澳的西贡将军澳政府综合大楼启用，西贡民政事务处、西贡区议会秘书处、食物环境衞生署及康乐及文化事务署已迁出西贡政府合署。
雷击.2006年7月8日西贡地区发生狂风雷暴，政府合署天台其中一个外墙墙角石屎被雷轰落，幸因天雨关系途人均撑伞挡雨，未被碎石击中。