46年冬十一月，永历帝继位；朱容藩赴永历帝的行在，将大顺军中情形说的十分详细。丁魁楚相信了，推荐于朝；永历帝命朱容藩掌宗人府事。朱容藩和四川人兵科给事中程源请经略四川，永历帝加程源太常寺少卿，经理三省；朱容藩为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督川东军务。后来永历帝逃至桂林，朱容藩觊觎入阁，受命不立刻出发；私自暗示给事中唐諴上疏弹劾丁魁楚私逃，说「扈从单弱，如容藩、程源皆系拥戴重臣，不宜出外。」永历帝一直讨厌朱容藩，怒曰：『尔等又欲拥戴容藩邪』！削除容藩职务，将要诛杀他。朱容藩贿赂内监庞天寿，请太后谓求情，赦免了他