，本站同时也是武藏野线的两条支线与正线间之分岔点，分别是连往常磐线北小金车站的支线（通称为北小金支线），与连往常磐线马桥车站的支线（通称为马桥支线）。这两条支线基本上是货物列车专用的路线，但偶尔也有客运列车经过，包括途经北小金支线、往返于东京与日立间的京叶线－常磐线临时急行列车（）与一些临时。虽然实际上行驶的是距离较短的支线，但在票价的计算上，仍然会依照途经新松户车站的主线里程数来计价。
车站构造.
JR东日本.JR东日本所属的南流山车站是一个设置有相对式月台