率第一师主力南下后，叶飞任苏中区党委书记、苏中军区司令员。1945年4月，叶飞率苏中教导旅南渡长江与粟裕会合，并任苏浙军区副司令员，参与指挥第三次天目山战役。
第二次国共内战时期.1945年对日战争结束后，根据中共中央“向北发展，向南防御”的方针和《双十协定》，新四军主力北移山东，江南的新四军部队移往苏北。1945年11月，中共中央军委命令苏浙军区第二、第四纵队和苏中军区教导旅合编为新四军第一纵队，叶飞任司令员，并随即奉命第一纵队向东北挺进。12月上旬，叶飞率部经过长途跋涉抵达山东