夫人民军出动飞机轰炸克罗地亚族武装力量的弹药库，武装冲突骤然升级。冲突从首都萨拉热窝向外蔓延，酿成全面内战。1994年3月，穆斯林和克族人同意共组联邦，共同对抗塞族人。1995年11月21日，各方签署代顿和平协定结束内战，并把波黑分为波黑联邦以及塞族共和国两个政治实体。内战中共有二十万人死亡，超过二百万人流离失所。战争结束后，北约在波黑继续驻扎维和部队，2004年底由欧盟所取代。2006年10月1日，举行大选。10月18日，中央选举委员会公布，波什尼亚克族的哈里斯·西拉伊季奇、塞尔维亚族的内博伊