民主国第二任总统刘永福曾于此办公。而在台湾民主国彻底瓦解，日军宣告「平定全台」后，日本佛教开始来台布教，当时台湾各地许多寺庙为了在那动盪不安的时期自保，遂与之签下总寺分寺契约。而大天后宫方面虽然在清朝历来皆由临济宗僧侣担任住持僧，但那时并无日本禅门临济宗僧人到台南传教，最后大天后宫住持林普华在日本曹洞宗布教师若生国荣、芳川雄悟到台南后不久，选择投靠曹洞宗保护。之后芳川雄悟便将布教所设在大天后宫里面，展开对台南地区的传教工作，后来在明治卅一年（1898年），大天后宫总代表吴盘石、唐克绍与曹洞宗布教师陆钺巖