江宁万竹园，藏书的地方叫青黎阁。后来邓家家道衰落，藏书四散不见。邓邦述22岁时，和舅舅赵烈文之女结婚。赵家是藏书世家，藏书楼为天放楼，邓邦述常到该楼看书。光绪二十四年（1898年），邓邦述中进士，同年五月，改翰林院庶吉士。光绪二十九年四月，散馆，授翰林院编修。光绪二十七年（1901年），他入湖南巡抚端方幕。光绪三十年（1904年），邓邦述住在吴县。光绪三十一年（1905年），他奉清政府所派，随出使各国考察政治大臣端方到外国考察，次年四月归国。此后，他住在北京，参与厘订新官制。其间，他搜罗了大量善本。