合征的主要特征是骨盆或会阴疼痛，且没有尿路感染的迹象，并持续超过3个月——此乃关键症状。它的症状可能会时好时坏。痛楚的程度可以从轻微的，以至使人虚弱。痛楚可散发至背部和直肠，令人坐下时感到不舒服。可于会阴、睾丸、阴茎前端、耻骨或膀胱这些区域上感到痛楚。排尿困难、关节痛、肌肉痛、不明原因的乏力、腹痛、阴茎灼痛也是时常会出现的症状。尿频和尿急可能是暗示患者患的是间质性膀胱炎（发炎的是膀胱，而不是前列腺）。由神经和肌肉介导的射精后疼痛，仍是其一大特点，此特点可用以把慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合症患者与良性前列腺