考试一次，并依照成绩优劣发放廪膳（零用金）。每三年举行大试，选拔优秀的监生填补六官都事的职缺。国子监的官职分为「礼官」、「学院」以及「国子监助教」，后二者分别由陈永华以及叶亨担任。其中，礼官为主办全国教育的行政机关；学院为掌握教学与考选的主事官。一扫中国明朝末年的八股取士，实行真正的取才，使得立国不久的台湾也能培养出有真才实学的学者；如中国清朝初年全国性的进士陈梦球以及举人苏峨皆为所培育出的人才。
清治时期.康熙二十四年（1685年）分巡台厦道周昌和台湾知府蒋毓英主持改建孔庙为