，任内严禁鸦片，破除迷信。柏文蔚去职，仍留祁耿寰担任宪兵司令，以待今后的机会。1913年，二次革命爆发，江西、江苏先后独立。此后，1913年7月17日（农历六月十四日），安徽逐走孙多森，宣布独立，公推祁耿寰护理安徽都督，以待都督柏文蔚到来。不久，被袁世凯收买的胡万泰、顾琢塘默许部下柴宝山围困安徽都督府，祁耿寰持枪冲出都督府脱身。之后，祁耿寰与柏文蔚流亡日本，加入中华革命党。1917年，孙文在粤东建大元帅府，任命祁耿寰为参军。1919年，祁耿寰奉命担任汕头警备司令。不久，因孙文离开广东而解职，即偕夫人