在19世纪60年代建立，以广州黄埔为基地。广东水师舰艇在1909年曾巡视南海，宣扬中国对南海的主权。此外，甲午战争之后张之洞在湖北建立了防御长江的湖北水师。1909年，五个舰队的剩余舰艇被合并，改编成巡洋舰队和巡江舰队。1911-2年，帝国海军的海圻号巡洋舰访问了英国、美国及古巴。
旗帜.1909年四水师合并后至1912年废止之间清朝海军使用的旗帜如下：