仍归宫内道士使用。文化大革命期间，全部宫殿被霸占，神像及文物被全毁，宗教活动停止，到1982年7月，政府收回大殿及部分场地，恢复开放，至1990年才收回全部场地。1989年12月被公布为市级文物保护单位。
建筑.三元宫坐北向南，依越秀山而建，地势北高南低，占地约5100平方米。从地面登上40余级石阶可达山门，山门正上方有石刻“三元宫”三字，门两旁有楷书对联“三元古观，百粤名山”。与山门相连的是灵宫殿，供奉有护法神王灵官。山门正对着的是三元宫的主殿三元殿，这是全宫的主体建筑。