直分裂成多个独立王国以及部落。在十六世纪，葡萄牙人最先到达吕宋岛。其后西班牙人也抵达。西班牙人于1571年统一了吕宋岛，建造了马尼拉城。1595年，西班牙人公告马尼拉成为菲律宾群岛的首府。此即西班牙统治菲律宾的开始。1898年美西战争，美国从此控制太平洋，并从西班牙手中获得菲律宾，包括了吕宋岛。第二次世界大战时吕宋岛被大日本帝国佔领。美国及菲律宾联军部署反攻，消灭了在吕宋的日本势力。是次为吕宋岛战役。至1946年菲律宾独立，吕宋岛也为菲律宾共和国的一分子。
地理.吕宋岛为世界第