00系三列列车都同时上线运行。2010年4月第一列列车撤下改造，对车门进行改造后于同年9月上线运行；另外先头车编号改为“5601、5602”，改变后5000系列车编号统一化。
事故.2008年2月24日一辆从西鎌仓站驶向湘南江之岛的5000系第二列列车冲向没有对其开放的转辙器，导致卡在里面；当时转辙器为驶入西鎌仓站开往大船方向的5000系第一列列车使用的，第一列列车停在站前并未受损并于同年7月10日恢复运行，事故原因是第二列列车的控制装置有问题导致驾驶员误操作。第二列的控制装置