2002年7月1日，成功连任的行政长官董建华，兑现参选时的承诺，改组特区政府架构，成立三司十一局，推行高官问责制。环境运输及工务局是十一个决策局的其中一个，由上述的运输局、工务局及环境食物局内负责环境保护的部门合併而成。2007年，时任行政长官的曾荫权进行决策局重组，环境运输及工务局所统筹的环境、运输及工务事务，又被分拆到环境局、运输及房屋局及发展局三个新成立的决策局。仅仅一届五年的特区政府，环境运输及工务局就成为历史。
环境运输及工务局局长.环境运输及工务局局长是高官问责制