铁路客运将形成“两主一辅”的格局，其中新深圳站（今深圳北站）、深圳站为主要客运站，布吉站为辅助客运站，主要承担全国各地次要城市始发和到达长途旅客列车。2006年8月，铁道部与深圳市政府就广深港客运专线在深圳境内设站达成协议，决定于福田区增设福田站；同年厦深铁路深圳段车站完成选址，决定于龙岗区设深圳东站，因此深圳市政府对原有《深圳铁路枢纽总图规划》作出了修订，调整为“两主三辅”的铁路客运站布局，即在“两主一辅”的基础上新增福田站、深圳东站两个辅助客运站。2004年11月，深圳市规划局及广州铁路集团联合进行