；独岛（和韩国有主权争议，由韩国实际统治；日本称其为「竹岛」）；钓鱼台（和中华人民共和国及中华民国有主权争议，由中华人民共和国常态化巡航，日本称其为「尖阁诸岛」）。此外，日本和中华人民共和国及韩国在日本的专属经济区范围上有不同见解。中华人民共和国和日本在东海上的专属经济区划界有分歧；且中华人民共和国认为冲之鸟岛不能算是岛屿，只能算是岩礁，因而不认为沖之鸟岛附近海域是日本的专属经济区。2012年，联合国大陆架委员会承认沖之鸟岛北方面积31万平方公里的海域为日本的大陆架，但沖之鸟岛南方海域是否为日本大陆架则暂时