事剧情採用前后两部的方式构成，以呈现出时间流逝的感受，也因此角色会增加许多。基本的系统都继承自Game Boy Advance版，部份战斗画面以GBA《超级机器人大战J》为基础加以强化，双液晶画面加上轻触式萤幕和更高性能的硬件使得本作有更好的演出。BGM和效果音并非沿用Game Boy Advance版，而是全部重新录制的。游戏支援NDS的触控操作与双萤幕辅助资讯显示，但玩家仍可使用十字钮等传统操作方式游玩。
参战作品.
一览.★标志为系列作初参战作品