教导营学习，任一中队一排排长，之后被任命为新四军政治部警卫连连长。1939年春，新四军教导营扩建为新四军教导总队，樊道余调任教导总队三队队长兼军事教员。1940年3月，与部队一起突破日伪顽的重重封锁线，行程200多里，到达了新四军江南指挥部。同年4月，谭震林成立东路军政委员会，将江抗东路司令部改名为江南抗日救国军东路指挥部，樊道余任江抗东路指挥部教导队中队长。1941年2月，历任新四军第六师教导大队大队长，新四军抗大九分校大队长，新四军独立三团参谋长，新四军独立团团长；参加天目山作战。第二次国共内战期间，先