了他的共治者兼继母贝勒尼基三世之后，暴怒的人民推翻托勒密十一世，并杀了国王。因为托勒密十一世逝世且他身后没有留下男性继位者，托勒密王朝的血脉仅剩托勒密九世的两名私生子，即托勒密九世的希腊妾室所生，其中一名即后来的托勒密十二世。当时他被王国所驱逐，正居于本都王国米特里达梯六世的宫廷内，于是他从本都的钖诺普返回国内，即位为托勒密十二世。托勒密十二世可能与他的姊妹克丽奥佩脱拉六世结婚，并与克丽奥佩脱拉六世共治。过去，托勒密十一世曾经立下遗嘱，要把王国赠与给罗马共和国，因此身为私生子的托勒密十二世并不算是合法的