湾清治时期渡海来台的福建泉州安溪移民，公推翁有来为董事，募得佛头银三万元，为其从泉州府安溪县蓬莱乡清水巖，携来的清水祖师香火建庙。1787年（清高宗干隆52年）在台北艋舺现址修筑庙宇，1790年（干隆55年）落成。1817年（清仁宗嘉庆22年）6月，台风侵袭艋舺清水巖，翁有来于是又向乡民募捐五千银元重修。《淡水厅志稿》记载：「祖师庙亦名清水巖，在艋舺街。干隆年间捐建；嘉庆年间，捐题重修。」1853年（清文宗咸丰3年），泉州三邑人后来为了争夺艋舺的商业利益，与同安县人间发生顶下郊拚事件。泉州三邑人，欲