941年香港沦陷后，学校一度停办，后来在1942年于粤北连县的三江圩复校，1943年和1945年再先后迁往曲江县和连县双喜山，一直到1945年8月日本投降后，广州真光才于10月迁回白鹤洞旧址复课。可是，马仪英出任校长后不久，受物价飞涨和国民政府发行的银圆券贬值拖累，学校学费和杂费被迫以白米计算。同时间，国民党与共产党在二战结束后不久，即爆发第二次国共内战，国民党节节败退，而中国大陆大有落入共产党之势，马仪英为逃避共产党，在1949年秋天带同员生迁校香港，并选定九龙塘窝打老道115号为校址，向港府教育司署註