湘潭侯萧退以及前任潼州刺史郭凤一同起兵，准备前往支援。太清三年（549年），侯景围困建康城。萧祗得知台城失守，和堂弟湘潭侯萧退一起逃亡到东魏，武定七年（549年）三月到达邺城，高澄命令魏收、邢邵接待他。萧祗历任太子少傅，兼任平阳王的老师，封清河郡公。北齐天保初年，萧祗出任右光禄大夫，兼领国子祭酒。当时梁元帝萧绎平定侯景，重新与北齐往来友好，齐文宣帝高洋想放萧祗等人回南方。很快西魏攻克江陵，萧祗就留在邺都，去世。北齐赠予中书监、车骑大将军、扬州刺史。