因为机组人员的工作休息与薪资等问题，曾经发生过多次劳资争议。2008年两岸开放直航，以及2011年10月，台日签订航空新约，彼此开放天空，航班越来越密集。此外，廉价航空的兴起，开始大量出现半夜飞行的「红眼」航班；传统航空公司为了与其竞争，也开始加开红眼航班，使得空勤组员的生理时钟大乱。而国际油价大涨，使得航空公司获利困难，在此情况之下，经营阶层千方百计节约成本，使得员工的工作条件变差、休假变少，连薪水也缩水。由于中华民国《工会法》规定单一企业只能组单一工会，一旦企业工会的体制由资方掌控，工会功能将难