公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的骇客「傀儡师」。傀儡师能透过网路入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的，此次骇入的是日本外务大臣的口译生化人。公安九课没有成功追查到傀儡师，仅有捕获遭到其控制的人，但此时藏有傀儡师的「灵魂」的机械生化人却逃脱制造公司的控制，并因此来到九课。公安六课得知消息后，赶来绑走傀儡师。因为草薙在事前就推测出公安六课的绑架行动，促使公安九课成功拦截傀儡师，并发现傀儡师并不是人类，而是公安六课设计来操纵人类的电脑程式「2501计画」。2501计画在