军大部奉调南下，陕西清军兵力所剩无几，后期陕西回乱十八元帅之一的白彦虎就曾被征召参与镇压太平天国等叛乱。
回民暴动.当时前江西巡抚张芾因母亲去世，丁忧在西安老家，咸丰十一年（1861年）太平军与捻军进逼陕西，清廷就地起用张芾协办团练抵御。回民暴动初期，因太平军和捻军已经进入陕西，张芾在当地素有声望，遂自告奋勇，亲身调解回汉冲突。他点名要回民头目任武出面，任自当时发生回变的云南来，率领回众绑架张芾，并声称在张的坐轿发现“秦不留回”的传单，将张芾杀死，又为消除回民疑惧，杀死自己的妻儿。