主要供俸的密佛「善光寺阿弥陀三尊」是日本钦明天皇时代由百济国圣王所呈献，经过多次迂回转折，后来由推古天皇命令本田（本多）善光供奉于现在的长野县饭田市的坐光寺中，之后又迁移到现在的善光寺。根据传闻，善光寺之名也是因为本田善光的名字而来。本尊迁移之后原本在饭田市供奉的寺庙也改名为「元善光寺」，至今依旧存在。在中世纪以后，善光寺的信徒越来越多，于鎌仓时代时有许多模仿善光寺本尊的佛像出现，纷纷在各地以「善光寺」或是「新善光寺」为名建立庙宇。日本战国时代善光寺平（长野盆地的古称）是武田信玄与上杉谦信互相竞争的