士团团长让·德·瓦莱特的名字命名。骑士团亦沿海岸线修筑了不少了望塔。骑士团在岛上完成了很多建筑及文化项目。1571年，鄂图曼再次起兵，企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨，还没到马耳他，在海上就遇上了以基督教国家组成，由西班牙王国的无敌舰队为主力的神圣同盟舰队于勒班陀海域展开了一场海上会战（勒班陀战役），土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后，马耳他骑士团国进入鼎盛时期，帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。骑士团一直控制马耳他超过二百年，直至1798年。当时法国大革命后成立的共和国政府，与英国