史称南明。但最终被清军各个击破。1648年，最后一位南明皇帝永历帝遣出使罗马教廷，请求教宗出兵协助抗击满清。但十年之后教宗的回书才被卜弥格带到交趾（安南），此时南明政权已经覆灭。南明灭亡后，不少遗臣不愿臣服于满清，流亡海外。例如朱舜水流亡日本，杨彦迪、陈上川、鄚玖流亡安南与高棉。中国出现了天地会、哥老会等等一系列以反清复明为宗旨的秘密会社。
东宁.郑氏王朝（东宁）是一个郑成功家族三世在台湾建立的政权。郑成功在台湾建立政权时，曾吸纳大量明朝的遗臣为自己的下属，并且坚守藩国与藩