1997年，企业号主要留在船坞维修。1998年11月6日，企业号搭载第3航空团，再次前往地中海及阿拉伯海巡航，在19日横越苏伊士运河，然后于23日接替艾森豪号航空母舰，参与南方守望行动。12月16日，美国以萨达姆违反联合国安理会687号决议，发动沙漠之狐行动，轰炸伊拉克多处军事设施。企业号与卡尔文森号在16日至19日参与空袭，然后恢复南方守望行动。12月底企业号返回地中海，并先后到访苏达湾、安塔利亚、利佛诺及第里雅斯特。期间科索沃再有阿尔巴尼亚人遭塞尔维亚人屠杀，企业号进入亚得里亚海巡航，到1999年3