但懋辛迎接。1929年，但懋辛和熊克武在上海再办中国公学。1931年，蒋介石拘押胡汉民。但懋辛、熊克武试图营救胡汉民，未能成功。1937年抗日战争爆发后，杨森率第二十军参加淞沪抗战，但懋辛、熊克武赴战地慰问官兵。淞沪抗战失败后，但懋辛赴南京任军事参议院上将参议。1938年5月，但懋辛回成都定居，兼任川康绥靖公署高等顾问。1941年，但懋辛作为社会贤达出任国民参政会参政员兼川东办事处主任。1943年，当选第三届国民参政会参政员。1945年，以陆军上将退役。1947年，但懋辛当选四川第二行政区国大代