广甲触礁严重，济远拖曳不动，只好在9月23日早晨将广甲官兵运至旅顺口。1894年9月24日凌晨，北洋官兵仍在睡梦之中，方伯谦被清政府以“临阵脱逃罪”处斩于旅顺黄金山脚下，时年42岁。时人以为冤。1895年2月日本联合舰队司令伊东祐亨接见北洋水师洽降专使程璧光时亦曾不解地问：“牙山之役方伯谦甚谙海战，何故杀之？”