较不同生物体的发育过程以推断它们之间的祖先关系以及发育过程如何演化的综合性生物研究领域。这个领域的成长从19世纪初开始，胚胎学面临一个谜：动物学家不知道zh-hans:胚胎发育; zh-hant:胚胎发育;在分子水平上是如何被控制的。查尔斯·达尔文指出，有相似的胚胎意味着共同的祖先，但是直到1970年代才有进展。然后，重组DNA技术最终将胚胎学与分子遗传学结合起来。一个关键的早期发现是在广泛真核生物中调控发育的同源基因。该领域的特点是一些关键概念，让生物学家感到惊奇。一个是深度同源性，发现