卡塔内所生的4位子女最广为人知，长子切萨雷·波吉亚卸下枢机职位后联盟法兰西王国侵略义大利，威震一时；次子乔瓦尼·波吉亚是一位西班牙公爵，但于1497年遭人暗杀；三女卢克雷齐亚·波吉亚是一位可敬的文艺复兴公爵夫人，曾先后嫁给了3位势力强大的贵族；四子乔弗雷·波吉亚则成为了一位西班牙亲王。除了积极的为自己的孩子牟利外，他也如同他的舅舅一般积极的利用裙带关系，任命了十几位亲属为枢机。除了参与了多个战争及政治事件，亚历山大六世的其他事蹟包括委託画家绘制波吉亚寓所内的一系列壁画及在1493年为葡萄牙与西班牙的划定