荷兰人的趋走计划同时消失。
明郑时期.真正以军事力量有效统治台湾全境，应为明郑郑成功于台湾创设的明郑王朝政权，郑成功为闽南泉州人，在日本出生，继承了父亲郑芝龙的基业，他对日本、中国、台湾、南洋的情势都有一定的了解。郑成功由于在中国大陆抗清失败，于是取台湾，欲作为反攻之基地。郑成功与陈永华、郑经经营的屯兵态势或军事规模，也是台湾首见。1662年，郑成功除固守金门数万水师之外，亲自率领约25,000名包含了汉人、日本人、南洋人甚至是尼格罗人种裔的士兵，攻打大员，并打败荷兰东印度公司所属