出身淡水竹围，曾就读日本东京帝国大学医科，是一位医师，曾任教于台大医学院。其母许碧瑜，为淡水富商许丙之女。黄崇仁在家排行第二，其姐黄毓秀。黄崇仁于10岁开始学习绘画，师从廖继春。1971年，毕业于台湾大学物理系，之后赴美国留学，就读纽约市立大学西奈山伊坎医学院，取得脑神经外科医学博士。1980年，返台，任教于台北医学院生理系与台湾大学物理系。1987年时创设力捷电脑，当时已38岁的黄崇仁放下教职，转向从商。黄崇仁为了旺宏电子的经营权大战，与旺宏电子董事长吴敏求爆发激烈的对战，也因为力晶内线交易案