选为旗舰种包括孟加拉虎、大猫熊、金狮面狨、非洲象、亚洲象等。这些旗舰物种的选择是根据大众青睐度而定，并且必须能融入文化与社会价值。也有少数物种并非传统上具有魅力的群体，或是不具有魅力但对当地是重要物种列入旗舰种，例如栖息在坦尚尼亚的，以及栖息在美国的切萨皮克蓝蟹等。一部分的旗舰种在自然界中是关键种，例如生活在非洲大草原上的非洲狮，该物种在草原上是顶级掠食者，并且在食物链中可控制大型食草动物的数量，维护整个生态系统平衡。然而随着非洲狮的数量及活动范围下降，其作为关键种的效应也正在降低当中。世界自然基金会利