克菲勒基金的赞助重建，并于12月竣工（即为现今的综合图书馆馆舍），12月1日也从此被东大图书馆定为开馆纪念日。二战后东京帝国大学恢复旧名为东京大学，图书馆也恢复旧称；1963年「东京大学附属图书馆基本规则」制定，本馆改称为综合图书馆。1968年爆发学生运动东京大学事件，图书馆因此闭馆至隔年2月。2002年驹场校区的驹场图书馆开馆，2004年柏校区的柏图书馆竣工并部分开放，翌年正式开馆。目前东京大学附属图书馆已进行名为「アカデミック・コモンズ」（Academic commons）的新图书馆计画。