6年他在南开大学亚太经济合作组织研究中心攻读在职硕士研究生，获得世界经济专业经济学硕士学位。1997年8月至1998年2月，王毅被公派到美国乔治敦大学外交学院学习。回国后，担任外交部部长助理兼中华人民共和国外交部政策研究室主任。1999年9月起，王毅在外交学院远程攻读国际关系专业的博士学位，师从周启朋。2001年2月，48岁的王毅升任主管亚洲事务的副部长，成为当时外交部中最年轻副部长。2003年8月，六方会谈第一轮会议在北京召开，王毅为中国代表团团长主持斡旋工作，并在2004年的第二轮、第三轮会谈中继续