有从教皇手里夺取的土地归还教皇，同时大赦天下，减少赋税。然而，康拉德四世在继位后四年就去世，王朝地位岌岌可危。腓特烈二世的这一遗愿最终也未能实现。在腓特烈二世去世之后，军队中的伊斯兰教穆斯林们将他收殓，并带到了巴勒莫。最终安放他遗体的石棺被放置在巴勒莫主教座堂的礼拜堂内，与他的父亲亨利六世和西西里国王罗杰二世放在一起。19世纪时，当时的历史学家们对腓特烈二世的遗体进行了学术调查。石棺中他的尸体穿着伊斯兰风格的服装，外衣的衣袖上用阿拉伯语绣着“朋友，宽宏大量的人，诚实的人，富有知识的人，胜利者”。S