合体位于6号染色体短臂上的21.31区（6p21.31），由360万个碱基对组成，是目前已知的人类染色体中基因密度最高，也是多态性最为丰富的区域，故有「人类体内的化学指纹」之称。
MHC发现史.主要组织相容性基因复合体最早在近交系小鼠（inbred mice strains）中发现，在做肿瘤组织移植实验时发现不同小鼠个体间会有排异反应。乔治·斯内尔将移植时引起排异的抗原命名为组织相容性抗原，并指出了H-2复合体就是小鼠的主要组织相容性复合体，这是最早发现的MHC基因座。因其贡献，斯