总制与六官之上，总理东宁国政。东宁之变后，冯钖范掌权，并以侍卫镇掌政，并身兼谘议参军之职，而六官则继续实行。东宁官员在郑成功时自称为「卑职」，在郑经时则改为「臣」，制度已趋成熟。
明朝宗室.明郑以明朝之封国自居，奉南明永历帝为国家元首，始终以「永历」为年号。郑成功尚未攻台开国前，曾获永历帝特准设置六官方便施政，并可委任官职，武官最高许达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员，都请宁靖王朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功来台后，依然优礼明朝宗室，接待鲁王世子朱弘桓、泸