年以来，巢湖市共投资2.69亿元开展湿地恢复工程，建设“人造湿地”。为保护生态环境，巢湖市于2006年4月建立巢湖水生生物保护区，保护区面积为50万亩。
污染.由于周边人口勐增、工农业发展等原因，特别是1962年西南出口建巢湖闸后，巢湖成为半封闭水体，湿地面积的减少使自净能力大大降低，水质不断恶化。从20世纪80年代初巢湖水体就开始呈现富营养化状态，90年代后成为中国富营养化最严重的湖泊之一。现在巢湖是国家“三河三湖”重点水污染防治流域之一。入湖河流中水质为Ⅴ类和劣Ⅴ类的河流有