根环线铁路相交的分段关闭并改建为哥本哈根地铁的一部分，改建为哥本哈根地铁的工程于2003年全面完工。货运列车亦于20世纪90年代退出哥本哈根环线铁路。2004年，弗林特地站新站房启用，该站为哥本哈根市郊铁路和哥本哈根地铁的换乘站。2005年1月8日，新埃勒比约站临时站房启用，运行在哥本哈根环线铁路上的哥本哈根市郊铁路列车由埃勒比约站改至新埃勒比约站停靠。2006年11月16日，现在的哥本哈根环线铁路南端终点新埃勒比约站正式站房启用。2007年1月5日，新埃勒比约站的前身埃勒比约站全面关闭。次日，新埃勒比