按照和平协议实行新疆省政府改组。新政府为民族联合性质的政府，人员分别由中央政府指派、三区推荐、七区（除三区之外的新疆其他七区）推荐。7月1日，新政府改组成立，刘孟纯任新政府的委员兼秘书长。1946年张治中出任新疆省政府主席后，周恩来请张治中清查当年盛世才1942年扣押在新疆的中国共产党方面人员。经刘孟纯具体操作下，130多名被押的中国共产党党员在士兵护送下，分期分批绕过阎锡山警戒区回到延安。1947年6月，麦斯武德接任新疆省政府主席，刘孟纯被免去新疆省政府秘书长的兼职，但仍为新疆省政府委员，同时还兼