清兵攻克北京，李自成逃往西安。但由于大顺军在潼关列阵迎战，清军因主力及大砲尚未到达，坚守不战，又延续了一年。1645年，清军以红衣大炮攻破潼关，李自成採避战的方式去应对清军的进攻，经襄阳逃入湖北，试图与武昌的明朝总兵左良玉联合抗清，左良玉东进南京，去南明朝廷「清君侧」，征讨马士英途中病死。4月李自成入武昌，但为清军一击即溃。5月在江西再败，后在湖北通山县南九宫山为明朝地方武装所杀（亦有说李自成自杀、下落不明或出家为僧等）。
制度.官制上大体依照唐制，略加修订，改内阁为天佑殿、六