改易至周防、长门两国，而毛利氏家督可以继续存续，改易后石高大减封为37万石。其后辉元剃发出家号幻庵宗瑞，将家督让予嫡男秀就，秀就成为长州藩主。庆长9年（1604年），开始于长门国兴建萩城作为居城。庆长13年（1608年）、受大御所德川家康之命娶家康次男结城秀康之女喜佐姬作为正室、作为越前松平家一门称松平长门守。庆长二十年（1615年）大坂之阵作为德川方参战。元和九年（1623年）父亲辉元正式隐居、秀就成为独立的藩主、藩政其后由毛利秀元、益田元祥、清水景治担当，秀就几乎不掌权。然而秀就与秀元渐生龃龉。宽永