时候，高州府内流寇扰乱。王佐到任后与太守孔镛协力筹谋，领兵守御，贼不敢犯。都御史韩雍采纳了王佐的治乱方案施行后，地方遂告平靖。成化五年(1469年)，母亲病故，王佐奔丧回家。成化十年(1475年)，王佐任福建邵武府同知。在任期间，府属泰宁县发生盗乱，佥事张懋巡行至郡，饬令王佐查察盗情。王佐说：“现在盗势猖狂，如果急攻，必定誓死抗拒，不如采取安抚之策，诱劝投降，以分化贼势。”结果，王佐招降盗贼党羽数十人，余众溃散，境内得以安定。成化十六年(1480年)王佐调充福建乡考试官，一直到弘治二年(1489年)