2013年9月，第二冠名由上海市职业病医院更名为“上海市职业病防治院”。2009年，中华人民共和国国内首例成功的活体肺移植手术在该院完成。2005年，上海市核化救治中心成立，设在该医院，下辖核辐射事故医学应急救治队、化学中毒事故医学应急救治队。西班牙人迭戈·冈萨雷斯·里瓦斯（Diego Gonzalez Rivas）是世界上首位施行单孔胸腔镜手术的外科医生。2013年，冈萨雷斯作为老师来教上海市肺科医院的医生做单孔胸腔镜手术，当时上海市肺科医院胸外科4位医生合力完成了中国第一例单孔胸腔镜手术。后来，