在时值庆长3年（1598年）秀吉去世之后。在此期间，正信作为家康的参谋极其活跃。据传，在家康夺取政权的过程当中的许多谋略，比如发生在庆长4年（1599年）的前田利长谋反嫌疑的谋略之类，有一大半是正信献的策。庆长5年（1600年）关原之战中，正信参与德川秀忠军势，在信浓的上田城遭遇善战的真田昌幸，而延缓了军机。此时，正信向秀忠进言，要求停止进攻上田城，但并未被採纳。
幕府时期.为了使家康就任将军，1601年本多正信积极与朝廷进行交涉。1603年家康就任将军并创立江户幕府，正信以家