涌新市镇土地，但因政府对该处土地规划未有定案而告吹。其后校方认真思考校舍的未来发展，并于1999年12月收到政府消息，于当时竣工不久的西九龙填海区将有一幅土地用予建校，故校方起草建议书申请用地。于2000年6月1日，校董会获政府批出一幅位于西九龙填海区深水埗西的土地。据政府安排，办学团体除了须于该幅土地设立中学外，亦须同时设立直属小学，坊间称此种模式为「一条龙」。另外，香港政府原本要求小学和中学分别以「L」型和「U」型的「千禧学校」准则兴建，经过校方与政府多轮磋商，新校舍的设计改为中学与小学互通的建筑，