为了地方官度田不实，杀的人多了些，现在想想有点后悔。”马援回答：“死得其罪，何多之有！但死者既往，不可复生也！”刘秀听后大笑。建武十六年征为虎贲中郎将。建武十七年（41年），又被拜为伏波将军，领兵南下，平定交阯女子征侧、征贰的二征之乱，功封新息侯。此后，匈奴、乌桓侵扰三辅，马援认为“男儿要当死于边野，以马革裹尸还葬，何能卧床上在儿女子手中邪”，又主动请兵出击，光武帝担心他年事已高，不准许。马援“据鞍顾眄，以示可用”。光武帝笑说：“瞿铄哉是翁也！”于是派他与马武、耿舒共同出征。马援以三千骑击之，无功而还。