香港在亚洲金融风暴下的经济困境，更不断出现丑闻，民主党因而与其他民主派政党亲近，与亲共政党逐渐远离。自2003年七一游行之后，2004年－2006年，民主党屡受丑闻困扰，其中包括党内派系之争、涂谨申汇标事件、何伟途丑闻事件、「真兄弟」事件，以及几名观塘区及九龙城区区议员的贪污丑闻等。李永达亦因此不再竞逐连任主席，两派对立风波中何俊仁以大比数胜出另一派系的陈竟明，接任主席。2006年发生怀疑党员被中共收买、渗透事件（「真兄弟事件」）；遂由元老李柱铭、司徒华、秘书长张贤登等进行调查：《会员政策专责小组报