宗为巩固皇权，与亲信大臣齐泰、黄子澄等密谋削藩。周王、代王、齐王、湘王等先后或被废为庶人，或被杀。同时以边防为名调离燕王的精兵，准备削除燕王。结果燕王朱棣在姚广孝的建议下以「清君侧，靖内难」的名义起兵，最后迂回南下，佔领京师，是为靖难之变。朱棣即位，即明成祖，年号永乐。明惠宗在宫城大火中下落不明。于靖难之役期间，燕军在南侵时大肆抢掠屠杀，《洪洞大槐树移民志》引用《明史》、家谱以及有关书籍的记载，指出燕军在战争中十分野蛮，抢掠屠杀甚为严重」，中原地区的老百姓与忠于建文帝的军队合作，抵抗野蛮的燕军残暴的入侵