院早前得到佛像下落的线索，是一件有不同图案的图画，提供给小五郎，以便尽快寻回佛像。服部亦因杀人案，前往京都调查事件的真相。期间遇上柯南，两人一起调查两宗事件，发现两宗事件都有共同点，有助解开八年前佛像盗窃事件。在调查期间亦发生杀人案，服部因此而受袭，和叶亦因查找施袭者线索而被人挟持。听说这次阿笠博士出了一个有关弁庆初恋情人的猜谜，步美想到的是...，而平次的初恋...
跨媒体展开.《名侦探柯南：迷宫的十字路》的DVD及VCD于2003年12月17日在日本由东宝株式会社发布