登进士。授广平府知府。万历四十七年（1619年）升山西按察司副使，次年改山西岢岚道兵备副使。天启五年（1625年）授山东副使，分守济南道。天启六年（1626年）改四川右参政，后又改山东右布政使。崇祯四年（1631年）任山西左布政使，后改任右佥都御史，兼顺天巡抚、宣府巡抚。崇祯十六年（1643年）冬，李自成攻陷关中，焦源清与焦源溥同被扣押勒索，不屈殉国。