37年至1946年中日战争期间，广东马百良药店和粤东马百良仲记药房因各自逃难，国内外分店皆被迫停业。抗战胜利后，公司几经艰苦后再重上轨道，业务也逐渐上升，货品销到南洋各地。1949年中华人民共和国建政后，广东马百良和粤东马百良皆迁往香港继续经营。1958年，粤东马百良仲记药房正式註册成为马百良药厂有限公司。1988年，广东马百良药房停止营业，将其註册商标「宝炉牌」售与马百良药厂有限公司。
原广州药厂.而广州原有的厂房和物业后来被当局公私合营。1956年，由私营马百良、两仪轩药厂