组群之间分隔后，相对较少受到此后来自亚洲大陆的移民影响。其中新几内亚的巴佈亚人在约32,000年前从菲律宾的马马努亚人（Mamanwa）分离出来，并在约5,000年前人口迅速膨胀。据2011年的基因研究，澳洲土着、巴佈亚人和马马努亚人都带有亚洲古人种丹尼索瓦人的部分基因，因此亚洲的现代人类和古人类在约44,000年前（澳洲大陆与巴佈亚新几内亚分离、土着迁徙到澳洲之前）发生过杂交。而2012年发表的一篇论文则报告有证据显示4,000多年前曾有从印度到北澳洲的较大规模的基因流动。这一时期也是澳洲考古记录中工具技