经常被困在捕捉加利福尼亚湾石首鱼的流刺网中。每年就有39-84只小头鼠海豚被刺网所杀，（主要因为石首鱼他们的花胶很昂贵，为了猎捕石首鱼间接残害到小头鼠海豚的生存海域）。世界自然保护联盟就将牠们列为极危物种。墨西哥为了保护牠们，在加利福尼亚湾及科罗拉多河三角洲设立了自然保护区。另外，使用含氯的杀虫剂、科罗拉多河因灌溉而水流减少及近亲繁殖等，都使牠们的数量减少。2017年，60余名科学家与潜水员试图将小头鼠海豚转移至安全地带，然而最终该计划因小头鼠海豚的应激反应与死亡而失败。