《明史·谢肇淛传》中讲谢肇淛是万历三十年的进士，事实是万历二十年，万历三十年并没有科举考试。《卓敬传》记姚广孝与卓敬有隙，广孝进言劝成祖杀之，无其事。《明史》称郑成功将鲁王朱以海沉入海中杀死，事实上郑成功去世乃先于鲁王朱以海。鲁王朱以海死后，其世子朱弘桓渡台湾，得到郑经的庇护，直至明郑覆亡。近代学者论《明史》之编修过程，往往对王鸿绪持有剽窃之成见，侯仁之则认为“两百年来王氏所蒙诬妄，从此可以释然矣。”。曾参与《明史》编修的汪由敦（1692-1758）则说：“王本列传，聚数十辈之精华，费数十年之心力，