总统府内务总长孙洪伊为黎元洪信任，国务院秘书长徐树铮则为段祺瑞之门人，二人各为其主，遇事冲突，造成府、院之争。1917年5月11日，段祺瑞派出「请愿者」包围国会。6月，徐州张勋率军5,000人北上，强迫黎元洪解散国会。7月1日，张勋在北京重新拥立清废帝溥仪，历时12天，史称张勋复辟。皖系军阀段祺瑞乘机纠集旧部，组织「讨逆军」攻入北京，张军败退，溥仪再度宣佈退位。段祺瑞起兵驱逐张勋后，控制北京政府，拒绝恢复《中华民国临时约法》和国会。黎元洪去职，由冯国璋继任总统，段祺瑞复任国务总理，以「再造共和」功臣自命。