弘吉剌等五部的同时，也遥控蒙古其他部落。天聪六年（1632年），林丹汗被后金皇太极击败。后金灭察哈尔部，皇太极封林丹汗之子额哲为贝勒，其所部被安置于义州（今辽宁义县一带），整个漠南蒙古被纳入后金国版图。清朝康熙十四年（1675年），察哈尔部首领布尔尼趁三藩之乱率3000人反清，两个月后被清政府镇压，察哈尔蒙古人被从中国东北（今东北和内蒙东）迁移到多伦诺尔一线，不再设部落大汗，作为八旗察哈尔归属于清朝理藩院与满洲人察哈尔都统管理（丧失“蒙人治蒙”的权利）。1914年，中华民国北京政府以察哈尔部、锡