古清・将军衙署博物院被内蒙古自治区人民政府确定为内蒙古自治区4个重点博物馆之一。2006年5月25日，将军衙署与其东北数百米之外的残存的一段绥远城城墙作为“绥远城墙和将军衙署”合并公布为第六批全国重点文物保护单位。同年，内蒙古清・将军衙署博物院被中华人民共和国文化部评为“公共文化设施管理先进单位”。2007年，又被中华人民共和国文化部授予“全国文化遗产保护工作先进集体”称号。2007年6月8日，内蒙古文物交流中心与内蒙古清・将军衙署博物院合并，更名为“内蒙古将军衙署博物院”。
建筑.