南京御史王籓臣、给事中王嗣美等交相上章相救蔡时鼎和同时因言获罪被贬的南京御史王学曾，被夺俸一级。礼科给事中王士性上疏请求召还蔡时鼎等，忤旨，无果。万历十五年（1587年），起用为太平府推官，代行知府事。八月，被吏部推为南京刑部广西司主事，神宗不许。御史王世扬请求如石星、海瑞、邹元标例起用蔡时鼎，无果。万历十七年（1589年），进南京刑部主事，不久转南京吏部验封司主事。万历十八年（1590年）九月，又上疏弹劾时任大学士的申时行，历数其十大过失，劝其反省改过。上疏被留中。万历十九年（1591年）进为南京礼部