抗体可以是多克隆或者单克隆的，并且可以特异针对整个免疫球蛋白，或者是其上如可结晶区段或抗原结合区段等片段。对于不同的实验室应用场景，通常会选用不同的二级抗体。或者说，某种二级抗体通常主要胜任某种应用场景。选择的根据，是需要检测的以及抗体的类型，例如是G型还是M型免疫球蛋白，以及标记的方式。哪一种二级抗体是最佳的选择，通常是通过试错法来确定的。
应用场景.二级抗体通常用于多种不同的生化分析中，例如: