足目的分类”（2005年）中，侧鳃科被置于侧鳃总科中，是侧鳃类（与裸鳃类是姐妹类）的惟一一科，是裸侧类的一部分。以下为本科之下的属和物种：
无壳侧鳃亚科.无壳侧鳃亚科（Pleurobranchaeinae）现时被提升为无壳侧鳃科（Pleurobranchaeidae ）。