3年 ，若望加入了加尔默罗会，取会名圣玛蒂亚·若望。圣玛蒂亚·若望修士于1564年公开圣愿成为加尔默罗会修士之后，前往萨拉曼卡，并于城市外的托尔梅斯河河岸的加尔默罗圣安德肋修会学校（Carmelite Colegio of San Andres）学习神学和哲学。 那学校是隶属当时着名的萨拉曼卡大学，是当时欧洲四大名校之一（其他三所为巴黎大学、牛津大学、博洛尼亚大学），所以若望也在城中的大学上课。根据一些现代学者的意见，若望曾在当时着名的学者路易斯·德·莱昂门下学习。根据大学的註册记载，他于1567年继续