随后，陈致信给中国共产党政府为自己辩解。周恩来和朱德都愿意撤销对陈的指控，但前提是必须经过毛泽东的同意。但是，毛却拒绝对此发表评论。因此，在文化大革命期间，陈遭到两次监禁。他在毛死后被释放。1978年，中共政府正式对其平反。1978年，他成为中国科学院声学研究所的一名副研究员。1982年，陈成为北京语言学院（现为北京语言大学）语言学系教授。
六四事件.陈在1989年公开支持学生抗议活动。当学生在哀悼完胡耀邦之死后犹豫是否要继续抗议时，陈鼓励学生不要放弃，要坚持抗议到底。19