两位科隆总主教改宗新教。第一位Hermann von Wied 在改宗后辞去总主教职务。但是格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡在1582年改宗加尔文派后，试图进行世俗化，这导致科隆战争，巴伐利亚军队安排一位巴伐利亚王子Ernst担任总主教，这是德国的反宗教改革第一个重大胜利。从此直到18世纪中叶，总教区受到统治巴伐利亚的维特尔斯巴赫家族的强烈影响。由于这一时期，总主教也经常领有明斯特和列日这两个采邑主教区，成为德国西北部最有实力的诸侯之一。1795年以后，总教区的版图因地处莱茵河左岸被法国占领，并于18