两座月台，1、2号月台是一座岛式月台，3号月台则是一座独立的侧式月台。月台上方是一座跨站式站房，并设有绿色窗口（营业时间：6:00－21:00）和自动闸机。本站现时的站房于1996年落成。设计模仿东京站的丸之内站房，并与丸之内站房一样，以本站所在的深谷市内的日本炼瓦制造所生产的红砖建造，因此被称为「迷你东京站」。车站北口设有出身于深谷当地、日本炼瓦制造创办人暨日本资本主义之父涩泽荣一的铜像。除了本站的3号月台能容纳15辆编组的列车外，本站至高崎站路段的车站月台均只能容纳10辆编组的列车。因此，除了自