示同情，又未能阻止学生参加全市的示威游行，受到省政府的指责与处分。他已无法从事学术研究工作，就愤然辞职，到南京国立编译馆任编纂，主持自然科学名词的审订工作，兼任中央大学生物系教授，在此期间他仍坚持进行鸟类研究。1948年，国内政局发生变化，郑作新没有前往台湾岛而是留在了大陆，因为这里是他事业的根基 。1950年郑作新调到北京中国科学院动物标本整理委员会（中科院动物所的前身）工作，并参加中国科学院动物研究机构的筹建。1951年郑作新加入九三学社，担任过九三学社第七届中央委员会委员。在鸟类亚种的分类工作