葡萄球菌盒式染色体，并由称为「"mecA"」的基因所造成。这种基因会产生一种青霉素结合蛋白--PBP2a，PBP2a不容易跟β内醯胺环类药物结合，使其杀菌力下降。有些金黄色葡萄球菌的菌株会过度产生β内醯胺酶，纵然牠们是"mecA"阴性，仍然会出现对苯唑西林及甲氧西林的抗药性。它们的浓度略多于最低抑菌浓度及形成最低抗性。其他的菌株可以产生修改了的青霉素结合蛋白（非PBP2）及形成了对β内醯胺类抗生素不同的抗药性。
死亡率.虽然有报告指出在所有住院病人中，感染MRSA的病人的平均住