1919年11月17日，外蒙自治官府呈请北京政府撤治。1919年11月22日，中华民国大总统徐世昌正式宣布外蒙古撤治，归政中华民国中央政府。徐树铮在外蒙古期间，不顾其传统习俗，全面推行新政改革，致使外蒙古人对北洋政府的统治不满。外蒙古的独立派人物达木丁苏隆、马克思尔扎布被逮捕投入监狱，达木丁苏隆甚至在监狱中被拷问至死，更激起了外蒙古人的愤怒。巴德玛多尔济成为了众矢之的，外蒙古人纷纷谴责他，说他是懦夫。1920 年1月初，西北筹边使兼西北边防司令督办外蒙古善后事宜徐树铮改组了外蒙古自治官府，将其并入西北筹