朱邦祈年少丧父亲，事母以孝顺着称。万历四十六年（1618年）中举人，天启五年（1625年）成进士，授湖广荆州推官，平反当地冤狱。转任礼科给事中、兵科与吏科都给事中，六年内的奏章都关于国家大政，卓绝有名声。弘光年间，与赵东曦、吴允谦、丁圣时、王运熙、宣国柱、胡周鼒一同召任。身后入祀乡贤祠。