大型猎物具有尖齿，吞鳗的颚中则仅有微小的齿，它们滤食小鱼和浮游生物。亦有鱼食性深海鱼具发达的牙列。狼牙鲷科角高体金眼鲷等鱼类具有毒牙似的锋利齿。巨口鱼目和角亚目中部分成员的齿向内弯曲，使猎物难以逃脱。角亚目和叉齿鱚科等类群的鱼类能大幅扩张食道和胃。黑叉齿龙䲢能吞下长为自身数倍的猎物，这种鱼可能在腹部异常膨大的状态下被捕获。另有深海鱼在肠道沉积黑色素等色素使之变黑，它们似乎以此防止在捕食发光生物时，光透过消化道从而吸引外敌。在难以连续捕食的深海环境中，高效能量存储是一个挑战。肝脏是深海鱼的