三年（1227年）五月，李全叛变，用青州投降蒙古。陈卓被任命为签书枢密院事，负责起草褫夺李全爵位的诏书，诏书写得很感人，诏书到了淮地，百姓们都自相勉励。 嘉定十七年（1224年），宋宁宗去世，史弥远自此掌权，陈卓与史弥远政见不和。端平二年，曾入朝任参知政事。绍定年间（1228年-1233年），陈卓任吏部尚书，同签书枢密院事，因与史弥远在政见上相悖，没法留在朝中，于是请求致仕。以资政殿学士回乡，宋理宗赠金紫光禄大夫、太师、开国伯。陈卓回乡后，不营产业，以教书为业，筑世纶堂，闲居十六年。淳祐十二年（12