学生参与青年从军运动，应征飞虎队翻译、入缅作战、参加印度远征军。联大期间，清华单独设立昆明办事处、研究院、特种研究所。研究院自1939年起逐渐恢复，设有文科、理科、法科3个研究所共12个学部，招收研究生。特种研究所依靠庚款基金利息，拥有农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所，服务军事研究，研制军用飞机、，研制出中国第一个电子管。抗战胜利后，各研究所并入相关各系。战争中，清华园遭到严重破坏，建筑物40%以上损坏，各类设备全部损坏，未南迁图书八成被损。1937年夏，清华园陷落后，少量留守教职工成立