，白保罗首次提出两者有同源关系。不过两者的近似词汇，到底是互借关系，还是接触关系，或是同源关系，或是三者都有，至今有争议。所以“澳台语系”迄今不是学界定论。相关的假说有南方大语系及汉-南岛语系等。分子人类学支持该语系存在，使用这些语言的人属于单倍群O-M175（汉-南岛语系）下的F265（南方大语系）下的M119。也有部分学者将此假说扩大涵盖至日本语族。
起源.史来葛（Schlegel）最早发展壮侗语系与南岛语系有许多相似的词汇形式，且这些形式达到一定数量，无法以偶然相似解释。