元，而且未包括转乘轻铁的费用），不像渡轮容易受天气影响，再加上毋须转车的方便，故此抢去绝大部份渡轮乘客，导致香港小轮于1999年4月1日起改由信德船务接办，不过客运量未有改善。另外城巴962线系路线（往来屯门南部至香港岛）于1998年上半年的开办和同年大榄隧道通车，令渡轮的客量更雪上加霜，加上渡轮收费昂贵，但服务没有改善，最后支持不住，航线最终于2000年7月永久停航，接近80年的屯门至中环的渡轮服务历史正式划上句号。
二十一世纪.愉景湾航运曾经在此开办来往赤鱲角码头及东涌发展码头