经费筹措有困难，工程迟未开始。1999年9月21日中台湾发生九二一大地震，教区内多处圣堂严重受损，公署大楼兴建经费改用于修缮圣堂而无限期延宕。2004年下半年，再次重新计画新公署建筑，杨明雄建筑师负责公署设计案，外型设计为圆形，内部则为方形，为突显中华文化中「内方外圆」的理念。2006年8月15日经主教核可后开工，2007年9月8日公署落成启用。