由于旧校舍涉及26座问题公屋丑闻，曾于1990年进行加固工程，由金门建筑承建。但在完成加固工程后，校舍可用空间因而减少，故石荫慈幼学校在翌年暂迁至邨内另一所空置校舍（前身为被杀校的中华基督教会基荫小学）。1993年，学校受石荫邨重建计划影响而搬迁至安荫邨，并获澳门赛马车会创办人叶汉捐款而易名。值得一提的是，慈幼叶汉小学是全港最后一座採用1980年代标准、且设有操场大楼的小学校舍（而最后一座同类校舍为伊斯兰鲍伯涛纪念小学，位于黄大仙慈乐邨，1997年才完工），而当时平禧校舍已在全港广泛应用。最初，慈幼