公室（简称“全国爱卫办”）设在卫生部，与卫生部疾病预防控制局合署办公。全国爱国卫生运动委员会的组成单位及委员由国务院批准。委员一般由国务院有关部委、中央有关部门、社会团体领导组成，每届任期五年。2013年，撤销中华人民共和国卫生部，成立中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会，内设机构包括疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。地方各级爱国卫生运动委员会办公室也相应作出调整。2013年调整后的全国爱国卫生运动委员会由中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、中华人民共和国国家发展和改革委员会、中华人