一期工程仅有会展中心站作为1号线及4号线的换乘站。在1号线月台层装有两对扶梯，连接4号线的两个侧式月台，而十字型的会展中心站更是国内首个通车的一体式十字换乘车站。二期线路中，由于各站建设条件，与一期车站的预留情况等不同，因此换乘方式亦有所不同。其中老街站及黄贝岭站的换乘方式最为方便，为同台换乘/跨月台换乘，而世界之窗站、福田站、宝安中心站、深圳北站亦有扶手电梯或垂直电梯连接两线月台，换乘亦算方便。而在购物公园站、市民中心站及少年宫站，换乘时需从月台搭乘扶手电梯到站厅，经过两线站厅的换乘通道到另一线路的站