名和曾祖父萧承之的名字同音，而不去到任，之后朝廷改授他为中书郎，迁黄门侍郎，萧长懋也没有接受。昇明三年，萧道成准备接受禅让登基为帝，萧赜也已经回到京师，父子俩人因为襄阳是当时的军事重镇，因此不想让别的家族来指挥，于是便让萧长懋出任，任命他为持节、都督雍、梁二州和郢州的竟陵、司州的随郡诸军事、左中郎将、宁蛮校尉、雍州刺史。
杀范柏年.建元元年，萧道成受禅称帝，建立南齐，封长孙萧长懋为南郡王，食邑二千户。当时东晋、南朝皆未有嫡皇孙被册封为王者，萧长懋首开先例，进号征虏将军。在此之前