政府为三权分立联邦制：行政部门、立法部门、与司法部门。其中行政部门由民选总督领导（相当于州长），也是波多黎各最高行政长官；立法部门为两院制波多黎各立法议会，由参议院和众议院组成；司法部门大法官由总督提名经参议院同意任命。波多黎各司法体制为混合欧陆法系和英美法系，因为之前西班牙为欧陆法系但美国则为英美法系。总督和议员为直接民选，每任任期四年。波多黎各共划分为78个市（municipalities），分别选出自己的市长和市议会。
波多黎各政治定位.波多黎各仍为美国的一个「未合并领土」，