世子司马元显执政时，桓石绥任司徒司马德文的左长史。元兴元年（402年），桓玄消灭司马道子、司马元显父子的势力掌政，桓石绥任黄门郎、左卫将军。元兴三年（404年），桓玄兵败被杀后，桓石绥逃入涂中（今安徽滁州），打算聚众攻打历阳（今安徽和县），并盘据在江淮之间，于义熙二年（406年）就与司马国璠、陈袭于胡桃山聚众侵扰东晋郡县，遭刘怀肃击破。义熙六年（410年），桓石绥乘卢循作乱，自洛口（今陕西洋县）起兵，自号荆州刺史；同时征阳令王天恩亦自称梁州刺史，进据西城（今陕西安康市西北）。时梁州刺史傅歆就命魏兴太