与主张大胆西进的前主席许信良表示抗议，抗议布条上写着「贺邱义仁去中国没死」九字。1999年1月3日，民间全民电视公司举办「跨世纪国家走向系列辩论会」，沈富雄与郭正亮说修正台独党纲是民进党诚实面对自己的作法，林浊水与邱义仁反对修改台独党纲。2000年总统大选中，邱义仁成功使陈水扁当选总统，民进党首度执政。2004年总统大选中，再度规划选战，使陈水扁顺利连任。在陈水扁政府期间，曾出任行政院秘书长、国家安全会议秘书长等职务。2007年2月6日被任命为总统府秘书长，2007年5月14日被任命为行政院副院长。