深城际线的旅客须在机场站或机场北站转乘11号线，进入深圳市区。又由于11号线采用地铁制式，因此已无与穗莞深线直通运行之可能。11号线工程是中国大陆首条采用头等车+普通车编组（2+6）、时速120km、并兼顾机场功能的快线（形式与港铁东涌线、机场快线、东铁线近似），目前国内尚无相关规范及标准，亦无先例可循。同时本线地质条件复杂，有跨海及穿越填海区地段，建设方面难点较多。从2006年至2011年，历经5年时间，11号线分别完成了总体方案研究、工可研、总体设计、初步设计等阶段，完成了相关专题专项研究（