1965年塞浦路斯问题（希、土两国争夺塞国的制宪权）恶化之后，面对出兵与国防议题，他与国王康斯坦丁二世争夺国防部的控制权，爆发君相的严重冲突，导致他在1965年7月被免职而倒台。虽然他在1967年的大选前稳操胜券而即将重新执政，但当年4月21日因乔治斯·帕帕佐普洛斯上校发动政变并开始军人独裁，使得帕潘德里欧被独裁政府软禁，一直到1968年11月他去世。
葬礼和纪念.在他的葬礼上，1/5的雅典人参加了葬礼并激昂地悼念，于是演变成第一个反抗军人独裁的群众示威（仍被镇压），这些反抗力量与