事件后，有感于台湾府城原有的植竹、木栅城墙防御能力低，于是以土石重修台湾府城城垣，是台湾土石城墙的首例。干隆六十年（1795年）三月十日陈周全事件发生，杨廷理带兵解救斗六，并收复彰化与鹿港两地，俘陈周全，事件于十九日吿平定。同年，遭福州府知府控昔日侯官县知县任内仓谷亏空，遭押解入京审讯，因私刻年谱而获罪。嘉庆元年判谪戌伊犁六年。嘉庆八年（1803年）润二月，杨廷理从伊犁赦还回籍。因尚积欠官饷，而无法复职。嘉庆八年冬至十年秋，寓居广州、柳州。后来在台湾仕绅资助及亲友借资下，成功降捐知府。嘉庆十一年（1