蝠中又有许多和229E亲缘关系接近的病毒被发现，与人类229E病毒和羊驼冠状病毒相较之下，这些蝙蝠病毒的刺突蛋白序列较长，其中与人类229E病毒关系较接近者，多出的序列长度亦较短；此外这些蝙蝠病毒与羊驼冠状病毒在衣壳蛋白基因的下游尚有一编码辅助蛋白的开放阅读框ORF8（在羊驼病毒中或称为ORFX），人类229E病毒虽无此开放阅读框，但此区的序列与其相似，可能是演化过程中丢失了此一开放阅读框。2016年，研究人员又在沙乌地阿拉伯与肯亚的单峰骆驼体内发现了一些与229E病毒关系接近的冠状病毒，这些病毒和22