2007年结业，哥本哈根地铁所有权转至哥本哈根地铁公司。 2007年9月28日，总长度4.5千米的2号线三期工程（黏土矿坑公园站⟷哥本哈根机场站区间）通车，该段由原丹麦国家铁路所属的阿迈厄岛铁路改建而来。为配合该期地铁工程，34列新地铁列车正式配属1号线和2号线。。然而，哥本哈根地铁阿迈厄岛段的以地面线及高架线为主的规划却引来许多阿迈厄岛居民的反对，他们认为哥本哈根地铁阿迈厄岛段应选择地下线，地面线及高架线会带来视觉污染、噪音污染并割裂城市。反对团体更曾尝试诉诸法庭以阻碍工程进度。当局后来决定在路面运行