极有可能在暗中下令将乔凡尼暗杀，一个普遍被接受的说法是卢克雷齐亚从她的哥哥那边得知暗杀乔凡尼的这项消息，并告诉她的丈夫，于是乔凡尼从罗马潜逃出去。1497年，亚历山大六世转往使用较柔性的手段使乔凡尼同意离婚，他命令乔凡尼的堂兄，同时也是促成这段婚姻的枢机阿斯卡尼欧·斯福尔扎说服乔凡尼同意离婚，离婚协议包括一个承认自己是性无能的声明，估计教宗的目的是希望保持卢克雷齐亚的贞洁以供日后能继续与其他势力联姻。起初乔凡尼拒绝签属并反过来指控卢克雷齐亚与她的兄弟及父亲乱伦，但教宗对外声称他的女儿由于并未与丈夫行房，