39型柴油机车使用之“Flexicoil”三轴转向架。动力装置与SD39型柴油机车保持相同，为一台12气缸、二冲程、水冷式、涡轮增压的12-645E3型柴油机。传动系统采用直—直流电传动，柴油机直接驱动一台D33型直流发电机，发出的直流电供给六台D77型直流牵引电动机。牵引电动机采用轴悬式驱动方式，牵引齿轮传动比为4.13（62：15）。