（主要为山东纵队），组织山东抗日游击战争、对抗侵华日军扫荡，并进行整军及推行三三制。10月，任中共山东分局书记和山东军政委员会书记。随后，指挥部队取得鲁中战役和孙祖战斗的胜利。1943年12月，朱瑞入中共中央党校学习。1945年4月，朱参加了中国共产党第七次全国代表大会，会后，朱瑞拟任中央军委副参谋长。但朱瑞主动提出要负责炮兵建设，任延安炮兵学校代理校长。
第二次国共内战时期.抗战胜利后，朱瑞乘坐美军调停小组的飞机前往东北。朱瑞提出了“分散干部，搜集武器，发展部队，建立家业”的十六