5日，公使馆升格为中华民国驻哥斯大黎加共和国大使馆，并派驻大使。1996年3月，与国会对中华人民共和国在台湾海崃试射飞弹，威胁中华民国即将于3月23日举行的首次总统直接选举一事，深表愤慨并发表公报谴责。哥斯大黎加并联合萨尔瓦多、瓜地马拉、宏都拉斯、尼加拉瓜总统及贝里斯总理共同发表公报予以声援。2007年6月7日，在建交66年后，哥斯大黎加与中华民国断交。当时有9名哥斯大黎加学生在台湾学习中文并攻读学士学位，中华民国政府在两国断交后仍继续提供奖学金以完成学业。
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