41年（1908年）开始兼任总督府总务局编修书记直至昭和3年（1928年）返回日本前，期间曾参与国民教育最高方针制定及国民读本编纂。其并于大正3年（1914年）至昭和3年（1928年）间接替小竹德吉担任厦门旭瀛书院院长，培育艋舺及厦门一带许多杰出人士如洪长庚、陈逢源、王祖派、陈赞煌、吕阿昌、吴秀三、杨海盛、王受禄、黄丙丁、王洛、陈华洲等。冈本氏亦曾透过沪尾公学校教谕兼校长小竹德吉介绍认识当时为小学生之杜聪明并影响其研究态度，更在228事件时隔海公开请求时任台湾行政长官兼警备总部总司令陈仪停止追缉之。冈本