这26人被带往长崎西坂的山丘上。行刑前为了避免市区内的混乱而发出禁止外出令，但是西坂山丘上仍聚集了超过4千人。临死之前，保禄·三木仍持续向围观群众宣扬自己的信仰；一行人在当日上午10点左右遭到刽子手以长枪刺穿两腋的方式身亡殉教。由于天主教教会具有保留圣髑的传统，这些日本最初的殉教者遗骸被分送至世界各地，并受到尊崇保存。因为当时有位葡萄牙籍传教士路易斯·弗洛伊斯纪录下了报告书，日本二十六圣人的殉教事蹟反而在欧洲流传开来。教宗庇护九世于1862年6月8日宣布将这26人列圣；1962年适逢列圣100周年纪念，