17世纪江户时代后，郡内大多数地区成为膳所藩的领地，此外也有少部分区域属于淀藩、、、、狭山藩、、、及幕府直属的领或旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属膳所县、淀县、前桥县、吉见县、宫津县、菰野县、伯太县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「