艾森豪威尔”号的任务是阻止伊拉克进攻沙特阿拉伯。在“沙漠盾牌”行动结束之后，VFA-131中队换装了F/A-18C战斗机。一年之后，该中队再次部署到了“艾森豪威尔”号航母上去红海和波斯湾支援“沙漠风暴”行动。1994年5月，该中队参与了乔治·华盛顿号航空母舰（CVN-73）的处女航，并加入了在波黑的禁飞区任务和在伊拉克南部的南方守望行动。1994年10月，他们回到了波斯湾并参加了“警戒武士”行动以回应伊拉克的侵略。1996年4月，VFA-131中队再次被部署到“华盛顿”号上，在地中海、亚得里亚海