保存在此次调查中发现的道爷遗址，遂决定将所在范围设为「文化遗址保存区」，部分范围列为生态保存区，但由于有部分区域属于供应南科园区电力的三竹变电所用地，考量整体电力规划难以变更设计，遂进行抢救挖掘。台南科学工业园区开发筹备处委託中央研究院史语所研究员臧振华组成「中央研究院历史语言研究所南科考古队」执行「道爷遗址未划入保存区部份抢救考古计画」，实际执行时间为1996年10月到次年8月，期间受到夏季豪雨影响，仅完成受到南科西路（今西拉雅大道）影响部分的发掘工作。而在计画执行的同时，于进行南科南、北路中央箱涵开