袭封衍圣公次年，金章宗赐孔元措四品勋封，授中议大夫。承安二年（1197年），兼任曲阜县县令。泰和元年（1201年）朝廷拨给衍圣公土地六十四亩。贞祐三年（1215年），金宣宗任命孔元措为东平府府判，十月十五，采纳朮虎高琪的建议，令衍圣公孔元措赴汴京随朝任职太常博士，孔元措族弟孔元用奉命代管曲阜祭祀之事。兴定四年（1220年），改任太常丞。元光元年（1222年）十一月，为同知集贤院，兼任太常丞。金哀宗正大四年（1227年）十月，孔元措写成《孔氏祖庭广记》一书。天兴元年（1232年）九月初一，孔元措被任命为泰宁军