方面队将司令部设在强森基地，并于1959年新设管制队和气象队。自卫队从这时开始，准备一面与美军共用该基地、一面逐步进行分阶性的移交。1960年12月，入间的基地跑道设施由美方交返给自卫队，美军第41航空师和第3联队也开始将其下的B-57轰炸机和F-102战斗机移往横田空军基地。1961年6月，双方正式缔结了《入间基地日美共同使用协定》，自卫队也在1962年开始掌管飞行场的管制业务、成立，并于1963年11月时从美军手中接下整个飞行场区的管理运用。1964年，于入间组建，展开了自卫队在该基地的防空业务。1