中央大学是当时肯塔基州最富盛名的高校之一，但老约翰希望儿子进一步拓宽教育面，在中央大学就读一年后，库珀转至纽哈芬市的耶鲁学院。他在耶鲁的同学包括斯图尔特·赛明顿（），两人之后会在联邦参议院共事。库珀积极参与耶鲁的多项课外活动，如大二德语委员会、大三毕业舞会委员会、学生会、班级日委员会、南方俱乐部、大学俱乐部和兄弟会与姐妹会等。身为大学生运动协会成员，他在学校橄榄球和篮球队效力，并成为耶鲁学院历史上首位在大三和大四时成为篮球队长的学子。大四那年，他成为骷髅会精英的一份子，但对未能进入大学优秀生联谊会深感遗