14个科只有化石样本，110个物种延续至现在。另外根据Bieler et al. (2014)的研究综合了分子生物学及传统的形态学分类，确认双壳纲物种可分成两大支序：原鳃类（Protobranchia）及Autobranchia，而后者又可再分为翼形类（Pteriomorphia）及异壳类（Heteroconchia）。异壳类然后又再可分成古异齿亚纲（Palaeoheterodonta）及异齿亚纲（Heterodonta）；而异齿亚纲又可再分为始异齿下纲（Archiheterodonta）及真异齿下纲