方式去应对清军的进攻，经襄阳逃入湖北，试图与武昌的明朝总兵左良玉联合抗清，左良玉东进南京，去南明朝廷「清君侧」，征讨马士英途中病死。4月李自成入武昌，但为清军一击即溃。5月在江西再败，后在湖北通山县南九宫山为明朝地方武装所杀（亦有说李自成自杀、下落不明或出家为僧等）。
制度.官制上大体依照唐制，略加修订，改内阁为天佑殿、六部为六政府，设有大学士、尚书、侍郎等，地方改巡抚为节度使、巡按为直指使，军事设前后左右中各营，权将军、制将军、威武将军、果毅将军等，其中权将军地位最高，入北京后规