热振寺许多僧人遭到噶厦拘押、体罚、流放，甚至连当地百姓也被牵连受害。热振拉章也被查封。在这个过程中，热振扎萨江白坚赞（后来曾任西藏自治区政协常委）等热振拉章的所有官员受到迫害，热振扎萨江白坚赞被投入监狱。热振一派的西藏噶厦噶伦彭康·扎西多吉也受到株连。色拉寺结巴扎仓堪布阿旺加措被迫逃往中国内地。热振寺受到了严重破坏，许多珍贵物品及佛像遭到毁坏、盗窃。1947年5月7日，五世热振在布达拉宫厦钦角监狱中突然死亡，传闻系遭毒杀。五世热振死亡后，西藏噶厦发布通告称：“热振寺拉章一干人妄图毁灭我政教，屡屡图谋不轨