拉共和国是在总统阿奎纳多被捕后，于1902年宣告成立的。其他的团体，包括摩洛族人和信徒，始终保持敌对状态直到他们在1913年6月15日于中失败。这场战争和美国的占领改变了菲律宾的文化景观，作为国教的菲律宾天主教脱离了政府体制（国家政教分离），同时引进英语作为政府和一些企业的主要语言。1901年3月2日通过〈斯彭纳修正案〉(Spooner Amendment)，结束军事政府统治，殖民地的权力由总统转移至国会授权，同年7月4日总统任命民事总督，开始民事统治。1916年，美国给予菲律宾自主权并承诺最终成立自治