甲午更张以后，李儁留心近代文明，进入法官养成所学习，毕业后进入法部，任主事。1896年2月11日“俄馆播迁之时，法部大臣张博被高宗列为逆贼五大臣之一而下令逮捕，张博闻讯逃走后，李儁害怕自己受到牵连，也翻墙躲进日本公使馆并亡命日本。他在日本期间，曾在早稻田大学学习法律，1898年卒业后归国。李儁回国时，正赶上如火如荼的独立协会运动。李儁积极投身这次运动，他加入了独立协会，多次在万民共同会上发表慷慨激昂的演说，强烈要求伸张民权，守护国家主权。独立协会被镇压以后，李儁遭到政府的迫害，“自是被嫌疑目，囚放无常