1937年，他被当局逮捕，1940年再次入狱。1949年3月25日，库尼亚尔第三次被捕，他在法庭上公开宣称自己是“无产阶级的儿子”，一年后他被判长期监禁。1960年1月，库尼亚尔在狱警的帮助下越狱。1961年，他当选为葡萄牙共产党中央委员会总书记，并流亡苏联。他是西欧共产党领导人中最支持苏联的一位，对苏联的各种外交政策都给予支持。1974年，葡萄牙爆发“康乃馨革命”，他得以返回祖国。1975年，他开始担任第一至第四届临时政府的不管部长，同年，他被选为葡萄牙共和国议会议员直到1992年他辞去葡共总书记职务。2