部开始常感不适，后于台大医院检查发现肝脏长有恶性肿瘤，且癌细胞扩散日益严重。2004年6月16日22时17分，杨基铨病逝于台大医院病房。
家庭.杨基铨与刘秀华育有一子杨平生；杨平生后毕业于建国中学，并获保送国立台湾大学物理学系，后留学加州大学，复任职于IBM公司，与其妻珊迪（Sandy）育有一子四女，并定居南加州。