艮第公爵领下的其他属地建立贸易联盟而得到了复苏，但好景不长，过重的税收引起了根特人民的反抗，最终导致了哈弗尔战役（Slag bij Gavere），根特的反抗被镇压，有16000居民死亡。低地国家的中心也从布鲁日－根特为代表城市的弗兰德转移到安特卫普－布鲁塞尔为代表城市的布拉班特公爵领地。1539年根特发生反抗神圣罗马帝国皇帝和西班牙国王查理的根特反抗（Gentse Opstand），查理亲临自己的故乡根特进行镇压，并命令根特的贵族赤脚带镣走过他的面前。16世纪末到17世纪，根特因为是加尔文宗的城市而卷入宗