，通过《法国革命史》、《黄帝魂》、《荡虏丛书》等教材宣传爱国主义、民族主义和民主革命。中国同盟会上海分会和中国同盟会江苏分会在健行公学内设立了秘密机关，并在此散发同盟会在日本东京出版的《民报》、《复报》、《汉帜》、《洞庭波》、《鹃声》等革命报刊。其间，孙中山经常来往于日本和南洋，每每途经上海，陈陶遗和柳亚子、高天梅、朱少屏等人多次到吴淞口外轮上面见孙中山并接受他的指示。清光绪卅二年（1906年）秋，陈陶遗第二次来到日本。他在日本为同盟会做机要工作，又接办了《民报》以及《醒狮》周刊，并担任了暗杀部的副部长