评论为傅斯年仿效其恩师、曾任北京大学校长的蔡元培先生改革北大，其同窗、后来成为台湾国立清华大学校长的罗家伦亦是如此改革清大。其中比较有争议的地方是将留学日本的医学博士杜聪明等在聘期满之后，便不再续聘，使之离开台大医学院。杜聪明之后往台湾南部发展，并在台湾五大家族之一的高雄陈家后代陈启川的赞助下，开创高雄医学院附设高雄医学大学医院，令台湾南部在成大之后第二间医学院。傅斯年在台大的改革使一部分人为之叫好欢唿的同时，自然触及了许多权贵者的利益，令对方极为不快和恼怒。当时台大师生反对国民党腐败无能，以权谋私等令