遗产创办霍普金斯医院的原因之一。他晚年订立遗嘱，将遗产中的700万美元（依照物价指数，约折合2010年的28亿美元）等分成两份，留以日后建立一所研究型大学和一所医院。1873年，约翰斯·霍普金斯在巴尔的摩病逝，终生未婚。遵照其遗嘱，以其命名的约翰斯·霍普金斯大学和约翰斯·霍普金斯医院于1876年和1878年先后建立。
名称与轶事.Johns这一拼法极其少见，即使以英语为母语者也经常将之与"John"（约翰）混淆。Johns这一罕见的名字来自约翰斯·霍普金斯的曾祖母玛格丽特·约翰斯