将其命名为，意为海盗群岛，因为明清年间珠江口海运贸易频繁，而万山群岛当时因偏远及战略性关键的地理位置而成为大量海盗的行动基地。万历年间修的《粤大记》中除记录有「外伶仃」、「北尖」、「但竿洲」等多个岛名以外，也有「贼湾」；或者记录有海贼出没。在清朝，淇澳岛和澳门以东的万山群岛皆属新安县管辖。随着中华民国成立，万山群岛（中国部分）也先后改由广州军政府和国民政府管治，继承清朝的地区建制隶属宝安县。1949年底随着广东省被中国人民解放军攻佔，中华民国国军节节败退。中共建政后，中华民国国军在万山群岛等沿海岛屿