方济各会的创始人亚西西的方济各在12个门徒的陪伴下来到拉比达，将穆斯林僧院改为方济各会修道院。方济各会的历史学者弗朗西斯科·德冈萨（16世纪）将拉比达方济各会的成立时间确定为1261年9月。然而，也有人将该修道院正式成立时间定为对立教宗本笃十三世发布的教宗诏书的日期，即1412年12月7日。早在1403年，教宗就任命了胡安·罗德里格斯和他的修道团体为拉比达的主教和圣职人员。
大航海时代.克里斯托弗·哥伦布于1485年首次拜访了拉比达修道院。他在修道院遇到了和等修士。由于相似的爱好，