南桃源先后迁至湖南长沙南郊的湖南省技术物理研究所和长沙东郊马坡岭湖南省农业科学院一大队，但仍在桃源开设农业实验站。研究所同时更名为中国科学院长沙农业现代化研究所。2002年5月，研究所整体进入中国科学院知识创新工程试点序列，其学科方向调整为亚热带复合农业生态系统生态学，2003年10月更名为中国科学院亚热带农业生态研究所。