眷、纥突邻部部帅匿物尼、纥奚部部帅叱奴根等人在阴馆聚集民众作乱，拓跋顺率领军队讨伐却没有取胜，北魏军队死了数千人，拓跋顺就留守宫廷，从白登向南进入繁畤故城，阻隔灅水固守，来安定人心。魏道武帝称赞他。天兴元年（398年）四月壬戌，拓跋顺被封为毗陵王，出任司隶校尉。
伐后秦.天兴五年（402年）六月，魏道武帝将要讨伐后秦，在京师东边郊区训练士兵，调度军队，命令镇西大将军毗陵王拓跋顺与豫州刺史长孙肥等三个将军率领六万骑兵为前锋，亲自率领大军随后出击。八月，魏道武帝下诏命令拓跋顺率领精锐骑