妈祖庙之一，但建庙年代有数个说法。一说荷兰时期已有渔民在鹿耳门搭建草寮供奉水仙、妈祖与佛祖（各供奉在前、中、后殿），郑成功来台后为感谢妈祖庇佑而加以扩建并供奉随舰护军的妈祖神像。另一说则指该庙是郑成功所建，以感谢妈祖显灵令潮水高涨，大军得以从鹿耳门进入台江内海。至于康熙年间成书的《台湾县志》则记载「鹿耳门妈祖庙，康熙五十八年各官捐俸同建。」。卢嘉兴认为明郑时期并没有祭祀妈祖，认为应以康熙五十八年（1719年）兴建的说法为是。《鹿耳门志》一书认为妈祖庙草创于明永历十六年（1661年），康熙五十八年（1719年