50年，涂羽卿等40名基督教人士发起《三自宣言》，成为中国基督教三自爱国运动的早期倡导人之一，担任中国基督教三自爱国运动委员会常委，以及第2-4届全国政协委员会委员。1952年圣约翰大学解散以后，涂羽卿任南京师范学院、苏州江苏师范学院物理系教授、以及上海师范学院物理系主任。文革时期，涂羽卿由于其基督徒身份以及与外国人结婚（牟莉已于1956年加入中国籍），受到批斗和关押，受到精神上及肉体上的严重刺激折磨，直到1972年被释放。1975年9月11日，涂羽卿去世。