担任仁蚌巴手下官员的辛厦巴才丹多杰起兵造反，先后佔据了香、八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年后，辛厦巴的势力范围已囊括了后藏的大部分地区。他自称为「藏巴加波」（，「藏巴」即今日喀则地区；「加波」是国王的意思）。1613年，辛厦巴的后继者彭措南嘉控制了阿里地区，同时兼併了四周的弱小部落。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信藏传佛教噶玛噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打信仰主巴噶举派的不丹，给活佛噶玛巴封上「卫藏之主」的印信，但却仇视新兴的格鲁派。1617年，喀尔喀蒙古卫地信仰格鲁派的信徒，曾经组成联军企图攻打藏巴