1868年迁往位于国王广场的新址（现为独立广场国家博物馆）。学会曾经阻止荷兰把学会的收藏品迁移到在1851年成立的荷兰皇家东南亚及加勒比研究所。在1846年至1920年期间，图书馆藏书从1115册增加到10万册。学会的图书馆在第二次世界大战和印度尼西亚独立革命的战火中倖免于难。在战争期间，学会当中日籍会员的人数令佔领东印度群岛的日军留下深刻的印象，当时日军也没有干预学会的运作。由于日本当局赞成图书馆继续负责当地图书的法定送存制度，所以图书馆收藏了大量在战争时期发行的官方刊物。学会在印尼独立后改名为印度尼