学勤任国家“九五”科技攻关重点项目“夏商周断代工程”首席科学家。1996年6月，“夏商周断代工程”正式启动，同年春，李学勤任“夏商周断代工程”专家组组长。2000年9月，“夏商周断代工程”通过验收，2001年，以其为基础的「十五」重点科技攻关项目「中华文明探源工程」开始部署，该项目首先进行了为期三年（2001年至2003年）的预研究，由李学勤主持。2003年8月，李学勤到清华大学历史系任教，曾任教授、博士生导师，同时名义上仍为社科院的兼职研究员。2007年，清华大学历史学博士后科研流动站成立，李学勤为该