行政院所有政策及人事任命。。2006年11月19日，苏贞昌表示支持兴建苏花高，一反前一任行政院长谢长廷提出以东部领航计画代替苏花高的政策。2006年12月31日，行政院举办「内阁年终检讨会」，苏希望大家「百无禁忌，自由发挥」，蒙藏委员会主委许志雄爆料称行政院院会坐在他左边的历任交通部长都会打瞌睡，坐在许志雄前面的农委会主委苏嘉全则说「好像坐在针上面，因为有人会告密」，苏贞昌听后调侃「原来我们的决策都是昏沉中做出来的」，全场大笑。2007年5月12日上午十一时三十分，苏贞昌于行政院召开记者会，宣布