书院创办人之一顾宪成的后代。光绪二十三年（1897年），顾栋臣中秀才。1909年，两江总督端方到无锡访问东林书院遗址，寻找顾宪成、高攀龙的后代，从而找到顾栋臣。正好此时军机大臣瞿鸿禨要为其子聘请家庭教师，端方便将顾栋臣举荐给瞿鸿禨。后来，顾栋臣任清朝学部郎中。宣统年间，顾栋臣成为资政院议员，还参加了帝国宪政实进会。