在读了八年半之后，其2004年申请电机系博士的论文答辩面临来自BBS水木清华站“博客”的强烈质疑，因此转入清华大学新闻与传播学院，于2006年7月获清华大学传播学博士。后于2008年4月－2012年12月攻读浙江大学创业学博士后，2014年4月开始在国家信息中心攻读网络安全博士后。但其申请清华大学博士的论文《基于博客的知识运行机制研究》被早期合作伙伴之一的周永德指称为枪手北大硕士刘双桂所写，引发媒体关注。
创业经历.1996年还在读博士的方兴东开始给戴尔写公关稿，第一次接触到了互联