现立体交汇，这些要求使得地铁建设预算翻了两倍，最终导致“第二系统”规划被搁置。
线网整合.1940年6月，BMT和IRT的下属线路被纽约市政府接管，并由交通运输局营运（该局也负责经营IND系统）。1953年交通运输局重组为纽约市公共运输局。机构重组后，纽约市大规模建设地铁的时期结束。与此同时，市政府开始拆除被认为“多余”的线路，多条旧有的高架铁路被关闭，包括、的大部分路段、、，以及的大部分路段。
各系统的差异.虽然纽约地铁线网整合已完成，但三个系统仍有区别