研究院第9任院长、2011年获提名连任，2016年受浩鼎案影响提前卸任。2018年浩鼎案一审获判无罪，士林地检署决定不上诉，无罪定谳。
争议事件.
宇昌案.2011年12月12日，在2012年中华民国总统选举前30天，中国国民党马英九政府由行政院经济建设委员会主委刘忆如出面指控宇昌案涉及不法，翁启惠发表声明认为目前舆论对民进党总统候选人蔡英文不太公平，不久后翁表示该声明不一定是针对蔡英文，所有参与的人都有责任呈现事实，帮助社会了解前后过程。2012