有所动摇，但是为了有效统治关东诸国须要再次东幸。虽然政府内部很多人提倡迁都，若没有天皇的决断光凭借臣下努力还是无法信服众人。3月7日明治天皇再幸东京。3月28日到达东京。这次太政官也一同来到东京，京都则设置留守官以安抚不满的京都居民。同年10月24日皇后也移跸东京。此后天皇就以东京为政治中心。天皇皇后移驻东京之后公卿、诸藩主、京都的政府官员和市民纷纷要求取消行幸，政府为了安抚民心发布了安民告示。甚至提出迁都名古屋的折衷方案。
政府机能转移.京都保留京都御所。到明治4年（18