中华社会民主党时期.邱毅曾加入过中华社会民主党，直到1994年退出。
新党时期.1994年加入新党。随即替当时加入新党的朱高正助选首届台湾省长选举，并出资成立地下电台，参加谈话节目累积知名度，进而成为政论名嘴。
亲民党时期.在2000年总统大选时，出任宋楚瑜竞选总部的发言人，后宋楚瑜组建亲民党，邱毅也随之加入。于隔年立委选举中，以亲民党参选人之身分投入高雄市第二选区参选，在该区应选五席而国民党提名三席的夹杀下，邱毅仍突围当选，而国民