担任立法院民进党党团干事长，是立法院有史以来最年轻的干事长。同年，陈水扁代表民进党参选总统，为了吸引选票，喊出新中间路线口号。之后陈其迈便与马永成翻译提出中间道路学说的西方政治学家的着作，为陈水扁的新中间路线造势。2000年陈水扁就任总统后，为改变正义连线在党内少数派系和民进党在立法院少数党的困境，陈其迈发起成立主流联盟，并任发言人一职。同时，还号召在1960年代左右出生的立委组成跨派系的「六〇社」，网罗高志鹏、蔡煌瑯、段宜康、卓荣泰等年轻立委入社。2001年12月，以第二高票再度连任立委。200