破坏后，马家堡站设备及 路枕路轨多由当地居民拆毁、藏匿。德国西门子公司1899年承建的那条有轨电车线路也同时遭到义和团拆毁，有轨电车被砸烂，电线杆、轨道被拆除。这座建于1897年的马家堡站遗址位于今马家堡村马草河以北，马家堡路与马家堡东路之间，北距南三环路约50米，遗址现存一个“洋灰台”被压在北京市小型动力机械厂宿舍区平房下面。该“洋灰台”即马家堡站地基，因上部建筑被义和团烧毁，故仅剩水泥（俗称“洋灰”）地基。根据该地基推测，马家堡站坐北朝南，平面为3个长方形纵向相连，略像一个“凸”字，站房位于北侧，站