1912年，畑中健二出生在京都一个地主家庭，为家中次男。昭和9年（1934年）6月毕业于陆军士官学校第46期，同年6月进入野战炮兵部队服役。后来又先后在陆军砲工学校与陆军大学校学习。1940年（昭和15年）6月、陆军大学校（53期）毕业。期间与同受皇国史观影响甚大的井田正孝与竹下正彦成为好友。太平洋战争爆发后，作为参谋参加战争，在1942年3月出征菲律宾不久后负伤。同年7月回到日本，8月升为陆军少佐，先后在陆军省兵务局兵备科、军务局军务课担任课员。
宫城事件.由于对日本政府