期间遭中华人民共和国驻联合国教科文组织代表要求大会禁止其进入联合国教科文组织开会，后经由国际教育组织秘书长执言并提出警告，终使其顺利全程与会。2008年1月，两国大学院校协进会签署《採认双方高等教育文凭及相关学分协定》，两国政府也在同年互派华语文、法语文助教，协助对方高中及大学的语文教学。至2017年，国立台湾大学等65所大专院校与法国相关院校签有各类学术合作协定超过582件。法国政府自1999年起，每年提供台湾15名科技奖学金名额；中华民国教育部每年亦提供法国18名华语文奖学金及5名台湾奖学金名额。2