万历四年（1576年），割潮州府饶平县信宁都南澳岛的青澳、云澳来属诏安县。入清以前，漳州府增设五县，达到十县规模。
清朝.清朝时，府治仍为龙溪县。雍正十二年（1734年）后，漳州府范围大约等同今日的漳州市（不包含龙海市角美镇少数地区、南靖县西北角之长塔村）以及龙巖市所辖漳平市少数地区、永定区少数地区与厦门市海沧区南半部、金门县金城镇东碇岛、广东南澳县东半部。雍正十年（1732年），以广东潮州府饶平、福建漳州府诏安两县分别持有之南澳岛诸澳合置南澳厅，由潮州府、漳州府共管。