2006年12月4日，黄文雄在台湾绿党网站发表〈我为甚么支持绿党？〉一文，公开表态支持台湾绿党的理念以拓宽台湾的多元政治光谱，并批评泛蓝与泛绿关怀的议题主要侷限于国家认同与省籍差异而非公共议题。2013年，两公约施行监督联盟首任召集人黄文雄表示，「拆大埔」的不公不义已是全国共识，年轻人突袭蛋洗行政院正是经典的「公民不服从」的表现，如果好好看他们事先准备的新闻稿，就会知道他们完全知道自己在做什么，不只有负面的批评，也有正面的建议，而且已经准备好付出法律惩罚的代价。
获选政大杰出校友