入朝后，列于满班，满臣认为他是汉人而不受；归入汉班，汉臣又因为他从满俗而不容。孙之獬于是羞愤上疏，声言「陛下平定中国，万里鼎新，而衣冠束发之制，独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国从陛下也」，言辞十分激烈。顺治二年（1645年）五月，随着李自成大顺与南明弘光政权相继被清军摧毁，多尔衮认为大局已定，于六月重新下达剃发令。七月，又下令「衣冠皆宜遵本朝之制」，并使用暴力方式强制在全国推行。
招抚江西.顺治二年（1645年）夏，清军攻克江西九江。孙之獬上疏请求前去招抚。在上疏中，他指出「志