根地铁列车宽度、高度均比丹麦国家铁路列车要小，二者的电气化供电方式也不相同。这使得丹麦国家铁路列车无法驶入哥本哈根地铁线路内。哥本哈根地铁的电力动车组在驶入丹麦国家铁路所属的线路时会因为电气化供电方式不兼容而无法依靠自身动力行驶。哥本哈根地铁列车驶入丹麦国家铁路所属的车站时也会产生较大的站台缝隙。哥本哈根地铁与丹麦国家铁路在行政上属于两套独立的系统，在技术上也缺乏互通性。腓特烈堡站老站房，在原丹麦国家铁路所属的腓特烈堡站关闭后，仍被丹麦国家铁路用作火车票售票网点。