在台北高校时期，经常有日本学生欺压台湾学生的事件，激起台籍学生反日思想，1941年太平洋战争爆发，郭琇琮与台北高校的同学蔡忠恕响应祖国抗日，在台北帝国大学成立学生反日组织，1944年学生间谍西山光世向宪兵检举台湾学生将日皇及皇太子照片故意从头部切断，密报谢娥与台北高校及帝大学生秘密集会，结果被日本宪兵逮捕，郭琇琮遭判刑5年，1945年8月日本战败，郭琇琮获释，参加国立台湾大学毕业考完成学业。
担任医学职务期间.郭琇琮毕业之后出任台大医院外科医生、医学院讲师，时值战后，由于防疫发生漏