告诉小矶国昭辩护律师三文字正平，后者于1948年12月16日穿越美军的封锁，将剩余骨灰收集取走，送入松井建造的观音堂内存放。1978年，靖国神社松平永芳将由「远东国际军事法庭」所处决、包括松井在内的七名甲级战犯秘密合祀，而此事在1979年4月19日被《朝日新闻》 报导，引起了日本和国际上的巨大争议。
松井与南京大屠杀关系之分析.松井石根于「南京大屠杀」所扮演的角色一直是历史学者的争议焦点，日本有些人士对其表示同情，将其称作受到不公正的审判、被求处过于严厉的死刑、或法庭并未认真审理所