清势力蜂起，明郑郑成功（国姓爷）即为其中一股强大的势力。唯经过几场败仗后，决定改取台湾，作为之后为反清的基地。1662年，郑氏攻下荷人政治中枢热兰遮城，以祖籍地赋名安平镇，设置承天府。明郑时期此焉开始，汉人亦跃升成为台湾开发的主导势力。1683年，清提督施琅攻下台湾，明郑王朝灭亡。台湾设一府三县，府衙门位于台南(台湾县)，是故该地亦有府城之别称。台南此后继续成为全岛首府百余年，是为一府。之后港口淤塞，清末至日治时期交通地位逐渐被高雄港(打狗港)所取代，战后台南虽新筑安平港，但今日仅为高雄港之辅助港。