王夫妇与投机取巧的英军大将约翰·丘吉尔（「天才统帅」马尔伯勒伯爵，是首相温斯顿·丘吉尔的祖先）发生矛盾，威廉私下气愤地说：「如果我不是国王，我一定会跟他（邱吉尔）一对一的决斗，至死方休」；玛丽更怀疑邱吉尔与废王詹姆斯二世勾结复辟，于1692年下令免除约翰·丘吉尔的所有职位。邱吉尔与两位君王的冲突，导致英国的政局动荡（邱吉尔的靠山是安妮公主，安妮与姐姐玛丽的激烈冲突，促成邱吉尔的免职）。玛丽死后，威廉在晚年与邱吉尔正式和解（1698年），任命马尔伯勒伯爵为英荷陆军的反法主帅（1701年）。威廉死后，马尔伯勒把