38年冬入中共中央北方局党校学习。1939年春，任中共中央北方局党校党总支书记。同年9月任129师供给部政治部主任。1940年，参与百团大战的后勤保障工作。同年11月起任冀南军区政治部组织部副部长、部长，坚持冀南抗日根据地的武装斗争。1944年任冀鲁豫军区政治部组织部部长。1945年2月，任冀鲁豫军区第6军分区副政治委员，对日军发起反攻，攻占夏津、高唐。
第二次国共内战.第二次国共内战时期，刘华清担任晋冀鲁豫军区二纵队六旅政委，参加了上党、邯郸、出击陇海路、定陶、巨野、鄄城、滑