洋开发研究院、、、等机构签署合作协议，共执行多项合作计画，每年约百余人次互访以及举办双边研讨会。此外，中央研究院亦与法国远东学院、国立东方语言文化学院、现代中国研究中心、史特拉斯堡大学、布朗利河岸博物馆等机构签署学术合作协定。2004年4月，中华民国全国教师会副理事长赴法国巴黎参加「关贸总协定与教育会议」，与会期间遭中华人民共和国驻联合国教科文组织代表要求大会禁止其进入联合国教科文组织开会，后经由国际教育组织秘书长执言并提出警告，终使其顺利全程与会。2008年1月，两国大学院校协进会签署《採认双方高