和南联邦相比，失去了大面积的领土，市场也因此缩小。加上经济政策的失败、战争导致的国际经济制裁，其经济陷入严重的困境。1990年代前期，南斯拉夫的货币南斯拉夫第纳尔遭遇了恶性通货膨胀。1990年代中期才摆脱了通货膨胀。而令南斯拉夫经济情况更加恶化的则是科索沃战争中对基础设施和产业设施的空袭。这些因素使得南斯拉夫的经济规模缩小至1990年的一半。米洛舍维奇下台后，民主反对派联盟的联合政权实施了经济安定化措施，开始了大胆的市场改革。南斯拉夫在2000年重新获得国际货币基金组织的会员资格，并再次加入了世界银行和欧洲