理系任教20多年，期间一直都是该系唯一的女性教授。1983年6月，第一届亚太物理会议在新加坡国立大学召开，林清凉也参与出席该场会议并发表论文。林清凉的丈夫冯缵华回台后几乎每天进出严重污染区，使得冯的身体状况迅速恶化，并于1985年6月底被诊断罹患恶性T型淋巴癌，尔后在1986年初秋于台北荣民总医院逝世。1990年，由林清凉夫妇联名的「冯缵华林清凉环境保护基金会」成立于台大环工所，以推广环境品质的科技与教育，并改进台湾的生活环境。1989年，林清凉领导重修台大物理系当时的系馆大厅，亲自设计其架构设计与摆设