院依法摄行大总统职权，并于6月2日至6月11日发布大总统令一百一十余道，任免政府官员，维持政府正常运转，直到6月11日黎元洪复职。后不满直系军阀，退出政界，出游欧美考察实业，回国后拟筹办孔雀电影制片公司。1923年10月21日，周自齐在北京病逝。葬于今北京市门头沟区周自齐墓。