教育家余饶理（George Ede，1854-1904，1883年首度来台）出任首任校长。余饶理之后，宋忠坚及巴克礼接曾代理校长。
日治时期.1895年（清光绪二十一年、日明治二十八年），清政府因日清战争战败，与日本政府签署《马关条约》，将台湾与澎湖割让给日本。台湾当地出现台湾民主国对抗日军，10月19日台湾民主国将领刘永福逃回中国、台南陷入一片混乱，日军当时兵临城下准备展开总攻击。受到台南城内混乱影响的本地仕绅拜託英国籍的巴克礼牧师与同为英籍的宋忠坚牧师前往会面日军。两位牧师于1