十二年（1362年），色目人那兀纳夺取亦思巴奚军领导权，又据泉州叛乱，到至正二十六年（1366年）才被效忠元朝的军阀陈友定平息。这次兵乱前后达十年之久，泉州社会因此受到极大破坏，经济开始衰败。
明、清.明初，明朝政府改泉州路为泉州府。明时设立兴泉道，驻泉州，设兴泉兵备一员，分巡兴泉道兼分理军务。清代因之，管辖泉州府、兴化府。康熙九年（永历二十四年，1670年）置兴泉道，管辖兴化府、泉州府，道治驻泉州府，与思明州的明军对峙。1727年，徙兴泉道道治于泉州府同安县嘉禾里（今厦门市岛内）