在「沙崙计画」核定后，全案也由交通部高速铁路工程局转交交通部铁路改建工程局办理，于2011年1月2日正式通车。
2003年－2010年.2003年，在交通部不再主导台南都会区大众捷运系统推动的情况下，台南县政府与台南市政府考量沙崙线的兴建对台南都会区带来的大众运输功能仍然不足，都市核心区域仍迫切需要大众捷运系统，相继于2003年间提出建置轻轨运输系统的构想；台南市政府提出于台南车站至亿载金城间兴建一条由轻轨运输系统所建成的路线，台南县政府则构思与其进行连接建置大众捷运系统，最终两县