府署（赤崁楼）西南方，（即今日大天后宫）；又建关帝庙、佛祖厅于宗庙之东北角，亦即赤崁楼之正南方，其正是祀典武庙的前身。但建庙之确切年份，据台南市政府文化局之相关资讯，尚无法考究其确切年份。史料上第一次记载之重修为清康熙二十九年（西元1690年），由台厦道道员王效宗主持，重建与扩建关帝厅，将庙门改为南向，并扩大格局使其拥有正殿、后殿、左右庑廊及初拜殿、三川门、庙前石埕等，即大致抵定今日所见之格局。而另一次有纪录之重修纪录，式微康熙五十五年（西元1716年）由台厦道陈滨主持重修，次年改建为规模庞大的庙宇。