特工队与特别任务连签定合作备忘录，每年派遣人员到访香港考察及接受训练等。
建立快艇队伍.考虑到香港三面临海及作为全球最繁忙的货柜港口，特别任务连认为需要积极提升其海事能力（特别发展海洋运输支援上的海事反恐能力），包括处理海盗袭击油轮及大型邮轮被劫持等等。1994年，香港政府拨款6亿港元予特别任务连，用以添置一小队最高航速达每小时逾50海哩的硬身橡皮艇。从此，特别任务连不再依靠水警总区及小艇队的快艇支援。香港主权移交前夕，基于特别任务连具有浓厚的军事色彩，特别任务连于香港主权移交