，袁隆平再次发起研究超级杂交稻。2000年，超级杂交稻实现百亩示范片亩产700公斤的第一期目标。2004年，超级杂交稻实现百亩示范片亩产800公斤的第二期目标。除了增产外，袁隆平表示新型的超级杂交稻将更重视水稻营养，其研究团队已经致力于试验新品种中增加维生素A、蛋白质、淀粉及其他营养含量，以期减少贫血和视觉疾患。就在2003年，中国大陆一半以上的水稻都为袁隆平的杂交品种；在世界范围，20%的水稻采用袁隆平的杂交技术。2007年，中国大陆的水稻产量为5亿吨。其杂交水稻技术已经在中亚、东南亚、北美、南美试验