在法萨卢斯扎营，引来庞培攻击。虽然庞培派军队人数占优，但他们仍被凯撒的军队击溃。庞培的骑兵之间缺乏协调是他战败的主因之一。
在埃及的战斗.庞培兵败逃亡埃及，却遭到托勒密十三世手下的宦官波提纽斯暗害。凯撒为追击庞培派残兵来到了亚历山大港，并卷入了托勒密和身兼其姐姐，妻子，和共同摄政的克里奥佩特拉七世之间的王朝战争。由于托勒密十三世参与策划杀害庞培，凯撒站在了克里奥佩特拉七世一方。凯撒曾希望宽恕庞培以换取政治资本；当他在看到庞培的头颅后曾痛哭流涕。在接下来的战斗中，凯撒被包围在亚历