，国家文物局和宁波市政府出资对秦氏支祠展开维修，1992年完工。1994年，秦氏支祠由宁波市博物馆管理，陈列工艺美术作品，同年随市博物馆并入天一阁文保所，此后成为天一阁博物馆的组成部分，并设置“中国现存藏书楼陈列”。2001年，秦氏支祠被列入第五批全国重点文物保护单位，与天一阁合并保护。2001年至2006年，秦氏后人，上海知名收藏家秦康祥所藏全部文物依其遗愿，由后人捐献给天一阁博物馆收藏。