40S亚基结合，因此eIF5对于形成具有肽基转移活性的80S核糖体十分关键。eIF5还参与与其他多个真核起始因子的相互作用。
结构.eIF5含有N端结构域和C端结构域两个结构域。其N端结构域为α/β型折叠，含有两个具有核苷酸结合活性的亚结构域、一个锌指结构以及一个在小GTP酶中普遍存在的精氨酸指（arginine finger）。并且N端结构域含有完整的GTP酶激活活性。eIF5的N端结构域的氨基酸序列非常保守，表明它能够在不同的真核生物中发挥类似的GTP酶激活活性。eI