回民学院成立后，规模不断扩大，面向全国招生，在校生最多时有2400多人。设中学部、师范部、阿拉伯文专修班（后发展为中国伊斯兰教经学院），成为回民的最高学府。1958年起，回民学院的干部、教师陆续调离，校园缩小。另外还抽调部分骨干教师分别参与筹建宁夏回族自治区、宣武红旗夜大、宣武师范、中国伊斯兰教经学院等。回民学院本部在1963年分为北京市回民中学、北京市第六十八中学。文革时期，北京市回民中学更名为北京市第一三五中学，1979年6月复名北京市回民中学。1985年，北京市回民中学、北京市第六十八中学重新合并