南华被列为种子球队，首轮将会轮空。今届赛事更首获香雪上清饮赞助，奖金会由上届 8 万港元增至 10 万港元，并会冠名为「上清饮高级银牌赛」<ref name="2008/09香港足球总会上清饮高级组银牌赛"></ref>。赛事胜出的球队将可以参加2010年亚洲足协盃。上届冠军东方及亚军杰志于本届赛事第一场出战便宣告落败，双双提早在半准决赛出局。而决赛由则由康宏晨曦迎战天水围飞马。结果，首次参加甲组赛事的天水围飞马以 3–0 击败康宏晨曦，夺得冠军。然而，由于天水围飞马并非香港足球总会的基本会员，因此球队