线路走向的不同，里昂佩拉什站分为两个站场。
主站场.里昂佩拉什站的主站场呈东西走向，其北侧两端分别设有嵌入式到发线站台，中部为4个岛式站台，南侧则设有一条通过线。主站场主要开行高铁以及前往巴黎、布雷斯地区布尔格、瓦朗斯、第戎、讷韦尔等方向的普通列车。
副站场.副站场则位于里昂佩拉什站的西南方向，通过一个长约100米的走廊与主站场连接，该站场设有两个侧式站台，没有通过线，主要用于开行始发前往圣艾蒂安、勒皮方向的普通列车。副站场西侧还有一个老式机车掉头转盘，现