幕府颁布了一国一城令，但由于津藩的领地同时包括伊势国及伊贺国，因此位于伊贺国的上野城得以继续保留，周边地区也继续以城下町的形势发展。19世纪末江户时代结束实施废藩置县后改隶属津县，1872年的第一次府县整併中被併入安浓津县，三个月后安浓津县即更名为三重县。1889年日本实施町村制，现今伊贺市的辖区在当时分属、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、共30个行政区划。此区域的行政区划在经历1950年代的昭和大合併后，这些行政区划被整併为上野市、、岛原村、、、六个行政区划；1998年