昌元年（322年），王敦于江州举兵，进攻建康，晋元帝加王邃任尚书右仆射。一个月后朝廷兵败，王敦攻陷建康并掌握朝政，王邃出任下邳内史。同年十月，王敦又升王邃为征北将军，都督青、徐、幽、平诸军事，镇淮阴。 太宁元年（323年），后赵君主石勒攻陷下邳，徐州刺史卞敦与王邃退守盱眙。太宁二年（324年），晋明帝知王敦要进攻建康并篡夺帝位，于是积极准备抵抗，其中征召平北将军、徐州刺史王邃与豫州刺史祖约等人入衞建康。后事迹不详。