尼 C"击破。构成马吉尼环形山的原始坑壁已残存极少，而它的外侧壁几乎已不复存在。北侧内壁上横贯了3-4道平行的断层痕迹，可能是东海盆地创建时所形成。坑壁平均较周边地形高出1930米。坑底表面接近平坦，分布有二座低矮的中央峰，地表上穿插了一些来自第谷坑的射纹束。构成该陨坑坑底的岩石成分到底是撞击抛射物，还是火山喷出岩，目前仍不清楚。
卫星陨石坑.按惯例，最靠近马吉尼环形山的卫星坑将在月图上以字母标注在它的中心点旁边。