24年12月18日（农历10月28日）出生于朝鲜庆尚道庆州，，新罗巨儒崔致远的后裔。水云的父亲是朝鲜岭南学派继承者庆州名儒崔鋈。崔鋈两次丧妻后，在60岁的时候又娶再嫁女韩氏生下水云。由于韩氏是再嫁，根据当时朝鲜的封建身份制度，水云是地位低下，不能参加科举考试的庶人。不过，崔鋈对水云非常疼爱，只让他读圣贤书，不让他耕地或做家务。10岁的时候，水云的母亲去世。13岁的时候，他的父亲给他安排了婚事，娶朴氏为妻。4年后，他的父亲去世。
创建东学.水云的父亲去世后，家境衰败，他开始周游朝