点又转回游戏系统，因为疲劳度等设定使得游戏具有相当高的难度，同时成为了火焰之纹章系列中销量最低的作品。此外，因为包括《圣战之系谱》的开发理念冲突在内的种种原因，自系列首作开始一直担任重要职位的加贺昭三在游戏发售数周前的1999年8月已从Intelligent Systems退职，使得火焰之纹章系列的开发人员处于群龙无首的状态。加贺昭三的离职使得Intelligent Systems的内部开发体制发生了变化，再加上64DD销量不佳这一因素，《火焰之纹章 暗黑巫女》的开发在2000年被作为一个GBA游戏项目