泥及浓缩后的剩余活性污泥在污泥消化缸内进行厌氧消化过程，消化缸内保持在摄氏35度左右，利用有机生物在厌氧的环境下发酵分解污泥中有机物质达到稳定状态。在厌氧消化过程中会产生沼气，内含甲烷，可作燃料推动发电机。沙田污水处理厂配备双燃料发电机（），以沼气或柴油发动，可输出1100千瓦电力。消化后的污泥先以离心式脱水机（）脱水，然后运往屯门污泥焚化炉处理。
污泥及污水测试.沙田中央化验室（Shatin Central Laboratory）于2004年5月搬迁到沙田污水处理厂化验室大楼