·威尔克斯·布斯刺杀林肯令宽大处理的唿声戛然而止，许多人认为林肯之死是叛变阴谋的最高潮，新总统安德鲁·约翰逊悬赏十万美元抓捕在逃邦联总统杰佛逊·戴维斯。叛军领袖被捕后，格里利主张“按公正判决处罚”。1866年，格里利的社论声称，不应一直把戴维斯关在门罗堡，要么开庭审判、要么还以自由。戴维斯的夫人瓦丽娜（）唿吁格里利发挥影响，推动戴维斯获释。1867年5月，里士满法官裁定前邦联总统可交十万美元保释，格里利等人提供保释金，他与戴维斯在法庭短暂碰面。北方公众对此愤怒不已，格里利的《美国冲突》下册销量锐减，《论