又辞职返回新加坡。在1918年，由于林文庆对大英帝国的服务，获颁英帝国官佐勋章。同年获香港大学颁授名誉法学博士学位。1920年林文庆与林义顺合资成立华侨保险（OAC Insurance）。华侨保险是新加坡第一间当地人拥有的保险公司。隔年6月，在孙中山先生的请求下，林文庆出任厦门大学的第二任校长，直到1937年7月第二次中日战争爆发。厦门大学是由他的朋友陈嘉庚出资创立。1929年，在厦门大学校长任内，林文庆把《离骚》翻译成英文，印度诗人泰戈尔为他作序。1937年，林文庆创立华侨筹赈祖国难民委员会