运列车包括3列CRH2A型动车组列车、2列CRH6A型动车组列车和4列CRH6F型动车组列车。CRH6A及6F为金山铁路专用列车，而CRH2A则会参与其它长途线路的运用。除此之外，金山铁路上还运行有一些货运列车。这些列车包括来往金山卫西站、新闵支线闵行站、浦东铁路芦潮港站的班次共计20多趟。