远高于从基因组上的均一分布推算出来的基因密度；而在基因间隙内，基因密度等于或低于随机分布期望的基因密度。基因密度因生物体的不同而不同（例如在拟南芥（"Arabidopsis thaliana"）的1号染色体上，大约每45kb一个基因），也随一个生物体内染色体的不同而不同（例如人类的第4、5、8、13、18号染色体和X染色体上的基因密度比第1、11、17、19和第22号染色体上的低很多）。