醒后，龙明宇和李氏商量，若是生了男孩，就让他出家，因为现白龙，表示净业。1672年，别庵性统在高峰寺出家，师从三山灯来禅师。1683年，别庵性统受具足戒。1686年，别庵性统在游历庐山、金陵（今江苏省南京市）来到浙江省，到明州天童寺求法。1687年，经法雨寺前任主持明益普荣的推荐，他出任法雨寺主持，开始修复法雨寺。1689年，康熙帝南巡，舟山总兵黄大来护驾，康熙帝赏赐黄金千两用以建立寺院。1699年，康熙帝再度南巡，当时别庵性统在杭州，康熙帝召见了他，之后康熙帝拨给他“江南黄瓦”12万，黄金千两，把镇海寺改