。增强子可以在被它调控基因的。而且增强子不一定靠近转录起始位点才能调控基因转录，已发现有些距离达几十万碱基对。增强子通过与激活蛋白的结合对启动子（不直接对启动子本身）起作用。这些激活蛋白与相互作用，后者通过使用多聚酶II和总转录因子开始基因转录。曾经在内含子内发现增强子。有时增强子的方向颠倒后并不影响它的功能。而且增强子可被切除并插入到染色体的其他位置，仍然影响基因转录。这就是虽然内含子并不转录但其多态性会起作用。
理论.目前对于增强子诱发的信息处理有两个不同的理论：Sect