895年4月17日，代表中国的李鸿章与伊藤博文在日本马关春帆楼（今山口县下关市阿弥陀寺町赤间神宫旁的一间割烹旅馆春帆楼）签署《马关条约》，台湾与澎湖等附属岛屿被割让给日本。在日治时期，唐宋元明时期传入日本的禅宗（演变成日本佛教）再由日本传入台湾。在日治时期，日本临济宗妙心寺派和曹洞宗来台湾布教，并建立许多道场，其中以临济宗妙心寺派的「临济护国禅寺」和曹洞宗的「曹洞宗大本山台北别院」（东和寺）最为重要，两宗派除了在台湾布教，也积极从事社会、教育等事业。两宗派在战后撤出台湾，但是至今仍持续与昔日有缘之寺庙进