主细川忠利被转封到熊本，小笠原忠真成为新的小仓藩主，此后直到幕末为止，都是北九州地区的统治者。
明治维新到五市合併.明治维新之后，日本在1871年实施废藩置县，北九州地区被划入小仓县。不过仅在5年之后小仓县的大部分地区就被併入福冈县，此后北九州一带一直属于福冈县。地处交通和军事要地的北九州得到了中央政府的高度重视。1889年门司港被指定为特定输出港和1891年门司车站（现门司港车站）至高濑车站（现玉名车站）之间的铁路开通意味着北九州成为九州的玄关口。1898年日本皇军将第12师团总