尔根·马尔加良于1978年出生于叶里温，中学毕业于叶里温第122中学，后于获工程学士学位。1999年－2001年服义务兵役后，马尔加良成为亚美尼亚军队的一名中尉。
遇害.2004年1月11日，马尔加良前往匈牙利布达佩斯参加北大西洋公约组织和平伙伴关系计划举办、为期三个月的英语研习课程，2月19日凌晨他于睡梦中被参加同课程的亚塞拜然中尉持斧头杀死。马尔加良当时的室友鲍拉日·库提（Balázs Kuti）回想事发前一晚约9点30分，马尔加良出门去拜访同来自亚美尼亚的学员哈伊克·马库奇扬