林氏为一强调台湾主体性的教育工作者，其对于台湾之史地教育的看法为：以台湾目前实质控制区域（台澎金马）为本国范畴，并应以此制定本国史之范围，对于现行的国文也认为有所争议。林氏的意见引发中央研究院院士许倬云的不满，许氏因此于2004年11月24日在《中国时报》撰文斥「林玉体身为中华民国特任公务员，经过宣誓，自应遵从宪法及法律的规定，执行其赋予的公务；该员否定国家的存在，则其服务的政府也不存在。」，同年11月26日林玉体于《自由时报》发表〈历史的院士 常识的侏儒〉，说「一位院士级的人，竟然不知『本国』到底指