阿拉莫斯参与的人数从1943年的几百人升至1945年的六千多人。欧本海默最初在大型团队的管理问题上遇到了不少难题，但在常驻实验室后便很快上手。他对计划的每一个科学方面都了如指掌，同时还尽力化解科学家们和军方之间在工作文化上不可避免产生的矛盾。维克托·魏斯科普夫描述道：1943年，研发精力主要集中在一种代号为「瘦子」的钚枪式裂变武器上。团队最初利用回旋加速器所制成的钚-239来研究钚的性质，这样的样本纯度极高，但产量极低。当实验室在1944年4月第一次获得来自X-10石墨反应炉的钚样本时，他们发现了一