50年代，中国国民党政权为了建立权威，实施了大规模的「扫匪行动」，许多实际上并非共产党员的「匪谍」因此被捕入狱。黄文雄的父亲，一个具社会主义思想的公务员，被打成「匪谍」，被捕入狱。黄文雄自新竹中学毕业后，考上国立政治大学新闻学系，当时就常问老师《中华民国宪法》第二章「人民权利与义务」中基本人权保障和戒严时期现实常见矛盾的相关问题。服兵役时驻在马祖外岛「东犬岛」（即东莒岛），退伍后于1963年曾经就读政大新闻研究所一年，1964年获得美国匹兹堡大学奖学金，到该校的社会学研究所就读，1966年则转到康乃尔大