于440年改元为太平真君，对佛教有偏见。太平真君五年（444年）九月，诛杀政变未遂的僧领玄高、慧崇等人。七年，太武帝西征抵达长安，见到佛寺僧侣多所破戒，酿酒、私藏兵器、淫乱妇女，司徒崔浩要求灭佛。三月，下诏坑杀长安沙门，并且命令留守平城的皇太子拓跋晃烧毁佛经，处决僧侣。太子因为笃信佛教而缓行，僧侣们得以多作准备，故被杀的不多，但是殿宇多毁。此次灭佛表面上是皇帝崇道灭佛，实际上是胡汉之争，因为当时佛教的支持者是鲜卑贵族，汉族士族崔浩企图通过崇道崇儒灭佛以及修史等举措对鲜卑政权进行“和平演变”，实现汉化