5月，张凤九随国民政府还都南京，在上海的妻子携儿子赴南京同张凤九重聚。1946年11月，张凤九当选为制宪国民大会代表，并任立法院宪法法规委员会委员。1947年3月22日，张凤九在南京突发脑溢血，当晚病逝。民国三十六年（1947年）3月24日的《中央日报》刊登了张凤九的讣告，治丧委员会成员有孙科、于右任、戴季陶、邵力子等人，追悼会在南京中山南路中国殡仪馆举行。