藩、刘暾和周馥上书反对，认为羊后被囚已不能与其他人勾结，且一旦杀死羊皇后，不旦会引起天下人伤心，更会被反对者利用为壮大声势的机会，要求重新考虑。司马颙阅后愤怒，追捕刘暾但始终没杀羊皇后。光熙元年（306年），皇太弟司马炽即位为晋怀帝，荀藩任太子少傅。永嘉二年（308年）接替病死的高光任尚书令。永嘉五年（311年）五月升任司空，但下月即发生永嘉之乱，洛阳陷落，晋怀帝被俘，荀藩与弟弟光禄大夫荀组在荥阳密县营建行台，移檄州郡，并以瑯邪王司马睿为盟主。不久又遇上避乱当地的外甥秦王司马邺，于是荀藩等就与他移镇许昌