杀藩吏、焚烧寺庙，最终使领内的民众响应了这次一揆之乱。起义军击败了前来镇压的3000人武士军队，并包围了藩吏躲藏的富冈城。后听说幕府军队正在前来，遂退守岛原南部原有马氏所领的原城。幕府特使板仓重昌三次发动进攻都不成功，最后板仓本人战死。幕府又派宰臣松平信纲来九州组织藩军，这次改为围城，等待起义军弹尽粮绝，同时请求荷兰军队砲轰支援。坚守原城的起义军和幕府军队都伤亡惨重，起义军于4月4日突围未遂，幕府军队从俘虏口中得知城内粮食已罄。4月12日，幕府军连同九州众大名，合共12万5800多兵力开始攻打原城，