一个行政长官 (后称校监: Chancellor)，有学者授课，并拥有制定好的固定课程。在早期校方与剑桥居民偶有摩擦，原因是年轻的学生 (一般年纪在14-15岁左右) 容易引起骚乱，而居民也时常超收这些学者与学生的住宿或饮食费用。因此于1231年，国王亨利三世颁发饬令将这个机构的成员纳入保护免受当地地主的剥削，准许这个机构拥有相当程度的自治，以及免除部分税赋 (而牛津大学迟于1248年才拥有类似的地位) 。他同时也要求教学方式必须一致: 只有那些註册在被认可的主管 (Master)之下的成员才能留在剑桥。