她就事件引咎辞职。1999年7月，香港电台播出中华旅行社总经理郑安国的两国论，惹来当时的港区政协委员，《镜报》社长徐四民批评，认为港台没有捍卫「一个中国」的原则，陈方安生与当时广播处处长张敏仪立场一致，坚持维护港台，引起亲共左派人士不满。 根据公务员制度，她本应于1999年以六十岁之龄退休，但获董建华挽留，决定留任至董建华第一任任期届满，即2002年6月30日为止。同年，陈方安生获特区政府颁授最高荣誉的大紫荆勋章，赞扬她毕生尽心竭力为香港服务，并自1993年起担任公务员之首，对香港平稳过渡，贡献殊多