卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。黑山派和白山派两派互斗不已，直到亡国。白山派的据点是喀什噶尔，黑山派的据点是叶尔羌城。1680年准噶尔部首领噶尔丹攻佔叶尔羌后，扶植叶尔羌汗后裔阿卜都里什特作为傀儡政权进行统治。到了策妄阿拉布坦时期，约在1700年准噶尔出兵重新控制了天山南路，不再立叶尔羌汗，叶尔羌汗国彻底灭亡。
政治.汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里台大会推举。法