指挥使司方面，明朝共有16个都司、5个行都司、2个留守司。16个都司中，有13个都司与布政使司同名，其它3个分别是北直隶境内的万全都司、大宁都司和山东省的辽东都司。5个行都司分别是陕西（治甘州卫，今张掖市）、四川（治建昌卫，今西昌市）、湖广（治郧阳卫，今郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。2个留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳县）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥市）的兴都留守司。此外，还有统辖黑龙江、松花江流域和库页岛等地的奴儿干都司，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都