两属的许多病毒在自然界以蝙蝠为宿主，两属病毒的共祖应该皆为感染蝙蝠的病毒。甲型冠状病毒属的许多病毒会造成严重的家畜疾病，如感染猪的猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）、猪流行性腹泻病毒（PEDV）与猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV），以及感染狗、猫与猪的甲型冠状病毒一型（"Alphacoronavirus 1"），也有部分病毒可造成人类的感冒，如人类冠状病毒NL63（HCoV-NL63）与人类冠状病毒229E（HCoV-229E）。
分类.甲型冠状病毒属可分为若干的亚属：