为独立机关，其主任委员有任期保障，但被起诉却无法更动以回应社会期待，这个问题在苏内阁在任期间得以解决。苏贞昌内阁在任时对交通政策方面亦不同于游钖堃内阁及谢长廷内阁选择不推动苏花高计画之政策，明确表态支持并推动苏花高建设。苏贞昌在参与2007年民主进步党总统提名选举落败后，于2007年5月20日向陈水扁请辞获准。苏贞昌率领全体阁员于2007年5月21日提出内阁总辞。
内阁成员（总辞时）."注意：仅列出异动部份"