件中约有37名苏军被杀。苏联被迫放弃干岔子岛，后来该岛被大日本帝国陆军收复。
后续.6月29日，日本驻苏联大使重光葵与苏联外交事务委员马克西姆·马克西莫维奇·李维诺夫会面，双方就干岔子岛事件进行交涉。苏联方面坚称，根据1860年清朝与沙俄帝国签署的北京条约，黑龙江上的岛屿均属于沙俄及其继承国苏联。然而在谈判中，苏联人同意从黑龙江撤军以缓和局势。此后，七月的某日在黑龙江上又出现了七艘苏联炮舰，但是日本人没有采取任何行动。最终，作为双方协议的一部分，日本允许苏联打捞先前被击沉的炮舰