发密札“令剿东番（台湾）倭”，沈有容拟“出其不意，攻其不备，率二十四艘军舰渡海前往台湾，大破倭寇。焚沉倭寇船只六艘，斩首十五级，夺回被掳男女三百七余人，从此台海上息肩者十年。并沈有容带军在大员驻扎二十多天。随行的陈第即根据台湾当时的原住民风土民情写成《东番记》一文。万历三十二年七月十二日（1604年8月7日），荷兰人韦麻郎趁明军汛兵撤防之隙开入澎湖，之后派人前往福建请求互市。南路总兵施德政欲令沈有容带兵剿荷兰侵略者，沈有容主张对战舰及武器皆胜于明军的荷兰侵略者“谕以理，惧以祸，令其自疑”。同年闰九月廿七日