法国海军同时将本舰指派至第2总队。维修结束后的耶拿号便开始在法国本土及法属北非多个港口之间执行巡航任务，而这也是本舰接下来在服役生涯中一直重复执行的任务。在1903年1月这段期间内，耶拿号经历一次大修，接着于同年6月前往西班牙卡塔赫纳，接受西班牙国王阿方索十三世登舰视察。耶拿号在1903年8月20日至9月10日期间再次经历改装，改装完后即于同年10月与地中海分舰队一同前去访问巴利阿里群岛；在回航途中，2名船员因在大浪中进行手动操舵装置训练，不幸落海丧生。1903年11月3日，马奎斯的舰长职务被海军准将取代，