本愿寺僧侣的调查，净土宗系（含净土真宗）宗派占大多数，约佔47%；日莲宗系（含创价学会）的宗派约占21%；禅宗系的宗派约16%；密教系（含台密与东密）约12%，其余4%。
特色.以下是日本佛教异于其他佛教之处。「寺请制度」、「本末制度」、「触头制度」虽已废除，但是仍然影响现今的日本佛教。
寺请制度.寺请制度是江户幕府的宗教统制之制度。源自江户时代初期，用于消灭天主教，在岛原之乱后全面实施。原本是天主教徒透过寺请，由寺院发行寺请証文（寺手形），証明放弃天主教