0月20日，胡安娜在里尔与神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世之子菲利普结婚。1500年2月，其子卡洛斯生于根特。她唯一的兄长胡安，以及长姐葡萄牙王后伊莎贝拉与其幼子米格尔相继去世，使其成为西班牙诸王国王位的优先继承人。1502年，卡斯提亚和亚拉冈的贵族议会——“科特”均承认她和她的丈夫是未来的君主。不久以后，胡安娜逐渐开始丧失理智，她开始疯狂地想念自己的丈夫菲利普，最后不得不赶往佛兰德与他会面。而当她到达那里之后，却发现丈夫并不忠诚于婚姻，这使她陷于绝望的嫉妒之中，导致了自己凄惨的结局：菲利普操纵当地