世逃出英国，皮普斯的政治生涯也告终结。他在1689年1月哈维奇地区的选举中失利，并于2月辞去了秘书职位。
皇家学会.皮普斯于1665年当选为皇家学会院士。并于1684年12月1日至1686年11月30日担任主席。牛顿的《自然哲学的数学原理》在此期间出版，初版封面上印有皮普斯的名字，表示对出版的许可。概率论中有一个“牛顿-皮普斯问题”即由牛顿与皮普斯的讨论引发。该问题是：掷6次骰子至少掷出一次6点，掷12次骰子至少掷出2次6点，掷18次骰子至少掷出3次6点，那种概率更高。最近的