义和内战，考古学证据也显示市场和武士神庙的木制屋顶在大约这一时间被烧毁。奇琴伊察随着犹加敦的统治中心移往玛雅潘而开始衰落。奇琴伊察虽然未被完全放弃，但城市的人口减少了，也没有再兴建新的大型建筑。然而神圣的溶井还是保持了朝圣地的地位。1531年，西班牙的征服者宣布对奇琴伊察拥有主权并打算将其作为西班牙犹加敦的首都，但几个月后当地玛雅人的起义把蒙泰乔逐出了该地。
遗迹.奇琴伊察有很多精美的石头建筑，并不同程度的保留到了今天。这些建筑曾被作为神庙、宫殿、舞台、市场、浴池和球场。