曹参军，转行当湘东王主簿，南朝梁时担任太子洗马。天嘉三年，担任太子庶子。高宗时，升黄门侍郎。侯景攻陷台城，文武百官奔散，只有萧允整衣冠坐于宫坊，有人问他为何不走，他回答：“夫性命之道，自有常分，岂可逃而获免乎？”。天嘉六年，入朝担任光禄卿。蔡景历之子蔡征对他很敬重。陈后主尝问蔡征对萧允评价如何，蔡征说：“其清虚玄远，殆不可测，至于文章，可得而言。”隋军灭陈后，萧允与尚书仆射谢伷以年老辞官。不久，因病逝长安。