遭到有台独主张的台湾侨生黄海宁到现场闹场，指责时任卫生福利部部长的叶金川以中华台北名义参加是“亲中卖台”，蔡英文也称：“台湾不能为了参加世界卫生会议，牺牲主权。”2009年的邀请函并未提及一中原则，然而2016年世界卫生组织（WHO）发送给台湾新上任蔡英文政府的邀请函中首度加上联合国2758号决议文，以「一个中国」的原则让台湾用「中华台北」名义参加。时任行政院长林全表示：“卫福部长林奏延以中华台北名称演说，虽不满意，但勉强可以接受。”
2017年.2017年5月，北京政府因台北蔡英