运廵抚凤阳。万历二十二年，担任南京户部尚书。万历二十三年，任工部尚书，同年继母去世，辞职丁忧。
主政吏部.万历二十六年（1598年），吏部尚书蔡国珍被罢免，当时朝廷推选七名候选，李戴名列最后一名，明神宗则选择李戴。当时赵志皐、沈一贯辅政，虽然不敢干涉吏部权限，然而吏部缺少官员时，九卿及科道掌印者全都自己推举然后听从上级裁定，而吏部的官员也由九卿推举，吏部尚书一职则不能选择自己下属，而在外地的府级副官、州县官员则用掣签方法，吏部的权力日益削减。李戴即任后，仍然谨守规定，于是倖