，调任户部主事，升户部员外郎。弘治十六年，云南发生天变和地震，孝宗命侍郎樊莹巡视。樊莹回朝，上奏罢免监司以下三百多人。席书上疏反对，并请求改革，但当时孝宗没有听取其意见：武宗即位，席书外放河南按察司佥事。正德四年（1509年），改贵州提学副使。当时王守仁贬官龙场驿丞，席书从州县中遴选子弟，延请王守仁讲学，“阳明学说”从此声名鹊起。正德六年（1511年），席书升任河南布政司右参政；正德八年（1513年），再升浙江按察司按察使。次年，连任山东布政司右布政使。正德十二年（1517年），改云南右布政使；次年改福