美国原住民的权利。大多数ACLU参与的案件来自美国共产党和耶和华见证人。1940年，美国公民自由联盟被卷入红色恐怖，成员投票解除了共产党员的领导职务。第二次世界大战期间，美国公民自由联盟保护被强行迁往收容所的日裔美国人。冷战期间，美国公民自由联盟总部被反共主义者控制，但许多地方分支机构仍参与保护共产党员。到1964年，美国公民自由联盟会员人数已上升至8万，也直接参与当时公民自由的大扩张。1960年代，美国公民自由联盟继续其长达数十年的推动政教分离的努力，也为越战期间若干焚烧征兵证或佩带红臂章的反战分子辩