玉皇阁于明朝宣德二年（1427年）重建，后经明弘治二年（1489年），万历五年（1577年），清朝康熙四十年（1701年），咸丰七年（1857年），光绪十六年（1890年）皆进行过大规模的修缮，小修每数年一次。玉皇阁建筑群整体规模庞大，背靠宫北大街，面朝海河三岔河口，由东向西依次建有旗杆、牌楼、山门、前殿、八卦亭、清虚阁、北斗楼、南斗楼及三清殿等建筑组成，今仅存清虚阁。清末天津的社会动荡和战乱对玉皇阁造成灾难性破坏。中华人民共和国成立后，1954年玉皇阁被列爲天津市文物保护单位。1965