澄的削藩建议，以加强中央集权。驻守北平的燕王朱棣（即后来的明成祖）遂以「清君侧」为名，誓师「靖难」，挥军南下京师。惠帝亦派兵北伐，当时讨伐燕王的诏书檄文都出自方孝孺之手。因为燕军骁勇善战以及建文帝等人的错误指挥和判断，王师逐渐失利。建文三年，燕军攻占大名。方孝孺建议道：“燕兵在大名长久停顿，天气炎热，定会不战自疲。请急命辽东部队进入山海关进攻永平、真定部队进攻北平，燕兵必然回援。我们再发兵攻击撤退部队，即可擒下。”明惠帝赞同，并命方孝孺草拟诏书，派遣大理寺少卿薛嵓抵达燕军，并赦免燕王罪行，使其罢兵回藩。