本岛福澳村发现史前文化遗址，考查出土文物证实与福建省闽侯县甘蔗镇昙石村的「昙石山文化遗址」同属新石器时代文化层。南竿岛昔称「下竿塘」，与北竿岛合称「上下竿塘」、「竿塘山」。在北宋中期，福建长乐、连江等县沿海居民，已涉海移居南北竿，以农、渔为业。南宋梁克家的《三山志》中曾记述到：「上下竿塘、大小亭山、桑嵛、关岭、蛤沙、北茭镇，俱在现东北海中」，系最早的书面文献。本岛仁爱村大王宫石碑镌刻「林酉才喜舍中统钞二十贯」，推证在元朝时期各聚落已然成形，且颇为繁盛。明朝初年实行海禁及「迁民墟地」政策，南、北竿