医院中，最常用之诊断方法。2014年于利比里亚推行的新型流动测试设备，能在样本呈交后的3-5小时之内给予结果。
鑑别诊断.伊波拉出血热病症与的如出一辙。其亦容易与其他一些常见于非洲赤道地区的疾病混为一谈（如：其他的病毒性出血热、疟疾、伤寒、志贺桿菌病、立克次体病（尤其是斑疹伤寒、霍乱、革兰氏阴性菌败血症）及诸如及出血性肠道炎等的莱姆病）。除此，钩端螺旋体病、恙虫病、鼠疫、Q型流感、念珠菌病、组织胞浆菌病、、器官利甚曼病、出血性天花、麻疹和急性重症型病毒性肝炎亦位列鑑别诊断的名单上。