乘佛教的宗教影响并未消除，仍在民间流传。19世纪，柬埔寨沦为暹罗和越南的双重附庸。1864年，法国建立交趾支那（位于今越南南部）殖民地，柬埔寨国王诺罗敦一世请求法国对柬埔寨进行保护，柬埔寨法国保护国成立。比起英国在缅甸、斯里兰卡殖民地破坏佛教、强推基督教，法国殖民统治较爲柔和。为了颠覆泰国寺院教育在该地区的统治地位，并使用老挝化和高棉化的佛教加强殖民统治，法国设立了在远东学院（EFEO）用于研究东南亚历史、文化和宗教。这一时期的僧侣和佛教信徒成爲社会进步的重要力量，积极参与政治生活和民生事务，巴利语系上