媒体报导的争议中，某种程度是媒体断章取义乃至于恶意抹黑，但是杜正胜从不低调，一贯以持续的发言为自己辩解，也是造成其争议新闻扩大的主因之一。
评价.杜正胜任职教育部长期间（2004-2008），因推动「本土化教育」背负不少骂名，而香港武侠小说大师金庸于2005年访台接受媒体专访时，曾表示自己非常欣赏杜正胜，直言：「我自己研究历史他是历史学家，他写很多文章我看了很佩服他，我希望能认识他跟他请教。」
家庭.夫人陈芳妹，为台大艺术史研究所兼任教授，育有一子（杜明夷