以杜嫌隙之渐；三、一政令，以杜欺蔽之渐；四、清传奉，以杜假託之渐。并称言兴府从驾的官员不应该随意授予。嘉靖帝均採纳了这些建议。嘉靖元年（1522年），嘉靖帝欲尊其生母为太后，当时恰逢掖庭起火，朝廷大臣均称其归咎与此事。邓继曾继续上书称：当时提督三千营的广宁伯刘佶久病不起，而宣大、关陕、广西多有边警，中原盗窃起义发生。邓继曾于是陈战守方略及储将练兵足食之计，多被採纳实行。嘉靖三年，嘉靖帝逐渐疏远大臣，政事大都由宫内决断。他随即抗言称：奏疏呈上后，嘉靖帝震怒，将他下诏狱进行拷问，并贬为金坛县县丞