八事件后左倾，由蔡孝干引介加入共产党，成立省工委台北市工委会发展组织，引荐许强、胡宝珍等医师加入共产党，光明报事件后基隆市工委与台大法学院支部遭破获，台北市工委也遭瓦解，1950年5月2日郭琇琮与妻子林雪娇在嘉义遭到逮捕，1950年11月28日被枪决于马场町刑场。
生平.父亲郭坤木善于理财，担任过彰化银行板桥分行行长、常务董事。郭琇琮生长在富裕家庭，因此进入贵族学校桦山国小就读，考入台北一中（现为建国中学），1938年考取台湾总督府台北高等学校理科甲组，毕业后原本考取东京工业大学，