内燃机务段亦希望该型机车能够投产，但因受到文革时期对科研工作的冲击，该型机车最终未能投入批量生产。1966年初，大连厂和大连所根据铁道部制定的科技规划，计划对飞龙型机车及其液力传动装置进行全面改良，至同年8月底完成飞龙型0002号机车的设计，但之后在“一月风暴”推动的夺权运动影响下，工厂的正常生产和科研工作受到严重破坏，最终使飞龙型0002号机车的试制中途夭折。飞龙型柴油机车最主要的问题在于它的传动轴系统，由于液力传动箱的安装位置偏向前端转向架，因此通往后端转向架的万向轴有将近三米长度，运用证明这样过长