中有五条自苫小牧港出发，三条自小樽港出发，两条自函馆港出发。2011年，国土交通省指定 国际散货战略港湾 钏路港， 北海道和本州之间的渡轮有172.3万人乘坐。渡轮也是北海道本岛和离岛之间重要的交通手段。现在北海道本岛和奥尻岛、天卖岛、烧尻岛、利尻岛、礼文岛之间有定期渡轮航线。2011年，北海道本岛和离岛之间的定期航线乘客数为68.3万人。在国际航运方面，北海道和俄罗斯之间开设有定期客运航线。2011年，北海道和俄罗斯之间的轮渡航线有乘客3,629人。
空运.在1937年，曾开通札