节式转向架有两种的设计，分别为两点式支撑和四点式支撑设计，每种设计均有两个版本──具动力和无动力的转向架。另外，E993系也是首次採用由电动机直接驱动车轴的设计，以减少行车时产生的噪音和方便维护。而为了比较直接驱动设计在不同转向架的表现，京叶线内的一辆103系也同时被改造成直接驱动型车辆。除此以外，E993系首次在列车上试验安装一套或以上的备用机器（主要为车门操作系统和列车控制系统）。控制室方面，E993系的两个控制室也採用了不同的设计。E992-1控制室面积与以往的通勤型列车相若，也使用一般高度的驾驶