亦有传闻金正男与其弟金正恩不和。2009年4月，金正恩曾派人搜查金正男位于平壤的别墅「幽暗阁」，并且带走别墅管理人员，可见二人关系紧张。另外在金正恩被内定为继承人之后，传闻其身边亲信密谋暗杀金正男，但被中国（可能是和金正男有贸易事业关系、过往甚密的太子党）方面制止。
海外活动.根据2010年的报导，金正男再次经常往来于北京市和澳门之间，也曾到曼谷、阿姆斯特丹、苏黎士、维也纳和莫斯科等城市。他形容自己是一个「有权利在中国生活的朝鲜人」，而「被朝鲜放逐之说，绝对不实」。2011