国民党并指控院士陈良博与何大一等人有利用国家资金图利自身之嫌，向监察院和特侦组进行举发，并指称他们为科技业败类。宇昌案对2012年中华民国总统选举蔡英文的选情造成极大的影响，民进党人士指控刘忆如涉嫌变造公文。中研院前院长李远哲、院士陈良博、生技大老杨育民等科学家出面替蔡英文背书，何大一则于大选结束后进行澄清。蔡英文表示，她担任副院长期间未参加宇昌公司的筹设，卸任副院长后，在科学家邀请下，担任负责人并协助募资，她的家族不曾获取暴利，反而为人民与政府获利10亿 。当时的行政院法规会认为此事并未违反旋转门