（1784年）知府孙景燧再次重修。之后在嘉庆元年（1796年），又由仕绅沈清泽、林有德、黄世绶等人与住持僧奕是如募捐整修。然而在嘉庆廿三年三月十六日（1818年4月20日）寅时，大天后宫发生火灾，受损严重。当时重修所需经费台湾府官方难以负荷，遂委由府城三郊主持重建。此次重修并未大幅改变外观结构，但据学者毛绍周的考据，蒋元枢时期大天后宫的正殿是在第二进的位置，可能在此次重修后将之移到第三进的位置。而据《台湾采访册》记载，当时火灾造成「中殿及后殿俱烬，神像、三代牌位荡然无存，住持僧所蓄银钱俱镕化。惟大门一列