义极力接济和营救政治犯。1927年任中华民国大学院副院长（院长蔡元培），1928年任国民政府中央研究院总干事、社会科学研究所研究员兼代所长。1932年任中国民权保障同盟筹备委员会副会长兼总干事。抗议蒋介石秘密处决邓演达和积极营救被捕的共产国际特工牛兰夫妇。1933年6月18日在上海法租界亚尔培路（今陕西南路）331号“中央研究院国际出版品交换处”大门前遭国民党军统特务赵理君（化名曹立俊）等暗杀，连中10枪，当场死亡，年仅40岁。
着述.杨杏佛是最早研究和传播科学管理的中国学