两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。没有给予任何地区的公民免签证待遇，持中华民国护照的中华民国公民可于抵达首都的伊瓦图国际机场时办理落地签证入境，签证费视停留效期而定。签证相关事宜，可询问马达加斯加驻日本大使馆。若由黄热病疫区国家入境，则须出示黄热病疫苗接种证明（黄皮书）。持马达加斯加护照的抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多30天并不得延期。
相关警示.有鑑于2019冠状病毒病疫情，中华民国外交部的国外旅游警示分级表将马达加斯加归类为红