着搁置争议的原则，针对当时韩国人越界开垦的问题和两国陆路贸易的现状，第十二款规定双方均须禁止“潜越边界”，并且“重订陆路通商章程税则”。这虽然为当时中韩建交创造了条件，但也会后来愈演愈烈的“间岛问题”埋下伏笔。而且在条约谈判过程中韩国也钻了中国的空子，朴齐纯援引中国和巴西的条约，硬是在草案第五款第二项加入了“由地方官一面知照领事官，一面派差协同设法拘拿”一句 ，这成为后来韩国派官兵进入中国缉捕逃犯的依据。总体看来，《中韩通商条约》不仅是清朝和大韩帝国签订的第一个平等条约，更是中国与朝鲜半岛官方平等交往的