后撤离澎湖，日军自此完全控制澎湖。日治时期，该砲台曾于明治三十五年（1902年）5月20日到明治三十七年（1904年）9月15日期间重修，改称天南礮台，工事总监为支部长工兵少佐柴恒房，主任官为技手石川义仙、菅野外三郎、杉野中造。二次大战后一度成为中华民国陆军澎湖防卫司令部天南营区（通信营）所在地，后来军方释出此地移交给澎湖县政府。澎湖县政府文化局于2013年9月25日，将美制M1式40mm高射炮1门安置于金龟头砲台，因国军早期从于此架设此型号高射炮，后因整备汰废而移出，所以县政府文化局向国防部提出要