贡院房舍的砖瓦被拆除来充当防洪物资。翌年，贡院重修，新建房舍10009间。光绪二十六年（1900年）乃是庚子年举行乡试之年。7月，八国联军进攻北京，乡试未能如期举行。清政府决定于光绪二十八年（1902年）补行庚子乡试，因北京贡院毁于战火，故清廷决定顺天乡试8月移至河南贡院举行。因河南贡院号房有限，河南本地乡试延迟至10月举行。光绪二十九年（公元1903年）癸卯乡试年，河南贡院举行了辛丑科会试、顺天乡试、河南本地乡试。至光绪三十一年（1905年）朝廷宣布停止乡试、会试。河南贡院成为中国科举考试的最后举