受聘担任刊物《时事漫画》的副主编。1940年春，庄五洲前往上海发展。1941年，他辗转前往苏北，在盐城于成立不久的鲁迅艺术学院华中分院担任美术系教授；期间，他创作了宣传画《踏着英烈们的血迹前进》、《皖南烈士永垂不朽》及新四军臂章等作品。同年7月，他在盐阜苏中战役中遭日军俘获，但因能说日语等原因得以倖免，并在被押送徐州「特别工人训练所」途中趁机逃脱。逃脱后，他曾在福建及上海等地进行游击抗日行动，又在战争即将结束前返回上海参与于左翼文艺团体的「上海美术作家协会」联展。
战后时期.终战后