让李圆通参与政事。李圆通担任相国外兵曹，兼左亲信军。不久，拜为上仪同。581年，杨坚建立隋朝，李圆通任内史侍郎，兼左卫长史，进爵为伯。历任左庶子、右庶子、给事黄门侍郎、尚书左丞，兼任刑部尚书。深受文帝杨坚信任。后来担任尚书左丞，兼左翊卫骠骑将军。攻打南朝陈，李圆通为行军总管在杨素属下进军信州道，因功受位大将军，进万安县侯，担任扬州总管长史。不久转任并州总管长史。秦王杨俊优柔寡断，并州府内大事多由李圆通裁决。回到长安，担任司农卿、治粟内史，转任刑部尚书。数年后，再任并州长史。秦王杨俊因为奢侈获罪，李圆通连坐免