大内义兴对峙时在近江国水茎冈山城（滋贺县近江八幡市）死去，享年32岁（满30岁），法名法住院殿旭山道晃。足利义澄死后的第九天，义澄派和义稙派在船冈山爆发决战，最终义稙派胜利，足利义稙将军之位得到了确定。随后双方阵营达成和解，足利义澄的儿子足利义晴和足利义维，分别被被託付给了义澄派的赤松义村和义稙派的细川之持（义稙派细川澄元的兄长）照顾。法号法住院殿旭山道晃。其坟墓的具体位置不明，山梨县笛吹市有所谓的义澄之墓和五轮塔。目前尚没有已被确定的义澄肖像画流传于世，但在等持院和鑁阿寺都有足利义澄的木像。