栋出身于福州色目人萨氏家族，常称为雁门萨氏。元代末期，其中一支后人迁居福州，为福州八大家族之一。幼时熟读四书五经，稍长接受现代教育，1921年毕业于清华学校（清华大学前身），1922年赴美国留学，1924年毕业于史丹福大学机械系，1927年获得麻省伍斯特理工学院博士学位。1928年回国担任母校清华大学物理系教授，1937年至1945年担任改为国立后的第一任厦门大学校长。时值日本侵略中国，地处沿海的厦门大学受到战火波及。萨本栋带领厦门大学师生西迁闽西长汀，艰苦办学，培养出了众多优秀人才。萨本栋领导下的厦门大学