月加山东按察副使，五月升登莱巡抚。后袁崇焕杀毛文龙，于皮岛的毛文龙旧将哗变，孙元化接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明、李九成、李应元诸将。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。崇祯四年（1631年）八月，皇太极率清兵攻大凌河城（今辽宁锦县），祖大寿受困城内。崇祯四年八月二十二日发文命驻防在皮岛的前协副总兵张焘率兵至旅顺旁之双岛，与参将黄蜚以及孔有德部会师。张焘等遇飓风，迟迟未能从海路至三岔河（今营口市西边）牵制敌军。十月二十三日命孙元化急调孔有德以八百骑赶赴前线增援，十一月十四日，部队始齐集。登州