他担任新成立的武汉热工机械研究所所长兼党委副书记（代理党委书记）。但他的家人无法同行，尽管每月都有假期可以团聚，江泽民夫妻仍被迫保持了长达二十年的分居生活；然而这一职务却也帮助江泽民远离了上海、北京等城市的政治漩涡。1967年，文化大革命开始席卷武汉，红卫兵开始处处攻击他，他也被拉下所长位置，被迫接受批斗和检讨。在停职两年后，他被送往五七干校劳动。1970年，江泽民离开干校返回北京，成为第一机械工业部外事局副局长。当时恰逢冷战时期中苏交恶，罗马尼亚是少数继续与中国保持友好关系的社会主义国家之一。出于共同