大名担任，其他由旗本担任。老中之支配下，芙蓉间诘诸大夫役。役高依任地由1000石至2000石不等，也有支给役料者。远国奉行之管辖地称为奉行知行所。庆应4年／明治元年（1868年）江户幕府被推翻，明治政府在江户等地设置府。至明治4年（1871年）废藩置县之间，除江户府（后更名东京府）、大坂府、京都府之外的箱馆府、神奈川府、越后府、新潟府、度会府、奈良府、长崎府的各府改为县。
京都町奉行.老中之支配下，因任地的关系，在京都所司代指挥下执行职务。京都町政之外，也掌管畿内天领及寺社