海峡海水的透明度5米，盐度数值为30，年平均温度25-27摄氏度。琼州海峡在地质史上与海南岛和雷州半岛为完整陆地，由于第四纪冰川时期的地壳运动，在现今的海峡区域形成断陷，海水将断陷区覆盖形成海峡。海峡两岸蜿蜒曲折，凸出的海角与凹入的海湾交替分布。北岸为玄武岩地质构造；南岸为熔岩地台；火山岩在两岸均有分布。海峡南北较浅，中部最深，南北横切面大致呈“V”字形构造。琼州海峡海流汹涌，强烈侵蚀着海地地貌，形成海底冲槽和沙垅。
海上交通.琼州海峡是中国大陆连接海南岛的陆海交通咽喉。公路交通由