也开始对日本人（和人）展开激烈反抗，双方有了1457年的坷相曼夷之战、1669年的相库相郢之战以及1789年的库那西利·美那西之战，阿伊努人最后都以失败告终。18世纪本州再无阿伊努人。大部分居住在北海道中部和北部的日高、旭川、钏路等地，少数远移库页岛和千岛群岛一带，也有一部分散居在本州的一些地方。18世纪末，德川幕府直接派官吏统治千岛，开辟了十几个渔场，同时实行强力同化政策，逼迫阿伊努人改变风俗习惯，剃去胡须、洁发、穿和服、按日本方式改名换姓。1904年，历时阿伊努人被迫放弃母语而改学日语，须採用日本名字，