纪中期，第七世噶玛巴曲扎嘉措在拉萨东郊兴建了一座规模很大的噶玛新寺，以与色拉寺、哲蚌寺抗衡。噶玛厦即曲扎嘉措在拉萨的宅邸。此后15世纪至16世纪，该寺是历代噶玛噶举派的噶玛巴在拉萨的府邸。1642年，五世达赖在固始汗的支持下，推翻了信奉噶玛噶举派的藏巴汗，十世噶玛巴曲英嘉措逃往云南，噶玛新寺被摧毁，噶玛厦被没收。此后，噶玛厦改由色拉寺昧院管理，变成了色拉寺的护法神殿，选派了一位神巫在噶玛厦降神，这就是第一位噶玛厦神巫（吹仲）。据说当年大昭寺发生大火，乃琼寺乃琼护法念经作法无果，最终噶玛厦赞康举办法事