本皇室的习俗，新任天皇应该在拥有三神器的状态下即位。后鸟羽天皇成为第一位在没有接受三神器状态下即位的天皇。祖父后白河法皇担任太上天皇，开设院政。后白河法皇的院政直到1192年法皇逝世才宣告终结。此后朝政由关白九条兼实执掌。法皇执政期间，一直避免给予源赖朝「征夷大将军」的称号。兼实执政期间，授予了源赖朝「征夷大将军」的称号，但在源通亲的建议下，不准赖朝将女儿大姬嫁入宫中。兼实的女儿任子是后鸟羽天皇的中宫，未生皇子。1195年源通亲的养女源在子为天皇诞下一子（即后来的土御门天皇）之后，次年京都就发生了政变，