花卷机场于17日恢复正常航班执飞。而在成田国际机场（千叶县）测得6下震度，在羽田国际机场（东京都）测得5上震度，在确认安全后两机场同时停止了飞机起降，而前往两个机场的86架班机被紧急安排到中部国际机场（爱知县）、关西国际机场（大坂府）、新千岁机场（千岁市）、横田飞行场（东京都）。值得一提的是，其中14架班机已发出「燃料不足」的信号。羽田机场有部分设施遭到损坏，但是经过检查白天起飞的安全性可以保证；而成田机场的损坏则主要在机场设施及航厦，故于12日晨重开。但之后京成电铁JR于12日午后停止运行、东京市区内