选举中提出质疑马英九涉嫌卖市产图利私人财团的金融合併案。台北地检署在检察长邢泰钊指示下，针对马英九所涉富邦併北银案已经启动侦办，马英九出访回国后，传唤马到案说明。蔡明忠否认捐1500万元政治献金给马英九，但民进党举「98年瞩金重诉字第一号《》」等案的审判笔录，显示蔡明忠表示「当时《》已经通过，我印象所及我们是有捐款给国民党，并且也取得收据，金额应该是1500万」（马英九当时未担任国民党主席）。此疑似併购图利案还疑似爆发内线交易案外案，台北地检署在2002年曾分他案侦办，但后来併由特侦组前身的高检署查