3D》借由任天堂3DS更强劲的机能将游戏秒间帧数从原版的20帧/秒提升到30帧/秒。《塞尔达传说 时之笛 3D》由任天堂的情报开发部东京工作室与Grezzo联合开发。作为本作的主程序员之一，Grezzo的守屋俊透露：在《塞尔达传说 时之笛》中的一些Bug被故意保留到《时之笛 3D》之中，以此希望让老玩家在游戏时能回想起玩原版《时之笛》时的种种。他解释到：“作为程序员，我们当然想排除掉游戏里的所有程序错误，但是开发组里的一些玩过原版游戏的成员说：“这些bug很有意思”。而且当你的朋友对你说：你知道这是怎么