英军骑兵纵队所俘，但终能脱身。民情因政府无力御侮而激愤不已，从而几乎毁了杰佛逊的政治前途；但在约克镇之围后，民愤逐渐平复。杰佛逊于1785年至1789年间作为外交使节驻在法国，而无法参与合众国制宪会议。他其后虽逐渐支持这部新宪，却仍认为新宪法因缺乏权利法案而有缺陷。从法国回来之后，杰佛逊于乔治·华盛顿的政府中担任首任美国国务卿（1789-1793）。他与亚历山大·汉密尔顿两人之间开始对全国金融政策展开论战，杰佛逊将汉弥尔顿与其他狂热的联邦党人与保皇党等量齐观。1790年，杰佛逊深恐其拟之为「保皇主义