未能转制为独立中央企业，而再次划归中国汽车工业总公司，并于2000年7月完成工商注册，自此中汽中心转制为科技型企业。在此期间，中汽中心服务于行业的公正性受到质疑，加之经费不足导致人才流失严重等问题，中汽中心的发展面临巨大困难。2003年，划归国务院国有资产监督管理委员会管理。
分支机构.中国汽车技术研究中心成立之初，只有规划设计院、检测所、产品所、情报所、标准所共一院四所。 中国汽车技术研究中心按照其服务方向设立如下分支机构和控股公司。
新院区.中国汽车技