中国抗日战争，南通学院被迫停课。1938年8月南通学院迁至上海，农科、纺织科复课，医科与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。1957年，江苏医学院由镇江迁至南京，并更名为南京医学院，南京医学院之后发展出南京医科大学、南京中医药大学、扬州大学医学院、江苏大学医学院。同年7月，医学院迁往苏州，改名苏州医学院（今苏州大学医学院）。2000年2月起，南通医学院由隶属交通部划转江苏省人民政府管理，实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。南通私立纺织专门学校，是中国第一所纺织高等院校。1927年改为南通纺织大