30年莫那·鲁道领导的雾社事件等。后期的抗日运动除西来庵事件外普遍规模较小，且在密谋阶段就被剿杀。因死伤惨烈，转变为社会政治运动。其中原住民族的抗日行动有以莫那鲁道为首的雾社事件。也有日军主动出击剿灭原住民的战争，如太鲁阁战争。1896年，日本公布《六三法》，授权台湾总督得颁布具有法律效力之命令。早期总督都是武官，权力极大，融行政、立法、司法、军事权于一人。前三任台湾总督桦山资纪、桂太郎、乃木希典的任期都不长；第四任总督儿玉源太郎的任期则长达8年，但实际治理台湾的是民政长官后藤新平。基于「生物学原则」，后