苔藓植物并不组成一个单系群，而是包含有三个类群：地钱门、角苔门和苔藓植物门。现在对陆生植物的研究通常会显示出这两种图形的其中一种。在第一种图形里，地钱门是第一个分离的，接着是角苔门，而苔藓植物门和多孢植物（包含维管植物）最为接近。在第二种图形里，角苔门则是第一个分离出去的，第二个是维管植物，而苔藓植物门和地钱门之间的关系最为亲近。原本，这三个类群是在「苔藓植物门」里的三个纲，但因为它们形成了併系群，所以现在被放置在三个不同的门里面。
性别模式.此类植物平常为单倍体的配子体，只