马来西亚的主要机场是吉隆坡国际机场，次要的机场有梳邦机场、亚庇国际机场、古晋国际机场、浮罗交怡国际机场、槟城国际机场和士乃国际机场；另外在内陆地区也有供小型飞机起落的简易机场，全国加起来共有过百座机场。提供国际航空服务的公司有马来西亚航空、新加坡航空、国泰航空等，提供国内航空服务的公司则有亚洲航空和飞萤航空。