宋宝元年间建州立学时，当时学、庙分立。南宋建炎元年（1127年）毁于兵火，绍兴二年（1132年）重建时，府学合一。绍兴十四年（1144年）毁于水，之后屡毁屡修。明洪武三十四年（1401年），文庙又毁于火，永乐三年（1405年）重建时迁至今址。现存建筑为清同治八年（1869年）重建，光绪五年（1879年）建成。中华人民共和国成立后，文庙遭受极大破坏，西侧的府学部分拆建医院，东侧的文庙也被占用。1985年，当地政府开始拨款重修大成殿、戟门及两庑，并重建棂星门。1991年，文庙被福建省人民政府公布为第三批省级