936年初任中国工农红军沿河游击司令，担负保障红一方面军东渡黄河的任务。后任红三十军军长，率部参加东征战役。5月部队回师陕北，阎红彦改任红三十军政委，6月重任军长，指挥所部在瓦窑堡地区抗击国军进攻，掩护中共中央机关安全转移，后率部开赴三边。12月到陕西杨虎城部从事统战工作。
抗日战争与第二次国共内战时期.抗战爆发后，阎红彦任八路军129师后方留守处主任。1937年11月，陕北八路军部队统一整编，阎红彦任警备第三团团长，保卫陕甘宁边区。1939年12月，担任警备第一旅兼关中军分区政委