根宝成为主席，率队参加中国足球乙级联赛。2007年，同时担任主席兼总教练，球队获得乙级联赛冠军而升入甲级。此后徐根宝虽不再担任主教练，但仍然是球队的主席和重要决策者。2009年8月1日，带领全部由上海东亚球员组成的上海全运男子足球队获得第十一届全国运动会男子足球A组金牌。
青少年训练.徐根宝长年关注青少年球员的训练，1995年他成立了着名的上海有线02，培养出了杜威、孙吉、孙祥、于涛等球员。2002年离开联赛主帅位置后，他投入设立于崇明岛的根宝足球基地，已为中国各级男子足球