东方航空继续为新成立的国家提供支援服务，并在巴基斯坦成立后不久将其基地转移到卡拉奇。
独立后.1954年6月7日东方航空开始提供东西巴基斯坦之间的飞行服务,比如连接卡拉奇和达卡市。此外它还提供两条新的国内航班：卡拉奇-拉合尔-白沙瓦和卡拉奇-奎达-拉合尔。但是由于该航空公司损失严重，巴基斯坦政府建议把东方航空合并入一个新的国家航空公司。1955年3月11日东方航空合并入政府建议的航空公司，成为巴基斯坦国际航空。新航空公司不仅提供国内航线，而且也建立了其第一条国际航线，从卡拉奇通过开