下议员的克拉克获新任总理马尔罗尼邀请入阁，出任外交事务国务秘书（该职位待1993年才升格为外交大臣）。他出任该职期间正值埃塞俄比亚饥荒；当时埃塞俄比亚的德尔格政权受到西方国家排斥，在此背景下克拉克协助统筹西方国家向该国伸出援手。他又大力主张向推行种族隔离政策的南非实施经济制裁；这与当时英美政府的立场有别。他亦致力维护美加关系，以利两国自由贸易协议的谈判过程。马尔罗尼执政期间国内一项主要议题为进行修宪，以满足魁北克民族主义支持者的要求。米治湖修宪协议失败后，马尔罗尼于1991年4月调派克拉克出任新成立的宪