关系学系的前身则是1997年成立的国家问题研究所，经济学研究所来自于1926年成立的经济学系，科学技术与社会研究所来自于1978年成立的自然辩证法教研组（室）和1985年成立的科学技术与社会研究室。1952年，全国高校院系调整，文科类院系全部被转入北京大学等高校。1993年12月，清华大学成立了人文社会科学学院。2006年6月9日，清华大学2005—2006学年度第21次校务会议讨论通过决定，人文社会科学学院简称由“人文学院”更改为“人文社科学院”。2012年10月，人文社会科学学院被分解为人文学院