济研究所，但仍设立于南开大学校内。1960年，南开大学新增设立地质地理系、物理二系和哲学系，1961年地质地理系即停办。1962年，由南开大学经济研究所自南开大学拆分后组建的中科院河北分院经济研究所准备停办，周恩来指示由南开大学重新接管，复名南开大学经济研究所。同年，杨石先创办南开大学元素有机化学研究所，奠定了南开大学化学学科的基础。1965年，南开大学物理二系的原子核物理和放射化学两个专业师生整体搬迁并入兰州大学。
文革时期.1966年至1976年文化大革命期间，南开大学正常