亚加入FIFA，为轴心国而战。在这期间，他们被德国两次击败。二次大战后，克罗地亚回归南斯拉夫，在上世纪五十至八十年代，克罗地亚球员皆加入南斯拉夫国家足球队参予国际赛。
正式成军.末代南斯拉夫足球代表队在1991年5月16日出战法罗群岛，当时队内已经多由克罗埃西亚裔的球员组成。6月，克罗埃西亚脱离南斯拉夫独立，克罗埃西亚有了正式的国家队。然而，在更早之前，克罗埃西亚便组建过一支非正式的国家队，并在1990年10月17日于与美国队踢了队史第一场现代国际赛事，终场克罗埃西亚以2-1获胜。