年6月12日及20日，拦河堰工区再度遭到洪水侵袭，接连两次洪灾使得排水路遭到沖毁，此次洪灾后，直到当年10月20日才重新复工并修复部分被沖毁之水坝构造物。也因为当时数度遭到洪水侵袭，因此后续曾尝试改变设计方案，将拦河堰之坝顶追加铺设20公分的钢纤维混凝土以保护坝顶免于被洪水沖毁，令当时日本的普利司通公司相中此拦河堰之工程，因此免费提供耐磨耗性树脂覆盖在坝顶上进行耗损测试。第三阶段工程施作于1984年（民国73年）5月29日及6月6日时再度遭洪水侵袭，结果导致坝顶以及插版槽底遭到洪水所夹带之砂石及枯木