让子女先行逃亡，最后中华民国政府战败撤退才逃往香港，后来台，退役。 
晚年经历.1970年代初，一度在日本开面馆，名为“天福园”。1975年，定居高雄，任一家针织品公司董事长。1985年发表抗议书，驳斥日本军国主义者关于南京大屠杀的言论。2004年，海崃两岸各办中华民国陆军军官学校（黄埔军校）创校80週年纪念活动。中共邀请身为当时黄埔一期唯一还在世的孙元良。孙以身体年迈，除了拒绝中共，也未参加中华民国陆军军官学校官方举办的活动。2007年5月25日，孙元良因器官衰竭，在