年赛季，吴伟超转会中超球会上海申花，尽管当时申花的后防线已经拥有由杜威和李玮锋组成的「威锋」组合，同年12月27日获申花续约两年，但吴伟超依旧凭借个人能力在队内获得一定的出场机会，初时与李玮锋搭档三个赛季，成为在中超失球最少的球会，期间更在2007年协助申花获得A3冠军盃冠军，后来他在2008年赛季和杜威搭档。在2009年，与上海申花合约到期后，吴伟超到中超球会杭州绿城试训，初时绿城因为考虑到他是自由身身份和香港球员，所以决定引进吴伟超，但随后由于中国足协把香港球员定性为亚援身份，于是绿城为此和中国足协