书》（郑注漆书本）最终完全失传。然而，从宋朝开始，许多人包括朱熹、吴棫等，都对于梅献《伪孔传尚书》的真实性开始怀疑，吴棫认为伏生的《尚书》诘屈聱牙，而《伪孔传尚书》多出的二十五篇《晚书》却简单易懂。朱熹曾说“孔壁所出《尚书》如《禹谟》……等篇皆平易，伏生所传皆难读，如何伏生偏记得难底，至于易底全不记得？此不可晓”。明代中期梅鷟撰《尚书谱》、《尚书考异》，首先系统性批判古文尚书流传与内容上的可疑之处，清初黄宗羲亦举古文尚书疑点，清康熙间阎若璩承梅鷟之说，以三十年光阴写成《尚书古文疏证》八卷，用“以虚证