日宣布主动辞去主委职务，重办选举。2000年10月15日重选，林进兴所支持的郑光峰以408票之差胜选主委，其「党员大户」实力可见一斑。林进兴分别于2002年与2005年代表民进党当选高雄市立法委员。2002年，林进兴的妻子、同时也是林进兴医院的中医师章玟琇，在林进兴的襄助之下当选高雄市议员。不过，2003年，章玟琇即因高雄市议会议长贿选案与十余名市议员同僚一起被起诉，并于2004年二审定谳，丧失市议员资格；林进兴也一度被起诉，并遭民进党开除党籍；不过，事后林进兴被判无罪，开除党籍的处分也因此撤销。