木匠为业，自幼家里贫困。由于父亲吴徙身体单薄、而且罹患慢性肠胃炎，病发时十分痛苦。后来经人介绍下到台南基督教新楼医院就医，开始有起色。父母亲遂成为基督教徒。吴三连幼时曾进头港仔隔壁村落「西埔内」的教堂读书班，学习用罗马拼音读《圣经》。吴三连也曾在村内私塾就读四书，半年后私塾被日本政府取缔。最后吴三连在父亲朋友说服父亲下，让父亲同意吴三连进入原先因校内有秋千等游戏工具而反对就读的公学校。十三岁那年，1911年（明治四十四年），吴三连以比一般入学年龄慢了六年后进入学甲公学校一年级就读。1915年（大正四年）