渡轮业务于1994年1月6日首先停航。再加上西九龙的开发，码头需要被征用作填海工程用地，码头于1996年2月1日停用，客轮航线改为在九龙政府船坞旁的临时码头上落客。最后，渡轮业务于1998年2月2日正式取消，只余下巴士总站部份。现时佐敦道码头旧址已建成佐敦道的西半段、港铁柯士甸站及The Austin。
码头拆卸，铁路通车.到了2003年，为了兴建九龙南线（西铁线的延线），巴士总站部分被征用，2月23日，所有使用佐敦道码头巴士总站的巴士路线需要迁至位于原有巴士总站以西的佐敦汇翔道临