1950年，朝鲜战争爆发，在此以前，中情局误判除非苏联有意发动世界大战，否则战争不会爆发。然而，1950年6月25日，朝鲜人民军向韩国发动攻击，并于6月27日攻陷汉城，在6月26日晚，消息才传到白宫，杜鲁门得知后，派遣麦克阿瑟领导美军援韩，并在中华人民共和国及苏联缺席下，在联合国通过出兵决议。由于中央情报局在此次情报工作的失败，希伦科特被迫辞去中央情报局局长职务。1950年11月，希伦科特重回海军，担任舰队长，他在海军任职到1957年。1957年至1962年，希伦科特担任了全国大气现象调查委