被调往台南县担任县党部主委，任内辅选立委大胜，国民党第二年就提名他参选台北县长。林丰正曾经表示这一生最大的心愿就是担任县长，尔后对政治不再有任何企图心 。但林丰正在卸任县长后，官运反而亨通，从台湾省民政厅长、国民党省党部主委、台湾省政府秘书长、副省长、中选会主委、内政部长、交通部长一路做到中国国民党秘书长。曾为中国国民党副主席。
内政部长任内.1996年时任台湾省副省长的林丰正接下内政部长职务后离开省府，意外成为李登辉冻省政策的执行者，尽管当时仍然扮演李连阵营和宋楚瑜沟通的窗口，但