ykh Al-Mufid）所述，阿里不希望他的墓地被敌人亵渎，因而要求他的朋友及家人把他秘密安葬。秘密墓地在阿拔斯王朝哈里发时期被阿里的后裔、第六代什叶派伊玛目加法尔·萨迪克（Ja'far al-Sadiq）发现。大多数的什叶派穆斯林认为阿里被葬在现今纳杰夫伊玛目阿里清真寺里。此外，一些阿富汗人却称阿里的遗体葬在阿富汗城市马扎里沙里夫的哈札特阿里清真寺（Shrine of Hazrat Ali）。
余波.阿里逝世后，库法的穆斯林无争议地向他的长子哈桑宣誓效忠，阿里曾在多个场合表