结后三星期，日本乘太平洋战争爆发，于1941年12月8日发动香港保卫战，挥军香港。期间驻港守军节节败退，到同年12月25日港府宣佈无条件投降，标志着香港进入三年零八个月的日治时期。香港沦陷后，蓝新福虽然被迫中断港大学业，但他选择前赴中国大陆，走到仍然由中华民国统治的四川重庆与不少港大师生会合。在那里，他得到原港大医学院院长兼妇产科学系主任和讲座教授王国栋协助，得以在迁到当地、并由他担任妇产科访问教授的国立上海医学院修读医学。一年后，蓝新福决定投身中华民国空军，期间曾于印度和美国接受训练，到第二次世界大战于1