1793年，清政府再次颁佈由平定廓尔喀的大军统帅福康安跟达赖与班禅等制订出的《钦定藏内善后章程》二十九条，整顿西藏各项事务，确立驻藏大臣与达赖喇嘛和班禅喇嘛平等的权力。到18世纪末清朝在西藏的权威达到顶峰，但随后由于自身的衰落而逐渐削弱。1904年，英国军队从英属印度入侵西藏，十三世达赖喇嘛土登嘉措（1876年-1933年）逃离西藏。驻藏大臣有泰没有代表清廷在《拉萨条约》上签字，声称中国无权代表西藏签订有关条约，此举被认为令中国对西藏的主权受到质疑，中国学者廉湘民对此作出反驳。此时英军在西藏境内扶植亲英