之皈依了新教。很多新教牧师促进当地斯拉夫文化和语言发展。1526年，奥地利皇帝斐迪南一世将原本以选举产生王位的波希米亚王国，改为由哈布斯堡王朝继承。1537年，皮亚斯特家族的布热格公爵（或称西里西亚公爵，领地佔全西里西亚的六分之一）腓特烈二世和勃兰登堡选帝侯约阿希姆二世达成协定，规定如若皮亚斯特家族绝嗣，勃兰登堡的霍亨索伦家族成员可以继承公国，但是斐迪南一世拒绝承认此协定，后代皇帝就在1675年併吞绝嗣的布热格公国。17世纪初开始，基督教改革派和反改革派展开宗教冲突和战争，迫使很多捷克（包括日耳曼人