1636年赖房被幕府赐姓为「德川」，正式成为水户德川家。由于水户德川家经常留守江户屋敷作为大名之首，当时遂有不少人尊称水户藩主为幕府的「」。第二代藩主光圀喜好文学。编写了大日本史，在水户藩领内自成了水户学学派，因此光圀对水户藩影响亦不少。第三代藩主纲条因为藩内借贷问题严重进行藩政改革，不过因为重税，人民要求将改革罢免执行者松波勘十郎，最后失败告终。1716年，家继急病逝世，纲条有机会成为将军，不过幕府决定由纪州藩的吉宗继任将军。1831年，藩主齐昭大力执行藩政改革，建设藩校弘道馆，积极登用人才，特别