逝世后，二条天皇也病重。6月让位给儿子顺仁亲王，并于7月在押小路东洞院驾崩。《今镜》称赞二条天皇是「末世的贤帝王」（）。然而《源平盛衰记》则认为二条天皇一生与自己亲生父亲作对，这「大为违背孝道」（）。二条天皇相貌俊美，根据《平家物语》的记载，在平治之乱中，二条天皇被平清盛救出，前往清盛的宅邸避难。途中，护送的平家武士看见了车中的天皇，误以为是天皇宫中的女房。由此可见，二条天皇是具有女性美貌的美男子。