500万英镑的借款协定事之后，立即准备对国民党进行讨伐。北洋军兵分二路，东路由第2军军长冯国璋率第4、5两师及张勋、雷振春、倪嗣沖等部由津浦路与河南向南京、安徽进迫，另派海军由郑汝成率领在上海登陆，抢佔上海制造局。在部署基本就绪之后，于6月撤免李烈钧、胡汉民、柏文蔚等都督职。孙中山见战争迫在眉睫，不顾党内反对意见，毅然决定发动讨袁战争。在7月12日李烈钧发佈讨袁檄文及通电后，原不赞成武力讨袁的黄兴，因遭到党内激进派的责难，自告奋勇赴南京，与李烈钧互为回应，于15日宣佈讨袁，被推为南京讨袁军总司令。随后，安徽