本的情况和印度的大异其趣，日本人的生活习惯，思想文化原来比印度的复杂多了。他意识到不能把在印度使用的传教方法搬到日本，在这里首先必须学习日本语言，认识日本文化，哲学思想，并采用日本人的风俗习惯，而且要花费很长的时间才足以使一个人皈依基督。沙勿略从日本写回欧洲的信立刻被公布出来，吸引了无数人的兴趣，也产生极大的共鸣。一时，他被推崇为现代的传教士。尽管他得到地方大名的支持，并打算到京都谒见天皇并取得日本全国传教之权，但两者均未成功。于1551年离开日本，前往中国。这时日本有教友一千。在日本的鹿儿岛现今还树立