8年底回国，曾往台湾探望陈诚，之后转往香港。1949年9月举家移往北平，参加中共召开之第一届政协。年底，黄琪翔再被中国农工民主党选为中央执行委员。中华人民共和国建政初期黄历任中央政法委员会委员，国防委员会委员，中南区司法部长，国家体委副主任，中国人民政治协商会议常务委员，全国人大代表。1957年被选为中国农工民主党副主席。同年在鸣放运动中批评中共之学习对象苏联缺乏民主，乃一独裁政权。反右时被划为右派，被迫公开自我批评。文革时倍受冲击，精神、肉体皆受摧折。1966年8月底，红卫兵冲进黄宅殴打黄琪翔夫妇