中部的各个军事基地偶有兵变，但最终主要反叛者于1859年6月21日，在起义中心之一的瓜廖尔缴械投降。最后一次战斗在1859年5月21日于Sirwa Pass暴发，叛军战败后逃往尼泊尔。
英国殖民统治的正式开始.这次起义成为现代印度历史的主要转折点。1858年5月，英国殖民当局将莫卧儿帝国末代皇帝巴哈杜尔·沙二世流放到缅甸仰光，随后处死了其家族的大部分成员，从形式上完成了对莫卧儿皇帝的清算。巴哈杜尔·沙二世以诗人皇帝而着称，用乌尔都语写出了诸多的美丽而着名的诗篇，诗作多反应了自由和奋