有枯藁树木，或雷火伤损，枯木即行移运”。翌年朱纯臣至南京，与王应华尽伐孝陵内枯木，木枯数百年者皆出为薪，发其根，下深数丈。孝陵枯木沿街贱售，南京有“皇帝伐卖祖宗坟树”之讥，而两年后明思宗即自缢。
清朝.顺治二年清灭南明后，豫亲王多铎曾下令设孝陵守陵太监二员，陵户四十名，拨给司香田地五百亩，命灵谷寺僧修理。但此后南京土着纷纷盗伐孝陵树木。明朝神宫监监户散亡，原孝陵卫士兵多以陵园为畜牧种菜之所。康熙三十八年曾在明孝陵立“治隆唐宋”碑，并命令江宁织造曹寅监修明陵。雍正七年命江宁有司防