之后，以足利幕臣的身份参与京都周边的外交和政治，亦以织田氏家臣的身份，参与信长的政治和合战相关的事务，担任义昭和信长之间的桥樑。特别是在永禄12年（1569年）10月，向信长邀请援军，并作为播磨国赤松氏的援军，参加进攻备前国的浦上氏。此后，在前往美浓国与信长见面的途中，接到被信长命令蛰居的消息。根据路易士·佛洛伊斯的记载，还遭到「不许可引见」（）、「破坏惟政在近江的城池」（）、「没收所得收入2万」（）等严厉处分，还记载这是因为朝山日乘向信长的谗言，不过在这段时期，因为信长和足利义昭的关系恶化，而惟政是