党员的一致同意下，杰斐逊再获民主共和党代表大会提名小组会议的提名，成为总统候选人。民主共和党又提名了纽约州州长乔治·克林顿担任杰斐逊的竞选搭档，以接替阿龙·伯尔副总统。因为前总统约翰·亚当斯已经退休，联邦党决定推选前大使平克尼为总统候选人。平克尼是一名独立战争英雄，曾在1800年大选中担任亚当斯的竞选搭档。虽然在1800年，杰斐逊仅以毫厘之差击败了亚当斯，但是在他的任内美国不但经济繁荣，还购买了路易斯安那，因此他受到了广泛的欢迎。杰斐逊赢得了几乎所有的州，甚至赢下了联邦党的大本营——新英格兰的大部分州。