1918年，至日本求学，进入学习院中学（高等科与中等科）就读。毕业后返台，进入家族事业，任任林本源制糖会社董事、建兴公司社长、台北商事会社、南洋仓库会社董事、大有物产株式会社社长等职，往来台闽之间，主要居住于福州。林熊祥是一名佛教徒，中年后开始研究天台宗及唯识宗，曾在福州组织佛教研究会。1945年，第二次世界大战结束，中华民国接收台湾。林熊祥回到台湾。1947年，涉入谋议台湾独立案，被判刑1年10个月有期徒刑，但也因此躲过二二八事件后的政治整肃。林熊祥在此事件后不涉入政治，专心于发展家族事业。