间质肿瘤的分类取决于上皮细胞的种类、上皮组织和卵巢间质细胞相对数量、乳头状呈现情况及上皮细胞组织的位置。医师可以通过显微镜下观察诊断此类表面上皮间质肿瘤是良性或者恶性。其中交界性肿瘤通常都有不确定的恶化倾向。表面上皮间质肿瘤通常包括有浆液性肿瘤、粘液性肿瘤、子宫内膜样肿瘤、卵巢透明细胞癌和布伦内罗氏瘤，以及一些混合或未分化的肿瘤类型。