，弗朗切斯科二世在奥地利南蒂罗尔的阿尔科去世，终年58岁。弗朗切斯科二世性格软弱，犹豫不定，短暂的统治期间充满了屠杀和迫害，但并不能把他当作一个暴君。尤其是王国被灭亡前所表现出的勇气和尊严，值得同情与尊敬。弗朗切斯科二世没有后嗣，其异母弟卡塞塔伯爵阿方索在其去世后成为波旁-两西西里王室家族族长。
婚姻与子女.1859年1月18日，弗朗切斯科二世与巴伐利亚的公爵马克西米利安与夫人巴伐利亚公主露多薇卡·威廉明妮公主的第三女玛丽·索菲·阿玛莉埃（Marie Sophie Amalie