第二十九届年会上发表演说时，提出「台湾应该走自己的路」，重申「台湾、中国，一边一国，要分清楚」，并承诺将推动公民投票，由人民决定台湾命运。相对于特殊两国论仅认为台湾与中国大陆分属不同国家，一边一国论更强调台湾有别于中国大陆之外的独立性。同时扁政府冻结了李登辉时期颁佈的国家统一纲领。中华民国任务型国民大会亦通过宪法增修，把公民投票写入宪法，导致中国大陆通过反分裂国家法。
马英九政府.2008年，中国国民党总统候选人马英九当选中华民国第十二任总统，是为第二次和平的政党轮替。他提出一个中