年9月6日），进号车骑将军，改任使持节、都督南徐兖二州军事、南徐、兖二州刺史。萧宝玄娶尚书令徐孝嗣之女为妃。徐孝嗣被萧宝卷诛杀后，江夏妃徐氏也被赐死。于是，萧宝卷将自己的两名姬妾送给萧宝玄，对此，萧宝玄感到很怨恨，想取而代之。永元二年（500年），崔慧景起兵，派使者联络萧宝玄表示想拥立她。萧宝玄以为崔慧景必败，杀了崔慧景的使者，调动将吏守城。萧宝卷以为他忠于自己，派马军主戚平、外监黄林夫助守。崔慧景将要渡江后，萧宝玄又以为崔慧景有望成功，杀了司马孔矜、典签吕承绪及戚平、黄林夫，开门接纳崔慧景，派长史沈佚