药祖神（或）乃日本《记纪》二书中记载的医药之神。
概要.一般将大穴牟迟神和少毘古那神视为药祖神：在神话故事「因幡之白兔」中，大穴牟迟神教导白兔先到水门以河水洗浴身体，再取河边的蒲黄花粉，在花粉上滚一滚的医疗方式，在日本最初的医药古籍亦有纪录，故被视为医药之神。《日本书纪》则提到大己贵神（即大国主神）和少彦名命共同为苍生及畜产制定诊治疾病的方法，故一同被尊为医药之神。
信仰.在日本主祀药祖神的神社主要计有下列：