方式.13号线站厅位于地上二层，同时设有通往15号线地下一层站厅的双向换乘通道。该换乘通道是一座跨越京承高速公路出京方向（东侧）主辅路的封闭式天桥，长约70米，宽10米，设有双向扶梯。这种通过跨道路天桥换乘的方式（类似于上海3/4号线与10号线换乘的虹桥路站）在北京罕见，目前只有望京西站采用。因为换乘距离较长加上需要上下楼梯数次，望京西站的换乘方式受到乘客诟病。在望京西交通枢纽建成后，13号线和15号线将改为地下换乘。
站台.13号线望京西站站台位于京承高速公路中部，为两个侧