兰教协会副主任、中国伊斯兰教经学院副院长、中国伊斯兰教经学院名誉院长（1980年至1992年）、中国回民教育委员会副主任等职务，并先后出任第二、五、六、七届全国政协委员。1957年反右运动中，马松亭被打成“右派”，受到不公正待遇。文革中又遭到迫害。粉碎“四人帮”后，马松亭冤案获平反，马松亭重新参加各种社会活动。1992年1月16日，马松亭在北京病逝，享年97岁。1992年1月18日，中国伊斯兰教协会为马松亭举行殡礼，由中国伊斯兰教协会副会长安士伟主持，全国政协副主席程思远及全国人大常委会、中共中央统战部