派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1947年，任国民政府主席东北行辕政务委员会委员。1948年2月，兼任东北政务委员会委员，并出任行宪国民大会代表。同年4月，当选为国民大会主席团主席。
逝世.中华人民共和国成立前夕，吴焕章赴台湾，继续担任国民大会代表。1988年1月11日，吴焕章逝世。
着作.吴焕章早年喜书画，曾临摹唐寅、董其昌，作侍女人物独得妙趣。吴焕章着有《吴焕章政论集》以及多部回忆录。