:长宗我部黑幕说.此一说是认为长宗我部元亲透过妻兄斋藤利三怂恿明智光秀叛变。根据2014年发现的长宗我部元亲的文书当中，本能寺之变发生前，长宗我部元亲与织田信长保持恭顺关系。
柴田胜家黑幕说.此说是认为光秀跟柴田胜家担心如同林秀贞一般遭到肃清，而联手欲推信长的姪儿津田信澄上位，但因为津田信澄被丹羽长秀、织田信孝所杀，使柴田胜家在兵变后不敢响应。
朝廷黑幕说.此说是近年兴起的说法，是本能寺之变诸说中，一种新的说法。关于黑幕说的主要证据是劝修寺晴丰的「天正十