国门区楚良一起成为中方助理教练。2008年7月至11月，重返深圳队，出任技术总监一职。2008年11月中国足协曾向外透露将由王宝山出任中国队代理主教练，征战2009年1月的亚洲杯预选赛，但是随着之后的足协主席人员变动，这一安排也改变，转而任命了殷铁生。2009年5月，王宝山出任成都谢菲联主教练。2009年末，因涉假的成都队被降级中甲。2010年，王宝山选择留任，在俱乐部人财极度困难的情况下，帮助球队顺利冲超。2011年3月在新赛季开始前，由于在外援引进上与成都谢菲联的分歧，王宝山最终辞职。