人民共和国中央人民政府（国务院）负责。澳门特别行政区政府于1999年12月20日正式成立，取代了澳门回归前的葡属澳门。
历史.澳门特别行政区政府的成立基础是于1987年4月13日签订的《中葡联合声明》，分别由时任中国国务院总理赵紫阳与葡萄牙总理施华高在北京所签署。其后，中葡两国政府就在澳门回归期前的过渡期中，就澳门过渡期间之问题进行了磋商。1988年4月13日，第七届全国人民代表大会第一次全体会议决定成立澳门特别行政区基本法起草委员会。澳门特别行政区基本法起草委员会于同年10月25