一些无性阶段很发达，有性阶段已发现但不常见的子囊菌和担子菌，习惯上也归在半知菌中。根据G．C．安斯沃斯和G．R．Bisby（1971）的统计，半知菌类有1825属，约2万5千种。这包括很多知名的真菌，例如：生产抗生素的青霉素、引起香港脚的足癣、令食物发酵的酵母菌等都是半知菌。此外，还有一些可食用的半知菌，包括那些令罗克福干酪和卡芒贝尔奶酪带有其独特个性的真菌。 除了半知菌以外，变形菌或有丝分裂真菌都同样是真菌的不同状态，这些都不算是真菌的分类等级。
分类.半知菌的分类有两大