命令他兴建赤山塘，花费比原本预计的少数十万，让明帝很高兴。永泰元年（498年），他担任建德县令，教育人民每人种十五株桑树、四株柿树和梨树、栗树，女人就减半，人们都很欢悦，很快地方就长成一片树林。沈瑀去官回到京师，兼任选曹郎，跟随陈伯之军队到江州，遇上萧衍反抗军包围郢城；他说服陈伯之迎接萧衍，陈伯之哭着说：「我的儿子在建康，不能出城，不能不可怜他们吗。」沈瑀回答：「不是这样，人情汹涌，都希望改变，若不及早谋划，人心就会离散。」于是陈伯之带领部下投降，沈瑀就到萧衍军中。当初他在竟陵王萧子良家中，和范云友好。