全独立，教学语言为英语。1947年增设文学院。1951年2月1日开始，传教士退出学校，天主教会停止拨给震旦大学经费。1952年10月高校院系调整，震旦大学撤销，医学院和圣约翰大学医学院、同德医学院合于原址组建上海第二医学院。其余学院分别并入复旦大学、华东师范大学、上海交通大学、同济大学、南京师范学院、华东化工学院、华东政法学院、上海财经学院等校。现为重庆南路227号和280号上海交通大学医学院校舍。在台湾的上海震旦大学校友后于台北市杭州南路成立震旦之友协会，并兴建「震旦中心」大楼，现为耶稣会