科学校整体并入华工。1995年，华工通过了“211工程”的预审，成为中国重点建设的21世纪百所大学之一；同年恢复招收境外留学生。1999年，通过教育部本科教学工作优秀评价，成为中国第一批“本科教学优秀学校”。2001年，进入首批中国高水平大学建设（“985工程”）行列。2001年，开始对口支援广西大学；随后在2006年开始对口支援贵州民族大学。2004年8月，位于广州大学城的大学城校区正式启用。2006年8月，与广州云峰集团合办的广州汽车学院在广州市花都区挂牌成立，为华工首个独立学院。2010年11月，