该保护区的主要保护对象是以高原有蹄类野生动物为主的高原荒漠生态系统，代表物种为属于中国国家一级保护动物的青藏高原特有的三大有蹄类动物：藏羚羊、野牦牛和藏野驴。
地理概况.
气候自然带.阿尔金山保护区东临柴达木盆地，南倚昆仑山，和羌塘高原相连，背靠阿尔金山和罗布泊。西抵塔克拉玛干沙漠，平均海拔4500米，水汽难以进入，据测算，该地区大部分区域年降水量仅200mm，而蒸发量高达2000mm。保护区拥有昆仑山最完整的垂直自然景观带，即高山永久冰雪带、高山寒冻地衣