物特征护照面世，2006年版护照仅仅发行了接近两年即被取代，是近年五个版本的护照中，发行时间最短的一个。
2008年版护照.2008年，外交部推出菲律宾第一代生物特征护照，并于2009年8月11日起发行，而首本新版护照签发予时任总统阿罗约夫人。除加入晶片、在资料页加入防伪薄膜及对内页字体略作改动外，封面及内页设计与上一个版本大同小异。
2016年版护照.2016年8月15日，外交部再推出第二代生物特征护照，即现时签发的版本。相比上一个版本，2016年