调查和收押后，屡屡传出各种刑求版本，甚至包括下体被冰块刑求、肚皮隔书本以榔头重击、埋在地洞内仅露出头部慢慢折磨等屈打成招的说法。2000年2月16日，台湾之声广播电台创办人许荣棋与黄国章落海事件家属陈碧娥（军中人权促进会创办人黄妈妈）持香肠讽刺，法务部调查局测谎官以冰块刑求弹药窃案涉案士兵下体，使士兵遭到逼供。对此军方表示，涉案士兵的家属一度质疑刑求逼供，但桃园地检署检察官彭南雄侦讯三人时、以及涉案人委任律师探视时，三人都表示没有刑求，有录影带可供佐证。虽然家属怀疑，家属审视的侦讯录影带可能为不同版