他也曾是第十四世达赖喇嘛亲近的上师之一。第十四世达赖喇嘛在青年时期，也曾经修习过多杰雄登之法。但第十四世达赖喇嘛到达印度时，公开反对并明令禁止多杰雄登信仰，要求藏传佛教格鲁派信徒放弃崇拜多杰雄登。格桑嘉措因此被迫离开印度，建立新噶当巴传承，继续坚持多杰雄登信仰。多杰雄登信仰的崇拜者中除了新噶当巴传承的信徒，还包括某些被称为雄天宗的激进派份子，雄天宗信徒曾经多次发动政治暗杀，并要求第十四世达赖喇嘛对中国政府採取更强硬的态度，包括恐怖活动，以谋求西藏独立。但是格桑嘉措本人否认他的「新噶当巴传承」与雄天宗