特别侦查组以马永成已经充分说明相关问题，向法院声请撤销羁押；合议庭裁准以新台币五十万元交保，并限制住居（联合报97.12.10）。2009年9月11日，因国务机要费、洗钱、南港展览馆、龙潭购地四大弊案以及追加起诉部分，台北地方法院一审判马永成20年有期徒刑，罪名包括《贪污治罪条例》中的「利用职务诈取财物」、「侵佔公有财物」、伪造文书等。 2014年8月29日，特侦组表示，总统府公文佚失案中，马永成无具体犯罪事证，因此予以签结。2015年1月5日贪污部分，台北地方法院二审改判马永成无罪，仅依伪造文