1945年至1946年与国民政府和谈，在1946年成立了由“三区”方面、新疆“七区”（国民政府统治区）、国民政府这三个方面人士联合组成的新疆省联合政府，“东突厥斯坦共和国临时政府”则被解散，改组为伊犁专区参议会，同时，1946年，主张新疆留在中国版图的共产主义者掌握了领导权，取代了原先掌权、主张疆独的伊斯兰教宗教上层人士和泛突厥主义者；苏联也对“三区”方面停止公开支持，后来又撤走了在“三区”的大批苏联人员。后期是随着第二次国共内战全面爆发，国民政府在新疆省也实行反苏反共策略，原来参加联合政府的“三区”方面人