乃日本建筑设计名师今井兼次，对西班牙名建筑师安东尼·高迪·科尔内特（）相当景仰的今井，师法高迪的设计风格（比如整体外形、外墙的花砖等处），建成了这座具有西班牙风味的建筑物。揉合了巴塞隆纳神圣家族宗座圣殿的特色，双塔非但为圣堂的最大特征，也成为了长崎的着名地标。此外，由于该市南山手町另有一座正式名称为「日本二十六圣殉教者圣堂」的大浦天主堂，所以圣堂的正式名称乃「日本二十六圣人纪念圣堂圣菲利浦教会」（日本二十六圣人记念圣堂圣フィリッポ教会）。纪念馆前则设置一面由雕塑家舟越保武制作的纪念碑，26位圣人的塑像一