同治元年（1862年），原两江总督何桂清因之前对阵太平军时放弃常州城逃跑而最终押至京师，下狱论罪。余光倬依据《大清律》“地方大吏逃奔蹶事”，认为应以斩监候加重惩处，上奏请拟斩立决。朝中高官多为何桂清故旧，纷纷表示不应加重治罪，以求延缓其死。唯有给事中郭祥瑞等再次上疏弹劾，请求速正典刑。此事再下大学士及六部九卿翰詹科道覆议，并由刑部主稿。光倬力陈何桂清罪责之严重，坚持将其立斩。同治元年六月十三日，奏上，旨改斩监候，秋后处决。同年十月，朝廷最终下特旨将何桂清斩首。光倬因此得罪何桂清旧部，接连被侍读学