6年9月，当选中共第八届中央候补委员。1959年8月，阎红彦任云南省委第一书记、昆明军区第一政委、中共中央西南局书记处书记。1962年，小说《刘志丹》开始连载后，阎红彦写信予小说作者李建彤，指《刘志丹》中有西北革命的一些问题，阎红彦为此向李建彤争论，并向康生报告，引发“反党小说《刘志丹》案”。1963年12月，阎红彦兼任中国人民政治协商会议云南省委员会主席。此外，阎红彦还是第一至第三届国防委员会委员。「文化大革命」时，阎红彦因反对挑动群众冲击政府机关的做法，而受到迫害，1967年1月8日，阎红彦在昆明服