时期.第二次世界大战期间马来联邦铁路遭受严重破坏。1942年初，日军向西南太平洋和东南亚各国快速进攻，接连占领菲律宾、印尼、新加坡、泰国、马来亚、缅甸等国。同年，日军为加强对东南亚的军事控制及阻挡英军对缅甸的反攻，因此开始修建连接泰国曼谷和缅甸仰光的泰缅铁路。为了加快施工进度和节约建筑材料，日军拆毁了马来亚半岛许多铁路，并将桥梁、铁轨、车辆等物资送往泰缅铁路使用。战争结束之后英国殖民政府开始逐步重建马来亚的铁路系统。1946年，英国决定重组属下的海峡殖民地和马来亚联邦，将其所有苏丹国（新加坡除外）与原属马