内谨慎进用师资，不但挡下情治系统试图安插的眼线人马，并保得同仁陈康、殷海光得以借《自由中国》发表时论，曾天从能够私下安然研究马克思，也不断栽培哲学后进：傅伟勋赴美深造因其兄长政治犯傅炜亮、傅伟奇政治犯身份受阻，因洪耀勋力保方能成行；聘白色恐怖受难者遗族如台共知识份子杨克煌之女杨斐华为助教、师承左翼僧侣高执德的东京大学大学院博士叶阿月任教佛学；而杨树同、郭实渝、胡基峻、张瑞良（张炎宪胞姐）、邬昆如等皆为洪耀勋门下，无论是学术思想还是实务上，均保卫了台大哲学系的自由学术风气 。
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