所以署方只好继续专设羁留中心，甚至需要在屯门区工业大厦划为船民临时住处以解燃眉之急。1988年，亦即是港府废除禁闭营政策，改为实施甄别政策的那一年，惩教署特意专设「助理署长（越南船民事务）」一职，以处理这个棘手复杂的问题。另一方面，港府改为在马鞍山白石和西贡万宜水库专设大型的羁留中心，以集中收容大量船民。港府在1990年代开始进行有秩序遣返行动，保证船民能够平安返到越南，令到在港船民开始回落，不过仍有部分船民仍抱有期望而拒绝回国，以致船民收到遣返通知时引起不满情绪和反抗，甚至发起游行抗议和骚乱。其中着名