误以为这些患者感染了日本脑炎。可是后来发现，即使採取多项预防脑炎的措施，不但无法控制遏止疫情，疫情更在年底时蔓延到森美兰州（Negeri Sembilan），包括附近全州最大的一个养猪场，疫情蔓延与生猪引进、猪场生猪转运密切相关。更蔓延至马来西亚南部、新加坡和其他邻近国家。1999年新加坡报告11例发热性脑炎病例，1例死亡，患者均为处理过马来半岛疫区猪的屠宰场工人。马来西亚政府察觉事件极不寻常，于是向国际的卫生组织寻求协助。1999年3月经澳洲及美国疾病控制与预防中心的专家从双溪立百新村患者脑嵴液中分离出