一件简单的事。在给定一群分类群之后则可产生非常多种系统发生树，例如，10个物种按排列可以构成超过2,000,000种无根树。在诸多可能的亲缘树中，必须借由特定标准以选出与资料最相符者。然而，资料往往并不能由简单的演算法所分析。理想上预期某个演化特征（例如表型或等位基因）在演化中势必经历呈由一分二、由二分四的过程，所以可以推论共享有相同特征的分类群之亲缘关系较相近，而与不具有此特征的分类群之亲缘关系较远（在该特征并不存在于共同祖先的前提下；即）。在这个概念下，我们可以预期蝙蝠与猴的亲缘关系较近而蝙蝠与鱼则较远