多名僧人，各教派和睦共处该寺，萨迦派、格鲁派、夏鲁派等教派在该寺总共拥有扎仓7座。该寺有15座殿堂，主供高9米的释迦牟尼镀金铜像。1645年，在五世达赖执政时期，该寺改为统一信奉格鲁派，历代传承28位堪布。该寺是廓藏战争时的重要地点。1789年，中国清朝和廓尔喀（今尼泊尔）两国在如今吉隆镇帕巴寺附近举行和谈，中方代表在廓尔喀侵略军的武力胁迫下，在不平等条约上签字。1791年，廓尔喀人在聂拉木“雪康”大楼（如今该楼尚存墙基）以和谈为名，杀害西藏噶厦官员代表及随从，并且绑押了西藏方面两名官员送往廓尔喀首都加