道光廿八年十月初六（1848年11月1日）交卸，调任嘉义县知县。咸丰元年（1851年）担任南路海防兼理番同知，咸丰四年（1854年）接替朱材哲，担任淡水同知。小刀会黄位来台起事，影响基隆、新竹时，丁曰健招集乡勇镇压。同治二年（1863年）任按察使衔分巡台湾兵备道，镇压戴万生事件，并迫使戴万生［［（戴潮春）］］投降并斩杀。