战争爆发前于美国陆军中服役并在美墨战争（1846–1848）和第二次塞米诺尔战争中有着卓越表现。在弗吉尼亚州宣布脱离合众国后，约翰斯通作为其中最年长的一批将级军官加入了联盟国陆军。约翰斯通在纽约西点军校中作为土木工程师接受教育，同期毕业生中包括罗伯特·E·李。毕业后他在佛罗里达州，得克萨斯州和堪萨斯州服过役。到1860年时他已经获得了陆军准将的军衔，在美国陆军中担任军需官一职。约翰斯通在南北战争中指挥的有效性在一定程度上受到了他与联盟国总统杰弗逊·戴维斯之间矛盾的影响。在他指挥的大多数会战当中，很少