分类系统新设立的科，而曾被归类于本目的金粟兰科则被移出，成为当时地位未定的一科。2003年APG II开始将鞭寄生科列入本目，此科早前曾被克朗奎斯特系统归类于大花草目，但基因分析强烈支持此科应属于本目。此外，自1999年起，几份基因分析的研究倾向将囊粉花科合并到马兜铃科之中，但由于其关系不强（小于66%），且形态学分析倾向将两者分开，于是2003年的APG II及2009年的APG III都未将两者合并。另外，APG III也将曾被归类于本目的金粟兰科单列一目，成为木兰类植物的旁系群。2016年