解，受到百官瞩目，复拜太常卿。贞元五年（789年），为门下侍郎，同中书门下平章事（宰相）。当时窦参得宠于德宗，大权独揽，董晋只是奉旨而已。后窦参逐渐骄横，德宗向董晋询问窦参之过，董晋如实回答，于是德宗罢免窦参。董晋上疏辞职。贞元九年（793年），为礼部尚书、兵部尚书、东都留守、东都畿汝州都防御使。贞元十二年（796年），汴州（开封）节度使李万荣死，其子李迺作乱，监军使俱文珍与其大将邓惟恭将其逮捕，押往京师。朝廷以董晋任宣武军节度使，汝州刺史陆长源任行军司马随行，引起邓惟恭不满。董晋到任后把邓惟恭发配到岭