后可选择到位于大楼下的公共运输交汇处乘搭巴士或小巴前往元朗或天水围，亦可乘搭港铁东铁线前往香港各区。如选择乘搭港铁，须乘电梯前往位处上层的票务大堂，购票（没有八达通者）、入闸后再乘电梯由上而下前往月台层。另一方面，于落马洲站的票务大堂内设置两部数码化湿地观赏仪，可供乘客利用观赏仪欣赏落马洲邻近一带的天然湿地环境，在2016年停用进行升级后，已于2018年恢复使用。
月台.落马洲站设有2个月台，位于L2层，採用岛式月台排列，方便乘客乘坐往红磡方向的东铁线列车。此外，落马洲站1