父孙森（兰畹），官至高州府同知。伯父孙朝肃（恭甫），明万历四十四年（1616年）进士。孙承恩生于万历四十七年（1619年），清顺治十一年（1654年），以太学生资格参加顺天府应试，居首荐。其弟孙旸因罪发配边疆，顺治十五年（1658年）孙承恩考中一甲第一名进士（状元），帝见其籍贯常熟，疑与孙旸一家，派遣学士王熙至承恩寓面询。王熙与孙承恩原有交情，承恩坦承不讳，王熙说：“升天沈渊，决于一语，今当以何奏？”承恩良久慨然曰：“祸福命也，不可以欺君卖弟！”王熙既上马，又回头问：「得毋悔乎？」承恩曰：「虽死无悔。」