1916年自宜春江西省立第八中学毕业。家庭无法供他自费念大学。暑假因事赴南昌，遇一位老师告诉他提供公费的北京高等师范学校（北京师范大学的前身）在南昌招收两名江西籍学生。傅种孙仓促应试，被录取入该校数理部。傅种孙是在中国传播现代数学思想的早期开拓者。数理逻辑、非欧几何、数学公理化思想都是由傅种孙最早介绍到中国。傅种孙还是数论和近世代数的早期传播者。1917年北京高等师范学校成立数理学会，1918年春季又创办《数理杂志》。学会半年改选一次，傅种孙是第二届副会长、第三届正会长，直到1921年一直是《数理杂志》