洋式住宅，大浦天主堂和哥拉巴园等长崎代表性的欧式建筑均修建于十九世纪后期。长崎的产业也在这一时期开始近代化。1861年，长崎首个钢铁工厂竣工。1870年代初期，长崎不仅铺设了和上海之间的海底电缆，还开始了至东京的邮政及电信服务。1886年，停靠在长崎的北洋水师舰上军人未获许可登陆长崎，并和日本警察发生冲突，是为长崎事件，最终以双方各自妥协收场。1889年，长崎正式设市，成为日本首批设市的城市之一。成立之初的长崎市面积有7平方公里，人口有54,502人。十九世纪末期的长崎市集中了海关等重要机构，是中央政府