力二世率兵占领了阿雅克肖，将阿雅克肖城堡扩建成为科西嘉西海岸重要的港口及防御工事。1575年，热那亚共和国军队反攻阿雅克肖，重新开始对这一地区的统治。17世纪后，热那亚共和国对科西嘉的苛政引发了当地居民的不满及反抗，自18世纪中期开始，科西嘉爱国者帕斯夸莱·保利开始组织一系列示威活动，谋求科西嘉独立。1768年，热那亚共和国为获得法兰西王室对其在意大利战争中的支持，通过《凡尔赛条约》将科西嘉整体卖给了法国。
法国时期.法国大革命后，原改建成为地区，后成为区，阿雅克肖成为科西嘉省的一