时考入江苏省立第一农业学校林科，1924年毕业后留校工作。后由钱崇澍推荐到国立东南大学，破格提升为树木学助理。1929年至1939年，郑万钧在中国科学社生物研究所担任植物学研究员，在此期间他从事了大量中国森林植物调查研究工作。1939年4月，他被派往法国图卢兹大学森林研究所，年底即通过论文答辩，获得了科学博士学位。回国后，郑万钧先后担任云南大学（1939年至1944年）、中央大学（1944年至1949年）教授等职。1948年与胡先骕共同发表植物新种——水杉，引起轰动。1949年至1952年，郑万钧任