参选县长，由于准备时间并未充促，被国民党以眷村票挹注海派候选人李雅樵而当选。更由于谢票时陈水扁夫人吴淑珍的车祸造成其半身不遂，亦成为陈从政路上挫败之一，然而亦结下同为泛蓝的山派不满，也使得南县选民对党外有补偿心态，奠定日后「绿色执政」基础。在1989年中华民国县市长选举中，民进党提名李宗藩参选，遭国民党提名的李雅樵击败，然而在开票过程中原本李宗藩领先，却因停电结果造成李雅樵当选，引起作票争议，导致部分县民在谢锦川等人带领下包围县府并阻断中山高交通抗议。在1993年中华民国县市长选举中，民进党提名海外独派