由于本站是新干线与在来线的转车站，几乎所有行经新八代的优等列车皆会停车，唯一的例外是只有在週末时营运的快速列车超级橙号（）。除此之外包括特急列车「九州横断特急号」、「球磨川号」（）与蒸汽动力临时快速列车「SL人吉号」都会途经本站，并且在隔邻的八代站驶入肥萨线。
车站构造.新八代站共有两座站房，分别供在来线和新干线使用。两个站房并不相连，换乘时必须先离开一个站区，再进入另一个站区。在来线站房为跨站式站房设计，剪票口位于二楼。月台为对向式月台2面2线配置，上行与下行各使用一条轨道。