少甚具争议性的行动。在他上任总督后不久，粤系军阀陈炯明在1920年11月率兵驱逐广州的桂系与滇系军阀，并迎接身在上海的孙中山返回广州，重组护法军政府，展开第二次「护法运动」。未几，护法军政府就照会驻北京的各国公使，要求将一笔来自广东，但却上缴予北洋政府的海关关余转拨护法军政府。可是，由于护法军政府当时未获国际承认，所以其要求遭到了各国公使的拒绝。不过，司徒拔却认为，护法军政府如果得到这笔关余，就可以作为担保，向香港进行借贷。因此在受到护法军政府的提请后，司徒拔大胆向外交部建议接受孙中山的建议。然而，司徒拔