他自动离职。同时发表他的新政府中央人事名单：孙中山就职后主力北伐统一中国。但孙中山的北伐主张，遭到借由粤军发展在广东坐大的陈炯明反对。陈炯明主张联省自治—由湖南军阀谭延闿提出并获得浙江军阀卢永祥、滇系唐继尧、桂系陆荣廷、奉系张作霖、四川军阀、胡适、梁启超、蔡元培、章炳麟、张东荪、丁世峄、潘力山响应的联邦制。陈炯明提倡「暂缓军事」，实行联省自治确保地盘，「先立省宪」，建设广东，但孙中山认为「联省自治」是承认北洋政府国体的统治现状，实质仍是变相军阀割据。孙中山实施武力统一全国之策，最终与陈炯明发生冲突。