生命的后期内战全面爆发了。1568年免去首相洛皮达尔并以军事打击新教徒失败后，她继续在1570年进行和平谈判。她构想让她最喜爱的儿子安茹公爵法兰索瓦和信奉新教的英格兰女王伊丽莎白一世结婚，未果。凯瑟琳·德·美第奇成功地将长女伊丽莎白嫁给了西班牙国王腓力二世，而将第三个女儿玛格丽特·德·瓦卢瓦嫁给了亨利·德·纳瓦拉，从中缓和了与结盟宗的矛盾。她也允许结盟宗领袖科利尼返回宫廷。但是之后，她很快又后悔了，因为科利尼对查理九世产生了极大的影响，并使查理九世露出了亲政的征兆。凯瑟琳为了恢复自己的控制，策划暗杀科利