下，往科隆方向的所有短途或长途列车会在1道停靠。仅有的例外是在波恩终到的城际快车以及在波恩终到、来自科隆方向的列车会在2道停靠。此外，由运营的班次也会在2道停靠。向南发往科布伦茨方向的所有短途或长途列车都从3道出发——除了莱茵-阿尔铁路班次，4道供经由雷马根往返于阿尔布吕克的列车使用。5道则是运行于福莱费尔铁路的所有短途列车的起讫点。
长途列车.每日约有80班长途列车在波恩火车总站停靠。车站提供下列长途线路的连接：
短途列车.波恩火车总站开办有1条区域快车