、沦浪、禹碑、合江诸亭、其他“殿祠号舍，罔不完葺”，规模极一时之盛，崇祯十五年（1642年）提学高世泰修葺。青年时的王船山更是多次写诗词颂扬石鼓书院。明朝末年，书院再次毁于兵火。
后期（清代）.清世祖顺治十四年（1657年），偏沅巡抚袁廓宇上奏清廷，申请重建石鼓书院，衡阳县知县余天溥具体负责修复工程。这一时期，书院科举化，石鼓书院成为传授举业、培养科举人才的基地。康熙七年(1668年)，知府张奇勋扩建书院。康熙二十八年（1689年），知府崔鸣再次扩建。咸丰三年（1853年）9月至咸