系统发育仍存在一定争议，但目前认为它包含了一个大演化支——冠轮动物总门，以及一些更小的门，如扁虫动物（包括腹毛动物和扁形动物）。这些分类都属于。扁虫冠轮动物拥有旁系群，该分类下包含轮形动物。冠轮动物下属的分类有软体动物门、环节动物门、腕足动物门、纽形动物门、外肛动物门和内肛动物门。其中，软体动物门是动物界的第二大门，包括蜗牛、蛤蜊及管鱿等，而环节动物则由分节动物组成，包括蚯蚓、及蚂蟥等。这两组动物被认为是近亲，因为它们在幼虫阶段都呈现担轮幼虫的形态。
分类史.在古典时代，亚里士