5年2月，升任学校党委书记；期间，于1994年9月至1995年7月，在中共中央党校一年制中青年干部培训班学习。进修结束后，当年11月，胡泽君调司法部工作；历任政治部副主任、副部长。2004年7月，任中共广东省委常委、组织部部长。2010年6月，出任最高人民检察院党组副书记、常务副检察长，曾兼任中央社会管理综合治理委员会委员、中央保密委员会委员、中央维护稳定工作领导小组成员（2013.07）等职。2017年4月，胡泽君出任中华人民共和国审计署审计长，成为首位女审计长。2020年6月，到龄卸任。8月，增补为