6年6月，成立中国人民解放军第二炮兵第五十三基地指挥部（三〇四工程指挥部）（总字一二二部队）。1968年2月起，进驻云南省建水县，进行导弹阵地建设。1968年5月25日，中央军委批准将三〇四工程指挥部改称中国人民解放军第二炮兵第五十三基地，属于中国人民解放军昆明军区（1985年昆明军区撤销，改隶中国人民解放军成都军区）。1994年10月后，调整为副军级单位。2015年1月21日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平视察该基地。2016年，在深化国防和军队改革中，改组中国人民解放军火箭军第五十三基地。