用水排入湖中并堵塞，使得水质严重恶化，夏日蚊虫聚集此，带来疟疾等灾害，因此在1933年（昭和8年）到1941年（昭和16年）期间，日本政府对该湖进行了围垦，从此消失，变为农地。围垦前的巨椋池周长约16km、水域面积约800公顷，虽称为「池」，但已是当时京都府面积最大的淡水湖。巨椋池消失后，成为当地重要的农地，主要生产稻米及蔬菜。