，日军轰炸南开大学，经济研究所办公地点秀山堂虽被毁，但师生无一人伤亡。南开经济研究所在南开大学参与组建国立西南联合大学后，曾更名国立西南联合大学研究院商科研究所经济学部。抗日战争前，南开大学经济研究所主导建立的华北农村建设协进会仍迁至贵阳并更名为中国农村建设协进会，由方显廷主持业务并邀请南开经济研究所的成员前往工作。1939年，由于贵阳遭到日军空袭，中国农村建设协进会的工作无法继续，何廉、方显廷商定将南开经济研究所迁往重庆。1939年后，在重庆市沙坪坝重庆南开中学图书馆内南开经济研究所重新开始研究工作并