66年在天文台现址附近由史密森尼学会出资金进行天文台道路工程。首座望远镜－惠普尔10公尺伽马射线望远镜于1968年完成。本天文台原名是「霍普金斯山天文台」（The Mount Hopkins Observatory），于1981年改为现名以尊崇史密松天体物理台荣誉退休教授，也是知名行星科学家和太空探测先驱弗雷德·惠普尔，在他的领导下于亚利桑纳州完成了这座天文台。
设备.惠普尔天文台设有口径6.5公尺的多镜面望远镜，由史密松天体物理台和亚利桑那大学共同操作。该天文台也有口径1.5