1988年9月9日，国务院第21次常务会议决定成立国务院台湾事务办公室，为国务院办事机构，是国务院直属事业单位。1988年10月，在北戴河由吴学谦、丁关根与中央对台工作领导小组办公室副主任李庆洲、中共中央统战部局长耿文清、外交部台湾事务办公室主任唐树备、对外经济贸易部对台办公室（该办公室负责台湾投资贸易）主任安民开会，吴学谦传达了中央关于成立国务院台湾事务办公室的决定，要求与会者汇报各自所在部门台湾工作的情况、任务及编制，并就拟设立的新机构的任务、机构设置、编制，及与中央和国家机关各部门已有的台湾工作