执行单位中华民国田径协会的抗议，抗议的起因，是田径协会认为此项比赛的进行会影响区运马拉松比赛的成绩公正性。后来经过高雄市政府教育局的协调后，高雄市政府、中华民国田径协会、中华民国路跑协会达成了「同时进行，分开出发，并分开计时」的共识。也就是高雄区运马拉松项目和高雄国际马拉松同时进行，赛事最后正名为「1995年高雄国际暨区运马拉松比赛」。但是，这两组同时进行的赛事是不合併的，将分开计时，且分开两个区域出发，裁判也各自遴选合格的B级（区运）与A级（国际赛事）裁判，而国际马拉松的比赛可以承认高雄区运参赛选