与上野站起讫列车行走，货物线有货物列车与湘南新宿线，以及东武直通特急，还有其他新宿起讫特急等行走。此站往上野方向有不同路线，电车线经王子方向、列车线经尾久方向。另外，货物线列车不停没有月台的埼玉新都心站。
车站构造.赤羽站是岛式月台4面8线高架车站。检票口分为北检票口与南检票口两处，分别都有通道连通东西两侧出口。最西侧的埼京线月台（7、8号线）正上方是东北新干线高架。以前是地面车站，京滨东北线月台位于土堤上，东北本线与赤羽线月台在地面，站房採跨站式设计。之后配合东北新干线上野