于宋朝形成的理学，更是尊为官学，使得理学得以北传。元仁宗初年恢复科举，史称延祐复科，在「明经」、「经疑」和「经义」的考试都规定用南宋儒者朱熹等人的注释，影响后来明朝的科举考试皆採用朱熹注释。理学在元朝还有一些变化，南宋时期即有调和程朱理学的朱熹与心学的陆九龄等两家学派的思想，元代理学家大多舍弃两派其短而综汇所长，最后「合会朱陆」成为元代理学的重要特点。当时有名的理学家有黄震、许衡与刘因与调和朱陆学的吴澄、郑玉与赵偕。朱学的后继者为了配合元帝的需求，更注重在程朱理学的伦理道德学说，其道德蒙昧主义的特征日趋明显