翌年6月，清衡被陆奥守怀疑有开战的企图。宽治7年（1093年），清衡势力下的平师妙、平师季父子反叛，袭击了出羽国府．秋田城，这场叛变最终在宽治8年（1094年）被当时的陆奥守源义纲敉平，清衡与此乱的关联不明，一说清衡此时前后成为陆奥，领有奥六郡（也有说是宽治3年）。
经营平泉.嘉保年间（1094年至1095年），藤原清衡迁居岩井郡平泉，开始建设城市中心与政治文化。嘉承2年（1108年），清衡在平泉兴建宏伟的中尊寺，为奥州藤原氏四代100年的辉煌奠基。