年（1898年）入值军机，以户部尚书协办大学士。二十六年（1900年），义和团运动正盛，他反对对外启衅。八国联军攻陷北京时，是唯一一路随护皇室到西安的军机大臣，力主对外妥协，晋升体仁阁大学士。后历任外务部会办大臣、全权大臣、政务处大臣、督办路矿大臣，授文渊阁大学士、武英殿大学士。1907年回到杭州养老。于清吟巷府邸居住。王文韶十分敬佩左宗棠，称其为“伟人”，对于林则徐则有微议，认为他行事作风过于强硬，拖累大局。王文韶在仕途早期即与西方国家外交官有来往。他对西方文化持开放态度，并愿意听取西洋外交官的意见。