明史的编撰。康熙二十七年（1688年）携书回家编写。清康熙二十九年（1690年）编写完成，再次进京编写《明史·历志》，次年四月编成。因为其父年老力衰，黄百家辞职回到南方。清康熙三十四年（1695年）七月初三日，黄宗羲辞世。黄百家继续编纂黄宗羲未完成的《宋元学案》。清康熙三十八年（1699年），因明史历志的手稿遗失，重新编写。康熙四十八年（1709年）三月二十日，黄百家辞世。