层或三层段就是堂议会（Kirk Session）、区会（Presbytery）、大会（Synod）和总会（General Assembly）。约翰·诺克斯领导宗教改革，导致1560年苏格兰宣布废弃天主教信仰，接纳新教。1561年起，约翰·诺克斯曾于爱丁堡住了11年。长老教会主义在苏格兰形成的过程并不顺畅，大约经过130年大量流血和牺牲，甚至导致战争的惨痛经验。直到1690年，长老教会才成为苏格兰国教。成为国教会之后，国王也要遵从长老教会主义了，但贵族及大业户（大地主，即「领主」）仍拥有牧师的任命权。