有华丽的建筑外，圣马可教堂的音乐图书馆里还典藏了自16世纪中期以来丰富的手抄乐谱及印刷版本，曲目超过千首，包含上百位作曲者；拥有如此可观的乐作收藏，又有优秀的唱诗班，圣马可发展出精致的音乐传统。巴赫在此既听也唱，朝夕受教会音乐的薰陶；马丁·路德创作的许多圣咏（Choral）后来给予巴赫创作的启发并磨练了他和声的技巧，而这种古老的音乐形式在巴赫未来无数的声乐作品中得到改良与推广。没多久巴赫也变声了，但他仍保有教堂的奖学金，且担任三位器乐师傅的助手，并继续磨练他毕生最熟练的乐器：小提琴、管风琴、大键琴。在这