，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云众等会，一应左道异端之术、或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民，为首者绞。为从者各杖一百，流三千里。”从此，作为民间地下宗教的明教渐趋消失，而作为地方宗教、不参与政治斗争的明教分支则得以传承。吴晗认为明朝国号来源是承自明教。
现代.2008年，学者在福建霞浦县发现了数量可观的科仪文书。这批数量巨大的文书长期保存在当地法师手中，作为民间宗教仪式之用。文书内容体现了摩尼教从唐代至明清的发展历程，及明教在福建当地的传播情况，内容驳杂，