寺内设有时轮学院。1958年后，瞿昙寺成为青海省获得保留的11座藏传佛教寺院之一。文化大革命期间，瞿昙寺被关闭，直到1980年重新开放。 
1990年代的总体维修.1982年，瞿昙寺被中华人民共和国国务院公布为第三批全国重点文物保护单位之一。1985年，国家文物局派专人组织青海省外的施工队对瞿昙寺瞿昙殿进行落架大修。此后，青海省文化厅文物处组织人员对瞿昙寺文物建筑的病害及残损情况开展调查，自1991年起，多次向国家文物局书面报告及专程汇报。国家文物局领导及专家马自树、罗哲文、宿