军官宿舍和兵营，学院里的设备和物品被分配给市政厅和国王财产处，部分无法搬走的物件则被弃置在校舍里，为驻军部队所佔为己用，亦有一些珍贵书籍和历史文献被破坏或抢掠。
遣使会管理时期.耶稣会被驱逐后，圣若瑟修院一度沦为孤儿院，后来罗马传信部委派遣使会赴澳接替耶稣会的传教和办学事务。到了1784年9月9日，北京教区主教汤士选（D. Alexandre de Gouveia）重新创办圣若瑟修院，培养赴中国大陆传教的传教士，并由从果阿拉撒路到澳门的曼努埃尔·科雷亚·瓦伦特（Manuel Cor