皇太子亲仁亲王（日后的后冷泉天皇）东宫，居飞香舍。1045年（宽德二年）亲仁亲王受后朱雀天皇的禅让而成为第70代天皇，章子内亲王被封为女御。1046年（永承元年）迁京极殿，立为中宫。1068年（治历四年）改称皇太后，两天后后冷泉天皇驾崩。1069年（延久元年）落发为尼，同年七月，尊为太皇太后。1074年（延久六年）赠与女院院号，称之为二条院。但因前例从未有未生天子之妃嫔上院号之事，故引起争议。1105年（长治二年九月）过世，享年80。与父亲后一条天皇同葬京都府京都市左京区吉田神楽冈町菩提树院陵。