后徐庆元脱党参选，虽在惊涛骇浪中小败给陈，但也证明他的确有当县长的实力。到了2001年县市长选举，在陈建年受限于法规无法竞选的情况下，国民党找不到足以与徐竞争的对象，仅能抬出当时的台东县议会县议长吴俊立作为代表。在各种条件均略胜一筹的情况下，当时已加入亲民党的徐庆元轻松获胜，一圆担任县长的愿望。此后，徐庆元以各种显着的举动，如任用民进党籍的副县长，甚至进一步退出亲民党，支持民进党的候选人，并声称这是为台东争取更多资源而作出的改变，即「台东优先，政党放一边」。2005年10月5日，徐表达不再于2005年县长选