在古希腊文意为「长枪颌部的蜥蜴」，意指其嘴部形状；种名在拉丁文意为「针状的口鼻部」。正模标本（编号SGP 2001/19）发现于乌鲁木齐市市郊，是一个头颅骨前段与下颌，是一个大型个体，头颅骨的完整长度估计约40公分长。前上颌骨修长，有针状牙齿；每个上颌骨有8颗牙齿。大部分翼龙类的上颌的下缘有大幅弯曲，而枪颌翼龙的上颌的下缘笔直。上颌的牙齿排列至嘴部后方，越后方牙齿越小，牙齿的间隔大。枪颌翼龙具有矢状头冠，上有沟槽、凹处。研究人员根据亲缘分支分类法分析，将枪颌翼龙归类于准噶尔翼龙科，并提出枪颌翼龙是准