，而覃加耀逃往归州，清廷以剿贼不力，夺福宁的太子少保衔。三年（1798年），覃加耀在终报寨被擒，嘉庆帝仍然训斥诸将贻误军机，福宁为地方长官，责任更重，被褫夺职务，罚银四万两充饷，仍予副都统衔，随同英善驻达州，管理四川军需。四年（1799年），英善调驻西藏，福宁于是单独管理四川军需。当时，军营支出泛滥，统兵大员奢靡无度。尽管四川军饷多于湖北数倍，但兵勇口粮仍多被迟延，几乎导致没有食物充饥。嘉庆帝屡次训戒，但福宁不能总体核算，奏报数目虚浮。钦差大臣魁伦赴达州察视，发现虽然起事教徒人数已有所减少，但大股变为小