当时咸宁侯仇鸾镇守两广，纵容部下士兵为虐。翁万达逮捕其中尤横者并施加杖刑。居官四年，其声闻显着。朝廷商议讨伐安南，推荐翁万达担任广西副使，专门处理安南事务。万达即进言出兵战略，并以两广部队讨伐叛乱，升任浙江右参政。因总督张经举荐留用，任广西参政。其进言毛伯温以招降为上策，并得到採纳，于是最终评定获胜。升任四川按察使，历陕西左、右布政使。嘉靖二十三年（1544年），翁万达升任都察院右副都御史，巡抚陕西。不久再进兵部右侍郎，兼任右佥都御史，代替翟鹏担任宣大总督。弹劾罢免宣府总兵官郄永、副总兵姜奭，荐何卿、赵