格义释佛，不免牵强之会附，其缺陷显而易见。道安曾于飞龙山与释僧先论及格义无法彰显佛教般若义理，遂转而採用合本。道安实际上仍未摆脱格义，他甚至告诉弟子慧远在讲解佛经时“不废俗书”。在道安、罗什之后，佛经译出更多，当时佛教人士更不愿以佛理来附和中国传统，僧肇的《肇论》是在佛教的基础上对玄佛合流进行批判，标志着玄佛合流的终结。之后，玄学虽然仍有余波，但已无大发展，格义渐渐被废弃不用。