。独孤卿云的兄弟独孤凌云、独孤平云、独孤滕云、独孤彦云皆知名当世。唐高宗显庆三年（658年），吐蕃大论禄东赞因吐谷浑内附唐朝，派兵攻打，在吐谷浑大臣素和贵的背叛和出卖下，吐谷浑国破，国王慕容诺曷钵与王后弘化公主逃奔到凉州，向唐朝求救。唐朝派凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率将军独孤卿云等屯兵凉、鄯，左武候大将军苏定方为安集大使，帮助吐谷浑平乱。独孤卿云在干封元年（666年）任鸭渌道行军总管，与积利道行军总管郭待封，毕列道行军总管刘仁愿，海谷道行军总管金待问，同受辽东道行军大总管兼安抚大使李世勣指挥