升为礼部尚书兼东阁大学士。永历三年（1649年），他被楚党丁魁楚诬陷为吴党之首，鼓动言官十六人弹劾，因此辞官。永历四年（1650年），再次入直，晋太子太保兼建极殿大学士。永历五年（1651年），他奉命经略左右两江土司。永历六年（1652年），随永历帝到广南府，在西坂村病卒。着作有《易鼎三然》。