保山城，入避海岛”的全国令，备战蒙古再次入侵。1232至1259年，蒙古又先后5次大规模入侵高丽，使高丽经济、文化遭到极大破败。保存于大邱符仁寺的《高丽大藏经》初版，庆州的皇龙寺都在战火中被蒙古人烧毁。但在高宗在位的40余年间，蒙古人始终未能攻下江都。高宗四十五年（1258），主张继续抵抗蒙古入侵的武臣政权统治者崔竩被杀。蒙古人趁机再度入侵高丽。次年3月，高丽与蒙古议和。1260年高宗去世后，倾向附元的元宗即位，高丽正式成为蒙古藩属国。不过武臣政权的三别抄部队仍然继续反击蒙古入侵，直到1273年4月被元朝