1599年7月24日，齐格蒙特三世被瑞典议会废黜，卡尔九世以摄政的头衔成为瑞典实际统治者（1604年加冕为国王）。在齐格蒙特三世返回波兰之后，这一地区遭到了严重的破坏。1600年3月19日，许多原支持齐格蒙特三世的贵族被卡尔九世下令斩首。这后来被称为「林雪平血案（Linköping Bloodbath）」。
对外战争.
初胜瑞典（1600-1611）.失去瑞典王位之后，齐格蒙特三世在1600年宣布爱沙尼亚（原是瑞典领土）是联邦领土，这成为波兰与瑞典为争夺利沃尼