爪哇建立了印尼历史上最强大的满者伯夷。随后，阿拉伯人带来了伊斯兰教，逐渐成为今日印度尼西亚的主要宗教。当时，印尼境内分布着很多小王国和部落。
殖民地时期.到了16世纪，欧洲人抵达现印尼，发现了这些小国。一些欧洲强国开始建立殖民地，荷兰变成了这些欧洲国家里面占领最多领土的国家。荷兰最初通过荷兰东印度公司对这些地区实行殖民统治。1799年东印度公司解散后殖民地被荷兰政府接管，史称荷属东印度。第一次世界大战完结之后，当地人开始争取自治。到了第二次世界大战，当荷兰本土被德国完全佔领