中国第二深水湖抚仙湖即位于云南。湖泊入湖支流水系一般较多，而湖泊的出流水系普遍较少，有的湖泊仅有一条出流河道，湖泊尾闾落差大，水利资源丰富。中国第一座水电站石龙坝水电站即建在滇池唯一的出水口螳螂川上。云南境内的湖泊大多换水周期长，生态系统较脆弱。滇池和阳宗海是全国知名的污染严重的湖泊。在腾冲地区还分布有不少规模较小的火山湖，其中的青海是中国唯一的酸性湖。
面积超过1平方公里湖泊列表.本表中“湖泊名称代码”和地理坐标信息引用《中国湖泊名称代码》中的数据，其中原书中的部分讹误已更正