年，她加入密苏里大学植物遗传专业，和（Lewis Stadler）为同僚。斯塔德勒向她传授了其刚刚研究成功的X-射线诱变技术。麦克林托克利用X-射线处理其实验玉米后，发现了环状染色体是由于X-射线将染色体部分破坏后，两条染色体融合而来。因此她设想染色体的端粒应该是维持其稳定的重要部件。巴巴拉毕业后仍留在康乃尔大学担任植物学的讲师，她集合好几个研究员进一步研究有关玉米的。在研究期间她发明了用胭脂红色素去染玉米染色体的方法，使她成为第一位能染出玉米10条染色体的专家。1929年她在「遗传学报」发表了玉米有三