97年12月16日，林百欣前往台湾，在入境时被捕，并一度被有关当局扣留超过一年。1999年台北地方法院判处林百欣贿赂及洗钱罪名成立，入狱3年2个月；当时林百欣的交保金额高达4,000万新台币，曾创下当时台湾司法史上最高交保金额纪录。期间香港特区行政长官董建华曾要求台湾方面释放林百欣，更表示特区政府会派员到台湾将林百欣从狱中带回香港，被指干预台湾司法制度。
与台湾关系疏远.2003年，林百欣身体还硬朗时，曾参加香港富豪团赴京拜会中国国家主席胡锦涛行程，并坦言到北京是学习爱国爱港，积极