杨金山继续担任作训处处长至1990年9月。1990年9月，杨金山任中国人民解放军陆军第十四集团军第31师参谋长、党委常委。1994年4月，任第31师副师长、党委常委。1995年1月，升任第31师师长、党委副书记。1995年8月，调任中国人民解放军成都军区司令部作战部部长。2001年1月，调任中国人民解放军第14集团军参谋长。其间，2003年9月到2004年2月，在中国人民解放军国防大学战役基本系补训班学习。2005年11月，升任成都军区副参谋长。2007年7月，调任成都军区装备部部长