朝廷以南居益取代商周祚出任福建巡抚。天启五年（1625年），任兵部右侍郎，两广总督。次年升任兵部尚书，以母年老，请求归养，乡居十载。崇祯十年（1637年），复任都察院右佥都御史。不久因屡违圣意被革职，返归故里。南明弘光政权时担任吏部尚书，于1646年（清顺治三年，明隆武二年、鲁监国元年）六月降清。女儿商景兰嫁祁彪佳。商周祚墓地在绍兴县兰亭镇联合村（今浙江省绍兴市柯桥区兰亭街道联和村），其墓地在文革前还保存完好，规模极大，墓前有一甬道，一个墓道牌坊，两侧摆放着石人、石马、石虎、石羊、石狮各一对，后毁于文革