1990年3月24日，他兼任总统一职。随着苏联解体，他于1991年8月31日宣佈乌兹别克脱离苏联独立，并于同年12月29日的总统大选中赢得86%选票。不过该次选举被指为舞弊，例如利用国家机器进行竞选活动，以及把点票数字夸大。1995年，卡里莫夫透过公民投票把任期延至2000年。2000年1月9日，他在大选中得到91.9%的选票成功连任。美国批评该次选举「既不自由，也不公平，选民没有选择的权利」，而反对派候选人阿卜杜勒阿齐兹·贾拉洛夫(Abdulhasiz Dzhalalov)也承认他的加入只是为选举制造