影响mRNA的多腺苷酸化、转译的效率、mRNA在细胞中的位置与mRNA的稳定度等，以多种机制调控mRNA的转译。有些3'-UTR可被特定的小分子核糖核酸（miRNA）结合，后者可借由抑制mRNA的转译或将mRNA降解以抑制其表现，有些3'-UTR则含有沉默子，可与特定蛋白质结合而抑制转译。另外许多mRNA的3'-UTR上含有可促进或抑制mRNA降解的序列，如（ARE）、（IRE）等。许多3'-UTR上的突变与特定疾病有关。
序列.哺乳动物基因组中，3'-UTR的长度的变异很大，可短