斯转为民主党人，他与克莱的关系也逐渐冷却。内战爆发后，霍伊斯支持肯塔基州的武装中立教条。1861年该州不再中立后，霍伊斯逃至弗吉尼亚州，并加入了南方邦联将军的部队。肯塔基州邦联政府在拉塞尔维尔成立时有意请霍伊斯来担任州审计员，但他拒绝了，几个月后在希洛战役中逝世，霍伊斯当选为新的邦联州长。霍伊斯与邦联政府随的一起活动，1862年10月布拉格攻入肯塔基州，并在夺取法兰克福后为霍伊斯举行了就职典礼，但这一典礼被带领的北军所中断，后，邦联军队被迫撤出肯塔基州。霍伊斯来到弗吉尼亚州，并在那里继续游说总统杰佛