，肇因于内维尔·张伯伦在1938年与希特勒签订的 慕尼黑协定，以及同意将奥地利判给德国与义大利的「绥靖政策」。由约瑟夫·提索所领导隶属于纳粹的傀儡政权最后被併入斯洛伐克。部分斯洛伐克南部地区则被匈牙利併吞。自1940年开始，一个由捷克总统爱德华·贝奈斯在伦敦所成立的流亡政府，被同盟国势力所承认。「斯洛伐克国家起义」行动（Slovak National Uprising）于1944年点燃，但是在10月份被德国武力所扑灭，然而游击队仍持续在山区间进行战斗直到大战结束。在1945年4月苏联军队打败了德国，并且赶走