又改任南京兵部尚书，参与机要事务。万历十五年，命为刑部尚书。宦官张德将人殴打致死，李世达奏请将其交法司处理，刑科唐尧钦也赞同，张德才被交给主管官吏处治。大兴知县王阶因用鞭子抽打乐舞生，被交法司处治，神宗秘密地派遣两名校尉侦察此事，审判定罪那天被主事孙承荣阻挡。校尉返京上奏，神宗愤怒责备李世达。李世达称侦探不合大体。孙承荣最终被剥俸禄。东厂太监张鲸犯罪，言官争相弹劾，神宗曲意宽恕。李世达执意上奏，神宗才将张鲸排斥出京城。驸马都尉侯拱宸的奴仆打死了平民被依法惩治，李世达请求将侯拱宸一起治罪。于是革除了侯拱宸