回844亿元的建筑成本，一定蚀本，须由公帑补贴。车站最终于2018年上半年竣工。
屋顶玻璃强光反射.2017年7月，私人屋苑漾日居有住户投诉西九龙站的玻璃天幕反射太阳光至单位内，在正午12时至下午1时半反光最为强烈。屋苑业主立案法团曾去信环境保护署及港铁反映，但对方未有正视问题。区议员批评政府相关部门监管不力，并提出动议，强烈谴责港铁忽视问题，亦未有採取任何补救措施。动议最终获23票赞成，两票弃权，在没有反对票下获通过。港铁表示考虑在天幕屋顶种植5至7米高的植物，希望以此减低「