万大军征讨木曾义仲。寿永二年（1183年）八月，由后白河上皇主持，在没有天皇神器的情况下，立4岁的尊成亲王践祚，是爲后鸟羽天皇。寿永三年（1184年），讨灭木曾义仲。至此，源赖朝势力成为天下讨平家的唯一主力。文治元年（1185年）春，源义经在坛之浦之战将平家消灭。
晚年.后来，源赖朝与源义经不和。文治五年（1189年），后白河法皇允许源赖朝率军远征陆奥羽，灭保护义经的藤原泰衡，确立全国武家政治体制。文治六年（1190年），源赖朝上京会见后白河法皇，任朝廷权大纳言(太政官