同年，清军借口协助吴三桂部等原明朝军队对抗李自成而进入山海关内，随后违反约定攻佔北京盘据不走，全面展开对中国本土的入侵行动。从清军入关到其后的数十年时间内，清军陆续消灭华北残余明朝势力、李自成的大顺军、张献忠的大西国、南明和明郑等势力，统一中国全境。历经康熙、雍正及干隆三帝，清朝的综合国力及经济文化逐步得到恢复和发展，建立庞大的领土与藩属国，史称康雍干盛世，是清朝发展的高峰时期。有学者认为，因为清廷推行文字狱与“首崇满洲”政策而不认同康干盛世为文化意义上的盛世，亦有学者认为清代学术在中国学术史上价值极大，清