士们宁静的隐修生活从此被打破。1941年太平洋战争爆发后，日军闯进修院，带走了这里仅有的几名欧洲修士，将他们关入山东潍坊的乐道院集中营。后来通过德国天主教会的营救，他们才得以返回修院。第二次世界大战结束后，杨家坪神慰修道院继续开展其宗教事业。据作家林达介绍，1947年，院内居住着近80名修士。其中有6名外籍修士：4名来自法国，1名来自荷兰，1名来自加拿大。据夸特洛奇神父称，1947年4月某夜晚，该院全体80名隐修士被共军集中于院会议厅后押解离开修院，翻山越岭。至11月，已有33名隐修士因不堪寒冷