菲律宾・中南半岛・印度尼西亚・马来方面的哨戒・输送・警备原来各由个别舰队执行，为了地域作战的统括指挥而编制。南西方面舰队为第一南遣舰队等警备舰队的集合体。1943年（昭和18年）9月编入第十三航空舰队。11月分割出第二南遣舰队，东印度尼西亚新设第四南遣舰队，用以防范联合军北上。但连合军直接于菲律宾上陆，于是只有第三南遣舰队队迎撃。1944年（昭和19年）3月编入南东方面舰队第九舰队、12月编入北东方面舰队第五舰队、但皆短期间解队。作为游兵的第一・第二南遣舰队与第十三航空舰队于1945年（昭和20年）