。然而，国势大不如从前的浩罕汗国已经没有足够的力量来抵御来自俄罗斯的压力了。同一时期，在清朝统治下的与浩罕接壤的新疆地区，叛乱也时有发生，使得作为浩罕汗国繁荣的生命线的边境贸易开始衰退。1864年，从库车爆发的叛乱顷刻间便波及新疆全境。为了响应当地穆斯林的要求，浩罕汗国的掌权者阿里木库里联合大和卓的曾孙布素鲁克，对喀什出兵。然而，出兵军队中的领导者阿古柏在到达新疆后，与布素鲁克趁混乱夺取了喀什的穆斯林政权，并建立了哲德沙尔汗国，一时几乎占领新疆全境，宣布从浩罕独立，史称新疆回乱。这一事件切断了浩罕从新疆