也有医家认为是“医林改错，越改越错”，例如《内经》认为尿液是食物中的水液进入大肠后，循下焦渗入膀胱，王清任却批评说：“尿从粪中渗出，其气当臭，尝用童子小便，并问及自饮小便之人，只言味咸，其气不臭……”，又谓“中风者半身无气，半身有气者”。《医林改错》否认三焦，认为本无其事物。王清任虽然实地观察尸体，坚持“亲见脏腑”，却缺乏“系统的实验”精神，亦乏“操作典范”，仅仅是动目而不动手，使得书中的结论过于草率，因此严重影响到本书的价值。