基因以低水平表达或根本不表达。 转录需要置换定位的核小体，以使转录机制能够获得DNA。转录中的所有步骤都受到一定程度的调节。 特别是转录起始是调节基因表达的主要水平。 针对细胞的能量成本而言，针对限速初始步骤是最有效的。 转录起始受DNA调节区内顺式作用元件（增强子，沉默子，隔离子）和作为激活剂或阻遏物的序列特异性反式作用因子的调节。 通过靶向延长聚合酶的运动，也可以在起始后调节基因转录。
全局控制和表观遗传调控.真核基因组被组织成紧凑的染色质结构，只允许对DNA进行调节。 染