广铁路公司在2002年8月提交的沙田至中环线修订方案，沙田至中环线会在大围站与钻石山站之间增设一个慈云山站。然而因为慈云山地势较高，若要兴建车站连接的话，则需要在地底80米深处建站，在制订紧急疏散策略时十分困难；由于区内地底的多层土层坚硬程度不一，并含有断层，对施工构成很高的风险，尤其有机会影响附近楼宇的结构安全；同时，车站位处百多米深地底，营运和技术上均存在风险（例如遇事故疏散乘客需5分钟）。所以九铁于2004年9月提交的最终方案拟稿中取消在慈云山设站的建议，改为兴建地面自动轻便运输系统，连接钻石山站和慈