1913年3月，被选为山东省议会副议长兼山东高等学校校长、山东省商业学校教授。在省议会中，多次协调国民党和共和党的矛盾，深受两党人员的称誉。 此外，为发展教育，孔祥柯还联合有识之士在济南创办了济南育英中学，自任校长，培育了许多有志之士。1914年，袁世凯解散各省议会，孔祥柯到北京任职为财政部货币委员会委员，游历直隶、湖北、广东、福建、浙江和江苏等地，调查和研究当时的财政情况。1915年，因不满袁世凯独裁，孔祥柯辞职回到山东，于次年被任命为山东法政专门学校校长。1916年，袁世凯称帝失败后死去，山东省