996年任空军政战部主任期间，自行举行记者会宣佈女童被姦杀案破案，犯人是江国庆，而获得「事蹟存记」之功奖，但该案在枪决前就已有证据显示极可能为冤狱。案件于2011年重审，确定江国庆冤死。民进党立委蔡同荣要求检方立即传讯前国防部长李天羽、陈肇敏，国民党立委邱毅也认为这些涉案官员除了该负刑事责任外，也应退还退休金。1月31日，江国庆冤死案破案数天后，李天羽表示愿接受约询。
陈水扁爱将.中华民国总统陈水扁于任内曾多次遭外界质疑有意培植嫡系高阶将领，其中特别是李天羽，因为在陈水扁当选总统前