在同年九月以28岁之龄崩御，葬于上醍醐陵之中。这带给了白河天皇很大的悲痛，贤子死后，白河天皇哀恸的抱着贤子的遗体哭泣。而贤子的死也造成白河天皇无心继续治国，于应德四年（1087年），由贤子所出的善仁亲王继位为第73代堀河天皇，并以同样是藤原贤子所生的媞子内亲王，于宽治元年（1087年）成为弟弟堀河天皇的准母。