新后新政府于1868年取代了江户幕府，住吉郡内属于小田原藩的区域则在1868年因戊辰战争中小田原藩支持幕府一方而遭新政府收回，因此连同原本幕府相关的领地先后隶属大坂裁判所司农局、大坂府司农局、大坂府北司农局、摄津县、丰崎县、兵库县，在1869年后才划回大坂府。而原属古河藩及高槻藩的领地在1871年实施废藩置县后曾短暂隶属古河县、高槻县、，在同年底的第一次府县整併中全数被併入大坂府。同时，由于原本为摄津国与和泉国分界的大和川在江户时代因水利工程河道位置而有所变化，在1871年时也决定将原属于住吉郡但已