未得到德国联邦交通部的批准下，便宣佈将会提供国内航线服务，机票价格比汉莎航空低很多，引致对方的不满。后来日耳曼尼亚航空与汉莎航空达成协议，从汉莎航空长期租赁飞机。1987年接收首架波音737-300。1992年，营运和技术总部搬到新首都柏林-泰格尔奥托·利林塔尔机场。同年日耳曼尼亚航空取得营运来往柏林和波昂的「公务快车」（Beamten-Shuttle）航线，此后日耳曼尼亚航空的主要业务改为包机服务，合作对象包括途易旅游、神鹰航空和内克曼旅行社。1995年，日耳曼尼亚航空订购了12架全新的波音737