工部尚书。明穆宗继位，林庭机调礼部，陪同入京。当时其子林燫已为国子监祭酒，遂请求致仕归乡。万历九年（1581年）去世，赠太子太保，谥文僖。
家族.曾祖林观，赠知县，累赠南京吏部尚书；祖父林元美，曾任知府，累赠南京吏部尚书；父林瀚，曾任南京兵部尚书 赠太子大保 谥文安。嫡母黄氏（封孺人加赠一品夫人）；生母朱氏。福州林浦林氏在明朝一季，共有八位进士，其中有五位官至尚书。史称「三代五尚书，七科八进士」。林庭机之子林燫、林烃亦出身进士，官至尚书。