1993年至2011年，共有10多部动画作品，发布形式有OVA、电影、电视动画、网路。
电视动画.2003年，播出了四集电视动画特别篇《怪医黑杰克 4个生命奇蹟》。2004年，改编手冢治虫漫画原作的电视动画版由手冢制作与读卖电视台制作，手冢真担任导演，在读卖电视台从2004年10月11日到至2006年3月6日，播出，全61集。从2006年4月10日到2006年9月4日播出续篇《怪医黑杰克21》，全17集。动画将漫画数个独立章节重新改编成一个全新的主线剧情，剧情从黑杰克与父亲