同年，调任山东巡抚。鹤年上报济宁、鱼台、金乡、滕、峄等州县的积水灾害，干隆帝命其留心抚恤。二十二年（1757年），干隆帝南巡，鹤年迎驾，奏请为受灾地区免赋税，同时表示济宁等五州县积水尚未清理完毕。干隆帝以江南宿虹、灵壁，河南永城、夏邑，皆有积水，命侍郎裘曰修会同督抚筹划疏通水灾事宜。七月，鹤年升任两广总督，然而奏请暂留任山东治水，干隆帝回复道，“览奏，具见良心。然朕以无人，不得不用汝。汝仍遵前命。”同年十月，又命鹤年以总督衔管山东巡抚事，管理治水工程，其先疏通伊家河、清理河道淤泥等提议皆被干隆帝所采纳。