初放在她去世那间屋子旁边的小教堂，再于1853年5月7日送回葡萄牙本土。5月12日，她的灵柩在里斯本下船，随后是隆重的葬礼。她的遗体葬在城外圣文生修道院的布拉干萨先贤祠，长眠在父亲身边。近130年后，玛丽亚·阿梅利亚的遗体又被迁至巴西，葬于里约热内卢的圣安东尼修道院，同其他布拉干萨王朝巴西皇室成员葬在一起。
影响.佩德罗二世从未同妹妹见过面，但却通过信件对她产生深切情感。玛丽亚·阿梅利亚去世七年后，佩德罗二世在日记中写道：“我听到为妹妹（玛丽亚·）阿梅利亚所做的弥撒，对她，我感到非