骤中，如电喷雾质谱，质子化是必需的一步。质子化和去质子化会发生在大多数酸碱反应，是大多数酸碱反应理论的核心。布朗斯特-劳里酸被定义为将另一物质质子化的化学物质。
质子化和去质子化的速率.质子化一般很快，主要是因为质子在水中的浓度很高。质子化的速率与被质子化物质的酸性有关。弱酸的去质子化速率慢于强酸。当质子化引起重要的结构改变时，质子化和去质子化的速率可能会变得特别慢。
可逆性与催化剂.通常，质子化是可逆的，质子化后的共轭碱基没有改变。但是在一些情况中，