此地设有多个庄园，主要的庄园为石清水八幡宫的鸟饲庄，并建有其别宫鸟饲八幡宫。室町时代末期，的安宅氏在三熊山建立；1585年至1609年期间，脇坂安治被分封至此，设立，此后曾短暂隶属姬路藩，1615年后成为德岛藩蜂须贺氏的领地，由蜂须贺氏家臣稻田氏作为城代负责整个淡路岛。1871年废藩置县后，淡路岛最初被拆分成南北两部分分属兵库县和德岛县，现在的洲本在当时大部分属于德岛县，旋即又与四国东半部整併为名东县，直到1876年才又被拆分出，併入兵库县。1889年日本实施町村制时，设立了洲本町，隶属津名郡，