随院自成都迁回南京，1948年代理中大医学院院长职务。1949年中华人民共和国成立后，中央大学改名南京大学，他仍任南京大学医学院院长。1952年该校医学院改编为「第五军医大学」，由他担任校长。1954年调任中国人民解放军军事医学科学院副院长，任一级研究员、院学术委员会主任、中国人民解放军医学科学技术委员会主任委员。1961年加入中国共产党。文革期间，被革除所有职务，工资停发，饱经批斗和各种折磨。1990年7月29日，蔡翘病逝于北京。
学术成就.他在甲状旁腺、感受器、肝糖