王谧死后兼领其录尚书事、扬州刺史职位，从此掌握朝权，后在包括义熙五年（409年）北伐南燕、义熙六年（410年）自灭南燕战场迅速南返讨灭卢循之乱、义熙八年（412年）消灭与昔日自己共讨桓玄，却成政敌的荆州刺史刘毅及义熙十一年（415年）驱逐晋宗室荆州刺史司马休之，皆倚靠其指挥的北府军达成，刘裕此期间亦始终兼领徐州刺史及都督职位。击败司马休之后刘裕大致扫平国内政敌，并让身为弟弟但无才能且粗鄙贪婪的刘道邻出任荆州刺史，更将北府文武都随其赴荆州作支援。义熙十二年（416年），刘裕上表北伐后秦，北伐亦以北府将领檀