市人民政府评定为广州市重点中学。1959年，中共中央提出“巩固、整顿、提高”的方针后，二中开始学制改革，并于次年被定为试行五年一贯制的教育改革试验学校，教学成绩有所提高，成为广州较为突出的重点学校之一。1966年，文化大革命爆发，二中学生卷入了“大破四旧、大斗老师”的浪潮中，众多教师被打倒批斗，学校亦被学生要求将校名改为“东方红战校”。1967年1月，群众组织夺权，学校工作全面瘫痪。1969年冬，为“战备疏散”以及配合学生学农的相关政策，二中在广州花县狮岭振兴白水寨建立农村分校，并开设校办工厂；1974