十月，任保和殿大学士兼户部尚书。史载“索额图生而贵盛，性倨肆，有不附己者显斥之。与朝士独亲李光地”。康熙十六年（1677年），先是吴三桂反，大学士索额图谓因撤藩激变，宜罪议撤藩诸臣。康熙帝不许，斥责索额图的异议，并宣谕廷臣以前议撤藩，只有纳兰明珠与米思翰、莫洛等为能称旨云。康熙十六年（1677年）八月二十二日，康熙帝御太和殿，遣大学士索额图为正使，大学士李霨为副使，持节授妃钮祜禄氏（鄂必隆之女）立为康熙第二任皇后。康熙十七年（1678年）八月十九日，康熙帝遣大学士索额图，祭先师孔子。