低了头部的重量，并提供肌肉附着处，与容纳感觉器官。这些窝孔在头部两侧成对排列。头部前方为两个大型、椭圆形的鼻孔。眶前孔（Antorbital fenestrae）位于鼻孔与眼睛之间，小于板龙的眶前孔。眼窝所佔头部面积比例大于板龙的眼窝。头部后方则为两对颞颥孔（Temporal fenestrae）：位于眼窝后方中间的侧颞孔（Lateral temporal fenestrae）、与头顶上侧的上颞孔（Supratemporal fenestrae）。下颌两侧也有小型窝孔。传统上，大椎龙的头部被重建成较板龙的为