历经修缮改建，今庙只剩三进，重建于道光二十三年（1843年）。
建筑.牧马侯祠座北朝南，面宽三间，第一进的三川殿屋嵴是三川嵴，入口是凹寿式，与供奉陈渊神像的正殿之间建有卷棚轩亭相连，轩亭两旁则是龙虎井。后殿则是佛堂，主要供奉观世音菩萨。此外庙内还有清代重建石碑（道光二十三年「捐题重兴恩主庙碑」、宣统元年「捐题翻盖芳名碑」）、民国新加坡与越南金门会馆所捐献的匾额等重要文物。
信仰传播.丰莲山的恩主公信仰现已遍布金门各地，并随金门侨民带至海外，如新加坡浯江会馆