明确地反对堕胎。方济各指堕胎是「彻头彻尾的魔鬼」，不只在天主教教义上，在人道上亦然，「为了拯救一人而夺去另一人的性命，这是黑手党所为，是犯罪、是绝对的邪恶。」同时他指面对兹卡病毒疫情，避孕并非「绝对邪恶」，更指1960年代时任教宗保禄六世，亦曾允许非洲比属刚果的修女预防有系统强暴成孕而避孕。联合国早前唿吁拉美国家放宽堕胎政策，允许胎儿有患上小头症风险的孕妇终止怀孕，当地神职人员则重申教会对堕胎及人工避孕的反对立场。尽管梵蒂冈教廷一贯政策是反对任何形式的避孕，但方济各暗示，针对兹卡疫情，教廷愿意放宽这方面的禁