夲逝世后，当地居民在该庵塑像供奉。南宋绍兴廿一年（1151年）吏部尚书颜师鲁以吴真人显灵助地方抵御盗贼有功，乃上书请为吴真人立庙。而原本众人选在云峤院旁，但据说因神明显灵表示已选定他处，最后在龙湫庵南边建庙，称「龙湫庙」。南宋干道二年（1166年）宰相梁克家上奏请庙额，朝廷乃赐庙额「慈济」，庙名因而改称「慈济庙」。淳熙十二年（1185年），承事郎颜唐臣曾发起整修。淳祐元年（1241年），下诏将「庙」改为「宫」，因而有「慈济宫」之名。清初施行迁界时，青礁慈济宫受影响，成为荒墟。后来在康熙卅六年（1697年