回后，崔彦穆出任金州总管、七州诸军事、金州刺史，进位大将军，很快被征召担任小司徒。大象二年（580年），周宣帝宇文赟去世，杨坚辅佐朝政，三方起兵反叛。杨坚任命崔彦穆担任行军总管，率领士兵和襄州总管王谊讨伐司马消难。中央军抵达荆州，崔彦穆怀疑荆州总管独孤永业有反叛之心，于是将他收捕后诛杀。司马消难被平定后，杨坚征召王谊回朝，随即任命崔彦穆担任襄州总管、六州诸军事、襄州刺史，加授上大将军，进爵东郡公，食邑二千户。不久独孤永业的家人申诉获得平反，崔彦穆被定罪免官，很快又恢复官职和爵位。隋朝开皇元年（581年）