19年，祁耿寰奉命担任汕头警备司令。不久，因孙文离开广东而解职，即偕夫人暂居汕头。此前祁耿寰在辽中策划独立时，革命队伍中的告密者张某被革命党人士处决。张某的儿子为报仇，此时雇人在汕头开枪行刺祁耿寰，祁耿寰中三弹而未死。1924年，祁耿寰为中国国民党第一次全国代表大会代表。参加大会的奉天省代表有四人：朱霁青、祁耿寰、宁武、王秉谦。祁耿寰是孙中山指派的大会代表，时任广州市公安局督察长，驻粤建国豫军总司令部参谋长，被祁耿寰介绍的黄埔军校第一期生是何学成。1925年，国民革命军北伐，祁耿寰到河南，最终联合旧