科学家的检查之后，第五福龙丸被日本文部省收购，隔年8月移至东京水产大学（今东京海洋大学）所属的品川岸壁泊靠。之后，第五福龙丸旋即接受检查并且去除放射线，并转送至三重县伊势市的强力造船所进行改造，成为东京水产大学的练习船隼丸（はやぶさまる），以千叶县馆山市为母港。1967年，由于船体老朽，拥有单位决定将隼丸报废，在拆除掉一些还可以继续使用的零件之后，将废船身送到东京都江东区梦之岛旁的第15号掩埋场拆解抛弃。但在同年，东京都的一些政府职员发现到它的存在而发起保存旧船的运动，将它安置在梦之岛的永久保存展示