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生态.印度尼西亚地处热带，加上面积、群岛地形因素，而得以支持世界第二高的生物多样性，仅次于巴西，动植物混和了亚洲及澳大拉西亚品种。巽他陆棚上的岛屿（苏门答腊、爪哇、婆罗洲和巴厘岛）曾与亚洲大陆相连，而有许多亚洲动物相，如虎、犀牛、猩猩、亚洲象及豹等，曾大量栖息于东至巴厘岛的区域，但现今数量及栖息地已大幅减少。森林覆盖率约60％。在苏门答腊及加里曼丹以亚洲物种占优势；爪哇岛面积较小且人口密度高，大多数森林因人类居住及农业开垦而被砍伐。苏拉威西、努沙登加拉、摩鹿加等地长期与大陆