登基，由担任摄关的伯父藤原忠平总摄朝政。在位中的承平5年（935年）2月，平将门在关东发动叛乱，次年藤原纯友在濑户内海发动了骚乱（承平天庆之乱）。朝廷试图施行怀柔政策，但并不成功。天庆3年（940年），天皇任命藤原忠文为征东大将军并派遣将门征伐军，藤原秀乡亲自讨伐了平将门。第二年，橘远保讨伐藤原纯友，才平息了叛乱。除此之外，朱雀天皇在位期间，富士山喷发、地震、洪水等自然灾害也很多。另外，也许是天皇体弱多病的缘故，只立了两位女御，在位期间没有诞下任何皇子女。也正因如此，天庆7年（944年）4月，将同母