》拟将部会整併为十三部、九会、二总处、二其他机关及三独立机关。该版本重点为：13部中新设及更名重组6部，分别是：委员会中增设国家发展委员会和海洋委员会。3个独立机关为：新增的2个总处是：民国98年（2009年）10月12日，立法院司法及法制委员会完成《中央行政机关组织基准法修正草案》及《中央政府机关总员额法草案》初审；同年11月11日，《行政院功能业务与组织调整暂行条例草案》完成初审。同年12月14日《行政院组织法修正草案》完成初审，并展开朝野协商。民国99年（2010年）1月12日