蛇、乌鸦、花粟鼠、多纹黄鼠、灰松鼠、臭鼬、土拨鼠、浣熊、獾、灰狐、红狐和人类经常搜索锦龟的巢穴和并把龟蛋吃光。而体型小的（通常是捕食者嘴巴大小的）、刚出生不久的龟则被隐角椿象下目昆虫、鲈鱼、鲇鱼、牛蛙、鳄龟、三类蛇（蝮蛇、游蛇、水蛇）、苍鹭、稻鼠、鼬鼠、麝鼠、水貂和浣熊吃掉。成年龟的外壳坚硬，能起到保护作用，免遭大部分捕食者的捕食，但也会偶尔避不过短吻鳄、鹗、乌鸦、红肩鹰、白头海雕和浣熊的捕食。锦龟通过踢、抓、咬、撒尿进行防卫。与陆龟不同的是，如果锦龟被翻转，四脚朝天，它们能将自己翻正。