为何会产生抗线粒体抗体，有假说认为，异生诱导或氧化修饰所导致的对线粒体抗原的修改，是导致机体不能忽略线粒体抗原的关键步骤。在前述急性肝硬化病症中，该抗体被发现会对几乎所有肝脏抗原起作用，包括：抗心磷脂抗体也是抗线粒体抗体中的一种，因为心磷脂存在于线粒体内膜当中。
与非线粒体抗原的关系.急性肝功能衰竭的患者中，有57%会出现抗反转谷氨酰胺酶抗体（anti-tTG）升高的情况，这种情况与乳糜泻有关。细胞间免疫反应所引起的麸质过敏炎症，可能会导致氧化应急反应。而这种反应则会修饰线