时，只有一些中国基督徒创立的团体，如耶稣家庭、真耶稣教会和地方教会，认为自己早就实行了“三自”原则，基本未受政局影响，继续扩展。这几个团体虽然亦表示在爱国方面拥护三自原则，参加了1951年4月在北京召开的处理接受美国津贴的基督教团体会议，以及随之开始的控诉运动，但是并不为操纵三自的现代派所容，政府亦认为这些自立教会的危险性甚至高于有西方背景的教派，不久以后，这几个基督徒团体就在1950年代的几次政治运动中成为受打击的主要对象。1952年，耶稣家庭在土地改革中作为恶霸地主被镇压，地方教会领袖倪柝声作为资本家以