眶小，位于鼻-眼前孔的上边缘之下。颌部没有鸟掌翼龙超科的冠嵴，但头部后方有短的突起物。颈椎长度适中，背椎有愈合的联合背椎，胸骨有剑突。
分类.2003年，董枝明等学者在命名吉大翼龙时将其归于翼龙目的翼手龙亚目，但并未确定其所属的科。来自中国和巴西的一群科学家2005年在《自然》杂志上发表的论文认为吉大翼龙是无齿翼龙的近亲，可能与朝阳翼龙同属，甚至同种。而中国地质科学院的吕君昌和季强2006年在韩国古生物学会杂志上发表的论文则认为吉大翼龙与朝阳翼龙可能属于神龙翼龙超科，并且这两者比始