徽州府休宁县。顺治六年（1649年）进士，为翰林院编修。历任道员、按察使、工部侍郎、刑部侍郎、兵部侍郎、礼部尚书。康熙十二年（1673年），为左都御史。请求皇帝宽免在严禁窝藏逃人事件中父子相隐。二十一年（1682年）十月，为武英殿大学士，作为《重修清太祖实录》《三朝圣训》《大清会典》《大清一统志》《平定三逆方略》总裁官。二十六年（1788年）正月，吴琠休致，三十年（1788年）正月，吴琠去世，谥号文僖。