南幸承天府，叫停当地大兴土木；帝弥留之际，徐阶又劝其停服丹药，并将左右方士和相勾结的太监一体斩决。嘉靖驾崩后徐阶拟写了《嘉靖遗诏》和《隆庆登极诏》，在两张诏书下达后，朝野大臣都举手相贺，将此举和杨廷和所拟《嘉靖登极诏》被统称为正始正终第一政。但是，明人支大纶却批评徐阶说他只是依靠玄奇的青词入直，在任期间献媚讨好他人，没有做出任何政绩，只有到了隆庆时期才有所改善。嘉靖死后，由于早年辅佐穆宗有功，隆庆年间徐阶依旧担任首辅，他多次调和穆宗和外廷的矛盾，在两年中多次上疏阻止宦官（中官）获得更多的权力，于隆庆二年