一级机关.依《澎湖县政府组织自治条例》，澎湖县政府设有7个所属一级机关。
所属二级机关.澎湖县政府设有9个所属二级机关，由澎湖县政府各处督导。
办公厅舍.
合署大楼.今澎湖县政府位于马公市治平路32号的官署大厅，前身为澎湖厅舍的建筑工程便是由上泷组负责，该厅舍起建于昭和八年（1933年）5月16日，昭和九年（1934年）12月31日竣工，昭和十年（1935年）2月11日正式启用，主要建筑物佔地345坪、总面积达5000坪，动员