比对演算法是从较大的序列或较多的字母中，寻找单一序列或少数字母的出现位置，可发展用来搜寻特定的核苷酸序列。在其他如文本编辑器的应用里，通常可用简单的演算法来解决问题，但只有少量可辨识特征的脱氧核醣核酸序列，却造成这些演算法的运作不良。序列比对则试图辨识出同源序列，并定位出使这些序列产生差异的特定突变位置，其中的多重序列比对技术可用来研究种系发生关系及蛋白质的功能。由整个基因组所构成的资料含有的大量脱氧核醣核酸序列，例如人类基因组计画的研究对象。若要将每个染色体上的每个基因，以及负责调控基因的位置都标示出来，