捕党羽，并逐步征讨成功。天启三年，担任山东右参政，分守济南。进右布政使，督漕江南，因病归乡。天启七年（1627年），徐从治出任山西参政，同年兼任山西按察司副使。崇祯初，担任山西副使蓟州道。后升任山西左布政使司。因病归乡。崇祯四年（1631年），孔有德谋反，巡抚余大成率兵监军。但余大成因征伐不利，被罢免；改由徐从治以右副都御史、山东右布政使代理，与登莱巡抚谢琏共同征讨，驻守青州。不久，中炮身亡，享年六十一岁。朝廷追赠兵部尚书，予谥烈愍。廕一子为锦衣卫千户。