防务的加强但成效不彰，朝中大臣对邵氏多所指责。8月1日（农历七月初一日），甲午战争爆发，清军全面溃败，清廷命刘铭传出战，刘已目盲耳聋无法赴命。清廷遂命南澳镇总兵刘永福帮办台湾防务。八月，刘永福至台南。九月，邵友濂调署湖南巡抚，唐景崧署理台湾巡抚。其时，黑旗军刘永福与台湾镇万国本二位总兵官俱驻台南府城，遥制恆春，恐鞭长莫及。经抚台协调，刘氏与万氏分地而防，以黑旗军专备凤山、东港以至恆春，台湾镇标中、左、右三营专备安平至旗后一带沿岸，郑超英调任副将衔台湾镇标中军兼管中营。1895年（光绪二十一年）2月，黑旗