皮耶罗二世·德·美第奇被流放，美第奇家族的统治被推翻。道明会修士萨佛纳罗拉成为佛罗伦萨新的精神和世俗领袖。但是很快萨佛纳罗拉严厉苛刻的统治引起了广大百姓的不满，加上他反教廷的言论，遭到教皇亚历山大六世的愤恨。1498年，萨佛纳罗拉被推翻，并被以异端罪火刑烧死。之后由继续统领佛罗伦斯共和国。1512年美第奇家族在教皇儒略二世的军队支援下，进入佛罗伦斯，共和国随之瓦解。乔凡尼·美第奇成为佛罗伦斯统治者。1527年美第奇家族再次被逐。1530年在神圣罗马帝国军队协助下，美第奇家族重返佛罗伦萨。