山资纪下令基于「保民治安」等理由，应妥为保护庙宇与传统信仰，暂供军用者也应速恢复旧貌，以及台湾治安的恢复，各地寺庙才逐渐恢复宗教活动。1915年西来庵事件发生后，为避免再次有人利用宗教信仰号召群众抗日，开针对台湾宗教进行调查，其成果由台湾总督府编修官丸井圭治郎在1919年汇编成《台湾宗教调查报告书》，该书除了提供政府施政的参考资料外，也成为日后进行台湾宗教调查的范本。而在日本大正年间，由于政府利用庙会庆典促进地方繁荣，所以大力支持迎神赛会，历如1923年5月15日的《台湾日日新报》便报导台南州知事吉冈荒造等