市区，首当其冲乃是南港区的台北捷运昆阳站及附近地区，再加上南湖大桥受上游漂流货柜阻塞影响，洪水水位高度11.74米，已超越原先计画洪水位标高11.06米，距堤顶高度仅剩约90厘米，之后台北捷运板南线、淡水线、台北车站等地下铁路遭洪水淹没，并造成忠孝东路、内湖、南港、汐止等处严重淹水，台北交通陷入空前的严重混乱。此外，台铁纵贯线山线、海线及宜兰线部分路段中断；多处地区引发泥石流灾害；近165万户停电；逾175万户停水；全台有408所学校遭到重创，损失近8亿新台币；工商部分损失超过40亿新台币；农林渔牧损失