曾爆发过几次天花流行。1790年-1791年，在墨西哥谷中开始爆发了一次较严重的天花流行，大多影响了儿童。 康复的人数多于死亡的人数。在墨西哥城中，5400余人因天花住院，其中4431人康复、1331人死亡。与此同时，当地玉米价格上涨，并爆发了一次斑疹伤寒疫情，几个因素综合造成了墨西哥中部地区的人口轻微下降。1794年，另一场天花疫情从危地马拉传播到墨西哥，与危地马拉邻近的地区如瓦哈卡州、恰帕斯州最早受到影响。天花疫情经普埃布拉州于1797年传播到墨西哥城和韦拉克鲁斯州；1798年，疫情蔓延至萨尔蒂