议论互为辩驳，多见于吕着的《四书讲义》与黄着的《明夷待访录》。不过在康熙五年（永历二十年，1666年），两人因购书等事而生龃龉，于大约康熙九年（永历二十四年，1670年）之后近乎绝交。亦同张履祥、陆陇其等人有学问上的切磋。入清以后，吕留良致力于评价八股文，因之推崇尊朱贬王的思想，至康熙十三年（1674年）而止。此后专心刻印朱子遗书，提倡朱子之学。并不愿与仕清的原明朝官员交往。康熙十七年（永历三十二年，1678年），清廷下诏征辟博学鸿儒，浙江全省「屈指」推荐吕留良。吕留良以「自誓必死」的态度坚辞不就，