1937年12月25日，因共产党掌握了国民抗日军基层干部，整个部队的去向已经不由赵侗决定。便在杨成武等人的牵线搭桥下，国民抗日军宣布加入八路军，改编为晋察冀军区第五支队，虽由赵出任司令员，不过实际上赵侗只是空头司令，权力已遭共产党架空。不久之后，中国共产党先后发展其副手高鹏、纪亭榭成为党员，却拒绝了赵的申请，赵遂对共产党产生猜疑之心。高鹏说赵侗是国社党党员。
逃离八路军晋察冀军区第五支队.部队被中共同化之后，赵侗虽为司令，但却丧失了人身自由，赵侗在游击队司令一职上呆了将近一年。