飞航许可执照，打破长期以来由韩航与韩亚航垄断的韩国空中运输市场。2006年4月，济州航空的第一架飞机Dash8-Q400正式交机，随后在6月5日首航济州-首尔航线。济州航空陆续推出首尔-釜山、襄阳与济州-釜山等等韩国境内航线。但由于客源不稳，首尔到釜山与襄阳的航线很快地在隔年即停航。2007年11月12日，济州航空执行由济州飞往平壤的两韩特别包机，是该公司首次等同于国际航线的飞航。2008年起，济州航空开始引进波音737系列客机，准备汰换原有的五架Dash8-Q400，同时也计画进军短程国际航线的飞航。