三座温网冠军与第五座大满贯。在美网连续二年进入决赛后，以6–3、2–6、7–6、6–1四盘击败八届大满贯得主安德烈·阿加西而卫冕成功，拿下第二座美网冠军与第六座大满贯。年终，网球大师盃进入决赛后，以7–6、7–6、2–6、1–6、6–7苦战五盘负于大卫·纳尔班迪安，宣告卫冕失败。另外也夺得四座大师赛单打冠军（一座：汉堡红土赛事、另外三座：印第安维尔斯、迈阿密、辛辛那提)、二座黄金国际赛冠军（鹿特丹、杜拜硬地赛事）和三座国际赛冠军（多哈、哈雷和曼谷硬地赛事）。2006年，费德勒延续前两年的表现，也是他成绩