瞿昙寺的僧众到明朝末年达到500多人，清朝末年为300多人，1949年前夕为60多人。1958年前夕，该寺仅余18户34人（其中活佛2人（智合仓活佛仓成善、卓仓居巴仓活佛梅居巴），完德12人）；主要僧职除两位活佛之外，还有管家梅根登、梅香曲。该寺在智合仓活佛之下设法台、僧官、经头各1人，任期均为3年，负责宗教事务，另外设有众僧管家4人，任期1年，负责寺院的行政事务。瞿昙寺内设有时轮学院。1958年后，瞿昙寺成为青海省获得保留的11座藏传佛教寺院之一。文化大革命期间，瞿昙寺被关闭，直到1980年重新开放