1年），陆奥国爆发了以为首的叛乱，东北地区虾夷的抵抗也逐渐加强。
从长冈京迁往平安京.为了摆脱逐渐膨胀的寺社势力的控制，桓武天皇于784年（延历3年）在山背国长冈之地另建新都（即长冈京）。不过此次迁都并非一帆风顺——负责迁都的藤原种继遭到保守势力暗杀横死，而桓武天皇之弟早良亲王也被怀疑“阻碍迁都”而因此连坐被废。早良亲王于流放途中郁郁而终，然而此后饥荒和瘟疫屡次发生，桓武天皇近亲相继离奇去世，朝廷认定这是先前藤原种继暗杀事件中的怨灵作祟，因此在和气清麻吕等人的建议下再次迁都。794