使国家队的教练极力劝告他去参加这个项目。索普在100公尺即200公尺自由泳分别以49秒24与1分46秒42的成绩取得2006年英联邦运动会的参赛资格。索普对于他的表现感到失望，并推断他可能对于新的训练时间表判断错误，将会更进一步的改进。不过后来索普因为支气管炎而宣布退出2006年英联邦运动会，并将停止训练。索普后来被诊断出罹患感染性单核血球病，并且又因为头部受伤而延迟练习，最后他在7月前往美国接受治疗。由于媒体的关注，索普被迫去更换教练，对他造成进一步的冲击。并有传言指出因为不适当的练习导致索普在国际比赛的