分类中包括蜥臀目与鸟臀目，并不包括翼龙目、鱼龙目、蛇颈龙目、沧龙科。恐龙常被认为是总目，或是未定位的演化支。蜥臀目和鸟臀目以其骨盆结构来区分。蜥臀目（学名：Saurischia）意为「蜥蜴的髋关节」，骨盆型态比较接近早期的祖先，耻骨朝前。数个演化支的耻骨个别演化成朝向后方，例如：艾雷拉龙下目、镰刀龙超科、驰龙科、以及其后代鸟类。蜥臀目主要包括两个亚目：二足、大部分是肉食性的兽脚亚目；长颈部、四足、植食性的蜥脚形亚目。某些兽脚亚目大约在侏儸纪时期演变成为鸟类的祖先。鸟臀目（学名：Ornithischi