亦曾向苏格兰女王玛丽一世求婚，而女王的舅父洛林主教查理建议玛丽考虑查理二世的求婚以得到奥地利的帮助统治苏格兰，但是玛丽仍然拒绝查理二世及其兄长马克西米利安二世的求婚。查理二世与其兄马克西米利安二世的宗教观念背道而驰，他是一位虔诚的天主教徒，他提倡反宗教改革，例如邀请耶稣会的成员到他的领地。但是于1572年，查理二世亦在格拉茨及于1578年在布鲁克向内奥地利议会作出重大的让步，最后演变成对基督教的容忍。由于内奥地利需要负责对抗土耳其大军的侵略，他们于1579年在克罗地亚建立卡尔洛瓦茨城堡，以查理二世的