.2001年9月17日，纳莉台风挟带豪雨来袭，导致基隆河洪水溢出河岸，自三貂岭隧道北口灌入。由于本隧道北口（三貂岭侧）的海拔高度比南口（双溪侧）高，复以隧道北口水匣门未发挥作用，导致洪水与土石顺着隧道往牡丹车站及台北县双溪乡漫流，不仅铁路中断，也造成双溪乡做大水。而水退之后，隧道内还卡着大量树枝与泥土。水灾除了中断本隧道与第三基隆河桥以外，也重创了宜兰线八堵～福隆路段，故此期间台北至福隆间，暂以基隆客运接驳，直到9月29日宜兰线才恢复全线畅通。