帝斐迪南二世登基，决意不再容忍新教徒。1618年，布拉格再次发生抛窗事件，引发了残酷的三十年战争。1621年在城外不远处进行的白山战役中，捷克军队战败，27名新教徒贵族在老城广场被处死。1648年，瑞典军队攻占并洗劫了布拉格，神圣罗马帝国皇帝将宫廷迁往维也纳，此后布拉格进入一段萧条时期，城市人口也从战前的6万下降到2万。1689年的一场大火烧毁了布拉格，随后该市得以重建。在18世纪，该市经济持续上升，到1771年拥有8万居民，其中有许多是贵族和富裕的商人，在城内兴建了许多宫殿、教堂和花园，它们普遍采用装