地铁一期通车后，深圳地铁网络没有立即继续扩展。2003年深圳市规划局即制定了《深圳市城市轨道交通建设规划》（2005一2010年），提出二期工程包括1号线续建段（世界之窗 – 深圳机场），4号线北延段（少年宫 – 清湖），2号线初期工程（世界之窗 –蛇口港）、3号线初期工程（红岭 – 双龙）、5号线。该建设规划于2005年3月获得国家发改委批准。但从2004到2007年，由于官员对地铁建设重视不足，以及拆迁受阻、前期工作落等原因，深圳地铁的建设工程几乎停滞。在接近三年的时间里，没有任何线路建设或开通。