《民报》上的文字，乃是以佛理说革命，主张“革命之道德”。撰有《中华民国解》。又参与此期兴起的国粹主义运动，自1905年起，在《国粹学报》上发表若干学术文字，并在东京开设国学讲习班，“宏奖光复，不废讲学”。此前，1903年章太炎与近代古文经学另一重镇刘师培定交，此后因学术祈向相近而交往日密。后刘师培由其妻何震出面，接受端方的收买，写了自首信——《上端方书》。1908年2月，刘师培返回日本东京，充当端方暗探，并且续办更为激进的《衡报》，鼓吹无政府主义革命。同时组织齐民社，举办世界语讲习所。1908年5月24