狱前未服完的刑期合共需要服刑41年零3个月。1999年上诉庭改判他入狱36年零3个月。其后他再向终审法院就申请上诉许可，指上诉法庭判刑时未有考虑他在枪战中受重伤致永久伤残，要求进一步减刑，但遭到驳回。
服刑期间.叶继欢在狱中受到基督的感化，于2004年2月受洗。在狱中以五页亲笔信回覆基督教杂志《天使心》，分享成为「贼王」以及在狱中归主的经历。他每主日均在狱中参加崇拜，并与参观监狱的青少年见面，亦经常鼓励其他囚友出狱后要改过自新。叶继欢被指涉嫌在2009年4月30日赤柱监狱医院大