划归吉林省，1958年8月11日，经中共吉林省委和吉林省人民委员会决定东北人民大学正式更名为吉林大学，郭沫若为吉林大学题写校名。1958年9月，吉林大学新建原子能系和哲学系。任命唐敖庆教授兼原子能系主任，任命刘丹岩教授为哲学系主任。1958年秋，邓小平为吉林大学题词：“把劳动和教育结合起来，是培养具有共产主义品德和真实本领的年青一代的根本道路”。1958年11月，召开第三次党员代表大会，选举匡亚明为党委第一书记，陈静波为第二书记。1959年2月，吉林大学在中华人民共和国国内率先成立了半导体系和