于战时避居越南。学校创办人兼首任校长艾玛修士于1945年在越南去世。1946年，战事结束，加斯恩修士 (, OBE) 开始筹划重开学校，并很快地录取了600多位学生。香港政府及英军却于1949年再次征用校舍，成立第33综合医院。学校唯有迁移到何文田巴富街的临时校舍。虽然当时学校遇到不少困难，但教学并没有受到严重的影响。为了纪念艾玛修士和加斯恩修士对学校作出的杰出贡献，学校分别以两位修士的名字来命名于2006年开幕的两座新翼。
战后发展.1956年，菲力士修士 () 接任校长