民党撤销党籍；之后在2002年加入民主进步党，并担任1年多的立院党团总召集人。2005年12月，民进党主席苏贞昌为对三合一选举结果不理想表示负责而辞去党主席时，赵永清原欲代理党主席；但中常会有中常委表示赵入党的党龄浅，代理党主席不适当；之后由副总统吕秀莲代理。2008年中华民国立法委员选举中，赵永清参选台北县第八选区（中和市漳和、圆通等区）立法委员，遇上中国国民党提名的义姐夫张庆忠，两家人在选举互撕破脸，因而反目。赵永清指张庆忠不顾情面，将一心扶持张的父亲赵长江打为牵涉林肯大郡事件；张庆忠反指赵长江