深度及其位于热带的地理位置，因此其中的水不容易进行上下层的对流，湖中深度较深的水称为化石水，属于。坦干依喀湖的下游区域约含盖231000平方公里，流入坦干依喀湖的河川中，最大的是 鲁济济河（Ruzizi River），它从湖的北边流入。另一条则是马拉加拉西河，它是东非国家坦桑尼亚的第二大河。从东边流入坦干依喀湖，马拉加拉西河是早期流入坦干依喀湖的河系，上游曾是非洲的刚果河，除了这两条河外，还有很多小河也流进湖中。由坦干依喀湖流出的河川则主要是，这一条河川最后消失在刚果河流域中。由于坦干依喀湖高海拔、