克山脉以北的曼伯拉莫河，由塔里库河和塔里塔图河两条河汇合而成。南部最重要的河流是迪古尔河，东部边境有跨国河流塞皮克河和弗莱河，弗莱河部分河段作为印度尼西亚和巴布亚新几内亚之间的界河。中部高地地区有许多小湖泊，主要有帕尼艾湖、蒂芝湖，北部近海有龙贝拜湖和森塔尼湖。
生态.巴布亚省约有16,000种植物，其中124种为特有。巴布亚省的着名动物：巴布亚省的自然保护区包括洛伦茨国家公园和瓦苏尔国家公园。2006年2月，一支联合考察队的科学家宣称，他们在印尼巴布亚省热带雨林中发现了数十