先后在横滨、东京的康有为、梁启超所办的大同学堂学习。1899年，梁启超在横滨发展保皇会，出版《清议报》，冯镜如任总理，冯紫珊任经理。1900年，冯自由因反对康有为，改名“自由”。同年入东京早稻田大学学习，与郑贯一等人创办《开智录》半月刊，鼓吹革命，与《清议报》对垒。1901年，与李自重、王宠惠等人组织广东独立协会，又与王宠惠、秦力山等人发行《国民日日报》。1902年，冯自由和章炳麟等人发起“支那亡国二百四十二周年纪念会”。1903年，冯自由加入横滨洪门三合会，被封为“草鞋”（即将军），并奉孙文之命联络在