看到大街上的一则黄埔军校笕桥中央航校招生的告示。他便写信给父亲，希望父亲批准他投笔从戎，并不等父亲回信就退学。之后考取了杭州笕桥空军军官学校第11期学习。
军中服役.1941年毕业后，他被编入中国空军第五大队，驻守芷江机场，授衔少尉。抗战胜利之后，由于参加了88次空中作战，获颁“飞行优异十字勋章”、“航空勋章”和“单位集体荣誉勋章” 。1944年，陈纳德将军视察时，看到吴其轺走路一瘸一拐，便来询问，得知他三次受伤三次重返战场，特批拆下一个C46飞机上的飞行员座椅送给他。1945年8