牙总督区与秘鲁总督区，新西班牙首府设在墨西哥城，管辖北美洲、中美洲、加勒比海和菲律宾；秘鲁首府设在利马，管辖南美洲。从16世纪到17世纪，总督通常从西班牙上流贵族中挑选。到了18世纪，也开始从具有启蒙思想的小贵族和中产阶级中挑选。但原则上还是只任用半岛人，殖民地历史上一百多名的总督中，只有不到5名是克里奥人。。总督在其辖区内可行使最高权力。在接近首府的地区拥有行政、军事、司法、财政等权力，以及下级官员的任命权。但是在距离首府遥远的地区，只有巡察般的权力。。
新大陆总督区的行政