331年，大觉寺统不满此制，最后后醍醐天皇被流放。足利尊氏于大概1334至1336年间，为后醍醐天皇夺回帝位。天皇对幕府发动的战争，使皇室大量用人，导致分地不足。此问题日益恶化，使足利尊氏后来倒戈，1336年推翻后醍醐天皇亲政的「建武政权」，建立由室町幕府领导的新政权，进入室町时代。
室町时代.1335年，足利尊氏利用前往东国平乱时机，在镰仓反叛，1336年1月攻入京都，3月退出京都进军九州。以后醍醐天皇为代表的朝廷派遣新田义贞前往平叛，两军与兵库凑川决战，新田义贞大败，足利尊