而因为DNA的双螺旋结构，每段DNA实际上有六个阅读框。实际的框架是由确定，通常是mRNA序列上第一个出现的AUG。破坏阅读框架的变异（例如，插入或删除1个或2个核苷酸）称为阅读框变异，通常会严重影响到蛋白质的功能，故此并不常见，因为他们通常不能在演化中存活下来。
非标准的遗传密码.虽然遗传密码在不同生命之间有很强的一致性，但亦存在非标准的遗传密码。在有「细胞能量工厂」之称的线粒体中，便有和标准遗传密码数个相异的之处，甚至不同生物的线粒体有不同的遗传密码。支原体会把UGA转译