受到沿线居民强烈反弹，并以丢掷杂物（如电视机）抗议，因此通车时限速25km/h，列车只往来北投与新北投间（通车之初，也有直达中山站的列车），通车一段时间后也将6节改为3节营运，变成虽然是高运量系统规格建设，但实际上只使用专用的三节高运量列车，在运量上与中运量系统相若。台北市政府已试图研拟方案，解决噪音问题，以期恢复6车组营运及回归主线。包含兴建隔音墙、将轨面改建为浮动道床，以及导入日本于爱知博览会中首度启用的磁浮捷运列车。目前隔音墙已安装完成，但并未完全达到预期的功效，仍然维持支线模式。其他相关计画则从