有：日本大学、早稻田大学、法政大学、中央大学、明治大学、立教大学、庆应大学、上智大学、青山学院大学、东海大学、同志社大学、立命馆大学、关西大学、关西学院大学、福冈大学；国立大学按照规模大小排列，前10名依次有：东京大学、京都大学、北海道大学、东北大学、筑波大学、千叶大学、名古屋大学、大坂大学、神户大学、广岛大学。2010年，上海交通大学研究中心发布2010年《世界大学学术排名》，东京大学排第20名，京都大学第24名。美国学术信息服务公司数据称日本东京大学世界排行12位，其物理学居世界第2位，生物化学第3