认定朱开敏主教为海门教区正权主教。1960年朱开敏主教在软禁中病逝。1960年夏，海门教区主教公署迁至南通总铎区总铎座堂的东门教堂，南通东门堂从此成为海门教区主教座堂。原海门主教座堂改作海门总铎区总铎座堂。同年，崇明总铎区改由上海教区管辖。1966年文化大革命爆发后，海门教区156座教堂被拆除，神父、修女及部分教友受冲击，天主教宗教活动停止。南通东门若瑟主教座堂及主教公署大楼被南通市光学仪器厂占用。1967年，朱士奎神父被以反革命罪判处死刑（改革开放后获得纠正并恢复名誉）。1980年秋，中国天主教爱国会