对黄香改变看法。后召为诣安福殿讨论政事，拜尚书郎，数次陈情得失，赏赐日渐增加。常一个人在办公台上睡着，日日夜夜都不离开省府，汉章帝知道后大加欣赏。92年，拜为左丞，本来功绩已满，应该迁离，但汉和帝挽留，增其俸禄。94年，再迁尚书令。后和帝想让黄香转任东郡太守 ，但黄香上疏推辞，和帝亦珍惜黄香的才能，便留任为尚书令，再增俸禄二千石，赐三十万钱。后管理各重要官员，和帝十分亲重，而黄香继续勤力工作、恭敬行事，忧公如家。
宠遇甚浓.100年，东平清河上奏妖言告卿仲辽等人，连及千人受罪。