本山「知恩院」在台湾的别院，位于日治时期的桦山町，是当时日本净土宗在台湾的布教中心和信仰中心，管理全台湾的净土宗寺庙。明治28年（1895年）在台北城内府前街建立净土宗的布教所，是现在善导寺的前身。明治40年（1907年）因市区改正，移转至圆山忠魂堂内。昭和元年（1926年）又因建物老朽，再移至桦山町（即现在地）并新建庙宇。1936年5月，兴筑开教院本堂，设计者是畠山喜三郎，以钢筋混凝土构筑；1937年11月完工。善导寺因净土宗善导大师而得名。1945年后由台北市政府教育局依法接收，1948年交由李子宽