，以高压水枪方式进行，投入人力接近三万五千人次，清除油污达549公吨，清理的废弃物超过三千五百公吨。由船东负责的船上残油抽取工作，分别在三月和五、六月进行，总计清除148.8公吨油污，至6月12日完成。清除工作未完成之前，屏东县政府每日对船公司开出新台币一百五十万元的罚单，共计九十八日。油污清除及残油抽取工作完成后，交通部于7月2日，在事故现场组成货船移除小组，进行移除工作，清除船上矿砂，移至水深1000公尺处沉放，沉放工作于10月16日完成。然而，船体残骸移除工作受限于台风的连续侵袭而无法进行。