不久转为秘书长。七七事变后协助老校长张伯苓负责转移南开大学师资力量和仪器物品至长沙临时大学。1938年战事告急三校师生被迫又转移到云南昆明。他负责三条转移路线中最辛苦的一条“湘黔滇旅行团”，担任“教师辅导委员会”主席，和其他教授闻一多、袁复礼、李继侗、曾昭抡、吴征镒等步行三千多里，艰苦跋涉两个多余终于来到昆明。国立西南联合大学成立后担任学校建设长。1938年秋西南联大增设师范学院，黄钰生被任命为院长，同时兼任师院附属中学、小学的主任。抗战胜利后，被张伯苓校长派遣回天津复校。担任天津市教育局长和南开大学秘书长