遍认为是1684年荷兰科学家安东尼·凡·列文虎克通过光学显微镜进行的细菌观察。列文虎克对显微镜的改良，使细菌变得易于被肉眼所观察。1838年，表示细菌意义的拉丁语 ""bacterium"" 出现；像如今这样判明病原体则是在19世纪以后，法国科学家路易·巴斯德及德国科学家罗伯特·科赫对此居功至伟。尤其是科赫，他在1875年首次使用光学显微镜观察到了拥有感染性的病原体细菌炭疽杆菌，并提出「柯霍氏法则」作为判定传染病病原体的指针，成为了传染病研究的先驱。日本科学家北里柴三郎、志贺洁也分别在1894年和1898