的化石记录出现在中新世早期，大约2300-1600万年前。基因研究表明双角犀在2590±190万年前就已与其他犀牛分歧。目前有三种对于苏门犀与其他现存犀牛的亲缘关系的假说。一说苏门犀与非洲的黑犀与白犀是近亲，因为它们都有两只角。其他分类学者认为苏门犀与印度犀和爪哇犀更接近，因为它们的分布区很接近。近期研究则表明两种非洲犀牛，两种亚洲独角犀和苏门犀各自代表三种自2590万年前分裂的不同的世系，而哪一支先分歧目前仍不确定。由于形态的接近，苏门犀与着名的灭绝种类披毛犀("Coelodonta antiquit