生态学上指的是化学元素或分子在生态系统中划分的生物群落和无机环境之间相互循环的过程。这使得相关的元素得以循环，虽然实际上在某些循环中化学元素被长期积聚在同一个地方而不发生移动（如海洋或湖泊的水）。例如，水始终是通过水的循环回收利用，如该图所示。水经过蒸发，凝结和降水，干净清爽的回落到地球。通过生物化学循环，元素，化合物，以及其它形式的物质是从一个生物体到另一个生物体，并从生物圈中的一个部分到另一个部分。
系统.生态系统有许多生物地球化学循环作为系统的一部分运行，例如水循环，碳循