二年（1937年）被日警侦悉，先后有数十人被捕下狱。江保成等领导人物被判死刑，其余被判徒刑，直到日本投降后始被释放，史称「小林抗日事件」。昭和二十年（1945年），日本在第二次世界大战战败，中华民国接管台湾，时值民国三十四年。次年一月，行政区改制为高雄县旗山区甲仙乡。其后废区而直接由县政府管辖。民国九十八年（2009年）八月，莫拉克台风侵袭台湾，风强雨大。甲仙乡小林村小林聚落旁的小竹溪暴涨，水势窜出公路护栏。村民驾怪手试图清出水路，但黄浊泥流势不可挡。八月九日清晨，小林村东北侧一千多公尺高而且尚未人