硫氰酸烯丙酯是植物用于对抗草食动物的防御化学物质，但因为它本身也对植物具有危害，所以平时以无害的形式储存，当植物被动物咀嚼时，经由酵素的作用才释放出异硫氰酸烯丙酯抵抗动物的摄食。
商业及其他用途.异硫氰酸烯丙酯可借由烯丙基氯和硫氰酸钾的反应进行商业化生产：以这种方式获得的产物有时被称为合成芥子油。异硫氰酸烯丙酯也可以借由种子的干馏来获得，以这种方式获得的产物被称为芥末精油，通常纯度约为92%，主要用于食品中的调味剂。人工合成的异硫氰酸烯丙酯可以用于当作杀虫剂或是杀菌剂。并在某