府延福县富霑下总锦铺社（今属广南省会安市锦铺坊）人，嘉隆六年（1897年）出生，父亲是兵部尚书阮祥云。阮祥溥少年时代见多识广，除了学习儒家经典，也广泛涉猎剑书琴谱等书籍。绍治元年（1841年），参加承天场乡试，考中举人。次年（1842年），考中进士。授翰林院编修，后转弘安知府、新安知府。后引病辞官。嗣德六年（1853年），授奠磐教授，不久权理学政。嗣德九年（1856年），阮祥溥在任上去世，寿五十岁。
着作.阮祥溥着有《恕斋诗集》。