地区的是九州最大的古坟时代前期的古坟群。但直到室町时代，现宫崎市辖区都是农村地区。在室町时代的1551年（天文20年）时，太田七郎左卫门忠延在大淀川右岸的河口附近新建了名为「城崎」的城镇。城崎是一座拥有的小规模商业城市，和近畿地方之间有贸易往来。在江户时代，现宫崎市辖区的土地划分十分复杂，大淀川左岸的现市中心地区和大淀川右岸的西部是延冈藩的飞地；日向滩沿岸的新别府、吉村、下别府、江田村等地是幕府直辖领地；山崎、盐路等村是佐土原藩领地；西部的吉野、堤内、金崎村是高锅藩领地；纟原、有田是鹿儿岛藩领地；市辖区