耀宗早年在中山科学研究院服务，历任助理研究员、副研究员、研究员、技监组长，参与雄风、天剑、天弓等飞弹相关研发工作；尔后于陈水扁担任台北市长时，参与台北捷运系统木栅线体检委员会，担任机电组召集人；嗣后被网罗至台北市政府捷运工程局任总工程司、副局长，嗣后获马英九市长拔擢晋升捷运工程局局长，任职捷运局期间参与并推动台北捷运系统木栅线、淡水线、中和线、新店线、板南线完工通车。2000年5月，民主进步党执政以后，出任行政院公共工程委员会副主任委员。2004年7月出任中华航空公司董事长，2005年11月转任中国钢铁