宗时期的「政和通宝」铜钱及许多宋代青瓷残片。宋代时「澎湖」一名正式见于野史及方志，而史书上有汉人居住澎湖的确实记载始自南宋并纳入中国版图之中，归属于晋江县管辖，在南宋理宗宝庆元年（西元1225年）宗室赵汝适着「诸蕃志」中明确指出「泉有海岛曰彭湖，隶晋江县」。南宋干道七年（西元1171年），被称为毗舍耶人的菲律宾人到达澎湖，强行收割岛上作物，攻击澎湖居民。泉州知府汪大猷于是派兵赶走毗舍耶人，并遣兵戍守澎湖，并造屋两百间，以防止毗舍耶人的再次侵扰。
元朝.澎湖群岛在元朝统治时曾