尔衮命吴三桂不得入京城，直接追击李自成军，在保定以南的望都一战，大顺军一度重创清军，五月初二日在定州清水河（今河北省定州市），李自成再次大败，大将谷可成阵亡。五月初三日（6月7日）多尔衮军入主北京城，立即派出两路大军，一路由多铎率领南下攻打南明，一路由阿济格率领攻打李自成军。阿济格和吴三桂部从保德州渡河，突破叛军的北部防线，经绥德、延安，直逼西安，七月李自成军渡黄河败归西安，不久，弃西安，经蓝田，商州，走武关。由于南明弘光帝朝廷的建立和大顺军的节节败退，很多投降李自成的原明朝将领复投南明或清朝，李自成于是疑