1年开始陆续报废，至2000年代末第一次量产车经已全部报废。截至2013年2月，JR货物仍然拥有45台EF66型电力机车，包括12台基本番台第二次量产车和33台100番台机车，全部配属吹田机关区，担当东海道本线、山阳本线幡生以东、东北本线黑矶以南、武藏野线、总武线苏我以西、高崎线仓贺野以南的货物列车牵引任务。
JR西日本.1987年，JR西日本继承了16台EF66型电力机车（40～55），全部配属下关车辆管理室，主要用于担当“隼号”、“樱号”、“朝风号”、“瑞穗号”、“富士号”