不归”而被免职。
被捕遇害与身后.1949年8月18日，皮革器具生产合作社理事傅世明也是其组织成员遭到逮捕，林正亨被傅世明供出，在台北市泉州街家中遭逮捕。同时被捕的20多人，由于林正亨是雾峰林家人其父为党国元老，由时任行政院长的陈诚亲自审讯，陈诚要求林正亨悔过以减轻罪刑。因1949年5月惩治叛乱条例立院三读通过后，成为叛乱罪的法源依据，林正亨拒绝在悔过书上签字遭判处死刑。1950年1月30日，林正亨与傅世明被枪决于台北市马场町刑场，赴刑场时高唿口号，慷慨赴义，年仅35岁，是惩治叛