在聚乐第会见了丰臣秀吉。1592年与范礼安一起远渡澳门，1595年返回长崎。1597年留下了《二十六圣人殉教记》的最后报告后，于7月8日逝世，享年65歳。弗罗伊斯直接目击了基督教早期在日本的发展、荣光、悲剧与余晖，以圣职的身分与织田信长、丰臣秀吉、大友宗麟等一代风云人物熟识，并以出色的文笔详实的纪录京畿、九州地区的风土民情，为这个时期的日本留下了宝贵的纪录。