王国宝解兵投降；而车胤亦称若王国宝派军对抗王恭，王恭坚守京口而殷仲堪东下，二人夹击，王国宝将难以对抗。王国宝听后更恐惧，于是上请解职并赴朝堂待罪。但王国宝很快就后悔，又假称诏命官复原职。而在此时，司马道子为求平息乱事，于是将罪责都推诿给王国宝，并遣谯王司马尚之收捕王国宝，于甲申日（5月29日）赐死王国宝并处决王绪，又遣使向王恭致歉。王恭于是罢兵回镇京口。而在荆州的殷仲堪却以荆州道远、形势不接而一直没有任何行动，直至得悉王国宝死后才开始军事行动，但司马道子写信阻止后，殷仲堪也就罢军了。第一次叛乱至此完结。