至西元前2500年。经1897年、1953年陆续出现的考古证据显示，该遗址主要有两个文化层，上层为圆山文化，下层则为粗绳纹陶文化，1990年代之后，该遗址更辨认出大坌坑文化、植物园文化、十三行文化等不同时期的史前文化内涵。1988年4月25日，中华民国内政部宣告圆山遗址为国家第一级古蹟，并积极规划圆山史蹟公园。2006年5月1日行政院文化建设委员会重新指定圆山遗址为国定遗址。（公告文号：文资筹研字第09500017951号）
遗址发掘过程.圆山，古名圆山仔（今台湾闽南语尚沿用）