方法由卡尔·沃斯（Carl Woese）开创。另外，线粒体和叶绿体中的rRNA也都被扩增了。在获得能提供系统发育学信息的16S rRNA分子时需要利用通用PCR引物对16S rRNA分子进行扩增。16S rRNA序列的对比分析需要在这类“通用引物”的脱氧核糖核酸分子的辅助下完成，这类分子具有如下序列：这类引物因并未在近期发现的几种属于纳古菌门（"Nanoarchaeota"）的热液古菌中分离识别出来，也被称为准通用引物。
PCR中的应用.除了高度保守的引物结合位点之外，16S核糖