为曾国藩幕僚，1862年5月被派往广东督办釐金和军火，复官。江苏巡抚李鸿章治军上海，主机器局，同治二年积勋同知衔，升任直隶州知州，同治四年擢江苏苏松太道道员，帮李鸿章办理外交事务，后调两淮盐运使。同治六年（1867年）升江苏布政使，同治六年到同治九年为江苏巡抚，后坐兵部侍郎衔、都察院右副都御史衔。同治七年（1868年），丁日昌下令严禁“淫词小说”，查禁小说戏曲书目122种，“淫词”唱片114种，续查“淫书”34种，分2批共计268种，含《红楼梦》、《金瓶梅》、《巫山艳史》、《杏花天》、《蟫史》、《女仙外