离开杭州绿城后，香港甲组冠军球会南华于2011年1月22日宣佈吴伟超加盟，并签约至2012年5月，与香港代表队队长陈伟豪及巴西中坚祖尔组成香港最豪华防线，他加盟后在对四海流浪和港菁的连续两场联赛均有入球进帐，可是南华失落联赛冠军和在亚协盃分组赛出局，最终南华在该季以联赛亚军、联赛盃及足总盃冠军完成。在2011/12球季初，吴伟超在南华新任主教练高世安麾下上阵时间不多，结果他于2012年1月1日选择外借到甲组球会天水围飞马，并于2月4日对深水埗的联赛取得加盟后的首个入球，最终协助飞马以3–0获胜。在2012/