初期每日开行20列次，区间为瑞芳－海科馆。同年7月16日起，与平溪线直通运行，区间为海科馆＝菁桐。虽然八斗子车站亦在此改善路线范围内，但由于当地居民对站址有疑虑，经协调后确定在八斗子车站旧址复站。2016年12月28日正式恢复客运。2019年，台湾铁路管理局与新北市政府合作的RAILBIKE启用，使用深澳线停驶的八斗子站至深澳站区间，利用既有轨道设置铁路自行车，全长1.3公里。2020年12月，因瑞芳猴硐区间坍方，4日至14日间停驶，17日起因应瑞芳=猴硐间单线运转，为降低列车运转延误时间及避免影响