体制得以坚固。第二次世界大战时，1945年的东京大空袭在赤坂区（现港区）赤坂熘池的棋院本部被烧毁，遭受了很大的损害。战后濑越宪作、岩本薰马上以重建为首要目标。1948年，新的棋院会馆在港区高轮成立，日本棋院的重建顺利完成。1947年，坂田荣男、梶原武雄等八位棋手另外成立「围棋新社」，但是在1949年再度合併。在1950年，当时以拥有本因坊宝座（1936年已由世袭制改为比赛制）的桥本宇太郎为首成立了关西棋院。桥本于翌年的本因坊战以1-3的大逆转防卫了坂田的挑战，保着头衔，保护了关西棋院的独立。之后有再