丰臣秀吉发动九州征伐降服岛津氏，之后宗茂改封到柳川城，后来入主的城主为小早川隆景，因为其军队组织有名响一时的熊野水军，因此以坚固作为重点的立花山城已经失去意义，改于海岸筑名岛城，立花山城则成为了支城，由隆景的重臣乃美宗胜镇守。1601年被家康委派的大名黑田长政为了筑起新城福冈城决定将立花山城废除。
山城相关.现时在立花山山顶仍然可以看见城垣迹和古井户迹，登山口则有立花宗茂所立，刻有「立花城日之山神」字样的石碑，并有立花道雪每次出战祈求战胜的「六所神社」，神社里部则是立花道雪和其继母