嘉民因参加学运第二次被捕，被关押在秦城监狱，与周锋锁同一牢房，至1991年1月始被释放，不过副教授的职位自此不保，他不能持护照出境，亦不肯公开露面。 此后他利用时间继续写作《狼图腾》，并于1997年在北京完成初稿，至2003年底定稿，翌年4月交由长江文艺出版社出版。 其妻在丈夫写作之时发现他行为怪异，曾表示当时他「总是把自己关在书房里，也从来不告诉别人，他究竟在干甚么」。
近况.虽然他已经开始接受中国境内外传媒作访问，但至今仍婉拒提供其照片。另外，吕嘉民在出版《狼图腾》早期对真实