了命名的困难和混乱。而现在我们最常用的还是国际纯粹与应用化学联合会 () ()命名方法。它用一个命名系统让所有的化合物都有一个独有的名称和代码。有机化合物通过有机命名系统命名；而无机化合物通过无机命名系统命名。而通过化学索引服务（），我们可以轻松的通过CAS号()来找到每一个化合物的性质、特性、命名和结构。
分子.一个分子是化合物的最基本结构，不用化学方法是拆不开的。大部分分子都是由两个或以上原子组成，但是都有些特例，例如氦气分子，只有一个原子。这些原子，如果多于一个，是通过化学键