4年至1867年，胡亚雷斯领导墨西哥反抗法国皇帝拿破仑三世的侵略并取得成功，并于1867年5月处死了拿破仑三世扶植的傀儡皇帝马克西米连大公。战争结束后，他两次当选总统，曾兴办印第安人教育，镇压退伍军人暴动和波费里奥·迪亚斯将军的叛乱。他还进行了一些自由主义的社会改革，在墨西哥历史上起了进步作用。但他在死后仅四年，波费里奥·迪亚斯随即发动军事政变夺得政权，建立独裁统治。