受清廷册封，授权治理当地。1860年代，俄罗斯帝国先后逼使清政府与之签订《中俄北京条约》和《中俄勘分西北界约记》，把吉尔吉斯人居住的地区划进俄国领土，当地的人也因而臣服俄国。
20世纪后.苏联时期的吉尔吉斯也与中国有交往：第二次世界大战时，有来自吉尔吉斯的军人参与中国抗日战争，在哈尔滨、大连等中国城市与日军交战；1955年，吉尔吉斯苏维埃社会主义共和国境内的剧院上演中国歌剧《白毛女》，是中国歌剧首次在吉尔吉斯上演。由于俄罗斯帝国曾夺得中国西北地区的领土，中国和吉尔吉斯的边界存在