。 可靠地鉴定蛋白质家族对于系统发生分析，功能注释以及在给定的系统发育分支中探索蛋白质功能的多样性至关重要。（Enzyme Function Initiative，缩写：EFI）正在使用蛋白质家族和超家族作为开发基于序列/结构的策略的基础，以用于未知功能酶的大规模功能分配。用于大规模建立蛋白质家族的算法手段是基于相似性的概念。 在大多数情况下，我们可以访问的唯一相似性是序列相似性。
蛋白质家族资源.有许多记录蛋白质家族的例子，并允许用户识别新鉴定的蛋白质是否属于已知家族。 以下