避免香港市民及旅客将其与机场保安有限公司混淆，并且特显其特种警察部队身份，更改名称为机场特警组；与此同时，扩充编制至94名，升格由一名总督察出任主管，由4名高级督察出任副主管。此外，考虑到警察力量调度配置后，狙击手队于1999年解散。2001年九一一袭击事件后，机场特警组加强与外国机场的反恐队伍交流，互相派遣人员接受共同训练，学习最新颖的反恐战术及交换情报等。2003年1月，首次有女性警务人员（警员张美兰，为了应付投考要求而练习了体能一年）；督察级首位为高级督察傅逸婷──为爆炸品处理课首位女性警务人