.史克威尔与1999年在日本PlayStation发行了强化移植版《时空之轮》，此移植版由东星软件开发。史克威尔将发行时间定在1999年续作《穿越时空》之前，让新玩家熟悉其之前的故事。该版本新增了由鸟山明的Bird Studio创作、东映动画绘制的过场动画，外加多种新增功能，在完成各种游戏结局后可以进入。编剧加藤正人参与Bird Studio的企划会议，讨论如何让结尾过场说明与《穿越时空》的微妙联系。移植版后来于2001年在北美——和新翻译的《最终幻想IV》打包——收录于合辑作品《最终幻想编年史》中发行。