线为高架路线常见的一对对向式月台两条乘车线配置，但上下行两条路线的轨道高度有点落差，往西船桥（下行）方向的4号线，高程较往府中本町（上行）方向的3号线略低一些。常磐线在新松户车站这里实际上有四条路线，但仅有靠东侧的两线才设有岛式月台一座，供每站皆停的常磐缓行线列车停靠，至于西侧的两线则是常磐线本线上的长途列车专用。新松户车站与邻站新八柱之间是JR东日本旗下东京与两个支社的管辖区域界线，其中新松户往南流山方向的武藏野线是东京支社的管辖范围。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内