子圆柏的所有部分都有毒，其最主要的有毒成分是易挥发的叉子圆柏油。和刺柏的油相比它含有许多酯，乙酰基的成分比较高，是右手性的。它含有藻烯和杜松萜烯，以及达50%的桧烯、35%的醋酸桧酯以及其它非酯的桧萜醇和丁二酮。它伤害人的胃膜，在肾导致出血，因此导致血尿。其它内部器官也会受伤害。叉子圆柏油能够使得妇女月经过多和导致流产。因此在中世纪它被用来堕胎。几滴叉子圆柏油就已经能够致死，而且光是涂上它的油就已经可以导致中毒。在过去往往掺有叉子圆柏种子的刺柏种子被使用来制造琴酒，因此至少在西班牙用来制造琴酒的刺柏