督蔡锷任命为都督府秘书长。此后，周钟岳成为滇系政权不可或缺的行政事务方面的要人。1912年（民国元年）8月，周钟岳被任命为云南省教育司长。翌年2月，兼任云南光复史编纂局总纂。同年4月，担任滇中观察使。1915年（民国4年）2月，应北京的全国经界局督办蔡锷的招聘，担任全国经界局秘书长兼局评议委员会主任。在任期间，协助全国经界局清丈处处长殷承瓛研究并制定了田地调査方面的法规。主要成果有《经界法规草案》、《中国历代经界纪要》、《各国经界纪要》这三部着作。1915年（民国4年），袁世凯称帝，蔡锷潜离开北京，