病房工作期间受隐形沙士病人感染，2003年4月1日入院（当时正值张国荣自杀），4月10日病情恶化被送入深切治疗部，于5月15日病逝，终年36岁。邓香美在入住深切治疗部前已决定信奉基督教，弥留早上虽然已不能开口说话，仍在丈夫陪同下受洗。5月29日在红磡万国殡仪馆以香港特区最高荣誉仪式举行丧礼，香港行政长官董建华出席丧礼，医管局行政总裁何兆炜、九龙东医院联网行政总监谢俊仁等为邓香美扶灵，灵柩覆盖着香港特区区旗，遗体由白兰花装饰的灵车移送和合石浩园安葬。2003年6月30日邓香美获香港特区政府追授银英勇勋章。