加竞选，并在2000年7月举行的大选中当选总统，同年12月就职，任期6年。这次选举在墨西哥历史上具有重要意义，这是墨西哥革命制度党从1929年开始执政71年后，反对党总统候选人第一次胜选，实现了自1929年后第一次和平的政党轮替。福克斯在任期间，年通货膨胀率维持在10%以下，言论自由得到巩固，中央银行储备增加，墨西哥比索对美元贬值不大。2006年7月2日，墨西哥国家行动党的总统候选人费利佩·卡尔德龙当选，福克斯卸任。