是逊尼派的，假如穆罕默德两派都不是，那么他也两派都不是。分裂后真纳试图保护印度教徒。他任命了一个印度教徒为巴基斯坦的第一位司法部长，巴基斯坦的第一部国歌也是一位印度教诗人写的。在今天的印度也有真纳的崇拜者。比如印度前总理和民族主义领导人阿塔尔·比哈里·瓦杰帕伊称真纳是一个尊敬的国家领导人和高贵的穆斯林领导人，他不为分裂时期的动乱和后来巴基斯坦内伊斯兰原教旨主义的崛起而负责。许多历史学家和记者承认真纳与他居住很久的孟买之间的感情、他对印度教徒的保护和他试图维持自由民主的做法。