年10月23日，出任马德里竞技主教练， 签署合同至2010年6月30日。在2009-10西甲赛季结束时，弗洛雷斯带领马德里竞技队获得第九名，同时在欧足联欧洲联赛决赛击败 富勒姆足球俱乐部获得欧联杯冠军（2-1胜利） 以及2010年西班牙国王杯不敌塞维利亚足球俱乐部屈居亚军。在2010-11西甲赛季期间经常与明星球员迪亚高·科兰发生冲突,赛季结束前他宣布离开马德里竞技。2011年5月初，弗洛雷斯曾经有与莫斯科斯巴达克足球俱乐部产生接触。 11月8日，他最终前往阿联酋，担任阿联酋职业联赛队伍迪拜阿赫利足球俱