攻之，斩其贼帅，众盗遂奔溃。五年三月，黄巢余党柳彦章攻破临川，逐郡守李某，大掠而去。危全讽趁机接管抚州，并派弟弟危仔倡接管邻近的信州。钟传表危全讽为抚州刺史。当时抚州衙署、城郭都被烧毁，危全讽悉心治理，招抚流民，和他们一起修补断壁残垣，没几年就恢复如初。大顺元年（890年）时，他已官至金紫光禄大夫、检校工部尚书、使持节抚州诸军事，抚州刺史兼御史大夫、上柱国。这年匡仁禅师率徒弟到抚州，危全讽对他很景仰，坚请他住在书山，即后来的疏山。干宁四年（897年），危全讽依附镇东军节度使钱镠。时淮南节度使杨行密刚打败