1869年总统大选中，他击败自由派军官成功连任总统，但也受到涉嫌作票的指控，反抗其统治的起义也经常发生。最终，自由派政治家米格尔·加西亚·格拉纳多斯·萨瓦拉在1871年率领自由派知识分子起义，在墨西哥总统胡亚雷斯的支持下，加西亚在托托尼卡潘和圣卢卡斯萨卡特佩克斯相继打败了政府军，桑多瓦尔见大势已去，被迫辞职。