帝被擒，闰六月郑鸿逵等人拥立唐王朱聿键即帝位，是为隆武帝。隆武帝封郑芝龙平国公，部将洪旭也被封为忠振伯。1646年郑芝龙降清，洪旭转依郑成功，治军严整，成功甚重之。永历五年（1651年），成功到厦门后命洪旭管理中左。永历八年（1654年），漳州千总刘国轩献城投降。成功派洪旭与甘辉、林胜、戴捷等人前往，洪旭入城安抚。永历九年（1655年）二月郑成功承制设六官，以洪旭为户官，五月改任水师右军、水师总督，招降台州总镇马信，十月会中提督甘辉取舟山。洪旭应募兵旅时，常与陈霸为伍，之后陈霸先随郑成功和陈永华等人渡台