此后，长兄皇太子李建成知李世民终不肯屈为人臣，而李世民也认为是自己奠下唐朝开国的基业，遂与李建成、四弟齐王李元吉猜忌日深，两派大臣之间互相倾轧。李世民曾在李建成东宫饮酒，吐血数升，怀疑李建成下毒。其中宰相裴寂、谋士王珪、魏征、东宫卫士将领薛万彻等追随李建成、李元吉。秦府谋士杜如晦、房玄龄，将领秦叔宝、尉迟敬德、段志玄、侯君集、王君廓等跟从李世民。宰相陈叔达、朝臣长孙无忌等暗中支援李世民。其余将领李靖、李世勣，大臣宇文士及等保持中立。武德九年，突厥侵犯唐边境，李建成向高祖建议由李元吉做统帅出征