，又调为吏部和户部尚书，仍留任巡抚。清高宗在嘉庆四年正月去世后，仁宗召朱珪回京，命直南书房，管户部三库，加太子少保，赐第西华门外。不久任用为上书房总师傅，调户部尚书。五年，兼署吏部尚书。后来因事削职。七年，任命为协办大学士，恢复太子少保衔。不久兼任翰林院掌院学士，晋太子少傅。十年，拜体仁阁大学士，管理工部。朱珪在76岁时以年老乞休，获挽留。嘉庆十一年（1806年）十二月戊寅病逝，赠太傅，祀贤良祠，赐金治丧，谥文正。