署右翼左营副将，仍委带「来远」舰。光绪十七年(1891年)，李鸿章为办理海军出力人员请奖，宝仁赏换喀勒崇依巴图鲁勇号。光绪十八年（1892年）三月，署缺三年期满，照章改为实授。光绪二十年(1894年)，甲午战争爆发。八月十八日，北洋海军主力在黄海北部的鸭绿江口大东沟附近海域与日本联合舰队遭遇，展开一场海上鏖战。邱宝仁指挥「来远」舰官兵奋勇击敌，重创日舰「赤城」。战至下午3时20分以后，日本第一游击队「吉野」等4舰合力围攻「来远」、「靖远」。2舰以寡敌众苦战， 均受重伤。「来远」舰中弹200多颗，