于嘉义县盐水港辨务署。1898年6月，改隶于台南县盐水港辨务署。1901年11月，改隶于盐水港厅北门屿支厅。1904年4月，盐水港厅实施街庄整併，北门地区整併为4庄，成为日后大字的雏形。1909年10月，改隶于台南厅北门屿支厅。1920年9月1日，原堡里之行政区废除，街庄改为大字；学甲堡之北门屿庄、蚵藔庄、渡仔头庄、溪底藔庄等4个庄合併为「北门庄」，街庄名称的「仔」改为「子」，「藔」改为「寮」、「北门屿」改为「北门」；辖域内分为北门、蚵寮、渡子头、溪底寮等4个大字，「溪底寮」大字下有二重港、三寮湾小字名