18年，爱沙尼亚是中华民国第86大贸易伙伴、第100大进口伙伴、第74大出口伙伴。
交流.
教育.中华民国教育部提供「台湾奖学金」和「华语文奖学金」给予爱沙尼亚学生申请台湾的大学攻读学位及学习华语文；中华民国外交部则提供「台湾奖助金」给予爱沙尼亚学者赴台研究。
会展.2016年9月，驻拉脱维亚台北代表团与爱沙尼亚塔尔图大学举办「爱沙尼亚人眼中的台湾」照片特展。10月，另举办「文明的印记」中华古书特展。2017年1月，驻拉脱维亚台北