36年（民国25年）5月，云端旺楚克（云王）、德穆楚克栋鲁普（徳王）成立蒙古军政府，吴鹤齢参加。他任参议部部长兼总裁幇办，成为总裁都协助者。其后，他任蒙古生计会会长。翌年10月，他任蒙古联盟自治政府参议会议长。1939年（民国28年）9月，他任蒙疆联合自治政府参议会参议。翌年，他继李守信之后任议长。1941年（民国30年）春，他任蒙古自治邦政府政务院院长。其后，他任蒙古留日预备学校校长。日本投降后，他回归国民政府，任国民政府军事委员会蒙古宣导团主任。1949年（民国38年），他参加西蒙古自治运动，后