关系良好的九条兼实（基通的叔叔）为摄政。法皇最初虽拒绝了赖朝的请求，但最终还是同意了。基通虽忿忿不平，仍再次失去摄政一职。同时，由基通管理的庄园领也被迫拿出一部分交给九条兼实。建久（1196年）七年，九条兼实在政斗中败给源通亲，基通又得再任关白。土御门天皇即位后，改称摄政。然而几年后源通亲去世，后鸟羽上皇支持九条兼实之子九条良经，基通遂于建仁二年（1202年）又被罢去关白一职。
晚年.承元二年（1208年）近卫基通出家，法名行理。天福元年（1233年），基通薨，享年七十四岁。