马英九于2008年5月20日就任后的第2任及执政时间最长的内阁。2009年8月8日，莫拉克台风造成台湾中南部严重水患，严重的人命财物损失引发民众对于刘兆玄内阁行政的质疑和不信任，导致刘兆玄院长为负起水灾的政治责任而宣布请辞并带领内阁总辞。随后，总统马英九于2009年9月7日任命时任立法委员的吴敦义出任行政院院长，时任桃园县县长朱立伦出任行政院副院长（副院长职2010年5月17日由陈冲接任），所有阁员并于2009年9月10日宣誓就职。内阁成员以执政党中国国民党的党员为主。
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