出身台中望族，家境富有，是个虔诚基督徒。其弟吴乃德，两兄弟在学生时代就与邱义仁结成好友。吴乃仁于东海大学经济系毕业后，至美国哈佛大学留学。1979年发生美丽岛事件，党外运动原先的领袖人物纷纷入狱，新一代崛起。1981年，受邱义仁影响，吴乃仁开始参与党外运动，担任《深耕杂志》社长。1983年，担任党外编联会会长。1984年，参与创办《新潮流杂志》，被称为党外十八飞鹰之一。吴乃仁与邱义仁开始提倡群众路线，希望透过组织反对党，将台湾推向民主化。1986年，民主进步党成立，在创立之初财务困难，吴乃仁多次以自