适用于后期病人或痊癒者。丝状病毒（包括伊波拉病毒）因具有独特虫状构造而容易透过电子显微镜辨认，惟此无法进一步鑑定具体种类。疾病爆发期间，提取病毒的测试方式不太适用。故聚合酶链式反应及酶联免疫吸附试验为实地检查或流动医院中，最常用之诊断方法。2014年于利比里亚推行的新型流动测试设备，能在样本呈交后的3-5小时之内给予结果。
鑑别诊断.伊波拉出血热病症与的如出一辙。其亦容易与其他一些常见于非洲赤道地区的疾病混为一谈（如：其他的病毒性出血热、疟疾、伤寒、志贺桿菌病、立克次体病（尤其是斑