鸟取县，是鸟取藩士冢田久六的儿子，母亲名叫千代。冢田清市乳名三之助，后改为清市。1871年冢田清市加入藩兵，担任守护宫城的任务，同年7月，母亲千代去世。12月，加入步兵第14连队。1876年晋升陆军军曹，并成为步兵第1连队小队长。1877年参加西南战争，乃木希典第一次认识冢田清市。1878年，乃木希典担任步兵第1连队长，冢田清市成为乃木希典的部下，同年晋升陆军曹长。1886年7月，任近卫步兵第3连队小队长，12月，冢田清市与久保干太的女儿つる子结婚。1887年，晋升陆军中尉，第二年任步兵第1连队副官