延旭、唐炯回京受审；三月初八日，盛昱上密奏：「逮问两巡抚而不明降谕旨，二百年来无此政体」，并弹劾军机大臣用人行政谬误，孝钦显皇后因而震怒、罢黜全部军机大臣（恭亲王奕䜣、大学士宝鋆、李鸿藻、兵部尚书景廉、工部尚书翁同龢）。另外太后懿旨有机要事务须会同醇亲王奕譞商办，三月十八日，盛昱奏谏：「枢机重任，责成宜专，请收成命以符体制。……醇亲王分地綦崇，不当婴以政务，请收回会同商办之命」。奏疏递入后，醇亲王不悦，盛昱因接连弹劾罢黜恭亲王又忤逆醇亲王的心意，军机大臣忌惮其鲠直而遭排挤，所以盛昱任职祭酒长达五年，却无法升