。屏东县政府则依古蹟审查程序于同年5月27日公告此庙公告为三级古蹟，庙方得知后在同年6月由时任主委的蔡顺和带队至县府抗议。蔡顺和后来表示九如三山国王信徒有一千五百多人，有九百多人同意重建，只有七十多人支持保存。指定为古蹟后，政府未能展开修复工程，2006年恆春地震，此庙燕尾断落、主殿樑柱坍塌，古蹟毁损更加严重。2010年，六百多位九如乡民连署，要求政府编列预算整修古蹟，庙方却不接受也不承认列入古蹟。2011年3月，屏东又发生4.8级地震，此庙左侧三川殿及屋嵴受损严重。上樑部分坍塌危及信众安全，县议员