郡皆动盪不安、骚乱不宁，惟独只有永春县境安定，无异于太平时期。百姓乃为其立德政碑，设生祠祭祀。至正十六年（1356年）改调宁德县尹。先是，宁德县内盗贼昌盛，居民藏匿山谷之中，后来听闻卢琦来宁德任官，居民全都恢复常业，盗贼亦四散奔逃。不久，升任盐课司。至正二十二年（1362年）经元惠宗左右亲近的大臣推荐，升任平阳州知州。未至而殁。同年十二月，葬于惠安八都（今辋川镇）龟鳖山之原。与陈旅、林以顺、林泉生等人并称“元末闽中文学四大名士”。
家庭.子卢杲，任鉅鹿知县、卢昺，任广平通判。