，清朝遂请五世达赖赴北京，该寺也就用于接待五世达赖了。顺治九年三月初七日（1652年），五世达赖启程进京。途中，顺治帝多次派亲王及内务府大臣前往迎接五世达赖，并亲赐“金顶黄轿，黄伞幡幢”。顺治九年十二月十六日，五世达赖抵达北京，顺治帝“以畋猎名义，出南苑与达赖为路遇”，迎请五世达赖居东黄寺。一天之后，顺治九年十二月十七日，五世达赖移居西黄寺。五世达赖在北京居住了五个月，后经内蒙古代噶（今凉城县岱海）返回西藏。此后，历世达赖经常遣使到北京朝贡，使者照例均居住在西黄寺内。雍正元年（1723年），喀尔喀哲