员郑美琴三人，被中国工商专科学校控告索贿，因而被新竹检方依贪污治罪条例之收受贿赂罪嫌起诉。2003年经一审宣判无罪，检方不服上诉后，同年台湾高等法院驳回上诉，仍维持无罪判决。2004年10月，转任台湾省主席。2005年，回锅参选新竹县长，正逢陈水扁政府执政不佳且已无现任优势，再度落败。2018年6月2日，对于大陆委员会认定海崃百姓论坛是海崃论坛的分论坛或其他分支活动、是统战平台，他说，台海两岸没有敌对的道理，希望两岸互相包容、互信互谅、永远和谐与和平。