政府总预算遭国民党大幅删减，经协商后将此条例撤回。2003年，行政院院长游钖堃，要求国家资产经营管理委员会成立专案小组，专门处理政党不当取得国有资产归还事宜，隔年财政部成立国家资产经营管理委员会党产处理专案小组，处理不当党产。2004年12月，亲民党支持党产处理条例，但不应以「不当党产」为法案名称，改为《政党及其附随组织取得财产清查及处理条例草案》。2008年，民进党发动追讨党产公投，并主张「一阶段领投票，公投票、立委选票一起领，一起投」，但此公投并未通过。
马英九时期.