年（1592年）爆发文录之役，与藤田信吉共同于越后春日山城担任留守居役。此时能元的知行高为2474石。后来上杉家被秀吉命令移封到会津时，先后担任二本松城代、浅香城代发挥内政才干，处理城郭兴建、道桥普请、浪人召用、武具整备等工作表现出色，与大石纲元、岩井信能合称会津三奉行，并与前田庆次交好。此时能元的知行高为11000石。曾受上杉景胜命令修复神指城。
关原-丰臣军.关原之战时于小峰城担任守备，并于革笼原与岛津忠直率军队防守，战后，上杉家遭到家康减封为米泽30万石，能元也退出二本松