华民国台湾省南投县最高层级的地方行政机关，在中华民国政府架构中，为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项。南投县的自治监督机关本为台湾省政府，但台湾省虚级化后，台湾省政府的业务与功能被大幅缩减，南投县的自治监督机关亦改为行政院各部会（主要是中华民国内政部）。南投县政府也是辖下各乡、镇、市的地方自治监督机关。
组织架构.南投县政府的组织基准法为《南投县政府组织自治条例》，按《南投县政府组织自治条例》，南投县政府置以下职称：
所属一级单位.按《南投县政