既不进行近亲交配，也不引入外来血缘小鼠产生的小鼠品系。近交系的优势在于同一品系内的不同小鼠遗传背景均一，能减少由个体差异对实验结果造成的干扰。远交系的小鼠繁殖能力强、有杂种优势。牠们抵抗疾病能力相对较强、寿命相对较长，因此维护成本较低。远交系小鼠适合用于药学、毒理学和营养学实验。远交系小鼠的名称由两部分组成，第一部分表示培育该品系的机构名称、第二部分表示该小鼠品系的名称，两部分名称的第一个字母都需要大写，两部分之间用冒号隔开。例如，Hsd:NIH Swiss指哈兰·斯普拉格·道利公司（）培育的NIH瑞士