菌丝团分解的过程亦是当前的研究热点，有研究发现菌丝团被宿主微管包围的部位恰是首先崩解之处。菌丝团分解后，新的菌丝会继续进入兰花细胞，生成新的菌丝团。菌丝团与兰花的细胞质不直接接触，而是以兰花的细胞壁或其他表面介质分隔。在其他内菌根中，此表面介质通常是由纤维素与果胶等植物细胞壁的成分组成，但兰菌根中，表面介质一开始没有这些成分，可能是由真菌分泌的物质组成，直到菌丝团开始分解之后，表面介质才开始出现纤维素与果胶，这可能表示菌丝感染的初期会释放溶解酶以分解纤维素与果胶，甚至将其吸收，直到菌丝团开始崩解后才停止。有