安装并通过一个引导管理器程序在这些系统之间使用，例如FreeDOS中包含的"METAKERN"。
Windows NT/2000/XP/2003和ReactOS.基于Windows NT的操作系统，包括Windows 2000，XP，和2003都没有把MS-DOS当作系统的核心成分。这些系统可以使用FAT，一个MS-DOS和早期版本的Windows所使用的文件系统；但是，他们一般默认使用NTFS（NT 文件系统）。FreeDOS不能和这些系统在一个单独的NTFS或FAT文件系统里和