光绪十年（1884年）置新疆省，实行郡县制，驻扎大臣、都统、伯克等官职随即废除。回部各城改设哈密直隶厅、吐鲁番直隶厅、阿克苏直隶州（后升为温宿府）、喀喇沙尔直隶厅（后升爲焉耆府）、库车直隶州、乌什直隶厅、疏勒直隶州（后升爲疏勒府）、莎车直隶州（后升爲莎车府）、英吉沙尔直隶厅、和阗直隶州。民国后期，回部之名不再通行。
所属区域.
哈密、吐鲁番.哈密与吐鲁番是天山以南最早归附清朝的地区。朝廷册封当地维吾尔首领为世袭的札萨克，授以王爵。两地享有很大的自治权利，与蒙