经系统和内分泌系统方面，实验大鼠大脑半球发达，背面盖住了间脑和中脑。实验大鼠的垂体与漏斗之间的结合相对脆弱，较容易摘除。实验大鼠垂体—肾上腺功能发达，反映在实验大鼠灵敏的应激反应上。实验大鼠的脑部发出13对脑神经，外周神经系统由34对嵴神经组成。实验大鼠视觉较差，尤其是白化品系的大鼠。实验大鼠的听觉范围比人宽，能听到次声波和超声波。实验大鼠嗅觉灵敏、触觉高度依赖胡须。免疫系统方面，大鼠的胸腺虽质量不随年龄增长下降，但会逐步替换为结缔组织和脂肪组织。在造血功能方面，大鼠的脾脏成年后也能维持造血功能，长骨终身具