马来西亚政府也继续与摩洛伊斯兰解放阵线（MILF）和摩洛民族解放阵线（MNLF）积极参与和平进程，主持并促进（作为第三方）与菲律宾政府进行的和平会谈。2013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部队从菲律宾南部进入沙巴东部地区索取领土，而马来西亚武装部队则与之进行了名为“拿笃冲突”的军事行动。在这场冲突中，至少有68名苏禄部队，2名平民和10名马来西亚安全部队死亡。