。式昭纂庆，方融嗣徽。明禋是享，神保聿归。”二年（702年），迁太子少保。祝钦明与同僚学士郭山恽、李宪等都专守先儒章句，不满直弘文馆四门博士王元感指摘先儒古义，深刻讥讽，多次诘难，王元感随机应答，不为所屈。
唐中宗复位年间.神龙元年（705年）正月，武则天因政变退位，李显复位为唐中宗。祝钦明因本是中宗的东宫侍读旧臣，二月被擢拜国子祭酒，授同中书门下三品，为实质宰相，加银青光禄大夫。四月，又以太子少詹事兼侍读、国子祭酒任刑部尚书，后又任礼部尚书，爵封鲁国公，食实封三百户，得到朝廷