32年（1943年）10月，省政府暂迁安徽省太和县办公；民国三十三年（1944年）省政府暂迁安徽省阜阳县李寨办公。民国34年（1945年）抗战胜利后，江苏省政府于9月迁回镇江县，民国38年（1949年）4月23日中共解放军进入镇江县，江苏省政府迁至崇明县。6月又迁至嵊泗列岛（1949年9月3日改置为嵊泗县）。
特设机构.抗日战争期间，民国32年（1943年）1月28日设置江南行政公署（一作1939年1月1日置），行署驻今安徽省黄山市屯溪区附近的梅林，代行江苏省政府职权，管理长江