8月任西藏工委常委，1965年9月至1967年12月任西藏区委常委。1968年8月28日任西藏军区司令员、党委书记，西藏自治区革命委员会主任，区革委会党的核心小组组长。是开国少将中第一个任大区司令员。1970年11月调任沈阳军区副司令员（据说这是林彪下达一号通令后，毛泽东根据康生的建议，将曾雍雅调离边疆）,1971年2月到职1975年8月改任沈阳军区顾问。1982年正大区级离休。1988年获一级红星勋章。1995年去世。葬于河北省易县世界华侨陵园中的将军园。