显示了古虫动物是一类低等后口动物。2001年，舒德干教授建立了古虫动物门，并认为古虫动物是后口动物的早期分支。此外，大部分学者也相信云南虫类（包括云南虫和海口虫）可能与古虫动物有紧密的关系。
分类.以下分类系统以中国古生物学家陈爱林等人于2018年的研究为基础，并加入其后发表的物种：