组织改造中，预定降格为三级机关的核能安全委员会，所属的核能研究所则改隶经济部辖下。对此，谢晓星于2017年4月17日在立法院备询时强调除了争取维持二级机关外，并像国家通讯传播委员会（NCC）一样，作为一个独立的单位，更希望未来原能会能像中研院一样直属于总统府。此外，国民党立委陈学圣支持原能会保持原先的二级行政机关，并期许原能会超然于政党之外，维护整个国家社会的核能安全。
2025非核家园政策，尊重多元意见，为核能安全、辐射安全把关.谢晓星表示，社会是多元的，社会大众及各环保团体的声