家督可以继续存续，改易后石高大减封为37万石。
江户时代.关原之战后的10月，辉元剃发出家号幻庵宗瑞，将家督让予嫡男毛利秀就，秀就成为初代长州藩主。庆长8年（1603年）辉元前往江户谢罪，庆长9年（1604年），开始于长门国兴建萩城作为居城。庆长19年（1614年），大坂之役冬之阵。辉元试图将重臣（表兄弟）内藤元盛以「佐野道可」为名送进大坂城，并提供军资金援助。但战后，在被幕府发觉前，内藤元盛于山城国自杀，为了封口，也将元盛的二个儿子内藤元珍及粟屋元丰灭口，并将元珍的儿子内藤元宣