行船的缘故，妈祖在疍民的信仰中占有重要地位，并随着疍民的迁徙而兴盛于闽江上游的内陆地区。福州疍民还将白马王传播到了马祖列岛，将拿公传播到了琉球。另外也有部分疍民信仰佛教。福州疍民信奉天主教最早可追溯到17世纪，时为明末清初，天主教开始在福州活跃，成立教区。自19世纪中叶起，欧美天主教传教士将福州疍民作为重要宣教对象，还为传教而学习福州话。天主教会通过保教权庇护在传统社会中备受歧视的疍民教徒，帮助信教的疍民上岸居住、免受欺凌，并开办教会学校向疍民普及教育，使得天主教在疍民中的影响不断扩大，教徒人数骤增。清