宋孝武帝即位后，王琨曾担任廷尉卿，后转任竟陵王骠骑长史、临淮太守。又转任尚书吏部郎。孝建三年八月丁未（456年10月9日），王琨出任持节、都督广交二州军事、建威将军、平南将军、平越中郎将、广州刺史。后来又回建唐担任廷尉，加给事中，再转任宁朔将军长史、历阳内史。孝武帝因认为王琨忠实，故此让王琨改任自己宠爱的新安王刘子鸾的东中郎长史，加辅国将军。一度转任右卫将军及度支尚书后。又先后外任永嘉王刘子仁的左军府长史及始安王刘子真的征虏府长史，并加辅国将军、广陵太守。泰始元年（465年）转任度支尚书，加光禄大夫。