任为舰队的旗舰，并一直担任该职务至1906年。另外四艘同级舰也先后加入德皇威廉二世号所在的练习舰队，它们在那里服役了十年。这五艘舰于1902年9月与舰队余部一同参加了广泛的训练演习。在整个演习过程中，除德皇威廉二世号外的整个德皇腓特烈三世级舰只都被用作假想敌。而作为舰队旗舰，德皇威廉二世号在几次模拟交战中接待了德皇威廉二世，并担任高级官员的观察点。在1907年至1910年间，除德皇卡尔大帝号外，这一船级的舰只都依次进行了大量改装。在现代化改造的过程中，舰只整个水线部均铺满了装甲，但上下宽度较小，水线以上