行政长官陈仪不进驻台湾总督府而选择在台北市役所办公。使用不到4年的原台北市役所摇身一变成为台湾省行政长官公署办公厅。在二二八事件后，台湾省行政长官公署裁撤，原先的台湾省行政长官公署办公厅遂于1947年5月26日起作为台湾省政府办公厅；直至台湾省政府迁移中兴新村，原先的台北市役所才正式改由行政院进驻使用，大楼名称也随着主人的更动改为「行政院中央大楼」。在行政院进驻后，行政院中央大楼于1975年起至1991年间进行了3次大规模的整建及数十次的小规模整修，于1998年7月30日获内政部「台内民字第877804