“清除精神污染”及“反资产阶级自由化”运动中，杜润生都未受到大的波及。1989年六四事件发生后，中顾委委员李锐、杜润生、于光远、李昌因反对以开枪方式处理学生运动，在中央顾问委员会同时受到整肃，有人提出将四人清除出中国共产党。1990年8月，中顾委主任陈云批示称，“他们四个人的意见都是在党内的会议上讲的，没有违反组织原则。我们党内过去这样的教训太多了，应该吸取，不应该把四个人开除出党。”由此，这四人均未被开除出党。2000年起，杜润生担任《炎黄春秋》顾问。2013年7月18日，杜润生在北京紫竹桥附