如果发生罢工等社会运动，RER E线会采用新的列车时刻表，特别针对高峰期班次订做。如果当天在市中心班次特别稀少，列车将改到巴黎东站为终点，而基于安全原因，和也将关闭，2007年11月的大罢工期间即是如此。在这种情况下，E线往返谢尔－古奈站的慢车将和巴黎东站远郊车中往返莫城站（Meaux）的半直达车合并，变成巴黎东站往返莫城站的慢车。往返杜尔农分支的班次频率将降低，并且终点也改到巴黎东站。如果奥斯曼圣拉扎尔终点发生事故，所有列车均以马尚塔或巴黎东站为终点。
其它特殊情况.E线的运