治三年（1843年），升任兵部参知。绍治四年（1844年），阮公着遭人诬告，被发配广义沿边为士兵。次年（1845年），起复为主事，署刑部员外郎，权署广义按察使。后改署承天府丞。绍治七年（1847年），升署承天府尹。他以年迈为由，请求致事，但未获允许。嗣德元年（1848年），阮公着再次申请致事，嗣德帝准他以实授承天府尹一职致事。嗣德十二年（1859年），嗣德帝因法国入侵，下令起复阮公着。阮公着到京后自陈年老体衰，不堪任用，嗣德帝同意放他回乡。同年十一月十四日（1859年12月7日），阮公着去世，享年八