最初仅有幼稚园、国小部及国中部，自2002年增设高中部。
特殊情况.由于涉及两岸关系，行政体制与其他学校稍有不同，除了校长，还设有一位由广东省教育厅派驻东莞台商子弟学校的督学兼任副校长。学校虽然採用台湾学制，使用正体字及注音符号，教材亦是由台湾进口，但由于中国大陆方面的审核，教材上敏感的字眼如「中华民国」、「蒋中正」，以及敏感议题如「台独」、「台湾入联」、还有中华民国国旗和民国纪年皆会被涂掉。入学台湾之大学校院的大学学科能力测验，于2012年首次在广东及上海的台商学校设立