60年代（西元1970年代）以后便迅速的遭受到长期之「严重污染」，溪水乌黑恶臭，水质甚差。污染之大宗来源则以工业废水、生活污水为主，其中又以工业废水佔总污染量的最大比例。在台南县、旧台南市尚未合併升格为五都之一的台南市之前，旧台南市市民习惯将此溪与二仁溪（旧名二层行溪）并列为旧台南市的北、南两大「黑龙江」及「臭水沟」水质的河川。近年来中、下游河段的水质已有所改善，部份中、下游河段水色转为暗青色（暗绿色），溪水臭味已减轻，但是在水质上，仍有很大的改善与进步的空间。过去因分属台南县、市（