JR东日本）运营。JR东日本在新潟县内运行有信越本线、羽越本线、上越线、米坂线、磐越西线、只见线、越后线、弥彦线、白新线、饭山线十条在来线和上越新干线、北陆新干线（仅限上越妙高站）两条新干线。通过上越新干线自新潟市出发最快只需要不到1小时40分就可以到达东京。新潟市内的JR在来线被设定为大都市近郊区间，在票价上有特殊规则。西日本旅客铁道（JR西日本）在新潟县内运行有北陆新干线（上越妙高站至纟鱼川站区间）和大纟线两条路线。新潟县还有北越急行（运行有北北线）和越后心跳铁道（运行有妙高跃马线和日本海翡翠线两条路线