开始认为圣经中的神迹奇事不合理性而加以拒绝。20世纪，在唯物观冲击影响下，新教在正统教义之外陆续出现了基督教社会主义和自由主义神学等非正统神学思潮。为对抗自由主义神学对正统教义的冲击，浸信会和长老会内部兴起了基督教基要主义运动。另外，在卫理公会中发展出灵恩运动、圣洁运动等，在信义宗教会中曾发展出虔敬主义运动。
教义.基督新教与天主教均继承普世教会历史上许多传统教义，如「三位一体」、《圣经》作为上帝的启示、「原罪」与「最后审判」等等，但有别于天主教和东正教，新教在行政上没有单一组织架