后于交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定。刘裕消灭若干异己后，为了名正言顺称帝，先后发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕，次年攻破南燕都城广固（今山东青州市），擒杀慕容超，南燕亡。而后因卢循叛乱，刘裕回师。后秦屡遭胡夏帝赫连勃勃入侵，国势大衰，幼主姚泓初立。416年12月刘裕再度北伐，连克许昌、洛阳。隔年刘裕兵分两路围攻关中，最后攻破长安，后秦亡。但该年冬天，留守京师的刘穆之突然去世，为免后方生变影响自己的篡晋计划，刘裕不得不返回京师。他命其幼子刘义真同王镇恶、沈田子