然灾害和疾病（尤其是鼠疫）的流行，均造成了人口的下降。清军在江南的屠城有扬州十日、嘉定三屠等，明军在扬州被清军屠城之前亦曾经多次在城外屠杀洗劫。西方传教士亦记载了农民军屠杀的情况：「残杀之后，成都为之一空。除少数官员外，别无居民。荒凉惨象，不忍瞩目。（张）献忠剿灭成都后，命令各乡镇村民移居成都」。顺治七年（1650年）尚可喜、耿继茂“再破广州，屠戮甚惨，居民几无噍类。浮屠真修曾受紫衣之赐，号紫衣僧者，募役购薪聚胔于东门外焚之，累骸烬成阜，行人于二三里外望如积雪。因筑大坎痤焉，表曰共冢。”番禺县人王鸣雷写祭文