南宋后，调遣大批较为信任的色目人到江南各地，以弹压汉人。当时镇江的13504名居民中，回回、蒙古、女真、也里可温、契丹、畏吾儿、河西7个民族有2422人。他们多数信奉伊斯兰教，自成坊巷，集中居住；也有一部分信奉景教（基督教聂斯脱利派）。明代镇江府属南直隶，下辖丹徒、丹阳、金坛3县。清代镇江府增辖溧阳县。1659年，明朝遗臣郑成功、张煌言的水师攻入长江，一度攻克镇江，此后清朝便在镇江驻扎蒙古八旗军队，设立京口副都统，城内将近一半的面积划归八旗驻防。镇江的旗人起初是汉军八旗，干隆二十八年以后由于战事不力