，咸丰二年，冯子材改为隶属张国樑麾下，张国樑曾抚其背，称赞说：“子勇，余愧弗如。”张在丹阳南门外落水溺死，冯子材收聚残军，再度建立江南大营。1864年收复常熟，领军驻防扬州，平定太平天国。同治元年正月十七（1862年2月15日），由甘肃西宁镇总兵官升任广西提督。光绪八年（1882年），乞病家居，以疾退休。光绪九年六月十九（1883年7月22日）病免。贵州代提督江忠义、丁忧副将萧荣芳先后于同治元年十二月至二年十二月代。1884年法军进犯滇桂边境时，两广总督张之洞奏请起用冯子才，称冯“老成宿将，熟习边境军务