993年自由党执政后，他担任财政部长至2002年，期间还曾兼任魁北克地区发展部长。2003年11月马丁接任让·克雷蒂安成为自由党领袖，同年12月接任加拿大总理。马丁在2004年加拿大联邦大选中带领自由党取胜，但未能在下议院取得绝对多数，因而组成了少数派政府。马丁上任后，曾有意改善克里蒂安执政时期时就明显降温的加美外交关系，并继续在两国边境控制、难民申诉、防务，特别在阿富汗问题上与美国政府合作，还指派了经验丰富的自由党政客担任驻美大使。然而，2005年2月24日，加拿大外交部长宣布加拿大将不会加入美国