正式拘捕孙立人，并由副总统陈诚为主任委员，与王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维等组成「九人委员会」，负责调查实情。陈诚九人委员会在调查后，认为孙立人的下属涉嫌军事政变，孙立人应负责任。根据蒋介石日记，驻美大使顾维钧曾奉命向美国太平洋舰队指挥官雷德福上将报告孙案的侦查经过，美国雷德福上将的反应相当愤怒，认为孙立人是台湾最忠贞干练的将领，不可能叛变。因为美国军方的态度，蒋介石决定放宽处理。军事法庭判决，孙立人判无期徒刑，在家中软禁。郭廷亮被判死刑，随即由高层下令，改成无期徒刑，送往绿岛