吉大翼龙与朝阳翼龙可能属于神龙翼龙超科，并且这两者比始无齿翼龙和始神龙翼龙进化程度更高。英国莱斯特大学的大卫·昂温（David Unwin）在2006年出版的《"The Pterosaurs: From Deep Time"》一书中，将吉大翼龙归类到古神翼龙科，但没有註明理由。2008年，吕君昌与大卫·昂温等人认定吉大翼龙属于神龙翼龙超科，与朝阳翼龙为近亲，并将吉大翼龙和朝阳翼龙均归类到新设立的朝阳翼龙科。