三藩之乱结束，耿精忠起兵，大量流民进入境内，冯协一抚绥倍至，解决流民问题。在地方力行清丈法，获得百姓官员称赞。补广东广州府知府，当时战乱刚息，民心不定，恰逢连州瑶族民变，冯协一请用王阳明的“雕剿法”进行平定，为当地官员所倚重。担任福建汀州府知府时，与汀州总兵陈有功平定漳州陈显五、宁化曹祖干等盗乱，为康熙帝所听闻，民间亦建造生祠祀赞。康熙五十二年（1713年）任台湾府知府，期间免除各种赋税。不久乞归致仕。
着作.其着有《友柏堂遗诗》，后录入《四库全书》。其子冯愿官至无为州知州，亦有惠