万历二十年（1592年），任内被举公廉寡欲天下推官第一，擢吏部考功司主事，历吏部员外郎。第二年，明神宗想封其三个儿子为王，以拖延国本之争，顾宪成上疏强烈反对，由写信给同意并封的首辅王钖爵，反复论辩，结果「三王并封」之事不了了之。同年，顾宪成在京察中支持吏部尚书孙鑨，反驳「专权结党」的批评，又反对王钖爵让邹元标辞职。此后，顾宪成推举前大学士王家屏接替王钖爵，王家屏却是支持立太子的，引起明神宗不快，被削籍归里。顾宪成罢官居家，声名日高，朝廷内外交章推荐其复出，神宗置之不理。万历三十六年（1608年），朝廷起