经济部识别体系之整体规划设计，现行蓝红二色「E」字部徽由此诞生。1996年12月，合併水利司与水资源统一规划委员会，改设「水资源局」。1999年1月，为落实智慧财产权保护之政策，并将标准及检验业务一元化，将中央标准局及商品检验局改组为智慧财产局及标准检验局。1999年7月，配合精省作业，台湾省政府建设厅、物资处、水利处、台北水源特区管理委员会、矿务局等省属机关归併经济部，经济部设置第二办公室及中部办公室。2002年3月，整併水利处、水资源局及台北水源特区管理委员会，成立「水利署」。2004年7月，能