明石总算抵达日本。但抵达日本后，明石虚弱的身体又衍生出脑溢血的情况，同年10月24日病逝于日本故乡福冈县，是唯一一位在任期中死亡的总督。大正8年（1919年），遵照其遗言“如果吾身有任何万一之事，定要葬于台湾”，遗体由日本福冈运回台湾，葬于台北三板桥日本人公墓（位于今台北市中山区林森公园），法名少林院殿柏荫自得大居士，是唯一一位埋骨于台湾的总督。但在二战后，墓园被建筑所掩盖。直到1997年台北市政府强制收回林森北路附近被居民长期占据的市地，在抗争及拆除大批违建时，人们才发现杂乱的违章建筑区里隐藏着一