由于「三位一体」这词并没有在《圣经》上出现，三位一体论只是通过根据经文的上下文及前后联系推理，到公元四世纪后的大公会议才确立，所以受到一位论派所质疑。早在尼西亚会议中，主张上帝只是一位和耶稣不具有完全的神性的论调（由亚流派提出）就曾被教会定为异端。宗教改革时期，有学者强调《圣经》为信仰的唯一根据，再次提倡“一位论”，但随即遭到天主教会反对。新教的主要改革家马丁·路德、克尔文和慈运理等也都反对。当时，任何人如果支持“一位论”都会被迫害，有支持者曾因此而被拘捕、遭囚禁和处死。16世纪至17世纪，有组织的一神