对荀子、庄子、老子三家思想加以揄扬，尊子贬孔；三为受到严复的影响，在其早年的文章中尤其多以进化论作为理论架构；四为佛学，尤其是佛学中的唯识论，是章氏后期思想的支柱，使其思想体系中充满个人主义、相对主义的色彩。除了这四大渊源外，顾炎武、王夫之的民族思想，章学诚、戴震、孙诒让、康有为等人的思想也对章太炎具有相当的影响力。
流亡海外.1898年12月4日，避祸流亡到当时为日本统治的台湾台北，主编《台湾日日新报》汉文栏，与日人馆森鸿（袖海）等相往来。次年6月10日由