霍次克海的Ola地区（103,434公顷）。第四区是Yamskogo地块（38,809公顷），位于该保护区的西南部，而它本身分为沿海地区、洪泛平原和岛屿区域。
气候和生态区.马加丹的气候是温带大陆性湿润气候，有凉爽的夏季，（柯气候分类：Dfc）。这种气候的特点是冬天漫长而寒冷，夏天较短而凉爽。马加丹位于切尔斯基山脉-科雷马山的冻原生态区。这个生态区包括西伯利亚东北部的山区，是一个极度寒冷和极端干旱的生态区。
植物群和动物群.超过半数的保护区是针叶林，大