3年（1863年）4月13日派出刺客佐佐木只三郎、洼田泉太郎等6人在麻布一桥（现今麻布十番商店街）暗杀清河，享年34岁，在他去世后，幕府赠受他为正四位。据《女士道》（山冈英子于1903年着）的记载，将其尸体恢复原样，由山冈英子（山冈铁舟之妻）保管于传通院安葬，其后遗族再把它安置于东京文京区的传通院里。清河死后，幕府将浪士队改名叫「新徴组」，由庄内藩带领。