立五口通商大臣机构，由两广总督特加钦差大臣头衔兼任。第二次鸦片战争之后，咸丰十年十二月（1861年3月），五口通商大臣衙门移驻上海，划归总理衙门管辖。最初南洋大臣为专职，薛焕任职，后由两江总督兼任，驻地从上海移到南京。历任南洋通商大臣有曾国藩、李鸿章、左宗棠、沈葆桢、张之洞、刘坤一、端方等人。