烈地鼓励同胞抗战救国。1940年，因其"护国精诚，深堪嘉尚"，国民党册封喜饶嘉措为"辅教宣济禅师"，并授大小银印两枚。1941年，西藏政局突变，三世达扎阿旺松绕（大扎，）取代热振，出任摄政，汉藏关系趋于恶化。1942年，喜饶嘉措出席了国民党第三届国民参政会。1943年，蒋介石委派喜饶嘉措前往拉萨，意在争取大寺院对国民政府的好感。但西藏各方商议后，决定只允许喜饶嘉措一人入藏。喜饶嘉措及五十位随从，只得止步于藏北边境那曲。1945年喜饶嘉措任国民代表大会代表。1947年7月23日，国民政府任命喜饶嘉错、白云