站为新干线接驳车站，所以在班次的制定上，首先以能有效与新干线接续为首要考虑因素，其次，直江津站也是转乘另一条路线日本海翡翠线的转换站，因此这也成为另一个考虑因素。行走妙高高原～直江津间的全线段的皆为普通列车，约1小时1班。早上及下午的通勤、通学时段，新井～直江津间则加密至20至40分钟的间隔。并使用4辆或6辆编成的列车及设有车掌。其他时间则使用2辆编成及单人驾驶运作模式行驶。至于北新井站及南高田站因为是终日无人站，使用这两个车站的乘客均必须使用取乘车劵及于车内付车资。而其他车站于非站员当值时间时，同样也