留纪、泥盆纪的碳酸盐沉积地层中几乎都有牠们的代表。中国的层孔虫化石很多，常见的属包括拉贝希层孔虫（Labechia）和方格层孔虫（Clathrodictyon）等。珠穆朗玛峰的侏罗纪中发现有准放射层孔虫（Actinostromina）等。在日本则多产于侏罗纪的鸟巢石灰岩上。
特征.其化石为粒状或纤维状，仅发现由碳酸钙组成之块状或层状群体之骨骼化石，未发现动物体。骨骼由石灰质组成，外形变化很大，有半球状、块状、分枝状、薄层状、圆柱状等，最小直径仅数毫米，最大则可达数米以上，由同心层状