79年，第巴罗桑金巴辞职，在五世达赖喇嘛的要求下，桑结嘉措就任第五任第巴，当时年仅25岁。随后，五世达赖喇嘛将政务全部交给桑结嘉措，自己则闭关修炼，专心着书。1682年，五世达赖圆寂。由于五世达赖在西藏的影响力非常高，且当时西藏正在与拉达克和不丹开战（拉达克战争），桑结嘉错依照五世达赖的遗愿，向外界隐瞒了其死讯长达十五年之久。在重要的场合与法会上，把达赖喇嘛的法衣放在宝座上。蒙古王公们坚持前来拜见时，则让长期跟随五世达赖的老僧德帕得瑞装扮成达赖喇嘛。达赖喇嘛的转世灵童仓央嘉措，则被桑结嘉措接到囊