6月，任林业部计划司副司长。1989年4月，任林业部综合计划司司长。1992年9月，任林业部副部长、党组成员。1998年3月，任国家林业局局长、党组书记，全国绿化委员会副主任。任至2000年。1999年在延安考察时，王志宝向国务院总理朱镕基建议西部地区退耕还林。在担任国家林业局局长期间，曾参与天然林保护工程、退耕还林工程、京津沙源治理工程等国家重大生态建设工程的决策，并负责主持上述工程的规划、实施工作。2000年任国务院西部地区开发领导小组办公室副主任。任职期间参与了退牧还草工程、生态移民工程、农村能源工程