布置福建海防，设16个城堡，45个巡司，在东山岛建起了铜山城与铜山水寨（全闽五大水寨之一，管辖闽南海防）。洪武二十一年（1388年）信国公汤和在福建设立5个卫、12个守御千户所，东山岛为镇海卫铜山千户所，官兵1220人。明嘉靖九年（1530年），置诏安县。嘉靖二十八年（1549年），葡萄牙欲佔领大明福建沿海东山岛作为据点，与大明帝国发生走马溪之战，葡战败退出。嘉靖后期，倭乱最猖獗。嘉靖四十三年（1564年）、万历十年（1582年），戚继光两次亲临东山岛，并于万历九年（1581年）在东山岛设“浙兵营”