战争时期.南北战争爆发后，布莱克本对南方邦联抱有同情。因年纪太大而不能加入美利坚联盟国陆军的他于是担任肯塔基州州长比利亚·麦高芬（）的使节，从路易斯安那州获取军火用于肯塔基州的防卫，但他未能实现取得这些武器的目标。1862年初，他成为斯特林·普莱斯（）少将手下的外科医师。1863年2月，密西西比州州长约翰·J·佩特斯（）任命了两名专员负责监督该州伤兵的护理工作，布莱克本就是其中之一。确保为伤员获得充足的医疗用品后，他前往弗吉尼亚州的里士满与邦联战争部长詹姆斯·塞登（）会面，主动提出担任医院和营地监查长并且