海军舰队指挥部，简称海军舰指部、舰指部，为中华民国海军舰队的最高指挥单位，也是国防部海军司令部所有下辖单位中最重要者，负责所属单位之指挥、管理及战备整备，同时兼任62（或63）特遣部队之作战指挥与管制。本部位于海军左营基地左营港东码头。
任务职掌.平时各舰队、战队、大队指挥部之战备整备训练计画之策定与督导；借指、管、通、情系统掌握敌我舰艇、飞机全般动态，并适切处置；并执行护航、侦巡、监侦任务，以及依令支援责任区紧急灾害、灾难防救等任务。战时维持台澎金马周边所望海域制海，及灭敌海上进