最外侧即为子实层。子实层的部分细胞可发育成或子囊，并产生有性孢子，其他细胞则发育成（子囊菌）或（担子菌）等非生殖细胞，提供支持、保护等功能，侧丝与囊状体在蕈类的种类鑑别上相当重要，其形状、细胞核数量与的有无是某些菌类的分类依据。以下为一些担子菌门与子囊菌门真菌的子实层形态。