会同事安德鲁·约翰逊面谈，但约翰逊拒绝了这一请求，要求他滚回老家。伯内特在路易维尔受到叛国罪起诉，但在缴纳保释金后获释，之后也没有受到起诉。他与法官约翰·格雷斯（）合伙，继续在加的斯从事法律工作。1866年9月26日，正当壮年的亨利·科尼利厄斯·伯内特因霍乱在霍普金斯去世，年仅40岁，他的遗骨起初下葬老加的斯公墓，之后又迁至加的斯的东部尽头公墓，墓志铭上没有提及他在邦联的服务经历。