说是台湾日治时期被官府征收。大正二年（1913年），由本地士绅陈杨镜等众募集银钱，重建于今址，二战后重修。
「台湾天公三间半」之传说.台湾民间记载一句「台湾天公三间半」的说法，意思是台湾主奉天公的名庙，分别是南台湾的台南天坛、中台湾的沙鹿玉皇殿、北台湾的新竹天公坛，以及「半间」彰化元清观（因道路拓宽，殿宇内缩）。
神奇事蹟.2002年二月份，新竹久旱缺水，新竹市长林政则邀集各级官员，同往天公坛向玉皇上帝祈雨，翌日即天降甘霖，被视为神蹟 。