十七年（1891年）调任乌鲁木齐提督。董福祥在新疆驻守近三十年，除了抵抗英国、俄国在新疆的渗透以及保卫领土外，他重视新疆水利建设，曾开挖玉龙喀什河灌溉良田。
庚子事变.
事变前期.光绪二十年（1894年）甲午战争爆发，董福祥晋尚书衔，奉命率在新疆期间招募的甘军入卫北京，屯驻蓟州一带，受到慈禧的接见和赏识。二十一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又爆发回族和撒拉族的农民起义，董福祥被任命为甘肃提督，率部进剿，平定叛乱后加封为太子少保，赏赐骑都尉世职。宁夏、甘肃