中国古代文明的起源地之一。吴王阖闾十年（前505年），东夷入侵吴国，阖闾在此地建亭抵御，所以称作“夷亭”，因吴方言中读音相同，后变化为“唯亭”。在唯亭镇上塘街附近，有建于宋至和乙未年（1055年）纪念娄江治理工程的乙未亭，镇名也可能来源于此亭。唐会昌三年（843年），湖州参军周頵建造佛顶尊胜陀罗尼经幢，四年后立在夷陵山重元寺之前。宋至和二年（1055年），长洲县、昆山县共同修缮娄江，建乙未亭。2005年5月13日，江苏省政府发布《省政府关于同意调整苏州市部分行政区划的批复》。将唯亭镇与跨塘镇合