2009年8月，因台湾中南部发生八八水灾，严重的人命财物损失引发民众对于刘兆玄内阁行政的质疑和不信任，引起民怨，因而在2009年9月7日下午17点15分召开记者会宣布于9月10日总辞。
成员结构.刘兆玄内阁成员主要来自学界、国民党智库、以及技术官僚，36位政府首长中有24位博士，6人曾任大学校长，被一些人称为「博士内阁」（后来的陈冲内阁也有此称号）。另外，阁员中有10位女性，打破过往的人数纪录。分析家认为这延续自蒋经国后期的邀请学者入阁的做法，反映儒家文化「学而优则仕」的价值观；与