种红色名录》以及周开亚主编的《中国动物志· 兽纲第九卷》正式将白鱀豚单列为一科。白鱀豚科是现生哺乳动物中唯一由中国人命名的科，也是20世纪在现代鲸类中唯一新建的科，更是20世纪在哺乳纲下确立的最后一科。
系统发生.白鱀豚科与其他齿鲸类群的分化关系。符号“†”表示已无现生种类。