亚和保加利亚因国内治安与情势仍较其他欧盟国家不稳，目前在部份欧盟国家反对下推迟加入申根区。
争议.人口自由流动也带来治安问题，一些国家的治安，像瑞士，在加入条约后治安有恶化趋势。同时欧洲难民危机也给人口自由移动带来新的挑战，德国、法国、比利时等均有暂停申根的举动。因应2019冠状病毒病疫情在欧洲的传播，一些申根国家像波兰、丹麦和捷克单方面宣布封闭边境以防疫情传播的决定被外界认定为申根公约的一次重大冲击与考验。