明帝逝世，太后庾文君临朝，刘超迁射声校尉。当时其实这些军官都没兵在手，但因有些义兴人因义跟随刘超，刘超就收编他们作禁军，号为「君子营」。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，历阳内史苏峻和豫州刺史祖约举兵进攻建康，刘超任左卫将军。次年朝廷抵抗失败，司徒王导让刘超改任右衞将军，护衞晋成帝。苏峻控制建康后，面对以陶侃为首讨伐自己的义军兴起，于是强迁成帝到石头城，刘超与侍中钟雅徒步跟随。当时因天雨而道路不平，但二人都拒绝苏峻军提供的马匹，反显得悲哀而气正。苏峻听闻后对二人十分不满，但却不敢加害，只得让党羽许方等