日本丰臣秀吉侵略朝鲜的二个月前，元均被任命为庆尚右道水军节度使，成为水军的司令官。然而在4月日军大举入侵之际，元均却急于逃走。此后，元均与全罗左道水军节度使李舜臣一起同日本水军作战。元均鲁莽的性格与性格温和的李舜臣非常不和。而且，李舜臣在战争中被右议政柳成龙所看中，在功绩较少的情况下突然被大为提拔。这使元均非常不满。李舜臣也非常讨厌元均。在李舜臣的《乱中日记》里，曾评论道：「在天地之间，像元均这样恶劣的人实在是非常少有的。」在丁酉再乱的时候，元均向朝鲜朝廷进谗，导致李舜臣被免职。元均则成为了三道水军统制