与函馆本线的交会点）处继续延伸路线到长万部车站处，以便利旅客接驳。长万部车站全站都位于地面上，由于是函馆本线与室兰本线的分歧点，长万部车站内设置有两座岛式月台共四条乘车线以符合转运需求。自最靠近车站站体方面起依序是第一、二、三与四号月台，其中驶往函馆方向的快车或特急列车使用一号月台，驶往札幌方向的则使用二号月台。至于普通的列车除了使用三号与四号月台外，偶尔也会有部分车次使用二号月台。车站内设至有绿窗口（，JR系统的票务柜台），旅行谘询室，与KIOSK（，连锁便利商店）卖店。此站预定为北海道新