香港组建中国歌舞剧艺社并任社长。1948年任香港《华商报》编辑，依照中央决定秘密护送滞留在香港的各民主党派、文化界爱国人士等赴解放区。1949年广州解放，吴荻舟参与策划和组织了香港招商局的起义。1950年至1962年，吴任香港招商局顾问。1967年香港六七暴动期间，他曾阻止华润总经理订购8,400把斩蔗刀由大陆运来香港，因此与造反派意见不合，并经历13年批斗，被下放劳改，一家八口受到牵连，至1979年才获平反。他的女儿吴辉早年整理其生前日记并公开。