和他的表弟奥托·费歇尔一起研究肼类的性质，他们提出了从三苯甲烷生产染料的新合成路线，并通过实验证明了这一方法的正确。1875年阿道夫·冯·拜尔被邀请前往慕尼黑大学接替1873年去世的李比希留下的化学系教授的教职，费歇尔跟随阿道夫·冯·拜尔前往，成为阿道夫·冯·拜尔在有机化学研究上的一名助手。1879年费歇尔被慕尼黑大学任命为分析化学的副教授，并拒绝了来自亚琛工业大学的担任化学系主任的邀请。1881年他被埃尔朗根-纽伦堡大学任命为正教授，对茶叶、咖啡和可可等饮料的组分进行研究，分离并分析了茶碱、咖啡因和可可