法就下台，但柯志恩表明有证据来证明他没有申请，他就支吾以对，说「那就要院长要不要我下台」，最后被迫于5月29日向行政院请辞获准，任期仅40日，创下中华民国任期最短的教育部长。2018年6月4日，吴茂昆请辞后首次接受媒体专访。2018年7月3日，监察院宣布弹劾前教育部部长吴茂昆。2019年1月9日，移送公务员惩戒委员会审理后被判记过一次。
政治主张.2013年10月24日，吴茂昆明确表示台湾和中国大陆是国际关系、国与国的关系。2014年3月18日，爆发太阳花学运；正在美