忍受王国宝弄权，于是联结殷仲堪起兵讨伐王国宝。司马道子畏惧王恭，但求了事，于是将罪责推向王国宝，并命谯王司马尚之收捕王国宝到廷尉，及后赐死王国宝并处死王緖，又遣使向王恭道歉。王恭于是撤还京口。司马道子此后忌惮王恭和殷仲堪以军事相逼，于是以司马尚之与司马休之有才略而引其为腹心，又听从司马尚之所说树立外藩，于是出司马王愉为江州刺史。不过，此举招来豫州刺史庾楷不满，因为司马道子割原本由他都督的豫州四郡交给了王愉都督。庾楷上表抗议不果后就鼓动王恭讨伐司马尚之，王恭终在隆安元年（398年）与庾楷及殷仲堪、桓玄举兵