二战结束时，腓特烈大街的地上站体严重毁损，地下站体也遭受水淹，车站运作处于中断状态，不过重建工事在1945年内就展开，开放地上站体停靠列车。5月及6月上旬时，负责营运地铁的柏林运输公司封了快铁站和地铁站之间的乘客通道，避免水势漫延，但负责营运快铁的德意志国铁却宣布其无法替隧道止水。6月4日，柏林运输公司开始在地下站体进行排水，至7月12日时已经能使地铁腓特烈大街站重新开业，但南北两个方向的轨道尚不能相通，双向的列车服务均要在本站中止，乘客必须透过岛式月台换车才能继续南下或北上。本站直到1945年12月5日