在母忧期间，急忙入城，下令逮捕抢粮者，绳之以法。日夜工作，尽力救荒。崇祯十四年（1641年），起为河南道御史。崇祯十五年赴北京，路上因兵乱梗阻，历尽艰险。至十二月初四日入都门。在朝上疏，请求皇帝留下有清名、声望的耿直之臣。崇祯十七年（1644年）巡按南京，清兵入浙，驻节杭州抵御清兵。弘光元年（1645年）五月，清兵破南京。闰六月，弘光帝被俘，潞王监国。群臣计划推举祁彪佳为苏松总督，还没来得及任命清军便来到杭州，官员四散。清军贝勒召见祁彪佳等士大夫四人，彪佳没有回应。初六日晨，于杭寓山花园莲花池内自杀