马来西亚的铁路入境管制站设在丹戎巴葛火车总站，前往马来西亚的火车乘客无法在兀兰上车而必须在丹戎巴葛站上车。北上马来西亚的列车离开丹戎巴葛站后在兀兰火车关卡停留二、三十分钟，乘客下车办理新加坡的出境手续，完成后上车继续行程。南下新加坡的列车乘客在马来西亚新山站接受出境检查，火车越过新柔长堤后在兀兰火车关卡停留二、三十分钟，乘客必须携同行李下车办理新加坡的入境手续，乘客完成入境手续后可离开火车关卡以其他交通模式前往目的地，或在候车室等候海关人员检查火车，确保车上无违禁物品及偷渡人员后上车继续前往丹戎巴葛站。