级组织批准，汪锦元恢复了中共的组织关系。1945年9月，汪锦元奉命到国统区长期潜伏，相机打入国民党机关，开展隐蔽斗争。从此汪锦元与中共党组织失去联系。1949年中国人民解放军取得上海战役胜利后，汪锦元曾在东方经济研究所和保卫部门工作。1955年夏，他因潘汉年、扬帆案（“潘扬案”）而被捕，关押在北京。1982年8月，潘汉年、扬帆案彻底平反，汪锦元也获得平反。有关部门对汪锦元的评价是：“在从事党的情报工作期间表现积极，认真负责，对革命事业有一定贡献。”1992年3月26日，汪锦元病逝。