在明郑时期，有一艘载有神像的王船被当地居民捡到，搭建茅草屋供奉。而后有一对兄弟，哥哥名「妙」，弟弟名「寿」，两人合捐妙寿宫现址土地，庙名则来自两兄弟之名。不过该庙庙名由来另有一说，是来自保生大帝之封号「恩主昊天医灵妙惠真君万寿无极保生大帝」。而到了清干隆二十年（1755年）时，当地居民将供奉昔日拾得之漂流王船的小庙改建成砖造庙宇，并迎来白礁保生大帝之分灵为主神。不过依据《凤山县志》（1720年）之记载，康熙年间在安平镇有三座「慈济宫」，有人认为其中之一即是妙寿宫。
发展.而清治