日本全国性佈建一里冢的工程则始于江户时代。庆长九年二月四日（儒略历1604年3月4日），配合五街道的整建，幕府通令全国以江户的日本桥为基准点，每隔一里（约4公里）于街道两侧各建造一座一里冢，规格为五间四方（约9平方公尺），高一丈（约3公尺），由幕臣大久保长安担任总指挥，费时10年完工。和中国不同的是，这些一里冢上通常种植榎树（），而非槐树。据天保年间的《宿村大概帐》，一里冢的植木以榎树最多，超过50%，其次是松树，约佔25%，再来是杉树，约有10%，其余为栗树、樱树、桧树、樫树等等。日本各地现今仍有一些残