二年初率领5000部众逃出，逃至博尔塔拉河游牧，并击败了噶尔丹亲率的2000追兵。1690年，噶尔丹出兵蒙古喀尔喀部﹐策妄阿拉布坦乘发兵劫掠噶尔丹领地，夺取噶尔丹控制下的吐鲁番、库车等城市，及撒克里、乌兰固木等地。此后与康熙皇帝东西夹击，噶尔丹困守科布多。1696年噶尔丹兵败，翌年去世。达赖喇嘛授与策妄阿拉布坦「浑台吉」（副汗）的称号。
扩张.控制西域后，策妄阿拉布坦于1699年派其弟大策零敦多布西征，征服了哈萨克的头克汗，使哈萨克分裂为大玉兹、中玉兹和小玉兹三个汗国，并均臣服