安庆语言学校学习中文后，被派往山西，负责教会的儿童与青年工作。在山西期间，赖恩融曾经与来访的伯特利佈道团及宋尚节合作，带来当地教会的复兴，并结识内地会的中国传道人杨绍唐。1938年，赖恩融与妻子祝美兰（着名宣教士祝康宁的孙女，生于中国，先后在山东及加拿大受教育，1930年重返中国）一同回到中国，在河北省获鹿和山西工作。1940年初，差会下令撤退在日军控制区域内宣教士转移往西南内陆地区，赖恩融被调往贵州安顺。赖恩融通过开设英文查经班接触搬迁到当地的2所大学的师生，2年多时间内有100多人受浸。1944年，