松平忠辉被除封后，外様大名堀直寄以8万石入封古志郡的旧藏王堂藩领，在长冈（现长冈车站周边）筑城，长冈藩立藩。元和4年（1618年），直寄转封越后村上，谱代大名牧野忠成由长峰藩5万石入封长冈，加增为6万2000石。牧野家的统治持续到幕末，河井继之助在幕末期庆应年间进行藩政改革。戊辰战争时加入奥羽越列藩同盟，败北减封至2万4000石。明治3年（1870年），废藩。
藩风.藩风从藩祖以来的「常在战场」等，提倡质朴刚健的三河武士精神。明治初期的藩政再建中，大参事小林虎三郎将支藩三根山藩赠送