今浙江绍兴市），令孙恩退回海岛。次年（400年）五月，孙恩再袭会稽，杀害驻镇会稽的谢琰，至十一月时刘牢之率军前往才击退孙恩。刘牢之及后命刘裕守句章（今浙江宁波市）。当时句章城小兵弱，而刘裕就常做好作战准备。翌年（401年）二月孙恩就率众自浃口（今浙江镇海）进攻句章，而刘裕就身先士卒，每战都摧其锋锐，致令孙恩无法攻下句章，反为刘牢之所败。三月，孙恩转战海盐（今浙江海盐县），刘裕跟随其进攻方向，于海盐筑城抵抗，又大败来攻的孙恩。孙恩后循海路至丹徒（今江苏镇江市丹徒区），刘裕率不足千人的部队赶路，与孙恩同