不等鞭毛总门（学名：）旧为不等鞭毛门，是真核生物的主要演化支之一，已知的下辖物种超过10万个物种，当中大多数属于藻类，从多细胞的大型藻类海带，到单细胞的各种浮游硅藻，这些藻类拥有多重内共生形成的多层膜叶绿体。其他值得注意的成员还有寄生性的卵菌纲，是不少植物性瘟疫的元兇，如爱尔兰马铃薯饥荒及近日的，都是由卵菌纲生物引起的。不等鞭毛这一名称指的是在其生命周期的能动阶段，鞭毛虫细胞具有两种不同形状的鞭毛。
色素体.不等鞭毛类的色素体有四层膜结构。
分类.传统