国民政府任命马步荣为青海省政府委员，马步芳兼青海省建设厅厅长。马步芳逼其叔父马麟下台。1945年5月，马步芳当选为中国国民党第六届中央监察委员会委员。1947年7月19日，国民政府派马步芳为青海选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1949年5月25日，李宗仁代总统令：特派马步芳代理西北军政长官公署。7月正式任职。8月26日，兰州被彭德怀的第一野战军占领。兰州被攻占前夕，中共地下党员煽动群众冲入政府机构，兰州秩序混乱瘫痪。马步芳起怒，于兰州闹市开枪镇压。8月26日，徐永昌