进一步削弱满洲贵族的权力，这使得深深困扰晚明的党争问题死灰复燃成为可能。为了削弱内务府和满洲贵族的权力，1653年7月，福临设立十三衙门，后者虽由满洲人监督，但由汉族宦官而非满洲包衣阿哈掌控。宦官在多尔衮摄政期间受严格的限制，但小皇帝用他们来制衡像皇太后和皇叔济尔哈朗这样的实权派人物的影响。至1650年代后期，宦官的权力变大：他们处理关键的政治和经济问题，就官员任命提出建议，甚至负责起草诏令。由于宦官削弱了官僚集团与皇帝间的联系，满汉官员担心困扰晚明的宦官擅权局面会重现。尽管皇帝尝试限制宦官权力，他最宠