耶拿号的舰体在事故中因多起爆炸严重损毁，主桅与后烟囱之间的上层建筑皆毁坏，而主桅周围的上层建筑甚至整个坍塌。编号第74号至第84号船肋骨之间的船侧并向下延伸至装甲带下缘区域皆被爆炸波掀开，而该区域内所有的机械都被摧毁。据估计，要完整修复耶拿号需花费7百万法郎，并且需耗时2年修复期；鉴于费用过大，加上修复期过长，法国海军最后决定将本舰，并转为使用。本舰于1908年3月18日从上移除，原船员于1908年7月3日重新分配。舰上除了口径主砲外，所有武装皆被移除，其余能用的设备在1908年后皆全拆卸，而法国海军也花费