官归乡后，闭门谢绝客人来访，拿来古代贤人可以作为人们行为规范的言简意赅的语句，体察考验自己的身心，学问造诣更加精深。在家闲赋了整整二十五年。万历四十八（1620年）明光宗登基。冯从吾被起用为尚宝卿，后晋升为太仆寺少卿，因为兄长去世而未赴任。不久改任大理寺少卿。天启二年（1622年）擢左佥都御史。不到两个月，又升任左副都御史。廷议梃击、红丸、移宫等三大案，冯从吾说：“李可灼以至尊尝试，而许其引疾，当国何心！至梃击之狱，与发奸诸臣为难者，即奸人也。”自此以后朝中群小皆畏惧他。不久，与邹元标共同创建了首善书院