仍保留非常独特与优美的玄武岩地景，其雄伟柱状节理及丰富的地形变化符合世界遗产登录标准的第八项。澎湖玄武岩自然保留位处偏远，海流湍急、岩壁陡峭，人迹罕至，因此，每年4月至9月已成为保育类珍贵稀有鸟类的繁殖天堂，2002年更发现濒临绝种的海洋野生动物—绿蠵龟上岸产卵，极具研究与保育价值，符合世界遗产登录标准的第十项。