在此时，无上瑜伽续在印度兴起，成为密宗的主流，那烂陀寺为其中心。由那洛巴传承的密法，进入西藏，形成大手印传承，新译派皆以此为主流。旧译派在吸收无上瑜伽续之后，与先前旧有的密法整合，形成了大圆满传承。接着，至中统元年（西元1260年），元世祖忽必烈封萨迦派法王八思巴为国师，授与玉印，统领吐蕃（西藏）。于是，萨迦派在当时成为隶属于宣政院的吐蕃政治与宗教领袖。虽然往后由于元朝的衰败，萨迦的政治势力也逐次渐缩，但至现今，萨迦王室在藏人的心目中仍有皇族的象征。到了永乐五年（西元1407年），明成祖册封噶举派「