交，约为兄弟。不久，尔朱荣请求任命元天穆为行台，朝廷不同意，改授任元天穆别将，命令他前赴秀荣。当时，北部边镇纷扰混乱，各地纷纷起兵，六镇荡然无存，不再有捍卫北魏边境的作用，只有尔朱荣在要道上履行职责，招集逃散流亡的人。元天穆因为是尔朱荣的心腹，出任西北道行台、征虏将军、并州刺史。元天穆后跟随尔朱荣镇压六镇起义，得胜后封聊城县开国伯，加号安北将军，其余官职如故，又代理抚军将军，兼任尚书行台。尔朱荣带兵前往洛阳，元天穆参与了他开始时的谋划，尔朱荣命令元天穆留守，作为后援。魏孝庄帝元子攸登基后，元天穆作为尔朱