动物中，丙酰辅酶A通过丙酰辅酶A羧化酶转化为(S)-甲基丙二酰辅酶A（同时还需要生物素和ATP），再由甲基丙二酸单酰辅酶A差向异构酶转化为(R)-甲基丙二酰辅酶A。(R)-甲基丙二酰辅酶A接下来再由甲基丙二酸单酰辅酶A变位酶转化为琥珀酰辅酶A(以维生素B12为辅酶)，从而进入三羧酸循环。
在植物与昆虫中的特殊代谢途径.在一些植物与昆虫中丙酰辅酶A有着与上述不同的代谢途径。 关于这一代谢途径还未完全清楚，似乎涉及丙烯酰辅酶A和3-羟酰辅酶A。