退回流域的山麓、山脉及农场牧场等地区。1987年，科研人员仅在流域内确认了5种鸟类的踪迹，但针对鱼类、底栖无嵴椎动物及某些昆虫的观测则因为考察地点的覆盖范围不足而未有确切结果。许多历史记录均指出圣胡安溪为硬头鳟提供栖息地。然而，污染及外来物种（如蓝鳃太阳鱼及银花鲈鱼等的游钓鱼类）的竞争使溪流内的硬头鳟绝种。另外，圣胡安溪的细菌水平一度超出州标准的93%。河溪渠道化导致位于沿圣胡安溪下游约4.3公里（2.7英里）的河道、以及大部分阿罗约特拉布科和奥索溪的河岸湿地消失，同时减少了硬头鳟的栖息地。但在2003