来的台湾省戒严令、台湾白色恐怖时期统治方式，让他失望，如土地政策、山禁、海禁...他坚决辞谢国民党促其参选台东县长，称病告老，搬回龙过脉故居安享晚年。他对国民党政府的失望，则反射到对昔日日本文官制度的分明廓然上。挚友南志信病逝后，马智礼更加寂寞，在台湾基督长老教会受洗，并在教会安排下到全台各地证道，有与日月潭毛王爷相会。他并无亲生后代，其收养之养女马宝琴即南志信之七女，为唯一延续香火者。晚年的他曾变卖牛和土地，筹备巨额要送外孙马来盛到日本求学，但未获核准。马智礼过世时，负责监视他的李建文不仅具名发丧还扛