政府为运送林田山林场之木材于大正3年（1914年）3月8日设立马里勿乘降场，为本站创建之缘起。大正7年改为万里桥驿，战后因行政区域重新划分，万里乡成立，本站因处万里乡治所在地，遂于1952年1月15日更名为万里站。后又因「万里」与台北县万里乡（现新北市万里区）同名，遂于1958年6月1日改为万荣乡，本站亦随之改称万荣站延用迄今。1982年东线铁路拓宽完成，本站日治时期原有之木造房舍因过于老旧，亦同时改建为钢筋水泥站房使用迄今。
繁荣的过去.本站在1960至1970年代林田山伐木运