清水心跳。
俱乐部生涯.2008年，本田拓也在清水心跳开始职业足球生涯。2011年，本田拓也以高达8000万日元的转会费从清水心跳加盟鹿岛鹿角。
国家队生涯.2008年本田拓也入选日本国奥队参加北京奥运会。2011年1月,本田拓也入选日本国家足球队参加2011年亚洲杯足球赛的参赛名单并上阵2场比赛。在四强日韩战加时末段117'后备入替抽筋的队长长谷部诚，在两份钟内即犯规造成任意球，令韩国在加时最后半分钟追平。惟日本在不擅长的互射点球战击败韩国。