临时政府合并后担任内务总长之职。临时政府成立后不久，内部出现了通过武装斗争还是和平外交手段实现韩国独立的两大派系的分裂。李承晚后离开上海返回美国。李东宁在临时政府这段混乱时期一度出任临时政府国务总理兼军务总长，并代行临时大统领的职务。1925年7月朴殷植辞去临时大统领职务后，大韩民国临时政府领导层出现了很大的震荡。为挽回局面，李东宁将内务总长金九扶植成为临时政府的国务领（后改名国务委员会主席）。大韩民国临时政府从此进入李东宁与金九的时代。作为更有凝聚力的元老，李东宁在此后相当长的时期里出任临时政府主席一