为弟子员，早亡；兄曹贞吉。申吉八岁能文，十七岁中举人。顺治十二年（1655年）中进士，选内翰林院庶吉士，顺治十四年授国史院编修。顺治十五年补湖广下荆南道参议。顺治十六年调任河南睢陈兵备副使。康熙九年调任吏部右侍郎后，康熙十年官至贵州巡抚，三藩之乱时投降吴三桂，康熙十九年，“蜡书赴阙，密陈机宜”，事洩被执，在昆明双塔寺旁古井被害。康熙二十二年灵柩由云南运回故里。康熙帝以其降吴，定为“逆臣”，雍正帝撤销其罪名。工诗，有《澹余诗选》。曾修《贵州通志》。