但是当地统治者依然反抗东印度公司的统治。 1757年克莱芙在普拉西战役中击败了法国支持的最后一支反抗力量。这次胜利却使得英国与莫卧尔帝国之间的关系恶化。在奥朗则布皇帝去世后，莫卧尔帝国已经处于分裂过程中。在与公司作战失败后，莫卧尔皇帝放弃了对孟加拉、比哈尔邦和奥里萨邦的统治。克莱芙由此成为第一位英国在孟加拉的总督。传奇的迈索尔国王提普苏丹也为英军制造了一些麻烦。他是法国的同盟者，在四次英国-迈索尔战争中，他继续反抗东印度公司的统治。 1799年英军佔领迈索尔，提普苏丹被杀。此后公司继续逐渐削弱当地的反抗势