河极大地缩短了船只来往于大西洋和太平洋之间的时间，使船只能够避开遥远而危险的合恩角附近的麦哲伦海峡和德雷克海峡。在运河的建造过程中，哥伦比亚、法国和美国先后控制了运河周边的区域。美国之后一直控制着运河和其周边的巴拿马运河区，直到1977年签署《巴拿马运河条约》后，美国才着手将控制权移交给巴拿马。美国和巴拿马共同管理运河一段时期后，最终在1999年将运河完全移交给巴拿马政府，并由其所属的巴拿马运河管理局管理至今。每年通过巴拿马运河的船只数量从1914年的约1,000艘，增长到了2008年的14,702