1977年，徐献瑜参与了北京大学和中国科学院关于稀土化学的研究。在北京大学化学系，徐献瑜曾与徐光宪（中国着名稀土化学家，有“中国稀土化学之父”之称）合作研究，研究“串级萃取理论”的精确计算问题和数学建模问题，并成功用用计算机模拟出稀土元素逆流萃取的动态平衡过程。1990年5月，中国数学软件协会成立于河南省洛阳市，徐献瑜被选举为中国数学软件协会的名誉会长。