府县整併中被改划入京都府。1889年实施町村制，现在的伊根町范围在当时分属、、、四个行政区划，在昭和大合併期间，这四个行政区划于1954年11月3日合併为现在的伊根町。
交通.辖内无航空或铁路交通，因此通常需仰赖的巴士至天桥立车站转乘京都丹后铁道的列车。
观光.为本地特有的传统建筑，舟屋是一种自江户时代中期起出现的房屋；当地居民沿着海岸筑起两层高的建筑物，一楼作为停泊船只及船只作业使用；二楼则为渔民住所，此区域已在2005年被列入日本重要传统的建造物群