金永南在卢武铉在任总统时对大韩民国採取友善的态度。2007年时任韩国总统卢武铉访问北韩，金永南在卢武铉与朝鲜劳动党总书记金正日会面前设宴招待。不过，自李明博政府上台后，朝韩关系空前紧张，金永南对南韩的态度有所改变。2008年4月14日，金永南曾在纪念金日成诞辰96周年的中央报告大会上表示，实现“祖国统一”是朝鲜民族最重要的任务，也是不能再继续拖延的紧迫任务。他同时表示，朝鲜将沿着2000年朝韩首脑发表的《北南共同宣言》所开辟的道路，高举“民族共助”的旗帜，坚决粉碎韩国保守执政势力的反朝、对抗阴谋，开创自主