萱回到家乡执教，从1976年至1981年，任扬州师范学院副教授。1981年至1984年，任北京市中国民主建国会部负责人。1984年受匡亚明之邀，由北京民建会南下南京大学任教，入南京大学中文系古典文献研究所。1986年任南京大学中文系教授，博士生导师，与程千帆、周勋初等学者共事，开设了中国文化史、年代学研究、唐代小说与政治等课程。1979年至1992年，任中国民主建国会第三届至第五届中央委员会委员。1994年10月离休。离休以后，卞孝萱担任《中国思想家评传丛书》副主编，并任中国唐代文学学会韩愈研究会会长、