二年（398年）九月，会稽王司马道子任命司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，率领兵马作为自己的援兵。九月乙巳（398年10月12日），桓玄在白石大败晋军，随后与杨佺期进兵横江，司马尚之败退，司马恢之率领的水军全军覆没。隆安五年六月甲戌（401年6月27日），孙恩从海上攻至丹徒，有士兵十余万人，楼船一千多艘，东晋政府大为震动。六月乙亥（401年6月28日），朝廷派冠军将军高素、右卫将军张崇之驻守石头城，辅国将军刘袭栅断淮口，丹杨尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦、辅国将军司马允之、游击将军毛邃守备白石，左卫将军王嘏