灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡大陆，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，据守台湾的官兵共有37500名。
清朝时期.台湾镇，又称福建台湾镇，初设于1684年，为台湾清治时期台湾与澎湖的最高军事单位，其内主官则是台湾镇总兵。台湾镇总兵受台湾道（建省前）及福建台湾巡抚（建省后）节制，统辖镇标中营兼辖台湾北路协、台湾水师协、澎湖水师协（1733年设）等三协、台湾城守营与台湾南路营等营，掌管兵力约于10,000名至15,000名之间。而分配方式，如干隆年间奏章所奏：「台湾澎湖