惟同年获聘入香港政府担任政务主任。行政长官董建华于2002年实行问责制后孙明扬担任房屋及规划地政局局长，任内曾推出「孙九招」稳定楼市。2007年改任教育局局长。2007年6月3日，时任立法会议员梁国雄连同多名捍卫基层住屋权益联盟成员到孙明扬位于跑马地箕琏坊菽园新台的官邸外示威，一度冲破警方防线，抗议「废法加租」，不满公屋加租机制，他们趁大闸打开让汽车驶入时一涌而进。2008年9月案件审结，众人被判非法集结罪成，梁国雄被判60小时社会服务令，其余人士签保2千元及守行为18个月。2011年2月15日