牺牲惨重外，也遭致国际社会的嘲笑，因此曾经在1897年的国会中，出现「是否要将台湾以一亿日元卖给法国」的言论，称为「台湾卖却论」。在这种情况下，着重于镇压的日本当权者对于台湾总督的人选，都以授阶中将或上将的武官来担任。1898年，日本明治政府任命儿玉源太郎为第四任总督，并派后藤新平担任民政长官以为辅佐，从此採取软硬兼施的政策治理台湾。加上日本于1902年年底大抵肃清台湾抗日运动势力之后，成员全为日人；且务须遵守日本法律的台湾总督府之对台统治权才就此建立起来。而日方这种软硬兼施的殖民地政策，一般称为特别统