交由四川总督办理。西藏进贡和西藏与青海、甘肃、蒙古的贸易则由理藩院办理。
僚属.驻藏大臣的下属有理藩院司官夷情章京，辅助管理霍尔三十九族（即藏北三十九族）的土纳马赋事务。另有随印笔贴式一人，以及粮台、把总等低级官吏。达木蒙古八旗佐领直属于驻藏大臣。驻藏办事大臣与帮办大臣名义上为一正一副，实则互不统属，遇事掣肘。宣统二年（1910年），依驻藏办事大臣联豫所奏，省帮办大臣，改置左右参赞各一人，隶属于驻藏办事大臣。“左参赞驻前藏，右参赞监督三埠通商事宜。”参赞下又有翻译、书记等官吏。