易和科学繁荣起来。俄波战争（1654年－1667年）期间，维尔纽斯被俄国军队占领了数年，该市遭到了掠夺和纵火，市民遭到屠杀。该市失去了多年来成长的动力，但人口仍然逐渐回弹，19世纪初，该市人口达到20,000人，是北欧最大的城市之一。 1795年第三次瓜分波兰以后，维尔纽斯被俄国吞并，成为维尔那省的首府。俄国占领期间拆毁了城墙，到1805年，已经只剩下黎明门一座城门。1812年，拿破仑在远征莫斯科途中，占领了该市。1831年十一月起义以后，维尔纽斯大学被关闭，俄国人的镇压阻止了该市的发展。1863年一月起