升南京兵科给事中，为人敢言直谏，曾劾周延儒及冯铨等辅臣，权贵侧目，遂罢官。崇祯十年（1637年）温体仁被劾去官，钱允鲸复官左江道，正直李自成等农民起义，朝廷推行招抚政策，允鲸因持论忤督帅杨嗣昌，乞归。允鲸有子钱汝迈，为生员；孙女钱氏嫁予浙西六家之一李良年为妻。