福王爷神谕，组成「大明慈悲国」，煽动信徒两千人武力起事，是台湾人第一次以宗教力量抗日的事件，亦是武力抗日规模最大、历时最长的一次。事件后，安东贞美总督在会议时曾说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。」西来庵事件是汉人大规模武装抗日的结束，台湾汉人从此透过政治运动展开争取民权。