下令建筑师克里斯多佛·雷恩在皇宫里进行许多改变，包括在1687年完成一座新教堂，重建皇后的住所（约1688年） 与皇后的私人住宅（1689年）。
毁灭.到了1691年，怀特霍尔宫已经成为欧洲最大且最复杂的建筑物。路易丝·德·克鲁阿尔，朴次茅斯女公爵的华丽公寓在1691年4月10日遭到火灾破坏，不过宴会厅并未受到破坏。玛丽二世在1694年因感染天花于肯辛顿宫去世，而威廉三世与妻子玛丽二世则多居住在肯辛顿宫内。但是怀特霍尔宫在1698年1月再度发生火灾，大部分剩余的住宅和政府建筑都遭到