并设立膳所藩；而原先大津城的所在地由于为京都与琵琶湖水上交通的枢纽，在江户时代成为幕府直属的天领，并成为东海道五十三次其中的。而南部的膳所藩由于紧邻京都，又位于琵琶湖以水运连接京都、大坂的入口，在江户时代都是由谱代大名负责此地，曾先后交由户田一西、本多康俊、负责，1651年后再度交由本多氏治理直到江户时代结束。而滋贺郡北部区域在1698年后曾封给同是谱代大名的并设立，但在1826年堀田氏改封至下野国后，藩厅亦随之移至下野国的佐野，因而也更名为，因此滋贺郡的北部区域成为佐野藩的飞地领地。此外，滋贺郡内还有