开展与英国伦敦大学皇家霍洛威学院地理系合作研究，互派学者进行访问。同年，李吉均向政府提出就西部开发的相关建议。1995年，担任中国地理学会副理事长。1999年，被聘为南京师范大学地理科学学院教授。2001年9月，西部环境教育部重点实验室通过教育部验收，李吉均担任学术委员会主任。2012年8月22日，李吉均带领科研团队就《兰州地区最厚黄土科学钻探工程》的科研项目展开研究2020年7月21日2时07分，因病医治无效、在兰州逝世，享年87岁。于2020年7月25日上午9时，在兰州华林山殡仪馆怀