小岛主要由砾质砂岩、安山岩和珊瑚礁组成，最高峰为位于岛屿西北部、海拔高度139公尺的拳头岭，第二高峰则为位于岛屿东南部、海拔高度89公尺的拇指峰。南小岛周遭海域还有如龙门岛、卧龙岛、飞龙岛、龙珠岛、长龙岛以及金龙岛等许多小岛礁，并且在北边隔着的橄榄门与北小岛相望。
生态环境.日本企业家古贺辰四郎过去曾于黄尾屿西南地区兴建柴鱼片工厂以及鸟羽加工厂，然而随着工厂结束营运之后岛屿也成为一座荒岛。另外过去南小岛由于盛产各种蛇类因此又被称作「大蛇岛」，甚至由于蛇只数量过多反而造成岛屿上的鸟类