2016年6月11日，中华民国内政部政务次长花敬群说，台湾民政府并非在内政部立案的政治团体，因此该团体发行的身分证与车牌等均为无效证件；但若台湾民政府的作为并无不法，即使台湾民政府宣称有军队，也只在言论自由层次。2016年6月13日，中华民国内政部部长叶俊荣在立法院内政委员会说，台湾民政府没有依《人民团体法》向内政部申请备案，台湾民政府身分证可能涉及伪造或变造、也不具任何效力。2016年6月9日，自称公民记者的台湾民政府成员洪素珠引爆洪素珠事件。同月10日，台湾民政府连续发2份声明稿，称台湾民政府并无公