梁元帝任命他为武臣将军、南兖州刺史、郫县侯，随王僧辩征讨侯景，建康被收复后，又奉命追击，大破侯景残余势力。以功担任南豫州刺史，镇守姑孰（今安徽当涂）。承圣二年（553年），北齐来犯，他率精兵三千大破郭元建率领的齐兵，歼敌万余人。西魏攻江陵（今湖北省荆州市）。侯瑱到九江，保卫晋安王萧方智回到建康。萧方智承制任命侯瑱侍中、使持节、都督江晋吴齐四州诸军事、江州刺史，改封康乐县公，进号车骑将军。绍泰二年（556年），梁敬帝萧方智加开府仪同三司。陈霸先杀王僧辩，侯瑱归附陈霸先。陈朝建立，授侍中、车骑将军，永定