鲁番市、阿克苏地区、喀什地区、和田地区、巴音郭楞蒙古自治州、克孜勒苏柯尔克孜自治州、哈密市等地。亦有把巴音郭楞蒙古自治州归入东疆的分法。南疆和北疆以天山山嵴线为界划分。十四世纪先后属于东察合台汗国、吐鲁番汗国、叶尔羌汗国。清朝初年，南疆的回部臣属准噶尔汗国。清朝灭准噶尔汗国，平回部。1987年4月10日中央军委决定设立南疆军区，为正军级单位。负责管理南疆各军分区及西藏阿里军分区，归乌鲁木齐军区建制领导。
行政制度.回部每城置驻扎大臣一至二员，其下置伯克，依当地习俗管理穆斯林事务