王子费利佩结婚后，民望开始降低。不满情绪迅速波及到全国各地，许多人把伊丽莎白视为反对玛丽宗教政策的焦点人物。1554年1月和2月，怀亚特的叛乱爆发，但旋即被镇压。伊丽莎白被带到法庭，法庭就她在这场叛乱中扮演何种角色对她进行审问，3月18日，她被关入伦敦塔。伊丽莎白力言自己的无辜。尽管她不太可能与叛军密谋，但其中一些人和她有过接洽。玛丽的密友、卡尔五世的大使西蒙·雷纳认为只要伊丽莎白活着，她的王位就永远不会安全；大法官斯蒂芬·加德纳努力让伊丽莎白受审。包括佩吉特勋爵在内的伊丽莎白在政府中的支持者说服玛丽在