林肯县（）是美国密苏里州东部的一个县，东隔密西西比河与伊利诺伊州相望。面积1,659平方公里。根据美国2000年人口普查，共有人口38,944人。县治特洛伊。成立于1818年12月14日。县名纪念美国独立战争将领本杰明·林肯(Benjamin Lincoln)。