逼近建康，征讨都督桓谦统兵防御，但他统领的守军很多都是以前的北府士兵，见到刘裕都亳无斗志，反倒刘裕与众将奋力进攻，乘风纵火，守军在惊惧之下遂溃败。刘裕攻陷建康之际，桓玄率领其政权逃离建康，西上江州治所寻阳；刘裕就在建康与是桓楚司徒的昔日恩人——琅邪王氏的王谧建立行台，互相推举，刘裕遂为都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史，不久更奉武陵王司马遵为大将军，承制行事，重建东晋朝廷。在诸将追击下，桓玄在同年被杀，并在翌年（405年）在江陵迎回晋安帝，消灭国内桓楚残余势力。刘裕于义熙四年（408年）王谧