自然博物馆生态研究室在北京市大兴县南海子建设麋鹿生态实验中心，在麋鹿引进工作完成以后独立为北京南海子麋鹿苑。1985年，该馆划归北京市科学技术研究院。1992年9月，香港商人田家炳捐款和北京市财政拨款建成的标本楼“田家炳楼”竣工。1998年7月25日，江泽慧教授获聘为该馆名誉馆长。2004年11月，吴新智、洪德元、孙儒泳等25名中国科学院院士及2名外籍科学家获聘为该馆科学顾问。2005年2月，《北京自然博物馆研究报告》改为《自然科学与博物馆研究》，由北京自然博物馆、中国科学技术馆、中国地质博物馆、北京天文馆