争初期因昭和产能不足曾进行少量生产，数量约为70架，由于日本海军的陆上运输与转场仅此一款机种，因此战损也多，到日本投降时零式运输机仅剩38架。1945年8月21日下午4时，一架日军零式运输机在6架中华民国空军的P-51战斗机押送下运送日方代表去芷江向中国投降，抗日战争正式结束。