汗国的可汗噶尔丹与俄罗斯帝国（沙俄）友好，噶尔丹南征青海和硕特汗国，东征喀尔喀蒙古。而沙俄为了在远东寻找出海口，向东移民侵略黑龙江上游。康熙帝先是于雅克萨战役击败俄军，与其划定边疆；之后率军三征噶尔丹，协助喀尔喀蒙古收复其领土。喀尔喀蒙古其后併入清朝，外蒙古地区正式归清朝所有。
甘丹颇章政权成立，五世达赖喇嘛统治西藏（1642-1705）.1642年，固始汗攻占西藏，建立和硕特汗国，将西藏交给藏传佛教格鲁派的五世达赖喇嘛管理，史称甘丹颇章政权。1653年4月，清朝政府正式授予五世达