组织中发现，且其与较低的出生体重和较慢的骨组织骨化相关，故除非获益大于风险，否则应尽量避免使用替加环素。 此外，与其他四环素类抗生素类似，童年时期使用替加环素会导致牙齿黄染（即四环素牙），除非必要，否则不应使用。 另外有临床病例报告替加环素能诱导囊性纤维化患者产生急性胰腺炎，故此类患者应避免使用替加环素 。 近期临床试验表明当替加环素用于治疗医院获得性肺炎（特别是唿吸机相关性肺炎）、皮肤和组织复杂感染、腹腔感染、糖尿病足感染时会导致患者死亡率增加。 该差异无统计学意义，但还是促使FDA发出黑框警告。