加坡不久后也因大检证而在樟宜海边遭到杀害。南侨总会也从此停止活动。经过八年艰苦抗战，1945年8月15日日本宣布投降。期间共有约1,028名技工在公路上因疟疾、轰炸以及山路险峻而殉职。南侨机工的档案丢失，复员工作遇到难题。陈嘉庚与当局交涉，亲自致函国民政府，敦促为南侨机工返回提供必要的帮助和方便。经过努力，南侨机工得以复员。首批机工和眷属421人，于1946年10月26日由昆明经广州出境；第二批156人和第三批306人，分别于11月15日和29日回到南洋与阔别多年的亲人团聚。最后总共有1,126名机工回