工区遇到三大难题：首先是地压非常高，需要建造更强隧道壁以防止隧道变形甚至倒塌；其次是山体非常脆弱，所钻挖的岩石属泥岩，非常松软及缺乏黏性，故山体在钻挖过程中非常容易倒塌，且不适合使用全断面隧道钻掘机（TBM）钻挖（这在较后时段才被发现）；第三是山体内蕴含沼气、石油和地下水，钻挖时会渗出，令施工非常危险。有纪录指当时曾因未发现山体内的易燃物质而进行爆破，导致工地发生爆炸，八名施工者丧生的工业意外。面对此问题，西松建设仍尽力钻挖。除了在中施工区钻挖以外，也从东、西两个已竣工的施工区往中央推进。经过一轮努力后