县独立出来设置金门县（归厦门道管辖，乃二等县治）。金门县于民国4年（1915年）4月9日奉批令成立县治，设县知事，改县丞署为县公署。金门县辖境包括大、小金门，大、小嶝岛及周边岛屿；分为六都、十保、一百六十六乡。民国22年（1933年）闽变发生后一度由中华共和国所据，划为泉海省。1935年改为4区32联保，民国25年（1936年）重新整编为3区12联保。民国26年（1937年）抗日战争时期日军佔领金门，金门县政府迁至大嶝乡上租借民房办公。民国34年（1945年）第二次世界大战结束后，中华民国收复金门，设二镇四