东大工科师资逐步增强，聘请了杨杏佛、涂羽卿、沈祖玮、李世琼等学者任教授，各项设备也逐渐添置齐全。然而，1924年4月东南大学校董事会以学校经费不足为由单方面决定停办工科，郭秉文和茅以升力争保留未果。8月，经与水利局协商，东大工科与河海工程学校合併组建河海工科大学，由茅以升出任首任校长，设机械工程、电机工程、土木工程、水利工程系。1934年，中大在南京近郊征地8千亩，准备建设新校园，然而这一工程被1937年7月爆发的抗日战争打断。由于淞沪战事恶化，10月罗家伦决定利用建新校区的经费将学校直接西迁重庆沙坪坝