酮和黄体酮，已被发现与跨性别男性相关，但与跨性别女性无关。最值得注意的是，跨性别男性受试者不仅更频繁地具有变异基因型，而且具有与男性对照组相当的等位基因分佈，与女性对照组不同。该论文得出结论，女性特定性CYP17 T -34C等位基因分佈模式的丧失与跨性别男性相关。
大脑结构.一些研究发现性别认同与大脑结构之间存在相关性。在失去外部器官后，幻肢是一种常见的，通常是痛苦的经历。Ramachandran（2008）发现，虽然近三分之二的顺性别男性手术切除了阴茎后会有幻肢的现象，但是