集贤院、史馆等三馆收藏图籍，总名为崇文院，通称阁职。端拱元年（988年）又于崇文院中堂设秘阁，选三馆善本图书及书画等入藏，藏书最为完备。淳化元年（990年）扩建秘阁，于淳化三年（992年）建成，宋太宗御题匾额“秘阁”，设直秘阁、秘阁校理等官管理秘阁事务。真宗咸平三年（1000年），下诏向全国征集三馆所少图书，献一卷，给千钱，献三百卷以上给出身。又令三馆抄写二套，一套放置禁中龙图阁，一置后苑之太清楼。后宫中失火，延烧到崇文院与秘阁，其中藏书多有焚燬。于是出禁中本，重新校勘、校理，恢复秘阁藏书，至仁宗时，秘阁归