8年6月开始第四次部署任务，同样是前往波斯湾协助南方守望行动。那三个月正逢波斯湾几年来最热的一次夏季，飞行甲板上的温度据称达到了摄氏66度。在1999年，林肯号参与了几次美国海军的内部演习。接着再次前往波斯湾协助南方守望任务。在这次部署中，整个航空母舰战斗群获得优秀单位嘉奖（Meritorious Unit Commendation）的表扬。同时林肯号由于良好的指挥而获得了有名的阿莱·伯克奖（Arleigh Burke Award）。
2000年代.当911恐怖攻击事件发生时，