参与戊戌政变，为戊戌政变提供武力支持。9月28日，卸署直隶总督兼北洋大臣；授军机大臣，管理兵部并节制北洋各军。10月11日，授练兵钦差大臣，指明节制宋庆、董福祥、聂士成、袁世凯所部及北洋各军。12月7日，奏请合宋、董、聂、袁四军及新募亲军联为一气，构成武卫军雏形。1899年6月27日，武卫军编练完成，此后又陆续编练武卫先锋军、先锋队若干。在对光绪帝废立问题上由犹豫转向反对。1900年义和团运动在京畿蔓延后，屡请镇压，并请保护各国使馆。8月17日，被西逃的慈禧太后诏命留京办事。10月6日诏赴西安行在。