术科的李虹老师设计了一款以广州市市花木棉花为轮廓的校徽。2005年，学校高中部东迁至原萝岗区，时任校长罗峻峰主持新校徽设计工作。新校徽采用“外方内圆”的设计，喻示二中人的方圆精神；以“元”字作为校徽的核心元素，包含“天地成于元气，万物成于天地”和“应元路”“苏元山”及“阮元”等寓意，诠释了二中与“元”之缘；“1930”书于“元”字之右下角，喻示“千里之行，始于足下”。2012年秋，学校将英文版校名定为“Guangzhou No.2 High School”。2015年，学校将校徽的中文字体由启功体改为着