一揆动乱，秀吉派出小西行长与加藤清正共同前往镇压，因功得到肥后南半国宇土郡、益城郡、八代郡二十四万石领地，随后又与加藤清正合力平定肥后的天草之乱。平定后小西行长于1588年在中世宇土古城之东500米、13米高的小山丘上筑起了宇土城作为居城。关原之战加藤清正知悉黑田如水在石垣原打败大友义统后集结部队转向率领8500兵攻往宿敌小西行长的宇土城，在小西行长出阵关原后宇土城由其弟小西行景镇守，但是实际上的指挥官却是家老内藤如安。加藤清正率兵分别由陆水两路进攻，陆军在城下町放火，而水军则动用十多艘战船向宇土城