（1909年）正月，实授协办大学士，领礼部尚书。维新四年（1910年）十月，停领户部尚书，专领礼部尚书。维新五年（1911年）正月，晋封美和子（）。二月，殖民政府奖励黄琨一枚农政一项金佩星。维新七年（1913年）十二月，充玉牒所总裁，并兼掌户部事务。启定二年（1917年）闰二月，黄琨以协佐大学士领礼部尚书充机密院大臣身份致事，加太子少保衔。启定十年（1925年）正月，黄琨因病去世，寿七十六岁。追赠太子少傅。
家庭.黄琨之妻武氏是协办大学士武仲平之女，子黄周钖在保大年间任鸿胪