在高楼街原小学进行拆建，建立了现时的新中学部，至此，海星中学乃逐渐成为一所完整的中学，并附设小学及幼稚园。1997年，由于具备初中程度的在职或失业人口众多，谭神父再度秉承耶稣会的办学精神，开办夜中四、中五及中六课程。2002年7月，谭志清神父退休，蔡梓瑜出任第三任校长。2003年5月，耶稣会委託海星中学，开办海星教育资源中心；并于2004年2月开办成人教育部。
教学制度.海星中学设有小学部及中学部，小学为六年制，而中学则为「三三制」学制。高中设有理科（生、化、物）、文科（史、地