开始在印尼开设工厂，这掀起了新一股日本人移民潮，当时移居印尼的日本人主要是和大型日资公司有联系的管理人员和技术人员。很多在苏拉威西岛定居的日裔印尼人也在1990年代后期回流日本，并在日本从事水产加工业，他们当中大约有1200人在2004年便已经在茨城县大洗町定居。另外，虽然很多日裔侨民在1998年因为黑色五月暴动和与之相关的政治乱局而逃出印尼，不过十年后日本人仍然是雅加达规模第二大的外籍社群，仅次于韩国人。
经济及就业状况.和东南亚地区其他日本人社群一样，迟至一战时期，荷属东印度的