东晋尚书仆射孔愉第六子。东晋官员，官至尚书左仆射。孔安国比同辈族兄们都小了三十多岁，而当时其族兄们都没有才能名气，只以宗族强盛富足而立。只有孔安国以及兄长孔汪以孤贫建立节操，安国终以儒学素雅而有名，并得晋孝武帝知遇。孝武帝在位时，安国历任侍中及太常。太元二十一年（396年），孝武帝去世，安国向来身形瘦弱，穿起丧服为孝武帝哭了整天，看见的人都认为他是真心而作。后安国任会稽内史、领军将军，随后又获加领东海王师。隆安五年（401年）孙恩逼近京师，安国以领军将军与左衞将军王嘏驻防中皇堂。后任左将军。义熙二年