（民国3年），他任总统府礼官。1915年袁世凯称帝，蔡廷干不满，同袁世凯开始疏远，同黎元洪和段祺瑞接近。1917年（民国6年），他任税务学校校长。翌年，他任关税改订委员会委员。1921年（民国10年），他任华盛顿会议中国代表团顾问。同年8月，他任中国红十字会副会长。此后他历任关税特别会议准备处会办、扬子江水道讨论委员会副会长、五卅事件中国方面调査委员会委员长。1926年（民国15年）7月，他任杜钖珪临时摄政内阁署理外交总长兼关税会议全权代表，3个月后辞任。1931年（民国20年），他定居北平，在清华