1925年（民国14年）3月，孙文逝世，黄季陆开始反共活动。同年11月，黄季陆在北京参加了中国国民党右派召开的中国国民党一届四中全会，成为西山会议派成员。黄季陆随即赴上海，协助孙科在上海成立西山会议派的中央党部。1926年3月，西山会议派的中国国民党第二次全国代表大会上，黄季陆当选中央执行委员。1927年（民国16年）1月，黄季陆回四川省，任成都大学教授。同年上海四一二政变，第一次国共合作破裂，黄季陆任四川省清党委员、整理委员、执行委员。1928年，重回广东的中山大学，任广东省党部常务委员兼宣传部长、