鱼及贝类等来此觅食与繁殖。近来有人们利用河口地区的沼泽地养殖牡蛎、咸水吴郭鱼、西施舌等，成为重要养殖场。 
种类.河口附近的沼泽依照植物的组成，通常可分为「草泽」如芦苇和咸草；和「林泽」是以红树林为主。动物方面则有沙蚕、招潮蟹、贝类、弹涂鱼及水鸟等。弹涂鱼靠胸鳍爬行，甚至爬上红树林。沼泽湿地每年吸引大批候鸟来访，如曾文溪口每年有二百多只的黑面琵鹭来此过冬。
沼泽生态系统.沼泽生态系和河口生态系在某方面是可以合称为河口沼泽生态系，沼泽生态系最主要的特色就是排