长、党委委员。2002年9月至2004年12月，任北京大学党委常委、副校长兼教务长。2004年12月起，任北京大学党委常委、常务副校长，2004年12月至2011年1月，兼任北京大学教务长。
重庆大学校长.2010年12月，任重庆大学校长。2013年3月26日，重庆大学民主湖论坛上一则名为《重大之殇——讨校长檄》的帖子引发热议，该帖矛头直指林建华推行的改革举措，但其引进高水平资源，加强本科教育，完善校园设施的改革措施却得到重大学生和年轻老师的拥护和赞赏。学校党委副书记肖铁岩、副校长