邪马台国在内乱发生之后可能有将首都向东迁移的情况。而在日本的传说中，也有神武天皇东征神话的记载，这样就得以解释承接邪马台国而兴起的倭政权位于奈良的原因。
琉球说.此说《魏志倭人传》记载邪马台的位置、风土等与琉球相似，而沖绳本岛各间切的名称又与邪马台国地名发音相近，且在琉球出土的一些文物亦与《魏志倭人传》相符，并推断北谷海底遗迹为卑弥唿之城堡，与那国岛海底地形则是补给地。