海东亚（集团）有限公司和上海根宝足球俱乐部基地有限公司共同出资在2005年12月25日成立，由中国着名的上海本土教练徐根宝担任公司董事长和俱乐部主席。由于「打造中国的曼联」一直是徐根宝的口号和奋斗目标，所以球队有时也会被戏称为“中国曼联”。俱乐部是以根宝足球基地作为球队的基础，球员是由原上海根宝足球基地的球员组成。2006年上海东亚首次参加职业联赛，在当年的中国足球乙级联赛取得南区第七名。2007年上海东亚被分到该年中乙联赛的北区。然而东亚以9胜3平2负的成绩取得北区第一名，并在决赛阶段先后战胜安徽