舍的「八角塔」成了学校的的精神象征。同时，马偕博士遗孀张聪明女士将家族拥有的五千余坪土地捐出作为运动场，即今之橄榄球场。1936年起，台湾总督府接管校务。1937年，台湾总督府修改教育法令，认可私立中学之创设，校名因而改为「私立淡水中学校」。同年，有坂一世校长依照让渡协议之约定，开始兴建「马偕博士纪念图书馆」。1947年，二二八事件爆发，在受难的教育人员中，延平学院（现为台北市私立延平高级中学）及淡江中学所属受难教师、行政人员及学生人数最多。1958年，淡江中学与纯德女中合併，改称为「私立淡江高