于新政未能大部分满足武士的要求，而且只重用京都的公卿贵族，故引来武士的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想开幕府，结果足利尊氏迫后醍醐天皇退位。足利尊氏与失势的持明院统及反后醍醐帝的公家势力结合，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，是为北朝。后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝（1334~1392年）终于形成。