政府部门和运输业不协调。为确保安全，九铁事后决定将该段铁路拉直，并于1995年完成改线工程。
1996年8月上水站信号系统失灵.1996年8月下午5时50分，上水站列车信号系统控制室因电路板烧毁，导致电脑信号系统失灵，太和站至罗湖站列车服务停顿25分钟，东铁提供接驳巴士接载乘客往返太和及上水。工程人员估计系统故障可能是受控制室外铜制电线被雷电击中有关。到晚上7时全线服务才恢复正常，约有一万人受影响。九铁事后决定把铜制电缆更换成光纤电缆，但新的光纤系统需要到1998年底才投入使用。