后，嘉靖帝搬出皇宫，到西苑的万寿宫居住，并在万寿宫崇道炼丹。嘉靖四十五年（1566年），嘉靖帝驾崩。此后不到一个月，他修建的大多数道观均遭毁弃，大高玄殿虽获保存，但再无过去兴盛时“炉香缥缈”的景象。
后世沧桑.清朝皇帝最初信奉萨满教，清兵入关后顺治帝又笃信佛教，并重视儒学，而对道教的信仰则远逊于明朝，但也并未排斥。清朝皇帝每逢初一日、十五日照例要到大高玄殿拈香行礼。特别是逢大旱或大涝，皇帝均要在此进行祭天祈雨等活动。清朝康熙年间，大高玄殿因避康熙帝玄烨的名讳，而改称“大高元殿”