1年出任香港民主党研究主任，2007年出任廉政公署调查主任。直到2011年，因民主党前总干事陈家伟被传媒揭发在尖沙咀香槟大厦嫖妓后，辞任总干事，于是，林卓廷重返民主党及接替总干事一职，与时任主席刘慧卿紧密合作。2014年，林卓廷联同工党社区干事赵恩来共同成立「全港业主反贪腐反围标大联盟」，并担任大联盟发言人，更于3月15日发动反围标大游行，抗议政府处理围标问题束手无策，超过500名业主参与。行动引起政府当局高度关注，民政事务局局长曾德成同日透过网志回应业主诉求。林积极跟进私人屋苑维修工程怀疑围标