文21年（1552年），叙任从五位下兵部大辅。以幕臣身份仕于将军义辉。永禄8年（1565年），义辉在永禄之变中被三好三人众和松永久秀杀死，义辉的弟弟一乘院觉庆（后来还俗并改名为足利义昭）亦被幽禁在兴福寺，此时与兄长三渊藤英等人一同将其救出，为了请求近江国的六角义贤、若狭国的武田义统、越前国的朝仓义景等人帮助义昭成为将军而奔走。当时贫穷得连灯笼的油都欠缺，甚至曾在社殿内拿油。后来，通过明智光秀向尾张国的织田信长请求帮助。永禄11年（1568年）9月，信长以义昭臣下的名义进入京都，藤孝亦随之入京。之后从