国空军一架由何子雨上尉驾驶的空军编号2040幻象2000-5EI战机在训练时突然失踪。8日，中华民国国防部召开记者会说明情况，自由亚洲电台记者在记者会上提问飞行员是否可能“投共”，这一说法被台湾部分人士认为是怀疑中华民国国军将士忠诚度。9日，国防部部长冯世宽在立法院接受质询时爆出“他妈的”粗口，并下令「下次我们任何军事会议，不能邀请他」。
该台内部争议.2012年11月初，阿沛·阿旺晋美之子、自由亚洲电台藏语部主任阿沛·晋美突遭解雇。据称，阿沛·晋美遭解雇的原因是其允许自由亚洲电台