货运方面，圣路易斯目前仍为全美第三大铁路货运枢纽。密苏里州出产的大量工农业原料和产品通过铁路运输并经过圣路易斯。常见货运列车装载物品有化肥，碎石，石油，动物产品，食品原料，非金属矿石，谷物，酒精，菸草制品，汽车和汽车零配件。市内主要铁路运营商有联合太平洋铁路，诺福克南方铁路，福斯特·汤生铁路（旧名“啤酒厂铁路”），终端铁路公司，阿弗顿铁路，以及伯灵顿，北方和圣塔菲铁路（BNSF）。终端铁路公司（Terminal Railroad Association of St. Louis，TRRA）为圣路易斯