月13日，中华民国总统府不具名官员指称，马英九政府时期，绕过政府与国民授权，两岸沟通均为「党对党」，矮化了台湾主权，更无法让人民信赖。同日，国民党驳斥，马英九政府时期，无论海崃交流基金会与海崃两岸关系协会的交流协商、或官方业务沟通的渠道，都在法律授权、立法院监督、民意支持的前提下逐一进行；总统府不具名官员的说法，是抹煞海基会、陆委会等事务官致力维系两岸良性互动、增加两岸互信的努力与成果。国民党认为，若是依据蔡英文政府观点，连2010年海崃两岸经济合作架构协议（ECFA）都是「党对党」决策与协商而不符民主机制