权由文部省接管，成为官立学校，1888年更名为东京盲哑学校。1890年，校址迁至指谷町。1909年实现了盲哑分离，拆分设立了东京盲学校，而东京盲哑学校也于次年更名为东京聋哑学校。此后，东京盲学校于1910年迁至杂司谷校址（即现校址）。而东京聋哑学校在太平洋战争中指谷校舍被毁，于1946年搬迁至千叶县市川市。战后日本经历了，为了减少国立学校的数量，东京盲学校与东京聋哑学校都成为了东京教育大学的附属学校。筑波大学成立后，在1975年盲学校改属筑波大学，更名为筑波大学附属盲学校，1978年聋学校也同样成为筑波