括上教堂和下教堂，和安放圣方济各遗体的墓穴，以及附属的修院。对于接近亚西西的人而言，亚西西的圣方济各圣殿是一个与众不同的地标。上教堂的内部是意大利早期哥特式建筑的重要实例。 上下两座教堂装饰以中世纪后期罗马画派和托斯卡纳画派众多画家所作的壁画，包括契马布埃、乔托、西蒙尼·马蒂尼、皮特罗·洛伦泽蒂等、甚至可能包括彼得‧罗卡瓦利尼的作品。这些作品的范围和品质使得这座圣殿成为这一时期意大利艺术发展的重要见证。 1997年9月26日，该教堂受到地震严重破坏，部分拱顶坍塌，关闭2年修复。