期台南州北门郡佳里庄（今 台南市佳里区），为家中第八子。祖父林碧池曾任佳里子龙庙正董事。父亲为台南着名传统汉学诗人林泮（林芹香）。大哥林精镠（战后改名林芳年）为「盐分地带」文学重要作家，曾创作多种作品发表于《文艺台湾》、《台湾文学》等期刊。为「北门七子」之一。林金茎八岁就读佳里兴公学校，公学校毕业后由于受父亲告知日本必战败，遂未继续考中学。昭和十六年（1941年），林金茎考上佳里兴公学校教员，一开始任助教，隔年升「准训导」（正式教师）。昭和十八年（1943年）通过文官考试，任判任官。同年结婚。