行政院会重新提出，执政党则认为审查时再修正即可，双方意见不同，因此造成审查进度停摆。而在休息期间，委员会主席黄昭顺在下午2：27突然宣布延长会议至夜间12点后，又在正常休会时间的下午5：30前回到委员会，宣佈会议继续进行，并与在场的国民党籍立委赖士葆、费鸿泰共同通过前3条条文后宣佈散会，而引发了所谓的「黄三条」争议事件，此一事件引发在野党极大反弹，造成后续审查更加困难。
政治与原产地标示争议.关于自经区政治方面的争议，主要聚焦于自经区特别条例通过后，中国大陆资本登台，可能会使台湾经