伊斯兰教等皆曾在国家内流行过。直至元朝，忽必烈在位时期，其国师八斯巴曾向忽必烈及皇后、皇子等人宣扬佛教，于是佛教取代萨满教在皇宫中的地位，但仅限于蒙古上层统治阶层，民间仍以萨满信仰为主。16世纪下半叶，蒙古土默特部阿拉坦汗（俺答汗）迎进宗喀巴的藏传佛教格鲁派，1578年阿拉坦汗和达赖喇嘛三世索南嘉措青海仰华寺召开法会举行入教仪式。在仪式典礼上索南嘉措被阿拉坦汗封为「圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛」，达赖喇嘛的称号也在此时产生。此后在明清两朝的支持下，藏传佛教逐渐代替了原先萨满教的地位，在蒙古地区兴盛起来，但萨满