结束后，谢琰获授征虏将军、会稽内史。太元十六年（391年），谢琰迁尚书右仆射，领太子詹事，加散骑常侍。太元末年，迁护军将军，加右将军。后会稽王司马道子以其为司马，仍加右将军。隆安二年（398年），青兖二州刺史王恭联同荆州刺史殷仲堪、豫州刺史庾楷及广州刺史桓玄等以讨伐王瑜及司马尚之兄弟为名举兵，司马道子在儿子司马元显主战之下决定将军事交由司马元显处理，并派兵抵抗，谢琰亦获假节、都督前锋军事，与王珣等领兵讨伐王恭。不久司马尚之大败给桓玄，谢琰驻屯宣阳门作守备。司马元显成功策反刘牢之并让他击败并俘获王恭后，在建康