里有许多细菌、真菌，有时甚至有浮游动物生活，它们组成一个稳定的生态系统。这个生态系统的稳定性对口腔内的卫生非常重要。假如这个生态系统被破坏（由于不注意口腔卫生或由于使用抗生素），则往往会导致疾病。比如通过服用抗菌素可以导致真菌泛滥。有些口腔内的炎症（比如龋齿或牙周病）不是由于外部的微生物进入而造成的，而是因为口腔内的平衡被打破，造成一种细菌泛滥而造成。目前已经确定的在口腔内生存的细菌有300多种。最早的细菌于出生时进入口腔。长牙后一般也可以找到产生酸和导致龋齿的链球菌。这种细菌不是口腔内的自然生物，而是