以宪法第57条规定总统身体状况不允许他继续掌管国事时由总理接任为根据，宣布废黜、弹劾和罢免布尔吉巴，本·阿里接掌权力。
身后.2000年4月6日在家乡病逝，葬于莫纳斯提尔布尔吉巴陵寝。布尔吉巴的家乡莫纳斯提尔的莫纳斯提尔哈比卜·布尔吉巴国际机场即以他的名字命名。