报的伏见奉行进入寺田屋抓人。慎藏挥舞长枪应战、让他们从被包围的寺田屋中奇蹟的逃走。他将负伤的龙马隐匿在木材仓库并且单身跑到萨摩藩邸、请求救援而救了龙马一命（寺田屋事件）。关于寺田屋事件的详细情况记载在『三吉慎藏日记抄録』中并且成为司马辽太郎的长编小説『龙马来了』的叙述的史料。3月5日、萨摩军舰・胡蝶丸载着龙马和他的妻子・阿龙、慎藏从大坂出发。慎藏在下关下船并且向长府藩报告整个情势的急转。然后慎藏因为寺田屋事件的功蹟而得到长州藩主・毛利敬亲赏赐的刀、并从长府藩主身上得到二十石的奖赏并且担任同藩目附役。