940年美国国会通过法案才再度建立。1941年，为了遏止日本的扩张行动，罗斯福下令将太平洋舰队移防至珍珠港，但其美国舰队总司令詹姆斯·瑞查生（James O. Richardson）反对因为政治因素让舰队暴露于敌人打击范围内，而后罗斯福将他解职，由哈斯本·金梅尔继任，之后日本偷袭珍珠港，将太平洋舰队除了航空母舰外的绝大部分兵力毁灭，但最终美军仍重组了太平洋舰队，并打败日军。1945年后，太平洋舰队陆续参与了韩战、越战和台湾海崃危机等诸多战事，截至2011年，太平洋舰队以第3舰队与第7舰队为核心兵力。