遂名之为“崇清”。许崇清八岁时，其父病重并去世，家道中落。其母为偏室，遂更无力抚养。12岁时（光绪26年）被送往湖北武昌姑丈冯启钧家寄养，并于教会学校读书，直到1905年（光绪31年）以官费留学日本，入学习。其间，由宋教仁介绍加入中国同盟会。1911年（宣统3年），辛亥革命爆发，许崇清休学归国，参加辛亥革命。翌年，回到日本复学。中学毕业后，入东京帝国大学文学部，毕业后入研究院继续研究。许崇清最初专攻哲学，后转向社会学，进而对教育哲学产生兴趣。留日十五年，他对自然科学、哲学和教育学都做了广泛的研究，更掌握了日