禁用。在爱沙尼亚独立日，1940年6月21日，国旗在爱沙尼亚象征的塔林赫尔曼塔上降下。次日，一面红旗被升起来。在7月27日，三色旗完全消失，改升爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国国旗。
德国占领时期.在1941年到1944年，爱沙尼亚被德国统治，三色旗作为爱沙尼亚民族旗帜，但并非国旗。德军在1944年9月从塔林撤退后，红旗被再次升起。 
第二次苏联统治时期.当红军于9月22日回来后，首先把红旗加进爱沙尼亚旗帜之中。不久，三色旗再次完全消失。这时，三色旗仍然为非