在浦东大道141号2号楼挂牌成立，为上海市人民政府的派出机构。2000年8月6日，上海市浦东新区人民政府成立，浦东新区管理委员会不再行使其职能。2000年8月8日，浦东新区人民政府在浦东大道141号挂牌；同年9月30日迁入花木街道世纪大道2001号世纪广场办公。2009年10月9日，浦东新区人民政府成山路办公楼在成山路820号正式启用，入驻办公的部门有审计局、环保局、卫生局、司法局、民政局、科委等。2015年4月27日，为配合上海自贸区扩区的建设，中国（上海）自由贸易试验区管理委员会与上海市浦东新区