是当年智者大师释讲《法华经》之所，应当重建，不宜令其荒废。太祖听了就下令在金凌选址重建，以保存瓦官寺的史蹟。洪武五年（1372年），于钟山建水陆大法会，命师说毘尼戒，太祖亲自率文武百官前往听法，法会结束返回上天竺寺后便卸除寺中职务，专修弥陀忏法净业。洪武十二年（1379年）七月，一日梦中见到池中青色莲花芬芳袭人，醒来后对大众说：「吾生净土之祥见矣，于人间世殆不远乎。」四天后，结跏趺坐合掌圆寂，世寿八十九岁，僧腊七十三岁，十日后全身供奉于上天竺寺西峰的妙应塔。