旁边有口开凿在岩石上的井。米琼日寺平面呈长方形，三面是女尼修行的扎仓。楼有三层，外面为走廊，摆着花盘，晾晒着衣物。一层有厨房、仓库以及一个小卖部。二、三层是住处。院子正中为一栋两层的经堂，其中一层是念经之所，可以容纳20多人念经，中间供奉观音菩萨及宗喀巴等祖师像，二层供奉各种神位。屋顶是连通的平台，人们可在上面活动。