1952年1月正式投入运营。当时凭祥站设有准轨7股、套轨2股、货物线2股，另建有基本站台、货物站台以及机务折返段等设施。1954年起车站修建下行线路延伸至睦南关的米轨铁路，由柳州铁路局与中国交通公司共同施工，当年12月完成。1955年3月1日与越南河同铁路接轨，6月至7月铁路部门又对凭祥站进行扩建：增建米轨1股、危险品换装线准、米轨各1股、汽油换装线1股以为即将开始的中越国际联运进行准备。1955年8月1日中越间正式开始国际联运业务。
南迁及扩建.1955年苏联援华专家在凭祥考察