满、汉、蒙古、西蕃合璧大藏全咒十套，西蕃首楞严经一份，维摩诘所说大乘经全部”赐给寺僧。嘉庆二十一年（1816年），再次修缮白塔。妙应寺经清朝三代修缮，只有意珠心境殿和七佛宝殿中间“工”字形的殿基是明朝的，其余殿堂建筑可能都是清朝更新的。清朝妙应寺为藏传佛教格鲁派寺院，驻有喇嘛。从清朝起，在妙应寺中还兴起转塔的习俗，以每年农历六月四日（释迦牟尼初传法日）、十月二十五日（传说是白塔落成日）的转塔活动规模最大。清朝转塔多在前一天夜里，到中华民国时期则改为当天白天。喇嘛绕白塔三周，颂经奏乐，众人围在外面观看，摩