后者主要衍生自少量的维生素和其他有机必需营养素。一个不含辅因子的酶称为脱辅基酶（apoenzyme），脱辅基酶加上辅因子并产生完整作用时，称为全酶（holoenzyme）：金属离子是常见的辅因子，这些金属离子反映在生物必须的微量元素名单当中。例如钙、镁、锰、铁、钴、镍、铜、锌与钼等。除了这些无机化学物之外，辅因子也包括一些有机物质，例如血红蛋白中与铁结合的血红素。另外有些维生素也可作为辅因子，如维生素C；或是辅因子的前趋物，如维生素B。
分类.辅因子可分为两大类：有机辅