《汉书》记载，祁连山“在张掖、酒泉二界上，有松柏五木，荚水萆，冬温夏凉，宜畜牧。”有青鹿、马鹿、猞猁、雪鸡、野驴、雪豹等动物出没，有万宝山之誉。西汉时霍去病出临洮，扫荡匈奴后，匈奴发出悲歌：“亡我祁连山，使我六畜不蕃息；失我焉支山，使我嫁妇无颜色”。唐代诗人李白的“明月出天山，苍茫云海间；长风几万里，吹度玉门关。”中之“天山”即指祁连山。根据史书记载，直至唐朝，祁连山地区都有广泛的森林分布。到明清时期，祁连山区成为甘肃省最主要的森林分布地区。而在中华民国大陆时期，祁连山林区保护则取得一定进展。重庆国民政府于