1年升任珍岛郡守，未赴任就升任加里浦佥节制使。丰臣秀吉入侵朝鲜前夕，时任右议政柳成龙举荐李舜臣任全罗左道水军节度使、加封折冲将军。他改制的龟甲船能攻能防，在近海抵御日本海军的海战中发挥了重要作用。1592年，时任日本关白的丰臣秀吉征伐朝鲜，李舜臣带领朝鲜龟船舰队在玉浦、唐项浦、泗川、闲山岛、釜山等地抵抗日军。后因谗言一度下狱。1597年，日本出动14万兵力，水陆并进入侵朝鲜。李舜臣被再次起用，出任。在鸣梁海峡双方兵力悬殊的情况下取得胜利。他率朝鲜官兵御敌，反抗日军。1598年，他和明朝水师提督陈璘和副总