从皇太极围攻永平，与济尔哈朗邀斩叛将刘兴祚。阿巴泰跟从皇太极至蓟州，明兵五千人自山海关赶至，阿巴泰等奋战攻击，歼其叛将刘兴祚。再命阿巴泰守永平。明兵攻打滦州，阿巴泰偕同萨哈璘开赴救援，明兵引退后亦撒退。天聪五年（1631年）七月，清朝初设六部，命其掌工部事。同年阿巴泰跟从皇太极围攻大凌河，正黄旗围北之西，镶黄旗围北之东，阿巴泰率巴牙喇兵为策应。祖大寿出降，阿巴泰偕同德格类、多尔衮、岳託以兵四千易服汉装，从祖大寿夜袭锦州，二更行，炮发不绝声。锦州人听到后，谓大凌河兵逃逸，争出相应逃兵，阿巴泰纵师出击，斩馘