1985年前，马来西亚的最高法院为英国枢密院，而如今为马来西亚联邦法庭，马来西亚联邦法院为联邦最高法院，有权向国会的立法或政府的决策提出异议或要求予以解释的司法案件作出裁决，审理宪法和宪制案件的诉案。其次是上诉庭，两个高等法庭（一个在马来西亚半岛，一个在东马）。各个司法管辖区的下属法院包括仲裁法庭，裁判法庭和儿童法庭。此外，马来西亚还设有两个特别法庭，分别是负责审理由皇室提起或反对的所有案件，以及负责审理所有触犯穆斯林事务法的穆斯林的案件。
州政府.州政府的运作则需奉行立法权和行政