营养方式也是真核生物中变异最大的，有些为自营，有些为异营，还有些为混合营养的，可行光合作用和异养。也可以根据类似的分类进行分类：
原生生物.真核生物除动物、植物、真菌三界之外统称原生生物，爲併系群。註：以上真核生物列表不完全，尚包括有其他一些未归类原生生物。