近江坂本（现滋贺县大津市内），最终澄元重新掌权。在5月，高国结集大军反攻京都，澄元和之长未能及时召集兵马，最终之长在中战败被俘，及后被勒令自杀，澄元则逃至摄津，澄元领导的政权在不过数月的情况下便就如灭亡。由于失意而病倒的澄元，再次遭到高国的攻击而逃往播磨，最终在永正17年（1520年）6月10日于阿波死去，享年32岁。
子孙.澄元死后，其长子细川晴元继任家督，并且于三好之长之孙三好元长再度登陆畿内，虽然成功击败高国，但是在与高国养子，政贤的义孙的战斗中，元长之子三好长庆倒戈而败