决定设立机构。2003年10月1日，独立行政法人铁道建设、运输设施整备支援机构成立，日本铁道建设公团与运输设施整备事业团解散。前身日本铁道建设公团进行的铁道建设工程由机构铁道建设本部接手，之后完成横滨高速铁道港未来线、九州新干线（新八代 -鹿儿岛中央）等工程。2005年开始北海道新干线、2006年开始北陆新干线（富山 - 金泽间）建设工程。除了既有事业，也接受自治体等委託进行调查业务与建设业务，以及中央新干线工程等，展现了政府机关的技术力与知识。机构前身的运输设施整备事业团所进行的高速船1号船