人格奥尔基·甘契夫的最高票，并在决胜一轮中以59.73%的选票击败马拉佐夫，赢得大选。1997年1月19日他宣誓就任保加利亚共和国第2任总统，任期5年。2001年总统大选斯托扬诺夫再度出征，第一轮获得34.9%的支持，落后拥有36.3%票数的格奥尔基·珀尔瓦诺夫、居次位作收，最后亦以46.7%对53.3%在第二轮败给珀尔瓦诺夫。卸下总统一职后，斯托扬诺夫曾避开媒体，沉寂了一段时间。2004年9月斯托扬诺夫担任欧安组织摩尔多瓦特使，2005年回归政治活动，当选为第40届国民议会议员，他是欧洲一体化委员