座计划，此前也没有太空飞行经历。替补机组人员包括指令长皮特·康拉德、指令舱驾驶员理查德·戈尔登和登月舱驾驶员艾伦·宾，他们之后成为1969年11月阿波罗12号的主机组人员。阿波罗九号的支持团队包括斯图尔特·罗萨、杰克·洛斯马、艾德加·米切尔和阿尔弗莱德·沃尔登，其中洛斯马是在弗莱德·海斯成为阿波罗八号替补登月舱驾驶员后加入阿波罗九号支持团队，海斯则是迈克尔·科林斯因接受骨刺治疗退出阿波罗八号主机组后调动的宇航员。本次任务的飞行指导包括：吉恩·克兰兹（，第一班）、格里·格里芬（，第二班）和皮特·弗兰克