调填防旅顺，直接受北洋大臣节制。毅军在旅顺一驻就是十多年。至甲午战前毅军有九营一哨兵力，宋庆加太子少保、尚书衔。毅军虽非李鸿章嫡系淮军，但受命专守北洋要港旅顺，足见其名声、战力不容小觑。
甲午战争.1894年中日甲午战争中，奉李鸿章之命赴九连城，代替叶志超任前方各军统领，因不能号令诸将，军队散乱无纪，导致旅顺失陷。后又辅佐刘坤一守营口，再次被日军所败，丢失了辽河以东的大片领土，受革职留任处分。
武卫左军.1898年毅军改称武卫左军，驻屯锦州，1900年