结构的研究今天普遍认同过去属于独立的门的五口纲动物也属于甲壳亚门。甲壳亚门内部的分类和亲属关系还不很清楚而且争论很大。最近数年中新的发现和研究使这个领域动荡非常大。比如过去的枝角目现在被分为多个目，等等。目前大多数专家将甲壳亚门分为五个纲，但对鳃足纲和甲壳纲的争议还很大。许多学者认为甲壳纲实际上是收集了所有无法分到其他四个纲中的动物，实际上不是一个真正的纲。传统上，甲殻亚门包括下列各个纲：然而，现时颚足纲已被确认并非单系群，这个纲被分拆，其成员与介形纲及软甲纲重新组合成为寡甲总纲（Oligo