1936年初，章乃器参与发起上海各界救国会，后又参与组织全国各界救国联合会，是该会领导人之一。1936年11月23日凌晨，国民党当局在日本政府压力下，以“危害民国罪”逮捕救国会领导人沈钧儒、章乃器、沙千里、邹韬奋、王造时、李公朴、史良7人，是为“七君子事件”。事件激起中国舆论愤慨，中共中央也发表宣言抗议。1937年七七事变后，“七君子”获释出狱。
抗日战争.抗日战争爆发后，1938年3月，章乃器应第五战区司令长官兼安徽省政府主席李宗仁邀请，出任安徽省财政厅厅长。当时因为抗日战争