澳门政府在相关议题的处理手法备受批评，事件亦导致联合国教文科组织世遗委员会关注以及介入调查，并且对澳门当局作出警告，亦有民间声音批评中联办带头破坏世界文化遗产。2007年，澳门居民致函联合国教科文组织，指出包括中联办大楼在内的相关工程破坏世界遗产东望洋灯塔的景观，教科文组织随后向澳门政府发出警告，前澳门特首何厚铧后来签署第83/2008号行政长官批示（俗称「限高批示」），限制东望洋灯塔周边兴建的楼宇的高度。中联办在被抗议后作出让步，将原计划的99.9米降低至88米高，然而客观结果是灯塔的景观一样被严重破