了国内外学术界（如洛克菲勒基金会、国际太平洋学会等）、国民政府以及金城银行、久大精盐、永利碱厂等工商农等社会各界的支持与帮助。然而1949年以后，由于何廉、方显廷等南开经济研究所创始人曾在国民政府担任职务并在政权更替后移居国外，而研究所曾接受过美国洛克菲勒基金会的资助并与国民政府关系密切，南开大学经济研究所曾长期遭受政治上的冷遇。在1986年之前，中国大陆的绝大多数学术期刊不敢登与南开大学经济研究所有关的近代经济史的文章。1980年代开始，南开大学经济研究所承担了计划价格形成问题的相关国家重点课题，并牵头组