7月，任行政院政务委员，「不管部长」。1958年，出任行政院政务委员。8月20日，蒋经国下令金门、马祖岛上驻军向福建沿海炮击。8月23日下午6时30分，解放军向金门、马祖两岛发炮还击。起初，「共军十小时内，发炮弹五万七千余发。」金门防卫司令部副长官赵家骧、吉星文、章杰重伤身亡。在炮火激烈中第五天，蒋经国冒险乘兵舰至金门，带去犒军月饼，抚慰军民之心。蒋经国乘坐「一叶」蛙人攻击舟前往小金门。9月，蒋介石命蒋经国副秘书长飞临金门，转达重要指示并慰问前线官兵。蒋经国一生曾经访问金门123次，在金门停留过352天