调任第十八军军长。1949年10月，高氏戍守金门，是国军于「古宁头战役」战胜关键人物。后任台北防卫区副司令、军长。1955年，任陆军总司令部政战主任兼行政院反共义士辅导处副处长，辅导总队总队长。1957年，任陆军总司令部副总司令。1961年，任国防部总政战部主任。1965年，蒋介石明令以高魁元为陆军总司令。
晚年经历.1967年，任国防部参谋总长，晋升陆军一级上将。1970年，任总统府参军长。1973年，蒋经国出任第9任行政院长后，再将临退的高魁元找回，担任行政院政务委员，