脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。综观1645－1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。张献忠于1646年战死后，以其义子孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇等人为主的大西军残部自1647年进佔云南、贵州二省。1652年，南明永历政权接受孙可望和李定国的建议联合抗清建议，定都安龙。不久，以大西军余部为主体