波斯后，他指派波斯将军阿特罗巴特斯担任当地的统治者，阿特罗巴特斯最终开创了一个独立的王朝。这个称为阿特罗帕特尼王国或米底·阿特罗帕特尼的地区引起了不少争端。在公元前2世纪，安息帝国的米特里达梯一世使伊朗阿塞拜疆摆脱了塞琉古帝国的统治，后来伊朗阿塞拜疆在萨珊王朝阿尔达希尔一世统治时期成为了王朝的一个省份。在萨珊王朝统治下，这个地区由法鲁卡-霍姆兹德家族管治。拜占庭皇帝希拉克略在7世纪短暂控制着这个地区，直到与萨珊王朝和解。到伊斯兰征服波斯后，阿拉伯侵略者使伊朗阿塞拜疆的大部分人民皈依伊斯兰教，这个地区也成为了