组蛋白甲基转移酶（，简称为HMT）是包括组蛋白-赖氨酸"N"-甲基转移酶与组蛋白-精氨酸"N"-甲基转移酶在内的是一大类组蛋白修饰酶类，它们催化将一个、两个或三个甲基转移到组蛋白的赖氨酸或精氨酸残基上。被添加上的甲基基团主要位于组蛋白H3和H4的特定赖氨酸或精氨酸上。
种类.赖氨酸特异性组蛋白甲基转移酶类可被细分为含SET结构域的和不含SET结构域的两类。顾名思义，它们之间的区别在于存不存在SET这样一种结构域。人类基因所编码的具有组蛋白甲基转移酶活性的蛋白质包括：Sect