该书室是当时马湾唯一及不可缺少的学校，当时有学生从阴澳乘坐小艇前来上学。为了应付在马湾不断增加的学生人数，于1956年，位于芳园书室西面兴建了一座乡村学校──马湾公立芳园学校；旧校别称大芳园，新校别称小芳园。时任行政长官透过《2007至2008年度香港行政长官施政报告》宣佈，计划拨款10亿港元以活化7幢香港历史建筑，当中包括芳园书室。2009年年初，圆玄学院社会服务部申请租用芳园书室，耗资逾8百万港元将其活化成为旅游及中国文化中心暨马湾水陆居民博物馆。到2017年1月1日因人流稀少而停止营运，由