4年，其以行政院长兼任陈水扁全国竞总主任委员，辅助陈吕顺利当选连任。陈吕组合的得票率从2000年的39.3%大幅提昇至2004的50.1%，游内阁的良好施政表现被认为是其中之重要因素。
民进党主席.2005年12月，民进党主席苏贞昌因县市长三合一选举败选而辞职以示负责。游钖堃宣佈辞去总统府秘书长，参选补选的民进党主席。2006年1月15日，民进党第11届第二次主席补选结果揭晓，游钖堃以25,397票压倒蔡同荣的16,846票和翁金珠的4,406票，当选民进党主席。2007年9月2