弱了教士和俗民之间的联系，使摩尼教由一种外侵力变成一种吸引力。有了僧侣聚居隐修的寺院，摩尼教又成为一个坐而论道的宗教了，这使该教开始赢得好名声。就在这个时期，有名儒家学者为了成为隐士而改宗了摩尼教。流传入民间下层的摩尼教则进一步发展，最终与白莲教、弥勒教等秘密宗教相互结合，产生了元末的农民起义。
明.在元末的农民起义中，宗教异端发挥了极其重要的作用。韩山童等人以红巾裹头，以白莲教、弥勒教为旗帜，自称红巾军。朱元璋曾经加入“小明王”韩林儿的宋国为左副元帅，1364年封吴王，136