后西藏的政务基本依照此章程行事。
驻藏大臣的权力削弱（1846-1911）.1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行，其中放弃对商上财政的审核权、奏罢训练藏军成例，削弱了此后驻藏大臣的权力，《清史稿》等说使清朝丧失了对西藏的财权和兵权。
英国影响与清廷回应（1888-1911）.1888年（光绪十四年），由于藏钖边界纠纷引发隆吐山战役，藏军战败。1890年3月17日，中英二国在印度的加尔各答签订《中英藏印条约》，中方代表是