4年（民国十三年）1月12日，孙宝琦被任命为国务总理，1月15日孙宝琦内阁就职。1924年，孙宝琦还兼任外交委员会委员长。任内，孙宝琦提出「奉行宪法」、「和平统一」的施政方针，同苏联建立了外交关系，向德国索赔成功。同年7月2日，因与曹锟的嫡系、财政总长王克敏不和，提出辞职。由外交总长顾维钧代理国务总理。1925年（民国十四年）2月，孙宝琦被段祺瑞任命为淞沪商埠督办。同年8月，被任命为驻苏联大使，但未就任。1926年（民国15年），任中法大学董事长。1931年（民国二十年）2月3日，孙宝琦在上海逝世，