事前无充分资料，侦讯人员无法据以指证案情，讯供结果，酿成移送保安司令部复审时，几全部翻供」，与办案时「积极企求扩大」、「以行动代替侦查」、「以侦讯循线索」等评语，显示办案当局也承认本案「侦察上未能善尽其事」，过程有许多疏失。胡适曾说「沈案是千古奇冤」，孙立人也曾说「沈镇南这个人，连走路都怕踩到蚂蚁；那些特务硬说他是匪谍，活活把他害死」。学者程玉凤认为，1949年8月时无人知晓孙越崎已暗中投共，沈镇南与老长官孙越崎见面并非罪过，而所谓的「加紧产糖、使台糖铁道运转灵活、维修台糖破旧车辆设备、提高员工待遇」等均为