猩猩发生分化，而前者的基因种群也因为距今7.5万年前多峇湖火山喷发而与后者更加隔离。他们间偶发性的接触也在距今1万到2万年前停止。 对比婆罗洲猩猩与苏门达腊猩猩在距今约67万年前的分化，打巴奴里猩猩与苏门达腊猩猩的分化要更加早。其原因是因为苏门达腊岛与婆罗洲岛在最近的大陆冰川期相连并构成巽他古陆的一部分。