湾清治末期至日治初期，鹿寮地区为一街庄，称为「鹿藔庄」，隶属于白沙墩堡。该庄北与粪箕湖庄、过港庄为邻，东边及南边东段与旧庄为邻，南边中央偏西段为内藔庄，南边西段及西边为客仔厝庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「元长区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，元长区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「鹿寮」大字，隶属于台南州北