再次受到严重打击，身为学者的他被连战委以重任。时与同为台湾人并担任法务部长的马英九并称，刘马两人更一直维持着君子之交。由于学者严谨不阿的性格，任内多起工程与财团对立，任内（1993-1996）完成电信三法修法，成功推动电信自由化，引进美国最大的空运物流UPS及联邦快递来台营运，宣布高雄港境外辖运(货船)，这些重要政策的落实为亚太营运中心的国策奠基。不过，此后台湾两岸政策转向戒急用忍，电信自由化惠及国内，其他两项政策就成效减少了。国民党赢得1996年总统选举后，在立法院只是仅仅过半，有不少民代要求不容易妥协的