权外重内轻，朝廷控制力弱，不少藩镇心怀野心，先后发生了王敦之乱、苏峻之乱及桓温专政。虽然部分士族当权者有恢复之心，前后发动几次北伐，但是朝廷担心野心家借此扩张势力，大多消极支持。383年，前秦出动举国之师，意图灭亡东晋。面对亡国之祸，东晋君臣一心，凭借淝水之战奠定胜局。谢玄等将领乘胜追击，成功的收复大批失土，致使前秦崩解，引发了北方军事和政治格局的变化。然而，东晋后期又发生朋党相争及桓玄作乱。平民负担沉重，又发生孙卢之乱。谯纵亦据蜀地自立。最后刘裕崛起，平定诸乱，凭借军事力量夺得帝位，建国号「宋」，是为宋武