菲两国会在教育、农渔业、制造业方面有更进一步的交流合作。2017年11月10日，总统府资政宋楚瑜代表总统蔡英文率团前往越南岘港参加亚太经济合作会议领导人非正式会议，并与菲律宾总统杜特蒂握手寒暄。2019年8月15日，菲律宾丹辘级船坞登陆舰开启自动识别系统由北向南通过台湾海崃。中华民国国防部指出，此为自由航行，依规定监侦掌握并无异状。2020年2月11日，对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，宣布除菲律宾公民及持有菲律宾永久居留权者，均禁止两岸四地的旅客入境，同时禁止菲律宾民众前往。在公文中提到，