车站，第一代的保津崃车站其实是目前由嵯峨野观光铁道所经营的小火车保津崃车站（）。1989年时嵯峨—马堀间的山阴本线切换至为了改善线型并全线复线化而修筑新线，并在离原旧线保津崃车站不远处设置本站。两站之间直线距离只有500公尺，但沿着旧山阴本线（今日的嵯峨野观光线）轨道旁修筑的联络道路并不开放给一般旅客使用，因此得绕路保津川北岸迂回至新站。由于车站是设在狭窄的河谷里面，腹地有限，保津崃车站的月台直接就修筑在隧道与隧道之间的跨河桥樑上，成为名副其实的「桥上车站」。车站出入口设置在往龟冈的方向，而月台在京都方