13.0公里长的火车渡轮航线（Train Ferry，日文中称唿为「航路」），与相关的公车路线事业。与JR四国、JR九州同样，经营北海道这种偏远地区的公共运输事业，使得JR北海道先天的营运基础就很薄弱。为了解决这问题，特别成立了独立行政法人铁道建设、运输设施整备支援机构国铁清算事业本部（设置当时原称），由该单位100%拥有JR北海道的股份，而成为股票没有上市的特殊营运事业体。在接手之后，JR北海道进行了大规模的路线整顿，包括将所有特定地方交通线在内、共806.1公里长的9条铁路线废止，与新增2条共90.