推迟当地征兵实行，遭情治单位逮捕讯问，并随后移送台北。纪神父在闻讯后赶至台北，进入审讯现场向有关人员恳求释放林新羽。 1970年3月9日，纪神父自台东乘夜车陪同数位鹿野阿美族女性前往西部地区学习家政技艺；10日凌晨，他所搭乘的计程车在台南县新营镇冲撞路树，他在送医急救不久后被宣告死亡。当消息传回台东时，兰屿许多民众前往红头天主堂为他祷告，兰屿政府机关降半旗以表哀悼。三天后，他的遗体被运回台东马兰天主堂举行殡葬弥撒，台东县长黄镜峰到场致意。他被下葬于台东县成功镇小马天主堂。 
纪念