赴台湾，途经舟山群岛附近海域时，与自台湾基隆返航的建元号客轮相撞，太平号轮船沉没，叶秀峯之子失踪。叶秀峯派人派船前往营救，并请求蒋介石命空军派飞机搜寻，但未能找到其子及家财。
撤往台湾.民国三十六年（1947年），叶秀峯在原籍江苏省江都县当选为第一届国民大会代表。后来曾任国民大会主席团主席。1948年底，国军在中国各战场接连失败，叶秀峯决定党通局（1947年，中统局更名为“党员通讯局”，简称“党通局”）部分机构先行撤往贵阳。此后，叶秀峯以养病为由，居住在上海。1949年1月25