结构是造成发色团吸收光谱特定范围波长的因素。增长或是增加越多不饱和(多)键于共轭系统中会趋向吸收较长波长的光。而在含共轭系统的有机化合物中能用伍德沃德规则来估算 紫外光-可见光 的最大吸收波长。 某些会与金属构成复合体并且与配体形成配位复合物，像是叶绿素(植物用来行光合作用的色素)与血红蛋白 (嵴椎动物里用来携带氧气的蛋白质). 在这两个例子里,金属位于中心的卟啉环: 金属铁在血红蛋白的血基质中,金属镁在叶绿素中。在高度共轭π键系统下的卟啉环会吸收可见光，位于中心金属的特性也可能影响金属卟啉复合物的吸收