盾的加剧，吐蕃王朝在九世纪下半叶崩溃；藏区进入了四百年的分裂时期。分裂时期没有统一的政权, 各部落群雄割据、互不相属。13世纪初，强悍的蒙古族在北方兴起，成立蒙古帝国。从13世纪中叶开始，蒙古大军开始与西藏有接触。藏传佛教的萨迦派八思巴在与蒙古王子忽必烈（即后来的元世祖）会晤后，使忽必烈对佛法产生虔诚的信仰。忽必烈即位后建立了元朝，并设立宣政院（初为总制院）掌管西藏事务，由八思巴负责，由此建立了统一西藏的政教合一政权，开始了各教派统治时期。由于元世祖及其后的元朝皇帝的大力支持，宣政院的职权一直由萨迦派所