尔根奇市建城于18世纪中叶，并非中亚古国花剌子模沙朝的旧都乌尔根奇（又译作玉龙杰赤）。历史上的乌尔根奇位于阿姆河畔，在西元10世纪时，乌尔根奇是花剌子模地区最大的城市，也是丝路在中亚地区最大的交易都市。12世纪时，花剌子模王国兴起，乌尔根奇成为该国的首都，但是到了阿拉乌丁·摩诃末苏丹时期，因为政治上的因素，而将帝国首都由乌尔根奇迁到河中的撒马尔罕。西元1220年，成吉思汗派遣朮赤与察合台两人进攻乌尔根奇（即玉龙杰赤之役），由于朮赤与察合台两人意见不合，加上守城的康里人抵抗异常顽强，乌尔根奇一直到了隔