比较常见的进入方法之外，蝙蝠洞还有另外两个秘密入口。其一通常位于瀑布、池塘、全息图或伪装门之后，这条通道主要用于蝙蝠车的进出；其二则是布鲁斯·韦恩发现蝙蝠洞的那个枯井，这条通道在《》系列故事中被强调。其中的某次，当尚-保罗·范雷窃取蝙蝠侠身份的时候，蒂姆·德雷克和迪克·格雷森就被他锁在蝙蝠洞之外，因此他们通过枯井这个入口进入蝙蝠洞。布鲁斯·韦恩也利用这条通道进入蝙蝠洞，然后与陷入疯狂的范雷展开了蝙蝠侠头衔争夺战。范雷被韦恩诱入到一条狭窄的隧道里，从而迫使范雷解除了身上穿着的由他开发的大型战甲，紧接着韦恩就逼