被借调到中共中央书记处研究室工作。1983年到1994年，任中央军委办公厅副团至正师职秘书（王震的秘书）。1994年至1998年，任中国人民解放军军事医学科学院副院长兼纪委书记。1997年，获授中国人民解放军少将军衔。其间，1995年至1997年，在中共中央党校科学社会主义专业研究生班学习并毕业；1997年至1998年，在国防大学基本系指挥员班学习。1998年10月至2013年7月，李慎明担任中国社会科学院副院长。2000年6月起，兼任中国社会科学院党组副书记。2001年至2008年，兼任中国社会科学院