问题包括大规模森林开伐（大多数为非法）、森林大火引发遍及西印度尼西亚、马来西亚、新加坡的霾害、过度捕捞海洋资源等；快速都市化及经济发展造成空气污染、交通堵塞、水资源、垃圾及废水处理等问题。森林砍伐及泥炭地破坏使印度尼西亚成为世界温室气体排放第三大国。栖息地破坏威胁到原生及特有种生物生存，包括国际自然保护联盟认定的140种哺乳类动物，15种极危物种受到威胁，包括长冠八哥、苏门达腊猩猩、爪哇犀牛等。种植棕榈为森林开伐的主因，约有1800万公顷的土地由森林改种种棕榈，种植棕榈需重新分配土地并改变当地自然生态，但正