然而，耶尔辛先一步确定鼠疫和鼠疫桿菌的关系。这个细菌原被称为鼠疫巴斯德氏桿菌（"Pasteurella pestis"），后来被重新命名为鼠疫耶尔辛氏桿菌（"Yersinia pestis"）。
宿主.正常情况下，鼠疫桿菌只会在跳蚤和啮齿类身上发现。靠着这两种宿主，鼠疫桿菌能从森林散播到都市中。然而，并不是每一种啮齿类都能携带鼠疫桿菌，不同的物种有不同的适应性。
致病.鼠疫桿菌之所以会有这么强的致病力，是因为它能抵御白血球的吞噬作用。