办的基督全能者修道院老伊萨克·科穆宁（约翰二世的弟弟）在斗争中也支持伊萨克，被约翰逮捕。尽管首都的不少人都认为伊萨克更适合继承皇位，但他只能被迫放弃。曼努埃尔于6月27日抵达首都，他认为自己已经足够安全，就释放了伊萨克。两兄弟之后仍然关系紧张，伊萨克是普世牧首的坚定支持者，1146、1147年之际，有人指控后者密谋拥立伊萨克，于是曼努埃尔在1147年2月废黜了这位牧首。
与皇帝的冲突.1145-1146年，伊萨克与一起作为指挥官参加了曼努埃尔一世进攻罗姆苏丹国首都以哥念（今科尼亚）