军败兵退回纽约州，认为议会应该任命自己为加拿大方面军队的总司令，不料议会却选择了霍雷肖·盖茨出任。沙利文愤而向菲力·斯凯勒称自己打算向费城辞职，但最后在约翰·汉考克等人挽留下打消主意，而议会不久也派他到纽约市协助华盛顿作战。沙利文在1776年8月的长岛会战暂代生病的弥敦内尔·格连指挥部队，并且奋勇作战，但他却被黑森僱佣兵俘虏，而随后发生的事件更令到沙利文与议会之间出现裂痕。当时北美英军总司令威廉·何奥厚待沙利文和斯特灵勋爵两名战俘，然后将沙利文假释，但又要求他向大陆议会传话。何奥声称英国政府已经授权他与