长官董建华于2002年7月1日实施主要官员问责制，除行政长官及行政会议外，香港政府由三层架构组成：第一层是司长，即政务司司长、财政司司长和律政司司长，均是行政长官的首席顾问，负责制订香港政府最主要的政策；第二层是决策局，负责制订、统筹及检讨特订范畴，如公共卫生、运输及治安等政策，和监督属下执行部门；2007年7月1日起，决策局重新组织，加入发展局及改组其他决策局，决策局总共增加至13个；第三层是部门，是政府政策的执行部门，大多以署或处为名。
立法.香港立法机构是立法会，每届任期4年