日台南地方法院的前身可追溯至日治时期，1895年日本领台后，开始着手将西方司法制度引入。原先系将包括台南县的三县一厅之司法事务交由各该地方行政机关掌理；不久因台湾抗日活动有愈演愈烈之势，日本遂对台湾全岛施行军政至1896年3月31日止。在军政期间，台湾总督府曾于1895年10月7日，以军事命令发布「台湾总督府法院职制」。依据该命令，台湾除设置总督法院外，另设11个支部，台湾总督府法院台南支部是其一，此即今日台南地方法院的前身。值得一提的是，上开命令之所以用「法院」而不以日本本土惯用之「裁判所」称唿审判