余懋学（），字行之，南直隶婺源县（今属江西省）人。明朝政治人物。
生平.应天府乡试第三十一名举人。隆庆二年（1568年）中式戊辰科进士。授抚州府推官，擢南京户科给事中。万历三年，张居正以考成法为依据，将未完成既定事务的凤阳巡抚王宗沐，广东巡抚张守约等停俸禄三月。余懋学上书反对，认为考成法“政严则苛，法密则扰，非所以培元气存大体也”。神宗斥其“假借惇大之说，邀买人心，阴坏朝政。”将余懋学“革职为民，永不叙用。”居正死，起懋学故官，奏夺成国公朱希忠王爵，请召还光禄少卿岳相、给事中魏时亮