编制几乎为警察人员担任，亦有自国家考试文职人员分发、财政部关务署或行政院农业委员会调任者，仅少数因有航海、轮机牌照而至巡防舰上职务历练者，还有随近岸巡防艇移拨至分署之人员与派驻于分署本部之海洋委员会海巡署警卫队第七中队为军职人员。值得一提的是，海洋委员会海巡署整体巡防舰、船、艇全都配置于海巡队、机动海巡队及直属船队，皆是舰队分署所辖，辖区为所有中华民国领海，执勤范围是海巡署所属8个分署中最大者，而所有舰、船、艇属性为公务船而非军舰。
沿革.2000年，行政院结合内政部警政署水上