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沟通.生活在浅海中的鱼在集群时会观察反射光。与之相似，人们认为深海鱼利用生物发光维持集群。在中层带集群的灯笼鱼科，除为反照明而在腹部具有发光器，头部和尾部也有发光器。发光器的大小，位置和数目显示两性异形，可能用于两性沟通。巨口鱼科雄鱼的眼后发光器通常比雌性大。
防御.巨口鱼科所属的一些深海鱼能够发出强烈的防御性闪光，强度甚至可以使掠食者昏厥。水珍鱼目管肩鱼科成员从鳃下分泌发光液，被认为充当吸引捕食者的替身。
生态.深海鱼类的生