1998年进入一线队，在涅波姆尼亚奇执教期间坐稳了主力位置，并成为了队长。2004年赛季中，李毅男却突然遭到俱乐部封杀，次年转会至上海申花，表现较为出色。不过2006年后，他受到伤病困扰，而申花又引进了国脚李玮锋，李毅男逐渐失去队中位置。2007年申花与联城合并后，队内中后卫竞争愈加激烈，最终他在2008年初以170万元身价加盟武汉光谷。不料武汉于2008年中途退赛，被取消了注册资格，李毅男与其他数十名球员一起被挂牌，不过最终却由于武汉俱乐部180万元的开价而未能完成转会。由于他也并未像其他一些武汉籍球