分类曾出现争论，究竟应该是属于猞猁属或是猫属，这亦是应否成立猞猁属争论的缩影。不过猞猁属现已被接纳，而短尾猫亦属其中。有指猞猁属是与美洲金猫属、豹猫属及猫属于715万年前是源自同一分支的。猞猁属最先约在324万年前分开出来。短尾猫相信是从欧亚猞猁演化出来。欧亚猞猁于更新世横过白令陆桥到达北美洲，而短尾猫的祖先则在260万年前抵达。第一波进入了北美洲南部，但就被冰川阻挡了前往北方的路。这些动物约于2万年前演化成现今的短尾猫。第二波从亚洲进入及定居北美洲北部，发展成现今的加拿大猞猁。短尾猫与加拿大猞猁之