1792年，学校的一些建筑被征用，作为生产武器弹药的厂房。1796年时记录在案的注册学生只有区区30个人，而一度只有其中的5个真正呆在吉森，在此种情况下校方只能无奈的采取停课的措施。到了19世纪，正是因为有了像威廉·伦琴和尤斯图斯·冯·李比希这样的科学巨匠，给学校增添了不少色彩，更重要的是短期内快速提升了学校的国际知名度。进入20世纪30年代，由于纳粹登台，以及随后爆发的第二次世界大战，学校受到了极大影响，规模急剧萎缩。1944年12月盟军对吉森的空袭又摧毁了大部分的建筑，即使连主楼都未能幸免于难，