申屠刚开始担任郡里的功曹小吏，为人质性，刚直方正，常仰慕汲黯的为人。汉平帝时，王莽专政。申屠刚举贤良方正，通过对策讽议朝政，触犯了王莽。王莽视申屠刚的对策为离经叛道的妄说，违背了大义，将申屠刚罢归田里。王莽自立为帝后，申屠刚避难巴蜀，长达二十余年。更始帝败亡，申屠刚避地河西，依附隗嚣。隗嚣据守陇右，申屠刚出任他的治书侍御史。后来隗嚣势孤，申屠刚劝隗嚣归顺汉光武帝刘秀，不同意隗嚣归附公孙述。隗嚣不采纳申屠刚的建议，投靠公孙述。建武七年（31年），汉光武帝下诏任命申屠刚为侍御史；不久，申屠刚升任尚书令。