抗晋朝，自海岛攻下会稽，三吴各郡皆响应他，孙恩之乱由而爆发。另一北府将领、前将军刘牢之率军镇压，当时他就请了刘裕参府军事。当时刘裕奉命率数十人去侦察敌军，却遇上数千人的敌军并发生战斗，虽然所带的人大多战死了，但刘裕仍挥动长刀抵抗，杀伤多人。刘牢之子刘敬宣派兵搜寻刘裕，见刘裕独力抵抗，都赞叹刘裕的能力，并率军进攻，俘杀一千多人。不久诸军击败孙恩各军，又攻下会稽郡治所山阴（今浙江绍兴市），令孙恩退回海岛。次年（400年）五月，孙恩再袭会稽，杀害驻镇会稽的谢琰，至十一月时刘牢之率军前往才击退孙恩。刘牢之及