台湾发生林爽文事件，干隆帝命陕甘总督福康安与参赞大臣海兰察于鹿港登陆台湾，后来顺利俘虏林爽文，所以后来干隆帝下诏命福康安兴建此庙，并加封妈祖为「护国庇民妙灵昭应宏仁普济福佑群生诚感咸孚显神赞顺天后」。被称为「新祖宫」，是要与鹿港原来就已经存在的妈祖庙鹿港天后宫作为区别，而后者也因此又名「旧祖宫」。此外，鹿港另有第三间妈祖庙鹿港兴安宫，是三间妈祖庙之中年代最久的。新祖宫于嘉庆十一年（1806年）及道光十四年（1834年）两度重修，于台湾日治时期因战争遭炮火破坏，至1970年再度重修。