第三座的中华基督教会基荫学校因收生不足倒闭，故此在1991年起，学校则迁往该校，成为临时校舍继续上课，而原址则清拆。而同时，上下午校的原任校长黎明耀及陈启忠于同年退休，由下午校训导主任梁树接任上午校校长，而上午校训导主任许继祥则接任下午校校长。因应石荫邨重建计划工程，安荫邨成为石荫邨的主要接收邨落之一，石荫慈幼学校（含上下午校）于1993年学年迁往安荫邨校舍继续上课，因获得澳门闻人、博彩业元老，有「赌圣」之称的叶汉捐助，由是年起易名为慈幼叶汉小学，开幕礼于1993年10月由当时的教育署长黄星华、教育统筹