社于当年6月调入国家土地管理局，历任副处长、副司长、司长。1996年6月，升任国家土地管理局副局长。在国家土地管理局工作期间，鹿心社曾经于1987年4月至1988年4月赴联邦德国黑森州测量局、汉诺威地籍局进修。1995年6月至1996年8月间，曾在江苏省南通市担任副市长（挂职）。1998年3月，国务院机构改革，国家土地管理局併入新组建的国土资源部，鹿心社出任国土资源部党组成员、兼耕地保护司司长，1999年5月晋升国土资源部副部长。2005年11月，接替退休的陈邦柱出任国土资源部副部长、兼国家测绘局局长。