命他为应天府尹，循例调任为右副都御史。督导南京的粮食储备，奏请六项便利百姓的事。隆庆初年，晋升为户部右侍郎，统管仓场。不久，改任礼部职，晋升为左侍郎。称病回乡。明神宗即位，万士和出任南京礼部侍郎，负责南京国子监事务。万历改元（1573年），礼部尚书陆树声离职。张居正采纳陆树声的建议，召万士和接替。上任后，万士和逐条奏陈崇尚节俭数事。因灾异屡现，奏请闭宠幸之门，容纳刚直，淘汰冗员、抑制分外求请，大都触犯了当时的权贵。俺答汗与部属贡奉马匹，边防大臣奏请增加对他们的官方奖赏。万士和称赏赐有规定的数额，不要依从