溪、漳州的闽南人与汀州、潮州、嘉应等地的客家移民，均奉妈祖，共献银钱。嘉庆元年（西元1796年）竣工。淡水福佑宫背山而建，向上攀缘，即见清水祖师庙。佛教禅师庆西和尚任开山住持。
望高楼.福佑宫曾建一楼名曰望高楼，在上点燃油灯以作为灯塔指引船只。凡蒙指引者均乐施香火钱。台湾日治时期，二次大战勃兴，缺乏物资，望高楼石材乃被公家征用，因而隤毁。