雨区横过香港，天文台在21日凌晨1时55分再度发出黄色暴雨警告信号，凌晨2时40分发出红色暴雨警告信号。随着暴雨区开始远离，天文台在凌晨4时55分改发黄色暴雨警告信号，再于5时25分取消所有暴雨警告信号。凡亚比影响香港期间，天文台亦一度发出雷暴警告及山泥倾泻警告。由于凡亚比减弱和逐步远离的关系，香港天文台在21日日出前后曾一度表示会改发一号戒备信号，但凡亚比在进入内陆后，减弱和移动的速度变得相当快，结果天文台于早上7时35分直接取消所有热带气旋警告信号，当时凡亚比集结在香港之西北约190公里，减弱为低压