生暗中协助下，由西贡深涌村经大鹏湾逃出香港，几经转折下途经惠州、东江、曲江、衡阳、桂林、金城江、贵阳和滇缅公路，最终在同年4月中抵达当时属于国民政府战时首都的重庆，操流利汉语的他在途上未有遇上很大困难。王国栋逃出香港的消息为日方所震怒，日方曾透过英国驻葡萄牙里斯本大使，向重庆的英国驻华大使薛穆爵士要求着令王国栋返回香港。由于英方拒绝日方的要求，因此王国栋未有回香港，从而免遭日方处决之虞。身在重庆的王国栋原本打算加入皇家陆军医疗兵团，但眼见不少逃出香港的港大学生学业中断，于是他改变初衷，转为设法协助这些学生