事件21週年前夕）时前校长刘遵义以「政治中立」为由，拒绝新民主女神像永久安放中大校园，招致各方（包括中大学生会、师生、员工、香港社会各界）声讨。沈祖尧认为这是中大21年来最大政治风波而校方在这件事上处理不当，1989年他本人在加拿大读博士学位时，亦为在天安门被屠杀的学生痛哭流泪。2014年4月8日，中大校董会一致通过任命，沈祖尧将续约3年，至2018年6月30日完结。沈祖尧于2016年3月接受《大公报》专访时表示，当时任期内最难忘是2014年10月2日雨伞革命期间，与时任香港大学校长马斐森到金钟探望学生，