法理上各省（市）县（市）行政区域代码，由行政院所属单位编辑的《中华民国年鉴》亦于同年起不再将大陆地区列于「土地」一章之中，此后「土地」、「人民」及各项收录资料均以治权所及之台澎金马为范围。陈水扁政府文献仅列出实际统治区（即台湾地区）之行政区域，并弃用「中华民国全图」。2006年2月28日，陈水扁总统宣布终止国家统一委员会的运作，同年爆发百万人反贪腐运动试图罢黜陈水扁，未果。2007年9月，在中国大陆北京市举行的第二十九届夏季奥林匹克运动会之圣火传递路线原包含台北市，但最终因为国旗问题及路线等谈判破局，加上台