军中大疫，非战斗减员情况日益严重，战事陷入长期化，正如《淮南子》记载的「三年不解甲弛弩」。在战事中期，秦军击杀了当地最大部落的首领，西瓯国首领译吁宋，但越人并未屈服，反而推举桀骏为新的首领，这个新推举的首领在一次夜袭中大破秦人，并击杀征越秦军最高统帅屠睢。
战事僵持.秦灭六国，百战百胜，但在百越地区的征战居然令秦军「伏尸流血数十万」（《淮南子．人间训》语），甚至连主帅也被击毙。秦始皇大怒，为了迅速结束战争，惟有下令对百越增兵，而楚国之亡又让秦军兵力得到释放，秦始皇乃「发卒五十万