密布，水运在江户的交通及物流中有着极为重要的地位。邮政局在1875年开设了东京和伊豆群岛之间的命令航路。1891年，东京湾汽船开设了东京和伊豆群岛之间的自由航路。东京和小笠原群岛之间的定期航路开始于1876年，但在1942年受太平洋战争影响而暂停。东京港的历史可以追溯至太田道灌在1457年开辟的江户凑。1880年，东京府开始进行筑港调查，开始东京港的近代化进程。关东大地震后，因陆上交通中断而导致救援物资只能从海上搬运，令东京港的重要性凸显，东京府也因此对东京港进行大幅扩建，使大型船得以停靠东京港，并在1