父为天武天皇，母为，日本飞鸟时代孝德天皇白雉五年（654年）出生，官至太政大臣。与天智天皇之女御名部皇女生长男长屋王。除此之外，异母妹但马皇女也是夫妻，但马皇女可能是正妻。又，其姊弘文天皇妃十市皇女过世时，高市皇子曾写了充满感情的輓歌，后人据此认为他与十市皇女可能有恋人关系。高市皇子智勇双全，协助其父天武天皇平定壬申之乱有功，因此甚得其父信任，唯其母出身不高，因此跟天皇之位无缘。 696年8月13日（持统天皇10年7月10日）过世。