三十年病情之差甚至要一度立下遗旨，向沈一贯託孤。可见神宗在位期间的「动履不便」「身体虚弱」以致在位期间怠政，实不是推诿託辞。万历中期后虽然不上朝，但是并没有出现英宗以来的宦官之乱，也没有外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有迅速的反应，如万历二十四年，干清坤宁两宫大火，神宗下罪己诏书，表示虽然忽略一般朝政庶务，但还是关心国家大事，而处理政事的主要方法多是在九重宫阙下通过谕旨的形式向下面传递，并透过一定的方式控制朝局。此外矿税之弊，即神宗在位期间