极度看好的的外野手克利斯·杨一起被交易到亚利桑那响尾蛇队。2006年5月24日他又被换到纽约大都会。赫南德兹转战国家联盟的首个球季创下了他自己在进攻方面的难得纪录。2006年7月29日击出生涯首支2分打点安打；接着在2006年8月20日完成生涯的首次盗垒。赫南德兹转到纽约大都会队后投球状况渐入佳境。20场先发、9胜7败、4.09防御率，帮助大都会拿下国联东区冠军。他9月亮眼的投球表现（2胜2败、2.01防御率）使他赢得国联分区系列战首战先发投手的殊荣，但是赛前一天做短跑练习时扭伤了小腿肌肉而被迫退出