莫斯科罪案调查局（MUR）的灭罪行动，获得MUR的嘉许。至1997年，利特维年科被委派往俄联邦安全局的最秘密部门，从事有组织罪案分析工作。
变节.利特维年科专长打击有组织罪案，在1998年，他声称鲍里斯·别列佐夫斯基被俄罗斯联邦安全局列入暗杀名单之中，别列佐夫斯基与当时的总统叶利钦私交甚笃。利特维年科也声称当时已遭FSB开除，其后曾两次被捕。至2000年，利特维年科因提供假证而再度被捕，他在入狱前以伪造护照逃到土耳其与妻子及儿子会晤，同年11月偕同妻儿以申请政治庇护为由移居英国，2