钙化，因此比其他藻类更容易留下化石记录，可追溯到志留纪晚期（大约4.1亿年前），例如派卡藻（"Parka decipiens"），"Palaeonitella cranii" 等。有胚植物已知最古老的遗迹化石源于奥陶纪，但此类化石是零碎不全的。到了志留纪才有完整的化石被保留下来，包括石松门的「刺石松」。泥盆纪之后，莱尼蕨门的详细化石在此时期被发现，此化石显示出了其植物组织的单一细胞。泥盆纪时亦出现了被认为是最古老树木的植物「古羊齿属」，此类植物在其树干上有蕨叶，但此蕨叶不会产生孢子。煤系地层是生存于