参与计画，投入经费约2亿9千万新台币。隔年参与计画的学生倍增至12万人次，参与学校2,303所。到了2008年时，全台湾国民中小学开办携手计画的比例已增至86%，接受计画的学生也增至206,374人次。计画实行初期，学业辅导的科目仅限于国语文、英语和数学三科。2008年后，接受计画的国民中学可增开自然科和社会科，隔年更允许学校在寒暑假的学业辅导课程中加开艺术、体育或校外教学活动，以增进学习意愿。同年5月，教育部完成国语文和数学科的「携手计画课后扶助方案学生评量计画」，从国小一年级到国中三年级都有适用的测