9年10月1日德岛县实施町村制时成立，当时为牟岐村，属海部郡。1915年11月10日改制为牟岐町。1946年12月21日时曾因遭遇昭和南海地震及其所引发的海啸，造成辖区内53人死亡、房屋全毁374户。
交通.对外主要依赖四国旅客铁道牟岐线，辖区内设有牟岐车站和边川车站。