刘铭传开办抚垦总局等部门管理开垦事宜，林朝栋被命负责大湖与东势两地抚垦局的事务，从此负责台湾中北部地区的开垦与抚番工作，并延续到甲午战争之后。
平定施九缎事件.1888年10月5日，因土地丈量处理不当，彰化爆发施九缎事件，知县李嘉棠等大小官员被包围在彰化县城里，而前来支援的朱焕明则于途中被袭战死，刘铭传便急命林朝栋派军支援。11月9日，林朝栋率领新招募的栋军1800人抵达县城外，经过一战后与城内守军里外夹击，解除县城之围。11月14日，林朝栋派旗下各营扫荡乡里，而在平和厝与起事群众