1946年5月1日，台湾糖业公司确定由资委会及台湾省行政长官公署联合办理，沈镇南奉命成为其第一任总经理。
在台糖的生涯.糖业是台湾在日治时期最大的工业，他的产值占总工业产值的65%，但是，在第二次世界大战时，几乎所有的制糖设施及工厂等皆遭破坏殆尽。在1945年日本无条件投降后，沈镇南受到国民政府指派来到了台湾担任台糖第一任总经理，台糖公司随后在1946年成立。沈镇南来台首要的任务是以他留洋习得的制糖专业，恢复台湾糖业在战争中受到的破坏。沈镇南将任务达成，直至1949年，台湾糖产