曾有五次大规模的整修，基本上维先进保留的格局。明宣德元年（1426年）陕西西宁卫弘觉寺番僧勺思吉蒙钦锡度牒，到荐福寺住坐，见这里殿堂荒废，虽发愿重修。正统十四年（1449年）大修竣工，勺思吉向朝廷乞赐寺名。如今的“敕赐荐福寺”就是当年英宗皇帝的亲笔。清朝时荐福寺又多次修缮，以康熙三十一年（1692年）的整修规模最大。晚清时期由建造了藏经楼和南山门等。辛亥革命后，荐福寺伴随着战乱再次走向低落，并受到了战火的摧残。1926年~1949年5月荐福寺长期被国军占住。其间天主教会的英国人曾开设过苦儿院来收容战争孤