调往中山大学，并于次年10月出任中山大学数学系主任、数学与计算科学学院院长，任职至2000年2月。邓东皋曾在中山大学主讲实变函数、数学分析。与在中山大学的同事尹小玲合着了《数学分析简明教程》，由高等教育出版社出版。2007年10月21日，邓东皋因肺癌逝世。邓东皋因为业余时间“乐乒乓、乐围棋、乐喝酒”而自称“邓三乐”。