知物种的基因差异在自然选择上都是“中性”的，亦即这些基因上的差异所产生的表达的分子之间的差异不影响自然选择中物种的适应度。由此，中性演化理论认为这些基因组的特性既不从属于自然选择，也不能被自然选择所能解释。这一观点建立在基础上——密码子简并性指的是组成密码子即便核酸序列不同，但编码得到的氨基酸也可能相同。例如，"GCC"和"GCA"均是丙氨酸的密码子。因此，许多可能的只有一个核酸的改变可能实际上是“沉默的”或者“不表达的”(参见：)，在生物学上被认为是作用极小或者没有作用的。建立在中性演化理论基础上的第