在武汉、重庆。在重庆住院时，周恩来、朱蕴山都去医院看望过他，周恩来更资助他100银元，都被他拒绝。实际上当时他仅靠微薄稿费收入支撑，最后更被赶出医院。陈最后长期隐居在四川江津，以教书为生，保持低调。继续关注时局发展，坚持共产主义理念，但对苏联和中国的共产主义运动中缺乏民主的问题进行了反思。1942年5月12日中午，陈独秀以医生介绍的偏方，泡制蚕豆花茶水，据称可治高血压。但其所用之蚕豆花有部分已发霉，用开水泡过后，汁水呈黑色，且味不正。陈独秀喝了此水中毒，最终于5月27日21时40分在四川江津鹤山坪石墙院