一赛季斯坦科维奇受到伤病困扰表现不佳，其开始遭到穆里尼奥冷遇，后者更曾放言“他已经不再是拉齐奥的那个斯坦科维奇了”。不过斯坦科维奇还是决定留在球队，且恰逢该季国米遭受伤病困扰，使得斯坦科维奇又获得了更多上场时间且表现不俗，在联赛中出场31次攻入5球，欧洲冠军联赛1/8决赛第二回合客场对阵曼联，斯坦科维奇多脚远射几乎攻破范德萨的大门，只可惜球队仍以0:2失利。2009-10赛季，斯坦科维奇在8月29日的米兰德比中攻入了第四个进球，最终国际米兰4:0大破同城死敌AC米兰。球队5:0击败热那亚的比赛，斯坦科维