政府旗帜的文字叙述部分被更改为美国军事政府台湾旗，其目的是为了强化「第二次世界大战日本战败后管辖台湾、澎湖的美国军事政府机构至今依然存在」这个论述。这面由邓芬慧在2007年秋天以1960年7月4日正式启用五十州的美国国旗为设计基础的旗帜，其官方网站宣称林志昇经美国国务院相关人士告知；这面美国军事政府台湾旗在西元1945年9月1日曾经在台湾出现过。关于1945年9月1日盟军在台湾基隆港登岸的历史文件纪录，在柯乔治（George H. Kerr，又译葛超智）所着的《被出卖的台湾》（Formosa Betra