修，仍维持明郑时的样貌。康熙四十一年（1702年）时增建左护龙，之后干隆十六年（1751年）与三十二年（1767年）又再次整修。嘉庆十四年（1809年）重修时增建了钟鼓楼，为此庙规制较完整的时期，其后咸丰元年（1851年）、同治二年（1863年）以及台湾日治时期的大正三年（1914年）又有整修。
日本时期.然而到了昭和十七年（1942年）时，因兴建东市场和拓宽庙前的岳帝庙街（此街可达大东门城）为9公尺，而拆毁了钟鼓楼与前殿，将三川门内移到四垂亭，使该庙变成没有龙虎井的殿式建筑。