由香港大学转任香港中文大学新亚书院哲学系主任。1973年协助创办新亚中学。1974年自香港中文大学退休，任教新亚研究所。其后又任教国立台湾大学、国立台湾师范大学、东海大学、国立中央大学。1995年4月12日15时40分，牟氏因器官衰竭逝于国立台湾大学医学院附设医院，享寿86岁。
学术.牟宗三的思想受熊十力的影响很大，他不仅继承而且发展了熊十力的哲学思想。牟氏较多地着力于哲学理论方面的专研，谋求儒家哲学与康德哲学的融通，并力图重建儒家的「道德的形上学」。代表作包括：《心体与性体》