先民渡海来台时，见澎湖诸岛荒芜，只有花屿稍具绿意，因此称此岛爲花屿，并称邻近另一岛屿爲草屿。花屿村爲花屿上唯一一个行政区划分，历经以下名称沿革：1862年(清同治元年)，台湾府舆图纂要－澎湖厅舆图纂要一书，在水埯澳则增设花屿社1897年(日明治30年)，割让日本后，改爲澎湖厅网埯办务署水埯澳花屿乡1898年(日明治31年)，改爲澎湖厅网埯出张所水埯澳花屿乡1901年(日明治34年)，改爲澎湖厅网埯支厅水埯澳花屿乡1909年(日明治42年)，改爲澎湖厅网埯支厅网埯区水埯澳花屿乡1