长为陈为贤（国立台湾传统艺术总处筹备处简任第10职等研究员兼代）、卓琇琴（简任第11职等）、王兰生（简任第12职等）、李永和（简任第11职等）、刘丽贞（现任）等。乐团法制化前，专任首席指挥（音乐总监）先后为李时铭、瞿春泉；法制化后先后为温以仁、苏文庆、阎惠昌。