进士，未授官即请假回籍。不久甲申之变，京师陷于流贼。弘光帝时，授官工部虞衡司主事，出任徽州府知府。清军南下后，弃城而逃，此后满清履召不出，居家着述。闲时曾出游河洛，登少室山、太华山。后遭母丧，呕血而卒。
家庭.秦祖襄继室爲方拱干之女。次子秦勋，字子卣，为诸生，工诗、古文及书法；从子秦炯，字尚之，亦工诗，清康熙二十一年进士，官诏安县知县。