年5月20日政权移交时前总统陈水扁、前副总统吕秀莲、前总统府秘书长陈唐山、前总统府副秘书长陈其迈及林佳龙办公室所移交的1744件机密文件清单，均无南线专案相关档案。2008年5月26日，总统府公布陈水扁政府所移交共计1744件档案清单，总统府发言人王郁琦说，移交档案依机密等级，含「绝对机密」1件、「极机密」144件、「机密」184件、「密」141件，「在移交档案当中，没有出现关于南线专案的文件」；同日，台北地检署公诉主任检察官李嘉明说，前总统府办公室主任林德训在应讯时已坦承并无南线专案，陈水扁所称将部分