教授、襄教授、教授，其间并定期赴江南考察热带病疫情，进行防治和研究。1937年秋开始，南下筹办贵阳医学院，并于1938年6月成立后担任院长职务。1947年5月赴北平担任协和医学院的院长。李宗恩在20、30年代主要研究寄生虫病，尤其是丝虫病、血吸虫病、疟疾和黑热病。先后在国内外医学杂志上发表的论文共18篇 。他曾在华北、华中地区设立血吸虫病及其他多发性热带病的病情观察站，是为中国热带病学研究的创始人。后期投入医学教育事业，造就无数医学界人才。1948年获选为第一届中央研究院院士 。中华人民共和国成立后