牙国王，但由于葡萄牙和马六甲距离遥远，故由葡属印度总督作为葡萄牙国王的海外代理，负责管理各海外殖民地的大小地方官员。马六甲最高行政长官由葡萄牙国王任命，但受葡属印度总督管辖，任期三年。葡属马六甲周边因为战事频仍，因此总督职位大多由具有相当威望和指挥能力的贵族担任。这也造成葡属印度方面无法完全掌握马六甲，无形中使马六甲总督有独揽一切的权力。马六甲总督之下设有执行长、市长、司法首长、参事会与民间的同善堂（Misericordia）等机构，专事处理民政事物。参事会由6名参事，如执行长、市长、司法首长、同善堂代