埃尔利希在20世纪初提出「恐怖的自体毒性」（horror autotoxicus）的概念。埃尔利希之后修改他的理论并提出自体免疫攻击组织的可能性，但是他相信某些先天的保护机制将阻止自体免疫反应进一步致病。在1904年，这一理论受到挑战，在阵发性冷血红素尿症的患者血清中发现一种物质会对自体的红血球起反应。在随后的数十年中，发现许多疾病可能与自体免疫反应有关。但是，埃尔利希假设的权威地位阻碍这些发现的进一步探索。免疫学成为生物化学领域的一支，而非临床学科之一。到1950年代，对自体抗体和自体免疫性疾病的现代