基督新教在香港运营有超过730家机构，积极参与教育、医疗护理和社会福利工作，尤以浸信会等主流教会为甚。基督新教主办3间大专院校（即香港中文大学崇基学院、香港浸会大学以及岭南大学）、约180间中学、206间小学、260间幼稚园、130间幼儿园、逾30所神学院和圣经学院、80间教会出版社（含出版代理）和110间基督新教书店与门市部、同55家影音传媒和艺术事工机构等。基督新教也开办7间医院、17间诊疗所和110个提供多种社会服务的社会服务机构，其中包括逾100间家庭及青少年中心、11间儿童院、170间老人中心及