《中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线》公告其领海基线，不包括金门和马祖。2009年时任行政院长吴敦义表示，两岸有一些共识就是，搁置争议，共创双赢，当年就在这样的前提底下，保持留白，避免两岸为这样的尚未最终划清楚的界线，产生不必要的争端。基于九二共识，中华人民共和国政府未公布台湾的领海基线，正如中华民国未公布大陆的领海基线。
2009年修正.2009年11月中华民国就领海基线公告修正，时任新闻局长苏俊宾表示，2009年的修正，仅针对在1999年公告的进行实地检核，以磪保领