开垦诗巫4年之后，黄乃裳将垦场的管理工作托付给美国牧师富雅各（Rev. James Mathews Hoover），悄然回国。关于黄乃裳回国的原因，据他自己说，是因垦务已成，自己身体又欠佳，且欲回国参与革命事宜。而美以美教会的传记中仅仅提到是因为受孙中山感召而欲回国宣传革命。另一个重要原因在于垦场的经营不力，黄乃裳债务加重，向移民收捐来维持垦场运转，引起拉者政府的不满，最终迫使黄乃裳离开。刘子政在他的书中提到了当时垦区流传着黄乃裳只抽古田人的捐而不收闽清人的捐等谣言；并且黄乃裳亏欠古田人刘鼎臣药店钱款，