细菌之间的接合类似。古菌可被双链DNA病毒感染，这些双链DNA病毒形态各异，包括瓶状、杆状、雨滴状等。这些病毒在一些嗜热菌中研究得最为详致，特别是和的古菌中。最近发现了两类可感染古菌的单链DNA病毒：一种是典型的，这病毒感染嗜盐菌另外一种嗜热的感染嗜超热菌（这些古菌生长在90到95°C的温度下）其中后者有已知最大的单链DNA基因组。古菌可以利用针对病毒基因的RNA干扰和DNA重复影响病毒在寄主内的繁殖。古菌在基因上与细菌真核生物有许多不同，大约有15%古菌基因是古菌中独有的。这些古菌独有蛋白质的功能