至元八年（1271年），升济州为济宁府，兖州仍隶之。至元十六年（1279年），升济宁府为济宁路，兖州仍隶之。大德元年（1297年），复置宁阳县。至此，兖州仍领四县：嵫阳、曲阜、泗水、宁阳。吴元年（1367年），佔领济宁路，改为济宁府，兖州仍隶之。明朝洪武元年（1368年），省兖州附郭嵫阳县入州。至此，兖州领三县：曲阜、泗水、宁阳。洪武十八年（1385年），济宁府徙治兖州，改为兖州府，遂废兖州。