植物国际贸易公约在2002年把鲸鲨列为附录二物种，显示鲸鲨保育获得全球共识。鲸鲨在几个季节性聚集地区是水产业的补捉目标之一，人类主要食用鲸鲨的肉及肝油，有时也会将鳍割下来制作鱼翅。亚洲是鲸鲨主要的猎捕区域，包括括伊朗、印度、巴基斯坦、马尔地夫、菲律宾、中国大陆、印尼及台湾等地。鲸鲨在其它地方虽然不是捕捞对象，但也曾被误捕。
马尔代夫.马尔代夫在1995年开始禁止猎捕鲸鲨，是最早针对鲸鲨进行全面保护的国家。
菲律宾.菲律宾在1998年禁止所有有关鲸鲨的商业猎