地位的主张，引发许多论战与讨论。1979年年底爆发高雄美丽岛事件，吕秀莲与姚嘉文、林义雄、陈菊等人被以政治叛乱罪名逮捕入狱，使「新女性主义」及台湾妇女运动因吕秀莲的入狱而陷入沉寂。
「九六共识」理念.2010年3月18日成立「九六共识推动联盟」，主张「总统民选．主权独立」。她说凡曾行使总统投票权的民众，均认同台湾早在1996年就已经成为主权独立的国家，维护国家主权完整，是全民的责任。
「台湾和平中立」公投.从东亚区域和平的理念出发，近年来她发起「台湾向世界