改为州，为云阳州，属夔州路。明朝洪武六年（1373年）十二月，州降为县，为云阳县，属夔州。1999年9月28日，县治从云阳镇迁至双江镇，是三峡库区迁移最远的全迁县城，动迁人口超过17万。
行政区划.下辖4个街道办事处、31个镇、6个乡、1个民族乡：原属四川省万县地区，地级万县市，1997年随并入重庆市。云阳县原辖25个镇、40个乡：2012年1月，根据重庆市关于云阳县行政区划调整的批复，撤销水口乡、蔈草乡、泥溪乡、养鹿乡，设立水口镇、蔈草镇、泥溪镇、养鹿镇。