会审，1661年12月判处曹儒斯大、茱莉娅绞刑，安文思则可无罪开释。1662年，此案最终结案。案件审理过程中，利类思曾托豪格的两个儿子请刑部堂官向四位辅政大臣请求赦免安文思，佟图赖的遗孀也曾为安文思的获释而奔走。康熙三年（1664年）七月二十六日，徽州府新安卫官生杨光先上《请诛邪教状》，参劾汤若望等外国传教士，指控他们有三大罪状：“潜谋造反，一也；邪说惑众，二也；历法荒谬，三也。”正好当时辅政大臣鳌拜等人不喜欢外国传教士，1664年11月12日，鳌拜将汤若望、利类思、安文思、南怀仁四位传教士投入刑部监狱