治五年重修。清朝末年，护国寺屡遭火灾。比如光绪三十三年五月初三日（1907年6月13日），因喇嘛烧香而造成护国寺火灾，北京内城预审厅向民政部呈交报告，民政部禀奏清廷，随后将烧香失火的喇嘛问罪。经过多次火灾，护国寺的主要建筑受到极大破坏，至1935年刘敦桢写《北平护国寺残迹》时，该寺大部分殿堂均已成为残垣断壁。如今，护国寺仅存金刚殿，西北角的廊房，以及垂花门之后的一层殿。1984年，护国寺金刚殿被列为北京市文物保护单位。另外，位于护国寺大院、新太平胡同3号的“护国寺建筑遗存”被列为西城区普查登记文物。