想一直与你在一起」。小智的真心让他再度取得了彩虹羽毛，凤王降临后治癒了所有的宝可梦，并与小智的皮卡丘进行对战，这场战斗胜负不明。故事最后，小智接连与克罗斯、宗次和诚子告别，持续与皮卡丘一起朝成为宝可梦大师而努力。
Ep2：我们的故事.故事延续前作《剧场版精灵宝可梦 就决定是你了！》的概念，主角小智来到了风来市并遇到了更多同伴。
漫画特别篇.在漫画中，小智（赤红）在10岁时拿到的初始伙伴并不是皮卡丘而是已经进化为妙蛙花的妙蛙种子和已经进化为快泳蛙的蚊香蝌