四十七年（1618年）为云南巡抚都察院右都御史，此时李已七十五岁。李焘还乡后，倡导重修龟峰塔，亲题「龟峰古刹」四字，为后世延续了此塔。在河源兴文重教，着《河源县儒学记》。天启五年（1625年）卒，时年82岁。
纪念.河源上城“尊德祠”，即为纪念李焘所建，祀郡邑乡贤。今有李焘故居。