相层析相连，因此也不好归于某一类。在以上各类质谱仪中，数量最多，用途最广的是有机质谱仪。
生物质谱分析.生物质谱分析（Biological mass spectrometry）是以质谱分析技术用于精确测量生物大分子，如蛋白质，核苷酸和糖类等的分子量，并提供分子结构讯息。对存在于生命复杂体系中的微量或痕量小分子生物活性物质进行定性或定量分析。一般的方法有：
侦测器.质谱仪的最后元件是侦测器。当离子经过或击中侦测器表面时，侦测器记录感应电荷或者产生的电流。