年（宣统元年）冬，他任北洋第3镇统制曹锟手下的参谋官，获得了曹锟的信任。1910年（宣统2年），他兼任第3镇第9标第3营管带。1911年（宣统3年）他讨伐山西省的起义革命军，因击破革命军的贡献而升任第12标标统。
直系的活动.中华民国成立后，第3镇改组为第3师，曹锟继续任师长、萧耀南继续任参谋长。1913年（民国2年），萧任第9团团长。因讨伐河南省白朗的贡献，他获得陆军少将衔。1914年（民国3年），曹锟任长江上游警备司令，驻岳州（现在的湖南省岳阳市），萧继续任司令部参谋长。1