孙运璇过世后，时任总统的陈水扁与副总统吕秀莲也透过新闻稿表达慰问之意。总统府新闻稿称「孙资政为国奉献一生，不仅亲自参与台湾超过半世纪的改革、建设与进步，担任经济部长及行政院长期间，更推动多项经济与交通建设，奠定台湾经济发展重要基础，协助缔造举世称羡的「经济奇蹟」，与李国鼎堪称台湾经济推手；即使晚年身体不适，仍十分关心国事，善尽针砭，令人感佩。」两人并亲自前往灵堂致意。
负面评价.
八大科技.部分学者认为孙运璇的施政策略当中，许多是错误的。譬如1982年，孙运璇