派遣堂姑庆成郡主到燕军劝说，朱棣不听，惠帝于是派遣水军集合。然而，水师大将陈瑄却将战舰投降燕军，使其得以渡过长江。同年六月，惠帝非常忧愁恐惧，有人劝其转移到其他地方，再图复兴。而方孝孺则力请坚守南京应天府，以待援军。即使事有不济，也会为社稷而死。然而，李景隆开金川门让燕军入城，后惠帝在宫内自焚而死（一说他由地道逃亡，从此失去踪迹）。燕王进京后，文武百官多见风转舵，投降燕王。方孝孺拒不投降，结果被捕下狱。
不屈而亡.当时方孝孺已经是名闻天下的第一大儒，其学识品德为四海所称颂。朱棣起兵