转系统以人吉站和吉松站为界分为3个系统。另外全线实施一人控制。
八代站 - 人吉站间.八代 - 人吉间特急列车以熊本为中心，开行「九州横断特急」「球磨川」，若包含普通列车在内，约每1 - 2小时一个班次。特定日期行驶的列车有「SL人吉」，假日则有临时快速列车九千坊号(现已停驶)。
特急「翡翠 山翡翠」.2017年3月4日开始运行的特急列车。熊本站 - 人吉站之间每日运行3个往返班次。车厢由水户冈锐治负责设计，车内使用人吉球磨产的杉木和日本扁柏装修，配置可调