服务的终点站拟设于西九龙填海区近长沙湾一带（即今南昌站位置）。在落马洲支线管制站建成前，该线会接驳到罗湖站，而当口岸建成时，九广铁路亦会从上水站分出支线连接落马洲。
近郊客运线.建议中的近郊客运线将由荔景站开始，经海滨花园站、荃湾西站、荃景花园站（荃湾线亦会延长至此以便乘客转乘），经隧道往锦田站后，分为两条支线：其中一条经元朗东站、朗屏站，以天水围站为终点站；另一条则经锦绣花园站至落马洲站。当局亦曾研究过经荃湾以西海岸往屯门，以及经赤鱲角往屯门的路线方案，但因无法与长途客运线及