国大陆重要的台湾研究机构之一，经常举办各种学术活动。例如2013年6月29日至30日，前民主进步党主席谢长廷的台湾维新基金会在香港港岛海逸君绰酒店主办「两岸关系的发展与创新」研讨会，中国社会科学院台湾研究所为协办单位。2013年10月11－12日，二十一世纪基金会与全国台湾研究会主办首届「两岸和平论坛」，中国社会科学院台湾研究所为协办单位之一。1991年起，全国台湾研究会、中华全国台湾同胞联谊会、中国社会科学院台湾研究所每年联合主办“海崃两岸关系学术研讨会”，简称“三台会”，截至2018年第27届均未曾停办