葡佔长崎，是指日本战国时代末期长崎市被葡萄牙人管治时期，从1580年至1587年，由代表葡萄牙王室的耶稣会实行管治。
与葡萄牙人首次接触.1543年，一群前往中国的葡萄牙商人漂流到种子岛，这是西方人首次登陆日本。此后，葡萄牙人开始利用马六甲进行中国和日本之间的贸易，因为当时中国对日本实施海禁，故以该地充当两国之间的中间港埠。1550年，葡萄牙国王约翰三世宣布对日本贸易为“官方垄断”，从此以后，只有被果阿授权的船只才能通行。1557年，明朝广州当局将澳门租借给葡萄牙人以支持这种贸