体发病，它们有多个亚种。它们主要在液体状身体组织中存在，特别是血液，在淋巴，骨髓，嵴髓液和脑部。它们可以在显微镜下被直接观察，也可以将血液样品用Giemsa染色后进行观察。
锥虫与免疫系统的关系.一些锥虫能成功逃避人体的免疫系统的抵抗，原因是锥虫有一层蛋白多糖外壳，其组分（糖）经常变换，逃避了免疫细胞的识别。而其蛋白质通过反式剪接高度可变。这些特征在布氏锥虫、"T. congolense"、伊氏锥虫及马疫锥虫中被发现。另一些种如克氏锥虫，则藏身于宿主细胞中，逃过免疫系统的追击