起，E653系便以7节编组、7+4编组和7+7编组，运行东京都上野站和福岛县磐城站间的常磐线特急列车“Fresh常陆”；但自2013年3月16日的时刻表改正后即退出了定期服务。2013年9月28日的时刻表改正后，“Fresh常陆”特急列车便由新的E657系代替重新编组的E653系运行，后者被调往运行于新潟县和秋田县之间的“稻穗”特急列车，代替日本国铁时期的485系，并重新定型为E653系1000番台。“稻穗”特急列车所用车辆最终将会由8列7节编组E653系1000番台组成，这些列车将新增绿色车厢（头等）