，他和程子华创建冀察热辽根据地，组建了不少二线兵团。李运昌调离东北时，将33万部队全部转交给东北民主联军。第二次国共内战期间，李运昌历任东北人民自治军第二副总司令、东北民主联军第二副总司令、中共冀察热辽中央分局委员、中共热河省委书记兼热河省政府主席、冀察热辽军区副总司令、冀察热辽行政办事处主任等职。
中华人民共和国成立后.中华人民共和国成立后，李运昌历任中央人民政府交通部党组书记兼副部长，中共中央监察委员会专职常委。在交通部任职期间，他参与领导了康藏公路、青藏公路、塘沽新港、湛江港