民国三年（1914年）3月，省议会被解散，王秉谦即停职。民国五年（1916年）8月，国会恢复，参议院开幕，王秉谦被补为参议院议员。后来，王秉谦参加护法运动，历任护法军政府大元帅府参议，中国国民党奉天省临时宣传委员。1924年，王秉谦为中国国民党第一次全国代表大会代表。参加大会的奉天省代表有四人：朱霁青、祁耿寰、宁武、王秉谦，其中祁耿寰是孙中山指派的大会代表。王秉谦介绍入学的黄埔军校第一期学员为李秉聪。1933年，王秉谦被任命为南京国民政府立法院立法委员。