和苏泰太后叶赫那拉氏之子。1634年夏旬，父亲林丹汗在逃亡青海途中，在甘肃大草滩因常年戎马征战身体每况愈下而去世。1635年四月，后金汗皇太极派多尔衮、岳托、萨哈璘和豪格率军远征察哈尔余部，前往鄂尔多斯寻找额尔克孔果尔。额尔克孔果尔与母亲苏泰太后献传国玉玺投降，苏泰太后成为后金郑亲王济尔哈朗的嫡福晋。蒙古汗国正式灭亡，分设左右翼察哈尔八旗，额尔克孔果尔被皇太极封为察哈尔亲王，将次女马喀塔格格嫁给了他。皇太极就曾多次对外声称，在上天的庇佑下，额尔克孔果尔这位“蒙古兀鲁斯宝座上的主子可汗”（）落到他的手中。