历四十七年（1619年），吴淞所旧城东北方坍入海中。崇祯十四年（1644年），黄姚镇受海潮冲击逐渐坍塌入海。
清代.顺治十七年（1660年），于黄浦江西岸的杨家嘴口兴建西炮台。康熙五十七年（1718年）又于黄浦江东岸兴建东炮台。雍正二年（1724年），原属苏州府的太仓州升为太仓直隶州，嘉定县由苏州府改隶之。三年（1725年）八月，将嘉定县东部析置宝山县，最初与嘉定县同城而治，次年，县治迁往吴淞所城。干隆十一年（1746年），首部《宝山县志》刊印。道光十五年（1835年），因异常风潮