解过程中，清廷承认日本此举是「保民义举」。日方认为清朝的这一表态承认了琉球是日本领土，在翌年要求琉球藩停止对清朝朝贡。此后王府内分化为同意接受日本条件的派别和反对派两派，难以达成共识。1879年3月，日本政府宣布废琉球藩并改设沖绳县，强令琉球藩王尚泰搬到东京。此后琉球藩的部分士族及平民流亡清朝，并要求清政府向日本施压使琉球复国。宫古和八重山群岛对日本强行吞併的反对更加强烈，曾发生翻译官被当地民众杀害的赞成事件，但最终被镇压。清政府曾请美国前总统格兰特与日本谈判琉球问题。日方接受了格兰特的建议，对清朝提出了将