台湾屏东地方法院检察署指挥鑑识人员针对船身周边弹孔蒐证，清点出弹孔52处，法医也进入船舱相验罹难者遗体。鑑于当地相验资源有限，遗体移灵，前往高雄市相验。中华民国检方公布解剖遗体之结果表示，事件罹难者洪石成遭到单一颈部左下段贯穿性枪伤，贯穿左颈动脉、气管、食道，第2-6 胸椎爆裂横断，主动脉、左上肺叶、右上及右下肺叶破裂，大量出血及气胸、血胸，低血容性休克及唿吸衰竭死亡。因死者第2-6胸椎严重爆裂且横断，法医研判，菲律宾公务船使用的是高射速、火力强大的枪械，推测可能是步枪或机枪。中华民国法务部依据广大兴28号