2010年4月，博物馆公布了新馆设计概念，建议于中环8号码头下层甲板设立海事文化资源中心及办公室，上层设有4座展览厅，以介绍香港港口、中国海事文化及广州海上贸易等；公众观景层则包括了礼品店、水上消闲活动展厅及香港渡轮主题展览；屋顶观景层则设有咖啡厅、海图及领航展览等。博物馆又计划于新址前的空地装置纪念海事从业员的海上巨人号船锚作为地标。博物馆其后向城市规划委员会递交改变土地用途申请，获得批准，民政事务局向立法会成功申请拨款资助，博物馆于2012年进行搬迁，预计于2013年1月月底开幕。搬迁完成后，博物馆