育部完成递交诉愿书，希望教育部做成聘任管中闵。6月4日，台大正式委託律师向教育部提出诉愿。6月5日，管中闵亦向教育部提起诉愿，要求教育部依法聘任管中闵为台大校长。并于9月11日补正诉愿理由。2018年6月6日，蔡英文总统密邀台大校长遴选委员会召集人陈维昭和王金平到总统官邸，针对管中闵案交换意见。蔡总统与陈维昭和王金平谈了约一个小时，在会中彼此争锋相对，最终没有达成共识与结论。总统府发言人林鹤明12月25日表示，6月6日当天双方各自坚持立场，会谈并无交集，最终「不欢而散」。2018年7月16日，叶俊荣