斯蒂安·亨德里克·珀森等。许多真菌产生毒素，抗生素和其他次生代谢产物。真菌在地球上的生命中作为它们的共生生物的角色中是基本的，例如以菌根的形式，昆虫共生，和地衣。许多真菌能够分解复杂的有机生物分子，例如在木材中的更持久成分木质素，和污染物，例如，石油，和多环芳香烃。通过分解这些分子，真菌在全球碳循环中起到关键作用。某些真菌能够引起人类或其他生物的疾病。致病真菌的研究称为医用真菌学（medical mycology）。