选为中国同盟会评议部评议员。1907年同盟会为打破宣传工作的被动局面，号召留日各省籍学人以同乡之名，创设地方性报刊，吴玉章被川籍学生共推，接手《鹃声》改为《四川》，并向日本学校请病假一年，专心致志筹办刊物。1911年9月吴玉章归国后回到四川，参加了保路运动，并与王天杰一起策动荣县独立。继之又发动内江起义，成立内江军政府。11月底吴玉章又赴内江领导建立了革命政权。之后又赶赴重庆协助蜀军政府戡平内乱，巩固重庆革命政权。1912年1月，吴玉章受重庆蜀军政府委派，与杨庶堪一道代表四川赴南京参加中华民国临时政府的