干隆末年，尼泊尔的廓尔喀王国两次入侵西藏。1793年清廷派福康安与海兰察领兵入藏，击退廓尔喀入侵，不丹与哲孟雄（今钖金）亦为藩属国，加强驻藏大臣的权力。西南方面，干隆初年派张广泗平定贵州苗民之乱，随后清军前往平定大渡河上游的大小金川（今四川金川县与小金县）动乱，史称大小金川之役。1747年到1749年期间发生大金川之战，清军于此吃尽苦头。1771年第二次金川之战爆发，大小金川的诺木与僧桑格均叛，清将温福战死，阿桂历经多次作战，直到1776年方平定。期间缅甸贡榜王朝与清朝爆发清缅战争，清军四次进攻皆失败。