于闰十一月十七日（1651年1月8日）与张同敞在桂林叠彩山风洞前仙鹤岭下就义，有绝命诗：
身后.瞿式耜殉国之后，永历帝追赠粤国公，谥文忠。干隆四十一年（1776年），追谥忠宣。《明史》有传。清顺治十一年（1654年），其孙瞿昌文护柩回常熟，安葬于常熟宝岩祖基。康熙十八年（1679年），迁葬于虞山拂水岩牛窝潭。其墓至今尚存，现为江苏省文物保护单位。
轶事.永历六年（1652年）西宁王李定国围攻桂林时，曾有城里的居民看到已经死去的瞿式耜、张同敞两人充当大军