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喉音.原始印欧语通常被假定为有三个或更多喉音，它们每个都可以出现在音节主音或非音节主音的位置上。在原始印度-伊朗语中，这些喉音被合并为一个音位 //。Beekes 提示了这个 // 的某些实例在阿维斯陀语中幸存为未写下来的声门塞音。
重音.类似原始印欧语和吠陀梵语(还有阿维斯陀语，尽管未写下来)，原始印度-伊朗语有音高重音，用在重音元音上的锐音符来指示。
历史音系.把原始印度-伊朗语同原始印欧语分离开来的主要音韵变更是元音变换