遴选事件中，黄荣村指出「能退让的是政府，不可能叫大学让」，教育部作为教育行政主管机关，不应干预台大自行遴选校长的程序。他认为办教育不能分党分派，并认为处理教育政务需合情、合法、合理，在高等教育领域需强调学术自由和校园自主。2020年5月底，时任总统蔡英文亲自邀请黄荣村担任考试院院长职务，黄荣村经考虑后接纳其邀请，再度出任公职。黄荣村为《考试院组织法》修改后首个上任的考试院行政团队，新措施包括考试委员减半、院长任期缩减至四年。蔡英文在第二任总统就职典礼上，提出考试院转型为称职的国家人力资源部门，培育现代政