时任立院党团要职的廖本烟与黄适卓、黄宗源等挺扁派立委进府会见陈水扁后在立法院党团会议上达成共识相信陈水扁；台联不分区立委赖幸媛则提出质疑「陈总统的话能信吗？」要求党中央支持三罢形成两派意见，但最后中执会还是通过「不支持三罢」的决议。2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，台联第一次提名直辖市市长候选人分别让周玉蔻参选台北市市长、罗志明参选高雄市市长，选举主筹订调「刺客兵团」希望能以母鸡带小鸡的方式顺利让直辖市议员上垒。只是选战中周玉蔻不断地攻击民进党的台北市市长候选人谢长廷，并公开支持三罢强调李