3日正式下诏确定行幸大和，但萨摩藩、会津藩、中川宫朝彦亲王等密谋扫除京都的攘夷派。8月17日，天皇向中川宫朝彦亲王下达密命。次日（1863年9月30日），萨摩、会津等藩兵控制了京都御所九门，中川宫朝彦亲王、会津藩主兼京都守护职松平容保、前关白近卫忠熙、右大臣二条齐敬等人入宫参见，禁止三条实美等攘夷派公卿与他人会面，并废除了攘夷派设立的国事参政、国事寄人二职。随后，朝议通过大和行幸延期，处罚长州藩主毛利敬亲、毛利定广父子和攘夷派公卿，长州藩兵不再负责堺町御门的警备并离开京都。
七位公卿