摩鹿加族人则拒绝加入印尼。马鲁古人，前印尼联邦政府司法部长索乌莫基尔支持荷兰人提出的邦联制，因而宣布成立南摩鹿加共和国。1950年11月，印尼政府派军队镇压。由于力量对比悬殊，该国很快沦陷。该国沦陷后，小规模的游击斗争一直持续到1962年。印尼军队攻陷安汶岛后，有12,000名摩鹿加士兵流亡荷兰。
流亡政府.1962年，南摩鹿加共和国流亡政府在尼德兰王国成立。1975年，发生Wijster列车挟持事件。1977年，发生De Punt列车挟持事件。1977年，发生Bove