，9月任红四方面军步兵学校校长。长征到达陕北后，任中国人民抗日军政大学第一科第二队队长。
抗日战争时期.1937年8月，中国工农红军改编为八路军，倪志亮任八路军第129师参谋长。1938年4月，任晋冀豫军区司令员，协助刘伯承、邓小平开辟晋冀豫根据地。1939年秋，到延安马列学院学习。1941年6月，任中共中央军委第四局副局长。1945年出席中共七大。
第二次国共内战时期.1945年10月，倪志亮到东北，任辽北军区司令员。1946年1月起，历任吉江军区司令员