学校美工科就读。1968年毕业后，进入广告公司担任美工一职。1973年，成立震旦影视公司，制作了多部「芬芳宝岛」系列纪录片，如《元宵节》、《赛鸽》、《毒牙下的英雄》、《毒蛇与蛇毒》、《乌鱼来的时候》、《台湾的蝴蝶》，1977年以《乌鱼来的时候》获得第14届金马奖优等纪录片，1979再以《台湾的蝴蝶》得到第16届金马奖优等纪录片与最佳纪录片摄影奖。王菊金以《六朝怪谈》获得了第17届金马奖最佳导演奖，并代表台湾参加第53届奥斯卡金像奖外语片角逐。王菊金在1980年代末期后淡出台湾影坛。