上奏（如在〈恭陈台湾弃留疏〉中提到将台湾併入版图并不会增加中央的财政及兵力负担，此外该地又更可作为东南沿海各省的屏障），康熙帝终于接受其建议，并于1684年正式将台湾纳入版图，隶属福建省台厦道台湾府。但是，清朝治理台湾初期仍多採取被动防制政策，并对台湾人非常不信任，制定各种严厉的禁令与规定，如：依施琅之建议颁布〈渡台禁令〉限制汉人前往台湾、实行班兵制度以及禁止各地建筑（土）城等。
影响沿革.其中第二条禁令造成台湾人口之男女比例严重失衡，也促成某些移民向原住民（大多为平埔族族群