座主教座堂时就将其命名为圣方济各沙勿略堂（上海董家渡）。
纪念.据说，沙勿略的尸体长期不腐烂，一路向人展示，到1554年才被安葬在印度果阿。1662年沙勿略被教会列为圣徒，他的墓地也成为朝拜的圣地。同时，马六甲、罗马、东京天主教神田教会和澳门圣若瑟修院都珍藏着沙勿略的部份遗髑。2006年是圣方济各沙勿略诞辰五百周年纪念。纪念活动将持续整整一年。在方济各故乡纳瓦拉、方济各安葬地印度果阿以及马六甲、菲律宾和日本，朝圣活动已经拉开了序幕。