后，德川家康剥夺了大明神封号，但是并没有拆毁神社。在秀吉正室高台院的恳求下，外苑部分被拆毁，然而保留内苑和本殿。部分建筑物被片桐且元等人移往宝严寺和都久夫须麻神社。德川第三代将军德川家光的时候没收了神社，神社本殿完全被毁坏，丰国神社成了荒地。明治时，在德川家康的日光东照宫相殿祭祀秀吉，丰国神社被重新建造。祭祀秀吉的神社除京都丰国神社以外还有大坂丰国神社、长滨丰国神社、名古屋丰国神社等。大坂和长滨是秀吉的领地，名古屋是秀吉的故乡。
系谱.实线：亲子关系；点线：婚姻关系。