近年研究通常将它排除，因为和藻类差异甚大，诸如缺乏膜包围的胞器，含有单一环状染色体，细胞壁含有肽聚糖，核糖体大小、成分和真核生物不同。蓝绿藻在特化折叠的原生质膜（称为叶绿囊膜）上行光合作用。因此，它们即使拥有类似的生态区位，彼此仍然差异很大所以现时被归属细菌类中。（1811—1866） 首先根据色素将藻类分为四类，首次将生化准则用于植物分类，其四类为：红藻、褐藻、绿藻和硅藻。依现在的定义，藻类是真核生物，在称为叶绿体的膜状胞器内行光合作用。叶绿体内含环状DNA，结构和蓝绿藻相似，可能代表退化的蓝绿藻