3月25日，应邀赴西藏参加十四世达赖喇嘛坐床典礼的蒙藏委员会委员长吴忠信，在拉萨任命孔庆宗为第一任驻藏办事处处长，同年4月1日驻藏办事处正式在拉萨成立。由于孔庆宗敛财又引起处内人事纷争，1943年10月18日，蒙藏委员会批准了孔庆宗因病辞职，并且决定让沈宗濂接任驻藏办事处处长。此后，孔庆宗代行处长职务，直到1944年8月6日沈宗濂到达拉萨。中华人民共和国成立前夕，孔庆宗在重华学院、西南学院任教。中华人民共和国成立后，曾任西南财经委员会计划研究室边疆组组长、四川省政协委员。