革命爆发后，许多法国难民流亡美国，汉密尔顿夫妇帮助他们筹款摆脱困苦的流亡生活，特意记下带儿童出逃的妇女，为她们捐款。伊丽莎白还向难民家庭送出了大量衣物和食品。1792年，伊丽莎白又生下夫妇两人的第五个孩子约翰·丘奇·汉密尔顿（）。她随丈夫一同在纽约、费城和奥尔巴尼之间奔波，经营家庭。1794年，伊丽莎白再次怀孕。但他们的小儿子突生急病，汉密尔顿又因参与平定威士忌暴乱而不在家中，伊丽莎白受到巨大精神压力，在11月24日流产。汉密尔顿了解此事后立即辞去政府职务，回到纽约开办律所，希望能和家庭距离更近。在