。本站设有半高式月台门。
车站出口.出口1位于车站南端，出口2位于车站北端，均设有YouBike站点。
利用状况.本处除捷运站外，车站出口旁的福国路、文林路皆设有「捷运芝山站」公车站牌，可转乘前往泰山、关渡、士林、内湖等地。此外也有分别往返于本站与天母大叶高岛屋、台北市立联合医院阳明院区间的免费接驳车；职棒球季及大型国际棒球赛会期间，也有免费接驳车于赛事前后往返于本站与天母棒球场。规划中的社子轻轨预计将会在本站附近设站。
公车