语源则不可考。流域内许多河溪的名称都带有西班牙色彩，基于西班牙长时间佔领该地区，这些河溪很有可能是早于加利福尼亚州加入美国之前便已经由西班牙征服者命名。
城市发展至今.在发展城市之前，美国陆军工兵部队认为能够恢复在西班牙时期因过度放牧所造成的植被破坏。然而，随着位于圣胡安溪流域中部的5号州际公路建成，该地区摇身一变成为洛杉矶的睡城，同时亦导致许多剩余的草地、草甸及河岸湿地被永久清除。城市化土地的比例从1964年的3%增加至1988年的18%，而在1990年代，流域内的土地约有32%