机化学中用作温和的氟化剂。 它是第一种工业上的亲电氟化剂，自20世纪60年代起用于生产氟化类固醇。 在氯化铝存在下，它也被用作芳族化合物的亲电子高氯化试剂。研究了高氯酰氟作为高性能液体火箭燃料氧化剂的用途。 与五氟化氯和五氟化溴相比，它具有明显更低的比冲，但不会腐蚀容器。 不需要低温储存。 火箭燃料化学家John Drury Clark在他的书《"Ignition！"》中报道称 高氯酰氟与全卤素氧化剂如三氟化氯和五氟化氯完全混溶，这种混合物提供了适当燃烧含碳燃料所需的氧气。它也可以作用于的激发源。