华民国成立，孙中山在这里就任中华民国临时大总统，改原两江总督署为临时大总统府。4月孙中山卸任后，改为南京留守府。1927年，国民政府定都南京，此地为办公厅舍。1937年抗日战争爆发，11月国民政府迁往重庆。12月13日日军攻占南京。1938年3月28日梁鸿志等人在这里成立中华民国维新政府傀儡政权，1940年3月和另一傀儡政权北京中华民国临时政府并入汪精卫的南京国民政府。1945年第二次世界大战结束后，该傀儡政府改组为南京临时政务委员会，后宣告解散。1946年中华民国中央政府还都南京，1947年行宪后，蒋中正