时间前后，英国设立了打狗英国领事馆，郇和被任命为英国驻打狗第一任领事。在打狗领事任内，郇和在汉族和平埔族聚居的地区进行过比较全面的自然调查，但并未深入台湾山区和内陆。1861年1月返厦门。同年7月（咸丰十一年六月）四度访台，郇和向台湾府城金茂号店东许逊荣承租其位于今台南市卫民街万昌街口的卯桥别墅，设立第一个办公处，以为英国驻府城副领事馆。台湾府城海口淤滞，难作通商码头，十二月郇和将领事馆迁往淡水，并向清廷租借红毛城为领事馆。因办公方便、南部商业仍较蓬勃，1864年郇和又把领事馆迁回府城，淡水改成办事