际上，只有藏司、膳司、缝司、内侍司等四司有近似于四等官制的三长官，依序为「尚」、「典」、「掌」等三级女官，其他八司则只有二官制（只有「尚」、「典」级，无「掌」级女官）。天皇的后宫禁止朝廷官员进入（后妃的父兄除外），因此后宫须要大量的宫人来维持运作。奈良时代末期开始，设置了代替后宫连络朝廷官员的内侍司、其地位在十二司中等同于负责保管三神器的藏司。平安时代以后，由于朝廷出现了和内侍司、藏司职责相近的藏人一职，藏人有时因职务关系亦能进入后宫，因此造成十二司的地位与机能下降。10世纪中期以后，十二司中的内侍