。佛通寺的名称是愚中周及的老师即休契了劝请开山时，所得到的谥号「佛通禅师」中所得到灵感，并选择了良好山水之场所而建立。1409年（应永16年），从后小松天皇获得代表高贵意味的紫衣着用的许可；同年愚中示寂，以后弟子们便形成了临济中一派的愚中派。1441年（嘉吉元年）成为足利将军家的祈愿所，接受小早川氏和毛利氏的保护和供奉，最盛时期曾有88个塔头，在西日本有末寺高达约3000座。但是，应仁之乱以后，寺势衰退，尽管在小早川隆景时代曾稍微重返荣盛况，但仍流逝于之后的权力者流转变化之中。进入明治时期时曾因法灯而复兴，