与区域立委所获得的总席次仅27席，身兼民进党主席的陈水扁宣佈辞去民进党主席职务，为败选下台。陈水扁在2008年卸任后，受多项司法起诉，8月15日，因涉及将选举款项汇至国外及洗钱等罪，自行声明退出民进党。2013年5月，民进党召开全国党代表大会，陈唐山在会中提案，认为陈水扁遭受司法迫害，希望民进党主动恢复陈水扁党籍，得到200位全国党代表连署支持党代表连署支持。因陈水扁为主动退出民进党，五年不得重新申请入党的期限已到，5月29日民主进步党立法院党团总召柯建铭，代替党主席苏贞昌，为人在狱中的陈水扁，提出