分类在六齿河马属中，故其学名更名为 "Hexaprotodon madagascariensis"。但是因一些分学家将倭河马分类到倭河马属中，马达加斯加绿河马的学名亦随之改为"Choeropsis madagascariensis"。马达加斯加河马的化石纪录很丰富。当中最少有7头河马骨头上明显有被屠宰的痕迹，这显示牠们生存至人类到达马达加斯加的时期。由于有被屠宰的证据，相信牠们的灭绝亦与人类有关。虽然发现了大量的化石，但马达加斯加河马却没有被好好的研究，这可能是因学者对大型动物（如巨狐猴及象鸟）更有兴趣