目前正接受组织调查。2015年3月，北京多家媒体报道称马建是因与商人郭文贵勾结而犯事。2016年12月30日，中央纪委监察部网站发布消息：国家安全部原党委委员、副部长马建严重违纪，经中央纪委常委会议审议并报中共中央批准，决定给予马建开除党籍处分；由监察部报国务院批准，给予其开除公职处分；收缴其违纪所得；将其涉嫌犯罪问题、线索及所涉款物移送司法机关依法处理。控罪指，马建于1999至2014年担任多项公职期间，利用职权和职务上的的便利，与潜逃美国的中国富商郭文贵合谋，为他人提供帮助，非法收受1.09亿余