一流大学的同时，也遇到一些困境。学科建设方面，人文学科规模不大，医学部分一直无法与协和合併；青年教师住房问题长期无法妥善解决，部分教师甚至要求时任校长顾秉林不寻求连任。学生也发生一些突发状况与事件，2002年2月23日，清华电机系学生刘海洋在北京动物园用硫酸泼洒黑熊，引起社会高度关注。校方组织宣传募捐和教育心理方面座谈讨论，并表示尊重司法机关处理结果。2005年初，教育部下达规定，要求全国高校BBS改为实名制校内平台。3月16日，拥有众多校内外用户的技术性兼交流性论坛——水木清华BBS被学校网络中心强行物理