六道口站与15号线换乘，在上清桥设站与R3线换乘。后来延长线一分为二，原以明光桥西站（13号线）为分界，之后改为以蓟门桥站（12号线）为分界。国家图书馆站至蓟门桥站属9号线北端延长线，蓟门桥站至西二旗站属昌平线南延长线。北端延长线开通后将可以与8号线分担13号线和昌平线往南的客流压力，还可以方便学院路沿线高校的师生出行。