馆花费190万美元，建造了12个水母水缸，命名为“神奇的水母”。新的展厅展现了不同的水母，并强调在气候变化的今天，水母更容易存活，并且数量会变多。2006年，新英格兰水族馆获得（AZA）认可。2009年，新百伦基金会海洋哺乳动物中心成立，饲养着北海狗。2010年，动物护理中心开业。护理中心位于昆西市，占地面积约为，用于在展馆维护或翻修时对动物进行养育。同时该护理中心也是海洋动物急救和康复中心。2013年，水族馆在对其举行海洋水池进行翻修10个月后，终于再次开放。新的海洋水池复制了前哥伦布时期