进行封锁、掠劫，明朝水师在郑芝龙率领下击败荷兰东印度公司与海盗联军，史称崇祯明荷海战。在台湾的汉人也曾反抗荷兰统治，较知名的是1652年郭怀一事件。当时有四五千汉人参与，约为台湾汉人总数的四分之一，历时12天后被镇压，三四千名汉人死亡。清张廷玉所修《明史》中描述的台湾疆域是，“其地，北自鸡笼，南至浪峤，可一千余里；东自多罗满，西至王城，可九百余里”。值得注意的是，鸡笼与琉球、吕宋、婆罗等同被写入“列传第二百一十一外国四”篇，不在明朝版图之内。
郑成功击退荷兰人.1644年明朝灭