琼增强为大型飓风。接下来风暴的移动路径形成一个紧密的圆，并在这一过程中大幅减弱，但在恢复向西移动后又得到快速强化。10月22日，系统达到最高强度，之后不久便以四级飓风标准从尼加拉瓜布卢菲尔兹附近登陆。当时创下位置最南面的四级飓风纪录，直到2004年才被飓风伊万超越。琼在穿越尼加拉瓜后仍然保持着良好的组织结构，并在进入东太平洋后获重新指定成热带风暴米利安，之后逐渐减弱，于11月2日消散。琼共计夺走216人的生命，其中148人来自尼加拉瓜。这场飓风共计造成20亿美元（1988年美元，相当于年的美元）的损失，