以办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止「三县四厅」，设「二十厅」之行政单位，划分台南县为嘉义、盐水港、台南、蕃薯藔、凤山、阿猴等六厅，凤山厅范围北起二仁溪，西至海，东临大岗山与高屏溪，厅治设于凤山，下辖阿公店、楠梓坑、打狗等三支厅。凤山厅下各支厅舍位置如下：凤山厅舍是沿用1858年（咸丰8年）兴建的凤山县衙，由于其空间狭隘、通风採光不佳、漏水、虫害等因素，且当时凤山街为疟疾疫区，加上打狗已开通了综贯铁道和港湾改良建设，以及正在撰定中的打狗市区改正计画，