熙二十二年七月），郑克塽投降清朝，台湾进入长达212年的清治时期（1683-1895年）。清治初期的康熙年间，已有粤人自竹头崎（今竹崎乡）南下入垦后大埔（大埔村一部分）。1731年（雍正八年），漳州人赖真宗渡台，游历至后大埔社，见有沃野数百甲，遂向诸罗县请领垦照而率众入垦，建立后大埔庄，并担任第一代庄主。1788年（干隆五十三年），清廷推动熟番兵农合一制，平日耕作，农余时进行军事训练。在后大埔即设有一小分屯，屯丁7人，每人配地1.1甲，总数7.7甲。后大埔地处山区，常为盗匪所苦。