浅草线是岛式月台1面2线的地下车站，位于地下2楼。三田线是两个侧式月台1面1线的地下车站，目黑方向在地下2楼、西高岛平方向在地下3楼，採用2层式月台。该构造是由于为了保有上方的东京都保有地（过去是都电三田电车营业所）空间，加上建设当时有与东急电铁池上线与相互直通运转的构想，将与浅草线并行延伸泉岳寺方向。但是该构想最终未实现，结果变成白金高轮起与东京地下铁南北线（开业时为帝都高速度交通营团时代）共用区间至目黑并与东急目黑线相互直通运转。此外，在三田线延伸至目黑前，2层式月台皆往西高岛平方向，转辙器设于芝