及后者时，对爱沙尼亚的归属权成为争端的焦点。齐格蒙特三世对天主教的狂热也威胁到瑞典新教当权派的利益，这一点直接导致他在1599年被罢黜瑞典王位。齐格蒙特三世于是倾向与哈布斯堡王室结盟（甚至不惜放弃波兰王位以夺回瑞典王位），与他们秘密协商，并迎娶女大公安娜。在1592年的瑟姆期间，扎莫厄斯基指责齐格蒙特三世背弃其政治承诺，登基不久的新国王因此受辱。齐格蒙特致力于加强王权，并大力推行天主教会的反宗教改革（皮奥特尔·斯卡尔加是他的支持者）。国王因为无视华沙联盟中的宗教宽容与异教保护原则，使得联邦边区新增的异教