1929年（民国18年），他辞职。日本军占领青岛后，赵琪任治安维持会会长、复兴委员会委员长。1939年（民国28年）1月，他任青岛特别市市长。翌年3月，南京国民政府（汪精卫政权）成立，赵琪留任特别市长，并兼任新民会青岛都市指导部长。此外，他还任华北政务委员会委员。1943年（民国32年）3月，他辞任青岛特别市市长，专任华北政务委员会委员。据《最新支那要人传》称，他在青岛社交界以性格明朗和富有社交手腕而着称，被日本人称作“支那的”（）。他还继承了家传的学问，整理了《莱州府志》8卷。。抗战胜利后，于