纽斯，进行服役寿命延长计画（Service Life Extension Program），工程一直持续到2001年6月25日才结束，接着尼米兹号改以加州的圣地牙哥海军基地为母港。
2000年代.在2003年4月，尼米兹号前往波斯湾接替林肯号航空母舰，以支援美伊战争。尼米兹号于2003年11月2日回到圣地牙哥进行计画中的保养和维修，并再次于2005年5月部署至波斯湾，在平静无事的巡航后于2005年11月8日返回。这次部署被详细记载在美国公共电视台的《航空母舰》系列电视纪录片。