北京仅有700里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾），并拒绝清朝的提和，向其使者表示：“圣上君南方，我长北方”。清朝康熙帝初拟亲征噶尔丹，但因患疟疾返回北京。9月4日，在乌兰布通之战中，清军击败噶尔丹。噶尔丹仅率数百人逃回科布多。1691年，噶尔丹受到策妄阿拉布坦的突然袭击，粮食和物资为之一空，幸受到在拉萨掌权的第巴桑结嘉措的支持，方才得以与策妄阿拉布坦议和。1692年，噶尔丹遣使联络科尔沁蒙古首领沙津反清，沙津按照清朝旨意假意应允。1695年，经过数年的休养，噶尔丹在第巴桑结嘉措的支持下，再次进军喀尔喀。1