获释后任军事局长兼军队改革委员会主席，与奥古斯特·冯·格奈森瑙一起进行军事改革，组建正在成形中的总参谋部，实行征兵制，更新武器装备，加强部队训练。1813年普鲁士参加反法联盟后出任布吕歇尔的参谋长，1808－1813年间任普鲁士军队总监，并在1810年于柏林创建了普鲁士军事学院。直至沙恩霍斯特死亡的一段时期里，普鲁士军官的职位再次向中产阶级开放，高级军官的晋升变得以学历为准，并且军队逐渐有了民主化的趋势，但是在沙恩霍斯特死亡后，惧怕革命思想影响军队的贵族停止了这种趋势。沙恩霍斯特提倡法国的“全民皆兵”式