四年，升任右佥都御史，应天巡抚，平定柘林叛乱，与赵文华产生矛盾，被诬陷谪戍朔州。隆庆元年，杨博担任吏部尚书时，举荐曹邦辅为左副都御史，协理院事，晋升兵部右侍郎、左侍郎兼右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。此后升任右都御史，掌都察院。不久，升任南京户部尚书。万历元年因病致仕，卒赠太子少保。
家族.曾祖曹昇，祖曹□，父曹良广，母徐氏。有子曹钥。