人进入日本，出岛一度变为空地。直到1641年（宽永18年）幕府将原本位于平户的荷兰商馆搬岛出岛为主。这一事件也象征锁国体制的完成。1688年（元禄元年），长崎的中国商船数达到194艘的史上最高纪录。但在翌年，幕府下令将原本散居长崎各地的中国人集中迁移到唐人屋敷。1663年（宽文3年），长崎发生大火，市区大部分被烧毁。此后长崎重新进行都市规划。
十九世纪至二战.十九世纪之后，美国、俄罗斯、英国的舰船都曾到访长崎并要求开港，但都被幕府拒绝。发生在1828年（文政11年）的更使幕府和荷兰