它们真正的关系。举例来说，在依据DNA序列的分析中，当序列经由快速演化而产生两个（或多个）支系时，将会产生问题。核苷酸仅四种（A, T, C, G），当DNA置换率高时，两个支系在同一位点演化出相同核苷酸的机率会增加。当发生这种情况时，简约法会错误地将趋同演化解释为衍征。欲将此问题降至最小，可透过增加样本以打断长枝，或改用演化速率较慢的特征替代等方法，来修正在同一位点多次置换的问题。