天正10年（1582）信长任命三子信孝进攻四国时，与丹羽长秀、津田信澄。本能寺之变后，信澄立场被丹羽等人认为和光秀亲近而遭杀害，赖隆当时是站在长秀一方。之后跟从信孝等人参加弔祭信长的山崎之战。山崎之战后、羽柴秀吉与柴田胜家、织田信孝对立之际攻打岐阜城。秀吉给予越前国敦贺郡4万石。之后以仕从身份仕官，赐姓羽柴，故也称羽柴敦贺仕从。赐姓羽柴后，赖隆跟从秀吉征讨越中的佐佐成政及参与之后的九州征伐。天正17年（1589）死去。