军队「马其顿解放战线」及其同盟「保加利亚人民军」解放。保国亦于1944年9月向苏联无条件投降，退出轴心国，加入同盟国阵营、对德国宣战。之后，斯科普里很快成为新成立的南斯拉夫社会主义联邦共和国内马其顿人民共和国的首都。至1991年为止，斯科普里是马其顿社会主义共和国的首都。城市的规模得到扩大，斯科普里在1945年时人口有15万，在1990年代前期，增加到60万。进入1960年代后，1962年，瓦尔达尔河爆发洪水。1963年又发生了芮氏规模6.1级地震，斯科普里受到了重创，超过1,000人遇难、120,000