当地海拔约30公尺，河流进入洞穴约200公尺后，洞穴逐渐变窄。从出海口进入卡巴尤甘河，可以向上游逆行约4.5公里，此处河道水深约8公尺，河道的水面受到潮汐影响，潮差约1公尺。这种地下河系统的特点为河面未露出地表，河水在地下直接流入海中。河流的末端受到潮汐影响，河水略带盐分，成为一种特别的自然现象。地下河流经的岩洞中，可以清楚看到各年代累积形成的岩层。巴拉望岛当地的原住民很早就知道圣保罗山脉中有地下河，但是他们认为洞穴里有恶魔，因此不敢进入。现存最早关于普林塞萨港地下河的书面纪录，为1887年时担任密