8年，调入中国社会科学院，曾任中国社会科学院哲学研究所副研究员、研究员，中国社会科学院研究生院副教授、教授，哲学研究所科学技术哲学研究室主任，哲学研究所学术委员会副主任，院学术委员会委员。1998年离休，任中国社会科学院应用伦理中心研究员，同时也是北京协和医学院生命伦理学研究中心学术委员会主任。2009年，获得联合国教科文组织颁发的，他是中国第一位获得该奖项的人。邱仁宗是研究科学伦理和推动伦理问题公众传播的带头人。也是将安乐死和脑死亡等西方生命伦理学概念介绍到中国的第一人。
着作