大员沙洲上建立热兰遮城（安平古堡），作为商馆与统治行政中心。以大员长官为最高行政首长，总揽全岛统治区行政事务。同时设有大员评议会，为最高决策机构。因此「大员」亦作为全台湾岛的代称。十七世纪中期，这些沙洲因为淤积而逐渐接近乃至相连。1661年，郑成功出兵攻打台湾时，七个鲲身岛已经连成一个与内陆相连的长条状的沙洲半岛。因此郑成功的军队在攻下内陆的普罗民遮城（今赤崁楼）后，得以循海路及陆路攻打位在半岛前端的热兰遮城。大约在此前后，中文文献多以「台湾」取代「大员」，大员一词很快不再使用。鲲身半岛和台湾本岛间