淑妃、郭宁妃等人在马皇后逝世后代掌后宫。同年九月，马皇后入葬孝陵，谥号孝慈皇后。马皇后死后，宫人经常感怀，因此有歌谣传颂马皇后：「我后圣慈，化行家邦。抚我育我，怀德难忘。怀德难忘，于万斯年。毖彼下泉，悠悠苍天。」
谥号.洪武三十一年（1398年）六月，朱允炆追尊祖母为孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后。永乐十九年（1421年）正月朔，明成祖朱棣诣北京太庙奉五庙神主，重尊母亲马氏为孝慈昭宪至仁文德承天顺圣高皇后，后世简称孝慈高皇后。嘉靖十七年（1538年），明世宗朱厚熜再