.肇事列车为九州旅客铁道（JR九州）的485系电车，列车名称为「日轮九号」，驾驶的司机是渡边雅彦。该列车载有30人，全车五辆组成，事发时最头两辆出轨并翻侧。根据宫崎县警察提供，现场在南延冈站的北侧道岔（香港俗称为波口）附近，旁边民房的玻璃窗也破碎了。南延冈站的男性车站工作人员（54岁）忆述「日轮九号进入车站前，看着龙卷风把垃圾卷起了」。
出事时的车速.列车出事时、速度极低几近停车状态。