归。益州牧刘璋喜其才能，巴被留为谋士。在关于刘备是否让他入蜀协助抗张鲁的问题上明确提出反对意见。后刘璋招刘备入蜀，刘巴苦谏，璋不能听，刘巴于是闭门称疾。211年，刘备取益州，刘巴向刘备进表谢罪，刘备任命为左将军西曹掾（秩比四百石、第七品）。与诸葛亮、伊籍等人共同编撰蜀科，并曾在刘备问军需不足之策时提议铸造铜币，仅一年即令军需充足。刘备自立为汉中王后，刘巴为尚书，后代替法正为尚书令。刘巴曾经和主簿雍茂劝刘备暂缓称帝。刘备称帝的第二年，刘巴病逝。刘巴病亡后，魏国陈群亲自写信给诸葛亮问刘巴消息，对刘巴甚是敬重