改编为国军第九路军，其中一部分驻青岛。国军官兵进驻青岛后，军纪废弛，一时诈骗、勒索、杀人、嫖赌，无恶不作。陈宝仓命令整肃军纪，并且逮捕山东三十三旅部分官兵。
潜伏台湾.后来，陈宝仓调任联勤总部第四兵站总监部总监。1946年第二次国共内战爆发。在第二次国共内战中，国民政府山东省政府主席王耀武向蒋介石检举陈宝仓有遗失给养物资、资助中国人民解放军的嫌疑，陈宝仓因此遭免职。1948年春，陈宝仓在香港加入“地下民革”，并且和中共中央香港分局的饶彰风、方方等人接触，陈宝仓表示可以到台湾为“