，守旧派的失势，尊攘派开始抬头，高杉也和桂小五郎及久坂义助等人一起加入尊攘运动，于江户和京都展开勤皇及破约攘夷的宣传活动，并且和各藩的志士们互相交流。在这过程中，高杉和长州的志士们逐渐形成长州民族主义，而长州藩和朝廷及他藩的谈判工作就由桂和久坂专门负责。文久2年（1862年）12月12日，为了抗议幕府的异勅，高杉与同志一起烧毁在品川御殿山里建设中的英国驻日公使馆，然后把吉田松阴的遗骨从迁葬到世田谷。文久3年（1863年）5月10日，由于幕府从朝廷方面要求停止攘夷的期限已过，于是长州藩对在关门海峡外国船只