克各氏族割据势力日渐强大，王族内讧加剧，印度莫卧儿王朝和希瓦汗国也乘机频繁入侵。苏布罕·库里在抵御外部入侵和平定内乱中取得一定成就，但汗国日趋衰落和陷于分裂。18世纪前期，浩罕（中心在费尔干纳）从布哈拉汗国分裂出去，建立了独立的浩罕汗国。1740年，阿夫沙尔王朝纳迪尔沙入侵，阿布都拉·哈兹投降，于1747年遇害。阿斯特拉罕王朝末代可汗阿布·加齐统治期间，曼吉特首领马桑·沙·穆拉德迎娶其女，后于1785年自称埃米尔，建立曼吉特王朝，即布哈拉酋长国。布哈拉汗国灭亡。
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