至元十七年（1280年）八思巴逝世后，在护国仁王寺内“建大窣堵坡”，收藏他的真身舍利。现在基部石台座四周还保存着中统三年（1262年）八思巴致忽必烈皇帝的藏文新年祝辞（《吉祥海祝辞》）的雕刻。元初时此塔可能称为“庆安塔”，据研究，当时基座上是一座大型的覆钵式塔。元末大护国仁王寺的建筑及塔因战乱废毁。关于真觉寺兴建的缘起,文献中没有明确而详尽的记载，比较通用的说法是，明永乐年间，尼泊尔高僧室利沙（也称为板的达,五明板的达，哈里麻，葛哩麻）来到北京，向明成祖进献了五尊金佛像和菩提伽耶大塔的图纸，明成祖赐建真