科科斯群岛旗帜为澳大利亚属地科科斯群岛所使用的旗帜，于2003年面世，并在2004年4月6日启用。该旗帜为绿地长方形旗帜，内有图案为左上角为当地特产椰树，中间为黄色的新月，象征繁荣的科科斯基林群岛以及伊斯兰教，右边为南十字星座。