明正统、嘉靖、万历、天启及清干隆年间均有重修。清咸丰六年（1856年），因台风侵袭致塔顶堕地。同治十三年（1874年），清政府从海防经费中拨出巨款进行修缮。光绪元年（1875年），继咸同年间修建殿宇之后，重修千佛塔并已竣工，并撰《重修六榕寺佛塔记》。光绪二十六年（1900年），清政府诏封六榕寺住持铁禅为广东僧纲司。
中华民国.民国元年（1912年），当局废除僧官制度成立广东省佛教会，会址设于六榕寺，铁禅被推为会长。同年5月，孙中山辞去临时大总统一职​​回到广州，铁禅组织广东佛教