Rotz和鉄川与助共同设计，于1915年竣工，毗邻当时的主教座堂大浦天主堂。1962年主教座堂迁往浦上天主堂后，1989年总主教府也迁往浦上天主堂附近。旧总主教府现在是神学生寄宿学习设施。2011年，旧长崎总主教府指定为県文化财。2007年被列入世界遗产预备名单“长崎教会建筑群”。