再度发展出旺盛对流云系，将所有能量在陆地上空悉数释放，故在台湾本岛、澎湖群岛一带造成豪雨致灾。9月18日，受到东方势力相当之副低压中心牵制影响，自当日凌晨2时至早上8时间，台风主中心持续停滞在云林县斗六市附近，几乎原地打转不动。当晚，该副低压中心已在花莲附近消散，纳莉因此摆脱其牵制，故其于在晚上7时过后再度南下，呈现「自由过山」形式，终于在当晚11时自台南市安平区附近出海，进入台湾海崃南部，随即进入南海以北海域一带。一般而言，台风中心停留在台湾本岛的时间约为4至5小时，而纳莉停滞了总共长达49小时又20