使原来的汗、部长（部落首领）成为仅掌管一旗的旗长，不再拥有与朝廷对抗的实力。
设官.外藩蒙古各旗长官为札萨克（扎萨克），即旗长，每旗置一人。札萨克掌管一旗政令，由原部落贵族中产生，可以世袭。札萨克下属官吏有：内属蒙古不设盟，各旗直接隶属于将军、都统或驻札大臣。各旗长官为总管，综理一旗事务，由地方官员奏请朝廷补放。有些部落，如阿尔泰乌梁海，部分旗的总管由副都统、散秩大臣兼任。旗长为副都统者，称“副都统旗”；为散秩大臣者，称“散秩大臣旗”；为总管者，称“总管旗”。内属蒙古的佐领