000年已经累积负债至将近新台币千亿元。2000年后，台铁便规划与民营化（惟进度缓慢），进行将西部干线改造为区域铁路型态的「捷运化」计画，以西部主要都会地带路线渐次增设仅由区间车停靠的简易车站的方式来增加营运效能。除此之外，台铁局于2000年代初外购倾斜式列车行驶东部干线，加强其在东台湾地区的运输能力。目前所经营的台湾铁路总路线长度为1,100公里以上，其路线主要干线大部分路段皆已经铁路电气化，旧有的东部762mm窄轨亦拓宽为与西部一致的1067mm轨距以利东西部铁道接轨，于1991年完成东西部铁路干线的环