内新干线与在来线月台区并没有完全隔开，而是共用相同的检票口。为最少新干线定期班次的新干线车站，并且是每日最迟有第一班新干线的新干线车站。雫石车站曾在2002年时，入选东北车站百选（）名单之列。
车站结构.侧式月台1面1线与岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站，设有跨站式站房。秋田新干线小町号基本上停靠1号月台。若有小町号列车交会，下行列车则停靠2号月台。田泽湖线普通列车主要于2、3号月台开出，也有1号月台开出的列车。折返列车使用3号月台开出。作为直营站（配置站长）、管理