塞克斯号再次搭载海军学院学生，到地中海训练，并与北约军舰作长期演练，于9月3日返抵昆钖点。1966年1月7日，艾塞克斯号进入波士顿船厂大修，耗费约六百万美金。6月10日艾塞克斯号完成维修，到加勒比海试航，于8月返回母港。11月6日艾塞克斯号与核潜艇鹦鹉螺号等在北卡罗莱纳州近海演习。期间艾塞克斯号转换航线，预备与油船补油；在水下的鹦鹉螺号却穿过艾塞克斯号的护航驱逐舰，并撞穿艾塞克斯号舰体，留下一个八呎大洞。鹦鹉螺号即时浮出水面；而演习即时中止。艾塞克斯号于14日抵达波士顿船厂维修，于12月28日完成。