获得69胜13负的联盟第一佳绩，他以平均每场得分29.6分蝉联得分王并再度入选最佳防守阵容第一队，也完成了明星赛史上首位三双，但年度最有价值球员的奖项被「邮差」卡尔·马龙拿下。在总决赛中，公牛队面对西区劲旅犹他爵士，其主将马龙和「将军」约翰·斯托克顿是NBA史上最佳的挡拆（Pick and roll/ Pick and pop）组合，乔登的篮球天赋与球场的灵魂作用再一次展现。在第一场中，他以一个压哨球成功绝杀爵士，前四场双方战成2-2平手。乔丹却在决定性的第五战前一晚食物中毒，胃病毒引发了发烧及脱水的症状。