36年），张献忠骚扰蕲州、黄州，焚黄冈县枫香桥一带；文学邓云程兜甲执铁鞭，率乡兵数千格斗退敌。张献忠驻黄冈县白杨山，县民被杀六、七万人；晏清率父老向湖广巡抚王梦尹请兵，王梦尹不应。晏清任验封司郎中，周延儒勾结太监王化民入吏部，奏转任晏清为广东盐法道佥事。弘光元年（1645年），晏清任尚宝司卿；隆武二年（1646年），晏清任太仆寺卿：但都没有赴任。当时江州、黄州已经沦陷至满清。朱由榔即位，擢升他为吏部左侍郎，辞官不至。李成栋破广东，晏清避地浔南。永历帝在南宁，擢升为吏部尚书。吴贞毓以主事任吏部侍郎，诋毁晏清。