为有效保障商船及在必要时实行砲舰外交，而在1865年将中国舰队与东印度舰队的编制分开。中国舰队总司令部设于香港添马舰上，同时在新加坡及威海卫殖民地设有基地。舰队的辖区包括中国沿海、内陆河流、西太平洋及荷属东印度一带。1941年太平洋战争爆发，中国舰队与东印度舰队合併到新成立的东洋舰队。