400,766票击败对手张俊雄11万票成功连任。总选举人数926,318人，出席投票者746,469人，投票率为80.58%。1998年角逐竞选连任高雄市长时，与当时竞逐台北市长的马英九合称「北马南吴」，相庭抗衡民主进步党提名角逐连任台北市长的陈水扁和高雄市长候选人谢长廷的「南长北扁」，但在其竞选连任结果中，吴敦义因当时民进党籍市议员陈春生以一卷疑似吴敦义与某媒体女记者间暧味对话的电话录音带，被诬指其与该名女记者有婚外情（该录音带后经调查局并送美国检定，皆被证实为伪造。）而以4565票之差败给民进党