崩溃，以及随之而来的内战，洛斯阿尔托斯脱离联合省独立。不过在1840年，大部份洛斯阿尔托斯的土地和克萨尔特南戈被拉菲尔·伽雷拉的军队强制併入危地马拉。1840年4月2日，拉菲尔·伽雷拉发了一道命令，将洛斯阿尔托斯大部份被捕的政府官员枪决。而在另一方面，墨西哥利用了这不稳定的局势吞併了现今位于恰帕斯州东部的中美洲地区。在1844年、1848年和1849年，在这三年里反对独裁者伽雷拉政权之起义曾短暂的宣告洛斯阿尔托斯独立，不过均告失败。该地区迄今为止还是很独特的，且「洛斯阿尔托斯」这名称仍就是危地马拉克萨