全开通，因此有多条不同的路线曾暂时採取直通运行的方式，直到2014年11月二期路网完成才结束。目前台北捷运已无跨干线直通运行的营运模式。此外，新北投支线曾经试验与淡水线直通运行，但因噪音问题一天后改回独立营运区间。
台铁.台铁的直通运行路线大多是支线与干线之间的大站直通运行，以方便旅客转乘，例如：
美国.大都会北方铁路纽黑文线有部分列车会直通运转到上。