令停止征讨日本与安南。在内政方面专力整顿国内政治，减免江南部分赋税。然而，由于元成宗过度赏赐，入不敷出，使国库资财匮乏。1307年正月，元成宗驾崩，海山之弟爱育黎拔力八达与右丞相哈剌哈孙发动大都政变。元武宗因爱育黎拔力八达有功，册封他为皇太弟（即未来的元仁宗），相传武宗系与仁宗系交替称帝，即武仁之约。元武宗时期，加封孔子为“大成至圣文宣王”，并给予孔子的家族与弟子一些称号。为了解决元成宗时期的财政危机，元武宗设置常平仓以平抑物价，下令印制至大银钞，然而反而使银钞严重贬值。此外他将中书省宣敕与用人权划归给尚书