政府认为该台是与其敌对的势力向中国大陆人民进行政治宣传的工具。1996年9月29日，新的自由亚洲电台刚开播时，中华人民共和国外交部发言人称，“每天半小时的自由亚洲电台华语广播，其错误的政治倾向十分明显，是干涉中国内政的行为”。2008年5月26日，人民网转载《环球时报》评论《为“藏独”分子大做宣传 “自由亚洲电台”受人厌恶》，评论中以2008年3月14日中华人民共和国政府驱散西藏骚乱事件为主题，称自由亚洲电台在东北亚和东南亚国家播放却“普遍遭到这些国家政府的反感”，并谴责该电台为西藏流亡政府散布谣言。评