赦免他们的罪刑、让他们恢复官职。言辞恳切，甚至痛哭流涕，汉桓帝都不愿接受，直到应奉上书说情，汉桓帝这才下令免除三人的刑罚。刘祐被赦免后，复职任三卿（司徒、太尉、司空），刘祐经常声称有病请辞，请求退职回乡。诏书任命刘祐为中散大夫，于是刘祐隐居不出。每次三公出缺，朝廷都想到刘祐，但由于被诽谤而没有任用他。
党锢之祸.汉灵帝即位后，陈蕃辅政，刘祐为河南尹。建宁元年（168年），陈蕃密谋诛除宦官失败，刘祐被罢黜返乡，在家中去世。隔年（169年），党人大肆被杀害，刘祐家因此没有受到波及。