也改由中央政府管辖。1999年7月9日，李登辉总统在接受德国媒体专访时，定义台海两岸现况为「特殊国与国关系」（两国论）。两岸停止经贸谈判。
陈水扁政府：2000－2008年.2000年3月18日，前台北市长、民进党籍总统候选人陈水扁当选第十任总统，民进党首度执政中华民国政府，为中华民国史上首度政党轮替。2002年8月，陈水扁总统提出「一边一国论」，逐渐推动去蒋化运动。2004年3月，陈水扁。2005年6月，陈水扁通过第七次修宪，将国民大会废除；同年10月，中华民国政府停用法理上各省