生过六次较大的鼠疫疫情，波及20多个省（区），发病人数约115万、死亡约100万人。 其中较为重大的疫情包括东北大鼠疫、山西鼠疫、察北鼠疫等，在东北三省一度出现“全村绝户，重病必死”的情况。 清政府曾成立“京师防疫事务局”以应对东北三省的鼠疫蔓延，并在山海关设立了检验所。
其它地区疫情.疫情此后又蔓延到了世界其它地区，鼠疫通过蒸汽商船由海上传播到日本、新加坡、台湾以及印度等地，此后又传播到里约热内卢、夏威夷、旧金山、悉尼、开普敦等地。 全球五大洲、60余个国家和地区都爆发了疫情。