民军首领“不沾泥”张存孟复叛，拥众胁粮赏，复攻米脂，被葭州守卒击退。樊一蘅时任参政，巡抚张福臻调总兵王承恩与狐山堡副总兵侯拱极、都司、神木参将艾万年、守备贺人龙等三千人，令樊一蘅监军，将其平定。屡次被举荐，升迁为监军副使，再升迁为右参政，分巡关南。总兵曹文诏败亡，农民军逼近西安。总督洪承畴令樊一蘅监左光先、张应昌军，连破农民军，击退农民军“混天星”。农民军逼近汉中，封地在汉中的皇叔瑞王朱常浩告急，樊一蘅与副将罗尚文往救，正逢洪承畴大军到，农民军退去。樊一蘅升任按察使，与副将马科、贺人龙屡次在汉中击败农民军领