日本驻日内瓦代表团公使表示，日本十分关注在地理上极为接近的台湾医疗情况，也了解台湾参与世界卫生组织（WHO）的渴望，基于WHO为普遍化的国际组织，日本乐见在会员国的共识下，寻求解决台湾参与WHO的适当方式，包括以「」参与。2003年1月18日，总统陈水扁在「国际国会议员亚太地区安全会议」上严斥日本知名经济学家大前研一所谓「中华联邦」的论述，认为「一国两制」台湾人民都无法接受了，何况比一国两制「更糟糕」的联邦。12月，日本前首相森喜朗来台湾访问与总统陈水扁会见。2004年3月19日，陈水扁在总统选举前