寺也毁于战乱。五代十国杨吴天赞元年（922年），杨行密在同泰寺故址修建了台城千佛院。南唐时为净居寺，后又改名圆寂寺，宋代为法宝寺。明洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋命令在旧址上重建寺院，定名为鸡鸣寺。永乐年间，灵谷寺的宝志法坛迁到鸡鸣寺，为西藏噶玛噶举派活佛大宝法王哈立麻（得银协巴）建施舍台。鸡鸣寺在宣德、成化、弘治年间经过多次扩建，成为南京金陵城内第二大寺。清朝康熙皇帝和干隆皇帝南巡经过鸡鸣寺时，分别题字“鸡鸣古寺”和“古鸡鸣寺”。咸丰年间，鸡鸣寺毁于兵火，同治年间重修，规模缩减。光绪年间建豁蒙楼，