将副总司令兼第61军军长。1939年5月26日调升第6集团军（辖第61军、暂编第1军）中将总司令兼第四行署主任。1940年，阎锡山与蒋介石矛盾激化，阎锡山怀疑陈长捷与国民党中央军来往频繁，解除他的军职。陈长捷率一个警卫营到绥远投奔第八战区副司令长官傅作义。1941年4月调任晋陕绥边区总司令部（总司令邓宝珊）中将副总司令。1941年11月调任伊盟守备军（辖新编第26师、骑兵第7师）中将司令。指挥新26师和骑兵第7师乘剿缉烟匪机会，大肆抢掠，发生流血事件，迫使伊克昭盟盟长沙王出逃，酿成“伊盟事件”。1943