永良部岛流放期间，日本本土的形势也发生了很大变化。萨摩藩以公武合体、幕政改革为目标，于1862年推动，以越前福井藩主松平春岳为政事总裁职，以德川庆喜为将军监护人，会津藩主松平容保成为京都守护职，桑名藩主成为京都所司代，幕权渐渐有了回复倾向；另一方面，以长州藩为首的激进尊王攘夷派则不甘示弱，屡屡反击。1863年5月，长州藩发生美舰砲击事件；8月发生与八月十八日政变，长州势力被逐出京都，三条实美等七卿（七位亲长州公卿）被流放；10月又发生，激进尊攘派试图拥戴朝廷、挑战幕权，虽屡遭挫折，但在舆论上声势颇大。八月十