厦深铁路开通初期，惠州南站共有25对列车停靠。根据2017年1月5日起执行的列车时刻表，惠州南站一天内最多有120班列车（60对列车）停靠。从深圳北站到达惠州南站仅需27-35分钟。2017年1月5日起，惠州南站开始开行往福田站和深圳北站方向的城际动车组列车，每天在早、晚上下班时间各安排一趟列车对开。
连接交通.
地铁.深圳地铁14号线的惠阳段，以及拟建的惠州地铁1号线，将会途经本站。2020年，深圳地铁14号线惠州段列入交通运输部关于深圳市开展高品质创新