年），晋康帝与庾冰相继逝世，庾翼回镇夏口并接管庾冰的部众，留长子庾方之为建武将军，代其守襄阳。因庾方之年轻，庾翼要选可信赖的将领辅助他，如此就选了毛穆之为建武司马。永和元年（345年）庾翼死后，将领干瓒及戴羲等作乱，毛穆之与江虨及朱焘联手平定。同年朝廷以桓温接任荆州刺史，毛穆之又任其参军。
参与北伐.永和三年（347年），桓温攻灭成汉，毛穆之亦有随军。不久迁任扬武将军、颖川太守。永和十二年（356年），随桓温北伐，再次收复洛阳。同年桓温表谢尚为都督司州诸军事，驻镇洛阳，不久班师回荆