理教授的石井寻求身为教授的自己以及多位医界前辈去研究已造成重大危害的流行性脑炎，后来得到同意，成立了研究小组，也向京都帝大申请了4800日元的预算，不足者石井甚至自掏腰包，凑了1200日元。清野称在夜以继日的工作下，研究小组终于得出流行性脑炎病是因为一种病毒所致的结论，而在这些成功的资料上，石井「总是位居最前列的」，然而经过美国历史学者肯尼思·波特（Kenneth L. Port）考证，此说很大程度上是编撰而来，特别是在石井研究的1924年，当时根本没有「病毒」的概念。1927年，石井提交毕业论文《革兰氏阳