咸丰九年（1859年），户部钞票狱起，冬至日，户部稿库发生火灾，文宗降旨命宗令载垣会同刑部审讯。当时郑王端华、户部尚书肃顺结党营私，欲借机清除异己，株连逮问者不下千人。光倬受命负责讯问，载垣等人以密奉圣旨相要挟，光倬不为所动，秉公执法，并拖延此案。辛酉政变后，载垣、端华、肃顺皆死，有圣旨命刑部半月结案，光倬按期上奏，最终仅牵连商人马钖禄问罪，其余人都被释放。同治元年（1862年），原两江总督何桂清因之前对阵太平军时放弃常州城逃跑而最终押至京师，下狱论罪。余光倬依据《大清律》“地方大吏逃奔蹶事