遣家臣协助藩政的执行。晚年眼睛患病因而失明。宽永7年（1630年）10月5日于江户的藤堂藩邸病逝，终年75岁。墓所在东京都台东区上野恩赐公园。家督由长男高次继承。1915年（大正4年）11月10日获赠从三位。
评价.与加藤清正一样，是一个筑城的高手。善于利用天然形势筑城，并且以高石垣与外层水堀作为阻挡敌人的工具。藤堂高虎先后奉侍浅井长政、阿闭贞征、矶野员昌、津田信澄、丰臣秀长、丰臣秀保、丰臣秀吉、丰臣秀赖、与德川家康、德川秀忠、德川家光。后世往往会责备高虎多次变换主君