国内航厦启用后一年余、「中正机场国内线航空站设立计画」被併入「中正国际机场主计画第二次修订」检讨后，国内航厦被认为没有继续推动的必要，行政院遂于1999年5月11日决定全面停止国内航厦计画，其不再开发的环境影响评估结论变更也于2013年9月18日获行政院环境保护署于环境影响评估审查委员会第245次会议中通过。而闲置的国内航厦，则被构想改为商务航空中心使用。由国内线航厦所改建而成的「桃园国际机场商务航空中心」，则在中兴航空的承揽经营下，于2008年3月投入使用。