转任代理经济部技术处处长；2007年1月，真除为经济部技术处处长。2009年3月，调任经济部工业局局长。2012年6月，升任为事务官的经济部常务次长；11月1日，兼任纺织产业综合研究所董事长。2014年3月，转任为政务官的经济部政务次长；8月10日，在张家祝请辞后接任经济部部长；11月29日，执政的国民党于地方首长选举中惨败，行政院长江宜桦宣布内阁总辞，杜紫军亦表示无意续任。毛治国内阁交接后由邓振中接任经济部长，杜紫军转任行政院政务委员，后兼任福建省政府主席、国家发展委员会主任委员。2016年1月18日