年只有La New熊有独立二军，其余五队的二军即分配到代训红队与代训蓝队之中，这是后二者成立的起因。该年代训赛即此三队比赛。2006年，中华职棒大联盟代训对抗赛正式举行，统一二军成立，其余四队分配到代训红队与代训蓝队之中。该年代训对抗赛即此四队加上台湾电力与合作金库两支业余协训球队比赛。2007年，中信二军成立，其余三队的二军皆分配到代训蓝队之中，取消代训红队的编制。该年代训对抗赛即由三支独立二军（La New、统一、中信）与代训蓝队等四队加上台湾电力、合作金库、台湾体院与国立体院四支业余协训球队比