1911年武昌起义爆发后，康宝忠赴重庆，到达重庆时，张培爵等已宣布独立，请康宝忠任内务部部长，康宝忠推辞未就任。随后他到南京，任临时大总统府秘书处文牍科负责人。后他任南京临时参议院议员，不顾孙中山建都南京的主张，力主迁都北京。后经临时大总统府交通部次长于右任劝说，康宝忠放弃迁都北京之见，但未出席参议院会议。此后，他通电辞去议员职务，和朋友成立图书公司，兼任《民主报》记者，又和章士钊创办《独立周报》。1913年二次革命爆发，康宝忠被袁世凯政府猜忌。1913年，他担任吴淞中国公学教务长。1915年辞去教务长职务