天性免疫。细菌和真菌也可以通过形成复合生物薄膜来保护自己；最近的研究表明这种生物薄膜是多种感染的关键所在，比如以囊肿性纤维化为特征的慢性绿脓杆菌感染。
其他形式的先天免疫系统.
原核生物的宿主防卫系统.细菌（可能还包括其他的原核生物），利用一种叫做限制修饰系统的防卫机制来抵御来自诸如噬菌体等病原的攻击。在此系统中，细菌通过产生限制酶来攻击并摧毁入侵噬菌体的敌对DNA的特定区域。而自身DNA由于甲基化的作用，得以免除遭到限制酶的攻击。值得注意的是，限制酶和限