1999年11月11日，阳明海运成立子公司「好好国际物流股份有限公司」，成立时总部设于基隆市。2003年11月20日，阳明海运股票成为台湾50指数成分股。2004年3月12日，阳明海运董事会决定以新台币16.77亿元买下台北市大同区重庆北路二段「南山人寿重庆大楼」，主要供阳明海运台湾区营业部及转投资子公司未来业务发展需求；该大楼被阳明海运买下后改名为「阳明海运重庆大楼」。2008年10月1日，阳明海运散装货轮事业分割移交光明海运。2009年1月，曾是台湾三大花园之一的汐止周家花园，台北县政府文