科学分类.
分类及命名.古巨蜥是由理查·欧文（Richard Owen）所描述，并取命名为"Megalania prisca"，意为「古代巨型的流浪者」。 欧文最初将古巨蜥分类在自己的属中，但此属的有效性却被受质疑，认为是巨蜥属的异名。 由于"Megalania"及巨蜥属的性别不同，种小名也由"prisca"改为"priscus"。
系统发生学.多项研究都尝试找出古巨蜥在巨蜥属内的系统发生学位置。其中一个指牠们的头颅骨顶形态与眼斑巨蜥相似，认为与之相近。 另