体与钌原子配位。同族元素铁和锇的羰基原子簇合物中，十二羰基三钌的分子结构和Os(CO)相同，而不同于Fe(CO)的分子结构，由于Fe(CO)中的两个羰基配体同时与两个铁原子配位形成对称的边桥基（edge bridging）而具有C点群的对称结构。以三氯化钌为原料通过与高压一氧化碳的氧化还原反应可制备十二羰基三钌，反应的化学计量比不确定，一种可能的反应式为：
反应.十二羰基三钌在高压一氧化碳的条件下会发生原子簇的解离形成五羰基钌，五羰基钌在室温下会放出一氧化碳重新形成十二羰基三钌