任第四支队先遣支队司令员（汪道涵任副司令员）。1939年2月，新四军组建五支队，他改任五支队特务营教导员。为扩大影响，五支队和“忠义救国军”产生摩擦，年底他率领第五支队吞并此部队。此事招致国军忌恨，1940年2月，皖北行署专员盛子谦率三千人南渡淮河，与李长江部合并，企图吞并五支队。3月27日，罗炳辉指定程启文率领两个半连、以及陶勇从江南带来的苏皖支队两个营，与国军韩德勤的常备十旅交战。程启文在丧失两道防线后，死守最后一道防线，并且在岗村击溃国军第十旅。之后，他担任江北指挥部独立第4团副团长。皖南事变后，他重