总督由全民选举产生，直到1528年。15－16世纪热那亚的商业受奥斯曼帝国和威尼斯的影响而衰落，外国统治成为常态。1463年开始，热那亚被米兰的斯福尔扎家族统治，除去1478-1488年间的两任总督外，总督制在1507年才恢复。16世纪初，热那亚处于法国瓦卢瓦王朝和西班牙王国的交替控制之下。法国和西班牙不仅直接占领，还分别迫使两任总督与其结盟，以至于奥塔维亚诺·弗莱格索（Ottaviano Fregoso）承认了法国对热那亚的宗主权。1528年神圣罗马帝国海军将领安德里亚·多里亚驱逐了热那亚的法国人