埃尔一世在位时在屯门(今香港屯门)登陆并建立葡佔屯门的殖民政权，明朝要求葡人离开否则武力驱赶，又因贸易问题同明朝交恶，于是明葡开战，屯门海战爆发，葡军战败彻出屯门。此战亦是中国王朝与欧洲帝国第一次发生军事冲突。曼努埃尔一世在1521年逝世，由其长子若昂三世继位。
家庭.1497年，曼努埃尔与阿拉贡的伊莎贝拉结婚。伊莎贝拉是卡斯提尔女王伊莎贝拉一世和阿拉贡国王斐迪南二世的长女，她在弟弟去世后成为西班牙的王位继承人。1498年，伊莎贝拉在产下独子后去世，后者亦于1500年夭折。