不久后的景元五年（264年）一月，弟钟会在蜀地叛乱被杀，钟毓的儿子们都被捕入狱该当死罪，司马昭表请皇帝下诏赦免诸子，官爵如旧，只有过继给钟会的钟毅以及随钟会入蜀的钟邕二子被杀。有传闻说，是因为钟毓曾经私下向司马昭建议过：不可让钟会独揽重任。死后追赠车骑将军，谥惠侯。