亚图拉在一些事务上对其他阿亚图拉的指令提出了反对。例子包括：一些阿亚图拉被声称与反伊斯兰共和国活动有关而被软禁，包括：
批评.批评者有时会使用「穆拉政府」（mullahcracy）一词来形容监督委员会和伊斯兰共和体系，「穆拉」是所有伊斯兰学者的称谓，在后缀加上「政府」用以指称其政府。一些伊斯兰学者如大阿亚图拉侯赛因-阿里·蒙塔泽里和阿亚图拉侯赛因·卡泽梅尼·波洛杰迪（Hossein Kazemeyni Boroujerdi）也批评伊斯兰学者的过度干预，批评的矛头主要指向