科目考试、大学学科能力测验、大学入学术科考试」作为大学多元入学的指标。2003年3月14日台湾首例非典型肺炎引发SARS风波，使得全台湾产生恐慌浪潮，创下台湾战后以来，医院封院、街坊封楼、医院外全面发烧筛检的首见景况。2003年底成为东亚第一个立法保障公民投票权的地区。2004年3月19日，于总统大选前夕发生「三一九枪击事件」，为中华民国政府迁台以来首次国家元首遭枪击事件，翌日，陈水扁及吕秀莲当选连任第11任正副总统。2005年6月立法院预算审核通过新十大建设。2006年8月12日起，针对陈水扁总统任内爆发