机车的招标总是得不到回应，因而唯一的办法是对FL9型机车进行一次又一次的大修，以尽可能延长其使用寿命。1985年起，为了配合具备电气供暖的投入运用，大都会北方铁路对部分FL9型机车进行了相应改造，加装为列车供电的辅助柴油发电机，为旅客列车的空调、照明、蓄电池充电等用电负载供应480伏特60赫兹三相交流电。1986年，铁路公司决定选取十台FL9型机车进行全面的现代化改造，其中包括大都会北方铁路的七台机车（2040～2046）和长岛铁路的3台机车（300～302），改造内容包括采用全新的涡轮增压柴油机、三相