灰岩构成。山体南部有石炭系、二叠系玄武岩与灰岩互层。玉龙雪山东麓有白水河与黑水河奇景，这两条河的一条河床发育在石灰层中，另一条则发育于玄武岩中。前者的河底全爲白色的石砾，水质清冽；后者则正好相反，石砾黑黄。两河一白一黑，形成特别的景观。玉龙雪山亦是青藏高原范围内最边远的有海洋性冰川分布的高山。气候雪线在海拔5000米左右，地形雪线大约爲4000~4500米。主峰扇子陡发育有悬冰川，海拔4500~5000米左右的高度则分布有冰斗冰川，现冰川总计有19条，总面积11.61平方公里，其中「白水一号」是目前最具