字介之，号大愚，江阴人。
生平.月城黄氏九世孙，黄銮之曾孙，出生于1579年（万历七年），1621年（天启元年）恩贡，崇祯年间与缪尊素成立“江上九子社”，主张“广言路，行改良，正朝政”，明末闭户读书，长斋事佛，与钱谦益有往来。周延儒早年曾与黄毓祺同窗共学，一日两人议论天下事，话不投机，毓祺用桌上砚台掷之，没打中，叹曰：“恨不杀此误国儿！”1645年（顺治二年）固守江阴，八月城破，毓祺潜渡海。明亡后，毓祺奔走各地，筹划义师抗清。1647年（顺治四年）正月，组织船只千艘，起兵舟山海上，