，同时见陈昶已死又心存畏惧，想了很久后最终决定背叛陈敏，最终于明年与周玘等将陈敏击败，协助平定叛乱。
统治梁州.同年琅邪王司马睿南渡江东，任命甘卓前锋都督、扬威将军、历阳内史。其后先于永嘉五年（311年）击溃反对司马越的镇东将军周馥，后又参与讨平杜弢的叛乱，累计功勋获封南乡侯，拜豫章太守。后改任湘州刺史，及后更获进爵<nowiki>于</nowiki>湖侯。司马睿建立东晋以后，甘卓升任安南将军、梁州刺史，假节督沔北（今湖北北部）诸军，镇襄阳。在任期间为政简惠，又善于绥抚，又不收估税