以后，甘卓升任安南将军、梁州刺史，假节督沔北（今湖北北部）诸军，镇襄阳。在任期间为政简惠，又善于绥抚，又不收估税，令市无二价；甘卓亦将收境内所有鱼池的税款全部赠施给贫民，当地都称许甘卓的政策。
讨伐王敦.永昌元年（322年），大将军王敦于武昌（今湖北鄂州市）以诛刘隗之名起兵进攻建康，并派人通知甘卓，请甘卓与他同行。甘卓最初答应，但及后并没前往，更派参军孙双劝阻王敦。王敦及后再命孙双回报，更以公爵之位引诱，但甘卓仍然没有前往。同时湘州刺史司马承亦派主簿邓骞游说甘卓反叛王敦，但甘卓参军