。曾埋葬圣方济·沙勿略的空墓，今天仍然存在。1641年荷兰征服马六甲，教堂归属荷兰归正会，名为圣保罗堂，或"Bovernkerk"，继续作为荷兰人的主要教堂，直到1753年基督堂建成后，圣保罗堂改为世俗用途，成为马六甲防御工事的一部分，堂内用作墓地。英国于1824年占领马六甲，教堂被用作火药库，情况进一步恶化。1924年，古老的葡萄牙墓地被发现。1930年，新成立的马六甲历史学会会长进行了进一步的发掘。正是在这一时期，散落在教堂周围的墓碑被贴在墙上。1952年，教堂的废墟前竖立了圣方济·沙勿略的