结构.3号航站楼站为港湾式站台，共设有两个岛式站台、每个岛式站台两侧各有一条轨道，合计四条轨道。目前首都机场线仅利用中部的一条轨道，将相邻的轨行区占用为站台，实现一侧上车、另一侧下车。
运营.列车从三元桥站方向驶来，进入3号航站楼站停车上下客后，车头车尾互换，反向驶出站，驶向2号航站楼站。上行至市区可换乘北京地铁10号线（三元桥站）、2号线、13号线（东直门站）。乘坐首都机场线列车单程票价为25元/人，可使用北京市政交通一卡通付费，站内亦可进行一卡通