物种包括发光浮游生物等。葡国国内有许多特有的昆虫物种，只分布于特定地区；其他常见昆虫物种有锹甲和蝉等。马德拉和亚速尔群岛上有许多特有物种，包括鸟类、爬行类、蝙蝠、昆虫、蜗牛和蛞蝓等，它们与葡国本土的生物体系分离开来，自行进化。在马德拉有250多种可见的腹足纲动物。葡国的自然保护区包括1所国家公园（Parque Nacional），12所自然公园（Parque Natural），9所自然保护区（Reserva Natural），5所自然纪念物区（Monumento Natural）以及7所受保护景观区（P