5年（1508年）、主君・澄元与细川高国争夺细川家的家督之际，6月大内义兴拥立足利义稙上洛，赶走了11代将军・足利义澄和澄元追放而成功复归了将军役职，高国成为了细川家当主并就任管领。长经所属的义澄派包括澄元、畠山义英、古市澄胤与义稙派的高国、畠山尚顺在河内国交战，战败并逃走，最后在大和初濑被捕，8月2日在河内被斩首。