前往葡属莫桑比克境内的莫桑比克解放阵线控制区。在当地，穆塞韦尼接受武装游击训练。在左派历史学家沃尔特·罗德尼（）的教导下，他完成了一篇学士论文，内容是探讨弗朗茨·法农暴力革命理论在后殖民主义时期于非洲的可行性。1970年，穆塞韦尼加入乌干达总统米尔顿·奥博特的军事情报机关。当阿敏将军在1971年1月发动军事政变、夺权后，穆塞韦尼与包含奥博特总统在内的人流亡到坦桑尼亚。
推翻阿敏（1972年－1980年）.流亡坦桑尼亚反对阿敏统治的军人（主要为兰吉和阿乔利族人）在1972年9月入