区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属彦根县和宫川县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入长滨县，而长滨县先是在三个月后更名为犬上县，半年后又与滋贺县合併。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「爱知郡」，并在中宿村（位于现在的爱庄町）设置郡役所。