外还对不遵法度的藩王采取“初犯容之，再犯赦之，三犯不改，则告太庙废处之”的处理办法，废除了骄横不法的齐王朱榑、谷王朱橞和没有子嗣的安王朱楹、郢王朱栋的封国。
清朝.清初封明朝三降将吴三桂、耿精忠、尚可喜为三藩，屏卫西南、华南以及东南地区。至康熙朝，三藩势力渐大，隐隐有割据之意。康熙帝决意削藩，三藩由此造反，史称三藩之乱，以吴三桂为首打出「反清复明」旗号。历年乃定。此外，清朝亦限制八旗兵的权力。