台湾总督桦山资纪于冲绳会合，贮备武力进攻接收台湾，5月29日“登澳底，攻基隆，取台北”，6月3日下午攻占基隆制高点狮球岭炮台，6月11日在鹿港商人辜显荣的协助下入台北城、设司令部于原清朝布政使司衙门的所在地。6月18日近卫师团前往淡水，将淡水的数千名清朝士兵遣返回中国。台湾民主国成立后，奉派进攻台湾。攻下台南后，回日本，宣布-师团长北白川宫能久亲王（皇叔，陆军中将）去世，另一少将旅团长战死。全岛的反抗大致平定后，该师团于1895年11月离开台湾，从此不曾再离开日本。
二战期间.太平