隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「新社区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，新社区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「港后」大字，隶属于台南州虎尾郡二崙庄。战后二崙庄改制为二崙乡，隶属于台南县，大字亦改制为村。1950年10月，云、嘉、南分治，二崙乡改隶属云林县。
聚落.本地区发展较早的聚落有荷苞屿、荷尼屿、死九厝、山藔（港后）等，在日治期初期的官方地图上已有记载