29年回国后任中央研究院历史语言研究所研究员。从此以后，他从事田野调查，描写壮侗语族的许多语言（壮族的龙州话和武鸣话），同时也对上古汉语和古藏文进行了深入的研究。学生有和康达维等。李方桂1948年当选中央研究院第一届院士，1949年以后先后任美国夏威夷大学和西雅图华盛顿大学语言学教授，20世纪50年代初曾当选美国语言学会副主席。在1977年发表了台语比较手册，是他40多年的研究成果的结晶。曾于1973年在中央研究院工作。