1896年发现了包含新石器时代以来数个文化层的芝山岩遗址，其陆续出土的大量文物史芝山岩遗址在台湾北部的考古研究佔有重要地位。在2000年，由学者在芝山公园入口处再挖掘出了两具属圆山文化之人体骨骸。
清治时期.康熙初年，漳州人自唭里岸来到此处，与平埔族人协议开垦，而在此处建立了漳州人的聚落。芝山巖的土地在干隆初年为黄善家族所有，因地势陡峭不易农耕，主要用来作为放牧使用。在黄善去世后，黄家亲族自漳州府来台，并将随身携带的开漳圣王香火包奉祀在黄家厅堂，之后便将住宅改建为寺庙，并在于干隆十