他在2011年中国足协杯第一轮首次代表青岛中能出场迎战中甲球队广东日之泉，但在点球决战未能补出对手的点球，最终青岛中能6比7告负。这也是他在2011赛季的唯一一次在正式比赛出场。2012年6月23日，他在青岛中能客场挑战广州富力的比赛第6分钟替补受伤的刘震理出场，第一次在中超联赛亮相。他在比赛中多次扑出对手的威胁射门，最终帮助球队3比2击败对手，打破广州富力赛季主场不败的记录。之后，牟鹏飞凭借出色的表现一跃成为球队的主力门将，2012赛季联赛出场16次，丢球20个，5场力保大门不失，并2次被评选为全场最佳球