担负闽南地区空军部队作战指挥任务。1978年8月，漳州的福州军区空军辅助指挥所正式列编，称中国人民解放军空军漳州指挥所。1985年9月，在百万大裁军中，空军漳州指挥所撤销。1990年代末，重新组建中国人民解放军空军漳州指挥所，副师级。在2016年深化国防和军队改革前，空军漳州指挥所隶属中国人民解放军南京军区空军。2016年转隶中国人民解放军东部战区空军。