摩尼教活动被禁，草庵一度作为佛教活动场所。1961年，草庵被列为福建省文物保护单位，1996年，草庵内的草庵石刻被列为全国重点文物保护单位。2016年，草庵被列为“海上丝绸之路”的申遗点之一。
历史.武周延载元年（694年），摩尼教僧人拂多诞抵达长安，开始在中原地区传教。会昌年间，唐武宗灭佛，摩尼教受到波及，摩尼教唿禄法师因此逃至福建一带，经福清、福州到泉州传教，并最终去世与泉州清源山下。草庵的建造时间起初存在宋代和元代两种不同的说法，考古人员于1979年在草庵发掘出一批写有“