889年（明治22年）1月18日，石原莞尔出生于山形县 鹤冈市的庄内藩（虽然户籍上写的是1月17日），是当地署长石原启介的六男四女家的老三。家中的长子（泉）和次子（孙次）分别在出生两个月和两周后折命，莞尔实际成为了家里的长子。石原家的四子（实为次子）作为海军中佐在1940年6月因为飞机事故而殉职。五子（三郎）在一岁去世，而只有六子（六郎）活到了战后并且一直在石原莞尔曾经住过的西山农场直到了1976年。而家里的长女嫁给了一名医生，二女（志）嫁给了一位军人，三女（丰）和四女（贞）在二十四岁去世。因为父亲工作