管理包括山阳本线（JR神户线）土山站、东加古川站、宝殿站和曾根站4站，以及加古川线所有中途站。若在JR神户线与加古川线之间转乘，需要通过中间闸机。
车站构造.在2005年3月1日，车站与邻近的连续立体化项目完成。此站成为高架车站。在高架化后旧车站大楼被拆毁。新车站大楼以之清流上，小船泛起细波的意念而成。在「Biera加古川」的入口上方的时钟是来自旧车站大楼。
现时.车站设有2面4线的岛式月台（可容纳12卡车厢，总长245米），以及1面2线的岛式月台（