的遗迹是伊豆大岛的下高洞遗迹，其历史同样可追溯至绳纹时代早期。位于品川区、大田区交界处的是东京都内代表性的绳纹时代末期遗迹，显示当时东京地区的人类活动范围已经扩大到海岸。在文京区弥生的贝冢发现的土器是日本最初发现的弥生式土器，「弥生」这一地名也成为弥生时代的语源。弥生时代和绳纹时代最本质的不同在于人类的食物来源从狩猎改为农耕为主。在北区飞鸟山发现的环濠遗迹是东日本最大规模的弥生时代中期环濠遗迹。4世纪时，东京地区开始出现前方后圆坟，开始进入古坟时代。东京地区最初的古坟群出现在多摩川下游。大田区的田园调布