徐根宝重新回到球队执教。申思以940万元高价，和申花另一名主力祁宏一起转投上海中远，并帮助球队在次年夺得联赛亚军，并入选了甲A联赛最佳阵容。2005年，上海中远重组阵容，没有与申思续约，申思更诉诸法院向俱乐部索要之前欠薪，最终获得成功。同时申思转会上海中邦，但是之后与俱乐部因为商业宣传等事宜发生矛盾，与队中另一位球星范志毅一起遭到俱乐部处罚，随即宣布退役。
执教生涯.2006年，刚刚退役的申思出任甲级队上海康博群英队（后改名为上海七斗星）主教练。2007年5月由于在甲级联赛战绩