永历十六年（1662年）占领台湾。永历十七年（1663年），郑成功控制的金门、厦门易手于清军，清朝控制福建全境。康熙元年（1662年）清政府颁布迁界令，福建沿海大量居民被迫流离失所，直至1669年复界以后才得以重返家园。康熙二十二年（1683年）清朝从明郑政权手中夺取台湾，并于二十三年（1684年）增设台湾府。至光绪十二年（1886年）台湾单独设省。清朝时福州是中国与琉球国贸易的规定口岸。福建也是清朝茶叶出口贸易的主要省份。福建在清朝时粮食无法自给，需要从外省输入，特别与台湾的贸易关系十分密切。道