回日本后，台大医学院第一内科最早期的本土师资之1和第2位台湾人主任（第1位是翁廷藩）。接主任后在他的老师：研究汉药的杜聪明先生支持和指导下，同时在台大医学院试办汉方科，以第一内科主任兼首位汉方科主任，不久汉方科停办。1947年与郭琇琮、谢涌镜、萧道应、许强、邱林渊等参加中国共产党台北市工作委员会，成为地下党员。1949年6月辞第一内科主任行政职，仍任台大教职。1950年5月13日台大医院发生第三内科主任许强、眼科主任胡鑫麟、耳鼻咽喉科苏友鹏、皮肤泌尿科胡宝珍4位医师被捕的白色恐怖事件，翁教授