社迁回北京。但经历了战争的蹂躏，作为一个民间学术团体，营造学社资金日渐紧张，学社的创办者朱启钤也已经家资散尽，无力维继，之后的很长一段时间内学社只能在朱私宅办公，在社会上的影响日微，渐渐不为人知而于1946年无声消失了。2006年，位于四川省宜宾市翠屏区李庄镇的中国营造学社旧址，被公布为全国重点文物保护单位。营造学社的书稿、照片、图纸等资料现在多保存在清华大学建筑学院图书馆，目前部分资料已经完成数字化保存和编目工作，并有内容描述和小图在网上提供检索服务。
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