直属的天领，1656年改委託人吉藩代为管理。19世纪末明治维新后，曾先后被新政府划入新设立的富高县和日田县，1871年第一次府县整併后被划入美美津县，1873年再随美美津县一同被整併至宫崎县；此后在1876年的第二次府县整併中一度又随着宫崎县被併入鹿儿岛县，直到1883年后重新恢复设立宫崎县后，才再次隶属宫崎县。1884年臼杵郡被分割为东臼杵郡和西臼杵郡后隶属西臼杵郡，1889年日本实施町村制设立椎叶村，椎叶村虽然在1949年改隶属东臼杵郡，不过至今都未曾参与市町村合併，并一直维持「村」的层级至今。