万历五年（1577年）丁丑科会试第七十一名，登进士第三甲第十九名。授荆州推官。万历十年，以政绩卓着授御史，弹劾不避权贵，大学士张居正归葬，群吏趋事恐后，允贞独不赴，又疏陈张居正、吕调阳等，以权谋私，其子相继登科得举，建议神宗“宜严敕所司，毋循故辄”，为张四维、申时行所忌，出为许州判官，改任南京吏部主事。海瑞亲笔书写了“直言第一”的条幅赠给魏允贞。后起任顺天府丞、累迁通政司右通政。万历二十一年（1593年）因替赵南星辩护，以右佥都御史巡抚山西，裁减幕府及州县冗费，又巡视边防。进右副都御史，力陈矿监张忠、孙