56年，卫理公会在东亚地区的首座教堂真神堂诞生于福州茶亭街。从晚清至民国，新教教会在福州创办了许多新式学校和医院，对福州的现代化进程起到了推动作用。新教还发展了罗马化的福州话文字，即平话字，并在教会学校中加以推广。新教在福州的传播过程中也产生了黄乃裳、倪柝声这样颇有影响的教徒。中华人民共和国建立后，各新教教会也受到了三自运动巨大的冲击，有些持异议的教徒遭受到迫害，家庭教会的活动形式则在后来兴盛起来。
天主教.
福州天主教历史.1624年底，艾儒略来福州传播天