顾问、中央政治会议开封分会委员等职务。1928年（民国17年）6月，何其巩出任国民政府统治下的首任北平特别市市长。1929年5月8日后，他称病不再上班。1929年，改任首都建设委员会委员。
中年经历.1931年8月，他回到家乡安徽省任职，历任安徽省政府委员、安徽省教育厅厅长、安徽省财政厅厅长。1933年5月，何其巩出任行政院驻平政务整理委员会委员兼秘书长。翌月，出任华北区救济委员会委员。1934年，时任北平政务委员会秘书长何其巩密呈条陈，建议蒋介石在安定北方、巩中部基础上，着手