随着球队在接下来的赛季没能进入欧洲赛事并且丢掉了联赛冠军，再加上Alexander Rezeš在斯洛伐克政府的换届选举中失势，俱乐部也开始走下坡路。
1997-98赛季欧洲冠军联赛.1.FC科希策是斯洛伐克独立以后第一支参加欧洲冠军联赛正赛的斯洛伐克球队，但也成为了欧洲冠军联赛历史上第一支在小组赛一个积分也没有获得的球队，输掉全部六场比赛。球队与曼联、费耶诺德和尤文图斯分在一个小组。在参加欧洲冠军联赛期间，球队的中场球员米兰·奇维里克在一次车祸中丧生，年仅21岁。Section