民国护照之中华民国公民可以申根区免签证入境，停留日数与申根区合併计算，每6个月期间内总计可停留90天。爱沙尼亚公民持有欧盟护照者也可以免签证的方式入境中华民国，停留最多90天。
相关警示.有鑑于2019冠状病毒病疫情，中华民国外交部的国外旅游警示分级表将爱沙尼亚归类为红色警示：不宜前往，宜尽速离境（2020年3月17日发布）；卫生福利部的国际旅游疫情建议等级表已将各国家与地区归类为第三级警告：避免至当地所有非必要旅游（2020年3月21日发布）。
经济.