佈在整个印度尼西亚，大部分集中在主要城市地区。在2000年，印尼大约有35％的华人是新教基督徒。印度尼西亚目前有3个新教基督徒佔多数省份：西巴布亚省、巴布亚省和北苏拉威西省；分别佔总人口的60％，68％和64％。
罗马天主教.天主教在葡萄牙到达印度尼西亚做香料生意期间传入印尼。截至2006年，印度尼西亚人口中有3％是天主教基督徒，天主教信徒主要居住在西加里曼丹省，巴布亚省和东努沙登加拉省。东努沙登加拉省的弗洛勒斯岛和西帝汶为印尼天主教信徒佔多数的地方，约佔印尼总人口的54.56％。