内战中，比亚法拉军最初成功往西突击了尼日利亚西部，但8月后尼日利亚军很快就恢复过来，逐步深入比亚法拉，迫使比亚法亚将首都迁往阿巴，再于同年末迁往乌穆阿希亚（Umuahia），最后于1969年迁往奥韦里（Owerri）。至1970年，比亚法拉出现大规模饥荒，经济及军事崩溃，奥朱古上校流亡海外，比亚法拉重新并入尼日利亚。这场战争造成约100万人死亡，其中多数是死于饥饿和疫症，成为第二次世界大战后非洲最大型的人道灾难之一。这场战争也为尼日利亚社会带来深刻的伤痕。