部遭破获后台北市工委也岌岌可危，郭琇琮前往宜兰成立兰阳支部、许强、叶盛吉先后接任台大医学院支部书记，1950年2月，刘沼光潜逃回大陆，学工委转交由李水井带领，5月李水井遭逮捕，学工委瓦解，郭琇琮夫妇落网，许强及胡宝珍等在台大医学院各科主任会议上遭逮捕，叶盛吉也于屏东热带医学中心遭到逮捕，台大医学院支部至此瓦解。