台湾主权给谁，形成台湾法定地位未定，因此他主政时才说「中华民国在台湾」。
争议论点.台湾本土派认为，中华民国对台湾并没有主权，台湾不属于中华民国，中华民国早就于1949年灭亡，称中华民国在台湾是非常荒谬的。1997年8月，台独左派人士杨碧川说，在中华民国政权一再重申「台湾是中国的一部分」的情形下，如果借由台湾人民直选中华民国总统的事实可以代表台湾人民主权的行使，那么「中华民国在台湾」也将可循香港回归的模式回归中国，「承认中华民国对台湾的统治，危机就在这里」；唯有消灭中华民国流亡