第二任总统刘永福将此作为「总统府」。
沿革.
宁靖王府邸与东宁天妃宫.明末清初，1646年明朝桂王朱由榔于肇庆称帝，是为南明永历帝。永历二年（1648年），宁靖王朱术桂被指派为郑成功的「监军」，其功用实为郑成功用来凝聚「反清力量」的明朝王室代表。而在郑成功逝世（1662年）后，在台湾发生郑袭与郑经的嗣位之争，郑经取得胜利后为延续明郑的号召力，遂欲迎奉宁靖王来台，并在返回金厦前要部属黄安监造王府。永历十七年（1663年）明郑与清荷联军历经金厦海战之后，明郑势力撤