自此，乃朗寺成为噶玛噶举派红帽系的主寺。让琼多杰在北京时，曾致信让扎巴僧格去住持德钦登寺，但扎巴僧格没有遵师命，仍常住乃朗寺。扎巴僧格有许多弟子，其中以雅第班钦（1299年－1378年）最有名。雅第班钦曾创建了一座名为“艾瓦木”的寺庙。乃朗寺原为噶玛噶举派红帽系活佛（夏玛巴）的坐床处。五世达赖罗桑嘉措时，将洛扎拉隆寺强逼改宗格鲁派，为安置拉隆寺的噶玛噶举派红帽系的旁支“巴吾活佛”，才分出乃朗寺作为巴吾活佛的世代坐床处。《番僧派源考》记载：前辈乃朗仓唿图克图，名祖拉克嘉木磋（另有说法认为却旺伦珠为第一