制中心开始试运行，成为中国首个、世界第三个能够进行透明控制、高精度实时定轨、处理高速数据、支持可视化测控和传输清晰图像的现代飞行控制中心。党和国家领导人江泽民、李鹏、朱镕基等人以及军队领导人先后视察了控制中心。1999年，中国载人航天工程立项7年之后，神舟一号飞船在该中心的飞行控制下在太空飞行。此后，该中心执行了历次无人飞行、载人飞行、探月飞行任务。2005年，该中心更名为“北京航天飞行控制中心”。2005年10月12日，党和国家领导人胡锦涛、贾庆林、曾庆红、吴官正等人来到北京航天飞行控制中心，观看神舟