进步党取得政权，亦长时间获得重用。2000年5月，民主进步党陈水扁政府执政以后，林文渊出任经济部国营事业委员会副主任委员。其后因政治考量，数度出任国营事业要职，复因政治因素几度辞职。后被任命为中钢董事长，成为首个非中钢出身的中钢董事长，主导中钢投资高雄捷运；乃陈水扁担任中华民国总统期间，最受信任且重用的人士之一。2008年陈水扁卸任中华民国总统之后，林文渊屡次因陈水扁家庭密帐案受检调单位传唤，迄今尚以事证不足候传，未被以任何罪名起诉。林文渊于中钢卸任四年余后，以统有全权为首要条件、期由建立制度、