529年及1531年爆发两次卡珀尔战争（Wars of Kappel）。于1648年欧洲各国签定威斯特伐利亚和约，承认瑞士为一独立国家并确认其为中立国。三十年战争结束后，由于经济困难、贵族垄断政权且滥用特权，而于1653年爆发农民起义。至18世纪，天主教及新教各州的冲突仍然存在，于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役（Battles of Villmergen），第一次天主教各州战胜，第二次则由新教各州战胜，伯恩及苏黎世两州的政治影响力则与其经济实力相符。
拿破崙时期.