克斯洛伐克发生政变，捷克斯洛伐克共产党在苏联红军的支持下开始执政。扬·马萨里克在新政府中仍然出任外交部长，是仅有的2名无党派人士之一（另一位是国防部长斯沃博达）。1948年3月10日，人们在扬·马萨里克的住宅窗下发现了他的尸体。他只穿着睡衣，平躺在切宁宫公务员住宅浴室窗户下的地面上。
死因成谜.扬·马萨里克的死讯公布后，官方的说法是自杀（可能是内心崩溃，以及无力应付自己的问题）。这种说法自然遭到了一些人士的质疑。他们认为马萨里克是被苏联内务部警察谋杀的。导火索可能是马萨里克支持