可以支援特种作战，及帮助其他潜艇或者船舰进行补给，例如美国维吉尼亚级潜艇上头就配有可以供予特种部队所使用的潜艇。
历史.最早的潜艇海龟号可能是一种微型潜艇。1901年，红宝石中央设计局设计海豚号。微型潜艇着名的作战是珍珠港事件，并将美国卷入第二次世界大战，它也是继19世纪中的美墨战争之后，第一次有另一个国家对美国领土发动攻击。
运用.曾经有军用微型潜艇的国家有日本、纳粹德国、苏联/俄罗斯、义大利、中华民国、朝鲜、伊朗、越南、美国、巴基斯坦、荷兰等等