院毕业后的林杰樑，先是进入桃园市龟山区林口长庚纪念医院肾脏科任职，之后除了从肾脏科住院医生晋升成为主治医师外，同时还担任了长庚医疗财团法人临床毒物科主任。其中林杰樑主要专攻肾脏学、透析治疗学、毒理学、环境职业医学等，同时也是长庚大学医学院内科教授。根据《康健》杂志报导其妻子谭敦慈形容他是「全年无休的医生」，甚至连假日都会到医院探视住院的病人，而在非值班的日子他也经常半夜爬起并打电话到医院关怀病患情况。而在长庚医疗财团法人开设毒物科以后，林杰樑逐步将救制范围从原本的农药中毒、安眠药中毒扩展至环境毒物和职业毒物