几次几乎翻船，阮卓仰天悲唿，很快风就平息，当时的人都说阮卓孝感动天。陈文帝继位，他获授鄱阳王陈伯山的王府外兵参军；天康元年（566年）转为云麾将军新安王陈伯固的王府记室参军，之后随府转为翊右记室，带任撰史着士。后来阮卓又迁转鄱阳王中卫府录事、晋安王陈伯恭的王府记室，仍然任职着士如故。欧阳纥被平定，交阯人往往聚集成盗匪，他卓诏出使招抚。交阯的日南郡、象郡出产金银珍珠和翡翠，前后的使者都取得不少，只有阮卓挺身而还，没有取去任何宝物，时人都认为他廉洁。不久迁任衡阳王陈伯信的王府中录事参军、入朝任用为尚书祠部郎