握朝政的摄关家与整个公家社会带来巨大冲击。安政六年（1859年）四月，三条实万受安政大狱牵连，需接受谨慎处分，不久他出家，法号澹空，同时升叙从一位，但很快就在谨慎处分的地方一条寺村逝世，享年57岁。文久二年（1862年），朝廷追赠他右大臣官职；明治天皇继位后，于明治二年（1869年）追谥他为忠成公，并在明治三十二年（1899年）追陞正一位。