此已改由海军少将接管，它组成了演习分舰队的第二总队。在秋季演习期间，皇帝号及其姊妹舰德国号在但泽湾的一个此前不为人知的浅滩上搁浅，但都能够被拖出并继续参加演习直至9月18日结束。1891年9月30日，皇帝号退役，然后在威廉港的接受重建。它被改造为一艘装甲巡洋舰，获得了新的锅炉装置和50毫米厚的装甲甲板，并换装了轻型武器，包括一门150毫米箍炮、六门105毫米速射炮和九门88毫米速射炮。舰上的后桅杆连同所有风帆索具都被拆除，其余桅杆则转换为两个重型战斗桅杆。德国号和威廉国王号也进行了类似的重建。尽管完成了现代