华人民共和国取代成为联合国会员国的「中国」席次。2002年11月14日，外传主席卡尔札伊、副主席与外交、军事官员于年初搭乘中华航空经中正国际机场转赴东京参加反恐与重建会议。中华民国外交部对此不置可否，但根据当天参与的人士透露，外交部长田弘茂曾前往机场贵宾室会晤卡尔札伊，表达台湾对阿富汗的人道支援，卡尔札伊并向台湾关怀阿富汗重建工作表达诚挚的谢意。2016年10月19日，签订《中华民国法务部调查局洗钱防制处与阿富汗伊斯兰共和国阿富汗金融交易及报告分析中心关于涉及洗钱、相关前置犯罪及资助恐怖主义交换合作