执教沪上，1923年定居苏州，着述讲学。1939年，抗战期间，因避日伪胁迫，寄寓上海友人家坚持到抗战胜利。此后，在上海与马叙伦、王绍鏊诸友，积极参与民主活动。沈氏亦曾在原新四军有关组织开办的长江商行任董事。1949年，中华人民共和国成立后，毛泽东和周恩来亦有谘询沈祖緜有关民主党派的数量。沈氏先后担任江苏省和苏州市政协委员。由于沈氏精研易学，亦被聘任中国科学院历史研究所特约研究员。1969年逝世，享年91岁。沈祖緜父亲沈竹礽，乃清末着名玄学研究者、玄空风水大师。沈氏育有长子沈延邦(后改名沈延国