备部队数量不足，所以日本本土开始征召后备军人重组部队；第13师团是由管理仙台一代的第二师管区筹组，1937年9月10日重编。后来列入淞沪会战后期增援部队开赴中国战场，参加了南京保卫战，据信也参与了南京大屠杀。在南京一役后，第13师团编入了华中派遣军作战序列中，参加了徐州会战、武汉会战等役，虽然上层隶属单位更迭数次，但第13师团一直都在中国大陆战场作战。而甲级师团的2旅4团编制则在1942年12月改组；移交给攻击缅甸的第31师，后来该部队仍持续在华中一代与国民革命军交战，并在豫湘桂会战中佔领了桂林、柳州、