日间及社区医疗为主的服务模式。于是决定与建日间医疗中心，于2000年9月奠基及平顶，于2001年6月26日正式启用，为区内居民提供多项专科门诊服务。2003年沙士事件期间，屯门医院接收了3名沙士病人，惟由于胸肺专科医生不足，在当时为胸肺科内科女医生谢婉雯主动要求调到非典高危病房工作，其后感染致命病毒，成为因为抢救沙士病人而殉职的首位公立医院医生。而男护士刘永佳亦因照顾非典型肺炎病人而殉职，成为首位殉职护士。2005年，由分科诊所大楼改建的眼科中心开幕，楼高3层，为区内市民提供全面的眼科专科门诊服务。