遂分裂为三大势力，分别是：日本支持的以时任国务总理兼陆军总长段祺瑞为首的皖系，英国、美国支持的以时任副总统冯国璋为首的直系，日本支持的以时任东三省巡阅使领奉天督军兼省长张作霖为首的奉系。另外尚有日本支持的以阎钖山为首的晋系，苏联支持的以冯玉祥为首的冯系西北军等小派系。各系拥兵自重，割据一方，形成了北洋军阀。而本非北洋新军的南方各省地方武装如粤系、桂系、滇系、黔系、湘系等其时亦为半独立状态，全国陷入了严重的军阀割据问题。此后，各系军阀虽在名义上仍是中华民国的国防军，但实际上并不受北京的中央政府支配，中央政府反