修复也会导致三核苷酸重复序列扩增。三核苷酸重复序列时，会引发同源重组、非同源性末端接合、 、等修复机制来修复损伤的DNA。这些过程中，错配碱基切除后往往需要同DNA复制一般重新配对，因而有概率产生三核苷酸重复序列扩增。三核苷酸重复序列的重复次数与亨丁顿舞蹈症等一众三核苷酸重复序列疾病的病程、危重程度、发病年龄正相关。