后，当时藩王中尚存的神宗直系子孙，有福王朱由崧、惠王朱常润、潞王朱常淓、桂王朱常瀛（永历帝朱由榔之父）等人。论辈分亲疏，又以福王朱由崧为其中最适当人选，然而南京朝廷的许多大臣皆为东林党、复社出身，对于拥立福王有所顾忌。因为此前明神宗曾经想要废太子，改立朱常洵（福忠王，朱由崧的父亲），遭到东林党人的反对而作罢，是为国本之争，故东林党、复社人士害怕福王一旦登基，自己恐怕难逃排挤与报复，于是亦有许多人支持拥立潞王称帝。南京朝廷的首席重臣史可法的恩师左光斗为东林党人，史可法本身的政治理念也较偏向东林、复社人士，