岁应童子试，以第一名选为京兆学生员，受到试官及南直隶督学使者赵方泉等的赏识。嘉靖四十三年（1564年）甲子科乡试中式举人，时年二十五岁。此后连续七次会考，都名落孙山。直到二十五年后的万历十七年（1589年），焦竑方中会试，殿试高居一甲第一名（状元），授翰林院修撰。万历二十二年（1594年），担任太子朱常洛讲官，进《养正图说》一册。郭正域因焦竑没有与他商量这件事，认为焦竑是沽名钓誉。万历二十五年（1597年），任乡试主考官，将落榜之徐光启提拔第一，并拍案叹曰：“此名世大儒无疑也。”。由于个性梗介疏直，得罪不少