中反能力分班联盟」，监督台中市国中新生编班，查获两校疑似偷渡能力编班；同月，发起「以启发取代惩罚 建立一个不打小孩的国家」社会运动。 2010年，因桃园县八德国中等学校霸凌事件频传，外界把部分源头指向人本教育基金会提倡零体罚之行动；网友质疑零体罚近似鸵鸟教育，人本随即回应网友发表致吴清基部长公开信表示愿意协助八德国中，但教育部没有正面回应。
争议.
违设补习班争议.2006年5月，人本教育文教基金会在未申请补习班立案下，违法开班教授国小中低年级数学课程。