。4代镇信（天祥）分了今福领1,500石的领地给其弟信贞。在他治理的期间，宽永十八年（1641年）荷兰商馆被强制（幕府之意）从平户城搬到长崎，导致藩的财政发生很大的困难。为了强化藩的内政进行了全面的地籍丈量，以及振兴农、渔、商业，稳固了藩财政的基础。贞享四年（1687年）还改革了家臣的俸给制度，从知行制改成俸禄制。5代栋再分了1万石领地给其弟昌成立平户新田藩。最后的藩主：12代诠的时代已是幕末了。第二次长州征伐之后，藩欸的舆论向倒幕倾斜，庆应四年（1868年）戊辰战争后更确定了参与官军方的方向。