时兴建中的纵贯铁路分出支线至港区；但后来建港工程因刘铭传的离职而未全面实行，主要设施中只完成一座陆海联运码头。后来统治台湾的中华民国政府，将1886年认定为基隆港建立之年。
日治时代.日治时代，日本当局计划将基隆建设成为台湾与日本本土的联络门户，故基隆港正式开始进行现代化港口的建设，也就是从1899年到1944年间共五期的基隆港筑港工程；第一期在1913年竣工，第五期则因太平洋战争爆发而未全部完工。这五期的筑港工程，清除了原本密佈内港区内的礁石（原本港内的鲎公屿、鲎母屿即在第二期工