动乱到处爆发，上千万难民从印度逃入巴基斯坦。真纳领导着新政府日以继夜地工作。他试图平息宗教冲突，帮助数百万难民落户，并保护弱势宗教人群，说服他们不要离开巴基斯坦。他奠定了巴基斯坦的经济政策和货币制度，还创建了军事、政府和教育机构。1947年10月克什米尔战争爆发，巴基斯坦非正规军入侵克什米尔后印度向克什米尔派兵。真纳批评印度教的克什米尔土邦大君不顾其臣民大多数是穆斯林加入印度，并开始直接支持入侵的非正规军。一开始真纳还打算直接派巴基斯坦军队进入克什米尔，但是由于遭到了英国指挥官的反对而未能如愿。194