.系统识别的好坏会和输入的好坏有关，而后者是系统工程师可部份控制的范围。因此，系统工程师已长期应用试验设计的原则在其设计中。近年来，越来越多的工程师开始使用的理论，来指定可以产生估计量的输入。
白箱模型及黑箱模型.白箱模型是以第一原理建立的模型，例如一个物理过程利用牛顿运动定律来建立的模型。不过因为许多多系统或是过程的复杂，许多系统的模型会非常的复杂，无法在合理的时间内进行模拟。另一种更常用的作法是从对系统行为及外在影响（系统的输入）的量测开始，再设法在不完全知道系统内真实运作