注音文具有确立台湾本身文字系统的独特性的效果，另一方面，也自然造成阅读理解的困难，因此在网路上引发争执：反对者除了如前所述对于做作反感之外，也认为注音文产生阅读的困难，而支持者则认为不应小题大作。不少网上讨论区仍旧明文禁止注音文的使用；支持者则指其箝制言论自由。过度使用注音文可能造成阅读的困难。中文是意音文字，可以借由字型迅速认出文字的意义。但注音本身是拼音文字，甚至注音文还是不完整的音符。例如「ㄋ」可以表示「你、呢、那」，「ㄇ」可以表示「们、吗、么、妈、没、嘛、妹」等等，亦即，滥用注音文时，可能造成资