被称为水户黄门的德川光圀更在此修造水户德川家屋敷。幕府第三代将军徳川家光的乳母春日局和大奥中的女官音羽等都在文京区地界内受领过土地，“春日”、“音羽”等地名也一直沿用至今。大政奉还后，第十五代将军德川庆喜在区界内的旧小日向地区居住。日本的学校教育发祥地汤岛圣堂和幕府直辖的教学机构昌平坂学问所也设在文京区的地界内。进入江户时代的文京区，起初由于区内大量的武家领地，使得町人街市的发展受到了很大的妨碍。在中期后，很多地区都进行了市街化的改造，后期在中山道的街道两侧商店林立，商业得到了很大发展。在进入明治时期以