，叛乱也时有发生，使得作为浩罕汗国繁荣的生命线的边境贸易开始衰退。1864年，从库车爆发的叛乱顷刻间便波及新疆全境。为了响应当地穆斯林的要求，浩罕汗国的掌权者阿里木库里联合大和卓的曾孙布素鲁克，对喀什出兵。然而，出兵军队中的领导者阿古柏在到达新疆后，与布素鲁克趁混乱夺取了喀什的穆斯林政权，并建立了哲德沙尔汗国，一时几乎占领新疆全境，宣布从浩罕独立，史称新疆回乱。这一事件切断了浩罕从新疆贸易中获得的利润。
浩罕汗国的灭亡.1864年，在阿古柏前往新疆的同年，俄罗斯帝国开始了对浩罕汗国