第三部电视动画，2004年10月2日到2005年9月24日期间播出共51集。在香港译为《洛克人网路保卫战》，2007年2月13日在香港无线儿童台首播，2007年7月21日在香港无线电视翡翠台播映。
故事概要.接续前作《洛克人EXE AXESS》，本季围绕着神秘彗星—迪奥。前期剧情为打击自称是《洛克人EXE》邪恶组织WWW后继者的新WWW组织，后期开始再度对上前季终极敌人—利卡尔博士。另外前季最大特色—双向融合（）亦延续为本季最大特色，能进行双向融合且拥有迪奥徽章的13位人类在热斗的