伊拉克复兴党人的支持下再次当选党的民族领导机构总书记，之后他便移居伊拉克首都巴格达。他在巴格达一直住到1970年，当年约旦政府与在约旦的巴勒斯坦解放组织爆发冲突，即所谓黑九月事件。阿弗拉克批评复兴党领导层在冲突中给巴解组织的帮助太少。冲突期间，他为亚西尔·阿拉法特和巴解组织广泛游说，他希望伊拉克出面干预，但时任伊拉克总统、复兴党伊拉克地区领导机构书记贝克尔拒绝牵扯其中。冲突的结果是巴解组织伤亡惨重，被赶出约旦，而阿弗拉克痛心于伊拉克领导人的不作为，离开伊拉克前往黎巴嫩，开始了自我放逐。实际上，自1969