1869年2月，她为丈夫诞下一女，名玛格丽特·玛丽·西奥多拉·麦克唐纳，当时她的丈夫身无分文。玛丽患有先天性脑水肿，无法跑步、说话、嬉戏，也无法照顾自己。对此，阿格尼丝极为沮丧，祈求上帝让她学会谦卑，牺牲与其他人生中必须学的东西。1873年，由亚历山大·麦肯齐领导的自由党击败了由阿格尼丝的丈夫领导的保守党，上台执政，不少人都认为，麦克唐纳的政治生涯从此结束。他下野后，失去了收入，每年只有2,500英镑收入，在他迁居多伦多，开办律师楼后，他们一家的经济情况，变得更加严竣。麦克唐纳酗酒的习惯，在此时变得更加