一切众生，生死命籍，善恶录，普皆系在三元九府，天、地、水三官考校功过，毫分无失。所言三元者，正月十五日为上元，即天官检勾；七月十五日为中元，即地官检勾；十月十五日为下元，即水官检勾。一切众生皆是天地水三官之所统摄。”将人体的三丹田称为“三元”是道教内丹术的说法。《参同契》称“含精养神，通德三元”。宋代张君房编撰的《云笈七箓》卷五十六〈元气论〉称：“混沌分后，有天地水三元之气，生成人伦，长养万物。人亦法之，号为三焦、三丹田，以养身形，以生神气。”亦有认为“三元”指元精、元气、元神。