壶菌（）是一类具有的真菌。其名称来源于希腊文χυτρίδιον（chytridion），意思是“小壶”，因其产生动孢子的结构动孢子囊而得名。壶菌是真菌演化的过程中，最早分支出去的类群之一。壶菌多为腐生，释放酵素分解环境中的腐烂的有机物，再以取得养分，也有一些壶菌寄生在别的生物中，例如造成两生类壶菌病的蛙壶菌。