养猪废水佔了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保署发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2%的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.2%。北港溪和朴子溪的出海口间所形成的区域为鳌鼓湿地，属于台糖公司所有，湿地上有水田、旱田、防风林、草泽、深水沼泽、泥质滩地等栖地类型。每年9月到次年5月是赏鸟期，观察记录指出水鸟约有70种，鹬科有23种，加上其他鸟类约可观察到154种以上的鸟类。由于湿地曾计画设立工业区，