直隶州复来属湖广承宣布政使司；成化十二年末（1477年）设郧阳府；嘉靖十八年（1531年）升安陆直隶州为承天府，并且降沔阳直隶州为散州；万历二十九年（1601年）贵州布政司黎平府来属湖广承宣布政使司；三十一年（1603年）黎平府另属贵州布政司。明代分长江以北、大别山、桐柏山以南的河南行省南部并入“湖广”，长江不再成为行政区划的界限；明初，两广与江西、湖南分开。由于广西壮、黎、瑶三个民族反明起义勐烈，明朝皇帝朱元璋采用分而治之的办法，把黎族聚居的海南及广西门户钦、廉州划归广东。
辖