列腺癌在拉巴特病故，终年66岁，而外界对蒙博托的死反应冷淡。蒙博托最终被葬在拉巴特的一个基督教坟场。2007年12月，提议将蒙博托的遗体运回刚果安葬。蒙博托流亡当天，洛朗-德西雷·卡比拉成为刚果民主共和国总统。卡比拉于2001年被暗杀，其子约瑟夫·卡比拉继任。
中国情缘.由于蒙博托是美国扶殖的势力，所以早期扎伊尔跟随美国的立场，例如1971年扎伊尔曾经反对中华人民共和国取代中华民国重返联合国。但不久，蒙博托在1973年首次访问中华人民共和国，迎接他的是国务院总理周恩来，他对