纪初，一些卫所的逃亡军士已达其总数的80％，许多边地驻军只剩下一半。嘉靖时期，边患严重，急需兵力，朝廷改採募兵制，至此 ，卫所制以形同被废止。募兵不同于卫所军，不世袭，来去相对自由。但由于募兵制破坏了早期卫守制“兵帅分离”的构想，内阁必须将兵权下放于将领，明朝廷无法完全掌控募兵制制度下的兵权，尤以戚继光的“戚家军”更为有名，有利于巩固中央集权的国家军队形制逐渐转变成为了分散中央集权、军队从属于个别军官的子弟兵势力。另外，由于施行募兵制，导致军费直线上升，也导致明末因军饷长年不足，甚至经常譁变，最后为明亡