世达赖喇嘛圆寂后，经过甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺查访，被确认为达赖转世灵童。明神宗万历三十年（1602年），由三大寺派人迎到西藏，次年在藏北热振寺举行坐床典礼，到哲蚌寺学经，以甘丹赤巴班觉嘉措为师，受沙弥戒，取名云丹嘉措。万历三十五年（1607年），回到扎什伦布寺向住持罗桑曲结坚赞学经，后来返回色拉寺、哲蚌寺。万历四十二年（1614年），第四世班禅额尔德尼在哲蚌寺为云丹嘉措授比丘戒。云丹嘉措就任哲蚌寺、色拉寺堪布。他派顿月曲青嘉措到青海建立佑宁寺。万历四十四年（1616年）十二月十五，在哲蚌寺圆寂,也使得蒙古的