蒋介石此时归国，任沪军第2师第5团团长。蒋与陈、黄义气相投，遂与陈、黄换帖拜把，三人结成「盟兄弟」。1912年（民国元年）1月，南京临时政府成立，黄郛被孙文任命兼任兵站总监。袁世凯就任临时大总统后，黄郛改任江苏都督府参谋长。1913年（民国2年），二次革命爆发，黄郛作为革命派同袁军作战。革命派败北后，黄经日本流亡美国。1916年（民国5年），归国赴浙江省参加护国战争。护国军胜利后，到天津从事着作活动。
北京政府的活动.1921年（民国10年），黄郛成为北京政府参加华盛顿会议代表