约40%的CpG岛（人类约70%）。一般CpG岛的长度约300到3000个硷基对（bp）。常用的正式定义是指一个至少含有200bp的区域，其中GC所佔比例超过50%，且CpG的观察值／预测值比例必须高于0.6。此部份的CpG岛与基因相连，可用来作为限制酶的辨识位置。几乎管家基因都含有CpG岛；一般位于基因的5’端区域；大多数CpG岛是未甲基化的；CpG岛中的核小体中H1含量低，其他组蛋白被广泛乙酰化，并具有超敏感位点；未甲基化CpG岛可能说明基因具有潜在活性。