牙人以此为根据地开始往岛内探索，并逐渐在北部内陆现今的圣地牙哥附近建立了其他根据地。伊莎贝拉城五年后由于当地传染病肆虐，最后只得迁都到西班牙岛南方现今的圣多明哥城。哥伦布于西元1506年去世，葬于现今圣多明哥城附近。西元1496年哥伦布的弟弟巴尔托洛梅奥·哥伦布在岛上的南边，现今的圣多明哥建立了“新伊莎贝拉城”，新伊莎贝拉城视为欧洲人在新大陆所建立的第一个永久殖民地。16世纪中叶开始，西班牙人在岛上开始大量种植农作物，西班牙岛逐渐的成为欧洲人前往征服加勒比海岛屿和安第列斯群岛的跳板，最后进入了美洲大陆。