始建于1908年。车站建成时以车站前的一棵大树命名为孤树村站，1918年改名栖霞站。后因车站周围人烟稀少于1918年迁往摄山营附近并改名为栖霞山站。1954年铁道部在沪宁线尧化门站至龙潭站沿长江修建的区间路基坍塌后决定将该区间改为仅由栖霞山南侧，并新设栖霞山站，本站因此改名为栖霞山北站，下行至龙潭站路轨拆除。栖霞山北站附近曾规划修建南京地铁6号线的栖霞山北站地铁站，为该线终点站。但因受银茂铅锌矿开采影响，取消栖霞山北地铁站，该线的终点站调整至地铁栖霞山站。