脱离苏联共产党后，该党成为苏共新的爱沙尼亚分支。1991年，苏联发生了八一九事件，该党对政变表示了支持。随着政变的失败，1991年8月22日，该党被爱沙尼亚当局宣布为非法。此后，该党转入地下继续运作，并在后来以“爱沙尼亚共产党”的名义参加了共产党联盟－苏联共产党。1998年10月3日，该党召开第二十二次代表大会。 2001年，共产党联盟－苏联共产党分裂时，他们转而加入了奥列格·西蒙诺维奇·舍宁领导的苏联共产党。2011年，该党的第一书记尤里·米申死于一场车祸，他还是纳尔瓦市议会的议员和俄罗斯族公民联盟的