式耜不奉朱亨嘉召令，朱亨嘉亲至到梧州，拘捕了瞿式耜，幽禁在桂林。时唐王朱聿键为帝，瞿式耜派人去祝贺，要求朱聿键来平定朱亨嘉的叛乱。两广总督丁魁楚在梧州突然发兵进攻，朱亨嘉逃回桂林。受困于桂林的朱亨嘉，释放了瞿式耜，希望瞿式耜能帮他守城。瞿式耜与中军官焦琏召陈邦传共同捉拿朱亨嘉，在八月二十五日朱亨嘉被俘，隆武二年二月（1646年）年被押到福建，四月被缢杀。子朱若极是有名的书画家，明亡后为避祸而该换姓名为石涛。
朱亨嘉的结局.朱亨嘉的结局，记载颇异。不过几个地点相差太大，即使当