公告的最新保育类野生动物名录，在知本湿地记录的保育类计有以下 40 种。另在2014年11月时，知本湿地相隔约10年，首度观察到全球仅存约两千多只的东方白鹳踪迹。
外来种.目前，知本湿地已观察到的外来种动植物有布袋莲以及银胶菊。
破坏事件.知本湿地于2015年（民国104年）3月6日遭到怪手开挖湖区与海岸之间的沙洲，导致湖水流失，鱼虾死亡，也让当地常驻的珍稀鸟类离开知本湿地。由于该事件属于蓄意引发的恶意破坏事件，当前检调单位已展开调查，访谈相关人