3月，南京国民政府二次北伐，所部为第一集团军第四军团第三十四军第89师师长。1928年5月3日济南事件“五三惨案”时，率部防守黄河大桥，与日军第六师团斋藤旅团激战但最终守住了黄河大桥。1929年1月，第89师被缩编为第44师131旅，任旅长，驻安庆集贤关。1929年8月，调任第45师第134旅旅长。1929年9月，第10军军长方振武因反对“编遣”被蒋介石软禁于南京；蒋介石欲将第45师师长鲍刚与第6师师长方策对调，鲍刚在芜湖起兵反蒋，余亚农闻讯后于安庆北门外集贤关营园客厅将前来点编的师长方策扣押，率部开进