时鹿钟麟负责训练士兵，这对此后冯玉祥军的精锐化起了很大作用，培养出了张自忠等优秀军人。1922年（民国11年），冯玉祥被任命为河南督办，鹿任河南全省警务处处长。同年10月，鹿钟麟任冯所率的第11师第22旅旅长。1924年（民国13年）9月，第二次直奉战争爆发。10月19日，鹿钟麟奉冯玉祥之命突袭北京，23日控制北京，史称甲子兵变。因鹿迅速控制了局面，避免了大的混乱。11月5日，鹿钟麟依照冯玉祥指令，与李石曾、张璧率军佔领紫禁城，自称「奉摄行大总统黄郛命令」，要求溥仪取消皇帝尊号，并命令溥仪在两天内收