汪筱林、亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）、周忠和等人将化石进行叙述、命名，模式种是张氏格格翼龙（"G. changi"）。属名意为「格格的翼」，格格是当地满族贵族女性的通称，暗指这个标本的保存状态细致；种名则是以中国女性古生物学家张弥曼为名，她曾帮助中国、巴西古生物学界建立良好研究关系。隔年，汪筱林试图将种名改为女性字根的"changae"，但国际动物命名法规没有允许这项改名。格格翼龙目前只有两个标本，正模标本（编号IVPP V 11981）是一个遭到挤压变形、破坏的部份身体骨骼，