方从哲出任礼部右侍郎。同年九月，与吴道南同加礼部尚书、东阁大学士，多次上书言事，万历四十四年（1616年）努尔哈赤号后金国汗，建元天命。方从哲疏请曰：“今缺饷至于数月，诸军饥不得食，寒不得衣。……宜速发内帑数十万，先尽该镇，次及九边，用以抒燃眉之忧。”但神宗不纳。从哲独相七年，虽然不乏上疏力言国事，但往往只着重于名义上的争取，实将顺从皇帝的意思，终庸庸无所匡救。光宗时，方从哲任内阁首辅，将李可灼带进宫内任鸿胪寺丞，进呈红丸，皇帝吃了一丸之后，直唿“忠臣！忠臣！”下午三时复进一丸，九月一日五更时暴毙，在位