格查理大学修完了他的课程，并在6月23日获得了自然科学的博士学位（RNDr）。对于德国的举动，大量的捷克斯洛伐克军队和空军官兵逃亡至波兰或法国。1939年11月15日，捷克斯洛伐克帮助雅努塞克穿过斯洛伐克。之后他先后转移至匈牙利、南斯拉夫、希腊和法属叙利亚的贝鲁特，最终抵达法国。
第二次世界大战.
1939–40于法国.1939年12月1日，雅努塞克到达巴黎。按照捷克斯洛伐克流亡政府与法国达成的协议，他被指派给了捷克斯洛伐克军事管理局（CsVs，流亡），并