内的天主教徒依然受奥格斯堡主教管理，他服从美因茨大主教。奥格斯堡归属巴伐利亚后奥格斯堡主教服从新设立的慕尼黑与弗赖辛大主教。最晚在威斯特伐利亚和约签署后奥格斯堡的新教徒获得了五座教堂。市内的新教徒一开始由市议会管理，在奥格斯堡归属巴伐利亚后他们属于巴伐利亚王国新教教会，这个教会一开始即包括信义宗的，也包括改革宗的教派。今天奥格斯堡的新教教会属于奥格斯堡教县，它还包括奥格斯堡周边行政县的新教教会。1648年的威斯特伐利亚和约也证实了1548年奥格斯堡开始使用的市宪法，按照这个市宪法市政府以及市议会内