王即位（圆融天皇）而成为皇太子。永观2年（984年），接受圆融天皇的让位而即位。由于时任摄政的外祖父藤原伊尹的威势，师贞亲王出生不足10个月就被立为太子。17岁即位时藤原伊尹已经去世，由于没有有力的外戚，花山天皇的在位时间不足2年。花山天皇即位后，藤原赖忠继续担任关白，但掌握实权的是天皇的外舅藤原义怀和乳母子藤原惟成。藤原义怀和藤原惟成施行了许多革新的政策，如颁佈庄园整理令、活化货币流通、禁止武装、控制物价、地方行政改革等。但革新的政策却招致了与关白藤原赖忠等人的不和。而且皇太子怀仁亲王的外祖父右大臣藤