也遭到国民党政府猜忌。曾任台湾大学政治系教授、发表《台湾自救运动宣言》的彭明敏教授在回忆录《自由的滋味》道：「我听说安全单位已经决定，台湾如果发生动乱，有三个人要立刻毁灭，一个是台北市长高玉树，一个是省议员郭雨新，第三个便是我。」高玉树的弟弟杨玉城（过继杨姓），曾任台北市议会议员、台湾省议会议员。1966年被指控涉及台北市政府工程处砂石假报销案，然而在杨玉城的回忆录即提及在法庭上看过「国民党党部」写给检察官公文，要求严办，最后杨玉城入狱。1970年以人道理由减刑。高玉树事后评论此事「国民党在复兴基地都如