可卡因案.2011年9月16日，毒品调查科于屯门蓝地福亨村回收废料货仓内破获香港历史上最大宗的毒品罪行──六亿元可卡因案，由特别任务连强攻进入案发现场，并且成功拘捕4男2女，其后留守现场与狙击手队戒备，掩护进行蒐证的同袍。另外亦于疑犯被扣留的警署及存放毒品的警务建筑物一带戒备。
南丫岛撞船事故.2012年10月1日至5日，特别任务连于南丫岛撞船事故现场海域进行救援任务，并且潜进沉船蒐证及搜索遗物等。是次行动为海事反恐怖活动小艇队历来动员规模最庞大的其中一次，其中10名人员于201