管辖权再次移交给了俄罗斯正教最高宗务会议。1864年会议决定任命第十三届北京传道团大司祭巴拉第·卡法罗夫出任新一届北京传道团的大司祭。卡法罗夫在他的第二个任期内在中国东北进行了大量的考察工作。1870年，他与一位俄国地理学家从沈阳出发经过齐齐哈尔到海兰泡、伯力，后沿着乌苏里江下行至海参崴，沿途考察了中国东北的地形地貌，道路交通、自然环境。1871年，他又详细考察了中国东部沿海的重要海港、海湾，他以这两次长途旅行所搜集到的资料为基础写出了《从北京经满洲到海兰泡旅行记》、《乌苏里地区历史概要》等书。此外他还