彼得堂被合并到怀恩堂，她继续在怀恩堂任传道，后来被按立为牧师。1962年，曹圣洁被调入中国基督教三自爱国运动委员会任秘书，在“三自”发起人吴耀宗身边工作。1966年，文革爆发，曹圣洁与许多传道人一样，受到冲击。1980年代，怀恩堂复堂，曹圣洁回到三自爱国教会工作。1997年至2002年任上海市基督教教务委员会主席。1980年代初，郑建业主教和罗竹风筹建上海社会科学院宗教研究所，聘请曹圣洁进入研究所工作，她到浙江等地进行调查研究。在1992年第五次全国基督教代表会议上，曹圣洁当选为中国基督教协会副会长