耗资40万建立了面向公众的阿斯特图书馆（Astor Library，后与其他图书馆合并为纽约公共图书馆），另拨5万美元在他的故乡沃尔道夫建立济贫所、孤儿院。济贫所Astorhaus现已改为博物馆，展示与阿斯特有关的事物。最后，他希望捐出3万美元，赞助哥伦比亚大学德国文学教授。然而，因为院长人事变动，他这个遗愿没有成真。阿斯特将大部分遗产留给次子，老威廉·巴克豪斯·阿斯特。至于有精神问题的长子，约翰·雅各二世（John Jacob II），继承了足够让他渡过余生的遗产。阿斯特葬于纽约市曼哈顿区三一教堂