1916年，林修梅参加护国战争，任湖南护国军司令部参谋长、湘军第二师第二旅旅长。1917年7月，段祺瑞执掌北洋政府大权，派大将傅良佐任湖南督军，傅良佐到任立即免去林修梅和刘建藩军职（两人均为中国同盟会，他们的上司湖南巡抚兼国民党元老谭延闿亦于一个月前被段祺瑞免职）。林修梅和刘建藩不服，1917年9月18日起参与护法战争反抗北洋政府，并宣布湖南独立，控制了湘南的24个县。其后北洋军内閧，直系军阀吴佩孚收下的湖南地盘被皖系军阀张敬尧佔去，吴佩孚不愿皖系把势力扩张到湖南，吴佩孚不顾皖系首领段祺瑞反对和林修梅在耒阳