避灾祸，又因行事低调，当时也没太多人注意到他。元康二年（292年）司马睿拜员外散骑常侍。到了永安元年（304年）时，司马睿已升为左将军，并参与讨伐成都王司马颖的荡阴之战；但此战由司马颖获得胜利，被带着亲征的晋惠帝被俘，战前劝司马颖投降的司马睿叔父东安王司马繇更被杀。司马睿恐惧祸及自身，便逃返洛阳（今河南省洛阳市）接母亲一同回到封国琅邪。永兴二年（305年），东海王司马越起兵讨伐在长安（今陕西西安）挟帝掌政的河间王司马颙，就假司马睿为辅国将军；不久司马越统兵西进，加司马睿平东将军、监徐州诸军事，让他留镇下