大学校长周守民在网路上发起全民连署要求教育部退出政治干预，一天内得到多于4万签名；在5月4日已超过8万个联署。私立大学校院协进会也发布声明「台大校长遴选争议的负面发展，是大学自治有史以来最黑暗的时刻」。4月30日，国立台湾大学系统下的国立台湾大学、国立台湾师范大学、国立台湾科技大学校长共同声明唿吁教育部应尊重校长遴选结果。国立清华大学在校园内发起系「政治退出校园」黄丝带的声援活动，清大教师会、前后四任清大校长与5位中研院院士清大教授声明要求政府应落实校园自治，随后国立台湾大学、国立交通大学、国立中央大学财经