被刺面后发配浆糨房为奴，户部尚书赵勉为刘三吾女婿，因事连坐而死，刘三吾免职隐退。次年九月又被命为大学士。洪武三十年（1398年），主持丁丑科会试，后发榜，宋琮为第一，上榜者没有一个出自北方。于是诸位考生认为刘三吾为南方人，照顾其乡亲。朱元璋得知后大怒，命张信等人阅卷。后张信说刘三吾判卷无错属实。朱元璋更怒，杀张信等诸阅卷官，并将刘三吾发配戍边。后明太祖亲自主持殿试，再选六十一名进士，都为北方人。当时所谓“南北榜”或“春夏榜”。建文初年，87岁的刘三吾被召还，后死于任上。葬茶陵腰坡镇石坡村，陵墓今存。