纪初期，后醍醐天皇在延元之乱后携带三神器逃至此地，并在此重新建立朝廷，成为南朝，与室町幕府所拥立的北朝对抗，使得日本进入南北朝时代，吉野也因此曾短暂成为南朝的首都。江户时代后，成为幕府直属的天领，并在1795年起由五条代官所负责管理。19世纪末明治维新后，曾先后隶属奈良县、五条县、堺县、大坂府，直到1887年重新恢复设立奈良县后才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的吉野町辖区在当时分属、吉野村、、共四个行政区划，其中上市町即为目前位于吉野川北岸的上市町地区，吉野村则包括吉野川南岸至吉