少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，由于当时清朝统治者对中国西北回民的压逼而导致大规模的陕甘回乱，使陕甘宁地区的回民北迁至中亚的楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。1916年沙俄对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯人从中亚迁徙至当时新成立的中华民国。
苏联时期.1918年，苏维埃政权在此地区建立。1924年，中亚地区实行民族划界，今日的吉尔吉斯建立起喀拉吉尔吉斯自治州，成为俄罗斯联邦的一份子。在沙俄时期，今日的吉尔吉斯人被称为“喀拉吉尔吉斯”，而“吉尔吉斯”这名称却是今