其第二任妻子卢克雷齐亚·波吉亚的第二个孩子（不计算他们夭折的男孩），他的兄长是，于1534年继承了爵位，除了兄长外他还有两个弟弟及一个妹妹，另外还有两个同父异母的私生子弟弟及妹妹。因为他母亲的缘故，教宗亚历山大六世是他的外公，而着名的义大利军事将领切萨雷·波吉亚则是他的舅舅，依玻里多二世取自他的叔叔，，他是一个颇有名望且富甲一方的枢机，拥有卡普阿、费拉拉、摩德纳和米兰等封地。依玻里多二世的童年及教育与一般贵族子女差异不大，他在人文主义者的教导下学会了拉丁语、希腊语、文学及历史等当时贵族必备的知识，而他也