之变后，瓦剌部也先挟持被俘的明英宗进犯京师，邀请大臣出迎，众人畏惧，王复请求前往，于是改官右通政，假充礼部侍郎，与中书舍人赵荣偕同。敌人出刀要挟，王复不为所动。归返后，仍任通政，迁通政使。天顺年间，历任兵部左侍郎、右侍郎。成化元年（1465年），进兵部尚书，经略北疆，屡出良策，「在边建置，多合机宜。」还朝之后，自言不善治兵，皇上特命白圭代其职务，改任工部尚书，声名更胜过在兵部之时。成化十四年，加太子少保。王复在工部任职十二年，多有建树。后发生灾异，有言官指责其衰老，于是请求退休，未获批准。过了两个月