知道刘裕突然回来了，于是拜访，刘裕暗中命壮士丁旿埋伏，故意和诸葛长民闲话家常，乘诸葛长民警觉性下降时命丁旿将其杀死，接着又诛杀了长民弟诸葛黎民等人。刘裕接着就加镇西将军、豫州刺史，接掌诸葛长民的原职。清除京口武将中的异己势力之后，刘裕在412年底发动晋灭谯蜀之战，隔年（413年）西征主将朱龄石成功灭谯蜀，使刘裕加授羽葆、鼓吹及班剑二十人。412年征讨刘毅时，刘裕以晋宗室司马休之接任荆州刺史。司马休之颇得当地人心，而刘裕就怀疑他有异心；在义熙十年（414年），其子司马文思又在建康招集轻侠，令刘裕十分厌恶，