身分，近藤勇可以幕府代表的身分与各要人谈判交涉。庆应三年（1867年）3月20日，伊东甲子太郎以监视萨摩藩名义组织御陵卫士，与新撰组分离。藤堂平助、斋藤一（近藤的卧底）也加入其中。11月18日，在近藤勇的策划下，伊东甲子太郎在回家途中于油小路遭到大石锹次郎等人暗杀。之后更诱出剩下御陵卫士围剿之。御陵卫士派的报复行动则是在同年12月18日，于伏见街道遭到御陵卫士残党枪击负伤，因故无法指挥新撰组参加鸟羽伏见之战而在大坂城疗伤。
戊辰戦争.鸟羽伏见之战战败后的新撰组搭乘幕府军舰回到江