医学所传阴阳五行与五脏六腑学说提出质疑。宝历四年（1754年），经京都所司代同意，观察死刑犯的尸体，并加以解剖。宝历九年（1759年）出版《藏志》，实地记录人体脏腑，与古代医书的记载进行比较。开启了日本汉医学界，以实证方式进行医学研究的风气。其弟子杉田玄白受到他的影响，与前野良泽共同翻译出《解体新书》。