宗教改革，目的在于减少腐败，增进与加强对于天主教教义的信心。在这场运动中出现的一个重要组织就是耶稣会，它协助东欧国家留在天主教内。但是天主教会仍然多少被宗教改革所削弱，欧洲的一部分从此不再受其掌管，其余的天主教国家的君主也开始掌控本国的天主教会组织。中欧国家，如波兰立陶宛联邦和匈牙利，比起西欧更加宽容。虽然仍然规定天主教占主导地位，它们继续允许大量的宗教少数派保持自己的信仰。天主教徒、新教徒、东正教徒和犹太教徒在中欧各守一方。这个时期的另一个重要的发展是泛欧洲思想的兴起。埃默里克·克吕瑟（Eméric