前燕遭受迫害，投靠了前秦，前秦对前燕发动灭国战争就是他主导的，所以他对余蔚并不怪罪。之后慕容垂在荥阳自称大将军、大都督、燕王，建立后燕，任命丁零翟斌为建义大将军，封为河南王；任命余蔚为征东将军、统府左司马，封为扶余王。392年七月，慕容垂在邺城，任命右光禄大夫余蔚为左仆射。396年五月初九，后燕皇帝慕容宝任命扶余王余蔚为太傅。