1946年6月，高岗任中共中央东北局副书记、东北民主联军副政委，主持东北局的后方工作，领导东北土地改革事务。1947年，高岗曾去赤峰，指导冀察热辽分局的土地改革工作。程子华在回忆录中，指高岗在热河土改中推行极左路线。在同年的全国土地工作会议后，高岗认为刘少奇片面听取彭真的叙述，有偏袒彭真的倾向，开始对刘少奇有所不满。1948年1月，东北民主联军改称东北军区，高岗任东北军区第一副司令员兼副政治委员。1948年底辽沈战役结束后，林彪、罗荣桓率领大军入关，高岗留在东北，先后担任中共中央东北局第一书记、东北人民