马里兰州、田纳西州、印第安纳州和华盛顿州，他们的州立大学系统里会有一所旗舰学校，即主校区。这些旗舰学校一般都是具有高水平的科研和教育实力的名校，也是州立大学系统里规模较大的学校，例如马里兰大学帕克分校是马里兰大学系统的旗舰、印第安那大学布鲁明顿分校是印第安纳大学系统的旗舰，西雅图华盛顿大学是华盛顿州的旗舰等等。然而在其它的一些州里，例如俄勒冈州、罗德岛州和佐治亚州，所有的州立大学系统的成员学校都被同等对待，并无旗舰学校的说法。在有些州份里，州立大学系统下面还会分出子系统，如加利福尼亚州的州立大学系统下分