2004年5月23日，在申花客场出战重庆力帆的比赛中，于涛在争顶一个头球后，当场吐血并倒地，幸亏当时队友与立即赶到的医疗人员及时进行急救，否则几乎有生命危险。不过于涛赛后很快恢复，重新投入赛场，但是状态曾经一度受到严重影响。2006年底，于涛被朱广沪再一次召入国家队集训。2010年申花进行阵容大换血，于涛作为仅存的原主力球员接过队长袖标，率领年轻的申花队夺得联赛季军。5月8日，于涛第186次代表上海申花联赛出场，打破了老队长刘军和名将吴承瑛共同保持的185场的纪录，成为代表申花联赛出场次数最多的