借此技术观察细胞表面的分子并辨识该细胞。 这些标记通常与该细胞特定的免疫功能有关。单单仅以CD分子区分某特定细胞的情况很少见，但借由与细胞标记一同使用，可以让我们能精确区分各种存在于免疫系统中的细胞。CD也被用于流式细胞术中最常使用的CD分子是CD4与CD8，通常分别用作helper和cytotoxic的标记。这些分子会与CD3+一同作为区分的条件，而某些白血球也会表现这些CD分子(一些巨噬细胞会表现区低程度的CD4， 树状细胞会表现高程度的CD8)爱滋病毒会与CD4及一种位于辅助T细胞表面的趋化因