三皇本纪》中也认为女娲是三皇之一。但三皇五帝向来说法不一，如《尚书大传》、《帝王世纪》等均将女娲排除在三皇之外。
血缘关系.女娲与伏羲为兄妹关系，母亲是华胥氏。古籍多提到华胥氏因为在雷泽踩了大脚印而在成纪生下伏羲。古华胥国在今陕西省西安市附近的蓝田县华胥镇，有华胥沟、女娲谷、炼石台等相关地名遗存。女娲与伏羲结合，为最早的婚姻。唐代卢仝在《与马异结交》诗中写道：“……女娲本是伏羲妇，恐天怒，擣鍊五色石，引日月之针，五星之缕把天补。补了三日不肯归婿家，走向日中放老鸦。月里栽桂养虾蟆