为独自的宗教法人，原则上神职人员的人事也是由教区决定。作为教区的联合的日本圣公会，是普世圣公宗的一个教省，管理日本全国性的事务。日本教省的事务所设在东京教区的牛入圣巴拿巴教会的同一建筑物内。神职人员由主教、司祭、执事（也作“会吏”）3级别组成，主教是教区的首长，主教任命的司祭主要从事地方教会的工作。辅助司祭工作的是执事，同时也充当牧师以及辅助信徒集会、向信徒们提建议。实施圣餐的教会的信徒祭祀需要是司祭以上的级别。大多情况下神职人员住在教会附属的牧师馆，也有因为神职人员不足，其他教会的司祭充当临时管理