始设置于1766年（干隆三十一年），官职品等则为正五品。台防同知主管船政治安业务及与南台湾台湾原住民政权交涉之外交事务。1874年台湾筹建建省，光绪元年六月十八日（1875年7月20日）台湾海防钦差大臣沈葆桢奏〈请改驻南北路同知片〉提议将南路理番同知（驻府城）移驻卑南，并加「抚民」字样，改为「台湾南路抚民理番同知」，业务缩减为与台湾东部地区原住民谈判。十二月二十日（1876年1月16日），清廷允许沈葆桢的提议，并调整理番同知的职衔与驻地。