次在野时期.2008年5月21日，蔡英文就任第12届党主席；同年8月15日，陈水扁、其妻吴淑珍陷洗钱风暴，宣布退党，而蔡英文开始处理陈水扁弊案造成的影响，并推出小额捐款等新的开源管道。2008年8月30日民主进步党动员参加830百日怒吼大游行，抗议马英九政府的施政。2008年11月，在二次江陈会期间，民进党发动「围城行动」，民众与警方爆发流血冲突；而由于上任后的马英九政府，经历2008年中国大陆的乳制品遭三聚氰胺污染的事件、八八水灾、H1N1疫苗、ECFA、美国牛肉进口、台湾运动员在国际体坛屡遭中共（联合