奥托·法兰克工作的大楼书柜后方的一些隐蔽的房间之中。从那时起，直到1944年8月盖世太保把法兰克一家逮捕，安妮以作为其13岁生日礼物的日记本作记事，并定期记事在其中。随着众人被捕后，法兰克一家被送往集中营。1944年10月或11月，安妮和她的姐姐从奥斯威辛集中营转移到贝尔根-贝尔森集中营，她们俩在几个月后在那里去世（可能是死于斑疹伤寒）。最初由红十字会估计法兰克姊妹死于1945年3月，而荷兰当局把她们的正式死亡日期定为当年的3月31日，然而安妮·弗兰克之家于2015年的研究表明，她们更有可能在2月去世。