取“非和平方式”，始终坚持保留“不放弃武力犯台”，所以在2006年世界台湾人大会上姚嘉文曾提出了废除国统会的目标。2006年1月29日（农历大年初一）中午，陈水扁提出了“目前是认真思考废除国统会及国统纲领的适当时机”这一观点。就此民进党籍的立法委员柯建铭表示，1月立法院在审查总预算时，就已通过由在野党提出的“政府非法制化任务小组应停止运作”，因此包括人权小组及国统会都该废除。针对柯建铭的言论，国民党籍的立法院院长王金平则强调说，当初国统会与国统纲领是行政院院会通过后颁布实施的，这与立法院上会期审查总统府