深，促使港府在2006年5月2日设立食物安全中心，以加强监察供港食品质素。另一方面，为了防范甲型流感病毒H5N1亚型继1997年以后再度在香港爆发，曾荫权任内又宣佈于2009年起，全香港将不会再有活鸡贩卖，由新的中央屠宰系统所取代，而新的屠宰场选址于上水兴建。不过，食环署在2010年宣佈，由于中央屠宰并不符合经济效益，会搁置计划。环境方面，曾荫权上任以后未有着手改善环境质素，广受环保团体的责难。不少环保团体指出，中国内地工厂及香港发电厂近年排放出大量的废气，使香港的空气质素在近年不断恶化。而不少外资