少奇等人决裂。1965年开始，毛泽东及其亲信开始针对刘少奇、邓小平等人的政治攻击。1966年夏天，开始的「无产阶级文化大革命」。中国共产党领导层的毛泽东派第一次试图利用民意来打击领导层的刘邓派，称后者是「资产阶级司令部」。8月5日，毛泽东的《炮打司令部——我的一张大字报》，矛头直指刘少奇。从此中国陷入十年的动乱。文革期间，知识分子被视为反动分子、资产阶级、反动学术权威，受到广泛的批判和迫害，甚至被贬低为“臭老九”。中国的科研事业也因此受到重大冲击，仅在青海省的核基地内，截止1971年9月就有四千多名职工