文化跟良渚文化差异太大，几乎没有玉器，却有小件铜器，而良渚文化是没有铜器的。良渚文化的石器磨得十分精细光洁，而马桥文化的石器却十分粗糙，两者的陶器形制也完全不同，两种文化的差异远远超出同一文化序列的范围，因此马桥文化不是承袭良渚文化。不少学者认为，由于环太湖地区地势低洼，而且良渚文化地层上有一层淤泥，反映良渚文化晚期气候突变，当地降水增多，水患严重，许多聚落被淹，良渚先民大规模迁徙，导致良渚文化消失。有学者认为，约在4200年前，他们一支南下粤北，融入了石崃文化，主体则渡江北上，融入华夏文化。有学者认为良渚