阿尔泰办事长官，仍直属中央，1914年伊犁改镇守使，开始归新疆省统辖。1916年，塔城参赞改为道尹，兼管哈萨克族部落，直属新疆省长兼都督统辖。1919年，阿尔泰改道尹，划归新疆省。杨主政新疆期间，在民族和宗教的政策上，採用了怀柔牵制的政策。作为一个传统士大夫，杨增新治理新疆更倾向用传统的方式，注重农业和传统手工业，在各地广修水渠，开垦荒地，在维吾尔族、哈萨克族地区发展羊毛加工业。在其治理下，新疆社会繁荣，秩序井然，民族和宗教矛盾得到极大的缓和。1912年，阿勒泰扎克热亚（札木尔克）、拜穆拉等率领哈萨克族