德华·德林克·科普曾提出美颌龙、始祖鸟有类似处。 在1868年初，汤玛斯·亨利·赫胥黎参考前述假设，比较美颌龙、始祖鸟的标本，赫胥黎发现两者的差异只有手臂比例、有无羽毛，而推论美颌龙与始祖鸟是近亲，而原始鸟类也与恐龙有亲缘关系。而在1896年，奥塞内尔·查利斯·马什确认这些美颌龙化石属于恐龙。在1978年，约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）详细的重新描述这个物种，令美颌龙成为当时最知名的小型兽脚亚目。德国标本目前在德国慕尼黑的巴伐利亚国家古生物和地质收藏馆中展览。较大的法国标本（编号MNHN CN