廷内的坤宁宫祭祀和宫内堂子祭祀之外，北京没有萨满祭祀之所。因此东北一直流传着萨满和藏密喇嘛斗法，以及皇帝帮助喇嘛迫害萨满的民间传说，这些都是萨满教徒对本族的皇帝怀有不满情绪的体现。
佛教.因为女真人在金朝时期就开始受渤海、高丽、辽朝和宋朝影响，已有佛教流传，所以满族对佛教并不陌生。清朝皇帝素来有“佛爷”之尊号，西藏亦视其为文殊菩萨化身。努尔哈赤、皇太极均与藏传佛教之格鲁派有频繁接触。其后的皇帝都有较高的佛法造诣，尤其是顺、康、雍、干四帝，顺治曾拜玉林通琇为上师，命宦官吴良辅