分为合成的及天然的两种。有些分子系统可以使化学或是力学过程偏离其平衡点，是在化学及奈米科技中的重要分支。只要这类的系统可以产生有用的功，依分子机器的定义来看，这也算是分子机器。2016年诺贝尔化学奖颁给让-皮埃尔·索瓦日、弗雷泽·斯托达特及伯纳德·费林加，原因就是因为他们在分子机器上的设计及合成。