演化自白垩纪，分裂成古颚下纲及今颚下纲，并于白垩纪-第三纪灭绝事件前分裂为鸡雁小纲及其他今颚下纲。其他今颚下纲的演化则有不同意见，根据分子证据是指向白垩纪演化，而化石证据则指向第三纪的演化。统合分子及化石证据的假说却被受质疑。鸟纲的分类也受到质疑。科学家们对于目之间的关系并未有共识。鸟类的结构、化石及DNA产生分类的问题。近年新发现的化石及分子证据都提供了更为清晰的鸟纲演化。按照不同的分类原则可以将鸟分成不同的类别，目前主要有三大通行的分类系统：
郑作新分类法.第一个是中国