一般只在开发阶段进行，提供给客户的系统不会包括代码覆盖工具及函式库。也有一些软体无法用覆盖测试来测试，其覆盖率会用分析的方式来得到近似值，而不是用直接测试到的结果。有一些缺陷会受到代码覆盖工具的影响，像在进行代码覆盖测试时，可以略过一些有竞争危害或是实时敏感度高的程序。相对的，当加上额外的代码覆盖测试码时，也可能比较容易找到这类的缺陷。