移植团队将爱滋病患者器官移植给了五名病人。卫生署认定柯文哲有督导之责，对他进行惩处。2012年，监察院认为器官移植办法由柯文哲拟定，认定柯文哲应负「严重行政疏失责任」，通过弹劾案，公惩会决定惩处「降两级改叙」。但柯文哲为公立学校（台大医学院）教师身份，朱武献认为据1992年大法官解释，柯文哲非《公务员服务法》规范的公务员，监察院与公惩会应无管辖权。台大医院在收到监察院公文后，决定扣薪处份。其妻陈佩琪医师对此感到不满，于8月20日召开记者会批评台大，部份医界人士对柯文哲进行连署声援。2012年6月，柯文哲