于2004年转投香港甲组足球联赛球会晨曦。在2006-07年度球季，林大辉入阁香港乙组足球联赛球会石硖尾，赖启卓遂加盟石硖尾，协助争取升班资格。至2007年4月初，赖启卓重返康宏晨曦，以应付当届足总盃赛事。2009年6月，赖启卓落实加盟来届升上甲组的沙田，再次追随林大辉。