尤诱杀高句丽的君主（被杀者有琉璃明王、琉璃明王的部将延丕和闵中王三种说法），高句丽遂脱离中原王朝独立，开始吞并玄菟当时的辖县。28年，东汉辽东郡太守发兵讨伐高句丽。大武神王高无恤坚壁清野，退入国内城。 汉光武帝建武八年（32年），新成立的东汉接受高句丽的朝贡。汉安帝永初元年（107年），将长城内候城、高显、辽阳三县划归玄菟，将玄菟迁到长城以内，辖今日沈阳、抚顺一带，人口约4万余。不久，高句丽又开始蚕食玄菟郡在长城内的辖地，屡次入侵。中平六年（189年），公孙度割据辽东，玄菟为其属地，其太守一直都由公孙家