，相传当时有一僧侣自泉州安溪清水巖东渡，来到文澳地区替居民治病，且不收取分文，故设立此庙感念。
沿革.祖师庙建造于原澎湖厅署西侧，坐北朝南、面海背山，风水甚佳。虽今日已是新式庙宇的建筑外观，究其历史渊源，祖师庙同澎湖水仙宫、澎湖观音亭、施公祠与东甲北极殿等，皆为澎湖在康熙年间已有文献纪录的祠庙。根据胡建伟《澎湖纪略》和蒋镛《澎湖续编》所载，关于文澳祖师庙的兴建起源以及于干隆廿九年（1764年）与嘉庆十六年（1811年）修建的纪录中，其整修多为民间里人募捐出资，庶民色彩更形浓厚。