贞通正在京都，他一得知信长被杀的消息后，急忙逃回美浓国。翌年的贱岳之战，贞通隶属于羽柴秀吉阵营，因为当时的美浓国属于信长三男‧织田信孝的支配范围，对旧主之子兵刃相向让他感到迷惘，于是将家督之位让与长男稻叶典通。天正11年（1583年）、随同秀吉攻打伊势国岭城，在回程遭到当地住民的袭击（土一揆）、濒临覆灭的危机。这时贞通亲自担任殿军，三度驱散一揆军势使其撤退。天正15年（1587年）、征讨九州时和典通一同出阵，典通因触怒秀吉，被命令回伊势闭门思过，所以贞通再度坐上家督之位。同年冬天，叙任从五位下‧侍从之位