缺乏主见的弱点，他完全处于一个叫约翰·克里斯托福·冯·沃尔纳（Johann Christoph von Wöllner）的神秘主义者的影响之下，以至于冯·沃尔纳成为实际的首相。1788年，腓特烈·威廉二世颁布了“宗教敕令”，确认了宗教自由（给予犹太人、门诺会与摩拉维亚弟兄会充分的保护），维护基督教反抗“启蒙运动”，加以诸多限制，如限制传教，限定神职人员只能信仰新教；同年12月18日，制定了一套严厉的出版物审查制度，以压制言论自由。虽然沃尔纳的宗教政策遭到很多批评，但这实际上被证明是让普鲁士国家稳定的重要因素