尔谷本人创建于公元60年。圣人在亚历山大城传教七年，得到大批信徒，成为亚历山大教会的创始人和首任主教，最终在公元68年被捕殉道，安葬在这座自己创建的教堂地下。该堂在641年阿拉伯人侵略埃及时被严重破坏。680年教宗约翰三世重建教堂。828年，圣马尔谷的圣髑被威尼斯商人从亚历山大城偷走，带到威尼斯。 但是圣马尔谷的头颅仍然在亚历山大城的圣马尔谷教堂内。该堂在1219年十字军战争期间再次被毁，后来重建。16世纪的法国探险家Pierre Belon 提到该堂重建于1547年。该堂在1798年7月法国入侵亚历