1946年回国，任教于北京大学，兼任东方语言文学系主任，时为北大历史上最年轻的正教授。1949年后积极参与各种社会活动，参加教授会的组织和领导工作，担任北京大学工会主席。1956年，被任为中国科学院哲学社会科学部委员，成为中国共产党党员。1957年反右运动期间，他曾参与批斗右派份子。1964年，北大社会主义教育运动中，同部分教职员工和学生一起反对北大校长陆平。1965年秋，在京郊南口村任该村社教队副队长，分管整党工作。1966年文革初期，季羡林属于逍遥派。1967年夏秋之交，加入周培源等为首的北大造反