爆发后，盘珠祁回到家乡容县闲居。1946年秋，盘珠祁任救济总署广西省救济分署审议委员会委员。1949年春，任国立广西大学校长。中华人民共和国成立后，1951年春，盘珠祁任梧州区土地改革委员会副主任兼容县土地改革委员会委员。不久，盘珠祁到北京的中央人民政府农业部从事科研及教育工作。后来出任中央文史研究馆馆员。1984年10月5日，盘珠祁在北京逝世。享年100岁。