杀后，新选组将他的遗体放置于和油小路通的交叉口并埋伏在四周，待御陵卫士闻讯前来收尸时予以一网打尽，这是新选组最后一次的内部斗争事件 。
事件经过.庆应三年（1867年）三月，怀有勤皇思想的新选组参谋伊东甲子太郎，跟同志之士组成御陵卫士（高台寺党），脱离新选组。伊东表面是为守护天皇御所与孝明天皇陵墓，但实质上是为脱离新选组并实现自己的勤皇思想。同年11月大政奉还后，伊东设计要暗杀新选组局长近藤勇，新选组因此于十一月十八日（1867年12月13日）在油小路通的本光寺附近刺杀了伊东。