3年，执行任务完毕返回日本东京的鹿野，利用从贝雅教授学来的新归纳与思考模式，开始于东京的「常民文化研究所」，继续编写《台湾原住民族图谱》，并在历史民族学刊上，频繁介绍了日治时期以来，考古遗址的调查情形，如圆山遗址、台湾东海岸的巨石文化、垦丁石棺遗址、苏澳新城石棺遗址、埔里乌牛栏石棺遗址等等。而这些研究与调查受到东京大轰炸与太平洋战争战事日渐激烈的影响，不得不于1944年中断。1944年6月，鹿野以日本陆军雇员身分赴印尼北婆罗洲从事民族调查，不久便于硝烟弥漫的南洋战场失踪，一说是遭到日本宪兵杀害。1945