填区扩建计划，引起深圳市民强烈反弹，在2014年1月举行的广东省两会上深圳十多名代表提出建议希望深圳市政府与香港政府协调停止扩建新界东北堆填区。但由于香港政府短期内仍未能找到能完全替代新界东北堆填区的垃圾处理方法，有关工程的拨款在2014年底仍然获得香港立法会通过。
重大事故.2013年8月，堆填区发生首宗污水渗漏的严重事故。有传媒于6月报导位于堆填区附近的平原河河水疑受污染浑浊呈橙色，但环境保护署矢口否认。环境保护署于8月下旬承认7月下旬发现该堆填区一个临时渗泸污水储存池池底破裂