派和加尔文派的内斗也进一步削弱其实力。普法尔茨选帝侯腓特烈五世（腓特烈四世的继承者）于1619年在神圣罗马皇帝斐迪南二世的反对下接受了波希米亚王位，但新教联盟在1620年签订乌尔姆条约拒绝给予其支持。斐迪南二世于1621年一月动用帝国禁令取消了他的选帝权。普法尔茨被迫将上普法尔茨割让给巴伐利亚。联盟于二月在海尔布隆的会议上正式向皇帝抗议其行径，但他将抗议置之脑后并命令联盟解散其军队。经共同商议后，联盟盟国最终决定服从斐迪南二世并于1621年五月十四日正式宣告解散。