国七十二年（1983年）12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，二鲲鯓砲台名列其中。民国八十六年（1997年）5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。二鲲鯓砲台改为国定古蹟。民国八十八年（1999年）时又再次进行修复，而后重新开放。另外在最后一次整修时挖出了部分原埋藏于地底之下的遗迹，以玻璃罩保护着以供人参观。
建筑特色.二鲲鯓砲台基本上是一座方形砲台，而四个角落则是突出的稜堡，上头