改建工程主要着眼在站房外观的更新（拉皮）与站内设备的升级，但瑞穗车站是少数更新规模较大的车站之一。为了争取较大的腹地与平衡镇区发展，瑞穗车站的整个站区皆向东移动，除了原有的站房进行外观与设备的更新及内部空间的重设外，也在轨道西侧新建了一座整合游客中心与自行车补给站功能的西站房，并增设连结东西两站区的地下道。工程预算原订2.7亿新台币，但在追加调整后上修为3亿元。改建工程于2012年时正式开始，并计画预定在2017年6月完成，截至2017年3月西站的兴建工程已完成并继续进行东站的内外观工程，与站前道路的整修等