6号（16年10月—17年6月）连续发表《驳康有为致总统总理书》、《宪法与孔教》、《孔子之道与现代生活》、《袁世凯复活》、《旧思想与国体问题》、《尊孔与复辟》等文，推动批孔运动。1916年11月陈独秀与汪孟邹为亚东书馆和群益书社招股在京停留数月，后蔡元培聘请其出任北大文科学长，陈在1917年1月将新青年总部迁往北京，办公地点在东华门外箭杆胡同，但印刷地点仍在上海。1月，《新》发表胡适给陈独秀的回信，名为《文学改良刍议》，产生重大反响。1917年初四川吴虞响应，致陈独秀数稿，支持批孔，文响一时，被称为四川