位于肯亚的东部裂谷部分，则是整个东非大裂谷区较深的部份，其中最深处在肯亚的奈洛比北部，这一部份的裂谷区没有出海，因此所造成的湖泊则较浅、所含矿物和盐份也较高。如马加迪湖几乎都是碳酸钠组成。埃尔门泰塔湖（Lake Elmenteita）、巴林哥湖、柏哥利亚湖和纳库鲁湖（Lake Nakuru）则硷性相当高。奈瓦夏湖则是小规模的淡水湖。
火山.目前东非大裂谷依然在活动当中，地质学家预测几百万年后，东非可能会分裂成不同的版块形状。目前地壳活动较旺盛的区域在肯亚和坦桑尼亚的火山区，包括