坂市副市町村长、第11代广岛市长（在任1915年1月～1916年12月），因此吉村2岁开始居住于京都市下京区，吉村4歳时移居广岛市大手町。11歳至12歳期间，吉村公三郎于东京向岛生活。之后因为关东大地震，吉村移居滋贺县山东町。1924年，吉村于进入岐阜县立大垣中学（现在的岐阜县立大垣北高校），但是在中学4年级时退学。之后转入东京私立日本中学（现在的日本学园高校），隔年顺利毕业。1929年，吉村公三郎于松竹蒲田撮影所担任助手见习。入社后、吉村曾担任岛津保次郎、五所平之助、丰田四郎、成濑巳喜男助理导演。