是其他证据却显示牠们有可能生存至更近的年代。这类河马的分类并不清晰，且没有广泛的研究。一般相信牠们生存至全新世。
发现及分类.马达加斯加河马首先是由Alfred Grandidier于1800年代中描述，他在莫桑比克海崃几里外的沼泽发掘出接近50头河马遗骸。后来不同的学者分别将之命名了4个不同的物种。其后有研究认为实际上只有两个物种，即马达加斯加侏儒河马及马达加斯加绿河马（"H. madagascariensis"）。于1990年发现了第三个物种，名为"H. laloumena"。