巡抚端方幕。光绪三十年（1904年），邓邦述住在吴县。光绪三十一年（1905年），他奉清政府所派，随出使各国考察政治大臣端方到外国考察，次年四月归国。此后，他住在北京，参与厘订新官制。其间，他搜罗了大量善本。光绪三十三年（1907年），吉林设行省。徐世昌向清廷保奏道：邓邦述于该年年底署理吉林省交涉司使。宣统元年四月二十九日（1909年6月16日），邓邦述转任奉天交涉使，不久弃官回到北京。宣统二年（1910年），他任吉林省民政使，次年6月再一次弃官回到北京。在吉林任职期间，他促成了吉林省图书馆的创立