马英九的市府团队有五人出选，今次只当选三席，对马英九来说是一个打击，但他的超人气仍然未减，并在2005年击败王金平而当选国民党主席。亲民党方面，由于票源回流，加上有些选区因国民党违反总量管制的规则，引致亲民党席次减少12席之多。由于选举恩怨，党主席宋楚瑜一来抗拒国亲合併，二来选后赴美并制造暧昧迹象，释出与民进党合作的讯息，甚至传出由宋楚瑜或亲民党人组阁的消息。不但加深国亲恩怨，而且他更与陈水扁会面，被陈水扁摆了一道。令王金平的立法院长连任之路非常艰辛，不得不释出立法院副院长职位予亲民党前党秘书长钟荣吉。