::车站构造.车站月台中，有一个1面1线侧式月台，以及一个1面2线岛式月台，可以列车交会。车站西边有一些预留线。主要是使用1号月台。车站为一个直营站，设有绿窗口，为全日本最南的绿窗口。车站内也设有自动检查口及自动售票机。※最近指宿市政厅的车站为二月田站
琐事.指宿站是日本最南端的特急停车站（非官方认定，但事实上的确如此）