国国民党和亲民党籍立法委员便批评陈水扁浪费国家预算，并估计航行成本高达2,300万元，比正常航行多花600万至700万元。林郁方和孙大千便认为在美国已经表明拒绝过境关岛下，应该取消搭乘总统专机出访的计画而不要浪费预算。而在2009年9月，新闻媒体《壹週刊》在报导中指称陈水扁在访问帛琉时，曾利用总统专机运送4,000万美金现金并存入帛琉当地银行，再分批汇往美国而涉嫌洗钱。2014年8月6日，最高法院检察署特别侦查组则因为查无不法实据而宣布侦查终结并签结。
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