疏请求开缺探病，文宗怀疑其逃避，严厉斥责，允许其回籍，待请假期满后，降补三四品京堂。不到一月，太平军逼近太平府，孙铭恩不听劝阻，执意留在城内，以证明自己清白，称“城亡与亡，以明吾心！”。城破后，被押送至江宁（今南京），誓死不降，与其仆人范源皆被处决。朝廷追赠内阁学士，入祀京师及安徽、江苏昭忠祠。并授骑都尉世职，谥文节。《清史稿》有传。着有《孙文节公遗稿》等。