专家组以厦门出岛铁路尚为单线，运力有限为由，建议将市郊铁路推迟至2008年福厦铁路开通、厦门岛内铁路复线化后再开行。2009年厦门站至杏林站路段开始复线化改造，同时老线进行换轨工程以和新建福厦铁路接轨。2010年4月26日福厦铁路正式通车，由于当时厦门北站并未完全完工，厦门站开行始发前往福州站方向的动车组列车。同年10月，当地政府计划建设厦门铁路文化公园。该计划利用于1950年建设、1980年代废弃、连接厦门站和和平码头路段的鹰厦铁路延伸段路轨，将其改造为公园。公园最终于2011年8月1日建成并对外开放