随着台湾省政府功能业务与组织调整案实施，台铁于1999年改隶中华民国交通部，全称加上「交通部」字样，改为「交通部台湾铁路管理局」。
2001年至2010年.进入21世纪，台铁开始进行捷运化计画，将西部干线转型为长程运输与短程通勤并重，并着手提升东部干线的运能。在捷运化方面，台铁增设多个通勤车站来缩短站距，以便民众利用就近车站：八堵和基隆之间增设的三坑车站于2005年5月9日启用，七堵和五堵车站之间增设的百福车站于2007年5月8日启用，汐止和南港之间增设的汐科车站于2007年