在古根菌纲发表之前，已有超过50篇研究分析土壤中微生物的DNA样本时发现了本纲物种的存在，并称之为「土壤菌株1」（Soil Clone Group 1）。2011年的研究透过rDNA序列的定序，发现这个演化支的真菌属于外囊菌亚门，且是包含裂殖酵母纲与肺孢子菌纲的演化支之姊妹群。古根菌纲真菌的菌丝体生长缓慢，其菌丝具有两层细胞壁，表面有一些分泌物，直径1-2微米，且可能会形成直径3-6微米的厚垣孢子。本纲物种虽常出现在植物根部，但没有证据显示它们可以与植物形成菌根，也没有证据表明它们是植物病原菌，因此其出现于