湖有革胡子鲶和齐氏非鲫种群，当地渔民主要靠手工捕鱼。湖中也有原滴虫 ""分布，这种生物此前未有曾在非洲有过记录。至于鸟类，当地报告有5000-7000只的黑冕鹤种群。其他鸟类有黄嘴䴉鹳、白腹鹳、埃及圣䴉、、、、、黄嘴鹊鵙、须嘴鸦、、、、、、、、、黑腰梅花雀。
保护.昆迪湖被列入重点鸟区。湖周边设有面积2000公顷的昆迪湖保护区。