n32及Win16子系统的Windows 9x GDI被加载到用户空间。Alpha通道或透明特效，譬如菜单的渐变效果，都不被Windows 9x GDI支持。Windows Explorer乃台式机的默认用户界面，尽管出现了各式各样的Windows shell更换软件。其它种类的GUI有LiteStep, bbLean及程序管理器。GUI让用户更方便地控制个别应用程序的位置与外观，及更好地与Windows系统交互。