持噶尔丹入侵喀尔喀蒙古。1696年，清朝军队在昭莫多之战中大败准噶尔军。1697年，噶尔丹败亡，康熙帝严诏谴责桑结嘉错。桑结惧，加上不断受到西藏各势力的质疑，并且与准噶尔继任的策妄阿拉布坦对立，乃立仓央嘉措为六世达赖，并派遣密使赴京请封。1701年，和硕特汗国达赖汗朋素克去世，和硕特汗国最后一任可汗拉藏汗继承汗位，清朝康熙皇帝册封为翊法恭顺汗。
和硕特汗国拉藏汗统治西藏（1705-1717）.1705年，拉藏汗进攻拉萨，罢免并诱杀第悉桑结嘉措。1706年6月28日，拉藏汗杀桑结嘉措