1661年，南明延平王郑成功驱逐台湾的荷兰东印度公司势力后，创建了明郑王朝，郑氏部队据地军屯，称为「营盘田」，设一府二县，其中万年县为现在的高雄，县治设于今左营区埤子头（一说位于二赞行）。明郑带来中原文化，及滨海军事要地之屯垦开发，同时也带动街市的繁荣。永历16年（1662年），郑成功病逝，当时驻防厦门的儿子郑经，与其叔父郑袭爆发了争位内战，最后郑经胜出，人称郑经克台。万年县于1664年在郑经的统治下更名为万年州。永历35年（1681年），郑经病逝，权臣冯钖范发动兵变，杀监国世子郑克臧，立自己的女婿郑克塽继