两次准备舰队以征讨马尼拉。然而这期间，明郑的屯垦队与大肚王国的原住民，由于耕地爆发冲突，将领刘国轩率部夷平了大肚社、沙辘社，郑经也亲征斗尾龙岸社，是为「沙辘社之役」。永历二十八年（1674年），三藩之乱爆发，郑经提前数月率舰队西渡澎湖，以支援福建的耿精忠，马尼拉远征计画也随之搁置。
渡海西征.永历二十八年三月十六（1674年4月21日），耿精忠响应吴三桂发起的三藩事变，提供战船给郑经，换取出兵，郑经答应。五月，郑经从台湾出发，抵达厦门，要求耿精忠将漳州、泉州交给自己。耿精忠这时