子为副会长，蔡元培、于右任、冯玉祥、鲍格莫洛夫、颜惠庆为名誉会长。抗战期间，续任立法院长，并与苏联谈判，签订《中苏互不侵犯条约》、《中苏商务条约》。1946年1月，代表国民党与共产党协商，然后跟随蒋中正进攻中国共产党佔领区。1942年，被选举为上海大夏大学校董会董事长。1947年1月10日，立法院院长孙科发表书面谈话称：解决国共和谈问题方法，最好于不久将来各党派负责代表再举行一次圆桌会议。1月11日，中共驻南京办事处发言人就孙科建议举行党派圆桌会议事发表谈话，认为中国国民党应对中共两项要求明确答覆。