月，蔡牵复出现于鹿耳门西边，邱良功遂与副将张见陞、王得标合力追击，以火攻歼其众于洲仔尾，后转由北汕尾与提督李长庚夹攻蔡牵，但因涨潮而让其遁走，但事后仍因有立功于该年七月加副将衔，赏戴花翎。嘉庆十二年（1807年）七月，邱良功追击朱濆于沪尾，后与南澳总兵王得禄一同追到苏澳，摧毁其根据地，同年十二月负责缉捕蔡牵的浙江提督李长庚阵亡，其任务由邱良功与王得禄接手。嘉庆十三年（1808年）正月，授台湾水师协副将，同年六月迁浙江定海镇总兵，后因歼灭蔡牵同伙骆亚卢，且该年十二月浙江水师提督何定江病故，巡抚阮元遂保荐邱