此外，在四川、贵州以及广西等地，还先后爆发许多土着叛乱。
明后期民变.明神宗万历二十九年（1601年）6月初，苏州市民葛贤领导苏州机工包围税署，打死税吏，吓得税监逃跑。明廷被迫撤回税监。明神宗万历年间，蓟州人王森传播白莲教，自称闻香教主，其教徒遍布北南直隶、山东、山西、河南、陕西、四川等省。万历四十二年（1614年），王森在京师传教时被捕，死于狱中。之后，其弟子巨野人徐鸿儒继续组织白莲教。明熹宗天启二年（1622年），白莲教徐鸿儒联合景州（今河北景县）于弘志、曹州（今