南开大学日本研究院，为南开大学直属学院，1964年，根据周恩来总理关于在高校中加强外国问题研究的指示，南开大学历史系成立了由着名学者吴廷璆先生领导的日本历史研究室。2003年5月，南开大学鉴于要让日本研究中心成为新兴交叉学科的建立和发展提供范例并整合多学科资源，积累宝贵的经验，作出了日本研究中心脱离历史学院、独立组建日本研究院。南开大学日本研究院是对日本历史、政治、经济、思想、文化、社会、语言、文学等进行综合性研究的实体学术机构。其宗旨是采用专职和兼职相结合的形式，集中南开大学较有成就的日本研究人员和国