湖南巡抚陈宝箴被守旧党弹劾，为杨深秀即为其剖辨。戊戌政变的前一日，八月初五（9月20日），杨深秀上奏奏请“与英、美、日合邦”，杨深秀说：八月初六（9月21日），慈禧太后归政，其后杨深秀深诘皇上被废的原因，固请慈禧撤帘。八月初九（9月24日），在宣武门外闻喜会馆被捕。八月十三日（9月28日），与谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、康广仁同被问斩，合称“戊戌六君子”。是被祸六君子中自正途入仕且为唯一的高官，本不当死，惟因诘问慈禧得咎。