在2007年，Jonathan C. Weinbaum、Axel Hungerbühler首次提出波波龙超科的演化支定义。他们研究波波龙的两个新发现标本，建立波波龙的数个新鑑定特征，并提出种系发生学分析，将波波龙超科定义为单系群演化支；而劳氏鳄科、迅勐鳄科的演化位置较为原始，三者共同属于副鳄形类演化支。在2005年，保罗·塞里诺（Paul Sereno）提出波波龙科的定义，包含：所有亲缘关系接近于波波龙，而离尼罗鳄较远的物种。如果根据这个定义，塞里诺的波波龙科范围，将会相当于Weinbaum、Hun