即将孙琬送入澳门镜湖医院治疗，并报中共中央有关领导。后中央人民政府负担孙琬在镜湖医院的一切治疗及调理费用，并通过驻澳门机构南光行每月拨款3000元港币资助孙琬生活费。孙琬于1979年在澳门镜湖医院逝世。殡礼由澳门华人实权领袖何贤主持，并宣读祭文。葬于澳门凼仔孝思永远墓园。1989年迁葬于香港薄扶林道坟场戴家墓地与戴恩赛合葬。