室、饮食、金石、算数、动植物、脉考等，是一部百科全书式的着作。清纪昀《四库全书提要》十分推崇方以智的《通雅》，他认为明中叶的杨慎虽博洽但好伪说；焦竑也喜考证，但动辄引用佛典，失于芜杂；“然以智崛起于崇祯中，考据精核，回出其上，风气既开，国初顾炎武、阎若璩、朱彝尊等沿波而起，始一扫悬揣之空谈，其中千虑一失，或所不免，而穷源溯委，词必有证，在明代考证家中，可谓卓然独立者矣”。梁启超在《中国近三百年学术史·清初学海波澜余录》中指出方以智治学方法有三大特点：