871年，日本废藩置县，对马藩被废除，对朝鲜的外交权由外务省接收。1872年，日本外务丞到达釜山，要求接收草梁倭馆，改为日本公馆。朝鲜十分强硬地拒绝了这一要求。日朝之间因此产生了不少外交问题，日本国内支持「征韩论」的势力逐渐抬头。日本终于1876年的江华岛事件中用大炮和军舰轰开了朝鲜的国门，翌年，日朝双方签订《江华条约》，朝鲜承认日本外交使节可以在汉城驻留，并废除了倭馆。釜山倭馆的200年历史至此结束。
现存的倭馆地名.韩国庆尚北道漆谷郡有倭馆邑，为该郡郡厅所在地。倭馆驿也是京釜线