行政院环境保护署（简称环保署）是中华民国环境保护事务的最高主管机关，前身为1971年3月成立的「行政院卫生署环境卫生处」。因应行政院组织改造，环保署未来将改制升格为「环境资源部」。
改组前的架构.环保署是各县市、直辖市环境保护局的监督机关。
未来改组规划.因应行政院组织改造，未来将改制升格为「环境资源部」，将主管水资源及水土保持、矿产资源等攸关国土环境的事务。