乘搭巴士或小巴前往元朗或天水围，亦可乘搭港铁东铁线前往香港各区。如选择乘搭港铁，须乘电梯前往位处上层的票务大堂，购票（没有八达通者）、入闸后再乘电梯由上而下前往月台层。另一方面，于落马洲站的票务大堂内设置两部数码化湿地观赏仪，可供乘客利用观赏仪欣赏落马洲邻近一带的天然湿地环境，在2016年停用进行升级后，已于2018年恢复使用。
月台.落马洲站设有2个月台，位于L2层，採用岛式月台排列，方便乘客乘坐往红磡方向的东铁线列车。此外，落马洲站1号月台以南已预留部份月台结构，以便北