三才愤而辞职。万历四十四年（1616年）削籍。天启元年（1621年）后金可汗努尔哈赤攻占辽阳，御史房可壮请起用三才为辽东经略，遭反对作罢。天启三年（1623年）起为南京户部尚书，未赴任卒。及魏忠贤秉政，其党御史石三畏追劾三才，诏削其籍，褫夺封诰。崇祯初年（1628年）复赠官。
事迹.李三才总督漕运期间，税使宦官陈增、鲁保等横行无忌，公开掠夺。李三才“以气凌之”，谓如「一旦众叛土崩，则小民皆为敌国」，制裁矿监税使爪牙，并劾治宦官陈增，使陈增为之夺气，不敢横行。又劾治陈增参随程