1989年年底停刊为止《自由时代周刊》总共出版了302期，同时也创下被查禁和停刊次数最多的记录。
批判政局.其中《自由时代周刊》多次撰文专题报导如三七事件、岩湾事件、520事件、张宪义事件等系列，批评中华民国国军、情治机关以及蒋中正家族等政军经各界内幕弊案，而这三者在过去则被新闻媒体视为报纸与杂志不能碰触的言论话题之一。其中《自由时代周刊》多次报导有关蒋中正家族部分，这包括有蒋中正的过去以及家族权力斗争等，并且多将种种禁忌话题列为每期杂志的封面。这些郑南榕批评以中国国民党为首的政府