是非常长—数百个氨基酸基团—几位着名的科学家不能确定这样的长的线性大分子是否能稳定的存在于溶液中。 进一步怀疑产生蛋白质的多肽性质是因为观察到某些酶分解蛋白质而不是多肽，另一些分解多肽但是没有折叠蛋白质。 尝试在试管中合成蛋白质是不成功的，这主要是因为氨基酸的手性；天然存在的蛋白质是只由左旋的氨基酸组成的。因此，非正统的蛋白质结构的化学模型也被列入考虑范围，如埃米尔·阿布德哈尔登的二酮哌嗪假设 。 但是，没有一种非正统的模型能解释为什么蛋白质只产生氨基酸和多肽、蛋白质水解产物。由Linderstom-Lan