.马那瓜位于马那瓜湖南岸。湖中包含与东南部湖泊-尼加拉瓜湖-相同的鱼种，除了只在后者中发现的淡水鲨鱼。湖水已自1927年以来的新排水系统和废水到拉斯梅塞德斯一个德国政府资助新的污水处理厂，以净化的污染。
气候.马那瓜，像很多尼加拉瓜西部的城市，除了南方的山脉属热带气候，平均气温28至32℃（82至90°F）。在柯本气候分类法中，全市拥有热带干湿气候。十一月至四月之间存在着明显的旱季，而大部分的降雨是五月至十月间。温度最高是三、四月份，当太阳位于头顶但夏季降雨尚未开始。Secti