962年起为清华大学与台师大的合聘教授，同时担任两校数学系主任，并任清华数学研究所长。此后任台大主办、中央研究院与清华协办的国家长期发展科学委员会数学研究中心主任。1973年任中大理学院院长，1979年任中大校长。曾任中国自然科学促进会理事长、中华民国数学会理事长。李新民于2004年12月12日逝世。