外国的贸易关系并非完全中止，但仅允许与特定对象进行，包括与荷兰人在长崎出岛进行贸易，而中国的明朝与清朝在长崎亦有贸易来往。此外，对马藩与朝鲜、萨摩藩与琉球以及松前藩与虾夷有贸易关系。
背景.自从葡萄牙传教士圣方济各沙勿略来到日本传教（集中在今长崎市），不少日本大名及各阶层人民均信奉天主教，后来江户幕府实行禁教令，信徒被迫更改信仰以及被流放到外国。后来为了阻止外国传教，决意与以天主教为国教的国家西班牙及葡萄牙断交。
原因.在安土桃山时代有不少天主教的传教士前