任命为物理系的领导。事实上，他在那里成为了唯一的职员。在1941年的夏天,莫奇利在宾夕法尼亚大学摩尔电气工程学院（Moore School of Electrical Engineering）参加了电气防卫培训课程。在那里,他会见了实验室老师约翰·皮斯普·埃克特(1919 - 1995),后来他们将形成长期的合作伙伴关系。课程后,在1943年，莫奇利被聘为电气工程学讲师,他被升职为电气工程助理教授。二战爆发后,由于莫奇利与埃克特的提议，把建立电子计算机的项目承包给摩尔学院，以加速美军弹道的计算速度。