东南大学机械工程学院的前身是创办于1916年的南京高等师范学校工艺专修科，后历经国立东南大学工科机械预科、国立中央大学工学院机械工程系、国立南京大学工学院机械工程系，1952年更名为南京工学院机械工程系，1988年更名为东南大学机械工程系，2006年成立为东南大学机械工程学院，是东南大学历史最悠久的院系。现拥有机械工程一级学科博士授予权并设博士后流动站。