修葺城池固守当地；改任耀州知州，上疏时政，说：「将领众多不比好将领，士兵众多不比训练充足的士兵，粮饷充足不比查核清楚的粮饷。」又说：「大臣们应该放下恩怨，知悉廉耻。」得到朝廷下旨褒奖，累转山西佥事，改为监军宣府。北京失陷，耿廷箓逃到南京，除授九江副使。张献忠入四川，朝廷命他出任太仆少卿前往云南监督沙定洲军队，由建昌向北，但他坚拒辞任。不久他调任参政，在遵义监督滇兵；很快以佥都御史代马干巡抚，可是未赴官沙定洲就作乱，失去蜀地，因此不成行。永历元年（1647年）三月，李定国入河西，他投水自杀，妻子杨氏及女被擒杀