学第一高等学校文科，1950年京都大学文学部史学科毕业，大学毕业后曾在平凡社编辑部做勤务，1957年到京都大学人文科学研究院任助理，1968年任，1975年任教授，同年获得京都大学的文学博士学位，1989年退休任京都大学名誉教授。2004年12月成为日本学士院会员。自1986年开始，一直兼任理事。2006年1月1日，林巳奈夫因急性心脏衰竭于神奈川县藤泽市鹄沼家中去世，享年80岁。
荣誉.1985年获得日本学士院奖，1995年获得勲三等旭日中绶章。