1909年，马叙伦的恩师陈黻宸当选为浙江咨议局议长。1910年，马叙伦参加了柳亚子发起的南社。1911年（清朝宣统三年）夏，他跟随为筹办浙江医药专门学校而赴日本的朋友汤尔和到东京游玩。在日本，他曾托章太炎介绍加入中国同盟会（未知其加入与否）。1911年武昌起义爆发后，马叙伦在故乡组建民团，进行响应。后来，他任浙江都督府秘书。此后不久，他来到上海和章太炎同办《大共和日报》，他任总编辑。1913年，他到北京医学专门学校以及北京大学担任教授。1915年，为抗议袁世凯称帝，他辞职返回浙江。袁世凯称帝失败后，他应