于2010才赴台成立分支，并隶属于中国绿色和平，多个环保、劳工、人权团体质疑有政治目的。台湾劳工阵线另指，该会近来在台召募人员时，还询问面试者的统独立场，有「政治歧视」之嫌，触犯就业服务法。2014年12月，绿色和平组织的人员利用联合国气候变迁会议在秘鲁首都利马召开期间，在未经许可的情形下，进入纳斯卡线保护区以黄色布条拼出「」（该是做改变的时候：创造可再生的未来。）字样，引起非议。秘鲁政府指其留下的脚印破坏了地貌。