台湾农业无可替代的贡献，由台湾省议会动议每年寄送蓬莱米一千两百公斤到日本芝浦，直到过世为止。矶永吉为感谢台湾省政府所给予之优遇，8月14日亦赠新台币二万元，以每年之利息半充台湾省政府农林厅稻作多收竞赛第一名优胜者副奖，半充台大及台中农学院农艺系优秀学生奖学金。8月28日下午四时，偕同夫人搭乘民航公司班机飞返日本。归国后定居山口县防府市，以山口县专门委员身分指导山口县农业实验场的研究者；并从1958年起担任山口大学的热带农学论课程。1972年1月21日逝世于冈山县，享年85岁。2003年，在矶永吉小屋