家人生活在台湾等原因，他最终选择代表中华台北出赛。尽管取得中华民国国籍，然而在取得身分证的申请手续上一再延宕，幸亏及时办理完成。<br>2011年7月1日晚，国际足协正式核准他出赛资格，7月3日，陈昌源首次代表中华台北出赛，在世界盃外围赛次回合出战马来西亚，台北田径场涌进15,335名现场观众，打破近年台湾足坛纪录。比赛进行至75分钟时，中华台北队的陈柏良在禁区内被马来西亚守门员绊倒，获判罚12码，总教练罗智聪指派镇阵中唯一旅欧职业球员陈昌源操刀，后者顺利踢进效力国家队的首颗进球，最后帮助中华队以3：2