白磷后，肝细胞会在12小时之内出现大规模和纤维化，这是白磷肝毒性的其中一个机理。不过，医学界尚不清楚内质网受损害的机理，也不知道是因白磷本身还是其代谢产物损害内质网。此外，口服白磷以后，白磷（或其代谢产物）会损害肝细胞的线粒体和细胞核，损害肝细胞合成三磷酸腺苷的能力，导致肝细胞坏死。白磷（或其代谢产物）能令肾脏、心脏和脑部的细胞受损，这可能会损害细胞合成三磷酸腺苷的能力。再者，白磷（或其代谢产物）会损害细胞线粒体，有机会抑制脂肪酸氧化，令这些器官内出现脂肪积累。因此，白磷中毒也会对肾脏、心脏和脑部构成危