丝氨酸蛋白酶抑制蛋白结构被解决了（首先在放松的构象，后来在应激构象）。结构表明抑制机制涉及异常的构象变化，并促使后续的丝氨酸蛋白酶抑制剂研究聚焦在结构上。现在已经鉴定了超过1000种丝氨酸蛋白酶抑制剂，包括36种人类蛋白质，以及所有生物界中的分子--动物，植物，真菌，细菌和古菌以及一些病毒的。在2000年代，一个系统命名法被引入，以便根据其进化关系对丝氨酸蛋白酶抑制剂超家族成员进行分类。因此，丝氨酸蛋白酶抑制剂是蛋白酶抑制剂中最大的和最多样的超家族。