郑成功攻台一事，担心郑成功不再致力反清复明，反而据地做台湾王。虽然郑成功宣称攻台是为了安置文武百官的家眷，但张煌言认为从未听说将辎重与眷属安置外国，又能经营中原的先例，直言此举「暴师半载，使壮士涂肝脑于火轮、宿将碎肢体于沙碛，生既非智，死亦非忠」。随后永历帝于云南告急，郑成功也正与荷兰人对峙，未能出兵相救，种种作为皆不被张煌言谅解。郑成功的老师钱谦益也认为郑成功既以台湾为根据地，恢复中原则更无希望。