选票连任当选第十四届屏东县长一职，成为首位连任成功的非国民党籍县长。因苏嘉全面色黝黑，加上推销黑鲔鱼有成，使其赢得「黑鲔鱼」的绰号。2004年4月，出任内政部长，在民进党内也任职中央执行委员与中央评议委员，在担任内政部长期间，签署命令废止编印我国大陆地区地图注意事项。2006年1月，转任农委会主委。2009年，中华民国县市三合一选举，苏嘉全担任民进党的选战策略小组召集人。2010年5月20日，苏空降参选2010年台中市市长后，辞去民进党秘书长一职，但11月27日的五都选举最终在不被看好的情况下小输给