陈嘉晋、余浩邦、袁立翔等多名前甲组球员，配合外援球员法比奥、友友、董雅涛，增强球队实力，锐意争取升班重返甲组联赛角逐。2013年1月27日在香港大球场举行的香港足球初级银牌赛决赛，以6-2大胜另一支新界地区球队葵青，首次赢得初级组银牌赛冠军。元朗区议会于2013年2月26日会议上通过，元朗区足球队于下季由新成立及获得批准註册为社团的元朗足球会接手筹办，代替放弃筹办地区足队的元朗区体育会。2013年4月7日，元朗于第17轮乙组联赛作客以2-0击败港会，以45分排榜首，领先第四位35分的愉园10分，