治十二年（1655年）担任漕运总督，加兵部尚书，“抗言力陈”海禁之弊，“多所振刷，厘革挽输，天庚迄无亏额。”。顺治十三年（1656年）钱谦益赴淮安访蔡士英，“必与复明运动相涉”。康熙六年，捐资重修三官庙。康熙十四年（1675年）尚在世。谥襄敏。有子蔡毓荣。1998年在山东新泰敖山发现蔡士英的「三通碑记」。
后裔.蔡毓贵、蔡毓荣、 蔡毓华、蔡毓茂 (子) 蔡良 (孙)、蔡珽 (孙)、 蔡琳 (孙)、蔡珣 (孙)、蔡玑 (孙)、蔡琴 (孙)、蔡琯 (孙)、蔡璠 (孙)、蔡璨 (