古朝廷诏谕三别抄军降伏。裴仲孙请求让蒙古军先退兵，然后奉土投降，但被忽必烈拒绝。4月，蒙古朝廷决定剿灭叛军。蒙古和高丽官军仅仅用了一个月就攻下了珍岛。承化侯王温和裴仲孙被擒杀，余众由金通精率领，逃往济州岛。1270年11月，三别抄军攻陷了全岛，驱逐了耽罗国王。直到1271年三别抄之乱才开始逐渐式微。在这个时期，三别抄军试图寻求日本镰仓幕府的支持。次年他们在一定程度上恢复了一定实力，数度洗劫高丽的沿岸。蒙古、高丽联军自1272年2月起开始进攻，4月镇压了叛军。1294年，蒙古完全控制了济州岛。