007年升任助理首席入境事务主任。而在2003年至2006年期间，他曾被借调到保安局担任助理秘书长。2009年，他成为首席入境事务主任。到了2012年接任入境事务处助理处长（管制），并于2014年晋升入境事务处副处长。曾国衞于2016年4月5日获中国国务院根据时任行政长官梁振英提名和建议任命，接替退休的陈国基出任入境事务处处长，同日履新。他担任前处长前曾于2007年至2010年期间被派驻香港特别行政区政府驻北京办事处工作，而其选择加入入境事务处的原因源于他小时候常与入境处的前线人员接触，对他们存有好感。