中书省地位较前代尤为重要。中书令通常由皇太子担任。中书省除为决策机构外，还负责直接管辖首都大都附近的腹里地区。在腹里地区以外，在全国各地设置有行中书省，简称行省，初为中书省派出机构，掌管所辖地区内的军政事务，「行中书省」概念其后发展成为省级地方政府。明朝初年，沿袭元制，由中书省统六部。但是，1380年胡惟庸案后，罢中书省，分权归于六部。自此，六部制取代三省六部制。