机室内只有在面向长罩端方向的左侧设有司机操纵台。电气室内设有高低压控制电器柜。空气制动装置采用JZ-7型空气制动机，并配备两台NPT5型电动空气压缩机。
第三代车型.第三代的东风5型柴油机车采用了模块化设计，设备布置参考了NJ1型柴油机车的经验，与以往的第一代及第二代车型有很大变化。机车从前到后分别为冷却室、动力室、辅助室、电气室、司机室和制动室六个模块，其中制动室方向为短罩端，冷却室方向为长罩端，每个模块使用螺栓与车架连接。冷却室内设有冷却水系统和散热装置，冷却风扇改为驱动，冷却