召回国。在1801年，纳尔逊再获起用，前往波罗的海，在哥本哈根战役中击败丹麦海军。此后，他再被派往地中海阻止土伦的法国舰队驶离地中海，但不成功，双方于大西洋及加勒比海展开追截，最终法国舰队成功逃逸。纳尔逊返国稍作休息后，在1805年9月再度出击堵截位于加的斯的法、西联合舰队，并在10月21日爆发特拉法加战役，纳尔逊在战事中取得英国海军史上其中一次最重大的胜利，但他自己却中弹阵亡，身后遗体运返英国，落葬于圣保罗大教堂。虽然纳尔逊与汉弥尔顿爵士夫人艾玛的风流生活在他生前一度招来不少闲言蜚语，成为舆论的焦点。