主动进行侦查，兴票案正式进入司法程序。为表明他本人的清白，他将所有的钱领出，交给信託，直到诉讼结束。1999年12月16日，财政部扩大调查全案。12月29日，国民党完成兴票案调查报导提报中常会，指宋涉伪造文书、背信、侵占，立委陈昭南再控宋楚瑜于八十三年省长选举时，涉申报竞选经费申报不实，检方将全案合併杨吉雄的提告一同侦办。由赖素如担任国民党委任律师，控告宋楚瑜与陈万水。2000年1月25日，宋楚瑜委託律师到台北地方法院声请债务清偿，准备退还两亿四千多万款项，指名由「国民党主席李登辉」提领；2月1