任浙江都督府总参议。其后拜门师廕昌荐蒋百里于袁世凯。1912年任保定陆军军官学校校长。由于经费受陆军部制肘，自感失信于师生，曾因此发生一宗蒋百里自杀未遂事件，舆论哗然。1913年任袁世凯为总统府军事处一等参议，次年着《孙子新释》。1916年反对袁世凯称帝，蒋百里流亡至广东，响应蔡锷兴兵讨袁，出任两广护国军都司令部出师计划股主任。不久袁世凯忧死，会蔡锷亦有疾，遂陪同蔡锷至日本就医。后来蔡锷不治身亡，蒋百里因而失去政治靠山。1917年任黎元洪总统府顾问，着《军事常识》。往后数年间，蒋百里公职清闲，闲