位未经证实的绯闻男友，一位是她在商台时的监制李进，另一位是 CBS Sony 公司的唱片监制冯镜辉。1987年，她首次跟形象指导及排舞老师许愿合作，其后公开恋情，许愿担任其唱片监制及形象设计，曾合组制作公司星工厂，1991年宣布分手。1992年，她与台湾音乐人李宗盛合作。其后，李宗盛与林忆莲相恋，但这段感情处理得十分低调。1998年1月20日，她和李宗盛在台湾举行记者会，正式宣布婚讯，并证实已经怀孕的消息，两人2月22日在加拿大温哥华举行婚礼，同年5月17日下午一时零一分，林忆莲在台湾剖腹生女，取名李喜