线区段为四显示自动闭塞设计，旅客列车追踪间隔时间按4分钟、货物列车追踪间隔时间按5分钟设计，反向按自动站间闭塞行车，区间地面设置四显示通过信号机，作为非自动行车模式（或非目标距离模式）下列车的行车凭证，区间和站内轨道电路均采用ZPW-2000A型无绝缘轨道电路。宁波东站至北仑支线及温州南站至金温铁路维持既有半自动闭塞方式。根据设计，甬台温铁路信号系统满足运营速度250 km/h的要求，货车速度不大于120 km/h；另外，还能满足正向运行追踪间隔旅客列车4分钟、货物列车5分钟的要求，具备反向行车功能。