队进入车臣分离主义地区，发生了第二次车臣战争，到了2000年初，政府的安全部队占领了大部分的地区，高强度的战斗持续了好几年，并造成数以千计的平民伤亡，到了2005年，车臣叛军领导阿卜杜勒·哈利姆·萨杜拉耶夫颁布成立了高加索阵线抵抗俄罗斯，其中成员包含在北高加索的伊斯兰信徒，企图扩大车臣与俄罗斯之间的冲突，在他死后的继任者多卡·乌马罗夫宣布圣战会持续进行，会在北高加索地区建立一个伊斯兰原教旨主义的伊斯兰酋长国并进一步向外发展，俄罗斯在车臣实行绥靖政策，建立一个亲莫斯科的地区政府，为当地的安全职责。俄罗斯在