荣誉.1991年，邓起东获第二届李四光地质科学奖，同年获国家科技进步奖二等奖。次年，邓起东被中华人民共和国人事部授予“有突出贡献中青年专家”称号，再次获国家科技进步奖二等奖，同时开始享受国务院政府特殊津贴。1996年，邓起东被中国地震局授予“全国地震系统先进个人”称号。