港红磡站来往东莞市常平站、广州市广州东站的广九直通车，来往上海市上海站的沪九直通车以及北京市北京西站的京九直通车；在香港境内主要共用东铁线的路轨。而所有由中国内地派出的直通车，在驶经广深铁路及东铁线时，皆以特定的10辆韶山8型电力机车（将来预计由和谐1D型电力机车取代）推动。由2016年7月1日开始，正式推出新式的软卡纸车票，以统一中国内地车票全软卡纸化及取代硬卡纸加贴纸的旧式车票。但基于香港《个人资料（私隐）条例》的规定，暂时香港来回的软纸车票都不需要客人的全名。至于7月1日之前购买的旧式车票仍然有效