虽出自吉利支丹大名自身的意愿，但传教士的唆使暗示，亦是间接的原因。反观信奉佛教和神道的大名诸侯听取僧侣的意见，将外来的基督教视为「异教」而镇压，反而造成两边教徒信众间的憎恶与对立。1587年7月24日丰臣秀吉下达伴天连追放令后，吉利支丹大名遭受强大的政治压力，许多人遭改易解职，或者被迫改信佛教、神道，整个日本进入镇压禁止基督教的时期。
江户时代.进入江户时代后，幕府于1613年（庆长18年）发出，拒绝放弃信教的高山右近最后遭流放至菲律宾马尼拉，而有马晴信则遭流放至甲斐国初鹿野，