性位点需要某些氨基酸残基在三个维度上精确定向。 另一方面，蛋白质与蛋白质的结合界面可能由较大的表面组成，并限制了氨基酸残基的疏水性或极性。 蛋白质的功能限制区比无限制区（如表面环）进化得更慢，当比较蛋白质家族的序列时，会形成可辨别的保守序列区（请参阅多重序列比对）。 尽管使用了许多其他术语（块，签名，指纹等），但这些块通常被称为模体(motif)。 同样，许多在线资源都致力于识别和分类蛋白质模体（请参阅文章结尾处的列表）。
蛋白质家族的演化.根据目前的共识，蛋白质家族以两种方式产生