派和以大内兵卫为代表的左派矛盾冲突激化，河合荣治郎的着作被禁止出版，1938年底平贺让被任命为新一届东京大学校长。1939年2月13日以大学纲纪紊乱和东京大学再建障碍为由发出休职命令，变相辞退一批教授。。离开东京大学后先后担任日本中央大学、近畿大学、国学院大学、独协大学。