各地后，开始展开频繁的军事活动。在台北旅团方面，主要战役地点在发生于六氏先生事件台北芝山岩与游击频繁的三角涌与大嵙崁数地。在台中旅团，则是于云林支厅范围的铁国山战役。其中，铁国山战役，日台双方均有伤亡。而为了剷平台籍游击军领袖柯铁与简义，台中旅团于云林斗六街一带焚燬民房4925户，并杀害约三百名百姓的云林事件，导致日本岛内舆论哗然，为此，台湾总督府与日本内阁受到日本本地的多方面质疑。
改制编成.1896年6月之后，芝山岩、三角涌、云林三地的台湾抗日游击力量迅速被击败后，各地混成旅团