物分支的基底演化伸展出去的。而松叶蕨与木贼则和瓶尔小草跟合囊蕨一样是「真正的」蕨类。事实上，松叶蕨和瓶尔小草毫无疑问地是一个分支，而木贼跟合囊蕨则可以认为是另一个分支。处理此一情形的一种可能方法是只将薄囊蕨类视为「真正的」蕨类，而将其他三个类群视为「拟蕨」。而在实际上，也已有数个分类法在规划着，并已有了少许的共识。2006年，Smith等人基于基因系统学研究提出了新的分类方法。2016年，发表了PPG I的分类法，此一分类法将真蕨类视为纲级分类元，下辖4个亚纲：真蕨亚纲包含着大多数主要被视为蕨类的