建立以阿拉伯字母写成的条目，引起其他编者的疑问，最终阿塞拜疆语维基百科被分为拉丁字母和阿拉伯字母两种语言版本。
政治介入.有阿塞拜疆语维基百科管理员担心，与阿塞拜疆不和的亚美尼亚人会利用维基百科来歪曲历史；亦有阿塞拜疆传媒认为亚美尼亚编者有机会控制阿塞拜疆语维基百科的条目，加入带偏见和虚假的内容，从而误导读者。此外，有亲政府的阿塞拜疆青年组织与阿塞拜疆语维基百科合作推行计划，表示要鼓励青年「以正确的方式」使用维基百科，并要保护阿塞拜疆在维基百科的利益，有评论对此提出疑虑。