在京举子闻《马关条约》签字，乃联名“公车上书”。在上书中签名的603人内，有甘肃举人61人，其中包括王曜南。同时，甘肃76名举人联名写《请废马关条约的呈文》，王曜南列名第九位。光绪二十一年（1895年），王曜南中进士。王曜南中进士之后，同年五月，着交吏部掣签分发各省，以知县即用，赴成都候差，并在成都任粥厂厂长（粥厂是慈善机关）。后来，王曜南被派任朱窝屯员，委管孔撒土司、麻书土司、白利土司兼代士勇，并管理赋税、诉讼等事务。任内，甘孜少数民族聚众滋事，王曜南独自前去安抚；东谷土司因在诉讼中行贿，遭到王曜南杖