这是来自于初期海上保安厅（之后的海上警备队与海上自卫队）的成立原型美国海岸防卫队，在战时接受美国海军指挥的设定。但由防卫大臣指挥时，其行动范围与活动权限与平时相同（特别是武器的使用必须服从）。依自卫队法施行令第103条，防卫大臣是透过海上保安厅长官（文官）间接指挥海上保安厅。
其他大臣的指挥权.海上保安厅长官依海上保安厅法第10条规定「涉及国土交通大臣以外大臣所管事务时，受各大臣指挥监督」。例如渔业相关取缔受农林水产大臣指挥监督，治安相关事务受国家公安委员长指挥监督、出入国相关