西太原护驾，拜山西巡抚，防守后路。光绪二十七年（1901年）12月，署理河南巡抚兼管河工事务。开办豫南公司，开采河南南部矿产。在开封创建河南大学堂。光绪二十九年（1903年），调任四川总督，推行“新政”。光绪三十三年（1907年）3月，调任云贵总督。光绪三十四年（1908年），孙文革命党人在云南河口发动起事，锡良亲自督师，前往镇压。宣统元年（1909年）2月，授钦差大臣，总督奉天、吉林、黑龙江等东三省，兼任热河都统。宣统二年（1910年）10月，与瑞澂领衔，联名内地十八省督抚致电军机