3年3月，六榕寺花塔被当局公布为广州市文物保护单位。1964年后，因当局的政治运动，到访信众越来越少，寺庙除了房屋租金外没有其他收入。是年冬季，新成、澄斋两师在寺内创办「六榕纸类加工厂」，参加劳动的僧尼、居士共40多人，以维持生活。1966年文化大革命开始后，六榕寺内佛像被露天安置，任由风吹雨打，后来除六祖铜像外全部佛像被毁。大部份经书被焚，大藏经和珍贵文物被搬走。1972年市文管会佔用六榕寺，以维修之名拆去大殿、接待厅、说法堂、觉皇殿等殿宇，改建为文物仓库、职工宿舍，只留下花塔、六祖铜像和七尊较小