囚禁于武昌监狱。十三岁的瞿九思长子瞿甲，上书数千字爲父伸冤，次子瞿罕也上书朝廷，万历六年（1578年），瞿九思刑期满，案大明律瞿九思被流放边塞。万历十年（1582年），屠隆受瞿甲兄弟的孝心感动，上呈《为瞿睿夫讼冤书》为瞿九思讼冤，翰林院编修冯梦祯亦向张居正阐述冤情，张居正知道瞿九思的才华，湖广巡抚陈省、巡按钱岱重审瞿九思案，在众人的帮助下，瞿九思获释回乡。
晚年.万历三十七年（1609年），瞿九思冤案得以昭雪，万历三十八年（1610年），瞿九思受抚按推荐，瞿九思被任命翰林待诏。瞿