内部低pH（约为1到4之间）的环境可以杀死许多微生物。而包括免疫球蛋白A在内的黏液也可以消灭许多微生物。消化道中也有其他成份对免疫系统有帮助，例如唾液或是胆汁中的酵素。像Cyp3A4之类的酵素有逆向转运蛋白活性，可以对抗原或有解毒作用。对健康有益的肠道菌群也可以避免可能有害的细菌在肠道中生长。种细菌在肠道中为有限的空间及食物而竞争，肠道一般会有有80-85%的益菌，其余15-20%是可能有害的细菌。也可以保持微生物的平衡。
免疫系统稳态.益菌也可以建立消化系统的稳态，例如肠道和