1993年3月升任公安部副部长，任内于1996年9月至11月期间在中共中央党校进修一班学习。1998年6月，任国务院第五次全国人口普查领导小组副组长，同年11月改海关总署副署长。2001年4月，受国务院总理朱镕基任命为海关总署署长，上任后主持调查厦门远华案。2008年，任全国人民代表大会财政经济委员会副主任。