倒退，充满着反宗教改革式的盲从僵化的气氛。耶稣会利用克拉科夫学院的内讧，在1579年在维尔纽斯建立大学，但他们控制克拉科夫学院的企图最终并未成功。在这种条件下，很多学生选择出国完成学业。克拉科夫学院院长扬·布罗热克是个在多个领域都有所建树的学者，主要研究数论，并且支持哥白尼的着作。他的着作在1616年被教会列为禁书，他的反耶稣会宣传册被当众焚毁。 布罗热克的同事斯坦尼斯瓦夫·普德沃夫斯基主要研究基于物理现象制定的度量衡。米哈乌·森齐武伊（"Sendivogius Polonus"）是一位在欧洲享有盛名的