1561年后，圣多马基督徒被果阿宗教裁判所定为异端，教徒受到破坏，许多人被处决。1653年，发生反天主教反叛，在葡萄牙人影响下，圣多马基督徒因而分裂并建立了马兰卡拉教派。从那时起发生了进一步的分裂，圣托马斯基督徒现在被分为东仪天主教会、东方正统教会、东方亚述教会等不同教派，每个都有自己的礼仪和传统。17世纪，随着荷兰人的崛起，圣多马基督徒群体得以维持教会自治，葡萄牙人在果阿以外无法维持控制。此后，圣多马基督徒又受到英国人的影响。圣多玛基督徒内有不同的族群，他们的文化主要来自印度文化，具有东叙利亚和西