哈鱼、鳟鱼渔业一度重新发达。但在1977年，苏联设定专属经济区之后，函馆港的北洋渔业据点的地位也宣告结束。函馆近海的乌贼捕捞的风景被称为函馆象征之一，但乌贼渔业在1950年代到达高峰之后也陷入萧条。在1964年（昭和39年），函馆港开通了和大间港（现青森县大间町）之间的航线。1967年（昭和42年），道南海运（后改名为东日本渡船，现在的名称是津轻海崃渡船）开通了函馆港和青森港之间的渡船。另外在1974年，万代码头开始投入使用。另一方面，在1988年，随着青函隧道的开通，青函连络船结束了其历史任务。1991