当地的东正教主教会面，使他成为自从1054年东西教会分裂之后，第一位拜访东正教国家的教宗。2001年，若望保禄二世重游圣保禄当年去过的地方，在地中海进行朝圣之旅。他从希腊前往叙利亚，然后再前往马耳他。他是超过一千年来，首位到访希腊的教宗。他在叙利亚大马士革探访相传是洗者若翰埋葬所在的倭马亚清真寺；是历年来首位探访清真寺的教宗。
与犹太人的关系.若望保禄二世曾经发表过一些有关教会与犹太人关系的演讲，并经常对在犹太人大屠杀牺牲的犹太人表示敬意。1979年，他成为了第一个访问波兰奥斯