属的西北协城学校，出任校长，培养救国人才。1909年9月，他与李范圭、张志渊等人创建以大同思想和阳明学为基础改革儒教的新兴宗教大同教。次年撰写了儒教改革着作《王阳明实记》。1910年，日本吞并朝鲜后开始实行高压政策，关闭出版机关，禁止发行朝鲜历史书。《皇城新闻》、《西北学会月报》都被停刊。在编纂国史维持“吾族之国魂”理念下，他撰写了《韩末秘录》。
流亡海外.1911年3月，朴夫人病逝。同年4月，朴殷植流亡中国恒仁县寄宿在兴道川爱国志士尹世复的家里。在恒仁县的一年期间，他编撰了《东明