之乱，朝廷下诏雍州刺史元勐讨伐，元勐招募军导，他获选。之后他以军功累迁太中大夫，属元天穆麾下平定邢杲，再升任龙骧将军、灵州刺史和泾州、岐州刺史。高欢举事抵抗尔朱天光，尔朱天光带领尔朱仲远关右部众抵抗，而金祚留在东秦，尔朱天光失败后曾一度归附高欢，授官车骑大将军。大行台贺拔岳推荐他担任东雍州刺史，命令他在百顷攻打仇池杨绍先，惟贺拔岳在他未回来时就被所杀。金祚打败仇池后曾不知去向，高欢派侯景慰谕他才回来，封爵安定县公。其后他随魏孝武帝到邺城，宇文泰授他官为兖州刺史，历任太仆卿、卫尉卿，不久除授东北道大都督、