，1957年10月改任军区政治委员。1958年8月23日至10月5日，叶飞统率中国人民解放军参与金门炮战。1959年2月，叶飞当选福建省政协主席。1961年2月,兼任中共中央华东局书记处书记。文化大革命时，叶飞遭受迫害。1975年1月，叶飞任中华人民共和国交通部部长，1979年2月任中国人民解放军海军第一政治委员，次年2月任司令员。1982年8月，叶飞卸任海军司令员，并于次年起连续当选第六、七届全国人民代表大会常务委员会副委员长，并担任全国人民代表大会华侨委员会主任委员。1984年4月，叶飞当选全国侨联