到伽利略宣扬地动说被监禁的消息，因为害怕遭受同样的命运，他在34年放弃了出版。该作品在他去世才得以出版。1639年11月笛卡尔开始写作《沉思集》，于40年完成，几个月后他5岁的女儿弗朗辛因热病去世。1649年笛卡尔受瑞典克里斯蒂娜女王之邀来到斯德哥尔摩担任女王的私人教师，但不幸在这片“熊、冰雪与岩石的土地”上得到肺炎，在1650年2月去世，享年54岁。1663年他的着作在罗马和巴黎被列入禁书之列。1740年，巴黎才解除禁令，替代当时在法国开始流行的艾萨克·牛顿世界体系。