其弟子钱曾也得以“日从牧翁游”。顺治五年（永历二年，1648年），钱谦益再次因反清被逮入监狱。起因是该年四月，清朝凤阳巡抚陈之龙在通州擒获了反清志士黄毓祺，搜出了黄的总督官印以及一些“悖逆诗词”，并上奏称钱谦益曾留宿并资助黄毓祺。五月，钱谦益被清廷两江总督马国柱逮往南京，但人身相对自由。后来马国柱以“谦益、毓祺素非相识”将此案了结。钱谦益直到次年（顺治六年，永历二年，1649年）春天以后方得以离开南京。这一次引发了江南遗民的极大同情，纷纷前来慰问，并与林古度、盛集陶、顾梦游、濮仲谦、金渐皋、冯文昌等名士