霍乱，死亡人数号称1,000名。另一方面，驻澎湖清兵人数有步兵12营，砲兵2营，海军1营，因为装备老旧与甲午战争失利带来的士气低迷，并没有多少抵抗。期间驻澎湖厅最高主管，台南府粮捕海防通判陈步梯于战役发起不久后，也逃往大陆。3月26日，已经拿到台湾海崃战略位置，确定可轻易拿取台湾的日本，在日本马关接受清朝的和议条件。
战争过程.1895年4月17日，清廷代表李鸿章在日本马关与日本签订马关条约议和，其一条件为割让台湾与澎湖。清廷虽然知悉台湾反应强烈，但已决心割台，不再议约。5