他于1849年被任命为哈佛大学校长，并搬到现在称为Treadwell-Sparks House的校园内。1853年，斯帕克斯因健康状况不佳而退休。后来，他成为了马萨诸塞州联邦教育委员会的成员。1866年3月14日，他在马萨诸塞州剑桥去世，被埋葬在奥本山公墓。他的手稿和论文集合归哈佛大学所有。他的私人图书馆和地图被康奈尔大学收购。