鸽、挂墩鸦分别被列为国家一、二级保护鸟类。崇安髭蟾、崇安地蜥等物种被视为世界珍稀野生动物。武夷山是福建省的重要林业基地，森林覆盖率达80%，拥有完整的亚热带原生林体系，广布着高等植物、苔藓、蕨类、种子植物以及低等植物，有些还未被发现定名。银杏、紫杉、水松、香榧等被列为珍贵树木。武夷山的林木除自然森林外，还有大面积的人工林。据《武夷山志》截至1993年的资料显示，全市造林总数达118万亩，主要林木品种为杉树、松树、油茶、油桐。武夷山常见的植物有宽距兰、盂兰、多花宽距兰、夷山铁角蕨、武夷假瘤足、武夷粉背蕨等