萨尔茨堡的影响力越发重大，从1322年以后，萨尔茨堡开始与相邻的巴伐利亚为敌。1328年在总主教的授权下，萨尔茨堡逐渐成为神圣罗马帝国内的一个独立国家。1348年至1349年间遭遇黑死病侵袭，萨尔茨堡损失了约三分之一的人口。1481年神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世认可萨尔茨堡享有城市议会和市长的自由选举权。1511年总主教柯茨察赫的莱昂哈德采取强制手段，逮捕萨尔茨堡的市长和议会议员，强迫他们放弃所有城市特权。1524年德国农民战争爆发并蔓延到了奥地利，期间的1525年至1526年，萨尔茨堡也爆发了持续3个月之久