分别有两个离岸人工岛，人工岛间通过海底隧道予以连接。大桥初期计画的起点是香港大屿山石湾，但最终方案改为在香港国际机场东部海面建筑人工岛以设立口岸，经过大澳以北海面并横越珠江口，经过珠江口中心的海底隧道，最后抵达珠海及澳门口岸（珠澳口岸），分成两端连接珠海拱北、澳门东方明珠。港珠澳大桥落成后，由香港驾驶至珠海及澳门，将会从4至5小时路程大幅缩减至约30分钟。至2035年，预计每日有5万至6万车辆及每日23万至25万人次。人工岛上除了检查大楼外，亦会包括无人驾驶列车，用以接载旅客由检查大楼至香港国际机场登机