孙理莲等人共同于台湾东部及西部的山区开展医疗和救济的工作。另外他也长期透过台湾基督长老教会的资源，协助妻子孙理莲在台的社会福利工作。1967年，孙雅各因脑瘤辞世，葬于台湾神学院。孙理莲继承他的遗志，在隔年成立焚棘海外宣道会，首度派遣台湾原住民至南洋马来西亚砂拉越等地宣教。