687号决议，发动沙漠之狐行动，轰炸伊拉克多处军事设施。企业号与卡尔文森号在16日至19日参与空袭，然后恢复南方守望行动。12月底企业号返回地中海，并先后到访苏达湾、安塔利亚、利佛诺及第里雅斯特。期间科索沃再有阿尔巴尼亚人遭塞尔维亚人屠杀，企业号进入亚得里亚海巡航，到1999年3月18日才回到阿拉伯海执勤。4月12日企业号启程返国，于6月20日返抵诺福克，再次进入船坞维修。整个2000年，企业号均留在近海训练。
反恐战争及地区危机.2001年4月25日，企业号搭载第8航空团，前往大