出南非野生动物到日本。1898年，南非首间日资商店「天皇商店」在开普敦开业，直至1942年因财产被南非政府充公而结业。1904年，另一日资小型商店亦在日本政府援助下在德班开业。1910年，日本和南非建立外交关系。八年后，日本在开普敦设立领事馆。在南非种族隔离时期，日本是少数与南非有外交关系的亚洲国家之一。而在当时移民南非的日本人更可获「荣誉白人」的身份，除不具有投票权和被选权外，在南非的其他待遇与白人无异。1992年6月，时任南非国家总统弗雷德里克·威廉·德克勒克访日，成为首位访日的南非国家元首。1