接手的JR东海和JR西日本为了减慢车身的锈蚀速度，均取消其余车厢的逃生门，但两家公司採用的方法则各有不同。JR东海将逃生门拆下，然后以新钢板和车体焊接起来，完成的车体比较平滑；JR西日本则使用较简单的工序，只拆下逃生门的把手，然后把逃生门跟车体焊接。空调系统安装在车厢顶部，为热泵式设计，用以调节车厢温度（冷热两用）。车厢另有一套空气交换装置（车厢顶部进气，车厢底部、洗手间排气），除了协助车厢内外的空气对流外，还用以调整车厢内的气压。但当列车高速驶进隧道时，因为隧道的气压不同而令车厢内的气压急剧改变，结果