料之用，亦令牠们的栖息地受到破坏。企鹅亦被石化产品的污染所影响。黑脚企鹅是《非洲-欧亚大陆迁徙水鸟保护协定》的列名物种之一。牠们在《世界自然保护联盟濒危物种红色名录》内被到为濒危物种。黑脚企鹅在海中会被鲨鱼、南非海狗及杀人鲸所猎杀。在陆地上亦面临獴科、香猫、家猫及狗的威胁。而黑背鸥亦会偷牠们的蛋及雏鸟。