而于1939年（昭和14年）6月30日新设立的步兵三个联队编制师团之一（乙种师团），同一时间新设立有第38师团、第39师团、第40师团。同年2月7日新设立第32师团、第33师团、第34师团、第35师团、第36师团、第37师团。编成后，同年10月进驻华北地区，编入第1军的指挥下负责山西省方面的警备任务的同事，同其他治安师团一样也在1939年夏之后参加了各种治安作战。1942年春，第41师团作为主力部队离开山西省参加了日本华北方面军策划的冀中大扫荡作战。作战结束后，第41师团在河北省德县（现属山东省陵县）设