熊克武任师长兼重庆镇守使，卢师谛任该师团长。1913年二次革命爆发，8月4日，四川讨袁军司令部在重庆成立，熊克武任总司令，杨庶堪任民政总厅长，卢师谛部奉命移师下东、夔门、万县，以阻击自湖北而来的北洋政府方面军队。1913年底，代理四川都督胡景伊联合云南唐继尧派到川中的滇军进攻讨袁军，攻占重庆。卢师谛、吕超奉孙中山之命，在万县再度举兵，死守万县，程融光战死，张威殿后。后来该军被北洋政府派来援助四川的陕西军队击败，卢师谛逃往上海。1913年底，孙中山在上海命令卢师谛负责安置来上海的四川革命党人，刘伯承、康云程等