各校自行选择新旧课纲。在新课纲尚未废除之状况下，各县市首长已自行决定是否适用新课纲。基隆市、宜兰县、桃园市、新竹市、台中市、彰化县、云林县、嘉义县市、台南市、屏东县、澎湖县等县市皆决定延用旧课纲；台北市、新北市、新竹县、苗栗县、高雄市、台东县、金门县、连江县则新旧并行，即各校自行抉择；花莲县表示目前不确定，仅南投县单独使用最新微调课纲。 2015年7月31日，国教署长吴清山表示，依法地方政府县市首长或教育局处长不能统一指定版本，要选新版或旧版教科书，选书权在于老师。
废止微调课纲