5年6月，深圳西站开通了长途旅客列车。2003年10月，平南铁路公司展开深圳西站临时改造计划，新建3000多平方米的候车大楼及站前广场，改善旅客候车环境。工程至同年年底完成。根据1998年铁道部的规划，深圳铁路客运站格局为“一主两辅”，即以位于罗湖区的深圳站为主，布吉站和深圳西站为辅。但至2006年，深圳市政府制订的《深圳铁路枢纽总图规划》中，又提出“两主一辅”的新格局，即以深圳北站、深圳站为主要客运站，布吉站为辅助客运站，而未将深圳西站纳入客运站规划。然而，深圳西站亦有可能被改造，并入前海综合枢纽