政府派的杨森、刘湘，吕超任四川讨贼军第一军军长，回到四川。1924年（民国13年）3月，熊克武败北。吕超此后留在四川，参加讨伐四川督理杨森的作战。1926年（民国15年）11月，吕超被国民政府任命为四川宣慰使，唿应北伐。北伐结束后，吕超加入李宗仁的新桂系，参加反蒋介石战争遭到大败。1939年（民国28年）10月，吕超在重庆创建中国抗建垦殖社，推进开垦事业。1948年（民国37年）1月，任监察院监察委员。1949年（民国38年），替中国共产党策反四川省的国民党部队。1950年，被任命为中华人民共和国西南军