在1999年，C. A. Brochu等研究人员将大头鳄、索科托鳄、森林鳄科、海鳄亚目统合成一个演化支，是现代鳄目的姊妹分类单元。他们主要根据长口鼻部等类似特征，而将上述物种统合成一个演化支。但在传统分类法中，海鳄亚目被认为是鳄形超目中真鳄类的一个原始演化支，演化位置比森林鳄科、大头鳄还原始；森林鳄科、大头鳄都属于新鳄类演化支，是比较进阶型的物种。此外，上述物种的长口鼻部，应该是个别平行演化的结果。近年研究发现，海鳄亚目的演化位置应该更为原始。另一个2001年的研究，提出大头鳄是海鳄亚目的近亲，而特里鳄