货运.铁路货运曾是九广铁路公司另一重要服务。九广铁路公司曾是唯一和中国大陆有铁路货运联系的香港公司，主要业务有货柜运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往远至乌鲁木齐的大陆城市。1994年12月15日起，九铁更与中国铁道部开办郑州至红磡的铁路货柜运辆服务。至1995年，乌鲁木齐、兰州、西安、洛阳、郑州、武汉及石家庄七个内地城市均有货柜列车直达香港。在上水屠房运作以前，载着生猪的列车（俗称「猪车」）经过车站时留下的气味是不少人的童年回忆。两铁合併后，货运服务已交由港铁负责经营，