二年降为琼州，洪武三年复为府。治所在琼山县（今海南省海口市琼山区）。下领三州、十县：
清代的琼州府.清初至晚清，大体沿袭明朝行政区。咸丰八年（1858年），清政府签定中英天津条约，琼州成为通商口岸之一，有琼海关。1880年代，张之洞任两广总督时，曾对琼州府进行开发，期间巩固海防、开辟道路、开辟土地、安抚黎族。光绪三十一年（1905年），崖州升为崖州直隶州。万州降为万县，归属崖州直隶州，琼州府辖境缩小。琼州府领儋州及七县：琼山县、澄迈县、定安县、文昌县、会同县、乐会县、临高县。考评为