之乱时为求带着母亲避乱，于是请求在江淮一带的县任官，终拜吕令，后又迁任江都令。袁瓌后南渡长江，并受命为丹杨令。晋元帝于建武元年（317年）称帝，建立东晋，以袁瓌为奉朝请，后又迁为治书御史。袁瓌后出任庐江太守。永昌元年（322年），大将军王敦以讨刘隗、刁协为名起兵进攻建康（今江苏南京），引袁瓌为自己的谘议参军。后来，袁瓌又出任临川郡太守。王敦之乱于太宁二年（324年）平定后，袁瓌又任镇南将军卞敦的军司，但不久就自行辞职，并寓游于会稽。及至咸和三年（328年）时苏峻起兵攻陷建康，袁瓌就与会稽太守王舒等人起兵