合大学被彻底肢解。院系调整前武汉大学有6个学院21个系，院系调整后只有文理科目的中文、历史、政治、数学、物理、化学、生物共7个系保留建制，连学院建置亦被取消。武汉大学遭受了创办以来的最大损失。此后数十年，武汉大学逐渐恢复和增设院系专业。1950年，湖南大学水利系划归武汉大学，与工学院土木系水利组合并，成立水利系。6月1日，武汉大学医学院附设医院（简称武大医院）与汉口协和医院正式合并为武大、协和合作医院，新医院在汉口开诊。同年，武汉大学医学院从武汉大学分出，与内迁武汉的上海同济大学医学院合并成中南同济医学