中苏关系已经完全破裂，此时爆发了小说《刘志丹》“反党”事件，以习仲勋为首的西北出身干部遭整肃。1962年9月，中共陕西省委根据中共中央组织部的急电，派人护送师哲返回北京交代问题。到北京后，师哲被关押在东总布胡同，自此开始13年的监狱生活。文革前夕被送进秦城监狱，成为1966年秦城监狱收押的第一个犯人。他和当年中共中央社会部的上司潘汉年、同事布鲁、李敦白成为狱友，但互不知情。师哲入狱的罪名起初是伙同高岗反对刘少奇；文革中刘少奇被打倒，因师哲曾陪刘少奇访苏，所以罪名变成伙同刘少奇反对毛泽东，要求师哲交代苏联克格