克斯博士将Ju 290改装成平流层轰炸机和侦查机，型号为Ju 290 B;B-1为平流层轰炸机，动力为BMW 801J或Q引擎(附设涡轮增压器，前者为1,850匹马力，后者为2,075匹马力)，设置封密气压型驾驶舱，武装和载弹量与A-7相同;而B-2为平流层侦查机，动力和武装与B-1都是相同，唯独是取消炸弹舱，增加更多燃料运载量，保持远距离航程。可是B系列研制过程中因盟友攻佔法国，所以中止B系列的平流层轰炸机和侦查机计划。
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