制度后，吴启迪又回到清华大学，在精密仪器系攻读硕士。1978年9月加入中国共产党。1981年又到苏黎世联邦理工学院电子工程系自动化研究所做访问学者；并于1985年在该校获得博士学位。自1986年回国后，吴启迪就一直在同济大学从事研究和教学工作；历任同济大学教师、副教授、教授；自动控制教研室主任、电气工程系副主任、现代制造技术研究中心主任、信息中心主任、科技德语中心主任，CIMS研究中心主任等职；1989年出任校长助理；1993年晋升为副校长。1995年，吴启迪当选同济大学校长；她不仅是同济大学建校八十八