海洋大气管理局的船舰都会展示美国舰首旗最初展示的是第一海军舰首旗，一面包含十三条红白横条的旗帜，亦有设计包含一条未卷绕的响尾蛇和一句格言「不要威胁我」，与加兹登旗相近。后来改为一面带白星的蓝旗，即「联合杰克」，并随着新加入联邦的州而更新。而在2002年反恐战争起，所有战舰被指示在战争期间悬挂第一海军舰首旗。2019年又改回联合旗。一支悬挂在桅顶的服役三角旗代表该船船长的任命（代表着对该船的任命）。再者，一面教会三角旗可以在宗教活动时悬挂。白色背景加上海军蓝色的十字架或大卫之星的旗帜，分别代表基督教和犹太