中华民国国军部队亦开始将群众驱散；在清场过程中，3人死亡，38人受伤，111人遭到逮捕。美国驻华大使蓝钦向中华民国外交部提出抗议，时任中华民国总统蒋中正召见蓝钦并道歉；不久后中华民国参谋总长彭孟缉上将、台北卫戍总司令部总司令黄珍吾中将、宪兵司令部司令刘炜中将、台湾省警务处处长乐干先后遭到撤职。总统蒋中正认为该事件暴露情治侦察系统混乱，遂将「台北卫戍总司令部」、「台湾防卫总司令部」、「台湾省保安司令部」、「台湾省民防司令部」等单位合併整编为「台湾警备总司令部」。俞鸿钧内阁亦宣告倒台、但获慰留。遭到逮捕的111