菌细胞中，膜囊泡转运是通过细菌外膜结合的纳米大小囊泡（即细菌外膜囊泡、OMV）介导的。然而在这种情况下，OMV膜也被分泌出来，同时OMV内的物质也被分泌到细菌的外部。这种现象在宿主与病原体的相互作用、患者的内毒素休克、动植物的入侵和感染、种间细菌竞争、群体感应及胞吐作用等方面起着关键作用。
真核细胞内的运动.一旦囊泡在内质网中产生并在高尔基体中被修饰，它们便会进入细胞内的多个目的地。囊泡首先离开高尔基体，并以被称为出芽生殖的过程释放到细胞质中。 然后通过马达蛋白将囊泡移向目的地。