至1946年底，牡丹江地区的敌地方部队被肃清，各地方人民政府先后成立，牡丹江市成为东北民主联军可靠的后方基地。这段剿匪作战的经历后来被出自该部队的作家曲波写成长篇小说《林海雪原》，在中华人民共和国广为流传，影响很大。文革期间还被改编为八个样板戏之一的京剧《智取威虎山》。其中的人物杨子荣也成为中华人民共和国家喻户晓的传奇英雄。
平津.1946年5月下旬，第二支队机关迁驻牡丹江市，并入牡丹江军分区。部队被编为独立第1团、独立第2团。1946年7月，独立第1团、独立第2团整顿军纪，维