黎加建交，并由驻墨西哥公使兼辖哥斯达黎加。1941年12月，因珍珠港事件，哥斯达黎加追随美国并与日本断交。此后直到1952年8月，两国才恢复正常来往，此后，两国关系进展迅速。1969年1月，日本冈山市就和哥斯达黎加的首都圣何塞建立了姊妹城市关系，几年后气仙沼市也和哥斯达黎加的蓬塔雷纳斯建立了同样的合作关系。
经贸往来以及援助.进入21世纪，哥国日益重视开展同亚太国家的经贸合作。据哥斯达黎加PROCOMER机关发布的信息，2018年，哥对日出口额达2.4亿美元，主要输出产品为医疗器械