道光二十一年（1841年），时值第一次鸦片战争，清廷在岛上设置长洲汛，由大鹏协水师右营东涌守备派遣驻右哨头司把总及外委各一名，率领45名守兵驻守当地。同治年间长洲商业兴旺，粤海关于同治九年（1870年）设立关口征取釐税。光绪二十四年（1898年），清廷与英国订立《展拓香港界址专条》，将长洲在内的二百多个离岛及新界租予英国99年，长洲遂成为了英属香港之一部份。英国接管后，原本属于黄氏的土地业权继续获得港府承认，但岛上其余土地悉数列为皇室官地。港府在1907年设立理民府管辖新界及离岛地区，为方便执行及落实地