E欺骗日本政府称NERV妄图发动人类补完计划灭绝人类，日本政府派遣战略自卫队入侵NERV地底都市，占据中央教义区，以求在碇源堂发动第三次冲击之前阻止他。
第3新东京市.第3新东京市（Tokyo-3）是自次代迁都计划以来于现在的神奈川县、箱根的芦之湖周边建设中的计划都市。一般宣传为预计取代第2新东京作为新首都，然而实际上却是为了迎击使徒来袭的要塞都市。而在地下则有庞大的地下都市。此外还有被称为"武装大楼"的高层大楼群，内部收纳有飞弹发射装置及EVA专用的武器。在电视动画（第23集