车的车次得以重新启用。同年12月28日起，列车于兰州至乌鲁木齐段改经兰新铁路第二双线运行，同时运行时间大幅压缩，乌鲁木齐至上海比此前提速逾5小时，上海至乌鲁木齐提速逾2小时。2015年3月20日，Z40/41、Z42/39次列车于嘉峪关至哈密段改经兰新铁路运行。由于车体不足，Z40/41、Z42/39次列车只能每四天开行三天，乌鲁木齐铁路局计划自2016年1月1日起将这班列车改为每日开行。2016年8月1日，配合乌鲁木齐铁路局调整列车运行图，Z40/41、Z42/39次列车改为乌鲁木齐站始发终到