机室、辅助系统和全车电气线路、空气管路进行更新。改造完成后，东风9型机车的性能与东风11型机车基本相同，最高运行速度均为170公里/小时。2005年10月初，两台东风9型机车先后出厂，交付广深铁路股份有限公司使用。2008年6月，广州铁路集团调整了京广铁路广铁管内广州至长沙区段的乘务交路，两台东风9型机车改配属广州机务段韶关运用车间，担当广州—韶关—衡阳区间的客运交路。
报废.2010年下半年，东风9型0001、0002号机车开始分别封存于广州机务段韶关运用车间、广州运用车间两