967年6月15日，巴伦博伊姆与英国大提琴家杰奎琳·杜普蕾在耶路撒冷成婚，祖宾·梅塔是在场的见证人之一。有趣的是，由于梅塔并非犹太人身分，亦非犹太教徒，他必须暂时「改名」才能参与仪式。婚后，巴伦博伊姆伉俪频繁地联袂演出；六日战争期间，他们曾在耶路撒冷、特拉维夫、海法及贝尔谢巴等战争前线的城市演奏。1973年，杜普蕾被诊断患有多发性硬化症，必须自舞台生涯退休，她于1987年辞世。翌年，巴伦博伊姆与俄裔钢琴家成婚，这段婚姻关系育有二子：大卫‧阿瑟（David Arthur，1983年生）、迈可（Michael，