分迁于重庆、广州两地办公计划。次年1月，蒋中正下野。2月，翁文灏任代总统李宗仁之总统府秘书长。至5月，李宗仁主事与中共和谈失败，翁辞去秘书长之职，并出国至法国。
晚年经历.1951年，翁经英属香港回到中国大陆，是曾经担任中华民国政府高级官员中首名回北京的官员。翁在1948年曾被共产党列为战犯，回到大陆后初期曾因不积极批蒋而受压。1954年后方获任政协委员，之后主要从事翻译及学术研究。文革中得特别保护而只受少许冲击。1971年病逝于北京。翁文灏的墓地原位于北京市八宝山革命公墓