除了快速「深浦」外，所有列车会直通至奥羽本线的弘前车站。深浦至弘前之间和鰺泽至弘前之间的列车佔一半班次，一至两小时一班。另外，深浦至青森之间的快速「深浦」是每日来往一班，在五能线中是各车站停车。部分列车（包括东能代至能代的区间列车的所有列车）是使用一人控制模式。由于此线沿日本海行走，所以会在星期六、日及公众假期会有观光列车运输。在1990年，设有使用日本国铁50系客车来运行的「怀旧景观火车」。在1997年，开设在冬季运输的快速Resort白神号，使用Kiha40系来运行，行走秋田站经东能代站、五能线