时只有17虚岁，被称为“尕司令”。马仲英三度围攻河州。是为第四次河湟事变。同年夏末，冯玉祥调集吉鸿昌、孙连仲、佟麟阁等部，征剿马仲英。马仲英兵败岷州。十二月攻打西宁，被孙连仲阻击，转而攻下湟源。当时马步芳原本想响应马仲英，由青海化隆率部至积石山癿藏镇约马全钦起事。马全钦因为恨马廷贤，所以派部属孔海山去癿藏劝阻马步芳。马步芳接受马全钦的劝阻返回化隆。1929年与吉鸿昌两次作战之后被马鸿逵收编，马仲英自己去了北平。据说曾受到蒋介石的接见，蒋还试图推荐他去中央军校学习。此间他还加入了中国三民主义青年团