的大名们纷纷回到自己的领国，着力于领国治理，日本至此进入以地方为主的社会。传统的大名与天皇权威渐趋弱势，原本受幕府策封于各地的守护大名，有的渐渐被守护代（副官）、家臣、国人篡夺政权，称之为「下克上」，而有的大名则可以保持政权至战国时代。从应仁之乱开始至室町幕府灭亡，被称为战国时代。在京都，由于被管领细川家所干涉，足利幕府的权威日渐衰落，细川胜元甚至另拥立新将军。之后第十三代将军足利义辉被三好长庆家臣松永久秀所杀，他的弟弟足利义昭被织田信长拥立，后因与信长作对而被流放，足利幕府灭亡，正式进入安土桃山时代。