京一隅设三校，其政不相谋，课程多重复，且为经费限不得备其设施，势必至于因循苟且，徒劳而无功”。包文严厉地指责三校分立的情况，说“吾不知其何益于中国，其亦大背吾人办学之旨矣”。文与美在中意见一致，合并工作顺利发展。1910年，宏育书院并入汇文书院，成立金陵大学堂（)，美以美会、基督会、北长老会于纽约成立托事部，并于南京成立校董会。包文为学堂监督，文怀恩副之，美在中为大学圣经部主任兼附设中学校长。中学设于宏育书院校址，更名为金陵大学附属中学，简称金大附中。
金大附中时期（1910年－19