每当在统独、对美关系及两岸问题上出现新政策时，很少会在事前知会驻美代表处，此举令美国政府对程建人感到不满，认为他欠缺代表性。不过在退休卸下职务后，适逢倒扁运动兴起，程建人对媒体表示不排除参与支持百万人民倒扁运动，显露压抑多年的国内政治立场倾向。中国时报报导一年约四十岁女子报案供称程建人性侵。全案由士林地检署侦办。程建人反驳对方是胡乱指控，全是恶意谎言。而在士林地检署侦查之后，认为没有具体事证，决定不起诉处分。
轶事.1999年李登辉总统接受德国之声采访提出特殊两国论时，即由