国建立前，肥城市境内最为严重的病虫害为蝗灾。此后随着作物种类的增多和种植面积的增大，病虫害种类和面积都有所增大，据1980年的调查，肥城境内共有病虫害67种。1994年，肥城市爆发地瓜旋花天蛾虫灾，害虫面积最大处每平方米可达近四百头，当年受灾面积占比超过番薯种植总面积的95%。鼠灾也时常爆发。此外，肥城境内还有连阴雨、雨雾淞、霜冻、雷击、地震等灾害。雨雾淞5至10年一遇，一般出现于一二月份。低温灾害多见于春季和秋季，对林果业打击较大。雷击最常见于仪阳镇、安临站镇，平均5至7年一次。历史上，肥城还多次发生地震