弟源义经讨伐义仲。1184年，义仲战死，赖朝入洛，并消灭平氏一族于濑户内海。1185年10月，后白河法皇命令源义经讨伐源赖朝，事情被赖朝察觉，经过交战义经兵败逃亡至奥州，并于1189年自尽。1192年3月，后白河法皇去世，贵族势力衰落，亲赖朝的九条兼实控制朝廷，7月，后鸟羽天皇正式册封赖朝为“征夷大将军”。
发展.1199年正月，源赖朝去世，其子赖家即将军位。由于源赖家缺乏统治御家人的能力，又依靠外戚比企氏，引起有力御家人北条氏的不满。1203年，北条政子与北条时政共同废黜