改名翰林院。洪武二年，置学士承旨，正三品，改学士为从三品，并增设待制（从五品）、应奉（正七品）、典籍（从八品）等官。
废除中书省后.洪武十三年（1380年），朱元璋杀胡惟庸，罢中书省，废除二千余年来的丞相制度，直接由皇帝亲统六部。洪武十四年，降翰林学士为正五品，并革除学士承旨、直学士、待制、应奉等官。但由于工作份量实在过于庞大，洪武十五年，朱元璋不得不设殿阁大学士，为皇帝顾问，一开始大学士并无实权，类似今日的秘书之职。洪武十八年（1385年），更定翰林品员，定进士一甲（状元