敬去世后，国民政府收购了他的收藏，将他的藏书大都保存在国立故宫博物院。回国后，杨守敬先后在武昌任黄冈市教谕、两湖书院教习、勤成（后改名存古）学堂总教长，筑邻苏园，藏书甚丰，曾参加《荆州府志》的编纂。宣统元年（1909年）被举为礼部顾问官，次年兼聘为湖北省通志局纂修。武昌起义后，有歹徒持枪入屋，声言“借盘费。”避居上海。袁世凯任大总统，欲聘其为顾问，以“年老无意出山”拒绝赴任。晚年在上海卖字为生，自号邻苏老人。民国四年（1915年）1月9日，在北京逝世。逝世后，民国政府派专车护送灵柩回宜都，归葬宜茔龙窝。