而反对者一般认为，北京作为人口高度密集的政治与经济中心，远离物资产地的江南地区，为明朝和继之的清朝经济增添了巨大的、不必要的负担。另一方面，由于大运河关乎京师命脉，漕运不再是纯粹的经济行为，更带有明显政治意义。在大运河沿线发生水患时，公家却只会优先保护漕运的利益，而往往忽视周边百姓的安全。