9月，国史馆筹备委员会自重庆迁至南京，张继等人提议将国史馆筹备委员会改为国史馆，经国防最高委员会会议通过，并经立法院审议，完成了相关的立法手续。1946年12月23日，国民政府公布《国史馆组织条例》。1947年1月20日，国史馆在南京正式开馆，张继与但焘任正、副馆长；国防部史料局亦告成立，吴石任局长。国史馆直属国民政府（1948年5月后改隶总统府）。馆内设有三处二室：史料处（内分档案科、图书科）、征校处（内分时政科、实录科、征集科、校对科）、总务处、会计室、人事室。此外还设有两个非常设机构：史料审查委员