埃及共同统治南苏丹。由于种族、宗教、文化等差异，英国原本希望统合南苏丹和乌干达，但是1947年的朱巴会议决定统合南北苏丹。1955年苏丹南、北方冲突，第一次苏丹内战爆发。1972年在阿迪斯阿贝巴签署的《阿迪斯阿贝巴协定》给予南苏丹地区有限度的自治权，内战一时终结。1983年苏丹总统尼梅瑞宣佈在全国实施伊斯兰律法，引起南方的不满，南方反抗军苏丹人民解放军起对抗政府，第二次苏丹内战爆发。2005年1月9日，南北双方签署《全面和平条约》（Comprehensive Peace Agreement），结束长