得知后，于6月26日自立为大总统，设立议会，发行钞票以筹军饷。清廷封锁大陆与台湾的交通，断绝一切往来。刘永福派谢维岳向张之洞等人求援，均未获支持；又派遣总统特使告急并致电中国沿海督抚乞助饷银，也无人接应。10月18日，日军兵临台南城下，刘永福于布袋嘴与乃木希典军队交战失利，写信求和，遭到拒绝。10月20日，刘永福率20名随从离开台南城，至安平港，变装隐匿于中国籍戎克船船舱内，翌日改乘英国籍商船「塞里斯轮」（Thales），计划内渡厦门。然而，「塞里斯轮」在距离厦门港15海哩上遭日本海军巡洋舰「八重山舰」拦截