3年同时停飞，至此台南机场仅剩西部的台北-台南航线以及飞往金门、马公的离岛航线。2007年高铁通车后，台湾西岸航空业全面失去竞争力。2008年3月1日，远东航空停飞台北－台南航线，2008年8月1日，复兴航空也停飞台北-台南航线。虽然2010年由于发生甲仙地震导致高铁出轨导致暂时停驶，曾一度由立荣航空复飞台北-台南航线，但属于临时性质。此后至2013年，台南机场的定期航线班机，仅有澎湖、金门两条离岛国内航线，年载运仅有28万人次，为全盛期的9分之1。2011年6月30日，交通部民用航空局核定开放不定期国