乱时期国家安全会议成立，国家安全局亦随之改隶。1993年12月30日《国家安全会议组织法》及《国家安全局组织法》经总统李登辉明令公布后，国家安全局即于1994年1月1日正式法制化，确立了组织综合国家情报、策划特种勤务等策划与执行，以「依法行政」、「行政中立」、「情治分立」为原则。2005年2月5日《国家情报工作法》经总统陈水扁明令公布后，强化组织统筹一切所辖情报机构的法源依据，透过法令强化组织行政基础、组织制度。
单位编制.中华民国国家安全局主要分为三大部门：情报业务处、情报