解放军军事检察院下级的大单位军事检察院共有13个：海军、空军、第二炮兵、沈阳军区、北京军区、兰州军区、济南军区、南京军区、广州军区、成都军区、武警部队、总直属队、总直属队第二军事检察院。其中，总直属队军事检察院司检察管辖军委办公厅、总政治部、总后勤部、总装备部、第二炮兵（2014年3月后第二炮兵不再归总直属队军事检察院管辖）、军委直属院校等大单位及其下属单位，总直属队第二军事检察院司检察管辖总参谋部及其下属单位。
2016年1月至今.2016年1月，在深化国防和军队改革中，组建中央