大学任教后，卿希泰开始马克思主义哲学教学研究工作，在1960年代前期转向思想方法论及明清之际以唐甄为重点的启蒙思想研究。但在四川大学“四清”运动及此后的“文革”初期，卿希泰因研究唐甄思想而被定为“党内的反动学术权威”，遭受红卫兵批斗并被关进四川大学里的“牛棚”。四川大学的领导对卿希泰有所保护，在学生红卫兵批斗中，学校有关领导到卿希泰家要求他千万不要因批斗而自杀，卿希泰表示自己历史清白，决不会自杀。后来红卫兵的监管逐渐放松，卿希泰利用时间阅读马列主义着作及中国哲学史着作。卿希泰反思了以往的研究工作，认为中