会合作开办重庆神学院，直到1952年。1949年9月，陈崇桂从国外返回大陆。1954年，在中国基督教第一届全国大会上，陈崇桂当选为中国基督教三自爱国运动委员会副主席，全国政协委员。在三自爱国运动领袖中，陈崇桂属于为数不多的基要派之一。曾参加控诉王明道。1957年，陈崇桂因批评政府逼迫教会，被打成右派，1963年3月8日，在重庆逝世，年八十。儿子陈仁炳，为复旦大学历史系教授，也同时被打成右派分子，曾被毛泽东点名，文革后没有被平反。