儒学方面，顾宪成遵从朱子学，主张性善，重视修养工夫，提倡静坐，批评陆九渊的顿悟说及陈亮的功利主张。他主要赞同王阳明的良知说，却严厉抨击阳明学的「无善无恶」说混淆善恶，对世俗投其所好，没有追求真性，使人陷于佛家、道家，或与世俗同流合污，蔑视学习，他也批评阳明学末流轻视修养工夫，流弊深远。顾宪成反对「不学不虑」、「不思不勉」的「现成良知」，而是应该要「知辅行主」、「崇实黜虚」、「学问不贵空谈，而贵实行」、「学问必须躬行实践方有益」。
地位.顾宪成是东林党创始人，过世后第二年，御史方大