重新交战，发起进攻。1999年7月28日，已控制近90%领土的塔利班向北方联盟发起大规模进攻，意图取得阿富汗的完全控制权，以换得国际社会的承认，并夺取了北方联盟的战略重地巴格兰空军基地，不过联盟很快便发动反攻，收复几乎所有失地。2000年5月10日在沙乌地阿拉伯吉达举行的会谈中，双方达成停火协议，同意交还战俘。但在9月，双方又发生激战，塔利班夺取了塔卢坎，但很快被马苏德指挥的军队夺回。
塔利班倒台.九一一事件发生后，美国认为发动是次恐怖袭击的主谋是奥萨玛·宾·拉登，联合国安理会要求