中正主张国都地点不必定于宪法，始将制宪国民大会的第一读会通过的「国都定于北平」一条予以删除，中央政府仍设在南京，南京仍是首都。而后第二次国共内战中华民国国军失利，中国人民解放军于1949年4月23日攻佔南京城。中央政府在几次迁移后，于1949年12月7日迁往台北市，之后该市成为中央政府所在地或实质上的首都。然而，在1990年代及以前，中华民国政府从未放弃以武力光复中国大陆并还都南京的目标，因此习称台北为「战时首都」（地位类似于二战时的陪都），并在教科书上记载南京市为首都。2000年后民进党政府执政期间，