云奇被打时毫不退缩，使洪武帝感觉事态严重，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道都藏有士兵。胡惟庸手下陈宁被捕，供出胡惟庸手下余党。胡惟庸义子涂节、御史中丞商暠均告胡惟庸谋反。太祖以“枉法诬贤”、“蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸、陈宁等。同时借辞穷追其友好，包括开国第一功臣韩国公李善长、荥阳侯郑遇春、豫章侯胡美、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、南雄侯赵庸、靖宁侯叶昇等大批元勋宿将皆受株连，牵连致死者三万余人，史称「胡惟庸案」。胡惟庸伏诛之日，其谋反罪行还未完全暴露。死后，其罪状陆续被揭发