3月1日，《国防法》、《国防部组织法》新条文等国防二法施行后，正式确立以国防部为中心的国防一元化体制：全国国防组织分为国防部、参谋本部、军事机关（即陆军总司令部、海军总司令部、空军总司令部、联勤总司令部、后备司令部、宪兵司令部）等三大系统，参谋本部和各军事机关直接向国防部部长负责，国防部本部并增设副部长（军政及军备各1名）以辅助部长。1999年1月1日，国防部成立「国军人才招募中心」。2006年2月，国防部将各军种总司令部改为「司令部」，总司令更名为「司令」。2008年11月1日，联合后勤司令与后备