在1962年完成的《台湾人四百年史》宣扬台湾主体意识，是第一部以台湾人立场撰写、且横跨年代最久远的台湾通史。在中国国民党的戒严时期，他便在《台湾人四百年史》中率先剖析二二八事件。不过《台湾人四百年史》出版之后，也被列为禁书长达30年。直到1987年《台湾省戒严令》解除后，台湾的历史学家才开始参与二二八事件的调查，逐渐釐清事件的经过。相对地，针对其所提出的「台湾民族主义」理念，也曾遭遇台湾独立建国联盟等听众、学者的质疑或反对。而针对此类质问，他亦有更进一步的论述回答。过去在欧美各地曾经参与史明宣讲的海外青