所副研究员陈仪深和国史馆馆长兼真相研究小组召集人张炎宪控告涉嫌毁谤并附带民事赔偿，台北地检署检察官不予起诉。中国国民党文化传播委员会党史馆主任邵铭煌表示，二二八事件相关研究应将蒋介石后续处理经过也列入，不能只是选择性引用资料。另外，由朱浤源所主导称为中央研究院次级团体「二二八研究增补小组读书会」发表两年研究成果，对《二二八事件责任归属研究报告》提出反驳，并要求公开辩论。2017年2月3日，二二八事件纪念基金会执行长杨振隆表示，他与二二八事件纪念基金会董事长薛化元上任后将推动「二二八事件责任归属报告官方版