层人员离职，当中包括工程总监黄唯铭，即时生效，而原定2020年约满的行政总裁梁国权则提早退休，但留任至继任人接任为止。梁国权表示承建商为克服施工困难，私自更改红磡站月台层版连接方式，认为新方案其实比原本的更好，连外间专家亦同意。马时亨则曾两度向特首林郑月娥请辞但被留任，三度强调自己「好有责任感」，故接受挽留完成新任港铁行政总裁遴选工作。港铁会全球招聘并甄选因沙中线偷工丑闻而出缺的新管理层人选。2018年10月8日，发展局公布向负责的承建商採取规管行动，礼顿建筑(亚洲)有限公司被暂停政府工程投标资格，