只有五十余营，二万多人。因行军其间要经过着名的莫贺延碛大沙漠，流沙数百里。粮草可以马驮车载，长途运输，“惟水泉缺乏，虽多方疏浚，不能供千人百骑一日之需，非分期续进不可”。大部队行军遇到的最大问题，是人畜饮水难以解决，所以只有分批分期地行进。左宗棠坐镇肃州（今酒泉），命刘锦棠、金顺分兵两路，先后率师出关。他把大军分作千人一队，隔日进发一队，刘锦棠走北路，金顺走南路，到哈密会齐。刘锦棠率领西征军主力自肃州入新，至哈密行程约1700里，很顺利地进入哈密。部队各营到达哈密后，把从肃州等地陆续运往哈密的军粮再辗转