功奏劾请用自首例减等，上责其错谬，吴士功被夺官改戍巴里坤，杨廷璋留任 。干隆二十八年（1763年）授体仁阁大学士，次年六月，罢大学士授散秩大臣。十二月，为工部尚书。干隆三十年(1765年)7月22日－1767年4月24日期间，奉旨接替李侍尧代理担任两广总督。全名为「总督两广等处地方提督军务、粮饟兼巡抚事」的两广总督，是兼辖广东、广西两省之的朝疆大吏。干隆三十三年(1768年)授直隶总督，加太子少保。1772年，杨廷璋去世，赠太子太保，谥号勤悫。