马克西米利安一世的坚持下，玛格丽特于1499年六月返回低地国。在法兰德斯，玛格丽特于1500年五月参加了她刚出生的外甥，即日后的西班牙国王查理五世的受洗，并成为他的教母。
伏萨伊公爵夫人.玛格丽特于1501年再嫁与伏萨伊公爵菲利贝托二世(1480–1504)，伏萨伊公国由于其于义大利的战略性位置，故在法国与哈布斯堡的竞争关系中扮演关键角色。菲利贝托二世乐于将时间放在狩猎与他的妻子身上，但却对治理他的领地表现出很少的兴趣。玛格丽特也乐于协助其丈夫处理公国事务。然在1504，菲利贝托二