红树林原有6种，现存4种；主要分布在西部各沿海河口附近。由于高度的开发，使得红树林遭到相当程度的破坏。淡水河沿岸（新北市淡水区）、中港溪出海口（苗栗县竹南镇）及台中市大安区温仔寮河口，四草（台南市安南区）等地有较集中之族群。其中淡水红树林曾是全世界纬度最北的红树林自然分佈地点，但此纪录为日本琉球及九州南部发现的水笔仔所打破；水笔仔是红树林自然分佈纬度最高的种类。而台南四草是唯一有前述4种红树林共存的区域。
香港.由于人为的干扰，香港的原有红树林已经逐渐消失。现时香港大约有17