水雉、紫鹭、苍鹭、白琵鹭、鱼鹰、鸬鹚、凤头潜鸭、斑背潜鸭等。根据 2008 年行政院农业委员会公告的最新保育类野生动物名录，在知本湿地记录的保育类计有以下 40 种。另在2014年11月时，知本湿地相隔约10年，首度观察到全球仅存约两千多只的东方白鹳踪迹。
外来种.目前，知本湿地已观察到的外来种动植物有布袋莲以及银胶菊。
破坏事件.知本湿地于2015年（民国104年）3月6日遭到怪手开挖湖区与海岸之间的沙洲，导致湖水流失，鱼虾死亡，也让当地常驻的