民国82年），东引自来水厂完成集水区内污水下水道工程来改善水库水质。1995年（民国84年），当时东引国中的师生进行「东引地区水质调查」，发现集水区内最严重的污染源乃是国军补给仓库、汽车连、发电厂、保修连之废油料、化兵排之有毒化学物质以及北澳村上方之农药污染，使水库出现优养化现象，甚至水质有恶臭的状况产生；另外，集水区内的军方单位及北澳村大多无独立的污水排放管，易造成污水渗入地下水，一旦大雨来临，便会渗透进水库，引起水库水质污染。因此1999年（民国88年），东引指挥部再争取新台币2100万元，完成净水