实用于战争」时，海军便失去了兴趣。而仁科芳雄只好再找其他单位来继续研究计画。后来，日本陆军开始了新一项的原子弹计画，代号为「二号计画」，负责专精研究铀235的分离技术。1945年2月，一小群科学家已经成功分离出初步的铀235复合材料，但两个月后美军空袭东京毁掉大部份的设备，让铀堆和重水的生产陷入停顿。另外，日本的原子弹计画也饱受铀矿短缺的困扰。日本军方在本土、中国、韩国、缅甸等地搜刮铀矿，同时要求盟国纳粹德国送来铀235的氧化物来制作原子弹，但纳粹德国很快便投降，无法送达。日本帝国海军虽然曾放弃仁科