彰化县城及竹堑城，建元「顺天」，并持续领兵向南方的诸罗山等地进攻。凤山人庄大田起兵响应林爽文，并邀请颇负众望郑其仁共襄盛举，郑其仁拒绝之，趁夜越过城垣逃走。本来郑其仁计画要协同妻子一同离开，但其妻突然忧郁症病发、死于途中。郑其仁葬之于水边后，只身乘船至台湾府城报官，台湾知府杨廷理听闻后随即召集乡勇从事防御事宜。干隆五十三年（1788年），郑其仁与杨廷理共同征服南部，郑其仁为前驱。最后遭遇敌袭，遭到馘首，时年三十四岁。后来清政府谥号忠勇，配祀北京昭忠祠。
墓葬.郑其仁墓位于今台湾台南