及氢，指定的电荷则分别为：而静电能是：根据DSSP，一个氢键只有在E少于-0.5 kcal/mol才会存在。虽然上述的方程式都只是一个相对于氢键能量的估算，但都一般接受作为定义二级结构的工具。
蛋白质二级结构预测.早期蛋白质二级结构预测的方法是建基于胺基酸形成螺旋或折叠的倾向，而有时须联同估计形成二级结构的能量的方法来使用。这些方法在预测残基的三种状态（螺旋、折叠或卷曲）可以有约60%的准确性，若使用多重序列比对可以将准确性大幅提升至80%。多序列比对可以知道胺基酸在某一位