党领导反对党（民主行动党只获得7席），新兴的人民公正党获得5席。州政府方面，回教党不仅保住吉兰丹政权，还夺下了登嘉楼州政权。2004年大选，由当时的新任首相阿都拉·巴达威领导的国阵继续在大选中取得压倒性胜利，拿下92%的国会议席，但回教党仍成功保住吉兰丹政权，其后联邦法院宣判安华的鸡姦罪名不成立，而贪污罪的刑期也因为行为良好而获得提前释放。2008年第12届全国大选，由于国阵政府中最大党巫统傲慢的态度下施行马来人优先政策和多次发表威胁性的言论，在大选全国掀起反政府热潮，最终在野替代阵线取得更多席位，