院「一案一召委」的惯例以方便抢佔主导权。不过当时部份蓝营人士认为依照先前朝野协商结果应该在公听会结束后才能进入委员会审查，并且蓝营内部本身因为未能就如何通过《海崃两岸服务贸易协议》达成共识而一再向绿营妥协。3月10日至3月14日期间由民主进步党立法委员陈其迈担任立法院内政委员会在主席时，虽然依照协商内容两度准备针对协议实质内容逐条审查。但是执政党以及在野党立法委员仍为了争夺主导权而多次在立法院内爆发肢体冲突，其中中国国民党党团以民主进步党无权排审为由杯葛议事。其中柯建铭指控中国国民党破坏立法院议事规则与惯例