于11月22日控制重庆府，革命派的蜀军政府在重庆成立。杨庶堪推举张培爵任蜀军政府都督，自己担任顾问。
民初的活动.中华民国成立后，蜀军政府同成都尹昌衡的大汉四川军政府合并。杨庶堪任四川军政府外交部长。1913年（民国2年）二次革命爆发，四川熊克武任讨袁军总司令，杨庶堪被熊克武任命为四川民政部长。不久，熊克武败北，杨庶堪流亡日本。在日本，杨庶堪参加了黄兴组织的欧事研究会。翌年，孙文组织中华革命党，杨庶堪被任命为政治部副部长。1915年（民国4年），杨庶堪赴上海，参加陈其美举行