有投降清朝的洪承畴等人。永乐迁都后，明朝设置南京六部，多半为虚衔，不过南京兵部尚书负责旧都金陵的防守工作。
沿革.明朝洪武元年，朱元璋设置兵部。洪武六年，增设兵部尚书和兵部侍郎各一人，并在总部、驾部、职方部这三个部门各设郎中、员外郎各一人、主事各两人，隶属中书省。洪武十三年（1380年），因胡惟庸案，明太祖朱元璋罢黜宰相与中书省，并仿照《周官》六卿之制，直属六部，并各设尚书、侍郎各一名。每部分四属部，每属部设郎中、员外郎、主事各一人。次年，增试侍郎一人。洪武二十二年，改总部为选部。