心爱的大量藏书和未经发表的着述亦被焚毁，孙与卫兵登上永丰舰与之作战，后被困黄埔，叛军不断砲击，孙及部属给养困难，孤立无援，处境极为艰难。6月29日，蒋介石在料理后事之后同汪精卫坐外国轮船冒死赶来救援，日夜陪伴左右并出谋划策，孙大为感动振奋。在永丰舰经过车歪炮台前往白鹅潭时，两岸叛军集中炮火进行攻击。孙在甲板上镇定指挥，吩咐士兵节约子弹并描准射击。由于炮火密集，士兵卫士多人倒毙，经其他人苦劝，孙才回到舰艇舱内。英国只肯派一艘炮艇供孙调遣，孙因而得以在8月9日离开珠江，安抵香港，再转往上海。8月离开广州往上海。