湾医疗史上最早出现的西式医院。日治时期1896年则有公营的台南病院（今卫生福利部台南医院）设立。今日根据卫生福利部97至100年度依其规模、功能、服务范围及医疗品质所做的评鑑分为三个等级，台南市的特优医院有3所、优等医院有7所、合格医院有19所。其中奇美医院为台南市最具经营绩效、规模最大之医疗体系，被卫生福利部评鑑为「医学中心」，并设有柳营奇美医院、佳里奇美医院等附属机构。国立成功大学医学院附设之成大医院是台南市最早被卫生福利部评鑑为「医学中心」的医院，为台湾的医疗重镇。市内设有三家卫生福利部立医院：台南