::::分类.杨在1954年便知道马门溪龙是蜥脚下目，但当时并没有放置于任何一科中。在1958年，牠被认为是泰坦巨龙科，并在中国和西方成为普遍的观点持续了一段时间。然而，Leonid Petrowich Tatarinov于1964年将其置于较基础的鲸龙科。1970年，Rodney Steel放置于盘足龙亚科。1972年，杨建立了专属的马门溪龙科，但此理论并没有立即被接受。1990年，John Stanton McIntosh认为马门溪龙是梁龙科的某种变异物种。1995年，Paul Upchurch将牠放