站改制长兴中心站，管辖杭长、长牛线-三墩16个车站，1978年10月1日更名长兴车务段。1986年铁道部出台“中取华东”铁路建设蓝图，其中包括宣杭铁路：该线路利用既有杭长线，并新建长兴至宣城段，于1992年建成，1994年交付运营。2002年又建成新长铁路江南段。2005年新长铁路实现复线化，同年5月24日长兴车务段并入嘉兴车务段，车站改由嘉兴车务段管辖至今；当年11月车站新站房投入使用。2012年6月20日起更改为现名，长兴站名称用作宁杭高速铁路车站。2019年1月，车站所在的宣杭铁路实现电气化。