可分为六个文化与十一个分期，所涵盖的时间纵深从新石器时代一直延续到清朝时期，将近4千多年。由于史前文化层大多深埋在地面50公分之下，受近代开发扰乱的机率偏低，且曾文溪氾滥所形成的沖积层堆叠清楚，使得文物保存情况良好且利于考古学家判定。此外基于考古成果，西拉雅族新港社的位置大致被认为是在南科台南园区一带的南侧。为了保存考古文物，2002年于台南园区内设有南科考古文物陈列室，2014年6月11日国立台湾史前文化博物馆南科分馆开始动工，2018年底试营运。
发掘经过.台南科学工业园区