带领本菲卡获得葡超第三名以及葡萄牙联赛杯冠军之后离开了本菲卡队。 2009年10月23日，出任马德里竞技主教练， 签署合同至2010年6月30日。在2009-10西甲赛季结束时，弗洛雷斯带领马德里竞技队获得第九名，同时在欧足联欧洲联赛决赛击败富勒姆足球俱乐部获得欧联杯冠军（2-1胜利） 以及2010年西班牙国王杯不敌塞维利亚足球俱乐部屈居亚军。在2010-11西甲赛季期间经常与明星球员迪亚高·科兰发生冲突,赛季结束前他宣布离开马德里竞技。2011年5月初，弗洛雷斯曾经有与莫斯科斯巴达克足球俱乐部产