望杜曾成为自己外援，于是不理陶侃的劝阻而答允。但杜曾随后便领兵围攻襄阳。荀崧随后使派兵突袭穰县，俘杀杜曾堂兄杜保。太兴元年（318年），晋元帝即位，征召荀崧为尚书仆射，与刁协共同制定礼仪。后转太常，任内建议设置《仪礼》、《公羊传》、《谷梁传》及郑氏《易》的博士。永昌元年（322年），王敦之乱爆发，大将军王敦举兵攻陷建康，执掌朝政，又表荀崧为尚书左仆射。同年晋元帝因王敦之乱忧愤而死，群臣商议元帝庙号，但王敦则认为现在国家未统一，当日后再议。然而荀崧则不认同，更建议上庙号为「中宗」。太宁元年（323