首座位于金马的国家公园，也是首座以维护历史文化资产、战役纪念为主，并兼具自然资源的国家公园。民国85年（1996年）1月15日，福建省政府迁回金门县办公，但省政府维持原精简化之编制。民国90年（2001年）2月3日，启动金门至厦门航海线，开始「小三通」。民国102年（2013年）5月23日，金门县政府委託美国Aecom公司与日月辰工程顾问公司规划「金门概念性总体规划案」，预计花费近两年时间完成。民国106年（2017年）1月17日，行政院在金城镇设立行政院金马联合服务中心，服务金门县、连江县