暗中和王占元、田中玉、陈树藩等人计划在直系和奉系之外，发展自己的独立军事力量，令曹锟和吴佩孚对靳云鹏产生戒心，以致后来在湘鄂战争中，吴佩孚借力吃掉王占元的军队。此次靳云鹏内阁的倒台是因为和旧交通系的矛盾。靳云鹏试图除去内阁中的交通系成员——财政总长周自齐和交通总长叶恭绰，由李士伟和张志潭代替他们的职务，引起梁士诒等人的强烈不满。靳云鹏邀请曹锟和张作霖在天津召开会议，提议局部改组内阁，但是由于在法律上国务总理无权罢免各部总长的职务，因而靳令全体阁员集体辞职，方才成功。