天宫后殿基础工程才刚起步。玄空师父应众师兄弟推举，当任第二任住持，放下事业，全心重新规划北投行天宫，由原一殿式扩建为三殿式。1960年代初，玄空道长（黄欉居士）原本已有将原地扩建为庙宇的计画，不过，该片佔地2,000坪的私人用地，在教育部开始推动九年国民教育后，被改划为国民中学预定用地（现为台北市立新兴国民中学）。经交涉后，台北市政府採取「以地易地」的方式，让原地主玄空师父以九台街（今林森北路、民权东路交叉口一带）的私有地交换当时仍为瑠公圳末梢支流、沼泽的公有地。玄空于是用以建庙。另说则是玄空师父独力购