在正式的历史中，根据日本书纪「舒明记」的记载，舒明天皇及孝德天皇皆曾巡行至此地，其中舒明天皇于631年在此停留了86天，孝德天皇则在647年带领多位大臣在此停留82天。8世纪时，僧侣行基在此建立了，建设了本地的多项基础设施，开始带动了本地的发展；平安时代后，许多文人、贵族陆续造访本地，11世纪的清少纳言的作品集枕草子中也提到了有马温泉。但在11世纪末，有马遭到多次洪水破坏而没落，直到1191年，僧侣仁西到此重新开辟温泉，再次恢复了有马温泉的繁荣。16世纪的战国时代期间，有马多次遭到战争破坏，直