卫屯军，路南州设三屯（路南屯、古城屯和邑市屯），自此大量内地汉人迁入石林。成化十三年（1477年），原土官病故，云南巡抚都御史委派流官知州，完成改土归流过渡。弘治三年（1490年）废邑市县，路南州不再辖县。清朝沿袭明制为路南州，隶迤东道澂江府，军事上属临元镇分防区，有把总一名。康熙四年（1665年），路南州以秦祖根为首参加反清统治的滇中起义，遭吴三桂镇压。康熙二十八年（1689年）取消明时的屯田制度，屯赋并入州内。清中前期的石林境内采铜业较发达，年产铜矿25万斤，占全省份额的十分之一。咸丰七年（1857年）