战役中被保加利亚人击败，米海尔便乘机会到了伊庇鲁斯并夺回了治权。1236年，米海尔占领了克基拉岛。1238年，他与普世牧首日耳曼努斯二世会面。1241年，米海尔的叔父曼努埃尔去世，他迅速地做出反应并占领了曼努埃尔统治的色萨利。1249年，他从尼西亚皇帝约翰三世·杜卡斯·瓦塔基斯处获得了专制公的头衔。在狄奥多罗斯和曼努埃尔统治塞萨洛尼基帝国期间，米海尔二世的伊庇鲁斯是与前者不相属的独立政权。为了抗衡尼西亚的约翰三世，他选择了与其退守沃德纳的叔父狄奥多罗斯结盟，由此打乱正动员兵力进攻君士坦丁堡的约翰的计划。