他逝世后埋葬在爱丁堡的St Cuthbert教堂。罗伯特·纳皮尔（Robert Napier）是他的儿子。
荣誉.电力工程学里面有个很少用到的单位名称，奈培（neper），与爱丁堡纳皮尔大学，都是为了纪念约翰·纳皮尔而命名的。月球上也有个纪念他的纳皮尔火山口。