还参与创建了天主教辅仁大学，他向教宗提出申请，终于获得批准。此外，他又计划成立以法兰西学术院为模式的“函夏考文苑”。后来，由好友蔡元培实现了这一宏伟计划（中央研究院）。
退隐.1917年，马相伯退出公职，离开北京，退隐上海土山湾徐家汇孤儿院的三楼（今蒲汇塘路55号），翻译圣经（《新史合编直讲》，《福音经》），译着天主教书籍。1931年九一八事变后，年逾九十的马相伯投身救亡运动，唿吁停止内战团结抗日，并提倡民治及人民自救，发起组织中国民治促进会和江苏国难会等。1935年与沈钧