加直奉战争，陕西督军由省长刘镇华代署。刘镇华任命马步云为省长公署参议。1922年第三届陕西省议会改选，马步云当选议长，1923年，他被刘镇华任命为陕西省教育厅厅长，1924年7月到教育厅视事。
国民政府时期至晚年.1926年，刘镇华被杨虎城、李虎臣、卫定一的陕军在国民军联军的援助下击败，逃回豫西。1927年春，刘镇华在开封投靠冯玉祥，刘镇华的残部被编为国民革命军第二集团军第八方面军，马步云任第八方面军参议。1929年1月，南京国民政府召开编遣会议，第八方面军改为第十一路军，马步云仍