集中在他于1610年建造的建筑物中，最初的档案馆正式成立。1791年，教宗国在法国境内的领土（包括沃克吕兹省和亚维侬）被法兰西王国吞併。1798年，拿破崙统治的法兰西第一共和国入侵罗马，并攻佔教宗国。且直至1814年间，法国还企图将档案馆的资料转移至巴黎，最终在1817年，法国将夺走的档案重新归还至罗马教廷，但因众多档案的运输费用庞大，使教廷人员决定丢弃一些被认为是无用的文件，也有一部分的文件在运送过程中遗失，造成最终没有将所有档案存放回档案馆。1855年，档案管理员开始抄录和出版档案馆中的资料，并