当时日本的铁路网。1912年自本站通往当时仓吉町的仓吉轻便线通车启用，因此本站更名为上井车站，而在仓吉町市区内新设仓吉车站，这段轻便铁路在1922更名为仓吉线。车站所在地的行政区划日下村先于1944年升格并更名上井町，1953年再与仓吉町合併为仓吉市，由于本站位于山阴本线进入仓吉市的入口，1972年本站再度更名为仓吉车站，而位于仓吉线上的仓吉车站更名为；但仓吉线也在1985年停止营运。1987年国铁分割民营化后，隶属西日本旅客铁道。2009年起，车站站舍开始改建为跨站式站房，新站房于2011