后官复原职。弹劾、推荐多人。因援救主事董基忤旨，调南京大理寺评事。给事中阮子孝、御史潘惟岳等相继上疏救助，皇上发怒，分别扣发了这些人的俸禄。郭惟贤不久升户部主事，陞吏部稽勲司郎中，万历十八年（1590年），升任顺天府丞。万历二十年（1592年），以都察院右佥都御史衔巡抚湖广。万历二十三年（1595年），入京师为左佥都御史。万历二十六年（1598年），升左副都御史，疏请早立皇储，慎待辅臣，赶紧实行考选，尽快将推荐人才的奏疏发下，没有回应。丁忧去职，起为户部左侍郎，未上任即卒。赠为右都御史。天启初年，追谥恭