京戒严，大寿从袁崇焕入卫京师。不久崇焕因皇太极的反间计下狱，大寿率部毁山海关东走，朝野震惊，是为己巳之变。思宗命袁崇焕以书招回，孙承宗亦遣使抚慰，大寿得书，受其感召，全军皆哭，奋勇杀敌，连克永平、迁安、滦洲，辽左乃安。崇祯四年（1631年）祖大寿筑大凌河城。八月，皇太极兵围大凌河，孙元化急令孔有德救之，至吴桥兵变，有德倒戈回山东，登州城陷；孙承宗派宋伟、吴襄两将救援大寿，宋吴两将不和，在长山坡遭遇溃败，锦州告急；祖大寿四次突围均失败，明军4万多、分两路出击，全军皆没。祖大寿坚守三月，城内粮食殆尽，乃杀马