一枚炸弹在1940年左右杀死了一只长颈鹿。然而，爱丁堡像英国的所有动物园一样，还是受到了战争的影响。 由于炸弹随时都可能掉落，因此，如果危险动物的围圈遭到破坏，它们可能会逃脱，构成一定的安全威胁。因此，在1941年，不得不对刚出生的狼和一系列危险的蛇实施安乐死，以防止对公众造成任何危险。尽管战火不断，动物园仍在继续发展，1942年买下了东部的土地，随后又开始建造湖泊。
战后时代.吉莱斯皮于1950年退任董事一职。1956年，接替了他，成为动物保护协会理事长，对动物园进行了有效的管理