立后，杨尚昆继续担任中共中央副秘书长、中央办公厅主任，同时兼任中央军委秘书长、中直机关党委书记等职。1956年9月，当选中共中央委员；并在中共八届一中全会上，当选中共中央书记处候补书记。1961年，杨卷入窃听器事件。1963年7月6日至20日，杨尚昆与邓小平为团长，彭真为副团长的中共代表团，同康生、刘宁一、伍修权在莫斯科与苏共中央举行了9次会谈，苏斯洛夫为苏方代表团团长，波诺马廖夫和安德罗波夫也参加辩论，双方就国际共产主义运动中出现的问题开展论争1964年至1965年，曾带队到陕西省长安县（今西安市长安