会改选时一波三折，1995年因石栏桿的装设引起争议，1996年三崃祖师庙的重建告停。2018年4月13日，三崃长福巖经新北市政府公告为直辖市定古蹟。
建筑.长福巖历经三次改建，今为三进九开间的殿堂式庙宇，由前殿、大殿（也就是中殿）以及后殿组成，加上左右两殿将庙宇围成「回」字封闭空间；九开间则是庙的宽幅，三进九开间的特色就是宽幅大（30米），进深小（40米）。前殿採三个独立屋顶，三川五门与两厢相连，东侧龙门，西侧虎门。正殿立于中央，香炉置于与正殿与前殿间之丹墀；中殿则为重檐歇