张念一口供中，得悉士元行踪，遂把山东汶上的士绅李力远家教书的士元拘捕，押解京师受审，此时王士元已经七十五岁了。
判决.朝廷大臣还是以「朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，应拟大辟，以息乱阶。」为罪名将他处死，并以谋反罪，决议将其一家凌迟，上奏康熙帝，康熙认为凌迟太残忍，改为斩立决，儿孙全部斩首。李力远则辩称：根本不知道自己家的家教老师是明朝皇子，自己曾当过县令，深受清朝的大恩，退万步言，就算是自己不顾念恩情，也害怕刑罚，如果遇到叛变头目一定会报告官府，更何况是如果要藏匿犯人，怎么可能