内阁大臣都被他牢牢的捏在手里。嘉靖帝还调解朝廷中不同的各方势力，由着大臣之间相互制衡，根据利益需要搭把手。同时打破重内轻外的观念，激发地方官员的进取之心；整饬言路，实现对百官的有效监督，裁革冗滥，以减轻财政负担。嘉靖帝认为外戚为害天下。他又和张璁、方献夫在革除外戚世封的问题上达到了共识，下令永远废除此制。然而台湾政治大学历史学博士尤淑君指出，嘉靖年间的「左顺门事件」，不但杖打了一百三十四名大臣，还杖死了十七名大臣，到了嘉靖后期，死于廷杖的大臣越来越多，史载「公卿之辱，前此未有」 ，「杖杀朝士，倍蓰前