分类.本门物种在支序生物学的位置过往也问题多多。最初被归类为环节动物门，尽管这些物种完全没有环节、刚毛（bristles）或其他环节动物的特征。后来本门跟软体动物门连系，主要是基于其与幼体的特征。现时这两个门跟纽形动物门及其他兄弟分类元共同组成冠轮动物总门（Lophotrochozoa）。种系发生学研究基于79核糖体蛋白质（ribosomal protein）认为星虫动物门是环节动物门之下的成员，其后对其物种的线粒体的DNA分析，确认了本分类跟吸口虫纲（Myzostomida）及环节动物门（包括螠虫