设有一座侧式月台一条乘车线。虽然站名中同样都有「龟冈」，但距离小火车龟冈车站最近的JR车站并非龟冈市的主车站龟冈车站，而是夹在两站之间的马堀车站。小火车龟冈与马堀之间步行距离仅有500公尺，因此有很多搭乘嵯峨野观光线来到此地的游客是利用马堀车站转车，返回京都方向。