物理中心的天文学家发现了超大质量黑洞存在的证据。同年，次毫米波阵列望远镜在夏威夷莫纳克亚动土兴建。1996年，惠普尔天文台发现了一类新的活动星系；安装在SOHO卫星上、由哈佛-史密松天体物理中心设计的仪器拍摄了首张太阳外层大气的照片，探测到了快、慢两种太阳风。同年，哈佛-史密松天体物理中心成为先进X射线天文设备（，即后来的钱德拉X射线天文台）的控制中心。1997年首次从观测上确认了黑洞周围的事件视界。哈佛-史密松天体物理中心总部位于剑桥花园街60号，第10234号小行星“花园街60号”（）以它的地址命名