1823年）因风雨侵袭毁损，再次重修。台湾日治时期，明治卅年（1897年），关渡富商林大春因讲究风水学，收购庙地，改建为自己之住宅。后林大春捐了两百八十银元，并鸠资迁移「灵山天妃庙」到风水上称作「万水归堂穴」的现址，坐西朝东，易名为「关渡祖宫」。大正十一年（1922年）再次重修，更名为「关渡宫」。
奉祀神佛.关渡宫一楼正殿奉祀天上圣母、观世音菩萨、文昌帝君。左侧有「关渡延平郡王祠」，奉祀延平郡王与其属神三位将军，其原庙在1961年风灾摧毁，檀越迁庙于此，意同于本庙的侧殿。右