609年（明万历三十七年、日本庆长十四年），萨摩藩发起球日战争，首里城内文物珍宝曾遭劫掠。1660年，首里城发生火灾，为首里城第二次毁坏，重建用了11年的时间。1709年，正殿、南殿、北殿被烧毁，为首里城第三次毁坏，由于财力窘迫，直至1712年萨摩藩赠送19,525根原木后才得以修复。1879年日本吞并琉球后，曾一度将首里城改为熊本镇台冲绳分遣队的兵营。第二次世界大战期间，日本陆军第32军在首里城地下挖掘坑道设置指挥所，导致该城在1945年3月的冲绳战役中被美国海军飞机及战列舰多次轰击。19