（1575年），南澳岛设副总兵。万历四年（1576年），割饶平县信宁都南澳岛的青澳、云澳属漳州府诏安县，从此分属福建、广东两省三百多年，直至民国三年（1914年）划归广东。万历十年（1583年），水都、洋乌都割还潮阳县，普安县更名为普宁县。崇祯七年（1634年），析程乡、平远县地置镇平县。入清以前，潮州府增设七县，达到十一县规模。明朝崇祯七年（1634年）至清朝雍正十一年（1733年）以前，是潮州府管辖县份最多的时期，时长100年。
清朝.清朝时，府治仍为海阳县。