时期才与四大汗国协议大元汗国皇帝为名义上的"蒙古大汗"，之后四大汗国的疆土又陆续经历演变。大元皇帝元惠宗被汉人朱元璋建立的明朝于1368年驱逐出中原（长城以北），大元丢失中原地区后版图缩小回蒙古高原地区，史称北元。北元亡于1388年或1402年，由鞑靼部和瓦剌部的首领先后继承“蒙古大汗”称号，但是其统治范围没有再超出过蒙古高原；其后明朝长期和察合台汗国和钦察汗国及其他的小汗国同时并存，直到17世纪蒙古人建立的主要汗国均致灭亡。最后一任蒙古大汗察哈尔部林丹汗被后金皇太极击败，其子额哲后来归降皇太极，漠南蒙