台之时，实施「军兵屯垦」的政策，下令「各镇及大小将领官兵派拨汛地，准就彼处择地起盖房屋，开辟田地，尽其力量，永为世业，以佃以渔及京（经）商。」派屯弁在云林地区的大衰榔东堡、他里雾堡、斗六堡等地垦殖。1665年郑经颁布「屯田之制，以拓番地」，延申原本的军屯至原住民领域，派遣郑成功部将，参军林圯率屯丁200人入垦今云林县东部和今南投县西南部，越过阿拔泉溪（今清水溪）建立竹围仔庄（今竹围里）为根据地，将原居的邹族鲁富都（Luhtu）大社驱逐至东埔蚋（今延平里），双方爆发数起激烈冲突。1