麟起初担任谋略处主要成员之一。10月20日晚起，邓玉麟等主要成员开始在湖北咨议局大楼办公。10月21日晚，邓玉麟等人正在军政府，遭亲清廷人士的袭击，邓玉麟掩护鄂军都督黎元洪逃往蛇山。击退这些亲清廷人士的进攻后，邓玉麟随黎元洪在军政府外巡视。中华民国军政府鄂军都督府各部成立后，邓玉麟任军务部参谋，在部长孙武到任前，由邓玉麟、张振武负主责。清军进攻阳夏时，义军进行抵抗，邓玉麟出任步兵第七协统领，奉命防守武昌沿长江防线。1912年元旦，中华民国成立。1912年1月，邓玉麟担任陆军第四镇统制，后来改任第四师