祖迁都北平，改应天为南直隶，淮安府属南直隶。清朝初年，改南直隶为江南省，海州属焉，隶淮安府不变，属江南江宁布政使司。康熙七年（1668年）六月十七日，郯城地震，赣榆县海滩隆起，海水退30里。云台地区周围海域逐渐变浅。雍正二年（1724年），海州升为直隶州，直隶于江苏省，属淮徐道，同时沭阳划归海州，共辖州治、赣榆、沭阳三地。嘉庆八年（1803年），改属淮扬道。清咸丰五年（1855年），黄河大改道，转向东北，由大清河入海，结束了700年由淮入海。今云台地区逐渐淤平，与陆地联成一体。