国民主权」的中华民国政府拥有更强的合法性与正当性。2000年的第十届正副总统选举，由民主进步党执政，这是民进党第一次执政，也是国民党首次成为在野党，达成中华民国史上首次政党轮替。在2005年召开任务型国民大会之后，国民大会被停止运作，其职权被移转到立法院或由人民直接施行、公投复决，大幅改变了中华民国宪政体制的架构。中华民国建国至今，历经了多次的正副总统、立法委员、县市长与地方民意代表的直接选举及罢免及数次的公民投票，中央政府也总共三次政党轮替及立法院多数党轮替，此已经深化了民主机制及主权在民的成熟。