边界的马共游击部队、防止菲律宾南部的叛乱组织入境以及消灭在马六甲海峡上进行攫夺活动的海盗。在国际上，马来西亚武装部队的主要工作是参于联合国维持和平部队的维和行动，目前已经有18名武装部队军人在维和行动中丧生。马来西亚国土近代曾遭受的侵略是发生在第二次世界大战时，日本由马泰边界侵入马来亚半岛（当时的马来亚半岛在英国的殖民统治之下分为海峡殖民地、马来联邦和马来属邦三个区域）以及苏加诺任印尼总统时发生的印马对抗事件。