主将陈国峻安排上皇、仁宗撤出昇龙。在农历十二月的云屯之役（云屯位于在广宁省锦普），越方海军将领陈庆余击破元将张文虎的运粮船，使元军粮食补给困难。脱欢看到「地热水湿，粮匮兵疲」 ，便决意撤退回国。1288年（重兴四年）三月，脱欢命水军先回，但经过内傍关、白藤江等地时被越军击破，脱欢大军行至内傍关时又遭越军截击，双方激战，最后元军奋力撤出越南。战后，陈朝遗使到元朝通好，要求按照前例朝贡，忽必烈亦允许和好。1293年（重兴九年，三月改元兴隆），元朝要求越南君主入朝，但被拒，忽必烈又再计划出兵越南，设置「湖广安南行