改赤崁（今台南市中西区）地方为东都明京，设一府二县，一府为承天府，二县为天兴县（今嘉义县境归天兴县辖）、万年县。改大员为安平镇（今台南市安平区）。天兴县县治设在佳里兴（今台南市佳里区）。1664年8月，郑经改东都为东宁，天兴、万年二县为州。福建省漳州府平和县人赖刚直，号斌来，同郑成功渡台，为其部属，奉命屯田于天兴县八掌溪崙子顶，即今嘉义县中埔乡和睦村，为本地最初之拓荒者。传说他辟水田千余甲，应非兵丁独垦，而是招垦的成果。1683年7月，郑克塽降清。清治时期，1684年，设台湾府，隶福建省，下设台湾、凤山