形势散漫，无险可守」，加上澎湖绅民亦奏请建城的情况下，获得朝廷首肯。除了决议兴筑城池和礮台之外，光绪十二年（1886年）复将澎湖水师协与海坛水师镇的编制对调，原澎湖水师协编制调升为澎湖水师镇（海坛水师镇降为海坛水师协），最高军事长官从副将改置为总兵，淮军出身的吴宏洛原为海坛镇总兵官，因此调任澎湖，成为澎湖镇首位总兵官，并于光绪十三年（1887年）农历十一月实际赴任。光绪十三年（1887年）农历十二月，妈宫城开始建造，由吴宏洛择址督造于妈宫社，并委乡绅黄济时训导，于光绪十五年（1889年）农历十月竣工