零和一个他从未见过的男孩在一起。第二天，班上来了个转学生，他叫渚薰，正是前一天晚上真嗣所看到的那个男孩。真嗣很快被选为监视者并获得了神器（EVA），与渚薰、绫波零以及惣流·明日香·兰格雷一同追捕使徒、取得「核」用以支撑世界树。学校出现奇怪的现象而停课，葛城美里老师其实也是组织里的人并带他们到NERV总部。在那里真嗣看到了NERV司令，竟然正是自己的父亲碇源堂。真嗣在与使徒的接触中发觉那个并不是自己真正的父亲，原来他是来自另一个世界次元的碇源堂，他想要取得「核」以代替碇唯支撑世界树，而将碇唯拯救出来。