司马颙，称要迎惠帝还洛阳，以周馥为中领军，旋即转司隶校尉，加散骑常侍、假节都督诸军事于渑池。光熙元年（306年），司马越等击败司马颙，迎惠帝还洛阳，及后周馥就改任平东将军、都督扬州诸军事，并进镇东将军代刘准出驻寿春，以讨陈敏。永嘉元年（307年），陈敏为周玘等人所败，扬州平定，周馥以此封永宁伯。周馥虽然在镇，但其实一直都为朝廷尽忠，常想匡正朝廷。那时东海王司马越独揽大权，有不尽臣节的行为，周馥对此都严厉批评，这令司马越很忌惮他。另外，当时汉国势力日益强大，洛阳愈见孤危，周馥于是在永嘉四年（310年）上表