崇祯帝即位，许誉卿起为兵科给事中，屡次疏争，被讦为结党乱政。誉卿上疏自陈，随即引去。崇祯七年（1634年）起故官，历工科都给事中。次年正月，农民军攻陷颍州，誉卿请急调五千人防守凤阳。但上疏方入，凤阳已经陷落，皇陵被毁。誉卿痛惜不已，弹劾张凤翼及大学士温体仁、王应熊，被崇祯帝以“苛求”责备。最终被谢升、温体仁罗织罪名削籍。崇祯十五年（1642年），御史刘逵及给事中杨枝起相继荐其复出，未及施行。弘光帝在南京登极后，起许誉卿为光禄寺卿，不赴。明亡，薙发为僧，多年后卒。《明史》有传。