家族留在北方，祖父垣敞在前秦任职，后入后燕，并随南燕建立者慕容德迁到青州。刘裕灭南燕后，垣护之伯父垣遵及父亲垣苗逾城归降，其家族才南归晋廷。垣护之年少时倜傥，不拘小节，虽然矮小丑陋，但有气魄和才干，坚强果敢。在晋时曾于义熙十一年（415年）跟随刘裕征伐司马休之，又当过世子中军府长史，兼行参军。刘裕篡晋建宋后，垣护之补奉朝请。宋文帝即位后以垣护之为殿中将军。元嘉七年（430年），宋文帝发起北伐，垣护之随北伐主帅到彦之北进，但到冬季面临北魏反击，战事失利，到彦之就想要撤退回师，垣护之写书进谏反对撤退，并建议派竺