大陆方面认为鼓吹两国论，而使此前友善的海峡两岸关系急转直下、渐行渐远，并直接导致了第三次台湾海峡危机。之后于1996年中华民国总统选举，李登辉再次当选。
军事及国防建设.江泽民在接任中共中央军委主席后，面临了数次危机，军方高层杨尚昆、杨白冰兄弟曾一度架空江泽民，后通过争取邓小平支持后，逐渐获得军权（即杨家将事件）。在1995年－1996年台湾海峡导弹危机中，中华人民共和国武装力量遭遇了巨大的威胁，两艘美国航空母舰开进海峡附近巡航。这件事令江泽民痛定思痛，开始大规模建设国防、购买俄罗