日本、东京地下铁双方的站区，但该入口并没有东京地下铁的标志。
JR东日本.JR车站为2面4线岛式月台高架车站，地下有转乘千代田线的转乘剪票口。站内设有指定席售票机、。绿色窗口已在2013年12月14日结束营业。电扶梯分别设于田端站侧与日暮里站侧，电梯则设于日暮里侧。另外也有电扶梯通往千代田线转乘剪票口。过去电车到站时会播放「西日暮里、西日暮里、转乘地下铁千代田线」，但在导入ATOS后已取消。JR日暮里站与西日暮里站之间只有0.5km，是山手线中最短的站距。加上没有高低差，