任故职。再升巩昌府知府，改西安府知府，升陕西右参政。成化十三年（1476年），升任都察院右佥都御史，巡抚山西，奏镇国将军朱奇涧等罪，被诬陷下狱，之后调查无罪，而当时内官尚亨籍纮家，至发现敝衣数件。宪宗得知后感叹，赐钞万贯表彰，并夺奇涧等三人爵。改为河南巡抚，再调宣府巡抚。蒙古小王子达延汗率领数万骑兵骚扰大同，并长驱直入顺圣川，掠夺宣府境内。秦纮与总兵官周玉阻挡获胜，进为左佥都御史。不久召还理院事，迁户部右侍郎。万安挤压尹旻并诬陷其为旻党，被降为广西右参政，又升福建左布政使。
弘治