兴盛，但明末一度衰落，清代又复兴，并由福州向日本和东南亚传播。福州涌泉寺、西禅寺在东南亚都有廨院，日本黄檗宗则起源于福清黄檗山万福寺。基督宗教方面，罗马天主教被福州人称为奉教，官方统计1994年福州天主教徒超过20万。1624年底，耶稣会的艾儒略将天主教传入福州，但福州天主教在1720年至1842年的禁教时期被迫转入暗地发展，直至1846年恢复。1949年以前，教会神职人员以西班牙人为主。1950年代中国共产党推行三自运动，福州的外籍天主教神职人员被驱逐，天主教会分裂成地上和地下教会，这种局面维持至今。