堂（L2／A）票务大堂（L3／T）月台（L2／P）】和罗湖管制站不同，入境者不论香港居民与否都是走同一条路，经天桥抵达落马洲支线管制站后会步入同一个入境大堂（与月台同层但被墙壁分隔），办好入境手续后可选择到位于大楼下的公共运输交汇处乘搭巴士或小巴前往元朗或天水围，亦可乘搭港铁东铁线前往香港各区。如选择乘搭港铁，须乘电梯前往位处上层的票务大堂，购票（没有八达通者）、入闸后再乘电梯由上而下前往月台层。另一方面，于落马洲站的票务大堂内设置两部数码化湿地观赏仪，可供乘客利用观赏仪欣赏落马洲邻近一带的天然湿地