980年代开始，政府单位陆续迁出，1982年以太平天国天王府遗址名义成为全国重点保护文物，1998年在总统府旧址上筹建南京中国近代史遗址博物馆，2003年对外开放。2004年被评为国家4A级旅游景区。2005年4月27日，中国国民党的党主席连战在访问中国大陆期间，到博物馆内的孙中山先生临时大总统办公室及蒋介石办公室等原址参观，并题字“和平奋斗救中国”。这是中国国民党主席自1949年以来第一次返回南京总统府。
建筑.总统府建筑群占地面积9万平方米，共分东、中、西三个区域，建筑中现