江港区和马尾港区组成为内河港，其它三个港区为海港。福州港现辟有17条国际航线，与欧美、日本、新加坡等40多个国家、地区通航，有定期货班轮往返日本、香港，定期客班轮往返上海、普陀山、香港，此外还辟有两马（马尾琅岐—马祖福澳）航线、连江黄岐—马祖白沙、平潭—台北和平潭—台中这四条海崃两岸控制区间的直航客运航线。
公共交通.福州市内公共交通现以公共汽车为主，市区内主要由福州公交集团、康驰新巴士和闽运福州公交负责经营，现有营运线路212条。福州公交集团还于市内运营数条称为城乡巴士的小巴线路