鲜之役，明朝官员们打算媾和，说要封秀吉为日本国王，沈思孝奏请力战，斥责主和派。此时其友丁此吕被吏部尚书孙丕扬借由考察的机会贬斥，沈思孝因而卷入党争，与孙丕扬等人争执，蒋时馨也怀疑自己遭到沈思孝陷害，于是陷入大量的阴谋论。沈思孝辞官归里。万暦三十九年（1611年）去世。天启年间，赠太子少保。思孝以正直闻名于天下，然而其重义气、又好胜，动辄得罪朝臣。