014年6月3日，隧道工程正式开凿，并将在隧道中段设置一座直径9公尺、深度112公尺的通风竖井，该竖井除了作为隧道通风及排烟使用外，在工程施作期间更能兼作工作井的用途，可大幅推进工程进度。另外在兴建过程中所产出约100万立方公尺的弃渣，也将会运至台东县大武乡的大武渔港南侧进行人工养滩，借此保护海岸及公路安全。2015年12月，屏东县狮子乡草埔社区的居民前往草埔森永隧道工区进行抗争，居民表示，隧道施工时所排放出来泥浆污水，严重污染当地枫港溪的溪水，连带影响到下游的灌溉用水及民生用水，因此要求施工单位改善。