进行藩政改革。戊辰战争时加入奥羽越列藩同盟，败北减封至2万4000石。明治3年（1870年），废藩。
藩风.藩风从藩祖以来的「常在战场」等，提倡质朴刚健的三河武士精神。明治初期的藩政再建中，大参事小林虎三郎将支藩三根山藩赠送的米百俵，用于教育的「米百俵的精神」也是来自此藩风，之后也成为长冈人的特质。
历代藩主.
堀（ほり）家.外様 80,000石 （1616年～1618年）
牧野（まきの）家.谱代 74,00