陈唐山获得民进党提名连任。陈唐山赢得民进党内初选后，当时国民党大老吴修齐曾告诉他，吴修齐曾对总统李登辉说：「陈唐山这么好，国民党不用再提名，让他一个人参选就可以。」使陈氏更加有信心。唯最终李登辉并未接受吴修齐的建议，最后国民党派出下营出身的政坛老将洪玉钦出马，与陈唐山角逐第十三届县长。选举结果，陈唐山以65.73%高得票率赢得县长宝座。也创下民进党在台南县的得票记录，直到2010年县市合併都未被超越。