进入钓鱼岛附近海域后，遭到日本海上保安厅舰只和侦察机包围，并遭日方舰只撞击驱逐，结果「保钓二号」在进入距离钓鱼岛12海里的水域停下后，船员为十年前于保钓行动中在钓鱼岛海域溺毙的保钓领袖陈毓祥举行公祭仪式，然后被迫折返回航。中国大陆外交部发表严正声明，重申中国拥有钓鱼岛主权。当时出于维护地区稳定的目的，两岸政府都没有派出军队参与保钓运动。2008年6月10日，发生联合号海钓船事件，台湾联合号渔船在钓鱼岛海域遭日本巡逻船撞沉，船上16人被日本巡逻船救起，但船长何鸿义和两名船员则被日本当局扣留二至三天后才获释