杀后，他成为吉斯家族的最高领袖，持续对抗新教徒及王太后凯萨琳的阴谋手段，并抚养几个年幼的侄儿，如第三代吉斯公爵、、马耶纳公爵。1560年代天主教改革的特伦托会议期间，夏尔扮演了重要角色，有助于教会的革新运动。1569年在他的撮合下，法王查理九世娶了奥地利的伊莉莎白为王后。1574年底，夏尔在亚威农去世。