89年7月1日调任华盛顿助理副官局长。1896年5月26日擢升中校。1900年担任第一次美国殖民时期（1898年-1901年）菲律宾总督，一年后他因为和当地地方长官，也就是未来美国总统威廉·霍华德·塔夫脱闹矛盾而结束。曾参与过美国内战（南北战争），北美印第安战争，美西战争和美菲战争。
家族.父亲老亚瑟·麦克阿瑟曾经担任威斯康辛州州长和密尔沃基当地法官，儿子道格拉斯·麦克阿瑟是美国五星上将，他们也同时成为历史上第一对都获得过荣誉勋章的父子。