惧怕失势，曾经从中书省借出诏书，看后不归还。当时的中书监华廙恐惧，还亲自向杨骏索取诏书，但杨骏始终不还。晋武帝驾崩，司马亮惧杨骏怀疑，推辞有疾不入皇宫，只于大司马门外叙哀。杨骏欲讨伐司马亮，司马亮知道后夜驰赴许昌，才得幸免于难。到杨骏被皇后贾南风和楚王司马玮诛杀后，晋惠帝下诏以司马亮出任太宰、录尚书事与太保卫瓘共掌朝政。司马玮有功勋而又好立威，司马亮惮忌他，意欲夺其兵权。及后贾皇后指使晋惠帝下手诏给司马玮，令他宣佈司马亮与卫瓘图谋不轨。司马玮率军包围二人府第，司马亮认为自己一片丹心，