朱一贵部再度发动攻击，惟客庄七营已于万丹完成集结，朱一贵部遭夹攻后大败溃逃。从渡河至兵败，前后历时仅二日。
清军抵台.清吏于台湾府城破后尽数退至澎湖。闽浙总督觉罗满保闻事变，先派1700士兵往台湾救援。觉罗满保于5月12日进抵泉州府，随后调集兵粮而于6月1日，偕同南澳总兵官蓝廷珍，率水陆军由厦门出海，于澎湖会同福建水师提督施世骠后，率领18000名士兵向台湾进发。兵进澎湖，有降将吴良前往施世骠营中诈降，被施世骠发觉。经审讯，吴良将朱一贵的详细情形吐露干净，知朱一贵发生内乱。