着1990年10月3日两德的统一，德国投资者收购了该公司，并委任前LTU国际经理约阿西姆·胡诺德为新公司CEO。该航空公司根据德国法律重新注册并改为现名。 公司还加入了国际航空运输协会，并于1997年开始开设定期航班飞往欧洲的商业枢纽，如伦敦、苏黎世、维也纳和巴塞罗那等。2004年1月，柏林航空宣布与前一级方程式赛车手尼基·劳达新成立的航空公司尼基航空合作，并持有后者24%的股份。2006年，柏林航空成功完成了在法兰克福证券交易所的首次公开募股。共向市面发行了4250万股票，公司声称筹集超过4亿欧元的现