时，刘崇望迁监察御史、右补阙、起居郎、弘文馆学士，转司勋、吏部二员外郎，为崔安潜下属，改革吏部。此后短期内，发生了黄巢农民大军攻占长安、僖宗逃往成都又在黄巢战败后返回长安等乱事，但此期间刘崇望的活动不详。大约光启二年（886年），唐僖宗卷入当权宦官田令孜和军阀护国节度使王重荣、河东节度使李克用之间的冲突，被迫在王、李击败田令孜及其盟友静难节度使朱玫和凤翔节度使李昌符时再次逃离长安。他逃到兴元后，朱玫在长安宣布立襄王李煴为帝，僖宗在兴元的朝廷一度被认为将被击败和取代。田令孜辞职，他在朝中的地位被杨复恭取代