中央司令部，以及此两司令部协同美国非洲司令部对非洲国家进行的罗塔海军基地的设施由美西两国海军共用，在美西签订的国防合作协议之下，西班牙海军负责基地外围的保安和卫哨，美国海军则负责基地内部的基础设施、飞行场及海军码头设施的维护，营区内部的保安则由两军宪兵队共同管理。但美国海军的罗塔基地，在名义上仅为西班牙海军罗塔基地的租借设施，而基地对外悬挂的也是西班牙国旗，司令官亦由西班牙海军中将担任。基本而言，一般美军基地的许多惯例景象，在罗塔基地是不常见到的，例如星条旗的公开展示和悬挂，原则上仅在美国国庆日当天允许