58年，任中华人民共和国水利电力部副部长。冯仲云还当选中国共产党第八次全国代表大会代表，第一、二、三届全国人民代表大会代表。文化大革命中，冯仲云受到迫害。1968年3月17日，冯仲云因病逝世，享年60岁。
评价.建国后，毛泽东曾当面对冯仲云说东北抗联的斗争比长征还要艰难、艰苦。
子女.冯仲云有2个儿子冯松光、冯江华以及3个女儿冯忆罗、冯丽文、冯丹云。大女儿冯忆罗于1932年4月26日生于哈尔滨市。因满洲省委遭到日满大破坏，1934年10月与母亲被迫撤