帅机关是大本营，能够以大本营命令形式发布天皇敕命，是直属于天皇的最高司令部。大本营最初为临时性质，甲午战争和日俄战争期间都临时设置了大本营，战争结束后即告解散。侵华战争爆发后设置的大本营一直存在到太平洋战争结束。1893年（明治26年）5月19日，明治天皇颁布了《战时大本营条例》（敕令第52号）；甲午战争爆发后的1894年6月5日，首次设置了大本营。根据1893年制定的《海军军令部条例》（敕令第37号），陆海军的军令部门在和平时期是对等的。而战时大本营条例规定，战时海军军令属于作为幕僚长的陆军参谋总长。