后，杨格非推荐胡兰亭到武昌文华书院读书。1882年，胡兰亭被保送上海圣约翰书院，攻读神学。1886年毕业，被派至湖北宜昌传道，1893年任职于武昌文华书院。1901年出任圣公会会长兼文华书院监学，1902年调任武昌圣若瑟堂牧师。1902年，创办日知会的黄吉亭牧师被调往湖南长沙，胡兰亭接掌日知会，聘请教友刘静庵为司理，刘静庵为被清廷查封的革命组织科学补习所的成员，在胡、刘以及曹亚伯的改组与运作下，武昌日知会由宣传新知识、新思想的读书机构，发展为一个利用教会为掩护，向学生与军人宣传推翻满清革命思想的组织