T-S」改成「RT」，并新设同样搭载F6A型涡轮增压引擎的「RV」车型，涡轮增压引擎之最大出力从61ps提升至64ps。1996年 - 8月将电动车窗列入全车系标配，且新增5门车型（2WD）。同为右驾之缘故，1996年自然进气版的Wagon R曾引进香港市场贩售。1997年 - 2月新设入门廉价版「Rc」，并且推出车身、马力放大版的「Wagon R Wide」。同年4月再度实行小改款，新设具备658c.c.直列三缸DOHC K6A型涡轮增压引擎（附中冷器）的「RS」，而且「RX」和「FX」也改成同型