派出众多军事动态小组，前往军事要地收集机密情报，试图扰乱军队。充当北京各校红卫兵造反派的领头者。组织或参加了4月打倒“带枪的刘邓路线”(夺军权斗争)、7月下旬中南海西门的“揪刘火线”、7月29日对徐向前的抄家、8月1日批斗彭德怀和罗瑞卿、8月22日冲击英国代办处等等运动。1966年下半年到1968年左右，井冈山兵团严重干涉学校教学，学校学生在各类文革活动挤占下几乎没有正常学习时间。井冈山兵团改变招生制度，优先招收贫下中农子女，以推荐为主，不招收五类学生：直系亲属中有被专政机关镇压者，走资派、牛鬼蛇神子女