育.沼泽鹿的天敌美洲豹及美洲狮差不多在其栖息地完全消失。牠们以往因其鹿角而被猎杀，但现已受到管制。现时失去栖息地是牠们的主要威胁。亚塞瑞塔水坝（Yacyretá Dam）破坏了牠们的栖息地。由欧洲牛而来的传染病也是一个威胁。牠们现正被列在《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录一中。