市区与机场及亚洲国际博览馆，加上政府规定机场快线之经营须自负盈亏而不得从其他路线收入补贴，因此收费比港铁其他路线昂贵，转乘亦须出闸。乘搭机场快线的旅客，可选择于香港站或九龙站先行办理登机并行李寄舱手续，而无需于机场再次办理。而机场快线于香港站至九龙站、青衣站经欣澳站至近小蚝湾车厂的一段与东涌线列车共用部份路段，但当列车驶进车站时，会使用各自的月台。机场快线沿途各站，即香港站、九龙站等，设计上也没有跟随当时其他地铁站以七彩颜色区分。根据现任港铁总建筑师 Andrew Mead 指出，原因是此路线可以看待成