<br>1534年，为了镇压日内瓦的基督宗教教徒所发起的暴动，查理三世对日内瓦发动奇袭但失败。隔年，查理三世再度尝试对日内瓦发动攻击。此次行动因为日内瓦拥有来自伯恩的帮助而再度失败。
与哈布斯堡的合作.1530年代，查理与哈布斯堡王朝结盟，并参与与法国国王法兰索瓦一世、奥地利的查理五世的政治权力争夺。1536年，法国入侵萨伏依，佔有查理三次多数的财产并将其流放。<br>查理三世的余生几乎在流放中度过。他死于西元1553年，由他唯一存活的子嗣埃马努埃莱·菲利贝托承袭爵位。