然而亦形成现今「奈良线不入奈良县」的奇怪现象。1896年3月13日，本路线前身由玉水站延伸至木津，与关西铁道木津至加茂线（今关西本线木津至加茂段）相连。4月18日，木津至奈良站开通，京都至奈良站全线贯通，这时候的奈良线的确开进了奈良县内，于奈良站与关西铁道大坂至名古屋线相连。此时奈良至加茂之间的走线并非今天的模样，当时关西铁道的本线採较直接路线，途径而不经木津站。然而奈良 - 大佛 - 加茂这段路线（又称大佛线）过于陡峭，蒸汽火车无法应付，因此成为运输瓶颈。直到1905年，奈良铁道被併入关西铁道，更