界大战末期的1945年（昭和20年）6月20日，为进行本土决战而以中国方面为作战地域组建而成，编入第15方面军战斗序列。值得注意的是，1945年（昭和20年）6月15日起，第59军司令官由中国军管区司令官兼任，军管区司令官直接隶属于天皇统率。此外，参谋长等也由中国军管区的参谋长等兼任。同年8月6日，广岛市原子弹爆炸事件致使司令部受到严重损坏，藤井司令官被炸身亡。此后，未参加作战并就此迎来终战。