第二次世界大战于1939年9月爆发，埃姆登号于9月3日同几艘轻巡洋舰和驱逐舰一起，在北海的德国沿岸附近布设了一个防御雷区。该屏障横跨，从荷兰海岸一直延伸至日德兰半岛；目的是保护西墙向海的侧翼。埃姆登号与另外五艘轻巡洋舰——纽伦堡号、莱比锡号、科隆号和柯尼斯堡号，以及十六艘驱逐舰共同执行了是次任务。在布设了第一批水雷后，它返回威廉港重新补给水雷。在埃姆登号泊港期间，由十架布伦亨式轰炸机组成的英国部队于9月4日袭击了港口；市内的德国高射炮手击落了五架轰炸机中的四架，其中一架在无意中撞向舰只。撞击事故中，埃姆登号