在高新南十道地下呈东西走向佈置。
车站结构.科苑站是一个地下两层10米岛式月台车站，总建筑面积为21900平方米。另外，东北端设有一条存车线。
未来规划.深圳地铁13号线经过本站，在科苑南路地下新增地下岛式月台，相关工程预计2022年完成，届时本站将成为换乘站。2号线建设时未有预留换乘结构，因此两者将以通道换乘形式换乘。