上层。这被证实是因为它的溶剂“排序”性质，这会排除更多的水分，制造出一个低水密度的环境。聚乙二醇的聚合度亦会影响相分离以及萃取时分子的分配系数。
优点.双水相系统是一个十分出色的方法，用以进行从粗制细胞浓缩物或其他混合物中萃取蛋白质/酶以及其他易变性生物分子的操作。此项技术经常在酶技术领域用于工业或实验室生产酶。通过添加与目标酶配对的配体到聚合物上，可使得选择特异性进一步提高。这会使得酶会优先结合到聚合物上，增加了萃取的效率。然而有一个很大的劣势就是涉及的材料费用，即为了