省立农业专科学校随湖北省政府迁至恩施，湖北省教育厅重组成湖北省立联合中等以上学校恩施农业专科分校（简称“省立联中农专分校”）。1939年9月，农业专科分校复名湖北省立农业专科学校，程鸿书应湖北省政府的邀请担任该校校长兼湖北省通志馆总编纂。1940年第六战区司令长官陈诚推行新湖北建设，提出《新湖北建设计划大纲》，实行计划教育，筹建省立农学院。同年11月17日，湖北省立农业专科学校升为湖北省立农学院，湖北省教育厅厅长张伯谨兼任院长。1941年，管泽良教授出任该院院长。程鸿书截至1941年一直任湖北省立农学院