（直系同源），片段重复事件 （旁系同源），或者基因横向转移事件（异源同源）。 DNA、RNA和蛋白质之间的同源性一般由核苷酸或氨基酸的序列的相似性推断。显着的相似性可有力地证明两个不同序列由同一祖序列通过演化性的变化而来的相关性。 通过对多个序列进行比对，可以显示出序列中哪些区域是同源的。 
Orthology.如果同源序列被推断出是由物种形成事件所分离的相同祖先序列的后代，那么它们是直系同源的：当一个物种分化为两个单独的物种时，两个产生物种来自同一个基因的拷贝被认为是直系同源