使用大直径敞开式隧道掘进机施工，全隧道采用“贯通平导+1座斜井+2座竖井”的辅助坑道设置方案。高黎贡山隧道的建设也将是中国西南地区铁路修建史上首次采用隧道掘进机施工。2017年5月27日，直径6.39米的隧道掘进机在重庆下线，此台隧道掘进机曾参与重庆轨道交通6号线的修建，累计掘进6,652米。该台“彩云一号”为中国首台再制造隧道掘进机，2017年8月28日在高黎贡山隧道顺利始发，标志高黎贡山隧道正式进入全面施工阶段<ref name="2017-08/28"></ref>。2017年11月27日，“彩云一号