沸腾的局面，联合赖琏、黄宇人等人举行“革新运动”座谈会。民国37年（1948年），余井塘获蒋介石召见，蒋介石要余井塘任中国国民党中央组织部部长，被余井塘谢绝。余井塘避居杭州农村。后来，余井塘赴台湾。1950年3月，余井塘在台湾任行政院政务委员兼中华民国内政部部长。同年，出任蒙藏委员会委员长。1952年起，专任行政院政务委员。1954年递补为第一届国民大会代表，并任国民大会宪政研讨会常务委员及历次国民大会主席团主席。1963年，任行政院副院长，兼行政院经济动员计划委员会主任委员。1966年，改聘为总统府资