到同党的徐庆元脱党参选，最后陈建年以48,365票、47.64%得票率惊险连任。2002年2月，陈建年出任原住民族委员会主委。2005年卸任。
家族.陈建年父亲陈耕元（日文名上松耕一），就读嘉义农林学校时担任嘉义农林棒球队游击手。昭和六年（1931年）赴日本参加第17回夏季甲子园大会，获得凖优胜（亚军）。昭和十九年（1944年）与来自嘉义的千金小姐蔡昭昭结婚，一时轰动全台，战后陈耕元出任台东农校校长。蔡昭昭则在战后曾更名「陈金花」，担任过台东县议员。陈建年大哥陈泰年从事经营