苗栗县交界地区。其源头在竹东丘陵西端之新竹县宝山乡新城村油车窝，先向西北流经柑仔崎、新城，转向西流经虎头山后进入新竹市香山区境内。经南隘、中隘后转向西北流，并成为新竹市香山区与苗栗县竹南镇的交界，经崁仔脚、内湖后复入新竹市香山区境内，最终于灰窑附近注入台湾海崃。盐港溪全长13.43公里，河床平均比降5.66公尺/公里。
盐港溪水系主要河川.以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道。