留守建康，并且总掌朝廷内外事务。
生平.刘穆之家族世居京口。他年轻时喜欢读书，故此博览群书，通晓多种知识，为琅邪内史江敳赏识，担任其建威将军府主簿。
重建秩序.元兴三年（404年），刘裕于京口（今江苏镇江市）起兵讨伐桓玄，佔领京口后向何无忌询问主簿人选，何无忌就推荐刘穆之担任。刘裕不久就击败桓玄，攻佔了建康，当时决定大事的都是刘穆之，纵然很多事都要仓促决定，但都处理得相当妥当。刘裕亦视刘穆之为心腹，凡事都询其意见；刘穆之亦尽心协助，不遗余力。当时东晋法律宽