场铁路成为两条地铁路线，分别是东涌线和机场快线。1998年6月21日由香港特别行政区第一任行政长官董建华主持开幕仪式，并于翌日正式运作。另一方面，随着九广西铁（现港铁西铁线）于2003年12月20日通车，地铁（今港铁）于茘景站和奥运站之间新建的车站南昌站，成为东涌线与九广西铁的转车站，是全港第一个地铁与九铁共同兴建及使用的车站。2005年6月1日，地铁于青衣站和东涌站之间新建的车站欣澳站亦已启用，此车站为连接迪士尼线前往香港迪士尼乐园度假区和取代在东涌站乘坐巴士直达愉景湾。