42年4月1日，三航战解散，全部舰艇编入第一舰队。1942年4月18日杜立德空袭后曾在1942年4月18日下午3时出航试图追击撤退的美军航母，但这项作战在4月20日19时30时许被中止，4月22日凤翔号返回本土待命。1942年5月29日，日军发动中途岛海战，当时凤翔号仍作为反潜掩护用的航舰跟随于战舰舰队，当时凤翔号编制机型有9架九六舰战（2架备用）、6架九六舰攻（2架备用）。为战舰舰队提供聊胜于无的空中掩护，在会战中受创的日军航空母舰空拍图均为凤翔号上的舰载机拍摄。在一航战遭击沉后，九六舰攻利用其良好的