由不同地区的不同的祖先进化而来。如今两者有多大的区别尚在争议中，早期的一些学者提出新大陆秃鹫更接近于鹳形目。近年来学者将其与旧大陆秃鹫一起列在隼形目，或者单独列为美洲鹫目（"Cathartiformes"）。美国鸟类学家协会已经把新大陆秃鹫从鹳形目移到地位未定，并注明可能移到隼形目或美洲鹫目。
演化史.加州兀鹫属（"Gymnogyps"）是残存分布的一个最好的例子。在更新世时代，这个属广泛分布在美洲。根据化石，更新世初期佛罗里达州的 "Gymnogyps kofordi" 和更新世