逮捕，但在被押往哈尔滨的途中成功逃脱。日俄战争后，吴佩孚因屡次立功，获赠“单光旭日勋章”一枚。1906年，吴佩孚加入袁世凯建立的新军，任北洋第三镇步队十一标第一营任督队官，当年被保荐至北洋陆军讲武堂进行短期教育，毕业后回到第三镇，升任步队十一标第一营管带（等同营长）。1907年，曹锟升任第三镇统制。在曹锟上任后，由于第三镇驻扎长春，因此需要东北的相关地理知识。但第三镇的军官中仅有吴佩孚曾在日俄战争期间绘制过相关地图，曹锟因此注意到吴佩孚，同一年吴佩孚也成功的完成数次对地方土匪的清剿任务，曹锟因此开始重用