交接典礼时，建国广场开宣传车到现场向邱义仁与主张大胆西进的前主席许信良表示抗议，抗议布条上写着「贺邱义仁去中国没死」九字。1999年1月3日，民间全民电视公司举办「跨世纪国家走向系列辩论会」，沈富雄与郭正亮说修正台独党纲是民进党诚实面对自己的作法，林浊水与邱义仁反对修改台独党纲。2000年总统大选中，邱义仁成功使陈水扁当选总统，民进党首度执政。2004年总统大选中，再度规划选战，使陈水扁顺利连任。在陈水扁政府期间，曾出任行政院秘书长、国家安全会议秘书长等职务。2007年2月6日被任命为总统府秘书长，