交部指出，慰安妇案是过去日本发动侵略战争所遗留尚未处理的问题，日本政府基于人道及人权立场，自应负起责任认真处理此一问题。2007年7月12日，总统陈水扁接受日本共同社专访，称2008年北京奥运圣火的传递路线应比照1964年东京奥运圣火传递的路线，从马尼拉到当时的英属香港，到台北，然后再到日本那霸。最终中华民国政府拒绝从越南到台湾，接下来进到香港、澳门的圣火路线计划。
马英九时期（2008年5月20日－2016年5月20日）.2009年5月，对于台湾获邀成为第62届世界卫生大会（