侄子查士丁尼。一些历史学家诸如普罗科匹厄认为查士丁尼对查士丁一世执政策略产生了重大影响，是皇权背后真正的操控者。 查士丁一世即位后，首先处决了阿曼提乌斯和泰奥克里图斯。紧接着查士丁一世开始着手宗教问题。自迦克墩大公会议界定了“基督的神人二性”，将基督一性论定为异端后，过去的皇帝们往往支持一性论立场，与教宗对立导致了教会第一次分裂（阿迦修分裂）。查士丁一世则是一位虔诚的正教会信徒，他通过普世牧首约翰二世修复与罗马公教会的关系， 最终于519年3月底结束教会分裂状态，此后查士丁统治时期教会基本保持着相对和平