宝祐四年（1256年），寺院毁于火，后重建，元至正十九年（1359年），方国珍捐资重建宝阁。明洪武十五年（1382年），明太祖朱元璋敕赐寺额“天童禅寺”，同时御封为天下禅宗五山之第二山。永乐十三年（1415年），佛陇、盘山、二灵、珠山等寺并入天童寺。嘉靖至万历年间，寺院由十方住持制改为分房制，寺院逐渐衰败，寺产四散。万历十五年（1587年），寺院毁于山洪，建筑材料几乎无存。崇祯四年（1631年）起，由密云禅师主持寺院重建，至崇祯十三年（1640年）基本建成，形成当下的格局，此时的天童寺规模达到最盛。清顺