物入侵的可能性也相对较低，离岛地区更形成了独自的生态系统，特别是小笠原群岛及琉球群岛自古就形成了比日本本土更加孤立的生态系统，小笠原群岛更有「东洋的加拉帕戈斯」之称。伴随明治时代以后外来物种的进入，生态系统发生变化，日本的生物多样性也受到影响，本地物种如朱鹮及日本狼都在20世纪灭绝，但日本各地仍保留着大量珍贵的生态系统，如知床、白神山地、小笠原群岛和屋久岛都是联合国教科文组织认定的世界遗产。在环境保护方面，日本是世界上最早面临大规模公害的国家，并在1960年代后期开始积极立法减排，至21世纪全国主要大气污染