焚毁岛上所有房舍田园。至康熙后期开始，长乐、连江等县沿海贫民又陆续大举迁居岛上。1935年马祖列岛始设保甲，设竿西联保办公处于塘岐盐仓（今塘岐国小），后以辖地过广，再划分成竿塘、西洋两保，在当时北竿是马祖地区的政经中心，此一地位，一直到1949年中华民国国军进驻，先是成立马祖守备区指挥部于南竿，接着实施战地政务，连江县政府设于南竿，马祖的政经中心逐渐转移至南竿。马祖地区于1992年解除战地政务，次年开放观光，但同时国军也开始逐年自马祖撤军，至今北竿驻军人数仅约千人，与昔日的「北高师」一万余名驻军，不可同