自体免疫病的人体内，外週血的1型NKT细胞数目下降。不过，目前尚不清楚这是病因还是症状。实验鼠早期发育过程中缺乏微生物的接触可导致1型NKT细胞数目的上升以及免疫疾病的发生。
功能.活化后，NKT细胞可以产生大量的干扰素-γ、IL-4（白细胞介素4），以及粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子（granulocyte-macrophage colony-stimulating factor）。此外，NKT细胞还能产生一些细胞因子和趋化因子（如IL-2、IL-13、IL-17、IL-21、肿瘤