第40军副军长。1939年（民国28年）11月，他转任第106师师长。1942年（民国31年）5月，他升任第40军军长。1943年（民国32年）6月，他代理河北省政府主席，12月任冀察战区副总司令兼河北省保安司令。1945年（民国34年）5月，他当选中国国民党第6届中央监察委员，6月任第十一战区副司令长官兼第40军军长。抗日战争结束后的1945年11月1日，马法五率部参加邯郸战役，同八路军交战遭到惨败，自己被俘虏。1946年（民国35年）1月，政治协商会议（旧政协）在重庆召开，中国国民党同中国共产党商妥