区即属于新化南里。而在同治年间的《台湾府与图纂要》，已经有卓猴庄、石仔崎、头重溪、菜寮庄、拔马庄、木冈街等聚落，现今左镇各聚落已具雏形。而在汉人逐渐迁入左镇的同时，原住民则因为「乏银费用」等因素，而被迫典卖、放弃祖先土地。而在光绪年间，新化南里又分成内新化南里与外新化南里，左镇地区属于外新化南里（隶属台南府安平县）。1895年台湾被割让给日本后，左镇地区被规划隶属于台南县凤山支厅管辖，但仅止于规划，实际属于台湾民主国的势力范围，后来改隶属台南民政支部安平出张所。明治廿九年（1896年）恢复县制后隶属台南