任总统的选举产生开始，总统和副总统改由全国直接选举，只能连选连任一次，每任五年；之前印尼总统由印尼人民协商会议选举产生。根据2008年通过的总统选举法案，提名总统候选人的政党或者政党联盟至少需占有五分之一国会议席或者获得四分之一选票。总统就任后可任命内阁，但需征得国会同意和表决，若总统所属的政党在国会并未取得多数，需要与其他政党结盟。印度尼西亚总统受人民协商会议监督。如总统违反宪法，人民协商会议可以弹劾总统。人民代表会议不能罢免总统，总统也无权解散人民代表会议。