南岸为熔岩地台；火山岩在两岸均有分布。海峡南北较浅，中部最深，南北横切面大致呈“V”字形构造。琼州海峡海流汹涌，强烈侵蚀着海地地貌，形成海底冲槽和沙垅。
海上交通.琼州海峡是中国大陆连接海南岛的陆海交通咽喉。公路交通由内地的沈海高速公路和兰海高速公路（两高速公路在湛江-徐闻段并行）通过海安汽车轮渡至海口连接海南公路网；铁路则通过海安的粤海铁路专用码头将火车轮渡到海口与海南铁路接驳。琼州海崃东部海况险恶，被视为远洋航行畏途。
交通瓶颈与跨海大桥计划.广东省徐闻