者申根国国内时，部分航空公司会要求乘客在换取登机牌或者是登机时出示身份证明（例如身份证或护照等），这种身份检查并非官方的边境管制，而是用于建立乘客档案。还有一些往返于申根国之间的航班被认作是非申根航班。例如搭乘智利国家航空往返于马德里－巴拉哈斯机场和法兰克福机场航班的乘客会被要求在离开马德里时进行申根区的离境检查，并在抵达法兰克福后进行入境检查，这是由于该线路是从智利圣地亚哥启程，因此德国政府无法区分抵达乘客究竟是来自智利还是来自马德里。《申根既有规范》还规定，所有的酒店和其它商业化住宿服务都需要对包括