2014年10月28日，教宗方济各在宗座科学院发表演说，认为演化论及大爆炸理论是真实的，天主不是魔法师。但他也强调这不违背天主创造万物的理论，因为天主会在背后介入。
同性恋.2010年，时为布宜诺斯艾利斯总主教的伯格里奥，代表天主教会的一贯保守立场，在阿根廷同性婚姻合法化后，他谴责阿根廷政府是把「真正可怕的人类学倒退」，并违反了天主定下来的自然定律，也表示反对以防止爱滋病为「借口」使用安全套。他指同性婚姻是「破坏天主意旨的借口」。2013年7月，教宗方济各访问巴西，被问到同性恋