中华民国甲种特勤队分别下辖于中华民国国防部（4支，军事化特种部队，採取「三加一」的模式，分别负责北台湾、中台湾、南台湾三区及机动支援。）、内政部警政署（2支准军事化特种警察部队）及海洋委员会海巡署（1支准军事化特种警察部队）负责国内反劫机、反劫持及反武装攻击等重大治安任务，并且维护重要人士、设施及处所的安全。各特勤部队採分批训练或是联合训练，以因应各种不同形式的恐怖袭击。
变革.时任中华民国国防部部长严德发于2018年7月起，推动中华民国国军「战力提升计画」，国军各部队勤务、任务也