，驻藏大臣仅统辖驻藏官兵，督导郡王颇罗鼐办理政务。颇罗鼐死后，珠尔默特那木扎勒与达赖喇嘛不合，又勾结准噶尔部，阴谋叛乱，于干隆十五年（1750年）被驻藏办事大臣傅清、帮办大臣拉布敦诱杀。随后，傅清与拉布敦又为珠尔默特那木扎勒党羽所害。叛乱平定后，四川总督策楞上奏《西藏善后章程》十三条，于当年颁行。《西藏善后章程》规定西藏之重要事务，如地方官员任免陞迁、调遣兵马、防御卡隘等，由噶伦请示驻藏大臣、达赖喇嘛酌定办理。驻当雄的达木八旗蒙古军队亦归驻藏大臣统辖。干隆五十八年（1793年）两广总督福康安领兵平定廓尔