纪末左右，行尊进行三十三所巡礼时，当时三室户寺是第三十三个，也就是最后的巡礼地。寺院在康和年间(1099-1103年)，由三井寺的僧侣隆明复兴。之后在宽正年间（1460-1466年）的火灾烧失伽蓝，虽然重建了，但在天正元年（1573年）因织田信长与足利义昭间的相争而烧毁。现存的本堂是在江户时代 末期的文化11年（1814年）重建。
本尊.本尊是千手观音，是严格的秘佛、从未公布相片。本尊佛龛前面站立的「前立佛」（お前立ち）佛像是飞鸟样式的两臂观音，虽然只有两臂仍被称为千手观音