，同时还主持大同大学的校务。1927年，他任北洋大学理学院院长。不久辞职回到上海，继任大同大学校长。1930年至1935年，他兼任交通大学科学学院数学系主任。到1930年，大同大学的校园面积扩大到了100多亩，建筑不断增加。八一三事变后，该大学又在上海新闸路置地建新校舍，并增设了附属中学一院和二院（即初中部和高中部）。1935年7月，中国数学会在上海成立，他出任第一届董事会董事长，任至1948年。1937年，日军轰炸南市，大同大学的校舍被炸毁，学校迁入租界。后来日军占领租界，胡敦复继续坚持办学。