有过廊接到「甘辉将军祠」，祠前有一门通往北边的庭园，而自祠前往西则为东庑，供有明郑殉难文武诸臣牌位，此外祭器所亦设于此。而山门之右为「张万礼将军祠」，同样在祠前有一门通往南边的庭园，且从祠前往西为西庑，除供有诸臣牌位外，仪仗所也设于此处。正殿是供奉郑成功之处，最外围有回廊，里头正中央为洗石子神龛，上有雕塑家杨英风所做之郑成功塑像，但近年整修后有不少反弹声浪。此外在塑像之前为昔日庙里的神像金身，该神像一度在民间轮祀，直至近年才迎回安座。后殿中央则为依祀典庙宇的惯例所设的太妃祠，供奉郑成功之母翁太妃田川