山东、河南的官员百姓数千人均上疏请求留用，而身在两省的明朝宗室周王朱有爝、晋王朱钟铉也附同此议，英宗于是又命于谦再任巡抚。当时，山东、陕西因受灾，流亡至河南的饥民就有二十多万，于谦请求调发河南府、怀庆府所积蓄的粟米赈灾，并上奏请求命时任布政使的年富採取安民之策，给予土地供给耕牛、谷种，并派里长监督检查。于谦在地方任职前后十九年，每逢父母丧事，都在回家治丧后随即被起用再任。
临危受命.正统十三年（1448年），明朝边防吃紧，于谦被召入京师，担任兵部左侍