荐福寺与大慈恩寺一起在皇家的庇护下走向兴盛。唐武宗会昌毁佛时，荐福寺为少数被敕令保留的佛寺之一，由盛至衰。唐末的的兵火战乱中，荐福寺屡遭破坏，寺院毁废，只有小雁塔得以保存。从北宋哲宗元祐年间的文字记录来看，这时荐福寺已迁入塔院内，与小雁塔成为整体。明代开始了荐福寺的中兴，曾有五次大规模的整修，基本上维先进保留的格局。明宣德元年（1426年）陕西西宁卫弘觉寺番僧勺思吉蒙钦锡度牒，到荐福寺住坐，见这里殿堂荒废，虽发愿重修。正统十四年（1449年）大修竣工，勺思吉向朝廷乞赐寺名。如今的“敕赐荐福寺”就是当年