35分开始，一直持续至2点45分左右，爆炸起始点位于舰艉的第5号口径火砲的弹药舱，舰体及周围区域皆被炸毁，周围三间工厂的屋顶也被掀开，而到后主砲塔的舰体区域都几乎完全毁坏。由于耶拿号在爆炸时正在旱坞内，无法于第一时间将海水灌入弹药舱。停靠于隔壁旱坞的祖国号战舰在发生事故后，该舰的舰长试图利用副砲破坏坞门，让海水能灌进船坞来灭火，但砲弹没有击穿坞门而是被反弹回来。最后坞门是由海军上尉维克托·让·安东尼·鲁林（Victor Jean Antoine Roux）冒死打开，海水才得以灌进船坞内，但他本人最后被飞溅的