居民再度发起募款，迁移庙体至清水溪北岸重建，于此年完工。1856年（同治六年） 因为信众进香时必须穿越溪水，造成不便，于是，在这年洪水氾滥后，由信徒再度发起募款，将庙体重建回到最早的位置，也就是今天所见之位置。1892年（光绪十八年）夏季，庙体因台风来袭而墙壁倒塌，由于当时樟脑产业发展兴盛，因此由各脑馆，例如沈鸿杰、林天龙、林荫动、高拱辰等人募款重新整修。1894年（光绪二十年）整修完成，庙中有一面于光绪廿十年重修时所立的「荷德如山」匾额，即是记载此事。1895年 6月时，庙体被日本宪兵征收