中首次提及，为加强与东南亚各国的关系，准备在当时的马来亚联合邦建立菲律宾外交机构，菲律宾外交部之后在吉隆坡建立了公使馆。3年后的1961年，菲律宾公使馆升格为大使馆，由尤苏普·阿布巴卡（Yusup Abubakar）担任第一任特派团团长，菲律宾总统卡洛斯·加西亚也在同年对马来西亚进行国事访问，讨论东南亚国家联盟（东盟）的成立。由于北婆罗洲的领土纠纷，菲律宾大使馆在1960年代两次被勒令关闭。1963年9月16日，马来亚成立了马来西亚联邦，北婆罗洲是其中的一个会员国。菲律宾政府因无法就对北婆罗洲的要求达成