经离去。嘉靖十一年（1532年）秋，王琼卒于任内。赠太师，谥恭襄。同年，彭泽也先去世。正德、嘉靖年间，彭泽、王琼均是有才略的人，相互攻击中伤不止，亦相互晋升罢免。但王琼为人险忮，公论均对其有差别。但是其在兵部多有战功，而其在三边的功劳，人们都将其与杨一清相比较。
着作.王琼曾主编《漕河图志》8卷，是现存最早的有关京杭大运河书志。另有《双溪杂记》、《晋溪奏议》、《北边事蹟》等。
《王琼事迹图册》.中国国家博物馆藏有《王琼事迹图册》，纸本、设色，宽45.9