计委批准学校成为在“九五”期间启动“211工程”建设的全国61所高校之一。2000年，原北京电力高等专科学校并入，学校从铁道部划归教育部直属管理。2003年，教育部批准学校恢复1923年至1928年使用过的“北京交通大学”校名。2008年，学校成为“985工程”“优势学科创新平台”项目重点建设高校。2015年9月，位于山东威海市南海新区的北京交通大学威海校区揭牌成立，同年招收120名2015级新生。2019年9月12日，北京交通大学唐山研究院在原华北理工大学新华道校区揭牌成立。2020年12月1