有团结权，职员可依国公法规定自由成立或加入劳动组合「」（国公法第108条之2第3项）。2018年3月31日，人事院登录的职员团体有21组联合体、17组单一体、715个支部。人数达3万1,495人、组织率53.6%。其职员团体的登录数、组织人数都是日本行政机关（13府省厅2院）中最多。组织率也高于13府省2院平均的44.3%。现在的主要职员团体有财务省本省的财务省职员组合（财务职组），财务局的全财务劳动组合（全财务）、税关的日本税关劳动组合（税关劳组）与全国税关劳动组合（全税关）、国税厅的（国税劳组）