帝登基，台湾总兵哈当阿遂取「圣天子绥靖海疆至意」将寺名改为「海靖寺」，并予以重修、题献三匾。到了1869年（咸丰九年）时，寺名确定为「开元寺」，1870年之后，约每隔20到30年小修一次，再隔60年大修一次。
日治时期至今.在台湾日治时期，该寺一度差点被寺中僧人宝山卖给日本人，但该僧在寺产卖出前猝死，该寺遂保存下来。此外该寺由于第六任住持玄精上人的发愿重修，寺庙渐恢复旧观，宗教风气亦盛。二次大战结束、进入民国时期后，开元寺至台南市区的「三分子道路」被命名为「开元路」。而随着市区的