1943年9月，林森逝世，修改了《国民政府组织法》，国民政府主席由虚位职务改为负政治责任，蒋介石正式继任国民政府主席。
裁撤（1945年－1946年）.1945年8月，中日战争结束，中华民国获得最后胜利。1945年8月31日，国民政府颁行《收复东北各省办理办法纲要》，决定在长春设立“东北行营”，综理一切事务。从同年9月25日开始，军委会逐渐缩编。除了陆续关闭位于天水、桂林、汉中、昆明等地的委员长行营，也将防备共产党军队功能的太原、广西、滇黔、川陕鄂、晋陕绥等绥靖公署移交国民政府军政