入不敷出，必须依赖巴达维亚的津贴；荷兰东印度公司也不会为无法获利的地方消耗大量金钱，港口面对泥沙淤积，也没有进行疏浚，导致大船无法驶入，沦为只能停泊小船的小码头。由于马六甲港口地位没落，直接影响到马六甲海峡的重要性，而荷兰人东来的航线是自好望角横渡印度洋到万丹港口，这比经马六甲海峡需时更短，因此，巽他海峡也慢慢取代马六甲海峡，成为欧亚交通的要道。
文化政策.荷兰统治马六甲的时间比葡萄牙久，但荷兰人没有在当地积极发展商业和传教等事务，也不鼓励官员士兵与当地民族通婚，因此荷兰对马来