帝继位，汉王杨谅举兵反，左仆射杨素为行军元帅，元寿为长史。身先士卒，平定后以功劳授大将军，迁太府卿。608年，拜内史令，从隋炀帝西讨吐谷浑。元寿率军屯驻金山，东西连营三百余里，围困吐谷浑可汗伏允。还军，拜元寿右光禄大夫。611年，兼左翊卫将军，从征辽东高句丽，612年正月甲辰，元寿行至涿郡，得病去世，时年六十三。隋炀帝哀悼惋惜。赠尚书右仆射、光禄大夫，谥号景。其子元敏为守内史舍人，宇文化及之反，元敏参与谋划，授内史侍郎，为沈光所杀。