罗尼都去天山南路招抚旧部。不久阿睦尔撒纳在原准噶尔地区发动叛乱，霍集占乘机从伊犁来到叶尔羌，劝说波罗尼都举兵自立。波罗尼都起初不愿随霍集占背叛清廷，说“（朝廷）恩不可负，即兵力亦断不能抗”。霍集占不听，遂自称“巴图尔汗”，并派人杀死副都统阿敏道，史称大小和卓之乱。1758年秋天，定边将军兆惠统兵3000进攻叶尔羌，久攻不下，屯兵黑水河边，称为黑水营。1759年1月，清朝援军到达，大破大小和卓军。大小和卓分别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡