2011年10月，成为国立东华大学第6任校长当选人。11月17日获颁中华民国总统科学奖，为台湾学术界最高荣誉。2014年2月18日，吴茂昆率领研究团队新发现超导材料「铁硒化合物」的超导机制。2018年4月16日，行政院记者会宣布由吴茂昆出任教育部长。4月19日交接上任，在宣佈上任开始，由于被怀疑是因为「卡管」的政治任务而上任，所以蓝营立委就一直针对他的争议连番攻击，包括在东华大学校长任内在海外成立公司的争议等。5月24日，国民党立委柯志恩在委员会质询，揭发吴茂昆在2005年，担任行政院国家科