虏将军、会稽内史重返会稽，下令重修学校，并督促教学。义熙十年（414年），孔靖再获召为尚书右仆射，加散骑常侍，但他再次不接受，不久就改授领军将军，加散骑常侍，本州大中正。义熙十二年（416年），孔靖退休，拜金紫光禄大夫，加散骑常侍。不过那一年刘裕率兵北伐后秦，孔靖自求随军，于是又任太尉军谘祭酒、后将军。灭后秦后，刘裕进相国，孔靖亦随而转为相国军谘祭酒。刘裕班师后以十郡建宋国，建宋台，本以孔靖为宋国尚书令，加散骑常侍，但孔靖不受，于是改任侍中、特进、左光禄大夫。孔靖及后因事东归，刘裕在戏马台为他饯行，刘裕