六合华大基因科技，因被指控“涉嫌强制採集维族人与其他穆斯林少数民族基因作研究，以打压维族人”，被美国商务部列入实体清单。对于公司旗下两家公司被列入实体清单，华大集团表示不解和遗憾。
与Illumina的诉讼争议.华大基因与Illumina最初为供应关系（Illumina为华大基因供应商）。2005年随着第二代测序技术出现，Illumina开始进行自行研发，并通过在2006年以6亿美元天价收购Solexa进入测序仪行业。而与此同时另一个竞争对手454公司由于2007年被罗氏收购（后2