归正会、伦敦会和英国长老会进入厦门，而美国公理会差会、美以美会差会和英国圣公会先后传入福州，并分别从厦门传入福建南部，并从福州传入福建其他大部分地区，成为福建省的几大主流教派。20世纪初闽南的三大教派以及闽北的公理会均加入中华基督教会。传教最为成功者为美以美会（1939年更名卫理公会），总部设于福州仓山天安堂。1949年福建省基督新教信徒超过10万。目前福建省基督新教信徒人数为68万，其中福州市超过20万人，而其中福清市约有10万人。有不少着名的中国教会领袖来自于福建省，例如宋尚节、倪柝声和王载。