霍梅尼监督的伊斯兰宪法规定，伊朗伊斯兰会议的270席里，当中4席预留给三个非穆斯林少数宗教。霍梅尼又唿吁什叶派和逊尼派穆斯林要团结一致（逊尼派穆斯林是伊朗最大的少数教派）。霍梅尼在革命前的发言对犹太人怀有敌意，但他在1979年回国后便颁佈法令要善待犹太人及其他少数宗教（除了巴哈伊信仰）。霍梅尼认为那些採用犹太标记和思想的钖安主义只是非宗教政党，犹太教才是摩西的宗教。与伊朗其他少数宗教不同，300,000名巴哈伊信仰者不断受到攻击，「约200人遭到处决，其余的巴哈伊信仰者被迫改变信仰或成为了伤残人士」