海东书院具准儒学之地位，初任主讲是薛士中。杨二酉为此撰有〈海东书院记〉，称其可与福州鳌峰书院并峙，他并为书院题有「海天云汉」匾。而刘良璧则为书院制定「明大义、端学则、务实学、崇经史、正文体、慎交游」的学规六则。干隆十五年（1750年）台湾县署迁到今赤崁楼旁，海东书院则被知府方邦基与知县鲁鼎梅乃改至东安坊旧县署，旧址改设崇文书院。干隆十七年（1752年）岁科校士改至道署举行，校士院因而闲置，后来干隆二十七年（1762年）时巡道觉罗四明整修校士院，将海东书院再迁到此地，并从中国大陆聘请师资，制定「端士习、重