台大医院不治，逝世于台北，稍后归葬台南将军。吴新荣逝世后，张良泽将其作品编为《吴新荣全集》(远景出版社出版)，1997年又有吕兴昌编订《吴新荣选集》(台南县立文化中心)三册。21世纪后，台南县政府展开《吴新荣日记》的校正、翻译，于2007年起由国立台湾文学馆出版。成为了解南台湾的重要史料。
纪念与追思.吴新荣先生(一九○七—一九六七)，台南县将军乡人，聪颖好学，早年负笈东瀛学医，返台后定居佳里镇，悬壶济世，热爱文学，于一九三三年先后二年间，与北门地区文艺青年成立「佳里青风会」