008年4月30日，王丹向中国驻纽约总领事馆要求发还护照，以争取回国的权利。王丹曾声称如果得不到官方的理会，计划于五月中旬展开绝食抗议活动。后因四川突发地震，取消活动。6月5日取得哈佛大学历史暨东亚语言学博士学位。2009年8月于台湾的国立政治大学台湾史研究所讲授「1950年代两岸国家暴力比较研究」相关课程。2009年9月-2010年2月担任国立政治大学台史所客座助理教授。2010年9月-2011年2月担任国立清华大学人文社会学院客座助理教授，并受美国在台协会高雄美国资料中心（American Co