，而樊崇因为不识字，任御史大夫。更始军内部也产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，初设刘玄为长沙王，后因猜忌被赤眉所杀。赤眉军入长安时，经大肆抢掠，致当地残破不堪，只能抛弃长安，走前泄愤，焚烧长安。后继续向西流浪，四处找寻粮食，至陇西时遭隗嚣大军，大败而逃，逃亡时忽遇大雪士卒损失过半，随后被绿林军刘秀将领邓禹击败，赤眉军遂决定离开关中。公元27年，在崤（今河南洛宁）和宜阳再次被刘秀军冯异打败，樊崇投降，初被赦免，后欲逃出洛阳召集旧部，事泄被杀。