此外她还发现了中国蝙蝠感染尼帕病毒、埃博拉病毒相关病毒的血清学证据，在蝙蝠中发现并鉴定了腺病毒、等新病毒，进一步证实蝙蝠是多种病毒的自然宿主。2015年，石正丽曾参与可感染人的冠状病毒研究。2015年11月，北卡罗莱纳大学教堂山分校的研究人员在《自然-医学》上发表关于合成类似SARS冠状病毒的论文，石正丽也是作者之一。2017年8月，石正丽发表论文，认为SARS病毒源头来自云南蝙蝠洞里的中华菊头蝠。2018年4月，石正丽团队在国际权威学术期刊《自然》上发表论文，称发现了引发广东大范围猪急性腹泻死