永康三年（398年），由于慕容垂的儿子惠愍帝慕容宝无能，后燕的大部分疆土陷于北魏之手，慕容德在山东称燕王，建立南燕政权。建平元年（400年）慕容德正式称帝，立段季妃为皇后。建平六年（405年）十月初十，慕容德去世后，侄子慕容超即位，尊段皇后为皇太后。太上二年（406年）九月，段太后卷入了北地王慕容钟、将军慕容法、段宏推翻慕容超的阴谋。同谋封嵩被捕，段太后由于害怕，向慕容超泄露了整个阴谋，慕容超很快平定了这场未遂政变。这是史书最后一次正式提及段季妃。太上四年（408年）正月，慕容超赎回在后秦的母亲段氏