升爲都督佥事，充右参将，协守云南。正统十三年，再次跟从王骥征麓川，攻破鬼山大寨后，留镇云南。景泰元年，召还晋升爲都督同知，恰逢贵州苗族叛变，王骥请求方瑛出兵征讨，次年拜右副总兵，与保定伯梁缶、侍郎侯琎阶替进攻击破，晋升为右都督，攻入龙场。景泰三年，都御史王来弹劾方瑛违法事，明景帝置不问。同年冬，攻破白石崖，斩俘二千五百人，招抚四百六十寨，晋升爲左都督。景泰五年，四川草塘民变，方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿获胜，攻佔潮山及三百滩、乖西、谷种、乖立等地，斩首七千余人。诏封南和伯。次年，镇守贵州，后乞归还，没有批