紫金山全山面积45872亩，其中约30000亩可用于造林。历史上的紫金山树木葱茏，但民国初年时已经成为荒山秃岭。陵园自1927年秋到1936年春，共植树成活642万余株，加上原有树木，紫金山在抗日战争前共有树木约1050万株，初步完成全山的绿化造林。南京保卫战期间，陵园成为战场，南京被日军占领后，紫金山一带又成为日军的演习场，大量植被被毁，陵园林木遭到大规模掠夺和盗采，后山林木几乎全部损失，全山林木仅剩战前的五分之一。抗日战争结束后，陵园由于经费拮据，只能少量补种，无力恢复陵园植被。中华人民共和国成立后