被英国军队入侵并佔领，使问题进一步复杂化。马达加斯加计划被取消，而犹太人口则必须通过工业化的种族灭绝来消除。
战争后期.在战争的剩余时间里，马达加斯加坚定地留在盟军的手中，成为盟军航运线路的重要一环，作为西欧，东印度群岛，非洲和中东之间的枢纽，马达加斯加的迪亚哥-苏亚雷斯港仍然受到严密防御，并建立了盟军舰艇可以对抗日本潜艇的基地。1943年，英国军队离开马达加斯加，完全交由自由法国控制。但纳粹德国海军的U艇继续在马达加斯加周围的海域运行至少到1944年底。1944年8月，三艘U型艇