指定陈等九人组织调查委员会澈查。1958年7月15日，俞因受到监察院弹劾请辞，又由陈继任行政院长。1957年10月，经中国国民党第八次全国代表大会由蒋建议恢复副总裁职位，并由陈担任，直至逝世。
晚年经历.1959年5月20日，蒋经国函电宋美龄：1960年3月，陈连任副总统。陈任副总统直至1965年3月逝世为止，做行政院长直至1963年为止。1961年7月至8月访问美国，与甘迺迪总统及詹森副总统会晤。大约1962年至1963年间，陈与蒋经国有误会。蒋经国常常独坐深思，有时蒋找不着他