天平12年（740年）先后叙正六位上、从五位下；天平18年（746年）升从四位下。天平胜宝元年（749年），孝谦天皇即位，藤原清河担任参议一职，与兄藤原永手同列公卿之列。天平胜宝2年（750年）9月，藤原清河担任遣唐大使之职，副使则是大伴古麻吕和吉备真备。一行人于天平胜宝4年闰三月出发，藤原清河拜领节刀，叙正四位下。遣唐使一行入长安，拜谒唐玄宗，清河被玄宗称赞为君子之人。天平胜宝5年（753年）1月，藤原清河出席了唐朝的诸藩使节朝贺，同年12月，携在唐朝当官的阿倍仲麻吕一同踏上归国之途。僧人鉴真希