个辨务署整併为阿猴（含高雄美浓）、潮州、东港、恆春四个办务署，并归台南县管辖。明治三十三年（1900年），今高雄美浓自阿猴辨务署改划给蕃薯寮辨务署，潮州辨务署废除，辖区分隶阿猴、东港辨务署。明治三十四年（1901年）五月，恆春辨务署自台南县划出，升格为恆春厅，下辖恆春、枋山、蚊蟀三个出张所。同年11月，阿猴、东港二辨务署合併为阿猴厅，下设阿里港、内埔、万丹、东港、潮州庄、枋藔等六支厅，后废止内埔、万丹支厅；同时恆春厅下三出张所改制为支厅（恆春出张所辖区改为厅直辖，不设支厅）。明治三十六年（1903年）阿猴厅