他都是由玄武岩组成。群岛的熔岩是于约 1740 万年前至 800 万年前，由许多小的裂隙孔洞喷出。各岛屿的地貌和夹层沉积岩皆十分平缓。所以澎湖的平坦面是真正的熔岩流台地面，而不是差异侵蚀造成的侵蚀面。面向太平洋的亚洲大陆边缘地带在大地构造上是一连串的断层盆地，断层盆地是因为地壳受到张力拉开造成的，会形成一系列的地堑和地垒，而澎湖正好位于南海盆地的北端，因此也有类似的地形构造。群岛地表平坦，缺少地形的高低变化。
植物与气候.植物只有矮草和灌木，跟台湾本岛的树木苍郁有很大的差别