，清政府组建海军衙门，李鸿章电请琅威理回华复职。1886年1月，琅威理重返中国，此时他的月薪已经涨到700两白银。5月，醇亲王奕譞巡查北洋海军时对琅威理的训练实效颇为满意，特授予二等第三宝星勋章并赏给提督衔。7月，琅威理随北洋水师出国访问，8月停靠日本长崎市，由于一些水兵和日本平民和警察发生冲突，长崎事件爆发，北洋水兵5人死亡、44人受伤、5人失踪。琅威理认为此时北洋海军实力远胜对手，力请对日本开战，但李鸿章拒绝了他的要求，以外交模式解决。1887年3月，琅威理接受李鸿章的派遣，到英国和德国接收“致远”