台换乘，红岭北站的十字换乘，赤湾站的站厅短通道换乘以及后海站的站厅长通道换乘等。2016年，深圳地铁首次在车公庙站引入换乘层，位于7号线、9号线月台和站厅之间的楼层，让两线不同方向换乘的乘客只需在换乘层转车，不需要上两层到站厅再下两层换乘，节省时间。而上梅林站其中一条换乘长通道则连接4号线的岛式站台与9号线站厅，在深圳地铁中尚属首次。此外，深圳地铁与香港的港铁东铁线均连接到深圳市与香港边界的两个铁路口岸——罗湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地铁抵达这两个口岸并完成通关手续后，可转乘落马洲站及罗湖站（港铁）