研究所担任研究实习员兼真菌研究室业务秘书一职。1958年12月，中国科学院应用真菌学研究所与北京微生物研究室合并成立中国科学院微生物研究所，郑儒永进入中国科学院微生物研究所，担任助理研究员。1959年，与黄河结婚。1965年至1969年期间，分别因四清运动和文化大革命停止工作一年和三年。1969年全年，被下放至乡村支农一年。1977年，郑儒永因在白粉菌属领域中的研究中取得重要结论，于次年以中阿文化交流协定项目组长的名义前往阿尔及利亚进行授课。1983年获得硕士生导师资格，同年成为国际真菌协会亚洲国家发展