这时的增上寺，在宗派上的地位已跟位于京都的知恩院相等，寺庙的领地高达一万余石，寺领之内有48院，学寮有一百多间，在当时称为「寺格百万石」。延宝8年（1680年）6月24日，当时由于江户幕府第四代将军德川家纲因病去世，在增上寺举行葬仪时，执行警备职务的奉行内藤忠胜，因为不满另一名奉行永井尚长而拿刀将其刺死，史称「芝增上寺的刃伤事件」（）。1867年，江户幕府末代将军德川庆喜将政权归还给明治天皇，日本正式进入明治时代，同时也开始了明治维新。为了强调天照大神后代的天皇才是日本最高的统治者，强力鼓吹神道，并