入会削弱加拿大较为独立性的外交政策，加拿大直至1990年冷战结束才加入。2004年10月8日，哥斯大黎加总统米格尔·安赫尔·罗德里格斯由于面临国内的一系列腐败指控，递交了一封信件，表示将从15日起辞去秘书长职务。其后职位一直空缺。2005年4月29日智利内政部长何塞·米格尔·因苏尔萨成为该地区组织新秘书长唯一候选人。5月因苏尔萨被正式选为该组织新任秘书长。2009年7月4日，美洲国家组织宣布中止洪都拉斯的会籍，以抗议该国反对派透过军事政变推翻宏都拉斯总统曼努埃尔·塞拉亚。2011年6月，因洪都拉斯民