十九年（1359年）七月，常遇春率部进攻衢州，首先派奇兵突入围绕南门外的小城，毁掉敌军武器，然后发动勐攻，将城攻破，俘获士兵一万人，晋升为佥枢密院事。不久，常遇春率军进攻杭州，战斗失利，应召返回应天。同年十一月，跟随徐达攻取赵普胜的水寨，随守池州，大破陈友谅近卫兵于九华山下，斩首万人，生擒三千人。常遇春说：“这是一支劲旅，不杀会成为后患。”徐达认为不可，于是上报朱元璋。而常遇春先前在夜晚已坑杀俘虏过半，朱元璋不高兴，于是将其余俘虏全部释放。至正二十年（1360年），陈友谅进逼龙湾，常遇春以五路军设下埋伏