拉塔庆苏木的一个贫苦牧民家庭。13岁时，恩克巴雅尔考取乌拉特西公旗衙门见习文书。1919年初，恩克巴雅尔随旗扎萨克赴北京蒙藏院任职。在蒙藏院任职期间，恩克巴雅尔受到俄国十月革命及中国早期马克思主义者影响。1920年秋、1924年冬，恩克巴雅尔先后两次赴外蒙古及苏联学习考察。1921年归国后，恩克巴雅尔在乌拉特草原创建“红党”，这是一个宣传革命思想的群众团体，恩克巴雅尔由此成为内蒙古西部首位宣传马列主义的先驱。1925年，内蒙古人民革命党成立后，恩克巴雅尔率“红党”加入内蒙古人民革命党，当选为内蒙古人民革命党