871年巴黎公社时期，车站局部被火焚毁，后来依照原样进行了修复。1900年为迎接巴黎世博会，巴黎里昂车站又进行了一次重建，工程由图卢兹工程师负责，新车站的轨道新增到13条，并且车站门面上建成了一个64米高的钟塔，同时车站也建成了地下通道通往新落成的巴黎地铁。此后，直到1970年代，巴黎里昂车站一直都没有什么大变化。1970年代中叶修建RER时，车站门面朝向贝西路（rue de Bercy）和贝西大厅被拆毁，并且深挖了两层地下月台，供RER A线和东南路网远郊车（后来整合入D线）使用。1981年，2号