又指责吕坤与郑承恩、张养蒙、魏允贞等支持郑贵妃夺储，此书被称为「妖书」，神宗怀疑此书是出自吏科给事中戴士衡、全椒知县樊玉衡之手，怒谪戴士衡、樊玉衡二人，后又怀疑阁臣张位是主谋．贬了张位，还有与张位亲近的官员们，如礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作、国子监祭酒刘应秋、礼部主事万建昆、给事中杨廷兰等，是为第一次妖书案。
第二次妖书案.万历卅一年（1603年）十一月，又出现《续忧危竑议》一书，署名吏科都给事中项应祥撰，四川御史乔应甲书。书中託名「郑福成」（寓意：郑贵妃之子福王立储成功），言神宗