生效期限存有异议，新方认为立即生效，马方则认为待马方确定搬迁车站时才生效。与此同时，新加坡基于边境及国家安全的考量，决定将铁路边境管制站搬迁至位于马新边境的兀兰，所以修建了兀兰火车关卡，并且要求马来西亚将马方边境管制站共同迁至兀兰或搬回马来西亚本土的新山，却遭到马方拒绝。1998年8月1日兀兰火车关卡启用后，马来西亚虽然在新山站对南下旅客进行出境检查，但北上入境管制站依然留在丹戎巴葛火车站，对北上列车而言形成了“先入境、后出境”不符合国际惯例的状况。作为折衷的办法，马方在丹戎巴葛站检查火车旅客的旅游证件