斯维辛集中营后前往Gross Rosen集中营，在1945年4月他假扮成一般德国士兵向西逃出，在纽伦堡附近被捕，但由于并未辨识出他的真实身份，而在稍后由盟军所释放。在上部巴伐利亚以农场工人的身分匿藏了一段时间后，门格勒于1949年到了阿根廷，在此时阿根廷也有许多其它出逃的纳粹官员避难。在停留阿根廷的期间，门格勒与他的妻子艾琳离婚并在1958年与他的兄弟卡尔的寡妇马莎结婚，马莎和她的儿子搬到阿根廷投靠门格勒。 在1960年代他的家族在财政上支持了他过着富裕的生活，但是当他的地址在1959年由纳粹猎人所发现