什叶派伊斯兰教，在阿富汗佔穆斯林人口20%，几乎所有其余人口实行伊斯兰教逊尼派。阿富汗什叶派主要是十二伊玛目派，而少数是伊斯玛仪派。
十二伊玛目派.阿富汗什叶派信徒多数是十二伊玛目派，主要信徒是哈扎拉族。其次如一些小突厥民族如奇兹尔巴什和巴岳特。
伊斯玛仪派.阿富汗什叶派的一个较小的部分是伊斯玛仪派，主要信徒是帕米尔高原的民族，他们的精神领袖是阿迦汗。由于阿富汗的主体民族普什图人一直是逊尼派信徒，什叶派哈扎拉人，历史上一直受到歧视和被宣布为非穆斯林。