民被紧急撤离至奥克兰，军方在火车残骸营救福特后，将完好无损的核弹继续用船往海上运输。雄穆透从高空飞下将核弹取走，与到达城市的雌穆透会合后，在唐人街挖地下洞建立巢穴。哥吉拉穿过金门大桥赶到城市，和两只穆透正面交锋。由于整座城市受到核武威胁，史坦兹只好派遣海豹部队去城市处理核弹，获救的福特也加入突击队行列。全员透过高空军事跳伞至面目苍夷的旧金山，趁哥吉拉和两只穆透交战时赶到巢穴，获取核弹却无法打开计时器开关，只能将核弹抬到码头的观光渡轮上，再运往海面上自行引爆。福特在走前打开地下燃油，将整个巢穴浇油放火炸毁。