个亲核消除反应，故离去基团的离去性越好，消除越易进行。对两种蛋白酶而言，这步反应的离去基团是胺负离子（当然其他酶可依此类推），而后者碱性极强，不是好的离去基。因而四面体中间体在分解前（或分解同时），需要对其离去部分进行质子化，从而使离去基团变成一个中性的胺，以确保反应能够顺利进行。事实上，酶的空间结构保证了中间体（或胺负离子）和三联体中的碱性基团（在第一步反应后一定处于质子化状态）具有正确的取向，能够发生质子交换。值得注意的是，该中间体不仅能够分解产生中间产物，还能够分解产生反应物，即第一步反应是可逆的。其