于十月抵达彰化，随即展开审理工作。凌定国将有关林家的旧案全部翻出，共列出 47 件案子，并展开长达数月的审理，然而至隔年正月时，林家仍佔上风，林文明更提出销案的请求，因而导致此次以「整肃」林家为目的的审判局势大变。1870年2月16日（同治9年），杨在元与黎兆堂密令凌定国处决林文明，加上当年三月时凌定国勒索林家八千两未果，终导致林文明丧命；4月17日，凌定国于彰化县公堂上，突然以林文明霸佔他人产业不还，并率领族人入堂捣乱为由，当场斩杀林文明，而林文明时年38岁。
后续影响.林文