萄牙探险者发现。但未侵占。16世纪起马尔加什人开始统治马约特岛和科摩罗，直到1843年割让给法国。1974年和1976年，马约特岛的两次公民投票分别以63.8%和99.4%表决维持与法国的关系而不独立。科摩罗则宣称拥有马约特岛的主权。在1976年联合国安理会一份关于承认科摩罗对马约特主权的决议草案中，虽获14个会员国支持，但最终被身为安理会常任理事国的法国一票否决。岛屿的防务完全由法国政府承担，法国军队在马约特岛设有一支驻军，即法国外籍兵团马约特特遣队。
行政区划.马约特划