雷拉是罗马诺•普罗迪(Romano Prodi)的首批支持者之一，普罗迪是中左翼联盟党派“橄榄树”(The Olive Tree)的党魁，同时是该年选举中左翼联盟的领导人。在中左派赢得选举后，马塔雷拉被任命为意大利人民党党鞭。两年后，第一届普罗迪政府因不信任案而垮台，马塔雷拉被时任总理马西莫 · 达莱马任命为副总理，并负责对情报部门的改革。马塔雷拉提议的情报部门改革方案收集了“ Jucci 委员会”所提供的信息，该委员会在这个问题上进行了广泛的工作，目的是通过取消内政部和国防部的权力，从而加强总理与政府安全