竹线由国光客运取代科技之星交通行驶，台中线则由统联客运行驶。嘉义站之BRT则改为高铁站上下车之旅客免费搭乘，非高铁站上下车之旅客则依里程收取不等之票价。台南站除原台南公园线路线更改外，新增台南市政府线及奇美医院线。车辆涂装更改为白底橘条纹之台湾高铁公司企业识别色，方便旅客辨识。2012年台湾高铁公司宣布，基于阶段性行销考量，自3月1日起停止全航客运的「台中站大里儿童艺术馆线」，5月31日起停止国光客运的「新竹站东门市场线」。2017年，和欣客运终止行销合约，故原本的「侨光科大线」与「中科管理局线」于