29年设站时，是根据所在地行政区划名而命名为弟子屈，但1990年时为了促进观光，而根据附近知名的火山湖——摩周湖，将站名改为摩周。摩周车站在站前街道旁设有一个足汤，是当地居民与观光客经常休憩逗留的场所。
车站结构.2面3线的侧式月台、岛式月台的地面车站。曾经有许多货物月台的侧线。ホーム间は移动は跨线桥で连络。