于台南市的国立成功大学设立南区中心，整合国立成功大学与国立中山大学等台湾南部学术资源。后来，于中外学者建议下，于2015年1月1日重组。
组织.
数学组.自 2015年1月1日起，数学组行政工作集中至位于台北市的国立台湾大学天文数学大楼二楼。主任为国立台湾大学数学系教授陈荣凯。
物理组.物理中心设立在新竹市的国立清华大学综合三馆5楼，主任为国立清华大学朱创新教授。在物理组的统筹下，设有十二个重点研究小组，画分为主要类别：生物物理、高能