流致台江内海淤积，曾文溪改道至现在的出海口，将军溪则成为断头河，今佳里排水（菜寮溪）的部分为原曾文溪河道。而今主流之麻豆排水（当地人称「下营大溪」）部分乃日治时期人工开凿之分洪功能河道；除菜寮溪之外，支流主要皆为中小型区域排水，而这些「支流」许多实可通嘉南大圳分线水路。目前市府正沿溪岸防汛道路规划建设自行车道。另外有趣的是，曾文溪改道使台江内海淤塞，而今日的将军溪主流麻豆大排则穿越了昔日的倒风内海海域。
污染问题.大约在民国66年（1977年）之前，将军溪还是一条清澈见底、鱼虾