至威廉港，从4月26日开始被改造为用于公海舰队司令的。舰只对其无线电设备进行了现代化更新，当舰队停留在港口时可供司令使用。战争结束后，德皇威廉二世号继续担任舰队司令及其随员、以及北海扫雷行动司令的大本营舰。它于1920年9月10日最后一次退役。《凡尔赛条约》的海军条款明确规定，将战后经过重组的魏玛国家海军的主力舰规模限制为八艘德国级和不伦瑞克级前无畏舰，其中只有六艘可以在任何特定时间内行动。结果，德皇威廉二世号于1921年3月17日从中除籍，并售予拆船商。至1922年，德皇威廉二世号及其姊妹舰均已被拆解