蛋白是构成细胞骨架的物质，这可能也是原生质丝控制物质运输的机制之一。
运输.原生质丝可以让蛋白质（包括转录因子）、小干扰RNA、mRNA和病毒的基因组在细胞内流通。其中一个病毒的运动蛋白例子是MP-30。MP-30可结合病毒的基因组，并且将病毒的基因组经由原生质丝传入未受感染的细胞。也可经由原生质丝从叶部移动至顶芽分生组织以促使开花。可经由原生质丝传送的粒子大小并不一定，植物可借由活跃的调整机制来控制通过颗粒的大小。而相对的某些颗粒也可经由改变自己的大小来穿越原生质丝，如MP-