马任加鳄科的鑑定特征有：鼻骨癒合、颌部关节的位置低于前上颌骨的牙齿齿列、下颌联合处纵深、鳞状骨与顶骨接合处形成角状的后背突。马任加鳄科的定义是：包含马任加鳄在内，但不包含诺托鳄、狮鼻鳄、阿拉利坡鳄、波罗鳄、佩罗鳄、稜角鳞鳄、大头鳄、尼罗鳄在内的最大演化支。