6月，对新疆省政府进行了改组，成立了由“三区革命”代表、七区代表、国民政府中央代表共同组成的新疆省联合政府，张治中任主席，阿合买提江·哈斯木任副主席，阿巴索夫任政府副秘书长。阿合买提江·哈斯木和阿巴索夫同意抛弃原临时政府的东突独立主张，原临时政府主席艾力汗·吐烈被送回苏联。1946年12月，阿巴索夫作为新疆代表，到南京参加了制宪国民大会。在南京期间，1946年12月5日深夜，阿巴索夫独自秘密前往中共驻南京办事处（梅园新村），会见了董必武，向董必武汇报了新疆的斗争形势，提出了希望中共派人来新疆领导各项工作