会在内等天主教组织大多迁移至香港与台湾，继续从事教务活动。1960年在中国圣职单位、圣言会及耶稣会合作之下，辅仁大学于台北县新庄镇（今新北市新庄区）复校，成为全球十四所天主教大学之一。身为辅仁大学三大办学团体之一，耶稣会负责管理辅仁大学的法律学院、管理学院以及社会科学院；此外，耶稣会在辅仁大学校区旁设置辅仁圣博敏神学院，该校曾长期附属于辅仁大学之下，其学历已在2011年获中华民国教育部承认。截至目前为止，耶稣会在台湾的行政组织，称之为财团法人天主教耶稣会，地址是台北市和平东路1段183巷26号。