据载，元末有一位和尚在此处建佛寺，寺院刚刚建成，尚未安置佛像，明军便攻入元大都，听说明军保护孔子之所在，和尚便急忙将一尊木制孔子像置于寺内。明军遂不再进入该寺。但孔子像已经迁入，所以此处只好继续供奉孔子。明朝洪武初年，定都南京，元大都改为北平府，元朝的国子监改为北平府学，报恩寺作为大兴县学。明朝永乐元年（1403年），北平府升为顺天府，北平府学又改为国子监，同时撤销了大兴县学、宛平县学，将大兴县学所在之处改为顺天府学。《光绪顺天府志》记载，顺天府学的西部为学宫和孔庙，东部为文丞相祠，再往东为文昌祠。顺天府学