芳借此机会传旨同意了徐阶的辞呈。谕旨下发后，内阁大学士张居正、李春芳等人上书想要穆宗挽留徐阶，穆宗解释徐阶已经多次递辞呈了，现在还照仿杨廷和旧事给予徐阶了很多赏赐。吏部尚书杨博、兵部尚书霍冀等人也都上书请求将徐阶留下，被穆宗留中。这时，都察院左都御史王廷上奏说张齐如此弹劾徐阶的原因是因为他所勾结的盐商贿赂徐阶不成，利益收到损伤所致。穆宗很快下谕令将张齐下狱，并让锦衣卫去进一步定罪，徐阶因张齐所上的辞呈并没有因此被驳回。直到隆庆四年，张居正向徐阶致书，他在内向他老师说明了三件对不起徐阶的罪过，分别是在高拱