代理尚书职。明世宗欲授张邦奇为吏部尚书，被大学士李时、郭勋二人所阻。嘉靖十六年，执掌翰林院事。嘉靖十七年，任会试主考官，《玉牒》纂修官。嘉靖十八年，任太子宾客，充日讲官。后进礼部尚书，以母亲年迈改任南京吏部尚书，后改任南京兵部尚书。明世宗曾想将他召北京。严嵩答：“邦奇性至孝，母老，不乐北来。”，世宗信之，此事作罢。嘉靖二十三年，张邦奇逝世，追赠太子太保，谥文定。