2006年北高市长选举后，台联面临了未来「小党难生存」的困境。原先已淡出政坛的黄昆辉几经考虑后，终于接受李登辉等政要的邀请，于2007年1月26日起担任台湾团结联盟主席一职，时任行政院院长的苏贞昌、立法院院长王金平、民主进步党主席游钖堃、国民党副主席吴伯雄、前行政院长萧万长等人前往祝贺。就任之后黄昆辉首次公开表示「台联要符合人民的期待，必须在最短时间人事改组，使组织健全、功能强化才可以！」。并且表达将考虑改动台联的党名。就职次日，黄昆辉就自己的政治理念，曾发表《台联需要大大的改造》一文，阐述对政治局势的观