春日丸于1869年3月参加了箱馆战争，镇压前幕府军。1869年3月25日，远征队停泊在宫古湾北部，幕府的战舰“”意图奇袭夺取当时最先进的甲铁舰，因此悬挂美国国旗，直到和甲铁舰接舷登船前才升虾夷共和国旗，被春日丸发现，鸣砲示警，幕府军的攻击被甲铁舰的加特林机枪击退。甲铁舰与春日丸发动追击，「回天丸」逃脱，但是速度较慢的「」（又名「高雄丸」）在逃走过程中搁浅自沉。在春日丸任砲术士官的东乡平八郎日后回忆此次奇袭，说「出其不意是起死回生的秘诀」，此后在指挥中运用了此原则。此后，春日丸于1869年5月参与了箱馆