政府，后者强烈支持北方联邦。邦联政府只争取到肯塔基州部分居民支持，其管辖范围仅限于南方联军在州内占领的区域。不过，这个临时政府得到美利坚联盟国承认，肯塔基州也在1861年12月10日加入南方邦联，邦联战旗以中央交叉位置的一颗五角星来表示来表示该州。鲍灵格林成为肯塔基邦联州的首府。由于受到军事局势的影响，临时政府存在的大部分时间里都跟随着田纳西军四处流亡而运作。1862年夏，美利坚联盟国陆军短暂占领法兰克福，这也是南军唯一一次攻占北方联邦州首府。这一期间，布拉克斯顿·布拉格将军希望能让临时政府成为该州的永