生存于三叠纪的美国西部、德国、挪威斯匹次卑尔根群岛。短头鱼龙最初被归类于鱼龙超目。但在2000年的藻谷亮介研究指出，牠们缺乏原始鱼龙超目的共有衍征。因此短头鱼龙目前属于双孔亚纲的位置不明属。在2010年，研究人员在建立短头鱼龙的新种时，将牠们归类于鱼龙目。