导管和心脏中间的卵圆孔尚未完全封闭，因此仍能持续存活，但出生后导管不久即关闭，而卵圆孔也将由膜状构造分隔心脏左右，由于两组循环无法交流，因此这类婴儿印堂、嘴唇发黑，全身透出紫蓝色缺氧的发绀征兆，也就成为所谓的蓝婴症。要让患者生存的唯一条件为肺循环和体循环的沟通分流，目前医学惯用程序乃是将部分血液导引至正常管道，或将心脏左右腔室的卵圆窝打通，使血液能部分在心脏混合，争取患者存活的时间，以利进一步手术进行。
并发症.大血管转位有时也会伴随其他心脏异常，常见者如心房中膈缺损、开放性卵