现了作为柱础的木板，说明栽埋柱的方式已开始替代之前直接栽桩的方式。该期发现墓葬13座，分布于居住区，葬式为头东脚西的侧身屈肢葬，面向北方。出土文物的数量较第一期有减少，风格在沿袭的基础上有所变化。石器中的打制痕迹明显减少，而磨制石器大量增加。装饰品多采用萤石制成。骨器的种类和形式与第一期相同。木器中出现了木耜和木胎漆碗。陶器的黑色变浅，夹砂陶数量上升，泥质红陶开始出现。器型中，圈足器比例增加，灶和甑开始出现。第三期遗址仅有零星柱洞，疑聚落中心尚未发现。发现方形木结构水井遗迹一眼，周边遗迹暗示可能有井亭存