大学，也是日本的最高学府。2020年时，东大共设有11个学院，学生数超过2.8万人。东京大学的五个校区中，除了位于千叶县柏市的柏校区之外，其他四个校区（本乡、驹场、白金、中野）均位于东京都区部。日本人诺贝尔奖得主中，物理学奖得主朝永振一郎、江崎玲于奈、小柴昌俊、梶田隆章；化学家得主根岸英一；生理学医学奖得主大村智、大隅良典；文学奖得主川端康成、大江健三郎；和平奖得主佐藤荣作都毕业于东京大学。东京工业大学和一桥大学亦是东京都顶级的大型国立大学。前者主校区位于目黑区大冈山，历史超过130年，是日本最顶级的理工科