贡巴萨寺位于拉萨城西北的山坳间，拉鲁湿地的西北角。七世班禅丹贝尼玛时期，该寺始建于此。当时，七世班禅身边有位侍者因年岁较大，便从扎什伦布寺来到拉萨，住在拉萨西郊山坡上的一个小茅棚内，平日依止驻锡拉萨河南岸的策觉林寺的活佛嘎钦雍增益西坚赞学经（后者在扎什伦布寺考取嘎钦学位后，便来到拉萨的策觉林寺。“嘎钦”是扎什伦布寺的格西学位）。因当时拉萨河上无桥梁，往来靠牛皮船摆渡，雍增仁波切便派他的弟子嘎钦益西年扎继续给侍者讲经，益西年扎当时正好在附近的山洞静修。 此后，这位侍者作为施主，为其老师益西年扎建造了贡巴萨寺