。此后，宁波民间对外贸易日渐衰微，但是官方贸易仍然繁荣。宁波与日本、朝鲜的官方贸易仍然延续。中日勘合贸易制度也在那时确立，宁波是唯一接受日本进贡的港口。从明初开始，倭寇不断侵扰宁波，并与本地豪强里应外合，屡有得手。1548年(嘉靖二十七年)，朱纨派遣卢镗进攻双屿港，倭寇稍缓，但次年朱纨遭诬贬官之后，倭寇复张。王直更是在日本与倭寇合作，屡屡进攻浙东。1553年(嘉靖三十二年)闰三月，俞大猷部捣毁沥港倭寇据点。1555年(嘉靖三十四年)秋，戚继光调任浙江都司，1559年(嘉靖三十八年)训练抗倭新军，称戚家军