11月任户部参知、权永隆按察。次年3月升永隆按察。5月，黎文在嘉定城起兵叛乱，杀死安边总督阮文桂及藩安布政白春元，佔据藩安。6月，叛军将领蔡公朝攻佔永隆。尹蕴退往乡间召集士兵，图谋恢复。在朝廷派出的官军协助下，尹蕴重夺永隆，并协助官军围攻藩安。10月，暹罗出兵支援叛乱，永隆再失。在张明讲、阮春的支持下，再次收复永隆。叛乱平定后，因功获得明命帝的嘉奖。1834年，任刑部郎中。农文云叛乱，夺取宣光省、太原省、高平省、谅山省。他率兵同阮廷普、阮公着一起镇压。他驻扎太原，直到叛乱平定为止。回京后，任吏部校事郎