费区内连结丸之内侧站房、八重洲侧车站大楼与各高架月台；另外，北通路北侧也有位于付费区外，单纯供民众通行于两座主体建筑间的北自由通路。出入口部分，丸之内口与八重洲口又各自分为北口、中央口与南口三个出入口；另外还有位于站区东北侧，设有乘客进出新干线月台专用验票闸门的日本桥口。丸之内侧站房为辰野式「赤炼瓦」红砖造建筑，为三层楼高之建物。在第二次世界大战末期遭轰炸毁损后复建为两层楼高，南、北两侧的八角状屋顶，以及中央部份加上三角梯形屋顶则维持为三层楼高，至2012年修复工程竣工后恢复旧貌（详见「再开发事业」段落