民国38年（1949年）陈济棠就任后，于6月将海南特区全境划分为三个行政督察区，各设立督察专员。同年8月，撤销所有的行政区公署，改置三个保安师。
县级行政区.民国初期北洋政府时代，全境属广东省琼崖道管辖，辖13县。到了南京国民政府时期，则改划为广东省第九行政督察区，并新置乐东、保亭、白沙3县。民国35年（1946年）11月，在南海诸岛成立西沙群岛管理处及南沙群岛管理处，归属海军管辖。民国38年（1949年）4月置海口市。在解放军攻佔海南岛前夕，全区共辖有1市、16县。一说包含榆