“性别角色越界”的惧怕，是恐同症另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同症患者对于性别角色有着非常刻板的思想，比如“男性至上主义”加上社会要求男性须具有所谓男性化（masculinity）的特质（如男性需要强健的体质，表现柔弱会被视为女性化）。此外，女性主义兴起及同性恋平权运动发展迅速，使原有佔社会主流地位的异性恋男性受到威胁，也是造成男性有更多恐同症因素的感因之一。恐同症患者大多害怕及反对同性恋者组成家庭（同性婚姻及LGBT收养）会造成社会组织结构的瓦解；再者，多数原佔社会绝对优势的异性恋男性害怕传