的主帅涅波姆尼亚奇留任，取得了亚军，而且联赛场均积分超过了2分，是继1995年冠军赛季以后的最好成绩，但是其单调保守的打法及训练方式被部分媒体所诟病，赛季结束后离任。2006年，原主帅吴金贵再次上任，球队还签下了国家队后防核心李玮锋、香港代表队队长吴伟超，以及国门刘云飞，后防得到进一步加固。赛季中期还签下了德国着名球星卡斯滕·扬克尔，但是扬克尔表现不佳，而刘云飞与虞伟亮的双国门组合却在赛季中由于不同原因双双被俱乐部下放，最终只能启用没有任何正式比赛经验的年轻门将周亚君完成赛季。本赛季申花仍然获得了亚军，