身生态和生物多样性保护，是《中国自然保护纲要》、《中国生物多样性保护行动计划》、《中国生物多样性国情研究报告》的主要执笔者及统稿人。陈昌笃还在国家级风景名胜区评审、自然世界遗产申报等工作中起到了突出作用，参加了福建武夷山、四川都江堰、云南三江并流区申报世界遗产工作。1980年代，陈昌笃参加三峡工程专题论证，任生态与环境论证组专家。陈昌笃是生态与环境论证组唯一拒绝在三峡工程最后的论证结论上签字的专家。未在最后论证结论上签字者有：