过氧酸中的羧酸杂质可通过控制pH值去除。纯化后的mCPBA在塑料容器中低温储存时具有相当的稳定性，相对不易分解。在必须控制mCPBA确切用量的反应中，可以滴定样品以确定氧化剂的确切实际数量。
反应.mCPBA的主要应用包括将酮转化为酯（拜耳－维立格氧化反应）、烯烃环氧化（）、烯醇硅醚转化为α-羟基酮（鲁伯特姆氧化反应）、氧化硫化物到亚砜或砜的反应、以及胺氧化制备氧化胺的反应。下图反应式为环己烯被mCPBA环氧化的反应：环氧化机理上属协同反应，产物的环氧基保留原材料烯基的顺反