一些现代化工作。这包括重建一座更大的舰桥和拆除部分探照灯。在舰只大修期间，海军上将接替霍夫曼成为舰队司令，并担任此职务直至1906年末。年度的例行训练随着1901年3月下旬在波罗的海展开的分舰队演习而开启。在4月1－2日夜间，德皇腓特烈三世号在以东的沙洲严重，德皇威廉二世号则稍稍掠过船底。经过短暂的检查后，证实德皇威廉二世号没有受损，因此身为第一分舰队司令的海因里希亲王便于4月23日将自己的旗帜转移该舰，而德皇腓特烈三世号则进入旱坞维修。与此同时，在4月18日，威廉二世皇帝命其儿子阿达尔贝特王子登上德皇