蔡正元与大陆商人孙天群指称，指使王立强炮制共谍案的是邱义仁。对此，民进党立委管碧玲与庄瑞雄召开记者会反驳，转述邱义仁的话「这辈子没有去过澳洲」。
称台湾不会推动独立，「除非疯了」.2020年10月12日，邱义仁在美国乔治城大学视讯会议中说，台湾人民对两岸关系的务实，不会选出疯子领导人，「台湾任何务实的政治人物，除非疯了，都不会推台独」，「哪怕如陈水扁，最后也会踩煞车」。10月15日，民进党国际事务部主任罗致政说明，邱义仁的说法没有违背蔡英文一贯的立场、也与目前民进党的两岸与外交政策