慕容超亲至该城督战，刘藩与刘敬宣等诸将在城南与南燕军奋力作战，让檀韶、胡藩军得以乘虚攻下城池，并逼慕容超走赴城南大军，接着晋军再度进攻，遂大破燕军。慕容超遂败还广固，次年在晋兵围困下只得投降，成功灭南燕。就在刘裕攻燕之时，广州刺史卢循起兵，连败江州刺史何无忌及豫州刺史刘毅，直逼建康，刘裕遂在灭燕后急急南返防守，并在七月成功挡住卢循的进攻，逼使其退还江州。接着，刘裕积极准备水军讨伐卢循，并在同年十月带着刘藩及檀韶等领水军自建康出发，进攻卢循。十二月，刘裕于江州大破卢循，卢循率领败部南奔广州，刘藩则率孟怀玉等人