共用转乘车站，但营运上仍属近铁管辖。除此之外，由于在路线转移的同时，原近铁伊贺线伊贺神户～西名张之间的路段也遭到废除，因此同时使得伊贺神户站变成伊贺线的终点站。
车站结构.合计3面3线的地面车站。站舍位于轨道北侧。站舍侧为侧式月台1面1线的伊贺铁道月台。曾经为岛式1面2线，伴随2007年7月9日完工的站舍改善工程，伊贺线改点，并废除6号月台。对面为对向式月台2面2线的近铁月台。曾经为侧式、岛式併用的2面3线，下行月台为岛式，伊贺铁道侧的轨道停用有弯道的轨道，并于站舍改善工程