被参劾罢政不久，又以功复原级，担任内大臣二十年，竟不复被康熙帝所用。康熙四十七年（1708年）四月十五日，病逝北京。康熙帝派皇三子胤祉前往祭奠。明珠有三子：长子纳兰性德为清代着名词人。次子纳兰揆叙，三子纳兰揆方。明珠曾帮助纳兰性德的朋友顾贞观，力救吴兆骞。