水埗因此取得足总盃参赛资格。于5月16日在旺角球场举行的足总盃初赛，越级挑战甲组球队谢菲联，法定时间90分钟踢成2－2平手，加时后以3－5落败出局。在2009-10年度球季，深水埗除了保留原有主力方栢伦、梁冠聪及陈肇钧等港青代表，还罗致了前一届效力康宏晨曦的前香港足球代表队门将陈家麒，增强球队防守能力争取升班。结果深水埗以13战12胜1和得37分的不败佳绩，首次夺得香港丙组(地区)联赛冠军，其后于丙组总决赛3战全胜，包括以 2－1 击败拥有多名前香港足球代表队成员助阵的东方，勇夺总冠军，首次升上乙组作赛