5年车站复名南京站，并由京沪铁路管理局管辖。1947年国民政府投资90余亿原重建站房。新的站房由基泰工程公司的建筑师杨廷宝设计，徐顺兴负责建造。新站房于当年完工，并由于右任题写站名。1948年，车站新建站台1座。1949年第二次国共内战后期，国民政府在撤出南京时炸毁了该站站房的候车室。
1949年后.1950年，中华人民共和国政府拨款对该站进行了修复，同时将站房阁楼用作上海铁路局南京铁路分局机关，货运则集中在江边货场办理。1958年9月，车站在宋家埂地区（现工农新村）修建规模19股