598年秀吉病逝后，丰臣政权第三代天下人丰臣秀赖又从伏见城移居到已完成的大坂城奥御殿。此外，实际负责政务的丰臣家大老德川家康，也入住西之丸便于办公。
江户时代.1603年（庆长八年）江户幕府成立后，丰臣秀赖依然居住在大坂城支配摄津国。1614年（庆长十九年）德川家和丰臣家矛盾激烈化，德川家康率大军包围大坂城，史称大坂冬之阵。战役中双方讲和，德川家提出条件要求拆毁二之丸和三之丸，填平外围的水堀，使大坂城成为一座仅有内堀和本丸的裸城。丰臣家虽然一时接受了这个屈辱的条件，但后来毁约重新开