伺服器（中国大陆除外）上，日本海军舰船悬挂着的是现行的日本国旗「日章旗」。除此以外，也因为历史原因和政治正确因素影响，游戏中纳粹德国海军所用的军舰旗中的纳粹标志也被更改为铁十字标志；原本泛亚科技树（由数个亚洲国家海军的舰船拼凑而成的一支科技树）之中中华民国籍船舰所使用的青天白日满地红旗触动两岸政治敏感神经，引起部分中国大陆地区玩家的不满与抗议(详见：海崃两岸关系)。所以原本各舰船沿用所属国的旗帜，在本游戏上线Steam后，也全数更改为虚构的「泛亚龙旗」。并预计于2018年初增加可更改舰船旗帜的功能，以解