后钻入果肉中蛀食，造成水果腐烂失去商品价值，如果吃水果时发现内部长虫，大半都是东方果实蝇的幼虫。由于台湾气候及环境适合牠生存，目前已遍布全台，终年均有果实蝇发生。目前有技术透过向农作物喷洒含有斯氏线虫科物种的虫卵的悬浮液到泥土，让这些物种体内的两种肠桿菌科物种的共生菌使果实蝇幼虫感染而死亡，并为线虫提供成长的环境。