代宗遂罢免辅国所有官职，以元振代判元帅府行军司马，不久遣人将辅国刺死。程元振加封为镇军大将军，封保定县侯，充宝应军使。不久加骠骑将军，封邠国公，赠其父程元贞为司空，母郄氏为赵国夫人。广德元年（763年），吐蕃趁安史之乱攻佔河陇地区，程元振知情不报，仆固怀恩勾引吐蕃、回纥入侵，同年十月，吐蕃攻到奉天，一度直逼长安。赖郭子仪处理平定乱事。后因策划政变，御史大夫王升发现，上告朝廷，流放溱州（四川省綦江县东南），在江陵（湖北省江陵县）被仇家杀死。