工作能力筛选后，他们被送往、布里津集中营（Blizyn）、以及奥斯威辛的劳动和灭绝营。被认定为过于虚弱无法工作的人在马伊达内克的毒气室全数杀害。超过1,000名犹太儿童被派往波希米亚的，随即被送往奥斯威辛-比克瑙集中营杀害。1943年8月16日，作为莱茵哈德行动的一部分，德国党卫队与乌克兰、爱沙尼亚、拉脱维亚和白俄罗斯的志愿帮手（即所谓的特拉夫尼基人）一同袭击了隔都，旨在将其最终毁灭。面对最后的驱逐，犹太人地下组织发动了隔都起义。1943年8月16日晚，数百名波兰犹太人开始武装起义，对抗执行清场的部队。