初被控以偷税漏税罪名。政府、三自和地方教会都封锁倪柝声已经被捕的消息，绝大部分信徒都是在数年后才了解这一消息。
两次抓捕之间的地方教会.倪柝声被捕以后，上海地方教会的同工、长老对三自的态度趋于强硬。1952年10月20日，张愚之在北京，由当地教会长老阎迦勒陪同，前往拜会激烈反对三自运动的史家胡同基督徒会堂负责人王明道。“1954年底，上海聚会处正式表示，要改变倪柝声参加三自的决定，退出三自。”1953年至1955年，各地地方教会陆续宣布退出“三自”。1955年4月，北京地方