一度的七夕即将到来，东京、神奈川、静冈、长野等地却接连发生六起连续杀人案件，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大，各地警员纷纷聚集到东京警署共同召开搜查会议，毛利小五郎也被邀请出席，柯南则偷偷听取了会议的内容。会后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑暗组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中，柯南遇到假扮人质的苦艾酒，得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被拆穿，巨大的危险