0公尺的台湾美国无线电公司厂址发生RCA污染事件，武陵高中全校位于永久污染范围内，此事件引发当时校方及家长团体极度忧虑。1997年，国民大会通过宪法增修条文，确立了省虚级化的法源基础。随后，中央政府宣布将原本属于省教育厅管辖的众省立高中改由教育部国民及学前教育署直接管辖；是故，于2000年省立武陵高中升格为「国立武陵高级中学」。当时全校已有63个班级，与今日之规模相当。其间，1998年，武陵高中为增强学生课业表现、培养医事科学人才，开始办理「医事人才甄选计画」，俗称为「医科班」，首任导师为陈国樑先生。