就台湾问题、西藏问题及人权问题上产生分歧，两国关系出现紧张。1990年2月，哈维尔邀请达赖喇嘛访问捷克。其后，哈维尔亦邀请时任中华民国外交部次长章孝严访问捷克，导致中华人民共和国政府不满。1993年1月1日，天鹅绒分离以后，捷克斯洛伐克分裂为捷克和斯洛伐克两个国家。中华人民共和国在同日承认捷克并与其建立外交关系。经中华人民共和国和捷克商定，两国沿用中华人民共和国与捷克斯洛伐克的建交日，即1949年10月6日为建交日。翌年10月，时任中华人民共和国外交部副部长戴秉国与时任捷克外交部副部长签署换文协议，确认