车站前身为宣杭铁路的湖州南站，于1996年5月1日建成启用，以替代原湖州站（现湖州西站）的客运业务。当时车站站房面积1620平方米，其中候车室770平方米，站场设有2个客运站台和2个货运站台。2008年编修的《中长期铁路网规划》计划在湖州地区兴建宁杭客运专线、沪苏湖铁路等三条线路，湖州当地政府决定在既有湖州南站原址新建综合交通枢纽。为配合改造，湖州南站于2009年9月21日停办客运业务，原客运功能改由长兴站（现长兴南站）并于2010年11月1日更名湖州站，同时原湖州站更名为湖州西站。新湖州站于2010年