无党籍身份参选，与获得民进党第一阶段初选出线的姚文智举行3场辩论，进行在野整合。 6月13日，整合民调结果，柯文哲胜出。6月16日，民进党同意不推出候选人，由柯文哲代表在野联盟竞选。并表示选后不会加入民进党。 竞选团队总干事为姚立明；李应元负责政党平台；纪政负责公民团体平台；邱复生之女邱于芸负责We Care青年公民营；郭正亮、杨蕙如、张益赡和范扬杰等担任幕僚；民进党市议员简余晏、医师潘建志、以及从青年海选招聘来的林筱淇和廖泰翔为发言人。选举期间曾参访日本东京、大坂，美国纽约和旧金山。 竞选诉求是改