同治十年（1871年），清廷于鸡笼设置海防同知，专办海防及煤矿事务；光绪元年（1875年），鸡笼设置台北分府通判，并将鸡笼改名为「基隆」，此为基隆正式设治之始。光绪十年（1884年），中法战争台湾战事（西仔反）爆发，法国军队曾多次攻佔基隆以作为封锁中国大陆的跳板。1885年台湾建省，由同治中兴名将刘铭传担任首位巡抚，而基隆之分府通判于1887年改制为基隆厅，并改设抚民理番同知。当时作为北台湾主要口岸的淡水逐渐淤塞，尤其在中法战争时为了阻挡法军攻入，身为淡水港进出水道的淡水河口更是破坏严重；而基隆港为岩岸