，现时的陵墓是以其妃田氏的墓穴改建。清代后，满清政权对明代帝王陵寝进行了清点，并给予了一定程度的保护，从顺治到干隆，也有不同程度的修缮。晚清随着政权衰微，陵墓区域修缮和保护逐渐废弛，但主体墓葬群冢均保存完好。1955年，时任北京市副市长、明史学家吴晗经与时任中国科学院院长郭沫若商议后，报请国务院挖掘十三陵中的长陵，经时任国务院总理周恩来批示同意发掘。同年，由吴晗、郭沫若、沈雁冰（茅盾）、邓拓、范文澜、张苏、夏鼐、郑振铎、王昆仑所组成的“长陵发掘委员会”成立。9月，明十三陵地区由当时的昌平县改隶北京市