民进党结束登记后宣布退选，此后不在屏东县参选任何公职人员。2007年民主进步党总统提名选举，林育生担任苏贞昌竞选办公室发言人。2007年5月8日上午，林育生在立法院向媒体表示，苏贞昌在2007年民进党总统提名选举中落败，其实是输给三立电视，而非输给谢长廷；同日，针对新潮流系在2007年民进党总统提名选举的策略，林育生表示，他能理解新潮流系是为苏贞昌好，但新潮流系「选完还不出声，像龟儿子一样会忍」，若新潮流系在2007年民进党总统提名选举结束后继续沉默，无法展现多元的声音，民进党内就没有反省的力量，民进党