造价，尤其是机场铁路，与英国政府出现严重分歧，例如机场铁路原定西隧、青马大桥及大屿山段为四线行车，英方要作出多项让步后，包括机场铁路部份路段更改为双轨设计，才能达成协议。定线方面，机场快线在启用时设有4个车站，分别为机场站、青衣站、九龙站及香港站；东涌线在启用时则设有6个车站，除上述车站（机场站除外）还包括东涌站、荔景站及奥运站（原称大角咀站），并于东涌西部、小蚝、大蚝、阴澳（该处于2005年设立了欣澳站）及西九龙填海区（该处于2003年设立了南昌站）以紧急月台形式预留建站位置，以应付未来北大屿山及西九