专案小组依此方向追查，但最后找不到直接证据指出「陈义雄」涉案。陈在知名蓝营政论节目2100全民开讲于台南出外景时，公开批评陈水扁的执政，因而使专案小组合理推测「对政府不满」是其犯案动机之一。并认为兇嫌畏罪自杀。游钖堃内阁于2005年1月24日总辞，游钖堃转任总统府秘书长，由高雄市市长谢长廷组阁。提倡「和解共生」，自诩为「安定内阁」。2006年1月17日，谢长廷以总预算案覆议未获在野党支持为由向总统请辞，陈水扁批准其辞呈。谢长廷遂于1月23日宣佈内阁总辞。1月25日，陈水扁任命前民进党主席苏贞昌