，之后下落不明。有人向王家透露王育霖被监禁于西本愿寺，当时西本愿寺由保安司令部第二处所使用。王家託人询问政府，政府表示王被流氓掳走。《二二八消失的台湾菁英》一书的作者李筱峰声称，王育霖于三月底被军方处死，弃尸淡水河，尸体下落不明。二二八事件时任《民报》记者的吴浊流，在其1970年代的着作《台湾连翘》中描述：「新竹市的检察官王育霖，在新竹市侦察奶粉的吞没案时，偶然发现到「粉虫」竟然是经办救援物资的新竹市长郭绍宗，便携一纸逮捕令往见市长。不料警察局长竟也是与市长同谋的，结果是本应依法执行检察官命令的警察