嘉三十年（453年），太子刘劭弒父篡位，时仍为江州刺史、武陵王的宋孝武帝刘骏起兵讨伐，版授邓琬辅国将军、南海太守，让他领兵讨伐广州刺史萧简，孝武帝虽然在数月后就消灭了刘劭，于建康称帝，不过因萧简坚守，邓琬要围攻到翌年（454年）才攻下。然而，义宣与臧质及鲁爽等人于孝建元年（454）就起兵反对孝武帝，邓琬弟邓璩站在臧质一方，邓琬因而被广州刺史宗悫收捕，只是遇到大赦而获免罪。变乱被平定后，邓琬另一个弟弟邓环也因邓璩而株连被杀，但邓琬因为有功，又远离乱事，故没被处死或流放。邓琬及后一直留在广州，很久以往才还朝，历