从1978年开始举办，但是并未设置最佳动画片奖。《魔女宅急便》在1990年获得第13回日本电影学院奖特别奖，然后《平成狸合战》后来也获得该奖。宫崎骏执导的动画片《魔法公主》在1997年夏天上演时为日本当时卖座率最高的电影，也获得第21回日本电影学院奖最佳影片奖，成为首部获得该奖项的动画片。日本动画导演富野由悠季认为「这是宫崎骏10年导演生涯中的缺口」。《神隐少女》在第25回日本电影学院奖再度获得最佳影片奖，动画片第二度获得该奖项。2007年，日本电影艺术与科学学院仿照美国电影艺术与科学学院在2001年设