970至1980年代.1978年，时任军政府领导人穆罕默德·齐亚·哈克发动政变，推翻时任总理佐勒菲卡尔·阿里·布托。从这之后，两国关系迅速遇冷。1981年，巴基斯坦国际航空的波音707在大马士革被劫持，巴基斯坦政府始终认为劫机者受到时任叙利亚总统哈菲兹·阿萨德的支持。
1980至2000年代.20世纪90年代，叙利亚在巴基斯坦的帮助下，建成了国内第一家拖拉机厂。从那之后，巴基斯坦在制糖业，水泥产业，化肥产业，造纸业以及农业方面向叙利亚提供了大量帮助。巴基斯坦政府专门设立方案，