吕以自己的名字「はだめでら」作为寺堂名称，写作「波陀米泥良」，被写作「甚目寺」则应该是中世起。但根据传说，透过上述的创建经纬，佛教考古学者石田茂作的研究认为，实际上该寺历史可追溯到奈良时代以前，天智天皇生病时，曾至甚目寺祈祷而病癒。因为此事，甚目寺成为勅愿寺。