妻室者六斗。以仲春、仲秋二月，每石米折银五钱。嘉靖三十九年（1560年），南京户部尚书马坤奏减每石折银，督储侍郎黄懋官又奏革募补军士妻室之月粮，军士怨愤不已。不久，因发饷拖期，振武营士卒鼓噪哗变，黄懋官被折磨致死。
家族.曾祖黄仲昭，曾任按察司提学佥事诏进朝列大夫前翰林院编修；祖父黄干刚，赠承德郎南京户部署员外郎；父黄希濩，曾任知县。母郑氏。