阿留申群岛・千岛群岛・桦太方面的作战由第五舰队担任，为支援而于昭和18年5月18日创设第十二航空舰队。第五舰队和第十二航空舰队统括指挥为目的于昭和18年8月5日编成北东方面舰队。北东方面舰队司令长官由第十二航空舰队司令长官兼任。编成时阿留申群岛的阿图岛・基斯卡岛巳成为日本军的根据地，编成后主要执行千岛列岛・桦太方面的哨戒任务。昭和19年10月，依旧在北东方面舰队编成下的第五舰队作为水上警戒部队参加了南方作战，雷伊泰湾海战。其后昭和19年12月，第五舰队正式转属南西方面舰队，北东方面舰队解队。