大坂城，秀元是毛利军的前线指挥。不过由于吉川广家已成为德川家康的内应，因为对于交战相当消极，结果在关原的战斗上，吉川广家军成为束缚了毛利家安国寺惠琼、长宗我部长束正家等军势的阻碍。其后随着西军阵势瓦解，毛利军在毫发无伤之下，亦宣告撤退。当毛利军返回大坂城时，毛利秀元及立花宗茂等将曾要求毛利辉元积极战斗，但是辉元最终撤离大坂城。关原之战后，成为了长府藩6万石藩主。与德川家康养女纳入继室，参加大坂之役，晚年在江户城居住成为了三代将军家光的御咄众。曾经引诱毛利就隆脱离长州藩独立，但失败而回。1650年在江