隔离的二觭人少女露西，因为警卫的疏忽，得以突破拘束装置，并杀害研究所内的武装警卫，连研究所室长藏间的秘书如月都惨遭杀害。虽然狙击手以穿甲弹瞄准她的头部开枪，却仅击破其铁头盔；露西虽然头部受伤流血并坠入海中，仍得以倖存并成功逃亡。事件发生的次日，为了读大学而前往鎌仓找亲戚帮忙的青年-耕太，和年幼玩伴的堂亲-由香久别重逢。相偕出游至充满回忆的海滨，碰上了因头部受伤故造成另一个人格取而代之的露西；她只会发出「Nyu（にゅう）」的声音，因此被取名为妮悠。妮悠对于自己是使人类灭亡的存在一无所知，耕太和由香两人便决