寺骚动造成相当大的内部分裂，力量因此严重衰退，1567年虽然六角义治颁布六角氏式目以限制主君权力的方式企图挽回人心，但也没有发挥太大的效用。因此有被逼迫把家督让与其弟义定之一说。
流放义昭.永禄8年（1565年），三好三人众与松永久秀杀害将军足利义辉，其弟足利义昭逃亡藏身在六角家中。于是三好三人众用管领的职位引诱义治，义治答应所以义昭遭到流放。也因此流落到织田家的足利义昭成为了织田信长对六角家发动攻略、上洛的最好借口。
衰退.永禄11年（1568年）六角家