元璋任命陈宁为行省掾吏。当时陈宁奉命到淮安征兵，到高邮时被张士诚部队俘虏，陈宁不屈，后被放还，升任广德知府，其代民请求减免赋税，没有批准。于是其自己上奏朱元璋道：“民间饥荒如此，还征税不已，这是要把百姓驱赶到张士诚那里去。”朱元璋于是答应他的要求。后任枢密院都事、提刑按察司佥事、浙东按察使、中书参议，当时有人说其过错，朱元璋亲自审问，后招认，并在应天监狱中监禁一年。当时朱元璋惜才，于是免除其罪过，任命太仓市舶提举。洪武元年（1368年），召拜司农卿，后担任首任兵部尚书。次年，出任松江知府，单安仁接任兵部