二队最后一次参加德国杯是在2004-05赛季，当时他们进入了四分之一决赛。但从2008年起，预备队不再被允许参加这项赛事。1983和1987年，拜仁二队曾两次进入的决赛，但都分别以0比2负于洪堡和1比4负于杜伊斯堡，与冠军失之交臂。目前，拜仁二队于德国足球丙级联赛作赛，主教练为。
青年队.拜仁青年队是俱乐部青训系统的一部分，创立于1902年并在1995年改制。其主旨是为年轻球员提供培训，以使俱乐部能长期延续在国际足坛的重要地位。球队的候选名单不常变动，而年轻球员则可通过训练改变他们