多次医学会议，将叶克膜技术传入中国大陆。2002年（民国91年），取得国立台湾大学医学院临床医学研究所医学博士。2002年6月6日卫生署成立「财团法人器官捐赠移植登录中心」，同年因为当时全台湾只有柯文哲一个人同时了解器官捐赠与心、肺、肝、肾、胰脏等器官移植两大领域知识，于是接受卫生署医政处委託，与台大资讯室挂名专案方式，建立网路器官捐赠登录制度，并由柯文哲执行。2005年，器官捐赠移植登录分配系统上路，其中的检验程序、表格设计、配对规则、电脑系统软硬体，以及器官劝募组织的制度，主要由柯文哲负责主导及规划