3C反潜机、6套爱国者3型防空飞弹与柴电潜舰合併为「重大军事採购条例法案」送交中华民国立法院审议，因金额太过庞大，此次军购因泛蓝政党杯葛、政党政治斗争及潜舰案本身的巨大争议，无法编列预算购买；2007年通过，但大幅删减金额，潜舰预算也遭删除。在民主党籍美国总统欧巴马任期中，马英九政府重新向美国争取採购柴电潜舰，但未获正面回应。
自行建造潜舰（海昌计画）.在马英九政府执政后期，时任中华民国海军司令陈永康上将就对外强烈表达「台湾无法长期等待」，已经启动「潜舰国造」程序，建造小而精、小而