演化先后顺序，甚至计算演化过程所累积的变异数量或是所耗时间。或者简单的说，是要分析手中样本的祖先出现顺序以及彼此之间的差异。
矩阵法.近邻结合法 neighbor-joining (NJ)
简约法.最大简约法maximum parsimony (MP)
最大似然法.最大似然估计 maximum likelihood (ML)
后验概率法.贝叶斯法 Bayesian
演化树定年.