在抵达肠道时仍具有活性，但凝结芽孢桿菌是个例外，因为它能形成抗性很高的内孢子，不易在加工过程或消化道中被杀死，而可以顺利抵达小肠后萌发、增殖。口服此菌后约4-6小时，此菌会于小肠萌发，且高达85%的摄取量都能顺利抵达小肠。在小肠萌发后，凝结芽孢桿菌会分泌乳酸与短链脂肪酸，进而影响肠道菌丛的组成，还可以分泌、等毒素以抑制致命的细菌生长。凝结芽孢桿菌属于暂驻菌，在肠道内停留的时间不长，约七天后其内孢子便会随粪便排出体外。有研究结果显示凝结芽孢桿菌对治疗抗药性细菌造成的腹泻有帮助，也有助改善炎症性肠病的病情，可减