响力显着提高，提升了高等教育的水准，但与此同时，大学经费、优秀师资、课题项目资源向985工程学校集中，一些原本实力不错的大学或学科，因没有入选而出现“招生难”、“师资引进难”、“校园建设、课题经费申请难”的问题。选择大学进入985工程时，掺杂了许多非学术因素，如为了地区平衡、民族政策、行业照顾政策等。再者，985工程不再增加新的学校，也不淘汰不合格的学校，造成身份的固化，对高校之间的竞争和绩效意识造成危害。