1949年中华民国政府迁至台湾后，球队名称更改为「中华民国国家足球队」。「中华民国国家足球队」时期为最成功的时期，是在1954年及1958年连续两届夺得亚运会足球赛金牌，两届决赛都是击败劲敌南韩夺标。1962年，因为政治原因，印度尼西亚不承认中华民国地位。因此中华民国国家足球队被迫宣布退赛。1974年以后至1986年，因为会籍的原因，未在参加亚运会男足比赛。而1979年以后，则是因为实力太弱，未被体委会准许参赛。因此，到2014年为止，中华民国国家足球队缺席亚运会的男足比赛，已有半个多世纪，