京都御所，为后奈良天皇长子。1533年（天文二年）亲王宣下。1557年，因为后奈良天皇驾崩而即位，但是因为皇室经济实在极端匮乏，因此一直到毛利元就等人捐出钱财，天皇才在1560年（永禄三年）举行即位仪式。朝廷财政窘迫，使得权威扫地，这样的情况一直到织田信长上洛以后才有改善。信长需要借由天皇的权威，发出给敌对势力的和谈敕命。包括1570年时对朝仓义景、浅井长政，1573年对足利义昭，1580年对石山本愿寺等数次战争，都是以正亲町天皇的名义发出和谈敕命，为此信长尊重天皇。信长死后，政权逐渐移转至丰臣秀吉手上