03年伊拉克战争中，阿里·哈桑·马吉德曾两次被宣布怀疑已经死亡，包括2003年4月5日美英联军砲轰阿里位于巴斯拉的豪宅别墅。但均被事实所否定。在驻伊联军发布的扑克牌通缉令中，他排在第5位（黑桃K）。他最终于2003年8月17日在位于“逊尼三角区”中心的萨迈拉被美军逮捕。对马吉德的审判于2004年12月18日在巴格达开庭。经过两年多的取证和辩论，他于2007年6月24日被伊拉克高等法院以种族屠杀罪、反人类罪和战争罪判处绞刑，同案中有两名从犯也被判死刑，分别是前国防部长哈希姆与前陆军副作战司令拉希德。2