赐名“南华禅寺”。元末，南华禅寺三遭兵火，颓败不堪，众僧日散，祖庭衰落。
明清时期.明万历二十八年（西元1600年），憨山德清禅师大力中兴，僧风日盛。然至明末，南华寺又复荒废。清康熙七年（西元1688年），驻守广东的平南王尚可喜将全寺重新修饰，使此名刹焕然一新。
民国时期.1934年，虚云和尚重修南华禅寺。1936年至1943年，近代名僧虚云和尚驻钖南华寺，筹积款项，相地度势，重建殿堂。总计新建殿堂房宇庵塔约243楹，新塑大小佛像690尊。当时六祖