代表选出后辞去首相一职。2011年9月2日，菅直人上午宣佈内阁总辞，日本国会在下午通过指定民主党代表野田佳彦为第九十五代日本内阁总理大臣，菅直人结束其十五个月的首相生涯。
卸任首相后.2012年12月16日举行的第46届日本众议院议员总选举中，菅直人于东京都第18选区中落败，但比例复活继续担任众议员。2013年7月16日，菅直人提起诉讼，控告现任首相安倍晋三于两年前的文章中，指称时任首相的菅直人在福岛电厂事故中下令向核电站注入海水为不实情况。菅直人称实际情况为东京电力公司先