并坚定地支持盖茨也从哈佛辍学，以全身心投入微软公司。
微软公司.1975年，艾伦跟盖茨联手在新墨西哥州的阿布奎基创立微软，开始销售BASIC解译器。1980年，由艾伦牵头，微软以五万九千美元买下名为QDOS的作业系统。当时，与IBM的协定期限迫近，盖茨与艾伦正为无法赶及完成作业系统的开展而烦恼，而购入功能齐全的QDOS后，微软即修改其代码以迎合IBM的要求。最后，微软的产品被IBM採用作新电脑的作业系统，而这次合作亦成为微软日后壮大的垫脚石。艾伦在1983年因罹患霍奇金氏病而辞