总理古德礼、葡萄牙教育部部长基尼路以及澳门总督韦奇立为该校主持奠基礼。学校于1998年7月正式合併；同年9月，位于高美士街的前澳门国立利宵中学校址全部归于澳门理工学院，以作为该学院校舍。新合併而成的澳门葡文学校继续由澳门葡文学校基金会管理，课程按照葡萄牙国家教育制度而制定，设有12个级别，也相对于澳门教育的学制。就读澳门葡文学校学生可以在10年级按照自己意愿，选择理组、商组、人文社会科学组、视觉艺术组以及职业技能组。另一方面，澳门葡文学校也设有中文课程，使学生能够适应和融入澳门以广东话为主的社会生活。