宴款待余清芳，却在酒酣耳热之际，将余清芳绑缚，送交日军，余清芳与罗俊江、苏有志、郑利记等一千九百名教众被捕。余清芳在狱中打算求生，写了绝句、与文章深表悔恨，说自己是被人误导，才会加入反抗事件。但法官并不理会，依然判处死刑。9月23日绞死，享年卅七。安东贞美总督说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。这不只是我们统治的失败，亦是教育的失败。」将余清芳比为义和团；但二次大战后，中华民国政府将余清芳为抗日烈士，入祀忠烈祠，在台南忠烈祠立神