甘露元年（265年），香港一带改隶南海郡博罗县，至东晋咸和六年（331年）再改隶东官郡宝安县。咸和六年，南海郡一分为二，分出东官郡，郡治在目前深圳市南山区南头古城，管辖八县。于旧司盐都尉垒的基础上加筑郡城，原司盐都尉何志转职为第一任东官郡太守。东晋末年，卢循领导的浙东起义军曾经攻陷广州城。义熙元年（405年）起义失败后，余部多退至今大屿山一带，为有文字可考最早的香港地区移民活动。在临近屯门的青山禅院内雕塑，相传是南朝宋元嘉五年（428年）的一位佛教僧侣杯渡禅师的人像。旺角通菜街和豉油街交界曾发掘出共12