为此在进攻热兰遮城前，郑成功下令清查各地粮食，仅搜得粟6000石、糖3000余石，大约只能支应2个月，不足以持久作战。为彻底解决缺粮问题，郑成功加紧推动农业殖民地的计划，并着手建立政府组织。郑成功宣布赤崁地方改名为「东都明京」，下辖承天府以及天兴县、万年县；同时大员街改为安平镇。六月，郑军陆续赴四处囤垦，郑成功允许部下自行选地开垦。这些土地也作为将领的领土，也被要求在领土内兴建城镇，并尽可能靠海。同时郑成功也订定了一些土地的管理措施，例如开垦前必须先行禀报亩数，有先垦而后报，及少报而垦多者，土地将没收