金军入侵山东，他率领部下南逃，所过之地多杀掠，后为沿江招捉使。建炎四年（1130年）镇压洞庭湖钟相，于湖南大肆烧杀。绍兴二年（1132年）投降刘豫，跟随刘麟攻打宋朝，刘齐被废，孔彦舟为金国将领，跟随兀术攻下郑州、濠州，镇压太行山义军。官至河南尹、南京（开封府）留守。上表请金帝攻下宋朝淮南，最后完颜亮酒醉杀死孔彦舟。