实为一个半官方的机构。成立于1990年11月21日，1991年3月9日正式挂牌运行。于中国大陆和海基会的对口机构是海崃两岸关系协会。由于两岸互不承认主权，因此该机构扮演关于大陆地区文书认证、应急领务等使领馆职能。
历史背景.时任总统蒋经国于1987年11月2日开放台湾民众赴中国大陆探亲，两岸民间交流日益频繁，也由此衍生出海上犯罪、偷渡走私、文书查（验）证、财产继承、婚姻关系、经贸纠纷等诸多问题。为解决上述因两岸民间交流而衍生之问题、并兼顾两岸情势，由行政院主持民间各界成立海基会，以