入海回到金门。清军大捷的消息传到朝廷，朝廷下诏嘉奖。顺治十八年（1661年），分江南江西总督为二，以廷佐专督江南，称江南总督，另设江西总督，由张朝璘担任。康熙四年（1665年）五月，重新任两江总督。康熙七年，以疾病解任。之后致仕，又到大学士金之俊家居，得匿名书帖，诋其曾降李自成，之俊诉廷佐，令有司穷治。上闻，虑株连无辜，责之俊违例妄诉，廷佐俟病痊起用，镌二秩。康熙十三年，耿精忠反叛，朝廷授廷佐福建总督。廷佐奏​​言：「臣孙为耿氏婿，臣与精忠有连。然誓不与贼俱生，原力疾前驱，歼除叛寇。」上嘉之