7年5月25日，孙元良因器官衰竭，在台湾去世，是最后一位过世的黄埔一期学生。同年6月9日，遗体火化后，先安厝于林口顶福陵园，家属依其遗嘱不发讣文，翌日才登报告示孙元良辞世的消息，并等候适当时机迁葬至南京。
家庭.父亲孙廷荣，曾任清朝彰明县知县，1917年卒于成都。母亲钟英。叔父孙震是川军将领，曾任第二十二集团军司令官、国军第五绥靖区司令官等职。子女11人，其中孙祥辉是中华民国空军军官，于1967年驾驶TF-104G战机（机号4143）于训练任务时发生发动机失火，与同机飞官黄瑞文