是汉他病毒的第二普遍的感染者。约有16%的稻大鼠受到感染，尤其是较年长及重的雄鼠。病毒可以经由稻大鼠传播。在牠们的唾液及尿液中也含有病毒，人类接触这些排泄物后就有可能感染。两种相关的汉他病毒分吃在洪都拉斯及墨西哥西部的库氏稻鼠中发现。在林鼠属中发现的沙状病毒科也可以在稻大鼠中发现。2009年IUCN红色名录将稻大鼠列为无危，原因是牠们普遍、广泛分佈及数量稳定。在佛罗里达礁岛群的稻大鼠较为稀有，数量更在下降，原因受到与黑鼠竞争、被家猫掠食、失去栖息地及失去遗传变异的威胁，现正被认为是濒危。