蒋反苏清共，并警告张发奎需警惕叶挺反对国民政府。但李亦曾在九江劝蒋辞去黄埔军校校长一职，以免予人口实而被指为“新军阀”。1927年4月，新桂系联合蒋发动清党，处决中国共产党员和中国国民党内左翼人士。李率领国民革命军第七军在南京警戒可能左倾之军队，在采石矶将意图暴动之程潜、林祖涵（即林伯渠）国民革命军第六军包围缴械，并在国民革命军第一军刘峙师逮捕中国共产党员。白崇禧在上海直接指挥清共，黄绍竑、李济深同时在广西、广东进行“清党”，处决大批中国共产党分子、中国国民党内部左翼人士，李宗仁表弟李珍凤在国民革命军北