没有取得上场机会。2008年6月22日，本田圭佑在2010年南非世界杯预选赛与巴林的比赛中迎来代表国家队首秀。8月份北京奥运会本田作为主力中场打满了全部3场比赛，不过小组赛日本国奥队3战全败惨遭出局。2009年5月27日，日本在麒麟杯比赛中4：0大胜智利，本田圭佑打进了自己在国家队首个进球。2012年6月8月，本田在2014年世界杯预选赛与约旦的比赛国家队首次上演帽子戏法。2013年6月，本田圭佑在与澳洲的比赛中创造点球，并亲自罚入，帮助球队获得巴西世界杯决赛圈入场券。本田圭佑在世界杯亚洲10强赛中