将军溪畔举办祭典之处新建白礁亭，以亭内占地狭小为由，改变清济宫保生大帝的祭典地位，引起清济宫庙方不满，1988年清济宫正式退出上白礁谒祖祭典，另行举办谒祖请水仪式。慈济宫与清济宫两庙断香，两庙并各自聘请学者，援引文献，考证源流，互争建庙时间早晚，成为台湾民间信仰中互争正统地位的一件公案。
旧四大帝神像由来.学甲区学甲寮慈照宫于上白礁祭典时，神轿皆排列于慈济宫之前，乃肇源于慈照宫雕刻保生大帝神像奉祀时，神像较慈济宫保生大帝神像高大，雕刻后学甲寮庄内事故纷传，经庄内大老请示神意后，将慈