改装工作完成后，飞行甲板上的三色迷彩图案被洗去，画上了指示舰载机降落的标线。船身的灰色涂装也改为与海军航母同样的绿色迷彩图案。与改装工作同时，陆军开始了对三式联络机的审查试验。在完成深弹空投试验后，陆军航空审查部下属的飞行试验部在多摩机场（现为驻日美军下属的横田基地）进行该型机机组的模拟着舰训练。1944年7月，陆军在改装工作接近完成的“秋津丸”上开展机组实舰起降训练。
改装后.1944年6月，“秋津丸”所搭载的陆军“独立飞行第1中队”（日军代号：1Fcs）成立，该部队全部