年（1665年），路南州以秦祖根为首参加反清统治的滇中起义，遭吴三桂镇压。康熙二十八年（1689年）取消明时的屯田制度，屯赋并入州内。清中前期的石林境内采铜业较发达，年产铜矿25万斤，占全省份额的十分之一。咸丰七年（1857年），赵发等人在风口坡（今属弥勒市）发动农民起义，隔年一度攻占路南城，起事三年后被清廷镇压扑灭。鸦片战争之后，清廷内政和外交失败，石林境内人民生活水平开始不断下降，由于长期战乱和同治年间的瘟疫，县境人口减少一半以上。
中华民国时期.民国2年（1913年）1月改路