俄罗斯宪政危机中，阿尔法特种部队拒绝了叶利钦的攻入白宫去捉拿俄罗斯副总统鲁茨科伊和俄罗斯最高苏维埃主席哈斯布拉托夫的命令。1993年年底，阿尔法特种部队被从总统警卫局调入联邦反间谍局。1995年联邦反间谍局被改组为联邦安全局，阿尔法特种部队一直隶属于联邦安全局至今。同时，退役的阿尔法小组干员有的活跃在组织犯罪份子经营的合法企业（如：私人保安公司），也有些成为了政治家。在20世纪90年代的两次车臣战争期间，阿尔法小组参与了捕杀车臣分离分子的行动。1995年6月14日，车臣反政府武装首领巴萨耶夫率领武装分子