1890年9月，他在上海所设立的日清贸易研究所里主导以民间人士角度来进行大陆研究，而暗中支援日本陆军的大陆工作的人物有不少都出自此研究所。而日清贸易研究所是在他死后设立的东亚同文书院的前身。1893年7月，荒尾精编入了预备役，之后在1896年9月在台湾因鼠疫而去世。玄洋社的头山满曾说荒尾是「500年一次由上天所降世的伟人。像他那样的人可能不会再有了吧？（）」。