至2009年3月，李鸿源担任台北县副县长。2005年周钖玮竞选台北县县长成功后，李鸿源获任台北县副县长一职。当时台北县新庄、泰山、五股等地的雨水都汇集到新庄市（现新北市新庄区），受到积水困扰的的低洼地区广达1,600公顷。李任内的治水政绩是规划整治新庄中港大排，污水经由雨水下水道系统流入中港大排，改善河水品质后，提升该地区民众居住及休闲环境并发展周边商业契机。李认为污水和雨水应分流，不因应混合流入。
公共工程委员会主任委员.2011年4月1日至2012年2月5日，李鸿源担任行政院公