7年任内也参与国民年金制度的推动。行政院于2007年5月1日将劳保老年给付条例修正案送立法院审议，林万亿卸任后，立法院通过相关法案，正式确立国民年金制， 并于2009年开始实施。2016年5月20日起担任林全内阁的行政院政务委员，并于同年年出任国家年金改革委员会执行长兼首任副召集人。师生恋属严重违反教学伦理，婚外情亦然。皆违反教师法第14条(旧)行为不检，有辱师道。可予以解聘，然台大社会系以此为私人行为为由，未启动行政处分。迟至端午节（2017年5月30日）前，林副召集人仍未辞职负责。