总司令部内划分为多个部门，包括行政管理部、物流部、行动部及作战中心等。当中空军作战中心(AOC)与其他部门一样，都是隶属于总参谋长之下。其主要任务是执行最高等空防指挥行动、监察及守护领空。拉普兰司令部主要负责芬兰北部领空防御，覆盖拉普兰、北博滕及凯努地区。萨塔昆塔司令部主要负责芬兰南部及西南部领空防御。卡累利阿司令部负责芬兰东部领空防御，其主要空军基地位于库奥皮奥20公里外的Rissala。空军学院负责训练空军现役、预备役及征兵入伍的官兵。当中提供各类专业训练，包括电子作战、作战指挥、后