.属于专性厌氧菌的细菌包括放线菌、梭菌、大桿菌、、、、丙酸桿菌和""菌等。与上述细菌不同，同属专性厌氧菌的梭菌如破伤风梭菌及肉毒桿菌等在大气氧浓度环境中能产生芽孢而呈休眠蛰伏，当芽孢到达适合生长的环境则开始生长并产生强力外毒素，造成人畜的疾病，详见肉毒桿菌中毒。大桿菌的炭疽菌形成的芽孢扺抗能力特强，唯有採用121°c，15-20分钟的高压减菌法方可杀灭，可随空气散布到各处，并蛰伏于土壤中，当人畜吸入芽孢或伤口接触，则引发炭疽病。属于专性厌氧菌的真菌包括在瘤胃中的微生物新美鞭菌、'和'菌。