和16年（1941年）10月，取代「摩耶」成为第二舰队（近藤信竹中将）旗舰。根据中岛亲孝第二舰队通信参谋所言，本来打算以「高雄」作为旗舰，但因一些事故而改为「爱宕」。11月29日，从吴出港，12月2日到达台湾马公。12月4日，「爱宕」带领「高雄」、战舰「金刚」、「榛名」出港。此为就日美开战而进行的配置。
东南亚的行动.第二舰队旗舰（南方部队本队旗舰）「爱宕」于12月8日在南方海上迎接开战。由近藤司令长官作为指挥官的南方部队本队，以第四战队（爱宕、高雄、摩耶）、第三战队第2小队（金刚