港政府的铁路发展研究中，南港岛线改为以上环站林士街月台作为港岛北岸的总站，与1989年的建议类似，惟研究结论依然是未有逼切需要兴建，故一直被有关当局暂时搁置。
2000年代研究及分段兴建.2002年，香港政府邀请地铁公司（现称港铁公司）进一步研究南港岛线的发展方案。当时建议定线由香港大学经鸭脷洲接驳至湾仔。惟此定线忽略了香港仔居民的需要，故地铁于2004年提出修订方案，将南港岛线一分为二，并将拆出来的西段与当时建议的「西港岛线」（现称港岛线西延）合併，西段的终点站为西营盘，服务