萧琮在隋朝时仍然受到器重，隋炀帝即位后，因为萧琮是自己的妻兄，对萧琮更厚待，又封萧琮为梁公、内史令，萧琮的亲族也有不少被提拔入朝廷为官。当时有童谣说：「萧萧亦复起」，导致隋炀帝对萧琮的猜忌，最后萧琮被免职，不久后在家中过世。萧琮死后被赠左光禄大夫，侄萧鉅续封为梁公，史书没有记载萧琮子萧铉为何没有袭爵。隋末割据势力之一的萧铣，为萧琮之堂姪，并在称帝之后追谥萧琮为孝靖皇帝。