招聘为微生物研究所所长（2004-2008年）。之后在中科院先后担任北京生命科学研究院副院长（2008年至今）、病原微生物与免疫学重点实验室主任（2008年至今）、中国科学院大学存济医学院院长（2015年至今）。2013年当选中国科学院生命科学和医学学部院士。此外还担任中国生物工程学会理事长、中华医学会副会长。除基础科学研究外，高福的关注领域还扩展至公共卫生政策与策略。2011年任中国疾病预防控制中心副主任，2017年8月任主任。此外，高福还担任国家自然科学基金委副主任、中国科协全委会常委，是第十三