易委託化之后，就成为无人车站，但藻琴车站内设有一家咖啡店「轻食与咖啡 小火车」（）。与许多北海道道北或道东地区的车站同样，藻琴车站在过去也曾是轻便轨道铁路线与日本国铁路线的衔接车站。1935年时殖民轨道东藻琴线通车，连结藻琴车站与位于旧东藻琴村（今大空町一部份）的东藻琴车站。之后殖民轨道东藻琴线更名为东藻琴村营轨道（今网走交通巴士前身），并于1961年时废线，改以一般公路客运代替，藻琴车站也不再具有铁路转运车站的地位。
历史.在2007年至2008年期间，曾经在藻琴及滨小清水之