正值济州四·三事件，发动武装起义的南路党（）与济州道党（）环伺着蔡命新等第9团的人员，而军营内部也有赤化现象，时常面临危险。1949年5月，在开城附近的中担任步兵连连长，与砲兵连连长卢载铉（后来成为韩国国防部部长）率领的部队联合抗战。1949年11月赴太白山清剿朝鲜游击队时一度与母亲短暂重逢，3周后又离别。
韩战.1950年12月，蔡命新所在的部队深入三八线以北，曾二度因为朝鲜人民军的包围而陷入孤立的处境，但仍成功逃出。之后，在1951年初成为了（全称「陆军本部直辖敢死队」）的指挥