深大站、高新园站、皇岗站的站名与实际位置不符，极易误导乘客。曾有人大代表提出更名的提案，但由于改名成本高昂而未果。仅有皇岗站因实际位于福田口岸而改名。此外，部分车站命名并不符合实际依据，将工程名沿用或根据此地未来规划进行不恰当修改。现时，铁路公园站，前湾公园站等车站附近并不存在公园，相关配套设施仅处于规划期间。在站名的英文翻译方面，深圳地铁营运初期，各站英文名皆以每字的拼音拼合而成。如「科学馆站」站名翻译为「Ke Xue Guan」而非「Science Museum」。于是列车广播英文报站改用了汉语拼音