不同于原作动画之处.本作剧本化之前的台词被忠实重现，但因媒体特性，漫画未能反映原作中的若干设定。此外，基于同一剧本所创作的漫画、电视动画2种版本各有其取舍追加，发挥了相互补充的作用。关于双方的具体差异，漫画的后记、杂志的报导以及作者的Twitter皆有提及，以下为列举：
魔法少女小圆［新篇］.《剧场版 魔法少女小圆［新篇］叛逆的物语》的漫画化作品，2013年11月12日发行第1册，连续3个月每月发行，全3册。故事发生于［魔兽篇］结局后，但本作比［魔兽篇］