政策事务向行政长官提供意见。在许仕仁上任开始，他对政界中人声称只任两年政务司司长，两年后（即2007年7月新一届政府上场时）不会续任。尽管政界传言他或会续任，但他仍然于2007年7月1日政府换届时离职，但成为行政会议非官守成员。2007年4月获香港大学颁授名誉社会科学博士学位。2008年出任全国政协常委。
贪污被捕入狱.2012年3月8日，香港廉政公署表示特区政府前政务司司长许仕仁涉嫌收受多笔款项及无抵押贷款，当日在东区裁判法院应讯时被加控一项公职人员行为失当罪名。同年