选择自愿受缚。之后，押解至北京。按官方资料记载，仓央嘉措于同年11月15日北上途中死于青海湖附近公噶瑙尔。另一说，仓央嘉措在押解途中逃脱，曾现身藏东南，后前往藏南、拉萨、蒙古，并在蒙古阿拉善隐居直至1746年去世。1709年（清康熙四十八年），清朝廷派遣侍郎赫寿前往拉萨，办理西藏事务。此为清代派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。1713年，清朝政府正式授予五世班禅喇嘛金印、金册，确定班禅和达赖的同等地位，“互为师”，谁大谁为师。
准噶尔汗国入侵西藏（1717-1720