二年（619年）春三月，杨恭仁被任命为门下省黄门侍郎。因为杨恭仁熟悉西北军情，唐高祖任命杨恭仁为河西道安抚大使、检校凉州总管，参与平定割据凉州的李轨。杨恭仁很有治绩，自葱岭已东，都向唐朝朝贡。杨恭仁治下，东突厥未敢犯境。 619年冬十月，遥授杨恭仁门下省纳言，他仍在凉州主持军务。又平定逆贼贺拔威，请功时转授第六弟杨威为骑都尉。武德三年（620年），改任侍中。武德六年（623年）四月，唐高祖召他回长安为中书令、吏部尚书，不久又回凉州主持军务。武德九年（626年）六月，唐高祖次子秦王李世民发动玄武门之变，杀