—吞噬，巨噬细胞亦涉入许多免疫系统的症状。譬如它们会参与形成肉芽瘤的过程，及可由多种病症引起的炎症病变。下文中会形容一些有关巨噬细胞功能和非有效吞噬的疾病，而大部份亦为罕见。巨噬细胞亦被涉入动脉硬化症愈趋严重的血小板病变的具能力细胞。当与流行性感冒展开「战争」时，巨噬细胞会被派至喉咙。但是在杀手T细胞将感冒病毒找出前，巨噬细胞是破坏多于帮忙。它们不只破坏受感冒病毒感染的喉咙细胞，亦会破坏数个位处附近且未被感染的细胞。当人体受到人体免疫缺损病毒（HIV）感染时，如T细胞般，巨噬细胞也会受到感染