秀吉再度于12月8日颁布禁教令。耶稣会后进入日本传教的方济各会非常活跃，对于禁教令相当挑衅，故京都奉行石田三成下令逮捕京都内的方济各会成员与基督徒，并予以处刑。
江户时代.德川家康统一天下后，承认基督教传播。德川幕府第三代将军德川家光力主锁国政策，1616年下令禁止长崎和平户两港口外的对外贸易。大名们失去贸易收入，转向对领地民众增加税收来维持收入。岛原藩主松仓重政于1621年开始建筑岛原城，并镇压天主教徒。1637年10月，岛原的天草四郎时贞率领人民，包围富冈城，爆发岛原之乱。之后