掌握朝政，杀司马元显及其党羽，又流放司马道子到安成郡。至同年十二月庚申日（403年2月3日），被守衞司马道子的御史杜竹林因桓玄的指示以毒酒杀死司马道子，享年三十九岁。晋安帝闻讯在西堂为其哭丧三日。元兴三年（404年），桓玄因刘裕起兵而败死，时大将军司马遵总摄万机，追尊司马道子丞相，并派司马珣之到安成郡迎其灵柩。义熙元年（405年），谥司马道子为文孝王，让司马道子与会稽王妃合葬于王妃陵。史载司马元显连同六名儿子一併处死，其中应包括司马彦璋。