009年当选俄罗斯工程科学院外籍院士。此外，他还曾任冻土工程国家重点实验室主任、西部资源环境科学研究中心首席科学家、国际冻土协会主席、全国政协委员、上海师范大学环境与地理科学学院名誉院长等职。2020年1月，中国科学院西北生态环境资源研究院博导、冻土学家徐中民被曝7年前在期刊《冰川冻土》上发表的论文中吹捧自己导师程国栋，徐在论述生态经济学的过程中，列举了程国栋夫妇的事例，并称“导师的崇高感和师娘的优美感”。事件曝光后，《冰川冻土》对徐的两篇文章撤稿，程国栋本人亦辞去《冰川冻土》主编职务。1月26日，