5年教宗选举秘密会议，当时选出的是教宗本笃十六世。2006年9月15日起担任圣座国务枢机卿。2006年6月26日，他被授予意大利共和国勋章。2007年4月4日起兼任总务枢机。2008年5月10日，再被时任教宗本笃十六世册封为主教级枢机，领弗拉斯卡蒂罗马城郊教区主教衔。他是信理部、东方教会部、、万民福音部、和的成员。
宗座署理.教宗本笃十六世于2013年2月28日因健康问题辞职后，出现宗座从缺，贝尔托内以总务枢机身份担任代理教宗。直到翌月12日进行教宗选举秘密会议选出伯格里奥（方