像鱼类。身体半透明。同嵴椎动物一样，文昌鱼具有一条沿背部下行的神经索，并具有呈条带状的肌节。然而，和嵴椎动物不同的是，文昌鱼的背神经索不是由骨骼所保护，而是由许多柱状细胞所在组成的具有韧性的膜状结构所紧密包围，这种起支撑作用的结构比嵴椎简单得多，又被称为嵴索（notochord）。文昌鱼的嵴索和嵴椎动物的嵴椎不同，它一直延伸进入头部，故文昌鱼所属的亚门被称作头索动物亚门（），其中“cephalo-”在拉丁文的意思就是“与头部相连”。文昌鱼于头部被称为脑室的神经索部份比较粗大，但并不是脑部。并文昌鱼嘴的前端长