在西南太平洋执行「马车轮行动」的主要力量，行动结束后佔领新几内亚，直到1944年10月美国第八军团接替。1944年10月第六军团下辖的第十军和第二十四军进攻菲律宾雷伊泰岛。12月进攻民都洛岛。1945年1月9日第一军及第十四军入侵林加延湾。接着与美国第八军团共同扫荡吕宋岛。第六军团原本要成为没落行动的地面部队，但因为日本投降，因此第六军团佔领日本一段时间后，返回美国本土，驻扎在旧金山要塞。1947年11月15日，巴拿马运河军部改组为美国加勒比陆军。猪猡湾事件爆发后，于1962年8月8日重启，