接通过显微注射注入1～2细胞阶段的斑马鱼胚胎中，使之可以与多数细胞融合。斑马鱼基因敲除的难点在于：基因组在完成辐鳍鱼和肉鳍鱼的分化之后的基因复制中，由于同源基因互补，同源基因中其中之一很难不被表达。尽管斑马鱼的基因组很复杂，市面上还是不少有供研究基因表达谱以分析基因表达的国际化的商业平台的，并且还推荐使用技术的规范。
基因组测序.在2001年启动斑马鱼基因组测序项目。蒂宾根参考样品系的基因组序列可以在美国国家生物技术信息中心(NCBI)的斑马鱼基因组上获得。斑马鱼参考基因组被注