明治维新后，山内容堂被任命为新政府的内国事务总裁，明治2年，他因法国在日领地的事情上处理不当致使数十名法国士兵身亡，此后他以身体不适为由而获准请辞。由于山内容堂对王政复古此事有功，被册封为权中纳言，享有终身5,000石的俸禄。又于明治2年6月的戊辰战争中有功，明治天皇赏赐其4万石禄。明治5年6月21日逝世，他因长年喝酒导致脑溢血而辞世，享年46岁，过世后的一星期后，被追赠从一位，并葬在土佐藩下屋敷的大井公园（品川区东大井4丁目）。