江州运十万斛米及五千匹布作军资，获得批准。太元十三年（388年）迁都督司、雍、梁、秦四州诸军事、雍州刺史、戍洛阳。当时晋孝武帝更派杨佺期及赵睦各领一千兵归朱序统率。后朱序又求取得前荆州刺史桓石生的百顷府田和八万斛谷，亦获批准。太元十五年（390年），西燕帝慕容永攻洛阳，朱序自河阴（今河南孟津县东）北渡黄河，先于泌水败其将王次，后与参军赵睦及江夏相桓不才追击慕容永，在太行大败对方。然而当朱序追击至白水时，翟辽又打算进攻洛阳，朱序被逼退还并击退翟辽。及后就留兵戍守洛阳，自还襄阳。后朱序屡次以老病请求解职