知名研究机构、大学、地方政府等展开了科研合作。国际上，2014年，意大利国家研究委员会与研究院签署长期合作框架协议。2016年，法国远东学院与研究院签署科研合作协议。2017年，中国文化遗产研究院与英格兰遗产委员会签署城保护研究合作协议。 2018年，塞尔维亚伏伊伏丁那省文化遗产研究院与研究院签署合作框架协议。国内，学术上先后分别与浙江大学、复旦大学、中山大学、北京科技大学等学府签署合作框架协议。社会上，分别与故宫博物院、天津恒达文博科技有限公司、澜沧县人民政府等组织、机构、地方政府签署合作框架协议。