获得多数支持，终究落选。2003年，施明德应邀前往美国乔治梅森大学担任客座教授一年。这一年中，施明德在两岸事务上提出「一中欧盟化」的新主张，盼望打破两岸的僵局；对内提出内阁制的宪改方案，企图终结政党恶斗和族群撕裂的乱象。2005年10月6日，国立台湾大学政治学系为「表彰施明德先生对台湾民主发展之卓越贡献」特设立『施明德先生讲座』，以推动族群和谐、政治和解、两岸和平为宗旨。2006年5月，与诺贝尔和平奖得主、南非前总统戴克拉克对谈「和解：南非经验 台湾愿景」。2006年8月，发起台湾反贪倒扁运动。