，可是，这时的克林顿已经顽疾缠身，以致久久未能成行，结果总督一职改由查尔斯·奥哈拉（Charles O'Hara）以副督身份暂代。克林顿始终也没有痊癒过来，在1795年12月，他进行一项小型手术移除膝盖的脓疮，但是手术失败，数日后在12月23日卒于伦敦摄政公园附近的波特兰广场家中，终年65岁。 他死后遗体安葬于温莎堡附近的林肯礼拜堂。
家庭.克林顿在1767年2月娶女子哈莉特·卡特（Harriet Carter）为妻，两人共育有五名孩子。哈莉特在1772年8月早逝，对克林顿构成很大