1912年4月哈汉章任总统府军事顾问，1913年获授陆军中将衔。1912年7月7日，中国回教俱进会在北京花市清真寺成立，哈汉章为“赞成人”之一。黎元洪任大总统时，哈汉章兼任总统府军事幕僚长。1917年，在府院之争中，金永炎、丁世峄、哈汉章、黎澍是大总统黎元洪的主要幕僚，被国务总理段祺瑞方面称作“四凶”。1922年7月4日，获授将军府廉威将军。1922年12月，获授二等大绶宝光嘉禾章。 1923年1月，哈汉章任蒙疆善后委员会委员之一。黎元洪下野，哈汉章也随之脱离军政界，返回湖北。在湖北，哈汉章准备筹资兴修