吴锦丽（Bernice Wu Chin-li）在小学时相识，他们育有两子一女：长子Ted（1963年出生，新闻业）、次子Sidney（1966年出生，医师）、长女Charlotte（1969年出生，社会学家）。兄长李远川为美国约翰霍普金斯大学教授，中央研究院院士。小弟李远鹏为新竹国立交通大学教授，也是中央研究院院士。小妹李季眉为国立中兴大学环境工程学系教授，曾任国立中兴大学副校长。
参与教育改革.李远哲在1994年9月应行政院院长连战邀请，担任行政院教育改革审议委员会召集人。行政