两地修道院的创立，其中位于 Ixmiquilpan 的修道院拥有杰出的壁画，绘制于十六世纪下半叶，它呈现了原住民的主题也结合了基督教神话的元素。随着奥托米人的基督教化，他们开始适应欧洲的政治组织形式，然而奥托米人仍然保有自己的民族认同。 殖民时期，修士对于原住民文化和语言的研究有着显着的贡献。不过，相较于纳瓦人，有关于奥托米人的纪录甚少。最着名的是乌曼德拉抄本，内容关于特拉斯卡拉地区奥托米人从西班牙时代到十六世纪的征服史，另外，彗查班抄本（）同样具有重要性。西班牙人到达中美洲，意味着原住民族开始受