有一些部队因内讧、退路被切断等原因脱离石达开。这些部队脱离石达开后，有些成功通过清军控制区返回天京一带会合太平军本部，有些则在半途被清军打散，并有多名将领死于内讧。其中，彭大顺在途中战死，童容海、吉庆元、朱衣点等与部队约五万人在1861年到达江西与忠王李秀成部会合。
远征川、黔、滇.1861年9月，石达开自桂南北上，于1862年初经湖北入四川，自此，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，石达开转战川、黔、滇三省，先后四进四川，并于1863年4月兵不血刃渡过金沙江，突破长江防线。5月