玄失败而北逃至南燕，在南燕官至司空。后涉及刘敬宣、高雅之谋杀慕容德事而被杀。
生平.太元二年（377年），谢玄就任兖州刺史，镇守广陵（今江苏扬州市），大举招集兵勇以应付北方前秦的军事威胁。刘轨就因骁勇而获选。这些人就成为后来的北府军。刘轨后任冀州刺史。元兴元年（402年），桓玄大杀刘牢之麾下的北府旧将，其中包括刘轨的弟弟刘袭及刘季武。刘轨于是联结司马休之、刘敬宣及高雅之等人共据山阳，打算起兵反抗桓玄，但最终失败，被逼北走南燕。刘轨在南燕甚得南燕皇帝慕容德宠信，官至司空。元兴三年