操作系统无法运作。用户或应用程序也可自由更改配置文件以致操作系统无法启动或正常运作。安装软件常常覆盖或删除系统文件，但没有正确检查被覆盖或删除的文件是否为更新的版本或正在使用着。这就是DLL地狱的由来。Windows Me引入系统文件保护机制及系统还原来解决此问题。而被Windows 9x从DOS继承的FAT及FAT32文件系统则没有文件保护机制，也没有类似NTFS的文件权限机制。
硬件支持.
驱动程序.Windows 9x的设备驱动程序可以是虚拟