隶财政部。1981年1月，设立国际合作处、投资业务处、技术处、设置中小企业处；农业司、工业司改组为农业局及工业局。1984年7月20日，行政院农业发展委员会与经济部农业局合併，成立「行政院农业委员会」；农业事务移出经济部。1992年5月，为率先推动企业识别系统(CIS)，经济部总务司负责推动「经济部识别体系」，并委请中华民国对外贸易发展协会设计推广中心负责协助经济部识别体系之整体规划设计，现行蓝红二色「E」字部徽由此诞生。1996年12月，合併水利司与水资源统一规划委员会，改设「水资源局」。1999