该年重修。同治十二年（1873年），鄞山寺再度重修。在日本政府积极建设基隆港政策下，北台湾商港地位从此转移，淡水因此商业转向没落，当地庙宇香火也受到影响。鄞山寺庙运一蹶不振，庙里几尊骨董神像及唐山师傅所刻之雕花天花板，被宵小洗劫一空。1980年代，朱天心以「奄奄一息的破庙」形容其印象。今寺址为邓公路15号，自初建之后百年三次修护无太大改变，其因是香火不盛而没钱重建，寺柱尚留有张鸣纲题的楹联。1985年指定为二级古蹟后，管理委员会自行筹资于1993年修护，并在庙埕旁再建文化大楼。县政府曾委託李干朗调查