，1897年台东支厅升格为台东厅后，下设三辨务署，分别为管辖莲乡的奇莱辨务署、管辖新乡和奉乡的水尾辨务署，以及管辖南乡跟广乡的卑南辨务署。到1901年时，废办务署改设支厅，原卑南辨务署分拆为厅直辖跟二支厅，整个台东厅已拆为5个政区。1909年台东厅分出花莲港厅，东部设三政区的规划已完全消失，现今花东二县的范围也大致底定。
行政区划.1889年（光绪十五年），台东直隶州下设行政区划，共分五乡九堡：