续进行大规模的移民运动，史称“湖广填四川”。这次历时长达100多年的移民运动使得一开始人口缺乏的四川获得大批劳动力，经济得到恢复。到清朝中后期，四川省经济仅次于江苏、浙江、广东，位居全国第四位，属于经济发达的省份。嘉庆元年（1796年），四川爆发川楚陕白莲教大起义，历时9年清廷才将起义镇压下来。
近代.1895年，李鸿章和日本政府代表伊籐博文签订《马关条约》，其中规定增开重庆为通商口岸，民族资本主义在四川开始萌芽。19世纪60年代，太平天国将领石达开入川，之后又爆发成都教案以及义和