争开始后，但焘于1917年南下广州，任护法军政府秘书长。此后一度回上海守孝。1919年，但焘担任参议院秘书长兼宪法会议秘书长。1927年，但焘加入桂系控制的中国国民党湖北省党部，蒋桂战争期间曾起草声讨蒋介石的宣言，失败后下野。1934年开始，但焘在国民政府任秘书。1946年出任新成立的国史馆副馆长，实际主持工作。1948年辞职，后去台湾，曾担任总统府资政，1970年病逝于台北。但焘是民国时期着名的诗人之一，对于清朝历史亦有研究，1915年曾翻译出版稻叶君山的《清朝全史》。