根据1984年11月14日全国人大常委会《关于在沿海港口城市设立海事法院的决定》，同意在海南省海口市设立海口海事法院。1990年3月10日，根据1990年3月2日最高人民法院《关于设立海口、厦门海事法院的决定》，海口海事法院正式成立。海口海事法院属海南省直属机构，人事管理和财政归属中共海南省委组织部和海南省财政厅，对海口市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，审判工作受海南省高级人民法院监督。
管辖.海口海事法院管辖海南省所属港口和水域及西沙、中沙、南沙、黄岩岛等岛屿和水域内发