同中坜市公所，先后收购中坜市水尾里育英路土地，即兴南国中现址。创校之初仅有8间教室。其校址原是一片洼地，填土后兴建校舍，惟地势仍低于附近民宅，且排水系统不良，毎逢大雨即遭水患，雨后污水淤积不退，曾有「黑龙江」之戏称。 前校长颜世伟任内，为解决操场淹水问题，将大操场填高，形成操场高于教室，司令台低于操场的特殊景观，日久师生遂不以为怪。2004年8月受台风海马侵袭，洪水淹没教室、办公室，水深达1公尺多。为解决水淹之苦，前校长洪静芳遂编列校内预算，于1楼各处室门口设置防洪闸门，每遇大雨特报发佈即放下闸