入新党。随即替当时加入新党的朱高正助选首届台湾省长选举，并出资成立地下电台，参加谈话节目累积知名度，进而成为政论名嘴。
亲民党时期.在2000年总统大选时，出任宋楚瑜竞选总部的发言人，后宋楚瑜组建亲民党，邱毅也随之加入。于隔年立委选举中，以亲民党参选人之身分投入高雄市第二选区参选，在该区应选五席而国民党提名三席的夹杀下，邱毅仍突围当选，而国民党则三席皆落选。2002年直辖市议员选举中，在邱毅的带领下，亲民党在高雄市议员开出提名九人当选七人的佳绩。后来爆发高雄市议长贿选案，多位议员丧