，日军入侵香港，爆发香港保卫战。抵抗18日后，杨慕琦在1941年12月25日「黑色圣诞节」向日军无条件投降，沦为战俘。他在战时先后被监禁于香港半岛酒店、台湾及满州国的沈阳，后期受尽非人折磨。二战在1945年8月结束后，杨慕琦没有立即复任港督，香港事务暂由夏悫成立的军政府打理，直到他于翌年5月复任为止。战后，杨慕琦爵士提出在香港推行称之为「杨慕琦计划」的政治改革，计划成立民选市议会下放政府权力，但碍于地区局势及其他客观条件所限，他复任仅一年便于1947年5月任期届满退休，有关改革又未获继任港督葛量洪爵士支