将原来关系不大的环境及运输合于一局；外界普遍认为这是由于2001年环境保护署否决九广铁路的落马洲支线穿过塱原湿地，董为免类似的尴尬情况再出现，于是将两个相关部门置于同一局长之下。董建华自己也承认决策局合併的方式「不太科学」。到了2007年7月1日，曾荫权在2007年香港特别行政区行政长官选举中连任行政长官，决策局轻微改动，重组成12个决策局，新增决策局为发展局，外界改称为「三司十二局」。其后在2012年香港特别行政区行政长官选举后，当时候任行政长官梁振英提出「五司十四局」，其中为政务司司长及财政司司