天正15年（1587年）迎娶浅井长政的女儿・初为正室。1590年因小田原征伐功绩获封成为近江国八幡山2万8千石大名。叙任从五位下侍从。文禄4年（1595年）加封至大津6万石，叙任从四位左近卫少将，获赐丰臣姓。翌年叙任从三位参议（宰相）。1600年，德川家康讨伐会津时，高次受到家康坚守大津城的委託。不久后氏家行广与朽木元纲前来要求高次加入西军，此时高次考虑大津城的守备不足，以及考量在大坂担任人质的嫡子熊麿（京极忠高）的安全，而同意加入西军。然而，表面上高次在动员准备参战，实则仍暗中将西军的动向告知家康。