替王光宇担任调查局局长，总计在位8年。卸任调查局长后遭起诉并被判刑，成为第一位被羁押及入狱的卸任调查局局长。
争议.
扁家密帐案.由于叶盛茂在调查局长任内涉嫌将艾格蒙联盟调查陈水扁家族洗钱的情资洩漏给陈水扁，2008年12月4日一审宣判，被判有期徒刑10年、褫夺公权5年。2011年5月20日台湾高等法院二审宣判，被判有期徒刑6年，其中洩密罪被判有期徒刑2年6月定谳，7月14日晚间入监，编号3411。2012年9月13日，假释出狱。因隐匿扁媳黄睿靓瑞士帐户情