第二批侨生10名抵达。此后又有不少来自新加坡、马来西亚等地的华侨学生前来求学。学堂最初只设立了中学部和小学部，性质类似今天的华侨补习学校。1909年，暨南学堂已有在校学生167名，1911年发展到240名。1911年10月，辛亥革命爆发，各省纷纷响应，清张勋领着“辫军”攻进南京城后，曾运来大炮对着暨南学堂。学堂赶紧把学生送到上海避难，大部分侨生返回南洋，小部分参加了革命党，而暨南学堂也因此停办。暨南学堂停办以后，海外华侨和国内教育界人士都强烈要求恢复暨南学堂，却遭到袁世凯的百般阻挠，原因是袁世凯窃据大总统宝