表第二次整体运输研究报告，当中便提及到当时有计划兴建的东九龙线可由上环向南延长至香港仔。至于独立的南港岛线之定线雏形，可追溯至香港政府运输科于1993年发表的铁路发展谘询文件，南港岛线是一个中型铁路系统，定线分为两部份：纵线来往金钟南部的太古广场站、田湾、鸭脷洲邨及利东邨；横线来往钢线湾（今数码港所在地）、华富邨、华贵邨、田湾、香港仔、黄竹坑及香港海洋公园。当时政府表示该线并无逼切需要兴建，而造价则估计约58亿港元。 而在1999年香港政府的铁路发展研究中，南港岛线改为以上环站林士街月台作为港岛北岸