东北地区的统治，清政府被迫寻求东北统治模式的变革。光绪三十二年（1906年），载振、徐世昌赴东北考察探访，提出东三省改制建议。光绪三十三年三月己亥（1907年4月20日），东北正式改制，三个将军辖区改建为奉天、吉林、黑龙江三个行省，裁撤吉林将军和黑龙江将军，改盛京将军为东三省总督，并加授钦差大臣的头衔。东三省总督同时为三省最高行政、军事长官，理论驻地分别为三省的行省公署，但原则上在奉天行省公署办公。同年五月壬辰（6月12日），徐世昌正式上任首任东三省总督。宣统元年（1909年）正月，徐世昌调回中央，