协议中规定，在印尼本土对军队、内卫警察部队参与98事件人员，进行秘密抓捕。根据新加坡、马来报道，03年1年内多达231名军官被捕，4名将军因此被搁置。台湾在5月14日认为动乱没有特别针对台商或华裔印尼人，并不是排华行动，不到实施撤侨的最后时刻。根据《中时晚报》报道，5月16日起指派紧急指派专机飞往印尼疏散受难者，并且安排C-130运输机于国内待命及派遣舰队至峇里岛海域随时进行撤侨。中华民国政府要求保护受难者，并威胁要撤回中华民国在印尼的投资（约130亿美元），禁止印尼劳工入境（约1万5千人）。对于印尼表达