密切，特别是与李贽过从甚密，“笃信卓吾之学”。他与李贽“相率而为狂禅，贽至于诋孔子，而竑亦至崇扬墨，与孟子为难”。焦竑继承王阳明及耿天台、罗近溪等人的思想而有所发展，反对蹈空崇虚，是晚明泰州学派重要学者。焦竑善写古文，家中藏书丰富，又勤于着书。着有《国朝献征录》120卷、《熙朝名臣实录》27卷、《逊国忠节录》4卷、《国史经籍志》6卷、《玉堂丛语》8卷、《皇明人物考》6卷、《京学志》8卷、《词林历官表》3卷、《焦氏藏书目》2卷、《澹园集》49卷及《续集》27卷、《老子翼》、《庄子翼》、《楞严经精解评林》、《楞