选举再次参选，最后败于执政的新千年民主党总统候选人卢武铉，他其后宣布退出政坛。2007年1月1日李会昌在首尔龙山区西冰库洞的住宅宣称，「自上届大选失败后，我就宣布退出政界，这一立场至今没有改变。」然而在11月17日，李会昌因为不满大国家党总统候选人李明博的北韩政策（他认为李明博会维持过去金卢两任政府的阳光政策），他宣佈退出大国家党，并以独立候选人身份参加2007年大韩民国总统选举，但最后得票排第三，败于李明博，未能当选。
自由先进党.2008年自由先进党成立，李会昌当选总裁，