原和铁岭沦陷，首都燕京震动。战争中，明神宗多有佈置方略，但一直吝惜内库帑银，不愿拨内帑充饷，直至朝臣再三请求而后才勉强发了帑银十万，但其中多黑如漆或脆如土，致使师老饷匮。待四路殒将覆师后，神宗才又警愦振聋，发了近四十万两内帑银解赴辽东，并任用熊廷弼守辽东，并给予其大力支持，屯兵筑城，振饬军备，才稍稍将东北局势扭转。虽然明神宗多年未正式上朝，但大到朝鲜之役，小到顺天府祈雨，均由皇帝在内宫作出，并发各部门直接执行。
驾崩.萨尔浒之战后，辽东失陷，神宗郁郁寡欢，焦劳国事。万历四十八年