1898年租借新界后旋即兴建的的十三间警署之一。旧上水警署是新界第六个永久警署，故亦被称为「六号警署」。1941年至1945年日本佔领香港期间曾改作日军分区总部。1945年日本投降后先改为英军总部，后再继续由香港警队之用。1979年3月，上水警署搬到位于粉岭的新址，原址则改为警民关系组办公室及少年警讯会所。1993年7月，整个建筑用作少年警讯会所至今。
文物价值.旧上水警署是其中一间现存最古老的新界区警署，其位置在上水乡中央 — 昔日北区最繁盛的地方之一，传统宗族社交地点如廖万石堂