喀斯特地形也形成特殊的生态栖息地，如兹尔马尼亚河和克尔卡河的峡谷和石灰华，以及，有些还栖息着唯一已知的穴居两栖类嵴椎动物—洞螈。克罗地亚境内也有面积的疏林，约佔国土的47.5%，其他栖息地类型还有湿地、草原、沼泽、沼泽、丛林、沿海和海洋栖息地。在植物地理学上，植物区系分区的单位由上而下依次为界、区、省，克国植物被划分于泛北极植物界（Boreal Kingdom）下面的二个植物区内，分别属于环北极植物区（Circumboreal Region）下的伊利里亚植物省（Illyrian province）与中欧