虽然短期之内无法解决中国国内民族主义情绪的问题，但是赔偿协议已经除去了中国和美国恢复在使馆被炸后所中断的军事等方面联系的障碍。中美关系到1999年底开始逐渐恢复，北约对死伤的受难者进行了经济赔偿。时任美国总统比尔·克林顿亲自为此事件道歉。1999年北约炸毁中国驻南斯拉夫大使馆时，曾在克林顿政府担任国家情报官，负责东亚事务的傅高义，以“前中情局官员”身分直指中情局对外宣称因地图定位错误而“误炸”中国使馆的说法并非事实，引起美方高度紧张。傅高义不认为此事有人故意，更不可能是政策性决定。此事应该是一连串失误