元廷派三万二千余人东征日本，最后因为台风侵袭而伤亡惨重。1281年七月，忽必烈又发动第二次侵日战争，日本史书称为“弘安之役”，由范文虎、李庭率江南军十余万人，到达次能、志贺二岛，因日军积极抵抗，且元军又遇到台风，最后再度惨败。通常认为台风（日本人称之为“神风”）与元军不擅水战是造成失败的最大原因（另一方面，高丽和南宋工匠故意制作式样错误的战船）。而后元世祖又准备第三次东征，因大臣劝阻，再加上出兵安南的缘故而罢。而后元世祖多次遣使均遭日本拒绝，通使关系一直未能建立，但是元朝与日本的经济和文化交流仍然十分繁盛，