东日本採用亮深绿色，代表日本东、北部的自然景观；NEXCO中日本採用橘色，代表着活跃繁荣的景象；NEXCO西日本採用明晰的蓝色，代表日本西、南部的海洋与天空。三家公司的代表色恰好各与JR集团的东日本旅客铁道（JR东日本）、东海旅客铁道（JR东海）、西日本旅客铁道（JR西日本）相同。