576年元亲的二弟吉良亲贞的过世、三好家十河存保的反攻与信长的废除同盟等，都让元亲在长宗我部家的发展与维持上举步维艰。1582年，织田信长本来有意集合军队渡海攻打四国，但却于本能寺之变中遇害。信长死后，趁机攻打宿敌十河存保（中富川之战），并与柴田胜家、德川家康结盟，至1585年时几乎统一四国，此时四国是否全由长宗我部家统治还有争议。
臣服秀吉.1585年，羽柴秀吉派遣羽柴秀长等人攻打四国霸主长宗我部氏，元亲下令将兵死守防卫线上，防止对方登陆，长宗我部元亲死守居城应战，初时羽柴秀吉要