反应、变换、互作、激活或者抑制的生化过程。而基因共表达网络并不尝试判定因果关系，边只代表基因之间的相关或者依赖关系。有类似功能或参与统一生物功能的基因会产生很多相互作用，在基因共表达网络中会体现为模块或连接丰富的子图。基因共表达网络一般是用高通量基因表达谱技术（如微阵列和RNA测序）生成的数据集建立的。
历史.Butte和Kohane在1999年提出了基因共表达网络的概念。他们到很多医学实验室收集了很多病人的检验数据，计算了Pearson相关系数，用网络来表示，将超过一定水平的