月经广东省人民政府批准，在三校联合办学的基础上筹办“惠州大学”，并在惠州市区河南岸马庄征地用作新校区。1993年9月正式成立惠州大学。2000年3月经全国高校设置评议委员会投票通过，教育部正式批准升格为本科院校并更为现名。2016年6月，广东省教育厅与惠州市人民政府支持共建惠州学院。2021年1月，肇庆学院正式成为广东省属本科高校。
学院规模.据学院官方资料，惠州学院占地总面积为160.65万平方米，建筑面积25.62万平方米，绿化面积12.66万平方米。馆藏图书104.50万册，