用机理尚不十分清楚，很大程度上停留在推论阶段。目前常用的IRES分爲I型和II型，其中源自嵴髓灰质炎病毒（PV）IRES元件的称爲I型，源自脑心肌炎病毒（EMCV）IRES元件的称爲II型，II型比I型更加常用。
应用.在基因工程中，IRES可在真核细胞中使一个转录本转译出两条独立的肽链，这能满足仅通过载体中单个转录本使宿主表达两个独立的蛋白质而不是一个融合蛋白的要求。如果需要令两个蛋白分开表达（例如需要一个蛋白进入细胞核中、另一个蛋白在细胞质中表达），又希望只在载体上构建一个