义满逝世后，其政策大部分被义持废除。北山第除了金阁以外的建筑也被义持拆毁。义满偏爱的次子足利义嗣被迫出奔，被义持以谋反罪杀害。义嗣的子孙逃往越前，成为世代的鞍谷公方。此后，第六代将军义教曾恢复其政策，但在嘉吉之乱中为赤松满祐所暗杀，改革停止。而第八代将军义政也曾试图恢复其政策，但因应仁之乱的爆发而失败。
皇位篡夺和暗杀说.田中义成、今谷明等学者认为足利义满有篡夺皇位的企图；而受到此说法的影响，作家海音寺潮五郎、井泽元彦等人认为义满是由于皇室为了阻止其篡位而被暗杀的。日本从平安时