派别动队佔据倭古京，在近江势多大破大友皇子的军队。大友皇子败走，臣下四散，独物部麻吕不舍离去，大友皇子遂自杀。大海人皇子次年正月即位，死后谥天武天皇。
经过.660年代后期，天智天皇将同母异父的弟弟大海人皇子封为皇太子后（在《日本书纪》中称其为「皇太弟」。此外，亦有人认为立大海人皇子为储君一事乃《日本书纪》所杜撰）却在天智天皇10年10月17日（671年11月26日）表现出欲立其子大友皇子为太子之态度。之后，天智天皇卧病不起。大海人皇子推举大友皇子为皇太子，自请至吉野宫（奈良县吉野