色体上的抗穆氏管荷尔蒙（AMH）等，也包括性染色体上的基因座。很长一段时间，人们认为Y染色体上的H-Y抗原（后被命名为KDM5D）是决定雄性睾丸形成的“睾丸决定因子”（Testis-determining factor，TDF），但后来证明不是，SRY基因才是。