钩町（今云南广南一带）也发生叛变，钩町王攻杀牂柯太守周韶，跟者益州蛮夷也攻杀太守程隆。越巂、遂久、仇牛、同亭、邪豆之属，陆续叛变。王莽屡次派兵讨伐，宁始将军廉丹率领的大军水土不服，数十年拖延未果。而后以文齐为太守，他开垦南中，劝降西南夷，与其恢复关系。公孙述佔据蜀地后，文齐据南中不愿投降。到东汉时才归顺汉光武帝。
军事制度.军事制度承袭西汉，但王莽更改官制名称为古称。为了平定叛乱，王莽採取「以军领政」的方式控管地方。他命令原为文官的「七公六卿」都兼称将军，监督地方官吏，以便稳定地方