白礁一带有盗贼猖獗，居民只好祈求保生大帝保祐，之后官军成功讨伐盗贼，并且击毙首领李三大将，居民认为这是保生大帝保祐让官军有如神助一般讨贼成功，于是更加虔诚，而盗贼首领被击杀之处，也就是青礁慈济宫的所在地。南宋绍兴廿一年（1151年），青礁出身的吏部尚书颜师鲁奏请立庙，原本大家打算将庙盖在云峤院旁，但有一名请来的工人叫高宁，突然像是喝醉发狂似地大喊：「此非吾所居。龙湫之阳，昔有盟焉。」然后将大家带到龙湫庵南边，挖出三个瓦罐且里面还有一条青蛇，众人于是依照神明指示在此建庙。据说过去保生大帝生前与好友黄驭山经过此