后与异母兄长回到祖籍，江苏省武进县。恽铁樵的家境贫穷，所以立志发奋、刻苦攻读。1891年，13岁就读于族中私塾，聪颖异常，日读六十行。1894年，16岁，中了秀才。1896年，19岁，与夫人丁氏（丁晚晴）结婚。1898年，20岁全部读完了科举经典。另外由于乡风的熏陶，这时已涉猎了《温病条辨》等医学着作，粗通医道。1900年，23岁，游幕汉口1903年，25岁考入上海南洋公学，攻读英语，成为近代中医界精通旧学，又系统接受新学制教育的少数人。1906年，29岁南洋公学毕业后，恽铁樵先