从重庆还都南京。11月，制宪国民大会在南京国民大会堂召开，12月通过《中华民国宪法》。1949年初，中国共产党在华北取得对中华民国政府战略决战的胜利，进逼长江北岸。1月26日占领六合县城。4月20日，解放军发动渡江战役，4月23日晚上攻入中华民国首都南京，次日凌晨占领中华民国总统府。28日，成立南京市军事管制委员会，管理城市市务。5月，南京市人民政府成立。中华人民共和国成立后，南京成为由中央人民政府直辖的中央直辖市，下设13个区。1949年8月增设1个郊区。10月，南京市的大黄洲、小黄洲划归和县管辖