澎湖机场为军民合用机场，民用部分由交通部民用航空局马公航空站（机关名称—民航局马公航空站，未来则配合交通部组织改造时，再改制为民航局澎湖航空站。）管理及营运；军用部分为空军马公基地。
航空公司与航点.由立荣航空、华信航空、德安航空营运台北松山、台中、台南、嘉义、高雄、金门及七美共7条航线，主要以ATR72-600、A321-200、E190、DHC6-400等机型执飞。2019冠状病毒病疫情爆发，国际线需求下降，但离岛航线需求大增，华信航空部分航班由台湾虎航A320-200营运