世有不少史家质疑王国维的见解，特别是随着不断的考古新发现，王国维的见解有一些被认为是片面的，例如分封制在商代是存在其雏形的、商末存在嫡庶之分，再比如商代虽然伦理道德较为开放自由，但《商书》中亦有“刑三百，罪莫重于不孝”，刑律并非与道德完全不相干。而史家陈梦家则认爲王国维“乃徣他所理解的周制来证明周公改制优于殷制，在表面上似乎说周制较殷制为进步的，事实上是由鼓吹周公的封建制度来维护清代的专制制度。”他又表示《殷周制度论》“在实际上是王氏的政治信仰。”