採用吊挂式传动由于EMU1200型沿用原有EMU200型的机电系统并未随着车辆更新有所改造的缘故，加上列车编组亦须遵守原先EMU200型3辆一组的模式，遇到车辆故障时也无法灵活替换编组检修，且有时候因为动力车马达故障而导致牵引力不足的情况，偶而需要加挂辅助机车来行驶。另外，EMU1200型行经中性区间时，有些微机率发生客室内所有电源供应突然中断（照明灯熄灭、旅客资讯显示器无显示、通道门无法自动感应开启等）之情形。
供电系统.车内的冷气及照明电源由EMC及EM车下的马达交流发电机组〈M