安郡分设晋安郡，下辖8个县（侯官、原丰、温麻、晋安、同安、新罗、宛平、罗江），闽北的建安郡也有8个县（建安、吴兴、东平、建阳、邵武、将乐、延平、绥城）。晋惠帝永嘉年间，八王之乱、永嘉之乱，大批中原士族“衣冠南渡”入闽。其中有八姓入闽：林、黄、陈、郑、詹、邱、何、胡。南朝梁天监年间（502年-519年），又从晋安郡分置南安郡，郡治设今南安丰州镇。 547年（梁太清元年），发生侯景之乱，长江流域的主要城市：建康（南京）、江陵、江州（九江）、广陵（扬州）等都受到战火破坏，大批三吴难民南下入闽避难。