03和ReactOS.基于Windows NT的操作系统，包括Windows 2000，XP，和2003都没有把MS-DOS当作系统的核心成分。这些系统可以使用FAT，一个MS-DOS和早期版本的Windows所使用的文件系统；但是，他们一般默认使用NTFS（NT 文件系统）。FreeDOS不能和这些系统在一个单独的NTFS或FAT文件系统里和平共处，但是FreeDOS内核还是可以被添加到Windows NT Boot Loader配置文件，boot.ini，或React OS中的freeldr.ini来