医学教育奠基者之一的台湾总督府医学校第三任校长堀内次雄（1873-1955，任期1915年-1936年），父亲小田俊郎（1892-1989，东京大学医学博士）为台北帝国大学医学部附属病院首任院长、内科教授、与最后一任医学部部长（1934年-1947年二二八事件时在台），兄小田稔为无线电天文学者。小田滋于小学时随父亲至台湾，自南门小学校（今台北市中正区南门国民小学）毕业后，继续于台北接受七年教育。1943年毕业于台北高等学校（国立台湾师范大学前身），与其兄、中华民国前总统李登辉、作家暨实业家邱永汉、和台语