东县境内的第一至四标段，因滨临海岸线，在2006年变更部分路线设计，以增设两处隧道的方式取代原路线规划的滨海平面道路，希望减轻对海岸环境的影响。此变更案依法须再提出环境影响差异分析报告送审，最终于2010年10月1日通过。此案引发环保团体反对，并指责屏东县政府四年多来从未在环评审查会上表达反对立场。屏东县政府于2012年划设自然文化保留区及中央未能居中协调解决相关问题，致工程延宕多年仍无法兴建旭海至下南田段，公路总局枫港工务段已着手将征收土地及地上物归还于民，也宣告着台26线不会贯通了，已没有兴建的计画