旗特种部队被俄罗斯联邦国家安全部（）接管，后来又被俄罗斯联邦国家安全部的后继者联邦反间谍局接管，1993年10月，在俄罗斯宪政危机中，信号旗特种部队接到命令去进攻俄罗斯最高苏维埃所在地——白宫，但是信号旗特种部队拒绝了这一要求。同一年，信号旗特种部队被内务部接管，由于无法接受自己由原来的军人身份降格为警员，278名队员中只有57名成员选择继续留在部队服役。剩下的成员组成的部队被内务部重新命名“维加特种部队”。1995年，俄罗斯联邦安全局接管了维加特种部队并将其改名回“信号旗特种部队”，信号旗特种部队随后