南、北镇抚司下设五个卫所，统领官称千户、百户、总旗、小旗。一般军士称为校尉、力士，雅称为「缇骑」。瞿式耜曾道：“往者魏、崔之世，凡属凶网，即烦缇骑，一属缇骑，即下镇抚，魂飞汤火，惨毒难言，苟得一送法司，便不啻天堂之乐矣。”顾大武的《诏狱惨言》曾描写杨涟在内的“六君子”在镇抚司内的惨状：