升读大学的念头，影响中、小、幼学生无心向学以及博彩业一枝独秀而引起的风波，除女中部安稳渡过外，学校受到严重冲击，英文部被迫停办，男中部、小学部收缩班额，因此迁小学部于男中部上课；教师纷纷转往他校工作。另外，幼稚园由女中部管理，迁入主教府上课。男中部委託慈幼会神父主持男子部校务。1972年，圣方济各会退出託管，男女子部均由慈幼会神父掌理。1974年2月，慈幼会退出管理，移交所有校部于天主教澳门教区。
合併期.1974年7月，罗玉成神父出任圣若瑟中学校长，并宣佈直属主教府，合併男女