后赛制度增加为未夺半季冠军，而年度战绩第一之球队可打挑战赛。
1998－1999年：悲情老二.1998年，狮队年度战绩排名第2，在决定另一张台湾大赛门票的挑战赛中，遭到年度第3的龙队击败，无缘晋级。1999年，狮队认养台南市立棒球场，成为统一狮职棒队主场。同年，狮队仍是年度排名第2，再度不敌年度第3的龙队，无缘争冠。
2000年：勇夺第四冠.2000年，狮队以4:3击败兴农牛，夺得队史第4座台湾大赛冠军。
2001年：一场之遥.