海崃两岸开放直航，对澳航赖以生存的中转市场产生重大冲击。两岸中转客货运市场大幅萎缩，澳航失去了佔客运业务60%以上的两岸中转旅客，公司收入大幅下滑，之后又遭遇全球金融危机，澳门经济低迷，澳门航空陷入严重亏损，濒临破产边缘。与此同时，澳门特区政府、澳门中联办、中国航空集团对澳门航空进行资助，由国航牵头对澳门航空进行了股权重组和注资，向澳航注资1.59亿元，同时派出了专业团队，开启了澳航艰难的转身。转型过程中，澳航首先将两岸中转联程市场转变为以澳门为旅游、休闲、娱乐目的地的点到点市场，依託中国经济和澳门经济