7年接替刘麒祥任苏松道道员一职，1899年由李光久接任。1901年7月4日（光绪廿七年五月十九日），蔡钧被任命为大清出使日本国钦差大臣。1901年11月27日（光绪廿七年十月十七日）到任。1901年12月7日（光绪廿七年十月廿七日）代表清朝向日本递交国书。1903年（光绪廿九年）被免职。1903年10月15日（光绪廿九年八月廿五日）离任。 
驻日轶事.担任大清出使日本国钦差大臣期间，曾接受湖北陆军学生监督姚昱的申诉，姚称在1903年3月31日晚上，其头发上的辫子被陈独秀、张继、