子（未来的后伏见天皇）立为皇太子。1290年4月19日，宫中的浅原为赖一族企图暗杀天皇（浅原事件），虽然并未成功。伏见天皇在位期间，贵族的势力遭到政府削减，但是幕府的权力持续增加。伏见天皇在1298年8月退位，后伏见天皇开始他的统治时代，伏见天皇负责院政的运作。但是三年之后（1301年），大觉寺统再度崛起，迫使后伏见天皇退位，由后宇多天皇第一皇子邦治亲王继承，成为后二条天皇。1308年时，伏见天皇与幕府成功合作，伏见天皇第四皇子花园天皇成功即位。大觉寺统与持明院统其后对立，政府分裂成为南北朝并立