鉴别难度大，因此对于其分类，尤其是属内及属间分类尚存在一些争议。本科鱼类估计尚有不少未被描述和定名的物种有待人们发现。（详见虾虎鱼科分类表）
系统发生学.虾虎鱼系各科演化关系如下：
内部分类.重新定义成单系群后，本科类群如下：
共生现象.一些虾虎鱼种类与掘穴的虾类共生。虾负责打理两者共同居住的洞穴。小虾的视力不及虾虎鱼，但如果它看见或感觉到虾虎突然游回洞穴，它便能跟着缩回。虾虎鱼和小虾总是保持着联系, 虾通过其触角触碰虾虎