急水溪干流。曾文溪为跨越嘉义县、台南市的一条大型河川，其中游河段流经本区东南边界，在本区内的集水区范围不大，且都位于山区。对本区而言，其重要性远不如上述河川。
气候.东山区全区纬度均在北回归线以南，依据桑士伟气候分类法，属于热带湿润气候。区内仅有东河、东原、北寮等地设有雨量观测站，并无完整的气候观测资料，故平原地带参考邻近的中央气象局嘉义测候站资料，丘陵及山地则参考关子岭测候站资料。本区平原地带年平均温度约摄氏23.4度，一月平均温度约摄氏17.0度，七月平均温度约摄氏28