与政权和平移转，并改国号为捷克斯洛伐克联邦共和国。1993年1月1日，斯洛伐克宣布独立，联邦体制瓦解。在捷克转型为民主国家并重新对外开放后，双方始恢复往来。1997年7月，捷克，中华民国政府捐赠2万美元协助赈灾。2019年1月14日，布拉格市长贺吉普透过Twitter表示，有意与北京重新协商在2016年3月签署的姐妹市协定中，有关一个中国政策和台湾属于中国领土的条款；18日，在受访时指出，布拉格与北京缔结姐妹市的「一中条款」是中方当时开出的条件，但北京与其它姐妹市并没有包含这样的条款，实在看不出保留