国杯决赛中，他们又以3:2战胜斯图加特，成为德国首支加冕三冠王的球队。前巴塞罗那主教练何塞普·瓜迪奥拉于2013-14赛季开始接掌拜仁成为主教练，但他率队却在新赛季的首场正式比赛、2013年德国超级杯中以2比4不敌多特蒙德。而在此前，拜仁还激活了马里奥·格策在多特蒙德的3,700万欧元最低解约条款，从而以创德国球员最高纪录的身价将其签入。2013年8月30日，拜仁在布拉格伊甸竞技场通过点球大战以5比4战胜切尔西，历史上首次夺得欧洲超级杯。2013年11月9日，拜仁在当季联赛第12轮主场以3比0战胜奥格斯