刊》多次报导有关蒋中正家族部分，这包括有蒋中正的过去以及家族权力斗争等，并且多将种种禁忌话题列为每期杂志的封面。这些郑南榕批评以中国国民党为首的政府以及国家元首的作为，使得一些官邸派与元老派人士认为他「离经叛道」，而曾经担任行政院新闻局局长的宋楚瑜以及张京育也不满郑南榕的作法。而由于包括当时军方重要元老郝柏村、中华民国国防部部长宋长志、台湾警备总司令部总司令陈守山、以及前任中华民国国家安全局局长汪敬煦都曾经遭受《自由时代周刊》批评，这使得当时军方与极右派人士便曾公开指责郑南榕为「敌人」；而在宋心濂接管国家安