历大规模改建后已不见过去样貌，御茶之水桥口站房自建设以来尚未有大幅变动，但自2013年度起开始行无障碍设施工程。月台外侧2线为中央线快速，内侧2线为中央、总武线各站停车使用，同方向列车可在同月台转乘，属于方向别复复线。为此本站前后轨道呈现立体交会。在三鹰～御茶之水间，只有本站可不上下楼梯转乘同方向列车。中央线与总武线各站停车列车在本站相互直通运转。2020年3月14日或之前，清晨及深夜期间总武线在本站折返，中央线在本站水道桥方向实施急行线与缓行线的转线驶往东京站，列车採用快速班次使用的E233系电车