郡全郡被划入小滨藩，成为小滨藩的领地。17世纪末小滨藩藩主将敦贺郡内的部分领地分给姪子设立，次男得到包括敦贺郡和近江国高岛郡共一万石的领地设立敦贺藩，五男酒井忠根也得到敦贺郡内三千石而成为独立的旗本；因此在江户时代结束时，敦贺郡内的领地分别属于同为酒井氏的小滨藩、敦贺藩、安房胜山藩及酒井氏旗本。19世纪末明治维新后，旗本领先在1871年被划入本保县，同年底实施废藩置县后，其他原属各藩的地区分别改隶属小滨县和加知山县，不过在隔年的第一次府县整併中位于以南的全部地区都被整併为一县，由于新的县厅即设于敦贺