丘逢甲称台湾民主国所存官饷在筱云山庄，引发兵勇围庄事件，吕汝玉为防不测，便命长子吕敦礼举家内迁。数年后返台，吕敦礼致力于实用之学，并于明治39年（1906年）与林朝崧、蔡启运、赖绍尧、陈瑚、陈槐庭、林资修、林仲衡、傅鹤亭等其他八人于林资铿的瑞轩集会，订定栎社创设社章17条，为栎社创社九老之一，但随即于1908年病逝，享年38岁，是九人中最早去世的。生平作品由栎社诗友及其父吕汝玉蒐集得七十三首，由林朝崧跟陈槐庭编辑，末附各家輓诗，由傅钖祺校正，题曰《厚菴遗草》。吕敦礼病逝后，其妻林氏带着四位女儿与两位姪女