9年左琴科获得劳动红旗勋章。二战伊始，左琴科被疏散到阿拉木图工作，创作了战争主题的剧本《布谷鸟与乌鸦》和电影小说《士兵的幸福》。1943年他回到莫斯科担任报纸编辑，开始创作中篇小说《日出之前》，这部小说带有半自传色彩，他试图通过西格蒙德·佛洛伊德和巴甫洛夫的理论来分析自己的抑郁心理和悲惨遭遇。1944-1946年他在剧院工作，他的两部戏剧曾上演，受到欢迎。1946年8月，联共（布）中央发表《关于〈星〉与〈列宁格勒〉两杂志的决议》，日丹诺夫特别作了长篇报告，点名批判安娜·阿赫玛托娃和左琴科,认为左琴科