城被处决，史称「辛酉邪狱」。众多教徒和进步思想家如李承薰、丁若镛等人被处刑和流放。朴趾源、朴齐家等与天主教无直接关联的北学论者也被降职、革职。直到19世纪末开国时为止，朝鲜的统治者一直对天主教採取打击和压迫的政策。随着西学东进，与其相对的朝鲜本土宗教东学兴起。东学由庆州人崔济愚于1860年创建。东学虽然有反洋教、反侵略的性质，但倡导与西学相似的反封建，人人平等的思想。东学批判儒家正统 “天命”的形而上学，提出“人乃天”，主张“后天开辟，地上天国”。因此东学在创建之初即遭到受儒学思想影响的朝鲜封建统治者的