高雄警备府是设在台湾高雄市左营区的大日本帝国海军，于1943年4月1日自位于澎湖马公的马公警备府改制而来。
沿革.明治三十四年（1901年）7月，在马公开设要港部。昭和十六年（1941年）11月20日，为因应日美开战，升格为警备府。十八年（1943年）4月，警备府转移至高雄，设置高雄警备府，原马公警备府改编成马公方面特别根据地队。战后于1946年4月30日废止。
文化资产.高雄警备府主建物在战后改名为「镇海楼」，1949-1954年作为中华民国海军总