已于2006年在牌坊旁立碑说明此事。祠庙的本体是三进合院类型，座西朝东，由山门、正殿、后殿与两侧厢房组成。山门之左有过廊接到「甘辉将军祠」，祠前有一门通往北边的庭园，而自祠前往西则为东庑，供有明郑殉难文武诸臣牌位，此外祭器所亦设于此。而山门之右为「张万礼将军祠」，同样在祠前有一门通往南边的庭园，且从祠前往西为西庑，除供有诸臣牌位外，仪仗所也设于此处。正殿是供奉郑成功之处，最外围有回廊，里头正中央为洗石子神龛，上有雕塑家杨英风所做之郑成功塑像，但近年整修后有不少反弹声浪。此外在塑像之前为昔日庙里的神像