以通过自行编译源代码来获得PyMOL执行程式；而对于Windows的使用者，如果不安装第三方软件，则无法编译源代码。这表示使用Windows的用户取得新版PyMOL（PyMOL1.0及之后的版本）执行程式的方式就是成为付费会员，或者使用第三方软件（如Cygwin）进行编译。