对汶莱的发展干预甚少；然而双方并未因此交好，当中包括葡萄牙人于1536年袭击摩鹿加穆斯林一事，不仅招致了苏丹的敌意，就连葡国驻汶莱内廷大使也在种种压力之下不得不选择离开。葡萄牙人认为，汶莱苏丹国在本区域的政治和战争中扮演了重要角色，这从汶莱客商遍佈洛坤和暹罗的光景中可见一斑。相较而言，汶莱与西班牙人的敌对关系更为激烈。自1565年起，西班牙海军和汶莱军队之间就时常出现一些小规模的军事冲突；到了1571年，西班牙人击败了当地的汶莱贵族并成功佔据马尼拉；汶莱曾调遣大批部队并有意夺回该城，但由于种种原因而未能