2004年，国立东华大学与海生馆合作成立「海洋科学学院」，并成立海洋生物研究所，採「建制独立、学制合作」，成为台湾第一个学术研究中心与高等教育学府之合作模式。
参观资讯.全年无休。目前一般时段（平常日及週未）、暑假和农历过年的营运时间不一样。
争议事件.
参与中国大陆南极研究.2014年12月22日，《自由时报》报导，2009年开始，海生馆研究团队参与中国大陆南极团队研究，曾至南极中国大陆长城站进行科学调查。2014年，首