军事委员会委员长侍从室第1处主任兼全国经济委员会秘书长，1942年秋，兼任国家总动员委员会秘书长，负责中国国内物资管控及调度。以上任职经历表明，贺耀组受到蒋介石的信任，多任要职。
同蒋介石的对立与晩年.在抗日战争中，贺耀组同中国共产党开始交流。比如八路军兰州办事处主任谢觉哉是贺耀组的同郷和朋友，在第二次国共合作前后，谢觉哉常同贺耀组交流。贺耀组的妻子倪斐君在中苏文化协会妇女委员会任职期间常同中国共产党方面接触，倪斐君对中国共产党抱有好感及同情。受到以上各种影响，贺耀组逐渐倾向容共。