六九旅都有违失，禁闭程序出现瑕疵。洪仲丘于2013年6月底退伍前夕，因携带具备拍照功能之行动电话和MP3随身碟进入军营，被指控违反军队资讯安全保密规定，甚至有与卫哨人员发生争执等情形。洪仲丘惩处案经士官奖惩评议委员会（士评会），函送桃园县杨梅市（今桃园市杨梅区）机步二六九旅高山顶营区，实施禁闭室「悔过」处分。7月3日在室外温度达红旗警戒，洪员体重98公斤、身高体重指数过高时，禁闭单位仍执行操练，造成洪仲丘中暑、热衰竭，引发弥散性血管内凝血而死。此案涉及军中人权，及军事检察署是否具专属管辖权等新闻议题