通常，含有增加数量的氨基酸色氨酸，酪氨酸和苯丙氨酸的蛋白质显示一定程度的自发荧光。在医学上，有运用电射或激光引发人体内内源性卟啉的自体荧光，用以诊断癌症等疾病的方式。
显微镜.自体荧光在荧光显微镜中可能是有问题的。将发光染料（例如荧光标记的抗体）应用于样品以使得特定结构能够可见。自体荧光干扰特定荧光信号的检测，特别是当感兴趣的信号非常暗淡时 - 它使得除了感兴趣的结构之外的结构变得可见。在一些显微镜（主要是共聚焦显微镜）中，可以利用添加的荧光标记物和内源分子的激发态