定都旧柔佛（Johor Lama），史称旧柔佛王朝。另一边厢，苏丹马末沙长子苏丹穆沙法沙（Sultan Muzaffar Shah）则远赴霹雳建立新王朝。自此，原来马六甲王朝统治区域一分为二。柔佛王朝除了需要应付葡萄牙，苏门答腊北方也出现了劲敌——亚齐王朝。三方之间互相攻伐，多是柔佛王朝占下风，当中亦曾发生几次国都遭亚齐焚毁，苏丹遭掳杀的屈辱事件。1699年，柔佛苏丹马末二世由于残暴过度，一天坐轿外出时遭其臣属海军统帅刺杀，享年仅24岁。
宰相王朝.1699年，柔佛苏丹马末