万，塞纳河上的河心岛也得到开发。法国宗教战争对圣但尼造成了严重的破坏。1567年11月10日，一支由米兰北上前往荷兰征战的哈布斯堡军队在途径圣但尼时与当地的新教徒发生，蒙莫朗西公爵安内在此次战争中身亡，一些道士也被迫逃往巴黎。1590年的期间，在天主教联盟的围攻下，亨利四世曾避难于圣但尼，后于1593年7月25日在圣但尼修道院。宗教战争结束后，圣但尼建起了更为牢固的城墙。
近代.18世纪初，圣但尼修道院开始了新一轮的维护，建筑师成为了此项任务的总管。1704年，路易十四宣布免去