文革期间曾成为清华大学井冈山兵团两派的武斗重地，在清华大学百日武斗中作为“414派”重要据点被“团派”纵火焚毁顶层，后修复。1999年，理学院楼建成，物理系馆迁出，但仍作为物理系实验教学场所。2001年，科学馆被国务院正式公布为第五批全国重点文物保护单位。2016年被列入为“首批中国20世纪建筑遗产”。