1555年，哈布斯堡君主签署奥格斯堡宗教和约，授与波希米亚人宗教自由，以继续维持统治。宗教改革后，新教势力勃兴，1618年斐迪南二世因为强制推行天主教，引爆整个欧洲新教与天主教之间的三十年战争。三十年战争后，《西发里亚和约》缔结，波希米亚仍被奥地利哈布斯堡王朝统治，但继续保持为一独立的王国，人口从300万锐减为150万。大部分时间由皇帝兼任国王。波希米亚开始「德意志化」，本土语言、文化受打压，至19世纪初，史称「黑暗时代」。1806年，神圣罗马帝国被拿破崙法国解散，波希米亚国王由奥地利皇帝兼任。德语