吴亮嗣为人耿直，于万历末年的奏疏中说：“皇上每晚必饮，每饮必醉，每醉必怒。酒醉之后，左右近侍一言稍违，即毙杖下。”天启元年（1621年）升太常寺少卿转中宪大夫。吴亮嗣是楚党领袖人物，与东林党人有怨。天启三年（1623年），东林党人赵南星入主吏部，吴亮嗣被弹劾。天启三年（1623年）十二月卸任回籍，年底卒于家。