文帝的亲接礼遇。孝文帝经常招他讲论义理，以及密议政事，任命他为黄门侍郎。与黄门宋弁等出谋献策，参谋帷幄，参定朝典。太和二十三年（499年）从孝文帝南征攻南齐，拜尚书，进爵东光伯。魏宣武帝时，郭祚出任青州刺史时，每逢不丰收之时，郭祚开仓赈恤。侍中郭祚兼任吏部尚书。他清廉公正，办事谨慎，量才授官，士人钦服。重惜官位，每次诠选授官，虽然发现有合适人选，一定还要反复考虑很久，然后才下笔签署，因此人们对他多有怨心，但是经他所录用的官员无有不称职者。后出为瀛州刺史。入为侍中、并州大中正，迁尚书右仆射。延昌元年（512年