博士学位。此后留校任教。1995年前往德国基尔大学古生物研究所做访问学者。1996年任副教授。1999年起升任教授。同年作为洪堡学者赴基尔大学地球科学系从事研究工作。2000年受聘为教育部长江学者特聘教授。2005年被聘为首届同济特聘教授。现为海洋地质国家重点实验室主任。翦知愍主要从事古海洋学与海洋微体古生物学领域的研究，他及其团队的主要研究成果包括：发现了末次冰盛期西太平洋深层水团的影响急剧增强；通过对全新世黑潮变迁的高分辨率研究发现了其1500年的变化周期；从海洋角度对东亚冬季风与夏秀风的不同驱动机