出有删减结构厚度的疑虑（例：核定版侧墙90公分，自救会版为20公分），工程安全性的疑虑（自救会版提倡的下方开挖需容许地面五公分高度差，但0.5公分的铁轨位移落差就可能造成火车出轨），以及沿线的私有地会被突出物（通风口、逃生梯）阻挡出入。另也需在长荣路、开元路、东门路等干道增设多处临时平交道（现况均为地下道或陆桥）。据市府评估，而前锋路等干道将从18米宽缩减为10米。另外，由于《》第58条规定，征用期限若超过3年，所有权人得请定征收所有权。故部分地主若依法申请，将造成沿线土地界线参差不齐，土地无法利用。