程约需19小时，其中上海至香港红磡运行19小时16分，使用车次为Z99次；香港红磡至上海运行19小时22分，使用车次为Z100次。沪九直通车在中国大陆经由沪昆铁路、京广铁路及广深铁路运行，至香港境内行走东铁线，沿途途经浙江、江西、湖南和广东四省，中途停靠金华、株洲及广州东站，供内地段（上海↔广州东）旅客乘降。沪九列车曾多次获得上海铁路局“示范列车”、全国铁路“红旗列车”、上海团市委“共青团号”、上海市总工会“红旗文明岗”等称号。列车开行20年来，共安全运行逾7200趟、1380万公里，输送旅客超过172万人