十二年（1899年）11月8日台湾总督府成立台湾总督府铁道部，同时开始铺设纵贯线的计画。三十五年（1902年）8月10日新竹～中港（今竹南）间通车，同时设置香山车站。昭和三年（1928年）1月现今站体完工，同时建有仓库与宿舍等附属建筑。五年（1930年）新竹~香山间双轨化完工。六年（1931年）香山~崎顶间双轨化完工。1990年3月1日停办路料之外的货运业务。1991年10月1日降为甲种简易站，并由新竹车站管理。2007年2月12日临时天桥完工。2013年5月30日启用多卡通刷卡机。2013年9月站房开始进