政院直接编制，有时对司法机关提出的概算大幅删减，这种制度违反权力分立与制衡的原则。1997年3月25日起，中华民国法官协会理事长林明德发动法官、检察官连署向国民大会请愿，要求修改宪法，以规定司法预算独立编制，行政院不得迳予删减，行政院如有意见可加註併送立法院，此提议获得支持通过。 2000年，获聘为国际法官协会「世界司法正义基金会」评审。 2001年，卸任中华民国法官协会理事长。2001年9月，奉准自最高法院院长退休（9月18日辞卸最高法院院长），并获总统特聘为总统府国策顾问，另获司法院聘为顾问。