谢在1997年被中国国民党提名为台北县长候选人，最后以相差三万票差距败给了民进党提名的苏贞昌。2003年底，原花莲县长张福兴因病在台北逝世，国亲两党协调原籍花莲的谢深山参选，并击败得亲民党基层支持参选的前县长吴国栋及第四次参选花莲县公职的民主进步党游盈隆而当选，后在2005年连任。2009年花莲县长选举，谢深山支持无党籍的张志明，并未支持国民党提名的杜丽华，选举结果由无党籍的傅崐萁当选。
司法关说事件.2013年1月谢深山受前花莲市代黄枝成妻子请託关说黄枝成交保一事，亲自带