后历任太常寺少卿、大理寺少卿。明世宗继位后，因万镗曾给知县刘源清写信令其防备朱宸濠叛乱，而赉金币。此后升爲顺天府尹，后升右副都御史。历任南京兵部侍郎、南京右都御史。因彗星事进言，而招致世宗大怒，斥为民，令吏部锢勿用。家居十年中，屡次授推荐均不予批准。同年严嵩控制朝政时，援引湖广蜡尔山蛮叛，起用其为副都御史，参与剿抚。万镗接纳土指挥田应朝计谋，诱致其酋，督兵攻破。平定后召还，但不久铜平酋龙子贤再次叛乱，御史缪文龙称万镗剿抚均失败。世宗下诏抚按官勘覆，后归罪于参将李经，事情方解，万镗升任兵部侍郎，后升南京刑部尚