。到15世纪时，三个拉章绝嗣，剩下的都却拉章的阿旺贡噶仁钦、白玛顿堆旺久兄弟，为争夺萨迦法王之位，互不相让，乃分别建立彭措颇章、卓玛颇章两房，萨迦法王分别由这两房中的长子轮流担任。他们的宫殿也成为萨迦寺建筑的组成部分。1961年，萨迦寺被中华人民共和国国务院确定为第一批全国重点文物保护单位。文化大革命期间，萨迦寺遭到严重破坏，萨迦北寺变成一片废墟。改革开放后，萨迦寺逐步获得修复。21世纪初，国家将萨迦寺、布达拉宫、罗布林卡共同列为西藏自治区“三大重点文物保护维修工程” ，成立了萨迦寺文物保护维修工程