事后，唿格吉勒图被唿和浩特市公安局新城分局特警认为有作案嫌疑并实施拘捕，在调查过程中疑似存在刑讯逼供的行为。1996年4月20日，《唿和浩特晚报》报道了“4·9女尸案”，报道称凶手为唿格吉勒图。在案件仍有疑点的情况下，检方以《中华人民共和国刑法》“流氓罪”和“故意杀人罪”两项罪名对唿格吉勒图提起公诉，提交的证据包括“证人证言、公安机关刑事科学技术鉴定书、物证检验报告、尸体检验报告以及现场勘查笔录”。1996年6月10日，在案件证据不足并有多处疑点的情况下，唿格吉勒图仍被按规定程序以强奸罪、故意杀人罪