奉令改编为「气象联队」，直属空军总部。1991年2月1日，气象联队奉令改隶空军作战司令部。2006年3月1日，空军作战司令部改称空军作战指挥部。2009年11月，气象联队指挥官「联队长」由少将降为上校。
组织.空军气象联队（驻台北市大安区—— 「？？部队」）
驻地.目前气象联队下辖气象中心一，与第一至第十一「基地天气中心」，及「绿岛气象雷达及探空分队」。主要分驻于台湾各机场与外离岛，各中心设一校级「主任」为主官。