艺系来说，矶小屋的保留代替了矶永吉教授传达其学术精神。其保存让后人得以有机会了解台湾农业发展的脉络并知道台湾、台大与矶永吉教授之间的渊源。在矶永吉教授离开台大后，矶小屋则由矶教授的学生们继续使用，成为种子研究室。1959时，农村复兴联合委员会（行政院农业委员会前身）开始重视种苗产业的研究，因此还曾由中美基金中拨款增设种子检查设备，并在旁边增建了一栋二层楼的考种馆。在新馆落成之后，矶小屋原本的功能渐渐被取代，因大多数的实验与课程移至考种馆进行。
现在.矶小屋是台湾早期重要农学研究