数政治派系都视之为威胁。英格兰光荣革命的消息在1689年传到波士顿，清教徒便发动1689年波士顿起义对抗安德罗斯，并将他和他的官员拘捕。纽约的将自治领副总督免职。这些事件后，各殖民地恢复至原政府的样貌，但部份并无特许状管治。最终新的特许状由新的国王威廉三世和女王玛丽二世联合（威廉与玛丽）颁佈。