治豪强奸吏，县里多豪族权贵也不退避，吏治肃然，得到人民敬畏。崇祯九年（1636年），阿济格率清军入塞，白慧元守城有功。院、道上疏举荐，减俸保举调任京职，留任。崇祯十一年（1638年），因与权阉有隙，白慧元被疏，崇祯帝命令将其逮治。年底，皇太极率军入塞，白慧元被捕后尚未启程，后金军已抵达城下，于是与代署知县李廉仲共同守城。不久之后，李廉仲缒城逃遁，白慧元亲自穿上铠甲和头盔，尽力指挥防御。城破时，白慧元一门都被杀。崇祯十五年（1642年），赠河南按察司佥事，其子授为廕监生。