于1884年2月9日出生于广东省番禺县明经乡（今番禺区归入广州市），自幼喜爱绘画。十七岁时即随居廉学画。1903年，树人二十岁，经居廉介绍与其侄孙女——居巢的孙女居若文结婚。1904年与高剑父、高奇峰一道创办《广东日报》，暗中鼓吹革命。1905年，孙中山从欧美转赴日本组织同盟会，途经香港，不能登岸，陈树人闻讯，毫不犹豫地与陈少白、黄世仲等人相约登船会见孙中山，并当场加入了同盟会，成为参加同盟会的第九人。1906年赴日本留学，入京都美术学院攻读绘画科。1912年，陈树人学成归国，任广东高等学堂美术科教授。