年7月24日再度被任命为德源监理兼德源府尹。1903年4月降职为天安郡守，1904年2月任务安监理。1904年3月12日被调回中央，升任外部协办，结束了他5年之久的地方官任期。1904年8月20日署理外部大臣。1904年8月22日，尹致昊与日本驻韩公使林权助签订了《外国人佣聘协定》。1906年与张志渊、尹孝定等组织大韩自强会，尹致昊出任会长，为教育事业而奋斗，1907年8月自强会被取缔。同年与安昌浩、梁起铎、李东辉、金九等人组建新民会，成立了专门的国民启蒙运动。1910年韩国基督教靑年会（YMCA）举办