943年8月20日降格为扬子江方面特别根据地队。新编至改名间7年9个月，是经歴代第三舰队中最长。
编制.1932年2月2日　新编时的编制
五代（1941年4月10日新编～1942年3月10日改名第二南遣舰队）.作为攻略菲律宾部队而编制。支援陆军上陆，黎牙实比市攻略作战等，菲律宾占领后转向兰印。根据陆海军协定，海军负责占领，陆军负责驻留。兰印占领1年后改名第二南遣舰队。
六代（1942年7月14日新编～1944年11月15