又因为当时有连坐处分的危险，连探监的人都极其稀少。保罗知道他们的为难，所以说『但愿这罪不归与他们』（提摩太后书4:16）。还好保罗拥有罗马公民的身分，尚有较优渥的待遇，得以接见亲朋，提摩太后书就是于此时完成的。经过多次的庭审，至终被判定为死刑，又因他是罗马公民，所以不需要受钉十字架的酷刑，他的刑罚较为轻易。根据古代的传说，他被刽子手带到南城的奥斯第亚门〈Osteia〉离城约二英哩的埃圭赛维〈Aquae Saviae〉刑场斩首。后来的君士坦丁大帝在此处建了一座城外圣保罗大殿（城外圣保禄大殿），作为他殉道的纪念