地里支援伊集院忠真的行为被家康发觉。激怒了家康后，清正被禁止上洛。庆长5年（1600年）清正才获许可进入大坂、2月13日透过有马则赖与家康会面、家康的怒气才有所消减。后来清正获准参加会津征伐、留在九州牵制当地的西军势力，与黑田如水合作攻击小西行长的居城宇土城，当东军攻击柳川城时，劝喻立花宗茂开城投降，之后再击破九州西军势力，直到德川家康叫停战争为止。战后论功行赏，获得小西行长的领地，成为肥后五十二万石的大名。清正在获得了行长的领地后，在熊本筑城，也就是现今熊本县的熊本城。庆长8年（1603年）、获赐丰臣姓