885年），署兖州府知府，以道员补用。二十一年（1895年），改官山西。二十三年（1897年），署河东道。二十六年（1900年），署山西按察使。庚子拳乱后在太原迎驾，补归绥道。光绪二十八年（1902年），调直隶口北道。二十九年（1903年），晋江苏按察使。办盐务，杜私贩，反对改场垣为公司以及煤煎轮运之议。授江苏布政使。光绪三十二年（1906年），署安徽巡抚。任内，恩铭大力推行新政，并大胆採用严复等新人。政绩中尤以教育方面最为显着，例如创立安徽陆军测绘学堂、安徽讲武堂、安徽绿营警察学堂，安徽将校研究所