04年，同吕大森等人发起成立科学补习所。同年10月，因为科学补习所响应长沙华兴会起义之事泄露，刘静庵称病离开第一营。此后，他参与策划了王汉、胡瑛行刺铁良的行动。1905年，入美国圣公会在武昌附设的日知会任司理，并受洗入教，兼任文华书院神学系汉文教习。在日知会，刘静庵购买进步书刊，组织演讲，联络军界及学界人士，发展会员。1906年2月，以“日知会”为名的革命团体成立，刘静庵任总干事。此后，他筹设江汉公学、东游预备科。当时，日本东京中国同盟会总部派中国同盟会湖北分会会长余诚到湖北，以日知会会址作为活动地点，