中国国民党第五届候补中央委员。翌年，任北平朝阳大学校长。1937年（民国26年）3月，兼任司法院秘书长，但仍将精力主要集中在朝阳大学。抗日战争爆发后，张知本率朝阳大学避难，先后迁至长沙、成都、重庆。张知本负责朝阳大学期间，管理自由开明，国民政府教育部长陈立夫认为那里是「共产党之巢」，重点监视、控制（迁至重庆也是其中一环）。1942年（民国31年），张知本任第一任行政法院院长。1945年（民国34年）5月，当选中国国民党第六届中央监察委员。战后，张知本任苏浙皖敌伪产接收清査团团长。1946年（民国35年）