历史.自然科学会报的第一期出版于皇家学会成立后的第六年，1665年3月6日。改期会报由皇家学会的第一任秘书（Henry Oldenburg）编辑和出版。几个世纪以来，有许多重要的科学发现在《自然科学会报》上发表。艾萨克·牛顿、麦可·法拉第及查尔斯·达尔文等人都曾在自然科学会报上发表着作。1672年，该期刊发表了牛顿的第一篇论文《光和颜色的新理论》（New Theory about Light and Colours），该论文可以被认为是牛顿科学生涯的开始。
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