了批评，卡内基董事会开始认为同时运作数个项目不是莫利的所长。1929年，所有的项目的统一管理权移交给艾尔弗雷德·基德尔，莫利则专注于奇琴伊察的工作。由于长期在中美洲的丛林里艰苦的环境下工作，他的健康恶化，变得非常瘦弱，体质也很差。他得了好几次疟疾而不能痊愈，并且因为大肠炎和一年后的变形虫性痢疾不得不进医院医疗。1930年，他被确诊患上充血性心力衰竭，这个病在他的余生一直折磨着他。然而，尽管厌恶丛林的环境，他还是热情不减，不屈不挠地继续他的工作。在监管工程和开展自己的研究的同时，莫利发表了好几