胞还可以杀灭或抑制对自体组织有反应的的淋巴细胞——这对阻止自体免疫反应的发生至关重要，此一过程称为「（免疫）耐受」。
免疫耐受.树突状细胞对免疫耐受的产生十分重要，免疫耐受性使得免疫系统不会攻击自身的组织。第一类免疫耐受为发生于胸腺中的（central tolerance），主要的机制是让与自身抗原（由胸腺中的上皮网状细胞呈递）结合得过于紧密的T细胞死亡。第二类免疫耐受是（peripheral tolerance），因为许多可能的原因（其中一种主要原因是胸腺中自身抗原表达的缺乏），