四年（1908年），调任京汉铁路总办，并任邮传部参议，任内交涉收回了京汉铁路路权。宣统元年（1909年）春，郑清濂任筹办海军事务处顾问官。同年秋，他作为顾问官兼译员，随筹办海军大臣载洵、萨镇冰等赴欧洲考察海军，年底归国。宣统二年（1910年），清朝海军部成立，郑清濂获授海军参将，任海军军政司司长，并充留学生廷试总考官等职务。
主持船政局.中华民国成立后，1913年10月，北京政府海军总长刘冠雄将福建船政局收归海军部，郑清濂任福建船政局局长。任内他将船政前学堂改为福州海军制造学校