督处成立运输处，接收管理该段镇南关至宁明已铺轨路段并办理运输业务。1939年11月，日军在北海登陆，侵犯广西南部，桂南工程局迁柳州，柳州至南宁、南宁至镇南关段工程被迫停工。1939年12月16日，桂林至柳州段竣工移交衡桂段管理局暂管通车。车辆由该路段向粤汉铁路借用其疏散的货车箱50节，火车头4辆，由西江运入柳州。该路段经费由交通部拨款1193.4万元国币，材料价值1206.2万元，广西征工、征地、征料44.9万元转作路股投资，总共用去2444.5万元。 1940年1月1日、4月1日，衡桂段管理局先后正式接管