由日本士寺尾亨博士为支持中国革命而创办。1905年7月25日，补习班的翻译程家柽下课时在黑板上写下：“孙逸仙先生到了东京。”仰慕孙中山的但懋辛看到后，乃和熊克武找程家柽打听，遇到了在程家柽家的孙中山，并和孙中山进行谈话。1905年8月19日，但懋辛经黄兴介绍，孙中山主盟，加入中国同盟会。8月20日，在中国同盟会成立大会上，但懋辛当选评议会评议员。大会决定成立中国同盟会四川分会，但懋辛的任务是宣传、联络。中国同盟会成立后，清政府要求日本政府严格监管中国留学生。日本政府于11月2日发布《清国留学生取缔规则》