爆发后，延平学院被迫停办，转往国立台湾大学图书馆工作。1960年起，赖永祥参与国立台湾大学图书馆学系筹备工作，1961年台大图书馆学系成立，被聘为该系副教授，1964年升任教授，后担任系主任（1965年－1972年）。1972年赖永祥转往哈佛大学燕京图书馆研究，并于1978年至1995年担任该馆副馆长。赖永祥1999年获中国图书馆学会颁发「特殊贡献奖」，2001年获波士顿台湾基督教会赠「名誉长老」。
图书分类法.赖永祥编修之《中文图书分类法》，为中华民国及香港、澳门、新