新党成为台湾第四大党。因当时民进党政府主张新中间路线，台联便与本土社团发起台湾正名运动。由前总统李登辉出任总召集人，于2002年5月11日发起大游行，诉求国家正常化争取深绿支持者的选票。2004年中华民国总统选举中，李登辉担任召集人发起228百万人手牵手护台湾活动，尽全力辅选民进党的陈水扁及吕秀莲连任。2004年立法委员选举，台联党当选12席。然而，在选举过程中，当时台联党主席黄主文一再遭批评利用全党资源为其子黄适卓辅选，引发台联内部反弹，加上因提名策略错误造成多达七位台联党的候选人成为「落选头」高