引发中国佛教会不满，指责黄登凤与蔡铁龙不听内政部命令。同年10月26日，中国佛教会理事长章嘉大师以〈中佛秘字第73号〉聘书，聘请南投县佛教支会理事长曾永坤为第二任住持，否决奉安所管委会私聘住持。
管理委员会代管.1965年11月玄奘寺完工，原供于奉安所玄奘顶骨也随之移奉。因法会收支问题再起风波，曾永坤又因报纸发表〈唐僧冷落日月潭〉，导致地检署令南投县警局调查收支及妨碍自由案，最后他于1957年2月提出辞呈。之后第三、四任的主持改为奉安所管理委员会指派。1972年5月3日，道安法师