尼斯堡的其余部分则依旧效忠于条顿骑士团。1457年，大团长从条顿骑士团总部马尔堡城堡逃到柯尼斯堡。随着西普鲁士归属战胜的波兰，十三年战争结束，柯尼斯堡成为条顿骑士团国的新首都，而条顿骑士团则成为波兰王国的附庸。
普鲁士公国.在宗教改革中，路德宗在柯尼斯堡逐渐占据主要地位。1525年，来自霍亨索伦家族的勃兰登堡-安斯巴赫的阿尔布雷希特大团长宣布普鲁士改宗路德宗。阿尔布雷希特向其叔叔波兰国王齐格蒙特一世宣誓效忠，成为新的普鲁士公国的第一任公爵。作为公国首都，柯尼斯堡是普鲁士最大的城