初授泗水县知县。干隆二十六年（1761年）三月，高晋由安徽巡抚转任南河总督。干隆二十八年（1763年），以江南河道总督，加太子太傅。干隆三十年（1765年）三月，高晋任两江总督，仍统理南河事务。三十三年，署湖广总督，兼摄荆州将军事。三十四年，回任，兼署江苏巡抚。干隆三十六年（1771年）五月，赴以两江总督授予文华殿大学士兼礼部尚书，同年编纂《钦定南巡盛典》。干隆三十七年三月二十三日，两江总督高晋（1706-1779）奏报魏士明（生卒年不详）等人捏造匿名揭帖一案，涉案人犯，拟处斩刑，干隆帝朱批：「三法司核拟具