年4月，远藤保仁入选日本U20足球代表队，代表球队参加第10届世界青年足球锦标赛并获得亚军。同年6月入选日本U22足球代表队的2000年悉尼奥运会预选赛大名单。2002年11月，远藤保仁首度入选日本国家足球队。11月20日，远藤保仁在麒麟挑战杯对阵阿根廷的比赛中首次代表国家队替补登场。2003年6月，远藤保仁参加2003年联合会杯并在三场比赛中全部首发出战。8月20日，在日本与尼日利亚的比赛中，远藤保仁取得个人在国家队中的首粒进球，帮助球队3比0获胜。2004年7月，远藤保仁随队参加2004年亚