定为度牒寺院，编制度牒喇嘛40名。《白银镜鉴——准格尔召庙志》记载，癸酉年（1633年），蒙古林丹汗西退进入“秘宝寺”。据说，1741年（辛酉年），六世达赖曾瞻仰庙容，并派贡楚克朝尼玛为第一任住持。同年，开始举办“雅尼会”，成为常规。1748年（干隆十三年，戊辰年），准格尔旗色代台吉等人派员赴西藏，请达赖派高僧主持该寺。达赖乃派自幼在西藏拉萨学习经典的喀尔喀蒙古喇嘛席勒图额尔德尼（又称“罗卜藏朝发来”）出任准格尔召的第二任住持，即准格尔召第一世葛根。他携带来一部《甘珠尔》和《丹珠尔》，这是准格尔召历