一百万至六百万年前，当时这块山丘位于浅海中，如今则距离海岸线远达零点五公里。该地化石层的露头，沿白沙屯往北，经山边清天宫到后龙镇青海宫一带的海线铁路东侧皆可发现。岩层中夹藏的贝类化石，主要有双壳贝类、卷贝类、翼足类、珊瑚类、海胆、螃蟹、介形虫等。台湾日治时期，大正十年（1921年），日本人在后龙镇过港地区开挖纵贯铁路隧道，发现土壤满是贝壳化石，命名为今名，并依《台湾史蹟名胜天然纪念物保存法》设立过港贝化石层石碑，明令不得滥垦滥伐。1935年，日本政府将依《史蹟名胜天然纪念物保存法》列为国指定史蹟及天然物