撤除总理处，重设军机处。而军机处即为内阁之内办事处。早于雍正初年，雍正帝也曾下旨命令康熙帝八子胤禩、十三子胤祥、大学士马齐和尚书隆科多四人为总理事务大臣。1861年总理各国事务衙门成立，主要人物恭亲王奕䜣和文祥都为具影响力的军机大臣，总理衙门负责与各国的外交交涉事务，也联带着帮助推动包括新式教育、交通、工业、经济（尤其海关）、军事等现代化建设，因此当时也称作「洋务内阁」。恭亲王主政时，军机处之决策权渐移总理衙门，直到恭亲王失势为止，但总理衙门的官员从未称爲“总理”。中国历史上第一次出现作爲政府首脑的「总