立卅年，师生于昆明举行纪念会，出版学报纪念专刊。8月，叙永分校结束运作，学生返回昆明。10月，文科研究所于昆明东郊龙泉镇司家营成立，由冯友兰教授出任校长。11月，与盟军合作于昆明成立译员训练班，并成立师范学院初级部。联大期间，学生参与青年从军运动，应征飞虎队翻译、入缅作战、参加印度远征军。清华还单独设立昆明办事处、研究院和特种研究所。特种研究所依靠庚款基金利息，拥有农业、航空、无线电、金属、国情普查五个研究所，服务军事研究。战争中，清华园遭日军野战医院152病院等占据、破坏，留守教职工也被害。1945