州西岸设立海军军港。将与伊万里和平户岛的江袋湾等一样在当时是人口仅3千人的贫穷小村落的佐世保列为选址地。海军部部内讨论结果，决定在有着天然良港的佐世保开辟军港并设置镇守府。1889年（明治22年）7月1日佐世保镇守府正式开厅办公。初代镇守府司令长官为赤松则良海军中将。