町幕府将军，是为足利义高。（后改义澄）政元自己则就任管领，掌握了幕政，确立了细川政权。从此以后，室町幕府将军事实上成为傀儡。但此后幕府的权利并未完全丧失，伊势贞宗在日野富子的授意下作为将军的后见役数度抑止政元的行动。另外，细川京兆家中力主废立的丹波守护代上原元秀的暴死，使得家中对政变持消极态度的家臣佔了上风。这也可能是幕府没有彻底丧失权利的原因。
战诸侯.足利义材被废，被政元流放至越中国，于明应八年（1499年）串通延历寺僧众侵略近江国。政元察觉了义材的阴谋，命令赤泽朝经、波波