系统改制，医院于2004年6月11日由中华人民共和国铁道部移交北京市人民政府，由北京市卫生局管理。2005年1月1日，正式更名为“北京世纪坛医院”。2011年1月1日，更名为“首都医科大学附属北京世纪坛医院”。北京世纪坛医院1989年通过全国首批三级甲等医院评审。曾被中华人民共和国卫生部授予“全国百佳医院”、世界卫生组织授予“爱婴医院”等称号。