朝政府派员册封顾实汗为遵行文义敏慧顾实汗，使顾实汗在青、藏的统治地位强化。清雍正帝平息顾实之孙和硕亲王罗布藏丹津后，改西宁卫为府，设西宁县、碾伯县和大通卫，属甘肃省。青海地区由西宁办事大臣直辖管理。这项措施为后来青海建省铺平了道路。清末时，回族商人马海晏起兵反清，创立了马家军，后归顺清朝，马海晏在庚子拳乱，八国联军袭来时为了保护慈禧太后与光绪皇帝，忧劳而卒，朝廷荫袭马海晏之子马麒为总兵。中华民国北洋政府时马麒升任青海蒙番宣慰使，成为军阀，逐渐统治青海，马麒死后，其子马步芳势力更是深入青海，期间青海省于1