由于发表反党言论和参与反对中共主要领导人陈云，阮铭被开除中国共产党的党籍。一说是他1961年至1967年在中共宣传部担任调查研究室主任和文化革命委员会主任等职，这期间以“极左”面目出现，迫害知识分子。王震担任中共中央党校校长后清查“文革”遗案，阮铭因“三种人”问题（打、砸、抢）被开除党籍。
美国流亡期间.1988年，阮铭离开中国，先后到美国哥伦比亚大学、密西根大学、哈佛大学等校访问研究。1989年4月15日，属于中国共产党中改革派的胡耀邦过世，在某种程度上成了北京学生运动的导火线，