产党的自治权问题与胡安·阿斯蒂加拉维亚产生矛盾。阿斯蒂加拉维亚后来因为“民族主义左倾错误”被开除出共产党。在西班牙内战中，他是巴斯克防务委员会成员，见证了巴斯克临时政府的成立。期间，他还是巴斯克共产党机关报《红色巴斯克》的负责人。1939年4月，他在阿利坎特被国民军逮捕，并被关押在巴伦西亚的阿尔瓦特拉集中营，后被送入巴伦西亚监狱。不久，他成功越狱，并流亡美洲。1946年二战结束后，他移居法国，秘密进行共产党组织工作。1962年6月14日，他和一些党员在比斯开省被佛朗哥的宪兵队逮捕，并被秘密囚禁在毕尔巴鄂