局长维亚切斯拉夫·缅因斯基去世，1934年7月10日，国家政治保卫总局被并入内务人民委员部，雅果达就任内务人民委员。1934年12月1日，列宁格勒市委书记基洛夫遇刺身亡，在斯大林的授意下，雅果达发动了大清洗运动，他和安德烈·维辛斯基紧密合作，组织了第一次莫斯科审判，季诺维也夫、加米涅夫等老布尔什维克被定罪枪决。1936年，雅果达被转任邮电人民委员，叶若夫接替他担任内务人民委员。1937年，雅果达被捕，并被指控为人民公敌、纳粹德国间谍、托洛茨基主义分子和阴谋篡权者，他同其他20人被送上第三次莫斯科审判的法