遇到反抗，台湾、台南两县无法实施，而暂时使用派出性质的民政支部，其下支厅则暂使用出张所。1896年平定台湾各地反抗后，将原规画实施，其中台湾民政支部则改名为台中县，其下辖嘉义出张所则又改回台南县辖，其余与原规划相同。1897年将全台改划为六县三厅：台北县、新竹县、台中县、嘉义县、台南县、凤山县、宜兰厅、台东厅、澎湖厅，并废除支厅，改为辨务署，全台共78个辨务署；原明清以来的堡里乡澳也逐渐失去行政区划功能，成为地籍、户籍区划单位；1898年因为财政困难，将六县改回三县，其下辨务署缩减为39个，而澎湖、台东