日本草蜥是日本的固有种，在日本的北海道、本州、四国、九州、种子岛，以及吐噶喇群岛中的中之岛、诹访之濑岛都有分布。主要分布在海岸、平地及1000m以下的山区。
天敌.一些小型的哺乳类、鸟类及蛇都会捕食日本草蜥。幼体也会被螳螂等肉食性昆虫捕食（有时成体也会被捕食）。