上，并在酶的作用下发生反应的分子被称为底物。虽然酶分子通常含有数百个氨基酸残基，但参与与底物结合的残基只占其中的一小部分，而直接参与底物催化反应的残基则更少（平均为3-4个残基）。这部分参与底物结合和催化的区域被称为活性位点。有一些酶需要结合一些小分子（辅酶或辅因子）才能够有效发挥催化作用。酶的活性还可以被酶抑制剂所抑制，或被酶激活剂所提高。
讯号传递和物质运输.许多蛋白质都参与了细胞中和细胞间的讯号传递。一些蛋白质，如胰岛素，作为细胞外蛋白质，可以将讯号从一个细胞（合成这些蛋白质