为「政府与民间推动阶段」，其理监事或董监事会都是由各大食品公司组成，有「球员兼裁判」之疑虑，对食品GMP信誉造成重大打击。另一方面义美等公司则未参与GMP，其称GMP被大厂把持而未纳入消费者团体、中小企业或摊商。对于食安事件爆发后一连串质疑，经济部工业局官员表示，事实上从2014年4月开始GMP协会理事长改成学者专家担任，现任理事长为海洋大学食品科学系教授孙宝年；而孙指出，现在许多业者都属于智慧型犯案，如果没有货料源头管理，很容易被蒙骗。并提前于2015年1月1日实施新制，若原GMP厂产品无法全数验