2008年9月，在以三鹿集团为代表的22家中国知名乳制品企业的部分产品中，发现含有有毒化工原料三聚氰胺，并由此直接导致食用该产品的婴儿患上肾结石的事件爆发。因对食品安全、质量负有监管责任，9月22日，李长江引咎辞去了国家质量监督检验检疫总局局长职务，由王勇接任。
复出.2009年12月26日，据江苏省官方媒体《新华日报》报道，李长江以全国扫黄打非工作小组专职副组长的身份，正在南京、镇江等地考察工作。此消息一出，立刻引起中国社会哗然；媒体质疑，“李长江复出，公众不应最后一个知道”。