以新设「县」取代；新政府按照地理分布划出超过三百个县，建立中央集权导向的地方制度，虽然幕藩体制没有被完全废除，但在名义上已不再存在。地界经过多年的变迁，在1871年，全日本有72个县；在1888年，共有77个县，一直到现在全国分为47个一级行政区：一都（东京都）、一道（北海道）、二府（大坂府、京都府）、四十三县，其下再设立市、町、村。
废藩置县初期设置府县.最初在明治四年七月十七（1871年8月29日）废藩置县实行时与现在的府县有很大分别，而府县的名字——都市名／府县厅所在地，