于迎接中国使节的迎恩门附近建造了独立门，将原迎恩门旁的慕华馆改建为独立馆，作为独立协会的办公室。1897年，高宗改国号大韩帝国后，独立协会的批判矛头开始由中国转到日本和沙俄。1898年开始，独立协会由思想启蒙运动转变为政治改革运动，倡导保护国家主权，维护人权和财产权，并掀起了成立西方式议会制度的运动。由于其政治理念与朝鲜政府保守思想的冲突，独立协会最终于1898年12月25日被取缔。在徐载弼的推动下，独立协会还组织了“万民共同会”。为声讨沙俄的渗透，独立协会于1898年3月10日在今首尔钟路举行了首次万