份撒哈拉沙漠的河流都是季节性或间歇性，尼罗河是少数的例外，从中非洲横跨沙漠一直流到地中海。地下的含水层有时会接近地面，形成绿洲，像、盖尔达耶、提米蒙、库夫拉及锡瓦绿洲。撒哈拉沙漠的中间非常干燥，几乎没有植物。沙漠的北边及南边有高地，有零散的草地及，在干谷中湿气比较集中，会有树木或较高大的漠境灌木。撒哈拉沙漠的北边是地中海旁的埃及及利比亚，但在利比亚的昔兰尼加及马格里布是北非洲的地中海气候区，特征是冬季容易下雨。依照植物学家和地理学家Robert Capot-Rey的植物准则，撒哈拉沙漠的北界对应海枣