何应钦在升任军长后将师长职务交付钱大钧，在2月即调职为第2师师长，3月又调为第一军第20师（前黄埔军校教导师）中将师长。在国民革命军北伐时，20师作为根据地的防御任务驻防广州，钱大钧因此兼任了广州警备司令部司令、广州市公安局局长、广州戒严司令。中国国民党清党期间，钱大钧负责广东省的清党指挥任务，并派军截堵南昌暴动失败后南窜的中国共产党红军。民国十六年（1927）9月26日，20师吸收投降的北洋军残部，与国民革命军新编第1师合组成立国民革命军第三十二军，钱大钧任中将军长，三十二军在民国十七（1928）年1