中最值得注意的是南京大屠杀。在满洲国，日军的医疗部队731部队研究生物战争时利用中国平民作为测试对象。包括中国在内的许多被日本占领的亚洲国家女性在军事妓院当妓女（即慰安妇）。
战后问题.1945年抗日战争结束后不久，中国即陷入全面内战。对中华民国政府和中国共产党而言，对方才是生死对决的敌人。而双方对遗留中国的日本军人，则多有任用。中华民国军队中，除山西残留日本军队外，有日军顾问团——白团。解放军中亦有数万名日籍解放军。1949年，中国共产党建立中华人民共和国，中华民国政府败退台