逮治，大理寺少卿孙伏伽要求从严审理，仁师责令宽恕，悉脱去犯人杻械，并给予饮食、沐浴。只抓魁首十多人，其他人皆释放。不久唐太宗派人重新审讯囚犯，皆曰：“崔公平恕，事无枉滥，请速就死。”无一人异辞者。贞观二十二年(648年)末年累迁中书侍郎，参知机务，褚遂良忌之。一日有伏合自诉者，仁师不奏，褚遂良告之太宗，帝大怒，以罔上罪配广东连州（一说龚州）。不久赦还。永徽初年授简州刺史。不久卒。神龙初年以子崔挹为国子祭酒，恩例赠同州刺史。崔仁师诸子中，崔揣官居亳州刺史，袭安平公；崔擢字扬庭，官居雍州司功参军，封安平