佔时期（1942-1945）期间，所有由英国运作的法庭被日本军方接管。1942年5月29日，日本军政府成立了一个名为「昭南高等法院」的马来亚最高法院和一个上诉法院，但上诉法院从未开庭审案。第二次世界大战结束后，英国恢复了战前在马来亚的所有法院。当海峡殖民地于1946年解散时，司法制度没有发生任何的变化。由于新加坡成为直辖殖民地和马来亚联合邦的成立，海峡殖民地最高法院自此被更名为「新加坡最高法院」。槟城和马六甲的法院则与马来亚其他地区的法院合并组建「马来亚联合邦最高法院」（Supreme Court of