东修筑了两座城，遭魏将封敕文进攻，清口戍主傅干爱率众击退魏军；后殷孝祖又斩杀窟瓖公，频败魏军。魏军最终败退，孝祖获授太子旅贲中郎将，加龙骧将军。大明三年（459年），竟陵王刘诞于广陵起兵反对孝武帝，殷孝祖当时正从青州南归，孝武帝下令其经过广陵时加入沈庆之统领的讨伐部队，又有战功。后孝祖转到西阳王刘子尚抚军将军府下，兼宁朔将军、南济阴太守。后历转盱眙太守，虎贲中郎将，宁朔将军、阳平东平二郡太守，济南太守及南郡太守。景和元年（465年），殷孝祖以宁朔将军督兖州诸军事、兖州刺史。同年年末宋明帝因政变登位，