编修。后身份办理直隶赈灾事宜，受到徐桐赏识。庚子事变中，徐桐支持义和团，钟琦劝阻，徐桐不采。八国联军入京，钟琦同年进士熙元、宝丰先后遇难，钟琦得知后，悲泣不已，闭门自缢，幸被救下。光绪二十九年（1903年），任江苏督粮道。五年后，迁江西按察使，先后调湖南、江苏。宣统元年（1909年），晋升布政使。宣统三年（1911年），升任山西巡抚。就职仅一月，辛亥革命爆发，各省独立。钟琦反对革命，叮嘱三子敬熙，并准备殉清，敬熙赴京告知兄长光熙，二人一同返回山西。九月八日晨，新军起事，攻打巡抚衙