4年，日军再次进犯长沙，情况危急，畲畯南逃离湖南。逃难至贵州遵义，畲畯南与唐蔚芳在一处教堂成婚。此后，畲畯南回到交通大学唐山工程学院，担任讲师，并继续跟随林炳贤学习。抗日战争结束，畲畯南于1946年回到广州开设建筑设计事务所，获得数个奖项，业务拓展至香港。1948年，畲畯南与老师林炳贤在香港合作开办建筑师事务所。1951年初，畲畯南考取待遇优厚的港英政府设计处建筑师职位；4月，畲畯南决定放弃在香港的生活，携妻子儿女回广州，担任广州市卫生局建设委员会建筑师。1952年，畲畯南被调往广州市设计院前身的广州市