作都毕业于东京大学。东京工业大学和一桥大学亦是东京都顶级的大型国立大学。前者主校区位于目黑区大冈山，历史超过130年，是日本最顶级的理工科大学。后者位于国立市，以商科和社会科学为主。除了上述的三所大学之外，东京都还有东京外国语大学、东京医科齿科大学、东京艺术大学等在专业领域享有盛名的国立大学。东京都立大学的前身是成立于2005年，由四家大学合併而成的首都大学东京，在2020年改为现名，是由东京都政府成立的公立大学。由大隈重信创建的早稻田大学和由福泽谕吉创建的庆应义塾大学合称「早庆」，被认为是东京都私立大学的