掘颌翼龙的上颌有18颗牙齿、下颌有10颗牙齿。在2004年，克里斯多佛·班尼特（Christopher Bennett）研究第三个标本，发现上颌只有16颗牙齿；过去可能把替换用牙齿算进去，才变成18颗牙齿。在2011年，科学家比较翼龙类、现代鸟类与爬行动物的巩膜环大小，提出掘颌翼龙可能属于昼行性动物，而喙嘴翼龙、梳颌翼龙可能是夜行性动物；掘颌翼龙可能是为了避免与以上物种争夺相同食物来源，而错开活跃时间。