1931年九一八事件后，部长王正廷因故辞职，李锦纶代理部务。1933年起再度出使，先后任中华民国驻波兰公使兼驻捷克斯洛伐克公使、中华民国驻葡萄牙公使。1943年调任外交部顾问。晚年，李锦纶移居美国，任纽约华人浸信会牧师。1956年2月21日，因突发心脏病在纽约逝世。5月15日，蒋介石“明令褒扬、以彰往绩”。