兴元年，为荆湖提刑。绍兴五年（1135年），官兵部尚书，聘陈克为参谋。刘光世被罢去兵权，王德与郦琼等淮西军互不相服。绍兴七年（1137年），下诏王德还建康（今南京），派遣吕祉前往庐州（今属安徽）收编王德、郦琼的部队。中书舍人张焘、资政殿学士叶梦得一再提醒张浚，吕祉只是一介文士，“不更军旅，何得轻付”。张浚不听。吕祉在庐州表面上安抚郦琼，密奏朝廷求罢郦琼。八月八日郦琼杀吕祉，率四万兵投降刘豫，史称淮西兵变。吕祉妻吴氏自缢以殉。张浚以处置不当贬居永州（今属湖南）。有子吕胜己。