弗朗西斯.奥纳（）率领的反抗组织再度宣布独立，巴新政府对该岛实施经济封锁，并派兵加以镇压，酿成了旷日持久的武装冲突。从1989年开始到2001年，巴政府与布干维尔各派达成全面和平协议前，布干维尔估计有一万二千人死亡，占总人口的近7％。1994年布干维尔革命军、布干维尔临时政府、巴布亚纽几内亚政府和所罗门群岛政府签订停火协定。1995年双方于澳洲进行和谈。1996年巴布亚纽几内亚政府再度攻击布干维尔岛。1997年在纽西兰斡旋下，双方正式宣布停战。1998年，和平观察团终抵布干维尔岛。2001年，巴布亚