仅九岁的皇太子朱翊钧继位，改元万历，就是明神宗，史称万历皇帝。由于神宗年幼，于是由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的宦官冯保对抗而被罢官，相反张居正得到冯保的鼎力支持。张居正辅政十年，推行改革，在内政方面，提出了「尊主权，课吏职，信赏罚，一号令」，推行考成法，裁撤政府机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全国土地，抑制豪强地主，改革赋役制度，推行一条鞭法，减轻农民负担 。洪武二十六年（1393年），全国耕种田地有三百六十六万零七千七顷。到了弘治十五年（1502年）也只上升到四百二十二万八千零五十八顷