贿赂国观三千金。方岳贡因此下狱，士民争相为其喊冤，巡抚黄希也亲自为其辩解。最终经过蒋德璟在崇祯帝面前提及，得以平反复官。不久，升任山东按察使司副使兼右参议，总理江南粮储，监督漕粮按时抵达通州，崇祯帝大喜，召见赐食，破格提拔爲左副都御史。随即兼任东阁大学士。次年，即崇祯十七年（1644年）二月，命以户、兵二部尚书兼文渊阁大学士总督漕运、屯田、练兵诸务，驻济宁，未成行。不久，李自成攻陷北京，方岳贡及丘瑜被俘，囚禁在刘宗敏居所。李自成所部向二人勒索白银，方岳贡素来清廉，家贫无钱，备受拷打。有松江商人替他缴