改由距原九运会站不远的黄村地铁站担负。2005年7月起，吉山站停止所有危险货物办理业务，标志着吉山站危险品仓库在使用了近半个世纪后正式关闭。随着穗莞深城际铁路（现名为穗深城际铁路）在2012年10月16日的规划中延长至广州东站，同时建议亦提出设石牌站和吉山站（即本站）2个客运站。直到2015年7月方案获得通过后，现有的站房才正式动工建设，直到2018年完工。2018年，吉山站改称天河东Ⅱ场，其西侧的客运站命名为天河东Ⅰ场。