立中山大学任教，讲授“三民主义”及钢铁等课。抗日战争期间，日军占领武汉后，黄昌谷赴湖南找他的学生、第九战区司令长官薛岳，要求工作。薛岳怕遭到蒋介石谴责，遂以不取消通缉便不敢任用为由，给予黄昌谷第九战区驻重庆办事处主任的名义，让其赴恩施、重庆活动，找何成濬取消通缉令。黄昌谷到达重庆后，何成濬拒绝签字，通缉令未能撤销，故黄昌谷未能任职。1941年冬，黄昌谷再赴广州任国立中山大学教授，后任国立中山大学工学院院长，自此终身从教。1949年，黄昌谷同妻子谢氏等家属赴澳门定居。1951年7月，应中国国民党中央党