“仍与各省同志暗中联络”，反对袁世凯。1916年6月，袁世凯逝世，黎元洪继任大总统，恢复《中华民国临时约法》，重开国会，丁超五仍为国会众议院议员。1917年，段祺瑞指使北洋军解散国会，废弃临时约法，丁超五追随孙中山南下护法。同年9月，在广州参加广州国会非常会议，孙中山任中华民国军政府陆海军大元帅。10月，丁超五被任命为大元帅府参议，支持孙中山派粤军援闽。此后至1920年的三年之间，丁超五在福建、广东、上海间奔走，为粤军在福建的发展作出了贡献。1921年，孙中山当选非常大总统，丁超五被任命为中国国民党