心总监职位由时任衞生署副署长林文健出任。两人任期为期半年。
辖下办事处.衞生防护中心的总部设在九龙亚皆老街147C号衞生防护中心大楼，由前九龙医院护士宿舍改装而成。而属下的公共衞生化验服务处及公共衞生服务处则设在九龙石硖尾南昌街382号公共衞生检测中心，另于沙田沥源健康院设有化学病理及血液科实验室（未来将迁往公共衞生检测中心）。由于2019冠状病毒病香港疫情的缘故，卫生防护中心亦在2021年1月11日起，设立一个临时的跨部门密切接触者追踪中心，位于九龙启德协调道3号启德社区