很多配位化合物的中心原子是金属，而配基为有机化合物，不过配基利用氧、氮等不是碳的原子和金属键结，这様的化合物一般不算是有机金属配合物。只有配基利用碳原子直接和金属键结的才算是有机金属配合物，例如[(CH)Ru(HO)]。许多脂溶性的化合物，例如金属的乙酰丙酮配合物或是醇盐只能视为金属有机物。自然界存在许多有机配合物，例如在血红蛋白和肌红蛋白中的铁原子就和卟啉环中的氮配位键结；而叶绿素中的二氢卟吩环中央有镁原子。上述的化合物是生物学研究的对象，但都不是有机金属配合物。甲钴胺（一种维生素B12）中含有钴和