湾清治末期至日治前期，水碓地区为一街庄，称为「水碓庄」，隶属于八里坌堡。该庄北与石土地公庄、五股坑庄为邻，东与更寮庄、新塭庄为邻，南边为枫树脚庄、山脚庄、大窠坑庄，西端深入菁埔庄而与其为界。1920年（日治大正九年），该庄改制为「水碓」大字，隶属于台北州新庄郡五股庄，大字下有「水碓」、「水碓窠」、「塭底」小字名。战后五股庄改制为五股乡，隶属于台北县，大字亦改制为村。2010年12月台北县改制为新北市，五股乡改制为五股区，村改制为里。由于人口增加，该地区已细分为多个里。
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