别位于它的东南偏南和西南面。该陨坑中心月面坐标为，直径47.51公里，深度约2.31公里。斯托尼陨石坑外观大致圆状，东侧和西北略微外凸。坑壁峻峭、清晰，几乎未受到侵蚀，西北和东南段因壁顶部分崩落而呈现鞍状下凹，沿东侧壁边缘则覆盖了一串细小坑穴构成的短链坑。环内侧壁可看到阶地状结构，在坡底不规则地分布了一些岩屑堆。斯托尼陨石坑坑壁最大高出周边地形，内部容积约1778立方千米。坑内地表除西部和东北略为平坦外，其它地区均崎岖凹凸。靠南侧和东北内壁底各坐落有一座醒目的小杯状坑，中心点偏西矗立了一座高约1200米