入日治时期后，台湾官署或台湾政府则指行政与军事专制的台湾总督府。1945年，中华民国政府开始接管台湾，并设台湾省。其统治政府则变成了台湾省行政长官公署，1947年改制成台湾省政府。1948年到1950年，国共内战最激烈期间，台湾政府大部分是指则为台湾省政府；而自1949年起，中华民国政府迁往台湾并后，台湾政府被一些人用作中华民国政府的代名词。自1991年起，中华民国国会立法院在台湾全面改选；1996年起，中华民国总统及副总统在台湾由公民直接选举，认同中华民国政府者认为中华民国政府在台湾因而拥有更强的合法