2008年方案改为经东莞西部，经麻涌、洪梅、沙田、厚街、虎门、长安。2009年5月，媒体报道穗莞深城轨广州段将有重大调整，调整后的线路将不走鱼珠、庙头、开发区，改道从增城区新塘镇始发，直入东莞洪梅镇，并在新塘站接驳当时仍在规划中的广州地铁13号线和16号线。2009年11月，穗莞深城轨东莞长安段动工，当时计划在长安设厦边站、金沙站和锦厦站三站，东莞段其余五个站点为洪梅、沙田、厚街、虎门白沙和虎门商贸城。2012年6月5日，穗莞深城轨广州至东莞段环境影响报告书公示，广州至东莞段正线全长17.934