官网下载系统的重大更新（2006年7月1日后停止）。
第二版.Windows 98 SE（第二版）发行于1999年5月5日（也有1999年6月10日这样的说法，可能是中文版的发布时间）。它包括一系列的改进，例如Internet Explorer 5、Windows Netmeeting 3、Internet Connection Sharing、对DVD-ROM和对USB的支持。另外Windows 98 SE的核心部分比Windows 98多出支援影音流媒体的接收能力以及5.1声道