山再起任内阁总理，王士珍任陆军大臣。王士珍对清朝的忠诚心强，在清朝灭亡后，王士珍随即退职。1914年（民国3年），王士珍被授与陆军上将衔，参加北洋政府。5月他任陆海军大元帅统率办事处办事员（坐办）、模范团筹备处处长。1915年（民国4年）8月，他继段祺瑞之后任陆军总长。1916年（民国5年）4月23日，他任参谋部总长，6月6日袁世凯死后他留任。府院之争中，王士珍支持黎元洪，反对对德国宣战。1917年（民国6年）5月，黎罢免段祺瑞国务总理职务，王士珍被任命为京畿警备总司令。李经羲内阁成立后，他任陆军总