主要由农民组成，大多不识字，因此以口头传令为主。组织包括地位最高的三老、其次有从事和卒史等名称，大多延用汉朝乡官的名称。随着赤眉军的发展，在地皇三年（22年）王莽派出王匡及廉丹率约十万军队进攻赤眉军，但惨遭挫败，赤眉军发展到十万人以上，势力扩及青州、徐州、兖州和豫州各地。23年，绿林军拥戴的更始皇帝刘玄攻入长安，灭王莽新朝。赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即开战。
立皇帝及败亡.25年，赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领进攻关中，因笃信城阳景王一神，拥立其后裔刘盆子为帝，徐宣