康熙十六年（1677年），清朝恢复福建水师体制。康熙十八年（1679年），任命湖南岳州水师总兵官万正色为福建水师提督。至是年年底，福建水师有战船240艘，官兵28,580名。康熙十九年（1680年），郑经和清朝战争失利，放弃厦门、金门，退往台湾。福建总督姚启圣打算趁势进攻台湾，但遭福建水师提督万正色反对，加上一些大臣支持万正色，康熙帝也顾虑未解决西南吴世璠，决定暂缓进攻。康熙二十年（1681年），郑经中风而死。郑氏王朝政变，年仅12岁的郑克塽继任延平王，冯钖范、刘国轩掌握实权，郑氏官员向心力开始动摇