以有两个亚种：山地大猩猩及东部低地大猩猩。在布温迪森林的细小族群在基因上与其他亚种不同，故有时被认为是独立的亚种，但却未有描述。东部低地大猩猩及山地大猩猩过往被认为是西部大猩猩的亚种。但是从基因研究中发现，这两个东部大猩猩的亚种之间较为接近，而西部低地大猩猩适合有独立的分类。现时这两个亚种都分类在东部大猩猩中。
与人类关系.东部大猩猩现时是濒危物种。作为丛林肉被猎杀及栖息地的消失都是对牠们的危害。在一些国家公园中，寻找山地大猩猩是一种受欢迎的旅游项目，这对牠们的保育均有正面及负