将分子的自组装与自组织区分开来，自组装指的是个别分子形成目标聚合物，而自组织则指那些聚合物构成更高阶结构的过程。
应用.超分子组装在各领域有许多新材料的应用，例如 Samuel I. Stupp 及研究团队在西北大学的研究显示两亲性的肽经由超分子组装形成的奈米纤维可以用以促进神经元的成长，其优点之一是这些微纤维会自行分解回肽，因此能被身体进一步分解处理。另一个在生物材料科学上应用的例子，自组装的树突状二肽可以在溶液中大量产生中空圆筒状的超分子，这些圆筒状分子内部具有螺旋结构并且