李姓、1668年南安蔡姓及晋江王姓、1671年晋江林姓分批入垦现今琉球乡各地。郑成功治理台湾期间，阿猴社一带是属于万年县管辖，后来又改为隶属万年州。当时曾派兵开垦到瑯峤（今恆春）一带，并将这些区域分为八个平地社和山地社，这些区域包括了今日的里港乡、屏东市、万丹乡、新园乡、林边乡、乃至车城、恆春一带，都在今日屏东县内。郑成功曾尝试攻打屏东一带之原住民但未果。
清治时期.清朝时期则改称为凤山县。今日屏东县地，隔了一条宽广的高屏溪（清朝时称为「下淡水溪」），交通相对不方便，且被视为瘴