是美国国会议员路易斯·理查德·莫里斯（Lewis Richard Morris）之子，而后者又是古弗尼尔·莫里斯的侄子。亨特的兄弟威廉·莫里斯·亨特成为了画家，利维特·莫里斯则成为了摄影师和律师。乔纳森·亨特1832年在华盛顿特区逝世，其母将家搬到纽黑文，1837年搬到纽约，1838年春又搬到波士顿。亨特在那里就读波士顿拉丁学校，1842年夏又转到马萨诸塞州桑威治 。