江县人。崇祯九年（1636）举人。崇祯十七年（1644年），孙兆奎到扬州投奔史可法。扬州失守，史可法阵亡。赴吴江。清顺治四年（1647年），与同县吴易率领数千人起义抗清，屯兵长白荡，号称孙吴兵。战败被清兵捉至金陵白下，审讯他的是他的老朋友，已降清的洪承畴。洪承畴与史可法是非常好的朋友，本来想要救史可法，却来不及，一直引以为憾，但当时广泛谣传史可法在扬州未死，死的只是一个形貌相似的人，苏州孙兆奎因起兵失败，被押到白下，洪承畴问孙兆奎说：“先生在军中，是否知道扬州阁部史公死了呢，还是没有死呢？”孙兆奎回