白质结构发生微小的重排，产生蛋白酶的活性位点，从而激活该蛋白。 因此，蛋白酶解可以作为调控各种方式，通过水解切割使蛋白激活或失活来进行。一个好的例子是凝血级联中，一个初始事件触发了许多特异性蛋白酶的有序地级联反应，最终导致血液凝固。还有免疫反应中的补体系统也涉及复杂而有序的蛋白水解激活和交互作用，使之能对入侵病原体进行攻击。
蛋白质降解.食物中的蛋白质需要在细胞外被水解切割为较小的肽和氨基酸才能被有机体吸收利用。而细胞内的蛋白质也需要持续不断地降解为氨基酸，这一过程有如下几个作