苏州的来苏、怀化二县并为化成县，隶属于复州，后升格为金州，金州之名由此诞生。明朝于1372年设金、复、盖三州，1395年废除，专行卫制，卫所兼管军事和民政。明清时代今市区被当地人称为“青泥洼”。1622年，后金军攻佔金州、复州二卫，唯有旅顺口仍在明军总兵官黄龙控制下，直到1633年才被攻陷，黄龙自杀殉国。今旅顺黄金山下仍有黄龙墓。清初大连地区因连年战争而人稀地荒，故先后隶属海城和盖平二县。康熙雍正年间，实行招民垦殖政策，使得人口渐稠。1653年设复州巡检司。1680年设金州城守章京，1687年设金州城守