鲁特蒙古准噶尔汗国与清朝发生战争，拉藏汗进攻拉萨，罢免并诱杀第悉桑结嘉措。1706年6月28日，拉藏汗杀桑结嘉措后，更与康熙皇帝决定同时废黜第六世达赖喇嘛仓央嘉措，重新选定阿旺伊西嘉措为六世达赖，得到康熙皇帝的册封。清康熙四十八年（1709年），清朝派遣侍郎赫寿前往拉萨，办理西藏事务。此为清代派遣大臣驻藏办理政务之始，但仅为临时派员，未成定制。1716年，准噶尔汗国派兵入侵西藏，攻打拉萨，并于次年攻入拉萨，杀死拉藏汗，和硕特汗国灭亡。1718年清朝由青海路出兵入藏，不过全军覆没。1720年后西藏再次向清