012年4月，因部分市议员认为台南大学没有能力兴建，而要求台南市政府将土地收回自行兴建，但后仍决定继续由台南大学执行本案。然而2013年1月，市府发布新闻稿指称，教育部已删除文化校区之开发需求，故先前所签订之备忘录失效，目前将依程序改征询第二优先权人国立成功大学的意愿。2013年4月23日，台南市议员兼民进党台南市党部主委蔡旺诠、民进党前立委王幸男与台南大学校方代表合开记者会，重申台南市政府与台南大学签的备忘录有法律效力，坚决反对财团介入小巨蛋经营、破坏当地文化生态绿廊，否则不排除串连环保团体及当地居民