国陆军教育召集的关系被送至平壤当二等兵才中断。第二次世界大战后，1946年，丸山发表了着名的论文〈超国家主义的论理与心理〉，文中称战前的天皇制为「不负责任的体系」，使这篇文章大为出名。1950年，丸山升任东大教授。1960年，与岸信介内阁的安保斗争中，丸山对2500名聚集在教育会馆的群众发表演讲，其中一句「一旦认同权力万能，就等于否定了民主；这是我们眼前的选择」激励了众人，之后便出发前往日本国会抗争。1969年，左派的全学共斗会议（全共斗）运动佔领他的研究室时，他严厉批评，参加的学生直与纳粹