量可辨识特征的脱氧核醣核酸序列，却造成这些演算法的运作不良。序列比对则试图辨识出同源序列，并定位出使这些序列产生差异的特定突变位置，其中的多重序列比对技术可用来研究种系发生关系及蛋白质的功能。由整个基因组所构成的资料含有的大量脱氧核醣核酸序列，例如人类基因组计画的研究对象。若要将每个染色体上的每个基因，以及负责调控基因的位置都标示出来，会相当困难。脱氧核醣核酸序列上具有蛋白质或RNA编码特征的区域，可利用基因识别演算法辨识出来，使研究者得以在进行实验以前，就预测出生物体内可能表现出来的特殊基因产物。Se