明治二十八年（1895年）乙未战争时清兵为阻挡日军前进而破坏铁路，后日军南下时陆续进行抢修。同时第一代站房被抗日军焚毁。7月7日台北至新竹的铁路恢复运转，以供近卫师团运输兵员物资之用。9月临时台湾铁道队抵达基隆。
第二代站房.明治二十九年（1896年）临时台湾铁道队鑑于清朝所建的铁路蜿蜒迂回，将刘铭传铁路大幅改线。7月公布民众乘车许可。于基隆~新竹段每日往返两班列车，后增加为往返四班。7月5日设立第二代站房，迁移至今东大路与铁路交会处北侧，新竹货站附近，位于原淡水厅城外。站房面积