铁路沿线两旁各25公尺的地段归马来亚铁道管辖。由于新加坡的高度发展，这条铁路对新加坡也带来了许多困扰和威胁，包括国家主权安全的争议。新加坡人逐渐不接受国内中心一部分领土属于别国。1990年，新加坡和马来西亚就解决主权问题达成了共识，并由当时的新加坡总理李光耀和马来西亚财政部长敦达因于1990年11月27日分别代表两国政府签订了《马来亚铁道公司在新加坡土地发展协议要点》（Points of Agreement，简称POA）。根据这项协议，马来亚铁道应在2001年2月将丹戎巴葛火车终站迁移至兀兰火车关卡