朝派左宗棠率大军进疆，消灭了盘踞在南疆的阿古柏。1881年清军收回伊犁，第二年在惠远旧城北7.5公里处另择新址，重建惠远城，史称新惠远城。1883年新疆正式建省，省会为迪化府（今乌鲁木齐），惠远城逐渐失去了全疆政治中心的地位，伊犁将军主要负责北疆防务。辛亥革命后，伊犁军府制被取消。
历任伊犁将军.明瑞 干隆27年10月 - 32年3月 满洲镶黄旗 　阿桂 32年3月 - 33年4月 正蓝旗 　　伊勒图 33年7月 - 34年10月 正白旗 　　永贵 33年10月 - 34年1