国解体后又成为独立的萨克森王国。巴伐利亚公国利奥波丁家族曾负责守卫卡林提亚边境领，后来获得了巴伐利亚公爵头衔。后来头衔被鲁道夫家族的一支继承，最后又落入韦尔夫家族。因为韦尔夫家族在与霍亨斯陶芬王朝的斗争中落败，奥地利（1156年），施泰尔马克和蒂罗尔（1180年）被从巴伐利亚中剥离，剩余的领土转封维特斯巴赫家族。他们对巴伐利亚的统治一直延续到一战，其间在13到15世纪公国曾多次分裂，但始终掌握在家族内部手中。1503年巴伐利亚公爵阿尔伯特五世重新统一了巴伐利亚。1623年巴伐利亚被升为选侯，神圣罗马