1990年代末在将军澳设置卫星厂，方便区内路线车务安排。首代将军澳车厂在陶乐路与宝康路之间，即怡心园旁边；该厂在2000年代初停用，原址现已建成职训局青年学院（邱子文）、圣公会将军澳基德小学及保良局罗氏基金中学3所学校。第2代九巴将军澳车厂位于西贡区将军澳第85区，即百胜角环保大道日出康城领都对面，将军澳基本污水处理厂及新巴旧将军澳车厂之间。当时所处的土地于新市镇规划中，一直被列作临时车厂，因此政府在早在开始规划将军澳新市镇时已将第26区（即运隆路、宝康路、宝顺路与将军澳隧道公路所包围的地段，电讯盈