发而下狱。虽被免罪，却由于钦羡长官李靖武功卓越而晋尚书右仆射。此次不得拜相，对仕途心怀不满。贞观十七年（643年），洛州都督张亮密告侯君集煽动自己谋反，但太宗以缺乏旁证，未予追究。后太子李A|zh-hans:承干; zh-hant:承干同魏王李泰争嫡日烈，各有党羽。侯亲善太子，策划兵变，事发被捕。定罪后，太宗于刑前，亲往质问，对以『朕因汝从此不登凌烟阁』。侯闻言动容，拜倒大嚎，最后求皇帝念旧，允留侯门香火（当时论罪当诛之）。太宗许赦免其妻及一子（后迁岭南），侯亦甘心受刑。太宗没有撤掉侯君集在凌烟