大方、丁大全诬告作“潜通蒙古”。王惟忠于是被削了官职，没收了财产，下大理狱，全家老小被押至临安。1254年农历10月25日，以“顶冒补官，任知阆州判西安抚府日，丧师庇叛、遣援迟缓”的罪名问斩，尸体被“弃市于临安”。
记载.宋理宗宝祐二年（1254年），周密《癸辛杂记》中记载：“惟忠为同里余晦所构陷，时余玠已先死，昔人以为余玠所构陷，实误”。说的就是王惟忠被余晦陷害的事。
遗迹.凤阳县韭山洞可容数千人，王惟忠曾在此垒石为城，周围四里，其外又作七里大寨，与乡人