道光廿八年（1848），天后宫已有倾圮之象，六堆各庄遂推举钟桂龄主持重建工程。在募得洋银3310多元后，工程于隔年（1849年）十月择吉开工，咸丰元年（1851年）十二月落成，共计耗资3250多元，而此次的重修大致维持原有格局，并未有太大改变。在甲午战争清朝战败割台后，由于当时台人拒绝日本的接收，遂与来台的日军交战。当时六堆抗日势力集结于天后宫，推选举人李向荣担任大总理，左堆总理萧光明任副总理，总参谋为中堆总理钟发春。然而在火烧庄之役战败后，六堆的抗日行动也宣告失败。进入日治时期后，天后宫在大正二