鞭毛生物、古虫界、变形虫界、囊泡藻界、有孔虫界与原始色素体生物，但随即有学者质疑囊泡藻界并非单系群，并有后续研究将其拆分。近年来持续有许多真核生物的分类理论被提出。
分类.2002年，英国生物学家汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出了新壁总域的概念，即古菌与真核生物共同组成一演化支，为细菌中放线菌门的姊妹群。后续分子种系发生学的研究亦支持古菌与真核生物的亲缘关系较与细菌的亲缘关系近。
其他分类系统.除了三域系统外，其他较常用的分类系统还包括：