除了石狩川之外，天盐川、十胜川、钏路川等河流亦是北海道的一级水系中长度较长、流域面积较大的河流。北海道亦是日本湖泊较多的地区，日本面积前20大湖泊中有9个位于北海道。北海道的湖泊大致可分为两种类型。一是火山口湖，以阿寒湖、摩周湖、屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖等湖泊为代表。另一类型是海迹湖，典型例子包括佐吕间湖、网走湖、能取湖、风莲湖。
领土问题.日本和俄罗斯之间存在南千岛群岛主权问题。南千岛群岛（日本称为北方四岛）是指择捉岛、国后岛、色丹岛、齿舞群岛四个岛屿。在二战末期，苏联派军队