获选为中华民国第9任正副总统，也是中华民国史上首次直接民选的正副元首。1998年，中华民国政府为了解决中央与地方行政区的过度重叠而通过了省虚级化（冻省）。1999年，李登辉总统接受德国之声採访时提出了特殊的国与国关系，表示中华民国（R.O.C.）与中华人民共和国（P.R.C.）在实际上为两个对等的国家。两岸关系更加紧张。1999年9月21日南投地区发生芮氏规模达7.3的大地震，此为20世纪下半叶台湾伤亡损失最大的天灾，被称作「九二一大地震」，后定此日为「国家防灾日」。21世纪伊始，2000年3月18日，