48-3是飞行测试机。1991年时，两架编号为48-2、48-3的雅克-41M原型机在戈尔什科夫号航空母舰上分别由首席试飞员及弗·阿·雅克伊莫夫进行试飞，48-2号原型机成功着舰、48-3号原型机在着舰时意外在舰上坠毁，试飞员弹射逃生得以生还。由于苏联解体，导致后来接手的俄罗斯的武器开发资金雪上加霜，加上试飞意外导致雅克-141计画被迫中止。北约给予该机的代号为为雅克-141“自由式”。
继续开发.在独立国协于1991年9月宣布不再为雅克-41M的开发进行资助以后，主导该机