00年12月开始开发，当时由《最终幻想战略版》总监松野泰己和《最终幻想IX》总监伊藤裕之领衔开发。松野起先创作原始概念和情节，但开发中途因健康原因辞职。开发团队随之调整：伊藤和皆川裕史二人共同担当新总监，而沙加系列制作人河津秋敏担任执行制作人。系列生父坂口博信对松野的离去表示失望，并称拒玩游戏序章之外的部分。游戏开发伊始就提出了放弃随机遇敌的想法。这一想法刺激了即时多维战斗系统的开发，即玩家可在战斗和探索场景无缝切换。为推动该变革，策略系统亦在很快诞生。战斗系统设计时友松宽称，其逐渐从复杂严格的公式，改