似鸟龙下目可能是姐妹演化支，共同属于夹跖龙类（托马斯·霍兹所建）或似鸟龙形类（保罗·塞里诺所建）。因为目前所发现的化石，都来自于晚白垩纪的非常衍化物种，提供较少关于早期物种的资讯，所以阿瓦拉慈龙科的分类非常困难。近年发现的简手龙，具有阿瓦拉慈龙科、其他手盗龙类的过渡特征，尤其是头颅骨、前肢结构，支持两个演化支之间有关联的理论。以下分类表则来自于2012年的阿瓦拉慈龙类系统发生学研究：
系统发生学.在过去的分类历史，这群动物曾被过许多不同名称，导致分类定义上的困难。在1991年