帝，改名「神农宫」。咸丰九年（1859年），漳泉械斗，大龙峒、社子岛一带的泉州人来此将士林旧街焚烧殆尽，事后由潘永清等人倡议重建，以此庙为地方文化中心，庙前方设大庙埕以供农牧交易场所，庙四周规画方型路道，为今日的大东、大西、大南及大北街。该庙也与士林慈諴宫、士林惠济宫并称士林三大庙。今址为士林前街74号。
列为古蹟.1966年后，神农宫数度增建整修，庙中石梁保存仍完善，且出自陈专友、张火广等名匠之手，且正殿维持日治时期墙面设计。庙方还保存当初的福德正神像、开基神农，干隆、嘉