951年12月18日陈莲亭与王臣滨遭判处死刑，田旭初则被判处两年徒刑，1952年3月3日陈莲亭与王臣滨被枪决于马场町。同日遭枪决另有省工委南庄支部案黄昌祥、黄新玉、萧春进三人。
纪念.2013年10月 北京西山国家森林公园的无名英雄广场上立有无名英雄纪念碑，为纪念来台湾在1950年代被处决「隐避战线烈士」而设立。陈莲亭烈士铭刻于纪念碑上。
身后.陈莲亭遭枪决后草草葬于六张犁，在福州的家人失去他的音讯数十年，改革开放后陈新建屡屡托香港亲戚找寻女儿在台的下落，