山赞赏。孙中山任命但懋辛为大元帅大本营政治顾问兼国民参政员。为了北伐，孙中山派但懋辛赴东江说服陈炯明、林虎同广东革命政府保持一致。孙中山对但懋辛称：“只要陈炯明写一个悔过书，（对陈反对他的事）就不加追究。”但懋辛到东江会见陈炯明，陈炯明则称，需要林虎、洪兆麟同意才可答复。但懋辛随即又见林虎，林虎称不会乘孙中山北伐之机进攻广东。但懋辛完成任务，返回韶关向孙中山汇报。11月2日，孙中山应冯玉祥、段祺瑞之邀赴北京“共筹统一建国之方略”，但懋辛随行。抵达北京后，孙中山准备推动召开国民会议，但染病不起，乃派汪精卫