帝汶独立，并责成俄罗斯外交部与刚成立的东帝汶建交。2002年6月24日，俄罗斯外交部副部长亚历山大·弗拉基米罗维奇·雅科文科宣布已经与东帝汶代表协商，确认俄罗斯已与东帝汶建交，外交业务由俄罗斯驻印尼大使馆兼辖。2008年2月，在东帝汶总统若泽·拉莫斯·奥尔塔被暗杀未遂后，俄罗斯外交部发表声明，表示关注东帝汶事态发展，唿吁致力稳定政局。
人道援助.俄罗斯几乎参与了所有联合国对东帝汶的援助方案，提供食物和救援人员；2001年6月，​​俄罗斯航空公司UTair航空的前身Tyume