学委任“校长”为其领袖，领导团队则自1231年起获封为督学机构，学校亦于1248年获英皇亨利三世颁发皇家宪章，以确立其作为大学的地位。1209年，牛津的镇民与学校的师生发生冲突。一批大学的学者为了避难而迁移至东北方的剑桥镇并成立学者协会，后更发展为剑桥大学。他们希望借此延续他们的学术精神与传统。早期的学生按地理位置分为两批：北边的学生主要为苏格兰人及特伦特河以北的英格兰人；南边的则为爱尔兰人、威尔斯人及特伦特以南的英格兰人。在接着的数个世纪里，地理位置仍决定着学生们应属的书院及学堂，这也是牛津大学的早