各共和国共盟分支机构的权力，使得伏伊伏丁那共盟形同独立运作的政党。1980年代晚期，斯洛博丹·米洛舍维奇成为塞尔维亚共产主义者联盟的领袖，他在塞尔维亚推行民族主义，使得南斯拉夫内部民族冲突加剧。终于在1990年代导致南斯拉夫各民族的冲突及南斯拉夫社会主义联邦共和国瓦解。1990年7月6日，伏伊伏丁那共产主义者联盟解散。7月27日，原伏共盟部分党员加入由塞尔维亚共产主义者联盟改组而来的塞尔维亚社会党。名义上，伏伊伏丁那共产主义者联盟是塞尔维亚共产主义者联盟的组成部分。