主要吃昆虫及细子的甲壳类。在幼鲟胃内曾发现有超过90%并非食物，故相信牠们是随意在水底吸食。淡水的成鲟主要吃软体动物、多毛纲、细小的鱼类 、甲壳类及昆虫。
分佈.最大的群落是在哈德逊河，估计最少有38000条。第二大的群落是在圣约翰河，估计有18000条成鲟及约10万条。
掠食者.非人类掠食短吻鲟只有很少纪录。在黄鲈的胃中曾发现一条幼鲟，相信鲨鱼及海豹有时会吃短吻鲟。牠们的寄生虫相信并没有害。现时并没有纪录指野外的短吻鲟患病。
遗传