2012年，4月，中华人民共和国教育部同意建立南方科技大学，南科大就此获得教育部的承认，并颁发由教育部认可的文凭。
2012年至今.2013年，南科大新校区建设完毕，南科大整体迁入新校区，启动校区移交至深圳大学，用于建设深圳大学总医院。2014年，1月，原深圳公安局长李铭被深圳市委任命为南方科技大学党委书记，朱清时不再担任这一职务，一度引发南科大“去行政化”改革失败的议论；9月，朱清时教授工作年限已满，卸任校长职位。2015年，1月，南科大教改实验班符合毕业条件的28名学