军管会于10月20日委派军代表吴强、肖枫接管厦门大学，组建厦大党支部。1950年5月，中央人民政府任命经济学家王亚南教授为厦门大学校长。1952年，全国高校院系调整，厦门大学被定位为文理科综合性大学，其中工学院航空系并入组建北京航空学院（今北京航空航天大学）；工学院电机、土木、机械系各一部分并入浙江大学；电机、机械系大部并入南京工学院（今东南大学）；土木、建筑系大部并入同济大学；水利专业并入组建华东水利学院（今河海大学）；理学院海洋系中的物理组并入山东大学；航务专科并入组建大连海运学院（今大连海事大