并无亲缘关系。因此原生动物只是一个集合概念，而不应作爲生物分类的单元。原生动物现在被更准确地划分在一个单独的界：原生生物界。
分类.原生动物传统上与藻类、黏菌（slime molds，类似于真菌）构成了原生生物界。21世纪的系统分类学研究表明，传统的基于形态的分类方法是多源头进化的。传统分类：