洲北站、丰台西站、郑州北站三大编组站担当调车作业任务，进行运用考核试验；其中配属广铁集团的0001号机车于1998年6月由株洲北调往广州北站（今江村站）继续运用。完成运用考核以后，0002号机车于1999年4月在铁道部科学研究院环行铁道和北京铁路局管内京秦铁路进行了鉴定试验。1999年5月，东风12型机车通过了铁道部科技成果鉴定。截止2010年，南车资阳机车有限公司累计生产了198台东风12型机车（0001～0198）。在批量生产的过程中，资阳厂根据机车试制和用户意见，陆续对机车的部分结构进行了优化设计