制化的方向为将海崃两岸共同打击犯罪及司法互助协议视为民间协议，再由两岸立法、司法单位分别融入各自司法体系法律规定中，才能达到双方最大共同利益。
台湾人移返中国大陆问题.《海崃两岸共同打击犯罪及司法互助协议》遭前中华民国立法委员蔡正元质疑可能将中华民国国民移返中国大陆，与香港社会造成普遍争议之逃犯条例无异。对此，台湾方面主管机关陆委会表示，本协议纳入「己方人民不遣送」的原则，所以不会有任何一位台湾人因此协议被送至中国大陆受审。