2016年1月10日正式宣布退出组合单飞发展；同年6月，参与录制腾讯视频纯网综艺《放开我北鼻》；7月11日，推出个人首支单曲《超能奶爸》。2017年3月31日，其饰演少年唐川的电影《嫌疑人X的献身》登陆院线；5月8日，侯明昊担纲男一捡子的优酷超级网剧《寒武纪》正式播出；6月13日，其演唱的《寒武纪》主题曲《脸谱》正式公开；同年暑期，侯明昊在《推理笔记》中扮演的米卡卡亦获得广泛关注。2018年11月22日，青春校园剧《人不彪悍枉少年》播出，侯明昊扮演热血仗义的男一花彪。 2019年6月6日，其主演网络剧《怒海