马科夫任苏联国家安全委员会第一副主席，1991年10月国家安全委员会解散，同年11月他被任命为新成立的苏联中央情报局局长。1991年12月苏联解体后，他任俄罗斯对外情报局局长。
政府总理.1992年4月至1996年7月任俄罗斯联邦安全会议成员。1996年1月任外交部长，同年7月25日被任命为俄联邦国防会议成员（国防会议于1998年3月3日取消），7月31日任安全会议常务委员。1998年5月成为俄政府主席团成员，同年9月11日任政府总理，9月30日任俄白联盟执行委员会主席。1999年