担任驻斋桑领事的包尔汉回迪化汇报工作，在离精河县城二十华里的地方被逮捕，于4月12日送进新疆第二监狱。1944年8月盛世才离开迪化到南京任农林部长后，包尔汉被释放。1946年任新疆省联合政府副主席。1947年5月，被撤销新疆省副主席的职务，改任国民政府政务委员。1948年12月30日，新疆省政府改组，包尔汉任主席。1949年1月任新疆省主席，9月通电脱离中华民国政府。12月27日，由王震、徐立清介绍加入中国共产党。任中共中央新疆分局常委、西北军政委员会委员。1952年之后历任中国伊斯兰教协会