巴伐利亚的家族幼支在德意志反宗教改革中成为天主教诸侯阵营的旗手。1583-1761年间，家族幼支成员几乎垄断了科隆大主教（因而位列选帝侯之一）人选和神圣罗马帝国境内的很多其他地方的主教人选，例如列日主教（1581-1763年）。幼支成员担任过雷根斯堡、弗赖辛、明斯特、希尔德斯海姆、帕德博恩、奥斯纳布吕克等地的主教和条顿骑士团团长等重要职务。另外，家族幼支还在1549-67年间短暂统治波西米亚的克沃兹科伯爵国。
长支（普法尔茨支）.除1805-1815年因拿破仑战争短暂中断外，长支持