系统疾病以及出现在脸部的永久疤痕。若天花引起的脓疱波及眼部，就有机会导致结膜炎、角膜炎、、虹膜炎、和视神经萎缩；出血型天花还会导致结膜及视网膜出血。其中，有大约35-40%出现角膜炎及角膜溃疡的人士永久失明。除此，2-5%罹患天花的儿童出现。肘部、胫骨及腓骨是最常受到影响的地方。这会造成骨骺骨膜分离。肿胀的关节会影响行动力；关节炎也会导致畸形肢体、状关节、畸形骨骼、连枷状关节和手指过度粗短。脑炎并不常发生（发病率仅为0.002%），有也多出现于成年人身上。其有机会导致短期的行动障碍。Section:::