参办，申仲继续担任参办。成泰十一年（1899年），升授鸿胪寺卿。成泰十三年（1901年），升庆和按察使。成泰十四年（1902年），加太常寺卿衔。成泰十五年（1903年），回京任职，为吏部左侍郎，充参办机密院事务。成泰十六年（1904年），申仲升任广南布政使，但与广南总督胡第不和，被胡第密旨参奏。成泰十七年（1905年），申仲被派往北圻任职。任候补场督教。不久改任上审院判官。维新元年（1907年），改任北宁按察使，加布政衔。后累任北宁巡抚、兴安按察使和海阳按察使，维新九年（1915年），任上审院总督