3年乌拉圭发生军事政变，政变后阿尔瓦雷斯出任国家安全委员会常务次官。1978年2月出任陆军司令官，1981年接替阿帕里西奥·门德斯任国家安全委员会主席（相当于总统），1985年因失去支持而辞职。虽然他被1986年大赦所免除罪名，但自2004年11月塔瓦雷·巴斯克斯当选总统后，再次唿吁起诉阿尔瓦雷斯在1973年政变中侵犯人权。2006年7月，示威者在阿尔瓦雷斯在蒙得维的亚的住所外进行示威抗议。2007年12月，阿尔瓦雷斯被指控在独裁时期侵犯人权，2009年10月22日，他因犯有37项谋杀和侵犯人权罪被判有罪，