暗色孢科（学名：），又称皮盘菌科，是子囊菌门锤舌菌纲柔膜菌目的一个科，主要都是杯状的真菌。本科的物种大多数都是植物的病原体。
特征.暗色孢科的菌伞小，是平的或凹的，其子囊果大多数没有伞柄。一般子囊果的颜色是灰棕色或者黑色。一些暗色孢科菌的子囊果沉入在其它职务的组织内。有些菌的子囊果有特殊的开放装置，一般它们有分明柔软的边，有些也明显有毛。囊盘被由多少棕色、很薄，但是细胞壁很粗的等径的细胞组成。子囊之间的膜由简单的侧丝组成。子囊一般是圆柱形或者圆锥形，很小。