reement")，澳大利亚将优先权给予了澳对印尼的诸方面关系。1998年5月，苏哈托倒台；同年，澳大利亚霍华德政府转变了澳对印尼政策。这促进推动了东帝汶的独立进程：越来越多要求举行独立公投的唿声出现。1998年年末，澳大利亚总理约翰·霍华德与外长亚历山大·唐纳致信印尼政府，指出应在十年内于东帝汶举行独立公投。这封信件惹恼了哈比比，他认为，澳大利亚之意在于暗示印尼是一个“殖民大国”。哈比比决定宣布在东帝汶举行一次紧急的独立公投。1999年，受联合国支持的独立公投在东帝汶举行。公投以压倒性多数赞成东帝汶独立，