在妻子曾文惠的推荐下，开始接触基督信仰，并且花了五年的时间研读《圣经》，跑遍了全台北市的每一家基督新教教会听道，终于在1961年于基督教主复宗台北市召会受洗。在受洗的前一天，他称听见神谕，圣灵要他六十岁时退休当牧师，去山地向原住民传教。1979年因为美丽岛事件中长老会牧师高俊明与信徒等被警备总部拘捕，蒋经国想要释放那些长老会众，委由李登辉去处理，李登辉称，得到「圣灵的启示」，称「这是皈依长老会的契机」，且自认在淡水中学读书时，就受到长老会的影响。所以决定皈依济南路长老会。由堂牧翁修恭牧师召集许多牧长开会讨论