兰印占领1年后改名第二南遣舰队。
六代（1942年7月14日新编～1944年11月15日解散）.作为中途岛海战坏灭的第一航空舰队的后继部队，以没参加中途岛海战的翔鹤・瑞鹤为中心再建的机动部队。坏灭的第一航空舰队长官南云忠一中将和参谋长草鹿龙之介少将任第三舰队指挥官。第三舰队予定为空母六只（翔鹤、瑞鹤、瑞凤和飞鹰、隼鹰、龙骧２组）和战舰2只、巡洋舰4只、长良为旗舰的驱逐舰16只共计29只的大舰队。菲律宾海海战时失去旗舰大凤跟大量舰上机飞行员，其后练成的航空机亦于台湾空战中