舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。朱聿键死后，其弟朱聿鐭在广州受苏观生及广东布政司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。1646年永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力的加入以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，例如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收复华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广