的奄美群岛归日本，中间的琉球群岛归琉球国，南边的八重山群岛(含八重山、宫古岛等)归大清，最后并未成案。直到1894年甲午战争日本击败清朝，台湾割让给日本，「牡丹社事件」前，台湾东部是否属于清朝管治范围并未得到欧美国家广泛承认。牡丹社事件之后清廷体认到台湾的重要性，转为积极治理台湾，增设府县，并对台湾东部及原住民地区以「开山抚番」进行开发、征服及台湾东西部越岭古道，虽最后仍无法有效统治原住民地区，但可防止外国势力以原住民治理问题进犯台湾。并于1884年爆发中法战争后，1885年建立福建台湾省，直至1895