会总部位于湾仔运盛街5号，在其它地区设有分中心。协会运作主要由各地义工帮助，资金来自香港社会各界的捐款，由香港政府审计。现任会长为傅明宪，其赞助人传统上是港督或特首的夫人。
历史.香港爱护动物协会是两岸三地华人地区中第一个保护动物权利的民间组织，经过近百年的发展，现已成为颇具规模的动物保护慈善机构。协会原称「香港防止虐畜会」，及后改为「皇家香港爱护动物协会」，再改成现时的「香港爱护动物协会」。而香港爱护动物协会的名誉主席和赞助人一职，一直按传统由香港政府的最高统帅夫人担纲，如回归前