回到北京之后，邓邦述首次对自己的藏书编目，所着录的图书共2.5万卷，后又续增1.3万卷。因为其藏书楼内藏有两部珍稀的宋版书即唐朝李群玉撰《群玉诗集》、唐朝李中撰《碧云集》，他遂命名其藏书楼为“群碧楼”。中华民国成立后，邓邦述曾任东三省盐运使，后来获赵尔巽聘为清史馆纂修，负责编撰《清史稿》的本纪、光宣列传。1918年，他当选安福国会江苏省参议员。晚年，他住在苏州，一心着述。1927年，为偿还巨额债务，他将藏书售予中央研究院。1939年，邓邦述逝世。他逝世之后，其家属将其所存图书售予北京景文阁、东来阁、