所需要的领导干部配备和待遇级别仍是特殊处理。从伊犁州很多领导干部的任免通告可以看出，其州委书记、州人大主任等正职可以是正厅级，州委常委、副州长、州人大副主任、州政协副主席等四套班子副职大量地是副厅级，所以伊犁州极可能不是正式的副省级建制（如副省级市武汉市由国务院发文明确、1984年全国人大通过决议明确海南行政区设立人民政府等等）：此外，伊犁州对其下属两个地区的党、政领导任免没有权限。其下属两个地区的党政领导任命由自治区党委组织部进行，甚至较伊犁州的党政领导的级别要高。如新疆自治区党委常委（副省级）薛