九三学社发表了拥护召开新政治协商会议宣言，并于1949年9月派代表参加了中国人民政治协商会议第一届全体会议。九三学社在该次会议上参与了《中国人民政治协商会议共同纲领》的制定，以及关于中央人民政府的组成和中华人民共和国的建立等事项的讨论表决。自此，中国人民政治协商会议《共同纲领》成为九三学社的政治纲领。1957年反右运动中，许多九三学社成员被划为右派。其中最着名大右派有：储安平、金宝善、顾执中、陆侃如、袁翰青。到2007年为止，九三学社在全国30个省、自治区、直辖市中的268个市（县）建立了委员会或筹