大战结束至1946年5月，一直担任第25集团军参谋长（驻朝鲜平壤）。1947年毕业于总参军事学院高级速成班，历任喀尔巴阡军区（1947年1月－1950年3月）、滨海军区（1950年4月－1953年5月）、外贝加尔军区（1953年6月－1954年9月）及远东军区（1954年9月－1956年3月）参谋长。1956年3月，任远东军区司令。1961年7月，任白俄罗斯军区司令。1961年5月5日晋升大将。1964年7月，任苏联国防部副部长，负责作战训练。1968年5月转至国防部总监察组。佩尼科夫斯基是苏联共产党中