学社石牌联战班二期受教，后由总统蒋介石选拔担任国光作业室副主任襄助草拟对中国大陆的反攻计画，后因国际环境牵制，国内政情变化而停止。1963年晋升少将，于1966年调任第一士官学校校长，1969年调升国防部计划次长室（联五）中将执行官。至1976年应郑为元上将之命调任中部地区警备司令，后因高雄市升格为直辖市，蒋经国命郑为元遴选资深中将调高雄市座镇南部，常持琇获选改任南部地区警备司令，并将原在台南市驻地移至高雄就职，掌理南部六县市。担任南部地区警备司令期间，发生美丽岛事件。美丽岛杂志社在高雄举办抗议活动