出任江西省军政府都督。此后，新军各部接受改编，刘懋政的上饶巡防营被改编为江西第二协，刘懋政仍任协统。五十五标标统冯嗣鸿反对吴介璋出任都督，并联络部分新军统领秘密倒吴。吴介璋上台仅两个月便辞职。冯嗣鸿等人随即拥彭程万为都督。不久，汉阳的民军失利，清军冯国璋部围攻武昌，湖北和江苏的革命党人向彭程万求援。彭程万担心冯嗣鸿和刘懋政分别领导的两支巡防营发动兵变，便派冯嗣鸿部赴武汉援湖北，派刘懋政部赴南京援江苏。在九江都督府参谋长蒋作宾的指挥之下，刘懋政、冯嗣鸿部分别进军广济、黄冈，牵制正在围攻武昌的清军冯国璋部。