，1146、1147年之际，有人指控后者密谋拥立伊萨克，于是曼努埃尔在1147年2月废黜了这位牧首。
与皇帝的冲突.1145-1146年，伊萨克与一起作为指挥官参加了曼努埃尔一世进攻罗姆苏丹国首都以哥念（今科尼亚）的战役。约翰·金纳莫斯记载，战役中，曼努埃尔一世的军营中发生了一场激烈的争论，人们争论曼努埃尔和他父亲约翰二世谁更擅长军事；约翰·阿克苏赫大力赞颂约翰二世，伤害了曼努埃尔，伊萨克也极力附和约翰，争吵逐渐升级，伊萨克拔剑刺向他的堂弟安德洛尼卡·科穆宁（未来的皇帝），皇帝与随