2月12日），广州新军起义爆发，徐宗汉趁机在宜安里的机关内纵火，试图扰乱“清吏耳目”。但宜安里机关内的火被地方警察扑灭，缝在被褥中的中国同盟会会旗青天白日旗被警察查获。“事机破露”后，徐宗汉和庄汉翘一起逃往香港。宣统三年三月（1911年），徐宗汉在黄花岗起义前夕奉派到香港运输枪械弹药，并曾先后在香港摆花街、广州溪峡设置机关制造炸弹。黄花岗起义失败后，起义指挥者黄兴逃到溪峡机关部，徐宗汉替他包扎了受伤的手指，并悉心护理他。宣统三年四月初一（1911年4月29日），徐宗汉护送黄兴乘哈德安号夜轮离开广州赴香港。