据英国铁路车站“一等站屋”规格设计，共设有站房18间，候车室两间，总面积530平方米。站场设有月台三座，到发线总长469米。此外车站管辖江边货场。车站建成后，与江北浦口站间的人流、物流通过轮渡接驳。车站在建成后经历了许多历史事件，如1912年元旦，孙中山由此站进入南京并宣誓就任中华民国临时大总统。此外，1927年北伐战争期间，军阀孙传芳也由此逃离。1930年，通往下关的热河路修筑完成。由于原南京车站过于老旧，已不再适应当时不断增长的客货运量，国民政府决定投资9万余元在惠民河东异地重建该站，定名下关车