朱理学严厉批评。宋明理学尊奉孟子之「纯」，而批评荀子「驳杂」和倾向法家。荀子的思想常拿来与孟子比较，荀子不同之处，通常被视为异端或非正统。理学主张性善论，不少儒者如程颐、胡瑗、黄百家都批评荀子的性恶说，程颐认为圣人之道失传于荀子，「一句性恶，大本已失」。朱熹更几乎否认荀子是儒家，指责「荀卿全是申、韩」。自南宋后期起，儒者开始提出废除荀子从祀孔庙，如熊鉌、宋濂、胡居仁等。荀子地位也因其弟子李斯焚书而受连累，唐代陆龟蒙、宋代苏轼都因李斯而怪责荀子。1530年，荀子终于罢祀于孔庙。明末及清代，一些反理学的学者比较