僖宗中和三年(883年)，道膺禅师应邀住持，此寺逐渐闻名天下。僖宗赐寺名为“龙昌禅院”，提倡曹洞宗。北宋大中祥符年间，宋真宗改名为“真如禅寺”。明神宗万历二十年（1592年），北京万佛堂住持洪断和尚到云居山重建真如寺。后又毁于中日战争。1953年，释虚云主持重建佛寺。1957年，为江西省文物保护单位。2006年，被列入第六批全国重点文物保护单位。2015年4月2日，原全国人大常委会委员长吴邦国携夫人等在江西省部分领导陪同下，来到真如禅寺视察，该寺方丈释纯闻代表常住接待。吴邦国及夫人瞻仰了释虚云的舍利