此加州神鹫被描述为独立的种。属名"Gymnogyps"来自古希腊语，"gymnos"/γυμνος指“秃的”或“光的”，"gyps"/γυψ指“兀鹰”，种名 "californianus" 来自牠的居住地加利福尼亚。"Ccondor"一词来自厄瓜多尔的克丘亚语"cuntur"。加州神鹫确切的分类学位置以及新大陆秃鹫其他6个种类至今尚未明确。尽管新大陆秃鹫和旧大陆秃鹫有相似的外观和相似的生态位，然而两者由不同地区的不同的祖先进化而来。如今两者有多大的区别尚在争议中，早期的一些学者提出新大陆秃鹫更接近于鹳形