而其设计仍受诸多局限（例如课室及特别室数目）。因此，自2005年起，政府正式废除了千禧校舍标准，各办学机构开始可以主导校舍设计，不必再按照建筑署的硬指标而行，仅规范课室及特别室的数目。至于最后一次千禧校舍的分配工作，已于2003年完成（该校舍用于重置德贞女子中学）。最后三座狭义千禧校舍（香港仔圣伯多禄天主教小学、潮阳百欣小学及伊利沙伯中学旧生会汤国华中学）于2005年落成后，一些已批出但未兴建的同类校舍用地，纷纷改为非标准设计（又称为「后千禧校舍」或「超千禧校舍」）。因此，千禧校舍的建设曾出现六年的真空