督兼民政长。1914年（民国3年），他被授予“安武将军”，督理安徽军务。1915年（民国4年）、袁世凯准备称帝，倪嗣沖和其他14名北洋军人推戴。同年12月、袁世凯称帝时，封他为一等公。1916年（民国5年）4月，他任长江巡閲副使兼署安徽省长。其间，护国战争爆发，袁世凯被迫取消帝制，并遭到全国上下反对，而倪嗣沖一直支持袁世凯。1916年6月6日袁世凯病逝，倪嗣沖成爲段祺瑞爲首的皖系军阀的中心人物之一，7月就任安徽省长。府院之争中，段祺瑞与黎元洪分庭抗礼，1916年9月倪策划皖系督军组织「十三省联合会」