地方已大量的改为农地，马格达莱纳河的大片地方亦变成草坪或已开发，余下的雨林也已被开发。现时只余下约1-2%的森林。但根据当地人的资料，牠们有可能仍然生存，故有建议进行勘查来确定。现时并没有任何保育哥伦比亚穴䳍的计划。哥伦比亚穴䳍原于2006年被列为极危物种，但因分类问题而从世界自然保护联盟红色名录中被剔除。