成功调度部署，自领右武卫周全斌、左虎卫何义、右虎卫陈蟒、提督骁骑镇马信等为出征队。同时以户官郑泰守金门，以兵官洪旭、前提督黄廷留守厦门。4月21日（三月二十三日）中午，郑成功率将士25,000（一说11,700）、战船数百艘（一说300艘），在金门料罗湾集结，次日抵澎湖莳内屿，等待顺风出发。3天后郑军跨越黑水沟，到了柑桔屿（今东吉屿与西吉屿）遇逆风折回。因何斌曾表示只需过几天就到台湾，郑军未携带足够粮食，搜索澎湖诸岛后只得百余石，不足大军一餐之用。郑成功担心错过涨潮时机，将会受困于此，在30日冒着风雨下