于横琴口岸澳门口岸区地底的横琴口岸站(车站编号HE2)(目前两站名称尚未确定，仅作参考之作)，经过关后可在横琴站转搭广珠城际铁路珠机城际轨道，同时，莲花大桥站(车站编号HE1)设转乘通道往返凼仔线莲花口岸站月台和车站大堂。另外，凼仔线的列车将增停位于路凼连贯公路中间的莲花圆形地增设的离岛医院站，成为该线与石排湾线的转乘车站。