源校地迁至台北市内湖区，现在的国防医学院校区及三军总医院内湖总院；而遗留下的公馆水源校地则演变成今日的国立台湾大学水源校区，但目前该校区大部分区域，外观仍保留原来状态，大操场成为收费停车场，只有少数人员负责看守。2000年，国防医学院调整编制，改为国防大学国防医学院；2006年，改隶属国防部军医局，再改回国防医学院。
精神象征.
卢致德院长.卢致德中将为该学院迁台后第一任院长，现在该学院院部三楼大厅有置放卢院长之半身像，以为永怀，学院礼堂也因此命名