之后，一部分军统留在大陆进行复国行动。克什米尔公主号就是保密局所为。中华人民共和国政府对军统严厉镇压。镇压反革命运动中，军统在大陆人员，除了与中华人民共和国政府合作者，一律枪决或重刑。1950年代，军统在大陆大区大致肃清。以后的政治运动中，如肃清反革命分子运动、四清运动、清理阶级队伍运动（文化大革命运动的一段插曲），一次又一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物，“活人要落实到人头，死人要落实到坟头”。到1976年后，不再提及军统。1950年6月，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本