身回到中国参与策划广州新军起义，可惜事败，遂避居到澳门。孙中山在《建国方略》一书中所述，革命早期经费多数来自邓荫南与孙眉二人之倾财相助。1898年，邓荫南与宫崎寅藏等在广州成立东亚同文会广东支部，作为持续进行革命运动作掩饰。同年，邓荫南支持另一革命要员陈少白在香港创办《中国日报》。1900年，邓荫南于广州策应惠州起义，被委任为民军总司令。其后，邓荫南又协助史坚如刺谋两广总督德寿，然而事败，隐居于新界。1902年，邓荫南再与洪全福密谋广州起义，又因事洩，再次隐居。后来同盟会成立，邓荫南被孙中山嘱咐在香港发展地