蒂冈的控制，转而归属上海市天主教会管辖。在这次事件中上海教区与罗马教廷产生了严重冲突。1960年4月，上海市天主教第一届代表会议选举张家树神父为上海教区正权主教，由皮漱石总主教主礼的祝圣主教仪式就在徐家汇天主堂举行，从此徐家汇天主堂代替董家渡天主堂成为主教座堂。1966年，董家渡教堂被关闭，“文革”期间，被工厂当作仓库占用。1982年仅归还附属房屋100平方米，因陋就简恢复弥撒。1984年，恢复了大堂的大部分，由李思德主教主持复堂大礼弥撒。2000年5月1日，大堂全部归还，修缮后，9月17日由金鲁贤主教