不同的学者分别将之命名了4个不同的物种。其后有研究认为实际上只有两个物种，即马达加斯加侏儒河马及马达加斯加绿河马（"H. madagascariensis"）。于1990年发现了第三个物种，名为"H. laloumena"。其后发现马达加斯加绿河马与现今西非的倭河马有很多相似的地方。由于当时倭河马是分类在六齿河马属中，故其学名更名为 "Hexaprotodon madagascariensis"。但是因一些分学家将倭河马分类到倭河马属中，马达加斯加绿河马的学名亦随之改为"Choeropsis madagas