总理兼秘书长习仲勋因为反党小说《刘志丹》案下台，中央成立清查委员会，康生为主任，刘澜涛为副主任。此后，数万名西北籍干部，成为所谓“彭德怀、高岗、习仲勋反党集团“的成员，受到整肃。1965年1月，刘澜涛当选第四届全国政协副主席，成为党和国家领导人。文化大革命爆发后，刘澜涛和薄一波、安子文等人被打成“六十一人叛徒集团”，入狱八年；他的夫人刘素菲因不堪受辱，跳楼自杀。1978年底，重新回到政坛的刘澜涛出任中共中央统战部副部长；次年7月，在第五届全国政协第二次会议上，当选为全国政协副主席兼秘书长；9月在中共十一