近年有许多零碎化石被建立为个别种，过去多属于其他属。枪嘴翼龙与许多英格兰、巴西的白垩纪早期翼龙类，有交错、复杂的分类历史，例如︰古魔翼龙、残喙翼龙、鸟掌翼龙、"Amblydectes"、以及槌喙龙与嵴颌翼龙。
发现与命名历史.正模标本（BMNH 39410）是一个部分上颌，发现于英格兰肯特郡，地质年代为白垩纪晚期的土仑阶。在1851年，古生物学家理查·欧文将这个化石归类于翼手龙属的一个种，"P. compressirostris"。在1870年，哈利·丝莱（Harry Govier