后，臣服了高昌汗国。元太祖十四年（1219年）耶律楚材随成吉思汗西征，经过的别失八里、轮台、高昌、于阗等地，也即《元史》中，大将阿剌瓦而思攻破的回鹘城别失八里，轮台、高昌、于阗等地。1251年蒙古在此设立了别失八里等处行尚书省。元宪宗蒙哥死后，阿里不哥一度以此处为基地之一与其兄忽必烈争夺蒙古大汗之位。元朝至元元年（1264年）阿里不哥投降，该地遂为中央政府控制。但是至元十三年（1276年）昔里吉发动叛乱，别失八里行省大部地区被窝阔台后王海都占领。元朝平定南宋残部的反抗后，于至元二十年（1