中品川机关区、吹田第一机关区、田端机关区、新鹤见机关区、姬路第一机关区、龙华机关区等地的配属数量相对较多。在部分支线铁路上亦会使用DD13型柴油机车担当旅客列车的牵引任务，例如水郡线、清水港线、福知山线（尼崎港支线）、山阳本线（和田岬支线）等。此外，在羽越本线上也曾经使用重联的DD13型柴油机车来牵引干线货物列车。至国铁时代末期，日本国铁为了削减庞大的经营赤字，对货物运输业务体系进行大规模缩减和改革，许多运量较少的支线铁路和货运站场被废止，DD13型柴油机车亦从1979年起陆续封存或报废。截至1987年