这段期间可以聚集数以十万计返乡民工。而民工使尽一切方法登上返家列车也成为广州站的写照。与此同时，广州站治安之差亦同样是其写照。由于车站旅客数量激增，2000年原车站经营的酒店、商场和酒楼被改回候车室。1996年，港穗直通车广州起讫站迁往位于天河区的广州东站。2005年5月20日起，车站站房进行为期5个月的内部装修改造：此次改造将东附楼部分空间改建为第9、10、11候车室，并在主楼更换玻璃幕墙、改进空调系统并于中厅加装扶手电梯，改造工程于当年10月完工。2008年起，由于每年春运期间广州站临时改作只办