V180ZJA型柴油机，是在DFH系列、东方红2型、东方红3型柴油机车所使用的12V180ZJ型柴油机基础上，根据高原米轨铁路使用条件加装高压增压器的改进型，为12气缸、四冲程、废气涡轮增压的V型高速柴油机，额定转速为每分钟1500转，标定功率为1340马力（990千瓦），装车功率为1100马力（810千瓦）。
传动系统.东方红21型柴油机车的液力传动系统，主要包括液力传动箱、车轴齿轮箱、辅助传动装置、万向轴等。液力传动箱位于车体中部、机车冷却室下方，并通过四个弹性支座固定在机车车