于地下一层，分为付费区和非付费区。站厅付费区内设有一面艺术墙《灯彩秦淮》，以年画的形式描绘几十个娃娃手持花灯尽情嬉戏的场景，展现出车站附近夫子庙举行秦淮灯会时的节日气氛。
站台.三山街站站台位于地下二层，为三跨岛式站台，有1号线经过。卫生间位于迈皋桥方向站台末端。