贼寇又倾巢而至，卢琦又再度将其大败。前后总共经历大小三十余战，斩获贼寇一千二百余人，而县民无一人死伤。贼寇队伍受到重创，遂全部逃之夭夭。当时各地战事四起，列郡皆动盪不安、骚乱不宁，惟独只有永春县境安定，无异于太平时期。百姓乃为其立德政碑，设生祠祭祀。至正十六年（1356年）改调宁德县尹。先是，宁德县内盗贼昌盛，居民藏匿山谷之中，后来听闻卢琦来宁德任官，居民全都恢复常业，盗贼亦四散奔逃。不久，升任盐课司。至正二十二年（1362年）经元惠宗左右亲近的大臣推荐，升任平阳州知州。未至而殁。同年十二月，葬于惠安八