建督军李厚基组织力量反击，援闽粤军各部纷纷战败撤退，邓本殷部仍坚守饶平。后来，浙军团长陈肇英起义，童保暄率余部撤退。邓本殷部坚守饶平为援闽粤军此后的反攻奠定了基础。1918年9月，援闽粤军占领漳州，并成立了辖闽西南26个县的闽南护法区，为孙中山开展护法运动的基地。在闽南护法区内，援闽粤军由20个营的警卫军扩编为2个正规军，邓本殷部改编为援闽粤军第六支队，驻安溪，邓本殷兼任安溪清乡督办。1920年8月，孙中山命援闽粤军兵返回广东驱逐旧桂系。返回广东之前，邓本殷部同罗绍雄、李炳荣等部奉命进攻援闽粤军后方