中梅开二度，打入两粒进球和完成一次助攻，帮助球队卫冕天皇杯冠军。2012年6月23日，日职联赛第15轮大坂飞脚对阵札幌冈萨多，远藤保仁第35分钟打入了个人在联赛中的第17个直接任意球进球，刷新了由三浦淳宏保持联赛直接任意球进球数记录。7月21日，东日本大震灾复兴赈灾比赛在鹿嶋体育场举行，远藤保仁以320709票的最高得票数入选日职联赛选拔队。12月1日，大坂飞脚在日职联赛最后一轮不敌磐田喜悦，位列联赛积分榜第17位，遭遇球队队史上首次降级。2013年，远藤保仁选择留队参加日乙联赛，并被任命为球队队长