行间接统治，朝廷中央的敕诏实际上并没有能够得到真正的贯彻。有些土官以世袭故，恣肆虐杀百姓，为患边境，「汉民被其摧残，夷人受其荼毒。」。康雍干盛世时期，国力强盛，中央政府已经有足够的力量加强对少数民族地区的统治。雍正四年（1726年），鄂尔泰大力推行改土归流政策，即由中央政府选派有一定任期的流官直接管理少数民族地区的政务，“改流之法，计擒为上策，兵剿为下策，令其投献为上策，敕令投献为下策。”，“制苗之法，固应恩威并用”。干隆后期学者魏源通过《圣武记》的编写，认同清朝所代表的正统地位。至于地方上的士大夫