4日，南开大学日本研究院正式宣告成立。2004年4月16日，中华人民共和国教育部致函南开大学，指定日本研究院为教育部日本问题专家组组长单位。2004年5月24日，“家永三郎文库”赠书仪式在南开大学日本研究院国际会议厅举行。2004年12月17日，杨栋梁院长代表南开大学日本研究院正式接受国际友人江口圭一赠书。2007年4月14日，南开大学日本研究院与北京大学国际关系学院现代日本研究班联合主办首届南开大学—北京大学博士生日本研究论坛在日本研究院举行。2008年4月5日至4月6日，由南开大学日本研究