升为敌国公民登记部门（Enemy Aliens Registration Section）的负责人。1919年，他成为司法部新成立的总情报部门主管。1921年，他成为调查局的副局长，1924年，司法部长任命他为代理局长。总统哈定去世，上任调查局长卷入茶壶山丑闻案。1924年5月10日，柯立芝总统任命胡佛为调查局的第六任局长，此时的调查局有650名雇员，其中包括441名特别专员。1935年7月1日，调查局改制为联邦调查局，胡佛继续担任局长，直到1972年逝世为止。作为一个领导，胡佛以其反复无常的性格闻