第三纪时，疑源类也处于消退状态，唯中新世略有恢复。疑源类主要出现在海相沉积地层中，在湖相和河相地层中也有发现。
亲缘关系.疑源类可以确认为是浮游生物，但它们之间的亲缘关系无法确定。疑源类不是一个单系群，可能包括有藻类、植物的孢子、原生动物的囊孢，甚至是动物的卵。