复设西南铁路工程局，于成都办公；1964年搬回贵阳；1966年2月再搬到四川甘洛。1966年8月改名第二铁路工程局。文化大革命时期，成都军区、铁道兵、广州军区和贵州军区相继对第二铁路工程局实行军管。1979年，旧第二铁路工程局被分拆为新的第二工程局及第五工程局；后者于贵阳办公。
公司化.1990年上级机构基本建设总局改名中国铁路工程总公司（简称：中铁工），而第二工程局亦在1998年以公司法的形式集团公司化，初时股东为中铁工（97.69%）及其下属机构北京中铁工建筑工程设计院（2.31