后，暑假即将开始前的夏日里，先前不明身份的两人化名为九重新（其中九代表9）的9与久见冬二（日语中“冬”与10读音相同，二则指2）的12以转校生的名义来到一所高中，但不久又离开，期间他们在一栋大楼制造了恐怖袭击事件，并以此为某一计划的开始。之后两人开始以斯宾克斯（スピンクス）为名，在城市制造炸弹袭击事件（目的并非并未伤及人员）向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅（特别是柴崎健次郎）的对战。
音乐.东京残响的系列音乐全部在冰岛录制，由菅