，支持蔡英文投入2012年总统大选。蔡英文于2011年8月23日参访台湾教授协会。
蔡英文政府任内.2016年政党再度轮替后，协会依旧扮演监督的角色，希望给立场相近的蔡英文总统一定的支持，做为推动社会向前的力量。在「同婚」和「劳动法修恶」这两点上，协会于2016年12月2日发表「扬弃婚姻平权、丢了政治诚信」，声明表示：婚姻平权承诺的是全体国民的平等权利，我们必须殚精竭虑穷尽法律的可能达致这个理想，而非被现有法律圈限认知与想像，这才是文明的进展，也是政治存在的意义，实践的过程也将成为