1564年，黑死病夺去了当地2000多名居民的生命，为了寻找原因，追缴“女巫”的行动不断升级，并于1599年达到了顶峰。17世纪、18世纪和19世纪，是弗赖堡历史上暴风骤雨般的年代。在三十年战争和其他的冲突中，弗赖堡先后曾经归属奥地利、法国、瑞典、西班牙和德意志邦联。第二次世界大战期间，弗赖堡被严重炸毁，1940年德国的飞机错误地将60枚炸弹投在了弗赖堡火车站附近，1944年盟军的轰炸使城市遭到进一步破坏，市中心大部分建筑被夷为平地，大教堂幸运地成为了少数例外。战后，城市在中世纪规模上进行了重建。1