名北洋将领联名通电，反对共和制和南京临时政府，拥护君主立宪制，并以军事实力向临时政府施压。受到此事影响，南京方面内部主战情绪空前高涨，临时政府于是接受孙的用兵主张。1月11日，南京临时政府决定组建北伐军海陆军，孙宣布自任总指挥，黄兴任北伐军陆军参谋长，林述庆任北伐军津浦路总司令，孙岳为北伐军淮阳县总司令，柏文蔚为第一军军长，蓝天蔚为第二军军长，并成立海军舰队。在总统府府设北伐大本营，实际由黄兴主持。大本营的机构直到3月下旬取消。首战，北伐军在津浦路一线告捷，粤军于蚌埠、固镇、宿州一线大败清军，张勋军望风而逃