诏询问巡抚阮元。阮元上奏，称赞赓芸“守洁才优，久协舆论，为浙中第一良吏。”故而引见，升同知任用。
廉吏生涯.不久，李赓芸任处州府同知，调嘉兴府海防同知，署台州府。擢嘉兴府知府。因继母丧事，丁忧去官。守丧期满后，补福建汀州府，调漳州府。当地民风彪悍，常有械斗。赓芸治理有方。不久，升汀漳龙道。嘉庆二十年（1815年），擢福建按察使，署布政使，年余之后实授。
横遭诬告.赓芸任漳州知府期间，龙溪县有械斗，县令懦弱，无法管理。有代理和平知县朱履中，看似忠厚，实则狡诈