中全会上当选中共中央政治局候补委员、中央书记处书记，跻身党和国家领导人行列，并继续兼任中共中央办公厅主任和中央直属机关工作委员会书记至1999年3月。在中央工作期间，曾庆红大力协助江泽民，先后参与整肃“杨家将”，打倒陈希同、削弱李鹏，请出薄一波、迫使乔石退休，开展“讲政治、讲学习、讲正气”教育，推出“三个代表”，全面主导中共十六大人事并安插江派人马。2002年11月15日，曾庆红在中共十六届一中全会上当选中共中央政治局常委（排名第五），进入最高领导层，并连任中共中央书记处书记（排名第一）。同年12月