::教义与一般教会的差异.有其他基督教教会指控香港基督教会是异端，并指出该教会的错误之处。例如，东方基督教会美光堂、上水平安福音堂和天道书楼《异端辨惑》一书均批评香港基督教会对得救的观点，因为一般教会不把洗礼或加入某一教会视为得救的必要条件，而是主张因信称义、认为悔改才是得救条件；一些教会亦批评香港基督教会自称为唯一教会的做法，认为「一城一教会」的概念非绝对真理，没有证据可证明香港基督教会是唯一真正的教会。