城校区部分设施进行过渡性办学，招收初一年级2个班约100人。2009年3月，广州二中与原萝岗区教育局签署了《创建广州开发区二中苏元实验学校协议书》。2010年4月，苏元学校破土动工。2011年9月，苏元学校正式启用，校址位于广州二中科学城校区北侧、苏元山东侧，占地20,700平方米。2016年，苏元学校于初一年级新增设两个“应元启航计划”班级，于广州二中高中部（科学城校区）实验楼四楼借用教室上课。2017年3月，由黄埔区教育局及黄埔区科技工业商务和信息化局主办，苏元学校承办的学校首届科技博览会在