改称中级人民法院。1955年5月18日，内蒙古自治区司法厅成立，内蒙古自治区高级人民法院将司法行政工作移交司法厅。1954年至1984年，内蒙古自治区高级人民法院在唿和浩特市将军衙署办公。1956年8月14日，内蒙古自治区高级人民法院依照全国人民代表大会常务委员会关于处理在押日本侵略中国战争中战争犯罪分子的决定，在内蒙古自治区高级人民法院召开宣判大会，提前释放铃木隆雄、菊池吉藏、吉田重信等日本战犯。1959年9月28日，内蒙古自治区高级人民法院依照国家主席刘少奇颁布的特赦令，在内蒙古监狱举行特赦罪犯大会