后，多闻山城也随之遭到废弃。江户时代后，幕府将此划为直属领地，在此设立了奈良奉行，现在市区的奈良町地区即从这时期开始发展而成；此外，在现在奈良市辖区的南部和东北部也有部分区域属于津藩和柳生藩。19世纪明治维新后，现在的奈良市辖区曾先后隶属奈良县、堺县、大坂府，直到1887年重新设立了奈良县，才恢复隶属奈良县辖下。1889年日本实施町村制，现在的现在的奈良市辖区在当时分属：奈良町、、、、、、、、、、、、、、、、、、、共20个行政区划；1898年奈良町改制升格为为奈良市，此后在1920年代至1950年代