6次男子团体第一和5次女子团体第一。共和国初期，学校校园不断扩大，原贯穿校园的京张铁路东移800米至今五道口处。新建中央主楼、西主楼、东主楼、工程物理系馆、精密仪器系馆（9003大楼）、各类实验室和校办工厂。在昌平新建原子能研究基地（今清华大学核能与新能源技术研究院）。
文化大革命时期.清华附中是文革红卫兵激进学生运动的发源地。1966年5月29日晚，一些对旧教育制度不满的清华附中学生，讨论北大聂元梓等七人所贴的大字报，其中一位学生提议以红卫兵为名字写大字报，受到其他同学的赞同