。妈祖楼在道光廿一年（1841年）曾经重修，留有〈重兴天后宫碑记〉。之后在同治四年（1865年），民国五十年（1961年）、民国七十四年（1985年）重修过。该庙于2001年3月时发生火灾，三川殿、拜殿与正殿遭到烧毁，2007年修复。此外台南延平郡王祠原有的延平郡王神像一度流落民间，于2005年左右寄祀妈祖楼天后宫，直到于2008年2月17日神像才被正式迎回延平郡王祠安座。
建筑.妈祖楼天后宫进深甚长，由外而内依序是三川殿、拜殿、正殿、天井与后殿，东侧有厢房，为王爷厅。