足主帅迟尚斌因为和球队主力发生矛盾，所以果断提拔了当时还是年轻球员的黎斐出任中场核心。而随着深足大批主力出走，黎斐逐渐从年轻球员成为球队的主力球员和中场核心。2005年的亚冠联赛，黎斐也终于获得了首发机会，自始之后，除了2005年和2006年分别因为骨折两次伤病缺席过一段时间外，其余时候，他基本稳坐主力位置。2007年赛季前冬训期间，虽曾一度因不满合同条款宣布罢训，最终与深圳足球俱乐部妥协，而且在2007赛季有突出的表现。2008年，陷入财政危机的深圳队由管理层越过教练组封杀部分相对高薪老球员以