1920年（民国9年）11月25日，孙文改组军政府，郭泰祺任军政府参事兼宣传局局长。翌年5月，孙文就任非常大总统，郭泰祺任总统府参事。1922年（民国11年）4月，调任广东省政务厅厅长。翌年，任外交部次长。1924年（民国13年），任国立武昌商科大学（武汉大学经济管理学科的前身）校长。
国民政府的活动.1927年（民国16年）4月12日，蒋介石发动四一二政变，郭泰祺站在蒋介石方面，担任江苏省外交交涉员兼上海政治分会委员。8月，任外交部次长兼中国国民党中央宣传部上海办事处国际组主任。