大德十年（1306年），察合台后裔笃哇尽收海都生前所占察合台汗国领地，博尔塔拉亦成为察合台后王领地。明朝永乐至宣德年间，察合台后王歪思汗西迁阿力麻里，称为亦力把里，博尔塔拉为其统治。明正德年间哈萨克人在阿拉套山一带游牧。明万历十五年（1587年），蒙古卫拉特部进入博尔塔拉游牧。明崇祯十六年（1643年），准噶尔首领进攻哈萨克人，征服托克马克地区及阿拉套山两个哈萨克部落。博尔塔拉为蒙古准噶尔部所占有。清朝干隆年间，从察哈尔调八旗察哈尔兵丁进驻屯垦戍边，后又有从伏尔加河流域回归的旧土尔扈特部西旗落驻牧于精河