4年（天正12年）臣服丰臣秀吉，成为毛利家与丰臣家各派家臣担任奉行共管，与秀吉后来侵略朝鲜时的主要资金来源。后于1600年（庆长5年）毛利辉元在关原之战失败，被德川家康大幅减封，石见银山被江户幕府纳为直辖领，派驻银山奉行管理，第一任银山奉行就是有名的大久保长安，他以对矿山了解极深的安原传兵卫为助手，急速开发银山，提供幕府对外推动朱印船海外贸易的财源，在1602年（庆长7年）时仍有高达4～5千贯的产值，但此后产量逐渐下降。明治维新后，石见银山曾交由民间团队经营，但效能不彰，最终在1943年（昭和18年），