。俄国的统治，引发不少反抗，亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，同治年间清朝陕甘地区回民暴乱，失败后的回民北迁至今日楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。1916年，俄国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯人从中亚迁徙至当时新成立的中华民国。
苏联时代.1922年，苏联成立时归属突厥斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1924年，中亚地区实行民族划界，今日的吉尔吉斯建立起卡拉吉尔吉斯自治州，成为俄罗斯联邦的一份子。1925年正名为吉尔吉斯自治州，到1926年又再升格为