领事关系，并与中华人民共和国政府建立外交关系。1991年9月，马来西亚政府在南沙群岛的弹丸礁展开建设，中华民国政府表示严重关切，并重申对南沙群岛拥有完全的主权，其他国家的主权宣称一概不予接受。1997年11月，马来西亚首相马哈迪在参加加拿大APEC非正式领袖会议后，过境台湾中正机场，与行政院长萧万长会面。1998年2月10日，马来西亚副首相兼财政部长安华夫妇等10人抵台访问，由行政院副院长刘兆玄、外交部政务次长李大维至机场迎接。11日，会见行政院长萧万长。此行是在亚洲金融风暴后，马来西亚政府寻求