林树种的木材与漂流木中常有木材腐朽菌的存在，每种树上对应的真菌种类均不同，在潮间带的各垂直分层中，分布的真菌种类亦有所异。还有研究发现红树林的真菌族群有演替的现象，其族群可能会随时间而变动。、与海丽壳常出现于潮间带满潮线附近的红树林植物根部，这些真菌有些子囊有黏液包覆，有些则子囊果完全被植物的根包覆，以避免其受盐度、湿度的剧烈变化影响。生长于红树林中的真菌孢子一般没有附属丝，且通常借由主动的机制释放。河口湿地中，也有真菌寄生于藻类，如的一种壶菌"Rhyzophydium littoreum"便以寄生绿藻为生