路军部队统一整编，阎红彦任警备第三团团长，保卫陕甘宁边区。1939年12月，担任警备第一旅兼关中军分区政委。1940年春，阎红彦奉命到洛川同国民政府代表谈判，然后到马列学院和留守兵团军政研究班学习。1942年，阎红彦在中共中央党校学习，参加延安整风。此间高岗指控阎红彦“有野心”，中共中央中央对阎红彦的历史进行了全面审查，对他充分肯定。1945年4月，阎红彦参加了中共七大。1945年9月，阎红彦任晋冀鲁豫野战军第三纵队副司令员，参加邯郸战役。11月，改任第三纵队副政委兼政治部主任，参加出击陇海路、定陶、鲁