峻的山峰之一南迦帕尔巴特峰。三条两极外世界上最长的冰川位于吉尔吉特-巴尔蒂斯坦。除此之外它境内还有数座高山湖。在阿斯多县、斯卡杜和拉达克之间的高原是世界上继青藏高原外面积第二大的高原，平均高度为4115米，近5000平方公里。1993年被设立为国家公园。从9月到5月它被大雪覆盖，只能从拉达克方向有路能够通到。
气候.吉尔吉特-巴尔蒂斯坦的气候随地区变化很大，它周边的山脉对它的气候有很大影响。其东部是西喜马拉雅山脉的湿润区，喀喇昆仑山脉和兴都库什山脉附近的气候就要干燥得多。