，在回族军阀马仲英的进攻下，该国被其总统和加尼牙孜宣布解散。1944年8月，伊犁哈萨克自治州尼勒克县，哈萨克族牧民发动民族起义，占领尼勒克县城。1944年11月12日，在苏联支持下成立伊犁临时政府。1945年，因中苏之间暂时和解与整体国家目标、二战情势，苏联承诺不再介入新疆事务。1946年6月，“东突厥斯坦共和国临时政府”改组为伊犁专区参议会，“东突厥斯坦共和国”宣告终结。20世纪末，受泛伊斯兰主义和泛突厥主义影响，中国境外的维吾尔族联合伊斯兰恐怖份子，再次开始进行东突厥斯坦独立运动，并于2004年在美国建