存储或文件导向的数据库进行存储，使它们具有固有的NoSQL结构。大多数基于非关系存储引擎的图数据库还添加了标记或属性的概念，这些标记或属性本质上是具有指向另一个文档的指针的关系。这样就可以对数据元素进行分类，以便于集中检索。从图数据库中检索数据需要SQL之外的查询语言，SQL是为了处理关系系统中的数据而设计的，因此无法“优雅地”处理遍历图。，没有一个像SQL那样通用的图查询语言，通常都是仅限与一个产品的。不过，已经有一些标准化的工作，使得Gremlin、SPARQL和Cypher成为了多供应商查询语言。