时期开始，明朝与日本之间贸易往来频繁。这一时期因为需要使用到被称为「勘合符」的许可证，所以明日贸易又被称为「勘合贸易」。在同一个时期的发生的贸易活动也包括中国与中南半岛之间的贸易活动与日本与朝鲜（李氏朝鲜）间的日朝贸易贸易活动等。公元1523年（明朝嘉靖二年、日本室町时代的大永三年）爆发宁波之乱，导致明朝政府废除福建、浙江市舶司，仅留广东市舶司一处，也导致明朝与日本的贸易途径断绝，倭寇滋生，为后来的“东南倭祸”埋下了伏笔。
清朝.1683年清军攻占台湾后，康熙接受东南沿海的官员请