000到4,000年前。2010年所发表的一项针对菲律宾的研究，则一方面支持从台湾向外散播的理论，一方面也发现菲律宾的mtDNA证据有一小部分是源于印尼与新几内亚。
台湾荷治时期.台湾与印尼的历史关系自1624年台湾开始被荷兰东印度公司殖民起，当时台湾最高的行政机构热兰遮城就是直隶于位于东印度群岛巴达维亚（现雅加达）的荷兰东印度公司亚洲总部。巴达维亚城的总督得定期将该公司的营运情形，向在荷兰阿姆斯特丹的母公司汇报，同时也将逐日记载的「日志」送回母公司，而有《巴达维亚城日志》。162