元帅统率办事处，试图收回由陆军部主控的军权，段祺瑞担任陆军总长；段祺瑞因不满这个调任，在陆军总长一职任内主要业务都由亲信徐树铮定夺；1914年，日本军队占领青岛，段主张对日本决一死战。1914年后，袁世凯与段祺瑞的不和日趋浮上台面；1915年5月“二十一条”签订后，段祺瑞告病辞职，赴西山养病；其陆军总长一职由王士珍接任。袁世凯在1915年底推行洪宪帝制时，段表示不拥护帝制。1916年3月袁世凯被迫取消帝制，恢复共和制，邀请段出山任国务总理，最终段祺瑞回任参谋总长兼陆军总长。6月袁世凯病逝，黎元洪接任