生于日治时期台南。高中就读台南二中，1959年毕业于国立成功大学电机工程学系，1963年获得美国西雅图华盛顿大学电机研究所硕士，1967年获得史丹福大学电机研究所博士。毕业后即前往IBM研究中心任职至资深经理职位。1992年从美国回到台湾工作，担任工业技术研究院光电工业研究所副所长，1994年昇任所长，2000年退休。林耕华专长为光电科技，曾获美国电子学会院士、美国光学学会院士、中华光电学会院士、APAM Fellow，1998年获选为第22届中央研究院院士。2000年获得第一届潘文渊奖。