时他还与澳大利亚科学家E·H·德里克一同合作研究Q热，并成为得到该病病原体的第一人，这种病原体伯氏考克斯氏体就是以他命名的。他对疱疹和Q热的研究显示了一种对于传染病生态学的敏感，这成为他科学方法的标志。第二次世界大战期间，伯内特转而研究流行性感冒和恙虫病。战争爆发后他的责任变重了，成为研究所的代理主任，必须要监督该所迁往新的大楼，此时的凯拉韦已于1939年被军队征调。 由于凯拉韦的缘故，许多困扰军队的传染病问题都被交到研究所处理。由于害怕一战中的全球流感大流行重演，伯内特领导研究所全力进行疫苗研制。19