西天东土历代祖师香位，墙上还挂有历代住持画像并附略传。弘法大师塑像是已废寺的日本时代真言宗台南高野寺的遗物。净业堂里主祀地藏王菩萨和众多信徒的牌位，而干隆年间的知府蒋元枢重修该寺时所立的「重修海会寺图碑」正存放于此堂中。弥勒殿之后便是大雄宝殿，供奉释迦牟尼、普贤菩萨与文殊菩萨，另外还陪祀了多尊菩萨、尊者与十八罗汉。而在此殿中亦存有康熙时由首任住持志中禅师闭关三年募款，于康熙三十四年（1695年）铸成的铜钟。而经过大雄宝殿后方的拜亭之后，便是大士殿。该殿为新建的钢筋混凝土建筑，一楼中央为正殿，供奉观音