最终蒙古骑兵兵临开京城下的时候，崔瑀将自己的私兵全部用于保卫自己，守城的军队皆老弱之卒。另一方面，遣使赴蒙古营中请求讲和，但使者被拘禁。次年崔瑀发现无法抵抗蒙古军后，将开京洗劫一空，把高丽王室、大臣和百姓迁移到江华岛。由于蒙古军不擅水战，因此高丽王室在崔氏政权灭亡后仍能安然无恙。1235年，因迁都之功，崔瑀被高宗封为「晋阳侯」。此后又进爵为公。1249年崔瑀病故。高丽高宗为之罢朝三日，赠其「金紫光禄大夫、守大师、开府仪同三司、中书令、上柱国、上将军、监修国史、判御史台事」，封晋阳郡开国公，食邑三千户