徽交界一带，因天京缺乏粮食而停留不进，等待秋收后才进兵。1864年7月天京失陷，扶王陈得才在11月时在安徽霍山兵败自杀，大军瓦解，只有赖文光部大致完整。赖文光与捻军领袖、梁王张宗禹合作，把太平军和捻军合编，并被推为捻军新首领，与张宗禹、任化邦、牛宏升、范汝增等坚持对清斗争。1865年5月，捻军在山东高楼寨之战歼灭清军精锐的科尔沁王僧格林沁部，战役过程从同治四年正月初二日诱僧格林沁跟追，东走叶县，新郑、尉氏，日夜急走，前后长达五个月。1866年10月，赖文光在河南与张宗禹分领东、西捻军作战。