17年）秦汾转入国民政府，任教育部普通教育司司长。此后他获得宋子文的知遇，1930年（民国19年）2月，他转入财政部，任该部会计司司长。这个职务和他此前的经历极不相同。1931年3月，他任主计处主计官。1931年10月30日成立了以秦汾为主任的全国经济委员会筹备处，至1933年9月，筹备处代行全国经济委员会秘书处职权。1933年（民国22年）9月，他任黄河水灾救済委员会常务委员。1933年11月任全国经济委员会秘书长，1933年12月兼任财政部常务次长。1935年（民国24年）起，兼任交通部邮政储金汇业