针对地方利弊提出各项改革，因升职而未及实施。
朝堂之争.嘉靖四十三年（1564年），因时任吏部右侍郎的朱衡提拔，海瑞升为户部云南司主事。嘉靖四十四年（1565年）上《治安疏》，既肯定嘉靖帝即位之初，励精图治，将元世祖牌位逐出历代帝王庙等行为；又认为其颓废日久，使得朝纲不振，官员腐败，人民困苦，甚至调侃嘉靖年号的含义是「言家家皆净而无财用也」；并指责百官一意媚上，为满足皇帝修道而进贡香料；希望皇帝能重新振作。嘉靖帝读后大为震怒，将疏卷用力甩在地上，，但却因内容句句属实，一看再看，无法