1988年1月13日，蒋经国病逝。同年五月，李登辉继任中华民国总统后，下令解除孙立人的软禁，恢复其自由。1990年，孙立人在台中寓所病逝。在孙立人被解除软禁之后，其旧日部属开始奔走，希望恢复其名誉。1991年，孙立人兵变案的关键证人郭廷亮，在获得假释以后，在桃园县中坜的火车上坠落而死亡，死因极为离奇，学者怀疑长期监控郭廷亮的警备总部可能涉入。
后续调查.在孙立人兵变案发生后，监察院也由中国国民党籍监委陶百川、无党籍监委曹启华、萧一山、王枕华、余俊贤等「五人小组」自行发动调查