江苏省管理为主；2002年南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院；2009年经国务院学位委员会批准，学校被列入新增硕士学位授权立项建设单位；2011年学校被国务院学位委员会批准成为全国首批审计硕士专业学位授权单位；2011年国家审计署、财政部、教育部、江苏省人民政府共建南京审计学院。
概况.学校设有11个二级学院、3个教学部，以及1个二级民办学院、1个继续教育学院，拥有26个本科专业。其中，审计学、金融学、财政学为教育部特色专业建设点，财政学类、金融学类、管理科学与工程类、