制委员会派刘敏为代表，对市立北平医院实行军管。1949年4月25日结束军管，由中共中央军委卫生部带领延安中央医院和白求恩国际和平医院的医务人员接管北平医院。接管后的首任院长是黄树则。接管北平医院的20人大部分来自朱壕医院。1949年9月，中国人民政治协商会议第一届全体会议决定定都北平，并将北平市更名为北京市。1949年10月1日中华人民共和国成立，北平医院更名为北京医院，1950年2月毛泽东为北京医院题写院名。1949年10月14日，第一批苏联专家来院协助并指导工作，至1959年撤走时陆续共有28位苏联专家