题材小说类似，这部小说也受到一些宗教界的批评。美国天主教媒体《》撰稿人凯茜·希佛（）认为《本源》“毫不掩饰”对天主教的攻击。她认为这部小说和《达芬奇密码》一样，将教会和神职人员塑造成“极度无知且与现代社会隔绝”的形象，是对天主教会的刻意贬低。希佛称布朗对圣经理解偏颇，但教会的大门仍向他敞开，希望他能找到宗教与科学的和谐统一。曾唿吁公开抵制《达芬奇密码》的主席则认为《本源》与《达芬奇密码》不同。他认为《达芬奇密码》号称涉及的历史真实存在，而《本源》没有声称故事的真实性，因此教会无需抵制。但多诺霍仍然认为布朗的