再一次入狱。切萨雷于1506年成功逃狱并前往纳瓦拉王国投奔他的小舅子胡安三世，最终于1507年在一场战役中战死。
失势之后.家族最有权势的两人死后，波吉亚家族的政治影响力已大不如前，幸好亚历山大六世的女儿，费拉拉公爵夫人卢克雷齐亚·波吉亚仍然扮演着完美的文艺复兴女性，积极的赞助各种艺术活动，得到后世许多正面的评价。亚历山大六世次子乔瓦尼·波吉亚的孙子在将公爵爵位传予长子后投身教会，他于1670年被封为圣人。甘迪亚公爵这一脉传到第十一代公爵路易斯·伊格纳西奥（Luis Ignac