后，伍连德获中华民国北京临时政府聘请为时任大总统袁世凯的侍从医官。同年，在哈尔滨筹建北满防疫处及附属医院。1912年10月1日，北满防疫处成立，总部（总医院）设在哈尔滨，伍连德任总医官。这是中国近代第一个常设防疫机构。1916年，防疫处名称改为“东三省防疫事务总处”。1915年，伍连德和颜福庆等人共同发起成立了中华医学会，创刊《中华医学杂志》，伍连德任中华医学会书记并兼《中华医学杂志》总编辑。1918年，伍连德担任中华民国北洋政府中央防疫处处长、北京中央医院（今为北京大学人民医院）院长。北京中央医院