水站开始，向西北方向延伸，穿越塱原湿地、古洞及洲头等地，最终连接新建的落马洲站，全长7.4公里。因为支线的建成，东铁线北行共分为2个终点站，分别通往2个与中国大陆连接的关口──罗湖及落马洲。现时，每小时均有5班车（非繁忙时间）或6班车（繁忙时间）来往红磡至落马洲，乘客只需在红磡至上水之间各站登上往落马洲的列车即可到达。落马洲站至上水站的行车时间约为8分钟，红磡站至落马洲站则约为50分钟。落马洲支线由九广铁路公司兴建，用以成为九广东铁（现为东铁线）的支线。工程于2003年1月29日开始，于2006年末