祚一次随魏宣武帝临幸太子元诩的东宫，怀中特意装着黄瓜给太子吃；当时应诏左右赵桃弓深受宣武帝的信任，郭祚私下里巴结他，时人称他为“桃弓仆射”、黄少师”。延昌四年（515年），元诩即位为魏孝明帝后，七月，朝廷诏令郭祚为都督雍、岐、华三州诸军事，征西将军及雍州刺史，更望封侯，为征西大将军。郭祚和裴植都不满领军于忠专权，暗中劝高阳王元雍让他离开朝廷。于忠派人诬告郭祚、裴植犯罪。八月初五，裴植和郭祚以及都水使者杜陵韦隽都被赐死。年六十七岁。