亦思巴奚军参加兴化的战争，在兴化屠戮甚多，最后导致原本与亦思巴奚结盟对抗惠安陈姓和柳姓的莆禧林氏家族也反戈同陈、柳二族结盟。由于那兀纳的亦思巴奚军与福建行省官方对抗，1366年，元朝派福建行省平章事陈友定部队南下击败了那兀纳，并占领泉州，那兀纳被俘，斩首于元大都（今北京，另说斩首于福州），持续十年的亦思巴奚兵乱终于结束。