半表现出蛋白质自然发展所形成的典型结构特征，亦即缺少整齐次组织的高度弯曲蛋白质，这些发生病变的蛋白质称作细粒核孔素。核孔允许载有水溶性分子的运输工具通过核膜。这些运输工具包括从细胞核输出到细胞质中的RNA或进入细胞核的蛋白质（例如：DNA聚合酶及核纤层蛋白）、糖类和脂质。核孔可以主动引导复合物每秒移动一千次。虽然小分子可以直接以扩散作用通过核膜，但大分子必须被特别的信号序列识别，然后才能在某些蛋白质的辅助下进出细胞核，这也就是所谓的“运行週期”。每八单位围绕在实际核孔周围的蛋白质会使进入的孔通道按照