总长的提名任命方式以及建立任期制（法院组织法第66条修正）。后来在2006年1月13日立法院通过修正，明订检察总长由总统提名，经立法院同意后任命，任期4年，且不得连任。而在检察总长任满前1个月，总统应向立法院提出新任检察总长人选。但修正条文施行后，陈水扁总统第一次提名之检察总长被提名人谢文定检察官即被立法院否决（2006年4月11日），也引发了修正案并未防止「政治干预司法」，只是从「行政干预」改成「立法干预」而已的争议。2007年1月18日，高雄高分检检察长陈聪明在民进党与亲民党力挺、国民党开放投票的情