（例如蒜）会使精液颜色变黄。若精液中有血液（血性精液），射精时的精液会是红色或是咖啡色，血性精液是罕见的症状。精液若是深黄或是绿色，可能是因为药物所影响。咖啡色的精液主要是因为摄护腺、尿道、附睾和精囊的感染和炎症的结果。其他不常见精液颜色的原因包括性传染病（例如淋病或是）、男性生殖器的手术或是受伤。
果糖水平.果糖水平会影响精液中精子的活动能力。WebMD建议果糖水平应该在3毫克每毫升以上，而世卫组织则指出正常水平应该是每份样品在13微摩尔（μmol）以上。缺乏果糖可能是精囊出