成的有机化合物（例如塑胶聚合物）含有碳和卤素的共价键。在工业上最常见到的是有机氯化物，而其他的有机卤化物也常用在化学合成中。一般而言生物不会产生有机卤化物，只有非常少数的例外，不过许多的药物是有机卤化物，例如治疗忧郁症的氟西汀（商品名称为百忧解）就含有三氟甲基，也有许多对人体有影响的污染物也是有机卤化物，例如多氯联苯及四氯双苯环戴奥辛。