以通过主管调控基因进行编码，并激活或破坏其他基因的转录；反过来，这些次级基因产物可以调节在基因调控网络的调控级联中的其他基因的表达。在这个级联的末端是控制细胞迁移等细胞行为的分子类，或者更广泛地说，它们的特性，如细胞粘附或细胞收缩。例如，在调节过程中，干细胞簇脱离细胞与细胞的粘附，成为迁移，在胚胎中重新激活特定细胞粘附蛋白并形成新的组织和器官。发育信号通路涉及形态发生包括Wnt、Hedgehog和ephrins。
细胞基础.在组织层面上，无视控制手段，形态发生是由于细胞生长和运动。