。杜弘最终向零陵太守尹奉投降，尹奉将杜弘送给王敦，王敦于是收他为部将，甚为宠信。另南康人何钦当时据险聚众数千人，王敦私下加任他四品将军。王敦专擅的迹象渐见明显。堂弟王棱知道王敦野心，曾不断劝谏王敦，但却遭到王敦暗杀。
叛乱根源.建武元年（317年），因晋愍帝被掳，司马睿改封晋王，统摄万机。王敦此时获进位征南大将军。次年司马睿因晋愍帝被杀而即位，是为晋元帝，东晋建立，王敦改拜侍中，升任大将军、江州牧。王敦以他讨伐杜曾失利而请求自贬，免任侍中并不拜州牧。后司马睿又加任王敦为荆州牧，王敦