英国政府着手改善地区卫生条件，鼠疫对英国民众的威胁也逐渐消失。
爆发经过.伦敦大瘟疫是英国本土最后一次大型的鼠疫传播，此前在1636年及1625年发生过的两次则分别夺去了1万和3万5,000人的性命。当时英国的鼠疫爆发被认为是由荷兰带入的，因为该地从1599年起就多次出现鼠疫疫情，最初进入英国的病源很可能便是那些从阿姆斯特丹开出的运送棉花的商船，而阿姆斯特丹本身在1663年至1664年亦同样受鼠疫蹂躏，死亡民众不少于5万人。伦敦外围的码头地区以及圣贾尔斯（St. Giles）教区首