以抵抗日军接收台湾。而林朝栋早在四月初决定将家眷送到厦门避难，自己再只身返回台湾对抗日军。然而林朝栋返台后，日军已于5月30日登陆澳底，一路挺进，唐景崧见局势不妙，立即逃回中国；时辜显荣代表艋舺士绅，打开台北城门，迎接日本军进入台北城，使日军轻易佔领台北城，并直入桃仔园（今桃园市）。林朝栋见状，感到大势已去，支付银饷后独自西渡抵达厦门。到厦门后，林朝栋于1897年两度奉旨晋见皇帝两次，由南洋大臣刘坤一指挥。1899年刘坤一返回北京，由于林朝栋和江苏巡抚鹿传霖不合，便辞官返回厦门经营樟脑事业。1902