奈米孔定序（），又称zh-cn:奈米孔定序;zh-tw:纳米孔测序;，是一种针对核酸（RNA与DNA）进行测序的第三代定序技术。奈米孔定序技术不同于过去的基因定序技术，无须对样品进行聚合酶链式反应或化学标记即可对一条DNA或RNA分子进行定序。奈米孔定序可以相对低廉的成本对个体进行基因型分型成本相对低廉，并具可携带性高、样品处理的过程简易快速与可以即时分析结果等优点。目前奈米孔定序已被广泛应用在各种领域，如病原体的快速检测、监测伊波拉病毒爆发的情况、环境微生物监测、食品安全监控、人类基因体定序、植物