两幅现藏于梵蒂冈宗座图书馆，和美国明尼苏达大学的。剩余四幅现藏于日本京都大学、日本宫城县图书馆、日本内阁图书馆和法国巴黎的私人收藏中。目前中国没有《坤舆万国全图》原刻本的收藏。中国国内现存最早的、也是唯一的，据刻本摹绘的彩色《坤舆万国全图》现藏于南京博物院。