4年7月11日，教宗方济各任命李斌生为香港教区三位辅理主教之一、同年8月30日在香港教区主教汤汉枢机手上领受主教圣秩，领衔隆威。在教区他被委派负责负责四项事务（其中一项事务包括十四子项），内容围绕教育，牧民工作，及社会传播事务。2016年1月16日梵蒂冈时间正午十二时（澳门时间晚上七时），教廷宣布，教宗方济各接受澳门教区黎鸿昇主教辞呈，并同时任命李斌生接任，并于1月23日、澳门教区成立四百四十周年纪念弥撒上就任。2016年1月22日，李斌生主教及黎鸿昇主教与澳门特首崔世安会面。李主教表示接任后「会延续黎