抑制第一型与第二型蛋白质磷酸酶，对动植物都有毒性，对肝脏的毒性很强，也和有关。
经济重要性.由于在理想的环境下铜绿微囊藻可以持续产生对肝有害的微囊藻素，其为饮用水污染的来源之一，且这种毒素对热的抗性高，甚至以活性碳吸附、加入氯或臭氧消毒也无法完全消除。对经济的影响包括为了减轻毒素需要在净水上花费的额外成本，和发生有害藻华的河湖需暂时封闭对当地旅游业造成伤害。也有研究显示铜绿微囊藻可以产生2,6-二叔丁基对甲酚，这种物质主要在食品添加剂中被用作为抗氧化剂，在工业上也具有许多用途。