车站于第二次世界大战中被摧毁，由铁和玻璃材质制成的三船式站台大堂在战后被混凝土制成的站台檐篷所取代。隧道设施的一部分及整个站前广场（奥托广场）则被纳入了科隆市的法定古迹名录。自1988年起，作为计划中通往法兰克福的高速铁路概念的一部分，科隆开始制定城际快车运输在科隆地区的重组规划。该规划的核心便是利用科隆-多伊茨车站作为城际快车车站。科隆市议会（另一来源称：德国铁路董事会）在1996年决定将多伊茨车站作为城际快车终端进行扩建，并在1997年底明确将计划中经由科隆－莱茵/美因高速铁路的新城际快车线路通过多