同知之例，给与把总二员，兵丁一百名，在香山、虎门两协内各半抽拨，并酌拨巡缉船只，添建衙署营房，铸给澳门同知“广州府海防同知关防”。1744年，印光任成为首任澳门同知。1845年11月20日，葡萄牙女王玛莉亚二世宣布澳门为自由港，任命亚马留为第79任澳门总督。1849年，亚马留封闭粤海关澳门关部行台、迫迁香山县丞衙署离澳，澳门同知已无法实际管治澳门。1887年，中葡签订《中葡和好通商条约》，清政府承认葡萄牙管理澳门。
职责.1849年以前，澳葡当局受澳门同知管辖，澳门同知职权较重