A总决赛，最终以4:2击败新泽西网再次获得NBA总冠军，邓肯再次获得NBA总决赛最有价值球员。其后，他和罗宾逊同时获得体育画报颁发的最佳篮球球员称号。他的得分、阻攻、助攻和篮板在季后赛的表现都比常规赛为佳。在2003年NBA总决赛的最后一场，邓肯几乎做出四双，获得21分、20个篮板、10个助攻和8个阻攻。
马刺的领导者（2003年-2013年）.
2003-2004赛季.在2004年NBA季后赛，马刺队在第二轮遇到洛杉矶湖人队，在关键的第五场被费舍尔完场前0.