创始于1995年12月4日苏州市人民政府颁佈政府令《苏州市市旗方案》，然而，中共中央办公厅及国务院办公厅于1997年11月18日发表《中共中央办公厅、国务院办公厅关于禁止自行制作和使用地方旗、徽的通知》，要求各级地方政府禁止自行制作和使用地方旗及地方徽，宁波、南京、广州等城市相继废除地方旗及地方徽。苏州市政府并没有废除市旗，却鲜少在公开场合使用，市旗亦不在市内流通，仅以市徽作苏州代表。
设计.苏州市市旗的形状、颜色、以及市徽图案，无论在旗帜正面或背面看时都是一样，只是方向有所不同。