大力批判程朱理学，曾说朱熹虽然读书很多，但所学“支离破碎”，后人师从朱熹，就更不如了。明朝科举的八股文考试以程朱理学为标准，海瑞因此很晚才中举，还是靠策论写得太好，博得考官同情。而两次会试都落第了。
知行合一.海瑞在行动上亦反对程颐所提出的“饿死事小，失节事大”的节烈观。他曾因婆媳矛盾与妻子许氏离婚，劝其改嫁，并借钱为其办嫁妆。在淳安知县任上，又禁止民间溺杀女婴的陋习。成为应天巡抚后，又下令辖区内寡妇改嫁。
家庭.海瑞父亲海瀚在其四岁时去世，由母亲谢氏抚养