崎重工操作营运，自2000年12月21日至2001年12月20日止。而屏东县政府在川崎重工代营运期间，于8月31日招标往后焚化厂的营运业者；后由台糖公司得标，并于2001年12月22日日起正式接管营运20年。崁顶垃圾焚化厂除县内垃圾外，还有代烧邻县台东县境内的垃圾。