部启动新一期(第二期)的计画，并将计画名称改为「迈向顶尖大学计画」。迈向顶尖大学计画执行期间自2011年起至2015年止，并于2011年4月1日公佈审议结果，共计12所大学包括34个研究中心获得补助，各校依获得补助之规模排序依次为：国立台湾大学、国立成功大学、国立清华大学、国立交通大学、国立中央大学、国立中山大学、国立阳明大学、国立中兴大学、长庚大学、国立政治大学、国立台湾科技大学、国立台湾师范大学。。另外5所大学包括5个研究中心获得特别补助：国立台湾海洋大学、国立中正大学、中国医药大学、台北医学大学、