拒交押李至北京受极刑，得罪慈禧太后，故立大功但官途并不顺遂。同治四年（1865年）五月，僧格林沁被捻军击毙，慈禧太后令曾国藩剿捻。曾国藩采取“以有定之兵，制无定之寇，专事近剿，不事尾追”的方针，在河南周家口、山东济宁、江苏徐州、安徽临淮关分置四镇，驻淮军和湘军八万，将捻包围在苏、豫、皖边区。又在淮北捻军的根据地修筑墟寨，清查户口，实行保甲连坐法。但捻军突破湘军、淮军的包围，进入湖北。又突破开封、朱仙镇间的贾鲁河防线，东走山东。曾国藩被撤钦差大臣，李鸿章继任。曾国藩自剿捻以来，屡受慈禧的指责，成为晚年