易经存疑》、《四书存疑》、《古文类抄》、《新政八要》、《王政附言》、《荒政丛言》、《程文绳尺》等，计141卷。
名言.自古圣贤之言学也，咸以躬行实践为先，识见言论次之。
墓葬及纪念.林希元墓位于厦门市同安区西柯镇豪岭坑内村北。林希元祠堂(林公祠)位于厦门市同安区同安孔庙内西南侧。迁台后代于台湾彰化县芳苑乡王功村设林希元祖庙。