以分区作为收费模式，收费区如下：由启德站乘坐屯马线一期至乌溪沙站全程以八达通收费为港币11.5元。乘客若只乘搭屯马线一期一个站，不论有否跨区，八达通车费一律为港币3.9元（仅适用于乌溪沙站至显径站）。而在钻石山站至启德站即採用市区重铁系统的收费，而启德站的收费参考邻近的彩虹站。另外，港铁提供屯马线通车八达通车资优惠，由一期通车日（2020年2月14日）至屯马线全线通车日止，在启德站及／或显径站入闸／出闸，均享有成人$1及小童$0.5优惠。
上水／乌溪沙－尖东全月通加强版.上