，政元赴东国旅行，访问了越后国，并与上杉房定会晤。政元本打算前往奥州，由于幕府下令讨伐六角高赖而不得不放弃。此次旅行政元意在拉拢足利政知与上杉房定，由于政知的去世，计划随即流产。四月，政元回到京都。开始计划废立将军。
明应之变.明应二年（1493年），将军足利义材与畠山政长共同出兵河内国讨伐畠山义丰。四月，留在京都没有从军的政元与日野富子、政所执事伊势贞宗决定乘机发动政变，推举之前的将军候补香严院清晃爲将军。结果，原本支持畠山政长的赤松政则倒向了政元一方，政长因绝望而自杀。政元由此