形鞭毛虫病的第一线治疗；而对于其他寄生虫感染，通常是第二线的用药选择。巴龙霉素可以口服、涂抹在皮肤，或是经由肌肉注射。常见的口服副作用有丧失食慾、呕吐、腹痛和腹泻，涂抹于皮肤上的副作用为搔痒、泛红及起水泡；注射剂型的可能副作用为高热、出现肝脏问题或是听觉障碍。本品对餵奶的患者似乎是安全无虞的。本品隶属于氨基糖苷类抗生素类药物，借由停止生物蛋白质生成，令微生物致死。1950 年代，在链霉菌属中发现巴龙霉素，1960 年将其用作医药用途，纳入世界卫生组织基本药物标准清单，认可为医疗系统中最安全有效的药物之一