马湾岛的东湾仔村曾经发现新石器时代晚期墓葬群，有先民遗骸及相关文物出土，被考古学界称为「马湾人文化」，更被列入1997年中国十大考古发现之一。
命名.马湾古名又称「铜钱洲」，据说是因小岛的形状略似旧日的穿孔铜钱而得名。马湾及大屿山东北之间的海崃便是急水门（现称「汲水门」），故马湾又被称为「急水门岛」。明朝《粤大记》附有「广东沿海图」当中所谓「仰船洲」被认为是现今的马湾，而不是今天的昂船洲. 马湾名称的由来，一说是岛上北部的马角咀与另一小岛灯笼洲之间的大海湾；要是从南面的角度看