机密预算的运用产生诸多弊端，在中美洲因引发多名友邦总统收受台湾非法献金的调查案。也爆发有关金援友邦的“巴纽案”，导致外交部长黄志芳下台，及副阁揆邱义仁接受司法调查，并遭到检方收押。任内台湾和马其顿、瑙鲁、利比里亚、多米尼克、格林纳达、塞内加尔、乍得、哥斯达黎加、马拉维九国终止外交关系，不过，任内亦恢复和基里巴斯、瑙鲁、圣卢西亚三国的外交关系。陈水扁常以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁在任时期，两岸关系的紧张及美国小布希政府不支持台独的立场，