于未来二十年持续增长，而香港来往内地的跨境旅客运输的需求也将不断上升，因此香港特区政府在1998年3月委聘顾问进行第二次铁路发展研究。根据当时的研究结果，其中一个建议项目即为“区域快线”，用来连接九龙市区和边境，并可能进一步延伸至港岛；同时，报告并建议红磡站应继续发挥集体运输中心的作用，作为城际列车服务的终点站，提供出入境及海关设施，并作为主要的运输交汇处。研究认为，当时香港铁路项目的规划从构思至建成阶段一般需要八年至九年的时间，程序紧迫，因此建议政府应尽早开始策划工作，务使新铁路能够及时建成，应付发展需要