政学系的熊式辉为东北行营第一任主任。除设置东北九省为，设大连、哈尔滨为院辖市。原热河省恢复独立设置；1946年10月，出于战争需要，热河省规归东北行辕。1947年6月5日，沈阳升为院辖市。1946年8月7日，撤销国民政府军事委员会。各地的国民政府军事委员会委员长行营改称为国民政府主席行辕，直隶于国民政府，职权、组织结构照旧。9月1日，正式改称为东北行辕。1947年8月21日，东北保安司令部并入东北行辕。1947年8月28日宣布陈诚接任东北行辕主任。1947年11月1日，东北行辕政治委员会、经济委员会合併