打仗的意思，他的父亲盼望，总有一天要「反攻大陆」，所以为他命名「燕军」。出身台北市公馆眷村，不顾家中反对投考中正预校，后升入陆军官校55期，在官校时期，因担任「实习旅处长」，担任政战工作，没收同学们为了交作业而抄袭的「党外刊物」，反而受到党外「民主、人权」等思想的启发，毕业后任蒋经国总统的七海官邸警卫队的侍卫官。1988年开始，担任李登辉副官十四年，并受到李登辉影响坚决反共。一般军官多认为担任总统副官后可以飞黄腾达、平步青云，但王燕军却认为当总统副官工作太累，反而想回部队带兵，后因李登辉与王燕军感情融洽