该院创办于清宣统二年（1910年），原名为广东公医医学专门学校附设公医院，之后曾先后易名中山医学院附属第一医院和中山医科大学附属第一医院，2001年中山大学和中山医科大学合并后改为现名。中山一院由院本部、黄埔院区和东山院区组成。院本部位于广州市越秀区中山二路58号，紧邻中山大学广州校区北校园；黄埔院区位于黄埔区黄埔东路183号，为原广州市黄埔区人民医院；东山院区位于越秀区中山二路1号，为原广州市东山区人民医院。