909年，其前身台湾制糖株式会社阿缑制糖所落成开工，当时每日压搾甘蔗量为3,600公吨；单位下辖阿缑制糖所、桥仔头制糖所、 后壁林制糖所等糖厂。1946年5月1日，单位改制为台湾糖业公司第二区分公司，辖有屏东、南州、小港、高雄、仁德、永康、善化、埔里社、恆春、台北等地区单位。1950年7月1日，改组为台湾糖业公司屏东总厂，辖有屏东、高雄、小港、南州及旗山等五个糖厂；原辖之仁德、永康、善化厂改隶总爷糖厂，埔里改隶台中总厂，恆春併属南州糖厂。1955年7月，原隶属新营总厂之台东、花莲两场改隶屏东总厂。