形成超氧化物。由于在高膜电位时，这些质子泵复合物生成活性氧物质的速度最快，有人认为线粒体能调节自己的活动，使膜电位维持在一个狭窄的范围内，以此平衡氧化剂和ATP的生成。例如，氧化剂可以激活解偶联蛋白，从而降低膜电位。为了清除活性氧，细胞有一套复杂的抗氧化剂体系，包括抗氧化维生素如维生素C和维生素E，抗氧化酶如超氧化物歧化酶、过氧化氢酶和过氧化物酶，它们能消除活性物质的毒性，减小对细胞的损伤。
抑制剂.一些广为人知的药物和毒素可以抑制氧化磷酸化。尽管这些毒素的任何一个都只抑制电子