出了对线粒体的相同想法。随着人们发现它们含有DNA，这些想法被Henry Ris重新提出。内共生假説被琳·马古利斯所普及。在她1981年的《细胞进化中的共生》中，她认爲真核细胞起源于相互作用的个体组成的群落，也包括内共生的螺旋体形成了真核生物的鞭毛和纤毛。后一种想法没有被广泛接受，因爲鞭毛缺乏DNA，在结构之外和原核生物也没有明显相似性。根据马古利斯和(1996)，“生命并不是通过战斗，而是通过协作佔据整个全球的”，而达尔文关于进化由竞争驱动的想法是不完善的。然而也有人(谁?)认爲内共生更像奴隶制而非互