年9月，满洲事变爆发时出任朝鲜军司令，指挥两个师团。 不待上级命令直接率领麾下的第39混成旅自行渡过鸭绿江，赢得「越境将军」的称号。1932年4月晋升为大将，接任「陆军三长官」之一的教育总监。1934年1月，陆军大臣荒木贞夫因病辞任，原属意由真崎甚三郎继任，但参谋总长闲院宫载仁亲王元帅与真崎有私怨，强烈建议林铣十郎接任陆军大臣。最后真崎转任教育总监和军事参议官，林铣十郎成为斋藤实内阁、冈田启介内阁的陆军大臣。此时，陆军出身旧加贺藩的将校军官众多，被称为「加贺军」。 此外，林铣十郎又任命永田铁山少将担