月12日，蒋令武昌行营设立陆军整理处，派陈兼任处长，分期整理全国陆军，要求四年内整理好60个师，是日陆军整理处成立。是年秋，蒋为统一川军政治思想，在峨嵋山举办训练团，自兼团长，陈、刘湘为副团长，由陈主持其事。1936年2月，陈奉蒋之命，任晋、绥、陕、甘四省边区「剿匪」总指挥，率领大批国军到山西堵击红军，赴山西增援阎钖山。3月25日，陈奉蒋令，自汉口抵达太原，与阎钖山协商「剿共」事宜，3月28日阎钖山以军事委员会副委员长名义委任陈为「剿匪」军第一路总指挥，下辖关麟征第五纵队、吕济第六纵队、汤恩伯第七纵队，