912年中华民国建立后，在时为荷兰殖民地的印尼的巴达维亚、泗水等地设置领事馆。1930年，赴印尼华校任教的女教师萧信庵，遭荷兰船「渣华号」船员性侵的事件，引发反荷兰的骚动，是为反荷运动。1949年12月24日，特派吴铁城为中华民国庆贺荷兰王国向印尼联邦移交主权及印尼共和国独立典礼特使；派蒋家栋为副使。1950年4月13日，印尼苏卡诺政府与中华人民共和国建交，中华民国关闭于印尼各城市开设的领事馆，结束领事关系。1962年8月24日，印尼拒绝中华民国代表团参加于雅加达举行的亚洲运动会（另一被拒绝