第二大道线（原计划延伸至布朗克斯）和沃斯街线（原计划连接），沃斯街线最终没有开建，第二大道线的首段（72街车站至96街车站）在时隔88年后于2017年1月1日开通。“第二系统”也要求新线路的大部分路段位于地下，要求所有站台长度达到，并要求所有交汇处实现立体交汇，这些要求使得地铁建设预算翻了两倍，最终导致“第二系统”规划被搁置。
线网整合.1940年6月，BMT和IRT的下属线路被纽约市政府接管，并由交通运输局营运（该局也负责经营IND系统）。1953年交通运输局重组为纽约市公共运输