时吸入这些细菌。人类的喉咙时时充斥这些微生物，而那些有感染性的只会在特定时候与特定时机发难。一些少数的细菌例如结核分枝桿菌还有退伍军人桿菌都是依靠飞沫到达肺部的。而也有其他借着血液传播的病菌。在细菌到达肺部后，会开始侵略在细胞以及肺泡间的空隙，在那里，巨噬细胞还有嗜中性球（是种防疫性白血球）也会努力抵抗细菌的入侵。嗜中性球同时也释出细胞激素，促进身体启动免疫系统 。这会导致在细菌性肺炎中常见的发烧、寒颤与疲劳等症状 。在血管周遭的嗜中性球、细菌以及细胞间液会充斥在肺泡内，这也是让肺部在X光下会显现出团状阴影