，只会合计出差劲的结果，即所谓「垃圾进，垃圾出（garbage in garbage out）」。所以在进行统计分析之前会先评价收集研究的品质，排除不良的研究后再就剩下可用的研究进行结合。后设分析的另一个缺点，是收集的研究多数以搜查文献资料库（如PubMed、）获得，但这些资料库只会收录已经发表的研究，因此，后设分析很少整合未发表的研究。有证据证明未发表的研究不能被期刊接受的原因，是该研究发现研究结果不显着；而发现研究结果不显着的研究却能发表及收录在元分析，这会令后设分析结果出现统计上的偏误（bias）