铲除各种异端或异教的决心，中世纪的宗教审判和迫害异端在他统治时期达到登峰造极的程度。腓力二世大力支持天主教宗教裁判所，使大批持异端邪说的人（无论是真有其事还是受到陷害）在火刑柱上化为灰烬。他的另一项政策则使1568年－1570年被强制迁徙到西班牙内地的摩尔人受到残酷迫害。从阿拉贡国王费尔南多二世开始的对穆斯林和犹太人的迫害和驱逐最终使西班牙的种族构成趋于“纯化”。
国际舞台上的腓力二世.腓力二世执行了积极的对外政策，似乎他有决心也有能力推动一场把整个欧洲统一到一面旗帜下的运动。在即