更始帝派遣西屏大将军申屠建、丞相司直李松、赵萌攻打常安，邓晔、于匡开武关迎入申屠建的大军，联合进军常安。常安攻克，邓晔属下的王宪取得王莽的首级，新朝灭亡。此后，邓晔、于匡成为更始帝的臣下。更始三年（25年），邓晔被任命为执金吾。更始帝派他对计划兵变的隗嚣之邸宅进行包围，隗嚣突出重围，和门客王遵、周宗逃走。建武二年（26年）正月，更始帝任命的复汉将军邓晔、更始帝任命的辅汉将军于匡投降汉光武帝刘秀。光武帝复二人爵位。建武三年（27年）四月，汉军冯异在右扶风上林苑击破延岑，延岑败走，冯异派遣邓晔、于匡