鹤见校区位于神奈川县横浜市鹤见区末广町1-7-29，由学部改组前的国际综合科学部（理学系生命医科学学科）和2019年4月新设的理学部使用。除讲义楼和试验楼外，理化学研究所和NMR楼均位于该校区内。
舞冈校区.舞冈校区位于神奈川县横浜市户冢区舞冈町641-12，由学部改组前的国际综合科学部（理学系生命环境学科）和2019年4月新设的理学部使用。木原生物学研究所设置于该校区内。