巡抚谢淮、应天府尹孟淮贪婪，谢淮被罢免。同年，严嵩亦被罢免，丘橓弹劾从严嵩处晋升的顺天巡抚徐绅等五人，嘉靖帝罢免了其中三人。嘉靖四十年，担任户科右给事中。嘉靖四十一年，任礼科右给事中、刑科左给事中、兵科都给事中。弹劾南京兵部尚书李遂、镇守两广平江伯陈王谟、锦衣卫指挥使魏大经等人贪污求晋升，后下吏部考察，陈王谟被革职。不久，又劾罢浙江总兵官卢镗。当时蒙古进犯通州，总督杨选等人被逮捕。在蒙古撤退后，丘橓率领同僚陈述善后事宜，并指出边疆防卫弊端。嘉靖帝认为丘橓不早弹劾杨选，罚六十杖刑，斥为民，其余官员被贬边疆