马六甲联成立于1921年，当时名称为马六甲，是马来西亚历史悠久的足球俱乐部之一，并参加马来西亚杯。1983年马六甲活动马来西亚联赛冠军（业余），也是该队唯一的联赛冠军。2004年正式参加私营化的马来西亚足球超级联赛2006-07年从马来西亚超级足球联赛降级至马来西亚足球联赛，在首要联赛3年降级至马来西亚足总所管理的马来西亚足总联赛。2015年或马来西亚足总联赛冠军，2016年升至马来西亚首要联赛，并且获得该季冠军升级马来西亚超级联赛，完全3连跳。2020年马六甲联将会在2021年将会完全私