被俘，司马睿改号晋王，此后孔愉就长期兼任中书郎。司马睿在即晋王次年即位为帝，但及后就渐渐亲近刁协及刘隗，似乎疏远了王导。当时孔愉就上陈王导忠贞，亦是让其中兴晋室的元勋，劝他应多谘问王导。但孔愉却因此调为司徒左长史，后转吴兴太守。永昌元年（322年），王敦起兵，支持王敦的沈充亦于三吴起事响应，孔愉弃郡逃还建康，拜御史中丞，后转侍中及太常。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，苏峻率军攻进建康，孔愉身穿朝服守衞皇室宗庙。苏峻之乱平定后，孔愉转任吏部尚书，咸和五年（330年）二月，孔愉转为尚书右仆射，领东海王师