球基蘑菇最早是由美国真菌学家查尔斯·霍顿·佩克于1900年描述的，其学名为粗糙蘑菇（）。于1904年，佩克将其学名改为现名。佩克指出，因为瑞典真菌学家伊利阿斯·马格努斯·弗里斯早前已将一个火菇属真菌命名为「粗糙火菇」，恐怕人们与混淆两者，故决定改名。其学名中的「""」源自拉丁文，意思是「球状底部」，指的是其球状的菌柄基部。部份美国真菌学家会使用其异名林生蘑菇（），而美国真菌学家史蒂夫·特鲁戴尔和约瑟夫·阿米拉蒂更于2009年指出：「『球基蘑菇』一名原是取自其球状底部，但不同标本中的底部形状差异很大，因