纳尔塞斯据信曾帮助狄奥多拉皇后与（贝利萨留妻子）打垮政敌。545年，查士丁尼派遣纳尔塞斯前往赫鲁利人首领处招募军队，因为他在蛮族间颇受欢迎。纳尔塞斯也非常积极地参与查士丁尼的迫害异教徒运动。大约在535年，皇帝派他到埃及的菲莱剷除异教，因为当地一座伊西斯神庙依然活跃。纳尔塞斯囚禁祭司并洗劫神庙。不久后，当地主教提奥多尔将神庙改建成教堂。
重返义大利.551年，纳尔塞斯被送回义大利，在那里他将实现他最大的军事胜利。原本是皇帝的堂弟被指派完成贝利萨留开创的局面。然而在他于550年前