建设后，中国大陆合共出资70亿元人民币（佔三地政府出资44.5%），香港出资67.5亿元人民币（佔三地政府出资42.9%），澳门出资19.8亿元人民币（佔三地政府出资12.6%），余下的58%资金（约200多亿）则以贷款方式集资。2009年5月22日香港立法会通过拨款港币90亿4,650万港元（按付款当日价格计算）予主桥的详细设计和建造工程，预计分7年支付。香港运输及房屋局局长郑汝桦于2011年10月表示，受到环保评估官司影响，香港段的工程受到阻延，为了追上进度，需要压缩工程，保守估计造价将上升65亿港