一艘日本潜舰所发射的鱼雷击中，只好回到珍珠港整修。由于弗莱彻也受了轻伤，因此尼米兹让他放假，而金恩命令他前往华盛顿进行短暂工作，以便「观察他」。10月中，弗莱彻申请回到海上，尼米兹支持，但金恩拒绝，并任命他为第十三海军军区司令与西北海疆司令（总部在西雅图）。1943年11月，任北太平洋部队司令，直到战争结束。在1944年与1945年，他指挥北太平洋部队（包含陆军航空队与海军部队）进行对千岛群岛的轰炸与岸轰任务。并在日本投降后，于1945年9月，率领60艘北太平洋部队的舰艇在日本陆奥湾接受日本海军北方舰队