站共有11个出入口，其中2-6出口位于1号线、3号线站厅，沿铁路南京南站到达层出站通道呈南北向布置；1、7出口位于换乘通道内；8-11号口位于S1、S3号线站厅（近铁路南京南站北广场），呈东西向布置。
车站文化.地铁南京地铁是南京地铁打造的文化车站之一，于2011年12月20日被命名为“博爱车站”。车站口号为“祝福每一个出发，温暖每一个到达”，同时在车站的内部还设有名为“博爱岛”的服务台为乘客提供各种服务。2013年“博爱岛”和国铁南京南站和南京汽车客运南站联手共建“爱心大南站”，