年亦是美国总统选举年，林肯在选举中获得一票提名。华盛顿就任总统后，任命林肯为波士顿的港口税务官。他也在同年代表联邦政府到乔治亚州，与原住民商讨停战协定及土地安排，但最终成效不大。1793年，林肯再次出任联邦政府特使，与俄亥俄谷地的易洛魁联盟部落商讨西北印第安战争的停火及土地条款，但没有取得成果。此后林肯专注于波士顿的税收职责。当联邦党与民主共和党的鸿沟逐步加深之际，林肯站到了温和联邦党的一方。共和党内部虽然多次构思将林肯免职，但碍于林肯的过人声望，一直没有付诸行动。当林肯在1806年以健康为由向联邦政府