郎中令、后燕车骑长史垣敞曾孙，南燕京兆太守、东晋太尉行参军、宋屯骑校尉垣苗孙。刘宋辅国将军、豫州刺史垣护之的侄儿。父亲垣询之。崇祖在齐官至安西将军、都督豫司二州诸军事、豫州刺史，并曾长期参与抵御北魏进侵，得齐高帝信任。然而崇祖因为不依附皇太子，即后来的齐武帝萧赜而遭其记恨和猜疑，最终在齐武帝即位翌年被武帝处死。
生平.
少有干略.垣崇祖十四岁时就显现其才干和谋略，伯父垣护之就曾和同族宗亲们说：「这个孩子必定能壮大我家门，你们都及不上他。」及后崇祖获徐州刺史刘道