年后又晋升中共上海市委副书记。1995年2月，接任上海市市长，同年又当选为中国工程院院士。这使他成为中国第一位拥有“院士”资格的市长。2001年12月7日，徐匡迪突然辞去了上海市市长的职务。次年年初，被宣布出任中国工程院党组书记，并在当年5月当选中国工程院院长。2003年3月，在第十届全国政协第一次会议上，徐匡迪又当选为全国政协副主席，成为党和国家领导人，同年9月起又兼任中国工业经济联合会会长，2006年连任中国工程院院长。2010年6月，已担任两届工程院领导职务的徐匡迪正式退休。2014年，担