馆藏有2000余件文物，其中展出238件史料和实物展品，其中，馆内设有吕祖堂义和团坛口复原陈列、五仙堂义和团首领议事厅复原陈列、义和团运动发展简史陈列和义和团运动在天津的陈列这四个陈列。其中，纪念馆正殿设有吕洞宾和其两个弟子的塑像，五仙堂内设有曹福田、张德成、林黑儿和刘呈祥的塑像。此外，在纪念馆的院子里还收藏有从红桥区界内搜集的二十余块碑刻和匾额。2003年，义和团吕祖堂坛口遗址扩建出附近6000平方米的配套空间并恢复吕祖堂周边历史的环境。该规划保持了吕祖堂原有的布局形式，其中，周边的何家胡同和吕祖堂前街得