公开信还是在新语丝上引起强烈反弹，而方舟子也评论说该公开信不符合言论自由的原则。傅新元则在5月10日和17日两次发文给新语丝，说明自己并不是反对言论自由。
《自然》杂志的报道.英国《自然》杂志在2006年曾发表一篇特别报道及一篇社论提到并评论方舟子管理的“新语丝”网站，认为该网站虽然“在监督科研方面扮演了关键的角色”，但是认为“这种情形是很成问题的”，并在文章的附图中提到“在网站上张贴关于学术欺诈的指控让人联想到70年代用来迫害‘阶级敌人’的大字报”。而方舟子则在“新语丝”上贴