机车装用一台16气缸、四冲程、涡轮增压的FDL16型中速柴油机，但额定功率从2500马力提高至2800马力。早期的U28C型柴油机车仍然使用直—直流电传动系统，柴油机直接驱动一台GT-598型直流牵引发电机，并将发出的直流电供给六台并联的GE-752型串励直流牵引电动机。随着采用交—直流电传动的U30B型柴油机车于1966年5月面世，部分后期生产的U28C型柴油机车亦改装GTA-9型三相交流同步发电机和硅二极管整流器。机车采用单司机室外走廊式车体结构，两台三轴转向架可按客户需要选用双均衡梁结构的三点支承式转