学联主席团由当选为全国学联主席和主席团成员的会员团体派出的代表组成。主席团全体会议每年至少举行一次，由主席召集。现任全国学联主席团主席团体为北京大学学生会，主席为北京大学学生会主席王圣博。全国学联秘书处是全国学联的日常工作机构，由秘书长（秘书长多由团中央学校部部长兼任）、副秘书长组成，向全国学联主席团负责并报告工作。全国学联二十六大决定聘请时任团中央学校部部长杜汇良为全国学联秘书长。