来台者也因水土不服大量病死。另一方面，郑氏将领大多都涉入海外贸易，担心郑成功攻台或厦门反遭清军攻陷，将破坏既有的贸易体系，使自己的事业受损。因此面临郑成功搬迁家眷来台的命令，郑泰、洪旭、黄廷等重要将领都抗命不往，乃至于「不发一船至台湾」。随后又爆发了郑经私通弟弟乳母的事件，郑成功愤怒下令处死郑经，而郑泰等人则是再次抗命，甚至杀死郑成功派来的使者，令对立的局面更为严重。直到郑成功病死，郑经于郑氏王朝嗣位战中胜出，情势才勉强安定下来。
荷兰方面.根据战后双方签订的和约，荷兰人交出热