雄珠玑巷南逃至新会，奠定今天新会姓氏宗族的分佈。祥兴元年，宋帝昺在元军的追杀下逃到新会，最后在崖山海战一役中被元军击败，丞相陆秀夫抱赵昺投海殉国，南宋灭亡。元灭宋之后，採取高压政策统治百姓，抗元复宋的起义不断爆发，至元二十年，原南宋琼州知州林获次子林桂芳与宋宗室后裔赵良骢兄弟在泷水县罗旁起义，抗元复宋。号称罗平国，改元延康。不久被元军镇压，林桂芳等人被杀，起义失败。
明清时期.明洪武元年（1368年）六月，朱元璋派征南将军廖永忠捕杀久据新会的农民起义领袖黄斌，正式将新会纳入明朝