武三年（27年）冯鲂归附汉光武帝，拜官虞县（今山西省平陆县）县令，光武帝西征隗嚣，颍川豪族延褒等三千余人围攻县舍，冯鲂力斗不支，逃走。光武帝驰赴颍川郡，延褒等皈降请罪，诸县平定。冯鲂沉毅果断，迁郏县（今河南省郏县）县令，亦有政绩。建武十三年（37年）担任魏郡太守，建武二十七年（51年）取代赵憙为太仆。建武中元元年（56年），代张纯为司空（建武二十七年始，司空去“大”字），赐关内侯。汉明帝即位，更封杨邑乡侯。永平四年（61年），因考核太守邓融失职免官。二年后复行卫尉事，又任执金吾。为人矜严公正，建议多被采用。