母的长兄。后三条天皇是自宇多天皇以后，170多年以来首位不是藤原氏所生的的天皇。
生平.父亲后朱雀天皇（敦良亲王）为东宫时，藤原一族安排让他的四姨母藤原嬉子成为他的御息所，培养她成为未来的中宫。可是嬉子产下长子亲仁（即后来的后冷泉天皇）后很快就病故，于是敦良亲王再娶祯子内亲王；祯子内亲王在丈夫即位后，成为中宫、尔后升为皇后，并育有二女一子。但是藤原氏又先后把藤原嫄子等三名女子送入后宫，因此祯子皇后和儿子尊仁亲王居住在宫外的阳明门院，长期不再入宫。后朱雀天皇临终前，曾嘱咐当时的关