。可是，庆长17年（1612年）晴信因为冈本大八事件遭连坐罪在甲斐国切腹自杀。后嗣的嫡子直纯在庆长19年（1614年）被移封到日向国延冈城，有马氏告别了这座约400年的城。有马氏离开后直到元和2年（1616年）松仓重政入城前为止的时间里该城成为了幕府直辖领地。在此期间由锅岛氏、大村氏、松浦氏这些肥前的大名分担城的警戒。可是，松仓氏入封后，对日野江城觉得不便而新建岛原城，日野江城废城从此退出历史舞台。昭和57年（1982年）7月3日，被认定为国家级历史遗迹。自平成7年（1995年）到平成12年（2000