但在1938年起旗帜上的国徽被替换为另一个（见下）。根据1945年7月生效的法案，军队中的指挥官旗被停用，10月11日，政府对旗帜进行了修改，加大了国徽中圣若望之鹰的尺寸，一直使用直至1977年。在佛朗哥时期，另有两面旗帜常常和西班牙国旗一同出现：一是长枪党旗（红-黑-红三纵色带，中央附长枪党徽），二是卡洛斯主义者的白底红勃根地十字旗。1977年1月21日政府对国徽进行了新一次修改。自1940年至1975年佛朗哥使用带有“卡斯蒂利亚王家斜带”（Banda Real de Castilla）和带王冠的海格