会高层的任命权，君士坦丁一世、狄奥多西二世及查士丁尼一世分别罢免教区内的大教长及主教职位，教宗维吉吕更被软禁于君士坦丁堡达7年之久。但教会一直力图希望摆脱皇权的控制，君士坦丁一世时，主教有权审理世俗法庭审理过的任何案件，而主教的判决被认为是终审判决，狄奥多西一世时，教会进一步获得了税收和司法等方面的特权。7世纪时，教会反对了希拉克略提出的“联合论”和“两性一意论”，罗马主教格里高利一世更公开反对禁止官员和士兵在未完成职责以前进入修道院的皇帝敕令，又利用东罗马世俗大贵族争夺皇权，至7世纪末，罗马主教色尔爵在与