被登录为县有地。直到1979年，宫务安定后，委员会才发现土地竟被登记在台东县政府名下，想更正时已晚。此外，军方为养伤残官兵，遂借庙设置国军临时教养院，部分空间借予荣民暂住，香火顿挫。军方借地时，约定10年续约1次，1957年契约书第2条载明：「将来反攻大陆成功，甲方 (军方)不需要继续使用时，所以地上建物无条件赠送乙方 (天后宫)使用。」，因此导致争纷，庙方遂后来在石壁上刻写这段历史，刻「影响宫务甚鉅」以表抗议。1970年代末，庙方委员会发起募捐，募集两百多万元，在台东市胜利街二十四巷兴建十八栋民房