胞器，称为，但是这个过程通常会导致由侵入性微生物带来的破坏。
感染.水疱性口炎病毒是由自噬体从胞质溶胶中吸收并转移到内体中，并且在那里通过检测单链核糖核酸。在类铎受体被激活后，细胞内信号级联反应就会开始，导致干扰素和其他抗病毒细胞因子的诱导。部分病毒和细菌破坏了自噬途径，以促进自身复制。半乳凝素8已经被鑑定为细胞内的「危险受体」，能够启动针对细胞内病原体的自噬。当半乳凝素8与受损的液泡结合时，它会募集等自噬受体，导致自噬体的形成和细菌的降解 。 
修复机制.