六月十二日卒，年78岁。傅山墓位于太原市尖草坪区柴村镇唿延村西的崛围山。
纪念.傅青主与顾炎武、黄宗羲、王夫之、李颙、颜元一起被梁启超称为“清初六大师”。山西名食“头脑”是傅山为母亲配制的滋补食品。梁羽生的武侠小说《七剑下天山》中傅青主被描述为七剑之首，武功卓绝。2005年徐克导演的根据《七剑下天山》改编电影《七剑》，刘家良饰侠医傅青主。1917年民国政府在太原建“傅公祠”，山西督军阎锡山题写了“尘表孤踪”的牌匾，并作《傅公祠记》一文以纪念之。1950年代建傅山碑林公园