001至2007年出任成功大学医学院副院长，2007至2011年任成功大学教务长。2012年获选为东海大学第八任校长。2015年1月21日，汤铭哲接到东海大学董事会公文，要求暂予停职以待调查，停职令即刻生效。2015年1月23日，中国国民党立法委员陈学圣声援汤铭哲，披露东海大学被「万年董事」把持且不当介入校园工程，汤铭哲想处理却被董事会停职；民主进步党立法委员蔡其昌也声援汤铭哲，批评东海大学董事会「私设刑堂」；东海大学主任秘书吕炳宽回应，校务运作一切正常，不影响学生权益，相关事宜将由董事会回应；东海大学