乡绅吴祚曾参与平息暴动，史称「辛酉之变」。自此由明万历元年（1573年）起从东莞守御所划出56里、7608户、33971人，成立新安县，县治设在南头。清顺治三年，广东总督佟养甲入粤，明朝知县杨昌归顺清廷离任，清朝知县张文煋莅任。康熙五年，新安县併入东莞县。康熙八年七月，复新安县，委番禺县丞路一鳌暂署县事。康熙九年，知县李可成莅任。
经济.香港地区在明朝时开始盛产及出口香木。这种香木属于莞香，又名女儿香，当年在广东与江浙等地备受欢迎。王崇熙纂《新安县志》卷二《奥地略．物产》曾提及