个硷基对（前者如Illumina的定序平台，后者如的或奈米孔洞测序）。而序列组装旨在合併这些短片段来重建原本的分子序列。我们可将序列组装想像成从大量片段的文字中拼凑出一整篇文章的过程：被测序的分子就是那篇文章，而测序片段就是那段文章中，随机切取出来的句子。其中一种重建出这段文章的方式，就是找到句子中重叠的部分，因为一旦找到够多重叠的部分，我们就有机会将每个句子连接到一起，进而得到原始的文章。不难想像，此过程的困难不仅仅在于需要进行大量的片段比对，还会因原本文章的复杂度而制造更多问题：例如原本的文章可能有