养少的海水，需要充分的阳光。大量的营养流入会破坏其生态系统内部的平衡。海岸湿地的丧失和赤潮是严重影响珊瑚礁所需要的水质的因素。水质差的水似乎也促进珊瑚虫传染病的传播。从前认为珊瑚无病原，但日后发现了一种红色的海水虫蚁，以珊瑚为食。工业污染物中很常见的铜会影响珊瑚虫的生长。
活鱼贸易.由于北美和欧洲对珊瑚礁观赏鱼的需求，使在印度洋-太平洋地区使用氰化物捕鱼的方法大增。世界上85%的观赏鱼是在这个地区捕取的。捕鱼人使用氰化物来麻醉鱼，然后可以轻易地捕取它们。但使用这个手段捕鱼，鱼长