91年12月28日在石龙特大桥正式动工，由广州铁路局成立的广深准高速铁路建设指挥部负责建设，总投资48亿元人民币。工程主要有线路平面改造、改造既有小曲线半径、换铺60公斤/米的的重型无缝路轨共197公里、正线道岔换成12号、线路两侧设隔离封闭栅栏、所有平交道口改为立体交叉、安装带超速防护功能的信号系统等，以及其他复线建设时未完成的后续工程，包括石龙段双线、广州东站改扩建等。对原有双线进行提速改造期问，为了使广深铁路适应广梅汕铁路、京九铁路开通以后运量增长的需要，及减少工程对日常运营的影响，广深铁路总公司决定