，阎锡山在政治及军事方面遭重大失败，梁化之受到以王靖国为首的山西旧军人集团的攻击。不久，梁化之辞去所有职务，在民国29年（1940年）赴重庆等地。民国31年（1942年）夏，日军对晋西发动进攻，晋西保卫战打响，梁化之领导所属干部进驻晋西抗战中心之隰县，任隰县中心区战地工作委员会主任，实行动员人力物力与组训人民武装自卫工作。同年冬，被调往克难坡，任民族革命同志会驻会最高负责人。民国32年（1943年），任第二战区政治部中将主任，建立同志会流动工作队。抗日战争胜利后，阎锡山率部从日军手中接收了太原，梁化之代阎