1992年，广州市佛教协会收回被佔用的殿堂。1993年1月，成立海幢寺重修委员会，同年3月7日，经广州市人民政府批准，海幢寺举行洒净仪式，恢复正常的宗教活动，由市佛教协会副会长新成法师任方丈，同时负责海幢寺的重修复建工作。重修项目共投资1000多万元人民币，修复了大雄宝殿，重建了天王殿、塔殿、放生池和7层僧舍、藏经阁综台楼等。1997年又在大雄宝殿前空地东侧新建一座名为宝严塔的石塔。现在寺内有30多位僧人，大雄宝殿供奉的3座铜佛，高10多米，称三世佛，即过去、现在、未来佛。过去佛为燃灯佛，现在佛为释迦牟