这些双倍体的类群与其他单倍体的类群（、与）共同组成念珠菌演化支（"Candida" clade），以上类群均将密码子CUG编码为丝胺酸，而不像绝大多数生物将其编码为白胺酸，显示念珠菌演化支的共祖可能发生了一次CUG密码子对应的tRNA重组。念珠菌属并非单系群，同属念珠菌属的不属于念珠菌演化支，而是与酿酒酵母等酵母菌关系较近，共同组成酵母菌演化支（"Saccharomyces" clade），与其他念珠菌的亲缘关系较远。
基因组.单倍体的白色念珠菌的基因组的大小约为15Mb（双倍体约