谦信在关东争霸中，在史料上与宪政完全没有关系。
最后.天正6年（1578年），在谦信死去后，谦信的养子景虎和景胜争夺家督（御馆之乱）。旧山内上杉家的家臣中，部份认为应该重视与北条氏的关系，而宪政亦支持景虎方。另一方面，当时逃命到越后的山内旧臣的大部分（大石纲元、等）则是投向景胜方，因此实际情况不明。在最初的斗争中属于优势，不过得到越后国人势力和武田胜赖支持的景胜渐渐变得有利，景虎在宪政的居馆中死守并持续抵抗，此时已经陷入困境。天正7年（1579年），宪政与景虎的嫡男道满丸一同为