后调至国防部通信资讯指挥部服务。担任国防部通信资讯指挥部训练班主任（上校缺）、资讯战中心兼任主任、国家资通安全会报技术服务中心副主任、国防部通信电子资讯参谋次长室资讯安全处处长，国防部通信电子资讯参谋次长室通信综合处处长（少将缺）。2006年1月晋升少将，担任国防部通资次长室通信综合处处长，负责训练国军资讯战反制战力的「老虎小组」。2009年，被黑函检举，晋升少将时涉嫌买官，后监察院经监委调查后，认为并无买官情事。但在2月调任陆军委员，军检肃贪专案小组再度将柴惠珍列案，送交军事高等检查署，调查她买官