这几艘法国战舰终于被迫投降。另一方面，法国舰队的中心虽成功击退英军的首轮攻击，但随着英军援兵赶至，中心战舰无力面对新一轮的袭击；其中旗舰更在22:00爆炸沉没，导致布鲁伊阵亡。法军前锋和中心的崩溃、加上主帅的战死，使得座镇法国舰队尾部的海军少将皮埃尔-夏尔·维尔纳夫无心恋战。他决定率领法军残部突围，逃出阿布基尔湾；但在所有17艘参与战役的法国军舰中，最终只有两艘战列舰和两艘巡防舰得以成功脱身，法国在地中海的舰队正式覆灭。尼罗河海战扭转了英法两国在地中海的战略形势，亦使皇家海军得以保持战略优势直到战争结束