大学的历史可追溯到1483年由费尔南多二世国王下令在帕尔马建立的柳利学院。在卡洛斯战争时期的1835年被迫关闭。在这之后，巴利阿里群岛的学生只能到最近的塞尔韦拉以及巴塞罗那求学。佛朗哥时期的1949年，在巴塞罗那大学的资助下，柳利学院重新开放，提供哲学和语言文学课程。1972年又增设了理学院和文学院，附属于巴塞罗那大学和巴塞罗那自治大学。民主转型后的1978年3月，政府发表法令，决定将柳利综合学院整合为帕尔马大学。1985年学校通过建设章程，并正式更名为巴利阿里群岛大学。1998年在伊维萨岛和梅诺