法制度改为地方法院、覆审法院、与高等法院三级三审制，当时高等法院与覆审法院仅台北有设，各县之下只有部分支厅可以设立地方法院，而台南地方法院则建于清治时期府城的万寿宫及县文庙一带。1898年7月19日废除高等法院，变更为二级二审制，此时仅剩台北、台中、台南三县设有地方法院。而在1904年3月31日台中地方法院遭裁撤，直到1909年才又恢复为三个地方法院，同时台南地方法院选择以清治时期马兵营街福安坑溪南岸（后编为南门町二丁目）作为新院址，由总督府营缮课小野木孝治（一说是森山松之助）设计，于1912年落成。1