联县检查工作，适逢日军扫荡，县委书记王介福受重伤，由他代理书记。同年6月，回到沂蒙地委任原职。1942年10月，鲁中区二地委(沂蒙地委)设立敌工部，任敌工部部长。1943年，邢仁甫变节，冀鲁边区形势恶化，山东省委朱瑞派他返回冀鲁边区任三地委副书记（书记李广文）。1944年2月，冀鲁边区和清河区合并为渤海区，冀鲁边三地委改称渤海区三地委，冯乐进任地委副书记兼组织部部长。
第二次国共内战.1945年10月，任渤海区四地委组织部部长。1946年5月后，曾任渤海区党委民运部副部长、城工部副