联合舰队司令长官（又名：连合舰队司令长官）是大日本帝国海军的外战部队联合舰队的指挥官。为亲任官（亲补职），中将以上的舰队司令长官经镇守府长官向海军大臣推荐，由日本天皇任命。最初只是负责联合舰队所属各部队的指挥，1944年（昭和19年）之后于作战的场合有需要时可指挥镇守府其他部队，1945年（昭和20年）5月设司令部之后联合舰队司令长官兼任海军总队司令长官，变成实际上拥有指挥海军全部军队的权限。