1990年，任国家统一委员会研究委员。1991年升任陆委会副主委兼发言人，并当选国民党全国不分区国民大会代表。
二月政争.1990年，因国民党发生后蒋经国时代最大政争（二月政争），分裂成主流派与非主流派，动盪的政局，引发了野百合学运，李登辉总统应民意的要求召开国是会议，会中提出总统选举的不同版本。马英九属于支持李登辉的国民党主流派，是当年国民党修宪小组的主导人，倾向主张维持总统由国大代表选出（委任选举）。1992年3月，民进党及无党籍国代合组「总统直选联盟」发动419大游行，