不满魏忠贤专政，弃官回乡。崇祯八年（1635年）秋，孙传庭返职，任验封郎中，后改顺天府府丞。崇祯九年（1636年）三月，请缨任陕西巡抚，负责剿灭闯军。传庭在榆林建军，号为秦军（秦兵）。此时洪承畴正与李自成战于陕北，卢象升调任宣大总督后，闯军首领闯王高迎祥自湖广复出，来到陕西，欲自汉中进攻西安。传庭领秦军镇守，高迎祥无法攻克，遂意图自子午谷入，直逼西安。传庭料之，在子午谷的黑水峪以逸待劳，激战四天后，高迎祥溃败，后被俘，送往北京处死，而其外甥李自成继任闯王。崇祯十一年（1638年）李自成在潼关南原被洪承畴