部队配合国军登陆而开始肃清街头，实施2小时的密集射击，造成多名民众死伤。宪兵第21团登陆后，基隆要塞司令部部队会同登陆部队在基隆市区进行扫荡。部队主力则向台北地区推进，沿途见到民众聚集之处则予以扫射，造成多人死伤。3月9日，国军第21师登陆，基隆奉令恢复戒严，并在隔天依照命令展开绥靖工作。
经过.3月11日，国军前往基隆市社寮岛进行无差别扫荡并逮捕民众，除了逮捕约30名琉球人，还连同当地船寮的台湾籍工人和居民、及金瓜石线的乘客带走。3月13日，部分民众遭遇部队枪决丧生。然而只有7人