丰后杵筑城，被出羽国的秋田实季软禁，在实季转封后，被流放到常陆国宍户。一说指在流放地再度成为吉利支丹，不过在同时代的史料中没有记载。在流放地整合文书『大友家文书录』，因此令后世知道大友氏作为守护大名家从兴起到没落的详细过程，于是成为极之贵重的史料。在庆长15年7月19日（1610年9月2日）死去。享年53岁。戒名是中庵宗严。大友家由嫡男义乘继承，被德川家登用为旗本，以镰仓时代以来的名家身份成为高家。