3年由何艾龄博士发起创立。到了1991年，获教育署拨地另建平禧校舍，迁往大埔区富善邨，新校舍于1991年7月落成。迁校的资金来自何耀光先生，为纪念4年前去世的妻子郭佩珍，决定把新校改名为「孔教学院何郭佩珍中学」。在1991-92年间，同区新创校的罗定邦中学亦曾借用此校6-7楼，以提前开办部分班级。及后，由于该校校舍仍未建成，故迁往同区另一小学再次借校。
设施.整座校舍採用灵活式设计，设有全空调课室、特别室、礼堂，以及多媒体教学中心；学校改善工程经已完成，新落成之新翼教学大楼