全国分作13个承宣布政使司辖区，怀化市属湖广布政使司，北部设立辰州府，管辖沅陵县、辰溪县、溆浦县、泸溪县、新晃侗族自治县、芷江侗族自治县、黔阳县（今已经撤销）、麻阳苗族自治县和怀化县，南部的靖州府管辖会同县、永平县（今靖州苗族侗族自治县）、天柱县、通道侗族自治县、绥宁县。清朝把湖广布政使司分作湖南省和湖北省，怀化市属湖南承宣布政使司，天柱县划入贵州省。
民国初期.民国二年（1913年），湖南省实行道制，今怀化下辖市区县均属辰沅道，治今天的芷江侗族自治县。1920年，废辰沅道，改为湖