反对。次年，张居正回京办公，钖爵故意请假，以示鄙夷。万历十年（1582年）张居正死后，经孙继先举荐，恢复官职。张居正一死，众臣奋起弹劾之，多年为敌的王钖爵，却说张居正有其贡献，不可一味抹煞。万历十二年（1584年）拜礼部尚书兼文渊阁大学士，与时首辅申时行关系不错，政府相得甚，曾疏请“禁谣谀、抑奔竞、戒虚浮、节侈靡，辟横议，简工作”等六议，为帝所纳。万历二十一年（1593年）春入阁为首辅，在国本之争中，大臣欲立皇长子朱常洛为太子，但神宗意图立郑贵妃之子朱常洵为太子，故对锡爵说，自己无嫡子，故要将皇长子朱