针对疑难病、癫痫、遗尿、哮喘、听力障碍、小儿肾脏病和泌尿系统疾病、小儿微创外科等专业设有专门的诊治中心。2014年，儿科医院主导建立了“复旦大学儿科医疗联合体”，是上海市五大区域儿科医疗联合体中最早建设的一个。联合体包含了复旦大学附属的儿科医院、妇产科医院、金山医院、第五人民医院、公共卫生临床中心、华山医院北院，以及浦东医院、青浦区中心医院和静安区中心医院九所医院的儿科，覆盖了上海市三分之一的儿科服务量。儿科医院和复旦大学上海医学院统一协调九所医院儿科的日常医疗服务，还提供远程会诊等设施服务。儿科医