副总统连战负责；9月23日行政院召开第2647次行政院会议，听取内政部等单位报告921地震灾情及处理情形，并自当日起全国降半旗3日致哀。9月21日凌晨1时47分地震发生，国防部下令，中华民国国军官兵不待命令投入灾区救灾，总统李登辉与中华民国参谋总长汤曜明上将则于上午分别抵达台中县政府、南投县政府听取简报与视察灾区。并由中华民国交通部、国防部来调租民间车辆工程重机械，与各地消防、救援团体展开救灾行动，救出、撤离、安置灾民与危建物之清理。921大地震发生后，中华民国财政部宣布9月21日股市暂停交易2天，