尊氏决定废除北朝朝廷，向南朝投降。1351年（观应2年 / 正平6年），足利尊氏向南朝投降；同时废黜了崇光天皇的皇位以及直仁亲王的皇太子位，将北朝一系的皇族幽禁，并将三神器送交南朝朝廷，史称正平一统。1352年阴历2月，南朝的后村上天皇派楠木正仪攻陷京都，足利义诠逃往近江国。被囚禁的崇光天皇连同光严上皇、光明上皇、皇太子直仁亲王一起落入了南朝军的手里，押解到了后村上天皇在贺名生（今奈良县五条市）的行宫囚禁。此次事件后，足利义诠决定复辟北朝朝廷，立光严天皇的第三皇子，也就是崇光天皇的弟弟弥仁亲王即位，是为