流入海。在干隆、嘉庆年间的几次水患里，被併入而成为虎尾溪的支流。1911年兴建堤防切断浊水溪分流至北港溪的水道，北港溪始回复为独立的水系。1959年在台湾发生的严重灾难——八七水灾，北港溪上游地区降水量最多，洪水淹过堤防，沖向虎尾、斗南、斗六、土库、北港等地，造成严重灾害。隔年受到雪莉台风影响，也发生了严重的水患。
源头.北港溪主流上游为虎尾溪，其源头众多，最远源头为支流海丰崙溪上游尖山坑溪的源头，位于云林县古坑乡海拔857公尺的樟湖山西北坡；全流域海拔最高的源头为支流大湖口溪