重组后的新港口，分为北海港域、防城港域和钦州港域。主要内河港口为南宁港、柳州港、梧州港、贵港港和来宾港，其中贵港港是全国内河主要港口和华南地区最大的内河港口，由于西江水系各条河流在广西没有入海口，因此这五个港口需要通过广东的珠江口出海。2017年，北部湾港货物总吞吐量为2.2亿吨，其中防城港域吞吐量为10355万吨、钦州港域吞吐量为8338万吨、北海港域吞吐量为3169万吨。内河港口总吞吐量为1.3亿吨，其中贵港港吞吐量为6322万吨，梧州港吞吐量为3634万吨，南宁港吞吐量为1380万吨，来宾港吞吐量