学奖的宗旨在于提升台湾在国际学术界之地位，奖励数理科学、生命科学、社会科学及应用科学在国际学术研究上具创新性且贡献卓着之学者，尤以对台湾社会有重大贡献之基础学术研究人才为优先奖励对象。
评选.总统科学奖委员会由中央研究院院长、科技部部长、总统府副秘书长、教育部部长、国家卫生研究院院长及五位大学校长、五位卓越科学研究人员代表共同组成，由中央研究院院长担任召集人。候选人需要经过中央研究院院士或总统科学奖得主3人以上联名推荐，也可以由总统科学奖委员会邀请学术、研发单位或团体推荐。