清在越后根知城中病死。享年73岁。法名是日泷寺殿红云正清公大禅门。被葬在日泷寺，而墓所则在根小屋地内的安福寺（一说指是鱼沼郡赤泽）。坂城町田町的出浦家墓所中在后年（有天正4年、庆长4年或死后百年等説法）有被分葬的墓所留下。天正10年（1582年），武田胜赖自杀，甲斐武田氏灭亡。义清的嫡男国清在8月5日被任命为海津城城代，村上氏复归旧领。
系谱.村上氏的家祖是清和源氏之一的河内源氏初代源赖信的庶子源赖清。家纹是「丸上文字」。信仰的宗教是真言宗。在村上义国一代以来就在信浓东部