清剿过程中，有误杀、滥杀的现象。由于清军中多喀尔喀蒙古人，对入侵喀尔喀的准噶尔人恨之入骨，剿杀不遗余力。还有已经归附清朝的部落，如沙克都尔曼济，因被大臣雅尔哈善怀疑叛乱，被清军误杀。没有反叛的部落被编旗，有的还被派到回部作战。今伊犁州昭苏县、塔城地区和蒙古国西部都有准噶尔部落的后裔。以俄国历史学家兹拉特金《准噶尔汗国史》、台湾作家柏杨《中国人史纲》为代表的一些着作及文章认为，干隆皇帝在消灭阿睦尔撒纳后，命令兆惠对准噶尔部落进行了大屠杀，造成准噶尔部落的种族灭绝。兹拉特金的记述更为夸张：“所有史料一致指出