人体细菌（不包括真菌，古菌，病毒）的平均数量是人类细胞的数量的十倍，但是最近的估计将该比率降低到3:1，或者甚至降低到大约相同的数量。殖民于人类的一些微生物群是共生性的，意味着它们共存而不伤害人类; 其他微生物群与它们的人类宿主具有互惠关系。相反，一些非致病微生物群可以通过它们产生的代谢物如三甲胺损害人类宿主。某些微生物群执行已知对人类宿主有用的任务; 大多数常居微生物的作用还不太清楚。 那些预期存在，并且在正常情况下不引起疾病的，有时被认为是“正常菌群”或“正常微生物群”。人类微生物组计划开展了人类微