至湖北黄州（今黄岗），次年在官文、湖北巡抚胡林翼统领下，与都兴阿收复武汉、黄州、黄梅，大致抵定湖北省全境。1860年参与收复太湖。1861年配合湘军攻占安庆，任都统及荆州将军。次年攻陷庐州（今合肥）。
陕西战殁.1862年（同治元年）陕西回乱，五月清廷命令多隆阿督办陕西军务，可是多隆阿的部队在途中被太平军所阻，清廷于是另派胜保带兵入陕。胜保被回军击败，清廷只好再命多隆阿进兵陕西。多隆阿于十一月抵达潼关，次年二月攻佔回军在同州的两个重要据点羗白镇和王阁村，九月攻佔苏家沟和渭城湾，