段再作考虑，当中亦包括东部走廊及第四条过海铁路。1998年，政府再推出《香港第三次整体运输研究》、《香港第二次铁路发展研究》，当中将多个东部走廊路段分析，提出多个方案组合九广西铁（现西铁线屯门至南昌段）、南环线（现西铁线南昌至尖东段）、尖沙咀支线、九广东铁（现称东铁线）、沙田至中环线（第四条过海铁路、东九龙线、大围至钻石山铁路）及马鞍山铁路（现屯马线一期大围至乌溪沙段），并考虑分别交由地铁及九铁营运，沙田至中环线因而诞生。同时间，西铁、尖沙咀支线及马铁由九铁投得营运权。
21世纪