近南京，首都日危，国民政府遂迁往重庆，司法院也迁至重庆的义林医院（今重庆市中山医院）门诊楼，与立法院及蒙藏委员会合署办公；1944年，司法行政部复改隶属行政院；1945年抗战胜利后，司法院复迁回南京原址；1947年3月31日，国民政府依据1月公布的《中华民国宪法》第八十二条规定制定公布《司法院组织法》全文十二条，司法院设有三庭、二会、二处及二室；1949年1月6日，司法院大法官会议做出对宪法的第一号解释（释字第一号），明示立法委员不得兼任官吏；同年4月，南京司法院的主建物于国共内战中遭焚毁，仅临路的