袭清军大营，阿尔津率领五旗将士迎敌，闯军很快被击溃。清军攻克潼关，李自成烧毁屋舍，带家眷奔逃商州。阿尔津率军追之不及，围歼闯军三百人而后回师。同年，跟随清军征讨江南，因功晋爵三等男。顺治三年（1646年）五月，阿尔津同护军统领鳌拜等在汉中击败闯将贺珍。张献忠率军从四川出击清军，也被阿尔津和鳌拜接连击败。当时正蓝旗兵被大西军所围困，阿尔津同鳌拜前往救援并成功解围。随后，又攻克叙州。顺治五年（1648年）六月，晋爵一等男。同年十月，率兵赴宣化平叛。顺治六年（1649年），卸任护军统领。次年，复任之。顺治八年