0大选不分区立委的建议名单，邱毅列入第8名安全名单中。11月15日，邱毅发表声明退出国民党不分区名单。11月21日，加入新党不分区名单。
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揭露高捷、台开弊案.从2005年8月22日高雄捷运工地的泰国外籍劳工暴动后，邱毅揭露时任总统府副秘书长的陈哲男涉嫌非法接受业者招待，在遭到总统府与高雄市政府的否认后，邱毅提出多项证据证明高雄捷运工程中确实有弊案存在，包括陈哲男于韩国济州岛赌场的关键照片，与仲介公司华擎与前高雄市市长谢长廷往来的证据，戳破总统府、高