被拔擢为诸士取扱役兼监察和剑术师父。庆应3年(1867年)，新选组被拔擢为幕臣，吉村并被赐为和见廻组一样的地位。这时，吉村在乡下的家族因为获得充足的补贴而感动到痛哭流涕。在就任击剑师父后，吉村公开和人战斗的纪录却相当稀少。为了移转新选组基地而去西本愿寺谈判，然后吉村有出席土佐藩因三条公告牌事件（禁门之变后土佐藩武士擅自拔除立于京都三条大桥宣告长州藩是朝敌的公告牌，结果这些武士被新选组攻击和逮捕）而向新选组道歉的酒宴，在天满屋事件担任三浦休太郎的护卫时，吉村也没有和人战斗的记录。不过说起来，这段时间他