渐为厦门所夺。清代中后期，因生活困难，金门人相率下南洋或东渡日本，成为海外侨民。 。1651年8月，南明鲁王朱以海从舟山逃往金门，并于1662年11月病故于金门，死后安葬在金门城东之青山岩，为鲁王墓。 1663年（康熙2年；永历17年）11月，耿继茂、李率泰督清军及明郑降兵攻取金门和厦门，明郑周全斌部不敌而退至东山。清军登陆两岛后，男女被掳掠一空，最后「堕其城、焚其屋，弃其地而回。」 永历十八年（1664年）清军攻佔金门后，曾採取迁界措施，强制居民迁至海岸线30华里外，岛上人烟无存。永历二十八年（1