士荣誉包括1991年获选为皇家学会院士，1998年获选为英国医学科学院院士，以及1999年成为美国国家科学院外籍院士。鑑于亨特 利兰·哈特韦尔和保罗·纳斯分别发现週期素跟CDK在调节细胞週期中的角色，三人于2001年一同获得诺贝尔生理学或医学奖。诺贝尔委员会特别提及亨特「发现週期素週期性的被降解，而此机制后来也被证实对控制细胞週期非常重要」。2003年，亨特成为爱丁堡皇家学会荣誉院士。2006年，他获颁每年只授予两人的皇家学会皇家奖章。同年，他在为下级勋位爵士，不过后来则表示自己很少使用「爵士」名衔