总理大臣原则上设置政府对策本部（第15条第1项）。设置政府对策本部时，必须向国会报告政府对策本部的名称、设置地点及期间，并予以公示（第15条第2项）。政府对策本部设置后，及市町村长亦必须设置对策本部（第22条、第34条）。当局可指示对医疗从事者等优先接种疫苗（第28条）。
新型冠状病毒感染症对策本部的设置.2020年3月26日，内阁通过「关于设置新型冠状病毒感染症对策本部」的部分修正案，将新型冠状病毒感染症对策本部指定为新型流行性感冒等对策特别措置法规定的对策本部。本部的设置公示于