因此被当作极右学生批判。至1957年反右运动时，沈元被划为“右派份子”，翌年被开除学籍，遣送农村劳动改造，期间落下肝病。1961年，沈元“摘帽”之后以病弱之身回到北京。此后即闭门读书，不问时事，潜心研究历史。1962年，沈元的研究论文被推荐给中国科学院哲学社会科学部（以下简称“学部”，今中国社会科学院）副主任刘导生。刘导生又推介给历史学家、学部近代史研究所研究所副所长黎澍。黎澍和其他历史学家看过这些论文后皆感震惊，同声赞叹其为难遇之才。震动史学界的第一篇沈元作品是《〈急就篇〉研究》，由《历史研究