在美西签订的国防合作协议之下，西班牙海军负责基地外围的保安和卫哨，美国海军则负责基地内部的基础设施、飞行场及海军码头设施的维护，营区内部的保安则由两军宪兵队共同管理。但美国海军的罗塔基地，在名义上仅为西班牙海军罗塔基地的租借设施，而基地对外悬挂的也是西班牙国旗，司令官亦由西班牙海军中将担任。基本而言，一般美军基地的许多惯例景象，在罗塔基地是不常见到的，例如星条旗的公开展示和悬挂，原则上仅在美国国庆日当天允许。
历史.罗塔海军基地早于冷战时期的1953年即投入使用，当时西班牙摄政王暨