堡战后，黄新因为“坚守忠堡”有功，被提升为第41师师长；突围出来的第41师官兵们指责七“援助不力，坐视长官被歼”。事情闹大，主动辞职报名去陆军大学，并改名为黄百韬。黄进入陆军大学特别班第三期受训，与冯玉祥、鹿钟麟是同学。毕业后，任冯玉祥第六战区、鹿钟麟冀察战区参谋长。1940年前后，黄因为一篇军事论文获奖，得到了何应钦赏识，获得何应钦举荐。1941年，任第三战区参谋长，受到司令长官顾祝同赏识。黄在三战区主要做三件事，一是整顿军纪，二是皖南事变，三是浙赣战役。其中浙赣会战国军作战计划几乎全出自黄手笔，