建忠开始撰写《富民说》，主张发展对外贸易、扶持民间工商业等措施以富民强国，并将《富民说》上呈李鸿章。不久，受李鸿章委派担任上海机器织布局总办。马建忠除任招商局会办，还兼揽织布局总办、宁海金矿等公务，并有进一步扩展之势。李鸿章对马建忠的重用与日俱增，盛宣怀很忌惮他，于是盛拉拢另一会办沈能虎，共同与马对抗。沈能虎向李鸿章控告马建忠将公款五万两存入旗昌洋行，还用马建忠私人名字。1895年（光绪廿一年），甲午战争失败后，他应李鸿章之邀到北京，襄助李鸿章赴日本马关议和。翌年，马建忠与上海《时务报》主笔梁启超相识，