再度挑战冠军一哩赛，再次成为大热门，在赛事中大部份时间处于活力宝蹄的压迫，但仍然取得领先，最后200米无法招架大败而回，只得到第九名，赛后虽获安田纪念赛参赛权，但因为马匹动作僵硬拒绝参赛。在季尾的冠军人马奖中，精英大师虽未成为香港马王，但仍然力压灿惑、电光火力及金冈盃成为最佳短途马。
2006-07年马季.10月1日，精英大师第二次出战短途马锦标，但被抽在外档第十四档起步，跟随兼併目标仅守第二位，转入直路最初佔有短暂领前优势，直路上被澳洲着名短途马兼併目标带出，最后更被两匹冷门马名