更新世早期时，已经将现在大部分阿尔卑斯山原本流入隆河的河川纳入流域之中，包括阿勒河在内。从这个时候开始，莱茵河流域扩展到博登湖上游，而美因河的上游（施韦因富特之后）与孚日山脉（马士河）也已经成为莱茵河流域的一部份。
冰河时期.更新世是冰河期交错的时代，大约6个主要的冰河期在600,000年前开始。当时海平面下降120公尺，大陆大部分的边缘地区于是暴露出来。在更新世早期，莱茵河是往西北方向流动，注入现在的北海。在盎格鲁冰河期（Anglian glaciation）时期，现在北海的北部