“和平共处”，“直接过渡”到社会主义；用发展经济和文化、互助合作来消灭边疆民族的落后和贫困。其意见为中共云南省委所采纳。1954年上半年，马曜倡议的“直接过渡”意见，得到了时任中共中央主席刘少奇，中共中央秘书长邓小平的同意，并责成云南省政府实施。文化大革命时期马曜被关进牛棚。1972年，出任云南大学历史系教授,并创办了以研究民族问题为主要特色而闻名中国的《思想战线》杂志。1973年，担任主编编写的《云南各族古代史略》，突出了古代云南各族人民对维护祖国统一的作用。1975年，任《思想战线》主编