太平兴国中期，转运使杨克让开始将其作为孔庙。明洪武七年（1374年）建大成殿与明伦堂，永乐四年（1406年）以学厅为乡贤祠，成化十三年（1477年）大修庙学，凿泮池，并于池上修桥，弘治初年，改作棂星门，以石料代替木材，嘉靖十一年（1532年）称先师庙。清康熙十一年（1672年）大修庙学、棂星门。历史上文庙三次遭到火焚。咸丰元年（1851年）八月初三，福州文庙遭火灾被毁后，于是年十二月至次年六月重建为现今的文庙。抗战时期日军进占福州后，曾闯入文庙，在大殿操练。1949年，文庙被改为福州市大根第一中心小学，将两