他控制厂卫特务机构，爪牙遍及各地，实行血腥镇压。他又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害，朝野忠良尽去，边防将帅或贬或死，如熊廷弼被下狱问斩，不只是因为辽东失守，也是由于魏忠贤的陷害，最后以“坐赃行贿”罪遇害。天启六年，魏忠贤又逼死了高攀龙、杀害了周宗建、黄尊素、李应升等东林七贤，东林书院被全部拆毁，讲学亦告中止。东林党在北京朝廷中显露了的势力几被消灭殆尽，时东林“累累相接，骈首就诛”，但东林党根基深厚，势力仍在，并且东林党南方的力量几乎未被触动，这也是日后崇祯登基后东林党反扑的力量来源。明思宗继位后，对东