要守母丧而没有就任，不过他就在隆安五年（401年）服丧期间获任命为建威将军、山阴令，这次他也没有就任。孙恩之乱时，北府将领刘裕领兵镇压，故此多次来到会稽，而孔靖当时就奉迎礼待他，给了他很丰厚的礼品物资。后来一次，刘裕再因孙恩作乱而到会稽，他眼见朝中主政的桓玄簒夺野心已经显露，遂计划在山阴县起兵。孔靖认为山阴县离建康远，桓玄还没有登极，反建议刘裕等到桓玄正式做了簒夺之事，罪恶已多之时才在京口起兵，认为成事的机会很高。刘裕亦听从孔靖的意见。元兴三年（404年），刘裕于京口起兵讨时已篡位称帝的桓玄，果然获得成