站房依存在高架站场下的地面，只设一层，售票厅、候车大厅及出站口均设在这一层，并设有多道扶梯及电梯连接站台。根据铁道第四勘察设计院于2008年12月发布的资料，深圳坪山站将设有6个高速铁路地面站台、南北两个候车厅、南北车站广场，并于南广场地底设置深圳地铁16号线岛式车站站台。（时称深圳地铁12号线）
车站命名.本站原称深圳东站，由于此名称改由布吉站使用，故深圳市政府有意将此站更名为深圳新城站。最终铁路部门定名为「深圳坪山站」。而在坪山区的道路指示牌及公交系统中，称本车站为「坪山火