配合政府执行「东砂西（北）运」政策，纾解北部地区砂石短缺的问题，但近年来由于邻近的位于秀林乡和平村的和平水泥专用港开始营运，花莲港的运量则开始略有衰退。在2001年与日本石垣港缔结为姊妹港。2012年3月1日随者台湾港务公司成立，花莲港务局改制为台湾港务公司花莲港务分公司。2017年11月11日迎接自开港以来最大的邮轮「海洋赞礼号」进港。<br>因丽娜轮每周仅两班次，且单程仅能载运700余人，难以应付日增旅客之需求，因此在港务局的推动下，蓝鹊轮花莲往返苏澳将于2019年9月正式启航。