环境状况下两者是有异曲同工之妙。因此，总体基因体取样的环境状况的资料在比较分析上是尤其重要的，当它提供研究者有能力去研究栖地对于群落结构和功能的影响。
应用.总体基因体学有潜力推动各种领域的知识。它也可以应用到解决在医药、工程，农业，可持续发展，与生态学的实际挑战。
医学.微生物群落在维护人类健康方面有很大的作用，但其组成和机制仍然是不清楚。例如美国国立卫生研究院 在2007启动人体微生物计画，这计画一开始最主要的目的是调查是否有人体微生物的存在、了解人体