被孙中山留做助手。后经蔡元培、李石曾商议，孙中山答应仅暂时借调谭熙鸿，北京大学于1920 年4 月24 日向谭熙鸿发放了讲师聘书（当时北京大学的惯例是，专任为教授，兼任为讲师），后经蔡元培说服，孙中山同意谭熙鸿赴北京大学任教。同年7月23日，谭熙鸿和李大钊同批获聘为北京大学教授。起初谭熙鸿在北京大学哲学系讲授进化哲学及法文，并兼任校长室秘书，不久当选国立北京八校教职员联谊会副主席（主席马叙伦）。其后他创办了北京大学生物学系并兼任首任系主任。1921年，他和李大钊、马叙伦等领导北京国立八高校展开索薪运动