印发“八五”期间军队体制编制精简整编总体方案》，取消兵团级建制，新疆军区由兵团级单位降为正军级单位，南疆军区降为副军级单位。1998年10月，在第9次精简整编中，新疆军区级别调整为副大军区级，南疆军区恢复为正军级。2016年2月，新疆军区转隶中国人民解放军陆军，由陆军总部直接领导。
编制.2015年深化国防和军队改革前，新疆军区辖炮兵第十三师、高炮旅、工兵第九团（驻乌鲁木齐）、独立第一团（驻乌鲁木齐）、独立第二团（南疆）、摩托化步兵第四师（69220部队，驻阿克苏库车）、机械化