体制内所称的的行政机关，一般是指《国家行政组织法》中「国家的行政机关」规定的省及其外局（委员会、厅），以及《内阁府设置法》中规定的内阁府及其外局（委员会、厅）。内阁府是为了强化内阁的功能而设置的比各省更高一级的行政机关。另外一种定义，则是直接指以内阁总理大臣（首相）为首的内阁府，和以各国务大臣为首的总务省、法务省、外务省、财务省、文部科学省、厚生劳动省、农林水产省、经济产业省、国土交通省、环境省、防卫省、国家公安委员会（警察厅）等1府12省厅。此外，日本的国家行政机关在原则上皆属于内阁，仅有会计检查