行为.小头鼠海豚在野外的纪录很少。牠们活动及觅食都在靠近陆地的浅海区域，但却很怕羞，避免与船只接触。牠们会以缓慢的速度到水面唿吸，接着很快就会下潜消失。牠们的叫声像鼠海豚。
食性.小头鼠海豚主要吃的17个物种，大致分为底栖及深海的。牠们似乎不怎么选择，主要吃细小的鱼类及鱿鱼。
群族.小头鼠海豚是独居或以小群生活，成员通常只有1-3条，最多可达8-10条。
繁殖.小头鼠海豚很多时会在春天产子，妊娠期约10-1