买藏人来提防西藏暗中独立，一度让流亡政府深恶痛绝。流亡议会曾决议禁止喇嘛来台湾传教。1969年，台湾延揽了几位流亡政府官员成立「噶伦办事处」，使得台湾与达赖喇嘛之间的关系绝裂。1985年，达赖喇嘛在美国提出与台湾往来的基本主张。1994年5月，中华民国蒙藏委员会张骏逸在印度班加罗尔与四水六岗卫藏志愿军签订协议，引起西藏流亡政府与议会的强烈谴责，认为民间组织无权签署类似文件，四水六岗卫藏志愿军因此分裂为两派。流亡政府内亲中华民国的嘉乐顿珠随即去职。1995年起，台湾海外学生社团与国际声援西藏社团结