台湾省行政长官公署行政长官陈仪的抱怨，促使魏德迈将美军联络组的职务严格限制于遣送日军的纯粹军事任务。在1946年4月1日，美军联络组完成遣送在台日军的任务，撤离台湾。
编制改组.1946年3月19日美国撤销“驻华美军司令部”，在南京市黄埔路4号另设“美国军事顾问团”，总部设在南京，上海设有办事处，在北平、成都、杭州和台北各派有小型联络处。按照中华民国国防部组织架构为对象配备，国防部各司、厅、局、处及陆军总司令部、海军总司令部、空军总司令部、联合勤务总司令部及宪兵司令部，美军顾问团都派