同伴授予对秘鲁原住民群体几乎无限的权力，从而形成了殖民地的土地保有权结构。现在秘鲁原住民被预期要为其地主饲养旧大陆的牛、家禽和农作物。一旦抵抗，就会受到严厉惩罚，这产生了“”。要巩固西班牙在这些领土的王室权威，皇家审问院创立了。次年，1542年，秘鲁总督辖区（Virreinato del Perú）成立了，统治了西班牙的南美大部分地区（哥伦比亚、厄瓜多尔、巴拿马和委内瑞拉在1717年被划出成为新格拉纳达总督辖区（Virreinato de Nueva Granada）；阿根廷、玻利维亚、巴拉圭和乌拉圭在