在神圣罗马帝国时期，继布拉格查理大学（1348）、维也纳大学（1365）、海德堡大学（1386）之后成立的第四所大学，拉丁文写作“Universitas Studii Coloniensis”。与其它大学不同，科隆大学并非由国王或侯爵创建，而是由作为帝国自由城市的科隆市政府发起，于1388年5月21日经教宗乌尔班六世在佩鲁贾签字同意。其后长期作为神圣罗马帝国的重要教育中心。法国大革命后，法国军队于1794年占领科隆市。拿破仑将莱茵河畔部分地区归入法国鲁尔省（Département de la Roer）