加登则继续归属巴伐利亚，这个局面一直延续到了今天。1850年萨尔茨堡脱离林茨的管辖获得自治权，1919年举行了第一次民主选举。
纳粹德国时期和第二次世界大战.在纳粹德国的统治下，1938年4月30日纳粹分子在萨尔茨堡焚书和逮捕犹太人和不同政见者，同年11月9日“水晶之夜”萨尔茨堡的犹太教堂被毁。1942年纳粹德国在萨尔茨堡市内建立了战俘集中营，1943年市内山丘上建起了防空洞。1944年至1945年美国空军在总共15次空袭中摧毁或损坏了萨尔茨堡46%的建筑，7600间民房被毁，14