各党派和政治领袖对此意见不一，主战、主和与公开支持叛乱的皆有之。在此情况下，苏加诺只能依靠军队的力量镇压叛乱。经过激烈战斗，1958年5月5日陆军攻陷“革命政府”所在地武吉丁宜，6月26日收复万鸦老，叛乱乃平。叛乱造成大量人员伤亡和财产损失，同时由于美国、马来亚联合邦、菲律宾、澳大利亚和台湾的中华民国都对叛乱集团表示同情或支持，导致印尼与这些国家的关系恶化。1958年8月，朱安达政府宣布取缔中国国民党在印尼的组织，陆军还没收了一些国民党人在印尼开办的企业和报纸。
《朱安达宣言》及