1995年12月，作为国务院特派专员，赴西藏参与主持第十一世班禅的金瓶掣签和坐床大典。第八世阿嘉唿图克图阿嘉·洛桑图旦·久美嘉措（阿嘉仁波切）于其自传《顺水逆风》（Surviving the Dragon）中揭露中共当局逮捕十四世达赖喇嘛所认定第十世班禅额尔德尼的转世灵童更登确吉尼玛后，在另行举办「金瓶掣签」时「从拉萨宾馆到大昭寺的路上，沿路两边都是全副武装的武警，头上戴钢盔，手上拿着枪。到了大昭寺，里头坐得满满的，但很多都是不认识的人，估计都是便衣员警。」以提防藏传佛教的高僧及情势失控。叶小文亲口承认如