34%-51%的遗传因素表明他们可能会患偏头痛。比起无先兆偏头痛，这种遗传关系在有先兆偏头痛中表现得更为明显。一系列特殊的基因变异更是逐渐的增加了患病风险。单基因病导致的偏头痛尚属罕见。其中之一就是家族性偏瘫型偏头痛，这是一种有先兆偏头痛，属于常染色体显性遗传现象。这种生理失调的情况与离子转移中导致的蛋白质基因编码变异相关联。另一种导致偏头痛的基因失调是CADASIL综合症，或伴皮质下梗死及白质脑病常染色体显性遗传性脑动脉病。
触发.偏头痛还可能是触发引起的，有些人指出很少出现