按重熙十年七月诏令“诸职官私取官物者，以正盗论”。辽道宗大怒，杖责萧朮哲并免官。朮哲被重新起用为昭德军节度使，召还为北院宣徽使。清宁九年（1063年），复为西北面招讨使。训练士卒，增修军械，号令严整，威行诸部，边境安静。清宁十年（1064年），入朝封柳城郡王。咸雍二年（1066年），拜北府宰相。后为北院枢密使耶律乙辛记恨。太康三年（1077年），护卫萧忽古诬告他计划杀害耶律乙辛。调査无果，但是他的宰相被免，左迁屯驻顺义军。死于顺义军任上。后追封晋宋梁三国王。侄子萧药师奴。