寺的医药僧院内设立“事部”（佛教密乘四序部之一）。他常为僧人授戒，传授密法，讲解教义。桑吉嘉木苏还主持了南寺第六世葛根（第六世达克布活佛）的确认、迎请、坐床，以及赴西藏由十三世达赖授比丘戒等活动。南寺历代有两位寺主活佛，即达克布活佛（南寺葛根）、迭斯尔德活佛（喇嘛坦），其中喇嘛坦的地位次于葛根。但是，桑吉嘉木苏作为第五世喇嘛坦，在数十年内一直是独自专权。这是因为桑吉嘉木苏的学问及声望远超第六世葛根，而且第六世葛根是其徒弟。后来，第六世葛根曾在一些人的挑唆下，冒犯桑吉嘉木苏，嗣后第六世葛根自南寺出走未归。