入台南市长荣中学初中部。升高中时因兄长就读台南一中，遂考入台南一中。在决定大学科系时，原本对政治系有兴趣，但受到父亲影响决定唸法律系，1952年进入台湾大学法律系。在台北唸大学时，高育仁即时常在台北火车站目睹因「叛乱」而被枪决的名单。也上过彭明敏跟殷海光的课。台大毕业后，高育仁服役时担任军法官，也考上司法官。高育仁在军队中加入国民党。之后高育仁于1961年出任台湾新竹地方法院推事，并通过公务人员高考司法官及外交官考试及格。在被外交部借调时担任条约司国际关系科科员，1962年离职。1964年，高育仁在