久3年（1863年）迁任备中守。庆应2年（1866年），直彬对被幕府处分的副岛种臣给予了庇护。在1868年的戊辰战争中，直彬对明治新政府持恭顺的态度。1869年版籍奉还后担任鹿岛藩知事，1871年7月废藩置县后被免职，迁居东京。1872年8月奉命前往美国考察；次年担任一职，成为明治天皇的亲信。在1877年西南战争之际曾随天皇前往京都。1878年担任宫内御用挂、文学御用挂。1879年4月，日本在琉球藩旧地设置沖绳县，锅岛直彬担任第一任县令。在沖绳县令任上，锅岛直彬让佐贺县（当时属长崎县）出身的30余名