尔柱在中亚河中地区的统治，使帝国的疆域达到极致。
暗杀、分裂、十字军.尽管塞尔柱帝国扩张迅速，由于突厥游牧民本身行政人才的缺乏，使帝国必须仰赖大量原住民管理被征服地。以宰相尼札姆·穆勒克为首，帝国的军政要职大多由波斯人把持，「伊克塔」制的推行侧面象征突厥人缺乏管理领地行政的意愿。另外，由于宗教政策的缘故，波斯人与伊斯玛仪派的关系也持续恶化，阿萨辛等极端派系也随之出现。1092年底，马立克沙一世与尼札姆的政争爆发，多方政治、宗教势力介入之下，两人在不到一个月的时间内接连被刺杀。权