部分的饲养者也会蓄意将其混种，希望培育出新的毛色。事实上，这是非常不被鼓励的行为，首先，短尾仓鼠身型较小，母鼠怀有坎贝尔仓鼠时经常会发生胎儿太大导致难产发生，再者混种的仓鼠往往会有很多健康上的问题，短尾仓鼠有很严重的糖尿病问题，坎贝尔侏儒仓鼠也有高比例青光眼的问题，混种的仓鼠往往同时带有这两种疾病且比例相当高。而且混种会造成纯种物种保存上的问题。