4月，被任命为中共南川县委副书记，聂卫国由此进入政界；仅3个月后，既攫升四川省涪陵地区行署副专员。此后，历任四川省涪陵地委副书记、行署专员，涪陵市委副书记、市长等职。1997年，涪陵划归新成立的重庆直辖市，聂卫国出任重庆市涪陵市委书记；在涪陵成为重庆的市辖区后，即担任涪陵区委书记、兼区政协主席；2001年1月，出任中共重庆市委常委，兼万州移民开发区党工委书记、万州区委书记；2002年5月，升任中共重庆市委副书记。2005年3月，调任中共新疆维吾尔自治区党委副书记，新疆生产建设兵团政委，中国新建集团公司董事长