为了夺回权力，返回近江并与六角氏连结，向浅井贤政（后来的长政）举兵，不过失败，完全失去在近江仅存的支配权。永禄8年（1565年），在义辉于永禄之变中被暗杀后，尽力拥立义辉的弟弟义昭。不过在义昭与织田信长对立后，自身在近江隐居，并令儿子小法师（后来的京极高次）成为信长的人质。小法师在元服后，仕于信长。天正9年（1581年），与妻子一同在安土城，接受（Organtino Gnecchi Soldo）的洗礼，成为基督徒，在数日后死去。因为突然死去，当时的人流传是因为佛罚而死。