用和解雇了13位主教练，但球队的成绩始终未见起色。1954-55赛季，拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返南部高级联赛，并且获得了球队历史上的第一次德国杯冠军，在决赛中，他们以1:0击败了杜塞尔多夫。1950年代末，拜仁陷入严重的财政危机，濒临破产。来自诺伊斯的企业家、同时也是拜仁的狂热球迷罗兰·恩德勒（）在此时出手相助，为俱乐部注入了必要的资金，作为回报，恩德勒也获得了4年的俱乐部掌控权。1963年，德国的5个高级联赛被整合为一个全新的德国足球甲级联赛（德甲），其中南部高级联赛将会有5支球队入围