入京，继而授刑部尚书，知贡举，但再次与史弥远发生冲突，遂获准以敷文阁学士再次出任赣州知府，旋辞官回乡赋闲8年。绍定六年（1233年）史弥远去世，次年，宋理宗召邹应龙以敷文阁学士提举玉隆万寿宫奉祠，端平二年（1235年），升邹应龙为礼部尚书兼侍读学士。嘉熙元年（1237年），邹应龙进为端明殿学士，签书枢密院事、参知政事，后又被授予资政殿学士、知庆元府兼沿海制置使，邹应龙以年老为由推辞并引退回乡。淳祐四年（1244年）病逝。
身后.赠太子少保，谥文靖。