宁（今叙永）宣抚使奢崇明反，次年攻打成都。林宰与布政使朱燮元、周着，巡按薛敷政分守四门，并又密召石砫土司秦良玉提兵来救，解成都之围。朱燮元因功升巡抚，林宰升布政使。不久，升太仆寺卿、南京兵部左侍郎，以父母年老，上疏请求归养。天启五年（1625年），魏忠贤捕杀东林党人，毁天下书院，发现林宰曾为东林书院撰写碑记，削其职。崇祯元年（1628年）恢复。隆武元年（1645年），起林宰为兵部尚书，因已近九旬，未赴任。清康熙初卒于家，享寿94岁。
着作.着作有《重修东林书院记》、《兴建浔