返回重庆，参加干部学校的毕业典礼，并被推选为负责献剑给蒋中正的全体师生代表。战争结束后，潘振球奉命返回江苏参与重建工作。1948年，受命担任国防部特设杭州青年中学的校长。1949年2月，潘振球改任国防部预备干部训练团第一总队少将副总队长，移驻至福建漳州龙溪县。同年6月，其辞去副总队长搭乘军舰抵达高雄。
在台生涯.1949年7月，就职台中第二中学校长。1950年7月，调为台北成功中学校长，任内提出「爱国家、求进步」的口号，并推动军训与童子军教育。1956年6月，奉令筹设台湾省训练团；