被废、家族族诛，聚乐第遭废城，伏见城取代聚乐第成为丰臣政权新的统治中心。但是在1596年，发生伏见大地震，原本的伏见城被震毁，于是在桃山（今木幡山）建造新的城池。1598年，丰臣政权第三代统治者丰臣秀赖将居城从伏见城迁往大坂城，统治中心也随之转移至大坂城。1600年，伏见城被宇喜多秀家为总大将的西军包围，城代鸟居元忠带领下固守笼城，但是最后城内甲贺众因妻小留在近江水口冈山城，而被身为五奉行的城主长束正家捉至伏见城下，甲贺众因而作为内应放火烧城。
江户时代.在1601年，德川家康