（1895年）8月21日，日军佔用双忠庙，据说当时住在他处的日军大多生病，只有住在双忠庙里的日军都安然无恙，使得双忠庙信徒大增。明治卅九年（西元1906年），双忠庙附近的诸罗天妃宫（光彩街与忠孝路口一带）毁于地震，之后并未重建。后来天妃宫神像大多移往嘉义城隍庙，但有一尊开基妈祖与石香炉被安置在双忠庙内。到了明治四十二年（1909年），双忠庙被日本曹洞宗佔用作为嘉义佈道所长达15年，后来由信徒提起诉讼讨回。之后双忠庙在皇民化时期的昭和十三年（1939年）遭到被拆毁，并被没收庙产，神像等物被移往嘉义城隍庙仓库。