社会情势紧张，他便用影像故事诠释90年代台海关系一触即发的时代氛围。《摃在那儿》获得第19届金穗奖最佳实验录影带。2000年，萧雅全执导首部电影长片《命带追逐》("Mirror Image")，获得第3届台北电影节年度导演新人奖，于次年入选坎城影展导演双週。美国《综艺》杂志（Varity）曾以「另类、不落俗套」评论此片。2010年，他编导的第二部长片《第36个故事》（"Taipei Exchanges"）获得第12届台北电影节观众票选奖。2011年，萧雅全受台北金马影展执行委员会之邀，联合创作电影《"1