13年的统计，有超过300名菲律宾人在南苏丹工作。2012年1月13日，菲律宾海外就业署以南苏丹琼莱州的族裔暴力升级为由，禁止菲律宾工人往南苏丹就业。两个月后的3月22日，随着南苏丹局势的改善，菲方取消了相关禁令 。2013年12月24日，该署因南苏丹内战爆发而恢复对菲律宾劳工去南苏丹工作的禁令。2015年10月21日，该署根据外交部的建议放宽禁令，允许国际组织的菲律宾人员返回南苏丹，条件是当地雇主要负责菲律宾雇员的撤离工作。该禁令特别放宽予为日本对外实施政府开发援助（ODA）的主要执行机构之一独立行政