体衍射图样实际上是晶体中所有原子的电子对X射线衍射的叠加，而现实中并不存在可以聚焦X射线的透镜，通过对衍射结果（用结构因子来表示）进行反傅立叶变换，才可以获得晶体中电子密度的分布。而结构因子是与波动方程相关的，计算结构因子需要获得波动方程中的三个参数，即振幅、频率和相位。振幅可以通过每个衍射点的强度直接计算获得，频率也是已知的，但相位无法从衍射数据中直接获得，因此就产生了晶体结构解析中的“相位问题（phase problem）”。有几种解决相位问题的方法，其中分子置换法、同晶置换法和反常散射法常用于解析