安排与《基本法》有否互相牴触，常委会作的决定是具有最高法律效力的，「一言九鼎」，是不容质疑的。另外，他又指安排没有违反《基本法》第18条即「全国性法律不在特区实施」的规定，而西九龙站是「视为处于内地」，可实施内地法律及执法。2018年1月，李飞在出席澳门一个专题讲座时指全国人大常委会有关香港西九龙站实施一地两检的决定，是全国人大及其常委会行使宪法规定权力的生动例子，并说过去内地社会主义制度政策不轻易放到特区实行，但如确实对特区和一国两制发展有好处，全国人大及其常委会作为国家最高权力机关便可依照其法定地位