。埃奇欧其后以市内台伯河上的小岛台伯岛为基地，联结市内妓女、盗贼及佣兵势力，招揽反抗教廷的市民加入刺客兄弟会，解放教宗势力控制下的罗马。在盟友协助下，埃奇欧得知切萨雷的财政管理由其兄长胡安·波吉亚（Juan Borgia）负责，军事上借助法国瓦卢瓦公爵路易十二的力量以及发明家达文西之战争机器以征服义大利。于是逐一刺杀胡安以及瓦卢瓦公爵。把切萨雷的财源和军队断绝，以及把达文西所发明的战争机器毁灭后，埃奇欧于1503年潜进梵蒂冈圣天使堡与教宗对质时得知「伊甸碎片」已落入教宗手上，而教宗因不满其子无穷的野心（