大学与疾病控制与预防中心以及国家公共卫生研究所国际协会合作的五年数百万基金项目，其目标是提高低收入国家对卫生威胁的准备和反应。埃默里大学全球水安全与疾病控制和预防中心合作应用研究、估价和训练来通过改善获得干净的水、排污和卫生促进全球卫生平等。由比尔及梅琳达·盖茨基金会资助的埃默里大学全球卫生研究所与疾病控制和预防中心合作来提高低资源国家的公共卫生基础设施。2003年严重急性唿吸系统综合症爆发后疾病控制和预防中心设立了埃默里大学附属医院隔离单位和检疫站。埃默里大学的隔离和治疗设施在2004年美国埃博拉病毒爆发