国特务批斗，遭到残酷迫害。后来，周寿宪被送到江西鲤鱼洲清华大学五七干校劳动。当时，他已因受到迫害而患精神病，但连队的军宣队员说他是装的，仍经常批判他，其中有的人还殴打和辱骂他。后来，周寿宪病情加重，农场不得不将其送回北京清华大学。回北京后，当时积极跟随四人帮的凌瑞骥在周寿宪第一次试图自杀被抢救后，还当面诬陷他假自杀，逼着周寿宪再次自杀。不久，1976年5月30日周寿宪在家中上吊自杀身亡。之后，北京清华大学计算机系在系史中数次错误的记录了1956年当时没有任何计算机专业知识背景的清华大学教务处生产实习科科长凌