加宁都暴动后加入中国工农红军，在红五军团担任十五军军医处长，参加赣州、龙岩、漳州、水口等战役。1932年6月，加入中国共产党。1933年8月，姬鹏飞调任红五军团卫生部部长，参加了长征。途中调任中央军委卫生部保健局副局长，之后改任红一军团卫生部卫生主任。到陕北后，任军委后方卫生部部长。
抗日战争时期.抗战爆发后，任中央军委卫生部副部长，后在中共中央党校、抗大和马列学院学习。1938年冬，姬鹏飞调任新四军后方政治处主任兼军医处政治协理员。1940年10月，任新四军苏北第一纵队政治部主任