中央的御史台、兼具京官和地方官身份的司隶校尉与地方的州刺史。光武帝同时设立中常侍等宦官职务。一系列的措施大力削弱的三公的权力，尚书则权高位低，同时也为之后的宦官乱政埋下隐忧。汉献帝建安十三年，曹操掌控下的朝政下令废除三公制，恢复汉初旧制，复设丞相，由曹操出任，军国大事一由丞相统任。
行政区划.西汉初，刘邦封异姓王七人。但由于对功臣的猜忌，不久又相继削除，同时大封同姓诸侯，这些王国「大者或五六郡，连城数十，置百官宫观，谮于天子」。地方王国势力的强大导致中央政府所实际控制的区域萎缩