随着（1465－1508年），慕尼黑于1506年成为整个上巴伐利亚和下巴伐利亚的首都。在接下来的时期，市民的影响力持续下降，于是由维特尔斯巴赫家族决定了城市此后的发展。在威廉四世（1508－1550年）和（1550－1579年）统治期间，慕尼黑成为文艺复兴和反宗教改革的中心。（1579－1597年）于1589年创立了宫廷啤酒厂，并为耶稣会建造了圣弥额尔堂和。最早期的“”是由和于1572年绘制。在大约1570年，便能够用菩提树木制成城市模型，它与当时四个下辖市（施特劳宾、兰茨胡特、因戈尔施塔特和布格豪森）