辖市之行政首长均为中央派任，而上级政府侵夺下级政府权限的情形也时常发生。为贯彻地方制度法治化，立法院于1994年制定《省县自治法》及《直辖市自治法》，同时废止其他以行政命令制定之地方自治法律，正式建立起地方自治之法制体系；台湾省省长、台北市市长、高雄市市长于同年底首次由民选产生。同时1997年修宪后也规定，地方自治法源另订。1998年，配合修宪实施省虚级化，省丧失地方自治团体的地位，省政府转型为中央派出机关。为整体规范地方制度基本法律，立法院于1999年制定《》取代《省县自治法》和《直辖市自治法》。