日博物馆、普希金博物馆、沙皇村等地的藏品被运到新西伯利亚歌剧芭蕾舞剧院秘密保存。其中，特列季亚科夫画廊的全部藏品都被运到了这座剧院。此外，国家收藏的安东尼奥·斯特拉迪瓦里、尼古拉·阿玛蒂、等大师制作的珍贵乐器也转移至此。战争期间，剧院演出不多。当时列宁格勒爱乐乐团被疏散至新西伯利亚，剧院主要供乐团举办音乐会。叶夫根尼·亚历山德罗维奇·姆拉温斯基指挥乐团演出了五百多场，观众超过四十万人次，其中超过240场通过广播向外界直播。1942年，苏联政府下令剧院继续建设。1944年，第二次世界大战临近尾声，剧院秘密保管