王府右三统军。参加了李世民的历次征战，每战必先，常于万军之中取敌将首级。武德四年（621年），在与王世充、窦建德的大决战中，率领骑兵突击队冲入窦军阵营，立下了关键的战功，进封翼国公，赐黄金百斤、帛七千段。武德九年（626年），《旧唐书》说秦琼参与玄武门之变，事后被封为左武卫大将军，食益州实封七百户。秦琼晚年因历次作战负伤太多而疾病缠身，常对人说：“吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？”贞观十二年（638年）去世，谥号：壮，追赠徐州都督，陪葬昭陵，唐太宗在他墓地内立石人石