王克敏在北平成立中华民国临时政府。朱深参加该政府，任法制总长。翌年9月，他任中华民国政府联合委员会常务委员。1939年（民国28年），他兼任华北电业会社社长。1940年（民国29年）3月，汪精卫的南京国民政府合流。朱深任中国国民党中央执监委员、华北政务委员会常务委员兼政务厅厅长、中央政治委员会委员。1943年（民国32年）2月，他升任华北政务委员会委员长，兼任剿共委员会委员长等职。1943年7月2日，他在北京病逝。享年65嵗。