事情不成功就佔据东府，司马申赶快传召右卫萧摩诃率兵来到杀死陈叔陵，进入城中没收陈叔陵府库，陈后主十分嘉奖他，因功获授太子左卫率，封文招县伯，食邑四百户，兼任中书通事舍人。很快迁为右卫将军，加通直散骑常侍。其后他因病回家，加散骑常侍，仍然为右卫、舍人。至德四年（586年）去世，陈后主很伤心，追赠为文招县侯，增邑到五百户，谥忠；又给与一套朝服，一袭衣服，并协助丧事。陈后主又为他写下墓志铭，内容悲伤凄切，可见他十分宠幸司马申。司马申侍奉南陈三朝皇帝，掌管机密，军国大事都能立刻判断；但他也因此作威作福。他个