多尔衮在武英殿办公。顺治元年至顺治十四年，重建了午门、天安门、外朝前三殿，将位育宫恢复为建极殿，改名为保和殿；又整修内廷、东路、和西路的建筑。康熙六年重建端门。康熙二十二年（1683年），开始部分重建紫禁城其余被毁建筑。雍正十三年（1735年），清高宗（干隆帝）即位，此后六十年间对紫禁城大规模增建和改建。嘉庆十八年（1813年），天理教徒林清率教众攻打紫禁城。光绪十四年（1886年）太和门护军值班室发生火灾，由于救火设施不完善，大火烧了两天，贞度门、太和门、昭德殿被焚。此次损坏直到光绪二十年才修复完毕。