马英九连选连任；而民进党方面，此时已经进行党政同步，由陈水扁兼任党主席，民进党中央一直找寻不到选将，最后高层推出行政院秘书长、曾任驻美副代表及台北县区域立法委员的李应元出战。在选战中，李应元的光芒被陈水扁盖过，每每也多是由民进党中央出手，被视为陈水扁向马英九的复仇战，变成「扁马对决」。虽然民进党不断向马英九攻击，马英九的温和形象吸引不少中间或浅绿选民。马英九的选战策略由他自己策划，国民党主席连战在这次选战中配合马英九的策略及步伐。最终马英九成功吸收浅绿选民而成长十多万票，最后得到八十七万票大胜李应元所得到的