少许几个世代之后，产生的小尺度等位基因频率改变，其变异程度为物种或物种以下。此变异可能会经过一些过程：突变、天择、基因流、基因漂变以及非随机交配。群体遗传学研究微演化的数学结构；生态遗传学则从野生世界中观察微演化。微演化是一般能观察到的演化现象，例如细菌的抗药性。