九龙红磡站的城际客运服务（又称直通车），服务路线包括广东线、上海线及北京线。目前每天有9对（18班）广九直通车运行，车次为Z801～Z812、Z814～Z819（广州东—香港红磡，其中8对停靠常平站）而来往香港红磡—北京（Z97/Z98次），和香港红磡—上海（Z99/Z100次）的直通车则隔日开行。直通车的旅客在始发站办理出境手续后即可乘坐列车直达目的地才办理当地入境手续，中途无需下车。广九直通车车票在港铁的城际直通车网站上发售，但需在指定取票点取票，亦可在广州东站或香港红磡站现场购买；京九、沪九直通车仅能