先是成为辽朝（契丹）的藩属国，后成为西辽的附属国。西辽派一位沙黑纳（太师僧少监）监督政事，这位少监不断逼迫畏兀儿，国王巴而朮·阿儿忒·的斤在1209年袭杀少监，叛离西辽，投降成吉思汗。他因此成为成吉思汗的第五子。畏兀儿是第一个和平併入蒙古的定居国家，对蒙古帝国的架构大有影响，他们是帝国的出色管理者。元朝与察合台汗国及窝阔台汗国交战时，畏兀儿人首当其冲，受到重大破坏。吐鲁番被察合台汗国攻陷，亦都护带着大量部众迁居元朝境内。元末开始，畏兀儿之地渐渐被伊斯兰化的东察合台汗国佔领，以王族亦都护家族爲代表的拒绝伊