战役中，日本军队对中国军人和平民也使用过细菌武器，造成霍乱、炭疽病、鼠疫等疾病流行，使大约40万中国平民丧生。已知可被用于战争的疾病包括炭疽病、埃博拉、马尔堡病毒、鼠疫、霍乱、斑疹伤寒、落矶山斑点热、兔热病、布鲁氏菌病、Q型流感、玻利维亚出血热、、马鼻疽、类鼻疽、志贺氏菌、鹦鹉热、流行性乙型脑炎、裂谷热、黄热病和天花等。