。南直隶不同于一般承宣布政使司，其本身不属于行政区，范围内的十八府州由南京六部直接统领和管辖。
下辖州府.
应天府.上元县、江宁县、句容县、溧阳县、溧水县、高淳县、江浦县、六合县
凤阳府.凤阳县、临淮县、怀远县、定远县、五河县、虹县、寿州（领霍丘县、蒙城县）、泗州（领盱眙县、天长县）、宿州（领灵璧县）、颍州（领颍上县、太和县）、亳州
苏州府.吴县、长洲县、吴江县、昆山县、常熟县、嘉定县、太仓州（领崇明县）Se