牙人、汉人或大清帝国一样，又是新的外来势力，抱持着观望的态度。但这次跟以往不同，日本人比其其他政权，更有制度、效率及决心，要将他们纳入现代国家体制管理。至1901年，台湾总督府大规模推进隘勇线入侵原住民传统领域，始与各族爆发战争。北部在1902年与赛德克族发生人止关战役，1908年对太鲁阁族发动太鲁阁战役，1910年对泰雅族卡奥湾群发动卡奥湾战役，1910年对泰雅族司加耶武群发动司加耶武战役，1913年对泰雅族霞喀罗群发动霞喀罗战役。1914年对太鲁阁族发动太鲁阁战争。南部则发动了长达十九年针对的布农族