八年（1651年），清朝顺治帝派大臣赴西藏敦请藏传佛教格鲁派（俗称“黄教”）首领五世达赖赴北京会晤。随后，顺治帝下令在东黄寺旁边兴建西黄寺。光绪朝《顺天府志》载，“顺治九年，以逹赖喇嘛综理黄教肇建兹寺。”所以该寺又称“逹赖喇嘛庙”、“逹赖庙”。该寺是在辽金时期创建的佛教寺院“彚宗梵宇”的原有基址上修建起来，为“诏仿西藏布达拉式建此”，寺内还建有“达赖楼”。也有史料称，该寺原是清朝为迎请四世班禅而建，但四世班禅因年事已高而无法赴北京，清朝遂请五世达赖赴北京，该寺也就用于接待五世达赖了。顺治九年三月初七日（