流更会把垃圾、重金属、油份、农药和化肥等污染物输送至溪流内。奥索溪是流域内最严重的污染源。根据《洛杉矶时报》的一篇报导，一名南加州的环保主义者为了取回意外掉落至上奥索溪水库的舷外引擎，而前后花了三天时间潜进该水库，后来他表示自己的皮肤因过敏而引起荨麻疹及疖肿，胆囊也出现问题，并在两年半内前后接受了六次手术。另外，圣胡安溪流域的平均梯度为29%，除了会影响鱼类及其他河流生物的迁移外，还把阿罗约特拉布科上游的水生环境与圣胡安溪流域的其余部分分隔开来。
地理.圣胡安溪流域与复杂的断层