《四部医典》基本理论的核心是认为人体内有三大因素：隆（，）、赤巴（，）、培根（，）。隆对应风，性寒，主气；赤巴对应火，性热，主肝胆；培根对应水和土，性黏湿，主痰液。这三种因素的平衡与否就会影响人体的健康状况。在诊断方面，采用望、闻、触三种办法，其中包涵脉诊和尿诊。在治疗方法上，首先调节饮食和起居，然后再采用药物治疗和外治法（放血、艾灸、药浴等）。《四部医典》特别在胚胎学方面达到了非常高的水平，将人体胚胎发育过程以週为单位进行精密的分析，其成果在同时期世界各医疗体系中处于领先水平。