过程中大败，此为庚戌之变。由于世宗时期明朝宣布海禁，由日本浪人与中国海盗组成的倭寇与沿海居民合作走私，先并且后袭扰山东、浙江、福建与广东等地区。朱纨、张经等将领受明廷干扰而未能平定倭寇。而后兵部尚书胡宗宪署理浙江巡抚兼浙直总督全力剿倭，招抚浙江势力最强的汪直（后被明廷杀害）。戚继光与俞大猷平定浙闽粤等地的倭寇，为后来隆庆开关建立好背景。葡萄牙人在嘉靖三十六年（1557年）开始移民澳门，但及至明亡，葡萄牙人及澳门始终为广东布政司香山县管辖。嘉靖四十五年（1566年），朱厚熜崩于干清宫，庙号世宗肃皇帝。唯一