年转任金管会主委，任内推动金融打亚洲盃、金融进口替代、OBU业务负面表列、接管清算幸福人寿等三家问题保险公司、建立OIU境外保险制度、建立保险业立即纠正措施、开放当冲交易制度、放宽交易涨跌幅为10％及创立创柜板制度等。2019年被指控放任国营事业台湾肥料公司给予宽限。但后续已经金管会澄清，2014年并没有任何台肥来金管会询问的公文纪录，该指控为不实指谪。2016年曾铭宗卸任金管会主委，当选立法委员。甫就职即爆发浩鼎生技案，针对浩鼎生技案，要求金管会查办时任中华民国中央研究院院长翁启惠，怀疑其涉嫌内线交易