回答记者提问时称将保证台胞的合法权益，但李明哲涉嫌危害国家安全，由于案件还在侦查阶段，未透露具体细节。事后起诉书则指出当时被广东省广州市国家安全机关监视居住。5月26日，新华社报导国台办发言人安峰山证实，李明哲因涉嫌「煽动颠覆国家政权罪」，经湖南省长沙市人民检察院批准后，已在2017年5月12日由湖南省长沙市国家安全局正式逮捕。
台湾官方立场.3月30日，对于李明哲是否为国安情报单位外围的「运用人员」、两岸陷入谍战的说法，中华民国国防部发言人明确否认和李明哲有关系，称：「不是，