2008–09年香港乙组足球联赛于2008年9月14日开始，本届赛事共有 10 支球队参加。揭幕战由福建对葵青，结果福建以 3–1 取胜。地区球队沙田最终以 47 分夺得联赛冠军，来届会与亚军骏昇大中一且升上甲组联赛角逐。
参赛球队.
球队变迁.加入球队离开球队球队易名