民委员部逮捕。拉科夫斯基成为第三次莫斯科审判的21名被告人之一，被判处二十年劳动改造，发配到。纳粹德国入侵苏联时，根据斯大林的命令，拉科夫斯基与超过150名政治犯一起被带出监狱枪决，此事件即为梅德韦杰夫森林大屠杀。1988年，拉科夫斯基获得苏联政府的平反。