经营的熟药所，其后又发展修合药所(后改名为"医药和剂局")及出卖药所(后改名为"惠民局")。张元素所写的《医学启源》介绍了脏腑诸病用药心法，奠定了脏腑辨证用药理论。他在《珍珠囊》、《脏腑标本寒热虚实用药式》、《洁古刺诸痛法》中均倡导中药归经学说。后来，李东垣的《用药法象》与王好古的《汤液本草》都是探讨药性。元代中外医药交流更加广泛，在药物相互贸易中，政府还派遣人员去各国採购。阿拉伯人、法兰西人开始来华行医。回回孳物院的建立，更促进了中国医药和阿拉伯医药的交流。
明清时期.明代医药学