9号线平均站距10.35千米，是南京地铁已建成路网中平均站距最大、运行速度最高的一条地铁线路。团结圩站与明觉站间线路距离为18.29千米，为南京地铁系统中最大的站间距。该段线路与宁高新通道12.7千米长的石臼湖特大桥并线，跨越石臼湖。因在车上所见景观与宫崎骏拍摄动画电影《千与千寻》中海上列车桥段类似，故该段线路也被部分民众誉为“海上地铁”。
运营.S9号线各站停列车单程运行时间约36分钟，全程票价8元。开通初期，投入4列车运营，班次间隔为22分30秒；后续随着客流增长，南京地铁逐步