恆春半岛登陆台湾，且钢铁原料不足，故于1944年拆除林边－枋寮路段，直到二次大战后的1953年才复原。
1945年至2000年.1945年二战结束后，台湾进入中华民国时期，铁道部改组为「台湾铁路管理委员会」，先后隶属于台湾省行政长官公署交通处与台湾省政府交通厅，之后于1948年3月5日改组为「台湾铁路管理局」，成为台湾省营事业机构。因战火影响，营运客车车厢从战前497辆减少至1945年时的428辆（2万5701位）。竹东支线于战后恢复兴建，新竹至竹东间于1946年10月15日完工