的牙齿将贝壳压碎。准噶尔翼龙科的头颅骨、四肢、以及嵴椎，比其他翼龙类的还要结实。湖翼龙、体型较大的准噶尔翼龙生存于相同时代的相同地区，显示牠们生存于内陆湖泊环境。跟准噶尔翼龙相比，湖翼龙的头颅骨较小、牙齿较修长较虚弱，因此这两种翼龙类可能佔据者不同生态位。准噶尔翼龙可能在湖泊浅水地区进行觅食，以有坚硬外壳的动物为食；而湖翼龙则可能以湖泊深水地区的鱼类为食。