劳顿成疾而终，享年32岁。拓跋嗣虽英年早逝，但上承其父北魏开国君主太祖道武帝拓拔珪的武功，后有儿子北魏太武帝拓拔焘灭北方诸国一统北方，媲美五胡十六国初期前秦苻坚统一北方功勋。因此拓拔嗣在北魏开国历史中具有承先启后的重要地位。拓跋嗣谥号为明元皇帝，庙号太宗。