些原住民族分佈于台湾全岛，属于南岛语系。台湾原住民的缺齿、纹身、口琴、卉服、织贝、腰机纺织、、亲族外婚、亲子连名制、年龄分级、老人政治、鸟占、猎首、灵魂崇拜、室内葬等特征，都属印度尼西亚古文化特质。虽《三国志》记载三国时代孙吴曾派军登陆夷洲，《隋书》有隋炀帝派兵攻打流求国的记载，但并无资料可证明这些中国古籍所载地名是今日的台湾。10世纪时，宋朝的汉人开始在澎湖群岛开垦。宋孝宗干道7年（1171年），南宋正式占领澎湖群岛，划属福建路晋江县。1225年，赵汝适所着诸蕃志提到「泉有海岛，曰澎湖群岛，隶晋江县。