，也有许多对人类有害的毒菇；已知的如：有致命毒性的鳞柄白毒鹅膏菌、毒鹅膏、苞脚鹅膏菌、拟稀褶红菇、火焰茸，会造成神经系统异常的豹斑毒伞、毒蝇伞、橘黄裸伞，会影响肠胃消化系统的褐黑口蘑、绿褶菇、毒粉褶菌等。毒菌会造成许多的中毒症状（蕈类中毒）：食用造成呕吐、腹痛、下痢、痉挛、昏睡、幻觉等，最严重时可能导致死亡。也有过一段时间后会造成身体麻痺的。还有食用前后一段时间内有饮用酒类就会造成中毒的品种。没有经验者自行摘採野生的菇类来食用是非常危险的行为，目前并没有简单的方法可以直接判定蕈类是否可食。毒菇中有许