中第一名会元，庭试考中进士。明命九年（1828年），以郎中身份充任如清乙副使，出使清朝。回国后，因採买物资不合，被革职。明命十一年（1830年）八月，派往如东效力，随卫尉段愈、内阁修撰陶致富前往吕宋公干，但因风浪阻隔，陶致富一行人改派南下，去江流坡（今雅加达）公干。次年二月十八日（1831年3月31日），邓文启在公干路上去世。五月，阮廷追赠他为员外郎。
文学.邓文启着有《华程略记》一书。