斯德哥尔摩和哥本哈根展开就职访问。服役期满后，既有的预备役总队也于1888年9月进行了重组。皇帝号成为波罗的海预备役总队（）的主力舰，并于冬季继续服役，同时兼任基尔的警备舰。11月，它将德皇的胞弟、海军少校海因里希亲王载至丹麦，代表德皇参加丹麦国王克里斯蒂安九世的掌权周年庆。1889年5月，皇帝号被编入海军少将麾下的演习分舰队，展开常规的部队训练。从7月31日至8月10日，整个演习分舰队陪同威廉二世对英国进行首次国事访问。10月23日，分舰队开始前往地中海，除了担任旗舰的皇帝号之外，其姊妹舰德国号、以及普鲁