射水鱼号在1944年3月16日离开中途岛进行第二次巡航，主要是在帕劳群岛附近，但在42天内没有遇到日本目标。她于4月27日通过约翰斯顿岛返回珍珠港潜艇基地，开始改装。5月18日，威廉·哈里·莱特（）接任舰长。5月28日射水鱼号离开珍珠港，前往小笠原群岛地区进行第三次巡航。她在7月4日对硫磺岛的攻击期间担任救生员职责，并在7月15日返回中途岛之前救出了飞行员约翰·安德森少尉（）。此次巡航对一艘1,400吨的驱逐舰与运输船队进行鱼雷攻击，击沉一艘驱逐舰，击伤总共12,000吨的两艘船，舰长莱特因此获得银