日本旗帜列表是有关日本现在或是过去曾经使用过的旗帜列表。
国旗.日本国旗即“日章旗”，又称“日之丸”。
皇室.与日本皇室相关的旗帜，目前皇室旗帜仅用于皇室成员专用车辆与船舶。
军队、自卫队与海上保安厅.日本军（大日本帝国海军与大日本帝国陆军）、日本自卫队 与日本海上保安厅相关旗帜。
历史旗帜.曾经在日本出现的历史政权或政府旗帜。
少数族群.代表少数族群的相关旗帜。Sectio