供了右侧的演化树，但却仍有一些不明处。蝎子的分类位置特别受到争论。一些早期被认为是蝎子的化石，如志留纪晚期的"Proscorpius"却有鳃和是水生的，口器的位置就像板足鲎目及鲎一样。这可以有三个选择：将这些水生的化石分类到其他地方；或接受蝎子并非单系群，而是有水生及陆生的；或是将蝎子分类到较为接近板足鲎目的位置，而疏于蜘蛛及其他蛛形纲，蝎子因而并非属于蛛形纲，而蛛形纲亦非单系群。
多样性.虽然不及昆虫，但螯肢亚门仍是最多样化的动物之一，其下有超过77000个现存物种。估计仍有1