记者提问「总统身上有没有子弹」时，邱义仁表示「有」。事后证实是弹头没有在陈水扁的身体内取出，而是在陈水扁身上衣物内找到。另外，邱义仁于当晚宣佈启动「国安机制」，在法律上没有明确授权。泛蓝阵营以这几点，强烈质疑邱义仁透过国家公权力干预选举，并做出很多阴谋论的揣测。连战阵营提出的选举无效诉讼，后被法院判决败诉。
巴纽外交款项案.新加坡法院调查结果，黄志芳与邱义仁等人在巴纽外交公款侵吞案中均未涉及收贿或有经费流入其帐户；但巴纽案使民进党声望受到打击。
安亚