主要是经由各式各样的有机反应来建构有机分子。和无机分子相比，有机分子通常在结构上复杂许多，包括官能基、立体化学、多环构造等结构性细节。现今有机合成已经发展成为有机化学一个十分重要的分支，也是制药、生医、材料等产业重要的基础。有机合成中有两个主要的领域：全合成与合成方法的研究。
全合成.全合成是从可简单购得或天然存在的有机分子开始合成一个完整复杂的目标分子。在线性合成中，由起始物开始经由化学反应一步一步建构目标分子，而每一步所得到的产物分子则称为合成中间体。合成更加复杂的目标分子通常