架零式战斗机和36架九七式轰炸机。机队由友永丈市指挥，并在上午5时左右完成编队，向中途岛出发。为求保险，南云忠一按照山本五十六的指示，在机库保留大约一半的舰载机，应付随时出现的美军舰队。赤城号和加贺号预先为机库的九七式装上848公斤（1,870磅）的九一式鱼雷。至于苍龙号和飞龙号的九九式虽然预备搭载250公斤（551磅）舰用炸弹，但因为惯常程序是在出击前装载，故此当时没有装备。南云忠一同时下令两架空载的九七式和八架零式水上侦察机升空，搜索舰队东半圆区域。不过，筑摩号往054方位角的侦察机因为故障而要提早