、9月3日、与在萨摩藩做陆军教练的公武合体派军学者赤松小三郎在京都市中相遇、并且把他以幕府的密探在大白天暗杀掉。桐野因此得到「人斩半次郎」的称号、但实际上很明显是他暗杀的事件就只有这一件而已。还有、同年10月坂本龙马被暗杀时、他不但亲自搜索犯人还努力与海援队・陆援队连络。在幕末京都时代和他最亲近的人、除了在伏见战死的伊集院金次郎、在上野战死的肝付十郎外、还有永山弥一郎、修正大政奉还建白书的中井弘（樱洲）。
戊辰战争・大总督府军监.戊辰战争（明治元年、1868年）中、属于城下一号