弘光元年（清顺治二年，1645年），清军攻破南京，郭符甲正在姑苏监督军饷，各州县筹集送来的银钱达十三万余两。有吏员劝其将钱归为私用，并分给手下，以避战乱。郭符甲表明自己生来“不染私尘”，命令将军饷发还处。同年，前往广东主持考试，发掘人才有方。升任礼科右给事中，三个月之内，上奏疏三十余章。眼见南明朝廷官员互相倾轧，自忖不为所容，于是称病归乡。
举事抗清.次年（弘光二年，清顺治二年，1645年），弘光政权灭亡。六月，唐王朱聿键在福州即位，改元隆武。隆武二年（清顺治三年，1646年），清