学生严加限制，引起中国留日学生的强烈反对，东京八千名留日学生罢课抗议。12月8日晨，陈天华留下五千字绝命书，在东京大森湾跳海自杀；熊克武等三千余同学退学回国。中国留日学生总会推举刘棣英、朱剑、吴勋、王敬芳4人筹划中国的“早稻田大学”。他们四人致书严复、马相伯和曾铸请求协助，又上书学部及各省学务，求将各省以充兴学之经费。初期筹划既定，3000余留日学生即归国。1905年12月21日抵达上海后，他们成立了留日学生总会。1905年12月31日，拟定自治规则。1906年1月10日，举行第一次各省代表全体会举定总