纪60年代不再对外开放，只有研究学者和自然博物馆的管理人员可以进入。直到2018年，北疆博物院在原址作为天津自然博物馆的一处馆区对外开放。
马场道时期.1959年，陈列展览和办公地址又从北疆博物院迁到位于马场道272号的原英国乡谊俱乐部（现天津市干部俱乐部）。时任政务院副总理的郭沫若为博物馆写了馆名，天津自然博物馆的“馆”字的繁体是“馆”还是“舘”曾经引发争议，根据天津自然博物馆官网的显示，“馆”一直被沿用下来。1968年8月，天津市自然博物馆与天津市历史博