2号线则继续在曼哈顿以慢车模式运行，不过钱伯斯街车站和南码头车站之间的列车服务以及百老汇-第七大道线跳站停靠服务仍旧没有恢复。最终1、2、3、9号线列车服务在2002年9月15日恢复正常，但科特兰街车站被关闭，以配合世界贸易中心的重建工作。由于BMT百老汇线邻近世界贸易中心，列车运行可能导致混凝土块移位，该线的列车服务也受到影响。位于教堂街下方的百老汇线科特兰街车站在大楼倒塌后严重受损，并一直到2002年9月15日废墟清理完毕、结构重建完成、修复被水淹的道床后才重新开放。自2001年9月17日起，N线和