告密而失败，安骥泳等人被凌迟，李载先被赐死。光绪八年（1882年）春，调任驻美国旧金山总领事。当时美国借故逮捕大批华侨入狱，黄遵宪到监狱探望华侨，叫随从丈量监狱。美官员无词以对，只得释放华侨。1894年回国。光绪二十一年（1895年），出任湖南按察使，在巡抚陈宝箴的支持下宣传维新变法。光绪二十四年（1898年）八月，被任命为出使日本大臣。戊戌变法失败后，被清政府列为“从严惩办”的维新乱党，但由于外国驻华公使等干预，清政府允许黄遵宪辞职还乡。光绪三十一年（1905年）3月28日，病逝于故乡，终年五十八