月行政大楼完工，行政单位于同年暑假后进驻。2006年增设电机工程学系。2007年9月社会科学学院大楼落成、2009年8月法律学院大楼、公共事务学院大楼落成，至此，除进修暨推广部外，所有师生均迁入三崃校区。2009年由台北医学大学、国立台北大学、国立台北科技大学等三所专业型异质大学倡议共组台北联合大学系统，是台湾第二个大学系统，同时多方展开合作计画，开放三校各学系相互双主修、辅系，为全台各大学系统首创，另该校亦于此年度起，开始入选奖励大学教学卓越计画。2010年9月，在时任台北县长周钖玮、校长侯崇文，以及