新潮流系以政协为主要核心干部，注重团队精神，实施民主集中制，强调派系纪律：成员可以在内部会议中争辩，但若内部会议作成决议则不容异议。但正因如此，新潮流系内部多次因成员选举纠纷发生严重退流事件，截至2008年9月的退流者包括：前行政院农业委员会副主任委员戴振耀、前立法委员黄昭辉、前高雄市政府劳工局局长方来进、前立法委员简钖堦、前行政院劳工委员会副主任委员郭吉仁、前中华顾问工程司董事长许瑞峰、前内政部部长李逸洋、前内政部次长张温鹰、前国民大会代表黄昭凯、前台北市议员贲馨仪、前台湾环境保护联盟会长刘志成、立法委员