单车世界盃有三站赛事，分别于2012年10月月中于哥伦比亚卡利、于11月月中于英国格拉斯哥及于2013年1月月中于墨西哥阿瓜斯卡连特斯举行。2012年10月13日，李慧诗在场地单车世界盃哥伦比亚站中先后击败两名英国车手、欧洲冠军华莉舒和占姆丝，赢得争先赛冠军。她亦有参与500米计时赛（盃赛中只有英国站举行此项目），排名第五。2013年1月18日，李慧诗完成盃赛中争先赛的全部三站赛事，凭借总得分27分夺得总冠军（三站分别得第1名有12分、第4名得7分及第3名得8分）。1月19日，她完成同盃赛的竞轮赛三