。另外，原本在1835年火灾前存放在教堂内的59名日本籍及14名越南籍死者的骸骨一度放置在路环的圣方济各堂，博物馆与墓室建成后，为了统一管理，越南籍死者的骸骨被运往该艺术博物馆安放，而日本籍的圣髑则在1995年由时澳门教区主教林家骏送回他们的故里日本长崎。
列入世遗.在澳门回归前的1986年，澳门政府拟定了一份申报世界文化遗产的文件，当中天主之母教堂遗址是该申报文件中被视为最重要的建筑遗产，虽然后来由于政治上的原因，申报工作未能得以落实，但澳门政府没有停止过将澳门具有历史价值的