尔维亚正教会中获得自治权，并宣称恢复了奥赫里德大主教区。1967年7月19日，马其顿正教会宣布从塞尔维亚正教会独立。大多数马其顿族信仰东正教。2001年正教会在北马其顿有约1,350,000信仰者。 2005年，权威的东正教奥赫里德大主教区重开，在塞尔维亚正教会内具有自治地位。
其他基督宗教派别.马其顿天主教会于1918年成立。其遵循拜占庭礼，和教宗以及其他天主教会。和东仪天主教会一样，在礼拜仪式中使用马其顿语。原来的教区于1924年关闭。2001年，罗马教廷重新建立了马其顿希腊礼