1942年3月，周恩来谒见何，要求将国民革命军第十八集团军扩编为4个军、12个师（其军队早超过此数，要求扩编之目的是争取更多军饷和军事补给，当时国民政府只给其45000人之军需），被拒。1944年11月，陈诚取代何为军政部部长。12月，何任同盟国中国战区陆军总司令。12月8日，在参谋总长何指挥下，收复独山，贵州局势趋于稳定。1945年2月9日，中国战区陆军总司令部在昆明成立，何任总司令。4月，何亲自指挥湘西会战、桂柳反攻战，制定反攻广东作战计划。何指挥各方面军，将分路进击之日军各个歼灭。8月5日，中国陆