次年全国官员大计，焦竑又被考以“浮躁”评语，遭“镌秩”。最后决定辞官，此后归家不出，专心着述。好友管志道说：“焦殿撰漪园丈之不为世所容，则愚已逆料其必然矣！”万历三十年（1602年），意大利人利玛窦来华传教，曾拜会过焦竑。万历四十八年（1620年）去世。安宗时追谥文端。焦竑先后娶朱安人与赵安人，生有三子六女。焦竑早年有文名，交游广泛，有为“士林祭酒”、“一代儒宗”之称。尤其与异端人物如李贽、汤显祖、袁宏道、陶望龄等来往密切，特别是与李贽过从甚密，“笃信卓吾之学”。他与李贽“相率而为狂禅，贽至于诋孔子，而