2016年夏季奥林匹克运动会马其顿代表团是马其顿共和国所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团，这是该国在后苏联时代第6次派代表参加奥运，也是该国于2019年更改国名前最后一次参加夏季奥运。
田径.马其顿在田径项目上获得以下参赛席位（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：
柔道.马其顿有一名女子柔道运动员获三方委员会邀请，成为第一位代表马其顿参加奥运柔道比赛的运动员。
射击.马其顿有一名女子射击运动员获三方委员会邀请，