有正式发表的科学文献中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用PyMOL来制作。PyMOL是少数可以用在结构生物学领域的开放源代码视觉化工具。软体以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一种计算机语言Python所衍生出来的，“MOL”表示它是用于显示分子（英文为molecule）结构的软件。
商业化举措.自2006年8月1日起，DeLano Scientific对于事先编译过的PyMOL执行程式（包括beta版）的取得採取限定下载的措施。目前，完全无限制的可执行程序只有付费用