又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以管理青藏地区。听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。将喀尔喀蒙古併入清朝；于1727年与俄罗斯帝国签订恰克图条约，确立塞北疆界。1729年听从张廷玉建议，以傅尔丹与岳钟琪兵分二路于科布多对抗准噶尔汗噶尔丹策零，最后于和通泊之战战败。1732年噶尔丹策零东征喀尔喀蒙古，兵至杭爱山，被喀尔喀亲王策棱击败。1734年清准和谈，以阿尔泰山为界，西北大致和平。雍正帝勤于政事，自诩「以勤先天下」、「朝干夕惕」。他在位期间的奏折大多由他亲自批改，