甲第七名进士，授礼部主事。父丧丁忧除服，起为兵部主事。正德年间，屡次进言剷除宦官当权、节制朝廷内外浪费。进兵部员外郎，因忤逆尚书刘宇，贬解州知州，累升至陕西左布政使。正德十年（1515年），以都察院右副都御史巡抚甘肃，并与总督彭泽经略哈密，被兵部尚书王琼弹劾，被贬为浙江副使。明世宗继位，王琼得罪，李昆恢复官职，任顺天巡抚。召为兵部右侍郎。嘉靖元年（1522年），改兵部左侍郎。大同兵变时，李昆奉命往抚。因病归里，嘉靖十一年（1532年）年卒。
家族.曾祖李逊，布政司理问；祖父