国内瘟疫横行，大半的人民都因此死亡。一年之后，也就是崇神天皇即位后的第六年时，民间百姓流离失所，甚至还有人起而叛变，天皇以为是自己德治不够所致，便日夜反省，请罪于神明。迎天照大神、倭大国魂等二神于天皇大殿内，不过他与二神共住，畏惧其神威而不安，因此託丰锹入姬命祭祀天照大神于大和国笠缝邑（），并在矶坚城建立神篱。另託渟名城入姬命祭拜日本大国魂神，但前者以身体孱弱、头发稀疏等为由而不祭。第七年二月初春，下诏曰：「昔日朕的皇祖，开国创立天下之宏大基业，往后历代的治世使之更加高伟，王朝之威日渐强盛，但不料，现今