下台，及副阁揆邱义仁接受司法调查，并遭到检方收押。任内台湾和马其顿、瑙鲁、利比里亚、多米尼克、格林纳达、塞内加尔、乍得、哥斯达黎加、马拉维九国终止外交关系，不过，任内亦恢复和基里巴斯、瑙鲁、圣卢西亚三国的外交关系。陈水扁常以“过境外交”的方式，以过境美国地点的不同，美国接待规格的高低，来作为台美关系的展示，但由于陈水扁在任时期，两岸关系的紧张及美国小布希政府不支持台独的立场，加上中国大陆方面的压力，造成台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年