-。在回到民间后，又因安亚专案、鐽震案等指控，遭受长期的司法调查。他至高雄市内门区务农，台面上远离政治圈。2012年大选过后，蔡英文辞掉民进党主席，邱义仁主张民进党应该发展「不叫台独的台独」。所涉案件法院陆续判决无罪后，邱义仁至日本京都产业大学及北海道大学担任访问学者，时间约一年半。2014年蔡英文回任民进党主席后，邱义仁以顾问身份提供意见。2014年8月27日，《新台湾新闻週刊》发行人詹钖奎（老包）说，2005年2月陈水扁与邱义仁搞出陈水扁与亲民党主席宋楚瑜的「扁宋会」，「堂堂国家元首竟与自己国家