佩孚参加了孙传芳发起召开的段祺瑞、吴佩孚、孙传芳三角联合会议，讨论共同防御国民革命军北伐。吴佩孚在北伐中倒台。1927年6月冯玉祥上台，熊炳琦去职。抗日战争爆发后，1937年日军占领天津，此后他拒绝出任日本傀儡政府的官职。晚年，他信仰佛教，随北京的释真空参禅学佛。中华人民共和国成立后，他当选天津市人民代表，任天津市民革副主委。1959年1月19日，熊炳琦病逝，享年74岁。