清高的据点小波城，接着伯耆守护代的居城中山城也陷落，佐佐木清高和糟屋重行撤往京都。皇军随后进攻小鸭氏居城小鸭城，小鸭元之投降，周边的幕府势力被肃清。镰仓幕府得知后醍醐天皇举兵复辟的消息以后向船上山派出援军：经山阳道，足利高氏走山阴道。然而名越高家被赤松则村讨取，足利高氏则倒戈攻灭六波罗，逃到京都的佐佐木清高和糟屋重行同年5月9日在近江番场的莲华寺与六波罗探题等一同自尽。自此讨伐船上山的幕府军完全崩溃，同年5月23日后醍醐天皇回京。