替返国的星座号，开始执行南方守望行动。8月25日企业号到访杜拜的捷贝阿里港（Jebel Ali），留在波斯湾执勤。9月10日企业号离开霍尔木兹海崃，预备经好望角返回诺福克。2001年9月11日，美国遭受九一一恐怖袭击。企业号闻讯后即时调头，立即赶往巴基斯坦100哩外海，恢复南方守望行动，为第一艘抵达该处的美国军舰。9月16日企业号为卡尔文森号接替，旋即调往北阿拉伯海待战。10月6日美国持久自由行动开始，阿富汗战争爆发。企业号开始昼夜派飞机轰炸塔利班据点，甲板飞行作业更曾持续36小时。25日企业号为罗斯福