爵查理迎娶了萨伏依的露易斯，是萨伏依公爵腓力二世与妻子玛格丽特·德·波旁（第五代波旁公爵夏尔一世·德·波旁的女儿）之女，当时她只有11岁。1492年4月11日，玛格丽特出生于昂古莱姆；露易斯便以母亲的姓名玛格丽特命名其女儿。两年后，伯爵举家由昂古莱姆迁至干邑。1494年9月12日，其弟法兰索瓦出生。当玛格丽特未足4岁，其父昂古莱姆伯爵查理逝世，当时只有1岁的法兰索瓦成为王位继承人。当时他们的母亲萨伏依的露易斯只有19岁便守寡，将玛格丽特小心地由童年最早的时候小心地辅导，并给予经典的教育方式，其中包括学习拉丁