，此定义下，单原子的惰性气体也可视为是分子。而在量子物理、有机化学及生物化学中，多原子的离子（如硫酸根）也可以视为是一个分子。分子可根据其构成原子的数量（原子数）分为单原子分子，双原子分子等。在气体中，氢分子（<chem>H2</chem>）、氮分子（<chem>N2</chem>）、氧分子（<chem>O2</chem>）、氟分子（<chem>F2</chem>）和氯分子（<chem>Cl2</chem>）的原子数是2；固体元素中，黄磷（<chem>P4</chem>）原子数是4，硫（<chem>