祖尼角龙的化石发现于1996年，由古生物学家Douglas G. Wolfe的8岁儿子在新墨西哥州的Moreno Hill组发现。目前已经发现一个头颅骨，以及来自数个个体的骨头。最近，其中一个被认为是鳞骨的骨头，可能来自于懒爪龙的坐骨。祖尼角龙的模式种为克里斯多佛祖尼角龙（"Z. christopheri"），名称来自于古生物学家Douglas G. Wolfe的儿子的名字Christopher James Wolfe。
分类.祖尼角龙是个演化过渡的例子；祖尼角龙介于