科合并组成新的中山大学，任中山大学筹备委员会副主任。1954年，院系调整结束后，任中山大学历史系教授。每天晚上早睡，凌晨３点多起床读书或写作，５点开始在校园内散步。1956年11月16日，被任命为中山大学副校长，周恩来签署任命书。1957年，兼任暨南大学筹备委员会会副主任。1963年，任暨南大学校长、校董事会筹备委员会副主任、校董事会副主席。1964年秋，因为在香港出版东南亚古史，被刘少奇斥为没有组织纪律，下令将他调任南开大学副校长。并发狠说“此人以后永远不能担任正职”。“文化大革命”期间受到迫害