年（1625年），代替吴用先担任蓟辽总督。宁远之战后，王之臣替代不援宁远和觉华岛而免职的高第，为辽东经略。与袁崇焕经营关宁锦防线。在满桂的留任问题上，与袁崇焕发生争执。袁上奏请求遣其镇守其他城镇，于是满桂被召还北京。而王之臣极力反对，并请求朝廷命其镇守山海关。朝廷为了缓和各方矛盾，命令王之臣专守关内，而关外士兵将领皆由袁崇焕派遣。之后袁崇焕自悔，请求朝廷依照王之臣建言。天启七年（1627年），袁崇焕回乡，王之臣代为督师兼辽东巡抚。崇祯元年，被罢免蓟辽督师职位，由袁崇焕担任。