在美洲殖民地指派副王。副王在新西班牙相当于国王的代理人，代表着国王的权威。门多萨身为贵族，且其家族世代忠于西班牙王室，因此是副王的不二人选。门多萨和主教在新西班牙建立起两所学院，是为美洲大陆最早的高等教育机构，对后世有深远影响。1536年，二人在特拉特洛尔科开办，为阿兹特克贵族的子嗣教授拉丁语文、修辞学、哲学和音乐；1552年，开办皇家与天主教大学，以萨拉曼卡大学为蓝本，为天主教会培养青年才俊。1536年，门多萨设立银币和铜币铸币厂。1539年，他引进印刷机，是新大陆最早的印刷机，印刷出墨西哥最早的自印