将布政使升为正二品，并裁减为各一人，明成祖恢复旧制。永乐元年（1403年）以北平承宣布政使司升格为「行在」，撤销布政使司。五年（1407年）设交趾布政司；十一年（1413年）设贵州布政司（布政使仅置一人）。宣德三年（1428年）裁撤交趾布政司；全国除了北直隶、南直隶之外，定为十三布政使，俗称为「两京十三省」。自宣德年间开始出现临时任制、军事性质的总督或巡抚，如无特别授权监理粮或监理刑名则不得干涉布政使、按察使的职权。自明初到正统年间，布政使司地位等同六部，常有布政使进入中央为尚书、侍郎或副都御史出任布政