自发还是要经过剪接体的加工，人们将内含子分为自剪接和剪接体内含子。
自剪接内含子.在1981年由汤玛斯·切希发现的自剪接内含子中，又分为:
剪接体内含子.这类内含子的剪除要有剪接体的帮助。一段序列在RNA剪接中是内含子还是外显子，取决于其自身。包括Ⅲ类内含子和Ⅳ类内含子内含子的起源与进化GT-AG-内含子最常见的内含子是所谓的GT-AG-内含子。它以GU开头并以AG结尾。<br>AT-AC-内含子AT-AC-内含子则是以AU开头，AC结