时英国政府已经把战略目标转到南方，北美英军总司令亨利·克林顿在1779年12月率领大军登陆萨凡纳，预备进攻查尔斯顿。当时克林顿的兵力有超过8,000人，但林肯手上只有不足3,000名士兵可供调动。他不断要求大陆议会及南北卡罗莱纳州提供民兵增援，更建议征召黑人奴隶入伍，但这些诉求却一一落空，部队扩充速度非常缓慢。最后，林肯没有选择弃守城池，保留军队实力，而是坚守查尔斯顿。结果，克林顿陆路及海路优势下，在1780年3月展开查尔斯顿围城战，并在5月迫使林肯率领超过5,000人向英军投降。这也是大陆军自独立战争以来