后担任抚军将军桓脩的参军，并与其同镇京口（今江苏镇江）。元兴三年（404年），建武将军刘裕于京口起兵讨伐时已篡位的桓玄，并杀桓脩，又以朱龄石为其参军，又随同刘裕率军西攻建康（今江苏南京）。同年，刘裕收复建康，刘裕升镇军将军，朱龄石续任其参军，后迁武康县令，加宁远将军。当时武康县人姚系祖乘东晋内战而招众为盗，屯居于险要的地方，各郡县都不敢讨伐。朱龄石到后，假装亲待姚系祖，召他为自己参军；姚系祖亦自恃部众强盛，认为朱龄石不敢对付自己，于是应召。不过，朱龄石暗中查探了通往姚系祖居处的路径，乘宴会杀死了姚系祖，