金局总办期间，利用职务之便，获得数百万资产，大量购买房产，被称为「王半城」。1899年3月，广东补用道王存善被两广总督谭钟麟委派到香港，与香港辅政司骆克一同勘探新界。1899年3月19日，王存善与骆克签订《香港英新租界合同》。1900年移居上海，获盛宣怀赏识，加入招商局。1907年至1908年任招商局总理。以后历任邮传部会办、总稽核、招商局董事等职。清朝灭亡后，王存善仍然拒绝剪辫，声称：「誓吾戴吾发，以入棺见先人于地下」。子王克敏。