卢兹大学森林研究所，年底即通过论文答辩，获得了科学博士学位。回国后，郑万钧先后担任云南大学（1939年至1944年）、中央大学（1944年至1949年）教授等职。1948年与胡先骕共同发表植物新种——水杉，引起轰动。1949年至1952年，郑万钧任南京大学农学院林学系教授、系主任、副院长。1952年全国院系调整后，任南京林学院教授、副院长、院长。1955年被选为中国科学院生物学部委员。晚年主编了《中国植物志》第七卷、《中国主要树种选林技术》和《中国树木志》一、二卷等着作。