990年到1992年，圣辉担任九华山佛学院副院长兼教务长。1992年到1996年，圣辉担任中国佛学院副院长兼教务长、中国佛教协会副会长。1994年，圣辉担任湖南省长沙市古麓山寺方丈和湖南省佛教协会会长。1997年，赵朴初委命他为南普陀寺方丈，并且兼任闽南佛学院和南普陀寺慈善事业基金会会长。1998年，圣辉被选为第九届全国政协常务委员。2000年1月26日，圣辉蝉联南普陀寺方丈。2008年起担任全国人大代表。2013年，再任全国人大代表。2018年2月24日，当选为第十三届全国人大代表。