命理藩院尚书博清额等人陪送灵榇至扎什伦布寺。干隆四十七年（1782年），“诏命于寺之西偏建清净化城塔院”，“藏经咒衣履”以资纪念。这就是说，干隆帝下诏在原来的西黄寺建筑群（即“逹赖庙”）以西，新建清净化城塔院，其中的清净化城塔（俗称“班禅塔”）是班禅额尔德尼六世的衣冠塔。干隆四十七年，干隆帝还写下了《清净化城塔记》。自此，西黄寺形成了“逹赖庙”、“清净化城塔院”东西并峙的格局。
清末风云.咸丰十年（1860年），英法联军侵占北京，东黄寺、西黄寺遭到破坏，建筑受损严重。光绪二十六