出现困境，棒协理事长唐盼盼与企业界推动职业棒球，成立中华职棒。此后，棒协主管三级棒球、业余成棒与国家代表队，职业棒球则由中华职棒经营。1995年，当时棒协主席陈盛沺所经营的声宝巨人队申请加入中华职棒但遭拒绝，于是与时任年代集团董事长邱复生一同成立台湾大联盟；支持中华职棒的阵营则推出美孚建设董事长彭诚浩为会长，造成台湾职业棒球组织的分裂。此种状态直至2003年，台湾大联盟与中华职棒合併才告结束。于2017年起将中华队之组队、训练事务交由中华职棒负责。棒协长年与中华职棒恶斗延续不歇，连国际棒总都有耳闻。