总督府开始对传统宗教採取宽容政策，包括城隍信仰在内的台湾民间信仰又重新活动了起来。此时很多官祀城隍庙都面临得由官民合祀转为地方信仰的问题，而其中转型最成功的为新竹都城隍庙，由于香火鼎盛，在兴建新竹州厅官署时还刻意挪了10公尺以避开庙埕。然而由于西来庵抗日事件，余清芳等人借王爷信仰名义发动起事，台湾总督府开始在1915年10月进行全台性的宗教调查，并逐渐改变原先的宽容政策。后来推动皇民化运动后，传统信仰又开始受到打压。而在城隍信仰部分，则有像彰化县城隍庙的神像便被市役所接管禁止参拜、凤山县旧城城隍庙除主神