部特别研究员，有一年时间在中日战争期间被日本佔领的中国地区如北京、大连、沈阳、南京、上海、广州和香港等地收集有关中国人留学日本的史料，以便完成《留日史》一书，以及奉命以「特别研究员」的身份去「处理」佔领区内被指为「危险书刊」和「禁书」的大批有反日言论或共产主义思想的中文期刊和外文书籍。战时的实藤惠秀曾说过以下言论：战后，实藤对当时的言论作出反省：「（作为）研究现代中国的人，（我）却不自觉被（当时的）政治口号迷惑！竟至如此无知！（一心想）成为一个现代中国研究专家的我，结果却和一般日本人的见识一样！」与