主任、教授也以外国人为主。金大课程设置偏重于西方科学与文化，日常教学用语除国文和经史等课程外都用英语，文娱活动场所、实验室内、运动场上，甚至学生助威的啦啦队亦不例外。1927年3月，在“打倒帝国主义”的声浪之下，北伐军在南京与外国人冲突，金陵大学副校长文怀恩（J. E. Williams）被一士兵杀害，随后英美军舰在长江江面上向南京城内发炮。不久以后，国民政府在南京成立，发起收回教育主权运动，要求外国在华大学须由中国人担任校长。1928年，金陵大学在国民政府教育部呈请立案，是第一个向中国政府请求立案并获批准