琵琶湖线也增停。另外为满足通勤客，特急「遥」、「琵琶湖特快」也停靠此站。另一边的地下铁车站，山科区内往京都市中心部的通勤通学客，JR途经地下铁往京都市中心部分，或是地下铁醍醐方向转乘JR的转乘客也较多。虽然是京都市内车站，却没有覆盖京都市内的京都市营巴士停靠。取而代之的是构筑由山科区至伏见区的路线网，山科站成为京坂巴士的总站之一。JR西日本等自2007年起，为了减少市内巴士拥挤，开始进行公关促进游客在京都市内移动使用铁路利用，往南禅寺与平安神宫等东山地域的观光地建议在山科站转乘地下铁东西线。如果