58年，教堂被关闭。“文化大革命”期间，教堂深受破坏，圣器、文物全部丢失，并先后被用作哈尔滨话剧院练功房和哈尔滨市第一百货商店仓库。且被四周居民楼遮蔽，长期不为人所知。1986年，索菲亚教堂被列为哈尔滨市I类保护建筑。1996年，被列入第四批全国重点文物保护单位。1997年，拆除周边具有火灾隐患的相邻建筑1.4万平方米，辟建广场7000平方米，并将教堂改作哈尔滨市建筑艺术馆之用。2007年，索菲亚教堂景区获评国家4A级旅游景区。2006年教堂广场再次进行了扩建改造，喷泉升级后冬季可以喷雪，广场的面积