和人和港口机能因此移动到函馆山山麓。函馆在江户时代和松前、江差并称为「松前三港」，是一座天然良港和水产物集散地。18至19世纪之交，随着俄罗斯势力的南下，江户幕府将虾夷地改为直辖地，并设立箱馆奉行所，加强对道南地区的控制。黑船来航之后，幕府在1854年（安政元年）再次设立箱馆奉行所。同年神奈川条约签订之后，箱馆和下田对美国开港。并在1859年美日修好通商条约签订之后和横滨、长崎一併开港。箱馆在开港之后本来计划修建类似出岛的和市区隔离的外国人居留地，但最终外国人居住地和市区融为一体，造就了现在函馆具有异国风情