顺年间，寺院建筑部分坍塌。明宪宗成化七年（1471年），明宪宗命太监黄顺、工部侍郎蒯祥等人大修该寺，于次年完工，明宪宗乃授工匠张定任等30人为文思院副使。当时，该寺改名为大隆善护国寺。据成化十七年碑记，“昔为招提煟烬”，故此次可能属于火灾后重建。明武宗正德七年，大庆法王凌戡巴勒丹（又译领占班丹）、大觉法王扎什藏布等在大隆善护国寺居住。嘉靖九年，尚书李时等人先后请旨，将太庙享侑的少师姚广孝神主画像迁至大兴隆寺供奉；嘉靖十四年，大兴隆寺遇火灾后，又迁至大隆善护国寺供奉。结果后人因不了解实情，误称护国寺为“广孝