备副使，击倭寇于夏港，嘉靖四十三年（1564年）升任都察院右佥都御史，巡抚宁夏，“身历行阵，修战守，纳降附，数出兵捣巢”。隆庆初年，受任总督陕西、延、宁、甘肃军务。隆庆四年（1570年），改总督山西、宣、大军务，力主与俺答议和互市，自是边境休宁，史称“俺答封贡”，“边境休息，东起延永，西抵嘉峪七镇，数千里军民乐业，不用兵革，岁省费什七”。《明史》谓“崇古身历七镇，勋着边陲”。万历元年（1573年）九月，入京，督理军营，万历三年九月，任刑部尚书。五年任兵部尚书。是年十月，告老还乡。万历十六年病故，赠太保，