旗舰店是指某一品牌在某城市中最大且最为丰富齐全的营业店，或拥有最快上市速度等特点为一体的专门店或专营店。旗舰原指海军舰队的指挥所，或海军舰队的编队司令官所在之船舰。舰队司令官有其特定旗帜，当指挥官在某特定船舰时，该舰会依海军传统升起其官职旗，所以此舰称为指挥官的「旗舰」。取此意延伸，旗舰店即为该厂牌的领导性店面或营业单位。