二中毕业后，王晓波进入国立台湾大学哲学系就读，成为殷海光门下弟子。1971年，获得硕士学位，留在台大哲学系，担任讲师。1972年，与陈鼓应共同参加民族主义座谈会，在台湾推动保钓运动，陈鼓应等人与冯沪祥在座谈会中发生争执，此后受到执政党政府（当时是中国国民党执政）的注意。1973年，在台大哲学系事件中，警备总部以「为匪宣传」罪名，被拘留讯问。1974年，台大哲学系代系主任孙智燊，决定不再续聘王晓波。
离开校园.1976年，参与《夏潮》杂志，成为主要撰稿者之一。1987年，参