落马洲站原先设计只供东铁线的过境乘客使用，但在多名立法会议员大力争取打破九广铁路垄断过境交通的压力下，政府终于让步，准许专营巴士、专线小巴及的士接载乘客往来落马洲站，并于2007年初邀请招标1条来往元朗东至落马洲站的专营巴士线，以及公开招标1条来往元朗市中心至落马洲站的绿色专线小巴线。市区及新界的士亦可直接驶入该交汇处载客。过境旅客可以乘搭公共交通工具于落马洲站公共运输交汇处下车，然后直接进入落马洲站的出境大堂过境，相反亦然。但此安排曾引起车站保安的争议，因为车站最初设计没有预料到会有人流从其他途径进