而被阉党归为东林党。李标担心受祸，于是借病归乡。崇祯帝即位后，拜礼部尚书兼东阁大学士。崇祯元年（1628年）三月入朝。不久，升任首辅。同年冬，韩爌还朝，李标让为首辅。崇祯三年（1630年）韩爌被罢免，李标再任首辅，累加至少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士。同年三月辞职。后赠少傅，谥文节。