化诱导契合可以通过机制在噪音和竞争物存在的条件下增强分子识别的保真度。
催化机理.酶可以通过多种方式加快化学反应的进行速度，基本机理都是降低反应的活化能（ΔG，吉布斯自由能）。酶可以同时使用以上多种催化机制来催化反应。比如，胰蛋白酶先通过一个催化三联体进行共价催化产生中间态，再借助稳定过渡态的电荷排佈，水解过程的完成则依赖有序排列的水分子底物。
动态结构.酶的结构并不是刚性的、恆定不变的。酶的内部结构会发生复杂的动力学变化。酶的结构可能在反应过程中发生变