退出京都进军九州。以后醍醐天皇为代表的朝廷派遣新田义贞前往平叛，两军与兵库凑川决战，新田义贞大败，足利尊氏再次攻入京都，后醍醐天皇出逃，尊氏拥立光明天皇，并将后醍醐天皇监禁。尊氏控制京都后，自任征夷大将军，室町幕府正式建立。同年12月，后醍醐天皇逃至吉野，宣布重开朝政。京都的光明天皇朝廷为北朝，吉野的后醍醐天皇朝廷为南朝，日本正式进入南北朝时期。1336年11月7日，室町幕府公布《建武式目》，标志着足利幕府统治的建立。1350年2月，足利尊氏之弟足利直义背叛北朝朝廷投靠南朝，并与1351年1月率军大败幕