干萨公爵特奥多西奥二世（）与弗里亚斯公爵胡安之女安娜的长子。提奥多西奥二世的母亲卡特林娜是国王曼努埃尔一世之子杜阿尔特的女儿。若昂四世的父系祖先是国王若昂一世的私生子首任布拉干萨公爵阿方索一世。所以布拉干萨王朝也是来自法国的卡佩王朝中一个分支，与西班牙波旁王朝的国王们同宗。若昂于1633年与西班牙第八任梅迪纳-西多尼亚公爵胡安·曼努埃尔·佩雷斯·德·古斯芒·埃尔·布伊诺的长女路易莎·德·古斯芒结婚。由于西班牙在葡萄牙的统治越来越不得人心，葡萄牙的所有人都开始流传着塞巴斯蒂昂没有死，有朝一日将重返葡萄牙重