势力欲东山再起，最后从九州再次攻入京都，与朝廷军在凑川爆发凑川之战，而后朝廷大将楠木正成兵败自杀，足利尊氏则在京都再创武家政权（幕府），即后来的室町幕府，后醍醐天皇被禁锢，但不久即带着三神器逃出，在吉野另立朝廷，进入南北朝时代。在进入南北朝时代后，足利尊氏拥立持明院统的光明天皇，而后醍醐天皇作为大觉寺统的代表则逃往大和国的吉野(今奈良县)。北朝的持明院统在京都受到足利氏的严密控制，南朝大觉寺统则持有象征天皇的三神器--八咫镜、八尺琼勾玉和草薙剑，双方形成南北对峙的局面。之后到了北朝后小松天皇时，南朝