熙帝开始，强巴林寺主要活佛受到清朝历代皇帝的册封。寺内至今仍存有康熙五十八年五月颁给帕巴拉活佛的铜印。17世纪，强巴林寺的主要建筑曾被白日土司毁坏。1912年5月12日，强巴林寺被彭日升烧毁。但主殿（当时被作为监狱）及两座其他建筑幸存。1917年，在藏军占领昌都之后，该寺获得重建。文化大革命时期，强巴林寺遭到极大破坏。改革开放之后，1980年中央召开第一次西藏工作座谈会以来，中国共产党的民族和宗教政策相继落实。1982年起，由政府拨巨款，外加群众自愿出工出力，强巴林寺很快获得恢复。强巴林寺有十二