球队在格雷格·波波维奇的执教下于1998–99赛季赢得了队史第一座总冠军。此后的2002–03赛季、2005–06赛季、2006–07赛季以及2013–14赛季皆在波波维奇的带领下夺冠。波波维奇是马刺队史例行赛和季后赛胜场最多的教练，这也使他三度荣获年度最佳教练此殊荣。赖瑞·布朗和是马刺队史唯二入选奈史密斯篮球名人纪念堂的教练。克里夫·哈根、、、、、塔尔卡尼扬和波波维奇在马刺队度过了他们的整个教练生涯。
总教练."注意: 统计数据目前更新至2018–19赛季。"