FP-LC3的细胞所产生的GFP片段来评判细胞内自噬水平的变化。第三是以蛋白作为自噬活性指标，经常被科研人员用作自噬水平升高的辅助检测手段，然而需联合其他检测手段进行证实。第四是mRFP-GFP-LC3双萤光活细胞成像，实时动态监测自噬过程，并且能够通过颜色变化确定自噬潮水平的高低。第五是使用电子显微镜，然而对实验设备和实验者的技能与辨别能力要求较高，有学者推荐进行双盲实验来定量细胞中自噬体或自噬溶酶体数量。第六是流式细胞术，可以检测各个细胞时相的自噬水平，还可以直接计算出萤光强度和阳性细胞百分比，然而在细