噶尔亡，其族惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清，史称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦与霍集占佔据喀什噶尔与叶尔羌，意图自立。1758年干隆帝再命兆惠西征，兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌（今新疆莎车），反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围，兆惠与富德最终攻灭大小和卓，并让帕米尔高原以西的中亚各国成为藩属国。
西南土司.雍正听从鄂尔泰建议推行改土归流，废除具自治性质的土司，以地方官管理少数民族。干隆初年派张广泗平定贵州苗民之乱，随后清军前往平定大渡河上