登州时，纳袁保庆之子袁世凯于幕府，世凯年仅二十三岁，任营务处会办。长庆为人宽和慈爱，犯事士卒皆以训诲教之，世凯颇以为「过柔」，故请命，犯事者皆「军法从事」，以肃军风，从此军中颇定。长庆称世凯为「能将」，其间屡屡提拔，是世凯的恩师。1882年朝鲜王朝壬午兵变，朝廷命吴长庆为朝鲜事务大臣、幕僚马建忠、袁世凯等随往朝鲜镇压兵乱，吴长庆抢在日军之前进入汉城，日本公使花房义质也随即到汉城，逼迫朝鲜政府。马建忠设谋捕捉云岘君，马探望云岘君，并邀请其回访。云岘君回访清营，与吴长庆汉文笔谈，发觉态势不对，在笔谈中对吴长