旭烈兀汗率领的蒙古军队攻占了巴格达，结束了阿拔斯王朝的统治。在这一时期，巴士拉曾向蒙古人投降，因而未被屠城。十四世纪马木路克王朝和蒙古人的地图各自将巴士拉列为其领土。伊儿汗国分裂后，巴士拉属札剌亦儿王朝。1411年被黑羊王朝占领。1534年，巴士拉向奥斯曼帝国投降。1538年，设立了（）。在17世纪初，巴士拉的人口达到了大约50,000人。
近现代.1775至1779年，桑德王朝短暂地占领了巴士拉。19世纪行政区划改革后，巴士拉被划入巴格达州。在1884年，由于当地什叶派日益增加的