间面积、汽车南站选址等发生分歧，南京政府的方案最后经过的再三坚持以及说服才得以实行。2008年1月10日南京南站开工，作为京沪高速铁路江苏段的“发令枪”。2011年2月20日南京南站主体结构封顶。2011年5月30日南京南站南站房完工。6月9日起京沪高速铁路开始全线试运行，南京南站开始接发试运营列车。6月28日，南京南站开始营运。但由于京沪高速铁路尚未开通，南京南站仅有售票业务。同日，下关、汉中门、中华门（含雨花管理点）、马群等4个汽车客运站关闭。6月30日京沪高速铁路全线开通，南京南站正式开始办理旅客