校舍正式成为九龙华仁的分校。高班的学级迁到分校上课，由主理，而由当时校长林海澜主理的低班学级则维持在华仁的奶路臣街校舍上课, 港九两所华仁从此分开各自运作。
二战时期.1941年12月8日，日本开始进攻香港。新界及九龙沦陷后，驻港英军撤出九龙，九龙陷入无政府状态。奶路臣街和柯士甸道的校舍在战时遭到抢掠，学校档案散失不全，只有两位校长林海澜和周清霖填写之学校日志得以保存。同年12月，日军攻进九龙西，耶稣会教士协助居民撤退到香港岛，九龙华仁被迫封校。日佔时期，困难情况下华仁继续授课