在1340年代饱经饥荒和叛乱折磨，他亲眼看着帝国衰落，原来在1320年代征服的地区大多失去控制。在他的晚年统治期间，德干高原纷纷建立了一些新的王朝，如原来的部下──将军阿拉丁·哈桑·巴赫曼沙阿（Ala-ud-Din Bahman）在1347年建立的巴赫曼尼苏丹国。
宗教包容.穆罕默德·宾·图格鲁克相对宽容，容许印度教和耆那教徒居住在德里，这政策被他的甥姪菲鲁兹沙·图格鲁克（Firuz Shah Tughluq）颠倒。