时间均约50分钟。另外，立荣班机每天往返台中国际机场与马祖南竿机场一个班次，航行时间约70分钟。如果因为天候不佳，则实施「南机北降」，旅客由北竿机场下机后搭车前往白沙港，转乘每小时一班的南、北竿交通船前往南竿福澳港，航程约12分钟。除了空运以外，从基隆港搭乘每星期六个航次的「台马之星」往返南竿也是另一种选择，航程约114海哩。由于台马轮需靠泊东引与南竿，因此航班的安排为单日先开往南竿，再到东引；双日则先开往东引，再到南竿。南竿乡与县内其他行政区的交通往来亦以海运为主，南、北竿两岛之间交通船每天开航十