阿尔山庙便少有信众来祭拜。2009年时，阿尔山庙除了两侧的几座喇嘛住所之外，四周基本是空地。寺院很小，大殿有左、右两座配殿。寺院自南到北建在一座逐渐升高的缓坡上。大殿（即原药品库房）建于1928年，1985年进行了修缮，为汉藏式建筑，砖木造，屋顶由歇山顶和平顶组成。歇山顶为铁皮铺成，坡式很缓。大殿面阔三间、进深四间，殿内供奉有药师佛、金刚手。