学校，并成为首任校长。设立后，长老会公义或正式承认平壤联合神学校的名称。1907年，第一届的7位学生（吉善宙牧师、邦基昌牧师等）毕业，他们当了朝鲜基督教长老会初期的牧师。1925年第二任校长就职。在日本帝国时代，日本朝鲜总督府强迫要求朝鲜人对日本神社进行参拜，平壤神学校拒绝参拜，而遭到统治当局的严重打压，学校于1930年代被迫闭校。神社参拜的反对者被日本当局关入监狱，部分人士死于狱中。其中之一包括殉教者朱基彻牧师。1940年一君牧师在首尔仁寺洞设立朝鲜神学院（朝鲜汉字：朝鲜神学校）（现在韩神大学