其与作为《中华民国刑法》基础的罪刑法定原则有所牴触。此外，该法的规定：「犯刑法第一百条第一项、第一百零一条第一项、第一百零三条第一项、第一百零四条第一项之罪者；处死刑，刑法第一百零三条第一项、第一百零四条第一项未遂犯罚之。」，被俗称为「二条一」；这项唯一死刑的规定以及戒严体制下的运作使得许多民众因而受害。再加上案件的审理皆由军法机关审理(第10条：犯本条例之罪者，军人由军事机关审判，非军人由司法机关审判，其在戒严区域犯之者，不论身分概由军事机关审判之)，使得涉案的一般平民并无法取得《中华民国宪法》所赋予的司