关于二战的展品是博物馆最主要的收藏。有许多摄影板展示马耳他在战争时期的生活，尤其是平民的困苦以及轴心国轰炸所造成的破坏。其中一件展品是格斗士战斗机N5520的机身——哈尔法飞行编队的唯一幸存者。还展出了罗斯福、艾森豪威尔用过的威利吉普车“Husky”。乔治六世颁给马耳他的乔治十字勋章也在展品之列。展品还包括坠机的残骸、俘获的德国机枪、鱼类、战壕土以及其他武器。