西之京站是一座地上站；站台为侧式站台，具备容纳6辆编组列车的能力。检票口和站厅位于地下，站台位于地上。检票口各设在东西两处，出入口位于橿原方向的站台两侧。作为天理站管理的有人站，西之京站设置了适用于PiTaPa和ICOCA的自动验票机以及（也适用于回数券及IC卡的充值）。只有在后述的特急列车停车的时间段，才可以在车站窗口购买特急票，但平日和休息日的销售时间段不同，且无法购买定期票。