闽清县十五都一个乡绅家庭，是家里的第十个孩子，兄弟排行第六。因父亲重视教育而接受了高等教育。1936年，吴其轺在青岛求学期间看到大街上的一则黄埔军校笕桥中央航校招生的告示。他便写信给父亲，希望父亲批准他投笔从戎，并不等父亲回信就退学。之后考取了杭州笕桥空军军官学校第11期学习。
军中服役.1941年毕业后，他被编入中国空军第五大队，驻守芷江机场，授衔少尉。抗战胜利之后，由于参加了88次空中作战，获颁“飞行优异十字勋章”、“航空勋章”和“单位集体荣誉勋章” 。1944年，陈纳德将军视