炮兵工程系、装甲兵工程系、工兵工程系分出，分别组建各兵种的工程学院。1960年6月，炮兵工程系迁往武昌，与武昌高级军械技术学校合并，成立中国人民解放军炮兵工程学院（后为南京理工大学）。1960年6月，学院成立原子化学防护系。1960年8月3日，中国人民解放军总政治部批准学院成立军事法院，军事检察院。1960年8月15日，苏联政府撤走在学院工作的全部苏联专家。1961年5月，装甲兵工程系迁往西安，成立中国人民解放军装甲兵工程学院。1961年6月，工兵工程系迁往西安，成立中国人民解放军工程兵工程学院（后迁南