在此期间，重衡在战场上非常活跃。同年10月，他在水岛之战中击毙源氏的足利义清；11月又在室山之战中打败源行家，给了木曾义仲以沉重打击。义仲不得不派儿子源义基为人质，与源赖朝联盟。翌年正月，赖朝派蒲冠者源范赖、九郎判官源义经支援义仲。此间，平家曾一度自摄津、福原出兵，欲夺回京都；但同年2月，平家在一之谷遭范赖、义经的重创。重衡在逃跑中跨下之马中箭，为源氏所俘。随后被押解进京，由土肥实平看守。后白河法皇遣藤原定长为使，希望以释放重衡为条件，换取被平家据有的三神器，但被平宗盛断然拒绝。同年3月，重衡被解往镰仓