由英国制造的20型电力传动柴油机车开始在马来亚投入运用。同时亦标志着马来亚铁路干线牵引动力内燃化的开始。1960年起，继电器联锁控制系统和无凭证半自动闭塞系统开始在部分车站和线路区段使用。1962年12月至1963年1月，马来亚铁路工人发起持续33天的大罢工，向铁路管理当局要求增加工资及改善工作条件，这是马来亚当时规模最大的工业行动，逾14000名铁路职工参加了大罢工，使马来亚联邦的铁路运输系统彻底瘫痪，事件最终使政府不得不作出让步而结束。1963年，马来亚和新加坡、砂拉越与沙巴组成新的联邦国家——马来西亚