始使用ATS-P防护系统，高崎机关区的EF65型基本番台、500番台电力机车全部停运。至此，JR货物拥有的500番台机车已全部脱离运用，除了535号机车获得保留外其余机车均被报废。高崎机关区的部分基本番台机车转配属冈山机关区。2009年3月，随着EH200型电力机车投入上越线运用，置换出来的EF64型1000番台机车也逐渐承担了原本由EF65型1000番台机车担当的货物列车牵引任务，高崎机关区的所有EF65型电力机车转配属冈山机关区和新鹤见机关区。2011年3月调图之后，JR货物将EF65型电力机车全部