巴图尔珲台吉的儿子僧格被杀后，他的异母弟噶尔丹夺得了准噶尔的统治权。1678年，西藏的五世达赖赐噶尔丹可汗号（噶尔丹为准噶尔汗国统治者中唯一一位称汗者）。此年噶尔丹出兵南疆，占领叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下。1688年噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。同年，康熙帝决计亲征，组织左右两路大军，分别出古北口和喜峰口。8月1日，双方大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘