回领地途中在船上病发，6月24日病死于肥后的主城熊本城，终年五十，其死因亦有所争议，包括梅毒、花柳病、癞疮等。但有不少人认爲是德川家康爲了要摧毁大坂政权的保护伞，所以在二条城会面时，以毒馒头毒杀清正。墓地位于熊本市花园发星山本妙寺中净池庙以及山形县鹤冈市丸冈金峰山天泽寺。位牌在东京都港区白金台最正山觉林寺。此外，在东京都大田区长荣山大国院本门寺有清正的供养塔。在熊本市内也有一座加藤神社。明治43年（1910年）赠从三位。清正死后，家督由忠广继承，1632年被初次掌权的幕府将军德川家光改易到出羽国，石