命”期间，热振寺建筑全部被毁，成为一片废墟。改革开放之后，热振寺逐渐修复。1983年，热振寺经拉萨市人民政府批准修复开放。1995年，时任中共中央总书记江泽民为热振寺题词“爱国爱教，团结进步。”2000年7月14日，经人民政府批准，第七世热振活佛举行坐床典礼，西藏自治区、拉萨市的领导来到热振寺祝贺。
管理.热振寺建成后的数百年间，教法传承均为师弟相传，由阿底峡的弟子以及仲敦巴的弟子继续担任热振寺的堪布。第一任堪布仲敦巴1064年圆寂后，由阿底峡的另一位弟子南交钦波（1015年－