寒不同，不是由皮肤侵入，而是由口鼻侵入，再潜伏于半表半里的募原之间，这个观点影响了叶天士的三焦辨证。在《温疫论》提出的达原饮，为其着名处方，主治瘟疫或疟疾。2003年，曾以达原饮来治疗zh-tw:SARS;zh-cn:非典。《温疫论》中提到的大黄，曾用于治疗禽流感。吴鞠通等医家虽受他的思想影响，但也批评他的方剂组成中多用大黄，有过于苦寒之弊。
流行文化.2013年的中国电影《大明劫》，以吴有性为主角（冯远征饰）。