小型车辆，每次载运机车需付50元新台币或脚踏车等小型车辆20元新台币（拥有户籍之县民，金门县政府有补助）。金门地区的居民于搭乘地区公共车船时，可持金门县公共车船管理处发行的金门交通卡，在上下车船时于电子感应器前感应刷卡，即可免费搭乘。其他地区民众可刷行悠游卡、一卡通付费。搭乘地区公共运输船需另付保险费用，其交通费用由金门县议会拨款补助。乌坵乡原属莆田县，与金门本岛间并无直接航班，仅有台中港有航次连络。
航空.金门机场为金门县对外交通的重要枢纽，目前有往台北、台中、嘉义、台南、