.由火山运动，大火，气候变化所致的栖息地细碎化已在化石中找到证据。例如，三亿年前Eurameric热带雨林中的栖息地细碎化导致了两栖类动物多样性的大大减少，但同时相对干燥的气候又引起了爬行类的大繁荣。
人类因素.当人类清除当地植被来进行农业生产，乡村发展，城市化或建设水电站时常常导致栖息地细碎化。各个小块之间被作物，道路，牧场甚至是荒地所隔离。荒地常常是热带雨林中的刀耕火种的结果。在澳大利亚中南部南威尔士的玉米带，90%的原始植被都被砍伐； 99%的北美高草草原都被清除，导致了严