置多个职能部门协调相关工作，下设党政办公室、组织部/统战部、宣传部、纪委办/监察室、工会、教务部、研究生院、规划发展部、社会科学部、科学技术部、学生部/武装部、国际交流与合作部、人力资源部、计划财务部、实验室与国有资产管理部、后勤保障部、安全保卫部、校友联络部/基金会、丽湖校区管理办公室等。此外，深圳大学还设置图书馆、信息中心等教辅单位，并管理校办企业深圳大学资产经营有限公司。
学校环境.深大宣告成立之时校园尚未起建，由当时清华大学包括罗征启、李钰年、谢照唐、王炜钰、梁鸿文在内