后援不足，多数将领主张撤退（金方庆反对）。于是忻都下令撤退，撤退当晚竟遭到台风侵袭，「会夜大风雨，战舰触巖崖多败」，二十一日晨海面上只剩下一些破碎的木片，元军损失一万三千余人，大多死于这场风暴。最后辗转回到中国的只剩下一万三千五百人。而忻都则虏了两百名日本人，献给高丽王。文永之役后，鎌仓幕府为防元军再犯，沿博多湾海岸西从今津东至香椎，修造了约二十公里的石垒，以阻止元军登陆，即所谓元寇防垒。
第二次战争经过.第一次攻打日本失败后，高丽国王多次与元朝谈判，反对进一步的侵略日本计划。