击败北京国安、吉达阿赫利和德黑兰独立，杀入2013年亚足联冠军联赛决赛。在决赛的较量中首尔FC以2－2的比分与2012年中超联赛冠军广州恒大战平，因客场进球的劣势屈居亚军。这是首尔FC参与洲际赛事的最好成绩。崔龙洙于当年亦被评为亚足联年度主教练。2014赛季，首尔多名主力离队，后卫阿迪尔森退役进入教练组，中场核心河大成加盟中超俱乐部北京国安，而德扬亦离队加盟江苏舜天。首尔则引进西班牙后卫奥斯马尔·巴尔瓦和巴西前锋埃韦顿·桑托斯填补空缺。最终，首尔获得联赛季军，亚冠联赛中于半决赛为当季冠军西悉尼流浪者所淘