得以进入斯特拉斯堡大学和博格斯大学读书，在巴黎他找到了一位慷慨的资助人。1535年，法国各地发生针对新教徒的迫害活动，格斯纳回到了苏黎世，草草结了婚。不久他的朋友们帮助他进入巴塞尔大学就读。1537年他担任新成立的洛桑大学的希腊语教授，空闲时会从事植物学的研究。同年他编写的一部希腊-拉丁语词典出版，这是他出版的第一部着作。1540-1541年他到医学院很有名气的蒙彼利埃大学就读，1541年获得了巴塞尔大学的医学博士学位，博士论文为讨论心脏和大脑和人类情绪的关系，他倾向于认为大脑控制着人的情绪。之后在苏黎