1年后再度交由本多氏治理直到江户时代结束。而滋贺郡北部区域在1698年后曾封给同是谱代大名的并设立，但在1826年堀田氏改封至下野国后，藩厅亦随之移至下野国的佐野，因而也更名为，因此滋贺郡的北部区域成为佐野藩的飞地领地。此外，滋贺郡内还有小部分区域分属、淀藩、狭山藩，也有属于寺舍、公家、门迹的领地。江户时代幕府为管理此地的直属领地，曾在此设置，19世纪末明治维新后，日本新政府于1868年设立了大津裁判所取代大津奉行，两个月后大津裁判所改设为大津县，1871年实施废藩置县后，原本属于各藩的区域改隶属膳所县