金属蛋白酶（ 或 ）是指任意催化机理涉及金属离子的蛋白酶，例如基质金属蛋白酶，可以分解各种细胞外基质蛋白。大部分的金属蛋白酶需要锌离子作为辅基，但有一些使用钴。使用EDTA、邻二氮菲等螯合剂可使金属蛋白酶完全失活，EDTA可从蛋白酶中夺走二价的锌离子从而使蛋白酶失活。