福建省的台湾府和台北府，原福建巡抚刘铭传改任台湾巡抚，台湾建省经费主要由福建财政承担。刘铭传在台湾巡抚任内，扩大抚番，增设郡县，并推动一系列洋务改革，将台湾建设成了当时大清帝国近代化程度最高的行省。
清朝割让台湾予日本.大清在甲午战争中被日本打败，于1895年4月17日签署马关条约，割让台湾及澎湖予日本。消息传至台湾，时任台湾巡抚唐景崧在5月25日发表《台湾民主国独立宣言》，但仍奉清朝为宗主国。6月2日，清日双方完成台湾交接，日军于10月21日进入台南灭掉台湾民主国政权。台湾成为日