酶区，其中的C-端已被确认起着调解胞嘧啶脱氨基的作用。这两个区都分别含有一个催化区，它们是CD1区和CD2区。利用四聚体APOBEC2（A2）蛋白的晶体，可以推断A3G上的残基存在着电势来调解蛋白质的齐聚反应。在胞嘧啶脱氨酶区不活跃的N-端上，由酪氨酸-124和色氨酸-127调解着A3G的齐聚反应，这使得它可以被包装进HIV-1的病毒颗粒中。A3G在A2模板结构上的同源建模说明它通过二聚体界面形成了一个正电荷堆积的区域。这个正电荷区域促进了A3G的齐聚反应和提高了它的抗病毒能力。