年1月，朝鲜高宗崩御是被日本人毒杀的流言引起朝鲜境内不满，他是三一独立运动的独立宣言书起草人，3月3日被日本逮捕。1927年发行《朝鲜与朝鲜民族》第1集，提出以桓雄与檀君为代表的「」（），认为古代中国与日本的文化也起源朝鲜。1928年12月、崔南善任朝鲜总督府朝鲜史编修会的委员，1939年出任满州国长春的建国大学教授。1949年，被李承晚政府以反民族行为处罚法逮捕，1950年6月韩战爆发，长女被共产党徒虐杀，三子汉俭失踪，长子汉因死的不幸使他烧掉17万册藏书。1955年4月开始在大韩民国国军的陆军大学校任国