两个碳原子，剩下缩短的醯基辅酶A会继续进行反应直到脂肪酸彻底分解。上述生成的乙醯辅酶A可以进一步送到三羧酸循环中生成高能量产物。一单位的乙醯辅酶A可以生成三单位的菸硷醯胺腺嘌呤二核苷酸（NADH）、一单位的黄素腺嘌呤二核苷酸（FADH）和一单位的三磷酸鸟苷（GTP）。产物经氧化磷酸化后可以产生10个三磷酸腺苷（ATP），提供身体所需能量来源。除了进行三羧酸循环外，在肝脏中，乙醯辅酶A可以透过生酮作用产生酮体。因为在低血糖时，草醯乙酸被用于糖质新生而无法进行三羧酸循环，因此过量的乙醯辅酶A转而用于产生