投降战争结束，黄彰辉也开始申请返台，却因为英国仍处于复原期而无法成行。1946年，黄彰辉写信给驻伦敦中华民国领事馆申请中华民国护照。于1947年返台。1948年出任台南神学院院长，成为首任台湾人院长，并与黄武东牧师参与东海大学的筹设。1957年台湾基督长老教会总会选出黄彰辉为议长，黄武东为总干事。自1950年代末期起，以蒋介石为首的国民党政权就开始以怀疑的眼光视台湾基督长老教会为「台湾人意识和情感」的重镇，在这敏感的时刻，长老教会所归属的普世教协主张应该让中国加入联合国，确信只有当带有强烈不可确定性的中