批4架MD-90，但上飞的生产进度一再推迟，资金计画一再突破；而在1997年麦道被波音併购后，更宣佈MD-90将会停产。1998年6月，中方经评估后放弃了MD-90专案，并与波音公司「同步停产」，最终MD-90只生产了2架。这2架飞机曾隶属于中国北方航空，之后随着该公司的13架MD-90机队一同转到中国南方航空旗下。上飞公司在麦道项目上投入的几十亿变成了无法转化为生产效益的“呆帐”。上海飞机设计研究所（640所）为了维持生计，为上海汽车制造公司研发电脑辅助设计软体，结果研究人员大量跳槽上汽旗下。