年（清同治七年）底，爆发清国和英国之间因为樟脑问题而引发的纠纷，双方谈判破裂导致英国于11月25日派英舰Algrine号及Bustard号进入打狗港，转向安平英军进攻安平水师镇，一度攻陷占领安平全市街，英舰开砲，船砲命中安平古堡城内军火库引发爆炸，是为樟脑战争。战后双方于11月29日签订《樟脑条约》，清方除了必须赔偿费用外，并必须放弃樟脑专卖。此时期亦出现英国探险家及传教士来台探险与传教，留下许多报告。如曾任打狗领事的郇和，留下许多鸟类和哺乳动物记录，先后发现了包括蓝鹇、朱鹂在内的十数种台湾特有鸟种和亚