以弗所公会议召开后，多个派别的冲突虽然被调解，但是聂氏被革除牧首的职务，其教派亦定作异端，最终客死在埃及。1895年，聂斯脱里晚年的一部着作《大马色人纥拉克斯的记述》（The Treatise of Heraclides of Damascus）在叙利亚被发现。在该书中聂斯脱里否认以弗所公会议的指责，并为自己辩护。聂斯脱里的解释与传统天主教会对他的观点不同，和正统的基督论相近，从而有学者开始怀疑「聂斯脱里主义」是否真的是教会传统指控的「不属于三位一体范畴的教义」以及以弗所公会议的结论是否客观公正。1