队，但也失去球队主力的位置。 2005赛季，他仅得到2次出场机会，跟随球队获得中甲联赛亚军，升级到中超联赛。2006赛季，他依然是球队的替补球员，不过在8月27日长春亚泰3比0击败深圳金威的比赛中，他头球破门射进职业生涯的首个进球。2007赛季，在高洪波接任球队主教练后，王万鹏重新获得主力地位，他出场26次，帮助球队历史上首次夺得中超联赛冠军。2008年3月19日，王万鹏在2008年亚足联冠军联赛小组赛长春亚泰客场0比0逼平阿德莱德联膝盖受伤，最终确诊为十字韧带断裂，4月7日手术后缺席整个赛季的比赛。