有许多珊瑚丘、小沙洲及浅滩暗礁等分布，环礁外水深25公尺以深则为陡坡或断崖，几乎呈垂直下降至深海。环礁的西北、西南各有一天然缺口，东沙岛恰位于此缺口中间，形成所谓的南、北水道，是进入内环礁水域的主要通道。东沙岛属热带季风气候，冬季受东北季风、夏季受西南季风影响。每年4至11月偶然现台风来袭，但8、9月相对较多，除台风来袭外一般风浪均属微弱。雨量以夏季及秋季较多，冬季较少。而东沙海域表层水温约在21~30℃之间。
自然生态.东沙岛附近的海藻属于热带性海藻，与菲律宾北部海域的海藻相