直到1905年，奈良铁道被併入关西铁道，更于两年后废除大佛线，木津至奈良的这段奈良线区间被划归关西铁道本线，并改木津至加茂为本线，自此奈良线不再进入奈良。同年10月，关西铁道旋即被日本政府收购国有化，关西铁道本线被改为今天的关西本线，即便后来历经国铁分割民营化而成为JR西日本的路线之一，奈良线的情况还是延续下来。