铁路系统中重新铺设了总长达16,148公里的准轨铁路 。德意志国铁路的后勤运输对于实施侵略战争的作用非常重要，入侵苏联的的筹备工作便造就了历史上最大规模的铁路行军。德意志国铁路也是犹太人大屠杀的重要参与者，德意志国铁路使用运送家畜的棚车将成千上万的犹太人及其它大屠杀受害者从欧洲各个城市遣送至灭绝营或集中营，成为对犹太人实施种族灭绝的最终解决方案得以有效实施的关键所在。在主要的遣送车站，法兰克福的格罗斯马克哈勒货运站自1997年以来，已设有纪念牌匾。在这一时期的前六年半时间里，德意志国铁路的显着特性是