1948年4月刘玉章接任52军军长一职。9月22日，刘玉章被晋授陆军中将。辽西会战（辽沈战役）进入白热化时，蒋中正在北平圆恩寺行邸召集傅作义、卫立煌、杜聿明开会。刘玉章认为锦州“守且不足，攻更危险”，不愿归廖耀湘指挥西进。刘亲自到沈阳经东北剿匪总司令卫立煌批准，受命先占领营口掩护后方。10月31日刘玉章指挥所部逐次登上海轮撤往葫芦岛，刘搭乘最后一艘军舰离去，当时解放军炮弹已经落弹于港内，数百位刘部警卫团战士不及撤退遭俘，刘于舰上痛哭不已。1949年夏，52军参加了上海战役，于月浦之战和解放军进行激战。刘玉