58年，他晋升为中将，又被委任为军校校长。1959年被任命为第2军军长，翌年又再升为上将。1962年的最高人民会议选举中，他成功当选为代议员，并在随后的一届连任。同时，他还被委任朝鲜劳动党中央书记和总政治局长。1968年起兼任对南工作。1969年，金日成的唯一思想体系已被确立，其势力进一步扩大，许凤学因而失势并被肃清(被金日成指责搞军阀官僚主义)，后下落不明。