女神通过锻造玛娜之剑，击败八个「玛娜神兽」并将其封印在八个玛娜之石，创造了游戏世界，然后将自己变成玛娜之树陷入沉睡。游戏在一个玛娜开始消退，和平结束的时代开始——几个人谋划解开神兽的封印获得强大力量、政治和魔法。游戏并非《圣剑传说2》的后传；系列创作人石井浩一称，玛娜游戏并不发生在完全相同的世界，不同游戏间共通角色和元素最好的解释为互相平行；较之于故事层面的联系，各作品间的联系只有业力层面。然而2007年的《》是《圣剑传说3》的直系续作，设定于故事发生前的19年。
角色.角色（及对