《台湾通史》所载蒋元枢与怪僧月事乃抄自《清朝野史大观》一书。连横甚至杜撰〈朱一贵起事檄〉。《台湾通史》误把台湾地名由来说为「埋冤」，认为埋冤本来是纪录先民艰辛开垦的情状，后来因为名字不吉利，而改成跟台湾闽南语发音一样的「台湾」。但事实上，「台湾」一词早在明朝泰昌元年（1620年）就首次出现于公文上，明末何乔远所着之《镜山全集》中，也出现「台湾」这个名称。而大量移民形成「埋冤」之地，却发生在清领初期，所以《台湾通史》的说法并不正确。连横在卷一〈开辟纪〉的纪载亦引发相关争议。吴密察认为〈与荷兰守将书〉系由连