国道、京承高速公路、京密高速公路等干道纵横穿过怀柔科学城，北京市郊铁路怀柔－密云线及通密线支线经过科学城西侧，设有雁栖湖站以及怀柔北站，在建的京哈客运专线京沈段则在科学城南侧设怀柔南站。
轨道交通.怀柔科学城计划利用京承铁路、京通铁路和京沈客运专线提供多层级轨道交通服务，包括高速和城际铁路、区域快线（含市郊铁路）等，同时将结合轨道站点布局轨道微中心。
城市路网.怀柔科学城规划有“八横五纵”的城市路网主廊道。