丰前的宇佐半郡变成丰臣家的直辖领地，后来变成丰臣家奉行等的领地。此后，依次被幽闭在武藏国江户（德川氏）、常陆国水户（佐竹氏）、周防国山口（毛利氏）等地。旧大友家的有力家臣们都为了大友家再兴，而成为其他大名的客将。
秀赖时代.庆长3年（1598年），因为秀吉死去，翌年（1599年），被赦免罪行，于是脱离幽闭状态。在大坂城下建立屋敷，并仕于丰臣秀赖成为当主的丰臣家。庆长5年（1600年），在关原之战中，被软禁在德川家的嫡子义乘被德川家康允许成为嫡男秀忠的近侍，忠臣吉弘统幸谏言应该加