两种相互竞争的假说，即“勐兽有蹄类假说”和“飞马勐兽类假说”。“勐兽有蹄类假说”认为，与勐兽类亲缘关系最近的一支动物为真有蹄类（包含奇蹄目和鲸偶蹄目等），牠们互为姊妹群，共同组成勐兽有蹄类（Ferungulata）。2006 年来自日本的另一项系统发育研究认为，与勐兽类最亲近的类群为奇蹄目，其次为翼手目（蝙蝠）。勐兽类与奇蹄目共同组成朋兽类（Zooamata），再加上翼手目组成飞马勐兽类（Pegasoferae），而鲸偶蹄目则是牠们的外类群。后续发表的一些分子研究未能支持此观点，特别是 2011 和