遭媒体爆料与黄芳彦医师、立法院院长王金平聚餐，而遭到基层检察官与媒体质疑。陈瑞仁检察官及检察官改革协会俱发表声明，严厉批评陈聪明，甚至不惜推动检察总长的退场机制，但2007年3月30日法务部所公布之调查报告中，并无任何违法部分。2008年爆发陈前总统国务机要费案后，前调查局长叶盛茂声称曾在2008年2月初携带艾格蒙联盟相关公文面呈陈聪明。陈聪明严词否认，后叶盛茂在2008年10月14日庭讯时，当庭承认并未将相关公文交给陈聪明。立法委员吴敦义在2008年9月24日立法院质询时，爆料陈聪明曾于检方搜索陈前总统住