车站，南北侧线路为肥萨线，东侧分歧出吉都线，北侧天桥可提供旅客往来于月台与站房间，另外靠站房侧的岸式月台目前停用中。现在的站房是在昭和43年（1968年）4月改建完成，採用钢筋混凝土所建造的二层楼建筑，一楼设有候车室、剪票口与收票口。由于往真幸站、矢岳站与大畑站的旅客稀少，剪票口上并未列出其票价。吉松站亦发售真幸站与「鹤丸 - 吉松 - 真幸」间的纪念车票。目前JR九州在此设立CTC调度中心，负责肥萨线与吉都线的列车运行、车辆调度与驾驶排班业务。剪、收票业务委託JR九州的子公司九州交通企划办理。