武德九年六月初四，李世民率尉迟敬德、侯君集、张公谨、刘师立、公孙武达、独孤彦云、杜君绰、郑仁泰、李孟尝等九将伏兵于玄武门(长安太极宫北面正门)内，杀死太子李建成、齐王李元吉，夺得帝位。以功被封为开国县侯，实食绵州食邑四百户。李世民即位后杜君绰晋升为怀宁县开国公，食邑一千户。任忠武将军，行左监门中郎将，加护军。担任玄武北门、翠微宫、玉华宫等宫殿的守将，贞观二十三年(649年) ，正除右领军将军，加上护军。永徽初年(650年) ，兼任检校左武卫将军，又检校右武侯大将军，兼知右厢诸门兵马队使。不久调往东都