它始创于1665年，是世界上最早专注于科学的期刊。因为该期刊在创办以来一直在持续出版，该期刊也是世界上运营时间最长的科学期刊。期刊标题中的词语“哲学”（philosophical）源于“自然哲学”（natural philosophy），也就是现在所说的科学（science）。
历史.自然科学会报的第一期出版于皇家学会成立后的第六年，1665年3月6日。改期会报由皇家学会的第一任秘书（Henry Oldenburg）编辑和出版。几个世纪以来，有许多重要的科学发现在《自然科学会报》上