Donkey网络不同，不依赖中央服务器，而是使用了分散式杂凑表计算系统。搜索更改为以unicode搜索，这使得用户可以搜索非拉丁字符。同时，也可以搜索到eDonkey网络上的未完成文件的来源。此版还加入了一个损坏来源列表，能够自动向列表中加入连接失败的IP地址，在一段时间内将不再向此地址进行连接。eMule 0.46b加入“eMule收藏集”功能，可以将许多eD2k链接发布为一个收藏集来下载。2007年开始，一些ISP对一些P2P端口使用了带宽限制。于是eMule 0.47b相应地加入了模煳协议，它