，明孝宗也十分信任他。从太子太保屡加至少保兼太子太傅（弘治五年官衔为资德大夫正治上卿太子少保兵部尚书奉敕提督京营军务侍经筵），经常给他赏赐，诸大臣无人能比。吏部尚书屠滽被罢免，廷议推举马文升代替。而御史魏英等说兵部非马文升不可，明孝宗也这样认为。就命倪岳任吏部尚书，而加封马文升少傅来安慰他。倪岳去世，由马文升代替倪岳任吏部尚书。南京、凤阳发生大风雨，房屋被毁坏，树木被风拔起来，马文升请求明孝宗减食撤乐，修德反省过失，开御前讲席，断绝游玩和宴饮，停办非急务之事，停止额外织造，赈济灾民，捕捉盗贼。事后，马文