求神仙与长生不老，但都未果。隔年，由于方士侯生与卢生二人批评秦始皇的行为，而后逃去。秦始皇大怒，审问咸阳所有儒生（秦朝儒生大多兼方士），但都不愿承罪，于是都被活埋，史称「坑儒」。由此可见，晚年的秦始皇想借焚书坑儒来加强思想的控制。对外方面，秦朝北方有匈奴、东胡与月氏等民族，其中匈奴与东胡对秦朝威胁极大。秦始皇三十三年（前214年），因方士所言「亡秦者胡也」的谶语，秦始皇命蒙恬率三十万大军北伐匈奴，占领河套地区，即九原郡，并且移民建长城。为了防范匈奴入侵，在前214年至前213年间，兴建由九原通往咸阳西北