宗祠又到白河大地震影响而受创，部分木结构变形。到了民国七十年（1981年）时，沈有兴借用宗祠作为木材加工厂，期间曾协助维护宗祠，更换过5、6根腐朽的樑木。民国九十年（2001年）为了古蹟或历史建筑的申请，沈有兴配合环境需要而将木工场迁离。之后由于921大地震的关系，宗祠结构受损更加严重，台南县政府文化局遂于2002年5月邀学者专家会勘，之后文建会来函表示若沈氏宗祠列为古蹟的话可补助500万修缮经费，而仅列为历史建筑的话则补助款只有一半。南县文化局在该年8月28日召开审查会后于隔年1月22日将宗祠公告为历