贬为越州（治今浙江省绍兴市）教授。当时浙东有民起事，他捕获后因为是饥民，释放其大部。秦桧死后，朱倬知惠州（治今广东惠阳东），陛辞皇帝，宋高宗知朱倬被秦桧压制，命他为国子监丞，历任浙西提举、右正言、御史中丞。上奏发仓廪、蠲米价、减私盐、核军食。知贡举，迁参知政事。绍兴三十一年（1161年）三月庚寅，拜尚书右仆射。金朝皇帝完颜亮率兵临江，朱倬荐史浩、虞允文、王淮、陈俊卿、刘珙等人。宋高宗有禅位之意，朱倬密奏阻挡，于是不安求去。绍兴三十二年（1162年）六月乙亥，罢相以观文殿学士，提举江州（治今江西省九江市）太平