1932年1月28日一二八事变后，复设国民政府军事委员会；1937年卢沟桥事变后的9月，国民政府军事委员会成为实际的政治行政中心，国民政府主席为虚位元首，直至抗战结束后缩编军事委员会。
宪政时期.1948年5月20日，依《中华民国宪法》以总统和五院中央体制正式取代国民政府。
未来发展.在1949年（民国38年）政府迁台后修订的《行政院组织法》中，明文设置的中央行政机关仅有8部2会，但随着社会的发展，早已不足以应付政府运作的需求，故自1970年代起，行