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被捕入狱.1989年7月2日，在北京被捕，关押于秦城监狱。1991年，以“反革命宣传煽动罪”被判4年徒刑。1993年2月获释后继续在大陆从事政治反对派运动，筹集“互助捐款”资助政治犯家属，发起公民上书运动，并担任总部设于纽约的“中国人权”组织的理事。1995年5月21日，再次被捕，并于1996年10月30日以“阴谋颠覆政府罪”被中国政府判刑11年，先后关押于北京市半步桥看守所和辽宁省锦州监狱。入狱后，从1997年9月起，王丹家属数度写信给中华人民共和国司法部，称王丹