ction::::福浦校区.金泽八景校区位于神奈川县横浜市金泽区福浦3-9。由医学部使用。除基础研究楼、临床研究楼、实习楼、医学情报中心、动物实验中心等设施外，横滨市立大学附属医院即位于该校区内。
鹤见校区.鹤见校区位于神奈川县横浜市鹤见区末广町1-7-29，由学部改组前的国际综合科学部（理学系生命医科学学科）和2019年4月新设的理学部使用。除讲义楼和试验楼外，理化学研究所和NMR楼均位于该校区内。
舞冈校区.舞冈校区位于神奈川县横浜市户冢区舞