1年半后而结束。随着德川庆喜的大政奉还以及鸟羽伏见之战的爆发、日本因此陷入混乱状态。在凌云到达江户湾时、幕府已经崩坏、江户城也被萨长势力夺下、主公庆喜也被软禁在水户。凌云为了报答幕府让他留学的恩情、于是与前往虾夷地创立国家的榎本武扬会合并以医生身分参加箱馆战争。进入箱馆时、凌云就任箱馆医院院长。这是受到榎本的请託而就任、但他也对榎本提出「对于医院一切营运不能插手」的条件。在这里，凌云对余伤者不论敌我方皆会加以治疗。最初因为敌我方士兵一起接受治疗而产生混乱或反抗、但凌云也因为在巴黎留学时学到的精神、毅然地