翰林学士已不能查看诰敕，改由内阁掌管。此后制订诰敕等机密大事全由阁臣操办，翰林院已无法干预。即使如此，内阁重臣仍皆出身翰林，「非翰林不入内阁」。
清朝.清初翰林之职最初属于内三院，顺治之后沿袭明制，设翰林院。但由于清朝统治者为满人，在官制上采取了均衡满汉的方略。设掌院学士二人，满、汉各一人；其下有侍读学士、侍讲学士、侍读、修撰、编修、典簿、检讨、待诏、庶吉士等。侍读学士以下逢四至五年需大考，不过者要被除名翰林，因此有“翰林怕大考”之说。这时的翰林院与明时一样，地位清显，但并不参与