98年列入铁道部制定的全国铁路总图规划。2002年，在香港特区政府、广东省政府的推动下，中央政府、中华人民共和国铁道部正式对广深港高速铁路立项研究。同年5月，深圳向铁道部提出将京广客运专线延伸至深圳，并与杭福深客运专线在深圳交汇。2004年1月，中国国务院原则通过了《国家中长期铁路网规划》，规划明确了京广深客运专线、杭福深客运专线将在深圳交汇。2005年3月，国家铁道部组织举行了《深圳铁路枢纽总图规划》专家评审会，明确提出深圳将逐步形成由广深铁路、京港客运专线和杭福深客运专线以及相关支线（平南、平盐铁路