卫战中加入义勇军团，参与医疗救援的工作，有次在乘搭救伤车途中遭日方狙击手射击，差一点命送黄泉。日军佔领香港后，大学停课，方心让举家经陆路出逃广西，但他担心自己的身份有机会连累家人，因而选择从海路逃往广州，但中途遇上海盗，一度流落荒岛，后来才获渔民救返大埔。潜回中国大陆后，方心让一度在某豉油厂任职经理。自1943年至1947年重返校园，于重庆的国立上海医学院继续学业。直到1945年，二战结束，香港重光，香港大学在翌年复课，方心让遂返港继续学业。到1948年的时候，英廷复向他补授防卫勋章，以肯定他在义勇军团