颁大紫荆勋章、科大和中大荣誉博士时，都有人因不满其任内施政而抗议。2007年12月6日，董建华在香港中文大学毕业典礼上获授予博士学位时，中大学生会成员曾用高音喇叭打断其演讲，招致保安阻止。并在港铁大学站和百万大道等处挂条幅抗议：“董建华祸港殃民有博士，刘遵义卖校求荣无廉耻。”2003年4月2日，当时正值沙士疫情爆发高峰，香港着名专栏作家陶杰在明报《黄金冒险号》专栏撰文〈下台吧，董建华〉，严厉抨击董建华施政，指其的「唯一贡献」，是证明了「英国人做得到的，中国人做不到」。文章又质疑「沙士疫症流行，特区根本没