rles Sibley）等人看出了用生物序列重建种系发生史的可能。至1960年代初期，蛋白质定序的技术已经允许比较同源胺基酸序列。1961年伊曼纽·马戈列许（Emanuel Margoliash）等人定序了马和另外几种生物的细胞色素c。1962年莱纳斯·鲍林和艾美·祖柯坎（Emile Zuckerkandl）提出了分子时钟，透过比较同源蛋白质的差异来推算双方分歧的时间。祖柯坎将他想到的概念用在鲍林的研究的血红素上，当时正由瓦特·薛德（Walter Schroeder）定序。结果不但符合已知的嵴椎动物种系