后除个别发现外，银杏科以外的银杏类植物已基本绝迹。晚白垩纪和古近纪，银杏（主要为银杏属Ginkgo 和似银杏属Ginkgoites）在欧亚大陆和北美高纬度地区呈环北极分佈，渐新世时由于寒冷气候不断向南迁徙，并在此之后不断衰落。银杏在中新世末在北美消失，上新世晚期在欧洲消失。250多万年前发生第四纪冰河时期，令银杏数量继续减少，面临绝灭的危机，而中国南部因地理位置适合和气候温和，成为银杏的最后栖息地。中国的银杏大化石纪录始于始新世；日本直至上新世，甚至更新世早期都有银杏叶化石发现，但没有发现繁殖器官。而现在的