因由西普连改制而成，而由西部方面普通科联队联队长豊田龙二1等陆佐接任首任联队长。第2水陆机动联队的首任联队长则为藤井义胜1等陆佐。
使用装备.2014年2月20日、日本政府以5亿日圆跟美国採购的4辆AAV-7两栖突击车运抵横滨港。该款战车是美国海军陆战队的主力运兵载具，日本预计在2014年至2018年间购入52辆AAV-7，以供水陆机动团使用。水陆机动团的装备需要自卫队现有设施的扩建，例如相浦驻屯地内预计增设的直升机紧急逃生、登陆作战等训练设施，而防卫省也因此与佐世保市政府