独立主教区处在混乱之中，因为马丁·路德的信教造成的影响日益扩大。趁着骑士团的虚弱的机会，俄罗斯沙皇伊凡雷帝在1558年入侵立窝尼亚，以获得波罗的海出海口。不管怎样，瑞典和波兰立陶宛联邦作为立窝尼亚骑士团的盟友加入这场战争，爆发了几乎25年的战争。这场立窝尼亚战争（1558年-1582年）让俄罗斯战败，但这也令立窝尼亚骑士团分裂。在库尔兰，立窝尼亚骑士团的最后一位大团长哥达·凯特莱建立独立公国，而凯特莱也成为了该国第一位公爵的时候，波兰立陶宛联邦声明拥有立窝尼亚和拉脱维亚东南部的主权。在仅仅只有10年的间