乐部被批准加入韩国职业足球联赛。水原足球俱乐部是韩国足球协会新成立的挑战K联赛创始球队，并参加2013年挑战K联赛。2015年，水原FC在联赛中得到第3名，透过升降及附加赛升入2016年韩国职业足球经典联赛，不过水原FC也成为K联赛的匆匆过客，在2016赛季拿到10胜9平19负，积39分垫底降级，回到韩国职业足球挑战联赛。2020年，水原FC在联赛中得到第2名，透过升降及附加赛升入2021年K联赛1。