肽被粘在第二型主要组织相容性复合体的结合位中。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。只位于抗原呈递细胞（antigen-presenting cell，APC）上，如巨噬细胞、B细胞、已活化的T细胞、树突细胞和某种上皮细胞（皱壁上皮细胞，M细胞）等。这类提供则是细胞外部的情况，像是组织中有细菌侵入，则巨噬细胞进行吞食后，把细菌碎片利用MHCⅡ提示给辅助T细胞，启动专一性免疫反应。
第三类主要组织相容性复合体.第三类主要组织