政协副主席赵朴初先生题写了校牌，同时聘请了陈裕光先生为名誉校长。1988年10月6日，金陵中学举办了隆重的100周年校庆，钟楼的大钟敲响了100响。学校树立了“建校100周年纪念碑”。1996年10月，金陵中学在初步建立起教学体系的基础上，制订了《以学分为制约和激励机制的高中全面素质教育改革方案》，引进了学分制，试图探索一条高中素质教育全面探索的改革之路。1997年，金陵中学开始开设高中、初中实验班。1997年3月，完成国家级示范高中评估验收。学校还新建了曹隐云科学馆、行健楼、汇贤楼、汇智楼等建筑。