王朝对这片土地加强约束和统治的意愿。元朝改为徽州路，属于江浙行省。明朝改为徽州府，隶属南直隶。清初改南直隶为江南省，徽州府属之。康熙六年（公元1667年），江南省分为安徽、江苏两省，其中“安徽”即取自“安庆”、“徽州”两府首字。此后，徽州隶属安徽省及徽宁池太广道。明清时期，徽商势力达到顶点，有“无徽不成镇”、“徽商遍天下”之说。然而，嘉庆道光之后，徽商初步衰落。清末的太平天国战争，对包括徽州在内的皖南地区破坏巨大，人口锐减，经济衰退。
民国后.中华民国元年（公元1912年）废府留县