里乡三和村与美和村一带海边设置占地1.7公顷的深层海水低温利用模厂，并将该厂周围之土地规画成占地32.7公顷的「深层海水产业发展园区」。研究中心最早定名为「深层海水低温利用及多目标技术研发模厂」。2009年7月，深层海水研发中心正式动工，总经费耗资新台币6.8亿元。然而厂区工程开工不久即遭逢莫拉克台风侵袭影响，预先埋设于海平面下方700公尺深的管线遭暴涨的知本溪所夹带之土石掩埋。工程部分海底管线修复后便持续进行，最终于2011年10月正式完工开始试营运作业。经济部水利署于工程结束后将研发中心移交经济