立委选举国民党惨败，毛治国内阁总辞，2月起由张善政重新组阁，杜紫军转任行政院副院长。2016年5月26日，卸任公职后担任国家政策研究基金会副董事长，同年12月1日离职。
生平.国立台湾大学森林学系博士，专攻制浆造纸工程，美国纽约州立大学环境资源工程研究所博士后研究。长期关注与协助推动台湾南部产业发展（二高三亮，化学材料产业高值化、金属材料产业高值化、数位内容亮点产业、太阳能服务亮点产业、休憩服务亮点产业），促动产业资源能量整合，从技术处时代长期支持南部雷射光谷（3D列印）产业聚落发