。中龙科被列在两群之外，成为爬行纲（但依旧是蜥形纲）的姐妹分类。传统的无孔亚纲被否决成并系群。如下列：相反地，Oliver Rieppel于1994与1995年，并与de Braga于1996年与1997年，先后提出龟鳖目其实跟鳍龙超目有关系，所以是双孔亚纲。在1998年，Rafael Zardoya与Axel Meyer以分子系统发育学支持龟鳖目是双孔亚纲的理论。如果属实，副爬行动物将成为完全灭绝的演化支。然而当时这假说并不广为嵴椎动物生物学家广泛接受，麦可·班顿（Michael Benton）在200