2014年5月2日，因慢性肺部肿瘤併发唿吸衰竭，晚上18时16分在台北木栅万芳医院病逝，享寿93岁。
丧礼争议.2014年5月5日，秦厚修在台北市第二殡仪馆大殓、家祭及火化，马英九与夫人周美青、女儿马唯中、马元中、马家大姊马以南、二姊马乃西、三姊马冰如及小妹马莉君等亲属，齐聚送秦厚修最后一程。尽管马家已周知不公祭不设灵堂，但是吴敦义、江宜桦、杨进添、曾永权、蔡得胜、郝龙斌等人皆到场祭拜。民主进步党籍立法委员陈欧珀到场祭拜时，要求依照台湾民间丧礼惯例提供净水盆等，被媒体批评为闹场