驻拉萨的钟颖军队交出武器，大部分于9月1日自拉萨启程经印度回内地。钟颖及其卫队也于11月经印度返回中国内地。当时西藏九世班禅为首的班禅系统，以及哲蚌寺、丹吉林寺数万僧侣公开反对分裂、拥护国家统一，内地云南都督蔡锷、江西都督李烈钧、四川都督尹昌衡、署川督胡景伊、四川的熊克武等地方军政领导人纷纷上书袁世凯督促中央政府早筹良策。1912年5月，西藏在英国支持下发动川边战争，进攻川边，不久即被尹昌衡率川军击败，中央政府也在外交上同英国进行了针锋相对的斗争。1913年1月，西藏与外蒙古签订了《蒙藏协定》，相互承认独立