川受地形限制而大多短小湍急，县内较大河川有本明川、相浦川等。据海上保安厅的统计，长崎县岛屿数多达971个，数量高居日本首位，佔长崎县面积的45%。长崎县的岛屿中面积超过1,000平方米的岛屿有594个，有人岛有72个。距离长崎县本土较近的主要离岛有平户岛、生月岛、、、等岛屿。长崎县外海的离岛可以分为对马岛、壹岐岛和五岛列岛三个部分。壹岐岛本岛和属岛面积共有139平方公里，全岛是平坦的熔岩台地。自该岛出发可乘坐高速船在一小时内到达福冈市。对马岛面积698平方公里，是长崎县面积最大的岛屿。对马也是日本距朝鲜