依然存在。在度过了伊丽莎白时期短暂的繁荣之后，英国内战的爆发使得学生数目和学校收入的减少；1642年学院又被迫借给国王所有的现金（220英镑）和所有的白银（约合334英镑），但国王从未向学院归还过这笔款项（学院至今还保留着国王的借据）。1666年的伦敦大火又烧毁了学校在伦敦的地产，使学校的财政状况雪上加霜。财政的窘境直到18世纪初才有所好转。1870年本杰明·乔维特出任院长后，将贝利奥尔学院带上了发展的颠峰，学院一改以往严厉的教学风格，鼓励学生与教师间发展更紧密友好的关系，教授们也被鼓励参与讨论如何