服于家康的一众信浓大名亦被转封，只有昌幸仍然支配着原本的领地小县郡，虽然沼田亦重归真田氏管治，但是由于上野曾经是德川的领地，因此昌幸父子成为家康的部下，才得已重新掌管沼田。
分道扬镳.庆长3年（1598年），秀吉和五大老之一的前田利家相继死去，家康的影响力开始增加，最终在庆长5年（1600年）6月16日，家康发动会津征伐，攻打同为五大老之一的上杉景胜。与此同时，石田三成趁家康离开关西，以丰臣秀赖的名义举兵。其后，昌幸收到长束正家和增田长盛等五奉行的联署书，书中指出若无忘秀吉的恩情，