母奶益生菌也可以提高婴儿体内细菌中，益菌的比例，并且支持婴儿还不成熟的免疫系统。目前已知乳酸桿菌及双歧桿菌在肠道中定殖，并且和其他细菌竞争养份，可以抑制致病菌（例如及产气荚膜梭菌）的成长，避免这些细菌黏沾在肠道上。肠道内偏利共生的定殖也可以维持免疫系统的稳态，这些细菌会刺激辅助型T细胞1反应，并且对抗辅助型T细胞2对新生儿免疫系统的反应，减少发炎反应（例如坏死性小肠结肠炎）的发生率。婴儿若有哭闹症状，有可能是因为肠道中的细菌不平衡，有哭闹症状的婴儿，检查其粪便检体，其会比没有哭闹症状的婴儿要多，而乳酸桿