，台湾中部的大肚王国击退明军，杨祖受伤败回赤崁。汉人直至1711年以前，再无于新竹地区进行有效的屯垦经营。1681年，明军为了准备与清军攻台湾的战争，积极修筑防御工事并征调各地的原住民，各社原住民不堪其苦，纷纷反叛，杀通事并抢夺粮饷，攻击往来商人。郑克塽指派亲军陈绛率军征讨反抗的原住民。反抗的各社原住民势力转入山区，其中竹堑社人转入十八尖山、客雅山等丘陵地，后来部份竹堑社人接受招降，落脚于武营头，但原在新竹的眩眩社却可能没有再回来原来的社域。
清代.1683年台湾併入清朝版图，