时东晋流行清谈，于是僧侣就借由清谈将佛理传播给士大夫，使佛教得以在南方传播。其中以支道林最擅长谈玄。南北佛教到后来形成不同学风，北方重行业，崇尚禅学、律学及净土信仰。南方重义理、注重在涅槃佛性的探讨。东晋晚期时，慧远擅长儒学，力谋佛、玄、儒融合，促使佛教中国化，最后成为净土宗的祖师之一。慧远还提倡译经，与北方名僧鸠摩罗什交流译本。法显是中国首位西行求法的僧侣，他于399年自长安出发，经西域抵北天竺、狮子国及中天竺。取得梵本戒律后，414年经海路返抵建康。他与数位名僧大量翻译经文，并将旅途见闻写成『佛国记』，