万建崑，字季瑜。江西南昌县东溪人。明朝政治人物。同进士出身。
生平.万廷言之长子。万历十七年（1589年）进士，担任湖广荆州府推官。他博学多问，治案公正，“老吏皆惮焉”。升礼部主事。因“第一次妖书案”谪戍广西武缘县（今广西壮族自治区武鸣县）典史。