帝下令为北京殉难诸臣上谥号，计文臣二十一人、勋臣二人、戚臣一人。随后又给郢国公冯国用、宋国公冯胜、济国公丁德兴、德庆侯廖永忠、长兴侯耿炳文等开国功臣追上谥号；给方孝孺、齐泰、黄子澄、陈迪、景清、卓敬、练子宁等建文朝死难诸臣，蒋钦、陆震等正德朝死谏诸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顾大章、周起元等天启朝死阉党诸臣上谥号。弘光元年三月初一甲申，有自称崇祯太子朱慈烺者至南京，朱由崧命令将其关入兵马司监狱，后命百官审北来太子于午门外，终裁断为伪太子王之明，是为崇祯太子案。三月庚申，宁南侯左良玉乃举兵