长途及区域列车在柏林火车总站内既可以停靠于高架站台的任意轨道和往东西方向延伸的，也可停靠于地下层往的任意8条轨道。城铁主线的走向可将列车向东经由柏林东站引至奥德河畔法兰克福，以及进一步通往波兰。向西的轨道则连接至，并可从那里经由斯潘道车站通往汉诺威及汉堡，或经由万湖车站前往波茨坦，再进一步通往马格德堡或德绍-罗斯劳方向。火车总站的地下层是的两座隧道车站之一。南北长途铁路的北向会连接至，并在那里设有道岔分往西部和西北部。往北经由健康泉车站可通往勃兰登堡北部和梅克伦堡-前波美拉尼亚。在东北方向可经由和斯