华民国政府多次紧急指派专机飞往印尼疏散受难者，另一方面外交部长胡志强于同年7月29日公开召见印尼驻华代表，当面向印尼提出了「最严正抗议」。2002年8月，副总统吕秀莲访问印尼。2006年5月，总统陈水扁访问印尼。2006年10月，印尼前总统哈比比预定抵台出席「亚太商工总会40週年庆祝大会暨21届大会」，但在中华人民共和国的施压下取消行程。2013年5月9日，在广大兴28号事件中，虽然中华民国与印尼没有正式的外交关系，但印尼官方支持中华民国政府向国际法庭申诉。2020年4月14日，对于20