中国国民党籍，生于江苏常熟，籍贯山东曲阜。
生平.孔令晟家族以开店经商维生，祖父曾入袁世凯新军任职，在统领（等同团长）位阶退役从商。孔令晟为家中独子，因此得到家庭的全力栽培。孔令晟中学就读东吴大学（今苏州大学）附属中学，与蒋纬国同年但不同班，升学以插班方式进入苏州中学化工科就读，民国二十三（1934年）年毕业，同时考上交通大学与北京大学，因自身志向在理论化学，因此决定进入北京大学，师从钱思亮。1935年，就读北京大学化学系（偏理论化学）二年级导师钱思亮先生。因成绩优异在大学