58年，与徐复观、张君劢、牟宗三发表《为中国文化敬告世界人士宣言》。1963年，新亚书院与崇基学院、联合书院合组成香港中文大学，出任新亚书院哲学系讲座教授，兼任教务长及哲学系系主任等职，至1974年9月5日后退休。唐氏在1968年至1978年担任新亚研究所所长期间，广邀学界名宿来校主讲文化讲座，令香港一时成为研究中华文化的重镇；但在其任内，由于研究所与大学间冲突变得白热化，新亚研究所先被大学终止补助，继而脱离了中文大学，在后继无人的情况下，使研究所一蹶不振。1973年新亚中学创办后，他出任其校董会成员。