民国10年），杨文恺转投直系孙传芳手下。翌年，随孙传芳赴福建省，任福建省督军署参议。1924年（民国13年），获授“越威将军”。1925年，任东南五省联军总司令部总参议。1926年（民国15年）5月，杨文恺在颜惠庆摄政内阁任农商总长。此后他在杜钖珪临时摄政内阁、顾维钧临时摄政内阁、顾维钧摄政内阁继续任该职。潘复内阁成立后，杨文恺于1927年（民国16年）6月辞任。潘复内阁将农商部改组，分别成立农工部、实业部。此后，杨文恺寓居天津。他用当年任汉阳兵工厂总办时积攒的钱在家乡购置了土地，在天津购置了房产。