管如此，年轻的澄元却受制于家宰三好之长，最终导致双方对立，澄元甚至一度计划返回阿波。此时，他被义澄说服留下，并且在8月27日派家臣赤泽长经出兵佔领了大和。京都发生一连串内乱后，流亡至周防的前任将军第10代的足利义尹（其后的义稙）获得大内义兴拥立并开始上洛。虽然，澄元计划让义澄和义尹和解，但是由于同样是政元养子，曾经协助其讨伐澄之的高国转投大内阵营，最终导致双方决裂。
两细川之乱.永正5年（1508年）4月，高国开始出兵攻打京都，摄津的、丹波的内藤贞正和河内的等均唿应其号召，最终