06年5月正式独立，南联盟也因此解体。2003年2月4日，南斯拉夫联盟共和国正式改名为「塞尔维亚与黑山」，新宪法同时生效。并选出总统斯韦托扎尔·马罗维奇，科斯图尼察则退出了总统宝座。
总理.2004年3月3日，科斯图尼察出任塞尔维亚总理。在2008年科索沃宣布独立时，科什图尼察曾谴责科索沃宣布摆脱塞尔维亚独立，并称科索沃是一个「虚假的国家」。之后的国会选举，塞民党选举失利，败给亲西方的民主党及右派的塞尔维亚激进党，他随后卸任总理一职。