一片正方形区域，分成四个相同大小的部分，每个部分被15块叠蓆覆盖。建筑平面图与汉字“田”一致，可能寓意着与丰收仪式有关。由于本殿地板与地面有着一定距离，本殿本身被认为起源于带有高架地板的谷仓，如静冈县登吕遗址的粮仓。现存最古老的大社造风格建筑是岛根县松江市的，建造于公元1582年，现已被政府宣布为日本国宝。神魂神社虽比出云大社小，但有着更粗的支柱。神魂神社相比出云大社更深、地板更高且完全不同。神魂神社可能象征着更老的建筑风格。