高雄世运组委会下设9个部门，包括行政管理部、财务部、运动竞技部、都市发展部、行销公关部、后勤支援部、文化观光部、资讯科技部与维安部。首任执行长为前田径国手纪政。2008年5月6日，纪政改任职顾问，执行长由高雄市政府副秘书长许钊涓接任，董事长由高雄市长陈菊担任。2009年11月25日，中国国民党高雄市议员梅再兴质疑，2009年世界运动会已结束，高雄世运组委会至今仍在运作，是暗藏经费准备2010年高雄市长选举花用。梅再兴质疑，高雄世运组委会十多名工作人员转为高雄市政府约聘人员，是高雄市政府为操作2010