湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。属羁縻性质的都司中，最有名的有统辖黑龙江和松花江流域、库页岛的北半部的奴儿干都司，在政教合一的青藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都司（但这是否代表当时的西藏受到了明朝的统治存在较大的争议，请参详明朝治藏历史），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫。这些具羁縻性质的行政区划与内地的都司、行都司性质不同。
巡抚与总督、督