序呈3至5穗状生长于小枝顶端，长3公分，无梗，花蕊具5－8个花葯；雌花单生于叶腋，呈球形，有长梗，一芽四至六朵；于每年4月初长出新芽并同时开花，雌花授粉后发育成幼种实，呈椭圆形或倒卵状，长2至2.5公分，至隔年2月成长不明显，直到4月左右逐渐发育成熟且假种皮渐转暗红色，于5至6月间成熟落果，与红豆杉属最大不同就是其雄毬果两两对生，形成穗状花序，而非单生雄毬果。由于台湾穗花杉树高有限，很少超过中冠层（15公尺）以上，所以属于中下层耐阴树种，喜生于溪谷或较为潮湿山坡及谷地，常与阔叶林混生。註：幼种实为当