1942年，莱比钖号成为训练舰队的旗舰，并在接下来的一年内执行训练任务。莱比钖号曾于1943年3月遭短暂除役，随后又于同年8月1日复役。此时舰上的武装均已渐趋老旧，本舰亟需进行大规模改装；但改装工程却又拖延了本舰返回作战岗位的时程。此外，舰上爆发的脑膜炎疫情造成两名乘员死亡，而这也更加迟滞了本舰返回作战单位的时程。莱比钖号最终于1944年9月中旬重返波罗的海执行护卫任务，并负责与舍尔海军上将号共同接载部队往返哥腾哈芬与希维诺乌伊希切两地。10月14日，莱比钖号自哥腾哈芬出航，准备载运地雷前往希维诺乌伊希