明朝《京师五城坊巷胡同集》、《宛署杂记》作“绵花”胡同。清朝干隆十五年《干隆京城全图》， “绵”讹作“棉”。1965年，罗儿胡同、斗鸡坑胡同部分并入。棉花胡同66号为蔡锷故居。此处故居是蔡锷在中华民国初年在北京居住时的故居。中华人民共和国时期，被中央气象局作为宿舍，建筑格局大体保持完整。慈禧太后逝世后，李莲英便出宫，由位于北长街的御赐住宅迁至自购的位于护国寺棉花胡同的一所住宅内，闭门闲居，一直居住至逝世。