抗议法务部调查局进入校园逮捕学生的强硬作风，凸显出他崇尚自由、不畏权势的风格。1993年时以国立清华大学校长身份出任交通部部长，由于离任交通部长简又新在任内爆发十八标弊案，使交通部的形象继前任交通部长张建邦的华隆案后，再次受到严重打击，身为学者的他被连战委以重任。时与同为台湾人并担任法务部长的马英九并称，刘马两人更一直维持着君子之交。由于学者严谨不阿的性格，任内多起工程与财团对立，任内（1993-1996）完成电信三法修法，成功推动电信自由化，引进美国最大的空运物流UPS及联邦快递来台营运，宣布高雄港境