学社的资助亦终止；而原来属于新亚研究所的东南亚研究室，则改隶大学本部辖下的中国文化研究所。1976年，香港政府建议中大改制，将学科教学的工作统一归由大学中央办理，书院仅负责学生福利及通识教育等工作。新亚书院校董会九位董事，包括唐君毅、李祖法、钱穆、沈亦珍、吴俊升、徐季良、刘汉栋、任国荣、郭正达，以此违反中文大学之「联邦制」本意为由，集体辞职抗议。而以金耀基为首的支持阵营（主要由台湾来港学者组成），则在成功改制后执掌新亚。在2016/17年度，新亚书院约有学生近3200人。
校训