资源有限，人均水资源拥有量仅为全国平均值的1/3，由于污染严重，五大河流水质均不能达到地表水5类标准，截至2014年，深圳70%的水源需要从外部引入，人均水资源拥有量为全国平均水平的1/12，属于中国7大严重缺水城市。深圳境内河流分别归属东江、海湾和珠江水系，深圳区域内河流共计310条，最大的5条河流为深圳河、茅洲河、观澜河、龙岗河、坪山河。
水利设施.深圳水库众多，总数达247座，包含9座中型水库，库容量5.25亿立方米。较知名的水库有铁岗水库、西丽水库、深圳水库、梅林水库等