境乘客必须持有有效旅游证件，非过境乘客须持有指定分区的边境禁区通行证（俗称禁区纸），而前往管制站的非过境乘客则需另外持有由港铁签发的「落马洲站限制区通行证」才可使用此站。未持有有效证件者前往此站可能会被检控。虽然落马洲站公共运输交汇处与车辆使用的落马洲管制站地理上非常接近，惟两者并无公共交通工具连接。即使持有有效旅游证件，在香港边境禁区内亦不可以任何方式来往两地。如要在不离开边境禁区的原则下来往两地，必需持有禁区通行证（俗称禁区纸）。落马洲站为东铁线唯一一个在元朗区以及新界西的车站，也是香港铁路系统