动物门（Bourlat et al., 2006）。异涡虫根据18S rRNA被分在后口动物基部。然而根据形态学上的特征，比如上皮细胞的纤毛结构，异涡虫与无腔动物应当具有紧密的关联。近期的分子生物学研究显示原本的异涡虫可以与无腔动物组成一个单系群异无腔动物。2016年发表的对 "X. profunda" 等的研究结论支持异无腔动物是肾管动物的旁系群这一分类。
生理描述.异涡虫身体呈两侧对称。身体结构极简单，体积小，缺乏唿吸系统、循环系统及泌尿系统和性腺（但在囊中有配子、卵子和晶