团团长桂永清中将为海军副总司令，代理总司令职。第二次国共内战于1949年接近尾声时，部份海军撤出长江，另有大量海军官兵因与中央政府长期不和，而脱离中华民国海军加入中国人民解放军海军。1949年5月，海军总司令部撤退到台湾，6月起，行政院命令海军开始执行关闭政策，封锁中国领海。1950年中华民国政府撤往台北后，海军舰队在多次海战失利下也分别由舟山群岛、海南岛撤退，以集中主力防卫台湾。1948年至1949年中华民国政府所辖舰队及各辖舰单位如下（各军区除外）：
台湾时期.1950年2