部宗教首领波罗尼都、霍集占发动的大小和卓之乱，最终控制新疆全境。周边的哈萨克、布鲁特、浩罕、巴达克山等国也附属于清朝。19世纪中叶，沙俄割佔中国领土，1864年的塔城条约将新疆西北部巴尔喀什湖以南一带自消灭准噶尔后得到的土地割让给俄国。1864年同治新疆回变民族仇杀，其清朝时期最大型的新疆民族冲突。1865年春，邻国浩罕汗国的阿古柏从喀什入侵新疆，占领新疆大部分地区长达6年。1871年，俄国又占领了伊犁河谷，当时中央政府在新疆只剩下塔城等少数据点。1877年左宗棠收复新疆。1881年，清政府收复被沙俄实