立构想是在1988年的中央研究院院士会议中被提出，1991年12月开始规划，期间推展「行政院卫生署整合性医药卫生科技研究计画」业务。1994年7月，于台北市仁爱路设立「国家卫生研究院筹备处」。正式成立是在1996年正式成立「国家卫生研究院」，当时是在中央研究院中举行成立揭牌。国卫院刚开始的研究单位大多是散佈在各个相关的研究机构或租借办公大楼中。2004年，位在苗栗县竹南镇的新竹科学工业园区竹南园区内的新院区完工之后，所属的研究与业务单位才陆续搬到竹南院区。2007年9月，在国立成功大学校区成立南部癌症研