前已经通过资助一场行动成功找回《牧羊人之书》，为了报答迈罗祖父当年的恩情，他请迈罗来解密手稿，并且之后的探险也会由他指挥。之前找回《牧羊人之书》的探险队指挥官洛克中校带领一支专家队伍同迈罗一起踏上寻找亚特兰蒂斯的旅程。这些人包括爆破专家文尼、地质学家摩尔、医务官斯维特大夫、无线电操作员帕卡德夫人、技工奥黛丽和大厨曲奇。他们乘坐的巨型潜艇“尤利西斯号”（）很快受到可怕的利维坦袭击，这是一种看起来有些像龙虾的机器人，保卫着前往亚特兰蒂斯的通道入口。“尤利西斯号”遭其摧毁，但迈罗等人成功逃生，并根据《牧羊人之