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生平.弘治十七年（1504年）甲子科山东乡试第一名（解元）。弘治十八年（1505年）联捷乙丑科进士。选翰林院庶吉士，任翰林院检讨，为刘瑾所恶，调南京礼部主事。刘瑾败，穆孔晖复官。历升国子监司业、翰林院侍讲学士、太常寺卿。嘉靖十八年（1539年）八月卒，年六十一。赠礼部右侍郎，谥文简。
着作.着有《读易禄》、《尚书困学》、《大学千虑》、《玄庵晚稿》、《前汉通纪》、《读史通编》等。
登科录.曾祖穆弘，训导；祖穆彪、父穆清；母任