恢复建立医学院。2001年教育部正式批准将同济大学列入创建世界一流大学（即“985工程”）名单。2004年嘉定校区启用，同济大学软件学院以及汽车学院首批入驻。2006年同济大学在原文法学院基础上重组人文学院和法学院。2012年同济大学测绘与地理信息学院成立，同济大学恢复建立测绘类学科。2012年同济大学艺术与传媒学院在原有传播与艺术学院（建于2001年），电影学院（建于2003年）和音乐系（建于2004年）整合的基础上成立。2017年同济大学入选国家“双一流”世界一流大学建设高校名单