数在系列之后的作品中被舍弃，只有转职的设定被保留了下来。在经历三年左右的开发后，系列第三作《火焰之纹章 纹章之谜》在1994年1月21日于SFC平台推出。加贺昭三决定在该作中让系列首作主角马尔斯的故事画上句号。游戏分成前后两篇：前篇是系列首作《暗黑龙与光之剑》的缩减复刻版，后篇则是接续前篇故事情节的新作，在当时的新老玩家之间都大受好评。随后的系列第四作《火焰之纹章 圣战之系谱》在构想阶段时原本是一个全新系列的具有更多RPG要素的三部曲游戏，并不属于火焰之纹章系列，制作人成广通表示，当时甚至已经制作了