后，台湾县知县王仕俊将一间大店与四间小店的租金做为该庙香火来源。后来于康熙五十四年（1715年），原任台湾水师左营游击的卓尔坛号召泉漳商旅集资重建，并聘请潮州工匠前来主持建筑工作，耗费四年方完工。完工后，台湾府知府王珍捐献了「着灵鳌柱」匾给该庙。到了干隆六年（1741年），台厦商旅陈逢春等人重修庙宇，并填平庙前的南势港道以为庙埕，又购置店铺以供香火、立碑于庙前埕觉津寺、建造后殿及献「万水朝宗」匾。而干隆二十八年（1763年），北郊商人苏万利等人集资修庙，为郊商参与庙宇维修之始。次年，由于水仙宫庙前小港淤