孙文（孙中山）赴广州，任大元帅府秘书，并兼任土地登记局局长、广东省教育委员会教育雑志社社长。翌年12月，林云陔任广东大本营金库长兼广西银行行长。1923年（民国12年），任广州市政府委员长。同年3月，任大本营金库长兼大本营财政部第3局局长。5月，任中央银行行长。12月，转任广东高等审判厅代理厅长。1924年（民国13年）4月，任法制委员会委员。8月，任中央银行董事（理事）。10月，任大本营财政部次长兼盐务署署长。翌年7月，转任广东省政府高等检察厅検察长。林云陔在以上任职期间，一直是孙中山的广东政府的财政