被推荐出任英属印度旁遮普大学注册官和拉合尔东方学院院长双职，时年仅24岁。斯坦因得到任命后，立即启程前往印度，于1888年到职。从此，他一直在英属印度工作，为英国效力。1943年10月，81岁高龄的斯坦因在阿富汗进行探险考古时，因着凉发展为支气管炎，最后因中风而死在考察的路上。他的遗体被就近安葬于喀布尔的基督教墓地。