工程「由根山居」预定2011年完成启用。
去世.2009年3月9日因肺炎入住新店耕莘医院，3月16日自行出院，3月17日病逝于家中。大体捐赠辅仁大学医学院。2009年4月7日举行叶由根神父追思弥撒，由新竹教区李克勉主教主礼，单国玺枢机主教证道。中华民国总统马英九亲临颁发褒扬令，表扬他对台湾无私奉献。马英九表示草创仁爱启智中心与华光智能发展中心的叶由根神父，宏开台湾启智教育之先河，今天明令褒扬是为政府缅怀耆硕的最高敬意。