1972年，美国开始逐渐使用F-15淘汰F-106。淘汰下来的飞机一部分被转交给国民警卫队和NASA，另一部分被封存。蒙大拿州空中国民警卫队186中队是第一个换装F-106的国民警卫队作战单位。他们使用F-106到1988年，之后只是偶尔充当B-1枪骑兵战略轰炸机的伴飞机到90年代初。1986年起，封存的F-106被取出改造成无人靶机QF-106。最后一次击落QF-106是在1997年。NASA使用F-106用做训练和电子设备研究。NASA最后一次使用F-106是在1998年的Eclipse projec