庙逐渐败落。文革时期，该庙残存的古建筑毁坏严重，文革结束后只存山门、二进殿和钟楼，其他古建筑皆无存。1986年北京市朝阳区文化文物局接管该庙，并于1998年对遗存殿宇进行了抢险修缮。2003年，该庙被列为北京市文物保护单位。2008年北京奥运会前，因国家游泳中心工程，该庙曾面临拆迁，后通过修改国家游泳中心选址，该庙获得保存及修缮。2006年4月，北京市朝阳区文化委员会招标北京市文物古建工程公司对北顶娘娘庙进行复建，建成山门、二重殿、钟鼓楼以及东西配殿。该庙在2006年修缮之后，成为北京民俗博物馆分馆。