畴正与李自成战于陕北，卢象升调任宣大总督后，闯军首领闯王高迎祥自湖广复出，来到陕西，欲自汉中进攻西安。传庭领秦军镇守，高迎祥无法攻克，遂意图自子午谷入，直逼西安。传庭料之，在子午谷的黑水峪以逸待劳，激战四天后，高迎祥溃败，后被俘，送往北京处死，而其外甥李自成继任闯王。崇祯十一年（1638年）李自成在潼关南原被洪承畴与孙传庭设伏击溃，带着残部十七人往陕西商洛山逃亡。明军情势大好，然而清军在此时攻入长城，崇祯帝急调洪承畴与孙传庭回京防御，李自成大难不死。孙传庭与农民军鏖战多年，屡建战功，卢象升战死后，孙传庭