自南(澎湖马公市后窟潭人)所设计，据传三凤宫首开台湾二、三楼层庙宇的建筑模式，使后来不少庙宇建筑相继跟进，引领台湾庙宇建筑的风潮。一楼大殿正龛奉祀中坛元帅哪咤太子，配祀天上圣母、李府千岁、龙边神龛奉祀註生娘娘、虎边神龛奉祀福德正神，开基中坛元帅神像为康熙年间分灵之「老祖」，供信众膜拜。二楼大雄宝殿则供奉释迦三尊（释迦牟尼佛、文殊菩萨、普贤菩萨）、观世音菩萨、弥勒菩萨、韦驮、伽蓝护法、十八罗汉。三楼凌霄宝殿上祀道教尊神玉皇上帝、南斗星君、北斗星君，供善信祈求延寿消灾。三楼龙边光明灯殿奉祀中坛元