他为辅国将军，迁任晋熙王刘燮的抚军主簿。沈攸之发起的叛乱平息后，萧赜便命他回到都城，由于萧道成当时正值创建霸业之际，因此对自己这名嫡孙特别留意，对萧长懋说：「你这一回来，我的事情也就办妥了。」之后安排他住在府第的东斋，让他和文武宾客们交往。萧道成另指示荀伯玉说：「在我出行的时候，城中的军队都由萧长懋指挥。就是在我不出行的时候，府城内外的警卫部队和各城门的武装，也都要经常交给萧长懋调遣。」朝廷任命萧长懋为秘书丞，但他因为官名和曾祖父萧承之的名字同音，而不去到任，之后朝廷改授他为中书郎，迁黄门侍郎，萧长懋也没有