伯内特答应了。在过渡时期，他为沃尔特和伊丽莎·霍尔医学研究所工作，同时准备1923年年末的医学士考试。1923年，他成为墨尔本医院的常驻病理学家， 他的实验室是霍尔研究所的一部分。之后他领导了对伤寒症凝集反应的研究，发表了首篇科研论文。他决定全心研究伤寒的抗体反应，虽然医院的要求本来是让他研究病理学。伯内特在博士考试中遥遥领先，他的分数在分级的过程中被排除在外，以免其他学生落得太远。1924年，伯内特从墨尔本大学获得了医学士学位，1928年取得伦敦大学博士学位。之后他成为墨尔本沃尔特和伊丽莎·霍尔医学