委期间，他连续四届都获得公民监督国会联盟评鑑「立法委员问政表现全国第一名」。2004年获选为美国国务院「全球领袖菁英计画」访问学者。同年7月25日因在单行道上劝人不要逆向行车，被三名青年打倒在地。2008年11月12日，由于赖清德认为检方当时声押民主进步党籍前总统陈水扁的理由不够充分，联合多位同党立法委员声援陈水扁。2008年立法委员选举时，赖清德竞争对手、国民党候选人高思博散佈文宣，内容指称赖清德财产暴增，有收取非法政治献金之嫌疑；也质疑赖清德可能涉及口腔健康法弊案。最后，司法机关因口腔健康法立法