邦苏猪笼草类似，但捕虫笼和笼盖的蜜腺则具有较大的区别。2001年，查尔斯·克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，共利用了70个形态特征。以下为猪笼草进化树的“第1分支”，其相关性达51%。虽然马兜铃猪笼草在很多方面与克洛斯猪笼草很相似，但这两个物种间存在地理隔离，所以不认为它们之间的近缘关系很密切。仅认为是一种趋同进化的表现，即是不密切相关的两个独立的物种却具有相似特征的现象。
自然杂交种.仅发现了一种关于马兜铃猪笼草的自然杂交种，即马兜铃猪笼草与