金鳞鱼科比本目更接近鲈形亚类，2017年正式发表的《硬骨鱼支序分类学》，金鳞鱼目独自组成金鳞鱼亚类，与鲈形亚类组成金眼鲷亚类的旁系群。另一方面，旧有的鲸头鱼目及奇鲷目则被发现是金眼鲷科的近亲，因而被并入本目之中。本目与金眼鲷亚类各科的演化关系如下（吉伯鲷科及粗鳞鲷科未检测但预计与奇鲷科亲近）：
内部分类.本目包括2亚目共8科，如下：近缘的燧鲷目有时会被包括在这里成为燧鲷亚目（Trachichthyoidei），而更接近鲈形亚类的金鳞鱼亚目（Holocentroidei）则不再