其是开发新的农地也会破坏生态。由于生物燃料的需求增加，在有些第三世界国家的农民，可能把原本用来生产粮食作物的土地，拿来种植能源作物，减少粮食作物的生产。生物燃料的大量使用也造成粮食价格上涨，并威胁贫穷人口的生存。
未来发展.未来藻类（例如海藻）来生产生质柴油会是发展方向之一，藻类生质燃料生产效率高，不需使用耕地也能减轻生质能源可能对农产品价格的影响。不过，技术上还需一些突破，藻类生质燃料成本较高，部份藻类是基因改造品种，预防这类藻类混入生态系统也是个课题。用痲疯树(又名桐油树)