时期，梅雨末期时偶尔会有集中豪雨发生。长崎县在冬季则受季风影响而多阴天，和日本海侧气候有相似之处。偶有降雪但少有积雪。长崎县南部地区比北部地区气候更加高温多雨。北部地区虽然夏季比南部地区凉爽，但冬季也较为寒冷。
行政区划.在平成大合併之前，长崎县原有79市町村（8市70町1村）。经过平成大合併之后，自2010年3月31日开始，长崎全县市町村数量已减少至21市町（13市8町）。长崎县北部地区有松浦市、平户市、佐世保市、西海市四市，北松浦郡的佐佐町，东彼杵郡的东彼杵町、川棚町、波佐见町