局代管。卧龙管理机构与卧龙管理局实行一个机构两块牌子管理体制。卧龙保护区管理局与卧龙特区管理局合署办公。
历史.卧龙保护区的管理机构成立于1979年。1998年更名为国家林业局卧龙自然保护区管理局（简称卧龙管理局），直属国家林业局，由四川省林业厅代管，是财政全额拨款事业单位。自然保护区与全国唯一的县级特别行政区四川省汶川卧龙特别行政区（简称卧龙特别行政区或卧龙特区，原称四川省汶川县卧龙特别行政区）的行政机构合署办公且管辖地域完全重合。