于1996年到2002年间担任国立台湾大学教务长，2005年6月10通过中华民国教育部遴选，6月22日就任国立台湾大学校长。于2013年6月21日任期届满后卸任。2012年11月15日台大84周年校庆，李嗣涔在会场中期许创校百年前台大能出现本土诺贝尔奖得主，会场外请警察进入校园，与反迫迁绍兴南村的声援学生以及绍兴南村居民对峙，校方打破不让军警进入校园的不成文惯例。
学经历.1974年国立台湾大学电机系学士，1977年及1980年于美国史丹福大学电机系分别取得硕士及博士学位。