石口天后古庙（干隆三十七年，1772年）、西湾天后宫（干隆三十九年，1774年）及长洲玉虚宫（干隆四十八年，1783年）都是在那个时期兴建，反映当时捕渔业的重要性。道光二十一年（1841年），时值第一次鸦片战争，清廷在岛上设置长洲汛，由大鹏协水师右营东涌守备派遣驻右哨头司把总及外委各一名，率领45名守兵驻守当地。同治年间长洲商业兴旺，粤海关于同治九年（1870年）设立关口征取釐税。光绪二十四年（1898年），清廷与英国订立《展拓香港界址专条》，将长洲在内的二百多个离岛及新界租予英国99年，长洲遂成为了英