6年，港督麦当奴到任不久，即因经费高昂而决定裁撤昂船洲监狱计划，在1866年10月31日正式废弃仍未完成的监狱，翌年把用地拨归驻港英军。1874年9月22日至24日的甲戌风灾，摧毁了监狱内大部分建筑物。在香港保卫战中，昂船洲遭到日军重击，监狱建筑物在香港日佔时期曾被日军改为军人康乐中心，至香港重光后恢复为军营用途。
现况.监狱现为昂船洲军营范围，由中国人民解放军驻香港部队陆军部队驻守。现存建筑物包括两座原建于监狱拐角的八角形了望台，属都铎复兴式和意大利文艺复兴式建筑，现为军营第31