件.2005年11月4日，公布由系上学生所做的民调，民调结果不利于民进党候选人邱炳坤。邱炳坤阵营质疑此份民调，是在徐耀昌授意下发表，以违反选罢法控告黄国敏。黄国敏驳斥此项指控。
徐耀昌论文抄袭事件.2011年12月21日，与徐耀昌同选区的民进党籍候选人杨长镇，指控徐耀昌硕士论文抄袭，前三章内容与和前新竹县议长张碧琴的论文前三章相似度超过八成，要求教育部撤消其硕士资格。徐耀昌与张碧琴皆是黄国敏指导的学生，徐耀昌否认曾看过或抄袭张碧琴的论文。 黄国敏致信徐耀昌，认为这是选举抹黑。