晋绥分局对敌斗争委员会副书记、财政经济委员会委员。1944年6月因病回延安休养，1945年出席了中共七大。
第二次国共内战时期.1945年8月任晋绥军区副司令员。1946年6月，任晋北野战军司令员兼政治委员，指挥晋北战役，歼灭阎锡山部国军8,100余人，攻占五座城市。其中攻克崞县的战斗为毛泽东所欣赏，毛专门电示贺龙：“攻崞经验甚好”。1946年11月撤销晋北野战军番号。周士第回晋绥军区工作。1947年9月，兼任中共中央晋绥分局城工部副部长。1947年11月，任晋绥军区党委书记。