因此认为在母乳微生物群中有主要菌种，至少在美国是这样的情形。人类初乳中的菌种比一般母乳的更加分散。在母乳中，可以分离出三种有益生功效的乳桿菌种，分别是 CECT5716、 CECT5714及 CECT5713，其中发酵乳桿菌是最常见的菌种。早期有在配方奶粉中加入发酵乳桿菌，宣称安全，适合一到六个月的婴儿，且适合长期使用。
起源.有关母乳微生物群的启源还不完全清楚，目前有许多相关的假说。母乳中的微生物群可能是源自乳房的，或是婴儿的。在哺乳或是婴儿吸吮乳头时的母乳倒流也可能导致乳腺