种多寄生于节肢动物，其菌丝体大多已退化至相当程度。除了的类群之外，本纲的物种几乎都是节肢动物的绝对寄生菌。昆虫纲中有十个目（蜚蠊目、鞘翅目、革翅目、双翅目、半翅目、膜翅目、等翅目、食毛目、直翅目与缨翅目）的物种会被本纲真菌寄生，而其他节肢动物中，马陆（倍足纲）与蜱螨也是本纲真菌的宿主。本纲真菌的子囊孢子表面具有黏性，会在昆虫成虫的表皮萌发，进而长出吸器吸取宿主的养份，并长出菌丝穿透宿主体壁，蔓延到其体腔中。
物种专一性.有关虫囊菌纲真菌与其宿主关系的研究尚不全面，不过其宿主专一性，