宁被调任西安飞机设计研究所所长（六O三所）兼总设计师。该所正进行国家重点任务飞豹飞机的技术设计。1982年4月，调任航空工业部副部长，兼任中国航空研究院院长和部科技委主任。分管部的科研工作并主管两个国家重点飞机的研制。1985年至1986年，任中国科学技术协会党组书记、书记处书记，国家科学技术委员会党组成员。1986年至1991年，任中国科协副主席、党组书记、书记处书记、国家科委委员、研究员级高级工程师。1991年至1996年，任中国科协副主席，国家科委委员。1993年3月，当选为政协第八届全国委员会常