央财经委员会第六办公室商业组副组长和支部委员，国务院第八办公室商业组、宣传组组长和支部委员。他在国务院第八办公室期间，研究中共对资本主义工商业实行社会主义改造的方针及政策。在国务院第八办公室任职期间，他还曾揭发批判许涤新。1957年，秦柳方给其前任李维汉的秘书郑新如贴大字报，将郑新如当作阶级敌人，秦柳方由此成为反右运动中的左派。
经济学所的工作.1957年7月，秦柳方参加中国科学院经济研究所的工作，任该研究所党的领导小组成员，并且是政治经济学组和《经济研究》杂志编辑部负责人之一