贺耀组罢免，蒋中正遂罢免了贺耀组的第3军团总指挥兼南京卫戌司令的职务。日军借口革命军对城内的日本侨民进行抢劫、屠杀12人，而出动军队展开报复，杀害中国军人与民众六千余人的事件。其中，国民党战地政务委员会派遣济南的外交处处长兼国民政府外交部特派山东交涉员蔡公时及署内职员17人被日军杀害。惨案发生后，日方否认日军屠杀中国军民，并要南京国民政府道歉、赔偿、惩凶，并于5月11日攻佔济南。直至次年3月，南京国民政府与日本政府签订《中日济案协定》之后，日军才退出济南。而酒井隆于1946年9月30日在南京雨花台伏诛。