1944年6月末到7月初，矢矧号在吴港进坞改装，于舰身中部增加了两座三管96式25mm砲，以及13式对空与22式对海雷达。1944年7月8日矢矧号随舰队离开吴港回到新加坡。1944年10月22日矢矧号作为第十战队旗舰（司令官：木村进少将），参加了雷伊泰湾海战。在战役中遭到了美军第38特遣部队超过250架舰载机的11次空袭。矢矧号并未受损。1944年10月25日的萨马岛海战中矢矧号也未受损。1944年10月26日又遭到空袭，不过矢矧号依然无恙，顺利返回汶莱。在1944年第十战队解编，矢矧号成为第二水雷