曹云祥原本聘请胡适为导师，胡适坚辞不就，并推荐了梁启超、王国维和章太炎三人。1928年清华学校改制为清华大学，应聘为中文、历史二系教授，并在北京大学兼课。1928年暑假，回上海探亲，与清代台湾巡抚、台湾民主国大总统唐景崧之孙女唐筼完婚。在此期间主要讲授佛经翻译文学、两晋南北朝隋唐史料和蒙古史料研究等课程。1929年6月5日，中央研究院历史语言研究所正式迁入北平北海静心斋，时任清华大学历史系教授的陈寅恪，被委任为第一组主任。1929年10月，在中研院历史语言研究所所长傅斯年的斡旋下，陈寅恪正式成为国民党党员。