到目的蛋白的一端后，就可以使用抗HA标签的特异性抗体结合该重组蛋白，利于免疫组织化学（IHC）、Western Blotting等实验的进行。
序列.HA标签的氨基酸序列是：YPYDVPDYA（Y=Tyr,酪胺酸；D=Asp，天冬氨酸；P=Pro，脯氨酸；A=Ala，丙氨酸）对应的DNA序列爲：5' TAC CCA TAC GAT GTT CCA GAT TAC GCT 3' or 5' TAT CCA TAT GAT GTT CCA GAT TAT GCT 3'