2017年4月16日起暂停办理客运业务，从而展开站房等相关设施的改造工程。在改建过程中，施工单位拆除原有的两座侧式站台、部分到发线及车站货场并新建两座岛式站台。道岔施工于2019年12月11日完成，所有改造工程则于2020年3月底完工，6月28日起随商杭客运专线通车而重新办理客运业务。
车站结构.肥东站目前使用的站房于2007年投入使用，候车室面积987.3平米，能同时容纳800人候车。
站场.肥东站为2台8线布置，设有2座中间站台。沪汉蓉正线位于内侧，商合