踪不明，存在多种说法，如从美军得到一处原日本海军宿舍改装的美军士兵娱乐设施（妓院），表面上靠女人卖淫维生，实际上在里面整理从中国带回的「731部队」资料、于1950年「朝鲜战争」爆发后受美军命令协助开发细菌武器投入战事，并因此免除了日本近一千名军医的「公职追放」惩罚、也有文献称石井于1950年至1952年期间多次前往美国、又或是在军医学校遗址上建立了一个名为「东京营养研究中心」的机构（代号为「J2C406」），继续研究生化战争。根据石井的女儿春海所述，晚年的石井迷上了禅学，终日到自家附近的月桂寺听禅、向僧侣