苏台德事件期间，捷克斯洛伐克于5月21日开始局部动员，并于9月23日完成这次动员。雅努塞克在这次事件期间指挥将军的第一军的空中武装，负责西南起捷克布杰约维采，北至克拉利基的前线。但在9月29日，法国和英国与德国签署了慕尼黑协定，迫使捷克斯洛伐克割让了苏台德地区。1939年3月15日，德国在彻底被占领的捷克斯洛伐克创建了波希米亚和摩拉维亚保护国，并解散了原本捷克斯洛伐克的军队。在这时，雅努塞克也在布拉格查理大学修完了他的课程，并在6月23日获得了自然科学的博士学位（RNDr）。对于德国的举动，大量的捷