地区土壤相当复杂。火山带的土壤及其衍生的冲积层很肥，如中爪哇和东爪哇、苏门答腊部分地区以及西里伯斯的零散地方。砖红壤产生于马来亚、婆罗洲及稳定的巽他陆棚其他岛屿，对农业而言，土壤贫瘠，有时简直无法利用。在巽他陆棚边缘的印度尼西亚大岛上，有广阔的沿海沼泽，沼泽表面积聚着枯死的植物，使原本没有利用价值的土地，具有潜在的肥力。
气候.马来群岛全部位于热带，在赤道两侧各10个纬度之间，气温高，年平均27℃（80℉），属于热带雨林气候。年温差在赤道上只有几度，离赤道越远，温差逐渐增大。温度变