洞宗、临济宗管理，自此之后，斋教逐渐转向「空门化」，其中以龙华派最为显着。末期（1930年至1945年）1930年代开始，日本帝国对台政策渐趋高压。1936年（昭和十年）总督府推动「寺庙整理运动」，不少斋堂不是被整肃、便是被併入佛教，尔后的「皇民化运动」，更强迫台湾百姓放弃传统信仰、改信神道教，参拜神社，斋教再度受到打击。
中华民国时期.1945年二次大战结束后，中国正信佛教僧侣陆续来台佈道。1949年国民政府败退，也带来不少中国佛教僧团，台湾佛教界遂由中国佛教会接掌，不少