他不愿意加入政治宣传式的三自爱国教会，在1955年9月14日晚，在肃反运动中，和林献羔等人一同在广州大马站教会被捕入狱，1955年9月27日，广州三自会组织了控诉“大马站反革命集团”的大会。1957年，张耀生一度获释。1958年再次被判劳动改造，被送往广东省数个矿场劳动，1968年服刑期满，仍被判「留场就业」，但在矿场获得更多自由，并可见到其他基督徒。1979年获准到香港，随既到美国加利福尼亚州。现居旧金山服事当地的教会。