2001年911事件后，中国政府利用美国所启动的国际反恐机制，将新疆独立运动定位成恐怖主义，以强化武力镇压新疆的正当性，并期望借此来削弱国际间的批评声浪，不过，后来得到了国际社会的追认。中国政府也推动「上海合作组织打击恐怖主义、分离主义与极端主义等「三股势力」。2004年4月16日，东突厥斯坦民族大会与世界维吾尔青年代表大会两个组织在德国慕尼黑市合併为新的单一组织──世界维吾尔代表大会。9月14日，东突厥斯坦流亡政府在美国华盛顿成立。2005年9月29日，东突厥斯坦解放组织以录像方式用维吾尔语向外