朱巴县（Juba County）是南苏丹共和国中赤道省的一个县，朱巴市为该县最大的都市，也为省府所在地和国家首都。根据南苏丹独立前的2008年人口普查，朱巴县有人口372,413。县的东北部是巴丁吉罗国家公园一部分。