912年5月7日被任命为北京临时政府稽勋局局长，汇集革命史料，1913年7月29日免职，改由许宝蘅兼署。在稽勋局局长任内，冯自由使在美国学习的孙科得补官费，并且经手保送了宋子文、杨杏佛、任鸿隽、谭熙鸿、李骏、李四光、刘鞠可、赵昱、吴玉章、李晓生、吴昆吾、马素、萧友梅、黄芸苏、刘燕贻、张竞生、冯伟（冯自由的胞弟）等50余人出国留学（此即辛亥革命后首批派遣留学生）。1913年二次革命爆发后，冯自由在北京一度被袁世凯的军警逮捕。二次革命后，冯自由逃离北京，来到日本，任华侨联合会会长，支持孙中山建立中华革命党，