基隆港所在的台北州设立「港务部」，作为基隆港的营运机关，并由台湾总督府交通局海务部监督。1943年，当时台湾处于战时体制，日本当局为统一港口的管理事宜，成立直属于台湾总督府的基隆港务局，将港口管理的事权统合起来。1945年，台湾进入中华民国时期，中华民国政府维持基隆港务局的建制，并将其先后配署于台湾省行政长官公署与台湾省政府交通处之下，成为台湾省的省营事业机构之一。1998年精省后，基隆港务局连同其他3个台湾省营的港务局改隶中华民国交通部管辖。为了强化台湾港口的竞争力，中华民国交通部实施「政企分离」