雅受顾命，在晋安帝继位后就由司马道子辅政，王雅等孝武帝宠信的臣子都突然失去权力，只能一直谨慎缄默，不作甚么辩论。隆安二年（398年）十一月迁尚书左仆射，隆安四年（400年）六月迁尚书右仆射。八月丁亥日（9月13日），王雅去世，享年六十七岁。朝廷追赠光禄大夫、仪同三司。