日本殖民地，使得玉山也成为日本领土。日本陆军参谋本部陆地测量部1895年7月开始进行台湾的测量（1896年9月完成），发现玉山的高度超越了日本的第一高峰—海拔3,776公尺的富士山。在1897年6月28日，由明治天皇将摩里逊山命名为「新高山」（），并由拓殖务省发布告示，意指日本领土新的最高峰，周围群峰一併更名，主峰又称「新高主山」，也称作「嘉义新高」。稍后，1923年时亦将雪山命名为「次高山」，意指第二高峰。当时的新高山与次高山（雪山）、能高山并称「台湾三高」。中华民国接管台湾之后，在1947年12月1