最大牵引定数仍维持在1300吨。最终，JR货物仅采购了21台EF200型电力机车，而后继的EF210型电力机车则将小时功率大幅降低至3390千瓦。1999年4月1日，原本配属新鹤见机关区的EF200型电力机车，全部转配属至。2001年1月，为纪念坂神大地震后神户市的重建工作，EF200 1号机车的车身两侧披上了美国画家亚莉山卓·妮齐塔的插画作品，该插画以着名地标神户港塔和象征地震遇难者的向日葵少女图案为主题，并配上“神户感谢你”（）的信息。2002年，JR货物在日本政府的“干线铁道等活性化事业费补助