成为自由城市。1582年科隆大主教格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡退出罗马天主教并与一个新教修女结婚后被教宗额我略十三世革除教籍。恩斯特·冯·拜恩被按立为科隆大主教。此举防止了在七选帝侯中新教贵族成为多数。这个事件导致了从1583年至1588年的科隆战争。道依茨、波恩和诺伊斯被毁。在三十年战争中科隆没有遭到破坏，科隆市民花钱来避免军队围攻或者占领。通过制造和出卖武器科隆还依靠战争大赚了一场。法国大革命后法国军队于1794年入驻科隆。“圣城科隆”的历史便结束了。整个莱茵河左岸地区完全被并入法国，