直没有掩饰自己对纳粹主义的反对。德奥合併后赫斯短期被捕。1938年5月28日他首先被迫退休，1938年9月他被立刻解雇，而且不能获得养老金。而且他被迫把在瑞典获得的并且在瑞典投资的诺贝尔奖金换成德国的国家债券。同年他和他的犹太妻子出逃美国，并在纽约市福坦莫大学继续他的工作。1944年他获得美国国籍。第二次世界大战结束后他还多次回到维也纳和因斯布鲁克。维克托·赫斯被葬于白原市。