出的学名是"Tupinambis indicus"，此名称沿用七十五年后才被现名取代。属名"Varanus" 取自阿拉伯语 ورل （"waral"，即“监视器”）。 种加词"indicus"即拉丁语“印度”之意，不过这里指的是最早发现红树巨蜥的印度尼西亚或东印度群岛。而本种的中文名称常常造成误会，认为体色如同其名，呈现红色；其实系因栖息环境主要在红树林地区所致。因为分佈广泛，红树巨蜥被认为是一种隐存种，其下包含至少四个姊妹种："Varanus indicus"、"Varanus doreanu