年至4700年之间，到该文化晚期，不同遗址的区域性差异开始出现。目前我们至少可以辨认出大坌坑文化的几个次类型，包括北部的大坌坑类型，南部较早的八甲类型、较晚的凤鼻头类型，东部的月眉类型等。在大坌坑文化时期，其聚落还甚小，通常位于河口或近于海岸的阶地、台地上，以狩猎和渔捞营生，也採集野生植物种子、果实和其纤维，可能已经有种植芋头、薯类等根茎类作物的初级农业。从比较研究推测，这个文化的主人可能是南岛语系民族的祖先，而台湾的原住民正是南岛语族的一支，因此大坌坑文化可能是台湾原住民族的祖型文化，也可能是整个南岛