日治初期，芎蕉坑地区为一街庄，称为「芎蕉坑庄」，隶属于苗栗二堡。该庄东北与福兴庄为邻，东南与三叉河庄、拐仔湖庄为邻，西南边为石头坑庄，西北边为大埔庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于苗栗厅。1909年（明治四十二年）10月，改隶属于新竹厅。1920年（大正九年），该庄改制为「芎蕉坑」大字，隶属于新竹州苗栗郡苑里庄。1943年，苑里庄升格为苑里街。战后苑里街改制为苑里镇，隶属于新竹县，大字亦改制为里。1950年桃、竹、苗分治，苑里镇改隶属于重新成立的苗栗县。
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