。郭符甲闻讯之后，怅恨不已。又听闻恩师周凤翔在国变中殉难，感叹道：“吾幸出忠义之门矣！”不久，吴三桂引清军攻入山海关，击败李自成，定鼎北京，并一路南下。明臣拥立福王朱由崧在南京即位。郭符甲被任命为户部四川司主事，并兼任兵部职方司主事，核查军饷、兵力。弘光元年（清顺治二年，1645年），清军攻破南京，郭符甲正在姑苏监督军饷，各州县筹集送来的银钱达十三万余两。有吏员劝其将钱归为私用，并分给手下，以避战乱。郭符甲表明自己生来“不染私尘”，命令将军饷发还处。同年，前往广东主持考试，发掘人才有方。升任礼科右给事中