存在约5至10万年，但直到1万年前族群数量才开始增加，这可能与人类发展农业并群聚定居有关。人类疟原虫的近亲物种迄今仍时常感染黑猩猩，一些证据显示恶性疟原虫可能源于感染大猩猩的物种。公元前2700年起，中国就有关于疟疾引起的独特的周期性发烧的历史记载。希波克拉底按发热周期把疟疾分为间日疟、三日疟、次间日疟和每日疟。罗马人科鲁迈拉也曾经提到疟疾可能与沼泽有关。疟疾在罗马非常流行，以致它有“”之称，并可能和罗马帝国的衰落有关。当时罗马帝国内的南意大利、萨丁尼亚岛、、伊特鲁里亚沿岸及罗马城的台伯河沿岸由于气候条件适