死亡数却持续上升，也未发现其他已知的猪病毒。不久后附近三座养猪场亦爆发类似疫情，截至同年5月在四座养猪场共造成24693头猪只死亡。元基因组学研究结果显示此疫情为一种新的冠状病毒所致，即猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV），于2018年由华南农业大学研究员马静云与武汉病毒研究所研究员石正丽等人的研究团队发表于《自然》。此病毒的基因序列有高达95%与菊头蝠冠状病毒HKU2（Bat-CoV HKU2）相同，且后者曾在养猪场附近的蝙蝠洞中被检测出，另外从2013年－2016年于广东各地採集的菊头蝠样本