于明末时期大将徐石麒则认为袁崇焕表面主战而实际主和，并以杀毛文龙示信后金。而在文人学术中，相关的争议则更为突出。明末清初文人计六奇在《明季北略》主张袁崇焕以尚方宝剑诛杀毛文龙，如同宋朝时期秦桧用十二道金牌矫诏杀岳飞，但是认为崇祯皇帝杀死袁崇焕为冤。中华民国初年，梁启超在《袁督师传》则赞赏袁崇焕在历史中的重要作用为“以一身之言动、进退、生死，关系国家之安危、民族之隆替者”。中华人民共和国时期，毛泽东也主张袁崇焕为“爱国领袖”，并要求北京政府保护其祠庙。部分学者认为袁崇焕杀毛文龙为泄私愤。也有说有证据毛