兼任参谋总长并在东北战场和中国人民解放军周旋，海军的主要指挥者实为担任副总司令的桂永清。桂永清引大批曾经被闽系打压的其它海军派系与陆军军官进入海军任职，引起旧体系的不满。1947年3月伏波号炮舰因操舰失误遭撞沉，桂永清的统御再度遭到闽系挑战。加上中国共产党在海军内逐渐成立多条内应线，成功策动多艘军舰投共。各种条件下促成桂永清利用反共之名对闽籍海军人员施行非法拘捕。1949年海军官校南迁之时，海军官校校长、准将魏济民遭诬指意图叛乱；桂同时下令关押一切有政治嫌疑的海军人员，最彻底的是海军官校39、40、41