时郑芝龙已决定降清，擅自下令守将施福撤走。清军一路势如破竹，过仙霞关，攻克浦城，南明巡抚杨廷清、李暄等被斩杀。明隆武帝朱聿键逃至汀州（今福建长汀）。博洛派杜尔德攻灭汀州城，擒斩朱聿键，隆武政权亡。南明总兵姜正希乘夜袭击汀州，被清军击败，死万余人。固山额真韩岱于分水关击败南明总兵师福，入崇安县，抚定兴化、漳州、泉州三府。至十一月，福建悉平。