重视对汉族士大夫的优遇，他多次举办博学鸿儒科，创建南书房制度，并且向来华传教士学习西方科学与文化。清初蒙古分为四大部。其中准噶尔汗国与俄罗斯沙皇国友好，其可汗噶尔丹先灭领叶尔羌汗国与青海和硕特，又佔领喀尔喀蒙古，喀尔喀三部南下投靠清朝。康熙帝首先派萨布素于雅克萨战役驱除入侵黑龙江的沙俄军队，与沙俄所签订的《尼布楚条约》以确立东北疆界并获得沙俄的中立。接着于1690年至1697年间乌兰布通之战与三征噶尔丹使噶尔丹战死，进行多伦会盟以将喀尔喀蒙古纳入直接统治。青藏地区的和硕特汗国协助黄教达赖五世击败红教统一