中也珍藏着原来属于普拉多博物馆的藏品，“西班牙国立考古博物馆”收藏有原来属于普拉多博物馆的古代埃及、古代罗马、古希腊和古代两河流域的艺术品。“索菲娅王后国家艺术中心博物馆”收藏有20世纪的艺术品。这几座博物馆收藏的西方艺术珍品仅次于巴黎和伦敦的收藏品，是欧洲较大的艺术中心。
馆藏作品.普拉多博物馆刚成立时仅有311幅绘画作品，许多画作是之后从其他王室建筑或西班牙各地教堂、修道院汇集而成，也有许多是后来收购的作品，但大部分精品原本皆属于王室收藏。目前收藏有西班牙油画逾4800幅，义大