百团大战中受到彭德怀指挥的八路军打击，他仍然对长江流域的国军发动了鄂中会战和鄂西会战。1941年3月1日，西尾寿造再次被调回日本，出任军事参议官直到1943年被编入了预备役。
日本.1944年西尾寿造复出，出任东京都长官直到第二次世界大战结束。1945年12月2日被指定为甲级战犯嫌疑人，但从未被盟军最高总司令部正式指控，不久西尾寿造获释，1960在东京都逝世。