留守成都，萧圆肃为副补佐。天正二年（553年），西魏尉迟迥率军攻蜀，萧圆肃、萧撝降伏。萧圆肃受位骠骑大将军、开府仪同三司、侍中，封安化县公。周明帝元年（557年），进爵棘城郡公。保定三年（563年），为畿伯中大夫。保定五年（565年），任咸阳郡太守。天和四年（569年），转任陵州刺史，命他随卫国公宇文直驻屯襄阳，没有赴任陵州。建德三年（574年），任太子少傅。建德六年（577年），任丰州刺史，进位上开府仪同大将军。宣政元年（578年），入朝为司宗中大夫、转洛州刺史。大象二年（580年），进位大将军。