此基础上，伊本·卡蒂马（Ibn Khatima、1369年 - ?）建立了一种假设，认为“传染病是由于微生物入侵人类体内而导致”。这一假设通过16世世意大利修士、科学家吉罗拉莫·弗拉卡斯托罗所着的《梅毒》（1530年）及《关于传染病》（1546年）而在文艺复兴时期的欧洲被广泛接受。弗拉卡斯托罗主张传染病是通过接触传染，他也是梅毒（"Syphilis"）及斑疹伤寒（"typhus"）的命名者。人类第一次看到病原体(病原微生物)，形式上来说普遍认为是1684年荷兰科学家安东尼·凡·列文虎克通过光学显微镜进行