006年，内政部与行政院大陆委员会提出更进一步的草案，拟将政治庇护对象扩大纳入中华民国大陆地区民众；原拟订名《政治庇护法》，后更名《难民法》，是优先推动立法项目。2007年1月31日，行政院会议通过《难民法草案》，行政院副院长蔡英文说，请内政部会同中华民国外交部、大陆委员会等相关机关，务必向各党派立法委员详实说明《难民法草案》精神与制度内涵，早日完成立法程序。2009年，立法院三读通过《公民与政治权利国际公约及经济社会文化权利国际公约施行法》。内政部随即请内政部移民署重新评估，从而有了「国民党行政院版」