马林根与霍亨索伦公主霍亨索伦-西格马林根的奥古斯塔·维多利亚公主结婚。没有子嗣。曼努埃尔二世是一位藏书家，并写了一本中世纪和文艺复兴时期葡萄牙文学指南。曼努埃尔二世于1932年7月2日逝世于英国托维肯汉姆。由于他没有子嗣，他认可布拉干萨公爵杜阿尔特·努诺为他的继承人。