APL一个短暂的相遇后，新视野号飞往木星，在2007年2月28日使得其最接近木星的距离为。木星飞掠提供重力助推给新视野号的速度增加了。木星相遇也被用来作为新视野号科技性能的全面测试，传回关于行星的大气层，卫星和磁层的数据。在飞掠木星后，探测器继续前往冥王星。在木星后的大部分旅行中，太空船是处于休眠模式度过，以保护太空船上的系统。在2006年9月，新视野号第一次拍摄了冥王星，其次是在2013年7月拍摄了区分冥王星和它的卫星冥卫一作为两个单独的对象的图像。无线电信号从新视野号太空船旅行到地球需要用4个多小时。