这可能导致PCR扩增失败或者因DNA样本数太少而失去数量的准确性。因此，在设计测序实验过程中要考虑反应条件对DNA降解的影响。一些技术能降低DNA的降解，如设置孵育温度循环。
其他问题.一个潜在的问题是由于碱性不够导致的嘧啶脱磺酸基不完全。这可能会抑制某些DNA聚合酶，最终导致PCR产物合成困难。这种现象可以通过调整反映环境的PH值来避免。最后一个问题是亚硫酸盐处理会大大降低样本的复杂性，这在多个PCR反应同时进行时会导致问题：引物设计更加困难，错误的杂交频率也会提高。Se