与市区的气候差异较大，由于地处山区，海拔较高，夏季平均气温比市区要低好几度，降水更加充沛。武夷山市处在武夷山脉的迎风面，地势向海洋敞开，海洋气流顺势急速上升，经常产生强暴雨天气，尤以6、7月份最为集中。
动植物资源.福建武夷山国家级自然保护区内有着大片的原始森林和极为丰富的动植物资源，这也是武夷山成为世界自然遗产最重要的一项。植物群落共有149科1800多种；动物种类也异常复杂、多样，总数达600余种，拥有众多的中国一级保护动物，被誉为“世界生物之窗”和“研究亚洲两栖动物和爬行动物