余下部属时，诸王设下了圈套，宣称天王降诏指责北王及燕王在对付东王时过度滥杀，需要受杖四百，诱使大批东王部属观刑，取得他们信任及弃械后，乘机将他们全部杀害。屠杀并未因此而终止，不少人因与东王有些关系，甚至只是款待用膳，亦遭屠杀，死亡人数多达2万余，是为「天京之变」。北王及燕王在同年被杀，后来洪秀全把杨秀清的「图谋篡位」罪名平反。洪秀全追念杨秀清的功绩，将其忌日定为“东王升天节”，又把自己第五子洪天佑过继给杨秀清，称为幼东王。
评价.杨秀清的战略主张并非没有缺点，诸如定都金陵，偏安