592年至1610年期间，伽利略任职于帕多瓦大学，并很大的影响了科学和自然学科的研究方法。到了18世纪，威尼斯共和国的经济、政治逐渐衰弱，帕多瓦大学也迎来了它的低谷，特别是法学院和工艺学院之间的区别消失了。 19世纪帕多瓦被奥地利帝国统治，一直到1867年同意大利王国合并。在1797年至1813年那段政治糟糕的时期，许多优秀的老师遭到了解雇。1848年2月8日，爆发了一次学生对奥地利政府的示威。这次事件造成了两名学生的死亡，大学的暂时关闭，开除了73名学生并解雇了4位老师。
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