而在1514年6月12日教会在马德拉设立新的天主教丰沙尔主教区，而科钦和果阿是总教区中最为重要的两个传教基地。1534年保禄三世诏令将丰沙尔提升为总主教区并将果阿教区作为其，整个印度都置于果阿教区管辖之下，葡萄牙人还在果阿设立了隶属于天主教丰沙尔教区的主教座，以期将教会的影响力从好望角一直延伸到遥远的中国。而葡萄牙人在贸易创收的同时，自1540年开始向当地人传教，而同年新成立的耶稣会也来到果阿，殖民政府重视传教工作并为受洗教徒提供物质奖励，因而这些所谓基督徒中产生了大量，有些甚至还信奉原来的宗教。判定的