R东日本开始着手「蓄电池驱动电联车系统」的计画，将E995再度进行改造，改造后的新车款被暱称为「NE Train Smart电池君」（）。
运作特性.电联车版本的E995改造重点包括将原本在混合动力与燃料电池驱动时代并不存在的集电弓装回E995上，成为真正的电联车。除此之外，在传统电联车的DC/DC转换器与VVVF变频器之间加上与蓄电池连结的回路。为了配合蓄电池系统较低的工作电压（600伏特），车上的电动马达也更改为输入电压较低的600伏特版本，共2具，每具能提供95千瓦的动力输出