又竞选旧金山市长，但均以失败告终。1903年，加利福尼亚州议会民主党议员支持莱恩出任该州联邦参议员，但由于民主党议员在议会中占少数，所以未能成功。1905年，总统西奥多·罗斯福任命莱恩进入州际商务委员会任职，联邦参议院于次年批准。1909年，威廉·霍华德·塔夫脱总统再次任命莱恩出任同一职位。1913年1月，莱恩经选举成为州际商务委员会主席。一个月后，他接受新当选的伍德罗·威尔逊总统提名出任内政部长，在该职位上任职近7年后辞职。莱恩在自然环境保护方面所获评价褒贬不一，他支持充满争议的优胜美地国家公园的赫奇