运营初期为乘降所，后改为设有两条股道的五等会让站。车站距离祁门县城30千米，对外交通不便，公共交通难以直达车站。离车站最近的商店位于4华里外的莲花村内。目前北坑站办理列车通过、会让业务和通勤列车旅客乘降业务，不办理客货运业务。每日车站有一对来往和的通勤列车停靠，供车站及沿线铁路职工使用。