950年，侯仁之重返燕京大学任教，不久搬到燕南园61号居住。他历任燕京大学副教授、教授。1950年，侯仁之发表《“中国沿革地理”课程商榷》一文，率先奠定了建立中国现代历史地理学的理论基础。1952年院系调整，侯仁之改任北京大学副教务长，并且兼任新成立的北京大学地质地理系（后来改为地理系）主任，自此“历史地理学”正式出现在中国的大学课程中，侯仁之也开始系统的学术研究活动。1950年代至1960年代初，侯仁之在学术上取得丰硕成果。1950年，应梁思成之邀，侯仁之任“北京市都市计划委员会”委员，为北京的城市规