45年10月25日，中华民国政府正式接管并统治台湾，同年11月16日，行政院明令各省市县政府筹设忠烈祠，调查抗战殉难忠烈军民姓名事蹟。1946年起，全台各县市开始在原神社所在地设置忠烈祠，其中应以当时新竹县忠烈祠（原桃园神社）最早，主祀郑成功、刘永福、丘逢甲，以及七十位台湾抗日志士，其中涵盖人员较为复杂，除各次武装抗日事件牺牲者外，尚有台湾农民组合、台湾文化协会、台湾黑色青年联盟和上海台湾青年团的成员，而当中的左翼人士，后来又被撤销祭祀（如王敏川）。国民政府迁台之后，入祀人员又改以国共内战中牺牲将士