悦一同前往辽东半岛，参加东亚考古会的「关东州羊头漥发掘调查」。昭和9年(1934年)9月，受命为台北医专解剖学与人类学的海外研究学者，由台湾出发前往法国南部的马赛港。昭和11年(1936年)3月任台北帝国大学医学部解剖学教授，与森于菟教授（日本文豪森鸥外之长子）共同负责该校医学院的筹设工作。同时也从事人类学、考古学、民俗学的研究，曾多次进行史前遗迹发掘与原住民体质调查。1941年参与创办《民俗台湾》月刊，又以「林熊生」为笔名，发表侦探小说《船中的杀人》、《龙山寺的曹老人》。昭和17年(1942年)1