朱厚烷遭削爵，降为庶人，禁锢凤阳。隆庆元年（1567年）明穆宗复朱厚烷的王爵，并增岁禄四百石，不过他自少至老都是穿布衣，吃清淡的饭菜。万历十九年（1591年）他过世，谥号恭，长子端清世子朱载堉执意不袭封郑王，因此十五年后由朱见濍孙子、朱厚炜之子朱载壐嗣位，而朱载堉的子孙就嗣封东垣王。
成就.他通晓音律，对儿子朱载堉发明新律起到过很大的影响。根据朱载堉《进律书奏疏》：“臣父昔年居凤阳时，彼时亲手操缦谱稿，藏诸箧笥，还国出以示臣，且谕臣曰：‘尔宜再润色之，为我着成一书，以便观览