业返台，1928年（昭和三年）考取东京医学专门学校（今东京医科大学）。办《苍海》、《南瀛会志》、《里门会志》等杂志，并发表作品。在此听了自由主义者鹤见祐辅（）的演讲后，对他主张日本必须侵略满洲的言论大失所望，也对自由主义失望。1928年吴新荣加入左派领导的东京台湾青年会与日本共产党幕后领导、许乃昌组织的台湾学术研究会，在扫荡日共的「四一六事件」（）中被捕，被禁在淀桥警察署（），入狱二十九天后出狱。之后一直受到日本政府监视。
在台文学活动.吴新荣在1930年左右开始发表新诗。