争时清兵为阻挡日军前进而破坏铁路，后日军南下时陆续进行抢修。6月9日基隆至台北的铁路恢复运转，作为军事运输之用。9月临时台湾铁道队抵达基隆。明治二十九年（1896年）临时台湾铁道队鑑于清朝所建的铁路蜿蜒迂回，将刘铭传铁路大幅改线。7月公布民众乘车许可。于基隆~新竹段每日往返两班列车，后增加为往返四班。三十年（1897年）5月26日在原八堵站址设立七肚站，为乙等站。恢复货运业务。8月11日恢复客运业务。基隆~台北间每日往返三班列车，中午则配合轮船启航时间加开往返一班。三十二年（1899年）7月20日于基隆~七