，大量华侨、华人被残忍的杀害。雅加达人权与妇女研究组织经整理后的报告显示，5月发生的骚乱中，印尼各地总共发生5000多宗暴徒强奸或轮奸华裔妇女的惨案，其中以雅加达每天发生的100多宗最为严重。随着苏哈托下台，印尼进一步迈向民主化，当中包括地区自治，东帝汶独立，2004年首次总统普选。但是，政治与经济的不稳定、社会不满、贪污、自然灾害及恐怖主义却在减慢民主化的推进进度。虽然国内不同的种族与宗教大致和谐，但严重的教派斗争与暴力事件在一些地区仍时有发生。