军吴丹，权臣纳兰明珠说他在四川时不及时援助其它战区，疏请将他革职。赵良栋被降职。告病回宁夏。良栋希望留在北京，乞田宅。御史龚翔麟弹劾他骄纵，康熙赦免了他，赉白金二千，令回归宁夏府（银川）。
晚年.1697年（康熙三十六年），尚书马齐从宁夏回朝，奏称赵良栋病重。康熙帝下诏慰问，又赐人葠、鹿尾。不久，赵良栋病逝，终年七十七岁。当时康熙帝正征讨准噶尔，命皇长子允禔参加葬礼，谥襄忠。
纪念.1730年（雍正八年），雍正帝兴建贤良祠，赵良栋的灵位被安放在祠中。干隆四