但因与兵部尚书崔景荣意见不合，于十二月再次辞归。天启三年（1624年），徐光启升任礼部右侍郎兼侍读学士等职。当时朝中魏忠贤专权，他不肯就任，次年便遭谗劾去职。徐光启回到上海，将积累多年的农业资料“系统地进行增广、审订、批点、编排”，编撰而成后来的《农政全书》。他同毕方济（P. Franciscus Sambiasi）一起合译了《灵言蠡勺》。还把自己关于军事方面的文章辑录成书，刻印刊行了《徐氏庖言》。
崇祯朝.崇祯元年（1628年），徐光启奉召回京，官复原职。二年（1629年），