神父曾于1602年和阿依人有所接触。此后阿依人和外界间或有着土地、贸易、宗教方面的往来。欧洲人带来的疾病使得阿依人的人口急剧下降。
后殖民时代.在19世纪和20世纪初，亚马孙橡胶热时期，阿依人和外部的接触有所增加，尤其是传教士。麻疹、 疟疾和 结核病 使阿依人的人口降至不超过350人；在与外界接触前，阿依人曾有1万5千到2万人。