control region；包括HVR1与HVR2），在HVR1中含有大约440个硷基对，这些硷基对可用来与其他个体（特定人士或资料库中的讯息）的控制区作比对，进而测定出母系族谱。Vilà等人的研究中回溯了家犬与狼的母系祖先，同样的分析方式也导出了粒线体夏娃概念，用于研究人类起源。由于mtDNA并非高度保守，而是拥有较快的突变速率，因此可用来研究种系发生学，生物学家挑选少量不同物种的基因，分析其序列的保留与变异程度，可建立出演化树。
雄性遗传.目前已知有时候有些物种体内，如蚌