商议避免战争的新条约。这个条约后来被称为杰伊条约。杰伊本人和美国政府都认为这是当时能够达成的最好的条约了。华盛顿和国会（持保留态度并要求修改后）签署了这个条约，虽然如此许多人反对这个条约，使得杰伊也非常不受欢迎。杰伊有一次说他可以借着焚烧他的肖像的光从波士顿去费城。这个条约显然也使杰伊被选为美国总统的可能性消失了。
纽约州长.杰伊还在英国时就被选为纽约州的州长。他退出最高法院，之后一直到1800年为止，担任州长。此后约翰·亚当斯总统再次提名他为首席大法官，国会也很快就批准了这个提名