大学拆分后组建的中科院河北分院经济研究所准备停办，周恩来指示由南开大学重新接管，复名南开大学经济研究所。同年，杨石先创办南开大学元素有机化学研究所，奠定了南开大学化学学科的基础。1965年，南开大学物理二系的原子核物理和放射化学两个专业师生整体搬迁并入兰州大学。
文革时期.1966年至1976年文化大革命期间，南开大学正常教学秩序被破坏，大多数教师受到打击迫害。1966年“文革”甫一开始，时任河北省委文教书记张承先到南开大学开始煽动。时任南开大学党委书记的臧伯平随即成立了由庞诵逄负