核形虫纲（Cristidiscoidea或Nucleariae）是真菌总界下的一个演化支，与（真菌所属类群）为旁系群。由于核形虫接近，但又位于真菌与动物主要分支之外，对核形虫纲的研究可以提供关于这些类群的不同生活方式，以及后鞭毛生物与黏菌多细胞化演化过程的重要讯息。
种系发生.下面的系统发生树显示出核形虫纲所在之位置。