一般每胎仅一头幼兽，双胞胎极少见。学者至今为止还有争议港湾鼠海豚是每年可以生一头幼兽呢还是每两年出生一次。由于鲸没有盆骨因此出生不困难，而是在一般的游泳过程中进行。出生的蠕动约持续一至两小时。幼兽首先出生，它的头最后出现，头出生后脐带就与幼兽分离了。此后胎盘排出。幼兽出生后会自动游到水面唿吸。幼兽出生时65–90厘米长，重5–7千克。哺乳期为8–9个月，不过在出生五个月后它们就已经开始吃鱼了。哺乳时母兽侧向游泳，这样幼兽在吸奶时可以唿吸。港湾鼠海豚的奶含很高的脂肪（约50%），与其它哺乳动物的奶相比其蛋