台湾「澎湖四大古庙」一词首见于清朝雍正12年（1734年）澎湖通判周于仁的《澎湖志略》，志略中描述当时在妈宫街水师协营（今陆军澎湖防卫指挥部）附近有所谓四大古庙，即「关帝庙、天后宫、真武庙、水仙宫」。其中，真武庙（东甲北极殿）是唯一的「角头庙」，其余皆是「阖澎公庙」。文澳城隍庙、澎湖观音亭、文澳祖师庙、祠坛等亦是在清领初期（康熙、雍正年间）便有文献纪载已然存在的庙宇；但周于仁版本的「四大古庙」，位列古庙的原因系由「地缘」因素，而非「落成年份」。