同三好长庆达成和解，回到京都。但义藤这个幕府将军有名无实，是三好长庆和其家臣松永久秀的傀儡。翌年（1553年），在细川晴元的支持下同长庆作战，失败逃往近江国朽木村；此后5年的时间里都在那里度过。1554年2月12日，逃亡中的义藤将自己的名字改为义辉。永禄元年（1558年）5月，在六角义贤（即六角承祯，定赖之子）的支援下，同细川晴元一起迁往坂本，在这里可以窥见京都。翌月在如意岳佈阵同三好长逸等作战。由于受到六角义贤的支援，足利军最早处于优势；但后来三好长庆派弟弟三好义贤反攻，战局逆转。11月，在六角义贤的