次年5月明郑大军北伐，进入长江并包围金陵。后因郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭而大败。铁甲沉重不得突围，左虎卫镇陈魁战死，幸赖林凤威勐，杀出一条血路而免于全军覆没。1661年，林凤升任参军。2月随军征台湾，4月2日入鹿耳门，登陆台南，包围荷兰东印度公司部队于热兰遮城，并击退巴达维亚援军，其间林凤屡建战功。由于围城期间军粮不足，郑成功分派各镇去汛地屯垦。林凤所部分汛于曾文溪迤北地区，含中社、龟仔港、大菁埔等地（旧属嘉义赤山堡）。众官兵将险恶荒僻之地开辟为良田，至今台南市六甲区仍有「林凤营」之地名