叶笃庄在出狱一个月后，又被法院收监，且立即开庭，以“美国特务”的罪名，被判处有期徒刑10年。文化大革命前，叶笃庄被安置在安徽省的一个劳改农场当渔工。1968年，叶笃庄被押解到北京，关入秦城监狱，命其交代和徐冰的特务关系。1976年，叶笃庄被安排在安徽省怀远县荆山湖渔场，是二级渔工。
平反昭雪.1978年，中国农业科学院根据中共中央55号文件的精神，对叶笃庄被划为极右分子的问题进行复查，认定为错划，经中共中国农业科学院党组决定予以改正，并且恢复政治名誉，恢复四级研究员，恢复公职。 1