治持续到1526年，当年国王路德维希·雅盖隆（兼任匈牙利国王）与鄂图曼土耳其大战后死亡，雅盖隆王朝绝嗣（路德维希·雅盖隆是弗拉迪斯拉夫·雅盖隆的儿子）。
三十年战争.下一位波希米亚国王是斐迪南·哈布斯堡（兼任奥地利大公），路德维希·雅盖隆姐姐安·雅盖隆的丈夫。这是哈布斯堡王朝的开始。1556年斐迪南的哥哥查理五世让出皇位，1558年斐迪南一世被选为神圣罗马帝国皇帝。在他去世后，他的儿子马克西米连二世继承他的所有头衔，马克西米连离世后，他的儿子鲁道夫二世继承了所有的头衔。鲁道夫二世统