被委任为长春特别市市长。其建立的东北情报网，为共军攻占长春、营口、锦州、沈阳提供重要军事情报。中华人民共和国成立后，他调任中央社会部秘书长、中央军委情报部副部长、政务院情报总署署长、中央军委联络部部长、中央调查部常务副部长、对外文委副主任等职，协助李克农工作。文化大革命期间，周恩来指定邹大鹏任部业务领导组负责人。1967年4月28日夜康生与邹大鹏电话通话一个小时后，邹大鹏与妻子一同自杀身亡。1979年2月，党中央为邹大鹏平反昭雪，恢复名誉。1979年8月27日在北京市政协礼堂，为邹大鹏召开了追悼会，