明白表示马英九以总统身分会见陈云林，民进党文宣部主任郑文灿痛批：「国家变地区，总统变先生，国家不见了，总统不见了，这根本是主权被掏空。」民进党团总召柯建铭也说，不顾国格会自食恶果，「民进党到时一定会有态度的表示」。
国旗事件.陈云林访台前及访台期间发生多起民众因持国旗被警察驱逐的冲突事件，引起全国譁然。11月2日 ，有民众拿有国旗图案的雨伞到圆山饭店门口，遭警强制驱离。台北市警察局中山分局局长谢文杰面对记者问「如果有民众挥舞国旗欢迎陈云林会不会被排除？」谢回答「会依法处理」，记者再