姝子内亲王为中宫，以美福门院为政治后盾。保元3年（1158年）接受后白河天皇的让位，守仁亲王即位，是为二条天皇，时年16岁。其父后白河上皇开设院政，试图将朝政牢牢掌握在自己手里。为了对抗上皇的势力，二条天皇以藤原伊通（美福门院的从兄弟）、藤原经宗（源懿子的弟弟）、藤原惟方（二条的乳母俊子的儿子）为中心，集合了自己的力量（二条亲政派）同上皇的院政派对抗。二条天皇自幼由美福门院养育成人，与亲生父亲后白河上皇的关系冷淡。平治元年（1159年）12月，爆发平治之乱，二条天皇被藤原信赖的叛军幽禁在黑户御所