在顶级联赛中立稳脚跟。于根伟早在1997年便入选中国国家队，参加1998年世界杯预选赛，并且在2002年世界杯预选赛中代表国家队有出色表现，在对阵阿曼队的比赛中打入致胜一球，从而使中国队提前进军世界杯。世界杯上身披中国队11号球衣，分别于首战对阵哥斯达黎加队和末战对阵土耳其队的比赛中替补登场。之后于根伟还参加了2006年世界杯预选赛，在主场对香港队的比赛中打入一球，但中国队还是由于净胜球劣势没能小组出线，此役也成为于根伟国家队的绝唱。2006年1月27日，于根伟宣布退役，出任天津泰达足球俱乐部副总经