.荷治时期，云林为荷兰东印度公司之海防要塞。1622年明朝海盗颜思齐与其部将郑芝龙等登陆大笨港地区，为台湾最早的汉族移民拓垦。大清帝国光绪十三年（西元1887年）八月奉准正式建立台湾省，之前台湾曾经由福建省管辖，当时新任台湾巡抚刘铭传会同闽浙总督杨昌濬一起上奏给光绪帝的《台湾郡县添改撤裁折》提到：光绪十三年（西元1887年）九月初八日皇帝同意此上疏，于是云林县成为台湾府所辖四县之一，县治先设于林圯埔（今南投县竹山镇）九十九崁上的云林坪，并因县治而得名，但1893年县治从云林坪移到了斗六门（今斗六市）