相信牠们的灭绝亦与人类有关。虽然发现了大量的化石，但马达加斯加河马却没有被好好的研究，这可能是因学者对大型动物（如巨狐猴及象鸟）更有兴趣。
物种.一般接受马达加斯加河马有三个物种。牠们如何及何时进入马达加斯加都不得而知。有指由于河马是半水中生活，故有可能牠们横渡了阔400公里的海崃而到达马达加斯加。另亦有指牠们是岛上唯一的有蹄类，故有可能是一直在岛上生活或是由人类引入的。
马达加斯加侏儒河马.马达加斯加侏儒河马，又名马达马加斯加黑河马，的遗骸多在马达加斯加