近年致力于分析「中国学的知识社群」文化。受其指导的学生遍及学界、政界，被称为「石门」。
学术思想.石之瑜（Chih-yu Shih）研究论述甚多，目前包括中文专书五十余本，英文专书与编着二十余本，时论十余本，诗集两册，中英文期刊论文数百篇。这些学术着作的内容涵盖社会科学各个领域，对美国主流学术思想批判尤其强烈。同时，石之瑜对台湾学术体制的批判与实践受到媒体注目，2006年曾拒绝国立台湾大学授与荣誉至高的「终身特聘教授」(life-time distinguished profess