僧人万松（法名“智林”）在这里重新建龙泉寺。此次兴建了山门殿、钟楼、鼓楼、祖师殿、伽蓝殿、正殿、方丈院、僧舍、廊庑等建筑。明朝成化九年五月（1473年），立石碑作记。清朝康熙二十四年（1685年），龙泉寺由住持无生禅师（海畛）重修，完工之后立有重修碑，请顺治年间进士、康熙年间保和殿大学士兼礼部尚书王熙撰写了重修碑文。清朝中叶以后，龙泉寺是文人、官员游赏吟诗之地。1914年1月，章太炎大闹袁世凯大总统府时，曾遭袁世凯囚禁在龙泉寺小院内。张大千也曾到该寺为寺僧作画，画作由寺僧百川和尚保存了很多年，后因被盗而