论推测，湖北鳄目可能演化自鱼龙类的近亲，也属于鳍龙超目、或者是鳍龙超目的近亲。湖北鳄目标本的许多特征，可发现于其他双孔亚纲的演化支，但这不代表湖北鳄目与这些演化支有接近亲缘关系，或是彼此有直接演化关系。湖北鳄目的上颌、下颌延长，许多水生四足类动物也平行演化出类似的口鼻部外形，例如：上龙类、鲸鱼、早期海生鸟类的黄昏鸟，这些水生动物为了适应水生环境，而个别演化出类似的某些身体外形。由于许多海生爬行动物演化支个别演化出类似的特征，在不同时期回到海洋生活环境，而这些演化支彼此并不一定有接近亲缘关系，目前很难