南方停战，次年2月于上海召开南北“议和会议”，但无结果。1919年五四运动发生时，徐被迫免去曹汝霖、章宗祥及陆宗舆的职务，以缓和全国舆论的反对。同年，严修、张伯苓为创办南开大学而募款，徐世昌私人捐款八万元。同年10月，命徐树铮率西北边防军第一师进入外蒙古，以武力迫使其在11月17日正式取消自治，回归中国。在北洋军阀各派系的斗争中，徐世昌惯以元老身分和居间调和者的角色因势操纵。1920年7月爆发直皖战争，皖系失败，徐依旧担任大总统。1922年第一次直奉战争后，直系获胜，控制北洋政府。曹锟、吴佩孚幕