万斯同及其兄弟于顺治十四年（1657年）与故家子弟29人在家中组织文会，此为书院雏形。康熙元年（1662年），万氏兄弟从鄞县旧居迁至西郭别业居住，在此研习经史。康熙七年（1668年），黄宗羲至宁波，在延庆寺主持证人书院。为与绍兴证人书院相区别，后学全祖望称之为“甬上证人书院”。书院后迁至西郭别业，主要研习《五经》及刘宗周的着作。天文、历算等自然科学也在研习之列。除万氏兄弟外，董允瑫兄弟、李邺嗣及黄宗羲之子黄百家等人也参加了在证人书院的学习和讨论，对清代浙东学派的形成起到了重要的作用。1675年，万氏兄弟