免疫疾病（如1型糖尿病和全身性红斑狼疮）有关。目前已知和多发性硬化症最有关的MHC等位基因为和，另有些基因座如HLA-C554和*11似乎对多发性硬化症有保护作用。整体而言，HLA的改变对多发性硬化症贡献了20%至60%的。透过现代的遗传学方法（如全基因组关联分析），科学家已发现其他至少12个HLA基因座以外的基因可能会增加多发性硬化症的罹病率。
感染.科学家曾提出多种微生物可能会诱发多发性硬化症，但没有一种获得证实。早年就移居到世界上的其他地方会改变之后罹患多发性硬化症的风险，针