受到2003年开始的中区填海第三期工程影响，码头于2006年11月12日作第三度搬迁至中环码头，并成为该码头的组成部分，被编到位于民光街与民耀街交界的7号及8号码头。根据土木工程拓展署发表的计划，爱丁堡广场码头、钟楼、皇后码头及大会堂码头的位置将会夷平作道路和商厦用途，并于11月新码头启用后拆除。2006年12月6日立法会的书面答覆中，时任民政事务局局长何志平指中环旧天星码头「并不是法定古蹟或已评级的历史建筑，其文物价值不足以被考虑作原址保存」；另外表示土木工程拓展署会利用「三维激光扫描技术」，以电子数