海军与空军的反情报单位「特别搜查队」（）则分别成立于1953年与1954年。1977年10月，海军、空军的特别搜查队与陆军保安司令部合併，同时正式改组为国军保安司令部，直属国防部长。
双十二政变.1979年2月间，韩国陆军少将全斗焕出任保安司令；8个月后，时任韩国总统的朴正熙于同年10月26日遇刺身亡。约翰·霍普金斯大学韩国专题教授在其着作《两个韩国》（）中指出，身为保安司令的全斗焕成为了朴正熙遇刺案中的主要首席调查人员（联合搜查本部长）。1979年12月12日，全斗焕逮捕时任陆军