省时间和反向列车的运行需要，列车最初并不在萨尔茨堡中央车站停靠，而是在埃利克斯豪森通过一条展线直达，并经停。时至今日，这条展线仍主要用于载货列车运行，被称为“穿越阿尔卑斯展线”（）。1969年，穿越阿尔卑斯号的运行线路被改变。自此，列车在萨尔茨堡－沃格尔区间开始经由德国联邦铁路经营的罗森海姆－萨尔茨堡铁路和罗森海姆－库夫施泰因铁路运行，而不是沿此前需途经比绍夫斯霍芬和滨湖采尔的运行。由于列车在德国境内并不设停站，它被视为一种所谓的“通过列车”或“特权列车”，在申根协定生效之前的时期也无需在德国接受护照及