乎平行，呈东北至西南走向，加上有条断层通过，此现象在地理学界称作「匹亚南构造线」（今称中央嵴樑谷地），这是因地块运动，自牛鬬附近开始，沿兰阳溪通过思源垭口，再继续向南延伸，形成一条狭长的谷地。
生态.思源垭口东西两面分别是太鲁阁国家公园与雪霸国家公园，在两面的野生动植物皆受到国家公园保护的情况下，此一地区亦被视为重要的生态廊道，负有让两侧野生动植物播迁与交流管道的责任。思源垭口地区的野生物种依类别分述如后：
植物.思源垭口原始林相以壳斗科、樟科两树种最