镇署迁到后浦，金门城因而没落。1949年后，中华民国政府迁至台湾，金门与马祖成为中华民国与中华人民共和国对峙的前线，金门守御千户所城残存城垣的花冈岩被中华民国国军拆除改筑其他工事，金门城因而只剩下夯土层与部分地基。民国八十六年（1997年）起，借由金门酒厂的回馈金，开始重建四方城门，但其形制与原貌有别，其中重建的南门现为金门酒厂的大门。而民国九十六年（2007年）时金门国家公园又在文台宝塔附近重建了一段古城垣。
命名.而金门之得名，始于置守御千户所，江夏侯周德兴称此城的形势为「