为右卫将军，未拜，转任侍中，领右军将军。齐明帝建武三年（496年），再为侍中，领骁骑将军，转任散骑常侍，太常。因为封境近边，永元元年（499年），改封巴陵王。齐明帝、萧宝卷父子欲诛齐高帝、齐武帝子孙，陈显达反叛之后，萧宝卷召集诸王进宫。巴陵王萧昭胄有鉴于永泰元年（498年）王敬则谋反，明帝召诸王入宫欲行杀戮，与弟弟永新侯萧昭颖装扮成和尚，逃往江西，投奔崔慧景。永元二年（500年），崔慧景起兵之时，萧昭胄兄弟二人前去参加。崔慧景倾向于立萧昭胄为帝，但一直犹豫不决，不知到底立谁为好。永元三年（501年），崔