桥梁（303座）、9座隧道被毁，线路亦逐段被拆，站场及行车设备也几乎全被破坏。日本侵占期间，日军曾在源潭至新街间修建木便桥铺轨，行驶轨道汽车。到1944年5月，粤汉铁路（含湘潭支线）湘潭至韶关间只有491公里能维持通车。因广东各界的反对，粤汉铁路与广九铁路始终未接轨联通。后为使国外物资直接运达内地，粤汉铁路局利用已成的黄埔港支线路基，自西联站铺轨14公里至石牌与广九铁路联通，称为“广北联络线”。
日本战败后.日本无条件投降后，国民政府交通部于1946年对全国铁路开始实行干线区管