37年7月爆发的抗日战争打断。由于淞沪战事恶化，10月罗家伦决定利用建新校区的经费将学校直接西迁重庆沙坪坝松林坡，11月所有学生顺利抵达。中大1939年在重庆柏溪另建分部容纳低年级新生，还增设航空工程系、水利工程系以及工科研究所。1945年抗战胜利后，吴有训出任中大校长主持复员回迁，1946年11月1日在南京开学。工学院在四牌楼本部，工学院的一年级新生在丁家桥二部。至1949年，此时中大工学院下设建筑工程、土木工程、电机工程、机械工程、航空工程、水利工程、化学工程7系。
在台复办(1