果切萨雷成功攻进城内，夺得古代遗物「伊甸碎片」并杀害埃奇欧伯父马力欧·奥狄托雷（Mario Auditore）。埃奇欧负伤带领居民及家人逃亡后独自前往义大利首都罗马，并发现波吉亚家族几乎控制整个城市，市内百业萧条，市民被剥削而生活困苦。埃奇欧其后以市内台伯河上的小岛台伯岛为基地，联结市内妓女、盗贼及佣兵势力，招揽反抗教廷的市民加入刺客兄弟会，解放教宗势力控制下的罗马。在盟友协助下，埃奇欧得知切萨雷的财政管理由其兄长胡安·波吉亚（Juan Borgia）负责，军事上借助法国瓦卢瓦公爵路易十二的力量以及发明家达