抵抗及寒冬时节的影响让南部军陷入苦战，之后收到丰臣秀吉的小田原征伐参战令而撤军。信直委任八户政荣留守三户城 (日本)，带着政荣之子八户直荣及1000名兵力前往小田原，并于4月抵达。7月27日，获得丰臣政权正式认可的7郡（糠部郡、闭伊郡、鹿角郡、久慈郡、岩手郡、紫波郡、远野郡）所有权朱印状。小田原征伐结束后，丰臣秀吉开始进行奥州仕置，其中最让信直难堪的就是承认大浦为信是独立大名，信直向秀吉上诉，认为为信是从南部家背叛出来的势力，又违反了惣无事令（禁止大名间私斗之令），没有理由成为大名，但因为以下几点：