乌干达总理的职位在1962年乌干达从英国独立后设立。1963年，总理米尔顿·奥博特指定布干达国王穆特萨二世为总统，乌干达成为共和制国家。1966年，奥博特废除宪法，自立为总统，直至1980年总理的职位才恢复。