东宁王国盛行的玄天上帝延至清治时代中叶后逐渐不及于妈祖。日后清朝遂利用妈祖信仰之宣传战对付各种抗清运动，历经日治时期民间对传统信仰的凝聚力，最终使妈祖成为信仰主流。
基督教.台湾北部本为西班牙殖民，有许多天主教信徒，在西班牙败于荷兰后多已离去。至于基督新教方面，在荷兰统治时期与基督教密不可分，研判当时已有不少汉人新教徒及新港社原住民新教徒。代表人物为郑成功在台通事何斌。随着荷兰东印度公司败退离台后，基督新教也与荷兰人一起退出台湾，在台湾传播首度中断。
外交.