直到1683年，对信仰不宽容的路易十四下令，将学院强迫关闭。晚年丧失妻儿的打击，让他悲痛不已。他唯一的儿子死于1605年，隔年妻子也过世。唯一让他支撑下去的，是对胡格诺派组织的强化与完善。1618年他被选为法国新教徒代表，参加重要的国政会议。但法王路易十三虔信天主教而对他施与打击。1621年他失去索穆尔总督的职位且被强迫退休，1623年死于德塞夫勒省的庄园中。
作品与成就.虽然莫尔奈一生有不少宣教佈道的名篇作品，但是他最知名且最有影响力的文章，乃是一篇反君权运动的假名之作（鼓吹