.唿吸道的上皮细胞会分泌许多可以保护肺部的物质，包括分泌型免疫球蛋白（IgA）、胶原凝集素（包括表面活性剂A和D）、防御素、肽和蛋白酶，活性氧和等都是由上皮细胞产生的。这些分泌物可以做为抗菌剂，使唿吸道不会受到感染。唿吸道的上皮细胞也会分泌趋化因子及细胞因子，使得传统的免疫细胞可以到受感染的部位。唿吸系统中大部份都包覆了由粘膜组成的淋巴样组织，会产生像淋巴细胞等白细胞。
肺的代谢和内分泌机能.肺部除了进行气体交换外，也有许多代谢和内分泌上的机能。肺部会产生表面活性剂，也有可以