业于澳大利亚昆士兰大学甲等荣誉内外全科医学士，1999年澳大利亚毕业后返回香港，加入香港中文大学化学病理学系系主任卢煜明团队担任博士研究生，开始其职业生涯。2002年，赵慧君获得香港科学学会颁授青年科学家奖。2004年，赵慧君获得香港中文大学博士学位。于2004年至2005年获得澳大利亚洲皇家病理科医学院颁授院士及香港病理学专科学院院士。2011年，赵慧君获得英国临床生物化学系讲座教授协会颁授2011年度杰出学人奖及成为首名IFCC青年研究新人奖得主。2012年，赵慧君获得亚太区经济合作组织