弘光元年（1645年），清军南下，与钱肃乐、沈宸荃等人起兵抗清，奉鲁王朱以海监国于绍兴，授翰林修撰。后清兵破钱塘，随鲁王逃至浙闽沿海，入据舟山。永历五年（1651年），清军攻破舟山，张煌言、张名振等人退避海上，为了保护鲁王安全，最后只得前往投靠闽南郑成功；郑成功军队尊唐王朱聿键为正朔，一向与鲁王不合，但为了顾全抗清大局，于是仍将鲁王安置于金门。之后，张煌言回到浙东组织抗清力量，与郑成功、张名振等势力多次北伐南京。永历八年（1654年），张煌言会同张名振北伐，入长江，师抵南京燕子矶。隔年，张煌言、张名