在任上辟杜让能掌记室、张祎为宾佐；依法处置用巫蛊之道的人，致使以符药谋生的吕用之逃到江浙。三年（876年）十二月，王仙芝农民军攻打淮南，刘邺向朝廷求援，僖宗命感化军节度使薛能选精兵数千相助。六年（879年）十月，时值黄巢农民军渡淮南下，僖宗又命浙西节度使高骈取代刘邺，召刘邺回长安，又除凤翔尹、凤翔陇右节度使。刘邺因病坚辞，改拜左仆射。广明元年（880年）十二月，黄巢农民军攻陷长安，自称大齐皇帝。僖宗逃往成都。刘邺时为右仆射，来不及随驾，和时任宰相豆卢瑑和崔沆躲在左金吾大将军张直方家。张直方公开投降黄巢，