后出任使持节、都督南兖、北兖、北徐、青、冀、谯、东徐七州诸军事、平北将军、南兖州刺史。太清元年（547年），督众军北伐，到达彭城后，被魏军击败，退归本镇。太清二年（548年），侯景围攻京城建康，萧会理领军入援，在路上击败了准备前去响应萧正德的封山侯萧正表。太清三年（549年），萧会理尚未到达建康时，建康已被侯景攻陷。侯景派遣前任临江太守董绍先拿梁武帝的手敕召见萧会理，萧会理的僚佐都劝他距绝董绍先。萧会理没有听劝，前往建康。太清三年六月丙戌（549年7月12日），出任司空。七月庚午（8月25日），兼任