人民共和国国家安全部与余克礼无任何关系。2005年，余克礼表示，台湾有关方面对大陆对台研究学者的这种指控，是抱着冷战僵化思维，将两岸正常的学术交流政治化。后来余克礼经常访问台湾，并未受到阻拦。但此后台湾内部的类似猜疑仍不绝于耳，例如2015年3月11日《旺报》称，中国社会科学院台湾研究所名义上隶属中国社会科学院，实际人事和经费均来自中华人民共和国国家安全部，为正局级单位；社科院台研所前身是中共中央调查部台湾研究所，专责台湾情报蒐集与分析，后因中共中央调查部裁撤才移编到国安部。2016年11月《财讯双週刊》说