因此九巴由2009年9月28日开始，大幅削减此路线班次，于平日早上繁忙时间由天水围市中心开出的班次，由最密的8分钟减至12分钟一班，于平日非繁忙时间更由15分钟调整至20－30分钟一班。其后更于同年12月28日取消天慈邨开往红磡码头的特别班次。不过由于天水围站远离天水围市中心及天水围北一带，需要依赖轻铁或港铁巴士接驳，非常不便，因此本线仍有一定客量的支持。由于本线的服务时间亦相当长，红磡开出之尾班车于凌晨0055开出（预计0105抵达尖沙咀），比西铁线由红磡站开出的尾班车0025为晚（尖东站则为0027