航空战队司令山口多闻少将，山口随即指挥飞龙号之舰载机进行反击，于当天早上10点50分及12点45分对美军之约克镇号发动攻击，并成功重创约克镇号（约克镇号在这场攻击下并未被击沉，而是在之后拖曳回珍珠港时被日军伊-168号潜艇给击毁）。傍晚5点3分，由企业号上起飞的13架SBD无畏式俯冲轰炸机对飞龙号进行攻击，飞龙号在这场攻击中遭到4枚1000磅炸弹击中。于晚上9点23分引擎停机，6月6日午夜1点58分，由于无法控制舰上灾情因此指挥官山口下令弃舰，而自己则与舰长加来止男留在舰上。清晨5时10分，由驱逐舰卷云