临时政府成立后，孙中山召王祺担任内务部秘书。袁世凯接任临时大总统后，王祺退出政界，于民国2年（1913年）赴美国，入加利福尼亚大学学习生物学。1914年，袁世凯取消王祺的官费留学资格，王祺乃被迫流亡日本，进入孙中山创办的政治学校。1914年7月，加入中华革命党，任中华革命党湖南省支部参议。民国十年（1921年），孙中山任命王祺为广州军政府秘书。民国十五年（1926年）北伐开始，王祺任国民革命军第六军秘书长。国民政府迁往武汉后，王祺任湖北省政府委员兼农工厅厅长、水利局局长。在数月任期内，主持修建汉水堤垸，