进入日治时期后，天后宫在大正二年（1913年）春进行重修，募得日币1万4千圆，同年11月落成。此次由乡绅刘金安、李石华等人所发起的重修除了修复庙宇外，最主要的建设即是观音厅的兴建，使得天后宫跟昌黎祠连成一体。而在日治后期的皇民化运动期间，天后宫神像被潮州郡役所没收，直到二次大战后由内埔乡长钟梅贵、高雄县参议员钟桂兰、前内埔第一保保正李福谦、老埤国民学校（今内埔崇文国小）校长钟立珍、内埔信用组合职员陈玉莲等五人上书请官方送归神像。而后募得旧台币44万7700元后，于民国卅六年（1947年）进行天后宫的修复。