后来执金吾贾复的部将妄杀良民，被寇恂处死，贾复大怒，要找寇恂报仇。寇恂不与贾复见面。光武劝说：“天下未定，两虎安得私斗？”遂两人同舆并出。建武三年（27年），寇恂做汝南太守，与骠骑将军杜茂讨伐盗贼，后来便修建乡学，教授学生。建武七年（31年），寇恂接替朱浮为执金吾。第二年，寇恂跟随光武帝攻打隗嚣，这时颍州盗贼蜂起，寇恂便与光武帝一同驾车南征，盗贼全部投降。最后光武帝没有留任寇恂为颍州太守，百姓请求再借寇恂留任一年，皇帝准许，史称“借寇恂”。建武十年（34年），光武帝准备亲自讨伐隗嚣余党高峻，寇恂劝阻他