设有14个系，3个专修科。1957年，杨石先出任南开大学校长。1958年10月3日，南开大学物理系二十余名师生自主建成中国高校第一座实验性原子反应堆——“南开一号”。同年，南开大学的贸易、企业管理、会计、金融、财政、统计等经济管理科系调出，独立组建的河北财经学院，原经济研究所调出，成立了中国科学院河北省分院经济研究所，但仍设立于南开大学校内。1960年，南开大学新增设立地质地理系、物理二系和哲学系，1961年地质地理系即停办。1962年，由南开大学经济研究所自南开大学拆分后组建的中科院河北分院经济研究所