卡尔·林奈（Carolus Linnaeus）于1758年命名为"Parus caeruleus"。虽然很多学者都将"Cyanistes"看为山雀属的亚属，但是英国鸟类学会（British Ornithologists' Union）却将它定为独立的属。线粒体DNA的细胞色素b序列分析亦支持这个分类，并且指出"Cyanistes"非其他山雀的近亲。蓝山雀在加那利群岛及非洲西北部（由摩洛哥北部至利比亚北部）的两个传统亚种各有不同。加那利群岛亚种有黑冠，而非洲亚种则有蓝冠。现正研究是否将这两个亚种定为独