陈文资院长时期，在行政大楼第一进的岗哨设有军人守卫，如发现有院民想跨越铁丝网逃跑，就会警告或对空鸣枪。院民与世隔绝了数旬年，直到1954年，才撤除铁丝网，慢慢开放让院民回家。1956年，院民取得身分证，享有投票权。同年，台湾引进了有麻疯病特效药之称的「DDS」，提供给100名院民试用，但在缺乏医生指示下服用，有些病友服用过量，破坏红血球，使神经痛更加剧烈。在1940年代末期，宣教士的力量也进入乐生疗养院。1949年，在乐生疗养院内的圣望教会(1952年由孙理莲宣教士募款兴建礼拜堂)担任义务传道的蔡信生长