，行政院院长游钖堃宣布，叶国兴与行政院政务委员黄辉珍对调职务，于同年7月1日生效。2003年7月1日，叶国兴转任行政院政务委员。2004年5月20日，叶国兴接任行政院秘书长。2009年4月1日，叶国兴发表声明指称，因民主进步党中央执行委员会通过征召李俊毅参选台南县县长一事与他对民主进步党选战策略小组成立宗旨的认知不符，他自即日起退出民主进步党选战策略小组，不再参与该小组事务；他说，主张提名李俊毅参选的民主进步党主席蔡英文应该促成党内团结、降低争议，而非丢颗炸弹出来。2019年至2020年出任国家安全