1994年11月13日，饱受疾病困扰的木村倒在其生日宴会上，并停止了唿吸，享寿70岁。
影响和评价.木村资生提出中性演化学说打破了以达尔文的自然选择学说一统天下的格局，在当时引起学术学界的相当大的反响。随着生物学科的发展和大规模物种的基因组测序工作的展开，中性学说在得到更多数据的支持，其正确、有效将得到更好的认识。木村资生提出中性理论学说后，一直致力于该理论的推广和完善，他培养和影响了一大批日本学者从事群体遗传的研究，比如根井正利、太田朋子、高畑尚之、等人。木村后期点古板和固执