46巡逻航空队、第83战斗拦截机中队、第一海军陆战航空队进驻台湾，美国空军直接接管了台澎地区的空防任务，并且在台南空军基地部署，也在清泉岗空军基地与台南空军基地部署了搭载核弹头的MGM-1斗牛士飞弹，美国海军陆战队3,800人在台湾南部登陆。发生五二四事件后，1965年8月31日于台北签定的《美军在华地位协定》，规范美军在台司法适用管辖范围。1965年越战全面爆发后，派驻台湾的美军人员，人数有所上升，人数最多时约在1968年-1970年间，有约3万人。随着1971年中华民国退出联合国及美国对华政策的