电厂完工后，由经济部水利署委託台湾电力公司代营运。2002年时则全权改由台电公司承揽营运，所产生的电力由台电公司统集调度供售。
旗下机组.
石门电厂.石门电厂厂区坐落于石门水库下方，厂内共装置两部竖轴法兰西斯式水轮发电机组。2004年，艾利台风侵袭台湾，导致石门水库淤积严重，后续接连几个台风使得石门水库管理局开始策画石门电厂防淤工程计画，将二号机压力钢管改为排沙道，此工程也造成石门电厂停机长达11年的时间未商转发电，目前工程完成后，已重新开始发电，并将1号机与