3所儒学，其中有7所是鸦片战争后才建立的。到了1894年，全台湾教授儒学与汉字的社学（含番社学与民社学）总共已超过200间。政府持续对原住民实施儒学教育，譬如张湄〈番俗〉诗之一：「鹅筒惯写红夷字，鴃舌能通先圣书；何物儿童真拔俗，琅琅音韵诵关雎。」1895年进入日治时期后，日本政府开始推动西化的公学校等现代义务教育，旧式汉学书房（私塾）日益被取代。虽兼重「国体论」与儒家思想，但随着理化、歌唱、绘画、体育等新课程的纳入，传统儒学已逐渐非教材重点。1917年，日本政府开始整修台南孔庙，当时台南厅长枝德二并撰文