分为1都、1道、2府、43县。都、道、府、县下设市、町、村。此外还有23个特别区。日本在1991年2月1日时共有655个市、1999个町和587个村，合计3,264个市町村。在经过市町村合併后，2012年4月1日时，计有787个市、23个特别区、748个町、184个村、合计1,742个市町村级行政区。