分所的历史可追溯到日治时期大正七年（1918年）7月在今嘉义市所设的台湾总督府农业试验场嘉义支场与殖产局园艺试验场支场，两机构在1921年8月，随着中央研究所的成立而合併成中央研究所「嘉义农事试验支所」，其土地南侧为林业试验所中埔支所嘉义试验地（今嘉义植物园）。1939年4月，改隶为台湾总督府农业试验所「嘉义农业试验支所」。二战后，嘉义农业试验支所改组为直隶于台湾省行政长官公署的台湾省农业试验所嘉义农业试验支所，民国三十六年（1947年）5月时改隶于台湾省政府，于民国三十八年（1949年）8月改隶于农