政府中的领导人是阿迦罕。真纳获得了一次政治胜利，而印度的分裂已经非常明显。但是两个党派的合作并不好。在1946年8月的动乱后国民大会党的领导人尼赫鲁怕真纳所预言的“内战”真的会爆发，因此获得了国民大会党对将印度分为两个国家的同意。这个计划是由英国的新总督路易斯·蒙巴顿等设计的。甘地既怕内战又怕分裂，最后还是勉强同意了这个计划。从1947年6月到8月真纳代表巴基斯坦方参加分裂会议，讨论分裂政府的形成和机构，并同时组织新的巴基斯坦政府。
巴基斯坦总督.真纳是巴基斯坦的第一位总督