2007赛季，邓卓翔开始获得首发机会，2007年5月27日，邓卓翔打进自己的首个中超进球，帮助武汉光谷队主场1比0击败青岛中能。该赛季邓卓翔代表球队出场15次，收获2球。2008赛季，邓卓翔继续为武汉光谷效力开始担任球队主力，但赛季中武汉队因为李玮锋事件退赛，最终只获得10次出场机会，并在客场1比2不敌广州医药的比赛中打进1球。2009赛季，由于武汉光谷被取消了联赛资格，邓卓翔以租借的形式加盟中超升班马江苏舜天。邓卓翔在2009赛季中超联赛表现出色，出场29次，为球队贡献了5个进球和8次助攻，不