上祭神外，另一种是祭祀「为国殉难英灵」的神社，因此祭祀对象与一般神社性质不同，故不赋予其社格，建功神社和台湾护国神社即属此类。其他的特殊祭神有郑成功和台湾总督；台湾总督在去世后被奉为神社祭神者有三人，分别为第三任乃木希典、第四任儿玉源太郎和第五任佐久间左马太，其中仅有为了佐久间左马太特别在花莲塔比多社（战后改称天祥）兴建佐久间神社，以纪念佐久间左马太为推行理蕃计画，在1914年的太鲁阁战事中摔落山谷重伤（一说为当场殉职）一事。另外，日本本土设有多座和儿玉神社，但无佐久间神社。
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