该岛被汪达尔人和东哥德人入侵，之后拜占庭帝国将其收复。725年，伦巴底王国入侵，从拜占庭手中夺取了该岛并引进了族间仇杀法则。774年，查理大帝成为了伦巴底国王，将科西嘉让予教廷。846年，阿格拉布埃米尔入侵意大利南部并掠夺了罗马。意大利南部、西西里岛、撒丁岛和科西嘉岛被阿格拉布王朝控制。909年，在法蒂玛王朝的支持下，西西里人起义推翻了阿格拉布王朝的统治并向法蒂玛王朝称臣。11世纪前叶，比萨和热那亚共同守护该岛，使其摆脱了阿拉伯人的入侵威胁。教皇额我略七世将科西嘉交给了比萨，科西嘉开始了两个世纪的比萨统