439年被鲜卑人拓跋氏北魏所灭。牧犍弟沮渠无讳西行至高昌，建立高昌北凉。460年，高昌北凉为柔然所攻灭。
北魏以后.一小支匈奴进入辽东半岛，融入靠近高句丽的宇文鲜卑部落。后来宇文氏篡西魏建立的北周政权。之后杨坚篡夺北周政权，建立隋朝，并统一中原。匈奴也在这期间融入各民族之中。五胡乱华及南北朝时代成为匈奴在中国历史舞台上的最后一场演出。
欧洲.4世纪时，一支称为匈人的游牧民族由中亚进入欧洲北方。他们进入斯基泰人的地域，击败阿兰人，使得当地的游牧民族移居入欧洲