教。耶稣会众在三木死后随即禀报罗马教廷，展开了宣福运动。1627年9月14日，三木获教宗乌尔巴诺八世宣福，在其殉教265年后的1862年6月8日，庇护九世将与三木一同被处死的26人封圣，即日本二十六圣人，2月5日则视为「圣保禄·三木与同志殉教者」的瞻礼日，不过由于2月5日也是另一名圣人西西里的阿加莎的瞻礼日，因此按照年代先后，除了日本以外的教会都会延后一天至2月6日才作出纪念，日本的教会则获教廷的特别批准，能够在2月5日对三木进行纪念。三木死后曝尸达80日后，在得到关白的批准后运往了菲律宾等地，后来由带