年，伊萨克与他的儿子在卷入反对约翰皇帝的阴谋后逃出帝国，之后的几年里，他们在小亚细亚和黎凡特各处流亡，谋求当地统治者的支持，但最终还是徒劳。1138年，约翰二世的军事胜利迫使伊萨克尝试与哥哥和解，但他仍没有放弃对皇位的追求。1139年，他的长子叛逃到塞尔柱突厥那里，他本人随即被流放到。在1143年约翰死后的继位斗争中，他支持他的较年长的侄子，与他同名的伊萨克·科穆宁，而不是后来成功继位的较年轻的侄子曼努埃尔。 1150年，疾病发作使伊萨克变得虚弱，曼努埃尔一世逼迫他退出公共生活。随后他潜心在色雷斯西部的