为纪念父亲梅利，祖宾·梅塔在孟买设立了梅利·梅塔音乐基金会。1995年、1996年，梅利·梅塔心脏病发作。随后，他接受了心脏搭桥手术。1998年5月，梅利·梅塔指挥全美青年交响乐团的告别演出上，一曲拉威尔的《》过后，梅利胸部疼痛，蹒跚走下指挥台，多亏除颤才保住性命。2001年底，梅利指挥全美青年交响乐团在加州大学洛杉矶分校勋伯格大厅演出理查·施特劳斯交响诗《死与净化》，并现场录音。2002年10月19日，梅利·梅塔因心脏病和衰老引发的其他病症在逝世。葬礼上播放了《死与净化》的录音。