类法在最近几年相当混乱，共识才将产生。旧的分类法将石松属定义的很广，几乎包括所有石松目的物种。近几年的趋势是将石松属的定义限缩，将其他物种分成数属之中。此一分法已被形态学及分子上的资料支持，且被许多版本所採用。开始于由Øllgaard採用的四个属，基于叶绿体基因的研究产生了如下的分支图，确定了这四个属为单系群，以及它们和水韭之间的距离。这四个属分成两个分支，但现在还没有共识要将它们分成单一科－石松科，或两个科－限缩定义的石松科及石杉科。