光绪元年（1875年），拆分凤山县率芒溪以南之地置恆春县，治今台湾屏东县东南恆春镇，属台湾府，此是屏东县域内置县之始。光绪十三年（1887年）改属台南府，同年恆春知县周有基将红头屿（兰屿）併入清帝国版图，隶属恒春县。1886年内文社、外文社归化清廷恆春县，清廷发给头目银元，责令内文社管辖其他番社共七社，外文社管辖其他番社共十二社，其中各社社内设立正副社长，设若干通事，并清算户口清册。清廷同时命各社不可互相戕害，若有纷争尽赴官府控诉。
日治时期.日本领有台湾以后，台南府改为台南县