将明郑的行政区划改为一府（台湾府）三县（台湾县、凤山县、诸罗县），今台南市最初分属台、凤、诸三县，雍正十二年（1734年）调整三县分界后，今台南市即归属台湾、诸罗二县。而台湾县（1887年改称安平县）与诸罗县（1787年改称嘉义县）原本是以新港溪（今盐水溪）为界，道光十五年（1835年）改以曾文溪为界，善化里东保、善化里西保二保在曾文溪以南部分与安定里东保、新化里西保改归台湾县，此后两县的界线直到乙未割台时未再有明显更动。清朝时在今台南市中西区一带设台湾府城，城内沿用明郑时的四坊，但最初未有城垣，于