起有客轮往返于马公港，目前停航中。另预定开航往来中国福建省厦门市之客运航线，目前已有货轮行驶。另外有安平、蚵寮、北门、马沙沟、将军、青山、下山、四草等8处渔港；昔日台南运河亦有汽船往来安平及市区，在公路发达后已停驶，但有观光复驶之议；另外在安平渔港、四草、曾文水库、虎头埤、乌山头水库等地有观光化竹筏或游艇营业。
航空.台南机场台南机场2011年起由交通部审核通过升格为云嘉南地区第1座国际机场，目前提供的国内外航线包含：台南机场属民（交通部民用航空局台南航空站）、军（国防部