国初年，梁启超在《袁督师传》则赞赏袁崇焕在历史中的重要作用为“以一身之言动、进退、生死，关系国家之安危、民族之隆替者”。中华人民共和国时期，毛泽东也主张袁崇焕为“爱国领袖”，并要求北京政府保护其祠庙。部分学者认为袁崇焕杀毛文龙为泄私愤。也有说有证据毛文龙当时要降女真，袁崇焕杀毛文龙的事情“一无错处”。按袁崇焕上疏，毛文龙死前六个月早已无生（除非完全接受袁崇焕控制，而非名义服从），并不是因为毛文龙叛国。毛文龙被杀后有徐尔一等人上疏为其鸣冤。三个月后就发生了“己巳之变”，清军兵临北京城下，明廷大臣们多归因于