之后，他又到德国研究北海黑尔戈兰岛的海洋动物群。然后又先后进入吉森大学、哥廷根大学与慕尼黑学院深造。1867年，他回到俄罗斯帝国，担任奥德萨大学的讲师。不久之后，在圣彼得堡大学得到一个教职。到了1870年，梅契尼可夫重回奥得萨大学，并成为一位动物学与比较解剖学的荣誉教授。 梅契尼可夫的第一任妻子菲奥多罗维奇（英语：），因为感染肺结核而在1873年过世。失去妻子，加上其他的一些问题，使梅契尼可夫企图吞食大量鸦片以求自杀，但是最后并未成功。1875年，他再度结婚，而第二任妻子欧加（英语：），在1885年得到