2008年5月，接任民进党副秘书长。2009年，陈其迈在88风灾期间亲自深入灾区协助运送物资、指挥调度相关救灾工作。2011年5月，进入蔡英文竞选团队，接任民进党政策委员会执行长兼发言人。
走路工案.法院指出，陈其迈、管碧玲、萧裕正等人在2006年12月8日晚间接获蒐证录影，经过勘察后发现影片中确实有两名男子发钱后唿吁民众要票投「一号」且身旁有人身穿黄俊英竞选总部背心。法院因而认为陈菊阵营在主观上有相当理由确信黄俊英阵营有人贿选，而召开记者会。不起诉书指出，所谓「走路工事件