前者武装为两门2公分MG 151/20 机关炮和两门30公分MK-108机关炮设置于机身底部、2挺13毫米MG 131 机关枪设置于机身尾部的回转炮塔，后者配置夜战专用雷达探测器、武装与前者相同、但是会在机身上背部装设两门3公分MK-108机关炮作为倾斜式机砲。(在机身、机翼底部再增设副助燃料箱挂架来装上300升或900升副助燃料箱来保持远距离航程)Ju 388 K高空高速轰炸机，运载炸弹量3,000公斤，全部运载于内置炸弹舱,为了要达到航程更远距离，在左右机翼底部再增设副助燃料箱挂架来装上300升