大武郡溪发源自大武山，大致上往西北流，在斗六门（今云林县斗六市）与吼尾溪、东螺溪合流后，往西流经大武郡，之后经柴里社之西支分，往北流过东螺社（今彰化县北斗镇）、大突社（今彰化县溪湖镇大突里），从二林社（今彰化县二林镇东兴里番社）北边流入三林港（今彰化县芳苑乡永兴村外沟仔墘）。而根据《清一统志台湾府》（嘉庆）、《台湾府舆图纂要》（同治）「大武郡溪：在彰化县南。通志：源出大武郡山，西流至鹿仔港入海」。康熙五十六年（1717年）的《诸罗县志》〈番俗图〉上还有标示大武郡溪，但在干隆十二年（1747年）的《重修台