012-13年度球季，重组丙组联赛，并复办丁组联赛。圣约瑟在上一届香港丙组(甲)联赛名列第19名，故需降落丁组联赛角逐。香港超级联赛于2014年成立，香港丁组联赛改制为香港丙组联赛。2017-18年度球季，圣约瑟获得香港丙组联赛亚军，获得升上香港乙组联赛参赛资格，并罗致姚学文、朱兆基、罗志焜等前香港足球代表队成员。2018-19年度球季，联赛第四名。
着名球员.罗石、唐福祥、张荣汉、包家平、大告山奴、小告山奴、许竟成、王广成、A·G·山度士、谭伟国、朱兆基、姚学文、罗