辛亥革命覆亡，孙中山在1912年1月受任为中华民国临时大总统，他以来自香港的李树芬医生出任广东省卫生司，而何高俊也凭借与孙中山的关系出任卫生司副司长，任内曾于1913年发表〈广东省政府取缔医务之原因〉一文。及后，革命党人与袁世凯的北洋政府关系决裂，爆发二次革命，袁世凯即派龙济光于1913年8月出任广州都督，大捕革命党人，并在1915年称帝施行洪宪帝制。何高俊在事件中也受牵连，曾一度遭到拘禁，几经外间斡旋下才获释返回香港。何高俊返回香港后重新义务担任东约公立医局主任医官，当时他有见传统的接生方法欠缺卫生，