羽上皇及弟顺德上皇一同受流配之刑。土御门上皇被流放到了土佐国，后改为流放阿波国，因此被称作土佐院和阿波院。土御门上皇没有参与倒幕，因而受到了镰仓幕府的礼遇，当地的守护在阿波国为上皇建造了宫殿。1231年10月出家及驾崩。1242年（仁治3年），四条天皇撞伤头部不治而死。 在讨论由继承人时，朝廷官员主张由顺德天皇的儿子忠成亲王接替。但是遭到了当时的幕府执权北条泰时拒绝。北条泰时认爲顺德天皇参与了承久之乱，他的后代不配成为天皇。于是，与承久之乱无关的土御门天皇的儿子，邦仁亲王登基，是爲后嵯峨天皇。S