为正厅级，但基于宪法，平潭不会成为地级市单位，而是实行区县「两套班子」政策，未来仍属于福州市辖区。2012年2月国务院批准实施《海峡西岸经济区发展规划》明确福建省平潭综合实验区开发建设定位，国家发改委地区司司长范恒山在北京表示，将在岛上实行人民币与新台币的「双币制」。
行政区划.“平潭综合实验区”和“平潭县”的概念有所区别。福建省平潭综合实验区是当前平潭县的行政管理机构，直接隶属于福建省人民政府，级别为正厅级。平潭县人民政府为福建省平潭综合实验区的下辖机构。在行政区划上，平