横于豫、皖、直（冀）、鄂、鲁五省，专剿捻军。其间宋庆实授了南阳镇总兵，毅军自此也成为由河南协饷的军队。平捻之后，勇营大量裁撤，毅军因战功得以保留，并发展至十营左右，成为河南的两大留防勇营之一。平捻次年1869年，毅军再奉调随左宗棠镇压陕甘回民起义，到光绪元年（1875年）调回内地，驻兵潼关。其间宋庆先后升补了湖南提督、四川提督，但都未到任，还是统领着他的毅军四处拼杀。
驻防旅顺.光绪六年（1880年），中俄关系紧张。清政府开始经营旅顺军港，毅军奉调填防旅顺，直接受北洋大臣节