1 Stat. 73）于1789年9月24日最先建立的13个法院之一，当时其管辖权覆盖整个纽约州。 1814年4月9日通过的法律（3 Stat. 120）将纽约区分为南北两区。南区后来又被1865年2月25日通过的 13 Stat. 438 分割出来东区，被1900年5月12日通过的 31 Stat. 175 分割出西区。在南区存在的几百年时间里，其最早处理的大多是海事诉讼，之后又出现了大量破产诉讼。而破产诉讼案的激增，使得南区专门成立了破产法庭来处理此类案件。从创建肇始，南区就有142个法官，