孝明天皇的后宫，因深得天皇宠爱，不久就怀孕。嘉永5年（1852年）9月22日，睦仁出生在庆子于京都石药师的娘家中山邸，为孝明天皇的第二皇子。7日后（9月29日），其父赐名「祐宫」，直至安政3年（1856年9月29日）才从中山邸移至宫中扶养。由于孝明天皇的后宫没有再生育其他皇子，便在1860年7月10日（万延元年），敕令祐宫做为女御九条夙子的「实子」，并在同年9月28日封他为亲王，讳名「睦仁」。1867年1月30日（庆应三年），统仁驾崩，年仅16岁的睦仁亲王按其继承顺位成为天皇。