路墘、大目降、湾里、关帝庙、噍吧哖等六支厅。1903年3月，车路墘支厅于废止，其所属街庄併入台南厅直辖与关帝厅庙支厅。1904年3月，台南厅街庄社名整併。1909年5月，台南市管辖区域的名称由土名的街改为东、西区并由甲乙丙丁戊己庚辛取代；同年10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，台南厅合併凤山厅及盐水港厅的一部分（麻豆、六甲、萧垄、北门屿等地）为台南厅。范围包括厅直辖（今台南市东、中西、北、南与仁德区）以及湾里、麻豆、萧壠、北门屿、六甲、噍吧哖、大目降、关帝庙、阿公店、楠梓坑、打狗、凤山等12支