座土山，以隔开南侧一座名为留光寺的佛寺。明朝洪武二十三年（1390年）时，泮池上的桥被改为3座石拱桥。成化十年（1474年），庙内加盖了尊经阁，并于正德四年（1509年）重建了庙前的土山，并命名为应奎山，还在山的周围引水环绕。嘉靖九年（1530年）时，乡贤祠和名宦祠先后开建。嘉靖十九年（1540年），庙内原有的文昌祠被改建，建成后改名为启圣祠。万历三十一年（1603年）整座庙内的主要殿堂被全部重修，此外野奴泾、唐家滨、新渠、南杨树滨、北杨树滨被引到应奎山周围汇合，并取名为汇龙潭。至此整座孔庙规模基本定型，被