因组的比较，人类对原先的基因识别结果作了较大的修改；类似的方法也正在应用于人类的基因组研究，并可能在将来的若干年内取得成果。
伪基因 (pseudogene) 预测.伪基因与基因非常相近，有非常高的序列同源性，但无法产生相同的蛋白质，虽然一旦作为基因定序的副产品，随着越来越多调控角色被发现，它们本身就成为预测目标。伪基因预测使用现有的序列相似性和从头算 ("ab initio") 方法，同时增加额外筛选条件和识别伪基因特征的方法。伪基因预测可以使用定制的序列相似性方法，其定制的