三甲基化状态从而使"HOXD"基因座中长约40kb的区域发生转录沉默。目前认为HOTAIR执行的作用机制是：多梳染色质重塑复合物具有操纵细胞表观遗传状态的功能，而HOTAIR以反式调控的方式指导该功能的发挥并继而影响基因的表达。多梳复合物中的成员包括SUZ12、EZH2和EED等，它们具有RNA结合结构域并可能结合HOTAIR及其它类似的非编码RNA类（Denisenko 1998；Katayama 2005）。该例子极好地描绘出了这样一个更广泛的主题：非编码RNA类招募一系列染色质修饰蛋白到特定基因组基因