了被囤地风波困扰外，他亦卷入涉嫌醉驾丑闻和被汉基国际学校两名家长控告诽谤。
明爱.杨鸣章出任香港明爱总裁时曾经发生过两件具争议性的事件。2013年5月，位于将军澳的明爱专上学院曾经举办过一次国际会议。会议进行期间，学校里的民主墙被贴上会议资料的告示板覆盖着。由于民主墙当时正贴上反对加学费和支持参与葵青货柜码头工潮工人的海报，而时任行政长官梁振英亦有参与会议，有学生就批评校方不想梁或者其他嘉宾看到民主墙上的海报。也有报导指覆盖民主墙一举是由明爱高层指示的。2013年11月，香