洲热带的入侵物种水葫芦。这些水生植物是聚集而生，影响了交通，捕鱼，水力发电和生活饮水。1995年，90%的乌干达沿岸都被这种植物阻塞。由于机械和化学办法似乎都不起作用，人们只好培育一种以水葫芦为食的象鼻虫（""）并放到湖内，再加上1997年及1998年圣婴现象带来高水位，以及大风及强降雨破坏此植物，以及水质、优养化改善等因素，最终取得了良好的效果。若上述控制措施持续的话，水葫芦会继续的减少。维多利亚湖的污染情形也很严重，主要是来自流进湖内的未处理污水，其中包括工业及生活的废水，以及来自农场的肥料及化学物