藩分工负责联络广西新军。何遂编辑出版了《南报》。1911年7月，何遂奉广西巡抚沈秉堃委派，与程潜赴京参加清军永平秋操大典，随王孝缜晋见第六镇统制吴禄贞，奉命随同第六镇第十二协协统吴鸿昌赴山西进剿。辛亥革命爆发后，吴禄贞筹划举行起义时遭到刺杀，何遂与阎锡山共同策动第六镇部分官兵起义，被推戴为燕晋联军副都督（都督是阎锡山）。何遂眼见在山西没有活动余地，到南京后，1912年1月被临时大总统孙中山委任为淮扬联军总司令（孙岳）部总参谋，兼任江北兵站分局长，率部驻军扬州。南北议和后，1912年夏，何遂任北京政府陆军