民国交通部自2012年3月1日起实施「政企分离」措施，将各港务局公司化、并合併成立台湾港务公司以负责商港的实际经营，原有之4个港务局分别改制成为台湾港务公司的「港务分公司」，航运与港口之监理则另成立航港局作为主管机关。离岛方面，交通部委託金门县政府、连江县政府成立港务处，管理县内国内商港，不受台湾港务公司成立的影响。台湾地区目前有7座国际商港，包含4座主要港、3座辅助港，其中高雄港为世界第六大货柜港口；而台湾中油公司为输送海外进口液化天然气而在高雄市永安区建立的永安港亦名列国际商港辅助港口。国内商港则有