波兰、德国、奥地利、捷克、希腊等等地方进行任务，最后，会来到波士尼亚的塞拉耶佛，那里是NOD的大本营，领导人凯恩也在那边。玩家可以决定使用离子加农砲或是武力攻击摧毁NOD神殿（结局动画不同）。如果由NOD兄弟会进行单人任务，玩家一开始会接受兄弟会襄理塞特的委託，之后塞特试图不理会凯恩的命令，要求玩家与美国对抗，于是凯恩借机杀死塞特，从此之后他便会委託玩家执行任务。玩家会接受组织的委託，终极目标为歼灭GDI在非洲的势力，常规战和非常规战给予NOD在冲突当中，拥有决定性的优势，玩家最终目标是得到GDI的终极