」蕨类，而将其他三个类群视为「拟蕨」。而在实际上，也已有数个分类法在规划着，并已有了少许的共识。2006年，Smith等人基于基因系统学研究提出了新的分类方法。2016年，发表了PPG I的分类法，此一分类法将真蕨类视为纲级分类元，下辖4个亚纲：真蕨亚纲包含着大多数主要被视为蕨类的植物。现今的研究支持以前基于形态学，将紫萁科认为是由薄囊蕨类演化史早期分支出来的一科；在某种意义上，这一科是介于厚囊蕨类和薄囊蕨类的中间位置上。下列的分类树参考自2016年PPG I的论文：
经济价值