军又败走，史称「宁锦大捷」。崇祯元年（1628年）朝廷用袁崇焕督师辽东，赐尚方宝剑，六月，擢大寿为辽东前锋总兵，驻守锦州。后崇焕诛杀毛文龙，数月后清军迂回关宁锦防线从蒙古入塞南下，北京戒严，大寿从袁崇焕入卫京师。不久崇焕因皇太极的反间计下狱，大寿率部毁山海关东走，朝野震惊，是为己巳之变。思宗命袁崇焕以书招回，孙承宗亦遣使抚慰，大寿得书，受其感召，全军皆哭，奋勇杀敌，连克永平、迁安、滦洲，辽左乃安。崇祯四年（1631年）祖大寿筑大凌河城。八月，皇太极兵围大凌河，孙元化急令孔有德救之，至吴桥兵变，有德倒戈回