周玺上疏反对。之后又与同官请求改正时政弊病，没有得到批准。正德元年（1506年），周玺再次上疏，弹劾大臣贾斌等十一人，中官李兴等三人，勋戚张懋等七人，边将朱廷、解端、李稽等三人。此后上疏指责武宗荒乱时政，御史何天衢等亦赞同其言。奏折抵达礼部，礼部尚书张昇请求採纳其建议。武宗虽然不加以责怪，但仍然不採纳。次年，周玺升任顺天府府丞。因其屡次进谏，得罪刘瑾等人。当时，武宗命周玺与监丞张淮、侍郎张缙、都御史张鸾、锦衣卫都指挥杨玉勘察近县皇庄，杨玉为刘瑾党羽，周玺对其辞色无假，与其交往只用牒文。杨玉奏其侮慢皇帝亲