66年文化大革命爆发后，福州大学的正常教学和科研秩序受到了极大的破坏。时任福州大学党委书记的张孤梅被开除党籍（于1969年1月5日含冤病逝）。卢嘉锡副校长亦被隔离劳动，遭受迫害。在此期间，学校曾一度停止招生，直至1970年才恢复招生，后因福建师范学院和华侨大学停办，福州大学又增设教育系（1973年福建师范学院复办又回归该校）和土建系（后又有部分回归华侨大学）。
1978年至今.文革结束之后，通过拨乱反正，调整教学制度，学校各项工作取得了重大进展。位于厦门市的福州大学工艺美术学院于2