返回上海，与受周恩来委托的乔冠华、龚澎会面，出席周恩来主持的上海各界人士座谈会；11月末，马思聪回赴广州，出任广东艺术专科学校音乐系主任。1947年5月，马思聪应李凌之邀出任香港中华音乐学院院长。7月，马在香港举行独奏音乐会。10月，马思聪被任为香港《星岛日报·音乐周刊》的主编。在这一年里，马思聪与诗人金帆合作，创作并演出了《祖国大合唱》。1948年年初，马思聪因支持学生反对国民党专制统治，要求民主，拒绝在支持内战的宣言上签名，而离开广东前往香港。夏天，美国驻华大使司徒雷登邀请马思聪全家赴美，遭马思聪拒绝。