比亚开始对索马利亚过渡政府提供帮助，尤其是在对抗位于索马利亚的信奉伊斯兰教的义勇军，及近来和联合伊斯兰法庭的冲突方面。2006年12月初，紧张关系的程度大增。双方在索马利亚过渡政府的要塞拜多亚附近聚集大量军队。报导指联合伊斯兰法庭支持别国的战士和埃塞俄比亚的最大敌人厄利垂亚发动‘圣战’。有西方支持的索马利亚过渡政府，得到大约一万名埃塞俄比亚士兵的支援。联合伊斯兰法庭指责埃塞俄比亚是美国的代理，而美国反驳联合伊斯兰法庭是在当盖达组织在国际恐怖战（Global War on Terror）的分部。S