过党内的争论以后，决定在总统选举採用低度排蓝（有利形象中性的谢长廷及苏贞昌），在立委选举中採用高度排蓝。2007年2月，随着国民党主席马英九因特别费案被起诉，第十二届总统候选人党内初选提早开始，副总统吕秀莲、行政院长苏贞昌、党主席游钖堃与前行政院长谢长廷分别投入党内初选。5月6日，民进党举行党员投票，谢长廷得票第一，当日苏贞昌和游钖堃宣佈退出初选，吕秀莲翌日也退出，最后由谢长廷出线。5月12日，行政院长苏贞昌表示辞去行政院长职务。5月14日，陈水扁总统宣布张俊雄再次回任行政院长一职。8月15日，谢长廷宣