元年（758年），复为滁州。元朝至元十五年（1278年）升为滁州路，二十年复降为滁州。明朝洪武初年，以州治清流县省入滁州。七年（1374年），属凤阳府。九年（1376年）六月，与和州、江宁县划地给新置的江浦县。二十二年（1389年）二月，直隶京师（南直隶），是为滁州直隶州。领二县：全椒县、来安县。