朝末年至中华民国初年，由于战乱，该庙多次遭到洗劫，此后逐渐衰落。1930年代，因为坝北草原不断遭到开垦，该寺的畜群无处放牧，该寺乃在1936年被迫迁至镶黄旗哈音海尔瓦苏木所在地。新建的寺庙规模大减，朝克沁殿由81间减为49间，喇嘛逐年减少。1966年文化大革命中，该寺被拆除。1988年，报经镶黄旗人民政府批准，在原哈音海尔瓦庙恢复大慈寺经堂一座，建筑面积64平方米。当年，哈音海尔瓦庙有僧人及信徒36名，每月均举办小型嘛呢法会举办。哈音海尔瓦庙的恢复，结束了改革开放后镶黄旗无藏传佛教活动场所的问题。2