冯检基于深水埗区丽阁选区争取连任，但受到前党友黄仲棋分薄票源，最终以99票不敌工联会和民建联派出的新人陈颖欣，失去区议会议席，因此不能再参选立法会区议会（第二）功能界别。其后他转而在新界西参选立法会。
立法会选举落败.2016年香港立法会选举，冯检基转而在新界西参选立法会。最终在与同属泛民主派的工党李卓人、街工黄润达及社民连黄浩铭互抢选票，以及雷动计划弃保操作下，导致落选。他因得票低于3%，被没收选举按金，民协在1998年香港立法会选举后，再次失去所有立法会议席。Section