任吏部尚书。492年（太和十六年），爵位降为侯爵。出为安西将军、华州刺史，加散骑常侍。孝文幽皇后失势，王遇向魏孝文帝诉说幽皇后之罪。后幽皇后再被孝文帝宠爱，王遇以诽谤罪免官，爵位被剥夺，蛰居于私邸。魏宣武帝初年，兼将作大匠。受光禄大夫，爵位恢复。孝文废皇后出家为尼，王遇去探望，给她衣食用品。王遇擅长于工程建筑，当时的平城方山佛寺、文明太后陵庙、洛阳东郊马射坛殿、文昭太后墓园、洛阳太极殿东西两堂、内外诸门等陵庙殿庭，大都是由其主持修造的。王遇病危时，太傅、北海王元详与太妃都前往探问，见其病状为之落泪。