明与孙之关系愈加紧张。1922年3月21日，邓铿从香港公干后回广州，于广九铁路大沙头站被人开鎗暗杀。邓中弹后送院，延至23日逝世。被追赠为陆军上将，葬于黄花岗七十二烈士墓侧。
兇手谜团.暗杀邓铿者为谁人指使，至今仍然有争议。中国国民党和中国共产党的官方历史观点一直认为是由于邓铿支持孙中山北伐，以至为上司陈炯明指使人所暗杀。据代表国民党官史的，由《香江晨报》编辑部鲁直之、谢盛之、李睡仙所编的《陈炯明叛国史》：「邓被刺，抬入总司令部，曾向大众叹气言曰：『我知参谋长地位危险，何必自己人杀