卫生局被迫停止工作，并于1941年3月，成立上海特别市卫生局。在此期间多数医院被破坏或关闭。大量难民的涌入上海使疫病迅速蔓延。中国抗日战争胜利后，国民政府于1945年9月12日，接收上海市卫生局，同时整顿，改组日本占领下所有的医院。1946年，由于霍乱、天花的大规模流行，从是年5月份起，上海市卫生局连续两年开展霍乱、天花等疫苗的大规模注射，同时开展环境整治行动。 至1949年5月，上海市358所医疗卫生机构中共有10033张床位， 12983名卫生技术人员，但由于此时国共内战导致医疗覆盖面低，所以使得人口死