剧变和苏联解体后的20年间影响力急剧下降。东欧国家工会纷纷加入了国际自由工会联合会。2005年，世界工联哈瓦那大会选出了新的领导层，希腊工会活动家、希腊共产党成员成为该组织的总书记。2006年，该组织的总部从布拉格迁往雅典。目前，该组织把工作重点放在了第三世界的区域性工会组织，反对帝国主义、种族主义、贫穷、环境退化、资本主义下对工人的剥削，以及保护充分就业、社会安全、健康保护、工会权利。 近年来，世界工联成功吸引欧洲几个重要工会加入，如英国的铁路、海事和运输工人全国联盟，意大利的基层工团联盟，法国的食品