本部位于高雄市苓雅区四维三路125号，紧临圣多玛斯堂。主教公署内设署长（王志伟蒙席）、秘书长（黄忠伟副主教）、总务长（曹世铎蒙席）等职务，主教公署之下共设有14个委员会、教区法庭、教区参议会、司铎谘议会等单位，共同肩负起教区内教务的运作。此外，在玫瑰圣母圣殿主教座堂旁，另设有「高雄天主教中心」，为教区内重要的活动场所。