锥形，长2至3.5厘米，有30至50片下弯的果鳞；初为绿色，在传粉过程4至6个月后渐熟，颜色转为褐色，并开始裂开并散出种子。老毬果会留在树身上多年，颜色则转为灰黑。
生境及分佈.野生日本落叶松仅分佈于日本本州中部地方和关东地方，海拔500至2900米高的火山山嵴上。在排水良好的土壤上生长得较好，水浸及过多水份的泥土会严重影响其生长。
用途.日本落叶松是重要的森林植林树种，除了在日本中部及北部有广泛种植外（包括北海道地区），在欧洲北部也广泛种植，特别是在英伦