济研究所创办运输经济专业，并于1987年6月在此基础上成立了南开大学交通经济研究所。1987年11月，南开大学经济研究所的世界经济学科单独成立南开大学国际经济研究所，同月，经济研究所被国家教育委员会评委十二个全国重点社会科学研究所之一。1988年，在中国地理学会人文地理专业委员会主任、地理学家鲍觉民的倡议下，南开大学经济研究所成立了经济地理研究室，是中国第一个在经济研究机构内设立的经济地理研究机构。1994年至1998年期间，陈宗胜教授出任南开经济研究所所长，在任期间侧重于研究发展中国家经济转型与居民收