间，温州发生甲申教案，周宅祠巷教堂与城内其他五座教堂一同被焚毁。1886年，浙江代牧区主教赵保禄来温，设计重建周宅祠巷天主教堂。1887年，神父楼和保禄书院建成。1891年，圣保禄大堂建成。1904年，温州总本堂冯烈鸿（）将圣保禄大堂屋顶换成红色铅板，钟楼加盖六层尖塔，使之成为温州城内最高的建筑物。1935年，温州总本堂顾保禄（）新建一幢神父住宅，俗称波兰神父楼。日本侵华战争初期，周边居民每每在日军空袭时进入周宅祠巷天主教堂避难。太平洋战争爆发后，教堂亦成为战机目标，两度遭到轰炸，钟楼顶层受损。1