。炀帝大喜，任命他为民部侍郎。当时、天下虽然统一，但户籍遗漏严重，民众中很多隐瞒年龄，来取得租税、赋役的免除。609年，裴蕴上奏请将虚造户籍的负连帯责任，奨励密告，于是全国成人男子的户数大幅上升。炀帝赞赏裴蕴，更加亲任。裴蕴作为御史大夫，与苏威、宇文述、裴矩、虞世基共掌朝政，人称五贵。裴蕴很能体察炀帝心中的意向，炀帝讨厌的人，他枉法治其罪；炀帝喜欢的人，他枉法加以赦免。以得炀帝欢心。以后刑罚无论大小都由他经手，刑部、大理不敢违逆。薛道衡批判炀帝诛杀高颎，而被陷害而死。苏威进言中止高句丽远征，而被剥夺官位