在海军军官学校教授微积分。1961年加入石门水库设计组。1962年留学日本，进入日本京都大学航空工学科就读。1965年转赴美国布郎大学专攻流体力学。1971年重返京都大学，1975年取得工学博士的学位。留日期间，成为坚定的台湾独立运动者，之后全力投入台湾独立运动的基层扎根工作。他强调台湾人要独立建国，必须先挣脱中华思想与中国文化的弊害，重新建立台湾人在思想、文化、政治等方面的主体性。
着名事蹟.1973年10月10日，连根藤与另一位留日学生林登达 为了抗议中华民国佔领台湾，在双十庆