（1489年），改左侍郎。礼部尚书耿裕方持大体，而所有礼文制度均由倪岳对顶。弘治六年，升礼部尚书。当时明孝宗下诏国师领占竹于四川，倪岳力谏使得孝宗撤销。之后屡次上言请求，开言路，宽赋役，慎刑罚，黜奸贪，进忠直，汰冗员等建议，均得到孝宗采纳。后因礼部左侍郎徐琼计谋取代倪岳。弘治九年，南京吏部缺尚书，朝廷推举徐琼。但孝宗仍下诏加封倪岳为太子太保，往任南京吏部尚书。弘治十二年改任南京兵部尚书，参赞机务。弘治十三年，因吏部尚书缺，吏部会官推举吴宽任吏部尚书、倪岳任吏部左侍郎。上谕改倪岳为吏部尚书。弘治十四年十月初九