之后陈霸先随郑成功和陈永华等人渡台，洪旭后期而至汇合于大员。陈霸是渡台后于安平之陈姓宗祖之一。1658年成功北伐，以旭兼理兵官，同黄廷、郑泰，留守金、厦二岛。1660年清军犯厦门，成功以洪旭驻镇海为犄角，大破之。1661年成功取台湾，命洪旭、黄廷，佐世子经留守思明。1662年郑经与庶弟之奶妈不伦恋，郑成功命洪旭往思明斩经。旭以郑泰为成功兄，兄可以拒弟，遂示意郑泰拒之，郑经因得保全。5月成功逝，弟世袭于台湾自立。讣至，洪旭请郑经先嗣位，后发丧；复请速率兵渡台靖内难。时清军阴谋进犯，时局岌岌可危。洪旭请以『