元璋在位时，福田庵得以扩建。扩建时更名为龙藏寺。龙藏寺的规模很大，往南直到现今北京路丽都酒家附近（当时的南城脚），往北达到现在北京路与西湖路的交界（当时的枕拱北楼）。明朝末期，佛教式微，大佛寺也香火不济，后来改建为巡按御史公署。清朝顺治七年，平南王尚可喜攻陷广州，大肆屠城。作为巡按御史公署的大佛寺也毁于火灾。然而据说尚可喜晚年常常感到“不祥之兆”，遂采用手下谋士的建议，皈依佛教，兴建佛寺，以还屠城罪孽。后来安南王莫敬耀偕同其子莫元清都统使上京朝觐，路经广州时，尚可喜设宴招待。席间真修和尚请求安南王资助木