大革命期间，该寺遭到毁灭。文化大革命结束后，在巴达瓦、卡沃朵登西绕彭措二人主持下，本寺再度恢复，经堂、三佛田、讲修学院均获得恢复。先后由邓巴珠扎、嘉绒仲松索朗尼玛住持该寺。2000年代末，住持该寺的巴仓寺寺庙民主管理委员会主任为旦白尼玛。2009年，西藏自治区党委书记张庆黎在视察时，专程到巴仓寺看望并慰问该寺寺庙民主管理委员会成员及僧众，听取了民主管理委员会主任旦白尼玛的情况介绍。据2008年的报道，巴青县敬老院紧临巴仓寺。平时敬老院的老人们爱到巴仓寺转经，巴仓寺寺庙民主管理委员会也经常赴敬老院看望老人