被招揽进入政府公职体系，全产总在「双週84工时」等议题上立场全失，甚至放任民主进步党介入理事长选举，理事长亦不乏民进党新潮流系成员（例如黄清贤、卢天麟即是新潮流系成员）。全产总部份成员担心全产总有被政府收编的迹象，于是陆续退出，并于2007年另外筹组「团结工联」。