掳获50,000名战俘，但柏立基逃过日军追捕，且获军方指派参与「43号特别军事任务」，负责在婆罗乃一带组织游击队抗击日军。一直到1942年中，柏立基才被日军捉拿，此后，他以战俘的身份被一直关禁于马来亚的战俘营。据记载，柏立基在营中生活艰苦，闲时主要靠唸读诗文度日，他早年熟读过不少华兹华斯的诗文，结果这就成了柏立基的「良伴」。在1945年8月，日本宣佈无条件投降，柏立基方才从战俘营获释。多年以后，柏立基出任香港总督时，日本政府为与他修好，希望他不计当年在战俘营所受之苦，于是特地派来代表到香港邀请他接受大坂