2016年，费达拿成功达成职业生涯大满贯赛事300场胜仗，为男子网球界第一人。费德勒开始了他的赛季布里斯本国际赛作为卫冕冠军，尽管是在流感时比赛开始。然而，一路打进最后的决赛，却在决赛中直落二盘输给了米洛斯·拉奥尼奇。费德勒随后参加了2016年澳大利亚网球公开赛，仅在第三轮与格里戈尔·季米特洛夫交手丢了一盘，到半决赛却还是以四盘输给了最终的冠军诺瓦克·德约科维奇。他败给诺瓦克·德约科维奇后的第二天，费德勒遭受膝伤，在二月初他接受了关节镜手术修复撕裂的半月板，三月错过了在比赛鹿特丹公开赛和杜拜网球锦标赛在2月