来联邦议会实行改组，全数苏丹退出，由13名高级官员与11名官方人士组成。19世纪后半部，英国还获得对荷兰从未立足的婆罗洲北岸的控制。这个地区东部（今天的沙巴）则由受西班牙属菲律宾控制的苏禄苏丹的名义统治。其余部分则是文莱苏丹统治地。1841年，英国探险家詹姆士·布鲁克从文莱苏丹手中租借古晋，并称自己为砂拉越的白人拉者。此后他不断从文莱手上取得领土。婆罗洲东北部被英国商人殖民。1881年，英国北婆罗洲公司被允许控制这块地区，受新加坡总督监督。菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙