罗斯福告知塔夫脱小乔治·希拉斯大法官即将辞职，最高法院将要出缺，希望塔夫脱就任。虽然这是他长久以来的职业梦想，但塔夫脱觉得总督的任务尚未完成，谢绝总统邀请。1903年，罗斯福又提议塔夫脱担任战争部长。菲律宾由战争部管理，塔夫脱可以继续在当地任职，现任部长罗脱也同意推迟到1904年离职，方便塔夫脱为马尼拉的事务收尾。塔夫脱与家人商议后同意，并于1903年12月回国。
战争部长.塔夫脱于1901年1月就任战争部长，但总统打算亲自管理军队，不需要部长对此花多少时间。罗斯福希望塔夫脱能在困