在前半段表现出色，但在最后阶段却遭遇多支中游球队的阻击，最后一轮与河南建业的比赛中因主裁判罚下广州队3名球员而爆发球迷骚乱，最终仅列第3名，冲超失败，戚务生黯然离任。2007年赛季俱乐部请来前中国国奥队和北京国安主教练沈祥福执教，并买入徐亮、李帅、拉米雷斯等有实力的球员，球队在联赛表现非常出色。徐亮、李帅、卢琳也先后入选国家队和国奥队集训名单。球队在联赛中连战连捷，并在该赛季打破多项球队和联赛记录。在次级联赛征战9个赛季之后，广州队终于提前3轮升上中国足球超级联赛，并获得球队职业联赛历史上第一个联赛冠军