国内的新教诸侯结盟援助波希米亚，更导致帝国週边的新教国家丹麦和瑞典入侵哈布斯堡家族领地。而改宗新教的荷兰反西班牙的独立运动的加剧，和后期信奉天主教的法国加入反哈布斯堡联军，使皇朝的情况雪上加霜。虽然波希米亚叛军和丹麦王军被哈布斯堡皇军打败，但与瑞典和法国的战事一直僵持。因此，斐迪南二世将波希米亚王位禅让与儿子斐迪南三世，以纾解当地民愤。当斐迪南二世逝世后（1637年），斐迪南三世立即与各国议和，终于在1648年签订西发里亚和约。三十年战争虽然削弱了皇朝对神圣罗马帝国内各邦国的控制，使帝国陷入四分五裂