犯罪之人也借由信教取得司法保护，引起中国人的反感，因此民教冲突不断；加上民间以讹传讹的负面谣传，最终导致许多民众则愤而纷纷起来焚烧教堂，驱逐或甚至杀害传教士，收回被侵占的土地财物。从1856年至1889年先后发生的教案多达三百多起，着名的有1870年的天津教案，1900年的义和团之乱期间，有数万民中西方传教士与基督教信徒惨遭杀害。
文化.清朝统治中原后，推行的汉化政策比其他征服王朝还要深，然而清室也尽可能保留本族文化，并且维持本身文化与汉文化的平衡。清初以来，所有施政文书都以汉文、