与知县王廷干不合，于是在4月28日，北路的张古，罗阿沙及棕等准备发起武装革命，林恭连同不满王廷干的凤山县民，在义首林万掌的协助下，顺利攻入凤山县城之内攻下凤山城，并杀死知县王廷干。佔领凤山城之后，林恭被拥立为县令。林恭攻下凤山后，于5月2日攻击台南城，不过遭到清官军抵抗。6月2日，清军与林恭于二层行溪（今台南市仁德区）与新园交战，林恭败退凤山。5月7日清军连同内应攻佔凤山城，不过林恭却转进距凤山不远的东港，打算长期佔据。因清军无能力攻破东港，佔据东港的林恭一直到该年7月27日才被叛变的阵中将领「绑缚