年8月山口洋惨案、1946年9月巴眼亚比惨案、1947年1月的巨港惨案、1963年3月至5月从西爪哇蔓延到中、东爪哇的排华骚乱等。20世纪60年代的印尼有三种政治势力：总统苏加诺、印尼陆军以及印尼共产党。1965年，印尼九·三〇事件后，印尼陆军将领苏哈托架空了总统苏加诺并宣布印尼共产党为非法组织，在印尼全国发动了对共产党的大清洗。由于印尼共产党中华人很多，导致大量华人被当作共产党员处决。事件导致了至少50万人被屠杀，亦使大量华人被迫离开印尼到海外生活。美国中央情报局曾经把这段期间的印尼称为“二十世纪最惨