2010年9月20日上午8时20分，昌九城际线正式开通运营，共开行南昌至九江和武汉方向动车组17对，其中南昌至九江9对，南昌至武汉或武昌6对，南昌至汉口2对。南昌至九江的一等座票为50元，二等座票为42元。在2011年7月23日发生2011年甬台温铁路列车追尾事故后有消息说昌九城际线将降速至200公里/小时，最终确认从8月28日零时起昌九城际线运行时速降至200公里。
特色.桥梁段使用了新型梁型。