内阁中书，充任玉碟馆（修纂皇族族谱的专门机构）誊录，四年后分发湖南候补知府。候补期间，管理过督审局，提调过厘金局，才试署（代理）沅州知府。接着调湖北襄阳知府，在赴任途中改任安陆知府，接着升武昌知府，在任八年，以后逐级上升。先后做过广东高廉钦兵备道，陕西按察使、布政使（兼署陕甘转运及制造事宜），护理陕西巡抚，江西团练大臣，江宁布政使，护理两江总督兼署南洋通商大臣及两淮盐政，最后做江西铁路大臣。李有棻在武昌知府期间，平时在府署前置一木柜，鼓励士民投书其中，揭发奸宄，议论政事，自己及时斟酌施行。他还命其属下不