庙，御门受俘，刑高文律等于西市，传首各边，以昭示天下』。然而此战之后，明朝虽再次取得澎湖，却未复设澎湖巡检司之职。
明郑.1661年郑成功自鹿耳门登陆台湾之后，在澎湖设置安抚司。
清代.1682年，康熙排除朝廷中反对意见，决定攻台，命福建总督姚启圣“统辖福建全省兵马，同提督施琅，进取澎湖、台湾”，授万正色为步兵提督领军12万进驻福建，接应水师提督大将军施琅，俱受姚启圣节制。1683年六月，施琅指挥清军水师先行在澎湖海战对明郑水师获得大胜。172