黄懋官（），字君辨，号霖原，福建兴化府莆田县人，明朝政治人物。官至南京户部侍郎，因引发兵变被杀。
生平.福建乡试第五十三名。嘉靖十七年，登进士第二甲第四十五名。累官南京户部侍郎。嘉靖间，爲抵御倭寇，南京尚书张鏊召募御倭部队，名振武营。旧制南京军士有妻室者，月给粮饷一石，无妻室者六斗。以仲春、仲秋二月，每石米折银五钱。嘉靖三十九年（1560年），南京户部尚书马坤奏减每石折银，督储侍郎黄懋官又奏革募补军士妻室之月粮，军士怨愤不已。不久，因发饷拖期，振武营士卒鼓噪哗变，黄懋官被折磨致