3年，丁超五来到北京出席国会。得知宋教仁在上海遇刺身亡与当政者有牵连之后，在国会上提出质询，抨击袁世凯。1913年11月，袁世凯解散国会，取消丁超五等国民党籍议员的资格。此后，丁超五“仍与各省同志暗中联络”，反对袁世凯。1916年6月，袁世凯逝世，黎元洪继任大总统，恢复《中华民国临时约法》，重开国会，丁超五仍为国会众议院议员。1917年，段祺瑞指使北洋军解散国会，废弃临时约法，丁超五追随孙中山南下护法。同年9月，在广州参加广州国会非常会议，孙中山任中华民国军政府陆海军大元帅。10月，丁超五被任命为大元帅