军中的新附军出征，其余则从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员，新附军数量日益减少，最后式微。元朝的防卫分宿卫和镇戍两大系统。宿卫军由怯薛和侍卫亲军构成，其中怯薛军保留自成吉思汗创立的四怯薛番直宿卫，常额在万人以上，元朝功臣博尔忽、博尔朮、木华黎、赤老温或其后人充任怯薛长。在战争中，怯薛则是全军的中坚力量，被称之为「也客豁勒」（大中军）；侍卫亲军则是忽必烈在华北汉人世侯的建议下所置，在初期蒙制怯薛未形成战斗力之时负责宿卫之职以及与阿里不哥争夺权力。其后，侍卫亲军用于保卫大都，卫设都指挥史或率史，