传教士的压力下坚持几个世纪，他们最终还是屈服了。1387年，立陶宛改宗天主教，而鲁塞尼亚的大部分地区仍保持东正教信仰。1596年的布列斯特联合有分化东正教徒的作用，通过这次联合，希腊天主教徒承认教宗的权威，接受天主教教义，但保留东正教礼仪，成为所谓「东仪天主教会」的成员。大公国也成了宗教改革的重要中心之一。17世纪后半段，加尔文教派蔓延至立陶宛，得到拉齐维乌家族、霍德凯维奇家族、萨皮耶哈家族和多罗霍斯塔伊斯基家族和其他家族的支持。到1580年代，立陶宛议员大多是加尔文派信徒，甚至还可能是阿里乌斯派信徒（