二年（1629年）八月，安邦彦、奢崇明合兵十万进犯赤水、永宁，朱燮元诱敌深入，又派奇兵“绕其后，急击之，贼大惊溃”，杀奢崇明、安邦彦。又招抚流亡，修路筑驿，广开屯田，西南遂安。朱燮元为之进少保，加少傅兼太子太傅，后加少师、左柱国。卒于官，年七十三，赠太师，荫世袭锦衣卫指挥使。
轶事.明史记载朱燮元在陕西遇到一位老人传授他「风角、占候、遁甲诸术」，临走时老人叮嘱他：「幸自爱，他日西南有事，公当之矣」。朱燮元膀大腰圆，重达四百斤，饮食皆异于常人。
着作.