士大夫素有议政传统，但张居正禁止批评时政。张居正学通阳明学右派与朱子学，为顾及统治阶级利益，下令禁毁各名山书院。万历八年（1580年）十月，下令吏部遍查两京衙门，「有冗滥者裁之」。万历九年（1581年）正月裁两京户部侍郎以下156个职位，同年裁撤郧阳巡抚、顺天巡抚、湖广总兵等地方大员职位。文武官员从12万余人降到9.8万人以下。他清查地主隐瞒的田地，推行“一条鞭法”，改变赋税制度，使明朝政府的财政状况有所改善；用名将戚继光、李成梁等练兵，加强华北、边镇防务。万历十年六月二十日（1582年7月9日）张