海道两大港口，函馆的工矿业贸易地位也因此相对下降。20世纪初期，函馆迎来了发展的转机。1907年日俄渔业条约签订使得日本获得在鄂霍茨克海和白令海等地的渔业权，因此迅速发展。因众多渔船自函馆出发捕鱼，函馆发展为渔业和水产贸易的中心。另一方面，1908年青函连络船的开通使得函馆的交通地位大幅上升，物资和人员往来量飞跃性增加。函馆在历史上多次遭遇大火。1878年和1879年的大火之后，函馆实施市区改正事业，扩宽道路宽度并使得市区街道呈现长方形格局。1907年和1921年的大火之后，函馆市修筑了众多1层为和式、2