台东县外海的兰屿持续风速和最高阵风更分别达到每秒44.2和59米。大量铁皮屋受到严重损毁，恆春基督教医院的铁皮屋顶也被掀翻，雨水直接涌入医院内，引致严重淹水和大量器材被浸坏。随后莫兰蒂的外眼墙横扫屏东县、高雄市西南部和澎湖县，屏东县内多个气象测站录得10至11级东至东南风，西大武山累积超过840毫米雨量；犹幸莫兰蒂最具破坏力的内眼壁在南台湾外海擦身而过。莫兰蒂于上午10时最接近台湾本岛，在恆春之西南约30公里掠过。是次台风造成全台超过72万户停水、110万户停电，当中高雄和屏东县分别佔超过23万和22万