一次会议通过了国务院机构改革方案，决定成立商务部。2003年3月17日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第二号中华人民共和国主席令，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，吕福源被任命为商务部部长2003年9月初，吕福源被检查出罹患癌症；经手术和数次化疗后，病情仍无法得到控制。2004年2月29日，第十届全国人大常委会第七次会议通过议案，决定免去吕福源的商务部部长职务。5月18日10时35分，在北京逝世，享年59岁。
学者型部长.作为商务部的首任部长，吕福源有