认识到自强图存的唯一机会在于推行改革，祛除时弊，因此推行休养生息、轻徭薄赋的政策，鼓励农业生产，限制贵族聚敛财富，赈济贫民，重建军区并恢复军区制。尼西亚是大主教驻地，皇宫和中央政府设在尼姆菲翁（位于今土耳其图尔古特），金库设在马格尼西亚，海军基地则设在士麦那。狄奥多尔去世后，他的兄弟，和等拉斯卡利斯家族成员在拉丁帝国支援下挑战约翰三世的皇位。1224年初，另一说1223年底，约翰在战胜了他们的联军，巩固自己的皇位并夺取了拉丁帝国的几乎所有亚洲领土。之后约翰又收复了爱琴海上的一些岛屿，如莱斯博斯岛、希俄斯