1977年1月，港府委任唐嘉良医生接替退休的蔡永业医生出任医务卫生署署长，蓝新福则获唐嘉良提拔为医务卫生署副署长（医务）；同时间，另一副署长（卫生及计划）的职位则由助理署长（卫生）李绍鸿医生出任。蓝新福上任副署长后获港府委任为官守太平绅士，并曾兼任医疗辅助队副总监和医务委员会委员等职；此外，他在1978年至1983年间曾多次为唐嘉良署任医务卫生署署长一职，期间都临时担任立法局官守议员。在副署长任内，蓝新福主要负责统筹香港公立医院的营运，为了应付不断增长的人口，他积极扩充新界新市镇地区的急症医疗服务，当