博物馆建筑面积700余平方米，展陈面积300余平方米。分为7个展厅共5个主题（“历史·溯源”、“商业·文化”、“创业·渊源”、“保护·传承”、“创新·发展”），展出中医药文物1000余件，其中不少文物和历史文献是首次在中国国内展出。展出的中医药文物从新石器时代、春秋战国时期、汉、晋、唐、宋、元、明、清直到中华民国，介绍了中医药学的发展脉络，以及同仁堂的发展历史。文物中最着名的是铸于明朝正统年之后的针灸铜人，这是同仁堂乐氏家族的祖传物，比同仁堂的历史还长200余年，是目前世界上仅存的两尊针灸铜人之一，另一尊铜