97年6月18日重庆直辖市成立，王云龙出任中共重庆市委副书记、重庆市第一届人大常委会主任。时年52岁，成为中国当时最年轻的省级人大主任（专职），这个纪录目前也没有人打破。王云龙再次以候补中委成为重庆第三号领导，但是很快重演了他在山西的经历。市委书记张德邻和市长蒲海清不和，中央只好于1999年6，9月将二人双双调走。王云龙顺位候选又被跳过，贺国强于1999年9月出任市委书记，包叙定1999年6月出任市长。而且就像当年的胡富国一样，贺国强同样向中央建议调走王云龙。黄镇东于2002年10月接替在中共十六大