亚人视德国军队为“解放者”，并与其展开合作，在武装亲卫队中还成立了一个爱沙尼亚师。1944年9月德军从爱沙尼亚撤退时，苏联再度佔领爱沙尼亚，原爱沙尼亚共和国总理约里·乌尔洛特斯宣布成为总统（原总统康斯坦丁·帕茨已于1940年被苏联逮捕），并在瑞典首都斯德哥尔摩组建了流亡政府，该政府一直延续到1992年。第二次世界大战中，爱沙尼亚损失了22万人，相当于战前人口的1/5。有8万人流亡到西方。由于爱沙尼亚人与德国合作，因此在第二次世界大战后期遭到苏联的强烈报复。苏联红军轰炸了塔林和纳尔瓦等城市，造成大量平民伤