玉山东峰，先向东北流，至八通关转东南，汇集分别源自秀姑峦山西南坡及大水窟山西坡的支流后，转向南南西进入高雄市境，流经梅山、桃源、宝来、六龟，转向南流至大津，纳东侧流入之浊口溪后，转向西南流至里港，纳东南方流入之隘寮溪，名为二重溪，续流至岭口与来自北方之旗山溪（楠梓仙溪）合流后，始称高屏溪。本流转向南经大树、九曲堂、上寮、鲤鱼山，于东汕注入台湾海崃，此河段长约38公里。旗山溪为高屏溪水系主流（含荖浓溪）之外的最大支流，发源于玉山主峰西南坡标高约2,700公尺处，主流河长118公里，流域面积842平方公里。