。中华民国元年（1912年），章鸿钊任南京临时政府实业部矿政司地质科科长。任内在中华地学会所办的《地学杂志》上发表了《世界各国之地质调查事业》、《中华地质调查私议》、《调查地质咨文》等文章。1912年秋，临时政府迁北京，任北京政府农林部技正，兼任北京高等师范学校博物系地质矿物学讲师。民国2年（1913年），北京政府成立工商部地质研究所（后改名为农商部地质研究所），任代所长。民国3年至5年（1914年-1916年），任所长。农商部地质研究所（地质讲习班）为中国培育了第一批地质学家。民国5年（1916年），北