船转投资成立阳明海运，成立时资本额为新台币1亿元，第一代总部设于台北市怀宁街53号4至6楼。招商局轮船并将绝大多数部门移至阳明海运，招商局部分逐渐只剩管理处。1990年5月，阳明海运成立子公司「光明海运股份有限公司」。1992年，阳明海运在台湾证券交易所股票上市，股票代号2609。1995年3月，招商局轮船併入阳明海运，在台湾的招商局正式走入历史。1996年2月15日，阳明海运的官股持股比率降至48.9%，完成民营化。1999年11月11日，阳明海运成立子公司「好好国际物流股份有限公司」