侧楼梯在月台东端，后为了挪出副都心线的连络通道空间，在2006年8月13日起往新宿方向移动约30公尺。剪票口也随之移动。2013年3月如上段所述再次搬迁。厕所在地下1楼付费区外东端（副都心线、都营新宿线连络阶梯附近），附设多功能厕所。新宿侧设有转辙器。
副都心线.岛式月台1面2线地下车站。站体位于明治通下方新宿三丁目交差点至新宿四丁目交差点附近。由于车站建在既有的丸之内线与都营新宿线之间，构造复杂，花费7年才完工。与明治神宫前站及涩谷站相同，大厅层与部分月台层採取挑