号班次至德岛站，解结后再驶进牟岐线内至日和佐站。回程则併结入2000系涡潮号内再返回高松。2020年起，药王寺号更改行车路线为只来往德岛及牟岐之间，亦提早发车时间，不过服务日数则由元旦首三天延长至元旦首五天德岛站 - 南小松岛站 - 羽之浦站 -阿南站- 由岐站 - 日和佐站 - 牟岐站高松站 - 栗林站 - 屋岛站 - 志度站 - 赞岐津田站 - 三本松站 - 引田站 - 板野站 - 板东站（部份日期临时加停） - 池谷站 - 德岛站 - 南小松岛站 - 羽之浦站 - 阿南站 - 由岐站 -