人共育有三子三女，其中儿子马尔科姆·麦克唐纳（1901年－1981年）日后成为内阁阁揆及外交家；另外女儿伊莎贝·麦克唐纳（Ishbel MacDonald，1903年－1982年）负起照顾父亲晚年生活起居的责任。玛格丽特·艾瑟尔·格莱斯顿在1911年因败血症逝世，翌年儿子大卫（David）身故，两件事都对麦克唐纳构成很大打击。妻子身故后，麦克唐纳曾先后与诗人玛格丽特·萨克维尔女爵（Lady Margaret Sackville，1881年－1963年）及伦敦德里侯爵夫人（1878年－1959年）传出绯闻。