赢得中华民国总统选举，5月20日中国国民党重新执政，主张不统、不独、不武，即「在马英九任内，保证不推动两岸统一，也不会宣布台湾独立，两岸之间不进行军事战争」。同年10月、11月，曾任国台办主任及主任助理的海协会副会长张铭清、会长陈云林访台，被台湾抗议民众袭击、围攻。同年12月31日，中共中央总书记胡锦涛在《告台湾同胞书》发表三十周年纪念会上提出“胡六点”。两岸关系在“九二共识”的基础上不断发展，海基会和海协会共进行了十一次「领导人会晤」，两岸陆续签署了二十三项协议及两项共同声明，其中包括海崃两岸经济合作架构