退休后完成集大成之作《庄子校诠》。王叔岷于1992年几次往返大陆旅游，2000年获中华民国行政院文化奖，2002年开始长住于大陆。2007年中华书局陆续出版《王叔岷着作集》，共十九种三十册，另有回忆录《幕庐忆往》单独发行。2008年8月病逝于成都市龙泉驿区其长子家中。