为，小野寺被迫在2000年辞职。辞职之后，他历任约翰·霍普金斯大学高等国际问题研究所客席研究员、学校法人增子学园（东北福祉情报専门学校）理事长、东北福祉大学特任讲师。期间还在东北放送电台的节目担任评论员。2003年，小野寺的公民权停止处罚解除。当年大选他再次接受自民党公认参选，终于重返国会。2005年大选组成的第三次小泉内阁，小野寺就任外务大臣政务官。2007年7月第一次安倍改造内阁，他被安排就任外务副大臣，不久后福田康夫内阁建立，他得以留任。期间伊朗发生日本公民被绑架事件，小野寺担任外务省紧急