内线与南北线之间有电扶梯与楼梯连结。丸之内线剪票口通往赤坂口（1号出口）与JR线剪票口，南北线剪票口通往地下铁四谷口（3号出口）与对象的出入口（2号出口）。
丸之内线.丸之内线属于对向式月台2面2线的高架站。比JR月台为高。与茗荷谷站、后乐园站同样是地面车站。南北线是岛式月台1面2线的地底车站。设有保安装置及可动式月台门。丸之内线月台较JR中央线月台为高，其立体交差的地点在皇居外侧的埋立地。由于JR月台位于谷底，丸之内线月台因此採取高架。银座侧3辆长度（2号线银座方向月台2