，包括骨骼肌肉运动回路，边缘回路和动眼回路等。不同的回路投射到不同的目标区。例如骨骼肌肉运动回路主要投射到丘脑的腹外侧核（Ventrolateral nucleus, VL）。
回路和神经递质.左图所示为基底核的基本内部连接。纹状体（包括尾状核和壳）是基底核系统的主要输入通道。大脑皮层的诸多运动，前额叶和感觉分区投射到纹状体。如表2所示，基底核中不同核团的神经元合成不同的神经递质。谷氨酸是一种兴奋性神经递质，GABA是一种抑制性神经递质。而如下表所示，多巴胺的兴奋或抑制取决于受体的