分「本土派」学者的台湾文学研究论点与研究方法表达不满；1997年，他发表自着《台湾文学在台湾》，批评该类学者惯用的单线叙述法及其造成的简化历史等问题。2005年9月11日，玄奘大学中国语文学系兼任讲师杨宗翰说，他就读硕士班时改攻台湾文学，因此深知，囿于文化认同上的差异，台湾许多本土派学者都非常讨厌龚鹏程，却又没办法跳过或忽视龚鹏程所提出的诸多尖锐质疑。2003年12月11日，《台湾壹週刊》第133期报导，2000年10月佛光人文社会学院校长龚鹏程带诺贝尔文学奖得主高行健与该校十余名教职员去宜兰县礁溪乡富