不断地奔走、不断地陈情，除了帮助人权受迫害的军人及家属外，亦为军人的权利与保障请命，成为中华民国国防部高层眼中的「头疼人物」。1999年桃园空军基地弹药窃案，三名无辜士官兵因受不了刑求之苦，被迫做出虚假自白；陈碧娥为拯救这些遭诬陷的军人四处陈情，也曾到立法院前静坐抗议一个礼拜，虽然过程屡遭军方及某些民意代表干预及阻挠，但最终法律及证据还给这三名士官兵清白，这也是有史以来第一个由民间团体发起而侦破的军中冤案。