同名义与GAINAX和GANSIS合作制作动画。2004年，若尾博司卸任，久保田光俊就任执行董事，并在交替期间整顿了撮影部门，制作方式也转向数码化，一般两季（约26集）的作品都由新上任的久保田光俊亲自督阵。同年，作风奇特的动画导演新房昭之加入，连带尾石达也、大沼心等长期合作伙伴参与大部分制作。自《月咏》以后，SHAFT的作品大量使用数码技术，且包含很多捏他（即「剧情透露」，意指有意无意暗示牵连作品长期隐藏的设定，以至其他作品的内容），代表作有恶搞内容最多的《绝望先生》及影碟销量屡创纪录的《化物语》等