部拥戴下出任国务院国务总理，旧国会亦恢复。不久，黎元洪与段祺瑞在国务院秘书长人选上发生争执，请出北洋军阀元老徐世昌出面协调。其后因中国是否因第一次世界大战向德国宣战，发生府院之争。日本表示支持皖系、交通系的段祺瑞，英、美等支持研究系、直系的黎元洪、冯国璋。段祺瑞主张参战，而黎元洪及国会有所保留。段祺瑞下令手下十几个督军组成「督军团」开到北京施压，要黎元洪在对德宣战书盖印，为了平息风波黎元洪勉强同意盖印。段祺瑞仍不满足，又大肆干涉国会。后来段祺瑞私自向日本借款事件被揭露，1917年5月21日，黎元洪下令撤