日本政治经济的交流，又与25位民进党青壮派立法委员成立「台日政治菁英会」。同时，正义连线为学习新潮流系并重整派系，原本规划由陈其迈出任会长，不过陈在立法院党团三长选举失利后打消此意。2003年，陈其迈二度担任民进党立法院党团干事长。6月，陈水扁创办的凯达格兰学校第一期国家领导与发展策略班开学，许多金控公司、国营企业董事长、立法委员皆为学员。陈其迈亦被规划参加，毕业后不久后担任凯达格兰学校校友会首任会长。
行政院政务委员.2004年3月20日，陈水扁连任总统，陈其迈成为阁员的热门人选