动物。不过自19世纪，螯肢亚门演化树内的关系就已经被受争议。2002年综合现今螯肢亚门的RNA特征及现今和已灭绝的螯肢亚门的解剖特征后，为低层亚类提供了可靠的结果，但在高阶的亚类中并不稳定。2007年的研究提供了右侧的演化树，但却仍有一些不明处。蝎子的分类位置特别受到争论。一些早期被认为是蝎子的化石，如志留纪晚期的"Proscorpius"却有鳃和是水生的，口器的位置就像板足鲎目及鲎一样。这可以有三个选择：将这些水生的化石分类到其他地方；或接受蝎子并非单系群，而是有水生及陆生的；或是将蝎子分类到较为