排列直到宽又浅的凹陷变成细而深的凹陷，经由内胚层细胞的引导，细长状的管状构造形成原肠，原肠是经由汇聚延伸所完成的。而原肠末端的开口则是胚孔。丝状伪足--经由间质细胞所构成的细长状的纤维，可以使原肠顺利地被拉过囊胚腔，到达另一端。内胚层的原肠细胞会与外胚层的原肠细胞融合。至此原肠形成已经完成，具有消化管的功能。两栖类动物与鱼类所遗留下来的痕迹则成为胚孔痕，另外鸟类与哺乳类所遗留的痕迹成为原痕或原线。所有均由背胚孔与原结(又称恆生结)所控制。