十四年（1616年）中进士，任吉安永丰县知县，有德政。崇祯一朝时官至户科给事中，崇祯五年（1632年）因事革职。崇祯十年（1637年）被捕入狱。瞿式耜妻妾众多，迷信占卜、堪舆，一说为天主教徒。晚年参加抗清活动，拥立桂王朱由榔，桂王以式耜为内阁大学士兼吏部右侍郎摄尚书事；驻守桂林，三次击退清军进攻。永历四年（1650年），城破被捕，囚于桂林叠彩山临时监狱，作《浩气吟》。42天后，于闰十一月十七日（1651年1月8日）与张同敞在桂林叠彩山风洞前仙鹤岭下就义，有绝命诗：
身后.瞿式耜