康熙六年（1667年）六月二十三日，索尼因年迈染痾因病过世，年方六十七岁。康熙皇帝予故辅政大臣一等公索尼祭葬，谥号：文忠。加赐鞍马二匹、银二千两。加祭四次。康熙六年（1667年）七月七日，康熙帝躬亲大政，御太和殿。索尼病逝之前曾上书请求康熙帝亲政天下，但是，康熙皇帝并没有马上答应，反而更要褒奖索尼忠心为国等语并加授一等公，与前授一等伯一起世袭。索尼力辞一等公爵，康熙皇帝没有准许。
史籍记载.《钦定八旗通志 卷一百四十七》（索尼）年已老矣且有疾，康熙六年三月，与辅臣等