帕夫拉戈尼亚与，此后又划分出科洛尼亚。此时的亚美尼亚军区领土只余本都西部地区。亚美尼亚军区直至11世纪晚期都为拜占庭帝国掌控。但在曼齐刻尔特战役惨败之后，1073年，法兰克雇佣兵攫取该地区并统治了几个月，后被拜占庭皇帝阿历克塞一世收复。此后不久，塞尔柱突厥人大量涌入，只余下一些沿海堡垒仍在拜占庭手中。科穆宁家族的皇帝收复了帝国的沿海地区，但亚美尼亚军区再未恢复。