日战争爆发后的1938年（民国27年）6月，顾孟余当选国民参政会参政员，并且重新担任中国国民党中央宣传部部长。同年12月，汪精卫离开重庆之前，顾孟余曾试图劝说汪精卫回心转意，但未果，遂与汪精卫派诀别。1941年（民国30年）7月，出任国立中央大学校长。1943年（民国32年）2月，任三民主义青年团第一届中央团部指导员。1945年（民国34年）5月，当选中国国民党第六届中央执行委员。第二次国共内战期间的1948年（民国37年）2月，出任国民政府顾问。同年5月，被任命为行政院副院长，成为中华