原有的世族出现了冲突。北方的侨姓世族持续侵犯江南经济，并限制南方世族入仕朝廷，江南世族在政治及经济上的冲突仍在延续。加上世族对下等寒门的歧视、与朝廷分庭抗礼；中央与藩镇对立及野心家崛起，使得东晋一朝始终动荡不安。北方地区陷入了前所未有的大混乱。352年，前秦氐族人苻健称帝，定都长安。后来宣昭帝苻坚在位时，重用汉人王勐为相，加强中央集权，提升经济，并且逐步消灭北方的前燕、前凉、代国等政权，统一了北方地区。383年在与东晋的淝水之战中失败，北方再次陷入混乱。420年南方东晋大将刘裕废晋恭帝自立，建国宋，史称刘宋