布政使司衙门及钦差行台建筑移入圆山动物园（台北市立儿童育乐中心昨日世界旧址）、净土宗台北别院（今善导寺）及台北植物园内保存，附近其余房舍则于1932年8月予以拆除。后来，动物园的部分因台风损毁，台北别院的部分也已拆除，只有钦差行台的头门、仪门、大堂与部分厢房完好保存于植物园内，尔后改为台湾总督府中央研究所林业部热带植物标本陈列室。二次大战后，建物被行政院农业委员会林业试验所做为林业陈列馆、文物馆使用迄今。1985年8月19日由中华民国内政部以「台湾布政使司衙门」登录为衙署类国家二级古蹟（现为国定古蹟）；