除了中国音乐美学史之外，蔡仲德还对中国哲学、士的人格以及中国近现代文化都有深入研究，发表了数十篇论文，后结集出版为《艰难的涅槃——论“五四”与中国文化的转型》。2004年2月13日下午4时许，蔡仲德因肺癌病逝于北大医院。蔡仲德之妻是冯友兰之女宗璞。