87年在沙田新城市广场1期4楼设馆。1999年于尖沙咀星光行开佔地1.9万方呎旗舰店，2007年5月13日迁往同区的美丽华酒店商场。2010年5月20日迁往美丽华商场。商务于2003年起先后在香港多间大学设立书店，包括香港中文大学、香港城市大学、香港理工大学及香港科技大学。2020年3月19日，商务印书馆在网上宣布屯门良景店及佐敦店两间分店同于4月中及4月底结业。2020年6月29日，商务印书馆在网上宣布太和广场分店于6月底搬到大埔中心。2020年10月8日, 商务印书馆希尔顿中心分店结业。