升为吏部尚书，兼任国史馆总裁、机密院大臣。同庆三年（1888年），擢署文明殿大学士。成泰帝继位后，被任命为辅政大臣，与张光憻、阮福绵寊一起执掌朝政。成泰元年（1889年），潘廷逢在中圻起兵反抗法国的殖民统治，朝廷屡次镇压都没能成功。阮仲合举荐平定总督阮绅为钦命节制军务，前往镇压，最终阮绅成功镇压了这次起义。成泰三年（1891年），受封永忠子。成泰九年（1897年），阮仲合辞官退隐，加太子太保衔，其辅政大臣之职由阮绅继任。成泰帝要求省臣每月要向阮仲合问安一次。成泰十四年（1902年）夏，阮仲合因病逝世，寿