就任那不勒斯总督后，第一需处理的要事是教廷事务。由于法军据守意大利北部，而西班牙军据守南部，因此身在中部的教皇国对于双方势力起到了缓冲作用。第一是切萨雷·波吉亚的去向，贡萨洛不打算把波吉亚交给他的敌人，而是请求将波吉亚遣返西班牙，并予以礼遇。而其弟乔弗雷·波吉亚则成为西班牙与那不勒斯王国封臣，最终获儒略二世许可。同时，确认了教宗对意大利地区问题的仲裁权，并确立威尼斯、法国、西班牙和教皇国四势力瓜分意大利的局面。同时，他出资赞助未来的耶稣会创建人依纳爵·罗耀拉就学。1504年，与法国签订，确立双方在庇里牛斯和