通.下萨克森州的九个海港：布雷克、库克斯港、埃姆登、利尔、诺尔登哈姆、奥尔登堡、巴本堡、施塔德和威廉港共同构成了“下萨克森州港口群”（Seaports of Niedersachsen）。最重要的内河航道：中德运河（Mittellandkanal），威悉河（die Weser），易北河（die Elbe），埃姆斯河（die Ems）。下萨克森州的威廉港是德国水深最深的集装箱港。这座港口尤其适合在中国与欧洲之间航行的超大型集装箱船挂靠。目前，丹麦的马士基航运和瑞士的地中海航运提供威廉港与中国之间的集装箱