该墓为明永历年间所建的郑家宗族之墓，在清康熙三十八年（1699年）时因地处偏远而未与其他大多数明郑时期的郑氏家族与文武官员之墓一起迁回中国大陆，而与藩府二郑公子墓成为仅存于台的郑家之墓。该墓在清朝的方志与文献中并未被记载，直到日治时期方始见于连横的《雅言》一书。二次大战后，该墓于1952年被台南市文献委员会发现并略加整修，1975年再修，而成今貌。1985年8月，藩府曾蔡二姬墓公告为三级古蹟。1997年5月，《文化资产保存法》修法，取消三级分制。藩府曾蔡二姬墓成为「市定古蹟」。201