阿波胜瑞城而撤往赞岐，9月自赞岐虎丸城撤退。同年10月再度入侵阿波国茅ヶ冈城，逼迫细川真之自杀。但赞岐的十河城及虎丸城等亦在天正12年（1584年）6月遭到长宗我部元亲攻陷，存保逃亡至大坂的羽柴秀吉处。天正13年（1585年）6月，由于参加了秀吉的四国征伐，得以讨回旧领赞岐十河3万石。但仅是担任仙石氏的与力大名，此时名为「十河孙六郎」，至于三好本宗家的继承权以及阿波国的领有均不被承认。天正14年（1587年）的九州征伐之际，由于军监仙石秀久错误的作战计划，使十河存保不幸在户次川之战中遭岛津家久部队击