野党立法委员的强烈批评，被指控涉及多宗弊案。2006年6月1日，受台开案陈水扁权力下放影响，辞去总统府副秘书长一职。2006年11月3日，因国务机要费案被起诉。2008年11月4日，因国务机要费案列为被告，并遭到收押。2008年12月9日，最高法院检察署特别侦查组以马永成已经充分说明相关问题，向法院声请撤销羁押；合议庭裁准以新台币五十万元交保，并限制住居（联合报97.12.10）。2009年9月11日，因国务机要费、洗钱、南港展览馆、龙潭购地四大弊案以及追加起诉部分，台北地方法院一审判马永成20年有