一座：汉堡红土赛事、另外三座：印第安维尔斯、迈阿密、辛辛那提)、二座黄金国际赛冠军（鹿特丹、杜拜硬地赛事）和三座国际赛冠军（多哈、哈雷和曼谷硬地赛事）。2006年，费德勒延续前两年的表现，也是他成绩最好的一年，不仅第二次一年内摘下三座大满贯男单锦标（澳网、温网、美网），更是成为了继1969年罗德·拉沃之后，单年同时闯进四大满贯决赛的第一人。虽然纳达尔在红土上保持强势，不过费德勒仍在硬地与草地这两种场地的保有稳固的优势。在澳网第二度进入决赛后，以5–7、7–5、6–0、6–2逆转击败当届黑马马科斯·巴