卡尔·特奥多尔成为巴伐利亚选帝侯，他将自己的据点转移至慕尼黑，随之而来的还有着名的「曼海姆管弦乐团」的卅三名乐手，他们为乐团注入了一剂强心针。1781年，在莫扎特的指挥下，首演了歌剧《依多美尼欧》。19世纪六〇年代，持续履行其宫廷乐团的职责，在汉斯·冯·彪罗的指导之下，完成了瓦格纳《纽伦堡的名歌手》、《特里斯坦与伊索尔德》、《莱茵的黄金》以及《女武神》等作品的世界首演。20世纪初，随着十一月革命的结束，乐团再次易名。今日，巴伐利亚国立管弦乐团属于巴伐利亚国立歌剧院所有，常态的表演场所位于慕尼黑国家剧