所有特定地方交通线在内、共806.1公里长的9条铁路线废止，与新增2条共90.4公里长的新线，以及修改特定路线而减少了3.2公里长的距离，使得总路线长度剩下2,457.7公里（2015年4月1日的统计）。其中包括5条干线共1,327.9公里长，与9条地方交通线共1,129.8公里长。至于唯一的火车渡轮航线青函航路，则是在青函隧道开通之后，于1988年时废止。2000年4月1日时，JR北海道将旗下的公车事业全部转交给子公司「JR北海道巴士」（）营运。2004年12月，JR北海道营运范围内的第一条新干线