为内蒙古自治区文物保护单位。1962年起，金刚座舍利宝塔设有兼职保护员。1977年唿和浩特市文物管理所成立，并对该塔进行了修葺，同时开始建立该塔的资料档案。1982年五塔文物保管所成立，并在塔外树立了保护标志。1988年，金刚座舍利宝塔被单独列为全国重点文物保护单位。2002年，有媒体报道称该塔的墙体出现了多处被游客刻字的痕迹，部分区域遭到反复刻划。自2006年2月底，唿和浩特市政府投资800万元重修慈灯寺，其中包括对金刚座舍利宝塔的复原。该工程与当年3月动工，并于2007年3月完工。