廪生，1904年赴日本早稻田大学专攻法律，1908年毕业归国，1910年担任新疆法政学堂教员，1911年被任命为新疆审判厅厅长，同年审判厅撤销，回到内地参加辛亥革命，先在北洋政府国务院任职，后任总统顾问。
指派新疆.1917年黎元洪任总统，原本分派樊耀南到新疆任阿克苏道道尹，但被杨增新拖延改任为迪化道道尹，其后又任兼任督署军务厅长、外交特派员、俄文法政学校校长等职。1920年，樊耀南开始兼理外交，在《新疆俄文法政专门学校第一届毕业同学录》序中写：“中俄接壤，语文隔阂，因应往来，