办理长期路网后续细节设计的《高雄都会区大众运输系统工程计画长期路网规划作业》专案，并于2005年2月交通部审定。该专案除了修改原本的长期路网外，还增加了高雄县政府规划的路线及可行性研究，并剔除了一些不可行的路线。新增的路线包含凤山线、燕巢线、佛光山线、右昌线，而旗津、中山大学、新国际机场延伸线、大坪顶等延伸线则取消。2005年7月26日，市府公布将临港轻轨与蓝线合併为「环状轻轨」并重新进行综合规划，2008年3月20日综合规划获行政院核定，但随后的BOT一直招商不顺。此外，2007年高雄县政府自行进行了燕巢