中心，事后并透过日本交流协会向中华民国政府抗议海巡署舰艇的喷水行为。内阁官房长官藤村修则对台湾的渔船及海巡署舰艇「侵入」日本领海、和海巡署舰艇向日本公务船喷水一事表达抗议。日方在25日派遣日本交流协会理事长今井正来台湾交涉台日对钓鱼台问题的主张，但中华民国外交部部长杨进添表示拒绝接受日本的抗议。
事后.2012年10月5日，日本外相玄叶光一郎通过日本交流协会向台湾方面发表了讲话，唿吁双方早日恢复钓鱼台周边海域渔业权的协商。