平氏政权诞生。然而平氏政权仅维持二十多年就被另一大武士集团—源氏所取代。1192年，源赖朝在鎌仓创建幕府，日本进入鎌仓时代。在鎌仓幕府时期，日本实质上的政治中心虽然移至鎌仓，京都仍然是最大都市和天皇的居住地。1338年，随着室町幕府的成立，日本进入室町时代，京都也再次成为日本政治的中心。在这一时期，京都的都市空间发生巨大的变化。市区按南北分为上京和下京两个部份，东西方向的二条大路取代朱雀大路成为京都最重要的街道。上京集中包括天皇的居住处等众多贵族的宅邸，而下京则是京都主要的工商业区域。室町时代也是北山文