位总统执政时，皆聘其为总统府资政。1989年7月29日，高玉树意外出席民进党党员大会，公开为雷震案翻案。高玉树指出雷震为了组党，被以匪谍罪判十年徒刑，是件冤枉的事。并说雷震组党被关，其他罪名都是假的。高玉树曾与其好友林穆严律师登记参选1996年中华民国总统选举，但因为连署人数不足而放弃。