为对马国山地多耕地少的缘故，该地区的主要收入亦是来源于对朝鲜的贸易。在此期间，宗氏几度出兵九州，但因为毛利氏、岛津氏、大友氏和龙造寺氏的阻碍未能成功。丰臣秀吉出兵九州岛时，宗氏臣服于丰臣秀吉。万历朝鲜战争期间，宗义智追随小西行长，参与攻打釜山、汉城、平壤的战斗。战后随小西行长参与了与明朝、朝鲜的议和。关原之战中，宗氏支持丰臣氏的西军。江户幕府成立后，以对马国地设立对马府中藩，宗氏成为外样大名。后来，宗氏尽力恢复与朝鲜外交关系的举措得到幕府的认可，接受了十万石的国主格俸禄，特许每三年至江户一次进行参勤