逃亡之后，施明德再度被捕入狱，第二次被判无期徒刑。1980年，美丽岛事件军法大审于台北景美军法看守所（现今台湾人权景美园区）第一法庭举行，施明德从容应对、笑傲法庭，并提出主张「台湾应该独立，而且事实上已经独立三十多年了，现在的名字叫做中华民国。」，「党禁、报禁、戒严令、万年国会是台湾民主化的四大害」。4月18日，依《惩治叛乱条例》第二条第一项判处死刑并褫夺公权终身，罪名成立，原判死刑；但在国际压力下，改判无期徒刑定案。
无限期绝食，要求解除戒严.1983年，陈文成命案发生，