物种.
植物.包含哭泣湖以及水上草原在内的东源湿地一共记录到有329种植物以上，有马兜铃科、芸香科、萝摩科等蝴蝶食草植物以及野姜花、莎草科（掌状莎草等）、桃花心木、四角蔺、紫苏草、菲律宾谷精草、台湾水韭、香蒲、水毛花、水社柳，并且，值得一提的是，东源湿地中的水社柳，是全球水社柳林面积最大的区域之一。
动物.大肚鱼、高体、台湾沼虾、日本沼虾、东台湾赤腹鹰、灰面鵟鹰、鱼鹰、大冠鹫、黄嘴角鸮、盘古蟾蜍、莫氏树蛙、䴙鹈、水蛙、带纹赤蛇、乳指