朝政决于李元胤，袁彭年、刘湘客、丁时魁、金堡、蒙正发五人附之，揽权结党，人称“五虎”。起恒居其间，无所匡正。桂林破，从王奔南宁。永历帝时，擢拔为太仆卿，不久晋为户部侍郎，又升户部尚书，吏部尚书。永历四年（1650年）二月，孙可望在贵州自称秦王，严起恒与吴贞毓皆竭力反对，可望怀恨在心。是年十一月，孙可望派贺九仪带兵五千人，刺杀严起恒和杨鼎和、兵科给事中刘尧珍、吴霖、张载述等五人，投其尸于水，当天吴贞毓出差在外得免。