身是1954年9月14日成立的北京医学院基础医学部，1960年2月改名基础医学系。1985年5月北京医科大学成立后，基础医学系更名为基础医学院。2000年4月，北京大学与北京医科大学合并后，又更名为北京大学基础医学院。基础医学院自1978年恢复招生研究生以来，已招收1659名研究生，其中博士生636人、硕士生1023人。目前有15名博士后在站人员，以及677名在读博士与硕士研究生。
现状.学院现有13个系、2个研究所，以及1个医学实验教学中心。有“生物学”和“基础医学”2个博士