具碱性，甚至伯胺生成的磺酰胺是显弱酸性的。制备对甲苯磺酸酯和对甲苯磺酰酰胺时，反应条件都有碱的参与，其作用是缚酸剂。其中碱的选择对于对甲苯磺酰化非常重要，典型的碱包括：吡啶和三乙胺。另外还有一些不太常用的碱，如催化量的三甲基氯化铵和三乙胺反应生成的三甲胺也是一种高效的碱。在多肽的合成中，氨基酸被一个个添加到肽链上使得肽链延长，对甲苯磺酰氯可被用来保护这些氨基酸的氨基：氨基被保护的氨基酸的羧基可以在脱水剂（如DCCD）的作用下与肽链游离氨基之间脱水，从而形成新的肽键；氨基上的Tos基可以用钠氨还原的