都督南兖、徐、兖、青、冀五州军事、后将军、南兖州刺史。王敬则被杀后，改任都督会稽、东阳、临海、永嘉、新安五郡军事、会稽太守。永元元年（499年），进号安东将军。中兴元年三月乙巳（501年4月14日），萧衍立萧宝融为帝，任命萧宝源为侍中、车骑将军、开府仪同三司，都督、会稽太守如故。萧宝源尚未就任，就于中兴二年三月丁巳（502年4月21日）去世。