左觉义守愚公主持福祥寺序》碑文所记，该寺始建于明朝正统元年（1436年），是武姓太监为明英宗祝寿而舍家宅建设，赐额“福祥寺”，为汉传佛教寺院。弘治九年（1496年）御马监诸珰捐资重修。正德三年（1508年）、万历四十一年（1613年），该寺均曾重修。清朝雍正二年（1724年）平定青海后，噶勒丹锡哷图唿图克图使节来北京朝见清帝，乃购买该寺为驻京行馆，该寺从此改为藏传佛教寺庙，并更名为“弘仁寺”。中华民国时期，该寺住持喇嘛为索达那木扎什。
建筑.1950年代调查得知，该寺“有寺