担任改为国立后的第一任厦门大学校长。时值日本侵略中国，地处沿海的厦门大学受到战火波及。萨本栋带领厦门大学师生西迁闽西长汀，艰苦办学，培养出了众多优秀人才。萨本栋领导下的厦门大学被誉为“加尔各答以东第一大学”，达到了一个空前的高度。1935年赴美担任俄亥俄州立大学客座教授，1945年返国担任中央研究院总干事。国民党六大召开前夕，列入朱家骅与陈立夫联名向蒋介石推荐的98名“最优秀教授党员”之一。他的研究课题主要在于双矢量交流电路分析及真空管性质与效能，1943年提出利用真空管解微分方程的可能性，已触及第一代