国民政府成立，经蒋仙舟推荐，余井塘在中国国民党中央组织部担任秘书，兼任中央党务学校教授，主讲合作经济。后来，余井塘成为CC系的骨干。民国18年（1929年），兼任中央政治学校教务主任，不久当选中国国民党第四届中央执行委员。他还曾任中国合作学社执行委员，国民政府考试院考选委员会委员。民国23年（1934年）10月，余井塘出任江苏省政府委员兼江苏省民政厅厅长。任内推行地方自治及保甲制，提倡禁止销售及吸食鸦片，发动40万民工参与导淮工程。抗日战争爆发后，民国27年（1938年），余井塘任中国国民党中央组织