利亚修士在驻。其原因则是当时肆虐埃及的黑死病。至十六世纪，科普特正教会的埃及僧侣开始进驻修道院，他们替代了之前的叙利亚东方正统教会的僧侣。此后至今，科普特人便主导了该修道院。截止17世纪中期，有关记录已不再显示该修道院有叙利亚僧侣。前亚历山大教宗欣诺达三世便是来自于该修道院的僧侣。叙利亚修道院所藏的手稿因其价值，曾多次被欧洲人盗窃，尽管修道院曾拒绝给予这些人，盗窃行为也未见收敛。这一过程至少持续到1883年。大量珍贵手稿现藏于梵蒂冈、巴黎国立图书馆以及伦敦的大英博物馆。修道院中的主要教堂为至圣童