安加尔岛发生了佩里琉战役和安加尔战役。1945年（昭和20年），日本对南洋群岛的统治以二战日本的战败投降而告终。南洋群岛将由美国托管。几乎所有日本人都被遣返日本，但是一部分与当地土着居民通婚的日本人被允许留在帛琉。帛琉独立后，国会曾经选出日裔帛琉人中村国雄为第一任总统。1994年11月2日，日本和帛琉建立正式外交关系，并于1999年互设大使馆。
经贸往来.日本是帛琉第二大援助国，也是帛琉金枪鱼和鲭鱼的主要出口市场。日本渔船曾经在帛琉近海拥有捕鲸权，2010年6月以后不再捕鲸。