说纷纭，较为普遍的做法是根据物种的侵略性来选择。一个水族箱可同时容纳几种能够共处的非侵略性物种，但具侵略性的，只能与互相制衡的物种共处。一个水族箱内的物种，可能并非源自同一个地区，但所要求的水质条件相若。水族箱内除了有鱼外，还可放入一些无嵴椎动物（如虾、蟹）、水生植物及一些「水族家具」。
淡水水族箱的物种选择.有一些水族箱只饲养单一种品种的鱼，无需放置底物，或只加入植物。这类水族箱通常是用以饲养鳉鱼（Killifish）、卵胎生的鱼类（Live-bearing aquarium