（1265年）时，文宣王庙被重建，并改名为大成殿，而泮池上也被架设了泮池桥。元朝年间，至正十三年（1353年）时棂星门和育才坊建成，天顺四年（1460年）时大成殿、两庑、大成门、明伦堂被全部重建，并在庙南侧修建了一座土山，以隔开南侧一座名为留光寺的佛寺。明朝洪武二十三年（1390年）时，泮池上的桥被改为3座石拱桥。成化十年（1474年），庙内加盖了尊经阁，并于正德四年（1509年）重建了庙前的土山，并命名为应奎山，还在山的周围引水环绕。嘉靖九年（1530年）时，乡贤祠和名宦祠先后开建。嘉靖十九年（1540年