88年，拜为司马，随军讨伐长沙、零陵、桂阳等三郡的周朝、苏马等贼军，立有战功，孙坚表他行都尉。后关东军反董卓，朱治又随孙坚军大破董卓于阳人，进入洛阳，被表行督军校尉，特许将领步骑，往徐州帮助陶谦讨伐黄巾军。 191年，孙坚战死，朱治便辅助孙策，依靠于袁术。后来知道袁术不立政务、品德，便劝孙策返回江东自立。太傅马日磾在寿春，辟朱治为官吏，升为吴郡都尉。当时吴景在丹杨任官，而孙策受命为袁术攻打庐江，刘繇深怕为袁术、孙策所吞併，产生误解、猜疑。但孙策的家人都在州中，于是，朱治派人到曲阿迎接孙策母亲及孙权等幼弟