开始兴起藏传佛教噶玛噶举派，并兴建了一座噶玛噶举派寺院“琼察寺”。直到1950年代末，琼察寺遗址处尚存一座残缺的佛塔。明朝中期，宗喀巴创立的藏传佛教格鲁派在西藏兴起。在华锐（即今天祝藏族自治县）藏区，格鲁派逐步取代噶玛噶举派。清朝顺治四年，青海湟源东科寺第四世东科活佛多居嘉措，应寺院以及华锐莫科、加室、朵仓等部落邀请，来到该寺任寺主，大规模扩建该寺，修建了大经堂等建筑。明朝末年，噶玛噶举派寺院衰落，格鲁派证空高僧丹玛次成嘉措在此地兴建了若干禅房，率弟子学修，称为“禅林”，此即天堂寺的前身。清朝顺治四