改建砖石城后，嘉义县城又历经道光十九（1839年）、二十八年（1848年）与同治元年（1862年）三次地震破坏，直到光绪十五年（1889年）时才由知县包容与仕绅林启等人重修，并在外围广种刺竹，而这也是嘉义县城最后一次的整修。乙未战争时，日军在攻陷彰化县城后于大莆林（今嘉义县大林）一度受挫，但之后便重整兵力，分三路进攻嘉义县城，而在日军砲火之下，城垣受到重创，最后在北门沦陷之后，其他三门也先后被破，攻城战不到半日便宣告结束。之后在明治三十九年（1906年）的大地震与大正元年（1912年）的暴风雨中，嘉义