合并后，继续出任师长一职，并先后当选为三民主义青年团中央干事、中国国民党第六届中央执行委员。1947年率205师前往台湾。不久被调往东北，出任第八兵团副司令、52军军长。同年，当选为第一届国民大会代表。淮海战役爆发后，任首都卫戍副总司令兼江北指挥所（设于滁县）主任。1949年前往香港。同年8月，与黄绍竑、龙云等人通电反蒋。12月回到北京。中华人民共和国成立后，覃异之历任水利部、水利电力部参事室副主任、主任，国防委员会委员等职。此外，他还是第二、三、四、七届全国政协委员，第五、六届全国政协常委，中国国民党