由于日本蟾蜍和猫等外来物种的入侵，函馆山的固有物种面临被捕食的危机。爲了保护函馆山的自然环境，函馆市政府制定了市条例，禁止擅自採取函馆山花草树木。
旅游.御殿山的山顶设有了望台，可在山麓搭乘函馆山缆车或驾车（经过北海道道675号立待岬函馆停车场线。这条道路也被称爲函馆山观光道路。此外还有特定季节运行的巴士。）或步行登山到达。但在4月25日至10月15日期间，自17点至22点的这段时间内，函馆山的道道675号区间禁止私家车通行。同时在这段期间内全天禁止摩托车通行。并且在10月16日开