政府管辖，遭到拒绝。9月17日，国民政府公布了将热河、察哈尔、绥远、青海、西康改为行省的命令。1929年，察哈尔牛羊牧群总管卓特巴扎普任国民政府蒙藏委员会驻北平办事处副处长，察哈尔部明安牧场总管尼冠洲代理察哈尔牛羊牧群总管一职。1934年，他任蒙古地方自治政务委员会委员。1935年11月，中国国民党第五次全国代表大会上，他当选为中国国民党中央候补执行委员。1936年1月，他和吴鹤龄奉蒋介石之命，到张北阻止德穆楚克栋鲁普同日本人合流。1936年1月，他和吴鹤龄、白云梯以及德穆楚克栋鲁普到张北会见卓特巴扎普