根野队在织田军撤退后也并未追击。虽然与织田军作战屡立军功，但信长的势力渐渐凌驾齐藤，永禄10年（1567年）的稻叶山城之战后，战国大名齐藤氏灭亡，与兄长弘就沦为浪人。
流浪.齐藤氏灭亡后，与兄长弘就的动向一致，前往远江国的今川氏真处仕官，永禄12年（1569年）1月12日，守备天王山抵抗德川家康的入侵。同月18日进攻德川方的金丸山砦，造成久野宗信及小笠原氏兴败走。然而，今川之后也不敌德川，挂川城终究降伏、落城。再次成为浪人的日根野兄弟前往近江国，与今井秀形、岛秀安等人于近江