七年（1782年）接替刘亨基，于台湾两度担任台湾府台湾县知县。管辖约今台湾南部之嘉义县、嘉义市、台南县、市全境及高雄县部份区域。该区域面积约为4500平方公里，也是清治时期台湾岛之汉人集中地所在。干隆四十八年（1783年）转任台湾府淡水抚民同知，为北台湾父母官。干隆五十一年（1786年）与林爽文势力的大将王作，转战今苗栗县后龙镇、造桥乡一带，兵败，不久王作攻陷竹堑城（今新竹市），程峻在城外的柯仔湖一带（今新竹县竹东镇柯湖里一带）自杀殉职。