，重新起用为兵部侍郎，以母病为由请归。不久被起复委用，督顺天学政，又调江苏。任满回京，调职到吏部，又督江西学政。沈初以文学才能而受重用，历任四库全书馆、三通馆副总裁，曾续编《石渠宝笈》、《秘殿珠林》，校勘《太学石经》等。嘉庆元年（1796年），参加千叟宴。擢为左都御史，授军机大臣，又迁为兵部尚书，历官吏部和户部。嘉庆四年（1799年），因年老，不再处理核心事物，充任实录馆副总裁。不久卒，谥文恪，祀贤良祠。着有《西清笔记》、《兰韵堂集》。