三十年战争极大地破坏了几个分支间的关系。许多持异见者被流放到其他国家。 巴登在战争期间也遭受了严重的破坏。1648年签订的的威斯特伐利亚条约恢复所有家族分支的统治，同时保证了信仰的自由。随着战争的结束，分支间强烈的对立情绪开始消退。在“太阳王”法国国王路易十四发动的战争下，两个藩侯国均受到了法国军队的蹂躏。 神圣罗马帝国军队则在巴登-巴登藩侯“土耳其的”路德维希·威廉(1677年-1707年统治)的指挥下抗击法国。
重新统一.1771年，最后一任巴登-巴登藩侯奥古斯都·格奥尔格去世