有与之连锁遗传的基因。对于隐性遗传的有害基因，作用被种群瓶颈加强，使遗传多样性进一步降低。此外，如果种群大小受到持续压制，在漂变作用下，等位基因频率的上下浮动将在随后的若干代中使得部分等位基因逐渐丢失。在种群瓶颈之后，遗传多样性可能会大幅降低，先前基因库中的适应性变异也可能消失。 因为应对环境压力需要足够的基因多样性作为选择的基础，多样性的丧失将使存活下来的种群对新的选择压力，包括疾病、气候变化、食物来源变化等，缺乏抵抗能力。近期就有许多已知的种群瓶颈案例。一个例子是传统上分布于东亚的朱鹮。1981