起昂贵的远征成为了重要的议题。直隶总督李鸿章为首的一派力主加强海防，以应对未来的日本入侵；陕甘总督左宗棠为首的一派则主张加强边境防御，以应对俄国入侵。最终，清政府在东南沿海，设立福建台湾省巩固领土并发展海军；在西北内地，清政府收复新疆，驱除阿古柏势力，与沙俄斡旋解决伊犁危机，并建立甘肃新疆省加强管制。自1930年代日本入侵中国以来，晚清海防与塞防之争进入学界视野，并被演绎成为不同的抗战主张；后学界对之产生了淮系与湘系利益之争、爱国与卖国之争等不同的见解。对晚清海防议的争论至今仍会被中国的战略选择之相关争