逃往上海。到上海后，他任宝山县长，参加二次革命，协助居正防守吴淞炮台，后又调任讨袁军总司令部总参议兼财政主任。二次革命失败后，梁钟汉到日本见孙中山，参加中华革命党，任中华革命党湖北西路总司令，回到湖北起兵讨袁。途经上海时，他被袁军的密探诱捕，关押在上海法租界巡捕房的芦家湾监狱。经孙中山营救，他未被引渡给北洋政府方面。此后三年他一直在法租界狱中，直到1916年6月袁世凯逝世，才获得保释出狱。此后他居住在上海。时任中华民国大总统黎元洪聘请梁钟汉为总统府参议兼湖北省政府参议。梁钟汉拒绝了该任命，南下广州任孙中