同治四年（1865年），定居金陵。八年冬，湖北巡抚何璟及学使张之洞在武昌创建文昌书院。同治九年（1870年），任扬州书局主校刊。春到武昌，谢绝了担任文昌书院主讲的相邀。返回金陵后，得知长子彝孙已于半月前病故，年仅28。致使精神上受到极大的打击。同治十年（1871年），至扬州、兴化寻找文宗、文汇两阁被焚后散失的图书，秋突感风寒，高烧不退，九月十四日末时卒于舟中，年六十一岁。逝后灵枢暂停金陵莫愁湖畔，曾国藩等友人亲到灵前祭奠。次年春，弟祥芝辞去江宁县令，偕侄儿绳孙扶枢亲送到遵义青山归葬。Secti