被紫色色桿菌感染的个案很小，故并未有就不同治疗的临床测试。能有效治疗紫色色桿菌感染的抗生素有培氟沙星、环丙沙星、阿米卡星及磺胺甲基异恶唑。其他有效的静脉注射抗生素有氯霉素及四环霉素。理论上，紫色色桿菌感染对青霉素、头孢菌素或氨曲南没有反应，不过当中一些碳青霉烯如美罗培南或亚安培南则可能有效。