在郡打击不法豪强。诛讨大姓马适匡等。盗贼平定，吏民敬畏，不敢为非。数年后，迁扬州牧，教百姓耕田、植树、治家。为官十余年，犯法贬任积长。建武十年（34年），刘秀平定了西北地方势力隗嚣后，鉴于陇右多有骚动，法难施行，于是拜樊晔为天水郡太守。为政严勐，崇尚法家申不害、韩非，立断善恶。有犯他禁令的人，都不能活着出狱，官吏百姓和羌胡都害怕他。路不拾遗。行旅到了夜里，聚衣装放在道傍，说“交给樊公了”。凉州为他作歌：“游子常苦贫，力子天所富。宁见乳虎穴，不入冀府寺。大笑期必死，忿怒或见置。嗟我樊府君，安可再遭值！”为