雄当选台湾人权促进会会长。2000年，陈水扁当选总统。由于陈水扁竞选期间接受黄文雄的建议，在首次就职演说中列入有关人权政策与人权立法之文字，黄文雄辞去台湾人权促进会执行委员之职，接受了陈水扁的邀请担任总统府国策顾问。陈水扁后来并请黄文雄担任外交部无任所大使、总统府人权谘询小组委员，继续为台湾及其他各国的人权运动奋斗。但是黄文雄发现，陈水扁政府没有积极推动人权政策，导致一些人权法案被「卡」在立法院；尤其是行政院与内政部提出「全民指纹建档」一案，明显侵犯民众隐私权，甚至在无形之中预设全体台湾人民都是「预谋犯