刀》上的一项研究发现，直冲式马桶每次冲水后，马桶里的微生物浓度会下降99%，空气中的生物气溶胶下降50-60%；但虹吸式马桶冲水后产生的气溶胶只有同排量的直冲式马桶的1/14。2012年，英国PP利兹大学]]的研究者把一些冲兑了人体肠道常见细菌——艰难梭菌的粪便悬浮液倒入马桶，在马桶开盖冲水后，马桶上方25厘米的距离都可检测到细菌，细菌可漂浮多达1个半小时；如果盖着马桶盖冲，那么细菌气溶胶量只有开盖的1/12。因此盖上马桶盖冲很有用。多次冲水，马桶也不会完全干净，一些病毒，比如常伴大肠杆菌的MS2噬