武帝想将散骑常侍的选任标准提高，遂下诏要求「简授时良，永置清辙」，吏部尚书颜竣就推举了孔觊及王景文出任此职。孔觊又兼领本州大中正。大明元年（457年），孔觊调任太子中庶子，领翊军校尉。后又历祕书监、廷尉卿及御史中丞。大明六年（462年），转任寻阳王刘子房的冠军长史，加宁朔将军，行淮南、宣城二郡事。同年又改为安陆王刘子绥的冠军长史、江夏内史，后又随府转为后军长史。大明八年（464年），孔觊受召为司徒左长史。永光元年（465年）转江夏王刘义恭的太宰长史，同年又外镇会稽郡，为寻阳王刘子房的右军长史，加辅国将军