至日治初期，水磜子地区为一街庄，称为「水磜仔庄」，隶属于竹北一堡。该庄西北及北与大坜庄为邻，东北一小段与树杞林街为界，东与上公馆庄为邻，东南边为大湖庄为邻，西南边及西边为北埔庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「水磜子」大字，隶属于新竹州竹东郡北埔庄，大字下有「水磜子」、「麻布树排」、「面盆寮」小字名。战后北埔庄改制为北埔乡，