1947年协和医院恢复，1948年4月曾宪九回院任外科主治医师、讲师。1949年晋升副教授，1953年晋升教授。1956年，接替吴英恺出任外科主任。首都医院外科主任、教授。在文化大革命期间，曾宪九被红卫兵打成「反动学术权威」。1985年5月30日病逝于北京市，享年70岁。
贡献.1950年代，曾宪九发现当时通用的肠侧侧吻合术违反生理规律，提出了解决肠侧侧吻合综合征的治疗方法，并已在临床推广应用。1970年代他对法国学者在100年前首倡并一直沿用的提出了改进的方法，防止了手术后的併发