纪因喀喇汗国征服传入该地区以后，逐渐成为当地的主要宗教。十六世纪后传入吐鲁番、哈密地区。天主教和基督新教在近代传入新疆。现在新疆的宗教以伊斯兰教为主，少数人口信仰佛教、基督新教、天主教、东正教、道教和萨满教等。维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔塔尔族、乌孜别克族、东乡族、撒拉族和保安族全民信仰伊斯兰教逊尼派，而塔吉克族和艾努人则全民信仰伊斯兰教什叶派。现在新疆的佛教主要为藏传佛教，信徒由当地的蒙古族、满族、钖伯族、图瓦人和部分汉族为组成。而新疆的基督新教、天主教、汉传佛教和道教的信徒以汉族人为主。