989年8月辞去北京大学校长职位。1989年至1996年，任民盟中央副主席，国务院学位委员会委员，中国教育国际交流协会副会长，欧美同学会常务副会长，国家自然科学基金委员会数学评审组副组长。1996年至1998年，任民盟中央主席。1998年任全国人大常委会副委员长，民盟中央主席，欧美同学会理事会会长。2003年3月，在第十届全国人大一次会议上当选全国人大常委会副委员长。2005年12月，在民盟九届四中全会上，丁石孙辞去了民盟中央主席的职务；同时被推举为民盟中央名誉主席。2019年10月12日1