目前正在兴建中的北海道新干线预计会通过长万部车站，并计画将此站列入停车车站之一。在1987年废线之前，行驶于濑棚线上的列车也会自国缝车站（濑棚线与函馆本线的交会点）处继续延伸路线到长万部车站处，以便利旅客接驳。长万部车站全站都位于地面上，由于是函馆本线与室兰本线的分歧点，长万部车站内设置有两座岛式月台共四条乘车线以符合转运需求。自最靠近车站站体方面起依序是第一、二、三与四号月台，其中驶往函馆方向的快车或特急列车使用一号月台，驶往札幌方向的则使用二号月台。至于普通的列车除了使用三号与四号月台外，偶