1990年代，嘉鲁达印尼航空接连遭受重创。1996年，嘉鲁达印尼航空865号班机在日本福冈坠毁，次年在印尼国内又发生棉兰空难。1998年的亚洲金融风暴也严重冲击了印尼和嘉鲁达，并停飞了所有欧美各国的亏损严重航线。但是鑑于历史传统，不久恢复飞往荷兰首都阿姆斯特丹。此后数年接踵而至的九一一袭击事件、峇里岛爆炸案、SARS事件、2004年印度洋大海啸又令公司业绩雪上加霜。当年印尼旅游业一片萧条，公司客源衰减，然而嘉鲁达依然对年代中期经济恢复充满希望，并引入空中巴士A330。2001年，嘉鲁达印尼航空成立旗下一