行政公署各行政区改为乡镇，成立三镇三乡，但地方行政的决策与指挥监督由陆军金门防卫司令部下设「政务委员会」负责，以军领政。民国43年（1954年）6月，莆田县乌坵地区设乡，指定由金门县代管，此时金门县共辖有金城镇、金沙镇、金宁乡、金湖乡、金山乡、烈屿乡、乌坵乡等二镇五乡。民国48年（1959年）增设金琼乡，并改金湖为镇。民国54年（1965年）9月，撤置金山乡及金琼乡。民国45年（1956年）7月，因为金马地区实施战地军政指挥，福建省政府虚级化并迁至台湾省台北县新店镇（今新北市新店区）办公。民国47年