明郑时期汉人移民进入此区开垦，见嘉南平原矮树参差，故取名为长短树，二则为由此地原名「长苑树庄」而来。初期来自华南的垦民，溯八掌溪来到顶长短树庄开垦，在移民增加后在西南方辟建了新的聚落，而原聚落因在北而称之为顶长短树庄，新聚落则称为下长短树庄。在明郑时期后壁区多数部落地区已有汉人入台开垦，长短树庄当然亦不例外，依据诸罗县志内容记载：在下加苳西南「康熙三十六年，庄民合筑长短树陂」，由此可知开发时期甚早，长短树庄在清初时其聚落发展已经臻成熟，故能集庄民之力共同筑埤以共同解决农业用水问题。。Section:::