体制下的运作使得许多民众因而受害。再加上案件的审理皆由军法机关审理(第10条：犯本条例之罪者，军人由军事机关审判，非军人由司法机关审判，其在戒严区域犯之者，不论身分概由军事机关审判之)，使得涉案的一般平民并无法取得《中华民国宪法》所赋予的司法体系下应有之人权保障。《惩治叛乱条例》实施的结果，造成从1950年代开始台湾警备总司令部便以戒严时期为理由，以该法与《戡乱时期检肃匪谍条例》等法律为法源，在扩充解释犯罪构成要件后纵容情治单位机关网罗所有人民的政治活动并加以限制。其中包括支持言论自由、支持组织反对党、