标示等皆以京王为标准，但站内的内装大致与其他都营新宿线的车站类似。京王新线与东京都交通局（都营地下铁）新宿线共用站体和月台，而且互相直通运行。都营地下铁一侧纯粹以「新宿站」标示，而为了与东京都交通局直辖的大江户线车站区别则以「新宿线新宿站」表记。都营的车站编号是S 01、与京王的京王线新宿站共通的KO01。
车站zh-cn:结构; zh-hk:结构; zh-tw:构造.大厅位于甲州街道下，从京王新线口经可至新宿站西口与中央西口，另有电梯与楼梯通往新宿站南口。本站为岛式