商业的捕猎，在欧洲国家则被禁止。但是每年依然会有4000多头港湾鼠海豚会成为副捕获物。由于它们无法从网中自己解放出来，因此会被窒息。
环境污染.今天对港湾鼠海豚最大的威胁来自于海洋的环境污染，尤其重金属如汞、铅或镉会在鲸的肌肉和肝脏里堆积起来。能够溶于油中的环境毒质如多氯联苯和滴滴涕会聚集在脂肪中。焦油和油层会导致皮肤坏死，与其它毒质一起它们进一步削弱港湾鼠海豚，其结果是生病和严重受寄生虫侵袭的动物数量增加。浓度在70以上的多氯联苯会导致海豹和鲸的不育。这个浓度已经在许多港湾鼠海豚