洲地衣》，一方面于1831年终于完成了他的代表作《真菌系统》。在这部着作中，他力主通过孢子的大小、颜色和形态来对真菌进行分类，并用林奈创立的双名法系统进行命名。这一分类法一直沿用至今。1832年至1834年的夏天和秋日，弗里斯几乎每天都会散步到林中观察担子菌门的真菌，冬春两季则使用当时已经有很大改进的显微镜观察盘菌亚门真菌的孢子形态，这一段的研究成果从1836年开始以《真菌系统评论》()为名出版，作为《真菌系统》一书的分类系统补充，由于不断搜集到新的材料，到1838年才算告一段落。