中国战区的一体性，要求中国远征军依然由中国战区指挥，以方便调度。英国运往东南亚战区的运输机上会特别标示「SNAKE」，以防止该物资被调度到其他战区。二战末期，英国第14集团军成功击退日军重新佔领缅甸，准备挥师东进收复马来亚时，日军却已经因为两颗原子弹轰炸而投降。
二战后.二战结束后司令部把重点从作战行动转移到恢复殖民地军政府，以及日军战俘的遣返。东南亚战区的辖地在战后进行调整，法属印度支那跟婆罗洲被纳入，其中大部分地区已经被澳大利亚部队跟西南太平洋司令部佔领。如此使情势