官立中学及私立中学三种，前者一般由非牟利团体开办，政府津贴；后两者分别为政府开办及私人营运。南屯门官立中学是由政府创立，因此故名「官立」。又因为屯门当时已有一所历史较悠久之官立中学——屯门官立中学（位于屯门市中心置乐花园一带），故以地理位置（屯门码头位于屯门西南部）冠名「南屯门官立中学」。据该校教职员所述，该校称唿为「南屯门官立中学」，源于余道生家族认为屯门偏远，乃郊外地区，若仍以「余道生纪念中学」作校名，会有损其家族声名；故不接受政府仍以其家族名字为新校舍命名，遂改名为「南屯门官立中学」。