996年，甫连任总统成功的李登辉宣布召开国家发展会议（简称国发会），邀请朝野各界共商国家的未来发展，而省制的废除与否，则成为会中最受各界瞩目的议题。经过朝野不断的争论，国发会最终共同做成了省制精简化的决议。1998年，朝野依照国发会的共识，合作透过立法院修改《中华民国宪法增修条文》部分内容，并制定《》以取代原有的《》。在这次的修法中，省制遭到虚级化，其原本拥有的「地方自治团体」地位遭到移除，无法施行地方自治。这也造成省政机关的重大变革：省政府仍具有公法人身分，但成为行政院的派出机关，政策制定与人事任命权