文阿这副狼狈相，怒气顿消，笑着说：“你这个腐儒，还能干出什么事来！”于是把他赦免了。永定三年（559年），陈霸先驾崩，沈文阿就大行皇帝灵座衣服之制与徐陵、刘师知议论。陈文帝即位，派遣尚书右丞庾持派博士议论谒庙之礼，最后按照沈文阿的意见进行谒庙。转任通直散骑常侍，兼国子博士，领羽林监。在东宫为皇太子陈伯宗讲《孝经》《论语》。天嘉四年（563年）去世。享年六十一岁。追赠廷尉卿。编着《仪礼》八十余卷，《经典大义》十八卷，当时通行。另有《春秋·礼记·孝经·论语义记》七十余卷。书皆亡佚。清代马国翰《玉函山房辑佚书