在第二次世界大战中，黑海舰队主动对德国及其盟国作战，除海战外，黑海舰队的士兵也被用作陆军。战后还短期使用飞艇扫雷。1941年6月22日3时15分，德军飞机对黑海舰队的塞瓦斯托波尔、敖德萨和伊兹梅尔实施了第一次空袭，苏德战争爆发。舰队航空兵对罗马尼亚的苏利纳、康斯坦察、普洛耶什蒂炼油中心报复空袭。1941年6月25日早晨5时，参与对康斯坦察炮击时，被德军280毫米铁道炮击伤并触雷沉没，舰长图霍夫海军大尉在内的70名军官水兵被俘。1941年8月18日，德军占领尼古拉耶夫，缴获了马蒂造船厂船坞建造中的苏联级