结构非常复杂及有很多不明的地方。与HFE遗传性血色病有关的就是6号染色体的HFE基因，它编码了帮助控制铁质吸收的蛋白质。HFE基因有两个共同等位基因：C282Y及H63D。任何一个等位基因的杂合子都不会出现临床的铁超载，但却会有铁质上升的情况。HFE基因突变会造成90%的非输血性铁超载。这个基因是与人类白细胞抗原HLA-A3紧密链接的。纯合型C282Y突变是最普遍出现临床铁质积聚的基因型，而杂合型C282Y/H63D突变则已确定是铁超载的成因。大部份男性C282Y纯合子会出现肝脏功能不全，包括出现肝脏酵素上