学本乡校区在本乡通侧的一个大门，原为加贺藩的御守殿门，「赤门」为御守殿门的俗称，此乃因为御守殿门皆漆为朱红色之故。依古代日本习俗，御守殿门一旦受灾损毁便不能重建，而东京大学的赤门是唯一留存下来的御守殿门，已有百年以上的历史，殊为难得，因此曾被日本政府列为国宝，现则指定为重要文化财。赤门也是东京大学的代表性象征之一，后被假借为东京大学的代称，也因而常被误以为是东京大学的正门，但其实东京大学的正门另在不远处。
历史.东京大学的赤门建于文政十年（1827年），为加贺藩第13代藩主前田齐泰