（1832年），施将军庙加祀赴台弭平「张丙之乱」而殉职的海坛镇标兵杨高陞和澎湖水师高清河等入祠，从此改称「施公祠」。1895年（光绪21年、明治28年）台湾进入日本帝国统治时期；统治者因政治因素考量，刻意提高郑成功的地位（母亲是日本人）。施琅曾做为郑成功手下，却涉叛郑降清之举被扩大宣染，一代靖海侯的威名转趋负面，连带影响施公祠香火沉寂下来。以至于大正三年（1914年）因应澎湖病院兴建，将施公祠搬迁至海坛馆的伙房处（即今址，位于天后宫东侧、中央老街入口处），格局侷促而偏狭，令人难以遥想施公祠于清季香客八方