代表团」于2004年9月1日签订了《台韩空运协定》，允许双方的飞机进入对方领空。这一协议不仅重新开通了中华民国与韩国之间的直航，还使得从韩国到东南亚的航线可以直接过境台北飞航情报区，而不需要绕道中华人民共和国或者菲律宾。当时的分析家估计，这可以让韩国的航空公司在燃油以及其它费用上节省330亿韩圆（折合当时的2,900万美元）。2005年双方往来人数约54万人次，已恢复到断交前的高峰。在2014年首度突破100万，达到115万人次。至2017年更来到约194万人次。双边有航班来往的城市如下（截至201