内没有机场，从彦根市要利用航空交通只能借由位于1小时40分车程外的大坂国际机场，或是2小时车程外的中部国际机场、2.5小时车程外的关西国际机场。铁路有西日本旅客铁道东海道本线以南北向贯穿整个辖区，同时近江铁道本线也通过北部的主要市区，并有可往东接往多贺町；东海道新干线虽然也从市区东侧通过，虽然新干线并未在辖内设置车站，但自彦根车站往北被经东海道本线至米原市内的米原车站仅需五分钟，因此在彦根市仍可非常便利的利用新干线。在近江铁道中的车站中，有两个车站是由当地企业工厂出资设立，包括位于北部宫田町地区由富