东正教于十九世纪由日本的圣尼古拉（教名伊凡·德米特里耶维奇·卡萨德金）带入日本。1861年，他被俄罗斯正教会派往北海道函馆在俄罗斯领事馆的小礼拜堂中担任神父。最早在1864年，有三位日本人改宗东正教，（虽然还有更早就在俄罗斯就已皈依的。）尼古拉在日俄战争期间仍留在日本传教，并被任命为日本正教会主教。1863年左右，他将教会本部迁移至东京。至1868年，日本正教会已有逾一万名信徒。1891年，尼古拉在东京神田建立了教堂，并在那里度过了他的余生。圣尼古拉还将新约全书及其他基督宗教着作翻译为日文。早期的