妻子不知其名，可能是他的长女克丽奥佩脱拉六世，她也生了三个孩子，分别为阿尔西诺伊四世、托勒密十三世和托勒密十四世。
第一次在位（前80年–前58年）.前80年，托勒密十一世杀了他的共治者兼继母贝勒尼基三世之后，暴怒的人民推翻托勒密十一世，并杀了国王。因为托勒密十一世逝世且他身后没有留下男性继位者，托勒密王朝的血脉仅剩托勒密九世的两名私生子，即托勒密九世的希腊妾室所生，其中一名即后来的托勒密十二世。当时他被王国所驱逐，正居于本都王国米特里达梯六世的宫廷内，于是他从本都的钖诺普返回国内