本以为廷麟亦死，及闻廷麟正好奉使在外，怅恨久之，再贬到江西。李自成陷北京，廷麟闻之恸哭，募兵勤王。复知福王被拥立乃止。唐王时授以兵部尚书，协同守将万元吉据赣州（忠诚府）。隆武二年（清顺治三年，1646年）四月十四日清兵攻赣州，廷麟死守半年，五月，部将张安在城东梅林与清军激战失败，六月，广东兵支援赣州。十月初三日，清军副将高进库、冯君瑞攻南门，副将刘伯禄、贾熊、白元裔、何鸣陛攻东门，副将徐启仁、杨武烈、崔国祥攻西门，副将李士元等攻龟尾。至四日深夜，清军登城拆垛，蜂拥入城，城陴和巷战死者如麻，黎明，清军佔领