任新四军第七师兼皖江军区副司令员，指挥南义战斗。同年到中共中央华中局党校和延安中央党校学习。1945年，傅秋涛出席中共七大。
第二次国共内战时期.抗日战争结束后，傅秋涛任鲁南军区政治委员。1948年7月，任鲁中南军区司令员、华东野战军鲁中南纵队司令员兼政治委员。1948年9月，兼任华东支前委员会主任、支前司令部司令员，负责淮海战役中的支前工作。12月，任徐州特别市军事管制委员会主任兼中共徐州市委员会书记。1949年2月，任中共中央山东分局第一副书记、山东军区副政治委员，华东运输司令