药丸自显流，兄弟二人以善于使用枪术而知名。文久二年（1862年）跟随岛津久光上京，在寺田屋事件中担任镇抚使。在同年生麦事件中，有传闻称斩杀英国商人查理·理查德森的不是兄长奈良原喜左卫门，而是奈良原繁。翌年的八月十八日政变中同高崎正风等人暗中活跃，成功将长州藩的势力驱逐出京都。在萨英战争中，兄长喜左卫门参加了战斗，奈良原繁自己没有参加。奈良原繁反对西乡隆盛讨幕路线，明治2年（1869年）2月戊辰战争期间回到萨摩藩，同下级藩士发起藩政改革。明治4年（1871年）12月，作为沖绳特使前往鹿儿岛县任职。明治7年