文育进军离开吴兴郡，沈恪的部队亦到达，屯驻郡南。杜龛获平定，陈蒨袭击东扬州刺史张彪，任命沈恪监督吴兴郡。太平元年（556年），他除授宣勐将军、交州刺史，同年迁转为永嘉太守，但未拜任就下令他再次监督吴兴郡。他从吴兴入朝，适逢陈霸先准备受禅，于是派中书舍人刘师知带领他勒兵入宫，好像在别宫保卫梁敬帝。沈恪推门入见陈霸先，叩头推辞：「沈恪曾经侍奉萧家，今日不忍看到这样的事，我愿意受死，不会遵奉命令。」陈霸先嘉许他的志向，不再逼他，任用盪主王僧志取代。陈霸先建立南陈，他担任吴兴太守；永定二年（558年）转到会稽郡