团队还想创作深入角色发展并可以理解的故事；这促成了“即时事件”的创作。游戏剧本由坂口博信编写。他在1998年7月左右开始前期策划。总监伊藤裕之提议主人公吉坦喜欢调情女性。在游戏的概念阶段时，开发者明言作品未必会命名为《最终幻想IX》，因为打破《最终幻想VII》和《最终幻想VIII》的写实主义可能会疏离受众。爱好者因此推测游戏可能会作为本传的外传发行。但到1999年下半年，史克威尔确认游戏确实会以《最终幻想IX》名义发售，而到2000年早期时游戏基本完工。开发者数度调整游戏，如结局修改了7次。总监伊藤设计