度公司在这些地方的获利主要是配送给全公司的股东，其次则用于基督新教传教、回馈当地人的文教发展与当地的基础建设。当时在台湾经营贸易的国家除了荷兰，尚有日本人，鑑于日本人的商业竞争，荷兰台湾长官遂对日本商人课征十分之一的关税，引起双方不满，甚至发生滨田弥兵卫事件，1628年两方终止贸易，经过荷兰方面道歉，又交出得罪日本人的彼得·奴易兹到日本监禁，1632年才又恢复贸易，但日本在不久之后进入日本锁国时代。除此之外，因为荷日两方政府对于其所有领地都有司法权执行的权力，为此两方也发生过冲突。荷兰东印度公司佔领