东印度公司也一度在台设立商馆，但经营并不理想。此外，郑氏政权也有计划的在台湾植入汉文化，郑经在陈永华的建议下，于1665年在台南建先师圣庙，设国子监，是为汉文化的「全台首学」。沈光文则成立了台湾最早的诗社「东吟社」。1669年郑经以比照李氏朝鲜事例、世守台湾、称臣朝贡等条件和大清谈判，因大清坚持郑氏须剃发易服，谈判破局。1674年耿精忠、尚可喜、吴三桂等发动三藩之乱。郑经率兵响应，渡海攻打大清治下的福建与广东，夺下泉、漳、汀、潮、惠数州府。1680年，郑经海战失利，弃守闽粤，撤兵回台。翌年，郑经去世，郑