结构下的总统制和地方分权制，联邦的立法权同时属于政府和国会。科摩罗总统同时是国家元首和政府首脑，宪法赋予三岛的每一个都有自己的总统处理岛内事务。总统任期为5年，最多可担任两届。前，宪法规定总统由三岛轮流出任，这次公投废除了这条规定。科摩罗议会为一院制，议会有33个席位，其中18个属于联邦，其余15个分属于三岛。科摩罗最高法院由八位法官组成，其中两位由总统任命，两位由联邦议院选举，三位由每个岛的议会各选举一位，最后一位由前总统担任。
行政区划.葛摩联盟原由大葛摩岛、昂儒昂