就此事寻求中央研究院院长蔡元培和总干事丁文江的意见，两人主张将研究所设在青岛。1935年4月，海洋学组中国分会在南京中央研究院举行成立大会，拟在厦门、定海、青岛、烟台分别设立海洋生物研究所，其中青岛海滨生物研究所由青岛观象台和国立山东大学共同主持。蔡元培和丁文江因此以私人及海洋组中国分会的名义为此筹集经费，经过一年，自国防资源委员会、青岛市政府、国立山东大学、胶济铁路局共筹得3800元年度研究经费。太平洋科学协会海洋学组后函请青岛观象台台长蒋丙然代为筹备。筹建大楼期间曾出现经费不足（预算15000元