3月俄国在波兰的驻军和大使发现华沙的革命组织，并开始逮捕着名波兰政治家和司令。科希丘什科被迫提前起义，并在1794年3月15日他动身回到克拉科夫。
起义.在起义中，科希丘什科成为对抗俄罗斯驻军的所有波兰立陶宛军队的总司令。他在华沙起义的胜利后，于5月7日发表了着名的波瓦涅茨宣言。在拉茨瓦维茨战役之后的几场胜仗后，他在马切约维奇战役中负伤，被俄军俘虏，俄军将他带到圣彼得堡奥尔洛夫亲王的马尔波宫软禁。起义在华沙围攻战后宣布结束。
晚年.在1796年沙皇保罗一世