罪状，并将领地全部没收。但由于自先代以来的功劳，另外赐与出羽国内由利郡的5万5000石。但正纯却婉拒了这5万5000石，此举更加激怒了秀忠，使本多家最终遭到改易，正纯被佐竹义宣囚禁后流放出羽国横手，仅以幕府施舍的1000石维生。此事其实是由秀忠宠臣土井利胜一手策划，加上秀忠之姐加纳御前（龟姫）经常向秀忠诉说正纯是非。加纳殿是当正纯受封宇都宫时反而遭到转封往下总古河的奥平忠昌之祖母，其女儿则是因正信、正纯阴谋失势的大久保忠邻之子大久保忠常正室，因此她对正纯的憎恶是显而易见的。失势的正纯曾在幽禁处上野台