北方的郑主郑柞派郑根为水军元帅、黎宪为步军统率，发数万大军南侵阮氏。阮福淳被贤主任命元帅，与阮有镒、阮美德据守各处，抗击郑军。郑军久无功，加上郑根行至江病重，郑柞便令黎宪镇守乂安、黎仕澈为河中都督，守各处要道，然后撤兵回昇龙。至此郑阮纷争告一段落。德元二年六月十五（1675年8月6日），阮福淳因天花逝世。追赠明义宣力功臣、开府辅国上将军、锦衣卫左军都督府掌府事、少尉协郡公，谥全节，在云梯社立祠。嘉隆四年（1805年）列在开国功臣上等，荫其子孙一人世袭队长，附祀太庙。明命十二年（1831年）追赠开国尊臣