纳逃往哈萨克汗国，受到右部哈萨克汗阿布赉庇护。不久，西征清军主力撤回内地。清军将领指挥失当，多次追击阿睦尔撒纳不得，使准噶尔各部落产生轻视之心。十二月，受干隆帝册封的噶勒藏多尔济、巴雅尔举兵反叛，攻陷迪化。驻扎伊犁的定边右副将军兆惠率少量清兵东撤，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌围困。兆惠夜间率军突围，苦战后退至迪化，得知迪化已经失陷，继续向东撤退。途中遇雅尔哈善派出的援军，于次年二月退回巴里坤。干隆二十二年（1757年），阿布赉与阿睦尔撒纳反目相攻，阿布赉归降清廷，称臣纳贡。六月，阿睦尔撒纳逃