菌这个名词最初由德国科学家埃伦伯格在1828年提出，原文「"bacteria"」一词是新拉丁语，为「""」的复数格。是由希腊文（"bakterion"）拉丁化而来。意为“小棍子”，因为一开始发现的细菌是桿状的。1866年，德国动物学家海克尔建议使用“原生生物”，包括所有单细胞生物（细菌、藻类、真菌和原生动物）。1878年，法国外科医生塞迪悦（Charles Emmanuel Sedillot，1804-1883）提出“微生物”来描述细菌细胞或者更普遍的用来指微小生物体。因为细菌是单细胞微生物，用肉