其行政中心「热兰遮城」（今安平古堡），以此作为统治中心，为增加米、糖等农作物产量，开始招募中国福建沿海一带及澎湖的居民迁往台湾开垦，其中许多人定居于台湾。1626年至1642年，台湾北部也曾经为西班牙佔领，西班牙人在台湾北部的鸡笼（今基隆）与社寮岛（今和平岛）筑城，并称之为「圣救主城」（即圣萨尔瓦多城）。之后又佔领蛤仔难（今宜兰），并在沪尾（今淡水）兴建「圣多明哥城」（今红毛城原址附近）。后来荷兰人与西班牙人在东亚展开竞争，荷兰东印度公司散播西班牙企图颠覆江户幕府的阴谋，使日本决定在对外贸易上执行锁国，