瑞典对古斯塔夫·特罗雷的处置不符合罗马公宗的《教会法》，命令将特罗雷予以复职。因此国王便与罗马教廷决裂，自行指派马格努斯担任。但不久后，国王希望瑞典教会能更加自主以便摆脱罗马教廷，然而马格努斯明确表示不赞同路德的训诲，因此国王于1526年8月命令他远赴俄罗斯出任外交官。尔后于1531年，国王指派接受路德训诲的奥劳斯·彼得里之兄长，劳伦丘斯·彼得里（内瑞修斯），担任乌普萨拉大主教。约翰内斯明白自己的圣职已经到期了，随后他便长途跋涉到罗马，在该处勉强接受剩余的人生。1544年，约翰内斯逝世后，随其一同流亡至罗马