而第三条禁令之产生系因广东人在明郑年间屡次协助其海军对抗清廷，而且当地海盗活动一向频繁；在施琅过世后，该禁令即告解除，过去认为此令造成台湾客家人在人口数上不及闽南籍者，或遭同化成福佬客。前述两条禁令之执行虽时宽时严，却始终没有取消。1875年，沈葆桢受命出任台湾海防钦差大臣，经考察后认为必须解除过去限制汉人的渡台禁令以落实「开山抚番」政策，否则台湾之土地将无法充分开发；同年2月，沈葆桢上奏请求解除关于台湾之各种禁令，并获得朝廷准许。台湾于清治初期之出入港口亦因此只开放福建厦门与台南鹿耳门对渡；后