南成一度转往本土阵营。2003年12月，在时任总统陈水扁拜访下，苏南成表态支持陈水扁连任，并称「本土政权要继续存在，希望大家支持本土色彩浓厚的陈水扁。」并批评过去6年国民党把《宪法》搞得一塌煳涂。2004年，时任台南市议员的苏南成以无党籍身份参加立法委员选举，以台湾正名、废除考监二院、首都迁都至南台湾为政见，最后仅获7,249票败选。2005年，苏南成获陈水扁总统聘为总统府资政。2010年高雄市长选举时，苏南成表态支持脱离民主进步党参选的杨秋兴，在11月20日的高县三山造势大会上，苏南成称票投黄昭顺