代表「国民主权」的中华民国政府拥有更强的合法性与正当性。1997年7月21日，中华民国国民大会将全文修正，将“省”虚级化，将省政府改为行政院的派出机关，移除省政府原有的地方自治功能。
陈水扁政府.2000年的第十届总统、副总统选举，达成中华民国史上首次政党轮替，更深化了民主机制的成熟。2001年5月，陈水扁依中华民国宪法获得采玉大勋章。在2001年12月的立委选举中，民进党成为立法院最大党。2002年1月末，张俊雄以新国会组成为由率领内阁总辞，后总统再任命时任总统府秘书长