突袭榆林市，为榆林围城战，在上盐湾全歼共军王聚财部。虽然陕北战役整编三十六师遭到重创，但孔令晟由胡宗南保荐与协助补习，于民国三十七年（1948年）进入陆军大学正则班就读，民国四十年（1951年）毕业，为陆军大学正则班第22期毕业生。孔令晟毕业后，因蒋中正手谕转入中华民国海军陆战队，成为陆战队司令部下属少校参谋。随后快速升任陆战队司令部中校参谋处长。在民国五四十二年（1953年）参与东山岛战役，战役中孔令晟为最后一批撤退者，并救回肩负断后任务却因连络不良而未及时撤退的中华民国陆军第45师135团（团长袁国