和惊奇猪笼草的下位笼可通体为紫红色，而尚未发现甘通山猪笼草存在深色的下位笼。此外，甘通山猪笼草较其他近缘的物种更容易出现上位笼。在甘通山猪笼草的描述中，曼塔灵阿汉山猪笼草被认为是第二近缘的物种。这四个物种被认为具共同的祖先。2011年描述的莱昂纳多猪笼草是另一个与之近缘的物种。只依照其捕虫笼形态特征并不能可靠的将其区分，而莱昂纳多猪笼草可出现颜色更深的捕虫笼，偶尔完全为黑色。莱昂纳多猪笼草叶片的叶柄更明显，花序较短，并其花朵具有特征性的霉味。作为仅产于甘通山高地山嵴的猪笼草属物种，甘通山猪笼草在野外