，海蜥鱼科和背棘鱼科鱼类的食性存在显着差异 。某些寄生虫具有严格物种特异性（仅感染特定的中间宿主和最终宿主），已被用于调查深海鱼的食性。通过研究感染某些鼠尾鳕科鱼类的寄生虫，发现鼠尾鳕科鱼类食用寄生虫的中间寄主钩虾亚目（端足类）和糠虾目动物，并推测单鳍鳐科的里氏深海鳐（"Bathyraja richardsoni"）捕食薄鳞突吻鳕。大多数小型游泳深海鱼以浮游生物（特别是甲壳类）为食。水母（刺胞动物门）、樽海鞘（被囊动物亚门）在深海相对丰富，而以这些胶状的生物为主食的深海鱼很少，仅限于黑头鱼科、后肛鱼