临床重要性目前仍不清楚。葛瑞夫兹氏病（又名「弥漫性毒性甲状腺肿」）和桥本氏甲状腺炎都与抗甲状腺抗体存在有关。虽然有所重叠，anti-TPO 最常合併桥本氏甲状腺炎，而刺激型 TRAb 最常与葛瑞夫兹氏病有关。甲状腺微粒体抗体是一群抗甲状腺抗体，在确定目标抗原是 TPO 后才更改名称。
亚型.抗甲状腺抗体可依攻击的目标抗原分成几个亚型：
抗甲状腺过氧化物酶抗体.抗甲状腺过氧化物酶（anti-TPO）抗体攻击针对的目标是 TPO。TPO 是个 105 kDa