队和其战斗群一同参与了最初对伊拉克的轰炸行动和空袭。在这次行动里，林肯号的机队进行了约16500次的飞行，并投射了160万磅的弹药。林肯号于2003年5月返回圣地牙哥，并获得总统乔治·W·布希的参访。林肯号在2004年10月15日再次出海。当2004年印度洋大地震发生时，林肯号正停留在香港，为了协助正在进行的国际性救济和救援行动，林肯号前往受灾严重的苏门答腊西海岸以提供人道救援。2005年1月中旬，在印尼政府拒绝让林肯号的机队进行空中训练后，由于依据规定航空母舰飞行员必须在2至3週内进行至少一次飞行练