本是通往长崎港车站的铁路路段在2000年建为商场。在4号月台再往西侧的区域还有数条铁轨可供列车停放，而此区域过去曾设置长崎车辆中心。但在规划九州新干线长崎段时，已计划将此区域转给新干线及在来线迁置月台使用。因此，长崎车辆中心的功能于2014年中转至早岐车站旁设立的佐世保车辆中心，以腾出用地施工。上述高架站场已于2020年3月28日（原订2019年末）建成并局部投用，而长崎站亦已整体迁至该站体（而该站场由清水建设、西海、三基联营承建），旧有站场将予以拆卸作其他发展之用，当中旧有站厅将于2022-23年间改