1世纪遭受的灾难性的领土损失，督军区作为一个大的军事地区的意义已消失，但仍得到保留：在科穆宁王朝和巴列奥略王朝时期，督军区（katepanikion）是一种低级别的行政区划，在亚洲和欧洲部分都有设置，特拉比松帝国也有这一设置。 这些后期的督军区是从前军区的一小部分，由一座城堡（希腊语：κάστρο）及其周围地区组成。在巴列奥略王朝时代，督军区由一个首领（希腊语：κεφαλή）统治，在其范围内拥有最高的民事和军事权力。像许多其他拜占庭机构一样，督军区作为行政区划也被第二保加利亚帝国采用。