自营制的青森县知事三村申吾的意向，开设之前将成为馆长的馆员调动到青森县立近代文学馆，此后县长兼任馆长的体制造成营运上的严重混乱，受到内部和外界「馆长不在」的指摘。
建筑.由伊东丰雄担任审查委员长的国际竞图结果，入选者是建筑师青木淳。以地下两层、地上两层的凹凸白色构造体，覆盖在像是遗迹发掘现场探沟般的设计，让三内丸山的遗迹与之成为一体。从上方至下方凹凸之间所形成的，当作「土的展示室」的空隙，以及在这之外当作「展外展示室」或「创作中庭」之处，全都是能便于美术馆的利用而设计。设置于