现由中国铁路上海局集团有限公司上海客运段沪港车队负责客运任务。全程距离1,991公里，全程约需19小时，其中上海至香港红磡运行19小时16分，使用车次为Z99次；香港红磡至上海运行19小时22分，使用车次为Z100次。沪九直通车在中国大陆经由沪昆铁路、京广铁路及广深铁路运行，至香港境内行走东铁线，沿途途经浙江、江西、湖南和广东四省，中途停靠金华、株洲及广州东站，供内地段（上海↔广州东）旅客乘降。沪九列车曾多次获得上海铁路局“示范列车”、全国铁路“红旗列车”、上海团市委“共青团号”、上海市总工会“红旗文明岗”