SC（Medical Science Course，医学科学课程）、SSC（Super Science Course，超级科学课程）、综合课程三种。（立命馆小学校的入学者从2013年度开始进入，新生的课程系统将会变更。）每週2～3次，到立命馆大学在滋贺县草津市的琵琶湖・草津校园（BKC）的高校专用栋上课。
中学校.课程共分为一贯课程、AD课程、综合课程。