国各地的气候仍然有很大的不同，主要可分为六个气候区：日本是世界上降水量较多的地区，主要包括日本海侧地区的冬季降雪、沖绳5至7月连绵不断的台风，以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。日本有记载的最高温度纪录是摄氏41度，于2013年8月12日在高知县四万十市测得；有记载的最低温度纪录是摄氏-41.2度，于2016年1月25日在北海道上川町测得。
自然环境.日本国土南北狭长，四季分明，也是一个多山国家。因为日本是岛屿国家，四面环海，所以来自外部新生物入侵的可能性也相对较低，离岛地区