立陶宛成爲当地主要政治与军事力量。但来自莫斯科的威胁，使两国于1569再整合爲波兰立陶宛联邦。联邦一直存在到1795年，后遭俄罗斯帝国，普鲁士王国及哈布斯堡君主国三家彻底瓜分。
波罗的海自治领及瑞典帝国.1558年立窝尼亚遭俄罗斯沙皇国入侵，立窝尼亚战役爆发，战争一直维持至1583年。立窝尼亚境内的不同统治者寻求外国势力帮助，导致了波兰立陶宛，瑞典帝国及丹麦-挪威联合王国开始干涉该地事务。结果是，1561年，立窝尼亚邦联解散，拉脱维亚及爱沙尼亚南部的土地併入库尔兰和瑟米加利亚公国及