根源要追溯到十一世纪，当时众多被称为注释者的语法学、修辞学和逻辑学的学者们聚集在一起，共同评注古老的罗马法法典。学者们最初的研究集中在法律方面，其中最早有记载的学者有佩波内、依内里奥和格雷茨亚诺。在听取了依内里奥的四位学生的建议之后，神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世于1158年颁布法令，规定了大学不受任何权力的影响，作为研究场所享有独立性，博洛尼亚大学的身份由此确定。
14-15世纪.从十四世纪开始，继法学之后博洛尼亚大学又迎来了众多研究逻辑学、天文学、医学、哲学、算术、修辞学以及语法学