如承天寺、能仁寺、永宁寺。清朝顺治年间，寺院更名为佑清寺。嘉庆年间，寺院后殿铸一尊铜制接引佛，高1.6丈，重三万六千斤，因此南昌民谣有说「南昌穷是穷，还有三万六千铜」。但寺中寺及诸铜佛在文革中被毁，僧人被驱出山门，寺院建筑被其他单位与个人佔有。中华民国初年，佑清寺被军阀佔为营房。后国民革命军军队将寺内殿宇划作军火库，成为禁区，僧人被驱逐。期间寺内火药数次爆炸，寺内建筑遭到破坏。1927年，「南昌起义」战斗期间，起义军攻打国民革命军弹药库——佑清寺。1929年，南昌居士姚国美、曾非欤等与南海行宫住持恆