此外，还包括了一个现在已经灭绝的鱼龙超目。与蜥形类最亲近的类群就是合弓纲；合弓纲包括了部分似哺乳爬行动物与哺乳纲（Mammalia）的共同祖先。蜥形纲和合弓纲一起组成羊膜动物。相比之下，爬行纲（Reptilia）的旧定义未包含鸟类与哺乳类而成为并系群，因此有些分类学者会用蜥形纲来替代爬行纲，但也有学者重新定义爬行纲，使之与蜥形纲同义，于是蜥形纲在这情况下会成为爬行纲的次异名。
分类.蜥形纲各演化支的关系如下，龟鳖目曾与众多史前副爬行动物一起归类为无孔亚纲，但后来的遗传分子学