各设置尚书、侍郎、郎中、员外郎、主事等职位。尚书为正三品、侍郎正四品，郎中正五品，员外郎正六品，主事正七品。仍隶属中书省。洪武六年，各部设尚书两名、侍郎两名。吏部设总部、司勋、考功三属部，部设郎中、员外郎各一人，主事各二人。洪武十三年(1380年)，因胡惟庸案，明太祖朱元璋罢黜宰相与中书省，并仿照《周官》六卿之制，直属六部，并各设尚书、侍郎各一名，唯独户部有两名侍郎。每部分四属部，吏部属部加司封。每属部设郎中、员外郎、主事各一人，寻增侍郎一人。洪武二十二年，改总部为选部。洪武二十九年，定为文选、验封、稽勋、