信支局于明治廿九年（1896年）向宪兵队第三区队本部交涉将天后宫转由该机构使用，次年（1897年）4月28日宪兵队曹长坂本信立同意安平邮便电信支局将天后宫当成职员宿舍。对此安平居民希望能够索回天后宫，于明治三十年（1897年）7月10日便有向台南县知事矶贝静藏提出的〈请求安平天后宫给还书〉，之后县厅裁示要安平邮便电信支局尽速归还，但等到明治四十年（1907年）3月11日安平邮便电信支局迁入新厅舍后才交还民间。后来天后宫于明治卅三年（1900年），天后宫充作安平公学校（石门国小前身）教室。天后宫可能受此影响，