海道的礼文岛的船舶遗迹中发掘出生活在约3800年-3500年前绳文时代后期的女性遗骸，研究团队从该绳文人女性牙齿中提取DNA进行了解析。
中世史.早期的日本人与朝鲜半岛的住民有一定的血缘关系与紧密的连系，如日本的倭国与朝鲜半岛的百济王室的联姻关系。日本在古坟时代的大王的古坟，有着被称为前方后圆坟的特殊建筑型式。而朝鲜半岛南方也有为数不少的类似的前方后圆坟。商朝遗臣箕子曾在朝鲜半岛上建立了「箕氏侯国」。战国时大量燕国人、齐国人和越国人逃到箕氏侯国。前3世纪至15公纪间，大量中原人移居