6大贸易伙伴。1997年3月，时任南非总统纳尔逊·曼德拉访问马尼拉，于2002年和菲律宾达成贸易协定。于2004年，菲律宾和南非两国之间的双边贸易总额为89.357亿美元；2009年，两国双边贸易总额增加至149.723亿美元。菲律宾出口到南非的产品包括玻璃容器、汽车配件等，而南非出口到菲律宾的产品包括烟草废料等。