林士菁，福建省福州府闽县人，清朝政治人物、同进士出身。光绪六年（1880年）庚辰科殿试三甲第67名进士。同年五月，着交吏部掣签，分发各省以知县即用。任江苏宿迁知县。光绪二十九年（1903年），改当地钟吾书院为钟吾学堂，并亲题堂名，开当地近代教育之先。