的严重赔本情况由开办以来一直持续，运输署早在2006年已建议此路线、及来回改经红磡海底隧道，以节省西隧的高昂隧道费；结果只有N968改行红隧计划得以落实（并易名），而此路线及N962改道计划则在反对下撤回。运输署多年来阻挠九巴开办N960线，导致屯门市中心和北部长期缺乏通宵过海巴士直接路线（2021年获建议开办），而N962、两线分别由城巴及九巴营办，不设跨公司转乘优惠，故乘搭两线转乘需缴付近40元昂贵车资。屯门中部、兆康及蓝地至洪水桥乘客分别只能依靠新界区专线小巴49S线或公共小巴——前者已需绕经荃湾