建造神龙阙、仁虎阙，任命他领任将作大匠，事成后外任安西长史、南郡太守，改任云麾长史、江夏太守，代行郢州州府事，母亲逝世时改为代理官职。后来丘仲孚因事被连坐除名，不久再次起用为司空参军，很快迁为豫章内史，在郡内保持节操，很快去世，虚岁四十八。朝廷追赠给事黄门侍郎，他的丧事举行时，豫章军内的老少都号哭送葬，车轮没法前进。他担任尚书左丞期间撰写《皇典》二十卷、《南宫故事》百卷和《尚书具事杂仪》，都流传下来。