京，南京是基督会在中国的第一个传教站，也是规模最大的一个传教站。基督会在南京先后建起了3座教堂，分布在花市（中华路靠近长乐路一段的旧称）、鼓楼和下关惠民桥，又在花市教堂旁边兴办了中华中学，在鼓楼教堂旁边兴建了鼓楼医院。并参与创建金陵大学和金陵女子大学；金陵大学的校园就选址在南京鼓楼，紧邻基督会的教堂和医院。基督会从南京向外扩展，首先选择的地点是安徽省的滁州（1887年）和芜湖（1889年）。基督会在芜湖的教堂设在鱼市街，较为活跃，教徒人数达三、四百人，并与来复会凤凰山合办萃文中学。1897年，基督会