956年初，中共中央组织部部长安子文找杜润生谈话称，“先不要下去，国务院最近要成立一个科学规划委员会，规划委员会下设个办公室，要几个具体抓工作的负责同志去。”1956年3月14日，国务院正式成立国务院科学规划委员会，主任为陈毅，副主任为李富春、郭沫若、薄一波、李四光，秘书长兼委员会办公室主任张劲夫，办公室副主任为范长江、杜润生。杜润生遂成为制定十二年科学发展远景规划的主笔。1956年5月，杜润生任中国科学院副秘书长。1960年8月，杜润生任中国科学院党组副书记兼秘书长，任至1967年1月。1957年反右