992年6月在安徽省委党校进修班学习。1993年3月，骆惠宁任安徽省外经贸委副主任、省外经贸厅副厅长、党组副书记。1995年4月，回到安徽省人民政府办公厅，任副秘书长、办公厅主任。1997年1月，升任安徽省人民政府秘书长、办公厅党组书记（时任省长为回良玉）。1998年2月，转任中共巢湖地委书记。1998年中国水灾爆发危及巢湖地区，时任巢湖地委书记的骆惠宁主持防汛工作，并于5月18日召开汛前备战现场会。同年7月30日、31日，长江大堤惠生段的外护圩（龙塘圩和向阳圩段）先后出现溃堤险情。时任巢湖地委书记骆惠