同搭乘以货车改造而成的车厢前往嘉义驿，又转乘台湾糖业铁路北港线抵达北港。不久，在充满蝨子的生活环境中，叶英堃被编入驻守当地的关东军「命军团」，随后又被编入其下「军旗小队」。后来，北港溪在夏季发生氾滥，军旗小队被派至当地协助处理，叶英堃在过程中染上疥癣及恶性疟疾，并因而进入谵妄状态。同年7月初，叶英堃收到二兄发出电报告知母丧，并在获准奔丧返乡后得知生母因染上恶性疟疾病逝且已下葬，又步行前往关庙及乌山等地与家人会面。8月17日左右，叶英堃及其所属军旗小队奉命前往附近联队部集合，并与其他部队官兵一同聆听玉音放送。