为一种灵敏且快速诊断出感染的单一全能方法。这种测试与当前的聚合酶连锁反应测试相似；但是，利用扩增的遗传材料，而不是使用特定感染因子的引物来做测试，不容易产生误差。在利用扩增遗传材料之后，再使用包含数千个生物和病毒基因组的大型数据库，来做更新一代的测序和序列比对，结果会更准确。当患者有免疫缺陷时，使用宏基因组测序来做诊断特别有用。有广泛的传染原会对有免疫能力缺陷的人造成严重伤害，因此临床筛检更须广泛的运用。另外，患者症状通常是不一定是典型，易查觉的，这会让凭症状来检测的临床诊断更加困难。第三，依赖检测抗体的