自比为达摩祖师开宗立派，故以「祖师西来」之意，改称西来庵，而信众改到新庙宇扶乩、求签。也有说法表示清代时，台南白龙庵多为福州籍官兵祭祀，闽南士绅为了祭祀方便，分香建造了西来庵。
福州白龙庵分灵说.另一说法则是有一名旅行者携带福州白龙庵香火，经过亭仔脚街，打算如厕，又恐怕污秽香火，于是将香火绑在树上，如厕后，却发现解不开香火，认为是神意打算留下，于是嘱託乡民祭拜，因福州为西，台湾为东，故称「西来庵」。另说则是旅行者忘了香火，而香火夜半放光，乡民认为是五福王爷显灵，于是建庙奉祀。S