伊玛目的政治活动而被干扰的Jama 清真寺宗教活动。所有的宗教组织都必须向政府进行登记，浸信会，耶和华见证人和神召会等团体继续被剥夺宗教登记。耶和华见证人的官方网站记录了阿塞拜疆政府对耶和华见证人信徒犯下的一些不容忍行为。由于纳哥诺卡拉巴克战争，纳戈尔诺-卡拉巴赫地区地区的清真寺已经关闭，阿塞拜疆的亚美尼亚使徒教会教堂同样也关闭或遭到破坏。阿塞拜疆政府当局对伊斯兰教的立场是有争议的。胡须长得比平时多的人往往被当局怀疑，因为害怕瓦哈比派教义的传播。 尽管政府否认了这个问题，但阿塞拜疆警方却以律师的批评为由侵犯