再次与父亲逃往近江坂本、朽木谷。天文15年（1546年）12月，足利义晴将将军职位让给了11岁的菊童丸。由于处在逃亡之中，将军的就职仪式在近江坂本的日吉神社（今日吉大社）祠官树下进行，同时进行他的元服礼，以六角定赖为乌帽子亲，取名义藤；足利义晴则以大御所的身份管理政务。1548年，足利义晴同细川晴元和解，回到了京都。晴元也随即承认了义藤的将军身份。
与三好长庆的战斗.然而细川晴元的家臣三好长庆叛变了晴元，归附了细川氏纲，崛起成为了畿内的一大势力。足利义晴、足利义藤以及细川晴元一