曰：「吾兄弟二人皆死王事，吾以一孱妇蒙国恩二十年，今不幸至此，其敢以余年事逆贼哉！」悉召所部约曰：「有从贼者，族无赦！」乃分兵守四境。贼遍招土司，独无敢至石砫者。崇祯十七年（1644年）三月，明亡。据载，崇祯时，以功加太子太保，封忠贞侯。南明永历元年（1647年）永历登基时，晋封秦良玉为太保兼太子太保，封忠州侯。南明永历二年（1648年）、武将秦良玉薨，享寿75岁，谥号忠贞。
轶事.其一：子马祥麟亦有勇略，立战功，仕至指挥使，晋宣抚使。祥麟之殉节襄阳也，先与其母书言