管辖马公街、湖西庄、白沙庄及西屿庄，辖境总面值106.0950平方公里，其中以马公街的部分最大，佔33.9918平方公里，而西屿庄的部分则最少，佔18.7148平方公里。澎湖厅之管辖区域之东极为马公支厅湖西庄（今湖西乡）良文港，也即为马公支厅之管辖区域之东极。第二次世界大战结束后，中华民国政府接收台湾，将原来的郡、支厅改为区，每区设「区署」作为县政府之辅助机关，而其名称则大体沿用台湾原有郡或支厅的。澎湖地区方面，战后初设马公区署，接收原日治时期之衙署厅舍（地号：马