尚赫寺于1647年由第一世哲布尊丹巴扎那巴扎尔兴建，当时他还只是个12岁的孩子。大约同期兴建的还有附近的图布浑寺（Төвхөн хийд）。尚赫寺最早曾经长期被称为“西库伦”（Баруун хурээ，Baruun Khüree），起初它只是一座蒙古包寺院，经过多次迁移，最终在1787年迁至现址，并被命名为“尚赫寺”。然而，大批僧侣仍然继续维持着迁徙不定的营地，直到19世纪末。俄罗斯民族志学家（，Aleksei Matveevich Pozdneev）在1892年访问了该寺，根据他的说法，除了在171