因结构的不同，有不同的特质，例如乙醇和甲醚有不同的结构，但其化学式都是<chem>C2H6O</chem>，属于结构异构。立体异构体是一种特别的异构体，它们可以有很相似的物理及化学性质，而由于原子在空间中的排列不同，具有相当不同的生物化学性质，例如维生素C有两种立体异构体，但人体只能吸收其中一种的维生素C。
分子的电气及光学特性.分子在电场中的特性和分子的电子分佈特性有关，包括其偶极矩及极化性。分子的电偶极矩是指分子中正电荷和负电荷分佈的不对称。分子若有对称中心，例如<ch