陈宝仓命令整肃军纪，并且逮捕山东三十三旅部分官兵。
潜伏台湾.后来，陈宝仓调任联勤总部第四兵站总监部总监。1946年第二次国共内战爆发。在第二次国共内战中，国民政府山东省政府主席王耀武向蒋介石检举陈宝仓有遗失给养物资、资助中国人民解放军的嫌疑，陈宝仓因此遭免职。1948年春，陈宝仓在香港加入“地下民革”，并且和中共中央香港分局的饶彰风、方方等人接触，陈宝仓表示可以到台湾为“实现祖国统一”做工作。1948年底，陈宝仓的嫌案撤销，蒋介石调任他为国防部中将高参。1949年，奉中共中央