为其别当寺。1879年，琉球被日本吞併，改为沖绳县。末吉宫在日本近代社格制度中被列为无格社，故而无法获得日本政府的经济保障。虽然末吉宫与沖宫一起，于1936年被日本政府列为国宝；但末吉宫年久失修，事实上整座神社处于腐朽荒废状态。末吉宫在1945年沖绳岛战役中被毁。1972年复原。