胡惟庸后废除中书省和丞相，终结了传统的宰相制度，六部直接对皇帝负责，后来设置内阁和大学士承担了部分行政职能；地方上由承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司分掌权力，加强地方管理。仁宗、宣宗之后，文官治国的思想逐渐浓厚，行政权向内阁和六部转移。同时还设有都察院等监察机构，为加强对全国臣民的监视，明太祖设立特务机构锦衣卫，明成祖设立东厂，明宪宗时再设西厂（后取消），明武宗又设内行厂（后取消），合称「厂卫」。但明朝皇帝并非完全独断独行，有许多事还必须经过经廷推、廷议、廷鞫程序，同时，能将原旨退还的给事中亦可对皇权