能影响小部分的作物收成，Ug99秆锈菌会对绝大多数的麦种带来毁灭性的影响，并带来百分百的损失。肯亚便曾有因Ug99秆锈菌而发生农产量八成损失的纪录。1999年，科学家在非洲乌干达发现了破坏农作物的变种秆锈菌，并已蔓延至整个西非高原地区。2007年1月，孢子飘过叶门、北至苏丹。同年3月，FAO发表声明表示Ug99秆锈菌可能即将蔓延至伊朗。