大学教职被耶稣会所把持，昔日举世闻名的欧洲学术和文化中心一去不返，取而代之的是呆板、繁琐、枯燥、抹杀一切新思想和独立精神、不得阅读教会罗列的禁书、片面追求华而不实的布道仪式和巴洛克装饰的教会专属学校。18世纪末耶稣会被教宗解散后，大学于1773年归遣使会所有。财政上的困境、思想上的禁锢，外加18世纪末不断的革命战争使海德堡大学名声跌落谷底。1712年至1735年，选帝侯任命Johann Adam Breunig为建筑师，于今日的大学广场上兴建一座行宫，选帝侯之后将行宫赠予海德堡大学，该建筑今日被称为老大