真被指控在倪被捕后，变本加厉地组织反政府行动（退出三自），以反革命罪被判处15年徒刑。两人都一直没有出狱，文革期间病故。张愚之判刑12年，在青海劳改。释放后由于帮助基督徒逃离上海、传福音等罪名再次被捕，于1970年4月25日在上海人民广场公审后被枪决。蓝志一判刑10年，押解青海劳动改造。释放后，返回家人居住地武汉。陈本微判刑十年。
事件之后.倪柝声反革命集团案在经大肆宣传之后，起到了威吓宗教界的效果，部分地方教会重新加入三自，1958年的献堂献庙运动得以顺利进行。上海地方教会不少信