要全局，部门类似于清朝中后期管理机要的军机处。1944年6月，出任国民政府军事委员会办公厅机要室主任。1945年，抗日战争胜利，1945年12月，侍从室撤销，转而出任国民政府参军处机要室主任。1948年5月，国民行宪会议（第一届国大），蒋中正当选国民政府总统，毛庆祥旋而出任总统府机要室主任。曾与毛圣栋、蒋纬国等筹办奉化中学。1946年8月，成立奉化中学校董事会，毛庆祥被推举为董事长。1949年，国共内战时期，蒋中正下野之时，毛庆祥见国民党在大陆统治已大势已去，自主辞去所有军政职务，获蒋中正批准，