世纪吐蕃赞普赤松德赞时期，西藏历史上最早的七比丘“桑耶七觉士”、莲花生、静命（705年－762年）以及赤松德赞本人，均曾在帕邦喀修行。噶当派时期，曾经一度荒废的帕邦喀被噶当派祖师复兴。鼎盛时期，该寺有7000多名僧人在此学经。后来，该寺由色拉寺管辖。清朝以来，历世达赖都会到此礼佛、受戒，获得格西学位之后会来此举办庆贺仪式。该寺的堪布依例由西藏噶厦委任。帕邦喀大师（1878年－1941年）被后世尊为一代宗师，如今世界上许多汉、藏佛学大师，都是其直系再传弟子。帕邦喀大师便是因为该寺寺名“帕邦喀”而得名。