对外宣称可能参选台北市长后，柯承发曾坚决反对他踏入政治。母亲何瑞英，为退休公务员。柯文哲为长子，其弟是交大资管所博士，现任中华大学资管系副教授。其么妹，台大医学院生理所博士，现任台大医院眼科主治医师、交大电机及清大医环系合聘副教授。妻子陈佩琪是台湾省离岛澎湖县人，澎湖马公高中、台湾大学医学系毕业，现任台北市立联合医院和平妇幼院区小儿科主任。两人经相亲结婚，婚后育有1子2女。
私人生活.曾有报导称柯文哲有亚斯伯格症，柯文哲也曾自称其具备这种特质，但从未正式经过医师临床