埔条约》第二十二款规定，如有中国人毁坏法国教堂、坟地，地方官要照例严惩。这是允许外国人在华传教最初的法律根据。1846年道光帝颁佈上谕，不但准免查禁天主教，还同意发还以前没收的天主堂，基督教传教从此成为公开合法。不过当时允许外国传教士活动的区域，只限于五口通商口岸，并未准许他们进入内地传教。西林教案发生在太平天国期间，而太平天国也正是从广西开始起义的。太平天国崇拜“拜上帝教”，该教源自基督教。清朝官方对基督教十分警惕，严格防范。马赖进入广西内地聚众传教，被地方官员误以为组织造反，因此遭到逮捕，导致惨案发