2003年开始另有专门行驶于与间的哆拉A梦海底列车，但随着停止参观，列车亦在2006年8月28日之后停止运行。北海道新干线通车后，JR东日本曾开行在来线临时列车「Cassiopeia纪行」。现时，在来线旅客列车中只有周游型（邮轮式）列车Train Suite 四季岛会使用此路线。除一般旅客列车之外，海崃线内行驶列车多半属于货物列车，为北海道与本州间的货运运输提供了一个不受天候影响的管道。奥津轻今别站与木古内站是有人站，中小国站是无人站。
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