监禁在兴福寺。但不久忠于足利义辉的一色藤长、和田惟政、仁木义政、三渊藤英、细川藤孝，以及大觉寺门迹义俊（近卫尚通之子）等帮助觉庆逃出了监牢。在此期间的文书中，觉庆被称作「将军家的当主」、「矢岛的武家御所」等。4月21日被叙为从五位下左马头的官位。经过奈良、木津川逃到伊贺后（伊贺国的守护是将军的近臣仁木义政，该国国人服部氏后来追随义昭），通过南近江的六角义贤的许可后才暂时居住在了甲贺郡的和田城（和田惟政的居城，位于伊贺和近江交界之处）。觉庆试图恢复衰弱不堪的足利将军家的实权，永禄9年（1566年）2月