轮因客场进球劣势而再次被国际米兰淘汰出局。范加尔的助手安德里斯·永克尔临时接管球队直至赛季结束，并取得联赛第三。2011-12赛季，拜仁再度请回了海因克斯担任主教练。尽管俱乐部签下曼努埃尔·诺伊尔，解决了卡恩的合适替代者问题，但球队却重蹈2002年勒沃库森的“三亚王”悲剧，连续第二个赛季颗粒无收。在国内，无论是联赛或杯赛均不敌多特蒙德屈居第二；而作为欧冠改制后第一支在主场参加决赛的球队，拜仁也在点球大战中败给切尔西（3:4），成就了英格兰球队在安联球场的首胜。2012-13赛季，拜仁先是在德国超级杯