诸岛为中心的海域，之后大致分成能岛村上家、来岛村上家、因岛村上家。代表的家纹是「丸内上文字」。
起源.村上三家也总称「三岛村上氏」，起源不明，但是可以确知原为一家。最有力的说法是《尊卑分脉》的记载，源自河内源氏之庶流信浓村上氏。平安时代活跃的村上为国之弟定国在保元之乱后，经由淡路岛在塩饱诸岛定居；平治之乱后的永历元年（1160年）移居越智大岛，成为伊予村上氏之祖。能岛村上氏的系图内，村上源氏的出自以村上天皇的皇子具平亲王之子源师房为祖。因岛村上氏也有同様起源的系图。又，信浓村上氏