征收难完，逃亡追捕，将责成有司，抑委寺院土司乎？”但弘化寺高层的呈文，未能改变清廷对该地区加强流官统治的政策。自此，弘化寺属民“纳粮当差”、“与汉民无异”，“而族殿委充乡约里长”，直接隶属流官统治，弘化寺的政教合一统治随之结束。清朝同治年间，发生同治陕甘回变。其间，回军一度控制了青海东部，当地不少佛教寺院被毁灭，弘化寺也遭到火焚。自此，弘化寺每况愈下。“文化大革命”期间，该寺遭受极其严重的破坏，许多珍贵文物丧失。幸存的有古城池（顶宽2.5米，底宽15米，墙高20米，总长大约1200 米，保存基本完整