接获要用EVA来回收五颗稀有宝石的任务，却遭到侦探所的竞争公司「GI代理机构」阻挠，对方派来的人就是真嗣的女同学兼EVA（贰号机）持有者明日香。因为EVA不能互相战斗，真嗣和薰得以出奇招赢得一颗宝石。之后真嗣和同学及侦探所成员多次出游，并和暗恋的女同学绫波零拉近距离。然而零也是GI成员兼EVA（零号机）持有者，旅游中又取走了一颗宝石，这下子GI已经有三颗宝石。真嗣和薰潜入GI想偷宝石，却被明日香和零逮到，而GI的所长——真嗣以为已经去世的父亲碇源堂也出现在他面前。真嗣就是因为幼时被告知父母离去才一直孤独