时，母亲藤原定子已经失去依靠的势力，当日，藤原道长长女藤原彰子接受女御宣下。直到敦康亲王两岁（长保二年），在藤原道长的谏请下，定子皇后与敦康亲王才能回宫。敦康亲王容貌俊秀、天资聪颖，一条天皇甚为喜爱。但于同年，定子皇后在生下媄子内亲王后去世，敦康亲王认藤原彰子中宫为母，由定子皇后的妹妹御匣殿抚养；御匣殿很快便过世，便又被託付给彰子养育，而他的同母姊妹则住进飞香舍。长保三年（1001年）11月13日，敦康亲王着袴；同年，天皇任命藤原行成为敦康亲王的敕别当（辅佐人）。宽弘七年（1010年），在彰子中宫生下敦