首期路段（浔峰岗-长湴）保持目前运营服务水平，二期路段（长湴-香雪）不载客运行。2016年12月26日广州地铁在微博公佈，6号线二期将于12月28日首班车起开通试运营。2016年12月28日，6号线二期正式开通试运营。2017年6月28日，植物园站与柯木塱站正式启用。
车站.六号线全长42.0公里，全线共设31座车站（不含未开通的沙河站），现时有9座为换乘站。位于金沙洲内的三座车站（浔峰岗、横沙及沙贝）为高架车站，其余二十八座车站（不含沙河站）均为地下车站。