不连接东涌站大堂，往来两处需绕经A出入口或B出入口。原有的玻璃幕墙行人天桥于2012年进行改建并增设商店，改为密封式设计，因此大堂及天桥的使用者不能互相对望对方位置。现时，东涌站内提供不同类型的商店供乘客购物或进食，例如有便利店、面包糕饼店、时装店、银行及医务所等。由于港铁的收费区是不能进食，因此大部份食肆均不会设在收费区内。此外，东涌站也有不少自助服务设施供乘客享用，包括自动柜员机、自动售卖机、自动照相机等。大堂收费区亦设有香港邮政邮箱方便乘客在车站内投寄邮件，以及「会员服务站」机供乘客登记为港铁友礼