巫山县发现了原始人类的颌骨和牙齿，这一被定名为巫山人的发现表明在200多万年前重庆地区即有人猿的生存（巫山人属人还是猿仍有争论）。到新石器时代，位于今重庆市巫山县的大溪遗址（公元前4400年～公元前3300年）属于长江中游文化。而在今重庆市忠县发现的哨棚嘴遗址和文化则是重庆地区土着文化在新石器时代晚期的代表，与山东的龙山文化，长三角的良渚文化属于同一时期。在重庆市巴南区发现的熊家湾遗址是重庆主城发现的最大的新石器时代遗址，从文化属性上熊家湾遗址属于哨棚嘴文化，明确了重庆主城区在新石器时代晚期属于渝东新石器文