为跟主线剧情有关的原创情节，主要讲述漩涡博人进入忍者学校就读，与同期伙伴共同接受忍者教育和训练的过程，在此期间合作调查发生在现代化的木叶村各处的「神秘幽灵事件」。
宇智波佐良娜篇.《宇智波佐良娜篇》（）作为第二篇章，改编自原作者岸本齐史创作的火影外传《火影忍者外传～第七代火影与绯色的花月～》，结合着漫画和动画原创剧情。如同漫画，故事焦距于佐助和小樱的女儿宇智波佐良娜，以及她们一家所产生的家庭矛盾。
修学旅行篇.《修学旅行篇》（）作为第三篇章，均为动画原创剧情，