国政府迁往台湾后，他初担任侦巡中国大陆东南沿海任务。1953年，中华民国国防部高层选派他赴美国参加中华民国空军首批喷射机换装训练（）。之后历任中华民国空军中队长、大队长、少将联队长、总司令部作战署长、中将副总司令、国防部参谋本部二级上将副参谋总长及总司令等重要军职。1989年12月5日，他接替郝柏村出任参谋总长职位，并担任该军事要职至1991年为止。他于总长任内，其权力比起前任总长郝柏村缩减许多，但仍为当时稳住中华民国政经情势的军方关键人物。2017年2月9日，陈燊龄辞世，3月3日获中华民国总统