法院国防委员会备询时，曾经语出惊人地表示三一九枪击案「陈水扁肚子的枪伤，根本就不是在2004年3月19日当天在台南市金华街第一现场所造成。」等话，曾引起一阵譁然。 
88风灾拍照延宕救灾进度事件.2009年8月，因莫拉克台风造成南台湾的八八水灾，当时虽有许多台湾媒体认为军方救援不力，但陈肇敏仍未强迫军方在13级强风豪雨中上山。8月13日，陈肇敏抵达台东知本溪视察工兵搭桥进度时，救灾官兵为迎接部长而立正恭迎陈肇敏，陈肇敏当场下令工兵停下救灾动作，以便和他一起拍团体照留念，国军的救灾工作