软件的保固条款失效，甚至使用户的法律权益受损。尤其是在知名网站、银行及政府机关等都不应有这种需要。使用者需自行了解所要安装的根证书的加密技术、所属网站的真实身份及用户的法律权责。
截取通讯.无论是出于企业为了保障网路安全、或为了监控员工、或间谍软件和特洛伊木马为了窃取用户资讯，只要有人得到用户电脑的控制权，可以任意安装根凭证，并且可以进行域名服务器缓存污染或控制网路路由，就可以进行中间人攻击以解密用户与远端伺服器之间的安全连线，以下用爱丽丝与鲍伯作范例：由此可见，爱丽斯与鲍伯都以