大臣为参赞大臣，喀什噶尔参赞大臣降为领队大臣。同治三年（1864年）以后，因同治新疆回乱和阿古柏之乱而空缺。光绪九年（1883年）裁撤参赞、办事大臣，置知府、知州，次年设立新疆省。
沿革.干隆二十四年（1759年），清军平定大小和卓之乱，置参赞大臣办理喀什噶尔事务，受伊犁将军节制。首任参赞大臣为海明，驻徕宁城（喀什噶尔满城）。干隆二十八年（1763年），以参赞大臣纳世通总理回疆南八城事务。干隆三十年（1765年），乌什办事大臣素诚被杀，以永贵为总理回疆事务参赞大臣，移驻乌什。喀什噶