吕超出奔广武，吕纂即位为帝。不久吕纂又对征东将军吕方说：「吕超绝对是一位忠臣，其义勇值得嘉许，只是不识治国大道和随机应变。正要依靠其忠贞节尚，以救助当世祸乱，向他传述这意思吧。」吕超于是上疏表达谢意。吕超后任番禾太守，又于咸宁三年（401年）擅自攻击鲜卑思盘，思盘弟乞珍向吕纂投诉，吕纂就命吕超带思盘入朝。吕超到都城姑臧后大惧，于是巴结殿中监杜尚。吕纂见吕超后大怒，说：「你恃着兄弟勇武，想欺负我，就应该将你杀死，然后天下就安定。」吕超听后顿首称不敢。接着吕纂与吕超及众臣在内殿办宴会，吕隆在会上频频向吕纂进