汉水利电力大学、武汉测绘科技大学与武汉大学合并成立新的武汉大学，华中理工大学与同济医科大学等学校合并成立华中科技大学。在这种情况下，五校联合办学变为三校联合办学。2001年经华中科技大学提议，开展由武汉大学、华中科技大学、武汉理工大学、中国地质大学、华中师范大学、华中农业大学、中南财经政法大学等部属7校参与的联合办学，实施7校联合办学。联合办学进入了第二阶段，即一直持续到现在七校联合办学。第一轮为2001年至2007年，第二轮为2008年至2015年。到2008年为止，武汉地区重点大学之间的七校联合办学，