12月，任中国国民党中央农工部部长。同时他还兼任中国国民党中央财务委员会委员。1947年9月，在中国国民党六届四中全会上，当选中央执行委员会常务委员。1948年（民国37年）4月，在南京创立中华民国全国总工会。1948年，当选为第一届国民大会代表。第二次国共内战末期，马超俊逃往台湾。1950年，被聘为总统府国策顾问。此后，历任中国国民党中央纪律委员会委员、主任委员，华侨协会总会理事长，大陆救济总会常务理事，光复大陆设计研究委员会委员，广东同乡总会理事长，中国国民党中央评议委员会委员等职。1965年（民国54