此后当地长期为一处普通村落。中世纪中期，圣让皮耶德波尔成为纳瓦拉王国的一部分，三条圣雅各之路在此附件交汇，并在经过圣让皮耶德波尔后直接穿越比利牛斯山进入西班牙境内。1177年，理查一世的军队在被包围后，将附近的旧圣让的原始城镇夷为平地。此后纳瓦拉国王卡洛斯二世在罗里巴尔河与尼夫河交汇处附近新建了一处城池，成为现代圣让皮耶德波尔的前身。中世纪末，圣让皮耶德波尔成为地区的首府，1589年，亨利四世继承了法兰西王位，下纳瓦拉成为法兰西王室领土。1680年，当地建立了类似沃邦的防御工事。法国大革命期间，圣让皮耶德波