0~800bp的小片段，并于两端接上转接序列，接着，加入大小约28µm表面带有互补转接序列的微磁珠，并利用聚合酶连锁反应进行增幅，每一个片段将被增幅约一百万倍。再将此表面带有DNA增幅产物的微磁珠，放入具有可感光侦测的微孔盘中，一孔一磁珠。最后再进行焦磷酸定序法反覆的试剂置换与侦测，快速地读取大量之定序结果，最后辅以资讯软体系统，分析配对出完整之核酸序列。目前16S Metagenome以Ion PGM™ System 系统 和 Illumina 系统 为主。
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