被转移外大部分遭到劫毁，至抗战胜利后建筑仍未修复。1951年，由南通市政府修复馆舍并建立南通博物馆，次年改称苏北南通博物馆，1954年又予以撤销并入江苏省博物馆，园林部分则最初用以建设人民公园，并另设管理机构（1999年底二者合并）。1956年受到郑振铎在全国博物馆工作会议上提出“中国博物馆事业的历史并不太久，最早的公共博物馆，除了帝国主义者们在沿海地区所办的几个之外，要算是张謇他们办的南通博物苑了”的影响，江苏省政府决定恢复南通博物馆，1958年正式恢复。文革中南通博物馆曾与其他单位合并为劳动人民文化