城主池田恒兴奇袭并占领犬山城，此事成为小牧、长久手之战的导火索之一。战后根据协议，臣从于秀吉的织田信雄重新得到了犬山城，但数年后因故被流放，此后犬山城归属于大名丰臣秀次，由其家臣三好吉房任城主。丰臣政权时代，石川贞清任城主。长久以来有传说在这一时期美浓国的天守被移筑到了犬山城，但在1961年对犬山城的拆解修理，确认了天守没有移筑的痕迹，确证实无此事。
江户时代.石川贞清因在关原之战中支持西军，战后被德川家康改易，失去领地。（1601年）和平岩亲吉（1607年）先后任城主。亲吉死