澳门分社实行一个机构两块牌子。2000年1月18日，国务院决定设立“中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室”。澳门中联办第一代办公室位于新口岸新华大厦。2007年，澳门居民致函联合国教科文组织，指出包括中联办大楼在内的相关工程破坏世界遗产——东望洋灯塔的景观，引发影响至今的东望洋灯塔景观危机。教科文组织向澳门政府发出警告后，时任澳门特别行政区行政长官何厚铧签署第83/2008号行政长官批示（俗称「限高批示」），限制东望洋灯塔周边兴建的楼宇的高度。尽管中联办后来改变计划，将99.9米降至约88米高，然