长子吕葆中，名公忠，字无党，号冰葭，早先师从黄宗羲。吕留良反对儿子出仕，曾告诫他「父为隐者，子为新贵，谁能不嗤鄙」。不过，吕公忠在吕留良去世之后还是出仕，康熙二十六年（1687年）纳监入场，康熙三十五年（1695年）乡试终局，康熙四十五年（1706年）榜眼及第。吕留良的后嗣部分被流放宁古塔，多以塾师、医药及商贩为业，遍及黑龙江地区，被称为「老吕家」。
学术.在学术上，吕留良推崇朱子与四书，认为「舍四子书之外，亦无可讲之学」，「救正之道，，必从朱子，求朱子之学，必于《近思录》始