墙壁上绘有十一面观世音菩萨及燃灯佛（过去世佛）壁画。第三层楼供奉该塔兴建过程中自地下出土的鎏金铜铸造的四臂观音菩萨像5尊；墙壁上绘有十六罗汉及九世班禅的壁画。第十一层楼内有一座时轮殿，面积4柱，墙壁上绘有336尊时轮金刚像。这些壁画均属早期作品，明显带有印度风格。通卓钦摩大佛塔周围，有许多嘛呢石刻，其中有的刻有“六字真言”，有的刻有佛经，有的刻有鱼、龙、日、月、鸟头、兽头，有的刻有释迦牟尼、千手观音、妙音天母，有的刻有怖畏金刚、六臂依怙、吉祥天母。此外，佛塔的墙壁上镶嵌有经过烧制的“擦擦”（小型模压泥塑