Spring Framework, Zend Framework, Hibernate, OpenSymphony, , Codehaus XFire和 Skype.Apache软件基金会 同时使用 JIRA 和 Bugzilla. 目前使用Bugzilla并且一直在向 JIRA 迁移.
安全性.在2010年4月，一个JIRA的XSS漏洞成为了存取关键的Apache软体基金会伺服器替代方案的跳板。