水库式水电站寿命有限，可持续发展方面也不及其他可再生能源，但一般情况下仍然比石化燃料发电环保。
排放温室气体.由于水坝有相当深度，造成较多缺氧环境，例如坝底，造成生物的厌氧分解，动植物分解后形成甲烷，也有少量二氧化碳，是一种比二氧化碳强36倍的温室气体，加剧全球暖化。这是自然界中，湖泊、湿地等环境不会发生的，因为自然界的这些地方有较好的氧循环，使水的含氧量较高，让生物能把甲烷分解成温室效应低很多的二氧化碳。不同环境下水力发电的温室气体排放量分别可以很大。在温带，如加拿大及北欧，