990班机的是一架註册编号为SU-GAP的波音767-366ER客机，以埃及第十八王朝的一位法老图特摩斯三世命名。该机为波音公司制造的第282架767，于1989年9月26日交付埃及航空，使用普惠PW4060引擎。990号班机座舱机组人员包括57岁的机长艾哈迈德·哈巴希，36岁的副机师阿德尔·安瓦尔，52岁的后备机长拉乌夫·努尔丁，59岁的后备副机长贾迈勒·巴图提，以及埃及航空767的首席机长哈特姆·鲁什迪。哈巴希机长在埃及航空工作逾35年，累计飞行约14,400小时，其中驾驶波音767的时间累计达到6