裂成许多割据政权。这些割据政权的统治者仍然是察合台蒙古贵族的后裔；出于争权夺利，这些政权之间发生了一系列的战争。在此时期，蒙古贵族为了便于统治当地信奉伊斯兰教、使用突厥语族语言的诸民族，在当地的蒙古族中也大力推行伊斯兰教，以秃忽鲁帖木儿汗以及别失八里的马哈麻为代表人物，使数目相当的蒙古族居民也改信伊斯兰教，生活在农业区的蒙古族（蒙兀儿人）逐渐突厥化和伊斯兰化，相继失去了蒙古族的特性。16世纪初，察合台后裔赛德在天山南麓建立了叶尔羌汗国。这个汗国的居民主要是信仰伊斯兰教的蒙兀儿人，它是突厥和蒙古部落的混合