榆次知县，当时榆次连年灾荒饥馑，萧大亨开榜招抚流民、发仓赈济、改革赋税，得到民众好评。1565年（嘉靖四十四年），擢户部主事。翌年，升户部陕西司郎中。之后，历任河南按察司佥事、陕西按察司佥事、山西布政司右参议。于边陲之地抚民备兵，参与督师出边，打败南侵的鞑靼军。并把握时机，达到“款贡”之礼，促成贡市。1572年（隆庆六年），因念母上书请求归养。次年（万历元年），获准返乡，距家500里，闻母病殁，徒步跣足日行百里奔丧。守丧三年，内外称孝。守丧结束复官，复任山西按察副使、山西右参政。1580年（万历八年