后又成为后北条氏势力范围。1590年（天正18年）丰臣秀吉打败后北条氏之后，将德川家康的领地迁往江户，文京区的地界因而设立诸多武家住宅及寺庙、神社，埋葬德川家康生母的传通院 ，以及由德川纲吉之母桂昌院创建的护国寺都座落此地；后来，德川御三家之一，被称为水户黄门的德川光圀更在此修造水户德川家屋敷。幕府第三代将军徳川家光的乳母春日局和大奥中的女官音羽等都在文京区地界内受领过土地，“春日”、“音羽”等地名也一直沿用至今。大政奉还后，第十五代将军德川庆喜在区界内的旧小日向地区居住。日本的学校教育发祥地汤岛圣堂和幕府