帝国、察合台汗国、叶尔羌汗国、准噶尔汗国的统治，到干隆二十四年（1759年）被清军纳入清朝治下，清德宗光绪九年（1883年）置和阗直隶州。
突厥-伊斯兰教徒征服佛教国于阗.主条目：新疆的突厥化和伊斯兰化在公元10世纪，伊朗的塞迦佛教王国于阗是唯一尚未被突厥维吾尔族（佛教）和突厥喀喇汗（穆斯林）两国征服的城市国家。在10世纪后期，于阗展开与喀喇汗国的斗争。伊斯兰对喀什以东的佛教小国的征服始于公元934年，当年喀喇汗国苏丹萨图克·博格拉汗皈依伊斯兰教。萨图克·博格拉汗和他的儿子穆萨