禄时期，原本允许散居的中国人也开始被集中居住在唐人屋敷。元禄年间的长崎人口有约6万人，其中有1万人是中国人。江户时代的长崎不仅是贸易中心，更是兰学等西洋文化、学术流入日本的窗口。与长崎相对，平户、岛原等地在江户时代则是城下町，但规模相对较小。1792年（宽政4年），岛原火山喷发，当地农业受到严重打击。
长崎县的成立.1858年（安政5年）安政条约签订之后，长崎成为开港五港之一。1868年，长崎奉行河津祐邦在听闻幕府军在鸟羽伏见之战中战败之后出逃。九州各藩藩士和当地的有力人士决定设立