客运专线的选线考虑了高速铁路顺直短捷的要求和线路在中国高速铁路网中的作用，同时与沿线城市规划布局相协调，并考虑充分利用现有铁路、高速公路等交通通道。绍兴北站的选址考虑了绍兴市规划袍江、柯桥、越城、滨江四大城市组团的规划和绍兴市中心北移的趋势，建于距现有绍兴站北11公里处。而余姚至宁波段则考虑了宁波市对余慈地区的一体化规划，将车站设置于余慈一体化地区中心区域以期能同时吸引余姚和慈溪两地的客流。
桥隧.杭甬客运专线沿线多为软土，含水量较大，强度较低，且河网密集，路网纵横交错。同时，线路