乡前往洛阳报到，后拜左中郎将，封高阳乡候，颇受重用，「卓重邕才学，厚相遇待，每集燕，辄令邕鼓琴赞事。」期间大臣王允经常和蔡邕商讨，但王允常常辩论不过蔡邕，心里感到不满。董卓被杀，蔡邕伤感其遇，被司徒王允下狱，公卿们都惋惜蔡邕的才学，劝王允赦免蔡邕，太尉马日磾（音密低）对王允说：「伯喈旷世逸才，多识汉事，当续成后史，为一代大典。且忠孝素着，而所坐无名，诛之无奈失人望乎？」王允曰：「昔武帝不杀司马迁，使作谤书，流于后世。方今国祚中衰，戎马在郊，不可令佞臣执笔在幼主左右，后令吾徒并受谤议。」邕遂死狱中。