于斯德哥尔摩地区、芬兰西南部和爱沙尼亚之间，西部和东部哥得兰海盆是组成中波罗的海的主要部分。博恩霍姆海盆位于博恩霍姆岛东侧，而较浅的阿尔科纳海盆则由博恩霍姆岛延伸至丹麦的法尔斯特岛和西兰岛。在南部，格但斯克湾位于波兰的赫尔半岛东侧和加里宁格勒州的桑比亚半岛西侧。波美拉尼亚湾位于乌瑟多姆岛和沃林岛的北侧，吕根岛的东侧。梅克伦堡湾和吕贝克湾位于法尔斯特岛和德国海岸之间。波罗的海的最西部分是基尔湾，而三条丹麦海峡——大贝尔特海峡、小贝尔特海峡和厄勒海峡则将波罗的海同北海的卡特加特湾和斯卡格拉克海峡连接起来。