仍治敦煌县。贞元三年（787年），敦煌县陷于吐蕃。大中五年（851年），张议潮收复敦煌县，仍为沙州治所。
西夏.大庆元年（1036年），佔领归义军驻地敦煌县，仍为沙州治所。后省寿昌县入敦煌县。
元朝.成吉思汗二十二年（1227年），佔领敦煌县，废除州县建置，以其地属拔都。自此至清朝前期，敦煌地区不存在县的建置。
清朝.干隆二十四年（1759年），裁沙州卫，复置敦煌县，隶安西府。干隆二十七年（1762年），安西府由渊泉县移治敦煌县。