9日出生于日本三重县伊势市，为7兄弟当中的老么。父亲高畑浅次郎在二次大战期间曾在冈山县的担任校长，战后则就任过该县的教育长。小时因父亲要担任校长一事缘故前往冈山县居住，便有在1945年初夏遭遇到美军轰炸该处一带的经历。青年期间高畑勋前往东京就读东京大学文学部法文科，之后因在戏院观赏到由法国动画导演创作的动画《斜眼暴君》（）时大受感动，便决定从事动画界的工作。
东映动画时期.1959年从东京大学毕业后，高畑勋选择加入东映动画公司。起初有在《安寿与厨子王丸》、《》等作品担任导演