众趁机反扑，突袭本圀寺（本圀寺之变）。奉公众和明智光秀所率的织田军奋勇抵抗，北近江的浅井长政以及摄津的池田胜正、和田惟政等也奋战，击退了三好三人众的进攻。这次事件暴露了本圀寺守备不足的现状，因此足利义昭向信长请求重建了足利义辉建造的乌丸中御门第（旧二条城），以之为将军邸。重修的乌丸中御门第新挖了两道护城河，并翻修加高了石垣，增强了防御机能。只有世代担任室町幕府奉公众的武士和高级守护大名才能进入拜见。
与信长的对立.足利义昭依据当初的许诺，就任将军之后，在10月24日给予信长「御