舰在吴淞口附近海域触礁沉没，酿成重大事故。然而，经过袁世凯的力保，刘冠雄仅被革职。此后，刘冠雄历任德州兵工厂总办、北洋海防营务处会办、广东水师营务处总办。
袁世凯的心腹.辛亥革命爆发后，刘冠雄赴上海投上海都督陈其美，被任命为沪军都督府海军高等顾问。1912年（民国元年）1月，南京临时政府成立，刘冠雄任海军部顾问。但不久，他和汤芗铭、杜锡珪同赴烟台，投归袁世凯。同年3月，唐绍仪内阁成立，刘冠雄被任命为海军总长。此后，刘冠雄为近代海军制度的整备作出了贡献。同年12月，获授海军上将。