1月初公告2016年前3季营收新台币838.87亿元，年减14.09%，税后亏损新台币130.23亿元，每股亏损新台币3.76元，公司将进行减资53.27%弥补亏损，然后再增资私募新台币百亿元，以求稳定财务状况，同年底，公司方面再将阳明海运内湖大楼售予南山人寿，以降低亏损。2017年，行政院国家发展基金参与阳明海运私募，认购一亿股，成为仅次于交通部之外的第二大股东，此外，台湾航业也参与前一年的减资，公司方面因应之前的亏损，积极开源节流，于同年第一季的营运获得改善，子公司光明海运于首季亏损也已减半20