学研究院首次接受了女性学生的入学申请。在1966年，耶鲁为了推广女性的本科教育而向其姐妹校瓦萨学院（为女子学院）提出合併的请求，但遭到了拒绝。后来两校在1969年均各自成为了男女校。
司法部起诉.2020年10月8日，在亚裔美国人团体的多年调查和推动下，美国司法部以涉嫌种族歧视违反美国联邦民权法为由起诉耶鲁大学，称耶鲁在招生过程“基于种族和祖籍国的歧视”导致美国亚裔和白人录取率远低于同等实力的非洲裔美国人。耶鲁大学否认了相关指控。
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