克马赫迪政府，因而社会重拾了对科普特人的歧视。数百名科普特人被公务员和司法部门解僱。1991年2月，一名为苏丹航空公司工作的科普特飞行员因非法持有外币被处决。在他被处决之前，如果他皈依伊斯兰教，他就会获得大赦和金钱，但他拒绝了。成千上万的人参加了他的葬礼，许多科普特人遭到处决，并且开始逃难。科普特人对苏丹国籍的限制渐渐增加，他们很难透过出生或归化获得苏丹国籍，因此常在出国旅行时造成问题。没收基督教学校以及在语言和历史教学中强调阿拉伯伊斯兰教，伴随着对基督徒儿童的骚扰和头巾礼服法的引入。一名科普特儿童