的地区和山科盆地的丘陵地区已经有集落出现。到了弥生时代，平原地区也开始有集落出现。进入5世纪后，渡来人贵族秦氏开始在京都居住，其在京都盆地兴修水利，此为京都地区大规模开发之始。奈良时代末期，桓武天皇为了摆脱奈良佛教寺院势力的影响，于784年将首都从平城京（今奈良市）迁移到长冈京（今长冈京市）。然而仅过了不到10年，桓武天皇在和气清麻吕的建议下，于794年将首都又迁到位于山城国的平安京（也就是现在的京都市），自此开启平安时代，也开始京都作为日本首都的历史。平安京的选址参考风水思想，并且效仿中国的长安和洛阳