；东北地方的北上川、阿武隈川、最上川；关东地方的荒川；中部地方的木曾川；四国地方的四万十川；九州地方的筑后川等。日本独立入海的一级河流总共109条，其中流域面积2000平方公里以上31条：日本的湖泊数量不是很多。日本面积最大的湖泊是位于滋贺县的琵琶湖，其面积达670.3平方公里。琵琶湖属于构造湖，其历史相当长，生态系统多样，也是关西地区重要的水源。而最深的湖泊是秋田县的田泽湖，最大水深423.4米。海拔最高的湖泊是栃木县的中禅寺湖，湖面海拔1,269米。因日本火山活动频繁，日本的湖泊中火山口湖和断层