将其载至塔山堡（今辽宁锦西）调养，但毕自肃心灰意冷而自杀。袁崇焕至辽东督师后，命副将何可刚将兵变首谋张正朝、张思顺等十五人斩杀，又论军法，斩中军吴国琦、罚参将彭簪古，并罢免都司左良玉等。这场兵变加强了袁崇焕权力，事后，袁奏请崇祯帝取消辽东巡抚、登莱巡抚二职，崇祯帝均同意，尔后辽东大权由袁崇焕亲掌握，以统一事权。