接香港与广州、上海和北京等中国大陆主要城市的跨境城际直通车运行。另外也有少数跨境货运列车行走。在2000年代，九广东铁有了三次不同程度的扩展；为纾缓与观塘线唯一转乘站的九龙塘站挤迫情况，尖沙咀支线在2004年通车，经历29年后总站重回到尖沙咀，亦令尖东站成为其首个及当时唯一一个地底车站，该站设有连接尖沙咀站的行人隧道以便转乘。同年12月，马鞍山铁路（后称马鞍山线，现在的屯马线部分）通车，大围站大规模扩建成为转乘站。2007年落马洲支线通车，连接到落马洲管制站及深圳福田口岸。同时，支线亦预留位置，以便日后