庙依法登记为鄂托克旗宗教活动场所。1997年，重建9间密宗护法殿，在罗桑隆如布班智达六世罗桑次成（宝勒德）的主持下，新建一座银德木佛塔。1997年冬，北京雍和宫堪布喇嘛罗桑却日格赠送一套《丹珠尔》，藏于新召庙时轮经堂。1999年6月18日，青海塔尔寺葛扎活佛一行来到新召庙讲经。2000年10月17日，鄂托克旗党政联席会议决定，任命罗桑次成为新召庙主持喇嘛、庙管会主任。2001年2月，成立以旗长王峰为首的维修新召庙指挥部，同年3月26日鄂托克旗人民政府将《新召庙古建筑维修方案》上报伊克昭盟行署。2