娴熟的世家豪族很快成为了天皇用来剿灭反抗力量的工具。为了应付征战，军人不再是所有人都能胜任的，完全的专职军人--武士制度，也开始流行于日本国内。另一起源是守卫领主庄园的郎党与臣籍降下的王子。12世纪末，武士首领源赖朝出任「征夷大将军」，创立幕府，统帅天下军政，标志着武士时代的来临。尔后的军事领袖多半袭用「征夷大将军」之官位，实施统治。由1192年开始，大部分幕府势力握有日本实际政权，直到1868年明治维新，江户幕府奉还政权给天皇为止。之后武士被降格为士族，实际上相当于所谓的下级贵族。日本武士理论上必