后，直贡噶举派势力大减，但宗教方面仍保存了一定影响力。14世纪中叶，直贡噶举派实力逐渐恢复，并联合雅桑、蔡巴等万户与帕摩竹万户作战，但遭到击败，实力再次削弱。明朝，直贡噶举派的领袖旺仁波切仁钦贝杰（直贡梯寺第十三任寺主）于1413年（明朝永乐十一年）被明成祖封为阐教王。15世纪格鲁派兴起后，直贡噶举派抵制格鲁派，遭到击败。五世达赖受清朝顺治帝正式册封后，直贡噶举派不得不处在达赖的管辖下。自此时起，直贡噶举派也转而采用活佛转世制度。据西藏古墓遗址推断，天葬可能起源于7世纪之后。有学者认为，天葬是由直贡噶举