仓库起火引燃声屏障，导致西直门、大钟寺站停运逾2小时。为修复受损的桥体及声屏障，西直门、大钟寺站于2014年8月23日至24日停运施工。2016年10月1日至7日，为配合北苑路北延道路下穿13号线工程顶进施工，东直门站至立水桥站停止运营，施工单位为中铁六局。2019年2月10日至16日，为配合京张城际铁路新增清河站拨线工程，13号线西直门站至回龙观站（不含）停止运营7天，施工单位为中铁六局。2020年1月22日至1月29日，13号线西直门站至霍营站区间停运8天，以配合林萃路下穿13号线箱涵的顶进