在左右抵御欺侮拓跋珪之人，拓跋珪很信赖及依仗他。登国元年（386年），长孙肥与莫题等人俱为大将，跟随拓跋珪征伐刘显。登国三年（388年）五月，跟从濡源攻打库莫奚。登国五年（390年），长孙肥讨伐贺兰部，都立有战功。登国六年（391年）十月，拓跋珪北征柔然，柔然部族便迁移逃跑，魏军追至大沙漠南床山下，将其击败，俘虏了一半部族人民。柔然首领匹候跋和部帅屋击各自收集其余部逃走，拓跋珪派长孙嵩和长孙肥继续追击，穿过大沙漠。长孙嵩追到平望川，大破屋击，并将他擒获，斩首示众。长孙肥追至涿邪山，逼近匹候跋，匹候跋所部