新增南昌站，是香港第一个地铁与九广铁路共用的车站；美孚的转车通道也同时启用。2004年10月24日，为配合九广东铁尖东站启用，来往尖东站及尖沙咀站之间的行人隧道随着尖东站启用；尖沙咀站成为第4个与九铁连接的转车站。2006年9月18日，往返东涌至昂坪之观光缆车昂坪360开始投入服务。
两铁合併.为提高香港铁路运输系统的效率，政府计画把地铁与九广铁路合併。对此，社会各界有不同看法。有人认为合併后可节省行政开支，使票价有下调空间。有人则认为合併会令该系统成为「独立王国」，造成垄