在1681年镇压三藩之乱，恢复控制全国后，他作出决定，八旗都统不再自动成为议政大臣。自此以后，议政王大臣会议更多的致力于民政。虽然如此，但在第一次鄂满战争，康熙帝和准噶尔汗国于1687年至1697年间的战争期间，康熙帝经常向议政王大臣会议请教如何处理和准噶尔部可汗噶尔丹以及准噶尔之敌喀尔喀蒙古的关系。议政王大臣会议在康熙年间满足了帝国的需要，将商议结果传达给皇帝，皇帝通常遵循议政王大臣会议的建议。
为军机处取代.雍正帝在经过一场康熙帝诸子为争夺皇位而内斗的危机后承袭了康熙帝的皇位。