布汶与佛兰德军队展开了布汶战役，并烧毁了一部分里尔城，此后，佛兰德伯爵重新修缮了该城，建立了城墙等防御设施，并于1226年修建了。1297年，法兰西与佛兰德再次发生，最终佛兰德伯国成为法兰西的一个附庸。1325年，里尔出现了首个神学院。1369年，与菲利普一世通婚，里尔由此成为勃艮第-低地国的一部分，并与1384年划至十七省，成为佛兰德伯国的首府。1477年大胆查理逝世后，十七省逐渐分裂，佛兰德被哈布斯堡王朝继承，并在1506年至1677年间被西班牙王室控制，其间，里尔的纺织业得到发展，当地人口数量得以增加