刻碎之政以对抗王导等豪强势力，因而受到王氏所不满。因着元帝试图平抑士族的行为，手握重兵的江州牧王敦于永昌元年（322年）起兵，以诛刘隗为名，带兵攻打建康，不久亦上奏刁协的罪状。晋元帝决心抗争，召回出镇的刘隗和戴渊，准备决战。王敦到建康后即进攻石头城，守将周札开门迎王敦，元帝于是派刁协、刘隗、王导、周顗等领兵进攻石头，但都被击败，王敦成功攻陷建康。刘隗和刁协兵败后回宫见元帝，元帝握着二人的手，流着泪劝他们离开避祸，刁协起初不愿但元帝坚持，并给二人人马护送二人。刁协因为年老不能骑马，而且与人无恩情，元帝招募随从