站厅.为方便行人进出，站厅北侧被划分为收费区。站厅收费区设有三台扶手电梯、一组楼梯和一台专用电梯供乘客来往于站厅及月台层。科韵路站现时设有便利店以及自动售卖机、好易自助服务机。
月台.本站设有一个岛式月台，位于黄埔大道中地底。
出入口.科韵路站共设有3个出入口，其中A出入口和B出入口均位于黄埔大道中南侧的人行道上，而C出入口则位于黄埔大道中北侧，在C出入口于2019年3月30日开通前，需要来往黄埔大道中北侧的乘客需到A出入口附