三代实录》的条文与其他五国史的体例一致，不类出自他人之手。且五国史合计140卷，而《日本三代实录》50卷，单就《日本三代实录》加以增补，也不可能增加卷数至百卷之多，而主张《北野天神御传》的「分疏国史百卷」只是单纯的二百卷之误，但至今尚无定论。本书经应仁之乱，大半散逸，目录与系图已无存。现存62卷的部类有神祇、帝王、后宫、人、岁时、音乐、赏宴、奉献、政理、刑法、职官、文、田地、祥瑞、灾异、佛道、风俗、殊俗，共18类，每类之下又详分细目。而依国学院大学教授高田淳之说，已佚部类之可考者有东宫、征讨、地名等5类