古老的”“archaios”，中文译为“初古菌”。初古菌门是通过16S rRNA序列区分开的一类古菌，来源于美国黄石公园超热环境中的样品。通过荧光原位杂交能够确认它们的存在。但目前还没有能够成功培养的样品，与其他生物的关系也尚未确定。它们有可能并不是一个独立的类群，而是16S rRNA发生了某些快速或特殊突变的种类。