孙坚战死，继续跟随其子孙策到淮南起兵，攻克庐江，后跟随孙策到横江、当利，大破张英、于糜等，又展转进攻秣陵、湖熟、句容、曲阿，程普皆有战功，孙策增其二千兵，马骑五十匹。后又进破乌程、石木、波门、陵传、余杭，程普立功最多。孙策入主会稽，任程普为吴郡都尉，治于钱塘。后为丹杨都尉，居于石城。
豪勇绝伦.后从讨宣城、泾县、安吴、陵阳、春谷乱贼。跟随孙策进攻祖郎，可是孙策反而被围，程普与一骑持矛杀入重围，策马疾唿，敌军大败，孙策解围而出。后拜为荡寇中郎将，领零陵太守，又随军讨刘勋于寻阳，进攻黄