考中举人，隔年联捷进士，授南京大理寺评事。世宗登基，林希元上《新政八要》疏，倡行新政，得到採纳，升南京大理寺正。嘉靖二年（1523年），因忤逆寺卿遭劾，贬泗州判官。嘉靖九年（1530年），升任南京大理寺丞。嘉靖十五年（1536年），因处理辽东兵变之事，与夏言意见相左，被谪钦州知州，在任三年。嘉靖十九年（1540年），安南莫登庸屡犯边境，林希元主战，授广东按察司佥事，分巡海北兼管珠池兵备。乱平，林希元因上疏抨击夏言等，被黜归里。
着作.林希元一生的着作丰富，有《易经存疑》、《四书存疑