之后战国时代来临，斋藤氏由斋藤道三继承。道三成为稻叶山城城主后，立即流放美浓守护土岐頼艺，以下克上的方式支配美浓，但是后来被嫡子斋藤义龙所杀。义龙死去后，其子斋藤龙兴于永禄10年（1567年），被织田信长攻陷根据地稻叶山城，龙兴被流放后前往越前投靠朝仓义景。龙兴在天正10年（1573年），和被信长消灭的义景同一命运，一同被讨死，美浓斋藤氏灭亡。在信长统治下，道三的末子斋藤利治（长龙）在关、加治田合战后成为加治田城城主，仕于织田信忠并成为重臣，但是利治到底有否继承斋藤家，存在不同的说法。后来利治在本能