资金不足而停工，被削籍归里。干隆元年（1736年），免除修城欠款，诏召士奇进京，先入八旗通志馆充纂修，是年夏天，诏开三礼馆，被列入纂修名单，次年，复官侍读，在三礼馆专修《仪礼义疏》。干隆五年，以老病告归，干隆六年（1741年），三月二十二日卒于家。杨超曾为其撰写墓志铭。《清史稿》有传。
着作.惠士奇通经学，撰有《易说》、《礼说》、《春秋说》、《琴笛理数考》。
后代.惠士奇有子七名，以惠栋最为知名。