染料分子呈现不同颜色的原因是分子不同的带电荷状态。在红色形态时，全部三个氮原子均带有正电。两个磺酸基团有相当低的酸度系数，通常会带负电，因而在pH为0左右时，整个染料分子会带1个正电荷。绿色的形态则对应整体不带电荷。而在中性介质（pH7）中，仅有二苯胺官能团上的氮原子带有一个正电荷，所以整个分子带有一个负电荷而呈蓝色。这三个氮原子中前两个失去质子的pK分别是1.15和1.82。最后一个氮原子在强碱性环境下会失去质子，从而使染料变为粉色（p"K"是12.4）考马斯亮蓝和蛋白质的氨基、羧基基团产生静电作用，