重修了大雄宝殿、弥勒殿、讲堂、禅堂。1994年8月，释圣辉任驻寺方丈。1999年经国家宗教局批准该寺创办湖南第一所佛教院校。2013年5月10日起，经中国佛教协会副会长、湖南省佛教协会会长、麓山寺方丈释圣辉发起，麓山寺、玉泉寺、铁炉寺、松柏寺、洗心禅寺、石霜寺、雁峰寺、万福寺、南台寺、福严寺、大善寺、上封寺、海会寺等29座湖南省佛寺同时取消了门票，免费向游客开放，以此抵制商业化。
建筑.麓山寺全盛时期为唐朝，其时规模宏大，头山门达湘江之滨，二山门位于今岳麓山公园正门入口处，