948年11月12日，远东国际军事法庭（东京审判）判定其为甲级战犯，判处绞刑，12月23日在东京巢鸭监狱执行绞刑时，抽签抽到第一个接受绞刑。1978年10月入靖国神社合祀，并祀于殉国七士庙。
评价.土肥原贤二是当时日本的「中国通」，他熟读《三国》、《水浒传》，了解中国民族性，因此土肥原重信义、尚承诺也是为人所知。抗日名将马占山即认为土肥原不骗人；宋哲元也评价土肥原说话算话；德王痛骂日本人时如果扯到土肥原上，便说「他懂，他懂，他说话算话」。土肥原有两个外号，中国人叫他“