于没有直接与日本侵入军接触，他们撤回荷属新几内亚内部并对日军发起游击战二战结束后，荷兰人于1945年回到巴布亚地区。
印尼独立后.1945年8月17日印度尼西亚宣布独立，并声称拥有荷属东印度群岛的所有领土，包括荷属新几内亚。荷兰和印尼发生了四年半的武装外交斗争。1949年12月，斗争结束，荷兰承认了印度尼西亚对荷属东印度群岛的主权，但是荷属新几内亚除外。双方无法对该地区达成妥协，同意在一年内继续讨论这个问题。为了防止印度尼西亚控制巴布亚，荷兰当局显着提高了对巴布亚的开发支出