政府战败已成定局，中大校长周鸿经奉命迁校。中大师生普遍对国民党丧失信心，多数教授决定留在南京。周鸿经离校后，在中国共产党地下组织的主持下，中大先后组成应变委员会、临时校务委员会维持校务、保护校产，准备迎接中国人民解放军入城。同年4月1日，南京爆发反对国民党当局的学生游行，遭到军警镇压，中大有两名学生遇难；4月23日，解放军开进南京，军管会派赵卓到中大接管，宣布由森林系主任梁希主持校务。5月7日，解放军南京市军事管制委员会派员接管国立中央大学。8月8日，国立中央大学接华东教育部的通知，被改名为「国立南京大学」