不能单靠地温梯度来说明。对于这些温泉的热能和成分的起源众说纷纭，未有一个说法得以証实。
日本温泉的历史.日本因为火山众多，有丰富火山性温泉资源，关于温泉的神话和温泉起源的传说亦多不胜数。大部分温泉神话都和两位温泉神，大国主神和少彦名有关。例如关于日本三大古温泉之一的道后温泉，在「伊予国风土记」就有以下记载：大国主神做了海底管道，把大分县鹤见岳山脚涌出的「速见之汤」（即现在的别府温泉）引到道后温泉并治好了少彦名的病。此外，很多古代文献都有关于日本人使用温泉的历史记载，例如在「日本书纪