宣布取缔一切政党，控制媒体，解散议会。他本人担任救国革命指挥委员会（一个新成立的拥有立法权和执行权的权力机构）的主席，并同时担任国家元首、政府首脑、武装部队总司令和国防部长。1993年10月，救国革命指挥委员会解散，巴希尔改任总统，废除总理职务，实行总统制。1996年3月，巴希尔连任总统。
21世纪.2000年12月，奥马尔·巴希尔连任总统。2003年7月，达尔富尔冲突爆发。2005年7月，巴希尔再次连任总统。第二次苏丹内战结束。2010年4月11日，举办24年来