争端解决协议协商从此展开。该协议在签订前，曾一度称为两岸经济协议。
缘起.在2008年初，第十二届中华民国总统选举中国国民党籍候选人马英九于竞选政纲中，提到当选之后将与中国大陆签订经贸协定。同年3月，中国国民党击败民主进步党再度执政。
架构.台湾官方强调ECFA的架构过程是模仿中国大陆与东协自由贸易区的架构。可是在这当中却存在着「系统相容」的问题，差别在于东协与中国大陆加入WTO是以开发中国家成员加入，而中华民国是选择以已开发地区加入WTO，所以中华民国已