乳牛肝菌属、假松露的、以及单型的。2008年的统计显示本科有54种物种。本科原本还有两个属"Gastrosuillus"与"Fuscoboletinus"，已基于分子种系发生学的研究而被併入乳牛肝菌属中。分子证据也显示牛肝菌目中，乳牛肝菌科与须腹菌科、铆钉菇科、截轴包菌科（Truncocolumellacae）等类群的亲缘关系较为接近，有研究将本科与这三科共同归属于乳牛肝菌亚目（Suillineae）。