1858年（安政五年）12月创建。1867年（庆应三年）2月，于玉川启吉居所暂设。1875年（明治八年）12月，曾我信彦从带来祖师画像，玉川启吉的租住处暂设说教所。1876年（明治九年）6月，于亲船町北25番地建立“真宗东派説教所”。1878年（明治十一年）11月12日，经开拓使函馆支厅许可后搬至现地址。1879年（明治十二年），说教所更名为“能量寺”。1892年（明治二十五年），重筑大殿。1927年（昭和二年）至1928年（昭和三年）间，东本愿寺第二十三世管长大谷句佛来访北海道