最早建设的，推定是在将东寺下赐给空海的弘仁14年（823年）完工。当初的金堂在文明18年（1486年）烧失，近一世纪后重建，现存的建筑是庆长8年（1603年）所建。歇山顶、本瓦葺，外观看来为二重屋顶，实有一层是裳阶。建筑样式混合了和样和大佛样，可看到使用枋（日语：贯）和翘（日语：插肘木）以支撑高耸天花板的大佛样特点。内部的广大空间中放置本尊药师如来坐像，以及日光菩萨、月光菩萨的两脇侍像。
讲堂.重要文化财，建于金堂背面（北边）。天长2年（825年）空海开始施工，承和2年（835年）