毒死珊瑚及其他非目标物种；捉走了一些当地稀有的品种；一些物种是生境系统的关键，大量採捕会破坏该生态系统。此外，环境学家已忧虑到破坏性捕鱼法对环境的危害，水族人士协商发起运动，以人工繁殖计划及野外採捕认证计划降低水族贸易对野外採捕的依赖。1997年一份调查美国饲养水族人士的问卷中，有三分之二受访者选择人工育养，而非野外採摘的珊瑚，另外超过80%受访者认为贸易应该只准许人工繁殖及可持续性採捕活动。1893年，法国首先成功人工繁殖出暹罗斗鱼（"Betta splendens"），人工繁殖的技术亦开始缓步发展。