授委散秩大臣、奉宸苑卿。咸丰帝即位，擢内阁学士，兼副都统、护军统领、銮仪使。咸丰四年（1854年），授御前侍卫，迁工部侍郎，历礼部、户部。咸丰七年（1857年），擢左都御史、理藩院尚书，兼都统。英法联军入侵广州，肃顺主战，反对恭亲王主和。咸丰八年，调礼部尚书，仍管理藩院事，又调户部。咸丰九年，搆陷科场主考、军机大臣、文渊阁大学士柏葰斩立决。肃顺监斩，自此以后，“司文衡者懔懔畏法，科场清肃”，整整三十年。咸丰十年（1860年5月），太平军攻陷苏常，咸丰帝准备调湖北巡抚胡林翼为两江总督，肃顺认为：“