后宗教改革影响到该地区，导致丹麦国教改为路德宗。在瑞典独立后，丹麦曾两次尝试重新控制瑞典，第一次为北方七年战争，第二次为卡尔马战争。两次战争没能让丹麦重新统治瑞典，但瑞典被迫为战事赔款。在这段时间里，丹麦曾效仿荷兰东印度公司建立了丹麦公司，计划殖民斯里兰卡，但实际控制区域仅为印度特兰奎巴。
三十年战争（1618－1648）.在三十年战争中，丹麦国王克里斯蒂安四世试图成为路德宗国家的首领，却在1626年卢特战役中惨败；1627年，阿尔布雷赫特·冯·华伦斯坦领导天主教军队入侵掠夺了