利文中称为「Mogadiscio」的该城设为义大利在东非的殖民地、义属索马利兰的首府。而摩加迪休週遭的其他地区，则是在1936年时完全落入义大利的控制之下。第二次世界大战期间，属于轴心国成员义大利的殖民地之义属索马利兰，自然也是同盟国的攻击目标之一。英国自肯亚（当时是英国殖民地）方面对义属索马利兰发动攻击，并在1941年2月26日成功拿下摩加迪休，一直统治着该地直到1952年时，才将索马利兰归还给义大利，恢复义大利所属之保护国的地位。1954年时，索马利亚国立大学在摩加迪休创校，是该国第一次拥有了高等教