民国三年（1914年）三月，当选约法会议议员，经李经羲推荐，袁世凯拟授其为广东巡按使，并提出为其封爵，其锽不满袁世凯复辟帝制而离京，以研究先秦诸子为名隐居上海。民国六年（1917年）六月，李经羲就任国务总理，张其锽为高等顾问。不久因张勋复辟，再次退居上海，潜心研究《墨子》。此后，张其锽通过其兄张其鉅结识吴佩孚。护法战争期间，成为湖南省省长兼湘军总司令谭延闿的幕僚。民国八年（1919年），吴佩孚率兵进驻衡阳，与谭延闿军对峙，经张其锽牵线，双方订立休战协定，从此与吴佩孚交厚。第一次直奉战争期间，担任吴佩