亡严重而且正值农忙时节，很多农民义军无心应战，全琫准最终同意与朝廷和解。双方在6月10日签署《全州和约》，停战、撤军。根据《和约》，朝廷同意起义军以下12条要求: 此外，双方还同意设置执行协议的执纲所。《全州和约》签署后，起义军撤出全州，退往顺昌、南原一带。全琫准等农民起义领袖的工作开始转向执纲所的建立。执纲所由一名执纲和书记、省察、执事等议事员组成。各级官吏必须协助执纲所改革弊政。全罗道有53个郡建立起了执纲所。首府全州还建立起更高一级的大都所。不过由于官吏的阻挠，起义农民的要求没能得到很好的落实。