在1918年停战后，巴伐利亚号连同公海舰队的大部分舰只都被扣押在英国大舰队的母港斯卡帕湾。巴伐利亚号于1918年11月23日抵达那里，仅带着包括林德曼在内的175名。林德曼随后受命返回德国，于次年1月12日抵达基尔。1919年6月21日，海军少将路德维希·冯·罗伊特下令凿沉己方舰队，巴伐利亚号于14:30沉没。
战间期：国家海军.当恩斯特·林德曼回到德国时，尚不确定他能否继续从军。根据1919年6月28日签订的《凡尔赛条约》，前德意志帝国海军将缩减至15000人，其中包括1500名