有荚膜的菌株称为NTHi(nontypable)，因为它们没有荚膜的血清型。虽然已知荚膜类的乙型流感嗜血桿菌（或是b型流感嗜血桿菌，简称HiB）是毒性的主因之一，但感染流感嗜血桿菌的病因却仍未完全清楚。牠们的荚膜能帮助牠们抵抗在没有免疫的寄主体内的吞噬作用及不触发补体介导的裂解。没有荚膜的菌株则较少侵略性，但牠们能诱发炎症而产生其他病症，如。接种HiB结合型疫苗是一种有效的预防方法，其中某几种疫苗已经广为使用。
病症.大部份流感嗜血桿菌都是机会性感染细菌，即牠们会在寄主体内生存