锷亦有疾，遂陪同蔡锷至日本就医。后来蔡锷不治身亡，蒋百里因而失去政治靠山。1917年任黎元洪总统府顾问，着《军事常识》。往后数年间，蒋百里公职清闲，闲来着书立说，担任一些杂志的编辑、组织诗社等。1918年底随梁启超赴欧洲考察，1920年回国，投入新文化运动。1925年至汉口任吴佩孚军总参谋长，主张联络广东国民革命军讨伐张作霖，吴不纳。后来吴佩孚决定联奉击冯。蒋百里于1926年辞职回上海投孙传芳，又因孙投靠张作霖而离去。1929年，唐生智拥兵讨蒋介石。蒋百里在保定军校任校长时，唐生智为其学生，过从甚密