深井天主教小学前身是柴湾角天主教小学﹐而后者前身却为位处牛头角龙山复华村平房区的庇护十二学校。复华村于1978年开始被清拆（香港政府清拆复华村后在原址建成乐华村）。庇护十二学校亦于1979年被清拆，原址后来建成乐华天主教小学（乐华天主教小学前身则为牛头角天主教小学，这校都是玛利诺会创办）。庇护十二学校部份教职员转往玛利诺会其他学校，但大部份都转到天主教香港教区神父刘玉亭神父在荃湾新开办的柴湾角天主教小学。2009年柴湾角天主教小学上午校迁往深井并改名深井天主教小学继续由天主教香港教区办学。柴湾角天主教小学下