乙酰辅酶A等物质浓度升高），柠檬酸循环速度较慢，而当细胞供能处于不足状态时（ADP浓度高，ATP、NADH浓度低），柠檬酸循环的速度会加快，保证能爲生物体提供适量的ATP以及还原辅酶。首先，因爲柠檬酸循环是唿吸作用的一个环节，对下游的电子传递链、氧化磷酸化进行调控即可对柠檬酸循环起到调控作用。对柠檬酸循环上游的丙酮酸氧化进行调控也可以起调控柠檬酸活性的作用。另外，也可以通过调控柠檬酸循环中的酶的活性起调控柠檬酸循环的作用。从化学原理上讲，对能进行得较彻底的反应进行调控效果较好，因此，丙酮酸脱氢酶、柠檬酸