年1月，郑天挺多次参加傅作义召开的会议，要求保卫北平。1949年5月，北平市军管会文管会接收北大，任命郑天挺为校务委员会委员、副校长、秘书长、兼史学系主任，其他仍任原职。1951年，郑天挺到中南地区的江西省泰和县参加土改。1952年院系调整，郑天挺调任南开大学历史系教授，中国史研究室主任。创建南开大学明清史研究室，主持校点《明史》。1961年夏，郑天挺任南开大学历史系主任。参加中华人民共和国教育部文科教材编选历史组副组长，主编了《中国通史参考资料》8册（与翦伯赞合编）及《史学名着选读》6册。1962年，应中