医院的前身，三年后迁至台大医院现址西侧。「病院」即日语「医院」之意），从日本派来医生10名、药师9名、护士20名。1897年4月12日台湾病院院长山口秀高在院内创办医学讲习所（又称土人医师养成所，土人意指台湾人），以培养台湾本地医师为目的。1898年3月总督儿玉源太郎起用了曾任卫生局长的后藤新平任民政长官之后，1899年2月20日升格为台湾总督府医学校，五年制专收台湾人全部住校。1899年4月1日，台湾总督府医学校举行「开校式」（开学典礼），首任校长为山口秀高。《台湾总督府医学校规则》第一条即开宗明义说