独立之后的墨西哥国土却渐渐缩小，不少领土被永久割让给美国。1836年，在美国策划下，东北部的德克萨斯宣佈脱离墨西哥独立，建立德克萨斯共和国。1823年和1841年，尤卡坦两度宣布独立，1853年永久加入墨西哥联邦。1838年爆发糕点战争。1848年在美墨战争战败后，墨西哥被迫把北部大片的土地售予美国（面积相当于美国现今南方的七个州份）。1853年的加兹登购地又使墨西哥失去7万多平方公里的土地。1860年代，墨西哥被法国军事占领，建立傀儡政权：墨西哥第二帝国。在总统胡阿雷斯的领导下，赶走了侵略者。胡阿雷斯由