时朝野对这没有人不责怪和叹息，征西大将军陶侃更十分忿恨。咸和四年（329年），苏峻之乱平定，陶侃便上奏卞敦「阻军观望，不赴国难，无大臣之节」，并请卞敦收付廷尉。丞相王导以祸乱之后应该多寛赦为由，让卞敦转任安南将军、广州刺史，但卞敦因病不上任。后来被征任光禄大夫，领少府。卞敦因为没有出兵讨伐苏峻，经常感到惭愧羞耻，对他的评论价亦下降，不久便忧死，获追赠本官，加散骑常侍，谥敬侯。