早年.出生于日治台湾台南州嘉义市北社尾（位于今嘉义市西区），父母亲生有五子二女，萧万长是家中排行第三（有四个兄弟及两位妹妹）。曾在日治时期时就读幼稚园，战后就读北园国小，直到四年级转学。1951年毕业于嘉义市大同国小，之后考取了嘉义商职、嘉义工职和嘉义中学（今嘉义高中），当时他想多读点书考取大学，而舍商职选择嘉义中学。1957年毕业于嘉义中学高中部，1957年至1965年就读国立政治大学外交系、所。
家庭.配偶萧夫人朱俶贤，长女萧如婷，女婿王关生。次女萧如