慈惠院利用「恩赐财团明治救济会」的捐款 25,000 圆，选定在寿町一丁目35番地设立盲哑学校，并在1915年9月开始兴建，于同年11月竣工。1921年4月，台湾各地慈惠院救济负责区域修正，台南慈惠院的救济区域改为台南州台南市、新丰郡、新化郡、曾文郡、北门郡，台南州北侧区域则由嘉义慈惠院负责。同年5月，盲哑学校改由台南州厅管辖，改为「台南州立盲哑学校」。1923年1月，台湾实施民法，台南慈惠院于是于同年12月登记改组为「财团法人台南慈惠院」。1923年10月，台南慈惠院在末广町一丁目47番地开设了诊疗所