春来的崛起，在国家队的地位愈发尴尬的吉新鹏于2002年秋末向国家队申请转任教练，并于11月起正式担任国家三队（青年队）教练。
国家队执教.吉新鹏自2002年11月起担任国家三队教练，负责年轻选手的训练事宜，曾经带过谌龙、杜鹏宇、文凯、周文龙等人。2005年1月，吉新鹏被调至一队担任男单助理教练。之后李永波认为他已有经验而将他先调至二队，2008年起再度担任一队的助理教练。
林丹拳打教练事件.2008年4月8日，中国队举行一场队内赛，将队员分成两组进行团体赛