为右副都御史。因定兵乱有功，升任兵部右侍郎。长昂骄横，李颐与总兵王保将其心腹小郎儿等七人抓住，叛贼于是害怕。不久，其别部伯牙入寇，李颐率领将士将其击败于罗文峪，升任兵部左侍郎。万历二十九年（1601年），升右都御史。当时，朝廷派往使者到各地征收矿税。马堂驻于天津，王忠驻守昌平，王虎驻保定，张晔驻通州。李颐上疏道：“燕京是王气所钟之地，离陵寝也近，一开凿必定损伤灵气。”又称：“畿辅土地荒芜，收成不高，而敕令使者索求却不遗余力，恐怕临清变乱惨剧，将会重新上演。”不久，辽东税使高淮诬蔑弹劾山海同知罗大器，李颐