质序列对演化的定量研究有很大的潜力（通过），但是主流的演化生物学家对于分子生物学在回答演化因果关系重大问题上的意义表示怀疑。各学科的生物学家开始声称他们的重要性和独立性：特奥多修斯·多布然斯基针对分子生物学的挑战给出了他的着名论断，生物学的一切都没有道理，除非放在演化的光芒之下。在1968年之后，这个问题变得更加突出。木村资生的演化中性理论提出至少在分子水平，自然选择并不是演化的唯一途径。而分子演化可能是与形态学完全不同的过程。1960年代起，“分子/形态学悖论”成为分子演化研究的关注点。Section