省政府系统出走。新国民党连线在1993年离开中国国民党、成立新党，宋楚瑜在2000年中华民国总统选举结束后另立亲民党。2000年10月，李登辉已离开中国国民党权力核心，国民党把李登辉开除党籍，亦清除李系人马，连战与宋楚瑜和解，推动国亲联盟继续对抗民主进步党和李登辉人马组成的台湾团结联盟；适逢核四停建，新党提出「泛蓝」概念，将原「泛国民党」之中非主流的势力整合为在野党政治联盟。「非主流派」这个词汇不再被使用。郝柏村、林洋港等在李登辉离开国民党后重返国民党。