11年才被发现，以白莲圣母的名义供奉在南厂保安宫内 。19世纪后半叶，大士殿、海神庙、蓬壶书院、赤崁楼文昌阁、五子祠等建筑，先后盖在赤崁楼的原址上。这五座建筑物，巍峨高耸，为破落的赤崁城址平添了壮伟气派。
日治时期.台湾的日治时期，日本人则以海神庙、文昌阁和五子祠当做医院和学生宿舍。1921年，日本人在拆除大士殿重整该址时，又重新发现了普罗民遮城的旧堡门，然后又发掘到东北角的荷兰砲台残蹟，以及通到堡垒地下室的门户，因此将之为历史馆。战后重加修缮，成为台南市立历史博物馆。19