士兵因疾病死亡有十分之七，但叛乱依旧未镇压。王莽召回冯茂并处死他。再派遣宁始将军廉丹与庸部牧史熊征讨。刚开始战事顺利，后来粮草无法跟上部队，士卒饥疫，死者数万。王莽眼看战事焦灼，干脆又召回了廉丹。 廉丹回到常安后，王莽准备让廉丹和严尤一同讨伐匈奴单于舆,因严尤反对而作罢。绿林赤眉起义后，任更始将军，地皇三年（22年）孟夏，与太师王匡率十几万大军，前往山东，镇压樊崇赤眉军，沿途部队姦淫烧杀，无恶不作，屠杀百姓近万人。民间流传歌谣：「宁逢赤眉，不逢太师（王匡），太师尚可，更始（廉丹）杀我」。廉丹下属冯衍