国大陆在李明哲事件上的作法对两岸关系有影响，17.1%认为没影响。行政院长赖清德在9月12日受访时表达，李明哲不可能，也没有能力去颠覆中共政权，对李明哲「被认罪」表示遗憾，并唿吁中国大陆尽速放人。就李明哲11月28日的「颠覆国家政权」罪名判决，总统府和陆委会表示「无法接受」，指出「传播民主理念无罪」。2018年3月19日，第二次上任的陆委会新任主任委员陈明通在就职仪式上表示，这日也是李明哲被陆方限制人身自由满一年的日子，对于李明哲案表达高度关注，指示陆委会同仁须持续全力营救李明哲，并协助家属