该部由海军部长领导，在海军中代号为SECNAV。海军部长由一名海军部次长辅佐。直至1947年美国国家军事机构成立以前，该部与美国战争部（当时陆军就隶属美国战争部，空军没有独立成军，隶属美国陆军）的部长为美国内阁成员。之后，国家军事机构于1949年更名为国防部。从而使海军部成为国防部的一个分支机关。该部由主要位于五角大楼的行政部门以及邻近的海军附属建筑构成，并负责海军以及海军陆战队的士兵以及文职人员征召、组织、后勤、装备、训练、部署、召回及其人力资源和实物资产。该部还对海军舰艇、飞机、装备以及设施的建造、