枪械弹药丢入海中，然后逃离澎湖。之后因民众进入砲台搜刮，误让火药库爆炸，此时约为13:00。14:00，日军修复金龟头砲台设备，砲击渔翁岛的砲台，并无反应。16:00，日军发现三艘小船，派海军速射砲队前往渔翁岛侦查后，确认该岛连同东、西砲台（西屿东台、西屿西台）已无清军，至此澎湖群岛完全落入日军手中。
后续发展.日军攻陷澎湖后，掳获清朝澎湖守军兵器共计有：海岸砲18门、格林砲4门、铜制克氏野战砲12门、青铜砲1门、铸铁野战砲98门、毛瑟枪2463挺、要塞砲弹1222发、野砲弹868