二年（1597年）正月，秀吉再次派兵入侵朝鲜，史称「庆长之役」（朝鲜称为「丁酉再乱」）。日军盘据釜山，再进逼汉阳。然而明国援军（约8万）加入战斗行列后，日军攻势再度受阻，被迫死守于海岸各倭城。庆长三年八月十八日（1598年9月18日），丰臣秀吉病逝于京都伏见城内，享寿六十一岁。隔年，庆长四年（1599年），遵照遗嘱将灵柩安葬于京都方广寺阿弥陀峰山顶上，并在山上建造神社（今丰国神社）供奉丰臣秀吉的牌位。追赠正一位，并由后阳成天皇赐予神号丰国大明神（后来遭到禠夺）。死前他亦已託付前田利家监视德川家康及辅佐丰