科和杰克一起承受着巨大的痛苦，他开始考虑离开星际舰队以专心抚养杰克。此时，西斯科的老上级莱顿提议让他前往刚刚从卡达西统治下独立的贝久担任深空九号太空站站长，西斯科也被提升为中校。西斯科在这里的主要任务是协助贝久临时政府进行战后重建，帮助贝久完成加入星际联邦的准备工作。2369年，西斯科抵达深空九号，并与让-吕克·皮卡尔见面。西斯科本就不愿来深空九号工作，加之他还因为妻子之死对皮卡尔心存怨恨，因此这次会面并不愉快。西斯科当场向皮卡尔提交了辞呈，但表示在得到回复之前会尽一切努力做好工作。西斯科在到任后立