8年任中华人民共和国科学技术部副部长。2003年，当选中国人民政治协商会议第十届全国委员会委员。2004年10月起任中国科学技术协会党组书记，11月任中国科协书记处第一书记。2005年任中国科协常务副主席。2007年10月当选中国共产党第十七届中央委员会委员。2011年4月，不再担任中国科协职务。2013年，当选全国政协十二届常委及科教文卫体委员会副主任。
邓楠与赵紫阳下台.据鲍彤分析，邓小平与赵紫阳分裂，导致赵紫阳下台，原因中邓小平的子女起了非常坏的作用。