职北京国安领队的洪元硕想起了程月磊，程月磊最终在2007年以80万元的价格转会北京国安。2009年北京国安双线作战，他们想买一个有中超经验的球员来给杨智踢替补。当时的国安守门员教练李立新想到了深圳队的张磊，便用程月磊加上40万元，与深圳队交换替补门将张磊。程月磊很快在深圳队便得到主力门将的位置。在赛季末，程月磊并力助深足保持10轮不败的战绩，最终球队保级成功。2010年程月磊继续作为球队主力门将表现出色，在当年清明节客场对北京国安一役中守住领先助深圳红鉆爆冷2比1从工体带走3分，并少有地以客队球员身