天故宫（今沈阳）文溯阁，第三部存于京郊圆明园文源阁，第四部存于承德避暑山庄文津阁，合称“内廷四阁”（或称“北四阁”），「只准大臣官员、翰林等阅览」。后又以江浙地区为人文渊薮，文风鼎盛，就再钞的正本三部，分别存在镇江金山寺建文宗阁，扬州大观堂建文汇阁，杭州西湖行宫孤山圣因寺建文澜阁，即“江浙三阁”（或称“南三阁”），各藏抄本一部，「为便于士子入院钞阅」副本存于京师翰林院（其中文渊阁本最早完成，校勘更精、字体也更工整）。编纂《四库全书》时，清廷为维护统治，大量查禁明清两朝有所谓违碍字句的古籍（见四库禁书）。