台湾（社会篇）」课程的教科书，部分人士对这本教科书的某些观点不赞同，引起不小的风波（这套教材用于1997学年至2001学年间进入国中就读者，后因实施九年一贯而不再使用。）在1997年，担任国立编译馆「高级中学历史教科书编审委员会」主任委员时，提出以「同心圆史观」编写中学历史教科书的主张。
学术思想.杜正胜的新史学思想分为两个阶段，第一阶段增添历史研究的内容，以下层人民补上层菁英，以生活补政权与文化。第二阶段提倡超越中国疆界的历史研究，以同心圆史观作架构而包含台湾、中国、亚洲与世界。