印尼为主的外籍穆斯林礼拜为主，类似台湾天主教菲律宾信众、越南神父的状况。2006年的美国国务院报告显示台湾全境约有53,000人（0.2%）为逊尼派穆斯林。而台湾什叶派穆斯林绝大多数是来自伊朗的外籍人士，目前并无建立什叶派清真寺，亦无异端社群（如阿赫迈底亚等教派）。中央研究院社会学研究所研究员瞿海源所着《台湾宗教变迁的社会政治分析》一书中则认为现今台湾穆斯林约只剩下两万人。而位于台湾的「中国回教协会」秘书长马忠尧则估计台湾现约只有五千位穆斯林定期参加主麻聚礼的传统伊斯兰教礼拜。另一方面台湾的穆斯林本身也