红军占据东北，中国共产党在东北扩张势力，故国民政府任命的东北各地方长官多滞留在北平、天津，而董文琦不顾危险，前往沈阳市成功从苏军手中接收了市政。后来他去职后又再度出任沈阳市市长。1948年冬，他奉命撤离沈阳市。1949年初，他应台湾省政府主席陈诚邀请来到台湾。此后，他于1950年任行政院政务委员。1972年，他从行政院退休，转任总统府国策顾问兼国家建设研究委员会委员。卒年不详。