家高等院校调整政策和学校当时地处战略前沿等因素的影响，建校初期建设的八个系和十多个学科，大部分被调整到内地其他院校或独立为国家专门科研机构，学校损失巨大。数学系被撤销，除公共数学授课外的师资调整到东北师范大学；物理系由王淦昌领衔的核物理师资被调往中国工程物理研究院；理论物理师资并入吉林大学；由王大珩领衔的光学师资被调往长春组建中国科学院仪器馆（1956年改名为中国科学院长春光学精密机械研究所，后继续分拆组建中国科学院上海光学精密机械研究所）；电机系被并入东北工学院（现东北大学）；当时国内唯一的电讯雷达系全体