彤，生于日据时期的朝鲜。方于青年时代得到美国传教士的资助到上海的美国浸会学院（American Baptist College in Shanghai）就读，之后进入清华大学哲学系主修西方哲学，1932年毕业，论文题目是莱布尼茨的单子论。毕业后又留在清华做了两年研究生。在之后的四年间，他辗转于南京和北京，经历结婚，生子，丧妻。
《华裔学志》时期.1940到1947年，方志彤参与编辑辅仁大学主办的东亚研究刊物《华裔学志（）》，初任编辑部秘书，1945年以后任编委。期间，他为《华裔