4月16日卸任。其后转任总统府战略顾问。1996年5月30日，李登辉批准由庄铭耀出任驻日代表。2000年陈水扁当选总统后延揽其担任国家安全会议秘书长。后因肝疾日笃，免除国安会职务，于2001年9月接替林金茎担任亚东关系协会会长。2002年1月6日因肝癌末期导致肝衰竭，于当日上午8时14分病逝于台北荣民总医院。
尹清枫案.1993年12月10日，爆发海军总部武器系统获得管理室上校执行长尹清枫命案。虽然案发之后海军总部方面立刻成立军法专案小组及善后处理小组调查处理各项事宜，然而因