在英语中的「"Gentoo"」是源于葡萄牙文的「异教徒」（Gentio）一字，因为其头部有白色带状类似头巾的花纹；而中文名称巴布亚源自种名"papua"，因巴布亚企鹅命名时曾被误以为源自巴布亚新畿内亚。
分类学.巴布亚企鹅是阿德利企鹅属（"Pygoscelis"）的三个成员之一。粒线体和细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，王企鹅属（"Aptenodytes"）在约4,000万年前与其他企鹅族群分支之后的200万年，阿德利企鹅属亦开始与其他企鹅出现分支。这以后，直到约距今1,900万年，阿