应运而生，于1607/1608年的冬季学期正式开始教学活动。由于黑死病的流行和三十年战争的影响，刚创办不久的学校便不得不面临搬迁的命运。从1625年5月25日至1650年5月5日的近25年间，学校都一直在附近的马尔堡上课。这期间虽也曾于1633年回过吉森，但只短暂停留了12个月。1787年至1833年期间，会计师、统计学家（August Friedrich Wilhelm Crome）来到吉森大学讲学，同时还出任校长和一个叫作“战争委员会”的委员。这个委员会的作用是要防止大学图书馆的藏书被法国占领军