来寺和高野山僧兵的唿应，一时进逼近江国。但在近江坂本遭六角高赖的击败，逃往河内国时又为细川政元所败，足利义尹只得逃往周防国，投奔在应仁之乱中曾支持父亲义视的大内氏，寄居大内义兴的门下。畠山尚顺则逃往纪伊国。1507年（永正4年），细川政元遭到暗杀，细川氏陷入内讧（永正错乱）。义尹见机决定复辟，次年4月在大内氏的支持下联合中国地方和九州的大名进军京都，并得到细川高国等人的支持。6月佔领京都，放逐了将军足利义澄和管领细川澄元，7月复位为将军。
重任将军职.此后足利义尹派与足利义澄派