吴仪以“要回国处理紧急公务”为由，突然取消原定与日本首相小泉纯一郎的会见。当日晚，外交部发言人孔泉称：“在吴仪副总理访日期间，日本领导人连续就参拜靖国神社问题发表不利于改善中日关系的言论，中方感到十分不满。”在他的努力下，2006年10月，新任日本首相安倍晋三对华进行访问，与中国建立“战略互惠关系”。而中华人民共和国总理温家宝也对日本进行访问（史称“融冰之旅”）。2007年回国后，王毅出任外交部党委书记、副部长；并在当年10月召开的中共十七大上，首次入选中央委员会委员。
出任国台