1面1线，构内西侧由山阴本线（嵯峨野线）使用的港湾式月台3面4线、南侧由奈良线使用的港湾式月台2面3线。各月台在西侧以东侧闸机内地下通道连结。跨站式站房与各月台设有升降机。JR东海的新干线位于JR西日本的各月台南侧，东海道新干线使用岛式月台2面4线的高架车站。全部营业列车均会停车，因此不设通过线。
JR东海.此站位于JR西日本车站南侧，岛式月台2面4线的高架车站。所有营业列车都停靠，故而不设通过线。2016年3月10日月台启用月台闸门。
京都市营地下铁