1650年，佩德尔为台湾荷兰教会议会的议员，和几位牧师、商务员阿尔分(P Alphen)共同督导台湾传教工作。当时荷兰教会系统隶属荷兰东印度公司，传教士都是公司人员，由公司行政主管指派任务、核定薪资。但是教会不欢迎行政主管过度干预传教业务，行政派的台湾长官维保和教会派的台湾副长官揆一不合，政教两派斗争激烈。1651年9月8日教会派的揆一戴佩德尔和其他教会代表希望由维保带领的大员议会改由教会命教士。1651年10月9日佩德尔、克鲁夫牧师、商务员阿尔分再次见面巴城特使，请他制止维保长官和斯诺克对传教士工作的