府下，兼宁朔将军、南济阴太守。后历转盱眙太守，虎贲中郎将，宁朔将军、阳平东平二郡太守，济南太守及南郡太守。景和元年（465年），殷孝祖以宁朔将军督兖州诸军事、兖州刺史。同年年末宋明帝因政变登位，但他的政权并未得到全国各方镇的支持，诸镇反而支持寻阳的刘子勋政权。面对如此困境，司徒参军荀僧韶建议宋明帝征召舅舅殷孝祖入援，宋明帝于是派他到兖州。经过葛僧韶劝说后，殷孝祖抛下妻儿，就带着麾下二千名文武官吏跟着僧韶回建康。当时宋明帝有效管辖区域只有建康所在的丹阳郡而已，殷孝祖的入援，加上他手下的悍勇壮士，都足以安定