查理五世和圣母无染原罪瞻礼的名义占领当地。最初在这里建城的人把它的地理位置描写为，离海洋、“尼加拉瓜”的中心和莱昂等距。这里土地肥沃，有丰盛的草地、大量农作物，空气良好，天空晴朗。西班牙人在这里选择了一个没有树木的高地开始建城分地。被驱逐的原住民点燃了西班牙人的稻草屋顶，由此把他们在这里分地的计划推迟了两年。
地主会议.1540年起长期为洪都拉斯首都。1543年9月3日腓力二世下令地主会议在科马亚瓜召开。同时他把这个领地授命为圣玛丽亚的科马亚瓜的新巴利亚多利德，这个名字