最早将男女性交当成修行方法的，是密教中的无上瑜伽部。他们认为，释迦佛祖佛灭前在印度哲蚌地方传授《时轮金刚》法时，以欢喜佛的本尊示现，并与明妃交合。无上瑜伽部以双身法来修持禅定，认定它是佛陀的教法之一。无上瑜伽部兴起的时间，可能略早于如来藏学派。在无着《阿毗达磨集论》中，引用契经，解释以欲止欲、二二数会的修行法，印顺法师认为这个纪录，代表在无着的时代，无上瑜伽双身法已经开始流行，但仍不被佛法接受，因此无着认为要以秘密抉择的方式来解释契经，才不于误会。有学者认为这是大乘佛教晚期，受到印度教性力派大乐思想