儿子文武天皇即位后尊阿閇皇女为皇太妃，但文武天皇早亡，于是她便继承了皇位。在位7年，政绩颇多。708年，由于武藏国秩父郡进献「和铜」（高纯度自然铜矿物），因此元明天皇改元和铜，仿唐朝“开元通宝”铸造“和铜开宝”铜钱，推行“蓄钱叙位法”；模仿唐都长安，建平城京（今奈良市）。710年，迁都平城京，开创奈良时代。712年，公布国郡司政绩考核三条，奖贤罚贪。禁止地方豪强、寺院多占田野。713年，宣布废除高利贷债务，限制农民逃亡，奖励和推广养蚕业、丝织手工业，命太安万侣完成《古事记》三卷。715年，让位于其女元正天皇