乌斯季诺夫接任武器人民委员部人民委员。在这个职位上，他负责对从列宁格勒城至乌拉尔山以东的国防工业进行大规模疏散。超过80家军工企业的超过60万工人、技术员、工程师被转移和疏散。斯大林后来奖励乌斯季诺夫，称其为“红色领导”，并给与其苏联公民最高荣誉“社会主义劳动英雄”。战争结束后，乌斯季诺夫在征用德国二战期间的导弹开发计划资源来推动苏联的导弹和航天事业的发展上起到了至关重要的作用。
战后.1952年，乌斯季诺夫成为苏共第十九届中央委员会委员。斯大林死后，苏联武器部和苏联航空工业部于1