研究院气象研究所并入北京地球物理研究所。1956年，高由禧加入九三学社。1962年，高由禧任中国科学院兰州地球物理研究所副所长。1973年，高由禧任地球物理研究所所长。1978年加入中国共产党。1980年当选中国科学院学部委员。1986年，高由禧在广州中山大学地球与环境科学学院大气科学系任教授、博士生导师。2001年3月3日，高由禧于兰州病逝。