道存放京沪上行车流和宁芜线车流，调车场北侧为编发场。下行场（Ⅴ场）和上行场位于车站最东端，其中下行场设有8条股道。
下辖车站.南京东站为上海铁路局的直属车站，最初下辖栖霞山北和兴卫村站。2003年12月原由丹阳车务段管辖的龙潭和栖霞山站并入南京东站管辖，2005年5月23日原南京南直属站（中华门）整体建制并入，2011年3月28日原由南京直属站管辖的江北七站改由本站管辖。车站下辖有21个自然站，包括路网型特等编组站南京南站、一等区段站南京北站、二等货运站中华门站，以及其他7个三等站和