圣托里尼教区（、）是罗马天主教在希腊的一个教区，为纳克索斯、安德罗斯、蒂诺斯暨米科诺斯总教区的附属教区。教区成立于1204年，1947年起本教区的主教与钖罗斯暨米洛斯教区由同一位主教兼任，但两教区保留各自的架构。教区范围包括圣托里尼、伊奥斯岛、阿纳菲岛、斯基诺斯岛和富莱安兹罗斯岛。2010年有教友495人，佔辖区总人口百分之四。教区下辖一个堂区，有一名司铎。现任教区主教为佩特罗·史帝芬努 （Petros Stefanou）。