堂的万神庙也因此逃过了中世纪的劫难，这一时期虽然庙内的大理石和穹顶上的镀金青铜板屡次被盗，但最终都又都重新寻获。文艺复兴时期该建筑物成为了意大利建筑师们殷切学习的对象；1435年，罗马元老院宣布对该建筑进行保护。对万神庙真正的破坏是在17世纪中叶，当圣座准备重建圣伯多禄大殿时，教宗乌尔巴诺八世将门廊天花板上的镀金青铜板拆下来熔化，用来建造圣伯多禄大殿主祭坛上的天盖，以及圣天使城堡的80门大炮。乌尔巴诺八世为了仿造其他中世纪时期的教堂，还下令在万神庙门廊两侧建两座钟塔。这些作为都引起了罗马人的不满，拉丁谚