1682年，康熙排除朝廷中反对意见，决定攻台，命福建总督姚启圣「统辖福建全省兵马，同提督施琅，进取澎湖、台湾」，授万正色为步兵提督领军12万进驻福建，接应水师提督大将军施琅，俱受姚启圣节制。1683年六月，施琅指挥清军水师，先行在「澎湖海战」大胜明郑水师，后郑克塽顺命薙发令率臣民降清。他还反驳当时清廷内部有人提出「宜迁其人，宜弃其地」的意见，上疏吁请清廷在台湾屯兵镇守、设府管理，力主保留台湾、守卫台湾。施琅因功授靖海将军，封「靖海侯」。澎湖因此设置施琅生祠，即「施将军庙」。
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