被列入黑名单，又未加入美国国籍，因此成为她日后「越墙闯关回国」、主张废除黑名单和台湾独立的主要依据。1989年，陈婉真返国，参加郑南榕葬礼；不久后，陈婉真恢复中华民国国籍。1991年，陈婉真成立台湾建国运动组织，结果与林永生、许龙俊等人以中华民国刑法第一百条叛乱罪被捕。陈婉真与台湾独立建国联盟成员被逮捕，引发民间「要求废除刑法第一百条」的声浪；使得国民党政府宣佈取消黑名单，释放因主张台湾独立而被捕的「叛乱犯」，并承认主张台湾独立人士的结社权。陈婉真成为当时街头运动的代表人物。1992年，陈婉真以