2016年夏季奥林匹克运动会索马里代表团是索马里所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团。该国在这一届奥运只派出两名运动员参加一个项目的比赛，两名运动员分别是短跑选手玛丽安·努赫·穆萨以及长跑选手Mohamed Daud Mohamed，其中后者担任代表团开幕式和闭幕式的旗手。
田径.索马里有两名田径运动员获外卡名额，得以参加奥运。