次当选造成了他与比塔尔的最终决裂；在贝鲁特大会召开前，比塔尔宣布他已经退出复兴党，并完全放弃了复兴社会主义运动。
晚年：1968－1989.阿弗拉克在伊拉克复兴党人的支持下再次当选党的民族领导机构总书记，之后他便移居伊拉克首都巴格达。他在巴格达一直住到1970年，当年约旦政府与在约旦的巴勒斯坦解放组织爆发冲突，即所谓黑九月事件。阿弗拉克批评复兴党领导层在冲突中给巴解组织的帮助太少。冲突期间，他为亚西尔·阿拉法特和巴解组织广泛游说，他希望伊拉克出面干预，但时任伊拉克总统、复兴党伊拉克