上圣母亦被称为「鹿耳门妈」。该庙与土城正统鹿耳门圣母庙皆主张是传承自清朝时的鹿耳门妈祖庙，因而有所纷争。该庙的送神、迎神仪典于2013年被列为台南的「直辖市定民俗及有关文物」。
沿革.
旧庙.关于古鹿耳门妈祖庙的由来主要有3种说法，鹿耳门天后宫主要是採用明永历十五年（1661年）郑成功草创，清康熙五十八年（1719年）官方扩建的说法。关于郑成功来台后所建的说法，根据杨英《从征实录》、江日昇《台湾外记》的记载，据说明永历十五年四月初二（1661年4月30