中央政府交税且积极为萨军提供资金援助而被逮捕，9月30日押至长崎处斩，同时处决的还有后藤纯平、坂田诸洁等响应西乡举兵的鹿儿岛士族首领。野村忍介等投降的萨军大队长一律判处10年徒刑，法庭并没有给他们申辩道义的机会。日本红十字会的先驱在鹿儿岛、熊本等地开设战地医院，一视同仁地收治所有受伤的官军、萨军以及平民。这一人道主义行为在当时却被征讨军总部认为是通敌，并将鸠野交付法庭审判。九州临时法院最终作出无罪判决，该判决书现存于鸠野家中。所有被判入狱者在1881年大赦获释，西乡隆盛于1889年大日本帝国宪法颁布同时平反