59名日本籍及14名越南籍死者的骸骨一度放置在路环的圣方济各堂，博物馆与墓室建成后，为了统一管理，越南籍死者的骸骨被运往该艺术博物馆安放，而日本籍的圣髑则在1995年由时澳门教区主教林家骏送回他们的故里日本长崎。
列入世遗.在澳门回归前的1986年，澳门政府拟定了一份申报世界文化遗产的文件，当中天主之母教堂遗址是该申报文件中被视为最重要的建筑遗产，虽然后来由于政治上的原因，申报工作未能得以落实，但澳门政府没有停止过将澳门具有历史价值的建筑物申报为世界文化遗产的工作，葡萄牙和中国也一