盐行天后宫的前身「洲仔尾天后宫」，其创立年代一说是在康熙卅五年（1696年），而《台南州祠庙名鑑》则写说是干隆十四年（1749年）。至于方志的记载，则可追溯到嘉庆十二年（1807年）的《续修台湾县志》。而该庙原本所在的洲仔尾地区，过去曾经位在台江内海旁，辟有盐场。洲仔尾因而繁荣，并使得週边出现盐行、渡船头等聚落。天后宫即在此背景下，创立于洲仔尾。此外天后宫的妈祖神像据说是随郑经来台的妈祖，过去洲仔尾据说有郑经别墅与陈永华花园，妈祖神像即被奉祀在陈永华花园中。陈永华后裔离台后，妈祖神像仍在花园内