定谔方程为formula_12。其中formula_13为分子轨道（分子波函数），formula_14分子体系的能量。LCAO的基本思想就是用原子轨道formula_15的线性组合来表示分子轨道formula_13：因此得到，相应的久期方程矩阵形式为线性组合的系数由此可求得。双原子分子体系的能量formula_14可由两个方程之比求得，
最简单的分子： Hformula_24.Hformula_24是由两个质子与一个电子组成的同核双原子分子，是最简单的分子形式。