航线的资格及飞安评鑑甲级，机务维修方面也获ISO 9002认证；同年9月将两条包机航线升格为定期航线，并于1997年12月时股票正式上柜。随着业务量的扩大，1998年成立远东航空集团，总裁由胡定吾担任，李云宁任远东航空董事长兼总经理。1999年10月新增亚庇航线。2000年，崔涌接任董事长，陈每文为总经理。在中华民国与韩国断航十年后，2002年10月首度包机由远航担任直航。至2003年远航共有员工1000余人。2007年6月，由自华信航空退休的乐大信接任董事长，但同年11月30日突然请辞，由林宝漳继任董