太和十六年（492年），王琼的侯爵降为伯爵。魏孝文帝娶王琼的长女为嫔，授予王琼前军将军、并州大中正。正始年间，王琼担任光州刺史，受贿名声远扬，被中尉王显弹劾，最终昭雪赦免。神龟年间，王琼担任左将军、兖州刺史，离开兖州返回京城，多年没有升迁。王琼居住在司空刘腾宅邸的西边，刘腾虽然权倾朝野，王琼从来不去拜访。刘腾权利扩大后，吞并邻居的宅第，扩大旧有的居所，只有王琼始终不肯让给他，王琼的仕途因此长期压抑。王琼的一个女儿嫁给范阳卢道亮，不让她回丈夫家，等到女儿去世，王琼悲痛不已，将女儿安葬到其他地方，坟墓没有立