三天的交战，以寡击众的新政府，在新式军队与精良武器的助威下取得重大胜利，并决定乘胜追击，派遣东征军攻打德川幕府的中心据点—江户。倒幕派组成了新的政府，揭示基本施政方针的「五条御誓文」则于同年4月6日公布。新政府军、旧幕府军双方决战江户之前，幕府代表胜海舟与新政府代表西乡隆盛达成协议：以国家为重，一致对外。1868年5月3日，江户不流血和平开城，幕府至此正式瓦解。不过在日本东北地区，以会津藩为首组成的奥羽越列藩同盟，仍然继续反对新政府。由于新政府军掌握军力优势，叛乱于同年11月即被平定。旧幕府海军将领榎本