2岁为县学附生。光绪八年，张之洞聘为令德堂（用以教全省士以经史考据词章义理之学）院长。光绪十五年考中进士，殿试名列三甲末次。同年五月，任刑部候补员外郎，累迁郎中。光绪二十三年十二月，升都察院山东道监察御史。光绪二十四年（1898年）正月，因俄罗斯要求中国割让旅顺及大连湾，上疏请联合英国、日本拒俄。杨深秀在上奏中说道：时人均知杨深秀国学根底深厚，却不知他也明了世界局势，均感惊服。同年春，参加保国会活动，结识康有为。夏，戊戌变法开始。与徐致靖先后上疏请更改文体，不採用八股文。被盈廷、礼部尚书许应骙多