868年废止江户幕府后，隶属于新设立的京都府；1879年京都府实施时，京都府下设置上京区和下京区，其中上京区的范围为原本爱宕郡的随念寺南、药子町、药子图子町、山崎町、北御门町、三本木町、今出川枡形、新生洲町、二条河原和葛野郡的纸屋川町。1889年日本实施市制，上京区和下京区合设为京都市，但上京区和下京区的行政区划仍被保留。自1902年至1929年期间，葛野郡的衣笠村和爱宕郡的鞍马口村、野口村、、、先后被併入京都市，并划入上京区。1929年，上京区丸太町通以南的区域与下京区四条通以北的区域被分出设立中京区