文科学长、上海江南船坞副总理、北京大学预科及工科学长。1913年11月，代理北京大学校长。1914年1月到1916年12月，任北京大学校长。1921年到1925年，任国立北京交通大学机械科教授、铁路管理科科长。1926年（民国15年）3月，在北京政府贾德耀内阁、胡惟德临时内阁中任教育总长。同年5月辞任，后转任国立浙江大学工学院教授。1942年，胡仁源病逝，享年60岁。