跟随者经受了严酷的折磨刑求。行刑人故意留下他的右手完整，这样他才能签署认罪书。最终三个人都签下自白。与此同时，萨佛纳罗拉还完成了两篇默想，大致是说他的肉体如何脆弱，无法经受折磨所以承认了没有犯下的罪行云云。1498年5月23日，他和另外两名修士被同时处以火刑。就在萨佛纳罗拉当初点燃“虚荣之火”的地方，他自己也被烧成灰烬。他死后不久，美第奇家族再次掌权，推翻共和国，自封为托斯卡纳大公。