984年7月，藤野的故居被修复改造成藤野严九郎纪念馆。后来还建立了芦原国际交流中心。日本东北大学设立了“东北大学藤野先生奖”。《藤野先生》是中日两国的中学语文课课文，这使藤野的名字在中日两国广为人知。1970年代以来，竹内好翻译的《藤野先生》先后被日本筑摩书房、三省堂选为“高中国语教科书”的现代文课文。2006年，北京鲁迅博物馆和藤野的家乡福井县芦原市分别向东北大学赠送了鲁迅和藤野的胸像。