竹噶举派分出的8个支派的母寺，宗教地位很高。京俄·扎巴迥乃、扎巴仁钦、绛曲坚赞、扎巴坚赞等知名佛教人物，均曾长期出任丹萨替寺的座主。1434年发生内乱，1481年帕竹政权遭到推翻，丹萨替寺乃衰落。1962年，丹萨替寺被列为西藏自治区文物保护单位。文化大革命中，丹萨替寺遭到毁灭性破坏。1992年至1993年，西藏自治区文物局投资重建了丹萨替寺。
建筑.如今，丹萨替寺南北宽500米，东西长1000米，占地面积大约30万平方米，海拔高度大约4400米。丹萨替寺依山而建，自西向东分别为