蛋白酶是重要的工业酶，佔全球总酶销售量约六成，其中七成用于工业用途的蛋白酶用于食品发酵等方面，例如酸性蛋白酶用于传统发酵食品和调味品的生产及催化酪蛋白沈淀；中性蛋白酶因能够去除水解产物的苦味而令酱油脱苦；硷性蛋白酶应用于食品烘烤等方面，因为能够有效提高生面团的延性和韧性，并且增强面包的起泡性。
分类.目前已知的蛋白酶可以分成以下六大类：