闽浙总督汪志伊上奏清廷，称赞糜奇瑜的政绩为“闽越治行第一”。嘉庆帝阅奏，特地下诏颁发“学筋汉清”和“政筋汉清”，表彰其治台功绩。嘉庆二十二年（1817年）任福建按察使。嘉庆二十四年（1819年）任河南布政使。道光二年（1822年）任贵州布政使、贵州巡抚。道光三年（1823年）任太仆寺卿。到职三年后病逝，归葬于秀山县涌图乡河港村。
着作.着有《治台要略》。