镮的儿子，浙江余姚人。远祖新昌人。明万历十年（1582年）考中举人。明万历十一年（1583年），登进士。曾任吏部主事、河南参议。万历二十一年三月（1593年4月）癸巳京察，因东林党争，任吏部文选郎的吕胤昌被罢免。其后专心研究戏曲。与同时期汤显祖、张凤翼、沈璟、梅鼎祚等戏曲家交好，常通书信。。吕胤昌是孙鑨的外甥，母亲孙镮为孙鑨之异母妹。。
《牡丹亭》.明代名剧《牡丹亭》为汤显祖所着，但当时流传版本很多。汤显祖在《答凌初成》中说：“不佞《牡丹亭记》大受吕玉绳改窜，云便吴歌。不佞哑然