火焚毁。清朝雍正帝曾题联“万松月共衣珠朗，五夜风随禅锡鸣。” 干隆帝曾题额“蜀冈慧照”题联：“淮海奇观别开清净地，江山静对远契妙明心。”清廷因讳“大明”二字，曾沿称“栖灵寺”。干隆三十年（1765年），当高宗第四次巡游扬州时，御笔题书“敕题法净寺”。咸丰三年（1853年），法净寺毁于太平军与清军之战火。同治九年（1870年），盐运使方浚颐重建。