经六年，但因未拿到香港的永久居留权，一度未能符合参加北京奥运会的资格；但在香港奥委会会长霍震霆亲赴洛桑向国际奥林匹克委员会主席雅克·罗格求情下，她最终才得以赶及出战奥运。2009年，林菱代表香港出战东亚运动会，一举赢得女子团体金牌 和女子双打（伙拍：张瑞）铜牌。林菱原打算在东亚运后退役，返回家乡福建，到厦门大学攻读中文系学士学位；但最终决定押后退役时间。2010年11月，林菱代表香港出战广州亚运会，参加乒乓球比赛的女子双打（伙拍：张瑞）及团体项目。赛后，林菱正式宣告退役。