长女，下有八位弟妹。保井的双亲十分重视教育，在她升上小学高年级的时候，她的父亲要她读福泽谕吉的所着的《劝学篇》。在保井接受初等教育的这段期间，她在学业上的表现十分出色，并且已开始展现科学和数学方面的天赋。 1898年，保井从毕业，在1902年从女子高等师范学校理学系毕业，她在岐阜县立高等女学校（今）和神田高等女学校（今）任教直到1905年，接着她开始了在女子高等师范学校的研究生涯。她是首位攻读专业科学研究的女性，专攻动物学和植物学。1905年，保井在《》上发表一篇关于鲤鱼的的论文，成为在该刊物上首位刊登