千五百户，转任中领军，加开府仪同三司。齐武成帝高湛登基，高长恭出任使持节、都督并州诸军事、并州刺史，其余官职如故。太宁二年（562年），高长恭别封鉅鹿郡开国公，食邑一千户，晋升领军将军。突厥攻入晋阳，高长恭尽力反击。
邙山之战.河清三年（564年）十一月，北周进攻洛阳，十二月，北齐派遣高长恭和大将军斛律光前往洛阳援救，齐军驻扎在邙山下，因为畏惧周军强盛，齐军不敢进军。北齐并州刺史、平原王段韶从晋阳前往战场，到达洛阳，与北齐将军们登上邙坂，观察周军形势。齐军在太和谷与周军遭遇，齐军结