清治末期至日治初期，水坑地区为一街庄，称为「水坑庄」，隶属于竹北二堡。该庄北与大旱坑庄为邻，东及南与拱仔沟庄、店仔岗庄、茅仔埔庄为邻，西南边隔凤山溪与坪林庄为界，西边为石岗仔庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「水坑」大字，隶属于新竹州中坜郡关西庄。1941年，关西庄升格为关西街。战后关西街改制为关西镇，隶属于新竹县，大字亦改制为里