承制任命侯瑱侍中、使持节、都督江晋吴齐四州诸军事、江州刺史，改封康乐县公，进号车骑将军。绍泰二年（556年），梁敬帝萧方智加开府仪同三司。陈霸先杀王僧辩，侯瑱归附陈霸先。陈朝建立，授侍中、车骑将军，永定二年（558年）正月，进位司空。王琳拥立萧庄，周文育、侯安都失败。侯瑱为都督西讨诸军事。次年，陈文帝即位，官至太尉。天嘉元年（560年），都督诸军平定王琳，击溃北齐援琳军于博望山。为都督湘、巴、郢、江、吴五州诸军事，镇守湓城。破北周贺若敦，官至都督湘、植、郢、巴、武、沅六州诸军事、湘州刺史，改封零陵郡公。