家的次子。幼时勤勉好学，师从儒学家林鹅峰和林凤冈。父亲荻生景明是德川纲吉的御医。延宝七年（1679），其父因惹怒了德川纲吉被判放逐，荻生一家也被迫从江户搬迁至其母的故乡上总国长柄郡本纳村（今：茂原市）。在13年的本纳村生活中，荻生徂徕自学了汉学、日本学及佛学，学问突飞勐进。元禄五年（1692），幕府赦免了徂徕之父的罪过，徂徕一家得以返回江户。回到江户后，徂徕在芝增上寺附近开办私塾。相传当时十分贫困的徂徕，受到了附近豆腐店老板的大力帮助。徂徕发迹后，为了报答恩情，每月会拿出一部分俸禄赠予豆腐店老板。赤穗事件中