元世祖忽必烈设置总制院（后改为宣政院）开始，萨迦派五祖八思巴借助于元朝的政府机制建立起隶属于元朝的政教合一的自治政权萨迦巴（萨迦王朝）以统治整个西藏地区。而元朝则在西藏驻扎军队，设立各级官府和驿站，以保证萨迦派在西藏的地位和政令的推行。这种情况直到元末帕木竹巴正式取代了萨迦巴在西藏的领导地位才告结束。不久后元朝也被推翻，明朝正式成立。
背景.877年吐蕃覆灭后，该地区分裂为若干个小邦。各地之部落自行成立政权，发展成众多部族。直到13世纪初，蒙古人迅速兴起，在攻灭西辽、花剌子模、西夏