000年转往日职球队FC东京，球队监督大熊清要求全体球员需加强防御，在比赛中守着自己的所属位置。2002年，原博实接任球队监督后，球队对他的信心更高，至该年共连续完成了146场球赛，至2004年更创下了全年150场的纪录，到2005年季尾仍然保持着日本职业足球联赛代表球队连续出场次数的纪录。2004年日本联赛杯在FC东京与浦和红钻的比赛中，浦和红钻的攻势勐烈，FC东京如果有人中途退出，形势将会很不利，但土肥最后也为球队带来胜利，还被选为联赛中最佳球员。他于2008年转投与FC东京同市的球队东京绿茵。