南京的支那派遣军总司令部第四课（政务科）任参谋，负责诱降拉拢蒋介石的重庆国民政府、掌控南京汪精卫政权的工作。当时的支那派遣军总参谋长是板垣征四郎中将。
马来亚和新加坡.1940年8月晋升中佐，11月辻政信因遭长官所忌，被调动到台湾军研究所去当研究员，受命收集资料整理了一本关于南方作战的手册送到了参谋本部。诺门罕事件主事者之一的服部卓四郎中佐任参谋本部作战课长以后，辻政信也被调到参谋本部作战课任兵站班长。1941年9月辻政信被派到驻法属印度支那的第25军任作战主任参谋。山下奉文中