6年（明治19年）根据帝国大学令改称为帝国大学，同时吸收合并了工部大学校变为法、理、文、医、工5科。将预备门分离为第一高等中学校（旧制第一高等学校）。1890年（明治23年）吸收合并东京农林大学，设立农业大学。1897年（明治30年）随着京都帝国大学（京都大学）的设立更名为东京帝国大学。1919年（大正8年）根据大学令改制为学部制，并新设经济学部。二战后于1947年（昭和22年）10月更名为东京大学，1949年（昭和24年）5月改制为新制国立大学。同时吸收合并第一高等学校与东京高等学校，各自变更为其教养