月13日凌晨，中国大陆东北方有一高空槽逐渐建立，纳莉在无主状态之下疑似受此槽影响，纳莉于凌晨3时30分自久米岛登陆；不久在9月13日清晨至9月14日上午期间，缓慢往西北方向行进。由于丹娜丝早已消散，副热带高压因此得以西伸并在日本南方海面建立起中心，加上华东地区的高压势力相当，导致纳莉等同陷入一新鞍形场中，受高空槽影响而往西北方向缓慢行进，也因此台湾中央气象局于当日下午3时，再度发布针对台湾北部海面的海上台风警报；同时纳莉受气流拉扯的缘故，对流结构并无法维持良好状态，其威力又再度减弱。之后，纳莉与槽底距离愈趋