尊氏传召身在鎌仓的嫡子，基氏之兄足利义诠返回京都为担任下任将军作准备，让其担当政务工作。正平4年或贞和5年（1349年），作为次子的基氏则成为鎌仓公方，管理。年纪尚幼的基氏由执事（后来的关东管领）上杉宪显辅佐。按《鎌仓九代后记》记载，基氏约离开鎌仓与南朝势力战斗达6年，由于曾经在入间川沿岸驻扎而称为「入间川殿」，当时他的住所称为。尊氏死后，谋杀南朝的新田义兴后，在正平16年或康安元年（1361年），足利直义的旧臣要求基氏罢免曾经担当执事辅佐过自己的国清，后来国清被讨伐后，一度由担任执事，在正平18年或贞