年7月25日，江泽慧教授获聘为该馆名誉馆长。2004年11月，吴新智、洪德元、孙儒泳等25名中国科学院院士及2名外籍科学家获聘为该馆科学顾问。2005年2月，《北京自然博物馆研究报告》改为《自然科学与博物馆研究》，由北京自然博物馆、中国科学技术馆、中国地质博物馆、北京天文馆共同主办。2008年3月，成为北京市33座免费开放的博物馆之一。2008年4月，成为北京市第一批99家科普基地之一，入选科普教育基地及科普研发基地，《大自然》编辑部成为科普传媒基地。2008年5月，成为国家文物局认定为第一批79家国家一级