人洪磊在外交部例行记者会上点名指“世界维吾尔代表大会”是此次事件的幕后指使者，并谴责“暴力恐怖分子在新疆喀什对无辜群众大下黑手，残杀了数名群众，令人发指。”新疆问题评论人蒋兆勇分析说，叶城县的地下经文学校一向是鼓吹分裂、鼓吹宗教极端思想的老巢，主张穆斯林单一身份，反抗世俗社会。在1990年末当地还主办过地下圣战培训班，其中成员后来成了中国政府所称“三股势力”的主要来源。世界维吾尔代表大会发言人迪里夏认为中国政府压迫新疆维吾尔族，称“维吾尔人已经无法继续承受中国的系统性镇压，采用原始格斗方式进行抗争。