939年在校生仅有700余人。爱因斯坦在罗斯托克大学的荣誉博士学位，也是他的第一项此类荣誉，在这一时期并未撤销，其原因未知。二战期间大学暂时关闭，1946年2月24日重新开放。适应当时局势需要，大学曾设置一所开办至1963年的以培养青年精英为目的的恩斯特·台尔曼工农学院。1950年农业学院成立，1951年造船系成立，1963年造船系改称技术学院，这也是德国古典大学首次设置工科院系，同年亦增设了工程经济系。1976年大学更名为威廉·皮克大学，直至1990年德国统一恢复原名，此后罗斯托克大学进行了新的院系调整。