病因无论是什么，如果它在婴儿时期就能确诊的话，通常医生会开出与睾酮有关的药（一般疗程不超过三个月）。这一治疗方法通常会让阴茎稍作增长，从而增加青春期时阴茎进一步成长的几率，但是一般很难达到正常的大小。在童年时期一般不会开睾酮方面的药，以免过早出现男性的第二性征、增加骨龄等。（此外，有迹象表明，过早开出睾酮的药物可能会导致成年后阴茎变短，但也有后续研究认为使用荷尔蒙并不会导致此类现象。）荷尔蒙疗法在青春期后可继续，但仅限于患有性腺机能减退的男性。和身高类似，阴茎在青春期结束后会停止发育，此时再摄入睾酮并不