结束，台湾由国民政府接收。新井耕吉郎将红茶试验所研究和制作技术，全盘移交给国民政府的技术人员，由陈为祯担任支所长。来台将近20年的新井耕吉郎，因为对台湾有深厚的情感，决定不接受遣返留在台湾，担任技师，继续帮助台湾红茶的种植。1946年，新井耕吉郎因为疟疾，在台湾去世，年42。遗体在日月潭的红茶改良场现址火化；而他的女儿新井玲子带着父亲的骨灰要回到日本，竟在途中轮船发生船难，玲子幸免于难可是耕吉郎的骨灰却因而沈入海中。
家族.新井一生奉献给台湾 家人也几乎全部命丧台湾新井耕吉