分级的线粒体疾病中，与细胞色素氧化酶组装缺陷的疾病被认为是最严重的。细胞色素氧化酶所造成的紊乱主要是与细胞核编码的作为组装因子的亚基蛋白上的突变相关。这些组装因子对于酶复合物的结构和功能都是非常重要的，它们参与了多个关键的进程，包括线粒体编码的亚基的转录和翻译、对前体蛋白的剪切以及膜的插入、辅因子的生物合成以及插入。在病人体内发现的带有突变的组装因子有SURF1、SCO1、SCO2、COX10、COX15和LRPPRC。这些突变能够导致亚复合物的组装、铜的运输或转录调控的功能发生改变。每一个基因突变