叶举在通知孙文后，出兵围攻总统府，鸣炮警示孙文离开广东。孙文转移到到永丰舰（后改名中山舰）还击轰炸广州后离开广东，史称“六一六事变”。8月3日，北伐军在南雄召开军事会议，决定分东西两路撤退。李烈钧、李明扬、赖世璜经湘南进广西继续讨逆。8月9日坚守在白鹅潭的孙中山得知北伐军回师失利，他已是孤军无援，决定离粤赴沪。下午3时他乘英舰「摩轩号」到香港，次日改坐「俄国皇后号」赴沪。8月15日，陈炯明自任粤军总司令。孙中山至8月初离粤退居到卢永祥势力范围的上海。第二次护法运动失败。