巴任命乌泰为进攻中华民国第一路军总司令。1912年8月20日，乌泰发表《东蒙古独立宣言》，出兵进攻洮南、开通、突泉等地。科尔沁右翼后旗拉喜敏珠尔跟随乌泰发兵，也宣布独立。乌泰等人被奉天都督赵尔巽的部队击败，同年9月战事大体结束，乌泰等出逃库伦。10月，扎鲁特旗协理官布扎普响应外蒙独立，短暂攻占开鲁，很快也被击溃。1912年底至1913年初，外蒙军队分兵三路进攻内蒙古，俄罗斯帝国军官协助指挥。北洋政府一面出兵抵御，一面与俄国谈判。1912年11月，中俄两国政府就外蒙问题开始谈判。1913年初，，取得普遍胜利。