形式上表明，北婆罗洲被英国予以自治地位，但并未从法律上获得正式独立，其国防、外交、财政、内政等事务仍由英国政府所掌管。英女王依旧通过英属北婆罗洲总督对沙巴统治持续至1963年9月15日。1963年9月16日，北婆罗洲在此后称为沙巴，与马来亚联合邦、砂拉越和新加坡，共同组成独立的马来西亚。 从马来西亚组成之前，一直到1966年，印度尼西亚对于英国在背后撑腰的马来亚和后来的马来西亚政府採取敌对的政策。这种不宣而战源自于印度尼西亚总统苏加诺，他认定这是英国扩大在该地区的影响力，打算夺取整个婆罗洲，归在印度