大量生产金、银、铜和煤炭，在战国时期曾是世界上的主要黄金产地，于18世纪锁国时期日本则是世界银山，提供了全球三分之一的银矿。现在仍有大量煤炭矿藏，但素质较差，没有开採价值，而金、银等之富矿，因开採成本高而开採甚少。日本海沿岸出产极少量的石油与天然气，但在东京一带的地区有大量的天然气埋藏量，碍于都市发展的开挖限制，仅于房总半岛开採。近来在日本近海发现了大量的金、银、石油、可燃冰矿藏，但因成本考量而无开採计划，仍处调查阶段。木材和渔业资源丰沛，在近海拥有众多渔场，捕鱼量世界第一，但是因为滥捕等原因，渔业资源