005年1月起，兼任新疆维吾尔自治区人民政府副主席。其间，1999年至2001年，在石河子大学农业经济管理专业研究生课程进修班学习；2002年至2005年，在中央党校函授学院省部级干部在职研究生班政治学专业学习，获研究生学历。2005年3月，被免去新疆生产建设兵团司令员职务。2005年11月起，暂代因脑溢血而被送往北京医治的杨传堂，任中共西藏自治区党委代理书记。2006年5月，正式出任中共西藏自治区党委书记。2008年时任西藏自治区党委书记的张庆黎上在奥运火炬拉萨传递活动中发表讲话，赞扬了中共对达赖喇