部分区域属于园部藩和的领地，另有部分区域属于幕府旗本、、、。明治维新后，先后分属久美滨县、龟山县、园部县、篠山县、绫部县、鹤牧县，直到1871年才全数整併到京都府内。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「船井郡」，郡役所设于园部村（位于现在的南丹市）。