别依照职权对其干部、人事、经费、业务进行管理。2002年12月10日，最高人民法院法[2002]274号文件发布《最高人民法院关于调整大连、武汉、北海海事法院管辖区域和案件范围的通知》其中规定：
管辖.北海海事法院管辖广西壮族自治区所属港口、水域、北部湾海域及其岛屿和水域，云南省的澜沧江至湄公河等与海相通的可航水域发生的一审海事、海商案件，具有涉外案件管辖权。