1934年（民国23年）3月，任蒙古地方自治政务委员会委员。1935年（民国24年）5月，任行政院驻北平政务整理委员会委员。1939年（民国28年）8月，恩克巴图同汪精卫合流，任（汪派）中国国民党中央委员。11月，任伊克昭盟鄂尔多斯左翼后旗协理。汪精卫政权成立后，恩克巴图任汪精卫政权的国民政府委员，但因故也留任重庆国民政府的委员。1942年（民国31年）1月，蒋介石才罢免了恩克巴图的重庆国民政府委员一职。1944年（民国33年）12月6日，恩克巴图病逝。享年63岁。