背大将军梁冀意愿的事情，梁冀便上告马融在南郡贪污。马融便被免去官职，剃发流放至朔方。流放期间，马融曾自杀未遂，后被赦免回京，再次被任为议郎。不久之后，他便再次因病辞去职务。延熹九年，马融在家中去世。
文学.马融年少好学，精通经学。他编辑注释了《周易》、《尚书》、《毛诗》、《论语》、《孝经》等，并着有《三传异同说》。除注经书外，他还注释了《老子》、《淮南子》、《离骚》、《列女传》等书籍。他有千余学生，比如着名的学者郑玄、卢植，就是他的门生。但是，郑玄只在毕业时见过马融一面。马融颇