完颜亮迁都燕京，并于1157年下令摧毁上京城内的所有宫殿。1173年，上京重新被立为陪都。元、明时，今哈尔滨地区又成为成吉思汗三弟斡斤家族的领地和奴尔干都司的辖地。明末清初，女真人曾用此城遗存的建筑材料在原地修筑阿勒楚喀要塞。此城遗迹现已辟为金上京历史博物馆，并于2005年重新整修
清朝前、中期至建市前.清朝建立后，旗人举家迁徙入关后，哈尔滨市区土地荒芜。雍正、干隆年间，按“屯垦实边”规划，在今哈尔滨江南先将库叉河（俗称运粮河）至阿什河沿江5公里地带划为牧场，设莫力街（马场）