蛋白质对骨质疏松症和骨折风险的影响很复杂。当蛋白质摄取量低于需求量时，骨头里的钙就会流失，说明蛋白质太少对骨骼健康是危险的。有助于肌肉和骨骼生长的IGF-1也会受蛋白摄取量的调节。然而，在体内蛋白质含量高时，身体需要利用钙来中和尿中由甲硫氨酸和半胱氨酸的脱氨及代谢产物形成的酸，因此可能造成钙的净损失。大型前瞻性世代研究显示，蛋白质消耗最高的五分之一族群和蛋白质消耗最低的五分之一族群相比，骨折的风险有些微的增加。这样的趋势在动物性蛋白质而不在植物性蛋白质呈现，但是动物蛋白质摄取量差异很大，植物蛋白质摄取量则差