1949年4月14日，她在上海和徐森玉、王家楫等人联名写信，唿吁将已运至台湾的文物运回。中华人民共和国成立后，1950年南京博物院成立，曾昭燏任副院长（院长为徐平羽）。1950年至1952年，曾昭燏主持江宁县东善桥“南唐二陵”（南唐烈祖李昪、南唐中祖李璟陵）的考古发掘，主持编写《南唐二陵发掘报告》；率考古小分队到江宁县湖熟镇考察，证实湖熟确实存在商周时期“台型遗址”，并在江宁县其他地方的台型遗址发掘出土了类似湖熟出土的文物。1955年1月，曾昭燏升任南京博物院院长。任内兼任华东文物工作队队长，治淮文