1945年8月日本投降，中国抗日战争结束，1946年8月15日将内政部警政司扩大编制，改组为内政部警察总署。至1949年四月，中华民国政府南迁广州，厉行中央政府机构紧缩，又将内政部警察总署缩编为内政部警政司，尔后中华民国政府在第二次国共内战中失败，丧失中国大陆的统治权，中央政府各机关撤往台湾；至1972年开始恢复编制为内政部警政署，并与台湾省警务处合署办公，至1995年3月内政部警政署与台湾省警务处分隶办公。1999年7月1日实施台湾省政府功能业务与组织调整后，原台湾省政府警政厅人员及业务全数由内政部警政署