感的作业系统，例如Windows XP，有可能会在克隆完成后因为底板、显示卡或网路卡等硬体的变更而拒绝运作。这时候，就不能够採用硬盘克隆软件，而要改用作业系统生产商提供的软件进行安装。再以先前的Windows XP为例，其实微软公司建议用户应该採用Sysprep而不是硬盘克隆软件来进行作业系统的安装。Linux系统一般在启动时都会採用LILO或GRUB这两套Bootloader软件。Bootloader的作用，在于启动系统之时，为硬体指向主要启动纪录（Master Boot Record，MBR）的位置