为旧台南市的北、南两大「黑龙江」及「臭水沟」水质的河川。近年来中、下游河段的水质已有所改善，部份中、下游河段水色转为暗青色（暗绿色），溪水臭味已减轻，但是在水质上，仍有很大的改善与进步的空间。过去因分属台南县、市（旧台南市）而列为中央管河川，但在2010年12月25日县市合併改制后成为在单一行政区内，中央遂有意改为县市管河川，但后以其地位重要理由（包括出海口有台江国家公园等），所以依旧列为中央管理。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：