京后，中央政府组织才完整的建立起来，并正式取代清朝政府成为代表中国的合法政府。1913年，北洋政府依《临时约法》正式成立，採用大总统与国务总理双首长为主的三权分立制度：行政权以及外交、军事等涉外事务归大总统与国务总理、立法权归中华民国参议院，司法权归法院。经过折冲后，北洋政府採取接近内阁制的双首长制。总统与总理均由参议院选出，总统职务为执行法律、发布命令、统率全国陆海军队、任命官员、外交权、依法宣布戒严、特赦、减刑复权。不过，以上各权利均需经由参议院同意。由总统任命的国务总理则负责实际内政治理及法律副署