缔造三连霸，但才过两年，就于2005年再度爆发史称黑熊事件的职棒签赌案，从La new熊捕手陈昭颖比赛前无预警被检调人员带走开始，先后有投手戴龙水、内野手林建宏、外野手许尧渊、投手许志华等人被约谈，后来陈昭颖与戴龙水皆于2008年2月27日被判处六个月有期徒刑，得易科罚金，而林建宏于前一年获缓起诉处分，许尧渊、许志华等人则获不起诉处分。本事件导致各队开始自清运动，只要被交保的球员皆遭到母球队无条件释出。许多球员开始伸冤，甚至外传检调单位以不承认就交保的做法威胁球员，许多球员仍坚持自己的清白，但也因此遭到球团