此日渐消耗。16世纪中期开始，沙俄以蚕吞方式逐渐入侵该联邦，并兼併大片土地，联邦摇摇欲坠。尽管卢布林联盟使得两个国家联结在一起，立陶宛作为一个在波兰立陶宛联盟中的大公国存在将近2个世纪。17世纪，普鲁士崛起，最终，该联邦土地遭沙俄、奥地利和普鲁士三国瓜分。
晚期.
俄罗斯帝国时期（1795-1914）.随着波兰立陶宛联邦分裂之后，俄罗斯帝国控制立陶宛大部分。其中包括维尔纽斯省。1803年，沙皇亚历山大一世恢复和升级旧耶稣会学院，使之成为俄罗斯帝