78年6月至1981年2月任国家经委党组书记；开始为中国尽快恢复工业生产而寻找方向。在任副总理期间，1978年9月至1979年3月兼任过国家计划委员会副主任，1979年3月至1981年3月兼任国务院财政经济委员会委员，1980年至1982年5月兼任国家能源委员会第一副主任、党组第二书记。 1979年11月25日，渤海湾的急风巨浪将几十吨重的一艘石油钻井船「渤海二号」掀翻了，72名工人遇难。中共中央书记处和国务院的联席会议认为，主管副总理康世恩对事件负有领导责任，决定给予他记大过的处分。这使得康世恩成为了