而遭撤换返回英国，由南逃来到新加坡的马来联邦联邦司晓治·佛雷泽（Hugh Fraser）临时接任。佛雷泽与海崃殖民地总督珊顿·托马斯爵士一同留守新加坡至最后一刻，结果因为日军攻陷新加坡而双双遭到囚禁。辅政司一职在新加坡沦陷期间悬空，到日本在1945年无条件投降后，因应战后局势，英国在设立临时军政府的时候未有立即复设辅政司，以为解散海崃殖民地作准备。
二战后的演变.在1946年4月1日，新加坡因海崃殖民地解散而自立为皇家殖民地，并由新加坡总督恢复文治政府，而原本属于海崃殖民地一部份的