致上海的中共中央机关受到破坏，师哲回上海的计划从而落空。师哲原拟回国到湘鄂西苏区贺龙部队任政治干部，受阻后中共中央改派夏曦前往（夏曦后来在湘鄂西苏区推行了极左的肃反）。在西伯利亚国家安全部门，师哲的主要任务是审查间谍及监视处置越境的中国人。中国抗日将领马占山赴苏联后被宣布为汉奸，曾吓得跪在师哲面前，后来师哲曾充当软禁马占山的“监护人”。师哲晋升为上校，获得了苏联名字“卡尔斯基”及苏共预备党员身份，并作为办案人员亲历苏联大清洗。在大清洗中，师哲的老上司、西伯利亚内务部部长被枪决；曾领导过师哲的科长及处长失踪；