以后控制西域的中国政府都不得不应对当地的分离运动和反叛。但因地缘等因素影响，新疆地区即使在不被中国控制的时代与中国中原地区也有着密切的联系，这使之与中亚独立的突厥国家有着明显的不同。古突厥，也就是中国古代所称的“突厥人”，曾在中国以北的地区建立过强大的突厥汗国。最终突厥汗国分裂为东突厥和西突厥两个汗国，其中西突厥汗国继承了今新疆一带地区，7世纪西突厥汗国被中国唐朝灭亡，新疆再次直接被中国政府统治。此处的东突厥和西突厥与后世的东突厥斯坦与西突厥斯坦没有直接关系。16世纪，东察合台汗国完成了新疆西部及周边地