剂量的消炎药常常与细胞毒性或免疫抑制类药物（如氨甲蝶呤或硫唑嘌呤）联用。细胞毒性药物通过杀死快速分裂的细胞，如被激活的T细胞，从而抑制免疫反应的发生。但这种无区分的杀伤作用同样会破坏其他持续分裂的细胞，而损害相关器官组织，引起毒副作用。免疫抑制药物，如环孢素，可以通过抑制细胞信号转导通路来阻止T细胞对信号进行应答。具有更大化学结构的药物（大于500Da）会引起中和免疫反应，特别是反复或大剂量使用。这种现象限制了多肽和蛋白质类药物（通常分子量大于6000Da）的药效。不断发展的计算方法可用于预测多肽和蛋白