究北京历史地理，继续为北京市的城市规划提供参考，并组织于1986年完成了他久已计划的《北京历史地理图集》的编绘出版，获北京市科技进步一等奖。 他最重要的研究成果已体现在《北京城市建设总体规划方案》中。在北京城市建设的过程中，侯仁之为保护莲花池、万宁桥、卢沟桥等北京古城遗迹、遗址作出了重要贡献。除北京外，他还开展了对邯郸市、承德市、淄博市、芜湖市等城市的历史地理考察，丰富了中国城市地理研究的成果。到21世纪初，他正在担任北京大学城市与环境学院教授、博士生导师，还兼任北京市人民政府首都发展战略顾问组顾问等职。