从肃州等地陆续运往哈密的军粮再辗转搬运，翻过东天山九曲险道，分运至巴里坤和古城（今奇台）。很快，刘锦棠的前锋部队，已占据了距离迪化只有不足三百里的济木萨（今吉木萨尔县）。5月，两路会合。9月，首先攻下迪化。阿古柏部队二号首领白彦虎逃到托克逊。又攻克玛纳斯城，从而北路荡平。接着集结兵力转攻南路。第二年3月，又先后收复达板城和托克逊城。阿古柏逃往焉耆，留下他的小儿子驻守库尔勒为其垫后。不久，左宗棠军又收复吐鲁番，阿古柏一看通往南路的门户打开，自知大势已去，乃服毒自杀（一说被毒杀）。阿古柏的长子胡里为争权夺位