印度尼西亚－马达加斯加关系，跨越了一千多年，因为马拉加什人的祖先在公元8或9世纪从马来群岛（婆罗洲）横渡印度洋。今天，印度尼西亚在塔那那利佛有一个大使馆，而马达加斯加驻日本大使馆也印度尼西亚。
历史.马来群岛和马达加斯加之间的历史联系发生在三佛齐帝国时代。据研究，这个帝国为西南部6,600公里（4,100英里）的马达加斯加人口做出贡献。据估计，南岛民族向马达加斯加的迁移发生在公元830年左右。根据广泛的新线粒体DNA研究，今天马达加斯加当地人可能追溯到30名来自印度尼西亚不同母亲的