郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等人拥护下，于福州称帝，改元隆武，改福州为天兴府，号福京，作为南明政权首都。1646年，清军攻占福州，隆武帝政权失败，天兴府复名福州府。清朝初年，福州一度成为郑成功与清军拉锯战的所在。1660年，三藩的靖南王耿继茂从广州移驻福州，1674年，其子耿精忠起兵反清。1676年，耿精忠降清，清朝重新控制福州。1661年起，清政府实行海禁、迁界政策，以武力强迫罗源、连江、长乐、福清等县的数万沿海居民内迁，违抗者遭到屠杀，致使田地荒废。迁界令直至1682年开始逐渐废止。明清