有在本站停靠。除了客运业务之外，日本货物铁道（JR货物）在羽后本庄车站邻近地区也设有羽后本庄线外货运站（，也缩写为「羽后本庄ORS」），作为托运货柜的集散场，每日皆有固定的公路货运班次往返于羽后本庄ORS与秋田货物车站之间。羽后本庄在2002年（平成14年）时，获选列入东北车站百选（）的名单之中。
车站结构.岛式月台2面4线的地面车站。各月台以跨线天桥连络。站舍位于月台西侧。JR使用1、2号线（第1月台）、3号线（第2月台）。由利高原铁道使用4号线（第2月台）。