被捕的人数多达1,957人，其中在台南开设的临时法庭中，被判处死刑者，除主事者余清芳、罗俊、江定外，高达866人。之后，在日本国内与国际舆论压力下，1915年11月10日安东贞美总督以大正天皇即位为由，四分之三的死刑犯被特赦为无期徒刑。此事件后，台湾总督府才开始整饬台湾民间信仰的问题，以避免类似起事事件再发生。安东贞美总督在会议时曾说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。」认为迷信不可取，承认台湾教育失败，台湾总督府也因此事件，展开