收治结核病、传染病为主，并设有内外科的带专科性质的“二级甲等医院”。1990年代，第三十一医院撤销编制，改为第三医院石坝河医疗所。后来发展为第三医院南院，为宝鸡市级结核病定点医院。2016年，在深化国防和军队改革中，中国人民解放军第三医院由中国人民解放军兰州军区联勤部转隶郑州联勤保障中心并改名为中国人民解放军联勤保障部队第九八七医院 。
院区.中国人民解放军第三医院分为南北两院：