在1月14日对杰志的联赛，于63分钟后备入替，首度为南区上阵，结果协助南区以2–2赛和对手，其后他在1月20日对香港飞马的联赛，首度代表南区正选上阵并踢足全场，结果南区同样以2–2赛和对手，直到4月14日作客R&F富力的联赛，终取得加盟后的首个入球，协助南区以2–1胜出。球季完结后，陈肇钧回归东方龙狮。2018/19球季，陈肇钧加盟港超联球会和富大埔。因为他的出色表现，陈肇钧当选港超联12月最有价值球员与及香港足球明星选举最佳十一人。而和富大埔最后夺得该季香港顶级足球联赛冠军。2019/20球季，陈