归类于恐龙、恐头兽亚目、以及其他爬行动物演化支。棍齿兽是第一批刊登于《自然》的爬行动物。在1869年11月的《自然》杂志，汤玛斯·亨利·赫胥黎的文章提到包含棍齿兽在内的史前爬行动物，他提到棍齿兽、多特罗龙兽都生存于三叠纪。但目前学界都认为两者生存于二叠纪中期，而且是似哺乳爬行动物。