95年木村重兹受到丰臣秀次牵连而切腹，此后淀城也遭到废弃。1623年，德川幕府在此设立淀藩以取代先前的，由在此重建新的，此后久世郡西半部地区皆属于淀藩的领地，在经过多次转丰厚，18世纪初开始由谱代大名入主淀藩直到江户时代结束。在决定江户时代结束的鸟羽伏见之战末期亦曾在此发生战斗。江户时代结束后，1871年实施废藩置县，取消淀藩改设为淀县，同时久世郡下其它原属皇室、公家、幕府的领地则隶属京都府，在同年底的府县整併中，淀县被併入京都府，自此久世郡全境皆隶属京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区