于5月19日以及5月20日马英九总统连任就职日发动呛马踹共大游行，游行的诉求是反对马英九倾中卖台政策、反对油电双涨、反对瘦肉精美牛等，台湾教授协会亦参与此次游行。宪政问题上，协会于2013年7月27日举行「反黑箱协议要生存权利」全民大会，认爲「两岸服务贸易协议」贸然地与中国完成签署，引发诸多行业批判，甚至质疑马政府「加速卖台」。时任会长吕忠津指出，马政府这种离谱行径不仅违背民主体制沟通与民主审议原则、漠视广大基层服务业的生存福祉，甚至更严重地危及台湾国家安全。因此要求立法院退回此黑箱协议，重启谈判以保障