九年去世后，原本归化的蛮族大举叛乱，朱脩之以征西司马身份试图讨伐但失败。元嘉三十年（453年），孝武帝即位后以其为平西将军、宁蛮校尉、雍州刺史,加都督。而脩之在州执政务求宽松简易，故得到士民喜悦归附。孝建元年（454年），荆州刺史、南郡王刘义宣与江州刺史臧质等人起兵反抗孝武帝，并传檄请脩之一同起兵，脩之假意答允，另一方面就派使者到建康表示忠诚。孝武帝以脩之为荆州刺史，而义宣等知朱脩之并不和自己一伙后也派鲁秀进攻襄阳。朱脩之命人阻断马鞍山道，令鲁秀无法前进，被逼退走。同年，义宣与臧质的联军于梁山大败给朝廷军队