秀吉、丹羽长秀、中川重政共同于织田氏支配下担任京都周边政务，京都奉行。义昭与信长反目，试图成立信长包围网，光秀决定离开成为信长直臣，在攻打浅井及朝仓立下功绩。元龟 元年（1570年）4月28日，光秀于金ヶ崎之战中，信长由于浅井长政背叛而撤退，以池田胜正队3,000人为主，与秀吉共同担任殿后任务。4月30日与长秀一同前往若狭从武藤友益取回人质，将城馆破坏后，于5月6日返回京都。同年9月也参加志贺之阵，兵力约300至400人，期间乘隙向宇佐山城及滋贺郡等周围的土豪进行怀柔政策。元龟 2年（1571年