百濑晋六于1919年（大正8年）2月20日出生于长野县盐尻市，为酿酒业家庭的次男，自旧制松本高等学校（信州大学前身）毕业后，1939年进入东京帝国大学（东京大学前身）工学部航空学科攻读发动机。1941年12月大学毕业，翌年元月进入中岛飞机工作。因第二次世界大战爆发，百濑被编入海军航空技术厂担任海军技术士官一职，同年以同样的军阶归建中岛飞机，并参与战斗机用「誉」型发动机的设计改造工作。1945年二战结束时，他的军阶是大尉，当时中岛飞机改组成富士产业（富士重工业前身），而群马县伊势崎工厂则在1947年起制