则有许多变动，包括否定了兰目这个多系群分类，并成立了天门冬目、薯蓣目等新目。2003年经过修订的APG II 分类法也使用这种分类方法，包括传统分类中所有单子叶植物纲中的植物种类。APG II 分类法将单子叶植物分支中的植物分为10个目和2个单独的科， 其中部分目列入鸭跖草分支（一 个基因亲缘群体）。2009年修订的APG III分类法又将单独的无叶莲科（）提升为无叶莲目（）。2016年修订的APG IV 分类法将多须草科归于棕榈目。
系统发生学.单子叶植物在被子植物