后来因保护妥善，数量有增加，但近年来，台湾蓝鹊在被网路票选为台湾非官方国鸟（见社会文化一段）后，因知名度提升而遭人大量猎捕，栖地也被外来种红嘴蓝鹊入侵，甚至还有台湾蓝鹊与红嘴蓝鹊同巢育雏的现象。
社会文化.台湾蓝鹊是台湾原住民族邹族的神鸟。在该族的神话中，很久以前邹族因大洪水濒临灭族，台湾蓝鹊牺牲自己带回火种挽救邹族。2007年，台湾永续生态协会、台湾国际观鸟协会与立委推动为期4个月的非官方网路「国鸟选拔」，逾百万人投票。在帝雉、蓝腹鷴、黄山雀和台湾蓝鹊4种台湾特有鸟类中，台湾蓝鹊