展开游说企业界捐款，结合台湾包括台积电董事长张忠谋、统一企业集团总裁高清愿、国泰人寿董事长蔡宏图以及新光集团的吴东进、吴东亮等人于2001年3月共同筹组成立“两岸共同市场基金会”。尽管台湾经济不景气，萧万长还是集合了包括自己在内的20位捐助人，每人捐款新台币500万元，成立规模新台币1亿元的两岸共同市场基金会。该基金会是民间组织，不是官方机构，并定调在研究论坛的角色，是研拟“两岸共同市场”这个经贸机制具体运作的规范与互动模式的研究单位。基金会第一届董事长由萧万长出任，前行政院劳工委员会主任委员詹火生担任