并未于2001年的立委选举中过半，导致施政上时常与在野党发生冲突，而泛蓝、泛绿两大政治势力也在此时开始形成。陈水扁政府上台后，因蓝绿政党恶斗、中国大陆崛起、产业外移与媒体乱象影响，国内政治、社会及经济等均显得动盪不安。由于政府提倡高科技发展，服务业与高科技产业的比例逐渐过半，并于2002年正式加入世界贸易组织。2002年8月，陈水扁发表「一边一国论」，引发国内外不少争议。2004年2月28日，大约有200万台湾民众以牵手方式排列成长约500公里的人链，反对中国大陆部署针对台湾的飞弹设施以及支持反飞弹公投