去世后继承了纳瓦拉王国，是为纳瓦拉国王恩里克三世，自此波旁家族入主了这个王国。虽然此时的纳瓦拉的疆域只是全盛时期的一小半，但足以成为日后波旁家族争夺法国王位的重要基地。
入主法兰西.亨利·德·波旁跟随身为纳瓦拉王国女王的母亲信奉新教克尔文宗的胡格诺派，母亲过世后，他继位为纳瓦拉国王，由于他同时为法国贵族的身分，就成为了法国新教胡格诺派的领袖，而波旁家族的其他分支和主导法国政坛的吉斯家族信奉天主教，亨利无可避免地被卷入了这场残酷的法国宗教战争。为求自保，亨利数次宣称改宗天主教，但私底