1日，便已集结军舰在澎湖海域周围，预备拿下澎湖，对清廷施予更大谈判的压力。澎湖当时已筑建妈宫城，设立电报局、水雷局，以及增建五座新式砲台，俨然成为台湾海崃的军防重心，预备迎战日军来袭。3月23日，日军「比志岛混成支队」从澎湖岛位于东侧的龙门里正角（今湖西乡龙门村）抢滩登岸，由于澎湖的重兵多布阵西侧，日军从东侧出现清军完全猝不及防。3月24日，比志岛混成支队佔领拱北山砲台（今湖西乡城北村），然后兵分二路，抢佔文澳、红木埕等高地持续挺进。妈宫城的东门砲台砲击一度中断日军脚步，但日军旋即增调野战山砲，妈宫城外守