发生于中国大陆境内的千岛湖事件。1995年，担任内政部警政署刑事警察局侦查队队长，后转任台北市政府警察局刑事警察大队队长。1996年侦办宋七力宗教敛财案，让宋七力坦承诈骗。1997年，担任台北市刑警大队队长与台北市警察局和0414专案小组共同侦办白晓燕命案，于台北市龙江路、五常街围捕兇嫌林春生、陈进兴和高天民，并于台北市石牌路缉拿高天民，高天民饮弹自尽。在南非武官卓懋棋挟持事件中，当时的刑事局长杨子敬主张攻坚，侯友宜则认为可先尝试谈判，因此单独爬入官邸斡旋，带出受伤的卓懋棋、大女儿梅兰妮。经过媒体连续七