后，决断官员卖官鬻爵，并罢免贪污受贿的上百名官员，受到朝廷一致赞誉。他不徇私也不结党，然而在选择文选员外郎缺官中，他计划起用邹元标，却招致大学士申时行反对。宋纁无奈只得上疏五次请求辞职归乡，不久死于任内。赠太子太保，谥庄敬。宋纁为官凝重，有识力。当时石星代任户部尚书，曾对宋纁说到某地截留巨额赋税盈余，可以收为国有。而宋纁则认为“朝廷的赋税盈余，应当储蓄，而不要动辄搜刮。如果皇帝知道地方赋税盈余的话，则会升贪侈之心。”当时官员建议将漕运粮储折价换成白银，宋纁则执意反对，称“太仓的粮储，宁可腐烂也不能亏空，