器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。鞭冠科鱼类的发光器官则位于拟饵体中，与消化道不连续。尚不清楚“灯笼”中的发光细菌来源，尽管已知它是弧菌属细菌，但截至2001年尚未成功人工培养 。
自发光.许多深海生物，包括深海鱼类，使用自己产生的萤光素发光。发光器的数量一般很大，可以达成百上千个。发光器的开口可伴随有透镜或类似滤光片的结构，这有助于调节光量，照射方向和发光颜色。