这里可以找到的海藻包括蕨藻、和等，最主要的海藻是生长在Montehage岛和Nain岛的泰来藻、海菖蒲和。公园也拥有多种鱼类、海洋哺乳动物、爬行动物、鸟类、软体动物和红树林。大约有90种鱼生活在布纳肯国家公园的水域内，包括主刺盖鱼、长鳍、管海马、四线笛鲷、高体拟花鮨、双线眶棘鲈等种类。软体动物则有大砗磲、唐冠螺、鹦鹉螺、海鞘等。据称，布纳肯国家公园有比夏威夷多出七倍的珊瑚以及所有已知的印度太平洋西海区中70%的鱼类。陆地上，布纳肯公园内的各岛拥有丰富的棕榈、西米、椰子等植物。居住在陆地和海滩上