卡拉纪和寒武纪的交界之前有共同的祖先。
灭绝.三叶虫灭绝原因不明，但是志留纪和泥盆纪时期两颚有强大关节连接的鲨鱼和其他早期鱼类的出现，与同时发生的三叶虫数量的减少似乎不是无关的。三叶虫可能为这些新动物提供了丰富的食物。此外到二叠纪后期时三叶虫的数量和种类已经相当少了，仅剩下砑头虫目（Proetida），这无疑为牠们在二叠纪-三叠纪灭绝事件中灭绝提供了条件。此前的奥陶纪-志留纪灭绝事件和泥盆纪后期灭绝事件虽然没有后来的二叠纪-三叠纪灭绝事件那么严重，但是也已经大大地减少了三叶虫的多