日军损失约100架战机，曾参与攻击珍珠港的老练飞行员至此几乎全部阵亡，另有两艘航空母舰与1艘重巡洋舰重创。
塞班岛战役.南太平洋海战后，南云被解职调回国，任佐世保镇守府司令官。1943年6月，转任吴镇守府司令官，并于10月兼任第1舰队司令官。1944年3月，由大本营任命为中部太平洋方面舰队兼第14航空舰队司令官，驻地塞班岛。美军于1944年6月15日登陆塞班岛，经过3个星期的战斗后，日军在岛上的残存兵力仅剩约3,000名，为7月7日万岁冲锋作表率，南云于7月6日晚上约10点与和切腹