畿展开大规模混战，战火遍佈摄津、山城、河内、和泉、大和等国，导致了三好家的彻底衰落以至灭亡，也为织田信长进京上洛打开了大门。1565年5月19日，三好三人众与松永久秀联手在二条城杀死了室町幕府第十三代将军足利义辉。随后三好三人众与松永久秀决裂，进攻三好义继的居城饭盛城，挟持了三好家当主三好义继。其后在混战中双方各有胜负。1566年三好家为三好长庆举行了葬礼。三好三人众起兵上洛，企图拥立平岛公方足利义亲为室町幕府第十四代将军。1567年三好义继逃离高屋城投奔松永久秀。1568年三好三人众攻入松永久