台湾总督府交通局铁道部遂于1926年（昭和元年）起进行「尖笔山附近改良线」工事，将路线改线行经靠海侧的崎顶，并开凿双线净空的崎顶一号、二号隧道，以及在崎顶二号隧道南端设置崎顶信号场（崎顶号志站）负责交会列车管制。新路线于1928年3月12日通车（初期铺设单线），于1929 年（昭和四年）拆除尖笔山旧路线，成为当地民众往来道路，并于后来成为今台13线道路的一部分（该路段名为公义路），尖笔山隧道则于1977年道路拓宽时遭拆除。而在新线完工通车的前一年度（1927年），铁道部也开始进行台北＝竹南间的「纵贯铁道