中谷地区史塔克顿等地的阿尔塔蒙特走廊特快 (Altamont Corridor Express，ACE)；在索诺马县和马林县之间，还有索诺马-马林地区轨道交通（简称SMART)。
空中交通.旧金山国际机场是湾区最重要的机场，为联合航空和维珍美国航空的枢纽站，亦是美国往亚洲的主要出发站之一，亚洲主要的航空公司大都在此设有航班。奥克兰国际机场与圣荷西国际机场主要提供国内线服务，面向航空公司主要为西南航空等廉价航空；国际航班曾仅限于墨西哥，而由于硅谷与亚洲的紧密联系，目前已有海南航空开办