在明朝默许下，转至当时不属于明朝版图的东番（即台湾）。连横所着《台湾通史》序中写道「台湾固无史也，荷人启之…」，即反应台湾近代史系由荷兰人起始，地点则在今台南市。台南市作为全岛政经中心长达200余年。1644年，明朝灭亡、满清入关。当时反清势力蜂起，明郑郑成功（国姓爷）即为其中一股强大的势力。唯经过几场败仗后，决定改取台湾，作为之后为反清的基地。1662年，郑氏攻下荷人政治中枢热兰遮城，以祖籍地赋名安平镇，设置承天府。明郑时期此焉开始，汉人亦跃升成为台湾开发的主导势力。1683年，清提督施琅攻下台湾