机车投入运用初期，主要担当东海道本线上优等旅客列车的牵引任务。其中EF56-6号机车更被指定为日本皇室御召列车的专用牵引机车，车身两侧装有金黄色的装饰带，这台机车在很长一段时间和EF53型电力机车（16～18）用来牵引御召列车，直到1953年才被EF58型电力机车取代。战争结束后，EF56型电力机车和EF57、EF58型电力机车共同成为东海道本线普通旅客列车的主型牵引机车。1958年（昭和33年），随着直流电气化区段延伸至东北本线，EF56型电力机车逐步由沼津机关区转配属至宇都宫机关区，用来牵引东北本线