玛丽亚·阿玛丽亚的父亲是神圣罗马帝国皇帝约瑟夫一世的幼女。九岁时，约瑟夫一世病逝，由约瑟夫的弟弟查理六世继位。查理六世违反当年答应让约瑟夫一世的女儿们拥有优先继承权的诺言并让自己的女儿玛丽亚·特蕾西亚继承皇位。玛丽亚·阿玛丽亚和她的姐姐被逼承认1713年国事诏书。这引发日后的奥地利王位继承战争，其中一位发起人就是玛丽亚·阿玛丽亚的丈夫。