晚年后，山田风太郎的身体逐渐衰弱，之后于2001年病故，享年79岁。现在兵库县有“山田风太郎纪念馆”，里面展示着山田风太郎的原稿、笔记以及爱用的写字台等。
影响.忍法帖系列对今后的日本动漫界造成非常巨大的影响，比如《兽兵卫忍风帖》等，其影响深远甚至到《The Matrix》的导演沃卓斯基兄弟、《杀死比尔》的导演昆汀·塔伦提诺等好莱坞电影人。2003年，《甲贺忍法帖》被画工出众的漫画家濑川雅树改编为漫画作品，获得第28届讲谈社漫画赏，并且全5本的单行本创造了100万以上的销量