到西藏自治区岗巴县任县委副书记，历时三年，之后回到聊城。1988年，时任聊城行署副专员的孔繁森升任拉萨市副市长。1992年12月，在条件艰苦的阿里地区任地委书记，此地被称为“世界屋嵴的屋嵴”。1994年11月29日，孔繁森在去新疆塔城考察边贸途中，因车祸殉职，时年50岁。他的骨灰安葬在拉萨烈士陵园内。
纪念.孔繁森去世后，中国政府和中国共产党将他誉为“新中国成立后，在党的培养教育下成长起来的一代优秀领导干部中的杰出代表”，并开展了一场中国全国范围的“向孔繁森同志学习”的活动。1