不满，加上织田家又攻击妻子的娘家丹波国波多野氏，因此别所长治接受毛利辉元的策反，在天正6年（1578年）2月，别所长治正式反出织田家引7000-8000兵力守城，播磨豪族三木通秋等亦相继唿应起事，从海路运送兵粮进入三木城，为阻止事态恶化，羽柴秀吉也接受黑田孝高的建议在3月出兵反制，而，别所家内亲织田家的重臣别所重栋亦出奔投效羽柴秀吉。
经过.羽柴秀吉包围三木城起初，先在三木城下放火且观察地势，确定无法迅速攻下后便留下胞弟羽柴秀长监视，将本阵移往书写山，三木城兵一度企图出城攻击秀长军