7月，国民政府在广州成立，古应芬任国民政府常务委员兼广东省政务厅厅长。8月、廖仲恺遭暗杀，古应芬继任国民政府财政部长兼广东省财政厅厅长。
国民党右派的活动.1926年（民国15年）1月，古应芬当选中国国民党第2届中央监察委员。蒋中正崛起后，古应芬因反感中国国民党左派及中国共产党的运动方式，乃同蒋介石接近。1927年（民国16年）4月12日四一二事件爆发，古应芬支持，并在所在的广州排除中国共产党。南京方面蒋中正主导的南京国民政府成立后，古应芬任国民政府常务委员兼代理财政部长，进行财政