大唿拉尔选举中，贡达赖作为独立候选人在库苏古尔省西北部第45选区当选，随后于同年加入民主党。在他的第一个国家大唿拉尔委员任期内，他同法律部长曾德·尼亚木道尔吉闹翻，因指其涉嫌向外国特工提供秘密文件。此事最后，贡达赖被指控诽谤，贡达赖于2003年8月在飞往首尔的航班上被拘留。贡达赖于2004年国家大唿拉尔选举中再度当选国家大唿拉尔委员。2005年底，贡达赖组建了自己的政党“人民党”，其组织结构模仿了蒙古帝国的政治结构。在2006年1月蒙古人民革命党领导的政府在争议中成立后，贡达赖被任命为蒙古国健康部部长。