改信基督教，极端排斥民间信仰与道教，故曾于「北帝」庙内破坏神像。
佛教.孙中山曾经表示「佛教乃救世之仁，佛学是哲学之母；宗教是造成民族，和维持民族一种雄大之自然力；人民不可无宗教之思想。研究佛学，可补科学之偏」。1918年南京栖霞寺重修，孙中山率先「捐银币万元」。
新教.孙中山年少时曾在西方教会学校学习，开始信奉基督教新教，甚至为信仰不惜放弃在檀香山的学习。所结交的朋友及家人许多都是新教徒，加上香港孙中山纪念馆所收藏的受洗记录 。孙中山的末任妻子宋庆龄