。蛋白质按等电点（蛋白质解离成阴阳离子的趋势或程度相同，使得净电荷成中性，此时的pH值即为等电点）在第一个维度分离，并根据其分子量在第二个维度中分离。
转渍.要让抗体成功对蛋白质产生反应，就要将蛋白质从凝胶中转移到用硝化纤维或聚偏二氟乙烯（PVDF）制成的膜。转渍蛋白质时，最常用的方法称爲"电印迹"(Electroblotting)，即运用电流，从凝胶中牵引出带负电荷的蛋白质，使其向带正电荷的阳极方向移动，进入PVDF或硝化纤维膜内。蛋白质自凝胶移入膜内时，可维持其在凝胶内形成的结构