但1996年总统选举，首次总统选举民进党落败，仅得21.1%，但因为当时发生台海危机，导致部分选民支持时任总统李登辉所致。2000年总统选举，由民进党候选人、前台北市市长陈水扁以39.3%的得票率当选总统，成为台湾历史上首次的政党轮替。民进党成为中华民国政府的执政党，2004年总统选举，陈水扁总统以50.11%的得票率成功连任，但在民进党8年执政期间，绿营一直未能控制立法院，立法院继续由蓝营控制。2008年立委选举，绿营失利，仅获得27个立委席次。同年总统选举，民进党失去执政权，由中国国民党重新执政