日军内部所爆发的疟疾疫情甚至与5个月前在澎湖所爆发的疫情更加严重，此疫情大大重创日军，共造成超过2000人死亡。
嘉义之役.10月初，自本国增援的援军登陆台湾，日本方面恢复对台湾民主国的占领行动。10月3日北白川宫能久亲王下令近卫师团开始往南彰化推进。 10月6日，近卫师团的前锋部队首先在他里雾击溃了台湾守军3000人。10月7日，近卫师团的重要行动在于于云林分头行动，个别击破了台湾守军一系列的防御堡垒。10月9日，近卫师团发动了八卦山之役后第二大的战役，该部队向嘉义城发动强攻，而