39年7月，他同家人前往美国，开始全美演讲旅行。然而，同年9月，第二次世界大战爆发，1940年4月，挪威被德军攻占。雅各布·皮耶克尼斯只好留在美国，并成为了加州大学洛杉矶分校的气象系主任。在此期间，他还曾加入美军并成为空军上校。在他的帮助下，美军找到了原子弹轰炸广岛和长崎的最佳日期。1969年，雅各布·皮耶克尼斯对厄尔尼诺-南方涛动现象提出了一种新的观点。他认为，南方涛动——气压“跷跷板”效应，和厄尔尼诺——东太平洋海温升高，是同一种海洋现象的两种不同表现形态。他还提出了厄尔尼诺-南方涛动的“反馈循环”