岛海战的翔鹤・瑞鹤为中心再建的机动部队。坏灭的第一航空舰队长官南云忠一中将和参谋长草鹿龙之介少将任第三舰队指挥官。第三舰队予定为空母六只（翔鹤、瑞鹤、瑞凤和飞鹰、隼鹰、龙骧２组）和战舰2只、巡洋舰4只、长良为旗舰的驱逐舰16只共计29只的大舰队。菲律宾海海战时失去旗舰大凤跟大量舰上机飞行员，其后练成的航空机亦于台湾空战中消耗，雷伊泰湾海战时基本没有舰上机，作为诱敌舰队而参加。雷伊泰湾海战后、残存的空母集合至第1航空战队，附属联合舰队(后编入第二舰队)，第4航空战队的航空战舰伊势・日向编入第二舰队，第三舰