馼出任监察部部长；使她成为当时国务院组成部委中唯一的女部长；也是继钱瑛之后的第二位女性监察部部长；同年9月，马馼又兼任新设立的国家预防腐败局首任局长，并兼任国务院纠正行业不正之风办公室主任。2007年10月，在中共十七大上，马馼连任中纪委副书记。 《财经》杂志报道称，马馼担任中纪委副书记期间，一直分管干部工作，人称纪检监察系统的“组织部长”，“在系统内口碑甚好”；在其任内，曾先后参与并主导查处了刘志军、薄熙来等中共高级官员。2012年11月，在中共十八大上，64岁的马馼没有继续在中纪委任职，开始淡出