藏增加到7800卷，称《玄都宝藏》。元刊《玄都宝藏》比《大金玄都宝藏》增加了一千数百卷道书。主要增加全真道道士新撰之着作。然而在元朝中叶，道教在与佛教的争执「老子化胡为佛经」中道教无证据老子化佛，而佛教证明释迦文佛比老子早生早亡，而且老子是在秦国终亡，在史记都有记载，道教受到了打击，按约定道藏被烧毁。辩论会场上的十名全真道道士剃度为僧，全真道受到冷落，正一道兴起，因为正一道没参加这场辩论。明朝时又重印道藏。由明成祖永乐四年，第四十三代天师张宇初及其弟张宇清奉诏主持编修。明英宗正统九年又诏邵以正校正增补，