Ⅴ类，东半湖（靠近巢湖市）水质为Ⅳ类和Ⅴ类之间。整体而言，西半湖污染更为严重，处于中度富营养水平，东半湖处于轻度富营养水平。2010年8月巢湖出现蓝藻集聚，面积约20km²，集中分布于西半湖西北部和东半湖东南部。
管理.原地级巢湖市被撤销后将成立副厅级机构巢湖管理局，由安徽省派出并且设立机构，且由合肥市管理，统一管理巢湖规划、水利、环保、渔政、航运、旅游等事务。以及一个处级单位合肥市巢湖老干部服务管理局，由合肥市直接领导。