石出土于泥盆纪地层，显示多足类的型态在泥盆纪之前，已经开始出现变化。若以核糖体序列分歧的程度来推算，多足类生物的分歧始于泥盆纪。多足类物种不都是害虫；本亚门之下的蚰蜒目物种皆为益虫。
分类.就节肢动物门中最接近多足类是哪一类动物这个问题，一直存在着争议。根据有颚亚门假说，多足类是包含甲壳类及六足亚门的泛甲壳动物的姊妹分类；若根据缺角类假说，六足类与多足类最接近，两者共同组成单支类（）；若根据Paradoxopoda假说，螯肢动物亚门则是最接近。最后的假说虽然只有少数形态特征支持