晋刘裕发动第二次北伐，率王镇恶等将伐后秦。晋军连克许昌、洛阳。隔年攻破长安，后秦亡。之后刘裕因故返国，留守将领发生内闹。夏帝赫连勃勃趁机率军攻下长安，据有关中。另外，于405年建国谯蜀的谯纵，早在刘裕第一次北伐后就派朱龄石攻陷成都，谯蜀亡。河西方面，后凉分裂出南凉及北凉，由于四周强敌渐渐威胁，最后向后秦投降。397年秃发乌孤脱离后凉，建国南凉，最后南凉败于北凉和夏，为西秦所灭。同年匈奴别部卢水胡沮渠蒙逊拥汉人段业于张掖独立，401年沮渠蒙逊杀段业取代，史称北凉。405年敦煌太守李暠（汉族）叛北凉