提前出狱，并在2008年1月12日第七届立委选举中，以国民党身份于全国不分区第五顺位当选。后虽参选第八届立委选举高雄市第七选区之区域立委，但据2012年1月14日选举开票结果，该选区民进党参选人赵天麟获得最高票，邱毅落选。2014年，因与台北市议员林瑞图多次在政论节目诽谤高雄市市长陈菊胞弟陈武进为南部围标集团首脑，二审判决邱毅有期徒刑6个月、林瑞图5个月，可以易科罚金，全案定谳不得再上诉。2016年立委选举，以国民党党员身分代表新党参加不分区立委再度落选。2019年11月13日，国民党中常会通过