妃请求清朝出兵，直隶总督张树声和李鸿章派淮军将领吴长庆平乱，马建忠作为长庆的幕僚同去，马建忠设下擒贼先擒王之计，派袁世凯抓捕了云岘君，押回中国软禁，平定此事。同年10月18日，李鸿章派马建忠赴天津与法国公使宝海达成越事草案三条，即中国撤兵、通商、中法分巡红河南北。1884年（光绪十年），马建忠加入唐廷枢主持的轮船招商局。中法战争后，他升任轮船招商局会办。1890年（光绪十六年），马建忠开始撰写《富民说》，主张发展对外贸易、扶持民间工商业等措施以富民强国，并将《富民说》上呈李鸿章。不久，受李鸿章委派担任上