辞让。当时南郡公桓玄因在建康任官不得志而留在封国，并因着父叔在荆州的威望而横行，当地人怕桓玄更甚于殷仲堪。而殷仲堪亦对他心存畏惧，与他结交；而桓玄亦打算借助其军力而讨好对方。
响应王恭.隆安元年（397年），桓玄劝殷仲堪奉青兖二州刺史王恭为主，起兵讨伐当时依附会稽王司马道子并乱政的王国宝。当时殷仲堪同意并劝堂兄殷顗、南郡相江绩及雍州刺史郗恢支持。虽然三人皆反对，江绩南郡相一职被殷仲堪撤换而殷顗告病去职，殷仲堪仍然拿不定主意，迟疑未决。此时王恭使者来到，主动邀约殷仲堪支持他讨伐王