二级政区为府、直隶州。府管辖的州（散州、属州）不再领县，形成了单式的三级制。清代初年，原为临时差官的巡抚取代布政使，成为一省的长官。在一些民族杂居之处及战略要地，设置了新型政区「厅」，分为省直辖的直隶厅和府辖的散厅。少数直隶厅下辖县。明代布政使司、按察使司派出的差官「道员」，在清代也保留下来。道员的统辖区域是「道」，介于省与府之间，有分巡道、分守道、粮储道、盐法道、兵备道等名目。清初的道并不是行政区，道员亦无品级。干隆以后，定道员秩品为正四品，分巡道、分守道的职权也渐趋一致。有的道下直接领县。有人认为清