家参加西军，与东军的前田利长在北陆对立，直政在浅井畷之战中在北浅井、江口、南浅井埋伏，不过因为当时前田军已经通过南浅井，双方没有交战。战后，丹羽家遭到改易，直政改仕于结城秀康。不过此时出仕的主人有诸多説法，有藤堂家、前田家、奥平家。儿子直义仕于藤堂高虎，在大坂之役中立下战功，被称为「藤堂家的四本枪」（）。