在立法院并未过半，中国国民党仍在立法院控制多数的席次，最后选择提名了军人背景出身，属中国国民党籍的时任国防部长唐飞来组阁。唐飞是中华民国政府迁台以来，第二位由国防部长转任为行政院长的人（上一位为郝柏村）。同时为第三位曾出任参谋总长的行政院长(之前的两位是陈诚与郝柏村)。当时陈水扁政策主张「新中间路线」，因此内阁部会首长延揽了许多非民主进步党籍人士出任，民主进步党籍阁员只佔其中一小部分。另外陈水扁为了兑现选前承诺，任命的内阁部会首长中有相当比例是由女性出任，启用了几位专业人士，例如蔡英文为大陆委员会主任委员、