垩纪晚期。夜翼龙的化石发现于堪萨斯州的尼欧伯若拉组（Niobrara Formation）地层，地质年代相当于8500万到8450万年前。穆氏翼龙的化石发现于墨西哥科阿韦拉州，地质年代约8580万年前，属于较早的土仑阶到康尼亚克阶。但在2010年，欧洲罗马尼亚发现一个部分肱骨，具有类似夜翼龙科的明显三角嵴，地质年代约1亿4000万年前，属于白垩纪早期的贝里亚阶晚期。许多翼龙类化石层被归类于夜翼龙科，但没有得到太多究的支持，例如发现于墨西哥马斯垂克阶的一个肱骨，可能属于夜翼龙科。