在此时期方耀干拓展其世界文学的触角，并且奠定其文学理论与创作的基础。1991年方耀干开始投入台语文之研究与运动，积极致力于台湾母语的复振工作与文学创作。此外，方耀干参与多个台语文社团，以及担任多个台语文杂志之编务。2004年方耀干进入成功大学台湾文学系博士班深造，于2008年以《Uì边缘kàu多元中心：台语文学ê主体建构》论文拿到博士学位。在这篇论文里，他提出「多元脉络理论」，企图建立台语文学的主体性，扭转台湾文学史的一元书写，成为互为主体的多元中心书写。
经历.方耀干自1