柬共内部却出现了分裂，一派主张以1951年（高棉人民革命党建立年）当作建党之年，另一派则认为1960年（改为高棉劳动党的年份）才是柬共的开始。波尔布特和英萨利倾向于后者，在他们当选中央委员后，认为视1951年为建党时间的党内人士有忠于越南的嫌疑。而此时期越南与柬埔寨发生了边境冲突，更加重了波尔布特对他们的猜忌。波尔布特随即对这些人展开大规模清洗；波尔布特后来声称镇压了一次反对自己统治的“潜在政变”，大卫·钱德勒认为可能是针对这些党员的“先发制人的清洗”。
衰败.自1977年起，越南