忆追溯机器「Animus 2.0」以免精神崩溃。于安全模式「黑房」（Black Room）中，戴斯蒙遇上第十六实验体之意识，获告悉必须进入其两名刺客祖先阿泰尔·伊本·拉哈德（Altaïr ibn La-Ahad）（详看前作《刺客教条》）以及埃奇欧·奥狄托雷·迪·佛罗伦斯（Ezio Auditore da Firenze）仍未读取的记忆，使Animus 2.0能把三人的记忆分开，重组其意识从而甦醒。于黑房中，戴斯蒙除探索记忆也回忆自己的过去：从小在森林接受各项刺客训练，但在渴望自由下于十六岁逃走，乘坐便车到达