原属九铁的东铁、西铁、马铁分别易名为东铁线、西铁线、马鞍山线，而东铁的旺角站改称旺角东站。由当日起整体票价获得调低，转乘车费亦同时取消，但由于票务系统整合需时，至2008年9月28日方统一单程车票的使用。合併后的港铁同时改善两铁原有转车站的设施，并拆除九龙塘站、美孚站和南昌站原来的转线用闸机以方便乘客转乘。2008年4月9日，港铁在丹麦哥本哈根举行的2008年度铁路大奖中，获得全球知名的独立轨道及交通专家评选为亚太区最佳铁路。同年，铁路网络继续扩展，将军澳线二期康城站于2009年7月26日启用，九龙南线