本占领中国东北以后，由日本南满洲铁道株式会社创办的地质调查所。1945年抗日战争结束后，8月23日由中国长春铁路公司接管，易名为「东北地方志博物馆」；中长铁路科研所委托苏联地质专家叶果洛夫担任馆长，并对原有的陈列进行修整。1959年，在抗战胜利14周年纪念日（9月3日），正式定名为「大连自然博物馆」。1995年为实施科教兴市战略，保护自然文化遗产，大连市委、市政府决定移址黑石礁海滨建新馆。1998年10月，新馆建成并对外开放。
展品.大连自然博物馆有各种标本近20万件，珍贵标本6千