禁苏卡诺、哈达等人之后，沙弗鲁丁在西苏门答腊省就任紧急正副主席，并利用电台广播和爪哇岛仅余的民族主义者联络，组织抵抗荷兰人的斗争。他在这个岗位上成功维持印尼共和国的抵抗力，直至荷兰人释放苏卡诺、哈达为止。印尼完全脱离荷兰统治之后，沙弗鲁丁继续在穆罕默德·纳席尔的内阁担任财政部长，直至1951年3月20日为止。随后政府委任他担任印度尼西亚银行行长，至1957年免职。
参加叛乱.沙弗鲁丁在1957年开始跟苏卡诺总统发生冲突，原因是他既反对苏卡诺把荷兰资本收归国有的决定，也反对苏卡诺