顺治三年（1646年）张献忠退出成都时，在成都进行大规模的烧杀破坏。同年10月20日，张献忠在盐亭县凤凰山被清肃亲王豪格射杀身亡。大西的官员离开成都时还有700人。到张死时只有25人，大多被他杀死。
联明抗清.张献忠死后，以孙可望为主的大西军自1647年进佔云南、贵州二省，加以经营、整顿后，成了后来南明军的后方基地。永历元年（1647年）八月，孙可望为劝降被俘的明朝官员杨畏知，接受其提出的条件，不再使用大西国号，暂以干支纪年。1652年，永历朝廷接受西军部将孙可望、李定国投诚抗清