于是依照神明指示在此建庙。据说过去保生大帝生前与好友黄驭山经过此处发现是风水宝地，约定日后谁先到这里则地归他所有，然后两人将誓词放入瓦罐埋入土中，以待日后相验。据说在南明永历十三年（1659年），郑成功北伐失败，听取何斌建议打算攻打荷兰东印度公司取得大员时，因建造战舰的木材不够，于是打算「借用」青礁慈济宫第一、第二大殿的木材，待日后再重修两座大殿。而被拆除的大殿地基仍规模宛在。