02年）中式壬戌科三甲第一百四十六名进士。授福州府推官。正德年间，封为南京监察御史。宁夏平定后，大学士李东阳封官。张芹则批评李东阳身为大臣则没有功劳，疏上，东阳涕泣不能辩。武宗责芹沽名，停俸禄三个月。给事中窦明因言获罪下狱，张芹上疏营救。不久，出任徽州府知府。因避嫌宸濠叛乱事宜，改任杭州府知府。乱平，又回任徽州府知府。嘉靖初年，升迁浙江海道副使，历任右参政、右布政使。因倭人争贡牵连而被罢官回乡。张芹对母侍奉甚佳，其持身节俭朴素，麻袍粗食地安度余生。
主奏.有《建文备遗录》、