关系因独岛主权、日本历史教科书、日相小泉纯一郎参拜靖国神社等问题，出现危机。但在这些关系到韩国国家利益的原则问题，潘基文态度强硬，丝毫不让步，被称为“丝绒手套包裹的铁拳”。
参选联合国秘书长.2005年，随着时任联合国秘书长科菲·安南任期即将结束，各个国家纷纷推出自己的候选人参加下届联合国秘书长的竞选。韩国原本是打算力推原韩国驻美大使洪锡铉，但由于韩国国内爆出洪锡铉政治献金丑闻，韩国政府改潘基文为联合国秘书长候选人。韩国上下认为如果潘基文能当选联合国秘书长将是提升韩国国际地位，推动