在香港奥委会会长霍震霆亲赴洛桑向国际奥林匹克委员会主席雅克·罗格求情下，她最终才得以赶及出战奥运。2009年，林菱代表香港出战东亚运动会，一举赢得女子团体金牌 和女子双打（伙拍：张瑞）铜牌。林菱原打算在东亚运后退役，返回家乡福建，到厦门大学攻读中文系学士学位；但最终决定押后退役时间。2010年11月，林菱代表香港出战广州亚运会，参加乒乓球比赛的女子双打（伙拍：张瑞）及团体项目。赛后，林菱正式宣告退役。