，因应番禺撤市建区，本站成为规划的3号线其中一个中途站；而2号线因改为从南洲南延至广州新客站（现广州南站），不再前往本站。直到2003年方案中，南洲至后滘段被划分为广佛地铁广州段的一部分，同时本站被规划成一个换乘车站。另外，车站在规划之初已经考虑广珠城际铁路的接入，但由于广珠城际铁路沥滘站位于南海心沙岛上，远期才会修建，因此只预留在南站厅设置通道前往广珠城际车站进行换乘。
3号线.2003年5月18日，本站正式开工建设。因为车站结构直接下穿沥滘涌，因此本站建设时需要对沥滘涌进行临