纪伊国沼岸，直接攻击阿波国，进攻加藤嘉明伊予松前城。但因为嘉明的家臣佃十成发起三津滨夜袭，导致元吉战死。战后毛利氏减封剩下周防、长门两国，武吉再次离开竹原，德川幕府控制了海路，村上水军因此无法运作而消亡，之后以毛利家家臣身份在三田尻当船手众，负责保护朝鲜通信使。庆长9年（1604年）武吉病逝，家督由孙子元武继承。武吉于山口县大岛郡周防大岛町（旧东和町城山）有一座馆迹及墓所。