澳门的两年，广结各地外贸商人，包含时常往来与日本与澳门的大海商李旦（西人称为 Ardrea Dittis，俗称Captain China）。天启三年（1623年），郑芝龙受舅舅黄程的委派，押运白糖、奇楠、麝香、鹿皮等货物，搭上李旦的大船开往日本长崎平户岛，成为李旦的部下。在长崎，受到日本人田川氏看重并嫁给他。翌年，田川氏在平户岛生下一子，取名郑森，这个孩子就是后来名震天下的郑成功。1624年初，郑芝龙因李旦推荐，前往澎湖担任荷兰人的翻译及通事，同年初秋荷兰人撤退至台湾南部；由于明朝和荷兰的争执，影响