毓铨第一次发现魏特夫反苏反共，即与魏特夫辩论称：苏联红军是人民的军队，人民的军队是打不倒的。魏特夫说：王毓铨你的看法是错误的，斯大林把有才能的将领都杀掉了，所以苏联红军一定失败。魏特夫表示反对第三国际，反对苏联。从这以后，在太平洋国际学会工作的王毓铨、陈翰笙认为魏特夫叛离了德共。王毓铨同魏特夫时常发生辩论，两人的关系越来越坏，王毓铨即决定不再为魏特夫做工作了，埋头按照自己兴趣研究史料为时达三四年之久。1946年魏特夫向太平洋国际学会控告王毓铨想成立工会反对他，王毓铨向陈翰笙商议后辞去太平洋国际学会工作。