选青海省省长。2004年12月，再次奉调入藏，任中共西藏自治区党委书记。
回京养病.2005年11月27日，中共中央突然宣布由张庆黎代理中共西藏自治区党委书记。外界有报导称，当年9月，杨传堂因为突发脑溢血导致重度昏迷，被接到北京救治，但是官方没有证实。2006年5月29日，杨传堂被正式免去中共西藏自治区党委书记，任国家民族事务委员会副主任（正部长级）。2007年，兼任国家民族事务委员会党组书记。2007年10月12日，被递补为中央委员。在随后举行的中共十七大上，继续当选第十