铺设在两岸的混凝土板均因土地冻住，而遭受伤害。1989年12月至1990年3月，京密引水渠进行冬季输水后，昆玉段的衬砌段就因土壤冻住隆起而发生“冰冻害”，致使30％左右的渠道都受到破坏。1990年5月26日至1990年6月28日，工程组吸取了山东引黄济青工程的经验，采用聚苯乙烯作为防渗材料，才解决了冻伤害的问题。
垃圾污染.京密引水渠虽然作为北京市首要的淡水运输线路，但一直受到不同程度的污染，一些白色垃圾和生活垃圾污染了引水渠内的淡水，还堵塞了渠道，使引水渠运力下降。京密引水渠