湖北代表，参加了在南京举行的中华民国临时大总统选举会，并参加了孙中山就任临时大总统典礼。南京临时政府成立后，他担任孙中山临时大总统秘书、内务部会计主任，兼任马警总队总队长，并于孙中山下野后离职。1913年2月，马伯援随孙中山、黄兴赴日本，8月赴美国西北大学学习。1914年夏，因黎元洪中断公费而辍学回国，1915年回到家乡，此后曾在家乡兴办“求实小学”和“蚕桑公司”。1917年护法战争中，王安澜在枣阳大阜山成立“鄂北靖国军”，此后通过马伯援使襄郧镇守使黎天才合编王安澜部。1918年10月，马伯援到上海见孙