任台湾省政府主席，任命马寿华为台湾省政府委员。后来兼任物资调解委员会主任委员。1948年，陈诚继任台湾省政府主席，马寿华留任台湾省政府委员。他还曾代理台湾省政府财政厅厅长（财政厅厅长严家淦曾到中央政府办美援，其间由马寿华代理）。此后，陈诚催马寿华接任台湾土地银行董事长，马寿华乃就任。马寿华还受聘为台湾全省美术展览国画组审查委员，参加台湾全省美术展览。1950年，在台北市中山堂三楼画廊举办个人画展。1951年，马寿华应司法院院长王宠惠之邀，任司法院秘书长。1952年到1965年，任行政法院院长。1965年