上杭县，屯兵于校场前；县民大为忿恨而愿从军，吴南灏督乡兵拒战，激励兵卒，亲冒矢石，大破流贼。福建巡抚表扬之。吴南灏清廉刚介而厚待士卒，严格拘束胥吏。二年（1629年）调闽县知县。海盗猖獗，吴南灏剿抚兼施，擒获海贼首领。四年（1631年），擢吏科给事中。八月初七日，吴南灏以河南风霾致异、江南大水为灾上疏，崇祯帝命勘灾一案全都如议酌行。十月初六日，上言：「日者内臣一举朝鲍鲍过虑，诚恐内臣与外臣异，则开齮龁之端，同则滋朋比之习。谆谆举祖制为言夫，亦欲皇上周祥郑重万无一误也。然臣恭绎明旨曰『朕自有裁处。