免疫系统也不会对环境中没有威胁的物质（如食物），产生过度反应。但是，在特定情况下，免疫系统对于机体自身的物质的识别失效，把它们认为是外来的入侵物，从而产生针对这些物质的抗体（即自身抗体），引发自体免疫。这些自身抗体会攻击机体自身的细胞、组织、器官，引起炎症反应，对机体造成损害。