1922年11月兼署国务院秘书长。1924年12月，任内务部次长，并任国民代表会议筹备处评议员。1926年2月，任国务院首席参议。自1928年中央政府改为南京国民政府后，王耒即脱离政治，专心读书。曾参加稊园诗社、蛰园诗社。1956年11月获聘为中央文史研究馆馆员。1956年12月23日，王耒逝世，享年76岁。