禅宗临济宗，但现在则变成西藏密宗噶举派（白教）的分院。
沿革.重庆寺属于宁南坊，原址宽三开间，由三川门、正殿、后殿与两边厢房，属于禅宗里的临济宗，主祀释迦牟尼、文殊菩萨与普贤菩萨。1778年时台湾府知府蒋元枢曾重修该庙。台湾日治时期1915年，因该寺划入台南厅舍新建范围内而被征收，信徒遂购地于近傍并于1916年10月新建。然而在1943年时遭到盟军轰炸波及，战后再次重建。重庆寺在1969年时皈依西藏密宗贡噶上师，改为弘扬密宗噶举派（白教），亦改为供奉「大悲胜海红观音菩萨」与