曾在1995年首创被称爲「四季红」的配票模式，让民进党北市南区4席立委全数当选。1995年12月，施明德提出大和解理念，主张民进党应与新党合作，沈富雄在民进党内提出反对意见，批评施明德的作法与理念。在沈富雄当选立委后，陈水扁的正义连线与谢长廷所属福利国连线，都曾争取沈富雄参加，他当时没有加入任何一边，但之后仍然选择加入正义连线。1997年，沈富雄担任正义连线会长。1998年，陈水扁在台北市长选举中败选，当时沈富雄认为民进党台独党纲影响选情，曾主张废除，引起党内讨论。陈水扁之后争取党内提名为总统候选人