据地从事后勤工作。抗战结束后，他回到茅山道院，出任元符万宁宫住持。中华人民共和国成立后，黎遇航任教于茅山下泊宫小学，并曾任校长。1954年当选江苏省政协委员。1957年赴北京，任新成立的中国道教协会常务理事、副秘书长。1961年，又任副会长兼秘书长。文化大革命期间，他曾返回茅山。文革结束后，中国道教协会于1980年恢复工作，黎遇航当选为会长。1987年主持创办《中国道教》杂志并任社长。1990年中国道教学院成立后，他又出任院长一职。1992年起退出领导岗位，改任中国道教协会顾问。此外，他还曾任第五届全国政协