东阳新安临海永嘉五郡军事、左军将军、会稽郡｜会稽太守。后因事降号为冠军将军。宋后废帝时改任金紫光禄大夫、弘训太仆、散骑常侍，后加本州中正。元徽四年（476年），加特进。昇明元年（477年）宋顺帝即位，进位右光禄大夫。昇明三年（479年），顺帝被逼禅让给萧道成时，王琨陪伴顺帝并和他一同向太庙辞别，已经历过宋武帝篡晋的王琨感慨地说：「人以寿为欢，老臣以寿为戚。既不能先驱蝼蚁，频见此事。」众人皆流涕痛哭。萧道成即位后以王琨兼领武陵王师，加侍中。不久解王师之任。建元四年（482年），萧道成去世，他的牛不在家，王