。秦纮与总兵官周玉阻挡获胜，进为左佥都御史。不久召还理院事，迁户部右侍郎。万安挤压尹旻并诬陷其为旻党，被降为广西右参政，又升福建左布政使。
弘治朝.弘治元年（1488年），因王恕举荐，升左副都御史，总督漕运。次年，进右都御史，总督两广军务，并评定当地瑶族民变。因劾总兵官安远侯柳景贪污，连坐入狱，被罢免。几月后，启用为南京户部尚书。弘治十一年（1498年），引疾去官。弘治十四年，蒙古入寇花马池，兵抵平凉。秦纮受启用，担任户部尚书兼右副都御史，总制三边军务。之后抚恤练兵、屯田治理，三年