建庙缘由是1960年时，数名民众在淡水田仔寮沟拾获中坛元帅神像，因而在崁顶里供奉。一名善心人士无偿提供土地，邀集仕绅兴建庙宇供奉，并配祀观音菩萨、福德正神等神尊，成为当地宗教信仰中心。1963年建庙，庙又名「崁顶太子庙」。庙身原本朝向东南方，正对观音山。1991年，内政部营建署发布实施淡海新市镇一期计画，庙所在处纳入区段征收范围，居民遂发起抗争。当时因地籍资料并未完成移转，原地主领走了区段征收补偿费，导致庙地变为公有地。类似状况则有北投里福德宫，导致日后发生争纷。营建署考量像是淡水太子庙、淡水平安宫、