未公布截击桂林号的原因，引发不少猜测。其一说法指日军是打算行剌立法院院长孙科。在香港发行的日文报章《香港日报》曾经承认孙科是这次攻击的目标，并指日军飞机本来打算活捉孙科；而孙科原先的行程是在8月24日乘坐桂林号离开香港，但他最后却乘搭了另一间航空公司（欧亚航空）。孙科的女秘书后来声称自己错误安排行程，意外令到孙科避过一劫。亦有猜测认为孙科是刻意发布错误资讯，令到日军截击错误飞机。桂林号事件对中国银行业亦有一定冲击。当时交通银行董事长胡筠、浙江兴业银行行长徐新六、中华民国中央银行机要科主任王宇楣三人俱在空