。院政接收了藤原氏与豪族的庄园，而积极整顿庄园引起了领主的不安。为了避免遭到清算，许多领主自动向上皇靠拢；上皇为了报答领主的支持，给予了豁免租税的优待，反而使庄园的独立性更强。由于许多上皇笃信佛教，更遁入空门成为法皇，使佛教势力扩张。神社寺院有自己的僧兵，屡次与地方国司相争。朝廷面对僧兵的斗争，反而束手无策。畏惧神佛的贵族无法反抗僧兵，只能倚靠不畏惧神佛的武士来相抗衡。间接造成了武士的抬头。
意义与影响.院政的是为了对抗摄关政治而形成的畸形政治制度，虽然成功把藤原氏的的势力逐出