办公区、文物库房和电器设备区六个部分。其中，历史文化专题陈列馆分为四个展厅，即三个常设陈列厅（“龟兹历史文化厅”、“多浪民俗文化厅”、“新疆古代货币厅”）和一个临时展厅。新馆采用了多种现代化高科技手段进行展示。阿克苏博物馆有藏品2,163件，其中国家一级文物4件，国家二级文物16件，国家三级文物35件。三个常设展览展出的文物达1,239件。