万历、天启年间，宁波商人在北京经营药材、成衣逐渐增多。崇祯年间，位于今天北京市东城区薜家湾的鄞县会馆成立，这标志着宁波商帮开始以一个同乡商业团体出现。
清代前期.1645年(清顺治二年)，宁波明代官员降清。此后，张苍水在宁波坚持反清长达20年。为了镇压反清运动，清政府颁布迁海令并实施海禁政策。这一政策使得宁波对外贸易损失惨重。直至1679年(康熙二十三年)，海禁方才解除，但干隆年间，重开海禁。在海禁较为松弛的时期，由于日本也实施了锁国政策，因此，经由宁波的中日贸易不如先前那样繁荣，