野西资教家中长大，1382年时移居到足利义满家，同年接受父亲后圆融天皇的让位，成为天皇。当时虽然由后圆融上皇开设院政，但事实上朝廷已经威权扫地，室町幕府的将军足利义满拥有凌驾于上皇的权力。后圆融上皇对此非常不满，同足利义满的关系恶劣，两人经常发生冲突。三条严子生下后小松天皇后不久，后圆融天皇怀疑其与足利义满通姦，将严子殴打了一顿。作家海音寺潮五郎据此怀疑后小松天皇可能是足利义满的私生子。后小松天皇早期就是在上皇与幕府将军勾心斗角这种险恶的状态下度过的。在后小松天皇即位后第十年（1392年），南北朝宣告统