民政府迁往南京后，吴玉章以中共四川省委书记的公开身份留驻重庆，领导重庆《新华日报》和西南地区党的工作，这也是我党唯一在国统区公开宣布的省委书记。1948年8月，中共中央决定成立华北大学，任命吴玉章为校长。1949年12月，在华北大学的基础上建立了中国人民大学，政务院又任命吴玉章为校长。中华人民共和国成立后，历任中国人民大学校长、全国文字改革委员会主任。从1955年起任中国科学院哲学社会科学部委员。1956年主持汉语拼音工作。1966年12月12日，吴玉章在北京逝世。