被采纳但天下人都很敬重他所说的话。石亨、杨善便一同贬低章纶。后更是被排挤到南京任南京礼部侍郎，后改吏部。
身后.成化十二年，以年老辞官回乡。成化十九年去世，享年71岁。过了数年，妻子张氏上呈他的奏疏，并请求加恩，宪宗追封其为南京礼部尚书，赐谥“恭毅”。明朝官府为了表彰其德行，特树立“会魁”、“尚书”牌坊。着作有《章恭毅公集》、《困志集》等。 有一子章玄应。
墓葬.现存章纶墓在乐清市龙西乡仙人坦村，由墓室和四坛组成，依山而筑，呈扶椅式，为乐清市文物保护单位。