蒙古两次入侵日本，福冈地区是两国交战的前线。幕府为加强对九州北部的控制而设立镇西探题，结果反而引发九州在地御家人的倒戈。南北朝时期，福冈地区也被卷入混战，一色氏、涩川氏等势力虽曾被任命为九州探题，但实际上并未对全福冈地区进行有效统治。15世纪前期，大内氏势力兴起，成为筑前、丰前两国的支配势力。而大友氏则是筑后国的支配势力。两者之间的抗争最终以大友氏获得胜利，取得九州北部大部分地区的支配权而告终。1586年（天正14年），丰臣秀吉开始九州征伐。翌年丰臣秀吉论功行赏，对九州的大名进行重新配置