二在6月16日傍晚发出新闻稿表示，日方巡逻艇依日本法令正当执法，虽然是执行任务必要行为，但导致联合号沈没、联合号船长受伤，对此感到相当遗憾。今后会依照日本法令适当处理包括赔偿问题在内事。而日本右翼团体于6月17日赴台湾驻日经济代表处表达抗议，表示中华人民共和国政府离间台日关系，令台湾孤立以便其统治。
「和星舰」撤离事件.稍后，台湾媒体发现，中华民国海岸巡防署6月10日凌晨5时左右接到「联合号」海钓船撞击沉没事件报案后，海岸巡防署成立紧急应变中心，在彭佳屿北方海域正进行任务的「和星舰