区域属于或幕府直辖领。明治维新后，幕府直辖领先后被划入府中裁判所、久美滨县；1871年实施废藩置县后，峰山藩和宫津藩则分别被改设为峰山县和宫津县，但在同年底中郡全部区域被改划入新设立的丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中，丰冈县被废除，中郡被改划入京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「中郡」，郡役所设于峰山町（位于现在的京丹后市）。