005年12月25日将退休，但他还是成为自由球员。2006年2月10日，韩德森接受大都会队的邀请，担任打击指导员，离开球员身份。7月，韩德森再加入圣地牙哥冲浪狗队，这是他第31个职棒球季。2007年5月18日，旧金山新闻达导奥克兰运动家队的总经理比利·比恩，考虑在9月的一场比赛将韩德森加入至球员名单，这样韩德森在退休时会是奥克兰运动家队的球员。 韩德森最后于2007年7月13日正式宣佈退休，并说「我没有提交退休文件给大联盟，但是我想大联盟的文件已经认为我退休了」。