男。幼名直八。与同郷的井上良智海军中将是亲戚，与长州藩出身的井上馨没有関系。文久3年（1863年）8月爆发萨英战争，井上良馨初次参战，被弹片贯穿左腿，负重伤。庆应4年（1868年）担任「春日丸」的小头，参加戊辰战争。在明治新政府中，井上的经历与伊东祐亨非常相似。日清战争中，伊东祐亨战功卓着，两人又几乎同时晋升。新制度制定后，井上良馨任「」号中尉军官，明治5年（1872年）任「春日号」舰长。他赞成西郷隆盛的征韩论。在担任「春日号」舰长期间，镇压佐贺之乱、出兵台湾。明治7年（1874年）10月，