分封给他的儿子察合台，史称察合台汗国，统治包括伊犁在内的新疆大部和中亚地区。16世纪，察合台汗国的蒙古人已大部融合于信仰伊斯兰教的民族之中，即蒙兀儿人，后被叶尔羌汗国据有该地。17世纪，察合台汗国分裂，瓦剌蒙古崛起，进入新疆的瓦剌（又称卫拉特）四部中的准噶尔以伊犁为根据地相继控制阿尔泰、塔城等地，逐渐取得统治地位。明末清初，瓦剌再度崛起建立准噶尔汗国，政治中心由塔城移至伊犁河谷。1755年，清朝发兵攻打准噶尔部。1759年清朝统一西域后，期间阿尔泰划归科布多参赞大臣辖制，干隆二十五年（1760年）设伊犁