陶宛独立后，考纳斯机场成为国际机场。1996年，加入国际机场协会（Airports Council International，简称ACI）。2005年，欧盟拨款对考纳斯机场的跑道灯光系统进行升级。升级后的机场成为瑞典、拉脱维亚、白俄罗斯等邻国以及俄罗斯加里宁格勒州各机场在恶劣天气情况下的备降机场。2007年10月17日，机场新航站楼建设工程开工，至2008年3月底完工，5月13日正式开放。新航站楼配备了现代化的安检设备和边防设施，满足了立陶宛正式实施申根协定之后的对机场的要求。新航站楼设有12个登机手