想要挽留他不成。朱以海到达舟山时，陈士京留守福建，与郑成功结盟，作为后方基地，作长远打算。郑成功一心想恢复明王朝，并以此为己任，对遗臣故老陈士京等人以礼相待，于是海上衣冠云集。久而久之，陈士京看到海师没有进展，广东的情况日益不利，就自己一人在同安的鼓浪屿筑室隐居，题名“鹿石山房”，赋诗自遣。郑成功率领水师攻入长江，请陈士京参预岛上留守事。陈士京染疾病逝世，享年六十五岁。当时朱以海在南澳，听到陈士京的消息震悼，亲自写祭文纪念他。 清朝赐谥陈士京节愍。