府为了切断天主教会与西方「帝国主义」势力的联系，驱逐了罗马教廷代表德·尼格里斯大主教，并要求国内天主教徒断绝与梵蒂冈的一切联系，转而建立一个民族教会。1946年4月，霍查政府颁布法令，规定宗教团体拥有土地的限额为10公顷，教会学校全部转交政府管理，取缔耶稣会并没收其财产，驱逐所有外国神职人员。1946年秋，政府镇压了由原亲意大利占领当局的天主教神父组织的法西斯组织“阿尔巴尼亚联盟”，并于年底处决了与该组织有关的20位神父，另有40位神父被捕入狱。神父数目锐减。1947年，政府取缔方济各会，并禁止在家中传教。