有些改道后的区间并不合理，给日后运营带来后患。
第一期工程：斗山至公益.1906年5月30日，陈宜禧在斗山墟将铁路转车盘上的火车头原地旋转180度，并宣布新宁铁路正式开始动工。首期工程原计划从新昌埠（今属开平市）起建取道网地以达新宁县城宁城（后改称台城）经过三娘迳至斗山，但由于新昌到水步一带多为新昌甄姓的产业，甄姓村民借口“轨道车头有碍水利祠墓，具禀县善后局，请饬移设”，企图敲诈一笔巨额赔款。另外一些乡民则认为铁路通过有损“龙脉”，要求铁路绕道；更有甚者认为火车经过会“五谷不生”。由