中层带（水深200 - 1000米）仅接受少量的阳光，不足以进行光合作用。大多数温跃层（水温沿垂直方向急剧变化的水层）处于该区域，而中层带之下的区域的物理环境鲜少变化。现已知中层带游泳深海鱼约750种，巨口鱼目所属钻光鱼科、褶胸鱼科、巨口鱼科以及灯笼鱼目所属灯笼鱼科的种类和数量上领先。这些群体广泛分布于全世界海洋中（包括极地海洋），生物量巨大。其中，钻光鱼科圆罩鱼属被认为是嵴椎动物中个体数最多的类群。占据底栖鱼支配地位的是软骨鱼纲的银鲛目和角鲨目，以及鳕形目的鼠尾鳕科、稚鳕科，鼬鱼目鼬鱼科和北梭鱼