同年大将军苟晞上表迁都仓垣，怀帝最终决意迁都，并派傅祗到河阴营治舟船准备怀帝水路交通之用，但怀帝碍于盗贼横行而不能离开洛阳。及后汉国军攻破洛阳，将怀帝掳至平阳。傅祗于是与苟晞共建行台，设于河阴，以司徒、持节、大都督诸军事身份传檄四方，并派儿子傅宣与尚书令和郁向方镇长官征集义军营救怀帝，自己屯盟津小城，命傅畅为河阴县令，等待傅宣。次年汉国河内王刘粲进攻傅祗所驻的盟津，此时傅祗急病逝世，享年六十九岁。