南部、甘肃北部和哈密一带其他蒙古族居住的地方都暂时归附了明朝，明朝廷先后设置了羁縻卫所20多处，各卫所长官由原蒙古领主担任并凭证世袭。
清朝.1618年（明神宗万历四十六年）后金首领努尔哈赤起兵反明。1635年努尔哈赤死后其子皇太极亲率大军，征蒙古察哈尔部，于崇德元年（1636年）改国号“大清”，并最终消灭南明，成为统治全中国的清朝（大清帝国）。其间塞外的蒙古诸部有的与清朝统治者联盟、联姻，如科尔沁部；有的则被清朝征服，如喀尔喀部、和硕特部、卫拉特部、察哈尔部、准噶尔部。最终当时整