在1999年，球队赢得关东地区联赛（Kanto Regional League），并在地区联赛附加赛中得到第2，获得升上日本足球联赛（Japan Football League）的机会。在2005年3月，栃木SC宣佈成立一个专门小组，为球会将来升上日本职业足球联赛作出慎重考虑。2007年1月，栃木SC得到了日职联会员身分（J. League Associate Membership）。在2008赛季中，球队于日本足球联赛中得到第2名，成功得到升班资格，因此栃木SC在2009年会于J2中比赛。