早前孟学农以及时任卫生部部长张文康的言论大相径庭。为了挽回政府的形象，中共中央决定，以处理SARS危机不当为由，免去了孟学农和张文康的党内职务。而后，仅担任北京市市长三个月的孟学农，不得不“主动”辞去了市长职务。新市长之职由他的连襟，时任海南省委书记的王岐山接任。半年后，孟学农被宣布出任国务院南水北调办公室副主任一职，但依然保留了正部级的待遇。在出任北京市市长时，孟学农53岁，被媒体视为中国政坛的“明日之星”。在当选后的记者会上，孟学农不讳言自己与胡锦涛的渊源；表示，他曾在胡锦涛直接领导下的共青团工作。