3年马来亚、新加坡、沙巴和砂拉越组成了马来西亚联邦，这迫使马来亚航空更名为「马来西亚航空」，同时马来西亚航空亦接管了。1965年正式宣佈新加坡独立，又使马来西亚航空更名为马来亚－新加坡航空。马来亚－新加坡航空在接下来的数年急速扩张，并订购了首架波音客机B707，随后亦订购了波音737。在1972年，新加坡与马来西亚政府间的合作破裂，这使马来亚航空一分为二，分别为现时的马来西亚航空和新加坡航空，自此两家公司各自发展。
迅速增长.马来亚航空分裂之后，新加坡航空保留了10架原马来西亚－新