以后，陈方安生和董建华一直貌合神离，政府高层出现两个「司令部」。回归初期，广东省提出在经济上和香港融合，并建议兴建跨境大桥，落实二十四小时通关。时任粤港合作联席会议港方代表的陈方安生在兴建跨境大桥和二十四小时通关上一直持保留态度。1999年，香港立法会就新机场开幕混乱而写成的调查报告指出，香港机场管理局主席董成亨和机场策划局需要负责，报告没有点名要陈方安生负责，但她当时兼任机场策划局主席，曾有立法会议员要求她就事件引咎辞职。1999年7月，香港电台播出中华旅行社总经理郑安国的两国论，惹来当时的港