他的硕士论文《丰坊与姚士粦》、博士论文《明代考据学研究》，均推进了当时学术界的研究论述。硕士论文完成之后，甚至得到屈先生「打破三百年来成说」的赞赏，也成为他今后从事学术研究的重要支柱。民国七十八年八月，中央研究院中国文哲研究所成立筹备处。筹备处主任吴宏一先生非常欣赏林先生，建议他申请文哲所。民国七十九年五月，所方谘询委员会通过他的申请，同年八月正式转任中国文哲研究所经学组，从事研究工作，直到今日。他在文哲所经学组统筹多次重要的学术会议与活动，致力于推动研究人员与国外学者之交流，并策划、点校出版多部经学家