于2004–05年球季，首次升上甲组联赛，季初凭着一鸣惊人的表现，获得球迷好评。2005-06年度的甲组联赛，公民在最后一仗赛和南华，使南华护级失败需要降班，其后南华获香港足球总会挽留。于2006年，公民是其中一队最多球员入选奥运队，守门员谢德谦、后卫吴昊鹏、中场梁振邦及前锋元洋，并于2007年初赢得第29届省港盃，为港增光。
引入国援.公民于2007年庆祝六十週年纪念，在暑假推出名为「阳光少将之旅」的青年足球员发展计划，目的是吸引香港有潜质的年青足球员晋身球圈。除了为香港青年球员