支持科大的改革和“全院办校、所系结合”的办学方针。2003年底，中科院下属的多个研究所的所长或院士被聘任为科大多个学院院长或系主任。并且在2003年至2006年期间，学校还与中科院的多数院属单位签署了全面合作协议。通过以中国科学院为依托，学校参与了国家大科学工程建设。在此期间，学校举办了两次较受关注的校庆活动：四十周年校庆和五十周年校庆。
四十周年校庆.1998年，学校建校40周年。时任中共中央总书记、国家主席的江泽民为中国科大四十周年校庆题词“面向二十一世纪，建设一流大学，培