。洪武初年，辞职。后不久再次被推荐为学正，后升任渭南丞。当时同州、蒲城两地争地界，累年未得解决，而当时行省派遣李叔正去处理。李叔正单骑而至，解决纠纷。当时渭南每年交粮赋二万石，田无定额。他按新亩数重定赋税，由于立法精密，诸弊尽剔。此后升任兴化知县，后以礼部侍郎召回。后李叔正告老还乡，后不被批准，改任国子助教。当时国子监中诸位学生多出自豪门，李在国子监严立教规，旦夕督导。朝廷纷纷赞许其贤才。后升任监察御史，奉命巡视岭南，当时琼州府吏诬告知府，后李叔正经过调查，发现与事实不符，于是将诬告事宜具奏朝廷，后使知府伸