进军季后赛，在季后赛击败全年战绩第3名兴农牛晋级台湾大赛，但在台湾大赛遭熊队直落4横扫。
2007－2009年：飞总时代-三连霸，统一王朝.统一狮开季战绩不佳，17场比赛仅获4胜；大桥穰、井上修、酒井光次郎三名日本教练被撤换，罗国璋代理总教练后获得改善，上半季以第二名坐收。下半季由吕文生接任总教练，成为联盟第一支900胜球队，但仍与下半季冠军失之交臂，以全年战绩第一取得外卡资格。季后赛首轮以直落3横扫诚泰COBRAS，台湾大赛再以4:3粉碎La New熊的卫冕大业，夺得总冠军，