09年复旦大学医院管理研究所设立中国最佳医院排行榜起，始终位于排行榜综合医院排名的全国前50位。排行榜的专科排名中，复旦大学附属儿科医院在小儿内科领域始终位居全国第一位，在小儿外科领域仅次于首都医科大学附属北京儿童医院，长期位于全国第二位。2015年，北京大学发布的中国最佳临床学科评估结果中，复旦大学附属儿科医院则位于儿科综合排名第一位。儿科医院主院区位于闵行区万源路399号，另在徐汇区医学院路/枫林路旧址保留普通小儿内科门诊部。医院共有800张病床，门诊和急诊每年共收治患者逾225万人次，住院手术达到