孩子，当他要展开旅程并进入草丛时，精灵宝可梦研究专家大木博士制止了他，并告知他在草丛里可能栖息着宝可梦，而独自一人闯入是非常危险的。之后、大木博士把主角带到他的研究所，在那里、玩家与大木博士的孙子，主角的劲敌相遇。玩家和劲敌根据博士的指示，从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟这三个宝可梦中选择一个做为自己的初学者宝可梦，而博士的孙子总是会选择一个对玩家所选的宝可梦有优势的宝可梦。接着、主角与他便会展开第一场战斗，并在之后会接连不断地与其它宝可梦训练家对战。到达下一个城市后，玩家被委託将一个包裹交付给大木博士，返回实验