学堂首任总办为蒋钖彤。民国后改称南京海军军官学校，李和为校长。1925年停办，校址改为国民政府海军部。现海军指挥学院位于南京半山园。江南水师学堂毕业生中有中华民国海军总长林建章、海军总长与代总理杜钖珪、同盟会长江盟主和广州起义领袖赵声、海军舰队司令陈季良、海军部部长陈绍宽等人。