的德甲赛季便成为俱乐部最佳射手。他总共在联赛上阵24场并打进15球，帮助拜仁重夺失落已久的德甲冠军。他也在自己首个欧洲冠军联赛有好的表现，在16强对阵阿森纳的比赛中打进一球。其后，在作客都灵对阵尤文图斯的半准决赛中再打进一球。同年5月24日，拜仁在该年的欧冠盃决赛对阵多蒙特。曼祖基奇打进比赛中的第一个进球，他在下半场60分钟先开纪录令拜仁以1:0领先，加上洛宾在完场前一分钟的绝杀进球，令拜仁最终以2-1击败这支德甲宿敌，夺得12年来首座欧冠盃的冠军。这个进球，也代表着曼祖基奇成为第一个在欧洲冠军联赛决赛进球