蛋白质超家族（）是对可以找到共同祖先的最大一组蛋白质的合称。一般而言，共同祖先是基于和物理性质得出的，即使不高，也可能会具有共同祖先。蛋白质超家族中往往还会有内部联系相对更近的蛋白质家族。
识别.蛋白质超家族可以用多种方法进行鉴定。
序列相似性.之前，不同蛋白质序列之间的相似性曾被作为推断同源性最常用的指标。序列相似性被认为是相关性的一个指示物，因为相似的序列很有可能来自于基因重复和趋异进化，而不太可能来自于趋同进化。由于密码子简并的缘故，蛋白质的氨基酸序