人士认为该塔保存有“舍利”。民间传说，该塔的舍利可能是三世达赖的舍利。1586年，三世达赖到唿和浩特讲经，并圆寂于正蓝旗。也有人认为，该塔的舍利可能是三世达赖的“法身舍利”，即其生前用过的衣物或经卷等等，其真身舍利可能供奉在西藏。“金刚座舍利宝塔”与印度的佛陀伽耶式塔属同一类型，为金刚宝座式塔。这种类型的塔在中国有5座，分别位于北京真觉寺、碧云寺、西黄寺，云南昆明妙湛寺，唿和浩特慈灯寺。