1937年抗日战争爆发，日军占领北平，红楼成为日军宪兵队队部，地下室曾用作囚禁中国爱国人士的监狱。1953年，北京大学全部迁往原燕京大学校址。1955年，中华人民共和国文化部文物管理局、中国古建筑研究所设在红楼。1961年，“北京大学红楼”被中华人民共和国国务院公布为第一批全国重点文物保护单位。1976年唐山大地震波及北京，红楼濒临倒塌，为此从1976年到1978年，中华人民共和国国务院拨款80多万元全面加固整修红楼。2001年4月，国家文物局迁出红楼，入驻朝阳门北大街10号的中华人民共和国文化部办公楼