于1374年任命斯特凡和他的兄弟弗里德里希作为使节到阿尔萨斯中和上士瓦本。然后，斯特凡计划去巴勒斯坦朝圣，而他的父亲于1375年去世时享年56岁，因此他不能成行。1375年，父亲斯特凡二世逝世，从1375年到1392年，斯特凡三世与弟弟弗里德里希和约翰二世一起在巴伐利亚公国统治。1392年，因为他拒绝资助他的兄弟在意大利远征，三兄弟将巴伐利亚公国分开成三国独立的公国，弗里德里希统治巴伐利亚-兰茨胡特、约翰二世统治新的巴伐利亚-慕尼黑，而斯特凡三世统治新的巴伐利亚-因戈尔施塔特，但是他不久就将其视为劣势，