作为杀真菌剂，但是由于对它的危险性的认识不断提高这个用法已经很少了。碱可以破坏放线菌酮，因此假如工作台面或者容器被放线菌酮污染后，只要使用无害的碱溶液（比如肥皂）清洗就可以了。
体外应用.在分子生物学中放线菌酮可被用来确定蛋白质（酶）的半衰期。使用放线菌酮处理细胞，然后使用蛋白质印迹法来显示要被研究的蛋白质随时间的数量变化。由于放线菌酮阻碍蛋白质的合成，细胞内的蛋白质不断减少。