组织与崇拜仪式上已有基本雏形。对于教义的认定上经过长期的争论也逐渐成为体系。新教的神学家编写了大量的神学着作。17世纪中叶，英格兰的清教徒革命要求以加尔文主义改革妥协保守的圣公宗教会，把新教运动又推进了一步，产生了脱离圣公宗的新教派，如英格兰的长老会、公理会、浸信会、公谊会等等。随着移民美洲，新教也成为美洲宗派的大宗。
神学的发展.宗教改革之后，在英美世界的新教教会主要有两大对立神学思想：加尔文主义和阿米念主义，在德国和北欧国家的新教教会主要接受信义宗神学。19世纪进化论在欧洲兴起