为儿子司马德文娶王国宝女，婚事未成孝武帝就去世了。王国宝得知孝武帝死讯后，夜里入宫打算撰写遗诏，被侍中王爽阻止而失败了。
王恭所恨.太元二十一年（396年），晋安帝在孝武帝死后继位，王国宝再次投向司马道子，并推荐以奸邪闻名的族弟王绪为琅邪内史，一同依附司马道子。而司马道子亦被二人迷惑，又将王国宝视为心腹，让他参与朝廷事务并掌有实权，被当时的人所痛恨。青兖二州刺史王恭厌恶王国宝乱政，有意图起兵诛除王国宝，更曾劝司马道子要远离王国宝，王国宝十分恐惧。隆安元年（397年），王国宝被任