因自卫队武器不如装备美援武器的宪兵，战术和施用武器的熟练度也不足，队伍组成如乌合之众的情形下，最后由与宪兵队长交好的高雄一中父兄会会长陈启清出面和宪兵达成停火协议，不过一名学生颜再策仍在交战过程中中弹，送回学校医务室已不幸身亡。3月6日，彭孟缉逮捕凃光明等七名谈判代表，决定发动镇压行动，高雄中学被列为其中的重点区域。陈国儒部队攻进市政府，向市政府内丢掷手榴弹，各界代表与市民当场有四、五十人丧命。同时以手榴弹及步枪，对爱河及市府地下室内躲藏的民众开枪。何军章部队进攻高雄火车站与高雄中学，军队包围火车站地下