贞元年（1227年）内里火灾，大内里永远停止了重建。嘉祯元年（1235年），此时大内里已逐渐荒废，因此被唤作「内野」。元弘3年（1331年）光严天皇于里内里之一的土御门东洞院殿（即今日京都御所的雏形）即位，此后以此为皇居，直至迁都东京为止。神祇官官厅是大内里最后残存的建筑，直到天正13年（1585年）才荒废。
整体布局.大内里东西384丈（1164公尺）、南北460丈（1394公尺），周围以筑地塀（註释：由土夯筑而成的土墙）围绕，四面各筑三门，加上东上门、西上门，共十四