设热河都统、察哈尔都统和绥远副将军，率军驻防要地，以加强军事控制。但各都统、将军不干涉行政事务。如科尔沁部一类可以自治，察哈尔与土默特则被取缔。清朝对外札萨克蒙古盟旗的管辖，中央有理藩院的典属、柔远清吏司等机构，地方上有驻扎大臣。定边左副将军即乌里雅苏台将军，为漠北蒙古地区的最高官员，下设乌里雅苏台参赞大臣二人，与将军共同管辖喀尔喀诸部盟旗。科布多参赞大臣及帮办大臣管辖杜尔伯特、辉特、新土尔扈特等盟旗及札哈沁、阿明特、乌梁海等旗。库伦办事大臣掌中俄交涉事务，其属恰克图办事司员等人，负责监督中俄贸易。