深圳北站每天开行高速列车56对(包含所有方向)，另包含6对高峰运行的列车。终到广州南站25对，以及8对由潮汕站经本站前往广州南的G字头列车（另包含6对高峰运行的列车），其中经广深港高铁，通过武广高铁至长沙南站10对、通过杭长高铁至南昌西站2对、至武汉站11对、到郑州东站2对、到西安北站2对、宜昌东站1对、石家庄站1对。2013年12月28日，厦深铁路通车运营，每日开行38对动车D字头动车组。2014年4月随客流增长已经增加至每天38对列车，包括上海虹桥站3对动车、福州南站8对动车、福州站1对动车、厦门北