青海办事长官.由清朝西宁办事大臣改设。1915年10月3日裁撤。同年，西宁镇总兵改为西宁镇守使，后又改为甘边宁海镇守使。北洋政府规定“以青海属甘，以长官事属镇守使”，即以甘边宁海镇守使负责原青海办事长官事务。
西藏办事长官.由清朝西藏办事大臣改设。
阿尔泰办事长官.由清朝阿尔泰办事大臣改设。1919年6月1日裁撤，辖区并为新疆省阿山道。