治二年（隆武元年，1645年）九月，多铎奉命押解被俘的弘光帝北上，钱谦益等随行，于十月十五日到达北京。柳如是并未循例随行，此举得到钱谦益后来的夸赞（如作诗称“衣朱曳绮留都女，羞煞当年翟茀班”）。顺治三年（隆武二年，1646年）正月，钱谦益被清廷任命为礼部侍郎（因清廷只承认崇祯朝为正统，为钱在崇祯朝最高官职为礼部侍郎）管秘书院事，任《明史》馆副总裁。同年六月告病，清廷准予其还乡并享受相关待遇。钱之仕清，被人嘲笑为“两朝领袖”。时人有诗讥讽称：“钱公出处好胸襟，山斗才名天下闻。国破从新朝北阙，官高依旧老东林