绩惨遭淘汰，同时该战绩也是历届亚冠联赛中国球队的最差战绩。虽然球队在联赛第一阶段进入三甲，但是赛程进入夏季之后，申花战绩出现巨大滑坡，最终名列第十一名，为队史第二差名次。2012赛季开赛前，上海申花大手笔地引进了法国球星尼古拉·阿内尔卡，法国名帅让·蒂加纳，蒂加纳下课后，前阿根廷国家队主教练塞尔吉奥·巴蒂斯塔，科特迪瓦球星迪迪埃·德罗巴与哥伦比亚国脚吉奥瓦尼·莫雷诺也相继来到申花，但最终申花仍未获得亚冠资格，以联赛第9名收场。2013赛季开始之前，阿内尔卡与德罗巴相继转会离开。2月18日，中国足协收