得票率依旧保持领先，并拿下两席立委；而国民党亦获得两席立委，其余一席则由同属泛绿的台联取得。由于张荣味被判入狱三个月以上，内政部将其停职，并指派前基隆市长李进勇代县长。2005年中华民国县市长暨县市议员选举时，国民党、民进党分别提名时任立委许舒博与苏治芬参选，最后苏治芬以五成余票数当选，成为第一位民进党籍云林县长。2008年中华民国立法委员选举中，国民党提名的张嘉郡在海线选区以五成余的票数击败参选连任的陈宪中，国民党山线选区候选人张硕文则因同时有民进党提名时任云林县议员刘建国及遭台联开除党籍的尹伶瑛参选