海军总司令杜锡珪授意下，率数艘军舰及海军陆战队进攻闽南地区。1924年4月，杨树庄率部占领厦门。5月因功升为海军中将，旋即出任海军闽厦警备司令。同年9月的江浙战争中率闽厦海军舰队和海军陆战队参加了淞沪浏河战役，并取得胜利，同年9月北洋政府任命其为中华民国海军副总司令、海军中将并胜威将军称号，10月段祺瑞上台后，杨树庄出任中华民国海军总司令一职。北伐战争时，杨树庄于1927年3月14日率领海军归附国民革命军，电令各军舰易帜，并帮助北伐军攻取南京。同年4月四一二事件爆发，杨树庄应令主持海军的清党工作，解