政府在上海、南京的特务组织遭到了毁灭性破坏。戴笠和陈立夫曾命令手下特务不惜一切代价干掉李士群，都因种种原因没有得手。但是，李士群自己的秘书关露实际上却是中共地下党联络员，李士群也因此与中共保有某种秘密联系，李曾秘密安排中共在上海的特务工作负责人潘汉年与汪精卫会面。随着李士群势力日益扩大，他与日军关系也不断僵化。1943年，李士群的后台老板日本人晴气庆胤奉调回国，他的继任柴山兼四郎中将对李居功自傲十分不满；不久，李士群掩护日本宪兵悬赏缉拿的军统特务余祥琴逃脱之事又被查知。与李早有矛盾的周佛海在中统授意下，