后荷兰人于澎湖海战（1624）被明军击退，转往台湾。
明郑时期.自荷兰人撤退后，澎湖一直处于明朝的控制下。在南明时澎湖实际上成为明郑的领域，并派官员来澎湖收税。1658年，郑成功让鲁王朱弘桓留驻两年。1661年（永历十五年），郑成功出兵攻台湾时，从金门料罗湾出发后，首先抵达澎湖。1664年（永历十八年），郑经设澎湖安抚司。这是自明朝1622起不再设置澎湖巡检司之后，时隔40年澎湖再次有了官署。1665年，清荷联军继续进攻澎湖，遭遇台风、无功而返，清朝于是放弃了攻佔台湾的企图，转