而且越到晚年他反新教的立场越加坚定，发表了很多有争议的反新教的着作。费舍尔在1529年下令逮捕并审问了威廉·廷达勒的追随者托马斯·黑顿。和廷达勒一样，他被作为异端拷打并处死。
为阿拉贡的凯瑟琳辩护.自从亨利八世要与阿拉贡的凯瑟琳离婚的事情爆发之后，费舍尔就成为皇后的主要支持者和顾问。他作为皇后的代理人出席宗教法庭，他用他的义正辞严，刚直不阿让旁听者感到震惊，他向众人郑重宣告，他愿意像圣经中的圣若翰洗者那样为了神圣不破的婚姻而死。这番言论传到了亨利八世耳中，亨利八世非常愤怒，