后燕南侵，攻掠廪丘，高平太守徐含远告急，刘牢之因不能救援而被指畏懦，遭免官。
王恭爪牙.隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭以讨伐王国宝之名于京口起兵，请刘牢之为其司马，领南彭城内史，加辅国将军。同年王恭因会稽王司马道子诛杀王国宝并向其谢罪而罢军，但响应王恭的王廞不肯罢军，反攻伐王恭。王恭于是派刘牢之率兵五千攻打王廞，终在曲阿击溃王廞，王廞失踪而刘牢之在战后领晋陵太守。
背叛王恭.隆安二年（398年），王恭以讨伐司马尚之兄弟及王愉之名再度起兵，并联结了荆