许多细菌拥有一个T3SS和能够把T3SS水平转移到其他物种。研究的最多的T3SSs来自志贺氏菌（引起细菌性痢疾），沙门氏菌（伤寒），大肠杆菌（，某些菌株引起食物中毒），弧菌属（胃肠炎和腹泻），伯克霍尔德杆菌（马鼻疽）的种，（鼠疫），衣原体（性病），（感染人类，动物和植物），和植物病原体，和，以及植物共生根瘤菌。III型分泌系统(T3SS)是由大约30种不同的蛋白质组成，使之成为最复杂的分泌系统之一。其组成部分主要分为底座与针状结构两部分。底座(basal body)根植于细胞膜之中，由许多同种蛋白质组成