孔先生之建议，放弃学医，求取功名。隆庆三年（1569年）遇金陵栖霞山云谷禅师，讲行善积德，改造命运之理。袁黄如大梦初醒，自号为了凡，以此明其悟立命之说，不欲落凡夫窠臼之志。袁了凡曾做记功、过的表格，称之为「功过格」，功过格在晚明甚为盛行，刘宗周弟子张履祥更称“竟为近世时人之圣书。”隆庆四年（1570年）中举人，万历十四年（1586年）登进士第三甲第一百九十三名，任宝坻县令。后升为兵部职方司主事。此时日本对朝鲜发动侵略战争万历朝鲜之役，随经略宋应昌、提督李如松率兵入朝鲜。李如松与日倭谈判，佯称将赐厚禄