的高密度脂蛋白（HDL）减少，令引致血管梗塞的低密度脂蛋白（LDL）增加。此外，反式脂肪更容易导糖尿病等其他严重疾病。氢化脂肪增加患上冠心病风险（CHD）的原因和饱和脂肪一样，它们都会提高血液低密度脂蛋白（LDL） 的水平。它也会减少帮助从动脉清除胆固醇的高密度脂蛋白的水平。氢化脂肪酸亦会令LDL/HDL比率的增加接近两倍。一项有700位护士参与的研究显示，在食用反式脂肪酸最高的护士比最低的高出73%「C-reactive protein」（CRP，C反应蛋白）的危险。
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