稷宗庙共存亡，不可轻弃。元顺帝从其言，乱兵果退。十九年（1359年），迁礼部尚书。累官国子监祭酒。二十二年（1362年），谢病还家，后起为集贤学士、山东廉访使，皆不赴。元亡，徐达于洪武元年（1368年）三月攻下济宁，明太祖下旨召见。孔克坚称疾不赴，遣子孔希学前往南京。明太祖敕谕「称疾则不可」，遂来朝，见明太祖于谨身殿。孔克坚卒于洪武三年（1370年）三月二十八日，享年五十五岁。孔克坚娶济宁路总管张子仁之女张氏。有九子：长子孔希学，至正十五年（1355年）承袭衍圣公；其他八子为孔希说、孔希范、孔希进、孔希