基督教概念的上帝为设计者，是其目的。约翰逊强调“第一件要做的事就是把《圣经》从讨论中排除”，“我们把唯物主义的偏见从科学事实中分离后，才是可以讨论《圣经》问题的时机。”约翰逊特别唿吁智能设计假说的支持者克制宗教动机，以免智能设计假说被看作“另一种包装的福音派信息。”多数重要的智能设计支持者是基督徒，并且声明生命的设计者就是上帝。对于智能设计是否有宗教根源，倡导者之间主张上的冲突其实是策略层面。例如，威廉·德姆斯基（William Dembski）认为“上帝”或者“外星生命力量”是设计者的两个可能选项。然