庭在东京成立后，便开始审判曾参与二战的日本军人(包括台籍日本兵)，其中参与审判的除之外，还包括英国、苏联、加拿大、法国、荷兰、印度、澳大利亚、纽西兰、中国、菲律宾这些胜利的同盟国共同任命法官审理。原本各国代表（含美国舆论）商议必须审判「日本神圣统治者裕仁」并处以绞刑，但由于日本人民仍然听命于日本政府，而日方政府则用各种方法极力阻止麦克阿瑟将裕仁传召到法庭（他们认为天皇以任何身份被传召上法庭都是一种侮辱），所以麦克阿瑟认为裕仁对整个日本政府及人民中仍有强大的影响力，加上日本人民爱戴裕仁的程度更甚于战前德国