州市人民政府确定为广州市第二批重点文物保护单位。1989年6月，被列为广东省重点文物保护单位。1992年，广东省农业机械供应公司完成为恢复孙中山大元帅府而搬迁申请的立项报告，同年广州市政府给予批复。1996年11月，孙中山大元帅府旧址被国务院列为全国重点文物保护单位。1998年10月19日，广州市政府接收孙中山大元帅府旧址，搬迁保护范围内首期60户居民，并开始筹建孙中山大元帅府纪念馆。1999年—2000年，开始北楼及南楼的整修，期间斥资1500万人民币对原有的六层居民宿舍楼进行搬迁，以复建大元帅府门楼