捕，要逼他出面，蓝明谷于是在12月28日到高雄市第一分局自首。蓝明谷被捕后，于1951年3月26日宣判「死刑，禠夺公权终身，全部财产除酌留其家属必须生活费用外，没收之。」蓝明谷在同年4月29日，被带到水源路林口里刑场(马场町)枪，遗体送往国防医学院浸制处理。1951年4月18日，蓝明谷的三弟前往台北看守所打听消息，才将蓝明谷的尸体自国防医学院解剖室的福马林池捞出，据传遗体上不但有两处枪伤，颈部也有刀痕。
文学作品.蓝明谷在北京时期即开始于当地纸媒发表文章，可惜多已逸失。