与外藩蒙古，实行盟旗制与札萨克制。八旗蒙古于天聪九年（1635年）从八旗满洲中分出，是与八旗满洲、八旗汉军性质相同的军事组织。此后建旗、划界，旗逐渐成为整个蒙古地区的社会组织方式，旗亦演变成至今仍在使用的行政单位。内属蒙古各旗由朝廷任命官员治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，处于半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，并对各旗札萨克进行监管。在中央，则由理藩院统管蒙古事务。外藩蒙古又按其归附清朝的先后分为内札萨克蒙古与外札萨克蒙古。内札萨克蒙古即