2013年5月29日，复兴航空启用唯一的独栋总部大楼，位于台北市内湖区堤顶大道一段9号，地上8层、地下3层，总部从台北市大同区郑州路139号9楼（国产实业大楼）迁入此栋。2014年7月23日，复兴航空GE222班机，机型为ATR 72-500，由高雄飞往马公，飞机註册编号B-22810，降落马公机场时因天候不佳，机师无法目视跑道的情况仍然违反规定持续降低高度，随后重飞失败于湖西乡西溪村坠毁，造成机上乘客及机组员48人罹难、10人受伤。2015年2月4日，复兴航空GE235班机，ATR 72-60