939年9月1日第二次世界大战爆发，有时甚至还会经由圣哥达山口进一步前往那不勒斯。1939年5月15日，德意志国铁路还开行了一对由巴塞尔巴登车站经弗赖堡往返于多特蒙德（FDt 49/50次，由担当）以及一对由巴塞尔巴登车站至（FDt 33/34次）的快速动车组服务，但它们均在战争爆发后停运。
二战及善后.由于第三帝国大力发展道路运输（例如兴建），使得弗赖堡的铁路车票销量在战争初期呈暴跌态势。当政府自1940年起下令德意志国铁路减少使用铁路运输后，这种跌幅又随着战争的爆发而进一步加重