1日实行主要官员问责制之后，新的局长级官员改为政治任命，原来属公务员队伍中的局长改称常任秘书长。常任秘书长取代政务司司长成为香港公务员体系最高职级。和问责制局长不同的是常任秘书长维持政治中立，不受行政长官改选影响。2003-2007年，政制事务局和保安局常任秘书长职级由D8降至D6。
现职常任秘书长.下列为各决策局的常任秘书长：部门首长：备註
任期.常任秘书长通常每三至五年便会被调派到不同的范畴工作；不过有时也会打破惯例的，比如打破惯例的罗范