主义神学对正统教义的冲击，浸信会和长老会内部兴起了基督教基要主义运动。另外，在卫理公会中发展出灵恩运动、圣洁运动等，在信义宗教会中曾发展出虔敬主义运动。
教义.基督新教与天主教均继承普世教会历史上许多传统教义，如「三位一体」、《圣经》作为上帝的启示、「原罪」与「最后审判」等等，但有别于天主教和东正教，新教在行政上没有单一组织架构或领导，而且在教义上强调「因信称义」、 「信徒皆祭司」， 以圣经作为最高权威， 亦因此否定以教宗为首的圣统制、拒绝天主教教条中关于圣传与圣经具同等地位的教导