天启时，因得罪魏忠贤，削籍。明思宗继位，替杨涟、左光斗等平反，命宗周为顺天府（今北京）府尹。崇祯元年（1628年），刘宗周指出崇祯帝施政弊病，上疏言：“陛下救治之心，操之太急。酝酿而为功利；功利不已，转为刑名；刑名不已，流为猜忌；猜忌不已，积为壅蔽”，崇祯帝以为他迂阔，但仍叹其忠。崇祯二年己巳之变起，京师被围，米价腾跃，刘宗周上疏请罢九门税，又修贾区以处贫民，为粥以养老疾，严行保甲之法，安定民心。刘宗周在任京尹期间，政令一新，力挫豪强。对太监无理请求都不答应，而被指责攻击，宗周治事如常，武清伯手下殴国子监学