指示下，学校开始“复课闹革命”。“复课”以全面开展学军、学农、学工为主要形式，对原有学生进行分配，小部分去工厂，大部分上山下乡。历任革委会主任为张适之、冯永彭、谭英、李子荣、李孝云、曾祥文。
现代.2004年11月，广州市第九十六中学被当局撤消，53名教师和8个教学班（初二2个班，初三6个班）的学生并入三中。2006年，学校接受广东省国家级示范性普通高中初期督导验收，于12月16日通过广东省国家级示范性高中初期督导验收。2007年12月，学校在广东省高中教学水平评估中被