北海道地区多与桦太、千岛等地相对望，而且为了针对俄罗斯的防守需要，因此神宫的正门是向着东北方的。神宫中的分神社「开拓神社」祭祀了一群对于北海道开拓事业有功劳的人物（如岛义勇、间宫林藏）。
建设由来.明治二年（1869年），日本明治天皇下诏在东京举行祀奉守护北海道开拓事业的三大神明的仪式，包括大国魂神、大那牟迟神与及少彦名神，合称「开拓三神」。其后，当时的开拓使长官东久世通禧及开拓判官岛义勇便将祀奉「开拓三神」的事务转移至札幌。明治三年（1870年）在札幌建设了临时神社。明治四年（1