原诸岛（小笠原群岛、火山列岛等）一线展开。随着阿留申群岛战役的开展，日军一度前进至基斯卡岛，因此小笠原诸岛的防卫转交予横须贺镇守府负责。1943年美军开始发起反击，第五舰队频繁在阿留申群岛一带与美军交手。同年8月5日，第五舰队与第十二航空舰队联合组成东北方面舰队。1944年10月，在南方的部分第五舰队籍军舰，参加了俗称“志摩舰队”的第二游击队，一同参加雷伊泰湾海战（莱特湾海战）。12月15日，残余舰艇转入西南方面舰队。1945年2月5日，西南方面舰队解散，所属舰艇全部转入新设立的第十方面舰队。