NT及其继后的版本来说，保安认证（Security Identifier，SID）在相同的Active Directory里是不可以一样的。一个及格的硬盘克隆程式，应该要在进行克隆及还原时更改此值。此外，对于一些对硬体变更比较敏感的作业系统，例如Windows XP，有可能会在克隆完成后因为底板、显示卡或网路卡等硬体的变更而拒绝运作。这时候，就不能够採用硬盘克隆软件，而要改用作业系统生产商提供的软件进行安装。再以先前的Windows XP为例，其实微软公司建议用户应该採用Sysprep而不是硬盘克隆软件来进