7年、2000年及2006年完成，前三期将原有长约18公里的深圳河拉直、扩阔和挖深为13.5公里的新河道，大幅度地提高了从平原河口至后海湾一段深圳河的防洪能力，从而纾缓深圳河两岸，包括元朗区和北区的水浸问题。因为河道拉直，两地交换了部份土地，当中包括在皇岗口岸东面原来的曲流（落马洲河套区）划入香港境内。为配合莲塘/香园围新口岸发展，香港政府已开始规划治理深圳河第四期工程。工程将会改善深圳河上游及莲塘/香园围口岸一带的排洪能力使其能满足新口岸的防洪标准，另外，河道治理工程需要迁移现有相关联的边界路及边界保