京逃往重庆的民国政府1941年7月3日与德国中断外交关系并于1941年12月9日向德国宣战时，德国驻穗总领事馆还在日本的势力下存在至1945年3月为止。
重设.第二次世界大战50年后，在广州才又开了一个德国领事馆。1993年，德国总理科尔访问广州时，公布了在广州再设德国总领事馆的决定。该德国总领事馆于1995年10月在白天鹅宾馆（几乎是在德意志帝国领事馆100年前栖身的馆楼的对面）开始运作，1996年底迁入沙面新建的馆址。由于新址靠近美国总领事馆，加上德国是北约的成员国，结果使用不