只是维系蛋白质高级结构的次级键被严重破坏。能够使蛋白质变性的方式有：高温，极端低温，酸，碱，重金属离子，有机溶剂，甲醛，尿素，高强度辐射等。高温可以使食物中的微生物的蛋白质和核酸变性，杀死微生物，因此高温，如将鸡蛋和肉类加热，是常用的消毒手段。医用酒精可以消毒也是同样的原因。
核酸.核酸的变性是指双链的DNA、RNA两者的杂交分子在高温、物理作用或酶的作用下，碱基间的氢键断裂，变成两条单链的过程。