用基于结构或者基于设计的方法来预测淀粉体行为，而是采用分子动力学方法来构建蛋白质折叠活动（以及可能的错误折叠和聚合）的模型。换言之，Folding@home的优势在于模拟蛋白质折叠活动，而Rosetta@home的优势则在于蛋白质运算设计以及蛋白质结构和对接的预测。这两个项目在计算资源和主机分布上也存在显着差异。Rosetta@home的主机群体基于PC，平均执行速度为78万亿FLOPS；而Folding@home的主机群体包括了PlayStation 3和图形处理器，平均执行速度达4769万亿FLOPS，