耶夫辞职后，塔纳耶夫被任命为代理总理，同年5月30日经最高议会表决通过当选为总理。2004年4月，吉尔吉斯斯坦最高议会发动不信任动议，欲罢免塔纳耶夫。但最终投票结果为27票赞成，14票反对，未达到30票的门槛。2005年3月，吉尔吉斯斯坦发生郁金香革命，总统阿卡耶夫被迫辞职，塔纳耶夫也随即辞职，逃往俄罗斯。同年6月，吉尔吉斯斯坦最高检察官发布国际通缉令，通缉涉嫌腐败案的塔纳耶夫。8月22日，塔纳耶夫回到吉尔吉斯斯坦接受有关部门的调查。他被指控在一个商业中心的修建项目中滥用职权，侵吞国家财产。9月6日