段宜康的姨、舅都是新党支持者，段宜康加入绿营从政，让父母和亲友翻脸，双方曾为了政治发生严重冲突，段守愚在世时，甚至不让段宜康的阿姨们进到家门。段宜康表示，扁家后来爆出弊案，成了父亲过世前最伤心的一件事。段宜康的妻子是陈丽文。两人育有一子一女。儿子和柯文哲、江宜桦、陈莹长子相同，均为亚斯伯格症候群患者。
学历.段宜康在大直国中、成功高中毕业后，考取国立台湾大学政治系。在大学时期参与台大大陆社、学运，但因当兵并未参与野百合学运。
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