始专注于将这一主题独立成书的想法。基本上可以确定，这本书的初稿主干是在1856-1857年间完成的。穆勒在他的《自传》中提到，他和妻子在此之后多次反复修改润色。穆勒自己说：“我的作品中，没有哪本是像它一样谨慎地写作、细致地修改。”原定一八五八年穆勒从印度事务部退休后，这本书的终稿会确定下来，但那年晚些时候穆勒妻子的死亡让他决定不再继续修改。尽管穆勒通常会于再版中大规模的进行修改，但他认为《论自由》是追忆妻子的“献祭”：“我没有做任何的补充或者修改，我永远也不会。”在她去世不久后，本书于1869年出版。S