月，施琅指挥清军水师，先行在「澎湖海战」大胜明郑水师，后郑克塽顺命薙发令率臣民降清。他还反驳当时清廷内部有人提出「宜迁其人，宜弃其地」的意见，上疏吁请清廷在台湾屯兵镇守、设府管理，力主保留台湾、守卫台湾。施琅因功授靖海将军，封「靖海侯」。澎湖因此设置施琅生祠，即「施将军庙」。
台湾归还荷兰之议.「三藩之乱」期间，福建主政者耿精忠，与广东主政者尚之信均鼓励手下商人，前往日本与东南亚贸易，以支应财政开销。台湾主政者郑经也佔领福建海澄、广东南头（珠江口东北面）水域，以经营对大陆的贸易。