虽然《太宗实录》（成祖原庙号太宗），称建文帝被朱棣以天子礼下葬，但崇祯帝在位时却亲口承认建文并无陵墓。崇祯十七年（1644年）五月，南明的弘光帝在南京即位，于同年七月为建文帝君臣平反，上庙号「惠宗」，谥号为「嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝」。清朝干隆元年，干隆帝诏廷臣集议，追谥曰「恭闵惠皇帝」，故后世也称建文帝为「明惠帝」。2008年1月，福建省宁德市金涵乡上金贝村发现的一个和尚墓被认为是惠宗的墓葬所在，这个墓穴也是迄今为止福建发现的最大的和尚墓。然而，建文帝的最终下落至今仍是不解之谜，一说建文