于德川家康。1585年，山口直友继承家督之位，前往骏河国的兴国寺城，追随松平清宗，防备小田原的后北条氏。北条氏灭亡后，获得下总国千叶郡300石的领地，列近习。1598年，加增上总国周准郡230石。山口直友与九州关系很深。1599年（庆长四年），岛津氏与其重臣伊集院氏发生纷争，史称庄内之乱。山口直友作为德川家康的使者前去调停，达成岛津义久、岛津忠恒以及伊集院忠真之间的和解，结束了庄内之乱。1600年关原之战后，岛津义弘逃回萨摩，直友负责同岛津氏进行交涉。在岛津氏的邀请下，直友的弟弟直行出仕于岛津氏。