台面下的运作暗潮汹涌。最终民进党仍通过修改四年条款，使陈水扁得以解套参选。党内初选结果由陈水扁打败许信良得到提名，许信良愤而退党参选。
政党内部初选.
中国国民党.国民党并无举行党内初选，时任国民党主席的李登辉坚持指定时任副总统兼国民党副主席的连战为总统参选人，前台湾省长的宋楚瑜表示强烈不满，最终公开宣佈退党参选。在副手方面，国民党高层一致属意由萧万长成为副总统候选人与连战搭档竞选，两人最终获得国民党提名。而国民党也于 1999年11月开除宋楚瑜的国民党