占领厦门后，汤恩伯将总部移到金门。10月20日午间，蒋介石急电驻守金门阵地之汤恩伯，告以：汤恩伯督导李良荣第二十二兵团，在胡琏第十二兵团部分抵金门后，参酌日本顾问根本博之建议，让渡海进攻金门的解放军全数阵亡、被俘，是为古宁头战役（金门战役）。之后前往台湾任中华民国总统府战略顾问。1950年2月2日，路透社从东京发出一条新闻：《蒋介石透过一个中国高层官员在日本东京近郊购豪宅》。蒋介石得知后大骂道：“混账！怪不得上海和东南沿海败得那么快，原来他(汤恩伯)早作了逃往日本的准备！”1950年3月，汤恩伯