于旧庙是否要保留，曾有一番争议。据当时第二届管理委员会主委何火表示，因大多数人认为旧庙有其历史意义应予保留，最后掷筊请示太子爷神意，太子爷谕示：保留旧庙，另于旧庙后方择址重建新庙。太子宫旧庙终得以保留下来，并于民国八十八年十月十六日经台南县政府评定为县定古蹟。新庙重建委请高雄市谢自南建筑师设计庙貌蓝图。重建蓝图分为前后两殿、两层，两厢为香客大楼，并遵从神示，坐向为：坐辰向乙兼酉卯；宽139，.2尺，深118.9尺，高116尺。民国六十九年九月二十五日岁次庚申年农历八月十七日巳时正刻，三合会吉日良辰举行动