命魏邦平为陆军第三师师长。1921年2月16日，广东省省长陈炯明发布通告，设立广州市，将省会地方化为广州市行政区域，制定《广州市暂行条例》，任命孙科为广州市市长，魏邦平以广东全省警务处处长兼任广州市公安局局长，蔡增基等人分任各局局长。当时，桂军陆荣廷残部窥视广东，魏邦平乃奉命率部逆江而上，进攻梧州、苍梧县，经过三个昼夜的战斗，最终获胜。1922年，魏邦平率部回到广州。当时孙中山已自上海回到广州就任非常大总统，乃任命魏邦平为广州市卫戍司令。1922年六一六事变前夕，魏邦平护送孙中山至虎门登上永丰舰