克莱的宾夕法尼亚派系敌视。后来法国军官获议会任命为少将，沙利文又与格连及亨利·诺克斯一同向大陆议会请辞抗议，令到议会处境非常尴尬，而事件最终因库德赖意外溺毙才告一段落。1777年费城战役期间，沙利文在数场战事中遭遇挫败，令他招致更多攻击。他在8月斯塔腾岛战役成功突袭英军，却在撤退时有超过200人被俘。由于被俘者不少来自马利兰州，塞缪尔·蔡斯及更要求议会禁止沙利文指挥马利兰及特拉华州的士兵，暗示他应该辞去军职，只是最终未有成事。1777年9月白兰地酒战役，沙利文又被多名部下指责未能看守北方多个浅滩，致使何