心经简林于2003年筹办准备，于2004年9月动工，于2005年5月竣工，并且同月20日由时任署理行政长官曾荫权主持开幕。工程历时3年，耗资950万港元。心经简林的原意发展为大屿山天坛大佛的邻近旅游景点之一，因此整个项目由旅游事务署统领筹备，香港旅游发展局亦有参与；工程部分由建筑署展开，香港大学艺术馆则受托负责编排《心经》的事务。筹办准备初期，由负责的有关部门与饶宗颐教授、香港大学及香港旅游发展局所成立的督导委员会曾经建议将墨宝转化作石雕放置于户外，但是石质容易受到风化，而且考虑到中国早期文字均以竹简