因镇压捻军作战失败，称病退职。1875年重出官场，历任陕西、山西巡抚，任两广总督。1884年任两江总督。
轶事.同治间，与郭嵩焘等修纂《湖南通志》。1863年曾国荃曾出资刊刻《船山遗书》，共出了5000两银子。曾国荃还出资刊刻李善兰的《则古昔斋算学》，共300两银子。1882年，曾国荃得知彭玉麟想在衡阳创建船山书院时，便捐出家藏《船山遗书》，并“又捐助膏奖银两，嘉惠来学”。