1885年在今肯尼亚海岸建立保护国，其后更在同年4月与桑给巴尔苏丹哈利法·本·赛义德签订协议租借桑给巴尔岛对岸沿海地带50年。公司试图在其领地进行行政管理的措施导致了在坦桑尼亚沿海地区的大规模反抗，于是该公司只能在德国海军的帮助下占领并固守滨海地区的达累斯萨拉姆和巴加莫约；而到了1889年，它不得不请求德国政府的援助来镇压叛乱；1891年，公司已无法处理殖民地的行政事务，于是将其下辖领地卖给德国中央政府，开启了德意志帝国在这片土地上的直接统治。然而，公司在这之后起初仍在进行许多殖民活动，包括采矿，建立种植园