激进伊斯兰武装组织，其领导人后来逃往阿富汗和巴基斯坦，后来被联军处死。1992年和1993年，约有50名沙特阿拉伯伊兰传教士被驱逐出境，苏菲派传教士也被迫停止在​​乌兹别克斯坦的活动。
伊斯兰教.乌兹别克斯坦穆斯林中，逊尼派比什叶派多。伊斯兰教在公元8世纪阿拉伯人入侵中亚时传入乌兹别克斯坦，伊斯兰教最初在土耳其斯坦南部地区流传，随后逐渐向北扩展。在14世纪，帖木儿建造了许多宗教建筑，包括Bibi-Khanym 清真寺。他也帮艾哈迈德·亚萨维（Ahmed Yesevi）修建了伊斯兰风