临时政府成立，黄郛被孙文任命兼任兵站总监。袁世凯就任临时大总统后，黄郛改任江苏都督府参谋长。1913年（民国2年），二次革命爆发，黄郛作为革命派同袁军作战。革命派败北后，黄经日本流亡美国。1916年（民国5年），归国赴浙江省参加护国战争。护国军胜利后，到天津从事着作活动。
北京政府的活动.1921年（民国10年），黄郛成为北京政府参加华盛顿会议代表团的顾问，重归政界。翌年2月，就任张绍曾内阁的署理外交总长。其后，在高凌霨摄政内阁、高凌霨临时内阁、颜惠庆内阁任教育总长。1924年