南奔投降。当时刘骏已准备登位为帝，但当时其军府中人都不知朝廷典章制度，徐爰正好就熟悉这些事，于是众人对徐爰来奔都十分高兴。徐爰遂获授兼太常丞，编写礼仪。孝武帝即位并消灭刘劭后，以徐爰补尚书水部郎，又转尚书殿中郎，兼尚书右丞。后升任尚书右丞，又转左丞。大明六年（462年），徐爰领着作郎，负责完成昔日先后由何承天及山谦之、苏宝生所编写的国史。虽然徐爰只是因前人所作的草稿去完善，但他想统一国史的行文，主张以晋安帝义熙元年作为国史开端。不过当时还有巴陵王刘休若等主张以刘裕起义兵讨伐桓玄的晋安帝元兴三年，以及虞龢