978年，她再度进入清华大学工程力学系工程热物理专业，攻读硕士研究生。1981年毕业后，留在清华大学工程力学系任教，历任助教、讲师、副教授、教授、博士生导师、教研室副主任、工程力学系副主任等职务。其间，1984年至1988年，林文漪攻读英国利物浦大学、清华大学联合培养热能工程专业博士生，1988年获清华大学工学博士学位。1994年起，她在清华大学仅任教授、博士生导师，不再担任其他职务。2002年，获英国利物浦大学荣誉法学博士学位。
政界.1990年12月，林文漪加入台湾民主自治同盟