朝天宫的临济宗僧侣系统自开山住持树壁和尚开始共传17代，为台湾早期临济宗的重要传法地点，第九代住持顿超和尚（朝天宫第16代僧侣）逝世后，第17代僧侣松茂和尚早逝；松林和尚太年幼而请家人带回，自此朝天宫之临济宗法脉中止。但寺庙仍先后聘请同属临济宗法脉之台南竹溪寺及高雄元亨寺法师担任住持，而朝天宫之刈火、开光、三元法会、焰口施食亦由上述两佛寺派佛教法师主持至今。
其他事件.2010年3月31日，朝天宫董事长曾蔡美佐在妈祖神像前下跪哽称，不满董监事派系对垒，造成庙务无法推动，要求提前解散