派丁肇青作为全国高等教育视察专员，陪同马古烈赴上海、北京、沈阳等地进行考察。考察完成后，丁肇青被任命为河南省教育厅厅长。反蒋失败后，蒋介石通缉丁肇青。丁肇青回到北京大学任教授，教法国文学，并被聘为张学良部名誉顾问。抗日战争爆发后，丁肇青支持抗日，在张荫梧部任职。任内，他曾作为北察游击队总司令联络员，驻长治八路军总司令部。1941年，丁肇青回到邓县，兴办教育及福利事业。其间，他先后设计筹建社会大戏院、城关一小教学楼、公立医院，并参与创办了丁氏私立敦本中心小学、淯滨中学等校。1949年第二次国共内战