子囊孢子（）是一种真菌的孢子，为子囊菌门真菌的有性孢子，在子囊中产生。典型的一个子囊中有八个子囊孢子，此八个孢子是在胞质融合与发生后，经由一次减数分裂与一次有丝分裂所产生，其中减数分裂使双倍体的细胞核分裂为四个单倍体的细胞核，这四个细胞核再各自进行有丝分裂而形成八个细胞核，并分别为子囊中的分泌物所包覆，因此一个子囊通常有八个子囊孢子，但此数目仍有例外，如冬虫夏草的子囊可有多达20-60枚子囊孢子，酵母菌的子囊通常只有1-4枚子囊孢子，块菌的子囊也通常只有四枚子囊孢子。酿酒酵母在与醋酸盐囊孢琼脂（acet