久2年（1862年）脱藩并且在京都活动，同时与长州藩士桂小五郎（木户孝允）以及公家姉小路公知等人接触。历经两个月后归乡，虽然脱藩通常是死罪，但由于江藤的见识而受到高度评价，佐贺藩第10代藩主锅岛直正遂直接裁断永蛰居（无期谨慎）较轻的处分。蛰居后，他担任寺子屋老师，并持续与同伙们秘密交流，以及针对幕府的长州征伐（幕长战争）的出兵问题向佐贺藩第10代藩主锅岛直正提出建议等政治活动。德川庆喜进行大政奉还结束德川幕府，庆应3年（1867年）的12月，江藤新平被解除蛰居并恢复郡目付的身分。萨摩藩及长州藩与公家岩仓