虽然球队在这两个赛季的联赛里都只是输了4场比赛，但最终两次都只获得第四名而冲超失败。
广州医药时期（2006-2009年）.2006年初，日之泉和香雪相继退出，广州医药集团获得球队90%股份，成立广州医药足球俱乐部，并聘任名帅戚务生执教。球队在前半段表现出色，但在最后阶段却遭遇多支中游球队的阻击，最后一轮与河南建业的比赛中因主裁判罚下广州队3名球员而爆发球迷骚乱，最终仅列第3名，冲超失败，戚务生黯然离任。2007年赛季俱乐部请来前中国国奥队和北京国安主教练沈祥福执教，并买入徐亮