末年开始，撒尼先民进入今石林地区，并且有了“落蒙部”这一称唿。落蒙部在南诏、大理时期，为“乌蛮三十七部”之一。元宪宗五年（1255年）设落蒙万户府（又作“洛蒙万户府”），实行土官制度。至元十三年（1276年），落蒙部改为路南州，置土知州，土司为秦氏。明成化十三年（1477年），土知州秦元真病故，云南巡抚都御史委派流官知州，路南州完成改土归流过渡。除了路南州土司外，今撒尼彝区的部分地区在土司制度时期分属广西府昂氏土司和陆凉州资氏土司，广西府于成化十七年（1481年）完成改土归流，陆凉州在万历中期完成改土归