避开守军抵达克拉科夫，于1592年5月在主教长斯坦尼斯瓦夫·卡恩科夫斯基的主持下，加冕为波兰王后，并于两年后在瑞典加冕为瑞典王后。由于其彬彬有礼和富有修养，安娜与其从前的敌人成为朋友并赢得了他们的尊重。在安娜在世时，齐格蒙特将联邦首都从克拉科夫迁往了华沙。安娜于1598年2月10日逝世，齐格蒙特三世后与安娜的妹妹奥地利的康斯坦丝结婚。
子嗣.安娜与齐格蒙特共育有五个儿女，但仅有瓦迪斯瓦夫四世长大成年：