1933年福建事变在福州爆发后，杨树庄与林森等六人被南京国民政府任命为审核福建党务委员。1934年1月10日，杨树庄病逝于上海，进行公葬，中华民国全国海军下半旗致哀三日。杨树庄逝世后，其藏书赠与福州乌山图书馆。杨树庄还是一位虔诚的佛教徒，在福州涌泉寺多有施舍。杨树庄的陵墓位于福州市郊区的鼓山上，为三合土结构，5层墓埕。