在「失踪」期间，他偶有通过给某些活动「发贺信」。2006年6月5日，黄菊在中国科学院第十三次院士大会和中国工程院第八次院士大会上再次露面，但至11月在上海会见以任志刚为团长的香港银行公会访问团以后，黄菊再度没有公开露面。2007年3月7日，他脸带病容出席两会上海代表团会议，这是他最后一次的公开露面，此后一直在上海就医，4月中旬病情突然加重，被安排至北京治疗。2007年5月9日，英国《泰晤士报》误报，黄菊在该日凌晨因胰腺癌于中国人民解放军总医院去世。19时左右，凤凰卫视亦以滚动字幕的方式报道黄的死讯，但在