蛋白质结构的PDB数据库中就引用了SCOP的分类。对于大多数已分类的蛋白质结构来说，、和FSSP的分类是相同的，但在一些结构中还有所区别。
结构测定.在专门存储蛋白质和核酸分子结构的蛋白质数据库中，接近90%的蛋白质结构是用X射线晶体学的方法测定的。X射线晶体学可以通过测定蛋白质分子在晶体中电子密度的空间分布，在一定分辨率下解析蛋白质中所有原子的三维坐标。大约9%的已知蛋白质结构是通过核磁共振(NMR)技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。蛋白质二级结构的组成可以通过圆