颅骨相比，玛君龙的头颅骨宽度较宽。所有阿贝力龙科恐龙的头颅骨都有粗糙不平的表面，玛君龙也不例外。玛君龙的鼻骨特别厚，并且互相固定，鼻骨的下半部有个低鼻嵴。头顶的额骨癒合，有个明显的半球形角状物。在玛君龙存活的时候，这些突出部分可能由某种结构所覆盖，可能由角质所构成。电脑断层扫描显示这些鼻部结构与额角拥有中空空间，可能用来减轻重量。玛君龙的牙齿有短齿冠，这是典型的阿贝力龙科特征；而玛君龙的上颌骨与齿骨分别有17颗牙齿，是阿贝力龙科当中最多的，除了皱褶龙以外。玛君龙的颅后骨骼极度类似食肉牛龙与奥卡龙的颅后骨骼