完备功能的内核尚未被开发成功。GNU的内核，称为Hurd，是自由软体基金会发展的重点，但是其发展尚未成熟。在实际使用上，多半使用Linux内核、FreeBSD等替代方案，作为系统核心，其中主要的操作系统是Linux的发行版。Linux作业系统包涵了Linux内核与其他自由软体计画中的GNU组件和软体，可以被称为GNU/Linux（见GNU/Linux命名争议）。
历史.GNU操作系统起源于GNU计划，由理查·斯托曼在麻省理工学院人工智能实验室发起，希望发展出一套完整的开放原始码作业