教会大分裂（亚维侬分裂）后，对立教宗和教宗各自保存自身的档案及文献。
档案馆创立后.1612年，教宗保禄五世下令将所有档案集中在他于1610年建造的建筑物中，最初的档案馆正式成立。1791年，教宗国在法国境内的领土（包括沃克吕兹省和亚维侬）被法兰西王国吞併。1798年，拿破崙统治的法兰西第一共和国入侵罗马，并攻佔教宗国。且直至1814年间，法国还企图将档案馆的资料转移至巴黎，最终在1817年，法国将夺走的档案重新归还至罗马教廷，但因众多档案的运输费用庞大，使教廷人员决定丢弃一些