王再起兵反叛。但他因为气候不适而生病。同年（1700年）端午节，阮有镜在和将领开宴会时突然吐血，不久病情恶化，他不得不率兵返程。大军走到岑溪时，阮有镜去世，寿五十一岁。阮福淍接到阮有镜死讯，追赠他为协赞功臣、特进、掌营，谥忠勤。并赏赐钱财，下令厚葬。嘉隆四年（1805年），阮福映追叙阮主时大臣功劳，阮有镜列在功臣上等，追赠宣力功臣、特进、辅国上将军、锦衣衞都指挥使司都指挥使、都督府掌府事、副将掌奇，从祀太庙。嘉隆九年（1810年），又列祀开国功臣庙。明命十二年（1831年），追赠开国功臣、壮武将军、神机