併后的港铁同时改善两铁原有转车站的设施，并拆除九龙塘站、美孚站和南昌站原来的转线用闸机以方便乘客转乘。2008年4月9日，港铁在丹麦哥本哈根举行的2008年度铁路大奖中，获得全球知名的独立轨道及交通专家评选为亚太区最佳铁路。同年，铁路网络继续扩展，将军澳线二期康城站于2009年7月26日启用，九龙南线亦于8月16日投入服务。2010年6月13日，港铁首次按「可加可减机制」调整票价，平均加幅百分之2.05。2011年6月19日，港铁第二度按「可加可减机制」调整票价，平均加幅百分之2.2，但仍较合併前收