在州民兵部队中的职务。这年8月，北军陆军总司令温菲尔德·斯科特和战争部长西蒙·卡梅伦（）先后邀请巴克纳加入北军并可获准将军衔，其中战争部长的邀请还是来自亚伯拉罕·林肯亲自下达的命令，但巴克纳均选择了谢绝。此后邦联陆军的列奥尼达斯·波尔克（）占领肯塔基州哥伦布，破坏了该州的中立性，巴克纳也在1861年9月4日与之前许多州民兵部下一起加入邦联陆军，成为准将。路易斯维尔的联邦官员为此指控他犯下了叛国罪并因此没收了他的财产。巴克纳之前还因担心夫人在芝加哥的财产也会因类似原因遭没收，所以提前将其过户给了自己的小舅子。