变后，调任西安中央军校第七分校第十五期学生少将总队长。1938年调任第八十军第一六五师师长。1939年7月授陆军少将。1942年6月，任第八十军副军长。1943年9月，任甘肃省保安处处长。1949年2月，王治岐任第一一九军军长。1949年5月，西北军政长官公署将驻防甘肃的中央陆军第九十一军、第一一九军、第一二〇军，组成陇南兵团，共7个师、4.5万多人，由第一一九军军长王治岐任陇南兵团司令官。陇南兵团组成后，随即东赴陕西，接受胡宗南指挥，参加第二次国共内战。同年6月，配合胡宗南的第十八兵团、马继援的陇东兵