牧灵区，其中总铎区由区内各堂区的主任司铎之中选出一位总铎，以利于教务管理，并作为各堂区与教区之间的连系桥樑。
教区各单位.
主教公署.花莲教区的最高统辖机构为花莲教区主教公署，本部位于花莲县花莲市中美路168号，与主教座堂共用同一建筑，并于台东市设有办事处。主教公署内设秘书长、教区参议等职务，总主教公署之下共设有8个委员会、司铎谘议会、教区法庭、原住民牧灵区等单位，共同肩负起教区内教务的运作。