卓玛拉康的殿堂内有许多木雕。中庭的庭院檐柱四周及后殿的门樘与梁柱上，均雕有大量精美图案。中庭中央四柱的替木上，雕有一周护法狮子，狮子造型与拉萨大昭寺中央一层中心殿堂内的木狮相似，均为龇牙咧嘴，四肢卷伏，鬃毛倒竖。这些狮子分雄、雌，雄性狮子下身雕有凸出的阴茎。卓玛拉康的中庭庭院檐柱的顶端穿插有月梁，月梁上的木雕是卷草及莲花纹样。檐柱下承接木柱，柱头上的十字形替木、下层垫木上，也雕有如意云头以及圆形的联珠纹样，木雕佛教八宝图案上遍施彩绘或以金粉勾填。木梁架的阑额及普柏枋上，以卷草纹样分为两层空间，其中