被关进监狱达两个星期。俄国内战期间，维克托·佩佩利亚耶夫支持白军，并在亚历山大·瓦西里耶维奇·高尔察克领导的全俄罗斯临时政府中出任总理职务。他是临时政府所有部长中唯一一个至始至终效忠于高尔察克的人。1920年1月，与被出卖的高尔察克一起，遭移交给伊尔库茨克的布尔什维克。2月7日，与高尔察克一起被枪决。他的弟弟阿纳托利·尼古拉耶维奇·佩佩利亚耶夫是白军着名将领。