国立故宫博物院藏有〈四库全书总目（清写本）〉为纪昀等编纂的卷四十五至卷四十九，文中朱墨笔改削是总纂官纪昀手迹，可与通行之「总目」相比勘。
研究.对《总目》的辨析考证研究，主要有胡玉缙《四库全书总目提要补正》、余嘉钖《四库提要辨证》、崔富章《四库提要补正》和李裕民《四库提要订误》。1997年，中华书局以殿本为底本，以浙、粤二本为参考本，吸取各家考证研究成果，出版《钦定四库全书总目整理本》，是目前最佳的版本。