帖木儿带领下开始向东南迁移归附明朝。明朝在他们新的聚居地依据原渤海国建州的地名，设置了三个羁縻卫所，以胡里改部为中心建立建州卫（建于正统三年、1438年）、斡朵里部分置建州左卫（建于正统五年、1440年）和建州右卫（建于正统七年、1442年），合称建州三卫，委任各部首领，依照旧俗，各统其属（参见：土司）。万历十一年（1583年）五月，努尔哈赤对图伦城发起了袭击，最后于万历十六年（1588年）攻克完颜（王甲）城，消灭了建州女真的最后一个对手完颜部。