香港另行设立崇基学院，以示对中国教会大学之传承。1963年，崇基学院併入香港中文大学，成为港中大三所基本书院之一。
校园.圣约翰大学的校园位于上海市区西部苏州河的一个转折处，其建筑设计结合了中国和西方的元素。1954年前曾是华东师范大学分部所在地，后为交付给新成立的华东政法学院（今华东政法大学）。2014年，圣约翰大学历史建筑群列为上海市文物保护单位，2019年被列为全国重点文物保护单位。
办学特色.圣约翰大学是首个将西方教学风格引入中国的学校，设文、理