.监察院国防及情报委员会2009年7月23日通过监委叶耀鹏、赵昌平提案纠正国防部，指出该部对林毅夫案多年来採淡化消极处理态度，经他人告发后才发布通缉，但是迄今仍未就类似案件建立配套措施，对于「叛逃人员」之法律适用问题，迄今也仍未定论，引发外界争议，斲伤国军威信并影响当事人权益。对于监察院弹劾国防部，立法委员杨琼璎强调，在监察院已做出处置的情况下，希望国防部好好检讨，到底当时为何拖延这么长时间，且表示：「我们认为监察员弹劾（应为纠正）国防部不是针对林毅夫的个案，而是针对为什么逃亡这么久之后，才进行通缉。