近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣自称都御史、侍郎，三品以下不计。而江湖游手之徒，假造符玺，贩鬻官爵，偃卧丘园而云联师齐楚，保守妻子而云聚兵千万。」。因此朱聿键与朱以海屡起冲突而无法合作，浙江与福建相继为清兵攻破，朱以海逃亡舟山，并且与张名振、张煌言、郑成功合力抗清。朱以海也一度寻求日本的援助。1651年（辛卯年）8月，舟山陷落，朱以海移居金门；1653年3月，因当时郑成功和朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾；期间朱以海一度移居南澳，不久又回金门。