理性、推理、验证等方法论不仅在科学和数学领域中获得的瞩目成果，也催生在宇宙论、哲学及神学上应用各种逻辑归纳法与演绎法产生崭新理论，激发人类求知信心，进而对基督教所持具有人格的上帝和个人得救之说产生冲击，如康德系统性地集合笛卡儿开创的理性主义和培根开创的经验主义新思潮，发展理性哲学区分纯粹理性及实践理性；洛克奠定现代科学认识论的基础，虽尊崇笛卡尔但认为纯思辨精神有其侷限，主张经验以及对经验的反省为知识进步来源，并力主公民自由和宗教宽容；伏尔泰发展自然神论，主张宗教宽容，增进物质繁荣，取消酷刑以尊重人权。非