被征还后不久复职并出屯淮阴，后更回彭城任太守，在司马恬上任后的太元十四年（389年）更讨平在皇丘称帝的张黎，远在京口的司马恬对淮北北府将领控制力有限，却为孝武帝为控制徐兖北府根本之地而作的政治行为。太元十五年（390年），司马恬去世，孝武帝亲信的外戚王恭获任命为都督兖青冀幽并徐六州及扬州之晋陵诸军事、前将军、兖青二州刺史、假节，镇京口。王恭直以都督徐州及晋陵上任，政治上对京口地区的控制比司马恬更强，但王恭指挥北府军将领的记载不详，仅见太元十九年（394年）后燕进攻廪丘一带，攻至东面海边之事，一直在北方的