藏界法并蒙灌顶，再随元法寺法全受传仪轨，依醴泉寺宗颖修习止观，实现了多年的求法夙愿。旅行期间，圆仁撰写了《入唐求法巡礼行记》日记，这是日本历史上最早的正式旅行记，记载了当时唐朝武宗压制佛教的“会昌灭法”事件，具有很高的史料价值，与中国唐朝玄奘的《大唐西域记》和意大利马可波罗的《东方见闻录》并称为世界三大旅行记。会昌三年(843年)农历八月初，其弟子惟晓圆寂。常住长安时，正巧碰上唐武宗会昌灭佛事件(“会昌法难”)，圆仁也深罹其厄。圆仁本人因无唐祠部牒，被“勒令还俗，遽归本国”。他对武宗皇帝异常痛恨