名为天文与应用物理系。2009年12月12号正式成立了光学与光学工程系，前身为物理学院中的光学方向，系号为38，第一任系主任为许祖彦。
化学与材料科学学院.中国科学技术大学化学与材料科学学院成立于1996年7月，首任院长是朱清时院士。学院现由化学物理系、化学系、材料科学与工程系、高分子科学与工程系和化学实验教学中心五部分组成。化学为国家一级重点学科。化学和材料科学与工程学科均为国家理科基础科学研究和教学人才培养基地。化学实验教学中心为国家级示范教学中心。学院内建有中国科学院能量