于接合菌门，2001年首次被提升到门的地位。子囊菌门是真菌中种类最多的类群，它们可经由减数分裂，在子囊中产生子囊孢子。子囊菌门的真菌包含羊肚菌、松露、多数酵母菌（念珠菌、酿酒酵母、与）以及某些蕈类，生活型态包括腐生、寄生或与藻类或蓝绿菌形成互利共生的地衣。子囊菌门的重要成员还有麴霉属、青霉菌、麦角菌与镰孢菌属等。有一些子囊菌只有观察到无性生殖，没有观察到有性世代的纪录，但分子序列分析足以显示其分类属于子囊菌门。也因为其减数分裂的产物子囊孢子会留在子囊中，而不会马上散播出去，子囊菌门的真菌（粉色面包霉菌）