数学系、化学物理系、地球物理系等系系主任并亲自授课。在建校第二年，即1959年，被列为全国16所重点大学之一，成为当时最年轻的全国重点大学。1959年8月，中国科学情报大学并入该校，成立科学情报系。1963年7月14日，学校举行首届毕业典礼，时任副总理的陈毅、聂荣臻以及校长郭沫若等参加了毕业典礼。从1963年开始，中科大曾短暂地招收过一些研究生，并有成立研究生院的计划，但由于文革的原因，没有能够实施。1966年，本科学制改为5年。1964年，学校进行了学科调整，将原有的12个系简并为数学系、物理系、近代化学