战局完全逆转，贺耀祖所能控制的两个湘军师处于劣势，最后决定投降投靠国民革命军。但是，贺耀组没有投奔唐生智所率的第八军，而是纳入由李宗仁主政的新桂系担任国民革命军第七军第2师师长。同年10月，新桂系投入国民革命军北伐，挥军江西省，击败了北京政府方面的孙传芳部，11月占领九江。此后，他率军至南京。1927年（民国16年）3月，升任国民革命军第四十军军长，同何应钦、鲁涤平、程潜共同警备南京。贺耀组受蒋介石赏识，成为蒋的心腹。四·一二事件后，贺耀组任中央政治委员会委员、江苏省政务委员会委员、军事委员会委员等职务