凭其所拥有的武装和市舶的财源，伙同阿迷里丁割据泉州，伺机北略兴化、福州，妄图建立“亦思法杭国”。1366年，福建行省参政陈友定奉命讨伐番寇，收复兴化，攻克泉州，收复漳州，长达九年之久的亦思巴奚兵乱遂告平息。亦思巴奚兵乱导致泉州港经济文化的大衰退以及泉州伊斯兰教的衰落。
明朝.吴王元年（1367年），朱元璋派将军汤和从宁波经海路攻取福建。明朝置福建承宣布政使司，下设8个府、1个直隶州和57个县：福州府9县、建宁府8县、泉州府7县、兴化府2县、邵武府4县、延平府7县、汀州府8县、漳