慈禧太后再命怀塔布管理圆明园官兵，刚毅管理健锐营。怀塔布跟刚毅重回军机大臣的原因，在于光绪帝变革过于急躁，官员革除不少，慈禧担心影响国家官员任免问题，因此慈禧太后对光绪帝批准的免职官员，有部份是不同意。
发生磨擦.9月1日，礼部主事王照疏请光绪帝游历日本等国，以考察各国情况。怀塔布、许应骙不肯代送。王照弹劾他并到堂亲递，怀塔布不得已允许其代奏。许应骙则上奏弹劾王照「咆哮署堂，借端挟制。」9月4日，光绪下令将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等阻碍变法的礼部六堂官革职。王