时代公卿的日记以及当时西洋天主教耶稣会传教士的日记中。其生平事蹟不详，江户时代创作的一些歌舞伎中有对其生平的叙述，但众说纷纭。就连其出生地都有伊贺、远江、河内、丹后等不同的说法。其中一种说法认为，石川五右卫门于1558年出生在伊贺国，幼名五郎吉，是三好氏家臣石川明石的儿子，身材高大，有三十个人合力的巨大力气。1573年，父母都被室町幕府将军的属下杀死。石川五右卫门为了报仇，投奔伊贺流忍者百地三太夫的门下学习忍术。由于与三太夫的妻子通姦被发现，杀死了三太夫的妾并逃亡江湖。而在织田信长派兵攻破伊贺、残杀忍者