芳香族化合物的稳定性，1,4-萘醌的衍生物广泛用于抗菌与抗肿瘤的药物。很多天然产物中存在1,4-萘醌结构，最重要的有维生素K。
制备.萘、1-萘胺、1-萘酚、1,4-氨基萘酚等化合物经过氧化均可得到1,4-萘醌，氧化剂可采用空气、重铬酸钾、重铬酸钠和三氧化铬等。工业上由萘在五氧化二钒催化下氧化制取1,4-萘醌。