麴菌认定为日本的「国菌」。
命名历史.19世纪在日本东京医学校（即今日的东京大学医学部）任教的德国教师赫尔曼·阿勒堡（Herman Ahlburg）于以米为原料的清酒麹中分离出该菌体，并将其命名为「'」，其中种名「'」即是来自于稻属的学名「'」。数年后，赫尔曼·阿勒堡感染上痢疾，而在1879年8月28日逝世。1884年，日本邀请的学者将其从散囊菌属（'）移至麴菌属（"），至今都是如此。由于米麴霉和有害的黄麴霉的外观非常相似，所以米麴霉一度被西方的微生物学家将它与黄麴霉一併视为有