之后，巴约讷主教拉塞格的阿尔诺的加尔西亚三世（）在其回忆录中有如下记载：英法百年战争结束后，巴约讷成为吉耶讷的一部分，后被划入加斯科涅。法兰西王室在巴约讷市区建立了牢固的城墙及军事设施，以防御来自西班牙的威胁。1462年，比利牛斯地区爆发，阿拉贡国王胡安二世和法兰西国王路易十一签订《》，阿拉贡的两个伯国：鲁西永和被转让给了法兰西。
16至18世纪.1515年7月，巴约讷遭遇黑死病疫情，直至1527年才基本结束。1565年，腓力二世与凯瑟琳·德·美第奇在巴约讷进行了，以协商解决新教