漳州、泉州两地移民逐渐移居至此。1723年（雍正元年）清朝即将该地规划于诸罗县辖内，1888年（光绪14年）改归辖于云林县。日治时期施行厅行政改革，先改为斗六厅之后再改规画于嘉义厅。实施地方自治又改编入台南州北港郡所属，1920年（大正9年）改为编辖于台南州北港郡设立庄役场，并将「水灿林」改称为「水林庄」。战后，水林乡隶属台南县，之后将其命名「水林乡」，辖有24村。1950年10月25日国民政府施行政区域重划，水林乡再次改于隶属云林县。
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