都被新政府镇压。其中最为有名的是1877年由维新元勋西乡隆盛发动的叛乱，史称西南战争。西乡隆盛的叛乱被镇压之后，各地的反叛逐渐平息下来。日本政府为了区分神道教与佛教（在明治时代之前，两者非常相似及接近），政府下达了「神佛分离令」。并于1873年取消基督教在日本传教的禁令。明治天皇不再住京都，改住东京明治神宫历制上则停用阴历（最后使用的天保历），改用太阳历计日（年号除外）。改变夫妇别姓的传统，规定夫妇同姓，一般为妻从夫姓（入赘丈夫改妻姓）。
教育.明治维新之前，日本各藩实施