自五台山启程，九月初四日（1908年9月24日）抵达北京，军机大臣那桐率理藩部堂官、内务府大臣、步军统领、顺天府府尹、青海东科尔唿图克图暨在京佛寺的扎萨克喇嘛等人在火车站迎接十三世达赖，民政部还派出巡警队和乐队迎接。十三世达赖下火车后，乘轿赴西黄寺敏珠勒唿图克图佛仓下榻，沿途有巡警队护送。十三世达赖抵达西黄寺时，黄寺大门口聚集近千名僧人和百姓列队欢迎，陆军部指派营队驻寺内守护。达赖到北京当天，光绪帝即厚赏达赖。光绪帝钦派理藩部侍郎达寿、外务部右丞张荫棠负责料理达赖在京一切事宜。达赖在京期间，经常前往黄寺