职为吏科右给事中。由于朝廷中高拱、张居正、冯保的权力斗争，贾三近以照顾父亲的名义请假归乡，张居正担任首辅之后，被启用，授职户科都给事中。此后陆续担任太常寺少卿、大理寺左少卿、南京光禄寺卿，又因照顾父母的名义请假归乡，在家赋闲期间，主持修订了《峄县志》。张居正死后，经孙继先举荐，恢复官职。申时行担任首辅之后，再度启用贾三近，授光禄寺卿，不久之后以都察院右佥都御史，负责去河北赈灾，因赈灾得力升职为大理寺卿，未等上任，家里传来父亲病重的消息，贾三近第三次请假归乡。万历二十年（1592年），宁夏副总兵哱拜起兵举事，