（1647年）六月，清兵攻克绍兴，七月迫近温州，当时，卢若腾与贺君尧率师驻平阳力守，粮绝达六月，卢若腾七次上疏请援，均杳无音讯。城内居民意欲投降，卢若腾悍然拒绝，表示愿以身殉国。不久城破，卢若腾率亲兵、家人巷战，背中三箭，遇靖海营水师救出，遂借由水路返回福建，并上疏弹劾自己。卢若腾回故乡后，和傅象晋屯兵望山，号召起义，图谋夺取陷于清的武安县，然而望山起义终因粮饷不继而兵败。
永历朝.桂王朱由榔于肇庆即位，改元永历，卢若腾上表祝贺。刚好这时候郑成功设立思明州，延揽明朝遗老，卢若腾便前