遍地显示，包括买麻藤门在内的裸子植物分支会是松柏门的旁系群。传统的分类，是将种子植物放在一个门下，并将其下的五个类群放置在纲下，分别为苏铁纲、银杏纲、松柏纲、买麻藤纲和被子植物纲。除了上述类群之外，化石记录亦显示有许多种已灭绝的种子植物类群。「种子蕨」是陆生植物最早成功的类群之中的其中一类，且以种子蕨为主的森林在古生代晚期时普及在整个世界上。舌羊齿属即为在二叠纪时期间于冈瓦那大陆上最为普遍的树属。到了三叠纪后，种子蕨在生态上的重要性开始下滑，现今的裸子植物类群则开始普及，直到晚白垩纪，开花植物开始散