中央山脉分佈位置偏东，使得主要的河川大多分佈在西半部，包括长度最长位居中部地区的浊水溪，流域最广位居南部地区的高屏溪，以及长度与流域面积均为第三而位居北部地区的淡水河。其他尚有头前溪、后龙溪、大安溪、大甲溪、乌溪、曾文溪等；而东半部主要河川则有兰阳溪、立雾溪、花莲溪、秀姑峦溪、卑南溪等。台湾的天然湖泊稀少，最大的是日月潭，可能经由陨石撞击形成的嘉明湖等，其余多是人工修筑的埤塘、水库居多。台湾之河川由于地势陡峻，河床坡降极大，易发生洪水干旱，于是台湾早年即有水库之建设，至2006年底，台湾已经完成之水库堰坝计