，吴澧培成立「海外阿扁之友会」，担任该总会的会长。陈水扁政府成立后，被陈水扁任命为中华民国总统府资政。2002年，吴澧培创立「美国福尔摩莎基金会」（Formosa Foundation），并任职董事长。2006年初，吴澧培发动台独人士集资抢救《台湾日报》，计划以每张《台湾日报》股票新台币五百万元募集20至30股。2006年6月6日，《台湾日报》停刊。2016年8月30日，吴澧培接受台北之音访问时批评，行政院院长林全与外交部部长李大维不适任，总统蔡英文不能再用林全，「林全不下台，蔡英文没有明天」；