1年就进了8个球，此后3个赛季的进球数始终保持在两位数上。2003年，成为甲A射手王。朱广沪执教深圳时期球队的锋线尖刀，其出色的奔跑能力弥补了其门前一脚欠佳的短板。在深圳期间，李毅和堤亚哥的组合是甲A联赛最有威胁的锋线。2004年亚洲杯，李毅作为中国国家队主力前锋表现不甚理想，尤其于决赛对阵日本时屡次浪费进球良机。2006年世界杯预选赛本是李毅表现的绝佳机会，然而李毅居然颗粒无收。2005年3月，朱广沪成为中国国家足球队主教练，李毅成了国家队雷打不动的主力，同年亚冠比赛中，深圳健力宝与沙特阿拉伯球队