皇之子弘文天皇在壬申之乱中败给天武天皇，天武天皇改将居所设于飞鸟的飞鸟净御原宫，结束了大津成为日本首都的时代。此后大津宫遭到弃置，该地也被改称为古津，直到794年迁都至平安京后，才恢复大津的名称，并作为京都的外港再次开始发展。也是在8世纪末，僧人最澄在位于大津与平安京之间的比叡山建立延暦寺，开创日本的天台宗，延暦寺日后也成为天台宗的总本山。但在10世纪后，延暦寺逐渐发展出自己的武装力量，拥有大量的「僧兵」，甚至可以与贵族及武士抗衡，后来也在战国时期中成为一股独立的势力，但由于邻近京都，也因此比叡山曾