此后义晴将将军职让给其子足利义辉，并以大御所的身份继续执掌幕政。不久与细川晴元达成和解，回到京都。但天文18年（1549年）又与细川晴元及其重臣三好长庆发生对立。江口之战战败后，义晴与义辉一起逃往近江朽木谷。天文19年（1550年）在近江穴太（今滋贺县大津市穴太）死去，享年40岁。葬于义晴地藏寺（位于今大坂府交野市）。
官历.※日期＝旧历