5年11月中央军委改革工作会议上提出，“组建战区联合作战指挥机构，健全军委联合作战指挥机构”。在深化国防和军队改革中，2016年1月其上级机关中国人民解放军总参谋部撤销，该中心改隶新组建的中央军事委员会联合参谋部。2016年，在两个月内，中国人民解放军火箭军某所工程设计研究创新团队完成了中央军委联合作战指挥中心主要改造设计任务。2016年4月20日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席、军委联指总指挥习近平到完成改造的中央军委联合作战指挥中心视察。这次媒体报道是中央军委联合作战指挥中心内景首次曝光