系统，第二阶段的质谱分析会加入电磁透镜，所以分子的碎片会和离子分离开。此时只剩下某些同质素的正离子，但其能量状态比要检测的离子能量要高，可以借助新型的同量异位素分离技术和重离子探测器分离开。
历史.1939年美国物理学家路易斯·阿尔瓦雷茨和罗伯特·考恩奥格首先在质谱分析中使用加速器，当时他们正用回旋加速器证明He是稳定的原子，从观察中他们立刻发现其它质量数为3的同质素是放射性的。1977，受到之前工作的启发，劳伦斯伯克利国家实验室的理查德·A·穆勒认识到现代加速器可以把放射性元素的