六四天安门事件发生后，当时出任美国普林斯顿大学讲座教授的他也在美国学术界发起声援活动。他在《纽约时报》刊登全版广告，大力支持中国大陆的民主运动。对于六四天安门事件后被迫流亡海外的一批知识分子和学运领袖，包括刘宾雁、苏晓康、孔捷生、陈奎德、阮铭、远志明、张郎郎、张伯笠和白梦等人来说，「普林斯顿中国学社」是他们人生旅途中最难忘的驿站和庇护所，而余英时夫妇的催生功不可没。余英时在专访中透露，在六四天安门事件中，余英时表妹的儿子在长安街附近的二十八中学旁边遇难，年仅19岁。余英时2014年表示，希望中国共产党平反六