15年12月6日，林学曦于南华以1–2不敌杰志的联赛盃A组取得当季的首个入球。林学曦在2016/17球季共有4场正选及9场后备，没有取得入球，其中他在2016年9月25日以2–1击败和富大埔的联赛在89分钟面对空门射斜，广受球迷批评。直到2017年6月，南华宣佈经重新检视球队近年发展后，决定来届退出香港超级联赛，转战香港甲组联赛，培育青年球员，而林学曦将于新一季离队转投东方龙狮，继承曾让他在母会流浪成名的10号球衣带来好运，球队总监梁守志及主教练司徒文俊认为林学曦在前几年是浪费了，并希望他加盟东方后能重拾信