胁来自北面和东面的突厥人，即塞尔柱帝国及其分支罗姆苏丹国和佩切涅格人。1090年代，阿历克塞一世倾举国之力阻止了突厥人的西侵，使帝国在东部的防线暂时稳定了下来。阿历克塞一世曾幻想借助西欧的军事力量从突厥人手中收复亚洲领土，向教宗发出了援助唿吁，结果导致罗马教廷发动了十字军东征。在整个科穆宁王朝时代，皇帝们都不得不努力控制前往亚洲的十字军大军不对自己的领土造成损坏，以及他们在叙利亚和巴勒斯坦地区建立的一群西欧式小国，但这些国家只是有时臣服于拜占廷。阿历克塞一世以后的科穆宁王朝诸帝也在尽力阻止帝国的衰落。约