斯基去世后，这所学院才作为一所文理中学。瓦萨王朝的前两位国王都因对艺术和科学的支持而知名。在此之后，市民阶级因战乱而萧条，与此同时联邦的科学水平也经历了全面衰退。波兰大学克拉科夫学院在16世纪中叶陷入危机，到17世纪初时，整个学院不断倒退，充满着反宗教改革式的盲从僵化的气氛。耶稣会利用克拉科夫学院的内讧，在1579年在维尔纽斯建立大学，但他们控制克拉科夫学院的企图最终并未成功。在这种条件下，很多学生选择出国完成学业。克拉科夫学院院长扬·布罗热克是个在多个领域都有所建树的学者，主要研究数论，并且支持哥白尼