在去功能化完成75%后，鉴于其他国家按照共同文件的要求提供的重油、设备及物资援助并未到位，朝方开始犹豫，并且以此为由放缓了去功能化。同时，“申报”成为新争议热点。美朝在申报问题上存在三大分歧：（1）钚材料数量；（2）朝鲜是否存在浓缩铀项目；（3）朝鲜与叙利亚是否存在核合作。因这些分歧，朝鲜未按照共同文件的要求在2008年1月1日前完成申报。经各国多轮磋商，及美朝在2008年3月和4月先后在日内瓦、新加坡举行的双边会晤，美朝双方在申报和将朝鲜从“支持恐怖主义国家”名单中除名的问题上逐步取得共识。朝鲜提交了