一事负责，因为富赫斯于1950年被揭发是苏联间谍，而佩尔斯亦因此备受怀疑。英国杂志《旁观者》于1999年声称鲁道夫·佩尔斯是一名代号为“Perls”的苏联间谍，此报导被佩尔斯的家族大力谴责。
曼哈顿计划.1943年8月签署了魁北克协定，其后佩尔斯加入了位于美国的曼哈顿计划。佩尔斯是英国小组的一员，同组的还包括他为计划聘用的克劳斯·富赫斯。佩尔斯最初于纽约工作，后来转到洛斯阿拉莫斯国家实验室，他在实验室中对研发原子弹有着重要的作用。
战后.战后，佩尔斯返回伯