5年8月31日，国民政府颁行《收复东北各省办理办法纲要》，决定在长春设立“东北行营”，综理一切事务。从同年9月25日开始，军委会逐渐缩编。除了陆续关闭位于天水、桂林、汉中、昆明等地的委员长行营，也将防备共产党军队功能的太原、广西、滇黔、川陕鄂、晋陕绥等绥靖公署移交国民政府军政部。根据国防最高委员会的建议，1946年5月15日撤销军事委员会及其所属各机构；1946年5月31日，国民政府于宣佈中国即将实施宪政后，裁撤长达22年之久的军事委员会，并将其所有职能改归于1946年6月1日组建的中华民国国防部。