学毕业后李淳阳报考了当时的台北帝国大学农林专门部（今中兴大学前身），虽然分数最高，却因为当年不收本岛人（台湾人）而落榜。后来他在家人与亲戚的督促下前往日本报考并就读东京农业大学农学科，学习植物病理学。到了1941年，也就是李淳阳进入大学的第二年，珍珠港事件爆发，之后日本开始征调学生，最后使他提早了半年毕业，1943年11月，李淳阳与母亲乘船回台湾途中客轮遭美军潜艇击中沉没并获救。
农业试验所.之后李淳阳进入「台湾总督府农业试验所」应用动物系工作，研究农业病虫害。1945年11月