却被林陞率军包围。施琅在交战中被火铳射伤右眼，不过没有失明；林陞也被大炮打断左腿。林陞负伤让郑军失去指挥，施琅借机撤离战场，到西屿附近的海上休息。施琅于十七日（11日）返回八罩岛，八罩岛地形险恶，船只遇暴风很容易撞上岛边的暗礁，农历六月又是容易发生台风的时节，施琅却很幸运没碰到台风。刘国轩得知清军在八罩岛休息，亲自进攻却被施琅击退。施琅趁势于十八日（12日）先派战船攻取澎湖港外虎井屿、桶盘屿。二十二日（16日）早七时，施琅决定发动总攻击，将舰队分成三路进攻，剩下约80艘当后援部队，搭配採用以众击