政府学院做了为期一年的研究员，1997年6月，担任第75游骑兵团团长，成为负责一个完整特种部队的领导，完成2年任期后，1999年8 月，他又花了一年时间从事研究工作，在美国外交关系协会担任研究员。
将官生涯.麦克里斯特尔是在第82空降师副师长任上晋升准将的，从2000年6月担任分管作战的副师长，与2001年晋升准将，该部同时也是美国中央陆军和科威特特遣队，在科威特执行任务。2001年6月，麦克里斯特尔转到第18空降军，担任参谋长，同时也是第180联合特遣队司令，在伊拉克进行持久自由