同时大量驱逐、流放本地人意图改变其人口构成。1940年至1953年年间，苏联流放了超过20万波罗的海人至境内其他边远地方，还有超过7万人被送至劳改营。最终导致高达10%的人口被流放及劳改，史称六月遣送。苏联于波罗的海的统治于1941年被纳粹德国发动苏德战争所暂时终止。苏军在波罗的海行动无法阻止德军的闪电攻势而失去波罗的海三国。起初，当地人视德国人爲解放者，三国都希望能够借助德国重新独立。当年的德意志帝国起码透过条约令外界承认他们的独立，但纳粹德国非但没有帮助独立，反而建立了东方总督辖区以管治三国。德佔期