捷克斯洛伐克于同年断交，中华民国改为承认于英国伦敦的捷克斯洛伐克流亡政府为捷克斯洛伐克之合法政权，由时任驻荷兰公使金问泗兼任驻捷克斯洛伐克流亡政府公使。1944年7月25日，中华民国与捷克斯洛伐克流亡政府的外交关系升为大使级。1945年，德国在第二次世界大战中战败，捷克斯洛伐克恢复独立，中华民国和捷克斯洛伐克于同年复交。中华民国在同年7月30日恢复在捷克斯洛伐克布拉格的大使馆，并继续由时任驻捷克斯洛伐克流亡政府大使金问泗担任驻捷克斯洛伐克大使。1949年10月4日，捷克斯洛伐克宣告与中华人民共和国建交，