合海军作战，秘鲁政府还组建了一支海岸警卫队。该部队1975年前隶属海军管辖，1975年后正式从海军脱离，成为一支独立的海上执法部队。秘鲁海军虽然规模不大以防御为主，但曾拥有一艘经过现代化改装的二战时期轻型巡洋舰。目前主要以80年代向德国购入的多艘209型潜艇，另外配合义大利制的多艘路普级巡防舰使其成为南美洲一支让他国有所忌惮的军事力量。