健康的大肠内应该长有细菌，其构成肠道菌群。
细菌群落.在大肠内部一共有700种以上对的细菌生活并有着不同的功能。大肠所吸收的部分物质产自在大肠内部生活的细菌。未被消化的多糖类物质（纤维）被大肠内细菌分解为短链脂肪酸，并通过被动运输的方式被吸收，而大肠中所分泌的重碳酸盐则帮助中和在生成短链脂肪酸的过程中产生的多余酸性物质。大肠内的细菌还会产生大量的维生素，其中以维生素K和生物素（一种维生素B）为主，这些物质也会被吸收进入血液。虽然大肠中产生的这些维生素含量只占每日人体总需求量