清华大学化学工程系就读。根据清华校友总会的报道，黄巍本科毕业设计的导师是院士金涌。本科毕业后，他留在清华大学化工系攻读研究生，在反应工程实验室师从罗国华，研究高纯碳纳米管的制备。在校期间，他于2003年1月加入中国共产党。2004年，黄巍毕业，进入普华永道，主要负责内部控制审计。2005年，他离开普华永道，加入中国神华集团成立不久的子公司中国神华煤制油化工有限公司，回归本行，担任工艺工程师。当时公司成立不久，技术团队不大，黄巍同时参与内蒙古鄂尔多斯煤直接液化项目、包头煤制烯烃项目、陕西榆林甲醇项目等多个