西班牙在此地建立殖民据点。1509年，行政中心波多黎各建成，其后声名大噪。有鉴于此，当地政府于1521年，将岛名改为「波多黎各」，其首府则改名为「圣胡安」。亦因如此，为了抵御其他欧洲列强的争夺，西班牙人在圣胡安附近修筑诸多堡垒。这些堡垒成功的抵挡了法国、荷兰和英国的进攻。1809年西班牙将波多黎各设为西班牙的海外省，1868年爆发争取独立和人身自由的起义，成立波多黎各共和国，史称“”，但是很快被当局镇压下去。1898年美西战争爆发，美军占领波多黎各。西班牙战败后，在1898年的巴黎条约中将波多黎各割让给美