苦心地提出了“初步红”的概念。这成为1962年周恩来、陈毅在广州会议上为知识分子“脱帽加冕”的先声。鉴于1958年、1959年的情况，杜润生提出学术工作、学术问题和政治问题要区别开，不要随意将学术问题、学术争论上升为政治问题，甚至上升为敌我问题。文化大革命时期，杜润生也挨整，但他仍在力所能及的范围内保护中国科学院的科学家，使科学家免遭批斗。但在文化大革命中，杜润生被开除中国共产党党籍。
包产到户.中共十一届三中全会之后，中共中央对邓子恢和中共中央农村工作部的工作进行了重新评价，