嘉义县的极东之处，紧邻玉山主峰。就玉山登山步道的里程位置而言，排云山庄距离玉山主峰顶2.4公里处，距离塔塔加登山口8.5公里处，为登顶之前最后住宿地。排云山庄深处玉山国家公园之山区，受玉山群峰所围绕，东西之间仅由玉山登山步道通行，分别通往玉山主峰及塔塔加登山口，另有一条山径向上延伸，这条则是通往玉山西峰。由于排云山庄坐向是居北朝南，倚着玉山主峰与玉山西峰之间的稜脉，朝南呈现是视野辽阔的溪谷，这条溪谷是楠梓仙溪的上游，两岸的植被则为冷杉及云衫所被覆，其林间有玉山箭竹与其它植物夹杂生长。