糙节龙有非常曲折的分类历史。科普在1877年命名糙节龙时，提出牠们是某种三叠纪恐龙。在1882年，Henri-Émile Sauvage发现糙节龙是种蜥脚类恐龙，蹦将其归类于载域龙科。在1895年，奥塞内尔·查利斯·马什提出不同意见，将糙节龙归类于剑龙科。在1904年，弗雷德里克·冯·休尼（Friedrich von Huene）首次提出糙节龙是种侏罗纪恐龙，并认为糙节龙是种草食性兽脚亚目恐龙，同时建立糙节龙科（Dystrophaeidae）以包含糙节龙属。在1908年，冯·休尼修正他的错误，将糙节龙改