庚申（396年11月6日）孝武帝被张贵人所弒，次日安帝正式继位。安帝本愚，从小到大连话都不太会说，就连冬夏的区别都认不出来，因此朝廷的权力实际上完全由当朝大臣掌握，没有一道诏旨，一个行动是出自安帝自己的意愿。安帝初期朝廷政策主要由以太傅摄政旳会稽王司马道子主持，王恭之乱后则由会稽世子司马元显掌握。元兴元年（402年），司马元显让安帝改元「元兴」，预备出兵讨伐桓玄，但其年为桓玄所败，朝政亦从此转归桓玄掌握。桓玄先废元兴年号，改元「大亨」，后专制朝廷，准备篡位。翌年十二月壬辰（404年1月1日），桓玄篡位，