有识之士就收复河套问题多次上疏。穆宗在位期间实现了明蒙之间具有里程碑意义的隆庆和议，结束了蒙古各部与中原王朝近二百年兵戈交战的局面。神宗在位时爆发了万历三大征，虽然取得胜利，但是耗费了明朝人力物力财力，使国家日趋衰败。内阁首辅张居正启用大将李成梁和戚继光，在辽东和蓟镇取得大捷。熹宗明思宗时期明朝衰落到不可收拾的地步，东北女真建立后金政权，不断扰明。因此，朝廷任用辽东总兵熊廷弼、袁崇焕等人和女真对抗。同时在明清易代之际，明末思想家王夫之表现出特有的悲壮情怀和对华夷问题的反思，成为近代民族主义思想的滥觞。