立后的1912年（民国元年），傅良佐任袁世凯的总统府军事处处长，升任中将。同年11月，他任察哈尔副都统。翌年6月，他转往直隷省，任蓟楡镇守使及高等军事裁判处处长。1916年（民国5年）5月，傅良佐升任陆军部次长。同年6月袁世凯死后，他投入段祺瑞领导的皖系，成为段祺瑞手下「四大金刚」之一。翌年7月张勋复辟时，他辅佐段祺瑞讨伐张勋，其后引发护法战争（1917/7-1918/5）。翌月，他因功升任湖南督军兼冠威将军，1917年9月到任后免去湘军第一师第二旅旅长林修梅和零陵镇守使刘建藩的军职（两人均为中国同盟会