年六月，大礼议事件结束，世宗越级提升其为礼部尚书，主管詹事府事务。霍韬再次推辞，并称这是违反祖训的。三次推辞后，世宗终于同意。推行禁佛政策，拆寺庙，绝僧尼，“南都，我皇祖所以肇基地，典礼宜天下先焉”。嘉靖十八年（1539年）累官至太子少保、礼部尚书。嘉靖十九年（1540年）十月卒于官，赠太子太保，谥文敏。
着作.着有《渭厓集》、《渭厓家训》、《西汉笔评》等。