官兵多染上瘴疠，所以两庙的香火日益兴盛，成为府城里同类庙宇中香火最鼎盛的庙。这些参与的官兵因曾向兴济宫大道公祈求保佑，后来果然灵验，因而上报朝廷，乃下令将兴济宫列入祀典，成为台湾唯一有列入官方祀典春秋二祭的保生大帝庙。而进入台湾日治时期之后，两庙曾于昭和二年（1927年）一起重修。另外日治末期时，兴济宫春秋二祭因故中断。太平洋战争中大观音亭兴济宫受创，遂于战后的民国三十八年（1949年）重修。民国时期两庙在民国五十、六十年代（1960年代、1970年代）重修过几次，而最近一次则是在民国一百零六年（2