2004年10月17日，由头班车开始，新路段及车站开放给公众试用一天，当天来往尖东站至红磡站车费收入将捐赠慈善机构。2004年10月24日，尖东站于下午3时起正式启用。
两铁合併.自2007年12月2日两铁合併起，此站由九广铁路公司租予港铁公司作铁路营运之用，并与尖沙咀站合併成为同一个车站管理，而九广东铁则更名为东铁线。乘客利用八达通于尖东站及尖沙咀站转乘东铁线或荃湾线转乘，可减收转乘车费，但分隔两站的闸机永久也不会被拆除。使用八达通转乘者于30分钟内转线，会被视作一程车费；而