成为知名公卿、宰辅，嘉靖四十五年（1566年）改任南京吏部左侍郎，校《永乐大典》。隆庆五年（1571年）官至南京吏部尚书兼翰林学士。万历元年（1573年）正月十八日，兵科给事中赵思诚上疏弹劾秦鸣雷“只知嗜酒、不顾廉节”，疏下吏部，遂令其致仕。居家二十年。万历二十一年（1593年）卒，葬于临海东乡两头门。
着作.着有《谈资》、《倚云楼稿》、《清风亭》等。