合编为第三十五军，吴化文仍任军长。1949年，吴化文率第三十五军参加渡江战役，于1949年4月参加占领南京的行动，该军104师312团占领了南京总统府，把中国人民解放军的战旗插上了总统府的大门。后来，第三十五军打到浙江，吴化文兼任杭州警备司令。中华人民共和国成立后，吴化文以生病为理由退役，转业到地方。1951年，吴化文出任浙江省人民政府委员兼交通厅厅长。后来，历任中国人民政治协商会议全国委员会委员、浙江省中国人民政治协商会议委员会副主席。因中华人民共和国成立前的军功，吴化文获得一级解放勋章。1962