同年回国任西南联大工学院电机系任教授。1945年末国民政府重建国立北京大学（傅斯年代理校长领导），新设医、工、农3个学院，马博士做了北大首任工学院院长。为最年轻的一位工学院院长。1952年，任哈尔滨工业大学教授、教务长。1955年，先后任中国科学院物理研究所、电子研究所和声学研究所研究员、副所长。1955年当选为中国科学院学部委员（院士），1958年，任中国科学技术大学教授。1959年，负责人民大会堂的音质设计工作。
晚年.1978年起兼任中国科学院研究生院副院长。