东站设4台11线，共设7站台面。其中合福场站为2台6线，商合杭场设2台5线。合福场和商杭客运专线通过南联络线和北联络线联通。合福客运专线在进行列车试运行试验前，由于地质情况等原因，巢湖东站合福场路基出现软基沉降问题，因此合福客专在巢湖东站2公里段由无砟轨道改为有砟轨道，但仍有试验列车成功以300km/h以上的速度通过该站。