利入主县府，吴成典曾短暂担任其副县长后就职立委；三年后连任成功，是两岸小三通的推手，这也是新党于2002年至2008年的唯一一席立委。2008年中华民国立法委员选举首度接受国新共推挑战三连霸立委，但以74票些微差距败给曾任金湖镇长、后竞选县长落败的陈福海。同年受助理费案的影响遭金门地检署起诉求刑15年，一、二审皆获无罪，2012年三审确定无罪定谳。在其连任失利后获金门县长李炷烽任命为县府顾问；隔年9月19日，吴成典成立个人网路部落格，并正式宣布脱离国民党、参选第五届金门县县长选举，但在金门传统陈、李