3亿元。改建工程于2012年时正式开始，并计画预定在2017年6月完成，截至2017年3月西站的兴建工程已完成并继续进行东站的内外观工程，与站前道路的整修等收尾工作。
营运状况.根据台铁的分级瑞穗车站属于三等站等级，停靠部分的普悠玛号与大部分的自强号班次，与所有的莒光号及区间车。瑞穗车站的闽南语名广播是依瑞穗的古名「水尾」发音，而非以源自日文的站名直译。站内设有可供旅客盖戳留念之「铁路之旅 - 小站巡礼纪念章」戳章，且因隔邻的舞鹤车站早已在1982年东拓完成时裁撤并由瑞穗车站託