国军节度使意图收回朝廷对护国军的控制，复任王抟为中书侍郎，授同中书门下平章事，以代崔胤，且仍判户部。王抟虽明达有度量，并被时人称为良相，但作为宰相时的举措却几无记载，仅知曾进和诗及请求立何淑妃为皇后。威胜军节度使董昌称大越罗平帝，五月，昭宗令镇海军节度使钱镠讨之，王抟作诏书。七月昭宗为避军阀凤翔军节度使李茂贞和静难军节度使王行瑜劫持，逃离京城长安而入秦岭时，王抟与其他宰相崔昭纬、徐彦若一同随驾。九月，在正议大夫、中书侍郎、同平章事任上被加金紫光禄大夫、户部尚书、门下侍郎、监修国史、判度支。三年（896年