地方上，一些人根据儒学水户学等理论，认为幕府把持朝政没有根据，形成倒幕思想。美国叩关以后，幕府威信下降，人们对幕府的不满也在加深，尊王攘夷思想在一些地方上成为潮流。最初，倒幕派思想保守，但在与西方列强有过交涉甚至短暂交战经验（例如1863年的萨英战争，萨摩藩与英国之间发生战争、1864年的下关战争，长州藩与英美法荷四国联军之间发生战争）后攘夷想法逐渐改变。具有倒幕思想的藩士们（长州、土佐、萨摩等藩），1866年开始结成军事联盟，并尝试与天皇接触，主张倒幕。1867年新继位的明治天皇向倒幕派送去了许可倒幕的密