围区轻铁新支线通车首日造成混乱，接着将大量资源调至天水围区，令轻铁车辆数量不足，因此本线最终并没有恢复由轻铁行驶，九铁亦慢慢地淡化「临时巴士」的之名，变成九铁巴士接驳九广西铁为主。2004年4月4日起，为配合屯门站公共运输交汇处启用，本线改经屯门站公共运输交汇处，然后前往屯门市中心，取消屯门游乐场及雅都花园分站。同日全面改用八达通卡转乘港铁、轻铁及港铁巴士，不再发售巴士转乘车票。
港铁巴士.2007年12月2日两铁合併，本线由港铁公司营运，称为港铁巴士（新界西北）。2008