月4日，成立海洋国家公园管理处，作为管理此国家公园成立所设之管理单位，其后经行政院修订计划内容，拟将岛屿或海洋型国家公园管理事权统一而成立。2007年10月4日于高雄市正式挂牌营运。
2008年至今.公园位于的东沙群岛，中华人民共和国政府一直声称有领土权，因此被列为存在主权争议的岛屿。多个中华民国政府总统或副总统等高层官员曾访视，因此有台湾媒体认为是宣扬主权领土。陈水扁总统分别于2008年里三度访视东沙环礁国家公园，马英九总统亦曾于2012年访视此国家公园。Section:::