3至台湾之间的空域是中华民国防空识别区（ADIZ），东半部1/3是日本的防空识别区，导致日本领空却是台湾防空识别区的状况发生。所以日本客机在降落与那国机场时需通过台湾的防空识别区，从石垣岛方向飞来的飞机，必须先进入台湾的防空识别区再降落于岛上。日本产经新闻于2010年5月27日报导，日本政府希望能够修改位于与那国岛上空的台日防空识别区界线，使日方的防空识别区扩大至该岛外海较靠近台湾一侧的上空，预定于2010年6月中旬进行修改作业，并透过日本交流协会与中华民国外交部连系，希望透过外交管道进行防空识别区修改