色名录》仍将白鱀豚设为拉河豚科的亚科。1999年南京师范大学教授杨光和周开亚发表报告《淡水豚类分子系统发生的研究》，文中阐明：通过比较淡水豚类的 DNA 序列，证实它们的差异已达科级。分子研究显示，恒河豚类比白鱀豚类、亚河豚类和拉河豚类更接近齿鲸系统发生树的基底，是淡水豚中最早分化的一支，属恒河豚总科（Platanistoidea）；其他三类淡水豚则是海豚形类（Delphinida，旧称海豚下目）向海豚总科（Delphinoidea）进化途中分出的早期旁支；其中，白鱀豚较早分化，也可视为一个总科级的支系