力机车被新成立的西日本旅客铁道（JR西日本）和日本货物铁道（JR货物）继承。
JR货物.1987年，JR货物继承了40台EF66型电力机车（1～39、901），并且集中配属于吹田机关区。1988年初，EF66 18号机车参与了本四备赞线（濑户大桥线）开通前的濑户大桥1000吨荷重列车紧急制动试验。同年，由于新一代的投入运用，JR货物的EF66型电力机车均在车钩两侧加装了总风管。1989年至1991年间，新造的33台EF66型100番台电力机车陆续配属吹田机关区、冈山机关区、广岛机关区