过的路线以南行及西行递增，山手线及武藏野线以东京站为基准逆时计编号），按首都圈地区各路线的车站编号，两位数字（例：山手线东京站…JY01）。此外，编号外框颜色与路线颜色相同。若转乘站与东京地下铁同一站，该站将有多于一个车站编号。与其他公司路线不同，东京站、新宿站等主要转车站均附有IATA机场代码（例：东京站－TYO）。
东京地下铁、都营地下铁.东京地下铁连同东京都交通局（都营地下铁）为方便起见，引入了路线颜色、路线名的表现、记载方法、乘车制度等多项制度。2004年4月1