此时朱慈焕已病笃，突然对明思宗说：“九莲菩萨（即孝定皇太后的尊称）说了：「皇上对外戚太差，要让皇子们统统死光。」随即死去。思宗大惊，在宫中对九莲菩萨大加祭祀，一连三天三夜。明思宗认为慈焕灵异，追封「孺孝悼灵王玄机慈应真君」，时礼科给事中李焻指不应以道教的真君名号作为皇子封号，这属于邪教，但思宗不理会，几年后，思宗还是改封了「宣显慈应悼灵王」，去除了“真君”之号。
野史.野史传说朱慈焕并未病死，只是一度生病，梦见九莲菩萨欲杀尽皇子，但明思宗在宫中礼拜九莲菩萨之后，慈焕即病癒，甲申之变