三年（404年），建武将军刘裕于京口起兵讨伐已篡位的桓玄时，向靖亦参与其图谋，故获刘裕授为参建武军事；刘裕夺取京口后继而攻下建康，建立留台后转任行镇军将军、扬州刺史，刘裕亦让向靖随其转参镇军军事，加宁远将军。向靖随后亦参与击退桓氏残余势力桓歆、桓石康及桓石绥的战事。义熙三年（407年），升为建武将军、秦郡太守，北陈留内史，驻守在堂邑；又因参与讨伐桓玄的功勋而获晋廷赐爵山阳县五等侯。义熙五年（409年），向靖跟随刘裕进攻南燕，时南燕皇帝慕容超率领主力在临朐附近抵抗晋军，刘裕遂派向靖及檀韶、胡藩等走小道直取