在政府当局引入营办商管理后，1993年1月终扩展至全日通车。将军澳隧道和大老山隧道均是接连东九龙和新界东之主要干道，在2001年将军澳隧道平均每日行车量已达7.2万架次，在隧道出现挤塞时，交通督导员会进行间歇封闭。2002年8月18日地铁（今港铁）将军澳线启用后，将军澳居民转向使用铁路交通前往香港岛，巴士及小巴公司重组或取消部分前往市区路线，使车辆流量大大减少，将军澳隧道在繁忙时间的挤塞情况曾有所纾缓，但仍有往东区海底隧道车辆的龙尾。不过将军澳人口的持续增长令隧道流量逐步回升，2007年已回复至地铁通车