止中国学生出境的禁令，李佩就在1956年9月与丈夫带着5岁大的女儿郭芹离开美国，坐船到九龙后上广州，短暂入住爱群大厦后返回北京。应钱学森的邀请，随后出任中国科学院行政管理局中关村西郊办公室副主任。1961年调往中国科学技术大学外语教研室，教授英文。文化大革命期间，她曾因留美经历而接受审查。文革结束后，出任新成立的中国科学技术大学研究生院（中国科学院大学前身）外语教授室主任。1980年起，她曾参与、推动了中美联合培养物理类研究生计划。1999年正式离开教学岗位后，她发起创办了中关村大讲坛。2017年1月