极地海洋生态系统的初级生产中，冰藻起着至关重要的作用。作为极地食物网的基础，通过光合作用，它们把二氧化碳和无机营养物质转化成氧气和有机物。在北极圈内，冰藻在初级生产中的参与度从3%~25%到高纬度的50%~70%不等。海冰藻通常在海冰底部积累生物质，供端足类（磷虾等）和桡脚类动物食用，而这些小动物最终又成为鱼类、鲸、海豚和企鹅的食物。海冰藻离开冰面后，沉入海底，被无嵴椎海底生物尤其是浮游动物享用。海冰藻富含不饱和脂肪酸，其中的omega-3脂肪酸对桡脚类动物的产卵、孵卵，以及浮游动物的生长发育相当重要。