出任北洋政府农商总长，1913年在北京成立导淮局（次年改为全国水利局）并兼任总裁。1915年，经张謇亲自筹划，河海工程专门学校在南京成立，办学目标是为治理京杭大运河培养水工人才，学校经费由大运河经过的直隶、山东、江苏、浙江四省分担。河海学制最初为两年，许肇南、沈奎候相继任校长，主要教师有李仪祉等。1924年6月，河海工程学校学生罢课请愿，要求学校改为大学。在这之前，国立东南大学1924年4月时以经费困难为由决定停办工科。经东南大学工科主任茅以升奔走联络，全国水利局总裁常耀奎8月到南京与江苏督军齐燮元协商