6种只能在这里看到。岛上还有约170种棕榈科植物，相当于整个非洲大陆该科物种数的三倍，其中还有165种为独有。许多原生植物都用来制成草药，可以治疗多种疾病。例如马达加斯加非常具有标志性的植物马达加斯加长春花能够提炼出硫酸长春碱和长春新碱，可以用来治疗霍奇金淋巴瘤和白血病等多种癌症。当地称为“”的旅人蕉独产于该国东部雨林，该国国徽和马达加斯加航空公司的商标上都有这种花。与植物一样，马达加斯加的动物同样种类繁多，并且有很大的比例属独有物种。保护国际称狐猴是“马达加斯加的哺乳动物旗舰物种”。由于没有猴等竞争对手