量穆斯林俄罗斯化、许多清真寺被关闭。尤其多的穆斯林曾在斯达林统治时期遭受政府迫害。1991年苏联解体，苏联政权在乌兹别克斯坦的统治地位宣告结束，伊斯兰教原教旨主义并未像许多人所预料的那样信奉者高涨，反而当地伊斯兰教受到传统琐罗亚斯德教的影响逐渐衍生出多种新教分支，而后衍生出各自独特的实践以及信仰方式。