军政合一统治机构，直隶于明朝中央政府。明王朝其对于东北边疆地区的统治并非像内地各省一样直接掌管，而是仅在重要地点设军事据点及发展交通路线，各族实质上仍由各部族自行统治。明成祖之后，明王朝对于经营东北不甚重视，随着女真内部之间的斗争和部族迁徙，奴儿干都司于宣德九年（1434年）正式废弃，前后共持续25年。虽然奴儿干都司短暂的时间里被宣宗裁撤，然而仍有记载宣德七年时亦失哈第九次巡视奴儿干都司，而且在宣德八年时奴儿干都司重新恢复，明英宗时期在今库页岛的北半部地区设立卫所管辖，而且明朝官方仍然在东北地区由极高的