日战争爆发前夕的1937年（民国26年）2月，第二次国共合作开始。但是潘公展仍然不掩饰对共产党的反感，在《中央日报》上继续发表攘外安内的文章，共产党和国民党人士对此均皱眉。抗日战争爆发后，他为确立蒋介石占支配地位的抗日战争体制而奔走。11月，他从上海逃到武汉，任国民政府军事委员会参事室参事。翌年3月，他任中国国民党中央宣传部机关报发行部门创办的独立出版社的经理。同年，他着《领袖、政府、主义》小册子，推进蒋介石的独裁统治正当化。1939年（民国28年），他转赴重庆，任中国国民党中央宣传部副部长兼《中央日报》总