多名进步保守党党员游说后于同年6月宣布角逐党魁职务。在同年10月举行的首轮投票中，克拉克赢取48.5%选票。三名候选人于首轮投票后弃选，克拉克遂于同年11月举行的次轮投票中与奥查德（）对垒，并以78%得票率当选党魁。面对当时加拿大右翼选票被进步保守党和改革党摊分的局面，改革党曾尝试拉拢进步保守党党员加盟该党，但受到克拉克强烈反对。当时没有国会议席的克拉克于2000年获诺华斯高沙省国王—汉兹选区（）下议员布里森（）禅让该议席，让克拉克参与该区补选。补选于同年9月11日举行，克拉克获得53％选票赢取该议席重