国政府接收，设立台湾省澎湖县。1949年，发生澎湖七一三事件。1950年，国府在台澎实施地方自治。澎湖县举行首届民选县长选举，选出首任民选县长李玉林。由于澎湖地处军事要地，国府在此驻扎大军。初期澎湖县长经常由外省籍军人担任。反倒是澎湖移民居多的高雄市，在首届民选市长选举选出了澎湖籍的谢挣强，当选首任民选高雄市长。1970年，连接白沙、西屿两岛的跨海大桥完工，初期为单线。1972年第七届澎湖县县长选举中，终于出现首位澎湖籍的澎湖县长吕安德，成为第一位澎湖出身的地方首长。1995年，成立澎湖国