分拆出来的环保南选区，则由她助理张美雄以2188票，大比数击败获539票民建联新人胡绰谦而当选。2016年1月3日，方国珊宣布以第三势力、中间无党派独立候选人身份参选2016年香港立法会新界东地方选区补选。她并质疑民建联周浩鼎（民建联副主席、新界西离岛区议员）忽然转区到新界东参选，「对新界东有几承担？」，亦质疑民建联为何支持扩建新界东南堆填区。最终方国珊以33,424票落败，而她代表的中间派之票数较本土派的本土民主前线梁天琦之票数少，但她所得到的票数若在全港性地区直选，参照2012年选举结果，她有机会取