幻想传奇 时空之水晶》使用和《最终幻想X》类似的回合制战斗系统。游戏同样采用了召唤兽系统。
开发.游戏总监、编剧和设计师由时田贵司一人担任，他是史克威尔1995年大作《时空之轮》的三名总监之一。游戏目标是对《最终幻想V》、《最终幻想VI》、《时空之轮》等超级任天堂作品的怀旧。游戏相当注重情节。游戏角色设计和插画由CyDesignation的前史克威尔雇员相场良佑负责。游戏配乐由水田直志谱写，近50首曲目相当于游戏机游戏。主题曲《Timeless Tomorrow》由Lia演唱。