拉塔副王区并且脱离了原秘鲁副王区的关系，胡胡伊失去了其重要性，人口亦从此开始减少。在阿根廷五月革命和"拉普拉塔联合省"独立战事时，因为西班牙人集中火力在祕鲁的关系，胡胡伊发生了多次抗争事件。胡胡伊人进行了其着名的Jujuy Exodus，即由曼努埃尔·贝尔格拉诺为首的大规模疏散行动以逃过焦土政策。最后，西班牙人终于屈服，但战争已严重地影响了当地经济。1834年11月18日，经过了一连串内部矛盾后，胡胡伊省宣佈脱离图库曼省和萨尔塔省并实行自治。胡胡伊的经济和社会渐渐得到改善，并且在19世纪末出现了甘蔗