同治九年为江苏巡抚，后坐兵部侍郎衔、都察院右副都御史衔。同治七年（1868年），丁日昌下令严禁“淫词小说”，查禁小说戏曲书目122种，“淫词”唱片114种，续查“淫书”34种，分2批共计268种，含《红楼梦》、《金瓶梅》、《巫山艳史》、《杏花天》、《蟫史》、《女仙外史》等。有清一代，丁日昌查禁小说最为彻底。光绪元年到光绪四年任福建巡抚兼福建船政大臣，光绪三年再兼台湾学政，光绪五年理乌石山教案，诏加总督衔、兼理各国事务大臣。