开始进行开发的时候，岛上海鸟粪过多，因此也有日本开发者收集海鸟粪做为肥料之用。其他动物有蝙蝠，爬虫类有石龙子、守宫以及若干蛇类，列岛上的其中六种爬行动物物种的两爬类-动物相区系较倾向于台湾本岛和中国大陆。昆虫则有100多种，渔业类资源丰富。岛上并有多个特有种，如目前己濒临绝种钓鱼台鼹、诸喜田泽蟹（'）以及钓鱼岛特有的5种蜗牛，其中'以及""已被认为濒危。植物方面，据1950至60年代所进行的调查显示，钓鱼岛主岛上主要分6种植物群落，而主岛和南小岛合计有89科235种蕨类植物和种子植物，然而岛屿缺乏农业价值。