秘密隐居圣公会三一堂（今基督教北正街教堂）近一月后，从长沙转移到上海，再逃往日本。次年黄兴再次回国策划起义，失败后再次折回日本。
同盟会时期.1905年7月，他结识孙中山，在日本拥护孙中山组成中国同盟会。8月20日，中国同盟会在东京正式成立。黄兴任执行部庶务（行政庶务组长兼任副会长），居协理地位。成为同盟会中仅次于孙中山的领袖，当时号称孙黄，之后主要发展革命分子、组织武装起义。1907年夏，到越南河内，与孙中山一起策划在南方起义。9月，黄兴先后参与或指挥钦廉防城起义；12月发动