后来恢复意识，在病榻上度过余生。当他见到儿时的南山时，泪流满面。1970年5月1日，李垠病危，李方子和李玖夫妇令人把他抬上了汽车，到他儿时居住的乐善斋，他始终昏迷。下午1时去世。5月9日，大韩民国政府为他举行国葬。日本高松宫宣仁亲王及亲王妃代表日本昭和天皇出席。李垠遗体自昌德宫敦化门往金谷地区高宗洪陵边的崇仁园，汉城20万人为他送葬。由于李垠不曾成为朝鲜国王或者大韩帝国的皇帝，他的牌位本来不在宗庙的永宁殿里。不过，因为永宁殿还留有最后一个空位，再加上时任韩国总统朴正熙的允许，李垠的牌位不另设祠堂供奉