水量较小，大部分属于季节性冲沟。羊卓雍错流域内的冰川面积达111.6平方公里。该流域四周有许多水系分离的封闭湖泊，是藏南内陆湖泊最集中的地区。羊卓雍错内共有5座岛屿，面积最大的约18平方公里，最小的3000平方米。岛屿根据各自形状而被取名为“色朵”（犀牛岛）、“雍布朵”（鹿母子岛）、“格莫日朵”（老狐狸岛）、“那亚朵”（盘羊岛）等等。岛上有天鹅、黄鸭、水鹰、水鸽、鹭鸶、黑颈鹤、沙鸥、斑头雁、白鹭、雪鸡等30多种鸟类，是藏南最大的水鸟栖息地。羊卓雍错流域的动物种类丰富，有雪豹、盘羊、水獭、猞猁、野驴、黄羊