皇子生于626年（推古天皇三十四年）。645年（大化元年），与中臣鎌足计划讨平苏我氏。继而以孝德、齐明两天皇之皇太子身份（孝德为其堂兄、齐明为其生母），从事对大化革新各项政策的拟定和实行。其间，依百济之请，派援军支援朝鲜，但在白江口之战中大败于唐朝与新罗的联军。660年，齐明天皇死后，从事内政的整顿，迁都于近江的大津京。662年奉皇令与中臣鎌足制订《近江令》。668年即位。669年10月15日，派东宫皇太弟大海人皇子至内大臣中臣鎌足府，赐姓藤原，次日藤原鎌足卒。670年2月制成《庚午年籍》，是为日本最早