于返国后担任东京帝国大学法律系教授。1899年起，他担任「和佛法律学校」的校长，并于1903年将之改制为法政大学，升任首任校长。梅谦次郎在改制法政大学后，于1904年增设中国人留学日本「法政速成科」，革命的要角如邹容、陈天华，乃至于宋教仁、沈钧儒、胡汉民、汪精卫等人均为他的学生。据统计，他教过的中国学生达1042人。汪精卫曾因成绩优良，被梅谦次郎举为「首席」学生；当时清廷驻日公使向他抗议，主张革命党人不应列为模范，然梅谦次郎全然不予理会。1906年起受伊藤博文之邀请，担任韩国的最高法律顾问，负责韩国