此后摩根开始对从政有所兴趣。他在1795年代表联邦党参选维珍尼亚州第一国会选区失败，但在1797年的选举获胜，成为维珍尼亚州的美国众议员。不过摩根没有积极参与众议院的辩论。他赞成约翰·亚当斯的联邦党政府推行《客籍法和镇压叛乱法》，并认为民主共和党在「XYZ事件」后已经声名扫地。由于健康恶化，摩根没有在1799年寻求连任。出乎他的意料，共和党在当年的选举得利，并进而在1800年美国总统选举获胜。退出政坛后，摩根开始低调生活，并在晚年归信基督教长老宗。1802年7月6日摩根在温彻斯特去世，并在原地安葬。