时期开始使用的红砖制大礼堂最受到争议，并受到部分高雄中学毕业生的抗议。1999年8月1日，为因应新校长遴选奉命延长任期半年的朱迺武正式届龄退休；同时，任职高雄市立新庄高级中学校长的潘辉雄依规定经遴选过程成为高雄中学校长。这一时期正值社会要求一连串的教育改革，这使得学校方针除了重视传统的数理科学之外，也开始注意到资讯教育与人文乡土教育的发展，并开始在校方主导下积极鼓励学生对外竞赛。2006年8月1日潘辉雄退休，改由曾任高雄市立三民高级家事商业职业学校校长的黄秀霞经过遴选程序担任高雄中学校长一职。此一时