，由于间隔运用东京-那须盐原间驾驶的「那须野」（早晨和晚上的一部分列车。与E4系联结）也能使用。同在山形新干线区间行车的E3系1000・2000号台共通运用被编制。
经过.当时使用于东北新干线・山形新干线担任翼号班次及来往东京站至那须盐原站的山彦号班次，与E4系「MAX」双层列车并联行驶。由于400系已服役多年，列车的平均使用时数仅次于200系，因此JR东日本已决定于2008年10月至2009年夏季以E3系2000番台顺序取代年事渐高的400系，退出营运服务，当时400系仅