共振吸收领域的研究成功，为他赢得了纽约研究机构奖（1960年）、吉森大学的“伦琴奖”以及富兰克林研究所（Franklin Institute）的Elliot Cresson奖章，1961年因“对伽马射线共振吸收现象的研究并发现了穆斯堡尔效应”，与罗伯特·霍夫施塔特一同获得诺贝尔物理学奖。1965年穆斯堡尔接受巴伐利亚文化教育研究部的邀请，放弃了美国的工作，返回母校慕尼黑工业大学任教授，在那里，他的科研重心从核子转向了中微子。1972年前往法国格勒诺布尔担任劳厄-朗之万研究所（以马克斯·冯·劳厄和保罗·朗