迁就对向式座位而採用一大两小共三块的设计——小的两块安装在两边；大的一块安装在中间。但车厢连接端的车窗、车头的第一个车窗及绿色车厢和6门车厢的车窗则因大小不同而沿用单块密封式车窗设计。而车窗玻璃的涂料和209系的比较，除了阻隔红外线的能力较强，也有阻隔紫外线的能力（900番台除外，因900番台的车窗玻璃沿用209系的组件），涂料的颜色也有所不同（209系：灰色，E231系：绿色）。透过减少红外线透入车厢内，令日间的车厢温度不会大幅度上升，也就减少对电力的需求。而减少紫外线透入车厢内则能省略窗帘结构，降低制造