病亡，遂隐居镜山（清源山五台峰西南麓），博览群书，于经、史、子、集，无不赅通，居乡二十余年，学者称之“镜山先生”，室名自誓斋、天听阁。居乡期间开始撰写《名山记》，后改名《名山藏》，万历三十六年（1608年），其子何九转病故，媳妇王承静自尽殉节，开始撰述《闽书》。万历四十八年（1620年）《闽书》150卷成书。泰昌元年（1620年），任光禄寺少卿。天启二年（1622年），进左通政。天启三年（1623年），擢升通政使，不久辞官。崇祯二年（1629年），任南京工部右侍郎。崇祯三年以病辞归，晚年居家将《明实