天正元年（1573年）4月，信玄在西上作战途中死去，信长将目前为止态度暧昧的远藤氏派往郡上，后来远藤氏才降服于信长，有些说法则认为信长在未知自己腹背受敌的情况下，凑巧遇上武田氏因信玄死去而退兵，这样才能够幸运地降服远藤氏。同年8月，胤基也有份参与攻打越前朝仓氏。翌年（1574年），主斋藤利治进攻郡上，但是遭到胤基的家臣吉田左京进等人撃退。天正10年（1582年）2月，信长发动甲州征伐进攻武田胜赖，期间胤基和庆隆一同隶属于金森长近，从飞驒攻向甲斐，并且在天目山消灭甲斐武田氏。同年6月本能寺之变爆发后，