欲反清自立，与手下各头目商议：“甫免为厄鲁特（准噶尔）役使，今若投诚，又当纳贡。不若自长一方，种地守城，足为捍御。”波罗尼都不愿与清军为敌，说：“从前受辱于厄鲁特，非大国（清）兵力，安能复归故土？恩不可负，即兵力亦断不能抗。”霍集占派人杀死蒙古察合台汗王后裔以及叶尔羌旧首领伊克和卓，又自加汗号，称“巴图尔汗”。波罗尼都劝阻霍集占：“我兄弟自祖父三世，俱被准噶尔囚禁。荷蒙天恩释放，仍为回部头目，受恩深重。若尔有负天朝，任尔自为，我必不能听从”。霍集占固执己见，兄弟二人出现不和。霍集