后来，孙中山接连发动反清起义，杨鹤龄在香港和澳门筹募革命经费并宣传反清，还曾经在陈少白创办的《中国日报》社任职。1912年南京临时政府成立，他任总统府秘书，同年4月他随临时大总统孙中山解职而去职。此后，他居住在澳门，并把住宅命名为“杨四寇堂”，纪念四大寇时期。1919年5月16日杨鹤龄致信孙中山求职，被孙中山婉拒。1920年，他再次致信孙中山求职，但再次被孙中山拒绝。1921年9月，孙中山在广州就任非常大总统，9月14日杨鹤龄被聘为总统府顾问，并每月获养老金。孙中山还命许崇智拨款整修了越秀山南麓的文澜阁