1962年属扬州。1966年3月15日，六合县、江浦县、仪征县、金湖县、盱眙县五县成立六合专区，专区所在地六合县六城镇。1971年六合专区撤销，划属扬州地区。1975年11月，六合属南京市管辖。1973年9月，原六合县卸甲甸等地析出成立大厂区2002年4月，经国务院批准，六合县与大厂区合并成立南京市六合区，全区辖10个街道、9个镇。2012年8月六合区划进行调整，调整后的六合区辖10个街道、2个镇：雄州街道、金牛湖街道、横梁街道、程桥街道、大厂街道、葛塘街道、长芦街道、马鞍街道、龙袍