与日本人在金山面交战，「长清禅寺为附近百姓提供之粮食储存之地，以支援义军抗日，却在战争中遭日军焚毁」（吴庆杰）。1897年闽人杨标集资重建。可能在此时因所在地为「金山面」聚落而称金山寺，寺中「开台金山寺」匾额可能也是在此次重建中作的。中华民国接管台湾后，1955年附近设立坪埔营区，「设立时因未兴建监狱，佔用金山寺右厢房成为监禁犯法军人的临时监狱」有十五、六年之久，对金山寺打击很大（吴庆杰）。1980年科学园区成立时曾考虑将金山寺也征收为工业区，经居民强烈抗议后保留。金山寺周围原有客家