后，李毅收拾行李离开了西安，返回深圳。
教练生涯.回到深圳后，李毅除了偶尔客串足球比赛解说嘉宾外，亦曾经在老东家深圳红钻队参加训练以保持状态。2011年赛季前一度被认为有望重返深圳队效力。但由于转会名额有限，最终深圳红钻主教练特鲁西埃决定放弃李毅。最终，李毅决定退役并加入深圳红钻教练组成为球队的助理教练。2013年11月，深圳红钻战绩不佳，特鲁西埃不再续约球队。原助理教练李毅担任深圳红钻代理主教练，2014年带领球队获得中甲联赛第8名。2015年深圳队在前4轮联赛只得3平1负成