然而，这些工程并未完全解决洪水水患，特别是1986年（昭和61年）8月的「昭和61年8月豪雨」与1998年（平成10年）8月的「平成10年8月豪雨」，造成那珂川流域严重水患。「昭和61年8月豪雨」最终造成3,580户淹水，成为史上最严重的水患。建设省（现国土交通省关东）在1988年（昭和63年）依据《激甚灾害法》进行『那珂川灾害紧急改修事业』，消除无堤地，并在支流建设防止河水逆流的水门。接着1998年（平成10年）「直辖河川灾害复旧等相关紧急事业制度」的制定，那珂川下游开始进行堤防整备，大场游水池、