年获时任台北市长陈水扁任用为台北市政府社会局局长，1998年获高雄市长谢长廷延揽为高雄市政府社会局局长。陈菊于2000年起进入中央担任劳委会主委，至2005年退职。翌年，她以些微差距当选高雄市（合併前直辖市）第9任（民选第4届）市长，后于2010年高雄县、市合併改制为直辖市选举中当选为合併后的首届高雄市市长，2014年获得99万票，为竞选对手杨秋兴得票数超过两倍，且为当次选举得票数最高的地方首长，顺利连任。就高雄市（合併前直辖市）11个市辖区而言，陈菊在高雄市执政长达十二年，为中华民国地方自治史上，仅次