南洋局统合改组为大东亚省。后来成为内阁总理大臣的大平正芳曾由大藏省派遣、在兴亚院蒙疆连络部和经济部工作。1939年6月至1940年10月，历任蒙疆连络部经济课主任、课长。在任期间，他把执行由兴亚院主导的鸦片政策作为最重要的职责之一。大平内阁的阁僚大来佐武郎、伊东正义、均是大平在兴亚院工作时的同僚，因此在自民党内被揶揄为「兴亚院内阁」。