同僚吴佩孚遂要求曹锟罢免王承斌，遭到曹锟拒绝。因为这件事，吴和王产生了敌对关系。同年8月，王承斌任第3师第6旅第11团团长，授陆军少将。1913年（民国2年）秋二次革命被镇圧后，王承斌跟随曹锟所率的第3师入湖南省，驻扎于岳州。1915年（民国4年）护国战争中，他跟随第3师远征四川省。翌年1月，他升任第3师补充旅旅长。同年6月袁世凯死去，第3师返回北方，驻扎保定。1917年（民国6年）5月，王承斌升任直隷第1混成旅旅长、授陆军中将衔。同年7月张勋复辟之际，王的部队组成西路讨逆军，在吴佩孚指挥下击破了张