1931年因笕桥机场的修建，沪杭铁路向西改道300-400米，车站也随之迁址，老站成为部队军用物资装卸站。1984年，笕桥站进行了站场扩建工程。1992年4月，作为铁道部“中取华东”重点工程之一的浙赣绕行线开通。浙赣绕行线由笕桥站引出，经杭州东站、钱江二桥至白鹿塘站，作为杭州站的分流线路，1997年实现复线化：本站杭州东站间新建长1690米的杭州疏解特大桥，供上行列车使用。2006年7月19日浙赣铁路的起点由杭州站移至笕桥站，原经过杭州东站的浙赣绕行线改为正线，经杭州站前往白鹿塘站的线路改为绕行线；