祕书监、廷尉卿及御史中丞。大明六年（462年），转任寻阳王刘子房的冠军长史，加宁朔将军，行淮南、宣城二郡事。同年又改为安陆王刘子绥的冠军长史、江夏内史，后又随府转为后军长史。大明八年（464年），孔觊受召为司徒左长史。永光元年（465年）转江夏王刘义恭的太宰长史，同年又外镇会稽郡，为寻阳王刘子房的右军长史，加辅国将军，行会稽事。同年年末，宋前废帝被寿寂之所杀，众推湘东王刘彧即位，即宋明帝。宋明帝后召孔觊为太子詹事，但当时全国大部分州郡都不支持明帝的政权，而支持在寻阳的江州刺史晋安王刘子勋；为此，明帝加派