。同年11月，孙洪伊参加宪政商榷会。1917年1月14日，孙洪伊在北京的住宅遭到步军统领江朝宗派兵搜查，孙洪伊随即离开北京南下。1917年（民国6年）1月，孙洪伊逃往南京托庇于冯国璋。
南方政府的活动.1917年9月，孙文发动护法运动，孙洪伊参加护法军政府，被任命为内务部长。同年11月，被孙中山任命为驻沪全权代表，常驻上海，一直任至1923年。孙洪伊利用与冯国璋等直系人物的关系，对北京政府的政略等方面发挥影响。孙洪伊与李大钊有很深的渊源。1913年冬，孙洪伊邀汤化龙共同出资，送