推举蔡锷为领导组织起义。10月30日，蔡锷、李根源、唐継尧等革命派军人发动重九起义，成立云南军都督府。李根源任云南军政府军政部长兼参议院议长。此后，李根源成功说服大理的革命派政权同云南军政府合流，为稳定云南省内政治局面作出了贡献。后来，梁启超系支持袁世凯的蔡锷同孙文系反袁的李根源之间发生意见对立。1912年（民国元年）8月，李根源辞去云南军政府内的职务。
同孙文的对立.1913年（民国2年）二次革命中，李根源作为革命派进行活动。7月，李根源拥立袁世凯的政敌岑春煊在广东打倒袁世凯