，菲利普二世无嗣而终，黑森-莱茵菲尔斯支绝嗣。1604年，路易四世也于马尔堡城堡无嗣而终。加尔文主义与路德宗之间的信仰之争伴随着黑森-卡塞尔与黑森-达姆施塔特之间对兄弟领地的继承争议，并导致了长达数十年的对立。为了对抗黑森-卡塞尔伯爵所建立的加尔文宗马尔堡大学，莫里茨的表兄，即黑森-达姆斯塔特伯爵在1607年建立了路德宗吉森大学。三十年战争期间，黑森的继承争议愈发激烈。黑森-卡塞尔选择站在新教联盟一边，而黑森-达姆施塔特选择支持哈布斯堡皇帝。黑森-霍姆堡伯国和分别在1622年和1627年脱离了黑森-达姆