有丰富的水力资源，全台湾最大的水库曾文水库，即在曾文溪上游，此外，在曾文溪的支流上，尚有南化水库及乌山头水库等，除了供水发电之外，也都成为重要的观光景点。此外，由于曾文溪挟带砂石与生物碎屑在出海口沉积，提供了大量养分，因而蕴育了河口地区丰富的底栖生物与浮游生物，也吸引了大批水鸟在此处栖息。着名的珍贵鸟类黑面琵鹭即栖息在曾文溪河口北岸，因此设有七股黑面琵鹭保护区。台湾第八座国家公园台江国家公园范围也包括曾文溪口。
名称演变.在荷兰时期，曾文溪在欧洲古地图上记为「River Soula