06年12月17日起成为民主党主席，连任二届，也成功撮合和前线的合併，并于和刘慧卿、单仲偕组成内阁，于2008年12月14日成功角逐合併后第一届的正副主席。何俊仁指五区总辞方案必须考虑一些实际的运作困难，但参与发言的高登会员直言民主党没有骨气，与中国共产党分别不大，不会支持民主党，要求何俊仁呈辞，部份会员更幸灾乐祸。最后在大多数民主党成员反对下，民主党决定不参与五区总辞，只在2010年香港立法会补选期间唿吁作为选民的责任，参与投票。2010年6月中旬，何俊仁以民主党主席身份建议若政府接受终极普选联盟