喀布尔大学流失了部分学者和职员。1992年人民民主党倒台后，阿富汗陷入长期战乱，绝大部分教员在这一时期离开喀布尔大学。大学周围地区和是的主要战场。
重建.在2001年末塔利班统治结束后，国际社会将重点放在重建阿富汗的教育机构。卡尔扎伊政府于2002年重新开放喀布尔大学。据计，喀布尔大学的重建需要6400万美元，才能恢复基本运作。学校主楼在离旧址500公尺处重建，几乎完全保留原来的设计。到了2004年1月时，大学里只有24台电脑。作为重建计划的一部分，喀布尔大学与四所外国大学建立了合