6世纪其间，有两个科隆总主教改宗新教，一个是赫尔曼·冯·威德，他改宗后就选择辞退总主教职位；另一个则是格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡，然而盖布哈尔德于1582改宗加尔文派后，不打算放弃自己的领地，试图将科隆选侯国世俗化。这导致了科隆战争，教廷雇用了西班牙和义大利的佣兵，还有巴伐利亚也派出军队，以对抗为了保有新教选侯国的荷兰。1583年12月11月，科隆战争结束，新教的主教继承者放弃教区，并退休移居到斯特拉斯堡。这是一次成功的反宗教改革。最后由出自巴伐利亚公家族的继任了科隆总主教之位。从此之后到18世纪中