会改组，奉命出任国民政府军令部部长，期间运筹为幄，献替良多，于1943年10月获颁青天白日勋章。1945年8月，日本无条件投降，国民政府特派徐永昌代表中华民国参与9月在日本东京湾美舰密苏里号之受降典礼并签署降伏文书（同行人员尚有杨宣诚中将、朱世明少将、王之少将、李树正少将、王丕承少将）。1946年，被选为制宪国民大会代表。1947年，当选第一届国民大会代表；12月30日，行政院会议决议，派徐永昌任陆军大学校长。
晚年经历.1948年12月，徐永昌任中华民国国防部部长。1949