德怀的黑干将”，被撤销党内外一切职务。1960年，被下放到位于金昌的甘肃省国营八一农场任副场长。1961年12月，出任甘肃省交通厅副厅长，指导公路养护工作，建议在道班开展副业生产，以解决职工的严重生活困难。1962年，因病离职。文化大革命期间，慕生忠遭到批斗、抄家。1978年2月，复职出任甘肃省交通局副局长。1979年2月当选第四届甘肃省政协常委。1979年4月，中共西藏自治区党委撤销了1959年对慕生忠的处分决定，并为其恢复名誉。1979年11月当选甘肃省政协副主席。1983年，任中共甘肃省顾委常委，