设有污水处理系统，确保排放至公众污水排放系统的污水质素符合法定要求。龙运巴士虽然分成不同车厂管理，但实际上所有龙运巴士的维修主要在小蚝湾车厂进行。另外，所有龙运巴士的新出牌巴士初期配属小蚝湾车厂，直至分配路线后才调往其他车厂。2003年屯门公路双层巴士堕坡事故中肇事的九巴巴士（AP69，车牌号码JU4667）在意外后停放在龙运小蚝湾车厂，供案件上诉及索取保险赔偿之证物用途，直至2008年11月才在厂内拆毁。
管理路线.基本上，大部份在大屿山经营的路线旨由小蚝湾车厂管理。