和妻子李承仙被批判，据称曾在批判大会上被殴打。后被打为“反革命”分子、走资派，开除党籍、开除公职，留所（敦煌文物研究所）监督劳动。1969年3月因遭遇车祸赴兰州治病。据称回敦煌后主要进行喂猪等劳动。据称是1970年，周恩来应到中国访问的英籍作家韩素音的要求，常书鸿被恢复党籍、恢复名誉，并治疗疾病。后移居兰州。
晚年.1978年常书鸿被恢复敦煌研究所所长职务。1979年任甘肃省文化局副局长。1982年，任国家文物局顾问，敦煌研究所名誉所长，并移居北京。同年10月，与李承仙