阴性菌染成红色或粉色。通过这种测试我们可以区分两种细胞壁结构不同的细菌。革兰氏阳性菌在反应后的除色溶液中将呈现结晶紫的颜色。相较于革兰氏阳性菌，阴性菌通常会导致人类疾病——例如最具代表性的大肠桿菌。革兰氏阴性菌细胞壁中肽聚糖含量低，而脂类含量高。当用乙醇处理时，脂类物质溶解，细胞壁通透性增强，使结晶紫极易被乙醇抽出而脱色；再度染上复染液番红的时候，便呈现红色了。革兰氏阴性菌的病原能力通常与其细胞壁组成相关，更具体而言为其脂多糖层。在人体中，脂多糖可以激发一种先天免疫系统，这种反应的特征包括细胞素制造