忠一率领第1航空舰队进入中途岛西北海域，并派舰载机轰炸美军机场。第1航空舰队编有六艘航母（赤城号、加贺号、苍龙号、飞龙号、翔鹤号和瑞鹤号）、两艘高速战舰（榛名号、雾岛号）、两艘重巡洋舰（利根号、筑摩号）、11艘驱逐舰（野分号、、萩风号、舞风号、、、、、矶风号、谷风号、滨风号），及担任驱逐领舰的长良号。MI作战N-2日，第1航空舰队会再次空袭中途岛，为登陆部队开路。虽然日军认为美军舰队会在三日内抵达中途岛海域，却假设南云忠一无须同时应付美国航母和支援中途岛。第1航空舰队亦只预备了10架飞机侦察和警备美军舰