哈梅内伊宣称他视「艾哈迈迪内贾德是未来5年的总统」，这个评论被解读为他对艾哈迈迪内贾德竞选连任的支持。根据选举总部的数字，2009年6月12日的选举里收到39,165,191张选票，当中24,527,516张（62%）投给艾哈迈迪内贾德，他的对手米尔-侯赛因·穆萨维获得13,216,411张（33.75%）选票支持。这次选举在伊朗引起了空前的公众关注。截至2011年4月，艾哈迈迪内贾德及穆萨维双方及各自的支持者就选举结果仍争论不休，有人认为选举出现舞弊。最高领袖阿里·哈梅内伊在2009年8月3日已正式认