长约达27年的北京／北平时期，辅大亦曾颁发中国第一位女性原子物理硕士学位，毕业生为王光美（中华人民共和国第一夫人）。1959年，罗马教廷将辅大在台湾复校视为「重建中国教会思想的堡垒」，教廷传信部（万民福音部）署理部长枢机大力支持。不久后，教廷教育部令于斌总主教负责筹备复校及筹募经费等事宜，于总主教并主张联合圣言会、耶稣会及中国主教团（今台湾主教团）共同参与，辅大由此形成了三单位教学、行政、宿务、财务各自分立，设置一名校长及三名副校长的联邦制，时人传称「辅仁大学是三个大学」。2000年1月，辅大董事会通过