和团的拳民焚毁，《永乐大典》损坏三百余册。光绪二十七年（1901）六月十一日，英使馆交回《大典》330册。不久又遭到监守者瓜分。1912年翰林院所藏《大典》移交京师图书馆时，仅剩64册。现今中国国家图书馆珍藏161册，另外美国国会图书馆还藏有40册，英国各地包括大英图书馆、英国牛津大学图书馆、英国伦敦大学亚非学院、英国剑桥大学等存有51册，德国汉堡大学图书馆、德国科隆大学图书馆、德国柏林人种博物馆等存有5册，日本国会图书馆、日本东洋文库、日本京都大学人文科学研究所、日本京都大学附属图书馆、日本天理图书馆