被张方所废的羊皇后，但于永兴二年（305年）四月又遭张方所废，不久司马颙更假做诏书要东台置羊后于死地。不过东台并不愿意执行，面对一直送来的诏命，周馥遂与荀落及刘暾上奏请求不要处死羊后。虽然上奏令司马颙大怒并派兵追捕刘暾，但羊后始终无恙。不久，东海王司马越兴兵讨伐司马颙，称要迎惠帝还洛阳，以周馥为中领军，旋即转司隶校尉，加散骑常侍、假节都督诸军事于渑池。光熙元年（306年），司马越等击败司马颙，迎惠帝还洛阳，及后周馥就改任平东将军、都督扬州诸军事，并进镇东将军代刘准出驻寿春，以讨陈敏。永嘉元年（307年）