噶厦监禁等事件，使羊日岗寺遭到发展困难。火猴年，法王仁增曲扎在哲蚌寺朝见五世达赖时，向达赖和第司索南绕登请求重组羊日岗及任命堪布等事，并称自己一旦圆寂，羊日岗便面临解散。五世达赖和第司都答应解决，但拖了一年多才有结果。1658年（藏历第11绕迥土狗年），噶厦派藏·索布娃将两个流动的室外法会合并成一个，并且任命大法营的杰赛上师、小法营的杰日上师为旁坐，襄索仁青为上师，温为管家，此外还任命了其他大小职位。此后，法王仁增曲扎将卓龙谿卡与领地献给羊日岗寺，又撰写《羊日岗聚众大海清规·解脱指南》。羊日岗寺从此才得以建