管在那不勒斯获得成功，卡拉瓦乔还是仅仅在几个月后就离开前往马耳他——马耳他骑士团的总部所在地，估计他希望得到骑士团首领阿罗夫·德·维格纳科特的庇护，使他杀死托马索尼的罪行得到赦免。德·维格纳科特非常喜欢这个着名的艺术家，让他当骑士团的官方画家，还吸纳他当骑士。早期的传记作家贝洛里记载说卡拉瓦乔对自己获得的成功很高兴。在马耳他时期，他的主要作品包括巨幅的《被斩首的圣施洗者约翰》（他惟一签名的作品）和《阿罗夫·德·维格纳科特及侍从的画像》以及其他骑士团首领的画像。尽管如此，1608年8月末他还是被捕入狱。很久以