庙位于寺院建筑中轴线西侧，坐北朝南，分为经堂与佛殿。乃琼庙是为白哈尔建的庙。白哈尔是西藏确立时间较晚的外来保护神，早期白哈尔在北木雅的神院，在巴达霍尔充当霍尔部落的保护神。后来白哈尔从巴达霍尔来到卫藏的桑耶寺，五世达赖时期（1617年－1682年）移至哲蚌寺附近的乃琼寺。“白哈尔”一名是其担任桑耶寺的护法神后才开始使用。白哈尔在西藏被尊奉为等级很高的护法神，仅见于桑耶寺、哲蚌寺等大寺院中。在内蒙古地区，白哈尔除了在大召作为主要护法神供奉在乃琼庙以外，在邻近大召的席力图召也曾建有乃琼庙，位于该寺的长寿塔后面，