1480年设立后，卡斯提亚的审问院提出的上诉只能到达议会。在卡斯提亚与亚拉冈合併成西班牙，再于1492年征服格拉纳达以后，审问院被女王伊莎贝拉一世一分为二，瓦拉多利德审问院仅受理太加斯河以北的案子，而太加斯河以南的案子则交给雷阿尔城皇家审问院受理，雷阿尔城的皇家审问院在1505年迁移至格拉纳达。
东西印度的审问院.卡斯提亚王国最初为了让殖民地、居民以及征服者可以受到王权的统治，而将审问院引进美洲。到了1520年代，美洲的大片土地接连沦为西班牙殖民地，原先审问院制度就显得无法有效