他历任广州军政府司法部次长、内政部次长、代理内政部长等职务。1922年9月，他任中国国民党改进案起草委员会委员，后任中国国民党中央参议。1923年4月起，他任广州大元帅府大理院院长兼管司法行政事务。孙中山在北京逝世后，吕志伊淡出政坛，1928年起一直任国民政府立法委员。1940年，吕志伊在昆明病逝，享年60岁。