于乘客人数相对稀少以及搭配台铁柴油客车停驶之政策，大约在1970年至1971年时三埤车站遭到裁撤，不过废站后部份月台仍然被保存下来。
使用.三埤车站营运时为不派遣铁路车站员工驻守以及协助办理行车业务的招唿站，并且仅供汽油客车和柴联车停靠。三埤车站本身是一个地面车站，而主要结构为两座分别位于平交道两侧的侧式月台，到了今日尽管遭到裁撤后仍然能够分辨水泥砖造的月台遗迹。另外三埤车站的月台还设计成位于平交道两侧，其中海侧月台位于平交道北方、而山侧月台则位于平交道南方。