全部队在该国南部对骚乱分子格杀勿论的权利引发了人权观察组织的批评。对骚乱分子格杀勿论的命令导致了安全部队对很多乌兹别克人无差别的杀戮。很多消息渠道怀疑该国的安全部队参与了暴力冲突。2011年3月3日，在一篇题为“吉尔吉斯斯坦军队参与种族杀戮”的文章中，美联社指出一项国际社会针对这次种族冲突起因的调查行动得出结论：在骚乱中，该国安全部队将武器交给匪徒，这种行为意味着在骚乱中军队也是合谋。人权观察组织还报道一些安全部队牵涉到了针对乌兹别克社区的袭击中：”… 安全部队似乎对不同民族的嫌犯有着不同的回应行动，这