病患者粪便中分离的菌株55989具有高度相似性，与中非菌株相比多了志贺样毒素（Shiga-like toxin）基因，与2001年德国的分离株相比则毒性基因大致吻合，但多了许多抗药性的基因，因此对氨基糖甙、大环内酯、磺胺、头孢菌素、单酰胺菌素、青霉素和链霉素等多种抗生素有抗药性。研究人员据此推测2001年的分离株可能是这次疫情菌株的直接祖先。德国明斯特大学卫生研究所所长黑尔格·卡希于6月10日表示，此型大肠桿菌的原始宿主很有可能就是人类，因为尽管有几种O104型的大肠桿菌以其他动物为宿主，但目前没有证据