天顺元年（1457年）六月，御史张鹏上疏弹劾石亨、曹吉祥。石亨等反诬张鹏等是受耿九畴指使，耿九畴遂被一并下狱。谪江西右布政使，接着，又调四川。次年，礼部缺尚书。明英宗问李贤人选。李贤说：「老成清介，无如九畴。」遂召回耿九畴。后怜悯其老迈，又下令改任南京刑部尚书。天顺四年（1460年）病逝，谥清惠。与轩齐名。