先在台北市政府担任顾问，早上当市政顾问、下午回北农当总经理；但考量与民进党关系紧张，才三天就辞去市政顾问。韩国瑜表示入国民党多年未受到应有的肯定，柯文哲比党重视他。
总座人事风波.2016年6月起，民进党布局北农人事意图打破张荣味势力，本来计画时任民进党秘书处主任蒋玉麟当总经理，换下张荣味阵营的韩国瑜，让韩国瑜在9月19日自行请辞，接着28日董事会通过总经理新人事案，韩国瑜10月起转任台北市政府有给职市政顾问。外界以为韩国瑜没如期请辞时，韩已于中秋节（9月15日）将辞呈交给市长柯文