依传统礼制，书院祭祀孔子是逾矩。〈新建鹿港文开书院记〉中，邓传安说明文开书院主祀朱熹的原因是为闽中大儒，又写台湾在康熙二十二年（1683年）才始入版图，无本国固有的文化与学术，所以更要仰重寓贤，遂祭祀包沈光文、徐孚远、卢若腾、王忠孝、沈佺期、辜朝荐、郭贞一、及蓝鼎元这八位包含明郑遗老的贤人。祭祀明郑遗老的作法受汉宝德等学者称赞有前卫性。
争取保存.1899年时日本军人在此书院前留影，收录于石川源一郎编着《台湾名所写真帖》，为该建筑保存最早的照片。日人在设立公学校时本想拆毁文武