均水深8米，湖深2至10米。在鲸鱼湖的东段七分之一处有一条长7.5公里、宽约200米的自然砂砾堤，沙堤高出湖面2～4米，联接南北湖岸，将湖水自然地分隔成东西两部分，中间有缺口，两侧之水可以互通。东半部有冰川融水补给，湖水为淡水，湖水中多浮游生物，夏季有棕头鸥和赤麻鸭等飞禽栖息；西半部分无淡水补给，湖水为咸水。湖区高寒缺氧，年平均降水200～300毫米，年平均气温0℃以下。 鲸鱼湖是由卫星影像和实地调查后发现的，因形状酷似一条头朝东的鲸鱼，故得名鲸鱼湖。