代对上海霍乱弧菌进行过研究，用大量实验数据驳斥外国家者关于上海是霍乱弧菌发源地的谬论。指出上海流行霍乱是由国外传入的，建议严格海港检疫工作。1958年，上海第二医学院附属瑞金医院在治疗因缘脓桿菌感染的危急灼伤病人时，根据余㵑建议，找到并培养出该菌「噬菌体」，挽救了病人生命。为防治儿童麻疹，余㵑领导上海第二医学院微生物学教研室，与上海生物制品研究所合作，研制成麻疹减毒活疫苗，为麻疹患儿带来了福音。在其倡导下，上海第二医学院成立全国第一个免疫研究室，积极开展工作。研究中提出用「转移因子」提高人体细胞免疫