上，其实是东北本线的一站），也有属于湘南新宿线系统的列车通过。车站的名称起源于车站东口一带的自治医科大学，虽然在车站启用之前也曾存在过「新小金井」与「药师寺」等建议的站名，但最后还是决定以自治医大作为实际上的站名。
车站构造.岛式月台1面2线的跨站式站房。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）
使用情况.根据JR东日本，2019年（令和元年）度1日平均上车人次为3,520人<ref group="利用客数" name="pa