天皇开始他的统治时代，伏见天皇负责院政的运作。但是三年之后（1301年），大觉寺统再度崛起，迫使后伏见天皇退位，由后宇多天皇第一皇子邦治亲王继承，成为后二条天皇。1308年时，伏见天皇与幕府成功合作，伏见天皇第四皇子花园天皇成功即位。大觉寺统与持明院统其后对立，政府分裂成为南北朝并立时代。在伏见天皇的统治期间，大觉寺统与持明院统势力互相排挤。1313年10月，退位的伏见皇帝削发为僧。权力正式转移到他的儿子后伏见天皇手中。 伏见天皇在1317年去世，但是他的儿子花园天皇没有参加为他举行的哀