原赖通改建其父别院为平等院。当时的文学盛行，源氏物语的宇治十帖也正是诞生于此时期。之后京都贵族势力开始衰退，武家开始介入政治，在源义仲与源赖朝之间曾在此发生宇治川之战。14世纪后，宇治的茶叶开始盛行，宇治茶的名声为当地带动了发展，但在16世纪末丰臣秀吉兴建伏见城时，同时进行的太合堤造成宇治川的水道改变，使得伏见成为水运物流的中心，此后宇治便失去的水运交通的优势。在江户时代宇治川以西沿岸区域为幕府直属领地，其他区域则大多为皇室或皇室相关门迹的领地，1868年幕府结束新政府成立后，隶属新成立的京都裁