郎、主簿、从事等官吏，「阶位相次，分掌诸事」；此外还置「省事」，专门负责「导引」。地方行政方面，高昌国和中原一样，也实行郡县制。随着20世纪新疆出土大量吐鲁番文书，据黄文弼考証，其大城有五，当即五郡，即高昌、田地、交河、蒲昌和天山城。经钱伯泉研究，麴氏高昌有都城一高昌城。郡城3：交河、田地、南平。县城14：横截、永昌、无半、始昌、安乐、安昌、永安、洿林、高宁、宁戎、威神、临川、酒泉、龙泉城。镇戍4：东镇城、笃进、盐城、柳婆城。合计22城。（钱伯泉《高昌国郡县城镇的建置及其地望考实》）王素认为有3府、5郡