12月7日中华门站东侧的雨花路铁路平交道口处，因遭到侵华日军松井石根部队的对雨花台强行攻击的炮火轰炸而损坏。12月9日，中华门站的员工和部分设备等，和江南铁路公司其他人员一道南下芜湖。苏、皖在日军占领期间，日军铁道队修复了全线，并改名南宁线，起点站设于下关车站（经京市铁路）。1945年8月日军投降后。江南铁路重新接管中华门火车站后对站内线路设施作了部分整治并于当月底恢复至孙家埠站的运输1946年1月24日，中华民国总统蒋中正训令交通部拆除中华门站站内客货运设施，以及江南铁路京芜段100公里线路的钢轨