该中心自成立以来，多次参加北京市乃至中华人民共和国重大事件现场救援，其中四川省汶川大地震、青海省玉树地震的救援都获中共中央、中华人民共和国国务院、中央军委颁发“全国抗震救灾英雄集体”称号。
争议事件.2015年11月23日，新浪微博名为“一个有点理想的记者”的网友发文称他于11月9日乘坐中国南方航空CZ6101次航班时突发疾病。机组人员和机场救护人员互相推诿，之后他强忍病痛下了飞机，而999急救中心迟迟不能确诊并一度拒绝转院，延误了救治时间。事件引发了社会关注，后南航与首都机场医