tonectes"的近亲，可能还有"Undorosaurus"。短鳍鱼龙与"Maiaspondylus"也属于这个小型演化支，都属于大眼鱼龙科的扁鳍鱼龙亚科，是大眼鱼龙亚科的姊妹分类单元。
地层分佈.阿戈尔鱼龙的化石发现于德国巴伐利亚的上侏儸纪提通阶地层。牠们的化石被发现于索伦霍芬石灰岩地层，当地也出产一些着名化石如始祖鸟、美颌龙、以及翼手龙属。除了上述化石，近年在法国东南部的德龙省发现一些阿戈尔鱼龙的化石，地质年代属于白垩纪早期的凡蓝今阶，这也是第一批发现于凡蓝今阶的可鑑定鱼