第一次成为全国性政权的都城。
明代.元朝末年，朱元璋建立吴政权，初改集庆路为应天府。原金陵城东的燕雀湖被填平，以建吴王新宫，即明故宫。有说填湖泥土来自城南的三山，故有“移三山，填燕雀”的说法。吴元年（1367年），吴王新宫建成。洪武元年（1368年）八月，建都，曰南京。洪武二年（1369年）九月，在金陵城的基础上建南京城。洪武六年八月，城池建成。与中国城池的传统正方形或矩形平面布局不同，南京城布局为不规则形状。由四重城墙构建出不同的城池区域，由内而外，依次是宫城、皇城、内城和外城。