医学研究院最初的研究包括生物作战，在1969、1970 年时由美国总统尼克森发出总统命令禁止使用生化武器后，专注于生物作战防御，并支援美国陆海空三军相关需求。其现行任务在「保护战斗员免于生物作战威胁并随时准备调查疫病爆发或公共卫生威胁」。2001年美国炭疽攻击事件中，传染病医学研究院为美国境内所有最高防护研究实验室单位之中，首先以基因鑑定方式判断出，攻击者所使用的炭疽热病原孢子，全部属于同一菌株：。这个菌株最早正是由传染病医学研究院开发。后来这个菌株被分给至少十五个美国境内生物研究实验室和六个美国以外的