山死后，继承林家家督之位，参与幕政。1663年，因给将军德川家纲讲解五经，获弘文院学士称号，参与诉讼关系、幕府外交等机密事务。林鵞峰精通日本历史，与父亲林罗山同着《日本王代一览》、《本朝通鑑》（又名《本朝编年录》）、《宽永诸家系图传》等书，还与儿子林凤冈合着《华夷变态》，对近世日本历史学有很大影响。他整编了林家的学塾，为后来的昌平坂学问所奠定基础。死后，其子林凤冈继任大学头之职。