航路北侧的仓储地块内，设置在垂直于港航路北侧的规划路地下，车站主体呈东南至西北向佈置。5号线车站位于2号线车站西侧，与2号线车站设有三条短通道连接，其中一条为付费区通道。本站现时和黄贝岭站一样，同时为2号线（西端）及5号线（西南端）的终点站，但由于5号线两端均规划延长，未来本站及黄贝岭站将只为5号线的中途站。
历史.本站是2号线一期的车站，最初规划没有打算兴建，但由于在蛇口港站连接蛇口西车辆段接轨方式比较困难，一期工程在实际修建时中提前建设赤湾站作终点站，并从赤湾站与蛇口西车辆