入62亿元兴建污水主次干管约217公里，并完成雨水排水干道、支线、明渠总共335.9公里，可承受3小时不超过140公釐的连续性大雨。吴敦义就任后面临高雄县桥头乡西青埔垃圾掩埋场合约将到期，民众相继至市政府抗议争取干净的居住环境不愿再续约。吴市长为解决高雄市垃圾处理问题，一面与市民协调争取兴建垃圾焚化炉时间，一面指示环保局推动高雄中区、南区焚化炉的建设计画；之后中区焚化炉于1998年6月营运，南区焚化炉于1999年5月营运，彻底解决高雄市垃圾掩埋问题；随后更订定「青山计画」，针对原西青埔垃圾掩埋场做整地复育