二战期间、太平洋战争伊始，他出任的参谋长。后来他担任海军作战部长助理，和新武器装备联合委员会（）海军代表。1942年9月，他出任军事政策委员会的海军代表，负责监督曼哈顿计划，并与海军方面协调原子弹工程。1945年，普奈尔以军事政策委员会代表成员的身份赴天宁岛，组织了原子弹轰炸广岛与长崎的准备工作。他于1946年退休，1955年死亡。