里岛重新移居马耳他岛。这一次移民未肯定是因为西西里岛的人口膨胀，还是因为战争。公元909年，马耳他的主权由西西里酋长国移转至北非的法蒂玛王朝。1038年，这些阿拉伯人引进了新的灌溉技术、棉花和一些水果。而来自西西里岛的因此获得岛上居民的採用，最终演化成马耳他语。在岛上的基督徒被允许宗教信仰自由，但他们不得不支付非穆斯林的吉兹亚税，但获豁免的穆斯林则只支付天课。公元1091年，诺曼人的领袖鲁杰罗征服西西里岛及马耳他岛，马耳他重新归回基督教世界管治。当地的基督徒十分欢迎。据称罗杰撕下他的红白色格子旗帜的部分