是各自为政的，彼此拥有自己的军事组织与空中武力。两者之间亦长期存在军种对立的情形。大体来说，日本的军事组织可分为军队（如陆军的军、师团，海军的镇守府、舰队等）、官衙（如陆军省与海军省）、学校、特务机关等四大类型。在政治关系中，陆军的影响力较大，特别是在东条英机成为首相后，好战的陆军也造成了后来二战的爆发。※备註：粗体者为战时特殊编制。
战争罪行.从中日甲午战争到第二次世界大战，日本军曾经在其亚洲占领地区（如中国、朝鲜半岛）犯下包括强奸、抢劫等战争罪行，如下：