哲学自然主义的观念和想法可以追溯到公元前4世纪爱奥尼亚的前苏格拉底哲学。其中一个是有「科学之父」美名的泰勒斯，他以经验观察及理性思维去解释世界而非流行的希腊神话故事。这些具创建性的哲学家的实观方法为自然主义提供了坚实的基础。在启蒙时期，包括培根和伏尔泰在内的哲学家，为把超自然从对自然界的探索中排除，提供了哲学思辩轮廓。后来的科学革命中，将科学研究中的神学包袱彻底清除，这个运动在现代生物学和地质学的发展过程中达到顶峰，拒绝任何来自广泛社会的宗教对科学的字面解释。“方法自然主义”一词最近才出现。198