），或被调节T细胞将它从免疫系统中的作用中移除。当这些自我反应的机制中的任何一种失效的时候，在免疫系统中的自我反应细胞库中仍可找到细胞来发挥功能。当T细胞发展成为成熟的免疫细胞时，在胸腺内有逆向选择机制，来防止自我反应性T细胞的形成。某些感染，例如空肠弯曲菌，具有与我们自己的自我分子相似（但不相同）的抗原。在这种情况下，对"空肠弯曲菌"的正常免疫反应会导致产生抗体，这些抗体也会与神经轴突周围的髓鞘神经节苷脂（即格林－巴利综合征）发生较小程度的反应。对自体免疫性疾病的病理生理学的重要理解，是利用全基因组关联