肿头龙的模式种是红土崖微肿头龙（"M. hongtuyanensis"），是由董枝明在1978年根据下颌及头颅骨的碎片（编号IVPP V.5542）来描述及命名的，并归类于厚头龙下目。在2000年，保罗·塞里诺（Paul Sereno）因微肿头龙只有碎片化石，而认为牠是疑名。但于2004年，Teresa Maryanska等人则认为微肿头龙是一个有效的属。在2006年，罗伯特·苏利文（Robert Sullivan）的厚头龙科研究中，质疑微肿头龙的归类。在2008年，赵喜进与R.J. Butler对于微