合，探针是与被研究的序列相互补的，接下来互补链相互杂交以形成双链RNA（或DNA-RNA杂交分子）。此混合物接下来接触核糖核酸酶，这种酶特异性地切割仅为"单"链的RNA，但对双链RNA来说没有作用。当反应进行完全时，易受影响的RNA区域被降解为非常短的低聚物或单个核苷酸；存留下来的RNA片段是与之前所加进的反义链相互补的RNA，因此包含目的序列。
探针.The probes are prepared by cloning part of the gene of interest i