–0击败阿达勒邦的亚协盃分组赛，完半场前单刀扭过对方门将终于取得加盟后的首个入球，亦创出香港球队首次在亚协盃分组赛赛全胜的纪录，同时成为当届32支亚协盃参赛球队中唯一于分组赛全胜。2015年8月，南华公布原本为10号的林学曦将转为90号，而新10号则留给巴西外援卡路士。2015年12月6日，林学曦于南华以1–2不敌杰志的联赛盃A组取得当季的首个入球。林学曦在2016/17球季共有4场正选及9场后备，没有取得入球，其中他在2016年9月25日以2–1击败和富大埔的联赛在89分钟面对空门射斜，广受球迷批评。