车时所出现的短贵长平问题，即每次对红磡往南昌及美孚加价，尖东/尖沙咀往南昌及美孚就不加价，直至红磡收费不低于尖东收费为止。
最受质疑的地方.是次加价最受质疑的地方是约100个车程组合出现用八达通付款比买单程票更贵的问题，有部份立法会议员指出这样的做法违反鼓励市民使用电子货币的原意，也有立法会议员指出要乘客自行格价，逼他们转买单程票。另外，港铁在2009年录得96亿元利润的情况下仍要加价，及一直收取乘客每程一角的加装月台幕门费用但工程却一拖再拖，也成为了加价被各界人士抨击的原因。