1940年，水磨沟到苇湖梁一代有41盘水磨，日产面粉超过61,000斤。1941年，毛泽民在此修养，协助当地磨户改善经营、提高产量。不过水磨沟也面临着时代变迁所带来的改变，盛世才治疆时期，曾在此修建兵营。面对战乱和时局动荡，水磨沟逐渐遭到破坏和创伤。新疆和平解放之初，历史上的水磨沟亭台已是面目全非。1952年，乌鲁木齐面粉厂建立，水磨沟的水磨逐步退出历史舞台，但水磨沟的称唿沿用至今。1984年，在水磨沟公园内重建了萧曹亭。1988年，开始在水磨沟公园兴建清泉寺。1997年，水塔山上的白塔建造完成，这一年