十三世纪也发挥了开拓性的作用，将森林、荒原和沼泽地变成了农田。在十五世纪，有一个大型的建造计划，创建了修道院图书馆，并美化修道院教堂。圣伯多禄修道院的第一次衰落开始于根特起义（1539年）之后，到1560年代，低地国家陷入宗教危机，1566年发生圣像破坏运动，修道院教堂被毁，图书馆被洗劫一空，其他建筑严重受损。1578年，院长和修士被迫逃往杜埃。修道院的建筑物在公开拍卖中出售，部分拆除，材料用来建造城墙。修道院终于在1584年回到教会的手中，后来重建，有一个新的修道院教堂，开始于1629年，巴洛克风格。