玉山神学院是一所在台湾花莲县的神学院，简称玉神，隶属台湾基督长老教会。以台湾原住民族学生为主要教育对象，培育原住民族教会传道人之学术机构。
与芥菜种会关联.早期玉山神学院与基督教芥菜种会关系密切。1958年，芥菜种会创办人孙理莲(孙雅各之妻)在花莲为原住民设立义工学校，提供农牧、木工、剪发、圣经教育等训练，许多对神学有热诚的原住民，在义工学校毕业后进入玉山神学院就读。这也使得台湾长老教会早期的原住民传道或牧师，将近有一半是芥菜种会义工学校的毕业生。同时芥菜种会也长期补助玉山神学院