历持统、文武、元明三代，708年（和铜元年）元明天皇下令迁都，710年（和铜3年）迁都平城京，藤原京作为都城的地位因此结束。按《扶桑略记》的记载，藤原宫于迁都翌年烧毁。
名称.「藤原京」乃近代所使用的学术用语，《日本书纪》将藤原京称为「新益京」；而皇宫宫则称为「藤原宫」。
规模・京域.藤原京位于今橿原市大和三山（耳成山、亩傍山、天香久山）所包围的区域，在发掘出都城东西两侧的界线后，藤原京的规模被认为是5.3公里见方、面积至少25平方公里以上的城市，由纵横整