站建设了多条支线线路通往邻近的笋岗、清水河物流园区货物仓库以便装卸货物，但由于铁路货物运量的减少，加上相关货仓陆续被重建成商住项目，这些支线已极少被利用并被拆除。在当时，深圳北站也是香港与中国大陆之间铁路货物运输的中转站，过去每天也有数趟货物列车来往香港和深圳在站，由于中港两地之间的铁路货运量从1990年代末开始持续减少，港铁于2010年决定停止办理货运业务。而在深圳北站内也设有笋岗出入境边防检查站，为进港的“三趟快车”进行边检、活畜防疫等工作。由于广深港客运专线、厦深铁路的兴建，深圳将相继出现新深