49年12月转往有许多台湾人的日本发展台独运动。第二次国共内战后，大量难民从大陆逃到香港。1949年，中华民国政府迁台，两岸分治。退守台湾的中华民国政府仍将中国籍香港居民视为中华民国国民。1950年4月4日，在台湾成立「中国大陆灾胞救济总会」（今中华救助总会）救济难胞。1952年，台湾独立运动先驱之一的廖文奎在香港逝世。1956年，亲中华民国政府及国民党的香港人士发动双十暴动。1957年，总统蒋介石试图邀请香港总督葛量洪来台访问，未果。1983年，英国政府与中华人民共和国政府进行香港主权问题谈判