于新石器时代晚期的史前文化。这时期的台北除了圆山文化外，尚存在另一个重叠的史前人类活动纪录，那就是芝山岩遗址。与该遗址同名的芝山岩文化，存在于距今约3,600年至3,000年前间，已有木制器具、绳索、稻谷与植物种子等人类活动纪录，也有充当农具的石器、陶器和骨角器。比较特殊的是，该遗址还出现罕见的掘棍与装饰品。
植物园文化与十三行文化（前1000年－1000年）.距今约3,000年至2,000年前，现今植物园及建国中学一带出现了植物园文化。这些地区的住民，可能由圆山文化时期演进而