在教学期间，曾任崇基学院哲学及宗教组主任 (1969-1973)、崇基学院哲学及宗教学系系主任 (1973-1974，1975-1976) 、崇基学院通识教育主任(1977-1990) 、崇基学院文学院院长(1969-1971，1976-1977)、香港中文大学文学院院长(1986-1989)和崇基学院院长(1990-1994)等职，1995年9月荣休，退休以后，还担任兼任讲师职务，直至1996年7月。在通识教育方面，沈宣仁在崇基学院既有的基础上，制定「综合基本课程」的教育目标和课程内容，编写如《大学教