检测香港禽类的血液样品、笼具拭子、粪便样品，发现该病毒仍时常出现。1999年至2001年间，鸭与鹅中检测到H5N1病毒的机率上升。香港科学家管轶的研究小组发现，病毒在2000年后期从其他水禽的流感病毒中，获得了新的基因。2001年5月，大韩民国在从中国大陆进口的鸭肉中分离到H5N1病毒。2002年，在香港发现有野鸟死于H5N1病毒，这是在亚洲野鸟中首次报告因H5N1引起死亡。2003年1月，香港九龙公园的水禽火烈鸟（flamingo）死于H5N1病毒。2003年5月，日本在进口的鸭肉中也检测到H5N1病