两国军队并不直接听令于盟军东南亚总司令指挥，而是统一由史迪威调度，直接向最高统帅会报。基本上东南亚战区总司令能调度的只有在缅甸战场上的英军。空军方面则是由理查德·佩尔希指挥，主要组成是英国皇家空军第三联队与美国空军第十联队的联合部队，为了避免多头马车，蒙巴顿将军下令合併两个空军部队到东方空军司令部。而位于中国与印度的美军也不受到东南亚战区总司令指挥。海军方面就教为简单，因为当时东南亚地区主要的盟军海军力量是英国皇家海军。1944年史迪威被召回华府后，东南亚战区的陆军指挥系统才逐渐明朗。主要集中在三个人：