一千多位教授涉案，有700位教授及研究人员遭约谈、起诉，被称为大专院校教授涉挪用国科会补助款弊案。2011年5月，立法院通过会计法修正案，将政府首长特别费事件中以假发票报帐的行为除罪化，但没有涵盖民意代表及大学教授。2013年5月，立法院再度通过会计法修正案，将民意代表以假发票报帐行为除罪化，并溯及既往。此修正案随即引发争议，被质疑是颜清标条款。马英九总统召开记者会道歉，责成行政院进行覆议，立法院召开临时会，同意覆议，修法退回原点。