上海县城，晏玛太坚守邻近战区的教堂，又曾戏剧性地营救驻扎上海的清朝最高官员——苏松太兵备道吴健彰，帮助其从城墙上逃脱。因此在1855年清朝恢复对上海的统治时，帮助他修复了教堂。1860年美国南北战争爆发后，教会经济来源断绝，晏玛太被迫在工部局及美国领事馆任翻译，1866年－1867年任公董局董事，1868－1869年任工部局董事，且一度任美国驻沪副领事，会审公廨陪审官，同时经营房地产买卖。使得浸信会在上海得以维持，并逐步扩展到江苏省一些地方。1888年3月17日，晏玛太在上海病逝，享年69岁。美