11月时在安徽霍山兵败自杀，大军瓦解，只有赖文光部大致完整。赖文光与捻军领袖、梁王张宗禹合作，把太平军和捻军合编，并被推为捻军新首领，与张宗禹、任化邦、牛宏升、范汝增等坚持对清斗争。1865年5月，捻军在山东高楼寨之战歼灭清军精锐的科尔沁王僧格林沁部，战役过程从同治四年正月初二日诱僧格林沁跟追，东走叶县，新郑、尉氏，日夜急走，前后长达五个月。1866年10月，赖文光在河南与张宗禹分领东、西捻军作战。1867年1月，东捻军在湖北击败湘军郭松林部，随后破淮军张树珊部，2月在尹隆河战役