穆廷栻在山东迎驾，获赐御书、典籍等。康熙四十六年（1707年）圣祖南巡，再次召见，赐御书。康熙五十一年（1712年），赐《平定朔漠方略》。次年，圣祖命廷栻总管水师营战船，运输江南仓米十万石，贮藏于广东、福建，以备赈济。康熙五十三年（1714年），擢江南提督。十二月陛见，赐戴孔雀翎。康熙五十四年（1715年）二月，调任福建陆路提督。康熙六十年（1721年），台湾朱一贵反清起事，穆廷栻督兵在厦门驻扎策应。因劳累卒于任内。遗疏入朝，圣祖痛惜，追赠其左都督，按例赐祭葬，谥清恪。