干隆四十六年（1781年），甘肃冒赈案发，布政使王亶望和王廷赞被处死，并波及已去世的于敏中，干隆帝为竖明君形象，推罪认为“设非于敏中为之主持，勒尔谨岂敢遽行奏请”，于敏中的牌位终被撤出贤良祠。晚年于敏中纂修《四库全书》，干隆五十二年（1787年）爆发江南文汇、文宗、文澜三阁《四库全书》「舛谬丛生，应删不删，且空白未填者竟至连篇累页」，本当治以重罪，「因业已身故，不加追究」。
着作.于敏中书法风格近于董其昌，奉旨敕书《华严经》宝塔。着有《素余堂集》、《临池纪略》等。奉敕纂辑《国朝