此《独立新闻》开始批评政府官员的腐败和俄国的不正当干预。1897年12月，《独立新闻》因为评判亲俄保守派而面临停刊的危险。1898年，《独立新闻》公布一些俄国和日本企图要求朝鲜政府特许权的秘密文件。这使得一些外国使节向朝鲜高宗施压要求对《独立新闻》实行审查制度。外国利益集团认为活跃的媒体可能会煽动民众阻止外国列强在朝鲜半岛获得特许权。最终，徐载弼被驱逐。《独立新闻》转由尹致昊管理。第三阶段是从1989年5月尹致昊出任《独立新闻》主编到1898年12月独立协会被解散。这一时期的《独立新闻》在启迪国民的同时