萧衍派兵包围萧纶府邸，逮捕戴子高，萧纶免官为庶人。不久恢复封爵。大同元年（535年），为侍中、云麾将军。六年（540年），出为使持节、都督郢定霍司四州诸军事、平西将军、郢州刺史，转任安前将军、丹阳尹。中大同元年（546年），出任镇东将军、南徐州刺史。太清二年（548年），进位中卫将军、开府仪同三司。侯景之乱起，加萧纶征讨大都督，率众讨侯景。出战之前，萧衍说要避免短期决战，要有长期作战的准备。萧纶到钟离时，侯景在采石渡江。萧纶昼夜兼行南下。率3万兵出京口，听从将军赵伯超进言，从小道直指钟山，出其不意撃败侯