内将划设部分陆域与泊地，作为「客货运专用区」，先行试航，中长期规划南侧以BOT方式辟建观光科技港，成为竹科专用港及台中港辅助港；自新竹搭船到福建省平潭县约需一小时半。新竹市长和宫湄洲妈祖来台270年，于2014年4月11日首度以宗教名义搭船回到湄洲。新竹市政府于22日在新竹渔港提出「我要新竹商港」，以盼中央支持建设新竹商港政策，促使新竹能直接与中国大陆通航，成为两岸最具经济效益的往来航线。 然而，交通部长叶匡时日前表示先以客货两用专区进行规画，暂不考虑打造新竹商港。
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