江南地区的明朝宗室建立南明政权。此时清兵入关，击退李自成，入主中原，更意在统一中国。1645年，南明安宗弘光政权（福王）瓦解，不久之后郑芝龙家族，在福建拥立南明绍宗隆武帝（唐王）与清朝抗争。郑芝龙降清后，其子郑成功高举「反清复明」大旗，继续抗清，后因北伐失利，退守东南沿海地区。随着清军的不断围剿，郑成功的势力范围也逐步缩小，为了寻找反清复明的基地，1661年郑成功东征，佔领荷属台湾。明郑为台湾历史上第一个汉人（闽南民系）政权，郑成功登陆台湾后将该地改名为「东都」，仿照大陆的郡县制，将赤崁地方更名“东