有90%的感染性小肠炎是因为四种病原体：诺罗病毒、轮状病毒、曲状桿菌、沙门氏菌。其他常见原因包括细菌，例如志贺氏菌、大肠桿菌，以及病毒，例如腺病毒、星状病毒、杯状病毒。其他较不常见的病原体包括蜡样芽孢桿菌、产气荚膜梭菌、艰难梭菌、金黄色葡萄球菌。空肠弯曲菌是2岁以下腹泻病童最常见的病原体，与食用受污染的水和食物有关，最常见的是家禽和牛奶。开发中国家的人因为经常接触环境中的抗原，能早期产生抗体，因此病情较轻微。轮状病毒每年造成1.4亿人感染，并造成100万人死亡，其中多数是5岁以下的儿童。这使其成为世