关节炎、 和炎症性肠炎（如克罗恩病和溃疡性结肠炎）。有研究显示巯嘌呤在体外具有抗副结核分枝杆菌（"Mycobacterium paratuberculosis"）的活性。
作用机理.巯嘌呤是一种嘌呤类似物，属于嘌呤拮抗剂类抗代谢物。 它能够抑制酰胺转移酶，从而干扰嘌呤核苷酸合成；能够抑制次黄嘌呤核苷酸转为腺嘌呤核苷酸及次黄嘌呤核苷酸转为黄嘌呤核苷酸、鸟嘌呤核苷酸的过程；还能够抑制烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）的合成及引起脱氧腺苷三磷酸（dATP）和脱氧鸟苷三磷酸（dGTP）水