95年），净慧寺曾一度被归併于西禅寺，六祖铜像随后也被迁往西禅寺。永乐九年（1411年），净慧寺重修，僧人将苏东坡遗墨「六榕」二字，刻造一木匾悬挂于寺门之上，自此净慧寺又称六榕寺，舍利塔称六榕塔。此后经明正统、嘉靖、万历、天启及清干隆年间均有重修。清咸丰六年（1856年），因台风侵袭致塔顶堕地。同治十三年（1874年），清政府从海防经费中拨出巨款进行修缮。光绪元年（1875年），继咸同年间修建殿宇之后，重修千佛塔并已竣工，并撰《重修六榕寺佛塔记》。光绪二十六年（1900年），清政府诏封六榕寺住持铁禅为广