天正18年（1590年）、家康转封到关东时，也受封1000石的领地。庆长5年（1600年）关原之战中，担任家康的使番（传令、巡视）一职随军作战。庆长8年（1603年）、直次也参加了家康被天皇任命为征夷大将军的仪式。庆长10年（1605年）1月、受封武藏国2300石的领地，并和本多正纯、成濑正成等家康亲信共同执掌幕府初期的政务。庆长15年（1610年）、家康任命直次为德川赖宣的家老（御附家老）；之后直次还是参与幕政，并担任远江国横须贺藩主‧大须贺忠次的监护人。从庆长19年（1614年）开始的大坂之战，