作业，随资讯科技发展，于1980年代起逐步导入电子化、自动化系统，至1989年起与国立交通大学合作，使两馆图书证得以直接互通，2003年起再以台湾联合大学系统为基础，扩大校际合作范围至国立阳明大学、国立中央大学等校。期间，该馆组织亦多有变革。在校长刘炯朗指示下，2000年起，国立清华大学图书馆再次启动新馆的筹建工作，并于2013年正式迁入学习资源中心，以其为新总馆之所在。
组织.国立清华大学图书馆为国立清华大学所属一级单位，置馆长、副馆长各一人，并设有採编组、资讯系统组、典阅组