重灾区，卫生部部长张文康及北京市市长孟学农被撤。4月23日，吴仪兼任新成立的国务院防治非典型肺炎指挥部总指挥。4月26日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第三号《中华人民共和国主席令》，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会常务委员会第二次会议，免去张文康的卫生部部长职务；任命吴仪兼任卫生部部长，她随后具体指挥领导全国的防疫工作。她重用敢于进言的钟南山院士，整合北京医疗力量、加速成立小汤山医院；卫生部开始每天公布感染和疑似病例；国务院加紧修订《传染病防治法》，民众很快从恐慌中恢复过来、非典也逐渐得到遏制。