逃亡中的义藤将自己的名字改为义辉。永禄元年（1558年）5月，在六角义贤（即六角承祯，定赖之子）的支援下，同细川晴元一起迁往坂本，在这里可以窥见京都。翌月在如意岳佈阵同三好长逸等作战。由于受到六角义贤的支援，足利军最早处于优势；但后来三好长庆派弟弟三好义贤反攻，战局逆转。11月，在六角义贤的中介下，足利义辉与三好长庆达成和解，永禄5年回到京都，再开幕政。同年12月28日，迎娶伯父近卫稙家的女儿为正室。三好长庆在幕府中权倾一时，担任御相伴众一职并被推荐为修理大夫，同时将三好氏的家臣安插担任幕府的各个要职。