山区以苏门答腊、西爪哇、加里曼丹、苏拉威西、巴布亚西部为最高；湿度一般而言相当高，平均约80%；年温差小，雅加达日均温介于26至30℃。
生态.印度尼西亚地处热带，加上面积、群岛地形因素，而得以支持世界第二高的生物多样性，仅次于巴西，动植物混和了亚洲及澳大拉西亚品种。巽他陆棚上的岛屿（苏门答腊、爪哇、婆罗洲和巴厘岛）曾与亚洲大陆相连，而有许多亚洲动物相，如虎、犀牛、猩猩、亚洲象及豹等，曾大量栖息于东至巴厘岛的区域，但现今数量及栖息地已大幅减少。森林覆盖率约60％。在苏门答腊及加里曼