坐下诏狱。五千民众上疏求情，调任陕西府谷县知县。
成化朝.明宪宗继位，升任葭州知州、秦州知州。母丧丁忧，州人乞留。除服，还任故职。再升巩昌府知府，改西安府知府，升陕西右参政。成化十三年（1476年），升任都察院右佥都御史，巡抚山西，奏镇国将军朱奇涧等罪，被诬陷下狱，之后调查无罪，而当时内官尚亨籍纮家，至发现敝衣数件。宪宗得知后感叹，赐钞万贯表彰，并夺奇涧等三人爵。改为河南巡抚，再调宣府巡抚。蒙古小王子达延汗率领数万骑兵骚扰大同，并长驱直入顺圣川，掠夺宣府境内。秦纮与总兵官周玉阻