在写入目的硬碟时，亦要确原来的作业系统被完全覆写。为简化这些步骤，大多数硬碟克隆程式都会在一个与电脑宿主的原来作业系统不同的环境里运作。举例说，早期的硬盘克隆程式（例如：旧版的Norton Ghost）都在PC-DOS或DR-DOS环境里执行，而随着Linux的盛行，不少较新的克隆程式都以Linux LiveCD的形式在网上发布。电脑系统打从一开始就以一个与作业系统不同的环境运作，有助克隆的过程顺利执行；但亦有部份程式（例如：Acronis TrueImage）选择依旧在原作业系统上执行，不过会安排在所