孙鑨的父亲孙升（南京礼部尚书）；母亲韩氏，继母杨文俪，祖父孙燧（礼部尚书），子孙如法。同母弟孙铤（礼部尚书）；异母弟孙錝（太仆寺卿）、孙鑛（兵部尚书）及孙镶、异母妹孙镮。
经历."参见《明史》"嘉靖三十五年成二甲进士，授武库主事。任武选郎中的时候，当时的尚书杨博很器重孙鑨。明世宗好仙道之术，斋居深宫长达二十年，官员进谏即获罪，孙鑨仍竭力指出宠幸方士术士之害。孙鑨之言少有人听，于是他只好告病回乡。隆庆元年，起用任南京文选郎中。万历初年，累迁光禄卿。后告病还乡，一住十年，居于