，刘裕在京口袭杀桓脩，正式举兵，孟昶亦杀了桓弘，自广陵领部众与刘裕会合；虽然原计划在建康及历阳举事的同谋失败了，但刘裕还是带着这支才一千七百人的部队向建康进攻。桓玄派了顿丘太守吴甫之及右衞将军皇甫敷镇压刘裕，但遭刘裕击败，二将战死。刘裕逼近建康，征讨都督桓谦统兵防御，但他统领的守军很多都是以前的北府士兵，见到刘裕都亳无斗志，反倒刘裕与众将奋力进攻，乘风纵火，守军在惊惧之下遂溃败。刘裕攻陷建康之际，桓玄率领其政权逃离建康，西上江州治所寻阳；刘裕就在建康与是桓楚司徒的昔日恩人——琅邪王氏的王谧建立行台，互相推举