之后在摄津国富田与进行「中国大撤退」后的羽柴秀吉军合流并参与山崎之战，击破仇敌明智光秀。后来举行清洲会议，羽柴秀吉却无视于信孝的存在，迳自决定织田氏的继承人为信孝的姪子三法师，并以信孝辅佐三法师，将信忠领地美浓国让给他。之后，信孝与织田氏宿老地位的柴田胜家与泷川一益结合，同年十二月，对拥立三法师的秀吉起兵。但是秀吉也迅速对他们展开行动，使他们发兵失败，只好投降，不但交出人质，也将三法师让给秀吉。第二年1583年，发生贱岳之战，信孝再度起兵。但是同年四月，他的居城岐阜城被包围，他所仰赖的柴田胜家也在北