文盛推举黎维褞为盟主，反抗阮朝。廷臣再次以阮知方深谙行阵为由，举荐他担任西北总统军务大臣，前往平定叛乱。阮知方到任后，平定了北宁省叛乱。次年，阮知方升署协办大学士。随后，阮知方收复了太原省，抓获了叛乱首领。不久阮知方又改任总统海安军务大臣，讨伐据守海阳和广安的残余叛军。嗣德十八年（1865年），阮知方遣阮文伟击退侵犯海阳的叛军。不久又联合清军，收复被叛军佔领的海宁。嗣德十九年（1866年），是年大计，阮知方升授武显殿大学士。同年十月，因为平定叛军的功劳，阮知方和另一位平叛功臣武仲平被召回顺化。嗣德二十一