此后内战扩大到东北地方。政府军先后平定了彰义队、奥羽越列藩同盟、虾夷共和国等旧幕府残余势力。
东北列藩的抵抗.8月的会津战役是戊辰战争中的一场关键战役。政府军3000人迂回突袭会津藩的若松城，战斗历经1个多月；9月22日，松平容保率会津藩开城投降。会津藩战死3000人。战后会津藩被迁移到斗南藩（今青森县）。
箱馆战役.12月15日，原幕府海军奉行榎本武扬在北海道成立虾夷共和国政权，与明治政府军交战。之后旧幕府军战败，土方岁三战死。明治二年5月17日（阳