，驻防山海关。马关条约签订后，王士珍随新任直隶提督聂士成移驻芦台。1895年（光绪21年）12月，袁世凯开始在天津开始小站练兵。王士珍任督操营务处会办兼讲武堂总教习，并兼任工程営管帯、工兵德文堂监督。王士珍指导训练的能力强，受到袁的信任。袁世凯任山东巡抚后，王士珍参谋全省军务。他还曾赴日本考察军事训练。1900年（光绪26年）王士珍参与镇压义和团之乱。同年，山东省内的黄河决口，他率工兵队筑垻，减轻了灾情。1902年（光绪28年）春，北洋军政司始设于保定，王士珍任总参议。北洋常备军编成，王士珍任左