量子神秘主义最早诞生于1920年代将量子力学应用于人类的意识的探索的过程中，当时一些有名的量子物理学家（如埃尔温·薛定谔），也倾向支持量子神秘主义。但是也有很多量子物理领域同样有名的物理学家，如阿尔伯特·爱因斯坦和马克斯·普朗克，反对量子神秘主义。而尼尔斯·玻尔拒绝承认爱因斯坦等人的指控，认为他们误将用量子力学解释人类的意识的行为归咎为神秘主义。这场争论直到薛定谔在1958年的演讲被认为“标志着量子神秘主义争议在那个时代的落幕”才有初步共识。今天的大多数科学家相信科学实在论，不再认为量子力学可以解释意识。