西班牙国脚佳高查及沙连拿斯以及玻利维亚国脚巴尔迪维索，加入城彰二、松田直树及中村俊辅三位有潜质的年青球慢慢崛起成为主力，最终联赛取得殿军。
横滨飞翼合併（1999年－2002年）.1999年对横滨水手来说是特别的一年，同市球队横滨飞翼由于有球队投资者撤走资金，球队最大的赞助商全日本空输与日产汽车商讨横滨飞翼与横滨水手合併，新球队继续以横滨水手名义参赛，球会官方名称由原本「Yokohama Marinos」（）改为「Yokohama F. Marinos」（），F代表了横滨飞翼的名称