育制度尚不完善，于是他同时在毕业于福井藩校的野坂源三郎老师的私塾学习汉学与练字、算盘。此后，藤野严九郎又到三国町的龙翔小学（现三国南小学）学习。小学毕业后，藤野严九郎到福井县寻常中学学习。二年级一结束，1892年他就进入名古屋的爱知县立医学校（今名古屋大学医学部）。1896年毕业后，留在该校解剖教研室，从助手一直升至助教谕。1897年辞职，考取医师执照，并到东京帝国大学医学部进修一年。在此他结识了敷波重次郎（后改名为敷波重治郎），敷波重次郎也是1897年辞去自己的助教职务，来东京帝国大学医学部同一个解剖