住在舰上。2366年，一个博格方块突入星际联邦腹地。萨拉托加号和另外39艘星舰在沃尔夫359和博格人交战，结果星际舰队惨败，包括萨拉托加号在内的39艘星舰被击毁。西斯科和杰克成为了少数幸存者，但珍妮弗在战斗中身亡。
调任.沃尔夫359战役后，西斯科被委派至火星的乌托邦造船厂参与设计新型的勇抗号星舰，但该项目后来被取消。此时失去妻子的西斯科和杰克一起承受着巨大的痛苦，他开始考虑离开星际舰队以专心抚养杰克。此时，西斯科的老上级莱顿提议让他前往刚刚从卡达西统治下独立的贝久担任深空九号