建商合作开发而造成破坏，台南县政府以神社遗迹遗留大量神社基座，且周围拥有丰富林相及原始生态（有诸罗树蛙踪迹）为由，在2007年7月3日指定为暂定古蹟，并于2009年5月27日经正式公告成为古蹟。2012年发现原三崁店社社号标。
神社建筑.三崁店社原配置有参道、混凝土造社号标、(样式不明)鸟居应至少1基、狛犬1对、混凝土造灯笼6对、手水舍(可能无木造舍殿而仅有手水钵)、玉垣与驳坎、拜殿(可能不存)、应为神明造本殿。
现况.神社原址规模尚保存完整，有参道、社号