93年民主进步党台南县县长党内初选，郑自才委託其妻子登记参选，结果郑自才在新潮流系支持下获得第一名；但郑自才出狱之日无法赶上台南县县长选举登记时间（差三天），民进党中央党部决定由陈唐山递补提名，郑自才县长梦碎。1995年，郑自才监造设计台北市二二八和平纪念公园和平纪念碑之后，决定回来做景观设计；2004年，郑自才取得「阿里山隙顶地区及十字路据点游憩服务设施工程」设计权，是他最后一个景观设计作品。1995年，郑自才争取列入民进党全国不分区立法委员名单，但新潮流系改支持陈唐山，福利国连线也不支持郑自才，只有