但持续时间不久，因国共内战和经济秩序混乱，中国经济研究所的各项研究工作无法持续开展，方显廷受邀赴联合国任职，致力于亚洲各国经济发展研究，而何廉在1948年受命赴天津担任南开大学代理校长。
1949年至今.1949年以后，马克思主义政治经济学在中国大陆兴起，何廉、方显廷等创始人相继移居国外，加上昔日受到洛克菲勒基金会的海外机构资助，南开大学经济研究所在政治上受到打压和排挤，曾被勒令整顿，诸多科研教学人员受到不公待遇。1952年，高等学校院系调整之后，南开大学经济研究所一度暂时停办状态