保利通并亲自到长崎下令罢兵。但西乡从道以「已经准备妥当」为由拒不受命，断然率领三千六百名官兵前往台湾，这也成为日后日本军国主义军官在战场上独断独行的滥觞，充分表现出日本军国主义的一个原型（prototype），亦即军事的先行与政治的追认。着名文史学家司马辽太郎曾评论这次出兵完全是无名之师，可称为“官制的倭寇”（日语：「」）。
战争过程.1874年（清同治十三年）5月12日，日军于社寮（今屏东县车城乡射寮村）登陆，而排湾族从车城乡统埔村友好的汉人那边得知日军行动，事先在要道石门埋伏。