贤等罢官流放，巩固了自己的统治地位。此后，二条天皇大刀阔斧地进行改革，对僧兵和神社庄园进行整治，沿袭了信西（藤原通宪）的一些积极的政策。后白河上皇则被他彻底地从政治上排除，投身于佛教信仰之中，但仍试图恢复院政。二条天皇对上皇抱有非常大的戒备之心。长宽3年（1165年）2月，在亲政派重臣太政大臣藤原伊通逝世后，二条天皇也病重。6月让位给儿子顺仁亲王，并于7月在押小路东洞院驾崩。《今镜》称赞二条天皇是「末世的贤帝王」（）。然而《源平盛衰记》则认为二条天皇一生与自己亲生父亲作对，这「大为违背孝道」（）