在巴格达，由一位秘书长领导，常设秘书处，以主持日常工作；伊拉克奥尼·哈利迪当选为首任秘书长。美国没有正式加入，以「观察员」身份列席巴格达条约组织的会议。1959年3月，成员国之一伊拉克退出巴格达公约，组织总部亦从原来巴格达迁至土耳其安卡拉，改称为中部公约组织。
国际看法.英国希望巴格达条约能「成长为中东的一个北大西洋公约组织」苏联对此公约表达批评，认为不应将中东国家加入类似北大西洋公约组织一般的军事组织，认为美英两国借此进入中东地区。在苏联发表申明后，埃及的舆论普遍支持