学校于1930年代被迫闭校。神社参拜的反对者被日本当局关入监狱，部分人士死于狱中。其中之一包括殉教者朱基彻牧师。1940年一君牧师在首尔仁寺洞设立朝鲜神学院（朝鲜汉字：朝鲜神学校）（现在韩神大学）。1945年日本于二次大战战败。而后不久朝鲜民主主义人民共和国建立，打压宗教事业，朝鲜人民军逮捕并处决了第4代、5代、6代校长。平壤神学校关闭至今。1948年在首尔第7代校长朴亨龙牧师设立长老会神学校（今长老会神学大学校，而总神大学继承平壤神学校的传统1961年经大韩民国文教部批准，于1966年设立