六部直接对皇帝负责。至此，三省六部制的三省及宰相制度彻底废止。明朝中后期，明朝内阁实际承担了行政中枢的职能。
清.清沿明制，以六部尚书任天下事，虽然仿效明朝设立了内阁，但没有实权。行政中枢先后有议政王大臣会议、南书房、军机处，至清末仿效西方政制，设立责任内阁。