门多萨卸任，由继任。随后他赶赴秘鲁，担任第三任秘鲁副王。然而上任不久他便患病，于1552年在利马逝世，葬于利马主教座堂。
后世影响.今属于美国加利福尼亚州的便是以门多萨命名。由此地衍生出来的地名包括门多西诺县、门多西诺镇和门多西诺国家森林。