成立之前，在国际上具有疟疾控制影响力的组织是国际联盟疟疾委员会和洛克菲勒基金会。 洛克菲勒基金会（Rockefeller Foundation）大力支持疟疾控制 ，力图让政府接管其一些工作，并与该机构合作。新的机构是美国公共卫生局的一个分支机构，由于疟疾在美国南部是地方病，因此亚特兰大城市被选择作为所在地。当时的预算约为100万美元，其工作人员中有59％从事灭蚊和栖息地控制，目的是在美国控制和消除疟疾（请参阅《》）。自1990年代以来，疾病预防控制中心的重点已扩大到包括慢性病，身心障碍，伤害控制