井白石退隐，研究儒学。在这段期间，他整理了诸大名的家系图，着《藩翰谱》、《读史余论》。对偷渡来长崎传教的基督教传教士进行探访，研究西方的文化，着《西洋纪闻》、《采览异言》。同时，他也对琉球、虾夷等周边国家的历史进行考察，写《南岛志》、《虾夷志》。在对魏志倭人传的研究中，新井白石提出了邪马台国位于大和国的主张。新井白石的自传则有《折焚柴记》。享保十年（1725年），新井白石逝世，享年69岁。葬于今天的东京都中野区高德寺。对织田信长公，「火烧比叡山事件」提出了：「亡山门者，非信长也，山门也」的论点。