对抗之心，以图统一。谢玄亦十分同意。及后领晋陵太守，任内禁止生了儿子不报告、人死了久久不下葬和以父母为人质而自己逃亡的行为，所下达的法令亦甚有义理。
为帝宠臣.后被召为太子中庶子，又领黄门郎，受晋孝武帝宠信。当时孝武帝见会稽王司马道子宠信阿谀奉承的王国宝等人，认为他并非才堪治理国家的臣子。而孝武帝其他亲近的臣子如王珣等亦与王国宝不睦，故此就将亲近信任的臣子出任刺史，作为外援。太元十七年（392年），荆州刺史王忱去世，孝武帝就授予殷仲堪都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇