928年被李宗仁扣留，免去各职。而第六军亦被完全分化收编。之后数年程潜寓居上海。1931年九一八事变后，国民党内各系谋求和解，程潜方再被选为政府委员，中央执委。1935年升任二级陆军上将，任总参谋长。
抗日战争期间.1937年七七事变后指挥平汉路抗日。1938年起任第一战区司令长官，兼河南省政府主席。曾指挥兰封会战等大战役。6月，炸开开封花园口黄河大堤。同年底，改任天水行营主任，驻西安。1940年调任军事委员会副总参谋，至1945年抗战胜利。
抗战胜利后.