军中机要事务都交由王珣处理，于是朝中文武万人皆认识他。太和四年（369年），豫州刺史袁真不甘心被桓温指责，被逼承担第三次北伐失败的责任，又因朝廷不处理其投诉，于是叛归前燕。当时王珣亦参与讨伐，终于太和六年（371年）平定，王珣因功封东亭侯。其后转任大司马参军、琅邪王友。宁康元年（373年）桓温死后，王珣迁中军将军桓沖的长史、给事黄门侍郎。当时，王珣娶了谢万的女儿，其弟王珉亦娶了谢安的女儿。虽然与谢氏结成姻亲，却互相猜嫌，后谢安更让二人离婚，王谢两家于是成了仇敌。当时谢安当国，在其意愿下王珣被任命为豫章太