生物学家约瑟·波拿巴（José Bonaparte）、Teresa Sánchez将这些化石进行叙述、命名，模式种是"P. globosus"。属名里的"Puntanos"是圣路易省的旧名，是以原住民Puntano族为名；种名在拉丁文意为「球形的」，意指胫骨下端的形状。在1978年，约瑟·波拿巴将鹿角翼龙归类于南方翼龙科。同年，彼得·沃尔赫费尔（Peter Wellnhofer）将鹿角翼龙归类于翼手龙亚目的分类未定属。在1980年，彼得·加尔东（Peter Galton）将其归类于准噶尔翼龙科。在彼得·