展出各种各样的技术来保障密钥得到妥善存储，包括定期或不定的系统检测是否有入侵之虞、对储存媒体或伺服器提供高强度的物理防护及监控。最常见的是加密应用程序负责管理用户的密钥，使用密钥时则需要输入认别用户的存取密码。对于认证机构，一旦私钥外洩，将可能导致整个信任链被摧毁，影响广及众多客户，所以认证机构会使用硬件安全模组，有些储存私钥的电脑甚至平时不会连线，只在固定的排程下，经过一系列严谨的行政程序重重把关，才会取出私钥为客户签章凭证。在信任链设计中，绝大部份的根证书都不会直接为客户签章，而是先签章一个（或多个）中