绪三十四年（1908年），因治理永定河有功，调任天津兵备道，兼督理钞关。同年，因母丧丁忧辞官。宣统二年（1910年）服阙，授湖南岳常澧道。八月，简调湖北荆宜兵备道，次年三月方到任。不久，辛亥革命爆发，放弃抵抗，隐居上海。民国初年，吴筠孙加入汤化龙、梁启超组建的进步党。民国二年（1913年）复出，任赣北观察使，改浔阳道尹等职。民国六年（1917年）在江西任所突发脑溢血逝世。
家族.父亲吴元植，兄吴庆孙、吴引孙。子吴启贤（佑人）。孙吴白匋、吴征鉴、吴征铠、吴征镒。