元放弃沼津城回到甲斐防卫新府城。由于没有与织田军进行任何战斗，就将沼津城奉送给敌方一事，遭到胜赖怀疑，被胜赖命令回到海津城。武田氏被信长屠杀殆尽后，昌元归属北信浓领主森长可。信长死，武田家遗臣发起一揆，森长可逃亡，昌元率信浓国人众阻止。之后昌元改仕上杉景胜。7月13日，被发现与真田昌幸和北条氏直内通而遭景胜诛杀。高坂氏绝后。庆长5年（1600）3月，第一任川中岛藩主森忠政从信浓一带残余高坂一族中探明18年前昌元妨碍森长可自信浓撤退，全族被处以极刑杀害。