仔濑（在大内区）这段称为「湾里溪」，往西到萧壠渡这段叫「加拔溪」，再往西到入海这段称为「欧汪溪」。至于「曾文」之名的由来，在连横《雅堂文集》中有记载相传是荷兰时期有一个名叫「曾文」的人在此开垦，并设置渡口，该溪因此得名。《大台南的河川》一书则认为是清道光三年（1823年）曾文溪改道后，溪上出现了重要渡口「罾门渡」，湾里溪因而改称罾门溪。之后因发音相似，又有记做「层门」，后来再变成「曾文溪」。
改道历史.早期的曾文溪改道频仍，没有固定的流路而迫使下游附近村落迁居，日治初期纵贯铁道