台胜利楼举行复校典礼，宣布正式开学，20日开始上课。10月17日被定为南开校庆日。12月，南开经济研究所从重庆迁回天津。复校后的国立南开大学，设文学院、理学院、政治经济学院和工学院，计16个系，另设有经济研究所、应用化学研究所及边疆人文研究室，吴大任、卞之琳、萧采瑜、傅筑夫、高振衡、李广田、罗大冈、汪德熙、谢国桢、张清常等学者到南开任教。1947年1月1日，南开大学与耀华中学、南开中学等学校学生共3000人举行抗议美军暴行的游行，后与北洋大学游行队伍会和后冲击天津市政府，迫使时任天津市长杜建时同意学生主张。