氏先后入主能登国，长氏也臣服成为其家臣，先后成为畠山氏的及加贺藩的加贺八家之一。17世纪江户时代后大部分区域都成为前田氏加贺藩的领地，在江户时代末期，有部分区域为幕府直属的领地，不过也是委託加贺藩管理的。19世纪末明治维新后，原属幕府的领地改由高山县管理，1871年实施废藩置县后加贺藩的领地改隶属金泽县，不过同年的第一次府县整併后，此地区被划入新设立的七尾县，但也仅半年过后，又被併回由原金泽县更而成的石川县。1889年日本实施町村制，在现在的主要市区处设立了穴水村，1903年穴水村先是升格为穴水