之前的分类被认为是错误的。自从1980年代晚期以来，鳄目被限制在所有现存的物种，以及与马氏鳄相关的近亲。早期文献中的鳄目，目前范围相当于鳄形超目、或范围较狭隘的鳄形类（Crocodyliformes）。原先的鳄目被分为以下四亚目：中鳄亚目是一个并系群，范围是中真鳄类不包括真鳄类还有基础中真鳄类。
种系发生学.以下是根据Larsson与Sues（2007年）、塞里诺等人（2003年）的研究：原先的鳄目与真鳄亚目范围，不能准确地代表这群生物的演化。现今唯一被认为有效的目级分