柯文哲理念下，加入台湾民众党，并表达愿意代表民众党参与高雄市长补选。2020年6月23日，台湾民众党今日经中央委员会决议，正式征召吴益政参选2020年高雄市市长补选。2020年8月13日，吴益政在高雄市长补选面对舆论对其两岸立场时，在脸书公开表明对九二共识的态度是「早已不存在」，并反对一中原则。2020年8月15日，补选结果出炉，以38960票、4.06%的得票率，败给民主进步党的候选人陈其迈，将无法收回两百万保证金。
事件.
任邱毅助理期间.2007