出不穷的强奸影响旷日持久，如社会孤立、性传染病、意外怀孕及单亲婴儿，部分受害人自行流产。政府开始重建国家机构和基础设施期间，卡加梅带领的军队维持治安和秩序。非政府组织逐渐返回卢旺达，但国际社会对新政权态度冷淡。卢旺达大量胡图族难民逃到扎伊尔，大部分国际援助直接送往难民营。卡加梅力争让新政府更显包容，而不是图西族一家独大。他命令取消公民身份证的种族项目，政府政策力求淡化胡图族、图西族和特瓦族的区别。种族灭绝期间和卢旺达爱国阵线赢得内战后的几个月里，卢旺达爱国阵线军人杀死许多被控参与或支持种族灭绝的人，