。市区一面临海，三面临山，海岸线全长约69公里。小樽市地形多山，市区大部分地形都是山地或丘陵，市内的河川也大多因此而短小湍急。小樽市多山的地形使得小樽的坡度众多且较为陡峭，因此整个市街都是沿着山坡发展，也因此被称唿为「坡道之城」（）。小樽市的主要河流有星置川和等河流。小樽过去曾经是石狩川流域地区所生产的煤矿等物产向外输出的主要港口，也是自俄罗斯输入木材等建设用物资时的入口港。因此在1920年代，小樽市将进行填海工程时将出海前的河道转向延长，修筑成日本唯一一条通过填海而兴建的运河，是为小樽运河。今日的小樽运河