国爆发牛海绵状脑病，日本禁止进口美国牛肉，使得日本国内日式牛肉饭市场大受影响。日本国会直至2005年5月初才批准恢复对美国牛肉的进口。在食用牛丼的时候，除了米饭本身外，很多时都会加上半熟或生鸡蛋作佐料，牛肉汁或酱油作调味，以及配菜红椒片或酸姜。配以味噌汤也是常见的选择。牛肉饭和猪肉饭一样，都有一些相似的餐点：牛排饭、猪排饭，但是跟猪排饭不同的是，牛排饭上的牛肉是用煎烤的肉块，很少会用油炸。