。eIF5的N端结构域的氨基酸序列非常保守，表明它能够在不同的真核生物中发挥类似的GTP酶激活活性。eIF5的C端结构域是由α螺旋组成的一个非典型的HEAT结构域，其中包含了2个具有两种序列特征（芳香性或酸性氨基酸残基）的结构花样，被称为“AA盒”。对酵母的研究发现，该结构域可以与eIF2的β亚基（通过AA盒）、eIF1和eIF3的c亚基相互作用以促进这些真核起始因子组装成在真核翻译起始中发挥关键作用的多因子复合物。此外，该结构域还可以结合eIF4G。eIF5的C端结构域的功能可能是通过蛋白－蛋白间相互作