72年，于台大哲学系毕业时，因为爆发台大哲学系事件，哲学所停招，邱义仁改为考取台大政治学研究所。1973年，台湾首次开放增额立委补选，陈菊至国立台湾大学招募数名学生，至宜兰帮党外候选人郭雨新助选，邱义仁从此投入党外运动。在帮郭雨新助选时，邱义仁曾与吴乃仁到瑞芳监票，却发生郭雨新废票达三万张、而中国国民党的林荣三得票却都算有效票的事件。当邱义仁为此向投票所主任质疑时，却遭到驻场的警察当场赏了一巴掌，造成邱对政治看法上的冲击。1977年，经张俊宏邀请，邱义仁休学，担任台湾省议员张俊宏、林义雄的联合助理。