治维新之后，1871年（明治4年）这里被关闭。作为幕府最高教育，研究机关的昌平坂学问所和主管天文的天文方（后来的开成所），主管医疗的种痘所（后来的医学所）合并成为现在东京大学的前身。明治以后汤岛圣堂建有文部省，国立博物馆（现在的东京国立博物馆和国立科学博物馆），东京师范学校（后更名东京教育大学，最后成为现在的筑波大学）东京女子师范学校（现在御茶水女子大学）。后来文部省搬往霞关，国立博物馆搬往上野，东京师范学校搬往文京区大冢现在搬到茨城县筑波市，东京女子师范学校也搬到文京区大冢。现在汤岛圣堂部分土地上