列史无前例的官方航海便在此时开始，最着名的要算是郑和下西洋，据记载曾两次经过渤泥。约1375年（明洪武8年），14、15世纪时华人曾在沙巴的京那巴当岸河（）居住，有一明朝使者黄森屏传说还做过沿岸地区的统治者-拉惹（Rajah）。约1772年（清朝干隆37年），华人活动逐渐转移到岛西部，主要集中在一些金矿开採地区，如坤甸（Pontinak）和三发（Sambas），近百名客家人抵达坤甸，可说是开发此地的先驱者。1777年华人罗芳伯在婆罗洲岛上（今加里曼丹西部）成立了世界第一个由华人所创立的「共和国」