明治28年（1895年）1月，异母兄炽仁亲王去世，暂时回国参加葬礼，并继承有栖川宫家主，此后发生的威海卫之战，在威仁亲王复职后已经结束，因而失去实战经验。
晩年.威仁亲王天生体弱，屡次停职静养，其子栽仁王去世后患肺结核，现在的兵库县神户市垂水区的有栖川宫舞子别邸即是其静养时的旧址。大正2年（1913年）7月5日，威仁亲王在舞子别邸去世，年52歳。但是由于种种原因被秘密发丧，7月10日遗体以「御重体」被装上汽车送往东京的麹町区三年町1番地（现在的内阁府庁舎附近）宫邸。当天才开始发