国立中山大学代理校长。翌年4月，任国立中山大学法学院院长。1942年（民国31年）3月，创刊雑志《学园》。抗日战争结束后，回到广州，任国立中山大学、江苏社会教育学院教授。1945年（民国34年）10月，任立法院立法委员。1949年（民国38年）初，赴香港。同年冬，回到广州，参加中华人民共和国的教育活动。
中华人民共和国的活动.中华人民共和国时期，最初担任广东省教育工会主席。1951年，许崇清被任命为中山大学校长，本来预定他人担任校长，但毛泽东希望许崇清任校长，故许崇清获得任命。