术者，皆绝其道，勿使并进」，应该「罢黜百家，表章六经」，得到汉武帝的赞同后，儒家成为中国社会的统治思想，与忠孝等政治准则不符的宗教信仰全部要加以改动来适应中国社会。即使虔诚的佛教徒依然保持祭天、祭祖、祭拜民间神灵等信仰。《西游记》中也说过“没有不忠不孝的神仙。”由政府主导比较着名的大规模的宗教迫害有三武灭佛(北魏太武帝灭佛、北周武帝灭佛、唐武宗灭佛)。同时从教义和组织上有可能威胁到统治者地位的宗教也往往被打为邪教而受迫害，比如五斗米道、白莲教。同时宗教斗争也有发生，佛道之争从民间一直延续到朝廷。