贵阳同刘显世达成三省合作意向。随后征得云南唐继尧同意，但懋辛拟成《建国联军协议》，三省代表签字。建国联军由此成立，唐继尧任总司令，刘显世任副司令。熊克武任前敌各军总司令兼建国联军川军总司令，驻湖南常德。协议达成后，但懋辛、石青阳、孔庚携协议赴广东向孙中山汇报，获得孙中山赞赏。孙中山任命但懋辛为大元帅大本营政治顾问兼国民参政员。为了北伐，孙中山派但懋辛赴东江说服陈炯明、林虎同广东革命政府保持一致。孙中山对但懋辛称：“只要陈炯明写一个悔过书，（对陈反对他的事）就不加追究。”但懋辛到东江会见陈炯明，陈炯明则称