败当届黑马巴格达蒂斯，拿下第二座冠军与第七座大满贯，法网首度进入决赛后，以6-1, 1-6, 4-6, 6-7四盘不敌纳达尔，在温网进入决赛后，以6-0, 7-6, 6-7, 6-3逆转击败首度闯入决赛的纳达尔而卫冕成功，拿下第四座冠军与第八座大满贯，在美网进入决赛后，以6-2, 4-6, 7-5, 6-1四盘击败2003年美网前冠军的地主球员罗迪克而卫冕成功，拿下第三座冠军与第九座大满贯。另外，费德勒拿下6座ATP单打冠军，4座大师赛冠军（印第安维尔斯、迈阿密、辛辛那提、马德里硬地赛事）、一座东京500赛