一座占地7.3亩的成规模的寺院，并改称慈云禅院。清代每逢皇帝、皇太后诞辰，地方百官都要到沉香阁朝贺。1943年，应慈法师在沉香阁开讲《华严经》、《法界观门》等佛经，并于此后常驻佛香阁着述和讲经，直至去世。
结构.沉香阁位于中华人民共和国上海市黄浦区沉香阁路29号，正门后有一座石牌坊，第一进殿为天王殿，殿内左右两侧分别设置有钟楼和鼓楼；穿过前院后可进入第二进院落，正北侧为大雄宝殿。大雄宝殿后有一个庭院，左右两侧为客堂、祖堂和上客堂。最后一进院落为慈云堂，楼上为沉香观音阁，内供奉头戴玉