于1569年成立的仁慈堂为了让居民了解仁慈堂的宗旨和历史以及其发扬助人仗义的仁爱精神，因而耗资约200万澳门币在建于18世纪中叶的仁慈堂大楼进行装修及改善保安系统以开设仁慈堂博物馆；博物馆于2001年12月14日由澳门行政长官何厚铧、天主教澳门教区主教林家骏、仁慈堂值理会主席飞安达等主持揭幕；此博物馆是继天主教艺术博物馆与墓室及圣物宝库后，澳门第三所以及至今唯一一所非公营机构开设以宗教为题材的博物馆。为了展出更多藏品以及提升博物馆质量，仁慈堂博物馆于2011年上半年决定扩充博物馆。澳门行政长官崔世安、社