世界上第二大穆斯林国家。大多数巴基斯坦穆斯林是逊尼派（75-95％） ，什叶派人口约有5-20％。皮尤研究中心在2012调查巴基斯坦什叶派穆斯林有 6%。几乎所有巴基斯坦逊尼派穆斯林都属于哈乃斐学派，少数属于罕百里派。巴基斯坦的什叶派穆斯林大部分属于十二伊玛目派。什叶派声称自1948年以来被巴基斯坦政府的歧视，声称逊尼派在商业，官方立场和司法都有优先权。
印度教.根据1998年的人口普查，印度教是继伊斯兰教后巴基斯坦的第二大宗教。截至2010年，巴基斯坦拥有世界第五大的印度教信徒，印