伊犁将军府设有喇嘛处，负责普化寺及伊犁各地总计1181名喇嘛的换班、补放、念经，以及每年农历十二月二十八日普化寺喇嘛跳布扎等事项。同治新疆回变中，同治五年正月二十二日（1866年3月8日），惠远城被攻占。普化寺被毁，喇嘛四散。所藏全部佛经后来转移到靖远寺。1873年，美国人尤金·斯凯勒（Eugene Schuyler，1840年-1890年）参观已成废墟的惠远城，见到一座很大的佛教寺院，壁画残存着一半，全部佛像都已被毁。斯凯勒看到的这座佛寺，很可能就是普化寺。万寿宫位于惠远新城东街尾的北侧，光绪