接到埃及的开罗，作为傀儡君主，以延续法统。1517年，鄂图曼帝国苏丹塞利姆一世打败马木路克苏丹，埃及成为鄂图曼帝国的一部份，穆塔瓦基勒三世与他的家人则一同被俘虏，并运送到伊斯坦布尔。他被塞利姆一世指责盗用宗教基金，他被迫正式交出「哈里发」名号和先知穆罕默德的遗物（剑和斗篷）。