有行政院大陆委员会来处理中国大陆的行政和人民事务，而大陆地区民众按照宪法应爲中华民国自由地区之外的中华民国国民，依《台湾地区与大陆地区人民关系条例》来处理两岸人民交流事务。中华民国政府统一两岸的主张，在自1991年起的历次修改宪法、国会全面改选、总统直接民选与2000年政党轮替后，其内涵有了很大的转变。过去反攻大陆的口号不再提起，政府也不再公开唿吁统一，中华民国的国民教育课程更强调具以台湾为主体性的本土化教育。关于统独的主张非常的多元：一部分人赞成将来可以考虑与对岸统一（多数指中华民国统一两岸）；也