由于该路轨道几经拆铺迁动，散失甚多，修复期间轨料缺乏，又限时通车，所以施工方铺设的轨道型号非常繁多，质量也参差不齐；而配件种类更为繁杂，尺寸也没有统一，这使得当时轨道状况极差。1947年，粤汉区铁路管理局为调整广州市内的火车站业务，修筑了长740米的云麓至永村联络线，使粤汉铁路客车能直达大沙头站；随后，铁路局安排大沙头站专办客运，易名广州东站，黄沙站专办货运，易名广州南站。解放军渡过长江后，白崇禧在1949年5月至8月间多次催促铁路工人拆除粤汉铁路，工人却不断拖延以抗命。最后在当地国民党军队的监督下