林顿下令美国基地上的地雷，以和声音传感器取代地雷来检测基地的入侵者。古巴政府则尚未在外围地区扫除其相应的雷区。
拘押中心.在20世纪后半叶，该基地被用来收容在公海拦截的古巴和海地难民。 1990年代初期，在海地总统让-贝特朗·阿里斯蒂德被推翻后，该基地被用来收容逃离海地的难民。 这些难民被关押在一个名为的拘留区，直到美国联邦地区法院法官于1993年6月8日宣布该拘留营违宪。此判决后来被撤销。 1995年11月1日，最后一批海地移民离开了关塔那摩。从2002年开始，即在针对九