，为东林党人恢复名誉，并下诏修复东林书院，史称东林党争。东林党与阉党之间的斗争一直延续到清朝初年。
尾声.部分东林党人如陈名夏，钱谦益，后来一同入仕清朝，部分党人则参与抗清活动，因而殉国成仁，或就此消声匿迹潜入地下抗清活动，如方以智等。