不过台南市的部份整合失败台联提名钱林慧君参选。2006年陈水扁爆发国务机要费案，施明德带领红衫军发起百万人民倒扁运动，蓝营分别在六月与十月于立法院两度提出罢免总统案，台联当时选择「停、看、听」不表态，党籍立委集体进场投下「废票」。11月3日，国务机要费案遭起诉后，李登辉指示苏进强走「清廉本土路线」台联明确表态将要支持发动第三次罢免，但时任立院党团要职的廖本烟与黄适卓、黄宗源等挺扁派立委进府会见陈水扁后在立法院党团会议上达成共识相信陈水扁；台联不分区立委赖幸媛则提出质疑「陈总统的话能信吗？」要求党中央