陈唐山由于常常协助越界被捕的台湾渔民返国，使得国民党政府对其态度也逐渐较为温和。1987年，国民党政府允许陈唐山返台。但随后因为陈唐山帮助民主运动者陈翠玉演讲而鼓吹成立「东方的瑞士国」，又被取消回台签证，直到1989年重又获准回台。1990年，陈唐山获李登辉总统邀参与国是会议。而陈唐山也发起「海外台湾人返乡运动」，协助台湾独立建国联盟成员回台。1992年，台湾政府解除黑名单，同年国会全面改选，终结「万年国会」。陈唐山加入民主进步党，并且参加同年底的立委选举，当选「侨选立法委员」。在立委任内担任立法院外交