例如，19世纪的物理理论暗示，太阳燃烧的时间，不足以支撑到某些地质变化，或者生命进化。后来发现的核聚变解决了这一问题，这才是太阳的主要能源。矛盾也可以由更接近本质（非矛盾）现象的理论来解释。例如，原子理论是对量子力学的近似。目前的理论描述了三种独立的基本相互作用，所有其它理论都是对它们的近似；而潜在的、统一这三种基本相互作用的理论，有时被称为万有理论。
例子：相对论.1905年，爱因斯坦发表了狭义相对论原理，并很快变成了一种理论。狭义相对论预言了（又称“伽利略相对性”）的牛顿原理，