团大战。同年11月，任第358旅第8团政治委员、团长，在管涔山开辟根据地。1944年任第358旅政治部主任。
第二次国共内战时期.1945年10月，余秋里任第358旅政治委员，率部在陕西内线作战。1947年，他参加榆林战役、沙家店战役、岔口战役、黄龙战役等。1948年，他在358旅开展“诉苦三查”运动，进而推广演变为解放军全军的新式整军运动。同年，他率部进入外线，参与宜川战役、荔北战役等。1949年任第一野战军第1军1师政治委员，后改任军副政治委员，率部连克三原、岐山、陇县、秦安等