政局选举，冯牧以港同盟身份于大埔区参选，成功击败自民联的郑俊平。同年立法局选举，冯牧师以最高票数取得新界北选区的首个议席（另一位当选者为汇点的狄志远）。他于之后一届的选举未有寻求连任，不再参与政治选举，但他仍有参与政治运动，曾是香港民主民生协进会、民主党、社会民主论坛（1997-2002年）、前线成员。而其冯智活网站也是发佈宗教哲学和社会运动讯息的主要平台之一。2003年7月9日，冯智活牧师有份草议成立民主倒董力量，，是创会成员。2004年6月，由于商业电台烽烟节目主持、「名咀」郑经翰被解僱，深