公司成立后，1603年（万历三十一年）荷兰再度卷土重来，派出舰队总司令韦麻郎（）进攻澳门，经过将近一年的航行，仍于1604年（万历三十二年）6月不敌据守澳门的葡萄牙人。
初占澎湖.两次攻澳门失利后，东印度舰队指挥官韦麻郎听从漳州海澄商人李锦与潘秀的建议，于1604年8月7日占领澎湖。明朝政府在澎湖原设有「澎湖游兵」汛守，但仅每年春、冬有驻兵，夏季正逢游兵收汛时节，韦麻郎不费一兵一卒即占领澎湖。后浯屿水寨指挥官沈有容亲赴澎湖，会谈中多次对韦麻郎施压，韦麻郎等总计在澎湖停留131日，最