与新干线下方的地下，由于邻接，地面有多条侧线。大厅及剪票口位于地上2楼，以东西向的中央自由通道为中心分为南北两侧。中央自由通道两旁有中央剪票口（北）与中央剪票口（南），西口侧往南侧大厅有南剪票口，往北侧大厅有北剪票口。本站为直营站，下管土吕站、南与野站、与野本町站、北与野站、日进站、西大宫站、指扇站。
月台配置.（来源：JR东日本:站内图）往新宿站有埼京线、湘南新宿线两条路线，往横滨站也有上野东京线、湘南新宿线两条路线，因此大厅有资讯看板显示先后列车供乘客参考。