州刺史，檀祗随转参镇军军事，并加号振武将军，与刘道规等人率兵追击桓玄。至义熙元年（405年）刘道规等军终击溃盘据江陵的桓振等人，迎安帝回建康，但当时还有桓道儿等人活跃于涢水、沔水一带，檀祗就将他们全部平定。檀祗后转龙骧将军、秦郡太守、北陈留内史。后桓亮、苻宏等桓楚残余势力于湘州起事，杀害官吏，檀祗就领兵讨伐，于湘东杀死苻宏。檀祗后又接替疾病的庾悦为武陵内史，加甯朔将军，封西昌县侯，食邑千户。义熙五年（409年），檀祗入朝任中书侍郎。次年，卢循率众进攻建康，檀祗加辅国将军，领兵屯于西明门外作防守。不久卢循