归类于古神翼龙科，古神翼龙科以大型头冠而着名。在2006年，吕君昌与季强研究辽宁省的翼龙类，提出一个系统发生学研究，认为朝阳翼龙是种原始的神龙翼龙超科，但没有归类于任何一科。在2008年，大卫·安文等人认为朝阳翼龙是种原始的神龙翼龙超科，并与吉大翼龙、神州翼龙等原始物种，归类于朝阳翼龙科。