但是波兰的局势迅速变化。俄罗斯和普鲁士征服强迫波兰再次解散武装军队的大部分，并将裁减的士兵征募到俄罗斯军队中。而且在3月俄国在波兰的驻军和大使发现华沙的革命组织，并开始逮捕着名波兰政治家和司令。科希丘什科被迫提前起义，并在1794年3月15日他动身回到克拉科夫。
起义.在起义中，科希丘什科成为对抗俄罗斯驻军的所有波兰立陶宛军队的总司令。他在华沙起义的胜利后，于5月7日发表了着名的波瓦涅茨宣言。在拉茨瓦维茨战役之后的几场胜仗后，他在马切约维奇战役中负伤，被俄军俘虏，俄军将他带到圣彼得