6月，黄镇宇代表香港奥运队对菲律宾的比赛中取得入球，协助香港以4–1大胜对手。2003年11月，他于代表香港出战在乌兹别克首都塔什干举行的亚洲盃外围赛，并于对泰国国家队时射入关键一球，协助球队以2–1胜出，而黄镇宇更在2004年3月及11月两次代表香港队于世界盃外围赛出战中国国家队。2005年2月，他在贺岁盃以正选身份出战巴西国家队，最终以1–7落败，同年3月，黄镇宇入选香港队参加东亚足球锦标赛预赛，在对蒙古和关岛的比赛中分别射入一球。2006年11月14日，他于亚洲盃外围赛出战孟加拉国家队时正