战争中担任过许多不同的任务，被暱称为全方位工作机（The Maid of all Work），又被称为万能博士。它在大战期间成功地服务于多种目标，是用途最广泛的飞机之一。最初目标是作为快速轰炸机与俯冲轰炸机。后续的多种修改让它成为长程轰炸机、鱼雷轰炸机、水雷佈雷机、海面或长程侦察机、气象观察机、战斗轰炸机、驱逐机、夜间战斗机、坦克杀手、地面攻击机等角色，在战争末期甚至曾改装为飞行炸弹。尽管在开发过程受到种种的延误，但第二次世界大战期间德国总生产了14,882架Ju 88，其生产数量远超过德国任何其它双引擎军