十五年（1780年）正月，开始在军机处学习行走，五月，赏紫禁城骑马。六月十七日，干隆帝批复“为侍郎福长安应得封典着加恩移封伊生母李氏事”。干隆四十七年四月，驰驿前往奉天一带，查办工程事件。干隆四十八年七月，补户部左侍郎。干隆四十九年五月，为銮仪卫掌卫事大臣。六月，加恩补授内大臣。七月，朝廷平定甘肃石峰堡回族叛乱，军机大臣梁国治、董诰、福长安、并军机章京之勤劳出力者，一併交部议叙，俱加军功三级。干隆五十一年闰七月，福长安补授户部尚书。兵部尚书庆桂出差之缺由绰克托署理。行在兵部事务，仍着福长安带