随着敌方对于保护措施的加强未能保持如此的战绩。到战争末期，不少潜艇被用于运送物资。日本海军的184艘潜水艇队伍在整个第二次世界大战中击沉大约100万吨（170艘）的商船。相比，皇家海军击沉150万吨（493艘），美国海军击沉465万吨（1079艘），而德国海军旗下的一千艘U－潜艇则击沉超过1450万吨（2000艘）的敌舰。终战后，被除籍的几艘大型舰艇如伊四〇〇、伊四〇一、、伊号第二〇三潜水舰在苏联的反对下被送到美国进行分解。在第二次世界战争（太平洋战争）结束前，日本海军为弥补渐渐处于劣势的主力舰队组建不