战期间，西科尔斯基成为波兰流亡政府总理，波兰军队总司令，是波兰外交事业上的有力拥护者。他支持重新建立波兰和苏联之间的外交关系，波苏关系曾在莫洛托夫和里宾特洛甫签署苏德互不侵犯条约，德国发动波兰战役时遭到严重破坏。因为西科尔斯基坚持要求国际红十字会调查卡廷大屠杀，苏联领导人约瑟夫·斯大林在1943年4月宣布断绝波苏关系。1943年7月，西科尔斯基乘坐的飞机在从直布罗陀起飞后就立刻坠入水中，机上人员全部遇难。西科尔斯基的死因尚存争议，空难和他的去世被人掺入了很大成分的阴谋论因素。调查人员后来得出结论，称西科