而之前义政支持的畠山义就在大和国势力不断扩大，义政随即疏远义就。长禄三年（1459年），足利义政赦免了畠山政久，但不久政久就病逝，细川胜元支持政久的弟弟政长。宽正元年（1460年），足利义政命令畠山义就将家督之位让给政长。义就抵抗，失败，于1462年逃往吉野。1458年，足利义政颁佈了旨在恢复寺社本所领以及对守护、国人限制的不知行地还付政策，这成为了甲斐常治与斯波义敏之间爆发长禄合战的原因之一。斯波义敏攻打越前守护代甲斐常治，并以此为由拒绝发兵参与幕府对享德之乱的镇压。足利义政以斯波义敏违抗命令为由，下