外贸易及台北都市发展息息相关。日治时期以前的淡水河，河道深广船只畅行无阻，不只沿岸各乡镇的交通仰赖淡水河的水运；对海外的贸易通商，也利用淡水河的河道运输，明朝清初的时候，基隆河水运可以从淡水河通到暖暖，再换路到基隆，清末基隆河仍然是基隆到钖口、基隆到至大稻埕之间货物及人员运输的主要航线，在清代航运可沿大汉溪上达大溪。但随着地理环境之变迁，淡水河流域河道逐渐淤积，渐渐无法胜任航运的需求。目前淡水河水运集中在大稻埕码头、关渡码头，以及淡水与八里渡船头之间两岸居民联络交通。以下列出目前淡水河河段的码头与航线。