在北海道旅客铁道（JR北海道）函馆本线上也有一同样名为「琴似」的车站，两车站间实际间隔800公尺，转车便利度普通。名称源自阿伊努语的「kot-ne-i」，意思是「凹陷的地方」。
车站结构.地下1楼为大堂，地下2楼为1面2线岛式月台的地底车站。