污染.中游流域在1970年代以后至2000年代初期，是专门处理废五金回收与提炼的工厂聚集地。这些工厂使用不少有毒的酸性化学溶剂，且未做污水处理即将废水都倒入二仁溪中；在岸边也堆积不少电子废弃物（如印刷电路板、电线），导致二仁溪河水污染相当严重，被废五金工业废水污染了30多年，旧有「台湾的黑龙江」之称；加以其支流三爷宫溪流域中，有大量的养猪场排放废水，其污染程度包括下游到上游，都呈现重度污染的黑色，溪水流动缓慢，是台湾三大污染河川最严重的，同时也是全世界重金属污染最严重的河川。下游的