返程途中，他的专机在南非、斯威士兰和莫桑比克三国边境地区突然失事，马谢尔同24名随从人员遇难。很多人怀疑南非种族隔离主义者策划了这起空难，但是时至今日，仍没有明确的证据证明这次空难是人为所致。马谢尔死后，乔希姆·希萨诺继任为莫桑比克总统。其遗孀格拉萨·马谢尔于1998年改嫁南非总统纳尔逊·曼德拉，成为世界上唯一一位在两国担任第一夫人的女士。