皇帝曾敕封萨迦寺以及昆氏后裔大批印章和封诰，例如元代诏书、白兰王印、统领释教大元国师印、大元帝国统领诸国僧尼中兴释教之印、亦思麻儿甘万户府印等等。其中历史悠久、价值极高的文物有两颗印：一颗为玉质梵文印；一颗为刻有汉、藏、蒙三种文字的铜质三体印，上刻汉文“成化二十一年九月礼部造”字样。根据不完全统计，萨迦寺的佛像约两万余尊，不少是元朝、明朝以来的佛像，其中铸有“大明永乐年施”款识的铜佛便有数十尊。萨迦寺有四件珍宝：贡布古如（竹青白瓦巴从印度请来的依怙神像）、朗结曲丹（大译师帕白洛扎瓦修建的佛塔，塔内经常出