1954年，前身新疆医学院成立。1998年，新疆医学院与原新疆中医学院合并成立新疆医科大学。2021年1月25日，经中华人民共和国教育部批准，原由新疆医科大学管理的独立学院新疆医科大学厚博学院（新疆医科大学克拉玛依学院）脱离该校管理，并转设为公办普通高等学校新疆第二医学院，由新疆维吾尔自治区人民政府领导管理。
校园.新疆医科大学有校本部、鲤鱼山校区、明园校区和仓房沟校区四个校区，共占地179.7万平方米。图书馆藏书120万册。