药理学、细胞生物学、医学遗传学、生物物理学、免疫学以及病理学和病理生理学。基础医学学院由14个学术系和一个医学分子生物学国家重点实验室组成，同时从事生物医学研究和高级医学教育。基础所拥有117名全职教授和副教授，其中包括三位中国科学院院士、三位中国工程院院士、四位专任长江学者教授，以及十位获得国家自然科学基金杰出青年科学家奖。
临床医学院.北京协和医学院临床医学学院又称为北京协和医院，採取「小而精」的培养模式，保持严格的教学水平以及培养高素质的医学生。目前协和医院有研究生600