就在爱沙尼亚境内发动大规模的逮捕、流放、处决。1941年，德国发动巴巴罗萨行动，进攻苏联。在进攻的德军攻到爱沙尼亚以前，追求爱沙尼亚独立的森林兄弟就从苏联内务人民委员部以及手中夺回了爱沙尼亚南部。同时，苏联的准军事部队，，基于约瑟夫·史达林所下令实施的焦土政策，在爱沙尼亚境内展开了破坏行动，包含抢走一切能带走的物品、屠杀持不同政见者、带不走的物品便加以焚毁。最后，爱沙尼亚全境被德军佔领，全境被併入纳粹德国新设的殖民地：奥斯兰总督辖区。
二战其间.1941年，爱沙尼亚人分别被苏联红军和