着“南明”的旗号继续在东南沿海从事反清复明运动和敌对军事活动。由于清朝在入主中原的过程中，推行剃发易服的政策，制造了扬州十日、嘉定三屠等血腥事件，引起了汉民族间针对满清的民愤，助长了反清运动。顺治十六年（1659年），郑成功带领十七万大军自水路而来与浙东一带进行反清的张煌言汇合，进军江南，所到之处守将皆逃溃，顺长江连克京口、瓜洲，合围时称江宁的明朝旧都，后因清军偷袭成功，退守厦门。郑成功在民众支持下，占领了金门、厦门、铜山、南澳等沿海地带作为根据地，滋扰当地清朝统治。
从禁海到迁