台南开元寺智圆比丘座下的能净法师，在故乡美浓田尾坑、尖山溪边立茅屋安置佛像，题为「观音庙」，属临济宗妙心寺派。其后他以此寺地势狭隘、水土不佳，在1910年选定现在庙址。该地原属公有地，后准许开发，先后获得六甲余地。台湾日治时期的植物学者调查该寺地方的荔枝树有达千年之久。能净法师迁移时，就将一棵硕大的荔枝树干作为建造大雄宝殿的正樑。新寺取为「朝元寺」，因为该处左右侧的群峰都朝面向大雄山。1912年于山坡地建殿宇三间，两端各建客房一间。1927年，曾兰、曾献南、林富家、刘金安等信徒发起扩建，至次年3月改