间曾两度担任英属香港护理行政官，先后署理首任及第二任香港行政官（香港总督之前身）查理·义律爵士及砵甸乍爵士之职务。1843年，砵甸乍正式担任首任港督，庄士敦旋即获砵甸乍委任为香港议政局（今行政会议）兼定例局（今立法会）官守议员。1845年，庄士敦以其研究中国自然史的学术贡献，获选英国皇家学会院士。1929年，位处香港湾仔、原名「海旁东」（Praya East）的道路，乃以庄士敦之姓氏更名为庄士敦道（Johnston Road），以纪念及表扬其在任英属香港殖民地官职时之功绩。
早年