以沉降至质量中心的一个巨大铁核，多年来尚未完全冷却，外核也还没有完全凝固，并绕着内部流转着。在1974年发现之前，因为它的体积娇小，认为在太阳系的演化过程中，水星的核心已经冷却了。但仍有一些发电机理论无法解释的，包括长达59天的自转週期，使它不太可能生成磁场的困难。因为它是由在内核内部热的部分对流来驱动，所以这个发电机很可能比地球的微弱。在核与地函交界处的温度梯度是近似绝热的，因此液化的核心区域外围是稳定的分出层次，发电机只在一定的深度中运作，产生强大的磁场。 由于行星缓慢的自转，结果磁场主要是由快速波