和奇异猪笼草同域分布。尽管如此，但目前为止尚未发现巴布亚猪笼草的自然杂交种。由于对巴布亚猪笼草分布范围的不了解，因此它在《2006年世界自然保护联盟濒危物种红色名录》中，保护状况为数据缺乏。
相关物种.B·H·丹瑟认为新几内亚猪笼草与巴布亚猪笼草之间存在着密切的近缘关系。在丹瑟的关于巴布亚猪笼草的描述中这样写道：“巴布亚猪笼草的营养器官与新几内亚猪笼草非常相似，但它生殖器官的不同足以使我将其独立为一个新的物种。”这两个类群在形态特征上的差别在于，巴布亚猪笼草的花序为总状花序