第六战区于武汉受降，郭副长官出任武汉警备总司令。1946年3月，武汉警总撤销。4月6日，国民政府特派郭忏为军事委员会委员长武汉行营副主任。1946年6月，参谋总长陈诚把他调任参谋次长兼总长办公室主任。1947年6月7日，国民政府调联合勤务总部总司令黄镇球为国防部参谋本部参谋次长；原任参谋次长郭忏为联合勤务总部总司令。1949年8月30日，联勤总部奉命裁撤。1949年，在台湾担任东南军政长官公署副长官兼舟山指挥所主任。舟山登步岛之役发生时，郭忏为舟山国军最高长官，督导实际负责指挥的舟山防卫司令石觉进行反攻