台湾南部的各地驻军，黄也以「闽人复仇」为理由，攻击各地客家庄，客家人死伤甚鉅，无不恨之入骨。因为黄教熟悉山区，且以游击方式攻打兵力薄弱的军营官衙，行动敏捷，清朝官府即使动用千人军队，仍无法捉缉到案。为了平定黄教，同年10月，清朝特派福建水师提督吴必达前来台督军，在吴必达、台湾知府邹应元等人协力攻防半年后，黄教终在1769年3月遭捕杀。