得到的土地割让给俄国。1864年同治新疆回变民族仇杀，其清朝时期最大型的新疆民族冲突。1865年春，邻国浩罕汗国的阿古柏从喀什入侵新疆，占领新疆大部分地区长达6年。1871年，俄国又占领了伊犁河谷，当时中央政府在新疆只剩下塔城等少数据点。1877年左宗棠收复新疆。1881年，清政府收复被沙俄实际占有长达11年之久的伊犁地区。1884年（光绪十年）11月19日，清政府颁发上谕，设立甘肃新疆省，任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使。新疆建省后废除了伯克制，裁汰各地驻扎大臣，设置厅、府、州、县，实行与内地