穆斯林之间制造了相互冲突的伊斯兰思想体系。政府赞助官方的反宗教运动，严厉打击伊斯兰运动。此外，许多穆斯林大量俄罗斯化。许多清真寺被关闭，在史达林统治时期，许多穆斯林成为大规模驱逐的受害者。在乌兹别克斯坦，苏联政权的结束并没有像许多人所预料的那样引起伊斯兰原教旨主义的高涨，而是逐渐又重新认识了伊斯兰信仰。根据皮尤研究中心的报告，目前乌兹别克斯坦的穆斯林人口为96.3％。
基督宗教.在伊斯兰教传入之前，乌兹别克斯坦有东方教会基督徒社群，包括亚述人（历史上与景教相关）和叙利亚东方正统教会