民相比，日本移民的数量要小很多。他们多数生活在俄国滨海省，但是在十月革命后他们因苏联压力回日本（1918年有三个日本人被杀，与日本干涉俄国革命以及尼港事件）。只有少数日本共产党成员留下。
二战后.日本在日俄战争后在南库页岛成立桦太厅，日本投降后除了少数朝鲜人外，大部分都回到北海道。桦太厅被取缔后大部分日本军人回日本，一部分被带去中亚和西伯利亚劳改。现在俄罗斯远东区的日本人在1970年才再出现，现在俄罗斯境内的日本人多数是从事外交与商业。