1893年，他继承他的导师约瑟夫·斯特藩成为维也纳大学的理论物理学教授。
晚年.玻尔兹曼晚年投入了大量精力来捍卫他的理论。他与他在维也纳的同事交恶，特别是1895年成为哲学及科学史教授的恩斯特·马赫。同是在1895年，和威廉·奥斯特瓦尔德在吕贝克的一次学术会议上提出了“活力说”。他们认为能量，而非物质，是宇宙的主要组成。玻尔兹曼及支持他原子理论的物理学家与之进行了旷日持久的争论。1900年，玻尔兹曼受威廉·奥斯特瓦尔德之邀来到莱比锡大学在马赫因为健康状况欠佳而退休之后，1902年，