征收余粮，与当局意见不合，避居到日本。历史学者约翰娜·门泽尔·麦斯基尔（Johanna Menzel Meskill）誉其为「台湾自治运动的领袖与文化的褓母」。他同时也是一位文学家，着有《环球游记》一书。
早年时期.他出身望族雾峰林家，诞生于阿罩雾（今台中市雾峰区），为雾峰林家顶厝支系中5位堂兄弟的老三，因此又被人称「阿罩雾三少爷」。父亲林文钦原是清末秀才，献堂与板桥林家的林熊征同辈。7岁时，林献堂于自家开设的家塾蓉镜斋接受汉学教育。1893年，父亲林文钦中恩科举人，筑莱园于雾峰，