亚门（Entomophthoromycota） 、 梳霉亚门（Kickxellomycotina）并列。 这些类群一开始包含在接合菌内，与球囊菌在同一个分类位阶。球囊菌门则在2001年跃升至“球囊菌门”，也因此和双核亚界变成姊妹群，其中双核亚界包含子囊菌门（Ascomycota）以及担子菌门（Basidiomycota）研究目前将毛霉菌底下分为3个目：内囊霉目（Endognales）、 毛霉目 （Mucorales）和被孢霉目（Mortierellales）。这3个目底下的物种都是腐生营养，也和其他物种