澎湖驻屯重兵达一万多人，而台湾本岛则有班兵制度与台湾不筑城，也禁止台湾人服兵役，更严禁私制武器、组织会党。当时清廷在台驻军皆由大陆调派，每三年调动一次，即为班兵制度。
反抗事件.在清朝治台的212年中间，发生多次反抗事件，伊能嘉矩在其着作《台湾文化志》中表示，清朝两百余年的统治，实际上就是「对移民叛乱的镇压和漫无计划的绥抚工作的历史」。在这段期间，百姓暴动频起，总计发生了百余次反抗事件，其中大规模者达三、四十起，俗谚称台湾「三年一小反，五年一大乱」。在这些武装起义或骚扰事件当中