丹的冲突逐渐平息的时候，一场新的冲突开始在西部的达尔富尔省爆发。当该地区的反叛者起来反抗政府的时候，巴希尔不但没有派军队去干涉（巴希尔对此明确表示拒绝），反倒向当地的伊斯兰民兵组织牧民武装部队提供政府支持和金钱，鼓励他们和反叛者战斗。这些民兵被指控犯有种族灭绝罪，到目前为止，因双方冲突在达尔富尔地区造成的暴力事件已经造成上千的平民死亡，上百万人无家可归。直接和间接地杀害当地非洲土着部落的无辜原住民。而苏丹政府向他们提供武器，轰炸村庄的飞机及其它物资。同时，牧民武装部队还用强奸作为武器，而政府默许这种折磨行为