孙孚凌和大哥哥们到天津附近的杨柳青从事抗日宣传活动。但当时孙孚凌并未参加任何进步学生组织。1938年至1940年，孙孚凌先后在北平燕京大学物理系、西南联合大学数学系学习。1940年至1941年，任滇缅公路局昆明西站职员。1941年至1945年，先后在成都光华大学政治经济系、成都华西大学经济系学习。1945年自成都华西大学经济系毕业。1945年至1948年，历任重庆天府煤矿营运处办事员，国民政府行政院善后救济总署冀热平津分署办事员、科员、专员。1948年，出任淮南煤矿矿路公司下关煤厂课员。抗日战争胜利