16年1月16日，与蔡英文当选为中华民国第14任正副总统，同年5月20日正式就任。6月3日，接见联合国非政府组织公共资讯部门（UN NGO/DPI）执委会主席纳兹（Bruce Knotts）。8月出访多明尼加，参加总统梅迪纳就职典礼。9月出访梵蒂冈，参加教廷举办的德蕾莎修女封圣仪式，并在仪式中晋见教宗方济各。2017年4月18日，再度接见联合国非政府组织公共资讯部门执委会主席纳兹。
争议.
挂名论文疑涉抄袭争议.陈建仁担任国科会主委期间，挂名共同作者的论文