付费区位于车站站厅靠北侧，被非付费区半包围。非付费区内设有自助售票、ATM等装置。付费区南侧设有两组进站闸机，东西两侧设有安检处；出站闸机设在付费区的东西两侧，共有两组。车站站厅设有一面由金银细工工艺制成的浮雕墙，墙面设有祖冲之的汉白玉浮雕，还刻有圆周率符号“π”，以及圆周率的数值3.141592654。艺术墙通过古代和现代科技的融合，展现古代科学家的智慧以纪念该站所在的徐庄软件园不断的科研创新。
站台.徐庄站站台层位于地下二层，呈东西向布置，设有一个岛式站台，供南京地铁4号线