之后进入白色恐怖时代，当局大肆搜捕潜台地下党员，并由于知匪不报会受牵连遭判重罪，人心惶惶，1951年底吴乃光遭族弟吴执中检举，屏东县宪兵司令部循线逮捕吴乃光，并获得中共华南局指示赴台与版画家黄荣灿取得联系进行文化工作之讯息扩大侦办将在台湾师范学院任教的黄荣灿逮捕，移送军法处审讯，1952年11月11日宣判死刑，1952年11月19日枪决于马场町刑场。