因由于耶稣会解散而关闭，直到1784年由北京教区主教汤士选（D.Alexandre Gouveia）重新创办圣若瑟修道院为遣使会培养中国传教士。1784年10月1日正式开学，首任院长葡萄牙人瓦伦特（Manuel Correia Valente）。1835年1月26日傍晚六时，一场大火令圣保禄学院以及天主之母教堂付诸一炬，仅余圣保禄学院的部分地基及围墙，而教堂之前壁仍健全，因中国人简称São Paulo为"三巴"，而为了区别于另一间圣若瑟修院（称"三巴仔"），则称之为大三巴，又其形状有如中国的牌坊，故称为