物院再次扩建，在与主楼平行的位置上建设了一座两层楼房，并在两座楼房之间设置了一条空中通道，使三座建于不同时期的建筑连成一体，形成“工”字形。1997年，天津市政府拨款一亿元，用于扩建天津自然博物馆，缓解了北疆博物院旧址作为仓库的压力。2003年，国家文物局和天津市文物局拨款对北疆博物院旧址进行了修缮，但此次修缮后仍无法满足对外开放的要求。2005年8月，原北疆博物院旧址与桑志华旧居一并被列入天津历史风貌建筑名录2014年，天津市启动北疆博物院北楼及陈列室的修缮2018年，天津市对北疆博物院南楼进行了修缮