轮流供奉，农历单月在艋舺，双月在淡水，因应五月的「淡水清水祖师成道庆典」（淡水大拜拜），五月、六月份两庙互换供奉月份，2016年起，「蓬莱老祖」不再接受其他庙宇迎请。
相关作品.2010年2月上映由钮承泽导演，阮经天、赵又廷、凤小岳主演的一部台湾电影《艋舺》，主角们所居、结义的背景地点即在艋舺清水巖，大多数场景也几乎都在清水巖内，甚至有不少是在祖师神像前拍摄。