98年4月，《台湾人四百年史》汉文增订版出版。1999年，基于悼念祖先过去为族群公共利益的牺牲奉献、以及发扬台湾「7月普渡」的民俗文化，史明曾经以独立台湾会的名义，首次在新庄市举行主导祭拜大墓公活动，之后持续举办数次普渡活动。2000年，民主进步党籍的陈水扁在赢得中华民国第10任总统选举后拜会史明，后者在当时表示不需要特别有所安排，但是建议陈水扁必须做到谨言慎行、用人严谨、研究中国共产党三件事情。2001年10月，其着作《台湾民族主义与台湾独立革命》与《我的故乡，八芝兰—士林》出版。同年11月9日，史明教育