人类微生物群系（Human microbiome）又称为正常菌群（Normal Flora）是某些微生物与宿主在长期的进化过程中形成共生关系，对生物体无害的一类细菌。它们包括细菌，真菌，古菌，和病毒。虽然微型动物也存在于人体上，但它们通常被排除在这个定义之外。人类微生物群系具体指驻留的微生物的集体基因组。人类被许多微生物定殖; 传统的估计是，人体细菌（不包括真菌，古菌，病毒）的平均数量是人类细胞的数量的十倍，但是最近的估计将该比率降低到3:1，或者甚至降低到大约相同的数量。殖民于人类的一些微生物群是共生