内子站和位置和原本的车站并不相同，两者相距大约200米。虽然在正式名称上，本站向西的一段仍称作「内子线」，但实际上运行模式已与予赞线一体化，而计算距离时，亦以新线路作为车费的釐定标准。
车站结构.现时使用为第二代站舍，是单层水泥及钢筋所搭建而成的新式车站，规模较小，只设有附设绿窗口及票务处的站务员室、候车大堂、自动售票机及洗手间。通过人手闸口后，会离开站舍部份，沿位处高架月台下的通道可以到达楼梯口或升降机口。至于第1代车站，为木制单层建筑，设有站长室、票务处、候车大堂等设施