时陈寿着写《三国志》时，都不敢为孔融立传，成为该史书中缺少的最着名人物之一。由于全家被杀和曹操所加的严重罪名，孔融的作品大部分流失，后世整理的《孔北海集》残缺不全。但是孔融的言论仍然对当时和后世产生了影响。杀孔融被视为曹操杀名士的污点之一，而孔融反对肉刑等的作品甚至到隋唐时期仍然被用作朝廷政策讨论的论据。魏文帝曹丕〈典论论文〉为示范「君子审己以度人」的客观文学批评态度，把孔融与王粲、陈琳、徐干、阮瑀、应玚、刘桢六位文学家相提并论，列为“建安七子”。然而因与孔融政治立场相对，曹丕的私人书信〈与吴质书〉