帅府军事委员会委员。1921年，邓荫南出任中华民国总统府参议、内政部农务局局长、东莞县县长、开平县县长。1922年6月，陈炯明发动政变，邓荫南曾举兵开平声援，又再次筹款资助孙中山讨伐陈炯明。1923年2月5日，邓荫南在澳门病逝。孙中山追授邓荫南为陆军上将，并予以1000银元治丧，并为其遗像题词：「爱国以命，爱党以诚。家不惶顾，老而弥贞。」孙中山且下令在广州东郊大宝岗（位于现先烈南路兴中会坟场西侧）青龙坊安葬邓荫南之遗体，并由其亲题「陆军上将邓荫南之墓」。1929年1月，国民政府向邓荫南追赠陆军上将，并将