数的分子生物实验室都会利用DNA连接酶来进行重组DNA的实验，或许这也可以被规类为其另一着重要的功能。
黏合反应的进行.关于DNA连接酶的化学反应过程，首先是一条DNA的3'端要先修饰成羟基（OH），而另一条的5'端则是必须带有磷酸，借由DNA连接酶的作用促进磷酸双脂键的共价键，同时核苷酸序列以嘌呤—嘧啶两两对应的方式完成配对，这样才算完成反应。用下面这张图解来说明或许可以更清楚的说明反应过程：以黏性末端为例反应后DNA连接酶也可以处理钝端，即就算没有嘌呤—嘧啶配对的硷