联邦总统签署的一项法令，沙波什尼科夫被任命为俄罗斯联邦安全会议秘书。然而，这项决议在6月30日俄罗斯议会第1轮表决中未获得通过。1994年1年至1996年8月，担任俄罗斯总统在俄武器和军事装备进出口公司代表。1995年11月至1997年3月，担任俄罗斯航空公司首席执行官。1997年3月至2004年3月，担任俄罗斯联邦总统助理。