后来东部蒙古达延汗再兴，瓦剌部则移师西北地区，势力一度扩张至伊犁河流域一带。为了保证贸易的顺利进行，阿失帖木儿还不时遣使向明朝通贡。16世纪，在俺答汗等的持续打击下，瓦剌势力衰落，退出了今天蒙古国地区，当地被外喀尔喀占领。到16世纪末，瓦剌在达赖泰什、哈喇忽剌、博贝密尔咱、和鄂尔勒克领导下重新复兴，瓦剌继续在当地存在，直至被俄罗斯沙皇国吞併。瓦剌分为四大部：杜尔伯特（绰罗斯氏）、准噶尔（绰罗斯氏）、和硕特（成吉思汗二弟合撒儿之后）、土尔扈特。另有辉特等小部。17世纪初，准噶尔部强势控制天山南北，土尔