993年3月27日政协第八届全国委员会第一次会议当选为全国政协副主席，成为首位跻身国家领导人的澳门人，并顺利连任第九、十、十一届全国政协副主席。马万祺也是第六届、七届全国人民代表大会常务委员会委员，第八届全国人大代表。马万祺于1935年曾患肺病，后由柯麟医生治好；晚年健康一直良好，并时常出席澳门各大政、商、传媒界宴会、春茗与接受访问，或者赴北京参加会议等等。2006年12月6日因心脏不适入住镜湖医院，因其地位重要之关系，中央于12月中旬派专家接至北京301医院休养，时任中共中央总书记兼国家主席的胡锦涛2