染色体的两条DNA链暂时性的打断，并允许其他染色体从断裂处通过。目前，DNA旋转酶在解链作用中的作用还不太明确。从定义上来讲，有两类拓扑异构酶：第一类产生短暂的DNA单链断裂；第二类产生短暂的DNA双链断裂。因此，第一类拓扑异构酶一次解开一个DNA超螺旋，而第二类酶一次解开两个超螺旋。原核生物和真核生物中的Topo I酶都是第一类拓扑异构酶。真核生物中的Topo II酶、细菌的旋转酶和细菌的Topo IV酶都属于第二类拓扑异构酶。需要记住的是DNA旋转酶事实上进行的是第二类拓扑异构酶作用。因此，它和