忽必烈之孙宣德王不答失里的后裔。元顺帝时，其始祖为阿迷州达鲁花赤（蒙古语意为“镇守者”），监理军务、掌握地方实权。1368年，明朝政权建立后，其在云南阿迷州的统治地位自然结束，家族遂落籍开远。伍士琪是不答失里第十三世孙。
生平.康熙二十年（1681年）八月，伍士琪赴省城参加乡试，喜中举人。此后累年应考会试，终不第，遂踏上仕宦生涯。康熙三十八年（1699年），调任湖南平江县知县。时邑吏治腐败，政务紊乱，有令不行，有禁不止。百姓乘机拖欠税赋，已成风气。士琪率员深入家户，并不急于追征