与此同时林葱土司走向衰落，丧失了霸权地位，其辖境也被逐渐蚕食。1728年（雍正六年）归附清朝，以其地置林葱安抚司，册封其土司为安抚使。18世纪中叶，林葱土司试图收复昔日被德格土司侵占的领地，被德格土司洛珠降错大败，降为附庸。1910年（宣统二年），赵尔丰在康区进行改土归流，巴塘、理塘、德格、明正等颇具实力的土司都被废除。林葱土司登珍曲吉为求自保，被迫主动提出改流。林葱土司、高日土司和春科土司的领地被改流，并入登科府，原土司降为世袭把总。1918年，西藏与川军发生第一次康藏边界纠纷，十三世达赖喇嘛派兵