苏哈托被迫于1998年5月下台，结束32年执政。1999年，东帝汶举行公投决定独立，也结束了25年来印度尼西亚备受国际谴责的军事佔领。苏哈托下台后，民主化进一步巩固，包括地区自治，并于2004年进行首次总统直选。政治及经济上不稳定、社会动盪、贪污及恐怖主义延滞了民主化进程，但于近年来经济情况有所好转。虽然在不同宗教及种族间尚称和谐，但仍有各教派间的不满及暴力事件发生。与亚齐分离主义的冲突也于2005年告一段落。
政府及政治.印度尼西亚为总统制共和国，採行单一制，政治权力集中于中