红卫兵洗劫摧毁，成为一片废墟。拆寺工程从1966年8月19日村民响应号召开始。从全寺喇嘛聚会念经的“措钦大殿”开始拆，然后一座接一座地把全部的僧舍都拆掉。炸药也被用于加速“拆寺工程”。炸药引爆后就由一组组的人用十子镐把整座寺夷为平地。当地的僧侣成功地把宗喀巴的雕像藏了起来；这是文革中唯一逃过洗劫的文物。其它所有的一切全部被摧毁。废墟在1969年，又一次遭到破坏；在西藏其他地区人的眼中，甘丹寺周围的村民在文革期间最为激进，所有建筑材料全部被分发出去。到此为止，500多年历史的甘丹寺不留一石一木。大量僧侣逃难