九枪击案影响而以微弱差距败选，陈水扁和吕秀莲惊险连任正副总统。2005年县市长选举，民进党大惨败，流失台湾大多数的县市执政权，苏贞昌辞去党主席为败选负责。2006年8月，已经退党的前党主席施明德发动百万人民倒扁运动，要求时任总统的陈水扁下台，陈水扁政府开始摇摇欲坠。同年9月，前党主席林义雄宣布退出民进党。2008年总统选举中，民进党提名时任代理党主席的谢长廷以及苏贞昌来参选正副总统，谢长廷和苏贞昌都曾做过陈水扁政府的行政院长，但谢长廷和苏贞昌由于受到陈水扁家族贪腐案的影响而败给了国民党提名的马英