月球南极陆地附近突出的第谷坑东南，西侧毗邻隆哥蒙塔努斯环形山、北面坐落了奥龙斯环形山和更小的普罗克特环形山、利切蒂环形山位于它的东北、东侧靠近赫拉克利特环形山和居维叶环形山，马吉尼环形山的东南和西南分别矗立着里利乌斯环形山和克拉维斯环形山，而南面则是德吕克陨石坑。该陨坑中心月面坐标为，直径155.58公里，深约5.05公里。马吉尼环形山的坑壁已严重磨损，部分地区带有撞击形成的凹槽，其东侧坑壁上覆盖了多座相联的撞击坑，而东南侧壁被也已磨损的卫星坑-"马吉尼 C"击破。构成马吉尼环形山的原始坑壁已残存极少，