后长期休养。1943年，中共中央组织部、中央党务委员会、民运工作委员会、中央统战部、海外工作委员会、中央研究局合并为中共中央组织委员会，康生出任副书记。
中华人民共和国.1946至1949年第二次国共内战期间，康生担任中共中央华东局副书记，中共山东省委书记、山东省人民政府主席。在山东等解放区搞土改，并推行极“左”路线。由于在土改中违反中央政策，导致多名地主死亡，被毛泽东批评，但未受实质性处罚。1948年，康生对其为中央政治局委员，只出任中共中央华东局副书记兼山东省委书记的安