乌丁二世继承王位，在1530年返回柔佛建立苏丹政权，继续展开复国战争。1533年，阿拉乌丁首次率军攻打马六甲，但战败而回。1535年，葡萄牙连续攻打柔佛，双方互有胜负。1536年，阿拉乌丁的首都麻坡被葡军攻陷，被逼向葡萄牙求和，葡萄牙承认阿拉乌丁为柔佛苏丹，25年的复国战争告一段落。阿拉乌丁一直居住在柔佛，并放弃马六甲苏丹的称号。1540年，阿拉乌丁建都旧柔佛。复国战争刚落下帷幕，柔佛苏丹国马上又卷入另一场旷日废时，规模更大的三角战争。战争始于1537年9月至1636年，柔佛除了对付旧敌葡属马六甲之