因为兵力装备悬殊，在姜绍祖被俘后，义军于7月23日退入苗栗整补。此时总兵李惟义及副将杨载云已于苗栗竹南尖笔山部署新楚军，掩护义军撤退。6月26日，刘永福继任台湾民主国总统，为台湾民主国第二任总统，仅自称「帮办」。全台防务仍由较资深的李惟义主办。这阶段，台湾民主国除了台籍客家人为最主要反击力量之外，亦有以苏力、苏俊、林久远、陈小埤为主的三角涌闽南族群民勇，他们主要战场，乃是在台北附近对日军的后勤与军伕部队展开一连串袭击。7月13日清晨五时许，日军近卫师团特务曹长樱井茂夫率领之运粮船