次国共内战期间，复以中原军区第2纵队第3旅副旅长、豫皖苏军区汝南军区分副司令员等职位，在中原突围和淮海战役中参与战斗。1949年中华人民共和国成立，卜万科出任河南军区信阳军分区司令员。1955年被授予少将军衔，并获颁二级八一勋章、二级独立自由勋章、二级解放勋章等荣誉。