和结盟宗（胡安娜被迫逃离丈夫），结果在1562年的鲁昂围攻时中流弹死亡。胡安娜成为寡妇之后，立刻下令在王国内驱逐天主教神父、禁止在贝阿恩举行天主教弥撒。面对教皇的威胁，她毫不妥协，并挫败了好几次阴谋与叛乱，譬如教皇曾计画将胡安娜绑架到并转送到西班牙的宗教裁判所囚禁；之后又宣布没收她的领地财产、主张纳瓦尔王国可被任何人侵略并统治，以消灭「异端」的胡安娜（幸好以上宣布受到法王查理九世及王太后凯瑟琳·德·美第奇的抵制而无效）。1567年她颁布一项法令，在纳瓦尔王国确立了对结盟宗的信仰。1568年，她决心联合拉罗