极少出现的双糖单元是由含有 3-O-硫化葡萄糖胺（GlcNS(3S,6S)） 或含有胺基的葡萄糖（GlcNH）所组成的双糖单元。在生理状况下，肝素的酯基与酰胺基会去质子化并吸引带正电的离子来形成盐类，制药级的肝素通常也是以盐类的方式给予。一豪威尔单位的肝素大约等于 0.002 毫克的肝素。肝素的单位是以可以在摄氏零度下维持 1 毫升的猫血不凝固 24小时来制订的。
立体结构.因为艾杜糖醛酸在寡糖内部可以以两种不同的构形存在，使肝素具有复杂的立体结构。除此之外，邻近的葡