明朝封为顺义王，在蒙古推广黄教，向外扩张势力，一部迁居青海。17世纪初土默特衰落后，一支东迁至辽西，为清代土默特右翼旗的前身；在1628年丰州滩的土默特部，被蒙古末代大汗林丹汗（察哈尔部）击溃，明崇祯五年、后金天聪六年（1632年）降附皇太极，清代称归化城土默特；同年，青海地区的土默特被外喀尔喀的绰克图台吉残破。另一部分土默特部蒙古人由星根达尔汉率领，因攻占世居扈伦国张城那拉氏的领地而改姓那拉，其后部众迁居叶赫河，因而号「叶赫国」，成为女真叶赫部组成部分。