十七年（1599年），郭子章受命为右副都御史、贵州巡抚，与湖广川贵总督李化龙合力剿灭播州宣慰使杨应龙叛乱，消灭了盘踞播州二十九世八百余年的杨氏土司。此后，又多次平定杨氏余党叛乱。万历三十五年（1607年）告老还乡。万历四十年，以前后叙功，加太子少保兵部尚书、右都御史，阴一子世袭锦衣卫。万历四十六年（1618年）逝世，卒年七十六岁，葬故里井坑。赠太子少保，谥文定。
平播战役与治理贵州.万历二十四年（1596年），历代世袭播州（今贵州遵义）宣慰使的土司杨应龙叛乱，战火波及四川、贵州