民党第五届中央执行委员，转任国民政府交通部部长（实际由俞飞鹏代理）。
与汪精卫的诀别.抗日战争爆发后的1938年（民国27年）6月，顾孟余当选国民参政会参政员，并且重新担任中国国民党中央宣传部部长。同年12月，汪精卫离开重庆之前，顾孟余曾试图劝说汪精卫回心转意，但未果，遂与汪精卫派诀别。1941年（民国30年）7月，出任国立中央大学校长。1943年（民国32年）2月，任三民主义青年团第一届中央团部指导员。1945年（民国34年）5月，当选中国国民党第六届中央执行委员