西的托莫里猪笼草和产自斯里兰卡的滴液猪笼草与新几内亚猪笼草之间存在着密切的近缘关系。他还指出：“新几内亚猪笼草与巴布亚猪笼草的营养组织十分的相似，只因为生殖组织上的一些不同，才促使我将其建立为一个新物种。”它们的区别在于，巴布亚猪笼草的花序为典型的总状花序，而新几内亚猪笼草的更类似于圆锥花序。此外，巴布亚猪笼草的花梗通常只有一朵花，而新几内亚猪笼草的最多可有4朵花。而在营养组织上，巴布亚猪笼草叶片的纵脉明显但羽状脉不明显，而新几内亚猪笼草恰好相反。巴布亚猪笼草叶片上的毛被比新几内亚猪笼草密集。巴布亚