告老还乡，后不被批准，改任国子助教。当时国子监中诸位学生多出自豪门，李在国子监严立教规，旦夕督导。朝廷纷纷赞许其贤才。后升任监察御史，奉命巡视岭南，当时琼州府吏诬告知府，后李叔正经过调查，发现与事实不符，于是将诬告事宜具奏朝廷，后使知府伸冤，得到明太祖朱元璋的赞许。后升任礼部侍郎。洪武十四年，升任礼部尚书，在任上去世。李叔正有妻夏氏，当时陈友谅攻陷南昌时，夏氏投井自杀。李叔正之后再未娶妻。