015年2月20日，《好莱坞报道者》表示拍摄被麦奎里、克鲁斯和一位不知名的第三者叫停，以腾出时间重制影片的结尾。2015年3月12日，影片杀青。2015年6月24日，阿里巴巴集团旗下的阿里影业宣布已与美国派拉蒙影业签署合作协议，阿里影业将投资其首部好莱坞电影《职业特工队：叛逆帝国》，并成为中国区的官方宣传合作伙伴。此电影为首部中资挹注的不可能的任务电影。
配乐.电影配乐由此前在《煳涂绑架事件》和《侠探杰克》与导演麦奎里有过合作的乔·克雷默制作。2014年9月，克雷默宣布担任影片