洲的原住民就进入了现在的曼尼托巴境内，冰川退化后最先暴露出来的地区是乌龟山地区（Turtle Mountain area） 。欧及布威人,克里人,甸尼族人,苏族人，以及在该省先后建立了定居点，还有其他部落的人进入该地区进行贸易。 在马尼托巴北部，人们开采石英矿用以制造箭头。 马尼托巴最初的农业出现在红河沿岸，在与欧洲殖民者接触之前种植玉米和其他农作物。1611年，亨利·哈德逊到达了哈德逊湾，是最早抵达曼尼托巴省的欧洲人之一，在回程的时候船上发生了两次叛乱，亨利被船员们流放到北美海域，从此下落不明。第一个