系进行“帝国会战”游戏，除了教皇国、蒙古、帖木儿、阿兹特克（只在“帝国会战”晚期的美洲大陆中出现）和叛军。
地区.每个派系控制一定的据点，而为了继续发展，则必须征服其他派系。和先前的全面战争系列游戏不同，中世纪II拥有两种据点：城市和城堡。这两种据点优缺点各不同。城堡防御更好，能够招募更多职业军队，但收入较低，教堂可以升级的级数也较低，且无法使用更高级的民用科技。城市收入较高，是一个派系的科技中心，但易攻难守，只能训练民兵。除了部分特有单位外，民兵总体上较那些在城堡里训练的职业军队