国使馆隔御河相对。该日本使馆的设计师是日本建筑师真水英夫。使馆兴建时保留了肃亲王府花园内的部分树木、山石、围墙。中华人民共和国时期，日本使馆旧址成为北京市人民政府办公区。2001年，日本使馆旧址作为东交民巷使馆建筑群的组成部分，被列为第五批全国重点文物保护单位。2012年，北京市启动了该市自中华人民共和国成立以来规模最大的“名城标志性历史建筑恢复工程”和“‘百项’文物保护修缮工程”，投入10亿元人民币用于保护。日本使馆旧址被列入“‘百项’文物保护修缮工程”。2012年，北京市测绘设计研究院开始为