守沈阳并于1947年11月兼任国民政府主席东北行辕政务委员会委员，后任东北剿匪总司令部秘书长。辽沈战役沈阳陷落后吴出逃，1949年春离开上海前往台湾。后任东吴大学法学院教授及第一商业银行研究室研究员。1952年任行政院设计委员。1954年任光复大陆设计研究委员会委员。1960年任总统府参事。在政治以外领域，吴瀚涛还担任过万国道徳总会常务理事、『道徳季刊』总编辑、中华文化复兴推行委员会副主任委员等职务。1988年12月22日，吴瀚涛在台北市病逝，享年94歳。