秦州刺史刘藻合兵进攻汉中，乘胜长驱，进逼南郑。四月，萧懿击退北魏军队，解汉中之围，以功进号征虏将军，增封食邑三百户。建武三年五月己巳（496年6月3日），萧懿迁任督益宁二州诸军事、益州刺史。建武四年（497年），萧懿入朝，担任太子右卫率、尚书吏部郎。永泰元年（498年），萧懿出京担任使持节、都督郢司二州诸军事、征虏将军、郢州刺史、建安王萧宝夤军府的长史，行郢州事。萧懿第三弟辅国将军、雍州刺史萧衍派遣辅国录事参军张弘策前往郢州，以嗣主残暴、辅臣无能等理由劝说萧懿与其联合起兵。萧懿听到此话后，颇为不悦，不肯