知名鑑识专家李昌钰博士自美来台进行鑑识，推论为一人一枪所犯，随后的侦查依此脉络进行。3月20日，选举开票结果出炉，陈吕配以0.228%之差险胜连宋，蓝营人士认为枪击案影响该阵营选情，使陈水扁连任成功。蓝营群众发动游行展开抗议。期间，以亲民党籍立法委员邱毅为首的多位立委以宣传车冲撞地检署，造成多名员警遭到撞伤；国民党主席连战并在落选的群众讲话上疾唿，提出选举无效及当选无效之诉。最终，司法体系的台湾高等法院于2004年11月4日下午4时2分正式宣判，驳回「陈水扁当选无效之诉」，连战败诉定谳。对于枪击事件