于同年十二月的国民大会代表选举中，余登发获冈山地区人士支持当选第一届国民大会台湾省代表，在冈山区长黄应枢劝诱下加入国民党。并到南京参与国民大会，在南京见到国民大会大会堂前遭抬棺材抗议选举舞弊，以及听闻李宗仁从安徽省主席处以卡车载钞票到南京活动才当选副总统。使余登发对于国民党内的分裂以及选举违法舞弊有了第一手观察。1949年5月，余登发于桥头乡长届满前，竞选高雄农田水利会，击败官派高雄县长毛振环等人当选。在主任服务期间致力于地方水利建设并且捐献私财建设地方。并且制止了原来的总干事潘葛利用职权赚钱，以及