直隶范围设为江南省，下分置左、右布政使，同驻江宁，又设江宁巡抚（驻苏州府，领江宁府、苏州府、松江府、常州、镇江5府），凤庐巡抚（驻淮安府，领淮安府、扬州府及凤阳府、庐州府4府及徐州直隶州）和操江巡抚（驻安庆府）。顺治四年（1647年）设江南、江西、河南总督（翌年改为专辖江南、江西，即为两江总督），亦驻江宁。顺治六年（1649年），以漕运总督兼巡抚事，废凤庐巡抚一职，漕运总督兼辖淮安、扬州、凤阳、庐州4府及徐州。顺治十八年（1661年）元月，右布政使司移驻苏州，辖江宁、苏州、松江、常州、镇江5府。