漂泊到了伊势国。翌年3月回到吉野成为皇太子；同年8月15日接受父亲后醍醐天皇的让位践祚，是为后村上天皇。1348年（正平3年/贞和4年），室町幕府的执事高师直袭击吉野，后村上天皇前往纪伊花园（今和歌山县葛城町）避难，后来移驾大和国的贺名生（今奈良县五条市）。1350年（正平5年/观应元年），足利氏一族发生内讧（观应扰乱），足利直义在与执事高师直的争权中失败，投奔南朝。次年足利直义在播磨国光明寺城（光明寺合战）和摄津国打出滨（打出滨之战）大破足利尊氏。足利尊氏以胁迫高师直出家为条件，同足利直义达成了和解；