理藩院尚管辖内馆、外馆、蒙古学、唐古特（西藏）学、托忒文学、俄罗斯学、木兰围场（清代皇家猎苑）、总管驻京喇嘛印务处（负责管理北京，东、西陵，热河，五台山等各喇嘛寺院的工作）、则例馆（处理部门内的法律条文、定例、办事程序、文案）等机构，以及派出司员，笔帖式作为中央朝廷在外藩的驻官，处理外藩事务，定期轮换。
衰落.在咸丰十年十二月（1861年1月）成立总理各国事务衙门以后，兼办对俄外交事务的作用被总理衙门接管。在光绪三十三年（1907年）九月，清末新政实行行政改革期间，改名爲理藩部