长四年（1252年），随着前代征夷大将军藤原赖嗣被罢黜，送还京都，十一岁便就任将军。身为后嵯峨天皇的长子，因母亲身份低微而没有继承皇位的希望。另一方面执权北条时赖避免藤原赖嗣之祖父摄政关白九条道家为首的政治威胁，废除藤原赖嗣将军之职，结束了经历藤原赖经、藤原赖嗣两代的摄家将军，拥立宗尊亲王为征夷大将军，开创皇族将军的幕府时代。宗尊亲王成为北条氏支配的傀儡，在政治上毫无建树，但在和歌方面却有很大贡献，对鎌仓歌坛的佼佼者。文永3年（1266年）北条时宗以宗尊亲王涉嫌谋反的罪名解除其征夷大将军之职，以