而改任户部右侍郎兼左佥都御史，总督漕运，巡抚凤阳诸府。当时，倭寇未平，王廷提议在长江南北分别设立专门的总兵，后成为定制。转户部左侍郎，升南京礼部尚书，后召为左都御史。
去职.隆庆初年，因反对监察御史齐康为高拱弹劾徐阶、逮捕给事中张齐受贿，被高拱所忌恨，被斥为民。
晚年.万历初，浙江巡按御史谢廷杰为毛恺辩解，毛恺得到复职。四川巡抚曾省吾借机进言，请求按例复王廷官职，朝廷下诏，令王廷以故官致仕。万历十七年（1591年）卒，谥恭节。