士兵疲弊，士兵想要东归。樊崇判断东归大军必然瓦解，决定进攻更始帝占据的长安。更始二年（24年）冬，樊崇军从武关、徐宣军从陆浑关，进入三辅。更始三年（25年）正月在弘农郡两军合兵。赤眉军击败更始军，到达弘农郡华阴。同年六月，赤眉军拥立刘盆子为皇帝，年号建世元年。樊崇因勇勐为最高领袖，但不会写字也不会计算。徐宣通《易经》，樊崇让出丞相之位给徐宣，自己担任御史大夫。后赤眉军攻下长安，灭更始政权。樊崇、徐宣不能约束部下，长安周边被掠夺得一片狼借。最后，和周围势力作战疲弊，粮食不足，建世二年（26年）十二月，