淮上军张汇韬部光复，倪毓棻和宁继泰（倪嗣冲的岳父）逃到周口，投奔安徽布政使、武卫右军左翼长倪嗣冲。倪嗣冲命倪毓棻任募兵督办，到豫东、皖北募兵，倪毓棻乃收编老巡防营石忠玉部两个营及若干散兵。1912年1月下旬，安庆的革命党人段志超、管鹏率部同淮上军余部及柏文蔚第一军卢慈甫部会合，将倪嗣冲部包围在阜阳城。倪毓棻闻讯后率部驰援，解除了民军对阜阳的包围。中华民国成立后，倪毓棻任职于武卫右军营务处，后又任武卫右军参谋长。民国二年（1913年），永城人黄二诚领导饥民发动起义，攻占了蒙城县并杀害了蒙城县知事韩士英。安