农合一政策成为强国，并北上攻打四国其他大名。1585年统一四国全岛，但不久后丰臣秀吉派兵登陆，长宗我部元亲被迫投降，并失去土佐以外的领土。元亲之子长宗我部盛亲在元亲死后继承家督，在关原之战中支持西军并战败，失去领土成为浪人。大坂之阵中加入丰臣军协助防守大坂城，最后战败。盛亲被德川军成员蜂须贺氏的家臣长坂七郎左衞门所捕获，最后被斩首，长宗我部氏直系绝后，但旁系没有灭绝，元亲的四弟岛亲益（长宗我部国亲指染家臣岛氏妻子所生的私生子）的子孙岛亲典于大坂之阵时加势丰臣家，败北后返回土佐国，其后岛氏便成为土佐藩的下士，