康熙六年（1667年），封一等海澄公，世袭十二次。康熙十三年（1674年），耿精忠谋反，传檄至漳州。黄梧方病疽，闻变惊恚，卒，终年57岁，谥忠恪。
死后.由于黄梧降清后曾向满清政府提议破坏郑家祖坟，引起郑家对他的仇恨。三藩之乱爆发后，郑经一度率军反攻中国大陆。康熙十四年（永历二十九年，1675年）十月，漳州投降郑经，郑经即派人挖开黄梧的棺材，车裂黄梧的尸体，并将其枭首。