保护鸬鹚与鱼类数目也息息相关，始终是渔人和鸟类保护者之间的争论之处。1976年人们开始在伊萨尔河三角洲重新放生河狸，从这里河狸向上游进发，有一只河狸甚至直接住在德国博物馆附近。部分伊萨尔河内的鱼受威胁，比如多瑙哲罗鱼和欧洲六须鲶，除这些鱼外主要以鳟鱼和鲈形目鱼类为主，其它鱼有杜父鱼、狗鱼、高体雅罗鱼、拟鲤、江鳕、丁鱼岁等。尤其在下游伊萨尔河拥有典型的多瑙河鱼类，比如七鳃鳗和鲟鱼。伊萨尔河内总共有约50种当地的鱼种。总的来说从源泉到注入多瑙河伊萨尔河可以分三个阶段：从源头到棱格里斯为鳟鱼地区，从棱格里