52年9月，调任中共上海市委常委、组织部长，上海市人事局局长。1954年，调任长春第一汽车制造厂，任党委书记。数年后生产出解放牌汽车、东风牌汽车和红旗轿车。1965年9月，他调任中国科学院华东分院院长兼党委书记。文化大革命期间，1966年8月，康生、江青挑起“六十一人叛徒集团案”，意图打击刘少奇一派干部。同年11月，南下的南开大学、吉林师范大学红卫兵及长春一汽的造反派先后找到赵明新纠缠此事，当时华东局书记处书记魏文伯为此解释。1967年一月风暴后，张春桥支持中科院华东分院各造反派夺权，赵明新首当其冲。但