员并不懂得海军运作，也不知道怎样培养海军素质，聘请外教能力有限，该校并无足够的海军课程。学堂学制为期5年，毕业后，前学堂学生派往船厂实习监工，后学堂学生则要上训练舰实习驾驶。成绩最优异者之后再被送往欧洲学习，造船学生派往法德各大船厂，驾驶学生派往英国皇家海校深造后再入英国海军任。中法战争后南洋舰队损伤大半，正好北洋舰队需要人才，李鸿章便把南洋舰队的人力北调。而南洋舰队的人员又都是从「马尾」毕业的，在这种情况下，北洋舰队清一色都是从「马尾」训练出来的人物。若说甲午战争是李鸿章「以一人敌一国」，则黄海海