在规划南湖小镇片区，现南峰村设南峰站，在跳头村设南湖站后进入地下，在杭泰路路口东侧绿化带设中泰站，在城东路路口设禹航路站，之后下穿余杭收费站匝道后向北拐入东西大道，沿道路走行，在规划凤新路路口设凤新路站，出站后线路绕过青枫墅园转入规划水乡北路，线路终于绿汀路站，在此与3号线平行双岛同站台换乘，与5号线叠落平行换乘。
设计.16号线装修风格为“光耀杭城”，车站空间以科技文化元素为主题设计。16号线各站站台显示屏除了实时显示列车到站信息之外，还能显示当前列车各车厢的拥挤程度。拥挤程