荣耀过后，却是争端的开始，因为内部一些纷争，使得球队开始分崩离析、积弱不振；在03-10年8个球季之间，也仅在05年及07年球季以分组第一姿态进入季后赛，却也都在外卡季后赛败下阵来，2010年球季更是继05年球季之后再次10胜达标，却因同组实力过强(亚特兰大猎鹰13胜第一、纽奥良圣徒11胜第二)，屈居分组第三，无缘季后赛，对比当年国联西区第一的西雅图海鹰仅以7胜9负就打进季后赛，显得格外讽刺。
再次迷航的时代（2011年-2019年）.或许是10年的刺激实在太大，海盗队至此一蹶不振