以保全其性命。神宗不从，责蔡时鼎怀疑、诽谤君上，降为极边地区的杂职，不许推用。蔡时鼎最终被谪为马邑典史，到任后了解民情、敌情，后辞官归家。十二月，南京御史王籓臣、给事中王嗣美等交相上章相救蔡时鼎和同时因言获罪被贬的南京御史王学曾，被夺俸一级。礼科给事中王士性上疏请求召还蔡时鼎等，忤旨，无果。万历十五年（1587年），起用为太平府推官，代行知府事。八月，被吏部推为南京刑部广西司主事，神宗不许。御史王世扬请求如石星、海瑞、邹元标例起用蔡时鼎，无果。万历十七年（1589年），进南京刑部主事，不久转南京吏部验封司主