盟军总司令部解散该部门后，林又经内阁会议任命为内事局长官，1948年1月起上任，在该临时过渡机构运作的90天内，负责于公安委员会成立之前接续内务省对日本警务系统的管辖权。同年6月至8月间，正值宪法改正与战犯审判实施之际，宫内府（1949年6月改制为宫内厅）也进行了人事异动，支撑战败后宫廷事务的两位天皇近侍——侍从长及次长均辞官告退，林敬三于8月2日入府接替加藤的次长职位，一直当到1950年为止，并成为昭和天皇的亲信，也是当时日本少数能与天皇见面、对话的人士之一。
武职生涯.19