仍由巡航首领专掌。1586年，孟尼斯再授予澳门与印度柯枝（Cochin）等相等的自治特权，每三年选举官员、普通法官一次。澳门取得了「市」的资格，被称为「天主圣名之城」（Cidade do Nome de Deus）。在伊比利亚共主联盟时期内，澳门的葡萄牙人按照规定向西班牙国王宣誓效忠，但议事会则按协议继续悬挂葡萄牙国旗。1640年，葡萄牙光复。1654年，葡萄牙国王若昂四世赐给澳门“无比忠贞”（）称号。1623年，澳门总督到澳门到任就职时，澳门总督亦只负责澳门防务事宜。直至1783年4月4日，葡萄牙