年，塔夫托和罗斯福渐行渐远终至决裂，其中的重要原因就是罗斯福坚持认为仲裁实在幼稚，重大国际争端只能靠战争解决。
菲律宾时期.1900年1月，塔夫脱受命前往白宫，以为总统会提名他进入最高法院，但麦金莱其实是想他进入委员会，负责在菲律宾组织民事政府。总统需要他辞职接受任命，承诺只要这项工作完成，下一次最高法院出缺就提名塔夫脱。塔夫脱要求执管委员会，对任务成功与否负责，总统同意后，塔夫脱于1900年4月赶赴菲律宾。美国介入意味着菲律宾革命融入美菲战争，菲律宾人为独立而战，但1900年