澳门而纷纷直接前往广州贸易，贸易重心转移。广东地方官员亦制订详细办法，管控当地增长的外商和外贸活动，包括要求外商仍要在指定场地居留，必须有同业组织指定的富有华商做「担保」，而不遵守的外商有机会无法获得当地服务和生活用品。转变中代为外商服务的牙行不断壮大，万历后朝贡贸易的变体公行逐步形成：即专门代理外贸的买办商人十三行，市舶司的外贸具体业务也为牙行所操纵。1582年（万历十年），葡萄牙教士利玛窦应召前往中华传教，8月7日到达广州香山澳（澳门），宣传天主教教理，在广州城时下榻怀远驿，翻译西洋学科数种，往返广