端（磷酸基团端）称爲首端，将其3'端称爲尾端。翻译时核糖体读取mRNA的方向爲5'端到3'端。阅读框架一共有三种，划分各相隔一个硷基。通常来说，一段硷基序列只採用一种阅读框架（这种阅读框架称爲开放阅读框（ORF）），而另外两种读框则因爲会频繁出现终止密码子而被关闭。但在一些病毒内，一段硷基序列却可以採用多种重叠的读框。哺乳动物也有相似的例子：由线粒体DNA中编码ATP酶的两个亚基的区域转录出的mRNA在同一序列区域有阅读框架重叠的现象。
开放阅读框.一个开放阅读框（ORF）指m