自该支的卡尔·泰奥多尔最终于1777年幼支宣告终结后作为长支的后人回到巴伐利亚统治）。三十年战争中的1623年，巴伐利亚公爵马克西米利安一世作为的首领积极协助哈布斯堡家族的时任神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世镇压属家族长支的普法尔茨选帝候和波西米亚国王腓特烈五世，因而获授褫夺自普法尔茨的选帝候席位，巴伐利亚公国由此升格为巴伐利亚选候国，并永久占领了上普法尔茨。马克西米利安一世的孙子、巴伐利亚选帝候马克西米利安二世埃玛纽埃尔曾担任末任西属尼德兰总督（1692-1706年），以及卢森堡大公（1712-14年）。马