铁路终止运行所有夜间列车。1964年11月，台风琼（Joan）和艾瑞斯（Iris）对越南造成广泛破坏，亦令已经脆弱不堪的南越铁路更为雪上加霜。至1965年中，南北铁路和与之平行的国道1号已经多处被切断。
越南战争.东京湾事件后越南战争逐步升级，在整场越战中北越的交通运输系统都是重要的攻击目标。1965年3月2日，美国空军率先开展了名为“滚雷行动”大规模轰炸，直到美国自1968年11月1日起停止对北越的轰炸活动。从1965年6月至1968年10月，美军在北越铁路沿线共投放了逾288,