99年1月，香港终审法院作出判决，撤销对《入境条例》的修订，并宣布香港终审法院有权审查全国人大及其常委会的立法行为。肖蔚云乃和参加过《中华人民共和国香港特别行政区基本法》起草的中国人民大学教授许崇德、外交部法律顾问邵天任、中国社会科学院法学研究所研究员吴建璠一道，通过《人民日报》发表谈话，批评香港终审法院，一时震动香港。4位法学家由此在香港获得了“四大护法”头衔。2000年，肖蔚云应澳门科技大学董事会邀请，创办澳门科技大学法学院，并担任院长。去世前，肖蔚云担任北京法学会名誉会长、中国宪法学研究会名誉会长