记载起始于16世纪安土桃山时代由天主教传教士进行的传教活动，但因基督教与日本原有的神道教及佛教发生冲突，在丰臣秀吉当政时开始受到迫害，江户时代更被大规模禁止，导致日本基督徒的活动被迫转入地下；至明治维新后，日本才重新开放基督教传播，新教、正教会等其他基督教宗派也在此时开始传入日本。现今根据日本政府在2017年底的统计，日本信奉基督宗教的人口约191万，佔日本全国居住人口（含旅日外籍人士）约1.1%。
战国时代至安土桃山时代.基督教聂斯脱里派（中国称为景教）于5世纪顷、由秦河胜等人传