不早于唐玄宗开元十一年（723年），不迟于十五年（727年）。天宝年间入仕。因有办事的才干器局，累授监察御史、殿中侍御史、青苗使判官，迁虞部员外郎。唐肃宗上元二年（761年）春出为潭州刺史，秋季离任，与族人元结（同为拓跋姓之后）同为尚书郎，同在荆南节度使吕諲幕府；元结有诗作《》。后源休入京，为主客郎中，迁给事中、御史中丞、左庶子。其妻是吏部侍郎王翊之女，夫妇因小忿而离婚，妻族上诉，下御史台审理，源休迟迟不回应，被除名，发配流放到溱州。久后，改流放岳州。
出使回纥.建中初年，杨炎执政