1887年（光绪13年），建省后调整行政区划，台湾府治迁至中台湾，原府治改为新设的台南府，成为三府十一县四厅一直隶州；于官署方面，台南府设置台南府知府等官员，府治位于安平县（今台湾台南市），辖境大约为现今的嘉义县、嘉义市、台南市、高雄市、屏东县、澎湖县。光绪二十一年（1895年），甲午战争清廷战败签订《马关条约》割让台湾，同年5月日本重订台湾行政区划为三县一厅，台南府遂告废置。