H及I）及折叠形态都需要一定的长度。这即是指两个在一级结构邻接的残基必须形成相同的氢键模式。如果螺旋或折叠的氢键模式太短，就会分别以T或B来编码。当中亦有其他蛋白质二级结构编号，但却较少使用。
DSSP氢键定义.由于二级结构是以氢键来定义，所以氢键的正确定义十分重要。DSSP内二级结构的标准氢键是一个纯粹静电模型。对于羰基的碳及氧，指定的电荷分别为：而对于氨基的氮及氢，指定的电荷则分别为：而静电能是：根据DSSP，一个氢键只有在E少于-0.5 kcal/mol才会存在。