0日正式启用，首班停靠的列车为南宁至上海的180次列车。1999年本站至金华东站区间建成第三线。金华西站作为原浙赣铁路上的大站，所有旅客列车均需要在该站停车换挂，造成运输能力紧张：高峰期间1条股道上曾有10辆机车停靠等待换挂，而部分下行列车曾在前方塘雅站被扣停长达两个多小时以等待进站。为提高线路的利用率，从2006年11月30日开始，上海铁路局开始试行至的机车长交路实验，有6对旅客列车不再在金华西站换挂。2006年底，金华西站又启动了低站台改高的工作：将原有高度300mm的2、3、4、5站台改为高度