始镜猴科的分类及演化历史被受争议。很多学者都指始镜猴科是简鼻亚目的基底、跗猴型下目基底或与兔猴科相近的灵长目基底。另外，始镜猴科的原始骨骼特征，难于与现今的生物拉上关系。例如始镜猴科缺乏了现今简鼻亚目的多种骨骼特征，如缩小了的镫骨肌内颈动脉、并翼蝶骨及颧骨互接等。始镜猴科亦在上中门齿间有空隙，估计牠们有鼻镜及人中，将液体输送至犁鼻器。始镜猴科亦缺乏了大部份眼睛猴的特征，如特大的眼眶及极度适合跳跃的颅后结构。在其他方面，始镜猴科在灵长目中是独立演化的。