中国人民解放军总后勤部。2004年5月，根据中央军委下达的部队精简命令，解放军第三〇九医院被并入中国人民解放军总医院，对内称中国人民解放军总医院第三〇九临床部，对外称中国人民解放军总医院第二附属医院。2009年8月，解放军总医院第二附属医院转隶中国人民解放军总参谋部，称中国人民解放军总参谋部总医院。2008年9月21日，北京市第一家国际氩氦冷冻肿瘤治疗中心在该医院挂牌。2009年，该医院被确定为工伤医疗康复双定点医院；2011年，中国人民解放军第三〇九医院康复医学中心在小西天中心门诊部揭牌成立。