埃米尔将城市交给青年布哈拉人。根据俄国的相关资料，埃米尔并未照做，而是杀害了布尔什维克前来劝降的代表以及数百居住在城中和城郊的俄国人。由于多数布哈拉人并不支持布尔什维克，加之装备不精、纪律涣散，其军队很快撤回了塔什干。但埃米尔的喘息只是暂时的。随着俄国内战结束，莫斯科重新着手恢复其在中亚的势力。1920年9月2日，装备精良、纪律严明的红军在伏龙芝的率领之下向布哈拉城发动了进攻。四天之后，埃米尔的要塞即被攻陷，苏维埃红旗被插上的尖塔。布哈拉末代埃米尔穆罕默德·阿里木被迫流亡至东布哈拉的杜尚别，终逝于阿富汗