个地方教会派出自己的代表，组成总会，该总会有权管理各个地方教会。当自由派神学侵入长老制教会之后，那些想要保守纯正教义、脱离宗派的地方教会必须离开自己买下来的教堂，因为教堂属于总会。而会众制教会则是独立、自治、自养的。会众制教会中某些地方教会有时组成松散的联盟，彼此合作一些事情，但都是自由加入和退出，如美南浸信会联会（the Southern Baptist Convention）。会众制教会有一个缺点，就是教会之间的交往和合作较少；但也有一个优点，就是并非铁板一块，所以不会产生一坏俱坏、一损俱损、全盘堕落的