境外预先清关的国际航班。于2012年6月，与捷蓝航空有合作关系的夏威夷航空开始使用第五航厦，而爱尔兰航空在爱尔兰预先清关的航班亦会使用第五航厦。2014年11月12日，捷蓝航空在第五航厦开设了国际抵港达大厅（T5i）。2016年7月1日起，TAP葡萄牙航空重办了甘迺迪国际机场至里斯本的航班服务，并使用第五航厦。2013年7月， Airspace Lounge于24号闸口附近开设了贵宾室，而爱尔兰航空的贵宾室则在2015年对外开放。2016年，捷蓝航空宣佈将全部航班转至全新的第五航厦运营，原有