职务上虽属平调，但是炮兵部队有弋引火炮的驮马编制，因此在预算提供上比步兵营充裕，且管带的支薪也较步兵营高。1909年，曹锟派遣吴到与俄国交界的吉林兴凯湖测量、绘图，在该年吴佩孚完成任务。宣统二年（1910年），第三镇对东北地方土匪进行清剿，吴佩孚与张作霖部队偕同击溃金寿山所集结的胡匪部队。宣统三年（1911年）武昌革命后，各省革命党人自行独立，袁世凯复出后，于1911年11月下令陆军第三镇开拔镇压山西革命军，该役炮兵部队逐出佔领娘子关的革命军，由于山西省的防线洞开，革命军最终无法抵御新式陆军而退出省