于3月30日正式提出辞呈，内容包含「日前奉示必须批准蔡堆局长之辞呈」、「而部分有心人士为遂行其政治目的仍不断杯葛政事」等，其希望在辞职后未来事件讨论的主轴回至飞安问题。萧万长随后并批准此辞呈，并指派林丰正接任交通部长。而当中之罹难者，包含了时任中华民国中央银行总裁许远东夫妇与外汇局长陈煌等行政官员。中华航空公司方面，当时华航最大股东中华航空事业发展基金会（航发会）于6月决定了董事会改组名单，只有董事长蒋洪彝获得留任，其余由各界领域人士担任；在此同时，确立了政府对航发会的主导权及华航未来的释股计画，以