画路线行经高山环境，有鑑于生态丰富，民间人士与专家学者忧感于公路的辟建，导致生态环境受到破坏，经政府核准设立玉山国家公园，使玉里玉山线为配合玉山国家公园，故变更原计画路线。台湾省公路局将大分至塔塔加鞍部之路线变更，南玉山垭口至塔塔加鞍部之路段是计画沿用楠梓仙溪林道进行改善，南玉山垭口至大分之路段则是新辟路线，行经安东昆山，跨越荖浓溪，穿过中央山脉。由于玉里玉山线的计画路线变更前与变更后皆会通过玉山国家公园，内政部营建署曾建议其路线沿楠梓仙溪林道，向南与南横公路衔接，后来台湾省公路局认为路线冗长而迂回