用携带式曲速传送装置逃亡至克林贡帝国统治的「克罗诺斯星系」。为了找寻哈里森来为派克复仇，寇克靠联邦上将亚歴山大·马库斯重任舰长一职，召集史巴克在内的所有船员开企业号前往克罗诺斯。为了避免克林贡和联邦的战争，马库斯命令寇克要利用31区研制的数十颗新型无轨迹光子鱼雷，在不被克林贡人发现的情况下狙杀哈里森。但轮机长蒙哥马利·史考特认为这些来源及发射效果皆不明的鱼雷有问题而拒绝签收，与执意要复仇的寇克发生冲突后只好辞职以示抗议。航行过程中，顶替轮机长职位的帕夫·契科夫不慎导致企业号的曲速核心故障，被迫停驶在克林