出现较大的温差，使河流生物难以适应。河道维修工程一般包括清理河岸和河床的工作，河床的沈淀物和植物会被挖走，生物的栖息地经常受到破坏，令生态系统难以复甦。河道整治工程施工期间，产生大量污染物影响水质，增加河流的悬浮物和沉积物。这些沉积物夹杂在砾石之中，鱼卵及很多无嵴椎动物便会因缺氧而死亡，对生态系统造成深远的影响。
康乐活动.在水质达到可接受水平后，有关单位于1996年6月在城门河首次举办国际龙舟邀请赛，亦进行过各种划艇及独木舟等水上活动。而每年端午节在沙田区的沙田龙舟竞赛亦在翠