后期，随着泡沫的崩溃和日益增值的日元，不良债务的问题渐渐的浮出水面。1991年12月，部分知情人比如铃木克治专务所提供的报告中称长银因为“泡沫而产生的不良债权可能已经超过了2兆4千亿日元”。但是直到1994年2月，长银才开始揭露自己的不良债权问题。当时大藏省坚信经济的不景气总会恢复，地价也会随之上升，所以采用了一如既往“护送船队方式”来暂缓处理银行的坏帐，同时也希望能给陷入困境的企业更多时间来还债。
国有化历程.在长银经营日益恶化的过程中，1998年3月，日本金融危机管理审查委员会