，遂命其充游击将军赴援，战孤山堡，击败寇军。阿鲁出后再入寇，王玺战漫天岭、刘宗坞及漫塔、水磨川，均获胜有功。升都指挥同知，充副总兵，镇守宁夏。成化九年（1473年），以将才与周玉一同举荐。成化十二年，擢署都督佥事，充总兵官，镇守甘肃。成化十七年，进署都督同知。当时，王玺以都督佥事为总兵官，而鲁鉴以署都督同知为参将，王玺恐难于节制，乞解其兵柄，得到批准。当初，哈密被土鲁番所佔领，并派将牙兰守卫。朝廷请议立哈密卫，王玺遣谍者离间牙兰，后牙兰归顺。同年，召集赤斤、罕东将士，犒以牛酒，协助罕慎夜袭哈密及剌木等八城，