发展成为继港澳码头和中国客运码头之后第三个跨境码头，于年底公开招标，最后由西北航运公司投得，原计划开办往澳门航线，但澳门特区政府港务局基于外港客运码头泊位不足及中国客运码头可应付需求等技术和安全考虑，否决申请。由于申请不获批准，承办商西北航运改办至珠海九洲港的海上客运航线服务。该码头长远计划是把航线则扩展至珠江三角洲，亦坚持要成功开办澳门航线。而码头的改建工程经过多番延误后，最终于2005年6月23日正式开始，于2006年9月初完成，于2006年11月3日开幕，于11月4日正式启航。跨境码头有三个泊位，