臣宣政的亲政公议政权，但真正的实权则是「萨长土肥」的藩士们掌握，其中萨摩的大久保利通与长州的木户孝允这两位萨长领袖的影响力特别大。但各藩士之间的理念不同，政府的体制也未成熟，因此政府内部经常出现政治冲突，连带影响到政府的组织改革。维新政府组织可以明治六年政变做为分水岭。在此之前新政府的组织以镇压叛乱、稳定税收和建制为主，加上公议的主张影响，因此主要实权集中在大藏省和兵部省，政府组织变动激烈。但明治六年政变后，以大久保利通和木户孝允为首的内治派见识到西方工业革命的富强，创立了内务省和工部省，和大藏省构成核