遵守《中苏友好同盟条约》的前提下，于1946年1月承认外蒙古独立。第二次世界大战结束之后，1947年12月，乔巴山在蒙古人民革命党第十一次全国代表大会上代表蒙古人民革命党中央作工作报告。在接下来的一生里，乔巴山一直希望统一整个蒙古，这一愿望在中国共产党于1949年建立中华人民共和国之后尤为强烈。然而，在「斯大林不会支持统一」这一事实渐渐清晰之后，他对这位先前认为的英雄人物的幻想逐渐破灭。1949年，乔巴山拒绝去莫斯科参加斯大林的70岁生日庆典，而是派泽登巴尔代替自己前去参加，使得他与斯大林的个人关系