有军事建制机构。永乐九年（1411年）正式开始行政管辖权。都司的主要官员初为派驻数年而轮调的流官，后为当地部落领袖所世袭。明成祖为了安抚东北女真各部，在归附的海西女真（位于松花江上游）与建州女真（位于松花江、牡丹江之间）设置卫所，并派宦官亦失哈安抚位于黑龙江下游的野人女真。亦失哈并于1413年视察了库页岛，宣示了明朝对此地的主权。在奴儿干都司官衙所在地附近建有永宁寺，立有永宁寺碑，清代曹廷杰于1885年曾拓回碑文。同时，明成祖撤去大宁都司，将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，