43年回到川大，并当选教授会主席。1946年起，先后受聘为上海《大公报》与香港《大公报》顾问，并曾任香港《大公报》编辑主任。中华人民共和国成立后，周太玄出任西南军政委员会与文教委员会委员。1951年任四川大学校务委员会主任委员（校长）。1952年任重庆大学校长。1953年调往中国科学院，历任编译局副局长、局长。同年加入中国农工民主党。1954年出任中国科学出版社首任社长、总编辑。1955年起兼任中科院动物研究所一级研究员，是中国腔肠动物研究的鼻祖。此外，他还曾任第二至四届全国政协委员。1968年在北京逝