有两栋站房，其中一栋由新干线专用，另一栋则是配合在来线路线修改而新设的在来线专用站房。两站房之间相距约50公尺，设有新干线检票口作为区隔。配合全线高架化的新干线路线，新干线站房採高架车站设计，站内设有一座单条乘车线的侧式月台，与一座设有两条乘车线的岛式月台。为了安全考量新干线月台上都设有月台幕门。至于在来线的部分则是设有一对相对式月台共两线乘车线，月台之间以跨线人行天桥连结。在车站迁建之前，船小屋站内原本设有一胶囊式的简易站房，是过去日本国有铁道（日本国铁）熊本铁道管理局下辖的车站中一种很常见的设计