计报告显示福州机场项目因决策不科学、建设规模过度超前、项目建设管理比较混乱、机构运营后体制不顺造成了后续经营的严重亏损。2003年，福建省与福州市两级政府就审计署调查结果展开整改，对机场进行重组改制。最终福州机场相应经营性资产及所有业务和特许经营权被厦门翔业集团接收，即成为如今元翔（福州）国际航空港。重组后，在基础设施日益完善和经营企业的妥善运作下，长乐机场在2005年首度实现盈利595万元。2010年，福州机场吞吐量达到最初设计的650万人次级别。同时也有观点认为机场经营管理不善导致严重亏损资在当时全国是