荒木辞去陆军大臣，统制派的林铣十郎任陆相，两派关系激化，林铣十郎在参谋总长闲院宫载仁亲王的支持下解除真崎教育总监职务，真崎的罢免引起皇道派军官极大不满，同年8月发生相泽事件，统制派首脑永田铁山被陆军中佐相泽三郎斩杀于其办公室。1936年2月26日，皇道派军人在荒木贞夫、真崎甚三郎等首脑的默认下，发动帝都不祥事件（二二六兵变、二二六事件），最后遭到镇压，3月10日真崎被编入预备役，4月21日开始接受宪兵的审问。在往后的1个月中他接受了共六次的调查，7月6日，真崎以“企图利用叛乱军”的罪名被陆军刑务所拘留，