超过一半已知的扁形动物属于寄生虫, 而且某些物种会对人类以及牲畜造成很大的伤害。血吸虫病是由吸虫纲裂体属的物种所造成的，是所有由寄生虫造成的人类疾病中第二致命的，仅次于疟疾。囊虫脑病变是当猪肉绦虫的幼体（囊尾幼虫）侵入中枢神经系统时产生, 是后天获得之癫痫的主因之一。这些寄生性物种在开发中国家的威胁来自于生食与未完全煮熟之食物受到欢迎，以及从高风险地区的进口。在低度开发的国家中，人们可能无法负担用以煮熟食物之燃料的费用，再加上设计不良之供水系统以及灌溉工程，使得不良的公共卫生及农业卫生提高被感染之风险。