在无意中撞向舰只。撞击事故中，埃姆登号共有9人死亡、20人负伤；他们因此成为了战争期间德国舰队的首批伤亡人员。随后，埃姆登号被调往波罗的海，担负通商保护的职责。它于12月2日至1940年1月3日返回威廉港进行定期维护，之后恢复了训练职责。在船厂期间，一副消磁线圈被安装在上方，以保护舰只免受磁性水雷的伤害；而舰只的防空武器也得到加强。工作完成后，埃姆登号于1939－1940年冬季重返培训岗位。
威悉演习行动.随着德国以“威悉演习行动”为代号集结兵力入侵挪威，埃姆登号被分配至行动的第5