初美国一度嫌巴拉迪对伊朗「太软弱」欲撵走他，但9月的国际原子能机构第49届大会通过对巴拉迪第三次的总干事任命，新任期从同年12月1日开始，共4年，直至2009年正式卸任。在调查伊拉克是否拥有大规模杀伤性武器问题上，巴拉迪对美国提供的情报提出质疑。伊拉克战争爆发前，巴拉迪曾两次向联合国安理会明确报告，表示核查人员未有在伊拉克境内发现大规模杀伤性武器，要求安理会将核查时间再延长。而在美国攻伊后，他亦公开批评美国做法错误。在伊朗核问题上，美国不断指责伊朗，巴拉迪却认为在没有找到确凿証据的情况下，应对伊核问