外务省内部组织依法律的外务省设置法、政令的外务省组织令与省令的外务省组织规则分层规定。总务课设有负责编撰外交史料的（东京都港区）。
特别机关.外务省设有特别机关驻外使领馆（法律第6条）。分为大使馆、公使馆、总领事馆、领事馆、常驻代表团与日本政府在外事务所五种（法律第6条第2项、第3项）。
财政.2018年度（平成30年度）一般会计最初预算的外务省所管预算为6,967亿16万4千日圆。其中，外务本省5498亿4705万3千日圆、在外公馆1468亿5