逊为海军准将，6月他再获任命指挥拥有74门砲的HMS上校号（HMS "Captain"），而原先指挥的阿伽门农号则返回英国维修。到8月，查维斯更破格任命纳尔逊为署理海军少将。与此同时，地中海的局势却不断恶化，一方面，法军在拿破崙·波拿巴将军的带领下进军意大利北部，另一方面，西班牙因为时局而被迫加入法国一方作战，使到地中海舰队处于恶劣形势。是年秋天，英政府内部决议放弃科西嘉，下令将舰队撤离地中海。不过，由于通讯落后，政府一时未能将消息立即传至地中海，结果很多重大决策要由查维斯及科西嘉副王吉尔伯特·艾略特爵士（