腹痛以代打上场。今季在全垒打王的排名排名第二。2000年成为巨人队常规第四棒球员，是继1950年川上哲治以来，每场比赛以第4棒出赛。该季松井成为全垒打王、打点王及最高出垒率。2000年日本大赛成为了日本大赛最有价值球员。另外获得日本棒球最高荣誉的正力松太郎奖。在11月日美棒球对抗赛后，表示无意加入大联盟。11月21日获石川县颁发县民荣誉奖。他的合约增至5亿日圆。2001年4月12日对中日龙赛事上阵1000场取得第250支全垒打。由5月5日至8月13日松井创下连续65场比赛出垒的纪录。9月27日在单场