2年前。游戏中主角亚曼达·雷普利·麦可莱恩（Amanda Ripley-McClaren）正着手调查母亲艾伦·雷普利（Ellen Ripley）的失踪事件。亚曼达来到太空站「Sevastopol」试图找寻「Nostromo」太空船的飞行纪录，但太空站已被异形入侵。
游戏玩法.制作公司The Creative Assembly把《异形：孤立》形容为一款生存恐怖游戏而非动作射击游戏，因此选择让游戏的风格较为接近雷利·史考特执导的恐怖电影《异形》，而非詹姆士·卡麦隆执导、较为偏向动作电影