9年间，在国立台湾大学政治学系任副教授，1999年升任教授。 2000年，至英国剑桥大学达尔文学院担任访问学人。2001年，于美国哥伦比亚大学东亚所任客座教授。2003年至2005年间，任国立台湾大学社会科学院副院长。2006年至2008年间，任国立台湾大学副教务长。随后进入政界。于2008年至2009年9月间，刘兆玄内阁时期，任行政院研究发展考核委员会主任委员，负责推动马英九总统的爱台十二项建设。2009年9月，于吴敦义内阁时期，出任内政部部长。2012年2月6日，陈沖内阁时，出任行政院副院长。