膝盖又爆发出新伤，除了原本的左膝髌骨肌腱炎，髌骨后方脂肪垫也得到了霍华式病变（Hoffa disease），让他被迫退出2012年伦敦奥运，以及接下来的两项大师赛罗杰斯盃、辛辛那提大师赛和大满贯赛美国网球公开赛。9月，世界排名被2012年美网冠军得主穆雷超越，滑落至第四名。10.11月，纳达尔听从医生建议在家乡静养膝伤，选择无限期停赛，退出本赛季剩下的赛事，包括上海大师赛、巴黎大师赛、ATP世界巡回赛总决赛以及台维斯盃决赛，而因为纳达尔的缺赛，西班牙队在台维斯盃决赛以总比数2-3输给了捷克队。纳