到了1636年更因为此前的粮食缺乏问题一直未见改善，开始将小琉球原住民运往巴达维亚（今印尼雅加达），此后小琉球由荷兰人承包予汉人开垦。虽然汉人开垦成效不彰，使小琉球原住民一度为殖民当局重新考虑留下开发该屿，但最后仍陆续撤离残存的原住民。此外，荷治时期的屏东平原上为马卡道族居住地，形成大小不一的番社，向荷兰纳贡。
明郑时期.在明崇祯17年（1644年），小琉球已出现福建泉州移民。研究表明，1644年晋江李姓、1668年南安蔡姓及晋江王姓、1671年晋江林姓分批入垦现今琉球乡各地。