与萨摩两派摩擦越来越烈，不久政治家板垣退助提出的征韩论引致明治政府的内部冲突，于1873年10月爆发明治六年政变，事件中大久保利通等人成功说服明治天皇搁置征韩。事后征韩论领导者板垣退助宣布下野，连同六百多名军人及官员离开政府。直至1874年，已经下野的板垣退助、后藤象二郎等人撰写民撰议院设立建白书，向明治政府表达开设民选议会的期望，是一份肇始日本自由民权运动的文书。由于大量士族在明治维新的过程中失业，旧藩士在新政下生活困苦，西乡隆盛引发1877年的内战西南战争。1875年，与俄国签订《桦太千岛交换条约》