小和卓兄弟释放，派波罗尼都随军招抚西域天山南路各地。不久定边左副将军阿睦尔撒纳反叛，大小和卓乘机控制了今新疆西南部一带。干隆二十二年（1757年），霍集占杀死副都统阿敏道，公然举兵自立。次年（1758年），干隆皇帝发兵征讨大小和卓，清军在库车、叶尔羌（今莎车）、和阗等地与大小和卓交战。干隆二十四年（1759年），大小和卓西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部）境内。霍集占受伤身亡，波罗尼都被巴达克山首领素勒坦沙（Sulṭān Shāh）擒杀，战事结束。平定大小和卓之乱是干隆皇帝的十全武功