2008年10月20日，孔德成因肺炎併发败血症、心肺功能衰退，被送往台北县新店市台北慈济医院急救，随即被送往内科加护病房治疗，借药物及唿吸器稳定生命迹象。然脑部缺氧严重，延至10月28日上午10时50分，因心肺衰竭病逝，当时由家属陪侍，享寿岁。11月30日上午9时，在台北市第二殡仪馆景仰厅举行公祭。马英九总统亲临颁发褒扬令并发表追思感言，由邱创焕、许水德、钱复、孙震为灵柩覆盖中华民国国旗，以彰忠荩。褒扬令原文为：据生前所立遗嘱，死后遗体葬台湾三峡龙泉公墓。2009年9月25日，大成至圣先师