与南方的军阀合作，开始护法运动。1917年俄国爆发革命。1917年8月25日，广州军政府建立，孙中山成为当时在广州的南方军阀的大元帅。但是桂系军阀私怀野心，迫使孙中山于1918年5月离开军政府，回到上海。1917年，段祺瑞与黎元洪就中国是否参与第一次世界大战为由发生矛盾。1917年5月14日，段祺瑞未经国会和总统的许可，便代表中国对德国宣战，并利用他的亲信将领和军队要求黎元洪解散国会。作为反击，黎元洪解除段祺瑞的总理职务。而段祺瑞就离开北京，拥兵对抗黎政府，使得众多省份宣佈独立，并决定向北京进军。这使得