1999年世界乒乓球锦标赛是第45届世界乒乓球锦标赛，于1999年8月2日至8月8日在荷兰埃因霍温举行。本届世乒赛原定在南斯拉夫的贝尔格莱德举行，因科索沃战争而更改举办地点。国际乒联决定将当年的世乒赛单项赛改在荷兰埃因霍温举行，而团体赛顺延至2000年2月在马来西亚吉隆坡举行。这是世乒赛历史上第一次将单项比赛和团体比赛分开举行。