915年（民国4年）12月护国战争中，他支持反袁活动。翌年，他和第1舰队司令林葆怿、前海军总司令李鼎新发表独立宣言，参加护国军。
直系的一员.袁世凯死后，杜锡珪复归北京政府。1917年（民国6年）8月，他升任第2舰队司令。第一次世界大战之际，北京政府表示参加协约国，杜锡珪拿捕长江流域的德国、奥匈帝国舰船、商船，立下功勋。此后在北京政府的派阀争斗中，他支持直系，支援吴佩孚的军事活动。1921年（民国10年）10月，他升任海军中将。1922年，第一次直奉战争中，他切断了奉系的补给线，为