利亚-兰茨胡特支的领地将成为长支的囊中之物，而这是巴伐利亚-慕尼黑支的巴伐利亚公爵阿尔布雷希特四世无法接受的，战争随即爆发。在持续两年的战争中，巴伐利亚-兰茨胡特支领地满目疮痍，很多村庄被夷为平地。普法尔茨选帝候菲利普力挺他的儿子，神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世则选择支持他的妹夫阿尔布雷希特四世（作为报酬，马克西米利安一世于1506年将巴伐利亚-兰茨胡特支领地南部的库夫施泰因、基茨比厄尔和拉滕堡等地并入蒂罗尔，受皇帝直接管辖的帝国自由城市纽伦堡也扩张了领土），并于1504年4月23日向鲁普莱希特和伊丽莎白