政府希望借有行政命令的方式处理中华民国和日本两国之行政区划制度的差异，因此决定颁布《台湾省各县市实施地方自治纲要》来实施地方自治。除了将行政区划分为5个市、16个县以及阳明山管理局，并且成立地方自治机关及选举体系。而1967年与1979年时台北市和高雄市分别升格成为直辖市后，行政院便仿效台湾省之前例而分别制定《台北市各级组织及实施地方自治纲要》与《高雄市各级组织及实施地方自治纲要》作为自治依据。不过《台湾省各县市实施地方自治纲要》实施的结果，造成中华民国对于台湾地区和中国大陆大陆地区的县制制定并不相同。