童增、李定国等257名民间人士联名发表公开信，抗议日本侵占中国领土钓鱼岛。同年9月8日，童增、李定国等17名民间人士在北京发表声明，宣布成立“中国民间保钓联合会”。2003年12月27日，中国民间保钓联合会（筹）在厦门正式成立，童增被推为会长，冯锦华、张立昆、李南、卢云飞、虞海泽等当选为常务会员。2003年10月起，童增在《最后一道防线》一书中提到“SARS是美国针对中国人的基因武器”，并指出美国在内的各国研究团队掠夺了大量的中国人的基因信息，足以制造出针对中国人的基因武器。