因此，在南新庄车站内可以看到两条并行的路轨，其中靠东侧的是陆羽东线，有设置月台可停靠。靠西侧的则为直接贯穿车站没有任何停靠设施的山形新干线路轨（山形新干线是与奥羽本线共用轨道的迷你新干线路线）。车站四周只有零星散佈一些民房，车站门口紧邻国道13号（羽州街道）。在车站东侧可以见到由新庄市体育协会管理的自行车竞技场——新庄市自行车运动中心（）。