年巴巴罗萨行动期间至1944年。一开始，许多爱沙尼亚人、拉脱维亚人以及立陶宛人将德国人视为驱逐苏联统治的解放者。他们希望德国人可以协助他们恢复独立，然而纳粹德国在当地建立了总督辖区。德国人在佔领期间发动种族歧视运动、强制迁徙以及屠杀，这促使当地居民展开抵抗运动。
德国的计画.在1939年的《苏德互不侵犯条约》中，爱沙尼亚及拉脱维亚被划入苏联的势力范围。此后德国开始从该两国撤出波罗的海德国人。从1939年10月至12月间，德国分别从爱沙尼亚及拉脱维亚撤出13,700人及52,583人