005年1月，任中共中央台办、国务院台办秘书局局长。2005年1月至2006年6月，任中央台办、国务院台办联络局局长。2006年6月至2009年4月，任中共中央台办、国务院台办主任助理兼联络局局长。2005年9月至2008年7月，在中共中央党校函授学院政治学专业研究生班学习，获中共中央党校研究生学历。2009年4月起，任中共中央台办、国台办副主任。陈元丰在担任中共中央台办、国务院台办联络局局长期间，负责同台湾政党高层人士的交流工作，多次参与接待中国国民党、亲民党、新党高层领导的接待，还积极接触部分民进党