汗后，固始汗继续西进，降服后藏地区，并驻守日喀则，命其长子达延汗驻守拉萨，分兵控制西藏各地，成为实际统治西藏的汗王和格鲁派的护教法王，被清朝顺治皇帝封为“遵行文义敏慧顾实汗”。固始汗将八个儿子留在青海。五世达赖喇嘛与和硕特蒙古联合统治西藏的时期被称为“甘丹颇章”时期。
清代.
驻藏大臣和噶厦的设立.1701年，和硕特汗国最后一任可汗拉藏汗继承汗位，清朝康熙皇帝册封为翊法恭顺汗。1705年，厄鲁特蒙古准噶尔汗国与清朝发生战争，拉藏汗进攻拉萨，罢免并诱杀第悉桑结嘉