港的扁颅蝠样本中被发现，其基因组长约30000nt，除冠状病毒皆有的复制酶与四种结构蛋白外，此病毒还有NS3a、NS3b、NS3c与NS3d等四种辅助蛋白。在乙型冠状病毒属中此病毒与中东唿吸症候群冠状病毒（MERS-CoV）、刺猬冠状病毒和伏翼蝠冠状病毒HKU5（HKU5）的关系较为接近。此病毒与中东唿吸症候群冠状病毒皆使用二肽基肽酶-4（DPP4）为感染细胞的受体，不过前者已适应人类细胞的DPP4而得以对其造成感染，后者则否。2018年的研究显示中国广东、广西的扁颅蝠属蝙蝠样本中发现了许多与HKU4高