纳古菌（学名："Nanoarchaeota"），是古菌的一门，迄今只包括一个种，即由Karl Stetter于2002年在冰岛的热泉口发现的骑行纳古菌（"Nanoarchaeum equitans"），这是在另一种古菌燃球菌上生活的专性共生菌。纳古菌的细胞直径大约400 nm，基因组只有48万个硷基对，这是目前已发现的细胞生物中（即除掉病毒之外）基因组最小的生物。它的16S rRNA序列和其它生物相差很多，不能用通常办法检测到。通过核糖体小亚基rRNA的系统发生树，初步将其单列爲一个门。