委员会的补助，前往日本东海村进行为期二年的专题研究。在台大物理系任职期间，许云基经由一篇篇论文的累积，由助教渐次升为讲师、副教授、教授，进而在1962年10月起担任台大物理系的系主任。1965年，台湾行政院国家科学委员会成立物理研究中心，许云基则和沃尔夫冈·克洛尔一同成为台大物理系于该中心的讲座教授。
晚年.1985年，许云基从台大物理系退休，并在1989年与沃尔夫冈·克洛尔一同成为台大物理系的名誉教授。在他退休后，由于原子核实验室空间不足，导致其加速器被迫拆解，但林松云和许玉钏二