兼任督办政务大臣。凡是上疏请求增加赋税扩充财富、损害民众增益皇室的，鹿传霖一律摈弃；而力求裁汰冗余费用，停止不急工程的，都奏报可以。慈禧太后下诏后宫内部供需皆由内务府负责，户部专掌国家财政收入，这是鹿传霖率先提议的。光绪三十年（1904年）转任吏部尚书。光绪三十二年（1906年）清朝改革官制，鹿传霖罢值军机，专管部事。随即仍任军机大臣，解除吏部事务，以尚书协办大学士。宣统帝即位后，鹿传霖与摄政王载沣一同接受遗诏，加太子少保，晋太子太保。历拜体仁阁、东阁大学士，兼任经筵讲官。宣统二年（1910年）春，病情