黄贝岭站站厅位于地下一层，中间为收费区，其中车站东部设有便利店、中国银行自动柜员机和自动售货机，北部临近B出口的位置设有卫生间。
站台.黄贝岭站站台属于双岛式站台，可实现同台换乘。地下二层北部为1、2号站台，为2号线赤湾方向、5号线落客站台；南部为3、4号站台，为8号线盐田路方向、5号线赤湾方向站台。由于2号线由深圳地铁负责建造，5号线由中国中铁负责建造，两条线路站台的设计稍有不同。另外，本站5号线月台西端站后设有交叉渡线，供5号线列车从本站至赤湾站的所有列车进行折返，西段路轨两段