服务，城际直通车乘客量减少 ，由2019年7月10日起，东铁线下午繁忙时间北行直通车将减少一班，或可令下午繁忙时间北行班次略为增加，可望稍为舒缓九龙塘站的人潮2020年，受2019新型冠状病毒影响，由1月30日起所有城际直通车服务暂停，随后2月4日罗湖站及落马洲站关闭，令东铁线服务不受直通车影响，班次不稳或繁忙时间拖卡问题暂时得以舒缓。
安全问题.东铁线沿线大部分均为地面路段，而且是唯一未有设置月台幕门或月台闸门的路线，因此不时出现跳轨自杀事件，或有乘客非法横过路轨前往对面月台