工程都完工等待发电机组到位之际，却因第二次世界大战太平洋战争，从日本利用船运运送过来的发电机组连续两度都遭到美国海军的潜水艇击沉。因此该水力发电厂之工程计画至此告吹。1940年（昭和15年）6月，台湾总督府接管台湾全岛所有的发电与供电业务，同年8月花莲港电气株式会社（东部电气株式会社的前身）再将新港电气组合收购，至此，新港地区发电业务收归官方所有。 
烧毁.1943年（昭和18年）时，一场大火将新港火力发电所烧毁，而当时也因日本第二次世界大战战况吃紧，日本台湾总督府已无力进行修