蒙古人和色目人的针对性逐渐不显。对于另一些在元代以前就生活在甘肃青海一代的穆斯林，明太祖就没有采取针对性措施，而是加以安抚，改封他们的头人为土司，以方便他们依照其宗教习俗管理社区、方便生活。永乐时代也是明朝中国伊斯兰大为发展的时代，东察合台汗国畏兀儿人完成伊斯兰化，郑和的手下多数是穆斯林。一说正德皇帝皈依伊斯兰教，因正德朝宫廷御用品多伊斯兰书法装饰，另说正德朝廷官员多穆斯林，乃至嫔妃、宫女和太监也多用穆斯林。
影响.回族穆斯林变成中国社会一部分，接受中国服装与文化；他们