键于福州称帝，命丁魁楚以原官协理戎政，寻加兵部尚书，太子太保，赐尚方宝剑。靖江王朱亨嘉于桂林反叛，攻下梧州，监禁广西巡抚瞿式耜，丁魁楚檄令思恩参将陈邦传等突袭朱亨嘉，于桂林捕获朱亨嘉押送福州。隆武帝封丁魁楚为平粤伯，仍留镇两广。唐王灭亡后，丁魁楚与瞿式耜、兵部尚书吕大器等拥立桂王朱由榔在广东肇庆称帝，是为永历帝，进东阁大学士，兼理戎政。丁魁楚派军士在肇庆灵羊崃一带挖掘端砚，并将其制成精美的砚台。清兵南下攻下广州，进逼肇庆，丁魁楚奉永历帝逃亡梧州，随即又改道去岑溪，因锱重太多，有船三百余艘载黄金二十万两、