本作故事发生在虚构的日本小镇中，并与之前的《女神异闻录系列》游戏间接相关。由玩家命名的主角是一名高中生，从城里搬到小镇生活一年。在这一年的生活期间，他利用人格面具的力量和伙伴们参与调查一桩神秘的连环谋杀案。该游戏增加了一个天气游戏系统，来取代前作《女神异闻录3》中的月相游戏系统。本作的情节受到一位小说家的作品的启发，这是因为这些作品也包含了谋杀之谜。故事发生在富士山郊区的一个小镇上，意在成为一个「什么都没有的地方」，这是为了让从城市来的主角体恤其他原本生活在小镇上的角色的日常生活。制作人添加了许多游戏