与城内的深尾清十郎内通，并传出甲贺众的妻子将会以磔刑处决。终于使城内的甲贺众叛变，开始放火烧城。8月1日西军突破了松之丸，开始入城攻击，松平家忠、内藤家长、相继战死，最终鸟居元忠亦在此战被铃木重朝讨死。
战后.元忠的尸首被送往大坂城京桥口曝晒。伏见城就被大火烧毁，在1601年重建。西军，立即回到近江准备，亦另派部份兵马往伊势，不过鸟居元忠的死守却可以使德川军有更多时间准备迎击，西军以美浓为中心的战线因为攻下伏见城而延误了时间，因而被东军佔先。