在地的基督教信仰教育，1659年也在此设立东印度地区第一间以当地人为招募对象的「萧壠神学院」，这也成为了台湾第一所神学院。明郑时期，郑成功死亡之后，郑袭和郑经因为继位问题爆发战争，双方军队就此在佳里区交战。清朝干隆年间，林爽文事件中，萧壠居民协助清朝官兵平乱有功，干隆皇帝恩旨，赐名萧壠为「旌义」，以示奖励。古代的佳里区位于滨海的萧壠半岛，西南靠台江内海，北临古曾文溪（今将军溪），当时的萧壠市街与佳里兴尚隔溪分处南北。十九世纪中叶古曾文溪改道、台江陆浮后，佳里区才位于内陆至今。本区在明郑时期隶