阿里港区的名称命名，台湾日治时期在此设置「宪兵屯所办务支署」和「步兵分遣队」，继而设置「阿里港支厅」。阿里港支厅于1920年（大正9年）改正地方制度时撤销，下辖的阿里港区和土库区併置成爲里港庄、盐埔区改制为盐埔庄、九块厝区改制为九块庄、东振新区与加蚋埔区合併为高树庄，隶属于新成立的高雄州屏东郡。1914年（大正3年）不满日本高压政策的雾台等地民众焚毁警察驻在所，杀阿里港支厅长胁田义一等11人，是为雾台抗日事件。