数的食骨蠕虫灭绝，因为当时90%的鲸都由于捕鲸活动被杀死。
生态位.食骨蠕虫对于海洋嵴椎动物遗体的降解所扮演的角色备受人们争议。一些科学家认为食骨蠕虫只消耗鲸骨，而另外一些人认为它们可以消耗多种类型的遗体。这种争议是由于一个生物地理学悖论引起的：虽然鲸遗体坠入海底是很罕见的，这个过程持续的时间也很短暂，食骨蠕虫仍然有广阔的生物地理学分布，而且也具有很强的多样性。一种假设超前的解释了它们如此成功的原因，认为它们能将多种嵴椎动物的遗体收集到鲸骨附近。已有一项试验试图证实这一假设，已知一