庙的位置和背景，列册有十九处，共有八处必须指定迁移、一处迁与不迁仍可能有变，其中十三甲伯公庙、隘口伯公广福宫、麻园伯公福龙宫、番子寮伯公福昌宫、吴屋伯公、张屋伯公原地保留。十三甲伯公的树也在高铁特区通盘检讨计画案中被列为「原地保存」，庙身夹在高铁车站、生医园区中的专二区位，地号名为「世兴段2地号」。后因高铁新竹站周边违停，十三甲伯公庙所在位置被规划成平面停车场，由新竹县政府在2015年变更高铁特区第三次通盘检讨计画，对十三甲伯公庙处理改为「因应土地整体利用，应于专二开发时由高铁主管机关及开发单位选适当区