元朝至元十六年（1279年），改惠州为惠州路，立总管府，管辖归善、博罗、海丰、河源4县。明朝洪武元年（1368年），惠州路改为府，河源属惠州府辖。崇祯六年（1633年），河源分割忠信二图之地置连平州，并兼河源、和平两县。此时，河源人口、地域大减。清朝时属惠州府，是惠州府属的中心地方。
近代.民国初年（1919年），河源属广东潮循道，旋即废。道制废后，中级地方行政机构久不设置。民国14年（1925年）广东统一，河源隶属东江行政委员会公署。1949年初，中共领导下的粤赣湘边