后，宗教势力因治安恶化而强化武力。法华宗攻击山科本愿寺、天台宗的天文法华之乱等，宗教团体过激派也引发宗教战争。其中有加贺国一揆等的一向一揆灭亡守护大名富樫氏，支配加贺（主要是征税权和裁判权）约80年。石山本愿寺等成为如同大名家的强固组织，迫使守护大名和战国大名和其妥协。但是，尾张的战国大名・织田信长在「天下布武」的方针下，彻底讨伐敌对的宗教势力，如延历寺烧讨、长岛一向一揆、石山合战等。此外，信长主催日莲宗僧和净土宗僧的宗论（安土宗论）。结果，因为净土宗的胜利，信长约束法华宗不再非难其他宗派，也是抑制宗教