其中约有四分之一是特有种。此区域主要的鱼包括鲤科（辛普森野鲮）、象鼻鱼科（象鼻鱼）、鲑脂鲤科（单带矮非脂鲤）、倒立鲶科（squeaker catfishes）及慈鲷科（慈鲷）。其中也有巨大且肉食性的白金勐鱼。其中罕见的特有种慈鲷为无生物色素及无视力的遗眼亮丽鲷，一般认为居住在160公尺深的河底，以及和美洲和其他地区慈鲷较有关系的多齿异非鲫。刚果河也有许多特有种的青蛙和蜗牛。刚果河中已计划建造数座水力发电厂，有可能带来许多特有种生物的绝种。