吉大社宫驾崩，享年41岁。后村上天皇这一谥号，同其父后醍醐天皇一样，都是在生前自己指定的。其谥号来源于日本平安时代的明君村上天皇，体现了其本人想当治世明君的愿望。
系谱.后村上天皇是后醍醐天皇的第七皇子。其母是藤原公廉的女儿阿野廉子。以上系图为近世所作的南朝系图，其真实性存疑。事实上根据第一手史料的记载来看，能够确认为后村上天皇皇子女的仅仅有宽成、熙成和护圣院宫三人。新宣阳门院及惟成亲王等人的皇子女身份无法确认其真实性。