故再次赴京，背疽突发，11月8日（阴历九月十六日）病逝于太仆寺街衍圣公府。五个月后，即1920年2月23日（正月初四），遗腹子孔德成诞生。之后，孔令贻在1921年1月7日才被正式入葬。
身后.1966年11月文化大革命期间，谭厚兰以中央文革小组名义，率队200多人到山东曲阜，以「造孔家店的反」口号大肆破坏包含孔令贻墓在内的孔林坟墓。孔令贻和陶氏、王氏的合葬墓被掘开，众人对其曝尸批判后数日，将其焚毁。