邀请赴新疆，主持新疆通志局，纂修新疆省志。1908年写成《新疆建置志》、《新疆山脉志》各四卷。宣统元年（1909年）长庚调任陕甘总督，宋随长庚东返。宣统三年（1911年）夏返回家乡。1918年，宋伯鲁当选中华民国第二届国会参议员。1920年，中华民国第二届国会解散。晚年，宋伯鲁任陕西省通志局（馆）总纂、馆长，主持续修《陕西通志》。1932年，宋伯鲁逝世。