政府殖民地部正式接管海崃殖民地，并将其划入直辖殖民地（Crown Colony）之列，总督驻守于新加坡。与此同时，印度洋上的圣诞岛和科科斯群岛划归海崃殖民地管辖。在此同时，海崃殖民地总督兼任英国驻马来亚和汶莱这两个英保护国的高级专员。1874年，随着《邦咯条约》的签订，天定和附近岛屿被纳入殖民地的范围。1906年10月30日，北婆罗洲沙巴的纳闽港也划归海崃殖民地。在太平洋战争期间，海崃殖民地，除了科科斯群岛外，都被日军佔领。而科科斯群岛则划归钖兰代管。二战后，海崃殖民地各个港口重归英国统治。在战后初期，