小学部（），是天主教香港教区属下的一所英文小学，创办于1958年。高主教书院小学部直属于高主教书院，原与中学部共用位于香港中环半山罗便臣道2号的校舍，但爲了让中学部在推行三三四高中教育改革后有更大空间作教学用途，小学部于2008年8月搬迁往位于湾仔司徒拔道肇辉台1E的前圣玛加利书院校舍，同时转为男女校。2014-2015年，陈丽仪校长退休，由吕丽青女士接任，修订考试制度并增设测验。2016年4月1日，原为副校长的刘薇薇女士接替吕丽青女士，担任校长一职。刘薇薇女士其后于2017年8月荣休结束其在高主教书院