公司较为有系统，将其下6间航空公司分成3组：中国国际航空（使用子公司山东航空的飞机飞行）和海南航空负责往来北京的航班；中国东方航空和上海航空公司负责往来上海的航班；而中国南方航空和厦门航空则负责往来广州的航班。台湾的6间负责航空公司分别为中华航空、华信航空、长荣航空、立荣航空、复兴航空和远东航空公司。台湾的航空公司在编排上较为灵活，贴近在中国台商的分佈和需求量：例如会将较多航班编排到广州，因为在广州的台商比上海和北京多，复兴航空的绝大部份航班飞往广州，立荣航空则着重高雄的台商，其所有航班均以高雄为起讫点