到1256年蒙古人将其摧毁。蒙古入侵和阿拔斯王朝沦陷后，逊尼派等级制度摇摇欲坠。他们不仅失去了哈里发，还失去了官方麦兹海布。他们的损失却是什叶派的收获，什叶派的宗教中心当时不在伊朗。在此期间，出现了几个什叶派小王朝。主要变化发生于16世纪初，伊斯玛仪一世建立了萨法维王朝并发起了一项宗教政策，将什叶派伊斯兰教确立为萨法维的正式宗教，今天伊朗的国教依然是什叶派。
帖木儿帝国与黑羊、白羊王朝.
帖木儿帝国（1370–1507）.伊朗的分裂状态一直持续到帖木儿