2月15日），朝廷准奏，下诏曰：朝廷批准后，工程在同年三月动工，秋八月完工。此兴建工程由台湾府知府周懋琦为总监，崇文书院山长陈谟为董事，台湾府士神吴尚霑、吴尚震、吴朝宗、许廷崙、曾云龙、陈楷、王蓝玉等为委员，分任建祠工程之监督事宜，工程耗费白银7,400两，聘请福州师傅林恩培前来营造，材料也全来自福州，而成为一福州风格的建筑。此时的延平郡王祠土地面积672坪，设有三川门，前殿、后殿、东西庑、东西辕门、仪仗所、祭器库、廨舍，四周为高二丈多的红砖墙。东、西辕门上分别有有「圣朝褒祀」及「明室遗臣」之木匾，均为知府