台湾解严之后，要求重新调查台大哲学系事件的唿声再起；1993年，台湾大学组成专案调查小组，对台大哲学系事件进行调查。；但是警备总部等单位都认为调查小组非司法单位，拒绝配合提供资料。1995年，台大委请监察院进行调查。1997年，台大哲学系事件获得平反，陈鼓应与王晓波复职重回台大授课，其他受难人也多获得赔偿或回到台大哲学系任教。