时受到严重的破坏，直至1980年代仍是完好。虽然如此，建国忠灵庙旧址至今出现了不少损毁，例如本殿墙壁和天花的装饰被火烧燬，外墙在文化大革命被喷漆；旧址年久失修，而且民众缺乏保护意识，亦造成其他的损坏。1987年10月，吉林省人民政府公布第四批吉林省文物保护单位名单，把建国忠灵庙旧址以「伪满建国忠灵庙遗址」的名义列为其一，归类为「日本帝国主义侵华重要罪证遗址」；省政府并指示组织有关部门为包括建国忠灵庙在内的文物保护单位制定保护措施，例如划定保护范围、作出标志说明。目前，建国忠灵庙旧址被用作仓库，旧址正门前