被征召担任学徒兵，防守北海岸。同年，日本战败投降，第二次世界大战结束，中华民国取得台湾盟军佔领权。1947年，进入台湾大学医学院就读。期间，颜世鸿加入由中国共产党在台湾组织的学生工作委员会，由叶盛吉吸收加入省工委台大医学院支部，颜世鸿在自传中表示对叶盛吉见识的折服与叶盛吉吸收他加入组织的经过，他经过两週的考虑才答应加入，1950年6月21日，因学生工作委员会案，颜世鸿在台大宿舍遭逮捕，被拘禁在军法处看守所，地址在今台北市青岛东路3号。1950年6月，被送至军法处审判，判刑12年，随后被移送绿岛。1962