中华民国国防部派出专机，将伤者送回台湾本岛医院治疗，清晨，中华民国国军及行政院海岸巡防署官兵开始搜救与清理现场任务，捡拾罹难者散碎的遗体及遗物、证件，场面悲悽。6时20分，时任中华民国交通部部长叶匡时与交通部民用航空局局长沈启，会同飞安调查委员会委员、检察官、书记官、法医、内政部警政署刑事警察局、新北市政府警察局、高雄市政府警察局鑑识中心警官等人员，抵达澎湖处理空难善后。同日，将已搜得之两具飞航记录器（俗称黑盒子）送飞安会调查，以釐清坠机原因。预计28天内向国际民航组织提出初步报告，最快3个月内釐清事发内容