。新杉田方向与根岸方向皆设有折返用线路（拖上线），其中后者主要是出入留置线时使用。东北侧是有11条留置线的矶子派出所。过去车站海侧有个1面1线的货物月台。1986年11月停止使用后改建为停车场与住宅等。但现在仍保留部分线路供工程临时列车使用。京滨东北线系统（根岸线）列车约半数以本站起讫。1987年4月1日时，横滨线系统除了早晨傍晚时段以外，有以本站、大船站为终点的列车，2018年现在的早晨、晩间仍有数班横滨线系直通列车存在。
车站机能.本站为直营站，在JR的特定都区市内制度