秀长在大和国郡山城逝世，享年52岁。清点财产后，发现大和郡山城有金子56,000余枚、银子则足足有2间四方部屋之多，可见秀长有储蓄的习惯。秀长妻子的本名不详，只知法名为智云院。而秀长没有儿子，只有两个女儿（阿菊）和大善院，其中阿菊嫁给秀长姊姊阿智的三子丰臣秀保，此举的目的也是为了让秀保成为秀长的婿养子，将来大和丰臣家由秀保继承。大善院则是嫁给毛利秀元为正室，不过可能没有子嗣。另外，秀长还有一个养子藤堂高吉。秀长死后3年，文禄3年（1594年），秀保病故，只有16岁，没有子嗣，大和丰臣家断绝。现在秀长