湖水师协左营千总）、举人郑步蟾与郭鹗翔再度鸠资重建。昭和二年（1927年），当时董事以旧有规制狭小，乃增建川亭、钟鼓楼于殿内立碑谨记。大正十年（1921年）受「一新社」影响，开办鸾堂「聿新社宝善堂」。民国58年（1969年），北极殿降坛神谕指示，澎湖三官殿由是开办鸾堂「自新社三善堂」。惟二次世界大战期间，盟军轰炸妈宫，北极殿庙身严重受损，澎湖鸿儒吴尔聪（1872年－1956年）见状不忍，曾作诗云：「毒弹汝亦太无情，北极神宫一声平。今日我来观实迹，伤心老眼泪盈盈。 」后于1949年再度修建，继续沿