藩厅起初为金石城（现对马市严原町西里），之后移往栈原城（现对马市严原町栈原）。藩主历代为宗氏，自初代藩主宗义智以来，官位皆为从四位下，官职则主要是对马守与侍从。
简历.对马土地贫瘠而无法耕作，除了肥前国的飞地以外可以说实际上没有石高。不过对马国在朝鲜釜山拥有倭馆，经济收入仰赖与朝鲜的贸易，实际收入也相当多。江户时代末期，因为和朝鲜的贸易萎缩，本藩也陷入财政困难。此时周围的海域有许多欧美船只出没，相当重视此地国防地位的江户幕府便提出改封宗氏至河内国10万石领地（也有20万石的说法）