菩萨为高祖，马鸣为次祖，龙树为三祖。龙树有二弟子，分二流，一者由龙树传龙智、清辨、智光、师子光；一者由龙树传提婆、罗睺罗多、沙车王子至鸠摩罗什。中国祖师起于罗什，传道生、僧肇、法融、僧叡、昙影、慧观、道恆、昙济。昙济传道朗、僧诠、法朗、吉藏，后传至高丽僧慧灌。日本三论宗初祖则为高丽僧慧灌，传福亮、智藏、道慈、善议、勤操、安勤。因为三论宗在印度及汉地的传承来自于后世日本僧人的整理，所以它的内容多有疑问。 日僧宜然房明道《三论玄义玄谈》认为，嘉祥大师以前称「古三论」，又称「北地之三论」；嘉祥大师以后称为「新