要货运港口提供简单的导航访问、深水海域和良好的冰况。该国有12座机场和1座直升机场，最大的机场是塔林伦纳特·梅里机场，在2007年处理173万人次和22,764吨货物，货运量每年增长119.7%。国际航班公司如北欧航空、芬兰航空、汉莎航空、易捷航空和爱沙尼亚航空提供直飞航线前往27个目的地。该国约7.5%劳动人口受僱于运输业，佔国内生产总值超过一成。爱沙尼亚因来往欧洲和俄罗斯的交通而得到业务，特别是经爱沙尼亚港口的石油运输。过境贸易佔国内生产总值的比例是有争议的，但许多人认为份额因俄罗斯敌意增加而减少。