近亲通婚使得日本皇室家族成员的基因不良，历代成员都出现严重的遗传性疾病。明治天皇的遗传基因有缺陷，他与5个皇妃生了15个孩子，11个都夭折。皇太子嘉仁（后来的大正天皇）是他的唯一活下来的男孩子，但也是终生带病，有脑膜炎、糖尿病、脑血栓、精神病。美国阿米什人是另一个遗传病案例。几乎所有的阿米什人都是早期数百名拓荒者的后代，近亲通婚的奠基者效应是阿米什人遗传病的根源。其中有些遗传病甚为罕见、独特和严重，致使阿米什儿童的死亡率非常高，例如埃利伟氏症候群。由于宗教原因，阿米什人拒绝婚前的基因诊断，即使有孩子得了