去政权后，脱党参选的前台湾省长宋楚瑜脱离国民党成立亲民党。2000年（民国89年）总统选举，时任副总统连战继因总统选举失败之后，经国民党党内选举而继任辞去党主席的前总统李登辉，而成为党主席，国民党兴起失去政权后的反思，并谋定组织再造，国民党在2000年总统选举败选首次成为在野党，但在立法院，蓝营一直仍是过半并握有多数席次。2003年（民国92年），连战与宋楚瑜结合竞选隔年的总统大选，仍以些微差距败选，但在立法院一直仍是过半并握有多数席次。2008年（民国97年）国民党提名的马英九分别于2008年