彰显台湾主体性」等三大前提原则之下，赖幸媛于2008年5月20日起加入刘兆玄内阁，任行政院大陆委员会（陆委会）主任委员，成为刘兆玄内阁的阁员。但因赖幸媛的本土与倒扁背景曾引发蓝绿双方的议论，中国国民党与民主进步党有些立委甚至认为赖幸媛不适任，当时准阁揆刘兆玄也曾一度认为可能会对新内阁造成影响。但在马英九的力挺下，赖幸媛同时召开记者会表示会完全认同马萧的两岸政策，并退出台联党务活动维持行政中立。赖幸媛就任不久就因太常提及九二共识引来台联的关切，2008年6月9日台联党主席黄昆辉拜会陆委会，黄昆辉当面提及：