宗亲自题匾「南溪书院」。元至正元年（1341年），分建两个祠堂，明清后对该建筑屡有修缮和扩建。明代编修书院之风大盛，万历年间有叶廷祥、郭以隆、纪延誉、陈翘卿合编《南溪书院志》四卷。清干隆二十九年（1764年），知县蔡述谟将旧址改建为开山书院。道光三年（1823年）重修。1928年尤溪公立师范学校创办于此。抗日战争时期，福建马尾勤工学校曾迁到此处办学。1985年辟为尤溪县博物馆。
现状.南溪书院古朴庄严，现存建筑包括开山书院、半亩方塘、活水亭、溯源处、观书第、韦斋