任两届屏东县县长，创下屏东县20几年来首次的县长连任纪录；陈水扁政府执政后，其曾任内政部部长与行政院农业委员会主任委员等政府要职。2012年1月14日和时任民进党主席蔡英文搭档参选第13任副总统以609万3587票、80万票之差败给中国国民党寻求连任的马英九及时任阁揆的吴敦义。2016年立委选举中当选第九届不分区立委，之后当选立法院院长，成为中华民国史上首位非中国国民党（民主进步党籍）的立法院院长。2020年5月20日起担任中华民国总统府秘书长，2020年8月2日因姪子苏震清涉及贪污而宣布辞去总统府