办公室主任卷入弊案.2013年，吕学樟办公室主任徐如松涉嫌勾结书商与资讯设备商，以议员或中央补助款补助学校採购过期或劣质书籍设备，收取六成回扣，两年获利一千八百万元被起诉。
反对婚姻平权事件.2014年12月22日，立法院司法及法制委员会首度排审婚姻平权法案，吕学樟于会议中表示，允许同性婚姻将造成千百年来家庭伦常的沦丧，让社会价值观崩溃。吕学樟表示：「同性结婚可以人兽交，可以什么交，我们看不清楚啦，看了真的很可怕。」民进党立委尤美女随后反驳吕学樟，表示「人兽交」等言论根本是污蔑同