——矿质充填作用和置换而发生。硅化木是最常见的石化现象，但是所有有机质，从细菌到植物都可以石化。相关的学科有地质学和埋藏学。
分类.生物体形成化石都有一个掩埋过程。否则就会被分解者分解，然后在风化作用下消失。化石可分为实体化石、模铸化石、分子化石和遗迹化石四类，不同的化石有不同的形成方式。实体化石是因为生物体被琥珀包埋，或被冰雪覆盖，或陷入沥青湖中，经碳化作用而形成。
成岩作用.
碳化作用.有机物在成岩过程中，在一定温度和压力条件下