将国家支出的9.7%用于医疗保健，与1996年的3.2%相比有显着提高。政府还开设了包括基加利卫生学院在内的多所培训机构。2008年，卢旺达开始实行全民强制医疗保险，到2010年时已经覆盖了超过90%的人口。一些疾病的患病率不断下降，例如孕妇和新生儿的破伤风已经消除，疟疾的发病率、死亡率和杀伤力都有了大幅降低。但是，卢旺达的卫生形势依然严峻，传染性疾病对居民的健康构成很大威胁。全国艾滋病和艾滋病毒感染率在世界卫生组织的分类中属广泛流行类，估计在15至49岁年龄段中有7.3%的城市居民和2.2%的农村居民艾滋