上奏万历皇帝，皇帝不听，经陕西巡抚顾其志澄清，奉旨宽宥、官复原职。1607年，因触犯权贵，坐冤案入狱，受到严刑拷打，不屈不挠，6年后出狱。朱由校即位后，满朝荐出任南京刑部尚书，升至尚宝司正卿，之后出任太仆寺少卿、正卿。天启二年（1622年），因上疏触怒魏忠贤，褫职为民。崇祯二年（1630年）荐起故官，未上任卒。