馆车站是个拥有4个港湾式月台、8条铁路路线的地面车站。虽然曾经一度有过最大6月台11线的路线配置，但在修筑第五代的车站大楼时为了取得站体建筑用地而将原本的第一与第二号线撤除，并将原本的第三第四号线易名第一第二号线，依此类推。所有行驶于函馆本线、江差线与海崃线上的列车如欲通过函馆车站，都需採由五稜郭车站方向驶入函馆车站停靠，然后再倒退回五稜郭车站的折返式（Switchback）行车方式。与大部分的端点式车站同样，函馆车站的月台与车站大楼之间并不需要靠天桥或地下道的方式连结，而是採全平面的方式配置，旅客进出非常