里德级舰只临时组建的第二分舰队，并在海军少校麾下担任第四总队的旗舰。在来年的秋季演习中，哈根号同样被编入重新组建的第二分舰队。8月31日，一起锅炉事故导致这艘岸防舰的演习进程提前结束。受损的哈根号只必须由拖曳至基尔，并于9月29日在当地退役。由于齐格弗里德级舰只的射程特别短，因此全部八艘同级舰都在1899年至1904年间都经历了重建。哈根号是1899年5月在基尔帝国船厂进行这类重建的第一艘舰。舰只的舯部被切割并延长了近8.4米、排水量增至4247吨；原有锅炉设备被八台由帝国海军设计的新式船用水管锅炉所取代