国军第一梯团进入四川。马骧入四川后帮助张午岚召回旧部，组织了“四川民军支队”，在泸州、宜宾地区配合护国第一军作战。后来，在护法运动中，马骧联络四川、云南的革命同志。由于马骧长期在外奔波，其幼子马德洪因缺医少药而病死。1917年9月，孙中山在广州就任护法军政府大元帅，马骧被任命为大元帅府参议官。后来，马骧奉命返回云南，开展组织及宣传工作。
遭唐继尧杀害.1921年，孙中山当选非常大总统，马骧继续追随孙中山。1922年，唐继尧指使北伐滇军脱离孙中山，并将北伐滇军3000多人编为四个军