现在有越来越多人使用PCR检测。隐球菌性脑膜炎的诊断则可对脑嵴液染色，印度墨可对隐球菌的荚膜进行染色，且成本较为低廉。检测血液中或脑嵴液中的隐球菌抗原则更加敏感，尤其对艾滋病患者来说更是如此。若在服用抗生素期间发生了脑膜炎的症状（如在脑膜炎之前发生鼻窦炎而服用抗生素），会导致诊断和治疗上的困难。此类患者的脑嵴液的检查结果可能会类似病毒性脑膜炎。此类病人必需继续服用抗生素，直到找出明确病毒感染的证据为止。
遗体解剖.遗体解剖也可以进行脑膜炎的诊断。脑膜炎死者的软脑膜及常表现大面积