免疫性疾病，例如全身性红斑狼疮会在家族内传布，在某些情况下可能是由感染或其他所诱发。一般常被归类为自体免疫性疾病的有乳糜泻、1型糖尿病、弥漫性毒性甲状腺肿（另称格雷夫斯症）、炎症性肠病、多发性硬化症、银屑病（另称为干癣、牛皮癣）、类风湿性关节炎、和全身性红斑狼疮。有时不易诊断。治疗方式取决于病情的类型和严重程度常用到非类固醇抗发炎药（或称为非甾体抗炎药，简写为NSAIDs）和免疫抑制剂。偶尔需要使用静脉注射免疫球蛋白。治疗通常能改善症状，但无法治癒。美国约有2,400万人（佔其总人口7％）患有自体免