专区辖16县、1市。1956年，原德州专区所属德州市及夏津、武城、德县、平原、禹城、齐河、恩县7县划入。同年，调整专区辖县：调整后，聊城专区辖2市、17县。1958年，撤销聊城县，改设聊城市。原属泰安专区的东平、平阴、肥城3县及原属惠民专区的临邑、商河、乐陵、济阳4县划入。同年，调整专区辖县：调整后，聊城专区辖3市、12县。1960年，撤销东平县，并入平阴、汶上2县；肥城县划归济南市；商河县改名乐陵县，并与临邑县划归淄博专区。1961年，恢复馆陶、阳谷、东阿、莘县4县；德州市及夏津、平原