害而种群数量急剧衰减，被认为于21世纪初灭绝，这意味着白鱀豚科已不再有现生种。被归入白鱀豚科的史前物种包括原白鱀豚（"Prolipotes"）与副拉河豚（"Parapontoporia"），前者根据1981年在中国广西桂平郁江左岸发现的一块下颌骨化石命名，推测生存于2000万年前的中新世，为白鱀豚科已知最早的种类。白鱀豚科在齿鲸中相当孤立，与它最亲近的鲸类可能是一个不确定的化石物种“"Lophocetus pappus"”，该物种被归于假定的史前海豚分支肯氏海豚科。