注中国哲学。期间他自修德文，并受其师方东美的哲学及王叔岷的考据学训练，学士论文为《哲学的世界定位──雅斯帕尔斯『哲学』第一卷》。大学毕业后，因考取研究所可以缓训，于是留在台大继续攻读硕士，硕士论文为《雅士培哲学的研究》，并因刘述先的推荐，其硕论又发表于劳思光在香港主编的季刊《自由学人》。1960年傅伟勋于军中退伍后，台大哲学系系主任洪耀勋让他回台大担任助教，同年檀香山新设「东西文化技术中心」，洪耀勋命其报考，顺利考取。之后傅伟勋于夏威夷大学修习比较哲学、中观学与禅宗，于加州柏克莱大学修习康德知识论及逻辑