詹顺贵因认为柯文哲宣布台北翡翠水库管理局局长刘铭龙接任台北市政府环境保护局局长的行为不尊重「环保局局长遴选委员会」，宣布辞去市政顾问一职。2015年8月25日，台湾绿党召开记者会，宣布2016立法委员选举将由召集人之一李根政、环境律师詹顺贵、台湾伴侣权益推动联盟执行长许秀雯及中华电信工会秘书长张丽芬担任全国不分区立法委员候选人。
担任环保署副署长.2016年3月24日，詹顺贵进入蔡英文政府组织的林全内阁，担任行政院环境保护署副署长。2016年9月1至2日，高雄市政府连续2天