仍然卧病，群臣知道刘裕很重视沈林子，怕报告了沈林子死讯后会令刘裕病情加重，于是将之隐瞒。群臣一直以其患病回了家为由推託刘裕，刘裕下旨沈林子时也代沈林子写信答覆，故此同年刘裕去世时仍未知沈林子其实已经去世。朝廷后下赐棺木、朝服、布帛和金钱，又追赠征虏将军。元嘉二十五年（448年）时更获赐谥号怀。