，卡雷拉军队占领萨尔瓦多，莫拉赞总统流亡巴拿马；1841年2月18日，萨尔瓦多宣布独立，中美洲联合省正式灭亡。
恢复中美洲联合省的尝试.1842年莫拉赞回到哥斯达黎加，并通过选举控制了该国政府。他试图恢复联合省，并策划首先入侵尼加拉瓜，但却是被哥斯达黎加保守派推翻；9月15日，即中美洲联合省独立21周年那一天被处死。卡雷拉在危地马拉建立了稳固的政权。但是在尼加拉瓜、洪都拉斯和萨尔瓦多，则不断发生试图推翻保守派的政变。这三国具有较强烈的联邦主义情绪，一再地试图恢复中美洲联合省。1