病原体和疾病亦可在无採取任何预防措施的肛交中传播，包括人类乳突病毒（HPV，其会增加携带者患上肛门癌的风险）、伤寒、、衣原体感染、隐孢子虫病、大肠桿菌感染、、淋病、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、单纯疱疹、（HHV-8）、花柳性淋巴肉芽肿、、、阴蝨、沙门氏菌感染症、痢疾桿菌、梅毒、结核病、。正如其他性行为一样，对肛交的风险欠了解的人最容易从中感染性传播疾病。因为有观点认为肛交不是「真正的性行为」，且不会导致失贞或怀孕，因此有些青少年及青年认为阴道性交比肛交拥有更大的风险，并误认为性传染病只通过阴道性交传播