不宜附设于庙宇遂迁移。顶下郊拚时，顶郊人以艋舺龙山寺为据点，对抗以大龙峒保安宫为据点的下郊人，中界点是今日的康定路、内江街一带，双方出阵前必至庙内誓师。在历经一连串的械斗后，同治七年（1868年）到十二年（1873年），保安宫有了第一次大规模整修。乙未战争，原清代台湾巡抚、后称台湾民主国总统唐景崧逃离台湾，驻扎在大龙峒的清军因欠饷而暴乱，造成位于旧圆山火车站前的火药库爆炸，使邻近的保安宫受到破坏。
日治时期.1896年8月29日，台湾总督府在保安宫后殿、东、西两廊成立台湾总督府