山管理局士林镇员山地区、阳明山管理局士林镇外双溪（近百公顷山地）、台北县永和市 、台北县新店镇等地不断更换，并曾计画将学校划分为数个校区，校本部设于士林内双溪；医学院、护理科设于台南县、市；工、商、理及外国语文学院设于高雄大贝湖，最后复校校址选定台北县新庄镇（今新北市新庄区）营盘里30多甲的农业用地。此外，中国文化大学现址、东吴大学外双溪校区现址、龙华科大现址等地则曾均是考虑范围。1961年，哲学研究所硕士班招生，当时为全台仅有，录取者皆为台大毕业生。1963年，3学院10系组设立，大学部始正式招生。