时以车师叛降匈奴，罢置戊己校尉。东汉时因与西域关系断续不常，故时置时废。汉明帝永平十七年（74年）设戊己校尉，置二员，秩比二千石。一屯车师后王部金蒲城，一屯车师前王部柳中城，相去千余里。汉章帝建初元年（76年）罢戊己校尉，汉和帝永元三年（90年）复置。汉安帝永初元年（107年）西域都护省置后，戊己校尉与西域长史同为西域最高长官。曹魏、晋朝时也曾置戊己校尉，驻高昌，皆四品。前凉太元四年（327年），改其治所辖地置高昌郡，此官遂废。戊己校尉的设置，有利于中原王朝控制西域形势和维持丝绸之路畅通。