始，书院于学生竞技比赛中採用社制将学生分为三组。2013年起，取消三社形式，运动会比赛改由班际形式举行。
发展.教统局在2009年推行「三三四」学制后，取消中五会考，保良局庄启程预科书院亦转型，获教育局批准与保良局唐乃勤中学「结龙」，唐乃勤中学易名为「初中书院」。初中书院学生完成3年课程后，可直升庄启程预科书院。保良局唐乃勤初中书院与保良局庄启程预科书院结龙后，学生会在不同的校舍上课。凡于2007年9月入读初中书院中一生，完成初中课程后，2009年可升读庄启程预科书院的高中课