任大同巡抚，与宣府巡抚李仁易镇。升兵部右侍郎，总督宣、大、山西军务。俺答汗率领三万骑兵进攻万全左衞，总兵官陈凤、副总兵林椿与其在鹞儿岭大战，双方杀伤相当，郭宗皐连坐夺俸。次年俺答汗再次进犯大同，总兵官张达及林椿皆战死，郭宗皐与巡抚陈燿连坐夺俸。给事中唐禹追论死事状，称全军阵亡，此为数十年没有的战败之绩。世宗大怒，逮捕郭宗皐、陈燿，各施杖一百，陈燿被杖死，郭宗皐戍陕西靖虏衞。隆庆元年，郭宗皐获得起用任刑部右侍郎，改兵部右侍郎，协理戎政。不久升南京右都御史，就改南京兵部尚书，参赞机务。给事中庄国祯弹劾其