据签证限制指数，马来西亚护照在全球排名第十四，亦是发展中国家和穆斯林占多数的国家中排名最高的护照。马来西亚护照上写着「本护照对除以色列以外的所有国家都有效」，马来西亚联邦政府仅允许基督教朝圣者前往以色列朝圣。此外，马来西亚护照持有者可在英国、部分英国海外领土和英国皇家属地、巴贝多、多米尼克、哥伦比亚、墨西哥、巴拿马和毛里求斯等国享有长达6个月的免签证待遇。2017年9月，马来西亚宣布，金正男于吉隆坡国际机场遇刺事件导致马来西亚与朝鲜关系紧张，马来西亚将禁止所有马来西亚公民前往朝鲜旅行。