。1949年，中华民国政府迁台后，由于当时葡萄牙为反共的萨拉查政权「新国家」一党专政，故仍与中华民国保持外交关系。1964年8月，最后一任驻葡萄牙公使离任。此后便不再派遣公使，仅保留临时代办。1966年12月3日，葡属澳门发生暴动，结果使中华民国政府和中国国民党在澳门设置或支持的机构和团体被查封，中国国民党在澳门势力被全面清除。12月25日，外交部因澳门将1963年闯入中国海域但为澳萄水警捕获的7个台湾派遣的反共特务移交中共，向葡萄牙提出抗议；1967年1月6日，以澳门禁悬青天白日满地红旗及亲台