所不属于「财政司司长法团」的港铁上盖校舍），加上由于该校校风渐趋恶劣，打架事件极多，于是该校惟有于2001年结束，威灵顿中学从此成为了香港历史，其后原址由港铁租予香港城市大学专上学院校舍。虽然如此，但办学团体威灵顿教育机构于新界将军澳创立威灵顿教育机构张沛松纪念中学，延续它的教育使命。
结束前的发展.早于1997年，当时的高层已打算不在德福花园继续经营之际，当时由高层已规划，并由当时的其中一个助理校长（等同于「署理校长」，因原来的校长长期不在香港）安排部分与他有密切关系的主任和