尤其是额贺福志郎的辞职，额贺是森喜朗上任以来第三位被批离职的阁员，他的辞职使森内阁陷入困境。森喜朗后来就事件表示遗憾，并且要求议员们严守纪律；而民主党的鸠山由纪夫则指出：「21世纪初始便以谢罪面对国民，太可悲了！」KSD事件加上森喜朗的接连失言、爱媛丸事件、经济不景气，导致森内阁的支持率不断下挫，森喜朗上任只有一年就被迫下台，由小泉纯一郎接任。原先在野党打算利用KSD事件，在当年举行的参议院选举中取胜；不过，在「小泉旋风」的影响下，自民党在选举中不仅没有像预料中的失败，反而大获全胜。