维新后力行西化，排斥汉医，遂至美国研读哲学，经九年后取得哲学博士学位，之后再前往英国学习两年，于1901年返回日本。返回日本后他以复兴汉医为目标，而与帝大教授也是药学博士的朝比奈泰彦等数十人于1927年组成东洋医道会，南拜山为会长。该组织在1928年成立台湾支部，支部长是干元药行的陈茂通，同年11月该组织发行刊物《汉文皇汉医界》（后改称《台湾皇汉医界》）。南拜山在1930年4月13日到9月9日期间，曾来台协助东洋医道会台湾支部该年发起的复兴汉医请愿活动及5月4日召开的「东洋医道全岛大会」，南拜山在大会后