母亲在京师病故，可能由于和珅的阻挠，干隆帝命福康安在任守制。福康安途中得病，干隆帝命御医前往探视。福康安上疏说：“安南没有事情，我请求返回京师，为母亲服丧几天。”干隆帝批准，调任四川总督。次年，再改任云贵总督。
平定苗变及病故.干隆六十年（1795年）二三月间，贵州苗民石柳邓，湖南苗民吴半生、石三保等起事，清政府调遣云贵总督福康安、成都将军观成、四川总督和琳、湖广总督福宁率领七省兵力十余万人，分路镇压。石柳邓围攻正大营、嗅脑营、松桃厅三城，福康安率军经过激战，解三城之围，获赐三眼花