民间环保团体及超过百位生态学者反对，也替桃园观新藻礁生态系野生动物保护区是否能维持生态系健康蒙上一层阴影。2018年10月5日，行政院院长赖清德表示，如果行政院环境保护署通过第三天然气接收站兴建案环境影响评估，天然气发电能满足电力需求，行政院会同意经济部重新评估要不要兴建深澳发电厂。2018年10月8日，第三天然气接收站环评通过，环保署副署长詹顺贵请辞。2021年2月22日，台湾中油在记者会中表示，将採取回避替代修正方案进行开发，避开生态敏感区域，仅使用既有填地兴建接收站所需储槽等设施，未新增任何填