山君原本随顺祖母仁粹大妃崇信佛教；但仁粹大妃去世后，燕山君态度一转，开始和太宗、世宗一样对佛教加以破坏。燕山君撤去三角山藏义寺佛像，赶走寺内僧侣，将教宗首刹兴德寺的佛像废去，寺院改为官用；1504年，他还废掉朝鲜禅宗首刹兴天寺，移佛像至桧岩寺，改圆觉寺为妓院；自高丽以来所举行的僧科制度也被迫废止。不久，兴天寺、兴德寺相继被焚，禅宗、教宗本寺俱毁，宗务转移他处。
丙寅士祸.1506年，燕山君掀起丙寅士祸，试图将戊午士祸及甲子士祸中遗漏的士林派再度查找处理，掀起了全国的恐怖气氛。燕山君