，供南京地铁1号线列车停靠。站台间设有2条连接通道。站厅设有南北两组楼梯通往南北两个站厅，换乘需从北侧的楼梯进入北站厅和换乘通道。
3号线部分.3号线站台位于南京火车站北广场地下，总建筑面积为47280平方米，深29.8米，是江苏省内最深的地铁车站。3号线地下一层为站厅层，地下三层为设备层，地下四层为站台层，设两个岛式站台。目前使用中间两条股道，形成侧式站台。3号线南京站设有7个出入口，通向南京火车站北广场、黄家圩等方向。
车站艺术.1号线南京站于2014