庆祝佔有全台时，陈秋菊与胡阿锦、简大狮等围攻台北城，一度佔领大稻埕。当时，陈秋菊骑着一匹白马率众领导攻城，因此又被称为「白马将军」。1897年8月，日本新任台湾总督儿玉源太郎实施保甲制度及「土匪招降对策」，日本人以招抚方式使其投降，应允给予陈秋菊经营樟脑的开採与制作权，陈秋菊在交换条件下，率一千三百余名抗日义军下山「归顺」，其中有部份义军惨遭日军杀戮。陈秋菊此后勤俭治产，因而致富。1907年5月（明治四十年），陈秋菊获得台湾总督府所颁授的佩绅章。虽名列搢绅，然因变节投降，时感内疚于心，平居不谈时事，