跨机构工作组来到农场，并在农场设立总部，对罗杰尼斯的指控进行调查。为避免证据被销毁，工作组取得了搜查令和传票，50位调查人员于1985年10月2日进入农场。斯基尔斯博士在奥修庄园城医疗诊所的实验室发现了含有沙门氏菌的玻璃瓶。经美国疾病控制与预防中心位于亚特兰大的实验室分析后证实，罗杰尼希实验室的细菌样本和在当地餐馆就餐后患病的个人所感染的细菌完全一致。这次调查还发现罗杰尼希教在1984和1985年先后进行过多次毒药、化学品和细菌的实验。斯基尔斯博士描绘自己在罗杰尼斯实验室看到的情景就像是“一个用于大批量生产