益生菌会收到不同因素的影响，例如母亲自身的身体质量指数（BMI）、婴儿性别、生产方式及母乳喂哺模式等等。Soto等人的研究表明，在怀孕和哺乳期间未接受任何抗生素治疗的妇女的母乳中有更多的乳酸桿菌和双歧桿菌含量。（HMO）是母乳中的主要成份之一，属于益生元，可以增进有益的双歧桿菌和拟桿菌的成长。
产妇的健康情形.产妇的健康情形会影响母乳中的微生物组。身体质量指数较高及比较肥胖的产，其双歧桿菌和葡萄球菌的数量会不同，细菌的多样性也会比较少乳糜泻产妇母乳中的拟桿菌和双歧桿菌含量会比较