主义者企图干预美俄反恐合作，利用神经毒气威胁将在美国进行大规模袭击。鲍尔逐渐发现恐怖分子的合作人来自白宫高层。主要支线：俄总统夫妇访美，与美国签定反恐军事协定；洛根总统与其夫人之间有矛盾；CTU内部复杂的关系与斗争；CTU遭受神经毒气血洗；CTU改属国土安全部管辖；鲍尔与奥黛丽·瑞恩斯前缘再续；一个秘密集团在操纵美国政府和恐怖袭击。第6季（2007）发生在第5季的20个月后，被中国政府抓走的杰克·鲍尔在经历严刑拷打后被释放。恐怖分子试图在美国引爆5个核弹，并且有1个已经成功引爆。CTU要夺回剩下的4个核