批判一些旧约中的历史陈述。在达尔文研究物种演化时，物种行为的无情性引伸出的社会意义，经常被非国教论者及无神论者视作攻击英国国教会的理论的手段。达尔文更认为宗教信仰其实是生物族群的生存策略，虽然此时他仍然相信神是最终的自然法则制定者。在1851年，他的女儿安尼逝世后，达尔文的信仰渐减，并倾向怀疑主义。这时虽然他仍继续协助进行一些教会事务，但已经不会在星期日上教会。他倾向相信痛苦是自然法则，多于神的试练。当他被问及他的宗教取向时，他指出他从来不是无神论，但不可知论是对他的心思更准确的描述。达尔文在自传里亦曾