衙门建造在鼓楼以北，两衙署一南一北，南院门与北院门也因此得名。后南院门成为陕甘总督行署。到清中期，陕甘总督行署移驻到兰州后，南院门衙署便闲置了，直到1900年慈禧太后和光绪皇帝西狩西安，陕西地方官员才将南院衙署收拾出来供慈禧居住，后慈禧因条件有限而搬至北院门居住，南院门成了陕西巡抚部院的新署所在。民国时期，陕西省议会、国民党省党部等都曾占驻南院门。1926年到1934年，国民党陕西省党部也曾设在南院门。1949年至1954年，陕西省人民政府曾在南院门办公。1954年至2011年2月21日，中共西安市