伐沔中的叛乱，都一概平定。建兴三年（315年）杜弢降而再叛，卞敦加征讨大都督参与讨伐。杜弢被平定后卞敦因功而封安陵亭侯。后镇东大将军王敦请得卞敦为军司。东晋建立后，卞敦任太子右卫率。镇北将军祖逖死后，原本祖逖收复的大片北方土地被石勒再度攻陷，并且进逼淮河和泗水流域，元帝于是想找良将镇守边境，阻止石勒继续南侵。当时众人都推举卞敦，卞敦于是获任命为征虏将军、徐州刺史，镇守泗口。太宁元年（323年），石勒进攻彭城和下邳，卞敦认为自己不能抵御，于是与征北将军王邃退守盱眙。石勒因此将淮北地区大部分城池都攻陷。卞敦