为之罪言官，洩私忿」、「喋喋不休，有失大臣体统」请再交吏部议处。朝廷派户部尚书阎敬铭另启调查，六月十五日，吏部议处降调。称病放浪于山水之间三年。1886年（光绪12年）两广总督张之洞出面奏调到广东， 陈宝箴才决定在缉捕局任职，管理治安。隔年初秋，郑州黄河大决口，朝廷派礼部尚书李鸿藻视察河工抢修情况，召宝箴前往襄助谋划，李氏一见，对其大为倾倒。1889年（光绪15年）湖南巡抚王文韶上疏力荐「陈宝箴可大用」，隔年调到湖北， 历任湖北按察使与布政使， 后以劳苦功高，赏加头品顶戴。
甲午