特烈二世继承了公爵爵位。腓特烈二世的外号是“爱争吵的腓特烈”，因为他不断与匈牙利与波希米亚国王以至皇帝本人发生争执。腓特烈二世剥夺自己母亲和姐妹们的财产，又由于其严苛的法律受到臣民的痛恨。他在1236年被皇帝逐出奥地利。然而他却因为腓特烈二世皇帝遭到教皇绝罚而得以回到自己的公国。巴本堡王朝在1246年腓特烈二世公爵在一次战役中阵亡后绝嗣。今天的巴本堡城是环绕着该家族世代相传的城堡而修建的。