于何时交接则不明，学者毛绍周怀疑可能是在朱一贵事件后，「际恬胜脩」和尚才进驻大天后宫并担任台湾府僧纲。而根据大天后宫奕叶相承牌位中记载，台南大天后宫第一代开山师父「际恬胜脩」师承自「明标良准」禅师。明标良准禅师为黄蘗宗万福禅寺第十四代住持，法脉可上溯至密云圆悟禅师。嘉庆大火发生后，《台湾采访册》提到住持僧所蓄银钱皆镕燬，毛绍周推论此后由于住持僧无力再出资重修大天后宫，府城三郊成为主要的出资者，可能也从住持僧手中取得了庙务的主导权。
建筑与文物.大天后宫的主轴线上，依序是三川门、