了1999年俄罗斯杯的冠军，2001年联赛第三名，2002年闯进杯赛决赛并且获得俄罗斯足球超级联赛第三名，并且在2003年赢得了俄罗斯联赛杯。2005年12月，俄罗斯天然气工业股份公司（简称Gazprom）控股了俱乐部。 交易是由圣彼得堡市长瓦莲京娜·马特维延科宣布的。Gazprom买下了俱乐部大部分的股权并且投资超过一亿美元用来进行球员交易和建设新球场。即使泽尼特打进了欧联杯的四分之一决赛，球队赛季初期平庸的表现导致教练弗拉基米尔-彼得热拉在夏天下课。2006年六月，迪克·艾德沃卡特 接任泽尼特主