真核生物，如寄生虫猪蛔虫，有类似复合体II的延胡索酸还原酶（甲基萘醌:延胡索酸氧化还原酶，又称QFR），但功能相反，其氧化泛醌而还原延胡索酸。这使蠕虫可以在大肠的厌氧环境中生活，将延胡索酸作为电子受体进行厌氧氧化磷酸化。复合体II的另一种非常规功能在引起疟疾的寄生虫“恶性疟原虫”中得到体现。在这里作为氧化酶，复合体II的逆作用对泛酚的再生很重要，寄生虫将其用于一个不寻常的生物合成嘧啶的方式。
电子传递黄素蛋白-Q氧化还原酶.电子传递黄素蛋白-泛醌氧化还原酶（ETF-Q氧化还原酶），