现的一块也里可温主教碑记载：“管领江南诸路明教、秦教等，也里可温，马里失里门，阿必思古八，马里哈昔牙。皇庆二年，岁在癸丑八月十五日，帖迷答扫马等泣血谨志。”由此可见，在元代明教是合法存在的，由一位也里可温（基督教）主教兼管江南诸路明教和秦教（景教）。福建晋江草庵摩尼光佛雕像雕刻于至元五年，草庵石室本身也建于元代。建于南宋的选真寺、潜光院等寺庙在元代得到修缮，碑铭记载有众多平民在此时皈依了明教。在元朝之前的摩尼教寺庙并不具有基督教或佛教寺院那种修道生活的意义，因为其僧侣除非生病，不得居住在里面。元朝之后，