正18年（1590年）被原谅，于是再次出仕。在文禄庆长之役时，担任秀吉的使者渡海前往朝鲜（『老人杂话』）。文禄4年（1595年），在秀次事件后，所领被重整，此后所领有伊势、尾张、三河内合共1万6千石（『纪伊国古文书』）。
晩年.庆长5年（1600年），在关原之战中没有表明加入东军或西军的立场，在战后受到减封处分。而孙儿兼信浓国诹访藩藩主日根野吉明即使在关原之战中加入东军，亦在庆长6年（1601年）被减少石高，被转封至下野国壬生藩。在庆长7年5月28日（1602年7月17日）死去