日广州发生商团叛乱，孙率军回师广州。10月15日平息叛乱，北伐军继续取道江西北上，10月23日发生北京政变，孙中山下令停止前进。
结果.张作霖、冯玉祥等在曹家花园召开的天津会议，决议成立中华民国执政府与善后会议以取代国会，并推段祺瑞为「中华民国临时执政」，统总统与总理之职，孙中山于此时尚在来京途中，政权落入奉系军阀手中。
评价.第二次直奉战争规模与影响均比第一次浩大，其中更历经黄渡浏河战斗、宜兴战斗、庆元战斗、江山战斗、松江战斗、杨村战斗等等数场大型战役。