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意义.尽管自交亲和的植物因交配成本低，能迅速佔据适宜其生长的环境，但它们却缺乏应付突发灾难的能力。自交不亲和的植物虽然交配成本较高，但却增加了个体的遗传杂合度，使得种群对多变环境的适应能力增强。另外，自交不亲和性对促进种间生殖隔离形成和物种分化的也有重大意义。
应用.在杂交中利用自交不亲和的植物做母本，不仅可以省去去雄操作，还可以通过远缘杂交获得杂种优势。1970年代，中国大陆的科学家曾利用十字花科植物的自交不亲和机制培育出了高产、高品质的甘蓝型杂交油