该馆是在“国立自然史博物馆”（，缩写为RMNH）与“国立地质学与矿物学博物馆”（，缩写为RGM）1984年合并的基础上成立的。1986年，人们决定使该馆成为对公众开放的博物馆，一个新建筑建立起来。该新建筑耗资约6千万欧元，在荷兰博物馆建筑中仅次于位于阿姆斯特丹的荷兰国立博物馆的建筑投资。
馆史.
原国立自然史博物馆.原国立自然史博物馆（）是一座位于荷兰南荷兰省莱顿的博物馆，由Royal Decree批准建于1820年。该馆建立于合并若干当时已有的收藏的基础之上