第二任妻子为曾丽华，两人在1989年结婚，生有一子沈晓津 (医师)。
逸事.沈君山为围棋业余六段棋士和桥牌的高手，曾经连续三届荣获美国本因坊冠军，也曾获两届世界桥牌大赛百慕达盃亚军，为着名的旅日围棋棋士张栩之义父；素与吴清源、木谷实、林海峰、曹薰铉及聂卫平相识且有交谊。沈君山的父母皆为着名的农学专家；父为沈宗瀚，前农复会主委，曾改良一小麦品种，命名“骊英一号”来追念于研究中因故辞世的沈君山之母—沈骊英。由于学经历出众、家长对国家社会贡献良多，沈君山有国民党四公子之一的美称。