，卢永根一番查验，发现苏联相关论文确实经不起推敲，也对米丘林的遗传学观点产生怀疑。1958年，反右运动中卢永根这些观点成为他的重大政治问题，被处以留党察看一年的处分，但卢永根还是坚持自己的观点，不认同米丘林的遗传学说。1961年8月，在北京担任中国农业科学院院长的丁颖需要助手，选择了卢永根担任此职。1962年8月，卢永根赴北京，成为了丁颖的科研助手。卢永根跟随丁颖奔赴全国各地考察，研究各地水稻品种、性状、栽培方法，搜集各地稻种，积累了大量宝贵资料。1964年10月，丁颖因病逝世，卢永根回到华南农学院工作