国民党则认为，王郁琦拥有总统府与国安会背景，加上过去参与幕僚工作，接触不少两岸事务，走到幕前应该能贯彻马英九总统的两岸思维，精准执行两岸政策。
2013年.6月，陆委会主委王郁琦被批评于立法院沟通「5分钟」后，和大陆签订海崃两岸服务贸易协议。此协定可能造成台湾损失，例如签约后，台湾印刷业到大陆只能印印产品包装等东西，但是大陆厂商可以到台湾经营任何印刷相关事业而其正向影响尚待观察。但也有企业家表示，台湾要走出去，服贸协议一定要过关；服贸协议对台湾中小企业会有冲击，但陆资可以来，台资也