癌基因及发育生物学研究，完整系统地阐明了BMP-4基因在胚胎发育过程中的信号传导通路。阐明了Ras基因和肿瘤的关系，发现Ras基因引起癌变需要磷酸脂酶C及神经生长因子对Ras信号的作用。由于孔院士在生物医学方面的卓越成就，1971年至1986年任美国罗氏制药公司分子生物研究所的生化部高级研究员、研究主任，1986年出任美国国立卫生研究院（NIH） 生化生理实验室主任，成为NIH中学术地位最高的华人科学家之一。先后获NIH杰出成就奖，NIH十大优秀实验室主任及香港地区杰出研究奖。近年，孔院士又继续在生物学