1941年4月、任军队通信兵监，参加太平洋战争。1942年5月18日、百武晴吉受命出任第17军司令官，指挥夺回瓜达尔卡纳尔岛的战役，百武负责所罗门群岛方面及东部新几内亚的攻略任务。在补给不足和美军的空中优势下，日军大本营参谋辻政信中佐强行要求百武对新几内亚东部的美军发起攻击作战，日军遭到惨败，部队有5000人战死，15000人饿死或病死。11月9日，日军大本营命令第18军（司令官安达二十三中将）和新设立的第8方面军（司令官今村均大将）接手新几内亚东部的作战任务，第17军被调回负责所罗门群岛方向作战。