接受中华民国总统陈水扁聘任为中华民国总统府国策顾问一职。2006年9月，因为年龄和健康的理由，宣佈封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。2006年，柏杨同意将56箱、共计11,745件文献、文物捐赠予中国现代文学馆，并于2007年2月6日举行「柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会」正式移交。另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦于2007年6月27日开幕，系3月31日捐赠予校方。包括1949年抵台后的重要証书、结婚証书、资治通鑑手稿、校对稿、杂文手