系统」、「民间信仰」，国家神道系统为天照大神、天皇及皇族、出云系之神、国魂神和特殊神等，民间信仰为金刀比罗神、八幡神、稻荷神等。台湾的神社祭神大多为天照大神、开拓三神（大国魂命、大己贵命、少彦名命）、和北白川宫能久亲王，北白川宫能久亲王在日方接收台湾的乙未战争中战死在台湾，又因其身为皇室以及明治天皇叔父的身分，台湾各地设有多处相关纪念碑。除以上祭神外，另一种是祭祀「为国殉难英灵」的神社，因此祭祀对象与一般神社性质不同，故不赋予其社格，建功神社和台湾护国神社即属此类。其他的特殊祭神有郑成功和台湾总督；台湾