设南菁书院。光绪十五年（1889年）辞官归里，回长沙定居，任岳麓书院山长达十年。在戊戌变法运动中，反对康有为、梁启超的激进思想。光绪二十六年（1900年），唐才常自立军事，王先谦与叶德辉向湖南巡抚告密，唐党被杀百余名。光绪二十八年（1902年），与龙湛霖发起成立湖南炼矿总公司，参与粤汉铁路废约自办运动和保路运动。光绪三十四年（1908年），授以内阁学士衔。宣统二年（1910年），长沙爆发饥民抢米风潮，王先谦联合长沙士绅批评湖南巡抚，事后以“梗议义粜”罪名被降五级。宣统三年（1911年），辛亥革命