派到安大略湖的萨基茨港（）驻防，一直到1845年8月28日再返回西点军校担任地理学、历史和伦理学助理教授。
参加美墨战争.1846年5月，巴克纳辞去教学职务加入美国第6步兵团参加美墨战争。起初他的职责主要是招募士兵并将其送至德克萨斯州边境。1846年11月，巴克纳获命加入所属连参与实战，在蒙克洛瓦和帕拉斯（）的中途和连队汇合，连队再在萨尔蒂约与约翰·E·伍尔（）会合。1847年1月，巴克纳奉命与威廉·J·沃斯（）的师前往韦拉克鲁斯。正当温菲尔德·斯科特少将被围困在韦拉克鲁斯时，巴克