保住了国会议席，但多数票从上届的过万大减至这次的241票。政治观察者对此感到惊讶，但这是可以理解的，因为安华革职后引发的一系列的政治动荡影响了选情。
再职国防部长（2000–2008）.在第二次受委国防部长期间，纳吉在2004年印度洋大地震中协调了马来西亚的救援工作，以及在2004年巴厘岛爆炸事件中为印尼逮捕涉案人员。 纳吉也监督部署了马来西亚军队身为联合国维和部队的一部分，在2006年黎巴嫩战争中自愿参与协助维持黎巴嫩的稳定。纳吉也在2003年12月提出强制军事服务计划，表示