书长.
深澳电厂议题.2018年5月15日，陈菊在三立iNEWS《郑知道了》节目中表示，不应该把深澳电厂的议题政治化、讨好所有人，台湾几个重要的发电厂都是在高雄，高雄也被认为PM2.5空气污染严重受害的城市，但高雄的发电常是支援北台湾，污染却在高雄，「如果我们都不要，那电从哪来？」
监察院长.
机要任用争议.陈菊甫上任就将监院5个机要秘书缺全部佔满，甚至5位全部摆在院长办公室，根据《各机关机要人员进用办法》规定，各机关的机要人员最多不得