74年自香港中文大学退休，任教新亚研究所。其后又任教国立台湾大学、国立台湾师范大学、东海大学、国立中央大学。1995年4月12日15时40分，牟氏因器官衰竭逝于国立台湾大学医学院附设医院，享寿86岁。
学术.牟宗三的思想受熊十力的影响很大，他不仅继承而且发展了熊十力的哲学思想。牟氏较多地着力于哲学理论方面的专研，谋求儒家哲学与康德哲学的融通，并力图重建儒家的「道德的形上学」。代表作包括：《心体与性体》《才性与玄理》《中国哲学十九讲》《中西哲学之汇通》《现象与物自身》《佛性与般若