年5月，冯玉祥在张家口组成察哈尔民众抗日同盟军，佟凌阁参加，被任命为第1军军长，兼代理察哈尔省主席。其后，由于蒋对冯施加压力，同年8月冯下野。佟凌阁回到宋哲元手下，最终还是下野。1936年（民国25年），佟凌阁重新出任第29军副军长兼教导团团长，驻扎南苑（今位于北京市丰台区）。民国26年（1937年）7月7日卢沟桥事变爆发，佟凌阁等第29军主要干部表示抗战。宋哲元对实行抗战难以决断，南京的国民政府中央自知与日军的武力悬殊，难以与日军抗衡，一开始对日抗战的态度也较为消极。佟凌阁奉命负责守备南苑。7月20日