英国有权继续在该岛驻军，而大团长宫则因为已有英国公务员使用而无法归还。1813年，马耳他成为英国殖民地，一直到1964年独立为止。骑士团在欧洲变为一个松散的组织，并在19世纪除转向从事人道和宗教事务。1834年，当时已被称为马尔他骑士团的医院骑士团在罗马的马尔他宫设立总部，并保留至今。