低密度脂蛋白上升，并使高密度脂蛋白下降。肝脏无法代谢反式脂肪，也是高血脂、脂肪肝的重要原因之一，世界各地的健康管理机构建议将人造反式脂肪的摄取量降至最低；一般认为，经过部份氢化的植物油和纯天然的植物油相比，前者对于健康造成的风险较大。但是天然反式脂肪酸异油酸可以像ω-3多元不饱和脂肪酸一样降低动脉硬化和心脏病的发病率。世界卫生组织不断在其《预防和控制非传染病：实施全球战略》报告中，重申要「逐步消除反式脂肪酸」。联合国粮食及农业组织与世界卫生组织建议，饮食中仅应包含极小量的反式脂肪，低于每天摄取热量的1%