恆河豚科的唯一现生种。分为两个亚种：指名亚种（恒布河豚 "P. g. gangetica"）生活在恒河及布拉马普特拉河水系，分布范围涵盖印度、孟加拉国和尼泊尔，据信现存3500头以上；印度河亚种（印度河豚 "P. g. minor"）仅分布于巴基斯坦的印度河，估计现存约1200–1800头。1970年代以来，这两个亚种被划为各自独立的物种，后根据分子遗传学研究，在1998年被重新归为恆河豚的两个亚种。遗传学分析表明，恒河豚是现代齿鲸中位于演化树基底的早期支系，但已确认的最早恆河豚化石仅有1.2万年历史。