后，他兼任陕西省副省长、陕西省公安厅厅长等职。1960年11月，进入中共陕西省委书记处。1963年3月，任陕西省代省长；同年12月，正式当选陕西省省长。期间，他曾兼任陕西省体育委员会主任，陕西省人民委员会编委主任，中共陕西省委监察委员会书记等职。文化大革命开始后，李启明遭到迫害，1977年才恢复工作。此后他被调往云南省，历任云南省革命委员会副主任，中共云南省委常务书记、中共云南省纪委第一书记，中共云南省委第二书记、云南省政协主席，中共云南省顾问委员会主任等职务。中共第十二届五中全会上，他被增补为中央顾问