特诺奇特兰沦陷后六年，第一个位于美洲大陆的审问院于1527年设立在墨西哥城，管辖范围包括今日的墨西哥和中美洲的大部分。下一个设立的审问院为1528年的巴拿马审问院，监督中美洲和南美洲北部沿岸地区，1543年废止。1564年时重新设立，但管辖范围只剩巴拿马部分，巴拿马审问院一直运作至1751年。在1543年第一个巴拿马审问院被废止后，该地设立了两个审问院：一个在瓜地马拉，管辖中美洲，另一个在利马，管辖征服秘鲁后获得的南美洲区域和周边地区。委内瑞拉由于较早征服，仍在圣多明哥审问院的管辖下，直到18世纪初