二十九年间风雨侵袭，全部倒塌，神像暂移供于宜兰武庙内。咸丰八年（1858年），通判富谦认为近年来雨水不畅，田禾经常受损，是因旧坛址「砂水坐向不相朝」，所以改变方向坐东面西，并立重建先农坛碑，以资记念。护龙、门屋及围墙为同治年间所作。日人曾强佔庙地为日本宪兵队营区，直至1913年12月11日宪兵队撤出。正殿于1920年曾由阿元师（陈荣元）及阿枝师重修屋顶及泥水部分。庙曾由日僧接管，安奉石观音。原先舖红瓦的硬山式屋顶护龙，少数在这时期置换为水泥瓦，因而正嵴出现日式鬼瓦以为收头。战后时期，僧侣归还五谷庙，