应中共号召回乡建设祖国（一说于中共建国后遇上排华事件而回流中国），属于最早一批「爱国青年」，于长沙医学院修业，其间生活艰苦，后来到沈阳一带服务，再到青海工业厅待了三四年，成为地质考察队驻医，居于塔尔寺。之后申请调回广东，回乡寻根（另有说法指陈云根父亲因毛泽东发起反右运动，被流放农村）。陈云根的外祖父在乡下开织布厂，据称曾资助孙中山发动革命。1957年，毛泽东提倡「大鸣大放」，邀请知识分子大胆讨论政治，当时包括陈父在内的不少归国华侨信以为真，结果一被出卖，陈父后来约于1958年偷渡来港，第一次被抓，坐了三