1个帝国自由城市中有45个在1803年通过帝国议会的最后一次决议被其附近的领主们吞并。到1806年神圣罗马帝国告终时还有六个帝国自由城市：奥格斯堡、纽伦堡、法兰克福、不来梅、汉堡和吕贝克。
神圣罗马帝国灭亡后.1815年后在德意志邦联只有四个自由城市了：汉堡、不来梅、吕贝克和法兰克福。1866年法兰克福被普鲁士吞并，1937年吕贝克也被并入普鲁士。德意志联邦共和国成立后不来梅和汉堡作为联邦州保存了它们的自由地位。柏林的联邦州地位来自于它在第二次世界大战后被盟军占领的特殊历史过程。