不断入侵高丽，虽然初雕版的分散部分仍然存在，但高丽高宗为了祈愿能够击退蒙古军，于高宗24年（1237年）再次雕造大藏经。于江都设立大藏都监，于晋州南海县进行雕造，经16年，于高宗36年（1249年）完工， 得到崔瑀以及其儿子崔沆的支持， 雕刻过程涉及到善和教(선)学校的一众僧侣。这个第二版通常被称为再雕版高丽大藏经，即是现存的八万大藏经。 在1398年，为躲避日本人入侵，将其移置于海印寺，放在一个包含四个建筑物的建筑群内，流传至今。根据罗伯特·巴斯维尔（Robert Buswell）的说法，认为高丽在大