掌控勘合贸易的大内氏灭亡，勘合贸易中断，此时倭寇又开始了活动，直到后来丰臣秀吉下令禁止。
长期混乱导致战国时代.随着诸如鎌仓府等地方势力的发展，室町幕府与各地势力矛盾日益激化。1438年，足利义教出兵讨伐足利持氏，史称永享之乱。嘉吉元年（1441年），“四职”之一的赤松满祐刺杀足利义教。尽管他很快就被幕府方面消灭，但是室町幕府的权威却降低了。这一事件被称为嘉吉之乱。同时期，各地的农民也发生了暴动，在日本史上称为土一揆。幕府被迫发佈《德政令》。第八代将军足利义政尽管在艺术上有所成