灭了天山以南各地的割据势力，在南疆地区建立了哲德沙尔汗国。同治十年（1871年），沙俄趁浩罕领导阿古柏在天山南路之际，出兵新疆伊犁地区，并攻灭伊犁苏丹国；1877年，清政府平定新疆；次年派崇厚赴俄谈判收回伊犁问题；1879年10月2日崇厚擅自签定了《里瓦几亚条约》；按约中国仅收回伊犁河上游谷地，但丧失的主权甚多以遭到朝野的反对；1880年，清政府派曾纪泽赴俄修订条约；1881年2月24日，签定中俄《改订条约》，即《伊犁条约》。根据条约，沙俄归还伊犁，但割去了伊犁霍尔果斯河以西地区。