1998年6月8日，军政府首脑阿巴查猝死，接任者阿布巴卡尔决定交权给民选政府。1999年2月的总统选举中，奥卢塞贡·奥巴桑乔当选。2007年4月21日，举行总统和国民议会选举。奥马鲁·亚拉杜瓦当选总统。2010年5月5日奥马鲁·亚拉杜瓦病逝，副总统古德勒克·乔纳森继任总统。2011年4月16日，古德勒克·乔纳森在总统选举中获胜，5月29日，在首都阿布贾雄鹰广场宣誓就职。大选结束后动乱，造成200多人死亡，400多人受伤，几百人遭逮捕，近4万人无家可归。