1938年6月，任新建立的第11军司令官。第11军统辖有7个师团和1个独立混成旅团，这些下属部队被编入华中派遣军，参加了武汉会战。8月1日，冈村宁次正式下达进攻命令，用第6、第9、第27共3个师团沿江而上，在海空军的支援下，突破田家镇要塞，击退沿途的张发奎、李品仙两兵团，最终占领武汉。在此期间，其指挥的第106师团孤军深入到江西九江德安县万家岭地区，被中国第九战区薛岳指挥部队在万家岭地区围攻13昼夜，日军损失1.4万。1939年5月，冈村宁次发起随枣会战。9月17日，冈村宁次发起第一次长沙会战。9月19日