与牛辅被杀之后，郭汜与李傕等人乞求王允赦免，被拒绝。众人听从贾诩之见，率军攻入长安，杀王允，迫走吕布，与李傕等人掌管朝政，被封为扬烈将军。兴平元年（194年），马腾军攻来，被李傕派往战于长平观下，胜利，杀万余人。同年又破冯翊等羌贼。升为后将军，联同李傕、樊稠绶与官员提拔权利，与三公同级，合称为六府。
互斗连年.兴平二年（195年），樊稠被李傕杀害，郭汜怀疑李傕欲毒害自己而与李傕互相攻打。汉献帝遣使议和二人，遭拒。郭汜本欲胁持天子，但为李傕先发制人。汉献帝再遣使议和二人，被郭汜胁持作