康熙卅六年（1696年）调为福建陆路提督，翌年改为水师提督。康熙帝南巡时，曾向他询问海盗之事，因回答得当，不久授予威略将军，仍掌水师提督之事。康熙五十一年（1712年）逝世，年七十六，赠太子少保。为纪念其事蹟，于台湾府城东安坊曾建有吴将军祠，现址为新建国戏院。