以侵吞军饷罪被逮进京，“五彪”之一的许显纯对他滥施酷刑，他宁死不屈，最后被发配滁阳。崇祯时，魏忠贤伏诛，何栋如赦还，闲居南京。崇祯六年（1633年），何栋如上《恢复辽东六议》；崇祯十年（1637年）又上《留都增设城垣疏》，受到兵部尚书范景文的重视，刘宗周亦为推荐。然而不久后，何栋如终病逝南京。着作有《文庙雅乐考》两卷和《皇明四大法》十二卷。