生成和解离。第二个影响因素是一对lox序列之间floxed序列的长度，Cre-lox重组的效率随着其长度的增大而降低，或许是因为反应动力学的影响。 floxed序列在基因组中的位置会对Cre重组酶的结合有影响，也会影响重组效率。 此外，cre基因的启动子选择也很重要，低表达的启动子往往会造成异常的重组结果。 
时间控制.在Cre-Lox重组系统中常用的表达调控机制还有三苯氧胺诱导系统。通过在Cre酶的蛋白序列上添加一个雌激素受体结构域，可以实现重组反应在特定时间点的触发。重组过