南政务委员会修正公布的《琼崖特别区长官公署组织条例》，其第一条规定「国民政府划琼崖全属为琼崖特别区，设特别区长官，简任，直隶于国民政府」，但未能实行。惟因国内政局突变，影响所及，又陈济棠暗中阻挠，改建事宜未能实施。抗战时期，海南岛被日军占领。日军佔领广州后，为了切断国军在华南的海上交通线，决定攻佔海南岛。国军只有两个保安团驻守在此。民国廿八年（1939年）2月10日，日军板垣师团主力在海南岛北部天尾港登陆，海口、琼山当日陷落。另一路日军于14日同时在崖县、榆林、三亚湾登陆并在当日陷落，国军退入山区，日军