嘉五年（311年），汉军攻陷洛阳，俘晋怀帝及在洛阳的宗室官员，北宫纯转守南阳王司马模所据之长安，不过其年刘粲又攻长安，兵至下邽，司马模派兵出战但失败，于是投降却为刘粲所杀，北宫纯等则被送至汉都平阳。北宫纯在汉官至尚书，太兴元年（318年），靳准杀汉帝刘粲自立为汉天王，北宫纯则招集汉人，在东宫结堡自守，惟被靳准堂弟靳康所杀。