神宗（中道宗、神印宗）、始兴宗合为教宗。此后大规模的毁寺开始，出家亦被视为违犯国禁。直至1592年，日本太阁丰臣秀吉倾全国之力入侵朝鲜，禅僧清虚、休静率徒并募僧兵五千人，与中国明朝军队协同作战，佛教稍稍复兴。
近代.近代，日本净土真宗和日莲正宗传教至朝鲜半岛。日本明治维新以后允许僧侣娶妻食肉的传统也被带入朝鲜半岛。1910年，日本正式吞併大韩帝国，开始殖民统治，于1911年发佈《寺刹令》（），实行明治维新后的日本佛教运作和管理方式，由日本驻韩总督任命寺院的住持。一些亲日僧侣也效仿日