后，莫利托取代Zayonchek将军负责指挥安德烈·马塞纳元帅的第三师。莫利托率领他的师在意大利参加了圣米切尔和卡尔蒂埃罗战役。下一年他被命令去占领达尔马提亚，在那里他解放了莱西纳 ，占领了科尔丘拉 ，并完成了拉古萨的交接。1807年4月，莫利托在纪尧姆·布律纳元帅麾下指挥一个师，并成为了瑞属波美拉尼亚的总督。这年7月他参加了施特拉尔松德围城战，之后他加入了第四军，在苏尔特元帅离职后莫利托接手了该军的指挥权。作为之前优异服役的回报，1808年莫利托被册封为帝国伯爵，并被授予了巴登的查尔斯·弗里德里希大十