985年4月，潘文石的研究生曾周意外坠崖牺牲。但他没有放弃，顶住压力继续研究。在秦岭调研的时候，他发现了大量竹林被滥砍滥伐的问题，于是上书领导层。1994年5月，砍伐全线停止；1995年，中国政府投资5500多万元人民币建立了长青自然保护区，并引入世界银行477万美元贷款，保护了大熊猫在秦岭南坡的最后一片栖息地。1988年，他和团队整理出版《秦岭大熊猫的自然庇护所》，对大熊猫的社会结构和行为方式、婚配方式做出了详细介绍。自1993年起，他和吕植与美国生物学教授奥布莱恩合作，对不同地域的大熊猫的遗传基