到外地寻求救兵。姚善不同意，于是便与前袁州知府杨任图谋举事，被人告发，都被逮捕。黄子澄被送到应天，朱棣亲自诘问他，黄子澄在朱棣面前抗辩不屈，被凌迟处死，家族不论老幼俱被斩杀，倖存的妇女则遭到惨无人道的凌虐。黄子澄有一子改名换姓为田经，倖免于难，到了明仁宗时获赦，有子孙黄表，在明武宗时考取进士。弘光初，谥节愍；清高宗追谥忠悫。
作品.黄子澄因被明成祖诛杀，作品遗稿散失殆尽。现见诸史志的，仅存《李景隆师败》、《还洞庭》、《酬姚六丈》、《送刘医士歌》和《大岗山广庆寺记》等诗文17篇。