受朝廷的招抚，陈衷纪不肯接受还打算反叛，因此被郑芝龙所杀。但在具有小说性质的《台湾外纪》里，对陈衷纪有截然不同的描写。陈衷纪为颜思齐等二十八人的结拜兄弟，并且打算共同起兵推翻德川幕府，失败后建议颜思齐前往台湾落脚。颜思齐死后和郑芝龙一起于海上劫掠，朱钦相要招降郑芝龙时，陈衷纪没有前往而返回台湾。后来在澎湖被李魁奇所杀，郑芝龙杀死李魁奇，便拿他的首级祭拜陈衷纪的牌位。