任中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室常务副主任。2008年6月3日，被推举为海峡两岸关系协会第二届理事会常务副会长。他是国台办及海协会之中少数熟悉闽南语的高阶官员，因此在任内大多前往台湾的中南部地区进行参访等交流活动。2014年11月起，兼任清华大学台湾研究院院长。郑立中是中共十六大、中共十七大代表。2002年11月，当选中共第十六届中央候补委员。2007年10月，当选为中共第十七届中央候补委员。2013年3月，郑立中当选为第十二届全国政协委员、常委，并出任第十二届全国政协港澳台侨委员会副主任