2006年，民主党当时出现连串丑闻，林健文以民主党之社区工作表现欠佳为理由退党。2007年，林健文在现主席廖成利律师的邀请下加入民协。2007年香港区议会选举，林健文以民协的身份挂帅，继续在海心选区竞逐连任，在票数未有增进下，被卷土重来的老对手潘国华以1,989票压过，仅得1,727票，以约200票之差宣佈连任失败。2011年香港区议会选举，林健文继续代表民协转战油尖旺区（E16京士柏选区）挑战角逐连任的建制派区议员、西九新动力副主席梁伟权。选举结果，林健文得票为1043票，仅以2票之差负于梁伟