法庭被判处有期徒刑16年，剥夺政治权利5年，同时剥夺所获勋章。最后，邱会作向他整死的总后勤部副部长汤平遗孀刘伯音下跪请罪。邱会作之母是1928年的苏区村干部，文革中被造反派踢倒，成了疯癫病人，取消护理，不准家属探视，停医、停药、停食，饿死在小屋中。改革开放后，邱会作才被保外就医至西安。1987年，邱会作刑满释放，就地安置。2002年7月18日在北京去世，2008年骨灰归葬家乡江西兴国县，当地政府举行了仪式。2011年，《邱会作回忆录》出版。
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