杀教士封圣后，被政府禁止访问中国大陆长达六年，中国日报、新华社更多次发表对陈日君的批评。2004年5月3日，陈日君接受中国大陆“教会朋友”的邀请，访问上海，以私人身份参观访问，结束六年来的对峙。
退休.2005年9月19日，《苹果日报》在头版报导陈日君主教打算在2007年1月退休。 他又说，希望可以到中国大陆或非洲教书，因为非洲的教师短缺。同为天主教徒的李柱铭指出，陈日君仍身壮力健，教宗可能会挽留他。但是，教会内与陈意见相左的派别则认为陈日君退休有助改善中梵关系。根据报道指陈日君在