礁位于澳大利亚东北部昆士兰州的珊瑚海上，其中很大一部分是由大堡礁海洋公园负责保护的。大堡礁受到的环境压力包括：来自径流的低劣水质，其中含有悬浮沉积物、过剩营养物、杀虫剂，且盐度波动不定；气候变化的影响，例如气温上升、风暴天气以及珊瑚礁白化现象；此外棘冠海星的周期性大量出现，过度捕捞导致食物链破坏，以及运输航线上的的石油泄漏或不当的压载水排放都会影响大堡礁的生态环境。
水质.水质问题于1989年首次被列为大堡礁的威胁因素。大堡礁的集水区由三个主要河流和成百上千条小溪流组成，占地面