被附近的生产合作社挪用。1963年，大雄宝殿被改建为学校办公室，四周的壁画和佛像得到妥善保护。1964年，鼓楼的鼓在房屋维修中被毁，同年鼓楼、钟楼和山门殿均被改为学生的校舍。1969年，考古人员发掘了赵政墓。
结构.摩诃庵位于北京市海淀区八里庄街7号，整体坐北朝南。院墙以虎皮石砌成，四个角各建有一座角楼。院内主要建筑居中，可分为两进院落，由北至南依次为山门、钟鼓楼、山门殿、东西配殿、东西配房、大雄宝殿、后殿。山门殿又称前殿，前檐正中下方镶嵌有汉白玉刻字“摩诃庵”。大雄宝殿为明式建筑