价格使得开发中国家根本无力负担，且目前已知最有效的青蒿素联合疗法也在柬埔寨和泰国的边界地区出现了抗药性品系，使得此种疟疾难以治疗。使用青蒿素单一药物的疗法30多年来，疟原虫长期暴露于此药物，加上许多患者使用了低于标准的剂量，导致抗药性品系的出现，目前在柬埔寨、缅甸、泰国、越南、寮国都有发现抗青蒿素的品系。
预后.一般的疟疾患者在妥善治疗之下通常可以完全康复；然而有些重症疟疾的病程进展较为快速，患者可能会在数小时或数天内死亡。最严重的病例即使在良好的治疗与照顾之下，死亡率仍能高达20