十三届一中全会上，作为革命圣地延安的“第一把手”，白恩培当选候补中央委员。 1990年5月，白恩培离开家乡，在青海省以及边境省份内蒙古、云南工作；历任中共内蒙古自治区党委常委、组织部部长，自治区委副书记；中共青海省委副书记，副省长、代理省长，省长，省委书记、兼人大常委会主任；2001年10月起，担任中共云南省委书记，后又兼任云南省人大常委会主任。 2011年8月，因年龄到限，白恩培卸任云南省的领导职务； 8月28日，在第十一届全国人大常委会第二十二次会议上，被增补为全国人大环境与资源保护委员会副主任委员