台湾举行了两次副秘书长级预备性磋商。1999年，李登辉提出“两国论”后，海协中断了与海基会的接触商谈。2001年12月16日，海峡两岸关系协会在北京举行成立十周年招待会。会长汪道涵发表书面致词，中共中央台办、国务院台办主任陈云林、海协常务副会长李炳才分别讲话。他们唿吁海峡两岸共同反对“台独”，促进两岸关系的稳定和发展，完成祖国的完全统一。2005年12月汪道涵逝世后，海协会长悬缺。2008年6月3日，海协第二届理事会第一次会议举行，中共中央台办、国务院台办原主任陈云林当选为新任会长。2008