僚制定法律政策后，即授权台湾总督以「总督府令」命总督府各级单位、所辖官署或地方政府执行政策。也因此，总督府辖下机关、尤其是地方行政机关的政策实行深具人治色彩，所有行政官员皆只以执行法律及管理行政为主要事务，各级地方行政机关缺乏自主。另外，地方行政基层系以警察为中心，除了一般治安维护外，举凡政治思想、结婚生子、户口管理，还有鸦片管理、公共卫生、征收税金、物资分配、地政调查等，均是警察的业务。
组织.台湾总督府之最高长官为「台湾总督」，而在中央行政方面，总督之下于大正8年（1919年）