许多外国传教士的陆续撤离和外国教会势力的削弱，武装冲突事件的发生，蒋介石主导的政府的态度变化，共产党武装革命引起长期的内战导致矛盾和冲突焦点的转移，在诸多因素的影响下，非基督教运动的风潮逐渐平息下来。
近期研究.陶飞亚根据近年俄罗斯解密的历史档案记载指出，总部设于莫斯科的共产国际，在幕后策划和推动此运动。其目的是排除英、美的基督教教会对中国文化教育的影响，爆发于20世纪20年代的中国非基督教运动，是在俄共(布)与共产国际远东局、青年国际的直接指导下，由中国共产党发起并领导，也包括国