摧枯拉朽般的囊括了中华台北公开赛、澳门公开赛、香港公开赛与日本公开赛的冠军。同年9月，在马德里世锦赛决赛中，林丹在先输一局的情况下实现逆转，以2-1（18-21, 21-17, 21-12）再次击败队友鲍春来，首度加冕世界锦标赛冠军。同年10月，林丹在世界杯中苦战三局力克队友陈郁，蝉联冠军。在取得了一系列胜利后，林丹力压李宗伟重回世界排名第一。但是，在年底举办的多哈亚运会男单决赛中，林丹再次败于陶菲克，屈居亚军。2007年年初，林丹在马来西亚公开赛的首轮战胜了老对手陶菲克，但在16强中，0-2（14-2