但与此同时，南宋朝廷却派人前往文天祥军营，宣布解散文天祥的军队。伯颜得知文天祥军队已经被解散，故下令逮捕他，押解北方。当文天祥被押送到镇江的时候，得当地义士相救脱险。此后力图恢复，转战东南。这时，南宋朝廷已奉表投降，恭帝被押往元大都，陈宜中等拥立7岁的宋端宗在福州即位。文天祥奉诏入福州，任枢密使，同时都督诸路军马，往南剑州（今福建南平）建立督府，派人赴各地募兵筹饷以继续抗元战争。秋天，元军攻入福建，端宗被拥逃海上，在广东一带乘船漂泊。文天祥与当时朝臣张世杰与陈宜中意见不合，于是离开南宋行都，以同都督的身