间，善因寺破坏严重。1998年7月18日，善因寺的山门大楼遭雷电噼开并发生火灾，因当地消防大队扑救及时，山门大楼得以保存。善因寺被列入当地政府的修复计划中，逐步进行了修复。
建筑.该寺坐北朝南，位于山包之上的平地上。寺内原建有雍正帝的行宫，此外还有章嘉活佛的“拉布楞”（即活佛居所）。现存山门、天王殿、钟楼及东西两路、北路的五座硬山式建筑。以上建筑和庆宁寺各建筑的布局及形制相同。东路南端还保存有却来仓的部分建筑。中路建筑施黄琉璃瓦，其他建筑施布瓦（陶瓦）。该寺中路建筑主要有：