机场的城际铁路，本来计划由穗莞深城际线的一条支线负责。而在2007年7月公佈的深圳市轨道交通规划中，该支线已经被本线取代。
初步计划.港深机场铁路由香港大蚝出发，该处会兴建口岸；再前往赤鱲角香港国际机场。在地底，建造海底隧道，经屯门海底，在深圳蛇口附近的前海返回地面，将与深圳地铁连接；然后前往深圳机场。铁路据悉全长50公里，来往两地的机场需要大约20分钟，拟採用「一地两检」的模式。根据2008年9月提出的修订建议，港深机场铁路将在深圳前海湾及香港洪水桥设中途站。Section