澎湖地区的厅署设在文澳，澎湖厅首任通判王仁遂于雍正八年（1730年）兴建的文澳城隍庙，但文澳城隍庙紧邻聚落中心，腹地较小，发展有限，当时便有人谓文澳城隍庙规模狭隘，不足展敬。澎湖海防粮补通判谢维祺遂于干隆四十二年（1777年）倡议另建，获台湾府知府蒋元枢鼎力支持，两年后辟建妈宫城隍庙于今址，故形成澎湖以一邑而有两座官祀城隍庙的情形；类似的情形在台湾亦发生于凤山县，但凤山县主因是先后有旧城与新城建设之故。光绪十一年（1885年），清法战争法军进攻澎湖，妈宫城隍庙受兵燹之灾而受损。但法军攻澎战役期间，曾