二次妖书案，帝敕厂卫搜查，万化受太子常洛之託，果断结案，拒绝牵连无辜的大臣，把罪过推给一个诈骗犯皦生光，保全了东林党郭正域等大臣，但美中不足，禅宗大师紫柏真可被东厂锦衣卫酷刑虐死。除了东林党人之外，万化还在各种政治斗争中，拯救了驸马杨元春、兴安典史姜士昌、御史曹学程等。还买下《鬼子母揭钵图》献给太子常洛，以其中鬼子母神愁苦悲哀的形象，劝谏太子即位以后，不要像神宗这样，责打宫女出气。陈万化预知自己死期，端坐而逝，由于笃信佛教，遗命以僧装入殓。皇帝赐祭九坛，又赐建祠，取名“清忠祠”，阁臣朱赓、李廷机、叶