可参考台北捷运松山新店线北门站的处理方法，在车站展示文物，港铁乐意考虑，但文物属政府，要与政府商讨。香港古物谘询委员会成员及多名专家批评考古工作受赶工影响变得零碎，部分全被破坏，难助重塑宋元全区面貌，最理想是保留6井再研保育方案。公共专业联盟召集人黎广德批评港铁做法离谱，政府应接管港铁之考古工作，并容许民间专家参与，以提高透明度。2017年6月，港铁提交宋皇台站最新设计方案，并且在古物谘询委员会讨论。港铁建议在车站顶设混凝土井槽，作为原址重置宋元古井及晚清水槽。在车站大堂的部分地方假天花范围改为透明