治会院区院长除了不能如主教准许修士接受圣秩圣事成为执事或神父外，对于自治会院区内的教务能作到的和教区主教差不多，包括对不从属他辖下修院但是从属自治会院区的神职人员的管辖。如同其他修院团体，自治会院区院长是由修院成员中按会内制度选出的，但是他们必须经由教宗同意才能就职，如同一名主教要经由教宗认同才能被按立。在第二次梵蒂冈大公会议后，教会的核心逐渐放在各地教区及主教的圣统体系上。许多自治会院区被取消，并以新的教区取代，或是原属于自治会区的辖区被转移到既有的教区名下。今日只有部分在欧洲以及一个在朝鲜的自治