九年（1636年），以明经贡太学，入北京国子监，后转南京国子监。
南明.崇祯十七年（1644年），李自成大军攻入北京，4月25日崇祯帝自缢，是为甲申之变。沈光文随黄宗羲避归浙东。弘光元年（1645年），沈光文参预沥钱家军，鲁王朱以海授为太常博士。1646年沈光文参预画江之师。5月到6月，清军攻破浙江、福建一带，鲁王撤退至舟山群岛一带，由于舟山守将拒绝接纳进驻，跟随鲁王的人士在舟山附近海上漂流数月。1646年9月，控制厦门的郑联与郑彩势力接鲁王到厦门。1648年清军打下厦门，鲁王移驻