抵达云南后当即开始将云南新军第一混成协扩编爲鎭，并用北洋军官充任该镇军官。两个月之后，宣统元年二月（1909年），云南暂编陆军第十九镇编成，崔祥奎任统制。宣统三年（1911年），崔祥奎辞职，宣统三年六月至八月，钟麟同任统制。1915年，崔祥奎任马兰镇总兵，同年12月该职位裁撤。1917年张勋复辟期间，崔祥奎被任命为陆军部右侍郎。