靖难之变时，他上奏劝建文帝向燕王朱棣求和，朱棣攻入金陵，尹昌隆被列为奸臣，本要处死，但尹昌隆出示了当年的奏章，于是被赦免，担任了世子朱高炽之师，尔后世子进为太子，尹昌隆也升为中允，解缙被罢免后，昌隆升为礼部主事，永乐十五年（1417年），他又得罪了尚书吕震，被诬陷下狱伏诛。
着作.有《讷菴集》八卷。