被马六甲海峡分开，但它们的血缘关系较近。而苏门答腊西部的种群被巴里散山脉隔离的时间较长，婆罗洲的种群则更独特。亚种之间的交配不成问题。
进化.犀牛最早出现于早始新世。DNA的对比表明犀牛与马在5千万年前"分家"。现存的犀科在晚始新世的欧亚大陆出现，现存犀牛的共同祖先生存在中新世。苏门犀是现存犀牛中最原始的一种，因为它保留了许多祖先的特征。最早的双角犀属的化石记录出现在中新世早期，大约2300-1600万年前。基因研究表明双角犀在2590±190万年前就已与其他犀牛分歧。目前有三