后，随即将他诛杀。建元二年，萧长懋调任为侍中、中军将军，设立将军府，镇守石头城。
母亲逝世.建元三年，萧长懋的母亲裴惠昭去世，行成服（死者亲属穿着一定的丧服）礼那天，齐高帝出来临丧，朝廷中讨论萧长懋是否应该出迎的问题。左仆射王俭说：「根据《礼记》·服问『君所主夫人、妻、太子嫡妇』，是说国君为此三人主持丧礼。现在皇上驾临，就是以主丧的身份而来的，虽然从事情上说应该抚慰，但从义理上讲则不应行吊，南郡王萧长懋以下都不应出门奉迎。但最高人物的出临之礼，也是允许变革的，可以权宜取消杖绖，