三汗国（察合台汗国、金帐汗国、伊儿汗国）也完成本地化与伊斯兰化。完成伊斯兰教化的蒙兀儿人基本脱离蒙古习俗。而在中国的明清时代，蒙古高原的蒙古人则全民信仰藏传佛教。中国历史上，将多支信仰伊斯兰教的蒙古人称为蒙古回回，近代大都已不归属蒙古族（如东乡族和保安族）。而真正蒙古本土的穆斯林是哈萨克族，自19世纪末开始定居在阿勒泰地区。大多数哈萨克是克烈和乃蛮部落，其中许多人为逃离沙俄迫害而来。1911年外蒙古宣布独立后，博克多格根批准他们生活在外蒙古西部。
共产主义时代.蒙古人民共和国于