蛋白质催化完成，但其复合体的物理结构可能可以协助其反应进行。调控机制乙醯辅酶A经过乙醯辅酶A羧化酶的作用可以转化为丙二醯辅酶A，当反应进行到这一步时，便注定要完成脂肪酸合成这一条代谢路径了(这称为承诺反应，committed step)。而乙醯辅酶A羧化酶也同时受到异位调控以及磷酸化调控(磷酸化调控常见于哺乳动物)。其中乙醯辅酶A羧化酶的异位调控会受到棕榈醯辅酶A(脂肪酸合成的最终产物)抑制，而被柠檬酸(在克氏循环中与乙醯辅酶A一起被合成出来)活化。生物可以借由这点调控饱和直链脂肪酸的合成。人类的