涉及双方对主权的主张。此项协议于5月10日生效。台湾方面由外交部所属亚东关系协会会长廖了以担任团长，外交部、行政院海岸巡防署、行政院农业委员会渔业署相关人员参加，日本方面则由公益财团法人交流协会会长大桥光夫担任团长，日本外务省、农林水产省所属水产厅、海上保安厅相关人员出席。过去台湾渔民和日本渔民发生过多次渔业纠纷，这次签署协议被舆论认为是日本向台湾渔民释放善意。中华民国在坚定维护主权及相关海域主张的前提下，借由搁置争议，共享渔业资源，就保护渔权与日方达成共识，让双方重叠专属经济海域渔业问题获得妥善安排，