宋偏安，就读于书院的文人、士子纷纷南迁，中国书院教育中心向南移，在南宋理学大盛日时，应天府书院已不如白鹿洞书院，未能扮演文化传承角色。　明朝嘉靖十年(1531年)，御史蔡瑷在商丘城西北隅以社学改建，而沿用旧名，重建书院，但万历七年(1579)，宰相张居正下令拆毁天下书院，应天书院遂废。清干隆十三年(1748年)知府陈钖格又重修应天府书院，但为时不久，书院又废。
教学.
概况.宋真宗大中祥符二年(1009)，范仲淹慕戚同文之名，从山东淄州(今淄博)求学于南都