个校区（本乡、驹场、白金、中野）均位于东京都区部。日本人诺贝尔奖得主中，物理学奖得主朝永振一郎、江崎玲于奈、小柴昌俊、梶田隆章；化学家得主根岸英一；生理学医学奖得主大村智、大隅良典；文学奖得主川端康成、大江健三郎；和平奖得主佐藤荣作都毕业于东京大学。东京工业大学和一桥大学亦是东京都顶级的大型国立大学。前者主校区位于目黑区大冈山，历史超过130年，是日本最顶级的理工科大学。后者位于国立市，以商科和社会科学为主。除了上述的三所大学之外，东京都还有东京外国语大学、东京医科齿科大学、东京艺术大学等在专业领域享有盛名