嘉靖二十年八月，俺答汗入侵山西内地，兵部请求派遣大臣监督军储，因而举荐翟鹏。遂恢复官职，整饬畿辅、山西、河南军务兼督饷。崔鹏抵达后，俺答汗已经掠夺而去，而吉囊军复寇汾州、石州等。崔鹏往来驰驱，没有战功，后蒙古离开，于是召还回京。次年三月，宣大总督樊继祖被罢免，授翟鹏任兵部右侍郎取代上任。但因投降者称大量入寇，加上崔鹏连乞兵饷，招致皇帝大怒，于是令其革职闲住，并罢免总督官不设。翟鹏仅做了一百天的总督。同年七月，俺答汗再次入犯山西，掠夺太原府、潞安府等。兵部请求恢复设置总督，并起用翟鹏担任故官，令兼督