从波兰传教士穆尼阁改学西学，协助穆尼阁翻译西方天文历算等方面的着述。薛凤祚晚年应河道总督王光裕之聘，「躬历数千里，考黄、淮漕运利害曲折，施有成效」。薛凤祚「天性孝友，复遵先训」，三个弟弟早逝后，他毅然承担起抚养遗孤的责任，当时可称「家法井然，睦乡敦族」。康熙四十六年 (1707年) 七月十二日，因薛凤祚之孙薛应豫「敬献先世藏书，以副购征雅意事」，提督山东通省学政翰林院赵申季奏请崇祀薛凤祚入乡贤祠。