纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、宫津县、吉见县、膳所县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1889年日本实施町村制，现在的湖南市在当时分属、、、共四个行政区划。1903年石部村先改制为石部町，而三云村和岩根村在1955年合併为，下田村接着在1958年也併入甲西町。2004年石部町和甲西町合併为现在的湖南市。