湾省警备总司令部奉中央政府命令而改名为「台湾全省警备总司令部」，由彭孟缉中将担任总司令，并正式于台北市办公。公元1949年（民国38年）初，台湾全省警备总司令部再度改名为「台湾省警备总司令部」。但同年秋季，台湾省警备总司令部奉令裁撤，分别成立「东南军政长官公署」及「台湾省保安司令部」，国民政府仍任命彭孟缉为保安司令。
精简机构.公元1958年（民国47年）5月，为了精简机构及统一指挥，陆军总司令部将戒严业务转移至新成立的警备总部，将「台湾防卫总司令部」、「台湾省保安司令部」、「