大量基建工程，工程展开前有不少考古发现。1997年6月至11月，马湾东湾仔北发现有二十座新石器时代晚期至青铜器时代早期墓葬，其中15个有人骨遗骸，当中7个遗骸完整。经研究得知，遗骸属亚洲蒙古人种，并有热带地区人种特征。1999年至2002年期间，蚝涌、扫管笏及西贡沙下均发现新石器时代和青铜器时代的遗物与遗蹟。龙鼓洲在香港新石器时代中晚期（公元前4000-1500）已经有人类活动，属于大湾文化的遗址之一。虽然面积只有0.38平方公里，但发现石器、彩陶、夹砂陶、白陶。研究者认为，其岛屿上仅在八月、九月有溪涧