遂迎立源赖朝之妹的曾孙九条赖经为征夷大将军，开启「摄家将军」时期。其时九条赖经只有两岁，实为傀儡。因赖经之父九条道家及外祖父西园寺公经的实权，威胁到在关东的幕府。在西园寺公经死去后、北条氏对九条道家更为反感，深感九条道家会介入幕政。九条赖经在与执权北条经时关系险恶的情况下，突然被逼让位其子九条赖嗣，但仍逗留在鎌仓，其后名越光时等以藤原赖经为反北条氏势力的中心，被北条氏察觉到后才送还到京都，翌年赖嗣也被解职，送回京都。之后，执权北条氏从京都迎请皇族亲王担任幕府将军，开启「宫将军」时期。后来因北条氏怀疑