念中学，他自2012年加入杰志青训为主将与同龄的颜卓彬、郑展龙、罗梓骏及播磨浩谦在球会及港青合作多年，于2015年7月外借至香港超级联赛球会冠忠南区，不过季初受鼠蹊伤患困扰他开季仅踢过两场预备组赛事。直到2015年12月9日，何卓恆于以0–0守和母会杰志的菁英盃A组职业生涯首次上阵，就对母会兼踢足90分钟。何卓恆在2016年5月5日经队友陆志豪成立的公司（Affinity Education），与美国正式签约，并获发奖学金，于同年8月到美国参与大学联赛及升学，在2017年转读。