原有「正门」车站的压力，科大校方决定于现时大学南闸旁（黄焯书科研中心侧）兴建一个全新的公共运输交汇处，以分流前往不同目的地的交通服务，并得政府拨款。南闸公共运输交汇处于2012年8月6日起启用（确实启用日期经大学校方与运输署商讨后公布）。由当日起，往市区方向的九巴91、91M、新界专线小巴11（S）改经该站；新界专线小巴11辅助线11B增设由该站开出的下午回程服务；新界专线小巴104线总站迁往该站；而九巴91P下午开出的班次亦改于该站开出并缩短至彩虹站，不再经彩虹邨、新蒲岗及钻石山。上述路线于改动后均不