成部将王敦武灌水救活。后归顺李自成，为兵政府少堂（一说为户政府少堂）。杨士聪自辩说，方以智南逃后造谣诬陷他投敌。但是除方以智外，已在农民军处的杨士聪门生赵士锦称亲眼见到自己的老师前来投效，《国难睹记》的作者也说亲眼看到大顺政权授职给杨士聪，居住在南方的顾炎武考证后，认为杨士聪确为大顺官员。李自成兵败后，杨士聪又南下扬州，通过扬州知府任民育的关系，纳当地名媛经氏为妾，复辗转江南各地，最后定居于常州府武进县的戚墅堰。清军南下后，曾受到举荐，仍任詹事府谕德，顺治五年七月十一日（1648年8月29日）去世，享年五十