争期间，莫菲特在查尔斯顿号防护巡洋舰服役，打下了关岛和马尼拉。在1914年墨西哥内战期间，莫菲特在月黑风高之夜在没有航标和引航员的情况下把切斯特号轻巡洋舰开进海湾抵近射击，由于没有航标和引航员，此举冒了很大风险，因而莫菲特获得国会荣誉勋章。第一次世界大战期间，他负责芝加哥附近五大湖海军训练中心，组建了美国海军的航空训练中心。在1918-1921年担任密西西比号战列舰舰长时，组建了舰上的侦察机分队。1921年，莫菲特受命组建美国海军航空局，把先前分散在很多部门的航空事宜集中管理，从战术到技术一