汉文、粟特文、藏文、回鹘文、婆罗米文等文字的文书残片。2015年12月，研究人员发现大量包括回鹘文－汉文双语完整卷轴、书写在桦树皮上的梵文残片、古藏文册页等佛教手稿。2016年1月，出土了目前最早的《大唐西域记》残卷。2018年2月，出土了唐玄奘奉诏翻译的佛经《大般若波罗蜜多经》以及“日月星辰”纹样织物。
壁画.吐峪沟石窟仅有8窟残存壁画分别是1、12、20、38、40、41、42及44号洞窟。关于壁画内容曾有佛教壁画或摩尼教壁画之争，晁华山认为吐峪沟石窟是一处摩尼古寺