伽论略纂十六卷等，时称「百部论主、疏主」，宣扬法相唯识宗。圆寂之后，葬于玄奘塔侧。窥基法师于永淳元年十一月十三日，大慈恩寺翻经院圆寂；十二月四日葬于樊村北渠，后于文宗太和三年（829）七月启塔荼毗，迁入平原新塔。
轶闻.《宋高僧传》录有一则轶闻。传说玄奘在路上看到窥基，见他眉清目秀，举止疏略，于是想度他入佛门，收为弟子。窥基本来不情不愿，但禁不住对方一再劝说，就对玄奘提出听我三事：有性生活、可吃肉、一天三餐，就出家。玄奘採「先以欲勾牵。后令入佛智」的策略，佯装答应窥基的要求