1884年），阮仲合权署理山兴宣总督，大力剿灭草匪。咸宜元年（1885年），升侍郎衔，仍署理山兴宣总督。五月，咸宜帝出京抗法，阮仲合与阮有度、潘廷评向法国帅府商议。八月，同庆帝立，北圻经略大使阮有度回京。阮仲合代理经略使一职，署协佐大学士，前去镇压支持咸宜帝的文绅起义军。阮仲合没能成功镇压起义，最终由黄高启平定。同庆二年（1887年），升为吏部尚书，兼任国史馆总裁、机密院大臣。同庆三年（1888年），擢署文明殿大学士。成泰帝继位后，被任命为辅政大臣，与张光憻、阮福绵寊一起执掌朝政。成泰元年（1889年）