7年）时又陆续有整修过。日治时期的1899年4月9日，总督府在此设置「台南师范学校」。1918年，该校扩编改制成「台湾总督府国语学校设立台南分校」，并迁到赤崁楼。之后庙产遭到盗卖，韩文公祠与天后圣母祠沦为肥料仓库，后殿则变成线香制造及木工厂。进入民国之后，庙产因收归国有而缺乏管理，直到五十三年（1964年）申请宗教团体登记后，该庙才由台南市潮汕同乡会管理，十年后（1974年4月2日）才又成立了庙宇管理委员会。而因这段期间庙宇外貌残破，遂于五十八年（1969年）进行整修，之后庙方、信众又进行数次维修。