001年9月11日，九一一事件发生的当时，霍华德正在美国华盛顿访问，亲身经历了事件的全程。随后，在2001年大选中，受惠于九一一事件及反恐战争，他质疑工党未能强硬反恐，再次胜出。由于澳大利亚採取君主立宪制（澳大利亚是英联邦成员，仍以澳洲君主为国家元首由英国君主兼任，由澳洲君主委任的总督行使国家元首的权力），只要多数党或多数联盟同意，身兼国会议员职务的总理，在任期方面没有设限；所以经常在报章被讥笑为“没有选择中的选择”。在2004年的选举中，霍华德第三度成功连任，从而超越了鲍勃·霍克，成为澳大利亚任期第二长的