东日本站区是高架车站，东京都交通局的王子站前停留场是位于JR东日本站区下方的地面，而东京地下铁站区则位于较北位置的地下。
JR东日本.JR东日本站区是一建于旧有堤坝上的岛式月台1面2线高架车站，近赤羽一边月台横跨国道122号（明治通）及荒川线。除京滨东北线，宇都宫线、高崎线行驶的东北本线列车线，及湘南新宿线与货物列车行驶的货物线平行通过本站东侧。往尾久站的列车线（尾久支线）与（货物支线）在车站南侧与京滨东北线立体交会。过去本站附近是北王子线与须贺线（货物支线）的分岐点。车站设有