清军占领全明朝领地，统一中原，领有内地十八省。1661年，南明亡。然而当时尚有以吴三桂为首，镇守华南的三藩；以及奉明朝为正朔，领有台湾台南、澎湖的明郑。三藩之乱与施琅攻台后，康熙帝完全掌控华南地区与台湾西部及澎湖地区。此时准噶尔汗国的可汗噶尔丹与俄罗斯沙皇国（沙俄）友好，噶尔丹南征青海和硕特，东征喀尔喀蒙古。而沙俄为在远东寻找出海口，向东移民侵略黑龙江上游。康熙帝先是于雅克萨战役击败俄军，与其划定边疆；之后率军三征噶尔丹，协助喀尔喀蒙古收复其领土。喀尔喀蒙古其后在多伦会盟后併入清朝，外蒙古地区正式归清朝