10月19日，维尔纳夫率领舰队熘出加的斯。10月21日，法国-西班牙舰队在特拉法加角附近海上遭到由英国海军上将纳尔逊率领的舰队勐烈攻击，全军覆没。从此拿破崙再没有能力跟英国争雄海上。特拉法加海战发生前，拿破崙早已放弃进攻英国的计划，把法军转移，东向巴伐利亚，迎战奥地利军。1805年10月20日，拿破崙在乌尔姆击溃奥军，稍后更佔领奥地利首都维也纳。奥皇弗朗茨二世逃住滙合俄军，预备再战。12月2日，拿破崙在奥斯特里茨打败奥地利-俄罗斯联军。奥皇再次丧师，不得不与法国签订普雷斯堡条约，退出第三次反法同