008年夏天，他转会至了另一支德乙俱乐部奥格斯堡，并签订了一份期至2010年的合同，其后在2010年和5月19日和2012年1月12日，该合同又连续获得各两年的续签。2013年合同被进一步续签三年，有效期至2017年6月30日止——它将不受俱乐部所处的联赛级别所影响。在奥格斯堡成功升入德国足球甲级联赛后，维尔纳在2011年8月6日（第一轮）主场以2比2战平弗赖堡的比赛中完成了他的德甲首秀。