发生矛盾，改任甘肃按察使。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，慈禧与光绪出逃，岑春煊首先率部勤王，因此获得慈禧的好感，因功授陕西巡抚，后调任山西巡抚，期间与李提摩太等人筹建山西大学堂。光绪二十八年（1902年），调任广东，未及上任，四川总督奎俊因镇压四川义和团不力而去职，岑春煊遂赴川署理总督。在任期间，他严肃吏制，建立警察制度，一举弹劾四十余名官员，人送绰号“官屠”，与“钱屠”张之洞、“士屠”袁世凯并称“清末三屠”。
两广总督.光绪二十九年（1903年），岑调任两广总