于今东北地区的女真族的大金国的侵略军从燕云十六州一直入侵到江西赣州和浙江明州。有数百万难民迁往南方，河南经济社会文化开始进入衰落时期。该区为金朝南京府路和河南东西路管辖，但在金朝盛时依然是金朝经济最发达的地区之一。1194年，黄河改道，从今天江苏北部挤占淮河河道入海。1214年，在金朝受到蒙古帝国频繁入侵后，将首都从燕京迁到开封，称南京。1234年2月9日金被南宋和蒙古帝国联军所灭。而后蒙古人建立了河南江北等处行中书省，开封是治所。在蒙金战争的过程中，包括河南在内的北方遭到毁灭性的破坏，除极少数人逃亡外