高点是位于巍山、弥渡和南涧三县交界处的小高山，海拔3037米；最低点是位于青华乡漾江村公所的漾濞江边，海拔1050米。
水系.巍山境内河流分属元江-红河和澜沧江-湄公河两大跨国水系，以中部的无量山为分水岭，西部属于属澜沧江水系漾濞江流域，东部属于红河上游元江流域（元江在巍山境内称“西河”），红河的发源地就位于县境西北部永建镇境内。
气候.巍山气候属北亚热带高原季风气候。全县除少部分高山冷凉地区及河谷低热地区外，大部份都是冬无严寒，夏无酷暑，四季如春，越冬条