由比较现代爬行动物与鸟类的视色素中的胺，可用来推算、重建出原始主龙类与恐龙的胺基酸序列，甚至是基因序列。此外，已在恐龙化石中发现数种可能是蛋白质的物质，包含血红素。
鸟类的起源.恐龙可能是鸟类祖先的理论，是在1868年由汤玛斯·亨利·赫胥黎首次提出。在20世纪早期，格哈德·海尔曼（Gerhard Heilmann）出版了一本书，《鸟类起源》（"The Origin of Birds"）。海尔曼根据恐龙缺乏叉骨（接合的锁骨），而认为鸟类与恐龙间没有关系，他进而假设鸟类演化自鳄形超目或