还需要经过一步将淀粉分解为简单糖类的程序。相较于一般常用来制酒的酵母属，它可以分解结构较复杂的淀粉（酵母属仅能分解简单醣类，如葡萄糖）。因此，日本的清酒就需要将稻米经过米麴菌的处理。该属的成员也可以应用于医学上以治疗疾病。黑麴霉最大的应用为制造柠檬酸，世界上99%的柠檬酸产量都是从它而来，每年约可生产140万吨的柠檬酸。黑麴霉也常被用来制造酵素，包括葡萄糖氧化酶、溶菌酶及乳糖酶。而在上述的例子中，它很少被培养在固态基质上，比较常被培养为生物反应中的淹没培养物，如此一来，我们便可以直接掌握参数，以达到