末期，的安宅氏在三熊山建立；1585年至1609年期间，脇坂安治被分封至此，设立，此后曾短暂隶属姬路藩，1615年后成为德岛藩蜂须贺氏的领地，由蜂须贺氏家臣稻田氏作为城代负责整个淡路岛。1871年废藩置县后，淡路岛最初被拆分成南北两部分分属兵库县和德岛县，现在的洲本在当时大部分属于德岛县，旋即又与四国东半部整併为名东县，直到1876年才又被拆分出，併入兵库县。1889年日本实施町村制时，设立了洲本町，隶属津名郡，1909年起，陆续併入了、、、三原郡、，在1940年改制为洲本市，为兵库县内第六个市级行