然存在的同位素有七种，其原子量为92, 94, 95, 96, 97, 98, and 100。在天然存在中的七种同位素，只有钼-100是不稳定的。钼-98是含量最高的同位素，佔钼总比例的24.14% 。钼-100拥有1019年的半衰期，并会经过双重β衰变后变成钌-100 ，质量数介于111和117之间的钼同位素都拥有约150ns的半衰期。所有钼的不稳定同位素会衰变成铌，鎝和钌的同位素。最常见的同位素应用为钼-99，钼-99为衰变后的产物，它是短寿命伽玛放射性同位素鎝-99m的母体同位素，应用于医学