直到17世纪末，而在奥斯曼帝国甚至持续到了19世纪中期左右。而第3次，则是从19世纪末到现在。19世纪末，发端于中国的鼠疫扩散到了全世界。这场疫情起源于1855年肆虐于云南省的腺鼠疫，1894年经由在香港的大流行而扩散到全世界。师从罗伯特·科赫的北里柴三郎被日本政府派遣到香港进行调查，随后与他人共同发现了腺鼠疫的病原菌。同年的几乎同一时间，活跃在瑞士及法国的医生、同时也是巴斯德研究院细菌学家的亚历山大·耶尔辛也发现了鼠疫杆菌，并确定了其与鼠疫的关系。就此，鼠疫的原因首次得到确认。此后，北里耗费毕生精力