何明确的都市分区规划，住宅与工厂毗邻，整个山谷几乎都佈满工业设施。在核武器的爆炸之前，长崎从未遭受到大规模空袭。然而一些常规高爆的炸弹在1945年8月1日被投入城市中。有些击中西南边的船厂和码头区，几个命中军事工厂与三菱钢铁厂；六枚炸弹落在长崎大学和医院，三枚直接命中建筑物。虽然这些炸弹造成的破坏相对较小，但是令当地人提高了警戒心，许多人（主要是学童）被疏散到较安全的农村，减少了城市的人口。长崎在8月初时拥有4个7厘米高射砲砲台和探照灯防空砲台。长崎北方有一个英联邦战俘营，其中有些人当时正在煤坑中工