普济禅院的确实创建时间未知，但从现时庙内存有的一口崇祯五年（1632年）的铁钟以及一块刻着「天启七年七月吉日立，祀坛」字样的石碑可见，禅院的创建年份不晚于明朝末年。1844年（清朝道光二十四年），美国外交官顾盛和两广总督爱新觉罗耆英在普济禅院签订不平等条约《中美望厦条约》（又称《中美五口贸易章程》），以强迫中国开放通商港口，扩大美国领事的裁判权。1944年，禅院于当时的签署地方立一亭碑以作纪念。抗日战争期间，岭南画派大师高剑父曾寓居在普济禅院，根据澳门学者邓骏捷所着《澳门古籍藏书》，院内收藏了不少名