随着德国商人汉撒同盟的兴起，哥尼斯堡也繁荣起来。在15世纪末，哥尼斯堡已拥有约100多艘商船，在1660年前哥尼斯堡由普鲁士控制。1701年，普鲁士首位国王腓特烈一世在这儿的大教堂加冕，并将哥尼斯堡定为普鲁士王国的首都。哥尼斯堡当时成为普鲁士和俄罗斯贸易的中心，并一直作为普鲁士的首都，直至普鲁士迁都至柏林为止。哥尼斯堡的着名教育中心，阿尔贝蒂娜大学在1544年成立，这间大学最着名的学者是哲学家康德，他大部份的思想均在此形成。哥尼斯堡在20世纪遭逢巨变，第一次世界大战德国战败，战胜国决定划出「