美洲东海岸从鳕鱼角到格陵兰岛海岸，有时甚至到夸那均有分布。在东大西洋海岸港湾鼠海豚从非洲北部（塞内加尔、毛里塔尼亚、摩洛哥）沿欧洲海岸一直到斯匹兹卑尔根均有分布。通过卡特加特海湾和斯卡格拉克海峡它们也进入波罗的海。波罗的海与北海之间的交换非常频繁。地中海中没有定居的港湾鼠海豚，但往往会有大西洋中的港湾鼠海豚通过直布罗陀海峡一直游到马洛卡。黑海中有定居的港湾鼠海豚，它们也会游入地中海的爱琴海。
习性.港湾鼠海豚喜欢海岸附近、约20米中等深度、比较平静的海域，但偶尔也会游到深海。