含有三聚氰胺引发的中国毒奶事件以及经济情势的恶化影响，除导致卫生署长林芳郁于9月26日下台负责，更引发民进党、台湾团结联盟等台湾本土派势力举办1025反黑心顾台湾大游行，数十万人上街头抗议。最后使的刘兆玄内阁的支持率在2008年11月仅剩34 ％（由《联合报》进行的民意调查）。但讽刺的是，仅在林芳郁下台后一周内，他所提出的三聚氰胺容许值2.5 ppm 已为欧盟等国际认可，成为世界公认的容许值。2009年8月8日，中度台风莫拉克袭卷台湾，山区遭惊人雨量引发的土石流摧毁多处地区民宅，死亡及失踪人数难以统计，而