她教学与研究专业聚焦于大众传播与社会运动，并持续参与社会运动与演出，如2004年《声援杨儒门暨台湾农民／农业运动》与2005年《民歌三十之永远的未央歌》演唱会。2005年，杨祖珺担任「声援杨儒门大联盟」联络人。2011年至2013年6月，杨祖珺担任国立台南艺术大学音像记录与影像维护研究所专任副教授。2004年10月6日，《新新闻》第917期刊登杨祖珺的文章，颠覆民进党官方版党史。2005年8月13日，夏潮联合会与社运界及知识界二十多个团体在台北市二二八和平纪念公园露天音乐台举办「世界反法西斯战争胜利