为是近亲。她们亦被认为是丝足虫类的伸延。有孔虫界的名称Rhizaria由Cavalier-Smith在2002年提出，他亦提出了及centrohelid的名称。
进化关系.
与其他界别的关系.有孔虫界为双鞭毛生物分支的一部分，亦包含泛植物（Archaeplastida）、囊泡藻（Chromalveolata）、古虫界（Excavata）与及其他较小、未分类的组别例如（Apusozoa）及Centrohelid。和其他双鞭毛生物相同，她们均源自拥有两个鞭毛的真核