瑛等被押的共产党员被释放出狱。抗日战争和第二次国共内战时期她从事中共地下党工作，多次被捕入狱。1940年，钱瑛调到南方局工作，担任驻川康特委代表、西南工作委员会书记。1946年，八路军办事处由重庆迁到南京梅园新村，中共中央重庆局改为南京局，钱瑛跟随周恩来到达南京，出任中共中央南京局组织部部长。1946年7月，国共和谈破裂，钱瑛奉命转到上海，被任命为上海局组织部长，分管组织工作及学生运动、青年工作。继续坚持在国民党的势力范围内展开斗争。
建国后.建国后，1954年9月钱瑛奉命出任