王敦尽心辅助司马睿，当时人都称「王与马，共天下」。 永嘉五年（311年），汉国将领唿延晏等攻破西晋首都洛阳，并掳走晋怀帝，中原大乱，大量士族和人民都渡过长江，到较安定的南方避乱，王导因而劝司马睿任用其中的贤人俊才，与他们合作。司马睿于是任命了百多人为掾属。当时荆州和扬州都十分安定，户户都生活富足。王导以清静为政务首要，常励司马睿要克己励节，匡主宁邦。王导愈来愈受司马睿倚重，而当时其他人都对王导倾心，并号王导为「仲父」，而司马睿亦向王导说过：「卿，吾之萧何也。」永嘉末年，王导迁任丹杨太守，加辅国将军，