人民检察院在2006年2月将案件发还国安部，要求作补充调查，7月底检察院将案件交予法院处理；程翔家人只能透过律师每月与在北京市郊一看守所拘留的程翔见面一次，间接了解程翔近况。
记者协会声援.香港记者协会在程翔被拘后不断透过特首曾荫权与中联办向中央反映要求以公平、公正、公开原则处理程翔案件及尽快释放程翔，商业电台则发起「声音黄丝带」行动，当时节目中每天都会有声带提示程翔被扣留的天数；另外还有由龙纬汶等人成立的声援组织：营救程翔联盟。除了香港民主派人士外，李鹏飞、徐四民等中华人民共和国