因高丽蒙古战争而毁坏，高丽禑王二年（西元1376年）重建无量寿殿，高丽禑王三年（西元1377年）重建祖师堂。朝鲜王朝崇儒抑佛，朝鲜太宗二年（西元1401年）规定全国各佛教宗派可留置寺院的限额，下令裁减下来的寺院沙门还俗，土地归国有，奴婢由政府处理。朝鲜世宗六年（西元1424年）合佛教七宗为禅、教两宗，全国仅留36座寺院，浮石寺为其中之一。惟其后在政府打压佛教的政策下，浮石寺逐渐荒废。20世纪后开始展开修补工作，现今浮石寺有五项韩国国宝，包括（韩国国宝第17号）、（韩国国宝第18号）、（韩国国宝第19