1824年）于埤头街新城建凤仪书院。道光五年（1825年）整建旧城，但官民仍不愿迁回。道光廿七年（1847年）闽浙总督刘韵珂巡台时，有凤山绅民蒋鹏飞呈请不愿迁回旧城的理由，之后清廷同意刘韵珂的奏议，县治再次设在新城。光绪元年（1875年），拆分率芒溪以南之地另置恆春县。光绪十二年（1887年），上级台湾府改称台南府。1893年时人口约394,000人。光绪二十一年（1895年）台湾改隶日本，此行政区划持续至台湾总督府将台南府下各县合併成台南县为止。
县治变迁.凤山县设立