岛内曾出土一些绳文时代及弥生时代的土器及人骨，此外也有与日莲上人有关的传说流传。从幕府末期到第二次世界大战前，猿岛成为了东京湾中的首都防卫据点。在幕府末期，江戸幕府在猿岛上建立了（，幕府末期为了防范外国船只而兴建的要塞），进入明治时代以后，该要塞则为陆军省及海军省所管辖，并兴建了新的要塞及砲台。目前岛内还残存着挖空岩壁覆上红砖而成的要塞遗迹。二战后至1961年（昭和36年），猿岛为美军接收。在美军接收期间，1947年（昭和22年）开始有渡船通航、1957年（昭和32年）开辟了海水浴场。之后在1993年