军事法庭宣布无罪，引起全国人民的激愤。中国共产党对此向南京国府提出强烈抗议，得到国内舆论的广泛赞同。1月31日，南京政府遵从东京麦克阿瑟命令，将日本侵华战犯260名连同冈村宁次等九人一起送往日本；2月4日抵东京。1950年，苏联向中华人民共和国移交武部六藏等日本战犯969人、溥仪等伪满战犯约300人。这批日本战犯和此前在国共内战中俘获的140名日本战犯，分别被集中在抚顺战犯管理所和太原战犯管理所集中关押改造。中华人民共和国政府1956年4月宣布，对在押的日本战犯从宽处理。6月至7月，最高人民法院公开审判