起义成功，各省响应共和，内地十八省中惟独陕甘总督长庚继续拥戴清廷，并派马福祥领兵进攻拥护共和的陕西。水梓由京返兰，联合甘肃倾向革命人士，策划说服马福祥按兵不动，促长庚承认共和。但省内军政大权仍然在留任官员之手，于是水梓等人转而筹组临时省议会。同年夏天，马安良等军阀派人刺杀临时省议会议长李镜清，并追杀相关人等，水梓等人因此出逃。逃至北京后，水梓担任国民党本部政务委员、兼本部交际组干事，曾多次聆听孙中山教导。水梓组织国民党甘肃省党部的筹建、甘肃省国会议员的选举，以及采购印刷设备运回甘肃，以备甘肃国民党党报之