三条河四座山的交汇之地，这三条河发源于四周的四座神山，传说中这四座山都是吉祥天母的头发化身。这里的人们认为琼果杰地呈八瓣莲花形，天现如意法轮之象是福田妙地。该寺由二世达赖喇嘛创建于1509年。五世达赖时，摄政第巴桑结嘉措曾加以扩建。该寺1713年遭准噶尔部破坏，不久由康济鼐修复。原有的琼果杰寺毁于文革浩劫，现在的琼杰果寺是由十一世班禅拨款重修的。该寺经历代达赖喇嘛修缮和扩建，逐渐成为达赖喇嘛的夏季行宫之一，被誉为第二宫殿。
建筑.该寺大门外有三世达赖喇嘛时所立的“琼果杰寺志