明朝中央官制，仍奉已死之南明永历帝为正朔，而实际控制台湾之延平王政权，则成为南明抗清之最后一块领土。永历三十二年（1680年）郑经及陈永华先后死去，权臣冯钖范拥郑经次子郑克塽继位；后施琅领清军攻克澎湖，郑克塽乃于康熙二十二年（1683年）降清。南明延平王政权统治台湾合计仅23年的时间而已。康熙二十三年（1684年）三月，台湾正式纳入大清帝国版图，隶属福建省，设台湾府辖台湾县，凤山县与诸罗县。
清朝.康熙帝曾说「朱成功明室遗臣，非吾之乱臣贼子」，也写下楹联：「四镇多二心，两岛屯师