电子数有关。所以应选择有较强的电子散射能力且易被生物吸附的试剂作为负染色剂，一些常用的负染色剂有钼酸铵、乙酸铀酰、甲酸铀酰、磷钨酸、四氧化锇、锇铁氰化钾等。使用负染色法可以看到普通光学显微镜下无法看清的结构。该方法主要用于观察病毒、细菌、细菌鞭毛、生物膜等结构，这些结构的电子散射能力均较低。
染色过程.在中通常使用黑色染料（如苯胺黑）进行负染色。如将载玻片上湿的细菌培养物标本与负染色剂混合再进行干燥后观察。用显微镜观察细菌菌体或它们的孢子时，会发现图像的背景很暗，而菌体很明亮，