海逃亡舟山，并且与张名振、张煌言、郑成功合力抗清。朱以海也一度寻求日本的援助。1651年（辛卯年）8月，舟山陷落，朱以海移居金门；1653年3月，因当时郑成功和朱以海之间有所冲突，朱以海便自去监国称号，由旧臣王忠孝、沈佺期等人照顾；期间朱以海一度移居南澳，不久又回金门。1662年6月，永历帝朱由榔在云南遇害后，张煌言一度上书朱以海，要求朱以海「争取闽海勋镇，速正大号，以求正统」，但因郑成功和郑经不支持而未成。郑成功死后，朱以海一度无人服侍，壬寅年十一月十三日（1662年12月23日），朱以海病故于金