晚期，南平郡为王琳所佔据。梁宣帝大定四年（558年），南平郡为萧詧所攻佔。陈文帝天嘉元年（560年），分荆州之天门、义阳、南平，郢州之武陵四郡，置武州。天嘉二年（561年）四月，分武州之南平郡，荆州之宜都、罗、河东三郡，置南荆州。七月，陈军击败北周将领贺若敦，南平郡由梁入陈。隋文帝开皇九年（589年）灭陈，废南平郡，其地属松州。