堂回到上海。11月起至1912年12月，任复旦公学教务长。1912年10月，武昌起义爆发，立达学社社员陆续到上海同胡敦复会合，他们遂策划由立达学社创办大同学院，并推举胡敦复任首任院长。1912年，大同学院在上海创建，胡敦复任院长。1922年，经北洋政府核准，该学院改为大同大学，这是中华民国首家私人所创办的大学。1926年，胡敦复到北京任北京女子大学校长，同时还主持大同大学的校务。1927年，他任北洋大学理学院院长。不久辞职回到上海，继任大同大学校长。1930年至1935年，他兼任交通大学科学学院数学