登辉的成为主流派，反对李登辉的则成为非主流派。随着中国国民党党内矛盾的发展，非主流派系统分别有立法院的新国民党连线、许历农领导的新同盟会、孙安迪发起的中国国民党救党改革委员会、宋楚瑜率领台湾省政府系统出走。新国民党连线在1993年离开中国国民党、成立新党，宋楚瑜在2000年中华民国总统选举结束后另立亲民党。2000年10月，李登辉已离开中国国民党权力核心，国民党把李登辉开除党籍，亦清除李系人马，连战与宋楚瑜和解，推动国亲联盟继续对抗民主进步党和李登辉人马组成的台湾团结联盟；适逢核四停建，新党提出「泛