尼位于巴黎平原腹地，境内地势平坦，海拔在23到46米之间。
地质.圣但尼境内的基岩主要为沉积岩，由塞纳河搬运沉积而成，其中南部地区的形成年代早于北部，地表则大部分被现代人工建筑物覆盖。
水文.圣但尼位于塞纳河干流一处曲流的外侧，其老城区并非沿河而建，但河畔已基本被现代建筑物覆盖。19世纪初建成的圣但尼运河西起塞纳河，沿西北-东南走向向东南延伸至巴黎市区内，工业革命市区曾为重要的内河航道，现仍有航运价值。
植被.圣但尼属于温带落叶林区，