（TNI–AL）及空军（TNI–AU）组成，国防预算于2006年时约为国内生产总值的4%。在1998年苏哈托下台后的改革中，军方在国会中不再有保障席次，但政治上仍有一定影响力。在亚齐及巴布亚省的分离运动造成军事冲突，军事镇压引发反人权行为的争议。自由亚齐运动与印度尼西亚军方进行了30年的游击战后，双方终于在2005年签署停战协议。自苏西洛上任后，巴布亚地区施行有象征意义但不完善的地方自治法，相关报告指出暴力冲突及侵害人权事件有所减少。
行政区划.印度尼西亚一级行政区分31个省、