评审组成员。1986年10月，任复旦大学数学研究所所长。1988年2月，谷超豪任中国科学技术大学校长。1988年4月，兼任中国科学技术大学研究生院院长。1989年11月，中国科学技术大学非线性科学联合研究组成立，任组长。1989年，谷超豪、郝柏林、郑哲敏等人倡议在国家攀登计划里建立“非线性科学”项目。同年，谷超豪任《辞海》编辑委员会委员兼数学分科主编。1991年8月，在国家基础性研究重大关键项目首席科学家联席会上，获国家科委聘任为“非线性科学”项目首席科学家。1993年3月，应中央研究院院长吴大猷之邀，