金陵应天府，称帝，改元永乐。永乐初期，吴高再次被起用镇守大同，上言守卫边疆的策略。永乐八年，朱棣北征回师，吴高称病不上朝，被弹劾废为庶人。洪熙元年，明仁宗看到他的名字，说：“吴高过去经常对我无礼，贬他去海南。”当时吴高已死，其亲人遭到流放，后遇到大赦得释。宣德十年（1435年），其子吴升求继承爵位，朝廷不许。