于急水溪水系的急水溪、六重溪、龟重溪，以及曾文溪水系的曾文溪及柚仔坑溪。急水溪为台南市北部的大型河川，源头位于嘉义县中埔乡与大埔乡交界处的冻子顶。流经台南市白河区，于青叶桥滙集六重溪后，成为本区西北部与白河区、后壁区、新营区的界河，续流至本区西端与龟重溪汇集后，始离开区境而去。最终于北门区注入台湾海崃。龟重溪又名十八重溪，为急水溪的一大支流，在本区境内的流域范围包括东部山区、中部丘陵的绝大部分，以及西部平原的南半部，其合计面积约佔全区总面积的百分之七十，可视之为区内最重要的河川。该溪上游为北寮溪，发