追击侯景到石头城，两军于横岭争持。战事开始，侯景亲自带领精兵作战；杜崱从岭后横截，令侯景大败，东奔晋陵，杜崱佔据石头城。先前侯景立萧栋为帝，后废黜，囚禁萧栋兄弟三人于密室。这时萧栋兄弟逃出，遇到杜崱，杜崱为他们去除镣铐。侯景平定后，加散骑常侍、持节、都督江州诸军事、江州刺史，增加食邑千户。同月，北齐将领郭元建在秦郡攻打秦州刺史严超远，王僧辩下令杜崱支援，而陈霸先亦从欧阳会合，和郭元建在士林作战。陈霸先令弓箭手射箭，郭元建部下后退，杜崱就因驱使士兵攻击，大破北齐军队，斩首级万多人，生擒千余人，郭元建聚集余