宸濠遂诬陷其逃跑，命浙江巡按潘鹏逮捕他并送往江西。潘鹏逮捕胡世宁家人，并索要其人。李承勋则为按察使，暗中保护他。胡世宁于是亡命逃亡京师，并投锦衣狱。狱中他三次上疏称朱宸濠谋反，都没有得到批复。言官程启充、徐文华、萧鸣凤、邢寰等交相论救，杨一清亦以危言说动钱宁，于是胡世宁被贬戍沈阳。四年后，朱宸濠果然谋反，胡世宁从戍地中起为湖广按察使，不久升都察院右佥都御史、巡抚四川。途中，闻明世宗继位，上疏举荐魏校、何瑭、邵锐为讲官；林俊、杨一清、刘忠、林廷玉可辅弼；知府刘莅、徐钰先为谏官且有声为，可擢用。建议治理松潘