始创作第三交响曲，但在1887年2月27日因突发心脏病去世。这时他只完成了首两个乐章部份，而历时18年的《伊果王子》亦未曾完成。后来他所遗下的手稿和未完成作品，主要皆由林姆斯基-高沙可夫和格拉祖诺夫所整理及补遗。鲍罗丁死后葬在俄国圣彼得堡的亚历山大·涅夫斯基修道院内的季赫温墓地。该处亦是多位俄国着名音乐家和文学家下葬的地方。其中包括巴拉基列夫、居伊、格林卡、穆索斯基、鲁宾斯坦、法耶多.史特拉汶斯基 (史特拉汶斯基的父亲) 和柴可夫斯基。由于鲍罗丁平日主要都在实验室工作，只会于星期天、假日或者抱恙时才