发源于苗栗县南庄乡东南端标高2,616公尺的鹿场大山北坡，北流至鹿场台地西方，会合源自加里山的风美溪后称为上港溪（又称东河、大东河）。流至南庄聚落南侧，上港溪与源自八卦力山的蓬莱溪（又称南河、小东河）会合后，以下始称中港溪。中港溪主流续流经三湾乡、头份市、竹南镇、造桥乡、后龙镇等乡镇，最后在竹南镇和后龙镇之间流入台湾海崃。重要支流峨眉溪发源于新竹县五峰乡西北角，流经北埔乡、峨眉乡后，于苗栗县三湾乡汇入中港溪。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：