吾尔青年代表大会成立后，即制定了暗杀中国新疆维吾尔自治区党政军领导人、破坏铁路及桥梁、制造恐怖爆炸、袭击中国驻外机构、在中国同印度、中国同塔吉克斯坦、中国同阿富汗的边境地区进行武装袭扰等计划。1993年，该组织策划实施了喀什农机公司办公大楼爆炸案及莎车录像厅爆炸案，共造成2人死亡，22人受伤。2004年，该组织被整合进“世界维吾尔代表大会”这一组织下。世界维吾尔代表大会起于“2004年4月16日至19日在德国慕尼黑市由东突厥斯坦（维吾尔斯坦）民族大会与世界维吾尔青年代表大会共同召集各东土耳其斯坦东突厥斯