在距地面1.2米左右的深处发现大量印纹陶片及少量石器。上海县博物馆和上海市文物管理委员会随即对该地进行确认，并最终认定该地区为古文化遗址。1960年，上海市文物保管委员会组织人员探明了遗址范围。1962年，马桥遗址以“马桥古文化遗址”的名称被列为上海市文物保护单位。1966年，上海市文物保管委员会的工作人员揭开了其中589平方米的范围，并根据出土文物将上海一带的成陆史上推2000年。当年2月7日，上海市人民委员会把马桥古文化遗址在农田水利建设中受损情况通报全市，并要求对文物保护单位严加保护，防止破坏。197