琴新校区实施管辖的各项决定，超越了全国人大常委会的权限，不符合 “一国两制”的原则和澳门特别行政区基本法，不利于建立平等合作、团结和谐的粤澳关系。2009年4月，研究所主持召开名为“珠海横琴岛开发中的法律问题”之学术研讨会，并邀请国内及港澳十余所高校之法学学者参加，共同研讨横琴岛开发与澳门大学整体迁往横琴岛中的法律适用问题。