肝硬化病史，并合併食道静脉曲张。虽然苏文雄身体不适，住院治疗，但仍由家人推轮椅至会议室，每週定期召开县府主管会议。同年8月12日下午3时37分，苏因为严重肝衰竭及肝昏迷，病逝于台大医院，得年56岁，县长任期当不到两年。当日台大医院发表声明，证实苏的病因是肝癌。
身后.逝后，时任中华民国总统李登辉明令褒扬。9月17日，苏文雄公奠礼于云林县立体育馆举行，规划由治丧委员会名誉主任委员、副总统连战主祭，也将覆盖国旗、中国国民党党旗。国立台湾大学也规划在当日由时任校长陈维昭颁发「荣誉校友状」，