内设有单式月台1面1线与岛式月台1面2线、共2面3线的地上车站，月台间有跨线天桥连接。夜间滞泊列车有3班。整日皆有站员派驻的鸣子温泉车站在业务上划属JR东日本仙台支社管辖，并同时也是旧鸣子町内其他较小车站（川渡温泉～中山平温泉）的管理车站。站内设有绿窗口与Kiosk（）便利商店，除此之外为服务旅客，车站内也设有观光询问处。鸣子温泉车站在1915年初设时，原名鸣子（当时「鸣子」两字的日文发音是比较接近东北口音的「」（Narugo），与今日的「」（Naruko）不全然相同）。站名一直到1997年时，才改