事法庭公审处决的有1100余人。中国人民解放军总政联络部于2013年12月在北京西山国家森林公园建设无名英雄广场来纪念这些被处决特工。
争议.一种观点认为「白色恐怖」的根本原因为「内战」，而非「台独」。曾参与中国共产党省工委的陈明忠在「被扭曲的历史集体记忆」中指出白色恐怖被扭曲为「台独运动开端」是一种政治目的所作的历史扭曲。曾经亲身参与整个历史事件，在二二八时担任二七部队突击队的陈明忠解释：「社会主义在民国三十六年后光复的台湾，却是相当兴盛的思想，倡导社会主义的书籍在台湾也非常流通