严重，森林滥伐及人为大量毒鱼、电鱼等，使得许多珍贵鱼类濒临绝种。因大甲溪两岸森林被滥伐与兴建拦沙霸，使台湾濒临灭绝动物樱花钩吻鲑（冷水性鱼类）无法生存，目前仅分布在上游的七家湾溪流域。
植物.生产者主要是一些附着性的藻类，和岸边植物的断枝、落叶和碎屑，所以植物种类不多。
动物.多为水栖昆虫如水虿、石蚕蛾、蜻蜓与蜉蝣的幼虫、涡虫、虾、蟹与一些螺类。鱼类呈流线形以减少阻力，如台湾石滨（俗称石斑）、樱花钩吻鲑、溪哥等；底栖性鱼类如爬岩鳅、缨口鳅等。鸟类为高级消费