协会名称上出现的两朵花标志，在「日」字样上出现的是中华民国国花「梅花」，在「台」字样上出现则是日本国花「樱花」。2017年3月，中华民国行政院核定亚东关系协会改名为台湾日本关系协会（日文：）。5月17日，举行揭牌仪式，由立法院副院长蔡其昌、外交部长李大维、台湾日本关系协会会长邱义仁、日本驻台代表沼田干夫共同主持。邱义仁表示，有些人不清楚「亚东关系协会」的职掌范围，例如「夏威夷的事情能否帮忙？」今日改名后，让「台湾日本关系协会」的工作性质更清楚；沼田干夫则强调，希望此次更名作为契机，日台团结一心，共同建立