公司需负担鉅额的折旧摊提及利息费用，营运5年以来，亏损严重，濒临破产边缘，以致须于2012年9月函请高雄市政府修改BOT合约，并在各车站争取额外收入和实施削减成本的措施。此外兴建捷运当时政府亦提供三大土地开发案，来作为交换条件，以增加民间参与诱因。与桃园机场捷运不同的是，桃园机场捷运兴建总经费接近新台币1200亿元，全由中央政府出资兴建。修约后，高雄捷运财务渐有改善，于2017年1月，宣布2016年盈余7400万元，为首度盈余，除了运量增加，平均每日达17.2万人次外，多角化经营也是原因，将南机厂租给大