五年（940年）改任曲阜县令。后周太祖广顺二年（952年），郭威幸曲阜拜孔庙及孔子墓，召孔仁玉赐五品服。诏以曲阜县令兼监察御史。卒后追赠兵部尚书。孔氏后人以孔氏嫡长几绝而至仁玉时复兴，故称孔仁玉为中兴祖。
墓地.孔仁玉墓位于孔子墓东北，内红墙以外约100米处。封土东西11.93米，南北15.90米，高3.05米，为中型坟冢。墓前石碑1通，篆书“兵部尚书袭封文宣公之墓”，碑阴楷书“奉正大夫修正庶尹礼部郎中赐食三品禄直文渊阁永嘉黄养正拜书”，明朝正统八年（1443年），五十九代孙、