宦官刘瑾专权，嫉恨翰林不附己，将翰林尽数外调。陆深任南京礼部精膳司主事，不久因病乞归。正德十一年（1516年），刘瑾伏诛，回京复原职。正德十二年（1517年），任会试同考官，取中舒芬、夏言等名士。正德十三年（1518年）九月十六日，升任国子监司业。丁父忧归里。嘉靖七年（1528年），任国子监祭酒，充经筵讲官。嘉靖八年（1529年），以抗疏谪延平府同知，转山西提学副使，改浙江。嘉靖十二年（1533年），任江西右参政，次年擢陕西右布政使，升四川左布政使。嘉靖十五年（1538年）拜光禄寺卿，次年为太常寺卿