数十年中，发现许多疾病可能与自体免疫反应有关。但是，埃尔利希假设的权威地位阻碍这些发现的进一步探索。免疫学成为生物化学领域的一支，而非临床学科之一。到1950年代，对自体抗体和自体免疫性疾病的现代理解开始普及。最近，人们已了解自体免疫反应是嵴椎动物免疫系统不可或缺的一部分（有时被称为自然自体免疫）。自体免疫不应与混为一谈。
低度自体免疫.高度的自体免疫不健康，但低度自体免疫实际上可能有益。进一步思考自体免疫中有益的因素，人们可能会为了证明自体免疫是哺乳动物生存的一种自卫机转而提