经一度与军阀张士诚合作，获得苏州当地的许多特许。明洪武初年，朱元璋重修长城，命沈万三出资三分之二；而后修建首都，沈万三又资助修筑了都城南京的三分之一，还提早完工，毫无困苦的样子，并且还主动想出资犒军，一人一两银，花费数百万两，如数输之，却仍有余财。朱元璋深恐“民富敌国”，又认为他犒劳军队，是要作乱，打算将沈万三处死，马皇后求情：“妾闻法也者，所以诛不法也，非所以诛不祥。民富侔国，民自不祥尔，夫不祥之民，天甾有之，于国法何予焉？”，皇帝于是赦免万三，但将其发配云南、充军，财产半数充公。万三死后水葬于周庄银