年（天文19年）大友义鑑遭到家臣杀死。与义鑑敌对的菊池义武（义鑑之弟，以养子身份继承菊池家）控制了隈本城。1554年大友氏攻佔隈本城，此后约30年左右由大友氏控制。1587年（天正15年）丰臣秀吉完成九州征伐后，当时城主城久基移封筑后国。由秀吉家臣佐佐成政入主，成政不理秀吉指示进行检地，导致了。1588年佐佐成政被责令切腹自尽，由加藤清正成为城主。1591年加藤清正在茶臼山丘陵一带开始建造城堡。约1600年（庆长5年）天守建造完成。关原之战后清正成为肥后国52万石大名。1606年筑城完毕，翌年将城堡