嘉农的学生死守水上机场，对抗国民党军队。国小毕业后，陈唐山参加初中考试，投考嘉义中学。虽然盐水在行政区属台南县，然而地理位置与生活机能却接近嘉义，进入嘉义中学后，陈唐山过着每日花费四小时以上交通时间就读。高中时进入嘉义中学高中部。读书同校的前辈包括李鸿禧、罗福全、蔡同荣。陈唐山与蔡同荣在嘉义高中部三年级时为好友，当时蔡同荣的父亲蔡閅为嘉义县议员，蔡同荣下课时就会约陈唐山到议会看他父亲。1954年陈唐山考入台湾大学数学系，后转攻大气物理，1959年毕业。大学期间，陈唐山于台北到处兼家教以维持基本开销，