所系统改造后的列车将于当年4月投入服务，但当时的编组中仅4号车厢和7号车厢加装了集便器。
噪音.行驶广九直通车的部分车型如东风11型机车行驶时十分嘈吵，噪音音量亦比雷声更甚。而这个问题到了2012年12月23日起所有直通车介乎广州东站至红磡站区段全部改由韶山8型电力机车牵引后有较大改善。