彤奉耆英、伊里布之命偕同侍衞咸龄登上英舰谈判，并随同签订《南京条约》。事竣，又随伊里布前往广东，筹备通商事宜。期间，黄恩彤与粤海关监督文丰共事，将番舶互市改为官办，并增减规则，稽查偷税漏税。道光二十三年（1834年）调广东按察使，同年升广东布政使。美国人顾盛请求入京，黄恩彤赶赴澳门将其劝阻，因功赏赐花翎。
巡抚.道光二十五年（1845年），升任广东巡抚。道光二十六年（1846年），英国强欲进入广州，向时任两广总督、协办大学士的耆英提出租地、建房等要求。黄恩彤建议耆英暂时应承。事情传