面积9800平方米，包括展览集会、遗址悼念、和平公园和馆藏交流等4个区域，其中展览陈列包括广场陈列、遗骨陈列和史料陈列三部份。遗骨陈列室中陈列有建馆及扩建时从丛葬地（俗称“万人坑”）挖出的遇难者骸骨，史料陈列大厅中有千余件相关历史资料，并设有拉贝日记和东史郎日记资料展，每年12月13日在纪念馆的悼念广场上举行大规模的和平集会。该馆共收集10000多份历史资料和文物，是国家一级博物馆、全国爱国主义教育基地。南京大屠杀期间担任南京安全区国际委员会主席的约翰·拉贝的旧居，2006年起作为“拉贝与国际安全区纪念