路的常磐线使用，主要担当常磐线旅客列车的牵引任务，「北上号」急行列车在上野至水户间一般固定使用DF90型柴油机车牵引。这台机车落成当初使用国铁标准的葡萄色涂装。1958年5月，第一届亚洲铁道首脑会议（Asian Railways Conference）在东京召开之际，DF90、DF41型柴油机车均在国铁大井工厂对外展出，其中DF90 1号机车还披上了奶油色和橘红色构成全新涂装。1961年，日本国铁正式从日立制作所购入这台机车，并对机车作出了一些改造以尽量减轻轴重，例如减少空气压缩机与散热器的数量以及冷却