001年，碧云寺被列为第五批全国重点文物保护单位。2005年9月，碧云寺维修时，某施工单位在金刚宝座塔附近的施工现场挖出两具石翁仲和一对镇墓兽。石翁仲为汉白玉雕刻，真人大小，加上底座总高3米，一个为文官，一个为武将。经过文物专家考证，这些石刻是当年魏忠贤墓圹的遗物。这些石雕放置在水泉院南侧峭壁上方不远处，金刚宝座塔北侧。2013年初，碧云寺工作人员在巡查中发现碧云寺后门被撬开，其中这对镇墓兽丢失（两具石翁仲仍在原处），遂展开调查，但至今无果。
建筑.碧云寺依山而建，坐西朝东，占