统治时期西部的巴斯克地主弗朗西斯·伊斯纳加被选为巴亚莫市长。后来伊斯纳加创立了强大的家族并全家定居特立尼达，他的后代曾为古巴独立事业作出奋斗。在16世纪大部分时期内，巴亚莫是古巴岛上几个最重要的农业和商业移民点之一。其相对内陆的位置使得城市不易受到加勒比海盗的侵扰，因此圣地亚哥遭遇的不幸成为巴亚莫的万幸。考托河下游至入海口的城镇曼萨尼约一带，巴亚莫的违禁品交易猖獗，这使得它在17世纪初成为了古巴的一个主导的城市。1616年，一场巨大的洪水将树木和毁坏的船只冲入考托河，并使河流阻塞，无法入海；然而17