89年开设，40年之后的1929年日本才在渥太华开设大使馆。日本在加拿大第一个公使是亲王德川家正，从1929年到1934年。加拿大在日本第一个公使是，从1929年到1936年。
第二次世界大战.两国的外交关系在1941年太平洋战争开始之后便中断。在战争期间，加拿大在通过后开始为了「国家安全」的目的而囚禁日裔加拿大人。日裔加拿大人被剥夺了众多权利，包括工作与私有财产的权利。两国间的直接战役发生在太平洋战争中，日本和加拿大军队在珍珠港事件的8小时后在香港保卫战中正式交战。该战役