千岛群岛等存有主权争议的领土，全国共由6,852座岛屿构成，国土总面积共377,950.1平方公里。日本列岛主要指北海道、本州、四国、九州等四大岛屿，上列四岛通称为「日本本土」，而不另加「岛」之后缀。琉球群岛的本岛沖绳岛有时也会列为日本本土之一。就地壳板块而言，日本列岛是由欧亚大陆板块与其他板块碰撞突起而成，国土约75%属山地丘陵地带。而新潟县纟鱼川市与静冈县静冈市之间的连线纟鱼川静冈构造线，则是地质学上东日本与西日本的分界。数座山脉横亘于日本本土中央，将日本的国土分为面向日本海的日本海侧地区和面向太平