选战虽维持表面和谐，但私底下仍不停较劲。尽管泛蓝在接下来的选举中未再分裂，且在新竹县获得极高票数，唯选举期间仍常有郑邱两人不和的传闻。在2005年中华民国县市长暨县市议员选举中，转投亲民党的邱镜淳希望借国亲联盟争取代表泛蓝再参选县长，时任台湾省主席林光华获民进党提名并重披战袍，但后来国亲共推郑永金出战，郑也以高于林的两倍票数成功连任县长。而邱镜淳也在选后重回国民党。2008年中华民国立法委员选举时，时任立委的邱镜淳、叶芳雄两人及郑永金夫人郑宋丽华皆有意参选，但初选后泛蓝成功协调并提名邱，由于民进党在该次