浊水溪开始进攻云林县，由于在斗南遭到伏击而暂退回彰化整补三週，在9月29日集结了一万多人从县城北门一路经虎尾溪攻打斗六西侧，完成不到一年的该城此时发挥了一定的防御作用，但在从10月5日起的三天交战后，县城终告失守。后来该县城在经过战火之后，又历经台湾日治时期明治三十七年（1904年）的斗六地震以及台风等灾害，城垣已无残迹留存，不过当时规划的街道如太平老街仍保留了下来。