查尔斯·克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，共利用了70个形态特征。真穗猪笼草被归入“第5分支”。其显示真穗猪笼草与奇异猪笼草的相关性达72%，而真穗猪笼草与长叶猪笼草之间的相关性较弱，为69%。与其子类群莱佛士猪笼草和苏门答腊猪笼草的相关性为58%。
自然杂交种.真穗猪笼草和与其他许多同域分布的猪笼草物种之间都存在着自然杂交种。包括白环猪笼草、长叶猪笼草、苹果猪笼草、小猪笼草和苏门答腊猪笼草。
真穗猪笼草与白环猪笼草的自然杂交种