系恶化后情报站被关闭了。2005年，肖卡特被任命为叙军事情报部门主管。在他就任前不久，黎巴嫩前总理拉菲克·哈里里在一次汽车炸弹爆炸事件中丧生。根据爆炸装置的样式和复杂程度，这次事件被认为牵扯到了一个国家的情报部门，而联合国的初步调查认为肖卡特和马希尔·阿萨德涉嫌参与其中。2006年，肖卡特被美国的外国人资产管控办公室认定为特别指定的人，被冻结在美资产。2009年7月他辞去军事情报部门主管职务，以“摆脱作为国际调查哈里里遇刺案首要嫌疑人的身份”，并晋升中将，担任陆军副参谋长。反对派人士认为他对于2008年