01年的第五届立法院改选中一举斩获十三席立委取代新党成为台湾第四大党。因当时民进党政府主张新中间路线，台联便与本土社团发起台湾正名运动。由前总统李登辉出任总召集人，于2002年5月11日发起大游行，诉求国家正常化争取深绿支持者的选票。2004年中华民国总统选举中，李登辉担任召集人发起228百万人手牵手护台湾活动，尽全力辅选民进党的陈水扁及吕秀莲连任。2004年立法委员选举，台联党当选12席。然而，在选举过程中，当时台联党主席黄主文一再遭批评利用全党资源为其子黄适卓辅选，引发台联内部反弹，加上因提名策