到了1897年时，就只见到一只，但相信仍未消失。于1900年，Rollo Beck捕捉了9只瓜达卢长腿兀鹰作为标本。他可能射杀了岛内最后一只卡拉卡拉鹰。于1903年有多个未确认的报告见到牠们，但于1906年就肯定了牠们的消失。瓜达卢长腿兀鹰是其中一种人类刻意灭绝的物种。由于牠们有时会猎杀幼羊，牧羊业则要求杀绝牠们。牠们的栖息地被数以万计的野山羊所破坏，导致了其他物种的灭绝。已知一种寄生虫"Acutifrons caracarensis"与瓜达卢长腿兀鹰一同灭绝。目前共发现了约35个瓜达卢长腿兀鹰