成为印加帝国统治之下的众多民族之一，但他们持续不断地反抗印加的统治。西班牙编年史学家Pedro Cieza de León提到，查查波亚人在被印加帝国征服之后接受了印加的习俗。有关查查波亚人的第一手文献记载甚少。记载该时期的主要编年史（例如印卡·加西拉索·德拉维加的《印卡王室述评》）是基于不完整的第二手资料而写的。现今对该文化的了解大部分基于考古发现。