车站自2009年4月1日起更名为人吉温泉车站（）。人吉车站是九州的地方支线肥萨线（又暱称为「虾野高原线」，）与第三部门铁路业者球磨川铁道所属的汤前线之交会车站。
车站构造.人吉车站为一平面车站，JR九州设有一座岛式月台与一座侧式月台共三条乘车线，至于离站房最远的一座岛式月台与两条乘车线则是由球磨川铁道使用，JR与球磨铁之间的月台有跨线天桥互通，乘客并不需出站之后再重新进站才能转搭不同公司之间的路线。人吉车站在靠近八代方向设有车辆基地，拥有一座砖造的车库，原本属于JR九州人吉铁道事