境处人满为患”的传言，之后海关对此做出辟谣。2020年7月，因2019冠状病毒病香港疫情出现反弹，从7月12日起，由深圳湾口岸从香港入境深圳的人员大幅增加，以此躲避疫情。
事故.深圳湾口岸深圳口岸区曾经发生坏电脑事故，引致深圳湾公路大桥大塞车
恶劣天气下之影响.因连接深圳湾口岸的深圳湾公路大桥是跨海大桥，在恶劣天气（如八号烈风或暴风信号生效时）下深圳湾公路大桥将暂停开放，深圳湾口岸因而暂停服务。如皇岗口岸仍然开放，持有过境车辆封闭道路通行许可证的车辆可改用