年国务院批准了批准了外迁计划，并于1989年得到铁道部批复，并列入国家计划中。但由于资金问题，相关工程直至1994年6月28日才开工，并于1995年底建成竣工。1997年4月1日，在原有车站北侧的合肥新客站通车运营，主站房为金字塔结构。原合肥站改名合肥南站，仅保留货运功能。2009年开始，由于候车室不敷应对持续增长的客流，合肥站再次进行改建工程。改建工程包括调整车站内部结构，将候车室面积增加6000多平方米；同时将商场和一个旅社全部拆掉改为候车室；增加售票窗口、电梯等设施，并在站台上搭建无站台柱雨棚