白酶均使用不同的氨基酸作为亲核试剂是趋异演化的结果。这可以从如下的事实推断出：有数种蛋白酶超家族（相同折叠类型）含有运用不同氨基酸作为亲核试剂的家族。这表明在进化史上，三联体中亲核试剂的改变曾屡次发生，尽管这种改变的机制目前还不清楚。在包含运用不同氨基酸作为亲核试剂的蛋白酶的超家族中（例如PA族），各家族的划分是以它们三联体中的亲核试剂为依据的。(S=丝氨酸蛋白酶, C=半胱氨酸蛋白酶，T=苏氨酸蛋白酶)
趋同演化.对蛋白酶的酶学研究为趋同演化理论提供了最清晰的证据。在不同的超