南北走廊（现为东铁线）的方案，红磡站由三线转车站改为两线转车站，九铁公司表示会使转车的客量减少。两铁合併后，港铁公司仍沿用这个方案，故红磡站将会成为东西走廊和南北走廊两条铁路线的转车站。
铜锣湾.九铁公司最初的方案是没有打算在铜锣湾设站的，过海后的东铁将会直接与地铁金钟站交汇。但考虑到选乘东铁的人，不一定是到金钟及中环等地区上班，九铁公司遂考虑在购物热点的铜锣湾设铜锣湾北站。此方案获得铜锣湾一带的商户普遍支持，因为此举可让来自中国大陆的旅客（尤其是个人游旅客）能从罗湖边境乘坐东铁直