人民入境事务处改称为入境事务处，辖下的婚姻註册处改称为婚姻登记处。由此时起，入境事务处增加了签发《香港特别行政区护照》及游说各国给予特区护照持有人免签证待遇的事务，并且执行《香港基本法》关于居留权条文等任务。入境事务处处长成为了香港政府主要官员之一，由行政长官提名，报请中华人民共和国中央人民政府任命。2000年8月2日，大批声称拥有居港权的中国大陆人携带易燃液体和打火机到来入境事务大楼要求与官员见面，并且威胁自焚，期间情况失控及发生火灾，事件中高级入境事务主任梁锦光和争取居港权人士林小星被烧死，是为香港