分类.约翰·林德利于1830年首度描述水玉簪科，当时只包括水玉簪属这一个属。1998年出版的《被子植物APG分类法》 将本科列为薯蓣目之下五个科之一，而薯蓣目属于单子叶植物之下的一个演化支。2003年出版的《被子植物APG II分类法 (修订版)》在Caddick及其同事 (2002)透过广泛研究得出的结果，使用三种基因（"rbc"L、"atp"B及）的分析，加上形态学的限制条件，导致薯蓣目之下各科的重新编排。本科在APG II 的扩阔了，还包括过往在APG I属于肉质腐生科的物