刘佶久病不起，而宣大、关陕、广西多有边警，中原盗窃起义发生。邓继曾于是陈战守方略及储将练兵足食之计，多被採纳实行。嘉靖三年，嘉靖帝逐渐疏远大臣，政事大都由宫内决断。他随即抗言称：奏疏呈上后，嘉靖帝震怒，将他下诏狱进行拷问，并贬为金坛县县丞。给事中张逵、韩楷、郑一鹏，御史林有孚、马明衡、季本皆上奏论救，均没有结果。他累升至徽州府知府后去世。嘉靖初期，嘉靖帝尚能接纳进言，但因刘最和邓继曾因言获罪后，逐渐厌恶言官，并相继罢免，之后嘉靖年间的纳谏之风衰微了。
家族.曾祖邓本芳，祖邓