然新大陆秃鹫外表很像旧大陆秃鹫，但牠们并非近亲。牠们的相似性是来自趋同演化。新大陆秃鹫传统上是作为一个科分类在隼形目中。但是于20世纪末，一些学者认为牠们的染色体组型图、形态及行为更为像鹳。故此一些文献将牠们分类在鹳形目中，甚至认为牠们是鹳科内的一个亚科。不过另有一些意见这种分类过于简化，而基因证据亦推翻了这个分类。现时却有一种趋势将新世界秃鹫提升为一个目，称为美洲鹫目，与勐禽或鹳没有近亲的关系。美国鸟类学者协会（American Ornithologists' Union）于2007年将北美洲的美洲鹫