中通过能岛村上家的势力范围时，屋代岛水军无视村上武吉设立的关卡、拒缴帆别钱，更欲强行以武力突破。结果遭村上武吉于蒲刈伏击，顺利歼灭屋代岛水军，并将船上欲进献幕府的2000石大米悉数没收。
严岛之战后.1555年（天文24年），毛利元就和陶晴贤之间爆发严岛之战，村上武吉以「支援一天为限」协助毛利元就，成功封锁陶晴贤的退路，毛利军亦大捷而回。之后亦为毛利氏佔领周防、长门两国作出莫大贡献。武吉在盐饱群岛与濑户内海其他水军众联合。在备中笠冈城（村上隆重）、备前儿岛本太城（嶋吉利）及周防上关