，因此南坛大众庙后建有纳骨所二座，收纳此一地区历次清冢时的无主骸骨。庙方还曾将神像、无主骨灰、骨骸移至新大众庙。皇民化运动时期，南坛大众庙将庙产土地24笔共9,482甲，被迫以「新竹城隍庙」之名寄付给新竹至诚会。该时期，收容被毁的新竹东宁宫的五谷先帝神像。1941年，庙方的崙仔尾土地被日本海军征买8,9345甲，仅存黑金町五五六番的祠庙敷地。
战后时期.日本二战投降，国民政府接管台湾后，南坛大众庙乃将放在新大众庙的神像迎回，而骨灰、骨骸等则依然留在新大众庙。