5月出任比利时军事总督。在比利时总督任内，法肯豪森签署了17道反犹太人的命令，是纳粹在1942年从比利时驱逐犹太人的前奏。他负责经济的副手艾格·里德（Eggert Reeder）在经济方面着手“清除犹太影响”，包括将犹太人清理出传统上由犹太人控制的安特卫普钻石行业。但法肯豪森也至少接受他的中国朋友钱卓伦将军的堂妹、化学家钱秀玲的两次求情，特赦了被判死刑的约100名比利时反抗组织成员，在法肯豪森战后受审时钱秀玲也出面为其辩护作证。他是两个反希特勒者：卡尔·弗里德里希·歌德勒和埃尔温·冯·维茨莱本的亲密