酰胺通过与一种或多种结合以抑制细菌细胞壁的合成。它可以抑制细菌细胞壁中肽聚糖合成的最终步骤，从而抑制细胞壁的生物合成。由于在没有细胞壁生成的情况下，细胞壁自溶酶（和）持续活动，细菌最终溶解。由此，β-内酰胺可用于杀菌。β-内酰胺类抗生素（如青霉素和阿莫西林）非常容易被β-内酰胺酶（普遍由金黄色葡萄球菌产生）降解，但因为头孢噻肟分子的结构构型，甲氧基亚氨基部分的顺式构型赋予其能够抵抗β-内酰胺酶的稳定性，致使其具有抗β-内酰胺酶降解的优势。因此，头孢噻肟的抗菌活性谱扩大到能覆盖几种可生产β-内酰胺酶的生物