纪90年代初可能不超过10％的南苏丹人口是基督徒，而苏丹的官方记录宣称，包括南苏丹人口，25％的人按照传统宗教和5％是基督徒。在2005年，一些新闻报导声称大多数的基督徒，是苏丹圣公会，有200万信徒。同样，根据《世界基督教百科全书》，自1995年以来天主教会是在苏丹最大的单一基督教，主集中在南苏丹的有270万教徒。南苏丹总统基尔是罗马天主教教徒，他在朱巴在发表独立宣言时指出，南苏丹是一个尊重宗教自由的国家。其中基督徒大部分是天主教和英国国教，虽然其他教派也很活跃，但万物有灵的信仰往往与基督教信仰混合。