巡抚玛祜上疏奏请用各府漕折银十四万充当工费，并永免淮、扬被水坍没田地的岁赋。均得到允许。然而，镇江驻防将军李显贵、知府刘元辅侵冒钱粮，麻勒吉因“不先举发”之罪被连坐，返京听勘，不久复任。康熙十二年，降为兵部督捕理事官。康熙十六年（1677年），正逢三藩之乱，朝廷派遣麻勒吉赴广西，先后招降刘彦明、马承廕、黄明等叛军将领。后来黄明复叛，清廷令麻勒吉会同偏沅巡抚韩世琦进剿，不久即有消息称黄明为苗人所杀。十九年（1680年），麻勒吉任广西巡抚。在任内，麻勒吉招抚流亡百姓，使其回归故业，又修缮学校，振兴文教，颇有