001年夏天加盟了荷甲球队飞燕诺。小野伸二也在荷甲取得了成功，在范马尔维克的带领下，费耶诺德在2002年赢得了欧洲联盟杯的冠军，他们在决赛中3-2战胜了德甲球队多特蒙德，小野伸二助攻了球队的第二个进球，并且在全场比赛都有出色的发挥。小野伸二也是继韩国的车范根之后第二个代表球队赢得欧洲赛事冠军的亚洲球员。他首季效力便协助飞燕诺赢取欧洲联盟杯，并成为球迷的宠儿。不过，连串伤患令他缺阵了不少赛事。他缺席 了2004/2005年的大部分时间，而球队也准备将他出售。2006年1月13日，未能再于欧洲球坛立足的