三十年（1691年），清圣祖在多伦诺尔召集漠北以及漠南蒙古各部、旗王公举行会盟，史称多伦诺尔会盟。此次会盟对清朝稳定和统一北部边疆起到了重要作用。应蒙古各部、旗王公“愿建寺以彰盛典”的要求，清圣祖允准在多伦诺尔兴建一座大型藏传佛教寺庙。汇宗寺始建于清康熙三十年至五十一年（1691年－1712年），是清圣祖击败噶尔丹后在多伦会盟蒙古部落王公时决定建立的寺庙。1706年第二世章嘉唿图克图任住持，1712年全部建成后赐名“汇宗寺”，立御制汇宗寺碑，并由内外蒙古各部各旗派驻多伦喇嘛一人于汇宗寺供职。汇宗寺成为内