育王寺长期居留。高丽王子义通在天台山学习后定居明州，多次到阿育王寺弘法，北宋端拱二年（988年）圆寂后，建塔于鄮山。南宋干道年间，曾三次造访阿育王寺，最初研习佛教，此后改为专心学习佛教建筑，期间为阿育王寺舍利殿营建筹措日本木材。归国后，重源主持重建奈良东大寺，中国天竺式建筑也因此传入日本。日本临济宗开山祖师荣西也曾造访阿育王寺。元代，月山友桂等一大批日本僧人曾在阿育王寺参学。明代，日本名僧雪舟曾至宁波，绘制了大量以宁波佛寺和城市、山水为主题的画作，其中有描绘阿育王寺景色的《育王山图》。清代实施海禁，阿育王寺