946年8月迁校回湖南。随后应美国国务院的邀请赴美国考察医学教育和讲学。1948年4月辞去院长职务，并于9回到北京协和医学院，担任内科学教授和内科主任。中华人民共和国成立后，他续任原职。1962年9月被任命为协和医学院副校长。1966年开始的文化大革命期间，他被打成「反动学术权威」、「特务」，备受侮辱和折磨。红卫兵要他承认他是反动学术权威和美国特务，从此，几乎每天夜晚都听到牛棚里传出皮鞭抽打声和张孝骞跪在地上的惨叫声。有一次，没头没脑地鞭打，竟打碎了他的一片眼镜，他的额头被打得血迹斑斑。第二天一早，