。1949年，解放军渡江后，新政府逐步收紧对外国传教活动的限制。1950年底，九江政府命令裴敬思夫妇等传教士离开。次年，生命活水医院被政府接管，后改名为九江市第一人民医院。
继续医疗传教工作.回到美国后，裴敬思一度前往美国田纳西州一处山区做医疗服务。1954年，虽已年近八旬，他接受黄安素会督的邀请，到台北开设生命活水诊所。1957年底，他终因年老体衰而回国。
去世.1958年10月30日，裴敬思病逝于家乡，享年83岁。他的妻子在三年后去世，享年78岁。