王令旨”的罪名下锦衣卫狱，廷杖一百，有人送与蚺蛇胆一具，说是可解血毒，杨继盛拒绝，曰：“椒山自有胆，何蚺蛇为？”后杨继盛于狱中自行割下烂肉三觔，断筋二条，受尽三年折磨。嘉靖三十四年（1555年）十月初一，严嵩授意刑部尚书何鳌，将继盛与闽浙总督张经、浙江巡抚李天宠、苏松副总兵汤克宽等九人处决，弃尸于市。杨继盛临刑有诗曰：“浩气还太虚，丹心照千古。生平未报国，留作忠魂补。」，继盛妻殉夫自缢。
后世.燕京士民敬而悯之，以继盛故宅，改庙以奉，尊为城隍，并以其妻配祀。死后十二年，穆宗立，