位于St. Francis教堂。1896年，搬迁到La Merced教堂旁边。1957年，军政府赋予大学自治权，并改名为洪都拉斯国立自治大学。
校舍.大学的主校园位于首都德古斯加巴，亦是医学院的医院及校舍所在地。其他校舍位于圣佩德罗苏拉、科马亚瓜和拉塞瓦。
图书馆.该校设有一图书馆，名为「UNAH」，创立于1960年代后期。