着本愿寺在北陆受到的压力越来越大，北陆方面的一向一揆开始转而与多年的老对手上杉谦信结为同盟。而上杉家随即也就展开了对越中和能登的侵略行动。中国地方的毛利辉元则从海上向石山本愿寺提供补给，毛利家麾下的村上水军在村上元吉的率领下于天正四年7月13日在第一次木津川口之战中大破织田水军，成功保证了石山本愿寺补给线的安全，使得石山方面得以长期和织田包围军展开消耗战。然而相对的在北陆方面，上杉军于当年11月开始对能登畠山家的主城七尾城的包围并不顺利，再加上大本营越后受到了关东的北条家的进攻，上杉军不得不于天正五年（15