传教的是方济各会，主要传教的时间从1530年到1541年，到了1548年，奥斯定会批准了 和 两地修道院的创立，其中位于 Ixmiquilpan 的修道院拥有杰出的壁画，绘制于十六世纪下半叶，它呈现了原住民的主题也结合了基督教神话的元素。随着奥托米人的基督教化，他们开始适应欧洲的政治组织形式，然而奥托米人仍然保有自己的民族认同。 殖民时期，修士对于原住民文化和语言的研究有着显着的贡献。不过，相较于纳瓦人，有关于奥托米人的纪录甚少。最着名的是乌曼德拉抄本，内容关于特拉斯卡拉地区奥托米人从西班牙时代到十六世