-4EJ在小牧基地进行简易封存，目前仍在使用的F-4EJ仅剩1架，配属于飞行开发实验团。2007年后，日本航空自卫队F-4EJ改的任务逐渐由F-2战斗机取代，但F-2产量不足，因此部份空缺将用下一代战斗机（F-X）代替，可能的选择包括欧洲战斗机、阵风式战斗机、F-15FX、F-22、F-18E/F等，但是日本属意的F-22美国不愿出售，因此直到2009年F-X计画尚未决标。后继无机的F-4EJ改有可能继续延寿服役；至于RF-4部队因为部份机队已除役因此缩小规模，后继机将等F-X计画决标后以剩余的F-15