任左营总兵官。南明平定后，曾出任陕西总兵。1673年冬，吴三桂起兵反清，王屏藩被授予骠骑前将军，率部进攻四川并窥伺陕西、甘肃。吴三桂对王屏藩十分信任，曾表示“王屏藩前去取四川，如同我去。”次年正月，王屏藩部入川，提督郑蛟麟、川北总兵谭弘、巡抚罗森、总兵吴之茂等四川军政要员先后响应叛乱。王屏藩没有受到太多阻碍，很快拿下四川、并占领汉中、兴安，麾下拥数万之众。不久，陕西提督王辅臣起兵响应吴三桂，清军集结大兵于平凉地区。王屏藩亲率四川吴军攻打秦州以分散清廷之兵，曾一度占有陇西一部。后来，王辅臣被清大将军图海击败，