任并接管上海同济医院（今同济大学附属同济医院）内科的教学科研任务，并负责医疗、定期查房。并在军事医学科学院（当时位于上海岳阳路）流行病学训练班授课。1957年，出任第二军医大学的副校长。曾任中国人民解放军总后勤部卫生部医学科技委员会委员。应元岳是中华医学会的理事，全国血吸虫病防治委员会的委员，第三届全国人民代表大会代表，第三届全国政协的委员。1991年1月21日，病逝于上海，遗嘱将自己遗体捐献给上海医学院，作医学解剖研究。