市区东南方向的云龙镇，是4C级民用机场，按4D级建设，由泸州蓝田机场迁建而来，于2018年9月投入运营。距离自贡市区约70公里，车程约60分钟。现已开通到全国各地34条航线，并正在争取开通国际航线。
港口.自贡港位于自贡市牛佛镇沱江，是盆地内河"一横两纵六线"中的重要港口。从自贡港出发，可以下沱江，经泸州港入长江。综合开发后，自贡牛佛至泸州河口159公里航道为四级航道，日常通行500吨级船舶，洪峰期可通行1,000吨级船舶。
公共交通.自贡市内的主要公共交