由萨迦派所掌握，负责统治整个西藏地区，直至元末。元朝还在西藏驻扎军队，设立各级官府和驿站，以保证当时萨迦派在西藏的地位和政令的推行。自13世纪后的约500年，不同的藏传佛教派系轮番执政，直到清朝在18世纪控制西藏。1720年清军驱除入侵西藏的蒙古准噶尔汗国军队后，开始在西藏驻军，并设立驻藏大臣制度。18世纪中叶清廷下诏建立新的西藏官署，称为噶厦。格鲁派达赖喇嘛在1720年代至1912年间，在西藏实行政教合一的统治。1912年1月1日中华民国在南京府建国，1912年2月12日清宣统帝溥仪退位。至1912年