平反回到南京，许燕吉成为江苏省农科院副研究员，南京市政协委员，台盟南京市委委员以及南京市台联理事。2014年1月13日，81岁生日当天，在南京市的省中医院病逝。
家庭.出自书香门第，祖父许南英是清末进士、台湾着名诗人。父亲许地山，中国着名学者和作家，燕京大学校友，基督教徒。外祖父周大烈是维新派的老学究。母亲周俟松毕业于北京师范大学数学系。