本执政的苗栗县及台南县的县长选举，则分别由脱党并以无党籍身份参选的何智辉及民主进步党候选人陈唐山胜出。
民主进步党.民主进步党在此次选举中，总得票率拿下41.20%，却只当选6席。虽然民进党最后成功力保台北县、宜兰县、新竹县、高雄县及澎湖县等五席，并首次入主台南县，但包括彰化县的周清玉及屏东县的苏贞昌都连任失败，总席次比前届的7席还减少1席。在这场选战中，原先夸口将拿下半数的县市长席次的民进党党主席许信良，为信守政治承诺及败选负责，宣布辞去党主席一职，其余任期由中常委施明德递补。