首选方法，尽管仍在使用旧的DNA微阵列技术。
应用.干细胞和癌细胞的转录是那些寻求了解细胞分化和癌变的过程的研究人员特别感兴趣。分析人类卵母细胞和胚胎的转录组用于了解控制早期胚胎发育的分子机制和信号通路，理论上可以成为在体外人工受精中进行适当胚胎选择的有力工具。转录物组学是一个新兴的和不断增长的领域，把生物标记发现用于评估药物的或化学品的安全性风险评估。转录组也可用于个体之间的使用转录组学数据进行推断系统发育关系。
与蛋白质组的关系.转录组可以