《孤猿啸月》、《五蕴吟》、《捣衣》、《飞鸣吟》等二十二曲，与本谱实际次序不合，且内容也互有出入，如目录中《琴经》与《飞鸣吟》、《五蕴吟》、《鸾凤和鸣》三曲不见于本谱；而谱内《大雅堂校订姓氏》也不见于目录。此外，冯汝京序曾称“如《正气歌》、《醉翁亭》、《岳阳楼记》、《凤皇吟》、《汉宫春》、《静夜谈玄》、《五蕴吟》、《归来乐》、《天放歌》、《纵意吟》、诸曲则出于己思”云云。其中《正气歌》、《醉翁亭》、《岳阳楼记》、均不见于本谱。凡此种种，可能都是陈元贞重订时增删所致。