亚人则长期沦为二等公民齐米，并不断遭到土耳其帝国当局的迫害。 16世纪初，今阿塞拜疆（当时称希尔凡）领土被伊朗萨法维王朝占领。16世纪中叶以后，土耳其人与伊朗人多次爆发战争，在外高加索形成了东西对峙的局面，土耳其占领着西格鲁吉亚和西亚美尼亚，并两度攻占阿塞拜疆；伊朗占领着东格鲁吉亚、东亚美尼亚和全部的阿塞拜疆。1828年，东亚美尼亚被沙俄从波斯手中夺取，许多亚美尼亚人因此迁至东亚美尼亚。1915年至1918年间，正处于第一次世界大战的奥斯曼土耳其政府因为害怕亚美尼亚人叛乱，对居住在土耳其奥斯曼帝国控制区内