造成视觉上的违和感。1966年为因应纵贯线与内湾线（1951年通车）增加的货运量与调车业务，更因台湾肥料公司新竹厂扩建后之运输需要，扩建货运站，即今最东侧之行李房。1969年6月完成启用，客货业务正式分开。1973年增建东翼铁路警察办公室。1998年由内政部指定为省定古蹟（现为国定古蹟）。
扇形车库.新竹车站扇形车库位于今站内车库位置，当时有15股车道，是铁路局最后一个仍在整检蒸汽机车的扇形车库。当时蒸汽机车全数废除后，因国防需要而保留部分机车用于牵引内湾线的货列。该车库后于改建时