有些功臣的骄纵违法，统治集团内部矛盾显得更突出了。洪武十三年，朱元璋以「擅权植党」的罪名杀了左丞相胡惟庸，同时被杀的有陈宁、涂节等人。十年后（洪武二十三年）又兴大狱，李善长、陆仲亨等都以与胡惟庸交通谋反罪被杀，「词所连及坐诛者三万余人」。洪武二十六年又兴蓝党大狱：锦衣卫指挥蒋瓛告凉国公蓝玉谋反，于是又牵连一大批武将及朝廷官员，「族诛者万五千余」。胡惟庸与蓝玉两案，史称「胡蓝党狱」。