芝山巖作为台湾教育界灵地的意象。在1905年至1942年间，因病逝或意外过世而合祀于芝山巖的台湾亡教育者计有530位，其中内地人472位，本岛人66位。士林公学校每月初一、十五需至神社进行整理奉仕作业，台北第一师范学校则需一年一次。另外，鎌野芳松等真言宗弘法寺信徒于1925年在台北市及郊外等地设立了台北四国八十八所灵场，芝山岩上设有第19至第35号佛像。
战后时期.国民政府于1949年来台后，芝山岩上的许多纪念碑被拆毁，六氏先生的墓亦被破坏。此外，官方重新诠释了六氏先生事件，将其