。第五是使用电子显微镜，然而对实验设备和实验者的技能与辨别能力要求较高，有学者推荐进行双盲实验来定量细胞中自噬体或自噬溶酶体数量。第六是流式细胞术，可以检测各个细胞时相的自噬水平，还可以直接计算出萤光强度和阳性细胞百分比，然而在细胞在染色之前，需要使用去垢剂预处理细胞质中的LC3-I。
影响因素.第一个主要影响因素是培养基的新鲜程度及血清，防止较高温度下长时间或不适当存储而导致的左旋麸醯胺酸（L-glutamine）降解，并产生氨。目前已知氨会因影响溶酶体的pH值而对自噬潮有明显的