遭河水吞噬。神木村隆华国小遭雨水沖刷，校舍于河面上倾斜30度，摇摇欲坠。台21线和社往神木路段的道路亦处处中断。在县内其他地区，台16线集集往水里乡路段，路面地基坍塌，7车15人在夜间经过时坠入浊水溪，已经寻获4车4具遗体，尚有11人失踪下落不明。仁爱乡庐山温泉则受灾严重，温泉吊桥以下多家饭店民宿，全被洪水吞没，甫于2009年3月重建完成的温泉桥亦被洪水沖毁。
台南县.据东森新闻报导，八八水灾为台南70年来最严重的水患。莫拉克带来的雨量使得原先缺水的曾文水库短时间内超过负荷。