努尔哈赤在东京城八角殿中宣布迁都沈阳，四天后即完成迁都。为了营建沈阳宫殿、修葺沈阳城池，将东京城的宫殿、衙署、城楼、墙砖悉数拆除，砖瓦木料运往沈阳，东京城遂化为废墟。只有天佑门基址和城墙夯土基础遗留至今。1988年以东京城城址的名称列为第四批辽宁省文物保护单位。2013年，中国国务院将之列入第七批全国重点文物保护单位（古遗址）。