日以叛国罪遭到逮捕，不过东帝汶独立革命阵线趁着囚犯移动到监禁处时袭击，使其得以解放，但之后仍因对于独立运动的意见分歧而失势。1978年8月，阿马拉尔在一次东帝汶独立革命阵线的行动中，意外遭到印度尼西亚部队逮捕。阿马拉尔先是送至峇里岛，并在1978年转往雅加达监禁。由于考量其知名度，印度尼西亚政府允许其在住家中实行软禁，这时他结识同样遭到拘禁的沙纳纳·古斯芒。随着印度尼西亚总统苏哈托在1998年宣布辞职后，东帝汶民众于隔年举办的东帝汶独立公投获得压倒性的漂数通过。尽管发生大规模破坏一事，但随着澳洲派遣部队