4日，梁启超电劝段祺瑞出以果断，劝袁退位。5月6日，袁世凯通电陈宧，同意自大总统之职退位，但需要先商定善后。冯国璋联络各省于5月17日组织召开《南京会议》，因各省区将军代表谋略不一，会议无果而终。早在3月27日，袁的身体即出现病状，报载袁病失音，疑系中毒。5月16日，袁的腰和枕骨出现疼痛症状，饮食锐减，不能入寐。5月28日袁病重，颜色憔悴。6月3日病笃，饮食即吐，小便癃闭。6月5日中午袁猝晕，6月6日上午10时15分袁逝世。袁谢世之日，他的书案上有他亲笔书写的一句话“为日本去一大敌，看中国再造共和”。