计划并不顺利。
天启朝.天启元年（1621年）三月，徐光启上疏回天津养病；六月辽阳失陷，他又奉召返京，力请使用红夷大炮帮助守城，但因与兵部尚书崔景荣意见不合，于十二月再次辞归。天启三年（1624年），徐光启升任礼部右侍郎兼侍读学士等职。当时朝中魏忠贤专权，他不肯就任，次年便遭谗劾去职。徐光启回到上海，将积累多年的农业资料“系统地进行增广、审订、批点、编排”，编撰而成后来的《农政全书》。他同毕方济（P. Franciscus Sambiasi）一起合译了《灵言蠡勺》。还把自己关于