虾、蟹和水栖昆虫等的食物来源，而水栖昆虫又成为鱼类的食物来源。溪流入海的出口处或河口，因溪流夹带有机质泥沙而造成河口沼泽地。 溪流的溶氧量由上游往下游递减，因下游的温度高溶氧量减少。台湾溪流生态系统： 因山势陡峭水流湍急，上游侵蚀作用强烈不适利浮游生物，中游流速减缓堆积作用盛行，下游区常见沙洲泥地。 由于开发过度垃圾污水污染严重，森林滥伐及人为大量毒鱼、电鱼等，使得许多珍贵鱼类濒临绝种。因大甲溪两岸森林被滥伐与兴建拦沙霸，使台湾濒临灭绝动物樱花钩吻鲑（冷水性鱼类）无法生存，目前仅分布在上游的七家