多德国空军的夜战王牌，例如击落110架敌机的黑穆特·兰特与击落87敌机的海因里希·祖·塞因·维特根施坦因（Heinrich Prinz zu Sayn-Wittgenstein）始终都是飞行这款飞机。大日本帝国海军则以Ju 88为范本，开发出可用于反潜作战与海域巡逻为目的的东海轰炸机（Kyūshū Q1W），盟军代号为「Lorna」。
H系列机型.H型是以D-1与G-1这两种机型为基础，修改过来的超长距离侦察机，机身与D型颇为类似，为了安装电战装置故将机腹吊舱给予移除并延长机身