取消独立，程潜逃亡日本，进入早稻田大学。期间孙中山改组国民党为中华革命党，程潜反对入党方法而未加入。1915年袁世凯洪宪帝制后，程潜赴云南加入护国战争，受蔡锷命为湖南招抚使，到湖南召集其旧部反袁，被举为护国湘军总司令，驱逐湖南督军汤芗铭。但之后段祺瑞委谭延闿为湖南省长兼督军，程被迫离职。1917年7月孙中山发动护法运动，程潜联络旧部支持，9月被任为湖南护法军司令，在湘南大败南下进攻广东之北洋政府部队，一度进攻至长沙。后因与谭延闿之争，再被迫离职。1920年孙中山第二次在广州护法，程被任为陆军次长。在第二