6的班次较K15频密，因此K15于2004年1月4日起永久停驶，并以专线小巴79K取代有关服务。当九铁尖沙咀支线通车后，K16线的东面总站由原来的红磡站缩短至尖东站。详见九龙巴士K16线。马鞍山铁路于2004年12月21日通车，并增设第一城站，为沙田第一城一带居民提供铁路服务。由于当地居民有直接的铁路服务提供，无须绕经火炭站转乘九广东铁，使K11线失去原有的转乘作用，因此九铁公司取消K11线与东铁的免费转乘优惠，并因乘客量大跌，最终于2007年1月15日永久停驶，并以专线小巴811、811A取代有关服务