分割民营化，日本国铁对EF66型电力机车进行大范围的配属调度，将专门用于牵引货物列车的16台EF66型电力机车由下关运转所转配属吹田机关区。
民营化后.1987年4月1日国铁分割民营化后，56台EF66型电力机车被新成立的西日本旅客铁道（JR西日本）和日本货物铁道（JR货物）继承。
JR货物.1987年，JR货物继承了40台EF66型电力机车（1～39、901），并且集中配属于吹田机关区。1988年初，EF66 18号机车参与了本四备赞线（濑户大桥线）开通前