客运业务停办之后，车站于2008年4月停办行包业务。车站货运业务于2008年9月1日正式停办。
运营状况.目前休宁站共有17名职工，办理列车通过、会让业务和通勤列车旅客乘降业务，不办理行李、包裹托运业务。车站每日有一对来往和的通勤列车停靠，供车站及沿线铁路职工使用。货运仅办理专用线、专用铁路货运作业，办理整车危险品货物运输，主要发到物品为柴油。车站设有一条通往安徽储备物资管理局三五九处的专用线。