乐年间达到极盛，一度有学生九千余人，是当时世界上规模最大的高等学府，清军占领南京后逐渐衰败。清军顺治七年（1650年）改南京国子监为江宁府学，咸丰年间毁于太平天国战争。后国子监孔庙改建为武庙。民国时作为国民政府考试院。1949年5月10日后作为南京市人民政府、政协南京市委员会办公地址。