下有中心硅藻目及羽纹硅藻目。此外也是近海的优势类群。载色体中有叶绿素a和叶绿素c，α-胡萝卜素和β-胡萝卜素，叶黄素类中主要含有墨角藻黄素，其次是硅藻黄素和硅甲黄素，由于墨角藻黄素和其他色素所占比例比叶绿素大，使载色体呈现橙黄色或黄褐色；细胞壁都是由果胶和二氧化硅组成的，没有纤维素，质地坚硬，硅质细胞壁上有呈辐射对称或左右对称排列的花纹。具有上下半壳套合而成的壳体。硅藻营养体中没有游动细胞，仅精子具鞭毛，电子显微镜下观察是茸鞭型，轴丝是9条，没有中央轴丝，这种构造是硅藻独有的。