调迁山东，先后署山东盐运使、山东巡抚、工部右侍郎等职，参与剿太平军、捻军及宋景诗叛乱。1866年主持对山东黄崖教的镇压。光绪二年（1876）任山东巡抚。光绪三年（1877年）山西饥荒，奉命察视赈务。光绪八年（1882年）擢户部尚书，查云南军费报销案。光绪九年（1883年）充军机大臣、总理各国事务衙门行走，晋协办大学士。光绪十一年（1885年）授东阁大学士。光绪十二年（1886年）乞病罢直。光绪十五年（1889年），醇亲王奕譞为慈禧太后修颐和园，阎论治以节用为本，会廷议钱法，失太后懿旨，因革职留任。翌年，