都东征留异，留异的党羽向文政佔据新安，他带领三百名精兵，轻壮前往攻打。向文政派遣侄子向瓒拒守，他大败向瓒军队，向文政于是投降。次年（562年），陈伯茂出镇东州，程文季任职镇东府中兵参军，带任剡县县令。天嘉四年（563年），陈宝应与留异勾结，又伴随周迪出兵临川，陈文帝派信义太守余孝顷从海道袭击晋安，他担任先锋，战无不胜，陈宝应被平定，他的战功居多，回朝转任府谘议参军，领中直兵。之后外任临海太守，不久搭乘金翅协助父亲镇守郢城。华皎平定，程灵洗及程文季父子皆有防御功勋，到程灵洗逝世，他接收父亲部下，起用为超武将军