日本的人口高度集中于都市。三大都市圈（东京圈、名古屋圈、大坂圈）的人口达全国的49.7%。其中东京都2005年人口为1,257万人，人口密度为每平方公里5,748人。东京都及其邻近的七个县（包括东京都、神奈川县、千叶县、埼玉县、茨城县、栃木县、群马县及山梨县）合称日本首都圈，其人口达4,237万人。三大都市圈都位于太平洋沿岸地区，合称东海道都市带，是世界规模最大的都市密集区之一。与此相对，面积最大的北海道人口却只有563万人，人口密度每平方公里72人。可见各都道府县人口不均极为显着。日本的人口结构也成为