倒幕派与德川派的斗争渐趋白热化。1868年1月3日，明治天皇颁布“王政复古大号令”，宣布废除幕府，并命令德川庆喜“辞官纳地”，将一切权力重新归于天皇。当倒幕派得知德川庆喜决定从大坂（今大坂）出兵进攻时，旋即派出以萨摩藩、长州藩成员为主力的军队，在京都附近的鸟羽、伏见两地展开激烈战斗。经过三天的交战，以寡击众的新政府，在新式军队与精良武器的助威下取得重大胜利，并决定乘胜追击，派遣东征军攻打德川幕府的中心据点—江户。倒幕派组成了新的政府，揭示基本施政方针的「五条御誓文」则于同年4月6日公布。新政府军