这场战争法军因赤痢、疟疾与霍乱而死伤惨重，被迫不断请求增援部队，而台湾也因法军封锁，造成主要外销商品茶叶与樟脑无法出港，加上官员不断征求民团助战，开销颇大，导致财政困难，经济衰退，直到台湾建省后得到福建财政支持才得纾解。在西仔反战役中，法国政府试图以台湾作为威胁清朝的筹码，而清朝则全力支援台湾战事，希望拖住远东舰队，以防其北上攻打燕京，结果西仔反战事的确拖住了法军舰队的攻势，使得孤拔虽佔领基隆，但得不到足够燃料。北上作战的计画落空，最后病逝马公，这对中法战争的战略局势影响甚深。清朝于此战发现台湾的海