登战争，这是查理五世与新教派诸侯的施马尔卡尔登联盟之间的一场战争，查理五世为了捍卫天主教的利益，极力阻止对新教的认可。随后马克西米利安开始参与帝国的管理事务。1548年，马克西米利安同自己的堂妹、查理五世的女儿玛丽亚结婚。同年开始作为帝国的代表摄政西班牙，直至1550年12月返回德意志，参与帝国继承权的讨论。
继承权问题.在此前的1531年，德意志选侯已经选举查理五世的弟弟斐迪南（也就是马克西米利安的父亲）为“罗马人民的国王”，使他成为查理五世皇位的继承者。查理五世在1550年