因为拒绝中华民国政府要求「保钓减温」，名列黑名单，护照被没收、失去中华民国国籍，被迫放弃美国芝加哥大学物理学博士候选人资格，在美国居留至1984年。保钓运动后，林孝信从自然科学转入政治、经济、历史学等社会科学领域，专长为通识教育、政治经济学、科学史与哲学。1997年，林孝信重回台湾，致力于推广通识教育。曾任社团法人社区大学全国促进会常务理事、国立清华大学兼任讲师、国立台南艺术大学兼任讲师、世新大学客座教授、弘光科技大学特聘教授、中华民国通识教育学会理事等。而林孝信回台湾时携带了大量保钓运动相关文件，