病毒病疫情，香港赛马会于2020年1月26日至10月18日期间暂停于赛马日开放沙田马场公众席，故此马场站亦暂停开放。另因香港特区政府于2月4日起暂时关闭罗湖及落马洲管制站，东铁线于当日起只维持红磡站至上水站之本地线一般列车服务，另设穿梭列车往来上水站与罗湖站以接载持有罗湖特价证之罗湖居民，但不设过境前往中国内地以及城际直通车之服务。为配合东铁线即将投入服务的9卡新列车，自2020年3月中上旬起，沿线车站月台上开始贴上绿色12卡列车排队标志及12卡列车专用之车厢-车门号码标贴 。而9卡列车排队标志亦于4月