根川最初的入海口位于东京湾，它现有的渡良濑川、鬼怒川等下游支流原本都是独立的水系，并没有与利根川汇流。为了河流运输以及控制洪水，天正18年（1590年）德川家入主江户后，从文禄3年（1594年）到承应3年（1654年）间进行「」，开辟人工河道，将原向南与荒川汇流后注入东京湾的中下游河道，改为向东与渡良濑川和鬼怒川汇流，直接注入太平洋。利根川经过这次的大改造后，中下游的土地得以开发，也使得德川幕府时代作为日本发展重心的关东地区免于水灾之患。之后又进行数次河道的整治工作。现时河道大致上确定于明治时期，其广阔