现于清文献，始自康熙24年（1685年）《台湾府志》记载「一曰山叠溪，源流有三，至笨港入于海」。该地原为洪雅族猫儿干社栖地，汉人移入始于明朝天启年间漳州人颜思齐登陆筑寨，之后郑芝龙招闽籍垦户拓垦，陈衷纪、许友仪、林天生等漳泉垦首跟进，陈立勋建笨港街，清朝雍正之前港市盛极一时。早年笨港港道迂回，易于回避官兵，成为先民入垦台湾渡口之一。康熙三十三年（1694年）树璧和尚自湄洲，奉请妈祖赴台传香，笨港始建「笨港天妃庙」。不久灵气远播，至道光年诗人进士施琼芳赞称「北港灵祠冠阖台」商业上，笨港因依畔笨港溪