寺殿全部毁于兵火，仅存兴教寺塔（又称玄奘墓塔）以及玄奘的弟子窥基和圆测的墓塔，合称“慈恩三塔”。中华民国时期，该寺重建。1939年，蒋介石为纪念其母亲而重修兴教寺。从1939年至1942年，国民政府要员曾先后捐资修建兴教寺，其中除了蒋介石，还有白崇禧、马鸿逵等人。兴教寺寺内藏有明代铜佛像、缅甸玉佛像各一尊，以及历代经卷数千册。 1953年春，周恩来陪同印度总理尼赫鲁到兴教寺瞻仰玄奘墓塔。1954年至1956年，缅甸总理吴努、尼泊尔文化部长干达先后来兴教寺瞻仰玄奘墓塔。兴教寺也成为中国同东南亚各国友好往来