发电站完工开始商转发电，由邻近林口发电展代为维护及营运。同年8月台电公司鑑于旗下之风力发电机组数量及规模日益增加，因此决议包含林口风力发电站在内，将全台各地台电所属之风力发电站整併后另成立再生能源处进行营运及维护。2013年8月台电公司计画于桃园市芦竹区沿海设置芦竹风力发电站。并于当地召开说明会，然而此举却导致当地居民反弹抱怨风力发电机噪音将干扰住民生活，对此台电公司邀请多位当地居民及代表参访林口风力发电站，亲自了解风力发电机运转之情形后，才同意台电公司在芦竹沿海设置风力发电机。