单细胞种类子囊裸露、多细胞种类子囊包在由菌丝结成的子实体内，称为子囊果。子囊菌门的真菌都是寄生或腐生，对人类生活非常重要的有酵母菌、冬虫夏草、青霉菌、可以食用的羊肚菌等，也有很多种为植物致病菌。
分类.子囊菌门是一类较高等的真菌，可分成以下三个亚门：