1989年11月11日进入服役状态。
1990年代.林肯号于1990年9月移动到太平洋，她在西大平洋的首次部署就遇上了1991年5月28日爆发的海湾战争，随即出发前往波斯湾。当林肯号朝向印度洋时，碰上当时菲律宾吕宋岛上的皮纳图博火山爆发，林肯号与其他23艘军舰一同参与了撤离任务，从撤离超过45000人至宿务岛的港口。这是有史以来最大的一次在和平时期的军事撤离任务。在撤离任务完成后，林肯号继续前往波斯湾，进行事先的侦查任务和空中巡逻，以协助美军和其他盟国部队参与海湾战争。