，随着西方文化的传入，对中国传统医学出现了两个极端看法：当时全面废除中医派占上风。恽铁樵对此有以下的看法
中西医差异争论.中西医各有长处，中西医的不同是由于中西文化不同，医学基础各异，结果形成了两个不同的体系。恽铁樵言“西方科学不是唯一之途径，东方医学自有立脚点”。
中医的改革方向.恽铁樵认为革新中医必须重视中医本身理论，以“发皇古义”，万不可废医存药。但认为由于中医年代久远，应该整理提高，使之发展进步。不应该以《黄帝内经》为止境。而且中医当应融会