菌与担子菌中皆有发现，且一株真菌可以同时为两种以上的真菌病毒所感染。一般认为一种真菌病毒在自然界中的宿主，大多侷限于一或数种亲缘关系相当接近、可以进行胞质融合的真菌，但也有部分真菌病毒可以感染亲缘关系较远的数种真菌，并顺利在其胞内复制，例如有些可以感染币斑病菌与荷兰榆树病菌 。另外，透过体外转殖的技术，可以使感染栗疫病菌的CHV1病毒感染其他亲缘接近的真菌。亦有研究显示CHV1病毒可以感染""与等不同属的真菌，并在其胞内增殖。2017年，有研究将从海生真菌中分离的真菌病毒转殖到植物细胞中，发现植物细胞中病毒