出生于明世宗嘉靖二十三年（1544年）七月初二丑时，母亲张氏，在他八岁时去世。十四岁时，其父孔贞干去世，因为尚贤年幼，被明世宗先派到太学学习。嘉靖三十八年（1559年），袭封衍圣公。孔尚贤历事明世宗、明穆宗、明神宗、明光宗、明熹宗五代皇帝。是从孔宗愿到孔德成，在位时间最久的衍圣公。明熹宗天启元年十一月廿四（1622年1月5日）亥时，孔尚贤去世，享寿七十八岁。