戚本禹向毛泽东直言受冤，毛泽东随即让秘书田家英进行调查。戚本禹得知毛泽东爱读史书，就开始关注历史书籍。1965年12月8日在《红旗》杂志第十三期发表《为革命而研究历史》，批评翦伯赞提出的既要重视阶级观点又要注意历史主义的意见，是“超阶级”、“纯客观”的资产阶级观点。受到毛泽东称赞：“现在的权威是谁？是姚文元、戚本禹、尹达……要年纪小的、学问少的、立场稳的、有政治经验的坚定的人来接班。”戚本禹关于太平天国李秀成的论文，也受到毛泽东的高度赞誉，并且引起当时史学界的相当重视。1966年后任《红旗》杂志副总编辑