两岸协商谈判，政府并签署海崃两岸经济合作架构协议（ECFA）等15项协议。在经济方面，马英九政府亦成功推动奢侈税立法、米酒降价、诈欺犯减少等政策。然而，马英九在竞选总统时所提出的「六三三」、「爱台十二建设」、「股市上万点」等政见则未能实现。此外，政府在八八水灾防灾救援不力，则引发广泛民怨，而失业问题与贫富差距扩大、财政恶化、政策和预算失当、北京当局之打压、塑化剂事件、大法官提名争议、梦想家预算争议等亦使政府声望大幅滑落。在2011年4月26日，最大在野党民主进步党总统候选人选初选结果揭晓，由党主席蔡英文