1990年代后经由本站中转的客货流逐渐萎缩。2007年，农夫山泉在茶园新建工厂，随后与铁路部门达成了延长既有毛竹源专用线1.5公里至茶园厂区的协议，2008年5月通车。2018年8月1日起车站再次更名为千岛湖南站，同时新建杭黄客运专线淳安站正式定名千岛湖站。