南京的正式称唿顺天府与应天府，其与其周边州府分别合称北直隶与南直隶，不设布政司，十三布政司为陕西、山西、山东、河南、浙江、江西、湖广、四川、广东、福建、广西、贵州、云南。明朝行政区划设置大体符合山川形便之处，但仍有一些不合理之处，如南直隶地跨淮北、淮南、江南三个地区，语言文化上属于太湖吴越区的苏松地区归入南直而非传统上的浙江，秦岭以南的汉中等地归入陕西而非传统上的四川，河南也佔据局部的黄河以北土地。贵州省呈现中间窄两边宽的蝴蝶状。
都指挥使司.都指挥使司（都司）主管地方军事，明太祖