落马洲站附近接驳广深段（落马洲站连接福田口岸）。2008年4月，当局决定以西九龙总站（现称：香港西九龙站）作为终点站，路线採用全隧道的「专用通道方案」中线方案。
共用通道方案.共用通道方案分别和现有港铁西铁线（西九龙附近至锦上路一段）和将会兴建的北环线（锦上路至洲头附近一段）共用路轨，再以转驳一条3公里长的隧道进入中国大陆；广深段及香港段的总行车时间为60分钟。
专用通道方案.专用通道方案为兴建一条全新的铁路轨道，直接由西九龙总区接驳至广深段；广深段及