孙竹丹在1911年6月间，译书成册之后，准备动身回国。但其他革命党人误将他认作清廷的密探，又怀疑革命党人熊成基在中国哈尔滨遇害和他有关，遂设计将他诱至东京郊外，以下棋之名，用铁哑铃击打其脑部将其杀害，随后分尸盛进箱中，抛入大海。孙竹丹遇害时年仅29岁。冯自由的《革命逸史》对此有详细记载：民国二年（1913年），孙竹丹的死因经过专案查结发布公启，其冤情方才大白。孙竹丹为南社成员。柳亚子曾经撰写《孙竹丹传》，又根据钱兆湘所说撰写《孙竹丹事略》，还作有《为孙竹丹昭雪启》。后来将《熊案始末记》、《熊烈士供词