3年（清康熙二十二年）隶属于福建省台湾府诸罗县。1723年（雍正元年）增设彰化县，该县隶属之。至1759年（干隆二十四年）正式设县丞。1887年（光绪十三年）福建、台湾分治，台湾改制为台湾省，这时的南投行政区属台湾府台湾县（县治在今台中市南区），县丞驻南投堡。清初台湾中部地区尚未大规模开发，尚有大半区域属于番界之外。雍正元年（1723年），配合台厦道增设彰化县，虎尾溪以北皆纳为其管辖。雍正九年(1731年)台湾道成立，并增设淡水厅。至光绪十三年(1887年)，福建台湾省成立，台湾府迁移至台中，并新设台湾