年四月，散馆，授翰林院编修。光绪二十一年（1895年）考授广西道监察御史，到任第一疏即弹劾康有为、梁启超在京师创设强学会，导致朝廷将其封禁。光绪二十二年（1896年）又纠内阁侍读学士文廷式。光绪二十四年（1898年），杨崇伊密奏慈禧太后：「风闻东洋故相伊藤博文，将专政柄。伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。」光绪三十四年（1908年）八月，丁忧回籍，寄寓扬州，因争抢妓女，被江苏布政使瑞澄参劾，逐回原籍，交地方官严加管束。后来，杨崇伊之子杨云史为父平反，正值光绪、慈禧先后逝世，事被搁置，最后于民国十一年