惠能洞悉玄机，亲自在菩提树下为惠能削发，还募缘为惠能建造瘗发塔。从此，光孝寺成为南宗六祖惠能创立禅宗南宗的佛教发祥地。第二年，惠能去了广东韶关的宝林寺（今南华寺），传教数十年，门人海法整理其说汇成《坛经》。武则天时，宰相房融曾在光孝寺内与天竺僧人合译《楞严经》文。今寺中笔授轩、洗砚池就是当时的遗迹。这说明中印两个文明古国的文化交流是源远流长的。光孝寺内还有“洗钵泉”（俗称“达摩井”），为中国佛教禅宗祖师达摩西来歇脚之处。
近代.1650年清军南下，炮轰广州城，光孝寺也笼罩于战火