「巡抚」这个名称开始被使用。尔后，皇帝常遣尚书、侍郎、都御史、卿、少卿等官巡抚地方，事毕复命，名义称巡抚。明宣宗时，各省常设巡抚渐成制度。巡抚节制三司（承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司），实际掌握着地方军政大权。同时，巡抚每年要赴京师议事，也体现了朝廷对地方统辖权的加强。明英宗在1457年夺门复辟后，一度废除巡抚制度，到次年才恢复。巡抚在嘉靖时才成为真正的常设官职。一般来说各省巡抚衙门都是跟布政使司衙门在一起的，除非巡盐、巡海、操江这样专门性的巡抚，或是三不管地带的湘南、郧阳巡抚，衙门会在就近方便