共和国政府在1996年5月15日时，就已将金门和马祖两个岛屿划入其领海基线的内侧，但并无公布台湾的领海基线。中华民国政府则是在1999年12月31日以《中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线》公告其领海基线，不包括金门和马祖。2009年时任行政院长吴敦义表示，两岸有一些共识就是，搁置争议，共创双赢，当年就在这样的前提底下，保持留白，避免两岸为这样的尚未最终划清楚的界线，产生不必要的争端。基于九二共识，中华人民共和国政府未公布台湾的领海基线，正如中华民国未公布大陆的领海基线。