的对话活动中，宣佈第2期制作决定的消息，并于2021年1月9日播放。2020年9月5日第2季部分剧集先行于剧场版《工作细胞！！特别上映版 强「菌」来袭！人体肠道大骚动！》（），台湾则于10月8日上映。
播放电视台.海外方面，台湾由中华电信MOD、HamiVideo、巴哈姆特动画疯与爱奇艺台湾站、中国大陆由bilibili和CCTV-6发布。
工作细胞BLACK.本作由动画公司LIDENFILMS制作。为了配合原作中大量的生物学解说，由津田健次郎担任旁白