王世贞为大同总督王忬之子，生有异禀，读书过目不忘。嘉靖二十六年（1547年）中进士，初任刑部主事，迁员外郎、郎中，为官正直，不附权贵。杨继盛受严嵩陷害下狱，王世贞尽力相助，严嵩对此十分愤恨。吏部两度拟定提学皆不用，任山东青州兵备副使。其父王忬在职守上，因滦河决堤事而被严嵩下狱。王世贞与其弟王世懋每天在严嵩门外自罚，请求宽免，然而朝中无人敢为王忬说清。王忬最终在西市处决。隆庆元年（1567年）八月，王世贞伏阙为父辩冤，又得大学士徐阶相助，王忬平反，追复官职。隆庆二年（1568年），王世贞起补河南按察司副使