科学院移交北京市卫生局管理（现为北京市卫生健康委员会），并于1984年5月28日正式更名为首都儿科研究所。1994年，儿研所成为北京医科大学（现为北京大学医学部）教学医院。儿研所现为临床医学一级学科硕士学位授权点和儿科学博士、硕士学位授权点（与北京协和医学院联合申报），共设有11个基础研究室。儿童发育营养组学北京市重点实验室、儿童病毒病原学北京市重点实验室设在儿研所。
附属儿童医院.
院本部（日坛院区）.儿研所附属儿童医院于1982年在日坛医院旧址成立后，