的铁硫簇被称为铁硫簇II（[2Fe-2S] II）。铁硫簇II位于S亚基和M亚基结合面上，暴露在溶剂环境中，距离FAD分子的异咯嗪环（isoalloxazine ring）大约9 Å，因此其功能被认为是在铁硫簇I和FAD分子之间传递电子。 这两个结构域的折叠类型和结合铁硫簇II的氨基酸序列普遍存在于其他含Mo的羟化酶家族成员中。M亚基由N端、中间和C端三个结构域组成。其FAD分子的结合位点为两段特征性的“双甘氨酸（double-glycine）”序列，在含Mo的羟化酶家族中非常保守。 其中一个双甘氨酸序