中的溶解性可能不好，会和一些错误折叠的蛋白质一起在细胞质中形成包涵体。如果发生这样的情况，就需要进行复杂的重折叠操作，还会降低产量。需要形成二硫键的蛋白质往往也不能正确折叠，因为细菌细胞质中的还原性环境不利于二硫键的形成。解决这个问题的办法之一是在蛋白质N端加一个信号肽，将其定位到更容易形成二硫键的周质空间中；或者通过一些方法改变细胞质中的氧化还原环境。现在已经有一些复杂的操作来帮助我们在细菌细胞中表达本来不可能在细菌中合成的蛋白质，例如糖基化蛋白。这里使用的启动子一般都来源于乳糖操纵子的启动子和T7启