泡沫等等中都得到了应用。
制药.20%的现代药物中都含有氟。含氟药物阿托伐他汀在2011年成为通用名药物以前在所有药物中销售额居于榜首。治疗哮喘的组合处方药物舒利迭，在2000年代中期销售额也排在前10，其中的两种活性成分之一氟替卡松也是一种氟化物。由于碳氟键非常稳定，许多药物氟化是为了降低活跃度以延长给药周期。由于碳氟键较碳氢键疏水性更强，氟化还能增加亲油性，这可以帮助药物穿过细胞膜，提高生物利用度。三环类抗抑郁药以及其他20世纪80年代早期的抗抑郁药因其无选择性的干扰除了羟