后同样由浸信会创建的芝加哥大学在法律上没有关联，但新芝大仍然将老芝大校友视同校友，并将老芝大被焚毁的校舍的残垣保留在校内广场中。该校的法学院后来由西北大学继承，成为今日的西北大学法学院。该校的财务状况在芝加哥大火后被彻底动摇。第五任校长在向约翰·戴维森·洛克菲勒及利兰·斯坦福等慈善家求援后未得到帮助，只好在1886年关闭学校。1890年该校校董会一致同意将学校名称从“芝加哥大学”改为“老芝加哥大学”，以便洛克菲勒能建立同名的大学。