统治者接受伊斯兰教，及后亦以王权压迫臣民皈依伊斯兰教，伊斯兰教成为国教后由喀什噶尔传播到叶尔羌、于阗等地，到明末已遍及吐鲁番、哈密地区成为在维吾尔族中占居统治地位的宗教（因东察合台诸汗和苏菲的活动）。维吾尔族主流信奉伊斯兰教逊尼派，在教法学上归属于哈乃斐派，但苏菲派亦曾于叶尔羌汗国时期成为主流。