1886年更名为「帝国大学」，1897年再更名为「东京帝国大学」，简称东京帝大或东帝大，至1947年复用现名。2004年4月1日起依据《国立大学法人法》改制，以国立大学法人形式运作。2017年成为首批指定大学法人。
历史沿革.明治维新后政府将原幕府直属的昌平坂学问所、开成所、医学所统合建立了大学校。由于国儒学与西洋学之争于1871年（明治4年）废除了原教授国儒学的大学本校（原昌平坂学问所），将其余2校改称为南校、东校。随后经历了东京开成学校、东京医学校的改组于1877年（明治10年