团长（Grand Master）统治，并有教士会议和八位法官协助。其组织和圣殿骑士团十分相似，但对于慈善事业上表现更为显着。医院骑士团成立时只是单纯行善的组织，从1120年才开始作为一个军事修会进行活动，以武力保护朝圣者不受异教徒攻击，并发展成为耶路撒冷王国的一支重要的军事力量，对耶路撒冷的政局也有很大的影响力。它在耶路撒冷王国拥有七座大要塞，还有其他140多座建筑。耶路撒冷王国国王鲍德温四世去世后，当时医院骑士团的大团长反对居伊继任，可惜没有成功。后来在1187年哈丁战役中，医院骑士团也派出主力参战，