古国在双方的首都（台北与乌兰巴托）互设大使馆性质之代表处。在外交部网站的各国介绍中也加入了蒙古国。2004年行政院通过了废除「」及「」决议。行政院表示，「蒙古各盟部旗已非我国统治权所及地区，因此该法已无继续施行的必要。」当时的行政院长游钖堃表示，「蒙古国是一主权国家，且是联合国的会员国，与一百多个国家有正式外交关系，我国作为国际社会的一员，应尊重国际社会的共识。」「行政院为因应实际需要，解除我国与蒙古间的交流障碍，已修正两岸人民关系条例施行细则第三条，将外蒙古排除于两岸条例施行区域，决定与蒙古交流事务均