治菲律宾，陈谦善呈请清政府在菲律宾设领事馆，以保护当地华侨。清廷随后任命其子陈纲为首任驻小吕宋总领事，而在陈纲到任之前，陈谦善曾父代子职，代行总领事职务。光绪二十七年九月三日（1901年10月14日），陈谦善在马尼拉因病逝世，清廷其时诰授其光禄大夫。宣统二年（1910年），旅菲华侨铸造其全身铜像一尊，立于其所倡办的崇仁医院，以兹纪念。