生的省长（现任省长是卢卡斯·恩讷贝）和一个地区立法机构（巴布亚立法会）管理。一个只存在于巴布亚省的政府组织是巴布亚人民议会（），这是印尼政府于2005年形成的一个巴布亚省部落酋长联盟，此机构的职责在于为巴布亚各部落习俗负责进行协调和谈话。自1962年荷兰殖民政府从荷属新几内亚撤出以后，1963年印尼开始履行管理，当时印度尼西亚根据与联合国签订尊重任何结果的进行巴布亚全民公投（印尼政府称之为自由选择法案，，实际上并不公平）。事实相反，这一投票并不是在全体居民中进行，而是印尼军队强迫部落酋长投票加入印尼。尽