二十三年（1897年）回京，历任武英殿、国史馆、编书处协修。光绪二十六年（1900年）庚子事变，离京回粤避乱，任三水县凤冈书院主讲，后改书院为学校，成为三水县创立新式学校之第一人。光绪二十八年（1902年），中壬寅经济特科试第一名。可是，慈禧一看梁士诒籍贯在广东，又姓梁，老脸就沉了下来：“此人是不是梁启超的本家？”军机大臣们一听，谁也说不出个“不”来，回应的是一片“太后明鉴”的阿谀之声。接着，尚书瞿鸿禨立即说：“太后英明，此人定是乱党无疑，单看姓名，姓梁启超的‘梁’同时，尾又与康有为相符，康逆的号叫康诒之