总统时，于4月吴伯雄便有意退让。故无外界传闻自己有想续任党主席一事。2012年林益世索贿案爆发后，马英九称当初是吴伯雄提拔林益世的。
荣誉主席.2013年6月，中国国民党荣誉主席吴伯雄代表国民党主席马英九率团前往北京与中共中央总书记习近平在北京人民大会堂会谈，这是习近平自2012年出任总书记后国共两党高层的首次会晤。针对中共所提出的「一中框架」，吴伯雄以「一中架构」来回应，习近平表示有助两岸发展。2015年1月，新任国民党主席朱立伦以党章无「荣誉主席」为由，撤除此头衔，连战