项目设计流感疫苗。他和弗朗西斯改进了一种疫苗，它很快就被陆军基地广泛运用。在那儿，索尔克发现和分离了一种流感病毒毒株，该毒株被用于最终的疫苗成品中。索尔克在流感病毒方面的工作惹上了道德争议。美联社（）曾报道索尔克署名了一片论文，描述了1942年一项联邦政府支持的研究。索尔克用为的的病人注射了实验性的流感疫苗，然后将他们暴露在流感病毒中以检查疫苗的效果。这些病人是否理解他们身上发生了什么、为什么发生都是个疑问。
嵴髓灰质炎疫苗.1947年，索尔克决定找一家研究所，在那儿它可以指导