台湾由厦门代牧区独立出来，成立独立管区台湾监牧区。1949年12月31日，教廷将台湾的天主教会划为台北监牧区、高雄监牧区两大管区，台湾东部分属两个监牧区管辖。1952年8月7日，台湾的圣统制度正式建立，圣座将西部平原地带的云林县、嘉义县（市）、台南市、台南县、澎湖县等7个县市由高雄监牧区独立出来，设置嘉义监牧区，由阳谷教区主教牛会卿担任监牧。1961年3月21日，台南市、台南县、澎湖县被划出嘉义监牧区，成立台南教区。1962年4月16日，嘉义监牧区升格为嘉义教区，牛会卿成为嘉义教区首任主教，领署理之衔。