投降后，1945年12月出任西北军政副长官兼西北行辕副主任。国共内战爆发，马鸿逵站在蒋介石的中国国民党一方同中国共产党作战。1947年7月19日，国民政府派马鸿逵为宁夏选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1949年国共内战末期，彭德怀率领的中国人民解放军第一野战军占领兰州。9月1日，马鸿逵应蒋介石电召飞赴重庆参加军事会议，将宁夏军政交其子，代理宁夏省政府主席兼宁夏兵团司令官马敦静负责。9月2日，蒋介石在重庆接见甘肃省政府主席马鸿逵、四川省政府主席王陵基及川鄂绥靖公署副主