它的燃烧室会移动运转，爆炸的过程中火焰传播的型态必定不佳，要採用复杂的双点火系统和更强力的电火花，所以点火正时与火星塞的位置非常重要。因燃烧时间短暂，混合油气的燃烧不完全，使得耗油量比往复式引擎多了约10%。汪克尔引擎在启动与低转速时会排出大量的碳氢化合物，是往复式引擎的二倍。但是加速提高转速后，排出量明显下降，所以一般对汪克尔引擎的空气污染问题都有疑虑。为了解决这个问题，一般会加装热反应器、触媒反应器与后燃器等装置。相对地，由于转子引擎的三个燃烧室并非完全隔离，因此在使用一段时间之后容易因为菱封材料与