影片段遭到删减，并没有出现在公映版中，其中包括片头有数个工程师将黑水递给那个要自我毁灭的工程师、人造人大卫有与工程师短暂交流过、工程师在追杀伊莉莎白·萧时，曾对飞船内的装饰品与播放的影片感到兴趣等。史考特将工程师构想为成一个邪恶的种族：在为《异形：圣约》宣传的期间，史考特接受《帝国杂志》访问时说：《普罗米修斯》里LV-223星球的工程师其目的确为消灭人类，这些工程师利用「黑水」这种物质在宇宙不同星球制造出各具特色的生命体，由于他们认定人类「变坏」才想要将其清除。史考特于2018年表示：工程师未来