杂交种.人工杂交种品种繁多，最少已知可以与11种亚洲淡水龟杂交得出后代。除人为圈养下达成的人工杂交种外，三线闭壳龟在野生环境下也有机会与其他龟种产出杂交种，例如福建泽龟便是由雄性三线闭壳龟和雌性黄喉拟水龟（"Mauremys mutica"）所产。拟眼斑水龟（又称海南眼斑龟）和菲氏花龟（"Ocadia philippeni"，又称费氏花龟）也被怀疑是三线闭壳龟与其他龟种杂交产出的物种。