在股东层面改革，实行管理团队持股。管理团队的南京钢铁创业投资有限公司佔南钢集团51%股权，南京市国资委，透过南京新工投资集团只持有49%。2003年，南钢集团再与中国民企复星集团合作，成立南京钢铁联合有限公司（简称：南钢联），南钢集团将集团持有的南京钢铁股份、南京钢铁有限公司的股权及其余非上市钢铁业务注入合资公司。 2004至2006年，四大国有不良资产管理公司持有的南京钢铁有限公司股权，亦经南钢集团注入南钢联 。2009年，合资公司的其余钢铁业务被注入另一间孙公司，南京南钢产业发展有限公司（简称：南钢