在开议后与在野党团拜会后仍无未达成共识。2005年8月，行政院正式将提出之特别预算下修至4,800亿元，但这项法案仍未获通过。自2004年至2006年间，在程序委员会中被中国国民党及亲民党为主的立委退回这项法案达至69次。2006年，中国国民党与民主进步党的党团协商中，同意年度预算编列军购案预算，军购案进入委员会审查。2007年，在院会中三读通过，但通过预算只有99亿元，遭大幅度删减。
历史.2006年，中国国民党团同意以年度预算编列军购案预算，潜舰案预算大部份被删除，第一阶段