易也是葡萄牙人此行的另外一大动机。但葡萄牙传教士到达后失望地发现印度几乎没有基督徒，最大的基督教团体即马拉巴的那些圣多默信徒，全部信徒加起来也只佔到印度人口比例的不到2%。印度基督徒款待了葡萄牙传教士，彼此还交换了礼物。而在第二次远征中，佩德罗·阿尔瓦雷斯·卡布拉尔带领13艘船及18名神父于1500年11月26日来到了科钦海岸，在那里他们一行受到的欢迎，国王允许4名神父留下来在科钦附近的基督徒社区中宣扬天主教教义，因此葡萄牙传教士在同年组建了葡萄牙传教会。葡萄牙任命的第一任葡属印度总督法兰西斯科·德·亚