瘟疫是如此严重，大多数省份里一半以上的人口都死了，其它地区稍好一些。他们成堆地死亡，有如床虫一般。”1545年-1578年，墨西哥地区又爆发了科科利兹利流行病，导致当地人口断崖式下降，也是历史上致死人数最多的流行病之一。有历史学家认为，该流行病可能是天花、斑疹伤寒或麻疹，但实际症状并不一致。
殖民时期的疫情.在此后受西班牙殖民的时期，墨西哥地区曾爆发过几次天花流行。1790年-1791年，在墨西哥谷中开始爆发了一次较严重的天花流行，大多影响了儿童。 康复的人数多于死亡的人数