由于其孤立的地理位置，且路途中所遇到的强大土着战士，如、、、及，使得仅有偶尔到访的探险队与耶稣会传教士至此。18世纪初发现黄金，造成一股淘金潮，成千上万的财富猎人进入此区。淘金热过后，马托格罗索又成为偏僻之地，以农渔为生。1864年爆发巴拉圭战争，战后巴拉圭割让土地予巴西及阿根廷，使马托格罗索州的土地面积增加。20世纪初，架设电报线与铺设道路让马托格罗索再度逐渐地与世界联系。1943至1946年间，南部成立。1940至50年代，政府的内陆开发政策与1960年政府迁都巴西利亚使东北方及南方的移民回到该地而提升