武肃公窦毅的叔叔；曾祖父是陈懿公窦荣定，曾祖母杨氏为隋文帝姐姐安成长公主；祖父是唐朝开国功臣陈容公窦抗；父亲莘安公窦诞。窦孝谌官至太常卿、润州刺史、并州大都督。窦孝谌的女儿嫁给唐高宗第八子李旦，为孺人。李旦登基后，立为德妃。武则天建立武周，打压唐朝旧臣。长寿二年（693年），酷吏诬陷窦德妃与母亲庞氏行巫蛊之术。窦德妃被杀害。而窦孝谌被贬为罗州司马，不久去世。他的外孙、窦德妃的儿子李隆基后来即位为唐玄宗。景云元年（710年），追赠太尉、邠国公。长子和次子的墓志则显示，窦孝谌还获得了太保、荆州大都督、上柱国、豳