长孙德全为同僚。上任后不久，钱应清向财政部递交了代拟的《财政部请将<会计法草案>咨交参议院议决呈》，并附其所撰《会计法草案序言》以及所拟8章36条《会计法草案》。1912年9月，钱应清任北京政府蒙藏事务局顾问。11月，转任财政部库藏司司长。1913年，同谢霖、杨汝梅等教授发起创立了中国经济学会。钱应清还参加了公民党，并当选该党参事。同年9月，被免去库藏司司长一职。1922年7月，钱应清同贾士毅教授等同任全国财政讨论委员会委员。1924年11月，任职于北京政府交通部。1936年，他和王一亭、关炯之