3年流行SARS后，香港特区政府与医管局全面检讨疫情，决定兴建传染病专科医疗中心，为传染病病人提供一站式的临床治疗，选址玛嘉烈医院，于2004年4月14日拨款5亿3,800万港元展开兴建工程，于2006年第4季度竣工。2007年6月22日由中国卫生部部长高强及卫生福利及食物局局长周一岳主持揭幕仪式。传染病医疗中心（S座）位于玛嘉烈医院EF座大楼对开斜坡，楼高17层，楼面总面积达21,600平方米，其中8层是负气压隔离病房，提供108张隔离病床，其中14张为深切治疗病床。各病房以独立隔离病室组成，每个病室