令制国时代最初属于越前国凤至郡，718年随着凤至郡被划入新设立的能登国，虽然一度在742年又随着能登国被併入越中国，不过757年恢复能登国后，就一直属于能登国；依据《日本后纪》的记载，在808年即已开始使用「穴水」的地名。穴水在12世纪至16世纪曾由地头所统治，长氏同时也在此建立，此后随着能登畠山氏、前田氏先后入主能登国，长氏也臣服成为其家臣，先后成为畠山氏的及加贺藩的加贺八家之一。17世纪江户时代后大部分区域都成为前田氏加贺藩的领地，在江户时代末期，有部分区域为幕府直属的领地，不过也是委託加贺藩管