很快崔巨伦被授任国子博士。魏孝庄帝元子攸即位后，崔巨伦被授任假节、中坚将军、东濮阳郡太守，署理征虏将军、别将。当时黄河以北时纷乱梗阻，士族官员躲避贼寇，大多逃到东濮阳郡，当地年成歉收饥荒困乏，崔巨伦倾尽所有资产抚恤他们，一心加以保全，受到舆论的推崇。元颢攻入洛阳后，崔巨伦占据本郡不顺从，将元颢任命的西兖州刺史裴粲赶走。魏孝庄帝回洛阳后，任命崔巨伦代理西兖州刺史，封渔阳县开国男，食邑二百户，很快授任崔巨伦光禄大夫。永安三年（530年），崔巨伦去世，虚岁四十四。