有不能让军队不分好坏残害人民的责任，报请拓殖务大臣上奏免松村支厅长官职及缴还勋章、位阶证明书。拓殖务省也很快在8月29日发文送交主管人事奖惩的赏勋局。9月2日，松村雄之进正式被撤职，并且被要求缴还勋章、叙位证明书，离开台湾。1896年10月14日，乃木希典就任第3任台湾总督。11月14日，总督乃木希典训令「各混成旅团长、宪兵队司令官」，严禁烧夷良民家屋，但是「若战术上有其必要，述明理由报告」即可。1897年3月27日，乃木希典去函拓殖务大臣，以松村雄之进早年治台有功，请办理叙松村氏为从七位位阶的手续。