个是深度同源性，发现不同的器官，例如昆虫，嵴椎动物和头足纲软体动物的眼睛，长期以来被认为是独立进化的，是被类似的基因如来自的来控制。这些基因是古老的，在门之间高度保守的; 它们产生形成胚胎的时间和空间的模式，并最终形成生物的。另一个是它们的结构基因如编码酶的那些物种没有多大差异; 不同的是受到工具包基因的方式不同。这些基因在胚胎的不同部位和不同的发育阶段被重复使用，不改变，多次，形成了复杂的控制级联，以精确的模式开启和关闭其他调控基因以及结构基因。这种多重基因多效性重复使用解释了为什么这些基因是高度保守的，