直到1987年蒋经国政府解除戒严后始获准出境。1992年，阮大方回到杭州居住十年之久。2002年，阮大方退休，回到台北。2006至2007年，阮大方担任《台湾公论报》社长。阮大方常在中国大陆和台湾讲学，听者甚众。阮大方也曾给中华人民共和国国务院总理温家宝写过公开信。2009年5月，《新新闻》第1156期刊登阮大方撰文〈一头牛剥六层皮 立委转战百里侯，徒然浪费资源〉批评，在任区域立法委员不必辞职就能参选县市长，「把人民选票的託付、对选民期约的服务弃若敝屣，置之不顾」，人民却要为他们支付六笔经费（立委选