任行政院长。陈良基在接受苏贞昌征询后，原定转任教育部长。但因科技业界反映观感不佳，苏最后决定陈继续留任科技部长。其后，于是年五月由吴政忠接任科技部长一职，本人归建台大
争议.2015年7月23日，学生及记者于深夜侵入教育部，时任台大副校长的陈良基对此痛批教育部指挥警方逮捕记者，是「戕害新闻自由，非常可恶」，社会应「群起攻之」，并指教育部不应该对学生提告；2015年7月27日，前新党台北市议员李承龙自称「民间网路新闻电视台记者」，闯进陈良基办公室要求採访。陈良基对此表示，台湾是法治国