司的主要官员初为派驻数年而轮调的流官，后为当地部落领袖所世袭。永乐十一年（1413年）在奴儿干都司官衙所在地附近原有观音堂的基础上建永宁寺，并立有永宁寺碑。据永宁寺记记载奴儿干都司与东北130多个卫所不相辖属，非常设机构。辖区内主要居民为蒙古、达斡尔、女真、吉里迷（尼夫赫人、囊哈儿卫）、鄂罗克人 (兀列河卫、波罗河卫)等族人民，分置羁縻卫所，以各族首领为各卫所都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等职，给予印信。据《明史》记载，到万历年间增加到奴儿干都司有卫384，所24，站7，地面7，寨1。都司治所