双边关系近年来受到挫折，又指爱沙尼亚承认西藏是中国的一部分，不会支持西藏独立；中华人民共和国对爱沙尼亚在西藏问题上的取态表示肯定，并指出中方重视发展两国关系。
经贸关系.2013年1至6月，中国与爱沙尼亚的双边贸易总额为4.7亿美元，比去年同期增长14%。其中，中国出口到爱沙尼亚的总额约为0.65亿美元，爱沙尼亚出口到中国的总额则是4.1亿美元；爱沙尼亚贸易逆差3.4亿美元，比去年同期增长约30%。截至2013年中旬，中国是爱沙尼亚第八大的进口来源地。中国出口到爱沙尼亚、以及爱沙尼