。约翰·缪尔的遗产在他曾孙麦克·缪尔手上得到了发扬，他创建了一个叫Access Adventure的组织，专门帮助有身体障碍的人士，可以坐着轮椅进行户外活动。
荣誉.为纪念缪尔的命名，包括两条缪尔小径(分别在加利福尼亚州和田纳西州)、(保护地)、缪尔小径附近的缪尔山、、、圣地牙哥加利福尼亚大学的、苏格兰邓巴的、东洛锡安的，还有128523号Johnmuir小行星。2005年发行的加州25美分纪年币，刻着约翰·缪尔的形象，还有加州神鹫，以及约塞米蒂国家公园的Half Dome大岩