支序分类学的基本逻辑；而系统发生分析已成为理解生物多样性、演化、生态学和基因组的核心。系统发生学这个概念不单止用于生物种系的发生与发展，还会用在系统分类学各个层面的分类单元上面。它也会被用到某一性状在种系发生过程中的演化这一方面。註：生物分类学是生物的识别、命名和分类，它通常由系统发生学提供丰富的信息，但两者仍然是在方法论和逻辑上不同的学科。
研究方法.系统发生学的研究是通过以下的手段实现：通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系统发生树（演化树），其中描述了各