要以全国规模运行货物列车，主要所有的车辆为货物输送用的铁路机车、货车及电联车。M250系是JR货物唯一一款专为货运而设的电联车，也是全球少数的货运电联车。有别于传统使用蓬车装载货物，JR货物使用较一般海运货柜（20呎及40呎）较小的自有规格12呎集装箱装载货物，因此可做到户对户运输而不用重新装卸货物。※括号（）内标示的是所属机关区的略号。