关入南京监狱，关押一年后经营救获释。端方曾亲自接见陈陶遗并想给他官职加以笼络，遭到他的拒绝。清宣统元年（1909年），柳亚子等人组织南社，陈陶遗为南社骨干。清宣统二年（1910年），陈陶遗奉命去南洋任教，并替同盟会在当地华侨界募款。1911年3月，黄兴、赵声等准备到广州发动起义，陈陶遗奉命赶赴广州，但途经香港时黄花岗起义已告失败，他无功而返。1911年10月，武昌起义成功后，陈陶遗携款从南洋赶回上海，接济经费短缺的沪军都督陈其美。此后，陈陶遗与马君武代表沪军到武昌联络，又和章梓等人到江苏省鼓吹革命，此后江苏