成两湖的陈友谅与四川的明玉珍。两淮郭子兴的部下朱元璋于1356年以南京为根据地开始扩充地盘；1363年与据有两湖的陈友谅作战，最后于鄱阳湖之战获得胜利；1365年占领两湖后于同年冬东进攻打据有江苏沿海的张士诚；1367年平定张士诚后，继续南下压制浙江的方国珍，至此江南无一人反抗朱元璋。另外，福建于1357年至1366年间发生色目军乱，史称亦思巴奚兵乱。与此同时，元朝在察罕帖木儿和李思齐等率领元军反击北方红巾军，1363年北方红巾军最后在安丰之役中败给降元后的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀