凌晨2时重设一次，由此作为上下两个车务日的划分）。非行车时间则进行铁路沿线结构、路轨及其他固定装置的维修保养，由港铁公司基建维修部负责。在一些节日，例如平安夜、大除夕、中秋节及农历新年前夕，或大型活动进行（如2008年奥运会马术比赛、2008年夏季奥林匹克运动会香港区火炬接力、港铁竞步赛、香港马拉松等），港铁会有特别服务安排，部分路线甚至会提供通宵列车服务（迪士尼线通常只会延长服务时间，东铁线过境路段及机场快线则不会延长服务；而在两个车务日之间行驶的通宵列车，由于需重设讯号系统，会额外在车站多停数分钟才驶出