官治玩忽职守，还威胁要进京告御状。崇祯帝撤去蔡官治的差事，命曾樱接任湖南道，但因为蔡官治的东林背景，实际上并没有受到什么处罚。
巡抚陕西.崇祯十五年（1642年），蔡官治又叙功升都察院右佥都御史，巡抚陕西，随即遭到吏科都给事中吴麟征的弹劾，加之农民军势大，陕西岌岌可危，上疏乞归，崇祯十六年（1643年）三月，被冯师孔取代了职务，弘光元年六月十四日（1645年7月7日）病逝于家中。
学术.蔡官治对“五经”当中《礼记》颇有研究，乡试时依靠治《礼》经夺得经魁，晚