目前只有两种物种被发表。古根菌纲下的物种广泛分佈于全球，除南极洲外在各大洲皆有分布，生长于土壤中植物根部的附近。
词源.古根菌纲的学名Archaeorhizomycetes源自于希腊文的（arkhaio，意为古老，指古根菌纲在子囊菌门的演化树中，属于相对较早分支的演化支）与（rhiza，意为根）两词。
历史.在古根菌纲发表之前，已有超过50篇研究分析土壤中微生物的DNA样本时发现了本纲物种的存在，并称之为「土壤菌株1」（Soil Clone Group 1