座上为一尊高5.5米的木雕千手千眼观音菩萨像。2008年至2009年大慈阁募集资金将这尊观音像贴金，在2009年10月14日举办了开光法会。一层东、西壁画内容为十八罗汉和经变故事，绘于清末。二层、三层均为面阔三间、进深一间，外有回廊。二层供奉有1986年泰国金山寺所赠释迦牟尼鎏金铜像。铜像高1.6米，重300公斤。三层结构为五架梁七檩四柱。大慈阁三层曾作为藏经阁。清朝道光年间，莲池书院收藏的《大清三藏圣教真经》移至大慈阁三楼保存，1966年又移回莲池书院。2005年重修时，专家认定三楼藏经阁内的壁画绘于清朝