顾锡畴争辩，称这是诸侯间交战的事情，引用不合伦理，与杨嗣昌互相攻击。杨嗣昌当时主持政务，诸位言官都攻击他，杨嗣昌很怀疑顾锡畴所为。遇上驸马都尉王籨犯罪，顾锡畴准备从轻发落，杨嗣昌借机攻击，便削夺了他的官籍。崇祯十五年，朝廷大臣交相举荐，皇帝召他回朝。御史曹溶、给事中黄云师又称不应该任用他。皇帝不听，任命他为南京礼部左侍郎。明朝灭亡后，福王朱由崧立位，他晋升为本部尚书。当时尊奉福恭王为恭皇帝，准备商议庙祀，顾锡畴奏请另外设立专门的庙宇。不久，请求增补建文帝的庙祀谥号、明景帝的庙号和建文朝忠臣的赠封与谥号，