下「普罗民遮城」（Provintia，亦称省城、赤崁楼）之后，于5月29日将赤嵌地方改名为东都明京，并设立承天府，下辖天兴县、万年县二县。万年县县治目前仍有争议，较多学者同意位于二赞村（今台南市仁德区二行里），由祝敬为首任知县。但也有位于兴隆里（今高雄市左营区）的说法，高雄市政府亦在左营成立「万年县公园」，甚至每年举办「万年季」活动。1664年，明郑王朝继承者郑经放弃福建部分领土，废东都名称而改为东宁，承天府所属两县升格为州，并增添澎湖、南路与北路三个安抚司。万年县因此而改称万年州，并设有南路安抚司