合马倒台，刘正因为廉洁没有和其他僚属一样作为阿合马私党获罪。至元二十年（1283年），担任参议枢密院事。至元二十五年（1288年），担任户部尚书，因事辞归。至元二十八年（1291年），再担任户部尚书、参议中书省事。元成宗时，历任同佥枢密院事、云南行省、江西行省、江浙行省左丞。大德十一年（1307年），元武宗即位，历任中书左丞、中书右丞。至大二年（1309年），辞官回家。元仁宗即位，召他回朝议政。他提出开言路、慎赏罚、节财用、辨正邪等建议。担任平章政事、议中书省事，当时铁木迭儿和章闾主张经理民田，即延祐经理，