年分别升格为直辖市后，行政院仿效台湾省之前例，分别制定《台北市各级组织及实施地方自治纲要》与《高雄市各级组织及实施地方自治纲要》作为自治准据。当时各省、直辖市之行政首长均为中央派任，而上级政府侵夺下级政府权限的情形也时常发生。为贯彻地方制度法治化，立法院于1994年制定《省县自治法》及《直辖市自治法》，同时废止其他以行政命令制定之地方自治法律，正式建立起地方自治之法制体系；台湾省省长、台北市市长、高雄市市长于同年底首次由民选产生。同时1997年修宪后也规定，地方自治法源另订。1998年，配合修宪实施