艉部竖立起来飘浮着，大约在6月9日2时，于主残骸南方几百呎处沉没。舰员和海军土浦航空队的113位学员、40位教官共1474人中只有353人生还，舰长三好辉彦大佐殉职。陆奥号的沉没被掩盖起来，国民直到战争结束都不知晓这一事件。但第一舰队司令长官清水光美中将承担陆奥号沉没的责任，被编入预备役。调查委员会对爆炸原因进行了调查，但没能得出确定的结论。对爆炸原因的推测有间谍破坏、三式弹自爆、「潮」号驱逐舰掉落的深水炸弹爆炸等等。日本海军曾打算打捞陆奥号，但由于舰体损坏严重而放弃。1944年7月，从陆奥号的燃料库中