下二层为3号线月台层。
站厅.为方便行人进出，梅花园站站厅收费区位于站厅东侧处，收费区内设有一台专用电梯、三条扶手电梯及一组楼梯供乘客往返月台。梅花园站内设置便利店、面包糕饼店、洗衣店，以及自动售卖机、民生银行自动柜员机、羊城通充值机等，商店主要是在站厅非收费区。另外车站内亦设有“好易”自助服务、自动售卡/充值机等自助服务。本站与3号线北延段各车站一样，设有航班查询方便前往机场登机的乘客。
月台.梅花园站设有一个岛式月台，位于广州大道北地底。S