港主权移交后香港永久居民以及英国海外国民问题参与与北京政府的谈判。其后出任首席助理衞生福利司（1989至1991年）、衞生署助理署长（1991至1993年）及首席助理库务司（1993至1996年）。1996年出任副库务司，负责在每年的简报会向传媒解释财政预算案。1997年香港主权移交后，林郑月娥续任库务局副局长（职位等同高官问责制2002年实施后的副秘书长），并于1999年1月晋升为首长级乙一级政务官。其后在2000年8月出任社会福利署署长，任内推行社福机构一笔过拨款（），取代实报实销制，减低社工薪酬支