耶稣会敎士再次从修院中被驱逐，修院后来由葡萄牙天主敎会管理。
近现代.1938年，时任教宗下令圣若瑟修院只许开放予以担任神职人员为目标的修生，修院的学生人数因而大幅下跌。1966年，中国大陆发生文化大革命，修院的修士们陆续避走葡萄牙，后来修院只开办一些短期班，以训练澳门、香港、帝汶、新加坡等地的神职人员。到了1990年代，修院暂停一切神职人员的培训工作，而教堂则仍然坚持每月举行一次弥撒。1953年，时任天主教澳门教区主教罗若望主持策划圣若瑟教堂的一次较大型修葺，并一度将教堂外立