千鸟式月台（千鸟式月台为相对式月台的变体，即上下行月台设置于不同轴上的对向式月台）2面2线。在降级为无人车站后，拆除一侧的月台和线路。之后附近人口逐渐外流，芦川站利用率低落，于2001年7月1日起废站。原有站房在国铁末期已被拆除，取而代之的是北海道常见由守车改造的候车室。
车站周边.附近主要是佐吕野原野。
现况.候车室已经拆除，但机械室仍置于现址。原月台处则围起栅栏防止进入。