发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
食用方式.传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置于白饭上食用，是为纳豆饭。也有人将纳豆和生鸡蛋、葱、茗荷、萝卜、柴鱼等各种食材一起混合。在北海道、东北地方有时也将纳豆和砂糖混合。亦有加上美乃滋的创意吃法。若未经搅