A链一模一样的副本链。最终，两个复制叉沿着环形染色体再次相遇，相遇的位置大致与复制起点相对，称为终止位置。随后延伸酶分解。在细胞分裂完成之前，形成两个子代染色体。
初始阶段."大肠杆菌"的复制起点包含能够被DnaA蛋白质识别的核酸序列，不同种类的细菌都会将自身的该序列严密保护起来。复制起点的DnaA蛋白在调控之下召集其他酶和蛋白质，形成两个完整的复制体来进行双向复制。复制起点内的DNA序列信息对其功能十分重要。其中包括DnaA箱，它是一段重复的9碱基序列：5'-TTATCCAC