阮基是山西省永祥府安乐县唐舍总东亩社（今属永福省安乐县安同社东亩村）人，生于明命十一年（1830年），少年好学。嗣德十一年（1858年），参加河内场乡试，考中举人。后以举人身份招募义勇从军有功，获得教授一职。嗣德十八年（1865年），他会试中格，庭试考中副榜。初授翰林院修撰，充内阁修书所，后升着作，历任河中、静嘉知府和义兴分府同知府。后征召回朝，任刑科给事中，升刑部郎中，又改为国史馆编修，嗣德三十三年（1880年），升授翰林院侍读学士，充国史馆纂修。建福元年（1884年），因事降一级休致。