"和 "L. braziliensis"的基因组已被定序出来，其基因可制造超过8300种的蛋白质，和约900种RNA，约40%可制作出蛋白质的DNA，分布于662家族组中。较小的家族常前后排列于1至3个基因上，而较大的基因家族则分布较远。利什曼原虫的端粒通常很小，上面有几种不同的重覆序列。利什曼原虫约有6200个基因推测出的蛋白质序列与布氏锥虫("Trypanosoma brucei")和克氏锥虫("Trypanosoma cruzi")相近，约有1000个利什曼原虫特异基因，随机散布于整个基因组。已定