华民国外交部表示，未来与马尔他骑士团将在现有友好合作基础上，积极加强国际人道援助伙伴关系，并深化彼此在国际人道援助及慈善医疗领域合作。对于建交消息则没有着墨。2018年2月5日，中华民国立法院外交及国防委员会组团参访马尔他骑士团总部，由该团驻保加利亚大使卡米洛·朱柯里接待。2018年5月，马尔他骑士团驻联合国大使 Marie-Therese Pictet-Althann 在世界卫生大会（WHA）的发言中，肯定台湾的医疗卫生实力，并提及台湾和马尔他骑士团是人道合作伙伴。2020年5月，马尔他骑士团