其目前为台湾十二年国教资讯科技课纲研修小组的召集人，参与制订教育部「2008-2011资讯教育白皮书」，并负责规划台湾「2016-2020资讯教育总蓝图」，同时持续担任教育部高中电脑（资讯科技）教科书审查小组审查委员及召集人。吴正己也是台湾参与「国际教育成绩评估协会（IEA）资讯科技教育应用国际比较研究」计画的主持人之一，并担任台湾地区「英特尔教育（Intel® Education）」计画的主持人及共同主持人。