太和十七年（493年），魏孝文帝准备南征，起复陆叡为官，改号征北将军。陆叡固辞，孝文帝不听，加陆叡领卫尉之任。后任使持节、都督恒肆朔三州诸军事、征北将军、恒州刺史，代行尚书令。太和十九年（495年）、陆叡上表请求停止南征，孝文帝听从。他再请求皇帝回到平城，参见冯熙葬仪，后来问罪，剥夺都督三州诸军事之任。改为都督恒朔二州诸军事，受征北大将军之号。定州刺史穆泰以得病为由求转任恒州，孝文帝同意，以陆叡为散骑常侍、定州刺史。当时孝文帝元宏把京师从平城迁往洛阳，所亲任者多是中原地区汉族儒生，迁都引起了北魏皇族