军第二十六军第二师参谋长，参加北伐。1927年，他驻军上海，参与解除中国共产党领导的工人纠察队的武装。1932年，淞沪抗战爆发，祝绍周任中央军校総队长兼第5军参谋长，参加同日军的作战。1933年长城抗战期间，他任保定警备司令兼新兵训练处处长。同年春，他任洛阳中央军官分校主任，同年10月兼任第四路军总指挥部参谋长，参与镇压闽变。1935年4月，他获授陆军少将衔。1936年10月，他又获授陆军中将衔。同年12月西安事变爆发，他负责维持对洛阳的统治，并迅速占领潼关，从而成功封锁西安，给张学良、杨虎城很大压力。