三项比赛，分别取得了第6名、第7名和第10名的成绩。在2006年匈牙利塞格德世锦赛中，杨文军开始专攻短距离项目，获得了C1-500米的铜牌，这也是中国队在皮划艇世锦赛上取得了第一块男子项目的奖牌，另外杨文军还参加了200米的比赛取得了第5名。在2007年德国杜伊斯堡的世锦赛上，杨文军再次夺得一枚C1-500米项目的铜牌。2008年北京奥运会，他与拍档孟关良于C2-500米比赛中以1分41秒25成功卫冕金牌。2009年的十一运会之后，杨文军退役，之后出任江西省水上运动管理中心副主任，分管皮划艇。