RV。8号机出击阻截Mark.09失败，但葛城美里始终没有启动「DSS Choker」，让Mark.09带着真嗣离开了启动范围。
NERV总部.地表之上的第3新东京市早已消失，回到被摧毁的NERV总部的真嗣，接到碇源堂命令，要与渚薰一起驾驶EVA第13号机。真嗣在得知绫波零依然活着，并在钢琴二重奏中与渚薰熟稔后逐渐重新振作。但真嗣稍后从薰得知自己在14年前引发“近第三次冲击”，导致地球生命灭绝，之后再从冬月副司令口中得知初号机核心是母亲唯之灵魂寄宿其中，而唯之基因数据被保存起来