缺乏详细记载，直到公元9世纪，贝桑松才以“”一名出现在了史籍当中。公元870年，《墨尔森条约》将勃艮第一分为二，贝桑松为（又称“贝桑松伯国”）的首府，成为勃艮第伯国的一部分。公元1037年，在一次战役中身亡，勃艮第伯国失去后嗣，被划入神圣罗马帝国，成为行宫伯爵。公元11世纪后期，得益于对于罗马帝国的效忠，亨利三世赋予主政和司法的权力。1290年，贝桑松成为帝国自由城市，城市获得快速发展。1307年，伯国王后与法兰西国王腓力五世通婚，法兰西王国开始控制这一区域，但贝桑松彼时仍为罗马帝国的城市。1482年，