总督府民政长官的后藤团队，进入台湾总督府临时台湾旧惯调查会进行台湾的旧法惯行调査；调查报告有『台湾私法』『蕃族惯行研究』等报告，这些报告将成为台湾基础设施发展的基础。之后再进入后藤担任总裁的满铁，明治40年（1907年）担任京都帝大的理事（这时后藤反对文部省・京都帝大对他赋予超负荷重担）。翌年获颁日本学士院奖，之后兼任满铁长，建立满铁调査部门的基础。大正2年（1913年）离任同时辞掉满铁的职务。大正6年（1917年）担任拓殖调査会委员，大正10年（1921年）去世。同年出版的『台湾番族惯习研究』是晩年的