蛇丸夺取佐助，从病痛中强行撑起来执行任务。临走前和咒印查克拉的源头重吾见了一面，因为与重吾有长年累月的交情，而且只有君麻吕才有能力控制重吾的情绪，君麻吕向友人交代了自己此行的目的，从此与友人永别。接着先后跟木叶下忍漩涡鸣人、李洛克对战，又和砂忍村的援军我爱罗交战，最终他在使出关键一击时病发而亡。漫画515话当中，君麻吕被药师兜利用秽土转生召唤出来，作为「晓」的战力，和千代婆婆、「山椒鱼」半藏及中吉一起行动，并跟铁之国的武士们交战。之后由于鼬解除了兜的秽土转生，其灵魂也脱离了秽土转生的束缚。