沙鄢群岛和吕宋地区带来暴雨。当中卡巴那端市在11月29日正午至11月30日正午录得最高雨量为157.8毫米。最初政府估计有至少300人死于风灾，但随后发现至少有842人死亡，另有751人失踪，共计有1,593人。温妮所带来的经济损失估计有6.787亿披索（约1,460万美元，以2004年计）。温妮消散后几天，菲律宾再次受到一股更强劲的台风南玛都吹袭，并加剧灾情，造成更多人命和经济损失。