官府问他：「朝廷待汝不薄，何为谋反呢？」 答：「吾数十年来改易姓名，冀避祸耳，本朝有三大恩于前朝，吾感戴不忘，何尝谋反？」 官府问：「何为三大恩？」答：「本朝诛杀流贼，与我家报仇，一也。凡我先朝子孙，从不杀害（此条不实，借机乞怜），二也。 朱家祖宗坟墓，今上躬行祭奠，命人洒扫，三也。」「况吾今七十五岁，血气已衰，鬓发皆白，乃不作反于三藩之乱时，而反于清宁无事之日乎？且所谓谋反者，必佔据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？」官府认为辩解有理，将他软禁于一屋，并不用刑，上奏朝廷。王士元自述身世