后选定台北府城东门外大安十二甲农业试验场作为校地，1938年12月5日正式迁入。台北三中成立时值日本对外武力扩张，第二次世界大战爆发的阶段。战争相关的课程不断增加，而后学校奉令迁至台北一中校内（当时另有台北四中也使用一中校舍），原校舍改为兵工厂与伤兵医院。1945年12月5日，接收台湾的行政长官公署下令改制为台湾省立台北第三中学。1946年1月25日又改为台湾省立台北和平中学，供日人子弟遣返前就学，并接收台北二中与台北四中的日籍学生；台籍学生则与原台北一中、四中之台生合併于一中上课。同年二月由台北二