公司（如VeriSign）等，与各大软件商透过严谨的核认程序才在不同的软件广泛部署。由于部署程序复杂费时，需要行政人员的授权及机构法人身份的核认，一张根证书有效期可能长达十年以上。在某些企业，也可能会在内部电脑自行安装企业自签的根证书，以支援内部网的企业级软件；但是这些证书可能未被广泛认可，只在企业内部适用。
中介证书.认证机构的一个重要任务就是为客户签发证书，虽然广泛认可的认证机构都已拥有根证书，相对应的私钥可用以签署其他证书，但因为密钥管理和行政考虑，一般会先行签发中介证书，才