他曾捐款3000元给宁波教育会及宁波旅沪同乡会用于兴办教育。吴锦堂还捐资创办了效实中学，在家乡慈溪创办了锦堂学校。吴锦堂在家乡捐资兴办的锦堂学校，被誉为“浙江私立学校之冠”；1911年，锦堂学校改名为锦堂农业中学堂，是为浙江职业教育之肇始。书坛泰斗沙孟海、国画大师陈之佛，农学家卢守耕、童玉民、包容等等都是锦堂学校的校友。吴锦堂逝世后，浙江省政府接管了锦堂学校。1994年建立的锦堂职业高级中学，继承了吴锦堂办职业学校的思想和传统。吴锦堂还资助了很多学生去日本留学。
在日慈善事业