始，伊斯玛仪派不断分裂，产生了许多支派。其中最大的支派是尼扎里派（Nizari），现在其信徒分散在西亚北非各国，流传甚广，其精神领袖阿迦汗为伊斯玛仪派各支派所敬仰。其他流传至今的支派有印度和也门的波哈拉派（Bohra），叙利亚、黎巴嫩的努赛里耶派（又称阿拉维派）、土耳其的阿列维派以及伊朗和伊拉克的阿里伊拉希派（又称亚桑派，Ahl-e Haqq/Yarsan）等，黎巴嫩和以色列的独立宗教德鲁兹派也受其影响。