总统刘永福均逃离台湾，被刘永福放弃的8000多名清军和黑旗军（约3000名）在群龙无首下慌乱的投降，日方认定台湾民主国已经灭亡，首任台湾总督桦山资纪于11月18日向京都大本营报告：「全岛悉予平定」。不过，台湾人后续仍有一些零星的对抗日本统治的活动，尤其原住民部族的武力抗争持续将近了20年。乙未战争造成台日两方的大量伤亡。日军计有515人负伤，164人战死。另有数千日军感染霍乱等疾病而死，病死者包含领军的近卫师团陆军中将北白川宫能久亲王、以及近卫师团第二旅团长山根信成少将，不过根据相关考证，日军在伤亡名单