建文元年（1399年），朱棣起兵靖难，朱能与张玉诛杀北平布政使张昺、都指挥使谢贵，夺取北平九门，进封指挥同知。随后，朱能夺取蓟州，杀守将马宣，攻破遵化。又随朱棣破雄县，生擒杨松、潘忠，逼降鄚州。不久，朱能随朱棣直奔真定，击败耿炳文，并率三十敢死士追击至滹沱河。当时，耿炳文整兵再战，朱能跃马大唿，直冲南军，俘获三千余众，升任都指挥佥事。后来，朱能随军援救永平，击退吴高，袭取大宁，并在会州立军时掌管左军，随即在郑村坝击败李景隆。建文二年（1400年），朱能随军破广昌、蔚州、大同，并在白沟河之战中担任前锋，击