年陈水扁就任中华民国总统后，马永成出任总统府机要秘书；2005年，马永成改任总统府副秘书长。马永成与罗文嘉长期跟随陈水扁，而被称为陈水扁的「罗马拍档」，被认为是陈水扁最为重要的亲信和幕僚。
司法案件.2006年以来，马永成受到在野党立法委员的强烈批评，被指控涉及多宗弊案。2006年6月1日，受台开案陈水扁权力下放影响，辞去总统府副秘书长一职。2006年11月3日，因国务机要费案被起诉。2008年11月4日，因国务机要费案列为被告，并遭到收押。2008年12月9日，最高法院检察署