原址保护难度较大。贵州省文物保护中心建议，根据《文物保护法》和《中国文物古迹保护准则》，另行选址，进行异地迁建。此举既可有效保护现有文物本体，还可根据《仁怀直隶厅志》关于文昌宫的相关记载，结合大夏大学抗战期间流亡办学情况，进行局部或整体复原。同时，与华东师范大学共同对其进行展示利用，形成新的爱国主义教育基地。2018年4月，华东师范大学与赤水市签约，共同修建文昌宫。赤水市政府将投资数亿，对文昌宫进行动迁改造，恢复大夏大学旧址。