没有子嗣。近卫天皇死后，崇德上皇提出让自己复位，或由自己的儿子重仁亲王即位。但遭到了鸟羽法皇和藤原通宪的反对，最后崇德上皇的弟弟雅仁亲王被拥上皇位，是为后白河天皇。这为后来的保元之乱埋下了伏笔。近卫天皇的皇后藤原多子，在近卫天皇逝世后隐居。后来二条天皇不顾后白河上皇的反对，将藤原多子立为了自己的皇后，时人称之为「二代之后」。