，尔朱荣被杀，尔朱世隆送信招樊子鹄，樊子鹄没有去。樊子鹄之母在晋阳，樊子鹄请求移镇河南。孝庄帝赞赏樊子鹄的态度，任车骑大将军、豫州刺史、假骠骑大将军、都督二豫郢三州诸军事，兼尚书右仆射、二豫郢颍四州行台。樊子鹄到汲郡，听说尔朱兆入洛阳，孝庄帝自杀，于是渡黄河会面尔朱仲远。尔朱仲远派樊子鹄驻汲郡。尔朱兆召樊子鹄到洛阳，到达后，尔朱兆说他背离尔朱氏，夺其部众送到晋阳。纥豆陵步藩之乱爆发，樊子鹄为都督，徴发食粮武器。担任侍中、御史中尉、中军大都督，随元晔至洛阳。太昌元年（532年）兼尚书左仆射、东南道大行台，