分集中分布于北部（宿迁、淮安、盐城、徐州、连云港5市）以及南京市。1958年以后，江苏多数教派举行联合礼拜。在一些城市里，仍沿用过去传教士所建的老教堂，如南京的圣保罗堂、莫愁路堂（原中华基督教会汉中堂），苏州宫巷堂（乐群社会堂）、苏州圣约翰堂和使徒堂（思杜堂），但是亦新建了一批大型教堂，如苏州狮山堂。南京是在1949年以前西方传教士超过100人的少数中国城市之一，也是今天中国基督新教的全国性中心之一。历史上美北长老会、基督会、来复会均以南京为基地，再传入安徽省。差会在此开设金陵大学、金陵女子大学和金陵神