于其他着名毒蛇（如内陆太攀蛇），长吻海蛇的毒素则尚算温和。然而，纵使长吻海蛇的毒素烈度，但仍足以致命。长吻海蛇的毒性约为埃及眼镜蛇（"Naja haje"）的十倍，但其输毒量却远低于埃及眼镜蛇。在澳洲，海蛇甚少主动向人类发动咬击。海蛇毒素能有效摧毁骨骼肌，伴随产生肌红蛋白尿症、神经肌肉麻痺或直接导致肾功能衰竭。澳洲联邦血清实验室（CSL Ltd）研究出一系列能有效中和部份海蛇毒素（专门针对钩鼻海蛇）的血清，这种血清亦能中和长吻海蛇的蛇毒。如果中了海蛇毒素而未能即时备有这种专用血清的话，则必须用上针对虎蛇