由于初期计划未能吸引资助学校参加，教育署多次修改直资计划的条款。至1998年，《中学教学语言指引》硬性规定学生英语能力未能达标的学校，不能继续以英语授课；直资计划则作出特别优待，直资学校可以自由选择教学语言而无须向当局证明语言能力，同时容许直资学校加入统一派位机制。不过，尽管政府推出各项优待措施，依然没有受资助学校的青睐。在2001年，政府再修订直资计划的条款，容许直资学校大幅增加学费，学费限制更改为不能多于资助额的二又三分之一倍。计划同时扩展至香港小学，买位计划亦于2001年年底取消。新修订计划出台后