己和鹦鹉螺目早已各自独立发展了几千万年，反而是八爪鱼、墨鱼及鱿鱼等没有外壳的鞘亚纲更加接近已经灭绝的菊石。
分类.菊石目下已命名了四个亚目，分别为菊石亚目（下侏罗纪至上白垩纪）、勾菊石亚目（上侏罗纪至上白垩纪）、叶菊石亚目（下三叠纪至上白垩纪）及弛菊石亚目（下侏罗纪至上白垩纪）。不过《古无嵴椎动物学论丛》（The Treatise on Invertebrate Paleontology）却只包括了菊石亚目、弛菊石亚目及叶菊石亚目，并将之分类在菊石亚纲之下；而勾菊石亚目则被看为弛菊