状、轻微和短暂的消化道不适如气胀、肚泻、蠕动紊乱、腹胀、腹痛、便秘、绞肚子及恶心。2019年6月13日，美国食品及药物管理局（FDA）发布通告称，因为接受了含有耐药细菌的粪便移植，两名患者发生严重感染，发生了产超广谱β-内酰胺酶（ESBL）大肠杆菌菌血症，一名患者最终死亡。这两名患者的粪便供体是同一个人。试验已被暂停，FDA在官网上发布了警告，并要求在FDA监督下，对进行粪便微生物移植的人员进一步筛查。
施行方法.本疗法可透过灌肠、结肠镜、胃喉、十二指肠喉或口服胶囊施行，最简单