日报曾分析马英九政府的谈判能力不足，另也有许多人士对直航的内容提出质疑，包括航线的规划如军方禁航区的影响、开放并花钱升级没航空公司飞的航点、开放台北松山机场弊大于利（松山机场增加的方便性不多，却会分散台湾桃园国际机场的客源及发展资源；废除松山机场也是台北都会区都市规划的许多难题的最好解答）、尚未获得对台有利的延远权问题以及货运直航（大陆方面也承认货运包机对台有利） 等议题。
两岸平日包机.2008年12月15日，两岸实现真正直航，同时实现常态包机。复兴航空松山－上海航班及深圳航空深