策中心与日本自卫队派出超科技战机「超级X3」，以超低温武器成功冷冻哥吉拉六小时，并以超级镉弹抑制了哥吉拉身上的核分裂。但哥吉拉心脏的温度仍在持续升高，只要炉心熔毁，将产生将地球炸开一个大洞的「毁灭性大爆炸」！就在对毁灭性灾难束手无策的同时，多年前芹泽博士用来杀死初代哥吉拉，残留在日本外海的氧气破坏素令太古生物复活，无数的太古生物大闹临海副都心，甚至变成集合体怪兽「戴斯特洛伊亚」。成长为「哥吉拉二世」的小哥吉拉(台译：力多尔)也来到东京，与戴斯特洛伊亚集合体展开大战，哥吉拉二世虽打败了集合体，与抵达东京的