上海的动车组3对，经停南京。自此南京前往合肥的所需时间由以往的4小时（经由宁铜线运行）缩短至1小时以内，合肥前往上海的时间也由以往的7小时缩短至3小时。2018年7月1日，上海铁路局实施新的旅客列车运行图，合宁铁路上运行的普速列车全部改由宁铜铁路、淮南铁路运行，合宁铁路目前仅有动车组运行。2018年7月1日起，合宁铁路与合武铁路同时提速至时速250公里贯通运营。
车站.合宁铁路途经的中间4个车站均为三等站，在通车当天并未启用，肥东站、巢北站及全椒站于2008年5月1日正式启用，