任中国国民党第三届中央监察委员。此后，还任过第4届（1931年12月）和第5届（1935年11月）中央监察委员。1931年（民国20年），任国民政府委员。1934年（民国23年）3月，任蒙古地方自治政务委员会委员。1935年（民国24年）5月，任行政院驻北平政务整理委员会委员。1939年（民国28年）8月，恩克巴图同汪精卫合流，任（汪派）中国国民党中央委员。11月，任伊克昭盟鄂尔多斯左翼后旗协理。汪精卫政权成立后，恩克巴图任汪精卫政权的国民政府委员，但因故也留任重庆国民政府的委员。1942年（民国31年