真菌分为十八个门，虫霉门也是其中之一。另一个争议点蛙粪菌是否属于虫霉菌，或应从虫霉菌中独立出来。1995年Nagahama等人的研究表明，蛙粪菌科和某些腐生真菌关系较近，也无明确证据支持其属于虫霉菌。2007年的分类系统将虫霉菌提升为亚门，蛙粪菌则地位未定，不被归入任何门或亚门中。2012年Humber将虫霉菌提升为门后，将蛙粪菌归为其下的一个纲，成为蛙粪菌纲（Basidiobolomycetes）。2018年Tedrsoo等人维持虫霉菌目门的地位，但将蛙粪菌从其下分出，成为一个独立的门蛙粪菌门（Bas