三世作为第六所普鲁士大学于1818年10月18日建立。这是普鲁士的第六所大学，其余五所是柏林洪堡大学、格赖夫斯瓦尔德大学 、哥尼斯堡（现俄罗斯的加里宁格勒）大学、哈雷大学和布雷斯劳大学（现波兰的弗罗茨瓦夫大学）。新建大学的动机是为两个新成立的普鲁士省份莱茵兰和威斯特法伦提供一个进行高等教育的场所。而选址波恩也有多重原因：首先，这里两座空置的主教宫殿能够提供足够的场地。其次，当时新兴的普鲁士希望在高等教育领域引入新的风气。而波恩原先的公国大学存在的时间虽然不长，但是普遍被认为深受启蒙主义思想的影响，符合普鲁士