内闹的新闻重伤新党形象。加上赵少康强制配票的策略，在台北市之外的选区无法见效，选举结果新党在直辖市长、立委、市议员得票数皆下挫。国会方面，执政国民党席次大幅领先，在野党无法透过结盟制衡执政党。
2000年后.1999年，新党提名李敖参选2000年中华民国总统选举，但许多新党公职人员如国大代表谢仲瑜、邱建勇、张馥堂、台北市议员许渊国却退党支持脱离国民党参选的宋楚瑜，立委朱惠良则转而与许信良搭档竞选总统，李敖更不断抛出「许信良、李敖」配、「李庆华、陈文茜」配等组合议题，引发新一波的内闹