府与清朝展开谈判，清军与法军未再爆发战事，但五月与六月之间澎湖流行瘟疫，法军病死若干，甚至司令孤拔也罹患赤痢，并快速恶化成贫血。6月9日，在英国的调停下，李鸿章和法国公使巴德诺（Patenotre）在天津签订了《中法天津条约》。6月11日，孤拔于澎湖马公因病去世。6月13日，远东舰队接获和谈通知，6月16日由李士卑斯代理舰队司令一职，前往基隆交换俘虏，并于6月21日撤离基隆，8月4日完全撤离澎湖，俗称西仔反的清法战争台湾战事才完全落幕。
影响.这场战争法军因赤痢、疟疾与霍乱