杨爱源任副指挥，统率4个军。反蒋军最后以败北告终。阎钖山一度流亡日本，将晋绥军托付给杨爱源和徐永昌，杨和徐对军队进行了缩编。翌年1月，杨爱源转任第34军军长。8月，阎钖山重归山西省，杨任晋绥军事整理委员会主任委员，重建并强化了晋绥军。9月，杨兼任山西清乡督办。1935年（民国24年），他对省内全体公务员、中学校教师和学生实施了军事训练。
阎钖山的忠臣.1937年（民国26年）抗日战争爆发后，杨爱源任第二战区第6集团军总司令，守备晋北。10月，他在第二战区前敌总指挥卫立煌的指挥下