五世达赖喇嘛管理，史称甘丹颇章政权。1653年4月，清朝政府正式授予五世达赖喇嘛金印、金册，承认他在西藏政治宗教上的地位。三藩之乱时，康熙帝与吴三桂都争取五世达赖喇嘛的支持，达赖则保持中立。康熙帝致信达赖，希望西藏与蒙古军攻云南，为达赖拒绝。1676年康熙十五年，受五世达赖推荐，第二任第巴陈列嘉错之侄桑结嘉错接替罗桑图道担任第巴。桑结辞以年轻为由，未接受，五世达赖乃为之专颁一道法旨，继续推荐。1679年，桑结嘉错就任，是为第五任第巴。1682年，五世达赖过世（当时西藏与拉达克等开战），桑结嘉错匿不发丧