近者提供士兵粮饷，远者献上盈余的财赋。四年（897年）二月，朝廷仍被战火摧残，人们认为朱朴没有兑现承诺。镇国军节度使韩建控制昭宗，诬杀昭宗近臣时任太子詹事善于天文的马道殷和时任将作监的许岩士。韩建又弹劾朱朴和另一宰相孙偓私通马、许，一并罢相。朱朴被罢为秘书监、夔州司马中外置同正员，八月又罢为郴州司户参军，本来因推荐朱朴而超迁至右谏议大夫的何迎这时也贬为湖州司马。朱朴在任上为韩建所杀。