叉骨为锁骨。根据这些特征，长鳞龙会是属于鳞龙超目，而非鸟类近亲的主龙类。
争议.因为这些类似鸟类的结构，长鳞龙处于「鸟类是否从恐龙演化而来」争论的中心。大多数的恐龙与鸟类研究者使用亲缘分支分类法研究，认为鸟类从类似伶盗龙的衍化兽脚亚目恐龙演化而来。早期的兽脚亚目可能都是恆温动物，并进化出简易的纤细羽毛作保暖之用，而这些羽毛后来变得更大及复杂，适合空气动力用途。这种说法一般都有化石证据支持（参有羽毛恐龙）。此阵营的科学家们通常认为长鳞龙是奇怪的双孔亚纲动物，有特别的鳞片，不明的头颅骨