教、白莲教与弥勒教等宗教组织再度变成反朝廷的起事军，并且希望利用佛教、道教等宗教的力量来维护社会秩序，但是严禁僧道参政以及弘法遭到限制，于是得到「皇粮」全面保障的佛教与道教演变成缺乏精神上的创新追求，亦脱离广大信众，民众转而寻求民间宗教作为慰借，而北直隶军人罗思孚则採用禅宗思想，开创了知名的罗教，罗教的无生父母之说，影响了所有的民间教派。明朝中期以后，佛教受皇室宗教活动加强的刺激与儒家的矛盾尖锐起来。这种矛盾促使部分士大夫强烈反对寺院修建并发表辟佛言论。集中体现这些政策精神的仍是儒家政治社会理念并倚赖士