交战，黄药师功夫着实了得，在「全真七子」的最大绝学「天罡北斗阵」之下，仍然能凭「桃华落英掌」掌法等高超武功以一敌七维持平手局面。第二次华山论剑，黄药师的「桃华落英掌」至「奇门五转」多套掌法下，三百招内仍无法撃倒郭靖，自认落败；后来逆练《九阴真经》的欧阳锋突然出现，黄药师运起「弹指神通」，哪知遭欧阳锋怪异无伦，一口咬住黄药师中指，无奈之下，连黄药师只得默认他「武功天下第一」。《神鵰侠侣》中提及，第二次华山论剑后由黄药师主持郭靖与黄蓉婚事，此后回归桃花岛闲居，但黄药师性情孤僻，不喜热闹，与女儿女婿同处数