通车7次延宕已损失34亿元，将向中央政府求偿。2016年4月，桃园市长郑文灿与交通部长陈建宇签署备忘录，交通部正式同意补偿桃园捷运公司因通车延后造成的所有损失。2016年6月28日，午后大雷雨导致桃园机场公司四号停车场排水管破裂，管线由桃园捷运机场第二航厦站大厅上方经过，而导致水从大厅宣洩而下，在站务人员及时处理下并未造成机电设备故障。2017年3月17日晚间9时30分至11时30分，桃园捷运机场线坑口站的号志系统在通车后发生首次讯号异常，导致部分北上列车受到8至15分钟的延误，造成8班次、450名