特五班学习，毕业后任军政部副。当时郭意欲率部直接投奔新四军，被陈毅劝阻，为此郭一度很不理解。1946年，郭勋祺出任26军官总队长、中央训练团团副。1948年，担任第十五绥靖区副司令，驻防襄阳地区。1948年7月，中原解放军发起襄樊战役。由于绥靖区司令康泽不听郭勋祺建议，将兵力重点部署在襄阳南门，导致解放军从兵力空虚的西门攻入城内，康泽、郭勋祺等都被俘虏。刘伯承闻讯，特电将其护送河南宝丰中原军区政治部；八月底之后，刘伯承、陈毅与郭勋祺做了长谈。1948年10月，郭勋祺提出入党，表示愿意返回四川，进行策反工