启彦居住的碧华花园业主立案法团代表开会时，法团主席黎树濠证实杨启彦染上退伍军人症，卫生防护中心也证实该其唿吸辅助仪器及家用泸水器中，发现退伍军人症病菌。2007年3月6日，杨启彦在香港殡仪馆举殡，以基督教仪式进行，曾荫权、陈方安生、陈祖泽、詹伯乐与田北辰等人均有出席，遗体随后移送到哥连臣角火葬场火化，骨灰安葬于香港华人基督教联会薄扶林道坟场。
家庭.杨启彦的妻子是刘咏霜，两人于1964年结婚，育有一子一女，皆已大学毕业。