后召问太子这件事，杨士奇顿首道：“太子仍然和以前一样孝敬。凡是这些迟迎的事情，都是臣等的罪过。”朱棣听后稍微平缓。而其他重臣仍然不断上疏弹劾杨士奇不应当独宥，朱棣遂命其下锦衣卫诏狱，之后释放。永乐十四年，朱棣返回京师，有听闻汉王夺嫡的不轨行径，于是问蹇义这些事情。蹇义没有回答，于是问杨士奇。他对答道：“臣与蹇义都是侍奉东宫的，其他外人不敢对我俩谈论汉王的事情。但是皇帝两次派遣其就藩，都不肯赴任。现在知道陛下要迁都，马上就请留守南京。这些请陛下仔细考察他的本意。”朱棣听闻后默然不语，之后起身还宫。居住数日