926年（大正15年）时再次独立复设置澎湖厅，1945年二战结束前共管辖二支厅。1935年（昭和十年），因荷兰籍船舰珠诺号进入时为军港的马公港，引发珠诺号事件。此事件导致台湾总督府和在台军部的对立。隔年（1936年），台湾恢复武官总督。小林跻造出任台湾总督。
中华民国.1945年第二次世界大战日本战败后，澎湖列岛由中华民国政府接收，设立台湾省澎湖县。1949年，发生澎湖七一三事件。1950年，国府在台澎实施地方自治。澎湖县举行首届民选县长选举，选出首任民选县长李玉林。由