牵连的军人退役，替换以国防部长为首的陆、海、空三军首脑。对62%的军级军官和39%的师级军官进行了变动。通过肃军运动中，金泳三打破了韩国40余年来军人执政、干预政治的传统，使军队远离政坛纷争。金泳三非常重视监查院的作用。1948年成立的韩国监查院在朴正熙、全斗焕等军人执政时期长期以来由军政府亲信控制，形同虚设。致力于恢复监查院作用的金泳三，在当选总统后任命没有政党背景，长期从事法律工作的李会昌为监查院院长，使监查院成为不受青瓦台控制的独立匡正机关。在李会昌的领导下，监查院伸展到上至总统秘书室，下至地方政