因此三人渐生嫌隙。1918年4月，滇系和桂系开始排挤孙中山，改大元帅首领制为七总裁合议制，邀西南各省军阀为总裁，由于职权遭到架空，孙中山在1918年5月4日辞职，离开广东到上海。护法军政府在此之后开始内战，桂系试图清除在广东的滇系战力，因此逮捕滇系将领张开儒、枪杀崔文藻，将滇系军队逐出广东，陆荣廷的桂系势力达到其权力之顶峰。1920年，直皖战争在北方爆发，与此同时，桂系发动第一次粤桂战争，派兵攻打亲孙中山的粤系陈炯明和许崇智所辖军队，却被击败，退回广西。孙中山遂从上海返回广州，于1921年4月改组军政府