阿南坑庄为邻，西北与大湖庄、兔仔坑庄为邻，东北边为山仔脚庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于桃园厅，编入第十七区。1905年（明治三十八年）7月，第十七区改称「树林区」。1920年（大正九年），该庄改制为「石灰坑」大字，隶属于台北州海山郡莺歌庄，大字下有「上斗门头」、「风炉坑」、「石灰坑」、「下斗门头」小字名。1940年，莺歌庄升格为莺歌街。战后莺歌街改制为莺歌镇，隶属于台北县，大字亦改制为里。1946年8月，莺歌、树林分治，本地区改隶属新成立的树林镇。2010年12月，台北县升格为