加上垃圾暴露于空气中，佐敦谷渠经常为牛头角、佐敦谷及淘大花园带来环境卫生方面的困扰。由于佐敦谷渠中的污水一向为社区带来环境及卫生问题，渠务署以往都有在佐敦谷渠的两岸进行绿化工程，例如将传统明渠旁的混凝土坡及旧花岗石墙，更改为绿化的草坡。渠务署于2005年1月宣佈斥资12亿港元为香港的16段明渠进行覆盖工程，佐敦谷明渠亦被包括在内。由于该区的工程和土地问题比较复杂，所以工程于约2011年才完成。现今原明渠上方的地带已经铺上混凝土，部分地段被建设为绿化带，接近淘大花园一段的渠道的上盖被更改兴建为游乐场。