明郑王朝郑经时期，由明郑水师诸镇合建，当时该庙位于台江内海的海滨上，而每当中秋时节郑军水手们会聚集于此庙进行中秋博饼的活动。该庙此项活动一度中断，但近年来已恢复举行。入清之后，该庙于干隆六十年（1795年）由台湾道道台杨廷理捐款整修，于嘉庆元年（1796年）完工，此后当地居民便在庙中供奉杨廷理的禄位。后来到了道光十五年（1835年），绅商周清老与海澄县儒学黄化鲤等人重修此庙，事后立碑及增加供奉的长生禄位，即今该庙尚存的「重兴总赶宫碑记」与「黄化鲤长生禄位」。进入台湾日治时期后，该庙在明治三十六年（1