，3000番台实际运用上却是常驻在后藤总合车辆所出云支所，实际上的车辆管理也是委託JR西日本一併管理。2007年时，行驶于东京～高松间的「日出濑户号列车」（1999年至2009年多客期时会延长行驶至松山，2014年起多客期延驶至琴平）与行驶于东京～出云市之间的「日出出云号列车」会在东京～冈山之间一起併结运转。到达东京的车辆，白天时会停放在东京总合车辆中心田町中心。併结运转的区间，不管是上行或下行的列车，「日出濑户号列车」的编组位置都是在前方，也因此可以维持如下的循环应用：出云市→东京→高松（松山）→东京