任军长。11月至1949年1月，参加平津战役，首先攻克昌平、沙河，继而在兄弟部队配合下攻占国军供应基地丰台，同兄弟部队一道完成对北平的包围。1949年4月起，任中国人民解放军第四野战军特种兵司令员。
中华人民共和国成立后.中华人民共和国成立后，万毅任中共中央中南局委员。1950年10月起，任军委炮兵第一副司令员兼东北军区炮兵司令员，炮兵学校校长。1952年8月至1954年9月任第二机械工业部副部长。1953年9月，任解放军总参谋部装备计划部部长。1955年被授予中将军衔，获一级独立