车站大楼的拱廊，连接的较小型车站（现为滑铁卢东站），轨道几乎与滑铁卢车站的轨道垂直。而乘客亦多被这种佈局混淆，并将这两个相邻的车站统称为「滑铁卢车站」。1897年起旁边设立了。这个复合造成的混淆成为19世纪末作家和音乐厅漫画的笑话，包括杰罗姆·克拉普卡·杰罗姆的《三人同舟》（参见下面）。
重建.到了1890年代末，伦敦及西南铁路承认主线铁路无法直达伦敦市。于是在1898年，公司开设了滑铁卢及城市铁路，是一条地下铁路，并直接来往滑铁卢和伦敦市内，使用城市及南伦敦铁路8年前使用的