功连任后，持续推动两岸协商谈判、并进行两岸领导人会面，同时和新加坡、纽西兰、日本、菲律宾签署经济或渔业协定。然而，在核四发电厂运转、海崃两岸服务贸易协议、自由经济示范区、十二年国教、高中历史课纲微调等政策上，则引发国内正反意见热烈讨论。此外，瘦肉精美牛事件、油电双涨、证所税争议、毒淀粉事件、洪仲丘事件、阿帕契打卡案、林益世索贿案、台北双子星弊案、九月政争、顶新黑心油事件，使得许多民众对马英九政府丧失信任。而周子瑜国旗事件，更是对选情带来突变的影响。随着民怨迭起，一名义务役士官洪仲丘遭到体罚死亡，