生于书香世家，祖父阎世科是万历三十二年（1604年）进士，官至辽东宁前兵备道参议。若璩幼患口吃，资质愚钝，记性不好，读书数十遍还背不熟。直到十五岁时，忽觉开朗，读书竟过目不忘。赴博学宏词科时，曾与汪琬激辩，若璩引用《檀弓》记“子张死，曾子有母之丧”推论，孔子在世时，曾子的母亲还健在。汪琬哑口无言。康熙二十九年（1690年）受徐干学聘纂《大清一统志》。曾潜心研究《古文尚书》三十余年，撰成《尚书古文疏证》八卷。阎若璩晚年老病，好胜心仍重。康熙三十八年（1699年），康熙帝南巡，驾幸淮安时，曾召见阎若