军事指挥官与政府领导高层提出战争罪刑的控诉，在经过法官审判处理后于11月12日执行判决结果。其中包括前日本首相东条英机、中国派遣军总参谋长板垣征四郎、驻缅甸方面军司令官木村兵太郎、日本陆军参谋本部参谋军官土肥原贤二、前日本首相广田弘毅、华中方面军司令官松井石根与第14方面军 (日本陆军)参谋长武藤章等人被判处死刑，另外还有16人则被远东国际军事法庭判处终身监禁，不过后者绝大部份人在1955年日本重新获得主权后得以假释出狱。1978年时，有14名被远东国际军事法庭认定为甲级战犯者被允许供奉在靖国神社内，这使得