离开美国前往台湾。1996年，吾尔开希移居台湾，在台中市定居，后取得中华民国身份证。在台湾，他曾担任过电台主持人与政治评论家，后投身IT和金融界。他亦曾批评总统陈水扁「宛如共产党」，也曾批评总统马英九帮共产党说话。2004年1月吾尔开希曾到香港出席梅艳芳的葬礼。他是继柴玲之后第二个到香港的天安门事件的学生领袖。他在机场发表了一个公开声明，表示希望中国新领导层能够让当年的学运领袖返乡探望在中国大陆的家人。
请求回中华人民共和国境内探亲.2009年6月3日晚上，吾尔开希带领一票记者