加强巡逻。2005年6月21日，末班2057次高雄往台东的自强号列车行经内狮车站时因铁路的鱼尾钣遭破坏，列车因而出轨。此次列车虽然只有出轨倾斜，但也造成旅客受伤；同年8月21日电缆线遭破坏。2006年3月17日，台东往高雄的96次莒光号列车行经内狮车站与枋山车站间，又因铁轨遭破坏而出轨，车头R104严重损毁，因无法修复，事故后解体于高雄机厂，四节车厢也翻覆至一旁的莲雾园中造成1人死亡、2人受伤。
损失与后续.2006年3月的事故中造成柴电机车R104号与莒光号客车35FP