敌失利，各军溃败，杜俞在后方料理军储，振旅全师。光绪二十一年（1895年），杜俞总理湘鄂各军营务处，“以湘楚之营制，练秦西之新法”，一定程度上提高了军队战斗力。但是，由于清廷缺乏财力，军队武器简陋，故未能有大成效。光绪二十二年（1896年），杜俞交军机处存记，并着遇缺即补办两江营务处总理。光绪二十四年（1898年），江苏、浙江两省的盐贩结党走私，甚至持械抗拒清军，杀伤清军多名兵勇，苏州、常州地区大为震动。两江总督刘坤一命杜俞总统抚标湘军，驻吴江县平望镇进行缉捕，杜俞迅速将太湖等地的枭匪肃清，奉旨赏加