党青工会与情治单位透过教育部迫使东吴大学校方在政府压力下，于1983年6月29日以当时通行的「不予续聘」方式解聘，被称为东吴大学政治系事件。黄尔璇其后参与台湾人权促进会与初期台湾教授协会的发起与活动，黄尔璇是民进党建党10人秘密小组成员，并且参与民主进步党祕密建党小组推动建党工作、担任建党委员会执行长及政策组召集人。1986年12月民主进步党成立时担任建党秘书长，连任两届。黄尔璇致力于民进党党章、党纲的草拟及整合，初期党组织殆为黄尔璇所手创。他也曾任《民众日报》主笔、《自立晚报》主笔、《台湾评论杂志》发