停止一切文笔活动。1945年退官隐居于群马县长野原町北轻井泽大学村。1951年获颁日本文化勋章，同年妻子千代辞世。1961年脑软化症併发，入院群马大学中尾内科，1962辞世。曾提出「种的逻辑」、「忏悔道」等哲学概念，在京都学派里属于他力立场（倾向于净土真宗）的哲学家，批判西方启蒙传统的自力（理性），除了其弟子外影响较小。台湾数理逻辑学家黄金穗（1915-1967）也是其指导学生。
思想.
种的逻辑.1930年，田边元的思想路线开始与西田几多郎分歧，他认为西