袭封衍圣公，给四品印。袭爵后，孔思晦请求朝廷新置典籍、管勾、司乐3人，分掌书籍音乐，钱谷出纳。庙宇、碑刻、祭器、礼器等皆整饬一新。编修孔氏谱牒，刻谱于石，以垂永久。得朝廷之命，恢复尼山祭田150亩，岁收入粟48石，又获命增置尼山书院，重开邹县子思书院。元英宗至顺元年（1330年），他上书请追封孔子之父叔梁纥为启圣王，母颜征在为启圣王夫人。泰定四年（1327年）升嘉议大夫，改给三品银印。卒于元文宗至顺四年闰三月十二日（1333年4月26日），享寿六十七岁。夫人张氏；有一子孔克坚。