有写有「慈芘兵戎」匾额，其他梧栖万兴宫、梧栖真武宫、大甲镇澜宫、清水紫云巖、大庄浩天宫也有赠。1971年，年久失修，遂成立改建委员会，由赖玉振主事，同年11月间正殿完工。1978年，改组为管理委员会，由朱火木出任主任委员。1995年，台湾省政府欲拓宽台一线纵贯公路为四线道，因通霄段需要拆移慈云寺，由台湾省省长宋楚瑜协调，使工程终得顺利进行。该年7月7日，苗栗县政府召开玉泉村樟树伯公庙、慈云寺拆迁协调会，其中对慈云寺的结论道路先以30公尺拓宽，等将来再拓宽至40公尺时往西侧慈云寺方向办理拓宽。