十二年（1842年）中英《南京条约》签订，将厦门和福州均辟为通商口岸，向外国商人开放。1902年在厦门还开辟了鼓浪屿公共租界。在洋务运动中，左宗棠开办福州船政局及船政学堂，成为近代中国海军的摇篮。光绪九年（1883年），中法战争期间，法国袭击了马尾军港。清代福建的科举文教兴盛，进士数量居全国前列，培养出大批官员和文人。到了清末新学兴起，福建作为船政学堂的所在，也产生了大量近现代知识分子。清朝，福建人持续向海外移民，海外福建籍华人人口剧增。到了清末，部分海外福建华人回国创办实业甚至资助中国革命