返回中国.1917年返回中国，在广州担任大元帅府秘书。1918年至1920年期间，担任非常国会参议院秘书兼《广州时报》编辑。
广州市长.1921年，任广州市长兼珠江治水督办。1922年，孙科到香港处理讨伐陈炯明的筹款工作。孙科年轻时任性，在1923年担任广州市长期间，曾经因征讨陈炯明为发滇桂军军饷筹措问题与素有芥蒂、时任大元帅府秘书长的胡汉民发生冲突，以致于其父孙中山盛怒之下几乎要亲手将其枪杀。1923年2月，再任广州市长。1923年10