性流纹岩火成岩所构成。大约于9000万年前到5000万年前形成，为澎湖群岛最古老的岛屿。从地质年代上来看，澎湖群岛的地质主要是由更新世火山作用造成，可以从岩层构成年代分为数个地质层，由新至老分别为海滨堆积层、湖西层群、小门屿群以及渔翁岛群。但花屿的石英斑岩硅质岩层却较渔翁岛群更为古老，为古生代至中生代的岩体，地质上与中国福建较为类似。岛屿外形略成三角状，整体来说地势由东北倾向西南，东西两侧高起，中央低平呈马鞍型方山状。东半部烟墩山海拔53公尺，为花屿的最高点，西半部最高点建有花屿灯塔，海拔约40公尺