号的最后一任船主将它装载超过保额的货物（其中包括靴子与猫食），打算将它弄沉来索取赔偿。不过这项阴谋没有实现，因为玛丽·赛勒斯特号顺利抵达海地，后续的调查也揭发这场骗局。2001年8月9日，一组由克莱夫·卡斯勒（Clive Cussler，代表国家水下与海洋组织）率领的探险队与加拿大的电影制作人约翰·大卫斯宣佈他们已经在海地发现这艘帆船的残骸。考古学家詹姆斯·P.德尔加多（James P. Delgado）根据海湾探勘与分析船只的结构、材质、压舱物与被火焚毁的痕迹来确定这些残骸是属于玛丽·赛勒斯特号。