年1月1日，日本奥委会设立「日本奥委会体育奖（）」；奥委会官方会刊《奥林匹克》于同年2月14日正式创刊。2000年8月28日，日本奥委会决定由大坂申办第29届奥运主办权，但最终不敌北京。2001年及2003年，大坂及青森分别成功主办第三届东亚运、第五届亚冬运。2006年8月31日，日本奥委会决定由东京申办第31届奥运主办权，但最终由里约热内卢夺取。由于日本政府对财团法人制度进行改革，日本奥委会于2011年4月1日被日本财务省增进为公益财团法人组织（）；日本奥委会于同年7月16日在该会成立100週年庆祝大