懋辛生于四川荣县方家冲一个富裕人家。但懋辛之父是一位医生。但懋辛自幼入私塾，12岁时赴井研县私塾学习，和熊克武是同学，老师是吴蜀筹。1904年，但懋辛18岁时，和熊克武考取成都东文学堂（即留日预备学堂）。同年12月，但懋辛、熊克武自上海赴日本横滨，随后到东京。此后，他们首先在东京大成中学补习日语，后入东斌学堂学军事。当时，清政府严禁自费留学生学军事，东斌学堂则是一所私立振武学校，由日本士寺尾亨博士为支持中国革命而创办。1905年7月25日，补习班的翻译程家柽下课时在黑板上写下：“孙逸仙先生到了东京。”仰慕孙