陈水扁主政下的执政党政府任命为总统府副秘书长。
陆委会主任委员.2004年5月20日，吴钊燮卸下总统府副秘书长的职务，被重新任命为行政院陆委会主任委员。
驻美代表.2007年4月10日，吴钊燮出任中华民国驻美代表，成为中华民国首位有民主进步党籍身份的驻美代表。在吴莅任后不久，即在双橡园创下一晚同时宴请马绍尔、帛琉、吉里巴斯和诺鲁等四位大洋洲国家总统的纪录，其后他也曾在双橡园宴请萨尔瓦多总统埃利亚斯·安东尼奥·萨卡及随行要员。吴钊燮担任驻美代表期间，在美国公