从此大船便没有办法驶进艋舺，艋舺日渐萧条低沉，大商贾也相继搬迁到大稻埕。
日治时期.1896年，庙址作为台北厅艋舺区长役场。同年，台北本岛人绅商协会此创设。1903年，日人在此设教育公堂。1919年，日本政府开辟今日的广州街，于是寺前水池改成喷水池，寺前土地转于台北市市役所。该年，住持福智和尚（原名吴灿明）捐出积蓄七千二百元，并由地方集资，聘请王益顺设计图样，邀得陶匠洪坤福、雕花匠杨秀兴、石匠辛阿救、蒋金辉、彩绘洪宝真廿多位至台湾，此后和艋舺清水巖、大龙峒保安宫并称台北三大