平升为行在，后又在行在设立六部，称「行在六部」。朱棣随后着力经营燕京，兴修宫殿、疏浚运河，并经常前往燕京办公。永乐十八年，朱棣正式迁都北京，北京成为京师，不再称行在。金陵应天府则变为陪都。朱棣死后，明仁宗朱高炽登基即位。仁宗希望明朝的首都恢复在其太子监国时的故地金陵（南京），又将北京改为行在，但因仁宗即位一年便去世而无以为继。直到明英宗正统六年，北京才恢复名义上的京师地位，不再称为行在。
西安.清末八国联军攻陷北京后，慈禧太后与光绪帝出逃至西安，据闻8个月耗资达12万两白银。