教官、30名中方教官和150名学员组成。1939年6月，成立水巡队，由原北洋海军第二舰队司令（后任绥靖部水巡司司长）许建廷指挥，负责海岸线和内河航道的警戒。然而，可供执行任务的船只很少。1939年7月，各绥靖区队进行扩编和改编，成立南京警备总队和苏州市、常熟、无钖、扬州、杭州、蚌埠、庐州7个区队；同时，绥靖部增设水巡司。1939年11月，扩编后的军队已达3万人。由于急需军官，军校的训练课程被迫缩减。1939年12月21日，接收日本海军移交的几艘小型快艇，1940年3月初建立长江水巡队司令部和水巡队南京基地部