道教协会于1980年恢复工作，黎遇航当选为会长。1987年主持创办《中国道教》杂志并任社长。1990年中国道教学院成立后，他又出任院长一职。1992年起退出领导岗位，改任中国道教协会顾问。此外，他还曾任第五届全国政协委员，第六至八届全国政协常委，中国和平统一促进会常务理事，中国残疾人联合会理事等。2002年12月20日，他在北京羽化，终年87岁。