诏命其任贵州按察使司佥事，后改江西提学佥事，陈琛皆以母老力辞不赴。嘉靖二十四年（1545年）闰正月二十一日，陈琛在家中病故。
遗迹.陈琛墓为泉州市级文物保护单位，位于晋江市秀林山麓，其墓志铭为张岳所书。嘉靖三十八年，泉州府知府熊汝达于泉州府文庙东（今育英门之左、华侨大厦新楼中段偏西一带）建陈琛专祠，专祠于1979年因泉州兴建华侨大厦新楼拆除。陈琛有两处故居，一处位于陈埭镇涵口村，门楣匾额“紫峰陈先生故宅”为清朝的泉州末代状元吴鲁所书。另一处位于泉州市区西街裴巷内陈厝巷。Se