策划发起暴动，被毛森发觉，大举逮捕地下党成员。在中共即将攻陷上海前夕，毛森将被捕的地下党成员全部处死，并于5月24日逃往厦门，被任命为厦门警备司令部中将司令，与汤恩伯同守厦门。厦门陷落后，毛森以个人身份组织了「东南人民反共救国军」，自任总指挥，以台湾和舟山群岛为据点策划反攻大陆。同年，军统与中统被取消，特务领导权被蒋经国所据。翌年毛森被改任台湾省警务处处长，但他志在反攻大陆，准备前往泰缅边境组织国军残部从事反共游击活动，拒绝了这个任命。他在泰国的活动引起李弥亲信的不安，又批评台湾驻泰人员与李弥亲信，俞济