有机化学研究所首任所长。2017年，中国科学院上海有机化学研究所与华东师范大学联合建立庄长恭研究所，以庄长恭先生命名以表纪念，研究内容侧重于有机化学。
生平.庄在泉州中学毕业后，入北京农业专门学校（前京师大学堂农科大学，现在中国农业大学）学习农业化学，专门学校毕业后，得奖学金留学美国，1921年得美国芝加哥大学学士，1922年得芝加哥大学硕士，1924年得芝加哥大学博士学位。1925年回中国，任东北大学化学系教授兼主任，后转到武汉大学教书，1931年到德国，在慕尼黑大学和哥廷根