建立南梁，他复任山阴令。丘仲孚擅长处理政务，应付变化，得到吏民敬佩顺服，治理号称天下第一。之后他获超迁车骑长史、长沙内史，不满一年又征任为尚书右丞，迁转为尚书左丞，擢任卫尉卿，获得恩遇。当初朝廷建造神龙阙、仁虎阙，任命他领任将作大匠，事成后外任安西长史、南郡太守，改任云麾长史、江夏太守，代行郢州州府事，母亲逝世时改为代理官职。后来丘仲孚因事被连坐除名，不久再次起用为司空参军，很快迁为豫章内史，在郡内保持节操，很快去世，虚岁四十八。朝廷追赠给事黄门侍郎，他的丧事举行时，豫章军内的老少都号哭送葬，车轮没法前进。