由于深受神宗信任的辽东总兵李成梁后期的腐化堕落大肆谎报军情，骗取军功封赏，在军事打击目标上偏袒努尔哈赤所部，导致明朝末年边患严重，并最终导致满清入主中国。由于神宗不理朝政，缺官现象非常严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委顿于上，百官党争于下，明廷完全陷入空转之中。官僚队伍中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、崑党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。因此明史言：「论者谓：明之亡，实亡