, 于1991年正式命名了囊泡虫总门(Alveolata),在当时还认为这可能是一个并系群, 实际上后来证实是单系群.某些研究认为最着名的海洋无嵴椎动物的寄生虫haplosporid应该属于囊泡虫总目，但缺少腔区(alveoli)，因此现在被分类在有孔虫界的丝足虫类.
发展.囊泡虫的色素体的发展还不确定. 卡弗利尔-史密斯建议囊泡虫的祖先是一种有叶绿体的，并发展成了色藻界 (囊泡藻界假说). 但是，色素体只出现在相对衍生的(而不是比较古老的)群体, 其它人的观点是囊泡虫最初缺少