发生的，通常机率很低。在大多数生物中，单一核苷酸的突变率很低，约在每世代每核酸10~10，不过在病毒中有时可高达10。因为突变很少发生，它们是很缓慢地随着世代累积。随然每个世代产生的突变数目并不固定，但长时间下来突变会以固定的速率累绩。比较序列之间单核苷酸多态性的数量，除以每世代的平均累积的突变数量，可以估算出两个支系分歧了多久，此方法称为分子时钟。取决于新突变的相对适应度，新的突变可能被不同的演化力量影响。如果新突变对个体有利或有害，会受天择影响，如果是中性（不影响适应度），则主要受遗传漂变影响。参见