5年（清光绪21年）清军在离台前，恆春知县欧阳萱奉令秘密焚毁南台湾鹅銮鼻灯楼、石墙，以及石路码头。灯塔在9月13日摧毁。
台湾日治时期.在1898年（日本明治31年）日治时代时灯塔整修完成，是大日本帝国最南端的灯塔，1904年（明治37年）灯塔架设电话线，是为恆春地区第一部电话。二次大战时灯塔遭盟军空袭毁坏。当时日本人重建的灯塔，白色的塔身在海拔五十五公尺，高出地面十八公尺，周围一百公尺是铁铸圆柱形，内分四层，顶端有二万六千烛光的一等白烛光，可照射二十海浬。Section:::