清查安徽省各属仓库亏缺之数目。因亏空公款尚未补完，被传旨申饬。二十三年（1818年）安徽巡抚。宿州、灵壁县因为睢河堤堰崩塌未重修，连年水患；康绍镛亲自前往视察、奏请修复。又修筑无为州黄丝滩临江堤一千二百余丈。以太湖县等县水灾，奏请缓征获准。先后捕获凤阳府、颍州府等府土匪五十余人，置诸法。康绍镛清查后上奏开列安徽省亏空一万两以上之知县，嘉庆帝下严旨将多人革职并监控、追索欠款。二十四年（1819年）安徽巡抚。闰四月一日改广东巡抚。九月，兼署两广总督印务。二月，因宿松县民王金秀被盗劫案悬宕三年，下部议处。