深海潜艇担任工程官；在密歇根号弹道导弹核潜艇（SSBN-727）担任执行官；1991年3月到1993年7月于火奴鲁鲁号攻击核潜艇（SSN-718）任舰长。随后乔纳森开始指挥舰队，包括：1996年7月到1997年6月，兼司令；1997年7月，开始担任第7舰队参谋长；1998年10月到1999年12月，司令;2004年8月到2006年9月，担任第7舰队司令；2007年9月到2009年7月，美国海军舰队司令部司令。乔纳森还曾在若干支舰队从事支援性和财务管理工作，包括：参谋部火控官；海军作战部长室规划分析、