十年（1551年）二月，自陈致仕。得到批准，因濒行疏谢中被摘出有不敬的字，被罢免为民。次年十月，兵部尚书赵锦因依附仇鸾而戍边，再次请求翁万达起用代替。但诏书未抵达，他已经去世，享年五十五岁，追赠太子少保。翁万达为人孝顺。其亦喜好谈性命学，与欧阳德、罗洪先、唐顺之、王畿、魏良政为友。为人通古今、刚介坦直，勇于任事。并能够身先士卒、善于保护鼓励将士。隆庆年间，追谥襄毅。
着作.着有《稽愆集》、《稽愆诗》、《东涯集》外，尚有见诸目录家着录的《总督奏议》、《三镇兵守议》、《平交纪略》和