1日中华人民共和国成立，北平医院更名为北京医院，1950年2月毛泽东为北京医院题写院名。1949年10月14日，第一批苏联专家来院协助并指导工作，至1959年撤走时陆续共有28位苏联专家在该院工作。1953年4月，北京医院由军委卫生部领导改为中央人民政府卫生部（1954年改为中华人民共和国卫生部）领导，并因此长期使用卫生部北京医院作为医院名称。从1949年到1953年，在军委卫生部接管的近四年多内，该院新建一座面积4803平方米的门诊大楼，并从全中国各地选调大批人员，从原军队建制改成地方建制，1953年