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系统发生学.以下简易版的爬行动物演化树，龟鳖目曾与众多史前副爬行动物一起归类为无孔亚纲，但后来的遗传分子学研究多支持龟鳖目位于主龙类所在的双孔亚纲演化支之中：
演化历史.最早期的爬行动物，出现于石炭纪晚期，约3亿2000万-3亿1000万年前，演化自爬行形类（Reptiliomorpha）。林蜥是已知最古老的爬行动物之一，身长约20到30公分，化石发现于加拿大的新斯科细亚省。西洛仙蜥（"Westlothiana"）曾被认为是最早的爬行动物，但目前被认