第五和第六游戏机世代发行了多部游戏。因为艾尼克斯长期对手史克威尔宣布为索尼PlayStation独占开发游戏，艾尼克斯于1997年1月宣布将为任天堂和索尼两方的游戏机发布游戏。这使得艾尼克斯和索尼两方的股票皆大幅上涨。1999年11月，艾尼克斯列入东京证券交易所表明“大公司”的第一部。
与史克威尔合并.2001年6月，因为网络游戏越来越高的开发成本，艾尼克斯表示，有兴趣同史克威尔和南梦宫在这方面合作。同月，艾尼克斯为发行Game Arts公司的格兰蒂亚系列，购买了该公司价值9,92