东京为政治中心。天皇皇后移驻东京之后公卿、诸藩主、京都的政府官员和市民纷纷要求取消行幸，政府为了安抚民心发布了安民告示。甚至提出迁都名古屋的折衷方案。
政府机能转移.京都保留京都御所。到明治4年（1871年）为止，刑部省、大藏省、兵部省在京都的留守机关完全关闭。明治3年5月留守官从京都府迁往宫中，同年12月和京都宫内省合并，明治4年（1871年）8月23日废止。行政机能完全转移到东京。
京都还幸延期.明治3年（1870年）3月14日，以东北地区尚未平定