称清江浦因知名度甚高，仍被习称多年。1853年太平天国占领南京，致使漕运被阻；1855年黄河大改道，使运河山东段淤塞。1860年清江浦20华里长的街市被前来抢粮的捻军彻底焚毁。1865年建造城墙，规模收缩，仅将中心区官衙附近修在城内。1872年，轮船招商局在上海成立，从此漕运和南北客运大多数改走海路；1912年津浦铁路通车。清江浦失去交通上的优势，迅速衰败下去，仅成为附近十余县范围普通的商品集散地。1914年，为避免同名，清河县改名为淮阴县。1951年，又划出城区设立清江市，作为淮阴地区公署所在地。