号隧道」须通过能高山，光是地质探勘之用的导坑就有15.1公里长，一旦贯通，预估工程费用将耗资新台币50亿元，其长度将超过雪山隧道，其工程难度更甚。第13号隧道隧道计画在海拔高1,200公尺处左右穿过海拔3,000余公尺高的能高山之山腹，其地质存在着地热、断层、岩爆、涌水等不确定因素，而其中最大的工程问题在于岩爆，受到隧道上方的地层被覆挤压，其压力随岩覆之增而增，在海拔1,200公尺处开挖隧道，其岩覆将至少有1,500公尺，因此岩爆深危工程人员的安全，也会摧毁工程机具而难以进行。此外，长隧道还存有通风问题，因