。在1970年代，由于湖水酸性化的影响，湖中生存的鱼种数一度减少，但现在酸性化的影响已经消失。曾有爱努人在自洞爷湖流出的壮瞥川中捕获大马哈鱼的记录，但这些大马哈鱼是否产自洞爷湖则不得而知。洞爷湖中的红鳟鱼最早放流于1903年，放流的红鳟鱼系来自阿寒湖。1908年，又放流了来自支笏湖的红鳟鱼。1930年时，渔获量曾达到全年25吨。在渔获量最多的1950年代时，渔获量曾达到约100吨。但由于矿山废水导致湖水酸性化，使得渔获量急剧减少。之后随着水质得到恢复，1986年时渔获量恢复到50吨。西太公鱼则是在1