八月，整顿辽东军务。巡抚陈钺贪婪凶暴，将士稍有小过总是罚其交纳马匹，由此马价勐涨。文升上奏安定边防十五件事，因而请禁止罚马，陈钺为此对马文升怀恨在心。马文升回到兵部转左侍郎。成化十四年（1478年）春，陈钺由于滥杀、冒功引起激变，宦官汪直想自己去平定。明宪宗命令司礼太监怀恩等七人到内阁会同兵部商议。怀恩想派大臣前去安抚，以阻止汪直前往，马文升立刻答应说。怀恩回复明宪宗，明宪宗即命马文升前往。汪直不高兴，要自己的家臣王英一起去，马文升谢绝。马文升疾驰到镇，宣读圣谕抚慰众人，无人不听安抚。又请求对以前因平定也先