东吴政权的统治下，时有起兵反叛，公元207-公元208年（建安十二至十三年）福州人吕合与秦狼起兵反叛，孙权派吕岱和蒋钦前来讨伐，平定叛乱。公元235年（嘉禾四年）福州人随春起义，孙权刚派吕岱发兵讨伐，随春就投降东吴。三国时期，福州成为东吴的造船中心之一。西晋于282年（太康三年）设晋安郡，郡治在原丰县（即今福州）。晋安郡第一位太守严高修筑了福州子城，开凿福州东西二湖以及运河（即今天的晋安河），形成早期的福州城市格局，也奠定了后世福州城的雏形。福州子城向北延伸至屏山脚下，宽232步，有5座城门，外围是护城河，