师生、校友一同举行对校部的告别仪式，翌日正式开展了重建计划。随着2007年9月15日的告别仪式完结后，校园清拆工作随即开始，预料需要2个学年的时间进行清拆工作，同年，澳门高等校际学院 (今圣若瑟大学)正式迁入青洲与圣中共用新校舍，并成为全港澳（以至全亚洲）唯一一所具备幼稚园到大学各阶段完备的一条龙学习阶级的学校。圣若瑟学校校方曾指2012年将建成新校舍，但直至2012年初，原校址仍是一片荒芜，直至2017年才正式使用，比预期迟了五年。
政府立案.圣若瑟教区中学在1980年时向教