运使的身份，独撑大局，变卖田产，组织团练，维持地方治安。同治二年（1863年）十月，他更亲率二千精兵，进攻被戴潮春佔据之地，同年十二月戴氏乱平，闽浙等督抚打算重用林占梅，林却一概婉谢；可能是树大招风，接踵而来的闲言闲语令林占梅无意仕途，又因为与郑用鑑（郑用钖从弟）家族缠讼，同治七年（1868年）郁闷去世，享年还不满50岁。