元属初犯，认错态度很诚恳，按照中国共产党“惩前毖后、治病救人”的方针，朱德与中共中央纪律检查委员会的人员研究后决定，对戴镜元作出留党察看的纪律处分，以及免去职务的组织处理，收回其住房改为公用，同时取消其1955年中国人民解放军授衔参评资格，下放到北京市崇文区一家工厂劳动改造。后来，戴镜元出任中共北京市东城区委书记处书记、区长等职。文革后期，中共中央军委恢复了戴镜元的职务和工作。戴镜元任中国人民解放军总参谋部第三部部长、中国共产党中国人民解放军总参谋部第三部委员会书记。他还先后当选为中共十一大、中共十二大