不幸被国民党特务杀害后，他很悲痛，为李兆麟治丧、送葬。土地改革运动中，马忠骏因为自己的旧官僚身份以及所拥有的大量土地而感到担忧。中共哈尔滨市委征得中共中央东北局李富春、陈云的同意后，决定把马忠骏的成分定为“实业家”加以保护。哈尔滨市市长刘成栋还为马忠骏的遁园签发了“军民人等不得擅自损毁或占用”的证明。马忠骏对此十分感谢。他还把珍藏的古籍和文物捐给了正在筹建的东北图书馆。中华人民共和国成立前后，他的4个子女先后参加了中国人民解放军和中国人民志愿军。他于1956年5月任哈尔滨市政协委员。1957年6月1日，