过由于湖内食物来源不多，生长于湖内的鱼体型也偏小。1930年7月，在摩周湖内放养了现被列为特定外来生物种的信号小龙虾作为鱼饲料，原本这些小龙虾平均长度为10公分左右，但1985年曾在湖内捕获长达30公分的小龙虾，而这些放养的鱼类与甲殻类生物也造成湖内水蚤急速减少、浮游植物增加，使得水质恶化。
地质历史.摩周湖一带的火山活动起于约3万年前。在山顶崩塌以前，是标高2,000公尺左右、山容如富士山的成层火山。当时外围是安山岩质熔岩流形成的外轮山。约7000年前的大喷发后形成相当于现今