点多围攻斗六的云林支厅厅舍等建筑，松村雄之进主张要坚守至援军到来，但军方则主张撤离，最后云林支厅所有行政人员与警察人员全数撤离，事后直到7月13日日军才又取得斗六的控制权。而在撤离斗六后，松村雄之进被台湾总督府召回台北询问，于此同时香港、英国等地如泰晤士报等报纸已报导了云林大屠杀事件，当时人在日本本土的台湾总督桂太郎得知此事后遂在8月7日用电报下令彻查失职人员。军方人员失职的调查定谳很快就处理结束，但文官部分却迟未定案，使得总督桂太郎曾再次发电报催促，表示（明治）天皇亦关注此事，有必要时他亦会回台湾处理