。1998年，陈婉真改代表新国家连线于台北县第一选举区参选立法委员，未能当选；不久后，担任南投县政府社会局局长。2001年1月12日，在南投县长彭百显因涉嫌贪污案被收押时，陈婉真率领大批县民前往总统府前陈情声援彭百显，表示「彭百显一生清白」；而且，彭百显的保释金也是陈婉真所提供的。2001年4月7日，陈婉真因毁损蒋公铜像，被警方强制拘提，遭法院判决拘役50天。2001年8月23日，陈婉真宣布以无党籍身份，与中央研究院人文社会科学研究所财经研究员蔡吉源搭档在2001年中华民国县市长选举参选彰化县正副县