洋战争以后，日本兴起疑古的风潮，神功皇后这为传奇人物也被逐渐受人质疑，有人进而主张她是从皇极天皇和持统天皇等女天皇生平塑造出来的虚构人物。至于《日本书纪》中关于神功皇后摄政其间曾数次赴中国入贡的描述，现今被认为是《日本书纪》的写作者为了凑合大和朝廷和「卑弥唿」之关系而编造出来的内容。中国吉林出土的广开土王碑所记载的日本于辛卯年征韩之事，其时间与神功皇后的事蹟不谋而合，古时候被认为是神功皇后存在的佐证，而今学术界则认为只是巧合。为了避免天皇之位于历史上长时间空置的情况，日本在明治维新以前将神功皇后视作天皇