区目前的穆斯林人口仍将他们视为当地的圣人。 公元1006年，在喀什的穆斯林喀喇汗国统治者优素福·卡迪尔·汗（Yusuf Qadir Khan）最终征服于阗，于阗不复是一个独立佛教国家。 于阗与中国宋朝之间的某些通信仍断断续续地进行，在公元1063年的一个宋朝（宋仁宗在位最后一年）文献中指出，于阗的统治者称自己为喀喇汗，这表明是喀喇汗国人统治于阗。有人推测在敦煌的佛教徒对于阗被征服，和当地佛教被禁绝而感到震惊，他们将藏有包含敦煌文献的莫高窟第十七窟密封起来，以保护之。《突厥语大词典》作者麻赫穆德·喀什噶