疏请求免除士民远戍之苦，只充军邻近的卫所，得到批准。万历四年（1576年），因违背张居正意愿，被外迁，任浙江湖州府知府。万历八年，任苏松兵备副使。万历十一年，升任湖广按察使。郧阳兵变时，知府沈鈇被治罪，李颐上疏为他申辩冤情，并秘密杀死带头叛乱的人。因母丧丁忧去职。服丧期满，官复原职。万历十七年（1589年），李颐出任陕西按察使。万历二十年（1592年），升任河南右布政使。同年，以都察院右佥都御史、巡抚顺天。再升为右副都御史。因定兵乱有功，升任兵部右侍郎。长昂骄横，李颐与总兵王保将其心腹小郎儿等七人抓住，