中国尚未还清《马关条约》赔款，日本仍旧占据着威海卫北洋舰队锚地，新北洋舰队只能临时以旅顺港为基地。1900年庚子事变爆发，八国联军军舰云集大沽口外。时任山东巡抚袁世凯为保存军舰计，不经中央批准而是自行作出决定，要求北洋舰队南下上海暂避。通济号在旗舰海天号带领下避往长江，在江阴要塞附近逗留了大概一年时间。1901年庚子事变平定后，清政府开始筹建统一的全国海军。当时国内名义上共有4艘练习舰（通济、镜清、超武、保民），但其他三艘已经相当老旧，实际上只有通济号堪用。清政府设立海军部后，组建起了巡洋、巡江（长