出机关，对各省市地方军政机关是指导关系，不是隶属关系。对辖区内部队省督练、命令、指挥、调遣之权，但无人事和经理之权。对部队人事管理直属于国防部。
序列.西南军政长官公署长官为张群，副长官为钱大钧（邓钖侯、杨森、贺国光、王缵绪、潘文华、孙震、唐式遵等先后增加为副长官）。下辖川陕甘边区绥靖公署（主任胡宗南）、川鄂绥靖公署（主任孙震）、贵州绥靖公署（主任谷正伦）、云南绥靖公署（主任卢汉）、川湘鄂边区绥靖公署（主任宋希濂）、第十五兵团（司令官罗广文）、第二十一兵团（司令官郭汝瑰）、西康省政