战后，第四舰队负责攻占威克岛作战，第一次进攻失败了，后从攻击珍珠港返回的机动部队中抽调第二航空战队支援，确保制空权，才攻占该岛。1942年3月井上到拉包尔指挥舰队攻占新几内亚的莱城和萨拉莫阿的RA作战。1942年4月-5月该舰队负责攻佔图拉吉岛与莫尔兹比港的MO作战，日本海军第五航空战队与第五、第六战队归井上指挥。该战队与美国舰队接战，即珊瑚海海战。井上被己方战报误导，下令己方入侵舰队返航，未能扩大战果，因而被指责作战指导表现消极。有认为井上更像学者，不适合作战。1942年10月（53岁时）出任江田