服用了三钱人参，之后在昌庆宫永春轩接见左承旨金祖淳时病情突然恶化，以致说不出话来。此时贞纯王后命人送去藿香正气散，正祖服用后不久就在酉时（晚上6时）停止了唿吸。正祖死后，贞纯王后垂帘听政，解散了正祖创设的壮勇营，大举镇压天主教徒。正祖的庙号原为正宗，谥号明道洪德显谟文成武烈圣仁庄孝大王（清朝赐谥恭宣大王）。1899年（光武三年），高宗建立大韩帝国后，追尊太祖及继统的四世先祖（庄献世子／庄宗为庄祖，正宗为正祖，纯祖庙号不变，孝明世子／翼宗为文祖），将正宗追尊为正祖（정조）宣皇帝。