色猪笼草与婆罗洲的附生猪笼草、胡瑞尔猪笼草、宽唇猪笼草、窄叶猪笼草和佛氏猪笼草间存在着最为密切的近缘关系。而在一定程度上，其也与大猪笼草系物种之间存在着近缘关系，其包括博世猪笼草、陈氏猪笼草、艾玛猪笼草、法萨猪笼草、克洛斯猪笼草及大猪笼草部分学者认为柔毛猪笼草与胡瑞尔猪笼草为同一个物种，所以柔毛猪笼草可能与暗色猪笼草间也存在着密切的近缘关系。
胡瑞尔猪笼草.从捕虫笼的形态上来说，胡瑞尔猪笼草的下位笼与暗色猪笼草并不相似，但其上位笼却与之极为类似。在婆罗洲的猪笼草中，只有这两个物种具