帝设酒宴为其饯行，以会稽比作关中富饶之地，并称许诸葛恢有任官之方而将会稽重地交给他。诸葛恢亦建议元帝「尊五美、屏四恶、进忠实，退浮华」。诸葛恢任官第三年时就因其政绩居全国之首而获晋元帝下诏褒扬，增秩中二千石。后来，诸葛恢因其母死而离职服丧，事后改拜中书令。后又曾任丹杨尹。太宁二年（324年），晋明帝要讨伐打算篡位的王敦，任命诸葛恢为侍中，加奉车都尉。王敦之乱被平定后，诸葛恢以其协助讨伐领导叛军的王含之功进封建安伯，拜后将军、会稽内史。后来被征召为侍中，先后迁任左民尚书、武陵王师、吏部尚书。后升为尚书右仆