沙毕、青苏珠克图诺们罕沙毕、那鲁班禅唿图克图沙毕，以及青海的察汗诺们罕旗），也是当时内蒙古唯一的喇嘛旗。喇嘛旗的地位与扎萨克旗同等，喇嘛旗的扎萨克喇嘛除负责军务外，还负责宗教事务及行政事务，实行政教合一。清朝，库伦旗共有20多座寺庙，其中的兴源寺、象教寺、福缘寺号称库伦旗三大寺。兴源寺内无转世活佛，最高位喇嘛称锡勒图喇嘛，即锡勒图库伦旗扎萨克喇嘛，在清朝由理藩院任免。库伦旗因此又称“锡勒图库伦旗”。1912年，哲里木盟科尔沁右翼前旗郡王乌泰发动东蒙古独立。锡勒图喇嘛布和布彦是该事件的主要策划者之一。