当斯总统提名哈里森出任西北领地政务卿，领地议会第二年以微弱多数推举他担任领地驻国会议事代表。1800年，西北领地一分为二，亚当斯任命哈里担任新成立的印第安纳领地首任总督，此后他持续任职十余年。哈里斯上任前从岳父约翰·克莱夫·塞姆斯（）手中买下俄亥俄州汉密尔顿县北本德（）俄亥俄河沿岸大片土地，当时这里还建有小木屋，但1840年时已经纳入新建的大宅。担任总督期间，哈里森遵从各任总统指令尽量从印第安人手中换取土地，为白人购地定居打基础。他有时向部落酋长借钱，还不上时可以用地抵债，如果酋长不愿卖地，就另找愿意的