政务顺利地推行，所以他被冠以「正义者」的称号。他在任内为了征服由威尼斯控制的摩里亚采邑，发动了多次战役，海上与威尼斯共和国爆发的佐奇奥战役则决定了鄂图曼帝国日后成为地中海东部的海军强权的关键。这些战役的最后一役在1501年结束，巴耶塞特二世终于控制了米斯特拉斯及莫奈姆瓦夏的主要要塞。
王位之争.穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆苏丹为王位继承权而开战，杰姆战败后逃到罗得岛，向医院骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆，后来把他送到法兰西王国，其后再转移至教宗诺森八世那里。