光绪二十七年（1901年），施从云赴直隶参军，不久入保定将弁学堂。毕业后，被分配到新军第五镇十八标任排长。光绪三十四年（1908年），徐世昌任东三省总督，施从云被调入第一混成协七十九标，随徐世昌赴东三省任职，驻新民府，由此结识了第一混成协八十标三营管带冯玉祥。施从云同冯玉祥、队官王金铭来往密切。宣统二年（1910年）清朝组建陆军第二十镇，施从云被编入陆军第二十镇四十协七十九标，初任队官，后升任二营管带。宣统三年（1911年），清政府决定在直隶永平府举行永平秋操，陆军第二十镇遂开赴滦州。不久，武昌起义爆发