1917年段祺瑞掌权，孙中山南下广州开展护法运动，成立非常国会，朱溥恩也南下广州参加非常国会，参与选举孙中山为非常大总统。在蒋介石统治中国的22年间，朱溥恩一直退休在家，住在自己建造的长沟别墅，未任官职，尽管当时他的不少老相识如林森、居正、吴稚晖、李根源等人都在中国国民党主导的政坛上身居高位。吴稚晖还曾亲赴常州探望朱溥恩。经常出入朱溥恩家的中国共产党人大约有十多位。1939年春，朱溥恩曾请他的老师杨赓绍（清朝举人）来家居住了一段时间。1959年4月，朱溥恩病逝于长沟别墅，享年85岁。