，到了同年4月的清明节假期再度以加班自强号行驶，并且行驶在西部干线的纵贯线以及屏东线电气化区间。同年3月20日，台铁邀请媒体试乘，而该次列车行驶于台北至花莲间，并于1小时55分走完全程。到了同年5月8日TEMU1000型正式开始营运，行驶东部干线之太鲁阁自强号列车。到了2007年12月8日，第二批24辆TEMU1000型列车运抵基隆港，并于2008年2月2日开始第二批车辆正式开始营运，并且延伸到西部干线的台中、彰化以及员林等站。台铁曾于2008年3月1日至2012年1月17日为止提供一列TEMU1000