向全国各地招生，吉新鹏成了从沙市选来的3名队员之一，从那时起他一直在厦门进行训练。1996年2月，吉新鹏被国家队总教练李永波调入中国国家队二队，也是二队的第一批队员。进入国家队后，吉新鹏因为心理素质不成熟而不受重用，进入一队后仍然默默无闻。1998年，汤仙虎受李永波之邀执教国家队男单，吉新鹏开始接受汤仙虎指导。
雪梨奥运夺金.吉新鹏直到2000年雪梨奥运会前夕才开始在国际赛有所斩获，他在当年全英公开赛闯入四强，瑞士公开赛获得亚军以及在日本公开赛获得冠军，世界排名来到第七位。吉新鹏起