兼助理教练，帮助武汉雅琪夺得甲B联赛冠军，升入甲A联赛，赛季后王军退役，继续担任球队的助理教练。1998年底，王军离开武汉回到天津，投身青少年足球事业。2003年，当时在火车头队担任教练的王军参加了中国足协举行的竞聘会，成为中国国青队助理教练，辅佐贾秀全。贾秀全是他在八一队时的队友。2004年3月，贾秀全辞职，殷铁生接手，王军仍然留在教练组，辅佐殷铁生。2004年底，曾有传闻称王军将出任1987年龄段中国国青队（U17）的主教练，但这并未成为现实，后来中国足协决定让王军担任新成立的U18国家队的主教练。