连同顶部铸铁十字架均被拆除，建筑内部的绘画、雕塑和宗教设施也被严重毁坏，原有的奥地利产管风琴被彻底拆毁，大量宗教书籍和已被国务院定为国家二级文物的木雕祭台、圣像和丝织刺绣艺术品全部被拖到教堂前焚毁，教堂被挪用为上海市果品杂货公司仓库。1979年1月，中共上海市委责成使用单位立刻迁出，还补偿3万元给上海市天主教会作修理费。重新修复的天主堂此后开始对外开放，并于1979年11月在教堂被抢救性整理出的两间厅堂内正式恢复正常的宗教活动。1980年圣诞节前夕，徐家汇天主堂完成主体建筑的修缮，张家树主教主持圣诞节大礼弥