期的基督徒因为拒绝信奉异教神而被打上无神论者的标签。到了罗马帝国时期，大批基督徒因为抵制对罗马皇帝以及罗马神祇的崇拜而被处死。等到狄奥多西一世在381年将基督教定为国教，基督教的异教又成为了惩罚的对象。
中世纪.在中世纪前期和中世纪（参见中世纪审判）的欧洲，对无神论思想的拥护是非常少见的；形而上学，宗教和神学是当时的主流。但在当时仍然有一些运动在推行与基督教上帝不同的非正统观念，包括对自然的相异看法，超然存在和上帝的可知性等。一些个人和团体如约翰内斯·司各特·爱留根纳，迪南的大卫（