氏拒绝了天皇发出的上洛请求，后醍醐天皇终于向新田义贞发出了讨伐足利尊氏和足利直义的纶旨。对于对抗建武新政树立武家政权还感到犹豫的尊氏，导誉积极地劝其举起反旗。尊氏在箱根·竹下之战击败了新田军而进入了京城，但是又被南下的北畠显家击败，足利阵营暂时从兵库逃往九州。此时导誉停留在近江，并未逃往九州。在九州东山再起的足利阵营在凑川之战击败新田、楠木军而进入了京城，建立了拥立光明天皇即位成立北朝的武家政权（足利幕府、室町幕府），后醍醐天皇逃往吉野成立了南朝。
足利幕府.导誉历任近江、飞驒