师范学院停课，所有学生一律重新登记，师院共36位学生遭到除名；10月，整顿学风委员会工作才正式结束。自此例始，台湾省警备总司令部可直接行文各级学校交出学生，或迳入校园拘捕。一般认为，四六事件是台湾1950年代白色恐怖的滥觞。1947年二二八事件后，省工委学生工作委员会组织在台大及师院加速扩张，其中，师大有杨廷椅、陈水木，台大有台大法学院叶城松、医学院郭琇琮、台大医院许强，台大工学院王子英、王超伦，都附属在中国共产党台湾省工作委员会学生工作委员会由李水井领导。1949年的四六事件，可说是省工委覆灭前的星火