启沃有功，加侍读学士。十六年癸未，分校礼闱。十七年甲申，闯军陷京师，士淳为所获，被四夹，受刑甚惨，卒不污伪命，潜遁归里。隆武帝即位福州，授詹事府詹事，命士淳练兵措饷。士淳仆仆兴长平镇间，持钵沿门，有如老衲。又遣其子李梓多方劝导，得饷二万有余，兵科给事中张家玉疏称其忠。丙戌（1646年）三月，镇平土寇攻围程乡，张家玉前往招降，士淳拜而送焉。清兵入潮州，士淳委蛇观变，阴图恢复。永历帝即位，擢礼部右侍郎，转吏部右侍郎兼翰林院侍读学士，协理詹事府事、经筵讲官，敕使敦促不出，皆在家拜命。庚寅（1651年），广东复陷。