13年7月28日，他通电痛斥日本密谋利用“二次革命”分裂中国，支持袁世凯。民国二年（1913年）7月31日至民国三年（1914年）2月12日期间，他担任袁世凯政府辖下的中华民国总理兼财政总长。该届内阁历史上被称为“人才内阁”。任期内副署了取缔国民党，解散国会等命令。民国三年（1914年）初，新闻界重提热河行宫盗宝案，2月7日熊希龄以涉嫌被迫提出辞职，12日正式卸任。后被任命为全国煤油督办。
晩年的活动.民国九年（1920年）冬，熊希龄设立香山慈幼院，自任院长，收养无家可归的孤儿