瑞投井自尽，后张凤翙被推举为“秦陇复汉军”大统领。12月9日，他任中华民国秦军政分府大都督。1912年8月改头衔为陕西都督，兼民政长。此后他积极支持袁世凯，在二次革命中镇压了革命派。1914年（民国3年），白朗率军进攻陕西省，袁世凯以此为口实，令其心腹陆建章率军以追讨白朗的名义进入陕西省。张凤翙的都督之位被陆夺取。1914年7月，张凤翙被袁世凯免去陕西的职务，赴京。后被封为扬威将军，任国会参议院议员。后来他曾几度试图重新回陕西掌权，皆未果。1925年2月任段祺瑞政府善后会议会员代表。1937年7月7日卢