基因都是人类免疫缺陷病毒-1感染依赖因子，故而HIV-1的早期复制依赖于自噬。HIV-1许多的病毒蛋白可以透过抑制自噬过程的方式，而在宿主体内持续性复制存活。例如编码的外膜蛋白、反式激活因子及负性因子调控蛋白Nef等。淋球菌可以抑制自噬流，增强淋球菌在巨噬细胞中的存活能力，也可以阻碍自噬小体成熟及自噬小体与溶酶体的融合过程，以逃避自噬介导的杀伤作用。砂眼衣原体抑制细胞内溶酶体酶的活性，阻碍晚期自噬小体与自噬小体与溶酶体的融合过程，导致自噬的完整性受到抑制，降低自噬的抗感染作用。除此之外，高危型HPV调节细胞