降机，而且7楼多用途空间难以善用。因此，政府于1995年为此等校舍的设计作出重大修订，成为第二代的灵活式校舍。首批中学版本校舍于1996年2月动工，至1997年落成；而首批小学版本校舍则于同年5月动工。至于最后一批中、小学的第一代灵活式校舍，均建于东涌富东邨，1997年8月才完工而自1997年起，部分同类校舍亦开始採用预制组件技术兴建，当中位于将军澳市中心的五座中、小学校舍为先导项目。在千禧校舍标准公佈后，第二代灵活式校舍设计并未被即时淘汰，而是通过设计及工程范围修正，以确保该等校舍可以追上千禧校舍