初年设置对国民濯输尊皇爱国思想的机关，提出三条教宪(敬神爱国、明白天理人道、奉载皇上)作为国民强化运动的支柱。明治5年（1872年）3月，废除神祇省，改设教部省。4月发布三条教宪，设教导职14级之制，神官和和尚在各地宣讲三条教宪，同时在各神社奉斋天御中主尊、高皇产灵尊、神皇产灵尊和天照大神。在明治6年后，神道的神职和佛教僧侣互相倾轧，同时大教院也受外界非难，因此在明治8年（1875年）4月发出神佛分离令并关闭大教院，改设神道事务局。