在黄岗山的南麓和北麓均设有国家级自然保护区：福建武夷山国家级自然保护区、江西武夷山国家级自然保护区。黄岗山具有世界同纬度带现存最典型、面积最大、保存最完整的亚热带原生性森林系统，福建武夷山国家级自然保护区因此于1999年作为武夷山的组成部分列为世界遗产。