整遂投奔西山朝，其后一直劝阮岳出兵进攻顺化。景兴四十七年（1786年）四月，阮岳命阮惠率军北伐，阮有整任右军都督。五月，阮有整协助阮惠攻陷富春。随后阮惠在他的建议下北伐郑主，攻佔昇龙，杀死郑棕。在阮有整的建议下，西山朝同意后黎朝继续统治北方，阮惠娶黎显宗的女儿黎玉昕为妃，八月率军南返。阮有整亦追随阮岳、阮惠兄弟南返，至乂安。阮岳命阮有整驻守北河，不许跟随回南河。阮有整因此回到乂安家乡，假传昭统帝命令，招兵买马，训练士卒。郑氏的郑槰趁机卷土复来，在郑主支持者琏郡公丁钖壤等人的压力下，黎愍帝被迫封郑槰为