朝廷又征召元祉担任并州刺史，元祉辞让，改任镇东将军、金紫光禄大夫。元祉感到当时要发生大变动，于是称病回家。魏孝庄帝元子攸即位后，元祉因为有功，被封为城阳县开国公，增加封邑总计一千二百户，出任侍中、中军将军、右卫将军、监典书事、领左右，很快转任卫将军、车骑大将军、左光禄大夫。永安二年（529年），元颢在南梁的帮助下进攻北魏，北魏以元祉出任使持节、右军大都督，领兵抵抗元颢。五月丁丑（529年6月18日），元祉出任骠骑大将军、仪同三司、仍侍卫、领尝食典御，改封平原郡王，增加食邑一千户。永安二年十一月戊寅朔二十一日