他一起举兵讨伐王国宝，正合殷仲堪所想，于是答应了其要求，与桓玄、杨佺期一同举事。殷顗知道后，就在忧虑中病死。不过，殷仲堪在那一年其实没有实质出兵协助王恭，只在王国宝死后才有少许军事行动，很快就在司马道子的阻止下停止了。此外，殷仲堪为了全面掌握兵权，任命杨佺期之兄杨广为新任南蛮校尉，接续殷顗空缺出来的职位。殷顗死后，以司马道子为首的朝廷下诏称许殷顗「忠绩未融，奄焉陨丧」，追赠冠军将军。