中央处理，然后再以深海管道排放出大海。工程原定在1997年4月完成，但因为技术问题和承建商烂尾而一再拖延，迟至1997年方才展开第一期工程，第一期工程在2001年完成，政府耗费高达83亿。由于工程被批评为浪费金钱和非必要，第二期工程在1999年10月被董建华宣佈暂缓执行。为落实策略性排污计划，立法局曾在1994年通过在财政储备中拨出68亿，成立污水处理营运基金，并计划向工商业收取排污费以支付第二期工程。但实行两年后，营运基金已亏损达50亿元，政府迫于无奈下在1998年3月31日结束基金，并改由政府补贴。