铭（汪精卫）的南京国民政府，被改制为华北政务委员会。齐燮元任该委员会委员兼治安总署督办。此后，齐燮元组织华北绥靖军，任该军总司令部总司令。他还兼任军事委员会常务委员。1943年（民国32年）2月，就任华北政务委员会内政总署督办，兼任谘议会议副议长。日本投降后的1945年（民国34年）8月，齐燮元以汉奸罪被国民政府逮捕。1946年（民国35年）12月18日，齐燮元在南京被执行枪决。在62岁结束了邪恶的一生（满61歳）。