5年云南发生大饥荒，迤东（即云南东部）受灾很严重，熊廷权乃被任命为东防赈务总办。不久，定滇军自四川进入云南，攻占大关进逼昭通。护法军政府任命熊廷权为东防军事善后督办，负责剿抚该军。1927年唐继尧逝世，云南政府改组，熊廷权当选首任省务委员。后来第一军军长龙云就任云南省政府主席，熊廷权见政局已定，乃通电下野。抗日战争爆发后，日军轰炸昆明，熊廷权避居其长子在昆明西郊车家壁的别墅中，研修佛法，并准备写一部讨论佛教思想与儒家思想关系的着作，但未写成。1941年仲春，熊廷权病逝，享年76岁。