因声望升任漕运总督。郭鋐虽然无功勋，但为官清廉，其担任漕运总督之处均为富裕膏腴之地，而其却自奉简淡，每天只吃豆腐。郭鋐后晋升为都督同知，并浚通州河二十处堵塞。明孝宗时期，朝政整肃，各官职均有调整，而郭鋐负责的漕运则十三年不改。正德初年，召入内廷，负责后军都督府事，之后去世。