宗麟都要避难的战局中，鑑种在鑑元所守的城池中放火，成功引导己方胜利而立下大功。永禄3年（1560年），讨伐伊予西园寺氏之际，杀死西园寺家臣土居清宗。更立下讨伐秋月文种的大功，因此在永禄元年被赐予2千町，并成为宝满城城督，负责管理、支配九州最高的行政机关大宰府。而且筑起支城岩屋城，被任命为筑前国守护代。永禄4年（1561年），在门司合战中出阵，不过大友军败北。永禄5年（1562年）7月，接受毛利氏的引诱而投向毛利，原因不明，一说是因为对于兄长鑑相被宗麟杀害，或者有俗说是因鑑相之妻被宗麟强行夺去而感到愤慨；