遵守FASTA定义行格式的惯例。”下表为NCBI FASTA定义行的格式（另见"The NCBI Handbook", Chapter 16, The BLAST Sequence Analysis Tool）。上表中的管道符（“|”）并不是巴科斯范式中的分隔符，而是格式本身的一部分。多个标识符可以连接，同样使用管道符分隔。
压缩.FASTA文件的压缩需要特制的压缩工具来处理文件里所包含的两部分信息：标识符与序列。为获取更好的压缩率，压缩工具会将之分为两条独立的压缩流处理。