长河中有盛有衰，没有继续强大的主要原因是因十七世纪时，由于支持觉囊派的当时西藏统治者藏巴汗被打败，格鲁派掌握了西藏政教大权后，排挤其他教派，达赖喇嘛五世更没收了觉囊派大部分寺庙的财产属民，经籍印版大多被封禁，使觉囊派僧众被迫转习格鲁派的教法，寺院也被达赖五世喇嘛改为了格鲁派寺院。从此该派在卫藏地区几乎绝迹。 笃补巴卒于1361年，年寿70岁。
着作和思想.笃补巴的着作很多，为了论述他空见，着有《》（或题为《山法：西藏关于他空与佛藏之根本论》、《觉囊山居法了义海论》），专门阐扬