当时也为重要的军事要地，清代时曾在红毛港的南边红崎顶设置砲台，在当地驻守300名炮兵和300名步兵。中法战争时，法国舰队曾对红毛港附近的新庄子炮击，但未受毁灭性破坏。之后为因应日本的扩张意图，于1893年时在红毛港北边的公馆崎兴建新炮台。从清道光以后，港口逐渐淤塞，至清末船只难于入港，航运功能渐失。如今港湾泥沙淤积，部分港湾内今日己被垦为良田及池塘，目前仅在下游有规模很小的渔港。
红毛港考古遗址.1953年5月，新竹县文献会委员郭辉在红毛港发现黑色「磨制石刀」断片及史前