李厚基不睦，于民国五年（1916年）4月辞任。袁世凯死后，许世英因为地缘关系，加入段祺瑞领导的皖系。民国五年6月，任内务总长，7月任交通总长。在府院之争中，他因在津浦铁路购车舞弊案中被控受贿而辞职，由权量暂代。5月4日，许世英被京师高等检察厅检察长杨荫杭传讯，不久被国务会议宣告无罪。民国七年（1918年），他任中国同意大利合办的华意银行总裁。
就任国务总理.民国十年（1921年）9月，许世英任安徽省长。民国十二年（1923年），因坚持裁撤安武军而和安徽督理马联甲发生冲突，被迫辞