领手下工兵开始对弗吉尼亚州进行斟测并绘制地图，涉及范围也包括当时弗吉尼亚州西部、仍然忠于北方联邦的地区，该区域之后会成为新的西弗吉尼亚州。1862年，雷诺兹加入约翰·弗里蒙特率领的山区战争部，追击石墙杰克森直至雪伦多亚河谷，还参与了克罗斯基斯战役。河谷会战后，雷诺兹花了两个月时间养病，再于1863年1月成为中部战争部和第8军总工程师。1863年3月，雷诺兹已晋升测绘工兵队少校，罗伯特·李在盖茨堡战役期间率领邦联陆军第二次向北方突袭时对西弗吉尼亚州战略地位非常重要的哈珀斯费里构成威胁，雷诺兹则负责城池防守