，其余的事责成所司商议办理。”当时佛教盛行，王遴奏请将身强力壮的和尚淘汰，令他们回乡务农，聚众进行斋戒的人以邪道罪论处。礼部尚书沈鲁奏请依王遴的谏言行事。皇帝已经下诏同意，后妃和宦官大都声称不行，事情中途废止。万历十三年，他改任兵部尚书。辽东总兵官李成梁的贿赂遍及皇帝身边的大臣，但不敢进入王遴家门。王遴在户部频繁争执，已被宦官嫉恨。遇上皇帝察看去世后享用的寝宫，宦官拿着皇帝批示向他索要马匹。王遴认为题本应该盖章，司礼的传递应当由科发给部里，没有径直下达给部里的，他援引先例执意上奏。皇帝不高兴。大学士申时