水库以下363公里长的河道长期断流，而车尔臣河只有在特大洪水时才可能有洪水流入台特玛湖，至1974年台特玛湖完全干涸。自2001年，随着塔里木河流域近期综合治理工程的开展，塔里木河、博斯腾湖多次向塔里木河下游输水，加上昆仑山水系的车尔臣河、若羌河和米兰河正值盛水期，台特玛湖得到迅速恢复，塔里木河下游两岸濒临死亡的植被恢复了生机。2002年台特玛湖最大水面面积曾经达到约213平方公里。2006年以来博斯腾湖水位下降，巴音郭楞蒙古自治州用水也开始紧张，从孔雀河调水越来越困难，使得台特玛湖只能够季节性的维持一