运量下降了66%，货运量更下降了71%，令公司收入减少。2003年4月27日，从蓝景航空手上接管巴黎航线，令该航线正式复办。2005年11月14日，首架ATR 72投入服务，第2架亦于数周后在杜拜航空展上接收并投入服务。2009年6月17日，开办贝岛直航巴黎的服务。为配合2010年南非世界盃的举行，马达加斯加航空改善取道塔那那利佛往返巴黎及约翰尼斯堡的乘客的服务，。
航点.
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