十八宿会”遭到公家破获，清芳遭捕入台东「加路兰浮浪者收容所」。1911年10月获释。1911年获释后，担任日商保险公司的业务员，两年后，因该日本籍负责人过世，而被迫离职。1913年从事酒业，又因为经营不善而倒闭。1914年迁居台南市区，改事米业，一度化名「邱九」，又改称「徐清风」。不久恢复本名，参与台南西来庵扶乩活动，以台湾民间信仰的王爷神为号召，募蓄教众，继续抗日。余清芳以五福王爷的扶乩神示，自称是罗教罗思孚的嫡系弟子，获得天命，即将登基成为「台湾人的皇帝」。并用利诱来拢络人心，余清芳允诺信徒