困难（B-29的补给仅能依赖穿越驼峰的空运），B-29的引擎机械问题，以及在穿越日本占领区途中的防御战斗，使得机队的损失率及成员伤亡率面临相当程度的困境。1945年1月，由于上述问题的因素，陆航军将其B-29单位转调至新近佔领并建完成的西太平洋的马里亚纳群岛机场，李梅也被派来接替稍早负责重建第二十轰炸机司令部的海伍德·汉塞尔（Haywood S. Hansell Jr.）准将，并接手指挥第21轰炸机司令部（XXI Bomber Command）。此时他发现日本群岛的上空的高空气流问题仍旧无法解决，因此影