玲音中探讨了神、集体无意识、因特网、阴谋论和唯我论等其他一些经常在赛博朋克作品中出现的主题。喜爱这部作品的人普遍认为这是一部典型的文学性动画。
情节.故事以玲音的同学四方田千砂的自杀开始。在她自杀后，玲音的同学陆续收到千砂的电子邮件，同学普遍认为这是恶作剧。但玲音并不相信并决定自己调查。她使用个人电脑（或称“navi”，以Knowledge Navigator概念命名），并收到千砂的电子邮件。千砂在其中说她抛弃肉体，生活在「连线」中。玲音因此开始探索「连线」。而后她通过一系列事件