坝体渗漏的棘手问题，由于小池水库竣工时，因西屿净水场尚未施工，长期在低水位状态下，小池水库的坝体渗漏状况并不显着，也未被重视，直到1998年因净水场启用，蓄水位上涨，出现坝体渗漏严重的状况，台湾自来水公司即邀请经济部水库安全评估小组前往会勘，与会的中央地质调查所水文地质组科长陈文政判定，渗漏原因应来自坝底基础的玄武岩节里产生的漏水现象，但当时相关水利单位仍对坝体渗漏路径有疑虑，因此展开渗漏调查工作。经中央地质调查所调阅小池水库相关设计图资发现，虽然蓄水侧的混凝土盖板下方，施工单位进行过帷幕灌浆，但设计图