，刘哲当选为副院长。1949年，随中华民国政府迁居台湾台北市青田街官邸。于右任寓居台湾十五年，台湾书法风气首次出现碑学压倒馆阁帖的趋势。
逝世.1962年1月12日，于右任日记写道：「我百年后，愿葬于玉山或阿里山树木多的高处，可以时时望大陆（旁边自注：山要高者，树要大者）。远远是何乡，是我之故乡。我之故乡是中国大陆。不得大陆，不能回乡。大陆乎，何日光复？」1月24日，于右任于日记中写下《思乡歌》：“葬我于高山之上兮，望我大陆；大陆不可见兮，只有痛哭。