54年，中国基督教三自爱国运动委员会成立，年过七十的福音派领袖贾玉铭被安排为七位第二届副主席之一。1956年，上海灵修学院和中国基督教传道人修养院、怀恩业余神学院、上海圣经学社合并成立中国基督教上海灵修神学院，校址设巨鹿路，贾玉铭仍任院长 。1957年反右运动期间，贾玉铭受到一定的批判和冲击。1959年，上海灵修神学院停办。1964年4月12日，贾玉铭在上海去世，享年84岁。
着作.《神道学》、《圣经要义》、《完全救法》、《教牧学》、《宣道法》、《灵修日课》，已及圣经66卷专卷释义