行，同样与红藻类似而与绿色植物的不同。灰藻含有线粒体，其具有平滑的嵴，以没有中心粒的方式行有丝分裂。能运动的状态下的灰藻具有不等长的两根鞭毛。
系统发育与分类.
外类群.灰藻的近缘类群有红藻、皮胆虫、绿色植物和隐藻，这些类群间的系统发育关系尚不明晰，不同研究组的研究结果多有不同。
内类群.根据目前的研究，灰藻的内部系统发育关系如下。
分类表.灰藻在历史上曾被视为绿藻纲绿球藻目Oocystaceae科的一个子