轨道应在一条7米深的隧道内修建。然而，上述计划并没有得以实现。在1939年的夏季运行图中，每天共有112班定期营运的长途列车在慕尼黑总站到发。因此它也成为了德意志国铁路长途运输网络的11个重要节点之一。
二战及战后.在第二次世界大战期间，慕尼黑总站因盟军的轰炸而遭到重创，但列车在每次空袭后仍继续维持开行。直至1945年2月25日，大部分的列车服务才在高达112次轰炸后而被迫改道。此时车站仅开行有1班通往帕兴的车次。所有长途列车都必须在慕尼黑周边进行大范围的绕行或利用作为替代路线