95年至1996年间，两岸关系持续紧张，中华人民共和国政府试图影响台湾选举而进行军事演习，结果适得其反。1996年3月台湾、澎湖、金门、马祖首次举行之总统直接选举，李登辉当选第九任总统，成为第一位直选的中华民国总统。1998年12月21日，实行精省，台湾省政府改成行政院的派出机关，丧失原有的地方自治功能。其原来所属的所有县市也改由中央政府管辖。1999年7月9日，李登辉总统在接受德国媒体专访时，定义台海两岸现况为「特殊国与国关系」（两国论）。两岸停止经贸谈判。
陈水扁政府：2000－