进入建中，之后就读台湾大学农业推广系，毕业后至美国留学，先取得耶鲁大学公共卫生硕士，2001年再取得哈佛大学公共行政硕士。回国后，投入政治，先后任国大代表、台南县议员、立法委员、台南市市长。任职国大代表期间，扣除服务处开销陆续捐薪，购买了一部防疫车捐给台南县政府、一部救护车给署立新营医院。
争议.
质疑黑帮入党是与中国打交道.2017年2月，黄伟哲接受《联合报》访问时表示，2017年中国国民党主席选举不断传出人头党员与黑道申请入党，这是「国民党长期与中国打交道