2004年乌克兰总统大选前，普京两次访问乌克兰以表示他对乌克兰总理亚努科维奇的支持。选举结果揭晓前，普京还特地为亚努科维奇「几乎可以确信的胜利」致贺信。普京对于亲俄罗斯的亚努科维奇的支持被广泛批评为干涉乌克兰内政。此外同属前苏联加盟共和国的格鲁吉亚与摩尔多瓦还批评了俄罗斯政府对两国分离主义分子的支持。俄罗斯与波罗的海国家的外交关系亦处于紧张的状态中，而爱沙尼亚对俄罗斯的批评也使两国外交关系进一步僵化。值得注意的是，普京的父亲曾在二战一次爆破任务中险些于爱沙尼亚被杀害，有学者认为这是普京对爱沙尼亚态度冷淡的