到叶尔羌汗国时代，赛德苏丹开始提高汗权。阿不都·拉失德（1533－1565年）继承父位后，新汗很快就与强大的杜格拉特家族发生争吵，并处死了一位首领、历史学家米尔咱·马黑麻·海答儿的叔叔赛亦德·马黑麻·米儿咱。海答儿本人曾忠实地为赛德汗服务过，为他征服了拉达克，由于害怕遭到与叔叔同样的命运，他动身去印度，在那里于1541年成为克什米尔地区的统治者。杜格拉特一族在新疆很有影响力，杜格拉特部融入多个种族，哈萨克有杜拉特部(dolat)，新疆的刀朗人据说源自杜格拉特人。新疆大历史家穆罕默德·海达尔二世（即米儿咱