成为一大走私贸易据点，为此幕府在1843年（天保14年）将新潟定为幕府直辖领地，设置新潟奉行，加强对新潟的控制。1858年（安政5年）美日修好通商条约签订之后，新潟成为最初对外国开放的开港五港之一，也是开港五港中唯一一个位于日本海沿岸的港口。然而由于戊辰战争的影响，新潟直到1869年才正式开港。1871年废藩置县之后，新潟被定为新成立的新潟县的县厅所在地（首府），开始了近代化进程。1889年，新潟实施市制，新潟市正式诞生。在19世纪和20世纪之交，随着铁路的开通和油田的开发，日本石油等企业在新潟设厂，新潟