侯赛因成为该党的领袖并接任总统。在萨达姆执政其间对什叶派穆斯林实行严酷的独裁统治，大肆打击并杀害持不同政见者。在1980年代，萨达姆在美国的支持下与其邻国伊朗（以什叶派穆斯林为主）进行了长达8年的两伊战争。因为此时伊朗经过伊斯兰革命以后，成为敌视美国的政教合一国家，美国在两伊战争中军事支持伊拉克攻打伊朗。1990年伊拉克军队入侵科威特，海湾战争爆发，科威特由于军事抵抗能力太低而迅速沦陷，萨达姆宣布“科威特成为伊拉克的一个省”，不过迅速遭到了联合国的谴责，以美英为首的多国部队展开沙漠风暴行动，对伊拉克地面