痕下努力恢复发展，1946年2月，部分系所勉强于北平清华园重新复课。5月4日，西南联大结束，学生依志愿分发，入清华者932人，入北大者644人，入南开者65人。三校于昆明立碑纪念八年之艰苦合作。师生陆续北返，只留下师范学院改为国立昆明师范学院。7月，清华中文系教授闻一多遭国民党特务刺杀，昆明发生学潮，梅校长赴滇解决。10月10日，正式于清华园上课，收集补充图书仪器设备，并招考新生。1948年，清华大学扩充农学、气象学、法学、航空工程等院系。同年11月24日，在中国人民解放军进攻下，国民政府教育部督学前来谈迁