在查尔斯·克拉克关于本斯通猪笼草的描述中，指出了两个区别于其他猪笼草的特点。即是其可产生多个花序，及叶片具有很厚的蜡质表皮。但后来的实地考察发现，前者并不是本斯通猪笼草特有的，其也偶尔出现于其他猪笼草上。同样，其他一些猪笼草也具有蜡质表皮，如婆罗洲的刚毛猪笼草，但其不如本斯通猪笼草的发达。所以本斯通猪笼草并没有标志性的特征，要将本斯通猪笼草和与之具有亲缘关系的物种区分开来，需要从茎、叶片、唇、笼盖、毛被和消化腺体区等各个方面综合比较。本斯通猪笼草表现出与西马来西亚特有的血红猪笼草之间存在着较为密切的亲缘