止商业性捕捞，但仍时常发生非法捕捞鲨鱼的现象，这使得岛内的生物多样性受到了威胁。因此，哥伦比亚政府采取控制游客数量和限制观光范围的方法来保护马尔佩洛岛的生物多样性，这一措施取到了一定的作用。然而，哥伦比亚海军的一艘护卫舰在2006年的一次抽查中发现，一只渔船上有一吨的鲨鱼鳍。环保人士由此担心鲨鱼的安全，于是发起环保活动，唿吁暂停捕猎鲨鱼。