，并与前田庆次交好。此时能元的知行高为11000石。曾受上杉景胜命令修复神指城。
关原-丰臣军.关原之战时于小峰城担任守备，并于革笼原与岛津忠直率军队防守，战后，上杉家遭到家康减封为米泽30万石，能元也退出二本松城及浅香城，随上杉景胜移往米泽，协助直江兼续整备城下町，世代为米泽上杉藩士。庆长17年（1612年），与直江兼续、水原亲宪、岩井信能、山岸尚家及平林正恒等人共同制订上杉家的家中法度十七箇条。
大坂之役-东军.庆长19年（1614年）参战大坂冬之阵。