隔年辛丑科（1841年）会试三度落榜后返乡。道光二十三年（1843年）第三次赴京，参加道光甲辰科（1844年）春试，又落榜后留京，隔年乙巳恩科方金榜题名，为三甲赐同进士出身。施琼芳经铨选为候选六部主事，后来补江苏知县，但未赴任而乞养回籍，返台后曾任海东书院山长。同治七年（1867年）时去世，诰封奉直大夫，其子施士洁中进士任内阁中书后晋赠朝议大夫。施琼芳逝世后葬于今台湾台南市南区桶盘浅墓地内，其坟墓于2003年5月经台南市政府公告为古蹟，台南市县市合併后成为直辖市定古蹟。