公至高雄、七美至高雄、马公至嘉义（布袋）、马公至台南（安平）。下表总和了目前海运的情形
澎湖本岛往来澎湖离岛的交通情形.前往澎湖离岛主要分为：（有些离岛是生态保护区或无人岛，因此无法前往。）除了马公本岛至望安岛和马公本岛至七美屿有德安航空往返外，其他岛屿都必须依赖轮船才能往返，而去东海离岛必须前往岐头港口搭船；去南海离岛必须前往南海游客中心搭船；去北海离岛必须前往赤崁游客中心搭船或后寮游客中心搭船；去内海离岛必须前往重光港口搭船。前往搭船处均有定期的交通船及不定期的民间快艇可搭