氏体、溶体、液泡和细胞膜归类于内膜系统的原因。这些胞器的磷脂双层膜是可以较轻易共通的，且磷脂双层膜都是由内质网所制造的，而叶绿体与线粒体不被归类于内膜系统，即是因为膜来源不是来自内质网，且和其他的膜系统少有共有共通的现象。 核膜围绕细胞核，其外层与内质网的相连接。核膜控制小分子物质（如水、无机盐或氨基酸等）的进出。但因有核孔的存在，这些物质也可以自由进入细胞核内。
核孔.核膜上的核孔控制大分子物质（如糖类、蛋白质等）在细胞核与细胞质间的进出，使得这些物质无需通过内吞作用便可进入