日军原先希望留任彭利，但被彭利所拒绝。彭利与其他留在汶莱的英国人全数被日军囚禁于古晋的巴都林当收容所。苏丹依旧保有其王位，并得到日军的补助与礼遇。在日佔时期的后半段，苏丹住在林梦Tantuya，并与日军少有往来。日军留用多数马来人政府官员。汶莱与砂拉越王国还有英属北婆罗洲一起重新划分为5个行政区。汶莱被划为美里州汶莱县。木村强被认命为县知事。日本佔领期间，易卜拉辛将许多重要的政府文件藏起来，不让日军所用。日军也将尤拉·哈林和其他许多汶莱人，以南方特别留学生的身分送至日本受训。日佔期间，学校教授日语，