后来过继给伯父金大孝当养子。金尚宪是尹根寿的门人，在政治派别上属于西人党，官至副承旨。1611年，受大北派首领郑仁弘打压，左迁广州牧使。1613年，发生癸丑狱事和废仁穆大妃的事件。金尚宪竭力反对光海君废黜仁穆大妃，被罢官还乡。仁祖反正后任大司谏，迁礼曹判书。此后西人党分裂为以金尚宪为首的清西派和金自点为首的勋西派。在丁卯胡乱和丙子胡乱之中力主抗清，与以吏曹判书崔鸣吉为首的主和派对立。1637年朝鲜仁祖决定向清朝投降之时（即丁丑下城），崔鸣吉奉命写降表，金尚宪扯裂之并痛哭失声。战后辞官隐居。但在1640年