田信丰讨伐义昌，但义昌因拥有地利及织田信忠的援军支援下，成功击退武田军。此战后织田军得以长驱直进到新府城，大大加速武田家的灭亡。武田氏灭亡后，义昌获得安昙、筑摩二郡。义昌派属下进驻深志城（其后的松本城），作为统治二郡的据点。但3个月后爆发本能寺之变，织田信长自杀身亡令信浓国的家臣开始相残，并令信浓国处于混乱局面。此时原被驱逐离境的小笠原氏在上杉景胜的军力支援下趁乱自木曾家夺回据点深志城。败退的木曾军则退回木曾谷。其后义昌与德川家康结盟，获许诺协助重获安昙、筑摩二郡及维护木曾谷的安定。