又迁四川按察使。文宗即位后，下诏求言，有壬上密疏，论事切直。迁云南布政使，调湖南。咸丰五年（1855年），因母丧回籍。期间浙江巡抚何桂清奏请将其起用，办理团防，围剿太平军。咸丰八年（1858年），守丧结束，督办江南军营粮台，升江苏巡抚。「太平军二破江南大营」后，何桂清放弃常州逃亡，苏州岌岌可危。四月，太平军攻打苏州，守军叛变，打开城门，徐有壬死于巷战。朝廷降诏优恤，赠骑都尉世职，谥庄愍，并在苏州建专祠祭祀。