上海第二医科大学图书馆与计算机网络信息中心合并成立的上海第二医科大学信息资源中心。1952年院系调整，以原震旦医学院、圣约翰医学院和同德医学院的图书馆藏书为基础，组建成为上海第二医科大学图书馆。2005年上海第二医科大学并入上海交通大学，成立上海交通大学医学院，该图书馆遂更名为上海交通大学医学院图书馆，并成为上海交通大学图书馆的分馆。该分馆现用馆舍于1987年竣工，建筑面积为10,199.50平方米，其中馆舍面积8,300平方米，阅览室面积为3,215平方米，有座位共687个；馆舍包括四个专题阅览室