改为首都特别市政府。1930年，改为南京市政府，直隶行政院。1937年，日军占领南京前，南京市政府撤退到中国西南地区，设南京市政府临时办事处，先后迁于长沙、桂林、贵阳、重庆等地，始终未解散，也未进行市长的变更。1945年9月，返回南京。市政府设置夫子庙江南贡院内。1949年4月21日，解放军发起渡江战役。中华民国政府高层官员，均已逃离南京。南京市市长滕杰在22日仍在办公、签发指令，后亦逃离南京，南京市政府自然溃散。23日，解放军第三十五军进入南京。28日，南京市军事管制委员会成立，进行各系统的接管。