郑芝龙称雄闽台海域，以金门、厦门为基地，树旗招兵。1645年（清顺治2年）郑芝龙降清后，先派其弟郑鸿逵屯金门。不久，金、厦为拥护鲁王朱以海的郑联、郑彩兄弟所据。1650年（顺治7年；南明永历4年），郑成功驱逐郑氏兄弟，金厦成为其抗清基地之一。1663年（康熙2年；永历17年）11月，耿继茂、李率泰督清军及明郑降兵攻取金门和厦门，明郑周全斌部不敌而退至东山。清军登陆两岛后，男女被掳掠一空，最后「堕其城、焚其屋，弃其地而回。」不久明郑又重返金、厦两岛，至1680年（康熙19年；永历34年）明郑投降，金、厦遂为清