有效方法是使用支持“原始数据”API的备份软件。使用Raw API的备份软件会直接复制已加密文件的流和$EFS备用数据流为单个文件。换句话说，这些文件以加密形式被“复制”，备份过程中不牵扯解密。从Windows Vista开始，用户的私钥可以存储在智慧卡上；数据恢复代理（DRA）密钥也可以存储在智能卡上。
安全性.
漏洞.在Windows 2000的EFS中存在两个重大安全漏洞。在那之后有遭遇不同程度的各种攻击。
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