卓警戒他是名门望族，不敢加害他，于是黄琬被罢免官职。后来与杨彪同拜光禄大夫，及迁到西都长安，转司隶校尉，并与司徒王允共同密谋诛杀董卓。最终李傕、郭汜攻破长安，黄琬被收捕入狱，并死于狱中，时年五十二岁。
相关人物.黄琬妻来氏，有弟来敏。汉末来氏姐弟避难荆州，黄琬的表侄刘璋将他们接到蜀中。在历史小说《三国演义》中，黄琬有一子黄奎，与马腾一同密谋诛杀曹操，后事败被满门抄斩。黄奎为虚构人物，史书并无记载。