升为教授。1996年他帮助第二军大建成博士点，第二年又建成全军重点实验室。2000年11月当选第11届中国十大杰出青年。2005年当选为中国工程院医药卫生部院士。2012年被任命为中国医学科学院院长及北京协和医学院校长。 2018年1月，当选第十三届全国政协委员。
任南开大学校长.2018年1月接替龚克担任南开大学校长。接任南开大学校长一职后，曹雪涛提出了“4211卓越南开行动计划”。2018年4月18日入选美国文理科学院（American Academy of Arts