在系列初期，选择参战作品时曾经有过「因为制作人员喜欢这作品」而採用的情况。这种根据开发者爱好以选择参战作品的情况（但最近已没有这种问题）导致不少刚播映完毕的作品能立即登场机战。在1995年的《第2次超级机器人大战G》中，当时刚播映完毕的《机动武斗传G GUNDAM》亦有份参战，使不少对旧作品没有认知的年青玩家更能接受，因此以后机战就採用了更多新作品，取代一些年代久远的作品。《魔神Z》・《机动战士GUNDAM》・《盖特机器人》这三部作品基本上被定为机战系列的主人公，几乎所有作品都会一起登场。除了以上3