建立后，新政府与日本之间并无正式外交关系。1952年，中华人民共和国政府指定、日中友好协会、日本和平联络委员会为交涉日侨遣返事宜的日方团体。中华人民共和国方面由中国红十字会参与。至1957年时，共计17船次，2万6千多名日侨遣返回日本。1958年，因长崎国旗事件，两国关系恶化、断绝。日侨遣返事宜停止两年。在1950年时，日本政府对中国东北的滞留者统计是26492人，直至1958年还有22187人。1959年日本政府公佈《关于未归还者的特别措施法》（），将在中国没有任何消息的未归还者宣告为战时死亡，对家人