休会期强行通过行政命令任命成为驻联合国代表，在任职达一年后，由于民主党控制的参议院的强烈反对，未能继续担任该职务。卸任后经常参加新保守主义的论坛并在报纸上发表评论和着书立说。奥巴马时期，经常撰文批判奥巴马政府在外交上的“软弱”，批判伊朗核协议、恢复与古巴邦交以及在对伊斯兰国、朝鲜、俄罗斯和中国太过柔性。2016年，唐纳德·川普赢得总统选举后，与共和党右派同一阵线的博尔顿被认为是其组建新内阁的国务卿人选之一。2018年3月23日，总统川普指派波顿为总统国家安全事务助理。2019年5月，中华民国国家