件处理量最大的法院之一，因为纽约市（除布鲁克林、皇后区、斯塔滕岛，后三地属于东区）很多涉及联邦法的案件都要在此审理。现任首席法官为 Colleen McMahon。
司法管辖区.以下地区位于纽约南区法院的司法管辖之下：曼哈顿，布朗克斯，威斯特切斯特郡，帕特南县，罗克兰县，奥兰治县，达奇斯县，沙利文县。在纽约南区法院中代表联邦政府充当原告或被告。纽约南区有三座法院，两座在曼哈顿，一座在白原市。在奥兰治县的 Middletown 也有一位基层法官在此审理案件。