后期，新四军的军事指挥是饶漱石为主（参见粟裕关于华东战史的讲话）。1945年7月当选为中共七届中央委员。抗日战争胜利后，饶漱石随新四军主力调往山东，担任新四军兼山东军区政委，华东局书记，继续掌握党、政、军大权。1946年初饶漱石参加军调处，派往北京、东北进行国共军事调停工作。
内战期间.1945年11月13日，中共中央决定饶漱石任华东局书记（1945年9月，中共中央决定将山东分局改成华东局，任命饶漱石为华东局书记，陈毅、黎玉为副书记，饶漱石、陈毅、黎玉、张云逸、舒同组成华东局常