中国高校综合排名列第112位，位列艾瑞深校友会2019世界十大权威大学排名（中国大学）第100名。临床医学、神经科学与行为学、工程学等3个学科进入ESI学科全球排名前1%。2017年5月，根据汤森路透（英语：Thomson Reuters）ESI大学排名中国大学排名，南通大学排名118位。2017年，根据上海软科教育信息咨询公司发布的2017年“中国最好学科排名”，排名榜单包括91个一级学科，共有453所高校的4756个学科点上榜。南通大学共有11个学科上榜，其中：基础医学（全国排名第25）进