延文5年（1360年12月12日），关山慧玄在风水泉老树旁坐化圆寂。后一度改名“龙云寺”，并且被朝廷破坏。永享4年（1432年），日峰宗舜由尾张犬山（今爱知县犬山市）的瑞泉寺而来，建立了开山堂，妙心寺走向中兴。应仁元年(1467年)，妙心寺应应仁之乱而被烧毁，在住持雪江宗深之领导下，妙心寺得以修复，还完成了开山祖师顶相及寺史《正法山妙心禅寺记》。战国时代，利贞尼购买仁和寺的土地捐献给妙心寺。永正6年（1509年），妙心寺回复原样，建筑了七堂伽蓝、塔院、龙泉庵、东海庵。大永3年（1523