嘉靖帝驾崩，隆庆帝奉遗诏命海瑞出狱，又改任为兵部武库司主事。隆庆元年（1567年）连续升官，历任尚宝司丞、大理寺右丞、大理寺左丞、南京通政司右通政。
巡抚应天.
开黄浦江.隆庆三年（1569年）夏天海瑞出任应天巡抚，正好赶上长江发大水，江南被淹。此前明廷曾多次疏浚吴淞江，治理了几十年都没有成功。海瑞一上任，实际考察，发现黄浦夺淞势不可免，决定另辟蹊径，将黄浦江改为主河道，经过几个月的治理，解决了数十年的水患。黄浦江畔的上海县也由此发展起来，后成为中国最大的城市