侦办安亚专案机密款案件时，特侦组搜查邱义仁住处，发现鐽震案报告文件。当时邱义仁回签，是在2008年卸任后，由国防部长蔡明宪在住处交付。2014年8月，高检署认定蔡明宪把国防部的军事机密文件交给已卸任的邱义仁，依违反《国家机密保护法》起诉蔡明宪与邱义仁。蔡明宪在法庭上表示，在邱义仁卸任前，鐽震案报告就已经提出，依规定提交给行政院正、副院长以及立法院长，邱义仁当时仍担任行政院副院长，非在卸任后才交付。2015年8月，台湾高等法院法官认为邱义仁当时记错了，判决两人无罪。高检署上诉后，2015年11月，最高法院驳回