今屏东县一带，引发了牡丹社事件。而清廷知道日军犯台后，遂命福建船政大臣沈葆桢以钦差（钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣）身份来台处理此事。这段时间里，沈葆桢在台湾规画并进行了许多事情，而兴建二鲲鯓砲台便是其中的一件。当时沈葆桢聘请了原在马尾造船厂工作的法国工程师帛尔陀（M. Berthault）及鲁富设计砲台，而帛尔陀在设计时则参考了巴黎的外围防御工事。该工程从同治十三年（1874年）九月开始动工，直到光绪二年（1876年）八月才完工，而光绪年间亦有再加以修建。而在这之后二鲲鯓砲台在中