国再度出兵北圻，陈兵香江口，兵临顺化城下，要求与越南定约。陈廷肃与阮仲合分别被协和帝任命为正副使，与法国签订《第一次顺化条约》。建福元年（1884年），阮仲合权署理山兴宣总督，大力剿灭草匪。咸宜元年（1885年），升侍郎衔，仍署理山兴宣总督。五月，咸宜帝出京抗法，阮仲合与阮有度、潘廷评向法国帅府商议。八月，同庆帝立，北圻经略大使阮有度回京。阮仲合代理经略使一职，署协佐大学士，前去镇压支持咸宜帝的文绅起义军。阮仲合没能成功镇压起义，最终由黄高启平定。同庆二年（1887年），升为吏部尚书，兼任国史馆总裁、机