Pencil，可画重点并储存喜爱的段落以便之后观看；支援播放以Dolby Digital Plus音讯串流编码的影片等。此外，此更新还修补了一些漏洞。
9.3.1.iOS 9.3.1于2016年3月31日发布。此更新修正了在Safari及其他应用程式中点选超连结时，应用程式变得无法回应的问题。
9.3.2.iOS 9.3.2于2016年5月16日发布。此更新使用户可无限期使用低耗电模式及Night Shift模式，并修正了部分蓝牙配件与iPhone SE配