清真寺始建于明朝，清朝重修。《通州文物志》记载，马驹桥清真寺周围的回民是明朝皇家游猎场南海子建成后，因为商业活动兴旺而聚居起来的人。因马驹桥在京津要道，兴建弘仁石拱桥后，又在桥头造碧霞元君庙，也有利于商业发展，回民纷纷到此定居，故修马驹桥清真寺。清朝、中华民国年间重修。文革期间曾作为生产大队库房，山门被拆除。该寺建筑为东向一进院落，主要建筑有：