郑鸿逵表示不快点即位，会有其他人先行称帝。朱聿键因此被拥立为皇帝（隆武帝），郑鸿逵也因这项功劳，受封定虏侯，后来晋升定国公。不久，隆武帝命令郑鸿逵前往浙江进攻清军，郑鸿逵离开仙霞关没多远，就以等待补给为理由，不继续进军。隆武二年（1646年），鲁王朱以海政权被清军击败，郑鸿逵撤退，清军因此佔领仙霞关。隆武帝得知消息，撤销郑鸿逵的爵位。十一月，郑芝龙决定投靠清朝，准备前往福州和贝勒博洛见面，郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上，郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门，同时避免郑成功遭郑芝龙挟持，郑鸿逵暗中将他放走。