神经递质的能力，稳定神经激素系统。电流使大脑中血清素、多巴胺、去甲肾上腺素等含量增高，使皮质醇含量降低。经过经颅微电流刺激疗法治疗后，患者处于“警惕但放松”的状态，表现在脑电图上，α脑电波增加而δ脑电波减少。在经颅微电流刺激期间，电流主要作用于下丘脑，电极置于部位，接近人的面部，计算机模拟表明，皮层和下皮层会感应出近于同样大小的电流。这一计算机模拟结果有潜在的临床意义。