在1854年在下田登上美军军舰企图偷渡前往美国，在遭到美军拒绝并向下田的奉行自首后被送回萩的野山狱，1855年出狱改幽禁于自家内，1857年自叔父继承了位于自家土地内的松下村塾，并开始在塾内上课；此时期曾在松下村塾接受吉田松阴指导的学生包括：久坂玄瑞、高杉晋作、伊藤博文、山县有朋、吉田稔麿、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、宍户玑等多位日后活耀于明治维新前后的人物。但在1858年江户幕府与美国缔结美日修好通商条约后，吉田松阴不但大肆指责幕府的外交政策，还主张暗杀老中，被长州藩再次关入野山狱，