领区对东部联络艰难，沈葆桢由北至南连开数条道路横贯台湾本岛，自此打开东部对外的联系。在开路的同时，沈葆桢从福建招来的移民也搭乘一艘艘的帆船登陆台东，今台东市宝桑里一带是东部最早的汉人移民据点。1886年台湾建省，将卑南厅升格为台东直隶州，州治设于今花莲瑞穗乡，并于原卑南厅治设州同，花莲港设州判，预计于州下设三个行政区。但由于发生大庄事件，州治毁败，实际上的州治仍在卑南。
日治时期.1895年马关条约后，台湾割让给日本。7月3日公布《地方官假官制制定件》，拟定将清政府时期的三府改制为