，明斯特在科隆至汉堡的连接中被纳入了这个系统。随着第二次世界大战爆发，情况发生了根本性的变化。当局取消了旅行补贴，而减班的运行图1940年1月生效。在随后的调图中，运力更进一步削减。在1941-42年间，明斯特火车总站下方建造了一个可容纳2000人的地堡。它于1945年遇袭，但未造成人员伤亡。在对明斯特发动的102次空袭中，盟军轰炸机也将铁路设施作为目标。车站区域的空袭导致大量车厢和机车受损，而轨道设施也有75%至80%的面积遭到破坏。车站大楼则被完全摧毁。
1945年以来.