万历四十七年（1619年）己未科进士。授芜湖知县，有清廉的名声；改吴江知县，芜湖民请他留任。吴江吏来迎接，在路上相争，不得行，再宿乃去。吴江水涝，他为民请命，擢升为吏部验封司主事。天启年间，魏忠贤请封其从子魏良臣为伯爵；晏清阻止。吏部尚书周应秋削晏清籍。崇祯初年，以原官起用。崇祯九年（1636年），张献忠骚扰蕲州、黄州，焚黄冈县枫香桥一带；文学邓云程兜甲执铁鞭，率乡兵数千格斗退敌。张献忠驻黄冈县白杨山，县民被杀六、七万人；晏清率父老向湖广巡抚王梦尹请兵，王梦尹不应。晏清任验封司郎中，周延儒勾结太监王化民入吏