又被朝廷起用为广西右参议。在任内，他纠察了桂林宗室私铸钱币的罪责，并致力于当地教育，兴办漓江书院，并对军队约束。天启六年（1626年），他原本将升迁为陕西副使，但时值魏忠贤权利膨胀，身为东林党人的曹学佺因为编纂《野史纪略》，被魏忠贤派系内的齐廷之指控私撰野史、淆乱国章，继而被免职毁书，并被广西的官员拘禁，但魏忠贤无意处死曹学佺。在长子曹孟嘉的奔走营救下，曹学佺于天启七年（1627年）获释返闽。次年，朝廷又起用他为广西副使，曹学佺推辞任命，不去就职。
殉国.在家休养期间，曹学佺精心经