间后，曼科·卡帕克二世竭力抵抗西班牙人，并利用皮萨罗和一位合伙人迭戈·德·阿尔马格罗在分赃问题上起的争端，以比尔卡班巴为中心起兵，一度夺回了库斯科城。曼科·卡帕克二世和他的后代死守比尔卡班巴长达36年之久，最后在1572年失守。最后一位萨帕·印卡，图帕克·阿马鲁被西班牙人抓获并处以死刑。也就是在1572年，印加人完全臣服在了西班牙人之下。