臣政权家督职位传给自己的亲生儿子丰臣秀赖而挑起，丰臣秀次最终切腹）。秀次死后，其领地内近江7万石划归三成。同年三成获得了近江佐和山十九万石四千石的封地。（世人所说石田三成手上有两件至宝，一个是佐和山城，一个就是岛左近）。庆长元年（1596年），接待了明朝讲和的使者。同年被任命为京都奉行。奉秀吉之命镇压天主教。三成阳奉阴违尽量放过天主教徒，同时进言秀吉不要妄杀天主教信徒。庆长二年（1597年），庆长之役中在日本国内担任后方支援。庆长三年（1598年），秀吉打算将小早川秀秋的领地筑后国，筑前国下赐三成，