万历二十年（1592年）作《童心说》，批点《西厢记》民间文学，刊印《卓吾评点水浒传》。万历二十五年（1597年）至二十八年（1600年），到山西、通州、济宁、金陵游历。在济宁、金陵曾两次与利玛窦见面，讨论天主教与佛教教义。二十八年回到麻城。同年冬天，湖广佥事冯应京以“维护风化”为名，指使歹徒烧毁龙湖芝佛院，又毁坏他预为藏骨的灵骨塔。李贽被迫避寓麻城东北商城县黄檗山中。万历二十九年（1601年），前御史马经纶闻讯将李贽接到通州，住莲花寺。万历三十年（1602年），都察院左都御史温纯及都察院礼科给事