」原名「本国寺」，江户时代的大名和主修《大日本史》的着名历史学家德川光圀根据则天文字中的「圀」字改名为「德川光圀」，因为他认为「国」字里的「或」字通「惑」而不吉。而为德川光圀剃度的「本国寺」也因此改名为「本圀寺」。原本位在京都的六条堀川，因本末解体，昭和46年（1971年），移转至山科的现在地。但是，塔头16院（松林院、瑞云院、一音院、诠量院、了圆院、劝持院、松阳院、林昌院、本妙院、智妙院、本实院、真如院、了光院、智了院、智光院、久成院）仍在六条的旧地，位在五条通南北猪熊通沿线。