应云茵来袭，包含珠江客运及油蔴地小轮在内，往返澳门及中国大陆的所有渡轮在6月24及25日均被暂停，机场方面则有各有一班航机改飞其他地方及取消。当局港九市区开放十个庇护站，可容纳1,100人，同时宣佈所有学校在6月25日停课。风暴对香港的影响不太明显，仅在九龙多处有棚架倒塌，香港岛则有四宗塌树报告。风暴引发的一股水龙卷于6月24日下午2时半在香港岛西南海面出现并向东南方面移动，持续逾十分钟，长洲、南丫岛及香港岛西部都可以见到，其中长洲东湾有数千人目睹此情景，这水龙卷没有登岸及造成任何破坏。在天文台6月25