1990年10月28日，随着两德统一，柏林再次成为汉莎航空的目的地。三年后，汉莎订购的空中巴士A340（-200和-300）投入运营，而汉莎机队内的DC-10则陆续退役。1997年5月18日，汉莎航空与北欧航空、泰国国际航空、加拿大航空、联合航空组建星空联盟。2001年12月6日，汉莎航空宣佈订购15架空中巴士A380。而在911事件后，汉莎航空虽有亏损，但并未裁员。四年后，汉莎航空收购瑞士国际航空，后者于2006年加入星空联盟。汉莎于2000年代继续更新机队，空中巴士A340-600于2003年