1952年医学院独立建院，随之改名为北京医学院药学系；1985年随学校更名为北京医科大学药学院，2000年4月北京医科大学与北京大学合并组建新的北京大学，随之更名为北京大学药学院。
现状.学院4名教授被遴选为院士,其中王序教授、王夔教授、张礼和教授为中国科学院院士，楼之岑教授为中国工程院院士。被国家人事部和卫生部授予有突出贡献的中青年科技专家称号的3名;"长江学者奖励计划"特聘教授1名（叶新山），"国家杰出青年科学基金"获得者4名（果德安、车庆明、蔡少青、屠鹏飞）,教育部"跨世纪人