修院东侧由二层改建为三层，将原有的巴洛克式塔顶与山花拆除，增建工程由德国建筑师毕娄哈（Arthur Bialucha）设计。1950年代初，外籍教士陆续离开中国大陆，圣神修女院遂与玛利亚方济各传教修会断绝联系。1952年，青岛市人民政府接收原由万字会青岛分会于1945年创办的私立慈济初级商科职业学校，改名为山东省青岛商业学校，隶属山东省商业厅，迁入修院内，使用浙江路28号正门一侧的楼房。圣神修女院仅使用修院西南角的肥城路2号丙。1958年，青岛商业学校撤销。之后山东省海洋仪器仪表研究所迁入浙江路28号修