首席部长的时候，已经与马来亚总理东姑阿都拉曼建立起友好的关系，也逐渐关注大马政坛；他更主张新加坡自治邦应该併入马来亚，以达至脱离英国独立的目标。在1963年9月，新加坡经公投后联同砂拉越和北婆罗乃正式併入马来亚，马来西亚宣告成立。同月，新加坡举行立法议会大选，当时的新加坡人民联盟在马来西亚执政党马来西亚联盟支持下，早已于1961年联合一些反对派系组成新加坡联盟党，并以新加坡联盟党的旗号出选，试图再一次挑战执政人民行动党。可是，身为新加坡人民联盟主席的林有福未有参与这次立法议会大选，而新加坡联盟党在大选中