2009年8月8日莫拉克台风重创台湾中、南部地区，造成严重水患（又称八八水灾）与人命、财物的损失，引发民众对当时行政院院长刘兆玄内阁指挥救灾行动效率的质疑与不满，最后刘兆玄院长为负起政治责任宣布内阁总辞。随后，9月7日总统府发言人王郁琦举行记者会宣布，马英九总统任命立法委员吴敦义接任行政院院长，于9月10日吴敦义内阁全员宣誓就职，上任后施政方针为：灾后重建与国土保育、防治H1N1新流感、振兴经济促进就业、推动两岸与外交关系与持续照顾弱势等五大重点；时任台南市长赖清德曾赞其为最有能力的行政院长；2011年6月