同治五年（1866年）庙再迁建至今日的民乐街和民生西路交叉口，庙面对大稻埕码头。庙前龙柱、石碑、基地石材和雕花大樑均出自厦门港，并由同安师傅雕琢而成。当时庙后有一口俗称「小剑潭」的水井，被传言郑成功拔剑刺地得到的剑泉，并有「汲井可受福」五字的匾，及由蓝鼎元镌记的勒文，但一说镌记为林鹤年戏作。1910年，日本政府实施市区改正，庙宇迁移，并保有原先建材。由陈应彬负责重建，1914年重建完成。至于旧址处的小剑潭井被填平，碑匾被移到天马茶房右邻的发记茶行庭园围墙下，邱秀堂回忆在战后曾见过该匾碑，之后茶行庭院拆