别克斯坦宪法第61条规定，宗教组织和协会应与国家政治分离，法律面前人人平等，国家不得干涉宗教团体的活动。1990年代初期，随着苏联政权的结束，大批来自沙特阿拉伯和土耳其的伊斯兰教传教士来到乌兹别克斯坦，重新将苏菲派和瓦哈比派伊斯兰教传入。1992年，在纳曼干，来自沙特阿拉伯的伊斯兰大学的激进伊斯兰教主义组织控制了一座政府大楼，要求总统伊斯兰·卡里莫夫宣布乌兹别克斯坦为一个伊斯兰国家，并把沙里亚作为唯一的法律制度。然而，乌兹别克斯坦政府并无这么做，而且驱逐激进伊斯兰武装组织，其领导人后来逃往阿富汗和巴基斯坦，