若疾病的原因不确定，或是其程度其程度或确切性质仍有疑问时，一般会在病变部位进行活体组织切片。例如血管炎常常是透过活体组织切片诊断出来的。
活体组织切片的分析.在进行切片后，会将组织分片送到病理学实验室。会由专门诊断疾病（例如癌症）的病理学家用显微镜进行检查。当实验室（参考组织学）收到切片后，会处理组织，由切片上除去极薄的组织，并附着在载玻片上。其余的组织会保留做后续的研究。若有需要，会由染料处理组织，会让特定的细胞可以更明显，以方便观察。之后载玻片会交给病理学家，在显微镜下检查