国时期，白下路斗姥宫曾为南京道教活动中心。现今，升州路天后宫由全真道传人住持。佛教在东汉末年传入南京，到南朝时已经相当繁盛，当时有“南朝四百八十寺”的说法。历史上南京曾是三论宗、法眼宗等佛教宗派的发源地。现在南京的着名寺庙有栖霞寺、鸡鸣寺、灵谷寺、毗卢寺等，南京的金陵刻经处是汉文木刻佛经的出版中心。2008年，在明代大报恩寺遗址发现了供奉“佛顶真骨”的七宝阿育王塔。明朝初年，南京回族甚多，伊斯兰教盛行，信徒（穆斯林）人口曾达到10万人，占全市人口近十分之一，后来南京一直是东南沿海各省中回族最为集中的