至南京站的列车车次为G71打头，同样停靠沿途主要站点。同时，上海虹桥站始发的沪宁城际动车组列车附有中国东方航空公司和上海铁路局“空铁联运”产品的虚拟航班号，虚拟航段区间为MU6001~MU6199。第三种是始发站或终到站不在沪宁城际铁路正线上，但由上海市或南京的其他同城车站始发终到，经由沪宁城际铁路的列车：比如上海虹桥站→南京站、上海站→南京南站等等。但是要注意的是，上海虹桥站至南京南站经由沪宁城际铁路运行的列车每日仅有两对，虽有部分列车始发终到站为上海虹桥和南京南，但实际经由京沪高速铁路或经由沪杭高速