澳门的中国教徒交还，以及必须全数送回遣到澳门的传教士回欧洲。中方的举动让澳门全城上下大为紧张，为免中国当局关闭关闸大门切断物资供应，圣若瑟修院提议澳葡当局提前储存米粮，让圣若瑟修院一度充作一座用以储存粮食的临时谷仓，直到后来危机解除。1758年，葡萄牙王国国王若泽一世遭暗杀未逐。1759年，葡萄牙首相蓬巴尔侯爵借口耶稣会参与暗杀行动，宣佈将之取缔，充公其所有财产。1762年，澳葡政府在收到葡王指令后随即查封圣保禄学院和圣若瑟修院，逮捕了共24名耶稣会士并将他们监禁在葡萄牙，在押解途中，圣若瑟修院修院院长