十九年（1903年），任江苏督粮道。五年后，迁江西按察使，先后调湖南、江苏。宣统元年（1909年），晋升布政使。宣统三年（1911年），升任山西巡抚。就职仅一月，辛亥革命爆发，各省独立。钟琦反对革命，叮嘱三子敬熙，并准备殉清，敬熙赴京告知兄长光熙，二人一同返回山西。九月八日晨，新军起事，攻打巡抚衙门。钟琦斥责说：“尔辈将反邪？”话音未落即中枪殒命。光熙奔出援救，也被打死。清廷下诏褒扬，谥文烈。《清史稿》有传。是辛亥革命唯一一位汉人督辅死于战事中者。