陈鞠旅接任整编第1师师长。当时，整编第1师自第二次国共内战爆发后便接连惨败，尽管在重点进攻中，胡宗南命整1师整1旅象征性地“率先攻占”延安，但整1师的战斗力依旧不强。胡宗南看重陈鞠旅对部队的训练能力，希望他能提高整1师的战斗力。1949年5月，中国人民解放军占领中华民国首都南京，中国西北地区的国军部队也弃守西安退保汉中，随后又退入四川。陈鞠旅在战地被提升为第5兵团副司令官兼第1军军长。当时，第1军尚有相当的战斗力，蒋介石来到重庆时，胡宗南调第1军赴重庆当卫队。但因联勤第44补给分区的指挥官早就希望起义，