宋孝宗大为感动。宋宁宗即位后（1195年），黄由升迁任礼部尚书兼吏部。庆元二年丁酉（1197年），绵州知州王沇，请求处置“伪学之籍”的人，并令省部登记姓名，伪学党得罪着籍者其中包括黄由。当时担任吏部侍郎的黄由，上疏发表建言，被贬为成都知府。殿中侍御史张岩，奏说黄由阿附权臣、树立党羽，黄由再被降为杂学士奉祠。嘉定初年（1208年），黄由出任绍兴府知府，进阶浙东安抚使，嵊县有虎为患，百姓们以讹传讹说老虎变化叵测、踪迹不定。黄由向神祷告，招募人才捕虎，尽除虎患。嘉定三年（1210年），任刑部尚书兼学士院直