1年开始，他多次因病入院。2011年4月，他证实患上肾衰竭，需以腹膜透析治疗。同年12月22日证实患上退伍军人症，引发政府新总部是否设计不当的问题。2012年3月24日在家中边用手机看足球边上厕所时跌倒导致右手臂骨裂，4月3日接受小肠气手术，25日切除患癌的甲状腺。部分批评声音指近月多次出现高官患病入院情况，但政府都未及时对外交代病情，敦促港府设立机制，让市民在官员患病影响工作时得悉情况，以释公众疑虑。《苹果日报》披露孙明扬在近半年立法会会议时经常打盹沉睡，「疲态尽现」。2016年获香港公开大学颁授荣誉