辅因子提供支架。辅因子可以是色素（如叶绿素、脱镁叶绿素、类胡萝卜素 ）、醌或铁硫簇。 
光系统I和II之间的关系.对于含氧光合作用，需要光系统 I和光系统 II。有氧光合作用可以通过植物和蓝细菌进行；蓝细菌被认为是含有光系统的真核生物叶绿体的祖细胞 。 不能产生氧气的光合细菌具有与之相似的单一光系统 。 当光系统II吸收光时，反应中心叶绿素中的电子被激发到更高的能级并被初级电子受体捕获。 光激发的电子通过设置在类囊体膜中的电子传递链穿过到达光系统I。利用这种能量降低（整个过