连同当时的马来亚联合邦、砂拉越以及北婆罗洲（现沙巴）共组成立马来西亚联邦，进而完全脱离英国统治。在马来西亚期间，李光耀和当时的马来西亚联邦政府在种族权利分配上意见不合，李光耀主张以“马来西亚人的马来西亚”的民族平等方式，反对“马来人至上”的保护政策。人民行动党与执政马来民族统一机构（巫统）的政治较量更在1964年7月及9月两次引发新加坡种族骚乱。最后，首相东姑阿都拉曼以避免局势恶化为由，在1965年8月7日下令将新加坡州自马来西亚联邦中除名。于是，8月9日，以巫统为首的执政联盟在马来西亚国会紧急修宪并通