时，胡耀邦正担任团中央的负责人。1959年，白纪年离开共青团组织，转任陕西省委农村工作部副部长、兼省委农村政治部副主任；1965年，胡耀邦调任中共陕西省委书记；不久，白纪年被任命为中共陕西省汉中地委副书记。“文化大革命”开始后，白纪年被打成“彭德怀、高岗、习仲勋”和“胡耀邦、赵守一、李启明”“黑线”的骨干人物，遭到批判和斗争。在长期关押、审查、批斗期间，白纪年被迫进行繁重体力劳动，打扫卫生、倒运垃圾，经常处于饥饿状态，还患上了肠癌。直到1972年，才被恢复自由。
执政陕西.19