委员会停止开会，其职权交国防最高会议代行。1938年1月17日，改组国民政府与军事委员会，党政军机构分开，国民政府公布《修正军事委员会组织大纲》，取消陆海空军大本营。军事委员会第三部、第四部以及资源委员会、农业调整委员会、工矿调整委员会合并入行政院经济部；海军部暂行撤销，其经管事项并归海军总司令部办理；军事委员会的禁烟委员会总会改隶行政院内政部，军事委员会委员长不再兼禁烟总监；军事委员会的贸易调整委员会、对外易货委员会、禁烟督察处均改隶财政部；军事委员会水陆运输联合办事处改隶交通部;军事委员会不设副委员