次年四月永历帝与其子哀愍太子朱慈煊等被吴三桂处死于昆明。七月，李定国在勐腊得知永历帝死讯，亦忧愤而死。而同年五月，郑成功亦于台湾急病而亡。此后郑氏政权未再拥立皇帝或朱氏监国，而是继续奉永历为正朔。1683年，延平郡王郑克塽降清，清军占领台湾，宁靖王朱术桂自杀殉国，标志着大明最后一个政权的覆灭。
外交.南明时期，安南、日本、琉球、吕宋、占城也曾派使者入贡。隆武元年也曾颁登基诏书予琉球，并记载于琉球《历代宝案》一书。南明弘光帝曾以对等的礼仪派使者左懋第诏谕，并称顺治帝为清国可汗