离爱沙尼亚和拉脱维亚时，则在那里留下了进行游击战的基础，阿道夫·希特勒允许爱沙尼亚部队中愿意留下来保卫家园的士兵：主要是来自武装党卫军第20掷弹兵师（爱沙尼亚第一师）的士兵留在当地。此外进行游击战的人员还包括1945年库尔兰集团军群覆灭时在拉脱维亚半岛库尔兰半岛被围而投降的部队，很多爱沙尼亚和拉脱维亚士兵以及一些德国士兵避免了被俘的命运并作为森林兄弟在乡间作战，直到战争结束后很多年。其他一些人，诸如阿尔冯斯·雷巴内和阿尔弗雷茨·里克斯汀斯则逃往英国和瑞典，并参与到盟军情报机关援助森林兄弟的行动当中。在战