车站进行候车站房更换工程，把原来的木制候车小屋及旁边的简易洗手间拆去，再换成以金属及玻璃幕墙建成的单层新型简易式候车站房。东石黑站的工程于2019年8月起展开，在原候车小屋向方向（于22公里标柱旁）兴建新站房。
月台配置.露天侧式月台1个，有效长度为5辆。除候车小屋及月台外的洗手间外，并没有其他配套设施。列车靠站时，往城端方向为右侧上落，往高冈方向为左侧上落。