了派遣海巡署及渔业署前往护渔外，海军也出动军舰前往附近海域协助护渔，准驻日代表谢长廷质疑，军舰护渔有「不惜战争」的意义，等于向美日宣战；立委叶宜津要求总统马英九，「停止这些幼稚的行动」，对此张善政认为谢长廷想的太远了，这只是一种备援，同时请叶宜津回去问蔡总统全力捍卫的内容是甚么。5月5日，东圣吉16号返回小琉球，张善政前往渔港亲迎慰问。
国家资通安全科技中心存废.2016年5月3日，时代力量与民进党认为国家资通安全科技中心组织凌乱、权责不清，在立法院院会联手废止资安中心设置条例。张