被推举为朝鲜建国准备委员会副委员长，但因左派处于优势地位而辞职。此后加入韩国独立党，任驻朝鲜美国陆军司令部军政厅民政长官、民议院议员等职，为大韩民国政府的成立作出重大贡献。在1948年韩国普选中，他竞选大韩民国首任总统，但被李承晚以绝对优势得票率击败。朝鲜战争爆发之后，安在鸿被朝鲜人民军俘虏到了北方，后在平壤死去。1989年，韩国政府追授给他建国勋章大统领章。