派黄旭初兼桂林绥靖公署副主任，莫树杰为贵州绥靖公署中将副主任，甘丽初为增设副主任。5月20日，「请辞本兼各职」。5月30日，何应钦内阁为恶劣情况所迫全体总辞，辞职获准。7月16日，中国国民党中央委员会在广州组织非常委员会，委员7人，包括何。何不久便去台湾。
台湾.此后，他历任「中央非常委员会」、总统府战略顾问委员会主任委员等职，直至去世。1951年春，何由台湾飞往日本访问。1月，何代表蒋应麦克阿瑟之召赴东京，携有已为蒋所核准之计划，准备用20至25万兵力攻佔厦门、汕头，拟与麦克