999年，由当时七司「司法政务司」、「行政、教育暨青年事务政务司」、「经济协调政务司」、「保安政务司」、「传播、旅游暨文化政务司」、「社会事务暨预算政务司」、「运输暨工务政务司」分别统一为「行政法务司」、「经济财政司」、「保安司」、「社会文化司」、「运输工务司」共五司；另外有部门调整及改称，如司法警察司改称司法警察局，并隶属保安司等；所有司（二级司）、局、厅、处，都分别改为局、厅、处；及取消了一些部门，如纪念葡萄牙发现事业澳门地区委员等。