林事件中，在加米涅夫提交的记录中显示反对斯大林一派曾称“雅戈达和特里利塞尔是我们的人”，导致特里利塞尔和雅戈达也受到牵连，被要求向斯大林和中央监察委员会的奥尔忠尼启则做出解释。雅戈达承认曾经常与李可夫在李可夫私人住所会面。1934年5月10日，国家政治保卫总局局长维亚切斯拉夫·缅因斯基去世，1934年7月10日，国家政治保卫总局被并入内务人民委员部，雅果达就任内务人民委员。1934年12月1日，列宁格勒市委书记基洛夫遇刺身亡，在斯大林的授意下，雅果达发动了大清洗运动，他和安德烈·维辛斯基紧密合作，组织了