还是无法在美因茨立足。大教堂的议会两次以极小的多数选举了支持天主教的大主教。到1802年为止除驻兵外在美因茨没有新教社团。从17世纪初开始美因茨逐渐被改造为一个要塞，到20世纪为止这个要塞装置是城市发展的一个主要障碍。而且这个要塞也没有能够阻止在三十年战争中瑞典军队不经作战就占领了美因茨。1647年约翰·菲力普·冯·匈保成为大主教，他在结束三十年战争的过程中起了非常重要的作用。战后他的政策使得美因茨很快克服了战争带来的破坏。在此后的巴洛克时代中在市内建造了许多豪华的建筑，许多这些建筑今天依然保存。在