溪沿岸形了三个街市，分别是万丹街，新园街和崁顶街。东港溪主流上游为万安溪，发源于屏东县泰武乡的日汤真山。
历史.从前东港溪的主流上游为水量丰沛的隘寮溪，其源头位于遥拜山。1938年修筑完成隘寮溪南岸长堤，导引溪水向西北流入荖浓溪；其后又兴建一连串的堤防，以切断隘寮溪南侧各分流。从此隘寮溪变成荖浓溪的支流，东港溪遂改以万安溪为主要源流，其河长与流量均大幅减少。
水系主要河川.以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道。