二十三年（1834年）调广东按察使，同年升广东布政使。美国人顾盛请求入京，黄恩彤赶赴澳门将其劝阻，因功赏赐花翎。
巡抚.道光二十五年（1845年），升任广东巡抚。道光二十六年（1846年），英国强欲进入广州，向时任两广总督、协办大学士的耆英提出租地、建房等要求。黄恩彤建议耆英暂时应承。事情传出，粤民哗然，黄恩彤被弹劾。恰逢监临文武乡试，黄恩彤疏请给予年老武生武职虚衔，朝廷下诏斥责其违例，褫职，交耆英差遣。不久，以同知铨选。
晚年.道光二十九年（1849年）