全国漕运事务上，“武尊文卑”，即漕运总兵的权力在漕运文官之上。李三才到任后，逐渐扭转这一局势。李三才对王承勋“以气凌驾之”，王忍耐并“移坐其下”，致使此后“武尊文卑”传统逐渐改变，文官总理漕运事务，武官逐渐空闲。武官仅负责督运，最后连督运的任务也减免了。万历四十年（1612年），王承勋请辞回乡，明廷便撤销漕运总兵官一职，王承勋遂成为明朝最后一任漕运总兵。王承勋的长子名叫王先进，无子嗣，故引发后来的新建伯爵位世袭之争，争讼旷日持久，长达数十年。