守势力排挤，被迫于1925年赴广东投奔国民革命。国民革命成功后曾任中山大学副校长。由于他反对蒋中正的政策，参加武汉国民革命政府而失利。避居上海，后又被开除中国国民党党籍。1931年重新被收录入国民党，任国民政府常委、教育行政委员会委员等职。其女经普椿为廖承志之妻。经亨颐曾主张将故宫视为清室逆产废除之，此举引起文化界为之譁然无不愤慨，后经张继于国民政府会议上一一驳斥此项主张，使故宫终被保存。
轶事.1932年左右，经亨颐曾与何香凝、陈树人、于右任、柳亚子等人创立寒之友社，为一书画