民国三十四年（1945年）12月8日，李友邦率台湾义勇队回台，兼任三民主义青年团中央直属台湾区团部筹备处主任，受国民党监视。民国三十五年（1946年），台湾义勇队遭国民政府强制解散，李友邦担任三民主义青年团台湾分团主任。民国三十六年（1947年）二二八事件爆发后，李友邦被台湾省行政长官陈仪以通匪与幕后鼓动暴动罪名逮捕，并解送南京监禁3个月，经过其夫人严秀峰至南京向蒋经国说明原委，李友邦才被释放，返台在基隆港码头受到热烈欢迎。李友邦回台湾之后，担任中国国民党台湾省党部副主任委员兼中国国民党改造委员会委员。