首先，从组织，血浆，尿液，唾液，细胞等中收集样品。其次，经常通过添加内标和衍生化方法提取代谢产物。 在样品分析过程中，对代谢产物进行定量（液相色谱法或气相色谱法，以及质谱法和/或NMR光谱）。 原始输出数据可用于代谢物特征提取，并在进行统计分析（例如PCA）之前进一步处理。 许多生物信息学工具和软件可用于识别与疾病状态和结果的关联，确定显着的相关性并利用现有的生物学知识表征代谢特征。
分离方法.最初，代谢组学样品中的分析物包含高度复杂的混合物。通过将某些分析物与其他分析物分离，可