干调兵南下，元福长子曾登瀚自募乡勇随军率先破围，官军遂收复凤山。咸丰11年(1861年)曾元福接署台湾镇总兵，乃台湾绿营最高阶将领。同治元年（1862年）戴潮春事件爆发，曾元福先以记名总兵北路协副将的头衔参战，随后接署一品的水师提督，当时福建陆路提督林文察总办台湾军事，令曾元福与前总兵曾玉明进军合击。同治3年（1864年）曾元福再接署总兵，克彰化收复斗六门，同时曾元福次子曾登洲因助军有功，获赏换花翎以道员尽先选用。至戴潮春事件平定，曾元福奉命率领台勇往福建截击太平天国余党，转战浙赣闽粤，因功获赏戴花翎，授