999年11月起，任台大医院器官移植管理委员会委员兼执行秘书，并兼任器捐劝募小组负责医师职务，柯文哲参考美国标准医疗程序及台湾医疗技术，在台大医院建立了「标准器官移植程序」，以维持器官移植手术的水准，增加病人存活率。后经卫生署推广至全国。2000年后，至大陆参加多次医学会议，将叶克膜技术传入中国大陆。2002年（民国91年），取得国立台湾大学医学院临床医学研究所医学博士。2002年6月6日卫生署成立「财团法人器官捐赠移植登录中心」，同年因为当时全台湾只有柯文哲一个人同时了解器官捐赠与心、肺、肝、肾、胰脏