，此病毒与人类冠状病毒NL63亲缘关系接近，分子钟分析显示两病毒可能在距今563—822年前由共同祖先分支，NL63病毒并可在三色蝠肺中复制增殖。这些研究显示NL63病毒与229E病毒可能是分别自不同蝙蝠病毒演化而来。2017年又有研究团队在肯亚波斯叶鼻蝠属蝙蝠'体内发现BtKYNL63-9a、BtKYNL63-9b与BtKYNL63-15等三种与NL63病毒关系接近的病毒，合称NL63样蝙蝠冠状病毒，这些病毒株与NL63病毒的关系比ARCoV.2与其的关系更接近。相较于NL63病毒仅编码ORF3一个辅