年6月26日，与做为翻译的吉村是二等人自宫崎县延冈沿岸一带渡航至台湾。于7月10日到达基隆，但因当地宪兵与警员并不知情，秘密渡航的几人皆被禁锢。随后，在根本博下狱的报告传达到国军上层（彭孟缉中将、钮先铭中将）后，待遇便一口气转变。于8月1日转移到台北的北投温泉静养。8月中旬，由汤恩伯居中协调与蒋介石会面。同年8月5日美国政府向国民党表明将中止军事援助，于是蒋介石便接受了根本博等人的协助。而依照部份资料指出，其动机并不单纯是报恩，也有借机一展长才之意味。
金门决战.根本博于8月1