3年间担任国家实验研究院院长。2016年5月20日，陈良基由台大副校长转任教育部政务次长。2017年2月8日，陈良基转任科技部部长。 2018年6月，超越徐爵民成为科技部成立以来任期最久的部长。2019年1月11日，赖清德宣布内阁总辞，并由苏贞昌接任行政院长。陈良基在接受苏贞昌征询后，原定转任教育部长。但因科技业界反映观感不佳，苏最后决定陈继续留任科技部长。其后，于是年五月由吴政忠接任科技部长一职，本人归建台大
争议.2015年7月23日，学生及记者于深夜侵入教育部，时