气候条件下生长的苦苣苔科植物会发展出根茎和块茎，但大部分还是普通的须根。1981年的克朗奎斯特分类法将本科列入玄参目，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其合并入唇形目。地黄属（"Rehmannia"）以前被分到苦苣苔科，但现在已经移入玄参科（Scrophulariaceae）。