军务厅、总务厅、参谋厅、军事教育厅、海军处、航空处、经理处、政治训练处等直属机构；但在蒋介石下野前，军事委员会工作机构未来得及建立。南京国民政府任命胡汉民、冯玉祥、阎锡山、李烈钧、蒋中正、杨树庄、李济深、何应钦、李宗仁、温寿泉、李鸣钟、李福林、朱培德、王天培、白崇禧、朱绍良、陈铭枢、赖世璜、曹万顺、周凤岐、陈调元、柏文蔚、王普、贺耀祖、叶开鑫、杨森、刘湘、赖心辉、刘成勋、邓锡侯、田颂尧、刘文辉、周西成、胡若愚、陈可钰、黄绍竑、钮永建、商震、鹿钟麟、向传义、张之江、陈绍宽、陈季良、李景曦、陈仪、樊钟秀等46人