华民国成立后，刘崇杰留任驻日本使馆一等参赞，后升为一等秘书、驻横滨领事。民国5年（1916年），代理中国驻日本公使。民国6年（1917年），任国务院参议兼外交部参事。民国8年（1919年），任出席巴黎和会中国代表团专门委员。民国9年（1920年），任驻西班牙兼葡萄牙公使，六年后任满归国。民国21年（1932年），刘崇杰随国际联盟李顿调查团考察东三省被日本占领情况。同年6月，任国民政府外交部常务次长。民国22年（1933年），转任驻德国兼奥地利公使。民国23年（1934年），专任驻德国公使。民国24年（1