194年，管辖马耳他岛的西西里王国王位落入德国贵族霍亨斯陶芬家族（康斯坦丝的夫家），直至1266年。在此期间，霍亨斯陶芬家族的国王腓特烈二世开始重整了西西里王国，西方文化和宗教开始对西西里及马耳他发挥更强烈的影响力。马耳他更有72年时间成为德意志民族神圣罗马帝国的一部分。虽然如此，在这时期马耳他的贸易被完全摧毁，它仅仅是一个有坚固驻军的军事要塞而已。直到1224年，腓特烈二世才将马耳他岛上所有剩余的穆斯林驱逐。过了一段短暂的时期，西西里王国王位传给法国安茹的卡佩家族，但由于安茹与热那亚共和国间的战争，和