政务的福建巡抚岑毓英再委他招抚台湾原住民之任务，不久亦以功赏，获得清廷赏蓝翎，升授五品衔，同时取得「新竹总垦户」头衔。1889年（光绪15年），黄南球与姜家共同成立广泰成垦号，开垦新竹北埔一带。1895年，根据马关条约，台湾割让，台湾仕绅开始抵抗，乙未战争爆发，他与姜绍祖共同加入李惟义阵营并受重用，联合对抗日本军队，史称乙未战争。黄南球旗下有号称「五虎将」以罗成、张大满、谢凤朗、汤龙和刘发为首的五营强悍乡勇，而后黄南球把爱女嫁给了罗成之子罗春桂。不久，乙未战争战败，渡回中国大陆。1898年，返回台湾