治时期1901年5月15日设「新市街驿」（今台铁新市车站），1920年台湾地方改制时设置「新市庄」，归台南州新化郡管辖。战后改设台南县新市乡。战后新市区一直以农业为主要的经济活动，直到1995年以来由于南部科学工业园区设于本区、善化区及安定区交壤处，高科技厂商陆续进驻，为新市的城乡发展结构带来重大的变化，带来大量的外来人口，发展迅速。2010年12月25日台南县市合併升格为直辖市后，原「新市乡」亦随之改制为「新市区」（并非指新的市区）。
行政区域.新市区行政