1938年初又迁至永康方岩。1942年夏迁到云和。1945年10月，省政府迁回杭州。1949年5月3日杭州为解放军佔领，省政府迁至舟山岛北部的干，并由蒋经国亲自将该地更名为克难，统治浙江沿海诸岛。1950年5月，浙江省政府等驻舟山各机构及大量人员随中华民国国军撤退台湾，省政府因之撤销。
浙东行署、浙西行署、浙南行署、浙北行署.抗日战争期间，1938年冬在于潜设置省政府浙西行署，代表省政府管理杭嘉湖各县。1943年9月在天台设置省政府浙东行署，代表省政府管理宁、台各县。日本投降后，