，母女俩在中国云南的组织基地目睹一只称作摩斯拉的幼虫从卵中孵化，艾玛启用一部能发出各种频率以控制巨兽行动的「奥卡装置」（），使失控的摩斯拉平静下来。但基地很快遭受由艾伦·乔纳为首的生态恐怖团体袭击，抢走奥卡装置并劫走艾玛和麦蒂森，摩斯拉则逃往附近瀑布中结茧。两位君主高层芹泽猪四郎和薇薇安·葛拉罕召回艾玛的前夫马克协寻艾玛母女的下落，身为人与动物关系学专家却厌恶巨兽的马克，为了救妻女而勉强协助他们。当时栖息于百慕大海底的哥吉拉开始游往南极洲，众人推测乔纳身在南极洲的君主基地，其准备释出一只被冰封数千年的三