日夜到达长崎。月洲所绘的「普照国师来朝之图」描绘了当时的情景。隐元随行的弟子中，良静等十个弟子翌年归国，其余的大眉、南源、独吼等十个弟子则留在了日本。也有说法认为隐元等人是由于躲避战乱才来到日本的，但是没有相关的根据。1655年（明历元年），在妙心寺原住持龙溪性潜的恳请下，隐元来到了摄津国嶋上（今大坂府高槻市）。但江户幕府对隐元如此大的影响力感到恐惧，严禁他出寺活动，同时限制寺内僧人人数在200名以内。隐元在日本期间，由于受到幕府的监视和约束，曾一度要返回中国。但在龙溪的奔走之下打消了这个念头。