被尼克斯队交易去了圣安东尼奥马刺队以换取马里克·罗斯。在赛季效力的两支球队中得到了场均9.5分、7.6个篮板和1.1个篮板。在马刺队期间作为球队的首发中锋，帮助球队夺得了2004-05赛季的NBA总冠军。在莫罕默德效力马刺的第二个赛季，他和拉多斯拉夫·内斯特洛维奇分享了首发中锋的位置，常规赛中他得到场均6.2分和5.2个篮板。在季后赛首轮战胜萨克拉门托的系列赛中莫罕默德有着不俗的表现，场均得到7分并且在系列赛首场比赛中投中了其职业生涯的第二个三分球。莫罕默德在系列赛第二轮对阵达拉斯小牛队的比赛中表现一般