不时发生冲突；为了政权的稳定，日本官方从消极的限制传教逐渐转变成积极的全面禁止天主教，甚至以扑灭邪教的名义对天主教徒直接迫害及消灭。当时做为日本实际掌权者、对天主教抱持开明态度的织田信长在1582年遽逝后，继承织田地位的丰臣秀吉在1587年颁布《伴天连追放令》（），首次对天主教发布；1596年，丰臣秀吉再次发布禁教令，造成26名天主教徒在长崎殉道，即现今所称的日本二十六圣人。进入江户时代后，江户幕府也多次发出对天主教的禁教令，导致多起殉道事件的发生，其中又以元和8年（1622年）八月初八发生的最为严重。