知不同处的争议，仅就「在韩日侨遇害」及「日本使馆被烧毁」两事谈判。日方代表除井上馨外，尚有其随员、参事院议官井上毅，朝方代表则是全权大臣、左议政金弘集、督办交涉通商事务和协办穆麟德。身为朝鲜宗主国的清国则以调查、处理藩属朝鲜内乱名义，派遣北洋副大臣吴大澂到汉城。吴大澂于1月1日率领40名随员、250名护卫兵抵达汉城。吴大澂以政变亦涉及中日兵营纠纷为由，试图干涉日朝谈判，但井上馨拒绝其干预，并以吴大澂无全权代表资格，拒绝即刻交涉兵营纠纷。吴大澂最后留下书函，以宗主国大臣身分，斥责金弘集忽略政变责任归属议题