因体中的分佈等等，都是分子演化的重要主题。
基因体大小.基因体的大小取决于基因的数量和重复序列的多寡。基因体的大小——又称C值——和生物的复杂程度并没有相关，这个看似不合理的现象称为C值谜。这个谜题的解释有二：首先，不会转录非编码DNA如重复序列可以佔非常大的比例，让基因体变得很大；再者，不是每个基因都对应到特定的发育阶段或组织类型，很多基因功能重复或、不会表现、或是只调节基他基因，也会让基因体变大而不增加生物的复杂度。包括哺乳类在内的许多真核生物都带有大量的非编码DNA，而基