臧致平坚守厦门，后在孙中山派许崇智等部援助下，转危为安。孙中山为巩固与闽军、海军的联盟，与臧致平协商将厦门交海军管辖，以换取海军支持孙中山在福建活动。臧致平遵照孙中山意见，交出厦门。卢永祥将其部编为浙江边防军，委臧致平为边防训练处处长。1924年，江浙战争时，任浙沪联军第一路副司令。因浙军叛逆，臧致平被迫同卢永祥、何丰林下野。1925年1月，任江苏宣抚使署参谋长。后去职。