」之名义重新出发，于2003年（平成15年）10月改组为文部科学省辖下的独立行政法人「独立行政法人理化学研究所」。
学术丑闻.2014年起发生该所研究员小保方晴子的STAP细胞丑闻，导致胚胎学研究者，理化学研究所再生中心副所长笹井芳树自杀。