八成的患者在使用肝素后会出现血清转胺酶上升的现象，另外有百分之五到十的患者则会在使用肝素后出现高钾血症。使用肝素造成的血清转胺酶上升与肝功能无关，在停用后就会恢复正常；高钾血症则是因为肝素诱发了醛固酮分泌抑制所导致。长期使用肝素的患者有少数会出现脱发与骨质疏松。过量使用肝素可以致命。2006年在印地安纳波里斯的一家医院，有三个早产儿因为被错误地注射了成人剂量的肝素而死。
禁忌症.对于有出血顾虑（尤其是血压控制困难、肝病、中风）的患者，严重肝病、高血压的患者不宜使用肝素。Se