隧道与柏林南部的市郊铁路相连。而在“水晶之夜”事件发生后，数以千计的犹太裔孩童开始作为儿童撤离计划的援助对象，经由该车站离开德国。1943年初，本站遭到了波兰抵抗组织的轰炸，共造成14人死亡及27人受伤。
战时受损情形.在第二次世界大战期间，腓特烈大街车站的损毁严重。由于电力短缺，车站的地铁和快铁列车服务分别于1945年4月23日和25日终止。1945年5月2日，在柏林投降当天，南北铁路隧道淹没在洪水中：由于的南侧隧道顶棚毁于爆炸，使得的河水倒灌入南北铁路隧道，并迅速流向腓特烈大街