人时期.13世纪，蒙古人侵入中亚地区，吉尔吉斯坦地区毁于一旦。在接下来的200年中，吉尔吉斯在钦察汗国、察合台汗国、卫拉特及其准噶尔汗国统治下。元朝时，吉尔吉斯人已懂农业，在叶尼塞河上游为元军屯垦。有趣的是，哈萨克人一直把吉尔吉斯人作为同类，也是阿拉什的子孙，因此有吉尔吉斯哈萨克是一家的说法，在玛纳斯史诗，哈萨克汗一直是玛纳斯的同盟，他们在十一世纪已断断续续与钦察人交流。他们后来成为黄种人因大量汉人与蒙古人入益兰州。18世纪，今日的吉尔吉斯地区分别是准噶尔蒙古(北部)及浩罕汗国(南部)的势力范围。