中，再出爲山东佥事，迁河南参议，进副使。擢南京通政司右参议，召为大理寺少卿。万历二十七年（1599年）以都察院右佥都御史担任漕运总督，巡抚凤阳诸府。万历三十九年（1611年）三才愤而辞职。万历四十四年（1616年）削籍。天启元年（1621年）后金可汗努尔哈赤攻占辽阳，御史房可壮请起用三才为辽东经略，遭反对作罢。天启三年（1623年）起为南京户部尚书，未赴任卒。及魏忠贤秉政，其党御史石三畏追劾三才，诏削其籍，褫夺封诰。崇祯初年（1628年）复赠官。
事迹.李三才总督漕运期