初为水师戍防之所，设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及《元史》、《新元史》，考定：该地方区划隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖寨巡检。明朝击败元朝取得中原政权后，仍依循前例于澎湖设置该官署，直至1384年因为实施封海政策，予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年，荷兰占领澎湖为止。
元朝澎湖巡检司.澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设置于澎湖群岛。设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也