在林木开採时期，该铁路包括一条主线、两条林场干线，及众多由主线及干线分歧出的作业支线。随着本路线的观光化，阿里山森林铁路包括主线阿里山线以及两条观光用支线眠月线及祝山线，主线连结阿里山神木及阿里山火车站的部份又常被称为神木线。终点站阿里山车站曾毁于921大地震，经数年重建后，新站已经于2007年9月13日开放使用。眠月线于921大地震毁坏严重停驶，于2008年5月完成部分路线修复，却又毁于2009年八八水灾。2009年8月8日的莫拉克风灾，重创阿里山林铁本线，全线出现421处毁损，陆续修复后，2015年9