埃俄国的边防军被移交给工商业人民委员部指挥，1920年11月24日，苏维埃俄国的边防军被移交给契卡指挥，1922年2月6日，契卡被改组为内务人民委员部国家政治保卫局，边防军由国家政治保卫局指挥，此后苏联的边防军先后由国家政治保卫总局、内务人民委员部、国家安全部、内务部指挥，1957年时，边防军交由克格勃边防军总局指挥，1991年12月时，苏联的边防军由苏联保卫边界委员会（）指挥。
俄罗斯联邦时代.1992年10月时，俄罗斯联邦的边防军由俄罗斯联邦安全部指挥，1993年12月30日，