族群间除分类械斗外亦有合作。例如1796年，吴沙在拓垦蛤仔难时，有漳籍、泉籍与客籍人士共同入垦。1884年中法战争期间，法国军舰侵犯台湾，骚扰沿海各省。1885年（光绪十一年），清廷为应对边疆危机、防御外国入侵，设福建台湾省，管辖原福建省的台湾府和台北府，原福建巡抚刘铭传改任台湾巡抚，台湾建省经费主要由福建财政承担。
台湾日治时代.1895年，大清在甲午战争中被日本打败，清廷向日本求和，被迫签署马关条约割让台湾。日本领有台湾50年，直到1945年在第二次世界大战中战败而停止统治