府争取台大经费，陆志鸿给以协助，7月1日罗代理校长辞职回到上海中央研究院植物学研究所。1946年8月13日，行政院第755次会议，任命陆志鸿为台大校长，陆志鸿为台大史上第一位不是代理的校长。1948年4月15日，行政院51次院会通过陆志鸿去职，庄长恭接任的决议。6月1日，陆志鸿卸任校长职位，交棒给庄长恭。陆志鸿虽然辞去校长的职务，但他一直在台大执教，没有离开过学校，从此留在台湾。
陆志鸿校长的行政团队和影响.陆校长免去医学院院长杜聪明的医学院附属医院（台大医院）院长兼职，