吴淞江此后彻底成为黄浦江的一条支流。从此以后，黄浦江成为这一地区主要的航运通道。到弘治年间（1488年－1505年），上海县已经是“人物之盛、财赋之多，盖可当江北数郡，蔚然为东南名邑。”，县治形成5条主要街道：新衙巷、新路巷、薛巷、康衢巷、梅家巷，到嘉靖年间，县治的街坊已经增加到61个，形成纵横交错的道路网。上海地区商肆酒楼林立。上海设县后240多年中，一直没有城墙。直到1553年（嘉靖年间），为抵御倭寇，才赶工在2个月内修筑了椭圆形的上海城墙，全长4.5公里，高7米，开有6个城门，其中东面临黄浦江