933年起先后任重巡洋舰“高雄”舰长、战列舰“山城”舰长。1935年11月晋升海军少将，先后担任第一水雷戦队司令，第八战队司令，水雷学校校长，以及第三战队司令。1939年11月晋升海军中将，1940年11月1日任海军大学校长。1941年4月10日就任第一航空舰队司令长，当时另一名主要候选人是小泽治三郎（海兵37期），但根据论资排辈惯例最终决定是南云。南云忠一是一名酒豪和爱烟家，另外深爱家人，曾穿着海军中佐制服背着老母送到上野车站。在军令部第二课长时代，在军令部总长伏见宫博恭王的赤坂园游会上喝醉了酒后当着