1938年，与章太炎夫人汤国梨在上海创立了太炎文学院，并亲任教授兼院长室秘书主任。1942年，前往后方重庆中央大学中文系任教，历任讲师、副教授。抗日战争胜利以后，中央大学迁回南京，王仲荦亦赴南京任教。1947年，赴青岛的国立山东大学任教。1948年，升为教授。曾任国立山东大学历史系主任，国立山东大学校学术委员会副主任委员，国立山东大学古籍研究所副所长。1951年，与山东大学郑宜秀结婚。
任职.历任中国史学会理事、中国唐史学会副会长、山东省理学会理事长、国务院古籍整理小组成员、国