期遭破坏，原址后来成为较大的村落妙因寺村）。2001年5月30日（农历四月初八），拉西仁钦法师为妙因寺新址开光。同年6月9日，妙因寺重建奠基。开掘基础挖土之时，在地下6米处出土了勐犸象牙化石和连理古树化石。妙因寺建成后，勐犸象牙化石供奉于大雄宝殿的三世佛前，古树化石立在平安白塔前。2002年4月初，请来塔尔寺艺僧曲吉昂秀等20位艺人制作佛像，同年6月下旬完成了一期工程中的大雄宝殿的屋顶、墙壁彩绘，佛堂庙宇的装饰。2002年7月初，一期工程竣工，包括山门、钟鼓楼、天王殿、大雄宝殿、东西两侧僧房、院墙、平安