366年，查理四世将文学院提升为“卡罗莱姆学院”（），并在学院建立了第一所图书馆，亲自捐赠了王宫的手稿。到了18世纪，哲学院主要提供哲学，美学，教育学，数学，天文学，自然科学，工程科学，经济和历史的多学科课程。19世纪又加入了东方学，考古学，宗教学和语言学等。随着19世纪下半叶学术环境的自由化，学院于1897年开始招收女学生。该学院于1882年分为捷克和德国两部分。1920年，自然科学学院于从该学院独立。1939年，纳粹德国关闭了学校，并对教师和学生进行了残酷迫害。1945年二战胜利后，文学院再次兴盛