认为英国阴谋把西藏变为如印度土邦一样的附庸国，因而不愿同英国人谈判。他决定离开拉萨寻求帮助。临走前，他指定三世策墨林唿图克图为摄政代理自己处理一切事务。他逃往安多地区，驻钖于塔尔寺（在今青海省境内）。在阿格旺多杰的劝说下，他又前往外蒙古的库伦（今蒙古国乌兰巴托）暂住，并同时向俄罗斯和清政府求救。十三世达赖在库伦居住了一年多，驻钖于甘丹寺，在此期间，他致力于向蒙古人弘法，与第八世哲布尊丹巴唿图克图（即后来的大蒙古国的博克多汗）数次会面。根据俄罗斯驻扎在恰克图的边境官员反馈，达赖与蒙古的唿图克图、高级喇嘛和王公