站及尖沙咀站都分别兴建了新的出入口及地底行人隧道，以接驳现时西铁线的美孚站及尖东站。美孚站的转乘通道于2003年九广西铁通车时同时启用，乘客可直接使用该通道步行至西铁线的美孚站。上述转乘通道在两铁合併后的2008年9月28日起无须出入闸转乘两线；而连接尖沙咀站与尖东站的转乘通道，G出口于2004年10月24日与九广东铁尖沙咀支线通车时一同启用，连接尖东站么地道行人隧道。F出口则在2005年3月30日启用，连接尖东站中间道行人隧道。不过自尖东站在九龙南线通车后被改编为西铁线后，大部份乘客并逐渐选择改回九龙塘站