9年，巴布亚新几内亚总理比尔·斯卡特政府承认了中华民国政权，但斯卡特失势不足一个星期后，巴布亚新几内亚重新承认中华人民共和国。2003年，中国在莫尔兹比港的使馆公佈声明，指两国关系是互惠互利的，又重申台湾为中华人民共和国领土。2003年7月，巴布亚新几内亚总督访问中国，再次重申巴布亚新几内亚坚持“一个中国”的政策，又感谢中华人民共和国为他们提供援助。2008年5月，中华民国外交部长黄志芳以超过一千九百万欧元拉拢巴布亚新几内亚，但拉拢失败，且黄志芳被揭发涉嫌侵吞公款迫使黄志芳辞职。巴布亚新几内亚外长阿