，而据《台南州祠庙名鑑》记载该庙创建于清干隆廿三年（1758年），另有《寺庙台帐》记为干隆卅三年（1768年）创建。据说该庙原祀武惠尊王，后改主祀妈祖。同治十年（1871年），当地杨姓人士倡议将庙宇迁到盐埕溪口东岸，也就是现在日新国小的校地内。进入日治时期后，盐埕天后宫曾在明治卅五年（1902年）进行重修，但在昭和五年（1930年）因为盐埕公学校（今 日新国小）扩建校舍而征收庙地，该庙遂迁到今址重建。二次大战后曾在民国卅七年（1948年）、四十二年（1953年）增建过两次，后于民国六十六年（1977年）