琪燮因而被冠上「民族主义分子」和「托洛茨基主义左倾分子」之名。随后，他又被苏联派攻击为「反苏分子」。虽然如此，由于吴琪燮在党内有一定的地位，故他在1946年时反被选为北朝鲜劳动党中央委员。但在同年11月，他和郑达铉再被批为「否定领导」、「将资本主义用在社会主义」、「反党分子」和「自由主义者」。1956年，尽管吴琪燮再求成为党的中央委员，又被委任为粮政买卖部长，但随着最高领导人金日成势力巩固下来，国内派面临分裂，吴琪燮一方面被游击队派攻击，另一方面被如张时雨等人派系内的反对者冷落。1958年，他最终被下放