发包将军用机场改建为民用机场，2003年12月29日竣工，于2004年1月12日启用。共投资新台币六亿多元完成。立荣航空、复兴航空、华信航空开办台北松山航线，华信航空亦开办台中航线。但是恆春机场原始设计是双跑道运行，主风向跑道正对落山风，现为陆军航空特战指挥部龙勤营区与航空站之联络道，当初的雨季风向跑道扩建后为目前使用民航跑道。受地形气候影响，恆春半岛每年10月到隔年4月盛行落山风，跑道方向导致落山风成为是标准的侧风，因交通部民用航空局规定ATR机型在本机场最大侧风限制为10KT，冬季常超过标准造成班机