表示不屑，说包道格是亲中的「红军」。2016年大选，蔡英文成为总统，民进党也首度成为立法院第一大党。2016年5月27日，邱义仁出任亚东关系协会会长。2016年10月3日，蔡英文召开首次「执政决策协调会议」，成员纳入邱义仁；同月4日，前总统府副秘书长罗智强批评，邱义仁是陈水扁政府时代倡议「割喉割到断」的人，蔡英文重用邱义仁，可能代表未来政党冲突将展开割喉大战。2018年3月29日，前考试委员张正修披露，邱义仁被认为已经离开新潮流系，但蔡英文要与新潮流系沟通「主要是透过邱义仁」。2018年5月24日，前民进