赖喇嘛进京之后，要求得到直接向朝廷奏事的权力，以摆脱驻藏大臣的约束，但遭到慈禧的拒绝。理藩部要求他用「藩臣入觐」的「三跪九叩」礼仪见慈禧，十三世达赖坚决拒绝了这个要求。争执了数日之后，达赖为了得到清政府的帮助回到西藏，被迫作出折中的方案，如马戛尔尼谒见干隆帝时一样，行单膝跪地之礼，但仍拒绝叩头。九月二十日，由理藩部尚书带领，先登仁寿殿北间谒见慈禧，跪献哈达；九月二十五日慈禧宴请之时，他也「跪迎跪送」。其接待规格也远远低于五世达赖和六世班禅，但他在会见慈禧的时候仍像五世达赖一般，获得与清统治者「平起平坐」的资