1644年）华林寺有过修葺，康熙七年（1668年）再次修缮。雍正年间，寺渐倾圮，寺僧亦已散讫，法堂遂改为普济堂。干隆十九年（1754年）刊本《福州府志》记载：“西廊有转轮经藏，今圮。东廊有文昌祠、普陀岩，正殿之后为法堂，法堂西祖师殿，以越王山为斧扆。”嘉道年间重建大殿、天王殿、山门、廊庑、客堂、僧舍等。其中嘉庆二十三年（1818年）至道光六年（1826年），华林寺进行了大规模重修，原大殿的面阔三间被扩建成面阔七间，进深四间扩为八间；单檐改为副阶重檐，仍为歇山顶。还增建了准提楼、文昌阁、火神庙、金佛殿及大士阁