万戈河是这个盆地的主要水源。 它是由奥卡万戈河和Cuito河汇合而成，这些河流起源于安哥拉中部的比耶高原，并向东南方向流动。奥卡万戈河在Omatako河与Cuito河汇合处上方汇合，从其起源纳米比亚的地区向东北方向流动。 奥卡万戈河继续穿过纳米比亚的卡普里维地带进入博茨瓦纳，在这里分成许多分流，形成了奥卡万戈三角洲。这是一个季节性的内陆三角洲。 在奥卡万戈三角洲之后，盆地的水进入了一个强烈蒸发的区域，该区域已经在卡拉哈里沙漠的范围内。 在这个盆地的最低点有许多盐沼，包括Nwako盐沼，卡拉哈里三角洲的南