责监管的官员弹劾，但晋元帝一直没有处罚他。在委任阮孚为车骑将军司马裒手下的长史时，晋元帝曾劝他少饮酒、多做事，但阮孚仍没有听从。后来阮孚又以金貂官帽换酒喝，又遭弹劾，晋元帝仍然赦免他。晋元帝统治后期，阮孚转职太子中庶子、左卫率，兼领屯骑校尉。晋明帝即位后，阮孚转任侍中。由于他在平王敦之乱时有功，获封为南安县侯。后来朝廷擢升他为吏部尚书兼领东海王师，但阮孚以健康理由推辞，晋明帝命令阮孚在家就任。时任尚书令郗鉴认为阮孚不合礼仪，晋明帝说不能因为这样就埋没人才。不久晋明帝病重，温峤前往宫中准备接受遗