一度升格为「深圳机务段」（广铁深段）及「广州车辆段深圳北运用车间」（广铁广段（深北）），专门用作整备城际直通车及广深城际列车用车（包括所有早年广深铁路公司向广州中车租用的车辆），但目前已经撤销。于1980年代，深圳北站建设了多条支线线路通往邻近的笋岗、清水河物流园区货物仓库以便装卸货物，但由于铁路货物运量的减少，加上相关货仓陆续被重建成商住项目，这些支线已极少被利用并被拆除。在当时，深圳北站也是香港与中国大陆之间铁路货物运输的中转站，过去每天也有数趟货物列车来往香港和深圳在站，由于中港两地之间的铁路货运