宝殿后有一个庭院，左右两侧为客堂、祖堂和上客堂。最后一进院落为慈云堂，楼上为沉香观音阁，内供奉头戴玉佛冠，垂手加膝的沉香木雕如意观音像。慈云堂东西两侧分别为斋堂和功德堂。
保护.1959年5月，上海市人民政府将沉香阁列为上海市文物保护单位。文化大革命期间，沉香阁被人为破坏，寺内全部佛像均遭到了人为损毁，其中也包括最主要的沉香木观音像，整座寺庙随后被工厂占用。1983年，沉香阁部分修复并开始恢复宗教活动，并于当年4月被中华人民共和国国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。1989年9月