逐渐发展至塞纳河畔，成为一个商业码头，塞纳河岸边的圣克鲁瓦教堂（）于1205年建成。1294年，蒙莫朗西家族将一部分领地献给圣但尼修道院，城市再次扩张，当地出现了大型集市。到公元14世纪时，圣但尼的人口数量已接近1万，塞纳河上的河心岛也得到开发。法国宗教战争对圣但尼造成了严重的破坏。1567年11月10日，一支由米兰北上前往荷兰征战的哈布斯堡军队在途径圣但尼时与当地的新教徒发生，蒙莫朗西公爵安内在此次战争中身亡，一些道士也被迫逃往巴黎。1590年的期间，在天主教联盟的围攻下，亨利四世曾避难于圣但尼，后于