大部分区域也成为幕府直属领和彦根藩的领地，此外也有部分区域属于、淀藩、、山形藩、膳所藩、和旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，山形藩因加入奥羽越列藩同盟与新政府对抗，战后于1870年被改封至浅井郡内，设立朝日山藩；不过1871年实施废藩置县后，原先属于各藩的区域改隶属彦根县、丰桥县、郡山县、淀县、膳所县、朝日山县。在1872年的府县整併中，郡内全数区域都被整併为长滨县，但长滨县在三个月后更名为犬上县