然而在独裁政权倒台后的权力真空中，他又面对着的挑战。后者抢得先手，于前508-507年成为执政官；而克里斯提尼则以改革的方案赢得了大众的支持。伊萨哥拉斯见势向斯巴达国王克里昂米尼一世寻求支援以流放克里斯提尼，得到了回应。后者派出一小支军队，重申了阿尔刻迈翁家族的诅咒，迫使克里斯提尼及其支持者流落他乡，而伊萨哥拉斯则在无人竞争的情况下攫取了政权。他试图建立寡头统治，并寻求解散议会。此举遭到议会的强烈抵制，而后者也受到雅典人民的广泛支持。伊萨哥拉斯及其幕僚被迫逃奔卫城，在那里被围困了两天。而他们终于在第三天投降