初选结果揭晓，党员票大幅落后之下使萧美琴以41.03%确定败给王世坚的46.22%，确定无缘代表民进党出线于台北市第二选举区争取连任，而王世坚最后仍以一万票的差距败给同样寻求连任的周守训，2010年底回任台北市议员至今。2010年民进党征召投入花莲县立委补选。2010年2月27日，花莲立委补选，萧美琴以33,249票输给国民党王廷升39,379票，小输6千票，得票率升至40%，让蓝绿比7:3的花莲，民进党变成4成，花莲不再是国民党的铁票区。此后，虽吞下人生首场选战败仗，也是继2008年立委党内初选未能出