得到批准。李化龙不久因病归乡，木市也就停止了。其后总兵官马林再一次请求开市，与巡抚李植的意见不一致，争论很久未能结果，小歹青于是又为边寇了。
平定西南.万历二十七年（1599年）三月，李化龙被起用为原官，总督湖广、川、贵军务兼巡抚四川，征讨播州叛臣杨应龙。杨应龙的祖先为杨铿。明初归附，授职宣慰使。杨应龙性格猜忌、凶狠、嗜杀。数次跟从征调，恃功倨傲。知道明廷四川兵力不足，暗自占据蜀地，四出剽掠州县。宠幸小老婆田雌凤，谗言杀死妻子张氏，屠掠她的全家。使用惨酷的处罚树立他的威信，被他管辖