北方的蒙古、女真等民族关系更加复杂的情况，明孝宗想在民族关系处理上想有番作为，让边臣献策，比如马文升的“抚安东夷”、“收复哈密”，杨一清的“关中奏议”，王鳌的“上议边八事”以及丘浚的“严武备”、“驭夷狄”等；另外随着明朝国力的衰微以及土鲁番势力的强大，哈密卫的“弃”与“守”成为当朝大臣讨论争锋的焦点。世宗和穆宗统治时期边患增多，北虏南倭使明朝疲于应付，特别是面对套寇屡屡犯边，边疆祸事不断，曾铣等有识之士就收复河套问题多次上疏。穆宗在位期间实现了明蒙之间具有里程碑意义的隆庆和议，结束了蒙古各部与中原王朝近二百