时因病留在太平。嘉庆五年（1800年）春天，冉天元势力日众，乘魁伦刚受命接掌四川剿匪之事，而额勒登保抱恙开赴陕西剿匪之时机，遂夺渡嘉陵江，总兵朱射斗战死，潼河复失守，川中震动。朝廷下诏逮捕魁伦回京，再次起用勒保与德楞泰同办四川的白莲教众，训责额勒登保与那彦成专剿陕西的白莲教众。因白莲教众以流动作战方式，流窜各地。额勒登保各军疲于奔命，仍未能剿平教众。嘉庆六年（1801年）二月开始，清军形势开始向好。额勒登保部下杨遇春擒下王廷诏于川、陕交界的鞍子沟，又擒下高天德、马学礼于宁羌龙洞溪。其后再擒下冉天泗、王士