公元1523年（明朝嘉靖二年、日本室町时代的大永三年）爆发宁波之乱，导致明朝政府废除福建、浙江市舶司，仅留广东市舶司一处，也导致明朝与日本的贸易途径断绝，倭寇滋生，为后来的“东南倭祸”埋下了伏笔。
清朝.1683年清军攻占台湾后，康熙接受东南沿海的官员请求，停止了清前期的海禁政策。康熙曾口谕大臣们：“除东洋外不许与他国贸易”。而且此时日本的德川幕府为了防止中国产品对日本的冲击，对与清廷的贸易也采取严格的限制。此时的海外贸易与明末相比，已经大为衰落。