编组，扩编的方式为将一列3节编组与另外一列3节编组的列车进行连挂，这亦导致了C车与C车车厢之间不贯通。而后来新购的B2型、B4型列车则直接制造成6节编组的列车，C车与C车车厢之间贯通。
工程事故及运营意外.2006年8月2日，石牌桥站正进行出入口通道的暗挖施工，软弱土层突然坍塌，事故共造成一死两伤。2008年4月2日，三号线赤岗塔站下行方向屏蔽门发生故障，列车不能正常出入站，该故障导致三号线发生大面积晚点。2009年3月20日清晨营运开始之时，三号线即出现通车以来最严重的信