设「屯门砦」，仍设置营垒派兵驻守；元朝则于该区设置「屯门巡检司」；明朝洪武十四年（1381年）设立「南海卫」，洪武二十七年（1394年）设立「东莞守御千户所」，由广州左卫千户崔皓主持在南头半岛修建所城，。该地则称为「屯门海澳」，正德十六年（1521年）和嘉靖元年（1522年）间，南头军民与佛朗机舰队爆发屯门海战。嘉靖四十五年（1566年）设立南头水寨。至万历年间，南头水寨辖佛堂门、龙船湾、洛格、大澳、浪淘湾、浪白六处营汛，兵员3000多名，大小战船112艘。明万历元年（1573年）设立新安县，东莞所城改为县