关卡内设有会塌陷的方块，一触即死的锯齿轮等种种障碍物，肉肉男孩需通过跑跳等基本操作以及顺着墙壁滑下等高难度动作来闯过关卡。游戏玩法之关键，就在于精细的操作以及对时机的准确把握。由于同为玩法类似的平台游戏，《超级肉肉男孩》常被拿来与《超级马里奥兄弟》及《魔界村》等游戏进行比较。每个篇章中的关卡不限游玩顺序，但玩家必须完成一定数量的关卡才可进入该篇章中的Boss关，打败Boss后，便可解锁下一篇章。肉肉男孩拥有无限条命，无论死亡多少次都不会导致关卡失败，死亡只会导致该关卡重新开始，不过肉肉男孩移动以及死亡时