不来梅机场的客运量在当年首次出现负增长；包机业务的衰落尤其严重，包机航空公司TUIfly将它们的业务越来越多的集中于汉诺威。2006年，不来梅机场的航班起降量仅录得40419架次，发送旅客170万人次，是自1988年以来的最低水平。2004年，来自甘德克塞的阿特拉斯航空服务公司在不来梅机场建起了一座飞机维修中心，就位于今天的E航站楼附近。2009年该公司也搬入了维修中心旁的新建筑。廉价航空公司瑞安航空提出自2007年4月起将2架波音737-800客机驻扎在不来梅机场，同年9月增加第三架，并以不来梅作