首都互设具大使馆性质的代表机构。对吉尔吉斯的相关事务由台北－莫斯科经济文化协调委员会驻莫斯科代表处。
政治.
外交.1916年，俄罗斯帝国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯民族从中亚迁徙至新成立的中华民国（北洋政府）。2016年12月28日，吉尔吉斯副议长阿利别科夫传出因在12月21日访台与中华民国立法院长苏嘉全见面，在中华人民共和国向抗议后就自行辞职。阿利别科夫告诉媒体“国家利益高于个人利益，需要注意与中国加强关系”，吉国议长于29日当天即表示，“这起会面