暂代飞北平履任，3月8日杜聿明飞美治病。然而第二次四平战役爆发，4月18日，杜聿明病愈，飞返沈阳重主东北军务。5月13日，杜聿明下达进攻四平街之命令，5月14日廖耀湘新六军、彭锷第八十八师等10个师成左、中、右三个兵团，轮向四平街实施进攻。杜聿明在第二次四平战役中击破林彪部队，进驻四平、长春，杜聿明到东北仅仅半年，就先后攻佔了辽西全部及沈阳週边等重点城市，北沿松花江与东北民主联军相对峙。1947年1月17日，东北保安司令部司令长官杜聿明通知驻长春军调部执行小组之中共代表停止活动，并禁止其无线电通报。同日