乌兹别克独立不久，足球队已夺得1994年亚运会足球比赛的冠军。乌兹别克首次参加世界杯是参与1998年世界盃外围赛，虽至今连续六届在外围赛出局，但乌兹别克有两次打入争夺亚洲区第五名的附加赛，两次都不幸落败。第一次是2006年世界杯外围赛，当时他们与巴林争夺亚洲区第五名出席附加赛资格，乌兹别克首场主场胜1-0，但由于赛事中乌兹别克指球证处理他们主射的一记十二码罚球有所失误，令他们无法扩大领先优势，要求国际足协重新判定赛果。国际足协接受乌兹别克的申诉，但决定将这场比赛赛果作废，两队再赛一场，结果重赛中乌兹