战乱而毁坏。高丽王朝初期因战乱毁坏后，于高丽靖宗七年（西元1041年）圆融国师奉王命重建。高丽恭愍王七年（西元1358年）因高丽蒙古战争而毁坏，高丽禑王二年（西元1376年）重建无量寿殿，高丽禑王三年（西元1377年）重建祖师堂。朝鲜王朝崇儒抑佛，朝鲜太宗二年（西元1401年）规定全国各佛教宗派可留置寺院的限额，下令裁减下来的寺院沙门还俗，土地归国有，奴婢由政府处理。朝鲜世宗六年（西元1424年）合佛教七宗为禅、教两宗，全国仅留36座寺院，浮石寺为其中之一。惟其后在政府打压佛教的政策下，浮石寺逐渐荒废。