三年（1684年）增设台湾府。至光绪十二年（1886年）台湾单独设省。清朝时福州是中国与琉球国贸易的规定口岸。福建也是清朝茶叶出口贸易的主要省份。福建在清朝时粮食无法自给，需要从外省输入，特别与台湾的贸易关系十分密切。道光二十二年（1842年）中英《南京条约》签订，将厦门和福州均辟为通商口岸，向外国商人开放。1902年在厦门还开辟了鼓浪屿公共租界。在洋务运动中，左宗棠开办福州船政局及船政学堂，成为近代中国海军的摇篮。光绪九年（1883年），中法战争期间，法国袭击了马尾军港。清代福建的科举