的众多较优秀的毕业生，如李昊桢、朱宝杰、陈志钊等曾经被陕西中新、南昌八一等其他与上海足球关系密切的中国足球俱乐部签入。申花足球俱乐部的投资人朱骏对于申花俱乐部无法干预这些转会，而上海足协却擅自出售上海足球的人才曾表示过强烈不满。2011年，据上海《青年报》报道，上海申花足球学校已经倒闭关门。2014年，上海申花俱乐部决定重启申花足校。