调查结论是杜根成指挥销毁了19件“辅助展品”，但是没有留存影像和记录，也没有向上级请示。此外，杜根成任职期间，在1996年将博物馆展厅和广场外租开电脑、家具、汽车展销会；在2000年工作人员摔坏了国家一级文物彩绘陶舍利罐；2001年工作人员损坏了吐鲁番交河故城出土金器等三件珍贵文物；博物馆因脏乱差多次被媒体批评。杜根成最终由于在基建中受贿被判处有期徒刑十年。2000年8月杜根成以年久失修，地面下陷，缺少照明、空调、安全设施为由拆掉了博物馆原来的馆舍。新馆在原址上建设。新馆一期工程原本预计2002年完工。