早期的细胞核。此理论类似于原始真核生物与好氧细菌的内共生关系，也就是解释粒线体与叶绿体起源的理论。古菌与真核生物在特定蛋白质，如组织蛋白基因的相似性，支持了以古菌为基础的细胞核起源理论。观察显示黏细菌可自行运动，并形成多细胞复合体，也拥有与真核生物相似的激酶与G蛋白，此现象支持了真核细胞起源于细菌的说法。第二种模型认为，原始的真核细胞是在未发生内共生的状况下，自细菌演化而来。此理论的基础在于现代浮霉细菌拥有包含原始核孔与其他分隔模构造的核状结构。另一项类似说法指出，一种称为慢性细胞（chronocyte