便称病寓居北平。
晚年.虽然在1946年10月马占山被任命为东北副司令长官，但并未授予任何军权，因此在1948年10月再度称病辞职，再次返回北平寓居。1948年第二次国共内战末期，中国人民解放军进攻北平之际，马占山推荐邓宝珊给傅作义，与中共方面进行和平谈判。1950年，马占山于北京逝世。享年64岁。