职能上与唐宋略有不同：唐宋大理寺掌审判，而刑部掌复核；明清则大理寺掌复核，而刑部掌审判。凡遇重大案件，唐制由大理寺卿与刑部尚书、侍郎会同御史中丞会审，称三司使。明、清由大理寺、刑部、都察院会审，称三法司。决狱之权在刑部，但大理寺不同意时，可上奏圣裁。明清以前，大理寺权较重；明清以后，大理寺虽仍为「三法司」之一，但主要权力逐渐转向刑部。明清时期各中央司法机构的职能与隋唐时期相反，刑部负责审判推鞫，大理寺负责复核详谳。大理寺卿官秩，隋初为正三品，隋炀帝改从三品，唐同。明、清均正三品。可参与朝廷大政会议。