认识了驾驶热气球的在地女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗宝可梦-达克莱伊是近日来破坏城镇的元兇，并准备讨伐牠。然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡与空间的帕路奇犽这两大传说中的宝可梦在次元夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击正是为了让牠们远离这座城镇。随着两大神之宝可梦的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景「时空之塔」的上方产生了空间裂缝，战场也随之转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机