队广州医药有意引进李本舰，而江苏舜天队也想挽留他留队。经过多次谈判后，2009年2月14日李本舰正式租借到广州医药队。李本舰在联赛前半段表现十分抢眼，前五轮即奉献四个助攻，在助攻榜上遥遥领先。但后半段状态回落，最终以出场24次进0球助攻4次的成绩结束2009赛季。2010年，李本舰回归天津泰达队，被主教练阿里·汉安排在后腰位置。他在新位置表现出色，在2010赛季助攻数位居全队之首，帮助天津泰达队获得联赛亚军，这也是球队历史最好的联赛排名。2011赛季，李本舰的位置在后腰和左前卫轮转，他出场22次，打进1