追踪多个大脑区域之间突触的连通性。 跨神经元/突触复制和传播的两种示踪病毒分别为单纯疱疹病毒1型（HSV） 和弹状病毒。 单纯疱疹病毒被用来追踪大脑和胃之间的连接，以检查与内脏感觉过程有关的大脑区域。 另一项研究将单纯疱疹病毒注入眼睛，从而使从视网膜到视觉系统的可视化。 从突触复制到体细胞的示踪病毒的一个例子是伪狂犬病病毒。 双重感染模型透过使用带有不同荧光基因的伪狂犬病病毒可以解析复杂的突触结构。 
基于染色的方法.方法使用多种染料（或多或少地被神经元或其过程所吸收）（辣根过氧化