母校继续完成实习医师训练。1950年黄氏自日本返台，担任嘉义荣民医院外科医师，后将自家中医药行「金捷发药行」改设为西医诊所「捷发外科」。1953年，曾代表云嘉南七县市医师至金门诸岛等军事前线，进行医疗服务，据说因医术精湛，深获好评。1955年，黄氏受朴子镇长施金龙的推荐，出任朴子镇卫生所医师暨首任主任。1956年，政府于朴子他处成立卫生所，黄清木便将旧的卫生所建物购入，在原址开设「清木外科诊所」，并自卫生所辞职。此后曾兼任国泰、南山保险公司、朴子镇农会、朴子镇教育会、易昌食品公司等机构特约医师。晚年