朝对藏传佛教及其高僧十分优待，后来的明英宗、景泰、天顺、明宪宗成化、明孝宗弘治各朝均沿袭了永乐、宣德朝优礼藏僧的政策。明武宗正德年间，对藏传佛教及其高僧的优礼在朝野上下达到最高潮。明武宗逝世后，因无子嗣，由近支的兴献王世子朱厚熜即位，即明世宗（嘉靖）。明世宗崇信道教，在位期间，北京和藏传佛教有关的事物被废止或淘汰，留存者极少。张居正《番经厂记》中的“厂在禁内东偏……岁久亦渐圮矣”，其文颇有含义。明朝嘉靖中期之后，蒙古俺答汗逐渐强大，曾多次向明朝表示愿意朝贡归顺，但均被明世宗的朝廷采取排蒙政策而加以拒绝，