思巴字遂废弃不用，但还在北元通行过一段时期。到了明末，蒙古高原的蒙古人被其他国蒙古民族同化，转而重新採用蒙古文字。
八思巴字蒙古语.自从元朝颁佈八思巴文后，皇帝的蒙古文圣旨皆改用八思巴字拼写，学界称为八思巴字蒙古文。然而不少蒙古宗王的令旨，敦煌及亦集乃路黑城的民间契约或官方文书，仍然多数使用胡都木蒙古文写成。由于八思巴字精于准确标音，八思巴字蒙古文保留了大量中古蒙古语的资料，被视为研究蒙古语音韵学的宝库。
汉语音韵学.由于八思巴字是一种崭新的文字，当时元政