雷斯凭借出色执教成绩重返曾效力长达十年的瓦伦西亚。 在2005-06赛季西甲联赛他带领俱乐部获得第三名。在2006-07欧洲冠军联赛的四分之一决赛中，被切尔西队淘汰出局。 2007年5月，弗洛雷斯再次带领巴伦西亚杀入联赛第四，巴伦西亚并因此在2007–08年欧洲冠军联赛中获得一席之地。2007年10月29日，巴伦西亚董事会在球队战绩不佳情况下解雇了弗洛雷斯。2008年5月24日，他被任命为本菲卡主教练。2009年6月8日，在带领本菲卡获得葡超第三名以及葡萄牙联赛杯冠军之后离开了本菲卡队。 2009年