相孔光之侄。
建策迎君.元始元年（1年）春正月，汉平帝即位后，中郎将孔永因参与汉哀帝继承人的讨论，东迎中山王刘衎即位，办事周密勤劳，被封为关内侯。
以功封侯.元始五年（5年），侍中五官中郎将孔永与平晏、刘歆、孙迁设立明堂、辟雍，万国欢心，被封为宁郷侯，食邑一千户。
宁始将军.始建国三年（11年），宁始将军姚恂被免职，侍中崇禄侯孔永继任为宁始将军。
继大司马.始建国四年（12年），大司马甄邯去世，宁始将军孔