的政府委员制度及政务次官，新设副大臣与大臣政务官。并依同法第9条创设副大臣会议取代无法律依据的政务次官会议，赋予权力进行实质的省厅间政策协调。然而在导入新制度后，一反过去第2次桥本内阁、小渕内阁时代由具阁僚经验者出任重要官厅的政务次官（外务政务次官高村正彦、大藏政务次官谷垣祯一、外务政务次官町村信孝等），小泉内阁的副大臣、大臣政务官多由派阀分配。继任的安倍内阁则不再由派阀推荐，改由总理与政党干部决定。之后，福田改造内阁任命高市早苗（经济产业）与鸭下一郎（厚生劳动），第2次安倍内阁任命（财务）与铃木俊一（