由于各个儿子则均听从成吉思汗的号令，故所封的汗国成为一个整体，服从大汗的领导。不过，随着成吉思汗三子、第二代的窝阔台大汗驾崩，蒙古各派系对大汗的继承人存在争论，一度形成了危机。后来在西征领导人拔都的支持下，蒙哥继承汗位，大汗之位于是由窝阔台家族转移至拖雷家族。作为对拔都的报答，蒙哥允许拔都建立的钦察汗国保持相对独立的地位。蒙哥1258年亲征南宋但失利，1259年卒于四川，其弟忽必烈和阿里不哥分别于1260年集会自称为大汗。随后身在中原汉地的忽必烈与留守蒙古本土的阿里不哥开始展开了为期四年的内战，最终