0年，宏育书院与汇文书院合并组建金陵大学，文怀恩任副校长兼中学部部长。华中各地曾两度遭受天然灾害，文怀恩赴美劝募账款。1911年，募款十一万银元；1922年，募款七百余万美元，有数十万灾民受益，金陵大学是两度赈灾的工作中心。1927年3月24日，北伐期间进入南京城的国民革命军进行一系列激烈的排外活动，针对外国的领事馆、企业、教会、学校和住宅区进行攻击、焚烧和抢劫，文怀恩也在此之中遭到杀害。戴安邦将他葬于清凉山西南，1929年立碑，今已无存。
住所.1902年，文怀恩在江西庐