二十五年（1936年），陈济棠发动两广事变失败，被迫下野，林翼中乃全权负责广东省政务。不久，林翼中辞职，游历欧洲和美国。民国二十六年（1937年），林翼中归国，随陈济棠到南京，任中国国民党中央执行委员会常委。民国二十七年（1938年），赴重庆任三民主义青年团中央干事兼对外团务计划委员会主任委员，中央党政训练班指导员。民国二十八年（1939年），负责召集全国禁烟会议。民国二十九年（1940年），任农林部政务次长。翌年，代理农林部长。民国三十一年（1942年），他被委任为监察院监察委员，但他并未就任。民国三