世纪，莲花生菩萨曾至不丹传教。此时的不丹即为吐蕃一个部落。8世纪中叶至9世纪，西藏东部康区的藏人大量迁入不丹东部；而不丹西部的族群主要来自西藏春丕谷和锡金北部；这些族群共同生活，由于吐蕃朗达玛政权的崩溃，不丹开始形成独立部落。12世纪后藏传佛教竺巴噶举派逐渐执掌权力实行政教合一。不丹在13世纪元朝统一西藏后，受元朝总制院管辖，将汉化的四足三爪龙视为雷神和部落象征。
神权政府（1616年至1907年）.1616年西藏的夏仲·阿旺朗杰喇嘛进入不丹，利用地利人和，先后五次打败格鲁派（