起讫站改于当时落实兴建的广州新客站（现广州南站）。官堂站（现员岗站）以东的走向改由与现在基本一致以外，当初的线路走向是经由塘步西、大石、香江野生动物园一带，并在大石站规划与现在的3号线进行换乘。2004年1月6日，七号线两端起讫站之一的南亭站（现大学城南站）动工；随后于同年的12月30日，另一端起讫站——广州新客站随着铁路站动工而开始建设。两个车站分别为现在4号线和2号线的换乘车站，加上大石站换乘3号线，方便乘客换乘三条线前往广州市区以及市桥、南沙等地。七号线原计划使用4节编组L型列车进行营运，但后