日定期班车有600多次，并在1957、1958年时达到全盛期，每日旅客约有6万人。然而后来由于乡镇道路发展公路客运开始普及，糖铁开始衰退，1961年时客运只剩25条路线，1971年时则剩下17条路线，1981年只剩下3条，而隔年8月17日最后一条营业线北港线的停驶宣告糖铁客运的终止。而在客运衰退的同时，糖铁最初的货运功能也逐渐受到公路的冲击，且随着糖厂逐渐关闭，到了2010年代仅剩下虎尾糖厂马公厝线仍在运作。
现存路线.虽然大部分糖铁已经停止运作，但近年来，糖业铁路不断尝试转型，向