产生或忽略掉的病毒株则会成为该季流行的病毒。由于疫苗提供的免疫力须在施打后两週才会见效，即便该病毒株在疫苗防治的范围内，人们也可能在施打疫苗或疫苗生效前就受到感染。疫苗也可能诱使免疫系统产生流感的症状，但一般来说会比流感轻微，且持续时间较短。严重的过敏反应是最危险的不良反应，过敏原可能是病毒本身或用来培养病毒的鸡蛋成分；但这些情形不常见。季节性流感的支出效益已经针对不同族群和背景进行广泛评估，一般而言，这都是笔划算的投资，特别是对孩童和老人来说，然而流感疫苗的经济评估结果常取决于评估时做的关键假设。