任马普学会会长至1970年。1971年彭霍费尔研究所扩建并更名为马克斯·普朗克生物物理化学研究所。艾根由于对极快化学反应研究的突出成就，与英国的罗纳德·乔治·雷福德·诺里奇和乔治·波特共获1967年的诺贝尔化学奖。艾根的主要贡献是他和合作者发展了研究溶液中半寿期在毫秒以下的极快反应动力学的弛豫技术。这种方法可以对在10秒内完成的极快反应进行观测和研究。此后，艾根将研究兴趣转入自组织系统和生物进化研究。1979年他和彼得·舒斯特阐述了理论。