行修缮，该寺重新开始宗教活动。1995年苏州街扩建，海淀清真寺的山门位于拆迁地段，海淀区人民政府乃拨款改建山门，并重修清真寺。2009年，海淀清真寺复旧大修完工。大修之后，海淀清真寺按照明清样式，修复了三个大殿的走廊、墙壁上的山水绘画，殿内穹框的《古兰经》经文，梁柱的彩绘，内屋顶300余块“真主的99个尊名”。三个大殿的屋顶改铺蓝琉璃瓦；地面按清代式样重铺砖石。