利，南军撤出肯塔基州，克里滕登也在不久后返回法兰克福的家中。国会常规议程开始后，克里滕登汇报了许多发生在肯塔基州的违宪军事逮捕。他反对接受西弗吉尼亚州加入联邦，因为该州是从弗吉尼亚州分裂出来的新州，而弗吉尼亚州并没有对此表示同意。他也反对林肯提议的《解放奴隶宣言》，以及在战争中动用黑奴参军的做法。第37届联邦国会闭幕后，克里滕登返回肯塔基州，他的身体健康开始衰退，经常感到气短和胸痛。他本已决定从国会退休，但朋友们再次说服他竞选连任。获提名后不久，克里滕登在路易维尔病倒，然后与夫人前去印第安纳州的一处矾泉