华人民共和国与日本国皆宣称拥有钓鱼岛主权（通常中华人民共和国将中华民国对钓鱼台的主权宣誓虽不作官方表态，但通常暗中予以支持，从而导致日方与台发生冲突时，会一併指责中国大陆政府），而台湾就此事件再次关注护渔问题，将护渔船舰由3艘增加到7艘，但行政院秘书长薛香川则表示巡防舰维持钓鱼台12海浬外执勤政策不变。中华民国总统马英九在此事件亦被受批评，指责事件发生多日，仍未发表意见和採取行动，统治能力不足，其后总统府就事件发表四项声明。事件中，日本事务会执行长蔡明耀因「误判事件」而自请处分，中华民国前总统陈水扁在外