初政教分家的过程中市内所有的修道院全部被解散。在此后的四十年里三座修道院又开始使用。1826年路德维希一世决定将当时有一千名学生的大学迁到慕尼黑，当时该大学是德国五座最大的大学之一，它就是今天的慕尼黑大学。为了防止兰茨胡特的知识分子完全消空，作为补偿将上诉法院和一座高等学校从慕尼黑迁到兰茨胡特。1834年该高校被迁到弗赖辛。从19世纪初开始兰茨胡特就已经是一座兵营城市了。在巴伐利亚它的重要性相当低。1806年兰茨胡特归属伊萨县，其县府是慕尼黑。1839年它成为下巴伐利亚的首府。1858年铁路通到兰茨胡特。1