，克利奥帕特拉二世按古埃及王室习俗与其弟、埃及国王托勒密六世结婚，成为埃及的王后和共治者。克利奥帕特拉二世执政时期发生的第一件大事是，塞琉古帝国国王安条克四世于前170年入侵埃及（所谓第六次叙利亚战争）。埃及人防守不力，首都亚历山大港遭到围攻；但由于罗马的干涉，安条克四世在前168年终于被迫撤军。在战争期间，克利奥帕特拉二世的幼弟托勒密六世（托勒密五世最小的儿子）被亚历山卓人废位，战争结束后复位；于是从前170年起，克利奥帕特拉二世与托勒密六世及托勒密八世组成三头政体共同统治埃及。三头政治在前164