由光严上皇开设院政，管理朝廷事务。但崇光天皇即位后不久，支持北朝的室町幕府足利将军家就发生了内讧，足利直义投奔南朝。1350年足利直义在播磨国光明寺城（光明寺合战）和摄津国打出滨（打出滨之战）大破足利尊氏所率的北朝军。南朝的军队逼近京都，足利尊氏以胁迫高师直出家为条件，同足利直义达成了和解。此时，在足利直义的努力下，南朝的势力达到全盛，足利直义一派已控制了关东、北陆、山阴地区，其养子足利直冬的势力又进入西国。因此足利尊氏决定废除北朝朝廷，向南朝投降。1351年（观应2年 / 正平6年），足利尊氏向南朝投降；