992年至1993年间，任中国社会科学院历史研究所副研究员。1994年至2004年11月，任中国社会科学院历史研究所研究员，兼中国社会科学院研究生院历史系教授。2004年12月起，任北京大学历史学系教授。2016年4月，辛德勇入选2015年度“长江学者奖励计划”特聘教授名单。