年（1544年）首辅周用任其总理全国河道，后升调南京都察院右都御史，不久，升南京兵部尚书。嘉靖二十九年（1549年）五次上书乞请解职获准。《关学编》称他“文理兼备，象数可与邵康节，论道体乃独取张横渠”。嘉靖三十四年腊月十二（1556年1月23日）发生嘉靖大地震，韩邦奇在地震时掉入火炕灶中，被活活给烧死，与南京光禄寺卿马理、郎中薛祖学、员外贺承光、主事王尚礼、进士白大用、御史杨九泽、南京国子监祭酒王维桢等同日遇难。
着作.着有《性理三解》、《易占经纬》、《易说》等。