为国务卿。徐在公私两方面为袁效力。因要求讨袁护国军停战议和遭到拒绝，徐任职仅一月，力荐段祺瑞继任。袁世凯死后，黎元洪任大总统，段祺瑞任国务总理。二人不久即发生府院之争，徐以北洋元老资格应邀抵北京，先调解黎元洪和段祺瑞之间的权力斗争，后又调解直系首领冯国璋和段祺瑞的矛盾。
当选大总统.黎元洪去职后，新总统冯国璋与国务总理段祺瑞不和，冯的总统任期届满，冯段二人相约共同下野。1918年10月，徐世昌经皖系操纵的安福国会选举为总统。就职典礼上，徐宣誓：“惟是事变纷纭，趋于极轨，我国