亚建立临时政府。同时在2006年初，出现一个名为（ARPCT）的组织，是由非宗教性、以摩加迪沙为基地的军阀组成的武装团体。ARPCT组织反对以伊斯兰教法为导向的联合伊斯兰法庭（ICU）的崛起，其时ICU已经在迅速加强武力。ARPCT还得到来自美国中央情报局的金援。也因此，整个地区情势更加严峻，进一步地导致首都地区的冲突不断提升。
联合伊斯兰法庭的势力膨胀.至2006年6月，ICU于后成功夺取首都摩加迪休，并将ARPCT逐出摩加迪休，之后成功说服或以武力强迫其他军阀加入他们这一派