理人林勐与曾任通事及公田庄区长的刘阔主持重修，在1923年完成。但1941年的中埔地震，使甫修完毕的紫云寺夷为平地。1947年，刘阔之子刘再生与林勐之子林橘完成第四次重修，之后紫云寺建筑一直保留到至今，期间虽翻修屋顶，不影响建筑本体。战后，本寺本为比丘尼天乙法师等比丘尼所主持。1985年由内政部公告为第三级古蹟，受《文化资产保存法》 保护，其后修缮都以修复为主，本体依旧维持1947年的形貌。1989年，地方收回管理权，比丘尼僧团退出。