在2000年至2015年，还设有自治权介于中核市与普通市之间的特例市；2015年后特例市法规废除，原有的特例市可申请升格中核市，尚未申请的则仍保有过去特例市的权限并被称为「施行时特例市」。在更低层级，则有不属于地方公共团体的两个行政区划等级。三级为和大字，此町跟二级区划市町村的町在法律上地位不同，并与大字合称，为日本三级区划的统称。四级则有丁目、小字；大字小字通常设在较乡村的地区。
类别.日本行政区划的分级如下。其中加粗的为地方公共团体，具有地方自治的公法人身分。