以上的干部投票选出包括总裁、副总裁、海军奉行、陆军奉行等重要的内阁人选，并由获得最高票的榎本出任总裁。当此政权建立之后，在箱馆设有领事馆的西方国家（如英国、法国）纷纷向榎本递交备忘录，承认虾夷共和国为事实上的政权。其后，原幕府法国军事顾问团副团长儒勒·布吕奈（Jules Brunet）带来了十几名法国教官，集结在北海道的部队达到了4个联队、3000人之多。1869年箱馆战争，虾夷共和国战败，土方岁三战死。明治二年5月17日（阳历1869年6月26日），榎本决定投降；5月18日，将五稜郭移交给新政府军