太宗听说他清廉公正，下诏奖励。至道二年（996年），转任广南东路、广南西路都转运使，不久召入朝廷拜为给事中。过了一个月，担任同知枢密院事。李惟清倜傥自信，有机谋。处理事情苛刻，所到之处被称为强干。但是由俗吏提升，没有威望。才过了数月，宋真宗即位，加刑部侍郎，再任御史中丞。离开了枢密院，心情不畅，肆意弹劾。咸平元年（998年），去世，时年五十六岁，赠户部尚书。儿子李永锡，官至光禄寺丞、右赞善大夫；李永德，官至殿中丞。