济寺正式地建立了寺院诸堂。建设中获得了唐人的大量布施。山号定为“分紫山”，由来是蕴谦戒琬禅师曾居住的泉州紫云山。次年建立了观音堂。1656年（明历2年），蕴谦禅师将住持之位让与来到日本的木庵性瑫禅师，但4年之后木庵前往摄津国的，蕴谦再任主持。1672年（宽文12年），蕴谦因高龄而让位于慈岳。1910年，本堂（大雄宝殿）、青莲堂和回廊被指定为当时的国宝（相当于现行法律下的重要文化财产），但在1945年的长崎市原子弹爆炸中全部被焚毁。1979年，于大雄宝殿原址建立了为原子弹爆炸受害者与战死者祈福的万国灵庙长