过去被认为与绿头鸭关系密切，且在人为干预之下两物种可以杂交，还有人主张麻斑鸭跟绿头鸭属于同种，只是绿头鸭的一个表型。现代动物行为学与分子生物学的研究将麻斑鸭归为绿头鸭类中一个相当独特、较早分支的物种，与和非洲黑鸭同为绿头鸭类的基群。2009年一项分子系统发生学研究以粒线体DNA序列分析鸭科各物种的亲缘关系，认为非洲黑鸭是绿头鸭类中最早分支的物种、非洲黄嘴鸭次之，麻斑鸭则是第三个分支的物种，皆是绿头鸭类演化上较早分支的类群。
保育.麻斑鸭被IUCN归为濒危物种，其主要栖地之一的阿劳