于在蛇口港站连接蛇口西车辆段接轨方式比较困难，一期工程在实际修建时中提前建设赤湾站作终点站，并从赤湾站与蛇口西车辆段接轨，轨道呈U形。车站在2010年12月28日启用。随着2015年4月6日动工的5号线南延线于2019年9月28日落成，本站目前作为2号线和5号线两线的换乘站兼终点站。5号线未来将规划继续向南伸延至蛇口邮轮中心一带。
车站结构.赤湾站是一个地下两层11米双岛式月台车站，其中2号线月台总建筑面积为14900平方米。赤湾站的结构共分两层，其中两个岛式月台设于下层，