和工程三个研究所，由王琎出任化学研究所所长。起初三个研究所合设于上海市霞飞路899号办公，后又一同搬至白利南路理工实验馆。抗日战争期间，化学研究所先后迁往昆明和重庆。1946年，化学研究所返回上海迁入岳阳路320号开展工作。中华人民共和国成立后，中国科学院开始接收并改组中央研究院化学研究所。1950年5月，由原中央研究院化学研究所和原北平研究院化学所与药物所合并成立中国科学院有机化学研究所，是中国科学院最初的15个研究所之一。1952年，中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入。1953年，药物研究室调