把持，驻扎澎湖约有七个标营，各自设有庙馆伙房广布于妈宫四周，造成军民杂处的乱象。道光朝之后，地方教育和商业发展渐趋蓬勃、到光绪朝年间，妈宫已发展成「十街二市」的规模。妈宫城含括的滨港区域，由「东甲」、「南甲」和「北甲」组成，当时合称作「妈宫三甲」。约莫于道光年间（1821年－1850年），妈宫仅有「东甲」（官署区）和「南甲」（港埠区）两个聚落形成。妈宫东甲因与官方政府关系密切，很早便有奉祀玄天上帝、此具备军事色彩的神祇当作聚落的信仰中心（东甲北极殿）。南甲最初的领域则含括妈宫西半部，如火烧坪、澳仔底以及测天