根地铁间换乘，新建了连接丹麦国家铁路（包括哥本哈根市郊铁路）部分与哥本哈根地铁部分的地下通道。因此，2000年3月至2002年2月改造期间，哥本哈根市郊铁路站台部分关闭，哥本哈根市郊铁路列车停靠本站时仅开启最前面的4个车门。随着2002年10月19日哥本哈根地铁一期开通，北门站成为了哥本哈根地铁1号线与哥本哈根地铁2号线最初的终点。直到2003年5月29日哥本哈根地铁二期第1部分完工后，哥本哈根地铁1号线与哥本哈根地铁2号线终点才搬至“腓特烈堡站”（现已延线至万洛瑟站）。