湾决定申请加入WHO。中国大陆方面认为台湾参与WHO是“于法不符，于理不容，于情不合”，WHO是只有主权国家才能参与的组织台湾无权参加，但是如果台湾方面需要WHO提供技术援助，中国中央政府会予以积极考虑。时任总统陈水扁、副总统吕秀莲与总统府副秘书长吴钊燮等更痛批中华人民共和国政府在国际施压，抗拒中华民国加入WHO，并指中共说法「真是无耻的谎言」，并强调「台湾要遏止疫情的蔓延必须靠自己，不可能倚赖对岸的中共」。2003年4月，美国疾病控制与预防中心则派员前往台湾观摩学习，并提供协助，以了解有效方法协助