吉姆萨染液或结晶紫的染料对细胞作染色，可让显微镜学技术人员描述细胞大小、形状、内部和外部组成，以及与其他细胞的相互关系。细菌对不同染色程序的反应也被用在微生物的生物分类。革兰氏染色和两种，是用在细菌分类和诊断疾病的标准方法。革兰氏染色可侦测到厚壁菌门和放线菌门菌群，这些菌群包含许多重要的人类病原体。耐酸性染色程序可辨识出放线菌门属的“分枝桿菌属”和“”的存在。
生化检验诊断.用于鑑定感染原的生化检验方式，包括检测特定传染原代谢或酶产物的存在。由于细菌会用其属和物种的特定模式来对碳水化