贵族（赫哲族）。父母结婚后，尹父任职政府部门，后随国民党撤退来台，一家居住于台中市水湳机场附近空军眷村。兄弟姐妹一共六人，尹章义排行老大。尹母管教甚严，自小体罚毒打子女，或因此之故，尹章义就读初中、高中时，混迹帮派，绰号「小老板」。直到高三那年，读到曹丕的《典论．论文》所云「文章，经国之大业，不朽之盛事」，体悟到这是黑社会老大无法做到的，兼以昔日弟兄相劝，遂立志向学，终考取辅仁大学历史学系。高中毕业那年，在台中中华路旁的旧书摊购得日本学者中西牛郎于1914年出版的《同化论》，引发他对台湾史的兴趣。但