隔年冬天，张居正与李芳等奏请复起高拱，以内阁兼吏部尚书领吏部事，尽改徐阶旧制，“授诸司以籍，使署贤否，志爵里姓氏”，有官员被黜，高拱必亲“告以故”，黜者“无不慑服”。
政绩.隆庆四年（1570年）俺答汗之孙把汗那吉来降，高拱和张居正采纳宣大总督王崇古建议，先授予其指挥使官衔，乘机与俺答达成封贡互市协议，史称俺答封贡。又推荐殷正茂为总督平定云南苗变，推荐潘季驯治理黄河。改兵部一尚书二侍郎制为一尚书四侍郎制，侍郎们分工。
与张居正的政争.高拱与张居正供职时国子