标记的方法来找出该分子的作用靶点。通过建模的方法，利用电脑生成特定分子与生物大分子的作用模型也可以推测出这种分子的作用靶点和作用机制。
组学方法.特定分子的作用机制可以通过基因组学、转录组学的分析方法间接确认。如果敲除或使用RNA干扰的方法敲低某个基因后，细胞或组织基因表达或表型的变化与经过某种药物处理后相似，那么可以推定这种药物的作用机制就是通过抑制这些蛋白的功能实现的。