后被分配到中国人民解放军海军政治学院（现为中国人民解放军海军大连舰艇学院政治系）任中共党史教员。1992年加入中国共产党。1995年，方永刚一度希望退伍转业，但其申请为学院领导拒绝。1999年，方永刚随同海军政治学院并入海军大连舰艇学院，后任政治系中国特色社会主义理论教研室教授、硕士研究生导师，2005年获得军事学博士学位。方永刚自1987年开始从事理论研究，对于中国共产党新的理论成果如邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观等，都能及时跟进，拿出研究成果。2006年夏，方永刚在其参与编写的《党的创