2008年5月20日，应行政院院长刘兆玄邀请出任行政院政务委员。10月1日，兼任工业技术研究院董事长。2009年9月10日出任行政院政务委员兼任台湾省政府主席。2010年2月24日，前新竹市市长林政则出任行政院政务委员兼任台湾省政府主席，张进福专任政务委员。2012年6月26日，元智大学宣布由张进福出任该校第四任校长。2012年8月1日至2015年7月31日，担任元智大学校长期间同时兼任财团法人资讯工业策进会第12届董事长，离开元智大学后续任资策会第13届董事长至2016年5月19日。Se