十年后，1264年逝世于临安。由于宋理宗无子，所以立他的侄子赵禥为太子，是为宋度宗。
身后之事.宋亡后，元朝西藏藏传佛教僧人杨琏真珈盗掘南宋六陵，见宋理宗尸身保存完好，将尸体倒挂在树上三天，结果流出水银，又以理宗头盖骨奉给帝师八思巴为饮器，是为骷髅碗。躯干则火化。明初，朱元璋得知此事，“叹息久之”，怒斥道：“南宋的皇帝们没有很大的道德操守问题，跟蒙元也没有世仇。蒙元已然是趁人之危攻取南宋，为什么还要如此残忍？”，派人找回理宗的头颅，洪武二年（1369年）以帝王礼葬于应天府（江苏南京