生物学，用于表征和阐明多糖(glycan)结构。质谱法为高效液相色谱法(HPLC)分析多糖提供了一种补充方法。
太空探险.作为分析的标准方法，质谱仪已经到达其他行星和卫星。 其中两台被海盗号（）带到了火星。 2005年初，卡西尼-惠更斯号任务通过最大卫星土卫六的大气层，在惠更斯号登陆探测器上递送了一种专门的GC-MS仪器。 该仪器沿其下降轨迹分析了大气样本，并且一旦探测器着陆，就能够蒸发和分析土卫六的冷冻碳氢化合物覆盖表面的样本。 这些测量结果比较了每个粒子的同位素丰度与地球自然丰