此，英格兰政府逐渐扩大对爱尔兰的控制。经过不断的流血冲突，1603年，当九年战争结束之后，英格兰首次完全控制爱尔兰。1607年伯爵出逃事件之后，爱尔兰的盖尔贵族统治时代终结，随即詹姆士一世扩大对爱尔兰的殖民，爱尔兰北部的阿尔斯特省成为移民爱尔兰岛的大量苏格兰人和英格兰人的主要移居地，这些移民奠定日后北爱尔兰的新教徒人口的基础。17世纪时，这些新教徒移民与北爱尔兰本地的天主教徒发生严重的冲突，最终以新教徒的胜利而告终。通过刑事法，英格兰政府确立新教徒在爱尔兰全岛的政治统治地位。1801年，爱尔兰被并入英国