厅分成三段。从北到南分别是崎莱（木瓜溪以北）、秀姑峦（木瓜溪到网网溪）、卑南（网网溪以南）。而根据《台湾地舆全图》说略，当初设台东直隶州时，原本计画将州域分三段，北段设花莲港厅，中段是州治水尾，南段设卑南厅。光绪十四年（1888年8月2日）发生大庄事件（吕家望事件），台东直隶州所属的里壠庄即新开园府的汉人移民及原住民（主要为大武壠族），因为卑南抚垦局委员雷福海等官员的压榨及欺凌妇女，乃率众700余人到大庄局杀害委员雷福海、司事翁源、局书何茂、王升并局差、局勇等。最后发展成为花东纵谷各庄社的大武壠