。崇祯十七年（顺治元年，1644年），崇祯帝终于任命钱谦益总督浙江和南直隶并控扼海道，与史可法、马士英形成鼎足而立之势，但因甲申之变的发生而不果。三月十九日，李自成攻破北京，崇祯帝在煤山自缢。皇帝驾崩的消息传到南方后，钱谦益谋划推举皇室疏宗潞王朱常淓继位为帝。但福王朱由崧最终继位，马士英出任内阁首辅。钱谦益惧祸，遂阿附马士英，并推荐蔡奕琛、祁逢吉、唐世济、邹之麟、陶崇道、郭昭封等人。马士英遂任命钱谦益任礼部尚书、协理詹事府并担任经筵讲官。钱谦益到南京后，首先上疏言严内治、定庙算、振纲纪、恤人才四件事