愿的主要争议是这侵犯了公民的自主决定权，以及推定意愿并不能显着增加器官源，因为找到通知家属需要时间，造成器官不能及时得到保存。对于器官源是动物的场合争议较少，因为历史上实验动物被用来发展器官移植技术以延长人类的寿命，例如在人身上进行异种器官移植。但动物权利保护者也对他们看来是虐待动物的行为，例如在熊胆农场的器官切取，而一些宗教组织反对在人身上使用被他们看来是脏的动物器官。人工器官源，例如从干细胞培育而来的器官是研究者希望在未来使用的一个来源。但是这样的研究也因为使用人类的胚胎干细胞而受到谴责。S