一开始就遭致许多批评。最激烈、有力的反对者之一是罗纳德·费舍尔，他认为随机漂变的作用是无关紧要的。费舍尔认为，生命体复杂性逐渐增加的唯一可行的解释，就是进化是一个漫长、稳定的适应性过程。两种观点之间的矛盾一直持续存在。1968年，木村资生提出分子进化的中性理论，关于漂变作用的争论随之重启。根据这一理论，分子水平上的进化过程，以及物种间差异主要由中性突变的积累造成，并非自然选择，这表明漂变在进化过程中发挥了主要作用。此前的1966年，研究发现酶的大量位点上存在多态性，但自然选择理论对此无法解释。1968年