龙亚目。在1988年，罗伯特·卡罗尔（Robert L. Carroll）在他的古嵴椎动物科普书籍，将赫伯斯翼龙归类于翼手龙科。在1991年，彼得·沃尔赫费尔（Peter Wellnhofer）根据骨盆结构，提出赫伯斯翼龙不是翼手龙亚目，而是更原始的喙嘴翼龙亚目。在1996年，大卫·安文（）提出赫伯斯翼龙是准噶尔翼龙超科的原始物种。在2007年，佐兰·加斯帕里尼（Zulma Gasparini）等人则质疑赫伯斯翼龙是否属于准噶尔翼龙超科。
地质年代.赫伯斯翼龙的化石来自于Vaca