而今日市境内荷治遗迹已所剩无几。
明郑时期.1661年，郑成功自鹿耳门水道进入台江内海，以取得「反清复明」的基地为由，向荷人宣战并获胜，得到台湾的郑氏敕诏赤崁改称「东都明京」并设立承天府，大员改称「安平镇」，全岛设立一府二县。郑成功逝世后，世子郑经继任延平王，改东都明京为东宁，仍继续于台南兴水利、课农桑、安抚原住民等等，并由将领陈永华建议于宁南坊兴建孔庙，是为全台首学。现时一些地名可追朔至当时，例如以郑成功部将林凤为名的林凤营、或是左镇等。
清治时期.16