，和江汉书院、心经书院合并，改为两湖大学堂，1904年改称两湖文高等学堂。1906年，张之洞又拨款四万三千两，改名为“两湖总师范学堂”。1913年中华民国政府在原方言学堂的校舍、图书设备和师资基础上建立的中国第二所高等师范学校--国立武昌高等师范学校(武汉大学前身)。原方言学堂和两湖书院的一些师资力量并入。原址今为武汉音乐学院。
与武汉大学的关系.武汉大学医学部的前身湖北省立医学院实习医院(今湖北省人民医院)在两湖书院原址建立。
着名人物.知名师生有革命家