缮中发现后，被保护性回填，新河堤按照原有河堤的旧貌兴建。在玉河河道上，还修复了雨儿桥、福祥桥。2000年代，在玉河改造工程中，对万宁桥和地安门东大街之间的玉河进行了发掘，清理出了元朝通惠河堤岸、明朝玉河堤岸及其河道、清朝玉河堤岸及其河道、东不压桥及澄清中闸遗址、两座便桥遗址、玉河庵遗址、码头遗址及排水道等遗迹，出土了玉河庵碑、银锭锁、瓦当以及陶器（陶片）、瓷器（瓷片）等文物。这次玉河改造工程也引起了很多争论。原因是此次工程拆除了河道以外的大片原有的四合院，并新建了许多高档四合院，成为房地产开发项目。