森科主义。1951年任山东大学副校长。1955年他当选为中国科学院学部委员并任生物学地学部副主任，兼中国科学院青岛海洋生物研究室主任，后该室改为青岛海洋生物研究所，任所长。1960年，生物学地学部分为生物学部和地学部，他任生物学部主任兼任中国科学院动物研究所研究员（该所所长陈桢逝世后，童第周一度任所长）。1963年，他将雄性鲤鱼的DNA放入雌性鲤鱼的卵子内，成为首位成功将鲤鱼克隆的科学家。1963年7月，童第周和严绍颐等在《科学通报》上发表有关鱼类的核移植《鱼类细胞核移植》的论文。1964年