当塞利姆二世去世时，索库鲁再次隐瞒塞利姆去世的消息，直到塞利姆担任马尼萨总督的大儿子穆拉德皇子抵达伊斯坦堡为止，穆拉德在索库鲁的帮助下登上苏丹宝座。在穆拉德三世统治期间，索库鲁仍担任着大维齐尔的职位，但现在他必须应付来自后宫的势力，首先是穆拉德的母亲努尔巴努苏丹以及妻子，在两名女人的干预下，索科鲁的权力被削弱，身为大维齐尔的影响力也逐渐下降。最初索库鲁反对与萨非王朝重启战端，但两国仍在1578年间再度爆发战争。在之后的时间里穆拉德三世开始将索库鲁的盟友们调离高阶职位，逐步限制索库鲁的权力。1579年