政务则由安德洛尼卡三世交给约翰六世·坎塔库泽努斯负责。在君士坦丁堡牧首约翰十四世与朝臣阿历克塞·阿波考寇斯等人的支持下，安娜母子与约翰六世展开内战。双方最终于1347年达成和议，约翰六世为拜占庭皇帝，约翰五世则为其共治皇帝。同时，约翰六世将其女儿海伦娜·坎塔库泽努斯嫁给约翰五世。1351年，安娜离开君士坦丁堡，前往塞萨洛尼基定居。她在塞萨洛尼基拥有自己的朝廷。1365年，她在此逝世。