对陆防海防政策之歧见，与长久相识的李鸿章素来不睦，甚至势同水火。在是否收复新疆的问题上，两人意见就完全相反。1884年6月，左宗棠入北京任军机大臣。时值中法战争，法军孤拔于8月在马尾海战全歼驻扎福建马尾的南洋水师，战局对中国不利。9月，左宗棠奉旨以钦差大臣身份督办闽海军务，挽救战局，并以新疆的前车之鑑，力谏台湾建省。1885年正月，黑旗军和恪靖定边军先在镇南关得胜，然后以一千多人死亡的代价击退法军，夺取了谅山。此事导致法国茹费里内阁垮台。法国引为奇耻大辱向越南法军拨款五千万法郎表明丝毫也没有就此屈服