督学政任所，父亲死后归乡里，教课写书，终生不仕，“于经史诸子稗官野乘及七经毖纬之学，无不肄业”。干隆十四年，惠栋着手总结父祖经说及己治《易》心得，始撰《周易述》。后入卢见曾幕府，协助刊刻《雅雨堂丛书》等着作。干隆十九年月，又与沈大成等参与补刻朱彝尊着《经义考》校勘工作。沈大成回忆当时说：“萍踪偶邂逅，握手申前欢。兄居屋东上，余止舍西偏。因得共晨夕，相与典坟。”王昶当时也常请教于惠栋。惠栋本人集“吴派”经学之大成，其室有楹联：“五经尊服郑，百行法程朱”。被誉为“汉学之绝者千有五百余年，至是而粲然复章矣”