爆发以后，他回到越南，加入越南国军，对抗越盟，在此期间被提拔为将军。在吴廷琰时代，陈文敦担任参谋长，主持西贡的军事仪式。1960年代早期，他担任第一军指挥官，驻防地位17度线附近。后来被派往西原一带清剿越共叛军。他实际控制着五个省，经常同拥有私人军队和秘密警察的吴廷瑾发生冲突。陈文敦因此被免去军权，担任总参谋部参谋长。1963年中期，他开始与中央情报局联络人卢西恩·科奈恩会面，并同黎文金等对吴廷琰不满的将军们会面。他们一起向吴廷琰提议，由于骚乱和战争，建议颁佈戒严令。吴廷琰同意了，但这些将军们事实上是想