暴雨警告信号多次引起争议，亦与信号与停工停课安排挂钩有关。近年不少市民会在暴雨情况下，直接致电香港天文台香港气象中心，表达对发出信号安排的不满。不少市民甚至僱主不明白暴雨影响时间一般远比热带气旋吹袭为短，误以为黑色暴雨警告信号的应变措施与八号或以上热带气旋警告信号生效时的措施相同，以为在发出信号后即时下班回家，未有依照当局唿吁留在安全地方暂避，结果导致更多不便及混乱。另一方面，发出暴雨警告信号的准则亦被质疑着重市区、轻视新界（特别红色及黑色暴雨警告信号），即雨势集中在港岛及九龙且预计或已经达指定雨量时，