于漫画的动画已成为该公司的许多作品。1990年至1992年的原作漫画改编《樱桃小丸子》首次在电视上播出后，获得广大热烈回响。1995年第二次动画化开始，与SHIN-EI动画的《蜡笔小新》共同成为日本长寿国民动画播出至今。在互联网上，有部份人把日本动画公司误作日本动画有限公司（1948年成立，1952年改名为日动映画株式会社）；不过，日本动画有限公司实为东映动画的前身，与日本动画公司并无任何关系。