组整合为芝加哥的冶金实验室。实验室要实现的目标包括建造将铀转化为钚的反应堆，寻找将钚从铀中分离出来的化学方法以及设计制造原子弹。1942年6月，美国陆军工兵部队接管了核武器开发项目，而康普顿的冶金实验室也成了曼哈顿计划的一部分。同月，康普顿授权罗伯特·奥本海默设计原子弹。冶金实验室的各位科学家设计出不同类型的反应堆，尽管当时还没有建成任何反应堆，康普顿拥有决定哪种类型值得继续发展的最终权力。在冶金实验室的迁址问题仍在讨论中时，康普顿决定在斯塔格球场看台下建造首个核反应堆芝加哥1号堆。在费米的指导下，