月9日，港铁在丹麦哥本哈根举行的2008年度铁路大奖中，获得全球知名的独立轨道及交通专家评选为亚太区最佳铁路。同年，铁路网络继续扩展，将军澳线二期康城站于2009年7月26日启用，九龙南线亦于8月16日投入服务。2010年6月13日，港铁首次按「可加可减机制」调整票价，平均加幅百分之2.05。2011年6月19日，港铁第二度按「可加可减机制」调整票价，平均加幅百分之2.2，但仍较合併前收费稍低。2012年6月17日，港铁第三度按「可加可减机制」调整票价，平均加幅百分之5.4，部份车程的车费较合併前为高。