知自己将被流放到小豆岛，同年6月29日在侧近人的帮助下逃离京都，到达畠山政长的领国越中国的放生津，并受到了政长家臣神保长诚的保护，在该地区竖立幕府，称为「越中公方」或「越中御所」。后世史学家称之为「放生津幕府」。此时足利义材仅仅只是没有实力的亡命者。明应7年（1498年）9月，足利义材决定与细川政元方面交涉，前往越前国受到朝仓贞景的庇护，改名义尹。同时得到了畠山尚顺（畠山政长之子）的支持，一起进军京都。又有延历寺、根来寺和高野山僧兵的唿应，一时进逼近江国。但在近江坂本遭六角高赖的击败，逃往河内国时又为细