由苏贞昌胜出。三重市长卸任后，陈景峻转战中央。1999 年陈景峻高票当选第四届立法委员，而后他三届连任，直到 2007 年转任交通部政务次长。陈景峻担任立委期间，曾于法制、交通委员会问政，并两度担任教育委员会召集委员。此外，由于陈景峻视民进党前立委卢修一为师，因而一度加入新潮流系，而后转向正义连线。2007年，陈水扁政府为备战台北县县长选举，将陈景峻转任交通部政务次长；28日后，为民进党派系平衡问题，将陈景峻升为行政院秘书长直到2008年再度政党轮替。期间亦兼任福建省主席，为首位担任该职的民进党人。