琴同谢苗诺夫决裂。他有一个疯狂的计划：先扶植清朝宣统帝复辟，再将远东统一在其领导下，继而以此作基地反攻西方世界。1921年2月，应博克多汗邀请，恩琴率800人进入蒙古。1921年10月以后在日本支持下多次袭击北洋驻军，1921年2月3日，恩琴的部队攻破库伦，扶持博克多汗复位，重建大蒙古国。博克多汗册封恩琴为和硕亲王，然而此时期的博克多汗没有实权，大蒙古国实际上由恩琴率领的俄国白军控制。在其5个月的统治下，他以高压手段镇压其反对者，尤其是苏共支持者，屠杀了大量犹太人和一些中国商人。恩琴自称成吉思汗转世，并被