的学生在整个学习期间，拥有清华大学（学校代码：10003），北京协和医学院双重学籍，其学位证书盖“北京协和医学院”公章，毕业证书加盖“清华大学”、“北京协和医学院”两个公章。从北京协和医学院研究生院招收的所有专业的研究生拥有北京协和医学院学籍以及清华大学学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”、“清华大学”公章。。北京协和医学院自行招生的护理本科专业，只有北京协和医学院学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”。北京协和医学院同时也是中国医学科学院，医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，医