割据交州，不久被陶侃派军平定。晋廷便委任陶侃「兼领交州刺史」。在整个东晋时期，交州时常处于内忧外患。交州南方的林邑国屡次北侵。而内忧方面，380年，发生九真太守李逊的叛变，并惹起林邑入侵，其后为交趾太守杜瑗所平。410年，曾在东晋内地的五斗米道起事者卢循入侵交州，但被当时的交州刺史杜慧度（又作杜惠度）击破。杜慧度在南朝宋初期继续就任交州刺史，在他治下州政得到整顿，「禁断淫祀，崇修学校，岁荒民饥，则以私禄赈给。为政纤密，有如治家，由是威惠沾洽，姦盗不起，乃至城门不夜闭，道不拾遗」。到南朝宋的后期，交州