时的淮南形势很紧张，邓子恢未立即赴军部任职，仍留在半塔集领导新四军第二师改编。1941年5月，邓子恢到军部就任政治部主任。1941年5月成立华中局，刘少奇任书记，陈毅、张云逸、邓子恢等为委员。不久，邓子恢以华中局代表的名义率新四军军部巡视团到皖东北地区彭雪枫部检查和帮助工作，稳定了部队的情绪。8月11日，邓子恢兼任新四军第四师政委。8月23日，华中局决定，成立淮北军政党委员会，邓子恢为书记。。1942年11月25日，淮北地区实行党政军一元化领导，撤销淮北军政党委员会，邓子恢任淮北区党委书记，同时兼任淮北