当时山田庄的领主源为义，将在京都六条西洞院自宅中，所祭祀从石清水八幡宫分灵的左女牛八幡宫，分灵请神来合祭，这就是六条八幡这个称唿的由来，从这时起，受到了足利家的广泛尊敬，成为神佛习合的灵山。历史上，山田庄成为平家的没官领是在文治3年（1187年），源赖朝捐赠给左女牛八幡宫（根据《吾妻镜》，<若宫八幡神社文书>），因此可以推定，六条八幡宫实际的创建应该是在这时期左右。
室町时代以后.室町时代的文正元年 （1466年），建立了三重塔。到了近世，贞享5年（1688年），再建了今日所见