原后，主要担当上越线高崎至水上间开行的“EL&SL奥利根号”和“EF55奥利根号”临时快速列车的牵引任务，在通常情况下并会以EF64型电力机车（1001）担任补机，机车上亦安装了ATS-P型列车自动停车装置。2006年3月25日至4月3日期间，为纪念位于东京千代田区神田须田町的交通博物馆闭馆，将EF55-1号机车特别展示于博物馆侧的旧万世桥车站。同年12月2日，这台机车牵引“EF55型诞生70周年纪念号”列车在上野至高崎间运转。2007年，EF55-1号机车原定牵引上野至水上的“”团体临时列车，但由于压缩机