该寺僧众有的留寺，有的回乡，留寺僧众约300人，约占松赞林僧人总数的37％，此后僧众开始自食其力参加生产劳动。松赞林开始实行民主管理，以寺养寺。松谋·昂汪洛桑丹增嘉措等寺院上层人士都获得妥善安排。松赞林的建筑及各种古迹也受到很好的保护。1966年文化大革命开始后，松赞林的经书被烧毁，佛像遭砸毁，建筑及文物遭到严重破坏，寺院成为一片废墟。松谋活佛、更觉活佛等人遭到批斗。文化大革命结束后，迪庆藏族自治州、中甸县的党委和政府为松谋活佛、更觉活佛正式平反，随后对所有未参与“叛乱”的宗教界人士的“冤假错案”均