空一架从柏林飞来的容克Ju 52才首次作为民用航班抵达机场。1939年11月11日，阿道夫·希特勒于乔治·艾尔塞的对其执行暗杀行动失败的三天后在此乘坐Fw 200侦察机离开，成为当时的一个特殊事件。在二战期间，慕尼黑－里姆机场还成为了纳粹德国空军的军事基地，亦因其军事用途始终是盟军炸弹袭击的目标。此时仍在此运营民用航空交通服务的公司仅剩汉莎航空和瑞士航空。至1945年4月9日，在机场设施受到连续轰炸而几近摧毁后，其唯一的民用航空也停止了运营。
二战后.1948年3月9日，美国占