苏州河整治进入二期工程阶段，这一阶段分八个项目完成，分别为：苏州河河口水闸建设工程、苏州河梦清园二期工程、苏州河上游地区-黄渡镇污水收集系统工程、苏州河中下游水系截污工程、苏州河沿岸市政泵站雨天排江量削减工程、苏州河两岸绿化建设工程、市容环卫建设项目、西藏路桥改建工程。二期工程总投资40亿元人民币，在2005年底前全部完成。二期工程完成后，吴淞江中游的河滨环境得到改善。同时新建成的苏州河河口水闸的双向挡水，形成完善的苏州河综合调水系统，苏州河干流、支流水质继续稳步好转。吴淞江全线截流封堵向苏州河排污的污