1895年（明治28年）竣工，当时的命名为“帝国奈良博物馆”，其建立与奈良博览会息息相关。1874年（明治7年），当时的奈良县县令藤井千寻力主当地官民共同创办奈良博览公司，翌年就举办了第一届奈良博览会。该次展会在东大寺的大佛宝殿和四周的回廊进行，展品以正仓院提供的宝物为主，加上其他寺院和个人展出的书画、古器物、动植物标本和各类机械装置。根据史料记载，该会展盛况空前，为期80天的展览会，到会的人数有17万人之多。此后每一年（除了1877年），直至1890年（明治23年）当地均有举办奈良博览会，前后一共举办了1