日，解放军第13兵团政治部张贴布告宣布严加保护学校，阻止抢掠。梅贻琦校长于12月14日因公入城，留在城内，后于21日乘飞机前往南京。12月17日，校务会议推举冯友兰为临时主席，代理主持校务。
共和国初期.1949年1月10日，北平市军管会接管清华，5月4日，成立以叶企孙为主席的校务委员会，主持校务。国立清华大学时任校长梅贻琦赴欧洲，后往纽约。1955年，梅贻琦在台湾省新竹市主持国立清华大学在台复校。1990年代以来，台湾国立清华大学和北京清华大学交往频繁，有“一笔写不出两个清华”的