将其收录于《石渠宝笈·三编》一书之中，此后《清明上河图》一直在清宫珍藏；虽经历1860年英法联军入侵和1900年八国联军入侵北京二难，但均未受损。1924年曾被溥仪和两幅仿作一起带至东北，但溥仪也不知何者为真品。1932年，溥仪在日本人扶植下，建立满洲国，于是这幅名画又被带到长春，存在皇宫东院图书楼中。1945年被收入东北博物馆（今辽宁省博物馆）当成赝品处理，直至1950年冬天才由杨仁恺等人从库房的赝品堆里鑑定出真迹，后藏于北京故宫。文化大革命中，李作鹏曾利用权势将《清明上河图》强行从北京故宫“借”出，