主教堂全部关闭，传教士被驱逐。嘉庆十二年(1807年)起，基督教传教士也开始进入广州。鸦片战争后，天主教、基督教传教士大批进入广州，公开传教。各宗教在广州发展演变，与广州传统文化融合，形成了许多具有地方特色的教派和宗教文化遗迹，如：光孝寺、华林寺、怀圣寺、三元宫、东山堂等。中华人民共和国成立后，先后于1956年成立广州市伊斯兰教协会、1958年成立广州市佛教协会、1981年成立广州市基督教协会、1987年成立广州市道教协会。近年陆续重修、开放多座具有宗教特色的建筑。