他还对1897年大韩帝国成立一事持反对态度，他上疏称高宗如要称帝，当继承孝宗遗志，扫清中原，恢复大明，镇抚四夷，即使做不到这一步，如能真正自主自立，“则迨此皇统久绝之日，自任以继天立极，或无所不可”，否则只能流于有名无实而已。光武八年（1904年）日俄战争期间，日本控制了大韩帝国政府，强迫其订立《日韩议定书》，协助日本对俄国作战。崔益铉获得高宗的密旨，进京与高宗面谈，崔益铉在召对过程中痛斥日本暴行，并提出了一些内政改革的建议。他因此事被日军驻韩司令长谷川好道下令逮捕。光武九年（1905年）11月17