基酸脱羧酶在维生素B6帮助下脱羧为血清素（5-羟色胺）。该反应在神经组织和肝脏细胞中发生。 5-羟色氨酸可以穿过血脑屏障，但血清素不能。过量的5-羟色氨酸会被代谢排出体外，特别是体内存在维生素B6时。
药理学.5-羟色氨酸对中枢神经系统的作用在于其增加了血清素的生产。