三年（1390年），有人告发李善长交通胡惟庸情状，韩国公李善长因此被赐死，家属七十余人被杀。总计株连者达三万余人。此后，朱元璋又借大将军蓝玉张狂跋扈之名对其诛杀，连坐被族诛的有一万五千余人。加上空印案、郭桓案两案，开国功臣除了谋士刘基、大将汤和、长兴侯耿炳文和武定侯郭英外几乎全部被杀。朱元璋通过打击功臣、特务监视等一系列方式加强皇权。
靖难之变.明太祖分封诸子为亲王，以加强边防、保卫天子。北方诸王势力较强，原因主要是对蒙古的边防任务。而其中又尤以燕王（朱棣）和晋王势力最大。为防止朝