牌坊式大门，适逢新任上海知县冯彬到任按例谒庙，遂应庙祝之请，为牌坊题名“保障海隅”，并由永嘉县善于书写大字的幼童题写于上。万历三十一年（1603年）、三十四年（1606年）知县刘一爌、李继周分别对庙宇进行了重建。进入清朝起，逐渐将元末明初的上海文人秦裕伯奉为城隍，以替代原有的上海县城隍之神。清康熙二十二年（1683年）知县史彩修与住持杨兆麟修建鼓亭两座。雍正十三年（1735年）住持又募集资金重修。干隆十二年（1747年）知县王侹重建被焚毁的寝宫。干隆五十九年（1794）道会葛文英募资修建后楼。嘉庆三年（