最初签订的国家协定，它将部分作为德国关税区。如果乘客是在两个德国目的地之间于巴登车站中转，则无需离开德国关税区。车站的德国及瑞士官员权限，包括海关问题以及德国军人家属利用该站出行等都受到多个协定条款的规管。在来自及前往德国的客运交通中，它被视为一座德国铁路车站。而在经由巴登车站进行的瑞士国内旅程中，它则采用瑞士的计费标准。该车站地处的第10资费区和的第8资费区内。在瑞士于2008年12月12日加入申根协定之前，针对使用巴登车站抵达及出发乘客的德国边境管制关卡设于站台与站厅之间。而在国际直通列车上，证