氧化酶的活性，因此同时使用两药的的患者容易导致巯嘌呤中毒。在这种情况下应该减少巯嘌呤的剂量或停用巯嘌呤。不过最近有研究显示，利用这种药物相互作用在巯嘌呤治疗时适量使用别嘌醇能够显着提高巯嘌呤对炎症性肠病无应答者（即对治疗无反应）的疗效，并且相对于增加糖皮质激素用量的方法来说更加安全。作为一种免疫抑制剂，巯嘌呤会减弱免疫系统抵抗感染的能力。接受治疗的患者在接种疫苗时必须经过主治医生批准，并且禁止注射活疫苗（如轮状病毒疫苗、嵴髓灰质炎疫苗）；最近注射疫苗的患者则应避免使用此药。一般来说，医生不推荐怀孕时