2003年亚洲棒球锦标赛才首次完全由日本职棒球员组成。2006年世界棒球经典赛更首次征召在美国职棒大联盟效力的日本球员，但并不顺利，最后只有铃木一朗与大冢晶则入队。经典赛赛前各界普遍看好日本队能以A组冠军身份进入八强，但却在预赛最后一战以2:3败给南韩队，只以分组第二晋级。复赛首战出战美国队，因主审一次严重误判导致最后以3:4败北；次战日本队以6:1击败墨西哥队，但最后一战又以1:2败给南韩队，最后靠着墨西哥队击败美国队，经比较失分率后（RA/9）之后，以分组第二晋级四强。在准决赛中以6:0击败三度遭遇