选立法院立法委员。1929年3月，在中国国民党第三次全国代表大会上，邵元沖当选为中央执行委员、中央政治会议委员，并兼任中国国民党中央党史资料编纂委员会常务委员。1931年，任国民政府委员。同年3月，任立法院副院长。1931年反蒋气氛浓厚之时，因立法院院长林森不就职，副院长邵元沖代理立法院院长。随着蒋中正下野，同年12月，邵元沖辞去立法院副院长职务。中国国民党第四次全国代表大会上，邵元沖继续当选为中央执行委员、中央政治会议委员兼中国国民党中央宣传委员会主任委员。1935年春，因对日本外交问题与中央政治会议