日治时期因故遭到拆毁标售而将庙中神像暂时寄祀在安平六社各庙宇，直到民国五十一年（1962年）才在清代水师衙门旧址上重建庙宇。
沿革.
立庙由来.安平开台天后宫沿革记载，其所供奉的妈祖，是1661年随船护祐郑成功率舟师领台的守护神，于永历二十二年（1668年）正式建庙。但清朝方志并未明确记载该庙的创建年代，而最早记载安平开台天后宫的志书是康熙廿五年（1686年）的《福建通志》，只提到「天妃宫」在安平镇渡口一事。到了昭和八年（1933年）的《台南州祠庙名鑑》，才明