大致以东北－西南走向经过石头溪地区西部，往东北可前往山佳，往西南转南可前往三崃市区，后于麻园地区的溪墘寮接上省道台3线（中正路二段）。乡道北84线（柑园街一段、二段）是三莺大桥至东园的道路，大致以横向经过本地区西段南部及东段北部，往东可经由城柑桥前往土城，往西可前往三莺大桥（县道110号）桥头。