学院以来的7任院长中，五人来自无机化学或物理化学专业（无机化学：林建华、高松；物理化学：赵新生[后转为化学生物学专业]，吴凯，高毅勤），而仅有两人来自其他专业（有机化学：席振峰；化学生物学：陈兴）。2003年底国家科技部批准北京大学化学学院与中国科学院化学研究所联合筹建北京分子科学国家实验室负责人：席振峰院士、万立骏院士（中国科学院化学研究所）。学院现有机构包括（按专业领域）：无机化学研究所，现任所长李星国教授；材料化学系，现任主任林建华教授；稀土材料化学与应用国家重点实验室，现任主任严纯