65年当选为皇家学会院士。并于1684年12月1日至1686年11月30日担任主席。牛顿的《自然哲学的数学原理》在此期间出版，初版封面上印有皮普斯的名字，表示对出版的许可。概率论中有一个“牛顿-皮普斯问题”即由牛顿与皮普斯的讨论引发。该问题是：掷6次骰子至少掷出一次6点，掷12次骰子至少掷出2次6点，掷18次骰子至少掷出3次6点，那种概率更高。最近的研究发现，牛顿给出了正确结论，但推理过程有瑕疵。
退休和去世.从1689年5到7月，以及1690年6月，皮普斯两次被怀疑是詹姆士