政事部副部长，随后升任司法部部长。张知本迅速整备司法制度，12月协助宋教仁起草《鄂州临时约法》。1912年（民国元年），南北议和成功，北京政府成立，张知本转往北京，因与袁世凯有矛盾而回到湖北，任江汉大学校长。1913年2月，作为国民党党员当选中华民国第一届国会参议院议员。同年7月，二次革命革命派败北，江汉大学作为革命派的根据地遭到封闭，张知本作为革命派因唆使学生而被追究，逃往上海。1914年（民国3年）回到湖北，任私立中华大学教授。
反共右派.1917年（民国6年）7月，孙文在广州