弒杀兄长义辉持纵容态度、怂恿天皇将封足利义荣为将军的近卫前久流放，并让二条晴良复任关白之职。义昭又将自己的偏讳授予管领细川昭元、畠山昭高，以及关白家的二条昭实，试图巩固自己的统治，掌握了兄长义辉所拥有的山城国御料所。同时在山城国设置守护，令三渊藤英据守伏见城。在政务上，义昭同兄长义辉一样，任命摄津晴门为政所执事，任命饭尾昭连、松田藤弘等为奉公众，再开幕政。之前因反叛兄长义辉而被灭的伊势氏，其末裔伊势贞兴被义昭允许复任官职。当时足利义昭暂时以山城国本圀寺（位于今京都府京都市山科区）为居住地。永禄12年（1