高宗绍兴三十二年（1162年），宋孝宗即位，升原藩国建州为建宁府，为闽境第一府。辖境相当今福建北部建瓯以北建溪流域和周宁，寿宁两县。至此福建设有建宁府，福、泉、漳、汀、南剑（今南平）五州，邵武、兴化二州。统称福建为八闽，而建宁府为八闽首府，八闽上郡。元世祖至元十七年（1280年），建宁府黄华头陀军起义抗元。元世祖至元二十九年（1282年），马可·波罗过建宁府。明景泰六年（1455年），封建宁府朱熹九世孙世袭翰林五经博士，敕建博士府于朱子祠左。清顺治五年（1648年戊子），清军攻建宁府城，伐明宗室郧西