罗湖口岸以旅检为主，中国大陆与香港的跨境直通车（如广九直通车）和输港货物列车也通过此口岸；皇岗口岸和深圳湾（经深圳湾大桥）口岸除旅检外，由香港往返中国大陆的大部分货柜车、旅游巴士、私家车通过这两个口岸出入境，其中皇岗口岸实行24小时通关，深圳湾口岸实施一地两检。1949年以前，在香港新界拥有田地的宝安人可自由过境耕作。1950年代至1970年代因韩战被限制，后又恢复。1980年12月，中国深圳边防部队与香港政府签订了过境耕作合法化协议，发放了2000张《深圳市过境耕作证》，耕作人员可以凭证通过边民所在村