舰长寇克奋不顾身地违反星际联邦的最高守则，将整艘企业号飞到火山顶端将史巴克传送回船上，过程也使得巨大的企业号整体暴露给星球居民。回地球后，寇克被联邦解除舰长职务，企业号由上将兼前任舰长重新担任，寇克受降职成为大副，而史巴克则被调职至其他舰船。联邦位于伦敦的一座机密武器部门31区发生爆炸恐怖袭击，主兇是一位叛逃的联邦特务约翰·哈里森。寇克、史巴克和派克参与联邦总部召开的紧急会议期间，哈里森开一艘小型舰艇袭击会议室，派克于期间不幸重伤身亡，而寇克想办法损坏舰艇后，哈里森用携带式曲速传送装置逃亡至克林贡帝国统