向噶厦唿吁为其冤案平反。清廷下旨，要求査明真相。经调查，结论为“实属诬害，深表同情。”其后，清廷下达“复其职权，归还其一切财产”的“诏书令”。同时，清廷宣布允许寻访第穆唿图克图转世灵童。后认定旺达为转世灵童，随后该转世灵童被从色拉曲顶迎请至丹吉林，此后经坐床继任第穆唿图克图，清廷宣布恢复其此前被革除的名号及财产和权力，宣统帝册封其为第穆唿图克图。但噶厦坚持不同意恢复其唿图克图封号，只同意其作哲蚌寺“措钦”活佛。藏历水鼠年（1912年），藏军与清朝驻藏陆军发生枪战，噶厦怀疑丹吉林寺僧众勾结川军反对噶厦，便