取决于爪齿鱼类的地位，如果爪齿鱼类较接近肺鱼四足类而不是棘腔鱼纲，则扇鳍类为肺鱼四足类的下级分支；如果爪齿鱼类不属于这里，则肺鱼四足大纲可能成为扇鳍纲的异名：
种系发生学.依照 2017 年《硬骨鱼支序分类法》，本总纲与其它现生硬骨鱼的演化关系如下：