兵解围，之后亲自督战，并与柳泰和合军抚平附近一带的山社，最后武荣社头目油格不敌逃走(后接受招抚，改名北都巴博为义军主要将领)，于是该社接受清军就抚。12月11日，大湖遭到原住民袭击，林朝栋又率军就抚附近七社。1886年刘铭传上奏朝廷叙奖，林朝栋得「劲勇巴图鲁」名号，并由四品官加升为三品。1886年7月11日，林朝栋被命办理隘务（即清朝台湾版图与未接受其统治之台湾原住民之间的交界事务），7月23日，苏鲁社进犯罩兰庄，并与官府断绝关系，9月8日林朝栋与柳泰和率军镇压，双方激战至9月20日，但无明显战果，不久