2013年5月1日起，台湾铁路管理局协助林务局营运该铁路，惟其产权仍归属林务局。2014年1月27日，阿里山林业铁路竹崎至奋起湖段复驶。历经多年频繁天灾及载客率持续下降等问题。
委外民营时期.2006年6月19日，行政院农业委员会林务局和宏都阿里山公司签订《民间参与投资经营阿里山林业铁路及阿里山森林游乐区案兴建暨营运契约》，林务局委託宏都阿里山公司经营阿里山林业铁路及阿里山森林游乐区部分业务。2008年6月19日起，阿里山林业铁路由行政院农业委员会林务局主管、宏都阿里山公司经营