告发者认为，特别费的持有人仅具有特别费的支配权，而非所有权，告发者认为马英九此举涉嫌涉嫌贪污与伪造文书两公诉罪。2006年11月14日，台湾高检署查黑中心针对特别费特别侦讯台北市长马英九并加以起诉，其争议点为部分核销发票和支出项目不符与马英九将每月新台币34万元（约合10000美金）特别费半数（新台币17万元）迳自汇入帐户。对此，市长幕僚承认行政措施有瑕疵。2007年年中，该特别费案件经一审法律程序后以马英九没有“特别费应用于因公支出”的认识而判决马英九无罪，余文则涉变造文书判决有罪。2007年