任后，王燕军退伍改为经商。2010年6月因为李登辉一句话「我老了，都被人欺负」，要王燕军回来帮忙，故王燕军重返李登辉身边，接下无给职的李登辉办公室主任、群策会秘书长职务，从2015年开始才在李登辉基金会领薪水、任全职。2020年7月底李登辉辞世后，总统府在台北宾馆设置追思礼堂十六日，8月16日闭幕当天，王燕军说道，「报告总统，下班了。辛苦一辈子，我来接你回家。回到你温暖又甜蜜的家，好好休息别再烦恼忧愁，谢谢你」，谢谢李登辉给了他「身为台湾人的骄傲」。