湾的人却受到如此极不人道的对待，这实在令人愤慨。台湾当局必须严惩肇事者，认真处理好善后事宜，保证不再发生类似事件。”《人民日报》连续数日发表文章谴责台湾方面，要求严惩肇事者。新华社8月3日报道认为台湾方面处置严重不当，致使惨剧发生。时任福州市委书记习近平决定专门抽调福州市公安机关、公安边防部队20多人组成工作组，前往平潭现场调查闽平渔5540号事件。福州市公安局调查组其后将调查结果编成《闽平渔五五四○号调查报告》。并于8月20日由新华社发布。调查报告表示台湾方面「以极不人道的方式遣返」导致渔民缺氧致死。