他的《永久》中他写道：“每个教育良好的德国战士……在智慧和道德价值上要比上百个英国、法国、俄国和意大利所能提供的原始的自然人要高。”在《形态学大纲》中他说：“高等人与低等人之间的差别比低等人与高级动物之间的差别要大。”这些和其它许多海克尔的言论使他在德国思想史上起了一个非常不光彩的作用：他是纳粹主义的铺路人。尤其是海克尔利用他在学术界的权威地位来普及他的政治观点。
着名学者.海克尔的理论对进化论的历史非常重要。海克尔也是提出生态学这个概念的人。尤其他在解剖学上的知识给进化论提供