跨性别者或非二元性别者的第二性征能更贴近他们的性别认同。一般而言，这种情形下的HRT会再分为两种，端看希望达到的目的为雄性化或雌性化：有些双性人可能也会接受 HRT，从童年开始进行以符合他们在出生时的性别指定，或者后来为了使他们的第二性征与他们的性别认同一致。非二元或性别酷儿的人也可能接受HRT以达到性激素的理想平衡。
要求.各国对于进行HRT前的要求都不一样。在台湾对变性的相关流程，是参照了DSM与SOC的综合后所得出来的一套流程。要求个案须先经过精神科医生评估以及半年