西道兵备，不久正式署理该职，并兼任腾越关监督，还负责西防营务处之事。在云南任职期间，他曾经交涉片马地区划界、国际修路事宜等，主张“遇事主张坚决，而出之以委婉和平”。1911年10月27日，云南新军举行起义，宋联奎到山区躲避，受到村民保护，后来被护送到缅甸新街（八莫），经过华侨李遐养、林振宗等人协助，经槟榔屿、新加坡、香港九龙到达上海。1912年5月，他应陕西都督张凤翙邀请，回到陕西西安，任陕西都督府顾问。1913年冬，他被代理陕西民政长高增爵荐为陕中道观察使。1914年1月，由北京政府任命护理陕西民政长