06以及EMU308四组车已改造完成，但后来因与DR3000型柴联车改造案撞期加上改造工厂南迁南州，且改造车组的DI系统运作不稳定，使得最后四组车(EMU303、EMU304、EMU305以及EMU307)改造作业被迫暂时中断。2011年，因DR3000型柴联车改造案已完成，使得最后四组的车改造作业得以恢复进行，首组车EMU305于同年6月14日回送至高雄，隔日6月15日回送至位于屏东南州车站旁的秦阳铁工厂进行改造，于2011年9月改造完毕，随后EMU304亦于2012年1月改造完毕，最后两组EMU30