晋.东晋成帝咸和六年（331年），朝庭将南海郡一分为二，析出东官郡，郡城建于三国吴国司盐都尉垒旧址之上，管理安怀、宝安、海安、欣乐、海丰、齐昌、陆安、兴宁八县，南头便同时成为东官郡及宝安县的郡、县治所在地。　
南朝.到了南朝梁天监六年（507年）时，东官郡改名东莞郡。隋文帝开皇九年（589年），东莞郡被撤销，併入南海郡，而宝安县治仍然在南头城。
隋唐五代.唐至德二年（757年），宝安县改名为东莞县，县治迁移到安怀县，即今日东莞境内。南头城至此失去行政中心