海战中，维尔纳夫负责指挥舰队后方；他的战舰是得以逃离战场的两艘法国舰船之一。在英国攻占马耳他岛时维尔纳夫被俘，但很快被释放。他被批评在尼罗河河口没有主动同英国交战，但拿破仑认为他只是“幸运”而已，因此他的生涯没有受到影响。1804年，拿破仑命令时为海军中将，驻扎在土伦的维尔纳夫突破英国封锁，在英吉利海峡击败英国海军，并由此促成对不列颠群岛的入侵。为了转移英国防线，维尔纳夫应当驶向西印度群岛，会合西班牙舰队和来自布雷斯特的法国舰队，攻击英国在的加勒比地区的殖民地，然后横跨大西洋，在英吉利海峡击败英国舰队，