时期，姑墨被龟兹国控制。隋代，属西域校尉。 唐贞观二十二年（648年）置龟兹都护府，并置姑墨州、温肃州。次年唐迁安西都护府于龟兹，同时将焉耆、龟兹、于阗、疏勒四镇隶属于安西都护府，史称「安西四镇」，658年置姑墨州，隶属安西都护府。北宋属高昌国。姑墨后为西辽所辖。元灭西辽，为蒙古宗王察合台封地察合台汗国。清干隆二十二年（1757年）清军平定准噶尔，将地名定为阿克苏。2015年9月18日，阿克苏地区煤矿发生一起武装袭击事件。一群武装分离主义份子袭击了煤矿工人和保安人员，造成至少50人死亡，50人受伤。