01年1月，由于中央省厅再编，总理府改组为内阁府，外务省专任该基金会的主管机关。但在该基金会的赔偿计划公布后，由于赔偿金是源于日本国民捐献而非源于日本国库，因此遭到部份慰安妇强烈抗议，也遭到韩国、中国大陆、台湾等地舆论与政府勐烈抨击，称这是日本政府回避国家赔偿的措施，目的是让日本摆脱国家赔偿问题。不少慰安妇拒绝领取赔偿金。由于马来西亚政府与新加坡政府在1960年代中期就与日本政府达成第二次世界大战的战争赔款协议〔首任新加坡总理李光耀称为「血债」（blood debt）〕，马来西亚与新加坡不在亚洲妇女基金