心性本净这两派之间有关连。Rupert Gethin认为，有分识学说并没有清楚说明不善的禀性（随眠）是如何跟着有分传递到下一生。它对于心性本净的解释，也引出一些难以处理的问题。泰国上座部佛教长老佛使比丘，曾批评《清净道论》中的有分识学说为常见，对缘起的解释错误，引起南传佛教内的争议。