宋教仁遇刺身亡，王正廷从事反袁世凯的活动，但随着二次革命失败，王正廷逃往中国南方。
北京政府的外交活动.袁世凯死后，孙文（孙中山）发动护法运动，获得王正廷支持。民国6年（1917年）8月，王正廷担任广州非常国会副议长。9月，护法军政府成立，王正廷担任外交次长（暂行署理外交总长）。1919年（民国8年）巴黎和会召开，王正廷作为护法军政府代表，同北京政府代表陆征祥、顾维钧等人一起组成中国代表团参加和会。《凡尔赛条约》使日本继承了德国在中国山东半岛的旧有权益，在中国代表团中，王正廷极力反