2000年中华民国总统选举后，美丽岛系其他成员另组新动力国会办公室，美丽岛系正式结束运作。1998年至2000年，黄明宗（黄华）担任新世纪国会办公室总顾问。2000年5月26日，新世纪国会办公室执行长林宜正表示，新世纪国会办公室不愿投入2000年民进党主席选举，新世纪办公室关注的是党务改造方案；各派系的党主席候选人对党务改造的方向如何，是新世纪办公室是否给予支持的依据。 2001年4月，民进党党内初选结果揭晓，新世纪国会办公室大败。2001年4月2日晚间，新世纪国会办公室决定停止运作，林宜正表示