化也于1986年1月9日完工。终至1991年完成环岛铁路网。但自1980年代起，中华民国政府大幅进行台湾公路建设，使得台铁在客货运的运输量均受到冲击，许多支线铁路也因此停驶：深澳线一度于1989年8月20日结束客运业务，于2014年1月9日才恢复行驶；东港线、东势线分别于1991年3月1日、9月1日停驶。为了应付日益增加的北部通勤旅客，台铁购入首批通勤电联车EMU400型，并于1990年11月9日正式启用。随着台湾省政府功能业务与组织调整案实施，台铁于1999年改隶中华民国交通部，全称加上「交通部」