孔扩大肌不受M胆碱受体支配，保持原有肌张力，从而使得瞳孔放大，失去对光反射。由于瞳孔放大使得虹膜向四周退缩，压迫前房角，使得前房角间隙变窄，房水回流障碍，造成房水积聚，眼压升高。支配睫状肌的M胆碱受体被阻断，睫状肌松弛向四周退缩，使悬韧带拉伸，晶状体被拉扁，屈光度降低。使得眼睛在看近物时，无法聚焦而模煳不清。心房富含副交感神经纤维，其上的窦房结对于阿托品阻断蕈毒硷受器非常敏感。低剂量的阿托品可阻断副交感神经节后纤维的M受体，使得部分人群的心率短暂且轻微的减慢。中高剂量的阿托品可阻断窦房结M受体，