日马其顿从南联邦和平分离，但马其顿随即和希腊爆发国名争端，最后马其顿共和国于1993年以“前南斯拉夫马其顿共和国（F.Y.R.O.M）”的名义加入联合国。希腊共和国最终在1995年解除该国的经济封锁。1999年，南联盟内部爆发科索沃战争，近40万阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入北马其顿。2001年春，该国西部的阿族人开始进行武装叛乱，引发短暂的内战，后来双方于6月在欧盟官员的调停下达成停火协议，阿族同意放下武装，政府同意给予阿族人更多权力，阿族人得以进入共和国的议会并参与选举，之后国内的民族关系有一定的改善