高达约五十万只，但2007年数量再次递减，只剩最盛期一半。2014年，调查约廿万只左右。2010年开始，台北市蝙蝠保育学会与瑞芳区公所进行合作，每年夏季办理蝙蝠活动，借由赏蝠活动推动蝙蝠保育。其数量骤减原因包括气候变迁、栖息地破坏、草地农药施肥、员山子分洪道炸山让蝙蝠洞内疑有大面积坍塌，造成栖息空间缩小。除疾驶车辆造成幼小的褶翅蝠被气流打落死亡外，还有被瓜棚阻拦飞行路线，是因为外地民众在洞口前开辟成菜园，更被乱丢垃圾。甚至有电信业者在这里架设基地台2019年由公路局总局基隆公务段与台北市蝙蝠保育学会