成为拜占庭帝国的一部分，考古学证据表明这座岛屿可能在帝国中扮演重要的战略角色。当7世纪穆斯林开始扩张征战时，拜占庭在地中海受到了威胁，于是很可能在马耳他加强了防御。此时他们可能修建了，使得梅里特的城市规模缩小至原来的三分之一。一队穆斯林侦查兵可能于伊斯兰历221年（公元835-836年）突袭了马耳他。
围城.在西西里岛周围的所有岛屿中，马耳他是最后一个依旧处在拜占庭控制下的。869年，艾哈迈德·伊本·奥马尔·伊本·乌拜德阿拉·伊本·阿格拉卜·哈巴希（Ahmad ibn Umar