，约有304000种。不过，被子植物现在被认为是演化自裸子植物，这使得裸子植物若包含进已灭绝的物种时，会变成一个併系群。然而，即使已知不是一个 单系群的分类单位了，但「裸子植物」还是依旧被广泛地使用在指被子植物门以外的四种非开花种子植物上。分子系统发生学反驳了基于形态学所提出来的「现存和已灭绝的裸子植物可以组成一个单系群」的推论。一些形态学上的资料推论说买麻藤门为是被子植物门的旁系群，但分子系统发生学已普遍地显示，包括买麻藤门在内的裸子植物分支会是松柏门的旁系群。传统的分类，是将种子植物放在一个