十一年，调户部尚书，奉旨在军机大臣上行走，历十年。二十九年，命充上书房总师傅，同年七月授协办大学士。三十年六月，授体仁阁大学士。咸丰元年起， 两任首席军机大臣。二年，赏加太子太保衔。四年，反对肃顺重用湘军，以病致仕。同治元年（1862年），授命复出，以大学士衔补授礼部尚书，在弘德殿授皇帝读。五年（1866年），病卒北京，谥文端。
着述.祁寯藻儒学博大精深，精训诂，善诗赋，曾给道光、咸丰、同治三帝当讲官与老师，还教同治书法，世称“三代帝师”。着作有《马首农言》、《入山记》、《勤学斋笔