会议上当选为副市长。此后，一直在中共北京市委、市政府担任要职；也并没有因为陈希同的倒台而失势。他在陈希同、尉健行、贾庆林三任市委书记手下，历任中共北京市委政法委副书记、市委常委、市委副书记，北京市副市长。他还曾在1998年5月至1999年12月间，担任全国人大澳门特别行政区筹委会的委员。
“短命”市长.2003年1月，孟学农在北京市第十二届人民代表大会第一次会议第四次全体会议上，接替已经出任市委书记的刘淇担任北京市市长一职。然而外界评论，在中共北京市委，孟学农明显属于“弱势”市长，缺