毕业后历任爱知县病院医师、院长兼爱知医学校校长。1883年任内务省卫生局技师，1890年赴德国留学，得到医学博士学位。
青年时期.1876年，适逢安场保和任爱知县县长，邀请他去名古屋一学校当教师，随后到爱知县医院出任三等医师。西南战争时任陆军临时医院医师，到大坂去护理伤病兵员。1882年，25岁的后藤出任爱知医学校校长及病院院长。根据有关资料描述，当时西医虽然是奇缺，但后藤的提升速度也着实地让人吃惊。其原因有两点：一是他医术高明精湛，有让人敬佩之处；二是他处世狡黠，善于投机，左