素外，微囊藻形成藻华时淡水溶氧量的显着降低也会导致水中动物的死亡。一种水生被子植物聚藻可以产生鞣花酸、没食子酸、连苯三酚和儿茶素，这些聚酚化合物可产生化感作用，对铜绿微囊藻的生长产生抑制。
毒素.铜绿微囊藻可以产生神经毒素脂多糖与。微囊藻素是一些环状的合称，由衍生物和等非蛋白胺基酸组成，可强烈抑制第一型与第二型蛋白质磷酸酶，对动植物都有毒性，对肝脏的毒性很强，也和有关。
经济重要性.由于在理想的环境下铜绿微囊藻可以持续产生对肝有害的微囊藻素，其为饮用水