贯一等人创办《开智录》半月刊，鼓吹革命，与《清议报》对垒。1901年，与李自重、王宠惠等人组织广东独立协会，又与王宠惠、秦力山等人发行《国民日日报》。1902年，冯自由和章炳麟等人发起“支那亡国二百四十二周年纪念会”。1903年，冯自由加入横滨洪门三合会，被封为“草鞋”（即将军），并奉孙文之命联络在日本的革命志士。1904年，襄助孙文等组中国同盟会。1905年，中国同盟会成立，冯自由首批加入中国同盟会，被推为评议员。不久，孙文派冯自由和李自重（冯自由妻子的哥哥）赴香港，与陈少白等人共同组织中国同盟会香港