两校之间连通的天南街也筑起了围墙。同时，两校合作建立南开大学天津大学刘徽应用数学中心，在校园相接处选址建设南开大学天津大学联合研究大厦以作为两校拒绝合并提议后的妥协。2000年1月，数学家陈省身定居南开大学校园中由校方为其修建的别墅宁园。8月，南开大学泰达学院正式成立。同年12月25日，南开大学入围“985工程”。2002年，南开大学深圳金融工程学院成立，诺贝尔经济学奖得主罗伯特·蒙代尔、中国证监会首任主席刘鸿儒任名誉院长。2004年6月2日，南开大学教育基金会成立。11月17日，南开大学与美国马里兰大