计、金融、财政、统计等经济管理科系调出，组建的河北财经学院。1960年，南开大学新增设立地质地理系、物理二系和哲学系，1961年地质地理系即停办。1965年，南开大学物理二系的原子核物理和放射化学两个专业师生整体并入兰州大学。1966年至1976年文化大革命期间，南开大学正常教学秩序遭到严重破坏，南开大学校内曾成立过多个红卫兵组织，发生过多起武斗事件。文革结束后，据校方统计，文化大革命期间全校3000多名师生中，583人被非法立案审查，437人被牵扯进158件集团性冤假错案，246人受到各种程度的冲击，化