X等台播放。为了配合原作中大量的生物学解说，由能登麻美子担任旁白，台湾配音由汪世玮担任，中国大陆配音由孙畅担任。2018年7月7日至9月29日播放第1期（全13集）。同年12月27日播出新作特别篇《感冒症候群》。2019年3月23日于「AnimeJapan 2019」的对话活动中，宣佈第2期制作决定的消息，并于2021年1月9日播放。2020年9月5日第2季部分剧集先行于剧场版《工作细胞！！特别上映版 强「菌」来袭！人体肠道大骚动！》（），台湾则于10月8日上映。
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