理论物理中心是由着名理论物理学家、中科院院士吴式枢教授创建的。1991年在理论物理教研室基础上经学校批准成立理论物理中心并由吴式枢院士出任第一任理论物理中心主任。目前，中心主要在粒子物理与核物理、天体物理与宇宙学、凝聚态理论、电磁场理论与探测技术、非平衡态统计物理等方向开展教学与科研工作。
原子核科学与技术中心.前身是吉林大学原子核物理专业，始建于1958年，2001年院系调整时成立了原子核科学与技术研究中心，有核结构研究、核技术应用研究、核数据测量与评价以及穆斯堡尔谱学四个相对独立