保站是长崎县内客流量最大的车站。现在JR九州正在兴建武雄温泉车站至长崎车站之间的长崎新干线（武雄温泉车站至新鸟栖车站区间则使用轨距可变列车行驶），竣工之后将大幅改善长崎和博多之间的铁路交通。岛原铁道经营有岛原半岛的岛原铁道线一条铁路路线。松浦铁道经营有西九州线一条铁路路线，该路线也是日本最西端的普通铁路。长崎电气轨道经营长崎市内的路面电车系统，共有四条路线，是长崎市内重要的公共交通手段。长崎县内有西九州自动车道、长崎自动车道两条高速公路，并且还有、、、等多条收费公路。长崎县内各城市之间的巴士以及开往外县的