德国杯赛上，尽管格策在第三轮以5比1战胜汉诺威96的比赛中完成帽子戏法，但球队在来到四分之一决赛后便被拜仁淘汰。而对于格策随队友令人吃惊的时隔15年再度进军欧洲冠军联赛决赛后，最终也只能再次不敌拜仁而屈居亚军。在多特蒙德的最后一个赛季中，格策与德国队友列奥斯形成了一对强大的搭档组合，他本人则在各项赛事中共取得16个入球及13次助攻。
拜仁慕尼黑.至2013-14赛季，拜仁以3,700万欧元的价格启动了格策与多特蒙德合同条款中的最低解决金条款，将其召入阵中。他在拜仁将身披19号球衣。