新教在南竿乡清水村建有教堂，称「中华基督教卫理公会马祖教会马祖南竿清水教会」。
天主教.南竿乡马祖村有天主教宝血幼稚园，现已废弃。天主教石仁爱修女1975年至马祖村宝血幼稚园服务，其为比利时人，居民多称「姆姆」，2001年返回比利时，2010年6月1日病逝鲁汶圣母圣心院退休修女之家，享寿92岁。马祖地区许多青、壮年辈曾是她的园生。天主教会将金门县、连江县（马祖）划分为天主教金门、马祖宗座署理区。
一贯道.一贯道于南竿乡仁爱村建有佛堂。 Sectio