番禺石壁建设一个较广州火车站、广州东站规模大的新火车站。经过设计方案论证，最终于2004年12月30日动工兴建。而作为配套设施之一的地铁车站，在2号线拆解后规划的2003年方案中，南部则改为延长至广州新客站（现广州南站），且考虑未来与7号线以及佛山地铁2号线进行换乘，最终于2004年随新客站工程动工而开工建设。本站站台部分在初期的设计中，7号线和佛山2号线的月台均设置在现有站厅的地下二层，两线均使用站前折返的设计。因此在车站落成时在站厅东北边偏东南侧，以及西南边中心处预留装设通往月台的扶手电梯、楼梯