段祺瑞决定派兵赴湖南省讨伐护法军政府，李纯及湖北督军王占元、江西督军陈光远要求段祺瑞停止行动。此后，段祺瑞被迫取消讨伐南方军，并且卸任国务总理。李、王、陈三位督军被誉为影响国政的「长江三督」，其中李纯又被视为灵魂人物。翌年，段祺瑞的心腹徐树铮从奉系张作霖处获得支援，3月段祺瑞重任国务总理。段对冯国璋的压力增大，坚持「和平统一」路线变得困难。李纯继续高唱「和平统一」路线，摆出了和皖系对决的姿态。同年10月冯因任期已满而退任，12月逝世。李纯失去了后盾。当时直系内部曹锟、吴佩孚抬头，李纯仅能维持对江苏一省的