。后来苻坚于淝水之战大败，桓石民派遣南阳太守高茂率军保卫晋室皇陵。苻坚军队虽然败北，但依附于前秦的慕容垂等势力却乘机兴盛起来，桓石民于是派遣将军晏谦攻打弘农，令前燕东中郎将慕容夔投降。在桓石民指挥下，晋兵首度于湖、陕二地设置戍卫，得到一群来自关中表演担幢杂技的艺人，令其担任太乐。385年苻坚之子苻丕于河北僭称帝号，又在386年密谋偷袭洛阳，桓石民乘机派遣将军冯该攻讨苻丕，成功于战阵上将苻丕、左仆射王孚、吏部尚书苟操等人斩杀，更将他们的首级传至帝都建康。不久，丁零族翟辽蜂起，进军侵逼晋室皇陵，桓石民派河南