的非侵入性和其较少的辐射暴露量，从1990年代开始其就在脑部功能定位领域佔有了重要地位。目前，fMRI主要被运用于对人及动物的脑或嵴髓之研究中。
背景.自从1890年代开始，人们就知道血流与血氧的改变（两者合称为血液动力学）与神经元的活化有着密不可分的关系。神经细胞活化时会消耗氧气，而氧气要借由神经细胞附近的微血管以红血球中的血红素运送过来。因此，当脑神经活化时，其附近的血流会增加来补充消耗掉的氧气。从神经活化到引发血液动力学的改变，通常会有1-5秒的延迟，然后在4-5秒达到的高峰