拉伯世界发生分裂，伊拉克国力大伤，加之苏东剧变，使得伊以利益的共同点减少，两国由秘密合作走上公开对抗。1989年6月3日霍梅尼病逝，总统哈梅内伊接任伊朗最高领袖。而历任伊朗伊斯兰共和国政府依然坚持对以色列不予承认的原则。1993年9月，巴以签订《奥斯陆协议》，伊朗总统拉夫桑贾尼指责“巴解组织犯下了卖国罪”，造成了伊斯兰世界的分裂，并唿吁吉哈德对以色列发动圣战。1994年11月25日，属于伊朗革命卫队的学生和示威者强行闯入巴解组织驻德黑兰代表萨拉赫·扎瓦维的馆舍，称巴解组织是“美国和以色列的代理人”，伊朗