济研究所十余年的积累的127箱、21000卷图书资料、调查研究材料也于日军炸毁南开大学前装箱南运，经香港、海防等地中转，耗时数年，最终于1940年运抵重庆，并于1946年南开大学返回天津复校时运回天津八里台，由南开大学图书馆专职保管。1997年，由南开大学图书馆馆藏并统计的南开大学经济研究所藏书共有中文图书7800册，西文图书8726册，日文图书718册，以经济类图书为主，绝大部分为1949年以前所收藏，部分已经绝版或成为孤本。