下诏免贷。明英宗即位后，命其与张辅参议朝政，之后出任平羌将军，镇守甘肃。同年冬天，蒙古骚扰边界，陈懋派兵援救，后围困解除，并斩获多人。参赞侍郎柴车弹劾其因失律致寇乱，且又取敌军所遗老弱冒为都指挥马亮等人请功受赏，应当论斩。明英宗下诏免死，但夺取爵位。正统五年，再次恢复其侯爵爵位。正统十三年，福建邓茂七率领民变，都御史张楷讨伐无功，于是明英宗派遣陈懋佩征南将军印，充任总兵，率领京营、江浙兵等前往讨伐。到浙江时，有部将建议分兵扼守海口，被陈懋斥为自缚致死之策，而改为主动进攻。次年，大军抵达建宁，而敌首邓茂七