督府修正了台湾原住民的种族歧视政策，并且加速皇民化教育，对原住民思想改造。并将原住民强制迁移到平地定居，由狩猎改为农耕生活。巴兰社群（巴兰、塔卡南、卡兹库）虽然因为在事件中保持中立并救助日人而未遭受处罚，但在1939年时，仍因日本人兴建万大水库而迁移到北港溪中游台地，取名为中原社。而原居于雾社地区的赛德克族人，第二次雾社事件后抗日六社遗族仅剩298名。1931年5月6日，日本官方强制六社全部迁移到北港溪流域与眉原溪交会处之川中岛，以集中监视，并将六社合成一社改名为「川中岛社」（今日的清流部落）不得回原籍