克尔纳（Alexander Kellner）的2003年分类系统，矛颌翼龙是位于喙嘴翼龙类的更原始位置，比双型齿翼龙、蓓天翼龙还原始。在2008年，凯文·帕迪恩（Kevin Padian）提出矛颌翼龙、掘颌龙、喙嘴翼龙互为近亲，牠们可能形成一个连续性的演化支。在2010年，古生物学家Brian Andres提出矛颌翼龙属于喙嘴翼龙亚科，是一个单系群演化支。以下演化树来自于Brian Andres的2010年研究：
古生物学.矛颌翼龙被认为是鱼食性动物，用长牙齿补抓邻近海面的鱼类