7年，学校开始向中国教育部门申请备案。1933年，中华民国教育部同意了华西协合大学的备案要求，学校也随之改名爲「私立华西协合大学」。1930年代，华西协合大学的人类学家葛维汉对广汉三星堆进行了首次发掘。抗日战争爆发后，该校与迁来成都的齐鲁大学、金陵大学、金陵女子文理学院、中央大学、燕京大学等校联合办学。爲躲避日军对成都轰炸，该校一度迁往峨嵋山脚下。
结局.1949年中国人民解放军佔领成都。随后，中共建立的中华人民共和国政府接管华西协合大学，任教于该校的外教纷纷归国。1951