格式依旧木制，樑桷椽楔多缝隙适合作窝，又树林围拢、近新竹市立动物园，有遗落兽槛的饲料让野鸟不愁枵腹，导致麻雀众多，被新竹人戏称「天然鸟园」。每年祭孔前夕，为消除鸟粪，例需佣僱清洁公司彻底刷洗一次，所费不赀。加上虫蛀台损，维护费用高额。新竹孔子庙与宜兰孔子庙在战后皆被重建，其规模格局都已大不如前。从李泽藩画作可见新竹旧孔庙的规模和范围皆大于现在。1986年，新竹孔庙身整修。1999年9月再度整修，由林增桶统筹规画。原先设有孔子像，在2003年迁至一旁的动物园。当年大成殿开始出现渗漏，2008年搭起钢棚