后在古坟时代前期后半，也有竖穴式石室开始收纳，另外不少竖穴式石室在墓坑部分也设有延伸至坟丘外的沟渠。中期的竖穴式石室则以和组合式木棺为主，长3至6米，宽两米左右，部分石室亦涂上了红色的颜料。竖穴式石室一般大多建于古坟时代前期和中期，后期几乎没有，不过就关东地方来说则仅建于中期以后，形态亦由先安置棺木演变成先建造石室，因此相对地较宽敞，这种改变被认为是可能受到了伽倻地方的竖穴式石室的影响。