团佳里区队成立，吴新荣任区队长，下面并组纠察队。随着行政区的设置，1946年3月10日，吴新荣当选被他视为「三牙城」之一的台南县医师公会北门区分会主任。3月24日当选台南县参议员，4年参选省参议员，以第五高票落选（应选四名）。4月18日吴新荣加入中国国民党。7月14日中国国民党台湾省台南县北门区党部成立后，吴新荣曾被推为书纪。1946年10月，佳里镇举行镇长选举。吴新荣在林精镠游说下参选，吴新荣原先评估认为可能当选，在选前一天的日记中还写道「最恶也有16票，最好预计有20票」。 然而最后以13票对17票