12年完工的第二疏水道共以23.65m/s的速度自滋贺县大津市三保崎取水，其中供水用水佔12.96m/s，其他部份则在通水的隔年开始被当作营业用途，在日本首次使用水力发电、灌溉、工业用水等等。电力被用来供给日本最早的电联车（京都电气铁道、之后被併购成为京都市电）以及工业用的动力，为京都的近代化付出贡献。另外琵琶湖疏水也被用在水运上，连结了琵琶湖和京都，京都和伏见、宇治川。高度落差较大的蹴上及伏见则设置了和缆索铁路相同原理的船用斜道，将船载上轨道上的台车后使之移动。随着水运的消失，斜道也跟着被全部废止，但在蹴