博士邱明民及其日本友人努力，从2004年7月起拆解，2009年12月在台重建，历经五年跨越3000公里旅途。
馆内.多样的屋瓦图腾，多变的门窗格式，蕴含生活美学。屋中的大门柱，即由门外算起第三根、最长也是衔接最多横樑的直柱，在日本文化中代表一家之主的父亲角色。柱顶的栋札，是古民家的身分证明。以红布包裹的木牌，记载其兴建年分及建筑的栋樑（即师傅）姓名。而红布外缠绕一双上梁时剪断的夹脚草鞋，意味落地不再迁移。设置水上勉文库及陈舜臣文库，以促进台日文学交流。