26日，在袁世凯授意下，段祺瑞等北洋军五十位将领联名发布徐树铮起草的《北洋五十将乞共和电》，向隆裕太后逼宫，不久，段祺瑞又发表《乞共和第二电》，直接挑明「谨率全军将士入京，与王公剖陈利害」，直接以武力恐吓隆裕太后，隆裕于2月12日颁降懿旨，接受优待条件，溥仪退位，中华民国正式成立。中华民国成立后，1912年3月10日袁世凯出任中华民国临时大总统，段祺瑞同时出任陆军总长。1913年7月，段祺瑞代理国务总理，组成段祺瑞临时内阁，调兵镇压二次革命；12月陆军总长一职由周自齐接任。此后又署理湖北都督兼领河南