于2001年5月回台担任中国化学制药公司开发部副总经理，并在2004年1月经公司指派兼任中化裕明健康公司无给职董事，同时，也是中化旗下子公司神绩生技公司董事长以及生展生技公司董事。2007年，马英九参选总统，马以南积极为马英九助选。公开为涉行贿、假球诈赌案被起诉的台南市议长吴健保站台，又被爆曾至中国会晤竹联帮大老张安乐。台中立委江连福遭检调侦办贿选时，马以南代表马英九去为他站台，表示支持。2008年马英九市长任内，担任中化制药副总经理的马以南被指控涉嫌关说市府，取得市立联合医院採购合约。遭检举后，中