小林最知名的发现是P/1997 B1（Kobayashi）“小林彗星”。1997年1月30日至1月31日之间，小林隆男观察到P/1997 B1时原本认为是一颗矮行星的物体并由另一位天文学家中野圭一将其报告到了国际天文学联合会。数天后，该物体被观察到在彗星轨道上运行，美国天文学者W. Offutt将其确定为彗星。 由他发现的这颗周期彗星P/1997 B1最终由中野圭一用小林的名字命名为“小林彗星”。
以宫崎骏有关的命名.他将其于1994年1月16日发现的小行星命名为小行星888