943年他受日本的邀请，搭乘德国的U型潜艇由基尔出发，借道马达加斯加，在印度洋潜舰不靠岸就直接在印度洋用橡胶救生艇转泊到日本伊号第29潜舰前往日本，他前往日本后在东京方面的支持下。赴新加坡召集在马来亚战役中投降的数千名印度兵，并担任印度独立联盟的领袖，菲律宾宣布独立后的一週，1943年10月21日成立自由印度临时政府，同年十一月初参与由日本主导的大东亚会议。鲍斯并于建立临时政府之际就任印度国民军的最高司令官，试图联合日本反抗英国的统治。1945年8月15日，日本投降。鲍斯在同年8月18日飞抵台北飞行场，