粤港合作联席会议港方代表的陈方安生在兴建跨境大桥和二十四小时通关上一直持保留态度。1999年，香港立法会就新机场开幕混乱而写成的调查报告指出，香港机场管理局主席董成亨和机场策划局需要负责，报告没有点名要陈方安生负责，但她当时兼任机场策划局主席，曾有立法会议员要求她就事件引咎辞职。1999年7月，香港电台播出中华旅行社总经理郑安国的两国论，惹来当时的港区政协委员，《镜报》社长徐四民批评，认为港台没有捍卫「一个中国」的原则，陈方安生与当时广播处处长张敏仪立场一致，坚持维护港台，引起亲共左派人士不满。