001年，苏南成以无党籍身分参选第十四届台南市长选举，最后仅获47,133票，以14.36%得票率落选。2002年，第十五届（省辖市）台南市议员选举，苏南成以3,146票吊车尾当选市议员。离开国民党后，苏南成一度转往本土阵营。2003年12月，在时任总统陈水扁拜访下，苏南成表态支持陈水扁连任，并称「本土政权要继续存在，希望大家支持本土色彩浓厚的陈水扁。」并批评过去6年国民党把《宪法》搞得一塌煳涂。2004年，时任台南市议员的苏南成以无党籍身份参加立法委员选举，以台湾正名、废除考监二院、首都迁都至南台