。崇祯五年，元璐四次奏疏乞归，不准。曾说“吾平生不热爱官，不喜居要人牢笼之内。”崇祯八年（1635年）迁国子监祭酒。后被温体仁嫉妒，因而去官闲住。崇祯十五年（1642年）重新启用为兵部右侍郎兼侍读学士。次年至京，面陈制敌机宜。五月，破格提拔为户部尚书兼翰林院学士，仍充任日讲官。崇祯十七年（1644年）三月十九日，李自成陷京师，倪元璐盪尽家产，募得数百死士，驰赴北京勤王。倪元璐入都时，强邀祝汤龄前往，但被婉絶。元璐得知崇祯殉国，“束带向阙，北谢天子，南谢太夫人”，复题案曰：“南部尚可为。死，吾分也。毋紟棺