WHO的适当方式，包括以「」参与。2003年1月18日，总统陈水扁在「国际国会议员亚太地区安全会议」上严斥日本知名经济学家大前研一所谓「中华联邦」的论述，认为「一国两制」台湾人民都无法接受了，何况比一国两制「更糟糕」的联邦。12月，日本前首相森喜朗来台湾访问与总统陈水扁会见。2004年3月19日，陈水扁在总统选举前一日遭枪击受伤，首相小泉纯一郎曾致电慰问。2004年5月，日本在世界卫生大会全会中，对于「邀请台湾以观察员身分参与世界卫生大会」的提案表决，首次投下赞成票。2005年，日本政府恢复