此寺曾有一段时间香火不旺，是到了平安时代时，由圆仁（慈覚大师）将之再兴，并改名为本觉寺，之后成为近卫天皇的祈愿地，且再改名为现今的名称即上寺山余庆寺。室町时代武将浦上则宗曾是此寺的虔诚信徒，至战国时代该寺则受到宇喜多氏的保护，并在江戸时代由冈山藩主池田氏庇护而得以繁盛。该寺原有7院13坊的塔头，至今日仍存惠亮院、本乘院、吉祥院、定光院、明王院及圆乘院等6个僧院，并与豊原北岛神社相邻而保留了自平安时代开始即发展出来的神佛习合形态。目前于年终年初之际会在寺区内举行夜间点灯观赏活动。