1233年），金哀宗在开封被蒙古军围困的情况下，逃出开封，迁都归德府（今商丘市）。元灭金后，设河南江北行中书省于开封。元朝末年，“天下义军共主”小明王韩林儿率领的红巾起义军，曾在开封建立“龙凤”大宋政权。
明清时期.明朝初年，朱元璋为定都何地犹豫不决，洪武元年（1368年）三月，徐达带领北伐军攻取山东和河南，此时许多人向朱元璋建议定都汴梁。四月朱元璋来到汴梁考察，并将汴梁改称为开封府，考察结果令朱元璋满意，于是决定定地于此，并把应天也定为都城，实行两京制。但在八月初二时，明朝的北伐