8年9月20日，内地传媒获邀参观和拍摄採访西九龙站内地口岸区，指各机构及人员都做好准备。2018年9月22日，广深港高铁香港段开通仪式在香港西九龙站举行，有逾400名嘉宾出席，行政长官林郑月娥、广东省省长马兴瑞、港铁主席马时亨及中国铁路总公司总经理陆东福致词，并进行揭牌仪式，港铁于仪式过后以「动感号高速动车组」列车接载嘉宾前往广州南站。与此同时，多个团体在西九龙站外示威，就高铁项目的超支、效益和一地两检争议表达不满。
车站启用后.2018年9月23日启用当日，首班列车为开往深圳