费歇尔出生在德国科隆地区的奥伊斯基兴小镇，父亲是一个商人。以优异成绩从中学毕业后，他本想进入大学学习自然科学特别是物理学，但他的父亲强迫他从事家族生意，直到确定他的儿子不合适经商，不得不说“这个孩子太蠢成不了商人，只能去读书”。费歇尔从而进入波恩大学学习化学，曾经上过凯库勒等人的化学课程。1872年他转学到德国在阿尔萨斯-洛林地区建立的威廉皇帝大学（现今的斯特拉斯堡大学，目前该大学化学系的一间阶梯教室以费歇尔命名）以求继续学习物理，却在阿道夫·冯·拜尔的影响下，决定终生从事化学。1874年以对荧光黄和酚酞染