750年，印度受到突厥穆斯林德里苏丹国的统治，印度教、佛教、耆那教等宗教受到伊斯兰教的残酷血腥的迫害，数不尽的僧侣和信徒遭到屠杀，大量寺庙、古迹遭到毁坏，大量经典被毁，被迫改宗伊斯兰教者也极多。佛教于印度国土上灭绝 ，印度教也受到沉重打击。16世纪，莫卧儿帝国建立，莫卧儿王朝帝王也崇信伊斯兰教，阿克巴王登基后，曾倡导印度教和伊斯兰教融合的改革，并且容许印度教徒担任官员。直到英国殖民者之后，在争取国家独立的运动中印度教和伊斯兰教谋求合作，但后来以穆罕默德·阿里·真纳为首的国大党等穆斯林，和以甘地为首的印度