商人行旅都受益，清廷特赐五品军功。当时的船政大臣沈葆桢，听闻贝锦泉大名，延揽入幕，聘他管驾战船“万年青”号，不久又改驾战船“超武”号。在任“万年青”号和“超武”号船长期间，又有效打击了海盗，捕盗无数，屡建军功，赏副将衔，时年38岁。不久累官至福建海坛总兵。光绪十年（1884年），代署浙江定海总兵。光绪十一年（1885年），中法战争爆发，贝锦泉在镇海之役中防守舟山，挫败法国海军。同年十月，实授定海总兵。之后，随左宗棠远征新疆迪化，帮助平定新疆。但因新疆之战负伤，留下内伤，久治不愈，不久在定海总兵任