通四年（1168年）及淳熙十四年（1187年），日本僧人荣西曾至阿育王寺等佛寺参学，回国后创立日本临济宗。嘉定年间定“禅院五山十刹”，阿育王寺被列为“五山”之第五山。淳祐年间，法堂、舍利殿和轩舍再次得到扩建。
元代至清代.元世祖至元十三年（1276年），舍利被迎入大都宫中供奉，数月后复还。至正年间，鄮峰草堂、承恩阁和下塔得到新建和重建。明洪武年间，寺产获得大规模扩充，寺院建筑也进行了扩建。洪武十五年（1382年），朱元璋赐名“阿育王禅寺”，并封为“天下禅宗五山之第五”。万历年间，慈