前抗议赖清德曾经帮性侵嫌犯申请国赔。对手阵营国民党郭添财以此大作文章，赖总部因此提告，最后郭添财承认引用错误资料，向赖清德致歉，赖也撤回告诉，双方和解。2010年11月27日，赖以61万9897票、60.41%的得票率成功当选改制直辖市后的第一届台南市市长。其上任伊始，妻吴玫如原在台电台南区营业处上班，为回避因其夫新职可能带来的误解，请调高雄。又，当时五都直辖市长首次列席行政院院会，仅赖清德因无配置专属座车与司机，而自行以计程车及步行方式入场。赖清德任内主张删除所谓「民代工程配合款」陋习，而与吴