生于日治台湾台北州台北市大稻埕（今台北市大同区）。他的祖父原本家境富裕，但因爆发鼠疫，连家在三天内失去五位家人，之后家道中落。他的父母生了15位子女，连日清为长子，需要负担家计。1942年3月，连日清毕业于台北市太平公学校高等科(相当于初二)，至台北帝国大学热带医学研究所热带病学科（台湾总督府中央研究所）担任临时雇工。昆虫研究室主任大森南三郎教授要求他担任英文打字员，但连日清连英文字母都不认识。大森南三郎亲自指导他学习英文，以及如何辨认蚊子种类。在大森南三郎教授的鼓励下，连日清进入进入台北财团法人私立成