，清廷与日本帝国签订合约，史称马关条约（日方称「下关条约」，），条约内容共11款，其中包括意割让台湾、澎湖群岛予日本。新历5月8日，清日双方在山东烟台换约，大清官员即日起全数撤出台湾和澎湖群岛，澎湖主权自此易帜。
城内设施变迁.明治二十八年（1895年）三月，日军领有澎湖之后，收编原清朝官府的机关，当局为殖民目的积极管理澎湖秩序，开始陆续设置警察、医院、公共澡堂和新式学校等单位和设施，兹收录征用列表如下：
拆城.由于妈宫城池最初仅为满足军事需求而设计，城内面