，雷神之锤的fans们开始制作同id版本所不同的游戏。第一个主要的雷神之锤MOD是Threewave的夺旗模式，主要作者是Dave 'Zoid' Kirsch。"Threewave CTF" 是由几个部分组成:一些新的地图、一件新武器（抓钩），新的材质贴图以及新的游戏规则。典型的方式是有两队（红队和蓝队）在CTF游戏中比赛，但在一些新地图中可以容纳4队（红、蓝、绿、黄）。夺旗模式在雷神之锤之后发行的绝大多数多人游戏中成为了标准游戏模式。雷神世界中流行的「TeamFortress」模式就是由夺旗模式组