年（1621年）升礼部尚书，掌詹事府事。天启三年（1623年）正月，与魏广微同时入阁。史称为人“庸尘无耻”，“曲奉忠贤，若奴役然”，竟拜魏忠贤为父，说：“本欲拜依膝下，恐不喜此白须儿，故令稚子认孙。”凡倾害忠直，皆秉谦票拟，天启六年（1626年）又编《三朝要典》二十四卷。天启七年（1627年）退休回到昆山。崇祯二年（1629年）七月二十四日，昆山百姓积怨秉谦益深，冲入其豪宅，洗劫资财，纵火焚烧，秉谦仓皇逃入渔船倖免，为朝廷献银四万，寄居他县以死。