980年代亦达成核子合作协议，巴基斯坦亦在1998年成功试爆核弹。在反恐问题，除了配合西方国家，巴基斯坦也配合中国在新疆对主张以恐怖主义手段争取新疆独立的东伊运组织的围剿活动。巴基斯坦军方在2003年一次巴阿边境的反恐怖联合行动中，击毙了东伊运首领艾山·买合苏木。 2004年，两国更首次合作进行反恐演习。在四川汶川大地震发生后，巴基斯坦将国内所有储存的救灾帐篷共计两万多顶全部捐献给了中国，同时还向灾区派出了救援人员。2015年，也门战事突起，安全形势持续恶化。由于巴政府派出的飞机和两艘军舰一时无法满