郑森考中秀才，又经考试成为南安县二十位「廪膳生」之一。崇祯十四年（1641年），迎娶福建泉州惠安进士礼部侍郎董飏先之女董友。崇祯十七年（1644年），进入南京国子监深造，拜入江浙名儒钱谦益门下，钱还是当时明朝礼部尚书；钱谦益为勉励郑成功，乃替他取表字为「大木」。崇祯十七年（1644年）三月，闯王李自成攻破燕京，崇祯帝自缢于煤山，是为甲申之变；随后明山海关总兵吴三桂引清兵入关，击破李自成，进驻燕京。崇祯十七年（1644年）三月二十九日，崇祯殉难消息传至淮安。四月，崇祯帝自缢的消息传至南京金陵，