六朝史研究会名誉会长、清代扬州画派研究会名誉会长，中国历史文献研究会常务理事，中国唐史学会、中国魏晋南北朝史学会、中国唐代文学学会柳宗元研究会、安徽省桐城派研究会、湖北省吴楚文化研究会等学术团体顾问。2009年9月5日12时18分，卞孝萱因病在南京鼓楼医院逝世，享年86岁。2010年3月29日，卞孝萱葬于扬州蜀冈扬州墓园。其墓志铭为集郑板桥字而写的刘禹锡的诗句“在人虽晚达，于树似冬青”。
学术成就.卞孝萱共出版各类着作约四十种，发表论文近三百篇。其早年自学，专注于对中国近代史的