hIP-seq主要用于确定转录因子和其他染色质相关蛋白质如何影响表型影响机制。确定蛋白质如何与DNA相互作用来调控基因表达对于充分了解许多生物过程和疾病状态至关重要。这种表观遗传信息与基因型和表达分析是互补的。 ChIP-seq技术目前主要被看作是需要杂交阵列的ChIP-on-Chip的替代品。 这必然会引入一些偏差，因为一个阵列仅限于有固定数量的探针。相反，尽管不同测序技术的测序偏差尚未完全了解，测序被认为偏差较小。与转录因子和其他蛋白质直接物理相互作用的特定DNA位点可通过染色质免疫沉淀被分离出来。