究有新旧观念与方法的论辩，孔德成所受冲击甚鉅。史学家吴湘相指出，孔德成在弱冠之年就已在学术丛林中找到一个正确走向：做一位纯粹学人，而不以道统自居。日本投降，孔德成于1946年9月随国民政府迁回南京，先后居住在瑯琊路、桃园新村、四海里等地，年底当选制宪国民大会代表。1947年，国军收复曲阜，孔德成得以祭扫林庙，这是他最后一次回到曲阜。同年当选为曲阜县第一届国民大会代表（至1991年卸任）。1948年3月，赴美国游学，任耶鲁大学研究员，与访美学者罗常培友善，并和傅斯年同住一楼。
迁台