万福丸在小谷城被攻破时由家臣抱走逃亡，途中被羽柴秀吉捕获送到信长本阵中，信长下达处穿刺而死的命令，年仅九岁。次子万寿丸才出生不久，被家臣抱到寺庙中养大，成为僧侣。此外还有一庶子浅井井赖，被认为是传说中真田十勇士里根津甚八的原型。至于三个女儿则分别是浅井茶茶姬、初姬、江姬，长大都具有波澜壮阔的一生际遇。长政的墓所在德胜寺（位在今天的滋贺县长滨市），法名「养源院天英宗清」。直到1632年，因为身为德川幕府三代将军德川家光外祖父，追赠从二位中纳言的官位。
家臣.浅井政澄、