世利益的密教取代「国家镇护的思想」。但是，在「末法思想」的悲观主义普及的时代到来之后，强调来世的净土思想普遍化。武士掌握政权的鎌仓时代开始后，出现以新兴的社会阶级（武士）为对象的「新」佛教。
近世思想.异于日本的古代、中世思想和佛教的强大连结，日本近世思想的主流是儒教、宋明理学。以林罗山为祖的林家的朱子学被江户幕府指定为官方的学问。另外，江户中期以降，国学、兰学和其他大衆思想受儒教的刺激而兴起。
近代思想.相对于在儒教和佛教之中发展的近世日本思想，明治维新