后，取得陈仪信任，任福建省振济委员会常务委员代行主任委员职务，以后又任粮食局长。1941年秋，陈仪调离福建到重庆做行政院秘书长，周一鹗跟陈仪去了重庆，担任行政院物资局顾问、国家总动员会议粮盐组主任与党政工作考核委员会政务处组长等职，1944年获聘为台湾调查委员会委员。1945年8月，周一鹗随陈仪接管台湾，任第一任民政处长，兼任日侨管理委员会主任委员，主持在台湾的日本侨民的管理与遣送工作。1947年二二八事件爆发之际，台湾长官公署秘书长葛敬恩（1949年投共）、民政处长周一鹗、财政处长严家淦、工矿处长包可