对张璁的提议，被贬出京城。当时嘉靖帝因此刻石说「徐阶小人，永不录用」，而徐阶在地方督学十数年后，在夏言的帮助下回到京城。徐阶回京后先主事国子监数年，在内结识杨继盛等谏臣，随后辗转六部之间。他先后主事礼部、吏部、翰林院等重要机构，在翰林院结识了后来的重臣张居正、高拱等学生。徐阶随后依靠其出众的青词入直无逸殿，冷静处理了危在旦夕的庚戌之变，期间以礼部尚书之职负责北京城防，拖延敌军，成功保护京城不被攻入。他又改革了吏部、礼部、太医院所存在的旧弊，提高了他们的办事效率。于嘉靖三十一年入阁后徐阶因严嵩独断朝政，隐