号随后成功挣脱并航向保莱特岛。1903年1月3日，此船在航向保莱特岛途中又被浮冰所困。2月3日，南极号成功挣脱但受损严重，有船身进水的现象。此时，拉森船长尝试将南极号航行至保莱特岛，但最终于1903年2月12日在离岛处沉没。11月，所有船员被阿根廷护卫舰乌拉圭号救起，全员平安。
纪念.当奈索斯特听闻南极号沉没的消息，他评论到：「对我而言，与其让南极号闲置在港口内慢慢地腐朽锈蚀，还不如让它在海上作为一艘尽责的研究船来的好」。1944年，安特生出版了一本纪念书籍《南极号：她自豪