臣花山院师继的养女，谈天门院藤原忠子（忠子的生父是参议五辻忠继）。正应元年十一月初二（1288年11月26日）出生，干元元年（1302年）被封为亲王。嘉元二年（1304年）受封大宰帅，人称帅宫。
即位.在德治三年（1308年）持明院统的花园天皇即位时，尊治亲王被立为皇太子。在文保二年（1318年）因为花园天皇让位之故以三十一岁的壮年登基，同年阴历三月廿九（4月30日）即位。即位后的3年时间里由父亲后宇多法皇开设院政。根据后宇多法皇的愿望，后醍醐天皇将哥哥后二条天皇的遗子邦良亲王立为