同年，在哈尔滨筹建北满防疫处及附属医院。1912年10月1日，北满防疫处成立，总部（总医院）设在哈尔滨，伍连德任总医官。这是中国近代第一个常设防疫机构。1916年，防疫处名称改为“东三省防疫事务总处”。1915年，伍连德和颜福庆等人共同发起成立了中华医学会，创刊《中华医学杂志》，伍连德任中华医学会书记并兼《中华医学杂志》总编辑。1918年，伍连德担任中华民国北洋政府中央防疫处处长、北京中央医院（今为北京大学人民医院）院长。北京中央医院是由伍连德倡设，除北京政府财政部拨款外，大部分经费由募集得来，院址