迫转移至重庆，保存在中央大学磁器口校舍中。1949年11月，中华民国政府将存放于重庆的原河南博物馆文物中的珍贵文物5119件，图书1450套（册）装38箱与国立故宫博物院部分文物藏品一起运往台湾，后成为台北国立历史博物馆的主要藏品，其余30箱由中国人民解放军军管会接管。
中华人民共和国成立以后.1950年8月21日，存放于重庆的原河南博物馆剩余部分文物陆续运回河南。随着河南省会于1954年由开封迁至郑州，河南省博物馆于1958年在郑州紫荆山兴建了新馆舍，并于1961年迁至郑州。