180名以上的大学教授和学者被押送到了萨克森豪森集中营以及达豪集中营。他们中的幸存者之后在意大利名流的请求下获得了自由。1939年12月，城中开始设立克拉科夫犹太人区，1941年3月之后，所有城中的犹太人口全数迁入区内，许多人或者病死，或者饿死。莱茵哈德行动中，这些犹太人都被送入了集中营，如：贝尔赛克灭绝营、克拉科夫-普拉佐集中营以及奥斯维辛集中营。二战末期，克拉科夫所受损伤较小，城中的古迹因此大多未遭毁坏。1945年1月，苏联军队进入了克拉科夫。他们随后开始逮捕波兰救国军成员和忠于波兰流亡政府的人。