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9.2.1.iOS 9.2.1于2016年1月19日发布。此更新修正了在使用MDM行动装置管理伺服器时，可能导致无法完成应用程式安装的问题，并修复重大系统漏洞「Cookie Theft」，此漏洞导致骇客可以透过未加密的Cookies窃取用户资料。
9.3.iOS 9.3于2016年3月21日发布。此更新改进了教育功能，并新增夜览模式，能自动依据时间调整色温、减少蓝光，维持用户生理时钟正常；内建应用程式也获得更新：备忘录应用程式新增Touch ID支援、