该教堂建设了150年时间，然而即使到现在它也没有完全建成，因为没有构建西南塔和门廊的楼梯。随着奥斯曼帝国在1570年占领尼科西亚，阿基亚索非亚大教堂变成了一座清真寺，教堂西部加入两个清真寺标志性的塔尖。大教堂中描述旧约和新约场景的丰富的壁画、雕塑和花窗玻璃被破坏。各种吕西尼昂国王和王子的丧葬墓碑也被毁坏。1954年8月，为纪念塞利姆二世这位在奥斯曼帝国征服塞浦路斯期间统治尼科西亚的苏丹，该教堂改名为塞利米耶清真寺。