县政府作为云林县地方自治行政机关，并负责执行中央机关委办事项，云林县的自治监督机关为行政院各部会（主要为内政部），并设置县务会议，为县政最高决策机构，在县长及副县长之下，设有18个内部单位、5个所属一级机关、30个所属二级机关、186所各级学校。云林县议会是云林县地方自治事项的最高立法机关，议决云林县法规案、预算案、县政府或县议员所提出的其他议案。云林县议会议员，由具有选举权的云林县县民选举产生，任期为四年，可连选连任，议长、副议长则由云林县议会议员以无记名投票选举自云林县议会议员中各选举一人，共有43