1998年，出版随笔集《火与冰》，被其自称为“抽屉文学”。该书尖锐批判中国大陆的文化和政治弊端，在知识界和广大读者中引起反响。此后，陆续出版《尴尬时代》、《我的梦想在燃烧》、《拒绝谎言》、《致帝国的悼词》等多部杂文集和长篇小说《香草山》，以及研究日本文化和中日关系的《铁与犁》、《暧昧的邻居》，研究美国文化的《光与影》等着作。2000年，余杰研究生毕业之后，受聘于中国现代文学馆。但中国现代文学馆据中国作家协会指示拒不履行已与余杰签署生效的工作协议。余杰后在网络和海外媒体发表《致中国作家协会的公开信》