2006年日本大奖赛是2006年世界一级方程式锦标赛中的第17站。10月6日至10月8日在铃鹿市的铃鹿赛道举行。分站冠军是费南多·阿隆索。第一次一级方程式锦标赛以HDTV的方式播出，富士电视台。菲利佩·马萨从桿位起跑，但麦可·舒马赫在3圈后就超过了他。在第37圈舒马克的引擎缩缸，把分站冠军拱手让给费南多·阿隆索。