部（现交通运输部）直接管理，同年5月重庆交通学院与重庆航务工程学校合并，学校本部从重庆沙坪坝区沙北街迁出至重庆航务工程学校的校址重庆市渝中区黄沙溪。1984年7月学校本部陆续迁回重庆南岸区七公里。
发展时期.1985年，经国务院学位委员会批准，重庆交通学院增列为第三批硕士学位授予单位。1986年，交通部西南水运工程科学研究所并入学院。2000年1月受九十年代末部委大调整的影响，学校由交通部划转重庆市，实行中央与地方共建、以重庆市为主的管理体制。2005年，重庆市在高等教育“十一五”