正式的军事训练，并修订了1851年的原始法规。在内战期间，神学院成为佛罗里达州军事学院。学校的入学人数增加到大约250名学生，学校自认为是该州最大、最受尊敬的军事教育机构。后来学院的学生于1865年在「自然桥战役」中击败了北方联军部队，使塔拉哈西成为密西西比河以东唯一没被北方联军佔领的南方军首府。这些学生是由弗吉尼亚军事学院的毕业生培训，他是数学教授和学院的主要管理人员。南方联邦军队倒台后，校园建筑被北方联军队佔领了大约四个月，而西佛罗里达神学院也恢复了原来的教学目的。后来为了表彰学员们在自然桥战役中的英勇