。在之后的第二次府院之争中，段祺瑞与冯国璋在对护法运动和西南军阀的意见上不合，段祺瑞和冯国璋两人于1918年10月共同下野，由段祺瑞控制的安福国会选出徐世昌接任总统一职，而段祺瑞则通过安福国会在背后操纵政权。1919年12月冯国璋去世，直系军阀开始由曹锟领导。由于曹锟落选副总统、吴佩孚反对安福国会，直皖矛盾激化。1920年4月，曹锟与奉系等八省军阀结成反皖同盟，同年7月直皖战争爆发，直系和奉系获胜。战后，安福国会被解散，其主要成员的徐树铮、王揖唐、段芝贵等10人被通缉，皖系势力被严重削弱，从此一蹶不振。