2000年10月，以破赛事纪录的2小时26分34秒以2秒之差击败赛前夺冠最大热门孙英杰夺得北京马拉松冠军。同年，赢得汉城马拉松冠军，夺得日本仙台半马拉松季军并创下1小时2分4秒的青年纪录。2001年，魏亚楠在2001年东亚运动会的半马拉松赛事夺得铜牌，后又首次参加波士顿马拉松，得第八。而北京马拉松被并入2001年全运会，她达到个人最好成绩2小时24分2秒，仅次于刘敏，屈居亚军。在1个月后的全运会田径赛事中，她获得10000米赛跑第四名和5000米赛跑第五名。2002年，她在汉城马拉松以2小时25