霍尔德杆菌，肺炎衣原体（J16.0），肺炎支原体（J15.7）和嗜肺军团菌。术语"非典型"并不涉及这些生物体会多么经常导致肺炎，以及它如何应对共同的 抗生素 或如何典型症状；它指的是相反的事实，这些生物具有非典型的或不存在的细胞壁的结构和不采取革兰氏染色相同的方式作为阴性和阳性的生物体。鼠疫耶尔森菌导致的肺炎通常被称为肺鼠疫。
病理生理.细菌通常通过吸入进入肺部，但是如果身体的其他部位被感染，它们可以通过血液到达肺部。 通常，细菌生活在上唿吸道的一部分，并不断被吸入肺泡