设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。该地方区划隶属于元帝国福建泉州府，主官为澎湖寨巡检。而澎湖寨巡检是元朝于澎湖群岛设置的官职，也是澎湖首度设立正式的地方统治官署（之前澎湖列岛归属于晋江县）。驻于澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，隶属于福建泉州府。而1366年尚在任的澎湖寨巡检陈信惠是元朝首位驻澎官员。《元史·琉求》记载：“漳、泉、兴、福四州界内彭湖诸岛，与琉求相对，亦素不通。”。元世祖在位时曾遣使自澎湖巡检司出发宣抚流求，航行五十里到达台湾本岛一个“山长而低者”的地方，使臣误以爲到达琉求，