系尚未完全釐清，不过透过齿式特征的比对认为牠们与恐角目可能为近亲。最早透过跗骨的研究认为异蹄目与焦兽目具有共同祖先，不过近年来的针对焦兽跗骨的研究却无法支持这项理论，不过却发现焦兽与重脚目的跗骨具有部分类似的特征。这代表着焦兽目可能位于三条演化支之下：南蹄目（若为其关系最近的近亲）、劳亚兽总目（若恐角目为其关系最近的近亲）或是非洲兽总目（若重脚目为其关系最近的近亲）。