廷闻讯，乃密令两江总督端方侦办。张通典遂接受同盟会同志邀请，到安徽芜湖任皖江中学校长，任内邀请陶成章、苏曼殊等来校任教。后因受地方官员疑忌，一年后，张通典辞职回到南京。1907年，张通典应江苏巡抚陈启泰的邀请，赴苏州帮助陈启泰推行新政。不久，两江总督端方得知此消息，急电陈启泰称，“闻张通典为乱党巨魁，着即逮捕解省候审。”陈启泰接到来电，将电报示于张通典，张通典说：“我是否乱党，姑且不论，但一入端方之手，决无生还之理。我一介草民，死固不足惜，但大人这任用乱党的失察之罪，是免不了的，端方醉翁之意不在酒耳。”