能久亲王在10月18日抵达后壁安溪寮时，已有轻微感冒和发烧，之后在10月20日抵达湾里（善化），在10月21日抵达大目降（新化），并在10月22日被担架抬着从大东门进入台南城，居住在安海街的张绍芬宅邸，并在此与分别自布袋、枋寮登陆台湾的伏见宫贞爱亲王、乃木希典会合见面。在日军进入台南市区后，庄雅桥街豪商吴汝祥之邸「宜秋山馆」作为近卫师团司令部，而北白川宫能久亲王在隔日10月23日移住此处，并在10月28日去世于宜秋山馆宅第南侧的厢房，死因据官方记载为疟疾（也有一说在新竹牛埔山即去世），其灵柩于隔日由在军舰吉