他人却无恙，当时人都称他有先见之明。及后，苏峻挟成帝至石头城，孔坦出奔讨伐军盟主陶侃，获其任用为长史。当时陶侃军夜筑白石垒，到天光就成，当时人们都怕苏峻军来攻，孔坦却以苏峻攻垒需要配合强东北风以限制援军支援，料定苏峻不会来。最终苏峻果然没来。当时驻京口的郗鉴率兵到茄子浦与陶侃军会合，而其时东线虞潭、王舒等与苏峻军的战事不利，孔坦进言认为郗鉴到来令苏峻东面无忧，力劝陶侃让郗鉴还镇京口。当时陶侃等人尚有犹豫，但孔坦却很急切，最终郗鉴还是返回京口，并修了大业、曲阿、庱亭三垒拒守，成功分散苏峻军军力。苏峻之乱于