。等电位聚集通常在凝胶中进行。分子会被集中在一个具有pH梯度的介质中，通过介质的电流将产生带正电荷的氧化极和带负电荷的还原极。带电分子会向相反电荷的一极运动，直到到周围pH值与其等电点相同时带电分子才停止在凝胶中运动。介质中的pH值梯度通常用脂肪族两性离子产生，这些药品需要在样品加入之前加入。
对于蛋白质的应用.由于蛋白质同时具有酸性基团和碱性基团，等电位聚焦法常常用于蛋白质的研究。蛋白质将被置于带有pH梯度的聚丙烯酰胺，淀粉或琼脂凝胶中，蛋白质在pH值低于等电点时会带有正电荷