区升上甲组的首个球季以 18 战 6 胜 6 和 6 负成绩，获得联赛殿军，而教练冯凯文更夺得该年度最佳教练奖项。2013–14年球季，南区首度获冠名赞助，赞助商为皇室水疗，球队更名为「皇室南区」。2014年5月11日联赛煞科日，南区于青衣运动场出战晨曦，凭着西班牙前锋雅高于补时三分钟的入球，连续两届获得联赛殿军，亦是香港超级联赛成立前，甲组联赛最后一个入球。不过，南区在球季结束后，宣布不参加新成立的香港超级联赛，留在甲组联赛角逐。尽管如此，南区教练团不变，阵容仍拥有邹嘉华、李思豪、梁金辉、哈成智等