从1817年到1842年，他与巴黎实验室（位于一家药店后面）的皮埃尔·约瑟夫·佩尔蒂埃（Pierre Joseph Pelletier）紧密合作过25年，开创了使用中性溶剂分离活性成分的先河，二人专注于植物生物碱的研究，他们成功分离出了下列化合物：奎宁是金鸡纳树皮中一种活跃的抗疟剂成分，是治疗疟疾的特效药。他们建立了自己的工厂来生产治疗疟疾的硫酸奎宁，但二位合伙人并没有申请专利，以允许更多人来使用他的的发现。1823年他们在生物碱类化合物中也发现氮，此外，所发现的其他化合物还有秋水仙素和藜芦碱等。