02年，瑞丽市报告了616例疟疾病例，发病率55.27/万，到2011年时，瑞丽疟疾发病率下降到12.24/万，仍然是云南省疟疾最为严重的地区。2016年5月起，再无本土病例报告，2020年6月，云南宣告消除疟疾。1989年，瑞丽静脉吸毒人员中发现艾滋病感染者，人数达146人，此前中国仅有22例感染者，这也是首次发现艾滋病在中国的注射毒品人群中爆发流行。瑞丽防疫站在1990年开始艾滋病的防疫工作，2005年起采用美沙酮治疗。到2016年，瑞丽市已累计上报艾滋病死亡病例1,780例，早期传播途径主要是注射