王士元案，是清代康熙时的一宗政治案件。康熙四十七年（1708年），官府侦破一个名唤张念一的僧人，意图拥立一个名叫「王士元」的人，称之为前明朱三太子（即朱慈焕），康熙帝将王士元灭族。
简介.甲申之变后，明朝宗室颠沛流离，无所考据，有一个名叫「王士元」的人，自称「朱三太子」（即朱慈焕），与很多士人有联络，后被官府所拘捕。王士元遭审问时，官府问他：「朝廷待汝不薄，何为谋反呢？」 答：「吾数十年来改易姓名，冀避祸耳，本朝有三大恩于前朝，吾感戴不忘，何尝谋反？」 官府问：「何为三大恩？」