61年4月12日，随着查尔斯顿向萨姆特堡开火，美国内战爆发。于4月21日，平克顿写信予林肯总统，表示希望能为其效力。林肯麾下大将乔治·麦克莱伦答允并要求平克顿为政府建立一个军事情报部门。于是，在1861年7月底，平克顿带领凯特，以及和三名亲信在俄亥俄州辛辛那提成立新总部。南北战争期间，凯特用过十二个名字缩写皆为K.W.的化名，渗透到南方的社交聚会，刺探军事情报。
内战后.内战后，凯特回到平克顿侦探事务所工作，并处理了许多备受瞩目的案件。包括于1865年的乔治·哥登谋杀案，以及翌年的