两府尽管保有旧时职权，但随着军制改革，权力也大为下降。
刑律.顺治四年（1647年），《大清律例》编修完成。《大清律》基本上承袭《明律》的内容。后经康熙、雍正两朝屡次增删，并于雍正五年公布。但清朝最经常起作用的是例，而不是律。胡林翼说：「《大清律》易遵，而例难尽悉。」，胥吏都谙熟例案，常可执例以压制长官。清廷对各少数民族地区还有各种特订的法律，如对蒙古族有“蒙古律”，对维吾尔族有“回律”，对藏族有“番律”等等。清朝皇帝为打压汉人反清复明运动与防止散播不利皇帝的消息，屡兴文字狱以