孝二院区）.院址为台湾省基隆市仁爱区孝二路39号2楼（忠孝大楼），设有门诊。
三军总医院澎湖分院（原海军澎湖基地医院）.等级为地区医院，院址为 台湾省澎湖县马公市前寮里90号，设有门诊、急诊、住院，（特殊医疗情况经申请核可）中华民国空军后送。
三军总医院北投分院（原国军北投医院）.等级为地区医院，精神科专科医院，院址为台北市北投区新民路60号精神科专科医院，设有精神科门诊、精神科急诊、精神科住院、家医科门诊。
山下门诊部.院址为台北