但是当基督教势力扩大后，开始感到不安。1587年6月19日丰臣秀吉发布《伴天连追放令》，命令耶稣会传教士立即停止传教、在20日内离开日本本土、并破坏京都等地的南蛮寺，弗罗伊斯于是来到长崎定居。1590年，弗罗伊斯偕同归国的天正遣欧少年使节及范礼安在聚乐第会见了丰臣秀吉。1592年与范礼安一起远渡澳门，1595年返回长崎。1597年留下了《二十六圣人殉教记》的最后报告后，于7月8日逝世，享年65歳。弗罗伊斯直接目击了基督教早期在日本的发展、荣光、悲剧与余晖，以圣职的身分与织田信长、丰臣秀吉、大友宗麟等