实权转交给东山天皇。东山天皇的个性温和，和刚强的灵元上皇相较之下，确实改善了与幕府之间的关系。在他任内和德川幕府关系良好，也得到了幕府的金钱援助，修复了皇室陵墓。同时，恢复了包括皇太子册立、大尝祭等古代的仪式。然而在朝廷以外，却也发生了诸如五代将军德川纲吉发布生类怜悯令，以及元禄赤穗事件，使得天皇与朝廷的存在感极为薄弱。1709年，禅位给皇太子庆仁亲王（中御门天皇），并在半年后因疱疮不治崩御，葬在京都的月轮陵。
Y染色体单倍群.东山天皇，其男系子孙复数名Y染色体测试结果爲D