陈曾熙发现身患重病，即深居简出，并曾到外国求医。1986年初病发入住伊利沙伯医院，3月8日病逝，终年63岁。3月10日上午出殡，随即火葬。陈曾熙遗下一妻三子，家属遵照遗愿设立「陈曾熙纪念基金」以培养后进，遗产由旧属殷尚贤当基金信托人。晨兴集团是其子陈启宗、陈乐宗创办，是一家集创投、地产等多元事业的企业。2014年9月，陈启宗、陈乐宗兄弟以晨兴基金会名义向哈佛大学捐赠3.5亿美元，捐赠金额创下哈佛大学单笔捐赠纪录。为纪念陈曾熙，接受赠款的哈佛公共卫生学院改名为。