为美国哥伦比亚大学体质人类学讲师，并于1899年升等为人类学教授。然而，在哥大教学的人类学家分属不同科系。当鲍亚士离开美国自然历史博物馆，他与哥伦比亚大学协商将人类学家集中到同一个系，鲍亚士将主持该系。鲍亚士在哥大的人类学系成为美国第一个设立博士课程的人类学系。在这段期间，鲍亚士发挥了关键作用，将美国人类学会组织这个新兴领域的一个伞形结构组织。鲍亚士起初希望美国人类学会的成员限定为专业人类学家，但是麦克基(W.J. McGee)（另一位参与由鲍威尔所领导的美国民族学局的地质学家）主张，该组织应当开放其他