，其中有一些具有国际知名度。天主教的反应是建立教育水平相当的耶稣会学院。随后，克拉科夫学院成立了属于自己的以人文主义规划的文理中学。克拉科夫学院本身在15世纪末16世纪初时经历了一段繁荣时期，当时数学系、天文系与地理系尤其能吸引国外的很多学生就读。拉丁语系、希腊语系、希伯来语系和文学系同样很受欢迎。学院到16世纪中期时危机四伏，到17世纪初时退步到盲从于反宗教改革的地步。耶稣会在内讧中占据优势，在1579年于维尔纽斯建立一座大学学院，但他们未能接管克拉科夫学院。在这种条件下，很多人选择到国外继续求学。