双方关系改善不少。毛利军后来与织田信长交战，在水战中与小早川、儿岛、乃美等水军参加战役。特别是1576年7月13日（天正4年）的第一次木津川口之战嫡男元吉参战，击败了织田军，此后长期负责毛利家给本愿寺运送补给的任务。但2年后再与织田军交战，在第二次木津川口之战被织田军6艘铁甲船所击败。
海贼禁止令.其后，进攻中国地方的织田信长家臣羽柴秀吉调略下，打算拉拢来岛通总率领的来岛水军，以及武吉的能岛水军，但毛利家臣乃美宗胜成功说服武吉，因此来岛通总寝返至织田方，而武吉留在毛利方，织田军