1916年3月，经卢师谛策划，王蕴滋（王蕴兹，名靖澄）等发动风洞子起义。此后，卢师谛赴新都，所部驻扎在汉州、什邡、德阳、绵竹等县，和周骏对峙。1916年4月，蔡锷率滇军进入四川后，任命熊克武为四川招讨使。滇军攻占宜宾后，卢师谛部及中华革命军川南区司令吕超部前往宜宾，被编为四川招讨军，熊克武任司令，卢师谛任参谋长。招讨军同蔡锷的滇军协同作战，其中招讨军的团长朱德指挥了纳溪棉花坡战斗。1916年3月22日，袁世凯宣布取消帝制，命令四川将军陈宧停战。卢师谛、刘永凯、方朝珍等赴成都说服陈宧于5月22日宣布独立。