途中巡视毛文龙皮岛驻兵，持肯定意见。崇祯元年（1628年），升任工科右给事中，改户科右给事中。崇祯二年（1629年），担任太常寺少卿。崇祯五年（1632年），升任通政司右参议，再升左通政。崇祯九年，以都察院右佥都御史衔，兼湖广巡抚，参与剿抚李自成、张献忠乱军。因战事不力，总督卢象昇战殁，王梦尹被免。回乡后，以诗文自娱，朝廷复招不起。明亡不再出仕。