台山成为中央和西藏沟通的重要渠道。然而，五台山扎萨克大喇嘛除管理全山番汉重大僧务外，其日常职能主要偏重于黄衣僧寺院（藏传佛教寺院）僧务。实际上，其管辖范围主要是以菩萨顶（即大文殊寺）为中心的十余座藏传佛教寺院，主要属西藏系统。后来，清朝中央政府诏令，以章嘉国师管理以镇海寺为中心的约七座寺院，上述寺院主要属甘肃、青海藏区系统。五台山扎萨克大喇嘛（包括获封“清修禅师”号者）驻菩萨顶主寺，章嘉国师主要驻镇海寺。以上两个系统理论上均属五台山扎萨克大喇嘛管理，但后来由于章嘉国师地位日隆，以镇海寺为中心的甘肃、青海藏区