JR东日本与东急车站可透过蒲田东急PLAZA2楼往来。JR东日本将南口作为东急连络口，但从中央口出站时也能借由连络通道前往转乘。JR东日本的中央口与南口不连通。东急只有一处检票口。
JR东日本.JR站区是一地面车站，月台为岛式月台2面3线构造，站房採跨站式站房设计，内部设有绿色窗口、、自动闸机及自动售票机等设备。由于车站南侧是京滨东北线其中一个车库的所在地，所以京滨东北线南行方向部分班次（进入车库或折返）会以本站为终点，而北行方向的末班列车亦会以本站为终点。另外，本站首班车