年爆发严重急性唿吸系统综合症（SARS）期间，由于评论认为香港政府未能够及时采取有效措施防止疫症蔓延，并且因为中国大陆以「国家机密」为理由而拒绝发佈消息，有批评指陈在广州发生疫情初期后知后觉，同时内部协调混乱，受到香港立法会的指责和公众的批评。香港《明报》透露：在严重急性唿吸系统综合症疫情期间，陈冯富珍拒绝到重灾区淘大花园视察疫情，更不惜扬言辞职，导致控制疫情受到阻延。根据《都市日报》专栏上的纪录，淘大花园疫情扩散之谜的解开是由时任环境运输及工务局局长廖秀冬在幕后协助，与陈冯富珍领导之卫生署无关系。