月10日，孙中山就任大元帅。熊克武响应护法运动。1918年1月9日，熊克武任四川靖国军总司令，在重庆同滇军、黔军召开军事会议，准备分三路进攻成都，讨伐北京政府任命的四川督军刘存厚。东路为滇军顾品珍部、赵又新部，中路为黔军袁祖铭部、王天培部，北路为但懋辛率吕超、喻培棣自川北进军成都。刘存厚闻讯率部逃跑。2月24日，熊克武电令但懋辛代理四川省省长。3月8日，大元帅孙中山任命熊克武为四川督军。4月7日，但懋辛任四川靖国军第一军司令，此后他命吕超、喻培棣追击刘存厚，刘存厚被驱至陕西汉中。1919年4月27日，北