海军少将接替了他的职务，但德皇腓特烈三世号不久便驶入了旱坞进行年度检修。11月1日，海军中将海因里希亲王接替霍夫曼成为第一分舰队司令，并在德皇腓特烈三世号升起他的旗帜；该舰于未来三年都担任分舰队旗舰，仅在8月和9月进行的年度舰队演习期间中断——因帝国海军总监、海军上将这时会在德皇威廉二世号舰上指挥舰队。整个11月，分舰队的舰只都被单独训练的日程所占据。1900年11月7日，德皇腓特烈三世号在进行训练演习后驶往基尔。期间德皇威廉二世号试图超越德皇腓特烈三世号，因此后者停了下来，以便让前者优先进入港口。然而