波兰东北部维尔诺以躲避战祸。然而不久苏联亦入侵波兰东部，维尔诺于1939年10月28日被苏军占领。1940年9月20日，贝京被苏联内务人民委员会逮捕并被关进监狱，随后被以“英帝国主义间谍”的罪名判处八年有期徒刑，于1941年1月1日被送往俄罗斯北部的伯朝拉劳改营。1941年7月，苏德战争爆发，根据苏联政府和波兰流亡政府签订的,苏联逐步释放了被关押的波兰战俘和平民。贝京于1942年被释放，他以下士的军衔加入了由安德斯将军组建的。随后贝京被派往英国治下的巴勒斯坦托管地, 1942年5月贝京通过波斯抵达巴勒