平乱后，再任上京留守。太平十一年（1031年），圣宗病倒，萧耨斤把萧孝先悄悄叫到宫中，告诉他自己夺取朝政的野心，让萧孝先先把宫中的禁卫军全部掌握起来。圣宗去世，辽兴宗即位，萧孝先从中帮助钦哀太后萧耨斤杀害仁德皇后萧菩萨哥、萧锄不里、萧匹敌及北府宰相萧浞卜等。萧耨斤摄政，孝先遥任天平军节度使，加守司徒，兼政事令。重熙元年（1032年），封楚王。重熙二年（1033年），以北府宰相萧孝先为北院枢密使，掌握枢府权柄，好恶自擅，朝野侧目。重熙三年（1034年）辽兴宗知其参与废立，迁太后于庆州。改萧孝先为南京留守。