石发现地区为名。始神龙翼龙的命名者最初将牠们归类于神龙翼龙科，并认为牠们的体型相当于神龙翼龙。但是后来的亲缘分支分类法研究显示，始神龙翼龙比神龙翼龙科更为基础，但仍共同属于于神龙翼龙超科。在2008年，大卫·安文（David Unwin）等人建立朝阳翼龙科，包含一群神龙翼龙超科的原始物种，朝阳翼龙科属于神龙翼龙超科，是神龙翼龙科的姊妹分类单元。