10月，齐塞克迪担任进步联盟副秘书长。2017年2月1日，时任党主席齐塞克迪父亲离世。2018年3月31日，其获选为党主席，接替父亲。同日，其获提名为进步联盟的总统选举候选人。2019年1月10日，选委会宣布齐塞克迪击败另一反对派候选人和获总统约瑟夫·卡比拉支持的，当选成为刚果民主共和国总统。得票第二多的法尤卢拒绝承认落败，批评选举舞弊并挑战选举结果。1月19日，裁定败诉，齐塞克迪正式成为候任总统。2019年1月24日，菲利克斯·齐塞克迪宣誓就任总统。2021年2月，齐塞克迪成为非洲联盟轮值主席。