往伯明翰，墨菲也结束了自己在霍华德学院长达16年的校长经历。
创立马里昂军事学院.因为对自己教育理念的坚持，1887年，墨菲将少数没有跟随霍华德学院离开的教职员工聚拢起来，主要根据弗吉尼亚军事学院的教育模式在学校旧址创立了马里昂军事学院，墨菲被推举为校长。由于马里昂军校成立之初被定义为一所私立非盈利教育机构，因此并非由州政府或教会掌控，而是由董事会对学校各类事务进行商议表决。 第一学期马里昂军事学院共招收了79名学生。1889年，阿拉巴马州政府对马里昂军事学院予以正式承认并颁发了许