宁靖王来台之后继续担任「监军」一职，并住进了府邸，而由于宁靖王号「一元子」，府邸又称为「一元子园亭」。府邸坐东朝西，面向明朝故土。永历卅七年（1683年）在施琅所率领的清军攻下澎湖后，宁靖王决心殉国并舍宅。而宁靖王府邸在舍宅之后，根据首任诸罗县知县季麒光〈募修天妃宫疏〉一文所写「东宁天妃宫者，经始于宁靖王之舍宅，而观成于吴总戎之鸠工也。」与干隆年间的台湾府知府蒋元枢〈重修台郡天后宫图说〉中「查郡城西定坊之天后宫，未入版图以前即已建造，郡垣庙宇，此为最久」等句，可知在施琅入台之前宁靖王府邸