主中原前后包括清朝军队、明朝军队（包括南明政权）、民变武装等多方势力混战所造成的屠杀事件。以清军为例，清军为报复反抗者的激抗和推行剃发令而制造多起冲突和屠杀事件，如曾在扬州、桂林、昆明、江阴、嘉定、广州实行屠城，就是汉族士绅地主也不能幸免。多尔衮带军攻佔江南、岭南等地区，并且联合荷兰，攻陷厦门。另一方面，明军及民变军等亦在多处实行了屠杀政策，南明军中有人欲联清剿匪，企图联合清军打击为反抗明朝而起义的民变军，如扬州府在被清军屠城之前亦曾经长时间和多次被明军将领高杰和刘泽清屠杀洗劫，当时四川人几乎被张献忠民