娜多人参与反抗组织。1943年9月于南加里曼丹亚汶泰，在坤甸事件仍未爆发前，曾有一项由印尼民族主义者和荷兰人共同策划对抗日军的起义计画，但被揭发而失败。1944至1945年同盟军的对日战争，同盟军绕过印度尼西亚，并没有进入人口密集的地区，例如爪哇和苏门答腊。日本的佔领间接为印度尼西亚的独立创造了条件，使印度尼西亚革命通过一种原本多半不可能实现的手段提前三年到来。在1945年9月日本投降前，印尼便已宣佈独立。然而荷兰政府仍然希望将夺回对东印度的统治，印度尼西亚经历了5年艰苦的内战，政治、军事和社会动乱，才