50年12月，中央人民政府食品工业部的组建工作尚未就绪，中央人民政府委员会第十次会议决定撤销食品工业部。决议内容指出，中央人民政府食品工业部无单独设置的必要，应即结束。将其所管辖的糖业、烟酒、油脂和食品加工等业务，均划归中央人民政府轻工业部办理，其管辖的渔业部分业务，划归至中央人民政府农业部办理。12月26日，中央人民政府食品工业部正式撤销。
组织结构.全部工作人员百余人。机关设在东城区山老胡同二号的几个四合院内。隶属于政务院财政经济委员会。