十一年（1776年），干隆帝赐名“普度寺”。普度寺正殿名为“慈济殿”，干隆帝御书“慈济殿”匾额，正殿、山门两侧保留或者兴建了行宫院、方丈院、小佛殿、僧寮等建筑。据说“寺左为黑护法佛殿，内藏铠甲弓矢，皆清摄政睿亲王旧物也。寺内有诺们罕绰尔济唿图克图仓。”中华民国时期，张江裁所着的《燕京访古录》记载，该寺“为元代所建，正殿供奉欢喜佛”，但这种说法不见于清朝文献，所以恐不确切。谣传普度寺寺址在元朝曾为皇家祭祀设施——太乙神坛的所在地，此说法不对。经过考证，太乙神坛在明朝“南内”崇质宫（明英宗被软禁处）的位置上