留行雍州开府事。萧衍出师后，魏兴郡太守裴师仁、齐兴郡太守颜僧都不听萧衍命令，举兵袭撃雍州。萧伟、萧憺派军在始平郡撃破裴师仁。萧衍包围建康，巴东郡太守萧慧训之子萧璝和巴西郡太守鲁休烈起兵逼近荆州。萧颖冑派遣刘孝庆阻拦，被萧璝所败，萧颖冑突然去世，荆州齐和帝政权陷入恐慌。萧伟听从夏侯详意见在雍州征兵，由萧憺率军援救荆州。萧憺到荆州，萧璝降伏。萧伟被和帝任命为使持节、都督雍梁南北秦四州郢州之竟陵郡司州之随郡诸军事、宁蛮校尉、雍州刺史。加侍中、进镇北将军。天监元年（502年）、梁朝建国，萧伟加散骑常侍之位、