台后，芝山岩上的许多纪念碑被拆毁，六氏先生的墓亦被破坏。此外，官方重新诠释了六氏先生事件，将其定位先民的抗日义举，由国民大会通过于1958年设立「芝山岩事件碑记」。芝山岩周边在战后设立了军情局及军事设施，芝山岩亦成为有驻军的军事用地，由于军情单位职员多为戴笠（戴雨农）之部属，芝山岩附近陆续出现许多与雨农相关之地名或设施，如雨农国小、雨农路、雨声街等，而芝山巖社本殿在后来被拆除改建为「雨农阅览室」，拜殿则改建为凉亭，但仍可见昔日神社之参道。台北市政府在1980年代陆续与芝山岩上的违建户协调拆迁补偿费，而芝山岩