2002年2月14日，丰克尔出任德甲球队科隆的主教练。尽管战绩良好（主场保持不败），他却无法阻止科隆历史上第二次降入德乙。但他仍能够率队在2002-03赛季立即重返德甲。此后由于表现不佳，丰克尔2003年10月30日辞任科隆主教练。丰克尔于2004-05赛季初期接过德乙球队和睦法兰克福的教鞭；并成功率队升入德甲。随后一个赛季，法兰克福在德甲以第14名完赛，同时还进军了，但以0比1不敌拜仁慕尼黑。这是丰克尔自1998年（率杜伊斯堡）以来作为主教练参加的第二场足协杯决赛，当时的对手同样为拜仁慕尼黑。由于拜