火灾影响，遂播迁至麹町，于寛政5年（1793年）搬移至现在的位置。本尊的毘沙门天自江户时代开始，便以「神乐坂的毘沙门大人」着称，与芝正传寺、浅草正法寺共同被称为江户三毘沙门。现在也是新宿山手七福神的其中之一。
其他.由于邻近神乐坂，不少在神乐坂拍摄的影剧皆有善国寺入镜，例如二宫和也主演的敬启、父亲大人，也造成有不少粉丝远道而来特地前往善国寺的盛况。