以洪秀全的太平天国与云南杜文秀、马如龙的云南回变为主。洪秀全改造基督教教义，1851年于广西金田起义，联和天地会、三合会北伐。两年后攻陷并定都江宁，并且发动两次西征；不久又发动北伐，最远达天津近郊。后来曾国藩、左宗棠与李鸿章为保护儒家文化，纷纷组织湘军与淮军抵抗太平天国。太平天国发生天京事变后国力衰退，部分势力转入捻军。1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻陷首都天京，随后湘军屠城，许多当地平民和太平军人被杀，太平天国也因此失败。中央研究院院士、中央研究院近代史研究所创所所长郭廷以在其所着《近代中国史纲