国海军总司令卡尔·邓尼兹接受了纽伦堡大审，起诉其发动无限制潜艇战的罪名，尼米兹应其律师之要求，提供一份美军亦在对日战争中使用同样作法的证词，到最后虽然判定邓尼兹该罪名成立，但并未针对该罪名而受罚。尼米兹也于短短的任期中测试核武器对海军的打击力，主持了十字路口行动，另外还支援了核动力潜艇的开发。1947年12月15日，尼米兹卸除了海军作战部长职务。虽然美国国会所授予的五星上将军衔可使他永不退休，但尼米兹决定离开海军（虽然有挂名「海军特别助理」，但几乎不会有人来请教帮忙），他后来在1948年至1956年期间