文化大革命期间，黄耀祥被打成“资产阶级学术权威”，被下放干校和农村三年。文革结束后，黄耀祥获平反，在1979年至1983年间，任广东省农业科学院副院长。1982年，妻子刘金羡为了支持黄耀祥的工作提前退休，一直跟随奔波于稻田间。1995年，黄耀祥当选为中国工程院农业学部院士。2004年2月22日，黄耀祥因病医治无效，于广州逝世，享年87岁。
家庭生活.黄耀祥的父亲黄名启是开平籍加拿大华侨，母亲是农村妇女；黄耀祥有4个兄弟姐妹；妻子刘金羡，是教师，曾是黄耀祥妹妹的同学；黄耀祥和妻子育有