女阴残割的普及率越高，这部份越明显。接受锁阴手术的妇女会为了使生产容易一些，会在怀孕期间吃的较少，以减小胎儿的体积。若女性有膀胱阴道瘘或是直肠阴道瘘，很难在产前检查中採集到纯淬的尿液检体，因此更不容易诊断出妊娠毒血症。在分娩时无法进行宫颈评估，可能会造成滞产或难产。锁阴手术的妇女更常出现三度撕裂伤，肛门括约肌损伤及紧急的剖宫产。女阴残割也会提高新生儿死亡的比例。世界卫生组织在2006年针对非洲部份地区统计，在统计每一千名出生的新生儿中，就有10至20个新生儿死亡是因为女阴残割造成。此 统计资料是由布基纳