晋三担任自民党干事长。2004年1月，他决定派遣日本自卫队组成的伊拉克复兴支援群前往伊国南部的萨玛沃。2004年10月，恐怖份子在伊拉克日本人被绑架事件中要求「日本自卫队从伊拉克撤退」，但是小泉纯一郎不屈于「恐怖活动」而坚决拒绝伊恐要求。被绑架日本人质香田证生之后证实遭到杀害，在野党认为应该追究小泉的责任，但是许多日本人认为他不应该前往伊拉克。同年7月的参议院选举，自民党在改选的议席中以一席之差败给民主党，但联同公明党仍取得过半数议席。2005年4月22日，小泉对于过去殖民统治和侵略“深刻反省和发自内心的道