任命为担任大元帅府航空局长，并与孙的苏联顾问鲍罗廷建立非同寻常的私人关系。1924年11月，冯玉祥控制北京后，邀请孙北上，陈友仁也随同前往。1925年孙在北京逝世前，陈友仁代为起草《致苏联遗书》。
再留北京、又办英文报纸《民报》与入狱.孙死后，他留在北京，创办英文《民报》。这一次办报，他又因为抨击张作霖而被捕四个月。
国民政府外交部长.出狱以后，陈友仁回到广州。1926年3月，陈友仁接替胡汉民出任国民政府外交部长。他一上台，就大力支持当时省港大罢工