JR站区是一地面车站，站房是跨站式站房设计，2006年6月17日启用。下行月台为侧式月台1面1线，上行月台为岛式月台1面2线，共计2面3线。剪票口位于二楼，连结空中行人通道。出口有以下两处：本站是直营车站（配有站长），为管理宿河原站、中野岛站、稻田堤站的管理站。
月台配置.生田绿地口侧（南侧）为1号月台。（来源：JR东日本:车站构内图）
站房改良工程.随同小田急线站房改建，JR东日本登户站站房也进行改良工程。JR东日本登户站站房与小田急