oot下执行的程序，应该尽快放弃root权限，或是改用其他机制来替代，例如FreeBSD jail。在某些作业系统中，例如FreeBSD，已经采取预防措施，来防止第二次chroot的攻击。一些Unix系统提供扩展的chroot机制，一般称为作业系统层虚拟化—至少解决其中的一些限制。包括:
在chroot中使用图形界面.在chroot环境中使用图形界面是可能的，参见以下几个方案：