合考古队，进行抢救性发掘，在100平方米的遗址中挖掘出115具前4000年至前3500年的古人遗骨，以及玉器、陶器、磨制石器等400余件文物，和鱼骨、贝壳动物骨骸等人类生活遗存物。1997年，薛城遗址被评为高淳县文物保护单位，2002年被评为江苏省文物保护单位，2008年开始展出文物，2012年列入南京市重点文化遗产保护工程，2013年成为全国文物保护单位。
遗址及文物.薛城遗址距地表约0.8米至1.5米之间，地层从上到下分为黑色耕土层、灰褐色墓葬层、居址文化层、黄色生土层和红