碳酸法，减少石灰用量，直到民国四十九年（1960年）时又改为石灰法制造粗砂。此外由于盐水港制糖在台部分被改组为台糖第四区分公司，分公司遂设于新营，而民国三十九年（1950年）台糖改用总厂制后，新营亦为五总厂之一，而除自身之外，新营总厂下辖有岸内、乌树林、南靖、蒜头四厂，直到民国五十六年（1967年）改行大厂制后仅辖新营、岸内、乌树林三厂。后来随着制度再次调整，新营总厂成为辖有新营、岸内、乌树林、南靖、蒜头、麻豆、佳里、善化、玉井、永康十厂的大总厂。而在制度调整之外，新营总厂的制糖方法于民国七十一年（1982