意珠心境殿、七佛宝殿被西城区查抄办公室用作仓库，塔院成为丰盛绝缘材料厂堆放器材的场地。1969年，西城区副食管理处为兴建白塔寺副食商场，拆除了山门及钟鼓楼，从此白塔寺只能从天王殿东北、白塔寺东夹道西侧的一个很小的侧门进入。据说此后文革期间，中华人民共和国国务院总理周恩来陪同尼泊尔客人参观白塔寺时，竟找不到入口。1972年3月28日，周恩来总理在中华人民共和国外交部、国务院宗教事务局的一份请示报告（3月26日韩念龙、刘友法上报，3月27日李先念批示“送总理批示”）上批示：“同意修复广济寺，重修尼泊尔工程师