此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领先后改隶属大津裁判所及大津县，1871年实施废藩置县后，原属彦根藩的区域改隶彦根县；不过在仅四个月之后的府县整併中，全数区域都被併入长滨县，此后经历更名为犬上县后，在1872年底，犬上县又与当时负责近江国南部区域的滋贺县合併为现在的滋贺县。1889年日本实施町村制，设立木之本村，1918年木之本村升格为木之本町，后在1954年与、、合併为第二代的木之本町；2000年代日本政府启动平成大合併，因此在2010年