发生森林大火，有些印尼人又有烧森林进行火耕的传统，结果马六甲海峡常出现烟雾。影响了航行安全。有时候可见度只剩下200米。
水深渐浅，会发生搁浅事故.马六甲海崃海底平坦，多为泥沙质，而且水流平缓，容易淤积泥沙，所以水下有数量不少的浅滩与沙洲。 马六甲海峡水深最浅的地方只有25公尺，能通过马六甲海峡的标准化最大船型叫“”，吃水更少的苏伊士型及巴拿马型均可通过，但吃水更深的及大部分好望角型则不能通过。此外，巨大的邮轮搁浅事故时有发生。有学者预计，由于两岸泥沙迅速淤填，在一千年后，马来半岛