圆明园时，也将畅春园一并烧毁。此后畅春园废址失于保护，园内残存建筑在同治年间被拆用于圆明园复建工程。1900年光绪二十六年，八国联军（英、德、法、美、日、奥、义、俄国）占领北京时，八国联军直接造成义和团被消灭，以及京津一带清军的溃败，迫使慈禧太后挟光绪帝逃往陕西西安；最终清廷与包含派兵八国在内的十一国签订《辛丑和约》，付出庞大的赔款。而畅春园再次遭到附近居民及八旗驻军的洗劫，园林内树木山石均被私分殆尽。至民国时期，畅春园遗址已成荒野，仅有恩佑寺及恩慕寺两座琉璃山门残存，但今门内亦破败不堪。目前畅