1950年起，被北京市人民政府聘为参事室参事，一直任至1959年逝世。1959年秋，于珍在北京市因脑溢血病逝，享年72岁。1960年安葬在北京东北义园。
逸事.1939年，于珍迁居北平，住在地安门米粮库胡同2号。于珍、陈宗藩、陈半丁三家住宅在中华人民共和国初期为李克农宅，后来为邓小平宅。