徒交付一尊清代官方祭祀的神农大帝神像，当时旧城城隍庙信徒不知该如何处理这尊神农大帝，因此到左营元帝庙请示北极玄天上帝，上帝公指示，将神农大帝请到元帝庙奉祀，后来信众觉得不妥，认为一庙不能奉祀二帝，因此将神农大帝请到檨仔园，并搭建草寮奉祀。昭和二十年（1945年）日军战情逐渐失利，民间信仰逐渐热络起来，有信徒建议盖新庙来供奉神农大帝，于是于现址开始动土兴建庙宇，民国35年（1946年）完工落成。民国97年重建，民国100年完工入火安座，并于民国106年（2017年）农历六月初八（公历七月一日）举行灵宝庆成谢土