879年时，获得帝国理工学院的终身聘用。1884年，三十六岁的阿姆斯特朗成为同样是帝国学院前身的中央研究所的化学教授；而他便是在这里开授了一门三年制的化学工程文凭课程。阿姆斯特朗早在1881年便开始致力于研究萘衍生物的合成、降解与结构。这些研究建立在苯衍生物与埃米尔·埃伦迈尔对萘结构的一些研究。怀恩是他一生最为重要的合作伙伴，他们以十年岁月所累积的263号萘样本，目前仍保存于伦敦帝国学院的「阿姆斯特朗－怀恩收藏」。这项研究对萘的研究，大大地推动了合成染料工业的发展。阿姆斯特朗于1937年于伦敦逝世，