遭到足利义诠的反击而撤退。连年的战争使南朝的实力不断衰退，南朝不得不对室町幕府妥协。1367年，后村上天皇派叶室光资同幕府谈判。但光资要求幕府向天皇投降，遭致足利义诠的愤怒，和谈破裂。同年天皇得病，次年在住吉大社宫驾崩，享年41岁。后村上天皇这一谥号，同其父后醍醐天皇一样，都是在生前自己指定的。其谥号来源于日本平安时代的明君村上天皇，体现了其本人想当治世明君的愿望。
系谱.后村上天皇是后醍醐天皇的第七皇子。其母是藤原公廉的女儿阿野廉子。以上系图为近世所作的南朝系图，其真实