在孙中山的号召下，护法战争正式开始。1917年底，陆荣廷、唐继尧、莫荣新等联同唐绍仪召开「中华民国护法各省联合会」。1918年1月，西南军阀于军政府之外正式另组一权力中心「护法各省联合会议」，以岑春煊为议和总代表，主张承认冯国璋的北洋政府法统、组成联合政府。加紧谋求与北洋军阀妥协。1918年4月10日，非常国会秉承西南军阀的意旨，通过《中华民国军政府组织大纲修正案》，决定改组军政府，将大元帅制改为总裁合议制；孙中山坚决反对这一决定。1918年5月4日，孙中山愤向非常国会提出辞职，通电揭露西南军阀破坏