聚合菌形成共生关系，并进一步演变成内共生。在整个系统中，念珠藻可独立生存，所以球囊菌是义务性共生者，不过聚合菌除了与念珠藻形成丛枝菌根外，也可与植物形成树状菌根，这个说法尚未获得证实，但已有若干证据支持。
生殖.球囊菌门的菌丝体是多核的，通常採用无性生殖，在菌丝的末端产生直径约80~500微米的孢子（称为Glomerospores）。在某些情况中，孢子生成后会进一步形成球囊状的构造（saccule）。
种系发生学.早期对于球囊菌门的研究多半着重在其型态