中，每个元素都显示两个基因是否在网络中相互连接。
共表达指标.不同样本各个基因的表达值都可以用向量来表示，计算两组基因之间的共表达指标就和计算两组向量之间部分指标相同。基因共表达网络最常用的共表达指标是皮尔逊积矩相关系数、互信息、斯皮尔曼等级相关系数和欧几里得距离 。欧几里得距离计算两组向量之间的几何距离，同时会考虑两组基因表达值的方向和大小。互信息指，知道一个基因的表达水平或降低后，另一个基因表达水平不确定性的幅度。Pearson相关系数测量两组基因之间的一致性，是否一起上升