此同时，运输署会要求专营巴士公司开办特别路线，例如从鲗鱼涌往屯门、天水围的下午繁忙时间特别路线、及，以图取缔非法村巴服务。另一方面，有个别屋苑业主立案法团认为政府未有从居民根本利益出发，而进行交通路线招标，引致资源错配，未能应付居民通勤需要。例如清水湾半岛于2001年入伙后，居民以一直依赖非法邨巴服务前往市中心，直至2002年8月地铁将军澳线通车为止；可是运输署在未有谘询居民的情况下，引入新界区专线小巴109M线，该线非但未能应付屋苑庞大客量，更于早上繁忙时间引致混乱，因此要求政府批准把有关非法邨巴合法