汉军也成为了驻防八旗的重要部分之一。汉军在关内地区一般和满洲、蒙古八旗混合驻防，三藩削平后，汉军又进驻福建、广东沿海各省。清朝占领关内以后，汉军八旗又对局势的稳定起到了一个重要的作用，他们帮助满洲统治者适应中国国情，因地制宜，继承明制。其中范文程、宁完我、张存仁、洪承畴等几乎以“特别顾问”的身份影响着皇帝和大批满洲贵族。在大政方针上，除涉及满洲贵族的特权问题外，其他方面诸如政治、经济、军事、文化、民族关系上均能够有所提议，并被采纳。另外，由于急需说汉语之官员对内地进行治理，曾一度设置汉军专缺破例进行遴选