三世废黜，他与父亲一同被囚禁。1199年他和父亲设法逃脱，前往德国国王，其姐夫处寻求帮助。1203年，在十字军及威尼斯盟友的帮助下，阿历克塞四世和伊萨克二世夺回帝位，父子两人成为共治皇帝。但是阿历克塞四世无力支付事先承诺给十字军的报酬。重税和十字军在君士坦丁堡的暴行引起民众的极大不满。1204年1月底，阿历克塞三世的女婿阿历克塞·杜卡斯发动叛乱，阿历克塞四世最后被缢死。