关系控制朝政。院政的形成，与其说是皇室与外戚的矛盾，不如说是中下官僚与大贵族的斗争。后三条天皇得以整顿庄园，就是因为中下官僚的支持。
基础.摄关政治的基础，是藤原氏掌控的大量庄园；而院政是行国制，是将一个国（行政区）的行政、征税权在一定时间赋予特定个人，以换取对上皇的支持。这样反而使中央集权制度加速瓦解。院政接收了藤原氏与豪族的庄园，而积极整顿庄园引起了领主的不安。为了避免遭到清算，许多领主自动向上皇靠拢；上皇为了报答领主的支持，给予了豁免租税的优待，反而使庄园的独立性更强。