聪明代理校长时期.1948年12月7日，庄校长再度辞职（卢教务长已先请辞行政职），杜聪明以医学院院长兼教务长代理校长，12月15日行政院批准庄校长请辞，发表傅斯年接任。1948年12月19日，在上海中央研究院植物研究所做所长的罗宗洛写给中研院同仁傅斯年的信说：「杜为人甚机警。」杜代理校长在1949年1月20日交棒给傅。杜氏任内的建设可参见欧素瑛〈贡献这个大学于宇宙的精神〉。
傅斯年校长时期.傅斯年校长将附属医院改名附设医院，医学院院长仍请杜聪明，附设医院院长仍为魏火曜