虚县。后置城邑，立学校，表显儒术荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等；期间赐姓郡吏是仪。后被管亥所围，遣太史慈求救于平原相刘备。刘备受宠若惊，立即发兵解围。孔融治理北海六年，虽有匡扶朝廷的想法，但未有突出的政绩。建安元年（196年），为袁谭攻击，城被攻陷后逃往东山，妻儿为袁谭所虏获；袁谭和孔融自春季打至夏季，打到孔融只剩数百名军人，期间孔融依旧坐在书桌旁读书，并和人有说有笑，好像甚么事都没发生一样，直到袁谭攻陷城池当晚，孔融才逃到东山一带。
杀身之祸.汉献帝迁都许昌后，孔融任将作大匠、迁