姊妹企划停止了数日。用户进行捐赠提供了购买新伺服器的费用。2004年6月7日凌晨，维基百科等资料库伺服器故障，次日12点前以前包含全体语言和各种姊妹企划停止。在当机之前的一段时间的编辑无法恢复。2005年2月22日日本时间7点15分，资料中心发生停电事故，全体语言版停止运作。当天随即以唯读情况恢复了运作，但写入的功能需要等到次日日本时间7点25分左右才恢复。
全球排名先升后跌.2006年4月9日，日语维基百科条目数量达到20万、8月28日达成25万、12月15日再达到30万