墨西哥国立自治大学的校长任期为四年，可再次参选连任。校长的职责为：
大学架构.墨西哥国立自治大学内的团体组织是以学院或学校，而非以科系为单位建立的，本科和研究生均可以加入。该大学还管辖了公立预科高中（ENP）和由墨西哥城内数所高中组成的人文科学学院（CCH），总计所辖的ENP、CCH、FES（高等学院）、中等教育以及本科生和研究生人数超过324413名，成为世界上最大的大学 。
学院和学校.墨西哥国立自治大学有一系列涵盖不同学术领域的学院，如"工程学院"和