后病情一度稳定而出院，但之后仍复发。2016年4月20日因为过度疲累进入台大医院住院治疗，医院于5月21日发出病危通知，终因合併肺炎导致败血休克，于同年5月25日早上6点11分病逝台大医院。古金水过世之后，由情同姐弟的纪政担任治丧委员会召委，亦敌亦友的李福恩担任主祭，过去曾一起征战各项赛事的老战友都有到场致意，体育界的后辈们如郑兆村、杨俊瀚皆曾至祭祀会场对古金水着个大前辈致上敬意。古金水之女古筠曾是日本早安家族的台湾籍成员组成的海外团体冰淇淋少女组成员。