公告第一批15座一级古蹟名单，台南孔子庙名列其中。民国八十六年（1997年）5月，《文化资产保存法》修法后不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。台南孔子庙改为国定古蹟。民国八十六年（1997年）左右，中华民国行政院文建会（今文化部）委託国立成功大学建筑系规画一个以孔庙为中心的文化园区，当时规画范围除孔庙以外还有周围即将迁走的附近市府机关建筑等古蹟、历史建筑。而目前的孔庙文化园区则是孔庙沿南门路以南两侧，包括武德殿、永华宫、德化堂、延平郡王祠、郑成功文物馆、大南门、碑林与台南放送局