地区消退，但时常出现地方性流行。17世纪起，一系列重大鼠疫疫情再度爆发，直至18世纪末及19世纪初。 此后，19世纪中叶，鼠疫杆菌的一种新毒株在亚洲地区导致第三次鼠疫大流行。
简史.第一次鼠疫大流行（6世纪-8世纪）期间的查士丁尼大瘟疫，是有记录以来最早的鼠疫大规模流行。查士丁尼大瘟疫中，据估计有2500万-1亿人病死，约25%-60%的欧洲人口死亡。 此后，鼠疫在欧洲不再出现，直至14世纪的黑死病爆发。对于第二次鼠疫大流行的源头，存在争议，一说起源于中亚或克里米亚， 一说起源