神准的预测替新教军带来辉煌成就。1588年胡格诺大将孔代亲王亨利一世过世后，莫尔奈对纳瓦拉的亨利以及新教军的影响力是如此之大，以致他被广泛地称为「胡格诺派的教皇」。作为新教军首席军师的他，在1589-1592年年参与了多场重要战役，如1590年关键的伊夫里战役。当他完成出使英国协商的任务回来后，对1593年主帅亨利决定改宗天主教一事震惊不已，虔信胡格诺的他对亨利背弃新教失望心痛，因此逐渐疏离了确认为天主教法王亨利四世及其中央朝廷。他把新教事业的热情，转投注在学术研究与香火传承，于同年成立了索穆尔神学院。