免试直升曾文中学高中部，但一年后即因「省办高中、县办国中」政策，曾文中学高中部停办，于1967年9月转学至省立台南第一高级中学（今国立台南第一高级中学）。
大学时期.1969年自省立台南一中毕业后，同年的大学联考，陈水扁考入国立台湾大学商学系工商管理组，随后到成功岭营区接受8个星期的大专生军训教育，1969年9月到台湾大学就学，新生註册的同时加入中国国民党。在年底举行的第一届中央民意代表增额选举中，陈水扁在松山区麦帅桥下听到着名党外运动份子，人称信介仙之名的黄信介正计划参选立法