被清廷称为“准部”；天山以南为伊斯兰教的叶尔羌汗国，被清廷称为“回部”。叶尔羌汗国后来被准噶尔吞并。强大的准噶尔汗国曾经长期与清朝交战，后来不敌清朝。1758年，准噶尔被清朝征服。1759年，清廷平定回部的大小和卓之乱，回疆归于清廷统治之下，设置总理回疆事务参赞大臣以管辖之。
平定伊犁地区.1745年，噶尔丹策零病死，准噶尔汗国陷入内乱。1752年，大策零敦多布之孙达瓦齐在阿睦尔撒纳的支持下继承汗位。不久达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻。准噶尔内乱，使原本附属于准噶尔的各部落纷纷归附清朝