生态保护区」位于国家公园东侧的满州乡南仁村，保护区海拔最高不过526公尺，却是台湾岛少数仅存的低海拔原始热带季风林，同时形成热带、亚热带与温带植物分布于南仁山区，受恆春半岛特殊季风及雨量季节性分佈的影响，共有2200余种植物。如「大头茶」洁白似茶花，是东北季风盛行的迎风陡坡的常见植物。「南仁湖」位于天然山谷中，仅一条步道能前往，单程4.3公里。沿途生态样貌丰富，常可见「青斑蝶」、「黄蝶」的踪影。南仁湖原本是水稻田，由于稻田东边出水口被堵塞，水量累积逐日增多，形成宽广湖泊，在这一片广大水域之前有处小水潭，