去世，丁忧在家，仿徐干学《读礼通考》之例订制《五礼通考》纲目。干隆二十五年，文华殿大学士蒋溥重病，秦蕙田推荐徐灵胎进京诊治。干隆二十二年，擢领工部、兼署刑部尚书。次年，加太子太保。干隆二十五年，充会试正考官。干隆二十八年，充会试正考官。干隆二十九年（1764年）九月九日巳时，以病卒于沧州。谥文恭。着有《五礼通考》262卷。