被诊断出淋巴肿瘤，但他认为已经没有牵挂，期待平静地逝世，故拒绝进一步检查和治疗。冯鹏年拒绝插管治疗，临终前说「幕要落，总要落得有点凄美」、「我要自己写我的死亡剧本」，又向床边的冯丹美说「此情可待成追忆」。2013年1月8日上午8点，冯鹏年家属在台北市第一殡仪馆景行厅举行冯鹏年告别式，中华民国总统马英九亲自到场向冯鹏年家属致意。气象主播李富城说，冯鹏年播报风格「有点不受气象局约束」，所以才有《气象法》的立法。作家刘墉提到冯鹏年，以一句「他潇洒」道尽一切。刘墉说，冯鹏年是老菸枪，有一次在他生日时买了一具菸斗