国共内战初期，新购置了6架DC-4（由C-54改装）和8架C-46，开辟了上海-旧金山、上海-马尼拉、上海-东京等国际航线。
两航事件后.中国共产党联合当时的其它政党成立中华人民共和国，中华民国政府开始将资源迁往台湾。稍后发生两航事件，中航连同中央航空公司一夜之间瓦解。1949年12月5日，中央人民政府政务院印发通知，决定继续保留中国航空公司、中央航空公司，由军委民航局管理领导。在两航事件中的一批前中航员工组成了中国民航的第一代骨干。中航、央航分别以天津、广州为基地继续运营。1