生于顺治十五年（1658年）戊戌九月七日。其父曹玺本是多尔衮正白旗的包衣，之后正白旗被顺治帝收编。其母孙氏曾是康熙帝保母。由于他称明遗民顾景星为“舅”，故当代学界有观点认为他的生母实为顾氏，是顾景星妹妹（或说族姐妹，与昆山顾氏相关）。而孙氏实际是其父的嫡妻（或说继妻、妾室）。康熙二年（1663年），其父曹玺出任江宁织造（驻地江苏省江宁府，今南京市）负责织造御用和官用缎匹及采买御用物品，时年六岁的曹寅随同家人回到江宁。曹寅少年时入宫担任康熙的侍读，之后进入内务府任职于銮仪卫仪尉，负责管理皇家典礼相关事务