说法，一说是流经市内的有5个（浅滩），故名（日语「」和「」同音）；一是说孝昭天皇的「御诸」变为「御所」（日语本读同音，但此「御所」和今御所市的「御所」不同音）。本地至今仍保留了、、名柄神社、、等许多的延喜式内社，亦有包括在内的丰富的古代遗迹。在江户时代大部分区域为幕府的领地，另有小部分区域属于或的领地。19世纪末明治维新后，这些区域曾先后隶属奈良县、栉罗县、高取县、堺县、大坂府，最后在1887年重新设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的御所市辖区在当时分属、、、、、、、