能是感染生物体的病毒的整个基因组（原病毒），或病毒基因组的一些片段。当病毒的DNA序列融入到生殖细胞的基因组后，就可以随着生殖遗传到宿主的下一代，直到内源化为宿主基因的一部分，称为内源性病毒元件。对于内源性逆转录病毒和一些在内源化之后仍有能力复制的原病毒而言，其复制活性可使它们在宿主基因组中不断扩增。而对于非逆转录病毒而言，整合入生殖细胞的基因组是很稀有的事件，而且通常只有部分基因组片段被整合，通过这些片段很难再得到原来的具有感染性的病毒，但仍有被转录和翻译的可能性。