葡萄牙传奇巨星尤西比奥相中，进入本菲卡俱乐部。1990年，鲁伊·科斯塔被租借到AD法费俱乐部(AD Fafe)，正式开始职业生涯。1991年夏回到本菲卡，一直效力到1994年。在此期间，他为本菲卡队赢得了一次葡萄牙杯(Cup of Portugal)冠军（1992-93）和一次葡萄牙甲级联赛冠军（1993-94，时甲级为葡萄牙联赛最高级别）。1994年，鲁伊·科斯塔以600万欧元身价转会至义大利费伦天拿。他为这支球会效力7季，赢得2次义大利杯（1995-96、2000-01）和1次义大利超级杯（19