和基态之间的键的震动环境的不同。透过动力学同位素效应的角度，可以了解酵素催化反应的过渡态，且也可以用来发展过渡的类似物。
电脑模拟器.电脑模拟器被视为可以表示出酵素行为机制最有用的工具。分子力学本身无法预测电子转移；电子转移为有机反应的基础，但是分子力学可以模拟在酵素催化反应时蛋白质分子的多变性提供了足够的讯息。互补的方法，结合了分子力学和量子力学模拟的方法。根据这个办法，只有酵素催化反应的原子用于量子力学中，而剩下的原子，则用于分子力学中。
设计过渡状态类