两个孩子后离家出走。两人先后在兰州的报纸上发布启事，宣告离婚。1945年到1949年间，常书鸿等人除进行保护、发掘、临摹等工作外，还在兰州、重庆、上海、南京等地举办过几次敦煌壁画临摹作品的展览。还在重庆招收有志于敦煌艺术研究的助手。1947年与助手李承仙在兰州结婚。后与李承仙育有一女常沙妮（早夭），一子常嘉煌。
新中国成立后.1949年10月，中华人民共和国成立。由于当时政策对宗教持否定态度，在敦煌的和尚、道士、尼姑等被要求还俗，“自食其力”。在敦煌的艺术研究者也被要求开荒劳动