线粒体膜间隙蛋白质是对存在于线粒体膜间隙中的蛋白质的统称。这些蛋白质包括腺苷酸激酶、单磷酸激酶和二磷酸激酶等。虽然线粒体拥有自身的核糖体（即线粒体核糖体），可以在线粒体基质中完成蛋白质生物合成，但线粒体膜间隙蛋白全部都是在细胞质基质中完成合成的。膜间隙蛋白有保守性寻靶和非保守性寻靶两种转运定位方式。有研究表明，线粒体膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
分类.线粒体膜间隙蛋白质的转运机制与线粒体其他部分的蛋白质的转运相比有其特殊性。依据转运机制等不同可以将其线粒体膜间隙蛋白质为3类：