马鞍山，经至讲经台，被设为禁山，清朝沿用。1436年，白鹿洞书院获重建，至1497年书院诸生逾500人。1573年后，黄龙寺、千佛寺、云中寺、青莲寺等建成启用。 1579年，明神宗下诏毁天下书院，白鹿洞书院也未能幸免，但数年后得以复办。1645年，南明左良玉率军焚掠江州，庐山同遭破坏。1668年，吴炜撰所撰的《庐山志》十五卷问世。1674年，白鹿洞书院学田遭官府清理，书院规模因之萎缩。1804年，舒天香游匡庐，佛手岩在此前后被改称仙人洞。1834年，江北遭灾，圆通寺为灾民提供居所。1853年－1856年，太