1-1赛和公民，赛14场仅得13分，2006/07年球季原须要降落乙组作赛， 幸好后来足总增加甲组球队数目，南华向足总申请留级。足总採纳了南华的建议，并要求南华承诺筹组一队具实力的球队留在甲组作赛。
重新组军.申请留级成功后，博美娱乐主席兼前球会班主罗杰承重返球队，并以1,000万港元巨额班费展开新球季。新球季南华进行了大换血，仅留用8名球员，又签入巴西籍外援迪天奴、T史高斯等高水平球员，并聘请葡籍名将阿曼龙担任主教练。可是，表现仍旧未如理想，更在联赛中爆冷不敌护级份子港会2:3。