两阶段让事业部转亏为盈并走向民营化，否则就关闭该事业部。但其贱卖或贱租台糖土地给特定人士的传闻一直不断出现。且台糖每年营收扣除掉当年度土地租售营收后，本业营收呈现亏损的状况，并未在其任内真正改变。2006年4月24日，义美食品董事长兼越台糖业董事长高腾蛟表示，台糖只佔越台糖业4成股份，余政宪接任台糖董事长之后却多次干涉越台糖业人事，完全不把越台糖业董事会的决议看在眼里；对于余政宪扬言要到新加坡控告高腾蛟不放出董事长职位，高腾蛟要余政宪「最好立刻去告」。2008年中华民国立法委员选举，余政宪获得民进党