日战争开始后，上官任第十一军团长，次年升任第三十二集团军总司令。1940年，上官率部移防安徽南部，次年初对新四军发动了皖南事变。此后不久，上官升任第三战区副司令长官。1947年，上官任保定绥靖公署副主任，次年任华北剿匪副总司令。1949年，上官随同国民政府退往台湾。
逝世.1969年病逝于台北。
家族.保定陆军军官学校第六期同学余汉谋是上官云相妹夫。