达赖喇嘛的自传，昂旺扎巴坚赞死后，帕木竹巴的命令不再下达。1605年藏巴汗丹松旺波率领军队远征前藏后，卫藏政治局势受到藏巴汗极大的干涉。两年后，帕木竹巴主持藏巴汗和前藏派别代表在贡嘎县举行会议，会议并没有导致和解。1610年，藏巴汗开始限制格鲁派和第三世达赖喇嘛的影响。帕木竹巴在区域政治的作用日益边缘化，但在1613年参与了同藏巴汗战斗。 弥谤旺居杰布似死于此年，大概与战争或天花疫情爆发有关系。根据史料记载弥谤索朗旺秋札巴朗杰巴桑在1620年代成为帕木竹巴的领袖。