袁世凯任大总统，欲聘其为顾问，以“年老无意出山”拒绝赴任。晚年在上海卖字为生，自号邻苏老人。民国四年（1915年）1月9日，在北京逝世。逝世后，民国政府派专车护送灵柩回宜都，归葬宜茔龙窝。
成就.杨守敬二十五岁前往北京市，即好金石学，搜求汉、魏六朝金石文字，结交好友潘存。同治六年（1867年）着成《激素飞清阁评碑记》。在日本期间，收集散佚在日本的中国古籍，写成《日本访书缘起条例》。在大坂市，有人见杨购书，“莫不窃笑癖而且痴，而余不顾也。”回国后黄公度鼓励他写成《日本访书缘起条例