年6月，转任吴镇守府司令官，并于10月兼任第1舰队司令官。1944年3月，由大本营任命为中部太平洋方面舰队兼第14航空舰队司令官，驻地塞班岛。美军于1944年6月15日登陆塞班岛，经过3个星期的战斗后，日军在岛上的残存兵力仅剩约3,000名，为7月7日万岁冲锋作表率，南云于7月6日晚上约10点与和切腹，同时各命其副官用手枪枪击后脑勺为他们介错。
评论.南云中将的功过在历史上很难下个定论，在战前，南云在海军内部的评价是：「勇勐，富决断力，并且是未来担负海军责任的人」，但开战之后，一般