百子湾站有通往北京焦化厂、北京化工厂以及陶庄、垡头等地各类仓库的数条专用铁路线。从该站南行西折经小红门站、公益庄站、榆树庄站等站通向丰西编组站与丰沙线沟通，北行接东北环线与京包线相通，北行东折经双桥编组站沟通京承线、京秦线、京坨线，北行西折经北京东站抵北京站。