至日本，现代日本所传的东密、台密二个流派皆是源自于唐密。宋代之后，仍有一些属于杂密的密宗修行方式流传，如蒙山施食、放焰口等，但已不被视为是独立流派。中国佛教密宗祖庭为大兴善寺。青龙寺曾是密宗传法之所，寺宇于北宋时被毁。高野山真言宗总本山寺院金刚峯寺与京都的东寺同为日本真言宗之圣地。
历史.在成体系的密宗形成之前，称为“杂密”的一些密法已经就传入中国，最早见于三国吴黄龙二年（230年）竺律炎译出《摩登伽经》，支谦译《华积陀罗尼神咒经》，《无量门微密持经》，和《金光明最胜王经》。