924年，由当时最大的两个围棋组织本因坊门和方圆社在大仓喜七郎的支持下合并而成。日本棋院成立后，先后同棋正社、吴清源和围棋新社等组织或个人产生竞争。1950年，以桥本宇太郎为首的关西部分棋士脱离日本棋院，自创关西棋院。
历史.明治维新以后，失掉幕府作后援的围棋界不断重复分裂、合併、再分裂的情况。1872年村濑秀甫成立第一个现代化职业棋手的团体方圆社，与封建并墨守成规的本因坊家家督维持很长时间的对立局面。1923年大正年间发生导致90000人死亡的关东大地震，出现了使棋手们团结一起的