人们只知道瘤胃的微生物群落由细菌和原虫组成。自发现之后，已经从50多种食草动物——包括反刍动物、非反刍哺乳动物和食草爬行动物——的消化道中分离出这类真菌。
繁殖和生长.新美鞭菌门真菌通过游动孢子在反刍动物的胃中繁殖。游动孢子具有基体，但缺乏多数壶菌所具有的无鞭毛中心体。已知新美鞭菌门真菌还能利用基因水平转移制造木聚糖酶（其基因来自细菌）及各种葡聚糖酶。其细胞的核被膜在有丝分裂过程中始终保持不变，亦为其特征。
代谢.新美鞭菌门真菌缺乏线粒体。它们通过氢化酶体