派临济宗在台湾的本山，便改寺名为「榴禅寺」，但不久又恢复旧名。1772年（干隆四十二年），台湾知府蒋元枢整修该寺，并奠基该寺的格局，并留下碑记。18世纪末，该寺正式名称改为开元寺，海会寺之名则成通称。而1796年（嘉庆元年）时，为庆祝皇帝登基，台湾总兵哈当阿遂取「圣天子绥靖海疆至意」将寺名改为「海靖寺」，并予以重修、题献三匾。到了1869年（咸丰九年）时，寺名确定为「开元寺」，1870年之后，约每隔20到30年小修一次，再隔60年大修一次。
日治时期至今.在台湾日治时期，该寺一度差点