构，目前还无法得知这种结构的功能。颅顶头冠、颈椎也可观察到中空结构。第二到第四节颈椎长度分别为11公分、11公分、14.5公分，第四节颈椎的长度是高度的7.25倍。
种系发生学.莫干翼龙被命名时，被归类于北方翼龙科，是爬虫类的姊妹分类单元，两者都属于莫干翼龙亚科（Moganopterinae）。以下演化树来自于吕君昌（2012）的命名研究，只显示出鸟掌翼龙超科的部分：