，台湾总督府征收庙地以筑砲台，乡民于是将祖师请入洲仔庄建小庙奉祀，是称「洲仔祖师庙」。二次世界大战时，皇民化运动勃兴，官方在庙旁建筑了「讲习所」，授以日文教育。日本官吏收缴台湾民间信仰神像，乡民「黄忠」与「李兴」等人将神像私藏家中，以免于难。中华民国接管台湾后，乡民合议，将讲习所与本庙合併，扩建庙宇，定名为「清水宫」。夜间举行夜校，教授汉文、官话，俗称「暗学」，为民众教育多所奉献。1977年，因天上圣母神威显赫，灵蹟着闻，时常在本庄显灵，乡民提议重塑天上圣母金身配祀于庙中。
特