1591年），进礼部尚书兼文渊阁大学士，累加太子太保，改武英殿大学士。十一年春，进少傅兼太子太傅，代徐溥为首辅。刘健善断，谢迁善持论，而李东阳性温而多智谋。一时有“李公谋、刘公断、谢公尤侃侃”之赞。
正德朝.明武宗继位后，因听信刘瑾等太监谗言，刘健等遂谋划去除“八党”，结果计谋失虑，被刘瑾等人得利，最终弹劾未成功，刘健只能辞职。后刘瑾诏列五十三人为奸党，榜示朝堂，以健为首。之后又被削籍为民，追夺诰命。
晚年.刘瑾被诛后，刘健恢复官职。明世宗即位，派人慰问，