家居丧。其间开始研究中国古代史，着《最新中学中国历史教科书》，后改称《中国古代史》，根据历史进化将中国历史分为三期，被称为中国近代史学史中的“第一部有名的新式通史”。1905年，清朝为实行预备立宪派载泽等五大臣出洋考察，夏曾佑任随员。考察完毕归国后，历任泗州知州、两江总督署文案。辛亥革命后，1912年5月至1915年7月曾任北京政府教育部社会教育司司长，后改任京师图书馆馆长。 1924年，夏曾佑逝世。
评价.夏曾佑与梁启超、谭嗣同、严复等友好，梁启超誉为“晚清思想界革命的先驱者