有人都开始流传着塞巴斯蒂昂没有死，有朝一日将重返葡萄牙重祚。17世纪20年代，许多人把塞巴斯蒂昂的合法继承人布拉干萨公爵当成未亡的塞巴斯蒂昂。随着贫困的加剧，葡萄牙国内起义不断：1637年，埃武拉和阿尔加尔维发生暴动；1640年6月加泰隆尼亚起义爆发收割者战争。最终在1640年11月，葡萄牙贵族们策划了一场阴谋并得到了布拉干萨公爵若昂的正式支持。12月1日清晨，贵族们占领了里斯本王宫，处死国务大臣，迫令西班牙驻军投降，废黜菲利佩三世的葡萄牙王位，立布拉干萨公爵若昂为新国王，称若昂四世（葡萄牙王政复古战争）。