峰顶部有赤道上的永久冰川。南北沿海的低洼地延绵数百公里，分布有湿地、热带雨林、热带草原和红树林。除了高海拔峰峦，大部分地区都是湿热的热带雨林气候。
河流与湖泊.由于地处热带雨林地区，本省水系发达河流众多。巴布亚省最大河流是位于毛克山脉以北的曼伯拉莫河，由塔里库河和塔里塔图河两条河汇合而成。南部最重要的河流是迪古尔河，东部边境有跨国河流塞皮克河和弗莱河，弗莱河部分河段作为印度尼西亚和巴布亚新几内亚之间的界河。中部高地地区有许多小湖泊，主要有帕尼艾湖、蒂芝湖，北部近海有龙贝拜湖和森塔尼