有重要影响，且空气的电介质常数很低，超大气中的生产（光化学）几乎完全使用超氧化氢。超氧化氢是相当被动的，它通过降解有机污染物，来作为大气层的“清洁剂”。因此，超氧化氢的化学性质对地球化学十分重要。
环境影响.超氧化氢会参与破坏平流层臭氧的循环反应。它也存在于对流层，在这里它实质上是一氧化碳和烃类被羟基自由基氧化的副产物。