嵌入蛋白质内，不过仍然有部份蛋白质含有瓜胺酸。这些瓜胺酸是由胜肽精胺酸亚氨酶（PAD）所产生，在瓜胺化的过程中将精胺酸转化为瓜胺酸。一般含有瓜胺酸的蛋白质包括有人脑髓鞘硷性蛋白（MBP）、聚角蛋白微丝蛋白及一些组蛋白。如纤维素及波形蛋白能从细胞死亡及组织发炎中被瓜氨化。患有类风湿性关节炎的病人（约80%）会发展一套免疫反应对抗带有瓜胺酸的蛋白质。虽然这种反应机制的起因不明，但察觉抗体可以帮助这类病的诊断。