候令湖面蒸发大量湖水。萨雷耶西克半岛（上图的数字1所示）把巴尔喀什湖分为东西两部分,由一条狭窄的水道乌泽纳拉尔（宽约3.5公里）连接。湖的西半部分为淡水，而另一半则含盐度较高。湖的西半部分广阔而水浅，宽度约27公里至74公里，但水深不超过11米。由伊犁河从高山冰原流入淡水（盐度只有1.48‰），由于淡水供应量充足，令西半部分有足够淡水补给，成为淡水湖泊，但湖底还有一个咸水层。湖中盛产伊犁弓鱼、巴尔喀什弓鱼（即银色弓鱼）等。湖边大片苇丛中，有成群的鸥、野鸭、鸬鹚、天鹅等。周围陆地上有野猪、狼、狐狸等。