开幕不久随即面临香港于1997年7月1日主权移交，港府对外既要处理办事处享有的特权与豁免问题，对内又要调整包括薪酬在内的僱员条款，两者分别在1996年11月及1997年5月完成。自2014年雨伞革命起，经贸办的外墙成为港式连侬墙，当地民众会张贴海报、标语或便利贴等来表达对香港特区政府及中华人民共和国政府的不满。由于经贸办的地理位置为悉尼中心商业区最热闹的地段，经贸办连侬墙的参与民众既广泛，曝光率亦十分高。经贸办亦自此成为热门示威地点，示威者偶尔甚至会将黄丝带系上香港楼大门的铁闸上。经贸办的示威情况一直延