州遭遇空袭，使学校不能继续正常运作，被迫要离开五仙门，老师们带着愿意跟随学校走的学生离开，迁往肇庆暂避战火。1938年再由肇庆迁往香港的旺角广华街，而小学部在1940年迁入马头围士他令道。1941年与培正中学在坪石合办培联中学。1942年香港沦陷后，迁往澳门继续办学，后成立澳门培道中学。1945年战争结束，校方一方面迁回广州，接收东山校舍及复课，经历史演变成为现广州市第七中学；另一方面到香港设立分校，租用士他令道浸信会副堂作校舍之用。1946年香港分校正式命名为「香港培道女子中学」，1947年迁往九龙仔嘉林