空中防撞系统与航空交通管制的指示冲突时的优先次序。因为若是一架飞机遵从空中防撞系统，但另一架遵从航空交通管制，这样子仍有互撞的危险。最明显的实际案例，在2002年巴什克利安航空2937号班机，两架飞机在德国南部的乌柏林根（Überlingen）上空发生空中接近，两机都收到了空中防撞系统的警告，但有一架飞机未遵从TCAS的指示，反而听从ATC的指示，导致两机在空中相撞造成重大死伤。2006年戈尔航空1907号班机空难中两架均有空中防撞系统的飞机在空中相撞，因为机长误将答询机关闭，使空中防撞系统无法运作，两架飞