了肃清反对势力的斗争。1949年3月，李承晚势力开始通过“国会间谍案”大批肃清反李势力，并称金九是“国会间谍案”的后台。1949年6月26日，金九在寓所被右翼青年陆军少尉暗杀。时任韩国宪兵司令张兴在其死后发表的自传中说安斗熙是受时任李承晚政府国防部长官申性模的指示暗杀金九的。7月5日，韩国各界为金九举行了葬礼，将其葬于孝昌陵园。