牧首的领袖地位渐渐衰落。1593 年，牧首耶利米亚斯二世宣布莫斯科教区为自立教区。此后，希腊（1833年）、罗马尼亚（1865年）、塞尔维亚（1879年）、保加利亚（1870年）和阿尔巴尼亚（1937年）国家教会，依次成为自立教区。1922年，小亚细亚和色雷斯的约150万希腊、东正教居民，在希腊土耳其人口互换中被驱逐至希腊。因此，小亚细亚的基督徒所剩无几，受君士坦丁堡管辖的教区数量也进一步减少。因时任君士坦丁堡牧首（Meletius IV）在希腊土耳其战争中的反土耳其态度，以及土耳其共和国的世俗化运