为等处罚法（过失犯）」的罪名移送东京地方监察厅查办。经调查后，检察官认为907号班机机长并没有过失，故没有刑事责任。而两名管制员则以「业务上过失导致他人受伤」罪于2004年3月3日被起诉。这是日本史上首宗因为空中接近而追究管制员的刑事责任的案件。结果一审东京地方法院宣告两人无罪释放，然而检方不服判决提出上诉。2008年4月11日，东京高等法院推翻一审无罪判决，其中受训管制员被判处一年有期徒刑，缓刑三年；其教官则被判处一年六个月有期徒刑，缓刑三年。