日下旧闻》纂修官，后以母疾乞归。干隆四十八年以疾逝。编有《微波榭丛书》。孔继涵好藏书，又好校书，集汉唐以来金石刻千余种。其藏书数十万卷，与藏书家李开先并称“江北二家”。孔继涵于干隆四十八年十二月十八日（1784年1月10日）过世，享年四十五岁；其墓在孔林东北隅。