主持北方组织工作。1938年2月，周一鹗辞去中国大学生物系主任职务，奉命往武汉。在武汉，黄琪翔、章伯钧、彭泽湘商谈后，决定周一鹗到福建省政府主席陈仪处做反蒋中正工作。由章伯钧推荐给许世英聘为中央振济委员会委员，派赴福建视察难民安置工作。到福建后，取得陈仪信任，任福建省振济委员会常务委员代行主任委员职务，以后又任粮食局长。1941年秋，陈仪调离福建到重庆做行政院秘书长，周一鹗跟陈仪去了重庆，担任行政院物资局顾问、国家总动员会议粮盐组主任与党政工作考核委员会政务处组长等职，1944年获聘为台湾调查委员会委员