有房屋18间。阴阳学署和漏壶之室按照旧制仍置设在屋内，而旧有的日圭之台被移至大门之。大门上悬有「授时」二字的牌匾。南昌府经历（正八品官衔）王兴隆亲自督办重建工程。1496年3月，新建钟鼓楼竣工，工程共用木料近万根，瓦片近25万块。1587年7月，知府范涞再次修葺钟鼓楼，并于竣工后作诗一首，曰「共上高楼意若何，楼中玉漏瞰清波」。明朝末年，钟鼓楼毁于兵祸。清朝初年，江西巡抚、兵部侍郎蔡士英重建钟鼓楼，兵部右侍郎万恭为之作记。新建之楼高有八丈，宽达四丈，「飞榱勒栋，丛锐错节，耸东湖而隘西山」。清朝末年