为寥寥无几的学生上课。厄尔利于1861年5月4日接到通知，纽约州国民警卫队第69步兵团将征用乔治城大学校园直到这个月24日。此后，纽约州第79步兵团又于7月3至4日征用校园。1862年8月29日，联邦军征用该校充当医院，为约翰·波普（）少将在第二次马纳沙斯之役中受伤的部下治疗。伤员众多之下，圣三一教堂也被征用，乔治城大学直到1863年2月3日才不再是军用医院。厄尔利的任期在1865年底结束，前任校长马奎尔于1866年元旦继任。厄尔利接下来前往波士顿传教直到同年七月。
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