解后积极支援旧幕府军。在关东战败后转战东北方地方。忠祟的行动，使新政府愤怒，将领地完全没收，成为唯一被领地全没收的藩。
明治时代的林家.忠崇在得知德川家获允以骏府70万石大名资格存续后，在仙台向新政府投降，事后忠祟被幽禁在江户唐津藩邸。1869年林忠弘继续林家，身份是东京府士族，收入300石。忠崇在1872年被政治赦免，但是俸禄先后被削减乃至取消，因此生活艰苦。1889年明治政府发佈大日本帝国宪法，林家及旧藩士参与复权运动。1893年成为华族，林忠弘为男爵，忠崇则为无爵位的华族