督府的统治透过马尼拉皇家审问院，受到西班牙君主与印度议会影响。然而1821年墨西哥独立之后，都督府转为由马德里直接统治。都督府的统治持续到1898年6月12日，埃米利奥·阿奎纳多发佈《独立宣言》，宣佈菲律宾脱离西班牙统治而独立。然而到了12月10日，美西间签订《巴黎条约》，西班牙将菲律宾与关岛割让给美国。而帛琉、马里亚纳群岛和加罗林群岛则在1899年2月12日售予德国。
历史.
早期探险.在经过漫长的太平洋航行后，麦哲伦的船队于1521年3月6日到达关岛，