.文化大革命期间，方干民遭受残酷打击。在杭州艺专早期西画教授中，方干民是唯一在浙江美术学院时期仍然执教的一个，也是当时学院里仅有的两个正教授之一。他被污蔑为反动学术权威、国民党特务，遭到残酷批斗。批斗会上方干民被连踢带打，欺凌辱骂，并被长期关禁在在牛棚。，据卢炘着的《大笔淋漓：潘天寿传》 记载，那时「潘天寿、吴茀之、方干民同关一室。方干民被踢得全身乌青，实在忍受不住，服大量安眠药自尽。幸亏发现得早，总算救活了。潘天寿和吴茀之也都全身浮肿，经常被打得鼻青脸肿。他们的房间经常更换，以后又日夜加锁。」他