，家中的动乱仍然持续着。
父亲死后.永禄8年（1565年）、因为晴政的病故，使得政秀失去和本家继续对立的理由而与义祐达成和解。之后，政秀为了扩展势力，独断发起军事行动攻下了利神城；还在永禄10年（1567年）、和当时正在流浪的足利义昭私下接触。另一方面，东播磨的有力领主别所安治也开始不受控制。在义祐统治下的赤松氏，已经逐渐失去驾驭周遭领主的力量了。
赤松政秀的对立.永禄11年（1568年）9月、在织田信长的协助下，足利义昭就任征夷大将军、成为室町幕府第15