新世界中心的行人天桥需拆卸。2007年12月2日，两铁合併，东铁连同尖沙咀支线併入港铁，并由香港铁路有限公司营运。2009年8月16日，九龙南线通车，东铁线与西铁线（原九广西铁）贯通，尖沙咀支线改为西铁线路段，由西铁线列车行走；西铁线列车伸延至红磡站为南面终点站；同时东铁线列车重回历史，改回以红磡站为南面终点站，并成为两线的转乘站。尖东站成为西铁线的中途站，月台亦缩短。
红磡站.尖沙咀支线启用后，红磡站1号和4号月台成为备用月台，2号月台往罗湖/落马洲，3号月台往尖东。