病复发的关系，松井在今季开始以指定打击的球员登场，在跨联盟赛事中，只能以代打上阵。9月22日左膝接受内视镜手术，打击率.294，99支安打及45个打点。2009年世界棒球经典赛由于左膝在不久之前做过手术，基本上没可能出席世界棒球经典赛。但日本队教练原辰德仍将他的名字登录在后备名单之上。2009年1月16日正式从登录名单上删除他的名字。2009年8月22日与24日松井在芬威球场和波士顿红袜队系列赛，第一战和第三战都打出单场2发全垒打，生涯单场2支全垒打累积到6场。2009年8月24日，松井在芬威球场