进呈红丸，皇帝吃了一丸之后，直唿“忠臣！忠臣！”下午三时复进一丸，九月一日五更时暴毙，在位仅二十九天。这是明朝着名的红丸案。礼部尚书孙慎行声讨方从哲与李可灼。方从哲为了脱罪，说「李可灼没有罪，给皇帝治病就该赏银。」定调为「进药不效，但亦臣爱君之意」。泰昌元年（1620年）十一月三、二十日，连续两次上书乞休。熹宗慰留之。十二月二十八日，批准。李可灼发戍边疆。天启年间，徐大化请起从哲，但从哲不出。崇祯元年（1628年）卒。赠太傅，谥文端。
家族.长子方世鸿，廕尚宝司丞。其人不学无术