依同法461条之规定，经法务部令准，执行检察官于收到法务部之令准后，若无刑事诉讼法第461条但书之事由（亦即无提起再审或非常上诉之可能），必须于令到后3日内执行死刑。《死刑执行规则》第2条规定，执行时，先由检察官会同看守所所长莅视验明，并核对人犯人相片、指纹表后送监执行，其因他案在监狱执行中者，会同典狱长办理。执行前后应拍下受刑人相片，报部备查。而若死刑犯有器官捐赠之意愿时，应签署捐赠器官同意书。而何时签署何囚之死刑执行令并无明确标准，致死刑之执行屡遭批评沦为执政者政治操作之工具，亦有因法务部部长不愿签