一度因为无法承受而说出是「是我做的」的证言，后来撤回自己的证言并且表明是见廻组所为。明治3年（1870年）10月10日，大石遭到斩首。（罪名是杀害伊东甲子太郎），享年32岁。根据大正年间一本总结耆老回忆的『史谈会速记録』中阿部十郎的回忆，大石与沖田总司有好几次被一起提到，因此能看出他是能够威胁到新选组里这些有名人物的剑客。据说他的长男雷太郎因为害怕被审问而改名为本间歌吉并且在下谷稲荷町开了一家玳瑁雕饰店。