任淮北军区政治委员。 1944年7月25日，在豫湘桂会战河南沦陷背景下，新四军四师向路西发展恢复豫皖苏边区，开展河南抗战局面，彭雪枫率领四师主力5个团执行西进任务，邓子恢等率领两个团和地方武装坚持淮北路东根据地，配合支援主力西进。1945年当选中国共产党第七届中央委员。
第二次国共内战时期.抗日战争结束后，中共部队战略调整，新四军主力进入山东；邓子恢根据中央电令，于1945年10月从淮北路西前线前往淮阴，并于11月宣布正式成立成立华中分局，邓子恢为书记，谭震林为副书记，华中留下的新