湾清治末期至日治初期，军功寮地区为一街庄，称为「军功藔庄」，隶属于捒东下堡。该庄北与聚兴庄为邻，东与大坑庄为邻，东南与廍仔庄为邻，南边及西南边为水景头庄，西边隔旱溪与旧社庄为界。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于台中厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「二份埔区」，隶属于台中厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄改编入「三十张犁区」，仍隶属于台中厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「军功