总统下令阿瑟·圣克莱准备进攻西北领地的印第安人地盘。与此同时，已是弗吉尼亚民兵准将的斯科特受命开展一系列前期突袭。1791年7月，他率军多次成功突击奥阿特农村，但同年末圣克莱带兵发起的主线攻势仍不免落于惨败。1792年肯塔基州从弗吉尼亚州分离后不久，肯塔基州议会委任斯科特统领州民兵第二师，并授予少将军衔。斯科特带领第二师同“疯狂的安东尼”统率的合众国军团在接下来的西北印第安人战争中相互配合，最终经鹿寨战役奠定胜局。斯科特曾当选弗吉尼亚州众议员，还曾多次担任总统选举人，退伍后，年势已长的他决定出马竞选州长