，张江裁所着的《燕京访古录》记载，该寺“为元代所建，正殿供奉欢喜佛”，但这种说法不见于清朝文献，所以恐不确切。谣传普度寺寺址在元朝曾为皇家祭祀设施——太乙神坛的所在地，此说法不对。经过考证，太乙神坛在明朝“南内”崇质宫（明英宗被软禁处）的位置上，与北京皇城西南角的庆寿寺相对，均在元朝皇城城墙外。其具体位置当在清朝的普胜寺附近。清朝末年至民国年间，普度寺被军队或其他机构占用，仅剩下山门、正殿、方丈院等建筑保存较好，其它建筑先后被拆改，失去原貌。普度寺里有民国时期建立的“国民三小”，后称“普度寺小学”，