派任其职以统治整个西藏地区开始，一直到1720年代清朝在西藏驻军并设立驻藏大臣为止，在这近500年之间，西藏历经萨迦、帕竹（乃东）、仁蚌巴、藏巴等代理政权的更替，进入西藏历史上的「各教派统治时期」。
萨迦巴.13世纪初，强悍的蒙古族在北方兴起，成立蒙古帝国。从1206年开始，成吉思汗及其后继者先后灭掉畏兀儿、西辽、西夏、金朝和大理国。1240年，蒙古大汗窝阔台的皇子阔端派遣大将多达，率军深入西藏，企图了解西藏的政治形势和众多教派的详细情况。1244年，60余岁的萨迦派高僧萨迦班智达