院系调整发展成为师范学院、医学院和农学院。1958年8月，医学院、农学院和工学院被从延大分离出来，成立独立的延边医学院、延边农学院和延边工学院。1959年3月，延边工学院又被回并到延边大学。1960年开始，延大开始有计划地招收汉族和其它少数民族。文化大革命时期，朝鲜族教育体系遭到严重破坏，被诬陷成“修正主义”、“地方民族主义”。延边医学院和延边农学院被改为专科学校。延边农学院1/3的教职工被戴上“反革命”和“特务”的帽子。延边大学20%的教职工被以“走资派”、“反革命修正主义分子”、“牛鬼蛇神”各种罪名