浪、内使王瑶意图扶植英宗复位，明代宗大怒，逮捕两人下诏狱。后来卢忠找同寅占卜，同寅告诉他：“这是不吉利的兆象，即使一死也无法化解。”卢忠因恐惧装疯。商辂进言称其不足信，于是卢忠一併下狱，后以他罪连坐降为事官，王瑶被杀，阮浪被囚。景泰五年（1454）代宗易储，后晋升商辂为兵部左侍郎，兼任左春坊大学士。当时河南饥荒，商辂请垦荒给粮。之后，钟同、章纶下狱，均由商辂力救得免。《寰宇通志》成，加兼太常寺卿。景泰七年（1456年）代宗病重，群臣请建东宫，不予批准。商辂继奏称：「陛下宣宗章皇帝之子，当立章皇帝子孙。」