教的气氛开始缓解，教会和教堂得到恢复，农历七月十四日，在教案之后艾儒略首次在福州教堂做公开的弥撒。1641年——1648年间，艾儒略任耶稣会中国南部教区副主教，管理南京、江西、湖南、四川、浙江、福建教务，共有教士15人。1643年北京情况危急，艾儒略在史可法邀请下经邵武、绥安北上，准备讨论在澳门筹备抗清之事，但史可法的军队才到浦口，清兵便已经进入南京。艾儒略只得折返福州。1645年，隆武帝于福州登基，赐匾予福堂。1646年10月，清军攻入福州，艾儒略逃至莆阳，后又避难于延平。艾儒略晚年严重营养不良，疾病缠身