内战期间，由于岸边年久失修，加上国民党在撤退时炸毁了一些码头，南京港无法运作。50年代后，中央政府和南京市政府都非常重视南京港的建设，并陆续改造、新建了一批设施。1986年3月20日，南京港对外开放，并成为了中国内河吞吐量最大的港口，直到在2018年被苏州港和南通港超越。
岸线.南京港的港界为：长江北岸上至驻马河口，下至泗源沟，全长110公里；南岸上至慈湖口，下至大道河，全长98公里。1899年南京开埠后，南京口理船厅便宣布，在港界限内设置码头、建筑等需得到理船厅的批准。192