建瀛之邀，赴金陵校刻金鹗《求古录礼说》、郝懿行《尔雅义疏》、胡培翚《仪礼正义》等书。咸丰六年（1856年），太平军陷金陵，陈奂避祸苏州，在潘曾玮家中教书。晚年家居授徒，有徒弟管庆祺、丁士涵、马钊、费锷等。同治二年（1863年）去世，享年七十八岁。陈奂对《毛诗》有深入研究，“博征古书，发明其义”，着有《诗毛氏传疏》三十卷。