第6代藩主在二之丸的东北方兴建了稻荷神社，此后历代藩主均对神社祟敬有加，而且每年一度的祭日时会开放让城下町的住民入城见参拜，就算鹤冈城被拆毁后神社依然保持原好模样，深受当地民众的敬仰。明治元年（1868年），戊辰战争爆发，作为谱代大名的酒井氏参与了奥羽越列藩同盟以佐幕派身份作战。明治8年（1875年），鹤冈城被拆毁，本丸二之丸改作，本丸遗址则在明治10年（1877年）改建为。