北关教会由于属于基督复临安息日会教会，故与沈阳市基督教三自运动委员会和基督教协会，关系颇为微妙。近日来，由于沈阳市基督教协会将其下属的北门里教会出卖给房地产开发商，导致北关教会信徒，极其愤慨，于今年年初起开始有一系列社会问题，请见北门里事件。受北门里事件影响，2013年4月20日晚10点钟，有100多名中国公安警察，冲入沈阳北关教会，将房门逐一踢开。将包括堂主任郝雅杰牧师在内的20多名教会领袖带走。