作人的小泽十光，于辞职之后创办了该工作室。创立初期，Brain's Base透过跟漫画家永井豪密切的关系，以制作改编的OVA起家。1998年，由Brain's Base独立制作的第一部OVA《zh-cn:真盖塔机器人 世界最后之日;zh-hk:真三一万能侠 世界最后之日;zh-tw:真盖特机器人 世界最后之日;》发行。2000年，Brain's Base第一次独立制作的动画电影《》上映。2002年，Brain's Base第一次独立制作的电视动画《-{zh-hans:爆斗宣言大钢弹;zh-h