因之一，抑癌基因和（或）原癌基因的突变会造成恶性转化。根据统计，乳腺癌组织中平均基因突变数达20,000处以上，普通的恶性黑色素瘤组织中平均基因突变数则达到80,000处。此外，表观遗传学上的改变也可能造成恶性转化。比如，在恶性转化过程中，部分与DNA修复相关的基因或其他基因可能会因启动子区域过甲基化而发生转录水平上的沉默。另外，在恶性转化过程中，RNA干扰等转录后调控机制也可能会发生改变。比如，乳腺癌组织中的多种miRNA会因为启动子发生过甲基化而停止表达，后续的RNA干扰也因此而停止进行。Sec