1877年，是日本第一所近代大学，也是日本的最高学府。日本人诺贝尔奖得主中，物理学奖得主朝永振一郎、文学奖得主川端康成、和平奖得主佐藤荣作都毕业于东京帝国大学。东京工业大学亦是东京顶级的大型国立大学，主校区位于目黑区大冈山，是日本最顶级的理工科大学。由大隈重信创建的早稻田大学和由福泽谕吉创建的庆应义塾大学合称「早庆」，被认为是东京私立大学的双璧。上智大学、明治大学、立教大学、中央大学、法政大学等亦是东京代表性的私立大学。自关东大地震后，东京都心的大学开始出现向多摩地域转移的现象。
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