已确定了两种小太阳瓶子草的变种，分别为原变种和多毛变种，后者捕虫瓶的外表面存在明显的毛被。朱利安·阿尔弗雷德·斯特耶马克曾于1984年描述了小太阳瓶子草的一个变型，但其现已被视为原变种的同物异名。
相关物种.小太阳瓶子草与刚毛太阳瓶子草和艾俄那西太阳瓶子草之间存在着密切的近缘关系。其中，刚毛太阳瓶子草与其他太阳瓶子草属物种之间都可以轻易区分。小太阳瓶子草各部分的尺寸都小于刚毛太阳瓶子草。而艾俄那西太阳瓶子草除花序外均大于刚毛太阳瓶子草。就与小太阳瓶子草同域分布于驰曼塔山的驰曼塔