于当时对立教宗克勉三世当时正控制着罗马，教宗选举延至1088年3月才可以举行。1088年3月9日，各主教级枢机、大约40名主教和修道院院长于特拉西那主教宫旁的圣伯多禄及圣切萨雷奥教堂聚集。3月9日至11日期间，各神职人员进行禁食和祷告。3月12日，弗拉斯卡蒂主教、波多主教和阿尔巴诺主教一同提议厄德·德·拉格理成为教宗。很快，枢机选举人选出拉格理枢机成为教宗，并由阿尔巴诺主教宣布新教宗会选择「乌尔巴诺二世」作为他的。同日，乌尔巴诺二世正式就任天主教第159任教宗。
后续.选举结束后，