溪中污染严重而呈现优养化现象，致使水中缺少氧气。造成污染的主要原因为二仁溪上游流经内门养猪区、田寮牛羊牧场、阿莲鸭寮，而下游又有废五金处理厂排出含重金属的污水。容纳如此多种高浓度污水，二仁溪水质兼具黑、臭、毒。自然生态几乎已经破坏殆尽。据说过去南萣桥下是泛舟、垂钓、赏落日的天堂，河畔淤泥上遍佈红树林、招潮蟹、弹涂鱼等构成特殊的生态环境。而今一切已成往日云烟；目前只能看见桥东侧沙滩上杂草一片 ，间许有燕子飞梭而过，白鹭鸶静立水泽。而桥樑西侧淤泥已被人们开辟成鱼塭。三爷宫溪是二仁溪各支流中污染状况最严重者，