包含两层不同时代的史前文化：下层为绳纹红陶文化牛稠子类型，上层的史前文化为大湖文化鱼寮类型，尤其在鱼寮遗址是嘉义平原最早发现的史前遗址之一，能够代表嘉义平原在新石器时代晚期的文化样貌。遗址目前种植甘蔗，大部分区域保存良好。鱼寮遗址出土的文化遗物种类有石器与陶器两类，其中最具代表性的为：鱼寮遗址出土高腹圜底罐与鱼寮遗址出土球形豆，目前收藏在台湾国立自然科学博物馆。高腹圜底罐功能可能为储存，此类陶罐在其他考古遗址极少发现。球形豆为特殊罕见的陶器，其功能可能为祭祀用品，目前只在此遗址发现过。