安土桃山时代，由桑山氏管治，1601年被移封到大和国新庄藩。纪州藩最初的藩主是浅野氏，浅野氏统治期间，曾经在大坂之役期间爆发纪州一揆，浅野军採取措施镇压。1619年，广岛藩的福岛正则因得罪幕府而移封到其他领地，浅野氏长晟移封到广岛藩，新入藩的是家康十男赖宣，石高是55万5千石。赖宣着手进行领地改革招募不少浪人为藩工作，改建和歌山城，解决浪人过剩的问题，又实行地士制度，对国人实行怀柔政策。1651年由井正雪曾伪造赖宣的文书，但被幕府发现，正雪最后被处死。在第三任藩主纲教和第四任藩主赖织先后上任不久而