9月18日，吴伟超宣佈退出香港代表队，表示已经代表香港参与国际赛事多年，两年前从中国大陆回到香港发展，乃是希望一心一意专心为球会效力。而且他都已经年纪不轻，希望将自己的足球经验分享予队中年轻球员。对于退出，吴伟超表示心里十分不舍得，不过他认为此决定是对香港队好，他很赞成当时苏格兰裔教练摩力克将香港队年青化此方向，他退出是希望让更多年青球员有机会代表香港，吸收经验及进步。2006年，吴伟超退出香港队对乌兹别克的赛事，全因头部受伤刚做手术，巧合地当时效力的上海申花要在当日友赛杰志，他却正选上阵被球迷狂嘘，遭