等革命军占领武汉之后，中国北方由王天纵发动讨袁，其衔名令其自订，事后由总理孙中山任命。数天后，黄兴在愚园召各方面负责人开会，方觉慧代表京津地区参会，报告京津形势。7月9日，方觉慧经南京、武汉乘火车返回北京。7月12日，李烈钧宣布江西独立，檄文讨袁世凯。二次革命掀起。1913年7月20日，稽查长蓝剑豪奉王天纵之命，告诉方觉慧警总将在次日清晨之前突击搜查，并告诉方觉慧已在日本人开设的山本医院预订了一个房间。当晚，方觉慧即开会疏散报社全部非正式员工，销毁密件，并请上海总部派来的查光佛立即回上海。散会之后，方觉