行政院农业委员会依《》 公告之保育类野生动物名录，按照族群数量与保护等级，可分为"濒临绝种保育类"、"珍贵稀有保育类"及"其他应予保育类"之野生动物共三大类，内容函盖台湾境内及境外之物种。依《文化资产保存法》公告之自然纪念物，则包括珍贵稀有植物。依据农委会公布的台湾保育类野生动物物种，计有濒临绝种保育类41种、珍贵稀有保育类123种以及其他应予保育类48种。珍贵稀有植物则有5种。以下依种类分列，台湾特有（亚）种于中文名后以星号标示（特有种：*，特有亚种：**）。
台湾境内.Se