设置甘肃新疆阿克苏道和甘肃新疆喀什噶尔道，但开始时南疆二道的职责没有明确，直到光绪十一年（1885年）才正式规定了道员的职守；光绪十四年（1888年），在伊犁、塔城一带设置甘肃新疆伊塔道。设甘肃新疆巡抚一员，正一品。总管全疆事物。受陕甘总督节制。甘肃新疆巡抚下设甘肃新疆布政使一员，主管新疆行政；甘肃新疆提学使一名，主管新疆教育；抚标（巡抚直属军队）4营，兼辖喀拉噶巴尔逊、玛纳斯、济木萨、库尔噶喇乌苏、吐鲁番、精河各营。各道下设道员、知府、同知、县令。新疆提督一名，从一品。受甘肃新疆巡抚和陕甘总督节制