毛惇元（），字裕仁，浙江绍兴府余姚县（今余姚市）人，民籍，明朝政治人物，榜眼及第。
生平.浙江乡试第三十七名。嘉靖三十八年（1559年）己未科会试第三名，殿试中式第一甲第二名进士。授翰林院编修。卒于任上，后事不详。
家族.曾祖毛杰，进士 赠刑部主事；祖父毛宪，按察司副使；父毛炳，顺天府治中。母周氏（封安人）。