寺的寺名来自于它所处的山峰，因此山形如大鹏，故取名“夏琼”（藏语意为“鹏鸟”）。寺院为湟北四大名寺之一（广惠寺、却藏寺、佑宁寺、夏琼寺）。寺院始建于元朝至正九年（1349年），是青海省最古老的寺院之一。创建者曲结顿珠仁钦是格鲁派始祖宗喀巴的老师。清干隆帝曾敕赐有汉、藏、蒙、满4种文字的“法净寺”紫匾，从此夏琼寺由清朝政府拨专款供养。
建筑.占地面积300多亩，大小建筑群27处。有佛殿、僧舍2260多间，木式楼房26座。灵塔殿中安奉着曲结顿珠仁钦的灵骨大银塔。