传统的不锈钢单皮层构造设计制造。而透过车辆轻量化，则可减低列车行驶时的能源消耗。除了前述的金属物料，其他採用的物料均可循环再造，以完成零碳排放量的目标。车体涂装方面，彩带主色则採用东日本旅客铁道商标的深绿色。机器方面，E993系的最大特色是採用关节式转向架，与之后制造的E331系一样，是国铁时代起首次採用的设计。关节式转向架让列车能以较高速度通过弯道和提高搭乘的舒适度。同时，因列车使用较少车轴而可降低制作成本和维护开支。E993系实验的关节式转向架有两种的设计，分别为两点式支撑和四点式支撑设计，每种设