蛋白质首先根据分子大小用SDS-PAGE分离。然后将胶中的蛋白质转移到膜（如PDVF膜、尼龙膜或其他可用的膜）上。然后将膜用含有抗体的溶液浸泡，由于抗体可以特异性地结合到目标蛋白上，因此就可以探测膜中的目标蛋白。同样观察结果的方法有很多，包括显色产物、化学发光（chemiluminescence）或放射自显影。一些与西方墨点法相似的方法可以用于直接对细胞和组织中的特定蛋白质进行染色，然而这些被称为“免疫染色”的方法更多的是应用于细胞生物学而非分子生物学。此外，还有并不常用的“东方墨点法”（对双向电泳后蛋