年国家大唿拉尔选举中，额尔登巴特尔在科布多省第42选区作为“祖国－民主联盟”候选人参选，但失败。2004年9月，被任命为蒙古国不管部部长，主管技术监督事务。2006年1月至2007年12月，额尔登巴特尔担任蒙古国自然环境部部长，2007年12月由冈唿亚格·希勒格丹巴接任。