亦控制一些物质，如白血球进出血管。在某些器官，有一些高度分化的内皮细胞负责特别的过泸功能。例子包括有肾丝球及脑血管障壁。
病理学.内皮功能失调是失去了正常的内皮细胞功能，是一种很出名的血管疾病，且经常会导致动脉硬化。在患有糖尿病、高血压及其他慢性病理生理情况都是十分普遍的。其中一种内皮功能失调是一氧化氮的递减，一般是因为高水平的非对称性二甲基精氨酸影响由精氨酸引发的一氧化氮合成。