拟合函数，提高了寻找非弦波谐和函数的自由度。这是一项基于快速傅立叶变换、对取样间距任意且标准误差不均的讯号进行分析的快速演算法。实作此方法的原始码也已被公开。由于离散讯号往往不具有相等的取样间距，此方法先将讯号「栅格化」，即稀疏地在数个取样点间填入一串时间序列。所有时间轴上互相交会的栅格点之统计权重都将被设为零，亦即取样点之间的为无穷大。
应用.最小平方频谱分析法最主要的用处是对未完整记录的讯号进行频谱分析，且不须对其窜改或掺入不存在的数据。利用最小平方频谱分析法所得的频谱中之