和水则被认为是彗星撞击所带来的，像是SL-9。水不可能来自对流层，因为对流层顶的寒冷像一个冷凝管，有效的防止了水从对流层上升至平流层（参考上段的垂直构造）。以地球和太空船探测为基础的测量导出了木星大气层内的同位素比率。在2003年7月，被接受的同位素氘的量是，这大约就代表了太阳系诞生时的原恆星云中原始的数值。在木星大气层的氮同位素N对N的比率是2.3，在地球大气层是3.5。
区、带和喷流.可见的木星表面被划分成与赤道平行的一定数量带状区域，它们有两种类型：色彩明亮的称为"区"（