军在平定奢寅时有大疫，“分布各将据险固守，相机擒剿，迟速殊难豫定”。崇祯六年，山西出现爆发“明末大鼠疫”，加速明朝灭亡。
清朝.顺治四年（1647）夏秋，“江西抚州大疫，尸相枕籍，死数万人。”（光绪《抚州府志》卷84）康熙九年（1670）正月灵川大疫。（《清史稿》）康熙二十一年（1682）五月，榆次疫。（《清史稿》）康熙三十二年（1693）七月，德平大疫。（《清史稿》）康熙四十一年（1702）三月，连州疫。（《清史稿》）康熙五十六年（1717）正月，天台疫