政商界名流纷纷前往祝贺。林荣三更是意气风发，在大会上宣佈：《自由时报》的发行量、阅报率均是台湾第一。
2000年之后.2005年，次子林鸿邦接任自由时报社长。2008年5月13日下午，林荣三获当时中华民国总统陈水扁颁赠二等卿云勋章，当场称赞陈水扁总统任内让「台湾本土意识」与「主权独立意识」都不断地增加。2015年11月28日，林荣三因肝肿瘤併发心肺衰竭于台大医院离世，享寿77岁。一位不具名的《自由时报》资深员工回忆，过去林荣三对于该报编务可说是「亲力亲为」，每天都要等到晚上