柯文哲，柯收入抽屉未转予官股董事，并在9月26日解任自作主张的董事长许长仁，使其无法在董事会上提案解任韩国瑜，打乱了民进党原先规画。尔后因秋季台风、豪雨重创台湾中南部蔬果产地，全台菜价9月底开始失控。2016年10月20日至24日，民进党新潮流立委段宜康多次在Facebook发文，指控北农黑幕重重，建议检察官查扣北农帐册，打击菜虫（垄断蔬菜市场的人）。10月21日，民进党新潮流系议员质询平价冷冻蔬菜只有释放到惠康、大润发、爱买、家乐福、全联，五家利润高的大型通路，没有传统市场，认为北农平稳菜价维护消费者