弹劾张璁、桂萼下吏部谪边，未加罪于孙应奎。不久，孙应奎弹劾吏部尚书方献夫。升户科左给事中，终于因再次弹劾张璁而下诏狱，之后释放回职。嘉靖十一年（1532年），被贬高平县县丞。累升至湖广按察使司副使，督采大木，因事连坐被捕，随即获释。历官右副都御史，巡抚顺天。召理都察院事，迁户部侍郎，进户部尚书。任期内负责筹画兵饷抵御俺答汗入侵。改南京工部尚书、南京户部尚书，致仕归乡去世。