。与粉岭站南北两面为收费区不同，大堂中央为收费区，南北两面则为非收费区以及出入口。一楼的收费区并设有洗手间；而大堂以及位于月台层的C、D出入口均设有客务中心。在本站大堂内、C和D出入口旁均设有不同类型的商店。此外，也有自助服务设施供乘客使用，包括自动柜员机、自动售卖机以及香港邮政邮箱。另外，大堂非付费区并设有「会员服务站」，供乘客享用港铁友礼会的会员优惠。
月台.上水站设有2个侧式月台，并不设月台幕门。月台中央设有扶手电梯连接大堂，而在月台两旁均设有紧急出口。Section