联社与合众社广为传播，认为「决定台湾未来地位时，应诉诸公民投票」（应曾受1945年外蒙古独立公民投票之启发，亦为2004年公民投票法之先声），他也在台湾独立理论与运动的先行者廖文奎及廖文毅之姪子廖史豪的介绍下加入战后台湾岛外的第一个台湾独立运动组织台湾再解放联盟。1948年，因参与台独运动，遭中国政府监视并下达逮捕令，邱永汉因此白色恐怖而于12月逃亡至英属香港，1954年再移居日本，并加入「台湾青年独立联盟」。
文学创作.邱永汉在台北高校时即创办诗志《月来香》，参与台湾文艺家协