月7日总统府发言人王郁琦举行记者会宣布，马英九总统任命立法委员吴敦义接任行政院院长，于9月10日吴敦义内阁全员宣誓就职，上任后施政方针为：灾后重建与国土保育、防治H1N1新流感、振兴经济促进就业、推动两岸与外交关系与持续照顾弱势等五大重点；时任台南市长赖清德曾赞其为最有能力的行政院长；2011年6月19日马英九总统宣布，由吴揆担任第十三任副总统候选人，于次年1月14日当选，2月6日辞去院长职务，5月20日宣誓就职；吴揆是马英九总统任内任期最长的行政院院长，为期2年又6个月（2009年9月10日-2012年2