船只的航行问题，尼加拉瓜政府在圣胡安河开展了疏浚工程，因为这条河属于尼加拉瓜。但是哥斯大黎加政府发现，尼加拉瓜从河中挖取出的泥沙堆积在哥斯大黎加境内，并向尼加拉瓜政府表示抗议，尼加拉瓜承认这个错误，并表示不会再发生。这一事件引起了两国之间。另外，虽然尼科亚半岛已于1824年被哥斯大黎加吞併，但尼加拉瓜总统奥蒂嘉曾于2013年宣称瓜纳卡斯特省为尼加拉瓜领土，接管瓜纳卡斯特将极大地增加尼加拉瓜可用于勘探石油的大陆架面积，并将尼加拉瓜边界延伸至哥斯达黎加首都圣何塞70千米以内。这一事件也引发了哥斯大黎加政府的不满