尸体会被细菌所腐化来维持平衡。很自然地，其化石周边就会出现矿物质的同心沉淀，称为结核，也是可以好好保存菊石目化石的原因。在黏土中发现的菊石目表面都会保存了珠母层的涂层，如英格兰的盔菊石。美国及加拿大的白垩纪皮埃尔泥板岩出产大量的菊石目化石，包括桿菊石、饼菊石、船菊石、装甲船菊石及，与及大量展开的形态。这些化石大部份都能保存原有的壳。其他化石，如在马达加斯加及加拿大艾伯塔省发现的，都会有虹色。这些虹色菊石目在打磨后都有宝石的质素。相信这种虹色在活生生的菊石目并不存在，而是在其壳上多了额外的一层。