辞职，入东京神学院研究喀尔文派与预选说教义，改任教于台南长荣中学、台北神学校。1945年二次大战结束，担任淡江中学教务主任，1946年接替林茂生，任淡江中学校长。1947年二二八事件发生，有学生陈尸校园，陈能通出面收尸。1947年3月11日遭到国民党军人闯入校长宿舍将之逮捕，失去音讯，与淡江中学教员黄何纯一起遭难。后来警备总部表示陈能通有「发表荒谬言论，煽动学生，招致流氓及青年，在校举办军事训练班」之罪名，显示已遭杀害，唯遗体仍下落不明。