东巡抚张广建改任山东都督职。胡瑛于3月19日辞职。3月25日袁世凯免胡瑛都督职，烟台山东军政府解散。此后，他曾被袁世凯改任为新疆青海屯垦使，他没有就任。此后，胡瑛加入宋教仁组织的国民党，并当选民元国会参议院议员。1913年，宋教仁被暗杀后，胡瑛参加二次革命讨伐袁世凯。二次革命失败后，和黄兴流亡日本。翌年8月，和黄兴、李根源等人组织欧事研究会。同年冬归国。后袁世凯邀请胡瑛赴北京为其幕僚。1915年8月，胡瑛、杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和组织筹安会，支持袁世凯即皇帝位。1916年，袁世凯称帝失败，