内阁被袁世凯直接控制。孙中山让位总统后，从事国家建设，宣传民生主义、事业发展、铁路计划，黄兴请辞南京留守，表示没有割据的意思。内阁问题发生后，袁世凯邀请孙中山、黄兴前往北京，消除争端。应黎元洪的请求，袁世凯召集了武昌起义首义者之一，被尊为共和元勋的张振武和方维，以“图谋不轨”于8月16日在北京杀害，引发临时参议院和黄兴的言辞责问。袁世凯为离间黎元洪和同盟会，将黎元洪的来电公布，使得黎元洪无法辩驳而只能依附袁世凯。8月下旬，孙中山和黄兴北上，孙在北京停留20多天，与袁世凯会面13次，希望袁世凯作正式总统，