谈判期间，朱德与刘少奇在延安继续处理中共中央日常事务，参与制定“向北发展，向南防御”的战略方针，主张及早占领东北；参与制定和调整战略部署，编组野战兵团，实现战略转变等决策。第二次国共内战爆发后，同毛泽东指挥中共军队作战。1947年2月10日，开始以中国人民解放军总司令名义发布命令。1947年3月，由于胡宗南的军队进攻陕北，朱德参加刘少奇为书记的中央工委，开赴河北西柏坡，负责中共佔领区土地改革运动的工作。1947年10月，朱德指导华北野战军举行了清风店战役和石家庄战役，这是人民解放军第一次攻克坚固设防的大城市