2016年夏季帕拉林匹克运动会的田径男子5000米比赛于9月8日至15日于阿维兰热奥林匹克体育场举行，设有3个共5个级别的比赛项目。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：T11级：T12级：T13级：T53/54级：