宿舍时，每个礼拜都吃猪脚。因为在美国超市，猪脚比牛肉便宜。大学时曾至加州大学柏克莱分校参观，之后便一直想到柏克莱念书，但没申请到柏克莱只好念哈佛。1968年夏，参加成功岭大专集训班，分发到二团十五连。在开训典礼中代表一万多位学兵，向主持典礼的中华民国国防部部长蒋经国宣誓。大学时期的马英九曾参加保钓运动。1972年，日本与中华民国断交，与同学至机场对椎名悦三郎示威，用鸡蛋砸中其座车。大学毕业后，1972年10月8日入伍，分发至海军服预官役，于中华民国海军陆战队受三个月基础训练，后任职于海军左营基地