与其姐夫徐道覆分二路北伐，于桑洛州合力击溃刘毅（今江西九江市），乘势攻入京师建康，史称卢循之乱。此时刘裕回撤，卢循和徐道覆发生内讧，卢循久攻京师不破，撤守寻阳。10月徐道覆进攻江陵，为守将刘道规所败。12月卢循被晋军打败，退守广州。411年刘裕派兵击杀徐道覆。卢循最后于交州被交州刺史杜慧度歼灭，投水自杀，至此乱事平定。刘裕消灭若干异己后，为了名正言顺称帝，先后发动两次北伐。当时南燕慕容超屡屡入侵，409年刘裕率军伐南燕，次年攻破南燕都城广固（今山东青州市），擒杀慕容超，南燕亡。而后因卢循叛乱，刘裕回师。