后汉朝破匈奴，西域各国转而臣服于汉朝，至汉宣帝神爵二年（前60年），行政机构西域都护府所管辖范围则已不只36国。《汉书·西域传》亦记载在公元前6年－5年期间，西域逐渐分裂为50余国。1世纪开始，半独立的西域各国相互之间不断兼併，至4世纪时逐渐形成了鄯善、车师等几个大国并起的局面。后魏晋设西域长史府，南北朝时期，西域各国臣服于北朝。5世纪—6世纪，西域局势再度变化，新兴的高昌国相继打败西域诸个国家，建立了一个地跨新疆大部的强国，除少数国家外西域诸国向西迁徙，为中亚地区带来了繁荣的文化。隋唐时，中原王朝军队