万泉寺名称由来是因为该寺面向万丹的水泉村。康熙年间的《凤山县志》纪录万丹街有一座观音宫。《重修凤山县志》在介绍主祀观音的兴隆寺时，顺便提及港西里万丹街也有一所主祀观音的寺观。李文良推测是指今日的万泉寺。当地民众简朝宗、李瑞文口述的建庙传说，在台湾清治时期有林姓、李姓认为此地为称作「龙喉穴」的风水宝地，各以铜钱、五寸钉标地，争执之下，由县令下令捐出盖庙。道光二年（1822年）为了纪念寺庙重修落成而立的碑文，称赞主祀观音菩萨的万泉寺非常灵验，说明重修原因是创建有年已飘摇损坏，所以地方绅衿在嘉庆二十二