理体制后来被证明不符合医学教育、临床和科研的实际，影响了上医的发展。2005年，复旦大学建校100周年，张江校区、江湾新校区先后建成投入使用。同年复旦学院作为本科一年级新生学院成立，作为学校实施通识教育的教学、研究和管理机构。2010年，在复旦黄山门事件中，一位民警在拯救遇险的复旦学生和校友期间殉职，复旦大学被救者反应冷漠引发巨大争议。2013年4月，上海医学院学生林森浩与黄洋因琐事发生矛盾将后者毒死，林森浩后被判处并执行死刑。2012年，新的复旦学院成立，复旦学院升格为复旦大学的本科生院。同年