商业机能受挫，其后树杞林（今竹东）便遂渐起而代之。尽管如此，九芎林在人文与宗教的发展上，仍有其特殊地位，中元普渡及文林阁的创建便是明证。一直到光绪末年，九芎林仍然是头前溪中上游各街庄的学术文化中心。同治十三年（1874年）牡丹社事件发生后，清廷改採开山抚番、增设府县的政策。隔年（光绪元年），淡新分治，九芎林地区改隶新成立的新竹县。光绪二十一年（1895年），台湾割让予日本，时为日明治二十八年。日治初期，台湾行政区划异动频繁，九芎林地区初隶台北县，一度拆分台北县而改隶新竹县，不久新竹县又被合併而仍隶台