营收后，本业营收呈现亏损的状况，并未在其任内真正改变。2006年4月24日，义美食品董事长兼越台糖业董事长高腾蛟表示，台糖只佔越台糖业4成股份，余政宪接任台糖董事长之后却多次干涉越台糖业人事，完全不把越台糖业董事会的决议看在眼里；对于余政宪扬言要到新加坡控告高腾蛟不放出董事长职位，高腾蛟要余政宪「最好立刻去告」。2008年中华民国立法委员选举，余政宪获得民进党提名，在高雄县第二选区（茄萣乡、湖内乡、路竹乡、永安乡、弥陀乡、梓官乡、冈山镇、桥头乡）参选，迎战时任中国国民党副主席的「红派少主」林益世。此