台大期间他也开始探勘台湾全岛及澎湖群岛之「第四纪」地层，从此奠定台湾「第四纪」地质学研究的基础，为其一生最重要的研究成果。终战之初，台湾受国语教育的地质系学生尚未毕业，因此，石油公司、电力公司有技术方面的问题常需要林朝棨协助。林朝棨接受台电总工程师孙运璇邀请，协助埔里、雾社和万大水库等水库的建设。孙运璇原有播给车马费给林朝棨，但林氏以教授已有薪俸可领，坚持仅收取电力公司职员日薪30元台币。后来有陆续参与了奥万大坝、雾社坝、泷见坝等水坝设计，小梅、竹头崎、宝山、出矿坑等油田之调查与大溪煤田、三崃煤田、澳底