1951年，叶笃庄组织翻译、审校了《米丘林选集》、《米丘林全集》、《全苏列宁农业科学院1948年会议记录》、《赫胥黎自传》等等。后来，他接受中央人民政府出版总署副署长周建人委托，重新翻译达尔文的《物种起源》，从此开始翻译达尔文的着作。 1957年，中国农业科学院成立，叶笃庄获聘为研究员。
右派与入狱.1957年反右运动中，叶笃庄被划为“极右分子”，开除公职。随后，1958年，叶笃庄被逮捕，关入监狱。1962年6月，叶笃庄被从监狱中放出。放出后，九弟方实探望叶笃庄，询问其入狱缘由，但