载垣等争论于上前，载垣等以失仪自劾，而斥陈乖谬，降三级留任。咸丰七年，陈孚恩在江西团练有功，得高心夔引荐，依附肃顺，以头品顶戴署兵部侍郎。八年，署礼部尚书，未几调兵部尚书。参与审理“戊午科场案”，一意秉承肃顺等人意图，致顺天府乡试主考官、文渊阁大学士柏葰于死地。程炳采临刑时大哭：“吾为陈孚恩所绐，代弟到案以至于此。陈孚恩谄媚权奸，吾在冥间当观其结局也”。后肃顺等失势，少詹事许彭寿疏请治党援，陈孚恩遭罢黜，有诏谓：“孚恩当大行皇帝行幸热河，命诸臣议可否，孚恩有‘窃负而逃，遵海滨而处’之语，意在迎合载垣等。