制兼侍讲同知谏院。嘉佑六年（1061年）迁起居舍人同知谏院。司马光立志编撰《通鉴》，作为统治者的借鉴。治平三年（1066年）撰成战国迄秦的《通鉴》八卷上进宋英宗，英宗命设局续修，并供给费用，增补人员。宋神宗以其书“有鉴于往事，以资于治道”，赐书名《资治通鉴》，并亲为之序。王安石在宋神宗的支持下行新政，他竭力反对，与安石在帝前争论，强调祖宗之法不可变。神宗命他为枢密副使，但司马光坚辞不就。熙宁三年（1070年），自请离京，以端明殿学士的身分前往陕西永兴军担任知军一职，这是他在三十年仕途中第一次出任亲民