03年至1867年）以后，日台开始有官方往来。日本庆长14年（1609年），德川家康任命有马晴信晓谕台湾原住民纳贡，原住民不予理睬。元和2年（1616年），德川家康任命长崎代官村山等安征服台湾，等安以次子村山秋安率领2、3千人征台，但因遭遇风灾无功而返。宽永5年（1628年），荷兰驻台湾的荷兰东印度公司与日本商人因贸易纠纷而发生「滨田弥兵卫事件」。宽永15年（1638年），日本锁国，荷兰商馆迁移到出岛。宽文二年(1662年)，郑成功代替荷兰东印度公司统治台湾，重建台湾政权，结束荷兰人在台湾的统治。郑成功死后