在明武宗正德四年（1509）至世宗嘉靖四年（1525）之间，但其中的《仪礼注疏》由《仪礼图》代替。真正意义上的《十三经注疏》第一次合刻于嘉靖十二年（1533）至十七年间，主事者为时任福建按察使的李元阳（1497-1580）。帝王朝廷第一次钦定颁行始于神宗万历十二年（1584），全部刻成于二十一年（1593）。后代多有重刊《十三经注疏》者。明末有毛氏汲古阁本。清代干隆四年有武英殿刻本。嘉庆二十一年，阮元在江西南昌府学主持校勘刻印的版本比较完善，附有校勘记，通行至今。