在交流的过程中也十分重要。雄性蜥蜴的化学信号会传给对手，而雌性蜥蜴的化学信号则是传递给潜在的配偶用的。蜥蜴可能会通过气味辨认出同种蜥蜴的不同个体。蜥蜴之间一般不用声音来互相交流。大型的蜥蜴会发出爬行动物常见的嘶嘶声，并张开大嘴。有的蜥蜴（特别是壁虎、蛇蜥、部分鬣蜥）能够发出更为复杂的叫声，声音器官也在这些不同的物种身上独立演化。这些叫声有的短促，有的尖锐，有的响亮，被用来求爱、领地防卫或表达痛苦。雄性大壁虎的交配鸣叫听起来就像“tokay-tokay”一样。蜥蜴有的也会用触觉来传递信息。它们会相互摩