（1687年）擢左都御史。康熙二十八年（1689年）服父丧期满返京，遭左都御史郭琇弹劾其与高士奇“互相勾结，表里为奸，植党营私，招权纳贿，蒙蔽视听，扰乱朝政”，又收受嘉定知县贿赂银五百两。康熙令其休致回籍。康熙三十三年(1694年)，因大学士王熙、张玉书的推荐，康熙帝以《明史》「自开局纂修以来，岁久未告竣，事预期速，蒇宜专责成」，责成王鸿绪开始编修《明史》。康熙四十一年，《明史》列传刚脱稿，尚未订正，万斯同即逝于王鸿绪寓所，《明史》的编纂进入了另一个阶段。康熙四十三年（1704年）参与纂修《佩文韵府》。