玉祥部改编为国民一军后，韩占元任该军第37混成旅旅长，率部在北京、天津地区抗击直奉联军、直鲁联军。国民军在北京、天津地区失败后，韩占元奉命撤往张家口、绥远地区。所部途经晋北时，遭晋军武力阻击，无法前进。后来经过与晋军协商，遭晋军阻击的国民一军韩复榘部、石友三部、韩占元旅及韩德元旅（韩德元为韩占元之弟）均临时依附晋军，以获得给养及休整。韩占元及韩德元兄弟均被晋系临时委以晋军师长职务。1926年9月，冯玉祥自苏联回国，抵达绥西五原，举行五原誓师后，将国民军改编为国民联军。韩占元被任命为国民联军北路援陕军第8