在江户哥哥・古屋佐久左卫门请求而前往京都并立志要当医生。然后进入当时、以兰方医（荷兰医学）而着名的石川樱所门下、彻底学习荷兰医学。之后前往大坂进入集结全国人才的适塾并且接受绪方洪庵的指导。凌云也在这里展现头角、不仅学到西洋医学的知识、还能自在地讲着荷兰语。接着还进入幕府开立的英学所学英文、使他的英语也相当流利。庆应元年（1865年）、知道凌云才能的一桥家，将凌云拔擢成一桥家専属医生。大体上那时同样出身一桥家的德川庆喜也成为第15代将军、因此凌云也被幕府登用为奥诘医生。
到法国