.2000年11月，谢尔顿再次回到彼得森空军基地，在美国空军空间司令部担任需求主管，2001年1月1日，晋升准将。在空军司令部工作至2003年6月，先后担任多个岗位，包括A8计划规划主管，A3空天作战主管。在空军空间司令部任职后，谢尔顿调到位于内布拉斯加州奥福特空军基地的美国战略司令部，先后担任能力和资源整合主管、J5计划政策主管。2004年7月1日，晋升少将。2005年5月，谢尔顿回到他军官的起点范登堡空军基地，担任第14航空队司令。2006年7月，美军指挥链调整，兼任了美国战略司令部联合空间机