电厂所管理的雾社水库亦与日月潭水库联合运用，配合发电系统需求以调节下游日月潭水库水量。
生态.在生态保育观念尚未成熟前，许多宗教团体买了很多种外来鱼，来日月潭进行放生活动，殊不知外来物种非常容易伤害原生物种的生态，而最严重的是玻璃鱼。早年当地渔民所打捞上来的鱼货以奇力鱼（kizuat）为主，而今鱼货中玻璃鱼占了70%以上。而玻璃鱼在日月潭里几乎没有天敌，其主食是奇力鱼的卵，所以奇力鱼的繁殖出现很大的危害。渔民曾尝试炸玻璃鱼来食用，因为全身都是骨头刺，鱼肉非常少，仅适于作水族箱内的观