向神宗离间，帝渐不能无疑，累加诘责，且夺其俸，沈鲤渐有去志，首辅申时行请旨于万历十六年（1588年）将其放归。万历三十年（1602年）七月以故官兼东阁大学士入阁参与机务，由于他为官鲠亮，誉满朝野，为首辅沈一贯妒。万历三十一年（1603年），由于支持礼部尚书郭正域查明伪楚王案的主张，引来沈一贯恨意。万历三十四年（1606年），罢归。
佚事.《万历野获编》记沈鲤补官入都，住于凶宅之事。又记载沈鲤惧内，子嗣艰难，夫人六十几还调药治经期，以望诞子。生一女善妒，沈鲤临终相见継子一面而