该报写专栏的南方朔与卜睿哲帮谢长廷辩护的言论，「把极端主义者拿来当论坛主流」，以「圈养式资讯」在台派内部制造矛盾，「像四十年前执行独裁统治的老K（国民党）中常会」。2012年12月28日，詹钖奎甚至披露，曾有人在《自由时报》内部会议中委婉劝告该报创办人林荣三不要利用媒体公器襄助民进党的新潮流系与苏系，反而被林荣三大骂「不支持苏贞昌，要支持谁」。2013年6月6日14点，《自由时报》电子报即时新闻转载中央通讯社对珑山林企业董事长林鸿尧（林荣三么子）假赠与士林官邸附近土地案的报导后，发现林鸿尧是本案