基胞嘧啶出现于CpG与CpNpG序列里。而对真菌及动物来说，则主要存在于CpG双核苷酸（CpG dinucleotides）中。所有真核生物细胞中皆只有少量此类位置，嵴椎动物的Cpg胞嘧啶约有70%到80%受到甲基化。胞嘧啶受到脱氨作用后，会转变成尿嘧啶，不过此情形相会被DNA修复酵素辨识并移除，而5-甲基胞嘧啶在脱氨作用之后则会形成胸腺嘧啶。此种转变会导致置换突变（transition mutation）的发生。一般的胞嘧啶可在某些化学物质，如亚硝酸的作用下而发生脱氨作用，进而转变成胸腺嘧啶。5-