拉巴赫战争期间，直到1992年5月舒沙被亚美尼亚军队，阿塞拜疆军队一直将其用作的弹药库。夺取舒沙后的几年里，教堂得到了修理和翻新，用完整的复制品替换了毁坏的天使塑像，一尊天使塑像的图案被用在了舒沙市徽的上面。1998年，它重新作为教堂开放，成为它是亚美尼亚使徒教会阿尔察赫教区的主教堂和总部。在2020年纳戈尔诺-卡拉巴赫战争期间的2020年10月8日，该教堂遭阿塞拜疆轰炸，损毁严重。