，造成身体内其他的组织受损。除了超氧自由基之外，钙离子失衡、粒线体本身的生长受阻、破坏粒线体分裂与融合的动态平衡、MPTP的诱导、不适当的活化细胞凋亡机制以及NAD+的消耗殆尽，都是造成粒线体功能障碍的原因，或是在粒线体失去功能后所看到的变化。由于代谢症候群或是神经退化障碍等病理变化都可以看到这些粒线体功能失调的踪迹，现今科学界已聚焦在粒线体功能身上，为这些病理变化找出新的治疗策略。
粒线体缺陷疾病.线粒体病（mitochondrial disorders）是遗传缺损引起线粒体代