台后，召复原官，充经筵讲官，晋侍读。引疾归里，作后渠书屋，在其中读书讲学。世宗即位，擢南京国子监祭酒。嘉靖三年（1524年），张璁、桂萼等因在“大礼议”中谄附世宗，骤然显贵。崔铣耻与同列，上疏求去，并上疏弹劾张璁等，触怒世宗，被免官。后起为少詹事兼侍读学士，擢南京礼部右侍郎。嘉靖二十年（1541年）卒，朝廷赐祭葬，谥文敏。《明史·儒林》有传。
成就.崔铣为明代理学大家。着有《洹词》、《后渠庸言》、《政议》、《文苑春秋》、《士翼》等书。 曾修《彰德府志》。