恐惧祸及自身，便逃返洛阳（今河南省洛阳市）接母亲一同回到封国琅邪。永兴二年（305年），东海王司马越起兵讨伐在长安（今陕西西安）挟帝掌政的河间王司马颙，就假司马睿为辅国将军；不久司马越统兵西进，加司马睿平东将军、监徐州诸军事，让他留镇下邳（今江苏省邳州市）。在下邳期间，司马睿就请了昔日在洛阳力劝自己返回封国的王导担任自己的司马，并让他为自己出谋划策。永嘉元年（307年），司马睿听从王导及东海王妃裴氏的建议，将驻地由下邳迁至东吴故都建邺（今江苏省南京市），并获晋怀帝进为假节、安东将军、都督扬州江南诸军事。