54年，俄国着手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯地区都落入了俄国的手里。俄国的统治，引发不少反抗，亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，同治年间清朝陕甘地区回民暴乱，失败后的回民北迁至今日楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。1916年，俄国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯人从中亚迁徙至当时新成立的中华民国。
苏联时代.1922年，苏联成立时归属突厥斯坦苏维埃社会主义自治共和国。1924年