国中增班之压力。于1988年5月市政府指派原成功国中王福来校长兼任筹备主任，经三年多的协调擘划，于1991年1月动工兴建，同年8月正式成立并招生，王福来先生奉派为该校首任校长。崇明国中校名，系取自邻近道路崇明路。崇明国中毗邻台南市立文化中心、台南市立医院、崇明国小。创校之初，因校舍建筑尚未完工，曾暂借邻近之台南市立忠孝国民中学、崇学国小教室上课；于1991年11月8日正式迁回现址上课。第一年招收新生12班，学生450人；2011年，三个年级已近80班 (不含特教班)，因人数众多，入学学生实施总量管制