的形式存在，对环境的抗性很高，进入人体后即可感染小肠上皮组织。造成人类隐孢子虫病的物种大多是小隐孢子虫与两种，不过犬隐孢子虫（"C. canis"）、猫隐孢子虫（"C. felis"）、火鸡隐胞子虫（"C. meleagridis"）与也可能感染人类。免疫缺陷者被感染的症状一般较严重，但免疫正常者也可能被感染。
基因组.2004年，小隐孢子虫的基因组被完整，发现其粒线体中不含有DNA。