维奇（Harwich）地区的国会议员积极参与政治活动。但是1688年光荣革命后詹姆斯二世逃出英国，皮普斯的政治生涯也告终结。他在1689年1月哈维奇地区的选举中失利，并于2月辞去了秘书职位。
皇家学会.皮普斯于1665年当选为皇家学会院士。并于1684年12月1日至1686年11月30日担任主席。牛顿的《自然哲学的数学原理》在此期间出版，初版封面上印有皮普斯的名字，表示对出版的许可。概率论中有一个“牛顿-皮普斯问题”即由牛顿与皮普斯的讨论引发。该问题是：掷6次骰子至少掷出一次6