后，柔佛的不少沿岸地区便落入了暹罗以及后来的满者伯夷的手中。数十年后，马六甲苏丹王朝建立，伊斯兰教迅速地在整个马来群岛传播。马六甲王朝败给葡萄牙帝国后，马六甲皇室的后裔逃到柔佛河并建立了柔佛苏丹王朝。柔佛王国不断尝试夺回马六甲，引发了柔佛王国、葡萄牙和苏门答腊亚齐之间的三角战争。在荷兰东印度公司（VOC）抵达马来半岛后，柔佛王国在荷兰人的帮助下终结了葡萄牙在马六甲的统治，并且重夺不少位于苏门答腊的领土。尽管如此，马六甲依然由荷兰人控制。其后，柔佛王国发生内部纠纷，不列颠东印度公司（EIC）也将势力扩张至马来