现代化科学理论与方法研究天然药物中化学成分的一门学科。其研究内容包括各类天然药物的化学成分（主要是生理活性成分或药效成分）的结构特点、物理化学性质、提取分离方法以及主要类型化学成分的结构鉴定与生物合成途径等。在有机化学领域，天然产物的定义通常限于从初级代谢的或次级代谢的途径产生的天然来源分离的纯化的有机化合物。在药物化学领域，定义往往进一步局限于次级代谢产物。次级代谢产物不是生存必需品，而是为生物提供了演化的优势。许多次级代谢产物是细胞毒性的，并且通过进化已经被选择和被优化，用作对抗猎物，捕食者和竞争生