1577年取消胡格诺派的一些特权，但天主教的神圣联盟也被解散，部分提升了衰落的王权，并使法国得到七年的安定期与势力平衡，说明他有相当高的政治手腕和权术。然而，1584年亨利三世的弟弟和继承人、安茹和阿朗松公爵法兰索瓦去世，使其妹夫、胡格诺派首领纳瓦拉国王恩里克成为王位自然的继承人，而亨利三世有意承认。天主教徒担心形势将对他们不利，于是在首领吉斯公爵亨利领导下反对纳瓦拉的恩里克与亨利三世，引发所谓三亨利之战（1585-1589年，有的说法是1584-1593年；三亨利指：亨利三世，吉斯公爵亨利一世，纳瓦拉