因特别费起诉而辞职，并于同日宣布参选2008年总统大选。在2008年总统大选中，马英九以七百多万近六成的得票率当选，也缔造第二次政党轮替。2012年顺利连任中华民国总统。2015年11月7日，马英九在新加坡与中国共产党中央委员会总书记习近平进行两岸领导人会面，是两岸隔海分治66年以来最高领袖首次会晤。
家庭背景.祖先为扶风县马氏，唐武宗会昌年间马植徙至江西永新的溪冈，称为溪冈马氏，元末时溪冈马氏的马成中，投奔明军，转战湖北、湖南，战死。其子马光佑因而在湖南湘潭县湖田定居，是为湖