所则认定他的着作中的二十余条说法有异端的嫌疑，禁止他的着作出版。1627年和1630年范·海尔蒙特两次承认自己有过错,但在同时期他写给马兰·梅森的信中可以看出，他的基本观点并无改变。1634年3月他因“借助化学哲学在世上传播黑暗”被捕入狱四天，后来一直被软禁到1642年。1644年他出版了自己的荷兰语着作《Dageraad ofte Nieuwe Opkomst der Geneeskunst》 （《黎明,或称医学的新兴》)。同年冬天，范·海尔蒙特自知不起，嘱咐儿子要把自己的其它着作整理出版。Secti