内战期间，马里兰州被置于美国联邦政府的直接管理，德拉瓦州则被置为北方军事占领状态。阿肯色州和田纳西州在了解到林肯政府对亲南方的地区的镇压后，宣布脱离美国北方政府加入南方政府。1904年2月7日，巴尔的摩市发生大火，整个城市几乎被烧毁。从哥伦比亚特区、费城至纽约等地都有消防队赶来救援，但由于各处消防水龙头的接头有所差异，因此救援人员面对大火无能为力。这件事件导致了国家标准技术研究所（NIST）的诞生。1980年，巴尔的摩国家水族馆建成。同年在巴尔的摩内港地区海建成一系列的的商业观光区，巴尔的摩内港逐渐