与中国科学院脱钩，更名为“国际关系研究所”。中苏交恶期间，国际关系研究所参与了《九评苏共中央的公开信》的起草。文化大革命爆发后，陈毅任党委书记的外交部党委沿袭政治运动的老办法，抛出外交部党委内定的35名“牛鬼蛇神”交群众批斗，其中包括外交部党委成员孟用潜（国际关系研究所所长）、王炳南、陈家康及一批司、处级干部；另外向外交部党委当时认为与文化有密切关系的单位如国际关系研究所、北京外国语学院等单位派工作组，发动群众批斗“牛鬼蛇神”。按照外交部党委的部署，1966年8月准备对孟用潜在外交部及他分管的国际关系研