丘先甲也因办理乡勇团练、开垦土地等因素，举家迁往台中。丘逢甲曾到台中「衡文书院」任主讲，后又于台南和嘉义举办新式学堂。
脱逃之恶名.光绪二十年（1894年），甲午战争爆发，丘逢甲奉旨督办团练。次年，清军战败，李鸿章与日本签订《马关条约》，割让台湾，台湾人民激愤，丘逢甲呈文，反对割台。条约生效后，丘逢甲倡立民主国，率绅民奉旗、玺及总统印，献于巡抚唐景崧，并声援义军反抗。5月23日，唐景崧发表《台湾民主国独立宣言》。5月25日，台湾民主国成立，年号“永清”，唐景崧出任总统，刘永福为大将