而其目的则是为了贯彻「招抚生番、清除内患、垦殖番地、扩张疆域」之政策所设置，原则上也是台湾抚垦局之主管，由台湾巡抚兼任，副主管则为帮办台湾抚垦大臣。督办抚垦大臣一职，设于1886年，为首任台湾巡抚刘铭传兼任。刘铭传奏请朝廷，任命板桥林家士绅林维源以太常寺少卿身份，派为帮办台湾抚垦大臣。1895年，台湾依照马关条约割让给日本后，该官职予以废除。