，承天府旋即被郑经所废，承天府府尹亦裁撤取消。较为特殊的是，郑成功与郑经建台期间，仍据闽南部分领土，故台湾庶务多由承天府府尹统治治理。
东宁总制.东宁总制为郑氏王朝初期总辖台湾的官职。1674年，东宁总制正式设立，担任此官职的为明郑要臣陈永华。而该职务之设立，其主要目的为郑经西征中国期间，留守台湾之用。越数年，郑经攻打中国福建失利回台后，该总制并未取消。1680年5月，陈永华因病辞卸该官职，并于同年7月逝世。之后，即无人担任该官职。
清治时期.Sectio