时遭便衣警察在学校内进行调查（东大ポポロ事件），他表示坚守大学自治与学问自由之立场。
晩年.1958年，获得名誉教授称号；1961年，胃癌病逝，享年68岁。东京大学驹场校区设有矢内原门，附近设有「矢内原公园」。日本历史学家家永三郎赞誉为「日本人的良心」。台湾作家林深靖赞誉为「虽然不是马克思主义者，但是他耿介不屈，『以骨头为笔，以血汗为墨』，坚决反对日本当局武力侵华；即使因此得罪当道、被硬生生剥夺教职，他还是一以贯之，这是传统大儒的风骨」。