主张和平统一，借此讨好西南军阀，保护直系的利益。1917年8月，段祺瑞调北洋第八、第二十两师入湖南，拉开南北战争（护法战争）的序幕。之后又派心腹傅良佐为湖南督军，引发直系官兵不满。11月，正当湖南战事扩大时，属于直系的第八师师长王汝贤、第二十师师长范国璋突然发出通电，主张停战议和。紧接着直系长江三督（湖北督军王占元、江西督军陈光远、江苏督军李纯）和直隶督军曹锟联名发表通电，响应停战。11月22日段提出辞职。冯于11月25日下令准免，先以外交总长汪大燮代理国务总理过渡，后又请出王士珍署理国务总理兼陆军总长