独立后，翁山将军和吴努总理曾给予印巴分治前来到缅甸的罗兴亚人公民权。罗兴亚人越来越多，在若开邦北部成为优势族群。印巴分治之后，更多孟加拉难民涌入若开邦，增加了罗兴亚人的人数。1948年爆发了罗兴亚人在缅甸西部的冲突，罗兴亚人开始宣称要脱离缅甸并且加入东巴基斯坦（孟加拉国）──他们的祖居地。他们的目标是脱离缅甸并最终与东巴基斯坦合併，于是发起了圣战。这场圣战运动中，许多无辜的若开人再次遭受到战火波及，在自己的家园丧命。经过政府几次围剿后，这群圣战分离分子才最终投降。而继任吴努的吴奈温，再也无法忍受要求愈来愈过