迹.大业五年八月（609年），传闻开河都护麻叔谋在宁陵（今河南境内）开凿运河，患风逆症，隋炀帝命巢元方前往探视治疗。巢元方诊断后认为是风入腠理，病在胸臆，以羊肉为药食之，药未尽即病癒。
着作.大业六年（610年）主持编撰《诸病源候论》五十卷。