葡萄牙王室决定整顿美洲的巴西殖民地，于是任命索萨为首任总督。索萨在巴伊亚地区建立萨尔瓦多城，并以此为首府。索萨还大力扩张殖民地军队。索萨率领约千名殖民者和士兵抵达巴西，还包括四百名亡命徒（degredado），即犯有小罪而被驱逐出境者；随行者还包括六名耶稣会士，是为巴西最早的耶稣会传教士，加速了当地原住民的基督教化进程。索萨对原住民恩威并施，一面同当地部落和平往来，一面以酷刑恐吓。索萨着手限制各大封建主的势力，以利王室的直接统治；设立主教区，兴办教会教育；修筑防御工事抵御海盗的劫掠；设立造船厂，发展水路