佛光会马祖分会等佛教组织。
道教.道教为中国本土宗教，崇尚无为、修仙、养生。南竿岛青檀澳有「道祖庙」，供奉太上老君。
中国民间信仰.包含儒释道融合及泛灵信仰，如北竿岛塘岐村「萧王府」为佛道融合之庙宇、芹壁村「天后宫」供有「铁甲元帅」，为蛙神信仰等。
基督新教.基督新教在南竿乡清水村建有教堂，称「中华基督教卫理公会马祖教会马祖南竿清水教会」。
天主教.南竿乡马祖村有天主教宝血幼稚园，现已废弃。天主教石仁爱修