太阳黑子生成的细节仍是研究中的素材，但太阳黑子在可见光中看来是在太阳对流层中的磁通量管因为较差自转而产生了缠绕。如果管中的应力达到一定的极限，它们就会像橡胶带一样的卷起，并且刺穿太阳的表面。对流层在刺穿点受到抑制；它的能量通量和表面温度都减少了。威尔逊效应告诉我们太阳黑子确实是表面沉陷的地区。使用则曼效应的观测显示典型的太阳黑子进出对的磁场极性是相反的。从一个週期至下一个週期，前导黑子和后随黑子（相对于太阳自转）的磁性会从北/南变成南/北，然后在下个周期又再回复，而且太阳黑子通常成群出现。太阳黑子本