民国政府之邀加入内阁，除主掌中央信託局业务外，也兼任台湾区生产事业管理委员会副主任委员，负责产业复兴与对外採购。他并于国共内战期间，参与将上海资金调度至台湾的计划，并于上海与台湾之间负责联系业务。1950年，中华民国政府迁徙来台，尹仲容连同李国鼎、严家淦、孙运璇等人为掌管金融与外贸的主要官员之一。1951年，美国以每年一亿美元的数额重新援助中华民国，他则参与负责美援资金的统筹运用。
经济部长时期.1954年，因为尹仲容的能力颇受副总统陈诚赏识，于是在陈诚卸任行政院长（仍兼副总统