吸中，乙酰CoA随后会经由电子传递链和三羧酸循环（柠檬酸循环）分解。无氧唿吸与有氧唿吸不同，一些（比如硫酸盐、硝酸盐、铁、锰、汞、一氧化碳等）在它的电子传输鍊中取代了氧的位置。发酵与无氧唿吸不同，电子传递链没有参与糖酵解生成的丙酮酸的分解（即没有氧化磷酸化）。乳酸发酵、混合酸发酵、均爲发酵的实例。在消耗等量有机物的情况下，无氧唿吸和发酵产生的能量（即ATP（三磷酸腺苷）的产量）比有氧唿吸要低。这也是兼性厌氧菌在氧气充足的条件下优先进行有氧唿吸的原因。兼性厌氧菌的此行爲可在它们被培养于巯基乙酸肉汤培养