4年4月29日更和其他教派一起被纳入「日本基督教台湾教团」，台北幸町教会成为隐晦形式的国家教堂。日本基督教台湾教团直到1945年10月2日才宣布解散。
第二次世界大战后.民国三十四年(1945年)第二次世界大战同盟国胜利，八月日本投降，台北幸町教会改名为济南街教会。日本人信徒陆续返国，当时其他各地日本教会聚会都没有人，大家由各地聚集到台北幸町教会，济南教会成为在台日人信徒最后唯一集会点。1946年10月，上与二郎牧师将幸町教会、太平町教会所有会籍移交台湾基督长老教会北部大会；并