往深圳市区的运输，再加上深圳北站启用后带来了额外乘客，4号线的客流量早已超出了设计容量，又由于经常发生事故、早期只有4卡列车载客、班次疏落，令不少乘客都抱怨出行不便。4号线的乘客满意度也因此是深圳地铁全线中排名最低的。另外，由于4号线完全没有与深圳地铁11号线交汇设转车站，令两线乘客无法直接转乘而带来不便，亦为乘客所诟病（尤其是深圳地铁11号线途经深圳机场，令4号线沿线乘客需多转一程铁路前往机场）。即使深圳地铁11号线配合未来延伸，仍然无法与4号线交汇设转车站。