某处有瑕疵，并当面毫不讳言地指出了这些瑕疵。汤姆孙在物理学方面造诣颇深，并且在教育后进方面也是相当热忱，但忙于实验室的种种事务，因而无暇顾及玻尔的工作。而卡文迪许实验室一些看来较有突破性的研究计划对于玻尔而言并不是那么有吸引力。1911年底，玻尔在曼彻斯特拜访父亲的友人时，遇到曼彻斯特维多利亚大学教授欧内斯特·卢瑟福。曼彻斯特维多利亚大学的物理系当时在诺贝尔奖得主卢瑟福的努力经营下已成为全世界一流的放射现象研究实验中心。卢瑟福在那年年中提出了原子结构的卢瑟福模型，这一模型与汤姆孙1904年提出的梅子布丁