可以直接使用现金结算系统，而不是仅通过用于Wii和DSi的点数系统在任天堂电子商店消费。这一功能在2011年6月6日于北美、6月7日于日本和欧洲通过系统更新实现。
向后兼容性.除了自身平台的游戏软件，任天堂3DS同样向后兼容任天堂DS游戏（含DSi游戏）。但是和任天堂DSi一样，任天堂3DS无法兼容需要使用Game Boy Advance端口的DS游戏。任天堂DS和DSi游戏不能在3DS上实现3D显示。由于3DS屏幕分辨率大于DS，DS画面需要在3DS上拉伸放大显示。不过，如果用户