区领导机关移驻南京。1950年初，全区辖野战军及山东、浙江、福建、苏北、苏南、皖北、皖南军区及南京、淞沪警备司令部、院校，还有华东海军，共120多万人。1950年后，陆续组建华东空军、公安军、防空军及军区炮兵、装甲兵等领导机关。1955年4月，按照国务院和国防部关于全国军区重新划分的若干决定，中国人民解放军华东军区改编为中国人民解放军南京军区，辖江苏、浙江、福建、安徽、江西军区和南京军区炮兵、装甲兵、工程兵、防空军、公安军及辖区内的陆军等部队。同年5月，江苏省徐州至连云港地区的防务划归新成立的济南军区。