设施变得破旧，涂鸦和犯罪随处可见。为保证收支平衡，纽约地铁只得缩减服务，并搁置部分维护项目。直至1980年代，政府投入180亿美元修葺地铁设施后，情况才有所好转。九一一袭击事件后，位于曼哈顿下城的多个地铁车站被迫关闭，位于世界贸易中心地下的IRT百老汇-第七大道线钱伯斯街车站至雷克托街车站段受到极大影响，其中位于世贸中心正下方的科特兰街车站及地铁隧道结构坍塌需要重建，钱伯斯街车站以南的列车服务暂停。受灰尘清理工作影响，世贸中心周边的10个车站也临时关闭，其中7个在2002年3月重新开放，其余车站（除科特