41年被纳粹德国发动苏德战争所暂时终止。苏军在波罗的海行动无法阻止德军的闪电攻势而失去波罗的海三国。起初，当地人视德国人爲解放者，三国都希望能够借助德国重新独立。当年的德意志帝国起码透过条约令外界承认他们的独立，但纳粹德国非但没有帮助独立，反而建立了东方总督辖区以管治三国。德佔期间，由纳粹党员欣里希·洛泽总督领导的军政府兇残无道，当地人看清纳粹真面目后，开始组织抵抗运动。超过19万立陶宛犹太人（相当于战前该国犹太人的95%）及近7万拉脱维亚犹太人惨遭屠杀，但该辖区杀人如麻的总督欣里希·洛泽却在1964年得以