升至专任副教授。后于2001年8月至中央研究院历史语言研究所担任助理研究员，2005年9月14日升为副研究员，2011年3月升为正式研究员。邱仲麟于2003年8月兼任暨南国际大学历史学系副教授，2011年7月除去副教授一职。也于2014年8月兼任国立清华大学历史学研究所教授。同时也在2010年3月担任过明代学会秘书长两年，2012年3月开始担任理书长。
争议.
博士学位论文抄袭争议.2010年文化大学教授卢建荣出书《抄袭的知识社会学：民国以来史学界最大的集