入僵局后，菲律宾驻吉隆坡大使馆于同年11月29日再次关闭。马来西亚同样撤出了驻马尼拉大使馆，这标志着菲律宾和马来西亚之间的外交关系崩溃。4月至11月这段紧张时期，两国首脑在曼谷举行会谈，试图解决这一问题。外交争端是由所谓的「科雷希多岛」和事件促成的摩洛冲突。菲律宾国会议员小贝尼格诺·阿基诺声称总统费迪南德·马科斯正在训练一支部队准备进攻马来西亚并夺回沙巴领土，导致马来西亚中断了与菲律宾的所有外交关系。马来西亚则指责菲律宾企图训练特种部队在沙巴渗透和进行颠覆活动，但这一指控并没有证据。1969年，经过