还被派到回部作战。今伊犁州昭苏县、塔城地区和蒙古国西部都有准噶尔部落的后裔。以俄国历史学家兹拉特金《准噶尔汗国史》、台湾作家柏杨《中国人史纲》为代表的一些着作及文章认为，干隆皇帝在消灭阿睦尔撒纳后，命令兆惠对准噶尔部落进行了大屠杀，造成准噶尔部落的种族灭绝。兹拉特金的记述更为夸张：“所有史料一致指出，大批卫拉特居民被屠杀，这是清军司令部有计划进行的。……切列潘诺夫编年史肯定：在准噶尔‘人、畜全部被杀绝无遗，连俘虏也不放过，只有那些能够逃入俄罗斯边境的人才得了救。’”这种说法可以上溯至清代魏源的《圣武记》