三号线隧道全线贯通。9月25日，客村站至汉溪站区间开始热滑。2006年11月20日，3号线全线停止服务40天，进行三号线的全线（广州东站/天河客运站—番禺广场）贯通前的联合调试。运营事业总部亦于十天后正式接管市桥站、番禺广场站、天河客运站、五山站、华师站、岗顶站及石牌桥站的管理权、指挥权和使用权。至此，三号线全线顺利实现三权移交。同年12月30日，三号线恢复服务，一期全线通车。行车路线更改为天河客运站—番禺广场和广州东站—体育西路，两者需要在体育西路站换乘。厦滘车辆段也正式启用。两条路线均继续使用3节编