遗迹则有南岛原市的原山支石墓群、谏早市的有喜贝冢、五岛列岛的白滨贝冢等地。
弥生时代.弥生时代之后，这里开始开始出现稻作农耕文明。长崎县内的壹岐、对马等地因为位于亚洲大陆文化传入日本的路径，而发现了众多金属器文物。甚至在史籍《魏志倭人传》中，已经出现「对马国」、「一支国」的地名，这也是最早的有关长崎县的文献记录。长崎县本土的主要弥生时代遗迹有平户市的里田原遗迹。壹岐岛的原之辻遗迹被考古学界认为就是魏志倭人传中的一支国。公元4世纪以后，九州岛北部开始进入大和王权的势力范围之内。今天