2002年回母校北京电影学院执教，担任导演系研究生导师、系主任；同时开启人生第二个创作高峰阶段，包括：向大师致敬的“临摹”之作《小城之春》，以他深深热爱的云南土地和云南人为主题的《德拉姆》，梦想、计划了多年的《吴清源》和《狼灾记》等。2016年5月，任上海大学上海电影学院副院长。1992年，导演《蓝风筝》，题材触及文革，虽获得东京电影节大奖，但引起北京当局不满，因此规定中国电影代表团全体退出东京电影节以示抗议，而其本人也被处罚8年不准拍电影。