八年（1158年），比丘尼员净向妙果寺捐赠大批佛教经典，价值万金。王十朋应叔父宝印法师之邀，写作《妙果院藏记》记录此事。清顺治十五年（1658年），妙果寺毁坏废弃，康熙十四年（1675年）重建。清末以来，寺院凋敝。1951年，寺前千佛塔被拆。文化大革命期间，宗教活动停止。1978年，中共中央转发中央统战部报告，恢复宗教信仰自由政策，开放宗教活动场所。1980年代初，原妙果寺住持雪善之徒、旅法华侨黄忠英，为实现出国前所发之愿，捐赠人民币十万元，要求重修妙果寺。1982年，温州市人民政府批准恢复开放