民国90年（2001年）9月，出任最高法院院长，任内首开院长兼任审判长参与审判之先例。他还同时担任东吴大学法律学系兼任教授，司法官训练所兼任讲座。2007年8月30日，司法院发布新闻稿称，最高法院院长吴启宾将于2007年9月12日届龄退休，中华民国总统陈水扁任命杨仁寿为最高法院院长。