杨邦杰在四川工业学院学习，获得学士学位。1982年3月到8月，在四川工业学院工作。1982年9月到1988年4月，在北京农业工程大学（今中国农业大学工学院）先后获得硕士、工学博士（农业机械化工程专业）学位。1988年4月到1996年2月，杨邦杰任中国科学院生态环境研究中心研究员、中国科学院系统生态开放研究室副主任、代主任。其间，1993年9月到1994年9月，在美国加利福尼亚大学伯克利分校、普林斯顿大学当访问学者，并且留在澳大利亚、德国开展合作研究。1996年2月起，杨邦杰任农业部规划设计院副院长兼总工