使胡文伯的幕僚。当时当地少数民族贵族为争夺土司之位互相揭发，官员前往验明文牒，发现都是前明时期的印信，欲以私造符信之罪处罚。永清力劝胡文伯，使得免除二百余人之罪。随后充军机处章京，为军机处最为能干者，迁侍读。1777年（干隆四十二年），云南总督图思德奏称缅甸将遣使入贡，干隆帝遣大学士阿桂去接待，孙永清陪同。缅甸使者不至，阿桂令孙永清撰写檄文，以檄授予苏尔相往缅甸谕之。1779年（干隆四十四年），授刑部郎中，考选江西道监察御史。翌年超授左副都御史，授贵州布政使。贵州布政使任内，奏言柞子厂产黑铅，课余三十余