在1948年由苏联古生物学家Anatoly Nicolaevich Ryabinin所叙述、命名。属名在古希腊文意为「青蛙的颌部」，意指其头部短而宽；种名在拉丁文意为「飞行」。目前已发现三个化石，化石的发现地点为天山山脉西北支脉卡腊套山的山脚下，类似德国巴伐利亚州索伦霍芬地区的湖泊沉积层。正模标本（编号PIN 52-2）为一个不完整的非天然状态化石，包含头颅骨碎片、下颌、嵴椎、肋骨、后腿、以及翼部骨头。蛙颌翼龙拥有高、短、宽广的头颅骨，长度为4.8公分，而上颌有22或24颗弯曲的圆锥状牙齿，下颌短而宽广