期间，有大量的军事部队及装备均经由这条铁路被发送往东线战场。1943年6月1日，一座新的利弗灵车站在萨尔茨堡至弗赖拉辛区间建成，以方便参加国事访问的外国要员前往。在1941年，线路上仅剩11对快速列车维持服务，其中1对为前线休假快速列车（）。另有1对在特里尔－林茨间开行德意志国防军列车。在1944年和1945年，线路上仍有7对长途列车继续服务，其中包括3对前线休假快速列车和4对快速列车。前线休假快速列车的运行区间分别为慕尼黑至、慕尼黑至维也纳以及慕尼黑至林茨。4对快速列车的运行区间则分别为梅斯至维也纳、慕尼