初任四川省永川县永安公社半脱产干部。早年曾先后担任四川省永川县松溉乡党委书记、永川县临江区区委书记等职务。1992年，担任四川省重庆市双桥区委副书记、区长。1994年，任四川省荣昌县委书记。1997年，任重庆市政府副秘书长。2002年，任重庆市委常委、万州区委书记。2007年，升任重庆市副市长、重庆市政府党组成员。2008年起，任重庆市政府党组副书记。2011年起，兼任重庆行政学院院长。2013年4月，马正其调任国家工商行政管理总局党组成员、副局长。2018年1月，当选第十三届全国政协委员。2018年3月，