首府乃东。之后，前藏后藏大多数地区属于藏巴王朝的彭措南杰，他成为西藏的真正的统治者。1618年藏巴王朝入侵了拉萨，格鲁派在卫藏失去了他们最重要的寺庙。弥谤索朗旺秋札巴朗杰巴桑情况模煳，但是幸存下来了。1635年，格鲁派-夏玛巴斗争中，他被赶出拉萨。第五世达赖喇嘛的着作说，他在1643年仍然活着。无论如何，1642年达赖喇嘛借助固始汗战胜藏巴汗的时候，帕竹政权是一个过去的政权。1657年，清世祖下诏书给达赖喇嘛，让阐化王把明朝赐予的印信交给达赖喇嘛甘丹颇章的第巴：