担任民主进步党主席。其后他1995年提出「台湾已经是一个主权独立的国家，民进党执政，不必也不会宣布台湾独立」，并提出政治大联合，社会「大和解」。1995年连任立法委员后，宣布竞选立法院院长，得到新党立委一致支持，民进党和新党短暂组成「在野联盟」，却因同党扁系立委张晋城跑票，功败垂成，以一票之差败给国民党提名的刘松藩，俗称「二月政改」。1996年3月23日，台湾首次总统直接民选，民进党所推出的正副总统候选人彭明敏、谢长廷败选，国民党的总统李登辉成功连任，领导民进党选战的施明德为负起政治责任，辞去民进党主席