行大规模改装；但改装工程却又拖延了本舰返回作战岗位的时程。此外，舰上爆发的脑膜炎疫情造成两名乘员死亡，而这也更加迟滞了本舰返回作战单位的时程。莱比钖号最终于1944年9月中旬重返波罗的海执行护卫任务，并负责与舍尔海军上将号共同接载部队往返哥腾哈芬与希维诺乌伊希切两地。10月14日，莱比钖号自哥腾哈芬出航，准备载运地雷前往希维诺乌伊希切。当日海面上雾气浓厚，在能见度不佳的情况下本舰与正以速度航行的欧根亲王号重巡洋舰发生碰撞。碰撞之时，莱比钖号正将动力来源自柴油引擎切换至涡轮发动机；这个动作会使舰身短暂失去推进