将全案区分为「执行计画」及「后续计画」办理。左营地区铁路地下化则列入后续计画另案报核。因立法委员黄昭顺及地方民意强烈要求左营地区铁路地下化，依据1996年10月29日「台铁捷运化－高雄市区铁路地下化计画」（以下简称「高雄计画」）开工典礼，时任行政院院长苏贞昌裁示及中华民国交通部于1997年3月23日再次指示铁工局办理左营地区铁路地下化综合规划。1999年1月12日经建会第1349次委员会议通过「高雄市区铁路地下化延伸左营计画」案，获行政院于1999年2月16日正式核定。因应凤山地区铁路除外于高雄市铁路地