许多真菌对人类是有毒的，毒性可轻至造成肠胃不适或过敏，重至产生幻觉、器官衰竭甚至致死。有毒的蕈类包括、、与最恶名昭彰的鹅膏菌属，鹅膏菌属包含号称毁灭天使的鳞柄白鹅膏与毒鹅膏，后者常被误认成可食用的草菇而误食致死，佔人类因毒菇中毒死亡的比例超过半数 。鹿花菌煮熟后一般可以食用，且被许多人视为美食，但生食则有剧毒，甚至在中世纪长期被认为可以食用，且受到某些骑士的喜爱，后来才发现这种蕈类有剧毒，会导致横纹肌溶解症。毒蝇伞也常造成不致死的中毒，多半是当致幻剂吸食所造成，历史上毒蝇伞曾被欧洲与亚洲的许多人群拿来吸食