至台湾后，两航事件使得民航空运公司（英文简称CAT）独佔中华民国的民用航空事业，中华民国政府因而意识到需要开设一间不受外国势力介入、及中华民国政府能自主运用管理的本国籍航空公司来协助中华民国重新成长。因此，中华航空于1959年9月7日成立，在时任中华民国空军总司令部副总司令徐焕昇中将与中华民国交通部的大力主导下，由中华民国政府与中国国民党共同出资，于同年12月16日成功首航，草创时期的註册资本额为新台币30万元。华航最早以两架PBY-5B水陆两用机营运，首班航线为台北─日月潭包机。营运初期项目多半为军事活动