498年，葡萄牙航海家达·伽马到达马林迪签署贸易协定，并在此找到着名海员伊本·马吉德，由其带领前往印度，继续其探索印度航线之路。1499年，葡萄牙人正式在此建立贸易商站，成为欧洲至印度航线的中途站。随后，欧洲人在此地兴建教堂等建筑，马林迪开始成为其殖民地。这城内更有清真寺等建筑，成为游客的参观地点。