侧引有护城河一道。城门设六座，分别是东门、北门、西门、南门、小西门与小南门，其中除了西门接壤金龟头礮台等军事设施之外，城门上皆盖有门楼以做御敌之用，东门、西门、北门内盖有更楼（鼓楼）各两间，东侧城墙设有礮位一尊。砌城所用石材以澎湖当地所产的硓石和玄武岩为主，墙身厚度为2丈4尺，较一般城墙厚出六尺。墙面外部以染红的螺壳灰粉涂刷，让妈宫城整体外观状似红砖城壁，日后日本人甚至将妈宫城称作「海底龙宫」。
聚落.自康熙二十三年（1684年）清廷领有澎湖之后，妈宫街因濒临港湾，常有军队驻扎