距离较远，因此两者以跨线天桥（在来线的姬路一侧）连结。此跨线桥为位车站南侧，是车站南侧新干线的乘客前往在来线月台所途经的。2005年西口大堂的翻新工程完成后，大堂的面积有所减少。此站的站长配置为直营站，管理站，并管辖明石市内的山阳本线其他车站包括、明石站、大久保站及鱼住站4站。
月台配置.新干线为对向式月台2面2线，中间设有2条通过线的高架车站。在来线为跨站式站房，岛式月台3面6线的地面车站。
在来线.下表的路线名标记旅客资讯上的名称（爱称）。Se