奔丧时，国防部、内政部与陆委会即已公开表达「人道考量同意入境」、「法律责任依法处理」、「叛逃行为严予谴责」三点立场。同年，依「投敌罪」发布通缉，迄今立场从未改变，该部亦重申，依人道立场，政府不会拒绝林毅夫入境。但其叛逃罪行属于法律问题，并以韩战期间，有位美军人员叛逃到北韩，后来想回到美国的案件为例。中华民国国防部发言人罗绍和于2012年4月指出「这不是尴不尴尬的问题」，并强调林毅夫涉犯的「投敌」罪嫌，牵涉到军人应对国家忠诚的核心价值，国军在处理上，绝不容有丝毫模煳空间。5月15日，国防部再度举办例行记者