光绪十二年二月初二（1886年3月7日）及光绪十二年二月初五（1886年3月10日）教会因和参观教堂的应考童生发生冲突，扣留部分童生，引起考生与当地民众义愤，捣毁并焚烧堂内圣物及附属学校，史称“邱家湾教案”。松江府知府恩兴、江南提督李朝斌调兵弹压，赔3万两银修复教堂，并在南汇县城拨地供教会建堂。1966年文化大革命爆发，邱家湾天主堂被迫关闭，并被松江县教师进修学校印刷厂占用。1992年上海教区收回了教堂，次年重新开放。1995年7月10日，被公布为松江县文物保护单位。