为对于人员和环境具有潜在危险的中度病原体。这类实验室较能处理较多种的病菌，且该病菌仅能对人类造成轻微的疾病，或者是难以在实验室环境中的气溶胶中生存， 如艰难梭菌、大部分的衣原体门、A;B与C型肝炎、 A型流感 、莱姆病、沙门氏菌、腮腺炎病毒、麻疹病毒、羊搔痒症、抗药性金黄色葡萄球菌与VRSA。BSL-2和BSL-1不同之处在于：
防护实验室——三级生物安全水平.该级别实验室适用于临床、诊断、教学、科研、或生产药物，这类实验室专门处理本地或外来的病原体且这些病原体可能会借由吸入而导致