政治方面则历任行政院组织改造推动委员会委员、行政院研究发展考核委员会主任委员等职。2016年5月20日，施能杰接任行政院人事行政总处人事长；同年6月8日，再兼任国家年金改革委员会委员。
争议.2018年10月6日，立法委员黄国昌于立法院司法及法制委员会上，质疑人事长施能杰对数个问题之当场回答与出国考察报告、人事行政总处提出之评估报告矛盾，认为其对负责政务不够熟悉。2018年12月6日，立委黄国昌因国道警察实习生黄冠钧执行公务时车祸重伤脑死的事件、就「国道警察值勤及危险加给」