应当时局势需要，大学曾设置一所开办至1963年的以培养青年精英为目的的恩斯特·台尔曼工农学院。1950年农业学院成立，1951年造船系成立，1963年造船系改称技术学院，这也是德国古典大学首次设置工科院系，同年亦增设了工程经济系。1976年大学更名为威廉·皮克大学，直至1990年德国统一恢复原名，此后罗斯托克大学进行了新的院系调整。
现今概况.目前罗斯托克大学设有九个学院，五十个专业，教职员工约4600人，在校生约15000人。罗斯托克大学图书馆建于1569年，包括三个区域图书