最力的黑旗军将领刘永福，虽未接受台湾民主国总统之位，但于台南指挥为数不多黑旗军于东石与布袋与日军对战。1895年10月18日，刘永福于布袋嘴与乃木希典军队交战失利，在写信求和被拒后，弃台南城离台。1895年10月20日，刘永福从位于台南市区总统行馆（今大天后宫）赶至安平港，并连同20名随从，委身匿于中国籍戎克船船舱内，隔日（10月21日）随即改乘转搭「塞里斯轮」内渡至厦门。同日台南士绅推举英国牧师巴克礼协助日军和平进城。自此，台湾展开50年之久的日治时期。
事件经过.1