源受聘成为中华职棒诚泰COBRAS队总教练，并率领球队赢得2005年上半季冠军，但最终仍未能如愿夺下总冠军；球季结束后则以健康与家庭因素为由而辞职。2007年，郭泰源担任中华成棒队总教练，但于同年亚锦赛后卸任。2009年世界棒球经典赛，郭泰源担任中华成棒队投手教练。2013年担任日本职棒软体银行鹰的投手教练。2014年软银队夺下日本一后，随监督秋山幸二请辞，返台担任统一7-ELEVEn狮首席教练兼投手教练。2015年担任世界棒球12强赛中华成棒队总教练。2015年9月24日因统一狮总教练「锣总