于1952年9月获密西根大学的录取，攻读新闻系，1954年获学士，1957年获硕士。其间半工读，当过售货员、电梯操作员、洗碗工、绘图员等。由于言语上的局限，黄仁宇其后转攻历史系，并于1964年获博士学位（博士论文：《明代的漕运》），先由指导，后成为学者余英时于密歇根所指导的唯一博士生。1956年取得了美国的永久居留权，但没有成为公民。由于他国民党员的身份，美国人普遍视他为流亡者，对他并不太友善。他毕业后先在南伊利诺大学当助理教授，并在此遇到未来的妻子盖儿。在余英时介绍下转往纽约州立大学任副教授，任教「亚洲文