婚前，她指示两位她的臣子签署两份文件，表明这场婚姻违背她的意愿，并且将来也不会让步。四年后，威廉和皇帝达成和议，废止和法兰西的同盟并得到，同时以胡安娜被强迫结婚为由宣布和她的婚姻无效。弗朗西斯一世在1547年过世。1548年，胡安娜再嫁给旺多姆公爵安托万。1555年她继承了父亲的纳瓦尔王位，当1559年法国与西班牙的和平条约签订后，大量操法语的瑞士喀尔文派传教士，从日内瓦来到法国传教，民众反应热烈，迅速宣誓结盟，产生了一大批被称为「结盟宗」（胡格诺派）的法国新教徒。胡安娜保护她辖下的结盟宗臣民，1560