为姊妹群。但后来许多证据显示古菌和真核生物间的关系比其他细菌更相近。这些证据包含这两域的生物都可使用胆固醇和蛋白酶体等复杂分子。这在大部分的细菌中是没有的，只有新壁总域中才会拥有。种种证据显示，真细菌域和古菌域在演化树应为同一个演化支。因此假说认为自最后共同祖先（LUCA）之后，后代可以分为两大演化支，即新壁总域和真细菌域。
系统发生树观点.汤玛斯·卡弗利尔-史密斯和他的合作伙伴，在2002年和之后的论文中提出新壁总域为放线菌门的姊妹群。分子证据包含前述胆固醇和蛋白酶体等复杂分子的