开始强调台湾主体性。1995年，李登辉访问美国康乃尔大学，成为中华民国第一位访问美国的在任国家元首，美国国会议员和康大校方都称唿他是台湾总统。李总统于欧林讲座发表题为《民之所欲，长在我心》的演讲，当中以英文提及「中华民国」达四次，且指出台湾已实现“主权在民”的政治体系。引发中共当局强烈反应。1996年，李登辉与连战搭档，参选中华民国第九任正、副总统。中共当局于台湾海崃举行一连串称为“海峡九六一”的军事演习以恐吓中华民国。美国为防范有事，派遣两艘航空母舰巡防台湾海崃。选举就在「第三次台湾海崃危机」中完成，