本京都府宇治市的万福寺（山号黄檗山），开山始祖是清初赴日传教的隐元隆琦。黄檗宗的名字来源于唐代僧人黄檗希运和福建福清的黄檗山万福寺。1654年，福州福清万福寺的临济宗僧人隐元隆琦受邀前往日本弘法。1740年，被和僧龙统元栋聘为住持。隐元认为自己就是临济宗的僧侣，参照圆尔、无学祖元等无准师范一系的临济宗学说，他称之为“临济正宗”，但与唐代传入日本的临济宗有所不同，所以时人称之为黄檗宗，其宗风融合了华严宗、天台宗、净土宗等宗派，具有明代的禅宗特色。隐元着有《黄檗清规》，对当时日本禅宗各寺庙的戒条影响甚鉅