港的此舰是唯一一艘没有受损的日军航空母舰。本舰随即与“鹿岛”号一同作为复员运输舰自海外接运被遣返回国的士兵与侨民。当时凤翔号编制操作人数为41位军官、369位士兵。1945年10月至11月间凤翔号自沃特杰环礁载回700人，贾卢伊特环礁载回311人，埃内韦塔克环礁运回数人（数据不详），并将遣返人员安置在浦贺港。为了提高运输效率，凤翔号在1945年12月再度接受改装，切除过长的飞行甲板，并将机库改装以载运更多乘客。之后开往韦瓦克与中国大陆接回被遣返军民。据统计，从战败后到次年8月间凤翔号共运回约4万军民返日