历经院系调整和学科发展，目前南开大学实行校、院两级管理体制，共设20余个专业学院。设置于八里台校区的专业学院有：数学学院、物理学院、化学学院、生命科学学院、经济学院、商学院、文学院、外国语学院等。设置于津南校区的专业学院有历史学院、周恩来政府管理学院、哲学院、法学院、马克思主义教育学院、汉语言文化学院、旅游与服务学院、环境科学与工程学院、电子信息与光学工程学院、计算机学院、人工智能学院、网络空间安全学院、软件学院、药学院、医学院、金融学院、材料科学与工程学院等。除专业学院外，南开大学还设置了泰达生物技术研究