度后发现到由于北海道当时的人口过于集中在函馆县，1886年时全北海道人口约为26.5万人，其中有多达15.1万人位于函馆县，而最偏远的根室县仅有1.7万人，这让三个县以及北海道事业管理局这四个单位的开发方针无法一致；因此中央政府决定将这三县一局整併为由内务省负责管辖的北海道厅，统一管理整个北海道的所有事务。管辖范围包括渡岛国、后志国部分地区和胆振国山越郡。管辖范围包括石狩国、天盐国、十胜国、日高国和后志国、胆振国、北见国部分地区。管辖范围包括根室国、钏路国、千岛国全境和北见国部分地区。