获时任总统蒋中正召见，曾赴美国国防学校鹰式飞弹军官班进修，历任陆军师砲兵指挥官、第605飞弹群指挥官、陆军284师师长、总统府侍卫长与宪兵司令等要职。周仲南于1989年12月5日晋升二级上将，并担任台湾警备总司令部末任总司令，因应时任总统李登辉宣告动员戡乱时期于中华民国80年5月1日终止，周仲南建议时任国防部长陈履安，将警总改制似以色列国防军的安全防卫司令部，但未获採纳，警备总部随于1992年7月1日改编为军管区司令部兼海岸巡防司令部。周于1992年7月31日卸任司令后，获聘总统府战略顾问，1996年6