时，策妄阿拉布坦乘虚而入，占据了准噶尔本土。后路被断的噶尔丹只得一股作气，与清朝争夺水草丰满的漠南地区。6月21日，噶尔丹击败清军，兵锋直指据北京仅有700里的乌兰布通（今内蒙古克什克腾），并拒绝清朝的提和，向其使者表示：“圣上君南方，我长北方”。清朝康熙帝初拟亲征噶尔丹，但因患疟疾返回北京。9月4日，在乌兰布通之战中，清军击败噶尔丹。噶尔丹仅率数百人逃回科布多。1691年，噶尔丹受到策妄阿拉布坦的突然袭击，粮食和物资为之一空，幸受到在拉萨掌权的第巴桑结嘉措的支持，方才得以与策妄阿拉布坦议和。1692年