年7月29日，蔡翘病逝于北京。
学术成就.他在甲状旁腺、感受器、肝糖元异生机制等方面深入研究。1925年，于芝加哥大学赫尔解剖实验室（Hull Laboratory of Anatomy）工作期间，在负鼠的脑中首次发现了腹侧被盖区，因此本解剖构造又称为「蔡氏被盖区」（ ventral tegmental area of Tsai）。另外，他也开创了中国的军事劳动生理学、航太航空医学和航海医学等研究领域，是中国航空航海生理科学的奠基人。