团就推拥尚年幼的繁长继承家督，但此时实权却落入小川长资手中。年纪还不大的繁长被周遭的人誉为「幼少时期个性就刚强勇勐」。1551年，在房长的第13回忌时繁长强迫小川长资切腹，重新夺回本庄家的实权。
一时独立.繁长后来跟随上杉谦信参加川中岛之战、关东出兵等等战役。但本庄氏自立性比较强，加上谦信对于家臣恩赏的问题，因此于1568年受到武田信玄的挑拨从上杉家中与大宝寺氏联合对抗上杉谦信，并与武田信玄、越中一向宗联手，趁着上杉谦信攻入越中时叛变，被称为本庄繁长之乱。本庄繁长叛变之