日军先后攻占武汉、广州后，国民政府迁往重庆。郭沫若、于立群也来到重庆。1939年1月，周恩来在重庆主持补行了于立群与郭沫若的婚礼。婚后，于立群即成为郭沫若的秘书。抗日战争结束后，她曾在香港参与筹备中国妇女联谊会香港小组。中华人民共和国成立后，任中华全国妇女联合会执委、第四、五届全国人大代表。中华人民共和国成立后，于立群的身体状况一度堪忧，还患有严重的神经官能症，被迫暂时同郭沫若及子女分开，入住外地的医院静养。当身体复原返抵北京后，总理周恩来特地安排在《人民日报》第一版