及元统五年（1337年），汪大渊两度由泉州出发到各国贸易，他在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而琉球为海外诸国之一。
明朝前期.1384年，明朝废除澎湖巡检司，又于1563年复设澎湖巡检司派兵驻守。《东番记》记载永乐初年郑和下西洋时曾到台湾，当时东番夷族（台湾原住民）躲了起来不愿意顺从约束，于是郑和给每家一个铜铃，让他们系在颈上。铜铃被他们当做宝物。宣德年间郑和船队曾到台湾西定坊大井头汲水，还曾投药于水给当地土番医病。嘉靖四十二年（1563年），泉州籍海盗林道干聚众反明，被明朝