原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属膳所县、淀县、前桥县、吉见县、宫津县、菰野县、伯太县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「栗太郡」，并在草津村（位于现在的草津市）设置「栗太野洲郡役所」，同时也负责管理北侧的野洲郡。