明末清初，有很多明朝文人爲避战祸来到日本，当时日本的大名家收用他们作爲自己的幕僚。宽文五年（1665年）6月常陆国（今茨城县）水户藩藩主德川光圀派彰考馆小宅处斋拜访朱舜水，朱舜水接受邀请，并于同年7月抵达江户。德川光圀对朱舜水敬爱有加，而朱舜水也对水户学产生很大影响、德川光圀就任藩主之际朱舜水也随同前往水户市；他与同为德川光圀编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺和山鹿素行等结为好友，并在日本传播汉学。
逝世.天和二年四月十七日（1682年5月24日），朱舜水在江户病逝，享寿八十