于1943年8月举行迁座祭后，第一代嘉义神社的旧本殿便搬到嘉义神社所属的摄社，改祀奉仓稻魂命、大宫卖神、猿田彦神。在第二次世界大战末期，为培养敬神思想的要务之急，于1943年11月18日由时嘉义神社社司长束有邻、嘉义神社氏子总代早川宜义、小西国平、徐杰夫、苏育奇、大森茂申请嘉义神社升格。1944年3月28日，嘉义神社升格为国币小社，与新竹神社、台中神社同为台湾于1940年代升格为国币小社的三所神社，亦为其中最晚升格者。1944年7月2日，嘉义神社例祭日改为10月7日。
战后发展.