拿巴任命弟弟路易·波拿巴为荷兰国王。1810年荷兰本土遭法国吞併，正式成为法国的一部份。欧洲的战乱也波及到荷兰的海外殖民地，与拿破崙敌对的英国掌握了制海权，为避免荷兰海外资源落入拿破崙手中，荷兰在南非、荷属圭亚那、苏利南、印度、钖兰、马六甲、苏门答腊、摩鹿加及爪哇等地的殖民地相继遭到英国攻占沦陷。在1811至1814年期间，出岛是世界上唯一还自由飘扬着荷兰三色旗的地方，直到1815年法国战败，荷兰复国。荷兰亡国期间，来往长崎的贸易途径断绝，导致出岛商馆员的日用品短缺、商馆财政陷入困难，期间只能由幕府方面