者是吃了被真菌感染的黑麦面包，真正的祸首很可能是一种寄生于黑麦麦角的真菌，麦角菌。这种麦角菌会产生一种类似于现在的毒品LSD的毒素，抵抗力较低的人会产生幻觉。塞勒姆少女的奇怪症状，其实是一种麦角菌中毒；或者是鸟类传染的流行性脑炎的蔓延；以及用梦游症和睡眠瘫痪症来解释有些被控告者的夜间袭击行为。其他现代的历史学家则对生物学解释不以为然，他们认为塞勒姆少女的行为是由嫉妒、憎恨、以及想要被关注等原因造成的。