文化差异给传教带来的阻力，因此倾向于在建筑方面表现出基督教对中国文化的适应性。所有这些校园虽然分布在南北不同地域，却全部都采用了中国古典建筑的风格。这与同一时期中国国立大学普遍采用西式建筑风格形成了有趣的对比。除了设计教会大学以外，墨菲还进行了北京清华学堂校园的整体规划和四大建筑的设计，以及位于上海郊外江湾的私立复旦大学校园的规划设计；前者规格较高，属于地道的西洋风格，后者规模较小，基本上也属于中国古典风格。1918年7月在上海外滩开办了个人事务所，作为他在上海的分公司。1928年，墨菲受到蒋中