黎元洪总统出走后，高凌霨一度在摄政内阁中代理国务总理，摄行大总统职，并支持曹锟选总统。10月10日，曹锟通过贿选成为大总统，高凌霨卸任摄行大总统职责。民国十三年（1924年）1月10日，孙宝琦内阁成立，他卸任代理国务总理，改任税务督办。同年10月，冯玉祥发动北京政变，曹锟被囚，高凌霨逃到天津，继又逃往上海。
中华民国临时政府.民国十五年（1926年），高凌霨由上海回到天津，寓居天津日租界桃山街，与张之洞之子张燕卿（后任满洲国外交大臣）过往密切，并参加了日本驻军直接控制的“中日同