992年时出任联合国柬埔寨过渡时期权力机构的联合国安理会特别代表，监督柬埔寨的和平谈判与1993年大选。1996年至1998年期间，明石受命为人道事务与紧急援助副秘书长，主管人道事务协调厅。在其数十年外交生涯中，他虽处理柬埔寨问题时获得好评，却在处理南斯拉夫内战时未能阻止斯雷布雷尼察大屠杀发生，而遭受舆论强烈抨击。1997年12月卸任联合国副秘书长职务后，明石曾试图进入日本政坛，于1999年时在自由民主党与公明党支持下竞选东京都知事，最后以第四高票落选。