扩廓帖木儿调动军队卫京师，分道进攻孛罗帖木儿。扩廓命貊高、竹贞为中道，关保为西道，合击孛罗于大同，扩廓亲驻太原督师。七月，孛罗帖木儿与老的沙等以“清君侧”为名，率兵再攻京师。皇太子遁逃太原。孛罗帖木儿入见顺帝。顺帝仍命他为太保、中书左丞相。八月，诏加开府仪同三司、太保、中书右丞相，节制天下军马。他沙汰宦官，减省钱粮。禁西番僧人佛事。至正二十五年（1365年），皇太子下令讨伐孛罗帖木儿，孛罗帖木儿大怒，唆使监察御史武起宗举报太子生母奇皇后干扰国政，建议顺帝驱逐奇皇后，顺帝不答。二十五年三月，孛罗帖木儿幽禁