始沦为葡萄牙和西班牙的殖民地，当地原住民成了最大的受害者，并成为奴隶，导致家破人亡。1494年条约生效后，原住民统治赤道几内亚的时代到此告一段落，展开被殖民的新时代。
葡、西殖民时期.在《托德西利亚斯条约》于1494年生效后，西班牙和葡萄牙海外势力及领土开始快速扩展，但真正开始殖民赤道几内亚一带则由1499年葡萄牙人登陆当地开始。而赤道几内亚被西葡所占领的时间长达469年之久。
最初殖民时期.1499年，根据《托德西利亚斯条约》，位于西经50度以西的领