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晚年.1978年常书鸿被恢复敦煌研究所所长职务。1979年任甘肃省文化局副局长。1982年，任国家文物局顾问，敦煌研究所名誉所长，并移居北京。同年10月，与李承仙合作，为浙江大学创作油画《攀登珠峰》。1983年任东京艺术大学客座教授。1984年5月被检查出患有脑血管方面的疾病，后在住院期间摔倒导致骨折。1985年到1988年应邀赴日本访问。其间与李承仙合作，为东京枣寺、奈良法隆寺进行宗教画创作。1990年赴日本举办画展，被授予创价大学名誉博士学位。1992年