3年成为巴西常驻联合国安理会候补代表，于联合国总部服勤至1994年为止。1995年到1998年间，藤田改入总统府战略事务部工作，官至分析评估副部长。重回外交部后，藤田于1999年当上亚洲大洋洲司（）司长，其就任后的首项要务是以巴西代表身分出席当年9月在新加坡首度开办的东亚－拉丁美洲合作论坛，司长任内还随同巴西总统路易斯·伊纳西奥·zh-hans:卢拉;zh-hant:卢拉;zh-tw:鲁拉;·达席尔瓦正式访问中国（2004年）、韩国及日本（2005年），并在2004年日本首相小泉纯一郎访巴时参与接待