七万余票之差击败陈水扁、王建煊。对于陈水扁的落选，除了国民党、新党选前成功操作的弃保效应（弃王保马）、反陈水扁势力的票源回流集中至马英九等因素外，也由于陈水扁于市长任内所推动的政经革新过于强势，包括公务官僚体系改革、处理政治人物违章建筑、处理十四及十五号公园预定地违章建筑、废公娼问题，及进行扫黄、大扫黑等，引起市民反弹。而选前总统李登辉公开支持马英九，并与马英九互相以台语对答「马先生阿，告诉我你是哪里人阿？」「报告总统，我是饮台湾水、吃台湾米的新台湾人啦！」。更造成部分本土选民流向马英九。台北市议员