风损毁，台北别院的部分也已拆除，只有钦差行台的头门、仪门、大堂与部分厢房完好保存于植物园内，尔后改为台湾总督府中央研究所林业部热带植物标本陈列室。二次大战后，建物被行政院农业委员会林业试验所做为林业陈列馆、文物馆使用迄今。1985年8月19日由中华民国内政部以「台湾布政使司衙门」登录为衙署类国家二级古蹟（现为国定古蹟）；1998年成立布政使司文物馆。2007年，时任中原大学李瑞宗教授接受台北植物园委託进行考证，从而确认福建台湾承宣布政使司衙门是土造建筑，与台北植物园内的砖土、石造建筑为有所差异，是全台湾