的身体结构与嵴椎动物相似，但是却，从而指出二者之间器官发生的一致性。杰奥弗罗伊的同源性理论受到当时法国动物学家乔治 · 居维叶的指责。1915年，圣地亚哥·拉蒙·卡哈尔绘制了苍蝇视叶的神经连接图，发现这些神经连接图与嵴椎动物的相似。1978年，爱德华·路易斯建立了演化发育生物学，发现同源异型基因调控果蝇的胚胎发育。1997年，深度同源性一词首次出现在一篇论文中，用以描述了基因调控装置中明显的相关性，而这些相关性表明在不同的动物特征中存在进化上的相似性。
同源性与深度同源性.通常