止试图进入宁德的温州学生搞串连。1990年，升任中共福州市委书记、市人大常委会主任，并兼任闽江职业大学（今闽江学院）校长。在其任内兴建长乐国际机场、建造福州至厦门公路、开发马尾新港区、引进外资企业600多家，其中台资企业佔五成。1993年，任中共福建省委常委兼福州市委书记。1996年，习近平晋升中共福建省委副书记，不再担任福州市委书记、闽江职业大学校长；1999年，出任福建省人民政府副省长、代理省长；2000年任福建省省长，期间协助中央处理朱镕基总理督办的厦门“远华案”。
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