但是因为秀秋的屠杀行为，秀秋被丰臣秀吉以筑后国没有领地为由而被召回，回来以后听人说是石田三成向秀吉讲了他的坏话，当他听到此消息时大怒，于是就开始亲近三成的政敌德川家康。后来减封于越前的北之庄城。不过在1599年，德川家康让他回复旧领地。然后秀秋又在伏见城包围战时于前线非常活跃，但石田三成认为秀秋的战功仅仅只是追杀撤退中的败军，并且追杀败军的这种行为不是一名武士所该做出的事情（用追杀败军来突显自己的勇敢，甚至还因此计算功劳，根本就是懦夫的行为；而身为主将去追杀败军，若是有诈，主将被擒或被杀害，战局会立即反