奉命修扬州城以备巡幸。建炎三年（1129年），任同签书枢密院事、江淮两浙制置使。同年，苗傅、刘正彦发动兵变，高宗被迫退位，吕颐浩与张浚、刘光世、韩世忠等将领率军勤王，平定苗刘之乱，迎高宗复位，立下大功，先拜尚书右仆射，复迁左仆射。不久，金兵再度南侵，渡过长江，吕颐浩曾请高宗登船入海避敌。宋朝立国重文轻武，故相权与军权乃分。南宋初期，兵马倥偬，因此有宰相兼领军权者，吕颐浩即为其一。此时吕颐浩位高权重，“枢府几无所预，颐浩在位尤颛恣”，因此为人所惮。建炎四年（1130年），浙西制置使韩世忠困金将完颜宗弼于黄