分布13种最多，包括盘古蟾蜍、斯文豪氏赤蛙、梭德氏赤蛙、褐树蛙、面天树蛙、莫氏树蛙、台北树蛙等特有种，观雾地区与武陵地区另有山椒鱼分布纪录。已知爬虫类39种，标蛇、羽鸟氏带纹赤蛇、斯文豪氏游蛇、台湾钝头蛇、玛家山龟壳花、短肢攀蜥、黄口攀蜥、哈特氏蛇蜥与台湾蜓蜥等属于台湾特有种。
鱼类.在大安溪系、大甲溪系、兰阳溪系、德基水库等地共调查发现了17种鱼类。大甲溪是台湾鱼类分布的海拔最高点，一般溪鱼分布的上限约为1,800公尺，分布于大甲溪上游的樱花钩吻鲑则可达1,800公尺以上。台湾石