SEED》将会领导着故事的核心。不同以往，本作自军战舰的舰长全部都是女性。另外，比起前作《超级机器人大战D》有着更另一层次的战斗动画演出，可说是发挥GBA性能极限的战斗动画。另外，在GBA的后继机，次世代携带型游戏机Nintendo DS发售的《超级机器人大战W》内，因本作不少参战作品在该作上继续参战，因此不少战斗动画被沿用至该作。
参战作品.
一览.★标志为系列作初参战作品、☆标志为在携带机中的初参战作品
解说.新参战作品有《宇