树鸭亚科由卡尔·林奈于其着作《自然系统第10版》中描述，当中包括红嘴树鸭和黑嘴树鸭。于1837年，威廉·约翰·斯温森命名了树鸭属，以与其他水鸟分辨，其模式种是胸斑树鸭，当时托马斯·贺斯菲特以学名"Anas arcuata"称之。树鸭连带整个雁形目的生物分类是复杂且有争议的。在鸟类学家让·提奥多·德拉库尔根据形态及行为特性的传统分类，树鸭属于鸭科雁亚科树鸭族（Dendrocygnini）。其后另一位鸟类学家保罗·约翰斯格德作出修订，包含白背鸭属（Thalassornis）于此系统内。