克森公爵莫里茨后，约翰·腓特烈被改判为终身监禁。1552年，莫里茨出乎意料的背叛了皇帝，并向皇帝发起进攻。约翰·腓特烈于是被查理五世释放，并得到了魏玛作为领地。1554年他在魏玛去世。
家庭.1527年，约翰·腓特烈与克莱沃的希比尔结婚，两人共有三个儿子：