督师杨嗣昌檄为监军。累升佥都御史、抚治郧阳。十四年二月，襄阳陷落，被逮入狱，论戍边。崇祯十五年（1642年），以荐起总理河北屯田。改任兵部右侍郎兼右佥都御史，驻九江，总督江西、湖广、安庆、应天（南京）等处军务，以节制左良玉军。弘光元年（1645年），被左梦庚裹胁随军。左梦庚投降清英亲王阿济格，阿济格劝继咸降清，继咸严正拒绝，八月押至北京，丙戌（1646年）六月二十六日被处死。
学生.抗清义士傅山是他的学生，即是《七剑下天山》傅青主的原型。