首尔、伦敦、塞班岛、巴黎、纽约的航线亦逐年相继开办。1990年代，空中巴士A320、A321及波音747开始加入机队。1999年10月，全日空正式加入星空联盟。2001年，911事件之后，乔治·布殊政府宣布了航空禁令，从华盛顿的杜勒斯国际机场飞往成田国际机场的全日空班机成为该禁令解除后第一班从美国境内起飞的航班。2004年，全日空的盈利首次超越日航；面对新机场的建设及羽田机场的扩建工程，全日空计划翻新机队，以较多的小型飞机取代大型飞机。同年，全日空成立子公司Air Next，从2005年起营运来