之派朱襄协助。但就正遇上刘裕讨伐司马休之，王镇恶率军乘夜沿江而下，直据都尉治，并以放满石头的竹笼阻塞水道。朱襄到后遭王镇恶攻击而兵败被杀。王镇恶回江陵时司马休之已败逃襄阳（今湖北襄阳市），王镇恶就与蒯恩率兵追击。司马休之等人因襄阳守将李应之不肯开城而改奔后秦，王镇恶亦一直追击，一直追到晋秦边界亦追不上，唯有撤军。后调游击将军。
北伐后秦.义熙十二年（416年），刘裕出兵北伐后秦。王镇恶改任谘议参军，行龙骧将军，与冠军将军檀道济领前锋进攻许昌、洛阳。刘穆之对王镇恶说：「太尉这次把讨伐