能是最基本的化学反应，是很多化学计量和催化过程中的一步。一些多元离子和原子可以进行多次质子化，例如很多生物高分子。基底经过质子化后，其中每一种粒子的质量和电荷都增加了一个单位。分子质子化或去质子化后，很多化学性质都发生了改变，不仅限于电荷和质量，如亲水性、还原势、光学特性等。在特定的分析步骤中，如电喷雾质谱，质子化是必需的一步。质子化和去质子化会发生在大多数酸碱反应，是大多数酸碱反应理论的核心。布朗斯特-劳里酸被定义为将另一物质质子化的化学物质。
质子化和去质子化的速率.质