建设三路，北路由噶玛兰苏澳镇至花莲县奇莱，共计205里、中路由彰化林圮埔至花莲璞石阁，共计265里，以及南路由屏东射寮（车城）至台东卑南，共计214里。另外则是“抚蕃”，乃是招抚高山族原住民），使其汉化，不再出草汉人。欲使原住民失去武装，则讨伐不顺从的原住民，故先后发生诱杀阿美族菁英的大港口事件、与消灭撒奇莱雅族及噶玛兰族的加礼宛战役等屠杀事件，又凌迟处死赴营请降的族长古穆·巴力克（Komod Pazik）、并当众惨杀其夫人伊婕·卡娜萧（Icep Kanasaw），花东二族在抵抗清军的持续入侵中几近灭绝。