1966年分别获委任为立法局和行政局非官守议员。喜欢足球的李福树还于1966年当选香港足球总会会长，但任内爆出香港足球员被足总禁止于第五届亚洲运动会代表中华民国参赛的争议。事件中由于李福树坚持香港足球员只应代表香港参赛，结果遭到当时香港亲台舆论的声讨。六七暴动期间，身为两局议员的李福树多次公开批评亲共左派滋事份子，却又遭到左派舆论疯狂批评，甚至一度被左派下达追杀令。六七暴动后，决意淡出政坛的李福树在1968年辞任两局议员和足总会长的职务，但身为特许会计师的他仍关注会计师业界的发展，并促成香港会计师公会在