下巡防艇共146艘，并拥有3艘搜救艇及4艘除污船，总服役船舰共178艘。未来将新增CG137-CG173等22艘600-4,000吨级巡防舰艇，1,000吨级以上大型舰艇将扩充至24艘以上，500吨以上1,000吨以下中型舰艇将扩充至22艘以上。早期由财政部移拨的船舰均命名为星字号，2000年1月海巡署成立后新造船舰以中华民国各县市命名。
航空机.有人机: <br>海巡署曾独自成立空中侦巡队，使用向民间租用Bell-41