再经由十二指肠的活化成为胰蛋白酶。胰蛋白酶可以将蛋白质分解为较小的多肽。
脂质的消化.有些脂质是从进入口腔起就开始消化，会将一些短链的脂质转换为甘油二酯。不过大部份的脂质是在小肠消化的。小肠中脂肪的出现会产生激素，会让胰腺释放胰脂肪酶，让肝脏释放胆汁酸，有助于脂肪的乳化，可以以脂肪酸的形式吸收。一莫耳脂肪（三酸甘油酯）在完全消化后会变成脂肪酸、甘油一酯、甘油二酯以及一些未分解三酸甘油酯的混合物，但其中不会有游离的甘油分子。
醣类的消化.人类可以消化的膳食淀