政敌批评为东林党人。东林党人居于道德高地，与政敌争夺权位，互相指摘，在1620年代，是反抗当权太监魏忠贤的象征。
拆毁.明熹宗时，魏忠贤残酷镇压东林党人，1625年，阉党罗织罪名，要打击天下书院，第二年，东林书院被封闭，除了先贤祠堂，全部拆毁，夷为瓦砾，田地和建筑材料都变卖，所得金钱运往宫中内库。明思宗即位后，阉党失势，解除党禁，下诏修复东林书院。
保存及修葺.清代东林书院已大不如前，但仍为着名书院。顺治、康熙、干隆年间又都曾对书院进行过全面整修。清光绪二