。萧虽与石星长期政见相左，亦能秉公处之，为明神宗所迁怒。1598年（万历二十六年），兼理兵部事务。1604年（万历三十二年），任兵部尚书、仍署刑部事务。任内，倭寇南侵福建沿海，萧大亨严令闽省予以缉捕，捕杀若干倭寇。后又多次平息西南边陲兵端，安定西南。1606年（万历三十四年），罢刑部兼署，专掌兵部。萧大亨任兵、刑两部尚书合计13年，时值明末，党争甚烈，内外矛盾迭起。他厌倦党争，多次上书乞骸骨。1608年（万历三十六年），卸归故里泰安府。1612年（万历四十年），卒于泰安萧家府第，享年81岁。1616年（万历