，额勒登保进军抵长吉山，打败贼军。嘉庆元年（1796年），福康安逝世，由和琳替代。当时石三保已就擒，石柳邓身在平陇，额勒登保乃进兵收复干州，被赏赐花翎，署任领侍卫内大臣。是年秋天，和琳在军中逝世，统兵者惟有额勒登保、德楞泰及湖南巡抚姜晟三人。朝廷下诏将军明亮、提督鄂辉赶往会同他们剿灭苗军。同年十月，攻克平陇，石柳邓遁走盘踞养牛塘山梁，额勒登保分兵攻克。十二月，斩杀石柳邓，苗人缚吴八月之子吴廷义献给清军。军事告竣，朝廷下诏嘉赏额勒登保其军功最高，钖封为威勇侯，赐双眼花翎。
围剿川楚教乱