太平洋战争，日本兵力不足，1943年，发起学徒出阵，征召20岁左右的年青学生从军。森嶋通夫被征召进入大日本帝国海军。在通信学校毕业后，进入长崎的大村航空队，担任少尉，负责通信与密码解译。最后升任中尉。在日本战败投降后，森嶋通夫再度回到京都大学，跟随高田保马、青山秀夫学习经济学与社会学。1946年，毕业于京都大学，任教于京都大学。1951年，至大坂大学任教。他与高田保马共同创建了大坂大学社会经济研究所。1960年，与劳伦斯·克莱因共同发起了国际经济学回顾（International Economic