十五年（1502年），经刘大夏举荐，升都察院左副都御史，巡抚陕西，督理陕西马政。任内平定边疆进犯、弹劾贪庸总兵武安侯郑英并推荐都指挥佥事曹雄代任，及裁减镇守中官费用，军纪为之肃然。
正德年间.武宗即位后，蒙古数万入寇固原，总兵官曹雄拒绝援助。杨一清则帅轻骑自平凉昼夜行，抵御入侵并发动奇袭，击退进犯。此后，杨一清以延绥、宁夏、甘肃三地有警不相援，请求率领大臣兼任。刘大夏于是请求杨一清总制三镇军务（陕甘总督），正德元年（1506年），加都察院右都御史。杨一清在任期间因修建边疆防御，武宗