比细菌性脑膜炎的病程轻微。如阿昔洛韦等的抗病毒药物可能对治疗单纯疱疹病毒和有效，但目前还没有对这种治疗方法做过临床试验。轻微的病毒性脑膜炎患者可在家中保守治疗，如流质进食、卧床休息及止痛药等。
真菌性脑膜炎.真菌性脑膜炎（如隐球菌脑膜炎等）需以高剂量长期的抗真菌药物治疗，如两性霉素B和氟胞嘧啶。颅内压增高在真菌性脑膜炎中很常见，理想情况下建议每天进行腰椎穿刺或腰椎引流以减压。
预后.细菌性脑膜炎如果不治疗几乎都是致命的。相反地，病毒性脑膜炎往往会自行痊癒，