着陆之前的各项数据也显示一切正常。这次意外曾让那霸机场的跑道一度封闭，直到11时3分左右才重新开放。事故的原因调查由日本国土交通省「航空、铁道事故调查委员会」派员负责，中华民国的行政院飞航安全委员会（飞安会）、交通部民用航空局（民航局）、华航、美国的波音及奇异（GE），也派人员赴日本协助调查。为了安全考量，虽然尚未确定事故成因，但中华民国民航局已经下令包括华航（仍剩下11架）、华信航空（2架）所拥有的波音737-800型飞机在落地过夜时进行特别检查，同时建议中华民国空军（1架）所拥有的同型行政专机（民间