两大主要岛屿，石垣岛和西表岛之间称做的珊瑚礁海域，以及该海域的黑岛、竹富岛、小滨岛、新城岛、西表岛北方的鸠间岛和西南方的仲之神岛等岛屿。西表岛上有全日本规模最大的常绿阔叶林，位于河口的红树林等亚热带植物，以及特别天然纪念物西表山猫、大冠鹫、天然纪念物黄缘盒龟、翠翼鸠等稀少生物种。石垣岛上有拉姆萨公约登录湿地与吹通川红树林，米原及于茂登岳可见与山樱花等稀少植物。周边的以大型蓝珊瑚群落闻名。平久保、川平石崎、米原、白保、平野、明石、玉取崎、米原深干（米原プカピー）、御神崎等九地区指定为海域公园地区。石西