定在虹桥开发区辟地提供外国驻沪领馆借地建馆后，日总领馆于1985年3月30日、11月15日与上海市闵行虹桥开发公司签订借用开发区第9号地基计5236平方米的借地合同。
馆员自杀事件.2004年，日本驻上海总领事馆发生了。根据《周刊文春》的报道，日本驻上海总领事馆一名负责收发总领事馆－日本外务省间机要文件通信的外交官自杀身亡。这名外交官在留给总领事的一封遗书中说，中国情报人员即上海市国家安全局人员以他和卡拉OK酒吧的女郎之间有不正常的关系为由，要挟他提供日本外交机密，但他不愿出卖国家