和皇五子朱常浩一同封为藩王，以后再选择其中适合人选为太子。朝臣听闻一片譁然，纷纷上奏神宗。如雪片般飞来的痛批奏折，使神宗倍感压力，迫于众议只好不得已收回前命。直到万历二十九年，朱常洛已年满二十岁，立储一事已不可拖延，神宗才立其为皇太子。而长久以来的国本之争引发出了两次妖书案，这些案件即是朝廷大臣内闹的缩影，可说是东林党争。
女真崛起.此时东北女真族兴起，成为日后明朝的隐患。万历四十六年（1618年）四月十三日，女真酋长努尔哈赤自称“覆育列国英明汗”，凑“七大恨”，以掀起叛乱，并