十九年（1754年）投奔清朝。干隆二十年（1755年），他上策要求进攻达瓦齐，被干隆帝任命为定边左副将军出兵平定准噶尔。不久他配合清军攻占伊犁，逐走达瓦齐，转而向干隆帝要求策封自己为厄鲁特四部总汗。清政府拒绝其要求，试图将其召回。八月，阿睦尔撒纳在赴热河途中反叛，逃往塔尔巴哈台，向俄国求援。干隆二十一年（1756年）三月，被清军击败，同年冬，在俄国支持下称汗于塔城。次年（1757年），再次为清军击败，走投无路下进入哈萨克汗国受中玉兹汗阿布赉保护一段时日，后因为哈萨克汗归降于干隆，再流亡俄国西伯利亚，