子女11人，其中孙祥辉是中华民国空军军官，于1967年驾驶TF-104G战机（机号4143）于训练任务时发生发动机失火，与同机飞官黄瑞文一同殉职；女儿孙祥娟是台湾最大少女品牌服饰比其集团总经理；孙祥钟是台湾电影明星，艺名为「秦汉」；孙子是偶像剧演员孙国豪。周镇寰是他的机要秘书。
史实争议.1961年，宋希濂撰写《南京守城战役亲历记》，1962年，葛天撰文《我所知道的孙元良》，称孙元良临阵脱逃、贪污和企图强奸劳军的女学生代表。2019年6月，电影《八佰》中国大陆公映前夕，