对《构造》又重新做了修订。1564年，他搭乘威尼斯的舰队经塞浦路斯去朝圣。当他到达耶路撒冷时，他收到了威尼斯上议院的一封信。信中说因为他的朋友和学生法洛皮奥的逝世而请求他再次接受帕多瓦的教授职务。在爱奥尼亚海上吹了好多天逆风后，维萨里终于到达了扎金索斯岛。很快他就欠债并死去，如果不是好心人帮助他还钱，他的遗体都可能被扔给野兽吃了。死时，他才不过刚刚50岁。