易后改封至丸龟藩的京极高和将多度津收归领地。由于丸龟藩第3代藩主京极高或3歳时就任藩主之位，恐其夭折的缘故故向德川幕府申请分封其庶兄京极高通为分家。1694年6月18日，、1万石分封受到许可，设立多度津藩。不过因为京极高通本身也才4歳的关系，在丸龟城内设置了阵屋居住。至1711年 京极高通才正式以多度津藩主之身管理政务。第4代藩主京极高贤在1827年向幕府提出设立阵屋的申请，并于该年在多度津建设阵屋，从此搬离丸龟城。第6代藩主京极高典追随本家丸龟藩主京极朗彻加入尊王派，并于戊辰战争与土佐藩、