宗系的当山派或天台宗系的本山派；但在明治维新后，此教派被禁止。但在民间仍然流行，因为大部分修验道的修士都在山野之间居无定所，很难对其有效控制。
宗派.修验道之法流大致上分为真言宗系之当山派和天台宗系之本山派。当山派的发端是开创醍醐寺三宝院的圣宝理源大师，本山派是由建立圣护院祭祀熊野三所权现的增誉一派所形成。现代，奈良县吉野山的金峯山寺（金峰山修验本宗）、京都市左京区的圣护院（本山修验宗）、京都市伏见区的醍醐寺三宝院（真言宗醍醐派）等是信仰的据点。也有像日光修验、羽黑修验、甑岳修