疑时，将遭到拒绝入境。因此停留较长时日或从事观光以外目的，宜先向日本台湾交流协会台北事务所询问申办符合该目的之签证。持有日本护照的日本公民也可免签证入境中华民国，停留最多90天。此外，台湾提供日本每年5,000名额给18－30岁青年为期1年的度假打工签证；日本则提供台湾每年10,000名额给18－30岁青年为期1年的度假打工签证，两者皆必须未曾取得此种签证。
相关警示.有鑑于2019冠状病毒病疫情，中华民国外交部的国外旅游警示分级表将日本归类为红色警示：不宜前往，宜尽速离境