删除，把必要的数码兽及部份研究对象上传（Upload）到了新的数码世界。但是一部分生存下来的数码兽，它们强大的生命力使自身数码核（电脑核）发生了改变，并获得了抵抗X程序的「X抗体」进行了X进化。世界树为了保证方舟计划的顺利执行，把消灭异分子的任务交给了皇家骑士（Royal Knight）。 抱着必死的决心抵抗的X抗体数码兽……那些抗拒X抗体数码兽的被选中的数码兽……贯彻世界树所谓的正义的皇家骑士…… 所有的生命都是为了生命而存在的……多路兽X进化吧，寻找第十三位皇家骑士！
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