东北偏北靠近毛奇陨石坑、托里切利陨石坑位于它的东侧、东南则是西奥菲勒斯环形山，而策尔纳陨石坑和阿尔·法甘尼陨石坑分列于它的西南和西南偏西处。希帕提娅陨石坑的北面横亘着希帕提娅月溪，东南则坐落着酒海和波利比乌斯陨石坑，往西南越过波利比乌斯陨石坑则矗立着阿尔泰断崖。该陨坑中心月面坐标为，直径38.8公里，深度约1.5公里。希帕提娅陨石坑外观呈复杂的多边形状，西北-东南向偏长，可能是由多座撞击坑组合而成，并几乎已完全损毁。陨坑壁崎岖而不规则，多处地方穿切着狭窄的峡谷，但西北壁保存稍好，仍保留有尖峭的壁沿，西南