990年，善牧修女会正式向台北市政府社会局登记「财团法人天主教台北教区附设善牧修女会」立案，开始一连串的实务工作。之后为了符合台湾相关社福法令，善牧修女会在1994年成立「财团法人台北市天主教善牧社会福利事业基金会」。后因业务开始扩大，1997年向中华民国内政部立案，成为全国性的基金会，并更为现名。