7年，获国际联盟卫生处聘为该处中国委员，并授鼠疫专家称号。在伍连德的倡导和推动下，1929年末，中国与国际联盟卫生处达成协议，收回了海港检疫主权，并于1930年7月在上海成立全国海港检疫管理处，派伍连德任该处第一任总监兼上海海港检疫所所长。1931年九一八事变发生后，伍连德辞去在东北的职务南下。其间曾被日军指为间谍，拘留在沈阳，后经英国领事斡旋保释，南下赴上海就任全国海港检疫总监。1937年4月，任中华医学会公共卫生学会会长。
返回槟城.1937年日本攻占上海之后，伍连德因夫人过世