在中央广播电台副总台长任内,参加「海崃两岸暨港澳新闻研讨会」，大陆海协会副会长张铭清提「两岸共同媒介市场」需以「一国两制」为前提，萧旭岑当场质疑，张铭清随后修正。2013年10月，时任中华民国总统府副秘书长罗智强，因马王政争，遭到各界批判而请辞，中华民国总统马英九决定由时任中国国民党文传会主委萧旭岑接任。2014年3月太阳花学运期间，萧旭岑在友人安排之下以个人身份与学运领导人之一的黄国昌见面，试图了解学生想法。2015年11月7日，随同中华民国总统马英九赴新加坡出席「两岸领导人会面」(马习会)，