任中国社会科学院台湾研究所所长职务，仍任研究员。
中国国安部身份争议.余克礼被认为有中国国安部背景。2000年12月初，台湾国安局副局长韩坤在立法院作证时指出，余克礼与曾至台湾做研究的学者吴国桢皆为中国高级情治人员，余克礼身为国安部第15局副局长。引发台湾舆论哗然。在此之前，台湾国安局还曾指中国社会科学院台湾研究所所长姜殿铭是“国安部”第15局局长。余克礼否认具备中国国安部官方职务，并表示台湾有关方面对大陆对台研究学者的这种指控，是抱着冷战僵化思维，将两岸正常的学术交流“政治化”。