有独特数量的质子，每种元素具有独特的原子序数。在粒子物理学的现代标准模型里，质子是由两个上夸克与一个下夸克组成的强子。夸克的静质量只贡献出大约1%质子质量，剩余的质子质量主要源自于夸克的动能与綑绑夸克的的能量。因为质子是由三个夸克组成，质子不是基本粒子，质子具有物理尺寸，但这尺寸并不能完美良好定义，由于质子的表面很模煳，因为这表面是由作用力的影响来定义，而这作用力不会突然终止。质子的半径（更仔细地说，）大约为0.84–0.87飞米。自由质子是不与其它核子或电子结合在一起的质子。自由质子很稳定，尚