在战斗中负伤。联邦军队随后火烧塔斯卡卢萨城和阿拉巴马大学，将这座邦联军队在南方最后几座重要补给据点之一彻底焚毁。不久，南北战争结束，墨菲回到阿拉巴马大学继续任教。
霍华德学院校长.回归阿拉巴马大学后的墨菲主要教授建筑学，时值美国重建时期，他感觉校内的政治环境对自己不利，于是1871年，他转投当时位于马里昂的霍华德学院担任校长。墨菲对霍华德学院进行了改革，将课堂改成小班授课以注重学生个人能力的培养，他还对学校进行军事化改造，令学生在校园统一着灰色校服，并提高学生的纪律性。进入1880