1519年，赵光祖被赐死，史称“己卯士祸”。在随后的50年中，朝鲜朝廷党派纷争，腐败盛行。
中期历史.朝鲜王朝中期党派纷争夺越演越烈，国力削弱，倭寇与后金入侵使国家几尽毁灭。
党派纷争.士林派在燕山君、中宗和明宗统治期间势力一直被削弱。宣祖统治时期，士林派重新掌权但很快分裂成为东人党和西人党两派。东人党又分裂为南人党与北人党。西人党又分为老论派和少论派。随着权力在这些党派间的更迭，随之而来的是血腥的清剿和相互不断的报复。1589年的己丑狱事就是其中一例