第一舰队司令部，因此留下了部分军事设施及少许的房舍。而政府为了解决居住问题，开始兴建房舍或安排宿舍，并将新住民以军种、职业、特性等，分别群聚于一定范围，即形成台湾现在为人所知的「眷村」。新竹市眷村的演变和发展，可说是台湾眷村文化和历史发展的缩影。国立清华大学及国立交通大学也在50年代于新竹复校。
县市分治.1982年，新竹县市分治，新竹市再次改制为省辖市，市区闽南人占67%，县政府迁至竹北。。1980年代，将日治时期，军事设施( 海军第一舰队司令部相关科研所 )转型，工业技