年更跟随小泽一郎脱离自民党成立新生党，1994年加入新进党，1996年加入自由党；1999年，进入小渊内阁担任运输大臣兼北海道开发厅长官。
在自民党内崛起.2000年日本自由党分裂，二阶俊博加入了保守党，并被新任联合内阁的总理森喜朗留任；同年7月，他出任保守党的国会对策委员长，隔年更担任了保守党干事长。2002年，保守党改组为保守新党，他担任了保守新党干事长。翌年，保守党被自民党并入，而成为了自民党的一个派系，这个派系由他领导。2004年9月，他担任了自民党总务局长。隔年的日本国会