崎县耕地面积比例较低。2015年，长崎县耕地面积有49,100公顷，佔县总面积的11.9%。总农户数则有33,802户。2015年，长崎县农业生产额有1,553亿日元，排名日本全国第22位和九州第五位。就生产金额来看，肉牛是长崎县最主要的农产品，其次是马铃薯、水稻、猪、草莓。2015年时，长崎县以上农产品的生产金额都超过100亿日元。长崎县枇杷的产量是日本第一，马铃薯排名日本第二，草莓排名日本第三。芦笋、洋葱、白菜、凸顶柑等农产品的产量也是日本前列。长崎县森林面积有242,199公顷，森林覆盖率有58.6%