章汝奎于干隆五十五年（1790年）曾任台湾府淡水厅竹堑巡检兼司狱。嘉庆九年（1804年）二月任彰化县南投县丞。嘉庆十年（1805年）闰六月，以南投县丞代理彰化县知县。嘉庆十三年（1808年）以南投县丞署任淡水厅新庄县丞一职。翌年，新庄县丞裁撤，设立艋舺县丞（即大台北地区）行政中心迁至艋舺之大加蚋中心，约相当于今万华车站附近），而章汝奎则回任南投丞职。