9年12月任清华大学副校长。2013年当选中科院院士，2014年任党委常务副书记。2015年3月26日被任命为清华大学校长。2018年2月24日，当选为第十三届全国人大代表。2020年2月10日，国务院任免国家工作人员，任命邱勇、莫则尧为中国工程物理研究院副院长。
争议.
会见“山寨罗”乌龙事件.2016年2月1日，清华大学官网报道称，校长邱勇会见了来访的罗斯柴尔德家族继承人之一、罗斯柴尔德家族英国资产主要管理人奥利弗·罗斯柴尔德（Oliver Rot