顺治18年（1660年），罗马教廷传信部在中国推行宗座代牧制，从澳门教区分设南京宗座代牧区（Apostolic Vicariate of Nanking），将代牧的任命权从葡萄牙手中变相收回。康熙十五年（1676年），教宗克雷芒十世任命中国籍传教士罗文藻担任宗座代牧。他是历史上第一位中国籍主教，也是1926年以前惟一的一位中国籍主教。 1690年，为安抚葡萄牙，罗马教廷决定，将北京、南京两个代牧区提升成为教区，属葡萄牙派人管理，这标志着南京教区（Diocese of Nanking）的正式成立。当时