一次重建。 1895年马关条约，台湾割让，日本接收台湾时，乙未战争爆发，日军在三角涌失利，事后採扫荡方式南下挺进，本庙被焚，1899年进行第二次重建。1945年二次大战结束，日本投降，国民政府接管台湾，本庙归公家所有，由当时代理三崃街长的艺术家李梅树教授管理，李梅树笃信清水祖师，爱好艺术，极其用心地进行了第三次的重建计划，从募款、设计、成立委员会、工程进行，费时费力，在1947年动土，由前殿开始进行全面整修，还买了台湾神社的鸟居改作龙柱。1963年正殿作樑；1975年鼓楼施工。1983年，主持重建