。康熙二年（1663年）仍任左都御史，官至礼部尚书。康熙十二年（1673年），秋九月初一日卒，谥「端毅」。干隆三十四年，诏削其谥。
评价.龚鼎孳好交友，惜才爱士，“穷交则倾囊橐以恤之，知己则出气力以授之”，身后萧然。傅山、阎尔梅投入狱中，皆赖鼎孳之力得免。鼎孳临死前将徐釚嘱咐梁清标说：“负才如虹亭，可使之不成名耶？”后清标果荐徐釚试博学鸿儒，得以入史馆。吴伟业称赞龚鼎孳为官“唯尽心于所事，庶援手乎斯民”。着有《定山堂集》等等。《清史稿》列入《文苑传》。。清世祖称之“真才子”。