由于担任广州领事这个职位，他再次与钦差大臣、两广总督叶名琛打交道。他们之间的矛盾在不久后引发了第二次鸦片战争。1856年10月8日，老闸船亚罗号进入珠江后被清水军官员登上。有消息指有几个海盗在英国的保护下登船，所以清军登船抓捕。12名华籍水手被捕，英国国旗被取下。巴夏礼以英国国旗被降下为由，对叶名琛表示抗议。叶名琛辩称亚罗号由中国人水手操纵，又为中国人拥有，而且当时并未升起英国国旗。巴夏礼将其视之为对条约权利的侵犯，向港督宝灵称英国国旗遭到侮辱。叶名琛碍于颜面，拒绝道歉，只允释放9人。但遭巴夏礼拒绝