由于移民及近代帝国主义殖民，在划分为南岛语系的区域内，部分的岛上也有使用非南岛语族的语言。以台湾为例，除了有隶属于南岛语族的原住民族族语以外，由于17与18世纪时，来自大明帝国、大清帝国的移民而同时存在着不同的汉语，包括了闽南语（台湾话）和客家话（台湾客家语）。台湾于19世纪末至20世纪中期的台湾日治时期则以日语为官方语言；第二次世界大战后时期，中华民国政府统一使用现代标准汉语（国语）。其他如菲律宾相继受到西班牙与美国殖民、夏威夷受到美国殖民、纽西兰受英国殖民、印尼受到荷兰殖民、马来西亚受到英国殖民、