1992年开始播映的女童向电视动画《美少女战士》不仅得到了广大少女的好评，还吸引了一众男性动画迷。有一说认为「萌」一词源自于《美少女战士》第3期角色土萌萤的姓氏。土萌萤的悲惨遭遇让她容易被观众同情，便成了粉丝「萌」的对象。1990年的电视动画《冒险少女娜汀亚》在「萌系动画」等术语出现之前就已开始播映，有意见认为此一作品为萌系动画的始祖之一。此一作品由于OVA热潮中处于领先地位的Gainax负责制作。这间公司后来制作了掀起热潮的《新世纪福音战士》，于1995年首度播出。《新世纪福音战士》是一部讲述少年少女