中国政府与英国政府在造价问题出现分歧，故这条路线拖延至1994年11月才开始兴建。机场铁路在定线初期，只有一条主线，在大蚝才分成两条支线前往机场或东涌，因未来发展需要，故把机场铁路分为两部份：机场快线（通车前原命名为「飞翔快线」）及东涌线，有助利用东涌线作服务延伸之用。1998年6月22日，东涌线通车，成为第一条延伸到大屿山的铁路，首两星期营运时间为7时正至20时正。1998年7月6日，即香港国际机场启用当日，机场快线通车，成为香港第一条来回机场至市区的铁路，当时由机场往返中环商业区只需23分钟。