丁一世即位后，首先处决了阿曼提乌斯和泰奥克里图斯。紧接着查士丁一世开始着手宗教问题。自迦克墩大公会议界定了“基督的神人二性”，将基督一性论定为异端后，过去的皇帝们往往支持一性论立场，与教宗对立导致了教会第一次分裂（阿迦修分裂）。查士丁一世则是一位虔诚的正教会信徒，他通过普世牧首约翰二世修复与罗马公教会的关系， 最终于519年3月底结束教会分裂状态，此后查士丁统治时期教会基本保持着相对和平稳定的状态。在525年查士丁一世废除了禁止宫廷官员与底层人民通婚的法律，这可能是查士丁尼在背后推动的，而狄奥多拉也因此被允