40％丙型肝炎的患者是血清中的丙型肝炎病毒阴性，血清中也无测出病毒基因组的患者，但却测出肝中具有丙型肝炎病毒。目前还不确定此情况发生在儿童的机率有多少。
病原体.丙型肝炎病毒（HCV）是具有包膜的单股正链小核糖核酸病毒，归类于黄病毒科的的，丙型肝炎主要分为7个基因型，有第一到第七基因型。这些基因型分成七个子型态，不同基因型之间的核酸的差异可以达到30%。基因型之下再分成80多个“亚基因型”。在美国，70%的病例是由第一基因型所引起，20%病例是第二基因型，而另外的基因型只造成大概1