日经美国抵达日本横滨，成为该会首批在日传教士。在谘询时任英国驻日特命全权公使与领事巴夏礼爵士后，二人选择离开筑地居留地，以便与当地居民接触传教。在英国使馆工作人员的协助下，二人在东京中心地带三田，庆应义塾附近的大松寺定居。1874年春，萧氏开始在庆应义塾创办人福泽谕吉的家中居住，最初为福泽府上的家庭教师，其后也开始在为学生授课。于福泽宅邸居住的两年间，萧氏也在大松寺讲授主日学。对于基督教教义和实践受质疑或误解时，萧氏会在日语报纸撰文回应。1877年，萧氏在好友福泽谕吉的协助下购得芝公园附近的一幅土