993年12月28日，1号线正式开工兴建。1999年2月16日，东山口站随一号线全线通车而启用。
6号线.2006年，6号线正式开工兴建。为配合6号线车站的建设，本站原A出口亦于2009年11月30日停用。2008年2月16日，东湖至黄花岗区间右线盾构成功下穿1号线上下行线。2013年12月28日，6号线正式通车，本站成为1号线和6号线的其中一个换乘车站。
东山口人行隧道.1998年12月，东山口人行隧道开工。该隧道将会与东山口站A出口及C出口直接相连，同