设有主事，其下又设都事，品秩分别比照侍郎与郎中。另外，又设立察言司、承宣司、审理司、赏勋司、中书科、储贤馆、育冑馆等官僚机构。1674年，郑经西征清朝，命陈永华为东宁总制，于六官之上；然而，郑经诸弟骄横难制，郑经因此于1679年立长子郑克为世子，并授职监国，于总制与六官之上，总理东宁国政。东宁之变后，冯钖范掌权，并以侍卫镇掌政，并身兼谘议参军之职，而六官则继续实行。东宁官员在郑成功时自称为「卑职」，在郑经时则改为「臣」，制度已趋成熟。
明朝宗室.明郑以明朝之封国自居，奉南明永历帝