后逃跑回明朝。明英宗曾派吴瑾镇守甘肃，其辞曰：“臣是外族人，若用臣镇守边疆，恐怕外族会轻视中国（认为中国没有人才）。”英宗认为很对，于是收回成命。曹石之变时，吴瑾与从弟吴琮听闻兵变，于是在长安门镇守，曹钦在无法攻入时，遂纵火。吴瑾率众力战而亡。后赠凉国公，谥忠壮，予世券。