考马斯亮蓝和蛋白质的氨基、羧基基团产生静电作用，而非共价作用。染料分子和蛋白分子包括羊毛（角蛋白）形成一个蛋白质-染料分子复合物。 这种复合物的形成，使得染料的带负电荷的形态得到了稳定，从而产生蓝色，即使在多数分子带正电荷的强酸环境下。 这是布拉德福蛋白质定量法的理论依据，是一种利用考马斯亮蓝与蛋白质结合的蛋白质测定方法。这种染料与蛋白质的结合，使得考马斯亮蓝的吸收峰从465nm迁移到595nm。记录595nm处吸光度的增加，可以用来测定蛋白质浓度。这种染料也会与阴离子去垢剂十二烷基硫酸钠形成复合物