阿里山森林铁路.已废止的车站以加上删除线的方式标示。
眠月线（原名：塔山线）.九二一地震后此线暂停营业，全线已抢通，现正等候石猴车站修复。
神木线.嘉义线的一部分，于区间行驶桧木列车，只在假日(週六、日及连续假日)行驶。
水山线（原东埔线之近沼平车站部份）.全线建筑中。
糖业铁路.
营业线.中浊线 - 中寮线 - 线西线 - 鹿港线 - 员林线 - 云虎线