卫尉，董卓主导迁都长安，杨琦随行。兴平二年（195年），李傕胁迫献帝，离开宫殿来到自己的大营。待遇很差，朝臣饥苦。献帝请求李傕给左右朝臣米五斛、牛骨五具。李傕只给他们臭不可食的腐牛骨。献帝大怒，杨琦上封事奉献帝，请求皇帝忍耐李傕，献帝采纳。杨琦、钟繇一起劝说李傕部曲将军宋晔、杨昂反叛李傕。献帝趁机离开长安，郭汜率兵包围汉献帝。杨琦同僚侍中刘艾大唿：“是天子也。”使侍中杨琦高举车帷。献帝脱离困境。献帝后在曹操的庇护下迁都许县，想起杨琦的功绩，封杨琦的儿子杨亮为阳成亭侯。小説《三国演义》描写杨琦密奏