编码化合物结构，解决了混合裂分法组合合成表征化合物结构的困难。在多孔板上进行的组合合成的基础上，Affymax又开发了薄板上的光定向平行合成，这种组合化学方法使用光敏感的保护基团处理薄板和氨基酸试剂，通过光照可以使试剂获得反应活性，利用类似制造超大规模集成电路的光刻蚀技术，分步用激光照射薄板的不同位置，将薄板载体上相应坐标的基团活化进行反应。应用这种方法可以在一块薄板上合成大量化合物，并根据化合物在薄板上的坐标读出化合物的结构。
液相组合合成技术.随着组合化学的广泛应用，人们越