帜转移至德皇腓特烈三世号后，该舰终于正式承担起第二支队的旗舰职责。4月2日，第一分舰队驶至但泽湾，在当地呆了四天。接下来的一个月，它们于5月7日开始了进入北海的巡航；在这次行程中，舰只分别于5月12－15日在设德兰群岛的勒威克和5月18－22日在挪威的卑尔根作停留。它们在离开卑尔根的四天后回到基尔。7月初，四艘勃兰登堡级战列舰被派往亚洲镇压义和团运动，这促使练习舰队进行重组。德皇腓特烈三世号和德皇威廉二世号从而成为在8月15日至9月15日举行的年度舰队演习中，唯一的战列舰。它们因此得到了铁甲舰萨克森号和符腾