有关碑石文物交由广州市文物管理委员会保管。最后到了文化大革命期间才真正将庙宇清拆。被拆毁寺庙的大白砖石用作琶洲村兴修水利，一些用来铺垫村路。对琶洲塔则作了一些抢救性措施的修补，阻塞登塔入口处，严禁攀登危塔。1992年初，香港人汤宝森先生捐资50万元人民币，由广州市文物管理委员会负责修缮。同年8月开始第一期工程，「复原」了塔顶凌霄阁、塔外墙、栏杆。1995年，广州市人民政府拨款60多万元，继续对琶洲塔进行第二、第三期工程。先后复原了塔内层楼板、楼梯、塔内墙、走廊、神龛等部位，并美化塔外周围的环境。1996