位置最高的建筑，殿内供奉华严三圣——毘卢遮那佛、文殊菩萨和普贤菩萨。药师殿西侧是云林图书馆，馆内现有3万册藏书，杭州市属八大寺院的僧众、杭州佛学院师僧、杭州灵隐寺的职工，可以从此图书馆借阅藏书。另外，在灵隐寺出口处近旁建有规模宏大的罗汉殿，内有五百罗汉像，神态、服饰各不相同。尚有一区皆奇石水廉，有一天然灶台，竟是济颠在那置锅煮肉的山洞，济名言即，我佛心中坐，酒肉穿肠过，阿弥陀佛。