选为国民参政会参政员。战后还乡办学校，1948年被选为立法委员。其间尝在暨南大学及复旦大学教书。1949年，前去香港。1951年，到台湾从事文化教育工作，历任台师大、世新、政战学校教授，中央研究院近代史研究所研究员。1962年，胡秋原与《文星杂志》的李敖、居浩然等人打笔仗官司；居浩然以连续三篇（〈科学与民主〉、〈西化与复古〉及〈从门德列夫的週期表算起〉）釐清科学、民主、知识等基本观念，痛批胡秋原不懂普朗克常数的定义与傅立叶的积分公式、还胡扯「量子力学解释有三派」，最后送给胡对联：「不知所云三化论