余晦与陈大方、丁大全等官员上书弹劾王惟忠。朝廷下王惟忠入大理狱。1254年农历10月25日，将王惟忠问斩，罪名是“顶冒补官，任知阆州判西安抚府日，丧师庇叛、遣援迟缓”。还将余玠的家资充作军费。1252年农历4月，余晦被授予代理京兆尹的职位。1252年农历5月，国子监的学生闹事，一名学生还死在了学校里。余晦派人员去调查，结果处理手段不妥善，更激起矛盾。国子监的学生们便罢课、上书，并斥余晦为“仆”。余晦上朝，路上也被国子监学生拦截。余晦很害怕，为了躲避甚至渡过了钱塘江。余晦因这件事被解职并调离中央，贬官作鄂