本打击政、财、官界不法活动的主力。其前身为日本战败后，驻日盟军总司令部为了彻查日本隐退藏物资设立的隐退蔵物资调査会。特别搜查部隶属于检察厅，由检事、副检事层级的检察官与辅佐职的检察事务官所组成。到目前（2007年）为止，仅在东京、大坂与名古屋这三座大城市的地方检察厅中设有特别搜查部。其他道府县的地方检察厅未设置特别搜查部，但设有类似功能的机构「特别刑事部」。