。在1830年，克莉斯汀·艾瑞克·赫尔曼·汪迈尔（Christian Erich Hermann von Meyer）建立翼手龙科，以包含翼手龙，以及其他类似的翼龙类。之后，科学家将许多类似的翼龙类归类于翼手龙科。在近年的研究中，翼手龙科被认为是个并系群或是复系群，包含梳颌翼龙超科的部分物种。
种.自从被发现以来，尤其是19世纪初期，已有很多种被归类于翼手龙属，其中最着名的是古老翼手龙、寇氏翼手龙。自从1990年代以来，大部分研究认为翼手龙属的许多种，并不足以成为独立的种。包含