奉派赴陕甘宁边区保安处、交际处，任秘密工作负责人。在其领导下，获取了国民党特务的电报密码，并亲自成功破解，为中共领导的军队后来破译国民党军队的电讯情报奠定了基础。在延安期间，王再天参加了整风运动。1945年抗日战争胜利后，王再天被派往中国东北，任冀察热辽军区交际处处长，负责军调处承德三人小组的秘密保卫工作。
回到内蒙古.1946年秋，王再天调任内蒙古自治运动联合会社会部部长兼军事部副部长。1947年，出任内蒙古党委社会部部长。1947年，内蒙古自治政府成立，他在乌兰夫的领导下，