7个。该馆以沖绳的海洋为展示概念，展出珊瑚礁、黑潮之海、深海等各式海洋生物。其中最着名的有世界第一尾成功长期饲养的鲸鲨及鬼蝠魟，该馆亦以鲸鲨为吉祥物，总数2尾。截至2006年底，该馆共饲养750种，共28,000只海洋动生物。水族馆旁亦设有海豚表演、海龟馆、海牛馆等，强化水族馆的主题。
世界第二大水槽.贯通水族馆一、二楼的大洋池「黑潮之海」水槽，平面37x27米，水深10米，拥有7500立方米（1981290加仑）的蓄水量。为世界上第二大的压克力玻璃面板22.5米X测量8.2米