共和国后被统战部所占。1982年进行广州市文物普查时，南海学宫仅存后殿、两庑廊及名宦祠。1998年统战部未经文物部门审查，迅速拆除学宫，建新办公大楼，拆除前没有留下测绘资料，学宫历史资讯从此消失。
大清.清初学宫曾遭破坏。干隆、嘉庆年间两次重修，其中嘉庆一次由南海县进士谢兰生等人筹资，修葺后改南海县学为南海学宫。大清末期，废科举。开始仿照西洋学制兴办学校。南海学宫由此转为学校。当中包括一九零四年兴办的南海中学，不过不久就搬离原址。
中华民国.1920年