内战中，他担任反政府武装的领导人，是争取团结民主力量联盟主席和解放中非共和国爱国行动小组组长。内战期间，乔托迪亚避居邻国贝宁共和国经济首都科托努。2006年11月20日，在弗朗索瓦·博齐泽政府的授意下，贝宁武装部队未经审判就逮捕了他和他的发言人阿巴卡尔·萨邦。他们同意参加与中非共和国政府的和谈后，于2008年2月获释。
2012年至今.乔托迪亚是2012年12月再度发动叛乱的反政府武装联盟塞雷卡的核心领导人，塞雷卡主要由穆斯林组成，当中许多人是来自乍得和苏丹的僱佣兵。他们在短时