干线的高架桥之下。目前的跨线式站体（桥上站舍）是在2008年时全新启用的。矢幅车站是距离岩手县知名的律令时代城栅遗迹、德丹城遗迹最近的车站，已被日本指定为国家史蹟的该遗迹，目前是被作为矢巾町历史民俗资料馆用途。
车站结构.侧式月台1面1线与岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站，设有跨站式站房。