在清代多次受官府取缔，被指斥为邪教，支派流衍成长生教、青莲教、真空教等多个教派。
清朝.
藏传佛教在清朝.清朝皇室崇奉藏传佛教。
汤若望与木陈忞争夺顺治帝.罗马天主教耶稣会传教士汤若望与佛教禅师木陈忞（道忞）在宫中互相争势，争夺顺治帝，最后顺治帝选择了佛教。
白莲教等民间宗教.1795年－1804年，四川、陕西、河南和湖北边境地区的白莲教起义。嘉庆十八年(1813年)白莲教的一个分支“天理教”（又称八卦教