踏上返回西班牙的规程，船上带有强行挟持的一些印第安人。归途的大部分时间在信风的帮助下都比较顺利。但在2月22日夜间碰到了风暴，两艘船在风暴中失散。1493年2月19日，哥伦布所在的尼尼亚号终于到达葡萄牙所属的亚速尔群岛的圣玛利亚岛。随后哥伦布的舰队到达里斯本，终于回到了欧洲大陆。哥伦布在受到葡萄牙国王若昂二世接见后于3月13日离开里斯本返回了西班牙。哥伦布终于在1493年3月15日星期五中午回到了当初出发的帕洛斯港。哥伦布舰队的另一艘船平塔号在2月底就到达了西班牙西北部加利西亚岸边的一个港口（巴荣纳）。