亚公爵阿尔布雷希特四世吸取历史教训，为防止他死后出现几个儿子分家而致领地四分五裂的局面而于1506年确立了长子继承制，因此在任何时候都只能有且仅有一位巴伐利亚公爵。威尔汉姆于是成为首任巴伐利亚里的公爵，他也是大名鼎鼎的茜茜公主的曾祖父。尽管马克西米利安四世约瑟夫同情法国大革命，但巴伐利亚的军事和财政状况让他根本无法摆脱奥地利的控制。1800年12月，法军在中击败奥地利-巴伐利亚联军后，让·维克多·莫罗率领的法军再次占领慕尼黑。1801年2月9日，法国与神圣罗马帝国签订《吕内维尔条约》，巴伐利亚失去了莱茵