干细胞接近：细胞呈圆形，细胞核体积大、细胞质体积相对较小。同时，iPS细胞也表达一些胚胎干细胞中的干细胞标志物，比如Nanog蛋白、SSEA类蛋白、TRA类蛋白。iPS细胞具有分化爲三个胚层细胞或组织的潜力。iPS细胞在注射入免疫缺陷性个体后，可以生成畸胎瘤，体外悬浮培养的iPS会分化形成类胚体（embryoid body，EB）。但iPS形成嵌合体（chimera）的能力较差，甚至使用iPS细胞产生嵌合体小鼠的尝试曾一度失败。此外，iPS细胞形成的细胞集落是异质性的，一部分iPS细胞集落中的细胞与胚胎干细