学各科系硬件分别并入复旦大学、华东师范大学等相关院校，校址则转移给上海机械学院（今上海理工大学）。
创办.1900年庚子之乱期间，美南浸信会（Southern Baptist Convention）的华中差会（在江苏传教）和美北浸礼会（American Baptist Missionary Union）的华东差会（在浙江传教）成员都来到上海避难。期间他们达成了共识，决定在上海联合创办一所高等学校（此前这2个差会对从事教育这样的副业不甚热心）。1906年，首先在北四川路北端开办了浸会