关系做为施政重点之一，以对中国大陆当局提出活路外交、签订《海崃两岸经济合作架构协议》（ECFA）、举行江陈会谈等方式以加强两岸合作；对于两岸的政治地位，不同于李登辉的「特殊国与国关系」，他主张「一中各表」的关系，并且认同九二共识。2009年8月发生八八水灾，由于马英九政府未能及时反应，错失紧急动员全力救灾的先机，且一度拒绝外援，而引发民怨。2010年6月29日，中华民国政府与中国大陆当局正式签署ECFA，与中国大陆建立更紧密的经济关系，并且准备经由ECFA来推展中华民国与周边国家（如日本、南韩、澳洲、东