存有资料，尽管它在印度已然灭绝。日本寺庙的牌坊式大门亦被认为与印度古代的寺庙建筑有关。16世纪起，日本开始与葡萄牙的印度殖民地联系。日本人以为葡萄牙人来自印度，而基督教乃是一种新的印度宗教。在1596年德川幕府反基督教的迫害中，日本的许多基督徒逃亡到印度果阿。17世纪早期，此地已有一个日本人社区，甚至有葡萄牙人捕获贩卖日本奴隶。同时，葡萄牙船和后来英国上的印度船员（）也频繁地前往日本。
印度独立运动.1899年，东京帝国大学开设了梵文和巴利文课程，后来在1903年又办了宗教比较