杂的微生物群落可以有效的筛选适合应用在生物燃料生产工业上的酶，如糖苷水解酶的酶。此外，在了解这些酵素的功能与控制酵素时都会需要有关总体基因体学的知识。宏基因组学的方法可以对汇聚性的微生物系统做比较性的统计，如生物气体发酵菌趋同微生物系统、或植食性昆虫如切叶蚁的等。
环境整治.总体基因体学的知识可以促进监测污染物对生态系统的影响，以及清理污染环境的策略。增加微生物群落对于污染物竞争的了解可以提高对可能受污染场址从污染中恢复的评估，并增加生物添加物与生物刺激试验成功的机率。Sect