示了牠是属于鸟兽脚类，这是一类外形像鸟类的兽脚亚目，如暴龙、迅勐龙及异特龙等。科学家们并不肯定马什龙的分类，有可能是属于肉食龙下目或虚骨龙类。在2009年，R.B.J. Benson研究斑龙的新标本，建立出新的斑龙超科研究，将马什龙归类于斑龙超科。模式种是两百年马什龙（"M. bicentesimus"），是由詹姆斯·麦迪逊（James H. Madsen, Jr.）在1976年命名。属名是为纪念奥塞内尔·查利斯·马什（Othniel Charles Marsh），他于骨头大战中发现了很多恐龙化石；种名