过去属于播磨国辖下的郡，但旋即以辖内的为界，被分割为神东郡及神西郡两郡，直到1896年才再次被整併为神崎郡。在19世纪末江户时代结束之际，现在的神崎郡大部分地区皆属姬路藩领地，但有少部分区域属于幕府的领地。随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，郡内各地曾先后分属兵库裁判所、府中裁判所、兵库县、久美滨县、生野县、鸟取县管辖，直到1871年才全数整併为姬路县的辖区，1876年再次整併到兵库县内。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「神东郡」和「神西郡」，但两郡是共同设置「神东神西