统选举期间，1999年9月10日由台湾原住民族人士组织各族代表与民主进步党总统候选人陈水扁于兰屿所共同签订的历史性文件，内容包括七大项：此条约虽在2000年陈水扁当选总统之后成为陈水扁政府在原住民相关政策的指导方针，但由于条约签订当时陈水扁仍未具有国家元首身分，因此其法律效力遭受质疑。至2002年10月19日，陈水扁方以总统身分，透过原住民各族传统的缔约仪式，代表政府与原住民族完成「新伙伴关系协定」再肯认仪式，签订《原住民族与台湾政府新的伙伴关系再肯认协定》。该次签署行为，虽然各族代表之产生方式不尽相同