它们并不明显表现出细菌的特征，反而非常接近真核生物。比如，古菌的转译使用真核生物的启动和延伸因子，且转译过程需要真核生物中的TATA框结合蛋白和TFIIB。许多这些特征也被讨论如下。古菌还具有一些其它特征。与大多数细菌不同，它们只有一层细胞膜而缺少肽聚糖细胞壁。而且，绝大多数细菌和真核生物的细胞膜中的脂类主要由甘油酯组成，而古菌的膜脂由甘油醚构成。这些区别也许是对超高温环境的适应。古菌鞭毛的成分和形成过程也与细菌不同。古菌和真核生物的关系仍然是个重要问题。除掉上面所提到的相似性，很多其他遗传树也将二