支部书记张田决定复建药师寺，并亲自指挥施工，自1995年动工后，经过三年完工。21世纪初，为落实中共的宗教政策，将药师寺恢复为宗教活动场所，周口店镇人民政府、房山区人民政府、北京市人民政府乃至国家宗教局均给予支持。北京市佛教协会会长、北京市政协委员释传印亲自为药师寺推荐教职人员，并且为药师寺题写匾额。2006年，有关部门为药师寺举行了宗教活动场所颁证仪式。2010年时，药师寺有7名比丘尼，一名沙弥尼。2010年6月18日，北京市佛教协会、房山区民政局的领导就开展创建和谐寺院活动到房山区的云居寺和药师