迅速投入到中国铁路网的恢复运营和中华人民共和国初期的新线建设，编制并参与实施了中华人民共和国铁路科技发展规划。1960年代，该院响应中共中央“向科学进军”的号召，加强科研能力建设，拓展铁路科研领域，开展西南三线建设等技术攻关。文革期间，该院完成了援坦赞铁路、核爆炸、导弹试验等科技攻关及试验任务。中共十一届三中全会后，该院围绕“以科研为中心，加强科研管理，建立科研工作正常秩序”的工作方针，很快建立了科研工作正常秩序，使科研工作获得恢复和发展。1980年代中期，该院开始科技体制改革。通过领导体制和经营机