88年1月13日，国民党主席及中华民国总统蒋经国去世，副总统李登辉依宪法继任，并获推选为中国国民党代理主席，接掌党政大权。此时由于国民党内路线争议，加上台湾社会各种运动蜂起，政局产生剧烈变化；爱盟成员不满李登辉对国民党的领导，与党内保守势力结合，被当时传播媒体称为「非主流派」；由于理念与意识形态差异，这些成员或蛰伏党内，或另立新党。1990年5月，爱盟部分成员成立「中华民国反共爱国联盟」，导致爱盟分裂，从此式微。2001年，「中华民国反共爱国联盟」与「爱盟联谊会」宣布和解合併。2007年，爱盟成员吴敦义