兼具国防及贸易功能，成为台湾南部及台湾府城（今台南市）的要港。同治4年（1865年）台湾因天津条约开港，安平港亦被列为条约港之一，海关、洋行纷纷设立，但不久之后，安平港被漂砂淤积，湾内的安平岛接连陆地，船舶仅能碇泊于距旧港口两海浬处。日治时期时，台湾总督府利用旧运河水道，自安平海关循盐水溪至海口予以疏濬，惟旧运河易于淤积，须经常疏濬，极不经济，所遂于明治41年（1908年）兴筑高雄港后取代之。后台湾总督府于大正10至15年（1921至1926年）间开凿新的台南运河，并于终点设置堆货场仓库，码头约1,78