12月18日因感染破伤风而死去，享年52岁。葬礼由杉田玄白举行，但因为幕府的许可没有下来，因此其葬礼是在没有墓碑和遗体的情况下举行。但他的晚年另有他说，相传平贺杀了木工秋田屋九五郎，然后受到田沼意次的保护而得以安享天年。平贺源内的戒名为智见灵雄，其墓所在浅草的总泉寺。
人物和业绩.被人们称为天才或异才。在当时进行锁国的日本，以兰学者的身分介绍许多像是油画、採矿等外国文化和技术。作为文学家也是戏作（类似小说的文学作品）的鼻祖，遗留下许多人形净琉璃的作品，亦作成等瓷器作品，在许多领域中