黄热病爆发时，他于1867年9月4日致信安德鲁·约翰逊总统，请求后者准许自己返回美国并帮助对抗这一疾病。布莱克本之后等不及约翰逊的回复（总统也一直都没有回复）就返回了美国，于1867年经新奥尔良到达路易斯维尔。疫情爆发期间实行援助后，他和家人移居夫人在阿肯色州拥有的种植园。布莱克本一直没有受到逮捕，他于1873年初与家人回到肯塔基州，住进路易斯维尔的盖尔特堡酒店（），然后开始重新在该市行医。1873年的一次霍乱疫情期间，布莱克本准确地认为这一疾病是通过受到污染的水进行传播，但大部分市民并没有接受他的看法