到1992年，担任蒙古政府文化艺术发展委员会第一副主席。1992年8月到1996年，担任蒙古国文化部部长。1992年到2004年，担任国家大唿拉尔委员。1996年7月，恩赫巴亚尔出任蒙古人民革命党总书记。1997年6月到2005年，担任蒙古人民革命党主席。2000年7月到2004年6月，担任蒙古国总理。2004年8月到2005年，担任国家大唿拉尔主席。2005年5月，当选为蒙古国总统，同年6月24日就任，任至2009年6月23日。2009年5月24日，他在大选中失败，成为第一位未能连任的蒙古国总统。