凤翔号的运用大幅受限，这时候的凤翔号只操作九六舰攻与九六舰战，实际上已退居二线。虽然三航战主力舰艇多为二线舰，但在开战前很快就被抽调出其中拥有较好的战力的舰艇。龙骧号隔年抽调给新成立的第四航空战队，缺额由刚完工的瑞凤号航空母舰补上，驱逐舰也换成三日月号驱逐舰与夕风号驱逐舰。虽然在1940年9月12日军令部颁布的「昭和17年度海军战时编制」中，凤翔号未来将被编入由本舰与3艘秋月级驱逐舰组成的第25驱逐队（秋月、照月、初月）和2艘改装航空母舰组成的第七航空战队，母港为吴港。但是这个改编计画并未实施。19