满清政府签署《北京条约》后，法国传教士可以在中国自由活动，奥塞神父（Fr. Osouf）向巴黎总部建议在香港岛西面的薄扶林设立疗养院，让在远东地区传教的传教士患病后有地方休养。巴黎总部接纳建议，奥塞神父于1873年6月买地，自任建筑师设计修院，并获得由新加坡抵港的白德礼神父（Fr. Charles Edmond Patriat）协助下展开工程，更得到香港政府捐赠花岗岩石材，期间于1874年遭受台风破坏，但仍于1875年完工落成启用，白德礼神父出任首任院长。1897年伯大尼修院进行扩建及改善工程。在作为疗