下，林益世请辞秘书长一职并火速获准。因为通联纪录等证物，同年7月2日，林益世向特侦组检察官承认部份罪行，坦承索贿。之后林母及林妻供出贿款，惟款项不合，媒体质疑林益世不法所得恐怕逾亿元。特侦组于10月25日侦查终结，林益世依贪污等4罪遭起诉，求处无期徒刑。2013年4月30日，台北地方法院合议庭的三名成员─庭长兼审判长吴秋宏、受命法官纪凯峰与陪席法官林孟皇一审判处林益世有期徒刑7年4个月，褫夺公权5年，併科罚金新台币1580万元。其余被告，包括林益世妻子彭爱佳、母亲沈若兰及两个舅父，则全部获判无罪