气候相关。2至3月间气温与水温较低，成蛙与蝌蚪密度较低；4至6月随气温逐渐回暖，密度皆增加。夏日则可能受到台风的影响，在溪水暴涨过后会出现密度下降的情况。兰阳溪流域因水流湍急，加上易遭不当渔捞，只採集到少量台湾间爬岩鳅；有胜溪流域则有台湾铲颔鱼、台湾缨口鳅等物种。在思源垭口地区的虾蟹类与贝类样本数不多，有採及到少量甲壳纲端足目钩虾科、腹足纲盘足目钉螺科的物种，以及圆口扁蜷。有胜溪流域至少发现有7目36科58属84种水栖昆虫，其中以双翅目、蜉蝣目与毛翅目为主，其他尚有弹尾目、鞘翅目、蜻蛉目与襀翅目等等物种