和9年（1623年），随着伏见城后，远江主以3.5万石入主淀，建立了淀藩，负责保护京都。淀藩并未有沿用原本淀殿的，而是在宇治川和交汇处川中岛新建了淀城，宽永2年（1625年）落成。宽永10年（1633年），定纲至美浓大垣藩后，淀藩主虽常有更迭，但是都由谱代大名担任藩主，与江户幕府维持了紧密的联系。其后，下总古河藩主以10万石入主淀藩，在宽永14年（1637年）将从南至北流向淀城的木津川改道为流向西面，避免了洪水的发生，并且扩建了城下町。万治元年（1658年），尚政将家督让给，并且2万石，永井直右7,000石