师分灵至高雄大港埔祖师庙的负责人蔡进宗为委员。1993年动工，1997年12月21日历时四年八个月终告竣工。落成后新庙亦採坐北朝南，庙宇样式即为现状。
祖师庙与鸾堂的渊源.1895年（光绪21年），时逢乙未战争，澎湖鸾堂始祖「一新社」为躲避兵燹，迁至西文澳的民宅扶鸾宣讲，另于1902年（明治35年）在祖师庙东邻创办「圣真宝殿」。文澳祖师庙受一新社与文澳圣真宝殿的影响，亦于1921年（大正10年）开办鸾堂，即「登岸社礼善堂」。直到民国55年（1966），一新社另行于马公市区筹办庙宇「