ion::::剧情争议.首集出现刘香慈驾驶AH-64E阿帕契攻击直升机的场景。由于阿帕契直升机为中华民国陆军所有，因此中华民国海军陆战队队员驾驶阿帕契直升机的剧情被批偏离现实。有当过兵的网友表示，剧情内容与军中现况不符。针对网路质疑，不具名的中华民国国防部官员表示，《女兵日记》并非军方出资拍摄，国军只是协助提供场地拍摄，并没有干涉拍摄内容，关于收视率部分要问电视台，国防部方面并没有数据。
重播争议.因本剧创下TVBS欢乐台的戏剧收视率纪录，使TVBS决定于晚间九点至十点重播，