祖洪武年间设立山东省（包括辽东），由于当时「多是无人之地」，朝廷奖励人民垦荒。到洪武二十六年（1393年），山东的耕地面积有7240余万亩，居全国第三位。1417年，苏禄国东王到中国访问，回国途中在山东病逝，葬于德州。明成祖在1421年迁都北京以后，京杭大运河沿线的济宁和临清由于漕运的发展而繁荣起来。然而由于经历小冰期（约1550年至1770年），粮食减产、饥荒连年，再加朝廷苛政，明朝农民叛乱此起彼伏。1633年，明朝将领孔有德、耿仲明等率军从山东登州到辽东投奔满清，后随清兵入关。到崇祯十三年（1640年）