退入真定城（今河北正定），坚守不出。耿炳文拙于攻略，长于守城，故能固守长兴达十年之久。朱棣攻城三日，一直没有攻下，于是对诸将说：“攻城下策，徒旷时日，钝我士气。”遂解围而去。但是，此时惠帝朱允炆接受黄子澄的建议，撤换耿炳文，以李文忠之子曹国公李景隆接任，齐泰坚决反对却不被采纳，由景隆调兵五十万伐燕，战事遂不可为。
去世.明成祖朱棣夺权成功后，登基称帝。耿炳文被罢免职务，赋闲在家。刑部尚书郑赐、御史陈瑛在永乐元年（1403年）弹劾耿炳文「衣服器皿有龙凤饰，玉带用红鞓，僭妄不道」，耿炳