其弟北海王司马寔下廷尉狱，将要诛杀他们。太子中庶子祖纳劝谏保全司马蕤兄弟。正好司马伦心腹孙秀被司马冏等讨伐而死，司马蕤等得以幸免。司马冏率众入洛阳，司马蕤在路上迎接，司马冏不立即相见，司马蕤愤然说：“吾坐尔殆死，曾无友于之情！”司马冏推翻司马伦后以大司马身份执政，任司马蕤为散骑常侍，加大将军、领后军、侍中、特进，增邑满二万户。司马蕤向司马冏请求开府，司马冏说：“武帝子吴王、豫章王尚未开府，你应该在他们之后。”司马蕤因此愈发怨恨，秘密上表司马冏专权。永宁元年（301年）六月，司马蕤与左卫将军王舆谋废司马冏