有功改任左卫将军。封一子为县侯。贞观十八年（644年），尚高祖女丹阳公主，拜驸马都尉，出任杭州刺史，代州都督，后在贞观二十二年（648年），参与东征高句丽，率兵从莱州浮海攻，屡立战功，而任气不能下人，遂以怨望遭贬谪，旋还。唐高宗时，薛万彻与房遗爱、柴令武等密谋拥立荆王李元景（高宗叔），事泄，于永徽四年（653年），处死。
评价.《李卫公问对》李卫公问对中，李靖认为薛万彻过于鲁莽，勇过于谋，胜利依赖运气。太宗曰：“当今将帅，惟李勣、道宗、薛万彻。除道宗以亲属外，孰堪大用？”靖