它的活动的不完全名单，按地点来分类。
东海村设施.JAEA拥有位于茨城县东海村的多种设施，这里是日本核研究的第一个中心。目前，JAEA已扩大到在茨城县以及全日本的几个其他地点。
敦贺设施.JAEA在福井县敦贺市另一个总部基地。它拥有快中子增殖反应堆中心和研发中心。
大洗研发中心.大洗研发中心（）位于茨城县大洗町，接近于但不是在同一个地点东海村。它安置(试验的钠冷快中子反应堆)，，新的（HTTR），反应环境监测中心，和儿童博物馆。