朝战败，将台湾割让给日本。刘永福与台湾士绅丘逢甲在台湾策动独立，成立台湾民主国，拥立唐景崧为总统。在不久之后的乙未战争中，日军联合部份倾日的台湾人先遣分队，将黑旗军击溃。随后唐景崧弃职而走，刘永福带领残军，在台南自立为大总统。战事失利后，化装乘英国籍轮船「塞里斯号」逃到厦门。失去了主帅的黑旗军，在与日军交战中死者大半。在日本佔领台湾之后，黑旗军残部被遣返回清朝，被清廷强制解散。关于黑旗军在台湾的相关史料，仍能从部份的外国史料中找到一些端倪。1895年6月15日《伦敦画报》（The Illustrated