4年土方氏因继承问题致大部分领地被幕府收回，羽咋郡内原属土方氏的领地也大多成为幕府直属的领地，并成为委託加贺藩管理的，仅余下少部分区域交给成为幕府旗本的土方氏子后代成为旗本领。19世纪末明治维新后，原属幕府和旗本的领地改由高山县管理，1871年实施废藩置县后加贺藩的领地改隶属金泽县，不过同年的第一次府县整併后，羽咋郡内全数地区被划入新设立的七尾县，但也仅半年过后，又被併回由原金泽县更而成的石川县。1878年石川县实施时，正式设置近代的行政区划「羽咋郡」，郡役所设在羽咋村（位于现在的羽咋市）。