9年，中华民国政府迁台后，两国维持短暂的邦交关系。1950年1月20日，与中华民国断交、关闭大使馆。1999年9月21日，台湾发生大地震，瑞士派出40人的搜救队抵台救灾。2020年4月1日，对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，中华民国总统蔡英文宣布捐赠1,000万片口罩给疫情严重的国家。外交部指出，其中700万片给瑞士与英国以及欧洲联盟成员国、300万片给美国、100万片给中华民国的邦交国。伯恩市长拍摄影片感谢台湾捐赠50万片口罩给瑞士。
人员互访（1999年至今）.