生物能源.进行细胞工程，将糖、淀粉质、纤维素（农业废物）及二氧化碳中的碳，转化为具效益的产物，包括交通工具所需燃料。利用可再生原料进行碳中和化合作用，有助减少温室气体的排放。
绿色制造.传统塑胶及纺织制造业牵涉的制作过程，往往需用上高温和有害溶剂，更会产生污染物。就上述步骤进行细胞工程将可以引伸出一系列程序，其中一些更可以在室温的环境下进行，最后不会产生有害的副产品。
农业.现时，合成生物学获应用于植物工程学，将有助科学家设计一系