1994年11月达成财务及土地安排协议，并获立法局通过后才能正式动工。最终大屿山机场铁路成为两条地铁路线，分别是东涌线和机场快线。1998年6月21日由香港特别行政区第一任行政长官董建华主持开幕仪式，并于翌日正式运作。另一方面，随着九广西铁（现港铁西铁线）于2003年12月20日通车，地铁（今港铁）于茘景站和奥运站之间新建的车站南昌站，成为东涌线与九广西铁的转车站，是全港第一个地铁与九铁共同兴建及使用的车站。2005年6月1日，地铁于青衣站和东涌站之间新建的车站欣澳站亦已启用，此车站为连接迪士尼线前往香