虽说至今没有发现并确定古菌病原体，但是研究证明一些产甲烷菌的种类可能与牙周疾病有关。另外，一种"Nanoarchaeum equitans"可能是泉古菌的寄生物，必须在宿主细胞内生活并繁殖，但是对寄主没有任何好处。相反的，（ARMAN）只是与酸性矿井内生物薄膜的其它古菌偶尔接触。这种关系的性质至今仍然是未知的。但是科学家知道和之间的关系与微小的ARMAN古菌不同，ARMAN古菌一般与细胞不会相互影响。
互利共生.所有反刍动物和白蚁的消化道中有其中一种在和原生动物之间的互利共生，它们