扁在中美洲行程结束后到阿布扎比进行过境访问，在当地受到元首级接待。2006年5月，陈水扁专机第二次在阿布扎比短暂停留。2006年1月5日，中华民国外交部长陈唐山以总统特使身份前往阿联，弔唁该国副总统兼迪拜酋长国总督马克图姆。2012年4月，总统马英九于出访非洲邦交国时，往返皆在杜拜过境，进行技术性加油。2019年8月，阿联的阿布达比酋长国亲王、主席抵台访问。
代表机构.1979年5月，中华民国于阿拉伯联合大公国第1大城设立驻杜拜名誉领事馆。1980年7月，升格为驻杜