1942年，帮助毛泽东发动了延安整风，大搞逼供信，将大批党员打成特务、叛徒和内奸，制造红色恐怖，遭到各方指责。但由于他得到毛泽东的信任，未受影响。但由于积怨甚多，康生在中共七大之后开始失势，逐步转向做基层的土地改革调研工作。又因为他在延安时期骑快马摔伤脑神经久病不愈，建国以后长期休养。1943年，中共中央组织部、中央党务委员会、民运工作委员会、中央统战部、海外工作委员会、中央研究局合并为中共中央组织委员会，康生出任副书记。
中华人民共和国.1946至1949年第二次国共内战期间