是以硒半胱氨酸残基作为催化中心的硒蛋白，而不是所有的硒蛋白都具有催化功能。所以严格意义上，硒蛋白主要分以下两类:
含有硒半胱氨酸的硒蛋白.绝大多数情况下，硒半胱氨酸是承载硒元素最主要的方式，硒半胱氨酸也因其重要性被称作第21个氨基酸，在哺乳动物体内参与蛋白组成，所以这种情况下硒蛋白也就是含有硒半胱氨酸的蛋白。例如，哺乳动物体系的硫氧还蛋白还原酶就是属于硒蛋白，硒半胱氨酸是借助掺硒辅助元件，通过UGA中止密码子介导的、特异性的编码合成。
含有硒甲硫氨酸的硒蛋白