大陆移民在台湾的第二代与第三代，因为与中国大陆故乡的隔离，而自然升起的认同本土意识。因为李登辉与陈水扁两位总统增加了中小学教科书中对于台湾的份量，并有「去中国化」的措施，将本土意识逐渐转化为政治上的台独力量。中国大陆统战事务官员辛旗赞同他的意见，他曾透过苏起及王晓波，建议马英九总统更改教科书内容，以扭转台湾年轻人的天然独倾向。中国大陆民运人士袁红冰认为，马英九政府成立课纲检核小组，推动课纲微调，辛旗是背后的操盘手。相反的，国会观察基金会董事长姚立明则认为，天然独是台湾民主自由气氛下所形成的结果，不能归因