嘉兴站老站房被列为市级文保单位，目前为嘉兴铁路派出所使用。1996年2月12日，嘉兴站开始了改建工程。1997年1月16日嘉兴新客站落成，同月18日投入运营。2006年7月1日，嘉兴站开行前往方向的N892次列车。2007年1月，沪昆铁路开行动车组列车，但由于嘉兴站设备受限，动车组列车无法停靠停靠嘉兴站。经嘉兴市政府和上海铁路局共同研究，决定实施嘉兴火车站整体改扩建工程：工程包括一号站台高站台改造、延长了地道并新建了5号高站台、及新建和谐号候车室和扩建售票处，同时将车站货运业务全部迁往嘉兴东站办理。