局局长后藤新平的推荐，台湾总督桂太郎延聘巴尔顿来台担任卫生工程顾问技师，在台湾各地从事卫生调查及水道建设之调查工作；滨野弥四郎亦被聘为卫生工程技师，负责协助巴尔顿。两人在1896年7月26日抵台，于淡水馆歇息后在8月5日正式向台湾总督府述职，担任总督府民政部卫生课嘱託，之后他们以淡水馆为住所与事务所，展开对台北城内、大稻埕、艋舺等地市街卫生与给排水工程调查，于9月4日提出《卫生工事调查报告书》。后来巴尔顿亦积极对台湾从南到北包括澎湖等地在内的卫生工程进行调查并提出建言，对日后的自来水工程有着相当程度的影响。