部发言人张小月则表示，「台湾共和国护照」是「虚拟护照」，并不是合法、也不是有效的旅行文件，中华民国政府与邦交国也不会承认。
支持者内部争议.由于自称「台湾共和国政府外交部长」的郭树人表示台湾共和国护照发行单位是台湾共和国政府，建国党提出反驳称建国党才是该护照的真正发行单位。为此，皆为台独运动活跃机构的该两单位，曾发生言语纠纷。
其他.台北市「台湾e店」另有贩售由511台湾正名联盟所发行的《台湾护照》封套，其样式与上图相同，以便持有人套用于《中华民国护照》上