跋珪派遣长孙肥率领三千骑兵讨伐他们，在九门打败赵准军队，斩杀仇儒，生擒赵准。诏令把仇儒的肉当食物，把赵准传送到京城，在街市车裂，夷灭他的宗族。天兴四年（401年）七月，拓跋珪任长孙肥为镇远将军、兖州刺史，给予步兵、骑兵二万人，向南攻取许昌，攻到彭城。东晋将领刘该派遣使者向长孙肥请求投降，贡奉地方产品。天兴五年（402年）五月，后秦皇帝姚兴派其弟安北将军、义阳公姚平率兵四万进犯北魏，并攻陷北魏平阳郡的干壁。拓跋珪将要讨伐他，选拔众将领没有比得上长孙肥的，于是征召他回京城。六月，派遣长孙肥和镇西大将军、毗陵