要面向陆军、海军部队补给，为海军亚丁湾护航编队、非洲维和人员提供后勤保障支持。基地联合先遣组由陆海军官兵组成。2017年7月11日，在纪念郑和下西洋而设的中国航海日上，基地成立暨部队出征仪式在中国广东省湛江市某军港码头举行。中国人民解放军海军司令员沈金龙宣读驻吉布提保障基地组建命令并授军旗，中国人民解放军海军政治委员苗华致辞。随后中国人民解放军驻吉布提保障基地官兵搭乘中国人民解放军海军井冈山舰、东海岛船出发前往吉布提。2017年8月1日（中国人民解放军建军纪念日），中国人民解放军驻吉布提保障基地部队