文庙得以重建，并先后于干道年间和淳熙年间得到重修。嘉定年间，仙游文庙修建了大成门和乡贤祠。元代时，仙游文庙一度遭到山贼毁坏，至正二十年（1360年）时重建大成殿，并重新塑造了孔子四配十哲的塑像。明代洪武元年（1368年），大殿东西两侧改为日新亭和时习亭。清朝顺治十二年（1655年），文庙在大风中遭受严重损毁，后得以重修。文庙在战乱中被毁后重建。康熙十七年（1678年），干隆四十五年（1780年），文庙再次遭受大风损毁，并得到重建，是为现存主要建筑结构。明伦堂也在这次改建中被迁至大成殿东侧。中华民国时期，仙游