永初二年（421年），改徐州为南徐州，北徐州为徐州。元嘉八年（431年），南徐州诸郡併入南兖州，而割杨州之晋陵郡、南兖州江南九侨郡侨置南徐州，南徐州遂由江北移置江南，治南东海郡丹徒县京口（今江苏省镇江市）。至此，南徐州领实郡一：晋陵郡；有实县之侨郡二：南东海郡、南琅邪郡。元嘉三十年（431年），南兖州併入南徐州。孝建元年（454年），分南徐州复置南兖州。大明七年（463年），割杨州吴郡属南徐州。大明八年（464年），吴郡还属杨州。泰始四年（468年），割杨州义兴郡属南徐州。至此，南徐州领实郡二：晋陵郡、