期为林场到秦淮路，二期为秦淮路到吉印大道，两期工程同时建设。南京地铁3号线计划采用A型车6辆编组。全线设主变电所2座，分别位于滨江路站、雨花门站附近。滨江路站主变电所预留远期为7号线供电的条件；雨花门主变电所预留远期为8号线供电的条件。在泰冯路站和南京站设联络线分别连接11号线及9号线。根据3号线工程可行性研究报告，3号线建设总工期为5年，当时计划于2015年5月建成通车。2011年3月，3号线大行宫站施工时将站点范围内49株法国梧桐截枝移走，沿线共计划将约1000株树木截枝移走，这引起部分市民不满