城同样被称为「五稜郭」，但是多数提及五稜郭便是指位于函馆的城迹。虽然，在计划兴建城池时已经使用五稜郭作为名称，但是在建造期间又曾经称为龟田役所土垒或龟田御役所土垒。城池位处的地方本来是湿地，植有大量细柱柳，因此又称为柳野城。箱馆开港时，原本建于函馆山山麓的箱馆奉行所搬迁至五稜郭。然而，在庆应2年（1866年），江户幕府在城池建成后仅两年，随着江户开城而灭亡，五稜郭由接管一段短时间后，在箱馆战争中遭到旧幕府军佔领，并且成为其根据地。进入明治时代后，城内除了一栋建筑物外其余全数被拆除，并且改建为大日本帝