他一起工作时是共产党员。他的弟弟和弟嫂也在众议院非美活动调查委员会前作证，承认自己是共产党员。明尼苏达大学因而解除了弟弟弗兰克的物理教授职位。他许多年都找不到物理方面的工作，最终到了科罗拉多州做了一位牛牧场主。后来，他在一所高中做物理老师，又创立了位于旧金山的科学博物馆。在1949至1953年间，欧本海默卷入了一宗又一宗的争议和权利博弈之中。爱德华·泰勒在洛斯阿拉莫斯时对欧本海默分配给他的原子弹研发工作并不感兴趣。为了不受阻挠地研发氢弹，他另起炉灶，在1951年离开了洛斯阿拉莫斯，建立了另一所实验室，也