被案件牵连入狱，狱吏恰是礼法的专家，崔瑗在被审讯的空档，还趁机向这位狱吏请教。证实清白后出狱，被度辽将军邓遵征辟，然而不久邓遵被杀，崔瑗被免职。后来车骑将军阎显的幕府征辟崔瑗。汉安帝先前废太子刘保为济阴王，改立北乡侯刘懿为嗣。安帝去世后北乡侯继位，阎太后称制。崔瑗认为应该剷除陷害刘保的中常侍江京、陈达，再归政给前太子刘保。崔瑗希望向阎显建言此事，然而阎显沉醉不能见面。崔瑗只好託长史陈禅转告，陈禅听了崔瑗的建议后犹豫不决。不久刘懿去世，宦官孙程拥立废太子刘保登基，阎显被杀，崔瑗也被牵连。崔瑗门生苏祇知道崔