在古文经学和今文经学论争中，学者们不断开掘公羊学以及诸子思想，发现和阐释大量中国古代思想。在不平等条约保护下，中国基督教、中国天主教通过西方传教士传播，在中国各地蓬勃发展，与中国百姓经济、政治及文化冲突，酿成许多教案。此外，俄国支持中国东正教发展。中国佛教、道教及民间信仰遭到庙产兴学等运动打击，依然有很大影响力。中国伊斯兰教仍在各地广泛存在，一些学者开始“回儒对话”、“回耶对话”；同治陕甘回变后，中国西北地区逐步回复元气。新兴宗教不断兴起，一贯道等开始发展，日后广泛流传。宗教发展为中国知识分子及下层民众