皇帝敕赐为“承恩禅林”，并题寺额，还“优免一应杂泛的差徭”，禁止在该寺附近兴建房屋。自建寺以来，该寺不受香火、不做道场，不开庙。史料记载，明朝兴建的承恩寺规模宏大，占地面积40余亩。明朝大学士李东阳在《承恩寺记》中称该寺“高塔前耸，崇岗后峙”。明朝王思任在《游西山诸名胜记》中，记载该寺住持是明光宗朱常洛的替身僧。清朝初年文人怀应聘在《游西山记》一文中称，当时寺僧曾对他说：万历帝曾驻跸该寺，寺内一直留有“龙座”等物，直到明朝灭亡才被该寺僧人销毁“灭迹”。清朝干隆二十二年（1757年）、道光二十三年（184