纯真璞禅师迁建于现址。1831年，大修并重建多次。1897年（明治30年），日军的从军佈教使佐佐木一道租用鹿港龙山寺后殿，成立净土真宗本愿寺派布教所，并创立敬爱学校，亲自教授日文，另聘请秀才郑鸿猷、郑玉田教导汉文。1898年（明治31年）改由光明智晓和尚担任校长，智晓将学校改为公学校制度，并且向龙山寺主持林文莲与檀越代表提议将鹿港龙山寺改为本愿寺派的分寺，1904年鹿港龙山寺加入本愿寺派，正殿改奉阿弥陀佛，原泉安分灵的观音大士神像迁至后殿，但是仍以林文莲为主持。1907年住持林文莲逝世后，由智晓接管龙山