主调。所有列车的中期翻新工程于1999年尾完成，并于2000年1月13日由时任九铁主席杨启彦及阿尔斯通香港区代表共同主持竣工典礼。
未被翻新列车.唯一没作改动的，E44的三卡列车因无法併成一组12卡列车而未被翻新，现存放于港铁何东楼车厂内。到2018年1月，Facebook专页「无人之境 Abandoned HK」称收到消息指列车将被拆毁，其后网民不明白为何港铁要拆毁火车，同时提议将该列车放入博物馆展出。港铁澄清，该列车现阶段并无计划将其弃置。而在同年10月，此列车仍停泊在何东楼车