贞观六年（632年），罢御史大夫，授特进，行太常卿。九年（635年），复令参预政事。唐太宗对萧瑀在武德年间多次在李渊面前为自己辩护，因赐萧瑀诗曰：“疾风知劲草，板盪识诚臣。勇夫安识义，智者必怀仁”。贞观十七年（643年），与长孙无忌等二十四人图形于凌烟阁。同年晋王李治被立为皇太子，萧瑀拜太子太保。唐太宗征讨高句丽，萧瑀负责留守洛阳，太宗车驾从辽东回京后，萧瑀请求辞去太保之职，但仍参预政事。萧瑀饮宴时对唐太宗开玩笑说：“臣是梁朝天子儿，隋朝皇后弟，尚书左仆射，天子亲家翁。”在政事堂上，他多次声称房玄龄结党