行为会对药物生理活性产生非常重大的影响，而由药物化学所决定的分子理化性质会对药物在药动相的行为产生极大的影响，因而在药动相的构效关系是构效关系研究的一个重点。影响药物分子在药动相行为的性质有：溶解度、脂水分配系数、电离度、氧化还原电位、立体化学、分子间作用力、血浆蛋白结合率等总体上看，药物分子结构对药物在药动相行为的影响主要体现在五个方面，分别为：药物吸收的速率和吸收的动力学级数；药物在机体内的表观分布容积；药物在体内代谢的类型和代谢速率；药物对血浆蛋白或其他生物大分子的结合程度；药物消除的速率和类