任常备军第三镇翼长署理；1905年2月正式升任新军陆军第四镇统制，驻军天津马厂，同年进行的河间秋操演习段祺瑞担任北军总统。1906年，段祺瑞改任陆军第三镇统制兼北洋武备学堂督理，1906年3月被任命为福建省汀洲镇总兵，段祺瑞南下赴任。5月8日，陆军行营军官学堂在保定成立，段祺瑞任督办。段祺瑞在北洋军系影响力是基于他长期主掌军队训练及养成，新军逐渐编练成形的同时，段祺瑞也逐渐在军队中植入属于他专属的伦理性影响力。1909年1月2日，袁世凯一度失势，遭清政府下令“着即开缺，回籍养疴”，袁临别前将北京私宅