方案局部修改，3号线和4号线交换广州新城（现海傍站）以南及以东的路段，4号线确定向南进入南沙。其后萝岗区选择直接通往广州市区的6号线来连接萝岗中心区，4号线改为从科学城往北延伸抵达水西，4号线全线走向基本得以定型。后来于2010年年末，4号线规划中的黄村以北段被单独裁剪出来，独立成为21号线。而4号线金洲以东一段原本经由进港大道至港前大道前往南沙客运港，后于2012年国家发改委批复的正式方案中改为沿环市大道南行走，以服务南沙旧镇市民。原本进港大道至港前大道一段线位则让予规划中的南沙环线（15号线）。