一众卧底列入「必杀」名单，同时亦牵动警队内部正邪势力的逐鹿。
使徒行者3.薛家强（林峯饰）继续为刑事情报科执行任务，打击不同罪犯；而卓凯（苗侨伟饰）因三年前枪伤犯罪集团主脑钱瑞安而被判入狱三年，在刑满出狱后并选择与妻子莫羡晴（江美仪饰）开设咖啡店安稳度日，却面临被黑帮追杀的危险。另一方面，情报科总督察章纪孜（黄智雯饰）与卓凯的前卧底郑淑梅（黄翠如饰）却怀疑卓凯意图投入黑道；暗中着手调查卓凯与黑道人士的关系...家强与卓凯侦查人口贩卖案件，保安局首席调查员韦作荣（马国明饰）合力侦破；