将南海郡一分为二，分出东官郡，领九地六县。郡治在目前深圳市南山区南头古城，管辖八县：宝安县、安怀县、兴宁县、海丰县、海阳县、绥安县、海宁县、潮阳县。于旧司盐都尉垒的基础上加筑郡城，原司盐都尉何志转职为第一任东官郡太守。隆安元年（397年），分东官立义安郡。另说义熙九年（413年），东官郡东部的海阳县、绥安县、海宁县、潮阳县及从海阳割出的义招县等五县分为义安郡。
南朝时期.南朝齐阙年，郡治移至怀安。南朝梁天监二年（503年），东官郡东部分出梁化郡，治所怀安县在今广东省惠州市惠东