教育体制发生了巨大变化。索非亚大学的一些学科纷纷独立出来，成为新的高等院校，包括经济学高等学院、医学院、农学院等，也有一些学科则整合到保加利亚科学院的体系中。近年来，这些学科又重新并入索非亚大学。
教学机构.索非亚大学现有16个学院和3个独立的系，分别是：历史学院、斯拉夫研究学院、经典与现代语言学学院、哲学学院、法学院、教育学院、学前教育与初等教育学院、神学院、新闻学与大众传媒学院、经济与工商管理学院、数学与信息学院、物理学院、化学学院、生物学院、地质与地理学院、医学院，以及语言学