政府主席罗卓英就越方限令华侨疏散，电请行政院派舰保护撤退。7月19日，国民政府派罗卓英为广东选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1947年9月，因同学陈诚的邀请，重返军职担任接任东北行辕副主任，协助行辕主任陈诚处理国共内战东北战场，但东北战场溃败，罗卓英也跟着陈诚一同辞职负责。1948年底，陈诚担任台湾省主席兼台湾警备总司令，罗卓英追随其进入东南军政长官公署，任公署副长官。1949年其族人多随之迁往台湾，乡居屏东县。12月31日，东南军政长官公署政务委员会委员罗卓英