宁局集团有限公司南宁车务段管辖，为二等站。
历史.
第一代车站.1937年国民政府为打通国际铁路通道，修建湘桂铁路南宁—镇南关段，1939年线路开始铺轨，并在现凭祥站以北2千米设立凭祥站。1940年日军占领法属印度支那，车站和线路轨道被拆除。1950年铁道部衡阳铁路管理局重修来宾―镇南关铁路，1951年10月铺轨至凭祥，并于11月于原址重建凭祥站，1952年1月正式投入运营。当时凭祥站设有准轨7股、套轨2股、货物线2股，另建有基本站台、货物站台以及机务折返