于汉安二年（173年）病故，年六十六岁。临终向儿子崔寔说：「夫人禀天地之气以生，及其终也，归精于天，还骨于地。何地不可臧形骸，勿归乡里。其赗赠之物，羊豕之奠，一不得受。」崔寔遵从了遗言，将父亲葬在洛阳。
交友与为人.崔瑗与窦章、王符、马融、张衡等人是好朋友。与马融、张衡特别友好。后汉书张衡的传记里，还有收录张衡写给崔瑗讨论学术的信件。张衡较早去世，崔瑗评价张衡「数术穷天地，制作侔造化。」崔瑗与兄弟感情很好，兄弟数十年都住在一起。崔瑗敬爱士人，爱好宾客，为了招待可以不计代价地准备