素体（叶绿体等）有两层膜包围，表明了这些生物体是直接内共生蓝藻而进化来的。其它的真核生物的色素体包有3或4层膜，显示它们是通过内共生绿藻或红藻而获得的色素体。这也是本类生物称之为"原始色素体"生物的由来。研究证据表明，红藻、绿藻与陆生植物明确形成了单系群，拥有共同起源。原始色素体生物的细胞缺少中心粒，线粒体具有平的嵴，具有纤维素成分的细胞壁，以淀粉形式存储食物。然而，这些特点也可能被其它真核生物所拥有。原始色素体生物可分为两条进化分支。红藻具有叶绿素a和藻胆蛋白(phycobiliprotein