士，目前并无建立什叶派清真寺，亦无异端社群（如阿赫迈底亚等教派）。中央研究院社会学研究所研究员瞿海源所着《台湾宗教变迁的社会政治分析》一书中则认为现今台湾穆斯林约只剩下两万人。而位于台湾的「中国回教协会」秘书长马忠尧则估计台湾现约只有五千位穆斯林定期参加主麻聚礼的传统伊斯兰教礼拜。另一方面台湾的穆斯林本身也面临被其他宗教同化的窘境。因为地理上的孤立、文化习惯差异加上与伊斯兰国家来往并不如欧美热络，在台湾除了来自东南亚、南亚和西亚的新住民或外籍人士外，台湾本地信奉的伊斯兰教的人数仍远不如本土的佛教与道教。