马承转到建康（今江苏南京），任时为琅琊王的晋元帝的军谘祭酒。
继嗣谯王.建武元年（317年），晋元帝因上一年长安被汉国军队攻陷，晋愍帝被俘而称晋王。因继承谯王爵位的司马承侄儿司马邃早前被石勒所杀，晋元帝于是承制封司马承继嗣谯王。太兴元年（318年），晋元帝因晋愍帝被杀而正式即位为帝，司马承改拜屯骑校尉，加辅国将军，领左军将军。后加散骑常侍。
出镇外藩.当时大将军王敦掌兵在外，意欲专擅朝政，但晋元帝却任用刘隗、刁协等人以削弱琅琊王氏的影响力，令王敦十分不满，