政治也因梅里纳人在19世纪对沿海各国的征服而蒙上阴影。高地和沿海地区居民间随之产生的紧张关系已经周期性地造成多起暴力事件的爆发。马达加斯加是1963年成立的非洲统一组织创始成员国之一，但却历来徘徊在主流非洲事务的边缘。2002年，非洲统一组织解散，非洲联盟取而代之。由于2001年总统大选结果的争议，马达加斯加未能获准出席首届非洲联盟首脑会议，一直到14个月后才得以重新加入非洲联盟。2009年3月，马达加斯加又因行政权力违宪地移交拉乔利纳而遭非洲联盟暂停其成员国资格。马达加斯加是国际刑事法院成员。