果被调查局线民渗透，林水泉被捕，于1967年以「从事台湾独立运动、企图罗致少数不满的青年」，阴谋从事颠覆与「有意邀集游民炸毁油厂及重要桥樑」判处十五年有期徒刑，并移送绿岛，1977年才因蒋介石逝世的大赦而被释放。林水泉出狱后仍然投入民主运动，曾经在陈水扁参选台北市议员时出马助选，也­曾经担任民进党中央党部顾问；2004年7月林水泉的政治案件以「戒严时期人民受损权利回复条例」却未获平­反。2005年2月15日，林水泉于美国纽约联合国广场前切腹自尽，以抗议联合国长期排斥台湾申请加入联合国的做法，不过获救。