年（平成2年），川崎富作从医疗中心退休，在东京都台东区开办「川崎富作儿科诊疗室」，同时担任日本川崎病研究中心理事长，久留米大学客座教授。1991年（平成3年），川崎富作获得第81回日本学士院奖。2006年（平成18年），获得第1回奖。2013年（平成25年），川崎富作以年近90岁高龄正式退休。2020年6月5日，川崎富作因衰老而逝世，享耆寿95岁。