淡路大地震和2011年引发海啸和福岛核事故的东北地方太平洋地震。在沿海地区，地震之后引发的海啸常带来远超过地震的影响，英语中的海啸一词就是来自于日语中的「津波」（）。除了地震和海啸之外，火山亦经常在日本引发灾害。近年日本较为活跃的火山有有珠山、浅间山、三宅岛、阿苏山和樱岛等。日本其他的主要自然灾害还有山体滑坡、泥石流、洪灾、风灾和雪灾等。
主要城市.日本没有法定首都，国家的行政中心位于东京都。截至2012年，东京都区部（又称为「东京23区」，即口语所称的东京市区）人口中有900万，