服丧期满，授信丰主薄（掌管财务，从九品，位在县尉之上）。先后知长汀、通判（掌管财赋）邵武军，又通判南剑州，辞官不就，改差干办诸军粮料院（掌管军队粮草分拨，号为储才之地）。后知常州，赈济饥荒有功，进一官。以司农丞（阶官，正八品）知赣州，后被弹劾免职。起家知蕲州，赴任途中改任提点广南东路刑狱公事。广东官吏多不奉法，案犯羁押数年都不能处理，宋慈到任八月，即将二百余囚犯判处完毕。再改任提点江南西路刑狱，江西百姓多于农闲时武装贩运私盐，宋慈增设关卡严加禁止，收到成效，甚至有人建议将其经验推行各地。后兼知赣州。又调任提