国停止抗日，孔宪荣不得不离开军队流亡欧洲，后来途经香港回国。抗日战争期间，孔宪荣向中国国民党中央请缨，回中国东北抗日，途经上海时遭到汪精卫政权逮捕。被押至南京后，孔宪荣坚决拒绝了汪精卫政权所委官职。后来，孔宪荣回到重庆。抗日战争结束后，孔宪荣受杜聿明起用，到中国东北历任第二支队司令、吉辽安边区总指挥兼第二支队司令、中国国民党东北党务特派员，召集4万多名旧部进攻中共控制的解放区。1945年9月占领吉林，并派员到解放区秘密从事特务活动。在一年多时间内，同东北人民自治军反复作战。后来，孔宪荣部遭到东北人民