事有所思虑，遂上疏陈述重视为君之德、纾解民困、广开言路三件事：奏折呈上后，张居正认为疏中提到王安石，影射自己，于是大怒下旨责问；又因奏中论及到余懋学，将他逮捕下狱，严厉追问他是否有党羽。傅应祯几乎被折磨致死，但什么都没有承认，随后被贬到定海。给事中严用和、御史刘天衢等上疏营救，万历帝均不听。当傅应祯被关进狱中后，给事中徐贞明带着御史李祯、乔巖看望他。锦衣卫帅余廕将此事上报，三人因此牵连被贬。万历十一年（1583年），万历帝采纳御史孙继先建议，下诏恢复傅应祯的官职，任河南道御史。万历帝抵达昌平检查墓道