启扬出任递补院长的位置。1999年将院长一职交棒给翁岳生后，卸下官职退休。
参与319真调会.在2004年中华民国总统大选投票日前一天3月19日，发生了319枪击案，事后对选举与政坛都产生巨大的政治效应，相关调查及质疑亦随之而来，泛蓝阵营认为整个事件是泛绿阵营为选举获胜而制造的「阴谋论」。2004年8月24日，立法院的泛蓝立委三读通过，成立三一九枪击事件真相调查特别委员会，施启扬在泛蓝阵营的邀请下出任该真调会的召集人。然而执政的民进党则发动抵抗权，总统依法公佈该条例，却违反宪政惯