帆翼龙科是在2001年建立，模式属是帆翼龙，科学家在发现帆翼龙不属于联鸟龙后，同时建立帆翼龙科、帆翼龙属。夜翼龙科的化石发现于英国与中国，地质年代从白垩纪早期的巴列姆阶到阿普第阶。在2011年命名的乌鸦翼龙（"Gwawinapterus"），生存于白垩纪晚期（坎潘阶）的加拿大，被归类于夜翼龙科。但在2012年的一个牙齿替换率研究，发现乌鸦翼龙的牙齿替换率不符合翼龙类，显示牠们可能是不属于翼龙类的其他爬行动物。古帆翼龙（"Archaeoistiodactylus"）生存于侏儸纪中期的中国，可能是生存年代最