俞崇恩因在大学里热心传福音，得以前往福州，短期参加第二期鼓岭训练。1950年转入卫理公会在苏州开办的东吴大学化学系继续学业，在求学期间已经开始担任苏州地方教会的长老。1952年，俞崇恩从东吴大学化学系毕业。全班毕业生共17名，16人均分配到北京的中国科学院工作，只有俞崇恩一人因是“小群头目”被分配去苏州市第一中学，任高中物理教师 ，同时继续担任长老，负责苏州地方教会。1956年2月，俞崇恩因拒绝参加三自爱国运动，被作为“披着宗教外衣的反革命集团青年骨干分子”批斗，，白天照常上课，每晚去公安局交待问题