科学分类.黄眼企鹅是黄眼企鹅属下仅有的2个物种之一。牠们以往被认为是小蓝企鹅的近亲，但分子分析研究发现牠们更为接近冠企鹅属。粒线体及细胞核DNA证明牠们是约于1500万年前从冠企鹅属的祖先中分化出来。
描述.黄眼企鹅是较为大的企鹅，平均长70zh-cn:厘米; zh-hk:厘米; zh-tw:公分及重约6.23公斤。牠们的头部呈淡黄色，瞳孔呈更淡的黄色，身体呈黑色。牠们的颚及喉咙呈黑褐色。眼睛之间有一黄带在头后部连接。雏鸟的头部较灰，并没有黄带，而瞳孔亦是呈灰色的。黄