台江内海各港口往来的航运必经孔道，大约在清干隆末年到嘉庆年间因泥沙淤积而与陆地相连。道光年间曾大力发展盐业，在日治初期一度因废止盐专卖而没落，但在1899年恢复盐专卖后再度兴盛。1920年，日本于此地设置「北门庄」，属台南州北门郡管辖，战后改设台南县北门乡，2010年12月25日改称北门区。此外，北门区曾是乌脚病主要流行地区之一。