委会十分关切会场保安以及反恐措施。3月12日，希腊政府向北约寻求帮助，确保奥运会不会受到恐怖主义袭击。5月5日，奥运会开幕前一百天，雅典的一个警察局门口发生三起爆炸事件，虽然未造成人员伤亡，但是再次使外界担忧雅典奥运会的安全工作。爆炸前几天，曾有媒体报道美国代表团可能考虑因恐怖威胁而不参加本届奥运会，希腊政府在本届奥运会上安全方面投入了15亿美元，是有史以来安全投入最高的一次。希腊政府调动了人数为7万人的安全部队，执行空中安全任务的则分别是来自希腊的战斗机和北约的侦察机，还有额外部署的爱国者导弹营，本届奥运