率和相位。振幅可以通过每个衍射点的强度直接计算获得，频率也是已知的，但相位无法从衍射数据中直接获得，因此就产生了晶体结构解析中的“相位问题（phase problem）”。有几种解决相位问题的方法，其中分子置换法、同晶置换法和反常散射法常用于解析生物大分子结构。：直接法：直接计算相位，常用于较小的分子（含有少于1000个氢原子以外的原子）。Patterson法：反常散射法：同晶置换法：将一个高电子密度的金属原子导入到分子中。结合导入前后和金属原子本身的衍射结果解决相位问题。常用的有硒、铼等