阶段是从史前时期到1620年代荷兰人占领台湾；第二阶段为荷西、明郑、清朝、日本统治台湾到1945年中华民国接管台湾；第三阶段为1949年中华民国中央政府撤离中国大陆后形成的两岸军事对峙阶段；第四阶段是80年代以来两岸结束军事对峙，关系缓和发展的阶段。中国文化大学中山与中国大陆研究所邵宗海教授则是将1949年后两岸关系史划分为军事对峙、法统争执、交流缓和、意识对立、互惠协商五个时期。
古代.
三国时期（疑似）.中国史书《三国志·吴志》记载黄龙二年（230年）春正