底已攻占卢旺达北部的大部分领土。1994年4月，卢旺达总统哈比亚利马纳和布隆迪总统恩塔里亚米拉乘坐的飞机在基加利机场上空被击落，引发了导致800,000人死亡的卢旺达大屠杀。爱阵在乌干达军队的协助下，乘势攻占基加利并掌权。1995年4月，乌干达中断与苏丹的外交关系，以抗议喀土穆对活跃于乌干达北部的叛军圣灵抵抗军的支持。对此，苏丹亦指乌干达支持该国叛军苏丹人民解放军。两个反政府武装都被怀疑活动于乌苏两国的边境地区。乌干达和苏丹的争端至少可追溯至1988年。乌干达难民在阿敏和奥博特执政期间，聚居于苏丹南部。