各江水师，镇压洪全福起事，捕获巨盗林瓜泗。因此于光绪二十九年（1903年），被授予南澳镇总兵一职，赏头品顶戴和“果勇巴图鲁”称号。光绪三十一年（1905年）四月十五日，光绪皇帝及慈禧太后召见李准，升任广东水师提督。李在广东水师提督任内，先后率舰巡查东沙群岛和西沙群岛，再次宣示了中国对该两处群岛的主权，为纪念他的功绩，今日南沙群岛内尚命名有李准滩。李由于长期率部在广东镇压革命党起事，深为革命党所恨，数次遭到刺杀，先后两次重伤。1911年，革命党发动黄花岗起义，李准率部镇压之，但旋即遭到两广总督张鸣岐猜