有淮西与浙东之争，如胡惟庸与刘伯温，后来的朋党之争，与内阁制度的矛盾有密切关系。至天启年间，爆发的东林党争几乎是东林党与全国朋党集团之争，是指明末东林党与阉党以及其他派别之间的斗争，“言事者益裁量执政，执政日与枝柱，水火薄射，讫于明亡。”清朝初年的南北党争其实是东林党争的延伸。康熙四十年（1701年），康熙帝感慨地说：“朕听政四十余年，观尔诸臣保奏，皆各为其党。尔等致位宰辅，皆有可否人才之责，朕凡咨访人才，当以实对。”有作为的君王都会积极打击朋党，干隆透过胡中藻案，以打击鄂尔泰朋党。