4年（昭和39年），函馆港开通了和大间港（现青森县大间町）之间的航线。1967年（昭和42年），道南海运（后改名为东日本渡船，现在的名称是津轻海崃渡船）开通了函馆港和青森港之间的渡船。另外在1974年，万代码头开始投入使用。另一方面，在1988年，随着青函隧道的开通，青函连络船结束了其历史任务。1991年开始，函馆港开始在港町地区修建大型公共码头。在2002年和2003年，水深达14米和12米的码头分别开始投入使用。在2007年和2014年，为对应为渡轮公司开始使用新型高速船和大型船，函馆港启用了新的客运渡