.“种子论”也是唯识宗理论的重要组成部分。在阿赖耶识中含藏着产生心法和色法等现行的功能，这就是种子。种子有六个特性：1，刹那灭；2，果倶有；3，恒随转；4，性决定；5，待众缘；6，引自果。种子又称为习气，就是烦恼现行熏习的习惯势力，它分为三种：1，名言习气；2，我执习气；3，有支习气。种子熏习的“三法二重因果”具有极为重要的意义，三法即：1，能生的旧种子；2，种子熏成的现行；3，现行熏成的新种子。二重因果即：1，种子熏现行；2，现行熏种子。
四分理论.为了论证“万法唯识”的道理，