690年，为安抚葡萄牙，罗马教廷决定，将北京、南京两个代牧区提升成为教区，属葡萄牙派人管理，这标志着南京教区（Diocese of Nanking）的正式成立。当时南京教区管理江苏、安徽和河南等地。
禁教时期.中国礼仪之争后，康熙帝、雍正帝全面禁止天主教在中国传教，天主教在城市里基本消失，但在松江府、崇明、海门、无锡以及五河县的农村，尤其是渔民中间，仍有为数不少的天主教徒。在100多年的禁教时期，南京教区的主教经常藏身在小船里，往来于江南的河网地带，夜间为教徒们秘密做弥撒。Se