11世纪末下令修建，以取代早期的拜占庭巴西利卡。1207年，第四次十字军东征后，威尼斯共和国控制该岛，驱逐了东正教主教，让一位罗马天主教主教进驻该堂。1537年奥斯曼帝国征服爱琴海诸岛后，东正教主教返回主教座堂，与天主教方面发生冲突 。最后君士坦丁堡普世牧首和帝国苏丹施加压力，双方达成和解，共享教堂。