新平与孙中山接洽，允诺起事之后，可以相助。孙于是一面扩充原有计画，就地加聘军官，一面令郑士良即日发动，并更改原定计画，不直逼省城，而先占领沿海一带，多集党众，等待孙的到来，等到有武器的支援后，然后再行攻取省城。不料惠州起义后不久，日本内阁改组，新任首相伊藤博文的对华政策，与前任山县有朋内阁大为不同，禁止台湾总督与中国革命党接洽，又禁止武器出口及日本军官投入革命军，于是孙的计画乃遭到失败。孙在1900年9月25日，化名吴仲，从日本神户搭3,450吨的客轮台南丸来台。同行的有清藤幸七郎、宫崎寅藏、内田良平、平冈