通过武举考试，并在对北方女真族的作战中屡立战功。1592年壬辰倭乱爆发时任全罗右水使，统辖全罗道西部的水军。在壬辰倭乱期间，与全罗道左水使李舜臣、庆尚道右水使元均一起，多次对日军战船的突袭。在壬辰倭乱中，李亿祺曾参加唐项浦海战、栗浦海战、安骨浦海战、釜山浦海战和熊川海战。李亿祺与李舜臣关系密切，而元均则厌恶李舜臣。在1594年朝鲜对日本和谈期间，李亿祺随李舜臣参加第二次唐项浦海战。李舜臣被元均等政敌指控为妨碍和谈，罢免了官职。此间，李亿祺曾多次为李舜臣说情。1597年丁酉再乱时，李亿祺跟随元均，率朝