亦遭风暴潮淹没，大量海水席卷而来，水位急速上涨，多人未及逃生而被浸死；机场、气象中心和一般民房变成大片颓垣败瓦，连减灾委指挥中心亦严重受损，海水不断涌入较低楼层。萨马岛及莱特岛断水断电断粮，交通网络和通讯亦告中断，成为孤岛。而较早前受7.2级地震影响的宿雾省及保和省亦受严重破坏，到处皆满目疮痍。根据官方公佈的数字，海燕吹袭后2日之内，罹难人数已达1744人。不过有官员估计，单单在重灾区莱特省独鲁万市，就已经有最少1万人罹难。根据菲律宾红十字会估计，独鲁万市罹难人数可能超过1000人，中部萨马省估计也有200