有鑑于此，1990年代起，行政院着手规划进行「中央政府改革工程」（又有中华民国政府改造、行政院组织改造、中央政府组织再造、中央政府再造等名称）。中华民国总统府于2001年10月25日成立中央政府改造委员会，下设5个研究分组，专责规划当前政府改革问题。立法院于2004年6月11日通过《》（2004年6月23日施行）；尔后，立法院于2010年1月12日正式通过「政府组织再造四法」（2010年2月3日施行），做为中央政府各行政部门进行组织调整的基准法源，并将该改革措施的法定名称定为「行政院功能业务与组织调整」，