苏联国务委员会在1991年9月6日正式承认三国独立，并支持三国加入联合国和欧盟。俄罗斯在1998年8月将其位于波罗的海国家的最后一个军事基地移交拉脱维亚并在1999年10月撤出所有驻扎在波罗的海国家的俄军士兵。波罗的海三国、美国及其法院、欧洲议会欧洲人权法院以及联合国人权理事会均表明三国的权益在1939年苏德互不侵犯条约受剥夺，先遭苏联入侵，再遭德国入侵，然后被苏联非法佔领及吞併。各国和组织对苏联吞併的不承认政策，衍生出的原则，即三国虽然于1940年至1991年被非法佔领，在法理上仍然独立。