2016年中华民国总统选举参选人洪秀柱指出，《中华民国宪法》不容许台独。对此，苗博雅指出，中华民国宪法增修条文第4条就有明白规定「变更中华民国固有疆域」的程序，她认为，即使是中华民国宪法，也承认依照民意使台湾独立的可能性；且中华民国宪法也没有明文规定外蒙古独立，但现在蒙古国已经是世界承认的独立国家。苗博雅批评洪秀柱，如果真的爱中华民国，就请先熟读中华民国宪法。
支持台北市开放同志伴侣註记.台北市政府自2015年6月17日起，也开始受理同志伴侣到户政事务所註记「伴侣关系」，成为继高雄