末年时，寺院毁于战火，后人将寺庙迁至安仁坊的塔院当中。此后，因该塔形似大雁塔但规模比大雁塔小，故得名小雁塔。有文章称，1487年陕西发生的大地震使塔出现裂缝，而后1521年陕西再次发生的地震却让塔的裂缝重新复原；此后于嘉靖三十四年（1556年），嘉靖大地震再次将塔震裂，此次地震中塔的塔顶被震毁；在嘉靖四十二年（1563年）当地的大地震中，小雁塔的裂缝又再重新复原；清朝康熙三十年（1691年）塔再次出现裂缝，康熙六十年（1721年）时的地震中再次愈合。清朝康熙年间，一口于金代明昌三年（1192年）铸造完成