兼汶莱事务处处长至1989年，旋即转任外交部招募处长。1992年再度驻外，担任英国驻马来西亚高级专员公署政治处长。1996年借调至渣打银行担任董事长特别顾问为期2年。1998年复任全职公务员后，邓元翰担任机动车辆处长。2001年，他再度外派，至印度新德里担任贸易投资署长，2003年升任驻华大使馆副大使（副馆长）兼公使，任期结束后返英担任外交部亚洲司联合司长。2009年时，邓元翰曾短暂从事部内的本地员工策略审查工作，但旋即改任非洲司辛巴威处长。2010年，升任非洲司长并主管非洲中南部事务。2014年2