首居鲁士试图与阿拉伯人谈和，但被希拉克略拒绝。641年2月，希拉克略去世，埃及守军的士气因而下降，最终埃及首府亚历山大于642年沦陷。
内政.希拉克略试图解决帝国中长期存在的正统教义与一性论的矛盾，以实现教会的统一。正统教义认为基督有神人两性，一性论则认为只有一性，希拉克略则支持一种新的“基督一志论”，一志论承认基督有神人两性，但认为其只有一个意志，由此部分实现了两种教义的调和。但两大神学阵营中的顽固者，如耶路撒冷牧首、罗马教宗塞维里乌斯等人对新理论表示反对，使得这一努力最终没有产