菜寮溪是台湾西南部河流曾文溪的一条支流。菜寮溪的源头位于台南市南化区与高雄市内门区交界处的分水山，流经南化区、左镇区，在山上区注入曾文溪。全长约37公里，流域面积121.31平方公里。菜寮溪流域因化石发掘而出名，过去设有菜寮化石馆。之后化石馆于2017年重建成台南左镇化石园区。于2019年5月12日开幕
水文.菜寮溪发源于南化区分水山北麓，流到九空桥处与南化溪合流，之后流入左镇区境内。进入左镇区后，菜寮溪往西南流到内庄里水流东的民生桥后，与支流汇合，转往北行。经过左镇本