至商州，有诏听其所便，就闲居在华州。干宁二年（895年）五月，王行瑜、李茂贞、韩建三镇攻入京师，杀宰相韦昭度、李谿。昭宗以大臣朋党、外交方镇，想起用骨鲠正直之人，遣中使趋华州召孔纬入朝，以染病未任上路。六月，授太子宾客。同一天傍晚改吏部尚书。翌日，拜司空，兼门下侍郎、同平章事、太清宫使，修奉太庙、弘文馆大学士、延资库使。恢复阶爵、功臣名、食邑如故。旬日之内，驿骑敦促，相望于路，扶疾至京师。延英殿中谢恩，奏曰：“臣前时待罪宰相，智术短浅，有负弼谐。陛下特贷刑书，曲全腰领。臣期于死报泉壤，不望生叩玉阶。