着与mRNA类类似的特征，包括5'端有帽、受到剪接及多聚腺苷酸化，但只有很小的开放阅读框（ORF）或根本没有（Carninci 2005）。然而长链非编码RNA的丰度是意料之外的，其数目代表的是保守估计的最低值，因为这种方法忽略了许多单独的转录物及非多腺苷酸化的转录物（瓦片阵列数据显示出40%以上的转录物是非多腺苷酸化的）（Cheng 2005）。尽管如此，在这些cDNA文库中明确鉴定非编码RNA类仍是充满挑战的，因为该方法无法区分非编码转录物及蛋白编码转录物。
长链非编码核糖核酸的