豪雨灾情频传，多处交通中断，致使许多考生无法参加考试，历史科全国缺考率达7.38%，受灾严重的台中一考区及南投考区更达到14%，云林及屏东考区缺考率也比往年高出许多，受到影响的考生及家长都表示严重不满。7月7日，民主进步党立法委员何金松抨击，教育部部长杜正胜在敏督利台风侵袭时跑去泡茶、跑去看舞台剧《猫》，漠视考生权益，严重影响该党在中南部选票；杜正胜回应，「在我的责任范围之内，我尽了我的力量，另外的是我个人的生活」。最后，大考中心在7月21日至23日举行补考，并以外加名额方式处理。