。不过，尽管马哈迪作为一个突出的后座议员，他却在1969年大选被伊斯兰党的尤索夫拉瓦打败而失去议员职。马哈迪把这次败选归于华人选民投票转向，从巫统改至泛马回教党（在马来人占多数的选区，只有两大马来人政党派出候选人竞选，让华人选民在马来人主义的巫统还是伊斯兰主义的泛马回教党之间做出选择）。执政党联盟的挫败导致了1969年5月13日爆发冲突，这马来人和华人之间的冲突使上百人死亡。上一年，马哈迪已预料到种族冲突的爆发。现场在国会外，他公开批评政府，并致函批评首相东姑无法维护马来人利益。这信后来公开，并促东姑辞职下