获冠军晋升到第三级的地区联赛（南部赛区）（Regionalliga Süd）。在地区联赛的首个赛季（2001/02年）只能以第13位完成，接着连续两年排第5位，2004/05年稍跌到第7位，翌年即反弹升上第4位。 贺芬咸于2003/04年首次亮相德国足协杯，先后淘汰德乙的和睦特里尔及卡尔斯鲁厄、德甲的勒沃库森，晋级八强才被德乙的吕贝克1-0击败而出局。而合併贺芬咸、沃尔多夫（FC Astoria Walldorf）及桑德豪森，组成一支名为「海德堡06」（"FC Heidelberg 06"）的新球队