第一军司令，此后他命吕超、喻培棣追击刘存厚，刘存厚被驱至陕西汉中。1919年4月27日，北洋政府的长江上游总司令吴光新发出感电，通告川东种鸦片、征烟捐，舆论乃多指责广州政府。孙中山命熊克武查办，熊克武乃任命但懋辛为查烟督办，到川东禁烟。但因禁烟有损唐继尧的利益，唐继尧乃令驻万县的滇军旅长田种谷会同复查。因滇军阻挠，但懋辛被迫辞职并回成都。1919年夏，熊克武部进攻滇军。但懋辛师攻克简阳，后来又攻克内江。但因唐继尧从中分化，但懋辛部军心涣散，作战连败。1920年，唐继尧联合四川的国民党人黄复生、卢