市长荣中学，齿科医生的萧父原本希望长子能继承衣钵，要求高中毕业后选读医学院，在长荣中学校长戴明福惜才之下，向萧父说项才允许萧泰然攻读音乐。萧泰然在高三时师事留日钢琴家高锦花老师，准备投考音乐学校。在1959年时考进台湾省立师范学院音乐专修科（今国立台湾师范大学音乐系前身），主修钢琴演奏，师事于留美钢琴家李富美老师，并受到刚自法国巴黎回国的音乐家许常惠老师的注意而指导萧泰然走入作曲。此时，信仰基督教的萧泰然开始尝试创作宗教歌曲及合唱曲。1963年师大毕业后，萧泰然与同是长老教会的台南望族高长传道师后代高仁