有法律效力之命令。早期总督都是武官，权力极大，融行政、立法、司法、军事权于一人。前三任台湾总督桦山资纪、桂太郎、乃木希典的任期都不长；第四任总督儿玉源太郎的任期则长达8年，但实际治理台湾的是民政长官后藤新平。基于「生物学原则」，后藤新平借用了源自中国的保甲制度并加以重新制定，并且在儿玉源太郎任总督时，废除由前任总督乃木希典所颁布的三段警备制，将全台纳入警察管辖。通过特别法，日本以警察政治控制社会，台湾人没有平等的参政权，在日治初期的现代化教育程度也远低于在台湾的日本人，日后逐年普及，但教育制度上与日本人相比