香港以12–0狂数关岛，凭得失球压倒北韩出线，他亦以5个入球成为预赛神射手。2009年12月12日，香港杀入东亚运动会足球决赛后，急召正在伦敦随热刺试训的陈肇麒，乘搭价值6万元的头等机位返港助阵，他在决赛对日本一役，下半场后备上阵仅两分钟便头槌顶入，协助香港以1–1迫和日本，并且在互射12码时射入1球，协助香港以总比数5–3胜出，历史性赢得国际综合运动会足球金牌，陈肇麒亦被视为夺金头号功臣。领队罗杰承谈及陈肇麒表现，不止一次大赞他乖仔，「本来教练叫肇麒不好回来，怕他有时差，但我一打电话给他，他就即刻话返回来