刘钟从南燕军队那里夺回孟龙符的尸体。后担任振武将军、中兵参军、广川太守。后刘钟率军抵御卢循的进攻，将其击退后，义熙六年（410年），又与辅国将军王仲德追击卢循；又随刘藩消灭徐道覆。刘钟于是担任太尉行参军、宁朔将军、下邳太守、石头戍事。后刘钟率军跟着王镇恶参与讨伐刘毅，义熙九年（413年），又随朱龄石讨伐谯蜀。刘钟以参与消灭南燕的功劳，受封永新县男，食邑五百户。升任给事中、太尉参军事、龙骧将军、高阳内史，领石头戍事。刘裕讨伐司马休之时，刘钟留守建康，因为建康出现混乱局面，人心不稳，刘钟于是被贬为建威将