孙蔡袭封关内侯，可见蔡邕有子，但名不详。或然孙子和儿子根本没有。东汉灵帝熹平四年，蔡邕等上奏请求正定六经文字，得到许可。蔡邕亲自用丹砂将经文书写于石碑，再命工匠镌刻，立于太学门外。这就是熹平石经。灵帝后期，蔡邕不容于内宠，乃亡命江海十二年，隐居于吴郡（治所在吴县，今江苏省苏州市）一段时间,之后回到中原。有一次，他听到一块桐木在火中爆裂的声音，赶快把它拣出来做成琴，音色非常美妙，而琴尾已焦，这就是焦尾琴。董卓专权时强令蔡邕出仕，原先蔡邕不肯，但董卓威胁「我力能族人」（满门抄斩），于是蔡邕赶忙坐牛车