9年因为教学思想和人事纠纷而离任，但方干民深得学生的拥戴，他的离去引发了一场学潮。此事在郑朝撰写的《国立艺专往事》一书中的「方干民教授与安江村学潮」一章有详细纪录。1944年7月，潘天寿出任国立杭州艺专校长，回聘方干民任西画系教授。1946年，汪日章担任校长，因人事矛盾和学术见解的不同，方干民于该年8月再次离开学校。
文化大革命.文化大革命期间，方干民遭受残酷打击。在杭州艺专早期西画教授中，方干民是唯一在浙江美术学院时期仍然执教的一个，也是当时学院里仅有的两个正教授之一。他