朝有权臣，狱有冤囚则旱。今李植以至尊胁廷臣，专权之渐也。且御下欲雪枉，而刑部尚书之枉先不得雪。今日之旱，实由于此。”在家乡筑有潘公桥。万历十六年（1589年）黄河大患，以给事中梅国楼等荐，复官右都御史，总督河道，万历十九年（1592年）冬，加太子太保、工部尚书兼右都御史。次年，以病辞休。归后三年卒，葬于今湖州八里店镇三墩村曹家墩。
治河.潘季驯四次治河，习知地形险易，成绩显着。他主张综合治理黄河下游。认为黄河运河相通，治理了黄河也就保护了运河，黄河淮河相汇，治淮也就是治黄，既不能离