予以缉捕，捕杀若干倭寇。后又多次平息西南边陲兵端，安定西南。1606年（万历三十四年），罢刑部兼署，专掌兵部。萧大亨任兵、刑两部尚书合计13年，时值明末，党争甚烈，内外矛盾迭起。他厌倦党争，多次上书乞骸骨。1608年（万历三十六年），卸归故里泰安府。1612年（万历四十年），卒于泰安萧家府第，享年81岁。1616年（万历四十四年），朝廷追赠太傅。
着作.着作有《今古文钞》、《文章正宗》、《岳峰萧公奏议》、《家训》、《夷俗记》、《曲阜县志序》等。
墓地.明神