镇方庄，即今天福建省福州市闽侯县境内，兄弟姐妹共有11人，她排行第二。其父亲方家湜为福州商人，后来到湖北汉口经营公信存转运公司，家庭思想比较开明。1901年，在伯父方家澍资助下，方君瑛同寡居的四嫂曾醒（异母兄方声濂之妻）、孤侄方贤俶（曾醒的儿子）、六弟方声涛、六弟媳郑萌、七弟方声洞一同赴日本，并在日本加入了中国同盟会。在同盟会期间，方君瑛主张暴力革命和暗杀行动，被誉为“智深勇沉可属大事”，曾担任同盟会实行部部长，负责组织暗杀行动，部内成员有吴玉章、黄复生、喻培伦、黎仲实和曾醒等人。她还同秋瑾、陈撷英等女革命