，学校的已不是以宗教课程为主导。学校以英语、数学类及其他西方科目为主，例如绘画、物理及地理。只有第1至第3班的学生需要修读宗教科，年长的学生则完全不需要修读宗教科目。初中的宗教科，甚至是以教授宗教历史为主，一般学生只当是一般西史科看待。相比起同期的基督教教学，圣芳济书院的宗教教育是最小规模的。课程安排中比例极小的宗教历史科目并没有发挥宗教教育的作用，反而丰富了学生们的世界历史知识，开阔了眼界。
学业纪律要求严格.学校在学业与纪律管理方面採取了相当严格的精英教育。在手写书法、每週