尔纳（Alexander Kellner），都认为夜翼龙科、无齿翼龙科是两个不同演化支。在2006年，大卫·安文（David Unwin）提出夜翼龙、无齿翼龙有接近亲缘关系，因此建立无齿翼龙类（Pteranodontia）以包含这两个属。在2006年，墨西哥发现夜翼龙科的第二个属，穆氏翼龙。夜翼龙科的大部分化石，发现于美国西部、墨西哥，生存年代为白垩纪晚期。夜翼龙的化石发现于堪萨斯州的尼欧伯若拉组（Niobrara Formation）地层，地质年代相当于8500万到8450万年前。穆氏翼龙的化石发现于