病。他在1998年进行心脏「搭桥」手术后，才开始立心戒烟。于2003年12月，他又接受心脏「通波仔」（冠状动脉扩张及支架植入手术）手术，同时离任九铁，其后身体状况转坏，他在2004年患上肾衰竭，2006年2月经医生转介到北京进行换肾手术，同年9月中曾在玛丽医院深切治疗部治疗，并向职训局请病假。杨启彦2007年2月3日因气促及咳嗽入院，但情况急速恶化，最终于香港时间2月8日晚上8时07分因肺炎引致肾衰竭在香港玛丽医院逝世，终年66岁。在杨弥留前，特首曾荫权曾在傍晚6时许往医院探望。而他死后，九铁一度下半旗