1933年考入国立中央大学数学系学习，并旁听文学院课程，1937年毕业后赴英国伦敦大学留学。二战的爆发让其在瑞典长期居住了下来，1939年后在瑞典斯德哥尔摩大学、哥德堡大学等处讲学。 对在北欧传播中华文化有重要贡献，被称为“北欧中国文化使者”。获哥德堡大学授予荣誉哲学博士学位。黄祖瑜是欧洲华人学会发起人之一，曾两度担任欧洲华人学会理事长。黄祖瑜长子Philip Hwang是哥德堡大学的心理学教授，次子Steven Hwang原为卡尔斯塔德大学的物理学教授，2010年成为新成立的林奈大学首任校长。