隶属华东军区海军。后来划归海军上海基地管辖。2004年编制体制调整，该医院转隶南京军区联勤第十三分部管辖。2016年，在深化国防和军队改革中，转隶中国人民解放军东部战区海军后勤部。2016年改革前，医院是第二军医大学、中国药科大学、江西中医学院、皖南医学院的教学医院，是江西中医学院药剂学和药物化学专业及皖南医学院口腔临床医学专业联合硕士培养点，是海军医学研究所的临床研究部。1993年，被中国人民解放军总后勤部评为军队首批三级甲等医院。1996年，被纳入上海市首批医疗保险定点医院。多次被总部评为“白求恩杯