线使用的机车停泊及进行定修、大修之用。由于位置偏远，港铁因此安排了员工巴士，接载员工和承办商来往车厂至东涌站。
将军澳车厂.将军澳车厂是将军澳线的车厂，位于新界将军澳南部小赤沙，上盖为港铁物业日出康城、THE LOHAS和康城站。此车厂拥有前地铁系统各厂中最多的泊车位数目，共设有31个泊位，以及4条定修车坑。由于车厂并不位于将军澳线主线附近，所以康城站兴建前是以一段支线接驳至将军澳站附近，该段支线现成为来往康城站的列车行驶路线。
八乡车厂.八乡车厂是西