禁止此类活动，并下令诸生相互监督检举，如果有违规不报者，则一同连坐受惩，学风为之好转。余有丁曾亲自校订《廿一史》，重新刊刻，此举流惠于后世学人。万历六年（1578年），进吏部左侍郎；不久又进礼部尚书兼文渊阁大学士，参与朝廷机务。其入阁是前代首辅张居正逝世前推荐的。余有丁博学多才，善谋略，处事果断中肯。万历年间，杭州发生兵变，余有丁曾策划镇压。拜少傅、晋太子太傅，建极殿大学士，不久逝世，赠太保，谥文敏。
家族.曾祖余镗，寿官；祖父余㦢，寿官；父余永麟，通判。母王氏。