理局之士林镇、北投镇等乡镇划入升格后之院辖台北市，南港镇亦于1968年7月1日因划入台北市而改制为「南港区」。1950年代，南港煤矿与砖瓦业逐渐没落；1956年，台湾省政府为振兴南港经济，指定南港为工业区，吸引许多厂商到南港投资设厂，有南港轮胎、台湾肥料公司南港厂、南隆铁工厂、侨泰兴企业南港面粉厂、联华实业面粉厂、国产实业建设、利百代国际实业、启业化工厂。工厂迁入带给南港繁荣，但也因工厂排放浓密黑烟，使南港成为人们口中的「黑乡」名遐北市。1954年，经中央研究院院长朱家骅多方奔走，同年开始进行中央研