务院特殊津贴，同年退休。退休后郑张尚芳继续进行学术研究。相比退休前，退休之后的郑张尚芳潜心专注于古音研究和汉藏语言的比较研究，他于2003年出版了《上古音系》，系统而完整地建立了拟构了上古汉语发音，这本书标志着郑张体系的建立。2016年，郑张尚芳一度中风住院。2017年下半年，郑张尚芳被查出患有肿瘤，此后返回家乡温州，因肿瘤和肺部感染在家乡住院治疗。住院治疗后，郑张尚芳仍然在写文章。2018年4月，郑张尚芳陷入昏迷，期间一度苏醒。5月19日晨，郑张尚芳在温州逝世。逝世后，许多方言研究机构、出版社和大学纷