回到重庆后，陈果夫办了“国父实业研究会”，任命叶秀峯为总干事，主持日常工作。陈果夫、陈立夫常邀叶秀峯到自己的寓所，听取其在若干决策上的意见。1945年5月，叶秀峯当选中国国民党第六届中央执行委员。
出掌中统.1945年初，陈果夫、陈立夫得知蒋介石有意撤换负中统局实际责任的中统局副局长徐恩曾，便向蒋介石推荐由叶秀峯继任。1945年1月，蒋介石任命叶秀峯接替徐恩曾，主持中统局的全面工作。起初，叶秀峯向陈果夫、陈立夫表示对该职无兴趣。实际上，叶秀峯看到了中统局内部均为徐恩曾的亲信，此