市计委请示扩建医院。当年9月30日，这一申请获得批准。历经三年建设，新院区完工，床位数扩大到300张。1965年至1966年间，北京市卫生局为了提高效率，曾试点将北京市卫生防疫站同北京第一传染病医院合并。1969年12月，北京市卫生局下发通知，按照毛泽东六·二六指示，将北京市一半的医护力量派往甘肃、青海、西藏等边远地区支援建设。1970年初，北京第一传染病医院成建制迁往甘肃省。三百余名职工被分散到甘肃省酒泉县、安西县、民勤县、古浪县、天祝县、榆中县、定西县七个县。北京第一传染病医院迁走后，位于南城的北京