民国二年，得袁世凯支持，入招商局董事会；翌年，当选董事会会长，一任四年。民国五年（1916年），袁世凯称帝，改元洪宪，杨是主要谋臣之一，并出任邮传部大臣。袁死后，寓居上海租界。1918年，被其妾毒死。
家庭.有兄杨士骧，官至直隶总督。杨士琦的儿子杨毓珣民国时曾任山东省省长一职，娶袁世凯的第四女为妻。