新疆自古就有人类活动的迹象，为中亚诸多民族活动的场所。新疆最早的居民是属塞种，后受汉人、突厥人及回鹘人压力，只分布于中亚，其代表性民族是斯基泰人。他们发展出发达的游牧文化。公元前1世纪新疆被纳入匈奴的版图，成为首个统治新疆的非本地势力。及后汉朝和匈奴不断争夺新疆统治权。汉宣帝神爵二年（前60年），汉朝争夺胜利后在龟兹建立西域都护府，使得今日新疆首次被纳入中国的版图。6世纪后，新疆人种和语言逐渐回鹘化。11世纪后，因为伊斯兰教的传播开始出现穆斯林民族；而11世纪后新疆开始伊斯兰化后，经历过一系列大大小小国家政