年中两人联盟驱逐亚维农在意大利南部的军队。在其统治期间博义九世得以消灭罗马市内不服从教宗的区域，建立了对全罗马的暂时控制。为此他不得不加固圣天使城堡，而且还对所有桥梁驻兵控制，此外他不得不移居到比较安全的阿西西和佩鲁贾。他还攻克了欧斯提亚的渡口。在教宗国内他逐渐重新获得了对重要城堡和城市的控制。他实际上重建了后来15世纪的教宗国。1394年9月16日克勉七世在亚维农逝世，但是9月28日法国的枢机立刻选举了一名新对立教宗：本笃十三世。此后几年里即使博义九世最强的支持者英格兰国王理查二世和德意志国王瓦茨