物或真核生物早期的阶段，不过性别决定系统的起源在真核生物相当早期时就已经出现。鸟、鱼及部份甲壳亚门的性别是ZW性别决定系统。大部份的哺乳类则是XY性别决定系统，有些昆虫及植物（Silene latifolia）也是XY性别决定系统。另外有些昆虫则是X0性别决定系统。鸟类的ZW性别决定系统和哺乳类的XY性别决定系统中，没有共同的基因，从鸡和人的比较中可以看出差异，Z基因类似人类的第九号常染色体，和X染色体及Y染色体都不同，因此推论ZW性别决定系统及XY性别决定系统没有共同的的起源，而性染色体是由鸟类及哺乳