世纪末明治维新实施废藩置县后最初改隶属金泽县，在1871年的第一次府县整併后，被划入新设立的新川县；不过在1876年的第二次府县整併中，又随着新川县被併入由原金泽县更名而成的石川县。直到1883年才与过去原属越中国的区域再次自石川县中分出，隶属新设立的富山县。1889年日本实施町村制时，现在的小矢部市辖区在当时分属、、、、、、、、、、、、、、共15个行政区划。在1950年代的昭和大合併期间，位于西北部的石动町、宫岛村、子抚村、南谷村、埴生村、正得村、松泽村、荒川村于1953年合併为新设立的，随后北蟹谷村