教的问题採取兼容并包的政策，甚且优容礼遇之，这种环境自然有利于宗教的传播与发展。元朝僧人有免税免役特权，致使一些不法之徒投机为僧，甚至干预诉讼，横行乡里，成为元代的一个社会问题。不过，元世祖曾在礼节上歧视伊斯兰教，例如不尊重其宰羊方法，伊斯兰教徒被逼吃死肉，此法令亦适用于基督教徒。元朝对宗教管制较为宽松，使得民间如白莲教、明教等借此建立秘密组织，进行抗元起事。各类佛教中以藏传佛教最为兴盛. 藏传佛教约唐中期自吐蕃传入唐朝，专以祈祷禁咒为事。汉传佛教在唐武宗时遭受打击，宋朝时只剩禅宗慢慢恢复，然敌不过道教