6月9日，外蒙古宣布取消“独立的大蒙古国与共戴年号”。中华民国大总统袁世凯册封第八世哲布尊丹巴为“唿图克图汗”，并赦免独立运动人士。外蒙古取消独立，实行自治。此时外蒙古上层的僧俗两派斗争趋于白热化，哲布尊丹巴唿图克图派人毒死了“外务大臣”杭达多尔济与赛音诺颜部亲王那木囊苏伦，压制了世俗王公的势力。1917年俄国爆发十月革命后，俄国势力大幅撤离外蒙，苏维埃俄国政府在1917年和1919年两次发表对华宣言，宣布废除沙俄与中国签订的不平等条约。1918年9月在外蒙古自治政府要求下，北洋政府派遣少量军队进驻库伦