二段325号，设有门诊、急诊、住院，院区内有公车站，并有免费接驳车（来往汀州院区、捷运昆阳站、捷运松山站、基隆分院）。
三军总医院基隆分院（原海军基隆基地医院）.
门诊院区.等级为 地区医院，院址为台湾省基隆市中正区正荣街100号，设有门诊、急诊、住院，接驳车来往内湖院区。
本院（孝二院区）.院址为台湾省基隆市仁爱区孝二路39号2楼（忠孝大楼），设有门诊。
三军总医院澎湖分院（原海军澎湖基地医院）.等级为地区医