以色列总理拉宾遇刺身亡。5日，中华民国外交部发表声明表示极感震悼。1999年9月21日，台湾发生大地震，以色列总统魏茨曼发表声明表达关切，并于30日援赠医疗与婴儿用品，供灾民使用。2000年，以色列追赠「国际义人奖」给予中华民国前驻维也纳总领事何凤山，肯定其在第二次世界大战期间从宽核发犹太人赴华签证，得以脱离纳粹德国的迫害。2002年3月，第二届台湾、美国、以色列三边国防安全研讨会在以色列举行，邀集三方学者就外交、国防及战略等共同关切之议题进行研讨，并建立第二轨道对话。2004年5月，以色列