得已而退师，遂于天启四年（1624年）正月，尽焚大方退军，被安邦彦追击，中军参将王建中、副总兵秦民屏战死。王三善被诈降的陈其愚故意冲击落马，欲自杀却被被俘，最后遇害。同知梁思泰、主事田景猷等四十余人皆死 。崇祯初年，赐王三善兵部尚书，世廕锦衣卫佥事。崇祯九年，赠太子少保。着《周易象注》、《四书解》、《醉石轩诗集》，皆佚。
戏剧.有说法认为冯梦龙小说《玉堂春落难逢夫》、与改编的京剧《玉堂春》真实男主角是王三善。据国民政府时期永城县六区区长刘子正于1990年回忆说曾参观王三善墓