以来至今与印尼双方在历史上不同阶段的关系。两者曾于近现代两度由相同国家统治管辖：荷兰帝国（1624－62）与大日本帝国（1942－45）。随着1949年中华民国政府迁往台湾后，实际上与其国家外交关系重叠。
遗传学研究.血液学者林妈利的研究指台湾原住民的祖先是在1.5万年前冰河时期结束之前，从东南亚岛屿（菲律宾、印尼）等地迁徙至台湾，90%以上的闽南人与客家人族群有古代百越族血统，越族（分布于中国东南沿海及今越南北部）不是纯北方汉人的后代，反倒与东南亚较相近。所以台湾人在遗传上有着东