公室工作，任主任科员，副处长。1989年9月起，调入新组建的中央政策研究室工作，历任处长，党建组副组长（副局级）、组长（正局级）。2000年6月，任中共中央政策研究室副主任，中央党建工作领导小组成员兼秘书组组长。 2005年，兼任中央保持共产党员先进性教育活动领导小组成员。2008年，兼任中央深入学习实践科学发展观活动试点工作领导小组成员。2009年4月，明确为中央政策研究室常务副主任（正部长级）。任中央政策研究室副主任、常务副主任期间，何毅亭多次陪同胡锦涛、习近平外出调研。2013年9月，