辖嘉义出张所则又改回台南县辖，其余与原规划相同。1897年将全台改划为六县三厅：台北县、新竹县、台中县、嘉义县、台南县、凤山县、宜兰厅、台东厅、澎湖厅，并废除支厅，改为辨务署，全台共78个辨务署；原明清以来的堡里乡澳也逐渐失去行政区划功能，成为地籍、户籍区划单位；1898年因为财政困难，将六县改回三县，其下辨务署缩减为39个，而澎湖、台东两厅下辨务署改为出张所。之后辨务署逐渐缩减，至1900年剩24个。1901年分台南县一部分成立恆春厅，并将宜兰、恆春两厅下辖辨务署改为出张所。