加发生冲突，在西班牙流亡几个月。1989年，他担任亲曼努埃尔·诺列加的总统候选人卡洛斯·杜克的竞选经理，同年美国入侵巴拿马推翻诺列加后，佩雷斯·巴利亚达雷斯一度被美军拘留和审讯，后来释放。1994年他作为民主革命党（PRD）候选人与阿努尔福党候选人米雷娅·莫斯科索和萨尔萨舞歌手鲁本·布拉德斯竞选总统，最终以33%的选票赢得了选举，9月1日正式就职。任内他进行自由市场改革和政府服务私有化，加强与美国的亲密关系。1998年宪法公投失败后，次年他竞选连任失败，总统职务由米雷娅·莫斯科索接任。2009年9月