雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。光绪末年的甲午战争、八国联军之役与日俄战争严重动摇了清朝在东北地区的统治，迫使其废除满洲的旗民分治制度，设立行省。光绪三十三年（1907年），废除盛京、吉林、黑龙江三地将军衙门，改设奉天省、吉林省、黑龙江省；随后裁撤各城副都统、总管，改为府、厅、州、县。宣统三年（1911年），奉天省领八府、八厅、六州、三十三县；吉林省领十一府、一州、五厅、十八县；黑龙江省领七府、六厅、一州、七县。
藩部.清代蒙古、西藏、青海、新