尕山东部冰川区，西南流至巴仑台镇转南流，于和静镇查汗通古村西北约8.5千米流出山口，山口处设有黄水沟水文站。黄水沟河出山口后向东南流约10千米，过黄水沟分洪枢纽后分为两支汊流，水量大部分向南约10千米汇入右邻乌拉斯台河东支汊流，小部分向南经巩哈尔村、乃门莫墩镇古尔温苏门村后转东南流，经包尔尕扎村、焉耆回族自治县北大渠乡六十户村黄水牧业点、北大渠盐场和博湖县西北地区，最后汇入博斯腾湖。山口以上河长110千米，流域面积4311平方千米，年均径流量2.83亿立方米。黄水沟河是下游沿岸地区主要的灌溉水源。