权北条义时及尼将军北条政子本计划迎皇族继任将军，但后鸟羽上皇反对，遂迎立九条赖经（他的母亲西园寺伦子是源赖朝同母妹坊门姬的外孙女）为征夷大将军。其时九条赖经只得两岁，实为傀儡。6年后嘉禄元年（1225年）元服改名为赖经，迎娶比自己年长十五岁、第二代将军源赖家之女竹御所为妻。因父亲九条道家及外祖父西园寺公经的实权威胁到在关东的幕府。在西园寺公经死去后、北条氏对九条道家更为反感，深感九条道家会对幕政介入。在与执权北条经时关系险恶的情况下，在宽元2年（1244年）、突然被逼让位及其子藤原赖嗣，但仍逗留在鎌仓。