年生于台中州大甲郡外埔庄铁砧山脚，是仕绅黄来旺四子。1952年国立台湾大学地质系毕业。1953年考取台湾省特种就业考试甲级，1954年进入台湾省政府建设厅鑛物科服务，然而于1954年9月份转入中国石油公司台湾油矿探勘处地质组服务，且于1954年11月由联合国派遣日本学者大炊御门经辉协助创设微体古生物研究室。
晚年.1994年，黄敦友自经济部中央地质调查所退休，受聘为地调所、经济部顾问。1994年2月起，黄敦友于国立中央大学教授地史学，及于国立台湾大学教授微体古生物学与生物地层学课程