铭、孙科、唐绍仪在广州召开非常会议，组织广州国民政府。9月九一八事变爆发，中国国民党党内各派趋向团结，古应芬支持蒋介石同汪精卫的合作。1931年10月28日，古应芬在广州因拔牙中毒去世，享年59岁，其儿子当时6岁。同年11月，广东省政府在中国国民党第四次全国代表大会上表决，成立广东省立勷勤大学以纪念古应芬。遗体安葬于广州沙河东坑（古应芬墓）。
寓所.民国年间，古应芬父亲古芥南在广州东山的寺贝底购地，除了兴建房屋还有田地。原古应芬大屋的所在地，现早已被拆建成小楼房，做了寺右社区居