政府称ECFA包含「租税」及「投资」事项，不得作为公投的提案，但台联质疑为何同样涉及「租税」及「投资」的2009年澎湖县博弈公民投票就可以成案。2010年中华民国直辖市长暨市议员选举台联党共提名十五席市议员以反对ECFA为选举主轴。在选举过程中台联与蔡英文主导的民进党採取竞合关系，李登辉为民进党五都市长候选人站台；蔡英文、陈菊、赖清德等五都候选人也分别为台联市议员候选人站台。2010年11月27日，选举结果显示台联败选，只连任台北市的陈建铭、台中市的高基赞两席，其他现任四席议员高票落选，而所提名的新人