愿到澎湖惠民医院服务，担任内科医师直到1973年为止。该年度，何义士被调派至三重圣母诊所行医。尔后1973年至1985年间，澎湖惠民医院改由主治外科的王理智神父（）担任院长。1983年，何义士再度返回澎湖，并于1985年出任惠民医院院长，成立澎湖首间复健门诊；他同时开始注意到澎湖的人口老化问题，并推动工作。服务惠民医院期间，他几乎是「白天门诊兼夜间急诊」，担负全天候24小时的轮值工作；同时，对于穷苦病患的医疗费用，他往往酌情减收甚至分文不取；若患者需要输血时，他也总是卷起衣袖、带头捐出B型血液。他一生捐