后在1497年的阿尔卡拉会议和1498年的塔拉韦拉会议上颁布教令，严禁神职人员结婚和包养情妇；要求神职人员独身禁慾、常住在教区，并且经常做告解；每星期日向信徒宣讲福音。改革遭到高级教士强烈的抵抗，甚至有四百位教士带着他们的「妻子」（情妇）移居非洲并皈依伊斯兰教，但这些反抗都在女王的强力支持及搭配宗教裁判所而失败了，西班牙天主教会在雷厉风行地整顿后，成为欧洲最圣洁、最贴近基督的属灵国度。为了达到收复失地运动的最终胜利，他强迫格拉纳达地区的摩尔人改信天主教，并在当地于1499年展开西班牙宗教法庭的审理。由此而激