中华民国统治时期.1950年1月，当中华民国政府刚迁至台湾后，蒋中正在台湾恢复行使总统职权前夕，以中国国民党总裁的身份再度访问菲律宾，和总统季里诺会晤。1960年，菲律宾总统贾西亚抵台访问并与蒋中正晤谈。1961年1月17日，中华民国外交部长沈昌焕赴菲律宾，参加中华民国、菲律宾、大韩民国、越南共和国四国外长会议；1月18日，会议于马尼拉举行，协商团结，应付共党。1975年6月9日，菲律宾与在台的中华民国政府断交。1983年8月21日，菲律宾反对派人物尼诺·艾奎诺（艾奎诺夫人之夫）自台北搭乘