学院迅速发展过程中，出现了诸如独立法人地位不明确、办学性质、收费高低、招生模式等方面的问题。2003年4月，教育部颁发《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》。提出要对公有民办二级学院进行整改规范，规范后的二级学院称为“独立学院”。明确指出独立学院是普通高校按照新的机制、新模式与社会力量合作举办的本科层次的二级学院。它必须具备七个独立：独立的校园和基本办学设施，相对独立的教学组织和管理，独立招生，独立颁发学历证书，独立财务核算，独立法人资格，独立填报《高等教育基层统计报表》。