建制时任天官正丞相。1853年秦被封顶天侯，代翼王石达开驻安庆。次年5月封燕王，率军援救北伐军，至舒城折回。因武昌、汉阳失守，秦到田家镇督师，12月被湘军击破，退回安徽。约20万满族人被秦日纲的太平军杀死在天京。1855年秦日纲在广济击败湖广总督杨霈，攻克武昌、汉阳。1856年3月，秦日纲率军援镇江，4月陷扬州（同月被清军夺回），6月初击败清江苏巡抚吉尔杭阿军，吉尔杭阿阵亡（一说自杀）。秦日纲随后参与一破江南大营之役，7月围丹阳受挫，降为顶天燕。1856年9月发生“天京事变”，秦日纲受天王洪