保护署拟定将三聚氰胺的标准设为2.5ppm时，他则举出各个国家的做法并且主张台湾必须订定最为严格的标准，同时提到：「台湾的情况完全不一样，所以它（行政院卫生署）这样匆促订一个标准，我觉得会让人家觉得它言而无信，公信力会丧失得很严重。」在2011年爆发塑化剂事件后，林杰樑一方面公开指出邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯毒性比三聚氰胺高出3.5倍，会造成生殖毒性乃至于罹患癌症的危险，唿吁众少喝果汁或运动饮料等饮品而改以白开水取代。另外一方面也批评在发生中国奶制品污染事件后，行政院卫生署虽然成立行政院卫生署食品药物管