和催化的区域被称为活性位点。有一些酶需要结合一些小分子（辅酶或辅因子）才能够有效发挥催化作用。酶的活性还可以被酶抑制剂所抑制，或被酶激活剂所提高。
讯号传递和物质运输.许多蛋白质都参与了细胞中和细胞间的讯号传递。一些蛋白质，如胰岛素，作为细胞外蛋白质，可以将讯号从一个细胞（合成这些蛋白质的细胞）传送到身体其他组织中的细胞。还有一些蛋白质，如属于膜蛋白的受体，可以结合细胞外的讯号分子来引发细胞内的生物化学反应；多数受体都有一个位于细胞外表面的结合域〔结合讯号分子〕和一个位于细胞内的效