移到大坂建立石山本愿寺。14世纪后，宇治的茶叶开始盛行，宇治茶的名声为当地带动了发展，但在16世纪末丰臣秀吉兴建伏见城时，同时进行的太合堤造成宇治川的水道改变，使得伏见成为水运物流的中心，此后宇治便失去的水运交通的优势。在江户时代为皇室或皇室相关门迹的领地，1868年幕府结束新政府成立后，隶属新成立的京都裁判所，同年再改设为京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「宇治郡」，最初的郡役所是与久世郡共同于久世郡宇治乡（位于现在的宇治市）设立「宇治久世郡役所」，后来才独立设置自己的宇治郡役