员不满许信良的主张大胆西进及主张民进党与执政的中国国民党合作，以张俊宏为首的美丽岛系部分成员脱离美丽岛系、另组新世纪国会办公室；1999年5月许信良退党参选总统后，美丽岛系其他成员另组新动力国会办公室，美丽岛系正式结束运作。2001年8月25日，作家李敖说，美丽岛事件后，美丽岛人都坐牢，美丽岛人的律师却在战场上捡战利品；美丽岛人只剩吕秀莲在政治舞台上，陈菊位置较小，「其他则都不见了」。2004年，民进党立法委员陈胜宏召集过去部分美丽岛系人马成立绿色友谊连线。2016年7月1日，前民进党青年发展部主任