曰健和林家的关系更加恶化。1863年1月29日，林文明率300兵勇攻打树湳，并于5月28日派叔叔林奠国率600人同义首罗冠英等人南北围攻戴军重镇四张犁，一番激战后于5月31日收复该地。但由于军费仍未解决，林文明再度停止进攻。1864年8月3日，林文察请假回台保乡兼平定乱事，并于八月与九月之间返回台湾。他以福甯镇总兵的身分指挥南路各军，并命林文明南下收复沿海一带，并与他、徐忠标等军会师麦寮，然后直攻彰化城。12月1日，彰化收复，林文明前往八里杙断水沙连等对敌军的援助，并防范戴军四块厝庄林日成骚扰。而后