量的RNA，如5S rRNA(107~131nt)、第二族tRNA(82~96nt)、第一族tRNA(72~79nt)等。对于纯菌株，tRNA和5S rRNA的指纹图谱可用于鉴别基因型和分类（5S rRNA用于不同属，tRNA用于不同种）。在分子生态学中，低分子量RNA型的5S rRNA带可以给出群落多样性的概貌。实验步骤爲：