锡俦继续任党委书记（党委第一书记）兼院长。1964年8月，卸任党委书记职务，由罗士高接任，他仅任院长职务。文化大革命中，北京外国语学院院长张锡俦被打成“李立三特务集团成员”，定为“苏修特务”，在秦城监狱关押8年。1975年5月获释后，被下放到湖北省黄冈地区参加生产劳动。1980年，张锡俦的冤案彻底平反，调回北京任北京外国语学院顾问。1984年离休后，张锡俦应涪陵、重庆等地邀请，回到家乡参加地方召开的党史座谈会，向党史及文史等部门提供了不少历史资料。1987年，应杨尚昆之邀，回重庆参加了“三·三一惨案