无所顾忌侃侃而谈，咸丰帝感到惊奇。三年（1853年）十一月二日改礼部左侍郎。四年（1854年）三月十日，改吏部右侍郎，仍充江苏学政，四月十八日改仓场侍郎，九月二十一日升授浙江巡抚。太平军攻陷江宁，东南震动。安徽徽州府、宁国府是浙江屏障，何桂清驻兵黄池，扼守要冲，与浙江提督邓绍良击退太平军。五年（1855年），桂清檄令道员徐荣攻黟县、石埭，太平军主力到达后徽勇溃败，徐荣战死。何桂清上疏主张安徽浙江互为唇齿，主客一心方有胜算，咸丰帝上谕令地方官吏不分畛域剿敌。安徽巡抚移驻庐州，徽州、宁国二府暂由何桂