菌病的治疗方法尚未得到深入研究。静脉注射两性霉素B与氟胞嘧啶可能有效。对因使用免疫抑制剂导致免疫功能低下而患隐球菌病的患者，应尽可能的减少免疫抑制剂的剂量，直至消除感染。爱滋病患者通常对两性霉素B与氟胞嘧啶的敏感性较低，因此在上述初步诊断后，可口服氟康唑。何时开始针对人类免疫缺乏病毒治疗的时间点目前仍不明朗，有项小型、较不具权威的研究建议应将对HIV的治疗推迟十週，较能阻止因併发而导致的死亡。
免疫功能正常者.在病原为"C. gattii"及"C. grubii"的隐球菌性脑