于民国36年（即1940年）。前身是建瓯县的第一大镇水吉镇。中华人民共和国建国后，水吉县继续维持。1956年7月9日，经中国国务院全体会议第34次会议通过，撤销水吉县，将水吉县所属的第一、五、六3个区和第二区的5个乡，第三区的6个乡，第四区的6个乡划归建阳县；第二区的10个乡，第四区的7个乡划归建瓯县；第三区的6个乡划归浦城县。1956年9月25日，水吉县撤销实施。