全体师生则迁往此校现址上课。此校为突显与上海圣芳济书院的联系，正式命名为圣芳济书院。香港不少各界知名人士毕业于该校。
芳济历史.1891年，小昆仲会的修士到天津和北京，负责各地主要大学及高等学府的教务。1893年，修士到上海的耶稣会圣芳济书院接管教务工作。1895年，修士接管了整个学校的校务。1950年，中华人民共和国成立后将所有外国教会人士驱逐出境。在上海圣芳济书院任教的修士仓皇逃难到香港，于九龙城嘉林边道圣马丁书院任教。1954年，香港教育署原本将现为伊利沙伯中学的地皮供修