下铁:构内图）
首都圈新都市铁道.相对式月台2面2线的地下车站。已导入月台门等安全装置。1楼为（JR常磐线高架下、站房对侧）大厅，月台在地下2楼。出入口与剪票口只有1处。开业当初剪票口旁有商店，之后改设自动贩卖机。本站是採用明挖回填式兴建，工程时期位于设站位置上方的常磐线南千住站因此暂时移至临时线路。
转乘.虽然JR东日本、东京地下铁、首都圈新都市铁道皆使用南千住站作为站名，但当初帝都高速度交通营团（营团地下铁）日比谷线通车时由于未与日本国有铁道（国铁）实