10月9日开始营运，主要营运国内9个城市间的短程航线，公司的前身是Air Mekong（民用航空局）。2013年3月，湄公航空宣布因经营困难导致亏损，停飞所有航班并归还4架向天西航空租赁之庞巴迪CRJ 900客机。之后进行公司重组并先行租用2架空中巴士A320或波音737NG客机重新营运。2015年，湄公航空的营业执照在长期暂停营运后被主管机关撤销。