争议颇大。后来的军政府曾称阿连德政府密谋先发制人，自行发动流血政变以建立阿连德的个人独裁。这一所谓阿连德政府的“Z计划”被证明是军政府的虚假宣传。近来的辩论围绕阿连德1933年的医学博士论文《精神卫生学与犯罪行为》。有人认为，阿连德倾向种族主义和反犹太主义。阿连德基金会对此反驳说，阿连德只是在论文中引用了一位意大利科学家的话，而阿连德本人对那些理论是持批评态度。