巴士是佐渡岛唯一的公共交通方式。岛上巴士全部由运营。海运是现在佐渡岛最主要的联外交通方式。佐渡岛和新潟县本土之间的喷射船由佐渡汽船运营，有两津港至新潟港、小木港至、赤泊港至寺泊港三条航线。佐渡岛上有佐渡机场一处机场。佐渡机场于1958年启用，曾开设来往新潟机场之间的航线；但自2014年起再没有定期航线飞行。