被日军佔领。而科科斯群岛则划归钖兰代管。二战后，海崃殖民地各个港口重归英国统治。在战后初期，英国对各港口施行军法统治。那时候使用的货币为叻币，至1939年起改为马来亚元。
解散.1946年4月1日，英国宣佈解散海崃殖民地，新加坡成为独立的一个直辖殖民地，并管辖科科斯群岛和圣诞岛，直至两岛分别于1955年和1957年划归澳大利亚。而槟城与马六甲便和马来联邦四州及另五个马来属邦合组为马来亚联邦。而纳闽则于同年7月15日划归英属北婆罗洲，成为后来马来西亚联邦直辖区的一部分。