民国教育部次长。后觉政治腐败，留居北京，从事历史研究与教育工作。1926年任辅仁大学校长，1939年初，在故宫古物陈列所发现《嘉兴藏》，与《嘉兴藏目录》对校，发现木忞的《北游集》，自此重视和尚语录，撰《语录与顺治宫廷》、《顺治皇帝出家》。陈垣发现《旧五代史》辑本传写脱误，因撰《旧五代史辑本发覆》，曰：“一百五十年来，学者承诵引据，以为薛史真本如此，信奉不疑，而孰料其改窜至于如此。今特着其忌改之例，以发其覆。” 陈垣还曾与胡适论杨守敬《水经注疏》的成书年代，胡适于1948年8月14日写成《跋杨守敬论水经注