。2001年扎瓦希里策划了911事件，造成数千人伤亡，美国的世贸大楼倒塌，开启美国的反恐战争，随后他和宾拉登逃进阿富汗与巴基斯坦边界一带，至今仍是美国政府急于捉拿的重大通缉要犯。2011年5月2日，宾拉登于巴基斯坦阿伯塔巴德遭美国海豹部队第六分队击毙，扎瓦希里成为下一任盖达组织领袖。
本拉登之死与扎瓦希里.宾拉登遭击毙后，有传言称是扎瓦希里提供宾拉登藏匿地点给美国中央情报局导致宾拉登之死，认为扎瓦希里与宾拉登早有嫌隙，在扎瓦希里掌握大部分资本与盖达组织的支持后就计画排斥宾拉