司马越因参与诛杀杨骏有功而受封五千户侯。迁散骑常侍、辅国将军、尚书右仆射，领游击将军。后再任侍中，加奉车都尉，给温信五十人，别封东海王。永康初年，任中书令，后徙侍中，再迁司空，领中书监。
捕长沙王.太安二年（303年），成都王司马颖与河间王司马颙攻长沙王司马乂，战事持续数月，至明年年初，司马乂固守洛阳，并多次击败司马颖，士兵亦战意高昂。但此时，司马越害怕缺粮的司马乂终会失败，于是与殿中将领勾结，捉拿司马乂到金墉城。其他人不忍司马乂功败垂成，打算救出司马乂继续战斗，司马越打算诛杀司马