批得到联合国许可的、以澳大利亚国防部队为主的东帝汶国际部队（INTERFET）进驻东帝汶并展开维和行动。
公投.1999年，迫于来自于原宗主国葡萄牙等欧盟国家和其他国家强烈的国际压力，印度尼西亚政府决定于8月30日举行公投决定东帝汶的未来。多达78.5%的投票者选择独立，否决了使东帝汶成为印尼一个自治省（即东帝汶特别自治区）的提议。
暴乱.在公投结束之后，受到印尼军队支持的东帝汶亲印尼民兵部队，以及一些印度尼西亚的军人对东帝汶发起了报复性的暴力和恐怖袭击。