士顿的凡尼尔大厅敦促保障联邦之存续，并于不久之后回到参议院任职。1860年2月2日，联邦分离主义者于南方的喧嚣震天价响。戴维斯提出六项解决方案以凝聚维护州权的相关意见，并稳住自己对该争议的立场。11月，反对奴隶制度的亚伯拉罕·林肯于赢得总统大选，南卡罗来纳州因而宣佈脱离联邦。戴维斯虽于政策上反对脱离联邦，但于1861年1月10日作实质上的支持。当年1月21日，戴维斯宣佈密西西比脱离联邦，并于发表告别演说后辞去参议员职务。
领导联盟国.戴维斯于辞职后四天，受委任为密西西比部队