司法行政部核准后，于1947年6月1日设立台湾高等法院第一分院，次年（1948年）1月1日再改为今名台湾高等法院台南分院。本院成立时，下级法院有嘉义地方法院（辖区为今云林县、嘉义县市）、台南地方法院（辖区为今台南市）及高雄地方法院（辖区为今高雄市、屏东县及澎湖县）三所。本院于1947年建立之初，系以当时的台南储金管理所为院舍，该管理所即为日治时期之台南州商品陈列馆（见图），位于台南市大正町，即台南市中山路本院今址所在地，原由台南市政府接管，后拨本院使用。