立委选举，由于严重威胁民进党籍候选人黄昭辉的选情，经过各方有力人士劝说而退选。2000年3月，林弘宣于媒体上刊登巨幅广告，于总统选举支持中国国民党籍候选人连战，引起昔日的党外运动战友一片错愕、甚至质疑广告费用的来源。2005年7月，林弘宣接受当时总统陈水扁聘请，担任总统府有给职国策顾问。
美丽岛大审林弘宣的最后陈述.　　昨天有一位辩护人说：「类似高雄事件而以叛乱罪名起诉，古今中外，史无前例。」被告不同意这个说词。　　我请这位辩护人不要忘记大约在一千九百八十年前，诞生在罗马帝国