（1930年）元旦，获国民政府颁授一等宝鼎勋章，但随后便与蒋中正就军队编遣意见左右，联同冯玉祥，李宗仁在北平另组「国民政府」（阎任「国民政府」主席），引发中原大战。9月，张学良通电支持蒋中正，并派兵入山海关。冯、阎大败。阎钖山先到大连，之后再回山西。九一八事变后，国民党内部寻求和解。阎于民国二十一年（1932年）3月任太原绥靖公署主任。
抗日战争时期.民国二十六年（1937年）7月抗战开始后，国共合作形成，国民政府军事委员会将山西划为第二战区，组织成立了第二战区长官司令部，代替太原绥