经国务院批准，或需用行政名义下达的，由国防部长签署。中央军委领导下的总部体制仍恢复总参谋部、总政治部、总后勤部三总部体制。此时国防部长仍由彭德怀担任，副部长黄克诚、谭政、肖劲光、王树声、廖汉生、粟裕。
职权扩大.1959年9月庐山会议后，林彪开始主持军委日常工作，任军委副主席和国防部长。罗瑞卿担任军委秘书长、总参谋长，主持军委办公会议，负责军委的日常工作。国防部副部长扩大到11人：罗瑞卿、谭政、肖劲光、王树声、廖汉生、粟裕、陈赓、许光达、许世友、刘亚楼。此时国防部副部长由总部、军兵