清时期，该寺庙再度被改为佛寺，但具体时间不明。明朝嘉靖十四年（1535年），十字寺曾被大规模维修。中华民国初年，十字寺连同周围的山林都被寺内僧人卖给了一户姓张的人家。1931年日本学者佐伯好郎发现十字寺时，寺庙内各主要建筑尚保存较好，尚有一座山门，一间大雄宝殿以及东西两侧的配殿，山门上还有一块“古刹十字禅林”的石匾，地面上除两块石碑外还有两块景教石刻，上有景教十字和古叙利亚文。在被佐伯好郎发现后，中央研究院历史博物馆随即将两块景教石刻转移走，并于1936年将两块石刻带到了南京博物馆。20世纪50年代末，十字