运动委员会的第二次和第三次全国会议分别于1961年1月和1980年10月召开，中间间隔近20年。中国基督教三自爱国运动委员会至2008年已举行8次全国代表会议。1991年，中国基督教协会加入普世教会协会。
争议.1950年的《三自宣言》在其“总的任务”部分中说“中国基督教教会及团体彻底拥护共同纲领，在政府的领导下，反对帝国主义、封建主义及官僚资本主义，为建设一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国而奋斗”。在一些教会领袖看来，“在政府领导下”完全违背了教会以基督为元首 的基本原则。