辞职并回成都。1919年夏，熊克武部进攻滇军。但懋辛师攻克简阳，后来又攻克内江。但因唐继尧从中分化，但懋辛部军心涣散，作战连败。1920年，唐继尧联合四川的国民党人黄复生、卢师谛、吕超等发兵反对熊克武。唐继尧令驻扎川南的滇军赵又新助吕超攻成都，顾品珍攻内江，石青阳同黔军攻岳池、合川。熊克武、但懋辛退往阆中，于阆中整编军队，成立靖国军，熊克武自任督军，下辖3个军及1个师。其中，刘湘为第2军军长，刘成勋为第3军军长。但懋辛担任第1军军长，辖喻培棣的第1师、张冲的第2混成旅、何光烈的第5师、余际唐的全川江