崇祯十年（1637年）丁丑科第二甲第五名进士出身。出任浙江湖州府知府，该年饥荒，一钟米值万钱，民众开始抢掠食物，将要成为大乱，陆自巖晓谕解散其党徒，杖杀首脑；又平粜设粥厂救济贫民。当时兑漕令已下达，但民间缺乏谷物；依照惯例，地方府县若有天灾损害，一律请御史、布政使上疏陈报。陆自巖认为，辗转请报于朝廷势必缓不济急，就破例自行草拟奏疏，请粜籼应兑，民众受其利。丁母忧，归乡不久即卒。