甲贺郡的领地后，曾在此建立，此后水口冈山城又曾先后交由增田长盛、长束正家；1600年关原之战中，由于长束正家加入西军，在西军战败后水口冈山城遭到废除，此地区在接下来的八十年间成为幕府的直属领地，并设有东海道五十三次之一的，同时也在此新建。1682年原石见藩主改封至此地，建立；现在的甲贺市辖区在江户时代末期大多数地区成为幕府直属领、旗本和领地，此外也有少部分区域属于淀藩、、、、、、狭山藩。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实