上疏朝廷建议通诚，未得理会。隆武帝命黄道周北伐，他再次上疏不应轻易率领乌合之众出兵。福京失守，倪会鼎闭门照顾祖母和母亲，不接受清朝举荐与金钱；他热心公益，曾在萧山修筑西江塘，使人民没有盐患。黄道周死后，他在徽周拿着弟子服装，连同家人到南京亲自殓葬，高弘图死后他也为其于云门山举殡；而陈子壮、杨廷麟都是倪元璐的弟子，他就寻访二人遗孤抚恤。晚事的他从事写作，很少见人，到九十七岁时去世。