收成，郑军并未化解缺粮危机。到了农历七月，运粮船受到强风阻扰，无法如期抵达，每斗米价涨至四、五钱不等。郑成功只得打破不得扰民的规定，向民间征收粮食，只允许人民保有十分之一的存粮，其余需供郑军食用。赴各地屯垦的部队，也与当地原住民爆发冲突，往北边的郑军遭大肚王国袭击，死了1400~1500人，南边的部队也被瑯峤人杀死700~800人。到了农历八月，缺粮更是严重，官兵每天只吃两餐，甚至食木子充饥，即便前往各地买米，也只得支应10日。不少士兵便因缺乏营养而生病，甚至1天内死了70-80人，驻扎在大员街的部队，