朝初年，南疆的回部臣属准噶尔汗国。清朝灭准噶尔汗国，平回部。1987年4月10日中央军委决定设立南疆军区，为正军级单位。负责管理南疆各军分区及西藏阿里军分区，归乌鲁木齐军区建制领导。
行政制度.回部每城置驻扎大臣一至二员，其下置伯克，依当地习俗管理穆斯林事务。除哈密、吐鲁番以外，各处大臣从属于总理回疆事务参赞大臣（通常称为喀什噶尔参赞大臣）。哈密、吐鲁番两地大臣隶属于乌鲁木齐都统。喀什噶尔参赞大臣与乌鲁木齐都统皆受伊犁将军节制。驻防的八旗、绿营兵丁在各城附近修筑规模略小的城堡，