忙时间，香港仔隧道往湾仔、铜锣湾、北角和海底隧道方向都会非常挤塞。因此隧道交通督导员会将隧道间歇性封闭（间封），在黄竹坑收费广场禁止车辆通行以疏导隧道内的车辆。另外在南区通往香港仔隧道的主要道路，如黄竹坑道、南朗山道、鸭脷洲大桥等都设有指示，于挤塞时提示司机使用其他道路。而香港仔入口有灯号提示驾驶者左线或右线有挤塞。香港仔隧道是香港仔、鸭脷洲和黄竹坑往港岛北部和两条海底隧道主要道路，但香港仔隧道的挤塞并不是由于隧道容量不足造成，而是出口道路如海底隧道、跑马地、天乐里、北角或告士打道的挤塞延伸至隧道内引致