总司令部宣布全省戒严。1949年秋，台湾省警备总司令部奉令裁撤，分别成立东南军政长官公署及台湾省保安司令部，任命彭孟缉为保安司令。1950年12月23日，台湾省保安司令部为加强社会秩序管制，订定《台湾省取缔流浪儿童暂行办法》，以台北市为试验区，「由警察局及宪兵团会同办理。」1958年5月，陆军总司令部将戒严业务转移至新成立之警备总部，迁至东本愿寺，将「台湾防卫总司令部」、「台湾省保安司令部」、「台湾省民防司令部」及「台北卫戌总司令部」合併编成台湾警备总司令部，以原台北卫戌总司令黄镇球上将为台湾警备总