年法务部调查局宣布张灿鍙是两报爆炸案的策划者。之后与台湾独立建国联盟的干部以「联盟迁台」名义于1991年回台，被以「首谋内乱罪」起诉。由于台湾社会的反弹与《中华民国刑法》第一百条修正，张灿鍙于1992年10月获得交保并获判无罪。之后张灿鍙加入民主进步党，并且投入1995年中华民国立法委员选举，于台南市参选，但仅获得三万余票而落选。1997年，张灿鍙代表民进党参选台南市市长，并且以超过十万票的高票当选，亦是台南市首次由民进党执政之政党轮替，之后也就由民进党执政至今。
台南市