地方的山名氏和大内氏叛服无常，九州地方的怀良亲王等南朝势力依然健在。义诠继任后，立即对南朝的河内和纪伊发起进攻，攻下了赤坂城等城。而另一方面，1361年（正平16年 / 康安元年）与执事细川清氏、畠山国清敌对的仁木义长投奔南朝，不久以后，细川清氏又在佐佐木道誉的谗言下叛降南朝，并协助南朝再次短暂地攻佔京都。1362年，在细川清氏、畠山国清先后失势后，足利义诠任命斯波义将为管领。1363年大内氏、山名氏先后前来参谒，幕府政权得到巩固；同时仁木义长和桃井直常、石塔赖房回归幕府，推进了同南朝的讲和。同年在义诠的奏