头孢菌素治疗会引发的一般药物不良反应（即多于1%的病人）包括腹泻、反胃、皮疹、电解质不平衡，及／或在注射位置感到疼痛及发炎。不常出现的不良反应（即0.1-1%的病人）则包括呕吐、头痛、头昏、口腔及阴道念珠菌病、假膜性结肠炎、二重感染、嗜酸细胞增多及／或发热。少数甚至会发生过敏性休克。约5-10%的对青霉素及／或碳青霉烯过敏的病人，会同样对头孢菌素过敏。所以若病人对它们曾有过敏的纪录，如荨麻疹、过敏反应、间质肾炎等，使用这些抗生素是一种禁忌。
分类.头孢菌素核心能作出不同的修改