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卫生问题.虽然大部分东铁线全线车站洗手间已经在2015年至2016年翻新，厕所都只提供座厕，但是东铁线少部分厕所设计非常狭窄和使用率甚高，引致部分厕所卫生问题日益严重，结果有时厕所臭气沖天情况间中出现恶化。2018年，香港大学最新研究发现，东铁线扶手细菌抗药性基因最高，透过深圳过境乘客不断转乘而散播社区抗药菌至全港。马鞍山线（现为屯马线一期）检测出的耐药性细菌含量亦几乎与东铁线相同。
载客量饱和问题.由于东铁线早期车厢设计非常狭窄，导致大围站、沙田