回日本本土，临时安置在京都泉涌寺。1902年，东京护国寺忠灵塔完工，在隆重的法事之后安葬于忠灵塔后方墓地。数年后的日俄战争中，日本军队改变了对阵亡者遗体的处理：以火化代替土葬，其后送还给故乡的亲属。无法送还的埋葬于战场附近。日俄战争胜利之后，根据朴茨茅斯和约，日本在旅顺建立了关东都督府，并成立南满洲铁道株式会社（以下简称“满铁”）以管理长春至旅顺一线的铁路以及附属的煤矿。然而前述的埋葬地点大多位于满铁管辖区域之外，难于管理。故而关东都督府的守备队（关东军的前身）奉命收集各处的骨灰，并于1907-1910