3月，任清乡委员会驻安徽办事处主任。同年冬，兼任物资调査委员会、新国民运动促进委员会的安徽省主任。同年末，改任江西省省长，兼任国民政府军事委员会委员长驻九江绥靖公署主任。其后，任国民政府军事委员会委员、国民政府委员。日本投降后，高冠吾动向不详。中华人民共和国成立后，高冠吾留在中国大陆。1957年，高冠吾在山东省逝世。享年66岁。