听说自己已被罢官，不等代替的人到达就径直回家乡。代替他的王凝为了独占功劳，更加排挤邹应龙。给事中裴应章趁机弹劾应龙。巡按御史郭庭梧也和邹应龙不和，就上奏说，调查的结果和王凝所说一样，于是邹应龙被削去官籍，在家中去世。万历十六年（1589年），陕西巡抚王璇上疏言邹应龙死后，所遗田地不及数亩，遗址不过数楹，家人没有得到抚恤，朝野都觉得此事不公。万历帝命复邹应龙官，予祭葬。
着作.有《邹中丞奏疏》等。