赢得了这次票数极为接近的大选。两人在至关重要的有36位选举人的纽约州仅差5000票。不久，克莱的警告得到了证实，德克萨斯州的加入导致了墨西哥战争，并且在波尔克的任期内，南北的纷争明显开始加剧。1848年克莱第五次参加竞选，但败给墨西哥战争英雄扎卡里·泰勒，未获得提名权。克莱的政治能力毋庸置疑，但他坚持通过美国系统来发展经济和控制奴隶制的发展在当时非常不受南方的欢迎，曾经有人规劝他能否不采取如此强硬的反对奴隶制和发展工业的姿态，克莱回答了一句后来常被引用的政治名言：“比起当总统，我宁可选择真理。”