以为燕军已经北撤，召徐辉祖班师，致使何福孤军奋战。随后，灵璧之战中，燕军大胜，陈晖、平安、陈性善、彭与明被执。盛庸军亦在淮河之战中溃败，燕军遂渡过淮河，抵达六合。建文帝不得不下诏要求各地勤王，并遣使割地罢兵。同年六月，盛庸在浦子口与燕军交战不利，都督佥事陈瑄率水军附燕。随后，朱棣率燕军渡江，最终逼近南京应天府。谷王朱橞与李景隆开金川门变节，致使燕军进入都城。宫中起火，建文帝不知下落。
身后.燕王朱棣入京师应天府后，建文帝在宫中举火，皇后焚死，建文帝本人及其太子朱文奎则不知所踪，至今