后又遭遇多次火灾，使得天皇必须在平安京内找寻地方做为临时居所，这些临时皇居被称为「」（「里」指的是平安京的町）。之后在元弘元年（1331年），北朝首代天皇光严天皇即位，以里内里之一的做为居所，这便是京都御所的雏型。当时占地仅有1町四方，经过足利义满扩大用地、以及织田信长与丰臣秀吉的整建，遂有现今所见之规模。明德三年（南朝元中九年，1392年）南北朝统一后，这里继续做为天皇居所，至明治二年（1869年）明治天皇将皇居迁往江户城（今东京皇居）为止，为时477年。值得注意的是，天皇居所虽然迁往江户