1661年郑成功围攻荷兰人位于台南的根据地后，荷兰东印度公司在淡水与基隆的驻军先后撤守增援大员，离去前将他们驻守的堡垒烧毁，大砲则一併带走。郑氏治台时期，主要的生产根据地集中在台湾南部与基隆一带，淡水并未有郑军设防；直到清治时期嘉庆年间，淡水延海一带海盗猖盛，清廷在1808年（嘉庆十三年）加派兵力，驻防该地。1813年（嘉庆十七年），在目前沪尾砲台现址兴筑砲台作为淡水河口驻卫之责。中法战争后，清廷命台湾巡抚刘铭传加强台海防务，于全台重要海口地区兴筑砲台基地，计有基隆、沪尾、安平、旗后、澎湖等五处