获得“有突出贡献的中青年专家”、“有突出贡献的留学回国人员”、“有突出贡献的科技人员”等荣誉称号。1991年，他还被人事部批准享受政府特殊津贴。以表彰他的学术成就及对社会的贡献，2006年11月15日，香港城市大学颁授徐冠华荣誉博士。2009年6月，香港中文大学委任徐冠华为该校太空与地球信息科学研究所伟伦太空与地球科学研究客座教授。2010年12月，徐冠华被香港中文大学授予荣誉博士学位。