秀吉当政时开始受到迫害，江户时代更被大规模禁止，导致日本基督徒的活动被迫转入地下；至明治维新后，日本才重新开放基督教传播，新教、正教会等其他基督教宗派也在此时开始传入日本。现今根据日本政府在2017年底的统计，日本信奉基督宗教的人口约191万，佔日本全国居住人口（含旅日外籍人士）约1.1%。
战国时代至安土桃山时代.基督教聂斯脱里派（中国称为景教）于5世纪顷、由秦河胜等人传入日本。但是、历史的文记录不多、不明确之处很多。西班牙籍的天主教耶稣会传教士方济·沙勿略首先将基督教传播到