在1999年进行另一次的整修工程，在2001年完成。2016年8月3日下午4时许，教堂的告解室遭到纵火，造成摆放在告解室内的圣母像的头发和彩衣烧毁、木质的圣像本体也被燻黑；经过堂区方面近百日的修复后，于同年11月13日重新公开展示，当天并由高雄教区刘振忠总主教主礼圣母像修复完成的祝圣仪式，此事件后来被改编并放入轻小说『迷路小玛在万金2』中。
弥撒礼仪时间.以下时间以当地时间（台湾时间）为准週六 PM 08:00 （赤山道理厅） 週日 AM 06:40（隐修院） 、AM 09