MU400型电联车投入营运后，随即营运于基隆至新竹间，并以加班车形式支援山线，直到1995年EMU500型电联车的启用才逐渐减少。EMU700型电联车启用之后，EMU400型除了停用待修编组外，多数用于基隆至斗六区间，另外也安排成追线的运用；也因配属新竹机务段之故，当EMU600型电联车故障或保养时，EMU400型偶尔会单组行驶六家线。2013年富冈基地启用，EMU400型部分闲置编组用于行驶为员工加开的通勤列车。直到2014年，花东铁路电气化工程需要列车进行试车，EMU400型因此成为台东线通车以来第一辆