景气的情况之下，1999年1月21日，自立早报正式宣佈停刊。自立早报曾有历时两年的「读书生活版」，可惜在1995年3月自立报系改版时停刊。目前，学界对自立早报副刊的介绍与研究相当有限。1997年7月22日，自立早报头条报导中华民国国家安全局局长殷宗文在6月28日于台北市联勤外事俱乐部召开秘密会议下令监听反冻省的国民大会代表，标题并以「无耻」二字谴责此一行为；殷宗文随即召开记者会发表声明否认。在殷宗文要求自立早报更正无效后，殷宗文委任律师陈秉钧控告自立早报发行人陈政辉及总编辑刘从哲加重诽谤罪，陈政忠则