原军队建制改成地方建制，1953年时全院正式职工511人，病床120张。1953年改归中央人民政府卫生部领导后，医院任务更明确：专门负责中央领导的保健医疗。1958年12月，该院一度划归中国医学科学院领导，1960年4月重归卫生部领导。1959年4月，周恩来总理任命卫生部副部长崔义田兼北京医院院长，以加强对高干保健工作的领导。到1962年，全院职工666人。1952年后北京医院由承担干部和市民的医疗工作改为专门负责干部及家属的医疗保健工作，并因此转为封闭性管理。刘少奇、董必武、周恩来均在老病房三楼西侧住