动一个多月便仓皇出逃。九一八事变之后，北洋派的旧势力认为这是反蒋的好机会，商量由北方军人联合起来拥护吴佩孚与段祺瑞合作反蒋。推吴任“北方抗日联军总司令”，以抗日为号召来进行反蒋。蒋介石实行分化策略，“北洋派大同盟”不久瓦解。吴佩孚进退失据，张学良、于学忠将他迎往北平，并每月许以生活费四千元。
晚年经历.1931年九一八事变后居住北平。其间曾勐烈谴责伪满洲国依附日本，分裂中国。但吴也曾应其旧部属齐燮元的聘请，为齐的「特高顾问」，每月领「车马费」数千元。但到1937年齐担任日军傀儡