构.地铁上海南站与铁路上海南站处于一个结构之中。3号线站台和站厅位于铁路车站的南侧，1号线站台和站厅设在铁路车站的北侧。
楼层分布.地铁上海南站设在铁路上海南站的地面层、地下一层、二层和三层。其中，3号线站台位于地面，与铁路上海南站的站台一致，但彼此之间无法互通；1号线、3号线和15号线的站厅均位于地下一层，唯两者位于铁路站房的两侧，需由地下通道连接。1号线站台设于地下二层，15号线站台则位于地下三层。
1号线.1号线站厅位于铁路上海南站的北侧地下一层，