武宗仍欲南巡。同年六月，宁王朱宸濠叛乱，史称“宸濠之乱”。虽然佥都御史王守仁在七月底即平定叛乱，武宗仍然隐瞒战功，而自封“镇国公”身份以平乱之由，于同年八月开始南巡。武宗在返京途中，在淮安清江浦上学渔夫撒网落水患病，于正德十六年（1521年）去世。明世宗继位后，废除大量武宗时期的政事弊病，此次南巡之争的百官均恢复官职或得到升迁。