驻守两地的西藏第巴都前来投降。清朝在巴塘设置巴塘宣抚司，任命陀翁布为正营官（正土司），扎西次仁为副营官（副土司）。清廷虽然规定巴塘与理塘两个土司“照流官例，开缺题补”，但事实上土司一职基本上是由同一个家族继承的。1725年雍正帝在岳钟琪的建议下实行藏区分治，将巴塘和理塘从达赖喇嘛直辖的西藏划出归四川管，其土司都由清廷任命。巴塘土司管辖的中甸、阿墩子两地也被划出，归云南省管辖。根据《卫藏通志》记载，巴塘土司共管辖地方寨落33处、头人29名、百姓6920户和大小喇嘛2110众，并且有按年上缴粮食赋税、承当差