而部分用地后来也成为港府安置船民的选址，这些人之后再被送到深水埗羁留中心和民安队管理的漆咸道难民营。1990年代，船坞也成为香港海关海域行动组的驻地。1997年，随着西九龙填海工程，九龙政府船坞对开海面变成陆地，船坞遂停用拆卸，被位于昂船洲的昂船洲政府船坞所取代，现成为港铁西铁线九龙南线柯士甸站的一部份。