圣彼得堡经济状况于苏联解体后开始恶化。自从1940年以来食物配给再一次引入圣彼得堡，接受国外人道主义粮食援助。俄罗斯摄影师曾拍一系列戏剧性照片。1995年，圣彼得堡地铁的1号线因水灾停止运作，阻碍城市发展将近十年之久。1996年，击败阿纳托利·亚历山德洛维奇·索布恰克，当选市长。2000年，弗拉基米尔·雅科夫列夫赢得连任，但在2003年突然辞职。虽然圣彼得堡中央区域受到联合国教科文组织指定，但其历史与建筑保护产生争议。2005年后，市政府允许历史建筑拆迁。2006年，俄罗斯天然气工业公司宣布一项雄心