佛教.佛教在明朝时期已传入石林，清民时期广传于汉族和部分彝族之中，1949年前县内无佛教组织，1986年成立佛教协会并请昆明筇竹寺僧人赴石林主持活动。截止2016年，石林县共有4所正式批准开放的寺院，即圭山寺、狮山寺、仙花寺和石峰寺，共有比丘和比丘尼7名，信众约10,000人。
天主教.天主教于1887年传入石林，法国传教士邓明德建立了路美邑教堂和天主教保禄小学，邓明德去世后又有法国、瑞士等地先后共15名神甫来到石林传教，到1948年县内有3,000余人入