斯泰因其余部分被奥地利帝国和普鲁士王国联盟征服。战后基尔短暂地由奥地利人和普鲁士人共同管理，但1866年的普奥战争导致基尔在1867年被普鲁士吞并。1865年3月24日，普鲁士国王威廉一世将普鲁士的波罗的海舰队基地从但泽迁到基尔。1871年，普鲁士国王威廉一世成为德意志帝国皇帝，他选定基尔和威廉港作为"帝国战争港口"。由于担任德国主要海军基地，基尔的城市规模迅速增长，从1864年的18,770人增加到1910年的20万人。旧的市中心及周边地区大部分被夷平重建。基尔也是1918年末爆发水兵兵变的地方。