；同年，他又因「台南废南门墓事件」遭警察逮捕并一度拘留。中国抗日战争期间，庄孟侯受翁俊明引介成为国民政府在南台湾的联络人之一。战后，庄孟侯出任三民主义青年团台南分团主任，并当选台南市医师公会会长，又于1945年至1947年间兼任台湾省立台南第一中学家长会会长。
战后生活及逝世.1946年，庄孟侯受台南庶民信用组合组合长樱井奇（樱井齐）委託接办该机构，于稍后成为台南市第三信用合作社首任理事主席，并自此结束行医生涯。1947年二二八事件爆发后，庄孟侯于同年3月11日被以内乱罪逮