物分解后形成甲烷，也有少量二氧化碳，是一种比二氧化碳强36倍的温室气体，加剧全球暖化。这是自然界中，湖泊、湿地等环境不会发生的，因为自然界的这些地方有较好的氧循环，使水的含氧量较高，让生物能把甲烷分解成温室效应低很多的二氧化碳。不同环境下水力发电的温室气体排放量分别可以很大。在温带，如加拿大及北欧，温室气体的排放只有一般水力发电的28%，但在热带地区，水力发电所产生的温室气体会比使用石化燃料的火力发电还多，极端情况下可达石化燃料的火力发电多3.5倍。。而季节性的水位变化会为水库不断提供分解物，使水库内的