重建。清末以来，寺院凋敝。1951年，寺前千佛塔被拆。文化大革命期间，宗教活动停止。1978年，中共中央转发中央统战部报告，恢复宗教信仰自由政策，开放宗教活动场所。1980年代初，原妙果寺住持雪善之徒、旅法华侨黄忠英，为实现出国前所发之愿，捐赠人民币十万元，要求重修妙果寺。1982年，温州市人民政府批准恢复开放妙果寺，为温州市区最早修复开放的佛教活动场所，同时也是温州市佛教协会所在地。
建筑.妙果寺目前建筑基本为1983后重建。寺庙三进，坐北朝南。中轴线建筑有天王殿（即正门