神道指令发布后，神祇院在1946年1月31日被废止，做为国家神道产物之一的靖国神社则改以一般宗教机构的方式存续。1946年2月3日成立的民间宗教组织「」，一定程度的继承过往神祇院统合日本全国神社的功能。1978年，靖国神社将包括东条英机在内的14名甲级战犯入祀，引发了针对靖国神社的争议。