庙原有清朝度牒（编额）喇嘛不超过50多人，但至清朝嘉庆年间，该庙实际已有喇嘛1500多人，达到鼎盛时期。1944年时，该庙仍有喇嘛800余人。第二次国共内战时期，贝子庙是中共锡察巴乌工委所在地。中国共产党在此培养了大批干部，成为内蒙古的革命根据地及乌兰夫亲自领导下的内蒙古自治运动发祥地。文化大革命中，贝子庙遭受严重破坏。贝子庙历史上主要有七座大殿，分别为朝克钦殿、明干殿、却日殿、珠都巴殿、甘珠尔殿、丁克尔殿、额日特图殿。到2010年前后，留存的大殿仅剩朝克钦殿、明干殿、却日殿、珠都巴殿、甘珠尔殿