改为民政，地方制度改为三县一厅。明治34年（1901年），台湾总督府民政部改制「警保课」为「警察本署」，并改地方官制为二十厅，厅下设警务课及支厅。大正八8年（1919年），警察本署改称「警务局」，隔年地方官制改为五州二厅，此时台南州设有「警务课」，州辖台南市则设有「警察署」归警务课管辖。台南警察署座落于台南市幸町一丁目8番地，由台南州土木课营缮系设计、监工，设计师为梅泽舍次郎，昭和6年（1931年）12月22日落成，在此之前台南警察署与台南市役所同在台南州厅内办公。另外，台南警察署厅舍的基地在清治时期原