第五开发业务部部长平田裕介辞职加入Aquaplus。2005年8月，原第四开发业务部部长松野泰己因长期疾病离开。据前社长和田洋一称，至少到了2007年3月，开发部门已经不以开发业务部系统的方式组织。职员现在以项目制系统的结构组成。目前，负责新的水晶故事 最终幻想、纷争 最终幻想和王国之心系列的团队被统称为第一制作部，然而第二和第三制作部并不存在。目前的第一制作部，是由2010年秋，史克威尔艾尼克斯东京和大坂开发工作室合并而成。2013年12月，史克威尔艾尼克斯旧有的开发人员重新调整为十二个「商业事业