达尔文在小猎犬号之旅中认识到世界很多不同物种，这些物种的特征与习性，是《目的论的证明》无法解释的。例如有一种胡蜂麻痺毛虫并在其体内产卵，卵变成寄生虫并杀死宿主的行为，认为这抵触了《目的论的证明》中「自然界是神善意的彰显」的教义。虽然如此，达尔文仍然会引述圣经作为道德权威，却批判一些旧约中的历史陈述。在达尔文研究物种演化时，物种行为的无情性引伸出的社会意义，经常被非国教论者及无神论者视作攻击英国国教会的理论的手段。达尔文更认为宗教信仰其实是生物族群的生存策略，虽然此时他仍然相信神是最终的自然法则制定者。在