学会祕书长叶毓兰便质疑，如果要究责，应该从当时的总统李登辉开始，先逐级追究当时下命令的人，而非现场执行任务的员警。此事一直带有争议，连带引发促进转型正义委员会（促转会）争议事件，2018年9月，有媒体掌握录音档，指出促转会副主委张天钦在内部会议中自诩为「东厂」，点名侯友宜是转型正义最恶劣的例子，并说「这个如果没有操作，很可惜！」，严重的不适当言论造成舆论譁然，并引发促转会是否沦为斗争工具的争论，最终导致副主委张天钦、主委黄煌雄为此丑闻相继请辞。