新教各州的冲突仍然存在，于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役（Battles of Villmergen），第一次天主教各州战胜，第二次则由新教各州战胜，伯恩及苏黎世两州的政治影响力则与其经济实力相符。
拿破崙时期.法国政府征服瑞士并起草统一的宪法，并将政府体制改为中央集权，原属瑞士邦联的米卢斯及瓦尔泰利纳则分别被划入法国及奇萨尔皮纳共和国。法国佔领期间，瑞士改名为赫尔维蒂共和国，但此外来势力所建立的共和国与瑞士各州高度独立的传统相违背。在此期间，瑞士仅是法国的附庸国。