，引起两国1960年代初期的对抗，主要发生两国的东部边界，印尼海军参与和支援了这些跨境的暴力冲突和军事渗透。
苏哈托时期.1965年9月30日，印尼爆发九三〇事件，苏加诺被亲西方的军事强人苏哈托推翻。苏哈托在印尼全国大量肃清印尼共产党和左翼人士，他还在全国掀起大规模排华浪潮，此后印尼与共产主义国家关系逐步恶化并转向西方。1975年12月7日，印尼展开入侵东帝汶的莲之行动（），海军在登陆作战、地面联合作战以及海上运输中扮演了重要角色。1980年代，印尼海军开始寻求舰艇装备的现代化