石刻陷于停顿。辽朝时，涿州刺史韩绍芳曾清点藏于石洞中的石经数量，计碑360块，但并没有盘查所有的洞口。金代天会十年（1132年）涿州知州张玄徴刻《佛印三味经》，天会十四年，燕京圆福寺僧见嵩续刻《大都王经》。元代无镌刻石经。至正元年（公元1341年），高丽僧慧月等自五台山来游石经山，见华严堂（雷音洞）石扉毁废，遂募化修理洞门。明太祖曾派姚广孝前往石经山视察。天启、崇祯年间，有吴兴真程建议葛一龙、冯铨、李腾芳、董其昌、黄汝亨、王思任、赵琦美等续刻石经，在雷音洞左面新开一小洞，称宝藏洞，并在北京石灯庵刻佛