斗历经1个多月；9月22日，松平容保率会津藩开城投降。会津藩战死3000人。战后会津藩被迁移到斗南藩（今青森县）。
箱馆战役.12月15日，原幕府海军奉行榎本武扬在北海道成立虾夷共和国政权，与明治政府军交战。之后旧幕府军战败，土方岁三战死。明治二年5月17日（阳历1869年6月26日），榎本决定五稜郭开城投降，并于5月18日转交给政府军陆军参谋黑田清隆，成立一百多天的虾夷共和国宣告结束。至此，幕末内战「戊辰战争」在德川幕府及其残余势力的失败、新政府军的胜利之下告终。