时，正信向秀忠进言，要求停止进攻上田城，但并未被採纳。
幕府时期.为了使家康就任将军，1601年本多正信积极与朝廷进行交涉。1603年家康就任将军并创立江户幕府，正信以家康侧近的身份成为了幕府实则主导权。1605年德川家康让位给秀忠成为大御所，正信成为了秀忠在江户的顾问主导了幕府政务，1607年成为秀忠的老中。1610年晋升为大老。1612年冈本大八事件，使本多正信势力减弱，令武断派势力增加，开始于大久保氏大久保忠邻等人对立。1613年大久保派中，已故的大久保长安的儿子被处死。