别撤至喀什噶尔和叶尔羌，清军分兵直取叶尔羌和喀什噶尔，“共计收获贼众一万二千余人，军器二千余件，驼骡牛羊万余”。大小和卓又逃往巴达克山。巴达克山国王素勒坦沙在清朝的反复军事威胁下将二人杀害，头颅运到北京后制成藏传佛教法器骷髅碗。波罗尼都之子萨木萨克逃居浩罕汗国，后来萨木萨克及其子张格尔又数度策划复国。