1610年（万历三十八年）5月11日利玛窦病逝于北京，享年58岁。赐葬于平则门外的二里沟滕公栅栏。逝世前指定龙华民接任教会中职务。
身后之事.依照明朝的惯例，客死中国的传教士必须迁回澳门神学院墓地安葬。1610年5月利玛窦病逝于北京后，其他传教士和利玛窦受洗的教徒都希望可以得到皇帝的恩准，让利玛窦安葬于北京，借此来认可教会和天主教在中国的合法存在。为此，耶稣会士庞迪我神父向万历皇帝上呈奏疏，希望能破例赐地埋葬利玛窦。庞迪我在奏章里称：虽然朝廷中有人反对，但该事在内阁大学士叶向高