建新站房、天桥、雨篷等设施，增加列车到发线，期间停止办理客运业务，原办客列车改为技术停车。2016年11月1日起，昌平北站恢复办理客运业务。改建后首趟办理客运的列车是11月1日凌晨4：44分到达的2622次列车。2017年12月31日，北京市郊铁路怀密线开通，在昌平北设站，标志本站开始办理市郊客运业务。
改造工程.昌平北站应京张城际铁路引入北京北站施工的需要于2016年进行了封闭改造。作为北京北站普速列车的过渡车站，昌平北站工程包括拆除原货5道及货仓，1站台西延；拆除原4道