仪晚年饱受糖尿病与心血管疾病之苦，故退休后长期接受治疗。2004年9月10日—10月3日，国父纪念馆为其举办了「笔力诗心：秦孝仪诗文书法文房展」，盛大展出83件书法、93件文玩等展品。2005年10月14日至18日，秦孝仪一行回到中国大陆家乡，在湖南省博物馆原馆长熊传薪等人的陪同下来到张家界进行为期5天的考察观光。秦先生一行先后观看了天子山、袁家界、黄石寨、金鞭溪、黄龙洞、宝峰湖和军声画院等景区景点。 2007年1月5日午后，秦孝仪因心肌梗塞复发休克昏迷，下午5时送达振兴医院急诊室时已无生命迹象，经