传与精神动员，灌输大日本臣民思想。第二阶段是1941年到1945年的皇民奉公运动时期，主旨在彻底落实日本皇民思想，强调挺身实践，驱使台湾人为日本帝国尽忠。而此皇民化的最顶峰表现则出现在1942年－1943年，4000名志愿原住民所组成，远赴海外作战的高砂义勇队。
后续影响.该理蕃政策虽说于1945年的战后，因日本战败失去台湾统治权而真正宣告结束。不过，在影响上却仍继续存在。因为理蕃政策中后期的语言同化，让日治时期出生的台湾原住民普遍会说日语，另外也在其母语上多渗有日语，可见影响之大