兄受到封赠虽然很久，竟然不予改葬。延昌三年(514年)，才诏令还葬，高肇自己不亲临前往，只是派遣哥哥高琨的儿子高勐改换服装到代都，迁葬于家乡。当时的人认为高肇没有见识，哂笑他而不加责备。大举征讨蜀时，任命高肇为大将军、都督诸军，诸军由高肇指挥。高肇和都督甄琛等二十多人，都一起在东堂向宣武帝辞行，亲自陈说经营谋略。这一天，高肇乘坐的骏马，停在神兽门外，无缘无故地受惊卧倒，翻滚到水渠中，马鞍散了架，众人都感到奇怪。高肇出宫后，对此亦感厌恶。
逝世.延昌四年(515年)，宣武帝驾崩，大赦