后，1952年5月回到西藏。1954年，陪达赖赴北京，并赴中国内地参观，1954年12月当选全国政协委员。中共方面怀疑他在返回拉萨的途中挑起了康区的“叛乱”。1956年，任西藏自治区筹备委员会委员。同年，借故未参加全国政协会议。1959年3月10日，在藏区骚乱中，索康·旺钦格勒流亡印度，并被撤销西藏自治区筹备委员会委员职务。1960年至1972年，在美国西雅图华盛顿大学供职。此后赴台湾。1977年1月3日，索康·旺钦格勒在台湾逝世。