舍勒首次从柠檬汁中结晶分离出来。柠檬酸的工业制造则开始于1890年的意大利柠檬汁工厂。1893年，韦默尔发现青霉菌可以以糖类为原料制造柠檬酸。然而，直到第一次世界大战阻碍了意大利的柠檬出口之前，在工业上利用微生物制造柠檬酸都没有被提起过。1917年，美国食物化学家詹姆斯·柯里发现某些类型的黑曲霉可以高效地制造柠檬酸。两年后，辉瑞利用这一技术开始进行柠檬酸的制造。这一制造技术仍是目前最主要的制造方法。在这个技术中，黑曲霉被放入含有蔗糖或葡萄糖的培养基中进行培养，以生产柠檬酸。糖类的来源包括玉米浆、糖蜜