立场及在侨界影响力为新加坡政府所不容和嫉妒，更被李光耀视为眼中钉。1963年9月16日马来西亚成立、新加坡脱离英国殖民统治，9月21日李光耀带领人民行动党赢得大选，第二天22日新政府就宣布吊销南洋大学理事会主席陈六使的公民权。他一手创办的南洋大学因不符李光耀政府英文至上、排斥华文教育的政策，以及南大在当时受到中国文化大革命的左倾影响，亦不断受到官方的打压，终于在1980年被强行并入新加坡国立大学。这海外唯一一所华文大学就此不复存在，退出历史舞台。近年，世界范围的13个南洋大学校友会联合唿吁新加坡政府为陈