馆却位于团派半包围之中，因此成为主战场。由于形势紧张，5月30日起，陆续有大批学生、教职工开始搬离。7月，团派蒯大富召开会议决定武力封锁科学馆。7月4日、7月5日，科学馆守卫学生朱育生、杨志军被射杀。科学馆被严密封锁，失去给养，楼内414派学生只能用馒头、盐水充饥。虽然7月3日中共中央、国务院、中央军委、中央文革小组公布了《“七·三”布告》要求停止武斗，但清华两派毫不理会。7月9日上午，团派用燃烧弹点燃科学馆屋顶，烧毁科学馆三层，414派退守一层、二层。414派开始挖地道突围，但团派动用地震仪监测，