刘士元，四川彭县人，明朝政治人物。
生平.正德六年（1511年）中式辛未科进士。授监察御史，巡按京畿等地。正德十三年（1518年），明武宗在古北口行猎，讲招朵颜衞花当、把儿孙等设宴，刘士元上疏劝阻。武宗抵达河西务，指挥黄勋假意供奉而行扰民，刘士元负责按察。黄勋恐惧，于是逃到皇帝行在处，通过太监等关系向武宗诋毁刘士元，称其听闻皇帝驾到，而命民间尽嫁其女，藏匿妇人。武宗听后大怒，命其裸背捆绑面讯。当时在野外没有廷杖，所以取生柳束痛笞四十下，几乎死去，放置于槛车驰入京，并一同逮捕知县曹俊