陈水扁主张台湾独立和一边一国，使福建和台湾的经贸合作受到一定影响。至2008年底，台商在闽投资项目数 9718项、合同台资 203.11 亿美元、实际到资 141.38 亿美元。2008年全年，“小三通”旅客运量为97.4 万人次。2015年，福建省交通运输厅表示，将推出台营运车辆进出平潭的相关管理方案，以加快两岸便利互通。中华民国陆委会则回应表示，「台车入闽，平潭先行」是大陆片面作为，不予评论。台联立法院党团总召赖振昌称大陆冀达「书同文，车同轨」，统战目的明显。
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