·巴基耶夫任命为工业、贸易和旅游部部长。2006年4月，他批评时任总统巴基耶夫徇私舞弊、阻挠政治改革并主动辞去职务。此后，他与同年请辞的吉议长捷克巴耶夫共同组建了「支持改革」反对派联盟。2007年3月29日，经时任总统巴基耶夫提名，阿坦巴耶夫接替阿齐姆·伊萨别科夫，出任吉尔吉斯斯坦政府总理，亦成为中亚国家第一位反对党总理。2007年5月11日，阿坦巴耶夫遭下毒，于土耳其一家医院接受治疗。2007年10月24日，阿坦巴耶夫内阁宣佈总辞，一个月后亦辞去总理职务，获总统巴基耶夫接纳。2008年12月，阿坦巴耶