946年，“三区革命”领导人与南京国民政府和解，签订了《和平条款》。根据该协定，取消了“东突厥斯坦共和国”之名，成立了伊犁、塔城、阿山专区。同年6月，对新疆省政府进行了改组，成立了由“三区革命”代表、七区代表、国民政府中央代表共同组成的新疆省联合政府，张治中任主席，阿合买提江·哈斯木任副主席，阿巴索夫任政府副秘书长。阿合买提江·哈斯木和阿巴索夫同意抛弃原临时政府的东突独立主张，原临时政府主席艾力汗·吐烈被送回苏联。1946年12月，阿巴索夫作为新疆代表，到南京参加了制宪国民大会。在南京期间，1946年1