列车服务前往法兰克福及纽伦堡。向南的列车大多会终到于巴塞尔，也有部分会继续前往苏黎世及因特拉肯，它们在弗赖堡火车总站通常会停靠于3道。往返于汉堡－库尔之间的欧城列车也同样会在弗赖堡停靠。自2013年8月26日起，这里还开行有一对经由米卢斯、贝尔福、贝桑松以及第戎往返于巴黎里昂车站的法国高速列车（）服务。多个城市夜线的服务班次也经停弗赖堡总站。其中包括分别前往阿姆斯特丹和汉堡的合编列车以及前往哥本哈根的直通列车。另有1对列车经由曼海姆和法兰克福通往魏玛，并在魏玛解编后分别经由莱比锡通往布拉格以及经由哈