新美鞭菌门真菌缺乏线粒体。它们通过氢化酶体把NADH氧化为NAD+，释放H作为产物。
降解多糖的能力.新美鞭菌门真菌在其宿主对纤维的消化中扮演了重要角色。它们在主要摄入高含量纤维食物的动物的消化道中大量存在。由这些厌氧真菌制造的多糖降解酶可以水解许多不易降解的植物聚合物，因此可以将非木质化的植物细胞壁全部降解。这些多糖降解酶形成多蛋白质复合体，类似于细菌的纤维小体。
命名.新美鞭菌门的学名基于新美鞭菌属（"Neocallimastix"）的学名，后者由古希