1963年5月31日，萨尔瓦多首任驻中华民国大使呈递国书，由驻日本大使兼任。1976年10月，在首都台北设立萨尔瓦多共和国驻中华民国大使馆。1977年9月16日，萨尔瓦多首位驻中华民国专任大使呈递国书。1992年3月，中华民国立法院与萨尔瓦多立法议会缔结为友好国会；1993年10月，台北与圣萨尔瓦多缔结为姊妹市。1996年3月，萨尔瓦多外交部与立法议会对中华人民共和国在台湾海崃军事演习，威胁中华民国即将于3月23日举行的首次总统直接选举一事，发表声明强烈谴责。萨尔瓦多并联合哥斯大黎加、瓜地