与桑地诺民族解放阵线政见不和而退出政府。利用家族报纸《新闻报》（"La Prensa"）进行反对派活动，尽管奥莱塔·查莫罗不隶属任何党派，但她却逐渐成为反对派领袖。1990年，尼加拉瓜进行大选，全国反对派联盟推举奥莱塔·查莫罗为总统候选人，最终击败丹尼尔·奥尔特加，成为拉美第一位在大选中击败男性候选人而当选的女性政治家。1990年4月25日宣誓就职。任期内一定程度上恢复了尼加拉瓜的和平局面，也恢复了与中华民国的邦交关系，并试图振兴因内战而被破坏的经济秩序。