教堂被废置、改建，土家族的基督宗教信众大为减少，不少转入地下，变异而发展成邪教。改革开放后，不少教堂在国内外教会的资助下重新开张（如重庆市酉阳土家族苗族自治县龙潭镇福音堂得到基督教宣道会资金支持得以维修重建）并拓展分会、传教点，现在基督宗教（包括新教和天主教）为传统宗教之外的土家族第一大宗教。
佛教、道教.土家族地区历史上也有过佛教徒，古寺庙。但近代以来受到各种冲击，如今几乎已无僧尼，仅有少量在家信徒。道教亦在土家族的历史上有过传播，东部土家族地区尚有几所道观，现在只有微量信徒。