了由小曼宁所带领的纽约巨人队；2012赛季，原本先发四分卫受伤后，由替补上场，他靠者灵活的脚步移动和速度飞快的自行冲刺，令人大为惊艳，成功地带领49人进入季后赛，并且在后来史密斯康复后，也持续先发，加上联盟最为顶级的防守他们再次杀入国联决赛，并且击败亚特兰大猎鹰，杀入超级盃，但以31-34败于巴尔的摩乌鸦，也使得49人队中止了超级碗5连胜的傲人纪录；2013赛季，49人队依然拿下12胜的佳绩，但同组的西雅图海鹰在该季更拿下13胜，取得分组第1，也使得49人队只得以第5种子一路从外卡出发，并再度杀到了国联决赛