政区上斜里村而命名为上斜里，该村是在1943年时自小清水村（今日的小清水町）与斜里町各分出一部份地区合组而成，因此在1955年（昭和30年）日本启用被称为町制的新地方行政制度时，根据当初分村前的原地名「小清水」与「斜里」各取一字，而将新的行政区命名为「清里町」，而车站也在隔年跟进，改名为清里町车站。
车站结构.对向式月台2面2线的地面车站，2号月台设有跨线桥联络。曾经设有副本线与货物月台。知床斜里站管理的无人站。其后，车站废除简易委託及完全无人化，成为无人车站。