1948年1月，台湾省气象局改制为台湾省气象所，并且隶属在台湾省交通处之下，新港测候所再次改名为「台湾省气象所新港测候所」。1965年9月1日，台湾省气象所再度改制为台湾省气象局，旗下气象观测机构则名称不变。1971年7月1日，台湾省气象局恢复原在中国大陆的建制为交通部中央气象局，而虽然隶属单位的名称经过多次更迭，但新港测候所方面仅单位全名的直隶单位方面有进行更换，站名依旧保持不变。直到1976年11月10日，中央气象局依据其「附属测站组织通则」，将新港测候所改名为新港气象测站，全名为「中央气象局新港气