没有受过任何专业训练的理论物理学家决定拯救人类于混乱之中，他的英雄举动感动了一些倖存下来的科学家，结果他们一同成为军方最主要的消灭目标。在经过了一系列冒险、杀死无数外星人和士兵之后，弗里曼最终从实验室经过时空传送到了外星人的故乡Xen，他决定先消灭外星人的头领Nihilanth。从最后的遭遇战中恢复知觉后，弗里曼发现自己面对是谜一般的人物——G-Man，这个神秘的科学家自始至终都在观察高登·弗里曼的一举一动，或者说他一直在操纵高登·弗里曼的命运。 G-Man使用他的能力让弗里曼在地球和Xen之间传送了数