将海因里希亲王代表其长兄威廉二世皇帝为舰只命名。它于1900年2月13日入役成为舰队旗舰，并担当此职位直至1906年。德皇威廉二世号是帝国海军专门为舰队旗舰而建造的首艘战列舰。在1900年6月完成后，它被分配至第一分舰队的第二支队，取代了旧铁甲护卫舰巴伐利亚号在支队中的位置以及战列舰腓特烈·威廉选帝侯号在练习舰队（）中的旗舰地位。1900年7月上旬，腓特烈·威廉选帝侯号连同被分配至第一分舰队第一支队的其余勃兰登堡级战列舰，受命前往东亚海域协助镇压义和团运动。因此，德皇威廉二世号及第二支队的其余舰只于7月