留校任教，1988年英国伦敦大学帝国理工学院地质系博士后，1992年受聘为南京大学地球科学系教授，先后担任地球科学系系主任、南京大学副校长、党委常委、常务副校长，2006年5月任南京大学党委常委、校长，2009年和2012年分别被英国南安普敦大学和英国约克大学授予名誉博士学位，2013年当选为中国科学院院士，2017年4月任南京大学党委副书记、校长。第十一、十二届全国人大代表。2017年3月1日，陈骏因任职到期，经由江苏省和教育部共同商讨免职。
社会兼职.陈骏曾任国务院学位委员