2010年，汪筱林、亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）等人将这些化石叙述、命名。模式种是强壮建昌颌翼龙（"J. robustus"），属名意为「建昌县的下颌」，种名在拉丁文意为「强壮的」。建昌颌翼龙的自衍征包含：下颌前缘有个突出、颧骨前方有大型突出、上颌下颌的前方有3对倾斜的长牙齿。建昌颌翼龙、掘颌龙有数个相同特征：下颌前缘有个突出、下颌的颞颥孔（Temporal fenestrae）呈梨状、上颌牙齿间的距离宽，每个齿间大约是3个牙齿宽。 建昌颌翼龙被归类于喙嘴翼龙科的掘颌龙亚科