母校授予「荣誉博士」衔。1928年，升任职燕京大学宗教学院院长，直至1952年大学结束，共26年。1941年7月，赵紫宸在香港被圣公会何明华会督按立为圣公会会长（牧师），他正式由监理会转入中华圣公会，华北教区主教聘他为华北教区任会长。同年12月8日，珍珠港事件发生数小时后，日本宪兵队包围燕京大学，赵紫宸等11位教授被捕，赵氏被日军囚禁至1942年6月18日始获释。抗战胜利后，他恢复燕京大学宗教学院院长的职务，兼任中国文学教授。1947年，赵紫宸获美国普林斯顿大学颁授荣誉神学博士学位。1949年9月，赵氏