次世界大战里埃默里队，43号基地医院重新组成并参加北非战场和在欧洲服务。为表彰埃默里大学在战争里做出的贡献一条在第二次世界大战和朝鲜战争里服役的战舰被授名为埃默里胜利号。在1940年代里埃默里大学的学生、毕业生和教师在第二次世界大战里在太平洋战场和欧洲战场上服役。鲍比·琼斯参加诺曼底战役。埃默里大学医学院外科教授阿尔弗雷德·温斯坦在1942年和1945年间是大日本帝国的战俘。他的自传《铁丝网外科医生》极其生动地描述了盟军战俘在日本的生活和战争罪犯渡边睦裕的恶行。1940年在康德勒神学院毕业的谷本清依靠他