科发给部里，没有径直下达给部里的，他援引先例执意上奏。皇帝不高兴。大学士申时行曾经因管事指挥罗秀而嘱托王遴将他补作锦衣佥书，王遴阻止不许。申时行便拟旨责备王遴擅自扣留皇帝的批示，对皇上缺乏尊敬。御史争相弹劾王遴，王遴请求退休而离去，由张佳胤代任。给事中张养蒙称：“罗秀本是太监滕祥的奴仆，靠贿赂进入禁卫中。往年他图谋佥书，尚书王遴主持公正，被他们中伤而离去。不久，罗秀马上被越级录用，众议沸腾。”因此罢黜了罗秀，张佳胤也被罢免。王遴虽然退位，声望更高，他年事很高，一再受到朝廷慰问。万历三十六年(1606)，