高昌国职官制度，传世文献记载非常少，仅二十四史中的《高昌传》略有记述。王廷内，置中郎，传宣王令。置令尹—人，「比中夏相国」（《周书·高昌传》），可能兼理高昌郡事，相当于丞们兼京兆尹。令尹之下，分为吏、祠、库、仓、主客、礼、民、兵八部。（孟宪实、宣红《试谯麴氏高昌中央诸曹职掌》认为是吏、库、仓、主客、民、兵、祀、屯田、都官9部，当时称「曹」。）每部置长史一人为正官，司马一人为副官。八部下，置侍郎、校书郎、主簿、从事等官吏，「阶位相次，分掌诸事」；此外还置「省事」，专门负责「导引」。地方行政方面，高昌国和中