.校徽的核心部分是一把火炬。火炬实际上是由南方科大的英语字头组成的，就是两个S，一个S是South（南方），一个S是Science（科学），火炬的U就是University（大学），有一个T就是Technology（技术），象征南方科技大学的使命：为高等教育改革探索出一条新路。校徽背景为渐变的天青色，映衬火炬的照亮效果；此处的天青背景取自汝窑瓷釉，是中国传统审美文化崇尚的色彩。南科大的校名题写有两个版本。最初的版本为着名物理学家、诺贝尔奖获得者李政道教授所题写。但现今广泛使用的并不是由李政道题写的版本