最初由Bomis为Nupedia提供内容而运营，到2002年底是一家营利性企业，属Bomis子公司。由于维基百科增加成本提升知名度，Bomis的收益出现下降，而互联网泡沫更是加重了损失。由于维基百科挖空了Bomis的资源，威尔士和哲学研究生拉里·桑格出于慈善决定资助计划。桑格于2002年被Bomis解雇，Nupedia内容于2003年并入维基百科，并在同年停更。非营利机构维基媒体基金会于2003年由Bomis的三位创办人威尔士、戴维斯和谢尔组成的董事会创办，最初总部设在Bomis所在的佛罗里达州圣彼德斯