派出大批士兵进入索马里境内，并出动空军助战，支持索马里过渡政府反击联合伊斯兰法庭，后者节节败退，在12月28日放弃摩加迪沙，在2007年1月初基本上已失去全部佔领区，然而外界相信联合伊斯兰法庭没有完全被瓦解，只是化整为零。该组织被指与恐怖份子有关，美国海军曾利用巡航导弹袭击他们的据点。
分裂.失去占领区后，ICU发生分裂，强硬派继续坚持武装斗争，成立了诸如伊斯兰青年党（Al-Shabaab）和伊斯兰党（Hizbul Islam）等组织，在索马里南部和西部继续作战，逐渐恢复战力，