最初主要运用于往返柏林、布拉格和维也纳之间的线路班次。事实上，首台在2010年交付的机车由于缺乏任何国家的适航证（仅有捷克境内的运转试验认证）而遭到捷克铁路的拒绝接收。至2013年4月，该台机车获得了认证，同时制造商期望它将很快获得国家运营的认证（尤其是捷克、奥地利及波兰）。
斯洛伐克铁路381型.斯柯达109E的首个出口订单来自于斯洛伐克铁路，后者初步已订购了2台该款机车。这些都是在斯柯达公司的比尔森工厂生产。它们获准以160公里/小时的最高速度运行，这也是当前的最大速度，并配备