义和团运动的主要支持者，所以丁韪良倡议放逐慈禧，并提议将海南作为对美国的赔偿，故此他在义和团运动后渐渐地不再受清廷的信任。1901年9月20日，因时局已稳，校长丁韪良奏请当时的庆亲王奕劻恢复京师大学堂。然1902年，京师大学堂复课之后不久，新任管学大臣张百熙以经费紧张为由，集体辞退了丁韪良等西教习。北大历史学者郭卫东认为“经费紧张”只是借口。
去世.1916年12月17日，丁韪良在北京去世，葬于西直门外的一块墓地。
身后评价.丁韪良被指控在八国联军占领北京