后，黑旗军与越南军队随即攻取了兴化、临洮一带，从根本上扭转了战争形势，致使法国总理茹费理内阁倒台。《中法新约》签订后，清廷承认法国对越南的保护权，并命令黑旗军撤离越南。刘永福率黑旗军，随唐景崧撤回清朝境内。但跟随刘永福撤离的只有两千人，其余一千人由梁三奇率领，据守北圻的左朱，响应咸宜帝的勤王运动，与（督极）、提侨（Đề Kiều）、阮善述、谢现等文绅起义军互相声援，继续抗击法国的殖民统治。留在越南的黑旗军与泰族首领刁文持结为同盟，曾协助刁文持击败暹罗，攻破琅勃拉邦王国。直到1888年，文绅起义军被黄高启