长吕安德，成为第一位澎湖出身的地方首长。1995年，成立澎湖国家风景区，范围为澎湖群岛。1996年3月，跨海大桥拓宽双线完工通车。2009年澎湖县博弈公民投票中，多数反对澎湖发展博弈产业，澎湖将朝能源低碳岛方向前进。2009年12月，台江国家公园成立。2014年6月，澎湖南方四岛国家公园公告实施。