任教授至1984年。施启扬在回国后即开始参与中国国民党的党务工作，并在1976年步入政坛。先后担任过教育部常务、政务次长以及法务部常务次长，1984年出任法务部部长，1988年任行政院副院长，期间经历俞国华、李焕及郝柏村等人出任行政院院长。1993年连战出任行政院院长后，转任国家安全会议秘书长，隔年司法院院长林洋港辞职，施启扬出任递补院长的位置。1999年将院长一职交棒给翁岳生后，卸下官职退休。
参与319真调会.在2004年中华民国总统大选投票日前一天3月19日，发生了319枪