949年吴清源恢复中华民国国籍。1968年，吴清源参加本因坊战被日本棋院以无籍为理由而拒绝，他才得知实情，最后双方和解。1979年，吴清源因为家人生活工作关系重入日本籍。
宗教信仰.1935年吴清源开始笃信新兴宗教「世界红卍字会」。1944年吴清源皈依玺宇教，同年底声明自棋界引退。1945东京大空袭家宅全毁后随教主流转各地，1946年重返棋界，1948年脱离。
弟子.吴清源正式的弟子共三人，其中林海峰和芮迺伟皆为着名棋手，还有一位是一个日本业余