学部委员。1989年，被选为九三学社中央副主席，1992年当选主席，1990年在第七届全国人民代表大会第三次会议上被补选为全国人大常委会委员，1993年至2003年任全国人大常委会副委员长。2000年2月28日，吴阶平医学基金会在北京成立，为中华人民共和国卫生部直属的行业基金会。2011年3月2日21时18分在北京逝世。
家庭.其兄吴瑞萍、弟吴蔚然亦是着名医学家。