巡检司、四坊、二十六里、二庄、四十六社、一镇（凤山县安平镇）以及澎湖三十六屿（隶属台湾县）。而到了康熙中期、晚期，各县之下坊里庄社数量增加，并增设了「保」，共计有二十八里、十二保、二十四庄、一百零七社。康熙六十年（1721年）朱一贵事件后，蓝鼎元与陈梦林建议在台湾中北部增置县邑。同年（1721年）「福建分巡台湾厦门兵备道」去掉兵备二字，改称「福建分巡台湾厦门道」。而后到了雍正元年（1723年），巡视台湾御史吴达礼上奏，请求在诸罗县的半线（今彰化市一带）分设知县、典史各一员，并在淡水增设捕盗同知