方约42公里，航程约2小时。岛东西长约300公尺，南北长约400公尺。面积约0.12平方公里，海拔最高的地方只有64公尺。由于棉花屿和彭佳屿地理位置相近，形状也相似，所以有不少渔民都误将棉花屿当作彭佳屿。
历史现况.棉花屿最早于清朝便有人居住，1886年自加拿大差派来台的传教士马偕于记录到许多鸟类于此岛活动；日治时期也有定期船往返棉花屿与基隆之间；国民政府迁台之后划入军事管制区而无人居住。1996年，基隆市政府向行政院农委会提出「棉花屿、花瓶屿野生动物保护区」的规划，以保护岛上