抨击日本的侵略和朝鲜封建政府的软弱、卖国。1906年2月，《皇城新闻》复刊后，他转任《皇城新闻》总编。1906年3月，朴殷植与张志渊等人创建大韩自强会，在《大韩自强会月报》发表思想启蒙文章。同年10月，他创建西友学会，任其机关报《西友》总编，并加入梁起铎、安昌浩等组织的，负责新民会教育、出版事务。1908年，西友会与汉北学会合并成，朴殷植任其机关刊物《西北学会月报》主编。期间，朴殷植撰写了大量爱国主义思想启蒙文章，并发表了通过阳明学改造儒教的《儒教求新论》。1908年，他创办西北学会所属的西北协城学校，