因是该院医师分为军职及文职，此两种身分的缺额是固定的。但需注意的是，并非军职医师就一定是国防医学院出身，部分非国防医学院出身之军职医师是来自于民间召募医学系毕业之志愿役军官，而军阶停年届满的军职医师也可能转换为文职医师继续聘用。该院院长一般而言为拥有少将军衔之主治医师担任，不再具有国防医学院副院长职衔，而是由该院执行官担任国防医学院副院长职衔。相较于医师，该院药师、护士、护理师、医检师、放射师、治疗师等虽然亦列为广义之国军人员，但多数为文职身分。值得一提的是，该院早期之勤务员亦多有军职身分（大部分为士官）