在挖掘地基时就有文物的发现。民国90年底到91年初(西元2001年-2002年)，云林县政府在北港镇东侧的崩溪缺修建新的河堤，并挖掘北港溪东岸的沙丘进行填充，在河水退去后就有文物出现在河川地上，引发民众捡拾。民国91年11月(西元2009年)行政院文化建设委员会委託国立自然科学博物馆进行「云林县及嘉义县北港溪古笨港遗址抢救考古调查及评估计画」，并于隔年1、2月进行试掘与抢救达143平方公尺，出土文物多为清代，包含有砖瓦、陶瓷碎片、日常用品，铜钱、发簪、首饰、指环等。民国95年12月22日(西元2006年)正