士三世起初受制于巴戈阿斯，但他试图摆脱巴戈阿斯控制。巴戈阿斯知道大流士不会为他所从，决定要在宴会中毒死这位国王，然而大流士早有警觉，逼迫巴戈阿斯自己喝下毒药身亡。大流士三世掌控大权后，很快就发现他面对的是一个即将分崩离析的帝国，心怀不满和忠诚有问题的多位总督控制帝国广大的区域，帝国治下的许多异民族也心存异心，寻找机会叛变，如自称埃及法老的卡巴巴希（Khababash）在大流士继位前就已发动叛乱。尽管大流士刚上任一年就平定埃及的叛乱，但传统史家多认为大流士三世如同历任亡国之君一样，缺乏统治帝国的经验和有为的抱