置上下车站台，而场站设置于车站东侧。北广场公交场站于2009年9月开通，而此前北京南站接驳公交车几乎完全由南广场场站承担。车站东边还设有永定门长途汽车站。
地铁车站.北京南站地铁站建设时引入了周边的两条地铁线路，分别是南北向的4号线和东西向的14号线。4号线于2009年9月28日开通，使得北京南站成为内地首个与地铁“零距离”换乘的火车站；而14号线经过北京南站的区段于2015年12月26日开通。两线全部建成之后预计地铁将分流北京南站50%的客流。地铁站厅位于地下1层综合换乘大厅中