被诛，其一系门户衰落，故特别亲待王琨，并多度推荐他。王琨于是历任尚书仪曹郎，州治中，左军谘议参军、领録事参军、宣城太守，司徒从事中郎、义兴太守等职。后又调为北中郎长史、黄门郎、宁朔将军、东阳郡太守。宋孝武帝即位后，王琨曾担任廷尉卿，后转任竟陵王骠骑长史、临淮太守。又转任尚书吏部郎。孝建三年八月丁未（456年10月9日），王琨出任持节、都督广交二州军事、建威将军、平南将军、平越中郎将、广州刺史。后来又回建唐担任廷尉，加给事中，再转任宁朔将军长史、历阳内史。孝武帝因认为王琨忠实，故此让王琨改任自己宠爱的新安