由于目前的公路总局与大陆时期的公路总局成立背景不同，造成目前台湾公路交通业务分割。公路总局虽号称全国公路管理机关，但中华民国国道（高速公路）之新建与养护，却是由交通部高速公路局所负责。公路总局反而仅能新建、养护省道；但直辖市、省辖市境内之省道，却因属于市区道路，由当地政府管辖。而县道法定虽由各县政府兴建养护，但由于各地无力负责，因此大都交由公路总局代为养护。在行政院功能业务与组织调整工作计画中，交通部公路总局拟更名为「交通及建设部公路局」，未来国道与省道仍为二元管理，分由交通及建设部下设之「高速公路局」