官时，彭元瑞是十位副总裁之一。干隆称其与蒋士铨为“江右两名士”。干隆五十五年十二月，武英殿校录缺出，彭元瑞替女婿饶文震咨送，引起诸生不满；干隆五十六年（1789年），彭元瑞之侄彭良馵为子贿买吏员执照，事发，良馵以家有老母求饶，彭元瑞替其容隐。先后被御史初彭龄、张鹏展参奏，遭革职，日后客居怀庆。嘉庆八年卒，赠太子太保，谥文勤。