二州，即天兴州与万年州；增设澎湖安抚司、北路安抚司以及南路安抚司安抚台湾原住民族，形成「一府二州三司」平行的体系。在承天府管辖地带又设有「四坊」，东安坊、西定坊、宁南坊及镇北坊。日本的德川幕府是明郑台湾的重要贸易伙伴，台湾大量进口日本的银、铜等金属与盔甲，以武装军队，双方贸易交流于1665至1672年达到高峰，郑经并允许日本商人居于鸡笼。日人以「东宁国王」称唿郑经。郑氏王国亦与有密切政经往来的英国东印度公司签订通商条约，约中则尊称郑经为「台湾国王（The of Tyawan）」、东宁人民为其「臣民（）」