。庙址原在台南市亭仔脚街附近，人称「亭仔脚王爷庙」，台湾日治时期曾在此发生了惊动大日本帝国的西来庵事件。
简史.
起源.台南西来庵的香火起源有多种说法，姑列于下。
台南分灵说.一是日治时期之初，日军驻在台南白龙庵附近，但每次扶乩或迎神赛会，让士兵们觉得吵闹异常，经过交涉后，庙方在亭仔脚街建立新庙，在此举办宗教活动，自比为达摩祖师开宗立派，故以「祖师西来」之意，改称西来庵，而信众改到新庙宇扶乩、求签。也有说法表示清代时，台南白龙庵多为福州