于民间，则以因莲池祩宏、蕅益智旭大师的倡导，以三教合一、禅净双修为主流。虽然说禅净双修，但实是以净土宗称名阿弥陀佛，求往生西方净土为主，已经不是原有禅宗宗风了。至于明朝中叶净土宗兴起，此时佛教的特色为禅净合一，与儒、释、道三教合一，使得当时的僧人唯以唸佛坐禅为务，禅宗逐渐失去创新的生命力，为禅宗的衰落期，始于晚明至清朝结束为止。明末临济宗，密云圆悟禅师，在浙江天童寺传授临济禅法。其弟子汉月法藏，作《五宗原》介绍禅宗五家，以圆相为万佛之祖，临济为正宗，但受到圆悟法师反对，作《辟妄七书》、《辟妄三录》以反驳