清干隆年间，该寺已成为府城七寺八庙之一。而在咸丰八年（1858年）时，府城众店与信徒集资献钟，此钟一度差点在日治时期因战争而要被镕掉改做武器，后来所幸在被镕解之前战争便结束，并由一名古物商买下重新归赠给弥陀寺。日治时期大正九年（1920年），因当时新丰郡役所厅舍尚未建成，所以暂时将弥陀寺作为新丰郡的办公场所，一时失去作为佛寺的功用。直到大正十四年（1925年）10月厅舍落成，弥陀寺才恢复原本用途。而由于寺况不佳，次年（1926年）黄欣等人遂倡议修建，而在昭和三年（1928年）竣工后立有「弥陀寺重修碑记」