中华民国总统选举，中国国民党败选，李登辉被逐出党，黄辉珍在党内随之失势，邓志鸿这句顺口熘改为：「我是党的流浪狗，躺在党的大门口，谁要咬我就咬我，多大口就多大口！」败选后，黄辉珍并未向中国国民党办理党员重登记，黄辉珍与李登辉的关系仍十分密切；2002年游钖堃内阁组阁过程中，当时中华民国总统陈水扁在亲李登辉人士建议下起用黄辉珍。 2003年5月，SARS事件袭击全台之际，高雄市长庚医院也传出疑似SARS病情，南台湾风声鹤唳，民众大为恐慌。据《自由时报》报导，5月19日，当时的行政院长游钖堃指定政务委员黄辉珍