月31日，马来亚正式独立。马共发动的斗争也因此失去了推翻殖民统治这个理由。1958年，安顺沼泽地带的游击队向政府投降，人民解放军从此失去抵抗能力。人民解放军残部撤向马泰边境。1960年，政府宣布紧急状态结束。陈平离开泰国南部后，到北京接受庇护，在中共中央对外联络部居住。
查禁图书.这段时期，政府也大量查抄学校，书店，住家，图书的流通与阅读受到监视，特别是华文书籍，提控犯禁者，形成后来的语文政治，影响深远。
伤亡.冲突期间，安全部队杀死了6,710名人民解放军