菲利普之妻夏洛特（）主持扩建阿讷西城堡，在堡内新增了内穆尔房间（），同时创建了会，并对阿讷西城内的多处建筑进行了翻新和美化。在宗教方面，1530年初，日内瓦使得当地的天主教权力重心转移至阿讷西，阿讷西逐渐成为日内瓦天主教的主要教区。1602年，圣方济各·沙雷氏被晋升为日内瓦教区天主教主教，其在位期间主持在阿讷西修建了多处宗教建筑，阿讷西由此被称为“阿尔卑斯地区的罗马”（），与当时属于新教的大本营日内瓦分庭抗礼。
近代.大同盟战争后，阿讷西所在的萨伏依先后被法兰西和西班牙军队占领