而，在类Unix系统（大量使用文本文件，用于档案格式，用于行程间通讯）中，这种做法则不被建议採用。因为它会妨碍到如解译器脚本开头的Shebang等的一些重要的码的正确处理。它亦会影响到无法识别它的程式语言。如gcc会报告源码档开头有无法识别的字符。而在PHP中，如果没有启用输出缓冲（output buffering），它会使得页面内容开始被送往浏览器（即：用户标头档已被送出），这使PHP脚本无法指定用户标头档（HTTP Header）。位元组顺序记号在UTF-8中被表示为序列codice_14，对大部分未准