别被苏联红军和德意志国防军动员，从而加入他们的军队。其他人则避开这些动员，他们分别加入、、英国皇家空军以及美国陆军，抗击纳粹德国海军在大西洋的进攻。
二战结束.1944年2月~9月，德国北方集团军麾下的纳尔瓦分队成功挡住苏军在爱沙尼亚的行动。但之后苏军瓦解驻爱沙尼亚德军以及爱沙尼亚独立军的反抗，1944年9月，苏联重新佔领爱沙尼亚。战后，尽管大西洋宪章规定苏联与爱沙尼亚之间不应有领土的变动，但爱沙尼亚仍被改名为爱沙尼亚苏维埃社会主义共和国，并重新被併入苏联，直到1991年。Sect