生4小时之后，日本负责单位即向警察厅、消防厅和海上保安厅要求派遣援助人员，9月21日中午已在东京羽田机场待命，并于当天下午和晚上抵达。。时任首相小渊惠三并代表日本人民对灾民表达慰问。穿着橘色制服的日本救难队抵台后，带着穿着鞋的警犬与高科技装备，在南投县中寮乡等地逐屋搜寻生还者。在地震发生当晚，由日本警察及消防为主力的日本国际紧急援助队小组约70人先行抵达台北，立即赶往台北市东星大楼和新庄市博士的家两处灾变现场；9月22日又赶来第二批35名救难队员。日本搜救队也在第一时间加入东势镇「东势王朝」社区大楼的救灾行