到沈阳经东北剿匪总司令卫立煌批准，受命先占领营口掩护后方。10月31日刘玉章指挥所部逐次登上海轮撤往葫芦岛，刘搭乘最后一艘军舰离去，当时解放军炮弹已经落弹于港内，数百位刘部警卫团战士不及撤退遭俘，刘于舰上痛哭不已。1949年夏，52军参加了上海战役，于月浦之战和解放军进行激战。刘玉章后来撤退到舟山。1950年撤至台湾。刘玉章抵台后，1953年任中部防守区司令官，1954年在黄埔官校同期同学胡琏之后，出任金防部司令官，经历九三砲战，依砲战战训，领导金门挖山洞、掘战壕、凿地道，积极建筑防御工事；并开辟太武山