江户时代后成为松江藩的领地，部分区域后来又成为松江藩的支藩广濑藩的领地，另外野有部分地区属于出云大社和日御碕神社之寺舍领地。19世纪末明治维新后于1871年实施废藩置县，原属松江藩和广濑藩的区域被改设为松江县和广濑县，但仅半年后的府县整併即被整併为岛根县。1889年日本实施町村制，现在的出云市辖区在当时分属：庄原村、出东村、出西村、直江村、伊波野村、久木村、洼田村、山口村、乙立村、田仪村、田岐村、久村、江南村、西滨村、神西村、知井宫村、布智村、古志村、高松村、园村、荒茅村、荒木村、杵筑村、杵筑町、