后为逃避追捕，南逃至广东东莞一带。明世宗时期，松江人俞斌自称为方孝孺后人，并纂写《归宗录》，一时士大夫均纷纷相信，之后才被方氏后人察觉。明神宗时期，有诏书褒奖记录建文年间忠臣、并在南京建造表忠祠，祠中所列人物中，徐辉祖为首，其次即为方孝孺。弘光帝时期，赠孝孺为太师，谥文正。妻郑，谥贞愍。闽南人则尊之为王爷神，称方孝孺、铁铉、景清为三府千岁。毛泽东轻视方孝孺，据陈伯达回忆，他有次向毛泽东推荐方孝孺写的《深虑论》，毛泽东说：「他自己的命运怎么样？他自己的命运都虑不到，要谈甚么深虑？」Se