参加在克罗地亚以及波黑境内的战争，受到了西方国家的指责。战争于1995年各方签署代顿协议后停止。1998年，塞尔维亚南部的科索沃地区爆发民族冲突，从而引发了北约国家和南斯拉夫联盟之间的科索沃战争（1999年3月-6月）。战争结束后，科索沃转由北约和俄罗斯的维和部队所管辖。2000年，米洛舍维奇政权倒塌，温和派领导人科什图尼察上台。南斯拉夫联盟随即重新加入联合国。米洛舍维奇于2001年被引渡到位于荷兰海牙的联合国前南斯拉夫问题国际刑事法庭接受审理，2006年去世。2002年2月，塞黑两国决定废除“