为理由举兵，拥立崇德上皇讨伐后白河天皇。7月8日，赖长纠集属下武士、源为义、平忠正等人据白河北殿（崇德上皇的住所）开军事会议，源为朝建议夜袭高松殿，但被赖长拒绝，决定等待兴福寺僧兵的支援。后白河天皇则在11日黎明袭击白河北殿，崇德上皇方面宣告失败。赖长由家司抱持着骑马逃出御所，途中为放箭射伤了头部。赖长受了重伤，抱着最后的希望逃亡，向已退隐的父亲藤原忠实求救，遭到拒绝，失意而死。赖长死后，其长子、次子、三子、四子范长皆遭流放。除了师长之外皆死于配流之所。保元之乱之后，藤原赖长被封为朝敌。1164年，