治元年（1644年），以国子监隶属礼部，十五年（1658年）取消隶属礼部；康熙二年（1663年），仍隶属礼部，十年（1671年）再取消隶属礼部。雍正二年（1724年），于祭酒之上另外特简一员国子监管理监事大臣。四年（1726年），议准如翰林院侍读学士、侍讲学士、詹事府少詹事、春坊庶子、国子监祭酒等官缺出，将现任翰林院侍读、侍讲、春坊谕德、洗马、司业论俸升补一员，进士举人出身之给事中、监察御史、郎中论俸升补一员。干隆十一年（1746年）定满汉祭酒为进士专缺，出缺时由监管理监事大臣开列进士出身官员题请补授。