身亡，造成两个派系的内斗，也打乱了五代目组长原定的人事佈局；日本警方也依此若头暗杀事件暗中推动「新顶上作战」取缔行动。2005年7月的直系组长定期会议，五代目组长渡边因属下涉及误杀案件被迫宣佈引退。
六代目.2005年8月，司忍（本名篠田建市）继承六代目组长，却也因涉案于同年底收监服刑6年，山口组的营运暂时由「执行部」代理、并新设「干部」职。此时，山口组仍积极涉入关东的势力版图、吸收在东京活动的国粹会以对抗关东的两大势力住吉会及稻川会。2007年2月，住吉会直系小林会干部遭山口