幅改组内阁，行政院秘书长由叶国兴出任。文建会主委则由陈其南接任。陈水扁也将任期过半的县市长提拔，例如内政部长余政宪以319枪击事件下台负责，由屏东县长苏嘉全接任。外交部长简又新则以「为美国在台协会主席夏馨因贺电事件下台负责」为由请辞，由民进党台南县立委陈唐山接任。时任客委会主委的叶菊兰升任为行政院副院长，立委罗文嘉则任客委会主委。陈其迈则接任行政院发言人。林佳龙则出任新闻局长。另外，四大天王之一的苏贞昌被升为总统府秘书长。而高雄市长谢长廷任期未过半，但他的子弟兵卓荣泰则升任总统府副秘书长。在选后，绿军士