午战争中全军覆没。之后于光绪三十三年（1907年）有恢复之议，遂设「海军处」，暂时隶属于陆军部，置正使、副使各一人，内分机要、船政、运筹三司，隔年（1908年）内部改为海政、船政、筹备、储蓄、医务、法务六司，不久又设主计处。宣统元年（1909年），命载洵、萨镇冰为筹办海军大臣，设参赞厅，内分秘书、庶务两司，置一、二、三等参谋官，并暂设一、二、三、四共四司，之后又增设医务司，各司置有司长。宣统二年（1910年）制定〈海军部暂行官制〉，将第一司改为「军制司」，将第二司改为「军政司」，将第三司改为「军学司