他允许天主教徒占据牛津大学的两个最大的学院的重要职务，这也使得许多新教徒反对他。他还任命了四个天主教的主教为政府官员。
光荣革命.1688年4月詹姆斯重申废除对天主教徒和异教徒的迫害，并下令新教牧师必须在教堂里宣读这个法令。当坎特伯雷的大主教和其他六个主教上诉，希望国王对宗教政策三思时，他们被控告且遭逮捕，但后来被判无罪。1688年6月10日詹姆斯的儿子出生，这就加大了建立一个旧教王朝的危险了（有人称实际上詹姆斯的儿子是死胎，但别人换了一个活胎，不过这个说法没有任何根据），因此一些