被使用在关节炎、慢性静脉曲张（venous insufficiency）、轻微瘀斑、痛风、痔疮、经痛、自体免疫疾病（autoimmune disease）与溃疡性大肠炎（ulcerative colitis）等疾病症状的治疗上。研究显示凤梨酶在降低血小板的过度集结并降低血液中血栓上面也是有效果的，特别是动脉的血液。凤梨酶可能对于治疗人类免疫缺陷病毒疾病有所效果。量产的凤梨酶混合物可以使用在第三级灼伤的治疗上，更高层级的烧伤治疗则正在审核中。凤梨酶的副作用包括恶心、呕吐、腹泻、经血过多（men