主义的出现，及菲律宾称沙巴为其领土。联合国向该地区派出委员会调查及批准合并，导致成立日被迫推迟。尽管印尼总统苏卡诺进一步抗议，马来西亚最终在1963年9月16日成立。印尼之后宣布与马来西亚“对抗”，派遣指挥官在东马（沙巴和砂拉越）进行游击战。此对抗直到苏哈多发动军事政变推翻了苏卡诺而结束。而菲律宾之后与马来西亚建立外交关系，同时承认马来西亚主权。随着马来西亚国名的变更，巫统的政治联盟伙伴也即时更名至马来西亚华人公会和马来西亚印度人国民大会。东马的一些政党特别是砂拉越也加入了“联盟”以参与选举。Sec