南方读书、就学，有名声。祖仁长得其貌不扬，身高矮小，且一眼全盲。至正元年（1341年）以春秋中河南乡贡。至正二年（1342年）登壬午科一甲第一名进士（状元），授翰林院修撰、同知制诰，改为侍讲学士、出京担任甘肃行省参政。历官国子监祭酒、枢密副使、翰林学士、中书参知政事等职。晚年担任太常礼仪院使 。至正二十八年（1368年）明军攻陷大都，祖仁刚踏出健德门，旋即遭乱军杀害，享年五十五岁。