93年获重新重用，被派往地中海一带服役。纳尔逊在土伦附近一带参与过几场小型战事，有份协助英方攻下科西嘉岛，但期间失去右眼。后来在1797年的圣文生战役中，他率兵先后登上两艘敌方战舰展开恶斗，因而声名大噪。圣文生战役后不久，纳尔逊在加那利群岛的圣克鲁斯-德特内里费进行另一次军事行动时，失去右臂，被迫返回英国休养。他在翌年1798年复出，带领英军在尼罗河战役重挫法国海军，此后继续留守地中海，协助那不勒斯对抗法国入侵，但后于1800年被召回国。在1801年，纳尔逊再获起用，前往波罗的海，在哥本哈根战役中击败丹