执掌军事，御史台负责督察，与宋朝制度大致相同，然而在地方设有行中书省、行枢密院与行御史台。此外又有掌管学校的集贤院、掌管御膳的宣徽院、掌管驿传的通政院，其他还有太常礼仪院、太史院、太医院与将作院，略前代的九寺诸监。最后新成立的是宣政院（初名总制院），负责佛教及吐蕃（今西藏）地区军政事务，这是前代所没有的。元朝在推行汉人的典章制度与维护蒙古旧法之间，时常发生冲突，并且分裂成守旧派与崇汉派。早在元太祖成吉思汗攻佔汉地后，有赖耶律楚材与木华黎推行汉法以维护其典章制度。当时近臣别迭建议将汉人驱赶并把中原变成大牧