亚的特有种与澳大利亚较为相近。印度尼西亚的特有种数量仅次于澳大利亚，栖息于印度尼西亚的1,531种鸟类及515种哺乳类特有种中分别佔36％及39％。印度尼西亚海岸线长约54,716公里，存在海洋及海岸多种生态系，如沙滩、沙丘、河口湾、红树林、珊瑚礁、海草、泥滩及潮间带等生态系。印度尼西亚东部位于珊瑚三角（Coral Triangle）的范围内，该区域约有1,650种珊瑚鱼。英国自然学家阿尔弗雷德·华莱士提出分隔亚洲及澳洲物种间的隐形界线，即华莱士线，该界线大致沿着巽他陆棚边缘，于加里曼丹及苏拉威西间，于