改建为站前广场。新站场将设有在来线及新干线月台各4个，均为岛式月台。长崎车站为JR九州的直营车站，设有绿色窗口、自动售票机、自动检票口，JR九州发行的智慧卡SUGOCA也在本站可以使用，但由于SUGOCA在长崎县内使用的区域仅有长崎本线的长崎车站至谏早车站路段及大村线谏早车站至竹松车站路段，因此若是乘车目的地超出此路段外的乘客就不能使用SUGOCA。
JR货物.长崎车站的西侧（现今的长崎站新站场）曾属于JR货物，主要作为货柜的转运站，但自1999年起JR货物已不再有固定的货物列