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保护区种类.各类保护区是依照不同法源所设立的：
国家公园与国家自然公园.目前中华民国设有9座国家公园及一座国家自然公园。包含垦丁、玉山、阳明山、太鲁阁、雪霸、金门、台江等国家公园，以及东沙环礁与澎湖南方四岛两座海洋国家公园，以及寿山国家自然公园。
自然保护区.自然保护区依据《森林法》第十七条之一：「为维护森林生态环境，保存生物多样性，森林区域内，得设置自然保护区，并依其资源特性，管制人员及交通工具入出；其设置与废止条件、管理