济大学带入二十一世纪时，1999年8月，她突然罹患急性坏死性胰腺炎，并发心肺肝肾等脏器功能严重障碍；期间心脏曾8次骤停，几度病危；经过了五个月的抢救与治疗，才终于挽救了她的生命。2003年6月，吴启迪离开了工作十七年的同济大学；再次回到北京，出任教育部副部长、党组成员，并主管高等学校的教育工作。2008年3月，吴启迪当选为全国人大常委；4月，因年龄原因被免去教育部副部长职务。现任全国人大常委会委员、教科文卫专委会委员，同济大学教授，博导。兼任上海系统仿真学会理事长，中国自动化学会常务理事、上海市信息