序为南中郎将、梁州刺史、监沔中军事，镇襄阳（今湖北襄阳市），并于太元二年（377年）三月正式拜官上任。同年桓豁去世，桓沖接手荆州，并亲近朱序，打算与其一同守衞国土，对抗强盛的前秦。
襄阳被擒.然而，前秦于太元三年（378年）就派苻丕、苟苌、慕容暐等进攻襄阳，及后石越、苟池、毛当等人都与苻丕会合共攻襄阳。当时朱序以前秦军没有战船，不以为备，但石越却率五千骑兵浮渡汉水，令得朱序退保中城，更让石越夺取外城百多艘船只。当时苻丕并未急于攻城，慕容垂亦到襄阳会合，朱序遂坚守襄阳。但至年末，