王前往灵山避难，8月再次回到京都。12月同镇守府将军北畠显家一起攻打镰仓，1338年（延元3年/历元元年）正月西上美浓国，并在青野原之战中击破足利军，借道伊势、伊贺方面回到后醍醐天皇的吉野行宫。9月，义良亲王、宗良亲王以及北畠亲房、北畠显信父子一行，从伊势国大凑出发，试图前往奥州；不料途中遭遇暴风，一行人离散，义良亲王漂泊到了伊势国。翌年3月回到吉野成为皇太子；同年8月15日接受父亲后醍醐天皇的让位践祚，是为后村上天皇。1348年（正平3年/贞和4年），室町幕府的执事高师直袭击吉野，后村上天皇前往纪伊花