3年的镇座10年祭和1943年镇座的20年祭时，昭和天皇向神社下赐了御菓子。1945年，神社在东京大轰炸中焚毁，1962年时重建，由大江新太郎之子设计。同年，神社劝请了。1963年1月22日，神社从萩市的劝请了正松神社。1964年9月24日，位于北海道函馆市的乃木神社以「东京乃木神社函馆分社」的名义，成为神社的分社。1968年，乃木会馆建成。1983年，神社的社务所、宝物殿、仪式殿和武道场建成。另外，典子女王的丈夫在1996年至2001年期间曾经在此出任神职。由于神社距离六本木（朝日电视台所在地）与赤坂