水性物质进入週质空间中。部分孔道蛋白生成的扩散通路可允许大小小于排阻极限的溶质通过，而另一些则在孔道内有特异性的结合位点，只能允许一种溶质通过。孔道蛋白是细菌外膜上的一种主要蛋白质，噬菌体和常常会通过它们与细菌结合。细菌孔道蛋白常常会结合成。而它们的β链则是这些蛋白质的跨膜核心。有证据表明一些孔道蛋白与净化有关。这些蛋白质有：