选择前赴中国大陆，走到仍然由中华民国统治的四川重庆与不少港大师生会合。在那里，他得到原港大医学院院长兼妇产科学系主任和讲座教授王国栋协助，得以在迁到当地、并由他担任妇产科访问教授的国立上海医学院修读医学。一年后，蓝新福决定投身中华民国空军，期间曾于印度和美国接受训练，到第二次世界大战于1945年结束时才以空军中尉军阶退役。战后，蓝新福返回陆续复课的香港大学恢复学业，在战时曾经修读医学的他选择继续学医，并跟随港大医学院教授麦花臣（A. J. S. McFadzean）和史托克（F. E. Stock）等人