（1562年）水患，迁砀山县治于小神集（今砀山县城关镇东南陈寨北门外小神集）。四十四年，复旧治（今毛李庄）。万历二十六年（1598年）在旧城西1公里之秦家堂筑新县城（今城关镇）。万历二十八年竣工，为夯土砖堞城垣。清朝雍正八年（1730年）升徐州为徐州府，砀山县属徐州府。中华民国元年属江苏省徐海道；后属江苏省铜山行政督察区；民国二十四年属江苏省行政督察第九区所辖。1949年元月，属中原行政区商丘专署。1949年10月，属皖北人民行政公署宿县专区。1950年2月，砀山县民主政府改称砀山县人民政府