这时候，他遇见了年轻的伊莎贝拉一世公主。两人对宗教和意识形态的看法迅速达成了共识，并因此建立了友好关系。很多年来，托尔克马达都作为聆听她忏悔的忏悔者和导师。在1474年，他作为最亲密的战友和支持者出席了伊莎贝拉女王的加冕礼。在1469年，他甚至建议她与阿拉贡国王斐迪南二世结婚，如此即可巩固他们的王国并联合形成一个政教合一的基地使他得以发挥。托尔克马达也是1492年阿兰布拉诏书的主要拥护者，随后引发了西班牙的大规模排犹。
大审查.托尔克马达认为西班牙犹太人对西班牙的宗教影响和经济统治