盛世才随即派人将其家眷关押入迪化监狱。他7岁的儿子吐尔逊在狱中病死，妻子古里尼被盛世才的手下霸占。在苏联支持下，伊斯哈克伯克召集了逃到苏联的200余人，编成两个大队，开展政治及军事训练，为反攻做准备。1943年，他秘密潜返南疆，在蒲犁县（今塔什库尔干塔吉克自治县）一带组织民众开展反对盛世才的武装斗争。1944年6月，他在蒲犁县组织武装起义。1944年8月，苏联侨民帕提赫·莫斯里莫夫组织巩哈游击队，发动“巩哈暴动”。1944年9月，伊斯哈克伯克在苏联境内筹建“蒲犁解放组织”和蒲犁游击队。命努尔阿吉等人率蒲