06年起，国立新竹教育大学连续多年获得奖励大学教学卓越计画补助，其中分别在2006年取得7,100万元、及2007年取得4,970万元，成为此计画中首所获得此补助的教育大学。
两校合併.2006年10月18日，国立清华大学校长陈文村在新竹市政府专题演说中，宣布清大和竹教大合併案送交教育部。2009年5月期间，竹教大和清大分别召开1场公听会，会议宣布将在同年10月交由各校校务会议讨论，并决定是否合併。不过在同年11月4日，清大评估合併案无法在校务会议中通过，因而决议暂缓执行，等待之后