明郑海军主力，明郑随后便即投降。施琅将胜利归因于妈祖庇佑，并奏请康熙皇帝敕封其为「护国庇民妙灵昭应仁慈天后」。清廷在1684年（康熙23年）准奏，并且派礼部雅虎专程来澎湖致祭，将妈祖封为天后，并改「天妃宫」为「天后宫」。1885年（光绪11年），法军孤拔率舰入侵澎湖，澎湖之役爆发，战后天后宫庙身倾圯，翌年重启修建。1895年（光绪21年），乙未战争澎湖之役爆发，日军进攻澎湖，因战事波及，天后宫再度损毁。
日治时期.台厦郊诸绅见天后宫残破，终于于1919年（大正八年）间决议鸠资修