西藏自治区党委统战部管理。 该院设有党委，2013年时的党委书记为于跃华（中共西藏自治区党委统战部副部长兼任）。此次恢复成立后，西藏佛学院首批招收显宗部理论提高班、密宗部提高班、活佛班共计三个班150名学员，学制分别为2年、3年、2至4年；学员分别来自藏传佛教各教派；按照2比2比6的比例，开设法制、文化、佛学课程。 到2013年，西藏佛学院初步建立了以扎什伦布寺嘎钦（扎什伦布寺特设的一种佛学学位）洛桑平措为根本上师、色拉寺经师扎西坚参为导师、包含藏传佛教各教派知名经师的经师队伍。2013年7月15日，西