掠食者，还有一些是寄生生活(例如丝绒病（Oodinium），有害费氏藻（Pfiesteria））。双鞭毛门目前已知大约有1,555个物种是海洋自由生活。另外一个估计是总共有2000个物种，其中1700个是海洋物种，其它220是淡水生活。甲藻是主要赤潮种，其中120多种能形成赤潮，60多种为有毒种类。双鞭毛虫已经有了一些综述。
历史.1753年，双鞭毛虫首次被Henry Baker描述为「使海水变为红色的微动物」，1773年由Otto Friedrich Müller命