其他较次要的港口有基度龙角（Tanjung Kidurong）、亚庇（Kota Kinabalu）、古晋（Kuching）、巴西古当（Pasir Gudang）、关丹（Kuantan）、槟城（Penang）、美里（Miri）、山打根（Sandakan）、斗湖（Tawau）等。
航空.马来西亚的主要机场是吉隆坡国际机场，次要的机场有梳邦机场、亚庇国际机场、古晋国际机场、浮罗交怡国际机场、槟城国际机场和士乃国际机场；另外在内陆地区也有供小型飞机起落的简易机场，全国加起来共有过百座机场。