53年4月19日，燕京宗教学院、北京神学院和联合女子圣道学院联合为燕京协和神学院。1953年夏，北京圣洁教会神学院、东北神学院、华内浸会神学院参加联合。1953年至1956年间，汉口信义会神学院、湖南圣经学院、北京神召会真理学院、华中协和神学院、北京香山灵修学院参加联合，形成了11所神学院校联合组成燕京协和神学院的局面。1961年， 中国基督教第二届全国会议决定，燕京协和神学院与南京金陵协和神学院合并， 燕京协和神学院的一部分迁往南京，另一部分留在北京组成金陵协和神学院北京研究室。 “文革”时期一度停办