福建巡抚谭纶和监军汪道昆密切配合，到1567年，已将福建沿海倭寇肃清。
镇守北方.明朝开始重视北方边防，戚继光被召到北京，负责到京城北部训练军队。离开闽浙前，他把自己出色的旧部皆委以军事重任。1567年戚继光到达北京后，获任命为禁军神机营副将，这是他父亲曾担任过的职位。他自觉无用武之地，请求负责蓟州、辽东、昌平和保定地区的防务。谭纶比戚继光先入京，担任蓟辽总督，极力推荐戚继光。1568年5月，戚继光受命总理蓟州、昌平和保定三地防务，次年又兼任蓟州总兵。1570年，谭纶由蓟辽总督转任