来此寺居住、修行，后因主张顽石也有灵性而被逐出南京，并在苏州虎丘“道生说法、顽石点头”。1942年2月23日，日本人高森隆介在大报恩寺遗址附近修建神社时挖出了玄奘的头骨，日军本想偷运回本国，但消息走漏，迫于舆论压力，只好将其分成数份，其中交给汪精卫伪国民政府的一份有一半被其派褚民谊葬在了九华山顶，并且修塔纪念，所用青砖都是汪伪政府文武职员每人捐助一块集成的。塔式仿西安大雁塔。现为九华山公园，2005年后对旧寺也进行了翻修，更名为玄奘寺。该九华山（小九华山）亦是金陵四十八景之一，景观名称为“九华丹青”。