任湖南公立工业专门学校（今湖南大学）教务主任兼数学教授。1926年1月，他担任湖南大学（此时学校已经改名）理科学长。1927年春季，杨卓新担任湖南大学教务主任。1930年8月，杨卓新担任湖南大学校长，1931年3月卸任。1963年6月10日，杨卓新因胃癌在湖南省长沙市病逝，临终遗言：“为学不厌，诲人不倦，日知所无，月习所能；睥睨环宇，熙攘人生，征考通家，张扬大道；彷徨坛席，俯仰名山，日月千秋，江湖万古；非关人杰，或是地灵，逝者如斯，忧乎尚己。”。