此后，帝国皇冠就几乎一直在波希米亚国王（主要出身卢森堡家族）和奥地利大公（哈布斯堡家族）手中流转，直到哈布斯堡家族出身的波希米亚与匈牙利国王斐迪南一世，从兄长皇帝兼奥地利大公卡尔五世手中接过帝国皇冠和奥地利大公国。兼任了奥地利大公和波希米亚国王的奥地利哈布斯堡家族及其分支哈布斯堡-洛林家族，则一直垄断皇位直至帝国覆亡。然而这个时期即便是皇帝已经拥有（仅相对于单一诸侯的）强大实力和广大的世袭领地，面对一旦皇帝试图褫夺特权就合纵抗皇的诸侯联盟，神圣罗马帝国的集权化道路依旧是举步维艰：鲁道夫一世将奥地利纳入家