竹科学园区需水迫切。因此为了有效利用头前溪水资源，于是兴建隆恩堰，1998年6月时由台湾省水利处就新竹水利会的隆恩取水口延伸改建而成，于1998年7月底完工。1998年的瑞伯台风、2001年的纳莉台风都造成隆恩堰高滩地护床工流失、深槽护岸毁损；后来台湾高铁桥墩在本堰上游落墩，造成本堰附近水理情况更为复杂。2004年8月艾利台风侵袭，带来超过深槽护岸设计标准的洪流量，造成隆恩堰部分设施损毁，堰体及护床工被破坏，2006年2月完成修复。随后配合铁路桥、公路桥在隆恩堰下游落墩，所施设保护之副堰于2010年