发生癸丑狱事和废仁穆大妃的事件。金尚宪竭力反对光海君废黜仁穆大妃，被罢官还乡。仁祖反正后任大司谏，迁礼曹判书。此后西人党分裂为以金尚宪为首的清西派和金自点为首的勋西派。在丁卯胡乱和丙子胡乱之中力主抗清，与以吏曹判书崔鸣吉为首的主和派对立。1637年朝鲜仁祖决定向清朝投降之时（即丁丑下城），崔鸣吉奉命写降表，金尚宪扯裂之并痛哭失声。战后辞官隐居。但在1640年被告发与明朝勾结，被清朝逮捕，押往盛京（今沈阳）囚禁。1649年，被孝宗任命为左议政。翌年致仕。死后谥文正，追赠领议政，配享宗庙孝宗大王之位。