（1225年）元服改名为赖经，迎娶比自己年长十五岁、第二代将军源赖家之女竹御所为妻。因父亲九条道家及外祖父西园寺公经的实权威胁到在关东的幕府。在西园寺公经死去后、北条氏对九条道家更为反感，深感九条道家会对幕政介入。在与执权北条经时关系险恶的情况下，在宽元2年（1244年）、突然被逼让位及其子藤原赖嗣，但仍逗留在鎌仓。其后名越光时等以藤原赖经为反北条氏势力的中心，被北条氏察觉到后在建长3年（1251年）送还到京都。藤原（九条）赖经及藤原（九条）赖嗣二代被称为摄家将军。
官职位阶