为了西辽的附庸。13世纪初，因败于蒙古成吉思汗而投奔西辽的乃蛮王子屈出律篡夺了西辽汗位，并于1211年进占喀什噶尔，东喀喇汗国遂亡。翌年，西喀喇汗国为花剌子模王朝的君主阿拉乌丁·摩诃末所灭。
与邻国的关系.喀喇汗国的东部，劲敌是于阗国与高昌回鹘。在喀喇汗国与于阗间曾进行了长期的征服战争，于阗王李从德于970年前不久，曾率军进占喀什噶尔地区的数座城池，取得大胜。战利品中除妇孺金帛外，还有大象，并向北宋贡献。此事被记录在《宋史》中。1004年后不久，于阗为喀喇汗国所灭。1009年（宋真