设于顶层，设有空调。长洲渡轮码头接受八达通缴付船费，但只有豪华位会发出收据。码头候船区设有饮料自动贩卖机。码头的小食店开设于渡轮收款闸前，有炒面、肠粉、咖哩鱼旦等。现行香港法例规定，在码头范围内及船上禁止吸烟。现时的渡轮上，小卖部是自助式，从前的火腿蛋香肠公仔面现已没有了。如今，只有汽水和小食自动贩卖机，并只接受八达通付款。
重建码头.2020年10月，位于新兴海傍街的长洲渡轮码头在假日的使用量已接近饱和，码头结构呈现老化情况，土木工程拓展署提出重建长洲渡轮码头，以应付日益