因为2004年的一篇研究，发现肠道中没有菌种的小鼠，其HPA轴对压力的反应比一般肠道中有菌种的小鼠要夸张许多。因此目前在实验室或是人体临床的研究，主要针对肠道菌种在肠—脑轴线中的角色进行分析，以及分析肠道菌相刺激肠—脑轴线产生的神经传导物质，如血清素、多巴胺、乙醯胆硷、γ-氨基丁酸对大脑中枢神经系统的影响。或是研究人在不同精神状态下，大脑经由肠—脑轴线对肠道菌种的生长调节变化。因此可以了解到，菌-肠—脑轴线是双向的生理调控管道，和发育及身心健康息息相关。在过去近20年的研究中，科学家已清楚地注意到肠道菌相对