庆时，特以一公尺余的花岗石重新立六氏先生墓于芝山巖山顶的同归所附近。2000年，马英九市府陆续将「学务官僚遭难之碑」、「台湾亡教育者招魂碑」、「故教育者姓名碑」等等其相关历史等文物复原，竖立于雨农阅览室附近。2006年5月，报载台北市议员潘怀宗在台北市议会提出有关「学务官僚遭难之碑」的质询，建议与纪念同样事件的「抗日纪念碑」并列，或是两个碑都迁移至纪念馆陈列。