机长为麻生孝平（音译，日文原文为，汉字不详）。由于旧金山当地的浓雾等状况，麻生误将飞机降落在旧金山湾的浅水中，离跑道一端2.5英里。事故中无人受伤。
经过.日航002号班机事发当天载有96名乘客和11名机组人员，其中包括40名日本人。当天旧金山机场的能见度仅1.5公里，飞机于旧金山时间上午9时22分准备降落，但错误地降落在旧金山湾。乘客全数乘救生筏逃生，飞机沉入水下10英尺，但受损情况并不严重，事发后55小时即被拖出，并被拖船运至机场。<ref name="Flight Inter