在此之后让位给了后龟山天皇。其让位的背景是，前年（1382年）闰正月楠木正仪再次归降南朝，使得议和派势力抬头，最终迫使长庆天皇退位。有证据表明长庆天皇在让位后可能开设过院政，例如在高野山丹生社保存有长庆天皇的亲笔愿文，其署名为「太上天皇宽成」，时间是元中2年（1385年）9月。其现存最后的院宣是翌年阴历4月对越后守下达的，此后出家，法号金刚理（一作觉理）。1392年（元中9年 / 明德3年），阴历闰10月，南北朝统一，后龟山天皇退位并前往京都大觉寺，将三神器交给北朝的后小松天皇。没有证据表明长庆法皇