南北朝时曾置广邺郡、神农郡，又析临泽、三归、竹塘三县。隋初郡废，三县并入高邮县。宋代先后筑有二城，名旧城、新城。宋、元时期，因置高邮军、承州、高邮路、高邮府，领辖过高邮、兴化、宝应三县，为淮扬间繁华之地。明朝洪武元年（1368年）闰七月，高邮府降为高邮州，州治高邮县省入高邮州，属扬州府。自清朝干隆时起，高邮州遂为散州。古代高邮，史称“江左名区、广陵首邑”。民国初全国废府州厅改县，于民国元年（1912年）废州为县。在抗日战争和第二次国共内战期间，高邮县澄子河以南地区曾属江高行政区、江都县，高邮县湖西地