并在促成了西乡隆盛和桂小五郎的会面之后，再次作为使者前往长州藩缔结盟约。庆应4年（1868年），黑田清隆在鸟羽伏见之战中担当萨摩藩步枪第一队长。同年3月，与山县有朋一起担任北陆道镇抚总督高仓永祜的参谋。和山县有朋攻取新潟，又和西乡隆盛联手令米泽藩和庄内藩归顺。战争结束后曾退出军队返回鹿儿岛，但随即在翌年1月重新被委任军职，征讨当时盘据北海道，由榎本武扬率领的旧幕府海军（自称为虾夷共和国）。箱馆战争（又称五稜郭之战）在2月份开始之时被委为公卿清水谷公考中将的参谋，并在3月率军由东京出港。途中，在宫古湾