1年8月31日即31岁，基于长期伤患缘故，宣佈退出香港队。于2012年省港盃，吴伟超以队长身份代表香港上阵，协助香港击败广东队夺冠而回。在对中华台北的友谊赛，时任教练摩力克选了26人名单，比赛用了23个球员，吴伟超是其中一个没有上阵，当时摩力克对传媒说香港队要年轻化，而吴伟超的年纪又是队中最大（31岁）。同年9月18日，吴伟超宣佈退出香港代表队，表示已经代表香港参与国际赛事多年，两年前从中国大陆回到香港发展，乃是希望一心一意专心为球会效力。而且他都已经年纪不轻，希望将自己的足球经验分享予队中年轻球员。对于退