在幕末时由亲藩松平家出任。津和野藩则在大多数时期由龟井氏出任藩主。
近现代岛根.1868年，隐岐群岛爆发当地民众要求自治的。翌年2月，中央政府宣布成立隠岐县。但仅半年之后隠岐县就和滨田藩合併，成立大森县。1871年，大森县合併津和野藩并改名滨田县。在正式废藩置县之后，出云国分为松江、广濑、母里三县。三县体制只维持了四个月并合併为岛根县。新成立的岛根县的辖区还包括了自滨田县划入的隐岐。岛根县在成立一个月之后，隐岐被划入鸟取县。1876年，岛根、滨田、鸟取三县合併，这一时期被称为大岛根