夺艋舺的商业利益，与同安县人间发生顶下郊拚事件。泉州三邑人，欲攻打同安人，苦于沼泽，想由清水巖通过，要求烧毁清水巖，故威胁安溪人，并答应事后会负责重修工作，但事件后三邑人毁约，只捐献了一对龙柱，略表意思，安溪人于是由本庙董事白其祥向安溪移民，募款两万五千银圆重建清水巖，于1867年（清穆宗同治6年）整修，但是迟至1875年（清德宗光绪元年）才完工。清水巖原有三殿，格局完整，目前仅剩三川殿及正殿。日治初期的1896年（明治29年），清水巖被台湾总督府充做为总督府国语学校的附属学校。台北州立第二高级中学后来