1943年（昭和18年）9月编入第十三航空舰队。11月分割出第二南遣舰队，东印度尼西亚新设第四南遣舰队，用以防范联合军北上。但连合军直接于菲律宾上陆，于是只有第三南遣舰队队迎撃。1944年（昭和19年）3月编入南东方面舰队第九舰队、12月编入北东方面舰队第五舰队、但皆短期间解队。作为游兵的第一・第二南遣舰队与第十三航空舰队于1945年（昭和20年）2月移至新设的第十方面舰队、3月第四南遣舰队解队、菲律宾战同时编入的第一航空舰队亦于5月移管至联合舰队、最终归南西方面舰队指挥的只有第三南遣舰队。19