的奥迪托雷庄园地下室作为新的藏身之所，戴斯蒙再次使用基因记忆追溯机器「Animus 2.0」，再度进入其刺客祖先伊吉欧·奥迪托雷（Ezio Auditore de Firenze）的记忆。1499年12月文艺复兴时期，40岁的伊吉欧于放弃刺杀教宗亚历山大六世罗德里哥·波吉亚（Rodrigo Borgia）后回到蒙特里久尼。1500年1月，教宗之子切萨雷·波吉亚（Cesare Borgia）一天晚上领兵对城市发动攻击。切萨雷于城破之时夺回伊吉欧伯父马力欧·奥迪托雷（Mario Auditore）保管之古代