任天堂3DS可以运行3DS游戏、3DS下载软体、Virtual Console、DS游戏、DSi Ware等相关游戏。
Virtual Console.2010年9月29日任天堂在发表会上宣布将会在3DS上通过Virtual Console提供Game Boy、Game Boy Color游戏以及3D化“经典游戏”。在2011年游戏开发者大会上，任天堂宣布PC Engine和Game Gear游戏也将登陆Virtual Console。玩家可以直接使用现金结算系统，而不是仅通过