65年，中央研究院近代史研究所成立，他随后被聘任为该所所长；不久，因与费正清等人往来而政治风波。1968年，当选中央研究院院士。1969年，应夏威夷大学东西中心邀请前往讲学。1971年，离去中央研究院近代史研究所所长一职及该所；此后，长期滞留美国，并在艰困处境下努力研究撰述，完成《近代中国史纲》等大篇幅着作。1975年，因病逝世于纽约圣路加医院。
家人.知名华裔摇滚乐手 / 媒体人郭怡广 是郭廷以先生的孙子
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