马步云携家回西安，任国民政府军事委员会委员长西安行营设计委员。1939年，他当选陕西省临时参议会参议员。1941年6月，熊斌任陕西省政府主席，7月马步云任陕西省政府委员。1944年熊斌离任，马步云任教于西安北洋工学院。抗日战争胜利后，马步云到重庆，任河南省政府委员兼秘书长，并于1946年5月到河南开封就职。1948年6月中国人民解放军首次攻克开封时，应中国人民解放军邀请，马步云出面维持地方治安。此后他脱离中国国民党阵营，携家迁居南京。中华人民共和国成立后，他历任南京中山陵园管理委员会委员、江苏省文史研究