进行了全面的改造。中华人民共和国建国之初，仿效苏联对高等院校进行院系调整。1949年，北京大学农学院参与合并组建北京农学院（今中国农业大学）。1950年，北大医学院独立为北京医学院（后来改名北京医科大学，2000年与北京大学合并）。1950年，北京中法大学撤销，其文学院文史系、法国文学系师生全部并入北大，理学院数理系、化学系部分并入北大。1952年，北大工学院建制撤销，机、电、土、建四系并入清华大学，化工系合并到天津大学；北大教育学系并入北京师范大学；东方语言学系各少数民族语文专业并入中央民族学院，经济