改造的分工原则，公安部和司法部曾联合发出通知，将各地原来分别隶属司法、公安、农垦系统的监狱和劳改农场统一移交司法行政部门管理。但秦城监狱属例外。1998年公安部预审局（十三局）改为监所管理局（十三局）后，秦城监狱属监所管理局（十三局）管辖。现设监狱长和政治委员，皆为厅局级副职。
规划设计.1955年，由于功德林监狱老旧，犯人众多，不敷使用，公安部决定新建一所公安部的直属监狱。公安部部长罗瑞卿指示，建造新监狱的原则是，监狱不要建在北京城内，离北京要远些，可以建在北京郊区或更远些的地方