也曾于1992年为争取调高劳工基本工资而与当时的经济部长萧万长爆发激烈争论，且因此而名噪一时。赵守博也在《任凭风浪急》中特别感谢他在劳委会服务期间担任过他副主委的洪庆麟、蔡宪六、徐学陶和王三重等四位先生。1994年，时任行政院长的连战，任命赵守博为行政院秘书长（1994年-1997年）。从此，在国民党内没有派系色彩的赵守博，被贴上连系人马的标签。1996年12月，李登辉为进一步修宪而召开跨党派的“国家发展会议”，时任行政院秘书长的赵守博，于会中率先发言公开主张精简政府层级、冻结省级选举，即所谓的“冻省”