安帝初年举孝廉，为郎中。永初元年（107年），邓太后临朝，外戚专权。杜根上书认为安帝年已长，应该亲政。邓太后大怒，命武士将之装入布袋，在殿上击杀之。执法者感其义，不忍杀之，私语行刑人轻打，杜根得以求生，邓太后又命人检查尸体，然三日后，杜根眼睛生出蛆，因而蒙骗过去，之后他逃入宜城山中，在酒肆当一名酒保，前后隐居十五年。及至邓太后死，安帝亲政，邓氏一族覆灭，“乃得征诣公车”，拜侍御史。汉顺帝时，诏命为济阴太守，“去官还家，年七十八卒。”皮日休有《酒垆》诗：“倘得作杜根，佣保何足愧？”谭嗣同《狱中