与高雄港区扩建的过程中，红毛港逐渐被货柜码头及工厂等设施包围；长期的填海造陆，也使当地渔业所仰赖的海岸生态受到破坏。同时红毛港因为被划入工业区或港区计画之中而实施禁建，并计画迁村。但计画经过多年延宕与争议，并历经多次抗争活动与陈情，如2002年时的「炸船封港」事件。2006年5月，红毛港迁村作业中的拆除工程开始，同时也进行文物保留。2007年，红毛港迁村作业完成，土地点交高雄港务局，之后再转交阳明海运。红毛港原址村落完全被移除。原本的红毛港地区则主要成为2007年12月开始兴建的高雄港洲际货柜中心所在。