改属萨迦派，扎塘寺亦在此时改属萨迦教派，寺主是雅隆·扎西曲德。”蒙古准噶尔部入侵西藏时，扎塘寺遭受严重破坏。1930年代，第五世热振活佛担任西藏摄政时，扎塘寺进行了全面修缮。主殿二、三层全部拆除重修，主殿一层的个别柱子也进行了更换。1940年代，西藏噶厦派官员岗巴东波到扎囊一带调查寺庙的运作，整顿纪律，将有家有子的僧人赶出了寺院。1950年代西藏民主改革后，扎塘寺成为扎囊县人民政府的所在地。在“文化大革命”中，扎塘寺的附属建筑被全部拆除；主殿也仅存底层，并被长期用作扎囊县的粮食仓库。直到1984年夏