股东及员工失踪事件.2015年10月起，书店内合共4名股东及店长、母公司业务经理，相继在外地及中国大陆失踪，包括东主桂民海。第5名失踪的书店的经营者之一李波则于同年12月30日于香港境内失踪。2016年1月2日，时任政务司司长林郑月娥表示已展开调查。
网站被入侵.2016年1月3日，国际黑客组织匿名者（英语：Anonymous）香港平台「Anonymous HkG」于其Facebook专页表示，铜锣湾书店网站发生PHP执行错误。经分析相信已被人入侵修改过，