5年起，任第四届全国政协常务委员。阎宝航在“文革”中被诬陷为“东北帮叛党投敌反革命集团”，并于1967年11月7日被捕。之后惨死于秦城监狱，甚至于骨灰都未被保留，因江青在他的死亡报告批示：「阎宝航是现行反革命分子，不通知家属、不留骨灰、不留遗物」。后获得平反，1978年1月5日，中共中央在八宝山革命公墓为阎宝航举行骨灰安放仪式。1995年11月1日，俄罗斯驻华大使罗高寿在俄罗斯驻中国大使馆将总统叶利钦签署的“卫国战争胜利五十周年纪念章”授予阎宝航及其领导的情报小组。2007年，中国大陆拍摄了以他为主角的