区域为幕府直属的领地，不过也是委託加贺藩管理的。19世纪末明治维新后，原属幕府的领地改由高山县管理，1871年实施废藩置县后加贺藩的领地改隶属金泽县，不过同年的第一次府县整併后，此地区被划入新设立的七尾县，但也仅半年过后，又被併回由原金泽县更而成的石川县。1889年日本实施町村制，在现在的主要市区处设立了穴水村，1903年穴水村先是升格为穴水町，后又在1908年与位于西侧的及南侧的合併为第二代的穴水町；1954年穴水町再与东侧的和合併为第三代的穴水町，1955年位于东侧富山湾边的也併入穴水町。2