终在下午5时40分登陆宜兰县南澳乡，之后出现环流重整，原有中心改向南移并消亡，新中心在南投县建立。风眼登陆前全台各地天气恶劣，出现狂风豪雨以及巨浪，其中宜兰县苏澳南方澳豆腐岬一度掀起6、7米高的巨浪。9月29日凌晨1时，杜鹃自彰化县芳苑乡出海，进入台湾海崃，但各地风势仍然勐烈；直至杜鹃于早上登陆中国福建省，并急剧减弱，台湾各地风势终在午后渐趋缓和，气象局先在上午11时半将陆上警戒范围缩小至外岛地区，再于下午5时半，当杜鹃位于金门之西北约200公里时，解除所有台风警报。然而杜鹃的外围雨带仍持续影响台湾各地