可派任的情况下离开部队系统，进入国防中央部会任职。民国二十七年担任军风纪第五巡查团主任，民国二十八年转任军法执行总监部副总监。民国三十二年，转任新成立的兵役部担任兵役部政务次长，民国三十四年冬季调任军令部次长。在民国三十五年曾与王冷斋出差东京至远东国际军事法庭作证七七事件期间的交涉协调，证明土肥原贤二的作为战争策画者的犯罪事实。中华民国国防部在民国三十五年成立，负责相关政务的秦德纯转任国防部次长，在部长白崇禧因公外派时代行政务。1948年（民国37年）12月，行政院任命秦德纯为山东省政府主席，兼青岛