前的分类法将本科分到大戟科下，为一个亚科—叶下珠亚科（"Phyllanthoideae"），1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其中非洲核果木族分出单独成立一个非洲核果木科。 2003年经过修订的APG II 分类法将其单独列为一个科，放在金虎尾目中。