车站，配置有侧式与岛式月台共四座，七条乘车线。虽然车站本身位于东京都昭岛市内，但1～3号月台的实际位置却跨越了市界，位于隔邻的福生市境内，因此站北侧的出口也都是面对着福生市，只是依照车站地址是以站长室位置为准的惯例，界定为昭岛市境内的车站。站内设有绿窗口与指定席券贩卖机（）等设施，终年有站务员驻站。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）
货物车站.拜岛车站站区内也设有JR货物的货运车站，并且是的分歧、发车站。在拜岛车站有一条延伸至驻日美军横田空军基