在发展旅游业外，海洋公园亦积极推广教育和进行动物保育。海洋公园分别于1993年及1999年成立了「海洋公园鲸豚保护基金」及「香港熊猫保育协会」，并于2005年将两者合併成为「香港海洋公园保育基金」，透过广泛的研究及教育推广，积极宣扬、协助及参与亚洲区内野生动物及其栖息地的保育工作。基金自2005年起资助90项本地及海外的海洋哺乳动物研究工作，金额高达900万港元，是唯一就鲸豚向海外提供资助的本土保育团体。自2006年起，保育基金与渔农自然护理署合作，跟进本港水域内的鲸豚搁浅个案，是目前唯一参与鲸豚搁浅工作的