不打师出无名且有失大义的仗」为由拒绝之。3月，小栗一家移居至权田村东善寺，据村人纪录，小栗整修水路、准备开设私塾安然度过余生，并没看见训练农兵的景象。
蒙冤而死.庆应4年（1868年）闰4月，小栗被东山道军监丰永贯一郎、两人率高崎藩、安中藩及兵士逮捕，也不加审讯，两天后便以坐拥有大砲2门、铁砲20挺与训练农兵意图不轨、隐瞒德川家大批黄金的罪名在乌川水沼河原斩首，享年42岁。刑前，村人皆对军监愤而唾之，小栗家臣更是声嘶力竭地高喊无罪，直至小栗喝道「安静！」才停歇。