西土司安疆臣出兵助战。万历二十八年（1600年），杨应龙占领龙泉。驻扎重庆的李化龙领兵以八路大军、每路各三万人，分兵进击，其中三成为官兵、七成为土兵。明军动用先进的佛郎机砲参战，播州兵仅装备弓箭，被明军大败。协同作战的苗族兵也被明军策反。杨应龙退守海龙屯，遭到明军的围攻。六月，海龙屯被攻破，杨应龙携爱妾周氏、何氏二人自缢身亡，其家属、党羽都被明军抓获。万历二十八年十二月二十六日，杨应龙尸体被带至北京戮尸，其家属、党羽各被处以凌迟、斩首、充军等刑。