1月4日，教堂重建竣工，在原木墙外部包砌砖墙、形成砖木结构式教堂；海参崴和堪察加教区大主教（）与圣尼古拉教堂的神父佩卡尔斯基（）等为之祝圣。1923年9月27日，教堂再次重建。在哈的俄国建筑师米哈伊尔·马·奥斯科尔科夫（）设计了教堂，外形仿造（）的圣彼得堡（）。历时9年时间，最终于1932年11月25日建成。1934年8月29日，圣索菲亚教堂成为培养神职人员的哈尔滨东正教会神学院。1958年，教堂被关闭。“文化大革命”期间，教堂深受破坏，圣器、文物全部丢失，并先后被用作哈尔滨话剧院练功房和哈尔