上因硕代为提出申请书，但寺社奉行回应等伯元病好再提出；同年8月再次提出申请获得同意，9月去世，得年二十八岁。葬于本因坊家历代墓所江户，2003年于幸手市伯元的生家尾崎家发现伯元的墓，2008年被指定为幸手市的文化遗产。伯元时代，五世本因坊道知的师弟相原可硕（七段）尚在人间，在道知死后与知伯、秀伯、伯元三世均有留下对局，由于三世棋力不振，相原可硕被视为本因坊家当时的支撑者。连续三世本因坊皆二十几岁、六段就去世，此时期被称做坊门中衰、日本围棋史上的低潮期；由于年纪轻轻、实力还不足以继任家督，对这些少年是压力