风5型柴油机车由铁道部安排转交四方机车车辆厂改进设计和批量生产之后，大连机车车辆厂仍然根据地方厂矿企业的订单需求，按原来的图纸生产过为数不多的东风5型机车。当中某些机车的编号与四方机车车辆厂的产品混杂，例如云南天安化工有限公司的东风5型1068号机车、中国石化胜利油田胜利发电厂的东风5型1090号机车。部分机车则采用独立的编号号段，例如锦西天然气化工有限责任公司的东风5型6001号~6005号机车、中国石油化工股份有限公司胜利油田分公司的东风5型9001号~9003号机车。
第二代（