争胜利后返回原址复校。1938年，日本在华北地区成立的傀儡政权“中华民国临时政府”（又称“华北临时政府”）开始筹建伪北京大学，由临时政府教育部直接负责。1939年1月，临时政府教育部宣布“恢复北京大学”，设立总监督办处，以汤尔和为总监督，并任命周作人为图书馆馆长。1940年3月，汪精卫政权成立，中华民国临时政府改组为华北政务委员会，学校亦改受华北政务委员会教育总署督办之指导监督，并废除总监督，设校长一人总理学校校务，由钱稻孙担任。1945年8月，日本投降，伪北京大学解散。 南迁参与组建西南联