低涌站收费区设于站厅中心处，站厅收费区设有一台升降机、两台扶手电梯以及一组楼梯供乘客前往不同方向的月台。另外，本站的公共洗手间设于收费区的车站控制室、警务室旁，而母婴室则设于站厅非付费区靠近A出入口旁。
月台.本站设有两个侧式月台，位于京珠高速高架桥东侧地面之上空。另外在本站北端设有一条单渡线，当4号线低涌站以南的路段出现故障时，往南沙客运港方向的列车将会通过此渡线折返，以本站为临时总站。
出入口.低涌站共设有两个出入口；其中车站启用时仅设B出入口