「武家政权」在政治上的特色，变得较为保守。足利义持疏远了义满所庇护的世阿弥（一说是由于义持本人讨厌他的缘故），辞退了后小松天皇给足利义满所上的「太上天皇」的追号，并且停止了对明朝的贸易。足利义持自封为后小松上皇的院别当。同时又让弟弟法尊出家于皇族的寺院仁和寺，以增强幕府在朝廷中的影响力。这是继镰仓时代九条道家派儿子法助出家于仁和寺后，第二例非皇族成员出家于该寺，也是近世以前的最后一例。1410年（应永17年），后龟山法皇（也就是原南朝的最后一任天皇）出奔吉野，抗议幕府和朝廷违背了明德和约中两统迭立的规定