妙高高原站转乘另一列列车才能继续行程。部份列车将会安排于同一月台内转乘，而超过一半的班次均能在10分钟内完成接续，但个别班次却需要等候超过半小时。至于与JR东日本信越本线新潟县的路段，部份班次会实施直通运转。其中设有新井～上越妙高～新潟间的特急列车「白雪」5来回、新井～新潟间快速列车2来回。晨早亦有由柿崎站及柏崎站开出的普通列车、直通至妙高高原站，採用自家列车运行。至于自2014年春季由高田站开出的观光快速列车「越乃Shu*Kura」亦会维持，并延伸至上越妙高站。此外，每天亦亦设有1来回班次经信越本