世后的1925年（民国14年）春，马超俊加入反共的孙文主义学会，担任总干事。1926年至1927年间，赴美国、加拿大考察工人运动。1927年，蒋介石发动四一二政变后归国，出任南京国民政府劳工局局长。同年8月，在上海创办《劳工时报》，倡导劳资合作，反对中国共产党方面的工会。1928年（民国17年）1月，马超俊改任广东省政府委员兼农工厅厅长。同年秋，农工厅改为建设厅，马超俊仍任厅长。1929年（民国18年），兼任中国国民党广州市党部宣传部长。在广州，他还曾任中国国民党广东省党部整理委员、广州市党部执行委员等