分子分析提供了更完整的线索。河马被认为是鲸类的近亲，反刍亚目与鲸/河马的分支有关，而猪则被分类在更远的位置。除了新增了鲸/河马分支外，分析更显示河马及猪并非近亲。这个结果很富争议，因为传统分类正有基于猪与河马形态的相似而成立的猪形亚目。除了DNA及蛋白质序列外，学者追踪了基因组中一种称为短散落配置（SINE）的转位子。DNA序列的转位子会有时将自己复制，并将复制品插入基因组的另一个位置。但 SINE 没可能会将自己插入基因组的同一位置。数据显示鲸鱼、反刍亚目及河马的基因组中，有几个转位子将自己插入同一位