三月，李自成攻占北京，杨廷鉴化妆外逃被识破，遂投降起义军。任弘文馆编修。李自成兵败，杨廷鉴又投奔南明。弘光朝廷灭亡后回乡，洪承畴推荐杨廷鉴为官，廷鉴是武进人，顺治帝见到家乡在武进的大臣，都要问杨先生最近病得如何，什么时候能好，欲请杨出山为官。随后出仕清朝，任江南省松江府儒学教授。顺治十七年（1661年）常州大旱，杨廷鉴提议知府设立粥厂多处，“自城迄乡凡70里，救活灾民不可胜计”。康熙四年（1665年）正月二十八日卒。
着作.着有《东皋草堂集》20卷、《群书通解》等。