斯兰教独立后仍然存在大量穆斯林人口的部分（在奥斯曼帝国以前的欧洲行省，那里的穆斯林人口，要么被驱逐，或同化于基督教，被屠杀）。由于政府提出世俗化政策，穆斯林只是波士尼亚克人一种外在识别，宗教活动被限制在清真寺和一些生命仪式，如出生、结婚和死亡。而塞尔维亚人、克罗地亚人与波士尼亚克人结婚的不在少数，而他们的子女多不信仰伊斯兰教。