及边防检查等联检大厅、联检单位办公用房，并配套相关商业服务；三层则为配套商业服务。五通码头购票、值船、检票到登船出港实行自助通关，设有自助票务终端、自助值船/机与证件和人脸识别系统。其中自助票务终端兼具航班预订及自助购票等功能，旅客可通过微信支付、支付宝、云闪付支付票款。对于事先通过电话订位或在“i海台”平台购票的旅客，也可在自助机继续办理后续的支付和登船手续。此外，自助票务终端支持团队批量操作，领队扫描其证件即可为全团旅客批量预订航班、购买保险。自助票务终端可采集并核验身份证、大通证、台胞证、护照等多