污染、棘冠海星和渔业是对大堡礁生态系统健康危害最大的因素。其它的威胁还有海运事故、油外泄和热带气旋。是一种发生在骨状珊瑚上的由原生动物珊瑚盐泡纤毛虫（"Halofolliculina corallasia"）引起的疾病，可以感染31种珊瑚。根据一项美国国家科学院的研究，自从1985年来，大堡礁已经因为上述危害因素损失了超过一半的珊瑚礁，其中三分之二的损失是发生在1998年以后。一份2016年三月的报告显示，因为海洋暖化引发第三次全球白化事件，导致中北部的珊瑚礁可能全数摧毁，佔据大堡礁整体40％以上。