菌本身、进入身体的路径、对寄主保护机能的影响及致病因子来描述。寄主媒介的发病也很重要，因为寄主可以对感染产生极大的反应，其保护机制可能会破坏自身的组织。细菌的致病因子一般都是蛋白质或其他由蛋白质酶所合成的分子。这些蛋白质在粒线体DNA、噬菌体DNA或质粒内被基因编码。细菌会以数量感应来释放这些分子。这些都是寄主发病的近因。
致命病毒.病毒致病因子可以确定有否感染发生及征状的严重程度。病毒一般需要与寄主细胞的受体蛋白质结合。往往寄主细胞蛋白质都会被吞噬，病毒从而进入细胞内。致命