溶液或酒精溶液外涂于患外皮肤，就可以防止细菌感染和局部组织液的外渗。它也能与坏死组织结合形成保护膜，起到收敛作用，内服可治蛲虫病。由于其颜色的浓烈及脱色的难度，注重外表的人一般也不会将它应用在易见的皮肤上。拥有潜在的致癌性，故此现今不少医院、诊所等医疗机构已不选用蓝药水。患有G6PD缺乏症（蚕豆症）的人不可接触紫药水，否则会引发急性溶血反应。