九广西铁改由港铁公司营运，并且将其更改名称为西铁线。至于锦上路站至罗湖及落马洲一段的近郊客运线，在2000年的《铁路发展策略2000》中称之为北环线。
长途客运线.长途客运线的计划，于2000年代初由「区域快线」（现称广深港高速铁路）取代；于2007年决定採用专用通道方案后，不再与近郊客运线（即西铁线）共用路轨。
港口铁路线.香港政府在2000年《铁路发展策略2000》提出了两个港口铁路线方案，其中一个和1994年计划类似，利用西铁（近郊客运线）和北环