02年），井伊直政自关原会战后一直缠身的鎗伤久治不愈，终究在二月一日（新历3月24日）于自己的居城佐和山城伤重身亡。十二岁的万千代急忙提早完成元服礼并正名直继，同时继承了井伊家家督（第25代）以及佐和山藩藩主之位，另外还接收过父亲遗留下来威名远播的军团赤备队。
修筑新城.庆长8年（1603年），德川家康正在部署辖下各地的防卫据点，以便制衡当时抗拒听令的西国（关西）诸位大名。井伊直继因此接到通知要在藩内动工，另行建筑一座新城。经过一番辩论，井伊家重臣木俣守胜建议新城选址于琵琶湖畔的彦