诺雷·弗拉戈纳尔及萨德侯爵等人，在风景画家的建议下，于1787年在宫殿内增加了画作修复室。由于宫殿使用的火山石难以运送，整个建筑直到1838年才真正完工，在动工的整整一个世纪后。
馆藏.博物馆中的收藏最早可追溯至法尔内塞家族的保禄三世，他在成为教宗之前就已是个着名的艺术收藏家，在他封他的儿子皮埃尔·路易吉·法尔内塞为帕尔玛公爵后，家族收藏进一步扩大，而他的孙子亚历山德罗·法尔内塞枢机是个着名的艺术赞助家，他也持续丰富当时已名声在外的收藏，此时的法尔内塞家族收藏数量已非常庞大，包括许