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淀粉酶.淀粉是葡萄糖以α-1，4-糖苷键和α-1，6糖苷键聚合生成的一类多糖，麴霉菌产生的淀粉酶可水解淀粉，使麴有甜味。酵母可将多糖转化生成酒精，麴霉菌可使淀粉水解生成葡萄糖和麦芽糖（麦芽糖是2分子葡萄糖以α-1，4-糖苷键结合而成的二糖），这两种真菌是酿酒中主要使用的微生物。麴霉菌会大量向菌体外分泌α-淀粉酶、β-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶和葡萄糖淀粉酶（γ-淀粉酶），可以使米和麦所含淀粉水解。
蛋白酶.蛋白质是由多个氨基酸脱水缩合而成的多肽链