些本土人士建立的教派未加入，如王明道在北京史家胡同建立的基督徒会堂和分布全国大部分地区的地方教会。吴耀宗诬告地方教会领导人倪柝声经济犯罪和生活作风等问题，导致1952年倪柝声被捕，以此恐吓不愿加入三自的各处地方教会和其它独立的教派团体。随后制造出倪柝声反革命集团案，上海和其它地方教会的多数骨干被抓，迫使少数人转向三自运动。1954年，中国基督教三自爱国运动委员会正式成立，吴耀宗出任主席。未参加三自运动的基督教活动则陆续被禁止。历任中国基督教三自爱国运动委员会主席，中国人民救济总会副主席，第一届、二届