谈禅大盛。公安三袁、黄辉、江盈科等人在京结葡萄社，以禅证儒。大学士沈一贯憎恶黄辉等狂禅。二十七年己亥升右中允，充皇长子讲官，二十八年庚子升右谕德，三十年壬寅升右庶子，掌司经局。是年，李贽遇难，同年十月，黄辉请辞归里。万历三十九（1611年），升少詹事兼侍读学士，万历四十年（1612年），卒于官。葬南充县东十五里。
文学.黄辉以诗和书法闻名。他的诗清新轻俊，与公安派的主将陶望龄齐名。他与公安派主力袁宏道同一学馆，其诗文理论也相唿应，不但主张为文应抒发当时代个人的真性情，反对「文必秦汉