为一个学术机构，「民族语」的中立性有时却受到质疑与争论，尤其是与《圣经》或闪米特诸教相关的语言分类的领域。民族语的语言认定标准主要建立在互通性的基础之上，因而在语言还是方言的认定上与各国主流语言学界多有冲突。例如，汉语被认定为由北方官话、西北官话、西南官话、晋语、江淮官话、吴语、粤语、闽语、客语、湘语、平话、赣语、徽语等等独立语言所组成的宏语言，而在中国大陆，不少学者都把它们认定为汉语的“方言区”，并批评民族语的做法。民族语把琉球语分为喜界语、北奄美语、南奄美语、德之岛语、沖永良部语、与论语、国头语、中