随着政党轮替将近，即将上任的蔡英文政府有上千名能够重新任命的职务空缺，当中经政治任命的行政院所属各机关首长、次长及机要有数百人。3月30日，现任总统马英九与总统当选人蔡英文正式举行「双英会」，双方针对年金、外交、南海、能源等议题进行讨论。而随着准行政院院长林全的内阁人事底定，蔡英文亲自到4月30日的共识营监督。5月20日，蔡英文在中华民国国旗及国父遗像前，正式宣誓就任第十四任中华民国总统，成为中华民国建国105年以来第一位女性总统，也是亚洲首位非出身政治世家的女性国家元首。随后，由立法院院长苏嘉全授