宣布中止两国邦交，且撤回农耕队。1994年，布吉纳法索总统布莱兹·孔帕奥埃因事前获悉西非法郎即将贬值，恐引发经济失衡，便迅速转换承认，与中华民国复交，而中华民国方面则派出5人前锋考察团。1994年5月31日，成立驻布吉纳法索农技团。历年来，除了开垦巴格雷垦区那干贝河右岸1,200公顷水稻田外，并进行第永格列地区陆稻6,000公顷开发计画，以达到粮食增产、自给自足。巴格雷垦区已于2009年完成，并将垦区业务与资材交由布吉纳法索自行经营管理。另高粱酒生产计画（酒厂设备可利用当地树薯生产药用酒精）亦于2009