1999年，种子音乐转与魔岩唱片合作。2003年，种子音乐转型为独立唱片公司，相继在台北市与北京市成立跨台海两岸的操作平台。随着种子音乐发展，分别签属吴克群、光良、许茹芸、伊能静、温岚、江美琪、许哲珮、郭书瑶（瑶瑶）、曹格、张栋樑、戴佩妮、刘思涵、汪小敏、陶喆、柯有伦、黄雅莉、林明祯、阿杜等华语歌手；并且拓展韩国，签属艺人F.Cuz。2011年12月，英皇娱乐与种子音乐结盟，代理旗下古巨基、谢霆锋、容祖儿、钟欣潼、蔡卓妍、泳儿所发行作品，直到2015年结束合作。2013年，吴锋接掌种子音乐集团CEO