916年，近藤廉平男爵担任社长职务。1926年8月2日，杨森的部队在万县攻击了日清汽船株式会社船员，造成3人负伤（万县事件）。1939年，日清汽船株式会社并入东亚海运株式会社。二战结束后，其在华船舶为轮船招商局接收。今日，该会社的遗迹包括日清大楼 (上海)和日清大楼 (汉口)。