巨颌鳄在这里被归类为 Athecata 亚目（今棱皮龟类的异名）。各界对巨颌鳄的分类一直很有争议。19世纪末期至20世纪上半叶间，视巨颌鳄为恐龙的观点盛行。这可以追溯至1890年，德国古生物学家在其着作中将巨颌鳄归类为 Predentata 目（今鸟臀目的异名）的恐龙，隔年他的学生则将巨颌鳄归类为蜥臀目的虚骨龙科，当时仍没有人能确定它究竟属于什么，这使得此后有很长一段时间，学界纷纷出现不少说法：
近期研究.近年主要有两项关于巨颌鳄的研究，当中都有探讨其在分类上的地位。Sec