撤销。清朝初年，御药房隶属太医院，军队、监狱的医官也统一归太医院差派、考核、升降，这促进了清朝医政管理的协调发展。但是由于清朝未能始终执行这种协调的管理制度，导致御药房管理较为混乱。清朝顺治十六年（1659年）规定，御药房所有事务划归太医院管理，不必申报礼部，但次年又将生药库拨归礼部管理，所需的药物都需要事先开列明细，经过礼部认可之后，通知生药库采买，这种规定削弱了太医院统管医药的职能。康熙十年（1671年），又规定御药房不属太医院管理，而设置总管太监、管库首领等等，这导致太医院与御药房分立，削弱了二者的联