进步党的选情造成冲击，他认为反而对民进党有帮助。2011年9月13日，台湾民族党征召党副秘书长庄孟学参加2012年中华民国总统选举，副手人选则由新台湾党主席黄国华担任。他们表示参选目的并不在于赢得总统权位，而是要争取发言权，发展组织扩大基础，推展台湾民族运动，并以协助蔡英文当选为目的。参选声明表示希望借选举活动「向台湾及国际社会宣示台湾主权应由台湾住民公投决定，及中华民国流亡政府在台湾没有统治的合法性」。庄孟学主张「台湾人有权利也有必要执行转型正义」，并痛批「马英九集团伪造九二共识」出卖台湾来换取中共撑