。同时民间相继创办了众多私立大学。京都的大学中，历史最悠久且学术地位最高的是京都大学。京都大学创立于1897年，素以自主独立的传统和自由的校风闻名。在28位日本人诺贝尔奖得主中，有11人都毕业于京都大学或在京都大学任教。而在私立大学中，以同志社大学和立命馆大学规模最大。同志社大学由在1875年创建，其前身是同志社英学校，是日本最早的一批私立高等教育机构并在1920年依大学令昇格为大学。立命馆大学则是由曾参与创建京都帝国大学的于1900年设立，其前身是京都法政学校，在1913年改为现名并在1922年按大学令昇