传教基地选择在浙江杭州。以后沿京杭大运河逐步向北扩展，在江苏省具有重要影响。直到1952年退出中国大陆。以后仍在台湾进行传教。美南长老会在中国的着名传教士包括约翰·雷登和司徒雷登父子，应斯理（Inslee, Elias B.）、赛兆祥（赛珍珠的父亲）、吴板桥、杜步西、林嘉美、钟爱华、白秀生等人。