，香港足球总会首次举办青年赛事，共有 15 队参加，九巴青年军以全胜姿态夺得冠军。踏入1960年代，九巴成绩已大不如前，唯一锦标是于1966–67年度再次夺得香港甲组足球联赛冠军。惟亦只属昙花一现，之后九巴便沦为中下游球队，1970–71年，九巴在甲组联赛14 支球队排名第 13，按例需要降落乙组作赛，却由于怡和退出，九巴获邀请留级。1972–73年，九巴在甲组联赛 14 支球队排名包尾，与第13位的另一支老牌球会星岛一同降班。1975–76年，九巴获得香港乙组足球联赛冠军，并夺得初级总督盃，