士敦遂再次获委任为香港护理行政官。期间，砵甸乍授权庄士敦于中环一小山岗上修建一所楼高两层的大宅，以作官邸及办事处之用，落成后乃命名为「庄士敦楼」（Johnston House），首两任港督砵甸乍及戴维斯后亦曾以此大楼作临时官邸。 任内，庄士敦获告知除兴建军营以及供从英国赴港军属居住的宿舍外，不得拍卖土地。 1842年10月，庄士敦向砵甸乍告知香港的犯罪及混乱情况，当中包括海盗猖獗，而兴建于海边的独立房屋亦屡遭沿海寇贼侵扰。此外，监狱人满为患，但庄士敦指自己无权对正等待审判的囚犯判刑。由此种种，乃使殖民地政府