角色为「远侦测器」。超级神冈探测器将记录高能中微子与水交互作用所产生的μ子和电子之契忍可夫辐射。
质子衰变.在标准模型中，质子被假设为绝对稳定。然而，一些大统一理论的候选理论（GUTs）预测质子可以衰变为较轻的高能带电粒子，例如电子、μ子、π介子等。神冈探测器可协助排除一些候选理论。超级神冈探测器是现有最大的用于观测质子衰变的侦测器。
诺贝尔物理学奖.超级神冈探测器制造了数个诺贝尔物理学奖等级的成果，例如小柴昌俊（2002年）以及梶田隆章（2015年）。户