。1988年，夜间部师范改为二年制。因龙的行动事件，林家骏主教谕令从1989年1月12日起不准录取无证学生入学。
辉煌时代.1989年5月1日起行政部门大改组，合併为「圣若瑟教区中学行政中心」。翌年的夜间部增设葡萄牙文、电脑、普通话、英文等课程；修订多个规章，包括《校务规章》、《教务规章》、《体育规章》等。1990年度夜间部增设中四、中五文商科课程；成立「圣若瑟教区中学教师联谊会」。1991年年初，教宗若望保禄二世发出该校建校钻禧週年贺词；另一方面，位于天神巷43号新校舍落成，