分开福州、厦门防务，分别设海军宁福警备司令部、海军漳厦警备司令部，林国赓任南京国民政府海军漳厦警备司令部司令。1928年4月，南京国民政府海军总司令部分设海军（福州）马尾要港司令部、海军厦门要港司令部，海军漳厦警备司令林国赓兼任海军厦门要港司令。国民革命军第十九路军入福建省掌握大权后，1933年1月，撤销海军漳厦警备司令部，林国赓专任海军厦门要港司令，任至1938年1月离开厦门。其间，1934年1月10日杨树庄在上海病逝，新任海军部部长陈绍宽、常务次长李世甲等“闽系海军”将领并未将林国赓调离厦门。1935年