芝山岩文化较普遍说法是指1979年，在地表下约两公尺深处，挖到的新文化层。该文化层的年代约在3000年至3600年之间。该因为挖掘建筑基地所出现的遗址，出现在水平面以下，因此保存很多有机质遗物，如木制器具、绳索、稻谷及植物种子等。除此，还有充当农具的石器，陶器和骨角器。比较特殊的是，该遗址还出现罕见的掘棍与装饰品。从遗址中出土人工栽培的带穗稻谷及大量农具，可知当时已有精熟稻作，另外，从该遗迹大量的鹿、猪、羌、鱼的食用残骸显示，可知当时人亦盛行狩猎与渔捞。这个文化于台湾史载上，找不出它的源起，也与之前