秀撤入周至城固守。此时因北京政府调集奉天、直隶、山西、甘肃、四川、湖北等省军队从四面开入陕西，靖国军各路无法援助樊钟秀部。樊钟秀在靖国军副总司令张钫的帮助下固守53天后，于1919年1月突围撤至凤翔， 同陕西靖国军第一路郭坚部、援助陕西的云南靖国军第八军叶荃部汇合。此后樊钟秀、郭坚和驻凤翔、岐山地区的援陈奉军许兰洲部和谈，接受奉军改编，樊钟秀任第一支队司令。云南靖国军第八军叶荃部不愿接受改编，遂开赴耀县，同靖国军其他各路会合。1920年直皖战争爆发，樊钟秀随许兰洲部出潼关。此后樊钟秀部曾隶属直军吴佩孚，