争对手，葡属印度总督也被严令，全力剿灭荷兰人。荷兰人运用外交手段，与东印度群岛上的土着共同对抗葡萄牙，于1599年正式占领万丹，成为香料的贸易根据地。在1601至1602年两次海战中，荷兰舰队成功击败葡萄牙舰队，为荷兰打下重要的基础。同年，荷兰成立荷兰东印度公司，以国家作为后盾，全力与葡萄牙竞逐东亚南的殖民地和争夺马六甲海峡的控制权。1605年，荷兰成功从葡萄牙手上夺下安汶，成为荷兰在东印度群岛的根据地之一。为了占据马来半岛上的丰富资源，同时为了控制马六甲海峡，独霸东方的贸易的目的，荷兰人于1602年将