时期以后仍居台湾，取得日籍。日治初年日军攻台并驻跸吴汝祥之舍邸，1895年10月28日，日本亲王北白川宫能久因感染疟疾病故于此。由于吴邸成「终焉之地」，成为纪念亲王的遗迹所，吴汝祥遂又迁居彰化街东门街（今彰化市中华路）。遗迹所则在1920年起工兴建台南神社，列为官币中社。1905年，吴汝祥以台湾总督府收买中部之大租补偿金，与吴德功、杨吉臣等人创立彰化银行、彰南铁道等。