。1981年的克朗奎斯特分类法将山柑科列在白花菜目中，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法和2003年经过修订的APG II 分类法将其和醉蝶花科都列在十字花科中，但2006年8月22日新修订的结果是和醉蝶花科都单独分出成为独立的科，放到十字花目中。