有的已辟为自然保护区，如三明莘口格氏栲保护区、建瓯万木林保护区及福建武夷山国家级自然保护区等，福建林区可分为中西部亚热带常绿阔叶林区和东部亚热带季风雨林区。全省植物种类达5000种以上，其中用材树种400余种。主要树种有榕树、松树、杉树、樟树、楠树、桉树、红树、毛竹等。草山、草场主要有禾本科的鹅冠草、狗牙草；豆科的胡枝子、鸡眼草；莎草科的荆三棱、珍珠莎等以及芦苇、干菁等。真菌种类有400余种，食用菌和药用菌有银耳、黑木耳、蘑菇、茯苓、天麻密环菌等。