革命政府谈判后成立了新疆省联合政府，包尔汉任副主席，方未艾任视察员，负责调查各县违法乱纪案。任内，方未艾查处了几个县长和公安局长，其中有的被逮捕，有的被撤职。方未艾的工作引起一些势力不满，有人告密称方未艾是为共产党工作，方未艾乃被撤职查办。此后方未艾到新疆学院和女子中学任教，但仍被中国国民党方面的警务处严密监视。1947年10月末，方未艾夫妇离开新疆赴甘肃省，以经商为生。1949年初，包尔汉任新疆省政府主席，派人到兰州找方未艾回新疆工作，被方未艾谢绝。包尔汉的熟人傅希若、文成章、聂福利等人应邀去新疆，都