玛休假，在2004年2月初启程返国，并途经那不勒斯，最后于2月29日返抵诺福克，再次进入船坞待命。2005年10月，企业号完成维修，再在近海试航训练。到2006年5月2日，企业号再次前往阿拉伯海，并先后到访斯普利特及苏达湾。其时正值伊朗核问题恶化，伊朗总统艾哈迈迪内贾德刚在4月11日宣佈伊朗成功提炼浓缩铀，企业号的部署便引来媒体猜测。企业号在6月29日通过霍尔木兹海崃，开始支援伊拉克战事。7月5日北韩试射多枚大浦洞二型飞弹，而企业号却在6日离开阿拉伯海，前往阔别多时的西太平洋，并先后于7月18日及27日