化石爆发和灭绝事件时间不完全吻合，且不易区分这些孢子是来自真菌或藻类。6550万年前，许多动植物在白垩纪－第三纪灭绝事件中灭绝，紧接着真菌再度大量出现，可能是世界各地森林大面积毁灭后，为真菌提供腐生生长的环境造成。而真菌的拓殖甚至可能助长了哺乳类在新生代的繁盛，因为哺乳类相对于其他嵴椎动物，对真菌感染的抗性特别大。
分类.真菌学在传统上常被划归在植物学的范畴中，但真菌其实与动物的亲缘更为接近。分类学家根据分子系统发生学的分析，将广义的真菌与动物（菌物总界与动物总界）共同组为称为