究员们已经把色析法作为一种有效的分离两个同分异构体的办法。然而，这种方法在工业化的环境下是不适用的，因为它们十分昂贵，因此仅当另一个同分异构体有潜在危害的时候才使用。与构型异构体之间有着不同的化学性质不一样，几何异构体之间通常有着相同的化学性质。然而酶能够有效地区分出一个化合物的几个几何异构体，生物有机体也常常倾向于某一个异构体。一些异构体之间偏振光能力也不同。除了上述的几种同分异构体，还存在拓扑异构体和同位素异构体。几个拓扑异构体的例子是一些双环化合物和DNA，拓扑异构酶能够使DNA打结改变它的拓