屠本畯生于嘉靖二十一年壬寅九月二日寅时，以父荫入仕，初任太常寺典薄，历官礼部郎中、两淮运司同知，官至福建盐运司同知。在福建任职期间，潜心研究海洋生物，万历二十四年（1596年）应余君房之请，写成《闽中海错疏》四卷，此书是中国最早的地方海产动物志。官至辰州府知府。万历二十九年（1601），罢官归家，居乡二十余年。晚年自号憨先生、豳叟。卒天启二年壬戍十月一日戍时。
着作.本畯好读书，至老不辍，自称“吾于书饥以当食，渴以当饮，欠身以当枕席，愁及以当鼓吹”。又有杂剧《崔氏春秋补传》