而京之大佛却于庆长元年7月13日（1596年9月5日）因庆长伏见地震而在开眼法式前遭震垮，后由秀吉之子丰臣秀頼继承乃父之志而重建，但于施工中却发生火灾意外而烧毁，因此为江戸时代的京都人所长久喜爱的京之大佛其实是第3次重建的大佛。不过，第3次重建的大佛也于寛文2年5月1日（1662年6月16日）因近江山城地震而损毁，故大佛遭拆解，并将含铜的部分熔解重铸成货币（寛永通宝）。第4次重建的大佛改为木造，但也不幸于寛政10年（1798年）因佛殿遭雷击失火而均不幸烧毁。自此之后京之大佛即从人们的眼前消失，一直到天保年间