鸿勋乃以经费困难为由辞退了杜。适逢中山大学正要物色管治图书馆人才，故杜又回到广州任职中山大学图书馆主任。杜上任后即重组管务为总务、购订、编目、出纳、典藏、阅览、报志等七部，并改图书分类，中日文书籍採用自创的《世界图书分类法》，西文书籍则採用《美国国会图书馆分类法》。初时，中山大学图书馆仅有中文书四万多册，西文书三千多册。至1928年冬，中山大学图书馆已有超过二十万册藏书，成藏书最多的大学图书馆。杜虽在头两年工作颇为顺利，但后来人事更喋。1929年，新来的馆长李大初与杜不和，杜被要求暂时离开馆务，转教英文