。土耳其也被批评暗中包庇纵容伊斯兰国恐怖分子。埃尔多安于2008年2月到德国向在德的土耳其人发表演说时警告他们不要被其它文化同化，并表示「这种文化融合是反人类罪行」，引起德国总理安格拉·默克尔的异议。埃尔多安于2012年埃及总统选举后，支持有穆斯林兄弟会背景的埃及民选总统穆罕默德·穆尔西。埃及军方于2013年发动政变推翻穆尔西政府后，土耳其与埃及关系恶化，埃尔多安更称埃及新总统阿卜杜勒-法塔赫·塞西为暴君。利比亚于2014年出现两个政府对峙的局面，当中土耳其支持控制的黎波里的伊斯兰主义者政府。