他又获授陆军中将衔。同年12月西安事变爆发，他负责维持对洛阳的统治，并迅速占领潼关，从而成功封锁西安，给张学良、杨虎城很大压力。抗日战争爆发后，祝绍周率部负责黄河防卫任务。1938年秋，他移驻汉中，任鄂陕甘边区警备总司令、川陕鄂边区绥靖公署副主任、国民政府军政部第4补充兵训练处处长。1944年3月，他被任命为陕西省政府主席兼陕西省保安司令。1945年5月，他当选中国国民党第六届中央监察委员。抗日战争结束后，他留任陕西省政府主席。1947年7月19日，国民政府派祝绍周为陕西选举事务所主任委员；国民政府