奈良奉行管辖的幕府直属领及旗本领地改隶属新政府设立的奈良县，其他区域在1871年实施废藩置县后分别隶属郡山县，但在同一年的府县整併中，全数被併入奈良县；1876年的第二次府县整併中，奈良县遭到废除，改隶属堺县管辖，不过到了1881年又因堺县被废除改隶属大坂府，直到1887年重新设立了奈良县，才恢复隶属奈良县辖下。在1880年实施时，正式的设置了近代的行政区划「式下郡」，并在式上郡三轮村（位于现在的樱井市）设置「三轮郡役所」，由于郡役所同时也负责管辖周边的十市郡、式上郡、宇陀郡，因此后来又改称为「十市式上