里，其中大部分为高海拔的荒漠，位于喀拉喀什河的最低点海拔4,300米。西南部海拔6,900米的高山延伸至西南部的达普桑盆地，形成了分割阿克赛钦和印控克什米尔的实际控制线。在北部，昆仑山脉切断了阿克赛钦和塔里木盆地。阿克赛钦内部有一些形成了咸水湖或碱湖的内流盆地，如阿克赛钦湖、萨利吉勒、腾格湖等。塔里木河流进本区西部，阿克赛钦湖由阿克赛钦河注入，湖面海拔4990米。萨利吉勒湖，湖面为5181米。阿克赛钦盆地海拔4848-5000米，是一个完全封闭的内流盆地。盆地内的山峰大多超过6000米，山口大多超过5000