长约28700nt，编码冠状病毒皆有的复制酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，另外还有ORF3与ORF7两个辅助蛋白，其中ORF7位于基因组的3端，在衣壳蛋白基因的下游，为此病毒所特有，资料库BLAST比对未能找到其他病毒中有与之同源的序列。此病毒复制酶中的nsp1蛋白只有18个胺基酸，较同属其他病毒的nsp1小许多。在甲型冠状病毒属中，此病毒与同在长翼蝠中发现的长翼蝠冠状病毒1型关系较为接近。