系.非洲兽总目的成立主要是基于分子及DNA分析。于1990年代前的基因分析将非洲兽总目看为真兽下纲下的四个大类之一，而牠们之间的关系却倍受争议。其中一个学说指非洲兽总目与其他三个分支是最古老的分裂，发生于一亿零五百万年前非洲从主要大陆分裂时。基因分析及化石纪录显示贫齿总目是在南美洲演化，并分化成劳亚兽总目及灵长总目。劳亚兽总目及灵长总目之间较为接近，并组成北方兽类（Boreoeutheria）。一些学者认为这个分类是初步或受争议的，因为这个分类往往忽略了以往形态学的分类。例如食虫目原是包含了多种细小及