真正的演化过程有较大或较小的关联性。我们可以对在演化上容易反映演化历史的特征给予较大的权重而使该特征转换时需要更多的步骤。过去对特征赋予不同的权重有许多讨论。目前大多数人採用权重全相等（即放弃权重）的方式进行分析，但仍採用权重的情况仍十分常见。例如，等位基因频率资料常是比例资料且被设定为低权重的有序资料。又例如核酸序列中的第三位硷基由于多不影响对特定胺基酸的配对，所以容易形成中性的变异，故应给予较低的权重以免对估计真实的系统发生树造成干扰。除了特征间可赋予不同权重，同特征内的不同状态亦可赋予不同的权重。