间看起来像是印尼的殖民地，哈比比做出了一个惊人的决定－在东帝汶举办东帝汶独立公投。印尼武装部队（ABRI）反对这个决定。1999年8月30日，东帝汶在公开公正的情形下举行独立公投，支持独立的票数获得压倒性的胜利。然而，在印尼撤军的过程中产生了1999年东帝汶危机，许多人在此暴乱中丧生。哈比比倾向请联合国维和部队平定这次内乱，然而军方却反对这个计画。9月10日，Wiranto将军宣称如果哈比比总统允许维和部队进驻，就会发动政变，迫使哈比比退让。哈比比也下令军警维持秩序，但没有人理睬他的命令。Secti