开矿等现象猖獗，但由于与保护区管理局对应的保护区森林公安分局尚未建立，导致保护区内行政执法较为困难。有媒体观察称，祁连山的高山原始森林正在减少，蓄水量严重缺乏，致使林区上移和自然原因使得林子呈斑块状存在，西部的冰川亦日渐萎缩。因此，2015年，中华人民共和国环境保护部就当地非法采矿问题对张掖市政府进行约谈。但之后，甘肃省国土资源厅和林业厅仍违规向保护区内的采矿、旅游开发项目发放行政许可。2017年，中央第七环境保护督察组在对甘肃省进行环保督察时，针对祁连山保护区的现状指出，“祁连山生态破坏问题依然严重”