1968年12月初中毕业后在汉中市铺镇公社姜埧大队插队。1971年5月招工进入汉中通用机械厂工作。1979年9月，何毅亭考入北京师范大学学习，先后获历史学学士和硕士学位。1983年3月，加入中国共产党。1986年7月从北京师范大学毕业后，到中共中央办公厅办公室工作，任主任科员，副处长。1989年9月起，调入新组建的中央政策研究室工作，历任处长，党建组副组长（副局级）、组长（正局级）。2000年6月，任中共中央政策研究室副主任，中央党建工作领导小组成员兼秘书组组长。 2005年，兼任中央保持共