家楫等26人组成设计委员会，并聘李乐元为馆长。1950年，西南文教部接管了中国西部科学院、中国西部博物馆。1952年，改成西南人民科学馆。1953年并入西南博物院，改名为西南博物院自然博物馆。1955年，西南博物院改为重庆市博物馆。1981年，四川省人民政府在重庆市博物馆加挂“四川省重庆自然博物馆”牌子。1991年，重庆自然博物馆独立建制。1981年，位于北碚区文星湾的重庆自然博物馆北碚陈列馆对外开放。2013年，北碚陈列馆停止对外开放，其中存放的全部古生物化石迁至位于北碚的重庆自然博物馆新馆。20