凯死后，李烈钧军的存在意义消失。讨伐完龙济光后，李烈钧只身赴香港、上海隐退。1917年（民国6年）8月至9月，孙文在广州成立中华民国军政府，李烈钧任大元帅府总参谋长。10月，护法战争开始。1919年（民国8年）10月，孙文在上海将中华革命党改组为中国国民党，李烈钧被任命为代理大元帅，负责管理广州的事务。1920年（民国9年）12月，孙文为北伐而设立大本营，李烈钧任大本营总参谋长。1922年2月3日，孙中山在桂林以大元帅的名义发出北伐动员令，任命李烈钧为北伐军第一路总司令，率滇军、黔军、赣军自桂林出发进攻