2003年3月又出任新组建的商务部副部长。2010年8月，退休。马秀红，曾被认为是长期主管中国商贸事务的国务院副总理吴仪所赏识的干将。与吴仪一样，马秀红也是独身。1993年，吴仪出任外经贸部部长，马秀红在外资司处长做了不到3个月，就升任副司长；五年后吴仪出任国务委员时，马秀红已经做到了部长助理的位置。2008年3月，马秀红当选第十一届全国政协委员，外事委员会副主任。