师团与混成第四旅团皆抵达台南城近郊，形成三方包抄形势，台湾民主国第二任总统刘永福在得知台南城被三面夹攻后，知大势已去。10月20日，当日军准备以两师团之兵力围攻台南城之际，刘永福弃台南城军民内渡中国厦门，刘永福弃职逃亡后，台南当地士绅便循台北模式推举英国牧师巴克礼及宋忠坚请求日本军队和平进城，协助维持秩序。而同一天刘永福搭乘的英国轮船塞里斯号被日本截获，但因不符合国际公法（在厦门近海属于中国领海），经过英国外交施压后，日本被迫放走刘永福，史称「台海登船临检事件」。10月21日日军顺利进入台南城，日方