古文尚书疏证》只有九十九条，“有目无文”者十二条、“目文全缺”者十七条。钱穆已注意到閰氏撰《疏证》引用梅鷟《尚书考异》内容极多，而多不明引。一说閰氏晚年对《疏证》多有所删节，可能是为了隐瞒大量引用《尚书考异》而不加注明的困扰。黄宗羲、纪昀、钱大昕、梁启超、胡适等学者皆以为伪古文《尚书》的定案实归功于阎若璩，汪中认为阎氏《疏证》是“千余年不传之绝学”。梁启超说阎若璩“不能不认为近三百年学术解放之第一功臣。”并认为自阎攻伪古文《尚书》得胜，渐开学者疑经之风。