，1952年马松亭接受中央人民政府政务院总理周恩来邀请，从香港回北京，担任西单清真寺教长。1953年，马松亭参加赴朝慰问团，到抗美援朝战场慰问中国人民志愿军指战员。1953年起直到逝世，马松亭历任中国回民文化协进会副主任、中国伊斯兰教协会副主任、中国伊斯兰教经学院副院长、中国伊斯兰教经学院名誉院长（1980年至1992年）、中国回民教育委员会副主任等职务，并先后出任第二、五、六、七届全国政协委员。1957年反右运动中，马松亭被打成“右派”，受到不公正待遇。文革中又遭到迫害。粉碎“四人帮”后，马松亭冤案获平反