月14日至2013年3月22日任北京大学党委常委、校长。2013年3月22日因年龄原因不再担任北京大学校长职务。在任期间解决了长期困扰师生的许多问题，例如两卡合一，对餐饮中心进行了重要人事变动，为学生宿舍安装了空调。2015年8月当选国际纯化学和应用化学联合会（IUPAC）副主席，成为第一位在该联合会担任领导职务的中国人。第十一届全国人大代表，第十二届全国人大常委会委员、全国人大教育科学文化卫生委员会委员。
争议.2011年10月，周其凤创作音乐作品《化学是你，化学是我