高中部和私立扬子中学初中部合并。1958年，崇明岛重新划归上海市管辖，更名为上海市崇明中学。1962年、1968年，先后与入崇明师范中师班和城桥民办中学合并。1987年，经政府决定，崇明中学改为高级中学。1994年，学校重建校舍。2000年学校聘请了两名美国外籍教师作为英语外教。2003年9月，上海市政府在崇明岛投资建设了一座现代化寄宿制高中校舍，2004年7月崇明中学迁入此校舍，原北门路校园改为新成立的上海市扬子中学。2004年9月，学校招收2名韩国籍留学生，这是崇明中学首次招收到外籍学生。