（1787年），西山军进攻黎朝，黎惟亶与陈名案前往清朝求援，结果因战乱导致道路不通，无法求援。西山朝时，隐居不仕。阮朝嘉隆初，阮福映召授他为金华殿直学士，领谅山协镇。嘉隆五年（1806年），莫粲常起事，自立“景春”年号。黎惟亶发兵讨伐，将莫粲常押送到北城诛杀。次年（1807年），充任山南场乡试监试，不久去世。
着作.黎惟亶着有《黎惟亶诗集》。