又将西虾夷地改为幕府直辖地。不过在俄罗斯的威胁减轻之后，1821年，全虾夷地又重新成为松前藩领地。
开拓期至二战时期.1868年，明治新政府宣布设立，将北海道纳入新政府统治之内。然而在1869年1月，旧幕府军佔领五稜郭，其首领榎本武扬宣布成立虾夷共和国，并和新政府军之间爆发箱馆战争。在旧幕府军投降之后，新政府宣布在北海道全境设11国86郡。1869年，新政府创建了开拓使，北海道开始进入大规模开发时代。新政府鼓励失去工作的武士和士族移民北海道，并且为了加强国防，还设置了屯田兵制度