叔孙俊年少时聪敏，年十五岁即为魏道武帝侍从。以弓马娴熟，转为猎郎。409年（天赐六年）十月，清河王拓跋绍杀害道武帝，谋夺大位，逼叔孙俊以为己援。叔孙俊外示顺从，派拓跋磨浑告知皇太子拓跋嗣，以假消息骗拓跋绍，伺机投奔出城归顺拓跋嗣。他和拓跋嗣左右车路头、王洛儿，护送拓跋嗣回宫，被拓跋嗣倚为心腹。拓跋嗣诛拓跋绍即位为魏明元帝，命叔孙俊、拓跋磨浑拾遗左右。叔孙俊转任卫将军，赐爵安城公。同年（永兴元年）闰10月，朱提王拓跋悦怀刃入禁中，意图帝杀害明元帝。叔孙俊发觉拓跋悦的计划，将他怀中的两把匕首夺出，杀死拓跋悦