嘉靖二十八年（1549年），葡萄牙欲佔领大明福建沿海东山岛作为据点，与大明帝国发生走马溪之战，葡战败退出。嘉靖后期，倭乱最猖獗。嘉靖四十三年（1564年）、万历十年（1582年），戚继光两次亲临东山岛，并于万历九年（1581年）在东山岛设“浙兵营”，把总一员、兵额450人，基本消除了倭患。中华民国成立后，1916年由漳浦县、诏安县析置东山县（因江苏省已有铜山县，为避免重名，复用古称“东山县”）。抗日战争时期，日军发动了三次东山岛进攻战役：中华人民共和国建立后，退守台湾的中华民国国民政府亦曾向