现在有公立函馆未来大学一座公立大学和函馆大学一座私立大学。公立函馆未来大学设立于2000年，是一座信息技术系单科大学，也是道南地区唯一的公立大学。函馆大学设立于1965年，只有商学院一个学院，现在共有学生316人。
交通.北海道旅客铁道的函馆本线连接函馆和札幌两地，在函馆市内有三个车站，是道南地区的铁路大动脉。函馆车站是函馆铁路交通的中心，现在的函馆车站修建于2003年，是第五代车站。2015年度，函馆车站日均乘客数有3115人。函馆车站和札幌车站之间运行有北斗号和超级北斗号特急列