1999年，肖亚庆调任重庆西南铝加工厂厂长。于2000年4月，对这家连年亏损且负载累累的国有企业实施债转股的改革，并其原有基础上组建了“西南铝业(集团)有限责任公司”，并出任西南铝业首任董事长、兼总经理。当年，该公司实现了扭亏为盈。一年后，西南铝业成为重庆市工业企业50强，并名列中国最大500家企业集团。肖亚庆个人也被评为“重庆市十大杰出青年企业家”。
执掌中铝.2004年4月，肖亚庆接替郭声琨出任中国铝业公司总经理、党组书记，中国铝业股份有限公司董事长的职务。时年45岁的肖亚庆，