38年10月，涂振农奉派赴广东，任中共广东省委委员兼宣传部长，负责中共粤北特委、中共赣粤边特委的工作。1941年3月，任中共南方工作委员会委员兼宣传部长。1942年6月6日，因遭人举报，涂振农和中共广东省委书记兼中共南方工作委员会副书记张文彬在广东大埔县高陂镇同时被捕，涂振农被捕时跳水自杀未成，被押解到江西省泰和县马家洲的“江西省青年留训所”。1943年1月30日，涂振农书写脱党声明叛变。并受特务指示，试图策反同狱的廖承志、张文彬，遭到二人痛斥。1943年6月，涂振农出狱，随即加入中国国民党。同年9月，