和长孙肥继续追击，穿过大沙漠。长孙嵩追到平望川，大破屋击，并将他擒获，斩首示众。长孙肥追至涿邪山，逼近匹候跋，匹候跋所部全部投降。登国六年（391年）十二月，长孙肥又跟随拓跋珪征伐刘衞辰和薛干部，打败并消灭他们。登国九年（394年）十月，柔然的别部头领缊纥提的儿子曷多汗与社崘等人率领部众背弃缊纥提向西逃跑，长孙肥率领轻装骑兵追赶，追至上郡的跋那山，斩杀曷多汗，并将跟随他叛逃的人全都杀死。皇始元年（396年），长孙肥跟随拓跋珪征伐后燕，被任命为中领军将军。拓跋珪驻在晋阳，后燕皇帝慕容宝的并州刺史、辽西王慕