全斌至思明后，讹传他奉有王之密谕将杀董妃与世子，遂遭洪旭捉拿，幸好受到董妃救护而得免一死。同年五月（1662年6月），郑成功薨逝，黄昭、萧拱宸等人拥立王弟郑袭登基；十月，郑经命周全斌督理五军戎务，率军取下台湾，史称郑经克台。1663年，清国与荷兰组成联军，发动金厦海战，夺得金门、厦门二岛。郑经在失去金厦二岛后，撤返东都，命周全斌防范后方追兵；然而，周全斌顾及与洪旭的嫌隙，因而投降清国。康熙四年（永历十九年、1665年）四月，周全斌随施琅领兵犯东宁，水师至澎湖遭遇台风，无功而返。事后，周全斌于康熙六年