号在国内一直被指运作成本过高，工党在1997年上台执政后，在民意要求下宣佈不列颠尼亚号即将退役，这艘皇家游艇的最后一次任务是在1997年6月到香港，在7月1日凌晨香港主权交接仪式后，在维多利亚港添马舰的码头接载查理斯王子和刚卸任港督的彭定康离开香港前往菲律宾；两人与家人和随行人员在抵达菲律宾后下船再转乘飞机返回英国，不列颠尼亚号之后亦启程回国。1997年12月11日举行的退役仪式，由伊利沙白二世女王主持，其他皇室成员亦有出席。不列颠尼亚号共行驶达100多万英里。退役后永久停泊在苏格兰爱丁堡Leith港的