学、莫斯科中山大学的季陶达教授任南开大学经济系主任兼任所长，陶继侃任副所长。文革中，南开大学经济研究所再次被撤销，直至1978年恢复重建，钱荣堃任副所长。1979年，南开大学副校长滕维藻兼任所长。1981年，熊性美教授任经济研究所所长。1983年，南开大学经济学院重建后，谷书堂任首任院长并兼任经济研究所所长。1994年至1998年，陈宗胜担任所长。1998年，南开大学经济学院院长周立群兼任所长，此后柳欣继任所长。2013年10月柳欣病逝，此后所长一职悬空。2014年6月，南开大学经济研究所曾面向全球聘任所长