。1395年，足利义满罢免了能够独自掌管地方政务的九州探题今川贞世。1399年，大内义弘在西国举兵，义满发兵镇压（应永之乱）。此后义满彻底排除了西日本地区的反对势力。
勘合贸易与北山文化.足利义满在任期间，一直非常期望同明朝进行贸易。自1374年起曾数次向明朝派遣使节。1374年和1380年，足利义满以「日本征夷将军源义满」的名义向明朝朝贡，要求与明朝贸易。然而明朝拒绝了室町幕府的要求，理由是明朝认为「大觉系」的「日本国王怀良」（或作良怀）才是日本正统君主，而「持明系」则是乱臣