三被流放，又三被召回。圣历二年（699年），擢为凤阁侍郎，同凤阁鸾台平章事，多次指斥张易之、张昌宗兄弟乱政。时突厥与吐蕃数犯塞外，元忠皆为大总管拒敌。元忠在军队，一直持重自守，虽无所克获，但亦未尝败失。久视元年（700年），狄仁杰死后，魏元忠当了宰相。长安三年（703年）九月，张易之兄弟谮毁元忠与司礼丞高戬谋反，贬为端州高要（今广东肇庆）尉。705年唐中宗复辟，魏元忠被召回，授兵部尚书。时中宗不理朝政，把国家大权交付于魏元忠，并赐魏元忠物千段。元忠由是备受宠幸，逐渐专横跋扈，被时人讥「不能赏善罚