西班牙宗教裁判所.西班牙伊莎贝拉女王于1478年要求教宗思道四世准许成立，用以维护天主教的正统性，以残酷手段惩罚异端。思道四世虽曾指责，但圣座始终没有禁止此种行为。之后于1571年，来自西班牙的唐佩德罗·莫亚·孔特雷拉斯在墨西哥正式成立异端裁判所圣职部仲裁法庭，同时成为第一位裁判所长。此法庭最后停审于1820年。
罗马宗教裁判所.教宗保禄三世于1542年成立罗马异端裁判所，对整个天主教世界的宗教审判所保有监督权。罗马异端裁判所由教宗直接管理，有别于14