自此，爲期一百余日的维新变法终止，维新期间的大部分条纲被废止，维新派重要人物谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康有溥等维新六君子被斩首，康有为、梁启超流亡海外。上海师范大学教授雷家圣指出：日本前首相伊藤博文在戊戌变法期间到中国访问。当时英国传教士李提摩太向变法派领袖康有为建议，要求清朝方面聘请伊藤为顾问，甚至付以事权，变法派官员在伊藤抵华后，纷纷上书请求重用伊藤，引起保守派官员的警惕。保守派官员杨崇伊甚至就事件密奏慈禧太后：「风闻东洋故相伊藤博文，将专政柄。伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。」