30年代开始，瑞典贵族对于丹麦及荷尔斯泰因在管治中所佔的主导地位大为不满，成为了联盟继续的阻碍，并引起纠纷。到了1520年，丹麦国王克里斯蒂安二世出兵镇压瑞典境内反卡尔马派，并于承诺特赦后反悔及大肆屠杀反卡尔马派贵族，史称斯德哥尔摩大屠杀。倖存贵族古斯塔夫·瓦萨愤而揭竿起义，发动瑞典解放战争，最后驱逐丹麦军并登基称王，联盟正式宣告瓦解。卡尔马联盟从玛格丽特一世开始，历任5位君主及12位摄政官，合共93年。不过其余属地则以丹麦-挪威的名义继续由奥尔登堡王朝管治多个世纪，直到拿破崙战争后两国结束联盟关系。