政政策.荷兰人将马六甲设为巴达维亚（今雅加达）属下的一个郡，马六甲最高首长由巴达维亚统督直辖，下设卫戍司令、商务官、律政司、财务官、工务局长和港务局长等职务，他们组成一个受巴达维亚节制的议会，处理一切军政事物。为了加强各不同种族的管理，荷兰人继续沿用甲必丹制度，专事处理各民族发生的小纠纷和向政府交涉的一切事宜。荷属马六甲时代，着名的华人甲必丹人物是郑芳扬和李为经，两人于1673年共同创立「青云亭」，也是甲必丹的办公处。李为经也购置三宝山作为华人公冢。
宗教政策.在宗教政策方面，荷