澳网开幕两週前的多哈-埃克森美孚公开赛（zh-hk:卡塔尔;zh-hans:卡塔尔;zh-tw:卡达;公开赛）zh-hk:八强;zh-hans:四份之一决赛中是双方的第三度交手，三次对赛中费德勒均能在盘数没有落后下获胜。2006年澳网决赛中，巴格达蒂斯却先拔头筹，以局数7-5领先第一盘，不过最终仍以盘数1-3（局数:7-5, 5-7, 0-6, 2-6）而落败决赛，不过仍赢得不少赞誉。同年的中国公开赛决赛中，巴格达蒂斯以直落两盘6-4, 6-0击败了克罗地亚球员安西奇，首夺ATP男单