早期对于球囊菌门的研究多半着重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造「球囊菌门」的概念最早是在原囊霉属（"Acaulospora"）及"Gigaspora"两个属被提出，并和接合菌门"Endogonaceae"下的"Glomus"属共同被提升为科，合为球囊霉目（属于接合菌门）。1998年Cavalier与Smith提出「球囊菌纲（"Glomomycetes"）」的概念，并将球囊霉目归入其中（仍属接合菌门）。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA（SSUrRNA）的分析发现球囊菌目可自组一个门，