航站楼的旅客提供快捷的轨道交通，但由于深圳宝安国际机场于2013年11月28日转场至新T3航站楼并正式投入使用，原有的A、B航站楼亦停用。而此站仍然使用“机场东”站名，导致了部分旅客误为临近机场的车站。2016年6月28日，11号线通车，11号线可直达机场站（T3航站楼），旅客误导情况亦有所减少。目前“机场东”站没有改名计划，此情况会持续一段时间，而目前在各地铁站和列车中广播中会不时提醒乘客前往新航站楼在后瑞转车。
车站结构.机场东站位于机场航空配套服务基地区域，机场六道北侧。