飞往古晋的航班在1999年中旬已重新复航，由巴达维亚航空、卡尔星空航空、快速航空三家公司运营。随后，飞翼航空也加入了这条航线的经营，三家公司则退出了这条航线，目前经营该航线的还有亚洲航空，每周各提供14个架次的飞行。2010年代中旬前，坤甸曾开通过飞往新加坡（巴达维亚航空运营）和新山（快速航空运营）的航线。2015年3月末，亚洲航空开通了飞往吉隆坡的航线。