2017年，在保加利亚黑海沿岸地区，由于缺乏事前沟通，一些正在建设的风力发动机和高尔夫球场的土地所有者收到了来自欧盟的土地禁用警告和罚金要求。当地人民随即举行了对欧盟的抗议示威活动。Natura 2000保护区的范围和性质也饱受争议。大部分的保护区为森林，有的甚至设在城市地区。2009年，有欧洲议会议员唿吁应该更加注重欧洲荒野地区的保护，欧盟委员会在之后对相关政策进行了调整。
现状.底，Natura 2000覆盖的范围已达到欧盟各成员国海陆总面积的18.2%，其中共有鸟类特殊保护