但本庄氏自立性比较强，加上谦信对于家臣恩赏的问题，因此于1568年受到武田信玄的挑拨从上杉家中与大宝寺氏联合对抗上杉谦信，并与武田信玄、越中一向宗联手，趁着上杉谦信攻入越中时叛变，被称为本庄繁长之乱。本庄繁长叛变之初，曾试图联合鲇川盛长、色部胜长、中条景资等人一同反抗上杉谦信，但遭到他们的拒绝，其中中条景资还将信件送去给上杉谦信，让上杉谦信适时从越中回军越后。而武田信玄也在七月时亲自发兵进攻北信浓的饭山城，请来芦名盛氏出兵北越后。但是芦名盛氏作战失利，而武田信玄在包围饭山城一个多月不果后，也撤兵回甲斐。