毕业后，牟氏先后任教于山东寿张县乡村师范、广州学海书院、山东邹平村治学院、广西梧州中学、南宁中学、华西大学、中央大学、金陵大学、浙江大学，以讲授逻辑与西方文化为主。三十年代，曾主编《历史与文化》、《再生》杂志等。1949年，牟氏到台湾国立台湾师范大学与东海大学任教。1954年受聘为台湾教育部学术审议委员。1960年应聘至香港大学主讲中国哲学。1968年，由香港大学转任香港中文大学新亚书院哲学系主任。1973年协助创办新亚中学。1974年自香港中文大学退休，任教新亚研究所。其后又任教国立台湾大学、国立台湾