福与前总兵曾玉明进军合击。同治3年（1864年）曾元福再接署总兵，克彰化收复斗六门，同时曾元福次子曾登洲因助军有功，获赏换花翎以道员尽先选用。至戴潮春事件平定，曾元福奉命率领台勇往福建截击太平天国余党，转战浙赣闽粤，因功获赏戴花翎，授振威将军，赐号坚勇巴图鲁。同治5年（1866年）因福建候补县丞余辰一案保举不当，遭左宗棠、徐宗干奏《台湾军功人员褒奖过优请旨撤销》一折，曾元福被交部议处，之后因而罢官。尔后一直到同治13年（1874年）牡丹社事件爆发后，帮办台湾事宜福建布政使臣潘霨嘱曾元福协助招募台勇五百名