，分别成立教育学院、人文社会与艺术学院和理学院。另外还更动许多学系系所的名称，并限制师资培育学系仅包含教育与学习科技学系、幼儿教育学系和特殊教育学系，其余学系则去除师资培育部分，转型成为一般大学架构。而从2006年起，国立新竹教育大学连续多年获得奖励大学教学卓越计画补助，其中分别在2006年取得7,100万元、及2007年取得4,970万元，成为此计画中首所获得此补助的教育大学。
两校合併.2006年10月18日，国立清华大学校长陈文村在新竹市政府专题演说中，宣布清大和竹教大合併案