虽然标榜「3S」模式以快速导正少年犯，但多年来传出少年犯受许多不人道对待的事件，亦有怀疑狱内犯人死亡事件，引起相关人权争议。例如2000年和2006年分别传出有犯人被安排在烈日暴晒和被打致死的事件，都在家属揭发下曝光。导演黄国权执导，游学修及关楚耀主演的电影《同囚》，题材即来自沙咀惩教所问题，电影也找来前学员麦以马（18岁时因袭警罪被判入沙咀劳教中心两个月）参与演出。惩教署强调一直注重职员的操守，就个案调查后如果证实相关指控属实，便会对涉事职员进行纪律处分或交予其他执法部门跟进。另外，惩教所亦有犯人狱内自杀