神圣罗马帝国皇帝查理五世）发现埃莉诺正在阅读弗里德里希的情信，因而迫使弗里德里希发誓未有与埃莉诺秘婚，并将弗里德里希逐出王庭。埃莉诺只好于1517年与卡洛斯一世去西班牙。卡洛斯一世为了防止葡萄牙帮助国内的叛逆势力，先提议埃莉诺与其表弟葡萄牙王位继承人约翰，但是未能成事后却于1518年将埃莉诺嫁给姨丈葡萄牙国王曼努埃尔一世。曼努埃尔一世曾先后与埃莉诺的母亲胡安娜的姊妹伊莎贝拉及玛丽亚结婚并生下众多儿女包括王位继承人约翰。1518年7月16日，埃莉诺以18岁之龄嫁给快将50岁的曼努埃尔一世。他们生了两名