.1983年7月，童爱军本科毕业。1985年3月至1986年1月，在东北师范大学留日预备校学习日语。1986年7月，公派到日本留学。1989年3月，在日本东京明星大学获理学硕士学位，1992年3月又在明星大学获得理学博士学位。1992年4月起，在清华大学化学系任职。其间，1999年4月至10月，作为日本学术振兴会客座研究员，在日本东北大学化学系开展“糖分子的荧光超分子受体研究”。