湖水的pH值大约是5，是一座酸性湖，并不适宜鱼类生存。过去屈斜路湖内也曾经有过丰富的鱼类栖息。在江户时代末期的1858年（安政5年），松浦武四郎经过此地时，湖内曾有远东哲罗鱼、珠星三块鱼、红鳟鱼等鱼类。在1917年（大正6年）的调查中，湖中除了有远东哲罗鱼、珠星三块鱼、远东红点鲑、樱鳟、杜父鱼、三刺鱼生存之外，还有从海中逆流而来的大麻哈鱼。除了鱼类，水中也有众多植物浮游生物、苦草和眼子菜等水草生存。难以想像是个屈斜路湖酸性湖。湖中生态的情况在1929年（昭和4年）时发生变化。在这一年，许多鱼类都消失