亚当斯虽然是美国副总统，但由于他比华盛顿早抵达，因此他提早九天，于1789年4月21日就任。他于1792年成功连任。
1796年总统大选.1796年，时任总统华盛顿不愿竞选第三任后，联邦党派出当时的副总统亚当斯竞选总统。亚当斯在竞选中以71票比68票击败对手民主共和党派出的杰佛逊。然而亚当斯是美国最后一位联邦党总统。1796年的副总统竞选与之后总统副总统搭挡竞选的不同，输家杰佛逊在亚当斯的就职日就职副总统。1797年3月4日，华盛顿结束8年总统任期（2任），亚当斯正式宣告上任。