又代理军区司令员。还兼任了工商局长与第一任经委主任，全面主持了党、军、经济工作。晋察冀军区转入了反攻阶段。发展到100个团11万人，人口2500多万。1945年6月，在中共七大上当选中央候补委员。8月，指挥晋察冀军区的反攻作战。抗战胜利前夕，派胡锡奎、王国权、段苏权等开赴筹建热河省委和军区，命令李运昌率领冀热辽部队挺进东北。
第二次国共内战时期.抗日战争结束后，程子华奉命到东北。1945年9月被任命为中共东北中央局委员。1945年10月，程子华任东北军区（临时性机构）司令员。11月