省的建设因2003年8月的地方暴力抗议而被延迟，其后该省的创建又被印度尼西亚法院阻止，法院宣布中伊里安查亚省的创建违反宪法和巴布亚特别自治协定，之前划分成两个省被允许作为一个既定的事实。马诺夸里成为西伊里安查亚省的首府，2007年西伊里安查亚省更名为西巴布亚省。2009年1月4日凌晨4:43分，一场袭击了马诺夸里，最远在澳大利亚也可感受到震感，震源深度35 km，造成4人死亡19人受伤。当地居民被疏散到马诺夸里军事学院以避免可能的海啸和余震，珍珠酒店（Mutiara Hotel）、海军医院和其他一些建筑