家连线并于花莲县竞选连任，但是与民进党提名的游盈隆一同落选。之后陈永兴在高雄市市长谢长廷邀请下出任高雄市政府卫生局局长，陈永兴在局长任内曾经因为拒绝关说而被人殴打。1999年陈永兴获得赖和文教基金会颁发第八届赖和奖医疗服务奖。2004年陈永兴加入台湾团结联盟，被列为该党2004年立法委员选举不分区立委名单第一名，但由于具有学生身份而被中央选举委员会撤销参选资格。2006年8月，陈永兴卸任高雄市立联合医院院长。2007年9月16日，台湾团结联盟提名陈永兴为2008年立法委员选举不分区立委候选人，但未当