于是打算作乱。会稽内史谢輶揭发孙泰造反的阴谋，孙泰遭司马道子诛杀。孙恩此时逃入海岛（或许是今天的舟山群岛），孙泰余众当时认为孙泰是「蝉蜕登仙」，到海岛中支持孙恩，孙恩于是聚集了百多人，伺机复仇。
屡攻三吴.隆安三年（399年）司马元显征调因三吴门阀免除官奴身份而成为佃客的广大民众到建康（今江苏南京市）以充实兵员，称作「乐属」。此举激起当地门阀的愤怒不满；孙恩乘着人心不稳，率众乘机进攻上虞（今浙江上虞）并杀上虞县令，随后攻克会稽（今浙江绍兴），会稽内史王凝之被杀，孙恩部众增至数万人。