日成亦在1988年访问蒙古。1990年代蒙古的共产主义政权崩溃导致两国关系复渐下降。两国在1995年取消了条约；1999年，随着第一个访问蒙古的南韩总统金大中到访乌兰巴托，北韩关闭了他们在当地的大使馆。但是接下来蒙古国开始试图挽回局面。2002年，白南淳成为14年来第一个访问蒙古的朝鲜外交部长。2013年，蒙古总统查希亚·额勒贝格道尔吉访问朝鲜，并表示两个国家将扩大经济联系，特别是石油精炼方面。
脱北者.脱北者对两国政府来说是一个敏感的问题。2005年，南韩慈善团体声称蒙古政