直至后来于1544年因信仰原则的分歧而被撤去日内瓦学院院长一职。卡斯特留于1553年被任命为瑞士巴塞尔大学的希腊文教授。1563年，卡斯特留于贫病交逼中逝世，享年48岁，并葬于德意志的明斯特。他的遗体后来被掘出，之后被挫骨扬灰。卡斯特留于1554年以化名「」出版《论异端》（""）一书。在书中他为被喀尔文在日内瓦处以火刑的西班牙医学家及神学家塞尔维特抱屈，他写道：「当塞尔维特以理性和文字战斗时，他只应被理性和文字反击。」一位普救会协进会（或译「普世一神教协会」）的指卡斯特留可能是「历史上第一位在现代的