祖父李蔚，北周朔州总管；父亲李安，隋领军大将军。李渊称帝，拜李孝恭为左光禄大夫，不久改爲山南招尉大使，负责经略巴蜀，攻佔三十余州，俘获朱粲。武德二年，授信州总管，献平定萧铣的策略。武德三年，封赵郡王。武德四年（621年），任夔州总管，大造战舰，练习水军，李靖为副将，灭萧铣，受封荆州大总管，成功招抚岭南诸州。武德六年（623年），杜伏威的部将辅公祏反唐，杀王雄诞，率部占湖州。次年（624年）李孝恭俘获辅公祏于武康，江南平定，拜扬州大都督。其后长江以南均受其统领，因军权过重受到猜忌，被召还，拜宗正卿。武德九