──发条城市冒险记》（《》）的执笔途中，突然失去意识昏倒，一直没有醒来，经抢救后仍回天乏术，于9月23日（星期一）凌晨2时10分宣告不治，享寿62岁。他的葬礼于9月29日（星期日）在日本东京都台东区的宽永寺举行。其最开始与小学同学安孙子素雄共用笔名「藤子不二雄」，后两人风格出现差异，于1987年正式分拆笔名，称为「藤子不二雄Ⓕ」，F即其本名姓氏开头首字母。1989年2月，经过藤本的友人石之森章太郎先生的建议，将笔名改为「藤子·F·不二雄」。
作品.藤子·F·不二雄一方面向小学馆面