和Flagship完成Game Boy Color平台上的《塞尔达传说 不可思议的果实》之后，两家公司开始准备在新的GBA平台上开发新的塞尔达传说游戏。当时，开发团队将注意力放在了《四人之剑》上，GBA新款游戏的工作被暂时搁置下来；不过2003年2月，宫本茂和小野冢英二还是宣称这一项目正在“顺利推进”任天堂于2004年9月建立了缩小帽的网站，透露出林克可以分身的概念。与塞尔达系列其它作品不同，本作在欧洲发行早于北美。最受认可的理由是，发售日期受到了任天堂DS发售的影响：NDS于2004年11月在北美发售