由于明故宫已经成为废墟，康熙及干隆二帝南巡驻跸江宁时，均以江宁织造署为行宫。太平天国攻陷南京后，没有使用靠近紫金山的明故宫作为宫殿选址，而是在城中另择新址营建新宫，此间曾从明故宫拆去大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，明故宫的宫殿和宫墙已基本无存。中华民国时期，曾计划以明故宫地区为中央行政区，但由于财力和战争的原因，该计划没有全部实现。1929年修建的中山东路从明故宫遗址中穿过，将其划为南北两部。1930年代，在明故宫北半部遗址范围内修建了中国国民党中央监察委员会、中国国民党中央党史资料陈列馆、中央博物