阿尔及利亚开始接受法国统治。拿破仑和之前的政府首脑相比，对阿尔及利亚土着更加有同情心。他遏制了欧洲人迁往内陆的浪潮，将他们的居住区域，限定在海岸地带之内。拿破仑又释放了当地叛军的首领阿卜杜·卡迪尔，并且向他每年发放一笔150,000法郎的养老金。他准许穆斯林教徒以理论上平等的地位参军，加入政府机构，移民法国。穆斯林教徒甚至可以拥有公民权，不过这样做要遵守法国民法，不承认伊斯兰教法法庭。一些愤怒的穆斯林教徒将他的做法解读为，取得公民权，需要放弃信仰。拿破仑最有影响力的阿尔及利亚政策是改变土地产权制度。这一