区域叫做“互补位”或“抗体决定簇”。尽管通常抗原表位是指外来蛋白质等物质的其中一部分，但只要能被自体免疫系统所识别的表位，也被归为抗原表位。蛋白质抗原的表位根据它们的结构以及与互补位的交互作用，被分为构型表位和线性表位这两种类型。其中构型表位由抗原氨基酸序列中的不连续部分组成，因此互补位和抗原表位的交互作用是基于表面的三维特征和形状，或者是抗原的三级结构。大部分的抗原表位都属于构型表位。与此相反，线性表位是由一段连续的抗原氨基酸序列构成，与抗原的交互作用的基础是其一级结构。
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