并且响应足利义昭的反信长包围网，直到1570年投降；但是1574年六角承祯又逃亡伊贺并且有意东山再起，但没有成功。六角义贤在石部城持续对抗织田家，直到石部城遭到织田军攻破后（石部城之战），六角承祯便下落不明，有一种说法是他之后投靠石山本愿寺。后来又成为丰臣秀吉的御伽众，在庆长3年（1598年）时过世。