阿根廷巴塔哥尼亚圣路易斯省的拉加尔西托组（Lagarcito Formation）地层和智利的圣安娜组（Santa Ana Formation）地层，年代都属于早白垩世的阿尔布阶。南翼龙的属名是拉丁文 "pteron de austro"（南方之翼）的混成词，意指其发现地位于南半球，是由阿根廷古生物学家约瑟·波拿巴于1969年首次提出的，但直到隔年被正式发表之前都属于无效的裸名。模式种是吉氏南翼龙（"P. guinazui"），种名来自20世纪的阿根廷地质学家罗曼·吉尼亚祖（Román Guiñazú）。