任总经理，起初由其弟倪怀祖担任厂长，后来专心于任化学师、技术经理，陆续发明、研制成功多种药品。1939年，倪怀祖的胞兄教会领袖倪柝声（倪儆夫）访问欧洲回国后，出任中国生化制药厂厂长。关于倪柝声经商的原因，一般认为是为了应对战争时期教会工作所面临严重的经济问题，当时他的数十位忠心的同工及其家属面临营养不良、肺病和贫穷的困境。“我去作生意，如同寡妇被迫再嫁。”抗战期间，中国生化制药厂虽设于上海，仍秘密向重庆国民政府登记，供应军需药品。后期药厂迁往重庆。抗战期间，该厂的经营颇为成功，在规模上达到顶峰，成为