所有车站的服务中心都可以为深圳通卡办理充值业务，但每次充值的金额仍然限于50元人民币的整数倍。使用“深圳通”乘坐地铁的乘客，可享受95折的优惠。若乘客在刷卡5分钟后到90分钟内，在不同的公交线路间、在公交线路与地铁间、在地铁与公交线路间、在地铁与深圳有轨电车间换乘，都可在刷卡优惠的基础上，再享受0.4元/人次的换乘优惠，但乘坐地铁11号线的商务车厢将不享受上述与地铁相关的所有优惠（是否乘坐商务车厢以深圳通卡是否经过商务车厢核准为准）。2020年3月6日，深圳地铁全线网支持微信深圳通+小程序，打开深圳