7月，转任重庆市政府市长。1949年6月，兼任西南军政长官公署副长官。1949年11月10日至12月7日，成立重庆卫戍总总司令部，杨森任总司令；解放军攻占重庆后，杨森为西南军政副长官并兼代川陕甘边区绥靖公署主任。同年12月，中国西南部的国军溃败，杨森逃往台湾。此后，杨森历任总统府国策顾问、中华全国体育协进会理事长、中国奥林匹克委员会主席。1966年8月15日，杨森登上玉山。1971年重阳节，杨森再度登上玉山。1977年5月15日，杨森在台北病逝。享耆寿94岁（满93岁）。
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