福寺的临济宗僧人隐元隆琦受邀前往日本弘法。1740年，被和僧龙统元栋聘为住持。隐元认为自己就是临济宗的僧侣，参照圆尔、无学祖元等无准师范一系的临济宗学说，他称之为“临济正宗”，但与唐代传入日本的临济宗有所不同，所以时人称之为黄檗宗，其宗风融合了华严宗、天台宗、净土宗等宗派，具有明代的禅宗特色。隐元着有《黄檗清规》，对当时日本禅宗各寺庙的戒条影响甚鉅，后曹洞宗在宗门改革中，就以《黄檗清规》作为重要参考。隐元的禅法在上流社会大兴，以后水尾法皇为首的贵族与公卿、以幕府要人为首的实力军人们，以及仕绅名流相继