庐州、凤阳二府，滁、和两个州归并安徽巡抚管理；淮安府、扬州府二府及徐州隶属江南右布政使司。此时左、右两布政使辖境已经和现在安徽、江苏两省十分接近。康熙六年，左、右布政使分别改为安徽布政使、江苏布政使（这是“安徽”、“江苏”这两个省名出现之始），依然分驻江宁府、苏州府，但江宁府本身属于江苏布政使辖境。但康熙朝大清会典仍然记载全国为十四行省，所以这里的两个布政使辖境还只是两省的雏形罢了。另外，康熙二十九年，分定江南、浙江洋汛，嵊泗地域划归江南省江苏布政使司的崇明县。干隆十三年，干隆皇帝正式开始修订新大清会典