庐山隐居三十余年，前期专研阿毗达磨，后期则专研禅定之术，并主持翻译了《修行道地禅经》等指导观修的小乘禅经；而作为大乘佛教的信仰者，他对般若经也有深刻的体验。慧远实际所修习的禅法，主要依靠强调诸三昧中，以「念佛」为要的《般舟三昧经》。慧远在庐山东林寺同刘遗民、雷次宗等共一百二十三人在阿弥陀佛像前发愿，共期西方，希望由禅定修行，得到念佛三昧，而得解脱。慧远在《念佛三昧诗集序》中认为“诸三昧其名甚众，功高易进，念佛为先”，而且通过这种修法，最终能达到“冥怀至极，智落宇宙”的境界。但慧远这种依念佛三昧而见佛的