升就把功劳归于汪直，然而汪直内心有愧。马文升又与汪直行对等之礼，视其左右为奴，汪直更加不高兴。而陈钺更加巴结汪直，得到汪直欢心，日夜诬陷马文升，意欲打击中伤马文升而找不到机会发作。马文升回朝，赐牛羊猪三牲。第二年春，因为辽东屡次失事，明宪宗派汪直同定西侯蒋琬、刑部尚书林聪等去巡视。时逢余子俊弹劾陈钺，陈钺怀疑是马文升的意图，更加紧排挤马文升。汪直奏告马文升行事乖僻，禁止边民买卖农具，致使边民叛乱。明宪宗于是将马文升捕入诏狱，贬去戍守重庆卫。成化十九年（1483年），汪直倒台，马文升恢复官职。第二年被起用