协议后，圣座也派任了非常驻的宗座代表。 圣座在马来西亚吉隆坡设有大使馆，而马来西亚则在圣座设立无常驻大使馆，而大使由驻瑞士伯尔尼大使馆大使兼任。2002年，马来西亚首相马哈迪·莫哈末访问了圣座并会见若望·保禄二世。圣座也和阿富汗、汶莱、索马利亚、阿曼和沙特阿拉伯等国保持了非外交的官方往来。圣座另外借由不具外交官员身分及权限的宗座代表和地方天主教会团体维持关系。主要是在：汶莱、科摩罗、老挝、毛里塔尼亚、缅甸、索马利亚、越南、耶路撒冷和巴勒斯坦领土、太平洋地区（纽埃、图瓦卢）、阿拉伯半岛（阿曼、沙特