民愤激，陈秋菊兼领其军，率领栋字隘勇左营及前营并兼有十数营乡勇，共约六千多人兵力（参见栋军），纷起义以武力抗御日本殖民者。日本佔领台南后仍在深坑一带抗日，并曾二次围攻台北城。1896年（明治29年）元旦，当日本人高兴庆祝佔有全台时，陈秋菊与胡阿锦、简大狮等围攻台北城，一度佔领大稻埕。当时，陈秋菊骑着一匹白马率众领导攻城，因此又被称为「白马将军」。1897年8月，日本新任台湾总督儿玉源太郎实施保甲制度及「土匪招降对策」，日本人以招抚方式使其投降，应允给予陈秋菊经营樟脑的开採与制作权，陈秋菊在交换条件下