市平溪区的分水崙，但其水系最远源流则为其支流芊蓁林溪，发源于狮公髻尾山（又名火烧寮山）东偏北侧标高约560公尺处，水系河长约96公里，流域面积约493平方公里。主流从新北市平溪区起始后，流经新北市瑞芳区，进入基隆市的暖暖区与七堵区、新北市汐止区，再进入台北市，流经南港、内湖、松山、中山、士林、大同、北投等区，最后于关渡汇入淡水河。基隆河大致可分成三段：基隆河昔日有多个名称，如基马逊河（Kimazon）、里族河（Ritsouquie）、峰仔峙港、大隆同溪、内港北溪、鸡笼河、基隆溪川、基隆溪、基隆川等。