今季首个联赛入球，入球后的庆祝手势是希望球迷不要再批评球队，赛后陈肇麒更当选东网直播赛事MVP，最终南华以2–0击败R&F富力，终止了近4场联赛和盃赛不胜的颓势。2017年1月9日，与南华尚余半年合约的陈肇麒向会方提出离队要求，希望转投由前南华主席罗杰承和太太梁芷珊主理的香港飞马，但南华为陈肇麒开出120万港元转会费，而令转会陷于胶着状态。1月10日，南华在凌晨发表声明斥陈七有违职业球员操守，直指陈肇麒在周六对冠忠南区的比赛前一日，曾向主教练狄恩称自己未准备好而拒绝上阵，至令球队在当日没有将他放在出场名