支持的危地马拉军政府和经常得到很大程度支持的左翼叛乱分子陷入长达36年的危地马拉内战。其中规模最大的运动由率领，该组织巅峰时期成员达27万。内战期间，双方都对平民犯下暴行，其中93%在美军的支持下实施，而美军曾在80年代对当地的土着玛雅人发动种族灭绝的焦土运动。里奥斯·蒙特和费尔南多·罗密欧·卢卡斯·加西亚在位时，这类暴力行为尤其严重。此外，屠杀平民、强奸、空袭和强迫失踪等侵犯人权的行为也有发生。格雷耶瑟斯认为危地马拉“被恐惧的文化统治”，在拉美地区侵犯人权的历史中留下可怕的记录。这些暴行部分是政府采取