后遭政府征收土地，1934年将庙迁徙至新兴区大港埔，改称大港埔祖师庙。1951年开始重建，1953年完工，1969年因信众过多，庙宇无法容纳，又扩建庙宇，1974年改建为宫殿式。
祀神.清水祖师、玄天上帝、观音菩萨、註生娘娘、四大天王、玉皇上帝、南斗星君、北斗星君、玄坛真君、中坛元帅、托塔李天王、张天师、王天君、虎爷