岁的阿奎纳多当选为甲米地首任自治市长。他致力于岛际航运，开通了南部的苏禄群岛旅游航线。1897年又被推戴爲甲米地地方领袖。1896年1月1日阿奎纳多迎娶伊拉里娅·德·罗萨里奥（，1877年–1921年），并诞下五子。伊拉里娅于1921年3月6日死于麻风病，享年45岁。后于1930年7月14日，阿奎纳多又在巴拉索延教堂与玛莉亚·洛格罗尼奥（）结为夫妻，1963年5月29日玛莉亚去世，享年82岁。1894年经滂尼发秀介绍加入卡蒂普南。1896年8月26日卡蒂普南在巴林塔瓦克起义，阿奎纳多于31日在甲米地