中吉政、长束正家入主，但日野城最后在1600后遭到废除。1620年受封此地后，在原日野城的位置建立，也因此所建立的藩被称为，直到江户时代结束此地都是由所治理。现在的日野町辖区在江户时代末期，除了属于仁正寺藩外，也有部分区域分属、仙台藩、、尾张藩、淀藩、、、，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属西大路县、川越县、水口县、名古屋县、淀县、宫津县、