重叠基因（Overlapping genes），亦作「多重编码」（dual coding），是指两个或两个以上的基因共享一段DNA序列的现象。重叠基因的存在使得一段核苷酸序列可以编码一种以上的表达产物。重叠基因使一段DNA序列翻译出的mRNA能被不同的读框阅读，或者使一个基因的反义链的某一部分能成爲另一个基因的正义链的一部分。科学家已在细菌，病毒，甚至真核细胞/真核生物中发现了重叠基因的存在研究表明，在细菌中，基因组中有三分之一的部分含有重叠基因。
类型.重叠基因的重叠方式有：