定时连接设于斯坦福大学的伺服器去取得“工作单元”（work units），即一种存有实验资料的数据包，根据实验资料进行计算。每个工作单元计算完成后，再传回伺服器。
分析软体.Folding@home的用户端利用了经修改的、GROMACS、AMBER及这四款分子模拟程式进行运算，并会在许可的情况下作出优化，以把运算速度加快。这四款模拟程式也被修改成多个不同版本，供多款作业平台使用，每款程式的变体会以编号“Core xx”作分类。
命令行界面版本.Foldi