乘客需先通过闸口离开第1间公司的收费区后，另外购票后才可以进入第2间公司的收费区。与第1代相同，均为设有岛式月台1座，提供1面2线配置，1号月台为主轨，绝大部份停车月台均停靠于此，而不停站列车也会通过此月台；2号月台为侧线，现时只有4班往妙高高原站及新井站的普通列车使用。安排与旧车站相同，只是旧车站将2号月台定为主发月台，1号月台为交换月台。转辙器方面，往北新井站方向为Y型转辙器；而向南高田站方向则为避线型转辙器，同时1号月台向南高田方向也设置了紧急剎车路轨。和高田站一样，在特别的时期内，JR东日本的