逐渐宗教化，他也由思想家转成为宗教家。这种发展，首先是在各地建立三一教堂，其次制定了入教仪式，把儒家的伦理道德转化为宗教戒律，林兆恩着述中的佛道等宗教成分增加，他本人则在信徒的推波助澜下逐渐成为宗教偶像，成为「三一教主」，并借由一些「神蹟」，以及道术炼丹等方式，增加神秘性和对下层人民的吸引力，因此更吸收了大量的信徒。即使到晚年，他还是希望以儒教为主，吸收佛、道信仰，但其中展现一些矛盾，因佛道二教更具宗教特性，而引入二教常又削弱儒教的影响力，这是他始终面临而无法完全解决的问题。Section:::