年（1912年）1月3日，南京临时政府成立，他被任命为南京临时政府内务总长。同日，他和脱离了中国同盟会的章炳麟（章太炎）、张謇共同组织了中华民国联合会（后来改为统一党）。1912年4月，袁世凯任中华民国临时大总统后，他被任命为江苏都督。同年5月，统一党和民社等合组共和党，程德全因与章太炎不和而离党。1913年3月，他曾亲赴上海处理“宋教仁被刺案”，主张按法律程序解决。1913年7月二次革命中，他宣布江苏独立，并被推举为南军司令，但他弃职逃遁上海。同年9月，二次革命失败，他辞去江苏都督。此后他住在上海，以