确的，并且可检测到来自不同细胞类型的基因组DNA之间的差异，因此CGH是非常有效的细胞遗传学分析工具。最初难以推广CGH技术，因为实验设计不统一而彼此不一致，特别是数据的解释不确定。然而1994年发表的一篇综述详细描述了一个易于理解的实验设计，并且图像分析软件可以商业化，这使得CGH在世界各地得到应用。随着显微切割和简并寡核苷酸引物聚合酶链式反应（DOP-PCR）等新技术用于生成DNA产物，而有可能将CGH应用于更小的染色体异常，从而提高CGH的分辨率。1997年，Solinas-Tolodo等人开