以市内台伯河上的小岛台伯岛为基地，伊吉欧联结市内妓女、盗贼及佣兵势力，以及招揽反抗的市民加入其刺客兄弟会以解放在教宗势力控制下的罗马。于各方协助下，伊吉欧得知切萨雷的财政由其兄长胡安·波吉亚（Juan Borgia）负责，而切萨雷则欲借助法国瓦卢瓦公爵路易十二的军事力量以及发明家达文西之战争机器以征服义大利。在把切萨雷的财源和军队瓦解以及把达文西的战争机器毁灭后，伊吉欧于1503年潜进梵蒂冈圣天使城堡欲与教宗对质时得知「伊甸碎片」已落入教宗手上，而教宗因不满其子无穷的野心（包括对蒙特里久尼发动攻击）而对