8月，必麒麟再度在五叉港秘密收购，再度遭到清廷查缉，在查缉过程中，必麒麟为了拒捕而开枪击伤清廷官兵，此一事件使双方关系陷入紧张。1865年1月1日（同治三年十二月初四），安平（今台南）成立分关，必麒麟受命负责安平关务。不过他年底就辞职，翌年初受僱于天利行。1867年5月某个夜晚，天利行所信任一位华籍买办将所有库存鸦片、现金全部监守自盗，乘艇离去。因为他伪刻釐金局印戳，走漏釐金，东窗事发，只好远走，府城天利行因此被抄没、拍卖，买主是1866年刚设立的怡记洋行（ Elles & Co.），而必麒麟也就转