单位中，特异性探针的拷贝数可上数百位（而在传统阵列中仅有少数几个），而密布在每张阵列上的特征数则在10,000到大于6,000,000个之多。可以通过调节探针与探针之间重叠的序列多少、探针序列间已知碱基的数量或探针长度而达到改变作图分辨率的目的。对于如拟南芥这样较小的基因组，瓦片阵列甚至可对全基因组进行探测。瓦片阵列是全基因组关联分析中应用的有力方法。