祗改任光禄大夫、侍中，不久加尚书右仆射、中书监。傅祗在当时作为首辅大臣，常常宣扬君臣之间谦让的道理，令两者之间和睦共处；同时又因通晓国家体制，亦多参与朝廷制度的事。傅祗后转任左光禄大夫、开府，行太子太傅，侍中。永嘉五年（311年）升任司徒。同年大将军苟晞上表迁都仓垣，怀帝最终决意迁都，并派傅祗到河阴营治舟船准备怀帝水路交通之用，但怀帝碍于盗贼横行而不能离开洛阳。及后汉国军攻破洛阳，将怀帝掳至平阳。傅祗于是与苟晞共建行台，设于河阴，以司徒、持节、大都督诸军事身份传檄四方，并派儿子傅宣与尚书令和郁向方镇长官