绪三十二年十二月（1907年1月），置阿尔泰办事大臣，辖阿尔泰乌梁海诸旗、新土尔扈特部、新和硕特部及哈萨克流民，驻承化寺。
终结.宣统三年（1911年）武昌起义发生后，库伦的第八世哲布尊丹巴唿图克图宣佈外蒙古独立，并派兵西进乌里雅苏台和科布多。蒙古各旗札萨克未加抵抗，只有科布多的杜尔伯特汗噶勒章那木济勒效忠清朝，仍聼科布多参赞大臣节制。1912年，丹毕坚赞、马克思尔扎布及达木丁苏隆等人率外蒙古、俄国联军攻陷科布多城，驱逐了末任科布多参赞大臣溥及驻防清军，科布多全境陷落。