度起至百二十度止、北纬二十三度起至二十四度之间诸岛屿」，确定澎湖列岛与台湾共同割让给日本。台湾总督府变更清领时期之府为县，府辖之县为支厅，但澎湖厅仍维持建制直属总督府管辖。1908年（明治四十一年）4月30日凌晨，日本海军学校第35期学生实习，松岛号防护巡洋舰结束远洋航海回到日治台湾澎湖马公港时因弹药库药火自然燃烧而爆炸下沉，350名船员近半数丧生。日方在马公设立松岛纪念馆、松岛纪念公园、慰灵碑。1920年（大正九年）时与阿猴厅（今屏东县及旗山地区）及台南厅一部份（今高雄市及冈山凤山地区）合併为高雄