诟病，如运行期间多次出现“服务器忙”等提示，甚至几度宕机。中国大陆“乌云漏洞报告平台”也曾多次曝出该网站存在安全漏洞。虽然有着各种各样的问题，但12306在硬件配置上仍是全球效能最强的客运网上售票系统，运行效率较低原因在于客运列车票务系统特殊的数据库结构及其数据更新方式（每买一张车票需要更新相应线路的所有车票数据）。但是，特殊的数据库结构并非12306遭受诟病的唯一原因，问题还在于中国大陆的铁路客运能力面对中国大陆特有的「春运」周期仍显得捉襟见肘，无法同时满足所有旅客的客运需求，在这种时期「一票难求」的