。沿着核酸结构的相同位置，包括基因、转录因子及聚合酶等，都一般是以「上游」（接近5′端）或「下游」（接近3′端）来表示的。这种命名方法的重要性是容易表示只会从5′至3′合成的核酸，而建立新股的聚合酶，必须以磷酸双脂键附在新核苷的3′羟基。传统上，脱氧核糖核酸（DNA）及核糖核酸（RNA）序列是由5′至3′表示的。
3′端.3′端的名称是因一个股在五碳糖内第三个碳原子的羟基作终结而有的，并称为「尾端」。这个3′羟基在合成新的核酸分子是必要的，因它被DNA黏合酶连接在不同核苷的5′