的亲缘关系，大部分鞭毛虫有类似的顶器结构。这包括自由生活的"Oxyrrhis"与"Colponema", 营寄生的"Perkinsus", "Parvilucifera", "Rastrimonas"与ellobiopsid. 2001年, 对海洋微微型浮游生物样本的rRNA研究表明，存在两个新的囊泡虫进化世系，称作group I与II.Group I没有近缘亲属，而group II与双鞭毛虫门共甲藻目(Syndiniales)的寄生生物"Amoebophrya"亲缘很近.在1980年代，提出了这几大类