调控基因未必是操纵子的一部份，但是位于基因组的某一处。阻遏基因会到达操纵基因阻碍结构基因的转录。原核生物的一个转录区段可视为一个转录单位，也称作操纵子。
启动子.一个启动子是一组DNA序列能使一个基因进行转录。启动子是由RNA聚合酶所确认，并且引发转录。在RNA的合成中，启动子是一种方法区分哪一个基因用作制造mRNA，及进而控制细胞制造哪一种蛋白质。
操纵基因.操纵基因是DNA的一节能调控与操纵子连结的结构基因的活动，这种调控是透过独特阻遏基因或活跃基