继弹劾杨稷，朝廷商议不予加法，但使其状给杨士奇。随后有人再次告发杨稷横虐的数十件事情，杨士奇只能以老疾告辞。明英宗恐怕伤害士奇，下诏安慰。士奇感恩哭泣，不久忧虑不起。正统九年，杨士奇去世。赠太师，谥文贞。杨士奇葬于泰和县澄江镇杏岭村北山坡上，现为江西省文物保护单位。
后事.正统初年，杨士奇曾经上疏称瓦剌渐强，将为边疆敌患，而边疆尚缺兵马，恐怕无法抵御。御史请附近太仆寺关领西番贡马并悉数供给。杨士奇去世不久，也先果然入侵明朝，始有土木堡之变。杨士奇又善于知人、喜欢推举寒士，甚至包括一