2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子100米背泳比赛于9月8日至17日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为11个级别，其中S1级及S2级为新增项目。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：S1级：S2级：S6级：S7级：S8级：S9级：S10级：S11级：S12级：S13级：S14级：