大学1944年成立的药学系是中国最早创办的高等药学教育院系之一，为中国现代药学的发展培养了大量专业人才。先后在药学院学习和任教的人物有中国药学会创始人之一的赵橘黄及于达望、张辅忠、曾广方、陈璞等中国药学会7届理事长，以及黄鸣龙、楼之岑、陈耀祖、池志强、金国章、洪孟民、李连达等8位院士。药学院1947年开始招收本科生，1978年开始招收硕士生，2001年开始招收博士生。历年来共培养各专业毕业生4500余名。
现状.目前学院有药学、药物制剂、中药学3个本科专业，设药学、中药学2个一