国初期，浙江大学为筹建中国科学院和国家高等教育再布局做出了突出贡献和重大牺牲。1949年，中国大陆筹建中国科学院，部分浙大师资被调至中科院各院所。1950年代初期在全国高等院校调整，仿效苏联模式将浙江大学只保留工学院电机、化工、土木、机械四系，之江大学相关工科专业并入浙大。浙江大学医学院与浙江省立医学院合并，组建浙江医学院（即后来的浙江医科大学）。浙江大学文学院、理学院与之江大学文理学院、浙江师范学校、浙江俄文专科学校合并，成立浙江师范学院（即后来的杭州大学）。浙江大学农学院单独建校，成立浙江农学院