多寺里的建筑、佛具也得到改建、更新。1643年爆发会津骚动，会津藩当主加藤明成与其家臣堀主水之间起冲突，主水的妻子逃往东庆寺，却被加藤明成强行押出。为此天秀尼向千姬提出诉求，请她「在废除东庆寺寺法或让加藤家崩溃之间二选一」，千姬知悉后请其弟当代将军德川家光处理此事，最后加藤家得到的处罚是由会津四十万石被大大减封为石见・吉永（石见国吉永藩）一万石。天秀尼于1645年过世，葬在东庆寺内，丰臣秀吉的血统从此完全断绝。