人和从夏州迁移来的百姓郭迁互相煽动谋反，元嶷放弃州城逃走。魏孝武帝元修诏令齐州刺史尉景、济州刺史蔡隽各率州中士兵前往讨伐，元嶷复归旧任，加骠骑大将军、开府，朝廷又追论元嶷之前的功勋，封他为濮阳县开国伯，食邑五百户。元嶷后升任尚书右仆射，又转任尚书左仆射。天平元年（534年），元嶷担任领军将军，转任尚书令，兼管吏部选举人才事务，又转任侍中。元嶷虽然担任重要职务，顺应时势而已。元嶷后外任使持节、都督瀛州诸军事、瀛州刺史、仪同开府如故。兴和二年十月廿一日（540年12月5日），元嶷在瀛洲刺史任内去世，虚岁六十二，