士奇留守辅佐太子监国，当时朱高煦机谋夺嫡，在朱棣旁边谮语离间。永乐十二年北征，因太子迎接略迟，东宫官署悉数下狱。而因金忠勋旧，不予过问，但密令其审察太子事，金忠称没有机谋。朱棣大怒。金忠免冠顿首流涕，愿连坐以保全太子。于是，太子未被废除，而东宫官僚黄淮、杨溥等人得以保全。次年四月，去世。洪熙元年，追赠荣禄大夫少师，谥忠襄。