日本本土宗教的旧有信仰，他们直到今天仍然存在。2018年，与隐匿基督徒相关的长崎与天草地方的潜伏基督徒相关遗产获选为世界文化遗产。
历史.在德川幕府于1612年下达严苛的后，对基督教的禁止与迫害在其后数十年里不断加强，并在岛原之乱后达到极点。拒绝改信的基督徒会被处以酷刑。而改信的基督徒先是需要进行踩踏圣母玛丽亚画像的“弃教”仪式，在改信后也会受到寺社的严密监控。在这样的环境下，一部分基督徒表面上宣布放弃信仰、假意回归日本本土的佛教与神道教，但在私下依旧坚持信仰天主教，并将信仰经