与管辖淡水县、新竹县、宜兰县、基隆厅的台北府，管辖台湾县、彰化县、云林县、苗栗县及埔里社厅的台湾府，管辖安平县、嘉义县、凤山县、恒春县及澎湖厅的台南府等三府十一县三厅一直隶州。将台湾省省会定于台湾县（今台中市）。此时重编之行政区域，成为后来台湾总督府以及战后划分行政区的基础。刘铭传创设直属台湾省的三十几个机构，又把原来的机构加以改组。其中比较重要的有征收税租的税厘总局、负责樟脑专卖的脑务总局、征收茶税的茶厘总局、负责食盐生产与征税的盐务总局、推行煤炭採掘的煤务局、促进海上运输与管理的轮船局、推行开拓与开垦的