以副总统继任为总统。就任总统后，作为民主党人的他继续沿用林肯内阁，因此仍被视为共和党政府。之后的重建时期，作为南方民主党人，由于在南方重建採取妥协及同情南方的立场（他曾两次担任田纳西州州长），与控制国会绝大多数的共和党议员意见不合，使他于1868年成为美国历史上首位被弹劾的总统，但最终在参议院以一票之差避过弹劾的命运，而他亦顺利完成总统任期。
卸任后.卸任后，安德鲁·约翰逊于1868年国会参议员和1872年国会众议员的选举中都落选。最后于1874年以民主党人身份参选国会参议员，成功