食品工业中经常应用发酵过程，应用到淀粉，可以使淀粉分解为较小的片段，同时放出二氧化碳，是制造面包的必须过程；应用到酿酒过程，使糖类分解成酒精同时放出二氧化碳；应用到制茶工艺，使茶叶中的没食子茶素分解再合成为茶黄素，使茶叶成为红茶；此外像制作丹贝、腐乳、奶酪、酸奶等都需要发酵过程。当发酵被应用于面食时，多称其为发面。在制药工业上，现代发酵工程借由生物反应器-zh:发酵罐;zh-hans:发酵罐;zh-hk:发酵槽;zh-tw:发酵槽;，来进行胰岛素、干扰素、生长激素、抗生素和疫苗等多种医疗保健药