村民于2003年5月迁往新造镇谷围新邨内。2004年8月24日，广州大学300多名学生作为首批学生入驻大学城；8月30日，广州大学城正式宣告开园。2004年9月29日，番禺区小谷围街道办事处正式挂牌成立。原有的小谷围岛分属番禺区新造镇及南村镇、海珠区新胺镇和黄埔区长洲镇，而新设立的小谷围街道办事处隶属番禺区，负责整个小谷围岛内所有的行政和社会事务管理。2008年7月，广州大学城管委会挂牌成立，为番禺区政府的派出机构，负责广州大学城各项社会事务的综合协调和管理工作，与小谷围街道办事处合署办公。