一名列入上海市文物保护单位，1977年被重新确定为上海市古文化遗址保护地点。2011年，在崧泽遗址的原址上兴建的上海崧泽遗址博物馆正式奠基，并于2012年开工，2013年6月底竣工。该博物馆是为上海历史博物馆的一座分馆。2013年，崧泽遗址被列为全国重点文物保护单位。