克孜勒苏柯尔克孜自治州地处帕米尔高原，山地占全州总面积的90%以上。地势由东南向西北呈梯状上升，东南部为塔里木盆地边缘绿洲和喀什噶尔平原，最低处海拔1197米，北部、西北部为天山南脉和帕米尔高原。山地以克孜勒苏河为界，从乌恰县的北部、阿图什市北部直至阿合奇县全境，为天山南麓；克孜勒苏河以南，从乌恰县西南部直到阿克陶县西部为帕米尔高原和昆仑山山区。自治州境内海拔5000米以上的高山有16座，山顶终年积雪，最厚处达100多米。境内的“冰山之父”慕士塔格峰海拔7546米。公格尔峰海拔7719米，为自治州最高点。