“净化”伊斯兰教的学说的强烈反对和批评。伊斯兰解放党印尼支部、公正福利党和伊斯兰捍卫者阵线均公开反对群岛伊斯兰。群岛伊斯兰被批评为伊斯兰教的一种综摄形式，破坏了伊斯兰教的“完美”和单一性，破坏了乌玛的统一。印度尼西亚另一个有影响力的伊斯兰组织——穆罕马迪亚，虽然没有直接反对“群岛伊斯兰”，但强调应当谨慎适当地对待这一概念，而不是破坏和打压其他伊斯兰教的分支、不同的理解或教义。如果“群岛伊斯兰”受到国家的接纳和重视，他们担心其他伊斯兰教支系会受到迫害和歧视。