十九年（1903年），忠义军头目张桂林依靠俄军势力，四处抢劫，马龙潭设计杀掉张桂林，又亲率十多人在拉蛄河消灭张桂林部下200余人。但清政府迫于俄军的威势，将马龙潭撤职。后又重新起用。宣统元年（1909年），任奉天巡防右路帮统。同年冬，升任本路统领。中华民国初年，授陆军中将，赏三等文虎章。1914年5月16日，任奉天省东边镇守使。东边镇守使驻防凤城。东边地区和朝鲜接壤，受到日本人觊觎，马龙潭刚柔并施，安定边境。凤城有碑记其事，称赞他：“凤山常峙，鸭水常流，公之功德，同此千秋。”后来，马龙潭和张作霖不和