。因此，常常通过搜寻基因组中的保守序列来确定功能元素。蛋白质编码序列的保守导致蛋白质结构中相同氨基酸残基在类似的区域中表达，因此也拥有相同的功能。保守突变把氨基酸改变为相似的化学残基，所以可能并不影响蛋白质的功能。最高度保守的序列为酶的活性位点和蛋白质受体的结合位点。非编码保守序列不编译蛋白质，但是通常包含顺式作用元件。高度保守序列在人类中有一些缺失 (hCONDELs)。普遍的观点认为这一点是人类和其他哺乳动物存在解剖和行为差异的潜在原因。TATA启动子序列可以作为真核生物中DNA序列高度保守的例子