很多贵族和为政者的援助而兴荣。东寺在文明18年（1486年）的农民暴动时，创建当时的殿宇全遭遇火灾而烧毁，在豊臣家和徳川家等的援助下，重建了金堂和五重塔。重建之后的南大门、金堂、礼堂及食堂等殿宇由南向北整齐地排列成一条直线，其排列以及各殿宇的规模跟日本平安时代完全一样。各殿宇所立的位置、排列与规模跟建寺当时一样的寺庙极少，非常珍贵。
金堂.国宝，伽蓝的中心建筑，是最早建设的，推定是在将东寺下赐给空海的弘仁14年（823年）完工。当初的金堂在文明18年（1486年）烧失，近一世纪后重