马斯·纳托尔所提供的标本来描述断沟龙虾。这个标本的来源地不详，很有可能是来自纳托尔所活跃的圣巴巴拉及圣地牙哥。种小名取自它们腹部中断的凹槽。断沟龙虾最初被分类到真龙虾属，后来才与其他龙虾分类到新的龙虾属。
相关物种.断沟龙虾是龙虾属19个物种之一。其最近亲并非东太平洋的其他物种，而是加勒比海的眼斑龙虾及西太平洋的物种，如日本龙虾、"Panulirus marginatus"、"Panulirus pascuensis"、天鹅龙虾及长足龙虾；这种关系是从成体及幼体形态的对比研究及分子