二部曲：复制人全面进攻》制作期间在突尼斯拍摄，其余的主要场景都是在2003年6月30日至9月17日期间拍摄的。整部电影的拍摄过程完全是在位于悉尼的澳大利亚福克斯摄影棚（）完成的，而有些具体的实际背景则是从实地拍摄后整合到影片中的。典型的例子是卡须克上的石灰岩山峰，这一背景同时取材于中国桂林和泰国普吉（后者的自然场景在2004年印度洋大地震中损毁）。制作公司还在同一时间前往意大利的埃特纳火山，摄制组将从不同角度拍摄到的埃特纳火山照片剪接到一起，做成了熔岩行星木斯塔法的最终背景效果。
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