印顺法师在1994年后不再写作，至2005年舍寿之前，印顺法师或其门徒，无人回应萧平实多年以来于种种着作中对其佛法法义之公开评论。萧平实主张他的理论能「指引信徒明心见性，宏扬大乘宗门正法」；但亦有藏传佛教人士如索达吉堪布撰文，批评萧平实是攻讦佛教的附佛外道，指其行为含有「施展恶语相向的伎俩」。正觉同修会亦着专书回应。双方着作详见附註萧平实于《阿含正义》中引用《增壹阿含经》：「然此增一最在上，能净三眼除三垢。其有专心持增一，便为总持如来藏；正使今身不尽结，后生便得高才智」，主张《阿含经》说真心如来藏。