五年（1820年），前一年上游的河南睢州、马营两决口已经合龙，经过一年后大汛来到，清河县、安东县、阜宁县三县境内河水水位常与堤平高，然而黎世序也察觉如同包世臣预警，河水中央主流没有激流大浪，「中泓无熘」隐忧。道光元年（1821年），入觐，以两江总督孙玉庭暂署河务。十一月道光帝嘉其劳勚，加太子少保，开复一切处分，赐诗以表示恩宠。主持加培黄河两岸堤工。埽前抛碎石的「碎石坦坡」做法自靳辅开始用于高堰，后兰第钖、吴璥、徐端偶尔採用此法；而黎世序以此通用于每处工程，引来人言籍籍、谤言四起，认为有堵塞河道之虞，