甘蔗种植中使用了大量来自非洲的奴隶劳动力。16世纪时，岛上奴隶人口的比重已经超过了10%。16世纪从塞浦路斯、克里特和西西里引入葡萄，酿酒业开始兴旺。从美洲带入的葡萄根虫对酿酒业打击很大，以至于许多人被迫离开马德拉。在蒸汽轮船发明前，对从欧洲去往美洲和印度的船来说，马德拉是重要的中继站。马德拉也是从非洲向美洲贩卖奴隶的一个重要转运站。1617年，经常洗劫地中海沿岸地区的巴巴里海盗从圣港岛劫走了1,200人。到了17世纪，葡萄牙的糖生产已经转移到了巴西和圣多美和普林西比等地。马德拉的主要产业变为了