7年，阿富汗当局表示一名被扣押的塔利班发言人哈尼在审讯过程中承认穆罕默德·奥马尔正在受到巴基斯坦三军情报局的保护，住在巴基斯坦的奎达市。2008年，阿富汗政府指责巴基斯坦三军情报局介入了先前针对阿富汗总统卡尔扎伊的未遂暗杀行动。2010年，伦敦政治经济学院发表一份报告，指有确凿证据显示巴基斯坦三军情报局不仅为阿富汗的塔利班好战分子提供资金、训练和避难所，甚至还是塔利班领导委员会的成员。2010年另有报道指巴基斯坦三军情报局要求塔利班杀掉所有人，包括警察、军人和平民，以威吓人民。2011年，美