ystems的内部开发体制发生了变化，再加上64DD销量不佳这一因素，《火焰之纹章 暗黑巫女》的开发在2000年被作为一个GBA游戏项目重新启动。在这样的变革中，只有极少数原先N64游戏的概念被保留下来。2002年3月29日，《暗黑巫女》更名为《火焰之纹章 封印之剑》，作为系列第六作在GBA平台发售，这也是火焰之纹章系列首部登陆掌上游戏机的作品。《封印之剑》的凭借不错的销量使得系列成功地走出了前作的销量低谷。随后它的前传《火焰之纹章 烈火之剑》和故事背景设定于另一片大陆的《火焰之纹章 圣魔之光石》两部作品也