七年（1609年）举人，历任山东定陶县知县、北京中城兵马司指挥、户部河南清吏司主事、员外、郎中，莱州府知府。崇祯四年（1631年）闰十一月，孔有德在吴桥发动兵变，第二年正月，攻克登州府。朱万年拒绝孔有德的招降，率兵坚守莱州。崇祯帝派山东巡抚徐从治、登莱巡抚谢琏率军到莱州援助朱万年。四月，徐从治被孔有德的红衣大炮击伤而死。七月，孔有德假意请求招安，崇祯帝命谢琏、朱万年到孔有德营中宣旨，被孔有德所俘虏。孔有德命朱万年劝降城中，朱万年不屈而死。崇祯六年四月，明军平叛，孔有德渡海投降后金。