该陨坑外侧壁突出，内侧壁带有明显的阶地状结构，坑壁与坑底最大落差达4.2公里，坑壁平均高出周边地形1290米，内部容积约4400公里³。碗状的坑底相对平坦，分布有一些低矮的山嵴和一座直径15.56公里、高1500米的庞大中央峰。靠西北内侧坡底有一小片高反照率的地表。据部分观察者反映，该区域显示有一座火山口；在北侧内壁坡底则分布有另一处高反照率区，上面坐落着卫星坑"维尔纳 D"。维尔纳环形山的形态特征隶属"TYC"(以该类陨石坑的典型代表-第谷坑所命名)。在上弦月前数小时，该陨坑的坑壁上会呈现"月球 X"