势力的步步紧逼下，1996年被塔利班赶出阿富汗首都喀布尔。马苏德将军成为北方联盟军事领导人，率领塔吉克和乌兹别克民兵在北部10%的领土上开展反塔利班斗争。
遇刺.2001年9月9日，马苏德将军接受两名阿拉伯记者的访问，被其中一名基地组织派遣的刺客相机内隐藏炸弹，以自杀性爆炸刺杀。9月15日，马苏德被宣布不治逝世。此事事后被证明是基地组织为九一一事件所做的准备工作之一。