终等北府军旧将，以图消灭刘牢之领下北府军势力。另亦要朝廷追论平司马元显和殷仲堪、杨佺期的功勋，分别加封豫章公及桂阳公，并转让给儿子桓昇及侄儿桓濬。又下诏全国避其父桓温名讳，同名同姓者皆要改名，又赠其生母氏为豫章公太夫人。元兴二年（403年），桓玄迁大将军，又上请率军北伐后秦，但随后就暗示朝廷下诏不准。桓玄本身就无意北伐，就装作出尊重诏命的姿态停止。同年，桓伟去世，桓玄因公简约礼仪，脱下丧服后又作乐。而桓伟一直是桓玄亲仗的人，桓伟死后桓玄孤危，桓玄不臣之心已露，同时全国对其有怨气，于是打算加快篡位工作。而