有任何联系是孤立地存在，仍然将犹太的传统保留了数百年。不管怎样，他们虽然没有遭到中国人的歧视和迫害，且是逐渐被同化了。到了17世纪，这种同化加剧了。结果导致了犹太人信仰和礼仪习俗、社会和语言传统上的改变，同样变化的还有他们开始了与其他民族例如汉族、回族和满族的大范围的通婚。1642年（崇祯十五年），犹太会堂被李自成所攻取，开封因人为的黄河决口所冲毁。「汴没而寺因以废，寺废而经亦荡于洪波巨流之中。教众获北渡者仅二百余家，流离河朔。」 其后虽然幸存的犹太人陆续返回，并重建了会堂，重修了经书，但是社区显然已经元气