朝梁大通元年（527年），梁武帝在台城北面修建同泰寺，相传就在鸡鸣寺现址。同泰寺的寺名取自梵语“以协同泰”，规模宏大，有大殿六座，宝塔九层，号称南朝四百八十寺之首。梁武帝多次在这里出家舍身，549年侯景作乱攻入台城，梁武帝饿死，同泰寺也毁于战乱。五代十国杨吴天赞元年（922年），杨行密在同泰寺故址修建了台城千佛院。南唐时为净居寺，后又改名圆寂寺，宋代为法宝寺。明洪武二十年（1387年），明太祖朱元璋命令在旧址上重建寺院，定名为鸡鸣寺。永乐年间，灵谷寺的宝志法坛迁到鸡鸣寺，为西藏噶玛噶举派活佛大宝法王哈立麻（