禄教堂马上便在同年开始重建，于1600年抵达澳门、精通数学知识的耶稣会教士嘉禄·史皮诺拉神父（Carlo Spinola）被选上负责新教堂及其前壁（现大三巴牌坊）的设计工作。1602年开展建造工程，建造过程中除了有西方和中国工匠，也有从日本避离到澳门的日本人教徒参与。到了1603年底，除了教堂前壁以外的全部建筑物皆建造完成，1606年至1608年间又对教堂内部进行修饰。1608年开始建造教堂前壁，于1637年至1640期间完工，前壁上的雕刻及塑像则在1644年完全补上。新建成的圣保禄教堂被誉为当时亚洲最