太平军攻占南京，丁寿昌上疏建言，建议在淮阳一带加强防御，严防太平军从三汊河北进，不久其担忧果然成真。宝钞局设立后，他又上言力陈滥发纸币之危害。后晋升员外郎，曾充咸丰九年（1859年）己未科顺天乡试同考官。同治二年（1863年），丁寿昌被擢升为福建道监察御史，任内请求减轻江南捐税，减轻民负。次年，任严州知府。严州方经战乱，凋敝不堪。丁寿昌不畏艰难，毅然前往，到任后发展经济，教化人民，严州百废俱兴。同治四年（1865年），当地发生水灾，丁寿昌亲自乘舟勘察，结果船只倾覆，险些溺水殉职。在病中仍请求上级免除建德