将丰沙尔提升为总主教区并将果阿教区作为其，整个印度都置于果阿教区管辖之下，葡萄牙人还在果阿设立了隶属于天主教丰沙尔教区的主教座，以期将教会的影响力从好望角一直延伸到遥远的中国。而葡萄牙人在贸易创收的同时，自1540年开始向当地人传教，而同年新成立的耶稣会也来到果阿，殖民政府重视传教工作并为受洗教徒提供物质奖励，因而这些所谓基督徒中产生了大量，有些甚至还信奉原来的宗教。判定的所谓“”也从葡萄牙本土迁移到果阿，这些人有许多是和一些假意改信的犹太人，因此并不受天主教徒欢迎。圣徒方济·沙勿略在1545年写信给若