底层的佛殿内，保存有11世纪末的壁画，如今被藏学界认定为目前西藏境内发现的藏传佛教后弘期早期保存最好、年代最早的壁画遗存。佛堂内现存的10铺壁画，内容大体相同，均为佛说法图，主尊释迦牟尼四周围以众菩萨、众弟子，画面下端或角落还画有若干供养人。画面中，有释迦牟尼及各种形象的男、女半身像，人物之间镶饰着花草、狮子等等。15世纪后期，廓诺·迅鲁伯在《青史》中未提到13世纪中期之后扎塘寺改宗萨迦派。但从扎塘寺主殿的大经堂壁画中多为萨迦派高僧等内容看，扎塘寺后来确同萨迦派有密切关系。大经堂位于中心佛堂之外，面阔五