928年10月25日成立后，到1937年抗战爆发之前，设于南京 长江路292号（今 东箭道19号）国民政府东花园，首任院长谭延闿。东箭道行政院旧址，包括大门门楼和二幢二层办公楼，现在已经整修一新，按原样陈列，并对外开放 。抗战期间随国民政府各机关迁至重庆。
萨家湾行政院旧址.1946年抗战胜利后，还都南京，行政院没有回到战前原址，而是迁到中山北路61号（今中山北路254号）原铁道部大楼，与国民政府交通部旧址大楼隔路相对，原址则改作国民政府社会部。原铁道部大楼由赵琛、范文照设