院师生人数最多及未来发展的需要，将南京高校中校舍面积最大的原南京大学四牌楼本部作为南京工学院校址。1953年，又并入浙江大学、山东工学院、厦门大学和交通大学的无线电通讯与广播专业，以及厦门大学机械系热动装置专业。张江树（原南京大学教务长、理学院院长）、钱锺韩（原南京大学工学院院长）任建院筹备负责人，以原南京大学职员组织行政机关。张江树调华东化工学院后，由汪海粟任南京工学院院长兼党委书记，钱锺韩任副院长。原南京大学工学院水利系与交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组以及华东水利专科学校