8年间，杜波依斯依靠邻居们的捐助，在田纳西州纳什维尔的一个传统的黑人大学——就读。 在南方的旅行和居住成为杜波依斯第一次体验南方的种族歧视，其中包括吉姆·克劳法、偏见和私刑处死黑人。 在菲斯克大学取得学士学位后，杜波依斯又在1888~1890年期间进入哈佛大学（哈佛不承认菲斯克的课程学分），在那里，他受到他的教授威廉·詹姆士的强烈影响，专攻美国哲学。 杜波依斯利用暑假打工、遗产、奖学金，以及来自朋友们的借款支付了哈佛大学三年的学费。1890年，杜波依斯以优等成绩获得哈佛的学士学位，也即他的第二个学士学位。