日本陆续更换了EF81型电力机车的车体涂装，以国铁交流电力机车标准色“赤2号”取代了原本的“赤13号”。此外，部分EF81型电力机车还采用了特别涂装，例如“北斗星号”列车的本务机车采用了“赤2号流星色”，在车身两侧加上了“银之流星”的独特标志；牵引“超特快彩虹号”欧风欢乐列车的EF81 95号机车采用“彩虹色”涂装，全车以鲜红色为主色，车身两侧并涂上巨大的“EF81”字体，该涂装一直使用到2012年才被撤销。而专门牵引“仙后座号”列车的EF81 79、92、99号机车，则采用了由白、黄、橙、蓝四色构成的“仙