月10日，哈里森在印第安纳领地首府万塞讷上任 。接下来两任总统托马斯·杰斐逊和詹姆斯·麦迪逊都是民主共和党人，分别在1803、1806和1809年提名他连任。1812年战争爆发后，哈里森在这年12月28日辞职重返部队。1804年，哈里森受命执掌路易斯安那特区民政，此地包括后来纳入路易斯安那领地的北纬33度线以北地区。同年十月，特区民选政府开始运作，哈里森担任行政首脑直到五周后路易斯安那领地正式成立为止，詹姆斯·威尔金森少将出任新领地首任总督。1805年，哈里森在万塞讷附近建起种植园风格居所并起名“松