盾构机经调试后在同年6月开始掘进。至2013年7月4日，项目部发现盾构机刀具磨损超标、盾构无法正常掘进，只能更换刀具。2013年12月31日，刀具完成更换，盾构机恢复掘进。2015年7月2日，隧道全线贯通。隧道最终于2016年1月1日通车。为配合南京长江大桥封闭改造，自2016年10月28日22:00起，南京扬子江隧道只允许本地公交车和本地19座（含）以下客车通行，外地车辆以及本地19座以上车辆禁止通行。2018年12月29日起，南京扬子江隧道取消对外地车辆的行驶限制。2019年12月20日，更名为