同事与旧部属如徐立德等人共同成立的基金会。成立时，由时任行政院副院长的徐立德担任董事长；并由孙运璇在「科技发展方案」时在半导体等产业培养出来的企业家，如当时台湾电力公司董事长张钟潜、中兴工程董事长张斯敏、联华电子董事长曹兴诚、台积电董事长张忠谋等人，担任董事。成立时以表扬优秀公务员为主，后来也扩及了公共政策的研究、举办研讨会、发表论文、出版刊物等事业。2006年，台北市政府文化局指定孙运璇故居为市定古蹟，并委託孙运璇学术基金会进行研究、规划、经营管理。