汤姆斯盃夺冠.2016年2月，简·奥·约根森代表丹麦参加俄罗斯喀山举办的欧洲男子羽毛球团体锦标赛，助球队赢得男子团体冠军。同年3月，他出战德国羽毛球黄金大奖赛，在男单准决赛以1比2（21-16、14-21、17-21）不敌赛会4号种子、中华台北名将的周天成。同年4月，他出战马来西亚羽毛球首要超级赛，在男单准决赛以0比2（7-21、14-21）不敌赛会2号种子、马来西亚一哥的李宗伟。同年4月，他代表丹麦参加法国永河畔拉罗什举办的欧洲羽毛球锦标赛，在男单决赛以0比2（11-21、16-21）不敌赛会2号种子、