办川滇边务大臣赵尔丰也到达昌都，并安排护送川军入西藏事宜。赵尔丰采用军事手段推行“改土归流”，将昌都的土司及唿图克图的统治权收归清朝朝廷。1910年，赵尔丰先后奏请将察木多改设为昌都府，辖察雅县、恩达县（今属类乌齐）、贡县（今贡觉）、宁静县（今芒康）、科麦县（今左贡）、察隅县。1911年，代理督办川滇边务大臣傅嵩炑以昌都、察雅活佛“虽系唿图克图，而管理地方与土司无异，应一并改流”为由，收缴了昌都、察雅两活佛之印信。不久，清朝应帕巴拉之请求，也由于“与土司印不同，准其发还”。1912年，经西藏噶厦授意，昌