总理衙门在外交事务的处理上有较多的发挥，包括处理《北京条约》之后的善后事宜，1866年接见西方的斌椿、蒲安臣等使团，1868年的《天津条约》修约相关问题，以及海关事务的处理等。但1870年代以后，恭亲王的权力因慈禧的排挤而下降，加上1870年开始，李鸿章就任北洋通商大臣，许多外交事务逐渐由北京的总理衙门转往天津，此后到甲午战争前后，李鸿章在天津的衙门成为事实上的中国外交部，总理衙门在外交事务上的作用就减少了，1884年恭亲王不再掌理总理衙门使其重要性更下降。1901年庚子新政中，正式将总理衙门改为外务部