999年的新分类，将1256种南岛语言，分为10大分支，是民族语有列出语系中，语言数目第二多的语系。此新分类将原来台湾南岛语言（Formosan）17种语言及婆罗语群的139种语言分拆成多个新的语族，并提升至与马来-玻里尼西亚语族的地位相同，详见台湾南岛语言。最后面的数字是该语族或语群所包括之语言的数目：南岛语系（Austronesian，1256）
维基百科语言列表中的南岛语系语言.统计至2020年1月27日止：