部鳄形类的远亲，特里鳄则是帝鳄的姊妹分类单元，两者是森林鳄的近亲。之后，C. A. Brochu修改他的种系发生学研究，认为大头鳄、海鳄亚目构成一个演化支，而索科托鳄、森林鳄科也构成一个演化支，两个演化支互为姊妹分类单元。在最近几年，大头鳄被归类于大头鳄科，大头鳄科还包含：埃罗鳄、帝鳄、特里鳄。在2006年，S. Jouve等人提出鳄形类的种系发生学研究，将大头鳄归类于大头鳄科，但也将海鳄亚目的物种归类于大头鳄科，这将使大头鳄科成为并系群。S. Jouve等人解释，这些鳄形类具有类似的长口鼻部，因此当进