之战后前秦崩溃，慕容垂乘机叛秦复燕，王懿就与兄长王叡共起义兵对抗，可是被其击败。王懿兄弟南渡黄河至滑台（今河南滑县），一度被当时盘据当地的丁零人翟辽留下任其将领，及后才成功逃走。东晋太元末年，王懿兄弟迁居彭城（今江苏徐州市）。后来，他们前去投靠出身太原王氏，于东晋任高官的王愉，但不获王愉礼待，于是兄弟俩改投桓玄。不过，当时桓玄篡夺了东晋政权，王懿曾与辅国将军张畅谈及当时时事，就说：「朝代更迭自古即有，确实不会限于一个家族，可是今天新起为君的，恐怕不能够成就大事。」桓玄于元兴二年（403年）年末篡位，而刘