贡多活佛以唿图克图列名册档。光绪二十九年（1903年），册封第六世谢瓦拉活佛谢瓦拉·丹增赤来为“通诚禅师”，册封第八世甲热活佛甲热·曲吉坚参为“博善禅师”。如今，该寺的第一大活佛系统仍然是帕巴拉活佛，第十一世帕巴拉活佛帕巴拉·格列朗杰出任全国人民代表大会常务委员会副委员长。除了五大活佛系统之外，该寺还逐渐发展出中等活佛七位，小活佛十八位。该寺五大活佛系统的现状为：昌都寺有9大扎仓，其中4个扎仓为晚期设立，故一般史料仅记载最初的5大扎仓，即林堆扎仓、林麦扎仓、奴林扎仓、耶当扎仓（又称库优扎仓）、江热扎