珅知道此事后对阿桂结下不解之恨，直至阿桂去世。清干隆四十六年五月六日清兵包围起义军据点华林山华林寺，清兵放火烧寺，起义军皆葬身火海，苏四十三在混乱中被杀，历时七十多日之苏四十三起义被清廷平定。
余波.苏四十三起义间接导致了甘肃捐监冒赈案的揭露。阿桂前往甘肃平定苏四十三起义，他在报告军情时称遇大雨，干隆皇帝感到不解，因为甘肃省官员王亶望等一再表示“向来具以被旱须赈为言，几乎年年如此”，遂下令阿桂等彻查。甘肃捐监冒赈案是清朝有史以来最大的集体贪污案。