陈兆基校长辞职，由翁益彰校长接任。此后，1994至1997年间，崇兰中学先后加建了课室及电脑室及加入教育署第二期学校扩建计划，增添了学生活动室，教员休息室，课室及会客室。2001年，翁益彰校长荣休，陈应信校长接任。2003年，崇兰创校八十周年，并于《明报》刊登校庆特辑，而且举行了校庆嘉年华活动。
积弱爆发.2002年6月，崇兰一名15岁学生因不愿考试，在开考前打伤两名男教师。2005年3月10日，崇兰一名16岁学生在校内持刀恐吓另一名有过节的学生，被教师及时制止。200