「公然把两岸关系歪曲为国与国关系，暴露其一贯蓄意分裂中国领土和主权的政治本质」，措词严厉地批评李登辉与台独分裂势力主张沆瀣一气（大陆新闻中心 1999），认为李登辉的路线以从「独台」转向「台独」。之后，经过十多天对两国论的观察及开会研判，中共中央总书记江泽民决定取消海协会会长汪道涵的访台计划，同时到2000年3月台湾总统大选前，不但停止海协、海基两会交流对话机制，也决定台办官员暂停赴台（王玉燕 1999）。也就是说，对中华人民共和国政府而言，在两国论甫推出之际，官方的立场是希望台湾能将两国论定位在李登辉个人