时期，万里任冀鲁豫党委第二、第七地委书记兼军分区政治委员，冀鲁豫区党委委员、秘书长，第二野战区第五兵团南下干部支队参谋长。内战前半期，万里领导冀鲁豫区的第二、第七地委军民拿枪分田，支援前线，击败了国民革命军的军事进攻。他与区党委部分领导人一起，全力支持刘伯承、邓小平领导的晋冀鲁豫野战军发起的鲁西南战役；陈毅、粟裕领导的华东野战军西兵团发起的沙土集战役；并在冀鲁豫区的黄河南地区发动游击战争；领导整党。
建国初期.1949年，随第二野战军（刘邓大军）南下，参与接管南京的工作。解放军攻占