亚宣布脱离苏联独立。其后，随着承认波罗的海国家的独立，中华人民共和国政府亦承认爱沙尼亚为主权国家，并与其建交。中华人民共和国于1992年在爱沙尼亚设立大使馆，并在翌年遣使到该国；爱沙尼亚于1997年在华设大使馆，在2002年首度向中国派驻大使。第十四世达赖喇嘛曾于1991年到访爱沙尼亚。2011年8月，达赖再次访问爱沙尼亚，并与爱沙尼亚总统托马斯·亨德里克·伊尔韦斯非正式会面；中国外交部召见爱沙尼亚驻华大使，要求他就达赖访问当地给予解释。中华人民共和国政府又对此表示抗议，批评爱沙尼亚接受达赖访问是干涉中