战争爆发后，北平大学与北平师范大学、北洋工学院迁往陕西成立国立西安临时大学，徐诵明出任校务委员会常务委员。1938年改为国立西北联合大学，他继续担任校务委员会常务委员。1939年西北联大解散，他前往重庆任教育部医学教育委员会常务委员。1943年，当选中华医学会理事。1944年，调任国立同济大学校长，并兼医学院院长。抗战胜利后，他于1946年调任国立沈阳医学院院长兼病理学教授，后于1948年辞职。中华人民共和国成立后，徐诵明出任卫生部教育处处长，并兼任北京医学院病理学教授、中华药典编纂委员、卫生教材编审委