在于水和动物的肠道中。婴儿的粪便中常含有艰难梭菌，为新生婴儿肠道中正常菌群，大约50% 12月龄婴儿的肠道中有艰难梭菌，2岁以上儿童的带菌率大约为3%，但此菌在健康成人中出现频率较低，无症状带菌的成人在瑞典是1.9%，在日本为15.4%，这种细菌会产生肠毒素和细胞毒素，是一种能引起伪膜性结肠炎的厌氧梭菌属细菌，也是一种导致住院病人腹泻的常见细菌，病征由轻度以至严重的腹泻。
致病因子.主要为ToxinA、B(TcdA、B)，借由将尿苷二磷酸葡萄糖 (UDP-glucose)的葡萄糖转