耿南仲到府第，指使他代东宫起草代赵谌辞官的奏章，使得赵谌没有被任官，意图以此动摇赵桓的地位。
宋钦宗年间.宣和七年（1125年）十二月，宋徽宗要内禅给赵桓，赵桓坚辞，这时赵桓得病，出卧福宁殿，宰相百官排队等候，日暮不敢退。宰相李邦彦说：“皇太子素亲耿南仲，可召之入。”耿南仲与门下侍郎吴敏到殿中侍疾，视赵桓就医用药至夜半，赵桓稍醒。次日，赵桓即位，是为宋钦宗，拜耿南仲资政殿大学士、签书枢密院事。靖康元年（1126年）正月，免去签书之职。钦宗因耿南仲是东宫旧臣，礼敬尊重他，赐宅一区。