08年7月间，马英九提名的考试委员、院长、副院长及监察委员，在立法院严重挫败，弄得马英九灰头土脸，负责协调沟通的詹春柏难辞其咎。另外，马英九的施政不佳、与国会的沟通不良，也使得詹春柏时常是媒体、立委点名下台的官员之一。2009年9月7日，由于刘兆玄八八水灾救灾不力，总统府宣布中国国民党秘书长、立委吴敦义担任行政院院长，詹春柏回任中国国民党秘书长，遗缺由内政部部长廖了以升任。2016年11月11日，国民党副主席詹春柏赴中国北京出席「纪念孙中山先生150年诞辰纪念大会」，立法院将修法规范停止未经许可赴中