在算悦任内传为给林门入，林家便成为一家了。至于井上家，则由算砂大弟子中村道硕的徒弟玄觉因硕在本因坊道悦任内传为给道砂因硕，成为一家。不过到了幻庵时期，幻庵将道硕列为第一世，那么则要推到算悦任内道硕传位给玄觉。除此之外，后来还有所谓的「分家」，就如将棋有大桥分家之于大桥家一般。在本因坊烈元时期，安井家的高徒坂口仙得自立为坂口家(一作坂口家)；同时期，井上家的服部因淑是为后来的服部家之祖。而林家门徒林佐野分离成为林家分家，本因坊家也有水谷家之分家。除了以上以外，还有无数的小门派，不过都不成气候，难以