界上最大的佛塔遗迹婆罗浮屠便是由信奉金刚乘佛教的爪哇古王国夏连特拉王国建造的，同时期的宗教遗迹还有印度教寺院遗迹普兰巴南。爪哇的印度文化顶峰是十四世纪的满者伯夷王朝，被形容为印尼历史上的黄金时代。伊斯兰教在公元十四世纪被引入印度尼西亚。 来自印度古吉拉特邦的穆斯林商人，将伊斯兰教从苏门答腊西海岸传入印尼，然后经由爪哇岛发展到印尼东部。葡萄牙将天主教信仰引进印尼，特别是在弗洛勒斯岛和帝汶岛；基督新教由荷兰在十六世纪引进，主要为加尔文宗和路德宗。
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