康熙帝即位后，对督抚制度进行调整，改为“直隶各设总督一员，驻扎省城”。时任川陕总督李国英改四川总督，驻重庆，至此，四川总督才算是名副其实。
频繁调整.康雍干三朝，四川总督的建置调整频繁，先后多次与湖广、山陕、陕甘等总督分合。康熙七年十月庚寅（1668年11月28日），裁撤湖广总督，由四川总督兼任，改为四川湖广（川湖）总督，移驻荆州。康熙十二年（1674年）冬，三藩之乱爆发，至次年六月，吴三桂叛军已经攻克四川周边的云南、贵州、湖南三省。而四川形势也十分危急，“提督郑蛟麟，总兵谭弘