下两层车站，地下一层为站厅层；地下二层为站台层。
车站特色.宝通寺站属于装修特色站，装修方案包括一面菩提树造型的墙，意在让人们在忙碌之余停下脚步，沉静心灵。该站4号出入口及风亭经过特别设计，凸显古典建筑及佛教特色，与附近的宝通寺相唿应。