分子.与前两型不同的是第三类MHC分子主要属于补体系统，参加不分别免疫。它可下分为C2、C4和Bf。
命名.每个特定的人类白细胞抗原的名字分三个部分：
医学意义.在进行移植手术时人类白细胞抗原决定组织相容性。贡献者和接受者的人类白细胞抗原越相似，排异反应就越小。只有同卵双胞胎或者克隆(Clone，复制)的人类白细胞抗原是完全一样的。 此外许多疾病与一定的人类白细胞抗原相关联，因此它们对于一定疾病的可能性有关。
相关疾病.特定