，继承家督之位成为第13代藩主、4月22日就任扫部头之职。直中施行积极的藩政改革、为重建财政而颁行俭约令，设置町会整备防火制度、实行殖产兴业政策、宽政11年（1799年）为努力培养人才而创设藩校・稽古馆。同时，也实行了治水工程等开拓事业、为祭祀藩祖井伊直政而创建了井伊神社、同时也在佐和山建立了石田群灵碑。文化9年（1812年）2月3日、隠居、将家督之位让与儿子井伊直亮。天保2年（1831年）5月25日在彦根死去した。享年66。