疑似设置宿舍.2017年10月25日，传真社取得一批工地相片，现内地口岸区B3层房间装上以简体字及英文标示「口岸办保安员宿舍」（Security Staff Rest Room），与政府表明在高铁西九龙总站工作的内地人员不会在港留宿的说法并不相符。运输及房屋局回覆指该房间英文名称是按照港铁英文版本的建筑图则，指港铁现时使用的中文名称并不准确，已要求港铁更正。
安排问题.
一亿元内地人员膳食费用.2018年9月3日，《信报》及《经济日报》指港铁应内地政府要求，