忽必烈灭亡南宋，结束了中国三百年来南北分治的状态。1368年，朱元璋领导的农民军结束了元朝的统治，元朝退回蒙古高原，中国史书将之称为北元。明朝与北元及其后续政权多有征战。1616年，努尔哈赤建立后金，并开始与蒙古诸部会盟与联姻。1634年，皇太极击败北元末代皇帝林丹汗，降伏了东部蒙古诸部。1644年，明朝被清朝取代。1689年，清朝康熙帝在与俄国签订的国际法边界条约——《尼布楚条约》中，首次将“中国”作为正式国号使用，与“俄罗斯”相对，当中的“中国”包括蒙古以及中国东北等地在内的整个清帝国。