大革命结束后，段锡朋任中国国民党清党委员会委员，中国国民党南京特别市党部整理委员及执行委员，并在中央党务学校任教。段锡朋在中国国民党第四次全国代表大会上当选中执会候补委员。后来接替陈布雷任教育部政务次长，在部长朱家骅视事前代理部务。段锡朋还曾代理国立中央大学校长，后因学生反对而未就任。1938年1月，他辞去政务次长职务，任中国国民党中央常务委员直至去世。抗日战争爆发后，国民政府迁都重庆，段锡朋任中国国民党中央党部训练委员会副主任委员、主任委员。抗日战争胜利后，段锡朋因病住进南京中央医院。1948