台独史观。中国国民党立法委员洪秀柱同样批评该措施为台独史观之表现，并认为台湾史不能独立在中国史之外教授。随着争议扩大，张元曾向社会各界解释该课纲并不是根据杜正胜的同心圆史观来设计，而是由教育专业出发而设计；此外，他个人也不支持台独，而是支持维持现状的统派。但因政治压力，张元与林丽月在2003年底退出高中历史课纲修定小组。该课纲在黄荣村担任部长时因而曾被暂时搁置，但在杜正胜上任部长后被重新推动并改称「95暂纲」。