队重要替补球员，王晓龙在王永珀受伤缺阵后支撑起球队中场，连续在与辽宁宏运和长春亚泰的比赛中进球，帮助球队获得连胜，但在客场与大连实德的比赛中半月板受伤，提前结束赛季，全年出场7次进2球。2009年王晓龙伤愈后状态欠佳，仅出场10次。2010年王晓龙与吴昊一同自山东鲁能泰山转会至北京国安。2010年2月23日在与墨尔本胜利的亚足联冠军联赛中替补登场，完成在新东家的首次亮相。在2010年3月27日的新赛季中国足球超级联赛揭幕战对阵南昌八一的比赛中，替补出场的王晓龙攻入加盟北京的首个进球，为球队奠定胜局。