心中厌恶，认为他以下犯上，因而罢黜不用。阮应龙郁郁不得志，写下了许多诗歌抒发自己的情感。1400年，胡季牦篡夺陈朝皇位后，知他有才能，将他改名为阮飞卿，任命他为翰林学士，辅佐胡汉苍。后来历任同章大夫、大理寺卿兼中书侍郎、国子监司业等职。1407年明朝军队南下入侵胡朝，阮飞卿参加了抗明战争。在咸子关（位于今越南兴安省文江县咸子社）一役中，胡朝军队主力遭遇明军的埋伏而全军覆没，阮飞卿被迫投降。安南被明朝吞并后，阮飞卿与胡季牦、胡汉苍以及一众胡朝官员被明军俘虏到了金陵（今中国南京）。其子阮廌送他至南关隘口