4年开工后多度停工，日军并动员民间人力开凿挖空半屏山，计画将重要的炼油设备藏匿其中。日本战败后，中华民国政府接收台湾各项产业，第六燃料厂最初由中华民国海军接收，相关器材在1946年6月1日移交给资源委员会，资委会则将所有石油、天然气相关接收日产合组为中国石油公司，拨款修复设备。六燃厂也在此时更名为高雄炼油厂；高雄炼油厂第二蒸馏工厂在1947年2月修复、第一蒸馏工厂在1948年修复，并开始运入原油加工生产。在国民政府迁台后，高雄炼油厂持续扩建，并增设媒组工厂、加氢脱硫工厂、触媒裂解工厂、轻油裂解工场等石化