雷伊之战中表现英勇而又一次获得晋升，获加衔为上尉。他还先后参与了查普尔特佩克之战、贝伦门战役和墨西哥城攻坚战。战争结束时，美国人已把服役从军当成一种职业，因此他们也有时间参与休闲活动。巴克纳加入了阿兹特克俱乐部，于1848年参加了对墨西哥城东南方向波波卡特佩特火山的一次成功探险活动。他还有幸得以在占领墨西哥城期间最后一次降下美国国旗。
战间期.战争结束后，巴克纳接受母校邀请，回到西点军校教授步兵战术。但仅过了一年，他就辞职来对学校的教堂强制出席政策表示抗议。离开学校的巴克纳获分配到