爬虫类有百步蛇、龟壳花、台湾赤炼蛇等三种，两栖类有台湾山椒鱼、楚南氏山椒鱼等两种。据当地的原住民口述採访得知，在政府尚未计画开辟新中横公路之前，便经常到八通关草原狩猎，因此使水鹿在八通关草原绝迹。出没于草原区的鸟类有朱雀、星鸦、鹪鹩、煤山雀、金翼白眉、黑长尾雉、黄羽鷃嘴、火冠戴菊鸟；出没于森林底层的鸟类有深山竹鸡、蓝腹鷴及莺科鸟类。由于习性或人为干扰等因素下，有些动物会选择将栖地迁移或是採取夜行觅食，比如：台湾野猪的垂直活动范围广泛，在2800公尺以上山区可生存，然而族群却迁往低海拔的阔叶林地活动；高山田鼠