连任，以约五千票之差击败民进党提名的翁金珠。在2001年县长选举，泛蓝分裂，国民党空降提名曾任法务部部长的叶金凤参选，而亲民党则提名时任立法委员之陈朝容的夫人郑秀珠。另一方面，民进党则提名翁金珠卷土再战。结果翁获得近五成但未过半选票当选。2005年县长选举，卓伯源在国民党党内初选中胜出。马英九两度造访参与党内初选失利、时任副议长的萧景田并成功劝退。另外，曾任亲民党籍立委的谢章捷原本亦有意参选县长，但在泛蓝整合后退选。最后，泛蓝团结支持卓伯源，且同时争取到农会总干事廖振贤所属的农会系统、彰化农田水利会长陈