自治区筹备委员会行使西藏政府职权。1961年7月9日，国务院同意班禅堪布会议厅的报告，决定结束班禅堪布会议厅委员会。至此，新旧政法机构并存的局面才最终结束。1962年11月24日，中共西藏工委作出决定，在全区8个地市（即拉萨市、昌都地区、林芝地区、江孜地区、那曲地区、山南地区、阿里地区）建立中级人民法院，撤销西藏分院直属人民法院。当时因缺少干部，除拉萨市和日喀则地区迅速建起中级人民法院外，其他地区中级人民法院直到1963年底才陆续建立。在此期间，最高人民法院西藏分院建立起刑事审判庭、民事审判庭和办公室，