饬苏、松、常、镇兵备。当时巡抚欧阳铎进行均田赋税，王仪于是辅佐并推广其方法。后因操江王学夔讨贼失败，王仪连坐被停俸戴罪。不久，升爲山西右参政，寇军抵达清源城时，王仪大开城门，敌军怀疑而逃去。此后王仪筑城郭，积糗粮。嘉靖二十一年（1540年），升任右佥都御史，巡抚宣府，率总兵官郄永等击退蒙古入侵龙门，晋升右副都御史。因寇乱入万全右衞，而被夺俸二级。久之，授肃州兵备副使，协巡抚杨博送哈密遗种于境外。稍迁右参政，复拜右佥都御史，巡抚甘肃。未行时，俺答汗入犯京师，诏王仪驰援镇守通州。仇鸾部卒掠夺民财，王仪逮捕笞