泊的萧条状况在平氏政权兴起后发生巨大的变化。平清盛在大轮田泊修筑人工岛，试图将大轮田泊发展为日宋贸易的据点。1180年，平清盛更强行宣布迁都福原京，其位置位于现在神户市的中央区和兵库区北部。然而由于反对势力过于强大，福原迁都只实施半年后日本的首都就迁回平安京。平氏政权也在平清盛去世后迅速崩溃，而神户更是平氏政权瓦解过程中重要战役一之谷之战的战场。福原京的修筑虽可说是仅停留在计划层面，然而在鎌仓时代初期，高僧重源又重振大轮田泊的港口。在鎌仓幕府时代，神户的人口大多居住在现在的兵库区一带，这一地区被称为兵库津，