次冠军，并在2002–03年至2004–05年三届连续获得冠军。但在1990年代后，萨尔高卡光辉的年代似乎黯淡下来，球队有时在顶级联赛遭到降级，有时又在顶级联赛拿下前三名佳绩，萨尔高卡每年联赛的不稳饱受批评，但球队仍然有能力在印度国家足球联盟与印度足球甲级联赛维持不降级。1996年，萨尔高卡成为印度国家足球联盟首届12支参赛球队之一，球队在小组赛时获得第3名的佳绩，但在第二轮后却只拿到第7名。
2010年后.萨尔高卡足球俱乐部于降级后，于再次重回印度足球甲级联赛，在赛季结束后，