长工被调往前线指挥作战，张平凯接替工作后，组织了三个战时流动后方医院，建立了五个固定医疗点，还组建了新兵训练营及俘虏官兵训练营,建立了一个修械所，受到彭德怀赞扬。抗日战争时期，张平凯任八路军总部随营学校党总支书记、在敌后开展部队教育工作，与学员一起挖窑洞，用土坯垒成课桌，并且开荒种菜。1940年任中国人民抗日军政大学二分校政治部副主任，随分校到晋察冀边区，任晋察冀军区直属政治部主任、晋察冀军区民运部部长。负责在敌后游击区开展大生产运动。第二次国共内战时期，张平凯任冀热辽军区热河纵队政治部主任、冀察热