会与国家之间充满了各种矛盾和问题，而亨利和时任坎特伯里总教区总主教的托马斯·贝克特在国王是否应该控制教会、国家法庭与宗教法庭之间的关系上存在分歧。1170年，亨利手下的骑士谋杀了坎特伯雷总教区总主教，震惊了基督教世界，教宗亚历山大三世威胁要对亨利二世处以绝罚。亨利不得不屈服，他赤身表示悔罪，并表示要领导十字军去巴勒斯坦。此外，亨利着手于挽回斯蒂芬王时期英格兰的丧失的疆土。1157年，他施加外交压力，迫使苏格兰王归还坎伯兰、威斯特摩兰和诺森伯利亚；然而1157年和1165年，亨利无法对付圭内斯的欧文（Ow