5年获得了生态学的硕士和热带农业学的博士学位，随后创办了以自己名字命名的科学书籍出版公司。 从1989年开始，他在菲律宾创建了群落式雨林再造模式，被称为“雨林再造之父”，改写了菲律宾的国策和林学院教材，并于1997年获菲律宾政府总统奖。当年菲律宾的莱特岛雨林再造经过近20年的建设，得到欧盟的最佳评估，成为生物多样性雨林种植模式的样板。1997年，马悠受德国政府的委派来到中国，担任中德政府间合作的“西双版纳热带雨林恢复和保护项目”专家组组长达6年，还专门为欧盟设计了援华项目《中国西部生物多样性保护项目》，