统治巴伐利亚-慕尼黑仅三年直到1395年，然后在两兄弟之间发生武装冲突后，结果斯特凡三世与约翰二世分享巴伐利亚-慕尼黑的权力。当他的两名弟弟逝世后，斯特凡三世试图扩张其公国因而引起他的侄子的不满。为了对抗其余的两公国，斯特凡三世支持罗马人民的国王鲁普雷希特以对抗卢森堡王朝。1402年，斯特凡三世受侄子恩斯特的反抗将他的统治局限回巴伐利亚-因戈尔施塔特。1403年，斯特凡三世又支持慕尼黑市民起义，尽管最后再次失败。父亲斯特凡二世将蒂罗尔伯国割让给哈布斯堡王朝，斯特凡三世于1410年准备征服蒂罗尔的最后一次