理是名义上的主人，但该地的税收却是缴给神圣罗马帝国腓特烈三世。1477年，腓特烈三世靠其王朝婚姻的优势夺回上亚尔萨斯的控制权（自由城市除外，但仍包括贝尔福），成为哈布斯堡家族的领地。米卢斯在1515年加入瑞士邦联，一直到1798年为止。在16世纪的宗教改革时期，史特拉斯堡是个繁荣的聚落，其居民在1523年开始信奉新教。马丁·布塞珥是该地区着名的新教改革者。他的努力遭到信奉罗马天主教的哈布斯堡家族的反对，试图消灭上亚尔萨斯地区的新教信仰。结果，亚尔萨斯变为天主教与新教交错的地区。另一方面，蒙贝利亚尔到亚尔