王昆仑脱离父子关系。母亲则因早年曾受秋瑾影响，故支持王昆仑。王昆仑自北京大学中文系转入哲学系。1920年，王昆仑学习西方哲学各派别，关心新文化运动，喜读鲁迅的小说。王昆仑还研究了孙中山的三民主义。1921年，王昆仑支持教授索薪运动。1922年，第一次直奉战争奉系失败，南方的陈炯明在广州发动六一六事变，孙中山撤至上海。当时，北洋政府派彭允彝出任教育部长，激起北京学生愤慨，掀起“驱彭运动”。1922年末，王昆仑与中国共产党党员黄日葵等人被推为代表，自北京赴上海拜会孙中山。在上海，王昆仑和其他三位学生代表共同