助处理山西教案有功，同意开办山西大学堂，山西巡抚岑春煊聘其为山西大学堂西学书斋总理。之后他一直往来于太原、上海之间。
晚年.1916年，李提摩太因病辞去广学会总总干事的职务回国，出版了《留华45年回忆录》。1919年4月20日在伦敦逝世。
着作.李提摩太他一生里面写过很多书，有些是用中文写的，讲到西方的一些思想观念，也包括基督教的教义。所以他在当时宣教士当中是很特别的一位，主要以文字工作为主。李曾翻译《泰西新史揽要》，介绍了西方的民主、自由等现代政治理