1275年，元军入侵南宋，避难于温州的能仁寺。元军包围寺院，要杀死无学。无学临危不乱，作《临刃偈》一首：「干坤孤筇卓无地，喜得入空法亦空。珍重大元三尺剑，电光影里斩春风。」元军听后，默然退去。1278年，日本建长寺住持兰溪道隆圆寂。应鎌仓时代执权北条时宗的邀请，无学东渡日本，担任建长寺住持。时宗拜无学为师，自此之后，鎌仓武士纷纷接受佛教信仰。1281年，元军入侵日本，书「莫烦恼」三字赠予时宗，鼓励他抵抗元军。1282年，无学建立圆觉寺以超度抵抗元军的战死者，并成为该寺的开山祖师。1286年圆寂