1955年饭田线为了回避新建的佐久间大坝（）进行改线，而同时设置的几个新车站之一。相对于邻近几个饭田线上的车站，在地方行政区合併改制前曾经是旧水洼町主车站的本站，无论是利用率与重要性都高了许多。除了是快速列车的停车站之外，也是行驶于饭田线上的特急列车「伊那路」的停车站之一。水洼车站的站区是设置在一个可以俯瞰水洼町市街的山边高台上，隔着水洼川与市街相望，乘客下车后需走过一座横跨溪流的吊桥进出街区。
车站结构.岛式月台1面2线与设有侧线的地面车站。站舍与月台以近平冈方向的站内平交道