来王允复职，期间太原太守王球打算召没有名声和品行的路佛当官吏，王允却坚决反对，更触怒了王球，被王球收捕并将要杀害。并州刺史邓盛知道后立刻辟命王允为别驾从事以营救，王允因而知名。
宦官陷害.王允后入仕司徒府，后因考绩好而任侍御史。中平元年（184年），黄巾之乱爆发，王允出任豫州刺史，并参与讨伐黄巾军和招降余党。期间王允发现中常侍张让的宾客与黄巾部众有联络，于是告发。汉灵帝知道后大怒并责斥张让，但张让最终没有获罪，于是向王允报复，王允因而下狱。王允期间获赦，但十多日后就再因别的罪被捕，