十三年（西元1887年）九月初八日皇帝同意此上疏，于是云林县成为台湾府所辖四县之一，县治先设于林圯埔（今南投县竹山镇）九十九崁上的云林坪，并因县治而得名，但1893年县治从云林坪移到了斗六门（今斗六市）。日治初期併入台南县，1901年改为二十厅中的斗六厅。1909年斗六厅併入嘉义厅，而林圯埔支厅因为距离嘉义厅治较远而改划入南投厅，也造就了「云林」（竹山）改给南投管的情形。1920年台湾总督府实施五州二厅（后为五州三厅）制，原南投厅改属台中州、原嘉义厅改属台南州。二次大战后，国民政府曾提出《台湾接管计