1905年时，日方就曾表示将作价出售新奉铁路给中国，却又以撤兵转运为由，将其改造为南满铁路的轨距并继续使用。在战争结束后，新奉铁道的归属悬而未决；直到1907年4月，清政府才以166万日圆，加上吉长铁路必须采用日款的代价，赎回了新奉铁路，并在同年改造为标准轨距，而辽河大桥的改造工程则在次年完成。
入沈阳城问题.日俄战争后，双方签订《朴茨茅斯和约》，东清铁路长春-旅顺路段改名为南满铁路并由日本控制；京奉铁路如果要进入奉天城，则必须经过南满铁路附近。经数年谈判，1909年9月4日，中日