，战火逼近长沙，他不顾美国雅礼会的反对，迁校到贵阳，再于1944年迁到重庆。抗战胜利后，于1946年8月迁校回湖南。随后应美国国务院的邀请赴美国考察医学教育和讲学。1948年4月辞去院长职务，并于9回到北京协和医学院，担任内科学教授和内科主任。中华人民共和国成立后，他续任原职。1962年9月被任命为协和医学院副校长。1966年开始的文化大革命期间，他被打成「反动学术权威」、「特务」，备受侮辱和折磨。红卫兵要他承认他是反动学术权威和美国特务，从此，几乎每天夜晚都听到牛棚里传出皮鞭抽打声和张孝骞跪在地上