惠、潮之地素为海盗渊薮，而积习未忘也。琅殁，渐弛其禁，惠、潮之民乃得越渡。”，因此施琅对台湾的管理构成当时两岸往来的最大障碍，此政策在雍正时放宽海禁后才得以缓解。此外施琅还霸占了郑氏在台湾的经营，侵吞台湾贡银，作为其后勤与举荐的姚启圣也有贪污的记载，但康熙帝以“念其功劳，免之”。还有文献说施琅在台设立机构为巩固本家在台湾势力。
后事.施琅卒于康熙三十五年（1696年），享寿75岁，赐谥襄庄，赠太子少傅衔。施琅死后与其妻王氏、黄氏合葬。
遗迹.泉州城内释雅山