遭到巨大破坏，不过之后仍然得以缓慢恢复。到16世纪苏格兰改革时又成为地区中心。
17世纪.1603年，英女王伊丽莎白一世颁布1603年联合法令，苏格兰的詹姆斯六世继任英格兰王位，苏格兰王国、英格兰王国、爱尔兰王国亦于同年起成为共主邦联。1638年，查理一世试图在苏格兰引入圣公会，但遭到苏格兰长老会的抵制，三国之战爆发。最终导致克伦威尔在1650年佔领爱丁堡。17世纪，爱丁堡的发展仍然局限于爱丁堡城墙之内，为了满足愈来愈多的居民的需求，城市建筑逐年增高。11层以上的建筑一度都十分