百科受到广泛质疑，但现状条目已全部被删除并白纸保护。部分用户也常针对系统过滤式审核的缺陷，创作一些内容看似学术严谨但实为伪科学的条目，或以明显违反科学常识、夸夸其谈的语调来对专业条目进行讽刺恶搞，例如化学条目超盐酸、聚甲烷和卡元素。2014年4月“对二甲苯”条目由于“低毒”属性被篡改为“剧毒”而爆发，引发媒体广泛关注。
侵犯版权.美国特别301报告批评百度提供MP3音乐下载，称其为中国规模最大的侵犯音乐版权的网站。环球唱片、百代公司、新索音乐娱乐股份有限公司、华纳音乐及几家