命十二年（1831年），遭到户部侍郎黄烱弹劾而被革职，降二级，补京县知县。随后改任内务府郎中。翌年（1832年），起复为署海阳布政使，寻陞巡抚，署理海安总督。后因镇压海阳匪张严、郑伯瑶有功而获得褒奖。明命十四年（1833年），农文云在宣光发动叛乱。明命帝派山兴宣总督黎文德为三宣总督军务，派海安署理总督阮公着为参赞，会同宁太总督阮廷普前去镇压。翌年，叛乱平定。班师后，阮公着自请前往嘉定参与镇压黎文，但明命帝不准，仍令他回任海安总督。明命十九年（1838年），阮公着带兵前往撞山剿除清朝海匪。次年（18