于贝多芬大街的主图书馆均被大面积摧毁，全校60%的建筑和70%的藏书在空袭中化为灰烬。1946年2月5日大学重新开放，此后大学陆续重建和扩建，并于1968-1973年修建了142米高，共29层的大学主楼Uni-Hochhaus，大学校门则仍保留卡尔·弗里德里希·申克尔的设计。两德统一后，于1994-2002年期间按原样重建大学主图书馆Albertina。到2009年大学600周年校庆前后，市中心新校园（包括重建的新主楼和圣保罗教堂）将全新落成，但均为在原建筑基础上的现代设计风格。
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