九郎判官源义经支援义仲。此间，平家曾一度自摄津、福原出兵，欲夺回京都；但同年2月，平家在一之谷遭范赖、义经的重创。重衡在逃跑中跨下之马中箭，为源氏所俘。随后被押解进京，由土肥实平看守。后白河法皇遣藤原定长为使，希望以释放重衡为条件，换取被平家据有的三神器，但被平宗盛断然拒绝。同年3月，重衡被解往镰仓。源赖朝对平重衡的才器甚为尊重，差妻子北条政子的侍女千手之前伺候重衡。元历二年（1185年）3月，平家在坛之浦为源氏所灭，重衡之妻藤原辅子被俘。同年6月，应南都僧众的强烈要求，平重衡被引渡到南都，于木津川