实行问责制后，改为直接向行政长官负责。2005年10月12日新任行政长官曾荫权在他首份施政报告中又改为决策局先向政务司司长和财政司司长汇报，二人才再向行政长官汇报。「3司13局」是司长及决策局的统称，2015年11月19日之前是「3司12局」。自前行政长官曾荫权于2007年7月1日实施主要官员问责制起，传媒便开始使用此称谓。
历史.香港政府一直至1970年代初依然是两层架构，部门直接向布政司负责；布政司署虽然有负责研究相关政策之官员，但职位比部门首长低，部门首长往往坚持要与布政