物质（如药物，环境污染物，食品添加剂，毒素和其它生物异源物质），它们不是由生物体天然产生的。换句话说，代谢物组既有内源性代谢物组又有外源性代谢物组。内源性代谢物组可进一步细分为包括“初级”的和“次级”的代谢物组（特别是指植物的或微生物的代谢物组时）。初级代谢产物是直接参与正常的生长，发育和繁殖。次级代谢产物并不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素，抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物，或者被认为是代谢物组的一部分，必须通常具有分子量<15