台湾警备总司令部宣布，高俊明等十名被告藏匿叛乱犯施明德案，军事法庭已经初审判决，其中高俊明与许晴富因「共同藏匿叛乱犯」被处以有期徒刑七年，并褫夺公权五年，财产全部没收。并于1980年至1984年之间入狱。由于高的牧师身分，他被捕曾引起梵谛冈关注，教宗若望保禄二世更曾派驻台特使探监。在狱中所写的诗词《莿帕互火烧》在2006年获得第17届金曲奖传统暨艺术音乐作品类最佳作词人。1984年8月出狱。
出狱后.1989年担任台湾基督长老教会松年大学校长迄今，2000年陈水扁当选总统后担任中华