1年从新闻局请辞，担任中国时报美洲版副总编辑。76年回国担任中国时报副总编辑。1988年（民国77年）开放报禁，台湾报业进入战国时代，升任中时总编辑，后在担任社长、总经理，直到96年6月退休，主导中国时报近25年时间。期间採访过杨尚昆、金泳三、金大中、李光耀、曼德拉、翁山苏姬、第十四世达赖喇嘛等。2008年马英九当选总统后，黄肇松担任中央社董事长之职，后因健康原因请辞。现为世新大学新闻系客座教授。2012年8月中华民国总统府公佈新入选的国策顾问中，黄肇松作为学术界代表入列。