达为据点的武装组织卢安达爱国阵线，该组织于日后入侵卢旺达。爱国阵线原本由弗雷德·鲁维吉耶马担任指挥官，但鲁维吉耶马日后不幸死于战场上，卡加梅因此成为新任指挥官。1993年，爱国阵线已控制卢旺达大部分地区，并和卢旺达政府达成。1994年，时任总统朱韦纳尔·哈比亚利马纳在搭乘专机准备降落于基加利机场时，被不明分子发射地对空飞弹，成为卢旺达大屠杀的导火线。据统计，大屠杀期间胡图族激进分子共造成了80万至100万人死亡，受害者主要为图西族人和温和派胡图族人。此一惨剧迫使卡加梅重启内战，并于最后透过军事手段取得胜利。