因病情恶化于香港病逝；2月12日，骨灰长眠于故乡桃园大溪的佛光山宝塔寺。同年5月16日，中华民国时任总统马英九公布凤飞飞褒扬令，褒扬令中称凤飞飞为「庶民歌后」；凤飞飞独子赵彣霖于同月15日赴台湾领取凤飞飞的褒扬令时，由于家属不希望对外公开，所以总统府未公开该行程。2013年7月6日，凤飞飞获追颁第24届金曲奖「特别贡献奖」；同年10月25日，再获追颁第48届金钟奖「特别贡献奖」。
纪念.2019年8月20日，Google doodle纪念凤飞飞66岁冥诞。Sectio