以降、堀河天皇时代，比叡山功德院僧人皇圆（法然的老师）编纂，不过也有其他说法，例如指编者是三井寺僧人观圆。全书共30卷，现存卷二至六、卷二十至三十（共16卷），以及卷一、七至十四的抄本。它以汉文编年体，记述由神武天皇到堀河天皇宽治8年3月2日期间的日本历史，包括天皇系谱和僧侣传记、寺院历史等以佛教方面为主的内容，对鉴真、慈觉大师等僧人的事蹟均有详细记载。此书引用众多当时的记录，例如寺院传记、日记等，而这些文献于后世多已失传；而且《水镜》、《愚管抄》等鎌仓时代的史书也屡次引用《扶桑略记》的记述，所以它