后续发展最隆盛的一支。在平安时代初期，藤原冬嗣取得嵯峨天皇之信任；另一方面原本繁盛的南家、式家，分别因伊予亲王之变、药子之变，而渐次远离中央政治圈。其后借着与天皇家的姻亲关系、以及垄断庄园累积的雄厚经济实力，在清和天皇时藤原良房以天皇外祖父的身份任摄政太政大臣；良房养子藤原基经任摄政关白太政大臣，开始摄关政治。摄关政治到了藤原道长的时代发展到极盛，他一共有三位女儿进宫为后妃，时人有「<nowiki>一家立三后</nowiki>」的叹语。然而在道长之后，继承的藤原赖通、教通，其入宫之女儿皆未顺利产下皇子，