市议会屡次删孔庙整建预算，如1990年预算被打七五折只剩2000多万元，加上传统建筑的老师傅日益凋零，修缮工作在该年第9度流标。当时孔庙管理委员会执行祕书詹溪华抱怨仅建筑物本身问题百出，演奏乐器也破旧不堪，像晋鼓、应鼓已使用廿年，鼓皮均已破裂。次年末，内政部将中山堂、台湾总督府交通局铁道部、此庙列为三级古蹟。不过被列为古蹟时，并未载明本体与范围，导致日为围墙是否拆除的争议。庙完工约六十年以来，并未做过大规模整修，直到1992年完成大成殿、东庑、西庑的修缮工作。九二一大地震时又受损。后斥资约5000万元发