一次传球码数少于4000码，事实上，是球季因为以优秀的成绩不用打季后赛而减少了出赛次数。 培顿在该季的最有价值球员奖仅负于肖恩·亚历山大 ，不过在赢得。另外，他亦被提名为FedEx Air Player球员奖，其他提名人包括汤姆·布雷迪 and卡森·帕尔默，最后曼宁力压两名对手夺得该奖项冠军。
2006-2007年球季.小马队开季9胜0负，但最终以12胜4负结束常规赛，他们以第三种籽进入季后赛。曼宁在该季有好表现，掷出31次传球达阵，码数超过4000码以及领四分卫传球率领先。