历经两次南北议和与第二次护法战争，最终以北洋军胜利、护法军与中央政府和谈告终。1918年（民国七年），段祺瑞以参加第一次世界大战为名，向日本大量借款购买武器，聘用日籍顾问，成立参战军（战后改称边防军）。至次年1月，编成3个师4个旅；10月，皖系将领徐树铮率西北边防军入外蒙古逼迫其取消自治。1920年（民国九年）皖军已有11个师、17个混成旅。皖系扩充军力引起直、奉两系不满，双方领袖曹锟、张作霖结成反皖同盟。同年7月，直皖战争爆发。直军在奉军支援下击败皖军。皖系控制的西北边防军全部被遣散裁併，在京津地区及