香港国际机场对民居的环境影响较搬迁前的启德机场为低，现时的飞行航道经过青衣、荃湾、葵涌及沙田一带，飞行高度较启德机场时期为高。旧启德机场飞机升降时亦会经过鲗鱼涌上空，但通常只会在云层较低时才会对该地造成声音污染。2009年机场管理局与中国大陆部门改善了香港空域的专用航道，来自欧洲等西面的航班能缩短降落时间，航机会在近青衣上空转向，减少了对荃湾、葵涌一带嘈音影响。
海洋污染.香港国际机场在兴建时的大型填海造地工程破坏了原有的海洋生态，最为令人关注的是经常出没于大屿山北部海域的中华白