山县知县，次年闰二月十三日（1890年4月2日）卸任，该年四月（约1890年5、6月）补恆春县知县，九月廿八日（1890年11月10日）复任。在高晋翰第二次担任恆春县知县期间，曾以就地正法方式吓阻截路杀人案的一再发生，此外积极兴修水利与开垦田园，且捐廉倡建城隍庙。光绪十七年（1891年）恆春县一反过去常受风害影响而大丰收，有人认为是高晋翰虔诚至庙宇祈求，而使「风若为感，亦顿息」。光绪十八年（1892年）春，内文社与刺桐脚庄发生冲突，导致刺桐脚庄一度被毁散庄，经高晋翰处理之后，原住民方面以月饷赔偿所烧