因产后失调，两天后便过世了。之后，他又娶道长外孙女、即堂妹祯子内亲王为妃，生第二王子尊仁（后来的后三条天皇）等一男二女。他的兄长后一条天皇没有生育皇子便驾崩，此后便由他继承皇位。即位后，首先迎娶关白藤原赖通的养女藤原嫄子入宫，立为中宫。其后又陆续将藤原教通之女藤原生子、藤原赖宗之女藤原延子等等迎入后宫，但这些女性都没有生下皇子。后朱雀天皇在病危之际，决心让位给亲仁亲王，并以尊仁亲王做下一任的皇太子。宽德二年一月十六日（1045年2月5日）让位，两天后出家，同日驾崩，享年三十七岁。