为了推行改土归流的政策，清朝发动了对少数民族的多次战争，但是土司制度直到清朝结束也没有完全消失。民国时期宁夏、青海一带的马步芳武装归顺国民政府，但对于其辖地仍然完全自治。抗日期间，国民政府退守西南边陲地区，西康与云南、四川成为抗战的大后方。傣族土司刀京版、潞江土司线光天等自发组织民众抗日。中华人民共和国成立后，经过全国大剿匪、土地改革、民族区域自治等阶段，土司制度才彻底被破坏，被民族自治地方的各级政府所代替。