5年12月9日，一二·九运动爆发，清华大批学生参加了该运动，高唿“打倒日本帝国主义”、“停止内战、一致抗日”等口号。1936年，因日军侵华，学校于长沙狱麓山兴建校舍，并将学校珍贵图书器材南迁，同时决定筹办特种研究所。2月19日，参予学生运动的救国会与学校教授会为了上学期期末考试补考问题发生对立，教授集体辞职。22日，由学生会与用功读书学生组成之护校团发起挽留教授。23日，梅校长自南京回校，处分救国会带头分子，并慰留所有教授。29日，冀察政务委员长宋哲元派兵进入校园逮捕二十一名左派学运学生，后经校方多方奔走，