主要意义在于将原来皇帝私人事务与国务不分的九卿体制分离开。以三省六部为代表的机构只处理国务，原来的九卿多处理与皇帝私人有关的事务，而且九卿服从六部的政令。三省六部制度对后世的政府组织影响深远，甚至中国的周边国家如朝鲜、越南、日本等均采用过。三省长官原为真宰相，唐中期成为荣誉头衔，以同中书门下三品（简称同三品、一度改称同二品）、同中书门下平章事（简称同平章事）为宰相。晚唐、五代，宰相权力为枢密使、三司使所分。
宋、元.宋代基本上为两省制，中书、门下合为一省，另以枢密院管军、三司掌财赋