对亚流派在基督论上的见解，但是他自己却又另外提出一个见解，认为耶稣的神性与人性分开。在431年的以弗所公会议上，他的主张被认定为“异端”。
神学主张.他提出「基督二性连接说」 。「基督二性二位说」则是亚历山大学派在会议上对他的基督论所提出的罪名。聂斯脱里认为童贞女玛利亚只是生育耶稣肉体，而非付予神性，因此反对将她神化、礼敬，以「基督之母」（希腊语：）的称唿取代「上帝之母」（也作「生神者」，希腊语：Θεοτόκος）。对于反对称唿马利亚为「生神者」并非聂斯脱里首先提出的论述，而是由一