另一方面，玄妙观的建筑多被拆毁。到21世纪初，除了三清殿、玉皇殿、藏经楼等主体建筑存在之外，其他建筑均遭破坏。原全国政协常委、中国道教协会会长闵智亭是南阳人，生前关心家乡的玄妙观的恢复。但玄妙观一直未能恢复。2013年3月，第十二届全国政协委员、中国道教协会副会长黄信阳在中国人民政治协商会议第十二届全国委员会第一次会议上发出提案，建议在原址恢复玄妙观为道教活动场所，将占用玄妙观的中共宛城区委、宛城区人民政府搬迁，让独山脚下的玄妙观下院的道士迁入玄妙观。
建筑.《南阳玄妙观全图》