署负责发放「紧急救援基金」的「渔农业补助金」，用以减轻受天灾所害及符合资格农民的经济困难。 香港有26个鱼类养殖区，分别位于沙头角、鸭洲、吉澳、澳背塘、西流江、往湾、塔门、较流湾、深湾、老虎笏、榕树凹、粮船湾、吊杉湾、大头洲、鸡笼湾、滘西、麻南笏、布袋澳、蒲台、索罟湾、芦荻湾、马湾、盐田仔、长沙湾、盐田仔（东部）及东龙洲，佔海域总面积达209公顷，持牌经营者约有1,080名。渔护署在所有鱼类养殖区进行定期水质监察及侦察有害藻类及红潮的出现。渔护署于2002年8月开始试验容许在榕树凹及滘西鱼类养殖区内进行