德国杯对阵因戈尔施塔特的比赛中于第30分钟射入在该项赛事的第2球，并帮助拜仁以6比0大胜对手。同时，穆勒还被列入了该年度国际足联金球奖的候选名单，并最终名列第13。在2012年1月10日和15日，穆勒又在拜仁的2场热身赛上射入3球，包括在4比0战胜印度国家足球队的比赛中射入2球和在以相同比分战胜红白埃尔福特的比赛中射入1球。随后在德国杯战胜斯图加特的比赛中，穆勒还送出2次助攻。然而直至2月11日，穆勒才在对阵凯泽斯劳滕的比赛中用一记头球打破自己自2011年9月24日以来的联赛进球荒，并帮助球队以2比0获胜。