有时以「无差别手段」攻打部份顽强抵抗的庄头，造成部份地方势力「角头」成为抗日人士，逃入山区，落草为寇。在1895年至1900年间，抗日人士到处破坏攻击日本岗哨，甚至向平地庄头抢劫财物，使得社会进入失序状态。日本军警在清除南台湾匪徒的过程，由于阿公店为台南至凤山间最重要的庄头，附近又有众多山丘可供躲避，所以成为众多抗日分子攻打的目标，日本军警就在这附近村庄强力扫荡。目前留下的记录，共有高雄燕巢区滚水，桥头区笔秀、中崎、六班长，和台南龙崎区下寮仔等。清庄记录的共同点，都是日军到庄头要求交出抗日首领，庄头民众