时亦表明了船只的军用身份，通常在舰尾或主桅悬挂。在航行及日出至日落的停泊期间均会悬挂军舰旗。部分国家的海军在作战中往往会同时在桅杆上悬挂几面船旗，因为传统上认为降下船旗代表投降。根据《联合国海洋法公约》第20条约定潜水船及其他水中航行机器，在沿岸国的领海时必须在海面上航行并悬挂起所属的旗帜。对潜艇而言，如悬挂起军舰旗则与其他军舰无异，在沿岸国的领海时无损其通航权。政府船只（如海岸警卫队）及商船另有设计商船旗，若干海军另有制定舰艏旗，悬挂在舰艏。
设计.部分国家并未单独制定单