羽田机场和成田机场的客货吞吐量均居世界前列，其中羽田机场2014年的旅客吞吐量在全球排前4名，是世界上最繁忙的机场之一。在2013年机场服务质量排名中，羽田机场位列世界第二，航班晚点率全球最低，而且是全球卫生情况最佳的机场。日本的四大航空公司日本航空、全日空、北海道国际航空、SKY（天马航空）为日本空中交通的重要标志。由于日本99.7%的原材料和商品均依赖海运进出口，水路交通一直被重视而且十分便利。日本全国一共有1020个各式的港口，当中属于指定重要港湾的包括了「京滨港」（东京港、横滨港）、「名四港」（名古