922年在彦根设立了全国第九所属于旧制专门学校的高等商业学校－，1949年彦根高等商业学校与位于大津市的和整併为的滋贺大学，因此原彦根高等商业学校便成为滋贺大学经济学部，而位于彦根市内的校园也就成为滋贺大学的彦根校区。此外在彦根市内还有圣泉大学和滋贺县立大学两所大学，圣泉大学以哲学人类学部与护理学部为主，滋贺县立大学则有环境科学部、工学部、哲学人类学部、护理学部等多个学部。