东汉前期，省宣城县。顺帝至桓帝年闲复置宣城县。灵帝时釐置安吉、原乡二县。汉献帝时，析丹杨郡南部置新都郡。孙权改秣陵为建业，移治于此。又分丹杨郡置临川郡，寻废。又析置宁国、怀安、广德、始安、安吴、永平、临城、臼阳八县。
六朝.三国吴定都建业。孙皓宝鼎元年（266年），分吴郡之阳羡、永安、余杭、临水，丹杨郡之故鄣、安吉、原乡、于潜、乌程九县置吴兴郡。晋武帝太康元年（280年），分秣陵县立临江县，改永平县为永世县，复立溧阳、湖熟二县，分丹杨郡之宛陵、广德、怀安、宁国、宣城