时任南华教练米路多番邀请加盟，最终获得骏其班主同意下以高龄球员身份转会，可是他虽然有份再度出战亚协盃，但加盟后大部份时间任后备。翌季，南华转为狄恩执教后，朱兆基近乎踢足每场赛事，更于2017年4月1日作客以6–1击败港会的联赛取得加盟后的首个入球，而南华高层更于季中向他提出续约，本应打算踢多一年便在南华挂靴的他在洽谈续约期间被球队管理层突然暂停倾约，虽然37岁的朱兆基在5月14日对前球会杰志的足总盃决赛踢足全场并顶入一球，但最终球队仍以1–2落败，再次四大皆空，不过朱兆基却于赛后当选决赛最有价值球员，以