会议给了天主教会在往后的四个世纪的宗教发展有一个明确的立场。
异端裁判所的恢复.在传统上属天主教的国家如义大利、西班牙和法国这些国家中，异端裁判所为天主教改革运动的重要工具。异端裁判所的正式名称为「最高宗教法庭」，其目的在于抑制异端的兴起，防止教会的分裂。这主要是加拉法枢机主教（Cardinal Caraffa）的推动，到了1542年，他对寻求与基督新教沟通的人，直接批评甚至于威吓。于是罗马的异端裁判所成立，由罗马教廷控制。教廷任命了六个枢机主教为总监，加拉法是其中之一。他认定异端