所有介于18至50岁的华裔男性，将所有的「反日分子」剷除。在甄别中心有多部货车负责带走有嫌疑的华人，将他们带到偏僻的地方枪杀。辻政信是参与者之一，有证言称辻政信说过“要新加坡华人减半”。在马来西亚，日军当局没有那么多时间和人力来甄别当地所有分散的华人社区。虽然日军当局使大家以为它们尝试过甄别游击队分子，有很多地方的人民都被无区别地大规模杀害。因为日军承认他们无力处死达5万个新马华人，加上日军在东南亚其他地方的战事使它们的资源吃紧，所以日军在3月3日终止了这个华人大屠杀行动。