朝廷发帑金三十万，命麻勒吉协同尚书伊图、左都御史能图前往赈济，并考察大将军贝勒尚善纵兵扰民一事。麻勒吉上疏为其奏辨。后来，安亲王岳乐复察扰民一事为实，麻勒吉因此被追查徇庇之罪，遭到夺官。顺治十八年（1659年），官复原职。同年，清世祖病重，召麻勒吉与学士王熙草拟遗诏。清世祖驾崩后不久，授秘书院学士。康熙五年（1666年），麻勒吉升为刑部侍郎。康熙七年（1668年），授江南江西总督。当时，苏州、松江频遭水患，布政使慕天颜提议疏通吴淞江、刘河口，麻勒吉便与巡抚玛祜上疏奏请用各府漕折银十四万充当工费，并永免淮