拟桿菌门(Bacteroidetes)包括三大类细菌，即拟桿菌纲、黄桿菌纲、鞘脂桿菌纲。它们的相似性体现在核糖体16S RNA。很多拟桿菌纲的细菌种类生活在人或者动物的肠道中，有些时候成爲病原菌。在粪便中，以细胞数目计，拟桿菌属("Bacteroides")是主要微生物种类。黄桿菌纲主要存在于水生环境中，也会在食物中存在。多数黄桿菌纲细菌对人无害，但脑膜脓毒性金黄桿菌("Chryseobacterium meningosepticum")可引起新生儿脑膜炎。黄桿菌纲还有一些嗜冷类群。鞘脂桿菌纲重