学者汪向荣指出，《唐大和上东征传》面世后，曾辗转抄传，在过程中出现不少遗漏、错误、窜改和增删的情况，因而传世版本不止一种，它们之间的内容、书名都有所差异。本书的多种抄本分别收藏在东寺观智院（有「甲本」及「乙本」两份）、京都高山寺、金泽文库、大坂高贵寺、唐招提寺等地。在刊印本方面，最早为1762年（桃园天皇宝历十二年），正当鑑真千年忌的时候，东大寺戒坛院刊印本书以作纪念，名为《法务赠大僧正唐鑑真过海大师东征传》，此一版本因「东征」二字而被德川幕府禁止，流传极少。其后本书有多个刊本出现，有1897年（明治三