云、薄一波、姚依林被任命国务院副总理，不再担任全国人大常委会副委员长。同年10月，他被检查出患有结肠癌，于10月24日做结肠癌切除手术。同年底，在讨论对林彪、江青反革命集团案10名主犯的量刑时，陈云主张“党内斗争不能开杀戒”，徐向前元帅坚决反对把江青、张春桥处以死刑。1980年6月后，他的身体状况逐渐恢复，回到工作中，期间积极促使中共中央政治局形成集体领导制、提倡“只生一个孩子是眼前第一位的工作”的计划生育政策、并组织培养年轻干部梯队。8月30日，与邓小平、李先念、徐向前、王震不再兼任国务院副总理职务。