南嘉措保持良好的关系。大量的佛教高官试图干预叛乱，无济于事。接下来的1564年，他的祖父去世。新的骚乱爆发，乃东和贡嘎豁卡分裂。索南嘉措参与调解冲突。最终昂旺扎巴坚赞成为新的贡玛。然而，帕木竹巴的权威已经几乎枯竭。《明史》记载1564年，昂旺扎巴请求明朝皇帝册封自己为阐化王，但事实上明世宗对西藏没什么兴趣。另一方面，土默特蒙古人使接触西藏的宗教领袖。1577年，土默特领袖俺答汗的使节来到邀请索南嘉措去青海湖。昂旺扎巴坚赞支持，派代表陪同索南嘉措全程。访问的结果是格鲁派与蒙古人建立了持久的关系，其领袖获得