受到了阻碍。1164年，他与昔日的密友和顾问，坎特伯里总教区总主教托马斯·贝克特发生了冲突。贝克特请求教宗的干预，触怒了亨利二世。1170年12月29日，四个男爵骑士在坎特伯雷大教堂刺杀了贝克特。教宗亚历山大三世立刻将贝克特封圣，并威胁要对亨利二世处以绝罚。亨利不得不屈服，他赤身走到了坎特伯雷，让所有的僧侣鞭打自己。最后亨利走到贝克特死去的地方，跪下忏悔。并表示要领导十字军去巴勒斯坦。从这时候起，英国以国王代表的君权及以教会代表的神权，埋下在将来激化矛盾中的种子。
夫妻失和.