十七年（1663年）金门、厦门相继沦陷，卢若腾奔走南澳。永历十八年（1664年）东渡台湾，途经澎湖，旧病复发，遂寓居澎湖。三月十九日，卢若腾夜梦一黄衣神仙持名刺谒见，醒后惊问旁人：“今天是几月几号？”，侍候的人回答：“三月十九日”；卢若腾矍然道：“是先帝殉难之日也。”悲恸号哭，不久便辞世。与陈洪谧 、蔡肱明、张朝綖、吴韩起、黄钖衮、辜胤奇、丁胤甲、梁玉蕤、郭符甲、杨明琅、沈佺期、许吉燝、何运亮、史赞圣、苏国瓓、王命岳、施显等人并称“鲁东同朝十八名士”。
着作.卢若腾晚年一心致力着述