武帝被贵人张氏杀死，太子继立，为晋安帝，安帝一般被评价为甚愚。398年王恭和庾楷上表弹劾王国宝并领兵讨伐，殷仲堪遥援，吴姓世族也发民支持。司马道子畏惧，只好杀王国宝、王绪求和。之后司马道子听从司马尚之建议，任王愉江州刺史，作为外援。次年王恭联合荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄再度举兵。司马道子命其子司马元显为都督，同王愉率军抵御。王愉被击败，联军攻至京师。司马元显收买刘牢之倒戈，王恭败死。殷仲堪与桓玄得知后退至寻阳，由桓玄任盟主，最后双方言和。朝廷为分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、杨佺期为雍