的侵略深入伊斯兰世界，并相互竞逐，血腥的战争直至持续至17世纪中叶。传统的穆斯林如伊本·纳菲斯等人认为，十字军及蒙古人入侵是真主用以惩罚穆斯林背离圣行。观点与圣行不相容的法尔萨法成为了许多传统穆斯林的批评对象，尽管一些传统穆斯林如伊本·纳菲斯尝试调和理性与启示，并模煳两者之间的关系。最终，蒙古人及突厥人在波斯部分地区、中亚、俄国及安那托利亚定居，并皈依伊斯兰教。伊儿汗国、金帐汗国及察合台汗国都成为了伊斯兰国家。许多蒙古人都融入到穆斯林伊朗人及突厥人当中（如十五世纪的穆斯林天文学家兀鲁伯是帖木儿的孙儿