汉国民政府的北伐军战斗，全军覆没。同年5月，被罢免军长职务。同年9月，任京绥检阅使。北京政府倒台后，于珍返回东北，1928年（民国17年）10月出任东北边防长官公署参议。东北易帜后的1929年，于珍继续担任东北边防军司令长官公署参议。1937年七七事变爆发后，于珍隐居北平。在北平市社会局局长任内，曾为八路军做秘密工作。他和儿子于国勋都是王岳石情报站人员。抗日战争结束后的1946年，于珍在国民政府军事委员会委员长东北行营任职。1949年中华人民共和国成立后，于珍出任辽宁省政协委员、常委。1956年