远返回延安，任中共中央军委参谋长。参与加强八路军、新四军的政治工作。1939年冬晋西事变后，奉命赴晋西北地区指挥作战。1940年，滕代远调任抗日军政大学副校长兼副政委，同时任中共中央北方局常委，在太行抗日根据地办学，致力培养抗日军政干部。1942年8月，左权阵亡后，滕代远任八路军前指参谋长兼情报处处长。在这期间，共产党抗日根据地受到日军、国军的双重封锁。1944年，滕代远和杨立三提出了节约物资的“滕杨方案”。1945年8月（日本将投降时），率部对日军反攻作战，收复大片失地。
第二次国