后北极殿创建于清康熙年间，由陈氏倡建于廍后庄厝尾仔（即现今海军中正堂一带），清康熙五十八年（1719年）「凤山县志」载：元天上帝庙在兴隆庄者一。清干隆二十九年（1764年）「重修凤山县志」载：真武庙俗称元天大帝庙，在县治兴隆庄左营廍后乡，乡民募众建。清光绪二十年（1894年）「凤山县采访册」载：真武庙祀元天上帝，亦名北极大帝，一在廍后庄（兴隆），县西北十六里，屋六间，嘉庆五年许卓募建，同治十三年卓隆美董修。日治昭和三年（1928年），由薛占募款重修。昭和十二年（1937年）日军扩建左营军港，廍后庄遭划