理制度问题」、「住持僧资格问题」等。也因为佛教会的推力，斋教成为佛教有史以来最奇特的附属关系，也让以菩萨神化为主的曹洞宗、日莲宗、净土宗等三佛教宗派于台湾颇有发展。受其影响，南瀛佛教会所出版的《南瀛佛教会报》如今仍为台湾佛教的方志汇整重点，而所造成的膜拜菩萨风尚、异样在家佛教观念、斋佛教同流及佛教图书馆等传统，至今更仍深深影响台湾宗教界。
没落与结束.1934年，南瀛佛教讲习会第14回结束后，随中日战争规模日渐扩大，讲习会资料准备与会务宣导也跟着逐渐以宣扬日本军国主义精神或皇国精神