在2004年6月3日即六四事件15週年前夕，香港教区举办了一个名为「民主中国」的活动。陈日君说，香港正受到一个「没有流血的六四镇压」，没有枪和坦克车，但有顽固的保守派，诬陷民主派支持香港独立，以释法阻止香港市民讨论普选。2004年7月1日陈日君再次在维多利亚公园主持游行前的祈祷会，但没有参与游行。2005年11月7日陈日君与多个香港教会团体联合召开记者会，抗议港府政制改革小组第5号报告书，欠缺对香港民主发展的方向、时间表、步骤和程式。陈日君又公开唿吁会友参加12月4日的「反对政改方案，争取全面普选」游行