都郊外的伏见也曾是近畿地区重要的内河港口。现在京都主要的联外交通方式是新干线和公路。东海道新干线所有级别的列车均在京都站停车。途径京都的主要公路则有名神高速道路、京坂道路（国道1号线的一部分）、第二京坂道路、京都纵贯自动车道、国道8号线、国道9号线、国道24号线、国道171号线等。京都市内并无机场，距离京都最近的机场是大坂国际机场和关西国际机场。由于观光客众多，京都也是日本zh-cn:出租车; zh-tw:计程车; zh-hk:的士; zh-sg:德士;密度较高的都市，数量超过6000辆，京都也因此