至12分钟一班，因应乘客增长，由2012年1月15日起，加密至最初的10分钟一班。2020年2月29日起，因应新型冠状病毒肺炎事件导致客量大幅下跌，班次再次减至15分钟一班。
特色.跟港铁其他营运的路线不同，机场快线并非通勤铁路线。其主要作用是运载乘客往来市区与机场及亚洲国际博览馆，加上政府规定机场快线之经营须自负盈亏而不得从其他路线收入补贴，因此收费比港铁其他路线昂贵，转乘亦须出闸。乘搭机场快线的旅客，可选择于香港站或九龙站先行办理登机并行李寄舱手续，而无需于机场再次办理。而