民国政府迁台后，两国继续维持邦交。1954年，于首都台北派任哥斯大黎加驻中华民国名誉领事。1959年，设立哥斯大黎加驻中华民国大使馆，并派驻大使。1959年5月5日，公使馆升格为中华民国驻哥斯大黎加共和国大使馆，并派驻大使。1996年3月，与国会对中华人民共和国在台湾海崃试射飞弹，威胁中华民国即将于3月23日举行的首次总统直接选举一事，深表愤慨并发表公报谴责。哥斯大黎加并联合萨尔瓦多、瓜地马拉、宏都拉斯、尼加拉瓜总统及贝里斯总理共同发表公报予以声援。2007年6月7日，在建交66年后，哥斯大