丁关根调任全国人大常委会副秘书长；1985年，出任铁道部部长，随即被增补为中央委员；1987年，在中共十三大上，当选中共中央政治局候补委员；1988年，因发生重大铁路安全事故引咎辞职。1988年1月24日，由昆明开往上海的80次特快旅客列车在运行到贵昆铁路至邓家村站间时发生颠覆事故。机车后第2至第7节车厢颠覆于铁轨外侧，第8至13节车厢脱线，第14节车厢的1根轴脱线，只有第15节车厢保持正常。这次事故，造成了88人死亡，62人重伤；贵昆铁路中断运行44小时33分。为对此事故负责，时任中共中央政治局候补委