在北京一度被袁世凯的军警逮捕。二次革命后，冯自由逃离北京，来到日本，任华侨联合会会长，支持孙中山建立中华革命党，并任中华革命党党务部副部长。后来，冯自由奉命赴美国，向华侨宣传反袁，为革命筹款。民国4年（1915年），任国民党美洲支部长、中华民国公会（由致公堂更名）总会长等职，和林森等人到各地筹得120多万元军费。民国5年（1916年）归国。
反对联俄容共.1917年，冯自由随孙中山南下广州参与护法之役，任陆海军大元帅府参议。民国11年（1922年），任广州革命政府文官高等惩戒委员会