经拥有各种功能各异的潜艇，而九五式鱼雷则让日军潜艇拥有了世界上首屈一指的攻击能力。但是军令部依然只是把潜艇当作侦察工具，计划让潜艇执行“渐减邀击作战”，消耗敌军主力舰队实力，为进行一场决定性的舰队会战而做准备而已。太平洋战争之初，第六舰队曾经使用过微型潜艇对珍珠港、夏威夷等地进行侦察，同时在偷袭珍珠港时也运用了微型潜艇进行侦察。随着战争的延长，第六舰队开始对民用目标进行攻击，同时也进行了布雷行动。日军一度同纳粹德国海军联手，对印度洋地区的英国商船进行袭击，不过次数并不多；军令部始终更关注如何让潜艇伏击盟