任期是连续进行的。谢尔比第二个州长任期的主要工作就是对战争做准备。就职典礼两天前，他与即将离任的州长查尔斯·斯科特在州议会会面，任命威廉·亨利·哈里森指挥肯塔基州民兵。这一任命实际上违反了州宪法有关这一职位只能由肯塔基州人担任的规定。哈里森这时已是印第安纳州和伊利诺伊州的民兵指挥官，他在纽波特挑选了肯塔基州志愿军，然后赶去防御韦恩堡。谢尔比努力说服总统詹姆斯·麦迪逊，让哈里森拥有西北领地所有军队的指挥权，原本已经任命詹姆斯·温彻斯特（）的麦迪逊同意了他的建议。谢尔比又修订了州民兵的法律，规定州内所有1