立陶宛在克莱佩达港的大规模基础设施投入亦血本无归。近10,000名难民（多数为犹太裔）逃离克莱佩达区，向立陶宛政府寻求庇护和援助。立陶宛民众对祖国前景颇为担忧：三月至四月间民众自银行和信贷机构中取出了近20%的储蓄。失去克莱佩达后，立陶宛逐渐纳入德国的势力范围，在贸易上尤其如此。1939年年末，德国占据了立陶宛75%的出口额和86%的进口额。1939年德国与苏联签订《苏德互不侵犯条约》，划分了东欧的势力范围，立陶宛最初归于德国势力范围下。纳粹德国提议和立陶宛结盟抵抗波兰，并承诺归还维尔纽斯区，但立陶宛坚守了