4日，肯塔基州加入美国联邦次日，谢尔比上任成为首任州长。虽然没有积极参与党派事务，但他还是认为自己属民主共和党人。他首个州长任期的大部分工作都是在建立基本法律、军事分部以及税收结构。谢尔比关注的一个主要问题就是确保获得联邦援助保卫边疆。肯塔基州曾与俄亥俄河以北的美洲原住民不宣而战，但战争部长亨利·诺克斯却命令谢尔比不要针对印第安人发起进攻性的军事行动。此外由于联邦法规的限制，州民兵的服役期限只有30天，这样的时间实在太短，难以保障军队的战斗力。新成立的州羽翼未丰、资源匮乏，导致谢尔比只能保护那些最脆弱的