人将章太炎送往日本。不久，孙中山化名“高野”，乘坐法国邮轮经上海赴新加坡，但懋辛和熊克武负责保卫，并登船向孙中山汇报国内同盟会活动情况。后来，熊克武奉命回四川成立中国同盟会泸州分部，进行武装斗争，但懋辛则留在上海继续办联络站。1908年5月，中国同盟会自东京为四川的革命党人购置了一批枪支弹药，经但懋辛安排运到了四川革命党人处，为广安起义做了准备。
刺杀载沣.1908年9月，但懋辛奉中国同盟会之命联系吴玉章，置办军火、成立暗杀团，准备炸死端方。但懋辛、黄复生、喻培伦等人自日本赴汉口侦