学中建立了“三元坊”，现在附近地区仍被称作三元坊。清朝时期的27任山长全部是进士出身，其中有状元、榜眼数人，还有诗学家沈德潜、干嘉名家钱大昕、近代改良家翁心存等着名学者。在名师的指导下，紫阳书院培养出彭启丰、石韫玉、吴钟骏、钱棨、陆润庠等状元，邹福保、王鸣盛等榜眼，成为全国一流的省城书院。
晚清、民国时期.光绪二十七年（1901年），全国书院改为学堂，紫阳书院第二年也改名为校士馆。光绪三十年（1904年），慈禧太后推行改革，全国省学改大学、府学改中学，金石学家、江苏巡抚端方在这里建