希政府不支持台独的立场，加上中国大陆方面的压力，造成台美关系的恶化，陈水扁的过境地点从2001年5月过境“最高级别”的地点纽约以及高规格接待，到2006年，因美国只允许过境“级别很低的”地点阿拉斯加，且没有接待，导致陈水扁临时决定放弃过境美国，专机绕过西半球，半途还发生飞机找不到降落地点，无法加油的混乱，最终到达南美洲，被称为「迷航外交」。陈水扁最后一次出访中南美洲，则根本没有过境美国的规划。陈水扁推动“以台湾名义加入联合国”的公投案。国民党为了杯葛这个公投案，又发动“以中华民国名义重返联合国”的公投案