（1878年），林家要建板桥林家花园五落大厝，接云寺地处其中，遂迁至现址重建，于光绪十三年（1887年）落成。庙前的湳仔沟过去有一座名为「枋桥」、「板桥」的木板桥，即板桥地名的由来。寺方每届三十年就翻修一次。大正三年（1914年）因栋梁朽腐，由漳派陈应彬总体设计并包办修造，以三川殿架中的藻井为精心之作，大殿栋架两侧斗座则有飞天仙人木雕。据当地人说该次大翻修曾宰了一千多头猪。寺内仍可以看见许多庙柱上都有「咸丰」的雕刻落款年。战后庙址为西门街10号，属留侯里。1954年10月2日，寺方为庆祝翻修落成，计