美国纽约哥伦比亚大学环境研究和保护中心的唐·梅尔尼克（Don Melnick）与来自美国、印度和马来西亚的同事研究了婆罗洲大象的DNA。他们收集了婆罗洲北部马来西亚部分的20只大象的粪便和血液样本，从中分离出一个线粒体和5个染色体基因。然后比较这些基因与南亚地区数百头大象的相应基因。2003年的比较结果，婆罗洲大象与任何已知大象种群都存在很大差异，无论是野生还是驯养种群。婆罗洲象应该归于一独特的亚种。研究结果发现婆罗洲象并非近代才出现。它们和其他亚洲象明显不同，作者推测婆罗洲象是三十万年前婆罗洲和亚洲大