出现在林村河中游，如宽鳍鱲、异鱲等鱼类及稀有两栖动物香港蝾螈等，下游则因河流遭人工化而破坏了整个下游生态系统。林村河流域是大量蜻蜓品种的栖息地，包括多种罕见的华丽扇蟌、绪方华扁蟌及梧桐寨独有的郁异伪蜻及克氏头蜓，是继沙罗洞后香港最重要的蜻蜓栖息地。梧桐寨河谷拥有一片茂密的树林，是香港其中一处植物种类最繁多的地方，当中包括一些稀有和受保护品种，如巢蕨、剌桫椤等，所以梧桐寨河谷早于1979年已列为具特殊科学价值地点。