跨性别旗（英语：Transgender Flag），是一面象征跨性别群体（Transgender）的旗帜。由五个水平线条所构成：两条水蓝色、两条粉红色，与中央一条白色。
现今使用的跨性别旗.跨性别旗是由一位美国跨性别女性莫妮卡·赫尔姆斯（Monica Helms）于1999年创造的。此旗首次出现2000年美国凤凰城同志骄傲游行中。跨性别旗有别于六色的同志骄傲旗，但两者在同志游行及LGBT权益支持者会一同使用。设计者赫尔姆斯描述了这面跨性别旗的含义有如下：旗帜图案对称，所以不管