数以百万计的候鸟会于秋冬季经过波斯湾地区。其中包含全球濒危物种翎颌鸨，是巴林秋季普通的候鸟。巴林的许多岛屿和浅海是世界重要的为鸬鹚(Socotra cormorant)生育地，于侯瓦尔群岛记录多达10万对以上。巴林仅有发现18种哺乳动物：羚羊、沙漠兔子和刺猬是该国常见的野生动物，但是阿拉伯羚羊却因被猎杀而灭绝。两栖类和爬虫类共记载25种，亦有21种蝴蝶和307种植物。海洋生物也相当多元，包括广泛的海草床和泥滩，斑状珊瑚礁等，海草床是儒艮和绿海龟等濒危物种重要的食物来源。2003年，巴林政府禁止在其领海捕捉海