测到超新星中微子。超级神冈探测器对这些中微子侦测到了11场事件。这次观测证实了超新星爆发理论的正确性，并开启了中微子天文学。1998年，超级神冈探测器首次发现了中微子震盪的强烈证据，其观测到了μ子中微子转变为τ子中微子的现象，这显示中微子具有质量。梶田隆章在该年的「中微子物理学・宇宙物理学国际会议」上发表该结果，并因此研究获得2015年的诺贝尔物理学奖。超级神冈探测器所得之数据对质子平均生命期与其他罕见衰变模式以及中微子性质做出了限制，例如质子衰变成K介子的生命期上限为5.9×10年。