票败给许丽音，随后于2002年再度代表国民党参选马公市长，但由于民进党市长提名人高子鹏，在市长候选人登记截止前临阵缺席，造成王干发同额参选马公市市长，并以23829票当选。2005年县市长选举中，获得中国国民党提名参选澎湖县县长，与代表民主进步党的陈光复竞争激烈，结果获得25223票当选第十五届县长，其得票数甚至比当时执政的赖峰伟县长在2001年竞选连任时的票数（22094票）还高。2009年县市长选举拿下22664票，以595票的些微差距再度击败民主进步党提名的前高雄市议长蔡见兴，连任成功。第二届