鼎芬弹劾李鸿章六大可杀之罪，指责李鸿章与法国议约时在中越问题上处理失当。梁鼎芬却因此疏开罪慈禧，以“妄劾”罪重治，后因大学士阎敬铭力阻而免，仍连降五级，到太常寺去做司乐小官，故愤而辞官，到镇江焦山海西庵闭门读书。还乡后任惠州丰湖书院山长。时张之洞任两广总督，慕其才名，先后聘梁为肇庆端溪书院院长、广雅书院首任院长。张之洞移任湖广后，梁鼎芬追随充当幕僚。张之洞在武汉办《楚学报》，聘请王仁俊为坐办，由章太炎主笔。梁鼎芬见章太炎写《排满论》六万言，两人发生冲突。王仁俊向张辩解，谓章本是个疯子，“即日逐之出境可也