站房在高架下方，有阶梯通往两月台。2007年（平成19年）6月12日增设电扶梯。本站属业务委託站（委託），设有绿色窗口、自动验票闸门、自动售票机。付费区外有商店「NewDays」新杉田1号店。过去付费区内曾有商店，并有立食荞麦面店在剪票口旁。厕所设于闸内，併设多功能厕所。付费区外、根岸线高架下是车站大楼「Beans新杉田」，从此往东北方向是东口，往西南方向是西口。月台从东口侧起为1号线。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）月台往大船方向为弯道，视线不