从路线历史沿革探究起来，与另一条南28线息息相关。1966年乡道路线初公布时，「青鲲鯓～佳里」线当时编号为"南28线"，"南26线"当时则是「后港～番子寮」线，也就是现今南28线的前半路段。1976年经过一次路线整併后的，"南26线"大幅延长路线，将「青鲲鯓～谢仔寮」（后港国中附近）、「谢仔寮～番子寮」及「番子寮～许竹围」三段路段整併成同一路线，让本线成为西起将军乡青鲲鯓，东到佳里镇市区北侧许竹围的长程跨乡镇公路。而1976年的"南28线"被"南26线"併去「青鲲鯓～谢仔寮」路段后，仅存「谢仔寮～北头洋」路