范·海尔蒙特的父亲克里斯蒂安·范·海尔蒙特是公共检察官和布鲁塞尔法庭成员，母亲玛丽亚·斯塔萨尔特是布拉班公国最显赫的家族的后代。1567年两人在圣弥额尔圣古都勒主教座堂成婚，海尔蒙特是他们的第五个孩子。1580年克里斯蒂安·范·海尔蒙特去世，他在天主教鲁汶大学接受教育，接触过当时各学科的课程后，他选择了医学，但进而发现无论是教材还是课上讲授的内容都是已经和实际脱节甚多的盖伦体系。1599年，范·海尔蒙特拿到了鲁汶大学的医学博士学位，随后开始在欧洲进行壮游。1600-1605年间他在瑞士、意大利、法国和