由外交长、辅国公车林多尔济代行；不久，那木囊苏伦便回任复职。在外蒙古实行自治后，以那木囊苏伦、杭达多尔济为代表的贵族集团与博克多汗为首的僧侣集团冲突日益激烈，中国北洋政府则试图恢复其在外蒙古的统治。为了得到支持，那木囊苏伦于1918年再次前往俄国伊尔库茨克。此时正是俄国内战期间，他会见了两位布尔什维克官员，希望得到支持，但没有成功。据信这是外蒙古官员同俄国布尔什维克官员的首次会面。那木囊苏伦回国后不久突然患病，于1919年4月20日病逝。传说他是被博克多汗毒死的，因为其他贵族派的人士如外交大臣杭达多