关原之战爆发期间，将长男孝利送往家康成为人质，表示无意与家康敌对，且元为表示中立，在该战役中没有参战。战后被家康分封龙田藩藩主，并积极处理丰臣家家内事务。1614年方广寺钟铭问题爆发，幕府有意向丰臣家宣战，且元四处奔波，不想德川家康因而发动战争。被大野治长以及淀殿为首的主战派指为向家康求和有意谋反。且元被迫离开大坂城，并为德川军参战，大坂之阵过后，被幕府加封为4万石，夏之阵完结后20天，且元突然死亡，死因是病死，但亦有可能是对丰臣氏的忠诚而自杀。