现两者的遗传差异颇大，分析认为巽他云豹和亚洲大陆的云豹已有百万年的生殖隔离史，因而将其提升为独立物种。2008年国际自然保护联盟就将其列入濒危物种名单。早在冰河时期，婆罗洲和苏门答腊的巽他云豹就因为地理原因而分隔开来，长期的演化使得两地的云豹发生了遗传学上的差异，以及头骨和牙齿等细节部位的形态学上的差异，形成了两个亚种：婆罗洲云豹（"Neofelis diardi borneensis"）和苏门答腊云豹（"Neofelis diardi diardi"）。