建照后，民主进步党中央党部发表《谴责原能会核发核四建照》声明，并且动员全党成员参与328反核大游行。而在选举挫败的情况下，民主进步党党内开始检讨修改台独党纲以因应中华民国总统选举。1999年5月9日召开的第八届第二次全国党员代表大会上，通过了《台湾前途决议文》而有条件地承认中华民国宪政体制。但是之后民主进步党党内对于中华民国总统提名爆发陈水扁与许信良之争，其中林义雄在陈水扁竞选台北市市长后后鼓励其继续准备参选中华民国总统，而前民主进步党主席许信良则已经积极投入往后的总统大选。对此民主进步党重要人物黄信介