在任时的国会，以在野国民党为首的泛蓝阵营夺得国会的稳定过半，所以谢长廷内阁的定位为「协商内阁」，组阁时以行政院副院长职位虚位以待，以邀请国民党副主席江丙坤出任，但国民党最后不同意江丙坤出任副院长。谢长廷内阁并没有对游内阁作出大规模改组，所以外交部长陈唐山、教育部长杜正胜等仍继续留任。在林佳龙参选台中市长而辞职后，谢长廷以子弟兵姚文智出任新闻局长。姚文智在新闻局长任内，在处理媒体机构上有一定争议。受高雄捷运外劳弊案的影响，民进党在2005年12月的县市长选举中惨败，谢内阁于翌年1月以总预算案覆议未获国