交涉后，最后选择了临海且最偏远的萩，并于1604年开始在指月山下兴建萩城，1608年完成；此后萩城即成为整个长州藩的政治中心。一直到19世纪中期，长州藩决定开始攘夷，因担心临海的萩城易遭到外国军舰自海上攻击，于1863年将藩厅往南迁移到位于内陆的山口政事堂（为于现今的山口市），而结束了萩城做为长州藩厅的功能。1874年明治政府发布了废城令，萩城也因此遭到拆除，仅留下石垣和水堀；1951年萩城被日本政府列为国家史迹，后为了发展观光，自1996年开始陆续复原部分的石垣、城门、总门。