海，导致鹿耳门港道淤塞难以通行，妈祖庙的香火也因而不再旺盛。而由于鹿耳门周边出现大量新垦地，府城三郊也设立「万益馆」招佃开垦。又为管理近港淤埔地，沿岸设有「三郊鹿耳门界」地碑。道光十一年（1831年）曾文溪洪水氾滥，庙宇也遭水淹，三郊公于与当地居民立「箕水豹」神碑以镇水。咸丰十年到同治元年（1860年─1862年）这段期间，「天后宫」有重建过一次，立有「重兴天后宫碑记」。根据碑文上的捐款资料，可知捐款者有官员与郊商，又以「三郊公局」出资最多。三郊参与此次重修，进而接手管理庙务，将所辖的浮覆地划为祭祀公业（妈