党部办理全国民意调查决定提名人选。然而，由于本届初选仅时任民主进步党主席陈水扁一人登记参选，初选协调作业、及全国民意调查也因而中止。2003年12月10日，民进党中执会宣佈陈水扁正式成为该党总统候选人；2003年12月11日，陈水扁宣佈由现任副总统吕秀莲再次出任副手，水莲配正式成军。民主进步党中央党部并于2003年12月20日正式公告，提名陈水扁代表该党参与2004年中华民国总统选举；本届初选为继1999年民进党总统提名选举以来，该党第2度出现总统候选人初选同额竞选的情形。