批准。随后升为云南左参政。正德九年，因父老乞求归养。嘉靖年间，父丧丁忧除服后，起用任湖广左、右布政使。随后升爲右副都御史，巡抚保定诸府。回朝后，任工部右侍郎，乞求皇帝减少工程持俭约。随后晋升爲工部左侍郎、工部尚书，加封太子太保。随后被御史桑乔、给事中管见所弹劾。之后乞求罢免，死于回家途中。赠少保，谥康懿。福州东林家族在明朝一季，共有八位进士，其中有五位官至尚书。史称「三代五尚书，七科八进士」。林庭㭿之子林炫亦出身进士，其弟林庭机亦为进士、工部尚书。