9年，牟氏到台湾国立台湾师范大学与东海大学任教。1954年受聘为台湾教育部学术审议委员。1960年应聘至香港大学主讲中国哲学。1968年，由香港大学转任香港中文大学新亚书院哲学系主任。1973年协助创办新亚中学。1974年自香港中文大学退休，任教新亚研究所。其后又任教国立台湾大学、国立台湾师范大学、东海大学、国立中央大学。1995年4月12日15时40分，牟氏因器官衰竭逝于国立台湾大学医学院附设医院，享寿86岁。
学术.牟宗三的思想受熊十力的影响很大，他不仅继承而且发展了熊