建、考古发现、人类基因等证据都无法汇聚于单一定点，说明在微观层面上复杂的人口移动及接触过程。这说明目前已知或未知的各种语言已证明了传统树形结构过于简单、不足以反映菲律宾南岛语言错综复杂的区域历史。
内部分类.菲律宾南岛语源自原始南岛语的后代语原始马来-玻里尼西亚语。其中有多个针对内部分群的提案，而最广为接受的是白乐思 (Blust, 1991; 2005) 和里德 (Reid 2017) 的看法。不过，两位学者均不认为菲律宾南岛语可构成一个单一的系谱分支。