总教区全体司铎、修女和教友代表的推荐和选举后，马英林当选成为昆明总教区主教。同年4月30日，马英林在未有获得时任教宗本笃十六世的认可，被中国天主教爱国会自选自圣晋牧。马英林的晋牧庆典，在昆明耶稣圣心主教座堂举行。2007年4月20日，由于中国主教团团长傅铁山主教去世，马英林以主教团秘书长身份担任代理团长之职务。
出任主教团团长.2010年12月9日，马英林在未有获得教廷的认可，在中国天主教第八次全国代表会议上获选为中国主教团团长。2011年，升任为中国天主教神哲学院院长。201