学界设有贝林、北里奖（），纪念他的贡献。2015年，为纪念北里教授而设立的、北里大学分别迎接100週年、50週年之后的第一年，该校教授大村智获得日本人第23个诺贝尔奖、第3个诺贝尔生理学或医学奖。理事长、校长在祝贺声明中，视之为「北里的继承人」：前理化学研究所所长、诺贝尔化学奖得主野依良治评论：「（大村智的获奖）达成了北里柴三郎教授的悲愿」。明治三十九年（1906年）4月，日本联合医学会会长。9月被任命为帝国学士院会员。明治四十一年（1908年）6月，迎来恩师科赫夫妇。大正二年（1913年），成立日本