舰上为期两年的鱼雷训练课程，这是他职业生涯中重要的一步。他在理论和实践考试中都获得了一级证书。1893年夏天，斯科特指挥一艘鱼雷船时，船搁浅了，这是一个小污点，他因此受到了轻微的责备。在撰写斯科特和罗尔德·阿蒙森的双重传记的过程中，极地历史学家罗兰·亨特福德调查了斯科特早期海军生涯中可能存在的丑闻，该丑闻与1890年至1890年斯科特在安菲翁号上担任中尉有关。根据亨特福德的说法，斯科特从1889年8月中旬到1890年3月26日，有8个月的时间“从海军档案中消失”。亨特福德暗示他曾与一名已婚美国妇女有过关