有同真菌共生形成地衣，或生于植物体内形成内生植物，少数种类能生活于85℃以上的温泉或终年积雪的极地。蓝菌已知约2000种。目前蓝菌的系统发育分类仍未确定，根据色素种类可单分出类似植物的叶绿体，含有叶绿素a和叶绿素b的原绿藻类，根据形态可分爲色球藻目（Chroococcales）、宽球藻目（Pleurocapsales）、颤藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分类可能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态