七年（1579年）吴兑被明神宗召还回京师，加右都御史。万历九年（1581年）以右都御史总督蓟、辽、保定军务，并兼任应天巡抚。因斩泰宁、速把该有功，封太子少保，进兵部尚书，并仍然兼任右都御史的职务。吴兑后来遭到御史魏允贞的弹劾而去官，魏允贞劾吴兑附高拱、张居正，结交宦官冯保、王继先。