首领刘永福控制。此时民众获悉基督徒中有日本人潜伏，引发众怒，多处有搜捕基督徒的情形，10月14日夜间，发生台湾教会史上着名的「麻豆事件」，信众中被杀害有15人、受累者4人，计19人，最为惨烈。当日军「南进军司令部」准备以两师团之兵力围攻台南城之际，刘永福弃守台南城内渡清国厦门，台南士绅恳请巴克礼牧师及宋忠坚牧师(Duncan Ferguson,1860 - 1923)向乃木希典将军求和。两位牧师于10月20日在19名护卫的陪同下，携带上百位仕绅具名签署的委託书前往交涉。巴克礼一行人没有轿夫敢前往日军