处以名为「重谨慎」或「重营仓」的禁闭处罚，被处以「重谨慎」的战俘只能坐在自己的铺位上，不能说话或胡乱移动，被处以「重营仓」的战俘则会被单独拘禁在狭小地方里最少三天。为了策动针对美国本土的细菌战，奉天俘虏收容所的战俘曾被用作人体实验。根据1943年的关东军任命书《关总作命丙第九八号》，约20名731部队人员曾被派遣至奉天俘虏收容所，他们获安排从事的工作是「支援和指导该战俘营进行防疫业务」；在伯力审判上，731部队的军官承认曾在1943年对奉天俘虏收容所的美国战俘进行研究，检验他们的血液，从而证明不同人种的