大元丢失中原地区后版图缩小回蒙古高原地区，史称北元。北元亡于1388年或1402年，由鞑靼部和瓦剌部的首领先后继承“蒙古大汗”称号，但是其统治范围没有再超出过蒙古高原；其后明朝长期和察合台汗国和钦察汗国及其他的小汗国同时并存，直到17世纪蒙古人建立的主要汗国均致灭亡。最后一任蒙古大汗察哈尔部林丹汗被后金皇太极击败，其子额哲后来归降皇太极，漠南蒙古诸部于1636年3月聚沈阳，承认皇太极为大汗、统辖漠南蒙古诸部，“蒙古汗国”历史正式结束。
蒙古源流.
源出室韦.蒙