本纪〉、〈志〉、〈世家〉、〈列传〉；〈志〉有天文、地理、礼乐、科目、百官、河渠、刑名、兵革、马政、盐法、漕运、艺文诸目。〈列传〉下有循吏、独行、行人、儒林、文苑、妙艺、方技、隐逸、名宦、宦者、胜国遗臣、盗贼、兀良哈、朵颜三卫、朝贡各国。顺治年间浙江谷应泰提督浙江学政，编《明史纪事本末》，以五百金购买《石匮书》，宗子因家贫慨然予之。谷应泰的《明史纪事本末》多取材自此书。康熙初年，谷应泰编修《明史纪事本末》时，张岱参与其中，得以望见崇祯朝的大量史料，如崇祯朝《邸报》，于是开始强化《石匮书》细节的铺陈，并着手