运科升格为货运处。1992年12月底，南航货运大楼正式启用，货物仓库引进高层码垛机等设备。货物的收运、配载和查询均使用电脑控制系统，是当时中国民航最具规模的现代化大型仓库之一。1996年1月4日，南航将货运处等部门联合重组为运输部。5月4日，南航湿租俄罗斯贝加尔航空的两架安－12货机正式投入营运，两架货机首航天津，并陆续开通广州至成都、沈阳、哈尔滨等航线。其首条国际货运航线于1998年1月开辟，执飞广州至越南胡志明市的定期货运包机，每日一班，次日往返。2000年3月，南航货运用湿租亚特拉斯航空的