宏基因组学（），又译元基因组学、zh-cn:总体基因体学; zh-hk:总体基因体学; zh-tw:宏基因组学;，是一门直接取得环境中所有遗传物质的研究。研究领域广泛，也可称为环境基因体学、生态基因体学或群落基因体学。在早期研究微生物基因体必须将环境基因DNA或RNA转殖进入大肠桿菌体内，利用复制选殖方式，分析在自然环境中复制选殖特定基因(通常为16S rRNA)的多样性。但是，这样的工作表明，绝大多数的微生物生物多样性已被基于复制选殖的方法所遗漏。最近的研究使用“霰弹枪”或PCR定向测序来获得来自