天启二年（1622年）与族兄孔闻诗同榜考中进士，授行人司行人，又升任礼部郎中，崇祯七年（1634年）出任陕西河西道副使，后丁忧回乡。清顺治元年（1644年）清朝颁布剃发令，要求官吏和百姓剃发，孔闻謤为此上书摄政王多尔衮说：“臣家宗子衍圣公孔允植，已率四氏子孙告之祖庙，俱遵令剃发讫。但念先圣为典礼之宗、颜曾孟三大贤，并起而羽翼之。其定礼之大者，莫要于冠服。先圣之章甫缝掖，子孙世世守之，是以自汉暨明，制度虽各有损益，独臣家服制三千年来未之有改。今一旦变更，恐于皇上崇儒重道之典有未尽也。应否蓄发，以复先世衣冠