原属寺庙。后寺庙屡次因战火被废又屡次重建，在此期间万佛堂周边先后建造了两座佛塔。明朝正德年间时，在万佛堂后的山崖上的唐代汉白玉浮雕被移动到了万佛堂内。1979年，万佛堂、孔水洞被列为北京市文物保护单位，2001年，“万佛堂、孔水洞石刻及塔”被列为全国重点文物保护单位。
历史.关于孔水洞的记载，最早见于《水经注》，而相关的记载也被隋代的《隋州郡图经》予以佐证，而且在孔水洞中也出现了隋代开凿的佛龛。唐玄宗在位时（713-755年），平卢军节度使朱希彩出资在孔水洞周围建起了一座寺庙，由比