车站为一平面车站，JR九州设有一座岛式月台与一座侧式月台共三条乘车线，至于离站房最远的一座岛式月台与两条乘车线则是由球磨川铁道使用，JR与球磨铁之间的月台有跨线天桥互通，乘客并不需出站之后再重新进站才能转搭不同公司之间的路线。人吉车站在靠近八代方向设有车辆基地，拥有一座砖造的车库，原本属于JR九州人吉铁道事业部所有，但在2005年3月时其业务併入了熊本铁道事业部。虽然是个支线车站，但人吉却以风味与包装非常特殊的车站便当（）而闻名日本全国。其中尤以拥有栗子造型外盒的栗子饭（）便当最为出名，经常登上九州地区