月13日约见南京市政府，同意并采用了南线方案。之后南京南站虽然有大概的模型，但南京市政府与铁道部又多次就站场离地高度、地下空间面积、汽车南站选址等发生分歧，南京政府的方案最后经过的再三坚持以及说服才得以实行。2008年1月10日南京南站开工，作为京沪高速铁路江苏段的“发令枪”。2011年2月20日南京南站主体结构封顶。2011年5月30日南京南站南站房完工。6月9日起京沪高速铁路开始全线试运行，南京南站开始接发试运营列车。6月28日，南京南站开始营运。但由于京沪高速铁路尚未开通，南京南站仅有售票业务。同