第五中队与支援中队同时成立。海蛟大队下的每一个快艇中队都辖有两个分队（番号为一至十分队），每分队各辖5艘飞弹快艇。整个海蛟大队共拥有48艘海鸥级、2艘以色列毒蜂级飞弹快艇。支援中队下辖一至五分队，每分队各支援一个中队之保养维修。海蛟大队原尚辖有两艘龙江级巡逻艇，但在1996年此二舰已拨归131舰队的212战队。海蛟大队长为上校（旅长）编阶，中队长为少校（副营长）编阶，海鸥级艇艇长则为上尉（连长）编阶。 在2012年7月1日最后一批20艘的海鸥快艇除役
性能.海鸥级飞弹快艇为铝