1949年）5月21日，庭园作为「国民公园新宿御苑」正式对公众开放，并于次年移至厚生省管辖。在此之后，随着昭和四十六年（1971年）7月环境厅成立，新宿御苑同其他的国立公园一起移至环境厅管辖。在平成十三年（2001年）1月的中央省厅再编后，管理权移交给环境省至今。