从帝国中心逃亡东南沿海。经会昌一劫，摩尼教再不能在社会公开传教，转而在民间秘密流传，并渐与其他宗教结合，历五代两宋仍不衰。自此与下层的斗争结合起来，成为农民起义的号召旗帜之一。
五代.五代后梁贞明六年（920年），毋乙、董乙，在陈州（今河南淮阳）依托佛教造反。这次叛乱在历史上长期被误认为是摩尼教发动。《旧五代史》记载：“陈州里俗之人，喜习左道，依浮图氏之教，自立一宗，号曰‘上乘’。不食荤茹，诱化庸民，揉杂淫秽，宵聚昼散。”宋代佛书《佛祖统纪》则载：“梁贞明六年，陈州末尼反，立毋乙为