953年开办的养猪事业，最高年产量是70万头毛猪，而后因加入WTO等因素，年产量已降低至44万头。而除了养猪事业之外，台糖也曾饲养过肉牛与水产。而由于养猪事业在1997年曾受到口蹄疫冲击，台糖遂于1998年7月在研究发展委员会支持下，于屏东原养牛场进行「鸵鸟试验养殖计划」。而除了畜殖之外，台糖也有经营饲料工厂（新营、小港）与肉品加工厂（柳营）。而现行的畜殖事业部是在2003年8月由畜殖处改制而来，总部位在台南县柳营乡人和村（今台南市柳营区人和里，原新营副产加工厂），于2010年代有19座畜殖场及1座鸵鸟