丰九年（1859年），至浙江，并在归安任职。咸丰十年（1860年）二月，太平军进逼湖州，宗元率军守城解围，晋升同知，加知府衔，因积劳成疾，手足偏瘫，民众自发为其焚香祈祷。咸丰十一年（1861年），奉命守绍兴，城破身死。巡抚左宗棠将其事上奏，朝廷追赠宗元太仆寺卿衔，按例抚恤，并在绍兴府城建立专祠祭祀。同知《宁乡县志》将其列入《忠义传》。