李重俊发动的宫廷政变被杀，杨元琰在神龙政变中是李多祚的下属，也被牵连关入监狱审问。幸好得到中书侍郎萧至忠的求情和保证，得以免罪，改任光禄卿。他再次请求辞去所任官爵，回赠给亡父。中宗允许，于是追赠其父为越州长史。唐睿宗即位，他三迁至刑部尚书，改封魏国公。唐玄宗开元初年，以太子宾客致仕。开元六年（718年）在家中去世，年七十九。