部之职掌主要是负责该要港的防御及附近海岸、海面的警备，兼管军需品之配给、舰船兵器的小修理。在司令官之下，主要的职员尚有参谋长、参谋、副官、知港事、机关长、工场主管（1908年置）、军医长、主计长。刚开始马公要港部隶属第三海军区（佐世保镇守府），但亦受到台湾总督的监督。明治三十六年（1903年）9月14日派驻第19水雷艇队，隶属马公要港部，同年11月10日，改制为马公要港部司令官承海军大臣之命，关于周遭海域之警备不受镇守府司令长官的监督。明治三十九年（1906年）11月22日，废止水雷敷设队。明治四十一年