易学院并入南开大学，参与组建南开大学商学院。1995年，南开大学入选中国首批“211工程”院校。同年，侯自新接替母国光出任南开大学校长。1997年7月，在南开园被日军炸毁60周年之际，南开大学重新铸造校钟悬挂于大中路旁。1998年5月，南开大学与天津经济技术开发区签定协议，由天津经济技术开发区投资3.2亿元人民币在开发区建设南开大学泰达学院。1990年代后期，中国大学合并浪潮中，时任国务院副总理李岚清希望南开大学和天津大学根据“共建、调整、合作、合并”的方针进行合并，教育部和天津市领导以第十个入围985工程