江南抗日义勇军解除了部分江浙游击军高级军官的武装，并处决了黄飞。邓本殷的江浙游击军同强学曾部遂合编为江南抗日义勇军独立二支队，邓本殷升任江南抗日义勇军副司令，后辞职离开部队。江南抗日义勇军后改编成新四军挺进纵队。抗日战争结束后，邓本殷迁居上海。第二次国共内战末期，邓本殷接受中国国民党革命委员会（民革）中央主席李济深领导，在上海组织地下军，并参与筹建上海民革组织。中华人民共和国成立前夕，他迁居香港，此后生平不详。