。1980年1月22日，他因为示威抗议苏联入侵阿富汗而被捕，随后他被流放到一个保密行政区高尔基，即现在的下诺夫哥罗德。他的社会主义劳动英雄头衔也被苏联最高苏维埃主席团决议所褫夺。在1980年至1986年间，萨哈罗夫受到苏联秘密警察的严密监视，在他的回忆录中他声称他在高尔基的寓所经常被搜查和抢掠。萨哈罗夫被美国人道主义协会评为1980年的年度人道主义者。1986年12月19日，米哈伊尔·戈尔巴乔夫展开重建和开放的政策，打电话给萨哈罗夫告诉他被释放，他和他妻子可以返回莫斯科。
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