基建工程兵交通部队列入中国人民武装警察部队序列，受武警总部与中华人民共和国交通部双重领导。1999年3月，完全由武警总部领导。2009年，武警水电、交通部队纳入国家应急救援力量体系，成为遂行应急救援任务的“国家队”。2018年，所有武警部队统一划归中央军事委员会领导，中国人民武装警察部队交通部队回归内卫部队。
武警交通指挥部.武警交通部队的领导机关是武警交通指挥部，隶属武警总部，机关驻北京。武警交通部队警官、士官培养体系由中国人民武装警察部队南昌指挥学院承担联合办学任务，武警交通部