员亦由国务院任命。除行政长官外，特区政府由3司13局56部门组成。政府的主要施政和行政工作由13个决策局和56个部门执行。另外，少部分机构如廉政公署及审计署等皆直属行政长官。香港特别行政区政府设置下列司长、决策局：
律政司司长."（不设决策局）"行政机关由行政长官领导。重要的公务员必须是连续15年在香港居住且没有外国国籍的香港居民。由行政长官任命后，他们必须向中央人民政府申请委任。特区政府仅行使制定和执行不同政策的权力；管理特区的日常行政事务和中央政府授权的对外事务；