，证圣元年（695年），召回王方庆为洛州长史，不久加银青光禄大夫，封石泉县男。万岁通天元年（696年），转并州长史，封琅邪县男，尚未就职，九月又迁鸾台侍郎，授同凤阁鸾台平章事，为实质宰相。不久转凤阁侍郎，仍居相位。麟台少监李峤为王方庆上表辞让，未果。神功元年（697年），武则天伯父武士让之孙清边道大总管建安王武攸宜破契丹回朝献俘，按传统应由军乐队奏乐。因武攸宜回朝时，正值高宗去世当月，内史王及善请求备鼓吹但不奏乐。王方庆引用晋朝先例，称乐队只有当武攸宜回朝正值高宗忌日时才不奏乐，建议乐队仍然奏乐，武则天