0km/h及全面以E6系服务秋田新干线，部份被取代的E3系0番台列车，经改装后会转移到山形新干线使用，其余将会拆解报废。另外，服务于山形新干线的E3系列车（包括0/1000/2000番台）于2014年春天起更改车身涂装，新涂装设计由知名的汽车设计师奥山清行负责。全数15列编成于2016年完成更改车身涂装工程。