分化殷仲堪势力，任桓玄为江州刺史、殷仲堪为荆州刺史、杨佺期为雍州刺史。399年桓玄杀殷杨二人，併其辖地。司马元显担忧北府军不可靠，征江东豪族佃民以建立新军，称为「乐属」。这却使「东土嚣然」，引发民变，399年孙恩率众攻陷会稽，史称孙恩之乱。孙恩世奉五斗米道，五斗米道大受世族及平民信仰。400年孙恩扩张势力，江东豪族及五斗米道纷纷响应，江东八郡完全沦陷。401年孙恩偱海路直袭丹徒，京师震撼。刘牢之派刘裕至海盐击败孙恩，孙恩乘船而退，被刘裕再次击败。402年3月孙恩为临海太守辛景所败，投海而亡。余众由其妹夫