他是隋文帝族侄观德王杨雄的长子，杨雄在隋朝初年与高颎、苏威、虞庆则号称四贵。北周大象二年（580年），杨恭仁以功臣子赐爵武阳县开国公，寻授仪同大将军。隋文帝开皇元年，进封成安郡开国公，后授左宗卫车骑将军。隋文帝仁寿三年（603年），杨恭仁为甘州刺史。他为政不纠缠细节，戎人、汉人各得其所。隋文帝对杨雄说：“恭仁在州，甚有善政，非唯朕举得人，亦是卿义方所致也。”同年征召回朝任宗正少卿。隋炀帝大业五年（609年），迁工部侍郎。六年，杨恭仁转任吏部侍郎。九年，授谒者大夫。613年，杨玄感造反，炀帝命恭