学为避战火，南迁长沙，组建国立长沙临时大学，租借湖南圣经学院为其校址。次年2月，该校西迁云南，即西南联合大学。1938年11月8日，湖南圣经学院遭到日军飞机轰炸，随即又遭遇文夕大火破坏。1951年，湖南圣经学院脱离与美国差会的关系，不久被并入北京燕京神学院，校舍被政府机关占用，为湖南省政府二院第三办公楼。1990年湖南圣经学校租用房屋恢复办学。1993年迁入马王堆乡校址。