协议于1942年6月底到期，根据新的协议，此后美国陆军在1942年至1943年提供5300万美元的资金，作为项目整体8500万美元的一部分。1942年6月18日，詹姆斯·马歇尔上校奉命组建了一支陆军部队。这支部队总部位于纽约百老汇大街270号，根据美国陆军工兵部队的命名惯例，以总部所在的位置为这支部队命名为曼哈顿工程特区。整个项目稍后也被命名为“曼哈顿计划”。另一方面，罗斯福于6月17日批准由军方负责整个项目；同年9月，布什和科南特向军方进行了移交。9月23日，莱斯利·理查德·格罗夫斯准将成为曼哈顿计划的负