飞弹砲兵部队之兵力整建、部署、派遣、战力整备、阵地配置、任务训练等，以遂行防空作战任务。隶属国防部空军司令部，指挥部位在台南市仁德区长安营区，现任指挥官为刘峯瑜中将。
组织.
编阶.防空暨飞弹指挥部设一席中将和2席少将共三位将官编制。
武器系统.由防空暨飞弹指挥部管辖的中华民国国军陆基防空战力，以购自美国的爱国者飞弹以及我国中山科学研究院自主研制的天弓飞弹为骨干，辅以较老旧的美制MIM-23鹰式飞弹，构成台湾本岛及若干外岛、离岛的