系主任王博、光华管理学院院长蔡洪滨兼任燕京学堂副院长。燕京学堂下设办公室，光华管理学院会计系副系主任姜国华兼任燕京学堂办公室主任。北大中文系教授李零指出，北京大学设立燕京学堂很大程度上是为了与清华大学竞争。燕京学堂设立之前，清华大学刚刚宣布了清华大学苏世民书院项目，旨在“培养各界领导精英”，预计2017年向全球招生。2014年7月底，北大放弃在北大静园建造燕京学堂的计划。
争议.燕京学堂设立招致了各方质疑。2014年5月，燕京学堂的消息刚刚公布，北京大学校内就产生了批评声。