经济等关系仍朝和平方向发展，双方开始进行多次两岸两会高层会谈，并就定期航线等议题达成共识，但相关议题仍是中华民国与中华人民共和国政府的敏感话题。对此马英九曾提出「非国与国特殊关系」，主张主权问题无法立即解决，但中国国民党和中国共产党同意借由九二共识作为临时办法，之后他更进一步提出「一国两区」论点。不过蔡英文政府则未表态支持九二共识，并将台湾视为民主国家。而尽管不同政党在政治上多採模煳解释，然而也遭批评可能因为不同解读而导致误判，尤其两岸对九二共识的解释完全不同。中华人民共和国方面声称中华民国已被其取代，