1953年毕业。毕业同年，郑儒永开始在中国科学院真菌植病研究室工作，师从戴芳澜教授。1956年起，开始在中国科学院应用真菌学研究所担任研究实习员兼真菌研究室业务秘书一职。1958年12月，中国科学院应用真菌学研究所与北京微生物研究室合并成立中国科学院微生物研究所，郑儒永进入中国科学院微生物研究所，担任助理研究员。1959年，与黄河结婚。1965年至1969年期间，分别因四清运动和文化大革命停止工作一年和三年。1969年全年，被下放至乡村支农一年。1977年，郑儒永因在白粉菌属领域中的研究中取得重要结