也对中南部的行政区划加以调整。由于当时诸罗县南部的曾文溪以南地区距离县治过远，且为加强台湾府之附郭县台湾县的辖境，因此将此一地区划入台湾县。此外又将彰化县埔里地区单独设立埔里社厅，改“北路抚民理蕃同知”为“中路抚民理蕃同知”，移驻埔里。另在后山地区设置卑南厅，移“南路抚民理蕃同知”驻守。于是大甲溪以南的中南部地区仍设台湾府，下辖彰化县、嘉义县、台湾县、凤山县、恆春县五县及埔里社厅、澎湖厅、卑南厅三厅。
加强军防.为加强台湾的防御能力，沈葆桢乃命人在台湾各地修筑相关建筑。如台南二鲲鯓