年10月，机关学校改为海军兵学校舞鹤分校。而“海军机关学校”一名，则由原继承。战后的1945年（昭和20年）11月30日，舞鹤分校闭校。美国陆军第133步兵连进驻校区，原校址改名为舞鹤兵营。1955年（昭和30年）美军将营区归还予日方，1957年海上自卫队舞鹤地方总监部从原址（舞鹤水交社旧址）迁至机关学校旧址。
课程.海军机关学校的目标是为日本海军培养轮机方面的人才。轮机人员在海上时指挥轮机科员、负责轮机设备运作；在陆地上则是研究、设计、制造轮机设备、飞机；对轮机科员进行教育；