至1991年任副工商司，1991年至1994年任香港驻GATT常任代表（GATT为世界贸易组织前身），1994年至1995年任政务总署署长，1995年至2000年任教育统筹司（即教育局长），2000年至2006年任公务员事务局长，2006年至07年任工商及科技局长，2007年6月退休。2008年起任香港中文大学政治与行政学系兼任教授。王永平现亦是香港大学政治与公共行政学系名誉教授和香港城市大学公共及社会行政学系客座教授。