坏教堂以及杀害教徒的事件，直到樟脑战争后传教士才有相对安全的环境，并且传教工作逐渐走向政教分离（如公开反对英国当局的鸦片贸易），传教语言主要使用白话闽南话，信仰核心为加尔文主义，以教育和医疗作为传教工作的基础建设，现存的有新楼医院、马偕医院、淡江中学、真理大学等。
日治时期.此时期的基督教延续马雅各与马偕的长老会传教工作，虽然日本政府对基督教抱持警戒态度，但由于长老会对于当局的政策大多配合，如配合皇民化政策实施日语礼拜，因此基督教不像过去因为政权变迁而被消灭。1926年，由中国