崇祯末年，曾随杨嗣昌出征，与石柱秦良玉合兵击贼，招降关索、惠登相、王光思等。南明时，擢太仆寺少卿，隆武帝朱聿键授兵部右侍郎兼右副都御史，总督江西、湖广诸军。隆武二年（清顺治三年，1646年）入赣州，是年四月十四日，清军将领高进库由万安皂口进攻赣州，偕同杨廷麟据城坚守。赣州被攻陷，杨延麟殉清水塘，元吉投章江死，“自五月至于十月，战中自尽，斗米至八钱，饿死载道，人无叛志。”。着有《墨山草堂诗文集》、《燕游记》、《寓永集》等。