计算方法可用于预测多肽和蛋白质的免疫原性，这对于设计治疗性的抗体尤其有用，包括分析病毒颗粒表面的突变可能具有的毒性，以及验证基于多肽的药物治疗方案。早期的技术主要依赖于初步的分析，即在抗原表位中，亲水性氨基酸多于疏水性氨基酸。目前，更为先进的方法则基于机器学习，利用已知抗原表位的数据库（通常为病毒蛋白质的表位）作为训练数据集此外，能够为B细胞所识别的病原体表位的编目也被收录到一个公共数据库中，供研究人员进行相关数据分析。利用生物信息学来研究免疫原性已经成为一个新兴领域，被称为“免疫信息学”。Sectio