起义者保持了距离。美国并没有履行支持菲律宾独立，埃米利奥·阿奎纳多很不高兴见到此。 由于非常明显美国人仍然待在岛上，双方关系恶化，紧张局势升级。在1899年2月4日马尼拉市郊圣胡安，两名美国士兵杀害三名菲律宾士兵之后，双方发生对抗。 这个事件导致了美菲战争爆发，这场战争远比美西战争消耗金钱以及战士生命。1935年建立菲律宾自治邦。第二次世界大战期间被大日本帝国占领。
独立和第三共和国（1946年至1965年）.1946年4月，菲律宾举行了大选。曼努埃尔·罗哈斯成为第一任菲律