群岛原属唐津藩的领地，但在1637年发生岛原之乱后虽曾短暂设立，但最终仍被划为幕府直属领地，并归入之下。明治维新后，新政府在1868年2月设立长崎裁判所取代长崎奉行，同年闰4月将天草群岛划入新设立的富冈县，县厅设于天草郡富冈町的富冈阵屋（位于现在的苓北町），6月更名为天草县。但在同年8月，又决定再将天草县併回由原本长崎裁判所改设的。此后，天草群岛在1871年随肥后国南部其他地区一同被划入新设的八代县，1876年再随之被整併到熊本县至今。