与福王朱常洵（郑贵妃所生）争夺太子之位。朝廷大臣按照明朝册立长子为太子的原则，大多拥戴皇长子朱常洛，向明神宗建议立长子为太子，明神宗的长子朱常洛，原为神宗偶然宠幸宫女王氏所生的。明神宗不宠爱朱常洛的母亲，所以不想立常洛为储君，有意立得宠的郑贵妃之子朱常洵为太子，却受到大臣与慈圣皇太后极力反对。由于明神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。朝中上下也因此分成两个派别，明神宗与群臣争论达15年之久，神宗被群臣所迫，不能立常洵为储，因而以几十年不上朝的方式向朝臣们抗议，是为万历怠政。1601年，朱常洛被封为太子