994年10月后，调整为副军级单位。2015年1月21日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平视察该基地。2016年，在深化国防和军队改革中，改组中国人民解放军火箭军第五十三基地。2017年4月18日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平在北京八一大楼接见新调整组建的84个军级单位主官，并对各单位发布训令；中共中央政治局委员、中央军委副主席许其亮宣读习近平主席签发的中央军委关于调整组建军兵种部队和省军区系统军级单位的命令、决定。在这次军级单位调整组建中，以中国人民解放军火箭军第五十三基地