州政府于九一八事变后取消。1934年至1935年余率部参加江西剿共战争，曾任赣粤闽边区剿匪总司令部第一路军司令。1936年，陈济棠与李宗仁、白崇禧以抗日名义，再度反蒋（两广事变）。余汉谋通电各广东将领支持蒋介石中央。陈手下之空军司令黄光锐亦带飞机飞南昌投靠蒋。陈事败出走香港，余汉谋接任广东绥靖主任，取代陈济棠成为广东军政首领。1937年1月5日，军事委员会电令第四路军总指挥刘建绪、广东绥靖公署主任余汉谋，立即向中国工农红军闽赣浙边区游击队进攻，「务于短期内完全廓清」。1月16