5月起停用，并陆续将展品迁至台南都会公园内的新馆，工程于2008年12月动工，花费新台币约18.5亿元兴建，佔地9.5公顷，已于2012年5月17日捐赠给台南市政府，于2015年1月1日启用。
创办人.许文龙小时候常造访台南州立教育博物馆，立志长大后也要开一间博物馆。而后来创办奇美实业后，成为大企业家之余，对艺术、音乐也很有兴趣。从收藏名琴开始（现收藏超过一千把小提琴），奇美逐步扩展收藏艺术品的领域，终于有计画有规模的成立博物馆，且让民众免费参观。博物馆迁至今址后，仍维持台南市民免