赤潮是一种自然现象，也有人为因素引起的，但不一定是一种有害生态现象。引起赤潮的原因主要有：
生物类型.赤潮的生物类型颇为多样，环境条件如水温、盐度等会决定赤潮的生物类型。引发赤潮的生物类型主要为藻类，目前已发现有63种浮游生物，硅藻有24种，甲藻32种、蓝藻3种、金藻1种、隐藻2种、原生动物1种。
危害.有害赤潮发生后，导致海洋食物链的局部中断；有些赤潮生物分泌毒素被海洋食物链中的某些生物摄入，会导致中毒甚至死亡。产生危害的主要方式是：