明郑官兵讨伐后，逃入内湾（今三湾乡内湾村）、三湾、大南埔（今南庄乡南富村）、狮潭等地，其后因郑克塽的招抚政策，大多返回原居地。此为最早有人进入南庄的纪录。永历三十七年（1683年），明郑战败降清，时为清康熙二十二年。隔年清政府设一府三县，南庄地区归诸罗县。雍正元年（1723年），析大甲溪以北为淡水厅，南庄地区属之。干隆二十六年（1761年），北台湾设「土牛沟」作为汉人开垦之界限。今南庄乡全境位于土牛沟以东，仍无汉人入垦。嘉庆十余年间（1805年－1814年），广东嘉应州人黄祈英（又名斗乃）只身渡台。