祖父鲁普雷希特修改了王室继承法，将此次婚姻合法化，他才得到“巴伐利亚王子”的称号。1939年，弗朗茨跟随父母因逃避纳粹政权的迫害而流亡，定居匈牙利。1944年10月，德军占领匈牙利，他和家人被盖世太保抓获，拘于萨克森豪森集中营。1945年被转移到达豪集中营，在那里被美军释放。战后，弗朗茨接受了本笃会的教育，并在慕尼黑大学和苏黎士工商业学院学习工商管理。他懂得英语、法语、德语和匈牙利语。1996年7月8日，父亲阿尔布雷希特去世，他成为巴伐利亚王位继承人，并被詹姆士派称为英格兰、苏格兰、爱尔兰和法兰西国王，