建筑师事务所设计，服务东铁线沿线前往中国大陆的乘客，兴建车站的目的为疏导罗湖站的过境人流车站，并于2007年8月15日下午4时启用从落马洲站经福田口岸过境至中国深圳，可接驳深圳地铁4号线（前称「龙华线」，港铁指示板仍保留「龙华线」标示）、10号线福田口岸站。落马洲站位处边境禁区内，邻近深圳河，过境乘客必须持有有效旅游证件，非过境乘客须持有指定分区的边境禁区通行证（俗称禁区纸），而前往管制站的非过境乘客则需另外持有由港铁签发的「落马洲站限制区通行证」才可使用此站。未持有有效证件者前往此站可能会被检控。