并没有经过放射性定年法检验过，但生物地层学与古地磁学显示该地层年代为马斯垂克阶，约7000万年前到6500万年前。玛君龙的牙齿在马斯垂克阶非常末期被发现，约为白垩纪-第三纪灭绝事件发生前。在白垩纪末期，马达加斯加是座岛屿，在距今9000万年之前与印度次大陆分离出来。马达加斯加往北方漂移，但纬度比现代还往南10到15度。白垩纪末期的普遍气候为半干旱，在气温与降雨量上有明显的季节变化。玛君龙栖息于岸边的氾滥平原，该氾滥平原被许多含砂量高的河道所分隔。强力的地理证据显示，在雨季的开始时有週期性的土石流流经这些