教后来发展为希腊正教，即东正教。除了正统教派外，由于拜占廷帝国包括了希腊、埃及、叙利亚、亚美尼亚等具有不同文化的领土，因此各种异端思想在这些地方兴起，包括阿里乌教派，兴起于帝国东部）、聂斯脱利教派（又称景教，兴起于叙利亚地区）、马其顿尼教派（）、基督一性论教派（兴起于埃及）、基督一志论教派、保罗教派（兴起于小亚细亚和亚美尼亚）、波格米勒派（兴起于保加利亚）等异端教派。拜占庭帝国的宗教势力和世俗权力关系十分复杂。在帝国的共同利益受到威胁时，教会和皇帝能够联合，而在发生利益冲突时，教会与皇帝则发生激烈斗