此后被人称为「大谷刑部」。天正14年（1586年）在九州征伐中，吉继与石田三成一起担任兵站奉行，提供后勤支援立下功劳。天正17年（1589年），成为越前国敦贺郡2万石城主，开始修建城廓。天正18年（1590年），在小田原之役中担任从军，接下来的奥州仕置中，担任出羽国检地的任务，当时更与蛎崎庆广见面，请其臣服丰臣政权。此外也受上杉景胜邀请，协助镇压境内一揆，因功加封南条、丹生、今立郡的村村六三等2万6944石领地，成为敦贺5万石大名。文禄元年（1592年），秀吉出兵朝鲜（文禄·庆长之役），吉继担当