淡出甲组班主行列，只继续担任香港足球总会副会长，直至1999年才卸任，及后被提名为名誉副会长。
女子足球.陈瑶琴一向热心推动女子足球发展，于1965年创立香港女子足球总会，并且长期担任会长一职。1968年，陈瑶琴联合马来西亚、新加坡和中华民国一同创立了亚洲女子足球联合会，并且担任主席。1975年，在香港举办了第一届亚洲女子足球锦标赛。1984年，亚洲女子足球联合会併入亚洲足协女子足球委员会，陈瑶琴担任委员会主席至2002年才卸任。随着年纪渐长及健康情况出问题，陈瑶琴有意退出