E233系3000番台与E231系近郊型同样集中至国府津和小山两大车辆中心管理，车辆运用范围亦扩大至整个关东的近郊线区，另外部分班次更出现E233系3000番台和E231系近郊型併结的运用。同时湘南新宿线亦正式获派E233系3000番台，车辆运用上与上野东京线相同。配置于国府津车辆中心的3000番台E编组主要是替代陆续从国府津车辆中心调回鎌仓车辆中心的E217系列车的空缺。这些E217系列车共有3列（基本及附属编组），都是在2006年因为湘南新宿线加强服务而横须贺线、总武快速线减班被调至国府津车辆中心，