巴黎国民制宪议会中最具影响力的当权派，为躲避追捕，长期躲在，加剧了他的慢性皮肤疾病（可能是）。为了减轻病痛而不影响工作，他每天泡在带有药液的浴缸中工作。1793年7月13日马拉被吉伦特派的女刺客夏绿蒂·科黛刺杀身亡，终年50岁。马拉死后被国民公会授以烈士葬礼，遗体被送进先贤祠。1794年7月27日热月政变结束了罗伯斯庇尔的恐怖统治，1795年年初民粹热情消退，马拉在人们的渐被淡忘，1795年2月由先贤祠迁出。
油画.雅克-路易·大卫的油画《马拉之死》即表现的是马拉刚刚被刺后的场景：