细胞内蛋白识别不同逆转录病毒的衣壳且阻断它们的繁殖。其它蛋白质如APOBEC3G/可能对限制跨物种传输也有重要作用。
研究.科学家为了研究SIV与HIV，创造了一种结合了部分HIV和SIV基因组的病毒——SHIV。阿拉巴马大学伯明翰分校的Beatrice Hahn带领的一个研究者团队发现在野外黑猩猩确实会由于猴艾滋病而死，且艾滋病在非洲的爆发导致了黑猩猩种群数量的下降。在检测野生黑猩猩后，研究者发现类似晚期人艾滋病患者的器官及组织损坏。受感染的黑猩猩有比未被感染的高10至16倍