内东侧（横滨本牧站方向）。站房位于车债北侧，有天桥通往月台。本站为直营站，设有绿色窗口（营业时间7:00 - 20:00）、自动售票机、自动验票闸门、自动精算机。商店有剪票口外左侧（南侧）的NewDays根岸店以及剪票口内左侧（北侧）的LET'S KIOSK根岸1号店。过去月台横滨方向曾有LET'S KIOSK根岸2号店，但已于2006年5月31日闭店，翌年2007年1月撤除。神奈川临海铁道根岸站输送本部设于车站南侧矶子方向。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）