年轻的奥地利皇帝约瑟夫二世征得太后玛丽娅·特蕾西娅同意，也想得到下巴伐利亚。普鲁士深怕奥地利得到巴伐利亚后会重新在德意志地区取得霸权，便和萨克森强烈反对，不惜于1778年向奥地利宣战，巴伐利亚王位继承战因而爆发。直至1779年，在特蕾西娅太后的敦促下，及法国和俄国调停下召开特申会议，战争结束，奥地利仅佔领了巴伐利亚领土的一小部分，萨克森得到了赏金，而巴伐利亚则仍然由卡尔·特奥多尔选帝侯继承。1799年2月16日，卡尔·特奥多尔在慕尼黑王宫去世，终年74岁，葬于慕尼黑铁阿提纳教堂。卡尔·特奥多尔死后，普法