孝宗批准。之后亦上疏劝阻进军安南。同年，晋升为文华殿大学士。之后因年七十岁，请求退休，不予批准。后诏风雨寒暑免朝参。弘治十一年，皇太子出合，加少师兼太子太师，进华盖殿大学士。以目疾乞归。帝眷留，久之才批准，恩赉有加。弘治十二年（1499年）卒，谥文靖，赠太师。徐溥天性凝重有度，在内阁十二年，从容辅导。他人有过错，均为之掩覆，并屡次调解大狱及逮系言官。明孝宗多採纳其言。人称“四朝大学士”。曾拥有《清明上河图》。