不过后来日本人将其列为府城名胜，遂又予以整修，并将原本进入砲台的木桥改为饰以洗石子的钢筋混泥土桥。二次大战后，由于二鲲鯓砲台地处荒郊，又有违建户进入其中居住，以致砲台情况更为糟糕。直到民国64年（1975年），正好是其建成一百週年的时候，台南市政府大规模整建，并仿制当年大砲、小砲，大致恢复了昔日气派。民国七十二年（1983年）12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，二鲲鯓砲台名列其中。民国八十六年（1997年）5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古