地区之民事案件亦归本县掌理。1987年10月10日复因解严之故，亦成立连江刑事庭。本院金城简易庭于1991年7月设置于院内，处理民刑事等简易案件。后因于1992年增建为五层办公大楼，以因应人员、业务之增加。2003年12月31日，原连江庭成立连江地方法院，马祖地区之民刑事诉讼及非讼事件改隶连江地方法院至今。