病毒会对自噬体的降解产生抑制作用。HPIV 3病毒会抑制自噬体及溶酶体的融合，阻止自噬体的降解，从而提高病毒的增殖。通过阻断自噬小体与溶酶体的融合，增加自噬小体的积累，并且促进病毒的复制。有关嵴髓灰质炎病毒的研究指出，当自噬体与质膜融合时，自噬体内的病毒离子被释放。
性传播疾病方面.目前有研究指出自噬在性传播疾病病原体的在进入宿主细胞后可以激活自噬，但是又可以逃避或抑制自噬，故而针对有关作用机制的研究或能帮助性传播疾病的治疗和预后，以及新型药物与疫苗的研发。许多自噬相关基因都是人类