下唇短，呈横椭圆形或圆形。花冠为紫色、蓝色、粉红色或白色，喉部常有黄斑，长4至10毫米；上唇为狭卵状长圆形，顶端为圆形或截形，长于上萼片；下唇近圆形，顶端微凹或全缘，喉隆起；距为狭圆锥状或近筒状，基部为宽圆锥状，弯曲或直，通常长于下唇并与其平行或成钝角。雄蕊2枚，无毛；花丝线状，长1毫米；药室汇合，具细小乳突。雌蕊无毛；子房球形，上位，1室，特立中央胎座；花柱短；柱头下唇为圆形，上唇极小，为正三角形。花期为6月至次年春。短梗狸藻的蒴果为球形或长球形，长2至3毫米，果皮坚硬且不透明，室背开裂。种子为长球形