是起源于流经车站北方一段距离处的木曾川，而非行政区的名字。相反的，行政区的名字在1910年进行重划时，根据境内的木曾川车站之名，从原本的黑田町改名为木曾川町，是一个地名根据车站名为参考的特殊案例。
车站结构.岛式月台1面2线的地面车站，2008年（平成20年）4月12日跨站式站房完工。