然心脏病发，后来又因为中风昏迷。这次中风对他的脑部已经引起永久性的伤害。1990年2月，年仅45岁的康尼格里亚罗因为肺炎和肾功能衰竭去世。那年红袜队为了纪念他，整个球季都在球员的球衣衣袖上贴上黑色臂章，后来他被葬在麻州。在他去世后，联盟创立了汤尼·康尼格里亚罗奖，给予其他一样经历过且克服生命阻碍的的球员。