计画及妇幼卫生事务。1981年5月，许子秋奉中华民国政府召请返回担任行政院卫生署署长，并于随后促成其《优生保健法》、《营养师法》及《医疗法》的草拟、通过及实施，更推动台湾各地设立基层保健服务中心、群体医疗执业中心，以及推行规划B型肝炎疫苗接种计画、台湾地区医疗网等。
晚年生活.1986年1月，许子秋请辞署长职务。1988年3月，许子秋因肝脏相关疾病逝世。