圣萨尔瓦多城作为统治中心，此岛也连带被命名为圣萨尔瓦多岛。1637年，菲律宾总督科奎拉（Sebastián Hurtado de Corcuera）为了减少开支，削减北台湾的军力，拆除淡水的圣多明哥城。引起荷兰人的觊觎。1642年8月，荷军发动鸡笼之战，并夺取了鸡笼岛上的制高点。西班牙军因无力抵抗，遂向荷军投降，从此退出台湾。西班牙统治期间，亦带来天主教道明会来台对原住民传教，被视为天主教在台湾的滥觞。1631年，道明会神父耶士基佛（Jacinto Esquivel，1592-1633）来台宣教