加入寰宇一家航空联盟，并于2007年4月1日正式加入。现时，日航广泛地与其他寰宇一家成员实行代码共享，包括美国航空、英国航空、国泰航空、澳洲航空等。2008年4月1日，日航将其原有子公司日本亚细亚航空併入主线日本航空。在1975年至2008年间，由于台湾的政治形势，日本亚细亚航空专门飞行日本至台湾的航线。2009年11月13日，日航2009年第二季的盈利报告和记录达1,312亿日元亏损。传出日航将会申请破产的消息，其联盟寰宇一家宣佈一系列拯救行动，同时天合联盟的达美航空亦提出拯救日航的消息，令美国航