局以公司名义，独享3艘游艇、8辆名贵私家车、40多个公司俱乐部会籍等奢侈而非必要的福利，为外界所非议。另外，九铁公司亦在亚洲电视（2016年4月1日电视牌照终止）手中罗致资深新闻人潘锦全出任东铁社区及公众事务总监。政府有感该等问题日渐严重，特别在落马洲支线事件中，香港环保署的环境评估报告否决九铁公司兴建铁路贯穿塱原湿地，杨启彦公开表示「失望」，并表示可能要重新考虑其他东铁支线（马铁和尖东站）的落成日期，使人感到杨启彦视自己为老板，九铁公司运作如同独立王国。为此，政府于2001年修订《九广铁路公司条例》，