年3月28日，故宫博物院与国家档案局签订协议，从1980年4月1日起，明清档案部划归国家档案局，皇史宬随之再度被划归国家档案局。此后，皇史宬由中国第一历史档案馆直接管辖，所存的明清皇家档案移至中国第一历史档案馆存放。1982年，皇史宬被公布为第二批全国重点文物保护单位。1985年，在庆祝中国第一历史档案馆成立六十周年之际，中国第一历史档案馆在皇史宬举办了《清宫秘档真迹展览》。在几十年中，皇史宬的归属权在国家档案局和故宫博物院之间来回，造成了皇史宬南院和北院占用情况不同。北院（皇史宬门以北的院落）归中国第