在现场仅向群众致意，然而游行运动很快发展成为与军警之间的暴力冲突，当时执政的中国国民党便利用美丽岛事件开始大规模逮捕党外运动领导人物。12月13日清晨开始，被视为反对执政党人士的林义雄、林弘宣、吕秀莲、施明德、黄信介、姚嘉文、陈菊、张俊宏、苏秋镇、纪万生、魏廷朝等人很快便遭到逮捕，其中林义雄是和陈菊等人在美丽岛杂志社遭到逮捕。林义雄在拘留期间遭到警方暴力对待，不过未实际参与行动的林义雄在面对祕密侦讯由于反对认罪而遭到许多打压，而他也被告知不能透漏有关刑求等事情。林义雄的家属也是透过许多管管道才得知被送至