后，因皇太子早丧而由皇太孙即位，是为明惠帝。惠帝过度激进地削减藩王权力，引发诸王不满。朱棣以清君侧为名，进兵南京，史称靖难之役。，而燕王方面均为能征善战之宿将，故而官军节节败退。最后燕军入金陵，惠帝不知所终。朱棣以其与宫俱焚死，为其发丧。自即皇帝位，为明成祖，其后下令兴建紫禁城，1420年下令迁都北京。朱棣称帝后，采纳高巍的计策，效仿汉武帝的做法“众建诸侯而少其力”，大量分封现有藩王的儿子为新的藩王，令其封地变得零碎狭小，并将封地位于北方边境和西南边境的宁王、辽王、谷王、岷王、韩王等藩王改封到南昌、荆州