丹寺定编住寺僧人为3300名，实际多时达5000～6000人。1959年藏区骚乱中，古寺遭到近代第一次破坏。1959年成立了僧众民主管理委员会，从上寺庙的教务、学习、生产、生活等皆由僧众民主管理。1962年国务院定为全国重点文物保护单位。1966年毛泽东发动的文化大革命中，500多年历史的甘丹寺遭受当地红卫兵洗劫摧毁，成为一片废墟。拆寺工程从1966年8月19日村民响应号召开始。从全寺喇嘛聚会念经的“措钦大殿”开始拆，然后一座接一座地把全部的僧舍都拆掉。炸药也被用于加速“拆寺工程”。炸药引爆后就由一组组