。约翰·维恩直到1645年为止一直掌控着城堡。在圆颅党统治之下驻军没有得到充份的报酬，但被允许掠夺城堡里的财宝，城堡受到严重破坏。在英格兰联邦的时代，温莎城堡仍然是一个军事总部，也是重要的保王党人的监狱。查理一世于1649年被处死前有一小段时间曾经被软禁在温莎城堡中。在查理一世被处死之后，直到1660年王朝复辟为止，英国都是由克伦威尔所统治。在查理一世去世的那一个刮着暴风雪的夜晚，他的遗体被偷偷的运回城堡，后来被埋在圣乔治教堂的唱诗班的地下墓地，位于亨利八世与妻子珍·西摩的灵柩旁。Section::