军、吴国内史，亦得当地士庶之心。太元十五年（390年）九月，王珣被征召为尚书右仆射，领吏部。次年九月转尚书左仆射，加征虏将军，领太子詹事。因着晋孝武帝雅好典籍，王珣与殷仲堪、徐邈、王恭及郗恢等人就以才学和文章而深受孝武帝亲待。然而，与王珣等人不和的王国宝此时却依附和讨好辅政的会稽王司马道子，孝武帝担心自己一旦去世，他们之间的仇隙必生事端，于是以王恭和郗恢分别出任兖州刺史及雍州刺史，作为外援，而留王珣在朝任宰辅重臣。太元二十一年（396年），孝武帝被宠妃张贵人所杀，礼仪中的哀册和谥号议定都由王珣所草拟。