比对准确性的影响，如果能够获得“完美”的比对结果，则能够获得精确的结构模型。许多结构预测方法已经被用于在蛋白质工程领域，在这些方法的帮助下，研究者们设计出一些新型的蛋白质折叠类型。更为复杂的结构计算是预测蛋白质分子之间的相互作用，需要应用和。利用分子动力学的方法可以模拟蛋白质的折叠和结合过程。通过分布式计算，如Folding@Home计划，为分子动力学模拟注入了活力。小的α螺旋蛋白结构域，如的头部和HIV辅助蛋白已经成功地在计算机中（"in silico"）被模拟。将标准的分子动力学和量子力学计算相结合