恂改任大理寺左少卿。孔公恂对此感到不高兴，上疏自称不懂法律，于是复任詹事府少詹事兼左春坊左谕德。成化二年（1466年）孔公恂上疏谈军事，武臣哗然，科道官员纷纷弹劾，被下狱论罪，贬为汉阳府知府，未及上任即遇父丧丁忧。守丧结束后，商辂请恢复孔公恂的职位，改任南京詹事府少詹事，成化七年（1471年）十一月，卒于官。
家庭及关联.曾祖父孔克全、祖父孔希泰、父孔信。子孔彦旭、孔彦卿、孔彦喆、孔彦鼎。孙孔承诗、孔承礼、孔承英。
墓葬.孔林二区墓碑碑阳：宣圣五十