南部的这片土地先后落入曹魏（三国时代）和晋朝的版图。唐朝前期时，今吉尔吉斯的全部领土均由唐室统治；当时，唐室曾在今吉尔吉斯斯坦东北部的碎叶城设置军镇。唐朝高僧玄奘曾在碎叶城晋见统叶护可汗，并来到他的营帐，看见当地军人的戎装和武备；另外，有学者认为诗人李白在碎叶城出生，故有指李白为吉尔吉斯人，但史家对李白的出生地仍未有定论。到了元代，元帝国只统治吉尔吉斯一小部分领土，其余归汗国所辖。清朝则统治吉尔吉斯的部分领土；当时，吉尔吉斯族（在清朝被称为「布鲁特」）有15部愿意臣服清廷，并受清廷册封，授权治理当地