时将航空部队编入护卫部队内，试图增强海上护卫的能力。1943年（昭和18年）11月15日，日军组建海上护卫总司令部，统括第一、第二海上护卫队在内的全部护航兵力。1944年（昭和19年）6、7月间的塞班岛战役中，日军驻军全军覆没，二海护司令部因设置在塞班岛，亦于是役全灭，7月18日二海护解散。1944年5月20日，日军组建第三海上护卫队，负责东京湾至纪伊水道的护卫。三海护所属兵力比起一海护来说极为贫弱，同年11月末，新航母信浓在三海护负责的海域内遭到伏击沉没。1945年4月15日三海护解散，改组为第四