国际氩氦冷冻肿瘤治疗中心在该医院挂牌。2009年，该医院被确定为工伤医疗康复双定点医院；2011年，中国人民解放军第三〇九医院康复医学中心在小西天中心门诊部揭牌成立。2012年秋，该医院由发热门诊扩建成的新门诊大楼举行落成仪式。2014年，海淀区西北部医联体启动。这个区域医疗联合体以中国人民解放军第三〇九医院为核心医院，这是首个驻京军队三级甲等医院加入医联体。2005年底至2012年，高小燕大校担任该医院政治委员。2014年11月27日，军方发布消息称，已晋升为少将任职于解放军信息工程大学的