菲舍尔工作了一年。他回到曼彻斯特成为了讲师和助教，1897年又被任命为新成立的英国预防医学会（后来的利斯特研究所）研究员。1907年成为生物化学系主任，他在那儿一直工作到1930年退休（不过退休后他继续在研究所从事研究）。在曼彻斯特，哈登研究了光在二氧化碳和氯混合时的作用，进入研究所后他用自己的方法来研究生物现象——比如细菌和酒精发酵的化学反应。他还研究了葡萄糖的裂解产物，以及酵母细胞的化学，发表了关于抗坏血病和抗神经炎维生素的多篇论文。1926年哈登被封为骑士，并获得了多个名誉博士学位。他是皇家学