中使用到的CPSase和在动物中组成CAD蛋白的CPSase有着根本性的分别。细菌只有一种氨基甲醯磷酸合成酶（CPSase)，它需要独自供应所有代谢途径需要的氨甲醯磷酸酯，所以在细菌中由CPSase催化的反应所产生的氨甲醯磷酸酯除了进入此途径，亦会进入精氨酸合成途径，因此在细菌中由CPSase催化的反应并非此途径的第一关键步骤，而是其接下来由天冬氨酸氨基甲醯转移酶（ATCase)催化的反应（此步骤的产物则只能继续此途径）。而动物细胞有两种氨基甲醯磷酸合成酶，当中氨基甲醯磷酸合成酶 I（CPSase-I) 专