南与三重区毗邻，地势低平，由东南向西北渐低，略向西北倾斜。芦洲区为大汉溪与新店溪两溪沖积沙洲，土壤肥沃，适于农耕。芦洲区与三重区右岸的东面与西面分别被淡水河与二重疏洪道包围，形同一个岛，并称为三芦地区。早年的芦洲因地势低平且缺乏防洪设施，易受到淡水河的潮汐影响，淹水问题相当棘手；每逢大雨台风道路时常积水及膝，严重时甚至以渡轮才能出入。直到二重疏洪道及相关防洪设施完工后，芦洲才脱离淹水的恶梦，新北市政府对于芦洲区昔日因为淹水而废耕的农业区已经规划妥完整的全方位都市计划，该计画推动后，芦洲区将会有一个崭