不堪其扰，便联名上奏告发杨应龙谋反。万历十八年（1590年），贵州巡抚都御史叶梦熊以二十四大罪弹劾杨应龙，要求将其逮捕审问。四川巡按李化龙以防御生苗还需要依赖播州土兵为由，要求暂免勘问，让杨应龙戴罪立功。翌年，叶梦熊再提议将播州所辖的五司改土归流、隶属重庆府管辖，李化龙再次表示反对。与此同时，播州发生了杨应龙杀死正妻张氏的事件。杨应龙于万历十年（1582年）在四川布政使的寿宴上结识石砫土司马斗斛的夫人覃氏，回播州后，杨应龙说服张氏与覃氏结为异姓姐妹。后来杨应龙以为张氏贺寿为由邀请覃氏来播州住了一个月，与