而造成中枢神经系统结构性缺陷的证据可以结论出胎儿酒精综合症，而神经性及功能性的缺陷亦很高可能随之而来。在怀孕首3个月，酒精影响脑细胞的移行及组织，造成脑部的结构性畸形或缺陷。在第6-9个月，破坏可以延伸至负责记忆、学习、感情及将视觉与听觉资讯编码的海马体，引起神经性及功能性的缺陷。直至2002年，共有25个婴儿尸体解剖个案是患有胎儿酒精综合症。首宗个案发生于1973年，一个于出生后不久死亡的婴儿。检查发现有广泛的脑部受损，包括有头小畸形、移行异常、胼胝体发育不全及在左脑有大量的神经胶质与软脑膜异位。