。然而日军一方面仔细搜山，另一方面张贴告示，劝告投降者，有机会免于处死，但又对投降者实施报复杀害，传闻日军斩首了许多投降者。1915年8月22日，王莱庄（今台南市楠西区）乡民设宴款待余清芳，却在酒酣耳热之际，将余清芳绑缚，送交日军，余清芳与罗俊江、苏有志、郑利记等一千九百名教众被捕。余清芳在狱中打算求生，写了绝句、与文章深表悔恨，说自己是被人误导，才会加入反抗事件。但法官并不理会，依然判处死刑。9月23日绞死，享年卅七。安东贞美总督说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动