玛丽于1457年在布鲁塞尔出生。她的教父是当时流亡在勃艮第公国的法国王太子路易，路易以母亲安茹的玛丽的名字为她命名。当时的勃艮第公爵是玛丽的祖父好人菲利普并不为玛丽的诞生而喜悦，他连玛丽的浸礼也没有出席，因为他认为玛丽只是他的孙女，并非男嗣。祖母葡萄牙的伊莎贝拉却为她的孙女诞生而喜悦。1467年，好人菲利普逝世，将勃艮第公国留给儿子大胆查理和他的只有10岁的后继人玛丽。因为玛丽是大胆查理唯一的后嗣，将来可能会继承富庶的勃艮第公国，所以被很多王族公子所追求。5岁时，父亲已经为她向未来的阿拉贡国王费尔南多