（民国34年）初，孙渡升任第1集团军总司令，驻扎安徽省安庆。此后，孙渡脱离了龙云、卢汉的统制，直属蒋介石统辖。
国共内战、晩年.抗日战争结束后，孙渡率第1集团军赴中国东北，驻扎于锦州。孙渡任第6兵团司令兼东北剿匪总司令，在第二次国共内战中同中国共产党领导的东北民主联军、东北人民解放军、中国人民解放军作战。然而，1945年10月龙云被蒋介石以武力罢免云南省政府主席职务，国民政府方面的中央军与地方军待遇差别极大，这都使滇军士气低落。孙渡指挥下的高级军官和军队相继逃亡或投奔中共领导的