社较远则建立了观音坊。明治时代，因为神佛分离而全面废除了神宫寺，在1868年（明治元年）旧历5月至7月在境内的本地堂和钟楼、宝箧印塔被摧毁。此时，应宝寿院的住持宥三等社僧之请求，将本地堂的本尊和经文等等曾全部移至实相院，但因为实相院、明星院的社僧决定还俗，在同年8月，从本地堂移来的佛像和佛画、宝器，加上实相院、明星院的佛像等都一起移置宝寿院。另外，这时候无人管理的观音坊也转移给宝寿院管理之下。宥三在此之后，进行神社和本地堂的再建，但重建工作并未实现。此段神佛分离的经纬仍残存纪载在〈神仏分离颠末记宥三