因触雷而维修的港口浮动船坞发动空袭，出动了178架轰炸机，并打到了它的船头。与平时修理不同，由于原本就预计2星期内就会修完，所以没有卸载弹药，因为这次的攻击而被引爆，格奈森瑙号的整个船头部份因为爆炸而被毁。经过紧急抢修后，格奈森瑙号卸下它的火药和砲管于格丁尼亚，并转入后备役大修。
重建、拆除与作为阻塞舰.虽然格奈森瑙号已于1942年至1944年间维修完毕，但自1943年7月它就被搁置着，没有投入现役部队中。在此期间，海军试着将其280毫米砲塔换成俾斯麦级战舰使用的380毫米双连装砲