。后醍醐天皇以光严是自己的废太子为由，特例尊之为上皇。这是遵循了平安时代后一条天皇废太子敦明亲王（小一条院）为上皇的先例。然而回到京都的后醍醐天皇在建武新政中失败，遭致武士阶层的不满。1335年（建武2年），足利尊氏在镰仓反叛后醍醐天皇，后醍醐命令新田义贞讨伐足利尊氏，而光严上皇则向尊氏下达了讨伐义贞的院宣。翌年足利尊氏战败，逃亡九州；不久足利尊氏恢复了势力并佔领了京都，8月15日立光严上皇的弟弟丰仁亲王即位，是为光明天皇。光严上皇在京都开设院政，足利尊氏则在京都开设室町幕府。大觉寺统的后醍醐天皇逃往吉