陈佩琪对于他有意参加年底台北市长选举时抱怨「家里还有房贷要缴，一个月少20万收入怎么办？」但他也说，陈佩琪虽不喜欢他从政，却还是默默支持他做的决定。2014年6月，陈佩琪在脸书感慨说：每次有人问她「陪先生跑摊很辛苦吧？」说不辛苦是骗人的，但她一想到监察院弹劾文上写的「爱滋事件中，柯文哲『有损台大医院医疗声誉，有辱国家名声』」，就让她「精神都来了」，累不累已经一点都不重要，她常在心里默想，有天一定要平反「这件龌龊、 肮脏的事件。」陈珮琪也说，柯文哲常叫她放下，还说害他的人可能是贵人，她认为也许要等到11月