就读的大学生多达13万9237人，在日本所有都市中位列第二位，学生佔总人口的比例则高居政令指定都市首位。1886年帝国大学令颁发之后，日本第二个帝国大学—京都帝国大学即设在京都。同时民间相继创办了众多私立大学。京都的大学中，历史最悠久且学术地位最高的是京都大学。京都大学创立于1897年，素以自主独立的传统和自由的校风闻名。在28位日本人诺贝尔奖得主中，有11人都毕业于京都大学或在京都大学任教。而在私立大学中，以同志社大学和立命馆大学规模最大。同志社大学由在1875年创建，其前身是同志社英学校，是日本最早的一