登与法官哈里·英尼斯（）的女儿，寡妇玛丽亚·诺克斯·托德（）结婚。他承担起养育托德已有3个孩子的重担，夫妇俩之后又有了两个孩子，分别叫约翰（）和尤金（）。托德的女儿嫁给了继兄、克里滕登和前妻李的儿子托马斯，两人所生的儿子约翰·乔丹·克里滕登三世之后在小大角战役中阵亡。玛丽亚·诺克斯·托德于1851年9月8日因病逝世，具体病因不明。
与国民共和党合作.由于受到新老法院争议影响，肯塔基州的政治家分成民主党和国民共和党两派。克里滕登与亨利·克莱结盟，个人政治观点上也认同国民共和党。克里滕