南县只剩下原有的直辖地区（约为今台南市南半部及高雄市东北部），嘉义支厅变成嘉义县，凤山与恆春支厅变成凤山县，台东支厅则变成台东厅，而在县厅之下，则设有辨务署。明治卅一年（1898年）6月28日，六县三厅整併回「三县三厅」，嘉义县（今嘉义县市部分）与凤山县併回台南县。而后在明治卅四年（1901年）5月10日，自台南县分出恆春厅，全台变成三县四厅；同年11月11日，三县四厅改制为「二十厅」，废除台南县，其辖区拆分为嘉义厅、盐水港厅、台南厅、凤山厅、蕃薯藔厅、阿缑厅六个厅。