说是于康熙二十三年（1684年）由台湾府知府蒋毓英所建，或云为康熙三十二年（1692年），而现在该寺是依从台湾史学家卢嘉兴以沈光文有诗提及该寺而认定其为明永历十八、十九年间所建的推论而认为该寺为台湾最早建立的佛寺。该寺创建之后，曾数次整修，其中在台湾日治时期的1927年该寺曾改建成中西合璧式的建筑，后来到了二次大战后的1973年改建为今貌，经过十年后才完工。2011年，在寺内发现已废寺的日治时代真言宗台南高野寺的石碑。在2017年8月7日，竹溪寺再度发起重建，预计2023年1月19日完工，而寺内重要