车站最初的站房（当时称为北门驿）完工启用于1912年（明治45年），其实际的旅运业务曾一度转至1973年（民国62年）落成启用的新站处；原本的旧站则经整修后作为嘉义林业历史展览馆使用，并被指定为市定古蹟。
历史.1899年时，日本人在阿里山地区发现了大面积的森林，因此开始研拟採伐计画，其中包含阿里山铁道的修筑。1910年，嘉义至竹头崎之间的路段通车，阿里山铁道开始局部营运，而北门驿也在当年完成启用。与当时铁路沿线上的其他车站有点不同的是，北门车站并不只是一般的车站而已，它与嘉义车站