清朝前期为准噶尔汗国统治。干隆二十四年（1759年）平定准噶尔之后，设置喀喇沙尔办事大臣，辖焉耆、库尔勒、布古尔，天山南路的卡墙（今且末县）、卡克里克（今若羌县）隶属于阗办事大臣管辖。17世纪初迁到伏尔加河下游的土尔扈特部在1771年回迁归顺清朝，干隆帝安置土尔扈特部于巴音郭楞，这就是现巴音郭楞蒙古自治州蒙古族的起源。光绪八年（公元1884年）新疆建省，设喀喇沙尔直隶厅，光绪二十五年升为焉耆府，新平（今尉犁）、若羌、轮台三县先后划入。
政治.
行政区划.