怀疑或诊断为横纹肌溶解症，须立即停止阿托伐他汀治疗。但实验显示，阿托伐他汀可能起到保护肾功能的作用。另外，如果病人肌酸激酶（Creatine kinase，CK）的水平明显升高和怀疑有，也应停止使用阿托伐他汀。当与环孢素、贝特类（Fibrate）药物、红霉素、烟酸或唑类抗真菌药共同给药有可能增加导致肌病的风险。在怀孕期间是绝对禁止使用阿托伐他汀的，因为胆固醇是胎儿发育的必须生物合成途径，也包括类固醇和细胞膜生成。另外也不建议餵哺母乳者服用此药，因为通过老鼠的实验表明阿托伐他汀可能会进入人类的乳汁分泌。