跟209系500番台分别不大，但控制及动力系统则如「概要」一段，採用性能更佳的产品，再加上车上的TIMS系统，令900番台列车为E231系确立了技术基础。而作为试制车，900番台列车的主要任务就是试验两款电动机控制系统，包括三菱电机的SC60A系三段式变频器（其后安装在通勤型列车）和日立制作所的SC59系两段式变频器（其后安装在近郊型列车），造成在900番台列车内出现两种起动音的特别情况。外观上900番台和209系500番台的最大分别是其车头正面结构以银色为主色（209系500番台的车头正面结构是以白色为主