立安殖民者建立的，根据传说，他们的首领为锡拉斯（Θήραν）。他们在此一直居住到拜占庭时期。根据希罗多德（4.149-165），锡拉人在七年干旱之后派出不少殖民者在北非建立了许多城市，包括昔兰尼。就像其他希腊领土一样，圣托里尼后来为罗马人、拜占庭人以及法兰克人。1579年岛屿的控制权落入奥斯曼人之手。
现代的圣托里尼.1912年圣托里尼岛划归希腊管辖。圣托里尼岛上主要的居民点包括阿克罗蒂里、费拉（）、伊亚（）、安坡里奥（）、卡马里（）、伊莫洛维里（）、皮尔戈斯（）和锡拉希亚（）。阿