苏州后旋即运往日本，铁路仅剩枕木和道碴。铁路各站到发线和苏州、嘉兴两站天桥也遭拆除。不久后，枕木和沿线宿舍的物资也被运走。9月3日起至次年，日军拆除沿线桥梁；北段桥梁33座，木材约610立方米，南段桥梁28座，木材约622立方米，都被拆下运走。中华人民共和国成立后，1957年的二五计划展览会上，有重建苏嘉铁路的项目。当时沿线路基虽多已开垦为耕地，但大部分路基、桥涵、站房仍存，稍加修复仍能使用。1961年12月，嘉兴专署据上海铁路总局函重申地方政府应保护路基，制止各种毁损路基之行为。文革期间，大部分路基被