11月，孔祥林奉派到大连接管学校，此后历任大连师范讲习所教务主任、联中校长兼中共党支部书记，后来他担任大连县政府秘书长。1947年3月之后，他历任旅顺市副市长、市长、市委书记。1951年，他任旅大市人民政府外事处处长。1957年1月，他被调到北京任外交学院副院长兼党委副书记。文化大革命开始后，他于1967年被迫害致死。1979年，中华人民共和国外交部为他召开追悼大会，追认其为革命烈士。