日”意为“经函”。博日寺创建于吐蕃时期。当地传说博日寺的创建者是西藏佛教后弘期“下路弘法”的三智者，三智者为避追杀而用骡子驮着佛经，从西藏阿里逃到青海境内，途经囊谦县的深山时，择定一处石窟藏经建寺，即为博日寺。博日寺起初属于宁玛派，后为直贡噶举派，最后在元朝改为萨迦派。文革期间，该寺被毁，经卷、擦擦散落，断壁残垣中保留有彩绘壁画，到2015年壁画面积剩余约80平方米。壁画为宫廷风格，大量使用冷色调，完全采用矿物颜料，主要佛像包括“萨迦五祖”、“五方佛”、“尊胜塔”、“二臂大黑天”等，体态优美，神情静穆。