以木瓜溪流域面积最大，支流多且长。主要支流偏在流域西部。上游支流坡度陡，水流急速，每当遇到台风洪水来临时，溪流就会挟带大量的泥土及砂石，从山谷流冲到花东纵谷平原。当河水流出谷口以后，坡度由原先的陡峭地势忽然变得平缓，使得砂砾淤积在下游平原地段，形成许多沖积扇。流路分歧散乱、迁徙不定，本流呈辫状，河心沙洲众多，在纵谷间形成大片平坦地，成为农业及聚落的分布区。因为受到海岸山脉阻挡，花莲溪河道紧近山脉，切割山坡，形成陡峻山崖。少部份支流则发源于海岸山脉西坡，长度短小，而且溪谷发育甚差。花莲溪流域河谷平原位处花