籍陕西华阴县。远祖王仲宽在洪武十四年（1381年）随征南将军颍川侯傅友德、西平侯沐英入滇。明熹宗天启二年（1622年），王锡衮中进士，改庶吉士，授为翰林院检讨。崇祯时，为少詹事。崇祯十三年（1640年），官至礼部右侍郎。次年，为礼部左侍郎。他上书请崇祯帝罢黜东厂，免征三饷，南直隶、浙江人才兴盛，他希望增加中举名额。后任吏部尚书，入值讲经筵。崇祯十六年（1643年），丁忧回乡。隆武元年（1645年），隆武帝征召他为礼部尚书兼东阁大学士兼兵部右侍郎，总督云、贵、川、湖、广五省军务。永历帝即位，继续征召他为礼