公祠，旧称施将军庙。康熙廿二年（1683年），福建水师提督施琅率兵攻克台湾东宁政权（澎湖海战），郑克塽投降，台湾、澎湖初次归收编入大清帝国版图，乃设府置厅，归属福建省。同年中秋，朝廷感念施琅战功，授其为靖海将军，封靖海侯，便在今日署立澎湖医院一带建造施琅生祠。由此推估施将军庙建祠的期间约略于1683年施琅封侯之后、1696年施琅过世之前。
沿革.施将军庙在有清一代香火鼎盛，庙宇规模亦远大于今日。道光十二年（1832年），施将军庙加祀赴台弭平「张丙之乱」而殉职的海坛镇标兵杨高陞和澎湖