新疆北部独自前往上都，于1264年向忽必烈投降，结束了内战。
事后.忽必烈囚禁了阿里不哥，但没有立即惩罚他。忽必烈的支持者希望报复，因此忽必烈将关押一年作为惩罚。他进行了清洗工作，以消除蒙古政府中同情阿里不哥的官员。忽必烈指责孛鲁欢，一名曾在蒙哥手下服役的重要蒙古官员，与阿里不哥合谋背叛。忽必烈授权处决孛鲁欢和阿里不哥的其他支持者。忽必烈召集了一个库里尔台来决定对阿里不哥的惩罚并巩固他自己对王位的要求。如果没有蒙古贵族们的公开支持，忽必烈不愿惩罚他的兄弟。阿里不哥在1266年神秘地