于南美洲的鸭科单型属品种。早期分类会把凤头鸭归入鸭科，但研究显示这个品种在鸭科的演化初期就已经分化出来，所以与其他南美洲的鸭科品种关系更为接近(Johnson & Sorenson, 1999)。凤头鸭有两个亚属，分别为：由于凤头鸭的英语名称（）跟冠麻鸭（）非常相似，有香港传媒在报导新闻时会把两者混淆；但事实上，新闻报导的鸟类品种其实是凤头鸭。