父王彦。三个月后，齐王司马冏兴兵讨伐司马伦，诸王都响应，此时王彦收到齐王的檄命，邀请一同起兵；王彦畏惧司马伦兵力强盛，不敢应命。王敦此时劝王彦响应，最终齐王击败司马伦，王彦亦获功勋。司马伦失败后，晋惠帝复位，王敦迁任散骑常侍、左卫将军、大鸿胪、侍中。永嘉元年（307年），司徒王衍推荐他做青州刺史，拜广武将军。不久又征命王敦为中书监，王敦将襄城公主的侍婢都分发给将士，又向人分发金银财宝给部众后才回到洛阳。此时在荥阳遥控政权的太傅司马越来朝，王敦认为他此行一定时有诛杀处罚，后司马越果然收捕中书令缪播等十余人