置北京行部尚书二人，侍郎四人，其属置六曹清吏司。吏、户、礼、兵、工五曹，郎中、员外郎、主事各一人。永乐十八年，明成祖迁都北京后，罢免行部及六曹，以六部官属移之北，不再称“行在”。而其留守南京的官员一律加“南京”字(即所谓“南京吏部尚书”等)。洪熙元年，明仁宗打算还都于南京，并恢复置各部官属于南京，去除“南京”两字，而在位于北京的六部官员头衔前加“行在”两字，并设行部。明宣宗即位后，宣德三年，复罢行部。明英宗即位后，与正统六年，在北京六部官员头衔前去「行在」字，于南京仍加「南京」字，之后成为定制。景泰年间，吏