1995年9月10日再次停运。这是由于载客量低而採取的节省成本措施。1998年3月2日至10月12日期间，IRT莱诺克斯大道线进行翻新。多数3号线列车改道至137街-市立学院车站。2001年9月11日以后，3号线列车成为曼哈顿的慢车服务。经过96街车站一系列调度延误后，2001年9月19日列车服务改为在曼哈顿哈莱姆-148街车站和14街车站之间以快车营运，在布鲁克林由1号线取代。2002年9月15日回到新地段大道车站。2008年7月27日，3号线列车恢复深夜服务，在148街车站及时报广场-42街