康熙四十三年（1704年）为皇四子胤禛（后来的雍正皇帝）召见，不辞千里舟车劳顿，远赴京华，时已病笃。六月初七日卒于京师馆舍，入祀乡贤祠。胤禛作祭文，称赞他“读书尊身，一字无假；孔思周情，旨深言大”
着作.一生勤奋着书，着有《尚书古文疏证》、《四书释地》、《潜邱札记》、《困学记闻注》、《孟子生逐年月考》、《眷西堂集》等。又曾为顾炎武《日知录》订正错误。其中《尚书古文疏证》八卷，引经据典，确定《古文尚书》为东晋梅赜所伪着。黄宗羲、纪昀、钱大昕、梁启超、胡适等学者皆以为“伪古文《尚书