扬会合并以医生身分参加箱馆战争。进入箱馆时、凌云就任箱馆医院院长。这是受到榎本的请託而就任、但他也对榎本提出「对于医院一切营运不能插手」的条件。在这里，凌云对余伤者不论敌我方皆会加以治疗。最初因为敌我方士兵一起接受治疗而产生混乱或反抗、但凌云也因为在巴黎留学时学到的精神、毅然地去制止他们，并继续这个原则。这次行动也是日本第一次的红十字活动、在日本史上也是一件大事。不久，箱馆战争随着旧幕府军战败而结束。凌云虽然与榎本一起行动而有共同的立场、但因为对于敌我方皆施以平等的治疗、另外也因为拥有丰富的医学知识