产生所需的器官，最后通过移植手术将产生的器官植入病人体内，使病人机体受损的功能得以恢复。因爲使用的细胞基因型与病人相同，移植手术后理论上不会产生排异反应。利用这样的细胞替代疗法，有望治癒因细胞受损而产生的疾病，比如由胰岛B细胞受损引发的1型糖尿病、由血管内皮细胞受损引发的心血管疾病等。同时，亦可用来产生移植手术所需要的器官。美国国防部已批准了包括用iPS细胞产生血液的研究在内的几项基金。有设想认爲可以用iPS构建不同血型的iPS细胞库，爲战争伤员或病人源源不断供应血液。iPS细胞亦可以应用于新药开发中。