淘汰赛制每一圈对赛双方需进行首、次两个回合（分别进行主、客各一场赛事），以两回合计总比数胜出者晋级下一圈赛事（设有作客入球优惠制）。首回合赛事于法定时间九十分钟比赛后成和局，将不设加时；若次回合法定时间九十分钟赛事于计算作客入球优惠后仍为和局，将会进行加时赛上、下半场各十五分钟赛事（加时赛中作客入球优惠制则不会计算），决赛则一场决胜负。
赛事秩序.以下是本届赛事之赛事秩序：
参赛球队.2012–13年香港甲组足球联赛中的 10 支球队均会参加这次赛事。