许多小囊泡，而骨盆腔炎后也有可能留下囊泡，有时卵巢癌也会以囊泡来表现，但相当罕见。卵巢囊肿的诊断需要进行配合超音波的骨盆内诊，或视情况搭配其他检查以获得能帮助诊断的详细资讯。大多数的卵巢囊肿只需要定期追踪，但如果卵巢囊肿带来疼痛，服用对乙醯氨基酚或布洛芬可能缓解症状。若卵巢囊肿一再发生，服用含有女性荷尔蒙的避孕药可以预防复发，但现有的证据并不支持以避孕药来治疗已经存在的囊肿。在观察数个月后，卵巢囊肿没有消失甚至变大或者外观异常时，可能会选择以手术方式切除，卵巢囊肿带来严重的疼痛时也可能选择以手术治疗。