于日本东京都一个医生家庭，后跟随父母移民美国，1977年毕业于欧柏林学院，1983年毕业于佛蒙特大学，后获得加利福尼亚大学伯克利分校公共卫生硕士学位。1996年成为美国疾病控制与预防中心流行病学主任，2005年担任世界卫生组织官员，2016年12月加入香港大学公共卫生学院担任院长及临床教授。此外还担任大坂市立大学客座教授。2020年10月，因香港大学校长张翔否决，福田敬二不获香港大学续约，香港中文大学教授许树昌表示福田敬二是经验丰富的传染病专家，他的离开对香港大学而言是损失。