于完成基本训练后，就会需要接受潜水训练。训练内容包括：人员根据要求潜入5米深的水下，在一根绳子上按照被指照的尺寸，精确地系上6个结，而后再根据教练的讯号将其解开；水下求生训练：人员被绑带住手脚的情况下被投放在进水里，人员需要自行将绳子解开，及设法浮出水面唿吸。人员在进行携带氧气瓶潜水训练时，教练会经常拔掉人员的氧气管、关掉供氧按钮或者扯掉其氧气罩，让人员学习解决及适应在无氧气条件下的水下生存情况。2010年9月，全体海上特勤队人员被保送到位于青岛市的中国人民解放军海军潜艇学院，学习潜水战斗、水下排除障碍