第二次世界大战.东方快车自1939年第二次世界大战再度中断服务，此期间德国Mitropa公司提供通往巴尔干半岛的服务，但由于南斯拉夫共产主义反抗运动多次破坏铁路，服务不得不中止。战争结束后的1945年11月，由于南斯拉夫与希腊之间边境关闭，除通往雅典支线外，东方快车大致复业。1951年，南斯拉夫接连希腊边境重开，但保加利亚与土耳其边境于翌年关闭，1952年前东方快车不能直达伊斯坦堡。在冷战时代，东方快车维持服务，但华沙公约国尽量使用自己的列车行驶。
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