，宦官刘瑾把持朝政，排斥异己，董玘被贬成安县知县，升刑部主事，改吏部。刘瑾伏诛后，董玘复旧职，擢侍读，充经筵讲官，升侍讲学士。嘉靖六年（1527年）十一月，升吏部左侍郎。嘉靖九年（1530年）十二月，董玘父亲去世，董玘未能及时上报朝廷，丁忧守制，被御史胡明善揭发，世宗诏命其以原官致仕回乡。嘉靖二十五年（1546年）七月，董玘在家乡病卒。穆宗即位后，追赠董玘礼部尚书，赐谥文简。
家族.曾祖董孚言；祖父董敬，赠监察御史；父董复，知府。前母章氏（赠孺人）；娄氏（封孺人）。