磁轨制动和电枢短接制动都是紧急制动的方法，并不会在正常运转期间使用。两端转向架两侧下方均安装有磁轨制动器，利用悬挂在转向架的电磁铁靴吸附在路轨上的摩擦阻力来降低速度和停车。电枢短接制动是将牵引电动机脱离电源后，因惯性作用使其工作于发电状态，此时将电枢绕组短接使其产生抑制起转的的磁场，但这样做会形成很大的电流（机车三重连牵引550吨荷重在时速3km/h的情况下，将产生约400A的电流）并有可能烧毁电动机，因此这种方法只会作为发生熘逸或其他制动方式失效时的最后手段。除此之外，EF63型电力机车还设有超速检测