国大陆口岸的边境车站罗湖站及落马洲站，城际直通车亦同时使用其轨道营运。另外东铁线也根据沙田至中环线的过海延线方案，新增两个位于香港岛的车站，并将成为第四条过海铁路。
观塘线.观塘线前身则是修正早期系统的一部分，走线往来调景岭站及黄埔站，沿线现总共有17个车站。
荃湾线.荃湾线前身同样曾属于修正早期系统，以北端总站荃湾站命名，共16个车站。
港岛线.港岛线全线均位于香港岛，因此得名；港岛线西延正式通车后现有17个车站。Section::