退休去职。康熙四十一年（1702年），孔尚任回到家乡石门山隐居，六七年后，得到天津诗人佟鋐（字蔗村）的帮助，《桃花扇》才得以刻板刊印。康熙五十七年（1718年），春正月十五日逝于曲阜家中，年七十一。
遗迹.孔尚任墓在曲阜孔林，墓碑立于雍正十三年（1735年）四月，上书“大清奉直大夫户部广东清吏司员外郎东塘先生之墓”。
着作.孔尚任的其他着作尚有《出山异数记》，记载他出任经过；《湖海集》，记述他疏浚河口时的诗文；《享金薄》，记录他收藏的书画古玩。