系统由纽约大都会运输署管理。1871年，美国铁路大王范德比尔特在曼哈顿中城42街设了一座火车站，后因容量不足而撤除。1902年，市议会通过法案禁止蒸气火车进入纽约市区。纽约中央铁路公司于是开始进行铁路地下化工程。1913年，新的大中央车站落成于42街及公园大道路口，取代了原先的旧站。宾夕法尼亚铁路建造的宾夕法尼亚车站也在此时落成，从此进入了铁路运输的黄金时代。但过了二十世纪中叶，航空及高速公路的发展，威胁了铁路运输的运输地位。大纽约地区的铁路系统运输功能，开始转为以都会区的通勤为主。Section:::