巴基鲸科（学名：）是已灭绝的哺乳动物，鲸下目中最原始的成员。现今鲸目的成员，如鲸鱼及海豚都是水中生活的动物，巴基鲸科却是生活在陆地上的。由于牠们的化石都是在近海边发现，估计牠们会有部份时间在水中生活。已知的巴基鲸科包括像狼的巴基鲸、"Nalacetus"及像狐狸的鱼中兽。巴基鲸最初是由菲利浦·金格里奇（Philip Gingerich）等人于1983年发现，其下的三个物种都是在巴基斯坦发现，故得此名。这个区域相信于5300万年前巴基鲸仍然生存时是特提斯海的海岸。巴基鲸科是肉食性的陆上动物，估计是现今