，最后延至2007年9月17日才正式发行 （而公务及外交护照，则早三个月开始改为新版相比上一代护照，2006年版封面改用酒红色，但图文设计不变；而内页则由旧版的32页增至44页，并将资料页改为可机读格式，另用纸颜色改以蓝、红二色为主。由于新版生物特征护照面世，2006年版护照仅仅发行了接近两年即被取代，是近年五个版本的护照中，发行时间最短的一个。
2008年版护照.2008年，外交部推出菲律宾第一代生物特征护照，并于2009年8月11日起发行，而首本新版护照签发予时任总统阿