各旗，与外藩蒙古相对（这些多是曾经反抗清朝统治的部落）。内属蒙古各旗以副都统、散秩大臣或总管等为旗长，其下有参领、佐领、骁骑校、护军校、前锋校等官吏。旗长为副都统者，称“副都统旗”；为散秩大臣者，称“散秩大臣旗”；为总管者，称“总管旗”。各旗隶属于将军、都统、驻札大臣或行省，亦归理藩院旗籍清吏司、典属清吏司监管。