城市里基本消失，但在松江府、崇明、海门、无锡以及五河县的农村，尤其是渔民中间，仍有为数不少的天主教徒。在100多年的禁教时期，南京教区的主教经常藏身在小船里，往来于江南的河网地带，夜间为教徒们秘密做弥撒。
重心转移到上海.第一次鸦片战争之后，清政府和法国于道光二十四年（1844年）签订中法黄埔条约，宣布重新允许天主教在中国传教，发还教产。1856年1月21日，教廷将南京教区改为江南代牧区（Apostolic Vicariate of Kiangnan），辖江苏、安徽两省，主教驻上海