清朝初年，太原受到战火牵连，晋王府和崇善寺均毁于大火。清代中叶，太原手工业进一步发展，此外炼铁、硫磺、煤炭业也很发达。商业方面，亦出现了同行会、银钱、典当。随着晋商的兴盛，太原也成为北方的商业和手工业中心，是中国早期的工业城市，太原府所辖平遥、太谷、祁县成为全国的金融中心。1900年义和团运动期间，太原也发生针对基督徒和传教士的屠杀事件，史称太原教案。中国内地会的刊物记载说，在山西省北部共有15,000到20,000名本地信徒被杀害。
中华民国.自辛亥革命后，阎锡山长期统治