3个特别区具有市政地位，尽管它们的前身是，但与其他称为区的实体不同。行政区是由市政府直接控制的地方实体。他们负责办理户籍登记，健康保险和财产税等行政职能。
行政区一览.大坂市24区、横滨市18区、名古屋市16区、京都市11区、札幌市・埼玉市10区、神户市9区、广岛市・新潟市8区、川崎市・滨松市・堺市・北九州市・福冈市7区、千叶市6区、仙台市・熊本市5区、冈山市4区、相模原市・静冈市3区，共175区。
已被废止的行政区一览.各政令指定都市出于人口增加和市区变