在直皖战争中失败，退隐天津。1924年10月23日，冯玉祥发动甲子兵变，推翻大总统曹锟，先邀请孙中山北上，后与奉系妥协，请段祺瑞出山，任中华民国临时政府的临时执政（国家元首）。1925年4月24日，段正式下取消法统令，废除断续运行12年的中华民国第一届国会，由中华民国临时参政院替代之。
晚年.1926年3月18日，发生北洋政府镇压北京学生运动的三·一八惨案，同年4月9日被鹿钟麟驱逐，避入东交民巷法使馆。后联奉军不成，20日下台，退居天津日租界当寓公，潜心佛学，自号“正道居士