指与人类共生的全部微生物的基因总和。又被称为“微生物组”或“人类第二基因组”。人类体内的微生物多达1000多种，特别是胃肠道内的微生物最为丰富；因此我们所说的宏基因组在狭义上指的是肠道源基因组。在过去的很多年中，人们对微生物的研究只是限于单一的微生物物种研究，但是科学家后来发现，人类体内大多数微生物的生命活动由复杂的微生物群落来完成。在以往的科学研究中都认为生物体的表现型是由生物体自身的基因表达调控的。但是人们同时也知道人类是与微生物共生的，比如在2005年诺贝尔生理学或医学奖表彰的就是科学家马歇尔