督节制的广东水师，但四只舰队互不统属，独立作战。其武器、船只、训练也各不相同。这一缺点在后来的几次战争中负面影响甚重。除管理外，另一个问题在财政上。当慈禧太后为了其豪奢的皇家宫殿和大寿而胡乱花钱时，海军衙门便成为其重要的经费来源。1891年清廷公然建议颐和园的建设款项应取自海防捐款和驻外使团专款。这样，在1890年后，作为海防主力的北洋水师即已“停购船械”了。李鸿章自己也称“自光绪十四年（1888年）后，并未添购一船。操演虽勤，战舰过少”。
沿海和西北的军事挑战.太平天国后，民族矛