的比较分析发现了超过500万单核酸突变和超过160万插入或剪切突变。共1.4GB超过26,000个蛋白质编码基因的斑马鱼参照基因组序列由Kerstin Howe等人于2013年发布。
线粒体DNA.在2001年10月，美国奥克拉荷马大学研究人员公开了斑马鱼的完整线粒体DNA序列。这一序列包含16,596个碱基对，与其它鱼类差别不超过100个碱基对，仅仅比金鱼(双名法："Carassius auratus")的长18个碱基对，比(双名法："Cyprinus carpio")的长21个