卡罗尔的研究小组在1994年发现，基因亦决定了蝴蝶翅膀上的眼斑模式，表明工具包基因可以发生功能上的变化。工具箱基因除了具有高度保守性外，还具有相同功能的进化趋势，可能是趋同进化，也可能是平行进化。基因负责四足动物和昆虫的附肢形成，或在更细的尺度上在红带袖蝶等蝴蝶上负责产生蝴蝶的翅膀图案。 这些蝴蝶的在不同的进化事件中出现，但是由相同的基因控制。蝴蝶先后出现的进化支持了理论，即形态进化的更新是由大量发育和生理的保守机制的调控变化产生的。