开以形成缺口，让另一股能穿过此缺口，进而减低超螺旋程度，最后再将切开的部位黏合。其他类型则是将两股脱氧核醣核酸同时切开，使另一条双股脱氧核醣核酸得以通过此缺口，之后再将缺口黏合。拓扑异构酶参与了许多脱氧核醣核酸相关作用，例如脱氧核醣核酸复制与转录。螺旋酶是分子马达的一种类型，可利用来自各种核苷三磷酸，尤其是腺苷三磷酸的化学能量，破坏硷基之间的氢键，使DNA双螺旋解开成单股形式。此类酵素参与了大多数关于DNA的作用，且必须接触硷基才能发挥功用。
聚合酶.聚合酶是一种利用核苷三磷酸