政经、工四个门类的综合性大学改为文理并重的苏联式综合性大学，设有14个系，3个专修科。1958年10月，南开大学物理系建成中国高校第一座实验性原子反应堆——“南开一号”。同年，南开大学的贸易、企业管理、会计、金融、财政、统计等经济管理科系调出，组建的河北财经学院。1960年，南开大学新增设立地质地理系、物理二系和哲学系，1961年地质地理系即停办。1965年，南开大学物理二系的原子核物理和放射化学两个专业师生整体并入兰州大学。1966年至1976年文化大革命期间，南开大学正常教学秩序遭到严重破坏，南开大学