苗轻轨捷运苗栗地区核心路线－苗栗路线，改善苗栗市都市空气品质，但因自偿率过低，2010年计划被交通部退回，短期间尚不会动工兴建。
公路.中山高速公路大致以北北东－南南西走向紧临该市东侧边界通过，在公馆乡与省道台6线交会处设有「苗栗交流道」，可供利用以前往南北各地。福尔摩沙高速公路虽未经过辖区，但在后龙镇与省道台6线交会处所设之「后龙交流道」距离颇近，为苗栗市西北部地区常用要道。东西向快速公路台72线（后龙 - 汶水）则沿后龙溪东岸绕行该市北侧及东侧，在后龙镇与省道台13甲线交会处