结束后，斯特拉斯堡市管辖权被交给法兰西王国。国王路易十四是坚定的反宗教改革派，他在斯特拉斯堡大学内设立皇家执政官，以促使大学向天主教派转变。不过学校的路德派教师和学生众多，新教传统深厚，学校的天主教化推进缓慢。法国大革命期间，伴随着君主独裁制度的废除和天主教在政治领域的影响力日渐式微，斯特拉斯堡大学的发展进入繁荣时期，在人文科学、医学涌现出很多杰出教师和学生，如路易·巴斯德。1872年，由于法国在普法战争中战败，阿尔萨斯-洛林大区管辖权再次移交给普鲁士王国，学校大批法国教师开始向西迁移。普鲁士为了显示自