后离婚再娶第二任妻子梅拉涅的艾格尼丝，而腓特烈二世亦自称为卡尼奥拉领主。可惜两人于1243年离婚，两人并没有儿女，腓特烈二世亦因此无嗣。腓特烈二世对自己的拜占庭血统引以为傲，他很快便被冠以“好斗”的称号，因为他的严厉统治，及常邻国发动战争－主要是与匈牙利、巴伐利亚和波希米亚等国的争执。即使是由始至终一直忠于执政的巴本堡家族的奥地利Kuenringer贵族在他刚刚上台统治时便开始发动叛乱。但最危险的是他与霍亨斯陶芬王朝皇帝腓特烈二世因为他的长子亨利七世（腓特烈二世的姊姊玛格丽特的丈夫）在叛乱过程中的纠纷。