长彭敏接周恩来总理指示到南京调查，与江苏省委第一书记江渭清和南京军区副司令员张才千研究后，确定了“简化、快通、耐用，准备挨炸，炸了再修”的原则。周恩来总理批示，不停工，继续架设钢梁使铁路通车，公路桥和附属工程从简，尽量压缩投资。大桥再次全面复工。不久文化大革命开始，建桥职工分成两派互相“武斗”，大桥工地陷于瘫痪。国务院对大桥工地实施“军管”，南京军区司令员许世友派部队入驻工地，调解两派矛盾并参加施工，大桥建设得以继续进行。在大桥建成前，每天有数千名南京市民在大桥工地义务劳动。大桥建设者热情高涨，南北引桥