命令计划接替王刚出任中共中央办公厅主任；并于中共十七届一中全会上，出任中共中央书记处书记。2012年9月，接替杜青林，兼任中共中央统战部部长，不再兼任中共中央办公厅主任职务；并于11月中共十八大连任中央委员，但不再担任中央书记处书记。次年3月召开的第十二届全国政协第一次会议上，当选全国政协副主席（排位第二）。根据太阳报、苹果日报、美国之音等境外媒体的说法，令计划在任期间，善于运用爆料等手段，打击其他中共政治人物，包括江泽民、曾庆红等人，并制造冤案，迫害整垮了政绩和口碑颇佳的中共上海市委前书记陈良宇。此后