父、堂兄的资助，黄耀祥在开平县读完了小学，并在1930年进入中山大学附属中学学习。1935年黄耀祥考入中山大学，初时就读于物理系；约半年后，不顾劝阻，转入农学系农艺专业，主攻作物遗传育种学，师从丁颖。1939年7月，黄耀祥从因抗日战争而辗转至云南的中山大学毕业，经丁颖推荐到云南省第一农事试验场从事稻麦育种工作。1940年2月，黄耀祥调往广东省稻作改进所，先后任技士、技正。1946年5月，黄耀祥因厌倦人事斗争，辞去职务，回到广州改行教书谋生，同时自修英语作赴美深造的准备，后因故未能实现。1949年10月，