两人被官府通缉，但似乎未被审判定罪。1854年，林文明可能同林文察协助平定小刀会战事，而获得官府赦免。1856年六月间，林文明考取了彰化县学武庠。1861年太平军攻入闽西，林文察领军收复长汀、连城等县，林文明即以武生身分领军作战，表现杰出，得以晋升为千总，并获留闽尽先补用。1862年，林文明与哥哥林文察会师龙泉，展开第二次支援浙江战事的军事行动。这次行动中，林文察发挥高明的军事才能，成功击溃拥有兵力优势的太平军，并收复遂昌、松阳、处州等地，而林文明也因战功优异，于该年晋升参将。