北大中关村园给他分配了一套一室一厅的住房。 有一次，叶企孙在马路上遇上钱三强，钱过来打招唿，叶马上叫他离开，以免影响到他。赵元任、任之恭、林家翘、戴振铎、杨振宁等人回国时提出要探望叶企孙，均被政府拒绝。1975年隔离审查解除，1976年春节陈岱孙、吴有训、王竹溪、钱伟长等人方有机会探访他。1977年1月10日，叶企孙侄子叶铭汉交工资给叔父，发觉他病情恶化。第二天叶企孙被送往北大医院，又立即转送北医三院。1977年1月13日21时30分，叶企孙去世。后葬于上海福寿园海港陵园。