，可能会在基因复制进行时发生模板跳转（template switching）而造成基因重组，此机制可能对冠状病毒多样性的演化相当重要。
分类与演化.在乙型冠状病毒属中，鼠冠状病毒与乙型冠状病毒1型、兔冠状病毒HKU14、人类冠状病毒HKU1和中国鼠冠状病毒HKU24等共同组成一演化支支系A（lineage A），被国际病毒分类委员会归为乙型冠状病毒属中的"Embecovirus"亚属，其中鼠冠状病毒可能与人类冠状病毒HKU1关系较为接近，互为姊妹群。此演化支的病毒基因组中皆有编码血