作家、打击学术腐败的名人方舟子攻击中国的学者，“让国际学术界对中国学界形成极坏偏见，国外的中国学人如我等均非常愤慨。”肖传国还向美国《科学》杂志社举报方舟子抄袭该刊发表的文章，后该杂志认为该文章虽然不合美国的出版要求,但抄袭这一指控不能成立。”。一篇《北京晚报》的报道说“据《东莞时报》报道,方舟子直到2005年才知道当年的‘昏教授’就是肖传国。”2005年9月10日，有人在方舟子创办的新语丝网站指责中国科学院院士增选候选人肖传国在美国纽约州立大学还有全职。次日，有人在新语丝网站指出肖传国就是“昏教授”。