发生冲突。1875年被调往天文台。1876年（光绪二年），马相伯被耶稣会调往南京，任耶稣会编撰，翻译外国着作，马相伯因以往翻译的《数理大全》未能出版，对会长高若天不满，于8月15日退出耶稣会还俗。
从政.36岁的马相伯退出耶稣会以后，由长兄马建勋荐于山东藩司余紫垣，担任幕僚，投身洋务运动，调查矿务，并娶妻王氏。后至天津李鸿章处为幕僚。光绪七年（1881年），马相伯任驻日使馆参赞，次年改派至朝鲜任职。光绪十一年（1885年），他任台湾巡抚幕僚。光绪十八年（1892年），他再度