第三舰队是大日本帝国海军的部队之一。跟常设的第一舰队・第二舰队不同，只在有需要时编制・解散的特设舰队，日俄战争至太平洋战争间共出现过六次。
初代（1903年12月28日新编～1905年12月20日解散）.1903年12月的临战编制，大本营直辖用以警备・哨戒的老朽舰集合。1904年3月编入联合舰队。支援陆军部队的金州上陆，波罗的海舰队的探知，对马海峡海战当日的敌情报告等，为日本胜利作出很大贡献。支援桦太作战上陆时再编。1905年12月联合舰队解散式同时解散。