任东北局书记处书记。1967年3月任黑龙江省革命委员会主任。1967年5月，兼任沈阳军区政委。文化大革命期间，当选中共中央军委委员，1971年9月后，潘复生被免职审查。在黑龙江省委组织部招待所接受“监护审查”直至去世。1980年4月，潘复生在哈尔滨因中风与世长辞，终年71岁。1982年4月，中共中央对潘复生的政治问题做出结论，同意黑龙江省委对潘复生的审查结论；历史问题已经查清，没有问题；文化大革命中犯的错误不作组织处理。