与软件工程学院、数据科学与工程学院、地理科学学院、城市与区域科学学院、生态与环境科学学院、海洋科学学院、教师教育学院、经济学院、工商管理学院、公共管理学院、统计学院、亚欧商学院；4个书院：孟宪承书院、经管书院、大夏书院、光华书院；8个实体研究院：思勉人文高等研究院、国际关系与地区发展研究院、河口海岸科学研究院、城市发展研究院、国家教育宏观政策研究院、转化科学与技术联合研究院、崇明生态研究院、脑科学与教育创新研究院；2个国家重点实验室：河口海岸学国家重点实验室、精密光谱科学与技术国家重点实验室；2个管理型学院