淳祐元年（1241年），庙中设置了孔子塑像，并且修建了泮池和兴贤坊。淳祐四年（1244年），儒学被重新修缮，化成堂也被改名为明伦堂。咸淳元年（1265年）时，文宣王庙被重建，并改名为大成殿，而泮池上也被架设了泮池桥。元朝年间，至正十三年（1353年）时棂星门和育才坊建成，天顺四年（1460年）时大成殿、两庑、大成门、明伦堂被全部重建，并在庙南侧修建了一座土山，以隔开南侧一座名为留光寺的佛寺。明朝洪武二十三年（1390年）时，泮池上的桥被改为3座石拱桥。成化十年（1474年），庙内加盖了尊经阁，并于正德四年（