7岁的查尔斯因中风死于罗马，红衣主教们说他的死是在第二天早上，是因为宣布他是和他不幸的曾祖父在白厅的断头台上死去的同一天死亡是不吉利的。先葬在由其弟亨利任主教的罗马附近的弗拉斯卡蒂大教堂。1807年亨利死后，查尔斯的遗骸（除了心脏）被重新安葬在梵蒂冈圣伯多禄大殿的地下室，安放在他弟弟和父亲的墓穴旁边，也就是后来将要竖立斯图亚特王朝纪念碑的地方。他的母亲也埋葬在圣伯多禄大殿。他的心脏仍然保存在弗拉斯卡蒂大教堂，放在纪念碑下地板下的一个小瓮里。查尔斯没有婚生子女存活，这使得其弟“约克公爵”亨利成为“亨利九世