上野站开业所制作。2002年6月车站改建后移至现在的位置。日本泡沫经济时期，当时矶崎新曾设计一座地上300公尺的超高层车站大楼，但在泡沫破灭与东北、上越新干线延伸东京站后终止计画。南满洲铁道大连站与函馆本线小樽站、桦太厅铁道（之后的桦太西线→俄罗斯铁路）（霍尔姆斯克南站，1992年拆除）是以本站为原型。大厅有地面大厅、公园口通道（3楼）、大连络桥通道（3楼）、大连络桥连络通道（3楼，连结公园口通道与大连络桥通道）、新干线地下大厅（地下）。剪票口有中央剪票口（地上）、不忍剪票口（中2层）、公园