宝可梦击败对方的宝可梦时可获得经验值，累积一定的经验值即可提升等级，多数宝可梦会在达到一个特定等级或满足某些特定条件时进化。
新功能.《心金》和《魂银》可以让玩家的宝可梦队伍中的第一个宝可梦跟随在角色的后方，这项功能与《精灵宝可梦 皮卡丘》中让皮卡丘跟随在角色后方的功能类似。游戏中还有名为「宝可梦全能竞技赛」的小游戏，可以让宝可梦参加各式体育竞赛。在日本版的游戏里有吃角子老虎机，而国际版将其改为一款混合《Nonogram》了和《踩地雷》的游戏「Voltorb Flip」。游戏中还有