共产党与该党的关系一直不佳。2002年捷克大选，该党获得18.5%的选票，以41席成为议会第三大党。2004年6月，该党在2004年欧洲议会选举中成为第二大党，拿下24席次中的6个席次。2006年捷克大选，该党得票率12.8%，远远落后捷克社会民主党，席次滑落至26席。在经历与内政部的长期抗战后，2008年该党的青年组织－社会主义青年联盟（KSM）被迫解散，引起国际间的不满。2008年11月，捷克参议院表示捷克和摩拉维亚共产党的党纲与《捷克宪法》牴触，要求捷克最高法院解散该党。38位出席