1941年，他在阅读了毛泽东的《论持久战》、《论新阶段》、《新民主主义论》等文章后，在重庆出版的《抗战与文化》杂志撰写读后感，文章中首次提出了“毛泽东主义”的概念，指毛泽东主义是「中国的农民主义」、是「太平天国洪秀全的一个再版」；后来王稼祥等修订为「毛泽东思想」。至中共七大，刘少奇在报告中正式提出「毛泽东思想」。1949年1月中共公布的第二批战犯名单中，任卓宣的名字是最后一名。1949年中旬，因中共在大陆上台，而赴台湾，并成立帕米尔书店与中国五权宪法学会，而其着作多半以反共理论与解释国父思想为主。是中国