基督教抱持警戒态度，但由于长老会对于当局的政策大多配合，如配合皇民化政策实施日语礼拜，因此基督教不像过去因为政权变迁而被消灭。1926年，由中国基督教徒自行创办的真耶稣教会从福建传入台湾，此教派的作风与公共关系颇具有神秘色彩。1928年8月，日本救世军军官山室军平来台宣教，在台北、台中设立据点，日后陆续设立了八个部队。第二次世界大战后日本成为战败国，日本人被遣返，也暂时结束了救世军在台湾的发展。
教育敕语与基督教关系.1890年10月30日，日本颁佈了教育敕语作为思想教育主轴