立东亚同文会广东支部，作为持续进行革命运动作掩饰。同年，邓荫南支持另一革命要员陈少白在香港创办《中国日报》。1900年，邓荫南于广州策应惠州起义，被委任为民军总司令。其后，邓荫南又协助史坚如刺谋两广总督德寿，然而事败，隐居于新界。1902年，邓荫南再与洪全福密谋广州起义，又因事洩，再次隐居。后来同盟会成立，邓荫南被孙中山嘱咐在香港发展地下组织，用以筹款支援西南边境以及黄花岗之起义。1911年，邓荫南在新安县（今宝安）一带组织民军响应武昌起义，任新安民军监督、开平民团总长。1912年底，邓荫南被任命为稽勋局名