江邱氏第21世裔孙，也是槟城华侨大族龙山堂邱氏松房成员，1886年10月27日生于英属海崃殖民地马六甲。他的父亲邱朝仲（1840年－1916年）生于海崃殖民地槟城，后来在荷属东印度（印尼前身）阿萨汉（Asahan）经商致富，曾获荷兰殖民地政府授予阿萨汉甲必丹荣衔，后又获英国殖民地政府奉委非官守太平局绅。邱朝仲育有三子三女，而邱善佑即其次子。邱善佑自幼定居槟城，早年受教于槟城大英义学，毕业后他一直与母校维持紧密的联系，除了多次捐助母校以外，又为母校特设「邱善佑奖学金」，并担任大英义学校友会主席，1918年