过去属于接合菌门的生物现在被分拆成数个不同的门，这些真菌包括会造成面包发霉的黑根霉、可用来制作豆腐乳的毛霉与。球囊菌门的真菌会侵入植物的根部，与植物形成，可帮助植物吸收土壤中的水分与无机盐，丛枝菌根在演化上出现的时间相当早，最早可追溯至四亿年前，这种互利共生可能对陆生植物早期在陆地的适应非常重要。球囊菌门过去属于接合菌门，2001年首次被提升到门的地位。子囊菌门是真菌中种类最多的类群，它们可经由减数分裂，在子囊中产生子囊孢子。子囊菌门的真菌包含羊肚菌、松露、多数酵母菌（念珠菌、酿酒酵母、与）以及某些蕈