莲教首领王三槐就擒，嘉庆帝封赏枢臣，说：“王杰现在虽未入直军机，出兵时曾有赞画之功，一并予以优叙。”嘉庆帝亲政后，王杰主持了和珅一案的审理，查明了和珅贪污纳贿的种种罪状。王杰作为首辅大臣，遇事能够识大体顾大局，向皇帝进谏总是不遗余力，嘉庆帝对他优待尊敬。嘉庆五年（1800年），王杰以年老衰病乞归，嘉庆帝下诏挽留，特许拄杖入朝。嘉庆七年（1803年），王杰固请致仕，晋太子太傅衔，在籍享受俸禄。嘉庆八年（1803年）春天，王杰告老归乡，临行前上疏说：王杰所说的切中时弊，嘉庆帝接受了他的意见。赐给御制诗，以