自身掩护王僧辩，用楯遮住前进，会合裴之横的救兵，敌军于是退却，王僧辩对司马申笑说：「仁者必有勇，不是假的！」除授散骑侍郎，到绍泰初年迁任仪同侯安都的从事中郎。陈霸先受禅建立南陈，司马申获授临川王陈蒨的谘议参军。天嘉三年（562年）迁任征北谘议参军，兼廷尉监。两年后（564年），除授镇东谘议参军，兼任起部郎，外任为戎昭将军、江乘县令，任内有政绩。之后他入朝出任尚书金部郎，迁左民郎，因公事免任。太建初年，朝廷起用他为贞威将军、征南鄱阳王陈伯山的谘议参军。太建九年（577年），担任秣陵县令，在职期间有清正能干