平站作为鹰厦线南平支线的附属工程开工建设，1958年1月交付运营。1958年，线路延长至福州，改名外福铁路。1963年，南平站进行第一次改造，站场股道增加至5条，并新建南平东站分流；1980年代末，受到水口水电站建设影响，车站下行至区间进行改线，并新建南平南站分流。2016年1月10日，南平站（电报码：NPS，拼音码：NPI）停办车站客运业务。停办客运前车站每日有数对旅客列车停靠，在春节期间还会开行发往福州方向的临时旅客列车；货运仅办理粮食、饲料发送、到达业务。2017年，南平市人民政府发出《南平市