惠远城，光复伊犁，宣告独立，并且很快稳定了伊犁局势。起义胜利后，成立中华民国新伊大都督府，李辅黄被任命为前敌总指挥。东征开始后，任东进支队长兼步兵团长，在精河等地同新疆巡抚袁大化的清军作战。他是议和谈判成员之一。1912年5月停战议和，成立新疆都督府，杨增新任都督。李辅黄任伊犁镇边署参谋长兼伊塔镇台。1913年10月26日，在杨增新唆使下，冯特民、李辅黄被杀害。