不久，楼继伟出任财政部副部长、党组副书记，继续主持财税改革的工作。楼继伟在财政部副部长的位置上，任职长达九年；历经项怀诚、金人庆两任财长。2007年初，中国政府决定要成立主权财富基金，57岁的楼继伟再次获得重用，先是在2007年2月被提升为正部级的国务院副秘书长，领导新公司筹组；2007年9月，正式出掌中国投资有限责任公司的董事长，掌管资金达2000亿美元；并被美国《时代》杂志列入“2008年度全球最具影响力的100人”名单。2008年7月起，还兼任中国投资有限责任公司的全资子公司中央汇金投资有限责任公司的