重要阶段，而神宗亦爱其才，终得以保全，翌年被贬至黄州（今湖北省黄冈市），在黄州“深自闭塞，扁舟革履，放浪山水之间，与渔樵杂处”，与张怀民交游，也结交禅门人士，当时佛印担任庐山归宗寺住持，与苏轼时有往来。苏轼有〈戏答佛印偈〉曰：“百千灯作一灯光，尽是恒沙妙法王，是故东坡不敢借，借君四大作禅床。”元丰七年离开黄州。元祐元年（1086年），宋哲宗即位，高太皇太后垂帘听政，回朝任礼部郎中、中书舍人、翰林学士，元祐四年（1089年）拜龙图阁学士，曾出知杭州、颍州等，官至礼部尚书。绍圣元年（1094年），被哲宗