n::::历史.二层行溪在早期十分清澈，因当时制糖繁荣聚落二层行而得名。日治时期兴建之车路墘糖厂（现仁德糖厂，已停工，糖厂大烟囱和厂房等设备尚存，目前是「十鼓文化园区」）之厂址，亦在其支流三爷宫溪畔。1960年台湾省政府整理全台河川名称，取流经台南县仁德乡、归仁乡（今台南市仁德区及归仁区）之典故，易名二仁溪。
污染.中游流域在1970年代以后至2000年代初期，是专门处理废五金回收与提炼的工厂聚集地。这些工厂使用不少有毒的酸性化学溶剂，且未做污水处理即将废水都倒入二仁溪中；在岸边