外关系上，由于柬埔寨与越南的宿怨，而越南在中苏交恶中支持苏联，波尔布特奉行反苏联、亲中国的外交政策。1978年12月，越南全面入侵柬埔寨，由于民众对红色高棉政权的不满，越南很快就占领了大部分地区，1979年1月民主柬埔寨覆灭，越南扶植韩桑林建立柬埔寨人民共和国政权。波尔布特等领导人撤退到泰柬边境的山区，组建民主柬埔寨国民军同越南对抗。1989年，越南撤军，波尔布特则拒绝参加由柬埔寨过渡时期联合国权力机构举行的1993年大选，也拒绝让红色高棉游击队缴械，引发红色高棉内讧。1997年，波尔布特杀害计划向新政