4届联邦国会，继任前众议院议长林恩·博伊德的议席。接下来他3度取得连任，并于第35届联邦国会期间担任斯内林堡出售事务咨询委员会主席，还在华盛顿哥伦比亚特区委员会任职。
内战初期.伯内特在1860年总统大选中支持肯塔基同乡约翰·C·布雷肯里奇，但最终胜出的是亚伯拉罕·林肯。林肯在竞选中反对奴隶制扩张，有7个南方州在他获胜后宣布脱离联邦。但是，大部分美国人即便是在这个时候仍然相信美国依然会维持大一统，只是伯内特显然不这么看。1861年1月7日，他在帕尤迪卡的《三周刊先驱报》（）发文宣称