食物在品种改良以前的原种或改良以后依然含有毒，这様的食物所含毒称为自然毒。特别是玻里尼西亚一帯以芋类为主食的文化圏常将有毒的芋磨研成粉末，经过水浸泡后溶解出水溶性的有毒物质。在东亚地区如中国，日本也常常将含有氰化物等有毒物质的豆类制作成豆馅食用。另外将河豚等的有毒部位除去后也用于食用。相关食物有河豚、马铃薯、银杏、蕨等