师王鸿绪家中去世，享年六十四岁，葬于浙江奉化莼湖镇乌阳观山南麓半山腰，身边的藏书被钱名世佔有。刘坊写有《万季野先生行状》。季野的去世，象征《明史》编纂第一个阶段结束，其后经过数次易稿，干隆始四年（1739年）正式刊行，距季野过世，已有三十余年。文革时，万斯同墓惨遭破坏。后又重修。
评价.经学家杨椿认为：“《明史》成于国初遗老之手，而万季野功尤多。纪、传长于表志，而万历以后各传，又长于中叶以前。袁崇焕、左良玉、李自成传，原稿皆二巨册。删述融汰，结构宠肃，远在宋、元诸史上。”