该片中揭露：他们打算让人类与外星人混种。《X档案：征服未来》的后续剧情由《X档案》首集《》接续。
制作.
构思与筹拍.经过大获好评的前五季后，科幻电视剧《X档案》编剧克里斯·卡特想要扩展该剧的故事，最后决定要拍一部电影版。他表示，创作一个即使观众不熟悉电视剧设定和剧情，但依旧可以理解的故事是拍电影版面临的主要难题。卡特与于1996年圣诞节在夏威夷完成了剧本的主要部分。两人採用他们为电视剧编剧时的习惯，用3x5的来构思场景。