等待司马玮到来。后拜步兵校尉。司马玮诛太宰汝南王司马亮及太保衞瓘时，司马乂镇守东掖门。司马玮被诛杀后，司马乂以同母弟的身份，被贬爲常山王，遣回封国。
讨伐赵王.晋惠帝永宁元年（301年），三王（齐王司马冏、成都王司马颖、河间王司马颙）兴兵讨伐赵王司马伦，司马乂率领他的封国士兵响应。经过赵国，房子令拒守，司马乂将他杀死，加入司马颖的后继。常山内史程恢将要背叛司马乂，司马乂到邺后，斩程恢及他五个儿子。至洛阳后，拜抚军大将军，领左军将军。后于七月甲午（8月31日），迁骠骑将军、开府，恢复