与征北将军王邃退守盱眙。石勒因此将淮北地区大部分城池都攻陷。卞敦因此而被指畏懦，降职三级至鹰扬将军，徴为大司农。王敦后表卞敦为征虏将军、都督石头诸军事。太宁二年（324年），晋明帝趁意图篡位的权臣王敦病重而下令讨伐，升卞敦假节任镇南将军，守石头城。王敦之乱平定后，改拜尚书，并因功封益阳侯。后改任光禄勋。后又出任安南将军、湘州刺史。不久朝廷升他为征南将军，但卞敦辞让。咸和二年（327年），苏峻联合祖约起兵叛乱，平南将军温峤等领兵救援建康，但卞敦则拥兵不下，而且不给军粮，仅仅派督护荀璲领数百人跟随大军。