线虫的分类系统由于线虫动物门的种类繁多，下领约2.5万个有纪录的物种（估计总共有差不多100万个物种），其分类至今尚有不同意见。以下列举数位学者的分类表：本分类最初由Karl Rudolphi于1808年定义为「Nematoidea」，取名于古希腊文的（"nêma, nêmatos"，线的意思）及后缀（"-eidēs"，物种）。本分类后来被于1837年被重新分类，取名为「Nematodes科」；到1861年再由升格成为「Nematoda目」。线虫的物种很不容易区分，有相关描述的已超过二万五千种，其中