位受到中国中央王朝的重视。据传，元朝泰定帝在位时，太后玛卡赴藏区朝圣，途经类乌齐寺时，将自己一半财产供养该寺。明朝洪武年间，朱元璋封类乌齐寺第三任法台曲吉·杰哇坚赞为国师，并赐以封册、印信、斗篷、红顶珠帽等，当时该寺所属民众达1万户，僧人达6000余人。清朝雍正帝赐封第十三任法台庞球·阿旺加为“诺门汗唿图克图”，并赐金册、金印。清朝还御封第二十一任法台衮噶朗杰为“诺门汗唿图克图”。1855年，廓尔喀人侵入西藏时，清军自四川进入西藏，当时类乌齐寺选派了150位青壮年喇嘛随清军参战。类乌齐寺为康区影响最大的寺