湾工程史中未曾面对的困难，造成工程严重受阻且进度大幅落后，直至2000年5月整体工程进度仅有33.6%，通车时程因此比预估的1998年足足晚了八年。细数雪山隧道工程艰难之处，主要因素在于行经极度恶劣的地质，其中包括了六处地震带断层、98处剪裂带及36处地下涌泉。隧道工程常常因此而受到阻碍，有施工人员形容，雪山隧道就像是「泡在水里长大的隧道」。整个雪山隧道工程使用两大一小共三部全断面隧道钻掘机（TBM）进行快速挖掘，负责主隧道工程的大型TBM单价约新台币十亿余元，独力挖通导坑的小型TBM约3.2亿元。其中