虽然教育部进行中正纪念堂的改制，但立法院通过的《国立中正纪念堂管理处组织条例》仍然存在、未经立法院废止，因此造成合法性的争议。另一方面，由于台北市为国民党的执政县市，台北市政府文化局因应教育部的措施而将中正纪念堂列为暂定古蹟，遭政治立场亲近民进党的《自由时报》质疑「为国民党服务」、「反台湾本土意识」。而国民党也质疑，中正纪念堂改名，整个过程不但蛮横、不民主，且违法。国民党表示，《中正纪念堂管理处组织条例》是立法院三读通过的条例，还没有废止，教育部就非法以行政命令将中正纪念堂改名，明显「玩法」。因此造成台北