校组织法》使得国立音乐院降格为音乐专科学校，师生之中有不满情绪，因此前往南京请愿。参加者包括洪潘、蒋风之、陈振铎、冼星海等，其中洪潘甚至要求开除萧友梅。这导致学校锁琴房、断水电，闹事的学生（包括冼星海和陈振铎）和老师停发录取、录用通知书。这最终使得中华民国教育部于1929年7月25日下令国立音乐院临时停办并成立改组委员会。萧友梅也因此在当月辞职，不过又在8月19日得到复聘。
1949年之后.文革中大批优秀音乐高级知识分子受到批判，学院基本处于瘫痪状态，是上海地区“伤亡”最惨重的高等