1582年），本能寺之变突发，忠次与小栗吉忠帮助家康，以此之功而再回归德川家，并还其父旧领，此后一直与吉忠担任骏河、远江及三河的检地奉行，丰臣秀吉发动小田原征伐和文禄庆长之役时，忠次负责辎重运输与街道整顿，从而巩固了的地位。家康移封江户时，忠次与大久保长安、彦坂元正及一同作为为家康支配关东而竭心尽力。庆长15年（1610年）死去，享年61歳。遗领和代官职由嫡男继承。