，到487年开始整顿。到北魏孝明帝之后领土减少，州郡滥置。北魏州辖区不大，州刺史可越郡级直接管理县，使得郡级逐渐虚级化。北魏设有侨州郡县和双头州郡（如南雍州），并将州郡县按人口数分等级。为了防范新附或异姓叛变，于406年将各级行政长官分立三位，其中州刺史方面须一位为宗室，还设有负责地方军政的行台及管理数州军事的都督。北魏还特为鲜卑本族或其他民族（汉人除外）设置领民酋长来管理该族，地位只次于州刺史。又延续十六国政区，设有管理州境内其他民族的护军。其地位等同郡守，至457年废除。还有镇戍制，于重要的军事