，出生和早年的生平事蹟不详。1368年（正平23年）兄长长庆天皇即位，同年3月至8月之间被立为太子，成为东宫皇太弟，辅佐天皇执掌朝政。1383年（弘和3年）接受长庆天皇的让位，登基为帝。当时的行宫位于荣山寺（今奈良县五条市）。其皇位交替的背后原因是，对室町幕府持强硬态度的长庆和对幕府持缓和态度的后龟山发生了对立，最终和平派势力抬头，后龟山天皇登基。后龟山天皇在位9年期间，南朝政权的势力开始衰弱。政令所能到达的地方仅限于大和、河内、和泉、纪伊等行宫周围的几个国，以及九州岛的征西府和四国岛河野氏所控制的地区