大幅改建后成为高取城，而其家臣们则在高取山麓建立城下町，后来也成为现在的高取町主要市区。在1600年关原之战本多利久之子由于支持德川家康，在战后领地增加到两万五千石，也正式设立，但仅两代后，在1637年便因为子嗣而断绝。1640年，原在幕府担任的旗本植村家政获封于此地，并成为大名担任高取藩藩主，直到19世纪江户时代结束为止，此地都由所治理；1863年，尊皇攘夷派的武士成立了天诛组，并以此地西南方的五条为根据地，因此高取城一度遭到，但高取藩成功地挡下了天诛组的攻击，也让天诛组在溃败后往南逃入大和国南部