终亦以5–2获胜。2009－10年度香港足球明星选举，陈肇麒当选香港足球先生和香港足球明星，更形容南华是「对自己足球生涯最重要的球会」。陈肇麒今届为南华合共射入15球，在射手榜上位列三甲再次成为本地华人首席射手，他今季制造了多个难度极高的入球(如季初对热刺和高级组银牌决赛对杰志的两个高难度入球)，替球队取得联赛冠军和银牌冠军，尽扫各项锦标，亦协助南华在亚协盃历史性杀入4强。 2010年3月，陈肇麒与南华队友李威廉，一同获香港足球总会提名角逐香港杰出运动员选举，并且于公众投票成为票王，最终却意外落选，引起舆