皇光严天皇即位，以里内里之一的做为居所，这便是京都御所的雏型。当时占地仅有1町四方，经过足利义满扩大用地、以及织田信长与丰臣秀吉的整建，遂有现今所见之规模。明德三年（南朝元中九年，1392年）南北朝统一后，这里继续做为天皇居所，至明治二年（1869年）明治天皇将皇居迁往江户城（今东京皇居）为止，为时477年。值得注意的是，天皇居所虽然迁往江户城，但京都御所原有的皇宫地位并没有被废除，象征天皇驻地所在的天皇宝座「高御座」也仍然留置于此，直至今日。现今的京都御所是日本皇室关联设施之一，由宫内厅京都事务所