瓦纳自英国获得独立后採用以取代殖民地时期使用的英国国旗，并自此成为该国的官方旗帜。此外，该国国旗也是当时非洲少数没有使用当地最具影响力政党的代表颜色或标志着泛非洲运动的泛非颜色之旗帜。
历史.19世纪后期，由于原本居住于邻近川斯瓦共和国的布尔人开始侵佔茨瓦纳人的土地，当地酋长便与英国人谈判以盼望能够取得他们的保护，英国后来在1885年因应茨瓦纳人的要求建立了贝专纳保护国，并纳入到当时大英帝国的一部份。纵使该地区已经得到了英国人的保护，但是川斯瓦共和国的继承国南非联邦继续向英国施加压