能直接转乘马鞍山线的港铁路线，大量马鞍山线乘客都会到大围站转乘东铁线前往九龙。在部分车站，尤其是作为观塘线转乘站的九龙塘站，甚至跟马鞍山线连接的大围站，极度挤迫的情况随处可见。而且，东铁线亦吸引了不少水货客、跨境学童、中国大陆旅客（本线能连接福田口岸和罗湖口岸）和马迷（马场站在沙田马场有赛马赛事时或进行双边投注时会开放）等区外甚至境外居民乘搭，增加本线乘客量。于1990年代在往返市区和新界西北的交通网络尚未发达时，部分为避开屯门公路的挤塞情况而选择乘搭其他交通工具到上水站经本线前往市区的天水围和元朗居民