生于明万历二十一年六月廿三日（1593年7月21日）。崇祯元年（1628年）王忠孝中进士，并授户部主事，由于个性耿介，任官尽职，不徇私包庇，因而得罪宦官邓希诏，先后两次遭构陷，入狱长达廿八月。南明弘光帝授之为绍兴府知府，擢副都御史，王忠孝推辞不受。隆武帝朱聿键授王忠孝兵部左侍郎，后辞。永历帝授之为兵部右侍郎兼太常寺卿，再次辞而不受。
郑氏王朝时期.国姓爷郑成功起兵后，王忠孝投奔东都（后改称东宁，今台湾台南），后王忠孝在厦门帮助郑成功之子郑经。永历十八年（1664年）四月王忠孝随