以港湾式月台1面2线构成的地下车站。1号出入口（西口）是环七通（东京都道318号环状七号线）与方南通（东京都道14号新宿国立线）交会处，2号出入口（东口）位于方南通方南二丁目。月台有效长度为110公尺，比本线6辆编组列车全长108公尺还长，但因设有止冲挡因此有效长度不及列车全长。可动式月台门仅设于中野坂上侧3辆列车的位置，其余部分设置栅栏。设置月台门以前，为确保止冲挡的安全距离，中野坂上侧设有。进站的列车使用专用的3辆编组。2012年度事业计画公布计画将月台有效长度延伸至6辆编组，规划于2016