晋绥军区司令员，中共中央晋绥分局委员、常委。1945年，在中共七大上，当选为候补中央委员。抗日战争胜利后，吕正操返回东北。同年10月，出任东北民主联军副总司令员、东北军政学校校长，此后又兼任西满军区司令员。1946年1月，吕正操与东蒙自治政府内防部长阿思根就哲里木盟地区军事、政治斗争进行合作问题达成协议，即“吕阿协定”。1946年2月，中共中央东北局在梅河口召开会议，吕正操代表中共中央西满分局参会并做工作报告；黄克诚接任西满军区司令员，吕正操调东北民主联军总部搞后勤运输。后兼任东北铁路总局局长。1948年