间没有建立正式的外交关系，主要是因为马来西亚穆斯林的人口众多，在以巴冲突中站在巴勒斯坦一方，拒绝承认以色列为合法国家。故此马来西亚护照上用马来文和英文印上“本护照适用于世界各国，以色列除外。”的字句。
历史.1956年，既是马来亚联合邦独立前一年，以色列外交部长摩西·夏里特访问了吉隆坡。他描述，当时东姑阿都拉曼对于他在马来亚委任一名以色列领事的建议“毫不犹豫”。当马来亚于1957年申请成为联合国会员国时，以色列投票支持马来亚的加入。在1960年代初，以色列虽多次试图将两国关系正式化