奉使安南，适值安南发生内乱，遇阻而返。参与编纂《明伦大典》。擢左中允，充经筵讲官，主考两京乡试。累迁礼部尚书，兼掌詹事府。嘉靖二十八年（1549年）解职。次年，召还故任。嘉靖三十年（1551年）因擒获叛乱边民哈舟儿之事，论功加太子少保。上疏请求明世宗为皇太子选择讲官读书，被搁置不理。嘉靖三十二年（1553年）明世宗迷恋斋醮，孙承恩因不愿戴黄冠（作道士装束）迎合，遂乞求致仕归乡。嘉靖四十年（1561年）八月去世。赠太子太保，谥文简。
轶事.孙承恩家旁边有一处道教庙宇，当他在朝为官时，