用水。该系统依赖于鱼类和植物之间的共生关系，以稳定的循环系统降低水质的波动来进行系统运作，除了植物吸收和蒸发才需加水。
能源的使用.鱼菜共生装置依靠人造能源来进行水的循环，其他能源需求包含了环境控制, 增加水中溶氧等。然而使用替代能源或是绿色能源, 也是一种增加环保的方式。虽然精心设计可以最大限度地降低风险，鱼菜共生系统可以有多个“单点故障”的地方，例如，遇到电气故障或管道堵塞问题可能导致完全丧失水生生物。