供基本（隔筛）至二级（生物）污水处理系统和污水处理厂，收集和处理超过98%的污水。家居、工商业和农业是污水的主要来源，污水最终经深海排放管道排放到大海稀释和扩散。香港目前有五个污水处理厂，当中沙田污水处理厂为香港目前最大规模的二级污水处理厂。新界的新市镇均设有现代化的二级污水处理厂，市区的老化污水处理设施则未臻完善。港府亦推行旨在改善维多利亚港水质的净化海港计划，在第一期计划里，从九龙及香港岛东北部所产生之污水会经由深层隧道系统输送到昂船洲的中央处理厂进行化学处理，然后排放到维多利亚港西面海域。