组织后来与另一个组织合併成为管理及规划组织，主席一职由穆罕默德-礼萨·阿里夫（Mohammad-Reza Aref）担任，纳杰菲转而成为哈塔米的顾问，又在2001年至2005年担任工业部的资深顾问。
德黑兰市议会.在2006年伊朗城乡议会选举里，纳杰菲当选为德黑兰市议会议员，他在名为「改革派联盟」的竞选名单中排在首位。这是纳杰菲第一次参与伊朗的选举。
竞选总统.在2004年秋季，纳杰菲成为了2005年总统选举的改革派热门候选人，但他否认有意参选总统，并支持