府军事委员会直辖，由陈安宝任军长兼第七十九师师长。该军编成后立即投入武汉会战，伤亡惨重。武汉会战结束后，二十九军编制进行调整，第四十师改隶国民革命军第二十五军，同时国民革命军第四十三军辖下第二十六师、国民革命军第四军辖下第一〇二师改隶二十九军，此时刘雨卿任第二十六师师长，段朗如任第七十九师师长，柏辉章任第一〇二师师长。1939年初，二十九军隶属第三十二集团军参加了南昌会战，然因上峰指挥失当、段朗如师长擅自后撤，军长陈安宝阵亡，首级被倭寇伐取。事后段朗如被军法从事，副军长兼第二十六师师长刘雨卿继任军长