动者斩！」司马睿听后更为之改容。司马睿于同年即位，是为晋元帝，纪瞻拜为侍中，转尚书，期间多次上疏谏诤，对朝政多作建言，故很得司马睿欣赏，嘉许他的忠烈。及后纪瞻长期患病，自感身体无法支持自己继续在朝为官，于是上疏求退，元帝亦免去其官职。但不久又以纪瞻为尚书右仆射，纪瞻在屡次辞让都不被允许下就干脆以病重还第，但元帝仍不允。同时，辅国将军郗鉴据守的邹山受到石勒、徐龛等势力的威胁，纪瞻认为郗鉴有将相之才，担心朝廷放弃郗鉴，令东晋丧失这名人才，于是上疏建议朝廷征召郗鉴。朝廷亦因而在永昌元年（322年）征召郗鉴为领