期间，顺治帝面临着大明遗民的复明抵抗，不过至1661年，清军已将大清帝国最后的对手，南明遗臣郑成功和永历皇帝朱由榔击败，郑成功和朱由榔分别于次年病死和被擒杀。顺治皇帝在22岁时因感染高度流行的天花去世，其皇位由已从天花中幸免于难的皇三子玄烨承袭，后者即清圣祖，在位61年。由于顺治年间的历史文献流传相对较少，加上史书为突显康熙帝的功绩，因此这段时期同整个清朝历史相比显得较为鲜为人知。顺治帝死后受供奉于太庙，庙号「世祖」，谥号「体天隆运定统建极英睿钦文显武大德弘功至仁纯孝章皇帝」，统称世祖章皇帝（），葬于清