明万历十年（1582年），九月二十六日生于南直隶苏州府常熟县城东宾汤门内坊桥西，系五代吴越国武肃王钱镠裔孙。祖父钱顺时，嘉靖进士。父钱世扬，母顾氏。幼年聪慧，受春秋于其父，后拜族叔钱继科为师。12岁时，患天花，险些丧命。15岁时随父亲出入佛寺，并从此对佛学产生终生的兴趣。万历二十七年（1599年），18岁时补苏州府学生，后在江南与士林俊杰广为交游。万历三十二年（1604年），东林书院创办，钱谦益赴焉学习，师从顾宪成、高攀龙等人。24岁时，同县的瞿式耜（时年18岁）从学，并与钱谦益维持师弟关系始终，钱称其谓