由于秀吉正在中国地方与毛利军作战，当时听闻主公信长惨死，于是先与毛利议和，逼城主清水宗治切腹，而后以急行军的速度赶回京都，与明智光秀决战于山崎会战。此一假说仍然有一定的根据。
长宗我部黑幕说.此一说是认为长宗我部元亲透过妻兄斋藤利三怂恿明智光秀叛变。根据2014年发现的长宗我部元亲的文书当中，本能寺之变发生前，长宗我部元亲与织田信长保持恭顺关系。
柴田胜家黑幕说.此说是认为光秀跟柴田胜家担心如同林秀贞一般遭到肃清，而联手欲推信长的姪儿津田信澄上位，但因为