熙二十三年（1684年），授左都御史兼管户部钱法堂事物。康熙二十五年（1686年），迁工部尚书，与徐干学奏进《鉴古集览》，奉诏任纂修《三朝圣训》，《政治训典》，《方略》，《大清一统志》，《明史》等书，任总裁。康熙二十七年（1688年），前湖广巡抚张汧因“贪污银九万余两”获罪。陈廷敬为其亲戚，上《俯沥恳诚祈恩回籍以安愚分疏》，谢罪恳请回乡。两年后重新起用为左都御史。康熙四十二年（1703年），拜文渊阁大学士兼吏部尚书，值经筵。康熙四十九年（1710年）十一月以耳病乞休，获允。次年五月，大学士张玉书