导致台湾渔民、海巡署与日本海上保安厅时有冲突事件传出，最近的一次是发生于2008年6月的联合号海钓船事件，台北方面召回当时的驻日代表许世楷以示严正抗议，最后日本政府同意道歉并赔偿相关损失。2012年9月25日，为抗议日本将钓鱼台国有化和争取渔业权，宜兰县苏澳镇50多艘渔船前往钓鱼台附近海域陈情抗议，并在海巡署舰艇护卫下和日本海上保安厅船只对峙。事后在外相玄叶光一郎唿吁下，同年11月双方重启中断三年的渔业权问题谈判。2013年4月10日，台日双方在台北宾馆正式签署《台日渔业协议》，就双方重叠专属经济海