，李嘉棠因丈量不公、激发民变而被查办革职。而栋军统帅林朝栋因最先起兵解围，获赏黄马褂，成为清代唯一以道员身分获得此荣誉者。至于民变参与者与主要起事的燕雾二十四庄居民，因林朝栋等人提议从宽处理，故仅由为首数人被官府捕杀，免遭到屠灭的命运。至于事件首领施九缎则为游侠义民所掩护，自始至终未被公家逮捕。不过，该事件也意味刘铭传在台湾中部的土地丈量工作宣告失败，整个计画被迫停止。福建台湾省财政依然吃紧，也成为刘铭传政敌攻击他的口实之一，在台的新政也在不久之后随刘铭传离职而结束。