升任尚书。但任尚书期间因与尚书令刘巴不睦，遂被贬为遥署弘农太守。（弘农为曹魏领地，有名无实）后来杨仪跟随诸葛亮北伐，任相府随军长史，深受诸葛亮重用，每次兵出，“常规划分部，筹度粮谷，不稽思虑，斯须便了，军戎节度，取办于仪。”然而在北伐中，杨仪又与大将魏延不和，两人势如水火，诸葛亮亦常对这两位手下要员的关系十分头痛。据《三国志》的说法，诸葛亮于五丈原病危时，与杨仪、费祎、姜维商讨退军事宜，决议由魏延断后，但同时也担心魏延抗命，所以也决议如果魏延抗命的话，就自行引军撤退，让形势上等同强迫魏延断后。诸葛亮