连黄毓民在选举过程中不断「狙击」公民党，最后公民党毛孟静被传媒揭发有中联办支持的梁美芬击败，社民连的「狙击」间接帮了建制派梁美芬一把，抢去原先看高一线毛孟静的一席。公民党本已对社民连甚为忍让，是次事件一度使他们决裂。不过，于2008年香港立法会选举后，黄毓民要求与公民党合作。在泛民内部抽签决定由他出任中大校董时，和公民党商议了协调配合，但公民党梁家杰和吴霭仪未有按协议，并支持医学界议员梁家骝，黄毓民大为不满称这是「小人所为」，当中梁家杰立时解画说自己不知道要协调，属无心之失，吴霭仪则说她有选择的自由。2