正式建庙。光绪十四年（1888年），富商「黄合春号」为之重修。日治昭和二年（1927年）、民国53年（1964年）两度重修，并开放后山，供应善信旅游观览。民国106年（2017年）4月1日，该庙举办管理会议讨论建醮、遶境及通称事宜，主委黄西井掷筊向神请示是否遶境时，筊杯黏附于桌裙上，随后亦透过11次圣筊确认通称为「清水巖清水寺」。建立通称之缘由为辨别全国其他地方之清水寺，林园亦有另一同名寺庙。
祀神.该庙正殿下层主祀观世音菩萨（送子观音、观经观音）、善财、龙女、清水祖师