分为两个亚目：
种系发生学.翼龙类各演化支的彼此关系并未确定。然而几个较新的研究开始让它们更明确。以下演化树是简略参考大卫·安文的研究：
灭绝.传统理论认为，早期鸟类的竞争，导致许多翼龙类灭绝。到了白垩纪末期，只有发现大型翼龙类；而小型翼龙类已消失，生态位被早期鸟类取代。但是，化石纪录缺乏小型翼龙的现象，也可能是因为牠们的骨架脆弱、难以保存所致，而跟鸟类的生物多样性无关。白垩纪末灭绝事件灭绝了恐龙、翼龙类、与许多其他动物。另一种解释是，大多数翼龙类发展成