贺县在1876年遭到废除，位于木之芽峠以南的敦贺郡一度被併入滋贺县，直到1881年才将原本敦贺县的辖区重新恢复设县，不过重新设立的县因为县厅设在福井，因而命名为福井县。1879年滋贺县实施时，正式设置近代的行政区划「敦贺郡」，并在敦贺町（位于现在的敦贺市）设置郡役所。