的税关经常被误以为同时负责自然人的边境管制与移民事务，但此职责是归属于法务省属下的出入国在留管理厅（原为）。
历史.1854年，神奈川条约签订，日本开放下田与箱馆（今函馆）两港口与美国通商。　1859年，长崎、神奈川及箱馆（函馆）之港口设立「运上所」负责监督货物税金的徴收，为税关的前身。1872年11月28日，运上所更名为「税关」。1890年9月8日，设立函馆、新潟、横滨、大坂、神户、长崎六个地区的税关和其管辖区域。1902年11月5日，废除新潟税关，其管辖区域分配