他回国后到燕京大学任教。而冰心早在1926年回燕京任教，因此吴文藻对于步济时的提议“颇为心动”。但是在此之前他已经答应陈达回清华大学任教，协商之后，陈达同意他回燕京大学任教，但必须头两年在清华教两门课。1929年回国后，就在燕京大学任教。在同年6月与冰心结婚。吴文藻在燕京大学任教十年，主要教授“西洋社会思想史”、“家族社会学”和“人类学”。另外，他通过开设讨论班，请国外教授和派遣留学生的方式培养了大批人才。在燕大任教时期，他开始探索社会学中国化问题，取得了一定的成果，但因日本侵华战争而被迫中断。