同五年，平城上皇宣布迁都平城京，意谓平城京才是正统朝廷，逼使嵯峨天皇不得不诉诸武力，并逮捕了前来宣布上皇迁都之意的使者藤原仲成，将仲成处以极刑，并且下诏声称药子之罪状，剥夺她的官位。平城上皇与藤原药子带兵逃往东国（关东地方），却被得到消息的嵯峨天皇派坂上田村麻吕守候，知道大势已去的平城上皇回到平城京后剃发出家，药子则在三个月后服毒自杀，这件事史称药子之变。