林书院。主持京察的孙鑨、李世达和赵南星，利用京察将不符他们标准和不属于东林党的官吏降职解雇。经过多次京察后，引起众多反对党如宣党、崑党、齐党、浙党等兴起并与东林党互相倾轧。自此门户之祸坚固而不可拔，图使朝政空转内耗。明熹宗时反对党在东厂魏忠贤的羽翼下成为阉党，开始专权，并且迫害东林党人，东林党受到严重打击，有所谓东林六君子、东林七贤等被阉党杀害，直到明思宗即位，才整肃了阉党。在对外军事方面，以万历三大征最为显着，分别为平定蒙古哱拜叛变的宁夏之役、抗击日本丰臣政权入侵朝鲜王朝的朝鲜之役，以及平定苗疆土司杨