常在美国抗议台湾的美丽岛事件、林宅血案等事件，因此在台湾戒严时代被列入黑名单而无法返回台湾。1986年，民主进步党创党，台湾逐步由威权社会走向民主，黑名单限制放松。沈富雄返台任职高雄长庚医院内科主任，于1987年在台安医院创立血液透析中心，致力提高尿毒症患者的洗肾品质，成为一位肾脏科医生。
民进党时期.1992年，沈富雄代表民进党于台北市参选第2届立委，以七万余票高票当选，在此次选举中，沈富雄提出「台湾中国，一边一国」，作为竞选口号。之后于1995年、1998年、2001年连任