年，父亲斐迪南一世逝世。斐迪南二世根据遗嘱成为蒂罗尔及大奥地利的统治者。另一方面，他亦遵从兄长马克西米利安二世的意愿在布拉格留任为波希米亚总督直至1567年。在他统治下，斐迪南二世尽量使天主教的反宗教改革佔上风。斐迪南二世是一位狂热的艺术收藏家，因斯布鲁克附近着名的阿姆布拉斯城堡中的收藏品就是由他的时代开始收藏。他画廊中的画像及盔甲的收藏皆是价值连城，亦因此斐迪南二世债台高筑。现时这些收藏品皆存放在阿姆布拉斯城堡及维也纳的艺术史博物馆中。1580年，其妻菲莉宾逝世。1582年，斐迪南二世娶了他的外甥