万历十七年（1589年），焦竑方中会试，殿试高居一甲第一名（状元），授翰林院修撰。万历二十二年（1594年），担任太子朱常洛讲官，进《养正图说》一册。郭正域因焦竑没有与他商量这件事，认为焦竑是沽名钓誉。万历二十五年（1597年），任乡试主考官，将落榜之徐光启提拔第一，并拍案叹曰：“此名世大儒无疑也。”。由于个性梗介疏直，得罪不少政要。次相张位更视焦竑为眼中钉，必欲除之而后快。后来被曹大咸、杨廷兰等检举“以举子九人文多险诞语”，贬为福宁州（治所在今福建霞浦）同知。万历二十六年（1598年），赴福建福宁州上任。