中包含3种沉降系数不同的rRNA，其中30S核糖体亚基中包含16S rRNA，50S核糖体亚基中包含5S rRNA和23S rRNA。这3种rRNA在结构上有明显的不同。编码细菌三种rRNA的基因常被按16S-23S-5S的顺序组合在同一操纵子中共同转录。在细菌基因组中，往往有多个rRNA操纵子（例如大肠杆菌有七个：rrnA、B、C、D、E、G和H ），当其中一部分被敲除后，仍可通过基因转换的方式从其他操纵子上获得。古菌则存在只有单组rRNA操纵子的情况。
30S rRNA前体.