李渐行渐远。萧万长于1997年国民党全代会后接任行政院长。虽然连战已经下台，但接下来的县市长选举，国民党因冻省风波以及党内内闹而大败。民进党得到一些从未执政的县市。1998年，台北、高雄市长及立法委员选举，虽然新党也派出形象牌的王建煊出选，但在马英九的超人气加上弃保效应使新党票源回流，击败寻求连任的陈水扁。而高雄市长由民进党的谢长廷击败国民党的吴敦义。1999年，时任副总统连战得到国民党总统候选人提名，想找前台湾省长宋楚瑜为副手，可惜连战太迟表态，总统府对宋又冷嘲热讽，结果时任副总统连战只好找时