岛上的记载，早在公元52年，岛民就已经在圣多马的指引下皈依基督教 。1507年，葡萄牙人来到岛上，帮助岛民摆脱了阿拉伯半岛上伊斯兰教国家的控制，但是4年以后葡萄牙人离开该岛，使得岛民又重新沦为的臣民。1886年，同马赫里苏丹国一道归入英国保护，属亚丁保护国，成为英国在印度洋上的重要基地。二战爆发，因邻邦是义属索马利兰，又近印度洋，因此战略位置很重要。1967年，索科特拉岛随南也门独立。目前，该岛是也门的领土。2018年5月3日, 因于也门内战以致其政局不稳, 阿联酋军队佔领该岛, 并控制了岛上机场。