免许皆传」认可后，次年为了精进剑术迳行诸国武者修行之旅而脱藩，途中路经江戸牛込的天然理心流试卫馆道场，受武州多摩地方门人与近藤勇邀请成为试卫馆食客。
新选组.和近藤参加浪士组上京后，在新选组时期担任组织核心的第二队队长。由于与芹泽鸭同样握有神道无念流免许皆传的认可与实力，与芹沢为匪浅之亲交。元治元年（1864年），在沖田总司病倒、藤堂平助受伤的情况下，永仓新八仍像个狮子般和近藤勇、土方岁三在池田屋中奋力杀敌，最终成功断绝倒幕派浪人火烧京都的野心。池田屋事件后远近驰名的近藤等人，