，坎塔库泽努斯谱系的重建是困难的，且没有可信的文献指出米海尔的父亲是谁。有文献表明米海尔与一名身份为穆斯林的坎塔库泽努斯家族成员关系密切，其名为阿赫迈德，此人曾担任多瑙河流域的税务和地籍官。米海尔家庭中还有一些声称是巴列奥略王朝后裔的人物，且他们都使用双头鹰纹章。安德洛尼卡是米海尔第一次婚姻期间出生的，他的养母来自德拉库列什蒂家族。早年在其父于安基亚洛斯建造的府邸长大，他能够读写希腊语、意大利语、德语、新拉丁语以及奥斯曼土耳其语。1576年，米海尔包办了安德洛尼卡与阿德里安堡商人雅各布·拉利之女伊琳娜的