大专校院99学年度足球运动联赛为第6届大专校院足球运动联赛。男子组分为公开组男生第一级、公开组男生第二级和一般男生组，女子组分为公开组女生第一级。本年度公开组男生第一级第七名、第八名将降级到来年公开组男生第二级。公开组男生第二级冠军、亚军将升级到来年公开组男生第一级。一般男生组冠军、亚军将来年公开组男生第二级。