2月被政府任命为北京大学校长。1937年卢沟桥事变后，国立北京大学、国立清华大学、私立南开大学迁往长沙，组成长沙临时大学，11月1日复课。蒋梦麟任校务委员会委员。1938年2月，随学校迁往昆明，长沙临时大学改称西南联合大学。抗战期间曾出任中国红十字会会长，也曾出任国民政府行政院秘书长两年。国民党六大召开前夕，列入朱家骅与陈立夫联名向蒋介石推荐的98名“最优秀教授党员”之一。1949年到台，致力推动台湾建设，任石门水库建设委员会主任委员。1952年（民国41年）时任农复会主委并引进美国四健