争结束后，邓钖侯在川军指挥官内被视为领袖。1946年（民国三十五年），邓钖侯代理张群任四川省政府主席。翌年，邓钖侯正式就任四川省政府主席。1947年（民国三十六年）7月19日，国民政府派邓钖侯为四川选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。7月24日，国民政府特派邓钖侯为国民政府重庆行辕副主任。然而，随着第二次国共内战的推进，蒋介石要求包括四川在内的后方供应兵员、粮食等。邓钖侯对战时四川的资源消耗不满，同蒋介石逐渐对立。1948年（民国三十七年）3月，邓钖侯辞去四川省政府主席职务