成为“文革”爆发后出版界首先遭到报纸公开点名批判的“反革命分子”。1966年7月20日，《光明日报》发表了一篇署名文章《揭露“外国历史小丛书”的反革命黑幕》，给陈翰伯扣上了“反革命分子”、“钻进党内的资产阶级代表人物”等帽子，陈翰伯当即被挂上黑牌，关入“牛棚”。1967年1月，在造反派全面夺权的批斗会上，陈翰伯作为“商务头号走资派”遭到批斗。造反派声称将“彻底砸烂”商务印书馆，并将郭沫若题写的“商务印书馆”牌子摘下，当场用斧子噼碎，随后换上了“东方红出版社”的新招牌。1971年，陈翰伯调任人民出版社领导