西安是其第一个营运基地。2008年，鲲鹏航空在河南郑州建立总部基地。2007年，鲲鹏航空订购了100架国产的ARJ21。2008年，由于梅萨航空申请破产，鲲鹏航空遂为深圳航空全资子公司。2009年11月鲲鹏航空接受河南省注资，更名河南航空。但在伊春空难之后，河南省工商行政管理局称河南省 “未持有该公司股份”，遂撤销 “河南航空” 名称，恢复 “鲲鹏航空”。然而时至今日(2019年2月12日)，其工商注册信息的名称仍是“河南航空”。2010年8月伊春空难之后，河南航空即被勒令停飞，恢复鲲鹏航空名称