其后在多伦会盟后併入清朝，外蒙古地区正式归清朝所有。1727年雍正帝与帝俄签订恰克图条约，确立塞北疆界。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且佔领拉萨。清军多次被准军击败，最后于1720年由胤禵率军驱除成功，协助第七世达赖喇嘛入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、西藏地区之始。雍正时期，平定青海亲王罗卜藏丹津之乱后，雍正帝又在西宁与拉萨分置办事大臣与驻藏大臣以控管青藏地区。新疆地区方面，1755年干隆帝乘准噶尔汗国噶尔丹策零去世的机会，派将领率军西征，军势直达