草。1556年，在父亲阿丰索·布雷斯神父的领导下，学校和教堂的新建筑用较为坚固一些的夯土完成了。在未来的几个世纪内，这些建筑将成为殖民地精神生活和教育生活的中心。自一开始，耶稣会向美洲土着的传教活动就与许多殖民者的利益相冲突，他们是奴隶主，从土着的奴隶贸易中获利。在早期的圣保罗，为了抓捕土着而到内地探险远征，是一项重要的经济活动。他们与耶稣会的冲突，导致在1640年耶稣会被驱逐出村庄。直到1653年，探险家费尔尼奥·迪亚斯·莱梅才允许耶稣会神父回到圣保罗。教堂和学校在1653年左右进行了大规模重建。