百日时，父亲萧绩去世。萧乂理三岁的时候，看见内人分散，涕泣相送，便问原因，有人回答：“此简王宫人，丧毕去尔。”萧乂理便开始哭泣，悲不自胜，宫人见之，莫不伤感。丧服除后，萧乂理会见祖父梁武帝，再次悲泣不能自胜，梁武帝为之流涕，对左右说：“此儿大必为奇士。”大同八年（542年），封安乐县侯，食邑五百户。萧乂理性慷慨，博览多识，有文才，曾经祭奠孔融墓，为之立碑，制文甚美。太清二年（548年），侯景围攻京城建康，萧乂理聚集宾客数百，轻装赶赴南兖州，随兄南康王萧会理领军入援京城。太清三年（549年），尚未到达建康