向远在屏东的排湾族达悟族纳贡，与布农族时有纷争。干隆年间，嘉义地区的汉人自竹崎、梅山一带侵入阿里山，欲侵佔邹族领土，便与传统居住的邹族原住民发生武装冲突，汉人在此时建立了奋起湖、瑞里等聚落，邹族被迫退往更高的山区居住，「吴凤神话」也是在此时期发生。日治时期，日本政府为了开採此地的桧木林，自嘉义市兴建了阿里山森林铁路，进入山区大量採伐林木，再经由铁路运往山下，同时也将阿里山开发成为重要的观光景点。1909年嘉义厅长津田义一编纂《吴凤传》，1913年日本当局兴建吴凤庙，由当时的台湾总督佐久间左马太亲自主