临朝，将单于的上书出示给耿秉看，耿秉上奏称“以夷伐夷，国家之利”，表示愿为国家出力，太后采纳了该建议。于是拜耿秉为征西将军，随车骑将军窦宪出征北匈奴，征召北军五校、黎阳、雍营、缘边十二郡骑士和羌胡兵出塞。永元元年（89年），耿秉和窦宪各率领四千骑兵联合南匈奴左谷蠡王师子一万骑兵出朔方鸡鹿塞，攻击北匈奴，兵锋一直抵达燕然山，重创北匈奴。耿秉被封为美阳侯，食邑三千户。永元二年（90年），为光禄勋。次年夏天去世，年五十余。朝廷赐予未棺、玉衣，令将作大匠挖墓穴，借鼓吹和五营骑士三百余人送葬。匈奴听説后，举国号哭