存较好，尚有一座山门，一间大雄宝殿以及东西两侧的配殿，山门上还有一块“古刹十字禅林”的石匾，地面上除两块石碑外还有两块景教石刻，上有景教十字和古叙利亚文。在被佐伯好郎发现后，中央研究院历史博物馆随即将两块景教石刻转移走，并于1936年将两块石刻带到了南京博物馆。20世纪50年代末，十字寺剩余建筑被全部拆毁，原址仅存殿基、柱础和石碑等。
结构.十字寺遗址是中国大陆地区仅存的景教寺庙遗址，同时也是北京有据可查的最早的基督教遗址。整体坐北朝南，外围有20世纪90年代由北京市基督教三自爱国