新物种如何产生是一个重要的问题。主要的研究方式包括找寻造成生殖隔离的基因、择偶偏好的演化如何造成生殖隔离、以及杂交后代适应力的研究。
中性理论.中性理论全称为分子演化的中性理论。是日本遗传学家木村资生所提出。这个理论认为在分子遗传学的层次上，基因的变化大多数是中性突变。由于中性突变对生物个体既没有好处也没有坏处，因此并不受自然选择影响。现今的演化生物学家认为，自然选择理论与中性理论是能够并立且互补。
非基因遗传.拉马克的用进废退说虽然被德国的科学家魏斯曼