患病，魏邦平携家人返回海洲麒麟坊居住。后来，魏邦平哮喘咳嗽发作，回香港治疗数月未能痊愈，转而患上肺积水，即赴广州住院治疗，但未见起色。1935年9月21日，魏邦平在广州病逝，享年51岁。魏邦平虽长期追随孙中山，但婉拒了孙中山多次动员邀请其参加中国国民党的提议，理由为“军人无党”。孙中山还曾拟当面授予其上将衔，魏邦平借口免引党内分歧，一再推辞，表示保持中将衔已经足够。1936年1月26日，国民政府西南政务委员会常务委员萧佛成、邹鲁、唐绍仪、李宗仁、陈济棠、林云陔六人签署通令，褒扬魏邦平。通令全文如