此在建康设局，在江淮行屯田。又应诏陈奏五事：远斥堠，戢戍兵，防海道，援中原，修军政。擢升为工部侍郎。当时川、陕马纲路通塞不定，韩肖胄请在广西邕州置司，互市买蕃马，高宗下诏准行。当时高宗召侍从问战守之计，韩肖胄条奏千余言，高宗称他所奏事理简当。吏部尚书席益叹道：“援古证今，切于时用，不是世代为官不能做到。”绍兴二年（1132年），高宗下诏百官上奏省费裕国、强兵息民之策，韩肖胄言：“天下财赋原来隶于三司，现在户部只有上供之目而已。向户部问诸路款项名目，户部不能说出来，向漕司问诸州款项名目，漕司不能说出来