珍珠港的水深仅45英呎，日本海军的鱼雷若以一般投掷方式攻击会陷入海床中，同时为了自空中投下炸弹，势必要能击穿战舰甲板上的装甲，他要求研发部改良这些问题，并获得解决。他将俯冲轰炸机、水平轰炸机、鱼雷轰炸机和战斗机等不同种类战机组成一支支的空中攻击部队。以南九州鹿儿岛湾练习低空投放鱼雷和炸弹，要求鱼雷机训练投弹高度为从没进行过训练的1500呎，并严格训练命中率较低的水平轰炸机。而青森县三泽飞行场旁的小川原湖亦因条件类似珍珠港而成为练习地点。山本将整支舰队交由南云忠一中将指挥，并另外派遣5艘袖珍潜艇，作为空袭失败