只因皇太妃之故而没有废黜他。孝武帝认为司马道子不是治国之能臣，当时又因王国宝与孝武帝亲近的王珣等人不和，孝武帝于是以外戚王恭为青兖二州刺史、殷仲堪为荆州刺史、郗恢为雍州刺史，以他们作为外援抗衡司马道子的势力，同时留王珣及王雅在朝。司马道子于是升王国宝为中书令、中领军，又引王国宝堂弟王绪为心腹，主相之间朋党相争。太元十七年（392年），孝武帝以其子司马德文为琅邪王，司马道子于是徙封会稽王。太元二十一年（396年），司马道子解徐州刺史予刘该，同年孝武帝被张贵人所杀，晋安帝即位，朝廷下诏内外事务皆要谘询司马道