亚科较接近新神龙翼龙类的神龙翼龙科。某些研究指出，古神翼龙科可能是个并系群，并非天然生物群，部份物种演化成新神龙翼龙类。以下两个演化树是由David M. Martill、Martill与德恩·奈许（Darren Naish）在2006年提出，第一个是单系群版本，第二个是并系群版本。