研究所所长、附属医院院长（改请洪式闾和陈礼节）及医学院院长，后经医学院魏火曜等多位台湾同仁力争才让杜留任医学院院长。二二八事变后，杜亡命避事，直至半年后才返院。1948年8月1日，杜以医学院院长兼代理校长，直到1949年1月20日卸下代校长职交棒给傅斯年。不过因傅斯年引进美式医学教育与杜意见相左，两人意见不合一再浮现且冲突不断。1950年5月13日起台大医院爆发白色恐怖事件，院内第三内科主任许强、眼科主任胡鑫麟和皮肤泌尿科胡宝珍、耳鼻咽喉科苏友鹏、郭琇琮、朱耀珈及谢涌镜等多位杜聪明学生遭被捕。其中，