转入燕京大学生物系医预科学习。1929年，黄祯祥完成预科学业，进入北平协和医学院学习。1934年，黄祯祥从北平协和医学院毕业，获医学博士学位，并留在协和做内科医生和助教。1935年10月，黄祯祥和叶恭绍结婚。1941年至1942年，黄祯祥被协和医院选派至美国普林斯顿洛克菲勒医学研究所进修。1942至1943年，黄祯祥任美国纽约哥伦比亚大学内科及微生物科讲师。1943年12月，黄祯祥回国。1944年，黄祯祥任重庆国民政府中央卫生实验院医理室主任。1947年，黄祯祥回到北平，担任中央卫生实验院北平分院院长。