低地的开口处，河流东岸为上野台地（也称「上野之山」），西岸为本乡台地（东京大学所在的台地。南连神田山（））。绳文时代，此地是东京湾的海湾。之后海岸线逐渐后退，逐渐变成湖。1625年，江户幕府对应西方的比叡山延历寺，在此地建立寛永寺。开祖的慈眼大师天海将不忍池比为琵琶湖，在湖中打造如竹生岛的弁天岛（中之岛），并设立弁天堂。最初弁天岛是只能透过船只往来的岛，但在1672年增建往东的石桥后，行人可步行前往。1868年（庆应4年），此地爆发彰义队之战（上野战争），是戊辰战争中唯一在江户的战争。明治时