一直支持新疆反抗清廷统治，拒绝引渡大和卓之子萨木萨克，并在大英帝国支持下为萨木萨克策划复国。1820年，萨木萨克死后，1826年，穆罕默德·奥马尔汗的儿子，穆罕默德·阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立“赛义德·张格尔苏丹国”，出兵叶尔羌地区，史称张格尔之乱。张格尔之乱引发了几十年未遇的新疆大规模叛乱，清朝与浩罕汗国断交，并出兵平定了叛乱。1828年，张格尔兵败被俘，送至北京后处死。然而，这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。1830年，清朝与浩罕汗国议和