学士班（含1个学士学位学程及1个不分系）、33个硕士班（含3个硕士学位学程）、4个硕士在职专班（含1个硕士在职学位学程），31个博士班（含8个博士学位学程），及1间附设医院（阳大附医），并与6间大型教学医院有合作关系（台北荣总、台中荣总、高雄荣总、台北市立联合医院、亚东医院、振兴医院）。2000年，阳明大学成为「台湾联合大学系统」创始成员之一。2002年，与国立政治大学、台北市立联合医院缔结学术结盟，成立「联盟医疗系统」，并组成「政阳团队」开设台湾心智科学脑造影中心。阳明大学在各项指标排名中，皆榜上有名