府实施禁教令之后，有马氏转封，改由松仓氏管理；在松仓胜家的高压统治下，引发了岛原之乱，居民佔据原城与幕府军对抗，也因此几乎造成此地区的全部居民的死亡。在取代松仓氏入封至此的高力忠房的移民政策下，重新从日本各地招募移民进入此地，才开始复甦。1871年废藩置县后，隶属岛原县、同年的府县废合中，併入长崎县成为长崎县高来郡，1878年实施郡区村编成法，将高来郡划分为南北两部份，南岛原市的辖区在当时属于南高来郡。