对抗政府，第二次苏丹内战爆发。2005年1月9日，南北双方签署《全面和平条约》（Comprehensive Peace Agreement），结束长达21年的内战。协定赋予南方自治权，北方实施的伊斯兰律法在南方不适用，并于2011年1月9日举行决定是否独立的公民投票。2011年举行南苏丹独立公民投票。2011年1月30日公布的初步计票结果显示，98.83％参加公投的人支持独立。 2011年1月31日，苏丹副总统表示承认公投结果。2011年1月23日，独立后政权执行委员会的一名成员称，“出于熟悉程度和便利