上继续效忠清朝，拥护满洲国。马鸿逵通过宁夏省国民党部书记周百隍回复，指出他的很多亲戚包括伯父马福禄都在北京之战对八国联军作战时阵亡，而日军在当时占联军的大多数，所以他不会和日本人合作。日本投降后，1945年12月出任西北军政副长官兼西北行辕副主任。国共内战爆发，马鸿逵站在蒋介石的中国国民党一方同中国共产党作战。1947年7月19日，国民政府派马鸿逵为宁夏选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1949年国共内战末期，彭德怀率领的中国人民解放军第一野战军占领兰州。9月1日