帝建庙奉祀于兴隆庄北（见康熙五十八年（1719年）《凤山县志》），干隆年初慈济宫建于县署前大街（见干隆二十九年（1764年）《重修凤山县志》），道光五年（1825年）凤山县城竣工，总兵陈琼号召城内士绅重修慈济宫，并领地五分田、享租三十石。日治昭和十四年（1939年）建左营军港，旧城征收为要塞，保生大帝被迫迁出，暂安奉于内惟镇安宫，后迁新庄黄宅，再迁于埤子头陈宅。民国三十九年（1950年）转购于埤子头西巷九号，迎回保生大帝金身建宫奉祀。民国四十八年（1959年）于现址莲潭路九号，左营仕绅集资重建城