分领地，使得在原址重建成为不可能。那霸市选择了波上宫附近天尊庙遗址作为至圣庙的新址。在新址竣工之后，蒋介石赠送的孔子像被竖立在了至圣庙的原址处。目前至圣庙归属闽人三十六姓后裔的组织「久米至圣会」管理，该协会共有大约9200名成员。每年9月均会举行祭孔典礼，主祭者会穿着琉装以古礼祭祀。沖绳县前知事仲井真弘多（蔡氏）也是该协会的成员，他在每年9月都会前来参拜。那霸市免除了孔庙的土地使用费，对此当地居民提起诉讼。2021年2月24日，日本最高法院大法庭认为孔庙每年举行一次摆放祭品迎接孔子灵魂的祭祀仪式