民起事，并与伊犁军政府和谈达成统一；尔后逐步排除军政府人物的影响力，掌握实权。到他去世为止的17年中，虽然杨增新名义上接受北洋政府的管辖任命，后来接受南京国民政府领导，但他是新疆的实际统治者。杨增新同时调整新疆的政制，集中权力，解决了清末以来新疆巡抚、伊犁将军、各处参赞大臣事权不统一的问题。
内政.在内政方面，杨增新推行老子的「无为而治」，信奉“浑噩长为太古民”。在政治、财政上有所改革，包括更有效率的调整建制，使新疆各地更易于为省城迪化（乌鲁木齐）所控制，此外整顿吏治，打击中饱，奖