蛋白质目前被认为对拓扑结构域的形成有关，其中包括转录因子CTCF和蛋白质复合体黏连蛋白 (cohesin)。这些蛋白通过染色质免疫共沉淀测序技术被发现富集在拓扑结构域的边界上。由于边界还富集有大量常表达基因 (housekeeping gene) 和转运 RNA(tRNA) 基因，一种理论认为活跃的转录与拓扑结构域的形成有关。新的理论认为，拓扑结构域可以通过 DNA 环外挤 (DNA loop extrusion) 机制得以实现。这一理论预测黏连蛋白在 DNA 上滑动，直到遇到CTCF二聚体之后停止运