爆发以后，齐亚诺反对加入轴心国，受到墨索里尼的疏远。在齐亚诺日记里，他认为墨索里尼加入二战是一个极为愚蠢的决定，并预言了意大利的战败。希特勒曾警告过墨索里尼“注意家族中的反叛者”，暗示是齐亚诺。二战期间齐亚诺派人与反纳粹的梵蒂冈联络，并与后来成为教皇的保禄六世关系亲密，这些后来都被当作了私通敌国的罪证。1943年7月盟军入侵西西里，意大利举国上下陷入恐惧。25日在威尼斯宫举行的法西斯大委员会上，齐亚诺投票赞成罢免墨索里尼的首相职务（格兰迪决议），使得墨索里尼政权垮台，而齐亚诺旋即也被国王维托里奥·埃马努