领马上遭到推翻。自治领推行的改变之一是将英格兰教会引入麻萨诸塞；当地清教领袖一直都坚拒以任何形式为其提供立足之地。自治领包括非常大的土地，由南面的特拉华河一直到北面，包括新罕布什尔省、麻萨诸塞湾殖民地、罗德岛殖民地及普罗维登斯庄园、康涅狄格殖民地、纽约省及新泽西省，另有一少部分缅因。由于面积太大，难以由一个总督管理。安德罗斯总督不受欢迎，且多数政治派系都视之为威胁。英格兰光荣革命的消息在1689年传到波士顿，清教徒便发动1689年波士顿起义对抗安德罗斯，并将他和他的官员拘捕。纽约的将自治领副总督免职