一直在日内瓦领导宗教改革。在他的领导下，日内瓦成为政教合一的神权共和国和宗教改革的中心，加尔文宗传播到欧洲各国。因此，有人称加尔文是“新教的教皇”，日内瓦是“新教的罗马”。1564年5月27日死于日内瓦。有《加尔文全集》52卷传世。加尔文宗设计了一个民主和共和的教会组织形式，强调神职官员都要实行民主选举、神权共和。基于这一思想，加尔文在日内瓦创立了神权共和国，它直接影响了发动尼德兰革命的加尔文教徒──资产阶级和新贵族，他们在尼德兰北部推翻西班牙统治后，便以加尔文教为指导思想，以日内瓦神权共和国为蓝本创立