太弟就找来他出任中舍人。邺城失守，荀邃跟随父亲荀藩在密县；其后琅邪王司马睿召授他丞相从事中郎，但他因为路途危险而不接受任命；晋愍帝加他官左将军、陈留太守，到父亲逝世时去职，守丧期满后袭封父亲的西华县公爵位。晋愍帝打算纳荀邃的女儿入后宫，就先任命他为散骑常侍；不过他害怕长安被攻陷就拒绝应命，并东渡长江，晋元帝任命他为军谘祭酒。大兴年间荀邃官拜侍中，他和掌权的刁协成为姻亲；刁协想提拔他为吏部尚书，但他拒绝了。其后王敦讨伐刁协，刁协党羽都被杀，唯独荀邃因为疏远刁协而获免。王敦上表让荀邃担任廷尉，他以生病婉拒，