护巡洋舰结束远洋航海回到日治台湾澎湖马公港时因弹药库药火自然燃烧而爆炸下沉，350名船员近半数丧生。日方在马公设立松岛纪念馆、松岛纪念公园、慰灵碑。1920年（大正九年）时与阿猴厅（今屏东县及旗山地区）及台南厅一部份（今高雄市及冈山凤山地区）合併为高雄州并设立澎湖郡。1926年（大正15年）时再次独立复设置澎湖厅，1945年二战结束前共管辖二支厅。1935年（昭和十年），因荷兰籍船舰珠诺号进入时为军港的马公港，引发珠诺号事件。此事件导致台湾总督府和在台军部的对立。隔年（1936年），台湾恢复武官总督