进入中国人民解放军国防大学学习，同年12月毕业。1995年7月起任中国人民解放军海军政委，党委第一书记，成为海军第八任政治委员。是年，参与组织中国海军黄海大演习。2000年6月晋升海军上将军衔。2003年5月，海军361潜艇失事，杨怀庆与时任海军司令员石云生一道被免职，同时退出现役。中共第十五届、第十六届中央委员。