第二年和天皇一同逃出隐歧，依靠伯耆的名和长年在船上山举兵（船上山之战）。忠显被任命为头中将，率领山阴国的部队和足利高氏、赤松则村等人一同进攻六波罗探题。此外还向奥州白河的结城宗广、亲朝父子等各地的豪族发出纶旨，为后醍醐天皇的倒幕运动做出了贡献。建武新政中和结城亲光、楠木正成、名和长年并称「三木一草」，权倾一时。作为从三位参议和杂诉决断所负责人，担任了佐渡国等三国国司，同时拜领北条氏旧领十余处。之后同万里小路宣房等人一同出家。宣房此时年事已高而忠显正当盛年。因此忠显出家被认为是由于新政遭到了集中批判而