军才撤出京都。6月22日，义辉重返京都后赏赐义兴和久秀等人。8月，在京都北山串同六角军谋反，义兴与久秀一同率领8000名士兵在9月11日将其击败。另外，义兴素有教养，因此获得将军义辉和一众公家的信任。永禄6年（1563年）6月，义兴病倒，虽然曲直濑道三前往替其诊症，但是病情恶化，最终在8月25日于芥川山城死去，享年22岁，按《足利季世记》记载他是死于黄疸。长庆死后，三好氏由义兴的堂弟三好义继继承家督之位。有些说法认为义兴试图铲除久秀，从而被意图取代主家的久秀毒杀，但是一手史料中没有任何记载，显示久秀