58年禁教令解除后，至1863年迁驻横滨，1866年再迁至长崎。1876年，圣座将日本宗座代牧区一分为二，分为日本南纬宗座代牧区（简称南日本代牧区）与日本北纬宗座代牧区（东京总教区前身）等2个宗座代牧区。南日本代牧区仍以长崎为教务中心，其辖区原包括近畿、中国、四国、九州等日本西部地方，至1888年成立日本中部宗座代牧区（大坂总教区前身）后，辖区限缩至九州地方。1891年6月15日，日本正式建立圣统制，南日本代牧区亦于同日升格为长崎教区。1927年，长崎教区在3月18日与7月16日分别分割出鹿儿岛宗座监牧