立军起义失败后，唐才常被处决，张通典逃往上海，入两江总督刘坤一幕。1902年，刘坤一在任上病逝，周馥继任，任命张通典为两江学务处参议，兼编纂《学务杂志》。张通典排除困难，创办了养正学校、养正女学、湖南旅宁公学。
参加同盟会.中国同盟会成立后，张通典当即加入，并且奉孙文手令主持江南江北党务，推介《民报》，结交蔡锷、赵声、禹之谟、秦力山等革命人士。清廷闻讯，乃密令两江总督端方侦办。张通典遂接受同盟会同志邀请，到安徽芜湖任皖江中学校长，任内邀请陶成章、苏曼殊等来校任教。后因受地方官员疑忌