南大学校长刘季洪之邀，余家菊任该校教育系教授、系主任。在任期间，余家菊一方面将西方教育理念尤其是西方教育哲学引入河南大学，推进教育教学改革，另一方面开展教育研究，开始准备撰写《教育与人生》。抗日战争时期，国民参政会在汉口成立，余家菊连任一至四届国民参政会参政员。后来，余家菊先后出任制宪国民大会代表，第一届国民大会代表。1949年，余家菊赴台北市寓居。1969年（民国58年），随着左舜生重建中国青年党，陈启天、左舜生、余家菊、李璜、胡国伟5人就任党主席。1976年5月12日，余家菊在台北市逝世。