敕额辗转安置于艋舺；而艋舺方面则认为这尊显灵的清水祖师是由艋舺祖师庙借去的，造成了淡水与艋舺两派信徒的大纠纷，日治时期经官府协调，由艋舺与淡水二庙轮流奉祀。
建庙.清水祖师神威显赫，然久而无庙，仅仅奉祀于民宅，淡水人久慕之。台湾日治时期昭和六年（1931年）成立「淡水清水巖祖师庙兴建委员会」，同年10月1日《台湾日日新报》〈淡水祖师庙兴工建庙〉，报导了淡水清水巖建庙鸠资：昭和七年（1932年）淡水士绅李文珪、许丙等，开始将附近音乐团体「淡水轩」的西秦王爷庙、码头工人祭祀的富美萧