列为红色警戒的土石流潜势溪流及村落，全部集中在信义乡。乡内陈有兰溪及罗娜溪沿岸地基流失，道路多处中断，沿岸多户民宅遭河水吞噬。神木村隆华国小遭雨水沖刷，校舍于河面上倾斜30度，摇摇欲坠。台21线和社往神木路段的道路亦处处中断。在县内其他地区，台16线集集往水里乡路段，路面地基坍塌，7车15人在夜间经过时坠入浊水溪，已经寻获4车4具遗体，尚有11人失踪下落不明。仁爱乡庐山温泉则受灾严重，温泉吊桥以下多家饭店民宿，全被洪水吞没，甫于2009年3月重建完成的温泉桥亦被洪水沖毁。
台南县