目标的修生，修院的学生人数因而大幅下跌。1966年，中国大陆发生文化大革命，修院的修士们陆续避走葡萄牙，后来修院只开办一些短期班，以训练澳门、香港、帝汶、新加坡等地的神职人员。到了1990年代，修院暂停一切神职人员的培训工作，而教堂则仍然坚持每月举行一次弥撒。1953年，时任天主教澳门教区主教罗若望主持策划圣若瑟教堂的一次较大型修葺，并一度将教堂外立面改为石米饰面。1999年，教堂穹顶从中间裂开，后来经文化司署（现澳门文化局）维修，于同年12月3日完工，由澳督韦奇立将军主持揭幕和由林家骏主教主持祝圣礼后