洛桑金巴赴噶陀寺朝拜，被光明广境虚空大瑜伽行者、掘藏大师仁真龙色宁布（一世）认定为第十三世东宝·仲巴活佛，赐法名“南喀嘉措”。南喀嘉措拜仁真龙色宁布为根本上师，依止其修习宁玛派旧伏藏法，以及仁真龙色宁布的新伏藏法。其间，南喀嘉措的弟弟被认定为五世班禅的转世灵童，即后来的六世班禅。29岁时，南喀嘉措赴西藏朝拜冈底斯山，向大力金刚手菩萨供养珍宝并祈祷后，在暮色中入定，在定境中来到兜率天内院，见到弥勒菩萨，并获天女献供。日出时，南喀嘉措自定中出，听见人说： “应把那已死亡的瑜伽师火化掉。”南喀嘉措便站起来向讲