的唯一股东──香港特别行政区政府任命。香港政府库务首长（现为财经事务及库务局局长）和运输首长（现为运输及房屋局局长）是管理局当然成员。管理局主要负责公司的整体策略及政策，并定期举行会议以确保行政制度及程序均妥善可靠。九铁管理局原本有11名成员，根据两铁合併条例，九铁管理局在两铁合併后只会保留4至8名成员，且全部由政府官员出任。
两铁合併.为提高香港铁路运输系统的效率，香港政府计划把香港两个铁路公司的铁路服务合併，并于2004年3月邀请九铁公司与地铁公司就合併计划进行商讨。