J型机车完成运用考核后继续配属丰台机务段，担当京山铁路丰台西至南仓的货运交路牵引任务。由于车上的牵引变流系统和SIBAS微机控制系统为西门子产品，对机车的故障诊断、维护检修造成一定困难。机车遇到变流系统方面的故障时需通知西门子公司，中方人员技术人员从机车下载数据之后上传到西门子德国本部，经德方分析故障原因和提出解决方案后，通知西门子公司在华售后服务组进行处理，因此往往需要花费较长的时间才能解决故障。2005年8月，丰台机务段开始将两台东风4DJ型机车停运封存。2010年6月，东风4DJ型0001号机车经外观