珠三角交通基础设施一体化要求，为促进深莞惠三市经济圈深入融合发展，深圳及东莞将加快推进深圳11号线与东莞R3号线、深圳6号线与东莞R1号线的轨道交通衔接，三市相关部门将共同研究推进轨道交通规划衔接方案，切实做好三市轨道网络规划建设。2013年4月，深圳市政府审定同意6号线招商方案，并授权市发改委牵头组织6号线特许经营项目招商、评审并推荐候选投资人。5月，市政府审定公开招商结果，同意港铁公司为6号线项目候选投资人，并授权市发改委代表市政府与市地铁集团、港铁公司，签署了《深圳市轨道交通6号线特许经营项目框架