国时代属于播磨国，19世纪末江户时代结束之际，美囊郡大部分地区属于，另有部分区域分属幕府、、古河藩、、的领地。随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，曾分别先后隶属兵库裁判所、明石县、壬生县、古河县、鹤舞县、三草县，1871年全数被整併到饰磨县内，1876年再次整併后属于兵库县。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「美囊郡」，郡役所设于三木町（位于现在的三木市）。