司马德文亦跟随。元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐桓玄，桓玄兵败逃到寻阳，得郭昶之给予器具及士兵后再逼晋安帝与其同至江陵（今湖北江陵）；及至桓玄败死于逃往益州途中，荆州别驾王康产及南郡太守王腾之迎晋安帝至南郡府舍时，司马德文亦紧随。然而，桓振等桓楚余众趁刘毅等军未及赶至江陵，乘虚来袭，最终江陵城陷，王康产及王腾之遇害，桓振亦骑马挥戈直入，问桓玄子桓昇下落，并在得知其死讯后大怒，指责他们屠杀桓氏。当时司马德文辩护道：「这又岂会是我们兄弟的意思！」在桓谦苦劝下，桓振才没有加害安帝。随后桓振继续控制江陵，并以司马