仍然决定从希伯伦撤军，并且签下怀伊备忘录（Wye River Memorandum），给予巴勒斯坦民族权力机构更大的自治权力。在内塔尼亚胡任内巴勒斯坦团体对以色列平民的袭击活动大为减少，然而他的联合政府仍然在1999年垮台。在1999年选举中工党的埃胡德·巴拉克以大幅票数差距击败内塔尼亚胡而继任总理。
2000年代.巴拉克在2000年决定单边从黎巴嫩撤军，这次撤军也是为了阻挠真主党对以色列的攻击，迫使他们不得不跨越以色列边界才能发动攻击。巴拉克和亚西尔·阿拉法特曾在美国总统比尔·柯