岭为根据地。1942年夏，奉特委命令开展陵水、保亭等地区的工作。1944年春，琼崖独立总队改称广东省琼崖人民抗日游击队独立纵队，李振亚任参谋长。1945年夏，为建立五指山中心根据地，琼崖特委成立挺进支队，李振亚兼任支队长。而后，他曾率队在五指山间直捣汪精卫政权守备二团巢穴罗任，拔除毛阳、毛贵、毛栈、统黑等日军据点，攻占白沙县13个乡。
第二次国共内战时期.1947年3月12日，中共中央军委任命李振亚为琼崖纵队第一副司令员。同年5月9日，在中共琼崖第五次代表大会上，琼崖特委改为琼崖区