拔贡，本省乡试中举人。道光三十年（1850年）举进士，授礼部主事，由于他在道光帝的殡葬大典中表现出色，被礼部侍郎曾国藩看中，提拔为礼部郎中。咸丰五年（1855年）任实录馆主事，后加道台衔。咸丰初年，太平天国北伐军攻入直隶，尹耕云应参赞僧格林沁檄召，加入惠亲王幕府，为镇压太平军出谋划策。咸丰八年（1858年），被授为湖广道监察御史。次年，增署给事中。曾反对清廷避战。随后他改入河南团练毛昶熙幕下帮办军务。同治元年（1862年），随僧格林沁进攻金楼寨起义军大获全胜，以道员任用。后因功劳卓着，同治十三年（1874年