该会设有28个宗主教区、总教区、教区和宗主教代牧区。马龙尼教会在礼仪中使用语言为阿拉米语，但在实际生活中，信徒多使用阿拉伯语。
组织.今日马龙尼教会的最高首脑为马龙派安提阿宗主教，由全世界的马龙派教会主教选出，居住于黎巴嫩贝鲁特北部的Bkirki。新任宗主教当选时必须要报告教宗，并获得其认可，以体现马龙派教会对天主教教会的归附。