京政府授为陆军中将。1913年（民国2年）1月，出任云南省民政长。同年10月，罗佩金的父亲逝世，罗佩金辞去民政长职务，回到家乡。1915年（民国4年）袁世凯称帝。罗佩金同云南省反袁势力的中心人物蔡锷、唐继尧秘密联络，随后参加了同年12月25日开始的护国战争。罗佩金任护国军第1军总参谋长，辅佐第1军司令蔡锷出击四川。罗佩金将家产献给云南殖边银行，以支援护国军的组织及运营。起初，蔡锷、罗佩金同数量占压倒优势的北京政府的军队作战。翌年，广西将军陆荣廷发表反袁独立宣言，形势逆转。同年3月22日，袁世凯取消即皇帝