五十四年（1789年），因“诸皇子师傅久不入书房”而被降为侍郎衔。不久，授内阁学士，历升顺天学政、礼部左侍郎、都察院左都御史，干隆五十六年（1791年）任礼部尚书，署吏部尚书，不久实授。
嘉庆年间.嘉庆二年（1797年），授体仁阁大学士。五月，刘墉奉旨偕同尚书庆桂到山东办案，察看黄河决口的情况，刘墉上书请求在决口处筑坝，下游疏导分流，朝廷采纳了意见。嘉庆四年（1799年），加封太子少保，奉旨办理文华殿大学士和珅植党营私、擅权纳贿一案。刘墉查明和珅及其党羽横征暴敛、搜刮民脂、贪污自肥