忠任太尉，录尚书事。明年因日蚀而被免官，改行骠骑将军事，持节镇关东。不过，朱儁尚未出发，李傕就在兴平二年二月乙亥日（195年3月2日）杀了同为董卓旧将的樊稠，令诸将互相猜疑，郭汜自疑李傕将加害自己而与李傕相攻，长安于是大乱，朱儁于是不出，留拜大司农。后汉献帝下诏命朱儁与太尉杨彪等十多人游说郭汜，要他与李傕讲和，但郭汜不肯，更留朱儁等人为人质。朱儁性格刚直，不堪受此辱，即日就发病去世。