于翌年2月在秦惠真医生协助下逃出陷区，最终抵达重庆。在那里，他得到英国驻华大使馆和中国教育部等方面的协助，得以接济近350名同样逃出香港的港大学生。他又安排港大学生入读迁到当地一带的院校以恢复学业，受惠的港大学生到1944年1月多达243人。这批在中国大陆继续学业的港大学生当中，其中约140人为港大医科生，分别获安排入读当地其中六家院校。考虑到这批医科生有可能不获英国医学总会承认，王国栋争取为他们取得向医学总会申请註册执业的资格。在战后1946年至1948年间，最终有63名在其中四家院校恢复学业的港大医