吴晗进行批判，但希望将批判引向学术批判。1966年1月8日，《北京日报》发表了李琪撰写的《评吴晗同志的历史观》一文。他还在《文艺战讯》上发表了《在北京京剧团谈关于〈海瑞罢官〉剧本写作和排演的经过》。1966年5月16日，报纸公开点名批判李琪。随后，戚本禹在《红旗》杂志上点名批评李琪。此后，李琪遭到批斗，受到辱骂及殴打，其妻遭到隔离审查，子女受到株连。1966年7月10日，李琪自杀身亡。
家庭.妻子李莉，曾任北京市林业局局长、党组书记。