2016年4月12日，即将接任行政院院长的林全宣布人事安排时，称赞邱太三的协调、行政能力，称其未来司法改革、转型正义等挑战工作，都要借重他的帮忙；2016年5月20日至2018年7月15日，邱太三担任法务部长。2017年3月24日，司法院大法官召开宪法法庭，时任法务部长邱太三代表政府就台湾同性婚姻进行辩论，其发言多所保留，遭到议题推动方大加抨击。担任法务部部长期间，邱太三从未签准死刑执行，是继王清峰后的第2个从未执行死刑的正任法务部部长。2017年度也成为自2009年后再度未执行任何死刑的一年；对此