日双方进行相持阶段。1939年2月，日军占领海南岛，随后进占广西南宁等地；国民政府军事委员会委员长蒋介石遂以西昌县作为陪都重庆失守后的备选之地，西昌行辕正是在此背景下设置的。西昌行辕驻地在清朝的宁远府衙门（当时为四川省第十八行政督察专员公署，今中国人民解放军四川省军区凉山军分区修械所），张笃伦中将担任首任主任。设有：1946年3月，西昌行辕被撤销。改设西昌警备司令部。