正《行政法院组织法》，将审级制度由一级一审改为二级二审与一级一审併行之双轨制。依修正草案规定，行政法院设中央行政法院与地区行政法院二级；并于省、直辖市及特别区域各设置地区行政法院，分别为高等行政法院及最高行政法院。并修正《行政法院组织法》，核定成立台北高等行政法院、台中高等行政法院及高雄高等行政法院，原行政法院同时改制为最高行政法院。高雄高等行政法院因此新制而于2000年7月1日正式成立。为让民众可以更方便提起行政诉讼，司法院推动行政诉讼「三级二审制」，于2012年9月6日在现有的高等行政法院及最高行政