只有一开机ROM里内建的BASIC程式语言直译器可用，后来才随着软碟机的加入而有“Apple DOS”。最后一版的Apple DOS是「Apple DOS 3.3」，后来Apple DOS被ProDOS取代来支援分层文件系统以及较大容量的储存设备，能使用软碟或硬碟。此外 Apple II 也可以使用 UCSD Pascal 作业系统，UCSD 二进位格式与包含 IBM-PC 在内的其他电脑系统相容。使用Z80介面的话，Apple II也可以执行CP/M作业系统上的WordStar和dBase软体。　苹果