联军入侵北京，咸丰帝逃往热河，命提库银二十万两，修葺行宫。宝鋆认为国用方亟，坚持反对。咸丰帝大怒，准备严谴，适逢宝鋆管辖之三山皇家园林被英法联军劫掠，咸丰帝降诏深切谴责，降五品顶戴。一个月后，因宝鋆巡防北京劳苦，而官复原职，再兼任镶红旗护军统领，又兼署正红旗汉军都统、左翼前锋统领。咸丰十一年（1861年），咸丰帝崩于热河，同治帝回京，宝鋆以户部右侍郎在军机大臣上行走，旋兼总理各国事务衙门大臣。
同治年间.同治元年（1862年），宝鋆转任户部左侍郎，不久，升任户部尚书。同治二年（18