年4月，菅直人得到民主党代表小泽一郎、干事长鸠山由纪夫等支持而出任民主党代理党首。2008年12月，菅直人当选为日本众议院预算委员会首席委员。日本民主党于2009年8月成为日本执政党，菅直人出任副总理（副首相），国家战略担当大臣，内阁府特命担当大臣（经济财政政策、科学技术政策）。2010年1月7日，菅直人兼任副总理，财务大臣，内阁府特命担当大臣（经济财政政策）三职。
出任首相.2010年6月2日，鸠山由纪夫因沖绳美军普天间基地搬迁事件而请辞民主党代表；菅直人于同日宣佈角逐该党党首。