干隆二十年（1755年）时，当地居民将供奉昔日拾得之漂流王船的小庙改建成砖造庙宇，并迎来白礁保生大帝之分灵为主神。不过依据《凤山县志》（1720年）之记载，康熙年间在安平镇有三座「慈济宫」，有人认为其中之一即是妙寿宫。
发展.而清治嘉庆元年（1796年）与道光十六年（1836年）时有再整修过，于同治六年（1867年）在庙之右侧加建王船室以供奉王船「金万安号」。而在日治时期，该庙在大正二年（1913年）由当地居民林松、欧国、李钦、周文彩倡修，昭和十八年（1943年）曾大阵、周顶山