随唐王朱聿键逃往福建。唐王即位，改元隆武，郭承汾仍任御史，巡按贵州。次年春，张献忠部由四川攻贵州，过承汾会同定畨侯皮熊、总制范爌，尽力剿抚、经营。不久，清兵入闽，隆武帝被俘。郭承汾在贵州等候消息，皮熊、范爌请其留任。于是得命，晋太仆寺卿，兼佥都御史，巡抚黔南。永历三年（顺治六年，1649年）十一月，张献忠余部孙可望派兵劫持郭承汾及皮熊至酉阳境内，欲劝其投降。郭承汾毫无惧色，怒斥孙可望“以朱温之事，行莽、操之奸”。孙可望大怒，将其拘谨于民宅。郭承汾绝食十几日而死。移尸东郊，多日无人敢于收殓。经历月余，