凯派李纯统率大军南下，进击李、林等部，久攻不克，后来绕至上游。林虎虽然积极作战，但最后数量占优势的北京政府军获胜，林虎流亡日本。同年11月，林虎到东京会见孙文（孙中山），参加中华革命党。他还同李烈钧、柏文蔚、黄郛创立法政学校，拥戴寺尾亨任校长。他还在大森创设「浩然庐」，召集流亡日本的革命派士官。1914年，林虎同章士钊、李根源组织欧事研究会。其后，和熊克武等人一起赴新加坡，参加黄兴的反袁世凯活动。后来，林虎、钮永建回到广西省，同广西将军陆荣廷交涉。由此，陆荣廷决定反袁，由林虎同云南的蔡锷、李烈钧联络