冠形状特殊、巨大，由骨质分叉支撑者角质组织所构成，例如古神翼龙科与夜翼龙。自从1990年代以来的新发现化石与详细研究，发现翼龙类普遍具有头冠，这与过去的观点不同。翼龙类的头冠主要由角质组织构成，甚至是全部，因此很少在化石化过程中保存下来。科学家借由紫外线摄像技术，检验出翼手喙龙与翼手龙属的化石也具有头冠，而过去没有被发现。根据过去的理论，只有衍化的翼手龙类具有头冠；而近年发现的翼手喙龙、奥地利翼龙也具有头冠，证实部分喙嘴翼龙类也具有头冠。
毛.翼龙类并没有发现羽毛证据，但至少部