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行政区划.1909年行政区改制，此时长短树庄的行政区属盐水港支厅菁寮区下所辖的下茄苳北堡长短树庄，并依保甲制度，顶长短树庄属于长短树第一保，1920年再次改制，此区长短树庄改为大字。根据《后壁香火》记载，清代「长苑树庄」属台南府诸罗县「下茄苳北堡」，清末以「长短树庄」之名通行，而「长短树庄」的范围就包括顶长里（旧称「顶长短树」）、仕安里（旧称「下长短树」）、平安里（旧称「药店口」）。2010年台南县市合併行政区划改制后村更名为里。2018年，配合台南市府里邻整併计画，顶长、仕安