9年，“第二系统”规划方案被纳入IND系统的规划之中，1939年线网整合计划被提出后，“第二系统”规划覆盖了三个已有的地铁系统。但“第二系统”的线路中，最终只有极少数线路开建。“第二系统”规划了22条线路，全长约，大部分线路位于皇后区。这些线路包括IND第二大道线（原计划延伸至布朗克斯）和沃斯街线（原计划连接），沃斯街线最终没有开建，第二大道线的首段（72街车站至96街车站）在时隔88年后于2017年1月1日开通。“第二系统”也要求新线路的大部分路段位于地下，要求所有站台长度达到，并要求所有交汇处实现立体交