兵变，宗皐上谏言世宗“惇崇宽厚，察纳忠言，勿专以严明为治”而招致世宗大怒，下诏狱，杖四十释放。巡按苏、松、顺天等地。升雁门兵备副使，转陕西参政，迁大理寺少卿。嘉靖二十年，蒙古入侵万全右衞，抵达广昌。顺天巡抚朱方下狱，朝廷举荐郭宗皐为右佥都御史、担任顺天巡抚。因听闻蒙古骑兵四十万欲分道入，奏调京营、山东、河南兵为援。经考察为虚报，因此夺俸一年。改任大同巡抚，与宣府巡抚李仁易镇。升兵部右侍郎，总督宣、大、山西军务。俺答汗率领三万骑兵进攻万全左衞，总兵官陈凤、副总兵林椿与其在鹞儿岭大战，双方杀伤相当，郭宗