后，天启元年（1621年）焚毁，总督朱燮元重建，改名“来凤阁”。清代甲秀楼多次重修。清康熙二十八年（1689年）巡抚田雯重建，并恢复原名。现存建筑是宣统元年（1909年）重建的。2006年5月25日，甲秀楼作为明代古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。
收藏.现楼内石刻、木刻、名人字画收藏甚多。其中贵阳翰林刘韫良所撰长联为一绝，与昆明大观楼长联和成都望江楼长联并称。其文曰：