治十九年（1886年）3月3日，出任文部省编修局长一职。当时日本文部省在文部大臣森有礼支持下，打算改成由文部省统一编辑教科书再廉价供应。但森有礼遭到暗杀后（1889年2月11日），第二任文部大臣榎本武扬 废掉了编修局。之后伊泽修二将工作重心放在（现为东京艺术大学音乐学部）校长与东京盲哑学校（、的前身）校长等职上，并在明治廿三年（1890年）2月创立国家教育社。然而因为有文部省作法有欠统一的发言，与文部次官发生口角，最后离开官界，但仍有东京区会议员及国家教育社的职位。伊泽修二等人成立的国家教育社是研究「为