是为什么与细菌和真核生物对应的嗜极古菌生产的酶经常被用于分子结构的研究。相较于酵素领域的应用，古菌本身在生物科技上的应用就比较少了。产甲烷的古菌是进行厌氧消化，产生生物气体的微生物群体的一部份，是污水处理中重要的一环。在矿石处理中，嗜酸古菌可以用来从矿物中萃取包括金、钴及铜等金属。古菌也是一些潜在有效抗细菌药的来源，已经分析了其中几种的古菌素，一般认为有几百种，特别是由及所产生的。这些古菌素的结构和从细菌产生的抗细菌药不同，所以可能有新的作用方式。此外它们可以创建新的，可以用在古菌分子生物学中。