房新建工程接着在1936年3月展开。国立中央博物院筹备处稍后在4月15日成立理事会，会中拟定通过《国立中央博物院理事会议事细则》和《国立中央博物院各馆组织暂行通则》，由教育部会同中央研究院聘请13名理事，推定蔡元培为理事长，傅斯年为秘书。同年7月，国立历史博物馆所属南迁文物併入国立中央博物院筹备处。存放上海文物在12月17日全数迁入朝天宫地库，并于次年1月1日成立国立北平故宫博物院南京分院，北平和上海两办事处随即撤销。之后因为抗日战争全面爆发，敌机对南京频繁轰炸，国立中央博物院筹备处工程被迫在8月底停工。