赤道几内亚历史可追溯到新石器时代，当时赤道几内亚所居住的原始居民大多为俾格米人，历史相当悠久，后来到十四、十五世纪时，欧洲列强航海技术发达，开始将势力往海外拓展，再加上当时兴盛奴隶贸易和黑奴贸易，使得赤道几内亚也成为海上强国的囊中物。1471年至1472年间，葡萄牙航海家斐南·德·波（）在寻找通往印度的航路过程中发现了斐南多波岛，将其命名为“福尔摩沙”（）。安诺本岛是在10年后发现的，这也为葡西两国奠定对赤道几内亚的殖民前的交通概况基础。赤道几内亚的历史中葡萄牙和西班牙人的统治占绝大部分，留下不少壮烈历史。