爆发后，洪秀柱、王金平、林鸿池、柯建铭等人一度被指控涉嫌渎职。而虽然支持推动《海崃两岸服务贸易协议》，但洪秀柱认为政府和中国国民党应该强化资讯沟通能力。
其他工作.
政党职务.2007年3月，马英九因台北市长特别费案请辞中国国民党主席，洪秀柱宣布与代理主席吴伯雄竞选主席。面对高声望的吴伯雄，知道不会当选的洪秀柱希望借此促进中国国民党民主化。原本中央党部决定严格审查，使得洪秀柱未能达到连署门槛，吴伯雄能同额竞选。但在中央选监小组遭到批评后，同意将连署门槛由「党员