愿接受自治安排的派系于签署协定的隔年1977年离开该组织，并于1984年成立莫洛伊斯兰解放阵线，目前发展为菲律宾规模最大的分离组织。2012年10月时任菲律宾总统艾奎诺三世与摩洛伊斯兰解放阵线签署《邦萨摩洛框架协议》，2018年7月继任总统杜特蒂促成菲律宾国会通过《》，目标是设立邦萨摩洛自治区。2019年1月21日，民答那峨穆斯林自治区、哥打巴托市和举办，压倒性支持成立「棉兰老穆斯林邦萨摩洛自治区」，来取代原本的穆斯林自治区。2019年2月6日北拉瑙省和哥打巴托省的部分城镇也举办了第二阶段公投，其中哥打