府政策摇摆，对于马英九的人格、ECFA的批判也甚至有不少与深绿人士相近，甚至指出陈水扁政府的偏激是国共联手逼出来的，他们政治迫害陈水扁是严重的错误。由南方朔对马政府及ECFA的批评，可见他的偏左背景。
2012年总统大选.2012年总统大选，南方朔转向支持泛绿的蔡英文，并写出「这次大选 我为何挺蔡不挺马」一文刊登于新新闻。他支持蔡英文而不支持马英九的原因为：马英九内政太差，没有自己的核心价值；在两岸关系上，马英九只会用台独恐吓中共、用中共恐吓台湾，其实是不道德的制造出两岸仇恨