设有三庭、二会、二处及二室；1949年1月6日，司法院大法官会议做出对宪法的第一号解释（释字第一号），明示立法委员不得兼任官吏；同年4月，南京司法院的主建物于国共内战中遭焚毁，仅临路的欧式风格大门倖存。
台湾时期.1950年中华民国政府迁往台湾后，司法院也随之迁至台北，于原台湾日治时期的台湾总督府高等法院办公厅舍，与最高法院及台湾台北地方法院合署办公；1980年7月1日，中央政府实施「检审分隶」，将原隶属于司法行政部的高等法院以下各级法院改隶于司法院，而司法行政部改制为「法务部」，