运专线中两座车站在建设时曾采用不同的名称。其中，绍兴北站曾因靠近柯桥而取名绍兴柯桥站。这一名称在互联网上引起了争议。车站最终由铁路部门定名为绍兴北站。余姚北站曾因位于余姚市和慈溪市交界处而起名为余慈站，后定名为余姚北站。2016年12月，位于绍兴市上虞区的上虞北站在经过三年的运营后，站名由上虞北站变更为绍兴东站。
运营.由于杭甬客运专线建成初期，宁波站尚未完工，因而列车停靠宁波东站，至2013年12月28日起改为停靠宁波站。2013年7月1日铁路开通时，宁波至杭州之间共开行37