入宫查问。萧宝夤涕泣声称被控制并不自由，东昏侯笑乃恢复他的爵位，并任荆州刺史。宣德太后临朝时，改封萧宝夤为鄱阳王。
北魏时期.中兴二年（502年），萧衍攻克建康不久，萧宝夤趁防卫松懈，在左右帮助下挖墙出逃，昼伏夜出逃奔到寿阳并被北魏收容。虽然曾因兵败于南朝梁而被废为庶人，但后又被封为齐王，和南阳长公主结婚。不过他一直不忘复兴南齐。河北起义时，他奉命到关中讨平莫折大提、莫折念生在河西的反叛。孝昌三年（527年），进封司空，一度因平叛不力免为庶人，4月，又起复为征西将军、雍州刺史、假车