有早期王敦之乱、苏峻之乱，后期又有孙恩卢循之乱等。东晋也曾多次试图北伐，但由于内部不团结，东晋君主表面上支持北伐，实质害怕连半璧江山都失去，导致北伐毫无建树，只有最后篡晋的刘裕收回部分失地。祖逖本有希望恢复旧土，但他被晋元帝及世家大族挟制，郁郁而终。桓温的北伐则被慕容垂击败。376年，前秦苻坚灭掉代国，统一北方，南北分立之势从此而成。其后苻坚开始率兵南侵。383年，苻坚率约八十七万兵马大幅南侵，东晋宰相谢安力主抗击，派谢石、谢玄率军，在淝水之战大获全胜，苻坚逃回北方。之后苻坚力量衰弱，因此原本统一的