新的总教练为Charlie Manuel，并在2005年11月由Pat Gillick取代Ed Wade担任总经理。Gillick接任以后开始改造球队，除了透过交易补进球员以外，还培养年轻的核心球员，这些球员包括内野手蔡斯·阿特利、莱恩·霍华德、吉米·罗林斯和投手科尔·汉梅尔斯，这些球员也不负众人期待，在2007年帮助费城人队赢得14年来的国家联盟东区冠军，但是在国家联盟分区赛却被科罗拉多落矶以3胜0败给横扫。2007年球季结束以后，透过交易从休士顿太空人队换来布莱德·李吉，培养其成为队上的终结者。