此后，周善培曾经参与护国运动，讨伐袁世凯。护国战争结束后，周善培任大总统黎元洪的顾问，并于1916年11月同李根源、谷钟秀、张耀曾、杨永泰等在北京发起“政学会”，此即“旧政学系”的由来。1922年春，周善培代表段祺瑞南下促成孙中山、张作霖、段祺瑞组成倒直的“三角同盟”。《中华民国史事日志》载，1922年3月20日，“伍朝枢偕张作霖之代表朱庆澜、段祺瑞之代表周善培到香港，邓铿、谢持自广州来晤。”粤军参谋长邓铿，大总统府秘书长谢持都是周善培的学生，他们陪老师周善培刚抵达广州大沙头站，邓铿即遇刺，不久身亡。