仍是成功的，他于所有赛事共出战52场并射入19球。在由体育杂志《踢球者》开展的一项评选中，穆勒被专业人士评选为2009-10赛季最佳新人，并入选了该赛季的德甲最佳阵容。穆勒将他崛起的很大一部分功劳归功于范加尔，这位在阿贾克斯时期便以善于提拔年轻人而着称的荷兰主教练始终给予穆勒在一线队的出场机会，并声称“只要跟随我，穆勒将一直踢下去（）”。作为回报，穆勒把范加尔说成“天才技师”，令球员“每次都能获得提升”。
2010-11赛季.穆勒在2010年世界杯足球赛后签署了另一份续约合同，他在