经与源赖朝反目，赖朝开始追讨义经。1187年，义经投奔奥州藤原秀衡，同年秀衡病殁。1189年藤原泰衡袭杀源义经；同年源赖朝在奥州合战击败藤原泰衡，奥州藤原氏灭亡；源赖朝赴京都，授权大纳言。1192年源赖朝任征夷大将军。1199年，源赖朝去世，子源赖家继为将军，鎌仓幕府实权落入赖朝岳家北条氏之手。1219年三代将军源实朝（赖家弟）被赖家子公晓所刺，身亡；公晓亦被杀。北条氏迎赖朝妹坊门姬的外孙藤原赖家继任征夷大将军。1234年，赖家女竹御所去世，源赖朝的直系血统断绝。1333年，足利高氏与新田义贞起