S细胞在注射入免疫缺陷性个体后，可以生成畸胎瘤，体外悬浮培养的iPS会分化形成类胚体（embryoid body，EB）。但iPS形成嵌合体（chimera）的能力较差，甚至使用iPS细胞产生嵌合体小鼠的尝试曾一度失败。此外，iPS细胞形成的细胞集落是异质性的，一部分iPS细胞集落中的细胞与胚胎干细胞存在较大差异，可从形态和是否表达Dlk1-Dio3等标志物将这个集落区分出来。从形态正常的细胞集落中挑选的iPS细胞的基因表达模式和胚胎干细胞基本相似，但亦存在一定差异。分析表明，一些基因的表达情况在iPS细胞