分离令本意并非是要排斥佛教，不过还是引发了废佛毁释的运动，增上寺由于本身也属神佛共存，因此在1874年以及1909年都遭到排佛主义者的放火与破坏，本堂因此被烧毁两次。同时也因为神佛分离令的影响，寺庙的领地大大的缩小，空出来的部份约20万坪寺领成为现在的芝公园。寺内原本祭祀德川家康寿像的「安国殿」，由于神佛分离令的关系，因此脱离增上寺改名为芝东照宫。明治8年（1875年），增上寺被列为净土宗的大本山，加上有伊藤博文等新的信徒加入，开始了增上寺的复兴建设。大正时代将被烧毁的大殿重建，其他被摧毁的堂宇也开始着