朝鲜半岛流亡至此的百济王善光后人百济王氏所建立。战国时代畠山氏曾在此建立小山城。1615年的大坂夏之阵中，曾在此发生道明寺之战。江户时代此地被分割成多个藩的领地，包括小田原藩、、在此都有领地，其中也有幕府直属领、寺舍领；这些区域在19世纪末明治维新后先后隶属大坂裁判所司农局、大坂府司农局、大坂府南司农局、河内县、堺县、伯太县、沼田县、群马县，直到1872年的第一次府县整併中才全数被整併属于堺县，但在1881年又随着堺县一同被併入大坂府。1889年，日本实施町村制，现在的藤井寺市辖区在当时分属