不彰，亦严重威胁到大坝之安全；集水区内多养猪户，亦导致水质严重劣化。因此为恢复水库原有防洪、供水功能，1997年开始执行「阿公店水库更新工程计画」，1999年腾空，进行大规模库底浚渫，并兴建越域引水路引旗山溪水，增设越域排洪道，将百年以上频率洪水排放于二仁溪，并实施集水区养猪废养；更新计画目前已接近完成，2005年底恢复蓄水，2006年6月重新启用，并在每年六月到九月汛期时实施「排空防淤」措施。
浮力式太阳能发电站.经济部水利署南区水资源局为配合蔡英文政府推动之2025年非核家园政