；某些生理和细胞过程的调控也是通过蛋白质的酶解进行；还有蛋白酶解可以防止不必要的或不正常的蛋白质在细胞中的积累。
蛋白质的转译后修饰.蛋白质生物合成过程中，许多肽链在转译之后的要切除一些片段才能形成有功能的蛋白质。比如N-末端甲硫氨酸的去除，信号肽的去除，无活性的蛋白质原切除前体变为有活性的蛋白质。一些蛋白质最初合成时为前蛋白原（preproprotein），切除一段肽链后成为蛋白原（proprotein），再切除一段肽链后才成为有功能的蛋白质。比如，白蛋白在刚合成时是包含信号肽的