政奉还给天皇，江户时代结束，当时的日本人常常将神道与佛教混为一谈，是为神佛习合，甚至有人认为神道中的神都是佛教的佛、菩萨的化身，号称本地垂迹。明治天皇创立了新政府，开始了明治维新，政府强力鼓吹神道，以强调天皇统治的合理性，因为在日本神话之中，天皇是天照大神的后代。并且为了进一步区分神道与佛教，天皇下了一道神佛分离令。这一来造成了日本佛教遭到排斥与摧毁，虽然原本的神佛分离令本意只是要瓦解神佛习合的现象，并非是要排斥佛教，不过还是引发了废佛毁释的运动。因此一运动，很多佛寺主要供奉的对象都被更换成大物主神