工程”首批建设的41所高校之一。2000年，经教育部批准试办研究生院。2001年，教育部、国家林业局协商决定，与北京林业大学实行共建。2005年，北京林业大学被列为42所具有本科自主选拔录取资格的高校之一。2008年，学校成为国家“优势学科创新平台”建设项目试点高校。2012年，牵头成立中国第一个林业协同创新中心——“林木资源高效培育与利用”协同创新中心。2016年，学校“林木分子设计育种高精尖创新中心”入选北京市第二批高精尖创新中心。2017年，学校入选世界一流学科建设高校行列