陆毒奶事件、 八八水灾2009年9月7日 ，刘兆玄宣布扛起八八水灾的政治责任，内阁总辞。这是因天灾而总辞的首例，学者认为，总辞才能挽回马政府的支持度。
吴敦义.任期：2009年9月10日～2012年2月6日任内重大事件：大埔事件
卸任生涯.卸任后仍持续到民间走访，也还会至二二八纪念碑行礼致意。而在台湾于2020年11月15日被排除于RCEP（区域全面经济伙伴协定）后，马英九针对这些倒马运动则批评