名的伊斯兰艺术可能因此而被摧毁。复原者尝试在保存基督教及伊斯兰文化之间取得平衡。教堂正厅圆顶上的伊斯兰书法是否应移除更引发了争议，因为在书法之下覆盖着基督镶嵌画（假设镶嵌画仍完好）。
争议.
现今用途.土耳其总统穆斯塔法·凯末尔·阿塔图尔克下令把圣索菲亚大教堂变成博物馆，禁止把此处用作宗教礼拜场所。不过在2006年，有报导指土耳其政府允许把圣索菲亚大教堂博物馆的一些小房间用作小型祈祷室，供博物馆职员开放给基督徒及穆斯林使用。
恢复教