家后，黄巩潜心着作。有时粮米断绝，至中午还没有做饭，他仍心情安然。他曾经感叹到：“人生官至公爵，算是富贵了，然而不过三四十年。只有立身行道，方能千年不朽。世人往往故意以此换彼，又为何呢？”
嘉靖年间.明世宗即位后，召任其为南京大理寺丞。其上疏请求稽考古道端正学风，敬顺苍天为民辛劳，取法尧舜，保全君子，辨别小人。第二年，入朝庆贺时候死于顺天府。行人张岳颂扬他的正气，朝廷后追赠大理寺少卿，赐予祭祀，天启初年，追谥忠裕。