庆长5年（1600年）6月，忠兴为了参加家康的会津征伐，于是从丹后率领细川家的军势前往，幽斋与三男幸隆一同以不足5百士兵守备丹后田边城。7月，石田三成等人举兵讨伐家康，身在大坂的忠兴的妻子玉在被包围的屋敷中放火并被家臣协助杀害自己。田边城被小野木重胜、前田茂胜等人率领1万5千人的大军包围，不过幽斋指挥士兵激烈抵抗，攻围军中亦有许多幽斋在歌道的弟子，因此缺乏战意，于是变为长期战（田边城之战）。幽斋的弟子之一的八条宫智仁亲王在7月和8月，两度建议双方讲和，但是幽斋谢絶并继续笼城战。通过使者把『古今集証明状』