国的公爵在英戈尔施塔特创建巴伐利亚公国的第一所大学。1800年，马克西米利安一世将学校由英戈尔施塔特移至兰茨胡特。1802年，马克西米利安一世将学校依其创办人及其自己的名字，更名为「路德维希-马克西米利安大学」。1826年，巴伐利亚王国的路德维希一世将大学迁移至慕尼黑现在的位置。
院系设置.慕尼黑大学现有18个学院，下属包括约150个相关研究系所，以及为医学院实习的诊所。学校的院系命名，随着时间的发展而有所更迭。原先的第六学院林学院已于1999年归入慕尼黑工业大学，第十