学术界是认为隐寓了过去的纠纷。该年由林先坤、刘朝珍的后裔林六吉与刘世远共同记名制作〈褒忠庙记〉，省去了建庙的四大义首之一的王廷昌。1890年代，庙方已为收租上千谷石的大地主。在清治时期结束时，庙地就有39笔之多。
重建前后.乙未战争，1895年春，新埔发生了从台北城逃来的粤籍人士被杀的事件。据庙祝林木潭在1995年3月4日访问所说，有人被吊死在义民庙庙前的老榕树上。该年5月，庙身毁于日军。1898年林百川、林学源等编撰完成的《树杞林志》，讲述了义军参与林爽文事件与建庙的历史，