自己的人类补完计划而对碇源堂把持的NERV总部发动全面攻击。首先操控各国以MAGI备用机试图骇进NERV总部的MAGI一号机，但被赤木律子用666号防护程式成功阻挡。继而挑动日本政府派遣战略自卫队攻入地下都市、抹杀NERV人员。知悉人类补完计划真相的葛城美里要求确保EVA驾驶员的人身安全，于是明日香被安置进EVA贰号机、藏匿于地底湖避难；独自游荡的真嗣身陷危险境地，美里及时出现将其救出。与此同时战略自卫队动用n²武器和大量深水炸弹轰炸地底湖，受到攻击而陷入恐惧的明日香确认到母亲的存在后重新振作起来，操纵着