三年（1864年），新疆各地陆续爆发民变，次年（1865年）叶尔羌参赞大臣武隆额离任。光绪四年（1878年）清军收复回部各城，叶尔羌隶属于“西四城善后总局”。光绪八年（1882年），新疆改行郡县制，叶尔羌地方置莎车直隶州。光绪二十八年（1902年）升为莎车府。
所属区域.清代叶尔羌所属回城、回庄有：伯什恰特、雅哈阿里克、坡斯恰木（今泽普县）、哈尔哈里克（哈尔噶里克）、贝拉、楚鲁克、伯什阿里克、皮什南、托古斯恰特、固璊（今皮山县）、章固雅、萨纳珠（桑珠）、木济、衮得里克、都漥、阿克阿