佔地面积最大的孔子庙。旗山孔子庙在2010年高雄市县市合併前为高雄县境内唯一的孔子庙，于县市合併后与原高雄市左营区孔子庙形成闹双胞的现象，因此目前每年举行的祭孔大典改成两庙轮流举办。
沿革.旗山孔子庙的前身为台湾日治时期兴建的旗山神社，日本二战投降，国民政府接管台湾后，神社建筑遭到破坏。直到1983年由时任高雄县县长蔡明耀推动之下，将旗山神社改建为高雄县孔子庙，历经两年施工其于1985年完工启用。2010年高雄市县市合併后，使得合併后的高雄市拥有原高雄市设立的左营孔子庙，以及原