开支过大，党通局的领导机关和党派调查室留在各级党部内，其他单位名目移编至各政府部门（如国民政府主计处统计局第六、七科、内政部第四处、经济部特种经济调查处），但实际还是由党通局统一指挥。1949年5月，党通局主要职能部分改为内政部调查局，隶属于中华民国行政院内政部，首任局长为季源溥，副局长张益民。国民政府迁往台湾后，内政部调查局于1954年10月改组为司法行政部（今法务部）调查局。后来，该局成为法务部调查局，其职权重点是维护台湾地区安全和打击社会重大犯罪活动。法务部调查局除接受国家安全局委託「政治侦防