细胞质则喷出而被植物吸收。刚被菌丝入侵的兰花细胞通常有大颗的淀粉粒，而已有崩解的菌丝团的细胞则阙如，因此淀粉的分解可能与真菌在兰花根部的拓殖有关。兰花根部被真菌感染的皮质细胞以及邻近细胞内的DNA含量均会增加，造成细胞核体积变大，DNA的增加可能与薄壁细胞的分化有关。许多兰花会合成以控制菌丝入侵的范围，菌丝进入五天后，原球体内的抑菌素与等物质的浓度升高，以避免菌丝进一步入侵植物的其他部位。真菌与植物的互动通常会影响植物激素的合成，或真菌本身可以分泌类似植物激素的物质，至少在一种兰花的兰菌根中，真菌可