疏力争，遭贬官。刘志选对万历帝说：“陛下谪懋桧，使人箝口结舌，蒙蔽耳目，非国家福也”。万历帝大怒，将他贬作福宁州判官。不久，迁任合肥知县。遭贬官回乡，家居长达三十年。明光宗、明熹宗朝，很多因建言得罪的官员都重新启用。刘志选回到朝中后，被任命为南京工部主事，不久升迁为郎中，当时已经七十多岁了。刘志选渴望快速加官进爵，上疏追论“红丸”，极力诋毁孙慎行，称其不道德。这一疏奏正中魏忠贤下怀。魏忠贤窃喜，在天启五年9月，任命刘志选为尚宝少卿。之后，刘志选仍再次弹劾孙慎行。天启六年，出任顺天府府丞。冬季十月时，