时，中共三十九族分工委、昌都地区人民解放委员会第一办事处、中共丁青中心县委也多次派人或致信，劝其停止武装“叛乱”。但呷日本并未接受。1959年3月28日，他被撤销西藏自治区筹备委员会委员职务。1960年11月2日，呷日本在丁青县呷塔地区浆中纳北侧遭中国人民解放军平叛部队俘虏。1964年，呷日本在昌都关押期间自杀身亡。