大坂飞脚.2001年1月，远藤保仁加盟大坂飞脚。2002年，西野朗执教大坂飞脚，远藤保仁开始成为球队主力球员。2003年，远藤保仁首次入选日本职业足球联赛年度最佳阵容。2005年12月3日，日职联赛最后一轮大坂飞脚客场挑战川崎前锋，远藤保仁在比赛第79分钟打入一粒进球，帮助球队最终以4-2的比分战胜对手夺冠。2006年10月，远藤保仁被确诊病毒性感染病毒性肝炎并休战，于2006年12月2日的联赛中复出。2007年11月3日，大坂飞脚在日本联赛杯决赛中击败川崎前锋首次获得