为领主；直到16世纪末，第16代岛主种子岛久时因故被移封，成为岛津家的直属领。1889年后，岛上实施町村制，设立了北种子村、中种子村和南种子村，在多次改制后，成为现在的岛上三个行政区。种子岛在历史上以葡萄牙人于西元1543年曾经来到岛上并传入铁砲（火绳枪）而最为知名，也是日本国历史上开始制作火绳枪的场所，故其称和制的火绳枪为「种子岛铳」。
自治体.构成种子岛的全部1市2町，1986年（昭和61年）10月18日与大坂府堺市结为相互友好都市。互相参与所谓的「鉄砲つながり」、「堺ま