遭到印度尼西亚部队逮捕。阿马拉尔先是送至峇里岛，并在1978年转往雅加达监禁。由于考量其知名度，印度尼西亚政府允许其在住家中实行软禁，这时他结识同样遭到拘禁的沙纳纳·古斯芒。随着印度尼西亚总统苏哈托在1998年宣布辞职后，东帝汶民众于隔年举办的东帝汶独立公投获得压倒性的漂数通过。尽管发生大规模破坏一事，但随着澳洲派遣部队进驻，印度尼西亚政府被迫同年撤离东帝汶。联合国在2000年2月成立联合国东帝汶过渡行政当局后，结束22年监禁生活的阿马拉尔得以返回东帝汶，但之后得知妻子已经失踪、且两名孩子遭到击毙。