六年（189年），汉灵帝死，王允奔丧至洛阳。当时外戚何进掌权，请王允为其从事中郎并参与图谋尽诛宦官。后转河南尹。不久，何进图谋泄露，反被宦官所杀。早前被何进从并州召来的董卓于是趁机进京，并执掌朝政。及后更废掉汉少帝，改立汉献帝。王允此时亦改拜太仆，后守尚书令。初平元年（190年），王允升任司徒，仍守尚书令。此时正值关东诸将发动董卓讨伐战，董卓于是迁都长安，王允于是在董卓焚毁洛阳前收起兰台和石室的藏书秘籍，随献帝西奔，并于长安重建旧秩序，并借此保存经籍。
诛除董卓.董卓此时将长安都交