，入住北京大学未名湖畔的镜春院。他是中国物理学会的创始人之一，几次出任副理事长、理事长。1955年当选为中国科学院数学物理学部学部委员。他也数次为熊大缜案提议平反，有人认为这实际上导致其在文革中受到迫害。
文革至逝世.“文化大革命”开始后，吕正操受到政治迫害。打击者提出当年的熊案，而作为熊大缜导师的叶企孙，在连国民党党员都不是的情况下，被诬蔑为国民党CC系（中统）在清华的核心人物。1967年6月，叶企孙作为“反革命分子”被北大红卫兵揪斗、关押、停发工资，并送往“黑帮劳改队”。叶