到西安事变和平解决、张学良将蒋介石送回南京并被扣留后，杜重远才被解除软禁。
在新疆及遇害.1937年抗日战争爆发后，杜重远奔走各地，为抗日军队筹集武器弹药以及物资，并经常访问八路军太原办事处、八路军西安办事处，先后会见周恩来、彭德怀、徐向前、林伯渠等中共中央领导人。后来，杜重远赴新疆考察，并于1938年在武汉征得周恩来同意后，应盛世才之邀举家迁居新疆，于1939年1月任新疆学院院长。1939年底杜重远被盛世才停职、软禁。1941年5月8日，他被盛世才逮捕，并被以所谓“汉奸”、“阴谋