断绝了关系，投靠丰臣氏。丰臣秀吉下达伴天连追放令后，他仍保护了不少基督徒。后来，有马晴信跟随小西行长，参加了万历朝鲜之役。1600年关原之战中支持西军，但他并没有参战，在得知西军战败之后转而支持东军，并攻击小西行长的居城宇土城，成功保住了领地。德川家康掌权之后，有马晴信成为岛原藩第一代藩主。他继续利用日本官方特许的朱印船往来台湾、吕宋、澳门、占城、交趾、暹罗等地从事船运贸易，并成为鉅富，在日本战国时代的对外关系中，扮演重要的角色。1609年，德川家康任命有马晴信前往台湾探勘地形，并嘱意佔领台湾港