生于维斯瓦河畔的小城托伦，当时这里属于波兰王国皇家普鲁士行省。父亲是从克拉科夫来的商人，母亲是托伦当地商人的女儿，家境宽裕，哥白尼是家中四个孩子里最小的。哥白尼十岁到十二岁间父亲去世，由他的舅父卢卡斯·瓦岑罗德领养。1491年哥白尼进入克拉科夫市亚捷隆大学（当时称克拉科夫大学）学习，在这里他开始对天文学产生兴趣。1496年他赴意大利博洛尼亚大学帕多瓦大学求学，学习数学、天文学、法律、医学等，并接受人文主义思想。1503年在费拉拉大学获得法学博士学位，他舅父提供给他一个在波兰波罗的海边上的弗伦堡的神父位置