殊观察需求的有共聚焦显微镜（又译作共轭焦显微镜）。
电子显微镜.在20世纪初的一种光学显微镜显着替代被开发，利用电子而不利用光线来产生图像。于1931年，恩斯特·鲁斯卡（Ernst Ruska）开始开发第一个电子显微镜-透射电子显微镜（TEM）。透射电子显微镜的工作原理和光学显微镜有相同的原理，但在使用光的地方用电子代替，在使用玻璃透镜的地方用电磁铁代替。使用电子而不是光线允许更高的分辨率。紧接着透射电子显微镜的开发，是在1935年开发的扫描电子显微镜（SEM）。不使用光