之间的战斗开始停滞，但是长政仍然在幸州山城之战中出阵。在和平交渉进行期间，日本军在4月放弃汉城并前往朝鲜半岛南部布阵。在6月攻略朝鲜南部的据点晋州城（第二次晋州城攻防战），长政配下的后藤基次争取先阵而大活跃，此后在南部布阵期间的长政则守备机张城。庆长元年（1596年）9月，日明和平交渉结束，由于秀吉在明使谒见时发现双方的外交担当者欺瞒自己，于是停止和议并命令诸将再次出兵。庆长2年（1597年）7月，长政被元均率领的朝鲜水军攻撃，之后成功反撃并剿灭朝鲜水军（漆川梁海战），日本军从8月开始主要从全罗道进