用鹿儿岛本线的JR货物合资21亿2千万日圆，正式在该年10月31日成立肥萨橙铁道公司。公司总部设于熊本县八代市萩原町1丁目1番地。2004年3月13日，九州新干线启用。JR九州正式将鹿儿岛本线八代～川内段的经营转交肥萨橙铁道公司，而该路段即被命名为「肥萨橙铁道线」开始营运。
股东.採第三部门（非营利法人）方式经营的肥萨橙铁道共拥有10个股东，其中9个是具有官方地位的地方自治体，而唯一的1个民营公司股东则是日本货物铁道。这10个股东分别为：
命名、企业识别标