处以留党察看一年的处分，但卢永根还是坚持自己的观点，不认同米丘林的遗传学说。1961年8月，在北京担任中国农业科学院院长的丁颖需要助手，选择了卢永根担任此职。1962年8月，卢永根赴北京，成为了丁颖的科研助手。卢永根跟随丁颖奔赴全国各地考察，研究各地水稻品种、性状、栽培方法，搜集各地稻种，积累了大量宝贵资料。1964年10月，丁颖因病逝世，卢永根回到华南农学院工作，后面牵头完成了包括水稻光温生态试验研究在内的后续水稻研究工作和项目总结。文化大革命初期，卢永根被批为走资派兼反动学术权威，后来更被下放广东翁