7年中日战争爆发，蔡前往东京以避开总督府，1942年由东京辗转至上海。
二战后.蔡培火可说是少数能活到战后时期且比较没有受到打压的台湾政治人物，这点既不同于早逝的蒋渭水、蔡惠如，也不同于险些身陷囹圄的林献堂，蔡培火于1945年日本投降后立即加入中国国民党，一年后蔡回到台湾，1948年当选行宪后第一届立法委员。1950年蔡培火被行政院院长陈诚聘为政务委员，成为蒋家政权第一位台籍政务委员。1952年担任中华民国红十字会副会长兼台湾省分会会长。1974年蔡从红十字会中拨出新台币20万