事机泄露，吴昆被捕，脱逃后赴日本东京，此后一度主持中国同盟会本部事务。1911年，吴昆参加武昌起义，任汉口军政分府秘书。1912年，吴昆当选为中华民国第一届国会众议员，协助宋教仁筹组国民党，反对袁世凯的专制统治。1917年，吴昆赴广东，随孙中山参加护法运动。1925年孙中山病逝后，吴昆对政治发生厌倦，乃在寓所闲居。抗日战争期间，吴昆一度出任湖北省银行董事。1942年，吴昆逝世。