南海防运到昆明供应大后方。1941年12月，香港沦陷，商务的印刷设备及书籍全部落入日军手中。商务时任总经理王云五当时在重庆，便在重庆设立商务印书馆驻渝办事处及编审处。1943年，商务生产上了轨道，恢复日出一书的传统，还设立了东方图书馆重庆分馆，承担战时大后方文化建设的重要责任。1946年，商务印书馆回迁上海，但规模已大为缩小，职工人数仅为600人。
现状.国共内战结束后，商务印书馆一部留在上海，原留在香港、台湾的分部各自独立。
北京商务印书馆.1949