天启六年（1626年），受魏忠贤所害，入诏狱，被拷打致死，据说死状凄烈，头破血流。与黄尊素同时死难的还有杨涟、左光斗、魏大中、周顺昌、缪昌期、周宗建等人。崇祯帝即位，子黄宗羲怀锥入京伸冤。朝廷为其平反，追赠太仆寺卿，任一子。父黄曰中，亦追赠太仆寺卿。弘光朝，追谥忠端。《明史》有传。
着作.后人辑有《忠端公集》。