在居城奋战时，从府内退走，令岛津军进攻到丰后。天正15年（1587年），秀吉亲自率军进入九州，令岛津氏降伏（九州征伐）。最终保留丰后一国和丰前国宇佐郡半郡，总计37万石。同年4月，因为邻国的丰臣大名黑田孝高强力劝说，与夫人和儿子们一同接受基督教的洗礼，洗礼名是"Constantino"（）。同年6月，因为秀吉的弃教令而弃教。
秀吉时代.天正16年（1588年）2月，为了谒见秀吉而上洛，得到秀吉喜爱，受赐予羽柴、丰臣姓、以及秀吉的偏讳（「吉」字），改名为吉统。此外，叙任从四位