1779年，在特蕾西娅太后的敦促下，及法国和俄国调停下召开特申会议，战争结束，奥地利仅佔领了巴伐利亚领土的一小部分，萨克森得到了赏金，而巴伐利亚则仍然由卡尔·特奥多尔选帝侯继承。1799年2月16日，卡尔·特奥多尔在慕尼黑王宫去世，终年74岁，葬于慕尼黑铁阿提纳教堂。卡尔·特奥多尔死后，普法尔茨-诺伊堡支绝嗣，普法尔茨-茨韦布吕肯支的马克西米利安·约瑟夫成为维特尔斯巴赫家族族长，继承了巴伐利亚选侯和普法尔茨选侯之位。