2000万年前的中新世，为白鱀豚科已知最早的种类。白鱀豚科在齿鲸中相当孤立，与它最亲近的鲸类可能是一个不确定的化石物种“"Lophocetus pappus"”，该物种被归于假定的史前海豚分支肯氏海豚科。
确立过程.在DNA 测序技术未成熟前，学界基于形态学和生态学研究，将世界上几种具长吻、颌中部愈合、眼睛退化等特征的小型齿鲸，归纳为淡水豚类，包括恒河豚、白鱀豚、亚河豚及拉河豚，除拉河豚栖居于海洋外，其他几种淡水豚均生活在淡水里。学界一度认为淡水豚类互为近亲，但对白鱀豚的分类