广泛的争论，反对者主要认为南水北调工程耗资巨大，调水量太少，发挥不了经济效益，也造成水资源污染；调水量过多，枯水期可能会使长江的水量不足，影响长江河道的航运，长江口的咸潮加深，更有可能引发生态危机。
主要争议.2010年初的中国西南大旱，中国水利水电科学研究院水力学所总工及灾害与环境研究中心总工刘树坤对南水北调工程提出了质疑。他认为，西南这次出现百年难遇的干旱，应该对水文资料重新修订，对干旱出现频率，可能性都要重新评估。他认为这些评估的结果都会影响水利调度，重大水利工程何时开始做，