纪后期，秋田城已荒废。在鎌仓时代时，曾是秋田郡的统治者。进入室町时代后，（之后的）以出羽凑（现）为据点，成为秋田郡的统治者。关原之战后，佐竹义宣被转封至出羽国，成为久保田藩的藩主。佐竹义宣最初以秋田氏的居城凑城为本据地，但因凑城面积狭小而于1603年（庆长8年）开始在神明山（现千秋公园）修筑久保田城及城下町，此为秋田城下町历史之始。久保田城直到1631年（宽永8年）才得以竣工，其特征包括几乎没有石垣，大部分由护城河和土垒所环绕，以及自一开始就未兴建天守阁。由于佐竹氏重视文化教育，江户时代的秋田是一座文化气