1920年6月间，他出任巴什基尔革命委员会主席。此时他感到布尔什维克已然背弃诺言，对其不存希望，故此将其基地移至中亚。在土耳其斯坦，他参与领导了该地的反苏联政治运动——巴斯马赤。1920年至1923年他是“土耳其斯坦国家联盟”之主席。1923年，他在伊朗伊斯法罕发现了10世纪学者伊本‧法德兰的手记，之后他迁居土耳其，退出政治生活。1925年起，泽基·瓦利迪·托甘居住于土耳其并成为伊斯坦布尔大学的教授，于1935年取得维也纳大学的哲学博士学位。其后他于1935年至1937年间作为教授任教于波恩大学，于