印度注辇王朝崛起，因贸易上与室利佛逝利益冲突加剧而在11世纪初袭击室利佛逝，使室利佛逝逐步没落，至十三世纪更面临湄南河流域素可泰王国及东爪哇信诃沙里的挑战，最后室利佛逝于十四世纪末亡于满者伯夷。八至十世纪间，爪哇岛上的农业佛教国夏连特拉王国及印度教国马打兰王国在此期间历经繁盛至没落，留下了雄伟的遗迹如夏连特拉的婆罗浮屠及马打兰的巴兰班南，十三世纪末十四世纪初，印度尼西亚历史上的大帝国满者伯夷在东爪哇建立，至加查·玛达（Gajah Mada）统治时期，採行扩张政策，版图包含现今大多数印度尼西亚及部分马来西亚地