花色素苷的分佈.花色素苷存在于细胞液泡内，尤其是花和果的细胞；在叶、茎和根部细胞也偶有发现。在含花色素苷的组织里，花色素苷多数集中在外层的细胞，例如上皮和外周叶肉细胞。花色素苷在大自然最常存在的形式为矢车菊素、翠雀花素、、、和的糖苷。在碳固定过程中生成的碳氢化合物，有大约2%最终转化成植物色素（例如花色素苷）。不是所有的陆生植物都含有花色素苷。在石竹目植物（包括仙人掌，甜菜和苋菜），花色素苷被甜菜根素所取代。有趣的是，花色素苷和甜菜根素从来都不会在同一种植物身上共存。由于它们与