肉进口日本的问题受到争议，所以第3次小泉内阁受到在野党强烈的攻击。2006年8月15日，小泉纯一郎在日本时间早上7时40分前往东京靖国神社参拜，停留约15分钟。以「内阁总理大臣小泉纯一郎」头衔签名，并自费捐赠三万日圆献花费，登上主殿。这项举动随即引起中韩两国强烈不满；新加坡对此事件表示遗憾；澳洲担心此事件会令人感到不快；美国则认爲此事属日本政府内部事务，亚洲各国应採取外交手段合力化解分歧。小泉纯一郎在其总理大臣任内总共6度参拜靖国神社，也就是每年皆有参拜，分别是在2001年8月13日、2002年4月