在自身内部进行自我基因重组等过程（这些过程被称为“Y-Y基因转换”），这种基因重组被认为能维持其稳定性。
高突变率.人类Y染色体由于其特殊存在环境而具有较高的突变概率。Y染色体通过男性的精子传递，而精子在配子发生过程中经过多次细胞分裂，每次细胞分裂都使其累积更高的碱基突变概率。此外，由于精子是被储存在高氧化环境的睾丸中，这亦使Y染色体具有更高突变概率。这两种因素的共同作用使得Y染色体具有比基因组其他部分更高的突变概率， 根据Graves的报道指出，这种概率提高可达4.8倍。 S