中华民国的总统府秘书长、国家安全会议秘书长、各国的州、省政府秘书长，实际上均为该组织的「行政首长」，并非幕僚职务。至于在中华民国的部会、局署、乡镇公所等机关，及大专院校常有主任秘书一职，乍看有点类似秘书长，但其实更类似古代的主簿之类的官职，是为首席的秘书，偏重管理幕僚人员，不见得具有「秘书长」般的权力。
中华人民共和国.中国共产党曾经设立“中共中央秘书长”的职务，负责统筹中共中央的日常工作，向中共中央政治局负责，邓小平和胡耀邦等领导人都出任过这个职务。中华人民共和国中央政府和省