生物较难入侵，使得岛上的生物实现了不同于大陆生物的独自进化过程。然而自明治维新以来，因人类的捕猎和外来生物的入侵，一些珍稀的日本特有种已经灭绝或濒危。日本狼即是典型的例子。日本的森林覆盖面积约有25万平方公里，森林覆盖率约有66%，在已开发国家中仅次于芬兰和瑞典。日本的森林面积中有约13万平方公里是天然林、10万平方公里是人工林，其他属竹林等。天然林中，本州中部的高山及北海道的海拔较高的地区以灌木林为主；北海道和本州北部的森林以针叶林为主；东北地方和本州中部的山地的森林多是落叶林；而本州中部以南的森林则多