以廉政委员会展开内部调查。11月6日，因应海崃两岸关系协会会长陈云林首次访问台湾、并签署经济协议，民主进步党举办「呛马围陈」游行，抗议马英九打压台湾主权。但尽管事先收到情报，游行过程仍爆发严重流血冲突。蔡英文后来将责任归咎到台湾黑社会分子，不过竹联帮、四海帮、松联帮及天道盟四大帮派否认介入。
连任党主席.2009年9月26日，蔡英文担任党主席的第一次选战，是云林县第二选举区举行的立法委员缺额补选，民主进步党提名的刘建国压倒性地大胜。在其有效领导下，该党连续在2009年各式选举、和2