南36线及南36-1线两段路线，一直由蚶寮往南通达七股乡竹港村竹仔港南侧的县道173号路口。但在1976年所公佈的公路整编中，蚶寮以南的路线被改编后的南40线给全数纳编，南35线的路线及里程因为大幅缩短，迄今未变。其后"南40线"的路线又被分拆、整编在南36线及其支线路线之中，所以才再把南40线这个编号移到现在曾文溪堤防边道路的「永乐～檨仔林」路段位置，成为现在所见的路线分佈概况。南35线在这些相关的公路改编过程后，目前终点蚶寮处是连接南36线，详细的路线沿革过程请继续参见本条目「#历史沿革」及「#台南市佳