大黑斑伴随着高海拔的明亮白云。有人认为它们是海王星大气底部的气体通过黑斑来到大气上层、冷却后，形成的甲烷冰晶体云。海王星所释放出的能量是它从太阳那里所获得的能量的2倍，驱动了大气活动。由于云层的底部被内部的强大内热加热，使得海王星的大气十分活跃（比天王星更有生气，而天王星几乎没有多余的能量被释放出）。只要从云层底部至云层顶端的温度略有变化，就会在海王星大气中引起快与大规模的变化。