因为无法阻止魏党开採黄山而辞官，被诬陷削籍。崇祯元年（1628年），朝廷起用石万程为常州知府，当地有额税三千金，旧例归知府所有，他大骂告知者：「称为税但不上贡朝廷就应该归还百姓，算是甚么旧例？」到四年（1631年）因病免官，九年（1636年）再起用为杭州知府，适逢海宁县恶人吴中彦杀人论死，属吏暗中拿出万金贿赂，他笑说：「这计谋曾经用过了，不正法不可。」严厉申请治罪，杭州人因为他不接受贿赂写下《殛豕安民录》。陞任温处道副使，肆虐沿海的海寇张宏铭竟然仰慕他的清望投诚，受降者万余人都哭着拉起他的衣袖，很快因病