兵学校出身的预备士官，即使再为优秀，也只能在正规士官之下。太平洋战争中，高等商船学校出身者战死率远高于海军兵学校出身者，造成了之后海上保安厅（高等商船学校出身者）与海上自卫队（海军兵学校出身者）的不睦。1999年（平成11年）3月23日发生能登半岛沿海不明船事件。由于事态超过海上保安厅的能力，因此海上自卫队首次发动海上警备行动。以此为契机，海上保安厅与海上自卫队针对类似事件拟定「共同对应手册」，并强化双方的情报连络体制，与双方的共同训练，逐渐改善双方关系。海上警备行动时，海上自卫队暂时行使海上保安厅