之后调往澧州，分校考场得人心，升任户部主事、员外郎后很快因病辞官归乡。他年轻时对待父母孝顺，兄长葛遇明在崇祯八年（1635年）在家乡骂贼而死，他入朝后礼部获准抚恤。南明年间葛遇朝和张弘弼、吴国斗、雍鸣鸾、赵明远、许承钦、任弘震、区志远、秦堈、夏时泰、曹玑、陆禹思、张大章、何应璜、方岳朝、周宪申、蔡元宸、陈宗大、赵翼心、盛黄、周伯瑞、张永禧、刘世斗、侯鼎铉、傅如汤、张鼎隅、赵悦心、王泰际、章甫、徐懋贤、倪元善一同在户部共事，担任浙江司郎中，不久投降清朝。再次回乡后他谢绝请谒，尽力协助他人，着有《春秋几鉴》