施引发了一部分武士和公卿贵族的不满。其中，倒幕大将足利尊氏更为不满，他虽然被赐给天皇名字中的尊字，但他想再度开创幕府，结果足利尊氏迫使大觉寺统的后醍醐天皇退位。足利尊氏与失势的持明院统及反对后醍醐天皇的公家势力结合，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，建室町幕府，是为北朝。而后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。南朝在支持他的武家势力的帮助下持续与北朝作战，并利用足利尊氏与足利直义的矛盾，一度在观应扰乱中得势