政院直辖，仅设于外蒙古和西藏，上述两地因为历史文化和地理环境特殊，所以不设省而设「地方」，实行高度自治。
历史.中华民国国民政府一直未能对外蒙古实行完全的统治权，后彻底丧失主权；对西藏则尚能有限施行主权。1946年1月5日，中华民国政府承认蒙古地方独立，双方政府并于2002年互设办事处。2012年5月21日，行政院大陆委员会发表新闻稿，表示「民国35年我国宪法制定公布时，蒙古（俗称外蒙古）独立已为我政府所承认，因此，当时蒙古已非我国宪法第4条所称的『固有之疆域』」，否定外蒙古为中华