丹突吕不部出身。萧合卓开始为突吕不部之吏。统和初年，任南院侍郎。统和十八年（1000年），北院枢密使韩德让推荐他为中丞。统和二十八年（1010年）二月，奉皇太后萧绰之命出使北宋。回国后，为北院枢密副使。开泰三年（1014年），任左夷离毕。萧合卓常在辽圣宗侧近，明习典故，善于占对。开泰五年（1016年）四月，担任北院枢密使。开泰六年（1017年），萧合卓为都统，王继忠为副都统，萧屈烈为都监攻打高丽国兴化军，没有获胜。回国后，求任用的人在门前排队，萧合卓生活与之前没有不同。圣宗知道他清廉，把皇族之女嫁给萧合