隶属台北市政府。1986年，中正纪念堂改隶教育部管理，并完成组织条例立法程序更名为「国立中正纪念堂管理处」。1990年3月发生野百合学运，学生集结于中正纪念堂前广场（今自由广场）静坐，并提出「解散国民大会」、「废除动员戡乱时期临时条款」、「召开国是会议」、以及「政经改革时间表」等四大诉求。2007年3月2日，陈水扁政府时期的教育部将国立中正纪念堂管理处更名为「国立台湾民主纪念馆」，并降为四级机关，该组织条例未依循行政程序送审立法院修法通过，以及教育部卸下中正纪念堂匾额以及牌楼上的「大中至正」字样