干隆三十六年四川大小金川地区再次爆发土司战争，干隆皇帝派出健锐营和火器营前往平叛，是为第二次大小金川之役。干隆四十一年平定两小金川，此后清政府在中国西南实行改土归流政策，以任命制的流官取代世袭的土司，消除了再次发生武装冲突的土壤。干隆四十九年甘肃回族起义，干隆立即下诏派出健锐营，但在健锐营到达之前，起义便被地方部队平息。干隆五十二年台湾天地会首领林爽文率众起义，福建驻军奉命渡海镇压，但数月之间徒有伤亡军事上好无进展，不久干隆皇帝下诏派出健锐营，当年十一月健锐营抵达台湾，次年正月平定林爽文起义军，