12月1日正式开幕，以市有财产委託经营管理採购案之合约形式交由东森媒体集团旗下的「东森巨蛋经营管理股份有限公司」（简称东森巨蛋）经营，东森巨蛋每年缴交台北市政府权利金新台币约一亿七千多万元。东森巨蛋首任董事长是赵怡，最高营运主管是李柏熹，首任体育总监是傅达仁。2006年，邱珮琳接任东森巨蛋第二任董事长，台北小巨蛋租借天数达232天共计116场次之演出。然而，因邱珮琳在电话中说台北小巨蛋是东森集团总裁王令麟搓圆仔汤（围标）而来，并于2007年8月20日遭到检方起诉，目前双方仍在诉讼中。台北市政府于2007