漕运总督的属下有理漕参政、巡漕御史、郎中、监兑、理刑、主事等级别和职掌各不相同的属官。督催有御史、郎中，押运有参政，监兑、理刑管洪、管厂（造船厂），管闸有主事。文官武将及各种官员达270多人；还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万余人。其中规模最大的造船厂位于清江浦。
裁撤.1860年，裁撤南河总督，将漕运总督从淮安府城移驻原南河总督署，15千米外的清江浦。1901年，清朝颁布停漕改折的命令。保留每年从上海海运漕粮一百万石至天津，再改由铁路火车运到北京。 1905年初，由于漕运已停