（1220年），改任太常丞。元光元年（1222年）十一月，为同知集贤院，兼任太常丞。金哀宗正大四年（1227年）十月，孔元措写成《孔氏祖庭广记》一书。天兴元年（1232年）九月初一，孔元措被任命为泰宁军节度使，兖州观察使，兼任太常少卿。次年正月，晋升为光禄大夫，任太常卿。大蒙古国攻占汴京，在耶律楚材建议下，窝阔台命孔元措回到曲阜，依然袭封衍圣公。孔元措回到曲阜，整理失散的礼乐，打下了元朝礼乐制度的基础。元太宗九年（1237年），窝阔台令孔元措重修孔庙，给复守庙一百户。元宪宗元年（1251年）孔元措去世，没有