下设府、厅、州、县。伊犁仍设将军府，但不再统帅全疆的军政事务，政治中心移至迪化。1884年11月16日，户部奏请添设新疆巡抚、布政使各一人，除刘锦棠任巡抚外，又调甘肃布政使任新疆布政使。从此，新疆省正式建立。
中法战争.左宗棠因湘、淮派系之争，以及对陆防海防政策之歧见，与长久相识的李鸿章素来不睦，甚至势同水火。在是否收复新疆的问题上，两人意见就完全相反。1884年6月，左宗棠入北京任军机大臣。时值中法战争，法军孤拔于8月在马尾海战全歼驻扎福建马尾的南洋水师，战局对中国不利。9月