国内战时期受高尔察克指挥，在西伯利亚和中亚作战。1919年6月，阿年科夫的白军败于苏俄红军，逃入中国新疆塔城一带，新疆督军杨增新开始无力制止。1920年5月，阿年科夫再败于红军，被中国地方当局逮捕。1921年1月杨增新解决了阿年科夫残部问题。1924年在英国和日本斡旋下 ，阿年科夫获释。1926年4月，在中国军阀冯玉祥的诱骗下被捕，后移交给苏联内务人民委员部驻华人员并绑架回苏联，1927年8月于塞米伊枪决。