甘迺迪国际机场」以纪念这位先总统；随后，机场的国际航空运输协会机场代码由IDL更新为JFK。1994年启用了塔台，高度为97.84米，合321英尺。1998年开始建设的轻轨机场捷运系统AirTrain JFK于2003年12月17日开通使用，与纽约地铁及长岛铁路相连。
航厦.甘迺迪国际机场设有6个使用中的客运大楼（在2000年头，共有8个客运大楼），包括第一至二、第四至五、第七和第八客运大楼，共有151个闸口。第三和第六客运大楼已在2013年拆卸，但仍未更改客运大楼的号码。