和1595年被委任为西班牙国王腓力二世的史官使他颇有余钱。他像以前一样继续发表论文，其中主要有"De militia romana" (1595) 以及"Lovanium" (1605)，是布拉班特的通史介绍。利普修斯因肝病逝世于鲁汶。许多年后，布鲁塞尔的埃特别克区的Wetstraat的一段被分出，以利普修斯的名字命名。在1990年代，欧盟委员会的新总部落成于该街，而对利普修斯的纪念仍被保留下来：1995年欧盟委员会总部将其大楼命名为尤斯图斯·利普修斯楼。
观点.他的理想公民