籍教职员被投入山东滩县之集中营。由于日德义三国结盟（轴心国），故德国籍教职员未遭迫害。同时辅大主持单位已改为德国圣言会，成员大多为德国籍司铎，故校务如常运作。其他公私立高校或早被关闭，或被伪政府接办，独独辅大孑然屹立，硕果仅存。1942年，辅大教授英千里与员生多人因秘密组织抗日活动被捕入狱。秋天，校方在重压之下被迫新增「日本语言文学系」与「西洋语言文学系德文组」，同时改美术专修科为美术学系。翌年4月，英千里遭严刑逼供而不屈不招，终获释放。1943年秋，辅大师生在日本压迫威胁之下，仍拒绝接受当局之命令