成图则定稿后，在1969年3月施工。竣工前，学生在1957年至1969年间于圣马提亚堂上课。自校舍于1969年9月建成以来，学校的规模不断扩张。校园初年只有12个课室。校方在1974年开办了合共24班上、下午班小一至小六年级。及后在2002年获政府拨出天水围的地皮用作兴建「圣公会天水围灵爱小学」，让原来灵爱小学的下午校学生于新校舍上课。该校在2003年起逐渐过渡至全日制。在2008年正式转为12班全日制班级。至于校服设计方面，圣公会灵爱小学的校服上设计了蓝白衣领；该设计源于学校第三任校长古路明希望每一个