绪八年（1882年），李鸿章筹白银2800两加以重建，并且增加两院。李鸿章的哥哥，湖广总督李瀚章，在享堂挂上了“色正芒寒”的横匾，李鸿章又写了《重修包孝肃公祠记》刻在祠堂后的石头上。20世纪初战火不断，包公祠失修。包河河床淤塞，南岸变成了墓地。中华人民共和国成立后合肥市政府规划在包河附近修建公园，1954年成立了包河公园修建委员会。此后移走了墓地，在两岸进行园林建设，1956年重修了包公祠，并且将岛连上河岸。文化大革命中包公祠遭到严重破坏，多数雕像被毁。1979年以后被重修，1984年合肥市政府开始利用