茵法兰克康拉德家族的一场血腥世仇战役中，巴本堡家族失去了这块封地，被国王收回统治直至973年，奥托二世皇帝将城堡送给了他的表兄巴伐利亚公爵（951年—995年）。1007年，巴伐利亚公爵亨利二世的儿子，神圣罗马帝国的皇帝亨利二世在班贝格建立了天主教主教区，同年又下令建造城市的第一座主教座堂，这座主教座堂先后两次被焚毁，13世纪最后一次重建后保存至今。在16世纪的一次平民反对主教统治的起义失败后，在采邑主教和的统治下，班贝格经历了巴洛克时代的文化发展，此后遭受了多场战争之苦，先后在三十年战争时被瑞典，七年