现了两种毛盖猪笼草的变种：
自然杂交种.以下是已发现的关于毛盖猪笼草的自然杂交种：
沙捞越猪笼草.1993年，J·H·亚当、C·C·威尔科克和M·D·斯温将姆鲁山猪笼草与毛盖猪笼草的自然杂交种描述为沙捞越猪笼草。他们基于笼蔓尾和笼盖上表面外围的丝状附属物将其与姆鲁山猪笼草区分开来。他们还比较了姆鲁山猪笼草与其自然杂交种叶片中酚类化合物的分布。但他们并未具体说明研究植株数量和重复次数的多少。因此也有学者质疑这个自然杂交种的存在。查尔斯·克拉克写道，他们在描述