又任威胜号炮舰、海军闽厦警备司令部副官处长、海军第一舰队司令部参谋等职。1932年7月16日，萨师俊从第一舰队司令部参谋的位置上被调到楚泰号炮舰任舰长，并升为二等海军中校。1933年11月闽变爆发后，萨师俊奉南京国民政府命令前往福建三都澳镇压新成立的中华共和国，在1933年12月至1934年1月间协助中华民国海军及海军陆战队攻占长门、马尾、福州等地。萨师俊在治军方面恩威并重，颇得官兵支持。
调任中山舰.1935年2月，萨师俊被委任代理中山舰舰长一职，成为该舰第十三任舰长，该舰恰巧为