诏恢复傅应祯的官职，任河南道御史。万历帝抵达昌平检查墓道，而蓟镇出现军事警报，傅应祯劝皇上不要去，且上陈边防战备特别详悉；万历帝予以嘉奖回答。不久，他提升为南京大理寺丞。临行前，上奏举荐三十七人。不久因病辞职回家，三年后去世；赠大理寺右少卿。傅应祯同县人刘台同中进士，担任御史，均得罪张居正招致祸患，当地百姓在祠堂一同祭祀他们。