1991年参与创办海南农高投联合开发总公司（万通实业集团前身）。1993年任万通实业集团总裁，董事局副主席。1999年-2005年兼任IDG高技术创业投资基金高级合伙人。王功权作为鼎晖创业投资基金合伙人，作为中概股天使投资者有多次成功案例：他同冯仑、潘石屹、易小迪、刘军、王启富等人常被称为“万通六君子”。
社会事业.2005年，王功权成为“公盟”法律咨询中心研究员。2008年，王功权开始推动教育平权，旨在取消大城市中考和高考的户籍限制。几年间公盟（以及其后的“公民”）