。回国后，奈温一度与日军合作，但自1943年开始，秘密参与组织抗日活动。后与昂山共建缅甸独立军，被称为「缅军之父」。缅甸独立后，1949年1月31日奈温担任缅甸军队总司令、总参谋长。1958年10月至1960年4月间，曾一度任看守内阁政府总理兼国防部长。1960年大选后，任三军总参谋长。
军事政变.1962年3月2日，奈温发动军事政变，宣布缅甸国防军接管政权，推翻吴努，任命自己为缅甸联邦革命委员会主席兼国防部长、参谋总长。同年7月，奈温创建缅甸社会主义纲领党，并任主席。