泵的持续过度表达，对替加环素具有天然耐药性。 另外，一些肠杆菌科细菌可通过核糖体基因的突变（如"rpsJ" ）所产生的核糖体保护蛋白来对替加环素产生耐药性。 
副作用.作为四环素衍生物，替加环素表现出与其他四环素类抗生素相似的副作用。 胃肠道反应是最常见的副作用， 例如轻度或中度的恶心（26％）和呕吐（18％），通常在治疗的前两天发生。 罕见的不良反应（<2％）包括：注射部位肿胀、疼痛和刺激；厌食；黄疸；肝功能障碍；瘙痒；急性胰腺炎和凝血酶原时间增加。