武昌起义期间，孔庚来往于北京、孝感，为革命派传递消息。他还参加了光复山西的活动。1914年，孔庚任中央陆军第九师师长，兼任晋西镇守使，授陆军中将。1916年，任同武将军署参谋长（阎锡山为同武将军）。袁世凯称帝时，孔庚获封三等男。孔庚通电反对袁世凯后，被阎锡山免职。1922年，孔庚任孙中山大元帅大本营参议。陈炯明发动六一六事变后，孔庚任讨逆军中央直属鄂军军长。曹锟贿选后，孔庚任讨贼鄂军总司令。1927年3月，孔庚当选国民政府委员。蒋介石发动四一二事变后，孔庚同汪精卫、邓演达、宋庆龄、董必武等四十人联合通电