进行生化克隆人实验，其好友红丸及真吾发现草薙京失踪与NESTS有关决定参赛找寻京，而八神庵亦秘密暗地里找寻草薙京，故事在此于展开。主角K为了追寻自己的过去，决定背叛组织并参加组织举办的拳皇大赛，他与一同背叛组织的麦克斯（Maxima）及找寻失踪了的草薙京的两人二阶堂红丸及矢吹真吾组成队伍参赛。故事后段，他们击败了组织高层成员古利查力度（Krizalid）知道更多组织隐情，基地爆炸众人及时逃生，古力查力度生死不明。