军撤军后俄军马上重占此城。第二年康熙帝命黑龙江将军萨布素再次围困雅克萨。终于在1689年清俄双方签订了《尼布楚条约》，确认了清朝对于雅克萨的主权。
终归俄国.1858年，俄国东西伯利亚总督穆拉维约夫与清朝黑龙江将军奕山签订了《瑷珲条约》，重新将雅克萨划给俄国。虽然当时清政府并未批准该条约，但两年后在《中俄北京条约》中予以确认。从此雅克萨的主权未再发生变化，并使用“阿尔巴津”一名。