为被定下如此罪名，孔继涑被革职除籍。被革职出宗后，孔继涑潜心研究书法，在其居住的“玉虹楼”上苦练12年。他蒐集历代名家之作，雕成《玉虹楼碑帖》586块，装裱成101册又称为《百一帖》；另着有《国朝名人法帖》。干隆三十三年（1768年）中戊子科举人，候补内阁中书。孔继涑于干隆五十五年十二月二十三日（1791年1月27日）过世，享寿六十五岁；由于无子女，他的同母兄孔继汾的第七子孔广廉被过继给他为嗣。他不被允许葬在孔林，而被葬在曲阜城西十多公里的大柳庄（位于今山东省曲阜市时庄街道）；甚至有传说他的棺材被捆上三道锁