返回台湾再任台湾县学教谕时，见到薛刻本不如谢金銮改本完善，遂将谢金銮改订过的稿件与薛刻本参校合一，于道光元年（1821年）出版增修补刻本，该版本通称为「道光郑补本」。与薛刻本相比，除了编目改动之外，在「学志」、「艺文」、「外编」等部分改动较大。之后在道光卅年（1850年），时任台湾县学教谕薛钖熊又予以增补，是为「道光薛补本」，学者郑喜夫认为该版本是以道光郑补本为底，增加道光年间之资料。又目前国立台湾图书馆藏有嘉庆薛刻本、道光薛补本各一部，美国国会图书馆藏有道光郑补本一部。后来在台湾日治时期，日人林村