后，时局犹乱，创校董事与热心校务人士积极奔走复校事宜。1948年9月以「延平高中补习学校」名义先行复校，并借用西门国小校舍上课。其后曾聘请许多资深知名教授任教，其中包括时任合作金库研究员之前故总统李登辉、故大法官洪逊欣、中央银行故总裁许远东、旅日实业家邱永汉等台籍菁英。学生人数由三百余人扩建到三千多人。1953年（民国四十二年）在现今建国南路校地上建校。初期仅有一栋两层楼的校舍，学校其余三面皆为种稻之水田，故被人戏称为「水上黉宫」（黉，音ㄏㄨㄥˊ，即学校）。初期招生困难，连续五年仅能招收一班，而后扩为三班