加入香港政府，初任审查主任，不久改任二级行政主任，1971年8月转入政务职系工作，1995年1月晋升至局长级。吴荣奎曾在多个决策局和部门服务，近年担任的高层职位包括：副铨敍司(1985年11月至1987年2月)、副工商司(1987年2月至7月)、政府新闻处副处长(1987年7月至1989年3月)、公务员薪俸及服务条件常务委员会秘书长(1989年5月至1991年5月)、行政署长（1991年6月至1994年1月）和宪制事务司(即政制事务局局长，1994年1月至1997年8月)。1997年7月获委任为香港特别