和玛丽亚·马瑟（旧姓「科顿」）的儿子。两位着名的清教徒牧师和分别是他的祖父和外祖父，而「科顿」这个名字便是为了纪念他的外祖父而取的。马瑟年轻时曾就读波士顿拉丁语学校。在马瑟死后，这所学校将他的名字列入了学校的名人堂中。1678年，15岁的马瑟毕业于哈佛学院。在完成他的学士后学业后，他回到波士顿，于他父亲就职的担任助理牧师。1685年，马瑟成为该教堂的本堂牧师。一般认为科顿·马瑟和他父亲因克瑞斯·马瑟之间关系紧张。因克瑞斯曾是的本堂牧师和哈佛学院的校长，他的人生可说是相当成功。尽管科顿再怎么努力，在政