其反应性降低，结构与底物不匹配，进而使其催化活性急剧下降（超过四个数量级）。
趋异演化.尽管各酶的化学性质有上述的差异，很明显某几种超家族的蛋白酶均使用不同的氨基酸作为亲核试剂是趋异演化的结果。这可以从如下的事实推断出：有数种蛋白酶超家族（相同折叠类型）含有运用不同氨基酸作为亲核试剂的家族。这表明在进化史上，三联体中亲核试剂的改变曾屡次发生，尽管这种改变的机制目前还不清楚。在包含运用不同氨基酸作为亲核试剂的蛋白酶的超家族中（例如PA族），各家族的划分是以它们三联体中的亲核试剂为