争议，原署长林芳郁请辞，叶金川接下卫生署长职务，加上SARS时期的表现对时任台北市长的马英九有加分作用，因此被部分媒体称为马英九的政治救火队。
政治经历.
立院冲突事件.2008年10月3日上午，叶金川在立法院接受质询。立法院民进党党团原本要求叶金川来报告毒奶事件相关政策，不过叶金川没有接受邀请，而是去国民党党团参加力挺糕饼业者的记者会，出席国民党立委在立法院为糕饼业者举办的吃面包、喝牛奶活动，希望透过记者会强调政府对毒牛奶採取最严格的标准把关，建立消费者信心