据《》记载，三木就是在滞留河内国饭盛期间（现日本大坂府大东市和四条畷市一带）出生，另一方面《大英百科全书》日本版则指出他是生于摄津国（现日本兵库县东部及大坂府北部）或阿波国（现日本德岛县）。与此同时，《国史大辞典》也主张三木与其父亲是在饭盛受洗，《日本大百科全书》则称三木是在他4至5岁左右时受洗，天主教住吉教会则指出他是与其兄长于永禄11年（1568年）受洗。天正9年（1581年），他入读了在安土城下新建的，天正14年（1586年）8月加入耶稣会，着手开始传教，最初在有马、大村和长崎，在取得成果后转移至京都