大幅变更：院政派势力开始凌驾亲政派之上。迫于形势，近卫基実之后亲政派当轴人物藤原経宗向后白河上皇表示恭顺的姿态并结交院政派人物，至此亲政派日趋瓦解。
禅让.仁安三年二月廿九日（1168年3月30日），在祖父后白河上皇的主导下，六条天皇禅让于叔父宪仁亲王，被尊为六条上皇，其时年仅3岁零3个月，为日本最年幼的上皇。
驾崩.安元二年七月十七日（1176年8月23日），六条上皇驾崩，年仅11岁零8个月。死因据说是罹患痢疾。葬于京都清闲寺陵。