其他食肉动物把产下的龟蛋吃掉而令幼龟数目下跌。渔夫亦有可能在并非有意的情况下以刺网和环网杀死黑瘤地图龟。大部分黑瘤地图龟的栖息地及河流系统保育依然十分脆弱。移动流域水生生态系统恢复计划亦已经实施，以解决22个水生物种对栖息地的需求。其中的一个物种是红腹伪龟（Pseudemys rubriventris），其栖息地的与黑瘤地图龟重叠，因此将有利于黑瘤地图龟的生活。人工繁殖的保护工作也一直是一个项目。已确定圈养繁殖是可行的，在人工饲养下，龟只数量不断增加。但是，目前还不清楚如果将圈养的黑瘤地图龟释放到野