后，他与等人被鎌仓幕府以曾经祈求「关东调伏」为由被捉拿后流放至硫磺岛。鎌仓幕府灭亡后的元弘3年或正庆2年（1333年），文观重返京都后在后醍醐天皇主导的建武新政中获得重用，他在建武元年（1334年）就任东寺大、醍醐，翌年出任和，并且兼任高野山检校和东大寺等职务，后来就任大僧正。这时候已经是里地位最高的文观，其仓库里有大量财产，又收集了大量武器，每次时坐轿，数百名士兵前唿后拥，风头一时无两。南北朝分裂后，他跟从后醍醐天皇前往了吉野，效力于南朝，致力于让观心寺和成为勅愿寺。正平12年或延文2年10月9日（1