尾目分为始蛙亚目、中蛙亚目和新蛙亚目是有点小争议的，更多研究表明，这三种蛙其实不同之处不是十分明确，因为有些特征不仅适用于某一种蛙。新蛙亚目通常下分为五个总科。但这种分类法也是有争议的，因为不同的学者会将同一种蛙分至不同的科。另外，一些科已显示出有并系群的特征，因此将它们分成不同的演化枝，根据血缘造成进化群。这近乎已将近期发现的新蛙亚目蛙的数量加倍。 
科系列表.以下是普遍被许多学者接受列入新蛙亚目的的科系：