洋、水产和地矿三系留在青岛，形成同一所大学包含山东大学济南校区和山东大学青岛校区的办学局面。校长成仿吾，一直担任至1974年。1959年-1960年，山东大学青岛校区整合厦门大学、复旦大学等国内其余海洋科研力量，成立山东海洋学院，后发展成为今天的中国海洋大学。1967年，文革“造反派”将校名改为鲁迅大学，1970年复称山东大学。1970年夏-1973年，学校被山东省革命委员会分为山东大学（包括政治、中文、外文、历史四系和曲阜师范学院，在曲阜办学）、山东农学院（生物学系并入山东农学院，在泰安办学）和山