司副司长后，马馼被任命为国家计生委机关党委副书记、兼纪委书记，开始涉足中共纪检工作。此时，温家宝正以中共中央书记处候补书记、中共中央办公厅主任的身份，兼任中直机关工委书记的职务；在中直机关工委系统中，是马馼的上司。 1995年1月起，马馼出任中共中央国家机关工委委员、纪工委书记；在1997年9月召开的中共十五大上，当选为中纪委常委，同时兼任中央国家机关工委委员、纪工委书记，中央纪委、监察部机关党委书记等职；2002年，连任第十六届中纪委常委；2004年1月，在第十六届中纪委第三次全体会议上，增补为中纪委