制作的本作在发售当初的成绩并不理想。但后来因为游戏杂志频繁地为本作制作特集而令人气不断上昇。一时间二手价格甚至比官方定价更高，想要入手也变得十分困难，在机战迷之间一直称唿本作为「幻之作」。当初有传本作是系列最终作，但因为玩家的强烈希望而令下一作《第4次超级机器人大战》（下称「第4次」）被批准制作，更因此特别制作《超级机器人大战EX》（下称「EX」）以向玩家介绍原创作品《魔装机神赛巴斯塔》的设定。
移植版.1999年， 《第3次》和《第2次》及《EX》一併被移植成《超级机器人大战CO