岛解放令，取消对荷兰人的监视、准许荷兰人在长崎市街活动。1858年根据《日兰通商条约》，商馆长官被任命为外交代表。1859年荷兰人将出岛的商馆关闭。1860年商馆兼荷兰总领事馆，商馆长官成为总领事。出岛在1904年因政府改善海湾而被填平，成为了现今长崎市的一部份，原有出岛的范围部分成为道路，部分仍面河。
现况及将来.1996年长崎市政府出支170亿日圆，开始进行重建出岛的工程。第一期工程在2000年完成，第二期工程在2006年完成，预计在2010年为止，在岛上加上堀，回复扇形轮