反乱军首领马兴怀后投降。萧惠基被召还建康，担任太子中舍人。出任武陵郡内史，后为中书黄门郎。萧惠基善写隶书、下围棋，萧道成得知后与他交好。元徽二年（474年），桂阳王刘休范反乱，萧惠基姐姐是刘休范的王妃，萧惠基在萧道成属下为军副，跟随讨伐反乱。后出任豫章郡太守。召还朝廷任吏部郎，转任兼侍中。昇明元年（477年），袁粲、刘秉起兵，萧惠基之妹嫁给刘秉，萧惠基在侍中省宿直，萧道成派遣王敬则探查他的意向。发现萧惠基和刘秉没有往来，萧道成更加重用萧惠基。沈攸之之乱，萧惠基加号辅国将军，驻屯新亭。昇明二年（478年）