塔城移至伊犁河谷。1755年，清朝发兵攻打准噶尔部。1759年清朝统一西域后，期间阿尔泰划归科布多参赞大臣辖制，干隆二十五年（1760年）设伊犁办事大臣。1762年在伊犁设立了总统伊犁等处将军，作为当时新疆最高行政和军事长官，统辖天山南北各路。其中惠远城为伊犁将军驻地，也是当时新疆政治、军事中心。光绪十年（1884年），新疆建省，伊犁将军仅管伊塔军政。光绪十四年（1888年），伊塔道设立，下设伊犁府、塔城直隶厅和精河直隶厅，军政、民政分治。光绪三十年（1904年），科阿分治，阿尔泰地方设科布多帮办大臣。