湾原住民若罹病或意外受伤，两社的部落头目就会派遣原住民兵士前来驻点医疗所找他。因为医疗服务所通常距离部落所再山区仍有一段距离，井上通常需要徒步前往原住民部落中才能进行医治。在几年期间，他利用这种方式，于在两社部落中治癒不少病人与伤患。1917年，他因身染疟疾不得不转送回日本。1918年时，井上在日本提到：「那一年(1918)秋天起全世界流行起恶性感冒(流感)，许多人都罹患上，甚至死了不少人，很不幸地，一家五口也全病倒。经过了一个多月，虽然稍有起色，但长年来适应了台湾的温暖气候，以致于对于寒冷全没抵抗力，所以