在大峡谷内。大峡谷景区内常见的草类有白花老鹳草、地榆、早熟禾、唐松草、草莓、石生悬钩子等。除此之外，车前、雪莲花、甘草、大黄橐吾、草麻黄等野生中草药也多生长在天山大峡谷的亚高山带和中山带以及灌木草原带之中。新疆天山大峡谷有5目，15科，26属，81种已知地衣。共4属17科，为优势科。地衣为优势属，共12种。其次为10种、8种。天山大峡谷也是很多野生动物的家园，包括32种兽类，144种鸟类，181种嵴椎动物。其中国家一级保护动物有雪豹、北山羊、金雕等6种。国家二级保护动物有马鹿、盘羊、草原雕、兀鹫等24种。