四年刊成后，至干隆四十年，清高宗因其中有关元时人名、地名对音讹舛，译字鄙俚，谕令改订，并就原版扣算字数刊正。四十二年，又因《本纪》中发现其他疏略，不足以资论定。谕令补纂，成《本纪》二十四卷。当时重刊后迄未颁行，外间流传绝少，民国二十一年（1932年）故宫博物院始有影印本。当时《志》、《表》、《列传》改定之本，邵懿辰在方略馆见到时，即已不全。
体例.《明史》共三百三十六卷，卷一至卷二四为本纪，卷二五至卷九九为志，卷一〇〇至卷一一二为表，卷一一三至卷三三二为列传，规模仅次于《宋史》。