以见到广大的做为房总半岛内陆部特征之房总丘陵森林。市的主要河川小柜川在县内仅次于利根川总长度88㎞。小柜川贯穿君津市、袖浦市、木更津市等3市，在市内由东部往北部流入东京湾。在小柜川河口附近形成有1,400公顷的盘洲干潟。市内没有特别高的山，最高的地点标高200m。市区位于木更津地区，木更津地区是市役所、警察署、图书馆等公共设施的集中地，也存在做为市之玄关的木更津站与木更津港。木更津站位于自市役所起东北约1.2km位置上，木更津站以西约1.0km的位置便是指定为重要港湾的木更津港。在1997年以前