拔李圆通为参军事。杨坚在北周为相，李圆通被封为怀昌男。后任帅都督，进爵新安子。北周诸王惧怕杨坚，想要发现杨坚的破绽，以图对他不利。李圆通严加保护，杨坚数度免除危险。杨坚非常感谢，让李圆通参与政事。李圆通担任相国外兵曹，兼左亲信军。不久，拜为上仪同。581年，杨坚建立隋朝，李圆通任内史侍郎，兼左卫长史，进爵为伯。历任左庶子、右庶子、给事黄门侍郎、尚书左丞，兼任刑部尚书。深受文帝杨坚信任。后来担任尚书左丞，兼左翊卫骠骑将军。攻打南朝陈，李圆通为行军总管在杨素属下进军信州道，因功受位大将军，进万安县侯，担任扬