时代初期1633年被封给原领有8,000石的旗本，永井直清也因此领有石高增至1万2,000石成为大名，并将其居所定于长冈（位于现在的长冈京市），建立长冈阵屋，也因此成立了，但在1649年其被转封至后，乙训郡成为分属皇室、公家、幕府及相关人员的领地。明治维新后，于1868年被划入新设立的京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「乙训郡」，郡役所设于向日町（位于现在的向日市）。