于每年清明节举行中枢与台湾省各界遥祭黄帝陵典礼，初由台湾省政府办理，并由总统遣内政部部长代表主祭，假台北市国民革命忠烈祠举行。至民国六十九年（1980年）改由内政部主办中枢遥祭黄帝陵典礼。惟民国九十八年（2009年）与民国一零一年（2012年）清明节由马英九总统亲临主祭，五院代表陪祭，中央各部会派员与祭。2017年，内政部以展现台湾主体性及多元文化为由，取消遥祭黄帝陵仪式。