谈、删除片段，以及多项纪录短片。环球影业也有发行《神鬼认证：神鬼疑云》DVD第二版本，于2005年1月24日发行，单一宽萤幕版本，内容与R1版本无异，在于发行区域的不同。短片标题有：《神鬼认证：神鬼疑云》的HD DVD版本则于2006年5月23日由环球影业发行，为单片2.35:1宽萤幕比例版本。环球影业也另外发行R2版本的扩编版本，宽萤幕2.35:1比例以及Dolby Digital 5.1音效选项，于2006年7月30日发行。DVD的版本另外还有一个替代结局，主要是包恩在会面了尼斯基的女儿之后，于莫斯