牧师根据当地人的传说，推测他们是来自东南海域的马来人后代，经航海来到台湾。最初他们与泰雅族混居，后因发生纠纷，猴猴族迁移到南方澳地区，又遭逢疟疾。在马偕牧师时代，只剩下11户。台湾语言学家李壬癸主张猴猴族在公元前200年从东南亚迁移到马绍尔群岛和加罗林群岛，并在公元1000年左右到达台湾东海岸。
文化.
丧葬.葬亡故者的方式是在地上挖洞，亡者坐着，旁边放着他的器具、菸草和菸斗。当墓穴快要盖满时，所有家属要立刻奔跑回去家中哭泣。
猎首.