ir.剧情承接电视版第二十四话。碇真嗣因为杀了渚薰而产生罪恶感，去病房找明日香寻求慰借，但失去意识的明日香无法回应。无助的真嗣对着明日香自慰后陷入自我厌恶。另一方面，最后的使徒（渚薰）被消灭后，SEELE为了推行自己的人类补完计划而对碇源堂把持的NERV总部发动全面攻击。首先操控各国以MAGI备用机试图骇进NERV总部的MAGI一号机，但被赤木律子用666号防护程式成功阻挡。继而挑动日本政府派遣战略自卫队攻入地下都市、抹杀NERV人员。知悉人类补完计划真相的葛城美里要求确保EVA驾驶员的人身安全，于