2019新型冠状病毒影响，由1月30日起所有城际直通车服务暂停，随后2月4日罗湖站及落马洲站关闭，令东铁线服务不受直通车影响，班次不稳或繁忙时间拖卡问题暂时得以舒缓。
安全问题.东铁线沿线大部分均为地面路段，而且是唯一未有设置月台幕门或月台闸门的路线，因此不时出现跳轨自杀事件，或有乘客非法横过路轨前往对面月台，导致列车服务受阻。过去九广铁路仍未电气化前，由于那时的柴油火车速度慢而且班次疏，很多人会直接横过路轨，虽然九广铁路局已在路轨旁竖立警告牌，警告市民切勿贪一时之便在路轨上行