向幕採用由发光二极管（LED）组成的方向幕，行驶时交替显示列车种类和座位级别（自由座位或对号座位）。这种显示方式后来成为JR东日本新干线车辆的标准。2003年至2004年，JR东日本对所有E1系车辆进行更新工程。内部除了更新车厢装潢外，也换上E2系1000番台（绿色车厢）和E4系（普通车厢）使用的座椅。此外，还将灰色系为主的涂装换成E4系白色和蓝色为主的涂装，中间彩带则採用朱鹭色，并在车身的Max标志中加入朱鹭的图案。首列完成更新工程的列车于2003年11月28日重新投入服务。更新后的E1系在经过几