6月左右的梅雨和7～9月的台风常常在本地区引起洪水灾害。
水系.里下河地区在黄河夺淮期间，是黄、淮洪水走廊。经过多年治理，里下河地区逐渐成为相对独立封闭的水系。里下河腹部地区老河网纵横交错，通过改造，如今形成了以射阳河、新洋港、黄沙港和斗龙港四港自排入海为主的自流排水体系。