建明孝陵，于洪武十四年（1381年）将原寺移到灵谷寺现址，命名为“灵谷禅寺”。当时灵谷寺规模很大，占地500余亩，但是建筑大多毁于清朝咸丰同治年间清军与太平军的兵火，虽然同治年间寺院得以重建，规模已大不如前。1928年，国民政府在灵谷寺原址建设国民革命军阵亡将士公墓，原灵谷寺则迁至东侧同治六年所建的龙神庙。1949年中华人民共和国成立后，这一带被改为“灵谷公园”。灵谷寺有建于明洪武十四年，用砖石砌成的无量殿（又称无梁殿）；还有灵谷塔和三绝碑等胜境；玄奘纪念堂中供奉玄奘法师坐像，像前的玄奘法师顶骨纪念塔中