永历二年（1648年）永历逃至南宁，四月初二丙午，王皇后生皇太子朱慈炫。清兵攻桂林，皇后用簪珥资助将士。马吉翔和庞天寿为了讨好孙可望，想要废黜皇后，被永历帝否决。永历三年（1649年）五月庚午，生沅哀王朱慈。永历八年（1654年）九月廿六，生沔殇王朱慈熠。永历十三年（1659年）正月，永历帝逃亡缅甸，皇后染疾。缅甸为讨好清朝，永历十六年（1662年）二月发动咒水之难，将永历帝献给平西王吴三桂。在被清军押解的途中，王皇后与马太后自相扼喉而死，东宁上谥号为孝刚敏肃哲慎正和应天顺圣匡皇后。