还宫。居住数日后，朱棣了解了所有事情，于是削汉王的两个护卫营，并安置其到乐安。次年，晋升他为翰林学士，兼任旧职。永乐十九年，改为左春坊大学士，兼任翰林学士。次年，因为辅导太子有失职被连坐，下锦衣卫狱，十天后即得释。
洪熙年间.明仁宗即位后，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士。当时仁宗在内阁时，蹇义、夏原吉奏事未退，其远望见杨士奇，于是对两人说：“新上任的华盖殿大学士来了，必定有正直之言，我们不妨都听下。”杨士奇进言道：“皇上两日前刚下诏减免岁供，但惜薪司又征枣八十万斤，这与前诏相矛盾