四月，曾为权阉魏忠贤建生祠于蕃育署。明崇祯十七年（清顺治元年，1644年），清军入关，李若琳与冯铨、孙之獬等，率先剃发，起原官，累迁詹事府少詹事，兼国子监祭酒。詹事府裁撤之后，改翰林院侍读学士，兼祭酒如故。顺治二年（1645年），请更定孔子神牌，恢复元朝制度，称“大成至圣文宣王”，下礼部议，定称“大成至圣先师”。再迁礼部侍郎。顺治五年（1648年），进礼部尚书，次年，加太子太保。顺治七年（1650年），多尔衮死。次年，顺治帝开始审定各部汉官，大学士冯铨被勒令致仕，李若琳因与冯铨“交结亲密，朋比为奸”，革