。1992年波士尼亚战争开始后，加入克罗地亚民主共同体。1993年8月，担任黑塞哥-波斯尼亚克罗地亚共和国司法部长。1994年4月，担任黑塞哥-波斯尼亚克罗地亚共和国总统。1995年11月，他参加了《岱顿协定》谈判，反对协议将过去克族居民占多数的波萨维纳州的一半划归塞族。但最终波黑穆克联邦议会通过决议，授权祖巴克代表联邦出席协定的签字仪式。1996年9月，当选波黑战后第一届主席团成员，代表克族。1998年6月，克罗地亚民主共同体发生分裂，祖巴克带领一批成员另立新党（新克罗地亚倡议）。该党更加强调波黑