雄捷运弊案重挫民主进步党县市长选情，民进党在县市长选举中仅在南台湾当选六席县市首长的因素之一。2006年5月，邱毅揭露陈水扁的女婿赵建铭涉及台开弊案，在日式高级料理餐厅「三井」获取不法内线消息，并进行非法内线交易。赵于同年5月24日遭台北地方法院裁定收押至台北看守所，由于总统府声明与赵建铭发言被检调单位的证据拆穿，重挫陈水扁总统声誉及第一家庭的信用，导致2006年6月以国民党及亲民党为首的在野党于立法院推动罢免陈水扁议案。邱毅两度于2006年10月3日及10月10日参加反贪腐倒扁集会，要求陈水扁下台，但