新疆维吾尔自治区成立，新疆省高级人民法院随之更名为新疆维吾尔自治区高级人民法院。到2011年，新疆维吾尔自治区共设有法院157个（其中地方法院114个、兵团法院43个），其中高级人民法院1个（即新疆维吾尔自治区高级人民法院），高级人民法院分院2个（兵团分院、伊犁州分院），中级人民法院27个（地方14个、兵团13个），基层人民法院127个（地方98个、兵团29个）。新疆维吾尔自治区各级法院共有干警10006人（地方法院8894人、兵团法院1112人），其中法官5273人，年平均受理案件约30万件。