05年，连接长崎港两岸的女神大桥竣工，使得长崎市南部和西部之间可直接往来，不再需要绕道长崎市中心。长崎市有开往县内佐世保市等地和九州各主要城市、京坂神的高速巴士运行，其中又以由运行的往来于福冈市和长崎市之间的班次最多。长崎市内的巴士路线则主要由和运行。长崎港是九州的重要港口之一，2014年度有超过10000艘船舶入港。长崎港的客运航线以长崎市和长崎县各离岛间的航线为主。长崎港也是一座观光港，2016年的邮轮停靠次数近200次。长崎市辖区内没有机场，距离长崎市最近的机场是位于大村市的长崎机场，两地之间有巴士直