后，庞迪我与熊三拔同奏请旨，让利玛窦安葬于北京城外。在1602年，庞迪我给西班牙托莱多总教区总主教路易士·德古斯曼写了一封长信，介绍了一些中国情况，并纠正了门多萨《大中华帝国史》一书中的一些错误。1611年，庞迪我与熊三拔奉旨修历，但1616年发生南京教案，庞迪我等辩解无效，被遣逐回澳门，不久即病死。庞迪我善音乐，并曾为中国皇帝明神宗绘有四大洲地图，每图周围并附有解说，略述各地历史、地理、政治和产物。