政党轮替，于会刊内可见，许多成员皆表示欢喜，且在其创会十週年会员大会声明中表示，彼时总统大选，台湾教授协会将关注焦点置于「两岸关系」上，陈吕配主张两岸爲互不隶属的国与国关系，所有改变皆需要台湾人民的同意。协会认爲，三组候选人的立场皆与中国所主张的「一个中国三段论」有差距，最后又以距离最远的陈吕配当选，此爲大大拉开了两岸关系的空间。此时协会对「一中政策」的讨论，认爲：一、中华民国若是主权独立的国家就不能导向「一中」；二、「宪法一中」是开历史的倒车；三、接受「一中」主张无助于挽救经济衰退。协会此时期也时常拜