供奉文殊师利菩萨，称为文殊殿。1977年东初老人圆寂后，由圣严法师接掌管理时，常住众仅有四人。寺院周围遍佈菜园、竹林，平日常住众多亲手种植菜蔬，以供寺内食用。1978年，时任住持的圣严法师开始于寺中举办週日讲经法会；同年4月，农禅寺借予场地给原设在新竹市福严精舍的「美国佛教会」驻台译经院使用。1979年开始成立「禅坐会」；同年8月成立了「三学研修院」，成员即译经院原有成员与禅七学员，共十位。该院进一步发展为「僧团」，而初期僧团运作的所在地即是在农禅寺。1982年开始成立「念佛会」，週週举办共修，