水期利用船舶运输，冰封期利用汽车运输。2016年统计，进出口货运量最多的河港口岸是江苏张家港水运口岸，全年运量76,256,569吨，其次是江苏太仓水运口岸62,180,070吨、江苏南通水运口岸51,403,683吨。出入境人员最多的口岸是广东中山水运口岸，达1,339,634人次，其次是黑龙江黑河水运口岸718,521人次、广东顺德水运口岸632,295人次。出入境运输工具最多的口岸是广东中山水运口岸，达20,071艘次，其次是广东顺德水运口岸10,819艘次、黑龙江黑河水运口岸8,523艘次，此外