不幸死于战场上，卡加梅因此成为新任指挥官。1993年，爱国阵线已控制卢旺达大部分地区，并和卢旺达政府达成。1994年，时任总统朱韦纳尔·哈比亚利马纳在搭乘专机准备降落于基加利机场时，被不明分子发射地对空飞弹，成为卢旺达大屠杀的导火线。据统计，大屠杀期间胡图族激进分子共造成了80万至100万人死亡，受害者主要为图西族人和温和派胡图族人。此一惨剧迫使卡加梅重启内战，并于最后透过军事手段取得胜利。任职副总统期间，卡加梅同时掌握军权并维持法治和社会秩序，以利政府内其他官员协助国家的重建。于此同时，一些爱国阵线士