有两个收费广场，分别位于青屿干线大屿山及马湾入口，以收取青屿干线的通行费用，惟已于2020年12月27日起免收青屿干线的通行费用，因此只保留马湾西行入口，以供管制区人员检查前往马湾之获许可车辆。
管理.青马管制区的设立是为确保青屿干线及其邻近的道路网络交通畅顺及安全，而管制区本身实为公众道路。现时青马管制区由私营管理承办商交通基建管理合约有限公司负责管理、营运和维修。青马管制区行政大楼设于青衣西北交汇处旁边，为一座楼高6层的建筑。管制区装设了全面及高度自动化的交通管制及监察系统