（明洪武五年），明信国公汤和经略海上，以「澎湖岛民，叛服难信」为由，提议驱回中国本土。并率大军将其居民驱赶离开，迁至漳州、泉州。1387年（明洪武二十年），撤澎湖寨巡检司。《读史方舆记要》载：「二十一年，尽徙屿民，废巡司而墟其地。」1392年（明洪武二十五年九月），置漳泉道。1563年（明嘉靖四十二年），复置澎湖寨巡检司。1604年8月7日（明万历三十二年），荷兰东印度公司司令官打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，率两艘船佔领澎湖。160