1962年，瓦尔达尔河爆发洪水。1963年又发生了芮氏规模6.1级地震，斯科普里受到了重创，超过1,000人遇难、120,000人无家可归。另外，众多文化设施都遭到严重损坏。在大规模的国际志愿的帮助下，斯科普里得到了复兴，然而也有许多古老的颇具魅力的新古典主义建筑物就此失去。新的城市规划是由当时活跃在第一线的日本人建筑家及城市规划家丹下健三计划。爲了纪念遇难者，在地震中受损的斯科普里旧火车站改为斯科普里博物馆并保存至今。斯科普里市中心历史可追溯至19世纪至18世纪的一些新古典主义建筑物，如国立剧场和众多