邺城南进时，郭子仪因不知萧华是否忠于朝廷，担心他再被燕军所获，召他到相州行营，上表奏请由崔光远代替他，十二月获准并执行。很快，在和史思明的对战中，唐军溃败，萧华回到长安。由于曾为燕军任职，他被降职为试秘书少监，作表谢恩。干元三年（760年）二月，又升为尚书右丞。他曾在朝上说：起初燕官员听闻朝廷宣诏赦免陈希烈等胁从官并令复位，都后悔没早日归朝，但听闻陈希烈被处死后，都自以为得计，没有敢归朝的了，燕军将吏愈发坚定，兵祸不解，这都是三司使崔器议刑过重的责任。肃宗也感慨为崔器所误。四月，萧华又任河中尹、兼御史中丞，