内丹与符箓的结合产生了新的符箓道派。南宋时期道教则更活跃于民间，并且和南方的巫术相结合，充实自己的理论和方法，并且形成了三山符箓为代表的正一符箓道派。蒙古崛起后，道教在组织发展上非常兴盛，并且各大道派逐渐合流，形成了正一道和全真道两大道派。全真道的丘处机由于受到成吉思汗等早期帝王的赏识，全真道得到了新生的发展。但是到了李志常掌教后期，由于元朝统治者袒护佛教，全真道许多道经被焚毁，道士被迫还俗，受到严重打击。
明清.明清时期，虽然有少数皇帝沈迷于道教，但由于政治因素以及道教更为世