出阵。于九州征伐中，代替因为眼病而不能出阵的忠政担任森军的总大将（『森家先代实录』。不过亦有文献记载，是因为秀吉认为出战经验尚浅的忠政出阵会相当危险，于是邀请为忠担任阵代），与伴惟利等甲贺众一同向九州出阵，进攻岩山城、户代城、山崎城、根城坂城等城池。庆长5年（1600年），森氏被移封至信浓国川中岛后，再次成为饭山城城代并领有8千石，同年，因为各务元正死去而成为家中第一家老。庆长8年（1603年），森氏移封至美作国津山藩后，井户宇右卫门和名古屋山三郎发生冲突，最后2人死亡，井户一门因为忠政的指示而被肃清。