形成丙酮酸后进入粒线体，在此借由丙酮酸羧化酶将丙酮酸转化形成草醯乙酸。如此一来，乙醯辅酶A由粒线体移往细胞质的过程会形成一分子的NADH。整体看来，此反应为自发性反应，简化如下：合成胺基酸有六种必需胺基酸和三种非必需胺基酸的合成需要草醯乙酸以及丙酮酸。天冬氨酸以及丙氨酸是由草醯乙酸以及丙酮酸所形成，而天冬氨酸和丙氨酸又可以借由谷氨酸转胺基形成天冬醯胺、甲硫胺酸、赖氨酸以及苏氨酸，如果没有草醯乙酸的参与，将不会有上述几种胺基酸被合成出来。合成草酸借由草醯乙酸酶水解草醯乙酸可以获得草酸：