。随后1799-1804年的法兰西执政府，富歇有效的击溃对波拿巴的反抗。 富歇用心缓和拿破崙的更随心所欲的行动，有时他甚至赢得保皇党的感激。 富歇安排逃脱，而成为揭露了不切实际阴谋的首席代理。他对1800年10月10日的的行动是同样娴熟，警察的"密探"被认为已经扮演了阴谋的角色。 首席的“阴谋家”很容易被诱捕并处决，当1800年12月后，波拿巴採取严厉行动。这个企图严重得多，阴谋者引爆炸弹就第一执政波拿巴马车附近，造成旁观者的灾难，很快的富歇认为是保皇党的密谋。当波拿巴表明自己的渴望怪罪势力依然强