慈济」，医灵神庙因而改称「慈济庙」。淳祐元年（1241年），下诏将「庙」改为「宫」，因而有「慈济宫」之名。清初迁界，白礁慈济宫受到波及，前殿全毁。嘉庆四年（1799年）重修，十四年（1809年）再修，但因经费问题所以只修了拜亭。后来因有福建水师提督王得禄之支持，次年（1810年）进行较大规模的整修。但这几次的重修并未修复前殿。嘉庆廿一年（1816年）重修时，今台湾台南市学甲区一带的信众曾奉献今前殿门廊六根蟠龙石柱与中殿第一排的四根蟠龙石柱。清同治九年（1870年）白礁慈济宫因蛀虫而几乎倾颓信众们于是