埃默里学院关闭，所有学生被征入南方军队。1863年后半年战火到达乔治亚，学院被用作医院，后来成为联邦军的一个总部。学院培养了许多参战军官，其中包括几乎参加所有东部战场大战役的乔治·安德森将军。35名学院学生在战争里丧生，校园的大部分被战火摧毁。在美国重建时期里埃默里学院和整个美国东南部一样蒙受经济危境。1880年埃默里学院校长阿提克斯·格林·海伍德在一次演讲里表示赞同废除美国奴隶制度。这次演讲引起了一名纽约银行家的注意。他给埃默里学院捐献了5000美元抵债，50000美元重建校园，75000美元设立一个