归到高平郗氏的郗愔，但时已为大司马、都督中外诸军事、扬州牧的桓温其实一直都觊觎将京口兵强悍的战力，常称「京口酒可饮，兵可用」，作为桓温幕僚的郗愔子郗超就在太和四年（369年）桓温第三次北伐时伪作父亲书信将徐兖二州军府交予桓温。包括桓温第三次北伐大败予前燕，历次有京口军参与之北伐皆以失败告终，京口军力在接连战事中因战死或溃败逃散而损耗甚大，需时恢复，故在桓温北伐后接着的一段时间都缺乏事迹。但桓温控制京口亦令其得以进执朝权，甚至废黜晋废帝改立晋简文帝，图谋篡夺皇位。桓温的野心在谢安、王坦之、王彪之等门阀士族