九号断层埋深600～700米，长465米，其中165米为强烈挤压带，泥灰岩及断层泥贯穿于灰岩溶蚀及泥灰岩中，界面纷多，密集穿插，是隧道建设的难关，甚至到运营时依然是隧道的隐患。1985年12月，时任国务院副总理万里就九号断层问题，邀请地质矿产部、水利电力部协同铁道部多位专家前往现场勘察。1986年4月，设计、施工、建设、科研与有关院校47人组成技术攻关组，下设“地质预报预探、开挖方案、注浆堵水、支护衬砌、围岩变形量测”五个专业。1986年10月，施工进入九号断层；彼时，施工现场围岩极为破碎，涌水每昼夜4