代托木斯克州的版图上。托木斯克州的版图发展于十六世纪末到十七世纪初。州的旧居住点、行政中心为纳林姆(Нарым)乡镇(较早的城市)，建于1596年。托木斯克州新的行政中心为托木斯克(Томск)，建于1604年。从1719年到1804年隶属于托博尔斯克省。在1782年，建立托木斯克州，隶属于托博尔斯克总督辖区(Толбольская губерния)(从1796年开始为托博尔斯克省)。1804年建立了托木斯克省(只存在到1925年)，当时它隶属于西伯利亚边疆区(Сибирский край