伏元基为侍中、相国、都督中外诸军事、录尚书事。沮渠蒙逊进攻乐都。乞伏元基率领三千骑兵救援乐都。乞伏元基的援兵刚进城，沮渠蒙逊大军开到了城下，很快就攻陷乐都外城；切断了乐都城的水源。东羌酋长乞提暗中与城外的北凉军队勾结。乞伏元基率领左右亲军奋力抗击，才打退北凉军。沮渠蒙逊再讨西秦，在磐夷被乞伏元基率一万五千骑兵阻击。沮渠蒙逊还攻西平。429年，沮渠蒙逊讨伐西秦，乞伏暮末命相国乞伏元基留守都城枹罕，自己退保定连城。