经香港科技大学，初期统一在「正门」巴士站载客。而九巴91P（前身为91M特别班次）开办时则来往此站与钻石山站，早上繁忙时间从钻石山站开出两班，下午繁忙时间则从此站开出一班。专线小巴11M线亦以此站为总站，但因车站设计问题，该线用车于上落客后便会随即驶返坑口站。在香港科技大学校园规划草创之初，设计师已在大学南闸一带预留小型交通交汇处，以在日后交通需求突然增多时分流「正门」巴士站的使用量。然而，由于校园启用初期南闸一带仍是一片荒芜，香港赛马会创新科技中心、李兆基校园与郑裕彤楼均尚未落成，令南闸车站显得甚为偏