79年成立应用数学系、1982年6月恢复物理系、1984年6月成立生物科学与技术系、1985年10月恢复化学系、1985年12月恢复理学院建制，周光召兼任院长；人文社科方面，1983年7月恢复外语系、1984年4月建立社会科学系、1985年3月恢复中国语言文学系；管理学科方面：1979年成立经济管理工程系；1984年扩建为经济管理学院，朱镕基任院长。其他方面，1984年建立研究生院、1985年成立中国第一个继续教育学院。文革结束后十多年，原二校门所在地的毛泽东塑像受到一些校友的批评，校方决定拆除毛泽东像