而由于医院还没特别开设毒物科之前许多中毒病患都是在肾脏科就诊，这也使得他开始对于被归类为医学院较为冷门科目的毒理学有所兴趣。这使得他成为中华民国唯一的临床毒理学教授以及最着名的毒物科医生，甚至有台湾「毒物权威」的称号。尽管过去国际医学界认为病患农药百草枯中毒后将因为会导致肺纤维化缺氧与多重器官衰竭而无法医治，然而林杰樑在查阅许多文献资料后于1996年时研发出有效治疗方法。其中他发现以脉冲式地重覆性提供高剂量的类固醇、活性炭血液灌流加上细胞毒性药物便能够成功化解毒素，其中治疗除支持疗法外还将减缓吸收、促进