学院原称为“新学院”（）。学校最初于1636年、由当时的麻省海湾殖民地立法机关立案成立，并在14年后获颁发宪章以证明其地位。1638年，该学院成为了北美第一家印刷机的所在地，学院后成为了殖民地的主要印刷社。三年后，学院为纪念捐出自己的图书馆及一半财产的剑桥大学校友、波士顿查尔斯顿部长约翰·哈佛，而改名为“哈佛学院”。学校的第一位教师是校长，但他亦是第一位被解僱的职员（因其管治过严）。1642年，学院的第一批学生毕业；23年后，第一位印第安学生在此取得学位。因早期的宗旨只是为殖民地培养优秀管治人才，故学院一直