刚在狱中先后组织绝食以及抗议活动，引起当局警惕。随后便把他隔离开来，长期进行单独关押。由于刘刚一直坚持“反围剿、反审讯、反洗脑、反改造”的坚硬态度，为当局所不容，时常遭到迫害，并由此得称秦城铁血汉。1991年2月6日，北京市第一中级人民法院以“煽动颠覆国家政权罪”判处其有期判刑6年、剥夺政治权利2年：刘刚是当时所通缉的二十一名学生领袖之中判得最重的一位，但事实上，当时刘刚的身份已经不是学生，但中国政府仍然坚定认为他就是学生运动中重要的“幕后黑手”。在狱中，刘刚曾遭受毒打和折磨，不过他还是组织了狱中其他政治