辨谁是共产党，谁是‘纯粹’的国民党员……我告诉吴倚沧，唯一可做的就是打斗，因为一打了起来，国民党和共产党两边的人自然就会分出鸿沟来。”1927年5月5日，南京中国国民党中央执行委员会常务委员会及各部长第八十八次联席会议通过《清党委员原则六条》，指定邓泽如、吴倚沧、曾养甫、何思源、段锡朋、冷欣、郑异组织中央清党委员会。1927年8月，吴倚沧染霍乱，至28日不治病逝。民国18年（1929），安葬于南京近郊之汤山，由杨谱笙作传记，陈果夫立碑。