民国海军眷属就抢先上船，迫使海军总司令桂永清下令开放海军官兵卧舱、甲板、餐厅和医务室等空间容纳箱件，实际上装载了1,248箱文物，后由索予明和张德恒等4名人员在2月22日押抵基隆港，转运至台中糖厂；外交部档案于稍后再从台中运往台北归还外交部。迁台期间，杭立武曾令在北平的马衡院长将留置于当地的精选文物分批空运南京，但马衡借故推托以致一箱也没有运出。最终因战争形势突变仅运了3批文物，包括国立北平故宫博物院（2,972箱；597,556件册）和国立中央博物院筹备处（852箱；11,865件册）在内的6个机