定子因生产后胎衣不下崩御。伊周抱持妹妹的尸体痛哭不止，送葬之日，家中兄弟三人皆做哀歌。长保三年（1001年），伊周终得复本位。长保四年（1002年），伊周的四妹御匣殿，因一条天皇之宠爱有孕，伊周狂喜，御匣殿却在怀孕中突然死了。祸不单行，二妹、东宫妃藤原原子在不久后也突然吐血死亡，时传为东宫的另一位嫔御所毒杀。至此，定子的遗子敦康亲王成为伊周唯一的希望。长保五年（1003年），伊周进从二位。宽弘二年（1005年），天皇敕他地位为大臣之下大纳言之上，参与朝政。同五年，为准大臣，赐封一千户，不久叙正二位，