三十九年（1700年），充经筵讲官，授礼部尚书，教习庶吉士。因教习不勤，康熙帝不悦，韩菼再三乞退，皆不被批准。康熙四十三年（1704年）卒。干隆年间追谥文懿。《清史稿》有传。
文学.韩菼以其文才博颇受圣祖器重，曾召入弘德殿进讲《大学》，主纂《孝经衍义》，赞他「文章古雅、旷古少见」，赐榜「笃志经学、润色鸿业」，康熙三十三年（1694年），徐干学病逝，韩菼总裁《大清一统志》。其去世后，《大清一统志》又被搁置。另着有《江阴城守纪》。韩菼死后多年有佚名人士託名韩菼撰写《满清入关暴政