军发展。
牢之总戎.北府都督在谢玄组建北府军前后皆由门阀士族人士担任，至此刘牢之以北府将领身份出任此职，引发当时人一些不满，刘牢之遂任用心腹徐谦之等以壮大自己势力。隆安三年 （399年），孙恩之乱在三吴地区爆发，朝廷诏命徐州刺史谢琰领兵讨伐，刘牢之亦自行上表加入，谢琰派麾下北府将高素与牢之联手下成功击溃孙恩，逼其逃返海岛上。隆安四年（400年），孙恩卷土重来，驻守会稽作备的谢琰战死，刘牢之就受诏为镇北将军、都督会稽五郡军事率领北府军讨伐，孙恩暂退后自屯上虞而分遣诸军守戍各县，其中参