到深圳市与香港边界的两个铁路口岸——罗湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地铁抵达这两个口岸并完成通关手续后，可转乘落马洲站及罗湖站（港铁）的港铁东铁线前往红磡站（未来终点站为金钟站）沿途各站。深圳市的六大交通枢纽——深圳北站、前海湾、福田、机场、布吉（深圳东站）和深圳坪山，设计上都有地铁连接，除深圳坪山站因地铁16号线（前地铁12号线）仍未建成外，其余枢纽均有地铁通达。
结构和形式.深圳地铁现有车站155个（换乘站重复计算），包括122座地下站、30座高架站、2座半地下站和1座地面