圣公会总议会第十届会议决定，设立中华圣公会中央办事处，为中华圣公会总议会及全国性各项事业的执行机构，办事处设在上海虹口闵行路152号，朱友渔任中央办事处总干事。出任总干事后，朱友渔以美国差会的捐款供给陕西传道区的经费。1950年7月，朱友渔赴加拿大多伦多参加了世界基督教协进会中央委员会会议，会议通过决议，称朝鲜民主主义人民共和国侵略大韩民国，要求联合国出兵干预。1950年本拟召开全国基督教会议，朱友渔担任筹备委员会主席。1950年11月30日，他辞去了中华圣公会中央办事处总干事职务，称准备赴圣公会华南教