殿堂的墙壁及转经回廊等处，绘有壁画，内容包括佛本生图、建寺历史、高僧传、显密佛像、本尊、坛城等等。寺内曾经存有大量元朝、明朝、清朝以来的唐卡等等文物，另有明朝永乐十七年（1419年）和永乐二十一年（1423年）的敕诰各一件。大殿外的廊檐上曾经悬挂着清朝雍正帝御笔“普恩寺”金字匾额。措钦大殿旁边，有一座规模较大的塔殿，殿内为该寺历代祖师、法台的灵塔。其中最大的一座灵塔，平面呈方形而多角，塔身下部第一、二层内四周各有窟殿，窟殿内共有16个小经堂，各小经堂内均供奉佛、菩萨、护法神像。该寺鼎盛时期，有僧人三千余