2011年11月举行的总统大选中，由于左派意图修宪及用人唯亲，他领导的右派取得胜利，以54.48%的得票率当选为危地马拉总统，他的对手曼努埃尔 巴尔迪松以45.52%的选票落选。2012年1月14日，佩雷斯在国会宣誓就职。2015年9月3日，因为身陷贪污丑闻，在危地马拉国会决议剥夺他的总统豁免权之后宣布辞职下台，而危地马拉法院同时也发出对他的逮捕令。