考古.最早已知的海胆纲动物是在奥陶纪早期的岩石内发现，而牠们成功活到今天的原因是牠们是一种多样性的生物。在完好保存的标本，就连棘亦可保存，但大部份发现的都只有硬壳的标本。有时在化石上亦可发现独立的棘。某些海胆纲动物（如在英国发现白垩纪的"Tylocidaris clavigera"）就有着重棍状的棘，令猎食者难以突破，及令该海胆纲动物看上来难于对付。这些棘亦有利于软海床上的运动。古生代完整的海胆化石非常罕有，但一般都有着独立的棘及小片的碎片。很多标本是在泥盆纪及石炭纪的岩石上发现。