三维结构和催化效能的关系目前仍未明确。目前仍没有一种比较明确的基因工程策略。随机突变技术如有性PCR（"）和加速进化目前都有应用，但是直到今天，仍未有人成功分离出改造成功的羧化酶/加氧酶。而在小亚基方面，改造工程处于起步阶段。有人在突变蓝细菌（"）和绿藻的小亚基基因的试验后提出，小亚基有可能在提高碳固定效率和区分氧气/二氧化碳方面有其作用。也有可能，小亚基的基因工程是比目前大亚基基因工程更可行的改造策略。第三，是通过激活蛋白改变羧化酶/加氧酶活性。科学家发现羧化酶/加氧酶的活化—失活状态和一种叫羧化