辰日（12月20日），由兼太保、司徒王谧奉玺绶，将晋安帝的帝位禅让给桓玄，随后迁晋安帝至永安宫，又迁太庙的晋朝诸帝神主至琅邪国。及后百官到姑孰劝进，桓玄又假意辞让，官员又坚持劝请，桓玄于是筑坛告天，于十二月壬辰日（404年1月1日）正式登位为帝，并改元「永始」，改封晋安帝为平固王，不久迁于寻阳。桓玄即帝位后，好行小惠以笼络人心，例如他亲自审讯囚犯时，不管罪刑轻重，多予释放；拦御驾喊冤者，通常也可以得到救济；然而为政繁琐苛刻，又喜欢炫耀自己，官员有将诏书中「春蒐」字误缮为「春菟」，经办人员即全被降级或免职