珠江三角洲一部分，区西北和东北方以丘陵地带为主。市内重要饮用水源流溪河流经区南部边缘。花都区东侧毗邻从化区，西侧与佛山市三水区连接。南侧紧邻白云区，北侧与清远市清城区相连。
行政区划.花都区现下辖新华街道、新雅街道、花城街道、秀全街道4个街道办事处及狮岭镇、炭步镇、花山镇、赤坭镇、梯面镇、花东镇6个镇。区委、区政府所在地位于花城街道。全区设188个村民委员会，其中新华街8个、花城街9个、新雅街11个、秀全街7个、花东镇45个、花山镇26个、梯面镇8个、狮岭镇17个、赤坭镇30个