朝鲜科举别试文科的乙科，中及第。1596年，作为使臣中的一员前往明朝。历任兵曹正郎、平安道都事、司谏院正言、司宪府持平、掌令、成均馆直讲等职。1607年（朝鲜宣祖40年、明万历35年） ，吕祐吉以回答兼刷还使的身份出使日本，会见日本德川幕府将军德川秀忠。这是自万历朝鲜之役以后朝鲜第一次向日本派遣使者。朝鲜提议恢复双方邦交，并遣返了战争中的日本籍俘虏。1614年，再次出任陈慰使，并往赴明朝。又出任江原道观察使。1618年，历任公洪道观察使。