府随后面临中共崛起与日本、苏联接连侵犯中国东北等内忧外患，国民政府无暇顾及西藏事务，双方关系没有进一步的发展。1939年起，西藏自主派不满热振倾向中国，乃联合原先亲英势力进行牵制，并指责第十四世达赖喇嘛（青海灵童）系经国府核定，违反掣签传统，热振·图旦绛白益西丹巴坚赞随后暂行退位。1941年7月，国军计划开辟康印公路来解决日本对中国的交通封锁，遭受西藏军阻拦（康印公路事件）。1942年7月6日，西藏宣佈成立「外交局」。当时的西藏政府已经与尼泊尔、不丹建立邦交，英国与苏联认为中国对西藏仅有宗主权，而非主权。