但后来过度高估台湾人的危险性与低估日本控制台湾社会的能力，且随着战况恶化担心英、美、中的军队登陆台湾，最后在日本人自信沦丧、焦躁不安且不信任台湾人的情况下过度防卫，以莫须有的罪名大肆逮捕台湾人并施以严刑来制造肃杀气氛，清剿社会上的可疑份子。当时若接受皇民奉公会职务，成为日方宣传样板的仕绅，大多能平安无事，反之则被视为不协力份子，予以打击。