湖南公民代表团”来到北京，遂在福佑寺的后院配殿里暂住。毛泽东在福佑寺创办了“平民通信社”，并自任社长，该社为驱张运动的宣传机构。1927年，九世班禅来到北京（1928年改称北平），福佑寺乃改为班禅驻北平办事处，寺内有喇嘛驻锡焚修，喇嘛们的食用开销由雍和宫划拨。此后，凡到北平的蒙古族、藏族佛教徒，经常到福佑寺朝拜班禅，请班禅摩顶。直到1960年代初，福佑寺仍为班禅驻北京办事机构。1984年，福佑寺内建“中国民族博物馆”，收藏和中国各民族文化有关的文献、文物、影视等资料。1984年，福佑寺被公布为北京市文物