自鹿耳门登陆台湾之后，在澎湖设置安抚司。
清代.1682年，康熙排除朝廷中反对意见，决定攻台，命福建总督姚启圣“统辖福建全省兵马，同提督施琅，进取澎湖、台湾”，授万正色为步兵提督领军12万进驻福建，接应水师提督大将军施琅，俱受姚启圣节制。1683年六月，施琅指挥清军水师先行在澎湖海战对明郑水师获得大胜。1727年（雍正5年），雍正应闽浙总督高其倬之请，原附属于台湾县之澎湖设立澎湖厅，隶属福建省台湾府管辖。1885年3月14日，法国政府停止增援鸡笼战事，并命孤拔攻佔澎湖。