1981年8月，由于师资匮乏与系内矛盾，林清凉从黄振麟手中接下了台大物理系系主任的位置。在任期间，林清凉不仅介入协调系内教授的纠纷，并改革物理系的各项制度、充实了该系的软硬体设施。此外，她也同时和沈君山致力于执行并推广「通识教育」课程，但受到当时中华民国教育部的反对。同年9月，当林清凉动员物理系师生做系馆大扫除时，在楼梯转弯处发现石蜡，当时技工林松云指出里面可能存有镭-铍中子源，但是经检查后发现中子源并不在里面，表示中子源的下落不明。在报告校方后，行政院原子能委员会于9月24日派员彻查该系系馆，最后找到该