永禄8年（1565年），清长与本多重次、天野康景一同获任命为三河三奉行。永禄11年（1568年），清长在远州平定战中，进攻前往挂川城路上的，并且派使者成功说服今川氏真的谱代重臣久野宗能改投德川氏。翌年，清长在进攻挂川城期间，虽然遇上善战的氏真家臣朝比奈泰朝而一度陷入苦战，但是最终成功攻下挂川城。在元龟元年（1570年）6月爆发的姊川之战中，清长亦有参战，并且立下军功，从而获赐予远州100贯文的领地。元龟3年（1572年）12月爆发的三方原之战中，清长亦有参战，然而德川军却大败于武田信玄，清长本人亦受