.东门大人庙的三府千岁（王爷）信仰，不同与民间常见的王爷信仰、五府千岁截然不同，称为为「三王信仰」或称「三老爷信仰」。学者石万寿指出这类三老爷信仰系统（郑成功系统）庙宇之起源为府城镇北坊的三老爷宫（朱、曹、魏），以及东安坊崙仔顶大人庙，主神朱王爷即是郑成功。 然而《台南王爷信仰与仪式》一书则将镇北坊三老爷宫与东门大人庙分开成两个体系，指出原本东门大人庙的三府王爷信仰不像三老爷宫那样，庙方原本便认为与郑氏三代有密切关联。
主神.关于大人庙朱、池、李三王爷的身分，目前有三种说法：而