自公元4世纪开始移居至全岛，势力最远至北陆与出羽。在上世纪初，曾有人类学家论证日本人的祖先是上古民族图兰人，图兰人来自中亚阿姆河以北，他们其中一支向东移居日本列岛，成为日本人的祖先，这一説法在战前得到了日本领导阶级的支持和和应。二战前，日本人在朝鲜半岛、台湾、库页岛、北方四岛、中国东北、夏威夷、关岛及德国在太平洋岛屿的殖民地也有所分佈。二战后，在美国和苏联主导下，原日本佔领区的日本国民、日军战俘大都被遣返回日本本土，总人数超过六百万。其中，苏联更趁日本局势混乱时趁机强佔库页岛和北方四岛，将岛上的大和