空、上海航空以及中国东方航空运行，每日往返各一班。2008年起，日本航空开始营运来往香港国际机场的包机航班；同年4月1日，全日空开办每日一班定期往返的航班。2008年7月1日，日本航空亦开办每日一班定期往返的航班。2009年10月25日，开通了往返北京首都机场之间的航班，分别由日本航空、全日空及中国国际航空营运。日本航空、全日空每日各自运行一个航班，中国国际航空每日运行二个航班。随着再扩建工程及D跑道的建设，羽田机场的最大起降次数大幅增加，而扩充的运量主要会用于消化一些清早及深夜时段无法在实施宵禁的成田