2个系统，旅客资讯不使用「东北（本）线」。另外依据特定都区市内，本站属于「东京都区内」与「东京山手线内」。
车站构造.本站是上野站的业务委託站，为岛式月台2面4线构造，出口有北口与南口。北口为地上站，南口为1927年建造的跨站式站房，南口前是连结上野公园与北侧市区的天桥。由于没有绿色窗口，可在南口的指定席券贩卖机购买指定席券。由于站名「莺谷」，早晨月台喇叭会拨放莺叫声。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）京滨东北线快速运行时段（10 -