。如前信使RNA(pre-mRNA)中的内含子，会被含有许多核小RNA(snRNA)的剪接体剪接。或者RNA本身能作为核酶，剪接自己的内含子。RNA上的核苷酸也可能被修饰，变成非A、U、G、C的核苷酸。在真核细胞中，RNA上核苷酸的修饰，通常是由在细胞核与卡哈尔体中发现的，小核仁RNA(snoRNA; 60-300 nt)所主导。snoRNA会连结酵素，并以硷基对的方式，引导它们去接上RNA，之后酵素便开始RNA核苷酸的修饰。硷基修饰广泛发生于rRNA与tRNA中，然而snRNA与mRNA也有可能是硷基