历六年（1046年）进士，授嘉兴县主簿、上虞县令。历官秘书省着作佐郎、馆阁校勘、集贤校理。熙宁八年（1075年）撰《元丰九域志》。官太常礼院。熙宁九年（1076年）十一月，安南行营将士疾疫，诏遣王存前往南岳祈祷。元祐二年（1087年），拜为中大夫、尚书右丞。次年，拜左丞相。绍圣初年（1094年），退休归理。建中靖国元年（1101年）病卒。追赠右银青光禄大夫，谥庄定。司马光赞曰：“并驰万马中，能驻足者，其王存乎。”另着有《王正仲集》、《枢密院诸房例册》。