2008年3月22日，由中国国民党提名的马英九、萧万长在第12任正副总统选举中胜出当选，是谓台湾民主政治第二次政党轮替。2009年8月，莫拉克台风侵袭台湾而发生严重水灾，使中南部与东部蒙受巨大损失。同年7月16日至26日，于高雄市举办「世界运动会」；台北市亦于9月15到25日举办「夏季听障奥林匹克运动会」，为当年度台湾两大国际赛事。第三次江陈会谈提议将两岸包机转为两岸定期航线，并于2009年8月31日启航。2010年6月29日，第五次江陈会谈于重庆正式签署「两岸经济合作架构协议」，同年8月17日立法院正式