后，文科类组中共有两名原住民特种考生年达到「超满分」情形（满分500分，加分后超过500分）。另外，指定六科的理科类组有五人破600分，而540分以上的高分人数也达17人。
争议.2002年，教育部废除大学联考，新的入学方式指定科目考试实施后，台湾原住民等特种考生加分人数较往年激增近千人，其中于2004年度，甚至有超过20位特种考生（全部为台湾原住民）加分后上国立台湾大学医学系，引发不少台湾考生家长激烈反弹。为此，行政院相关部门特地修法，将特种考生名额改採「外加」，并借由语言认证考