潟湖台江内海，唯潟湖在18世纪中叶以后逐渐陆化，潟湖外侧的鲲鯓（即沙洲）亦与陆地连为一体，仅余四草湖、鲲鯓湖与若干湿地等遗蹟，成为重要生物栖息区。另外，台江亦为历史上数起关键事件发生地；例如郑成功由鹿耳门水道进入内海，出其不意攻击更早在此殖民的荷兰人，使台湾发展为汉人优势社会。有别与其他国家公园由中央政府主导，台江国家公园系由地方政府（台南市政府）率先发起。最初构想由台南市第14、15任台南市市长许添财（2001－2010年）在竞选时提出之政见，当选后即积极推动，并获中央政府支持。在多次确认范围