13个兼管区（非独立堂区），整个教区另划分为五个总铎区，每个总铎区由区内各堂区主任司铎之中选出一位总铎，以利于教务管理，并作为各堂区与教区之间的连系桥樑。
教区各单位.
教区办事处.台南教区的最高统辖机构称为「教区办事处」，本部位于台南市东区长荣路二段15号，为一栋日式建筑。教区办事处内设秘书长、教区参议等职务，教区办事处之下共设有11个委员会、司铎谘议会、教区法庭等单位，共同肩负起教区内教务的运作。