金属离子是常见的辅因子，这些金属离子反映在生物必须的微量元素名单当中。例如钙、镁、锰、铁、钴、镍、铜、锌与钼等。除了这些无机化学物之外，辅因子也包括一些有机物质，例如血红蛋白中与铁结合的血红素。另外有些维生素也可作为辅因子，如维生素C；或是辅因子的前趋物，如维生素B。
分类.辅因子可分为两大类：有机辅因子有时进一步分为"辅酶"（coenzymes）和"辅基"（prosthetic groups）。 术语"辅酶"具体是指酶，因此是指蛋白质的功能特性。 另一方面，“辅基”强调辅