年平均气温25.3度，12月份最低平均22.2度；最高温为6月，平均温为29.5度。海水的盐度大致上变化不大，全年都在千分之33.4至34.6之间，其中以台风季节略低，而冬季稍高。
自然生态.东沙岛附近的海藻属于热带性海藻，与菲律宾北部海域的海藻相似性较高，与台湾南部的海藻则略有差异。由于海藻调查的范围大多侷限在东沙岛周围，对于面积广阔的内环礁、外环礁和礁台区的海藻相所知仍很少，推估东沙环礁的海藻相可能比目前所知丰富甚多。目前可知的珊瑚有300种、海藻120种。动物方面，除珊瑚外，