方气象台发布暴风警报，影响范围包括爱媛县南予北部各市町。中午至下午各县暴风警报先后解除。2012年9月16日上午8时20分鹿儿岛县南部与论岛实测录得平均风速东南，8时17分录得阵风东南偏东，为三巴在日本录得最高之风速。三巴在日本造成2死10伤。其中长崎市香烧町一名83岁男子在修理屋顶时怀疑因大风失足堕下死亡。另一名29岁男子在9月16日下午在石垣岛附近与友人游泳时失踪，当时石垣市已发布波浪注意报，受台风影响沿海海面有3至4米大浪，该名男子后来被证实死亡。风暴吹袭期间亦正值日本的敬老日，多个县的敬老日活动