五彩湾的石树沟组地层发现，并于2006年由徐星等人命名。五彩冠龙的属名是以牠独特的冠来取的，但却与冠龙（又称盔头龙）的中文译名相同。种小名的「五彩」指发现地五彩湾，因该地岩石呈五种色彩而得名。
标本. 五彩冠龙现有两个标本。正模标本（编号IVPP V14531）是较为完整，部分呈现天然状态的成体骨骼。另一个则是未成年个体的标本（编号IVPP V14532），而其骨骼接近完整及完全天然状态的。未成熟个体标本的头颅骨冠饰明显较小，及只限于在鼻端的前部份，而成体的冠则较大及更为广阔。两