太和二十二年（498年），孝文帝改立十六岁的元恪为皇太子。翌年，孝文帝崩。十七岁的元恪即位。
统治初期.宣武帝的统治初期（499年至508年），他的叔父北魏宗室咸阳王元禧（献文帝拓跋弘次子，孝文帝元宏之异母弟）辅政、尚书令王肃辅佐。北魏对南朝发动了一系列战争，攻取南朝梁的四川之地、北撃柔然，北魏疆域大大向南拓展，国势盛极一时。因笃信佛教，宣武帝取消子贵母死制度，让宣武灵皇后活着。
统治后期.他在位的后半期，外戚高肇专权，朝政一片黑暗，北魏逐渐衰弱