1942年秋起，周谷城转至在重庆的复旦大学执教，复旦大学迁回上海后他也继续任教，曾担任过历史系主任、复旦大学教务长等职，后为历史系教授、博士生导师。到复旦大学任教后，他曾积极参与政治活动，被聘为中国民主政团同盟顾问。1945年2月曾同郭沫若、老舍、陶行知等人发表《陪都文化界对时局进言》，要求结束国民党一党专制并建立联合政府。1946年，与张志让、潘震亚、沈体兰等教授组织上海各大学民主教授联谊会（简称“大教联”）。曾和翦伯赞等共同起草反蒋宣言。因参加反对国民政府的运动，在1949年4月26日被上海警备司令