双重打击下，联邦国力衰微。第一个打击是在历史上最大的暴动（受克里米亚鞑靼人支持的赫梅利尼茨基起义），起义最终以哥萨克人请求俄罗斯沙皇的保护收尾（1654年），因此，俄罗斯对乌克兰的影响逐渐大过波兰。对联邦的另一个打击是瑞典帝国在1655年的入侵（受到特兰西瓦尼亚公爵拉科齐·捷尔吉二世和勃兰登堡选帝侯腓特烈·威廉军队的支持），这次入侵被称为大洪水，惹怒了瑞典瓦萨王朝出身的联邦国王。在17世纪末期，江河日下的联邦在约翰三世领导下与利奥波德一世军队联合，大败奥斯曼土耳其帝国。1683年的维也纳之战是基督教的欧