但到后来，Snes9x等模拟器在精确性方面表现更好，虽然消耗资源更多，但随着计算机性能的提升，这已经不再是一个问题，ZSNES逐渐失去了优势。ZSNES为提高运行效率大量使用汇编语言，这导致了后续开发和移植方面的诸多困难。官方曾试图将其代码转为C语言和QT界面库的形式，但最终未成功。因为ZSNES曾经一度流行，其精确度较差的问题造成了一些不好的影响，有些游戏ROM为了能在ZSNES中运行，反倒改错了，使之无法在新模拟器和SNES真机上正确运行。2015年1月，模拟器1.51版被人发现一个漏洞