玄即位，任命李通为柱国大将军，封辅汉侯。更始二年（24年）2月，更始帝迁都长安，李通为大将军、西平王。李通被更始帝授予符节镇抚荆州，与刘秀妹刘伯姬成婚。
光武时期.建武元年（25年）6月，刘秀即位为帝，光武帝召李通，任命他为皇宫卫尉。建武二年（26年），转任大司农、固始侯，食邑固始。妻刘伯姬封宁平长公主。光武帝出征期间，李通留守首都，期间安抚民衆、再建宫城、修筑学校。李通有军事能力。建武五年（29年），代王梁为前将军。建武六年（30年），李通率领破奸将军侯进、捕虏将军王霸击败割