台湾与中国大陆恢复交流，有不少台湾妈祖庙将原本的进香地点改为福建湄洲妈祖庙，并从湄洲分香回台。而原本湄洲妈祖祖庙在文化大革命中受到破坏，在台湾各妈祖庙捐输下除了得以重建之外，1998年更开始增建南轴线上的建筑群。除了湄洲祖庙外，福建的贤良港天后祖祠、泉州天后宫、莆田文峰宫也有得到台湾各妈祖庙的捐助。台湾妈祖信仰在传播多年后逐渐在地化，例如各地的妈祖常会称为「某某妈」，像是大甲妈、鹿耳门妈、茄苳妈、梧栖大庄妈、桃园妈等等；而除了在地化，台湾的妈祖信仰也有向海外发展，并分灵回中国大陆，由台商在昆山新