尽管贱卖官产丑闻和杀妻疑案事件皆损害到黑田的名声，却没有动摇他作为萨摩派系重要人物的地位。明治20年（1887年）他就任首次伊藤内阁的农商务大臣，又在伊藤博文之后的明治21年（1888年）4月继任为第二任内阁总理大臣。其在任中发生的最大事件，为公佈大日本帝国宪法，只不过，黑田自己并没有对宪法的制订作出大幅度的干预。在宪法公佈的次日，他在鹿鸣馆中表明『政府不应被议会和政党的意思制约而应该贯穿其独断性』主张，被视为超然主义，政府可以不理外部声音而特立独行的代表作。黑田内阁由于大隈重信重返政府后主动要求和列强谈判