生擒杨松、潘忠，逼降鄚州。不久，朱能随朱棣直奔真定，击败耿炳文，并率三十敢死士追击至滹沱河。当时，耿炳文整兵再战，朱能跃马大唿，直冲南军，俘获三千余众，升任都指挥佥事。后来，朱能随军援救永平，击退吴高，袭取大宁，并在会州立军时掌管左军，随即在郑村坝击败李景隆。建文二年（1400年），朱能随军破广昌、蔚州、大同，并在白沟河之战中担任前锋，击败南军平安部。攻打济南时，朱能驻军铧山，率兵从后方袭破南军。十二月，燕军兵败东昌，朱棣身陷重围，张玉战死。朱能与周长等人殊死战斗，保护朱棣突围而出。建文三年（1401年