后有数次因违反限制令被捕，包括数次接受外国记者访问及企图离开以色列。他说他在囚时受到以色列当局「残酷且野蛮的对待」，又说他要是没从犹太教改信基督教，待遇便会不同。2007年瓦努努因违反假释条件被判囚6个月。这次判刑连控方也意外，控方预期会判缓刑。国际特赦组织随后发新闻稿，谓「本组织认为莫迪凯·瓦努努是良心犯，并唿吁立即无条件释放其人。」2010年10月，瓦努努因怀疑与外国人接触，违反2004年的出狱条件而被捕，判囚3个月。瓦努努在国际上视为内部告发者，以色列视之为叛国者。揭发美国政府军事机密的丹尼尔