农田水利会组织通则》相关条文，确定会长由会员直接投票选举产生。2002年首届农田水利会选举，会长任期4年，连选得连任一次。但自2002年起，农田水利会选举平均投票率仅25%，且人头会员充斥，包括A4农地、婴儿会员由代理人投票情形屡见不鲜。因此2016年行政院再修正《农田水利会组织通则》部分条文（新增农田水利会员须满20岁、有会员资格持续6个月以上、享灌溉或农田排水利益的土地面积合计达0.01公顷以上，才有权选举、罢免会长及会务委员）。2016、2017年年间，主张农田水利会改制为行政机关、会长由中央政府