入菌丝体中。菌丝体可将生物残渣分解，在水域与陆域生态系中都扮演着重要的角色，它们将有机的碳源分解，并在生长的过程中将其以二氧化碳的形式释放到大气中，完成碳循环。菌根真菌的菌丝体可以提升植物吸收水分与无机盐的效率，并抵抗部分植物病原。对许多土壤中的无嵴椎动物来说，菌丝体是重要的食物来源。是由菌丝体特化而成的坚硬构造，为低温、缺水等逆境时，真菌在土壤中形成的休眠构造。
应用.真菌在生态系中最重要的角色之一就是分解有机养分。石化工业产物、杀虫剂与污染物等有机物质都可能成为真菌生长