获得大内义兴拥立并开始上洛。虽然，澄元计划让义澄和义尹和解，但是由于同样是政元养子，曾经协助其讨伐澄之的高国转投大内阵营，最终导致双方决裂。
两细川之乱.永正5年（1508年）4月，高国开始出兵攻打京都，摄津的、丹波的内藤贞正和河内的等均唿应其号召，最终澄元战败，他与之长和将军义澄在4月9日拜托为俊再次逃亡至近江。6月，义尹在义兴拥立下成功上洛，再次成为将军，并且剥夺澄元的家督身份，由高国取而代之。8月，留守于大和的长经亦被尚顺讨伐。永正6年（1509年），澄元趁义兴与义尹对立