大寺庙在1203年被突厥入侵军全部毁坏），很多人前往西藏取经，传译事业因而兴盛，着名的译师有马尔巴等人。1042年，有孟加拉佛教大师阿底崃尊者入藏，又大弘佛法，重建僧伽，传播中观应成派大义。同时仁钦桑波（宝贤）在古格翻译了很多的经论。史称上路弘传。桑耶寺僧徒北上宗喀学经后，回到本寺传教，史称下路弘传。1260年宋元之际，中统元年元世祖封萨迦派法王八思巴为国师，授与玉印，统领吐蕃。于是，萨迦派在当时成为吐蕃的政治与宗教领袖，称为萨迦巴。元末明初，帕木竹巴取代了萨迦巴的势力，帕竹噶举派及其支派也在帕竹统