建成之时即归任山长。建成授业的三都书院与较早兴建的昆冈书院和上社书院并称普邑三大书院。 <br>1871年（清同治十年），潮州总兵方耀筹资重修书院，并以余款置学田，每年租谷除作为书院经费外，还作为给每科试前三名嘉奖。1905年（光绪三十一年）清政府废科举，次年三都书院改置为高等小学堂，设修身、读经、中国文学、算术、历史、地理、格致、图画、体操等课程。
1912年至1949年.1912年（民国元年）更名为三都高等小学。1924年（民国十三年）春，三都高等小学受命改制，新办初中部，