平家不久得势，影响力大增，使严岛神社的盛名广播至其他贵族圈，香火鼎盛。许多京都的皇亲贵族远道而来参拜，引进当时的平安文化，严岛神社渐渐发展出其着名的雅乐表演。平家灭亡后，取而代之的源氏一族仍然给予神社优厚的礼遇，使严岛神社得以保持昌隆。日本其后进入战国时代，长期政局不稳导致严岛神社逐渐衰败、荒废。直至1555年（弘治元年），毛利元就在严岛之战（严岛合战）中获胜，将严岛一带收归于自己的领土。在元就的庇护与支持之下，神社恢复昔日香火鼎盛的场面。1587年（天正15年），丰臣秀吉为了供奉在九州征讨中阵亡的将士