英国真菌学家塞缪尔·弗里德里克·格雷将普通羊肚菌提升为一独立物种。本种因形态变异很大，分类地位曾多次变动，有时被视为美味羊肚菌的变种，有时本种之下还有其他变种或变型被发表描述。2014年，一篇分子种系发生学研究以rDNA、RNA聚合酶Ⅱ次单元与真核延伸因子1等基因序列分析羊肚菌属物种的亲缘关系，确认本种为一独立物种。