但在实际投入运营时，连接通州的S1线被命名为城市副中心线，连接怀柔、密云的S5线被命名为怀柔-密云线，连接通州与怀柔、密云的S6线被命名为通密线。
S2线.为满足延庆区和昌平区至北京市中心区域的通勤需求；2008年前优先建设从北京北站到昌平区的线路，北京市和铁道部于2008年4月起对既有的京包铁路北京市区段和康延支线进行了一系列的升级改造。这条路线被命名为S2线，于2008年8月6日开通，由NDJ3型柴油动车组（“长城号”）担当。2016年11月1日起，北京北站改造封站，线路调