与此同时，作为南宋遗民的两浙人被视作四等人中最低等的“南人”，受到的极大剥削和迫害，因而多次爆发反元起义。
明清时期.明洪武元年（1368年）朱元璋率领军队击败方国珍在今浙江内的武装，占领今浙江全部，设立浙江行中书省，后改为承宣布政使司，浙江省名也由此正式出现。朱元璋攻取金陵后设立江南行省（后改为直隶），后设立江南分省（后设立浙东行省，又改为浙江行中书省），将原宋朝浙西路的苏州府、松江府、湖州府、嘉兴府地划予南直隶；后因直隶辖境调整，洪武十四年（1381年），湖州府、嘉兴府地复归浙