邀参加澳门回归大典。1996年获中国社科院授予荣誉高级研究员。2000年，陈映真在《联合文学》杂志九月号发表〈关于台湾「社会性质」的进一步讨论—答陈芳明先生〉一文透露：余光中曾将其文章中引述马克思之处一一标出并加上批註，寄给当时国防部总政治作战部主任王昇，告密其有马克思主义的思想。这在当时处戒严状态下的台湾是“必死之罪”；在郑学稼力劝千万不能以乡土文学兴狱，徐复观、胡秋原等人力保之下，他才侥倖躲过这场灾祸。。2006年1月，针对《冰点》杂志被中国中宣部查禁一事，龙应台发表致中国国家领导人胡锦涛的公开