师东进收复马来亚时，日军却已经因为两颗原子弹轰炸而投降。
二战后.二战结束后司令部把重点从作战行动转移到恢复殖民地军政府，以及日军战俘的遣返。东南亚战区的辖地在战后进行调整，法属印度支那跟婆罗洲被纳入，其中大部分地区已经被澳大利亚部队跟西南太平洋司令部佔领。如此使情势更加错综复杂，加大了指挥调度的难度，一定程度埋下了日后殖民地独立的因子。原本东南亚战区司令部预计重新建立殖民地政府，然而在战争期间就十分弱势的东南亚战区司令部，已经无力掌控全局，各地区的民族主义势力在日军过去培植下