39年2月9日庇护十一世教宗去世，电台集中力量以九种语言报导枢机主教们举行秘密会议，选举新教宗的大事，以及新任教宗庇护十二世就职大典的盛况。当时电台的播音室和办公室迁移至良十三世大楼。这座大楼直到1936年是梵蒂冈天文台的所在地。1939年9月第二次世界大战爆发，梵蒂冈电台的节目遭到外国的检查和干扰。当时纳粹德国的宣传与新闻部长戈培尔要求梵蒂冈电台停播；法国反纳粹的地下反抗军却把梵蒂冈电台的广播抄写下来，予以散发。当时电台有个编辑部，由耶稣会士组成，用9种语言广播。1940年1月，电台成立消息询问部，播