委员会及军政部等组织，改组设立国防部，首任国防部部长白崇禧上将、参谋总长陈诚上将。当时由国防最高委员会以行政命令《国防部组织纲要》成立，国防部承国民政府主席之命，综理军令事宜，并承行政院院长之命，综理军政事宜。行宪后分别于1947年、1954年送请立法院审议《国防部组织法》，但均以未能适应戡乱机宜为由退回；直至1970年立法院通过《国防部组织法》后，才完成法制化。2002年3月1日，《国防法》、《国防部组织法》新条文等国防二法施行后，正式确立以国防部为中心的国防一元化体制：全国国防组织分为国防部、参谋本