遮城，则是做为全岛最高行政机构。然而不到半年，郑成功即因病逝世。世子郑经即位之后不久，在1664年废东都。在明京裁废后，赤崁楼便成为储藏火药的场所。
清治时期.1684年，大清攻取台湾，明郑灭亡。稍后在台南设台湾府，在首任巡抚刘铭传将省会迁往台北之前，台南一直是全台首府。享有一府二鹿三艋舺之名。取台湾后，改明郑的承天府为台湾府，清康熙23年，清廷颁布渡台禁令，仅准漳泉地区做有限度的移民。至干隆41年后，渡台禁令已形同虚文，于是大量汉移民涌入，台南市亦由原汉混居渐渐成为汉人城市，