县仍为南明一隅，但却多风雨飘摇，官不理政，民不聊生，盐场并停灶歇，人心惶惶清。最终自贡被清军占领，清兵杀烧抢掠，死亡无数。
清朝.清初自贡人丁锐减，于是免征赋税。顺治后期，开始对盐征收一定税费，称为“小票”，但盐场仍然一片凋敝。康熙十九年，当新任富顺知县钱绍隆赴任时，看到的竟是“路无行人，道准荆棘，空城不闭，翼火无烟”，简直是一座空城。北至自流井的“灶民皆遁至威远、荣县数十里之外。床几悉为火薪，稻谷罄于马料；灶民停煎盖五月余矣。”三藩之乱平定后，清廷组织湖广、江西、广东、福建移民进