但因为其重要的作用，而且有23%的海洋哺乳动物物种目前已受到威胁，因此这种情形对海洋生态系有负面影响。原住民一开始是因为需要食物及其他资源而。后来许多海洋哺乳动物也成为商业猎捕的目标，造成已发现的物种（例如鲸鱼及海豹）数量大量的减少。商业猎捕也造成大海牛、海貂、日本海狮及加勒比僧海豹的绝种。在商业猎捕结束后，像灰鲸及北象海豹数量恢复不少，但是像北大西洋露嵴鲸等物种，仍然是极危物种。此外，海洋哺乳动物也可能成为渔业的，例如被固定网缠住，之后淹死或是挨饿。海上交通的日益普及，也增加了船只碰撞到海洋哺乳动物的