升任该部専门教育司司长。1925年（民国14年），他被推荐为东北文化事业上海分委员会委员。1926年（民国15年），他被任命为中华教育基金委员会委员，同年12月代理教育部次长，兼任代理北京大学理学院院长。1928年（民国17年）秦汾转入国民政府，任教育部普通教育司司长。此后他获得宋子文的知遇，1930年（民国19年）2月，他转入财政部，任该部会计司司长。这个职务和他此前的经历极不相同。1931年3月，他任主计处主计官。1931年10月30日成立了以秦汾为主任的全国经济委员会筹备处，至1933年9月，