（民国五年）3月，在冯国璋的指示下，李纯等5省将军发出密电，劝袁世凯取消即皇帝位。同年6月6日袁世凯死去，7月各省将军改为督军。李纯留任江西督军。
江苏省的统治者.1917年（民国六年）8月，冯国璋到北京就任代理大总统，李纯转任江苏督军。护法运动开始后，为应对孙文的南方政府，主张「武力统一」的段祺瑞与主张「和平统一」的冯国璋之间发生对立。10月，段祺瑞决定派兵赴湖南省讨伐护法军政府，李纯及湖北督军王占元、江西督军陈光远要求段祺瑞停止行动。此后，段祺瑞被迫取消讨伐南方军，并且卸任国务