5年派降将阿睦尔撒纳为引导，以定北将军班第率军平定准噶尔，攻下伊犁。而后阿睦尔撒纳想要成为新一代准噶尔之主，由于没有获得干隆帝支持而叛变。干隆帝派兆惠西征，最后于1757年平定天山北路，准噶尔亡，其族惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清，史称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦与霍集占佔据喀什噶尔与叶尔羌，意图自立。1758年干隆帝再命兆惠西征，兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌（今新疆莎车），反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围，兆惠与富德最终攻灭大小和卓，并让帕米尔高原以西的中亚各国