东北部的地区进行两次「南部一带之讨伐」。在这些军警联合的行动中，以在阿公店区域的行动最为残暴，为了确实扫荡威吓抗日份子，日军在可疑庄头以激烈的「清庄」方式，将庄头的青年男子全部杀光，造成数千人死亡与数千户房屋毁坏。残暴手段引起在台湾传教的多国传教士联合向香港《 每日新闻 》（"Daily News"）投书抗议此一非人道的行动，成为国际注目的事件，史称「阿公店大虐杀事件」。日本在完成台湾佔领的过程，由于台湾民主国与台湾人本土意识的抵抗，以致日本军队有时以「无差别手段」攻打部份顽强抵抗的庄头，造成部份地方势