当日本为因应朝鲜半岛局势而在二战后首度之际，他获首相吉田茂及昭和天皇赏识而转服武职，经日本政府及驻日盟军总司令部（）任命为陆上自卫队前身部队——警察预备队及的指挥官，又在1954年自卫队成立后，出任首位（陆海空三军总参谋长）至1964年为止，官拜陆将（四星上将）。林作为文人出身的将领，在任期间所进行的工作包括重整部队组织、制定基础精神、抑制旧日军对新部队的影响，以及对外防务交流。从自卫队退休后，林敬三尚于数个社会及公共组织中活动，不仅充任、日本红十字会与等团体的会长、总裁职位，还投入行政调查、靖国神社问题等