42年7月海军批准了肯尼迪的出海请求，安排他到芝加哥西北大学一个分部的海军学校学习。肯尼迪的愿望是要指挥一艘鱼雷艇（即PT艇）。这一愿望在1943年1月得以实现。他离开训练工作，受命带着4艘船前往佛罗里达州的杰克逊维尔，并在那里得到了新的任务，被安排到巴拿马运河执行巡逻任务，由于他不愿意“在战争结束前陷在巴拿马”，便请求调到南太平洋。1943年3月，他踏上了前往美国和日本正在激烈交战的所罗门群岛的征程。成为的艇长。6月，肯尼迪的船被派往新乔治亚东南的拉塞尔群岛，7月被派往位于战区中部的新乔治亚西部的隆巴里岛