精卫等人正在广州筹办执信学校，想邀请她前往，但当时陈炯明又在广东发动六一六事变，广东局势混乱，方君瑛只能滞留上海。期间，她还婉拒了陈嘉庚的集美学校任教的邀请。此时她有感于社会腐败等问题，意志变得十分消沉。1923年6月12日，方君瑛在上海的寓所内吞服大量吗啡自杀，并于14日因抢救无效而逝世。遗书中称“为国事累卵，民苦倒悬，而同志泄沓弗振，社会尤腐败之极，自恨不能力济，只有死耳。”
与汪精卫的关系传闻.野史传称方君瑛和汪精卫有恋爱关系，二者虽没有结婚，但却有婚外恋情，这引发汪精卫夫人