国战争爆发后的1916年（民国5年）5月，在日军的支持下，到青岛组织中华革命军东北军，任总司令，在山东省展开反袁军事活动，出兵占领淄博建立革命军政府。在这段时期，蒋介石曾任其手下的参谋长。
反共右派.袁世凯死后，居正参加孙文的护法运动。1919年（民国8年）10月10日，中华革命党改组为中国国民党，居正任总务部主任兼军事委员。1922年（民国11年）5月，任广州护法军政府内务部长。1924年（民国13年）1月，在中国国民党第一次全国代表大会上，当选中央执行委员（其后，当选常务委员）