官派北农常董邱进福认为她上任后，北农的产销制度提升很多，而她个人生活简单住在办公室，值得力挺。2018年6月6日民进党中常会上，推荐吴音宁的农委会副主委陈吉仲指出不管是菜价稳定程度、北农的获利、业务推广费运用等等，吴音宁都远胜过韩国瑜。兼任民进党主席的蔡英文总统也在会上声援吴音宁，并要求部会、党给予吴音宁协助。2018年6月14日，7大公会举行记者会表态支持吴音宁，表示「生意人不懂政治」，全力支持北农总经理吴音宁继续连任。2018年11月29日，北农董事会通过解职总经理吴音宁。
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