外卓克华指出，此次金门馆的重建，表面上是因为栋宇摧残，但其实另一个目的是为了解决班兵运配的问题，使金门馆可以作为班兵在等候船只时短期居留的场所。而这次的重建，大致奠定今日的庙貌。清咸丰五年（1855年）再次重修，一说是受到道光二十八年（1848年）彰化地震影响之故，另一说则认为此次重修并未动到主体建筑，而是金门馆拥有的店屋与庙旁边室，并新建刘光彩的祠堂。同治年间据说又有重修过一次。此外约在咸丰年间，浯江馆可能已经改名成今天的「金门馆」，光绪年间「金门馆」之名已正式出现在文书上。日治时期，根据大正年间