领五百骑兵出袭喀什噶尔城，中途发觉情况有异，连忙反向奔逃。杨芳与伊萨克等人急驰追赶一昼夜，张格尔逃至喀尔铁盖山，仅剩三十余骑，弃骑登山。遭杨芳副将胡超、段永福伏击生擒，解至北京，道光帝下令在午门举行献俘仪式，寸磔餵狗。清廷为平此乱，多以嘉庆年间平定川楚教乱的老将，拥有一定的作战经验。此役用兵三万六千人、耗银千万余两，并征集军马两万余匹，骆驼一万余峰，并迅速平乱。由于浩罕商人曾助张格尔作乱，清政府于道光八年（1828年）下令稽查在喀什噶尔等地有安家置产的浩罕人，分年驱逐。