日本警方很快抓到了小山丰太郎，据此人供认，他本人是日本“神刀馆”的成员。他不希望清日停战，更不愿意看到清日议和，一心希望战争继续，所以决定借刺杀李鸿章，挑起中日之间的进一步矛盾，破坏和谈。马关交涉期间遇刺负伤，最后订定《马关条约》，割让台湾、澎湖及辽东半岛并赔偿二万万两白银，因此背上卖国贼罪名。据梁启超记载李遇刺后说“舍予命而有益于国，亦所不辞”而稍愈后日本送来和约纲要，李“除第一朝鲜自主外，余皆驳议”。最后一稿和约，日本方面毫不让步，于是只好被迫签约，而在条约上签字的时候，李鸿章故意把自己的名字以花押