主迁都北京。后经临时大总统府交通部次长于右任劝说，康宝忠放弃迁都北京之见，但未出席参议院会议。此后，他通电辞去议员职务，和朋友成立图书公司，兼任《民主报》记者，又和章士钊创办《独立周报》。1913年二次革命爆发，康宝忠被袁世凯政府猜忌。1913年，他担任吴淞中国公学教务长。1915年辞去教务长职务后，他到北京，历任北京大学讲师、教授，北京法政专门学校教员，讲授中国法制史。1916年，北京大学在中国首设社会学班，请康宝忠讲授社会学，他也被誉为中国首位社会学家。1919年五四运动中，他被选举为北京大学教职员干事