士擅自拔除立于京都三条大桥宣告长州藩是朝敌的公告牌，结果这些武士被新选组攻击和逮捕）而向新选组道歉的酒宴，在天满屋事件担任三浦休太郎的护卫时，吉村也没有和人战斗的记录。不过说起来，这段时间他却是以论客身分活跃。庆应4年(1868年)正月、吉村参与鸟羽伏见之战，不过后来是战死或脱离战场则不详。根据子母泽寛所写，知道新选组离开大坂但却迷路的吉村想向盛冈藩请求回归，身为管家的大野次郎右卫门以他身为武士却有不应该的行为而要求他切腹，并且就在盛冈藩的藩邸里进行。在他切腹的房间里放置着二分金十枚和一张纸，据说吉村在