京南苑机场建于1910年，是中国最早建成的飞机场。此前南苑仅有七、八户回民，无清真寺。南苑机场建成后，商人渐多，形成一个小型回族聚居区，并创建了南苑清真寺。南苑清真寺始建于民国十八年（1929年）。1930年代在原有基础上扩建。中华民国时期，国防部部长白崇禧（回族）两次资助南苑清真寺修缮。1959年，南苑地区有回族311人，60多户。后来有211厂的回族职工加入，回族发展到90多户。文化大革命期间，南苑清真寺关闭，受到破坏。1980年重修。1998年，南苑清真寺翻修。此后，南苑清真寺占地面积350平