年继费隐之后成为住持，七年后退席，居福严寺。在明末清初福建的动乱中，1646年，隐元再度成为住持。
前往日本.日本江户时代初期，长崎是唯一一个外国人能够在日本居住的港口。当时长崎华侨所建立的崇福寺正缺住持一职，当地兴福寺的住持逸然性融聘请隐元出任该寺的住持。之前隐元曾派弟子也嬾性圭前往，但途中海难，触礁翻船而圆寂；因此隐元亲自率弟子良静、良徤、独痴、大眉、独言、良演、惟一、无上、南源、独吼等二十人，搭乘由郑成功提供的船只前往日本。日本承应三年（1654年）7月5日夜到达长崎。月洲所