一直到了2007年3月2日，在当时积极主张台湾本土意识的教育部长杜正胜主导下，在中正纪念堂园区上成立一新单位「国立台湾民主纪念馆」，并依循行政程序废止现有的中正纪念堂管理处，将中正纪念堂园区改名为「台湾民主公园」。虽然教育部进行中正纪念堂的改制，但立法院通过的《国立中正纪念堂管理处组织条例》仍然存在、未经立法院废止，因此造成合法性的争议。另一方面，由于台北市为国民党的执政县市，台北市政府文化局因应教育部的措施而将中正纪念堂列为暂定古蹟，遭政治立场亲近民进党的《自由时报》质疑「为国民党服务」、「反台湾本土