1622年彭措南杰病死以后，贡噶宁布被拉萨三大寺僧众迎接到哲蚌寺。同年2月25日，正式被认定为新的达赖喇嘛。3月18日跟随四世班禅喇嘛出家，受沙弥戒，法号阿旺罗桑嘉措。
统一西藏.五世达赖继位的时候仅仅17岁。新继任的藏巴汗丹迥旺波为了挽回颓势，于1635年联合七旗喀尔喀蒙古，共同对抗格鲁派。索南群培向青海的和硕特部求援。和硕特的固始汗随即派兵支援，在1637年大败喀尔喀三万大军，杀其首领却图汗。同年，五世达赖跟随四世班禅受比丘戒，就任哲蚌寺、色拉寺座主，学习佛教经典。势力窘