给予政治平反。他因身体受到极度摧残，在中组部长期休养（享受副部级待遇）。文化大革命期间，再次被打倒下放。1977年10月，中组部为周肃清恢复党的组织生活（或说1977年底，恢复中共党籍）。1978年2月2日，周肃清在北京因病逝世。1978年2月初，胡耀邦批示周肃清的治丧工作。2月13日，中组部为他在北京市八宝山革命公墓举行追悼会。1989年6月8日，苏联最高检察院对周肃清1931年在莫斯科列宁国际学校的无辜受害给予彻底平反，并恢复其名誉。1989年9月20日，高尔基检察院取消对周肃清处罚的决定，并为