印书馆开始转型。2002年5月，刘发克退休，王云五之子王学哲出任台湾商务印书馆董事长。2011年，施嘉明出任台湾商务印书馆董事长，王云五长孙王春申接任台湾商务印书馆副董事长。台湾商务印书馆出版大量学术书，影印出版全部文渊阁《四库全书》，影印出版中华民国教育部1947年重版《国语辞典》，1981年为中华民国教育部排印出版《重编国语辞典》。2010年1月14日，台湾商务印书馆第二门市于台北市重庆南路一段143号1楼开幕。2010年8月8日，位于云五大楼1楼的台湾商务印书馆门市部结束营业，台湾商务印书馆门市