湾道行政区划升格为省之后，正三品按察使衔分巡台湾兵备道原则受从二品之台湾巡抚制约，实际行政权也为福建台湾布政使所承袭。因为管辖区域重叠，也造成了军政皆双首长制的窘困尴尬。而首任台湾巡抚刘铭传与同时期就任台湾道的刘璈，还因为争权造成许多纷争，1889年，西仔反战役立功且主导兴建台北城。对台湾极有贡献的台湾道刘璈最后还因被诬告而充军黑龙江。
台湾巡抚.台湾巡抚设置于1885年，为台湾建省后的台湾西部最高地方统治者。同年，福建巡抚裁撤，设闽浙总督，而建省后的台湾省正式名称亦称为福建台湾