作办理大陆偷渡犯之遣返事宜，使遣返作业更符合人道与安全的原则。自协议签订后在遣返过程中，未有任何人员伤亡之情事发生。 依据历年遣返数据，两岸政府大体均依协议精神处理偷渡事件。
后续.尽管签订了协议，但双方的论战持续。国立政治大学的统计指此后几年，偷渡者持续增多，1993年达到5944人后开始大幅下降。据《人民日报》统计，1990年至1994年5月，福建渔民遭金马守军枪炮打死46人，伤112人。1989年以来，台湾遣返大陆偷渡者闷死、撞船淹死46人；在大陆侧拦截抓扣大陆渔