云达不来梅的比赛中，两人因为争抢主罚一记任意球而发生口角，穆勒遭到拳打，但双方在事后很快平息了事件。随后，穆勒再次打满了该赛季的所有比赛并射入19球（联赛射入12球），但拜仁的成绩却差强人意，在联赛中仅名列第三，且在德国杯半决赛中被沙尔克04淘汰。在欧冠十六强对阵国际米兰的比赛中，拜仁先于首回合在梅阿查球场以1比0取胜，而在次回合回到主场后，尽管穆勒在第31分钟先开纪录，但国际米兰在第88分钟时将总比分扳为3比3，并依靠作客入球优惠制晋级。穆勒的恩师范加尔则因为战术、转会和用人策略的僵化而遭到越来越多的批评