芝龙斩首于北京柴市。
影响.
郑氏海军.在17世纪世界海权勃兴时代与明朝封闭海疆背景下，郑芝龙以民间之力建立水师，并在台湾海崃上击败西方海上势力，有其一套水战战法对抗西洋人大船大砲，而其整治的水师成果亦是郑成功得以击败荷兰人进取台湾的基础；值得一提的，即便是康熙后来攻台的海上大军，亦是在两代郑氏水军基础上建立的。
福建及海洋文化.做为李旦的后继者，郑芝龙以厦门为中心统御着含有外交网络的王朝，但始终固守着传统，包含福建人在沿海扩张势力和