中、西北、东南部，海拔在150米以下。高盖山是全岛之最高点，海拔202.6米。南台岛被闽江围绕的总长度约66公里。岛上内河错综复杂，共计有30多条，岛上东片区内河水流随外江一同涨落，且由出口水闸控制。
自然环境.南台岛属副热带季风气候，年平均气温19.6℃，夏季平均28℃，降水量1392.5毫米，蒸发量1413.7毫米。岛上分布玉兰、龙眼、荔枝等经济阔叶林。南台岛的绿地率为35.79%，人均绿地率为108.47㎡/人，人均公共绿地为35㎡。南台岛东侧的三江口是重要的湿地、滩