1762年英国占领哈瓦那和马尼拉更迫使西班牙暂时放弃了组织大型运输船队的模式。不过随着哈瓦那和马尼拉1764年重归西班牙控制，珍宝船队在大西洋和太平洋恢复了航行。1765年，西班牙国王卡洛斯三世开始逐渐放松贸易管制。1780年后，西班牙开放了殖民地自由贸易。1790年，负责管理殖民地贸易的机构关闭，这一年也是珍宝船队定期出航的最后一年，之后的运输任务则由海军船只单独、分散承担。尽管很多人认为有大量的西班牙运输船只被英国或荷兰摧毁或夺取，但实际上只有很少的船只遭此命运。只有荷兰人（Piet Hein）