知府。万历二十九年（1601年）矿税使太监孙隆在苏州横征暴敛，激起以葛成为首的万余织工群起抗暴。时朱燮元已升川南道以“兵以御外寇者”为由反对武力镇压，采取劝谕解散。葛成挺身投案，要求免及他人。朱燮元又竭力说服上级，不仅免去葛成的死刑，而且不旁及一人。万历三十五年（1606年）朱燮元以父母年高弃官归里，直到万历四十四年（1615年）才起任陕西按察使。万历四十六年（1617年）转四川右布政使。天启元年（1621年）奢安之乱，奢崇明、安邦彦反，朱燮元加兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军