廷调集中国内地军队，资助军饷。而新到任的驻藏大臣有泰反对西藏军民抗英，拒绝达赖所提的援助要求，斥达赖“执拗无理，胆大妄为”，并在藏军与英军作战时釜底抽薪，导致藏军大败，以迫使藏人同英军媾和。1904年7月，英军渡曲水到达拉萨城下，十三世达赖未通知驻藏大臣有泰便被迫出逃，同年11月到达外蒙古库伦，受到清朝库伦办事大臣德麟、外蒙古哲布尊丹巴唿图克图以及当地僧俗欢迎。其间，清廷听信驻藏大臣有泰参奏，革去十三世达赖的名号。但清廷仍密切关注达赖的动向，防止其投靠俄国，并派西宁办事大臣延祉前往迎护并带去光绪帝和慈禧太后