父亲黄辉锽在嘉义开业当医生，黄智贤排行老二，其兄黄伟哲现为民主进步党籍台南市长，弟苏紫云现为台湾淡江大学整合战略科技中心执行长。堂弟黄重谚为总统府发言人。黄智贤来自台南传统党外家庭，小时候常到报摊上帮爸爸买党外杂志，虽然党外杂志很贵，但她当做是对党外运动的支持，从小就是看党外杂志长大的，长期支持党外运动追求民主，然而黄智贤从小对台独反感，她说早期的党外运动并不强调统独，而是反国民党、反抗权威、为弱势者发言，黄智贤认为民进党「从党外走向执政，却变成挑起阶级、种族对立，支持台独，早就叛离当年精神」，当年很