下设淡水、新竹、宜兰三县及基隆厅，以淡水县为附郭县，使北部在行政组织上的比重大为增强，以配合其在台湾开港以后的迅速发展。沈葆桢为解决组织与移垦开发速度脱节的问题，也对中南部的行政区划加以调整。由于当时诸罗县南部的曾文溪以南地区距离县治过远，且为加强台湾府之附郭县台湾县的辖境，因此将此一地区划入台湾县。此外又将彰化县埔里地区单独设立埔里社厅，改“北路抚民理蕃同知”为“中路抚民理蕃同知”，移驻埔里。另在后山地区设置卑南厅，移“南路抚民理蕃同知”驻守。于是大甲溪以南的中南部地区仍设台湾府，下辖彰化县、嘉义县、