5年，尽管在廉价航空公司的标签下，仍获得Skytrax评定为一间4星级航空公司。于2006年，燃油价格不断上涨和载客量下跌为澳亚航空带来负面影响。2006年4月11日，澳洲航空为了集中营运两个品牌——澳洲航空和捷星航空，因此放弃营运澳亚航空，澳洲航空首席执行官Geoff Dixon 宣佈于2006年7月起，澳亚航空将停止营运其带有澳亚航空色彩的机队，原本的机队亦会重新涂上澳洲航空的标志和色彩。在湿租协议下，澳亚航空将会使用澳洲航空的飞机和人员来营运澳洲航空的路线。7月1日，澳亚航空的机队併入澳洲航空机队。澳