司马申为主簿。太清之难时父母去世，因此决心终身只吃菜。梁元帝承制，他担任开远将军，迁为镇西外兵记室参军。侯景入侵郢州，他随同都督王僧辩据守巴陵，进献的策略都有效用用。王僧辩惊叹：「驰骋战场未必是这小子的所长，若要他安抚民众守城，一定会有功绩。」王僧辩讨伐陆纳时司马申在军中，这时敌军突然到达，王僧辩部下后退，他自身掩护王僧辩，用楯遮住前进，会合裴之横的救兵，敌军于是退却，王僧辩对司马申笑说：「仁者必有勇，不是假的！」除授散骑侍郎，到绍泰初年迁任仪同侯安都的从事中郎。陈霸先受禅建立南陈，司马申获授临川王陈蒨