比0战胜海法马卡比的欧冠比赛中射入2球，并被评为9月德甲最佳球员，赢得了与他姓氏相同的前拜仁传奇前锋盖德·穆勒的嘉许。在与海法马卡比的比赛之后，穆勒几乎每场比赛都出现在首发阵容中，至赛季前半程结束前只缺席过一场比赛，即2009年11月3日在欧冠比赛对阵波尔多时遭到禁赛，因为他在双方首回合的较量中被红牌罚下。2010年2月，穆勒与拜仁慕尼黑签订了一份新的合同，有效期直至2013年。他在该赛季的后半程继续作为一线队的主力球员首发出场，由于边锋弗兰克·里贝里及阿尔扬·罗本通常分居居左右两侧，穆勒在阵中主要扮演