代表由公民直选选出，任期为四年，可连选连任。共有12位市民代表，第一选区1席市民代表、第二选区5席市民代表、第三选区4席市民代表、第四选区2席市民代表，主席、副主席由12位市民代表互选产生。
行政区.1945年（民国34年），国民政府将「马公街」改为「马公镇」，下设里。1981年（民国70年），马公镇升格为马公市，共辖34里。2010年（民国99年）2月1日，马公市新复里併入复兴、长安里，减少1里，所辖变更为33里，辖有：石泉里、光明里、光复里、光华里、光荣里、安宅里、西文