曹家麟等人创办私立钟英中学堂（今三中），粤绅沈凤楼等人创办私立旅宁第一女学（后并入中华中学），皖籍汪菊友等人创办私立安徽旅宁中学（今六中）。1905年，两江师范学堂附属小学堂改为附属中学堂（今南师附中），养正学堂增设达材中学。1906年，设暨南学堂（今暨南大学），是南京第一所官办侨生中学堂。1907年，清政府承认女学的合法地位，南京兴起官绅举办女学之风，继旅宁第一、第二女学堂后，设惠宁、毓秀、江宁八旗第一女学等中学堂。至1909年，南京共有20所中学堂，1912年剩余10所，包括3所官办学校（江宁府