畯南被调往广州市设计院前身的广州市工程局设计处。1957年，畲畯南加入中国共产党。1966年，文化大革命爆发，畲畯南因设计“封资修建筑”而被打入“牛棚”，接受批斗和再教育。1971年，畲畯南被调回设计院。1975年，畲畯南参加中国建筑师代表团访问阿尔及利亚，接着又承担加蓬卫生中心设计任务。1976年，广东省委派畲畯南赴北京参加毛泽东纪念堂设计。1978年，畲畯南主持设计选址的中国驻西德大使馆。1986年，畲畯南获全国五一劳动模范、广州市设计院名誉院长称号。1989年，畲畯南第一批获得中国建筑设计大师称号