除周玉蔻，最后苏进强宣佈开除周玉蔻的党籍并停止对其辅选。最后开票结果台北市选情亮眼，提前停止与周玉蔻合作关系的陈建铭、简余晏让台联第一次在台北市议会夺得席次；但高雄市的部份却因为台联提名罗志明参选市长，造成支持者的不谅解而沖击选情，议员从五席滑落至一席，陈菊也差点因为罗志明落选。苏进强请辞为败选负责，但他强调败选不是路线问题而是选举策略问题，党的未来路线不会改变。
黄昆辉时期（2007年－2016年）.2007年1月，由群策会秘书长黄昆辉出任第三届党主席。在就职典礼上宣示了台联