至5月的和平谈判失败后，美军进占了，菲律宾共和国政府又先后搬到了和塔拉克。此外，在5月7日，菲律宾共和国内的主战派成员皆被解职，由多名主和派官员替代。11月13日，美军占领塔拉克，此时阿奎纳多等人已经出逃。当日，在的会议中，阿奎纳多决定重组部队，进行游击战，但阿奎纳多逐渐失去军队掌控权，无法再发动大型的军事行动，他意识到他东逃的道路已被美军封锁，11月15日，阿奎纳多等人摆脱了美军的追兵，转而穿越北方和西方的山脉。1901年3月23日，阿奎纳多在被美军俘获。4月1日，他宣布效忠美国政府，废除第一共和国