隆四十七年，干隆帝还写下了《清净化城塔记》。自此，西黄寺形成了“逹赖庙”、“清净化城塔院”东西并峙的格局。
清末风云.咸丰十年（1860年），英法联军侵占北京，东黄寺、西黄寺遭到破坏，建筑受损严重。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，东黄寺遭劫。光绪二十一年（1895年），十三世达赖亲政。光绪二十九年（1903年），英国派兵占领后藏岗巴宗，随后以荣赫鹏（Francis E.Younghusband）为正帅，率军侵入亚东、帕里一线，占领西藏领土，屠杀当地藏民。第二次英藏