运输署起初禁止新界的士和红色小巴使用城隧的做法惹来业界不满，司机们曾透过慢驶游行和强行闯关等方法抗议。商讨多时后，当局终愿意放宽新界的士的禁令，但却遭到市区的士团体的强烈反对。最终两大的士团体和运输署达成协议，新界的士可驶进城隧，但不可绕经大涌桥路和火炭路，措施在1992年4月底生效。2012年城门隧道平均每日行车量为48,887架次而此隧道原有的交通资讯显示系统和车速限制显示屏，已于2013－2014年分阶段更新并投入服务。2017年7月23日城门隧道成为全港首条隧道推出「停车拍卡」式电子缴费系