政府永久拨予圣公会使用，并且不收地税，是今时今日香港唯一一块永久土地权的非政府土地。教堂内亦有刻有英国皇家徽号，专门供港督或过境皇家成员使用的座椅。然而于后期，尤其是二战后，英国政府和英国国教会逐渐分离，政府只有当有重大的仪式要进行，如1986年港督尤德的丧礼，方会于圣公会座堂进行。其后更有不信奉圣公宗的港督，例如信奉天主教的彭定康。圣公会神职人员如邝广杰、邝保罗等逐渐与中华人民共和国政府接触。香港主权移交后两年起，香港圣公会属普世圣公宗之一员，行政上是一个独立自治的教省，和英国政府及圣公会也再没有