原作TV版前6话的情节，而《破》涵盖从第8话到第19话的内容。这个范围非常广，为了把它做得更像一部电影，没有用太多TV版的内容，有相当的一部分都是新作的。有新角色（真希波·真理·伊拉丝多莉亚斯）、新EVA机体的登场；设定、剧情等都进行了大幅的修改；以及明日香的姓氏「惣流」改成「式波」。同时投入更多已趋成熟的CG技术，实际呈现出全新的作品风格。
故事内容.在旧北极的NERV基地，被解剖了的第3使徒逃脱封印，随后由真希波驾驶EVA暂设5号机迎击。受到重创的5号机破坏使徒核心后，插入拴脱