套数性别决定系统是一种特殊的性别决定系统。当中未受精的卵成为单套染色体的雄性，而受精卵则是成为双套染色体的雌性。 採用此性别决定系统的昆虫有膜翅目（蚂蚁、蜜蜂、黄蜂）与缨翅目的昆虫。部分的叶螨科，半翅目，鞘翅目，轮形动物门也採用此系统。在这个系统中，性别由染色体的套数而决定。精卵结合的受精卵发育为雌性生物，未受精卵发育为雄性生物。这表示雄性生物只有雌性生物一半数量的染色体，而且为单倍体。