融工程学院在深圳成立，是中国首家金融工程学院。2004年6月，南开大学教育基金会成立。2005年，南开大学下属允公集团被发现存在重大资金漏洞，共计4亿元资金被违规使用。2009年，梁思成设计的学生第七宿舍楼经重新修缮成为文科创新楼。2010年，中国旅游管理干部学院并入南开大学，与旅游学系合并组建旅游与服务学院。2010年，南开大学津南校区在海河教育园区启动建设。2014年9月，《南开大学章程》正式核准、生效。2014年，南开大学津南研究院挂牌成立。2015年6月，南开大学金融学院和材料科学与工程学院相继成