巴士网络，当中约有8条路线跟计划中的铁路网络重叠。可是政府引入「轻铁专区」概念，最终使原来的营运商九龙巴士放弃经营来往屯门区及元朗区之间的巴士路线，包括：以换取让九巴和城巴开办来往屯门、天水围、洪水桥、元朗至大角咀、旺角、佐敦、尖沙咀、红磡、观塘和香港岛的多条巴士线（58X、59X、63X、66X、67X、69X、260X、258D、259D、265B、268B、268C、268X、269B、269C、960、961、962系列、967、968、969系列等）。此外，政府亦同时引入措施，分别限制九巴在专