文献却被迪亚哥·德·兰达主教于1562年7月下令全面销毁。这些文献，加上一些石刻及碑刻，都是玛雅文明现存的主要书写纪录。不过，它们所记载的肯定较石刻或其他铭刻的更为广泛。于1540年有指在瓜地马拉高原发现的文献中，记载了玛雅超过800年的历史。巴托洛梅·德拉斯·卡萨斯发现了一些玛雅手抄本，但却正被僧侣所烧毁。最后被破坏的文献是于1697年在瓜地马拉的塔亚沙尔被破坏。 由于所受到的破坏，很多有关玛雅文明的重要资料都被抹煞了。现时只存有3份手抄本，或是4份手抄本碎片：
德勒斯登手抄本