立研究机构，主要从事水科学与环境工程领域的科研。研究院所依托的环境工程学科于2007年成为国家重点学科。“环境科学与工程”一级学科在2003年、2007年全国学位与研究生教育学科评估中综合排名全国第一、第二位，是浙大985工程“农业生物与环境”平台与211工程“资源利用与环境保护”的重点建设学科。现任院长为陈英旭。