直被外界视为中共党内坚定的改革派；据传，与时任上海市市长的江泽民工作不合。芮杏文在中共第十三届中央书记处中，主管意识形态工作，曾兼任中央宣传思想工作领导小组副组长；是时任中共中央总书记赵紫阳的得力助手。1989年六四事件发生后，芮杏文随赵紫阳、胡启立、阎明复等人一同下台。1991年4月复出，任国家计委副主任（正部长级）。1993年3月当选第八届全国政协常委。2005年6月5日在北京逝世，享年78岁。