等到张居正病故，言官争相推荐艾穆，起用为户部员外郎。之后改任四川佥事，逐渐升至太仆寺少卿。万历十一年（1583年），任光禄寺少卿。万历十七年（1589年），任南京鸿胪寺卿。万历十八年，任太仆寺少卿。万历十九年（1591年）秋，提拔为都察院右佥都御史、巡抚四川。前任崇阳知县周应中、宾州知州叶春及行义过人，艾穆推荐他们代替自己，皇上没有回应。上任后，有人报告播州宣慰使杨应龙叛乱，贵州巡抚叶梦熊请求征讨。四川人大多说杨应龙势力强，不可以轻易征讨，艾穆也不想用兵，与叶梦熊意见相左。朝廷命令两位抚臣一同考察，杨应龙