2011年11月任西藏自治区人民政府常务副主席，晋升正部级。2012年11月在中共十八大上当选中国共产党中央委员会候补委员。
团中央第一书记.2013年3月19日，秦宜智任中国共产主义青年团中央书记处第一书记，晋升正部级，成为改革开放以来第九任团中央第一书记。由于中共中央总书记习近平批评共青团组织脱离群众，“高位截瘫”，中央巡视组批评共青团存在“机关化、行政化、贵族化、娱乐化”等问题。2016年8月，中共中央办公厅发布《共青团中央改革方案》，开始对共青团进行全面改革，改革试点首