儿子林小翎因在法国笃信科学神教而患上了严重的忧郁症，跳楼自杀身亡。林希翎十分悲痛。2001年，中华人民共和国副主席胡锦涛访问法国，林希翎通过中国驻法国大使馆人员的安排见到了胡锦涛，双方握手并进行了简短的交谈。2002年中华人民共和国国务院总理朱镕基（原为右派）访问法国期间，林希翎作为旅法华人华侨代表受到接见。2003年底至2004年初，林希翎曾经回到中国，继续为自己的平反问题同中国人民大学校长纪宝成及统战部官员会晤，但未取得成果。1999年，法国出兵南斯拉夫科索沃，林希翎向法国政府提出抗议，导致自199