政府迁台之后划入军事管制区而无人居住。1996年，基隆市政府向行政院农委会提出「棉花屿、花瓶屿野生动物保护区」的规划，以保护岛上野生动植物。棉花屿也是台湾北部唯一的海鸟繁殖地。台湾基隆渔民表示，棉花屿和彭佳屿还存有珍贵稀有的第二级保育类鸟种玄燕鸥和白眉燕鸥生存繁殖。2009年，基隆野鸟学会人员发现属濒临绝种的第一级保育类鸟种游隼在棉花屿繁殖。 
生态植物.岛上另一种特别的植物是俗称「海芙蓉」的蕲艾，属于菊科多年生草本植物，喜欢生长在海岸线边缘的岩石上，是一种稀有的名贵药材，用来