没有战机可迎战第三波攻击；福留繁的指挥部亦在空袭后夷为平地。傍晚日军鱼雷机发现美军舰队，陆续展开攻击，但无一成功，更损失42架。美军当日出击数达1,378架次，只损失48架飞机。13日舰队再次空袭台湾，出击数下降至974架。傍晚美舰队被日军攻击；富兰克林号轻微受损，无人伤亡；而坎培拉号则被鱼雷重创，要由拖船协助离开战场。14日舰队派146架战机及100架轰炸机再次攻击台湾，顺道掩护坎培拉号撤退；陆军航空军则在中国大陆派109架B-29轰炸高雄。当晚日军鱼雷机再次夜袭，侯斯顿号被鱼雷重创，一度下令弃船；由