军进藏后西藏的实际统治权才再次被中国中央政府收回，但西藏噶厦政府直到1959年十四世达赖喇嘛外逃印度后才被中央政府解散，并在1965年被西藏自治区政府取代。1914年，在英、中、藏三方西姆拉会议上，英、藏双方签定协议，西藏噶厦将麦克马洪线以南地区割让给英属印度，也就是现在的印度阿鲁纳恰尔邦，对于此协议，中华民国以及后来成立的中华人民共和国都拒绝承认。后因此中印两国于1962年爆发军事冲突，史称中印边境战争两国在藏南地区、阿克赛钦地区以及洞朗地区的边境对峙则时有发生。辛亥革命爆发后，新疆地区哥老会起事，