屡乞骸骨，优诏许之，罢知政事，为太子太傅。第二年，因帝思旧臣，再拜为侍中。唐肃宗、唐代宗曾下诏晋卿摄冢宰，皆因固辞。晚年行走困难，代宗特意在延英殿召见苗晋卿，以示优礼，称“延英对”，《新唐书》说“宰臣对小延英，自晋卿始。”。肃宗崩，以首辅居摄政三日。永泰元年（765年）四月，晋卿逝世，享年八十一，追赠太师。初谥懿献，因对元载有旧恩，改谥文贞。大历七年（772年），令配享肃宗庙庭。晋卿之子苗发，有诗名，为“大历十才子”之一。