2015年12月31日，俱乐部变更工商注册，北迁江苏省南通市，并更名为南通支云足球俱乐部。2018年10月27日，在中国足球乙级联赛半决赛中，南通支云以总比分1-0击败陕西大秦之水，成功打入决赛，并成功升入中甲联赛。2021年球队找来前香港足球代表队吴伟超做助理教练，杰志体育会中坚李毅凯做内援球员。