由于隧道容量不足造成，而是出口道路如海底隧道、跑马地、天乐里、北角或告士打道的挤塞延伸至隧道内引致，因此挤塞问题没有根本解决方法，直至港铁南港岛线通车后，不少使用者改乘港铁来往各区，香港仔隧道挤塞情况才得以纾缓，而间歇性封闭次数亦有所减少。为防止香港海洋公园旧水上乐园于1999年结业当日爆发之香港海底隧道、东区海底隧道及铜锣湾的挤塞情况重演，东区区议会及湾仔区议会在2006年11月计划，2010年在东区走廊和坚拿道天桥架设电脑警告牌，以提示驾驶者改用英皇道、高士威道往来铜锣湾及香港仔隧道，以减少出现挤塞