驻松江，徐孚远与好友夏允彝、陈子龙、张密等人，计议起兵抗清，集数百忠义之士，由夏允彝写信与吴淞总兵吴志葵联络，自吴淞江入淀、泖，窥苏州。同年（1645年）冬，在福建娶戴氏。永历十二年（1658年）永历帝命徐孚远为左副都御史。永历十五年（1661年）追随郑成功到台湾，与沈光文及张苍水等人并称东宁三子。永历十九年（1665年）三月，结识郑郊。又和叶后诏、郑郊、黄骧陛、林兰友、纪许国兄弟结为“方外七友”。同年五月二十七日，痛哭而卒。张密、郑郊料理其后事。后归葬松江。
着作.有《钓璜堂集》