督徐州事，并以檀凭之为其司马。三月戊午日（3月27日），刘裕与桓玄所派的吴甫之于江乘大战，刘裕吴甫之后进至罗落桥，遭另一将领皇甫敷迎击。当时刘裕与檀凭之各领一军，檀凭之兵败被杀，余众退散，刘裕则奋勇力战，杀皇甫敷。同年刘裕攻佔建康，奉大将军司马遵建立行台，赠檀凭之冀州刺史。义熙初年，檀凭之更被加追赠散骑常侍，追封曲阿县公，食邑三千户。