日，伊莎贝和费尔南多颁布阿罕布拉法令，把西班牙的犹太人和穆斯林驱逐。大约有20万人被迫离开家园，剩下的被迫皈依基督教，并在日后再次遭到迫害。
晚年.伊莎贝尔和斐迪南在统一西班牙之后试图利用西班牙宗教裁判所在精神层面把全国统一在天主教之下。1502年，西班牙的穆斯林被迫在接受洗礼皈依基督教和离开西班牙之间作选择。他们还试图通过联姻和欧洲其他列强联合，以达到制衡法国和统一伊比利半岛的目的。伊莎贝尔死后把所有称号给了女儿胡安娜。胡安娜的丈夫菲利普一世在伊莎贝尔死后和斐迪南反目，但在内