JR西日本的会社分界站，JR东日本拥有由本站（包括站内部份）至长野站间的路轨管理权，而JR西日本则拥有自本站起至金泽站之间的路轨管理权，并在获得JR东日本的授权下，负责长野～纟鱼川间的驾驶及车务事宜。在北陆新干线未通车前，本站原称为「脇野田站」，属信越本线一部份，由负责管辖，过往由所管理、新潟支社旗下子公司「JR新潟商务」（）负责车票事务，但随北陆新干线于2015年3月14日开业，则改为直营站。车站取名「上越妙高」，是顾及车站设于上越市，同时邻近的妙高市又是知名度极高的观光热点，因此採用了两市复合的