顺帝采纳他的谏言，授金紫光禄大夫，兼绍熙宣抚使。当时伯颜为中书右丞相，权倾朝野，向为元惠宗所忌；脱脱恐受其累，与惠宗密谋逼退伯颜；先是将他当河南行省，途中改为广东县令。伯颜走到江西时病死。至元六年（1340年）农历十月，脱脱为中书右丞相，大改伯颜旧政，复科举取士。至正三年（即1343年），脱脱主编《辽史》、《宋史》、《金史》，任都总裁官。至正四年（1344年）农历五月，脱脱因病辞职；至正九年（1349年）农历闰七月，复出为中书左丞相（次相）。至正十年（1350年）农历四月，脱脱被任命为中书右丞相（首相）