湾原住民族史与高山古蹟及生态研究，具有深远影响。1999年5月1日获得台湾省文献委员会(后改为国史馆台湾文献馆)第一届「杰出台湾文献奖」杰出文献工作奖。2010年，国立东华大学原住民民族学院为表彰杨南郡的研究对台湾原住民与相关学界之贡献，授予其社会科学名誉博士之学位，这也是东华大学创校以来首次颁授之名誉博士学位。东华大学也在同日举行以其为名之「杨南郡先生及其同世代台湾原住民研究与台湾登山史国际学术研讨会」，祝贺其八十大寿。2011年8月2日至2014年8月1日担任原住民族委员会「原住民族文献会」