下旬，双方各自集结于八卦山一带。27日，日军开始零星砲击八卦山的抗日义勇军阵地。29日半夜发动进攻，历经八小时的激战，于当日上午八时取得胜利。此役为乙未战争最大的正面会战，史称「八卦山之役」。由于战情不如预期，日军增派混成第四旅团及第二师团，分别于嘉义布袋与台湾最南端屏东枋寮登陆。10月3日起，分别于三方向进佔台湾南部各城。10月11日，当嘉义之陷，刘永福知事不可为，令郑超英守安平、柯月坡守炮台，并分兵扎罾门溪上。10月16日，日舰七、运船二攻旗后砲台，守将刘成良，永福义子也，互击两时许，台陷，