2月，他成为上海联城的副总经理，主管球队事务。2007年初，在上海联城和上海申花合并后，郭光琪继续担任上海申花的常务副总经理兼领队。2013年1月3日，中甲球队广东日之泉正式宣布郭光琪出任球队领队。不过在6个月后，郭光琪于7月5日回到上海，出任中超球队上海申鑫的常务副总经理兼领队，负责俱乐部和球队的日常事务管理。7月7日，上海申鑫宣布主教练朱炯下课，由刚刚到队两天的郭光琪代理主教练一职。他率领球队在2013赛季提前两轮完成保级目标，并在最后四场比赛获得四连胜，拿到俱乐部历史上最好的联赛排名——第七名。201