，许宝騄决定回国，1940年抵达昆明，成为北京大学数学系教授，任教于西南联合大学，一直任至1945年。钟开莱、王寿仁、徐利治等人都是他的学生。1945年秋，许宝騄应邀赴美国加州大学伯克利分校及哥伦比亚大学担任访问教授，各授课一个学期，学生中包括西奥多·威尔伯·安德森、等人。1946年，许宝騄来到北卡罗莱纳大学任教。一年之后，1947年许宝騄决定回国，谢绝了若干大学的聘任，到北京大学当教授。从1947年至1970年病逝，他一直是北京大学数学系教授。1948年，许宝騄当选为中央研究院第一届（数理科学组）院士。