1962年1月15日爆发的中，印尼海军的鱼雷艇“”号被荷兰海军击沉，指挥官约斯·苏达索阵亡。印尼军队曾计划部署上百艘舰艇对西巴布亚进行登陆作战，持续的军事压力迫使荷兰与印尼重回谈判桌，并最终将荷属新几内亚移交给印尼。苏加诺主张“大印度尼西亚”，反对马来西亚建国，引起两国1960年代初期的对抗，主要发生两国的东部边界，印尼海军参与和支援了这些跨境的暴力冲突和军事渗透。
苏哈托时期.1965年9月30日，印尼爆发九三〇事件，苏加诺被亲西方的军事强人苏哈托推翻。苏哈托在印尼全国大量肃