王前往陆奥。向各地送出皇子镇守，与北朝和室町幕府对抗。延元四年/历应二年（1339年）八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（后村上天皇），翌日遗言「讨灭朝敌、夺回京都」，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。摄津国住吉行宫的后村上天皇，命令南朝下属的住吉大社宫司津守氏在庄严净土寺为后醍醐天皇举行大法要。同时足利尊氏为了弔唁后醍醐天皇，在京都建立天龙寺。