今吉木萨尔县）设戊己校尉，前后行政400余年。公元3世纪初至6世纪中叶，境内先后为高车、柔然、突厥、西突厥铁勒部等部族游牧驻地。唐贞观十四年（640年），设庭州，辖金满、轮台、蒲类、西海四县，相当于今昌吉州的大部分地区。武后长安二年（702年）设北庭大都护府，辖天山以北，巴尔喀什湖以南的广大地区。宋时，本境先后属吐蕃、回鹘汗国。元属察合台汗国。清康熙三十六年（1697年），清康熙灭噶尔丹部。干隆二十七年（1762年），本境属伊犁将军管辖，后干隆在迪化设镇迪道，光绪十年（1884年），新疆建省，昌吉州