感知能力与智慧。游戏一开始就爆发了大规模的“曼哈顿”病毒，病毒可导致细胞破裂。这引起了内乱和Ceph领导的外星军团入侵的恐慌。Ceph是前作中一个具有触手类似章鱼的外星种族。由于纽约社会秩序的破坏，曼哈顿宣布戒严，并依照美国国防部的合同集结了一支由私人军事服务公司Crynet组织的Crynet Enforcement & Local Logistics（简称CELL）军队。
剧情.美国海军陆战队武装侦察部队乘坐鹦鹉螺号核潜艇前往纽约救援可能掌握对抗异形关键信息的前Crynet公司雇