判决日亚化需支付200亿日圆。但东京高等法院最终在2005年1月11日做出「建议和解」的裁决，日亚化支付中村8亿4000万日圆，自此买断中村在该公司的所有发明。当日，中村修二及其律师在记者会抨击「日本司法制度很烂」。2014年11月3日，中村因获颁文化勋章返国召开记者会，自道「希望与日亚化修复关系」，但未如愿。
学界活动.赴美成为加州大学教授之后，中村修二亦陆续兼任信州大学（2002年）、爱媛大学（2006年）客座教授，以及复旦大学（2009年）顾问教授。2005年，中村发