历政权自建立伊始，内部争权夺利斗争就显示出来。暂居安龙以后，以执掌政权的文安侯马吉翔为首的一派，亲附权倾势重的孙可望，企图借助孙可望的实力排除异己，进而拥戴孙可望称王称帝，取代永历帝。而以内阁首辅吴贞毓为首的一派，忠贞不渝地拥戴永历皇帝，并团结了宫廷内外残明的大多数朝臣，也希望借助大西军中拥戴永历帝的力量，使南明王朝重振大明王朝的雄风。正值李定国、刘文秀率军北伐抗清之际，孙可望驻扎贵阳，征发民工，大兴土木，营造宫殿，设立五府六部三衙门，分封文武百官，命令四川、贵州、云南三省归属南明朝的文臣武将，克期到秦