军的首领伊莱·凡斯，是他昔日黑色高地的同事；艾莉丝·凡斯，伊莱的女儿；弗地岗人（Vortigaunt），被高登解放的外星种族。在《战慄时空2》最后，高登摧毁了合成人总部城塔（Citadel）顶端的暗能量反应炉，引起剧烈爆炸并且波及至自己与艾莉丝，此时G-Man又再次出现。他赞赏高登所作的表现，将高登带离了爆炸现场并且再度将他封印起来。
剧情.本作的剧情紧接在《战慄时空2》后。正当高登被G-Man抽离爆炸现场，而艾莉丝有生命危险时，时间暂停并且出现了数只紫色弗地岗人。他们利用传送能力