党（中共）得知中国国民党的中央政府任命李济负责档案文献运台工作后，在第一时间派李济的学生劝阻，被李济拒绝。中共又转求陶孟和劝阻，李济仍不买账。1948年12月20日，“中鼎号”军舰满载国宝启程，一周后抵达台湾基隆港。3天后第二船抵达，其中仅中央研究院历史语言研究所的文物资料便达934箱。1949年1月29日，第三批运出，因不少中华民国海军军人及家属也急于赴台湾，所以该船直至1949年2月22日才抵基隆。至此，事先计划运出的文物资料等均运抵台湾。在文物资料运台的同时，朱家骅也在组织中央研究院人员迁台。