科员、副组长，中国社会科学院财经物资经济研究所成本价格室主任等职。在此期间，获得时任国家经济委员会副主任的朱镕基的赏识。1988年，朱镕基出任上海市市长，楼继伟被任命为上海市经济体制改革办公室副主任；在朱镕基出任国务院副总理后，楼继伟被调入国家经济体制改革委员会，出任宏观调控体制司司长。期间，他参与设计了中国1994年税制改革，是当时外汇管理体制改革的牵头人。1995年9月，外放贵州省工作，任副省长。1998年3月，在朱镕基当选国务院总理后不久，楼继伟出任财政部副部长、党组副书记，继续主持财税改革的工作