裂谷底部的湖泊依成因主要分为两种：
原始人类.东非大裂谷的另一个特色是，它可能是人类最早的发源地，1950年代到1970年代考古学家曾在东非大裂谷中发现了200万年前、290万年前人类的头骨，而引起世人注目的则是1975年，在坦桑尼亚和肯亚交界挖出了350万年前的人类遗骨，以及足迹化石，这是目前为止所发现最古老的史前人类证据。