军事联络委员会还是对军用特种武器计划（）都没有知会。1949年9月，苏联引爆了一枚核装置。作为原子能委员会常规咨询委员会主席，奥本海默决定美国应该把“超级”开发出来作为回应。超级的设计需要使用大量的氚，只能在一个反应堆中制造，因此需要停止为较小武器使用的钚的生产，常规咨询委员会由此表示反对。不过杜鲁门还是在1950年1月31日批准了超级。由于这一决定需要保密，所以1950年代的出版物一度错误地声称奥本海默以政治上的理由阻碍超级的开发，并且这一误解之后也成为1954年奥本海默安全听证会（）召开的一个因素。