九年（1870年）白礁慈济宫因蛀虫而几乎倾颓信众们于是决定重修，并向南洋华侨募款，才得以连同前殿在内做一次彻底的重修。最后该工程在光绪四年（1878年）完工。民国十二年（1923年），白礁王尼姑、王长根再次发起重修，并得到新加坡华侨中华总商会的李光前、陈六使和宾成华商总会的庄来福、王自成之赞助。1984年，福建省文物处、漳州市台联会与晋邑各地分灵庙宫、信徒筹资数万人民币，重修慈济宫后殿。1989年，台湾保生大帝庙宇联谊会会长周大围发起募款重修祖宫的活动，募得新台币500多万（当时折合为人民币120多万）