2020年1月15日，林飞帆和罗文嘉在民进党中常会宣布因「总统连任、国会过半」任务已达成，请辞秘书长及副秘书长职务，并向党主席卓荣泰表达不会留任，做到同年5月19日任期届满为止。不过，根据民进党最新拍板的人事名单，林飞帆确定留任副秘书长，而秘书长则由林钖耀接任。
政治理念.
主张台湾独立.2013年春季，在接受《青声志》访谈时，林飞帆表示曾经阅读过彭明敏《自由的滋味》、史明《台湾人四百年史》与王育德《台湾—苦闷的历史》等台独人士着作。他表示：2013年4