钼易被气化和在电子束照射下分解，所以常被用作电子束诱发沉积技术中的钼源。因为六羰基钼分子中的羰基分子易被其他分子所取代，所以可被用作有机反应中的试剂，比如六羰基钼可与2,2'-联吡啶反应释放出一氧化碳同时形成Mo(CO)(bipy)、紫外线辐照六羰基的四氢呋喃溶液会生成Mo(CO)(THF)。六羰基钼也可作为有机反应的催化剂，如催化环烯的开环聚合、催化炔烃三聚制备苯衍生物等。
[Mo(CO)(piperidine)].Mo(CO)和哌啶经加热反应，发生哌啶对羰基配体的取代反应生成黄