设官治理。十四年（1888年），调任江苏巡抚，适逢苏南地区遭受洪涝灾害，刚毅採取以工代赈的方法整修当地水利工程，特别是整治了上海境内的蕰藻浜和吴淞江。光绪二十年（1894年），中日甲午战争爆发，刚毅积极主战，受到慈禧的赏识，遂进入军机处，任军机大臣兼礼部侍郎。光绪二十三年（1897年），毓贤入北京向大学士刚毅等亲贵，力荐义和团拳民可用，为义和团事件的先声。光绪二十四年（1898年），因坚持反对戊戌变法，甚至主张废黜光绪帝，升任兵部尚书、协办大学士，成为慈禧亲信之一。八月，监斩维新志士谭嗣同等人。