发现时代，目的是在岛上寻找香料。1975年印度尼西亚入侵东帝汶后，两国断绝了外交关系。1999年，印度尼西亚和葡萄牙恢复了外交关系。印度尼西亚在里斯本设有大使馆，葡萄牙在雅加达也有大使馆。
历史.1511年，葡萄牙人收购了马六甲港，在东南亚地区站稳了脚跟。此后，葡萄牙人对印度尼西亚群岛进行了探索性的探险，试图控制珍贵香料的来源，并扩展他们的罗马天主教传教活动。皮莱资的《东方志》写于1512-1515年间，通过葡萄牙人的视角提供了16世纪印尼的重要信息。1522年，最初的葡萄