“业余队”改为“二队”，拜仁业余队也由此成为了拜仁二队。2008年，德丙联赛成立，地区联赛南北两个赛区的前十名可直接晋级，拜仁二队在该赛季获得南区第8名，得以顺利晋级。2009/10赛季，拜仁二队是连续第38次出征第三级别联赛，能与之媲美的只有云达不莱梅二队，他们是连续第35次参赛。
主场.拜仁慕尼黑二队的主场设于慕尼黑的绿森林体育场，这也是拜仁俱乐部在1972年慕尼黑奥林匹克体育场建成前的主场。