芳于天顺八年（1464年）中式甲申科二甲进士。大学士李贤以其为同乡之故，引荐为庶吉士，授翰林院编修，迁侍讲。翰林尚文采，“独芳粗陋无学识，性阴很，动辄议讪，人咸畏避之”。职满九年大考时，有人对大学士万安称：“不学如芳，亦学士乎？”焦芳听闻后大怒，认为必是彭华挑拨，并扬言如若不得升职，必然报复。彭华畏惧，告知万安，焦芳得以晋升为侍讲学士。
弘治朝.弘治年间，焦芳一路升迁，由霍州知州、四川提学副使、南京右通政、太常少卿兼侍讲学士、到吏部左侍郎。与当时的礼部刘健、兵部谢迁交恶，因此深结阉