江省绍兴县东关镇（今绍兴市上虞区东关街道）人。1905年进入复旦公学中学部学习。1909年进入唐山路矿学堂（今西南交通大学）预科土木工程系学习。1913年毕业于美国伊利诺伊大学农学院。1918年获美国哈佛大学博士学位。1918年到1920年任教于国立武昌高等师范学校（今武汉大学）。
中年.1920年到1925年任南京高等师范学校、国立东南大学地学系主任。1925年，因东南大学派系斗争，竺可桢转任商务出版社编辑。1926年8月，竺可桢到天津，被张伯苓聘为私立南开大学教授，讲授地学、气