衞辰和薛干部，打败并消灭他们。登国九年（394年）十月，柔然的别部头领缊纥提的儿子曷多汗与社崘等人率领部众背弃缊纥提向西逃跑，长孙肥率领轻装骑兵追赶，追至上郡的跋那山，斩杀曷多汗，并将跟随他叛逃的人全都杀死。皇始元年（396年），长孙肥跟随拓跋珪征伐后燕，被任命为中领军将军。拓跋珪驻在晋阳，后燕皇帝慕容宝的并州刺史、辽西王慕容农放弃城池夜晚逃跑，长孙肥追赶他到蒲泉，擒获他的妻子儿女。拓跋珪将后燕都城中山包围，慕容宝放弃城池直奔和龙。长孙肥和左将军李栗率三千骑兵追赶他，到达范阳，没赶上而返回。于是攻下研城