991年，台电在万仞宫墙与黉门设立两座高约5公尺的输配电铁塔，被批评影响景观。市政府曾计画拆除东侧住户，建立碑林广场，但被反对，因此2004年放弃。2005年台北市政府决定东侧的民房建物高度限制为4层楼高，以保护孔庙视野延伸线，避免造成视觉上突兀。马英九担任市长时，由都市发展局、民政局、文化局与大同区公所共同负责的大龙峒文化园区，原计画计画拆除东院侧的七十二户民宅，被质疑难行。大龙峒文化园区曾计画将宫墙高度由2.35降为1.2公尺，佐以多层次植栽，使外人进入孔庙时感受开阔尺度，受学者塑造庄严氛围为由一致