中山就任非常大总统，韦悫被委任为秘书兼南方革命政府外交部秘书。8月，韦悫与谢已原作为革命政府代表，会合北洋政府代表蔡元培、江苏教育会代表林士谟、夏威夷大学汉文历史系教授王天木，五人代表中国，出席在檀香山举行的太平洋教育会议。1922年1月，由苏兆征、邓发等领导的香港海员大罢工进入关键时刻，韦悫协助苏兆征到香港与港英当局交涉。6月，陈炯明叛变，砲轰总统府，孙中山避居永丰舰，宋庆龄避居钟荣光家，时任外交部长的伍廷芳避居韦悫家中。1923年3月，桂军驱逐陈炯明，孙中山重返广州设大本营，任海陆军大元帅，韦悫