出任第一届国民大会代表。同年，邓玉麟赴重庆同董必武见面。1949年第二次国共内战末期，中国国民党方面曾派人到大石桥请邓玉麟离开中国大陆，但邓玉麟未走。中华人民共和国初期，邓玉麟作为民主人士当选为巴东县各界人民代表会议代表。1950年底，邓玉麟在镇压反革命运动中被逮捕，1951年3月以 “组织反革命暴动”之罪名被处决，享年71岁。
身后.1982年6月，巴东县人民法院复审宣告邓玉麟无罪，同年7月湖北省高级人民法院宣布邓玉麟无罪，为其平反。在纪念辛亥革命71周年前夕，巴东县人民政府