43年升为右大臣，到了1546年叙任为左大臣。1536年三月，甲斐国国主武田信虎的嫡男武田晴信元服，三条公赖以敕使的身份由京都前往甲斐；同年七月，将次女三条夫人嫁给晴信。不过三条家并没有因此而使财政得到改善，一样过得很苦，所以后来也让三女如春尼充当是管领细川晴元的养女。1551年八月，应周防国大内义隆的请求而前往。三条家与大内家其实很早已前就有些交情，公赖的祖父三条公敦曾经在1479年四月时也应邀前往周防的大内家。但是公赖这次前往周防，在九月一日时遇到大内义隆的家臣陶晴贤叛乱，结果被波及，遭到杀害。