党以贪污罪弹劾，罢官归里。蔡官治奉命抓捕赵南星父子，表面严格执法，却又暗中给予优待和保护，还亲自伺候赵南星起居进食。赵南星的儿子在崇祯年间为父请谥时特别称赞了蔡官治。
陷害名将.天启七年（1627年），阉党倒台后，蔡官治即刻升为湖广提学副使，崇祯四年（1631年）升为江西布政司右参政，崇祯十年（1637年）以原官分守上湖南道，驻守永州府。当时湖广临武县、蓝山县的瑶族叛军进攻永州府道州，蔡官治组织防御，大败。崇祯十一年（1638年），叛军又来进攻，永道守备沈至绪计划将敌人在险要处予以