承宗回京后，面奏王在晋不足任，“笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能”，改任南京兵部尚书，在晋既去，承宗自请督师。天启五年，在晋任南京吏部尚书，不久就改兵部。崇祯元年（1628年），召为刑部尚书，不久，又迁兵部。因坐张庆臻改敕书事，削籍归乡，卒于乡。着有《三朝辽事实录》。
孙承宗与王在晋的对话.这段对话是后世用以对王在晋作评价的主要根据。不过《明史》与《三朝辽事实录》记载的情况大有不同。
《明史》的版本.孙承宗诘问王在晋，等八里铺重城修好了，是否把现在的四万人都填