公顷的垃圾堆填区，同时亦负责处理邻近将军澳第一期堆填区的污水处理。将军澳第二/三期堆填区位于将军澳湾东岸大赤沙一带，划为将军澳新市镇第105区，该处近距离第一期堆填区仅约1公里。1988年正式启用，1994年关闭。现时该处为模型飞机练习场，提供包括香港航空青年团在内的机构及组织等作无人机训练。