府为防范新冠肺炎而停用九龙尖沙咀中国客运码头及上环港澳客轮码头，该公司分别于2020年1月30日及2月4日起暂停开行往来上述码头与中国内地之跨境渡轮航班。
船队.现时，该公司的航线大多以尖沙咀中港码头靠泊，而珠海线半数以上班次以上环港澳码头为终点。同时，海天码头也有部分往来珠海、中山、莲花山及南沙的班次，而虎门及深圳福永线则全部班次皆以海天码头为终点。部分航班会採用北长洲海崃进出香港，并沿港珠澳大桥以南之「青洲水道」往来粤港，大致与港澳高速船相若；而另一部分航班则会下穿青马大桥、途