赉特旗、杜尔伯特旗受黑龙江省监督节制，郭尔罗斯前旗受吉林省监督节制，科尔沁6旗受奉天省监督节制；阿拉善旗、额济纳旗受蒙藏事务局管辖，同时受宁夏护军使节制。8月20日，科尔沁右翼前旗札萨克郡王乌泰发布《东蒙古独立宣言》且举兵；科尔沁右翼后旗札萨克镇国公拉喜敏珠尔起兵响应。东三省官军随即出兵讨伐，乌泰、拉喜敏珠尔败逃外蒙古。1912年11月，蒙藏事务局呈请大总统袁世凯批准，将清朝景山宗室觉罗三学及清理藩部所设蒙古学堂合并成立蒙藏学校。 1914年5月4日，蒙藏事务局改为蒙藏院，与各部并列，直隶大总统。设总裁