回到内蒙古.1946年秋，王再天调任内蒙古自治运动联合会社会部部长兼军事部副部长。1947年，出任内蒙古党委社会部部长。1947年，内蒙古自治政府成立，他在乌兰夫的领导下，为自治政府的成立做了大量工作。自治政府成立时，他出任内蒙古自治政府委员兼政府办公厅厅长，内蒙古共产党工作委员会委员、常委、社会部长，内蒙古军区副司令员。1948年底，兼任内蒙古剿匪总指挥，奉命在锡林郭勒盟、察哈尔盟草原指挥部队剿匪，在国民党军队攻打中共领导下的锡林郭勒盟、察哈尔盟领导机关所在地的情况下，指挥仅有的警