根瘤菌目是革兰氏阴性变形菌门中的一个目。具有会固氮作用和与植物根系共生的根瘤菌出现在几个不同的科中。 四个科中的慢生根瘤菌科，，Phyllobacteriaceae，和根瘤菌科至少含有6个固氮的，豆类结瘤的微生物共生菌。 例子是和根瘤菌属。 Methylocystaceae的种属是; 它们使用甲醇（CHOH）或甲烷（CH）作为唯一的能源和碳源。 其他重要属是人类病原体和布鲁氏菌科，以及农杆菌属（遗传工程）。