1987年至1991年任一等秘书、1991年至1993年任外交部保安政策司助理、1993年至1994年借调任国际战略研究所驻院研究员、1994年至1997年重返外交部任香港司司长、1997年至1999年任政治参赞、以及在1999年至2001年任外交大臣郭伟邦的首席私人秘书。古沛勤在2012年出版回忆录披露，第26任香港总督尤德爵士在1986年死于任内以后，时任首相戴卓尔夫人曾命外交部紧急草拟一份港督人选名单，该名单人选以皇储查理斯王子居首、军人和富商出身的第六代西敏公爵居次，但戴卓尔夫人最终选定以外交部