渐恶化的秀吉于庆长3年8月18日离世，享年62岁。在秀吉去世后，继续进行朝鲜战争已经变得没有意义的前提下，在10月起在朝鲜日军陆续撤退回国。在最后撤退阶段，明・朝鲜水军发动了露梁海战试图阻挡日军撤退但没有完全成功，日军在11月底完全撤退。而朝鲜水军统帅李舜臣与明军统帅邓子龙也在此役牺牲。
政权崩坏.家督丰臣秀次、太阁丰臣秀吉死后，丰臣政权由丰臣秀頼担任第三代家督。秀頼在继位时年仅6岁，无力控制家臣间的矛盾，加上在朝鲜之役期间便已经开始萌芽的加藤清正、福岛正则等武功派与石田三成、小西