岁后，水手队才以签约金71万美金的小联盟约签下他。但是水手队并不是最高签约金的出价者。其他有意与他签署合约的球队包括亚特兰大勇士、纽约洋基及休士顿太空人，其中勇士队提出合约价钱是最高的。2003年的小联盟球季，赫南德兹取得7胜2败的成绩，冬季时返回委内瑞拉参加冬季联盟比赛。2004年获选为西雅图水手最佳小联盟投手奖。在该年成为MLB明日之星比赛为世界队上阵。2004年曾效力Inland Empire 66ers及圣安东尼奥传教士。他投了149又1/3局、14胜4败、防御率2.9及172次三振。200