政治人物组成了所谓的独立政府（"secessions"），并且获得了南方邦联的认可。密苏里州州长克雷泵·杰克森（Claiborne F. Jackson）因为支持南方的独立运动，所以在1861年离开了该州首府杰佛逊市，并于娜秀镇（Neosho）组成流亡政府，并宣布脱离联邦；南方邦联则于同年10月30日予以承认。同一时间，美国联邦政府在密苏里召开制宪大会否决脱离联邦的提案并且另组州政府。虽然肯塔基州并未脱离联邦，但是在南北战争期间该州长期宣布中立。在南军短暂佔领该州期间，同情南方的民众以及政治人物发起