历866年（西历1467年-1462年），玛哈图木·阿杂木出生于中亚费尔干纳盆地北部的柯散（，今乌兹别克斯坦Kosonsoy）。其父名为赛叶特·扎拉里丁，祖父为赛叶特·布拉尼丁。据说其祖先是来自麦地那的阿拉伯人。后世文献记载其为先知穆罕默德之女法蒂玛与哈里发阿里的次子伊玛目侯赛因之后裔。《西域同文志》及《西域图志》、《和卓传》、《阿帕克和加传》、《大霍加传》载有玛哈图木·阿杂木先人谱系，均溯及什叶派十二伊玛目的第八代伊玛目阿里·本·穆萨。但是，这些谱系中前八代人（从穆罕默德至第八代伊玛目）与后三代人（玛哈图