大学作为综合性大学的地位被削弱。先是1949年文学院和法学院并入复旦大学；1950年代院系调整中，理学院生物系并入华东师范大学；医学院迁往湖北武汉与国立武汉大学医学院合并为中南同济医学院（现为华中科技大学同济医学院）；工学院测量系迁往湖北武汉，成为武汉测绘科技大学的前身（后并入武汉大学)；工学院机械系、电机系、造船系并入交通大学。同时并入了交通大学、大同大学、之江大学、圣约翰大学等9校的土木建筑系（科、组）的师资与设备，成为中国高校中土木建筑、工程学科门数最齐全的工科大学。现在同济大学是教育部直属重点大学，