医学系、牙医学系、药学系、语言病理学、听力学、护理系、医检系、物理治疗学系、职能治疗学系、唿吸治疗学系、营养学系、公共卫生学系、医学影像暨放射科学系等，以培养医生、药师、医检师、护理师、物理治疗师、职能治疗师、语言治疗师、唿吸治疗师、听力师、营养师与医事放射师等直接与维护人类生命安全有关职业的人才。有些药学系在大学中会独立成为药学院，也有营养学系在大学中独立成为营养学院，例如台北医学大学营养学院。基础医学部分主要以培养医学方向的研究人才为主，研究的主要方向包括解剖学、生理学、病理学、毒理学、免疫学、微生