底，加上数名国援组成，实力较弱季初连场大败。2009年3月31日联赛对愉园，在完场前7分钟内连失四球而以1-5落败，爆出怀疑打假波事件，香港廉政公署介入调查。由于事件令香港足球声誉蒙污，加上应届丙组联赛总冠军屯门体育会主席胡丁有，于2009年7月去信香港足球总会，澄清该会的足球队才是屯门区有代表性的球队，质疑屯门普高的代表性，故此有香港足球总会董事局成员反对石硖尾在2009-10年度球季继续以「屯门普高」名义参加甲组赛事。随着屯门普高因逾期未有购买劳工保险，遭香港足球总会取消参赛资格，石硖尾亦受连累丧失