生部首批三级甲等医院、国家级爱婴医院、国家临床药理基地， 蚌埠医学院第二附属医院是上海铁路局蚌埠铁路分局中心医院，也是全国铁路系统建院最早的医院之一。这两所医院在“2016中国医院竞争力 ·省域医院（各省）30强”中分别位列安徽省第3、23位。中国人民解放军一二三医院是是一所集预防、医疗、科研、教学、保健、康复、急救为一体的综合性三级甲等医院。蚌埠市第三人民医院是一所集医疗、科研、教学、预防、康复为一体的安徽省规模较大的一所综合性三级甲等医院，是皖北地区区域医疗中心之一。
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