县改为台南县凤山支厅，大竹里、凤山上里则沿用；因逢乙未战争，地方自治无法实施，因此于8月改为派出性质的台南民政支部凤山出张所。1896年，乙未战争结束，总督府全面控制，因此恢复台南县凤山支厅。1897年，台南县划分出凤山县，并废支厅改为辨务署。1898年，凤山县又併回台南县。1901年，废县改厅，台南县凤山辨务署改为凤山厅()；此时堡里乡澳制度的区划功能也被废除，改使用区。现今的凤山区当时分属凤山区（凤山市中心一带）、空地仔区（即原本的凤山上里）、七老爷区（今苓雅区、前镇区东