王室支系瓦卢瓦-安茹家族管下的法国东部神圣罗马帝国封地洛林公国的穆松。玛格丽特是那不勒斯国王和安茹公爵勒内一世与洛林女公爵伊莎贝拉的次女。她有五个兄弟和四个姐妹，及其父与情妇所生的三个兄弟姐妹。她被称作“好国王勒内”的父亲是安茹公爵和名义上的那不勒斯、西西里和耶路撒冷国王，被描述为“有很多王冠但没有一个王国的人”。玛格丽特在洛林的图尔受洗，由其父的老护士蒂奥法尼·拉马日纳照看，早年在普罗旺斯的罗纳河上的塔拉斯孔城堡和近于西西里王国那不勒斯的卡普亚的老王宫度过。她的母亲负责她的教育，并安排她和教育她的兄弟们的