Edge表示潜行游戏的成败取决于面对敌人时可作出的选择数量，《黑旗》在这方面是刺客教条系列中最慷慨的一作，但有评论批评游戏的潜行因操作问题而令人沮丧。评论也指出主角的战斗与前作相近、过于单调和容易而且缺乏差别，但也是一次有效和暴力的旅程而且流畅生动。敌人工智能被批评过分愚蠢，此外自《刺客教条III》引进的物品打造系统因作出了简化而获赞扬。游戏剧情的评论褒贬不一。拉柏拉斯赞扬故事引人入胜，是刺客教条系列中最好的一作，他与麦伊尼斯也赞扬了一众游戏角色和剧情探讨了海盗的人性一面；布拉姆威尔认为剧情发展成功并对