站房建设因三年困难时期、国家缩短基本战线而停工。同年，整修了西端西翼。1962年1月，将完成的部分工程交付使用。站改计划就此搁置：车站仅有两侧裙楼投入使用，但中央主楼一直没有修建，形成了“火车站两头盖的格局”，被称为“一大怪”，并持续了28年之久。改革开放之后，中国铁路先后进行了几次提速，哈尔滨站的规模进一步扩大。1987年，铁道部将哈尔滨站其它工程列入哈尔滨枢纽改造计划。1988年6月动工，1989年10月1日主楼建成。同时将车站原办公室拆除，建成第二候车室。中央主楼和第二候车室各建一座通向3个站台的