基督教新教约有20个教派陆续传入南京，包括：
现状.南京是在1949年以前西方传教士超过100人的少数中国城市之一，有20多座教堂和另外50处聚会场所。今天，南京是中国基督教的全国性中心之一，拥有2所神学院：唯一在全国招生的金陵神学院，以及江苏圣经专科学校；印刷圣经的爱德印刷公司和基督教社会服务机构爱德基金会也都设在南京。全市可统计的基督教信徒为15万人，最重要的几处聚会场所包括：位于太平南路396号的圣保罗堂（原属圣公会）、位于莫愁路390号的莫愁路堂（原名中华基督教会汉中堂）、