认为托勒密十二世有两次婚姻，第一任妻子是克丽奥佩脱拉五世，她可能生了三个女儿，分别为克丽奥佩脱拉六世、贝勒尼基四世和鼎鼎大名的克丽奥佩脱拉七世。第二任妻子不知其名，可能是他的长女克丽奥佩脱拉六世，她也生了三个孩子，分别为阿尔西诺伊四世、托勒密十三世和托勒密十四世。
第一次在位（前80年–前58年）.前80年，托勒密十一世杀了他的共治者兼继母贝勒尼基三世之后，暴怒的人民推翻托勒密十一世，并杀了国王。因为托勒密十一世逝世且他身后没有留下男性继位者，托勒密王朝的血脉仅剩托勒密九世的两名私