李上甲在基地担任指导员，为了防止告密，队员或送礼或裹胁使得村民不得不就范，因此几乎全村都涉及此案，连10岁儿童也只知共产国际歌不知国歌为何，后蔡孝干遭逮捕变节将组织全盘托出，鹿窟因此被调查局盯上，1952年12月动员上万军队大肆搜捕，大批村民遭逮捕即鹿窟基地案，涉案的李上甲原系属于组织干部而获得自新的机会，但在鹿窟基地案中捐款给李上甲及协助掩护他逃亡的两位胞弟担任田尾乡公所干事的李书勋及在福泰纺织工作的李聪礼，却因案遭判决死刑枪决。当时承办的干员谷正文，在晚年接受访问时说自新的领导人是有政治宣导用途，目的就