990年6月，成立中华民国驻几内亚比索医疗团，负责支援首都比索郊区的卡松果医院门诊与行政管理工作。11月，成立农业技术团，示范推广稻米、杂粮、蔬菜等作物，以及农业机械修护及竹工艺等。1995年4月，两国规划1995－2000年的农、医、渔、技职训练及新闻文化交流等方面合作。此外，几内亚比索并派员赴台参加中小企业、赋税、产业、人力资源、卫生与医疗保健、台湾经济发展等多项经贸训练班。1998年4月24日，两国断交后，即停止一切合作关系，并撤离驻团人员。
事件.两国在邦交期间