附设工农速成中学并入清华大学附设中学。1960年，清华大学附设中学扩建为清华大学附属中学，增设高中，初高中均面向全市招生，成为一所完全中学。1978年，成立清华大学附属中学二部，后更名为清华大学第二附属中学，简称清华二附中。1994年，清华大学附属中学与北京47中学手拉手共建清华大学附属中学分校（高中部）。1999年，清华二附中并入清华附中。2002年，清华大学附属中学与深圳清华研究院、清华大学附属小学一起在深圳创办了深圳清华实验学校。2003年，成立民办公助性质的清华大学附属初级中