使用时，分枝桿菌属被发现是引起结核病的原因。但是，基于道德上的原因，现代的做法不会採用柯霍氏法则来检测-把纯培养的病原体用在健康的个体身上做实验。反过来，纵然是明显的感染性疾病也不总是能符合感染的标准定义。例如，导致梅毒的无法透过试管培养，但可在兔子的睾丸中培养。与纯粹从培养皿培养出来的微生物相比，从动物宿主培养出来的微生物就没那么纯粹。流行病学是用于了解传染病的另一重要工具，用来研究和分析，对谁、为何、在何处发生疾病，以及什么是不同人群患有某种疾病的决定因素。流行病学家可确定人群中不同组别间的差异，例