1938年春，朱良才到中共中央党校学习，此后调至晋察冀军区，任第三军分区政治委员兼政治部主任，与陈漫远组织三分区军民反击日军扫荡。1939年秋，朱良才调任晋察冀军区政治部副主任，参与组织政治工作，并宣传「狼牙山五壮士」、「民兵英雄李勇」、“子弟兵的母亲戎冠秀”等典型。抗日战争结束后，朱良才任晋察冀军区政治部主任。1946年1月，担任晋察冀军区军政干部学校副校长兼副政委。1948年5月，任华北军政大学副政委兼政治部主任，负责培养中共军政干部。1949年8月，朱良才调任华北军区政治部主任，兼华北军政大学政委