门与莫愁湖之间，或汉中门与清凉山之间。一种说法认为在清凉山公园一带。一种说法认为在石头山上，而石头山下还有配套的军事设施。此外也有意见认为清凉山西侧的鬼脸城遗址即为原石头城，这种观点被广为接受。清朝干隆年间，与鬼脸城遗址相关的景观“石城霁雪”被列入了金陵四十八景之中。1957年，鬼脸城遗址被以“石头城遗迹”的名称列入江苏省文物保护单位。但此后该段城墙被核实为明城墙，1988年鬼脸城遗址作为南京明城墙的一段被列入全国重点文物保护单位中。。1998年初，南京市文物部门在清凉山一带发现一处六朝古城基址，该城仍