室内装饰毁于1566年到1581年反传统风暴期间，17世纪的巴洛克室内装饰却由于一位神父宣誓效忠入侵该市的法国革命军，而保存完好。作为回报，他被允许在安特卫普选择一座教堂不被掠夺，他选择了圣雅各伯教堂，因此其内部得以幸存。许多原来的花窗玻璃不幸毁于第二次世界大战期间。巴洛克室内装饰包括木雕的唱经楼，建于1658年到1670年，华丽的正祭台（1685）和共融的圣灵教堂（1695）导轨。中央讲道台（1675年）以及管风琴（1727年）。