后，恵琼一度前往毛利本家的阵地，吉川广家建议其逃亡鞍马寺(下间赖廉的女婿－端坊明胜时任本愿寺住持)，其协助惠琼藏匿于京都的六条边、但不幸遭到奥平信昌队的鸟居信商（长篠之战使者鸟居强右卫门之子）捕缚，解送到大津的家康阵所。由于是西军首脑之一、于六条河原与石田三成和小西行长共同斩首示众，享年62（一说64）。