﹣古近纪灭绝事件的前后，海生无嵴椎动物有相当大的变化。但化石纪录的缺乏，使得无法显示出真实的灭绝比例。介形纲（Ostracoda）是甲壳亚门的一纲，这群小型动物在马斯垂克阶上层相当繁盛，在多个地区留下化石纪录。一个针对介形纲化石的研究，显示介形纲在古新世时期的多样性，低于古近纪的其他时期。但目前的研究无法确定介形纲的衰退，是在白垩纪末事件的之前或之后发生。在白垩纪晚期的珊瑚纲石珊瑚目中，有接近60%的属消失，没有存活到古新世。近一步的研究显示，栖息于温暖、副热带、浅海地区的珊瑚，记有98%的种灭亡。