靖三十八年（1559年）任南京都察院右都御史，掌院事。后改任南京工部尚书。卒赠太子少保，赐祭葬，谥简恭。
军功.王钫因军功闻名于史。两广总督任上，马天恩、李汝瑞等聚众数千叛乱，设山寨200余所。王钫调兵进剿，擒获二人，俘虏叛军。嘉靖三十七年（1558年）倭寇入侵福建，侵扰广东揭阳。王钫派军阻击，歼俘倭寇700余人。不久倭寇侵犯潮阳，又被王钫击溃。嘉靖三十七年（1558年）冬，派兵镇压在长乐（今广东省五华县西北）、兴宁（今广东省兴宁县）等地的侗族暴动。