恭上奏解释，并感到不安，请求抵达边疆效力。命兼都察院佥都御史，巡抚山西。上任不久即在龙须墩伏击击退蒙古。之后整顿滨河州县等地，恢复生产。几年后，因内艰归乡。隆庆初年，给事中岑用宾等请求起用万恭。吏部尚书杨博建议仍然恢复到边疆就任，万恭则坚持不出。隆庆六年（1572年），给事中刘伯燮举荐，恰逢当时黄河决口邳州，漕运受阻，于是命万恭担任河道总理。之后六十天内疏通成功，之后治理河道，消除隐患。但他仍然因治水被弹劾，居家二十年后去世。
家族.有子万允位、孙万燝。