秀吉讨伐关东相模北条氏，石田三成率领二万五千大军围攻了北条家的武藏国忍城，当时部队中有佐竹义宣、真田昌幸、大谷吉继等名将，近年出土的书信显示当时石田三成驳斥以水攻攻略忍城（秀吉攻略高松城的方法），但秀吉仍下令引荒川之水展开水攻。后北条氏各地的支城和本城小田原城相继陷落，忍城的战斗一直持续到7月上旬。由于豪雨造成决堤，无功而返。当时留下的遗迹石田堤至今尚存。同年秀吉奥州仕置，三成担任检地奉行，功绩大幅提升。亦担任津轻为信与秀吉之间的仲介，而为信对三成心存感激，日后命长子保护三成次子与迎三成三女作为其三子之妻等