佈脱离幕府，支持后醍醐天皇，并攻破幕府设在京都的六波罗探题（元弘之乱）。不久以后镰仓幕府灭亡。足利高氏被后醍醐天皇当作讨幕的第一功臣，天皇将自己名字「尊治」中的「尊」字赐给了他，从此以后，改名足利尊氏。后醍醐天皇实施建武新政，失去了武士阶层的支持。北条氏的余党在关东发动中先代之乱。足利尊氏的弟弟足利直义当时镇守镰仓，形势危急，尊氏率军救援直义。尊氏在平定中先代之乱后，拥兵自重，这使足利尊氏与天皇关系迅速恶化，最终尊氏在镰仓发动延元之乱，率部前往京都，驱逐天皇于比叡山；但不久天皇纠集势力反扑，尊氏逃往九州