科员，1962年离职。1964年，高育仁在台南开设律师事务所。在朋友鼓励下，高育仁决定参选第四届省议员选举，再获得党的提名后参加选举。然而一度受到地方党部的打压，最后在1968年当选台湾省议员。
台南县长.1973年高育仁当选台南县县长，在台南县长任内，由于高育仁协调能力，因此县府与议会关系良好。任内县府预算都获县议会支持，也受到中央高层注目。
中央仕途.1976年7月9日，高育仁获内政部长张丰绪延揽为内政部常务次长。1978年转任中国国民党中央委员会秘书