括蓝鹇、朱鹂在内的十数种台湾特有鸟种和亚种。1863年来台的英商必麒麟（William Pickering）等人，1866年5月有英国生物学家柯灵乌（Cuthbert Collingwood）来台，从淡水到基隆。约翰·汤姆生于1871年4月来台，与马雅各同行从台南到高雄六龟，拍下了许多原住民平埔族照片，以及到台南时所拍的热兰遮城遗迹。汤姆生于1877年在《皇家地理学会会刊》（P.R.G.S）发表台湾之行的感触，赞扬六龟里溪的生态，表示当他看到内门的石灰石险坡与山林时，终于明白为何葡萄牙人叫此「美丽之岛」