CuSMoO2]簇一起结合在N端结构域的凹槽中；而辅因子的另一端则插入C端结构域的裂缝中。L亚基的N端结构域与M和S亚基相互作用以形成LMS复合物；而C端结构域则主要参与形成Mo-CODH二体结构。
活性位点.Mo-CODH的活性位点位于L亚基，并被包埋于蛋白质内部，但从外部可以通过一个约17Å长的通道到达活性位点。这一通道由疏水残基构成，从而允许CO分子进入而防止极性溶剂分子（如水分子）进入。最初的研究认为活性位点的Mo与三个氧原子形成配位，且存在硒代巯基（SeH）共价连接在氨基