十九年（1839年）和中华民国九年（1920年），吕祖堂历经三次修葺，形成了现在的建筑规模。光绪二十六年（1900年），义和团运动兴起，干字团首领曹福田统率静海、沧州、盐山、南皮、庆云等地数千人沿运河抵达天津，设总坛口于吕祖堂。重要首领张德成、刘十九、红灯照黄莲圣母林黑儿等曾多次在此“拜坛”共商大计，抗击八国联军。吕祖堂为天津地区义和团活动的中心。1976年，唐山大地震中，吕祖堂遭到严重破坏。中华人民共和国成立后1962年，吕祖堂被天津市人民政府列为天津市文物保护单位。1982年2月23日，中华人民共和国国