在日本统治的这段期间，台湾的教会体制逐渐完备。
教育敕语与基督教关系.1890年10月30日，日本颁佈了教育敕语作为思想教育主轴，宣读完要对天皇签名行最敬礼。终战前日本天皇具有神格地位，此举对基督教而言形同偶像崇拜，也因此发生了内村鑑三不敬事件。1895年日本开始对台殖民统治，教育敕语也在此实施而产生政府与教会间的紧张关系。
无教会主义.无教会主义为日本神学家内村鑑三所提出的思想，以师徒制宣教。起初无教会主义虽然在日本引起轩然大波，不过当时台湾还在清治时代。