一期工程仅完成大半；直到战后的1948年，才将徐敬直设计的“人文馆”竣工开放，即现南京博物院仿辽代风格的大殿；规划中的另外两馆，因时局原因（1946年国共爆发全面内战）未能实现。1948年，国民政府将国立北平故宫博物院、南京国立中央图书馆、中央研究院历史语言研究所和国立中央博物院的文物精品运至台湾；1948年，中央研究院史语所脱离负责筹运的「联合办事处」，其余四个机关合组「"中央文物联合保管处"」；1949年10月，改为「国立中央博物图书院馆联合管理处」，下设故博组、"中博组"、中图组、电教组和总务组。