原则，隐含伊斯兰教教义，领先西方所关注的人权达多个世纪。伊斯兰教的人权包括生存、自由、公平对待及接受福利的权利。他批评西方势力非议伊朗人权纪录的行为表里不一，西方势力却以经济手段榨压第三世界国家的人民，又支持独裁者。不过，哈梅内伊并没有将之延伸到巴哈伊信仰的宗教自由上，他支持迫害巴哈伊信仰，又签署了缩减巴哈伊信仰在国内外影响力的多个方案。根据一封由伊朗武装部队指挥部主席写给情报及国家安全部、革命卫队及警方的信件，哈梅内伊下令指挥部识别巴哈伊信仰的信徒，监视他们的活动，并要搜集信徒的所有资料。在回应西