不久加入中国共产党。1947年考入哈尔滨工业大学。1948年赴苏联留学，进入莫斯科动力学院水电工程专业学习。1948年，崔军是和李鹏、邹家华、罗西北等21人一同留学苏联，同行者还有叶挺、叶剑英、项英、刘伯坚、高岗、王稼祥等中共高级干部的子女。崔军和李鹏、贺毅、林汉雄、罗西北同在莫斯科动力学院水电系，四人分别报了勘探、设计、施工、机电四个专业。1954年毕业后，崔军回国，任中华人民共和国电力工业部北京（水电）勘测设计院主任工程师。1955年，崔军向组织写书面报告，要求离开北京，到重庆狮子滩水电站建设一线工