南仕北，对于南北地区医药之交流，也有积极的意义。姚僧垣，曾多次为梁武帝、梁元帝治病。之后因为战乱投奔北周，为北周大臣医治疾病而出名，其治病药方留存到唐代，成为治疗「气兼水身面肿」的重要药方。此外，较重要的医学学者有陶弘景，撰有反映汉末以来医药发展的《本草经集注》（今存第一卷）、《名医别录》（附入《本草经集注》，已佚）等医籍。而可使人中毒甚至死亡的寒食散，南北朝的诸王及大臣们也常有服用。