，政府没有限制他们的宗教信仰或信仰选择，与普通臣民一样看待。朝廷虽然让穆斯林保有信仰，但是藏传佛教和天主教教徒在北京却受到限制和压迫。
本地化.明朝时期不仅移民活动大幅放缓，而且在中国穆斯林也越来越孤立于外部的的伊斯兰世界，逐渐汉化，使用中国语言，穿中国服装。在这一时期，穆斯林也开始使用中国姓氏。其他找不到类似于原姓氏的中国姓氏的穆斯林，就使用与原名首音的字音最相似的汉字——穆罕默德改用马、穆斯塔法改用麦、马苏德改用穆、哈桑改用哈、侯赛因改用胡、赛义德改为赛等等。回族、撒拉族和东乡