06年2月28日结束，计划为期七个月，每间院校可获预留「最低款额」至2006年1月31日。第二轮配对补助金于2006年2月28日期满，八所教资会资助院校共筹得接近19亿元的私人捐款，而10亿元的第二轮配对补助金亦已悉数发放给各院校。其中香港大学、香港中文大学获发放最高补助金额2亿5000万元，香港科技大学也获发放接近上限的2亿4300万元补助金。在计划进行期间发表的中期进度报告，显示有三所院校于2005年11月30日仍未筹得4500万元的「最低款额」，但计划于2006年2月结束时，只有香港教育学院未能筹