「生态热点」，森林中曾发现橙头地鸫、赤麂、果子狸、野猪、七间狸、针毛鼠等。一些罕见物种如香港后稜蛇和3种香港的飞蛾特有品种，都在莲麻坑发现。次生林中亦首次于香港境内发现麦氏桫椤（"Gymnosphaera metteniana"），林中亦可以看到受保护的蕨类植物黑桫椤。莲麻坑河则被视为受污染深圳河余下的「清泉」，是深圳河中「最具生态价值」的河段，亦是全港淡水鱼类物种最富饶的河溪。该河是未经改造的溪流，在深圳河的上游，2007年被划为「具特殊科学价值地点」。河溪全长2公里，当地的低地河涧淡水生境仍然健全，