外一方面，深圳市作为广东其中一个最发达的城市，一直争取港珠澳大桥接驳，但由于大桥舍弃双“Y”方案，深圳将会无法从港珠澳大桥计划获得任何直接收益，有人认为珠江西岸的货物将会因为交通便利，而大量分流到香港。唯由于当初与深圳共用的双Y方案被否决，深圳决定兴建深中通道，连接深圳与中山，港珠澳大桥的效益无可避免被分薄。深圳政协也于2018年10月18日在《关于做好交通供给侧改革，进一步完善我市交通体系的提案》中提到了远期规划中的港珠澳大桥深圳支线用于连接深圳。另外，珠海市政府在2018年11月15日宣佈，通过规划