行征讨（1236年）。1237年，腓特烈二世在科尔泰努瓦大败圣泽诺内联盟。1241年他袭击了热那亚的舰队，俘虏了两名正准备参加教皇召开的，谴责腓特烈二世的会议的红衣主教。新任教皇英诺森四世表现出一种比格列高利九世还要严厉的态度。1245年，他在法国的里昂对腓特烈二世处以破门律（他选择里昂是为了避开皇帝的直接军事威胁）。腓特烈二世面临着严峻的形势：教皇的制裁损害了他的声望，在那个人民笃信罗马公教的时代，君主被开除教籍是极其危险的，以前就有不少这方面的例子。更严重的是，德意志诸侯开始与意大利城市联合反对他，