客由9号线站台至换乘厅，通过换乘通道进入1号线站台；由1号线站台从站厅进入9号线换乘厅，再下至9号线站台。预计高峰时段将通过加设导向标志使南、北两条换乘通道形成单向环形换乘模式。
车站装饰.9号线军事博物馆站的站厅墙上装饰有《孙子兵法》中的经典语句，契合军事博物馆的站名。
出入口.军事博物馆站共有9个出入口，E1/E2、A、B出入口位于复兴路北侧，H、D、C1/C2出入口位于复兴路南侧，G出入口位于羊坊店路东侧。由于邻近京西宾馆，该站H出入口经常临时封闭。