次以中舍人的身份接待南梁的使者，武定年间，又送南梁使者到徐州。返回后，朝廷敕令崔肇师修撰起居注，不久兼任通直散骑常侍，担任出使南梁的副使，改任中书舍人。崔肇师与堂弟崔干亨住在一起，对待伯母非常恭谨。高澄曾经说崔肇师应该被诛杀，左右大臣询问原因，高澄说：“崔鸿撰写的《十六国春秋》叙述各处僭越政权却不叙述江东五朝。”左右大臣说：“崔肇师与崔鸿不是一个房支的。”高澄于是停止。北齐天保初年，崔肇师因为参与制定禅让的礼仪，被封为襄城县男，仍然兼任中书侍郎，天保二年（551年），崔肇师去世，虚岁四十九。当初邺城有个薛生