研究的第二阶段公众参与活动，提出两个重置皇后码头的方案：一为将皇后码头重置于九号及十号码头之间，恢复其海事功能、将皇后码头重置于原址，保持与香港大会堂的关系，但是该海事功能将会丧失。2008年5月8日，香港政府表示皇后码头的组件安全放置在香港大屿山狗虱湾政府爆炸品仓库库内。香港政府计划兴建室内临时仓库，内设温度及湿度调节，妥善安置皇后码头的组件，尤其是其顶盖部份，有待皇后码头正式重置于中环地区时能够尽量保持其原貌，只是皇后码头在中环九号码头与十号码头中间位置重置时可能要拆去两侧的楼梯，以避免影响中环九号