重新参与国民党党员重登记，退出国民党。2001年，因原民进党嘉义县长参选人何嘉荣深陷官司，在陈水扁邀请下加入民进党，并与何嘉荣进行民调获胜，代表民进党参选嘉义县县长，而何嘉荣也因官司定谳而丧失参选资格，再于选举中击败国民党的翁重钧，完成嘉义县县长的首次政党轮替。2002年，当选民进党中央执行委员。2005年，获得民进党提名，角逐连任嘉义县县长当选。在县长任内曾推动包含故宫南院、长庚医院嘉义分院、台湾高速铁路嘉义车站设站等众多重大建设。而其在民进党党内对中国事务的见解属于改革开放派。2008年