南部的岛屿曾发现亚洲大象的化石遗骸，在日本的北部，曾发现长毛勐犸的化石遗骸。
水文特性.日本海拥有很多大洋特征，如深度超过3000米的海盆，海表温度随季节变化差异显着，活跃的生物过程，亚极地锋日本海划分为北部的亚极地区和南部的亚热带区，以及拥有深层对流系统（类似大西洋热盐环流带）。近年来的学术研究指出，日本海是一个「微型大洋」（Miniature Ocean）。
海洋污染.由于日本海特殊的水文特性造成了其对污染物处理能力有限。大量来自韩国的漂浮物及生活垃圾