判决认为：“（这些决定）并非特意限制信仰自由或者宗教行为，但其结果是没有充分考虑学生的信仰自由，且从社会普遍观念来看，留级处分和退学处分明显不当，超出了裁量权的合理范围，应属违法”，并予以撤销。至于校方主张的“如容忍学生的行为，则违反了日本国宪法的政教分离原则”这一问题，判决认为“采取替代措施的做法并非对特定宗教的帮助”。
最高裁判决后.最高裁判决的次月（1996年4月），原告回到该校二年级复学。对于经历多年诉讼的21岁原告，校方提议可以直接升入4年级，但该学生予以拒绝，仍决定