原野战军改编为第二野战军，刘伯承任司令员。4月21日，他与邓小平、粟裕指挥的部队渡过长江，旋即占领了中华民国首都南京，并担任南京市军事管制委员会主任。
中华人民共和国成立后.1949年下半年，刘伯承和邓小平率军进军大西南，通过南泉战役、成都战役等一系列战役，攻下了四川、云南、贵州、西康等西南省份。1949年底，任西南军政委员会主席。负责西南剿匪、建设和进军西藏。1951年1月，任中国人民解放军军事学院院长兼政委。主张“治军必先治校”。刘伯承亲自培训师资、撰写审定和翻译教材，通过在军