即除了渔业、郊野公园及农业发展外，还包括自然物种的保护。渔农自然护理署的总部位于九龙西深水埗长沙湾道303号长沙湾政府合署5-8楼。渔农自然护理署的工作包括监察及指导渔业及农业，营运香港各新鲜副食品批发市场，指定及管理郊野公园、特别地区（包括香港湿地公园）、海岸公园（包括香港联合国教科文组织世界地质公园）及海岸保护区，以及规管濒临绝种动物、植物的出入口。并监管动物的福利与控制动植物的传染病，例如禽流感。
架构.渔农自然护理署现任署长是梁肇辉太平绅士，副署长为苏炳民博