书要求维新。戊戌变法开始以后，结交六君子，并向李鸿章、翁同龢讲述新学，与丁韪良、刘海澜讨论变法维新。变法失败之后，遭清政府通缉，乘船赴上海避难，旋即回闽。
垦殖南洋.戊戌变法失败以后，黄乃裳回到福建。念及福建民生困难，他想到前往南洋寻觅可以移民垦殖的地点，一方面为穷困的同胞开辟生活的路径，另一方面也为逃避慈禧的专制统治。
勘察订约.1899年9月，黄乃裳举家来到新加坡，并担任《星报》主笔。在此期间，他到马来亚、苏门答腊、荷属东印度群岛等地勘察移民点。190