爱德华·德林克·科普命名墙骨龙的第二个物种，"T. aequifacies"，种名在拉丁文意为「平衡的面孔」，意指与模式种相比，这些新嵴椎较具对称性。正模标本（编号AMNH 5771）也是包含两节嵴椎。科普本人对于墙骨龙的分类非常困惑，当时仅归类于爬行动物，而没有做出更详细的分类。之后研究多认为墙骨龙是兽脚亚目恐龙。在20世纪末期，有研究人员提出墙骨龙有可能是属于原始禽龙类，但两个种则有可能是疑名，或是鸟脚下目的分类未定属。