1997年重建成慈云山中心。
房委会时期、以及领展（前称领汇）接手后情形.慈云山中心更曾为房委会旗下表现最好的商场之一。房委会出售资产后，是领展（前称领汇）几个重点发展商场的其中一个。领展（前称领汇）接手后进行改革，以引入大型连锁店来提升竞争力，增加租金收益，据统计连锁店比例就高达74%。2007年中，慈云山中心的凤德楼海鲜酒家不获续租而结业，引起领展与商户的纠纷。民间组织领汇监察就批评领展借词重新发展、改善商场，企图令小商户被迫搬迁或结束营业，例子见领展拒绝承诺目前的商舖可在商场