1944年2月，穴吹智被陆军司令部进一步保护，调回日本担任明野陆军飞行学校的飞行教官。在故乡香川县的高松陆军机场（现高松机场）负责教育从缅甸返回日本的飞行学生。之后他重返菲律宾上空作战，参与吕宋岛战役，他改乘四式战斗机参与战斗，日军在菲律宾战败后退守台湾高雄。他宣称在空战中，击落了4架美国海军的F6F地狱猫战斗机。1944年12月，他被提升为陆军曹长。随着日本在太平洋战争的败退，美军的轰炸机开始空袭日本本土，穴吹智被调回日本本土防御，负责迎击来袭的美军轰炸机编队，他驾驶五式战斗机与担任教官时的明野陆