1645年，（清顺治2年）郑芝龙降清后，先派其弟郑鸿逵屯金门。不久，金、厦为拥护鲁王朱以海的郑联、郑彩兄弟所据。 南明郑成功于1646年在烈屿吴山会文武群臣，并派林习山驻守烈屿，以此做为「反清复明」根据地之一。1650年（顺治7年；南明永历4年），郑成功驱逐郑氏兄弟，金厦成为其抗清前线之一；不久，明郑中枢又重返金、厦两岛。至康熙平台后，金门航运地位逐渐为厦门所夺。清代中后期，因生活困难，金门人相率下南洋或东渡日本，成为外侨者众。1651年8月，南明鲁王朱以海从舟山逃往金门，并于1662年11月病故于金门