此后，陈树藩率军在陕西省、湖北省、四川省游荡，成为一个流浪的军事集团。同年12月，他被川军击败，他逃到天津。此后，他在津、沪、杭等地当寓公，一心研究佛教，脱离了军事、政治舞台。抗日战争时期，他拒绝当汉奸，避走四川。抗日战争胜利后，他返回杭州居住。第二次国共内战时期，反对蒋介石发动内战。1949年（民国38年）11月2日，他在杭州去世。享年65岁。