年1月调任昌吉州委书记，兼任新疆生产建设兵团农六师党委第一书记、第一政委； 2006年年11月升任乌鲁木齐市委书记，兼任新疆生产建设兵团农十二师党委第一书记、第一政委，2008年1月当选为新疆维吾尔自治区第十一届人大常委会副主任。2009年9月5日，经中共中央同意，新疆维吾尔自治区党委决定，免去栗智同志乌鲁木齐市委书记职务。西方媒体评论认为，栗智此次免职是当了“替罪羊”，以削弱乌鲁木齐七五事件后要求自治区党委书记王乐泉下台的唿声。