设立伊犁将军，统辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆。自1762年起，清朝中央陆续派遣大量的军队进驻新疆。永驻新疆的军民携带家眷，主要是来自河北、东北地区的满族、达斡尔等民族。
青藏地区的战事.青藏地区在清朝初年不属清朝政权管辖，由格鲁派的达赖喇嘛和蒙古族的和硕特汗国管辖，康区的部分地区由藏族土司管辖。1720年，清朝将准噶尔势力自青藏高原逐出。1724年平定罗卜藏丹津之乱以后，正式将其纳入版图之内。
平定西藏.康熙五十五年（1716年），策妄阿拉布坦派大策零敦