消了大部分步兵师、边防军分区的军事检察院，仅在部分边防军分区、铁道兵师保留军事检察院。1958年以后，根据中国人民解放军总政治部保卫部、最高人民法院军事审判庭、最高人民检察院军事检察院制定下发的《关于加强保卫、军检、军法三个部门工作协作的规定》，在大跃进运动中，军事审判工作中的保卫、军检、军法分工负责、互相配合、互相制约的制度被“一长代三长”（保卫、检察、军法的三长中的任何一长可代行其他两长职权）、“一员代三员”（侦察员、检察员、审判员中的任何一员可代行其他两员职权）取代，这和当时地方审判工作中的公安局