48年第一次中东战争爆发，许多犹太人被迫离开埃及。当科恩的家人离开埃及前往以色列时，他选择留在埃及，并在摩萨德的协助下帮助其它犹太人逃离。1956年科恩被捕，但因证据不足而获释并被驱逐出境。于是他回到以色列陪伴多年没有见面的家人。1957年，他在以色列国防部觅得一份工作，把阿拉伯文报纸翻译成希伯来文，并研究可能的政治变动。然而他认为此工作缺乏挑战，希望回到前线，被上司拒绝后辞职。科恩在1959年结婚。1960年，科恩被摩萨德招揽，并将会接受一连串间谍训练，为在叙利亚部署作准备。训练内容和地点为保密，他不