至宝历九年（1759年）至安永七年（1778年）期间就任左大臣；安永八年（1779年）成为后桃园天皇的关白。同年后桃园天皇驾崩，公卿一致认为要让新天皇和后桃园天皇的皇女欣子内亲王结婚，但由哪位旁系皇族继位则有分歧：前关白近卫内前推举四宫家中最高格的伏见宫里的；而九条尚实则推荐最接近皇统的闲院宫里的师仁王。经过10余日的争论后，最终决定由师仁王继位，改名兼仁，是为光格天皇。后来九条尚实也担任了光格天皇的摄政与关白，并受封太政大臣及叙准三后，至天明七年（1787年）他逝世，享年70岁。