9月获时任港督彭定康起用为工业署署长，1996年1月晋升至首长级甲级政务官。她在1996年8月以政务官的身份「空降」人民入境事务处，接替梁铭彦任人民入境事务处处长，成为香港历史上首位执掌纪律部队的女性。1997年香港主权移交前夕，叶刘淑仪曾兼任中英联合联络小组英方组长，任内曾经负责安排过渡事宜，其中包括国籍及旅游证件、终审法院及居留权等问题。另外，她也是首位为过渡特区政府而公开放弃英国护照的首长级官员。
香港特区政府.特区政府在1997年7月1日成立后，叶刘淑仪顺利过渡为入境事