然而在海战中通总与毛利水军的村上武吉不和。1582年，来岛通总受到织田信长手下重臣羽柴秀吉（即后来的丰臣秀吉）的劝诱，投靠了秀吉，因此遭到毛利氏、河野氏联军进攻，通总失去领地投奔秀吉。同时由于兄长得居通幸在攻取鹿儿岛城的战役中立下战功，且当时秀吉与毛利氏达成和解，处在秀吉麾下的通总遂回到了自己的旧领地，改「村上氏」为「来岛氏」。1585年在秀吉的四国征伐中，来岛通总于小早川隆景的麾下作战，充当伊予军的先锋，并在天正之阵中攻打原先的主君河野氏。由于这些战功，来岛通总获得了伊予国风早郡一万四千石的领地，成为