围剿战役和赣州战役、南雄水口战役。1934年4月，任独立22师师长。1934年10月，周子昆参加长征。遵义会议后，任红五军团副参谋长。红一、四方面军会师后，任红军大学高级指挥科科长、红军总部第一局局长，反对张国焘的南下主张。1937年12月，任新四军副参谋长，协助叶挺、项英组建新四军。1938年8月兼任新四军教导总队总队长。1941年“皖南事变”后，3月14日在泾县茂林蜜蜂洞被刘厚总杀害。1955年6月，遗骸由中国人民解放军南京军区移葬于南京雨花台西南皖南事变三烈士墓。