大友义统后、他与儿子之间领导意见的不和亦造成大友氏的衰退。当时已开始统一日本的丰臣秀吉试图经由谈判协调岛津与大友两大九州势力和解。义镇于1586年亲赴大坂谒见秀吉请求支援对抗岛津。岛津氏仍持续侵略大友领地、1586年12月岛津家久军占领了他的首府丰后国府内城。丹生岛城被包围，大友宗麟一度使用大砲「国崩」、死守丹生岛城。1587年、丰臣秀吉亲自领兵发动九州征伐，终于使岛津氏降伏。在秀吉的统治下，大友义统被确立拥有丰后一国。秀吉原有意封与大友宗麟日向的领地，但宗麟因年事已高而辞退。同年他在丰后国津久见病