肯定朱熹批评林栗。宋光宗嗣位，擢升胡晋臣为工部侍郎，给事中兼侍读。拜端明殿学士、签书枢密院事。宋光宗绍熙元年（1190年）被任命为参知政事兼同知枢密院事，宋光宗经常不临朝，胡晋臣和留正一起辅政。绍熙四年（1193年）在官位上去世，赠金紫光禄大夫、资政殿大学士，谥号文清。