围绕“以科研为中心，加强科研管理，建立科研工作正常秩序”的工作方针，很快建立了科研工作正常秩序，使科研工作获得恢复和发展。1980年代中期，该院开始科技体制改革。通过领导体制和经营机制的改革，调动了科技人员的积极性。1980年代，该院完成了以大秦铁路、衡广复线为代表的中国铁路急需的重大科研攻关任务；1990年代，该院完成了全路客票计算机发售与预订系统、京沪高速铁路总体技术和关键技术、京九铁路建设配套工程等重大科研攻关任务。2001年2月，铁道部科学研究院更名中国铁道科学研究院。根据国家科研机构管理体制改