埃尔一世下令彻底重建修道院。整个修道院建筑群，教堂和两位国王阿方索一世和桑乔一世的陵墓，于1530年被转移到小堂。在整个16世纪，一些最受尊敬的建筑师、雕塑家和画家在圣十字修道院工作。帕多瓦或里斯本的圣安多尼曾在此修道院负责招待。他迎来了在摩洛哥去世的方济各会殉道者的遗体。此后他决定抛弃生命安全，离开此修道院，加入新成立的方济各会。<br>