为甲硫氨酸，但在个别情况其它一些密码子也具有起始的功能。在经典遗传学中，终止密码子各有名称：UAG为琥珀（amber），UGA为蛋白石（opal），UAA为赭石（ochre）。这些名称来源于最初发现到这些终止密码子的基因的名称。终止密码子使核醣体和释放因子结合，使多肽从核醣体分离而结束转译的程式。另外，在哺乳动物的线粒体中，AGA和AGG也充当终止密码子。
密码子简併性.大部分密码子具有简併性，即两个或者多个密码子编码同一氨基酸。简併的密码子通常只有第三位元碱基不同，例如，GA