于正式重要文件中将台北市视为、称为首都。2000年首次政党轮替后，民主进步党执政的中央政府更加正视台北市作为首都的事实，而甚少使用「中央政府所在地」等词汇，中国国民党再次执政后亦然。国民党、民进党或台湾民众党的台北市市长亦均以首都市长自居。2002年，教育部决议将教科书中的相关文字改为「中华民国中央政府位于台北」或「中华民国部会在台北」，2013年，教育部发函通知各级中小学，文中写明：「依据中华民国宪法，目前我国首都应为南京；惟中央政府所在地为台北。」。在引起争议后，教育部部长蒋伟宁表示：「中华民国首都就是