。原有的琼果杰寺毁于文革浩劫，现在的琼杰果寺是由十一世班禅拨款重修的。该寺经历代达赖喇嘛修缮和扩建，逐渐成为达赖喇嘛的夏季行宫之一，被誉为第二宫殿。
建筑.该寺大门外有三世达赖喇嘛时所立的“琼果杰寺志”碑。寺后山坡上的玛尼石佛龛中供有三世达赖的脚印石。该寺后门外草地上埋有一块石板，传说凝望该石可见满足自己愿望的图像。该寺后殿供奉吉祥天母（Palden Lhamo，音译为“班达拉姆”）。历世达赖喇嘛亲政前，都要到该寺见吉祥天母像（吉祥天母是拉萨和达赖喇嘛的守护神）。寺内供奉的