再入朝。同年，崔胤随从唐昭宗出逃长安。返回长安后，加礼部尚书，并赐号“扶危匡国致理功臣”。干宁三年七月，复以左仆射兼广州刺史，充清海军节度领南东道观察处置等使。后罢崔胤政事，检校兵部尚书、广州刺史、岭南东道节度等使。因朱全忠的关系，复召拜平章事。天复元年（901年）正月，崔胤联合左神策军指挥使孙德昭打败废黜昭宗另立皇长子李裕为帝的刘季述，唐昭宗复位，崔胤进位司空，复知政事，兼领度支、盐铁、三司等使。天复元年（901年）昭宗被宦官韩全诲劫持到凤翔节度使李茂贞，崔胤召朱全忠救驾。崔胤利用朱温对抗宦官，玩