1959年万毅在庐山会议期间，因于7月22日发言支持彭德怀的意见书而受株连，被撤销职务。1960年4月下放陕西工作，同月起任陕西省基本建设委员会副主任。1960年11月至1966年3月任陕西省林业厅副厅长。1966年3月起任陕西省农林厅副厅长。「文化大革命」中受迫害，1967年11月至1973年11月被关押。1977年10月任中国人民解放军总后勤部顾问。1978年3月当选为第五届全国政协常务委员会委员。1979年11月，解放军总政治部宣布为其平反。1982年，万毅在中共十二大上当选为中央顾问委员会委