险时，所涉及的国家必须提前通知欧洲委员会并与其它成员国进行商讨。2010年4月，由于本笃十六世访问马耳他，该国执行了临时的边境管制。在搭乘航空器来往于申根国之间或者申根国国内时，部分航空公司会要求乘客在换取登机牌或者是登机时出示身份证明（例如身份证或护照等），这种身份检查并非官方的边境管制，而是用于建立乘客档案。还有一些往返于申根国之间的航班被认作是非申根航班。例如搭乘智利国家航空往返于马德里－巴拉哈斯机场和法兰克福机场航班的乘客会被要求在离开马德里时进行申根区的离境检查，并在抵达法兰克福后进行入境检查