收集和整理方面有很深的造诣。马端临早年受到父亲的熏陶，“业绍箕裘”，后师从朱熹学派的曹泾，深受其影响，20岁漕试第一，以荫补承事郎。不久，父廷鸾因反对奸臣当道，受到排挤而离职回乡，端临亦随父会见，侍奉父亲。宋咸淳八年（1272），当时贾似道当权，父马廷鸾连续九次上疏辞职。宋祥兴二年(1279年)，二月初六日癸未张世杰兵败厓山，陆秀夫负少帝赵昺殉海，宋亡，马端临以隐居不仕进行消极抵抗。元至元二十六（1289年）父去世，在元朝压力下，马端临被迫出任慈湖书院和柯山书院院长。元大德六年(1302年)