备对付丰臣家的讨伐，因而加深了护城河，增高了石墙，并在城南建造了二之丸。天守的位置向西移动了，本来正打算要移筑今治城天守，不过为了向发布了天下普请令的丹波龟山城的建设进献而新建5层的天守。但是等到竣工的1612年（庆长17年）年大风毁坏了天守，外加因为丰臣家的灭亡而不再需要坚固的城堡，以及武家诸法度限制了新建以及改建城堡，在江沪时代没有再建。1825年（文政8年）藤堂高猷成为最后的城主。
伊贺文化产业城.伊贺文化产业城（）是众议院议员川崎克自己出资在上野城遗迹的由藤堂高虎建造