月进行对三抱竹遗址的抢救，而在1999年12月到次年4月则对北三舍遗址可能受到高铁工程影响的部分进行抢救。在此同时，又发现了五间厝北遗址、南关里遗址、道爷南遗址，其中由于南关里遗址所在地属于奇美LCM厂的开发案，且工程已进行多时，无法变更配置，只能要求奇美电子暂停施工，进行抢救工作；而为配合厂商建厂时程，此次抢救工作于晚上继续进行考古发掘。在此之后，南科考古队又继续发掘及抢救右先方遗址（2001－2002）、五间厝北与石头埔遗址（2002）、南关里东遗址（2002－2003）、五间厝南与大道公遗址（2003