大小殿堂9座，房舍152间，鼎盛时期有喇嘛250多人。1912年，中华民国政府赐“妙华寺”匾额。文化大革命中，该寺遭受严重破坏，1974年遭拆毁。1986年，在庆德门敖包（后为图克木嘎查驻地）重建了一座两层15间的庙宇。21世纪初，阿拉善左旗将乌兰牧骑作为基地，派出乌兰牧骑青年演员与妙华寺喇嘛结对拜师，以保护并传承阿拉善查玛舞。2011年，妙华寺举行了一场由该寺喇嘛和乌兰牧骑合作演出的“阿拉善查码舞”，吸引了周边牧民前来观看。