939年回日本在近卫内阁以及平沼内阁任陆军大臣兼对满事务局总裁。平沼内阁倒台后1939年－1941年，任中国派遣军总参谋长，策划汪精卫伪政府的成立，继续参与对华战争的指挥事宜。1941年7月7日，板垣晋升陆军大将，调任日本朝鲜军司令。1943年任军事参议官。1945年2月1日，复兼任第17方面军司令官。同年4月7日，在第二次世界大战即将结束，日本面临败亡之际，1945年4月板垣接替土肥原贤二大将任第7方面军司令官，司令部设于新加坡，指挥日军在荷属东印度和马来亚等地日军作战。8月15日，日本宣布无条件投降