教育司做第一科科长的王云五在《谈往事》书中回忆自己「与普通教育司许寿裳科长齐名」。鲁迅经他推荐，也受邀到教育部工作。在教育部历任科长（荐任）、佥事（荐任，兼第一科科长）、编审（简任）、参事（简任）、普通教育司司长（简任），期间兼任北京大学讲师（蔡元培定规北大兼任教员只能以讲师聘用）、北京高等师范学校、北京师范大学、北京女子师范大学教授。1917年，奉派江西省，任教育厅厅长。他是北京女子高等师范学校改北京女子师范大学前最后1任校长，北京女师大第一任校长是留日、美的杨荫榆，第二任易培基校长任内，