嘉庆十九年(1814年)，庙方于中元节举办盛大祭典，并将祭典剩余款项与先前结余款项用于购置供桌设于神龛前。咸丰三年(1853年)某夜，庙体毁于看顾庙宇之僧人引发的火灾。同治三年(1864年)，林珠发起募款整修庙体。光绪五年(1879年)，神冈社口大夫第主人林振芳发起重建庙体，并另为慈济宫购置庙地，奠定今日规模。慈济宫信徒为感谢其贡献，以徒步方式前往社口万兴宫进香。日治时期初，慈济宫被征作军队行营、学校教室及学校宿舍。大正元年(1912年)，林庆连向台湾总督府申请修缮该庙庙体，历经六年共三任总督方