，因丘俊、石介举荐，改南京兵部尚书，参赞机务。后因病乞休，之后因上言得罪刘瑾，被贬浙江参政，致仕归乡。随即被诬陷为奸党，直到刘瑾被诛后，林瀚复官，不久再次致仕。林瀚为人谦厚，而自守介然。卒赠太子太保，谥文安。
家族.其有子林庭㭿、林庭机、林庭桂、林庭枝、林庭杓等九人。福州东林家族在明朝一季，共有八位进士，其中有五位官至尚书。史称「三代五尚书，七科八进士」。