部（会、局）在东北行政事业机关给予指导、监督。由于东北秋季攻势、东北冬季攻势陈诚惨败，1948年1月17日，国民政府特派卫立煌为东北行辕副主任、东北行辕代理主任、东北行辕政务委员会代理主任委员、东北剿匪总司令部（简称“东北剿总”）总司令。驻沈阳，受国防部及东北行辕指导。1948年3月13日国民政府公布《东北剿匪总司令部组织规程》。1948年5月19日，国民政府撤销各地行辕改为行政长官公署。6月1日完成东北行辕之职权与业务归并东北剿匪总司令部。东北行辕政务委员会改称东北剿匪总司令部政务委员会。