期出现了巨大的动荡。在文化大革命期间，政府鼓励城市里的年轻人上山下乡来“开垦荒地”，其中就有许多人选择去新疆，并在无意中对穆斯林造成了影响。这段时间内，政府不断指责穆斯林和其他宗教团体坚持“迷信观念”、宣扬“反共主义”。清真寺遭到丑化、破坏亦或被关闭，古兰经的抄本也随着寺庙、教堂、修道院、墓地等一起被红卫兵摧毁。 中国穆斯林说苏联对于穆斯林的处理甚至要比中国文化大革命期间还要糟糕。 自从1978年邓小平上台以来，中国政府放松了对伊斯兰教和穆斯林的政策。新法律给予所有少数民族使用自己的语言文字、发展自