民主进步党针对三合一选举失利应当如何检讨，并且明确向全体党员表态中华民国总统府或者民主进步党高层不宜参选民主进步党主席；后者则向中华民国总统陈水扁针对政府改组问题提出建议，并且唿吁曾经担任中华民国总统、中华民国副总统、行政院院长、甚至有意参加2008年中华民国总统选举者都不适合担任新任民主进步党主席，其中他表示：「本党堪当重任之人才都已经担任过行政院长，如果再就党内同志挑选，似乎不能一新形象，对本党发展前途并无助益。」然而林义雄的声明被视为针对当时担任中华民国副总统的吕秀莲和刚辞去中华民国总统府秘书长职