发生，普天间飞行场的危险性再次被公诸于众。翌年美军同意变更普天间飞行场的搬迁目的地，但沖绳县舆论仍拒绝接受。2006年，日美达成搬迁普天间飞行场的协议。同年仲井真弘多当选沖绳县知事，延续了保守派执政。2009年，日本实现政党轮替，新任的民主党首相鸠山由纪夫曾承诺普天间飞行场将搬迁至沖绳县外，但却无力兑现，最终被迫辞职，也引发沖绳县民极大不满。此后日本政府和美国达成戟议，把基地迁至名护市。2014年，对美军基地问题持强硬立场的翁长雄志当选沖绳县知事。翁长雄志上任之后在基地问题上强化了日本中央政府的对决姿态