路之轨道材质、设计施工均不符使用需求。日本当局即着手一连串改线工事，在改线工程完工前由于大桥不通，台北至新竹间一度于大桥畔设立数个临时车站、分段营运。稍后完成岛内南北纵贯铁道之计画。改线工程中又以台北至桃仔园（今桃园市桃园区）间变动最大，海山口（今新北市新庄区）、龟崙岭（今桃园市龟山区）之清代旧线因坡度陡峻而放弃，进入日治第六年（1901年）即改为经由枋桥（今新北市板桥区）、莺歌石（今新北市莺歌区），日后各市镇之发展衰微也与铁路密切相关。
车站一览.以下所列者为清朝兴建之台湾铁