平.道光十五年举人，道光二十九年（1849年）大挑知县，初为淮安府桃源县令（今江苏泗阳县），咸丰元年（1851年）调任淮安府清河县（今江苏省淮安市）。咸丰十年（1860年）二月，捻军攻占清河县治清江浦（今淮安市区），烧毁城市，淮扬道道台吴葆晋等被杀，南河总督庚长逃往淮安府城避难。惟吴棠仍招聚乡勇，抵抗捻军。此后数年中吴棠迅速升迁。同年升为徐海道员，次年以江宁布政使代理漕运总督，驻扎清江浦。同治二年（1863年）实授漕运总督。1864年和1865年曾下令调任江苏巡抚和两广总督，均以江淮未戢为由而留任漕运总督