清不可居，殿下宜暂居慈庆），并逼迫李选侍迁住哕鸾宫，是为移宫案，朱由校于是得以登极继承皇位。熹宗登基后，方从哲被弹劾，一燝接任首辅，主理朝政。刘一燝为政贤明，能匡君之失，“发内帑，抑近侍，搜遗逸，旧德宿齿佈满九列，中外欣欣望治焉”。但当时熹宗年幼，魏忠贤等花言巧语进行蒙蔽，排挤贤臣，窃取大权，一燝憎恨其所作所为，与之进行激烈斗争。天启二年（1622年），魏忠贤利用侯震旸、陈九畴等疏劾一燝“结纳王安”，一燝连上四道奏章辩白，并且请求解职。叶向高说他“有翼卫功，不可去”，熹宗复加慰留，而刘一燝“坚卧不起”。