中心站、双十中学站、县后站、T4候机楼站与二号线共站。全线除T4候机楼站因建在集美大桥上故为地面车站外，其余24座车站均为高架车站。在县后站与集美大桥南站之间有隧道一座，穿过厦门高崎机场。过海后设嘉庚体育馆站，诚毅学院站、 华侨大学站、 中科院站 、厦门北站。全线仅开禾路口站、T4候机楼站没有连接线，其余各站均设有连接线。其中斗西路站、双十中学站、嘉庚体育馆站设有两条连接线。而火车站与龙山桥站共用一条连接线。
换乘.因一号线与二号线和三号线共线部分高架，故在共线段均可换乘其他