第一任奥皇弗朗茨二世再次将其作为夏季寝宫，拿破仑战争时期新生的奥地利帝国不敌拿破崙法国，拿破崙攻佔维也纳后曾在1805年和1809年两次占领并住在美泉宫。弗朗茨二世时代，美泉宫经过一次翻修，现在的美泉宫呈现的就是这次整修后的样貌。美泉宫正面被涂上原创性的赭色，德语中赭色因此被称作“美泉黄”。此后所有奥匈帝国和哈布斯堡王朝的皇家建筑都被漆成这种颜色。1830年茜茜公主的丈夫奥匈帝国的第一位皇帝亦是第三任奥皇弗朗茨·约瑟夫一世出生在美泉宫，他是奥皇弗朗茨二世的长孙，他的父母弗兰茨·卡尔和苏菲公主也都住在美泉