，隆武帝命令郑鸿逵前往浙江进攻清军，郑鸿逵离开仙霞关没多远，就以等待补给为理由，不继续进军。隆武二年（1646年），鲁王朱以海政权被清军击败，郑鸿逵撤退，清军因此佔领仙霞关。隆武帝得知消息，撤销郑鸿逵的爵位。十一月，郑芝龙决定投靠清朝，准备前往福州和贝勒博洛见面，郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上，郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门，同时避免郑成功遭郑芝龙挟持，郑鸿逵暗中将他放走。
继续反清.永历元年（1647年）和郑成功一起围攻泉州，但是清援军抵达，只得放弃围城，郑鸿逵返回白沙（在安海镇