将其父的死归咎于吴养春。早年寄居黄山祥符寺读书，在帐上写满了“死”字，天启五年（1625年），余煌榜进士第三人。授翰林院编修。参与编修《光宗实录》。因参修《三朝要典》的编撰，被列为阉党。诬陷吴养春“赃银六十余万两”，程梦庚“等赃银十三万六千两”，此为“黄山案”，最后吴养春等人皆惨死狱中。崇祯时，魏忠贤（阉党）倒台，吴孔嘉被黜为民，居歙县曲水园，长年闭户不出。康熙六年（1666年）死。清人许楚有《清故前翰林院编修天石吴公行状》，述其生平甚详，载《青岩集》卷十，清康熙五十四年许象缙刻本。