就任台北帝国大学文政学部教授，主持国语学国文学讲座，并担任台湾总督府教科书调查委员、文政学部纪要出版委员、以及台北帝国大学评议员。之后，由于该校文政学部部长村上直次郎以职务繁忙为由辞职，安藤正次于1932年6月接任该职，直至1934年由专长周易政治思想与老子哲学的今村完道接任。1940年，安藤正次退休并返回日本内地。不过到了1941年，安藤正次再度返回台北帝大，并于该年4月成为该校第三任总长（亦即校长）兼总督府评议会会员。上任后，他随即提出「以于南方学术之研究、助益资源之开发为目的，预定在海南岛设置临海