红塔助理教练李辉的邀请，转投中国足球甲级联赛球队湖南湘军担任领队兼体能教练。不过6月28日，李辉因与队员产生矛盾而被迫辞职，郭光琪也一同离开球队。7月，他回到云南，担任中乙球队丽江东巴的体能教练。2005年11月，郭光琪成为刚刚升级到中国足球超级联赛的上海联城的领队。2006年12月，他成为上海联城的副总经理，主管球队事务。2007年初，在上海联城和上海申花合并后，郭光琪继续担任上海申花的常务副总经理兼领队。2013年1月3日，中甲球队广东日之泉正式宣布郭光琪出任球队领队。不过在6个月后，郭光琪于7月5日回