受张居正提拔，曾任礼部右侍郎、吏部右侍郎、左侍郎兼东阁大学士、礼部尚书、吏部尚书、建极殿大学士。万历十一年（1583年），张四维父丧丁忧三年，申时行代理内阁首辅。万历十三年（1585年），张四维居丧将要期满时病逝，申时行正式出任首辅。为政以维持局面、调和皇帝和御史等谏官之间矛盾为主要基调；虽拯救不少触怒皇帝者的性命，也因此被视为“首鼠两端”。万历十九年（1591年），于择立储君问题上在明神宗和言官之间试图调和争论，被言官参劾，辞官回苏州闲居。晚号休休居士。卒于万历四十二年，赠太师，谥文定，赐葬吴山之阳。