母亲生病需要照顾而辞职。到达成都后，他被任命为资州府知府，不久辞职，宣统二年（1910年）夏回到西安。同年秋，被任命为云南楚雄府知府，奏称云南为其祖籍，请求回避，但未能获得批准，只好赴任。宣统三年（1911年）初，经成都赴云南，调署永昌府知府，旋即护理迤西道兵备，不久正式署理该职，并兼任腾越关监督，还负责西防营务处之事。在云南任职期间，他曾经交涉片马地区划界、国际修路事宜等，主张“遇事主张坚决，而出之以委婉和平”。1911年10月27日，云南新军举行起义，宋联奎到山区躲避，受到村民保护，后来被护送到缅甸