任内，大幅提升国立清华大学国际声誉：在英国《泰晤士高等教育》世界大学排名中，清大由2006年343名，大幅晋升到2009年的223名；2010年《泰晤士高等教育》改进评比指标，清大跃升到107名，首度超越国立台湾大学，居台湾各大学排名之冠。2011年上海交通大学根据2005年至2009年人才培养、科学研究、师资质量、学校资源等办学绩效，首度公布两岸四地百强大学排名，清大名列第四；如不计学校规模（总量）指标，清大办学绩效居百强之首。陈校长任内执行「迈向顶尖大学计画」（教育部「发展国际一流大学及顶尖研究中心计