孙文之命回云南，被云南军政府都督蔡锷任命为云南军政府外交司司长。就任数月之后，再次赴欧洲继续学业，在比利时获得电化工程师证书。1920年返回云南，历任耀龙电灯厂工程师、无线电报局局长、航空学校教官、云南大学理工教授。在云南任职期间，张邦翰支持唐继尧、董泽创办东陆大学（后来改名为云南大学）。1922年7月8日，张邦翰获聘为东陆大学筹备员，参与该大学的筹划及建筑。1922年7月14日，被荐为《大学大纲》起草委员会委员。1922年8月，云南省署正式批准贡院为东陆大学校址，东陆大学筹备处随即开展校舍兴建，成立建