今乌鲁木齐），惠远城逐渐失去了全疆政治中心的地位，伊犁将军主要负责北疆防务。辛亥革命后，伊犁军府制被取消。
历任伊犁将军.明瑞 干隆27年10月 - 32年3月 满洲镶黄旗 　阿桂 32年3月 - 33年4月 正蓝旗伊勒图33年7月 - 34年10月 正白旗 　　永贵 33年10月 - 34年10月 正白旗 　　增海 34年10月 - 34年12月 正蓝旗 宗室 　　伊勒图 34年12月 - 36年7月 正白旗 　　舒赫德 36年10月 - 38年7月 正白旗