二十八年（1902年），林回福建参加乡试并考取第一，到北京参加会试未中。1904年经严复推荐，出任京师大学堂文学教授，讲授中国文学史。期间着有《》，为中国较早的一部文学史着作。光绪三十一年（1905年）林到广西任知县并前往日本考察。当年12月，调任黑龙江办理全省教育。民国5年（1916年），林传甲因病辞职，离开黑龙江。民国六年(1917年)，林传甲发起编纂《大中华地理志》。其后又编纂了浙江、江苏、安徽、福建、直隶、京师、京兆、湖北、山东、湖南、吉林等行省、地方之地理志及《大中华直隶省易县志》、《察哈