二十年了；今日作这种事，是心甘情愿的。」两日后，司马德文退居琅邪王府，百官向晋帝告别，东晋至此灭亡。又三日后，刘裕正式登位，并奉司马德文为零陵王，让他迁至秣陵县（今江苏江宁县）的旧县治作为其府第，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，正如昔日晋篡魏的先例，并命刘遵派兵守衞。
被杀.及后刘裕就有杀害司马德文的意图，最初就命前琅邪国郎中令张祎拿毒酒去杀司马德文，但张祎就叹道：「要毒杀主君去让自己活下去，不如死了！」竟在路上喝下毒酒自尽。司马德文自己也十分害怕会遭毒手，于是起居饮食都由王妃褚灵