拥有神秘蓝宝石的马戏团少女娜汀亚和爱好飞机和发明的少年约翰两人，以及娜迪亚的好友－－小狮子小狮王的故事。娜汀亚和约翰从觊觎她所持宝石的葛兰蒂斯一行人逃跑，并开始了寻找娜汀亚的寻找故乡之旅。途中，他们巧遇邪恶组织「尼奥亚特兰帝国」（或译新亚特兰帝国）的总统卡格伊所占据的岛屿上倖存的少女玛莉。但是，娜汀亚、玛莉和小狮王被卡格伊拐走。为了拯救他们，约翰和葛兰蒂斯三人组联手，并且和万能潜水艇鹦鹉螺号及尼莫船长等人相遇，最终还被卷入了和卡格伊的战斗。本作品的主要构成是以传说中的拥有超古代文明的大陆帝国─亚特兰