治维新时期建立现代军队时，深受德意志帝国的影响，天皇为军队统帅，下设陆军参谋本部、海军军令部，并准予两方可直接将军务上奏天皇的「」权力，不但独立于内阁之外，且造成军令、军政二元体制下，军令又二元化以大本营而非参谋部门统筹指挥的独特情形。曾发生内阁签订伦敦海军条约引起干犯统帅权的重大争议。日本二战投降后，盟军统治时期的日本政府在驻日盟军总司令部（GHQ）的指导之下，透过战后宪法放弃宣战与建军权利，因为无军队，只有自卫队，天皇因此失去了军事统帅权，内阁依行政权能指挥自卫队，内阁总理大臣（首相）则为自卫队最高