一度被西方的微生物学家将它与黄麴霉一併视为有害的霉菌，并认为是黄曲霉的近缘种，该菌也导致了在食物安全的议题中的一场争论。后来认为米麴霉应该是黄曲霉的驯化类群，只是它的变种。目前认为米麹菌属于黄曲霉一个群的亚群，并保留其种的分类地位。2004年，日本东北大学名誉教授一岛英治于《》第99卷第2号中，提议将「」定为日本的「国菌」。2006年10月12日，日本酿造学会大会上通过了将麹菌（"）认定为日本的国菌。
基因体.米麴菌的基因组研究于2005年晚期由日本的制品评价技术基盘机构（）所