南军政府成立后，王九龄负责督署民政。1913年（民国2年），任云南督军署秘书，以后属于唐继尧。护法运动开始后，王九龄任靖国联军总司令部军法处长。1921年（民国10年），任云南陆军军法科科长。1923年（民国12年），任云南财政司司长。次年11月，段祺瑞任临时执政时，王赴北京，任北京政府教育总长（未就）。1925年（民国14年），任善后会议会员。后回云南任云南省政务委员兼盐运使。此外，任富滇银行行长、东陆大学（今云南大学）名誉校长等。1927年（民国16年）2月6日，因龙云等四镇守使发动兵变，唐继尧