从公元4世纪至16世纪为止，该教会的主教由东叙利亚马拉巴教会所任命，但只是任命权。
葡萄牙人到来.于1498年5月20日，葡萄牙探险家瓦斯科·达伽马（英语：Vasco da Gama)到达印度西部的卡里卡特。他和传教士，除了在马拉巴发现圣多默教会的基督徒外，在印度其他地区都没有发现基督徒。 他们第一与该教会接触时，非常友好，并互相交换礼物。后来，由于该教会与拉丁礼的天主教会，在礼仪和教理方面有一定的差异。而且，葡萄牙傅教士开始干预，他们怀疑印度的基督徒是异端。要求将该教会的礼仪和管