国家科技进步奖二等奖4项、三等奖2项。自国家自然科学奖设立至今，计算机领域唯一的1项一等奖和5项二等奖中的2项，都出在软件所。
操作系统.2014年1月15日，软件所与「联彤」（全称：上海联彤网络通讯技术有限公司）联合发布了具有中国自主知识产权的「中国操作系统」（，缩写）。