州为金所据。黄河以东属金，以西属西夏。
金至元.金大定十二年（1172年），改会州州治敷川县为保川县。二十二年（1182年）置西宁县于今会宁翟所乡，贞祐四年（1216年），升西宁县为西宁州。兴定四年（1220年），西夏占领会州。正大四年（1227年），蒙古军灭西夏，破西宁州。窝阔台汗八年（1236年），蒙古军破会州城。元代弃新会州，迁州治至西宁县。至元七年（1270年），并西宁县入会州，辖黄河以东地。黄河以西属宁夏府应理州，后改隶甘肃行省永昌路。至正十二年（1352年），改会州为会