海军大佐，任轻巡洋舰“那珂”舰长，1930年12月1日任第11驱逐舰队司令。此时南云以舰队派（主张对美、英强硬立场，反对裁军条约）而闻名。1931年10月10日任军令部第一班第二课课长，在军令部为扩大权力提出《军令部令及省部互渉规定改正》案时，他与海军省军务局第一课课长井上成美激烈争吵，酒后曾说“要是带了短刀我早就捅了你”。1933年8月4日任航空战教范起草委员会委员。1933年起先后任重巡洋舰“高雄”舰长、战列舰“山城”舰长。1935年11月晋升海军少将，先后担任第一水雷戦队司令，第八战队司令，水雷学