遭遇一次意外事故，致使腿部受伤无法服役。此后，积极致力于海洋考察工作。1861年南北战争爆发后他加入南军。战后，成为一名物理学教授。1873年在勒星顿逝世。美国海军的莫雷号驱逐舰 (DD-100)以他的名字命名。月球上的莫里陨石坑，是以他和堂妹安东妮亚·莫里的名字共同命名的。此外，科幻小说海底两万里中提及到莫里船长的名字。