2006年，费德勒第二次在他的生涯摘下三座大满贯单打锦标（澳网、温网、美网），并且继1969年拉沃之后首位闯进四大满贯决赛的第一人，在澳网进入决赛后，以5-7, 7-5, 6-0, 6-2逆转击败当届黑马巴格达蒂斯，拿下第二座冠军与第七座大满贯，法网首度进入决赛后，以6-1, 1-6, 4-6, 6-7四盘不敌纳达尔，在温网进入决赛后，以6-0, 7-6, 6-7, 6-3逆转击败首度闯入决赛的纳达尔而卫冕成功，拿下第四座冠军与第八座大满贯，在美网进入决赛后，以6-2, 4-6, 7-5, 6-1四盘击败2