过根据沈之子沈孝同推测，由于沈镇南反对「耕者有其田政策」使用台糖的农地，也可能因此得罪陈诚，导致陈诚不愿救援。保安司令部于1950年9月18日，宣判：审判採一审制，没有上诉机会。半年后，也就是1951年1月11日，沈镇南、林良桐被以叛乱犯罪名于台北市马场町枪决。依据当时法令，凡是破获匪谍案，可以将没收叛徒的财产提出30％作为告密检举人奖金，35％作为承办人员奖金及破案费用。沈镇南家产因此被没收。但沈家家产没收后仅有美金1500元，完全不够发奖金，需由政府补贴。而一开始的贪污案，1950年10月2