可达2米以上，它是一种比较小的齿鲸。不同地区的港湾鼠海豚的体长也有差别，比如在波罗的海雄性港湾鼠海豚仅达1.4米，而雌性港湾鼠海豚也只不过到1.52米。港湾鼠海豚的体重一般在50–60千克之间，最高达90千克。雌兽比雄兽重和大。与大多数鲸一样港湾鼠海豚的性别差异可以通过肛门和生殖器缝的位置来辨别出来。雄兽的肛门与生殖器缝明显分开，生殖器缝位于肛门前。与其它齿鲸的头颅相比港湾鼠海豚的嘴的长度比较海豚短，而且由于嘴上的脂肪层这个突出完全看不出来。身体粗壮，背鳍呈三角形。背部黑色，从背鳍开始有一块灰色的部分，