四个海军活动区。1965年4月，最终确定为四个海岸区。以下列出各区域所在地及出动港口：
小舰队.南越海军共有两支小舰队，分别负责巡逻和后勤，由巡逻艇构成的第1小舰队下辖有数支战队，巡逻装备包含了和通常专用于沿河区、桢沙特区的步兵登陆艇，这些舰艇偶尔会归属于沿海区指挥部管辖。行动职务的要求，是任何时刻都需有一半的巡逻部队投入部署，而每艘船在一次巡逻中要有40至50天出海。分派至沿河地区的舰队司令部船只负责提供或是执行河域中的主流巡逻任务。同时也派遣一支河道巡逻部队，在介于柬埔寨边境和