前，董事会及大学参议院所组成的两院制系统管辖着大学的一切行政事务。多伦多大学的名誉校长通常会由一名前加拿大总督、安大略省省长或外交官来担任，是学校名义上的长官，行政校长则是由委员会钦定为首席执行官。与北美大多数的高等教育机构不同的是，多伦多大学是一所联邦制大学，基本结构效仿自英国的剑桥大学和牛津大学。每个学院在录取、奖学金、教育项目和其他相关的学术或经济事务上有一定的自治权，这也包括了传统住宿型学院所拥有的住房及相关事物方面的权力。每个学院都有自己的历史、特色和资源，除了提供住宿设施之外，亦负责部分的教学