913年他当选民元国会参议员、宪法起草委员会委员。后来他参加了二次革命。1915年，他奉孙中山之命到昆明策动了护国起义，并首先提出了“护国军”这一名称。1917年，他任孙中山在广州组织的护法军政府司法部次长。1919年，他建议将“中华革命党”改名为“中国国民党”，后来他历任广州军政府司法部次长、内政部次长、代理内政部长等职务。1922年9月，他任中国国民党改进案起草委员会委员，后任中国国民党中央参议。1923年4月起，他任广州大元帅府大理院院长兼管司法行政事务。孙中山在北京逝世后，吕志伊淡出政坛，1928年