5′端的名称是因一个股在五碳糖内第五个碳原子的磷酸根作终结而有的。如果是磷酸盐附着在5′端时，DNA黏合酶就可以用磷酸二酯键将两个核苷的5′磷酸盐及3′羟基接合。如果没有这个磷酸盐，则不会有接合出现。透过磷酸酶移除磷酸盐所产生的这个现象，可以阻止不必要的核酸接合。5′端是转译前加帽的位点，加帽后称为5′端帽，是对生产成熟的mRNA非常重要。加帽可以确保mRNA在进行转译的稳定性及提供对核酸外切酶降解的抵抗。它包含了一个甲基化后的核苷，并以罕见的5′至5′三磷酸盐附在mRNA上。