商谈拥冯玉祥入青事宜，但前去途中朱、周两人就被谋杀。唆使族侄马仲英在河州发难，最终引发第四次河湟事变。1929年（民国18年）1月，青海省政府成立，马麒被任命为青海省政府委员。首任青海省政府主席孙连仲邀请马麒就任建设厅长，马麒将该职务让与弟弟马麟。孙连仲改任甘肃省政府主席后，高树勋代理青海省政府主席。其后，冯玉祥命马麒代理青海省政府主席。后来，马麒转而支持蒋介石，蒋介石继续让他代理青海省政府主席。1931年（民国20年）8月5日，马麒在西宁逝世。享年63岁（满61歳）。
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