及偷渡等犯罪活动屡禁不止，深圳市公安局于海上反恐方面上存在空白。加上深圳与香港之间的水上及水下安全保障的需要，组织及建立一支具备水陆两栖执勤能力的快速反应部队迫在眉睫。
筹备组织.2008年，随着深圳市成为争取举办2011年世界大学生夏季运动会，深圳市公安局边防支队作为负责是次运动会开幕式及海上竞技项目保安事务的主要武装力量，经过上级批准，海上特勤队的组织筹备事务正式开始。全支边防支队共有逾1,000名人员，经过多层遴选，逾20多名在游泳、越野、格斗、射击及船艇驾驶等科目上表现优秀