后期死亡病人，则多因持续性病毒血症、血小板严重流失及免疫力过于虚弱而死。恶性天花的致命原因如同严重皮肤烧伤，病人临死前都会出现体液、蛋白质与电解质的过度流失，以及突发性败血症。天花病毒不会造成慢性或复发性感染，但会导致併发症或后遗症。这包括了从轻度支气管炎到致命肺炎的唿吸系统疾病以及出现在脸部的永久疤痕。若天花引起的脓疱波及眼部，就有机会导致结膜炎、角膜炎、、虹膜炎、和视神经萎缩；出血型天花还会导致结膜及视网膜出血。其中，有大约35-40%出现角膜炎及角膜溃疡的人士永久失明。除此，2-5%罹患天花的儿童