拥立旁支的足利义荣继任将军。足利义辉同胞弟弟足利义昭当时正在兴福寺的一乘院出家，法名觉庆。足利义昭在忠于义辉的一色藤长、和田惟政、三渊藤英、细川藤孝等人帮助下，逃出兴福寺。
经过.永禄元年（1558年）在信浓国的足利义辉调停了武田氏和上杉氏两家的川中岛之战回到京都后，三好氏当主三好长庆的势力依然很大，对三好氏过大的势力感到威胁的畠山氏当主畠山高政和六角氏当主六角义贤因此在畿内举兵反对三好氏。虽然最后两家并没能推翻三好氏的霸权，但是在久米田之战中，三好氏一族三好义贤在战争中战死，也因