2月3日晨，沙勿略因疟疾病逝于岛上，年仅46岁，终未达成进入中国大陆的心愿。同年10月6日，利玛窦生于意大利马切拉塔（Macerata）。三十年后，利玛窦成功的将天主教传入中国。耶稣会于1847年至1853年建造在中国的第一座主教座堂时就将其命名为圣方济各沙勿略堂（上海董家渡）。
纪念.据说，沙勿略的尸体长期不腐烂，一路向人展示，到1554年才被安葬在印度果阿。1662年沙勿略被教会列为圣徒，他的墓地也成为朝拜的圣地。同时，马六甲、罗马、东京天主教神田教会和澳门圣若瑟修院都珍藏着沙