二年（1872年）许妈超因案被捕，由洪穷接任董事。光绪六年（1880年）天后宫重建竣工，但原本三落的规模缩减为二落。台湾日治时期，由于茅港尾从昔日官道上的重要市镇演变成曾文郡下营庄底下的一个大字，地方财力大不如前，仅能集资进行小规模修缮，皇民化运动期间则欠缺整修。二次大战后，茅港尾天后宫于民国五十一年（1962年）在主事余沧波倡议下，由冯振安担任主任委员，余沧波等六人担任委员，进行天后宫的重建。该年8月便拆除旧庙，9月于原址旁增购庙地六厘多。而后在10月8日寅时动工，午时定分金，12月4日上