明洪武二十年（1387年），为防倭忌，朝廷于此置卫，作为泉南屏障，称永宁卫。下辖福全、祟武、中左(厦门)、金门、高浦5所，设3个巡检司，分置于样芝、深沪、围头。明嘉靖年间，军民曾于此抗倭。
行政区划.永宁镇共辖1个社区、20个行政村，分别是：永宁社区、外高村、浯沙村、金埭村、梅林村、港边村、沙堤村、下宅村、郭坑村、后杆柄村、院东村、山边村、郭宅村、子英村、西岑村、前埔村、西偏村、塔石村、沙美村、洋厝村、新沙堤村。