938年12月，进入延安马列学院二班学习。1939年自延安马列学院（后改为中央研究院）毕业。1940年冬，任《共产党人》杂志编辑。1941年起，历任延安中央研究院政治研究室研究员、学术秘书、平泉县县长。1945年抗日战争胜利后，被派往中国东北，历任中共宁城县委书记、中共中央冀察热辽分局秘书处处长。1947年冬，高岗代表中共中央东北局来到冀察热辽视察工作时，发现了马洪的才干。1948年6月起，马洪历任中共中央东北局政策研究室主任、中共中央东北局委员和副秘书长。1952年，调任中央人民政府国家计划委员会委员