相同的立体中心或双键，则它们之间的顺序也不相同。含R构型立体中心的基团在先，含S构型立体中心的基团在后；含Z型双键的基团在先，含E型双键的基团在后。举些例子以助于说明这个比较的过程：
同位素.当两基团只有同位素的差别，则以质量数来比较：
双键与三键.如果甲原子与乙原子之间为双键，则把甲原子视为用单键与两个原子连接：乙原子以及一个与乙原子有相同原子序且只与甲连接的虚拟原子。当进一步追溯到与乙原子相连的原子时，甲原子本身不算，以避免往回找的现象，但是会算上