他也在1999年推出特殊两国论，中断两岸的政治谈判。当时国民党内部也认同两岸必须以国对国模式统一。国民党非主流派（例如1993年成立的新国民党连线及新党）对此立场有很大的不同，他们的立场比较接近过去国民党的立场，强力反对两国论、坚守《中华民国宪法》一个中国的立场。
政党首次轮替后泛蓝的政治立场.在2000年中华民国总统选举政党轮替后，亲民党成立，开始有媒体用「泛蓝」指称国民党、新党和亲民党。随着国民党败选，前总统李登辉被迫辞去国民党主席，连战接掌国民党后，国民党倾向淡化其支持两