血球凝集素（HA）及神经胺酸酶（NA）两种大型蛋白。血球凝集素属于凝集素的一种，可以协助病毒与宿主细胞结合，使病毒的基因能顺利进入细胞。神经胺酸酶则可在病毒发育成熟后，切割其表面上的糖，协助病毒脱离宿主细胞。由于这些蛋白质对于病毒相当重要，因此也成为抗病毒药物的标靶物质。此外，个体在感染流感病毒后，体内的针对这两种抗原的抗体会提升。甲型流感病毒可以根据抗体对于HA和NA的反应分为不同亚型。不同亚型会根据他们的HA和NA进行命名，例如从「H5N1病毒」的命名可见其表面的血球凝集素属于H5型，神经胺酸酶则属N1