同盟会总部和孙中山的不满情绪没有消除。广州新军起义后，他与谭人凤、居正等商讨成立专注长江流域的革命机关。1910年7月，11省区同盟会分会长举行会议，决定在长江流域发动革命。1911年，宋教仁到上海组织反清运动，在于右任办的《民立报》担任编辑，并与陈其美筹建中部总会。7月31日，宋教仁参加了同盟会中部总会于上海四川北路召开的成立大会，任文事。该分会体现出了独树一帜的分裂意向。赴香港参加广州起义的准备工作。7月，与谭人凤、陈其美等在上海组建同盟会中部总会，邀请或派人来往于上海、长江中下游各地，促进革命势力