。基因组的三分之二在一种或多种免疫细胞类型中是有活性的，并且在给定类型的细胞中少于1％的基因被唯一地表达。 因此，至关重要的是，这些免疫细胞类型的表达模式在网络的背景下被解密，而不是作为个体，以使它们的角色被正确地表征并相互关联。免疫系统的缺陷，如自体免疫性疾病，免疫缺陷病毒和恶性肿瘤，可从病理过程的基础知识中获益。例如，分析基因表达的系统变异可以将这些模式与针对免疫功能重要的特定疾病和基因网络相关联。传统上，研究免疫系统的科学家不得不在个别的基础上搜索抗原，并确定可以刺激免疫反应的这些抗原（“表位”）