8世纪.1515年7月，巴约讷遭遇黑死病疫情，直至1527年才基本结束。1565年，腓力二世与凯瑟琳·德·美第奇在巴约讷进行了，以协商解决新教徒崛起对皇室权力的影响。为减少洪水威胁，增强航运能力，1562年，在查理九世的支持下，工程被批准，一条连接布科和比斯开湾的直线水道得以修建，最终于1578年完工，至此，巴约讷市区距离入海口的航程由30多公里减少至10公里。17世纪初，法兰西和西班牙之间发生三十年战争，作为两国交界地区的巴约讷受到了一定的影响。彼时，在杨森主义的影响下，巴约讷地区也存在大量的宗