操及朱儁合兵大破敌军，获封都乡侯。皇甫嵩、朱儁乘胜进兵汝南、陈国，在阳翟(今河南省许昌市禹州市)、西华(今河南省周口市西华县西南)等地大败黄巾渠帅波才、彭脱。黄巾一败再败，终于溃散，于是三郡黄巾皆被平定。随后他上表朝廷奏捷，平定三郡功劳归给朱儁。原派讨伐张角的北中郎将卢植得罪小黄门左丰被诬陷获罪，皇甫嵩又表奏盛赞卢植行军方略，终令卢植复为尚书。<br>之后皇甫嵩奉命讨伐东郡黄巾贼，八月，皇甫嵩在仓亭（今山东省聊城市阳谷县东北）击败黄巾贼，生擒渠帅卜己。而因为卢植及董卓讨伐张角不力，于是皇甫嵩受命北讨张角