讨刘隗、刁协为名起兵进攻建康（今江苏南京），引袁瓌为自己的谘议参军。后来，袁瓌又出任临川郡太守。王敦之乱于太宁二年（324年）平定后，袁瓌又任镇南将军卞敦的军司，但不久就自行辞职，并寓游于会稽。及至咸和三年（328年）时苏峻起兵攻陷建康，袁瓌就与会稽太守王舒等人起兵讨伐苏峻。次年讨伐军成功平定苏峻部众，袁瓌亦以功封长合乡侯，并受征为散骑常侍。后来曾迁任大司农，接着又转任国子祭酒，加散骑常侍。其时袁瓌见东晋朝廷经历过王敦及苏峻两次叛乱，礼教不兴，于是上秦建议朝廷提供儒者土地和屋舍，让其收取学生，并赐博士僚属官