被迫致仕。万历三十五年（1607年）闰六月初三在三原家中去世，年六十九，赠少保，谥号“恭毅”。关于他的事迹，有明萧彦《掖垣人鉴》（万历间刊本）卷一五，明李绍文《皇明世说新语》（万历三十八年刊本）卷一，清徐干学《明史列传》（旧抄本）卷七六，清张廷玉等《明史》卷二二〇均有专传。《明史》载温纯：“肃百僚，振风纪，允称名臣”。
着作.温纯晚年兴修三原龙桥。着有《历官谏草》、《学一堂全集》、《杜律一得》、《大婚礼汇笔记》等。今合集为《温恭毅公文集》。
温纯