南半部成为长冈藤孝的领地，但位于北半部的此区域仍属一色氏所辖。1582年一色氏在本能寺之变后加入明智光秀一方，于明智光秀战败后随之一同灭亡。1600年关原之战后，京极高知领有整个丹后国，但在1622年京极高知过世后，将丹后国划为三分，中郡大部分区域成为峰山藩的领地，中郡南部则有部分区域属于或幕府直辖领。明治维新后，幕府直辖领先后被划入府中裁判所、久美滨县；1871年实施废藩置县后，峰山藩和宫津藩则分别被改设为峰山县和宫津县，但在同年底中郡全部区域被改划入新设立的丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中，丰冈