方政府执行政策。也因此，总督府辖下机关、尤其是地方行政机关的政策实行深具人治色彩，所有行政官员皆只以执行法律及管理行政为主要事务，各级地方行政机关缺乏自主。另外，地方行政基层以警察为中心，除了维护治安外，举凡政治思想、结婚生子、户口管理，还有鸦片管理、公共卫生、征收税金、物资分配、地政调查等，均是警察的事务。
军事.
军事参谋与军国体制.明治时代设立兵部省，负责管辖国家的防卫和治安维持的机関。因王政复古，征夷大将军被废除，日本朝廷其他的省决定恢复原有的权威