为期14个月的第四轮配对补助金计划于2009年2月28日结束，10所参与计划的院校合共筹得超过21亿元的私人捐款，10亿元的补助金悉数发放予各参与院校。虽然第四轮配对补助金计划推行期间遭逢金融海啸，但是次计划筹得款额较第三轮计划理想，香港中文大学及香港大学分别筹得近7亿3000万元及7亿元，获发放最高补助金额2亿5000万元。筹款金额排第三位的香港科技大学同样较第三轮计划进步，筹得近2亿4000万元，获发放1亿3500万元补助金。香港理工大学、香港浸会大学的筹款金额同样较第三轮计划为高，两校都筹得超过1