城幸免于难，并仍然归属于信胜。1558年（永禄元年），织田信胜本欲再度谋反织田信长，但由于柴田胜家向信长告密，信胜阴谋败露，被杀死于清洲城 ，末森城也被信长废城。后来在小牧·长久手之战中，信长之子织田信雄再度修建了末森城，但仅作为临时工事，在信雄与丰臣秀吉单方面议和后即被拆除。在1553年（天文二十二年），信仰白山大神的城主织田信胜将加贺国的白山比咩神社分灵迎入城中，建立白山神社以供祭拜，直至末森城废城后，附近的人们依旧维持着。后来在明治时期，白山神社与附近其他神社被合祀于 。另外，在末森城的西北山