有军政部、宣传部、宗教部、农林部、教育部、外交部、司法部、财政部、内政部与回族委员会；各部设有部长，回族委员会设委员长。回族委员会另有七名委员。东突厥斯坦共和国所使用的旗帜有两种，一种是绿底上绘有白色星月标志，一种是用金粉写着“万物非主，唯有真主。穆罕默德是真主的使者”。
经济.东突厥斯坦共和国成立伊犁银行，并设有干事一人。塔城区设有征收处与税务局，阿山区设有税局。
军队.东突厥斯坦共和国的武装力量是民族军。由反政府游击队所组成，共分为七个