不过，心理战和美国入侵的可能性吓倒了，危地马拉军拒绝应战。阿本斯有段时间尝试武装平民抵御入侵，直到他6月27日辞职。十天后，经圣萨尔瓦多的谈判，卡斯蒂略·阿玛斯出任总统。此次政变被称为危地马拉民主的最终死刑，在国际上受到广泛批评，助长了拉丁美洲长期的反美情绪。为了证明政变合理性，中情局发动，从阿本斯时代的文件中搜寻苏联对危地马拉的影响，结果失败。卡斯蒂略·阿玛斯迅速执掌独裁权力，禁绝反对党，监禁折磨政治反对派，逆转革命的社会改革成果。之后，左翼游击队和实行玛雅人等残暴政策的独裁政权陷入长达40年的内战。