学看起来相当不同，但在分子细胞学领域具有许多相同特征。所有的新壁总域都拥有组织蛋白去帮忙包装染色体，且具有其他类别生物没有的内含子。此类生物都使用因子甲硫氨酸作为蛋白质合成的起始氨基酸（真细菌则使用N-甲酰甲硫氨酸）。另外，所有新壁总域成员具有好几种RNA聚合酶，而真细菌只有一种。
解释.关于新壁总域在系统发生树的位置，学界看法不一，但主要可分为两大理论：
三域观点.当卡尔·乌斯第一次提出三域系统理论的时候，他相信真细菌域、古菌域，和真核生物域三者同时出现