静脉注射之后，阿糖胞苷会迅速地被去胺化成不活化态而被清除掉，而就因此药会被迅速的清除，所以此药需要在五到七天内持续性的输注(continuous infusion)才有效果。
副作用.阿糖胞苷的其中一种独特副作用是大剂量时其对于小脑的毒性。其他不良反应有：贫血、、白细胞减少症、胃炎、结膜炎、皮肤炎、发热和痛风。曾有高剂量或高频率阿糖胞苷给药引起的报道，不过十分罕见。