选址时嘉义不是候选名单的第一名，但是嘉义县长陈明文是民进党内的重要政治人物，嘉义又是民进党选票集中的重点区域，因此选了这个偏僻又有问题的地点。」而2004年国民党总统候选人连战并且提出将故宫本院迁至台中的主张，言下之意是废止故宫南院的建设。嘉义县长张花冠则在专访中表示，嘉义县胜出的关键在于「陈水扁政府考量区域均衡发展」。张花冠说，因为中央从未在嘉义投资任何建设，七0年后也无任何工业在嘉义，嘉义县工商用地被束缚尽剰27％，嘉义县土地大抵只能作农牧用地，所以嘉义县几无税收，嘉义市又升格省辖市，嘉义的金融、政