1860年代，杭州成为太平天国与清军反复争夺的战略要地，城市也受到了极大破坏，收藏四库全书的“文澜阁”也曾毁于战火。清光绪二十年（1894年），根据《马关条约》，杭州被辟为通商口岸，在拱宸桥地区设立通商场和日本租界。1911年11月5日，新军起义，俘虏浙江巡抚，结束了杭州的帝制时代。明清时期，杭州手工业发展迅速。除丝绸外，还出现了张小泉剪刀、王星记扇子、孔凤春化妆品、胡庆余堂丸药、毛源昌眼镜、邵芝岩笔庄等名特产品，以上老字号现今均还在经营。另外，创办书院之风盛行，曾出现崇文书院、敷文书院、紫阳书院、诂经