后肃清了其在京都的党羽，京都市中骚然。由于足利义材是被后土御门天皇亲自任命为将军的，因此天皇非常愤怒，准备退位，但被权大纳言甘露寺亲长劝阻。而根据《公卿补任》记载，直到后土御门天皇驾崩之后，朝廷才承认足利义澄的将军之位。政变发生后，细川政元派人出兵河内国，击败了足利义材。畠山政长自杀，足利义材持足利将军家的两件传家宝：甲胄「御小袖」和「御剑」，前往细川政元家臣上原元秀的军中投降。随后义材被押往京都，幽禁在龙安寺。在此期间，日野富子指示毒死义材，但失败了。
流离诸国和回到京都.足