退休辞去东亚银行、香港置地及怡和非执行董事；并辞去商台主席一职改任荣誉主席，由其子何骥接任主席。被委为太平绅士，获大英帝国官佐勋章。2001年，获香港特区政府颁授金紫荆星章；2008年，辞去佳讯控股董事，但仍出任商台企业有限公司董事长。网上媒体巴士的报指，何佐芝早年患上膀胱癌，癌症已向肾脏等器官扩散，但病情一直受控制，起居生活如常，但受早前的商台续牌事件影响，令何佐芝过份紧张导致身体转差，不能再活动自如，入住养和医院。2014年6月4日，于养和医院安详离世，享年95岁。商台网站台徽傍晚转成黑色，