凯宣布解散国会，朱兆莘遂赴厦门，任鼓浪屿会审公堂堂长。民国6年（1917年），朱兆莘被任命为驻沪外交部特派江苏交涉员，驻上海。其后，伍廷芳自北京携带外交印信至上海，以上海的朱兆莘的交涉公署作为行辕，进行外交活动。朱兆莘支持伍廷芳讨逆护法的立场，配合孙中山方面争取友好国家支持讨逆护法，从而激怒了北京政府，于1917年7月22日遭段祺瑞政府褫免驻沪外交部特派江苏交涉员的职务。民国7年（1918年）10月10日，徐世昌出任大总统，朱兆莘被任命为中国驻旧金山总领事。民国9年（1920年）9月，朱兆莘调任中国