三面被马六甲河围绕。葡萄牙也拆毁山上的清真寺和马六甲历代苏丹的陵墓，利用它们的石块建立一道环绕着山的护城墙和塔楼。这座堡垒称为法摩沙，号称“东南亚最大和最坚固的堡垒”。葡萄牙占领马六甲的130年间虽然遭遇多次外来攻击，但都无法被攻破，直到1641年才被荷兰王国和柔佛联军打败。堡垒内的驻军一般是300人，最多不到500人。
商业政策.葡萄牙人在占领马六甲后，为了使马六甲成为商业繁荣的港口，使积极遣使到中国、暹罗、缅甸等地，建立密切的商业关系。葡萄牙也派遣舰队前往爪哇、苏门答腊、婆罗洲