6个月的潘基文才被调回国，替人出任外交部次官的职务。2001年2月，时任俄罗斯总统普京访韩，与金大中总统举行了韩俄首脑会谈，并联合发表共同声明。《联合声明》中明确载入维护和强化《反弹道导弹条约（ABM）》的条款。但当时美国布什政府正在推进防御朝鲜、伊拉克等所谓敌对国家导弹攻击的《国家导弹防御系统（NMD）》。虽然声明中使用的是国际通用语句，但由于声明是在韩美首脑会谈即将举行之际，这被韩国媒体理解为金大中政府对美国NMD体系的反对。尽管韩国外交部对此进行解释，但并没能挽回局面。韩国各大媒体都进行了韩国反对