学校的特色之处，在于校舍是一座中西和洋合璧的建筑。校舍以白色为外墙颜色，配以黑色的中式庑殿顶，校舍的所有窗户，则由255块舶来手工玻璃嵌制而成。整座校舍最具特色之处，是位于入口正中央处的八角形塔屋、以及具唐破风风格的玄关。唐破风玄关的上部，除了嵌有祥云和青龙的雕刻，上方还挂有写有「开智学校」的匾额，匾额左右两旁各由一件造形精致的小天使拥护，尽显和洋合璧的精神，同时予人学校是一件恩赐的感觉。学校校舍内部不少课室仍保留着旧时的陈设，其中一间在明治十三年（1880年）曾用作明治天皇伉俪休息室的房间，房内仍留有