《蓝宝石之谜》某种意义上的一部续集。本作中几乎所有人物的名字都是庵野秀明导演取的，可以反映出导演的喜好与想法。其中碇真嗣的两位同学（铃原冬二和相田剑介）的名字取自于村上龙的小说，其他人物的名字或姓氏也都来自漫画或日本帝国海军舰只的名称。本剧还充满了对哈兰·艾里森的小说《》、考德维那·史密斯、大卫·布林的科幻作品、亚瑟·查理斯·克拉克的小说《童年末日》、迈克尔·克莱顿的小说《》、菲利普·K·迪克的小说《》、罗伯特·勃朗宁的诗歌《》、电影《》，以及多部电视系列剧包括《密谍》、《雷鸟神机队》、《UFO》、《初代奥