，城门上皆盖有门楼以做御敌之用，东门、西门、北门内盖有更楼（鼓楼）各两间，东侧城墙设有礮位一尊。砌城所用石材以澎湖当地所产的硓石和玄武岩为主，墙身厚度为2丈4尺，较一般城墙厚出六尺。墙面外部以染红的螺壳灰粉涂刷，让妈宫城整体外观状似红砖城壁，日后日本人甚至将妈宫城称作「海底龙宫」。
聚落.自康熙二十三年（1684年）清廷领有澎湖之后，妈宫街因濒临港湾，常有军队驻扎，四季皆可停泊船只，商业活动频繁，渐渐发展成热闹的市街，在干隆朝形成所谓「七街一市」，市街活动多由官府和班兵把持，驻