它同大学一直保持着合作关系。另外，哥廷根本市即设有5家马克斯·普朗克研究所（分别为马克斯·普朗克宗教与少数民族多元化研究所（前身为历史研究所）、马克斯·普朗克生物物理化学研究所、马克斯·普朗克实验医学研究所、马克斯·普朗克动力学研究所以及马克斯·普朗克太阳系研究所），均同哥廷根大学具有学科上的紧密合作关系，使哥廷根保持着科学研究上的领先地位。同大学保持着紧密学术合作的还有德国太空研究中心和德国灵长类动物研究中心。哥廷根大学和南京大学有密切的合作关系，合办了中德法学研究所、中德跨文化日耳曼文学研究所以