1999年，群岛主岛瓜达尔卡纳尔岛土着居民同马莱塔岛的移民间发生内战，双方于当年6月28日达成停火协议。但是2000年6月，双方再次爆发冲突。总理巴托洛缪·乌卢法阿卢无法控制局势，被迫辞职。此后该国再次陷入动乱之中。2003年，由澳大利亚、新西兰、斐济和巴布亚新几内亚四国军队组成的地区维持和平部队进驻所罗门群岛，经过一段时间，维持和平部队平定了各地方军阀，使该国重新平静。2006年4月15日，所罗门群岛举行议会选举，新一届议会推选前副总理斯奈德·里尼出任政府总理。但是反对派认为选举舞弊，部分原住民