朝也只能屈服于北朝的统治。1393年，与足利义满不和的后圆融上皇逝世，义满的权力完全巩固。次年义满将将军之职让给了儿子足利义持，自己则隐居继续执掌政治。同年昇从一位太政大臣，翌年出家，法号道义。义满出家是为了更有力地控制寺社势力。在义满出家之际，以斯波义将带头，不少武家和公家的头面人物都追随他出家。1395年，足利义满罢免了能够独自掌管地方政务的九州探题今川贞世。1399年，大内义弘在西国举兵，义满发兵镇压（应永之乱）。此后义满彻底排除了西日本地区的反对势力。
勘合贸易与北山