海地区3个较大岛屿庇护的海湾有红树林。 补丁珊瑚礁的分布广泛，生长最好的地区在科莫多东北和东部的沿海。 主要生物包括鲸鲨、翻车鱼、蝠鲼、鹰魟、豆丁海马、虚假尖嘴、蓝圈章鱼、海绵、被囊和珊瑚等。
纪念.2017年3月6日，Google更改首页的Google Doodle以纪念科莫多国家公园37周年。