何启亦是倡建广华医院的其中一人，更曾为该医院的董事局主席。广华医院最终于1911年成立。
何启与香港大学.本身是西医的何启，眼见本地的医疗培训不足，便和志同道合的好友合办香港西医书院，并亲任讲师，培训本地医疗人才。1907年，香港总督卢吉提出兴办本地大学的主张。何启表示赞成，更提出「三院制」，即主张将已有的香港西医书院、香港工程学院，以及新增香港文学院合成一所大学。1909年，香港大学筹备委员会成立，何启更出任捐助董事会主席，香港各界均有捐助。至1912年3月，香港大学正式揭幕。