4年的沖田畷之战杀死隆信，稳固了有马氏。有马晴信原本对基督教持反对态度，1580年接受范礼安神父的洗礼，取名唐·玻罗大削（Don Protasius）。此后转而支持基督教活动。1582年，与大友宗麟、大村纯忠一起派遣天正遣欧少年使节。由于出身于九州肥前国的关系，在肥前国于十六、十七世纪之交成为日本与海外交通的重要门户之后，也拥有优于其他地区的雄厚海洋贸易实力。1587年，丰臣秀吉进行九州征伐的时候，有马晴信与岛津氏断绝了关系，投靠丰臣氏。丰臣秀吉下达伴天连追放令后，他仍保护了不少基督徒。后来，有