序分类的角度，传统定义中硬骨鱼便成了并系群，而包括辐鳍鱼和肉鳍鱼以下的硬骨嵴椎动物（）则可构成一个单系群。为了解决这个问题，一些分类学家将硬骨鱼类的范围延伸，使之涵盖了所有四足类，构成一个与硬骨嵴椎动物等义的单系群。
辐鳍鱼.辐鳍鱼总纲Actinopterygii，占现代鱼类的90%以上。鳍条呈辐射状。
肉鳍鱼.肉鳍鱼总纲（Sarcopterygii）的鱼鳍中有一个中轴骨，在前鳍的基部上有明显的肌肉组织与分开的两片腹鳍，和之后两栖动物和四足类动物的演化有直