NH）（氨可能会被转化为铵，NH），而动物及植物物质，包括粪便，在分解过程中同样会释出氨。当这些氮废物积累到一个高的浓度水平就会使生物中毒，故此务必通过氮循环将这些物质控制于一个低浓度范围。一个平衡良好的水族箱应该含有可将废物转化的生物。氮废物是由硝化细菌（亚硝酸菌属，"Nitrosomonas"）转化。硝化细菌将水中的氨转化成亚硝酸盐（NO）。惟高浓度的亚硝酸盐同样可毒害生物。另一种的细菌（硝化螺旋菌属，"Nitrospira"）会将亚硝酸盐转化成毒性较低的硝酸盐（NO），饲养者再以换水的方式稀释水中