寺传扬宗喀巴的格鲁派，原来信奉萨迦派的恩贡寺僧众皈依格鲁派之后，奉二世班禅为寺主。四世班禅为学习更多佛教知识，舍弃了恩贡寺活佛的身份，以普通喇嘛的身份赴扎什伦布寺学经，后因佛学知识渊博，出任扎什伦布寺寺主。十世班禅任命恩贡寺的恰扎活佛恰扎·强巴赤列为扎什伦布寺民主管理委员会主任。恩贡寺有两个活佛系统，即恰扎活佛、斯布活佛。1984年，国家拨5.5万元专款修复了恩贡寺。
建筑.恩贡寺由大殿、扎仓、憎舍组成。寺内的佛经、佛像、佛塔很多，主要有顶部拉章的释迦像、恩萨巴罗桑顿珠（三