陈水扁竞选总统台大医院后援会召集人。2012年4月，柯文哲参与凯达格兰学校当学生。柯文哲曾支持民进党籍的蔡英文竞选总统，为蔡组织竞选后援会与进行募款，也是小英之友会常任理事。但柯文哲也曾批评蔡英文提出的台湾共识，内容不够清楚。柯文哲曾多次批评中国国民党，曾表示与民主进步党有共同的战略目标，就是「台湾人要做台湾这片土地的主人」。
参选台北市市长（2014年）.柯文哲在2014年1月6日表态参选台北市市长，并在座谈会中表示，台大医院失误移植爱滋病患器官案是决定参选的主因。 1月