鉴于细胞外间质的多样性，细胞外间质有多方面的功能。例如，为细胞提供支持和固定、提供组织间的分离方法、调节细胞间的沟通、调节细胞的动态行为。
细胞粘连.许多细胞与细胞外间质的成分结合。这种细胞与细胞外间质的粘连受特定的细胞表面细胞粘附分子如粘合素（integrin）的调节。粘合素可以传导机械刺激从细胞外间质到细胞骨架。
疾病.细胞外间质在肿瘤、纤维化、伤口愈合、炎症反应等疾病中起作用。