直冬再次投奔南朝，天皇试图再次夺回京都，但被足利尊氏、足利义诠击败。1359年（正平14年/延文4年）阴历12月，后村上天皇移驾观心寺（今大坂府河内长野市），翌年9月北上住吉。1361年，在室町幕府争权中失势的执事细川清氏投降南朝，后村上天皇让他同楠木正仪一起攻入京都，但不久因遭到足利义诠的反击而撤退。连年的战争使南朝的实力不断衰退，南朝不得不对室町幕府妥协。1367年，后村上天皇派叶室光资同幕府谈判。但光资要求幕府向天皇投降，遭致足利义诠的愤怒，和谈破裂。同年天皇得病，次年在住吉大社宫驾崩，享年4