。1950年4月13日，印尼苏卡诺政府与中华人民共和国建交，中华民国关闭于印尼各城市开设的领事馆，结束领事关系。1962年8月24日，印尼拒绝中华民国代表团参加于雅加达举行的亚洲运动会（另一被拒绝的是以色列）。1967年10月27日，反共的苏哈托政府与中华人民共和国断交。1971年10月25日，印尼对于中华民国是否续留联合国的投票採弃权方式，即《联合国大会2758号决议》。1981年，行政院长孙运璇访问印尼，并会晤苏哈托总统。1994年2月春节期间，总统李登辉访问印尼，会晤总统苏哈托