上乌兹别克人、莫卧儿王朝和萨法维王朝的入侵和帝国内部的王位争夺，1504年巴卑尔攻下喀布尔，在1506年帝国亡于外族手中。
近代.
莫卧儿王朝.莫卧儿王朝的创始人是巴卑尔，是帖木儿的后裔，被乌兹别克人赶出撒马尔罕后率兵南下攻打阿富汗和印度。在1526年佔领了德里，建立了莫卧儿王朝。经过多年征战，统一了印度次大陆北部地区。莫卧儿王朝控制了阿富汗的钖斯坦、坎大哈、喀布尔、赫拉特和伽色尼等地区。巴卑尔死后，帝国旋即陷入分裂，国王胡马雍逃离德里，阿富汗人领袖舍尔沙的苏