隆总主教也获得义大利大书记官（Archchancellor）的头衔。尔后科隆采邑总主教区就被称为科隆选侯国（Erzstift und Kurfürstentum Köln）。 1288年后科隆从选侯国中独立为自由城市，因此科隆总主教被迫迁出科隆，改以波恩为选侯国首都。 自此科隆总主教只有科隆总教区的教会地位，而不再是科隆的政治领袖。不过选侯国依然保有科隆以外的领地。在16世纪其间，有两个科隆总主教改宗新教，一个是赫尔曼·冯·威德，他改宗后就选择辞退总主教职位；另一个则是格布哈特·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔