之后，于建文元年（1399年）七月在封地北平起兵反叛。他以“靖难”为名，向京师进军。建文元年，明建文帝下诏讨伐燕军。命吴杰、吴高、耿瓛、盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安分道併进，并在河北真定设立平燕布政使司，兵部尚书暴昭掌司事。随后，耿炳文率大军抵达，与燕军交战后失利退守。明建文帝临时换将，撤换耿炳文，由李景隆代替。随后，朱棣获得宁王朱权及朵颜三卫，实力大增。而李景隆在率军围困北平后，仍然无法破城，并在郑村坝溃败。燕王因此向明惠帝上书，明惠帝不得不罢免齐泰、黄子澄。建文二年，燕军与中央