十七年（1678年）准噶尔部噶尔丹攻入天山南路，清平定准噶尔后，干隆二十四年（1759年）设总理回疆事务参赞大臣，州境属其管理。干隆二十七年（1762年），设总统伊犁等处将军，州境属之。光绪十年（1884年）设新疆省，州境分属喀什噶尔道疏勒府、伽师县及阿克苏道乌什厅。民国元年（1912年）州境分属喀什行政区伽师县、疏附县、英吉沙县、蒲犁县和阿克苏行政区乌什县。民国二年（1913年）至民国三十三年（1944年）先后设乌恰县、阿图什县、阿合奇县。1924年废道，辖区直属新疆省。1949年，阿合奇县属新疆