此部门最早期称为殖民地司署（Colonial Secretariat），首长是辅政司（Colonial Secretary；又译「殖民地司」），中文名称后来改为辅政司署。1976年改为布政司署（Government Secretariat），首长改称布政司（Chief Secretary）。1997年香港主权移交后改称「政府总部」（英文不变）。但因原「布政司署XX科」均易名为「XX局」，故少用此称谓，反而常用来代指政府总部的主要办公大楼，即中区政府合署（英文名：Central Government Off