3年后，周荣鑫一直在晋察冀边区、以及中共中央华北局工作。中华人民共和国建国后，周荣鑫历任中央人民政府财经委员会秘书长，建筑工程部副部长，中共浙江省委常委、浙江大学党委书记兼校长，教育部副部长，国务院副秘书长等职。1965年1月，48岁的周荣鑫出任国务院秘书长，成为周恩来的重要助手。“文化大革命”开始后，周荣鑫受到冲击，停止了工作，被下放到宁夏平罗的“五七干校”劳动；直到1972年才恢复工作，并出任中国科学院中共核心领导小组的副组长。1975年1月17日，经周恩来提名，第四届全国人大一次会议任命周荣鑫为教