孔昭慈（），字文止，号云鹤，山东曲阜人，孔子七十一代孙，属大宗户，清朝政治人物，同进士出身。
生平.道光十三年（1833年）登癸巳科进士。选庶吉士，散馆改知县，授广东饶平县知县。因丁忧归。守丧期满，发福建，署莆田、沙县，摄兴化府通判，授古田县。道光二十八年（1848年）调闽县，进邵武府同知，移台湾鹿港。时反清武装林恭等陷凤山，知县王廷干、高鸿飞相继死，郡城岌岌可危。昭慈闻警讯，航海前往援助，协力守御。咸丰四年（1854年）擢台湾府知府，尽力搜捕余党。咸丰八年（1858年）进按察使衔