代表国、亲两党角逐第五届立法院副院长，经过两轮投票，最后胜出当选。2003年3月20日，江丙坤获得国民党主席连战的提名，出任国民党副主席。同年7月，发表《拚命三郎：江丙坤的台湾经验》回忆录。
海基会董事长.2008年4月，中华民国二次政党轮替后，国民党筹组新政府，江丙坤以娴熟大陆及两岸经贸事务，于2008年5月26日接任海崃交流基金会董事长一职。2012年9月19日，江丙坤宣布辞去海基会董事长职务。
第一次江陈会谈.2008年6月11日江丙坤率海基会代