DNA片段可输入到各种高通量DNA检测方法之中，这些方法包括高分辨率DNA微阵列（MeDIP-芯片）或下一代测序（MeDIP-seq）。虽然如此，人们对于甲基组的理解仍处于初级阶段；进行这项研究的复杂之处在于DNA甲基化有着细胞/组织特异性，这与其它表观遗传学属性（如染色质状态、组蛋白修饰等）类似。