才旺多杰从囊谦王变成了人民公仆，失去了封建特权。1958年初发生的所谓“反革命叛乱”中，扎西才旺多杰说服群众不要叛逃，要相信中国共产党，以稳定当地局势。但是，1958年，他被平叛部队在囊谦卡家中错误逮捕，后被释放。1960年12月，他再度当选为玉树藏族自治州州长。1965年10月9日召开的玉树藏族自治州四届一次人民代表大会上，扎西才旺多杰未被提名参加选举。1966年10月25日召开的玉树藏族自治州四届二次人民代表大会，罢免了扎西才旺多杰的青海省人民代表大会代表、玉树藏族自治州人民委员会委员的资格。随