国地质科学院成为有权授予博士和硕士学位的科研单位。1991年，经全国博士后管理委员会批准，中国地质科学院建立了地质学博士后流动站。1999年，中国地质科学院进行改组，院长、党委书记、常务副院长从此由部党组任命。2005年1月，中国地质科学院整体划归中国地质调查局直接管理。2018年6月，中国地质科学院创刊的《中国地质（英文版）（）》正式开始发行。
现况.中国地质科学院目前共下属8个单位，分别为院部、地质研究所、矿产资源研究所、地质力学研究所、水文地质环境地质研究所（河北省石家庄市）