瓦多.受阿加莎的雨带影响，全国均下起大雨，因此出现大面积洪水。在圣萨尔瓦多等六个灾情较严重的城市，官员唿吁当地居民尽快撤离至避难所。当地一共发生140宗山泥倾泻，并录得超过400毫米雨量，导致6人丧生，2人失踪。因应阿加莎为当地带来广泛破坏，总统毛里西奥·富内斯于5月30日宣佈全国进入紧急状态。当地农业大受影响，共有农地被水淹没，损失超过6百万美元。相反，当地的学校并没有受到严重破坏，大部分在风暴过后仍能正常运作；在378所受影响的学校当中，有63所遭严重破坏。阿加莎在全国共造成3110万美元损失。