明穆宗非常高兴，想要擢升翁大立。但此时黄河、淮河同时发水灾，引发决口，不少河道被淤塞。更严重的是，泰山庙到七里沟，十多里淮河被淤塞，淮河水从朱家沟满溢而出，居然改道至清河县河南镇，与黄河合流。此时翁大立正在京师担任工部右侍郎一职。隆庆皇帝下令让新上任的河道总督都御史潘季驯总管水利工程，负责防洪治灾。不料，黄河在邳州大决口，睢宁水道被淤塞长达一百余里。翁大立马上上奏，建议开泇口、萧县二河道。翁大立并配合潘季驯的工作，重新筑造堤坝，弥补决口。水灾不久消退，漕运得以再次畅通。但事后翁大立、孔昭等人仍因“迟误漕粮”