除在1913年所选出的国会，孙中山发起「护法运动」，率领部分海军南下广州，召开国会非常会议，征用此地作大元帅府。1918年5月，因被盘踞于广州的桂系军阀破坏及干扰，护法运动失败，孙中山被架空职权，辞去海陆军大元帅后离开广州。1920年，粤系军事将领陈炯明击败盘踞在广州的旧桂系、滇系军阀后，孙中山重回广州，取消军政府，并于1923年3月在此地建立陆海军大元帅大本营。大本营建立后不久，先后平定沈鸿英叛乱和东江叛乱，并改组中国国民党。1925年3月12日，孙中山逝世。1925年7月，国民政府于广州正式成立