会成立时，暂时挂靠中华人民共和国科技部，首任主任为唐敖庆。1986年7月29日，基金委设立数学物理部、化学部、生物学部、地球科学部、材料科学与工程科学部、信息科学部；自然科学发展战略与政策局、综合局、国际合作局、办公室。1987年4月3日，中华人民共和国劳动人事部发布通知，国家自然科学基金委员会不再挂靠科技部，改为直属国务院。1988年6月7日，国务院办公厅发文，“国家自然科学基金委员会为副部级机构，享受国务院直属局待遇，不列入国务院机构序列，由国家科委归口管理”。2000年12月27日，国务院办公厅发