基金会“杰出青年学者奖”，1999年获何梁何利科技进步奖，2002年获国家自然科学二等奖，2006年获上海市自然科学一等奖。2011年11月在上海复旦大学获得第四届谈家桢生命科学成就奖。
争议.2019年11月29日，传言首都医科大学校长饶毅实名举报李红良、裴钢、耿美玉造假，饶毅回应称“没有发出，有过草稿”。2021年1月21日，科技部发布调查结论，指裴钢的1篇论文未发现有造假。同日，饶毅向中国科学院学部科学道德建设委员会正式举报裴钢的论文涉嫌学术不端。1月26日，道德委公开发布