并确立摄政关白由北家嫡流出任的传统。北家嫡流（后被称为摄关家）在平安时代末期分为近卫、、九条三家，其后松殿家衰微，在鎌仓时代由近卫家分出鹰司家，由九条家分出二条家和一条家，近卫家、鹰司家、九条家、二条家、一条家被称为五摄家。而近卫、鹰司、一条三家在江户时代，由于曾从日本皇室成员中过继继承人，便被称为皇别摄家。
其他分家.除五摄家外，藤原氏仍有为很多支流，如：、西园寺家、花山院家、、、、、、等。各地也有以藤原氏为本家的分支，如近藤、远藤、安藤、加藤、佐藤、齐藤、斋藤、武藤。而