，京包铁路的清华园站在此时搬迁至四环路南侧，北京航空航天大学西门外现址。
扩建.为了让游客在2008年北京奥运会期间更方便快捷地前往八达岭长城等景区，自2008年8月6日起，北京市郊铁路S2线开通运营，列车沿途交替停靠清华园、、昌平、、等车站，同时车站站台改建为高站台。2011年7月1日，S2线降价增开后车票改为S2线定额专用客票，运行中不分一、二等座，乘坐两站及以上每人次6元，乘坐一站每人次5元。S2线清华园-以及清华园-清河票价人民币5元，前往本线其他站点票价人民币6元。