任命蒋为中华革命军东北军任参谋长，难着成效；及袁氏暴毙，居正去北京，由许崇智代其职，呈请解散，蒋乃赴北京观察政局，同年秋复回上海。蒋先后与张静江、许崇智等人焚香换帖，结拜为异姓兄弟。
辅佐孙中山.1918年2月，海军总长程璧光为桂系所刺杀，孙益无所恃，乃电召蒋赴广东以为助，3月11日蒋奉派赴汕头，出任援闽军总司令部作战科主任。因受排挤，于7月辞职。8月18日回到上海。蒋奉派到粤军中工作，先任总司令部作战科主任，继任粤军第二支队司令，指挥所部攻取大埔、永泰。蒋要辞职，陈炯明竭力挽留，