基本解剖构造包括口、咽、肠、性腺，及胶原蛋白表皮层，此外两种性别的线虫还分别具有不同的生殖器官。雌雄同体虫和雄虫分别具有959和1031个体细胞，各细胞的位置和细胞渊源均已确定。秀丽隐杆线虫的（epidermis）由大型多核合胞体细胞组成，源自胚胎外胚层。上皮层在其上方可形成一层主要由胶原、脂质、糖蛋白组成的（cuticle）。这一层表皮是线虫具有保护作用的外骨架，是其维持形态所必需的结构，并且可为肌肉收缩提供固定位点。上皮层下方是体壁肌，分为四个肌肉带，共95个细胞。腹部、背部两侧肌肉的规律性收缩使