岛完全沦陷，澎湖水师镇总兵周振邦逃离。清廷以「坐视不救，先行逃避」，派员押解周振邦至福建，判「斩监候」，澎湖成为日军集结军力进攻台湾南部地区的重要基地。4月17日（农历三月二十三日），大清帝国代表李鸿章和日本帝国代表首相伊藤博文在日本山口县马关港「春帆楼」签订《马关条约》，永久割让台湾、澎湖。刘铭传风闻台湾割让，忧思郁结，口吐鲜血。自同治、光绪以来台湾洋务运动之各项近代化建设，借由海防的经营图强，巩固海疆的目标，至此完全失败。5月8日，划台议定，台湾兵备道陈文騄、台南府知府朱和钧、台湾镇总兵万国本、安平