法大学附属第一高中，通称「魔法科高中」，迎来了一对兄妹。哥哥是什么事都拿得起放得下的「二科生」，而妹妹是对兄长抱有超越血亲感情的「一科生」。伴随着两人的入学，平稳的日常生活开始变得波澜万丈。
出版书籍.描写主角高中入学式至高一第三学期结束（包括3年前的回忆，即网路版第4章、文库版第8卷《追忆篇》）的《初学年部》（）已完结。小说预定连载到高中第三学年结束，描写晋级后的《二学年部》（）已完结，第三学年2017年开始连载，2020年完结。续作《续·魔法科高中的劣等生 Magian Com