武六年（1373年），改临濠府为中立府，寿州仍属之。洪武七年（1374年），改中立府为凤阳府，寿州仍属之。清朝顺治二年（1645年），佔领寿州。雍正三年（1725年），霍丘县改属颍州，蒙城县改属亳州，寿州不再领县。雍正十一年（1733年），分寿州置凤台县。1912年，改寿州为寿县，直隶于安徽省。