母亲是四川打箭炉（今康定）的藏族人。英国官员认为刘曼卿是驻藏大臣联豫与藏族妻子的女儿。刘曼卿的先人“原为汉籍，清中叶随某使者入藏，遂家拉萨。”其父刘荣光“曾为进贡大臣秘书，往返北京拉萨间数次”，后来曾经在成都的班禅办事处任职。1906年（清光绪三十二年，藏历第十五饶迥阳火马年），刘曼卿出生于拉萨。
早年生活.刘曼卿的母语为藏语，本人信仰伊斯兰教，幼年她家是拉萨清真大寺寺坊的教民。第一次驱汉事件期间，她家受到影响，住房被烧毁。1915年，她家迁居英属印度的大吉岭，开食品店卖中式点心。