Franz Ludwig von Pfalz-Neuburg时才以国家资助的形式确保了教师的收入，众多知名人士来到特里尔讲学。18世纪后半叶，越来越多的保守势力开始反对耶酥会，并阴谋扩大势力，1764年特里尔出现了不受修会管辖的第二个神学系，由一群本笃会成员发起，而在其他院系也相继设立了非修会的教学机构。1773年，耶酥会被教皇所禁止，耶酥会在特里尔大学的神学和哲学系被迫解散，教学课程由本笃会接替。1794年特里尔被法国大革命军队占领，1798年4月6日，特里尔大学被法国管理当局下令关闭，同时被关闭