1日共8名学生以海军大学校军医科学生的身份展开学业。但是因为医学的特殊性，合并后难以对医科生的学习课目和进度进行管理，因此1897年（明治30年）5月时任医务局长向西乡进行争取，希望重开军医学校。同年11月4日，海军大学校的医科部分剥离，重新设立新的海军军医学校，此后海军大学校不再包含医科。1923年（大正12年）9月1日，学校设施在关东大地震中损毁严重，不过到同年12月末应急临时校舍就已经大体完工。1932年（昭和7年）8月27日，海军大学校搬迁到东京上大崎原陆军卫生材料厂旧址，同年9月1日开始在新校