明朝.甲辰年（1364年），朱元璋平陈理，佔领归州，隶湖广等处行中书省。洪武九年（1376年），废归州，其所领三县改属荆州府夷陵州。洪武十年（1377年），改秭归县为长宁县。洪武十三年（1380年），升长宁县为归州，领兴山县，属荆州府。正统九年（1444年），废兴山县。弘治三年（1490年），复置兴山县。嘉靖四十年（1561年），州治迁回江北。隆庆四年（1570年），夷陵州巴东县改属归州。至此，归州领二县：兴山、巴东。
清朝.顺治二年（1645年），清军佔领