负着高年级本科生、全部研究生以及全部教师的教学研究工作，所有实验室也位于本部。2006年九龙湖校区一期建成，四牌楼校区作为本部的历史使命结束。
校区地标.
六朝松.六朝松矗立在东南大学四牌楼校园西北隅，实为桧柏。树高9.58米，围2.65米，古劲苍虬，相传为南朝梁武帝手植，故名。为东南大学标志。
国立中央大学旧址建筑群.东南大学校园是六朝宫苑的遗址、明朝南京国子监旧址、民国国立中央大学的所在地。校园内的国立中央大学旧址建筑群，以南大门