乙未事变时也带领一支义兵战斗，在堤川与大韩民国临时政府的义兵合流，开始打游击战。1905年，日本和大韩帝国签订了《乙巳条约》，两年后朝鲜高宗退位，李康年在永春带领一支义兵与原州的一起进攻忠州。1907年12月，李康年带领部队加入，之后在加平、麟蹄、江陵、襄阳、龙沼洞、葛其洞、百潭寺等地的战斗中去的胜利。在锦绣山的战斗中，李康年脚部中弹被捕。1908年在汉城的京城监狱（今西大门刑务所）处以绞刑，享年51岁。