自治同盟.2370年末，西斯科在第三象限接触到了自治同盟及其属下的詹哈达部队。由变形人领导的自治同盟极度仇外残暴，他们在第三象限摧毁了贝久人新建的殖民地和数艘联邦星舰。西斯科意识到自治同盟将成为潜在的威胁，而深空九号将成为抵抗自治同盟的前线，因此西斯科特地从星际舰队要来了此前被搁置的联邦星舰勇抗号。2371年年底，西斯科被提升为上校。
新的危机.2372年，卡达西军政府被平民委员会推翻，卡达西国内随即陷入混乱。此时克林贡帝国总理高伦以卡达西高层被自治同盟