年12月3日，佩德罗亚和红袜签署了一个为期6年的合同价值40.5百万美元，包含2015年价值11百万美元的球队选择权。15日，佩德罗亚宣佈，他将代表美国队参加2009年世界棒球经典赛。他在4月3日对上纽约大都会击出内野穿越边线球，成功上至二垒，也是他在花旗球场第一支安打，且他在2009年赛季第一个打席即是全垒打。佩德罗亚被选为2009 AL全明星队的先发二垒手。在比赛前一个週末，佩德罗亚宣布退出明星队，因为他需要照顾出现严重妊娠併发症的妻子Kelli与他们刚出生的的第一个孩子，他也同样因此缺席了一个明星赛