1618年，由于南京教案的原因，教堂被拆除。
重建.1864年，法国传教士雷居迪（Adrien de Carrère S.J.，史式徽《江南传教史》一书中作雷遹骏）随法国的炮舰来南京复堂，在原佛教古刹寺的废墟上建堂，1870年（同治九年）建成，定名为“圣母无染原罪始胎堂”，即现在的石鼓路天主教堂。北伐战争中该堂遭到严重破坏，曾一度改作马厩。1928年，国民政府拨款15万元重修，现在的教堂基本保存了重修后的风貌。在1966年开始的文化大革命期间，教堂设施遭受破坏，宗教活动中止。198