县府自行开辟之北港线市区公车（为连接高铁之快速市区公车路线，非属高铁快捷公车）分别于2017年1月24日正式通车。为了改善褒忠及元长治高铁站不便利，新辟元长线市区公车则于2020年1月9日正式通车。
云林交通窘境.跨区客运多数以斗六车站为主要停靠点。如台西客运7138号公车(朝马-斗六)不经过高铁云林站。日统客运7000号亦同。统联客运1635号则停靠虎尾科技大学。其他邻近站点则有西螺转运站，斗南车站。总达客运曾开设南投至斗六路线，后裁撤。日统7006号亦同。