南明时期.东林党与阉党之争，一直延续到南明；阉党的阮大鋮打击东林党人向来不遗余力，本来阮大鋮和东林诸君子关系不错，但受到赵南星的打压，最后干脆倒向阉党。当时东林党人因为与国本之争时，与福王朱由崧的先人朱常洵有过节，力主拥立潞王朱常淓，所以史可法写信给马士英说明福王朱由崧「七不可立」，马士英却抢先拥立福王。史可法在东林党与阉党之间两难。传奇《桃花扇》记载阮大鋮刻意逢迎复社的吴应箕、沈昆铜、沈眉生等人，结果反被责打一顿，后来阮成为南明重臣，立刻展开报复行动。永历朝又有所谓吴楚党争，