同性婚姻此一人权议题十分关切，因此在同年8月15日他便遭政府约谈，后被非法扣押在台湾警备总司令部保安处的地下室达半月之久，9月1日移押到新店军监，再于9月3日转押至台北看守所孝一舍独拘房，待遇如同政治犯，和因言论自由相关案件而被判入狱的陈水扁、郑南榕、黄天福三人相邻或相对。根据祁家威自述，政府高层原本告知自己将被关押五年之久，但时任总统蒋经国知悉此事后不悦地表示「这样办不好吧」，司法单位便于次年1月23日改为交保后放人。1992年，祁家威将目标放置在内政部户政司，强烈要求通过同性婚姻合法化，再度向行政院