镗、戚继光等名将曾先后在镇海抗击倭寇，王直最终被歼灭。在此期间，卢镗于招宝山巅建威远城，今存。宝陀禅寺由普陀山迁至招宝山，寺院几经兴废，延续至今。1687年（清康熙二十六年），定海县更名为镇海县，同时分原昌国县地域建立新的定海县。在此之前，由于南明与清朝的战争，清政府曾迁舟山民众至定海、鄞县，泰邱、海晏等乡亦受影响。直至郑克塽降清，海禁方才废弛。由于史上城塘屡屡为风灾所废，1751年冬，知县王梦弼主事，改建后海塘为夹层石塘，今存。这一时期，镇海的商业和贸易有了较大的进步，渔民在宁波双街（今江厦街）成立了