实际控制地区从周边10平方公里的地域逐渐退缩到要塞城墙之内。达荷美的法国殖民官员几次要求葡萄牙将该要塞转交给法国，但都遭到了拒绝。该要塞由葡萄牙驻圣多美和普林西比的总督代为管理，由一位军官兼任行政官，此外还有少量士兵。1960年8月1日达荷美（后改名贝宁）独立后，要求葡萄牙交出圣约翰堡，再次遭到拒绝。其时该要塞内只有5人居住。1961年8月1日，达荷美军队进入圣约翰堡，驱逐了为数仅有2人的葡萄牙居民。此后葡萄牙在联合国多次提出抗议，直至1975年才承认贝宁对圣约翰堡的主权。现在圣约翰堡已经被辟为维达