νθα"/"akantha"意为「棘」或「刺」，而"σαυρος"/"sauros"意为「蜥蜴」。高棘龙的唯一种是阿托卡高棘龙（"Acrocanthosaurus atokensis"），种名是按其发现地方，奥克拉荷马州的阿托卡县来命名。高棘龙的名称是由美国古生物学家J. Willis Stovall及Wann Langston, Jr.于1950年命名的。Langston曾在他于1947年的未公佈硕士论文中，提到了"Acracanthus atokaensis"这个名称，但在正式公佈时，则改为阿托卡高棘龙