，其中“卓”指卓日吾齐山，“甘丹”是藏语音译，其意为“兜率天”，这是未来佛弥勒所教化的世界，“南巴杰卫林”意为尊胜寺，故该寺名。
历史.该寺是佛教格鲁派创始人宗喀巴于1409年亲自筹建的。该寺赤巴（“赤巴”意即法台或座主）称为甘丹赤巴。西藏民主改革前，甘丹寺定编住寺僧人为3300名，实际多时达5000～6000人。1959年藏区骚乱中，古寺遭到近代第一次破坏。1959年成立了僧众民主管理委员会，从上寺庙的教务、学习、生产、生活等皆由僧众民主管理。1962年国务院定为全国重点文物