国政府追授建国勋章。韩国首尔建有。他的遗物被韩国政府指定为国宝，他的故居被指定为历史遗迹。1966年10月，尹奉吉的弟弟尹南仪（2003年去世）应蒋介石的邀请，与尹义士的儿子尹淙（1984年去世）一同访问台湾参加双十节活动。1992年11月，中国上海市经外交部批准在虹口公园建设以尹奉吉的号“梅轩”为名的两层韩式建筑，1994年扩建成梅园，2003年扩建成梅轩尹奉吉纪念馆。日本石川县金泽市在尹奉吉“暗葬”之地建有纪念墓园和纪念碑，并曾发行纪念书籍。