天主堂在内的徐家汇地区安全由法军移交日军负责。抗日战争胜利后，徐家汇天主堂重新成为法国和美国等国的耶稣会的活跃地带，1949年时，徐家汇天主堂已经成为总铎级教堂。
现代.1953年，中华人民共和国政府认为“部分天主教教职人员在罗马教廷以及法国、美国耶稣会的指派下从事间谍活动，并以上海各大天主教教堂、神学会和学校为据点，控制了上海当地的天主教宗教活动”，并以此为由驱逐或逮捕了一批天主教教职人员。1955年，解放军征用了作为天主堂附属建筑的藏书楼，并于一年后将藏书楼转交给了上海市图书馆