共和国政府通过1950年代的新疆剿匪，军事消灭了大部分反叛势力，中华民国政府在新疆的残余军事力量被清除。此后，最引人关注的反叛势力是与东突厥斯坦独立运动相关的组织，反对中华人民共和国政府对新疆的统治。1954年至1957年阿不都依米提大毛拉秉承境外穆罕默德·伊敏旨意在南疆5次暴乱。1954年12月27日、28日两天，以帕提丁为首用宗教做掩护，带领200多教徒集体抱经宣誓，发动圣战，随后分发武器。12月31日晚间阿卜都.依米提大毛拉、帕提丁领导伊斯兰政府联盟委员会，300多人袭击墨玉县劳改农场，打死农场指导员