在一场感染中难以寻找有效的噬菌体处理。噬菌体经常被拿来与抗生素比较。当细菌带有生物薄膜，并有多醣层覆盖时，抗生素一般无法穿透。噬菌体则容易成功穿透。噬菌体也比抗生素更专门对付细菌。一般而言，噬菌体对寄主生物本身和其他益菌无害，例如肠道菌群，可减少机会性感染。噬菌体治疗有着较高的治疗指数，也就是即使注射高于治疗的剂量，噬菌体治疗仍可有较低副作用。由于噬菌体可在身体内自行复制，因此所需剂量也会较少。这种特异性有一个缺点：一个噬菌体只在符合特定菌株时才会杀死细菌。故此，通常以混合噬菌体以增加成功机会。另外