武宗想带兵亲征，遭到杨廷和等人的极力劝阻。武宗且化名朱寿，又自称“总督军务、威武大将军、总兵官、后军都督府、太师、镇国公朱寿”，统领各京边将士南征。命安边伯许泰为威武副将军、左都督刘晖为平贼将军前驱，镇守、巡抚、巡按均听节制。并命杨廷和与大学士毛纪留守顺天府。当时干清宫、坤宁宫已重建，朝廷推恩录杨廷和一子为锦衣衞副千户，他再次辞。之后，身为内阁首辅的他应当起草大将军征南谕令，他却辞谢不肯，于是遭致武宗怨恨。又恰逢他推举南京吏部尚书刘春处理东阁诰命敕书，武宗以杨廷和偏袒同乡，而加以严厉斥责。杨廷和遂上疏谢罪，