琵琶湖属于构造湖，其历史相当长，生态系统多样，也是关西地区重要的水源。而最深的湖泊是秋田县的田泽湖，最大水深423.4米。海拔最高的湖泊是栃木县的中禅寺湖，湖面海拔1,269米。因日本火山活动频繁，日本的湖泊中火山口湖和断层湖较多，如屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖、十和田湖等。沿海地区则有一些湖泊是海迹湖，如八郎潟、霞浦、滨名湖、中海等。为实现发电和河流开发等目的，日本也兴建有很多水库，规模较大的有黑部水库和德山水库等。
海洋.日本周边海域分别为东边的太平洋、南边的菲律宾海（日本多视作太