干隆四十九年甘肃回族起义，干隆立即下诏派出健锐营，但在健锐营到达之前，起义便被地方部队平息。干隆五十二年台湾天地会首领林爽文率众起义，福建驻军奉命渡海镇压，但数月之间徒有伤亡军事上好无进展，不久干隆皇帝下诏派出健锐营，当年十一月健锐营抵达台湾，次年正月平定林爽文起义军，一个月后平定庄大田起义军，在两个月时间内彻底平定台湾天地会起义，受到干隆嘉奖。干隆五十六年廓尔喀进兵西藏，一度攻至日喀则一线，干隆五十七年健锐营奉命前往迎敌，军队自青海入藏，六战六捷，平定廓尔喀。同年八月班师回京，受到干隆皇帝的嘉奖