法令亦适用于基督教徒。元朝对宗教管制较为宽松，使得民间如白莲教、明教等借此建立秘密组织，进行抗元起事。各类佛教中以藏传佛教最为兴盛. 藏传佛教约唐中期自吐蕃传入唐朝，专以祈祷禁咒为事。汉传佛教在唐武宗时遭受打击，宋朝时只剩禅宗慢慢恢复，然敌不过道教与理学。藏传佛教中，萨迦派（花教）自窝阔台汗至元世祖期间逐渐获得蒙元朝廷的尊重。忽必烈早在攻击吐蕃时即于萨迦派的喇嘛扮底达讲和，而后扮底达的继承人八思巴被元世祖奉为国师（后升为帝师），赐玉印，任中原法王，命统天下佛教，并兼任总制院（后改名为宣政院）使来管理吐蕃