以后，王敦击败朝廷军队并执掌朝政，疑忌一众有名望的士族，桓彝因而称病辞职。及至太宁二年（324年），晋明帝快将讨伐王敦时，桓彝受命为散骑常侍，参与机密谋略。王敦之乱平定后，获封万宁男。及后出任宣城内史，任内亦有德政，受百姓爱戴。咸和二年（327年），苏峻联合祖约以讨庾亮为名起兵叛乱。桓彝知道后，征集义兵，打算助朝廷讨伐苏峻。但长史裨惠以宣城郡的兵众少而战斗力弱，而且居于附近山野的外族常侵扰，建议桓彝不要现在就举兵支援朝廷，待日后时机适当才举兵。但桓彝厉声拒绝。桓彝及后便派将军朱绰到芜湖讨伐苏峻一支偏军，