世保基地改回现名，并再度成为第七舰队舰艇的前方部署基地，停泊次数大量增加。后因应中东战事升温期间第七舰队的规模扩张，佐世保基地扮演的角色亦越来越重要。1991年波斯湾战争时，佐世保在「沙漠之盾行动」及「沙漠风暴行动」中成为美军重要的后方后勤设施，替远赴波斯湾战区的海军船只和海军陆战队部队供应武器和燃料。21世纪后，佐世保因为比横须贺海军基地更接近印度洋和南中国海，而依然被视为关键的军事设施。但也因这种位置，使一位专家担心佐世保基地面对中国解放军潜在的威胁时会显得脆弱，而建议海军关闭美军在该港的设施。