行海禁，严重影响了福州的海外贸易以及沿海的许多县份的生产。1396年，琉球遣使来贡，明朝派福州舟工、通译等36姓前往琉球。郑和下西洋期间，福州又成为郑和船队的补给港，舰队七次停泊于福州港（长乐太平港）。此后福州的海外贸易逐渐复苏，1472年，明朝福州设柔远驿，接待琉球国进贡船舶及其使者、商人。随着福州海外贸易的复苏，1474年，福建市舶司由泉州迁至福州，福州前往东南亚的移民也渐盛。嘉靖年间（16世纪中叶），福州府受倭寇困扰，周边县份多次被洗劫，福州城也四度被围攻。经过戚继光的讨伐，倭患渐渐消除。1624年底