板块、欧亚大陆板块、印度-澳洲板块的交界带(环太平洋火山带)，因而印度尼西亚具有众多火山且地震发生频繁，全国至少有150座活火山，包括于19世纪毁灭性爆发的喀拉喀托火山及坦博拉火山，而多巴超级火山于7万年前曾经爆发，为历史上最大规模的爆发之一，并造成全球性灾难。近期地震灾难如2004年印度洋大地震即在北苏门答腊造成约167,736丧生及2006年5月爪哇地震等。但火山灰肥沃土壤对于农业有相当贡献，并支持爪哇岛及峇厘岛高密度的人口。
气候.印度尼西亚地处赤道周边，大部分属热带雨林气候