对专家学者的招募广纳，于是加入中华民国总统府幕僚团的成员，主要负责大陆政策的规划。1996年台海危机，他进入国家统一委员会担任研究委员，负责召集幕僚小组制订应变计画，此计画即为后来「十八套剧本」称之。1999年担任中华民国国家安全会议谘询委员期间，他和蔡英文等具有台大、政大出身的学者共同起草后来李登辉发表的两国论。但当两国论一出引发舆论与国际社会的辩证，惟张本人未公开证实。2003年担任国家安全会议副秘书长，并获赠二等景星勋章。张荣丰累积十多年的两岸关系实务经验，亦多次担任李登辉政府密使前往中国大陆密会