由外至内依序为参道、鸟居、神桥、手水舍、拜殿乃至最深处之本殿，其他附属空间，如休息室（日语：控室）与社务所则于拜殿两侧延伸，配置与一般神社并无太大差异。建功神社建筑形式则极为独特，主体结构为日本式，但外观则採「汉、和、西洋混合」的建筑样式。圆顶设计及中国牌坊式的鸟居，为日本传统神社未有之建筑式样，也多少影响台湾本土建筑样式的变革。
争议.建功神社在建设时，因其跳脱传统日本神社样式的设计，而引发了不少争议。其争议在于神社乃日本传统文化，但建功神社建筑却完全没有遵守神社形制规范使用、流