、山口宏和樋口真嗣带了部分人离开GAINAX，创立GONZO，只保留部头合约关系。GAINAX社长冈田斗司夫退社，泽村武伺接任社长。1991年发售的OVA《》带有点自传色彩。1995年，沉寂4年后推出《新世纪福音战士》，引发广泛的社会效应，之后推出剧场版。1998年，推出首部漫画改编作品《男女跷跷板》，此后首席导演庵野秀明转向真人电影。1999年，泽村武伺因漏税问题辞任社长，由山贺博之补上。
新世纪 & 次世代.步入新世纪，推出的第一部作品《FLCL》(鹤卷和哉导演)。