木制建筑，左侧为站务室、售票机及闸口，右侧为月台内的候车室，并只于9:00-19:00时开放使用。两边闸口均装有对应PASMO车票的感应器。设有侧式月台2个，有效长度为4辆。标高原为48米，2013年经再次勘定高度后更改为36米。车站名称源于鎌仓时代管理附近一带地方的地头，其姓氏为「风祭」而得来。
可供转乘的巴士路线.在国道上设有「风祭」巴士站牌，并有箱根登山巴士与伊豆箱根巴士的班车往返于站牌与车站之间。至于往箱根方向的班车，全都会经过箱根汤本。