但亦存在着一些问题。例如，机车车龄已经超过十年，部分设备已开始出现老化；原型车的零部件供应及维护存在困难，难以确保机车得到妥善的检修；机车并未设有蒸汽供暖或电气供暖设备，因此在冬季牵引旅客列车时必须加挂。与此同时，福岛机关区（今）利用新配属的ED78型电力机车，实现了奥羽本线和仙山线的直通运转，提高了机车运用效率并降低了运用成本。1970年，为取代仙山线的交流电力机车原型车，两台新造的ED78型电力机车又配属到福岛机关区，此后ED91型电力机车全部停运报废。