伪齿鸟科的关系不详。整个属也有可能是"Cyphornis"的异名。一般来说，近期的学者都倾向将大西洋巨大新近纪的伪齿鸟科分类到"Pelagornis"，而将北太平洋的分类到骨齿鸟属中。就南半球的伪齿鸟科，由于没有足以确定的完整化石，故亦不详。大部份现今的海鸟，如信天翁及其他鹱形目等，都因赤道流而有北半球及南半球的种系发生分界。但这是否也适用于较温暖的中新世不明，但一般而高南北分界在史前已经出现，甚至早于中新世。