挑战和充实结构理论。这种相互促进产生了今天有机化学的全新面貌。制药产业开始于19世纪末期制造阿斯匹灵，最早是由德国化学家霍夫曼在1898年合成成功，并在1900年在拜耳药厂生产。第一次系统性的改善药物则是洒尔佛散，其中用到剧毒性的对氨基苯胂酸，保罗·埃尔利希及其团队在过程中检验了许多对氨基苯胂酸的衍生物。早期的有机反应及应用往往都是意外发现（serendipitous）。在19世纪后半开始有许多有关有机化合物的系统性研究。以靛蓝的制造来说，由于阿道夫·冯·拜尔发展的合成方法，由天然植物原料生产的靛蓝