王储。隔年法兰西斯科的父亲拉努乔二世·法尔内塞跟着去世，法兰西斯科成为帕尔马公爵。1696年，法兰西斯科与奥多阿尔多的妻子结婚，但两人没有子女。由于法兰西斯科的弟弟安东尼奥亦没有子女，法兰西斯科安排奥多阿尔多的女儿埃丽莎贝塔·法尔内塞与西班牙国王费利佩五世结婚，并计画让埃丽莎贝塔的长子卡洛斯在安东尼奥去世后继承帕尔马公国。