选总统，并在5月20日执政。这是该党首次执政，对内需要扩展民意支持、巩固政权基础，对外则要稳定海崃两岸关系、安抚美国。经过邀请，陈水扁任命蔡英文担任行政院大陆委员会主任委员，并参加国家安全会议，开始其高层政治生涯。这是她第一次真正步入政坛，也正式与中华人民共和国交手。作为陈水扁任内首位行政院大陆委员会主任委员，她还是行政院大陆委员会首位女性主任委员、及首位完成4年任期的主任委员。在这期间，她认为「特殊的国与国关系」是开创海崃两岸关系新架构的提议，并紧急阻止陈水扁接受「九二共识」。在这期间，蔡英文最重要的