能的糖基化酶-裂解酶能切除AP位点，生成一个5'磷酸盐并邻接着一个3'α,β-未饱和的醛类。两种机制最后都造成单股DNA断裂，之后被长-补丁和短-补丁硷基切除修复的机制所补齐，形成双股的DNA。如果有未修复的情况，半保留复制进行时，AP位点将能够导致突变发生。AP位点能造成复制叉停止，以及被跨损伤修复机制所略过。对于E. coli，腺嘌呤会被优先插入，并略过AP位点，这个过程被称作"A规则"。跨损伤修复机制在高等的真核生物之中会更为复杂，不同的硷基在不同的生物和实验条件下，会显现不同的偏好。