（1620年）万历帝的郑皇贵妃、刘昭妃等人都曾慈宁宫此居住。明朝天启七年（1627年）明熹宗驾崩，其妃嫔亦迁居慈宁宫。
清朝.清朝初期沿用明朝旧制。清朝顺治十年（1653年）、康熙二十八年（1689年）、干隆九年（1744年）、干隆十六年（1751年）均曾修葺慈宁宫，将其作为皇太后居住的正宫。其中，顺治十年（1653年）为依旧制重建。干隆元年（1736年）拆除了西侧的外宫墙，辟建寿康宫；将慈宁宫主宫区的内宫墙辟为慈宁宫外宫墙，将内宫墙的廊房改建成围房；将西侧副宫区的后部建筑移到慈宁