时萤幕下方则会出现按键连续打击计次器，双方要不断地连打萤幕上所指定的按键，由最多连续打击按键的玩家获胜，获胜方则可以突破战败方的绝招进行攻击，而战败方必须受到获胜方的绝招攻击而损血。对战系统的奥义演武由《火影忍者 木叶的忍者英雄们》以及《火影忍者 木叶的忍者英雄们2》的「三段式动画·奥义」，将被改成血量制的奥义演武（奥义演武影片将只有一段），由血量的多寡来决定奥义演武的招式影片以及招式威力。对战系统另外新增「型态变化」的对战玩法，特定的对战角色于红血奥义结束时，可获得永久的型态变化，而此型态变化将获