土被击退，他不赞成霍梅尼向伊拉克本土反击的决定，时任伊朗总理米尔-侯赛因·穆萨维也站在哈梅内伊一方，但在后来的2009年伊朗选举抗议里却与他敌对。1985年总统选举，哈梅内伊成功连任，得票率达85%。
出任最高领袖.在伊朗伊斯兰革命领袖霍梅尼去世后，哈梅内伊在1989年6月4日被伊朗专家会议选举为新的最高领袖。在最初，由阿里·梅什基尼（Ali Meshkini）、穆萨维·阿德比利（Mousavi Ardabili）及哈梅内伊以委员会的方式被提名为最高领袖，但专家会议拒绝接纳领导