经历了重建。哈根号是1899年5月在基尔帝国船厂进行这类重建的第一艘舰。舰只的舯部被切割并延长了近8.4米、排水量增至4247吨；原有锅炉设备被八台由帝国海军设计的新式船用水管锅炉所取代，并安装了第二座烟囱，致使其外观发生了重大变化。与此同时，原本安装在柚木上的装甲也替换为克虏伯开发的材质。此外，武器装备也得到了调整，其中37毫米机炮被全数移除，88毫米炮的数量增至十门，而四具350毫米鱼雷管则被替换为三具450毫米管。通过重建，哈根号的轮机性能和燃煤贮存量均得到显着改善，从而提升了巡航距离和最高速度。