博物院文献馆遂将该库的档案集中到南三所分类整理。存于该库的档案主要为干隆三十年后收集而来的档案及清朝国史馆编纂的稿本，还有少量档案是清史馆时期修撰的稿本以及收集而来的档案。这些档案中包括：“各处咨送的运河奏折档、考察宪政奏折档、八旗公侯伯袭职档等；从内阁借调的史书、丝纶簿、纶音簿、外纪档等；从军机处抄录的上谕档、月折档、奏议档、议复档、奏折档、奏事档、廷寄档等；国史馆编的长编、本纪、传、表、志； 清史馆编的传、表、志；清历朝所修实录稿本、起居注稿本和内起居注、列传稿本；官员履历以及人事、经费、庶务档案，