8期王座战中挑战羽生（第一次挑战竜王战以外的头衔）。与王座战的五番胜负日程表交叠，在13期竜王戦七番胜负中向羽生的挑战，成为了「十二番胜负」。虽然在王座战中以2-3落败，却留下了「不论赢了还是输了都要让比赛下满12局」的宣言，在龙王战中以满局数4-3击退羽生，达成了龙王战史上第一次的3连霸(后来由渡辺明打破纪录)。第59期（2000年度）B级1组顺位战的最后2局中，相较与藤井争夺昇级的郷田真隆的2连败，藤井获得2连胜，逆转第一次昇上A级。接续了前年B级1组昇级，2年连昇2级。2002年（第23回）和