翼龙目的翼手龙亚目，但并未确定其所属的科。来自中国和巴西的一群科学家2005年在《自然》杂志上发表的论文认为吉大翼龙是无齿翼龙的近亲，可能与朝阳翼龙同属，甚至同种。而中国地质科学院的吕君昌和季强2006年在韩国古生物学会杂志上发表的论文则认为吉大翼龙与朝阳翼龙可能属于神龙翼龙超科，并且这两者比始无齿翼龙和始神龙翼龙进化程度更高。英国莱斯特大学的大卫·昂温（David Unwin）在2006年出版的《"The Pterosaurs: From Deep Time"》一书中，将吉大翼龙归类到古神翼龙科，但没有註