藤新平协助孙中山起事。后因日本内阁改组，第4次伊藤内阁反对介入中国革命，导致惠州起义失败。1900年11月10日，孙中山化名「吴仲」，与后藤新平同行乘「横滨丸」自基隆启航返回日本。
戴国煇评论.1983年7月2日，台湾历史学家戴国煇于美国中西部夏令营的演讲，举了一个例子来直言台湾独立运动歌颂日本殖民统治政绩的危险：
黄旺成评论.1927年2月20日，台湾社会运动者黄旺成（菊仙）在《台湾民报》上认为，后藤新平提出了「治台三策」：第一，台湾人贪财爱钱，可用利益诱