占庭帝国又曾夺回安基阿卢斯。第二次保加利亚帝国建国之后，保加利亚再次兴起。至1366年城市被威尼斯骑士阿梅迪奥六世征服之前，安基阿卢斯的统治权在拜占庭和保加利亚之间数度易手。
奥斯曼帝国时代.奥斯曼帝国在14世纪之后开始侵入巴尔干半岛。直至1453年君士坦丁堡沦陷之前，安基阿卢斯都是拜占庭的防卫线。在奥斯曼帝国统治期间，城市是君士坦丁堡东正教会教区的中心之一。1453年之后至19世纪初期期间，这里一直有拜占庭贵族的家系居住，是文化、宗教、经济、政治上的中心。有两位君士坦丁堡大主教都