。中性假说强调突变、净化选择（purifying selection）和遗传漂变。木村资生建立的中性理论称大多数的突变是有害的，会快速被天择移除，余下的突变中，大多数则是中性的（意即不影响适应度），只有非常少数会提高适应度。这些佔多数的中性突变是受遗传漂变影响，并解释核苷酸多态性和物种差异。这个理论很快地得到杰克·L·金恩（Jack L. King）和汤玛士·H·秋克斯（Thomas H. Jukes）的研究支持，让学界激烈争辩新达尔文主义在分子演化的重要性。此理论的一个变形是近中性理论，认为大多数突变