昔班尼死后，国家濒于崩溃。1512年，昔班尼叔父库赤昆吉执政时，率军在尼尔杜万战役中打败萨非王朝和巴布尔的军队，恢复和巩固了乌兹别克人在河中地区的统治。在阿布都拉二世统治时期，布哈拉汗国国势强盛，重新征服唿罗珊、花剌子模，夺取费尔干纳和塔什干，并侵入哈萨克草原腹地。1598年，阿布都拉二世死后，国内动乱，唿罗珊等地复失。1599年，阿斯特拉罕王朝开始统治布哈拉汗国。该朝伊玛目·库里在位时，加强中央集权，以伊斯兰教法治国，政治经济相对稳定，商业繁荣，纺织品、陶器、纸张远销国外。其后乌兹别克各氏族割据势力日