屯门市中心巴士总站、屯门乡事会路、海珠路、海皇路、湖景路、湖翠路、龙门路及D4路。
营运状况.259D线是屯门码头区唯一一条前往东九龙的全日服务巴士路线，由于途经屯门码头主要屋苑例如龙门居、兆山苑、海翠花园等，非繁忙时更加经屯门市中心，客量一直维持极高水平，经常被市民要求增加班次。而由于259D线未能直达九龙湾商贸区，乘客多选乘259X线，引致259X的高峰客量比259D更多。
未来发展.259D线计划全日不经屯门市中心、安定邨及友爱邨一带，以配合62X线