但仍然保持其在大多数县市的执政权。国民党在屏东县使用了强烈的抹黑文宣，再次取得四年前失去的执政权；亦成功的夺回连续十二年由党外人士及民主进步党执政的彰化县。不过原本执政的苗栗县及台南县的县长选举，则分别由脱党并以无党籍身份参选的何智辉及民主进步党候选人陈唐山胜出。
民主进步党.民主进步党在此次选举中，总得票率拿下41.20%，却只当选6席。虽然民进党最后成功力保台北县、宜兰县、新竹县、高雄县及澎湖县等五席，并首次入主台南县，但包括彰化县的周清玉及屏东县的苏贞昌都连任失败，总席次比前