后，里昂仍然是一座重要的都市，许多修道者社群也在这里成立。根据843年签订的凡登条约，里昂成为了洛泰林吉亚王国（Kingdom of Lotharingia）的一部分，然后受到勃艮第国王的统治。里昂后来成为里昂郡的中心，所属的领地并且在1157年被神圣罗马帝国腓特烈一世赠予里昂大主教。虽然这个郡领地不大，但是相当具有影响力，并在商业及政治上都具有独立性。额我略七世在1078年确立高卢大主教的头衔后，里昂大主教的地位于是逐渐提高。里昂的独立地位终止于1312年，法国卡佩王朝的国王腓力四世于该年併吞里昂，