朝皇帝的推崇下，在社会与政治上均有极高的地位。诸位元朝皇帝均受藏传佛教的戒律，藏传佛教也逐渐推广到蒙古各部。然而皇室用于佛事之钱要占国家财政支出一半（皇帝即位前要灌顶），寺院也拥有庞大的产业，部分喇嘛也骄纵不法，危害社会。例如元世祖时，江南佛教总统喇嘛杨琏真珈喜好掘墓，曾挖掘宋朝诸陵与诸大臣坟墓百余所；包庇平民不输租赋者，达两万三千户，其余如夺人产业，姦污妇女等类之事，更为常见。道教自宋朝即十分兴盛，金朝与南宋时期即有全真教、太一教与大道教三派。全真教由王喆创立，主张修孝仅存一之德，然后学道。成吉思汗于