海军，总理衙门委托赫德通过金登干购买四艘舰艇，1879年（光绪五年），赫德又协助清帝国购买八艘军舰，后来成爲北洋水师的起源。1879年赫德向总理衙门提议试办海防条例，组装南北两洋海军，并自荐出任总海防司，总理衙门决定任命赫德出任此职。但李鸿章幕僚、道员薛福成向李呈文反对，称赫德「阴鸷而专利」、「内西人而外中国」，认爲如授赫德予海防司职权，「数年之后，恐赫德不复如今日之可驽也」。受此影响，总理衙门要求赫德在总税务司与总海防司之间选择其一，赫德选择继续担任总税务司、放弃总海防司职位。
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