吴遂定居台湾。
台湾时期.蒋下野后，吴国桢随蒋四处行动，作为他的幕僚，出谋划策，并在1949年8月1日成立的中国国民党总裁办公室内任职，但吴国桢亦特别对台湾政治有所动作，此亦种下了陈诚对吴不满的原因。1949年12月7日，国民政府迁往台北。12月15日，美国建议将陈诚换成吴国桢，蒋中正遂任命吴国桢接替军人出身的陈诚担任台湾省主席兼保安司令、行政院政务委员，以利用吴国桢“民主先生”的形象，“全力争取美援”。12月16日，蒋介石有条件任命吴国桢全权为台湾省政府委员兼主席，不干预省政