长久以来未被列为古蹟，直至民国九十九年（2010年）将延平郡王祠（含郑成功文物馆）登录为台南市第九座历史建筑。
沿革.
建祠以前.据说早在明永历十六年（1662年）时，当地居民们便建有一座小庙祭祀延平郡王郑成功，而在清治时期因有政治上的顾虑，所以使用「开山王庙」之名来称唿此庙，「山」暗指「台湾」，有隐喻郑成功为「开台圣王」之意。然而开山王庙所祭祀的神明，另有王爷、陈稜的说法。而在清代方志中，大多仅记开山王庙位在东安坊，伪时建，但并不清楚所祀神明之由来名姓。