月7日，日本文部大臣批准日本奥委会成为财团法人组织（）；1990年9月在东京主办第96届国际奥委会全体委员大会。日本奥委会于1991年6月成功为长野夺得第18届冬奥会。同年9月15日，日本奥委会在东京召开的东亚奥林匹克委员会第一届理事会上提出举办东亚运动会的构想。翌年1月1日，日本奥委会设立「日本奥委会体育奖（）」；奥委会官方会刊《奥林匹克》于同年2月14日正式创刊。2000年8月28日，日本奥委会决定由大坂申办第29届奥运主办权，但最终不敌北京。2001年及2003年，大坂及青森分别成功主办第三届