行政院长刘兆玄先生表示将由台湾联合大学系统接手，造成两方人马舌枪论战。反对意见争议不仅于此，当地居民认为交大拿走了最精华的土地，且在公墓边及偏远地区画为住宅区，对当地居民不公平，而当地居民也认为配地比例和征收补偿不合理，2009年向当时新竹县长邱镜淳陈情抗议。有些人则认为会破坏当地的客家文化，让最后一个客家庄摧毁，对客家文化带来冲击，虽然交大说将不设围墙，并保留历史建物，但文化学者仍忧心忡忡地认为「就算建筑保留能够使用，这就是保存客家文化吗」，而且开发案不但让整个产业结构改变外，农村风貌也势必消失，