元朝统治时期，仍与蒙古其他游牧部落之间保持良好关系。元朝的蒙古君主提升各宗教与汉人、契丹人、女真人以及其他外国人的地位，并迁入许多信仰伊斯兰教的波斯人、阿拉伯人，信仰基督教的突厥人、犹太人，信仰藏传佛教的喇嘛和信仰疆传佛教的维吾尔人担任上级官位，而本地的儒家学者却都不被重用，所以当时中国朝廷中很大一部分都是穆斯林。元朝被划分为12个行省，由省长和副省长管理。据伊朗历史学家拉什杜丁·法德鲁拉（Rashidu'd-Din Fadlu'llah）的叙述，这十二个省的省长，其中有8个是穆斯林；其他地区的副省长也都是