比「界」(Kingdom) 高一级的分类系统。古菌域下有古细菌界 (Kingdom Archaea)，细菌域下有细菌界 (Kingdom Bacteria)，真核生物域下有六个界：囊泡藻界 (Chromalveolata)、古虫界（Excavata）、有孔虫界（Rhizaria）、真菌界 (Fungi)、植物界（Plantae）和动物界 (Animalia)。加上其他未专属域下有病毒，和亚病毒因子两个界，总共有 10 界。然而，rRNA树有可能将演化太快的类群放错位置（比如微孢子虫）。有人认为生物的根源