担任中国国民党的二二八事件善后委员期间，一面接受来自层峰的压力猜忌，一面忍受来自民众（对半山集团）的仇视唾弃，但他始终坚持这项艰鉅的工作，在自己也几乎成为事件受难者的情况下，全力寻求将台湾人损害降至最低的种种方法。李氏宗族后世李文垻于民进党执政时取得政府拨款，在云林县口湖乡梧北村设立了「李万居故居精神启蒙纪念馆」，供民众参观凭弔。该馆成立时，副总统吕秀莲女士亲自到场剪綵致意，2013年云林农业博览会期间获选为农博百大亮点。不过研究员许雪姬根据中研院台史所于2008年4月所购得的保密局台湾站二二八史料