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列车编组.K39/40次列车的乘务工作由哈尔滨铁路局牡丹江客运段负责，使用配属于哈尔滨铁路局三棵树车辆段的中国铁路25G型空调客车，列车满编採取17节编组，其中硬座车4辆、硬卧车10辆，餐车、软卧车和空调发电车各1辆。由于鸡西站不具备车体整备能力，因此车体同时与牡丹江至鸡西的K7139次列车共同套用，具体执行为：牡丹江开K7139次至鸡西→鸡西开K40次至北京→北京开K39次至鸡西→鸡西空送车体开0K7140次回牡丹江。
机车交路.K39/40次列车在