然学家首度对小蓝企鹅进行生物描述。根据该纪录，小蓝企鹅有几个不同的亚种，但对于其更精确分类法的争执仍不断。白鳍企鹅（"Eudyptula minor albosignata"）有时被视为小蓝企鹅的亚种之一，有时被视作另一独立的物种，有些人甚至会用生物的多态性（Polymorphism）来解释白鳍企鹅的存在，毕竟澳大利亚和南岛西部的小蓝企鹅看起来也像是两个截然不同的物种。粒线体和细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，小蓝企鹅属和（"Spheniscus"）约在2,500万年前开始分歧，而白鳍企鹅和小蓝企鹅的祖先则