到明治天皇所在的广岛大本营工作，直到战后签订和约，后藤建议检疫是当前的紧急任务，于1895年4月任陆军检疫事务官长。时任陆军次官的儿玉源太郎看到他非常勤奋努力工作，把他记在心中，同年9月重任卫生局长，再任2年半，致力于内务行政及卫生设备的革新改善，与北里柴三郎共同创立了预防传染病研究所。
台湾民政长官.1898年2月26日，首相伊藤博文任命儿玉源太郎为第4任台湾总督，并给儿玉配备了一位能干的助手，就是卫生局来的后藤新平，后藤为民政长官，两人于该日正式走马上任。儿玉源太郎重用后藤