被捕，刑部为郝金脱罪，但沈思孝反对，说要处以极刑，皇帝提拔沈思孝为工部侍郎。陕西必须进贡大量羊绒，是当地的一大负担，思孝上奏求情，朝廷同意减少四成，升右都御史，协助办理马政。给事中杨东明、邹廷彦相继攻击，皇帝处罚了杨东明与邹廷彦。万历二十三年，日人丰臣秀吉入侵朝鲜，是为朝鲜之役，明朝官员们打算媾和，说要封秀吉为日本国王，沈思孝奏请力战，斥责主和派。此时其友丁此吕被吏部尚书孙丕扬借由考察的机会贬斥，沈思孝因而卷入党争，与孙丕扬等人争执，蒋时馨也怀疑自己遭到沈思孝陷害，于是陷入大量的阴谋论。沈思孝辞官归里。