候车大楼被一场大火全部烧毁。2002年，南京火车站作为十运会重点工程项目在原址重建，2005年9月1日完工。于2011年6月28日投入使用的南京南站总建筑面积约45.8万平方米，其中主站房面积达28.15万平方米，到发场占地面积1.22万平方米，是中国大陆高速铁路的重要枢纽。其为京沪高速铁路、沪汉蓉客运专线、宁安客运专线的客运枢纽站，并成为京沪高速铁路五大始发站之一。2015年12月6日，宁安城际铁路开通运行，从南京南站始发，途径江宁西站。
航空运输.南京禄口国际机场位于南京市