临床医学系与北京协和医学院紧密合作，开设临床医学专业，学制8年，医预阶段（2.5年）在清华本部，基础医学和临床医学在协和医学院，完成学业后获得医学博士学位。2009年，开设医学实验班，学制8年，採用“3+2+3”的培养方案，3年清华基础课程，2年匹兹堡大学科研训练，3年协和医院临床实习，完成学业获得医学博士学位，办学目标为培养医师科学家。临床医学系同时拥有外科学、内科学硕士研究生。
基础医学系.基础医学系于2012年11月10日上午正式成立，按照转化医学的发展，研究膜蛋白与