也使得吴金贵成为中国足坛极少数自己没有成为过专业球员却能担任足球主教练的“学院派”人士。1991年，他赴德国留学科隆体院，之后取得非足球专业的体育成人教育硕士学位。1996年起，他在上海申花足球俱乐部担任助理教练，先后辅佐过包括墨里西、拉扎罗尼、彼德洛维奇等知名教练在内的6名外籍主教练。
第一次出任申花主教练.2002年，时任助理教练的吴金贵在赛季下半段接替老帅徐根宝，第一次成为主教练。
第二次出任申花主教练.2004年初，吴金贵被调入中国国家足球队，出