民国二十七年（1938年）省会迁往永安县（今永安市），抗战胜利后复治林森县（旧称闽侯县）。民国三十五年（1946年）1月，析出林森县城厢区设置福州市，均位于今福建省福州市。民国三十八年（1949年）8月17日，福州被中国人民解放军佔领，福建省政府随着中华民国国军从福州市迁治金门县。民国四十五年（1956年）7月，因为金马地区实施战地政务，福建省政府虚级化并迁至台湾省台北县新店镇（今新北市新店区）办公。民国八十一年（1992年）11月7日金马地区战地政务终止，福建省政府于民国八十五年（1996年）1月15日迁