第6步兵团参加美墨战争。起初他的职责主要是招募士兵并将其送至德克萨斯州边境。1846年11月，巴克纳获命加入所属连参与实战，在蒙克洛瓦和帕拉斯（）的中途和连队汇合，连队再在萨尔蒂约与约翰·E·伍尔（）会合。1847年1月，巴克纳奉命与威廉·J·沃斯（）的师前往韦拉克鲁斯。正当温菲尔德·斯科特少将被围困在韦拉克鲁斯时，巴克纳所在部队也在附近一个名叫阿玛佐克（）的小镇与数千名墨西哥骑兵交战。1847年8月8日，巴克纳成为第6步兵团的军需官。此后不久，他参与了圣安东尼奥战役和楚鲁巴斯科之战，并在后一场战斗中受