平图书馆和中华民国外交部等机构共同成立中央文物联合保管处，由杭立武统筹文物运台事宜；杨师庚和芮逸夫先前往台湾进行勘察部署作业。首批772箱文物由李济、庄严和谭旦冏等9名人员从南京下关押运中鼎舰在12月26日抵基隆港，隔天清晨改装火车运至杨梅通运公司的杨梅仓库存放。次批3,502箱文物由那志良、吴玉璋、梁廷炜、昌彼得、李霖灿、高仁俊、索予明等12名人员押运招商局海沪轮运抵基隆港。除了中央研究院历史语言研究所文物独立贮放杨梅外，其余连同首批存放杨梅的文物均于1949年1月9日转运到台中糖厂两栋靠近振兴路的仓