是任命王含为骠骑大将军，开府仪同三司；又以养子，即王含之子王应为武衞将军作为自己副手及继承人。不久王敦决定进攻建康，但因病重而不能领军，而王含则自请领军。王敦因而以王含为元帅，与钱凤等人领兵攻向建康。七月，王含率领五万兵，水陆并进攻至江宁秦淮河南岸，但因郗鉴烧朱雀桁而不得渡河。此时，王含堂弟司徒王导写信招降王含，但王含不回答。及后，晋明帝招募壮士，派将军段秀和中军司马曹浑等领数千人渡河进攻王含军，攻其不备。终于越城大败王含军。王敦知道王含兵败后大怒，不久就病死。王敦党羽沈充及后虽然与王含会合，但在随后的战事