直到南北朝战乱结束之后，足利义满任命为越中守护之后，越中国才进入畠山氏的长期政权时期。越中国和越前国、加贺国等地都是净土真宗繁盛的地区，因此宗教性质的一向一揆时有发生，寺院实际支配了越中国的部分地区。战国时代，越中国的大名、外受上杉谦信、武田信玄、织田信长等强敌环绕，内有一向一揆势力的牵制，势力弱小。上杉谦信在1560年（永禄3年）首次侵入越中国，此后控制了越中国东部地区。而织田信长也在1581年（天正9年）遣佐佐成政、前田利家攻入越中并佔领越中国西部地区。本能寺之变后，控制了中央政权的丰臣秀吉在越中国