员工都已不再工作为由，停办该校。1933年，天津市市长周龙光擅与驻津法国领事签订有损主权的协约，将该校地产让与法租界，许其拆除以改筑马路，学校被迫停办。*1933年，12月24日，南开学校召开董事会，讨论接办海军医学院相关事宜。1933年12月29日，行政院召集内政、财政、教育、海军等部商讨关于复兴天津医学校计划，但终以经费无着而搁置。
校舍.校址在天津法租界海大道（Rue de Takou）（今大沽北路），现址为天津市口腔医院。主楼为一座中国衙门式古建筑，由当时的天津招商局总办朱其