大臣，但美中不足，禅宗大师紫柏真可被东厂锦衣卫酷刑虐死。除了东林党人之外，万化还在各种政治斗争中，拯救了驸马杨元春、兴安典史姜士昌、御史曹学程等。还买下《鬼子母揭钵图》献给太子常洛，以其中鬼子母神愁苦悲哀的形象，劝谏太子即位以后，不要像神宗这样，责打宫女出气。陈万化预知自己死期，端坐而逝，由于笃信佛教，遗命以僧装入殓。皇帝赐祭九坛，又赐建祠，取名“清忠祠”，阁臣朱赓、李廷机、叶向高都亲自弔唁，送葬的人不分士庶，蜂拥满路。万历三十五年（1607年），去世，享年69岁。