现时已被归入细菌域。蓝绿菌在地球上已存在约21亿年，是目前以来发现到的最早的光合放氧生物，对地球表面从无氧的大气环境变为有氧环境起了巨大的作用。通过刺激生物多样性和导致厌氧生物接近灭绝，显着的改变了在地球上生命形式的组成。根据内共生学说，在植物和真核藻类发现的叶绿体是从蓝细菌祖先通过内共生进化而来的。
形态.藻体为单细胞或群体，或为细胞成串排列组成藻丝状的丝状体，不分枝、假分枝或真分枝，不具鞭毛，不产游动细胞，一部分丝状种类能伸缩或左右摆动；细胞壁缺乏纤维素，由肽聚糖组成，壁外