勋出生于彰化街北门外（今彰化市），父亲石汝锵是着名中医师，对于传统汉学亦有一定造诣。石钖勋自幼在父亲培植下亦奠定汉学基础，明治四十一年（1908年）入彰化第一公学校（今彰化中山国小）就读。公学校毕业后，石钖勋于十八岁那年，大正六年（1917年）考入台湾总督府医学校预科就读，同年母亲去世。石钖勋曾表示在医专时期，出现台湾学生与日本学生的对立，然而校方往往坦护日本学生。石钖勋与医专同班同学吴海水、丁瑞鱼、张梗、甘文芳等人则时常出面打抱不平，遂形成领导集团。而已经在大稻埕大安医院开业的学长蒋渭水时常来找他们聊