神鼎三年（403年），吕隆逼于南凉和北凉的攻击，就派吕超带着珍宝请后秦派军迎接东迁，后凉于是灭亡。吕超在后秦获授安定太守。后秦弘始十八年（416年），姚兴临终时，他的儿子南阳公姚愔计划杀死太子姚泓，事情失败。姚泓捕杀姚愔和参与姚愔密谋的吕隆，姚泓命令齐公姚恢杀掉安定太守吕超。姚恢犹豫很久，才把吕超杀了。