时讲师任上，费歇尔作出了自己在化学上的第一个重要发现，使用亚硫酸盐还原重氮苯，合成了苯肼（CHNHNH）。以苯肼为起点，他和他的表弟奥托·费歇尔一起研究肼类的性质，他们提出了从三苯甲烷生产染料的新合成路线，并通过实验证明了这一方法的正确。1875年阿道夫·冯·拜尔被邀请前往慕尼黑大学接替1873年去世的李比希留下的化学系教授的教职，费歇尔跟随阿道夫·冯·拜尔前往，成为阿道夫·冯·拜尔在有机化学研究上的一名助手。1879年费歇尔被慕尼黑大学任命为分析化学的副教授，并拒绝了来自亚琛工业大学的担任化学系主任的邀