85年，两所学院正式加入多伦多大学并在1890年成为联邦学院。同年，这种联邦制度受到了位于科堡的循道宗派的维多利亚学院的强烈反对，但是在多伦多大学在经济上所可以提供的帮助说服了它的加入。在多伦多大学首任校长约翰·斯特拉坎去世数十年后，同属圣公会的神学院三一学院也于1904年加入联邦。紧接着，由天主教圣巴西略礼拜会所创建的圣米迦勒学院于1910年加入。在加入联邦的学院中，有两所学院最后从多伦多大学独立而出。其中一所是多伦多浸礼会学院，于1930年迁移校址至哈密尔顿，改名为麦克马斯特大学。另一所则是位于金斯顿的