至1935年、商丘站至阜阳站间174公里（前称商阜铁路）建于1987年至1989年；其余1950多公里新线于1994年5月动工，1996年9月全线贯通并开通运营。京九线全线有特大桥65座，大中桥725座，隧道150座。其中九江长江大桥在1990年代曾经是长江上跨度最大的铁路桥，全长7679米。由于京九铁路在北京市内黄村站—丰台站—柳村线路所一段与京沪铁路共线，运能相当紧张。为了方便京九铁路方向的客车直接进入北京西站，于2001年又建设了一条直接连接北京西站和黄村站的联络线，称为西黄联络线或西黄铁路。由于