小型鱼类及鱼群交配时所释放出的鱼卵及精液也是食物来源，所以牠们是一种杂食动物。牠们的牙齿并非扮演觅食的作用，事实上它的尺寸并不大。鲸鲨觅食时会先张嘴吸进一大口海水，然后闭上嘴巴，最后从鳃将水排出。在嘴巴关闭与鳃盖打开之间的短暂期间，浮游生物就被排列在鳃与咽喉的皮质鳞突（dermal denticles）所困住。这个类似过泸器般的器官是鳃耙的独特变异，可以阻止任何大于2至3公厘的物体通过，液体则会被排出。任何被鳃条之间的过泸器官所阻塞的物体会被鲸鲨吞下去。人类曾观察到鲸鲨出现「咳嗽」的行为，推测这是牠们清理累