提出杜正胜的硕士论文质询，并指出其中註解八的内容，上书「谁说的，我已忘了，但现在也没有寻找的必要，反正我不打诳说谎」。对于此内容，有人认为这多少带有年少轻狂的气息，且当年的学术规范不如现在如此严格，反对者则认为这是严重的错误示范 。2006年1月底玄奘大学中文系教授沈谦病故，杜正胜以教育部部长之名送的輓联上写着「音容苑在」。2006年5月23日，台湾《东森新闻报》报导， 陈水扁总统520净滩活动中提及志工的贡献「罄竹难书」，教育部长杜正胜22日在立法院内面对立委们的质询，意外提出成语新解。行政院长苏