寺建筑的毁灭时间，无明确记载。沈榜《宛署杂记》卷十九“海印寺”下注曰：“元初建今废。”案《宛署杂记》成于明朝万历二十年（1592年），则大慈恩寺的建筑毁于该年之前。朱大启《海印废寺即慈恩寺》曰：“我行海子桥，不见镜光阁。唯有青莲花，凉风吹不落。”朱大启是万历三十八年进士，崇祯初年开始担任太常寺少卿，提督四夷馆，后来任大理寺卿，转任刑部右侍郎，崇祯十五年逝世。可知海印寺的主体建筑镜光阁在万历末年或崇祯初年已毁。