续因内本鹿山区已没有原住民之部落存在，因此之后台湾总督府将内本鹿越岭道沿途驻扎的兵力逐一撤至山下，内本鹿越岭道便没有实际用途而逐渐荒废。后来经过多次地震与风灾侵袭让越岭道毁损而不能供人行走。
台湾战后时期.台湾战后，中华民国台湾省政府接收台湾后，并没有针对该条古道有任何重建或是兴建横贯公路之计画，仅古道西段六龟至藤枝辟为「藤枝林道」，东段鹿鸣至清水段改为「东36乡道」，其余路段皆处于荒废状态。目前内本鹿越岭古道虽已纳入国家步道系统关山─内本鹿越岭国家步道系统之中，但其路况因多次