这些机车经常在不同机务段之间调拨使用，但从1980年代中期以后，E 499.0型电力机车的配属渐趋稳定，主要由摩拉维亚、西里西亚和斯洛伐克地区的机务段运用。E 499.0型电力机车主要担当捷克斯洛伐克国内的快速旅客列车、轻型货物列车的牵引任务，例如普霍夫至布拉格、以及布拉迪斯拉发至科希策的长途旅客列车。1960年代至1980年代末，由于捷克斯洛伐克铁路的新造电力机车数量并无太大增长，因此E 499.0型电力机车的地位并未受到动摇，但是从1978年开始，随着150（E 499.2）、163（E 499.3