近，有年代约4000～4200年前的素面红灰陶文化代表遗址，又称赤崁头期文化。而七美的南港、西北湾与东湖一带也有石器制造遗址，其年代大约在4000年前，应属于素面红陶文化。
隋唐至宋代.澎湖开发甚早，史学最早的记载可能为隋炀帝在大业六年（610年）时派虎贲中郎将陈稜及朝请大夫张镇州经略的「流求」，但未有佐证证明所到之地为澎湖，故亦有学者认为其船队所到之处可能为台湾或是琉球。南宋王象之撰《舆地纪胜》，将唐宪宗时浙江进士施肩吾率领族人移居岛屿的诗作记载为澎湖。近世考古发现中最古老之中原