则被转封到安艺，领主由德川家康的四男松平忠吉取代。庆长12年（1607年），家康九男德川义直成为了城主。庆长14年（1609年），德川家康下令将清洲藩的本城从清州改迁到名古屋，庆长15年（1610年），清州城的城下町被迁移到名古屋城下，清洲城亦被作名古屋城的筑城材料。特别是名古屋城御深井丸西北橹使用了清洲城天守的建材，所以亦被称作清洲橹。庆长18年（1613年），名古屋城完工、城下町转移完成，清洲城成为废城。
现在的清洲城.因为都市开发造成城迹大部份消失，城址被东海道本线以及东