晋恭帝退位，住秣陵宫，害怕毒杀，与皇后褚灵媛共住一室，在床前亲自炊煮。褚淡之妹妹为晋恭帝皇后褚灵媛，但他尽忠于宋武帝刘裕，多次杀死晋恭帝所生男儿。刘裕将要杀害恭帝，送褚淡之兄弟到秣陵宫在别室会面褚后，兵入宫中杀害恭帝。褚淡之出任会稽郡太守。423年（景平元年），富阳县（今浙江省杭州市富阳区）孙氏一门计划叛乱，支党影响到永兴县（今浙江省杭州市萧山区）。永兴县令羊恂察知计划，向褚淡之报告。褚淡之不信，以诬告之罪将羊恂软禁在县职局。孙法亮自称冠军大将军叛乱，孙道庆攻下富阳县，富阳县令顾粲还是被任用为县令，加辅