IATA代号：IV，ICAO代号：CFJ）划为旗下的全资子公司。2001年，原福建航空公司改制为厦门航空有限公司福州分公司。1998年2月16日，中国民航总局在厦门人民大会堂颁予厦航民航安全金雁杯三连冠单位荣誉称号2000年，厦门航空开通了厦门—曼谷的MF897/8航线，这是厦航的第一条国际航线。自2001年起，厦门航空有限公司除了航班客、货运业务以外，也开始经营厦门航空金雁酒店、武夷山机场和国际旅行社等相关业务。2001年厦航在杭州设立过夜基地。此后厦航在杭州发展迅速，一度是杭州市场占有率最高