96年4月任内务技师，6月任血清药院长兼内务技师，9月任中央卫生会委员。1897年5月，代表日本去莫斯科参加第12回万国医事会议，接着参加柏林万国癞（痲疯）病会议。
德国期间.柏林万国癞（痲疯）病会议后，高木友枝出差德国两年，至柏林传染病研究所在罗伯·柯霍指导下与奥古斯特·保罗·瓦瑟曼合作研究。1899年5月，赴柏林参加万国结核病预防扑灭会议，接着赴巴西参加有关花柳病预防万国会议。高木友枝后来并娶德国女子为妻。1900年1月，高木与北里柴三郎等人发表鼠疫流行症调查报告，5月，回