郑永历十七年（1662年）攻下普罗民遮城后改建德庆溪口的「妈祖寮仔」而成，当时称「开基妈祖庙」，其盖庙的砖头是他第二批自厦门来台的舰队所运来的。庙内供奉一尊刻制于崇祯十三年（1640年）的妈祖像，是当年随着郑成功舰队来台的，故俗称为「船仔妈」。进入清朝统治后，在干隆三十年（1765年）时，时任福建分巡台湾道的蒋允焄捐修该庙，使其更具规模，并上奏朝廷勅赐晋为「开基天后祖庙」。干隆四十二年（1777年）时，台湾府知府蒋元枢又予以修建，使之成为一间三进的建筑，并赠与一尊「倾听观音」在新建的后殿供奉。这尊观音乃