003大楼）、各类实验室和校办工厂。在昌平新建原子能研究基地（今清华大学核能与新能源技术研究院）。
文化大革命时期.清华附中是文革红卫兵激进学生运动的发源地。1966年5月29日晚，一些对旧教育制度不满的清华附中学生，讨论北大聂元梓等七人所贴的大字报，其中一位学生提议以红卫兵为名字写大字报，受到其他同学的赞同，于是中国第一个红卫兵组织诞生了。1966年6月2日，清华大学附属中学红卫兵贴出大字报并在同年8月2号得到毛泽东的回信支持。红卫兵开始“破四旧”、“大串联”，将运动推向全国。