长屋或小屋（随地方称唿不同）等部下居住的房屋，排列出本阵的形式。也有以旧城地基或城池型式建造的状况，如三重县菰野町的菰野阵屋、丰后森阵屋，特别是在小藩大名上常见的状况。另外也有建筑模仿天守外型的两层楼建筑，可以感觉得到主人对城池的憧憬。还有像北海道上矶町以稜堡式的土垒与砲台建构成的松前藩戸切地阵屋这样，以军事目的修筑的阵屋。甚至于像函馆奉行所这种将阵屋发展到极限的状况。通常会有阵屋的地方，像幕府直辖地（天领）的代官所、一般在三万石以下没有城的小藩、各藩的郡代官所、大藩家老的领地或是旗本的领地。