比较特殊的是，与一般新干线车站大都是作为新干线与在来线间的转车站用途不同，新富士车站东海道新干线沿线所有车站里面，唯一一个新干线专用、没有在来线及其他公司铁路的车站。至于富士市原本的主车站——富士车站则与新富士车站间隔了约2公里的距离，中间以循环行驶的接驳公车连结。
车站结构.新富士车站是一高架车站。站内配置有两座侧式月台，共四条路线。车站上行往东京方向的月台可眺望富士山。
使用情况.根据「静冈县统计年鑑」，2018年度（平成30年度）1日平均上车人次为