喇嘛孔道卡尔所创。此派的寺庙上因为涂有红、白、黑等三色条纹，分别象征文殊、观音及金刚手三菩萨，所以该教也被称为花教。萨迦派在元朝的支持下，萨迦派的五祖八思巴建立了萨迦政权，结束了西藏近四百年的分治局面。
格鲁派.格鲁派是由阿底崃尊者创立的噶当派发展而来的。十四世纪，宗喀巴改革宗教创立格鲁派，鼓励僧人过清静无慾的生活，因为此派僧侣都戴黄帽，所以又称为黄教。 黄教在1642年取得在西藏的统治地位后，成为西藏社会上信徒最多，势力最大的教派。黄教最大的活佛转世为达赖与班禅两系统。