李宗仁、白崇禧为首的之桂系借此对他攻击，使蒋中正于民国38年（1949年）1月底被迫引退，由李宗仁代理总统职权。此时，解放军已抵近长江北岸，近逼南京城。1月26日，中共军队占领六合县（1958年后，属南京市）。27日，占领启东县，数日之间又攻占如皋县、南通县和海门县，已抵近上海。到了同年4月，国、共双方和谈宣告破裂。中共解放军发动渡江战役，迅速渡过长江，佔领江阴要塞，并攻陷首都南京，中华民国政府在此前已南迁至广州；同月23日，中共解放军进入镇江，5月27日佔领上海，6月2日攻陷崇明，江苏省政府撤往嵊泗列岛。