计划选用容克斯Jumo 222引擎，可是经过Ju 288教训而临时改用增设涡轮增压器BMW 801TJ引擎(1,810匹马力)与容克斯Jumo 213引擎，至于自卫武器大幅削减，废除上部回旋炮塔和前部与后下部武装，只在机身尾部设置搭载两挺13毫米MG 131机关枪的遥控半回转炮塔来防御自己，虽然自自卫武器弱小，但是该机枪的射速高和火力强，搭载在电力半回转炮塔，能有效驱赶被追击的同盟国战斗机，所有改进为了减少飞行阻力和达到高空高速性能。Ju 388平流层万用军机有多种变化:J是日间战斗机与夜间战斗机，