战争期间，新加坡曾跟随其他东南亚国家联盟成员国不承认柬埔寨人民共和国。两国现同为东南亚国家联盟的成员。
历史.1840年代，柬埔寨国王安东曾派出密使前赴新加坡拜会法国驻新加坡领事，以寻求法国协助打败越南和暹罗。而重新发现吴哥的亨利·穆奥抵达柬埔寨前曾中途停留新加坡。第二次世界大战后，赴法留学的红色高棉领袖，当时仍名为桑洛沙的波尔布特亦曾在新加坡停留。1960年代初，新加坡曾收留柬埔寨反政府武装组织自由高棉的领袖。新加坡自治邦总理李光耀则在1962年首访柬埔寨，柬埔寨亲王诺罗敦·西哈努