毕业，任少尉排长，参与惠州战役，升中尉。1926年调回黄埔官校，升上尉连长。广州国民政府发动北伐战争，邱清泉率入伍生连配属于第4军，曾参与汀泗桥战斗，武昌攻城战与南昌战斗。陆军军官学校于1927年迁至武昌时，邱上尉率入伍生回校上课，但在宁汉分裂时为共产党所禁锢，同时被拘者还包括彭孟缉等廿余人。逃出后抵金陵，任北伐总司令部训练处少校科员，旋任第9师营长，参与龙潭之役。1928年升中校，1929年任第二师工兵营营长，参与中原大战。1931年任第10师上校团长，1933年升少将，任中央陆军军官学校政治训练