天主教科摩罗群岛宗座代牧区（）是罗马天主教一个宗座代牧区，直属教廷。代牧区包括印度洋岛国科摩罗以及马约特岛。2010年有教友6,000人、两个堂区、六名司铎。现任宗座代牧为加禄‧马胡扎‧亚瓦。1975年6月5日设宗座署理区。2010年5月1日升为代牧区。