暇顾及，求援不得的杨树庄被迫到普陀山“养病”，让出了福建省政府的实权，而专注于海军部事务。1931年底，国民政府改组，免去杨海军部部长一职，仅保留福建省政府主席及海军部高等顾问等虚衔。12月又专任国民政府委员。1933年福建事变在福州爆发后，杨树庄与林森等六人被南京国民政府任命为审核福建党务委员。1934年1月10日，杨树庄病逝于上海，进行公葬，中华民国全国海军下半旗致哀三日。杨树庄逝世后，其藏书赠与福州乌山图书馆。杨树庄还是一位虔诚的佛教徒，在福州涌泉寺多有施舍。杨树庄的陵墓位于福州市郊区的鼓