1641年）迁福建提督学政、布政使司左参议，后摄按察司事。崇祯十七年（1644年）崇祯帝自缢于北京煤山，他跟随南明王朝弘光、隆武和永历皇帝转战南北。顺治九年（即南明永历六年，1652年）郭之奇策动全潮反正，潮州总兵郝尚久响应反清复明。翌年清政府派靖南王耿精忠率军围攻潮州城，城破后，清军“纵兵屠掠，遗骸十余万”。