再经焉耆回到长安，期间见闻着有《往五天竺国传》，后世散佚，20世纪初于敦煌发现残卷。慧超回到长安后继续在大荐福寺金刚智座下学习，金刚智圆寂后，又跟随不空法师（705年—774年）学习，并开始翻译《大乘瑜伽金刚性海曼殊利室利千臂千钵大教王经》，780年在五台山将此经译完。一说783年圆寂，现代研究认为他于787年去世。《唐高僧传》中有慧超传。