本陆军在妈宫城墙外侧设立「卫戍医院」（毁于1945年的澎湖空袭）。海军也在妈宫要港部（今案山里）设立「海军病院」。综观澎湖日治时期的医疗设施，可谓十分周全。
民国时期.昭和20年（1945年），日本帝国在第二次世界大战中战败，国民政府接收台湾、澎湖，同年11月接收澎湖医院，医院改为台湾省立澎湖医院，首任院长林道。民国47年（1958年）7月，澎湖医院进行改建，原本的木造院舍全数拆除，以钢筋混凝土、水泥空心砖等建材重建，民国48年（1959年）6月4日竣工，院内设备多由美援补助。