为表示大衙门（amba jurgan）之意的蒙语名「yeke yamun」，然而更名后的新名作为正式名称一直沿用到清朝末期。理藩院的满语、蒙语、汉语名称的含义并非完全一致。
架构.理藩院的首长为尚书，名额一人，由满人出任，官阶从一品，统理院内一切事务；副首长是侍郎三人，其中左右侍郎二人由满人出任，蒙古侍郎一人由蒙古贝勒之中选贤出任，官阶从二品；郎中十二人，由宗室一人、满族三人、蒙古八人所组成，官阶正五品，分掌院内各司事务，是处理各项庶务的中级官员；员外郎三十六人，由宗室一人，满族十