能将一对等位基因的甲基化情况分别展示出来。除下文介绍的检测方法外，还有和甲基化DNA免疫沉淀等方法。检测亚硫酸盐处理后DNA甲基化情况的手段仍在不断发展中。检测方法的研究方向分两类，区别是是否采用甲基化特异性的PCR。（Figure  3&4）。以微阵列为基础的检测方法使用非甲基化特异性的PCR。
基于非甲基化特异性PCR的检测方法.
直接定序.第一个被报道的利用亚硫酸盐检测DNA甲基化的实例使用的方法。引子被设计成既有DNA序列特异性也有亚硫酸盐特异性（