。危害的主要来源是栖息地遭破坏、干扰和捕猎。鲸头鹳的分类很有争议，传统地它被分为鹳形目，在鸟类DNA分类系统中许多传统不相关的鸟类全部被收录入了鹳形目。最近也有些学者使用比较解剖学的方法认为它与鹈鹕比较接近，其他学者则使用生物化学的手段认为它比较接近鹭科。