崧为总统并向各国通告建国宗旨。未料，日军在5月29日于基隆背后的澳底登陆，6月3日攻陷基隆。于是台湾民主国政府的领袖们，包括唐景崧和丘逢甲，都内渡逃亡至中国大陆。6月11日，泉州籍辜显荣代表艋舺士绅迎接日本军进入台北城。6月下旬，余众又在台南拥立大将军刘永福为民主国第二任总统，民主国虽和日军发生不少规模不小的血战。但到10月下旬，刘永福也弃守内渡中国大陆，日军佔领台南，这个武装远远不敌日军而在毫无外援的情况下单凭民众之力奋战存活184天的台湾民主国政权，至此完全划下了句点。
前期抗日