用福建船政会办，升副将，加总兵衔，管理船政工作处。光绪三十二年（1906年）秋，郑清濂免会办，奉调赴北京。
从铁路到海军.光绪三十三年（1907年）， 郑清濂调任汴洛铁路总办。光绪三十四年（1908年），调任京汉铁路总办，并任邮传部参议，任内交涉收回了京汉铁路路权。宣统元年（1909年）春，郑清濂任筹办海军事务处顾问官。同年秋，他作为顾问官兼译员，随筹办海军大臣载洵、萨镇冰等赴欧洲考察海军，年底归国。宣统二年（1910年），清朝海军部成立，郑清濂获授海军参将，任海军军政司司长，