沿海地区上空释放掉大部分湿气，充沛的降水支撑当地雨林生态系统。中部高地相比东部来说较为干燥和凉爽，西部则更为干燥，岛上的西南和南部内陆以半干旱气候为主。每年都会有多场热带气旋吹袭马达加斯加，造成基础设施受损和人员伤亡，对当地经济构成打击。2004年，气旋加菲洛成为有纪录以来袭击该国的最强气旋，造成172人死亡，21万4260人流离失所，经济损失超过2.5亿美元。
生态.由于岛上长期与邻近大陆隔离，马达加斯加拥有的丰富动植物种类中有许多都是该国独有，近90%是特有种。如狐猴（一种灵长