之后的北伐之中，最终迫使元室迁移漠北。元惠宗至正十一年（1351年）红巾军起义爆发后，朱元璋在1352年投靠红巾军起义军之一的郭子兴而起兵，1356年取集庆，并在之后陆续消灭陈友谅、张士诚、方国珍等群雄起义军势力。1368年1月23日，即帝位，建国号大明，之后北伐中原，元惠宗先后逃至上都、应昌，并在应昌去世。元王朝残余势力在北伐军不断追击之下，逃至漠北，史称北元。明军继续东征西讨，洪武四年（1371年）平定割据四川的明夏政权；洪武十四年（1381年）征服蒙古人控制下的云南，洪武廿年（1387年）降元辽东