献王司马孚的后裔，东晋右卫将军、散骑常侍、中护军、使持节、侍中、太尉公、河间武王司马钦的玄孙，东晋侍中、左卫将军、河间景王司马昙之的曾孙，北魏安远将军、丹阳简侯司马叔璠的孙子，北魏宁朔将军、骠骑府从事中郎、镇西将军、略阳王府长史、宜阳子司马道寿的长子，司马仲明的兄弟。司马元兴在北魏官至宁朔将军、固州镇将、镇东将军、渔阳太守，承袭了父亲的爵位宜阳子。北魏太和十七年岁次戊申七月庚辰朔十二日壬子（493年8月1日），司马元兴在家中去世，永平四年岁次辛卯十月癸亥朔十一日癸酉（511年11月16日），迁葬于温城西