断代码进一步说明了中央神经系统受损的程度：
结构性破坏.脑部的结构性破坏是可见的，孕期酒精暴露会对脑部或其结构造成物理性破坏。结构性异常包括头小畸形，或其他脑部结构异常，如胼胝体的发育不良、小脑发育不全。确定头小畸形是要以头圆周，即前额脑区底部圆周，来与适当的生长表作出比较。其他结构性缺陷可以透过成像技术来观察。由于成像过程昂贵及相对地较难接近，胎儿酒精综合症很少会以非头小畸形的结构性缺陷来诊断。因孕期酒精暴露而造成中枢神经系统结构性缺陷的证据可以结论出胎儿酒精综合症，而神