九年九月，全书辑刻完毕，未曾分类，只“以人之先后为次序，不以书为次序”。咸丰七年（1857年）九月，英法联军入侵广东，书版过半毁于战火。咸丰十年（1861年），两广总督劳崇光等人捐资补刻，增刻冯登府着作七种，计八卷，即“咸丰庚申补刊本”。光绪初年，陶治元编《皇清经解敬修堂编目》十六卷，“依经为序，于各经逐句标明卷页数。或有一句之义散见于数处者，一一摘出，统注于此句下。”。王先谦（1842年 - 1917年）仿《皇清经解》体例，又续作《皇清经解续编》，共一千四百三十卷。