56年1月1日，哈尔滨铁路管理局划分为哈尔滨铁路管理局和沈阳铁路管理局。新的哈尔滨铁路局下辖满洲里、哈尔滨和牡丹江三个分局。1958年1月1日，东北各铁路局布局重大调整。新成立牡丹江铁路管理局。东佳木斯站以北的佳木斯铁路分局所辖线路、绥化铁路分局全部及齐北线北安—依安站间线路划归哈局。安达站以西至满洲里的滨洲线划归齐局。1963年3月31日，牡丹江铁路局撤销，其管辖范围全部并入哈尔滨铁路局，设牡丹江铁路分局。1983年10月1日，齐局被撤销。白城铁路分局划归沈阳铁路局，其余4个铁路分局并入哈尔滨铁路局。