成为根特大学的教授时，他也跟随他去了那里。1860年，拜尔在柏林贸易大学担任讲师，并在1871年前往斯特拉斯堡大学担任教授。1875年，他接替尤斯图斯·冯·李比希的慕尼黑大学教授位置。拜尔的辉煌成就包括植物染料靛蓝的说明与合成，发现酚酞，研究聚乙炔、盐、亚硝基化合物、尿酸衍生物（包含巴比妥类药物的母体化合物：巴比妥酸）。1869年，他是第一位提出正确的吲哚化学式的化学家，他的理论化学贡献包括三键的应变理论及小型碳环的环张力。1871年，拜尔发现酚酞是由邻苯二甲酸酐的缩合反应及在酸性条件下2当量的苯