兄弟中排行第五，自幼天资颖悟，受到良好的家庭教育。1932年从武昌文华中学毕业后，考入北平协和医学院。曾宪九在校学习成绩优异，医预科结束时，获得金钥匙奖。当时金钥匙奖只授予全年级学业最优秀的两名学生。在医疗系本科学习时，他刻苦钻研；1940年毕业于北京协和医学院，获医学博士学位。1949年8月，曾宪九与葛秦生结婚。曾宪九毕业后留校工作，在该校附属协和医院外科任住院医师。1941年12月，日本发动太平洋战争，1942年协和医院被迫停办。曾宪九转到北平中和医院，除从事临床工作外，还主动开展了胰腺疾病的研究，