先是长岛、越前各地的一向一揆遭到织田军击溃并歼灭，1576年，显如的大本营──石山本愿寺被三面包围，1580年，由于和毛利家连接的海上粮道被织田水军所断，失去了最后的外力支持，显如只好透过朝廷调停，接受信长提出的「撤离石山本愿寺」和谈条件，迁往纪伊国鹭森居住传教，但主战的长子教如却不遵父命留下来抵抗了一段时间。在教如也弹尽援绝撤退之后，石山本愿寺即遭到织田信长烧毁。
本愿寺分裂.之后本愿寺显如和信长势力继承人──丰臣秀吉和解，秀吉在大坂、京都等地方捐地给本愿寺重建，本愿寺这