取华北中原土地后，擢用他为着作郎。邓渊后出任蒲丘令，在那里诛除奸猾之徒，肃清盗贼。后又入为尚书吏部郎，凭着他通明典章制度以及朝廷旧事，得与尚书崔玄伯制定朝廷礼仪、律令和音乐，军国文书、记录、诏命、策命很多都出自邓渊。天兴五年（402年），邓渊而随军参与柴壁之战而赐爵汉昌子，后改为下博子，加中垒将军。时道武帝又命令邓渊撰写国记，邓渊写了十多卷，内容都只是顺着年月记载皇帝起居行事。而邓渊在朝亦小心谨慎，未试过忤逆皇帝旨意。天兴六年（403年），道武帝诛杀和跋，而和跋子弟家属就逃奔长安，有人说他们是得到与和跋