按御史吴春枝、礼部尚书黄道周，拥立朱聿键于福州称帝改元为隆武。郑芝龙受封平虏侯，掌握军政大权；晋平国公。八月加太师。隔年郑芝龙为表达对隆武帝的忠心，请建报恩寺，隆武帝亲赐“敕建报恩禅寺”匾额。
清朝.清顺治十八年（1661）为打击明郑发布迁界令，实行“片甲不入海”政策，对明郑势力进行坚壁清野，导致该寺破旧沦为废墟。
近代.康熙朝复迁，但因该寺为当时郑成功与清政权和谈之地无人敢复，直到上个世纪才有华侨出资重新寺院。寺内有联报恩寺是安海八景之一有“西畴春晓”的