蛋白质组（也称蛋白质体，proteome），是在特定时间内，是一个由基因组、细胞、组织、或生物体表达的或可以表达的整套蛋白质。 它是在给定时间，在给定条件下在给定类型的细胞或生物中表达的蛋白质的集合。 研究蛋白质组的学科就是蛋白质组学。
系统.该术语已应用于几种不同类型的生物系统。细胞蛋白质组是在特定环境条件下（例如暴露于激素刺激下）在特定细胞类型中发现的蛋白质的集合。考虑生物体的完整蛋白质组也很有用，可以将其概念化为来自所有各种细胞蛋白质组的蛋白质的完整集合。 这非常近似