合档案馆所在的建筑由胡安·德·埃雷拉（Juan de Herrera）设计，是西班牙意大利式文艺复兴建筑的实例。1987年，这座建筑被联合国教科文组织列为世界遗产。西印度群岛综合档案馆收藏有从征服者到19世纪末的丰富档案，包括塞万提斯的求职请求，亚历山大六世为西班牙和葡萄牙划分世界的教宗诏书，哥伦布的日志，美洲殖民地美国城市的地图和规划，等等。今天西印度群岛综合档案馆拥有长大约900公里的书架，43,000册藏书，和大约80亿页的殖民政府档案。