侵气管内衬细胞、肺泡或是实质组织。另外如麻疹及疱疹病毒则是透过血液进入肺部 。肺部的病毒感染可能造成不同程度的细胞死亡，且一旦免疫系统开始对抗这些感染，以单核球为主的白血球会启动发炎反应，可能会对肺部形成更大的伤害。在损伤肺部的同时，病毒也会同时影响其他器官，进一步阻碍正常的身体运作。病毒也会使得身体更易遭受其他细菌感染，因此病毒性肺炎有可能会细菌性肺炎。
细菌性.大多数的细菌能进入肺部主要是因为在唿吸时吸入寄宿在喉咙或是鼻腔的微生物。有一半左右的人会于熟睡时吸入这些细菌。人类的喉