永禄7年）三好长庆病死。失去政敌的义辉趁机开始恢复幕府将军的权力。但长庆死后三好氏的权力悉归松永久秀管理。松永久秀和三好三人众见义辉开始恢复权力，视之为眼中钉；计划废黜义辉，立足利义维的嫡子足利义荣为新将军。而在1563年观音寺骚动以后，义辉所依赖的近江六角氏迅速衰退。这使义辉失去了外援。永禄8年（1565年）5月19日，松永久秀和三好三人众以及主君三好义继，奉足利义荣为主叛乱，袭击了足利义辉所居住的二条御所。义辉奋勇抵抗，寡不敌众，最后叛军将城内的纸门与纸窗等拆下来作盾牌，将义辉压倒并杀死。享年30岁