升任保定府知府，任内废除每年的保定府到京师所承担的库役、赈灾开垦荒地并逮捕盗贼，百姓将他与此前知府吴岳齐名。历迁易州副使、陕西参政、四川按察使。隆庆元年，任四川右布政使，均以廉洁能干而闻名，朝廷官员屡次举荐。隆庆二年（1568年），严清以右佥都御史巡抚贵州。未上任，改为四川巡抚。他在四川任内担任巡抚多年，下属畏惧他的威严、相互劝诫并加以自律，所以一时之间四川官员少有贪赃违法的案件。他废除了团操成都的安排，并接受番人入贡。当时陕西民变流窜作案到四川境内，当时巡按御史王廷瞻弹劾严清纵容流寇。当时大学士赵贞吉