属山东西路东平府。元朝又设肥城县，属山东西道济宁路，肥城县知县赵硅监修肥城城池，此城即为今天的老城。明代，肥城县属山东济南府，明末，肥城老城改为石城。清初，肥城人李西吾曾在陶山一带抗击清兵，后失败。清朝控制肥城后，延续明代区划。1734年肥城县改属泰安州，属山东泰武道。次年泰安州为泰安府，肥城县沿属。同治五年，清廷军队攻下了太谷学派北派人物张积中建立的黄崖山寨，事件中上万余百姓被杀，史称“黄崖山事件”。19世纪末，义和团活动于肥城境内，1899年，发生了平民杀死传教士的肥城教案，清廷因此将肥城县令撤职并