争期间曾短暂命高岛鞆之助为台湾副总督，高岛也是为期五十年之台湾日治时期内的唯一副总督。1896年，陆海军两局合併为军务局。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。之后在1898年、1901年皆曾修订总督府官制，最后在1919年的最后一次修订中，民政部（原民政局）被废除，军事部份也改由直属日本内阁的台湾军司令官负责。一般而言，台湾总督府的行政组织分为直属部局、所辖官署与地方行政三大部门。不管1896年发布的《六三法》及后来1906年《三一法》或1921年《法三号》，台湾日治时期的地方政体皆採委任立法制