囊霉目（"Archaeosporales"）与多孢囊霉目（"Diversisporales"）三个目，与念珠藻（"Nostoc punctiforme"）形成丛枝菌根的"Geosiphon pyriformis"即属于原囊霉目。现在的分类即是透过分子生物学的分析，不断修正才定出的。对于本门物种的分类研究尚未完成，有待继续研究，例如有些研究认为"Glomus"属下的许多物种应被分到其他科或属比较合适。有研究分析各种真菌rDNA的序列，发现球囊菌门在演化上是双核亚界的姊妹群。球囊菌门的化石种包括生存