现于阿根廷巴塔哥尼亚，属于内乌肯群（Neuquén Group）的波特苏埃洛组（Portezuelo Formation）地层，地质年代属于土仑阶到康尼亚克阶的交界，约8900万年前。在2007年，古生物学家Jorge Calvo等人将化石命名为新属，模式种是冈瓦那巨谜龙（"M. gondwanicus"）。属名意为「大谜题的蜥蜴」；种名则是以冈瓦纳大陆为名。正模标本（编号MUCPv-321）是一个关节连接的部分身体骨骼，包含：大部分嵴椎、肋骨、完整骨盆、胸骨、以及四块胸侧骨板。巨谜龙的胸侧骨板，类似小