在欧洲水域为七月中至八月末。在这段时间里雄兽的睾丸体积剧增。一般港湾鼠海豚的睾丸重2克，在发情期可以重400克以上。大多数地区的港湾鼠海豚的交配在深水中进行，少数在海岸附近的浅水进行。大多数观察到的交配是在水族馆中进行的。交配过程包括一个前戏和此后的交配。首先雄兽不断地追逐激动的雌兽并试图触摸其背鳍。1915年海科写道：此后两兽互相“抚摸”和“交替游泳”，雄兽会不时地显示自己的腹部和咬雌兽的胸鳍。交配本身时它们直立在水面上，一般仅数秒钟的时间。此后前戏和交配可能再次发生。港湾鼠海豚的孕期为10–