含鸟类与哺乳类而成为并系群，因此有些分类学者会用蜥形纲来替代爬行纲，但也有学者重新定义爬行纲，使之与蜥形纲同义，于是蜥形纲在这情况下会成为爬行纲的次异名。
分类.蜥形纲各演化支的关系如下，龟鳖目曾与众多史前副爬行动物一起归类为无孔亚纲，但后来的遗传分子学研究多支持龟鳖目位于主龙类所在的双孔亚纲演化支之中：