肃清蔡牵等海盗之后，长乐、连江等县沿海贫民更大举迁居岛上谋生。清朝李鼎元的《使琉球记》记载，福建兴化军孝女林默娘，人称「妈祖」，因父兄驾船于闽江口海域遭遇船难，林默娘跳入海中以救父兄，却因而罹难，遗体当年随海漂流至闽江口附近的小岛（即今日南竿），被渔民打捞上岸，并将她葬在海岸边。湄洲的乡亲一度以为妈祖已羽化昇天成仙，且为感念其孝心，遂盖庙纪念她的孝行。但是马祖人认为，妈祖葬于现今马祖南竿马港天后宫宫内的灵穴石棺中，且兴庙供奉妈祖，世代至今。这个岛因而被称为妈祖岛，尔后又改为马祖。马祖地名因此而来，妈祖也成