斯兰教法，引起在南部佔大多数的非穆斯林居民不满，引发第二次内战。
过程.原苏丹政府军上校约翰·加朗是南方人，在1983年5月前往南方策反当地的黑人政府军官兵，组成苏丹人民解放军反抗北方。约翰·加朗及后来成为南苏丹总统的萨尔瓦·基尔·马亚尔迪特早期支持在统一的苏丹内实施南方自治。苏丹人民解放军在1986年的兵力约有12500人，1989年有2万至3万人，到1991年有5万至6万人。叛军从战争初期已经把攻击石油设施作为其主要战略之一。1991年，支持南方叛军的埃塞俄比亚门格斯图