细胞核，而另外三个亚基则是在线粒体中合成。复合物还含有两个血红素、一个细胞色素a和细胞色素a以及两个铜中心（Cu和Cu）。实际上，细胞色素a和Cu形成了一个双核心中心，作为氧气的还原位点。细胞色素c被唿吸链复合物IV还原后，会结合到Cu双核中心，并把一个电子传递给双合中心，细胞色素c本身则恢复氧化状态（细胞色素c上的铁从+2价氧化到+3价）。被还原的Cu双核中心再将一个电子通过细胞色素a传递给细胞色素a-Cu双核中心。在这一双核中心上的两个金属离子相距4.5Å，并通过一个处于完全氧化状态的氢氧根离子相连接。