系统中，氧碳鎓离子最常见于碳水化合物的反应过程中。 由于糖存在于核酸中，它的化学性质对核酸在生物体内的功能起到了重要作用。 糖除了在核酸中发挥生理功能外，还是生物体的结构组分，可以多种形式存在，例如储能分子、细胞信号分子、蛋白质修饰，并在免疫系统 、受精作用、预防发病机制 、血液凝结和发育中发挥关键作用。 生物化学过程中糖化学性质丰富，许多糖参与的反应经历氧碳鎓离子中间体。 本节概述了利用氧碳鎓离子的几种重要的生物反应。 
核苷酸生物合成.酶催化下核苷酸的分子内环化可产生几种重