建仁寺4寺包含在「五山」之内。同様的，后醍醐天皇的建武新政也制定「五山」，南禅寺和大德寺两寺定为五山笔头，包含东福寺和建仁寺。
室町时代.之后，开创室町幕府的足利尊氏建立天龙寺，希望在五山之内加上天龙寺。历应4年（1341年），北朝发布院宣，五山任由尊氏决定。同年，尊氏选定第一位为南禅寺・建长寺、第二位为圆觉寺・天龙寺、第三位为寿福寺（鎌仓）・第四位为建仁寺（京都）・第五位为东福寺（京都）・准五山（次席）为净智寺（鎌仓）。之后，五山的决定及其住持的任免权归于足利将军个人的惯例也就此