964年，普世牧首和天主教教宗才再次拥抱，但两个教会依然在教义上有所区别。第四次十字军东征时，因十字军于 1204 年攻陷君士坦丁堡，普世牧首从1206 年移位尼西亚，直至1261 年米海尔八世从拉丁帝国夺回君士坦丁堡。1453年君士坦丁堡为奥斯曼帝国攻下，成为其首都，穆罕默德二世承认普世牧首真纳迪乌斯二世为奥斯曼帝国东正教臣民（米利特）的宗教、政治领袖。但此后普世牧首的领袖地位渐渐衰落。1593 年，牧首耶利米亚斯二世宣布莫斯科教区为自立教区。此后，希腊（1833年）、罗马尼亚（1865年）、