比真核生物，要简单很多。细菌最外层的结构爲细胞壁。往内，则依次爲细胞膜、细胞质及拟核。部分细菌还具有荚膜、芽孢、鞭毛等特殊结构。另外，细菌还有膜内折形成的间体结构。与真核细胞不同，细菌一般来说没有核膜包被的细胞核，也没有复杂的内膜系统。其唯一的细胞器爲核糖体。通过革兰氏染色，可以将细菌分爲革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌。革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌的细胞壁、鞭毛等在结构上均存在差异。值得注意的是，目前只有大约1%的细菌得到了充分阐释，人们对细菌结构的认知也仅仅是以这些细菌爲基础，对其共性进行归纳，不能保证能完