隔不同的化合物。
液相色谱法.与气相色谱MS（GC-MS）类似，液相色谱-质谱（LC/MS, 或LC-MS）在将化合物引入离子源和质谱仪之前进行色谱分离。
毛细管电泳－质谱法.（CE-MS）是一种将毛细管电泳的液体分离过程与质谱联用的技术。 CE-MS通常与电喷雾电离相结合。
离子迁移谱.（IMS/MS，或IMMS）是一种技术，在引入质谱仪之前，离子首先通过一些中性气体在施加的电势梯度下通过漂移时间分离 。漂移时间是相对于离子电荷