大战后得以改变。马其顿地区从塞尔维亚分开，成为南斯拉夫的一个加盟共和国，得到他们自己的自治权和学习本国语言文化的权利。在接下来的15年里面，这种状况在马其顿教会里面得以维持不变。 1959年，塞尔维亚东正教牧首允许马其顿在礼仪上拥有自己的神父和使用马其顿语。然而，马其顿祭司必须要在塞尔维亚教堂里面进行仪式，还是受到塞尔维亚教会非常强大的影响。马其顿教徒们并不满足于这局限性很大的自由。经过多年的斗争，在1967年他们终于从塞尔维亚东正教彻底脱离出来，宣布独立，拥有自己独立的正教会圣统治。如今马其顿东正