陵应天府则作为留都，称南京。明仁宗及明宣宗的时期，因皇帝个人的喜好因素，北京之京师地位一度降为君主暂幸之行在，复称金陵应天府为南京，明英宗亲政后，正统七年（1441年）时才恢复燕京京师的地位。1626年5月30日，北京西南隅的工部王恭厂火药库发生王恭厰大爆炸，死伤2万多人，原因不明，朝野震惊，中外骇然，明熹宗下了一道罪己诏，表示要痛加省醒，告诫大小臣工“务要竭虑洗心办事，痛加反省”，并下旨发府库万两黄金赈灾。1643年，北京内爆发明末大鼠疫重大疫情、造成20多万人死亡，被认为是明朝灭亡的重要因素之一。