达加斯加坚定地留在盟军的手中，成为盟军航运线路的重要一环，作为西欧，东印度群岛，非洲和中东之间的枢纽，马达加斯加的迪亚哥-苏亚雷斯港仍然受到严密防御，并建立了盟军舰艇可以对抗日本潜艇的基地。1943年，英国军队离开马达加斯加，完全交由自由法国控制。但纳粹德国海军的U艇继续在马达加斯加周围的海域运行至少到1944年底。1944年8月，三艘U型艇在莫桑比克海崃沉没了8艘商船。[23] 1944年9月5日，U-861在马达加斯加海岸附近击沉了一艘希腊货轮。在1944年的布拉柴维尔会议上，戴高乐将包括马达加斯加