个分支，研究真菌的遗传、生化性质、分类、对人类的用途（包括药用、食用与宗教致幻剂）以及对人类的威胁（包括毒性与感染）。因为许多植物病原是真菌，植物病理学的研究也常与真菌学高度相关。人类对真菌的利用可以追溯到史前时代，早在5300年前的新石器时代，在奥地利阿尔卑斯山区发现的木乃伊冰人奥茨遗骸上便带有两种多孔菌，其中木蹄层孔菌可能是用来生火的燃料，白桦菌菇则可能是药用。古代人类常在不知情的状况下以真菌为食物来源，例如发酵面包与果汁的生产都有真菌参与。也有早期的手写记录描述作物遭到疑似为真菌的病原感染而破坏。