1951年获得数学系的哲学博士学位(PhD)，虽然获得的是数学系的学位，但是波普的博士学位论文却是关于化学的内容：水分子的价键结构。1960年代早期约翰·波普移民美国并一直居住在那里直到逝世，但他保留了他的英国国籍。波普本人更倾向于自认为是一位数学家而非化学家，但是理论化学家们却普遍认为，约翰·安东尼·波普是他们当中最重要的成员之一。约翰·波普作出的第一项重大贡献是在1953年提出的对π电子体系的分子轨道近似理论，由于理论化学家Rudolph Pariser和罗伯特·帕尔在同年亦提出了等价于波普理论的类