持东军，并攻击小西行长的居城宇土城，成功保住了领地。德川家康掌权之后，有马晴信成为岛原藩第一代藩主。他继续利用日本官方特许的朱印船往来台湾、吕宋、澳门、占城、交趾、暹罗等地从事船运贸易，并成为鉅富，在日本战国时代的对外关系中，扮演重要的角色。1609年，德川家康任命有马晴信前往台湾探勘地形，并嘱意佔领台湾港口，以建立对明贸易的据点。该次行动虽颇为顺利，也俘掳了台湾原住民数人回日本，不过也在侵掠过程中，与西班牙及葡萄牙在台势力产生冲突。1610年，他挟怨焚燬葡萄牙停泊于日本的船只，是为慈悲圣母号事件。