1日晋任海军二级上将，继郭宗清之后，成为第二位本省人出身的海军上将，亦是继邹洪、陈守山、郭宗清之后第四位台籍上将，海军总司令1992.05.01—1994.04.16 并于1992年5月1日成为首位台籍海军总司令，至1994年4月16日卸任。其后转任总统府战略顾问。1996年5月30日，李登辉批准由庄铭耀出任驻日代表。2000年陈水扁当选总统后延揽其担任国家安全会议秘书长。后因肝疾日笃，免除国安会职务，于2001年9月接替林金茎担任亚东关系协会会长。2002年1月6日因肝癌末期导致肝衰竭，于当日上午