岩仓与群臣反对条约，更尝试阻止签署条约，以及阻止幕府与皇室联络，称为廷臣八十八卿列参事件。但是，他的政治思想为幕府及皇室的联盟带来契机。1860年，大老井伊直弼遇刺身亡。岩仓借此机会，提出“公武合体”，改善双方关系——他安排将军德川家茂与天皇的妹妹和宫亲子内亲王结婚。反对幕府及开国的武士认为岩仓支持幕府，要求朝廷驱逐他。岩仓惟有离开朝廷，迁到京都以北的岩仓。 住在岩仓时，他写过很多文书、提出政见，并致函朝廷与萨摩藩的盟友。1866年，德川家茂去世。岩仓企图联合大名，以皇室之名夺权，但失败。翌年，天皇逝世