政权后，仍依循前例于澎湖设置该官署，直至1384年因为实施封海政策，予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检司。此官署直至1622年，荷兰占领澎湖为止。
元朝澎湖巡检司.澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设置于澎湖群岛。设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及《元史》、《新元史》，考定：「蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。」该地原于南宋隶属于晋江县，曾遣兵戍守澎湖。到元朝时该地