，密印寺被大火焚毁，彻当法师重修万佛殿。明神宗万历四十七年（1619年），密印寺再度被大火焚毁。
清朝.顺治十二年（1655年），慧山超海修复密印寺，将密印寺改为临济宗。雍正十一年（1733年），《沩山语录》进入皇室龙藏，雍正帝给《沩山语录》和《仰山语录》做序，封沩山灵佑为“灵觉禅师”。
中华民国.1917年一天黄昏，毛泽东和萧子升游学来到沩山，二人提出要见方丈，小沙弥“法一”婉言拒绝，毛泽东和萧子升旋即递上名帖，方丈见“毛”字寥寥几笔却占三格，“萧”