后，即位的费利佩三世把一切大权都交给了他最宠爱的大臣莱尔马公爵弗朗西斯科·德·桑多瓦尔。 他几乎终生都受到这位朝臣的左右；后来莱尔马的儿子又成了他的新宠臣。西班牙的经济在费利佩三世执政时期经历了严重的衰退，并且她的海军也失去了以往无可匹敌的威力。西班牙在欧洲和美洲都面临着新兴的海上强国——英国与荷兰的挑战，而国王却既无能力也无兴趣与之展开竞争。在天主教的爱尔兰人掀起独立运动的时候，费利佩三世对他们施以支持，希冀以此来削弱英国；英西战争在1604年画下句点，由费利佩三世与新任英格兰国王詹姆斯一世签订伦敦条约，