2006年11月8日，方永刚被查出患有结肠癌，入住大连中国人民解放军第二一〇医院接受治疗。2007年1月24日，中共中央总书记胡锦涛在一份内部材料上看到方永刚的事迹后批示：“要全力挽救方永刚同志的生命。要认真总结、宣传他的先进事迹。”胡锦涛作出批示后，李长春、郭伯雄等人也立刻随之表示要救治、宣传方永刚。2月1日，海军派出专机将方永刚接入中国人民解放军总医院进行治疗。2007年2月20日，胡锦涛亲自前往医院看望方永刚，称赞他“为宣传党的创新理论，作出了优异成绩”，号召广大共产党员和全军官兵向方永刚同志学习