于对郑贵妃的爱情，郑贵妃亦不断向神宗进言，故打算立福王为太子，但朝臣根据皇明祖训，坚持立朱常洛为皇太子，而李太后、王皇后也支持立常洛，是为国本之争。最初神宗不断拖延，弄至皇长子十岁时，因为储位未定，不能就学读书。神宗虽然处分一些支持皇长子的大臣，但东林党也支持皇长子，使支持皇长子为太子的声势更大。万历二十九年 (1601年)，皇长子朱常洛二十岁，神宗在无法拖延下终于策立常洛为皇太子，常洵为福王，封地为洛阳。国本之争演变成皇帝与大臣势力之权力斗争。结果郑贵妃忍无可忍，终于爆发明朝立国二百五十年以来最严