之洞将他辞退，改任武昌电报局驻沪代表。1900年庚子拳乱、八国联军，张謇、赵凤昌等人分别劝告两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章，倡议抗命，参与谋划“东南自保”，可以说是东南自保的重要推手。1911年辛亥革命前后居上海，当时北洋军首领袁世凯与革命党人打算和谈、强迫宣统退位，赵凤昌也协助促成了南北议和，其居所上海南阳路十号“惜阴堂”成为南北双方非正式的议事之所，赵凤昌也参与机密，出谋划策。赵凤昌共有一子二女，其中女赵志仁为原配夫人洪元所生，女赵志道（后嫁给杨杏佛）、子赵尊岳为继配夫人周南