到解职。1913年6月30日，孙多森被北京政府任命为安徽都督兼民政长，到安徽赴任后险些遭到杀害，7月21日安徽宣布独立，同日孙多森逃走，7月27日正式被北京政府免职。民国3年（1914年）5月，孙多森在北京创办中日实业股份有限公司并任总裁。同年10月，袁世凯在北京创办通惠实业特种公司，孙多森任临时总裁。民国5年（1916年），筹办中孚银行并任总经理。民国6年（1917年）6月，孙多森重任中国银行总裁，但因张勋复辟而未就任，7月21日被免职。民国8年（1919年）孙多森增资改组阜丰面粉公司为股份有限公司。