归二房本家。父阮以巽笃信佛法，此或与阮大鋮日后学佛有关。万历三十一年（1603年）举人、四十四年（1616年）进士，天启年间官给事中，因与左光斗同乡，两人本有交情，因此阮大鋮起初偏向东林党。《东林点将录》更拟之为《水浒传》中的「没遮拦」穆弘。后因东林党赵南星等人阻碍他升官，遂转而依附魏忠贤，造《百官图》攻击东林党人。天启四年（1624年）阮大铖弹劾汪文言、左光斗，起初魏忠贤不知情，气怒阮大鋮过于躁进，后魏忠贤兴起「汪文言狱」，东林党六君子被捕。后来左光斗、杨涟等人冤死狱中，阮大鋮实已身在乡里，并未参与此事，