亚人开始宣称要脱离缅甸并且加入东巴基斯坦（孟加拉国）──他们的祖居地。他们的目标是脱离缅甸并最终与东巴基斯坦合併，于是发起了圣战。这场圣战运动中，许多无辜的若开人再次遭受到战火波及，在自己的家园丧命。经过政府几次围剿后，这群圣战分离分子才最终投降。而继任吴努的吴奈温，再也无法忍受要求愈来愈过火的罗兴亚人。吴奈温政府认为，已经给与罗兴亚人缅甸的公民权与参政权，但罗兴亚人却是以武装分离运动来回报，1982年缅甸政府发布了新的公民法，不承认罗兴亚人的政治权利。
吴努政府时期（1948－19