5月5日下午返回小琉球渔港。
各方反应.4月25日，外交部就事件表达严正抗议，并要求日方立即释放扣押之船舶与海员，重申沖之鸟属「礁」，故200海里专属经济水域不适用之，日方应尊重各国于公海之航海权及捕鱼权。4月27日，总统马英九在国安会议中就事件表明按《联合国海洋法公约》有关岛屿的定义，「沖之鸟」乃属「礁」而非「岛」，故不予承认日方之违法扩权主张。同时在会上提出要求行政院强力交涉、全力护渔，并强调各级政府机关未来均以「沖之鸟礁」称之。马英九另亦请部会着手研议寻求其他国际途径解决