达小肠。在小肠萌发后，凝结芽孢桿菌会分泌乳酸与短链脂肪酸，进而影响肠道菌丛的组成，还可以分泌、等毒素以抑制致命的细菌生长。凝结芽孢桿菌属于暂驻菌，在肠道内停留的时间不长，约七天后其内孢子便会随粪便排出体外。有研究结果显示凝结芽孢桿菌对治疗抗药性细菌造成的腹泻有帮助，也有助改善炎症性肠病的病情，可减少患者的排便次数。另外凝结芽孢桿菌还可能在肠道中与胆固醇结合，以及抑制合成胆固醇所需的羟甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶，可能可以降低血液中的胆固醇含量。也有研究显示某一型的凝结芽孢桿菌可以改善细菌性阴道炎。