判全权代表额尔金以「对外交人员实施虐待」为由，于10月18日下令放火烧圆明园，以作为对清廷的报复。11月28日，他航往上海并在次年1月回到广州担任原职，处理接收九龙的事宜。根据天津条约，扬子江上的三个口岸开放。在1861年2月至4月，巴夏礼随海军中将何伯爵士沿江而行，在镇江、九江与汉口设立领事馆，并试图与南京的太平天国叛军立下协议。1861年4月，他回到北京，并在6月到南京，准备与太平天国领导会面。在1861年10月21日，联军向清廷归还广东，因此巴夏礼不再担任专员。在11月，他前往上海，在同月内，