直辖于神圣罗马帝国皇帝，这为后来学校的创办提供了自由土壤。1536年，受马丁·路德“兴建拉丁、希腊学校”的号召影响，神圣罗马帝国德意志教育家约翰内斯·斯图尔姆来到斯特拉斯堡，于1538年3月22日创立路德教派倾向的。在创建初期，学校设立艺术学院，以传授古希腊和古罗马文学、新教理论、科学和哲学为主。宗教改革家让·加尔文在此期间也曾到访任教。由于教学方法的革新，学校吸引了大批欧洲人才前来就学，这使得学校规模迅速扩张。1566年5月30日，让·斯图尔姆文理中学晋升为学术院，随后设立法学院（前身）、医学院、哲学院等