，移交国防部军事情报局，隶属军事情报局海上工作队，但仍受警总作战管制，亦仍执行原任务。
解散.台湾警备总司令部继续执行戒严令，直到1987年7月14日，时任中华民国总统蒋经国颁布总统令将戒严令取消。1991年4月30日，总统李登辉宣布动员戡乱时期终止。该军事组织于1992年8月1日零时改制为海岸巡防司令部和军管区司令部。
台湾戒严时期.1949年，因第二次国共内战战败，中华民国政府播迁来台。1949年5月19日时任台湾省政府主席兼台湾省警备总司令陈诚发