强调“中轴线”的历史和现实意义，唿吁“保护中轴线”，“恢复后门桥下这段河道的水上景观”。侯仁之的建议获得中共北京市委领导的采纳。2000年12月20日，莲花池和后门桥遗址举行了修复仪式。2000年，在修复万宁桥（后门桥）的同时，在万宁桥西增建了一座汉白玉三孔石拱桥。此次修复万宁桥，将万宁桥下原来已经改为暗河的玉河恢复为河道，河水自什刹海前海东端出水口处开始，流至万宁桥东侧不远处。2001年，什刹海前海东端出水口处新建的汉白玉石桥遇到起名问题。时任北京市人民政府副市长的汪光焘就此请教北京大学教授侯仁之