文化大革命爆发后，总后勤部在中共九大之前几乎被紧跟林彪的邱会作等人控制，总后勤部副部长傅连暲、饶正锡等都遭残酷迫害。1969年9月，王希克、陈庞、封永顺、伊文、张明远、严俊任总后勤部副部长，戴金川任副政委。1970年7月丁先国任总后勤部副部长，不久邱创成任总后勤部副部长。1971年九一三事件发生，中央责令邱会作离职反省，同时陈庞、王希克、伊文、张明远、严俊、丁先国、戴金川被免去总后勤部领导职务，不久余秋里奉中央命令主持总后勤部工作。文革期间，总后勤部下属机构进行了很多调整，例如装备部、企业部被撤销。