罪过推到苗人身上。朝廷命邢玠总督四川军务，正值东西两方用兵，力量不足以全部消灭他，因而朝廷招抚了他。杨应龙变本加厉勾结苗人，夺占五土司七姓的土地，而吞并湖广四十八屯，之后每年出来侵扰。同年二月在飞练堡击败官军，都司杨国柱、指挥李延栋等都战死。不久，又攻破綦江，杀死参将房嘉宠、游击张良贤，投尸顺江而下、遮蔽江面。伪军师孙时泰请求直取重庆、捣毁成都，劫持蜀王为人质，而杨应龙拖延，声称只是为了争夺地界，希望得到如先前一样的赦免。李化龙到成都，征兵未到，也假意与他好言好语以牵制。万历帝听闻綦江被攻破的消息后大怒