人类是唯一的巨大威胁。尤其陆地上的污染和过渡捕捞对这些生态系统造成了严重威胁。船只拖网造成的物理破坏也是一个问题。活鱼贸易导致了使用少量氰化物和其他化学药剂来捕捉小鱼的手段。此外气候现象如厄尔尼诺现象和全球变暖造成的过高的水温也会导致珊瑚白化。按照大自然保护协会的数据目前全球珊瑚礁被破坏的速度不断加快，在50年内全球70%的珊瑚礁将会消失。对于生活在热带的人来说这个损失可能意味着一个大灾难，然而不幸的是，因为珊瑚在海洋生态的位处在基层的重要性，大多数海洋生物的生活都会与珊瑚礁有联系，因此对珊瑚礁的破坏带