堡区间的路段中不设停站。此外，汉堡－贝希特斯加登间每日开行一班的城际列车（）“国王湖号”也会途经这条铁路线。在慕尼黑、罗森海姆及因斯布鲁克之间还有开行频率为每两小时1班的德铁-奥铁欧城列车，其中的部分服务会经由布伦纳山口继续前往意大利波尔查诺、维罗纳、威尼斯和博洛尼亚等地。
货物运输.在2008年，慕尼黑－罗森海姆铁路平均每日发送的货运列车高达150列。其中约50列货运列车经由慕尼黑至萨尔茨堡的线路运行，并继续前往土耳其、希腊、卢布尔雅那和的里雅斯特。而其余约100列货运列车则运行