家、琉球大学共6间机构组成的协议会运营。天文台旨在借由联合运营这一新的形态，结合终身教育、学校教育，以及与业余观测家合作，推进各种活动。天文台白天自由参观，夜间举行天体观望会（见#公开种类）。由于此地纬度低、黄道高，除提供公众观星服务外，亦主要围绕行星科学及太阳系天体进行观测。在所有设有大型光学红外线反射望远镜的观测研究设施中，此设施是日本最西及最南，望远镜口径（105cm）亦为九州、沖绳地方中光学望远镜最大。除天文台外，石垣岛亦在名藏地区设有石垣岛局，为国立天文台的观测点之一，使用相对特长基线干