重要的变革，就是自1995年起推出的KTM通勤铁路服务（KTM Komuter），为吉隆坡与周边巴生河流域之间的客流提供便利的通勤交通，为此铁路公司从1993年开始对吉隆坡至万挠、巴生港、芙蓉的铁路进行复线电气化改造，并耗资5.1亿令吉从奥地利引进通勤型电力动车组，通勤铁路首两条路线巴生港线和芙蓉线于1995年8月3日投入服务，至今通勤铁路已经成为马来亚铁路公司盈利能力最强的服务之一。在马来西亚第八个五年计划（2001年—2005年）和第九个五年计划（2006年—2010年）期间，马来亚铁路公司继续增加