后来，玉本寺成了苯教高僧修行密宗的十分重要的道场。顿珠拉杰称，玉本寺在苯教中地位特殊，不仅是苯教最早的寺院之一，还是最后一代象雄王李弥夏的出生之地。如今，该寺驻寺僧人不多，另外常有一些云游僧人。
建筑.玉本寺依山傍湖，位于当惹雍错之畔的一条凹进的山谷中。玉本寺建在半山坡的悬崖下，沿山坡分布有数十座建筑。主寺前面立有巨大的经幡柱，寺前的大石上刻着苯教的雍仲。寺墙上红下白，在荒山秃岭间十分鲜艳。玉本寺所在山谷的谷底有泉水，据说是神水。玉本寺很像是建在山洞里的道场，洞外设有山门，