将二人接往北京，孙越崎入住北京医院治疗。周恩来的遗孀邓颖超得知后，派保健医生探望，并给予帮助。孙越崎出院后，邓颖超与北京市革命委员会主任吴德联系，帮助孙越崎解决了户口及住房困难。此后，孙越崎长期在北京居住。1978年，孙越崎的老部下孙运璇在台湾升任行政院院长。大陆对台湾的广播电台得知消息后，要求孙越崎写一篇对台湾广播讲话稿。当时孙越崎处境并不优越，但他仍然接受了这一要求，让记者为自己进行了录音，表达了对在台湾的亲朋故友的关爱。
改革开放.中华人民共和国成立后，孙越崎历任全国政协