由明朝（设立乌思藏行都指挥使司），清朝（设立驻藏大臣）相继继承，成为中国中央政府对西藏拥有主权的历史依据。因此元朝的定位成为藏独支持者与中国中央政府争论的焦点。藏人行政中央认为中国没有元朝和清朝，主张元朝是蒙古人建立的帝国，其统治者成吉思汗及继任者征服了欧洲和包括中国在内的亚洲广袤的土地。1279年，蒙古在征服了以中国南方为基地的南宋以后，整个中国就被蒙古人完全征服。今天中国宣称元朝是中国的王朝，并据此宣称所有蒙古征服的土地、或至少蒙古帝国的东半部因此是属于中国的领土。藏人行政中央又指责中国共产党「公然企图