2年间，葡萄牙航海家斐南·德·波（）在寻找通往印度的航路过程中发现了斐南多波岛，将其命名为“福尔摩沙”（）。安诺本岛是在10年后发现的，这也为葡西两国奠定对赤道几内亚的殖民前的交通概况基础。赤道几内亚的历史中葡萄牙和西班牙人的统治占绝大部分，留下不少壮烈历史。
原住民时期.
俾格米人时期.俾格米人是各个非洲部落族群中身高较矮的土着统称，在新石器时代后期，俾格米人就已经开始在赤道几内亚附近生存，并发展出好几个小聚落，但是到了990年左右之后，逐渐被较为强大的班图