该寺原有三件镇寺之宝。第一件为渗金多宝佛塔，于1621年铸造，一丈五尺高，佛塔周身用熔化后的金液渗透。该塔原为五层，周围有四百多尊佛像，各层塔尾均有小铃，民国二十五年（1936年）添建为六层。该塔原存长椿寺藏经阁内，后于中华人民共和国时期迁至海淀区万寿寺，其基座仍存藏经阁一层。第二件为孝定李太后“九莲菩萨”像以及崇祯帝之母孝纯刘太后御容像，其中“九莲菩萨”像遗失于清光绪年间，孝纯刘太后御容像遗失于文化大革命时期。第三件是明万历年间工部郎中、书法家米万钟所撰《敕建大祚长椿寺赐紫衣水斋禅师传》石碑一座，今存