中国国民党第六次全国代表大会特准列席代表。1946年6月举家迁回南京原宅普陀路四号寓所。第二次国共内战中，何遂经常联络刘晓、张执一、刘长胜等中共领导人，协助他们的工作，并掩护身为中共党员的子女和三儿媳缪希霞从事地下工作。1947年4月，何遂及儿子何康、吴石，中共中央华东局书记刘晓等人在上海锦江饭店见面，吴石正式加入中国共产党。8月，何遂患心冠动脉血栓病，住南京中央医院治疗。1947年底卖掉了南京市普陀路四号房产，举家迁移上海。1948年1月，何遂抱病返回福建参加行宪首届立法委员选举，高票当选为行宪国