2月入侵菲律宾。阿奎纳多再度出山，与日本合作，通过讲话、文章和广播唿吁麦克阿瑟领导的美军及菲军「为了不懂作战、天真无邪的菲律宾青年」投降。日本战败后，菲律宾国内清算叛徒，阿奎纳多以「通敌罪」被捕下狱，在审讯期间表明自己是被日本胁迫合作，因此在数月后被总统特赦释放。
菲律宾独立.于1946年7月4日，菲律宾独立。阿奎纳多晚年多爲发扬菲律宾民族主义和民主，以及改善菲美关系而活动。于1950年，阿奎纳多被总统埃尔皮迪奥·基里诺任命为国务会议成员。1953年，他获得菲律宾大学名誉法