二号机建造于第3支部。在联合国海军护卫下被运送到位于第三新东京市的NERV总部前，明日香显然和二号机在此接受过一段时间的训练。在新剧场版中，NERV第3支部更多地受到了欧盟和德国的监管和掌控，而不是联合国。
其他支部.在英国伦敦也有NERV机构。中国北京也有NERV支部，掌管MAGI的6号机。中国上海设有NERV的情报中心。
新剧场版中出现的基地.新剧场版中有若干旧版没有出现过的新基地。伯大尼基地（Bethany Base）位于俄罗斯共青团岛地