亲缘关系，而其他属则无法确定演化位置。一个最近的研究，使用最完整的资讯，不将玛君龙与印度的胜王龙、印度龙分类于同一演化支，而是与南美洲的食肉牛龙、肌肉龙、爆诞龙、奥卡龙、阿贝力龙、以及非洲的皱褶龙分类于同一演化支。这个研究使得阿贝力龙科可能分别在西冈瓦纳大陆与东冈瓦纳大陆形成个别的次演化支。需要更进一步的发现与研究才能协助了解阿贝力龙科与玛君龙的详细系统发生学。
发现与命名.在1896年，法国古生物学家Charles Depéret叙述了第一个来自于马达加斯加西北部的兽脚亚目化石