山城。城池全长5.3公里。西南的古隈本城及东北的千叶城被包括在内，称为出丸。
石垣.清正特别擅于建造石垣。熊本城的石垣大多修建成「武者返」的形状，起初坡度较平缓，到上部则近乎垂直。城池採用时的技术。防守集中在南方，以应付假想敌萨摩藩的入侵。在外的石垣，更为日本最长的。
天守.天守是连结式望楼型，大天守是3重6层及一层地库，称为「第一天守」。小天守是3重4层及一层地库，称为「第二天守」或「御上」，是城主夫人的居所。另外，城东北的清正建立的丰国庙迹（立田山中腹