最终被晋升为。作为报复，纳粹在被占领的捷克斯洛伐克囚禁了他的妻子和他的绝大多数家人。1945年雅努塞克返回了捷克斯洛伐克，发现他的妻子和许多亲属早已死在纳粹的监狱中。之后他又被捷克斯洛伐克空军体系中力量日渐增长的的捷共将领排除在核心外。捷克斯洛伐克1948年二月事件后捷共掌权，雅努塞克遭到有预谋的陷害，并被军事法庭判处18年监禁，剥夺他的军衔，学位和荣誉。1949年刑期被延长到了19年，1950年又被延长至无期徒刑，1955年又被减至44年，之后再获减刑，1960年他被总统特赦出狱。1968年布拉格之春