逐渐复苏，1472年，明朝福州设柔远驿，接待琉球国进贡船舶及其使者、商人。随着福州海外贸易的复苏，1474年，福建市舶司由泉州迁至福州，福州前往东南亚的移民也渐盛。嘉靖年间（16世纪中叶），福州府受倭寇困扰，周边县份多次被洗劫，福州城也四度被围攻。经过戚继光的讨伐，倭患渐渐消除。1624年底，艾儒略随叶向高来到福州，开始在榕传播天主教，并于1625年协助在宫巷建造了福州福州第一座天主教堂——三山堂。1645年，明唐王朱聿键在在南安伯郑芝龙、巡抚都御史张肯堂与礼部尚书黄道周等人拥护下，于福州称帝，改元隆武，改