归。甲申京师陷，马士英拥立福王，视孙晋爲东林党魁，迺仓皇奉母，避居浙江仙居，因自号馀菴，又曰遯翁。筑室龙眠山，率子弟读书其中。年六十八卒。刊有《东瓯》、《黄山》、《庐山》、《曹溪》、《南岳》诸集，居家事母汪太淑人以孝，教子若孙以严。子孙中麟、孙中彖，一爲顺治甲午举人，一爲顺治乙未进士。里人称爲孝节先生。