。基因研究表明他们和蒙古族以及维吾尔族、乌兹别克族血缘最接近。在巴基斯坦的哈扎拉人中有41.7％的 C3（蒙古起源），33.3％的R1b1b，Q1 和 O3 分别为 8.3％，R2 和 J2a分别为 4.1％。基本上可以确定 R2 和 J2a 为迁徙到阿富汗以后融入的部分，而 C3，Q1和 O3 来自东亚。R1b1b 则应当来自中亚，或者更加东面的地方，例如中国。
起源的理论.至少有三种哈扎拉人如何形成的理论：蒙古人的后裔、当地的中亚人、以及混血。这些说法都被学者和哈扎拉人自己普遍