文学科、哲学及医学上佔优，多数解剖学绘图均出自该校学生。华伦西亚大学是西班牙最早成立草本植物学的大学，不少医学毕业生享负盛名。Pedro Ximeno发现耳朵的第三块听小骨。他在Alcalá任职教授，名人Vallés是其学生。Luis Collado是植物学教授，他有许多重要发现，并持续深入研究累范特地区的植物。Vicente Alonzo Lorente撰写植物学着作，而着名植物学家Cavanilles也是该校校友。17世纪，华伦西亚大学分裂为支持和反对托马斯神学（即哲学学说）两派。整个华伦西亚王国议