萧方骏居士之女，亦信佛教）结婚。未几七七事变，抗战开始，黄念祖携妻转赴后方工作，侨寓重庆。此期间，他曾皈依禅宗大德虚云老和尚，又皈依西藏红教诺那上师的嫡传弟子——莲花正觉王家齐上师、白教大德贡噶唿图克图学习密宗。于1959年受王上师所传莲华精舍金刚阿阇黎位。1945年，抗战胜利。翌年，黄念祖由后方回到北京，任北京广播电台台长。是时，佛教大德夏莲居老居士在北京宣扬净土法门。黄念祖以舅父梅光羲居士函介，成为夏老入室弟子，自此随侍老居士二十年。夏老有感于《无量寿经》译本五种相差甚大，而之前会集本，有率自增