政府，建国党提出反驳称建国党才是该护照的真正发行单位。为此，皆为台独运动活跃机构的该两单位，曾发生言语纠纷。
其他.台北市「台湾e店」另有贩售由511台湾正名联盟所发行的《台湾护照》封套，其样式与上图相同，以便持有人套用于《中华民国护照》上。2012年12月，民进党为反制中国新版电子护照纳入台湾景点的行为，也发行了写有「TAIWAN is my country」（台湾是我的国家）的台湾护照贴纸。2015年7月，台中默契咖啡老板陈致豪设计一款台湾国护照贴纸，让追求独立建国的台