号曰慈圣皇太后。本来旧时的制度，天子立，尊皇后为皇太后，如果先皇后不是新任皇帝的生母，则同时尊生母为太后，而给先皇后加上徽号以示区别。而在这时，太监冯保欲讨李皇贵妃欢心，跟大学士张居正说起并尊，张居正上议，尊陈皇后为仁圣皇太后，李皇贵妃为慈圣皇太后，从此嫡庶无区别矣，这时李太后才二十八岁。陈太后住在慈庆宫，李太后则住在慈宁宫。张居正又请李太后视皇帝起居，因而太后徙居干清宫。由于神宗即位时年纪尚幼，由母亲李太后代为处理朝政，而李太后是少有的精明强干的女人，有识人之明，并没有野心和权欲，万历初期，重用张居正