3年9月，筹备处代行全国经济委员会秘书处职权。1933年（民国22年）9月，他任黄河水灾救済委员会常务委员。1933年11月任全国经济委员会秘书长，1933年12月兼任财政部常务次长。1935年（民国24年）起，兼任交通部邮政储金汇业总局监察委员、全国经济委员会合作事业委员会常务委员、中国纺织股份有限公司董事长。抗日战争爆发后的1938年（民国27年）1月，随着政府机关精简，实业部同农矿部合并成立新的经济部，秦汾任经济部政务次长，负责确定战时体制下的经济政策。1941年（民国30年）9月，他任行政院水利