重打击，几乎全军覆没，残部撤退到仙台。大鸟部在仙台与榎本武扬部会合，一同渡海前往虾夷地，大鸟随后在虾夷共和国任步兵奉行。箱馆战争期间大鸟率军且战且退，但新政府军紧追不放，连番战斗后，明治2年（1869年）5月18日大鸟率部于五稜郭投降，大鸟本人则被押送至东京，关入军务局纠问所（）的监牢。
明治政府时期.明治5年（1872年）1月8日，大鸟获特赦出狱，随即在新政府任职，历任左院少议官、开拓使五等等职位，并曾兼任大蔵小丞等职；又出访各国，考察欧美国家的垦荒、开发用的机械，以及参加与各国