汇线邻近世界贸易中心，列车运行可能导致混凝土块移位，该线的列车服务也受到影响。位于教堂街下方的百老汇线科特兰街车站在大楼倒塌后严重受损，并一直到2002年9月15日废墟清理完毕、结构重建完成、修复被水淹的道床后才重新开放。自2001年9月17日起，N线和R线暂停运行，并由M线（该线也临时经蒙塔格街隧道、BMT第四大道线和BMT海滩线延伸至康尼岛-斯提威尔大道车站）和J线（该线也临时经第四大道延伸至湾嵴区-95街车站）代替。而在皇后区，Q线临时代替R线，W线临时代替N线。BMT百老汇线的所有列车服务除Q线外均