2006年A3冠军杯（A3 Champions Cup 2006）是第四届A3冠军杯，在2006年8月2日至8日于日本东京市举行。再次以东京国立竞技场为主场馆，在大坂飞脚对蔚山现代那场比赛中创造了这项杯赛史上单场最大分差0–6，然而这次不同的是由首次参赛的蔚山现代夺得冠军，延续了韩国球队在过去两届赛事中成绩。
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