东部地区的拉锯战中遭到了严重的破坏，社会经济急剧衰落，最终皇室不得不放弃国家，东迁甘肃以自保。随着中亚的蒙古人皈依伊斯兰教后带来的狂热宗教热忱，作为该地区原有的佛教突厥文化载体的回鹘字母突厥语文献被大量的抛弃和破坏，佛教壁画和寺庙建筑也被损毁。尽管后来帖木儿时期，回鹘字母一度被升格为拼写官方语言的文字，但随着帖木儿帝国的衰落，回鹘字母在中亚最后的余辉也渐渐消逝了。至16世纪东察合台汗国统一吐鲁番及哈密地区后，在这一地区内，回鹘文也成了无人认识的死文字。只有东迁甘肃的回鹘人后裔裕固族仍然继续使用回鹘字母，