)(官能团)转移酶」的格式来命名。但是，亦有一些其他格式而普遍的名称：「(受体)(官能团)转移酶」或「(供体)(官能团)转移酶」，例如DNA甲基转移酶就是一种能催化甲基转移至脱氧核糖核酸（DNA）受体的转移酶。
分类.转移酶在EC编号中分类为EC2，并再细分为9个子类：