唯一的总教区；辖区仍为中部与关东地方，成立初期的教区主教则主要由巴黎外方传教会会士担任。在1912年与1922年，东京总教区分别划出新潟监牧区（今新潟教区）和名古屋监牧区（今名古屋教区）。同样在1912年，东京总教区的教座从筑地教会迁至东京市（今东京都文京区）的关口教会，即今之圣玛利亚座堂。1937年，东京总教区再划出神奈川等8县为横滨教区，并开始由日本籍神职人员掌理教务，此后便维持现今的管辖范围至今。
堂区.为了因应未来可能的堂区整编，东京总教区自2003年的复活节起，以3至4个