明暗的矩阵来标示元素的方法已经有超过一世纪的历史了。
历史.热图源自于展示数据的平面图像，较大的数字以小的深灰色、黑色方格呈现，而较小的数字则以较亮的方格标示。如Toussaint Loua在1873年就曾使用这样的手法来绘制对巴黎各区的社会学统计。彼得·斯伊斯在1957年时进行群集分析时也透过置换矩阵的行和列的方法将更相似的值标示在一起。雅克·贝尔坦也曾用过类似的方法标示出累积量表的资料。而将阶层式分群法加入到矩阵中的概念则是由罗伯特·F·林于1973年创造，他利用多次印刷堆叠出