863年），宝鋆上奏弹劾寿庄公主府首领太监张玉苍出言无忌，张玉苍最终被依法处置。同治三年（1864年），慈禧、慈安两宫皇太后命大臣轮班进讲《治平宝鑑》，宝鋆参与其中。清军攻克天京后，宝鋆因辅佐之功，加太子少保，受赐花翎。同治四年（1865年），受命佩带内务府印钥。随后以中枢事务繁多，请求解除内务府大臣职务，两宫皇太后批准。自清政府设立总理各国事务衙门后，开始设置同文馆，学习西学，招来非议。同治六年（1867年），都察院代奏职员杨廷熙上书请求裁撤同文馆，奏疏称恭亲王奕䜣及宝鋆等等人专擅挟持，于是宝鋆同恭亲