铸许真君像于宫内。正德六年（1511年），明武宗赐金以修葺宫殿。嘉靖二十五年（1546年），明世宗赐名「妙计万寿宫」。此前皇帝曾赐名今西山万寿宫为「玉隆万寿宫」，由此南昌、西山二宫成为今世诸多万寿宫的祖庭。万历二十八年（1600年），万寿宫毁而复建，张位为之作记。据其《重修万寿宫记》记载，重建工程于1600年12月开工，真君殿依原有规模率先复建，其后前门、二门、诸仙殿、两廊、铁柱池、钟鼓楼依次建成。接着神像、壁画被装饰于宫内。竣工后还继续修建玉皇阁，然后由前街门外至四周修建围墻，围墻左右各开一瓮门，瓮门