由于于斌的反共立场，他和胡适等四人被共产党列为文化战犯。于斌爱国，他身为天主教主教反对的是无神论。国共内战结束前，于斌遵照梵蒂冈的命令，离开南京前往美国，在纽约成立中美联谊会，这段期间帮助数千留学生至欧美留学拿到天主教大学奖学金，为国储材。1954年到了台湾短期停留，开国民大会。1959年，教宗若望二十三世委托于斌在台北进行辅仁大学的在台复校工作，他于世界各地奔波筹款建立了辅大，而教宗任命他为首任校长。次年，在台北县新庄镇（今新北市新庄区）兴建校舍，宣布辅仁大学正式复校。于斌将辅大校训由原本“以文会友，