几乎没有设立据点，但有时会用一种称为短宣的形式实施零星的乡村传教活动，通常效果不佳。1950年的美援政策让一些教会从事发面粉的社会工作，因此被讥为面粉教，此时盛行将面粉袋加工成内裤使用，至今仍然可以找到印有中美合作的加工内裤。1945年，台湾进入战后中华民国统治，台湾的日籍神职人员被全部遣返，台湾天主教会的教务改由华籍神父主导，但监牧再由道明会会士担任。1949年，中华民国政府播迁台湾之后，由于中共新建立的共产党政权为无神论治国，有不少本国及外国籍的天主教徒及神职人员离开中国大陆，其中的大部分来到台湾。