地下4楼，与副都心线剪票口同层）设有连络通道，可站内转乘。较接近地面的千代田线站区位于明治通和JR原宿站之间的表参道地下。千代田线的月台位于地下3楼，採岛式月台1面2线设计。早上繁忙时间千代田线有部分班次以本站为终点站，乘客下车后列车将会驶入位于代代木公园地下的留置线。列车离开留置线时会驶到代代木上原站开出，故没有以本站为起点的班次。较深的副都心线位于明治通地下及千代田线站区下方。剪票口及与千代田线的换乘通道位于地下4楼，而月台则位于地下5楼，同样採岛式月台1面2线设计。与新宿三丁目站及涩谷站一样，