宣布政使司制，下设府（州）、散州（县）。凤阳县成为明帝国都城，称“中都”。不久后中都营造中止，滁州市境内直属京师（南京）管辖，设滁州（辖州城、来安县、全椒县）、凤阳府（辖凤阳县、临淮县、定远县、盱眙县、天长县）。清立省制，下设袭明置。滁州市全境初属江南省，后江南省拆为安徽、江苏两省。滁州（辖州城、来安县、全椒县）、凤阳府（辖凤阳县、定远县）、泗州（辖盱眙县、天长县）均属安徽省。
近现代.民国初年，全国废府州厅改县，立省县制。滁州改为滁县，初期属安徽省淮泗道，1932年到1936