年6月，麦赫利斯重新担任总政治部主任，副国防人民委员，曾在西方面军与司令员铁木辛哥产生矛盾。1942年他作为最高统帅部大本营代表派往克里米亚前线，不久和方面军司令员德米特里·科兹洛夫产生矛盾，并利用权力撤换了一批干部，比如时任方面军参谋长的费奥多尔·伊万诺维奇·托尔布欣，这种内部矛盾造成了指挥系统混乱。1942年5月8日，在曼施坦因即将发动进攻之前，麦赫利斯还给斯大林打电话抱怨科兹洛夫，斯大林则打电报给麦赫利斯，批评他的消极态度。刻赤战役失败后，麦赫利斯和科兹洛夫均因未能组织好克里米亚前线的防御被撤职降级。