僧正发愿兴建一座大寺院，并捐献土地准备开始建造宽永寺。宽永2年（1625年），第3代将军德川家光在现在的东京国立博物馆的原址兴建了僧侣的住所。因为京都有比叡山镇守，为了与比叡山相对，所以宽永寺山号取为东叡山。天海于宽永20年（1643年）去世后，弟子公海继任宽永寺的住持，而他的继承者则是后水尾天皇第3皇子守澄法亲王（1654年开始担任住持）。从此，宽永寺的住持都是由天皇的儿子或姪子来担任，因此宽永寺也被尊称为「轮王寺宫」。元禄11年（1698年），在第5代将军德川纲吉的时候，相当于现在的上野公园大喷