正确的状况和时期并不清楚，但由寺内出土的瓦片年代，可推测是长冈京建立前，奈良时代所创建。延历3年（784年），桓武天皇建造长冈京时，作为都市地镇（真言宗筑坛前的供养地）而大规模地增建。并且，此处据说是藤原种继暗杀事件的首谋嫌疑者早良亲王被监禁的场所，空海也曾居住此地。尽管在长冈京废都，但室町时代拥有大规模寺庙建筑，存有超过10个僧院。（事实上，隔邻的长冈京市立长冈第三小学大部分在建设学校前乃寺庙的建筑地。）虽然现在是有名的牡丹之寺，但在种植牡丹花前，往年都是略为寂寥的寺庙。现在，由丰山派总本山的长谷