中央总书记江泽民等党和国家领导人参观了该馆，江泽民批示建设该馆二期工程。1997年5月，该馆二期工程竣工，江泽民题词“高举爱国主义旗帜，以史育人；弘扬中华民族精神，振兴祖国”。1999年12月31日，“抗战馆隶属关系转变交接会议”在该馆举行，该馆由丰台区转隶中共北京市委宣传部直属管理。2005年初，中央决定“中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利60周年”大型主题展览活动在该馆举行，中央决定在该馆举办《伟大胜利——纪念中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利60周年大型主题展览》，该馆进行了基础设施改