科大校园设计竞赛，其中香港着名建筑师严迅奇亦有提交设计方案。2009年，深圳市政府聘任中国科学院院士朱清时教授为南方科技大学首任校长，任期5年。同时朱清时计划参照香港科技大学及加州理工学院的办学和发展模式规划南科大。同年，南开大学深圳金融工程学院因南开大学与深圳市政府理念不合而终止合作并撤销，校址和2006年投用的校舍移交给南方科技大学筹备办公室，作为南方科技大学启动校区。2010年，12月，中华人民共和国教育部正式批准南方科技大学筹建。同时，南方科技大学在没有获得教育部招生许可的情况下宣布将避开高