系，病原菌的鉴定，生理和生态特性、疾病的病因、疾病的周期、寄生性、致病性、、病害防治、病害系统遗传学、和植物病害管理等等的研究。
植物病原体.
真菌.植物病原真菌的大多数属于子囊菌纲和担子菌纲真菌的有性生殖和无性生殖都是经由生产孢子和其它结构的繁殖。显着植物病原真菌包括：
类似真菌的生物.
卵菌纲.卵菌纲不是真正的真菌，而是类似真菌的生物。它们包括一些最具破坏性的植物病原体，包括属，其中包括马铃薯晚疫病