西上里的中坛一带自阿缑厅划入蕃薯藔厅。1906年2月，山杉林支厅迁至阿里关庄甲仙埔，并改称为「阿里关支厅」。1907年12月，关支厅的沟坪区划入蕃薯藔厅直辖。明治42年（1909年）10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，蕃薯藔厅废止，与恆春厅併入阿缑厅，原范围分划为甲仙埔、六龟里、蕃薯藔等三支厅。1920年10月，原蕃薯藔厅管辖的地区被划分为旗山郡（旗山街、美浓街、甲仙庄、杉林庄、内门庄、田寮庄）、屏东郡六龟庄与台南州新化郡南化庄部分；1932年，六龟庄划入旗山郡，田寮庄则划出予冈山郡。S