各旗则由当地的世袭札萨克管理，处于半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，并对各旗札萨克进行监管。在中央，则由理藩院统管蒙古事务。外藩蒙古又按其归附清朝的先后分为内札萨克蒙古与外札萨克蒙古。内札萨克蒙古即内蒙古，于天命至康熙初年陆续归附清朝，并随清军征伐各地，“多从龙功臣”，不但政治地位较高，还保留了一定的兵权。康熙中期以后归附的各部称为外札萨克，虽然也享有较高的封爵，但其兵权统归当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。外札萨克蒙古中的喀尔喀四部后来成为外蒙古。