最初两轮对阵菲尔特以及斯图加特的比赛中打进3球。及后，他在对阵美因茨05的比赛中又打进2个进球。曼祖基奇的出色表现令他最终在首个效力拜仁的德甲赛季便成为俱乐部最佳射手。他总共在联赛上阵24场并打进15球，帮助拜仁重夺失落已久的德甲冠军。他也在自己首个欧洲冠军联赛有好的表现，在16强对阵阿森纳的比赛中打进一球。其后，在作客都灵对阵尤文图斯的半准决赛中再打进一球。同年5月24日，拜仁在该年的欧冠盃决赛对阵多蒙特。曼祖基奇打进比赛中的第一个进球，他在下半场60分钟先开纪录令拜仁以1:0领先，加上洛宾在完场前一分钟