灵谷寺、毗卢寺等，南京的金陵刻经处是汉文木刻佛经的出版中心。2008年，在明代大报恩寺遗址发现了供奉“佛顶真骨”的七宝阿育王塔。明朝初年，南京回族甚多，伊斯兰教盛行，信徒（穆斯林）人口曾达到10万人，占全市人口近十分之一，后来南京一直是东南沿海各省中回族最为集中的城市。目前南京的回族居民约有8万人，占江苏省回族人口的一半左右，南京的穆斯林大多属于格底目派。南京最重要的清真寺是净觉寺。南京是基督新教在中国的全国性中心之一，有20多座教堂和50处聚会场所，有金陵神学院和江苏圣经专科学校两所神学学校，基督