该公司成立之前已加入其前身「九广铁路局」工作，基于他们的工作习惯，令该公司的公司文化一直被外界所诟病，并认为是不合时宜。 在营运层面方面，部份东铁的月台长会把电气化火车称之为「客车」（直至两铁合併后仍有出现），但「客车」一词是指东铁未实施电气化时以柴油机车牵引的载客车卡，而现时的习惯会称之为「列车」，令乘客似懂但又不懂的。 在管理层方面，一些中层管理人员只准下属只可按上级的意愿来工作，并不喜欢其下属自发地做一些原有工作范围以外的工作，即使下属多做一点点也要责备。结果令到一线员工有一个「少做少错，不做