在该寺留下了诗文。比如李东阳《西涯杂咏十二首》中有《慈恩寺》、《候马北安门外，《游慈恩寺后园有感》、《九日游慈恩寺叠前韵》、《再游慈恩寺留僧画卷》、《慈恩寺偶成》、《重经慈恩寺忆张沧题僧故庐》。明朝书画家王庞作《嘉靖九年春进京赴试游什刹海作海印寺阁眺》，嘉靖朝南京三部尚书湛若水作《海印寺镜光阁登高》二首，正德朝复古派前七子之一何景明作《慈恩寺》一首。这些诗歌说明，大慈恩寺废弃后，该寺部分建筑仍存在，并成为嘉靖、正德两朝文人墨客的游览之所。嘉靖二十九年（1550年），外藩逼近北京，北京城外的难民涌入城内避