凝胶电泳分离的蛋白质：SDS-PAGE，，亲和层析，强/弱离子交换，同位素编码蛋白标记（ICPL）和双向电泳。 是MALDI-TOF质谱仪最流行的分析应用。 MALDI TOF / TOF质谱仪用于揭示肽的氨基酸序列，使用源后衰变或高能（进一步使用参见质谱法）。
有机化学.一些合成大分子，例如索烃和轮烷，树状物和超支化聚合物，以及其他组件，具有延伸到数千或数万的分子量，其中大多数电离技术难以产生分子离子。 MALDI是一种简单快速的分析方法，可以让化学家快速分析这些合成的结果并验证