线修改为一条长20.4公里、设15站，採全高架化形式分三期兴建的捷运路线，并在其后委託国际亚新工程顾问公司办理后续研究，然而在2002年10月1日行政院核复称「本案路线应优先考量高铁台南站与台铁车站间最佳之衔接路线」后，交通部依此指示随即将推动重心转往台湾铁路沙崙线的兴建，不再主导台南捷运，而原先计画的大众捷运系统也暂缓推动。在交通部不再主导台南都会区大众捷运系统推动的情况下，台南县政府与台南市政府考量沙崙线的兴建对台南都会区带来的大众运输功能仍然不足，都市核心区域仍迫切需要大众捷运系统，相继于2003