赵用贤等弹劾，指责王钖爵谀帝邀宠，王钖爵无奈，自劾请辞，不久赵南星被放归，廷臣皆以为钖爵所为，朝中非议众多，钖爵愤而称病请去，“帝不欲其去，为出内帑钱建醮祈愈”。万历二十二年（1594年）五月，连上八疏，终得辞退。万历三十五年，内阁需要阁臣。帝既用于慎行、叶向高、李廷机，还怀念锡爵，加赠太子太保，改吏部尚书、建极殿大学士。遣官召之，钖爵再三辞退，帝不允，赐额「大学士第」。当其时朝廷上言官方厉锋气，抨击辅臣，钖爵进密揭力诋，中有「上于章奏一概留中，特鄙夷之如禽鸟之音」，言官哗然，交章弹劾，于是钖爵阖门养重