圣士提反书院的日军，对书院内的伤兵及医务人员进行大屠杀。当时书院内有逾百名伤者、多名海外留学生、护士及教职员。日军闯书院大楼后，大肆杀害伤兵、护士及教职员，包括时任中文部主任谭长萱，他当时为保护学生选择留守书院，最终亦壮烈牺牲，圣士提反书院大屠杀成为香港保卫战期间最血腥的一宗屠杀事件。在香港保卫战期间，学校两位外籍员工靳约翰及翟阿瑟都参加了香港义勇防卫军对抗日军，翟阿瑟约于1941年12月19日的港岛战事中被杀，遗体大概被埋于毕架山某处。靳约翰先生则被俘为囚，于1944年1月4日死于深水埗集中营，二人现