大师和吉藩在清风峡寺旧址重建大雄宝殿、观音阁、万法堂、藏经楼等，明神宗赐名为“万寿寺”。 明末四大高僧之一的憨山德清曾来麓山寺传经布道。 明思宗崇祯十六年（1643年），麓山寺再度被在后金铁骑的战火中毁坏。 
清朝.清朝顺治十五年（1658年），朝廷重修麓山寺。先后在智檀、文惺主持下，进行过几次大修。清朝出了智檀、文惺、弥嵩、天放、笠云五大诗僧。 
中华民国大陆时期.民国初年复名“古麓山寺”；抗日战争时期，弥勒殿、大雄宝殿、禅堂和斋堂等大部分建筑被