随着权利在这些党派的更迭，随之而来的是血腥的清剿和相互不断的报复。1589年的己丑狱事就是其中一例。东人党的郑汝立有个抗击倭寇的组织，成员们进行军事训练。这个组织宣扬没有阶级的社会，因此其性质和目的受到人们的质疑。西人党的首领郑澈负责调查此事。郑澈指控郑汝立密谋造反，并借此事清剿与郑汝立团体有任何牵连的东人党。最终有千名东人党被处死或流放。壬辰倭乱时期，当时掌握日本政权的丰臣秀吉蓄谋以朝鲜半岛为踏板攻打中国明朝。1592年和1597年，丰臣秀吉带领装备有葡萄牙火枪鸟铳的军队入侵朝鲜半岛。朝鲜王朝节节溃败，