伍不断扩大，很快控制朝鲜南方三道，并最终攻下全罗道首府全州。此后，农民起义在朝鲜全国范围内形成规模。朝鲜封建统治者一方面向清政府请求援兵，一方面与农民起义军议和。双方最终签署《全州和约》，停火撤军，并设立执纲所改革弊政。第二次起义主要是反侵略的斗争。清朝援兵到达朝鲜后，蓄谋已久的日本借机以保护使馆和侨民安全为由向朝鲜增兵，最终导致中日甲午战争的爆发。为抵御日本侵略，全琫准带领农民军北上再次起义。由于武器装备落后，缺乏正规军事训练，农民起义军在忠清道公州的战役中失利，此后一蹶不振。全琫准后因叛徒出卖被捕，