间，曾发出迁海令，迁徙岛屿上的人民至大陆生活，岛民苦不堪言。1540年（嘉靖十九年），许栋、李光头、王直等人以双屿作基地，和葡萄牙、日本等国籍商旅贸易，发展成一个国际贸易中心。1548年，右副都御使朱纨出任浙江巡抚期间，指令福建都指挥金事卢镗、海道副使魏一恭等明军将士进攻双屿。战争期间，王直等人只能逃遁。朱纨命人聚木石筑塞双屿港口，海上贸易停顿，从此一蹶不振。
南明时期.1649年（清顺治六年），南明鲁王朱以海退驻舟山，民众随之逃跑至六横，人口大增。
清朝时