十九年（1960年）因台糖推行「工场十年更新计画」，三崁店糖厂遂更新锅炉与马达，压榨能力再提高到1750公吨，民国五十六年（1967年）增添设备后变为1800公吨。此外因糖厂地势低漥，雨季时易淹水，一度有存废争议，民国五十二年（1963年）在糖厂附近的盐水溪建了提防后水患威胁性降低，遂继续生产。民国七十九年（1990年）11月1日，制糖工厂停闭，业务併入善化糖厂，于民国八十二年（1993年）3月正式裁撤。
原料区与自营农场.二次大战后初期，三崁店糖厂有三崁店、永康、大湾、新市、