工程分为两期，第1期预计于2021年竣工，于该阶段，启德医院将设800张病牀、肿瘤科中心，并提供住院及日间手术服务。至第2期（规划于2015年进行）完成时，启德医院将有共2,400张病牀（每层提供200张病牀，其中300张属于日间服务，主要为黄大仙区、九龙城区和观塘区居民服务），并会提供急症服务；届时，启德医院将会成为香港最大型的急症医院。医管局最新文件显示，启德医院由两大工地组成，分别佔地31800平方米及21700平方米，合共佔地53500平方米，与香港儿童医院相对，设5座大楼，分别提供急症、肿瘤科