6年任北京大学文学院院长；1948年当选中央研究院第一届院士；1949年1月被推选为北京大学校务委员会主席（校长）；1955年当选中国科学院哲学社会科学部学部委员（院士）。1951年10月后担任北京大学副校长，直至1964年病逝。1948年12月，蒋中正下令派飞机到北平抢救大陆学人，汤用彤在抢救名单上，但是他没有选择搭机南下；胡适离开后曾写信劝其南下，并派人送来两张机票，汤用彤依然不为所动。汤用彤的儿子汤一介表示：汤用彤的学术成就主要是在1949年以前取得的，之后就没有写出过像样的学术着作，只偶尔写一些