三代林甲寅从原先大里杙（今大里区）移居阿罩雾（雾峰），重新展开经营。其后代以林奠国、林定邦为中心分为两支，林奠国后代被称为「顶厝」，林定邦后代则为「下厝」。林家发展初期主要由下厝系发挥其影响力，家族以军功发迹；后期则顶厝系抬头，以艺文、社会运动知名。1853年，小刀会起事，部分成员于1854年转而来台，滋扰北台湾沿海，并趁势攻佔鸡笼（今基隆市）。北路协副将曾玉明征召林文察助战。林文察选择与客家人和解，并与义民军合作共同抵御。同治元年（1862），台湾亦爆发戴潮春之乱，此乃继朱一贵、林爽文