抗雷达部、装备部、通信部、军训部、军务部、炮兵部、装甲兵部、工程兵部、防化部、动员部、政治部、警卫局、机要局、测绘局、外事局、管理局等20个部局，达到历史上二级部局最多的时期。1987年11月，杨得志辞去中国人民解放军总参谋长一职，而由济南军区政委迟浩田调任中央军委委员、中国人民解放军总参谋长。1992年1月，迟浩田接替秦基伟出任国务委员兼国防部长，而总参谋长一职由济南军区司令员张万年出任；此外，副总参谋长何其宗调离，李景调、曹刚川调任副总参谋长。1995年9月，中央军委委员兼总后勤部部长傅全有调任总参