制和军府制，实行与内地相同的郡县制。
收复新疆.
阿古柏入侵.喀什噶尔的思的克、金相印因无力攻克清军驻守的喀什噶尔汉城（今疏勒县），于1864年底派人邀请流亡浩罕汗国的白山派和卓后裔入境。浩罕执政者随即派阿古柏领兵携波罗尼都曾孙布素鲁克入侵新疆。1865年9月至1870年间，阿古柏率领浩罕乌兹别克族军队相继攻占了喀什噶尔汉城、叶尔羌、和阗、阿克苏、库车、库尔勒等地，将天山南路各地的暴动首领全部消灭，最后控制了迪化，宣布建立哲德沙尔汗国。至清军由甘肃进剿时，阿古