中表现不同数量的红色，绿色和蓝色荧光蛋白，所谓的“”突变小鼠可以对神经元中许多不同颜色进行组合可视化。这可以标记具有足够独特颜色的神经元，从而通常可以通过荧光显微镜将它们与邻居区分开来，从而使研究人员能够绘制神经元之间的局部连接或相互排列（平铺）。光遗传学使用由转殖基因组成并具备位点特异性表达的关闭标记（通常在小鼠中），可以通过光束照射选择性活化。这使研究人员能够以识别度非常高的方式研究神经系统中的轴突连接。
非侵入性脑成像.磁共振成像已广泛用于非侵入性地研究健康人类受试者的脑