森铁道线目时～八户的区间与岩手银河铁道线（）全线均採用直通运行的运行方式，互相可驶入对方的路线联营。青森铁道每日平均发车103班（包含18班快速列车），除了与IGR岩手银河铁道互相直通运行的班次外，也有部分车班会与JR东日本所属的路线直通，包括5往复的大凑线直通班次。之前也曾出现与八户线和奥羽本线直通运行的班次，唯已悉数取消。除此之外，JR货物的货物列车、JR东日本直通大凑线的下北号列车、临时观光列车下北编组（）仍使用青森铁道所拥有的在来线路轨营运。而过去由JR东日本与JR北海道联营的北斗星号和仙后座号