9.2.1更新中修正了此问题，不过仍引发部分用户不满。
日期设定异常问题.2016年2月，一个重大漏洞被发现，由于装置处理UNIX时间不当，只要用户手动将装置日期设置为1970年5月前，即会导致崩溃。此问题仅发生于搭载64位元处理器，即苹果A7以上处理器的装置。苹果在随后的iOS 9.3更新中，将时间禁止调整到2000年以前，解决此问题。
iPad Pro砖化问题.iOS 9.3.2更新发布后，部分用户回报其iPad Pro无故当机甚至变砖，并在iTune