大规模改建凑城。这次改建使用的材料、费用和日数等等均有详细记载，与全新兴建相比，几乎没有分别。按江户时代中期的资料记载，记录了凑城的遗址和城门的位置，并且描述城池是建有双重护城河的平城。庆长6年（1601年），城池改建完成，实季却在翌年被移封至常陆，而佐竹氏的佐竹义宣则转封至秋田，成为久保田藩首任藩主。然而，由于佐竹氏原本是领有54万石的大名，是安东氏的约10倍，因此凑城对于佐竹氏来说太过细小，能够扩建的部分亦不多。最终义宣在庆长9年（1604年），移师至于久保田神明山新建的久保田城，并且废弃凑城。元和6年