朝军队激战了八个月以后，荷兰人和明朝政府达成协议，同意把设置于澎湖的要塞和砲台毁坏，而于1624年转移至台湾岛，中国则不干涉荷兰对台湾的佔领。荷兰东印度公司转进至不受明朝政府管辖的福尔摩沙大员（今台南市安平区），设立贸易据点，建立台湾史上第一个近代早期（）式的统治政权（但并非第一个政权，因为在今日台中市及其附近，当时已有台湾原住民所建立的大肚王国，为一部落联盟式的政权，及准封建式的玛家王国和大龟文王国，设有世袭王位）。明帝国对于荷兰人佔领台湾并无异议，因为台湾并非其领土。根据中央研究院院士杜正胜