《中华民国九十一年国防报告书》，因为编撰期间发生了911事件，特别加入了国军危机处理机制与推动区域安全合作。2004年12月的《中华民国九十三年国防报告书》，内容着重于国际安全局势，与中共对台湾的军事安全威胁，及可能攻台的行动，并于此版开始，配合中华民国政府规定公文于2005年后需改为横式书写，改为西式编排。2006年8月的《中华民国九十五年国防报告书》，以「国防转型」为主轴，架构为「迎接挑战」、「革新转型」和「全民国防」，採聚焦式叙述，与之前各版的概略式叙述不同。该版也是首度同步公佈在网路上的版本