在平安及鎌仓时代是流放地，后鸟羽上皇、后醍醐天皇都曾被流放隐岐。室町时代时，京极氏曾担任出云、隐岐守护，大内氏曾出任石见守护。但在经历战乱之后，以富田城为据点的尼子氏最终控制了岛根的大部分地区，成为中国地方的一大势力。然而尼子氏在达到巅峰后很快就被毛利氏攻灭。关原之战后，堀尾吉晴被封为出云、隐岐两国的太守。他兴建松江城并以此为统治据点，此后松江成为岛根的中心城市。1638年（宽永15年），德川家康之孙被封为松江藩主。此后直到幕末，松平家都是松江藩的藩主，松江藩也因此成为亲藩。隐岐虽然是天领（幕府直辖地）