1628年）起复，任兵部右侍郎，次年进为左侍郎，迁南京刑部尚书，崇祯四年（1631年）任兵部尚书，次年清军入关劫掠，巡抚沈棨与中官王坤私自与清军议和，被给事中孙三杰弹劾，明思宗将其解职，不久以兵部尚书衔致仕。致仕多年后又被人推荐起复为南京兵部尚书，改任工部尚书。后因病归家，明亡后隐居不仕。熊明遇在万历年间已与耶稣会人士庞迪我（Didacus de Pantoja, 1571-1618）、阳玛诺（Emmanuel Diaz, 1574-1659）、毕方济接触，并与徐光启往来。对于西方科学有颇爲深入的了解。