认证是由FLO-CERT负责，该组织是2004年从FLO International独立出来的单位。FLO-CERT确保生产者符合FLO International的所制定的公平贸易标准，而且生产者从公平贸易认证所得到的利益要确实投资在发展上。FLO-CERT是由72个独立的稽核人员所组成网络来运作，他们例行性的拜访所有的生产组织，并回报给FLO-CERT。授证的权力归于认证委员会，该委员会由多方的关系人所组成，包含：生产者、贸易商、各国的标签倡议者，以及专家学者。另有一个申诉委员会，负责处理所有的申诉