洛和蒂托·奥凯洛推翻，但全国抵抗军的武装斗争未因此停止。尽管同年全国抵抗军曾和政变后的新政府谈判并短暂达成停火和平协议，史称《》，但协议签署后不久枪声便再次响起。1986年，全国抵抗军以一万四千人的兵力，其中包含五百名卢旺达人，成功拿下乌干达的首都坎帕拉，并组成新政府。穆塞韦尼就任总统后，卡加梅与鲁维吉耶马皆受任命在军中担任要职，其中卡加梅担任军事情报部门的首长。除自身职务外，卡加梅和鲁维吉耶马亦利用自己手中的职权暗中将卢旺达难民出身的军人提拔至关键职位，并于军中建立一套隐密的人际网络，以备在时机成熟时