可惜，好景不常，来自欧洲的水手，水兵和传教士之间的意见不合、目的不同，又加上16世纪末叶，日本德川幕府诸将军极欲统一日本，对不服从中央的诸侯大加讨伐，那些倾向或选择天主教的诸侯和他们的臣民更是幕府将军征讨的对象，何况天主教在日本的发展已经引起佛教和神道教的不满与反对。就这样，日本天主教的教难成了预料中的事。1597年二十六位传教士和教友在长崎致命；其余的迫害事件，或大或小也接踵而来，传教士和教友受到的酷刑虐待令人发指。1637年，教友人数很多的有马（Arima）一带，居民因为国君的横征暴敛，