大镇压中，蒙古人民共和国数以百计的佛教寺院被摧毁，上万名喇嘛被处决。额尔德尼召仅有三座较小的殿堂以及带有白色佛塔的外墙被保留下来。1947年，额尔德尼召被改为博物馆。据说，在斯大林的压力下，这部分建筑幸免于难。有研究者称，斯大林的压力与美国副总统亨利·阿加德·华莱士的代表于1944年对蒙古人民共和国的访问有关。此后，额尔德尼召作为博物馆而存在。当时蒙古人民共和国唯一开展宗教活动的寺院便是乌兰巴托的甘丹寺。1990年共产主义在蒙古结束后，额尔德尼召被还给了喇嘛们，从而重新成为一座开展宗教活动的场所。如今，