弹劾。万历三十四年（1606年），遂以愈七十高龄托病辞官。隔年归乡，杜门不出十年之久，整日埋头诗书着述，万历四十五年（1617年）于八十七（满八十五）岁去世，赐太傅，谥文恭。
事迹.
朝鲜之役.沈一贯是万历朝鲜之役中方幕后主要策划者之一，力主出师抗日保卫藩国朝鲜。万历二十一年（1593年），日本派遣使者与明廷谈判多次，力求与明朝通贡、互市，并明言要求解禁宁波港。沈一贯特上疏力止，认为日本的要求与明廷海防政策不符，实为松懈海防，让倭寇有可乘之机，是国家大患。