但劳退准备金缺口问题自2015年出现，在经过韩国瑜2017年卸任，到了2019年北农董事会才决议，开始编入预算进行补提2016年12月26日，柯文哲接受广播节目专访表示，2016年蔡英文就任总统后，行政院农业委员会（农委会）主委曹启鸿、民进党秘书长洪耀福来找他，说要换掉韩国瑜，由农委会官派常董刘圣鸿处理此事。柯文哲想找农委会、市府、张荣味三方都能接受的林秋慧当董事长，才解任许长仁来息事宁人，不要开除韩国瑜而让他自己辞职去当市政顾问，大家都留情面，但事与愿违。2017年1月10日，台北地检署侦办菜虫案