任国民党神户支部部长。辛亥革命后，中华民国南京临时政府成立，吴锦堂出任浙江省军政府财政水利顾问，并向上海军政府和宁波军政府捐资支持。1913年，孙中山到神户访问，神户华侨组织了盛大的欢迎集会，由吴锦堂主持并全程陪同。吴锦堂后又出任交通部长。1917年，张勋复辟，吴锦堂发表演讲，维护共和、反对帝制。
魂归故里.1926年1月14日，吴锦堂因病在神户逝世，享年72岁，家属遵其遗嘱将遗体运回家乡。吴锦堂灵柩由日本海运经上海后运抵慈溪并安葬。吴锦堂墓碑对联很有名，上联是“为爱湖山堪埋骨”