2月至6月，袁世凯提供巨额，诱使国民党员另组政团，有国事维持会、政友会、超然议员社等从国民党分裂出来。3月4日晚，孙在东京设宴答谢日本各界人士，牧野外相等内阁阁员应邀出席。3月11日，孙与宋嘉树、戴季陶等参观大坂《每日新闻》社。3月14日，孙与戴季陶、马君武、宋嘉树、何天炯等出席神户国民党交通部正支部长吴锦堂在寓所所设午餐会。3月20日，宋教仁在上海沪宁车站遇刺，两天后重伤不治。3月22日，孙在长崎获悉宋教仁在上海被刺消息。暗杀宋教仁的人，从查获之宋案兇手与北京来往电文中，有观点认为主使行刺的是袁世凯，