大学医科大学，校方在学历上要求凡没有留洋经历的教师一律不续聘。仙台医专原有十六名教授，仅六人留任，其中包括留学德国的敷波。而既未留洋又无帝国大学医科学位的藤野被判定为不具备大学教授资格，只好自动辞职。
回乡行医.藤野辞职后，先到东京进修临床外科，曾在东京三井会社的一家慈善医院做全科医生。后又辗转多地，本想寻找可继续教授解剖学的学校，但一直没找到。为此藤野决定做开业医生。起初他帮二哥明二郎给人看病。在夫人梨花病逝后的第二年，藤野与文子再婚，同时在福井县三国町开了耳鼻科诊所。但是二哥在