1999年的欧洲选举中，萨科齐领导的保卫共和联盟只获得11%的选票，一度退出政坛。2002年的法国总统选举中，他加入支持当时的总统希拉克连任的阵营，以期再度进入政府工作。希拉克成功连任之后，并没有任命当时唿声较高的萨科齐为总理，反而较为意外的任命了拉法兰。不过失望之余，萨科齐还是出任了作为政府第二首脑的内政部长，主要工作是包括改革法律，和调停中央和地方的行政关系。他在担任内政部长期间，采取了一系列相对强硬的政策，2005年巴黎骚乱就是在他的指导之下镇压平息。在任期间他取得一定成效的同时也获得了不少民意支