19世纪末期，淡水河航道逐渐淤塞，水利运输逐渐被铁路桥樑取代，渡口因此没落；直到战后初期的淡水河已几无航运功能。1949年国民党政府迁台，人口骤增，新店溪、大汉溪中下游发展出永和、板桥等密集的住宅区，农业灌溉水圳逐渐淤积加盖与陆地化，新店、板桥、新庄、三重等市镇逐渐发展为民生工业区。60年代开始，随城市发展，大量废水往河里排泄，淡水河开始遭受污染，最严重时更有「黑龙江」之恶名。1980年代末期，淡水河开始进行大规模的整治工程。现今，河水品质虽未全面恢复，但已持续改善中。流经都会区的淡水河沿岸设均有大型