遣返回中国。台湾民主国成立后，奉派进攻台湾。攻下台南后，回日本，宣布-师团长北白川宫能久亲王（皇叔，陆军中将）去世，另一少将旅团长战死。全岛的反抗大致平定后，该师团于1895年11月离开台湾，从此不曾再离开日本。
二战期间.太平洋战争爆发后，日军近卫师团在印尼苏门答腊岛扫荡。1943年6月1日，在棉兰作战的近卫师团部队改编为近卫第二师团，留守东京的近卫师团基干改编为近卫第一师团，1944年7月18日又以近卫第二师团留守本土基干成立近卫第三师团。美军实行跳岛战术绕过了近卫第二