1962年冬，孙渠为《人民日报》撰写《论提高土壤肥力》一文。1960年，孙渠获推选出席全国文教战线群英会。此后，孙渠率北京农业大学师生赴北京市房山县等地农村蹲点，总结当地改制高产、用地养地的经验。1962年，应中华人民共和国农垦部部长王震邀请，孙渠、蔡旭、彭克明、李竞雄等教授赴牡丹江垦区指导生产，并开展科学试验。文化大革命时期，孙渠在养病之余，仍坚持学习及写作，写出《耕作学原理――关于地力的使用和培养问题》一书的初稿。1974年，孙渠久病之后病情略有好转，便离开北京赴河北省涿县的北京农业大学农场，研