正德二年（1507年）十月初十出生，苦读力学，嘉靖十年（1531年）中举，嘉靖十四年（1535年）中式乙未科进士，初授山东行人司行人。嘉靖二十年，任浙江道监察御史，“为人狷介，好任气”，又任京都五城御史，“巡南城，督京辅屯政，风纪振肃”，不畏强权，弹劾武定侯郭勋，迁湖广道监察御史，升北京巡城都御史，与曾守约、曾舜渔、利宾被称为“惠州晚明四御史”。嘉靖二十七年（1548）正月，因兵部侍郎兼总督陕西三边军务曾铣上《重论复河套疏》，为严嵩所诬，邦佑“义愤所激，申救甚切”，被廷杖死。