大、小河川密佈，长度超过100公里有七条，依序分别是浊水溪、高屏溪、淡水河、曾文溪、大甲溪、乌溪、秀姑峦溪 - 乐乐溪。位居中部地区的浊水溪虽然最长，然而以流域面积而论，位居南部地区的高屏溪最大。其他主要河流尚有大安溪、北港溪、八掌溪、兰阳溪、花莲溪、卑南溪等。平均年降雨量2,150毫米，约为世界平均降雨量之2.6倍。降雨量分佈不均，约80%降雨集中于5月至10月之丰水期。每人分配平均降雨量只有世界平均的1/6，约有46.2%之降雨量直接流入海中，而33.3%为蒸发散损失，可利用水量仅佔降雨量之20.5%。