琼当选党主席，接替谭耀宗，成为该党首位女主席。自2003年曾钰成辞任主席后，民建联再次由曾任九龙西地方选区的香港立法会议员担任主席。2015年香港区议会选举，李慧琼在土瓜湾北（G15）选区第五度当选。2016年3月17日，李辞任行政会议成员，获行政长官梁振英接纳，并委任叶国谦为行政会议成员。2016年香港立法会选举，李成功连任香港立法会议员，其后接替梁君彦担任立法会内务委员会主席，而梁君彦则出任香港立法会主席。2018年1月25日，获委任第十三届全国政协委员。2019年10月9日，李慧琼