监理会、美北长老会以及基督复临安息日会等众多的差会陆续进入上海。来自英美各教派的各大差会，包括未在上海进行传教工作的中国内地会，都选择在上海设立本教派在中国或者远东地区的传教总部。20世纪上半叶，有一些中国人创立的重要教派，例如石美玉创立的伯特利教会、倪柝声创立的基督徒聚会处和赵世光创立的灵粮堂，都发源于上海或以上海为主要基地。1951年传教士撤退以后，由新政府支持的负责具体管理全国基督教事务的中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会设立于上海，现址在九江路上海圣三一堂。1958年实行联合礼拜以后，上海