有25组是核心基因组，仅见于动物体内，当中有8组与Wnt和TGF-βzh-tw:讯息传递路径; zh-cn:信号通路相关，这些信息传导途径可以影响生物体的体轴发育，很可能是动物体能从单细胞生物脱胎成为多细胞生物的关键。另外还有7组为同源框蛋白等发育调控蛋白的转录因子。以下列出主要演化支的系统发生树，并给出由分子钟推测的各支分化大概年份。
非两侧对称动物.非两侧对称动物描述的是缺乏两侧对称性的动物类群，包含多孔动物门（如海绵等）、栉水母动物门、扁盘动物门，以及刺胞动物门（