染井吉野起源于韩国。1908年，法国传教士塔克特在韩国济州岛发现了它。1912年，德国植物学家科恩给它取名为 Prunus yedoensis var. nudiflora。从那时起人们就误称染井吉野在济州岛有野生品种。1932年，日本植物学家小泉源一提出染井吉野可能源自王樱的假说。1962年，竹中洋通过形态学研究排除了染井吉野起源于韩国的可能性。2007年，对日本吉野樱和韩国王樱进行的一项分子研究的结论是，它们属于不同的品系，没有亲缘关系。