随后加入中国共产党。同年10月，李妈兜与陈文山、陈福星等成立台南市工委会，并受蔡孝干领导；李妈兜自任委员兼书记，双陈则负责宣传、组织。后来，双陈退出，郑海树、何川、何秀吉加入；其人最终皆受牵连遭当局判处死刑。二二八事件爆发后，李妈兜曾与张志忠、陈篡地等筹组台湾自治联军，在嘉南地区抗击中国国民党。1948年5月，李妈兜赴香港参加「台湾省工作研究会」，并在回到台湾后建立26个中国共产党台湾省工作委员会支部。1950年1月，蔡孝干被逮捕并「自新」，李妈兜与组织联系中断，随后与女友陈淑端展开逃亡生活。