经总督府筹组的「建功神社合格者资格审查会」审核通过后才可入祀。建功神社祭神的审查人员 （1939年）为台北：高木友枝、河村彻、三好德三郎、林熊征；台中：坂本素鲁哉、辜显荣、松冈富雄；台南：富地近思、许廷光；高雄：古贺三千人、蓝高川。在1945年的台北大空袭中，建功神社的神桥南侧遭空袭损毁。
战后发展.建功神社在二战后由教育处接收，许多日本象征物品被移除，建功神社参道大门、鸟居、参道两侧石灯笼等设施皆已不存。1954年，教育部在此处筹建的一系列总称为「南海学园」文化设施──博物馆