父维萨留斯也在鲁汶学习或执教过。鲁汶大学初建时，适逢比利时国运昌隆，大学发展迅速。但随后比利时先后经历西班牙帝国、奥地利、法兰西帝国、荷兰王国的统治。在西班牙统治时期，在今荷兰南部和比利时佛兰德地区爆发了尼德兰宗教战争，鲁汶大学因战火遭到严重破坏。奥地利统治时期，教育体制受奥地利的深刻影响，体制较为僵硬。
法国大革命时期.1797年鲁汶为法兰西第一共和国佔领，法国政府镇压并关闭各种旧社会的机构，包含鲁汶大学以及其学院。大部分学校建筑被拍卖，部份则再利用为公家机关、军事设施、公共