国也是巴基斯坦的主要武器输出国，也协助巴基斯坦发展武器，MBT 2000坦克和枭龙战机等都是两国共同研发的现代武器。两国在1980年代亦达成核子合作协议，巴基斯坦亦在1998年成功试爆核弹。在反恐问题，除了配合西方国家，巴基斯坦也配合中国在新疆对主张以恐怖主义手段争取新疆独立的东伊运组织的围剿活动。巴基斯坦军方在2003年一次巴阿边境的反恐怖联合行动中，击毙了东伊运首领艾山·买合苏木。 2004年，两国更首次合作进行反恐演习。在四川汶川大地震发生后，巴基斯坦将国内所有储存的救灾帐篷共计两万多顶全部捐献给