雨季时会泛滥，超过80%面积会被水淹没，是全球最丰富的水生植物集中地。潘塔纳尔被认为是全球动植物最密集的生态系统。虽然潘塔纳尔湿地与邻近的亚马逊雨林相比显得相形见拙，但实际上两者是同样地充满生气的新热带区。
地理.潘塔纳尔是安地斯山脉形成之前的大规模地壳挤压所造成。地壳挤压造成内部的三角洲，高原上几条的河流汇集，多年来不断将沈淀物及土壤侵蚀的残余物沖积于潘塔纳尔地区内。潘塔纳尔平均每年降雨量为1,000至1,400毫米，巴拉圭河亦为湿地供水。湿地的平均温度为摄氏25度，温度于0