中层由一条架空的人行道连接主题为「连系大自然」的顶层，人行道设有观景台，访客可以见到透过香港品牌「见面，见香港」活动收集，在港人生活与访港人士的照片和录像。顶层设有林地及湿地两个区域，以呈现香港的生物多样性，种植40种灌木和湿地植物，包括在港常见的细叶榕和樟树，访客亦可透过4座特制望远镜，观赏香港的昆虫、爬虫、哺乳类动物和两栖动物。顶层设有仿傚香港湿地公园的木桥，旁有一座有装有屏幕的小亭，播放以沙艺表演介绍香港湿地物种的录像《连系自然：香港湿地物种》。访客沿楼梯离开展馆，可看到香港国家地质公园图片及资料