浩纪与拓也两人完成梦想不可或缺的女孩。在此之后，佐由理在没告知两人的情况下就突然地转学并从此下落不明。受到此一打击的两人便停止维席拉的计画；为了忘记曾经存在的梦想，浩纪进入东京的高中就读，而拓也则是就读青森当地的高中。三年后的1999年，联邦国与美国之间的军事冲突即将一触即发，神秘巨塔的秘密也日渐趋于明朗化。另一方面，佐由理的行踪也因神秘巨塔的解密而曝光。佐由理是从中学三年级的夏天开始的三年内，因不明原因所引发的疾病而持续睡眠，并在发病的那年夏天即转往东京的医院住院观察。在得知神秘巨塔与佐由理有