传入日本，基督教也在这时进入日本。然而，传教活动与发达的贸易逐渐威胁到江户幕府的统治，于是幕府在1641年把荷兰商馆迁移到长崎的出岛，奉行保护主义（锁国），这段期间日本只容许荷兰和中国的商人来日贸易。在奉行保护主义的200多年间，荷兰商人通过与日经商传入兰学，兰学因而在日本生根发芽。1854年，美国海军准将马休·佩里率领黑船舰队驶抵江户附近的浦贺，迫使日本开港通商，才一改日本的贸易保护主义作风。江户幕府末年暴动频繁，幕藩体制摇摇欲坠，在西南四藩（萨摩、长州、土佐、肥前）为主的维新志士带领下，一场全国性的倒幕