如果磁盘完整并有足够空间的话，安装程序将会复制文件到安装文件夹（常为C:\WINDOWS）。一旦第一阶段完成，计算机将会重启并从硬盘继续安装程序，但仍需要安装媒介继续复制文件和驱动程序。若为OEM版Windows 98/Me，在第二阶段用户需要提供一份产品密钥；若为零售版Windows 98/Me，则是在第一阶段提供产品金钥。所有版本的Windows 9x安装程序在第二阶段均不能识别光盘驱动器，但由于Windows 98已将复制文件这一操作改在第三阶段（即第二次重启之后）进行，故不存在找不到安装源的现象