进行了比较大的调整，马亮、高明、杨朋锋、何塞等球员合同期满后未获续约，而是租借了长春亚泰的崔威、深圳的李健华及天津泰达的李本舰。在外援引进上，广州医药并未使用中国足协新出台的“4+1政策”（即每队4名外援+1名亚援）的亚洲外援名额，在与勐龙、拉米雷斯和迪亚哥续约后，又向巴西国际租借迪亚哥的胞弟迪奥哥。广州医药俱乐部在该赛季提出的目标为“保八争六，冲击亚冠”，意指在保证联赛排名前八的情况下，冲击亚冠联赛资格。
赞助商.广州医药白云山俱乐部于2009赛季共获得约3600万元人民币