加坡和马来西亚之间的北上旅客须于新加坡的兀兰火车关卡分别完成新国出境及大马入境的手续。南下旅客须于马来西亚的新山中央车站完成大马出境手续，待列车抵达新加坡的兀兰火车站再办理新国入境手续。故此一地两检只适用于由新方出发的旅客。此外，位于马来西亚境内、于泰国边境接壤的巴东勿刹站亦设有马泰一地两检设施。规划中的新山－新加坡捷运系统将在两端终点站设立併置海关、入境及检疫设施，所有乘客均需在出发地车站分别接受两国的出入境检查，抵达目的地车站后即可离开，无需再接受检查。已被无限期展延的马新高速铁路也曾计划在吉隆