藩的财政发生很大的困难。为了强化藩的内政进行了全面的地籍丈量，以及振兴农、渔、商业，稳固了藩财政的基础。贞享四年（1687年）还改革了家臣的俸给制度，从知行制改成俸禄制。5代栋再分了1万石领地给其弟昌成立平户新田藩。最后的藩主：12代诠的时代已是幕末了。第二次长州征伐之后，藩欸的舆论向倒幕倾斜，庆应四年（1868年）戊辰战争后更确定了参与官军方的方向。同时进行军制改革，编成了西式部队，转战奥州。明治四年（1871年）废藩置县后，平户藩转变成了平户县，后来又合併于长崎县。明治十七年（1884年）