7周岁以上（含）、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行；但对于从同时通航港澳的空港、海港口岸出境的，暂时无法提供自助通关服务；赴港澳旅游团队仍需按现行规定经由人工检查通道出境。此外，使用电子港澳通行证的旅客也可以在履行相应手续后使用香港的自助出入境检查系统和澳门的自助查验系统出入境。2014年9月15日开始，公安部在全国范围内发行电子港澳通行证，同时不再受理本式港澳通行证（2000版往来港澳通行证）的新申请。仍持有本式港澳通行证且通行证仍在有效期内的，可以继续使用原通行证申请港澳签注并往来港澳。