12月28日，行政院新闻局否认孙科派代表晤李济深。1949年1月1日，行政院长孙科发表广播演説，谓此次内战各方均有责任；并表示政府力求解除人民痛苦，改革征兵、征粮制度和稳定物价。1月7日，行政院召集国防部长徐永昌、财政部长徐堪、主计长庞松舟、秘书长端木恺、交通部次长凌鸿勋开会，拟定疏散事宜。1月，蒋介石「下野」，由李宗仁代任总统。2月1日，监察院长于右任、立法院长童冠贤致电在上海之行政院长孙科，希望孙为便于和谈大计，以政府各要员仍留南京为宜；同日，孙科应李宗仁之召，偕内政部长洪兰友自上海抵南京。孙科