华民国重新控制东北地区以及接管台湾，国民政府分别设置东北运输总局（兼管公路和铁路）和台湾铁路管理委员会（台湾铁路管理局前身）以管理铁路事宜。此外，交通部亦拟定「战后五年铁路建设计画」，并实施「铁路干线区制」，将全国铁路分区管理。但接着随之而来的第二次国共内战，令国民政府无暇兼顾铁路建设，也令铁路运输时常中断，意外频生。第二次国共内战期间，中国人民解放军就曾大规模挖断各地铁路，以阻断中华民国国军的交通运输。
铁路线列表.下列为中华民国大陆时期的铁路线，以管理机构区分。列表中的「开