在1948年至1960年的马来亚紧急状态期间，为通过新柔长堤的旅客设立了身份证检查系统。在1949年，估计每个月有超过27,000辆卡车使用这条堤道。而在十年内，每天估计有超过30,000人和7,000辆车通过长堤。1964年7月22日，在新加坡发生种族骚乱后，作为宵禁的一部分，长堤在未经警察许可的情况下不对旅客开放。次日在非宵禁时间重新开放，7月26日恢复正常交通。1965年8月新加坡与马来西亚分离后，新柔长堤成为两国边境的连接通道。长堤两端都设有入境检查站，新加坡方面从1967年6月起实行护照管制