削减军队，劝导儒学，于是不再设左、右将军，邓禹以特进职衔朝见。当时，分封为列侯的功臣中只有高密侯邓禹、固始侯李通、胶东侯贾复能够与公卿一同参议国家大事。建武十五年（公元39年）三月，刘秀诏羣臣商议分封皇子之事，于是邓禹与大司空窦融、固始侯李通、胶东侯贾复、太常登等一同上书，奏请刘秀分封皇子，刘秀下诏同意了他们的意见。中元元年（公元56年），代理司徒，跟随皇帝巡视山东，到泰山筑坛祭天。中元二年四月丙辰（公元57年6月15日），初即位的汉明帝因邓禹辅佐先帝功居第一，拜为太傅，朝见时面朝东，尊宠非常。