后十年间，因为贸易和经济的恢复，船队得以再次扩大，并一直持续到18世纪西班牙波旁王朝期间。从17世纪到18世纪中叶，西班牙美洲殖民地和西属西印度群岛不断受到其殖民对手的侵袭，使得西班牙的航路一直受到威胁：英国于1624年取得了圣基茨，1655年占领牙买加；法国1625年夺取圣多明戈（法属圣多明戈，即现在海地）；荷兰1634年占领库拉索。1739年，英国海军上将爱德华·弗农袭击了波托韦洛。1762年英国占领哈瓦那和马尼拉更迫使西班牙暂时放弃了组织大型运输船队的模式。不过随着哈瓦那和马尼拉1764年重归西班