哥打巴鲁县（印尼语：Kabupaten Kotabaru）是印度尼西亚南加里曼丹省的一个县，位于加里曼丹岛东南部，县治在哥打巴鲁。2010年普查，全县有人口290,142人。哥打巴鲁县是南加里曼丹省最大的县，除婆罗洲的辖境外还领有望加锡海峡中的劳特岛，县治哥打巴鲁亦位在劳特岛北部。
行政区划.哥打巴鲁县下分为20个区（kecamatan）：