，辞去国学院大学教职。1939年，应哈佛大学燕京研究所之特别招聘成为研究员。当时其研究课题是中国辽代，并为此前往中国北京。在北京，有哈佛大学之姐妹校燕京大学。应聘时，其头衔为客座教授，实属该校之研究所研究员。到北京后，继续在山东进行现场研究工作。太平洋战争爆发，该校被日军关闭，他因此失去职位而贫困。日本投降后，鸟居复职，其研究一直持续到战后。1951年，返回日本。1953年，于东京逝世，享寿82歳。
纪念.1964年，于徳岛县鸣门市妙见山顶建成“徳岛県立鸟居记念博物馆”，为