金门县政府，为中华民国福建省金门县最高层级的最高地方行政机关，在中华民国政府架构中为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项，金门县的自治监督机关为行政院各部会（主要为内政部）。金门县政府也是辖下各乡、镇的地方自治监督机关。金门县政府设有11个所属一级单位、7个所属一级机关（设有12个下属机关）、17个所属二级机关、23所各级学校、1所幼儿园。此外，金门县政府还经营5个县营事业机构。
行政组织.金门县政府的组织基准法为《金门县政府组织自治条例》，依《金门县政府组织自治条例》