月任期满前夕，却不获政府续任，有评论指其出局与敢言作风有关。郭家麒积极反对其母校香港大学以李嘉诚为医学院命名，并声言发起全球港大医学院校友筹款，赎回医学院原名，惟响应者不多。医学院于2006年1月1日正式命名为「香港大学李嘉诚医学院」。2008年香港立法会选举，郭家麒争取连任医学界议员，但最后败给梁家骝。2010年7月，由郭家麒牵头的「关怀香港」宣佈退出普选联，并于7月19日加入公民党。2012年，郭家麒代表公民党参加2012年香港立法会选举出战新界西地区。候选期间，他于出席选举论坛时公开表