940年，蒙古人民革命党第十次代表大会起，泽登巴尔当选为历届中央委员和中央主席团（1943年起改称政治局）委员。1940年至1954年4月，任蒙古人民革命党乌兰巴托市委第一书记。1958年11月召开的蒙古人民革命党十三届二中全会起，任蒙古人民革命党中央委员会总书记，是继霍尔洛·乔巴山后的长期领导蒙古的领导人。1941年至1945年，泽登巴尔任蒙古人民军副总司令兼政治部主任，中将军衔。1945年至1946年，任国家计划委员会主席。1946年，任部长会议副主席。1952年5月至1974年6月，任部长会议主席