议会牛头角上邨选区，以922票之差败于民建联陈国华。2016年香港立法会选举，他参选新界西直选，但只得812票落选。2017年7月19日晚，即诺贝尔和平奖得主刘晓波逝世后的头七，吕智恆在罗湖口岸过关以后，于罗湖桥宣读刘晓波着作《我没有敌人》和《零八宪章》。15分钟后被公安带走，其后他被公安释放回港。2018年1月9日下午，吕智恆飞抵台湾桃园国际机场，准备到立法院声援劳工团体反对《劳动基准法》修恶（2017年台湾劳动基准法修正争议），被拘禁在机场职员室近4小时，被拒绝入境。行政院大陆委员会表示，吕