在后来的三藩之乱中，江户幕府也暗中给予三藩物资支持。此外，南明复兴势力也向琉球、南洋诸国甚至西方国家寻求援助。建国公郑彩曾多次从琉球国购买硫磺以抗击清军，并经由琉球及萨摩藩，向江户幕府发出乞师请求；萨摩藩力主支援南明，但被江户幕府拒绝。永历帝曾通过耶稣会传教士卜弥格，向罗马教廷及欧洲诸国派遣了乞师的使者，但都以失败告终。南明最终灭亡，来自满洲的清朝皇帝成为整个中国的统治者。朱舜水等一些反清人士也流亡到日本、安南等外国。受到朱舜水的影响，日本儒者不承认清的正统性，甚至认为中国已经被来自满洲的鞑靼人灭亡