常也会通过氟化来提高疗效。这些药物包括环丙沙星和左氧氟沙星。在类固醇药物中也会使用氟：氟氢可的松是可以使血压升高的盐皮质激素；去炎松与地塞米松是很强的糖皮质激素。大多数吸入型麻醉剂都是重度氟化的。其原型氟烷在同时代药物中更为稳定与有效。后来诸如七氟醚、地氟醚等氟化醚化合物比氟烷更好，它们基本不溶于血液，可以使人更快清醒。
PET扫描.常作为正电子发射计算机断层扫描中的放射性示踪剂，其约两个小时的半衰期足够将其从生产设备运输至成像中心了。氟代脱氧葡萄糖是最常用的示踪剂，在经过静脉注射