一层为站厅以及2号线月台；地下二层为联络通道。
站厅.飞翔公园站分为东西两个站厅，均位于地下一层。两个站厅在非付费区并不相通。东站厅、西站厅及两个月台由两条路轨下方的付费区联络通道连接。车站商店及自助服务设施方面，本站设有便利店、面包糕饼店，以及一台“好易”自助设施，可充值羊城通，缴纳水电费以及交通罚款等服务。
月台.飞翔公园站设有两个侧式月台，位于旧白云机场中轴线地底。两个月台在乘客眼中看似两个位于不同层数的单向式月台，但事实上它们是对向式月台设计，