教工作有两个阶段，在1636年以前缺乏组织，传教工作以口述方式实施，具体行为如背诵祈祷文和教义问答，1636年后开办学校，并且採用了以拉丁字母书写的新港语为工具实施宗教教育，解决原住民没有文字的问题，由于语言工具落后，此时并没有完整的翻译圣经，仅有少数新港语的福音书。
明郑时期.郑成功殖民期间实施禁教政策，信仰基督教的原住民被迫选择放弃信仰或逃到深山。此时明郑谘议参军陈永华为革除荷兰人所留下的基督教信仰，以及实施儒家思想汉化政策，积极兴建孔庙、玄天上帝庙、关圣帝庙等汉人寺庙。也利用