足球协会成为正式会员，自此巴勒斯坦足球队开始参与国际赛事。巴勒斯坦国家足球队参与第一项国际赛事为1999年的泛阿拉伯运动会。之后参与多届世界杯及亚洲杯外围赛，皆未取得过出线资格。但巴勒斯坦在外围赛中并非『三零部队』，曾在外围赛打败过香港、马来西亚、新加坡以及赛和伊拉克，亚洲排名曾达最高的16位。2014年世界杯外围赛，巴勒斯坦更在首圈淘汰阿富汗，次圈则以总比数2-3仅负于泰国而未能晋级分组赛。2018年世界杯外围赛，巴勒斯坦在首轮分组赛，更曾在主场赛和沙特阿拉伯及阿联酋，虽然最后只得小组第三名未能晋级次