日战争中断蒋的黄金时代。日军的狂轰滥炸使得沪宁铁路沿线的镇江、武进（今常州市）、无锡、吴县（今苏州市）等城市都受到不同程度的破坏。12月13日，日军攻陷南京，随后进行持续3个月之久残酷的南京大屠杀，造成约30万人遇难。江苏省政府从镇江临时迁往江苏中心的淮阴县，1939年再度迁往里下河水网中心的兴化县。此后到1945年战争结束，南京是中国东部沦陷区汪精卫政权的首都。汪精卫政府将其江苏省政府迁往吴县；1944年，还曾经在江苏北部以徐州为中心建立淮海省。抗战期间，新四军主力进入苏北，控制部分农村地区，建立苏北抗日