草与产于棉兰老岛的源小猪笼草与熙德猪笼草之间存在着密切的近缘关系。这三个物种共同组成了非正式的“小瓮猪笼草组”。其种加词“"micramphora"”来源于希腊文和拉丁文，“"mikros"”在希腊文意为“小的”，“"amphora"”在拉丁文意为“瓮”，指其体型的矮小。
植物学史.2009年，沃尔克·海因里希、斯图尔特·麦克弗森、托马斯·格罗内迈尔和维克托·阿莫路索对小瓮猪笼草进行了正式描述。该描述发表于斯图尔特·麦克弗森的专着《旧大陆的猪笼草》第2册中。编号为“"V.Amo