后遂返回慈宁宫。六年三月，加尊号曰慈圣宣文皇太后。万历十年，加尊号曰慈圣宣文明肃皇太后。万历十二年，与陈太后一同谒山陵。同年患眼疾而不愈，陕西汉中府洋县智果寺僧人智果治疗有功，神宗朱翊钧为表谢意，于十四年颁施藏经678函（6780卷），并赐金命太监会同汉中府知府田礼门，修建藏经楼一座，御书“敕赐智果寺”敕额一面。万历二十九年（1601年），加尊号曰慈圣宣文明肃贞寿端献皇太后。万历三十四年（1606年），加尊号曰慈圣宣文明肃贞寿端献恭熹皇太后。万历四十二年二月初九崩（1614年3月18日），上尊谥曰孝定贞