至小海线营业所，于旗下的高海拔山区路线——小海线进行营运，成为全世界最早投入实际营运的混合动力车辆。利用KiHa E200试产车实际投入营运的过程中所收集到的各种资料，JR东日本在2010年时推出了第一款正式量产的混合动力列车、观光用一般柴联车HB-E300系。JR东日本计画在以E200投入运行两年之后所收集到的资料，作为是否将该车型全面导入量产的检讨基础，甚至评估并考虑利用它来替换小海线上所使用的其他KiHa 110系车辆，但具体的计画尚未发表。
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