当时这两月台下车的旅客须经由天桥才能出站；长崎车站至长崎港车站的路段虽然在1982年即废除，但直到1993年才修改车站月台让3号4号月台可直接步行至车站出口，0号月台也是在同一时间所增设。而位于长崎车站南侧，原本是通往长崎港车站的铁路路段在2000年建为商场。在4号月台再往西侧的区域还有数条铁轨可供列车停放，而此区域过去曾设置长崎车辆中心。但在规划九州新干线长崎段时，已计划将此区域转给新干线及在来线迁置月台使用。因此，长崎车辆中心的功能于2014年中转至早岐车站旁设立的佐世保车辆中心，以腾出用地施工。上