《坐禅三昧经》等，大都对于后来佛教义学发生巨大的影响，而发展有各种学系与宗派。佛陀跋陀罗所译的《六十华严》为后来贤首宗根本所依的经典。当时北方凿窟造像之风兴起，后秦沙门乐僔于建元二年（366年），在敦煌东南鸣沙山麓，开凿石窟，镌造佛像，这就是着名的莫高窟。但后期北魏太武帝、北周武帝进行大规模的灭佛活动，对佛教的发展造成严重破坏。
南朝.南北朝时期，南朝佛教以慧远主持的庐山东林寺为中心。其他中心，还有建康道场寺。建康为东晋首都，佛教非常隆盛。佛陀跋陀罗、法显、慧观、慧严等都以道场