会负责四国、圣言会负责新潟、方济会负责北海道等，这些修会除了传教外，也设置各式学校与文化社福机构，以使基督信仰更深入人心。教务管区同时渐次建立：首先是日本宗座代牧区在1876年5月22日分拆为日本北纬宗座代牧区（东京总教区前身）和日本南纬宗座代牧区（长崎总教区前身），接下来在1888年、1891年也分别分拆出日本中部宗座代牧区（大坂总教区前身）与函馆宗座代牧区（仙台教区前身），日后再不断扩张至现今的16个教区。而1889年颁布的《大日本帝国宪法》中，明确规范宗教信仰的自由，也确保日本天主教会的事业不受政治力