1941年遭到日军逮捕。1945年燕京大学复校，回到燕京大学任教，支持学生的爱国运动。1952年院系调整，以北京大学历史系教授的身份全薪退休。曾任中国科学院哲学社会科学部历史考古专门委员。邓之诚培育出许多文史学者，如黄现璠、王重民、朱士嘉、谭其骧、王钟翰等等。1960年1月6日逝世，享年73岁。1960年1月10日安葬在北京东北义园。
着作.《中华二千年史》、《清诗纪事初编》、《骨董琐记全编》等。