特异性有一个缺点：一个噬菌体只在符合特定菌株时才会杀死细菌。故此，通常以混合噬菌体以增加成功机会。另外，有时由康复病人提取的样本带有合适的噬菌体，可以用于治疗其他感染相同菌株的病人噬菌体治疗现时主要用于无法以传统抗生素治疗的细菌感染，尤其于俄罗斯和格鲁吉亚。波兰弗罗茨瓦夫亦设有一个噬菌体治疗单位，于2005年成立，是欧盟国家唯一的此类中心。现时噬菌体在西方国家成为重新引起临床注意的议题，包括美国。2019年，美国食品药品监督管理局批准了境内首个静脉噬菌体治疗的临床试验。噬菌体治疗无论在人类药物、牙科