九一一袭击事件、峇里岛爆炸案、SARS事件、2004年印度洋大海啸又令公司业绩雪上加霜。当年印尼旅游业一片萧条，公司客源衰减，然而嘉鲁达依然对年代中期经济恢复充满希望，并引入空中巴士A330。2001年，嘉鲁达印尼航空成立旗下一间低成本航空公司——连城航空，提供印尼国内城市穿梭航班。位于棉兰的新机场——瓜拉纳穆国际机场当时预计于2010年之前落成，届时嘉鲁达印尼航空将开办更多新航班往返巴黎、伦敦、法兰克福。然而为了减低成本，嘉鲁达印尼航空可能使用伦敦格域机场往返伦敦。2007年5月公司代表证实将重开