年8月19日，台北地院审理认为，侯宽仁并无笔录不实问题，裁定书更指马英九「法律见解有违误」，驳回马的声请，全案确定，不得再抗告。2010年1月25日，陈长文律师投书报纸，指称侯宽仁侦办太极门案中，上诉有缺失，表示法务部应向侯宽仁求偿。同日马英九提名黄世铭为检察总长。2010年2月4日，法务部长王清峰发函高检署，明白写道马英九特别费案「笔录严重失实，请查明责任并将惩处结果具报」，要求惩处侯宽仁，当时黄世铭已任检察总长。高检署第一次考绩会决议：「实务上笔录本就无法全部照录」，决定不议处，王清峰驳回考绩会