惯当城气候，年老的右近立即得病，在庆长20年1月8日（1615年2月4日）死去。享年64岁。
死后.右近的葬礼在总督的指示下，通告马尼拉全市，并在王城区的圣安娜教堂内举行。死后，家人被允许返回日本。现在石川县羽咋郡志贺町代田、福井县福井市、大分县大分市有直系子孙「高山家」。在死后4百年的平成27年（2015年），日本的因为右近舍弃地位而贯彻信仰，而将其列为殉教者，并向罗马教廷申请将其认定为真福者。同年6月18日，教廷的神学调查委员会通过最终手续，翌年（2016年）1月22日，得