支持者成立台湾团结联盟奉李为精神领袖，政治立场趋向台湾独立，并与民进党结盟；拿下第二高票的宋楚瑜则在支持者的期盼下创立亲民党，后与国民党合作，组成国亲联盟并掌握立法院的控制权。国民党在选后进行一连串的党务改造并和过去李登辉独台和本土化路线切割，逐渐走向蓝绿两大政治势力的竞逐局面。这也是迄今唯一一次当选者得票数未过半的总统选举。
政治背景.时任中华民国总统的李登辉于1996年首次总统直选成功连任后，动念再进行政治改革。在第三届立法委员选举中首次联手缔造三党不过半局面的民进党与新党