维生素摄入不足时，这部分由肠道产生的维生素就变得非常重要。如果一个依赖肠道产生的维生素生存的人同时服用了抗生素，那么就会由于细菌无法在肠道内正常生存而导致维生素缺乏症。另一些细菌的代谢产物包括气体（俗称“肠胃胀气”或者“屁”），这种气体主要是氮气与二氧化碳的混合物，还包括少量的氢气、甲烷以及硫化氢，这些气体是由于未消化的多糖类物质发酵产生的。还有一些细菌对于某些组织例如盲肠和淋巴系统的形成与成长至关重要。大肠内的细菌还会参与到一些交叉反应性抗体的生产过程中，这些抗体由免疫系统产生，用来防止一些病原体