校将学校迁往台湾，并与18位教授在报上发布公开信，唿吁陈长捷撤离天津。陈荩民因此而险些遭到逮捕。中华人民共和国成立初期，陈荩民任北洋大学校务临时委员会主席。1950年起，陈荩民在北京定居，任北京工业学院教授兼校务委员会委员、中华人民共和国高等教育部高等数学教材编审委员会委员。文化大革命期间，1973年，陈荩民冒政治风险致信中华人民共和国国务院总理周恩来，建议加强高等学校的基础理论，特别是工程数学、应用数学的研究，获周恩来重视。1981年3月7日，陈荩民在北京病逝。其骨灰安放于八宝山革命公墓。