正统，足利尊氏则在京都建立室町幕府，于是出现京都（北朝）和吉野（南朝）两个对立的朝廷。南北朝的征战持续将近60年，1392年，足利义满逼南朝的后龟山天皇让位，由室町幕府拥立的北朝后小松天皇成为天皇，也终止长达57年的南北朝时期。1401年，室町幕府第三任将军足利义满为了经济利益和抗衡天皇而向明朝朝贡，大明皇帝遂封其为「日本国王」，但幕府于7年后与明朝断交。室町幕府末期（1467年）发生应仁之乱，标志着日本进入长达148年的战国时代。1573年，大名织田信长，亦是当时最强悍的诸侯，攻下室町幕府所在地二条御