，犹为吴承仕等人讲学不辍，后集为《菿汉微言》。此间，再次修订《訄书》，改题《检论》。又集其着作为《章氏丛书》，先后由上海右文社及浙江图书馆出版铅印及木刻本。1916年6月袁世凯死后，章恢复自由，前往上海。1917年3月对段祺瑞参战主张表示反对。7月参与护法运动，任海陆军大元帅府秘书长，为孙中山作《代拟大元帅就职宣言》。1918年离开广州途径四川、湖南、湖北，东下上海。1919年1月12日，章太炎致函孙中山，反对南北议和。1920年拥护联省自治运动。1922年在上海讲学，曹聚仁根据记录整理为《国学概论》。