日松在准备外出解剖之际，突然感到身体不适，被子女强制送医，出现初级脑中风，但杨日松仅休息了一个月便回到工作岗位，直到1998年杨日松才正式以「法医室主任」之职务退休并获颁「特种领绶景星勋章」，退休后杨日松仍经常到内政部警政署刑事警察局法医室传承经验，其在台湾警界和司法界桃李满天下，堪称法医界的杰出代表人物。2010年11月14日，惊传罹患大肠癌。隔年11月23日凌晨3时，杨日松疑因大肠癌于台北国泰医院病逝，享寿八十四岁。
褒扬令.时任中华民国总统马英九于2011年12月6日明令