统计局及统计研修所的《2007年统计年鑑》，日本最长的河流是信浓川，长度367公里。信浓川发源自埼玉县、山梨县、长野县三县交界处的甲武信岳南侧，在新潟市注入日本海。日本流域面积最广的河流是利根川，流域面积16,840平方公里。利根川的主流发源于群马县和新潟县交界处的大水上山。在千叶县铫子市和茨城县神栖市之间注入太平洋。其流域面积占了关东平原的大部分地区。除了这两条河流之外，日本的其他主要河流还有北海道的石狩川、天盐川；东北地方的北上川、阿武隈川、最上川；关东地方的荒川；中部地方的木曾川；四国地方的四万十川；