作为替补宇航员待命。发射前不久，库勃因技术人员未经允许私自改动他的宇航服而感到不满，于是驾驶F-106战斗机低空飞过卡纳维拉尔角的航空航天局大楼。主管因此计划叫停库勃的任务，改由谢泼德执行，但最终仍然决定继续由库勃完成。水星计划原定的最后一次任务水星-宇宙神10号再次选定谢泼德。此次任务原计划于1963年发射，在太空飞行三天。谢泼德将太空舱命名为“自由7号II”，以纪念自己的首次太空之旅，还把这一名称涂在舱外。然而1963年6月12日，航空航天局局长詹姆斯·韦伯宣布水星计划已经完成目标，原定的水星-宇宙神1