1801年他被任命为托马斯·杰斐逊总统的私人秘书，作为杰斐逊的秘友他介入了远征的计划。杰斐逊并派遣了克拉克到费城学习在绘图和其它必要的技能。在刘易斯与克拉克远征返回以后，刘易斯接受了1500英亩（6 km.）土地的奖励。1807年，杰斐逊任命他为路易斯安那州的州长，他定居在圣路易斯。 他是共济会（Freemasonry）的成员。在1808年8月2日，刘易斯和数位他的相识向宾夕法尼亚的总部递交了他们请求特许建立一个在圣路易斯的分部（Lodge）的请愿。刘易斯被提名和被推荐担当提出的分部的第一位大师，在