克台后，清廷对于是否加以经营，朝议未决；施琅上《》，力陈保有台湾之重要性。由于李光地说服康熙皇帝，终使康熙皇帝决定继续经营台湾。施琅治下，对于汉人，颁布渡台禁令，规定“赴台者不许携眷。琅以惠、潮之民多通海，特禁往来。”（连雅堂《台湾通史》）首先严禁粤东人渡台，表面上的理由是那里出的“海盗”多，实际原因是“惠潮之民多与郑氏相通”，于是客家人因此大幅落后同时迁往台湾的泉州人及漳州人，而在日后分类械斗中失利并退出平原。对其他地区的平民渡台也严加限制，竟然规定渡台人员不得携带家眷，也就是说不许老百姓在台湾札根，