总决赛阶段采取赛会制，中国足协又取消了大学生联赛前两名的参赛资格。预赛两个赛区的冠军直接进入四强。北区亚军对阵南区季军，南区亚军对阵北区季军，经双回合对阵来争夺另外两个四强名额。四强赛采用双回合淘汰赛，获胜的前两名球队获得来季升上中甲联赛的资格。2011年，赛制恢复为2007年之前的赛制。从2015年起为加强中乙联赛的稳定性和可持续发展，对中乙联赛参赛资格进行限制：除上年参赛球队及中甲降级球队外，其余中乙参赛名额将从上年业余联赛比赛球队中按成绩优先产生，并且取消了一个赛季只能允许注册5名25岁以上球