吴贞启是成化二十三年进士吴俨之玄孙，万历五年进士吴梦熊之孙，吴时徽之长子，崇祯十六年进士吴贞毓是他的弟弟。他在崇祯六年（1633年）中举人，十年（1637年）会试对策虽然笔误，但依然中会元，成二甲进士，被包尔庚戏称：「你又是一位不辨字状元了。」之后他获授礼部主事，陞任员外郎往山东主持乡试，到广东督学时与族叔吴湛同行，有显赫声誉。到十六年（1643年）他病重，一晚看见冥主拿着家牒对他说：「天下将乱，让善人先死。」他因此准备后事，很快去世。