与共产党的关系过密，该职务后由罗卓英担任。由于卫立煌在当时上将当中属于战功不少，且整体派系色彩较不明显的将领，在各方立场互有僵持时他成为一个较没有争议的人选。1943年10月，卫立煌接替罹病的陈诚担任中国远征军司令长官，住扎在云南省保山县，协调云南省主席龙云与中缅印战区总参谋长史迪威等人的相关问题；1944年5月，中国远征军发动松山战役打通中国对外生命线。1945年3月2日，中国陆军总司令部奉令裁撤远征军司令长官部、第四战区司令长官部、黔桂湘边区总司令部、滇越边区总司令部，与第一、第九、第十一、第十六、