改任江苏巡抚。辛亥革命爆发后，程德全在江苏省城苏州，经过张一麐劝说，于1911年11月5日宣布江苏独立，自任江苏都督，成为第一名参加革命的清朝疆吏。民国元年（1912年）1月3日，南京临时政府成立，他被任命为南京临时政府内务总长。同日，他和脱离了中国同盟会的章炳麟（章太炎）、张謇共同组织了中华民国联合会（后来改为统一党）。1912年4月，袁世凯任中华民国临时大总统后，他被任命为江苏都督。同年5月，统一党和民社等合组共和党，程德全因与章太炎不和而离党。1913年3月，他曾亲赴上海处理“宋教仁被刺案”，