在《西域钩玄·李溶传略》中称：“两年前（1866年）因兰州府所属各州县连年饥荒，靖远县灾民李七逃命新疆镇西，安身立命，开始繁衍后代。”可知李溶的祖籍是甘肃省靖远县，父亲李七1866年逃荒到新疆镇西县（今巴里坤哈萨克自治县）。李溶早年在镇西的松峰书院（清朝咸丰年间创建）学习。后来，入甘肃省兰州秋古书院。光绪十四年（1888年），在兰州参加乡试，中优贡生。光绪三十二年（1906年）杜彤任新疆省第一任提学使，随即任命李溶为伊犁府学官训导。光绪十六年（1890年），军机大臣署伊犁将军长庚创办武备学堂、陆军小学，