码头便于1978年6月25日由位于钦州街的新码头取代，新深水埗码头可容纳两艘三层船停泊，更是全港首个安装电动闸出口的码头。
巴士路线重组.深水埗码头搬迁后，因为新建深水埗码头的位置远离深水埗的闹市，加上地铁荃湾线的通车，导致来往中环的渡轮服务不断减班，其后香港政府于1990年决定兴建赤鱲角新机场，并进行西九龙填海计划，在以上的因素下，来往中环的渡轮服务乘客量锐减，最后于1992年6月1日取消，并由九巴与中巴联合营办的114号线取代。114号线由中巴和九巴联合经营，来往深水埗码头与中