十八、四十九年（1959、1960年）将三川门由单檐改成假四垂屋顶，以及民国六十年（1971年）将官厅改为三宝殿。学者毛绍周表示民国七十二年（1983年）内政部第一次公告台闽地区古蹟评鑑时，大天后宫因为现况已遭破坏且改易过大未获评为第一级古蹟，后来因为石万寿等委员争取下，才在民国七十四年（1985年）8月19日公告为台闽地区第一级古蹟。而在民国七十六年（1987年），北港朝天宫举行环岛祈安活动，再次与大天后宫接触并恢复交谊，而后在民国八十二年（1993年）2月台南市举办中华民艺华会，大天后宫并举行「迎妈