苏维埃社会主义共和国国旗。
德国占领时期.在1941年到1944年，爱沙尼亚被德国统治，三色旗作为爱沙尼亚民族旗帜，但并非国旗。德军在1944年9月从塔林撤退后，红旗被再次升起。 
第二次苏联统治时期.当红军于9月22日回来后，首先把红旗加进爱沙尼亚旗帜之中。不久，三色旗再次完全消失。这时，三色旗仍然为非法旗帜，直到1989年2月24日改革后，三色旗再次在塔林赫尔曼塔上飘扬。在1990年8月7日，三色旗再次申报为国旗，一年后，爱沙尼亚获得完全的独立。