立运作的认证委员会，此外还有一个申诉委员会，负责处理所有的申诉案件。公平贸易的特许商（Fairtrade licensees，与国际公平贸易标签组织签有标章授权合约的公司）也必须接受FLO-CERT的稽查，虽然这通常是由地区的标签倡议者来负责；此外，法国、西班牙与德国是由FLO-CERT直接稽查。
ISO 65认证.FLO-CERT的认证机制是依据国际标准化组织的规范（ISO 65），但尚未完全认证。该项认证所要求的项目如下：