1966年6月，足总会长罗理基透露不再寻求连任，并推荐由李福树接替。同年7月26日周年大会上，李福树顺利当选会长，他遗下的副会长席位则由霍英东补上，而主席一位由梁兆绵当选接任。李福树在足总会长任内其中一项最大的争议，是在1966年12月泰国曼谷举行第五届亚洲运动会前夕，公开表态反对以香港中华业余体育协会为首的香港华人各界体育会，选出16名分别来自本地多家球会的足球员代表中华民国参加亚运足球赛事，其后足总执委会更于12月6日和12月9日两度通过禁止有关球员参赛。当时李福树扬言「香港足球员应代表香港，这是我一贯