对的，PFA的缺点则是"N"与"N"需互质 (例如"N" 是2次方就不适用)，而且要借由中国剩余定理来进行较复杂的re-indexing。互质因子算法 (PFA)可以和mixed-radix Cooley-Tukey算法相结合，前者将"N" 分解为互质的因数，后者则用在重复质因数上。PFA也与nested Winograd FFT算法密切相关，后者使用更为精巧的二维折积技巧分解成"N" * "N"的转换。因而一些较古老的论文把Winograd算法称为PFA FFT。尽管PFA和Cooley-Tuke