之后将尸首逐一埋葬，却被政府军民政局抓起来并且关了好几天才释放。吉田村长被释放前还被警告，「这一次先放过你，再犯就准备脑袋搬家！」「要跟别的村民警告不准收尸！」（吉田村长的义行后来被立碑纪念表扬在饭盛山上）。这些腐尸除了受到凌辱之外，也引发大规模的传染病，因此若松城的民众不断的投诉当局，直到12月当局才以卫生条件的考量允许埋葬，但是当时仍然不允许树碑题词。而会津藩籓主仍在襁褓中的嫡子松平容大以及籓士们则被明治政府迁移到新设置的斗南藩（今青森县陆奥市）。当地苟延残喘的会津人则被抹黑称为「会贼」，至于腐尸所