后来吴将朱异领兵支援诸葛诞，王基受诏要迁到北山防守，但王基则认为这样会令人心不安，有损形势，上书劝阻，司马昭听从。后来诸军兵围寿春，城中粮尽，诸葛诞军昼夜突围，王基领兵迎击，大破对方。最终协助平定叛乱。司马昭在平乱后打算乘势轻兵进攻东吴，招引刚投降的吴将唐咨在东吴的家属，试图一举令东吴覆亡。但王基则认为魏军粮草不继，叛乱的影响还未消除，而且胜利后人人都轻敌，容易失败。当时已获得空前胜果，不应再进图。司马昭听从。战后任命王基为征东将军，都督扬州诸军事，进封东武侯。甘露四年（259年），转任征南将军，镇新野都督