丧失金厦据点后军力大幅受损，除郑经于闽南西征所建立的军队外，以屯兵方式为主的明郑军队于台湾并简化成约数万名，如五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部份。1683年郑氏王朝覆灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡唐山，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，最后防守台湾的明郑官兵共有37500名。
明郑是否属于南明分期.郑氏虽然奉明为正朔，但学界对于明郑是否属于南明却有歧见。将明郑视为南明的有：不将明郑视为南明的有：