失去了后盾，于1953年4月28日以叛国罪的嫌疑遭到逮捕。瓦西里被控以“诋毁党中央、散布反苏维埃言论、怠慢军务、渎职”等等罪名，遭到严刑拷问，最终全部承认了这些罪行。1953年12月，瓦西里的最后保护伞贝利亚失势被处决。新任苏联领导人赫鲁晓夫施行去斯大林化的政策，对斯大林的党羽进行清洗，瓦西里的处境日益恶化。瓦西里不得不向赫鲁晓夫和马林科夫写信求情，最终得到了从轻发落，判处8年监禁。在弗拉基米尔监狱中他的名字是瓦西里·帕夫洛维奇·瓦西尔耶夫。1960年1月11日，瓦西里被提前1年释放。苏联政府准许他