新非常疑心英国人借考察名义刺探情报为扩张做准备，斯坦因考察新疆时马绍武对他发放签证态度迟疑也正源于此，阻碍苏联探险队通行也是执行杨增新的命令。也可见马绍武对防止英国势力渗透南疆也是有功的。1927年喀什道尹病故，马绍武继任。1928年，杨增新遇刺，金树仁成为新疆首脑，马绍武出任喀什区行政长。在喀什执政期间，马绍武为在吐鲁番病故的马明心长女修建了拱北，并且分别在霍城霍尔果斯和绥定为马明心的另外两个死难的女儿修建了拱北，同时还出资帮助修建兰州东川、张家川宣化冈等地的拱北。他还与高赞派在新疆的“热依斯”（阿拉