位于金门、马祖两地的塔台以无线电对空广播，要求航班不要使用该航路。惟根本没有人理会；同时，台北政府并持续透过传真和信件与北京方面接触。1月5日，台湾媒体传经国号战机入驻澎湖，以反制中国大陆开通新航路，然而被中华民国空军否认。1月6日，中华民国国防部军备局发佈公告，于8日至10日举行实弹射击。台湾媒体认为此乃「反制作为」。同日，台湾《苹果日报》指新航路威胁空安，除中国大陆航空公司外，他国航空公司不会使用这四条航线；然而，实际上，四条航路中较早开通的M503南下航路确有部分国际航空公司使用。