于汉藏语系。双方之间的争议主要在于，苗瑶语与汉语之间存在不少语音、语义都有对应关系的字词，主张苗瑶语属于汉藏语系的学者认为这些词是同源关系，主张苗瑶语独立的学者则认为是借词。陈保亚的《论语言接触与语言联盟》提出了区别同源词和借词的方法，并运用该方法对汉语和侗台语的对应关系词进行分析，认为汉语和侗台语之间是语言联盟，而非同源；而汉语和苗瑶语之间则是同源关系，只是分化年代非常遥远。由于苗瑶语系和南亚语系的数词明显同源，多家学者的最新研究都认定两者应该归爲一个语系，沙加尔视之爲东亚超级语系的南支，谢尔盖·