共产党中央政治局常委的李长春在出访爱沙尼亚时曾指，文化交流对中国与爱沙尼亚的双边关系有着重大的意义。1993年，中华人民共和国与爱沙尼亚共和国早前签订的教科文合作协定生效；此后，两国均有大量的艺术家访问对方国家，并在对方国家举办展览。爱沙尼亚的塔林大学孔子学院设于2010年9月，是第一所设于波罗的海国家的孔子学院。中国是爱沙尼亚继欧盟、美国、俄罗斯后的第四大留学生来源，不少中国留学生就读爱沙尼亚的大学，亦有爱沙尼亚学生在华求学。自1994年，中国政府开始提供助学金，资助爱沙尼亚学生赴华学习汉语；北京外国语大