有限公司的直属站段之一，于2004年年底由原南京站、南京西站合并而成。2006年3月21日起原南京北站建制划归南京直属站管理，2011年3月28日改由南京东直属站管辖。曾管辖京沪铁路、仙宁铁路、沪汉蓉客运专线、南京客（货）线、沪宁城际高铁、京沪高铁、宁安客运专线南京境内的客运车站以及宁杭高铁江苏省内的车站。原南京直属站还曾经管辖宝华山站，2011年10月22日移交给重新成立的镇江直属站管辖。目前南京直属站管辖以下车站：