1998年，蔡瑞月荣获昆士兰科技大学博士学位。2000年开始，蔡瑞月进行一连串的舞作重建工作。2001年蔡瑞月回到台湾，之后频繁往返澳洲和台湾；2005年病逝于澳洲。蔡瑞月所创办的中华舞蹈社曾经一度因为台北捷运施工而将被拆除，但在当时台北市市长陈水扁的坚持下被保留。后又因台北市政府控告佔用，经蔡瑞月文化基金会董事许阳明、陈林颂拟定朝向空间公共化，并获得董事会的认同后，展开古蹟的陈请与宣传游说，获得舞蹈界与艺文界的认同。1999年蔡瑞月舞蹈社被台北市政府指定为市定古蹟，但遭火焚毁，2003年才告复原，