分成描写「DC战争」和「L5战役」的第一部（OG1）和讲「监察官事件」与「影镜叛乱」的第二部（OG2），其中OG2的部分有追加新剧情。OG2部分破关后，能游玩接续OG2结局的「OG2.5」。OG2.5是OVA版动画《超级机器人大战ORIGINAL GENERATION THE ANIMATION》追加新剧情的作品，但OG2.5本身的故事并没有完结，在之后发售的PS2用游戏《超级机器人大战OG外传》上收录了它的完整版。剧情长度合计达到104话，超越《超级机器人大战IMPACT》的101话，为超级机器人大战