幕府签订《日美和亲条约》，归国途中在那霸停泊并与琉球缔结《琉美修好条约》。培理此行曾在台湾基隆停泊约十日间，登陆勘查基隆煤矿，测量基隆港的港湾地势。培理返国后，提出报告力陈台湾适合作为美国的远东贸易中继站，台湾有如围绕佛罗里达半岛和犹加敦半岛、制御墨西哥湾的古巴，主张加以佔领。
晚年.佩里晚年一直忙于为自己的日本冒险经历着书立传。1857年12月28日，着作完稿。他担任的最后一个职位是Naval Efficiency Board。1858年3月4日，也就是卸任该职位才满2天时，