方法加固地基，但日久之后仍然出现北部地基下沉的问题，宫殿地势前高后低，风水不吉。此外内宫在下雨时容易形成内涝，排水不易，比如正德年间后宫兴宁宫“前除积水几尺”。同时宫城位于南京城东偏，距离城外过近，尤其是紫金山居高临下，俯瞰宫城，因此在战时不易防卫。建文二年（1400年）九月，京师皇城承天门失火，建文帝采纳翰林院文学博士方孝孺的建议，改谨身殿为正心殿，午门改名为端门，端门改名为应门，承天门改名为皋门，正阳门改名为辂门。建文四年（1402年）六月十三日，燕王朱棣率军攻破应天，建文帝在宫中举火，烧毁奉先殿，