讨起事的原住民部落，再于同年5月5日启程前往台湾岛。尔后，他们沿着台湾东海岸来到鸡笼湾，并砲轰鸡笼岛上的原住民聚落以佔领该岛。随后，他们在5月16日正式举行天主教仪式宣佈佔领鸡笼岛，命名为圣萨尔瓦多岛，并在该岛建立圣萨尔瓦多城作为统治中心，开启了台湾西班牙统治时期。到了1627年，由于粮食短缺，瓦德斯派20名士兵前往淡水河，欲和圭柔社（Senar）原住民收购粮食。然而，西班牙军停留了1、2个月后，却遭附近部落联合反抗，队长及7位士兵被杀，其余人则逃回鸡笼。1628年，瓦德斯派100名士兵进攻，原住民不敌而逃