战争爆发，他被日军关押在北京，直到1945年8月获释，继任燕大校长（后为校务长）到离开中国。这期间燕大也被迫迁往成都，借用华西协和大学的校园。
美国驻华大使.1945年秋天重庆谈判期间，曾被毛泽东宴请。1946年7月10日，美国总统杜鲁门任命燕京大学校长司徒雷登为美国驻华大使。任期恰好是整个国共内战时期（1946年－1949年），同时仍担任燕大校务长之职。7月15日，司徒雷登由北平飞往南京。7月19日，司徒雷登在庐山牯岭蒋介石行馆向蒋呈递国书，7月20日司徒雷登返回南京。11月4