部分都顺利转移给了中华民国，不少由清政府开办的海军学校及其训练出的海军军官均继续向易帜后的新政权效命。中华民国成立后，海军舰艇由海军部指挥。虽然海军部多度提出扩军计划，然而受限于经费不足，加上后来国家进入延绵日久的军阀混战，海军发展进入停滞期。同时孙中山领导的中华革命党以护法运动为号召，多次策反北京政府的海军改帜，更加剧海军内部的分裂状态。停滞期间因中国参与第一次世界大战成为胜利国，才让当时海军获得第一批战舰；但随后又因中国陷入南北内战，1918年后世界各国决定对中国实施武器禁运，海军建军进入死寂状态。