反对此举并辞职，茅以升接任。国立北洋大学名称被取消，改为国立北平大学第二工学院，简称国立第二工学院。1928年10月6日，由于反对声浪极大、经费庞大、事权不统一等原因，蔡元培请辞中华民国大学院院长职务。10月24日，大学院及相关制度遭撤销，北洋大学、北京大学等学校开始谋求从北平大学体系脱离并独立建校。1929年3月31日，北平大学第二工学院遭受火灾，学校的教学大楼、图书室及水力研究室、材料试验室、地质标本室、矿石陈列室、图画讲室等均被焚毁，起火原因未能查明。灾情发生后，时任院长茅以升争取到庚子赔款进行修缮