育部以“发展西北高等教育，提高边省文化”为由，命令西安临时大学南迁汉中，改为国立西北联合大学，临时大学农学院改为西北联大农学院。同年7月，西北联大农学院与国立西北农林专科学校合并，组建国立西北农学院。
重建.1946年10月，北京大学在北平复学，于原北平大学农学院院址重建农学院。北京大学农学院汇聚了一大批学界才俊，并建立起比较完善的院系体制，为当时全国农业院校之冠，其中，土壤肥料学系和兽医学系更是国内仅有。1949年7月，辅仁大学农学院并入北京大学农学院。Section::