在多年的批评声浪中，马古利斯逐渐因她对推行内共生学说的坚持不懈而着名。她在1970年的着作《真核细胞的起源》（"Origin of Eukaryotic Cells"）当中，更进一步的描绘了有关于胞器起源的理论。到了1980年代，科学家们发现在粒线体及叶绿体两种胞器内，藏有属于它们自己DNA，且与藏于细胞核内的DNA并不相同。此发现使内共生学说得到了支持。到了现在，主流生物学界已经普遍接受内共生学说。英国新达尔文主义生物学家理查德·道金斯曾经如此评论马古利斯与她对内共生学说的研究：