开始纠正各种失误，并发布“高教六十条”，整顿全国高等院校，一系列措施使华工的教学质量得到提高；同年，华工开始接收蒙古、北越等国的留学生。1962年，韶关和湛江两所分院被撤销；同年8月，华南工学院和华南化工学院重新合并为华南工学院。1966年6月，文化大革命爆发，华工的教学科研工作几乎全部停止，新生招收也被迫暂停。华工校内成立了多个红卫兵组织，其中造反派组织“华工红旗”曾获周恩来肯定为“革命左派”，为广州的“三面红旗”之一；学校亦发生过多起武斗事件，1967年8月，两派群众组织在图书馆大楼武斗时纵火更导致