任职浙江期间，爱民洁己，剔奸除弊，抑制势豪，峻绝馈赠，轻省赎锾，风裁凛凛，并荡平巨寇胡乘龙等，使势豪绝迹。乡里承平，人人赞颂；浙江人建生祠奉祀，称之为“卢菩萨”。
隆武朝.崇祯十七年（1644年）福王朱由崧建都南京，擢卢若腾为凤阳巡抚。卢若腾见马士英、阮大鋮等奸臣擅权，因而託辞不赴任。次年，唐王朱聿键即位于福京（今福建福州），下旨征辟卢若腾为都察院右副都御史，巡抚浙东温、处、台、甯四州，若腾单骑赴任。南明隆武元年（1646年）九月，卢若腾到赴温州上任，统帅军队北伐。以总兵贺君尧