引致印尼对抗和菲律宾索取沙巴主权之纠纷。新加坡在马来西亚内2年，由于政治见解不同，终于在1965年8月9日脱离，宣告独立而成为独立之新加坡共和国。
独立后的诸多挑战.在马来亚独立时，具备着很好的经济优点。它是世界上三个重要商品（橡胶、锡和棕榈油）最重要的出产国之一，也是重要的铁矿石出产国。这些出口工业给马来亚政府提供稳定可靠的盈余，可用来投资于工业发展和基础建设项目。虽然巫统不是一个社会主义党派（可是绝对是种族主义政党），但如同其它发展中国家，马来亚于1950和1960年代非常看重