栽培。孔令晟中学就读东吴大学（今苏州大学）附属中学，与蒋纬国同年但不同班，升学以插班方式进入苏州中学化工科就读，民国二十三（1934年）年毕业，同时考上交通大学与北京大学，因自身志向在理论化学，因此决定进入北京大学，师从钱思亮。1935年，就读北京大学化学系（偏理论化学）二年级导师钱思亮先生。因成绩优异在大学前两年均为杨莲府纪念奖学金得主。1937年，对日抗战爆发，北京大学迁校至湖南省长沙。因自身意愿决定肄业投笔从戎，进入胡宗南在长沙筹设的军官训练班训练，后该班随胡宗南转入西安，成为中央陆军军官