加强边防，休养生息，修建临河堡等卫城。对待鞑靼，黄嘉善主抚，重开贡市。授三边总督。万历三十九年（1611年），鞑靼进犯、延绥、宁夏、甘肃三镇，黄嘉善亲自登城约战，并率军出击，获得胜利。万历四十六年（1618年），后金兵破抚顺，朝廷大震。廷推黄嘉善为兵部尚书，条上战守机宜。次年十一月起在家养病。万历四十八年（1620年）七月，神宗病危，首辅方从哲偕尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、黄克缵等受顾命。九月，即位不足一个月的光宗亦驾崩。兵科都给事中杨涟弹劾黄嘉善八大罪，嘉善随即被免职。天启四年（1624年）十一月