3年7月，黑田清辉经由美国返回日本，以美术教育者身分而活跃。1894年、黑田清辉与久米桂一郎开设洋画研究所天心道场。1896年、离开明治美术会，创设白马会。1898年，黑田清辉就任东京美术学校教授。1900年，黑田清辉的画作《智・感・情》在巴黎举行的世界博览会展出，获得一枚银牌。1910年10月18日，黑田清辉获选帝室技艺员、歴任帝国美术院（日本艺术院前身）院长。1917年，黑田清辉继承子爵。黑田清辉于第5回贵族院子爵议员选挙中当选议员、1920年，黑田清辉就任贵族院议员。1923年，他被授予法国荣誉军团勋