转任少府、太仆。后黑山贼张燕进攻河内郡，进逼京师，朱儁受命为河内太守，率家兵击退张燕。后拜光禄大夫，又转任屯骑校尉，累迁城门校尉、河南尹。董卓把持政权后，对朱儁颇为忌惮。初平元年（190年），关东州郡起兵讨伐董卓，令董卓颇为恐惧，想请公卿们商议，迁都长安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁异己，但贪图他的高名，于是上表奏请朱儁为太仆，并作为副相国。使者欲宣诏命，朱儁坚决推辞，使得董卓不再有遴选副相国的打算。董卓迁都长安后，朱儁留守洛阳，当时朱儁正与关东诸将交通，图作其内应，但及后因惧被董卓袭击，于是弃官逃奔