激起民变，高淮遂诬逮诸生数十人，山东巡按杨宏科上疏申救，请求释放诸生。二十九年（1601）八月，又诬劾辽东总兵马林，致前屯卫（今辽宁开原东北）、金州（今辽宁锦州）、松山等地戍军哗噪。他奔逃回京，诿过给同知王邦才、参将李获阳，不久李获阳死狱中。后由蓟辽总督蹇达上疏揭发，万历三十六年（1608年）被召回京师。