于高雄县小港乡（今高雄市小港区）的大林蒲凤鼻头，曾就读高雄市仁爱国小、五福国中以及高雄中学，于台大资工系就读时，曾任台大BBS站椰林风情站长；因为校方对于BBS站内容有许多管制，杜奕瑾生起想要自行架设BBS的想法。1995年大学二年级时，在宿舍内以一台486个人电脑，利用Linux及开放原始码软体架设了BBS站批踢踢（PTT），担任创站首任站长，其个人网路代号为与站名相同的「ptt」，并在台大成立BBS研究社负责推广BBS与推展自由软体。当时的资策会执行长和台大资讯系教授林逢庆为首位指导教授，林智仁老师为第