，郑芝龙、郑鸿逵兄弟于福州拥戴唐王朱聿键称帝，于同年闰六月（清历为七月）改元「隆武」。隆武政权成立后，郑森得隆武帝赏识，封忠孝伯、御营中军都督，赐「国姓」朱、改名「成功」、仪同驸马；郑鸿逵之子郑肇基，亦受赐国姓；这就是世称郑成功「国姓爷」的由来。南明隆武二年（1646年，清顺治三年）起，郑成功领军多次奉命进出闽、赣，与清军作战，颇受隆武帝器重。然而真正握有军政大权的郑芝龙，却无意全力抗清，甚至在清军南下福建时，命令仙霞关守将施福（又名施天福，施琅族叔）将军队撤回隆武朝廷所在地福州。此举导致清军攻入闽