此折叠密码并不是决定蛋白质折叠的唯一因素。
蛋白质折叠的预测.折叠密码需根据蛋白质一级结构（下文称“对象”）预测出三级结构来确定。以下为预测的两种方法。
"假设法".此法在假设折叠后蛋白质的分子构象为热力学最稳定，能量最低状态的基础下，使用分子力学的能量极小化方法，预测对象折叠后的结构。
"规律法".此法先从已有的蛋白质一级与三维结构之关系找到规律，再用该规律推测出对象折叠后的结构。
蛋白酶解（Proteo