宁残留的汉人中，也是老弱妇孺占大多数，青壮年都被杀光了”。关于伊宁事变中被害的汉回平民数量至今没有准确的统计。
平乱.1944年9月，盛世才被调离新疆后，蒋介石改派吴忠信就任新疆省长，并把下属各厅厅长都换成国民党员。蒋介石命令马步芳派一个军的骑兵驻扎在新疆各地，平定东突厥斯坦独立运动。国军调集大批部队，“死守大迪化”。国军第八战区副司令长官兼参谋长郭寄峤奉命抵达迪化，将新编第46师部署在绥来并成立前线指挥部。民族军和国军在玛纳斯河沿岸对峙，新46师师长徐汝诚担任指挥官，以玛纳斯河为