居民为了逃避质问和侵扰，纷纷移居邻近的卡纳塔克邦、门格洛尔和卡尔瓦。16世纪，当其他欧洲列强抵达印度时，大部分葡萄牙的属地被英国和荷兰取得。葡萄牙在印度的属地只剩下沿着印度西海岸少数几个飞地，果阿是其中最大的一个，并且很快成为最重要的海外属地，被赋予与里斯本同样享有的地位特权。葡萄牙殖民当局鼓励葡萄牙人与本地妇女通婚，在果阿定居，成为农夫、商贩或工匠。这些已婚男子很快成为特权等级，果阿也因此拥有相当数量的欧亚混血儿人口。随后，议会成立，维持与葡萄牙国王的联系。1843年，果阿的首府从果阿旧城迁往帕纳吉。