使唐绍仪的随团参赞。再次回国后，王建祖担任了苏州财政监理官。民国初建，王建祖出任北京大学教授兼法科学长，为时数年。1913年，法政科改称法科，林行规、王建祖、黄右昌相继为法科学长。他弟弟彦祖也是法科教授。当时，北大有4位学长，其他3位是——文科学长陈独秀、理科学长夏元磲、工科学长长温宗宇。孙中山的广东军政府成立后，他担任财政部次长，此后历任菲律宾实业银行总经理、上海特区临时法院推事等职。1927年后，王建祖担任司法院秘书、最高法院推事、行政法院评事。尽管公事繁重，他还承担了培训法官、讲授法律课程的重