超过二百年的医院骑士团被鄂图曼土耳其帝国逐出罗德岛。查理五世决定将被西班牙统治的马耳他，永久租让予医院骑士团，即现今的马耳他骑士团，这也是马耳他岛成为一个独立政体的开始。1551年，巴巴里海盗奴役马耳他附近的岛屿戈佐岛的所有5,000人口，并将他们送往利比亚。1565年，鄂图曼帝国与医院骑士团发生全面战争，并发动对马耳他的围攻。当时鄂图曼拥有地中海最强的海军力量。骑士与马耳他的平民奋力抵抗鄂图曼的进攻，结果马耳他岛上绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。但骑士团的抵抗阻延了鄂图曼军的攻势，结果马耳他坚