中国与现在的印度尼西亚很少有直接的联系。中国和印度尼西亚群岛的贸易掌握在印度尼西亚人手里，由西洋文中中国商船的标准名称「junk」来源于爪哇语「jong」中可看出端倪。「jong」在爪哇语中用来描述那些从中国南部长途跋涉到东南亚的商船。中国的史料中有僧人义净在5世纪经过这一地区去印度的记载，唐朝时也一度与印度尼西亚王国有频繁的联系。中国人是爪哇最早的伊斯兰传教士，而现在的大多数印尼华人却不是穆斯林。有一种说法认为，在15世纪的时候，是郑和等中国商船将伊斯兰教带入印尼。另外一种说法认为是印度人将伊斯兰教带