改任浙军第6师师长。1913年（民国2年），任嘉湖戒严司令，1914年（民国3年）转任嘉湖镇守使。1915年（民国4年）12月，袁世凯称帝，吕公望获封一等男。护国战争爆发后的1916年（民国5年）4月，吕公望起事，驱逐了态度暧昧的浙江将军朱瑞，发表浙江省独立宣言。此后，吕于同年7月被浙江省内各界推为浙江督军兼巡按使，获北京政府追认。1917年（民国6年）1月辞任，同年7月张勋复辟之际，随段祺瑞讨伐张勋。其后，转投护法军政府，1918年（民国7年）8月，被任命为援闽浙军总司令。1920年（民国9年），任广