吉翁公国」向统治地球圈的地球联邦政府发动独立战争，史称「一年战争」。开战初期，吉翁公国军以新开发的巨大化人型武器「机动战士」，成功重创使用传统武器的地球联邦军，并展开大规模降落作战，佔领地球上大部份地区。为了对抗吉翁军的「机动战士」，联邦军亦自行研制「机动战士」，并配置到部队中进行对抗。游戏故事主要围绕两支小队：联邦军的「MS特殊部队第三小队(日文：MS特殊部队第3小队，英文：Special Forces, 3rd Platoon)」和吉翁军的「MS特务游击队(日文：MS特务游撃队)」的各项作战任务。