生赶到疫区，参与防疫工作，3个月控制了疫情。1911年4月，在奉天（今沈阳）召开了国际防疫大会（又称“万国鼠疫大会”)，此为中国举办的首个国际医学科学研究会议。在会上，伍连德任中国首席代表，并任会议主席。全绍清为中国代表团第二号人物。因防疫之功，全绍清被德国皇帝授予铁十字勋章。1912年，全绍清留学美国霍普金斯大学。1913年，他到哈佛大学进修公共卫生学。1913年，他作为中国政府代表，到伦敦参加了国际红十字会会议。会后，他回到天津北洋医学堂任医学教授。1914年，他任中国军队军医署长和北洋军医学堂校长