任职，三次升迁，直至祭酒。至此林氏祖孙三代林瀚、林庭机、林燫均担任祭酒一职，为史上独有。之后，改为礼部右侍郎，担任日讲官。不久，再迁吏部侍郎，调任南京，兼署礼部事务。当时魏国公徐鹏欲废长立幼，林燫持不可。万历元年（1573年），升任南京工部尚书，改南京礼部尚书。因母丧离职，服阕，因父老乞归养。卒赠太子少保，谥文恪。
家族.福州东林家族在明朝一季，共有八位进士，其中有五位官至尚书。史称「三代五尚书，七科八进士」。曾祖父林元美，知府 累赠南京兵部尚书 加赠光禄大夫 加赠太子太保工部