7年7月卸任，翌年初当选「三民主义统一中国大同盟」主委。曾多次赴美与中国大陆留学生、学者座谈，并曾邀请五位大陆留学生访台。2000年4月曾回大陆地区扫墓祭祖。马树礼通晓多国语言，包括英语、日语、马来语和印尼语等，岳父为顾祝同。马树礼于2000年中华民国总统选举中，以国民党党员身分支持脱离国民党独立参选的宋楚瑜，后因许多国民党党员反对处分马树礼而未遭党纪处分。2006年7月19日病逝于台北市立和平医院
着作.马树礼所编着《印尼独立运动史》等书，被学界公认为以华文撰写的印