永历年号，礼遇众多明朝宗室。佔领台湾之初，郑成功设立京畿承天府，并以新港溪为界，北路为天兴县、南路为万年县。郑成功由于岛内粮食不足，郑氏军队各营各镇部队，分批在嘉南平原、屏东平原上屯田开垦，故该地区留下带有「营」、「镇」、「劲」、「协」等称号的地名（例如左营、前镇、柳营等），延用至今。1662年，三十九岁的郑成功病逝之后，因乱伦而被罢黜的王世子郑经从思明州率军返回东宁，打败了叔父郑袭，由于无法再得到明朝皇帝的敕令，于是自行嗣延平王位及大明招讨大将军之职。郑经稍后将所有留守厦门的郑氏残存势力撤到台湾，将天