供奉释迦牟尼佛及观音、妈祖、昭君娘等神佛。2005年报导时，寺方主委余文秀说原本不知寺中奉祀有昭君娘娘，十七年前无意间在曾任主委的父亲遗物中，发现建寺由来手稿，推敲可能是先民希望借由供奉「平番」有功的王昭君，祈求平安。他调查过寺方附近的坟茔有被原住民出草的死者，后世子孙祭拜时只烧金纸、不带牲礼，理由是祖先无头无法进食。2009年採访时，他则表示曾遍查全台湾各地庙宇，发现只有新莲寺供奉王昭君。该王昭君神像造型为手持朝笏，与大众认知的怀抱琵琶形象截然不同，寺方也不知为何。管理委员会讨论并掷筊后，决订改成