政府财政困难，少有补贴，造成代用国中严重亏损，以致多所私中纷纷退出。目前全国仍有四所代用国中，人事费、办公费全额由教育部补助。每年领用教育部数亿经费，被教育界质疑资源分配不公。
功能定位.依据中华民国教育部说明，代用国中属性是私立学校，运作、功能比照一般公立学校。其人事费、办公费，全额由中华民国教育部补助。
历史.代用国民中学始于民国57年（1968年）台湾省实施「一乡一国中」政策时，蒋中正政府面对财源短缺、筹建学校不易等情况，由台湾省政府教育厅征用省内