007年，巢鹏飞转会加盟愉园。2009年夏天，因愉园放弃绝大部分原有球员，改组「青春班」，巢鹏飞遂「上山」加盟南华。由于在南华效力一季，大部分时间都屈居后备，巢鹏飞表示希望有较多的上阵机会，故加盟另一支香港甲组足球联赛球队晨曦。2011年夏天，巢鹏飞转投流浪。2011年冬季，杰志为增加兵源调动应付联赛及2011年亚协盃，向流浪借用巢鹏飞至季尾。2012-13年度球季，巢鹏飞转投屯门。2013年，巢鹏飞重返愉园，至2014年1月7日因涉嫌打假波遭廉政公署拘捕。之后，巢鹏飞转投另一甲组球会流浪。2014-15年