1996年的降级之后，丰克尔转投德乙俱乐部杜伊斯堡。1996年4月8日，丰克尔作为的继任者，在杜伊斯堡展开执教工作。随后不久，他便率队成功升入德甲，并连续三个赛季保级成功。1998年，他的球队甚至进入了，却以1比2不敌拜仁慕尼黑。杜伊斯堡于1999-2000赛季的表现则不尽如人意；当丰克尔的球队跌落积分榜末席，他于2000年3月24日离任。]2000年9月19日，丰克尔接掌了当时排名尚处于降级区的德甲球队汉莎罗斯托克。在他的管理下，罗斯托克在当季德甲提前三轮保级成功。至2001-02赛季，其胞弟亦被