追击慕容永，在太行大败对方。然而当朱序追击至白水时，翟辽又打算进攻洛阳，朱序被逼退还并击退翟辽。及后就留兵戍守洛阳，自还襄阳。后朱序屡次以老病请求解职，但都不获准许。太元十七年（392年）十月，朱序再度上表，朝廷下诏不受，朱序于是自行离职。数十日后向廷尉自首，但朝廷下诏原谅，雍州刺史亦为郗恢所代。太元十八年（393年）朱序去世，赠左将军、散骑常侍。