以博英达赉为首的内蒙古人民共和国临时政府后，乌兰夫在中共的领导下，发动内蒙古群众的自治运动；并组织成立了内蒙古自治运动联合会，乌兰夫并出任主席、兼军事部长。后又任内蒙古人民自卫军司令员兼政委、内蒙古军政大学校长等职。1947年5月，乌兰夫又领导组建内蒙古自治政府，并被选为主席。此后，他历任中共内蒙古工委书记、自治区政府主席、内蒙古军区司令员兼政委、中共中央东北局委员；其间，完成了内蒙古地区中共的政权建设、军队建设、和共产党组织的发展；他还指挥部队消灭了内蒙古地区的土匪和地方反对势力的武装，并参加内战中的辽沈