乱后天下大乱，恐怕不能立足于乱世，所以议论朝政时都婉转发言。永嘉五年（311年），朝廷下诏命荀组改任侍中，领太子太保，但未拜官即发生永嘉之乱，荀组和荀藩等人都在前赵军队攻到洛阳前出走。怀帝被俘后，荀组等人在荥阳密县建立行台，同时佔据冀州和幽州的大司马王浚图谋称帝，趁机假立太子，承制授荀组为司隶校尉。荀组则与荀藩移檄天下，以镇守建康的琅邪王司马睿为盟主。同时荀藩、荀组和阎鼎亦协助秦王司马邺西入长安。但二荀不愿随行入关，在途中逃回。永嘉六年（312年），司马邺于长安称皇太子，任命荀组领司隶校尉，行豫州刺