政府认为两国论是为李登辉总统延任案护航；而在美国政府施压之下，台湾时间1999年8月20日上午，李登辉向他明确表示，总统延任案不可行。有趣的是，反而是属于传统独派阵营的部分政治势力，对于李登辉的「两国论」仍然有相当程度的不满，见施正锋(1999)及郑邦镇(1999)。这是因为两国论仍然承认中华民国在台湾的统治合法性。根据童振源(1999)的资料，从1999年7月9日一直到8月6日，台湾民间共有7项相关民调，同意两国论者为43%至74%，反对者只有18%至30%。
参考文献.