1949年，马晓军迁居台湾。此后继续担任立法委员。马晓军还曾任侨务委员会委员。1959年2月23日夜，在探访白崇禧归来途中，马晓军被美军军车撞成重伤，送医院经抢救无效死亡，终年79岁。马晓军的骨灰葬于阳明山管理局士林镇（今台北市士林区）大直山。白崇禧题写了《立法委员马翰东先生墓表》及《马晓军行状》。国葬举行时，蒋介石题词：“志业长昭”。1995年农历八月初四日，按照马晓军的遗愿，其骨灰迁葬家乡容县松山镇慈堂村高樱岭。