迁都后，明成祖单独设置京仓及通州仓等，并以户部官员进行管理。宣德五年，明宣宗命李昶以户部尚书衔专督其事，后成为定制。此后，或者以户部尚书衔、或者以户部侍郎衔，均不负责户部事，而专责管理仓场。嘉靖十五年，明世宗又命兼督西苑农事。隆庆初年，罢免兼理西苑之事。万历二年，明神宗另拨户部主事一人陪库，每日偕与管库主事收放银两，每季终更替。万历九年裁革，命本部侍郎分理。万历十一年再次恢复。万历二十五年，以户部右侍郎张养蒙督饷辽饷。万历四十七年，增设督饷侍郎。天启五年，又增设督理钱法侍郎。崇祯年间，有督辽饷、寇饷、宣大饷