《大学衍义》、《贞观政要》等书进讲，邓文原后来因病请辞返家。泰定二年（1325年），入朝拜翰林侍讲学士、中奉大夫、知制诰同修国史，后又以生病辞职。泰定三年（1326年），邓文原任岭北湖南道肃政廉访使，但因生病而没有赴任。泰定四年（1327年），作行书跋褚遂良《倪宽赞》。天历元年（1328年），邓文原去世，享寿七十一岁。《元史》载至顺四年（1333年），朝廷追赠邓文原为江浙行省参知政事，谥文肃。《新元史》则是至正九年（1349年），邓文原的弟子集贤院大学士冯思温上奏说邓文原经筵旧臣，应该要加以恩礼。于是赠