4,000呎下降前往梳邦机场时，机长向梳邦机场塔台报告有「不明的劫机者」登上飞机，塔台立即知会有关当局在机场进行紧急情况预备工作。约几分钟后，机长指飞机「正前往新加坡」，但飞机并没有在新加坡降落。晚上8点15分，马来西亚航空653号班机与梳邦机场塔台通讯中断。晚上8点36分，丹绒古邦 Kampong Ladang 的居民报告有爆炸声，在沼泽上发现燃烧残骸，后来确认是马来西亚航空653号班机。机上无人生还，所有尸体都不能辨认；飞机以近乎垂直的角度及非常快的速度撞向地面。
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