驶入日本声称拥有的海域，蔡明耀遂在9时5分以「外交途径交涉」为由令「和星舰」后退至钓鱼台12浬之外待命，其后「和星舰」撤离；不过部分人士认为，「撤舰令」不太可能由蔡明耀一人决定，内情并不单纯。「和星舰」撤离事件被报导后，立法院多名立法委员向立法院长王金平及行政院长刘兆玄请示「宣示主权」，并且质询「撤舰令」是谁下达。刘兆玄回应时表示，他并没有下达「撤舰令」，相信是日本事务会不经外交部指示下自行下达「撤舰令」，他对之深感不满，并考虑是否有撤销日本事务会的必要。其后立法院国民党团邀请外交部次长夏立言、海巡署副