菽在报刊上以《为心理学辩护》等为题，接连发表文章，竭力争取社会对心理学的了解、重视和支持，并鼓励心理学的同仁知所奋勉，在当时特定的环境下仍要认清心理学的价值所在，并要敢于知难而进，有所作为，共同来开垦中国科学领域中的这一“半荒区”。1944年，潘菽和梁希、涂长望、金善宝等，联合包括竺可桢、李四光等着名科学家在内的一百多人共同发起组织了“中国科学工作者协会”。1946年5月，潘菽和许德珩、涂长望等在重庆创立九三学社。1949年8月国立中央大学改名国立南京大学，潘菽任国立南京大学心理系教授兼系主任。