为根据地，并约在1617年于赤崁首次筑城。后来的西班牙地图标註此地为「汉人渔民与盗贼（lugar de chinos pescadores y ladrones）」的5000人聚落。
荷兰统治时期.1624年，原佔领澎湖的荷兰东印度公司在海商李旦的调停下，和明朝福建巡抚南居益达成协议，放弃其在澎湖的经营，转而登陆台湾南部。赤崁城是荷兰人在台湾发展时修筑的，他们先向西拉雅族新港社取得土地，规划了赤崁市街，后来在市街北修筑同名的小堡垒，可容100人。后来才扩大规模，最终于1653年完工