恩寺被北王韦昌辉下令炸毁，仅存一青铜色塔刹（1930年代后失踪）和8米高的石碑。相传建造亲该塔时曾一式烧制三份琉璃构件，一份用来建塔，两份埋入地下用于替换。1958年在眼香庙、芙蓉山、窑岗村一带出土的大批琉璃构件上多带有墨书的字号标记。构件现分藏于中国国家博物馆、南京博物院和南京市博物馆。2004年后南京市政府开始筹划复建事宜，2007年，大报恩寺遗址公园正式启动建设。2008年8月7日，在南京大报恩寺遗址出土的铁函中发现了七宝阿育王塔，内藏“佛顶真骨”。被评为2010年度全国十大考古新发现。大报恩寺重