州县制。滁州市境内属淮南路，后淮南路分东西路，滁州市境内各州自东向西分属淮南东路（辖滁州、扬州、泗州）及淮南西路（辖濠州）。南宋沿袭北宋建置外，另设盱眙军、天长军、招信军。元立行省制，下设路、州、县。滁州市境内属河南江北行省，下设扬州路（辖滁州）、淮安路（辖泗州）、安丰路（辖濠州）。明立承宣布政使司制，下设府（州）、散州（县）。凤阳县成为明帝国都城，称“中都”。不久后中都营造中止，滁州市境内直属京师（南京）管辖，设滁州（辖州城、来安县、全椒县）、凤阳府（辖凤阳县、临淮县、定远县、盱眙县、天长县）。