至1999年通过〈台湾前途决议文〉以来的主流路线。他说，民进党在执政前，讲「台湾已经独立」；现在民进党执政近八年，台湾反而从「已经独立」变成「还没独立」，当然是台独理论的大倒退。2007年9月26日，周奕成说，「教育本土化」是必要的，但未必都能称为去中国化；不能把教育本土化的议题当成政党对抗的题材，但蓝绿政党在这一点都非常糟糕：蓝绿双方都不是真的关注教育内容，而是不停地怪罪对方、互相扣帽子。他说，教育本土化和机构的名称，其实都是可以理性讨论的；怎么样最符合事实，怎么样最符合国家利益，应该就个案逐项来讨论