健康组织所产生的状况。导致各个疾病的确切基因尚未被完全分离出来。然而，一些实验方法，例如全基因组关联分析已被用于辨识某些遗传风险变异。专注于基因组分析和家族特征遗传分析的研究，让科学家能够进一步了解自体免疫性疾病，例如是1型糖尿病和类风湿型关节炎，它们的病原，。
环境因素.人们开始察觉到许多环境因素对自体免疫性疾病的发生，或是催化，有直接的影响。当前的研究显示，有高达70％的自体免疫性疾病是受环境因素所引起，包括：化学物质、感染、饮食、和肠道。下列的任一情况都很有可能是导致自体免疫性