华民国接收台湾，该建筑续由高雄市政府使用。民国81年（1992年）1月18日，高雄市政府搬迁至苓雅区四维三路2号之「合署办公大楼」（即今之高雄市政府四维行政中心），旧市府建筑正式功成身退，最后一位在此办公的市长为吴敦义。为保存高雄市相关历史资料，高雄市政府在市府旧址筹备「高雄市立历史博物馆」，于民国87年（1998年）10月25日开馆，成为台湾第一座由地方政府经营的历史博物馆。其建筑本体于民国92年（2003年）2月26日经高雄市政府公告为高雄市历史建筑，民国93年（2004年）10月18日改公告为