只好脱下戎服，派使者向王敦求和。同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。但刁协因年老而不能骑马，亦对人无恩情，元帝召募刁协随从时竟然全都推辞。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里；刘隗则领家属北逃至后赵。不久在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史张茂。
专掌朝政.司马睿后命令百官到石头城见王敦。及后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公；王敦假意辞让。王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人都支持他，王敦