。崇祯十五年，朝廷大臣交相举荐，皇帝召他回朝。御史曹溶、给事中黄云师又称不应该任用他。皇帝不听，任命他为南京礼部左侍郎。明朝灭亡后，福王朱由崧立位，他晋升为本部尚书。当时尊奉福恭王为恭皇帝，准备商议庙祀，顾锡畴奏请另外设立专门的庙宇。不久，请求增补建文帝的庙祀谥号、明景帝的庙号和建文朝忠臣的赠封与谥号，朱由崧都依从了他。东平伯刘泽清称：“宋高宗在南京即位，立刻在靖康二年五月确立建炎纪元，遵从民众的愿望。我请求从今年五月改为弘光纪元。”顾锡畴明确地说诏令已经颁布，不能追悔更改，才作罢。当时确定大行皇帝的庙