丘基萨卡发动叛乱反对苏克雷。为了避免内战和国家分裂，他在1828年8月2日辞职，并离开基多，回到大哥伦比亚。他原先打算退出政治。1828年末，玻利瓦尔敦促苏克雷接替他，他一直认为苏克雷是自然的继任者。他先前曾告诉他，。1830年初苏克雷出任大哥伦比亚共和国议会主席，当时共和国内部分裂主义活动加剧，委内瑞拉和厄瓜多尔要求脱离大哥伦比亚而独立，他维护统一，反对分裂。在苏克雷得知玻利瓦尔已经辞职，并打算出国，他决定前往基多准备说服分裂主义者，6月4日在途中被埋伏在南哥伦比贝鲁埃戈斯山区的帕斯托附近