乙未科进士，授工部主事。弘治十五年（1502年）迁山东左布政使。正德二年（1507年），以都察院右副都御史兼甘肃巡抚，改陕西巡抚，次年，召为兵部右侍郎、兵部左侍郎，随后代替刘宇为兵部尚书，兼督团营，加太子少保。其将校迁除，均听从刘瑾命令。正德五年，拜为吏部尚书兼文渊阁大学士。刘瑾被诛后，其上疏请罪，词极哀，诏许致仕，言官交劾，罢黜为民。曹元无子，病中自作墓志铭，叹道：“我死，谁铭我者！”
家族.曾祖曹赟，赠都督佥事。祖父曹忠。父曹深，前教授。