2条正线，2条到发线，旅客站台2座；宁波城际部分为由原车站货场改造而成，设有1条尽端式到发线和1座站台用于市郊市域铁路业务，站台南侧为余姚城际动车维保基地，内设2条检修线。
列车.至2017年6月，余姚站停靠普速列车16对，均为宁波站始发终到的过路列车。列车运行范围最北端为长春站，最南端为广州站，最西端为昆明站。余姚站亦办理宁波至余姚城际和绍兴城际线列车业务。列车使用车次“S1XX”，每天开行8对，从宁波至余姚全程35分钟，票价10元，采用公交化售票方式，可使用甬城通等智能卡购票进站