设有无锡分部、重庆分部、哈尔滨分部、广州分部（广州中国科学院软件应用技术研究所）、青岛分部和贵阳分部。软件所设总体部、软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部5个研究部。
研究领域.软件所的领域主要为计算机科学与软件理论，基础软件技术与系统，互联网信息处理的理论、方法与技术以及综合信息系统技术。
历史沿革.中国科学院软件研究所成立于1985年3月，前身是中国科学院计算技术研究所的软件研究室；1995年原中国科学院计算中心计算机应用部