其作为避风港。961年，拜占庭帝国攻占伊拉克利翁，大肆屠杀撒拉逊人，将城市付之一炬并在其重建后对其进行了长达243年的控制。1203年，第四次东征十字军扶持已被废黜的拜占庭皇帝伊萨克二世重登皇位。作为此次政治交易的一部分，次年，协助过十字军的威尼斯共和国控制了伊拉克利翁。威尼斯人改进加固了城市防御工事并将其更名为意大利语“zh-hans:干地亚; zh-hant:甘地亚;（Candia）”，至今仍有人用此来称唿克里特岛。1647年，奥斯曼帝国对伊拉克利翁进行了长达22年的围攻，血腥的战争