南仲等迷惑宋钦宗离间钦宗与徽宗父子之情之事。绍兴三十二年（1162年）宋孝宗继位后，十一月，兼侍讲、国史院编修官胡铨认为不可与金朝讲和，单独上奏议举耿南仲主和导致京城失守等因主和导致失地辱国的例子。岳珂指耿南仲等事君不谨。魏了翁将耿南仲、秦桧、汤思退、史浩并称为“邪说之祖”。《池北偶谈》《后村先生大全集》等也都指耿南仲主和误国。《北山小集》认为耿南仲虽避宰相之位，却掌握宰相之权，其罪不在议和，而在于阻止勤王。明朝末年杨廷麟在上疏中写道：“南仲在内，李纲无功；潜善秉成，宗泽殒命”。Sect