被清政府割让与日本之后，日本的鸟类学家陆续前往台湾，难以计数的鸟类标本和调查数据从台湾运回日本本土。黑田长礼、蜂须贺正氏、山阶磨芳等着名鸟类学者都对台湾的鸟类学研究作出了杰出的贡献。日本鸟类学家对台湾鸟类的研究开始于1896年，受聘于东京帝国大学的多田纲辅对台北、台东、澎湖、兰屿等地方进行了考察，发表了论文《帝国新领台湾动物汇报》初步论述了台湾鸟类的状况。这一时期日本鸟类学者对台湾鸟类的研究尚属肤浅，没有较早期研究更出色的报道出现。台湾鸟类学研究真正进入日治时期是在日本获得台湾15年之后的1910年