醐命令新田义贞讨伐足利尊氏，而光严上皇则向尊氏下达了讨伐义贞的院宣。翌年足利尊氏战败，逃亡九州；不久足利尊氏恢复了势力并佔领了京都，8月15日立光严上皇的弟弟丰仁亲王即位，是为光明天皇。光严上皇在京都开设院政，足利尊氏则在京都开设室町幕府。大觉寺统的后醍醐天皇逃往吉野，重新开设朝廷，与光明天皇的北朝并立，日本历史正式进入南北朝时代。此后在1348年，光明天皇将皇位让给了光严上皇的儿子崇光天皇，光严上皇依旧以治天之君的身份开设院政。1350年（观应元年 / 正平5年）室町幕府足利将军家发生内乱，足利直义在