，金邦正校长辞职，外交部派曹云祥（外交部秘书）代理校长。1924年5月12日，曹云祥被任命为正式校长。曹校长在任约6年中，清华学术规模有了巨大突破，从中等留美预备学校过渡为综合性大学，办学目的也从从派遣留学逐步转为培养本国人才。1925年春成立清华学校研究院国学门（通称国学研究院），聘请梁启超、王国维、陈寅恪、赵元任、李济等为导师。1925年5月，成立大学部，分文、理、法三院，并附设研究所。大学部招收的学生称为新制生，而留美预备部学生为旧制生，至此，清华学校由留美预备部、大学部、国学研究院三个部分组成。