后，于同年进行了他的第一次野外工作，前往墨西哥并探测了几处玛雅遗址，包括乌斯马尔等地。他在奇琴伊察停留了几个星期，拜访了爱德华·汤普森，并协助汤普森挖掘了洞穴。当他返回美国的时候，将挖掘出来的艺术品带回了哈佛的皮伯迪博物馆。1907年夏天，莫利于新墨西哥州圣菲的美国考古学校工作，在美国西南部考察了两个月。在这项任务结束后，他成为学校的永久雇员，在接下来的几年，在美国西南部、墨西哥和中美洲担任不同的野外考察工作。在西南部，他探究古普韦布洛人的遗迹和建筑。和他一起从事这项工作的包括着名艺术家乔治亚·欧姬芙。