993年，在李鹏总理的第二任国务院领导班子中，罗干升任国务委员、继续兼任国务院秘书长；同时还担任了中共中央政法委员会副书记。
掌管政法.在1997年9月召开的中共十五届一中全会上，罗干进入了中央政治局和中央书记处；并于次年，在朱镕基“内阁”中，继续留任国务委员；同时，还接替任建新升任中共中央政法委员会书记。西方学者谈到过这样的观点，时任国务委员罗干可能为了谋求个人晋升，1996年就开始从调查和准备镇压法轮功入手，但一直找不到任何证据来发动镇压，何祚庥是罗干的亲属，两人可能策划9