大约前1700年，在克里特岛出现了一场动乱，可能是一次地震，也有学者认为是安纳托利亚的入侵。在此之后，人口再次增加，宫殿修建得比从前更大，但基础稍稍不同。在前1650年或前1628年、前1500年、前1450年（仍在争议），距离克里特岛约70公里的火山岛锡拉（Thera），圣托里尼火山群岛最大的岛屿喷发了。这可能是人类有记录的历史上最大的火山喷发（米诺斯火山爆发），超过1815年坦博拉火山喷发。这次喷发可以从降落到东克里特、埃及、爱琴海和东地中海的火山灰辨认出来。散发出的二氧化硫和尘云可能摧毁了数个人