走赛事，以避开酷暑天气及保障参赛选手的身体健康。国际奥委会的这一决定遭到了东京都政府的强烈反对，东京都政府建议将马拉松比赛的开始时间提前至凌晨5时举行，札幌市政府则对国际奥委会的决定表示欢迎。
奥运场馆的石棉.由于健康危害问题，石棉在许多国家日本是禁止用作建筑材料的。但在奥运会水球比赛场东京辰巳国际游泳中心的建筑材料中却被发现了石棉成分。
政治争议.
旭日旗.日本政府拒绝在奥林匹克场所禁升旭日旗的行爲被指违反奥林匹克精神，因为该旗在第