组(甲)足球联赛亚军，并且在接着的丙组联赛总决赛中夺冠，取得升上乙组联赛的资格。在2006-07年度球季升上乙组联赛后，前流浪及愉园班主林大辉入主石硖尾，并从港会罗致了多名主力球员，亦从香雪晨曦签下前香港队球员赖启卓，获得乙组联赛亚军，成功取得升上甲组联赛的资格。惟林大辉却退出石硖尾，改为入主沙田，令石硖尾升班的问题曾一度成疑。
华家堡年代.在确定升上甲组后的初期，公民主席贝钧奇暂为负责组军工作，并吸引了物流业公司华家堡的冠名赞助。华家堡在甲组联赛只得尾二，按例需要降班，球会主