战役终告结束。在于步月楼战役结束之后，日军第二师团为免六堆客家军及其他各堆军的侵扰而耽误日军包抄台南城之日程计划，故留下少数兵力牵制，其余大部份主力军力继续按照原定攻击行进路线。如先前计画；日军于10月12日佔领东港、10月14日攻陷凤山城（今高雄市左营旧城）之后，继而继续北上包抄台南城。
刘永福阵前潜逃.8月26日刘永福向日本方面送《拟将台湾让渡贵国》书信，日方坚持要求投降。刘永福先在十月十日透过台南英国领事欧思纳致函桦山资纪，提出投降二条件。桦山（台湾首任总督）将信交与高