寺院为据点，经常互相争夺势力或对朝廷、摄关家进行强诉。以仁王举兵之时也参加对平家的战争，在『平家物语』的武藏坊辨庆可见这样的描写。其中，兴福寺（南都）的众徒被称作奈良法师、延历寺（北岭）的众徒被称作山法师。白河法皇曾举出天下之三不如意，就是「贺茂川之水（鸭川洪灾）・双六之赛（双陆棋赌博滋生社会问题）・山法师（比叡山僧兵众）」，可见僧兵的横暴是朝廷的不安要素。远离中央的地域也有和地方军事力结合的有力寺社，对当时的权力平衡带来相当大的影响。源平争乱之时，指挥熊野水军的熊野别当成为双方争取的对象是着名的例子。