月21日，他就任第89届内阁总理大臣，同年10月第3次小泉内阁组阁，麻生太郎担任外务大臣、谷垣祯一担任财务大臣、安倍晋三担任内阁官房长官。同年他宣布明年不再竞逐党总裁选举。2005年11月至2006年1月之间，网站Livedoor总经理堀江贵文被捕（活力门危机）、姊齿秀次伪造结构计算书事件及皇位継承问题纷纷发生，加上美国牛肉进口日本的问题受到争议，所以第3次小泉内阁受到在野党强烈的攻击。2006年8月15日，小泉纯一郎在日本时间早上7时40分前往东京靖国神社参拜，停留约15分钟。以「内阁总理大臣小泉纯一