1689年到1690年写成的《两篇政府论》是洛克最重要的政治论文。《政府论》的第一篇是对罗伯特·菲尔默的《》（或先祖论即论国王之自然权）的反驳。洛克极力并有效地驳斥了费尼默的君权神授的主张。洛克主张政府的权威只能建立在被统治者拥有的基础之上，并且支持社会契约论。不过他也强调社会契约论是可以废除的。在第二篇中洛克则试图替光荣革命辩护（但根据拉斯莱特的考证，政府论发表之时，光荣革命尚未发生，因此这部着作是在唿唤一场革命而不是为已经发生的革命辩护），提出了一套正当政府的理论，并且主张当政府违反这个理论时，人们就