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车站结构.后瑞站车站为地面三层高架10米岛式月台车站，总建筑面积为7,700平方米。
出入口.后瑞站共设有四个出入口，均位于宝安大道两侧。
机场接驳车站.由于深圳宝安国际机场于2013年11月28日转场至新航站楼并正式投入使用，原有位于地铁机场东站附近的A、B航站楼亦停用，此站由于距机场T3航站楼相对较近，在深圳地铁11号线开通前曾承担原机场东站前往机场旅客的客流，前往T3航站楼的乘客，需乘坐地铁至后瑞站，出站换乘机场