九个世纪内，尽管逊尼派佔着主导地位，许多逊尼派教徒都趋向什叶派，什叶派的三个分支十二伊玛目派、伊斯玛仪派及扎伊迪派（Zaidiyyah）在伊朗部分地区盛行。在那个时期，什叶派在库法、巴格达、纳杰夫及希拉（Al Hillah）有所滋长。什叶派是塔巴里斯坦、库姆、卡尚、埃瓦吉（Avaj）、萨卜泽瓦尔（Sabzevar）的主要教派。在许多地区，什叶派及逊尼派教徒并存。在近代，伊斯玛仪派教徒形成了一个印伊语系社区。萨非王朝时期之前的波斯学者和科学家，如伊本·西那、贾比尔、赛尔曼（Salman al Farisi