听闻义勇军履遭败仗，乃召集曾文溪以北各庄人士筹组义勇军，宣告说：「台湾亡矣，若等将何往？吾欲率子弟，卫桑梓。若等能从吾乎？」响应者百余人，公推新营庄生员沈芳徽为统率，而自己作为辅佐。派人赴台南请求拨付武器装备，但仅得旧铳数十桿。林崑冈率所部与日军对战于铁线桥。崑冈手持盾牌与利刃，勇士数人跟随之，踊跃前进，日军因而稍为退却。其后再战于沟仔头，杀死一日军中尉，沿途庄民亦持械助战。义勇军採取游击战术，日军疲于奔命。农历二十三日，日军集中兵力发起总攻势，崑冈指天发誓说：「天苟不欲相余，今日一战，当先中弹而死。」众人