1世纪的对立教宗铎理将这座陵墓当作监狱使用。14世纪开始，教宗将这座陵墓转成一座城堡，教宗尼各老三世建造走廊（称为博尔戈走廊）来连接圣伯多禄大殿。教宗克勉七世于1527年罗马之劫期间被神圣罗马皇帝查理五世的军队困于圣天使城堡内，文艺复兴时期画家本韦努托·切利尼曾描述事件中射击敌人的士兵。教宗良十世时期，拉斐尔·达蒙特卢波菲（Raffaello da Montelupo）建造一座小教堂。在1536年，拉斐尔·达蒙特卢波菲也创造了一个圣弥额尔大理石雕像。后来教宗保禄三世于城堡内部设置华丽的房间，防止未来