当地僧俗首领担任官员，永乐至正德以册封僧俗首领为主，受册封者定期朝贡，明朝则给予丰厚回赐。该段历史具体时间始于洪武五年（1372年）元摄帝师喃加巴藏卜受封，终于崇祯三年（1630年）乌思藏僧人三旦多只等十五人入朝班贡，历200余年。有明一代，元朝扶持的萨迦政权势力逐渐衰微，噶举派的帕木竹巴政权大体掌握了藏中的政治大权，后期格鲁派势力在固始汗的扶持下不断坐大，西藏内部各宗派势力竞相发展而鲜有明朝参与。明朝治藏政策常被当代中国学者概括为「多封众建、因俗以治」，属于因地制宜的管理模式。明朝朝野所绘地图常将西藏画在