三个地点存放，分别是拉特朗宫、圣伯多禄大殿和弗拉维安宫，但在11至13世纪间，遗失了很大一部份的文献，有一部份说法是因教廷曾经从罗马迁至法国亚维侬，且前后共有七位教宗在亚维侬教廷生活，期间在搬迁档案文件耗费约20年，导致文件分散各地。1378年天主教会大分裂（亚维侬分裂）后，对立教宗和教宗各自保存自身的档案及文献。
档案馆创立后.1612年，教宗保禄五世下令将所有档案集中在他于1610年建造的建筑物中，最初的档案馆正式成立。1791年，教宗国在法国境内的领土（包括沃克吕兹省