姓氏录等文献问世。篡改部分在于抹煞了「大友皇子」的即位纪录，将天智天皇死后定为天武天皇元年，主张天武天皇继位之正统性。后来在其余史料中找到大友皇子之即位纪录，是以于明治三年，追谥弘文天皇。
影响.日本帝国时期的国家格言，“八纮一宇”即出自此书 「上则答干灵授国之德，下则弘皇孙养正之心。然后，兼六合以开都，掩八纮而为宇，不亦可乎？」（）平安时代后，新天皇登基必须要开设书纪讲席，878年后，添加了“日本纪竟宴”。由于虚构成分较多，家永三郎在《日本文化史》中说《日本书纪》不