白组成。 每个光系统II含有至少99个辅因子：每个单体35个叶绿素a，12个β-胡萝卜素 ，两个脱镁叶绿素 ，两个质体醌 ，两个血红素，一个碳酸氢盐，20个脂质， 簇（包括两个氯离子），一个非血红素 和两个推定的 离子。 光系统II有几种晶体结构。 在PDB中此蛋白的登录码是 ， , （3BZ1和3BZ2是光系统II二聚体的单体结构）, , , , , , 。 
放氧复合物（OEC）.放氧复合物是水氧化的部位。它是一种金属-氧代簇，包含四个锰离子（氧化态为+2至+4） 和一个二价钙