967年10月27日，反共的苏哈托政府与中华人民共和国断交。1971年10月25日，印尼对于中华民国是否续留联合国的投票採弃权方式，即《联合国大会2758号决议》。1981年，行政院长孙运璇访问印尼，并会晤苏哈托总统。1994年2月春节期间，总统李登辉访问印尼，会晤总统苏哈托与科技部长哈比比等。11月，行政院经济建设委员会主任委员萧万长前往印尼雅加达，代表总统李登辉参与亚太经济合作会议领导人非正式会议。1998年1月，行政院长萧万长访问印尼。1998年5月，在印尼排华事件中，中华民国政府