拿下22664票，以595票的些微差距再度击败民主进步党提名的前高雄市议长蔡见兴，连任成功。第二届任期担任县长期间，依照离岛建设条例《公民投票法》，在2009年9月26日进行之公民投票，以「澎湖要不要设置国际观光度假区附设观光赌场」为公投题目，决定澎湖县是否开放博弈赌博事业，反对方以不同意17,359票数压倒同意方13,397票，此案否决，澎湖第一次博弈公投落幕。2011年，王干发推动「大仓妈祖文化园区」开发案，企图打造一座身长66公尺的妈祖金身雕像，盖在素有「内海之珠」美誉的大仓岛上，期望以此开发