大规模互补脱氧核糖核酸（cDNA）测序计划揭示了转录的复杂性（Carninci 2005）。FANTOM3计划从约一万个不同的基因座中鉴定出了约三万五千条非编码转录物它们有着与mRNA类类似的特征，包括5'端有帽、受到剪接及多聚腺苷酸化，但只有很小的开放阅读框（ORF）或根本没有（Carninci 2005）。然而长链非编码RNA的丰度是意料之外的，其数目代表的是保守估计的最低值，因为这种方法忽略了许多单独的转录物及非多腺苷酸化的转录物（瓦片阵列数据显示出40%以上的转录物是非多腺苷酸化的）（Cheng 2