朝留都南京的一些文臣武将决计拥立朱家王室的藩王，重建明朝，然后挥师北上；但具体拥立何人则发生争议。根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，在当时明神宗长子光宗一脉（其后继者是熹宗天启皇帝和思宗崇祯皇帝）已无人能继位，而次子朱常溆甫生即死，三子朱常洵虽已被李自成所杀，但他的长子朱由崧仍健在的情况下，按照兄终弟及的顺序，第一人选为福王朱由崧；而钱谦益等东林党人由于之前的「国本之争」事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名拥立神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓；史可法则主张既要立贤也要立