18日，施世骠军入安平港。朱一贵集团原仅为各山头势力的联合，缺乏严密的组织，而且参与的部众多有并非志愿参与。而先前内闹，导致杜君英率原集团主力部队数万余人北走。复又对清军大军压境毫无警觉，而分二万余众南下，一心吞併下淡水溪，结果大败于六堆。再加上清军抵鹿耳门后，安平一地有郭步青率千余人、颜平率八百余人反朱一贵，导致朱一贵作战连连失利。朱一贵躲入府城，不敢再出。朱一贵之后两度派遣杨来、翁飞虎等人反攻安平。时有西港人，引导蓝廷珍军五千五百人兵发西港。6月23日清军攻下府城，朱一贵亦向北退走，先退大穆降（今台