13日撤出云林，各路抗日军也徐徐退回铁国山。 日军于6月中旬派遣中村中尉，率20多人侦察铁国山地势。柯铁率众截击，除逃走二三人外，全部被歼。日军再遣佐藤大队围攻铁国山。铁国山抗日军坚守要塞，不出战，日军难于进攻。台中守备队益田中佐，带步兵一联队进入斗六街，在云林县各地大屠杀5天，对多个村庄遭劫，4900多户受害，被残杀的人数近3万人，史称云林大屠杀。其中受害最惨重的斗六街等地，不论男女老幼，全被杀尽。6月29日，同铁国山有密切联系的集集地区，600多抗日义民起义，袭击日军宪兵屯所。宪兵屯所设在神庙内