身份从中斡旋，徐台并未直接受到战火的摧残。但是受到战时无线电管制和旗语管制的影响，观象台的天气预报业务曾一度中断，科研工作几乎全面停滞。1941年，太平洋战争爆发，观象台中止了天气预报业务，刊物也停止出版，但观象台的观测工作仍在持续。此间观象台亦购置了气象雷达研究气团的变化和台风的运动。观象台战时的工作在当时得到了国际同行的关注和敬佩。二战结束后，租界被收回，外国人在华特权亦被取消。1945年12月1日，中央气象局接管并改组外滩信号台。双方在外滩信号台的管理和天气预报的发布问题上产生了一些分歧。1947