，茅港尾失去港口机能，再加上天灾等因素影响有关。在同治、光绪年间，茅港尾街的地位便被麻豆给取代。
传说.传说在清同治元年（1862年）某日，天后宫突然降乩，指示近日将有大难，要街民当心。由于当时正逢戴潮春事件，茅港尾街民以为是戴潮春的部队欲来入侵，遂躲在家里严守家门，并在庭院与通道洒下豆粒，要阻挠入侵者。结果发生了大地震，居民因通道受阻，逃生不及，导致茅港尾街死伤惨重。茅港尾妈祖则因为洩漏天机，遭上天禁锢百年。而后在茅港尾妈祖禁锢期满后，信徒们发起天后宫的重建。