赛上也负于德乙球队亚琛而止步不前。球队教鞭改由菲利克斯·马加特接掌，他带领拜仁连续获得了两次联赛杯赛双冠王。在2005-06赛季开始之初，拜仁的主场由原奥林匹克体育场搬迁至了新的安联球场，新的球场同样是与同城对手慕尼黑1860共同使用。拜仁在2006-07赛季的表现较为飘忽，除联赛表现不佳外，杯赛上也再次输给了亚琛，菲利克斯·马加特于是在冬歇期过后不久即遭解职。希斯菲尔德于2007年1月重返球队，但拜仁在该赛季最终仅获得了第四名的成绩，十年来首次无缘欧冠比赛。而德国足协杯和联赛杯的双重失利则让球队在