宣判尼孔有罪，辱骂沙皇和整个莫斯科教会，以及1656年还违反教规以火刑处死 并且，并殴打和折磨他的属下。判决虽认可尼孔的宗教改革,但剥夺了他大主教的职级和他的教士地位；从此，他被简单地称为隐修士尼孔。同一天，他被放入雪橇，并作为一个囚犯到遥远的北部费拉蓬托夫修道院。1671年，沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇恢复了与尼孔原先的亲密。1681年新沙皇费奥多尔三世，听说尼孔病危，让他返回莫斯科，部分赦免，允许居住他以前在莫斯科的家，新耶路撒冷修道院，但在返回莫斯科的途中去世。