尚未出世时，梦见正德九年（1514年）甲戌科状元唐皋来访，随后孙继皋即出生。七岁入塾，万历二年（1574年）中一甲第一名进士（状元），任翰林院修撰。历任经筵讲官、少詹事兼侍读学士、礼部转吏部侍郎等职。万历八年（1580年）充任会试同考官时，提拔魏大中、顾宪成等。万历二十四年（1596年）皇帝不送太后出丧，继皋上疏劝说，因忤旨致仕。晚年讲学于东林书院。万历三十八年（1610年）病卒，追赠为礼部尚书。
墓葬.孙继皋墓在今无钖市西南郊大洋乡白旄山麓。
着作.着有《孙