后逃往东山，妻儿为袁谭所虏获；袁谭和孔融自春季打至夏季，打到孔融只剩数百名军人，期间孔融依旧坐在书桌旁读书，并和人有说有笑，好像甚么事都没发生一样，直到袁谭攻陷城池当晚，孔融才逃到东山一带。
杀身之祸.汉献帝迁都许昌后，孔融任将作大匠、迁少府，曾被封为太中大夫。为人恃才负气，时常顶撞曹操，如反对恢复肉刑、反对曹丕私纳袁绍儿媳妇甄氏、嘲征乌桓、反对曹操禁酒。再加上他忠于汉室，上奏主张“宜准古王畿之制，千里寰内，不以封建诸侯”来增强汉室实权，此举更是严重激怒了曹操。因此，曹操使军谋祭酒