担任康乐及文化事务署署长期间，参与香港举办第5届东亚运动会的筹备工作。结果东亚运动会共超支逾1亿3000万港元。2011年5月，立法会政府帐目委员会召开公开聆讯，冯程淑仪在聆讯中坚持，东亚运额外开支由其他部门在经常性拨款中承担是恒常做法。审计署署长邓国斌则表示不认同此解释。2011年7月，立法会政府帐目委员会发表报告，指民政事务局在东亚运动会筹备工作中严重超支及无确实直接成本，并批评该局擅用盈余作体育发展。帐目委员会亦对民政事务局局长曾德成及康文署署长冯程淑仪没有为超支事件进行全面检讨，感到「惊讶及