上最早的妈祖庙，名为“神女祠”。在妈祖羽化升天后，湄洲岛民就在妈祖升天处旁建立一间小庙祭祀妈祖，在文革期间神女祠险遭破坏，在岛民的极力保护下倖免于难。
朝天阁.太子太保姚启圣将「朝天阁」改为「太子殿」后，「朝天阁」不复在。靖海侯施琅又新建了朝天阁。本阁至今还保存台湾鹿港天后宫干隆丁未年（1787年）湄洲进香文物。
升天古迹.相传此处是妈祖升天之处。明代住持僧「照乘」在崖上刻「升天古迹」四字，以纪念妈祖。
升天楼.奉祀妈祖飞昇之相，