时，在1984年也兼任中日友好21世纪委员会首席委员，负责对日关系。关于王兆国被去职的原因，一种理论认为胡耀邦的团派力量被分散到各地来消除其影响，当北京的政治风向在80年代末期逐渐转向保守时，他的仕途就连带着遭了秧。1987年，因其在中共中央总书记胡耀邦下台，团派力量被分派到各地。王兆国被外放到福建省担任省长，离开了中央权力核心。
用而不重用.三年后（1990年11月），王兆国被调回北京，出任国台办主任。1992年，中共十四大后，王兆国被安排出任中共中央统战部部长；并在次年3月