迁移新会址.2003年3月1日，中华民国保护动物协会在第六届理事长蔡家福立法委员领导下，广纳各界优秀人才投入服务行列，在企业化管理理念方面也投入相当多的心力，期使业务运作更臻制度化，进而扩大业务服务领域，善尽公益团体的社会责任。同时，秘书处搬迁至台北市大安区，并建置独立网址，以加强电子化服务。
二度更名.2004年8月27日，再度更名为「社团法人中华民国保护动物协会」。同年，召开「2004动物保护公共议题论坛」，透过公开讨论及激烈辩论之方式，在民情风俗、经济活动、教育观念