CNN认为“本作对任何年龄的任意玩家都是一款大作”。在游戏网站HOOKED GAMERS评选的“2011年年度最佳便携游戏”中，《塞尔达传说 时之笛 3D》从《超级玛利欧3D乐园》，《神奇宝贝 黑·白》，《异形：Infestation》和《雷顿教授与魔神之笛》中突围，获得年度最佳便携游戏。
销售情况.《塞尔达传说 时之笛 3D》于2011年6月16日率先在日本地区上市。它帮助任天堂3DS时隔12周后再次登上日本游戏硬件销售榜的榜首，而游戏本身在日本的首周销售数为164,110