愈加亲密，并成为布莎拉的弟弟巴沙尔·阿萨德的好友。巴沙尔在兄长巴塞勒死后被父亲从伦敦召回国内，被培养为接班人。据报道，布莎拉撮合了肖卡特和巴沙尔的关系。在巴沙尔·阿萨德成为总统后，他也成为一名重要的高级军官。而另一方面，肖卡特与布莎拉和巴沙尔的弟弟马希尔·阿萨德关系糟糕，据说1999年马希尔开枪射中了肖卡特的肚子。
政治生涯.2000年6月巴沙尔·阿萨德继任总统后，肖卡特被广泛认为是叙利亚最有权势的人之一。2001年，他担任叙军事情报部门的副主管，军事情报部门是叙情报机构的主要组成