后，任其为都察院左副都御史，署院事。陈瑛天性残忍，受皇帝宠信，更加残忍，并专门以搏击为能。刚上任即对朱棣说：“您是应天意顺人意，百姓都服从您，唯独有一些大臣不服从您、而效死于建文帝的，比如侍郎黄观、少卿廖升、修撰王叔英、纪善周是修、按察使王良、知县颜伯玮等人，他们和叛逆无异啊，请追杀他们。”皇帝说：“我杀奸臣不过几人而已，这些人我都宽恕而任用了。”后陈瑛阅读方孝孺等狱词，将黄观、王叔英等家抄没，将他们的妻女给配他人，疏族、外亲无不株连。其案牵扯百家，当时怨声载道。两列御史都掩面而泣，陈瑛面色不佳的说：“