主要可分为5个步骤，丙酮酸与乙醘辅酶A的中间物在复合物里的移动过程，大致依照E1、E2的顺序，E3则没有直接与中间物接触。其中丙酮酸是在第一个步骤（E1中）加入反应，乙醘辅酶A是在第三个步骤（E2中）中生成。A.在第一个步骤中，丙酮酸上的羧基会形成二氧化碳然后释出；中间的碳原子则会与E1中的TPP结合形成羟乙基TPP（Hydroxyethyl TPP），对丙酮酸来说是个氧化反应。这个步骤是所有步骤中最慢的一个，因此决定了整个反应的速率。B.接下来TPP会将羟乙基带入第二个步骤，TPP本身则留在E1中