3年（康熙十二年），康熙决定削藩，吴三桂在昆明出兵反清。1681年（康熙二十年），清军攻破昆明，吴三桂之孙吴世璠自杀，三藩之乱失败。 晚清时期，1858年到1868年，已经几乎占领云南全省的大理国苏丹杜文秀曾经数次围困昆明孤城。1910年，法国修筑的滇越铁路（今称昆河铁路）通车，从此昆明可以通过越南转经海路，到达中国其他省份。同年，商办耀龙电灯公司引进德国水轮发电机2台共480千瓦，聘请德国工程师，在滇池惟一出水口螳螂川石龙坝，修建中国第一座水力发电站——石龙坝水电站。1912年4月，电站正式向昆明供电。