设立的日清贸易研究所里主导以民间人士角度来进行大陆研究，而暗中支援日本陆军的大陆工作的人物有不少都出自此研究所。而日清贸易研究所是在他死后设立的东亚同文书院的前身。1893年7月，荒尾精编入了预备役，之后在1896年9月在台湾因鼠疫而去世。玄洋社的头山满曾说荒尾是「500年一次由上天所降世的伟人。像他那样的人可能不会再有了吧？（）」。