传统上，裸鳃类的分类如下：另一项2001年的研究却发现裸鳃类应该分为两个主要分支：
2005年分类.裸鳃类是异鳃类内物种分类最复杂的：单单是总科以上的就有六个支序。根据2005年的《布歇特和洛克罗伊的腹足类分类》，裸鳃类裸鳃类亚支序（Nudibranchia）大致可以分为下列三个部份：
2017年分类.根据2017年12月出版的最新分类，裸鳃类从原来的不分等支序改为目级分类单元，依然是裸侧类支序的成员，而裸侧类亦升为总目级分类单元；但在本分类裸侧类