大举搜捕，“连染于列邑搢绅，举室俘囚、游魂旦暮”，且“五毒备至，且骈斩，妻子发上阳”。对于钱谦益何以能逃过株连，尚无有说服力之解答。陈寅恪推测，可能是因为当时清廷兵部尚书梁清标态度暧昧（梁在郑成功进军时作为兵部主官“不发一谋，不建一策”，后来在施琅欲攻取台湾时梁清标上言反对说“当以安静为主”）且与钱谦益是世交，以至于“在外疆臣武将不得不为牧斋回护”。陈寅恪评价这一段历史时也感到万分惋惜，作诗称：“横海楼船破浪秋，南风一夕抵瓜洲。石城故垒英雄尽，铁锁长江日夜流。惜别渔舟迷去住，封侯闺梦负绸缪。八篇和杜哀吟