认自己错了才去道歉。但目前来说，我看不出我错在哪”，此番言论遭到《法制晚报》评论的批评。方舟子曾说过：“要让我承认失败或犯错，几乎是不可能的事”。虽然受到如上指责，但对于事实清楚的失误，方舟子也曾承认错误，向当事人道歉。例如方舟子因为混淆了两个在匹兹堡大学的名叫“李勇”的教授，而两次发微博向当事人道歉。方舟子曾在Twitter上将FSM信徒误认为方是民信徒。
被指“多重标准”.有人认为，方舟子有时在打假中对不同的人或事物使用了不同的标准，如北京大学教授刘华杰曾说：“方舟子批