直通车多数不准时开出，令红磡站北行列车迟上加迟开出，部份班次相距达7分钟，再下一班车则可以只相距2分钟，形成「拖卡」。再加上部份乘客冲门，以致列车车门往往要关上3次甚至更多才成功，令随后列车延迟到达，尾随列车不能载上全部乘客，特别是九龙塘站。随着广深港高速铁路香港段投入服务，城际直通车乘客量减少 ，由2019年7月10日起，东铁线下午繁忙时间北行直通车将减少一班，或可令下午繁忙时间北行班次略为增加，可望稍为舒缓九龙塘站的人潮2020年，受2019新型冠状病毒影响，由1月30日起所有城际直通车服务暂停，随