苏贞昌率领内阁宣布启动「大投资，大温暖」第一阶段三年冲刺计画，未来将斥资一兆一千六百亿元投入包括产业发展、金融市场、产业人力、公共建设、社会福利等五大套案，期许能在2015年达成若干国家总体目标。2006年5月31日，总统陈水扁因国务机要费案及女婿赵建铭遭检调收押，于深夜宣布「权力下放」，不再干涉政务、党务、选务。苏贞昌被授权能全权决定行政院所有政策及人事任命。。2006年11月19日，苏贞昌表示支持兴建苏花高，一反前一任行政院长谢长廷提出以东部领航计画代替苏花高的政策。2006年12月31日，