交战告一段落。此阶段，清兵及台湾民主国辖下兵勇等，共约3,000名余名正规军参与战役，战死者不下200人。日军因为装备新颖，实际伤亡并不多，其中，实际参加战役的4,000余名近卫军团中，死亡大约只有7名，受伤者25名。不过这段时间，因为日军水土不服，罹患霍乱疟疾死亡者，远比这阵亡的这数字还要多。
战争第二阶段.6月14日，台湾总督桦山资纪自基隆乘火车入台北大稻埕（但事实上铁路因战乱已近不堪使用，行驶数里后即遣夫在后推行）。6月17日，桦山总督于台北城内原「台湾布政使司衙门」的总督府