桑结嘉措聆听四系诸法。1601年，回札什伦布寺坐床，任第16任大法台，阐扬格鲁派，整饬僧纪，扩建扎什伦布寺等。到拉萨哲蚌寺为四世达赖传授诸大灌顶、比丘戒。1616年，四世达赖死后，又回到拉萨，兼色拉寺、哲蚌寺寺主，周游各寺，研究经典，精通五明，主持写成甘珠尔大藏三部，塑像造寺。受藏巴汗之请，寻认五世达赖灵童，迎至哲蚌寺为其剃度，授法戒。他倡议联合蒙古和硕特部固始汗，并与五世达赖、固始汗共同遣使朝清。1645年，固始汗授予“班禅博克多”尊号，是为班禅名号之始。1647年，与达赖遣使贡于清朝，顺治帝封之为“金刚