源于阿里山山脉芋菜坑（主峰标高1421公尺），上游山区由科底与崎脚两溪合流后，依序尚有清水、浊水与狮子头溪汇入；向西横贯竹崎乡后，流经嘉义市、民雄乡边界及太保市、新港乡交界，至月眉潭附近，随后流入六脚乡，再经朴子市边界，最后于东石乡出海。人工灌溉水渠为嘉南大圳系统；由东到西为北干线、麻鱼寮支线、过沟支线、朴子支线，各支线提供市区重要的农田灌溉水源。
气候.太保市气温为夏热长、冬温暖，仅春、夏、秋三季，无冬季，各月均温都在摄氏14度以上，4月至9月，平均气温均达摄氏20度以上，6月至