患疟疾，为了疗养身体，乘船到汕头。同年清法战争，法军舰攻击台湾，住在台湾的宣教师避难到厦门。1885年1月，巴克礼乘帆船回台湾。1885年7月（光绪11年6月），巴克礼主持台湾府城教会报（Taiwanfoo Church News）第一号（今日之台湾教会公报创刊号）在台南聚珍堂（新楼）出刊。创刊号只有 4 页，第三号起增为 8 页。1885年7月19日，发生「二崙事件」。由于二崙（今屏东县内）当地村民对客家信徒说盖教会的地点是龙的颈，在那里盖房子会毁村子，巴克礼受派赴二崙解决。7月19日礼拜日早上，