关系颇具有神秘色彩。1928年8月，日本救世军军官山室军平来台宣教，在台北、台中设立据点，日后陆续设立了八个部队。第二次世界大战后日本成为战败国，日本人被遣返，也暂时结束了救世军在台湾的发展。日治时期，台湾天主教教务仍隶属厦门代牧区管辖。1913年大正9年），罗马教廷始将台湾与澎湖（即日属台湾）脱离厦门代牧区，独立设置台湾监牧区，教务仍由道明会神父所主持，教座则设置于高雄。第二次世界大战爆发前，台湾天主教会转为日本籍神职人员负责。在日本统治的这段期间，台湾的教会体制逐渐完备。
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