全国较大规模的抗清活动就只有夔东十三家军与在台湾的明郑两支了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始对其进行绞杀。1664年，夔东十三家军抗清失败。首领李来亨全家自焚 。郑成功则坚持在东南沿海地区进行抗清活动。一度攻克过漳泉二府，取得过江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷、泉州大捷、护国岭大捷。永历九年清军重兵南下，郑成功退守厦门金门两地。永历十一年，郑成功被封为延平郡王。同时，郑成功带领水军向舟山群岛进发。永历十三年（1659年）