杰·贡嘎顿珠生于1419年（藏历第七绕迥之土猪年），家在后藏乃宁地方。自幼赴纳塘寺随杰·贡巴顿珠出家受沙弥戒，学习《释量论》（即逻辑学），并且游学至拉萨的哲蚌根培林（即哲蚌寺后山的“根培日措”）听杰·喜饶僧格（宗喀巴的密宗继承者）、堪钦白洛讲经，后来到下密院习修密法。1464年，杰·贡嘎顿珠因同下密院不和，乃率六名弟子赴卫堆穷木达的塞哇垄山洞静修密宗教法，并开始弘传密教。1485年制止了拉萨水灾。1487年2月圆寂，享年68岁。杰·贡嘎顿珠生前曾嘱：“我死后将我的心脏和舌头为新造佛像装藏，脑袋骨作为供器。”