中，新党内部产生许多争议。新党的重要成员更是频频内闹。1998年立委及直辖市选举，新党原推举王建煊参选台北市长，而后马英九于5月30日突然宣布台北市长选举，新党支持者多数转向支持马，甚至要求王建煊退选。。选战最后，新党在台北市策略性支持国民党提名的马英九，在议员选举又面临党员脱党参选，不断内闹的新闻重伤新党形象。加上赵少康强制配票的策略，在台北市之外的选区无法见效，选举结果新党在直辖市长、立委、市议员得票数皆下挫。国会方面，执政国民党席次大幅领先，在野党无法透过结盟制衡执政党。