碍于MI作战已经箭在弦上，联合舰队只能用四艘航母进攻中途岛。另一方面，美军在珊瑚海海战期间又在破译JN-25上取得突破，并得悉日本海军即将进攻中途岛和阿留申群岛。5月7日和8日，珍珠港情报站先后截获「第一航空战队」（赤城号、加贺号）、「」（苍龙号、飞龙号）、「第三战队两艘战舰」、「第八战队」（重巡洋舰利根号、筑摩号）准备在5月底行动。情报站同时透过通信流量，发现日军正向塞班岛集结，预备向「AF方位」进攻。罗彻福特率领的破译人员一致认为「AF方位」是指中途岛。他们早在3月就曾经破译一架日本水上飞机的通讯：