003年1月动工兴建，工程耗资100亿港元，并于2005年4月19日举行落马洲站平顶典礼，主礼嘉宾包括环境运输及工务局常任秘书长罗智光、九铁主席田北辰、九铁署理行政总裁黎文熹及九铁新铁路工程高级总监李镜权等。落马洲站原定于2007年7月1日通车，但因为中国大陆方面的福田口岸有待检收，延迟至8月15日才正式通车。首班由尖东开往落马洲站的列车在当日下午3时17分开出，而首班南行列车亦在下午4时17分由落马洲站开往尖东。因应2019年冠状病毒病，香港特区政府宣佈需要进一步暂停部分香港出入境管制站运作，故自20