理佔住户迁移，并于2007年时发包整修，预计2011年时完工。而在整修期间的2008年3月时发现凤仪书院九大碑之一的「奉宪禁胥役勒索绅衿碑」（道光五年，1825年立），也是目前唯一寻获的一座。2014年10月31日，为了恢复文昌祠的祭祀功能，高雄市长陈菊率队至台南孔庙与台南市长赖清德共同举行分香仪式，分香完随后回书院举行开幕仪式，并于11月1日正式对外开放参观。