成立之前日本尚无教派的分别。但是也因为历史上多次辗转易主，所以同时也是属于天台宗与净土宗的别格本山，目前寺内住持是由天台宗与净土宗各别掌管。寺中供奉的善光寺阿弥陀三尊是日本文化史上重要的绝对密佛之一，所谓密佛是在其他的佛教国家当中相当罕见的祭拜形式，由于信仰上的理由，密佛是属于非公开的佛像，因各派教义与规定不同，会有一定时间的公开参拜，但是绝对密佛就是指完全不公开的佛像。善光寺七年会有一次公开（因公开当年也算一年所以实际上是六年一期），日本人称之为『御开帐』（、gokaichyō）的盛大仪式。御开帐所公开的