禄贞派遣去汉阳联系湖北新军起事。辛亥革命后，被推为全椒民军司令，复应聘为柏文蔚的国民军第一军训练处代理处长。1912年2月入保定军校学习。二次革命时柏文蔚组建安徽讨袁军，余亚农离校南下讨袁淮上军张孟介（张汇滔）部任营长。二次革命失败后避居上海。参加王亚樵秘密组织的讨袁护法运动，自此成为王亚樵秘密组织的主要成员。1914年7月8日，赴日参加中华革命党成立大会后返沪，奉王亚樵之命在上海法租界吕斑路文德里秘密制造炸弹，拟去爆炸上海警察厅举事，火药意外爆炸，余亚农面部腿部受伤，被法租界巡捕房逮捕，3个月营救获释