菌门包括一小群不寻常的嗜热品种，但这个门与泉古菌门演化关系密切。其它最近探别出来的古菌与已知古菌门类关系较远，如2006年发现的环境样品。是已知的生命体中最小的生命体。一个超门（superphylum）分类-TACK，已经被提出，包括，，泉古菌门和初古菌门。这个超门可能与真核生物的起源有关。最近，分类Asgard超门名称被命名，并被提议与真核生物的起源和一个TACK姊妹组织更紧密相关。
细菌、古菌和真核生物的比较.在细胞结构和代谢上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因转