叡山侧请求室町幕府裁定，但是，幕府以后醍醐天皇的勅令为証据判定日莲宗胜诉，比叡山在宗论和裁判皆输。但延历寺要求京都洛中、洛外的日莲宗寺院二十一本山成为延历寺的末寺，并支付上纳金，被京都日莲宗拒绝。延历寺决议武力撃灭京都法华衆。延历寺的僧兵和宗徒，加上近江大名・六角定赖的援军，总计动员约6万人入洛，悉数烧毁京都洛中洛外的日莲宗寺院二十一本山，京都法华宗的许多宗徒被杀（天文法难）。延历寺的势力放火导致洛中大火。此事件造成洛中的日莲教团壊灭，宗徒被流放至洛外。以后6年间，京都的日莲宗遭禁教。天文11年（1