瑜表示强烈不满，最终公开宣佈退党参选。在副手方面，国民党高层一致属意由萧万长成为副总统候选人与连战搭档竞选，两人最终获得国民党提名。而国民党也于 1999年11月开除宋楚瑜的国民党党籍。
新党.新党同样也没有办理党内初选，李敖在没有竞争对手的情况下直接成爲为新党的总统参选人。在副手方面，李敖指定冯沪祥为搭档。
其他被连署人.这次总统选举，中央选举委员会公告的被连署人共计六组，至民国89年（2000年）1月6日17时30分截止提出连署书，统计如下表（送