竹噶举派及其支派也在帕竹统治时期兴盛起来。随着噶举派势力逐渐抬头，1407年（明永乐五年）明成祖册封噶玛噶举派第五世法王得银协巴（哈立麻）为「大宝法王」，而「大宝法王」这个封号，至今也一直被「噶玛噶举派」历代法王所专用。藏传佛教传播的另一高潮相当于明神宗时代。蒙古土默特部俺答汗与索南嘉措在青海仰华寺会面，俺答汗上「达赖喇嘛」的尊号，成为藏传佛教再次传入蒙古的契机。到十七世纪中期，大漠南北的大部分蒙古人已信仰藏传佛教。 此时新起的格鲁派声势也发展迅速，并不断扩展。至1652年顺治九年，清世祖册封格鲁派领袖