秦王（李世民）府司马。武德元年（618年）六月，拜内史令。唐高祖李渊对其委以心腹之任，曾对萧瑀说：“公之言，社稷所赖。”并昵称其为“萧郎”。武德四年（621年），平定王世充后，以功加食邑二千户，拜尚书右仆射。唐太宗即位，迁任尚书左仆射，其推荐的封德彝为右仆射。萧瑀出身显贵，看不起房玄龄、杜如晦、温彦博、魏征等人，常与之发生争执。太宗以房玄龄等人在玄武门之变中功高，将萧瑀斥退归家。但不久又复任尚书左仆射，赐实封六百户。与侍中陈叔达在太宗面前争吵，以大不敬免职。一年后，授晋州都督。再一年后授左光禄大夫，