3年4月8日，马其顿最后被迫以前南斯拉夫马其顿共和国之名加入联合国。1995年，更改国旗。1994年2月，希腊对马其顿实行经济封锁。1995年年9月，希腊解除对马其顿的经济封锁。1999年，南斯拉夫爆发科索沃战争，340,000名阿尔巴尼亚族难民从科索沃涌入马其顿。冲突的起因在于马其顿政府推行新政策限制使用阿尔巴尼亚语，并禁止公开携带阿尔巴尼亚旗帜，政策的推行激发许多抗议。阿尔巴尼亚人占25%，为国内第二大民族，科索沃战争的阿尔巴尼亚人难民涌入国内，使阿尔巴尼亚人的比例提高到近1/3。2001年1月