并不顾环保总局的停工命令，继续施工，双方互不让步，形成顶牛之势。后来在国家发展和改革委员会的调解下，三峡总公司被迫认错停工，缴纳罚款。直到2005年4月，在补办完所有手续后，方又重新开工。
工程品质问题.2004年1月30日，美国之音报道指，中国工程院院士、清华大学水利系教授张光斗曾表示三峡工程品质不好，施工质量不好，原因是施工技术、施工水平、管理水平不如外国，但大坝是倒不了的。2002年三峡施工期间，大坝即出现裂缝，宽度可以插入成年人手掌，最深的有2米多。2003