安元年（302年），长沙王司马乂诛除任大司马的齐王司马冏掌权，荀藩因随同晋惠帝征讨齐王而封西华县公。荀藩及后迁任尚书仆射。永安元年（304年），东海王司马越与右卫将军陈昣等举兵讨伐在邺城的皇太弟司马颖，并带晋惠帝亲征，荀藩亦随军。不久讨伐军队被司马颖部将石超击败，惠帝被俘并送到邺城，沿途只有荀藩与司徒王戎及豫章王司马炽随行。安北将军王浚在战后随即讨伐司马颖，并击败其军队，进逼邺城，荀藩等与是随惠帝被司马颖带回洛阳。同时，河间王司马颙部将张方控制洛阳，废羊皇后和太子司马覃，更逼惠帝西迁长安，留荀藩、司隶校尉刘