传教为兴学目的，所以这所学校的课程内容也以宗教教育为主。由于荷兰传教士主张以口语传教，因此他们不仅用新港语授课，还将新港语用拉丁字母书写下来，成为日后平埔族与汉人沟通时使用的新港文书。1661年，郑成功在热兰遮城之战后，将荷兰东印度公司驱离台湾，在承天府（今台南市）建立郑氏王朝。其僚属陈永华在承天府建立台湾史上第一座孔庙，也附设学堂，是为「全台首学」。当时的孔庙也是官学所在地，是当时台湾的最高学府。康熙22年（1683年），施琅佔领台湾后建立第一所义学，康熙43年（1704年）设立第一所书院。此后直到光