佔领五稜郭，将领榎本武扬宣布成立虾夷共和国，并和讨幕军之间爆发箱馆战争。1869年6月27日，榎本武扬宣佈投降，随着幕府势力的抵抗消失，日本全境统一。在幕府军投降之后，新政府废藩置县及废除大名，并宣布在北海道全境设11国86郡。1869年天皇和新政府迁都，从京都移驻江户，并把江户改称为东京。同年，新政府创建了开拓使，北海道开始进入大规模开发时代。除了政府动员的移民之外，亦有自发性的大规模移民，其代表例为带广的晩成社。为了加强国防，还设置了屯田兵制度。1882年，开拓使被废止，政府改设函馆县、札幌县、根室