三年（1877年）底，清军湘军甘军陆续收复了中亚浩罕汗国阿古柏侵佔了多年的天山南北，史称「清军收复新疆之战」。光绪七年（1881年），清政府收复被俄国佔领长达11年之久的伊犁地区。光绪十年（1884年）十一月十九日，清政府颁发光绪帝上谕，任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使，标志着新疆正式建省。甘肃新疆省实行与中国本部内地十八省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。
行政区划.清同治四年（1865年），浩罕国阿古柏入侵喀什噶尔