政长官要求荷兰方面派遣传教士来台，使此地的平埔族原住民能改信基督信仰。1636年，荷兰人则在新港开办了第一所以宗教教育制度化为主的学校，并将平埔族语罗马文字化成新港文书，以此文字来扩大宣教成果。他于1648年抵台，被派驻于台南麻豆社，兼管大武壠社、哆啰嘓社及诸罗山一带的宣教事务。至1661年4月25日返巴达维亚城短暂述职为止，亨布鲁克共于麻豆社传教达14年之久。
围城.1661年3月30日，因攻击中国金陵不成的明郑领导人郑成功，决定攻取仍为荷兰东印度公司殖民地的台湾作为新的抗清