收费亭一次过征收。由于部份驾驶者不熟习有关安排而于收费亭停车，酿成多宗意外，后来当局将西行（往大屿山／香港国际机场方向）的五个收费亭拆除；至于经马湾收费站，东行（往市区／新界方向）不须缴费，西行（往马湾方向）则须缴付上述收费的两倍。随着2018年港珠澳大桥启用，2017年8月20日凌晨零时起，青屿干线恢复双向收费。原有被拆除之收费亭亦于同年12月底前重置。。2017年12月31日起，驾车人士可以在青屿干线位于大屿山的人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式