1949年2月，赵云鹏接替吴力永担任松江省农业厅水利局局长。1949年6月13日，赵云鹏任松江省公安厅第二副厅长（厅长赵去非）。1950年6月8日，成立松江省检察署，赵云鹏为检察长（1951年7月20日免职）。1951年11月至1952年12月，担任巴彦县县长。1952年7月，任佳木斯市市长。1954年4月，赵云鹏在佳木斯市第一届人民代表大会第一次会议当选佳木斯市人民政府委员会市长。1955年8月，在中国人民政治协商会议佳木斯市第一届委员会第一次会议当选副主席。1959年9月至1962年1月，担任主席