阅读魏源《海国图志》后，开始主张日本应逐步而警惕地打开国门，莫重蹈中国被西方以鸦片战争形式强开国门的覆辙。1868年明治政府成立，横井被任用为制度局判事、参与。因其激进的改革主张危及保守派利益，于1869年遭暗杀，时年61岁。暗杀者称其改革政策帮助基督教渗入日本。