耿定理家中充当门客而兼教师，但和耿定理做大官的哥哥耿定向意见冲突。定理死后，迁居麻城，住维摩庵，过着半僧半俗的“流寓”生活。后迁至麻城龙潭湖芝佛院，读书着述近二十年。万历十六年（1588年），剃发为僧，虽身入空门，却不受戒、不参加僧众的诵经祈祷。他有洁癖，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。万历十八年（1590年）其《藏书》在麻城刻印出版。万历二十年（1592年）作《童心说》，批点《西厢记》民间文学，刊印《卓吾评点水浒传》。万历二十五年（1597年）至二十八年（1600年），到山西、通