上中游部份都设置了不同类型的水坝。圣胡安溪上游、位于克利夫兰国家森林内的部分小型支流设有能控制水流的，而溪流中游、靠近卡纳达·戈贝纳多拉的位置则设有较为大型的蛇笼坝。虽然水坝早已淤塞并不再作蓄水之用，但其约0.91至1.22米（3至4英尺）的高低差仍对硬头鳟的洄游带来问题。溪流上亦设有一些引水堰，以便把水引流于灌溉、牧场经营及有限的市政用途，但由于引水流量有限及污水问题，这些设施的功效有限。另外，部分圣胡安溪支流设有许多运用建造的构造物，用以减低水流流速及对河床河岸的侵蚀。以奥索溪及阿罗约特拉布科为例，这两