安顺利地当上教宗，名号为「儒略二世」，但他并没有兑现他的承诺，儒略二世于举行后3日便指控切萨雷参与多个谋杀案并将之逮捕入狱，切萨雷虽然于1504年顺利出狱但于没多久便被西班牙军队逮捕并再一次入狱。切萨雷于1506年成功逃狱并前往纳瓦拉王国投奔他的小舅子胡安三世，最终于1507年在一场战役中战死。
失势之后.家族最有权势的两人死后，波吉亚家族的政治影响力已大不如前，幸好亚历山大六世的女儿，费拉拉公爵夫人卢克雷齐亚·波吉亚仍然扮演着完美的文艺复兴女性，积极的赞助各种艺术活动，得到后世许