正阳门瓮城内兴建了两座庙宇，正阳门东侧的一座为观音大士庙，西侧的为关帝庙。清朝干隆四十五年（1779年），正阳门箭楼再次被焚毁，道光二十九年（1849年）第三次被焚毁。光绪二十六年（1900年），箭楼被义和团火烧老德记洋药房波及而受损，当年正阳门箭楼被八国联军用火炮击毁，城楼则被击损。当年9月，八国联军中英军的印度兵在正阳门城楼内烧火取暖，导致城楼被焚毁。自光绪二十六年（1900年）起，由于正阳门东侧紧邻美军兵营和美国大使馆，美军在正阳门城楼及城墙上设岗放哨。光绪二十九年（1903年），袁世凯和陈璧奉旨重修