辛那提的第九大街监狱，之后再转移到特拉华堡，最终到达南卡罗莱纳州的莫里斯岛，他在莫里斯岛一直关押到1863年8月下旬，然后在双方交换战俘时获释并被带到弗吉尼亚州的里士满。麦克里获得了30天的无薪假，然后又返回军队统领一个由肯塔基州和南卡罗莱纳州军人组成的营。这支部队主要都是执行侦察任务直到战争结束。战后麦克里继续从事法律工作。1867年6月12日，他与费耶特县一户富裕农民的独生女凯瑟琳·休斯成婚，两人生有一子。
早期政治生涯.1868年，麦克里获得担任总统选举人的提名，支持民主