特别机动队指挥管理的军事构成部分。随着战事进行，纳粹政权种族政策的压迫程度越来越高，集中营系统与屠杀行动的规模也越来越庞大。1941年下半年，亲卫队开始建设毒气室等设施来取代别动队以加大屠杀的效率。新式灭绝营中的大屠杀受害者通常遭亲卫队人员以灌入一氧化碳的方式杀害。莱茵哈德行动行动期间，亲卫队陆续于波兰境内设立了下列灭绝营：在希姆莱的指示下，至1942年上半年时奥斯威辛集中营已大幅扩建，并包含了数个使用齐克隆B进行屠杀的毒气室。1942年后，基于行政与后勤上的理由，集中营系统已完全划归武装亲卫队