抵抗和美国的反对开始逐步从墨西哥撤军。法军的撤离对墨西哥皇室是个巨大的触动。卡洛塔皇后返回欧洲，到处游说，反对法国撤军，在巴黎、维也纳、罗马寻求援助。她的努力失败了，并且从未回到墨西哥。而皇帝拒绝离开他的追随者。1867年2月，皇帝退守克雷塔罗，并以之为首都。围困在此数周后，在5月11日试图突破封锁线时被捕。他被墨西哥的军事法庭以颠覆墨西哥共和国的罪名判处枪决。得知此消息后，欧洲各国君主、美国总统安德鲁·约翰逊，甚至维克多·雨果、加里波第等民主人士都致信胡亚雷斯，要求其不要枪决皇帝，均遭到胡亚雷斯的反对