辞去该职并返乡于台南市西门町开设大东内科医院，且开始积极参与台湾文化协会活动，并任该会执行委员。1928年3月25日，株式会社大众时报社成立，庄孟侯出任其董事职位；同年，他又因「台南废南门墓事件」遭警察逮捕并一度拘留。中国抗日战争期间，庄孟侯受翁俊明引介成为国民政府在南台湾的联络人之一。战后，庄孟侯出任三民主义青年团台南分团主任，并当选台南市医师公会会长，又于1945年至1947年间兼任台湾省立台南第一中学家长会会长。
战后生活及逝世.1946年，庄孟侯受台南庶民信用组合组