中间体可以与来自原生质中的亚基结合。血红素和辅因子被插入到亚基I和II中。亚基I和IV可以启动组装。其他亚基可以先形成亚复合物中间体，然后再与亚基I和IV结合形成完整的细胞色素氧化酶。在组装后修饰中，酶分子发生二聚化以获得有效的酶活性。二聚体是通过一个心磷脂（cardiolipin）分子来连接。整个组装机制的信息已经得到大量的揭示， 但具体过程还有待进一步的研究。
生物化学性质.细胞色素氧化酶催化的整体反应是：4 Fe-细胞色素"c" + 8 H + O → 4 Fe-细胞色素