、区分的，例如产生子囊的子囊菌门与产生担子的担子菌门。有一些物种还有交配型之分，必须不同交配型的两个体才可以交配（heterothallic），其他物种则可以和所有个体交配，甚至自交产生孢子（homothallic）。许多真菌的生活史均存在单倍体与二倍体的时期，真菌进行有性生殖时，菌丝的融合形成交错的网络，这个现象称为融合（anastomosis），是有性生殖不可或缺的。许多子囊菌与担子菌接着会进入的时期，即菌丝中一个细胞里有两个细胞核，分别来自两个亲代个体，这两个细胞核不会马上进行核融合（karyog