年重返中国人民解放军301医院。1980年代出任外科部主任，擅长腹膜后巨大肿瘤手术；曾为高官和平民动手术治疗癌症，以其精湛医术与拒收红包的作风赢得“清廉医生”美誉。
揭发非典北京市政府隐瞒疫情.2003年4月3日，时任卫生部长张文康公开称北京市「只有12例非典，死亡3例」。蒋彦永得悉言论后，认为北京的疫情公布不准确，在翌日把掌握到的北京真实情况──包括他身处的301医院与302医院、309医院的确诊和疑似病例告知两家媒体（央视国际频道与香港凤凰卫视）反映未果。四天后美国媒体《华尔街