能寺之变后死去，秀政作为秀吉的军监并留在备中国。此后成为秀吉的家臣，在山崎之战中参战。与中川清秀、高山右近等人担任先阵。明智光秀受到柴田胜全的帮助逃离山崎后，秀政把援助光秀的从兄弟明智秀满迫入坂本城。对败北有所觉悟的秀满把先祖代代相传的家宝让给秀政的家老直政后，在城中放火自杀。
北之庄攻略战.清洲会议后，秀政取代丹羽长秀拜领近江佐和山城并成为三法师藏入领的代官和守役。在天正10年（1582年）10月20日送出的书状中使用羽柴姓，被认为是在秀吉一族以外最初被赐予羽柴氏（名字）