连江县的自治监督机关为行政院各部会（主要为内政部）。县长由全县公民直接选举产生，每届任期为四年，连选可连任一届。连江县政府并置县政会议，为县政最高决策机构，在县长及副县长之下，设有14个内部单位、4个所属一级机关、7个所属二级机关、9所各级学校。连江县议会是连江县的最高立法机关，代表连江县全体县民执行立法和监察县政府之施政。县议员由全县公民直选选出，任期为四年，可连选连任。县议会设有9位县议员席次，第一选区（南竿乡）5席县议员、第二选区（北竿乡）2席县议员、第三选区（莒光乡）1席县议员、第四选区（东引乡