3年仁祖反正之后，受到李元翼的推荐，郑文孚受到朝鲜仁祖的重用，拜全州府尹。不久郑文孚因母丁忧，告假回乡。有一勋臣因与郑文孚相善，前去弔祭，发现他家墙壁上写有诗句：「楚虽三户亦秦亡，未必南公说得当；一入武关民望絶，孱孙何事又怀王」，回来后便告诉别人。受到李适之乱的影响，郑文孚当即被逮捕讯问。左议政赵翼力陈其冤，仁祖准备将他赦免。但台谏言其诗意有所指，故而再遭讯问，受酷刑，死于杖下。1665年，在领议政郑太和、修撰李端夏的建议下，朝鲜显宗为他平反，追赠右赞成，谥忠毅。着有《农圃集》。