眷南下，投奔南京福王朝廷，授中允。清顺治二年（1645年），清军南下，破南京。顺治三年（1646年）正月奉诏至北京，任内翰林国史院编修。升吏部尚书。顺治十四年，升少傅兼太子太傅，诰授光禄大夫。刘正宗与刘希孟、刘正衡并称为“北海刘氏三株树”。好书法，顺治帝得名书画，经他鑑定后才归府收藏。顺治十七年因得罪顺治帝，“从宽免死，籍家产之半，入旗，不许回籍”，从此一病不起，顺治十八年（1661年）辞世。康熙四十五年归葬安丘城东北的刘氏祖茔内。
着作.刘正宗工诗，好书法，着作有《逋斋诗集》