明密谋围攻总统府，在乱中枪杀孙中山，嫁祸于一、两名下级军官，随后通电全国以夺位。获知确切消息后，林直勉请孙中山尽快离开住所，但孙中山不肯离去。林直勉、林树巍等人遂强行让孙中山离开了住所。次日凌晨3时，陈炯明下属的叶举部4000人围攻并炮轰总统府，六一六事变爆发。陈炯明的军队在广州街上戒严，林直勉让曾经行医的孙中山扮作医生，林直勉以自己母亲患病需看医生为由，说服了陈炯明部的岗哨，使孙中山脱险并登上楚豫舰，后转往永丰舰。1922年10月，林直勉、邓泽如、古应芬、林树巍、李文范等人在香港设“讨陈驻港办事处