蛋白质的生成和转运。粗面内质网上有核糖体，进行蛋白质合成，这些蛋白质随后进入细胞内腔，再进入小泡中，然后从光面内质网弹出。对于大多真核细胞，这些携带蛋白质的小泡释放到一堆扁平囊泡中，即高尔基体，并进一步改装。小泡可以被特化，用于多种不同目的。例如，溶酶体装有可以分解食物的酶，过氧化物酶用于分解有毒的过氧化物。很多原生生物有可收缩的液泡，用于收集和排出多余的水，可以喷出物质，用于击偏捕食者，或抓住猎物。而在高等植物中，中央液泡占据细胞多半的体积，该液泡也维持了它的渗透压。
内共生体