萨克族、柯尔克孜族并不信奉佛教，而是信奉伊斯兰教，可见这并非干隆帝兴建该寺的真正意图。干隆帝的真正意图见于碑亭中的御制碑。干隆帝建寺是采纳章嘉国师的意见，干隆帝定名“普乐”是出自范仲淹《岳阳楼记》“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”，带有普天同乐之意。清朝时，该寺不驻喇嘛，由内务府管理。每年农历正月初一、十五，各庙喇嘛来此念经。清朝末年和中华民国时期，普乐寺遭严重破坏，古树遭大量砍伐，古建筑接近坍塌。中华人民共和国成立后，普乐寺受到保护。1961年，普乐寺被列为第一批全国重点文物保护单位。1994年，