以分为两大演化支，即新壁总域和真细菌域。
系统发生树观点.汤玛斯·卡弗利尔-史密斯和他的合作伙伴，在2002年和之后的论文中提出新壁总域为放线菌门的姊妹群。分子证据包含前述胆固醇和蛋白酶体等复杂分子的合成，合成的分子越是复杂，趋同演化的可能性就越低，除非两个合成途径发生了水平转移，但这种机会并不大，因此学界通常支持两者同源。