正式通车，以深水埗区的南昌站作为终点站 。虽然打着方便新界西北居民直达市区的旗号，但始终南昌站并非市区中心，以市区边缘作为终点站的做法为人诟病，这被认为是西铁线通车后乘客量比预期中要低得多的主因。当时有人认为，九龙南线的兴建对西铁线的日后发展尤为重要。九龙南线接驳东铁线尖东站和西铁线南昌站，策略性地把东铁线、西铁线的南面两端连接起来，乘客可透过铁路由新界东直达新界西。香港特区政府于2005年6月24日将已审批的九龙南线方案刊登宪报，8月开始批出合约，而土木工程则于2006年开始。
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