缪尔通过塞拉俱乐部继续努力争取，终于在1905年，国会决定将和约塞米蒂山谷，纳入国家公园。缪尔的妻子Louisa于1905年8月6日去世。
Hetch Hetchy和缪尔的遗产.有计划将在Tuolumne河建立水坝，以蓄水作为旧金山的水库，舆论开始对此施加压力。将被拦起，此计划遭到缪尔的强烈反对，他极为推崇Hetch Hetchy，甚至都超过了约塞米蒂山谷。塞拉俱乐部的缪尔和Robert Underwood Johnson一起反对山谷被淹，缪尔甚至写信给罗斯福总统，请他阻止该工程。