山藩也被改设为彦根藩，直到19世纪末江户时代结束，本地一直都是彦根藩的领地，仅在南部有部分区域为江户幕府的直属领，并委由位于滋贺郡大津的负责管理。明治维新后，南部原先的幕府直属领的区域后改隶属大津裁判所及大津县，而原属于彦根藩的区域在1871年实施废藩置县后，改隶属彦根县；不过在仅四个月之后的府县整併中，现在彦根是的辖区都被併入长滨县。最初长滨县厅虽然设于彦根城内，但由于规划未来将会把县厅迁移至至坂田郡长滨，因而新县名命名为「长滨县」；在县厅迁移至长滨后仅十天，又决定要再将县厅迁回彦根，因而县名即改以彦