中华航空及长荣航空才一併改到成田机场起降。随后一段时间，在羽田机场起降的国际线航班只会以包机形式出现。羽田机场在恢复国际定期航线之前，开办有下列包机航班：2003年11月30日开始，开通了往返南韩首尔金浦机场之间的定期包机，分别由日本航空、全日空、大韩航空及韩亚航空营运。2007年9月29日，开通至中国上海虹桥机场的定期包机航班，分别由日本航空、全日空、上海航空以及中国东方航空运行，每日往返各一班。2008年起，日本航空开始营运来往香港国际机场的包机航班；同年4月1日，全日空开办每日一班定期往返的航班。