袁懋功于顺治三年（1646年）中清朝首科进士，授礼科给事中。历升太常寺少卿、通政使，顺治十六年（1659年），累擢户部侍郎。次年，世祖上谕懋功“才品敏练”，授云南巡抚。当时清朝初定云南，懋功令降卒入籍归农，开垦无主田地。在云南巡抚九年，政绩卓着。因父丧丁忧去职。守丧结束，起用爲山东巡抚。康熙十年（1671年），调浙江巡抚，未及启程，病卒。谥清献。