性中心，可以与细胞环境中的一些分子结合。和别构中心结合的分子往往可以改变酶的构象或是酶的动态结构，从而影响酶活性中心的反应速率。因此，别构反应可以使酶被激活或被抑制。别构调节对代谢通路非常重要，代谢酶往往可以和通路上游或是下游的代谢物发生别构效应，而产生反馈调控，即根据通路其他部分上的代谢来调整酶的活性。
辅因子.一些酶并不需要额外的组分就能就能正常发挥作用，另外一些酶则要在和辅助因子结合后才能显示出活性。辅助因子可以是无机物（如金属离子、铁硫簇），也可以是有机物（比如和血基质）。