院政期以此寺为中心，建造后白河上皇的宫廷「法住寺殿」。寿永2年（1183年），法住寺殿受到木曾义仲的攻击而焚毁（法住寺合战）。后白河上皇驾崩后，法住寺在原址重建，上皇被葬在寺内的法华堂，法住寺也成为守护御陵的寺院。明治维新以后，法住寺陵和寺院分离，改由宫内厅管辖。