，他是香港政党社会民主连线的创办人，及后因与黄毓民意见不合而退出社民连，成为支持民主派独立人士。对于教会如何参与政治的问题，他认为基督徒应该以教会的影响力，与包括政府、政客及政治团体对话，甚至以对抗的形式性及实践性的政治参与。他因为反对香港主流福音派对同性恋议题的立场而离开主流教会事奉，转而领导社会运动。陈士齐亦是不少香港同性恋组织和基督路小教会的顾问和组织者，该教会的牧师亦指出其多年来深入研究香港的同性恋人群，支持同性恋者捍卫自身权益，也支持同性婚姻合法化，并屡为香港和两岸多个同性恋权益组织提供帮助，也发