导委员会主任委员蒋经国指示，国防医学院联合军医系统成立了台北荣民总医院及阳明医学院（今国立阳明大学）。1983年7月，三军总医院成为该校直属教学医院。1999年，该校学院及医院进行第九次迁校，自公馆水源校地迁至台北市内湖区，现在的国防医学院校区及三军总医院内湖总院；而遗留下的公馆水源校地则演变成今日的国立台湾大学水源校区，但目前该校区大部分区域，外观仍保留原来状态，大操场成为收费停车场，只有少数人员负责看守。2000年，国防医学院调整编制，改为国防大学国防医学院；2006年，改隶属国防部军医局，再改