他仍认为孔子亦有缺点，他说：「孔子斯验世人之饰智矜愚、爱憎由己者，多矣！」对孔子撰着的《春秋》，他亦提出批评，除惑经篇集中地列举十二条，在其他篇里也间有陈述。刘知几不但批评孔子的春秋，而且对那些不加思考、一味赞扬《春秋》的着名学者如孟子、左丘明、司马迁、班固等，也予以批评。这种观点在当时责有很大的创意，且对后世有影响：在史料工作方面，刘氏主张要广搜博採，又要细心鉴别真伪，慎重取舍。他认为，若不征求异说，採摭言，则内容贫乏，难以成一家之言，但若只求聚博为功，而不别加研核，又会真伪混淆，是非参错。故史料不