形态学还是DNA序列数据来看，都明确地显示应该将牠们分配到旋尾亚纲（Spiruria）去。尽管有时（Oxyurida）跟Rhigonematida会被归到蛔目之下的尖尾总科，但这两动物与蛔虫的关系没有比其他旋尾亚纲物种更亲近。现时在最新的分类，蛔虫目是色矛纲色矛亚纲之下13个目之一，但，「蛔虫目」这个分类单元之下已不再包括任何物种。的WoRMS及过往根据蛔目可分为四个总科，分别如下：而较新的分类则在色矛亚纲的蛔目之下详列22个科、64个物种，分别如下：
亲缘支序图.以下为综