蔓的长度都不同。小瓮猪笼草的莲座状植株可生长出更多的捕虫笼，几乎每个植株都可达到7个以上。小猪笼草的叶片大小和形状也表现出与小瓮猪笼草的相似性，但该物种并不存在于菲律宾。
自然杂交种.小瓮猪笼草的自然杂交种尚未被确认，但汉密吉伊坦山存在部分可能为其与汉密吉伊坦山猪笼草、棉兰老岛猪笼草和盾叶猪笼草的杂交植株。原被认为是小瓮猪笼草与盾叶猪笼草的自然杂交种的类群已被认定为一个杂交起源的独立物种——汉密吉伊坦山猪笼草。