1941年7月，国家安全人民委员部被并入内务人民委员部，内务人民委员部再次获得巨大的权力，1943年4月，内务人民委员部再次被分解为内务人民委员部和国家安全人民委员部。在苏德战争时期，内务人民委员部的主要任务为战线后方的安全保卫工作，同时包括制止阵前逃亡行为。根据斯大林签署的国防人民委员会第270号和第227号令,对于临阵脱逃的士兵,政委可以就地枪决，普通的基层官兵则会被派往惩戒营被迫执行危险任务。与此同时，内务人民委员部还专门针对被占领区和东欧地区的反苏分子采取了行动，对他们进行了逮捕和处决。