同年8月，徐思本司铎再度来台，并于台北市长安东路一段购置房屋一栋（今长安天主堂所在地）作为辅大在台办事处，同时约聘董事若干。台湾省政府亦允诺赠与圆山附近土地作为辅大在台校址。随后前教务长雷冕奉派来台主持，相关事务皆顺利进行。然而，大陆局势须臾急转直下，圣言会罗马总部乃电令停止一切活动，迁校计画终于全部放弃。1949年2月1日，北平为中共佔领。以外籍圣职人员为主的意见认为辅大将成为中共迫害的对象，拟将图书仪器迁运国外，但遭到中共地下党员学生的强力扣留，最终仅能运出鲍润生神父（Fr. Biallas SVD