派校尉带兵与寇恂一同抗击苏茂，自己则绕过黄河，攻打朱鲔，两边都获得大胜。后来刘秀又在冯异的建议下登基。
击破赤眉.建武二年（26年）春，冯异被封为阳夏侯，他领兵攻打阳翟贼人严终、赵根，并获得胜利。这时赤眉军和延岑扰乱三辅，大司徒邓禹不能平定，便让冯异接替。冯异领兵西进，建立威望，弘农郡称将军的十多批盗贼都带着部下投降了冯异。后来冯异和赤眉军在华阴县交战，最后获胜，刘始、王宣等人全部投降。建武三年（27年）春，冯异拜任征西大将军，并与邓禹、邓弘等人合兵攻打赤眉军。冯异曾提出要以恩