由三个部分组成：藏书文化区、陈列展览区和园林休闲区。其中，藏书文化区由宝书楼（即天一阁藏书楼）、范氏居住区和民国迁建的尊经阁、明州碑林等组成。陈列展览区由秦氏支祠、芙蓉洲和书画馆组成。园林休闲区由各种园林景点组成。除此之外，博物馆还管理伏跗室、天封塔、白云庄、宁波鼓楼等馆外文物保护单位。
天一阁.天一阁是天一阁博物馆的核心，包括宝书楼、东明草堂、司马第以及附属园林，主要展示藏书文化。1982年成为第二批全国重点文物保护单位。
秦氏支祠.秦氏支祠位于天一阁博