党官员对立的时期里，当时陈翠玉曾帮忙安置几位担心会遭受危害的政府官员，但事后该批政府官员仍将陈翠玉列为需清算枪决的人员民单中。之后在一些不愿配合如此行动的其他官员及朋友帮忙下，陈翠玉于当年3月暂时离开台湾前往加拿大避难。来到加拿大的陈翠玉之后就读多伦多大学的护理教育系并取得学士学位，在二二八事件风波结束后陈翠玉回到台湾在台大医院护理部担任主任。
台大护校.担任护理部主任的陈翠玉以先前所受的西式教育；开始进行对于台大医院和护理教育与制度的改革，包含了成立台大医院的护理部、重新制定