生冲突并被毛利氏吞併，山阴地方的大部分地区进入毛利氏支配之下。1600年（庆长5年），江户幕府任命堀尾吉晴出任出云和隐岐的领主。堀尾吉晴最初入驻曾是尼子氏本驻的月山富田城。然而由于月山富田城是一座山城，生活及交通不便，堀尾吉晴决定将据点搬迁到平地的松江城并在1611年（庆长16年）竣工。堀尾吉晴治理时期不仅修筑了松江城，还利用中海和宍道湖之间的大桥川为天然护城河，并确立了松江城下町的城市格局，开启了松江城下町的历史。堀尾氏在堀尾吉晴之后只维持了3代就家系断绝。1634年（宽永11年），被转封为松江藩主，