选中国科学院生物学地学部学部委员（院士）。此后又历任地质部技术司总工程师，地质部地质研究所室主任、副所长、所长，地质部地质科学研究院副院长等职。1977年出任中国地质科学院副院长。1979年任地质部副部长。1982年任地质矿产部总工程师。同年当选英国伦敦地质学会荣誉会员。此外，他还曾任中国地质学会理事长，中国矿物岩石地球化学学会副理事长，国际岩石圈委员会（ICL）中国委员会执行主席，中国地质科学院名誉院长，全国政协委员、常委等职。程裕湛于2002年1月2日逝世，享年89岁。