造成的影响、小南海水坝项目的低成本效益，以及薄熙来的秘密决策过程都令小南海水坝项目具有极高的争议性。有338种淡水鱼类在长江流域生活，其中189种正在现在是保护区的小南海水坝拟建位置生活，而当中的大多数并不在中华人民共和国境内的其他河流流域栖息。环保人士马军称：“在众多鱼类问题专家眼中，该自然保护段都是一些濒临灭绝与本土鱼类的最后一处栖息地。”香港大学淡水生态学教授杜德俊（）称：“从河鱼的角度来看，兴建大坝实际上改变了一切。”《路透社》的报导形容小南海水坝项目“为长江珍稀鱼类判死刑”。长江水利委员会在2