江口是重要的湿地、滩涂保护区，且为鸟类重要的繁殖地，但遭到周边的工程建设与部分村民的破坏。此外，南台岛上的橘园洲、尤溪洲等地由于房地产开发，填埋大片湿地滩涂，鸟类明显减少。岛上东片区内河由于自身来水量小、河网水动力缺乏、水流运动规律复杂、自净能力差、污染物无法及时地排出，存在着淤积露滩、黑臭、水质恶化、排水不畅等生态环境问题，河流系统已失去输水、排洪、防污、景观、生态等功能。