团攻陷基隆后进入台北城，在佔领台北后开始南进，遭遇义军激烈抵抗。由于义军熟悉山地地形且採取游击战术，在桃竹苗等地抗日屡屡告捷。但随着粮草及武器弹药不足，并且在日军优势火力下义军崩溃瓦解。其后，各地余部仍然对日军进行十几年的武力反抗。虽然《清史》与《台湾通史》等文献强调乙未战争台方守军为刘永福的黑旗军与唐景崧的广勇。不过如美国记者Davison目睹的场景描述，中国军队常是：「华兵互相吵闹，杀害军官，勒索抢劫，横行无忌」；反观台湾三崃至台湾中南部的台湾兵勇(即义军等)，才是战争主角。有学者指出「乙未战争」台