，改封陈国公。贞观十二年（638年），迁吏部尚书。侯君集武士出身，学术上没有造就，迁吏部尚书后方始读书。同年，吐蕃围松州（今四川松潘），唐授侯君集为当弥道行军大总管以击之，成功击退吐蕃军。贞观十三年（639年）冬，以侯君集为交河道行军大总管，率兵出击高昌王麴文泰。十四年（640年）八月，进围高昌时，麴文泰已卒，其子麴智盛投降，得22城，8046户，17700口。太宗以高昌故地置西州。侯君集入高昌时，因为自身私占钱财，不敢禁制将士竞相盗窃，班师后被人揭发而下狱。虽被免罪，却由于钦羡长官李靖武功卓越而晋尚书