公布，其并且建议该协定与日本同东南亚国协协议的谈判同时进行。2005年6月2日，尤多约诺和小泉纯一郎会晤后发表联合公报，宣布正式启动谈判。直至2006年11月，两国政府宣布「原则上」达成共识，惟第七轮也是最后一轮谈判须直到2007年6月才能进行，而日本内阁于同年8月10日批准双边协定的条款。2007年8月20日，双方在雅加达签署该协定，并于2008年7月1日正式生效，成为印尼首份签署的双边自由贸易协定。
审查.协定规定须在5年内进行全面审查，而印尼政府于2013年要求进行一次审