孑遗.当大部份主流的专家都认为巨齿鲨已经灭绝，但仍有人认为巨齿鲨的孑遗仍然存在，但证据仍似乎较缺乏及含煳。有从挑战者号发现的巨齿鲨牙齿化石表面积聚的锰，推算出巨齿鲨应在10,000至15,000年前依然生存。但却亦有指这种估计是不准确的，认为巨齿鲨在上新世之后的估计是根据过时的测试方法。而有人指出依巨齿鲨的生理结构与新陈代谢只能生活在温暖的浅水海域，在深海生存的可能性微乎其微。一些其他将疑似鲨鱼的大型生物当作是巨齿鲨的报告，多是将姥鲨科、鲸鲨科或其他大型的生物误认为巨齿鲨。
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