2012年赛季开始前，2003年在闸北建队的南昌恒源（原上海衡源足球俱乐部）宣布将主场回迁上海，并冠名南昌衡源足球俱乐部上海申鑫队，使得上海时隔五年再次出现了两支顶级联赛球队。2月25日，上海申鑫在赛季前与上海申花的热身赛中，球队上海籍球员王赟与申花后卫戴琳发生争执，并最终引发双方球员群殴的情况，成为媒体一度关注的焦点，该场热身赛也就此取消。
成绩糟糕 频繁换帅.2012年4月15日晚，由于球队战绩不佳以及与俱乐部高层矛盾激化，任职仅5个月的主教练让·蒂加纳正式向上海申花俱乐部提出