立了保密室，起草颁发了《保密工作条例》。1954年9月，设立国防部后，萧向荣任国防部办公厅主任，同时任中共中央军委副秘书长兼办公厅主任。1955年，获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1959年9月，林彪担任国防部长。1960年，林彪妻子叶群调回军队任林彪办公室主任后，要求授予大校军衔。萧向荣没有批准，之后顶住叶群参加四清的报告不发。林彪在整倒总参谋长罗瑞卿后，开始对萧向荣进行打压拉拢。1965年11月15日，向其发动突然袭击，宣布萧向荣“反对毛泽东思想，反对突出政治”等。接着，又于11月1