1990年代，因为乘客量锐减而停办。受到中环及湾仔填海计划影响，原有的港外线码头停止服务，所有离岛线在1995年迁往中环1至7号码头。爱丁堡广场码头于2006年11月12日搬迁至位于民光街与民耀街交界的中环7号和8号码头，毗连的大会堂码头则提供来往愉景湾及尖东码头的飞翔船渡轮服务，随后迁往中环8号码头东翼（已经停航）。皇后码头作为公众码头功能亦在2007年4月26日起被中环9号码头所取代。
上盖发展.1994年7月，行政局同意由油麻地小轮申请发展中环码头4至7号的上盖物业，小轮