阶级间的流动受到限制。在幕藩制之下，各藩领国在经济上依赖中央政府的市场进行交易，幕府凭借经济上优势确保其统治权；但随着后期商品经济的高度发展，藩际贸易大大减少各领国对中央的依附性，各藩表现出明显的独立倾向，瓦解了幕藩体制的政治基础。1543年，一艘葡萄牙船漂流到鹿儿岛的种子岛。时日本正值战国纷扰，葡萄牙人将欧式火枪传入日本，基督教也在这时进入日本。然而，传教活动与发达的贸易逐渐威胁到江户幕府的统治，于是幕府在1641年把荷兰商馆迁移到长崎的出岛，奉行保护主义（锁国），这段期间日本只容许荷兰和中国的商人来