力逐渐缩小到京都及週边山城国一地。京都由于内战，遭到了严重的损毁。各地大名的军事实力也不断加强，各自割据一方。日本陷入长达一个半世纪的全国性混战，史称战国时代。在这一时期，幕府将军境遇惨淡，甚至成为大名的傀儡。永禄8年（1565年），被松永久秀和三好三人众视为眼中钉的第十三代幕府将军足利义辉被松永久秀和三好三人众所弒杀。
灭亡.永禄11年（1568年），当时实力雄厚的织田信长扶植长期流亡在外的足利义辉之弟足利义昭成为第十五代幕府将军，挟其为傀儡以号令天下。足利义昭并不甘心作织田