可避免地会杀死胚胎。囊胚由两大部分构成：处于外围的滋养层以及处于内部的内细胞群。滋养层细胞会分化爲胚胎外的组织（胎盘等），而内细胞群则会分化爲胚胎的各种结构。最早期分离胚胎干细胞的方法是先用蛋白酶分解的蛋白质（囊胚外围的一层细胞外基质），再利用免疫手术（immunosurgery）专一地使滋养层细胞裂解，从而取得内部的内细胞群细胞，之后体外培养和繁殖取得的内细胞群细胞，即可建立胚胎干细胞系。目前胚胎干细胞的分离方法已有了一定的改进，比如现在已有使用激光去除透明带的技术。获取胚胎干细胞的成功率相当