维亚（今天的雅加达）建立了“贸易和行政管理总部”。在殖民统治时期，荷兰人将注意力集中在雅加达和其他一些海滨城市，例如三宝垄和泗水。荷兰殖民者还通过一些归顺的本土势力，间接对这个多山的岛屿进行统治，例如爪哇岛中部的马打兰王国。19世纪，荷兰政府从荷兰东印度公司手上接管了东印度群岛，1830年荷兰统治者开始实行所谓“耕种制”（荷兰语cultuurstelsel en cultuurprocenten）的变相奴役制度，导致了大范围的饥荒和贫困。随即发生了各种政治和社会反抗运动，其中一位名叫Multatuli的