光绪20年），随叶志超部入朝鲜，后来在甲午战争中于平壤遭日军进攻，叶志超丧失斗志，逃亡回国，受到清政府惩处。鲍贵卿也受连累被免职。1895年（光绪21年）袁世凯在天津小站编制新建陆军，鲍贵卿任武卫右军右翼工程营筑垒司队官。鲍贵卿的勇名衆所周知，受到王士珍、段祺瑞高度评价。1902年（光绪28年），鲍贵卿任北洋常备军左镇左翼歩兵第2营管帯，在率新兵经过巨鹿县时遭景廷宾部围困，50人被杀，鲍贵卿中刀伤勉强逃走。1904年（光绪30年）任北洋第一镇（左镇改组而成）第2协第4标统帯，后升任陆军第二镇第4协协