年二月，出狱。甲申之变，大顺军攻陷北京，明朝灭亡，龚鼎孳投降李自成，授直指使，巡视北城。大顺灭亡，睿亲王多尔衮至，龚鼎孳降清，以原官任，升吏科右给事中，又升礼科都给事中，迁太常寺少卿，升左都御史。顺治三年（1646）六月丁父忧，请赐恤典，工科给事中孙珀龄严劾鼎孳是明朝罪人，“辱身流贼，蒙朝廷擢用，曾不闻夙夜在公，惟饮酒醉歌，俳优角逐。闻讣仍复歌饮留连，冀邀非分之典，亏行灭伦，莫此为甚！”有司议降二级，后遇恩诏获免，恢复原官。大学士冯铨被劾，睿亲王会集科道官员质讯，龚鼎孳弹劾冯铨依附魏忠贤作恶，冯铨反指责