市绿色化学与化工过程绿色化重点实验室、上海分子治疗与新药创制工程技术研究中心，位于中北校区和闵行校区两个校区。拥有化学学科一级学科博士点，有无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、高分子化学和物理、课程与教学论（化学）6个博士学位授予点，另加应用化学和化学教育专业共8个硕士学位授予点。其中，化学学科排名位居中国和世界前列。化学与分子工程学院与巴黎高师集团建立了联合培养博士研究生机制，并与美国、日本、德国、加拿大、英国等一些国家的高等学校建立了联系。