城和三河国的冈崎城都是由他修改。小田原城攻略以后，成为了冈崎城七万石的城主。于1595年，秀次被处死，但秀吉反而增封吉政多三万石。关原之战中，吉政支持德川家康，东军胜利后，由于在伊吹山成功捕获了石田三成，故被德川分封筑后国柳川32万石。而他也是基督教的信徒，在领内积极保护基督教人士，他的洗礼名是保罗·罗密欧（）。在吉政死后，由田中忠政继任，但是他没有子嗣继承家督，被幕府改易。