伦称帝，司马馥担任侍中、大司农、领护军，封为京兆王。司马伦四个儿子：司马荂浅薄鄙陋，司马馥、司马虔暗很强戾，司马诩愚嚚轻訬。孙秀想要派司马馥、司马虔领兵助诸军作战，司马馥、司马虔不肯。司马伦兵败，司马馥在孙秀坐，王舆派将士把他囚禁到散骑省。四月十三日，晋惠帝派遣尚书袁敞持符节赐司马伦死，拘捕他的儿子司马荂、司马馥、司马虔、司马诩，付廷尉狱，全部处死。司马馥临死对司马虔说：“因为你破家！”