长崎市在1960年代之前是人口流入地区。但自1970年代开始，由于重工业景气萧条导致长崎变为人口流出地区。加上长崎市区可供开发的平地有限使得一些大型住宅区选择在邻近自治体开发，导致长崎市同时出现市内人口向长崎县内其他自治体流出的现象。长崎市人口老龄化、少子化问题严重。由于生育率持续低于置换水准，2000年代之后长崎市人口的自然增长率也变为负增长。现在65岁以上人口佔长崎市总人口的约28%，15至64岁人口佔约60%，14岁以下人口只佔约12%。长崎市的总和生育率只有1.4，略低于日本平均值1.42，更远低于