擒方腊，后来忠州防御使辛兴宗领兵截住洞口，佔为己功。方腊及部下方肥等五十二人被俘，于八月在汴京被处决。史称方腊之乱，「凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出，裸而缢于林中者，相望百馀里。」（《续资治通鑑》）后宋朝政府将睦州改名严州，清溪县改名淳化县。
文艺作品.古典小说《水浒传》中有描写关于方腊起义反抗宋朝的故事，并描写了许多方腊的大将，还有方腊立太子方天定等。以小说为原型改编的电视剧《水浒传》中，方腊由崔岱、吴卓翰饰演。