北魏河东康王薛安都之子，南齐、南梁官员。
生平.永元元年（499年）至永元二年（500年）之间，车骑江夏王萧宝玄参军事、宣阁将军、新任右军中郎将薛元嗣被封为开国县侯，食邑一千户。永元二年十二月，萧宝卷听说刘山阳被杀，诏令讨伐荆州和雍州。十二月戊寅（501年1月17日），萧宝卷任命冠军长史刘浍出任雍州刺史；派遣骁骑将军薛元嗣、制局监暨荣伯率领军队以及运输粮食的一百四十多艘船送到郢州刺史张冲那里，命令张冲抗击萧衍的军队。薛元嗣以刘山阳之死为前车之鉴，怀疑张冲不敢进兵，于是停驻在夏口