北京，毁圆明园。旋被夺爵，仍任钦差大臣。1860年九月，直隶、山东一带捻军四起，后奉旨“剿捻”于山东、河南、安徽。1861年加入东太后慈安、西太后慈禧和奕䜣的祺祥之变，消灭了肃顺的顾命八大臣集团，开始两宫听政。同治四年（1865年）五月，高楼寨之战，僧格林沁在山东曹州府菏泽县高楼寨附近的吴家店，遭捻军赖文光部和宋景诗部包围。僧格林沁于是自领少数骑兵突围，隐于树林，被16岁捻童张皮绠杀死。
身后.僧格林沁阵亡不久，死讯传回北京，清廷震惊，命侍卫驰驿迎柩回京，辍朝三日以示哀