锥状，顶部经常是扁平的。表面覆盖着小刺瘤，上面的棘刺纤细且很短。基座扁平，椭圆形的口位于前缘附近。牠们拥有巨大而延长的顶盘和长长的花瓣状步带。棘球海胆经常将部分身体埋于沙泥中，在其中犁行以寻找有营养的有机物。其标本体壳的顶部常破裂，很可能是食肉动物，诸如鱼的攻击造成的。