工业和信息化部、中国科学院、中国航天科技集团公司领导担任；中国载人航天工程总设计师、副总设计师由技术专家担任。中国载人航天工程实行专项管理机制，设“中国载人航天工程办公室”（CMSEO），代表中国政府行使管理职能。中国载人航天工程办公室隶属中央军事委员会装备发展部，是统一管理载人航天工程的专门机构和组织指挥部门，也是中国载人航天工程总指挥、总设计师和重大专项领导小组的办事机构。
系统组成.中国载人航天工程各大系统分别设有总指挥和总设计师。大系统包括：Section::