遗迹如夏连特拉的婆罗浮屠及马打兰的巴兰班南，十三世纪末十四世纪初，印度尼西亚历史上的大帝国满者伯夷在东爪哇建立，至加查·玛达（Gajah Mada）统治时期，採行扩张政策，版图包含现今大多数印度尼西亚及部分马来西亚地区。郑和下西洋曾经过印度尼西亚，并在马六甲有外交活动。虽然穆斯林商人于伊斯兰时代初期即抵达东南亚，但迹象显示穆斯林最早于13世纪居住于苏门答腊北部，印度尼西亚其他地区逐步採行伊斯兰教，伊斯兰教在爪哇及苏门答腊地区至16世纪末才成为优势宗教。伊斯兰教通常与已存在的文化及宗教综摄并受之影响，伊斯