纪80年代以来黄石山鳟曾面临过几次威胁，包括涉嫌非法引入黄石湖的湖鳟，这一入侵物种会对体型较小山鳟的生存产生不利影响。虽然美国政府曾于1890年在蛇河流域的肖松尼湖和刘易斯湖放养过湖鳟，但它从未被正式引入黄石河流域。山鳟同时还面临着持续干旱和意外引入的脑粘体虫威胁，这种寄生虫会导致养殖或野生的鲑鱼和鳟鱼发生中枢神经系统疾病（旋转病）。从2001年开始，法律规定黄石地区水域的任何本地鱼种都只允许捉到或钓上后马上予以放生。黄石还生活有6种爬行动物，如锦龟和草原响尾蛇，以及包括在内的4种两栖动物。黄石地区