后，他被任命为江苏都督。同年5月，统一党和民社等合组共和党，程德全因与章太炎不和而离党。1913年3月，他曾亲赴上海处理“宋教仁被刺案”，主张按法律程序解决。1913年7月二次革命中，他宣布江苏独立，并被推举为南军司令，但他弃职逃遁上海。同年9月，二次革命失败，他辞去江苏都督。此后他住在上海，以礼佛为事。1917年退出政界。1926年，受戒于常州天宁寺，法名寂照。1930年5月29日于上海圆寂。享年71岁。
遗迹.今苏州城外寒山寺，有“古寒山寺”四个大字为其墨迹。齐齐哈尔市龙沙