地区建立了堡垒和军事殖民地，苗族和中原人的领地被带有烽堠的墙所分离。但朝廷也用了11年的时间最终平定此乱。朝廷于1795年将绿营兵从湖北重新部署到湖南处理苗人，因而对北方省份的控制削弱，助长了川楚教乱。军事行动后是强迫同化的政策：传统的衣服被禁止，种族隔离被强制执行。也有引入儒家教育的尝试。然而，骚乱的深层次起因维持未变，紧张局势再次滋长，直至1854年爆发最大的苗民起义。在1795—1806年间被“平定”的湖南苗民，相对而言几乎没有参与1850年代的起义。