川岛浪速取得了联系，结成同盟，试图推动满蒙独立运动。随后在川岛浪速的帮助下得到了日本参谋本部、关东都督府等机关的援助，组织勤王复国军，举兵讨伐袁世凯，试图复辟满清。不久袁世凯即病死，日本政府也取消了对满蒙独立运动的支持。但巴布扎布仍率部入侵内蒙古一带。北洋政府派遣军队进行讨伐，巴布扎布战败，次年在林西县的战斗中被北洋直系军阀的部队杀死，一说被自己的部下杀死。