便跃升为柏林快铁网络中的南北、东西干线转运中心。与此同时，东侧的地铁站内也铺设了黄色的墙面瓷砖，这是柏林地铁保有至今的特色。腓特烈大街车站的重要性在1939年得到进一步提升，因为快铁列车已经可以通过延长的南北铁路隧道与柏林南部的市郊铁路相连。而在“水晶之夜”事件发生后，数以千计的犹太裔孩童开始作为儿童撤离计划的援助对象，经由该车站离开德国。1943年初，本站遭到了波兰抵抗组织的轰炸，共造成14人死亡及27人受伤。
战时受损情形.在第二次世界大战期间，腓特烈大街车站的损毁严重。由