内藤新宿开始以来，便被当作新宿的守护神祭祀。此外，在神社内常常定期举办各种剧团的活动，担任了新宿文化的一翼亦广为人知。鲜红色的社殿被当作参拜客的休憩、等待场所，人潮总是络绎不绝。
缘由.创建的历史不明，但在德川家康1590年进入江户时就已经存在，传闻是大和国吉野山的分灵。之后，因为德川幕府在当地设立了内藤新宿，花园神社也随之作为镇守并受到当地的祭祀。