9世纪初，这个群岛都经常被英国海盗用作藏身之地。1793年，詹姆斯·科尔内特描述了加拉帕戈斯岛的动植物，认为这些岛屿可以作为太平洋捕鲸船的基地。他绘制了这些岛屿的第一张精确的航海图。此后，捕鲸者和海上毛皮商为了提取它们的脂肪，杀死并捕获了数千只加拉帕戈斯象龟。陆龟可以留在船上作为提供新鲜蛋白质的一种手段，因为这些动物可以在船上没有任何食物或水条件下生存几个月。此举导致了某些物种的大量减少，甚至灭绝。与捕鲸者一同到来的还有毛皮海豹猎人，他们使这种动物的种群濒临灭绝。已知的第一个在加拉帕戈斯岛的固定居民