撒土司、麻书土司、白利土司兼代士勇，并管理赋税、诉讼等事务。任内，甘孜少数民族聚众滋事，王曜南独自前去安抚；东谷土司因在诉讼中行贿，遭到王曜南杖责。光绪三十二年（1906年）春，王曜南辞职回到家乡。后来被选为甘肃咨议局议员，宣统元年（1909年）任资政院议员。中华民国成立后，王曜南任第一届甘肃省议会议员。后来他在家中教儿子念书。1920年海原大地震波及静宁县，静宁县全城的房屋均被夷平。王曜南等人乃重建了静宁县文庙。