之后，哲学系系主任赵天仪本欲将冯沪祥以威胁师长的理由记过，但受到训导长劝阻。但既然钱永祥指摘他人被记过，那冯沪祥威胁师长反而不被处罚，因而引起争议。之后因赵天仪在之前对陈、王、钱等人的惩处并未积极配合，而被撤销系主任职务。8月，由前台大哲学系系主任成中英推荐，新聘到任的客座副教授孙智燊任代理系主任。
孙智燊的校务会议与大整肃.孙智燊到任后，便不断指称台大哲学系内有一批「共产党同路人」。并将原本召开的哲学系校务会议临时改为哲学系紧急座谈会。会中批判哲学系内部有美国费正清集团及成中