后的一段时间，政治依然动荡，各党派和民族之间的权力斗争严重。1979年4月13日，前大学校长优素福·卢莱教授被坦桑尼亚推举为临时总统。6月份，由于总统权力大小的争议，国家协商委员会委任戈弗雷·比奈萨取代卢莱出任总统。1980年5月12日，比奈萨又被以保罗·穆万加为首的军事委员会撤职。乌干达随后由总统委员会领导，委员包括保罗·穆万加、约韦里·穆塞韦尼、奥伊特-奥乔克和蒂托·奥凯洛。同年12月，战后的首次总统选举举行，前总统米尔顿·奥博特当选。不过选举存在争议，约韦里·穆塞韦尼声称奥博特是通过选举舞弊上台的，并