1967年2月，成立指挥部。初期暂借田中村集会所为指挥部办公室，统埔村镇安宫作为训练器材库，车城福安宫供进驻官兵住宿。1968年9月，正式成立「恆春训练基地指挥部」，下辖政战部、行政组、训练组及勤务排，指挥部暂驻保力营区；10月，李黎明少将为第一任指挥官；12月，完成二重溪营区兴建工程，指挥部由保力营区移驻二重溪营区。1973年7月，全衔改为「恆春三军联合训练基地指挥部」；1975年1月，增编联合裁判组；1979年2月，海军陆战队第七十七师成立，恆春三军联合训练基地指挥部编入该师执行进训梯团测考任务