数千件珍贵藏品，可以想象藤田家藏品全盛时期的规模之大。藤田美术馆的所在地为藤田家原先本邸及其仓库的位置。由建筑大师今井平七指挥修建的藤田宅邸是明治末期关西地区最大的和风邸宅之一，宅内仅茶室就超过30座。但除东邸和本邸的大门、多数库房，以及从和歌山县高野山光台院移来的用铜板修葺的多宝塔之外，藤田宅邸的本邸、西邸、东邸等绝大部分都在第二次世界大战的空袭中被烧毁了。该馆库房为由京都大学的日比忠彦设计的日本最早的钢筋混凝土库房，旧有建筑翻修后被用作展览室使用，但毋庸置疑，相对藏品的品质和数量来说，展览室过于局促