金树仁于1879年生于甘肃省。父金声清，一生亦农亦商；母鲁氏，生五男二女，金树仁为其长子。家族世代无有显者。金树仁幼年聪慧，光绪十八年（1892年）中秀才，此时年仅十二岁。四年后，云南人杨增新任河州知州，金受其器重。光绪二十七年（1901年），杨调任甘肃学政兼高等学堂监督，金树仁追随杨增新到省城，入甘肃文高等学堂。毕业后，又入法政学堂。完成学业后，金树仁先后任龙泉书院、凤林书院院长。宣统元年（1909年），金树仁参加科考，举为孝廉方正，同年又应己酉科试，考取拔贡。1911年辛亥革命后，中华民国第一届国会