3年12月3日生于福建省厦门市翔安马巷镇。蔡父常年在海外给别人当店员，他漂泊于越南、日本，风雨中身体状况恶化，终积劳成疾，病逝他乡。彼时的蔡启瑞，只有18个月大。蔡启瑞于1937年毕业于厦门大学化学系，后留校任教。1947年赴美国留学，1950年获俄亥俄州立大学化学博士学位。1956年回国后，任教于厦门大学化学系，长期从事催化理论、化学模拟生物固氮、结构化学等领域的研究工作。1978年至1982年间任厦门大学副校长。1979年至1988年间任物理化学研究所所长。1980年当选中国科学院化学部学部委员（院士）