F4E识别帽子的工作就由7-甲基-鸟嘌呤和吲哚基团之间的堆积来完成。该堆积由两个绝对保守的色氨酸残基，依靠三个类Watson-Crick氢键和范德华力同第三个保守色氨酸联系起来。磷酸化作用可以调控eIF4E的活性。例如哺乳动物eIF4E的209位的丝氨酸的磷酸化可增强eIF4E同加帽mRNA的结合并稳固eIF4E和eIF4G间的相互作用。但也有人认为该位点的磷酸化并不影响蛋白质的翻译过程。