运输商用作消毒，以延长鱼类在长途贩运中的存活时间。虽然2002年5月中国农业部已将孔雀石绿列入《食品动物禁用的兽药及其化合物清单》，但于2005年8月，福建、江西及安徽等地出口的鳗鱼产品，仍被验出含有孔雀石绿，中国国家质检总局首次下令全面回收，数日后香港发现多种淡水鱼含有孔雀石绿，中国大陆因此禁止所有淡水鱼出口到香港。 同年9月1日香港于来自台湾的青斑海鱼样本中验出孔雀石绿，中华民国渔业署表示会作出针对性检验。
染剂.孔雀石绿可用作生物染色剂，把细胞或细胞组织染成蓝绿色，方便在