命其为新西兰总督。菲茨罗伊主张让毛利人享有与英国移民同等的土地使用权，以化解种族冲突，却遭致英国殖民部的强烈反对。1845年他被召回国，1850年正式去职。
气象工作.1850年代初，菲茨罗伊在达尔文和弗朗西斯·蒲福推荐下进入皇家学会主持气象统计。1853年他代表英国参加了布鲁塞尔召开的气象会议，发表了重要的演讲。回国后，他让一些军舰装上了风速、气压、温度和湿度的测量仪器，测量航海时取得的资料，并据此绘制了新型海图，用以预测未来几个星期乃至几个月内的风力情况。他向皇家学会提交了报告