马运河连接了大西洋加勒比海与太平洋巴拿马湾。巴拿马的首都巴拿马城的主城区就在巴拿马湾沿岸。巴拿马湾包括三个更小的港湾，西边的帕里塔湾，北部的巴拿马港湾和东边的圣米格尔湾，以及珍珠群岛等两百个大小岛屿。巴拿马湾沿岸有许多巴拿马的重要城市，如巴拿马城、拉帕尔马和奇特雷。巴拿马最大的河流图伊拉河自东向西流入圣米格尔湾。