段祺瑞等要求共和第二电，促请清帝退位。中华民国成立后，鲍贵卿任第2师歩兵第4旅旅旅长（由清朝第2协第4标改组）。1912年（民国元年）10月，他授陆军少将、驻直隷省。1913年（民国2年）被授陆军中将衔。1913年7月二次革命爆发，鲍贵卿、段芝贵随安徽省出撃。8月任芜湖大通司令官（后“芜湖镇守使”）兼第3旅旅长。由于安徽都督倪嗣沖排斥异己，1915年（民国4年）鲍贵卿不得不改任北京陆军讲武堂堂长。1915年10月，升任陆军中将。12月袁世凯称帝，被封一等男。
东清铁路.1916