于粪便移植和常规疗法相比相当的不寻常、具入侵性、被认为具感染风险、曾不被专科医学学会认可，兼且无法获得保险的赔付，这种疗法一度被医护人员认为是非不得已的“最后手段”。但最近（2010年），粪便微生物移植逐渐成为治疗艰难梭菌感染的标准疗法，并可获得美国联邦医疗保险的赔付。对于出现临床征状恶化或严重复发的艰难梭菌感染者，目前有声音倡议用内窥镜施行的粪便微生物移植作为一线疗法。
溃疡性结肠炎及其他消化系统疾病.与治疗艰难梭菌感染不同，学术文献普遍认为治疗溃疡性结肠炎，需要多次和不断重复的