始于宇多天皇在仁和寺出家，后世称为御室门迹。鎌仓时代初期开始，皇族、摄家等之子弟在特定的寺院出家。惯例化之后，「门迹」自体成为皇族、公家出身者继承的特定院家・寺院的称号。作为寺格的「门迹」在室町时代确立，室町幕府设置门迹奉行管理门迹寺院的相关政务。江户幕府加以制度化，区分成宫门迹・摄家门迹・清华门迹・公方门迹（武家门迹）・准门迹（脇门迹）等。