他在给耶稣会的历史学家玛菲用葡萄牙语写的信中说道：“查看一下有关印度、日本的注释书和地图类，会发现明显的谬误比比皆是。”但是耶稣会在日本佈教非常顺利，而且在印度还发现了基督教聂斯脱里派（景教）的信徒。这使得利玛窦他们在精神上非常振奋。利玛窦在印度和交趾支那传教四年。其间在果阿的神学院还学习了人文学科，在1580年（万历八年）7月26日晋升为司铎后，又学习了神学。他在印度认识到，应该允许当地人也学习哲学、教理和神学等欧洲文化，并且写信给耶稣会总部提出了这个问题。他认为：“如果阻拦他们与他人为伍担任职务——