番禺广场和广州东站—体育西路，两者需要在体育西路站换乘。厦滘车辆段也正式启用。两条路线均继续使用3节编组列车行走，并计划使行车间隔压缩至3分钟，以提高行车密度的做法来增加运力。官方称为「小编组，高密度」（但实际该密度仍未能算高密度），这种思路也对其后的4号线、5号线、6号线和广佛线等线路的设计产生影响，令上述线路使用了载客量较少的车型和较短的编组。2007年5月14日，3号线北延段（原机场快线）原有17.03公里高架路线的规划全部更改为地下敷设。为此广州市政府增加投资10亿元，工期延长9个月。同时，为控