席马英九的去留并未表态。然而随着在11月29日投票日当晚副主席郝龙斌宣布请辞后，最后马英九于11月30日上午召集相关幕僚开会后决定，宣佈将于12月3日的中常会上请辞党主席。但也传出是因党内对其「逼宫」声浪提高所导致。12月1日中午，另一副主席、同时也是副总统的吴敦义也宣佈请辞副主席。12月2日，马英九在国民党中山会报上宣布将于3日中常会辞去党主席一职，并希望吴敦义及郝龙斌能「勉为其难」继续留任副主席，最后郝与吴均同意留任。而根据国民党党章，主席缺位时由第一副主席代理，并召开临时全国党代表大会，于3个月内改选