3日退役。其船员被转移至新近入役的战列舰策林根号，后者也接替了勃兰登堡号在第一分舰队的位置。20世纪初，四艘勃兰登堡级舰只都被送至的旱坞进行大型重建，其中勃兰登堡号的现代化工期是1903年至1904年。在现代化改造的过程中，艉部增设了一座带有的第二司令塔。勃兰登堡号及其姊妹舰的锅炉以更新的样式取代，并降低了舯部舰艛的高度。它于1905年4月4日重新投入使用，并被分配至此时已重组为活动战列舰队（）的第二分舰队，尽管只是临时服役。它参加了1905年、1906年和1907年的例行常规训练演习，然后于1907年