复兴足利幕府，而信长则有用武力统一天下的野心，因此两者最终关系逐渐恶化。信长为了限制将军的权力，于永禄12年（1569年）正月颁佈了《殿中御掟》9条，并逼迫义昭承认。这使幕府将军的行动受到了很大的制约。翌年正月又追加了5条，信长更进一步限制了幕府的权力。元龟元年（1570年）4月，织田信长讨伐越前大名朝仓义景，但就在此时织田家的同盟浅井长政反叛信长，导致信长大败。同年，足利义昭与织田信长一同参加野田福岛城之战，并在志贺之阵中与朝廷斡旋织田信长及朝仓义景的和谈。元龟3年（1572年）10月，信长向义昭送达