:亲民党时期.在2000年总统大选时，出任宋楚瑜竞选总部的发言人，后宋楚瑜组建亲民党，邱毅也随之加入。于隔年立委选举中，以亲民党参选人之身分投入高雄市第二选区参选，在该区应选五席而国民党提名三席的夹杀下，邱毅仍突围当选，而国民党则三席皆落选。2002年直辖市议员选举中，在邱毅的带领下，亲民党在高雄市议员开出提名九人当选七人的佳绩。后来爆发高雄市议长贿选案，多位议员丧失资格。2003年进行市议员补选，在邱毅的陪同宣传下，亲民党候选人都落选。2004年立委选举，邱毅再度代表亲民党并当选。2004年总统大选