寺改宗格鲁派，出现智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个活佛转世系统。其中，智合仓活佛系统将瞿昙寺的创建者三丹罗追追认为第一世，历世智合仓活佛为该寺寺主。实际上，智合仓活佛的转世系统开始于清朝康熙年间获封为“灌顶净觉弘济大国师”的班觉丹增。二世智合仓活佛罗桑丹贝尼玛、三世智合仓活佛噶桑丹增嘉措、四世智合仓活佛罗桑噶桑嘉措曾先后出任塔尔寺第三十六任、第五十六任、第七十六任法台。卓仓曼巴仓活佛系统的罗桑贡却尼玛曾任塔尔寺曼巴扎仓第十五任堪布。卓仓居巴仓活佛系统的噶桑扎西嘉措曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布及塔尔寺第