心未定，因此任命元仲冏担任使持节、都督秦州诸军事、本将军、秦州刺史、署理镇西将军都督。孝昌三年（527年）正月，北魏由于兵将疲惫，萧宝夤和元恒芝在泾州大败，大陇都督元仲冏和小陇都督高聿接连退散。萧宝夤阴谋反叛北魏，元仲冏和封伟伯察觉之后，暗中与关中豪强韦子粲等人商量起兵讨伐他，计划败露，孝昌三年十月廿日（527年11月28日），元仲冏在长安的公馆中被萧宝夤派人杀死，时年虚岁三十八。朝廷得知后，赠予元仲冏使持节、卫大将军、尚书右仆射、都督雍岐南豳三州诸军事、雍州刺史，增加封邑三百户，谥号武贞。武泰元年岁次戊申