12月5日在广州持续屠杀平民，据载死亡人数有约八千、八到十万等说法，史称庚寅之劫。后真修和尚雇人收拾民众遗骸，在东郊乌龙冈，‘聚而殓之，埋其余烬’，合葬立碑。后广州再次成为广东省会、广州府及番禺与南海县治。1680年（康熙十九年）削藩后，朝廷又加设广州将军一职，统领驻扎在广州的八旗官兵，并节制广东全省绿营兵。1646年（清顺治三年十一月初五），清军占领中原后，南明绍武帝朱聿讁在广州建都，这是广州在历史上第三次建都；同年十二月十五日，清兵攻入城内，绍武帝自缢而死（一说被杀）。1650年（清顺治七年