得到马耳他岛作为新的基地并经受了土耳其人又一轮围攻，直到拿破仑时期被法军占领驱逐。条顿骑士团于十字军后主要从事于在东欧等地的拓张，与当地民族如波兰人、罗斯人爆发了一系列冲突，后分裂，其东部于15世纪坦能堡会战后被击溃，西部则于16世纪改宗，成为了普鲁士王国的源头。医院骑士团和条顿骑士团先后再次重建，但已成为纯粹世俗的普通组织直到今日。现在的马耳他骑士团是一个欧洲规模较大的慈善机构。