同年12月3日的三合一县市长选举结果，民主进步党执政的县市由十县市降为六县市，苏贞昌随即于开票结束后宣布辞去民进党主席一职。
行政院长（陈水扁政府，2006-2007年）.2006年1月19日，陈水扁总统宣布任命苏贞昌为行政院院长，接替因中央政府总预算覆议案未获立法院支持而请辞的谢长廷。苏贞昌于1月25日宣誓就任行政院第二十任院长，成为国家最高行政首长。2006年10月25日，依据经续会结论，苏贞昌率领内阁宣布启动「大投资，大温暖」第一阶段三年冲刺计画，未来将斥资一兆一千六百