系错综复杂而且多变，例如沙普尔一世鼓励不同的宗教共存，他本身似乎都是祖梵教的信徒，而巴赫拉姆二世则打压少数宗教。除了基督教，沙普尔二世宽容对待其他宗教，他在君士坦丁一世信奉基督教后才打压基督徒。
基督教.萨珊王朝的基督徒主要属于景教和叙利亚正教会，虽然这些教会与罗马帝国的基督教会保持紧密的关系，但他们之间的分野明显。景教和叙利亚正教会採用叙利亚语作为礼拜仪式语言，不同于拜占庭基督教的希腊语。另外，由于萨珊王朝与罗马帝国常年处于战争状态，萨珊王朝试图切断他们与罗马帝国的关联，造成了东