点列表，不含下属九元航空所经营航点。
境外航点.吉祥航空于2017年成为星空联盟优连伙伴以后，与区域内星空联盟航司开展代码共享和常旅客合作。从2018年夏秋航季起，吉祥航空与全日空航空于部分中日航线开展代码共享，与长荣航空于部分两岸航线开展代码共享。