977年，马友友与长期交往的女友吉儿·哈诺尔（Jill Hornor）结婚，他们育有两个小孩，分别叫做尼可拉斯（Nicholas）与艾蜜莉（Emily）。马友友的姊姊马友乘也是小提琴家，她与吉他手麦可·达德普（Michael Dadap）结婚。两个家庭在纽约长岛经营儿童交响乐团协会（Children's Orchestra Society）。马友友近年来从事丝绸之路计画，目标是结合来自历史上由丝绸之路所连结的各国音乐家，唱片的发行者是新力古典（Sony Classical）。2009年1月20日，马