986年，更名为中国人民解放军南京军区南京总医院。南京军区南京总医院是中国人民解放军第二军医大学的教学医院。1993年9月，南京大学与南京军区南京总医院签订开展教学合作的协议，南京军区南京总医院对外挂牌“南京大学医学院临床学院”，地位及作用等同南京大学医学院的附属医院。此后，医院人员在国内期刊发表论文署名单位均为“南京大学医学院临床学院”，对外参加国际学术活动、在国外期刊发表论文署名单位为“Jinling Hospital, Nanjing University, School of Medicine”