经济衰退，使日航遭遇经济困难。自1986年，日航每年一直有盈利，直到1992年开始亏损。日航开始实行节流措施，包括设立廉价航空公司日本航空快运及将度假游客转往日线航空（前身「日航包机」）。这些措施使日航于1999年转亏为盈。1990年代，日航订购更多波音777客机更新机队。日航是波音777「Working Together」开发计划八位成员之一，为设计提供建议。2001年，日航及日本佳速航空同意合併。2002年成立了新的控股公司「日本航空系统」（，），组成了日航集团新的核心。飞机涂装亦被更改以配合新日航