振寺也改宗格鲁派，属色拉寺结巴扎仓。1840年，僧人钦则旺布记录藏传佛教各派主要圣迹的《卫藏道场胜迹志》中所载的第一个寺院便是“佛的阿兰若降热振寺”，可见该寺地位之高。1865年，清朝嘉庆帝将热振寺赐予了热振唿图克图。热振寺第五世热振活佛热振·图旦绛白益西丹巴坚赞在中华民国时期曾任西藏噶厦摄政，卸任之后，于1947年被西藏噶厦摄政达扎·阿旺松绕以“倾向内地中央、谋害达扎”的罪名使用武力拘捕，从热振寺抓到拉萨囚禁。当西藏噶厦派兵到热振寺押解五世热振赴拉萨时，热振寺僧众抗击进入热振寺的藏军，打死16个藏兵。