后，由兄长光严上皇开设院政。同时，足利尊氏在京都设立室町幕府，室町时代开始。1348年阴历十月廿七，光明天皇让位给了光严上皇的第一皇子，是为崇光天皇。崇光天皇尊之为上皇。1351年室町幕府发生观应扰乱，足利直义投奔南朝并大败北朝军。在此压力下，足利尊氏决定与足利直义达成和解，并废除了北朝朝廷向南朝投降，史称正平一统。光明上皇也同其他一些北朝系皇族成员一起被幽禁。次年后村上天皇派楠木正仪击败足利义诠，佔领京都，被囚禁的光明上皇连同光严上皇、崇光天皇、皇太子直仁亲王一起落入了南朝军的手里，押解到了后村上