日台南科学工业园区开发筹备处升格更名为「南部科学工业园区管理局」，2014年3月3日配合科技部成立改制为「科技部南部科学工业园区管理局」，2019年12月11日组织法通过名称改为「科技部南部科学园区管理局」。2004年5月17日行政院择定位于高雄市楠梓区之行政院退辅会所属之国有地开发之研发产业园区，并交[国家科学委员会依照《科学工业园区设置管理条例施》工与后续营运，成为南部科学工业园区楠梓园区，总面积达八公顷。行政院为此编列2亿800万元工程费预算送交立法院审议，但因故立院决议冻结高雄生技园区工程费预算