永初二年（421年）九月，刘裕即命褚淡之及褚叔度去见褚灵媛，乘机支开她到另一个房间。及后士兵就翻过墙进入府内，逼司马德文服食毒药。但司马德文不肯，更说：「佛教所称，自杀的人都不能轮回再生为人。」士兵于是用被褥将其闷死，享年三十六岁。司马德文以晋礼下葬于沖平陵，谥恭皇帝。