，菌异营中有机物的流向与正常菌根是相反的。有些真菌生长于植物的根、芽、叶等组织中，这些真菌称为，内生真菌与菌根一样常是植物与真菌间的互利共生，真菌生长于植物体内获得养份与庇护，并可提高植物对草食动物的抗性以让植物受益。
与藻类.地衣是真菌与行光合作用的藻类的共生产物，在地衣中，行光合作用的部分称为共生光合生物（photobiont），而真菌则许多来自子囊菌门、少数来自担子菌门。地衣存在于五大洲的所有生态系，对成土作用与演替的起始非常重要，且能生长在极端环境中，如极地、山地与半干旱地