龙在鸭嘴龙亚科中佔了独特的演化位置。如果阿纳萨齐龙与小贵族龙是同种动物，较早命名的小贵族龙将具有优先权。
历史.正模标本（编号BYU 12950）是一个颅骨，也是目前唯一的标本，是在70年代晚期，由杨百翰大学的田野工作团队在新墨西哥州的圣胡安县发现。在1993年，美国古生物学家阿德里安·亨特（Adrian Hunt）与史宾赛·卢卡斯（Spencer G. Lucas）建立了霍纳氏阿纳萨齐龙（"A. horneri"），也是目前唯一的种。属名是以古代美洲原住民阿纳萨齐人为名，阿纳萨齐