往苏州、九江、上海、北京、沈阳、西安、武汉、青岛等方向的长途列车。据报道车站日均客流量9万余人，其中旅客5万余人，春运高峰时发送量超过11万人。广深城际列车全部在深圳站地下一楼候车，而发往其它地区的长途列车全部在二楼候车。广九直通车、沪九直通车和京九直通车虽然经过深圳站，但并不停车办理客运业务。