用橙色命名是由于它曾经沿着橙色大街行驶。橙色大街是殖民时期从陆地侧穿过进入城市的干道，如今是华盛顿大街下半段。绿线用绿色命名是因为它紧邻波士顿绿宝石项链公园系统。蓝线的颜色是源自于地铁从波士顿湾下穿过。地铁红线曾经的北终点站是哈佛大学，而学校的主色调是绯红色。这四条地铁使用的铁轨都是标准轨距，但是又互不兼容。一条线路上的列车如果想在不同线路上运行，需要进行一些调整。橙线和蓝线列车足够相似，所以曾有考虑过将部分蓝线列车改造后使用在橙线上，但是由于成本问题被驳回。部分西门子公司产的蓝线车厢在正式投入营运前被