许遵遂请求宋神宗将案件发由两制讨论，评判的司马光和王安石分别是传统派和改革派，讲求慎刑的王安石支持许遵的自首减刑判决，要求严惩的司马光则坚持处死，最后由神宗下诏同意王安石的意见并送刑部复审。此时御史滕甫和钱颛请求再选官定议，神宗又招来翰林学士吕公着、韩维、知制诰钱公辅重议，结果三人主安石所议，对此神宗再次予以肯定。但刑部否定宋神宗「敕贷阿云死」的终裁，在支持改判意见的同时，亦认定许遵枉法裁判，宋神宗并未表示意见，而选择嘉奖许遵并调其入京任职大理寺，暗示自己的立场。之后，审刑院和大理寺的法官齐恢、王师元等