容时遭遇磁盘已满或超出配额错误——开发者未预料到文件可能被稀疏；使用非显式支持的计算机程序复制稀疏文件可能会复制整个内容，即未压缩的文件大小，包括未实际在磁盘上分配的零空间——也就是使稀疏文件失去稀疏属性。稀疏文件也不是被所有备份软件和应用支持。不过，VFS的实现回避了先前两个缺点。在Windows上加载稀疏的可执行文件（exe或dll）可能需要更多时间，因为文件不被映射到内存和缓存。
Unix中的稀疏文件.稀疏文件通常对用户透明（不可见）处理。但在某些情况下，稀疏文件会与正常文件