此同时，地铁公司亦在当时刚完工的地铁大厦（今称港铁总部大楼）15楼车务部内，设立一个后备车务控制中心（目前已不能使用）。
合併.2007年两铁合併时，港铁计划将锦田八乡车务控制中心（负责西铁线）、火炭车务控制中心（负责东铁线及马鞍山线）併入青衣车务控制中心。当前，青衣车务控制中心、锦田八乡车务控制中心及火炭车务控制中心的职员主要依靠传真或者视像电话沟通；于合併后，职员将会集中于一起工作，能够即时面对面沟通，提高资源调配及工作效率。届时，超级车务控制中心可以直接协调全港所有路线的列车