陆科学钻探计划支持，与台、美、日、德四国学者跨国合作，钻取断层带的岩芯试样以研究九二一大地震的成因与生成机制，发现地震具有重复性，以及断层滑移带的厚度会是地震能量的重要参数。马国凤利用研究，计算出921大地震的断层滑移带厚度与能量分布，此研究成果刊载于《自然》杂志。
2012年：发表「均向地震」研究，发现地下水也可能引发地震.马国凤的研究指出，在车笼埔断层错动时，巨大作用力把断层面磨成极细的不透水断层泥，造成地下水无法向上，只能继续累积在下方，液压不断增加，最后将积水区周围的岩石「