官复原职。1597年，日军再次入侵朝鲜，史称丁酉再乱。权慄命令朝鲜水军攻击日军，但三道水军统制使（朝鲜的水军主帅）元均却对此持消极的态度。权慄大怒，以鞭鞭打元均，胁迫其出战。元均被迫出击，在漆川梁海战中遭到日军藤堂高虎的袭击，大败身亡。此后，日军席卷了全罗道、忠清道等地。朝鲜将军李舜臣最终取得鸣梁大捷，为朝鲜军和明军赢得了战机。不久以后，权慄同明军麻贵部计画攻击日军正在建造的蔚山倭城，朝鲜军在战斗中十分英勇，权栗还亲手斩杀了数名逃兵，受到了明军经理杨镐的赞赏。但是由于对援军疏于防备，日军在次年的蔚山城之战中