51年蒙古在此设立了别失八里等处行尚书省。元宪宗蒙哥死后，阿里不哥一度以此处为基地之一与其兄忽必烈争夺蒙古大汗之位。元朝至元元年（1264年）阿里不哥投降，该地遂为中央政府控制。但是至元十三年（1276年）昔里吉发动叛乱，别失八里行省大部地区被窝阔台后王海都占领。元朝平定南宋残部的反抗后，于至元二十年（1283年）在别失八里设宣慰司，派万户綦公直为宣慰使，率大批新附军进驻实行屯田。然而到了至元二十三年（1286年），察合台汗国后王笃哇占领该地，元贞二年（1295年），元朝再次设立北庭都元帅府。此后经过长时间