陈炯明冲突中皆支持孙中山，因而颇受器重。孙中山得以于1923年回广州第三次护法，亦得助于程潜平定广州。程曾在中华民国陆海军大元帅大本营军政部部长任内时开办大本营陆军讲武学校，自任校长，宋希濂中将即出身于此。孙中山建立黄埔军校时，曾一度考虑以程为校长，以蒋中正及李济深为副。1925年孙中山逝世后，广州国民政府改组初期，程潜为政府委员之一。
北伐战争.1926年被选为国民党第二届中委。同年国民政府下部队改为国民革命军，程部为第六军，程潜为军长，军代表林伯渠，下属三个师。1926年蒋中正