地区的出发据点，也一度成为倭寇的根据地。从16世纪开始，陆续有来自欧洲的商船进行贸易，因此先后设置了荷兰、英国等欧洲国家的贸易商馆，在江户时代初期，都是日本主要的对外贸易中心。直到日本锁国，日本将所有贸易限制在长崎港为止。江户时代后期，也曾经是日本的捕鲸主要据点。