继承瑞典王位之后，曾力图将瑞典恢复到以旧教为国教的状态，这引发了许多瑞典的信义宗大臣不满。尽管卡尔本人信奉克尔文派的归正宗，而非路德派的信义宗，但卡尔支持信义宗，作为与齐格蒙争权的手段。1598年，也身兼波兰国王的齐格蒙运用波兰舰队登陆瑞典，远征斯德哥尔摩和卡尔马，9月25日，在林雪平发生的「斯通耶布罗」之役中，被卡尔九世打败，1599年7月24日，瑞典国会罢黜了齐格蒙，立卡尔为监国摄政王。1600年3月19日，卡尔肃清齐格蒙派，许多原支持齐格蒙的贵族被卡尔斩首，后被称为「林雪平血案」（Linköpin