督教週报》上不点名批评他「有人别具慧眼，看出他以为是的丁点所谓亮光来，继而像鸡蛋里找骨头在钻牛角尖」。朱牧师因为其鲜明的政治立场，受到部分亲建制派的牧师批评，包括林以诺及吴宗文等，朱牧师亦有因此批评他们。
家庭.朱牧师有两名儿子及两名孙儿。六四事件后，朱耀明安排年仅12岁的儿子朱牧民移民至美国。