共和国成立后，陈奇涵主持江西的剿匪工作。1952年，当选为江西省各界人民代表会议协商委员会（即中国人民政治协商会议江西省委员会前身）主席。1953年，陈调北京工作，历任中国人民解放军军事审判庭庭长、军事法院院长。1955年，陈奇涵被授予上将军衔，获一级八一勋章、一级独立自由勋章和一级解放勋章。1957年任中华人民共和国最高人民法院副院长。陈奇涵是第一至三届国防委员会委员，第三、第四届全国人大常委会委员，中共第八届中央候补委员、第九至十一届中央委员。1981年6月19日，陈在北京逝世。