継尧的政治及军事反击下，政学会于同年8月被迫解散。孙文支持粤军陈炯明的军事行动，岑春煊、李根源等被迫下野。
晩年.此后，李根源在北京政府方面活动。北京政府于1922年（民国11年）9月任命李根源为航空署督办。11月，李根源任张绍曾内阁的农商总长。翌年6月，李根源入高凌霨内阁继续任农商总长，并曾在数日间代理国务总理。国民政府时代，在抗日战争之际，李根源在江苏组织老子军，后在社会上唿吁抗日，任云贵监察使、国策顾问。1945年初，抗战胜利，李根源辞去了云贵监察使之职，回到家乡云南