别抄政权迁到了西南的珍岛。1271年，三别抄军向日本镰仓幕府求救，但镰仓幕府没有回应。同年2月又请求向蒙古投降，同时要求蒙古先退兵，并将全罗道让给三别抄军统治。但蒙古拒绝了这个要求，同时高丽派遣金方庆、洪茶丘联合蒙古攻陷了珍岛。金通精率领残部逃往耽罗（济州岛），驱逐了耽罗国王并佔据了该岛。1273年，高丽、蒙古联军攻佔了济州岛，三别抄之乱被平定。此后蒙古在该岛设置耽罗总管府，高丽全境成为蒙古的附庸国。新任的高丽国王忠烈王向日本派遣使节，1274年，高丽积极建议蒙古进攻日本，并为蒙古提供军船兵粮以及兵将。