整修，1948年初完工，包括东侧延伸之办公室、会议室，也增建西侧列车车班站房等空间。在1968年建筑增添西翼办公室时，并没有以与东翼取得相同工法进行协调，造成视觉上的违和感。1966年为因应纵贯线与内湾线（1951年通车）增加的货运量与调车业务，更因台湾肥料公司新竹厂扩建后之运输需要，扩建货运站，即今最东侧之行李房。1969年6月完成启用，客货业务正式分开。1973年增建东翼铁路警察办公室。1998年由内政部指定为省定古蹟（现为国定古蹟）。
扇形车库.新竹车站扇形车库位于今站内车库