表示，蔡同荣担任民进党巴纽案专案小组召集人，毫无调查就採取相信邱义仁，这才是伤害民进党。2008年5月18日，民进党宣布第12届党主席选举开票结果，蔡英文当选。2008年12月11日，蔡同荣召开记者会]质疑总统马英九谎报自己的出生地。根据马英九女儿马唯中在美国的出生证明上的记载，马英九填写他自己的出生年是1950年，出生地是中国深圳（Shengchun, China）。由于马英九在中华人民共和国于1949年10月建国后才出生于深圳，蔡同荣指控马英九是中华人民共和国公民。总统府则以香港生死登记处核发的出生