杨亮节和一队部队与元军一次交战中战死，为纪念杨亮节的忠勇事蹟，故后来大屿山一带建有多座杨侯古庙（或侯王宫，大澳、东涌等地建有）。景炎三年三月，端宗于大屿山北岸一带病逝，宋帝昺继位，其后才逃至新会。
明、清时期.明朝时期，大屿山的石壁、大澳、沙螺湾、东西涌等地方已有村落渐渐形成。正德年间，佛朗机（今葡萄牙）人滋扰屯门地区，曾于大屿山的大澳建立据点。正德十六年（1521年）爆发的屯门海战，才使佛朗机人撤出大屿山。至嘉靖年间，福建巡抚谭纶、总兵戚继光奏请设置水师城寨，此后广东设置六个水寨