到不满，联合数位波哥大的保守党要人试图架空圣克莱门特。1899年10月，哥伦比亚自由党发动了千日战争，始于桑坦德，并蔓延到整个国家。1900年7月31日，保守党其他要人们决定推翻圣克莱门特。包括何塞·比森特·孔查和[等保守党要人们将圣克莱门特软禁在比列塔并让马罗金上台。1902年3月13日，圣克莱门特死于比列塔。