命军北伐开始后，又设国民革命军总司令部，蒋中正任总司令，规定军事委员会内各机关改隶总司令部。军事委员会专责以军事武力统一中国。1928年6月，北伐完成，统一中国，国民政府迁至南京；同年11月10日，军事委员会职务权责移交国民政府军政部、参谋本部、军事参议院等单位后正式结束。1932年，一二八事变爆发，为了与侵华日军对抗，国民政府恢复设立军事委员会。随后，军事委员会历经第一次国共内战及中日战争，直到1946年5月裁撤。军事委员会虽隶属国民政府，不过在中华民国军政、训政、第二次世界大战期间，不论是重要性