这种问题主要是人体针对自身正常细胞或者化学产物的抗原，产生了对应的抗体而造成的。这些疾病当中相当大的一部分是由于自身免疫系统对这种自身抗体结合后的正常细胞产生免疫反应，进而导致杀伤自身细胞而造成的，例如，全身性红斑狼疮、干燥综合征、强直性嵴柱炎以及类风湿性关节炎等。这一类的疾病性质根据不同的疾病，严重程度并不一样。如全身性红斑狼疮严重时可能会危及性命，而干燥综合征如果稍加控制，通常只会造成口干舌燥之类的不适。除了主要因杀伤自身细胞导致的疾病外，还存在另一种致病的原因。例如，患者自身产生了针对促甲状腺激素