9月1日日本空军为了清理日军前进道路，轰炸位于吴淞的国立同济大学。经营近二十年的国立同济大学校舍被日军炸为平地。抗日战争期间，国立同济大学被迫迁往内地。于1937年9月起从上海迁至浙江金华、江西赣县、广西八步、云南昆明等地，1940年迁到四川省南溪县李庄（今四川省宜宾市翠屏区辖）。在战争期间，同济大学继续发展，达到最鼎盛时期。学校迁至江西赣州时，医学院院长德国人柏德辞职。皮肤科专家宁誉接任院长，他是同济历史上第一位担任医学院院长职务的中国人。在李庄时期的国立同济大学，校本部设在李庄的禹王宫。