四所私立大学。
交通.由于长崎市多山的地形和道路宽度普遍较窄，使得路面电车和巴士等公共交通机关在长崎市交通分担率中有较高比例，而脚踏车则比例极低。长崎市内的普通铁路由九州旅客铁道（JR九州）运营，共有长崎本线和大村线两条路线。长崎车站是长崎的铁路交通中心，2015年度的乘客总数达809.8万人，日均客流量达22,127人次。浦上车站则是长崎市区中北部的主要车站和长崎第二大车站，2015年度总乘客数达191.4万人。往返于长崎车站和博多车站之间的特急「鸥号列车」是长崎重要的联外铁路交