延宕许久的创画案落实，于一年内改制为十二个行政区，成为沿用至今的区域划分。在此时民望声浪最高之时，吴伯雄于1990年被转调行政院政务委员，进行主审法案的工作，一年后1991年，在行政院长郝柏村力邀之下，吴伯雄又回任内政部长。1993年宋楚瑜出任台湾省政府主席后，积极为参选台湾省长而舖路，而吴伯雄同时也有意参选台湾省长。甚至说出「就算只剩阿里山，也要选到底」豪语。1994年中华民国举行第一届省直辖市长选举，吴伯雄积极表态角逐国民党内的台湾省长候选人提名，据传闻当时的国民党主席李登辉属意的是时任台湾省政