学生、毕业生和教师在第二次世界大战里在太平洋战场和欧洲战场上服役。鲍比·琼斯参加诺曼底战役。埃默里大学医学院外科教授阿尔弗雷德·温斯坦在1942年和1945年间是大日本帝国的战俘。他的自传《铁丝网外科医生》极其生动地描述了盟军战俘在日本的生活和战争罪犯渡边睦裕的恶行。1940年在康德勒神学院毕业的谷本清依靠他在美国上学时建立的联系组织广岛少女重建当地的外科医疗。约翰·赫西在他的《广岛》里描述了他。埃默里大学参加美国海军和美国陆军组织的专门在大学生里征兵和训练军官的项目。康德勒神学院培训随军牧师。在战争期间为