站于6:30对开首班车，23:00对开末班车。加上列车的行驶时间，部分车站的服务时间可达次日零时。自2016年12月25日起，深圳地铁11号线从碧头及福田的末班车发车时间分别为23:34及23:30，以确保机场站于凌晨0时仍有地铁服务。每逢平安夜、除夕、元宵等节假日，地铁运营时间均会适当延长，最长延长至次日1时。至于地铁车站，则是在该站第一列车到达10分钟前开站，最后一列车开出10分钟后关站。地铁各线均具备开行小交路的条件。为一步压缩客流密集区段的行车间隔，1号线、2号线、3号线、4号线、5号线、6号线