两种版本。未载录者为原刊本，因为台湾府确定设立时已是康熙二十三年四月，尚在编纂中的《福建通志》并未将台湾列为收录范围。而有收录台湾府相关资料者，依照所录的资料到康熙二十五年（1686年）为止，可知为该年的补刻本。补刻本中的资料，则可能来自送入福建史馆的蒋毓英《台湾府志》文稿。1930年11月，台湾总督府图书馆曾派人到日本帝室图书馆抄录补刻本中关于台湾府的部分，题名为《康熙福建通志抄录》。台湾成文出版社在1983年将此抄本影印刊行编入「中国方志丛书」，并改书名为《康熙福建通志台湾府》。雍正年间，雍正帝下旨