将，朱序亦不例外，累迁至鹰扬将军、江夏相。兴宁三年（365年），梁州刺史司马勋叛乱，于成都（今四川成都）围困益州刺史周楚。大司马桓温于是表朱序为征讨都护，入援成都以救周楚。次年，朱序在成都击败并生擒司马勋，平定叛乱。战后朱序因功拜征虏将军，封襄平子。宁康二年（374年），长城县人钱步射和钱弘聚众百多人作乱，藏匿于原乡山，朱序于是迁中军将军桓沖司马、吴兴太守，领兵讨平钱弘。次年转迁辅国将军、兖州刺史。太元元年（376年），前秦攻伐前凉，桓沖与荆州刺史桓豁合作派军侵扰前秦与东晋边界，以减轻前凉所受的压力