后，明朝对边疆控制日益松弛，蒙古人攻占了整个青海草原，朵甘都司遂废弃。
东南地区.明朝前期，设澎湖巡检司管理澎湖列岛。1553年葡萄牙人获得在澳门停泊船只权，1557年取得居留权，在清光绪十三年（1887年）中葡签署《中葡和好通商条约》前，中国法律上一直拥有澳门主权。1624年荷兰人进入台湾南部，筑热兰遮城。1626年西班牙人进入台湾北部。1642年荷兰赶走西班牙，占领台湾大部。1661年，郑成功进攻台湾，次年驱逐荷兰人，攻占台湾。
南海及东南亚地区