十年，顺义王撦力克絷献史、车二部长，林以制敌功，又进副总兵，万历二十七年擢署都督佥事，为辽东总兵官，曾经上书陈边务十策，文中多触文吏积弊，于是最终不能实行。后矿税使高淮横恣，林力与抗，被淮劾夺职，给事中侯先春论救，结果又被戍烟瘴，久之，方遇赦免。萨尔浒之战中，马林被起用为北路主帅，率北路开原军出三岔口，三月初一抵尚间崖（在萨尔浒东北），得知杜松军兵败，不敢前进，将军队分驻三处就地驻扎，挖掘三层堑壕，将火器部队列于壕外，骑兵殿后，又命部将潘宗颜、龚念遂分屯大营数里之外，以成犄角之势，构成一个品字形。大贝勒