坚硬且游泳速度迅速，因此，除了人类之外，几乎没有什么主要的天敌。虽然曾经有成龟失去一只鳍状肢或是鳍肢的末端有被噬咬的伤痕，但这种类似被鲨鱼或其他凶勐的动物如虎鲸等攻击的状况并不多见。但小绿蠵龟的天敌却是非常多，在陆地有各种沙滩上的动物，如：狗、猫、沙蟹、浣熊、红火蚁、蛇、海鸥等都会对小龟进行攻击，在海中则有各种肉食性的鱼类如：鲨鱼、旗鱼等。由于缺乏足够的防御的能力、小海龟的背壳还不够坚硬、跑（游）的又不够快，因此很容易成为这些天敌的美食，小绿蠵龟在第一年的死亡率很高，研究资料估计，只有约1%的小绿蠵龟能够长