为山阴县离建康远，桓玄还没有登极，反建议刘裕等到桓玄正式做了簒夺之事，罪恶已多之时才在京口起兵，认为成事的机会很高。刘裕亦听从孔靖的意见。元兴三年（404年），刘裕于京口起兵讨时已篡位称帝的桓玄，果然获得成功，桓玄兵败沿江西上，刘裕遂在建康奉武陵王司马遵承制行事，即授孔靖会稽内史。桓玄所任命的征东将军、会稽内史是虞啸父，当初孔靖自求当其府司马但不果，而这回孔靖回会稽后便立即叩门将任命之事告知啸父，并命人打扫别斋以任入住。啸父得知桓玄败了就极为恐惧，立即开门请罪，孔靖就加以慰问，并让他暂时仍住于府中，至翌