天皇对于直弼所作所为十分不满，偷偷诏令水户藩铲除无视武家秩序的直弼（戊午密敕），对于朝廷前所未闻的政治干涉，造成幕府和朝廷的关系僵化，直弼要求水户藩交出密敕，同时派遣间部诠胜上京调查密敕有关的人物，由此为开端发起安政大狱，致使众多志士和公卿（）遭到肃清。安政7年（1860年）3月3日被水户藩浪人在江户城樱田门附近暗杀，史称「樱田门外之变」，享年45岁。死后家督由次子继任。着作有《井伊大老茶道谈》、《》等。现在彦根城内和横滨市的为了表彰他实行开国政策的功勋，而建有他的铜像，但是对于实行开国政策的利弊也