比第一次总统任上更残暴的高压统治。终于五年之后，反对党认为总统选举被操纵，以约韦里·穆塞韦尼的全国抵抗军为首的武装力量实行游击反抗。奥博特的全国解放军和叛军的战斗估计共造成100,000人死亡。1985年7月27日，奥博特再次被他的军队将领巴西利奥·奥拉拉-奥凯洛和蒂托·奥凯洛将军发动军事政变推翻。
死亡.奥博特第二次被推翻后，先后流亡坦桑尼亚和赞比亚。他曾被认为将会重返乌干达政坛，但他却在2005年8月宣布欲离任人民大会党总裁。2005年9月，据报奥博特将于年底前返回乌干达。