因攻高唐不下，遭革职，遣戍新疆。咸丰六年（1856年）复授副都统衔，帮办河南军务，赴淮北镇压捻军。八年，招降捻军领袖李昭寿、苗沛霖。咸丰十年（1860年），因剿匪久无效，于是“降授光禄寺卿”，令其回京报到。不久爆发英法联军，朝廷速命胜保协助僧格林沁、瑞麟奔赴通州八里桥，战败，受炮弹伤。翌年，升兵部侍郎。同年，支持东太后慈安、西太后慈禧、恭亲王的祺祥之变立功。不久，赴山东收编宋景诗黑旗军。同治元年（1862年），苗沛霖捕获太平天国英王陈玉成，同治二年（1863年）授钦差大臣，督办陕西军务，镇压回民，因