人人平等、世界和平而迅速发展，引起当时大日本帝国政府的关注，进而在1921年（大正10年）1月10日进行镇压，逮捕出口王仁三郎，史称第一次大本事件。不过，但次年因大正天皇大葬而被特赦出狱。1935年（昭和10年）12月8日再度镇压，并依《治安维持法》和不敬罪逮捕大批大本教人员。发生大本事件，肇因于日本政府对于大本教的政治影响力慎戒惶恐，故指谪该新兴宗教之教义违背传统神道。