将刘统、冯稚等乘虚偷袭寻阳，刘毅派了刘怀肃平定乱事。
平灭诸桓.桓玄在逃回江陵后就弃城西走入蜀地，而江陵就在荆州别驾王康产等人控制下，守护安帝并等待义军。不久，桓玄在五月壬午日（6月19日）被益州督护冯迁杀害，刘毅等则在江陵迎晋安帝复位。而桓玄死后，义军中人都认为大事已成，全皆松懈起来，且又因大风，桓玄死后差不多十日，各军都未及到达江陵，于是被桓玄堂侄桓振有机可乘，袭取江陵，并劫夺了晋安帝。何无忌等进攻但败于桓振，刘毅唯有率诸军退屯寻阳。刘毅因失江陵而被免官，但不久就再受命督何无忌