初期，长崎虽然是幕府设有长崎奉行的直辖领地，但另一方面也是自治色彩较强的城市。然而在德川幕府开始实施锁国政策之后，长崎开始成为日本唯一的对外贸易据点。1616年，幕府下令外国（中国例外）船只只能在长崎和平户进行贸易。1634年（宽永11年），幕府开始修筑出岛，将散居长崎各地的葡萄牙人集中居住于此。翌年更将外国船只限制在长崎一地，并禁止日本人前往海外和居住在海外的日本人回国。1637年（宽永14年）发生岛原之乱后，幕府禁止葡萄牙人进入日本，出岛一度变为空地。直到1641年（宽永18年）幕府将原本位于平户的荷兰