第二师师长。1922年2月，马玉仁奉命将江苏陆军第二师改为江苏陆军第三师，仍任师长，该师下辖第五旅、第六旅。1923年11月14日，马玉仁获北京政府授将军府衡威将军。1925年1月13日，淮扬镇守使改为淮扬护军使，马玉仁继续任淮扬护军使。1925年，任孙传芳的五省联军第七军军长。1926年1月22日，孙传芳命郑俊彦解散清江浦的江苏陆军第三师马玉仁部。1926年，马玉仁任直鲁联军第十二军军长，授陆军上将衔。1927年6月，马玉仁被北伐军李宗仁部击败，马玉仁被俘，旋即获释。1930年，冯玉祥、阎锡山联合反蒋