年9月举行的自民党总裁选举，甘利担任安倍晋三阵营的选举责任者，为沉寂多年的安倍重新就任党总裁立下大功。安倍当选总裁后，安排甘利担任自民党政务调查会长。同年12月举行的大选，自民党大获全胜重新执政，安倍安排甘利在第二次安倍内阁担当内阁府特命担当大臣（经济财政政策担当）。2016年1月28日下午五点40分，在召开的记者会中，承认週刊文春有关他和他的秘书权钱交易的丑闻的报导，发表声明称要请辞。2016年8月16日，东京地检特捜部就秘书二人现金授受进行的第二次调査表示证据不足，发表不起诉处分。2017年