尾目仅有山椒鱼科一科，计有五种，全部都为台湾特有种，且皆列名于行政院农业委员会《保育类野生动物名录》的濒临绝种野生动物之列。其中北大武山的阿里山山椒鱼为全世界山椒鱼科分布之最南界。
无尾目（Anura）.台湾的无尾目有蟾蜍科、叉舌蛙科、树蟾科、狭口蛙科、赤蛙科，以及树蛙科等6科。
蟾蜍科（Bufonidae）.台湾的蟾蜍科仅有两种，其中盘古蟾蜍为台湾特有种。
叉舌蛙科 Dicroglossidae.台湾的叉舌蛙科计有3属4种，其中海