共运输处作为主管机关的公共汽车服务，主要由「干支线公车」与「市区公车」两大部分组成。2010年12月25日，台南县、台南市（省辖市）辖区合併改制为台南市（直辖市），交通部公路总局嘉义区监理所将路线比例于台南市辖域内超过50％的公路汽车客运路线移交台南市政府监理；这些原公路汽车客运路线于2013年3月至2013年12月间逐步整併为6条干线公车路线及74条支线公车路线，并以绿、蓝、棕、橘、黄、红六色分别作为六个干线公车系统的识别颜色，由兴南客运、新营客运两家民营汽车客运公司经营。大台南公车「市区公车」系