日将其从家中带走「保护起来」（1996年中国政府称），但自此之后，更登确吉尼玛与其家人下落不明。西藏流亡政府称他是世界上年纪最小的政治犯，又唿吁国际社会关注；2006年中华人民共和国中央政府则称他状况良好，家人只想过平静生活。在西藏流亡政府所在地的达兰萨拉，僧人们会特地在4月25日更登确吉尼玛生日当天在佛寺里替其举行平安法会，西藏流亡政府也将这天定为官方纪念日。西藏自治区副主席尼玛次仁在2007年7月28日曾强调，将更登确吉尼玛称为班禅是"不合法"的，同时强调更登确吉尼玛目前已在西藏上高中，兄弟姐妹