三女子中学被统编为北京市第一五九中学。1953年2月2日至2月26日，北京文物整理委员会对历代帝王庙牌楼进行了测绘，牌楼在测绘后被拆除。1953年6月10日，北京文物整理委员会测绘该庙，出有平面图。1958年大跃进期间，庙内的铁缸、铜缸等被捐献用来大炼钢铁。文化大革命爆发后，1966年，庙门前的下马碑遭到红卫兵砸毁、推倒并埋进地下。文化大革命期间，历代帝王及名臣神牌流出，被附近居民改制为板凳。1976年受唐山大地震波及，历代帝王庙大门歪闪，大殿、四座碑亭等建筑全被定为危房。
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