任交通部秘书。中华民国成立后，高恩洪任川汉铁路局秘书兼汉口电报局局长。1914年（民国3年），他改任川藏电报局局长。翌年，他任上海电料管理局局长。1920年（民国9年）9月，他兼任交通部谘议。1922年（民国11年）5月后，他在颜惠庆、唐绍仪、王宠惠、汪大燮等各内阁署理交通总长，兼任教育总长。当时他被视为直系政治家。1924年（民国13年）3月，他任胶澳商埠督办、私立青岛大学校长。翌年10月，他任吴佩孚所率的十四省联军司令部交通处处长。吴佩孚败北后，高恩洪下野，转入实业界。他曾在上海创立了自动车公司