后球队收编改组，周子轩成为被淘汰的一员，其中也包括日后成为西班牙明星国手的阿尔瓦罗·莫拉塔。2006年周子轩转投华拉度列青年军，成为球队不动主力并成为许多球探观察的对象，2009年为了加入中华队出战2010年东亚足球锦标赛最后名单，耗费整个夏天参加中华民国足球协会的暑训，最后无缘入选大名单。九月初加盟西班牙乙组足球联赛萨拉曼卡青年军。2012年，与中国足球超级联赛球队上海申花接受测试，其后一直跟随预备队训练，并没有获得职业合约，期间脚掌骨骨折，同年内接受两次手术后始康复。2013年3月，周子轩与香港甲