文章会有意避免使用某个或某几个特定字母。如果漏掉的是E，那么若然继续以正常的频率分析（估计最高频率者为E）就不可能找出真正的明文。
谐音替换法.早期的加密中，为增加替换式密码应付频率分析攻击的强度，有时会採用“谐音”来改变明文字母频率。在这种加密算法中，明文字母可以映射到多个密文符号。通常情况下，频率最高的明文符号（如E）会比低使用频率的字母（如X）有更多的谐音符号，使频率分佈更为平坦，让分析更困难。但亦因此，只是字母之间互相替换就会造成不够分配，从而有了好几种不同的解决方法。