监禁三年。在监狱内，宁调元提议重建中国同盟会湖南支部。光绪三十三年（1907年）春，托刘谦、李隆建联络在湖南的中国同盟会会员，重建中国同盟会湖南支部。同年农历三月，写诗祝贺上海《神州日报》创办。同年农历十月，在《长沙日报》发表《论开国会之宜缓》一文，反对杨度等人策动湖南学界联名请求朝廷“亟开国会”。光绪三十四年（1908年），高旭、陈去病、柳亚子等人在上海创办南社，致信在狱中的宁调元，宁调元应允入社，并且写出《南社序》。宁调元还致信《民报》编辑章太炎，劝章太炎勿辞编辑职务，以免内讧。宁调元在狱中坚持读书