驻守北台湾的淡水与鸡笼等地，郑氏则主要在台湾南部地区经营。到了1668年，荷军方自台湾全数撤退，并在撤军同时破坏城砦，并烧毁一些无法带走的物品。1683年，由于清军欲派兵攻打鸡笼与淡水，郑氏才派何祐进驻淡水地区，并稍加将红毛城略微修葺。同年7月，郑军于澎湖海战失利，何祐遂私下向清廷表示愿献出鸡笼与淡水二地，而郑氏则在9月5日向清朝正式投降。
清治时期.在荒废了四十年过后，1724年时任台湾府淡水补盗同知的王汧开始整修红毛城。该次整修增辟了四座外围的城门，包含东、西大门与南、北小门。