北京他遇到了刚刚自日本留学归国，正在民政部工作的杨献廷。杨献廷拜段正元为师。1911 年，段正元携杨献廷回四川。中华民国成立后，1912年春，段正元、杨献廷在成都创办人伦道德会。该会宗旨为提倡伦理、扶持人道。该会供奉孔子牌位，每周六由段正元开讲三纲、五伦、八德。曾有倡导新思想的学者到该会同段正元进行辩论，但这没有阻止段正元继续办会。由于听众不断增进，段正元演讲了123周。演讲记录后来被编为《大成礼拜杂志》、《圣道发凡》、《外王刍谈录》等书。1914年夏，他携杨献廷等弟子再度赴北京。1915年冬，国会