渡江战役前一直为美国美以美会所有，之后被中华人民共和国政府没收，归金陵中学所有。
保护.1991年，汇文书院钟楼于被国家建设部、国家文物局评为近代优秀建筑。2002年10月，被列为江苏省文物保护单位。2006年，作为金陵大学旧址进入国家重点文物保护单位。由于建筑年代久远，其结构整体性严重下滑，抗震设防能力已远远低于现行标准，另外，其建筑木构件也出现了老化、腐烂等现象，外立面墙砖出现风化等问题。2011年-2013年，金陵中学进行了“汇文书院钟楼抗震加固及恢复工程”，对钟