毕业后，就读于台湾省立师范学院（现在的国立台湾师范大学）数学系，1949年为二年级学生。周慎源当时为师院学生自治会会长，参与学生运动。1949年4月5日晚间，周慎源曾受到警察诱捕，之后逃脱。 四六事件中，周慎源躲藏于宿舍天花板而逃过一劫。根据1949年四六事件发生时警备总司令部给师大的电令中指名逮捕「周慎源、郑鸿溪、庄辉彰、方启明、赵制阳、朱商彝」六人，当时郑鸿溪是第一任师院学生自治会会长与朱商彝即刻潜逃回大陆，而周慎源选择逃亡南部。
加入共产党.四六事件之后，名列逮捕名单之列的周