愤而反抗，以雍正年间爆发的邵族骨宗事件、道卡斯族大甲西社事件为代表，后续嘉庆年间尚有郭百年侵垦事件之发生，造成西部平埔族迁徙大至山区、丘陵地区。
干隆至同治时期.康熙皇帝收台湾之初，多择良吏派往台湾，如台湾知府蒋毓英、诸罗知县季麒光与台厦道陈璸任内皆颇有建树，但康熙皇帝晚年怠政，对于贪官污吏皆从轻发落，造成各地吏治败坏，也包括台湾在内。康熙60年（1721年）爆发的朱一贵事件便显现出当时台湾官员无能腐败问题。雍正皇帝即位之后大力整顿，吏治风气一度好转，但雍正皇帝在位13年后人亡政息