束星北被划为极右派分子。1958年6月，束星北被定为历史反革命分子，同年10月，束星北被编入劳改队到青岛月子口水库水利工地强行劳改。1960年，束星北被安排到青岛医学院任教员，管制劳动。1965年，他完成了《狭义相对论》手稿，该专着最终在1995年付梓。文革开始后，被安排打扫卫生等体力劳动。 1974年9月11日，束星北被摘掉“极右派”和“反革命分子”帽子。1978年，束星北被调到国家海洋局第一海洋研究所任教授，从事海洋动力学的研究。他在青岛市郊崂山县李村开办了海洋动力学进修班，帮助科研人员打牢理论基础