纤毛虫是纤毛虫门（学名：）生物的通称，是一类较复杂的原生动物，主要特点是以纤毛作为运动器，细胞核一般分化出大核（营养）、小核（生殖）、摄食胞器等，无性生殖为横二分裂，有性生殖为接合生殖，生活在淡水或海水中，也有寄生的。代表生物有草履虫，小瓜虫等。纤毛虫在分类上比较复杂，尚无统一的定论。按传统的分类，原生动物作为动物界中的一个门，纤毛虫为其中的“纤毛纲”（Ciliata），有时也将其列为原生动物门的纤毛亚门，或将原生动物看作动物界的一个亚界，纤毛虫划为一个门——纤毛门。按照汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出的分