后，苏中学生在苏州市率先举行爱国游行示威，随后东吴大学、萃英中学的学生也参与进来。1937年11月19日，日军侵占苏州，校舍成为日军马场，师生被迫迁移。抗日战争期间学校先后七次搬迁、两次更名，起初迁至宜兴（亳阳苏中）。苏南地区被日军占领后，苏中租用上海公共租界福州路威利翰大厦三至五层复校，为避免引起日伪注意，改名为苏中沪校。1941年12月8日，日军占领上海公共租界，苏中再次搬迁到常州（私立青云）、宜兴（私立弘毅）等地以私立学校的名义继续办学。日本投降后的1945年10月，苏中在原址复校，恢复校名为江苏省