国民政府自重庆还都南京，原国民政府军事委员会于1946年撤销，成立中华民国国防部。原国民政府军事委员会所辖警卫部队，改组为两大机构，一为国民政府警卫团（后又成为中华民国总统府警卫团），另一为中华民国国防部警卫团。董兆钧担任中华民国国防部警卫团团长。国共内战时期，1949年12月，人民解放军围城重庆。1949年12月10日，蒋中正与随行乘飞机自四川省成都凤凰机场起飞飞往台湾，至此再未踏足中国大陆。董兆钧所领导警卫团因机载限额，未能成行。不得不挂靠孙震领导的军团，警卫团被改编为16兵团60师，董兆钧出任师长