失败后端方主持的农工商总局被撤销，端方也被革职，他受到荣禄和李莲英的保护，并趁机上《劝善歌》，才未受株连。
封疆大吏.1899年，端方出任陕西按察使、布政使、并护理陕西巡抚。光绪二十六年（1900年），八国联军占领北京，慈禧和光绪帝出逃陕西。端方因接驾有功，调任河南布政使，旋升任湖北巡抚。光绪二十八年（1902年），代理湖广总督，三十年（1904年），代任两江总督。之后，他调任湖南巡抚。在历任上述封疆大吏期间，端方鼓励学子出洋留学，被誉为开明人士，“奋发有为，于内政外交尤有心得”。