美国交流学习，就浅海动力学问题开始研究“拉格朗日余流”相关课题。1984年建立海洋动力学实验室，并向本科生、研究生、博士生开设浅海动力学课程。后冯士筰和合作者在前人研究成果的基础上提出了一种拉格朗日余流和长期物质输运的理论模型，导出了一个新的长期物质输运方程。1993年冯士筰与鹿有余发表研究成果《浅海Lagrange余流和长期输运过程的研究——一种三维空间弱非线理论》，该论文获第四届国家自然科学三等奖和1988年国家教委科技进步一等奖。1997年当选为中国科学院院士。后1999年冯士筰出版与合作者主编的