马公因病去世。6月13日，远东舰队接获和谈通知，6月16日由李士卑斯代理舰队司令一职，前往基隆交换俘虏，并于6月21日撤离基隆，8月4日完全撤离澎湖，俗称西仔反的清法战争台湾战事才完全落幕。
影响.这场战争法军因赤痢、疟疾与霍乱而死伤惨重，被迫不断请求增援部队，而台湾也因法军封锁，造成主要外销商品茶叶与樟脑无法出港，加上官员不断征求民团助战，开销颇大，导致财政困难，经济衰退，直到台湾建省后得到福建财政支持才得纾解。在西仔反战役中，法国政府试图以台湾作为威胁清朝的筹码，而清朝