骥任雍州主簿。次年，因夏国攻关中令关中大乱，晋军撤出关中，杜骥亦随而南去。后刘裕篡晋立宋，于永初三年（422年）授刘义真车骑将军、南豫州刺史，杜骥又任其行参军。随后历任员外散骑侍郎，江夏王刘义恭的抚军刑狱参军，尚书都部郎及长沙王刘义欣的后军录事参军。元嘉七年（430年），宋文帝发动北伐，杜骥加建武将军，随到彦之入河南。当时北魏因兵少弃守洛阳，宋遂收复洛阳，杜骥奉命责守洛阳西北角要塞金墉城。当年冬季，魏军渡河反攻，杜骥以为金墉城荒乏粮不可守，就想南逃，但为免被指弃城出逃，于是故意骗请原来去打捞沉入洛水钟虞