主席案遭蒋宋美龄施压，导致俞氏在中常会上遭到只有列席资格的宋楚瑜指责。虽然最后通过李登辉代理主席案，然而对俞已造成打击，成为去职原因之一。1988年7月，中国国民党举行十三全会，会前国民党内部则形成「拥俞」及「倒俞」的政争。然而掌握党机器权力的秘书长李焕在十三全会期间选举中进行动员，以第一高票当选中央委员，而时任行政院院长俞国华却只屈居35名。而俞国华则在立法院中受到李焕势力的强烈攻击，最后选择提出辞呈。1989年5月17日，俞国华公佈「辞职三理由」，表示为了党内团结、为了给李总统重新安排内阁的机会