在陈水扁第一任时，提及四不一没有，协会虽不满意，但受限于当时时空背景，仍勉强接受。但四年后，面对升温的国际压力，应向人民、国际主张：一、持续进行「民主深化」工程；二、完成制宪。三、根据民进党台湾前途决议文推动住民自决，并更改国号，同时废除象征统一意涵的国统会与国统纲领。四、加强建立台湾本土意识的教育政策。2004年，时任祕书长刘聪德认爲，此一时期的协会在台湾独立运动中扮演的角色可以是：它本身具有论述公共议题、传播建国理念的能量，可以和民进党执政团队沟通，可以和岛外台湾人团体连系，可以在校园鼓吹学生运动，