第二次华山论剑后由黄药师主持郭靖与黄蓉婚事，此后回归桃花岛闲居，但黄药师性情孤僻，不喜热闹，与女儿女婿同处数月，不觉厌烦起来，留下一封书信，要另寻清静之地生活，迳自飘然离开，从此未再回桃花岛。经过江南陆家庄时，黄药师使用「弹指神通」秒胜「赤练仙子」李莫愁，并破了她的「冰魄银针」，顺道救了程英，当关门弟子。因讨厌世俗礼教而和杨过一见如故。在神鵰侠侣结尾，与群雄一同集结襄阳城共抗蒙古侵略。