开始单独执政，并通过与因卡塔自由党及新国民党先后达成同盟，在南非全部9个省的地方议会中也成为了执政党。同年曼德拉退休，由副总统姆贝基接任。2004年大选，非国大在选举中获得了69.69%的选票，第三次胜得大选，取得400席中的279席。其后推动同性婚姻合法化。2007年12月，前副总统雅各布·祖马击败姆贝基，当选为新一届非国大主席。2008年9月，姆贝基提前下台，卡莱马·莫特兰蒂接任南非总统。同年，美国正式将非国大从恐怖组织名单中删除。2009年5月大选，非国大在选举中获得了65.90%的选票，