隆阿攻剿黄州各郡的太平军，并转战入安徽，克复太湖、潜山。胡林翼逝世后，还京供职，途径新乡县时，恰逢捻军从山东入境，便与新乡县知县丁士选共同守城。同治元年（1862年），入京师，补翰林院侍讲。次年，擢为侍讲学士，同年授予济东泰武临道，代理山东盐运使、按察使。同治四年（1865年），山东巡抚阎敬铭委任其督办河防，围剿捻军赖文光、张总愚所部。同治六年（1867年），卸盐运使职，仍兼任按察使。不久，因父忧归。同治十二年（1873年），起用为江安粮道，署按察使。光绪元年（1875年），授安徽按察使，迁浙江布政使。