BB枪等制猴器具以及使用民众。柴山仍有民众使用捕兽夹、毒诱饵等，诱使野生动物受伤、中毒致死。历年来遭受捕兽夹断肢，或中毒身亡之台湾猕猴不计其数。2015年11月，仅两周间便有十来只死伤之猕猴，皆明显外伤。其他常见的动物尚有赤腹松鼠、山羌、白鼻心及穿山甲。其中山羌和台湾猕猴已经不是保育类，而穿山甲目前被列为保育类动物。其中穿山甲十数年未见，恐已绝迹于柴山。
鸟类.柴山西北岸临海、东南边以鼓山路和都会区所隔绝，形成绝佳之生物庇护所，水鸟与山鸟均有，其中百分之七十为留鸟，其他为候鸟