直至1990年，路线K15改由九广铁路公司自行营办。由于路线K15受到的士团体认为此举扼杀他们的生存空间，故当时路线K15的尾班车为晚上9时。K16线原先只提供来往红磡站及尖沙咀的接驳服务，后来配合2003年九广西铁（今西铁线）通车而大幅延长路线至南昌站，并取代K15线服务中港城、渡船街、海泓道一带的乘客。接着，2004年尖沙咀支线通车，乘客可使用九广东铁（今东铁线）直达尖沙咀，故K16线的总站由红磡站缩短至尖东站。在九龙南线通车前，本线的客量相当高，因为本路线途经尖沙咀的商业畅旺地带，并提供免费服务予