1905年9月，香港立法局通过兴建九广铁路后，香港政府便开始研究定线，当时九广铁路英段有2个方案。漆咸主张採用「西线」，即由尖沙咀向西北沿海岸而行，经荃湾、屯门、元朗到达边境。但是，政府最后接纳另一个方案，即由尖沙咀直接向北，穿越笔架山，然后沿沙田海及吐露港海岸到达边境。漆咸随后亦带领工务司署展开铁路沿线的收地工作，包括收购九龙其中2个地段作铁路总站之用。1906年，九广铁路的英段开始动工。漆咸检视支出时，发现大部分资金都用作监督工程以及杂费之用。他表示许多工程都没有找到合适的承建商，且太多杂务，令工程