父亲为中华人民共和国官员。小学及中学期间经历文革，中学毕业后下乡插队到农村生产队工作。1979年，考入河北大学哲学系，毕业后取得哲学学士学位。1983年进入中国社会科学院读研究生。1985年，出任华艺出版社编辑部副主任。1980年代，辛旗与台湾学者陈鼓应、韦政通等人来往，开始研究台湾问题。1985年，进入中共中央对台政策谘询名单。1986年开始参与黄埔军校同学会的各项活动。1988年，协助创立《黄埔》刊物，持续在上面发表多篇文章。1990年起，历任和平与发展研究中心副研究员、研究员、研究室主任。1991