益的玄孙。其先世有弘治、正德年间的名臣杨守陈、杨守随、杨守阯等。
抗清活动.杨文琦初入县学，为生员，他虽然出身门阀世家，却喜欢结交江湖上的豪杰之士，仗义疏财，以至家贫。弘光元年（1645年），清军南下，随父杨秉鼐从军。后与弟弟杨文瓒一起前往福建谒见隆武帝朱聿键，隆武帝以其奏对称旨，命为泉州府惠安县训导，不久升为监纪推官。清军入闽后，隆武帝被害，杨氏兄弟知事不可为，返回故里。
翻城之役.鲁监国二年（1647年），华夏、王家勤、杨文琦、董德钦等反清义士，齐聚于