友三任第1军第8混成旅旅长。民国14年（1925年）春，升任第6师师长。1926年（民国15年），率部在南口作战，山西省的阎钖山袭击国民军背后，石友三和韩复榘部队迎击晋军，作战十分勇勐。由于国民军战力处于劣势，同年8月放弃南口。第三军第一路司令张之江往绥远省撤退，被主力部队抛弃的石友三和韩复榘决定投降阎钖山。同年9月，冯玉祥归国举行五原誓师，石友三和韩复榘复归冯玉祥部，石友三被任命为国民联军援陕第5路总指挥。翌年6月，国民联军改组为国民革命军第二集团军，石友三任第1方面军副总指挥兼第5军军长。随后因冯玉