驻扎于京都，尽可能的周旋于幕府与勤王派间。1865年的第二次长州征伐时，本藩决定加入朝廷侧，并在1868年鸟羽伏见之战最早派兵进京保护京都御所。戊辰战争时藩兵的一部分成为官军，转战奥洲战场。今治藩的宗家为邻藩的伊予松山藩，两者皆为将军家的亲戚，在鸟羽伏见之战前的立场倒是没什么差别。1868年松平家根据太政官布告，回复久松之姓。本藩于1871年废藩置县后成为今治县，经由松山县、石铁县后编入爱媛县。1884年久松氏以子爵之位名列华族。
历代藩主.
藤堂家