1919年1月，于首都伯恩设立中华民国驻瑞士联邦公使馆，并派驻公使。1930年代，中国抗日战争爆发后，两名瑞士传教士遭到日军飞机轰炸而丧生；当时的瑞士驻广州名誉领事受英、美、荷兰等国家所托，负责保障这些国家在广州的侨民的利益。1949年，中华民国政府迁台后，两国维持短暂的邦交关系。1950年1月20日，与中华民国断交、关闭大使馆。1999年9月21日，台湾发生大地震，瑞士派出40人的搜救队抵台救灾。2020年4月1日，对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，中华民国总统蔡英文宣布捐赠1,