万历四十六年（1618年），后金兵破抚顺，朝廷大震。廷推黄嘉善为兵部尚书，条上战守机宜。次年十一月起在家养病。万历四十八年（1620年）七月，神宗病危，首辅方从哲偕尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、黄克缵等受顾命。九月，即位不足一个月的光宗亦驾崩。兵科都给事中杨涟弹劾黄嘉善八大罪，嘉善随即被免职。天启四年（1624年）十一月十六日，黄嘉善病卒，享年76岁，明熹宗辍朝一日致哀，赠太保。
着作.着有《抚夏奏议》八卷、《总督奏议》四卷、《大司马奏议》、《见山楼诗草》一卷。Section