3年5月11日，裁撤蒙疆善后委员会，同时成立西北边防督办公署，由大总统曹锟特任陆军检阅使冯玉祥为西北边防督办，其职责为管理内、外蒙古及新疆地方事务，对西北地区边防负有军事上、行政上的完全责任。不久，政府又发表冯玉祥兼任甘肃督办，他委派刘郁芬代理，蒋鸿遇为帮办，后又保举薛笃弼为甘肃省长。1924年，第二次直奉战争中，吴佩孚任命冯玉祥为第三军总司令，令其出古北口进击开鲁攻击奉系军阀，但冯受奉系贿赂，和驻北京的孙岳、胡景翼联合反戈占领北京，发动北京政变，改名“国民军”，造成直系兵败。冯玉祥囚禁直系首领曹锟，但