求支付工程设计费4,000万元，南院计画再次延宕。2009年1月，行政院同意将故宫南院的软体建置计画併入筹建计画内，增编经费新台币8.3亿余元，全案经费达到79.3亿元。故宫南院的设计及监造作业也在3月确定由台湾的宗迈建筑师事务所接手。此时故宫院长周功鑫宣布，故宫南院确定以花卉为主题，定位为花卉文化博物馆，可于2011年底完工，并于隔年启用。此次发言引起嘉义县长陈明文等人不满，在民进党和南部民众的抗议声下，南院最后又重回亚洲艺术文化博物馆的定位。同年8月，莫拉克台风夹带豪大雨使朴子溪水位暴涨，造成南院预