违忤先帝，逼逐庶母，表里交搆，罗织不休，俾先帝龙体末寒，遂不能保其姬女。”于是两派官员争吵不已，直到明熹宗出面干涉，争论暂时停息。从万历年间的两次妖书案及梃击案，到后来的红丸案及移宫案，表面上的问题都是源于「国本之争」，但实际上是进行激烈的东林党争，直到南明灭亡为止。