持「生物学原则」，开始大规模地进行的调查与建设。后藤曾说：「殖民地行政计画，在目前科学进步之下，必须根据生物学的原则，也就是要发展农业、工业、卫生、教育、交通、警察。如果以上各项能够完成，我们就可以在生存竞争中获得保全及胜利。」后藤新平在台湾总督府民政长官任内，进行土地调查、户口普查及风俗习惯调查，推展生物学的殖民政策，促进科学、农业、工业、卫生、教育、交通与治安警察等发展，并收编抗日份子，拢络台湾的门阀士绅，奠定日本在台湾往后的统治基础。
台湾旧习惯调查.旧惯调查为台湾的文化