蔡忠恕被以「大学内抗日民族运动首领」罪名遭日本宪兵逮捕。1944年4月15日，当局以研读汉文、抗日等名义进行大规模搜捕行动，千余名具抗日意识的学生随后遭到逮捕；不久，蔡忠恕、雷灿南、郭琇琮、谢娥等皆遭刑求并判刑，蔡忠恕随后被关押于台北监狱。1945年6月，台北监狱在盟军轰炸行动中遭击中，蔡忠恕遭波及并旋即过世。