内纽华克港-伊丽莎白航运码头的集装箱船设施让临近的曼哈顿和布鲁克林两地的商港黯然失色，而它也是东海岸最大的集装箱港口。港口在客运方面的重要性现已下降，但港务局同时也管辖纽约甘迺迪机场、拉瓜地亚机场及纽华克自由机场三座航空站。纽约市同时有游船线路、通勤渡轮及观光船的服务。最近有一个新的旅客设施在布鲁克林红勾开放。尽管大部分渡轮服务都是私营的，史坦登岛渡轮却是由纽约市交通运输管理局运营的。
航道维护.港口的管理职责由联邦政府至市政府各级分别承担。港口设施由两州港务局控制，但航道深度