多基因排列成簇，其中含有大量的操纵子序列，数量尚不清楚。在真核生物中，线虫是少数基因组中含操纵子的生物之一，其他例子包括吸虫和扁形动物等。
蛋白编码基因.基因组包含大约20,470个蛋白质编码基因。约35%基因在人类基因组中有同源基因。
有关的基因组.2003年以来，双桅隐桿线虫的基因组测序全部完成，开启了同属内的比较基因组学研究。此后，研究者也已经利用鸟枪法技术研究了来自相同属的更多线虫的基因组序列的测序结果，例如（"C. remanei"）、日本隐桿线