“环化重组酶（Cyclization recombinase）”）由4个亚基组成，全蛋白有343个氨基酸残基，2个结构域：较大的C-末端结构域，和较小的N-末端结构域。 C-末端结构域在结构上和λ噬菌体中分离出的整合酶家族有相似性，这也是Cre酶的催化活性位点。
loxP位点.loxP（Locus Of X-over P1）是P1噬菌体基因组中34bp的特殊位点序列。序列由8bp的不对称序列（决定了loxP序列的方向），和不对称序列两边的两段13bp对称序列组成，具体序列见下：“N