隶属于两江总督、江宁巡抚。顺治二年（1645年），置凤阳巡抚及安庐池太巡抚，兼理操江军务，隶属于淮阳总督。六年（1649年），罢凤阳巡抚、安庐池太巡抚。十八年（1661年），设江南左、右布政使，以左布政辖安庆府、徽州府、宁国府、池州府、太平府、庐州府、凤阳府、淮安府、扬州府九府，和徐州、滁州、和州、广德州四直隶州，驻江宁府。康熙元年（1662年），始分建安徽为省治，置安徽巡抚，驻安庆。三年（1664年），江南分一按察使来治安徽。五年（1666年），割扬州府、淮安府、徐州改隶江宁右布政。六年（1667年）