从苏拉威西岛海岸到布纳肯公园中的小岛之间没有大陆架连接，各岛之间的海域深200至1,840米。
生物群.布纳肯国家公园有物种非常丰富的珊瑚礁生态系统，珊瑚礁种类以和堡礁为主。公园水域中被记录到的共有390余种珊瑚。这里可以找到的海藻包括蕨藻、和等，最主要的海藻是生长在Montehage岛和Nain岛的泰来藻、海菖蒲和。公园也拥有多种鱼类、海洋哺乳动物、爬行动物、鸟类、软体动物和红树林。大约有90种鱼生活在布纳肯国家公园的水域内，包括主刺盖鱼、长鳍、管海马、四线笛鲷、高体拟花鮨