行藩政改革，其后被召回到中央，同年11月成为太政官中弁。12月，于虎之门遭佐贺藩的卒族袭撃而受伤。明治4年（1871年）2月，以制度取调専务身分负责国家机构整备，并对于大纳言岩仓具视提出30项申请书。倡导近代化的集权国家概念以及四民平等，并主办国法会议及民法会议，并与箕作麟祥等人一起编纂民法典。文部、左院、司法省设置后，江藤于明治5年（1872年）担任司法卿、参议等职位。这段期间推动加强学制基础、四民平等、警察制度整备等近代化政策，并留下设立司法制度（司法职务制定、法院建设、民法编纂、国法编纂）的功绩，