在核糖体上合成蛋白质后，通常发生在真核细胞的亚细胞内质网中。化学家已将许多其他化学反应（例如，氰基化）应用于蛋白质，尽管它们未在生物系统中被发现。
切割和连接.除了上面列出的那些之外，一级结构的最重要的修饰是肽切割（通过化学水解或通过蛋白酶）。 蛋白质通常以无活性的前体形式合成; 通常，N-末端或C-末端区段阻断蛋白质的活性位点，抑制其功能。 通过切割抑制肽来激活蛋白质。
与二级和三级结构的关系.生物聚合物的一级结构在很大程度上决定了三维形状（蛋白质三