征日本的失败，认为“四方诸夷，皆限山隔海，僻在一隅。得其地不足以供给，得其民不足以使令”，将朝鲜列为不征之国。对于高丽末年的变故，朱元璋采取的是不干涉的政策，并应朝鲜新政权之邀为其选取了国号“朝鲜”，承认其合法地位。不过明朝起初对朝鲜仍然存有顾虑，直到李芳远即位后才对朝鲜册封。双方友好关系从此开始稳步发展。16世纪末，丰臣秀吉统一日本列岛后发动了侵略朝鲜乃至明朝的战争，通告朝鲜宣祖“吾欲假道贵国，超越山海，直入于明”。朝鲜向明朝求援后，明派重兵相救。明、朝两国联军最终将倭寇驱逐出朝鲜半岛，取得最后胜利。