863年，他被调到弗吉尼亚州战场，听从尤利西斯·辛普森·格兰特指挥，取得战争的最后胜利。战争结束后，巴特勒成为共和党国会议员，并很快成为激进派共和党人。1868年，他是弹劾在任总统安德鲁·约翰逊的主导议员之一。巴特勒在内战期间的功绩为他赢得黑人和废奴主义者的支持，再加上他一直拥有劳工阶层支持，所以多次赢得连任。但是，他的激进立场招来保守派共和党人的敌意，1874年，他在连任选举中落败，从此开始转变立场，追随新生的绿背党。1876年，他再次以共和党人身份回到联邦众议院，1878年，他以绿背党独立候选人身份