内就开始了接连不断的内战。1991年6月，文化和宗教上最接近西方国家的斯洛文尼亚经由10天的陆战达成独立（史称十日战争）、接下来马其顿宣布独立、和塞尔维亚长期不睦的克罗埃西亚也在激战后宣布独立。最后1992年波士尼亚也宣佈独立，但是波斯尼亚国内的塞尔维亚人又意图要自波斯尼亚独立而又不断引起新一轮的战火。此外塞尔维亚国内的科索沃也意图独立，最后和塞尔维亚引发科索沃战争。因为本身过于复杂的历史背景引发的问题无法完全解决，但是经由北约和联合国的介入，战火最后慢慢平息。
南斯拉夫内