541年冬季，在穆斯林张洪的倡议集资下，由身为古里国使臣葛卜满后裔的文明主持重建清真寺，到嘉靖二十八年（1549年）夏季才建成，并立有《重建清真寺》碑。据考证，该寺址原为五代闽国闽康宗王继鹏（王昶）的太平宫，936年（闽永和元年）王继鹏即皇位后将宫殿舍为佛教寺庙万寿院，元代时成为清真寺的地产。明代时该清真寺主要是给福州的色目人做礼拜用的。重建后的清真寺华丽辉煌，礼拜仪式也非常隆重。清代福州伊斯兰教较为衰落，清代中前期的福州清真寺主要是由外省来福州任职的穆斯林官员出资修缮、供养并维持伊斯兰宗教教育。1921年