直攻击国民党黑金，当选后却立即与前总统李登辉结盟，两人关系形同父子。此外，也有报导称，一直被指责是地方黑道大佬的立委颜清标被时任总统陈水扁多次召见；还有报导则称时任总统陈水扁会见南部一地下赌盘庄主，这些都对时任总统陈水扁的改革形象造成严重冲击。但是许多亲泛绿阵营的学者则主张，黑金问题其实是泛蓝阵营（更准确一点说，应该是国民党）过去长期执政时，为掌控地方势力，特意扶植地方黑道或派系所造成的。指控前总统李登辉为“黑金教父”，对他并不公平；另一方面来说，在国民党执政的威权时期（即两蒋执政期），仍然保有「家天下」的