帝投奔宇文泰时任命独孤信为行台，独孤信就委派宇文虬为帐内都督，攻破东魏的田八能、生擒荆州刺史辛纂，之后因独孤信兵败东魏，跟随他投奔南梁。大统三年（537年），宇文虬回到长安，西魏朝廷论功增加食邑四百户，进爵为南安县公。他在生擒窦泰、恢复弘农及沙苑、河桥之战都立下功劳，其后获增加食邑到八百户，进封车骑将军、左光禄大夫。大统七年（541年），他被任命为汉阳郡守，又跟从独孤信讨伐梁仚定；到大统十一年（546年）转任南秦州刺史，加授车骑大将军、仪同三司，又进封骠骑大将军、开府仪同三司，并因斩辛纂之功再增食邑一千