包含着直接由祖先遗传下来的完全相同的信息，所以遗传指纹分析有时也用于系谱学研究。三种DNA收到特别青睐：由直系母方遗传下来的，几乎未经突变的线粒体DNA（ mitochondrial DNA ）；由直系父方遗传下来并只表现在男性个体中，同样很少有突变的Y染色体DNA以及可能家族中任何一位亲属都可能拥有的22对非性染色体的常染色体DNA。家谱DNA测试的出现，让两个人确定自己是否为同一祖先的不同后代提供了精确的手段。个人的遗传测试结果会被存入数据库，帮助人们确定在历史上是否有同一个祖先。比如分子系谱学研究