州大学城的选址工作，并初步选出了4个候选地点：花都区的狮岭镇马岭水库周边地段、花山镇新庄水库和花东镇蟾蜍水库两侧地段，番禺区的新造镇小谷围岛及其南部对岸地段、化龙镇中部地段。2000年12月20日，根据有关专家的建议，当局增加了天河区五山龙洞一带和番禺区石楼和石碁镇部分地区两个选址方案。考虑到日后与五山高校区的协调发展，专家们最初倾向于在天河区龙洞建设新的大学城，后因用地规模不足搁置。最终，广州市委常委会在2001年3月2日决定将候选方案中离广州市区最近的新造镇小谷围岛及其南岸地区作为广州大学城的选址。