征收使用费，引来公愤常常起冲突。最有名的是发生在1890年代，邻近的另一个灌溉水源大湾区域（今仁爱圆环附近，边界为安和路－延吉街的天然水源）的冲突渐阶影响埤圳的管理制度。台湾总督府于 1901 年颁布〈台湾公共埤圳规则〉。雾里薛圳也就因此与瑠公圳、大坪林圳一起被公告为与公共利益有关的「公共埤圳」，受官方监督。到了1907年，更与上埤一起併入受「瑠公水利组合」（今「瑠公农田水利会」）管理。随后进行水道整併与修改，统一取水口与输水干线、废除不必要的水路，于1909年完工。原主线前段部份废弃，公馆之后的后段成