末年张仲景，见动乱频繁，疫病流行，引发他发愤学习医学的决心，「乃勤求古训，博採众方，撰用《素问》、《九卷》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》，并《平脉辨证》，为《伤寒杂病论》合十六卷。」他所撰写的《伤寒杂病论》据《针灸甲乙经》的序文所说，援引《汤液经法》药方，与《内经》理论合一，完成了这部被后世称誉为「方书之祖」的中医学巨着。但此书写成后，因三国时期战乱频繁，以致原书散佚不全。它的原始面貌，虽经后世考据，仍然无法完全了解。后世所知的《伤寒论》是经西晋太医令王叔和蒐集整理，编纂所成。经王叔和整理过