母亲为宫人许氏。萧昭文为文惠太子萧长懋的第二子，永明四年（486年）闰正月封为临汝公，邑千五百户。初为辅国将军、济阳太守。十年（492年）正月，转持节、督南豫州诸军事、南豫州刺史，将军如故。十一年（493年），进号冠军将军。493年萧昭文兄长郁林王萧昭业即位后，十月封昭文为新安王。隆昌元年（494年）闰四月，以萧昭文为扬州刺史。七月，尚书令、镇军大将军、西昌侯萧鸾刺死萧昭业，拥立萧昭文为帝，改年号为延兴，大赦。但是政事俱操于萧鸾之手，萧昭文的生母许氏也没有得到尊封。萧昭文刚登基，萧鸾就被任为骠骑