迁北京，3月31日，袁世凯任黄兴为南京留守，仍统辖南洋各军，维持整理南方各军及南京地面之责；凡南方陆军水师要塞，均归留守处理，随时通报陆、海军部及参谋部；关于留守辖范围内所需款项由留守咨商理财部筹解；南京留守府，俟南方军队整理就绪，即行裁撤。袁世凯另任徐绍桢为参谋总长。后来因没有经费，军队哗变。6月14日，黄兴辞卸南京留守。黄兴退居上海。8月13日，孙中山、黄兴联名通电各支部报告同盟会扩大改组为国民党。黄兴任理事。8月17日，孙、黄已同登海轮，忽接北京同志来电以张振武案发生，暂缓启行，黄即舍舟登岸并电诘真相