与地方派系失和，被国民党与嘉义黄派支持的陈适庸击败，连任失利。1992年中华民国立法委员选举，以无党籍身份参选，最后以一百五十九票之差高票落选。1993年、1997年，连续两届嘉义县长选举，代表民主进步党角逐嘉义县长选举，都败于国民党提名的黄派李雅景。1998年中华民国立法委员选举，接受民进党提名参选，并且成功当选立法委员。2001年，何嘉荣虽然在民进党党内初选中获得胜利，被民进党提名嘉义县长候选人，但随后嘉义林派的陈明文也有意争取代表民进党参选嘉义县长，于是两人以民意调查方式决定候选人，最