建筑群遗址的西南侧，由于南京明故宫是北京故宫的建筑蓝本，所以有考古专家认为这可能是南薰殿遗址。明朝时期，上徽号、册封大典之前，阁臣率中书在南薰殿撰写金宝、金册文。明朝崇祯三年（1630年），崇祯帝命武英殿中书画历代明君贤臣图，置于文华殿、武英殿；清朝干隆十四年（1749年），干隆帝命重新装潢，移藏南薰殿。
建筑.南薰殿自成一独立院落，四周有院墙围绕。东院墙北端开门，门朝东。南薰殿坐北朝南面阔五间，黄琉璃瓦单檐歇山顶。南薰殿内的明间、次间各设朱红漆木阁，分为五层，安奉历代帝王