对民众质疑万里计画之经济效益何在。不过台电公司认为，若以台湾尖峰时段用电以及政府所推动节能减碳的目标来看，推动万里计画仍有其效益存在。
截断溪水.「反万里水力发电厂自救联盟」召集人张国仁表示，万里溪下游沿岸有4～5,000公顷的稻田均引流万里溪溪水灌溉，即使该地区之稻田尚未成为花莲农田水利会之会员，但也是引用万里溪溪水灌溉；而万里溪原先便已有缺水之现象，如未来台电万里发电厂完工启用，农田灌溉还要配合发电厂的放水时间，对农民的影响很大。
淤积.部分环保团体认