和美国LDX公司参与设计，经过评审，东南大学建筑研究设计院方案最终入选。2007年11月，圣训堂举行奠基仪式。2009年7月，教堂钢结构主体竣工。2013年3月31日，复活节当天，圣训堂举行献堂典礼和落成典礼，正式投入使用。2014年，圣训堂作为青奥会指定接待宗教活动场所，接待外宾来访，举行宗教活动。
建筑.教堂由东南大学建筑研究设计院下设的UAL城市建筑工作室负责设计，采用玻璃幕墙的现代化风格。结合教堂临水而立的场地条件，在设计中赋予教堂主堂的造型“诺亚方舟”的象征意义。