陵兰鲨和大白鲨的胃中发现过港湾鼠海豚的残体。不过港湾鼠海豚最大的天敌还是虎鲸，此外其它齿鲸对比较小的港湾鼠海豚也非常危险。科学家多次观察到宽吻海豚和短喙真海豚用头撞港湾鼠海豚的体侧，由此对港湾鼠海豚带来重伤。港湾鼠海豚的寄生虫主要有海七鳃鳗、线虫、吸虫、绦虫和棘头动物。属的线虫是通过鱼进入港湾鼠海豚体内的，在港湾鼠海豚的胃中常常能找到大团的线虫。主要寄生于支气管、肺部和循环系统中。寄生在耳中的虫会使港湾鼠海豚变聋。尤其常见的寄生在消化系统和胆的吸虫是，它们会导致肝炎和原发性硬化性胆管炎。体外的寄生虫如鲸虱在