遭到刑求审讯，半个月后，移送台北保安司令部保安处关押。半年后，被裁定无罪管训，先送到台北内湖国小的新生训导处监禁，后移至绿岛服苦役及思想改造。一年多后被释放。着有《新英文法》。后来有位审讯人员却以为他的名字有旗有化，暗示叛乱。在泰源监狱曾教黄金岛与江炳兴等难友外文。
故居.柯旗化在高雄市新兴区的故居—第一出版社—(高雄市新兴区八德二路37号)于2013年2月18日开放参观。。