开展大规模的修复工程，并从英国、马来亚、印度输入了一批蒸汽机车。1963年8月31日，英国驻北婆罗洲总督委任了砂拉越人Donald Stephens为侯任首席部长（Chief Minister Designate）以组织地方议会政府，形式上被英国予以自治地位。1963年9月15日，英女王结束对沙巴的统治。隔日，北婆罗洲改名为沙巴，与马来亚联合邦、砂拉越和新加坡，共同组成独立的马来西亚。同年，北婆罗洲铁路亦改称为沙巴州铁路。此后，由于这条铁路运量小加上营运成本较高，而且沙巴州也兴建了不少道路，使得沙巴州铁