对袁世凯称帝.1915年12月，袁世凯称帝，任命他为参谋总长，后来又让他代替段祺瑞兼理征滇总司令，他因不满袁世凯称帝而均托病未上任。12月21日，袁世凯封其为一等公。1916年3月19日，冯国璋联络长江巡阅使张勋、江西将军李纯、山东将军靳云鹏、浙江将军朱瑞，联名发出致各省将军的密电（史称“五将军密电”），征求各省对撤销帝制的意见。3月20日，袁世凯发现五将军密电。该密电对袁世凯影响很大。
从副总统到大总统.1916年6月6日袁世凯死后，黎元洪继任大总统，10月30日经过国会补选，