后招认，并在应天监狱中监禁一年。当时朱元璋惜才，于是免除其罪过，任命太仓市舶提举。洪武元年（1368年），召拜司农卿，后担任首任兵部尚书。次年，出任松江知府，单安仁接任兵部尚书。同年九月，改任山西行省参政、临洮府同知。同年十月，改任中书省左参政，管理礼部、户部、吏部。赐名宁。洪武三年（1370年），因连坐而任苏州知府。后改任浙江行省参政，未赴任前由胡惟庸推荐，召为御史中丞，后兼任国子监事，升任右御史大夫、左御史大夫。陈宁在苏州时征收赋税非常苛刻，经常用烙铁烧人，迫人给钱，当时官吏百姓都深受其苦，