新选组的故事成为日本大众文化脍炙人口的一环，在往后的小说和电影、动漫中都有不少以他为题材。在日本更有不少土方迷成立的社团。墓地（纪念碑）其佩刀为打刀「和泉守兼定」（いずみのかみかねさだ）和脇差「堀川国广」（ほりかわくにひろ)。其兴趣另有和歌与俳句，展现其风雅的一面，着有《丰玉发句集》。由于土方岁三流传后世的照片与漫画家荒木飞吕彦十分相似，且荒木驻颜有术的情况，让杂志「ダ・ヴィンチ」在其2012年8月号特集中，以半开玩笑的方式将土方的照片作为他1868年时的样貌。
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