时，博古始终站在毛泽东一边；9月初，双方的争议已经不可调和时，博古还救出险些死于内斗的叶剑英。10月，中央红军到达陕北吴起镇之后，博古兼任中华苏维埃共和国中央政府西北办事处主席；他与林伯渠合作，一同治理地区的盐运、赋税问题。他还领导党务委员会的董必武、张云逸、李维汉、王首道、郭洪涛五人小组解决当地肃反问题，释放刘志丹、习仲勋、高岗、马文瑞等一百余人。
抗日战争期间.1936年西安事变爆发后，中共中央在会议后派出代表团，由博古、周恩来、叶剑英三人作为中共代表赶赴西安，三人做出分工：周