要多种场景来配合展现不同的伪装工作，因此《伪装者》剧组为本剧分至上海、横店、嘉兴三地进行拍摄。剧中的军校会在嘉兴取景，拍摄明台（胡歌饰）军校受训的戏份；而剧中中涉及到炸火车的“粉碎樱花号”、“越轨计划”等核心任务及有关明家成员在“明家大宅”的互动则在横店影视城取景。参考东阳新闻网报道，该剧摄制组于2015年3月29日把横店影视城中的广州街九华街制景成重庆街巷，拍摄重庆街道被轰炸等戏。本剧于2015年1月初在上海开机拍摄，3月暂时结束上海的戏份，分组转场横店(其中在横店影视城进行半个月左右时间的取景拍摄)