首个州长任期结束后，谢尔比离开了公众视野，但又因1812年战争即将爆发而回到政坛。肯塔基人期望谢尔比再度参选州长，并在预期的冲突中领导大家。他在选举中轻取对手，然后在威廉·亨利·哈里森将军的请求下带领肯塔基州部队投身泰晤士河战役。战争结束后，他谢绝了詹姆斯·门罗总统让他出任战争部长的邀请。之后，他又与安德鲁·杰克逊一起作为特派代表与奇克索印第安人部落展开谈判，完成杰克逊购地，这也是谢尔比最后一次为国家服务。1826年7月18日，艾萨克·谢尔比在肯塔基州林肯县的家中去世，享年75岁。