nix系统，特别是Linux中，目录结构是被“文件系统层次结构标准”定义的。在很多操作系统中，程序运行时会有一个相关联的工作目录。如果要访问文件没有给出完整具体的位置，程序会默认为文件在这个目录下。有些操作系统中，用户被限制只能访问他们自己的用户文件夹或工程目录，使用户间的活动相隔离。在 Unix 中，目录被看作一类文件。
“文件夹”的比喻.“文件夹”这个名称将目录比作办公室里用的文件夹。这个名称自从一开始被Apple Lisa使用以来，在几乎所有现代操作系统的桌面环境