清水沟溪，又称为南清水沟溪，为浊水溪主要支流之一，全长17.5公里，流域面积68平方公里，发源于标高1,697公尺的凤凰山，流域全境位于南投县鹿谷乡，与东埔蚋溪同为鹿谷乡的主要河川，下游形成清水沟溪沖积地，位于鹿谷乡的北端，最后在瑞田附近注入浊水溪。
生态保护.清水沟溪的溪水清澈，为台湾溪流生态保育最早发源地，1981年即规划有「清水沟溪鱼虾保护区」，成立「清水沟溪鱼虾保育荣生会」，从事保育区河川鱼虾自然生态，沿岸景色优美，沿线横越初乡、秀峰、清水、瑞田四个村落，保育区内蟹、鱼、虾