事件叛军财产的机会，再次大力扩充家业。得罪公家与民家，屡遭诉讼，最后被官府当庭斩首，林家一度想要造反，但后来认为是官府设下的陷阱，于是忍耐，并前往朝廷告御状。1884年，林家在雾峰的经营随着土地开垦，商号的建设，规模越来越大，当时家族中的林朝栋，曾率乡勇在中法战争中立功。战后台湾建省，首任巡抚刘铭传推动新政，重用林朝栋等士绅，家运遂中兴。
日治时期.1890年代，雾峰林家因掌握全台湾樟脑的外销，利润相当可观。1900年代，林家的林资铿是抗日的代表，当时林家的资产大多被日本政