渡期的顾问立法机构，并宣布制宪会议将将确定宪法最终稿。然而，1998年下半年再度爆发萨苏政府军和反对派的冲突，这次冲突导致经济命脉刚果大洋铁路中断，布拉柴维尔南部、普尔、布恩扎和尼阿里遭到极大破坏，人口大量伤亡，数十万人流离失所。1999年，政府军与“忍者”民兵爆发冲突。1999年11、12月，政府与部分叛乱团体的代表签署了协议，12月的协议的调停人由加蓬总统奥马尔·邦戈唿吁政府与反对派继续进行政治谈判。内战给这个国家留下了深远影响：北方忠于萨苏，中西部忠于流亡中的利苏巴，普尔地区忠于科莱拉斯。