层（站台层）设置站场，分为京广场（1-19道）和广珠场（20-28道）两个独立站场，设15站台28线（含4条正线），包括13个岛式站台和2个侧式站台。其中京广场有京广客运专线、广深港客运专线经过，北咽喉衔接广州北站、贵广及南广铁路盐步线路所，南咽喉衔接庆盛站、广珠城际联络线、广州动车段广州动车基地；广珠场主要有广珠城际铁路经过，北咽喉衔接南贵广盐步线路所、广珠动车所，南咽喉衔接碧江站。
运用状况.目前，广州南站主要停靠、到发经由京广、广深港高铁，贵广、南广铁路以及广珠城际铁路的G字