撤退回国，中国共产党的东北民主联军攻占长春与哈尔滨，中国长春铁路公司理事会迁至国民政府统治下的沈阳。1946年4月下旬，王竹亭随苏军撤离哈尔滨，后在沈阳成立中长铁路副局长办公处，办理国军接收区域内的中长线的运输事宜。中共方面以东北民主联军的名义立即任命吕正操、郭洪涛为中长铁路军事总代表，并向中长铁路所属各分局派驻军事代表，行使中长路中方所拥有的权力，统管东北铁路干线。苏军撤退后，中长铁路局与中共合作，把满洲里至绥芬河铁路又改回准轨，统一东北铁路轨距。1946年7月25日，中共在哈尔滨成立东北铁路总局，由陈云