根据资料，亚东医院站每日旅运量约为人次，在台北捷运各站中排行第名。此外也为了防止人员蓄意跳轨等因素，本站已经于2015年增设半高式月台门来保护民众与行车的安全。由于本站是区间端点站，除週末及例假日清晨外，半数蓝线列车以此站为终点，并利用本站南面之袋状轨折返南港展览馆方向。板南线区间车在进站时会以广播提醒「本列车到站后不再提供载客服务，往顶埔方向的旅客请在本站换车。」。