温以招降为上策，并得到採纳，于是最终评定获胜。升任四川按察使，历陕西左、右布政使。嘉靖二十三年（1544年），翁万达升任都察院右副都御史，巡抚陕西。不久再进兵部右侍郎，兼任右佥都御史，代替翟鹏担任宣大总督。弹劾罢免宣府总兵官郄永、副总兵姜奭，荐何卿、赵卿、沈希仪代任。其在任期间，赏罚分明，防御得当。其率众抵御蒙古数万部队进犯，总兵官张达力战退敌。又上疏增加防备，并请求皇帝发帑银二十九万。明世宗批准，但兵部称大同防备已经得到，不应当在边疆内筑墙，世宗不听，于是从大同东路天城、阳和、开山口诸处为墻百二十八里