期在中国国家安全系统工作。在国安系统中，他先后担任副处长、处长、副局长、局长、部长助理等职。曾领导国安部第十局（对外保防侦察局），负责监控驻外机构人员及留学生，侦查境外反动组织活动。2006年出任国家安全部副部长。此外，他还是中国法学会副会长、第十二届全国政协委员。担任国安部副部长期间，马建曾与时任北京市公安局国内保卫总队队长张越联手，动用公检法和安全部门的力量，加上戴相龙女婿车峰的暗中助力，最终帮助盘古大观实际拥有者、政泉控股实际控制人郭文贵（郭最早通过原公安部一局副局长林强认识张越）低价收购民族证券