由直政的次男直寄、三条城由直政（城代是嫡男直清）、新发田城由沟口秀胜、本庄城由村上义明（后来地名改为村上）各自管治。
与上杉氏暗斗.在秀吉命令大名换国之际，年贡米只征收一半，其余一半留给后来的领主，上杉氏和堀氏亦同样。不过因为直江兼续和石田三成的谋议，年贡米被全数拿走（『越后风土记』）。堀家逼不得已，向新潟代官河村彦右卫门借下2千俵米。因为兼续与河村有旧知，于是得到直政的借米証，在秀吉死后，不断向堀家讨还。上杉景胜在庆长4年（1599年）从伏见归返会津后，修复城砦和道路，购买武