作生物农药以控制蝗虫、蓟马、白蚁、小菜蛾、蟑螂、金龟子等害虫，还可以杀死孑孓，有助控制疟疾的传播。黑殭菌不会感染人类与其他嵴椎动物，在农业上作为杀虫剂、杀螨剂使用相对安全。华盛顿州立大学的研究团队与真菌学家保罗·史塔曼兹合作，以黑殭菌感染蜜蜂的寄生虫瓦螨，已收到不错成效，可能有助于解决蜂群崩坏症候群。黑殭菌因具有分解昆虫体壁壳聚糖的酵素，可能可用来生产生质酒精。2017年西班牙阿利坎特大学的一项研究显示黑殭菌与可以将壳聚糖分解，再经过真菌本身的醇脱氢酶和作用产生酒精，有以虾壳等厨余生产生质能源的潜力