号继续部署在夏威夷群岛，但在1942年1月11日，当她正前往欧胡岛西南方500哩与企业号的会合点时，遭到了日本伊16号潜舰的突袭，被一枚鱼雷击中。尽管6人阵亡、3间引擎火炉室被淹没，萨拉托加号仍然靠着她自身的动力返回欧胡岛。在维修中拆除了无法用于防空的8吋火炮，接着她前往布雷莫顿的海军船坞做长期的维修和安装现代化的防空火力。萨拉托加号于5月22日离开普吉湾前往圣地牙哥，在5月25日到达那里后开始训练她的飞行机队，以准备情报机关所获知的日本即将对中途岛展开的攻势。由于搭载飞机和集合护航船只所需的时间，萨拉