属偏寒性药物，可能会影响消化功能，故消化功能不良者（如年老体弱）应慎用。在服药期也应该注意不要食用辛辣刺激的食物。上清丸成分比较复杂，一般来说，孕妇忌服。
黄连上清丸.
成分.在普通上清丸的基础上，增加黄连、石膏、蔓荆子、旋覆花等。常用剂型为水丸和大蜜丸。
功效禁忌.更适用于中重度发热，疼痛较甚并且咳嗽痰多的患者。禁忌同普通上清丸。
牛黄上清丸.
成分.在黄连上清丸的基础上，又增加了牛黄（极