见于1868年安德森在中国云南腾冲所採的标本，其中有一份送到英国邱园，因仅有形似柳杉的枝叶，不带有毬果，而被误认为柳杉，盖当时台湾杉尚未公诸于植物学界。台湾杉的正式属名与种名系在1906年由日本植物学家早田文藏在台湾发表，以台湾之名来命名这个属，与双翅目昆虫并列为唯二以台湾命名的属。原以为仅分布于台湾于是命名台湾杉，之后在中国云南、贵州以及缅甸北部也发现此物种零星分布，2000年在越南北部也发现了小群，但以台湾族群数量最为丰富。以前将中国、缅甸、越南分布之物种（秃杉）与台湾发现的物种（台湾杉）视为同一物种，