诸县治团练。召回，跟随咸丰帝幸热河。十月二十八日（1860年12月10日），命在军机大臣上学习行走。焦祐瀛尤其媚事肃顺等人，咸丰朝诸类诏旨，多出于焦祐瀛之手，在当时受瞩目。咸丰十一年（1861年）七月，咸丰帝驾崩后与肃顺、载垣、端华等同受顾命，为顾命八大臣。八月，迁太仆寺卿。祺祥之变后，与穆廕、匡源、杜翰皆罢直军机，议罪，两宫太后下诏：「载垣等人窃夺政权，穆廕等人不能力争，都是属于枉顾圣恩，怠忽职守。穆荫任军机大臣上行走一职时间最久，职位也最大，违法情节最重。亲王、大臣拟定将穆荫革职发配新疆效力赎罪，罪