外就医后.保外就医后，杨金海加入台湾政治受难者联谊总会，出任执行委员。在会长魏廷朝、副会长柯旗化辞职后，杨金海被选为召集人，代理会长职务。由于台湾政治受难者联谊总会将「台湾应该独立」列入组织章程。受到当局打压，高检署扬言要严办。但最后仅对许曹德及蔡有全发出传票，即为许、蔡台独案。杨金海加入声援许、蔡台独案。后来杨金海曾任台湾人权促进会高雄分会权行委员、民进党高雄县党部执行委员及第二届主任委员等职。1990年参与创立台湾新国家联盟，出任副主席。1991年10月20日，参与成立台独联盟台湾本部，任大会