会商定确切的定义，而是由读者来确定确切地在特定上下文中使用这些术语的方式。
蛋白质的结构域和模体.蛋白质家族的概念是在还很少知道蛋白质结构或序列的时候被构想的。 那时，在结构上理解的主要是小的和单一结构域的蛋白，例如肌红蛋白，血红蛋白和细胞色素c。 从那时起，发现许多蛋白质包含多个独立的结构和功能单元或结构域（protein domain）。 由于演化改组，一个蛋白质中的不同结构域已经有独立的演化。 近年来，这导致了对蛋白质结构域家族的关注。 许多在线资源致力于标识和分类这样的结构