办民校”的浪潮下，与越秀区政府合办了广州市越秀区二中应元学校。2005年9月，科学城校区启用，成为学校的高中部。2007年，通过广东省国家级示范性普通高中验收。2017年12月，为向广州外围城区辐射市区的教育资源，二中成立了广州二中教育集团，并陆续托管了黄埔、增城和南沙三区的4所公立学校。
校园环境.
应元路校区.应元路校区位于越秀山南麓，正南面是广东省人民政府，西南为中山纪念堂，西面是三元宫，北面有越秀山体育场。其所在地曾是两广总督阮元在1820年创办的学海