4年），冯玉祥被任命为西北边防督办，何其巩出任其秘书。不久升任秘书长，曾率西北军代表团到苏联考察政治。归国后任绥远都统公署秘书长。1926年（民国15年），冯玉祥被批为「赤化」而下野赴苏联之际，何其巩作为其机要秘书随同赴苏联。同年，冯玉祥归国，举行五原誓师，何其巩被任命为国民联军总司令部秘书长，随军经潼关入河南。1927年（民国16年）5月北伐之际，国民联军总司令部改组为国民革命军第二集团军总司令部，何其巩仍任秘书长。1927年6月，改任豫南行政长官兼民团军军长。其后，历任国民革命军第二集团军总司令部内