国元年（1912年）州境分属喀什行政区伽师县、疏附县、英吉沙县、蒲犁县和阿克苏行政区乌什县。民国二年（1913年）至民国三十三年（1944年）先后设乌恰县、阿图什县、阿合奇县。1924年废道，辖区直属新疆省。1949年，阿合奇县属新疆省阿克苏专区，阿图什县、乌恰县属喀什专区。1954年7月14日，成立克孜勒苏柯尔克孜自治区，属南疆行政公署；8月，由喀什专区的英吉沙县、疏附县、蒲犁县和乌恰县析置阿克陶县。1955年2月5日，改称克孜勒苏柯尔克孜自治州，同年新疆省改为新疆维吾尔自治区。1976年，将阿克陶县