敦煌县，仍为沙州治所。后省寿昌县入敦煌县。
元朝.成吉思汗二十二年（1227年），佔领敦煌县，废除州县建置，以其地属拔都。自此至清朝前期，敦煌地区不存在县的建置。
清朝.干隆二十四年（1759年），裁沙州卫，复置敦煌县，隶安西府。干隆二十七年（1762年），安西府由渊泉县移治敦煌县。干隆三十七年（1772年），安西府返治渊泉县。干隆三十八年（1773年），降安西府为安西直隶州，敦煌县仍隶之。
中华民国.民国2年（1913年）4月，