隐球菌、组织胞浆菌与肺孢子菌等真菌的感染。另外还有些真菌会造成眼睛、皮肤、指甲与头发的浅层感染，造成与足癣等疾病。真菌的孢子也经常引发人的过敏。
作为被寄生物.真菌寄生虫（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生于真菌的生物，生物（属于卵菌，并非真菌）便可寄生在真菌体内，而有作为针对真菌的生物防治剂的潜力。真菌本身也可以寄生其他种真菌，例如金孢菌寄生是一种子囊菌门的真菌，但寄生在牛肝菌上。真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多属于，但也有约三成是正义单链RNA病