台垦殖者所兴建，大约建于明崇祯年间。不过当时荷兰人统治下的台南地区也有汉人聚落，应也自中国大陆带来了妈祖信仰，但或许尚未正式建庙，仅以草寮供奉或是于住宅中供奉。
明郑时期.颜思齐、郑芝龙攻台，有些人便到大龟肉（盐水旧称）居住。明天启三年（1623年）盐水糖郊「崇兴行」自湄洲迎来一尊妈祖（糖郊妈），合祀于福德祠，为现盐水护庇宫。台湾有不少妈祖庙将其源流追溯到郑成功与其军队，例如安平开台天后宫、本协朝天宫（台南后壁）、下桥头朝安宫（台南后壁）等庙，不过有学者如卢嘉兴则认为郑军信奉的是