各地水师营在行政、财政上受当地驻防将军管辖。清兵入关后，设京口、杭州水师营，是绿营水师。康熙初年，为抵御沙俄的入侵，始设吉林水师营。其后，在东北地区建立数支内江水师营，即黑龙江城、齐齐哈尔城、唿兰城水师营。雍正、干隆时在东南沿海设立外海水师营。嘉庆、道光之后，此类旧式海军日渐没落。至晚清，以北洋水师为代表的新式海军成为清军水师主力。