系统化和学术化，从国际法的观点，论证台湾并不是中国的领土，台湾基本上是台湾人的领土，至少台湾的归属至今未定。所以，要决定台湾的将来，必须尊重台湾人的意愿。黄昭堂的第三本台湾史重要着作，是于1981年出版的《台湾总督府》一书。这本书的主要内容是描写日本统治台湾五十年的历史。书出版后，出版社立刻把这本书列入「日本史丛书」而大力推销，这在日本是一件比较少见的事。而他自己则是这样说明他的史观：「很少有人站在台湾人的立场来写台湾史，大部份的人都是站在汉族主义立场来写台湾史，还有不少的人站在日本人、中国人的立场来写