纳鹫雄识破。4月25日，在平尾一里冢（今东京都北区泷野川）斩首。享年35。次日送往京都，首级放于三条河原示众。
墓所.近藤的遗体最后在东本愿寺住持领回（另一说则为同志夺回之），下葬于爱知县冈崎市的法蔵寺。另外东京都三鹰市的龙源寺附近JR前亦有近藤墓碑纪念之。土方岁三将其一部份遗体埋葬于福岛县会津若松市，近藤勇的堂兄弟近藤金太郎首级则埋葬于山形县米泽市的高国寺内。每年流山市与会津若松市皆会举行「近藤勇忌」的祭典，以纪念近藤勇的事蹟与生平。由于近藤之女琼子25岁即过世，