2006年世界杯中，阿隆索成为西班牙队的主力球员，在小组赛首场比赛中，阿隆索为球队首开记录，帮助西班牙队以4-0战胜乌克兰队。虽然西班牙队在小组赛中三战全胜，但是淘汰赛第一轮即遭法国队淘汰，止步十六强。
2008年欧洲杯.2008年欧洲杯上，在利物浦表现平平的阿隆索在强手如云的西班牙队中失去了主力位置，在比赛中多以替补身份参赛。西班牙最终赢得了该届欧洲杯的冠军，阿隆索在球队的全部6场比赛中，总共出场4次，其中在小组赛最后一场迎战希腊队的比赛中，阿隆索以队长身份首发出场，而尽遣替补的