战国时代后，北部美山地区被所控制，南部仍属内藤氏掌控，16世纪末年织田信长派遣明智光秀进攻丹波国，川胜氏直接臣服于织田信长，内藤氏在八木城之战后灭亡，整个南丹市的范围成为明智光秀的领地，由于明智光秀改在相邻的龟山建筑龟山城，八木城就此荒废。江户时代丰臣秀吉的亲族被封至此地，并在此建立，成立园部藩，直到明治维新前此地都为负责治理。1871年实施废藩置县，园部藩改设为园部县，但在隔年初即被整併至京都府，成为京都府的辖区。1889年实施町村制，现在的南丹市辖区在当时分属船井郡、、、、、、、、、、、、、