随罗斯托克市之后，大学于1542年接受新教。十七世纪，约阿希姆·容吉乌斯（Joachim Jungius）于1622年在罗斯托克大学创办了德国第一所自然科学研究学会。而后的三十年战争使奉行路德新教的罗斯托克大学一度走入低潮，变为一个地方青年的高校。猎女巫时期林特尔恩大学（Universität Rinteln）、罗斯托克大学和维滕贝格大学是最重要的鉴定大学，当时各德国大学法学院的裁判方法非常不同，黑尔姆施泰特大学（Universitäten Helmstedt）和林特尔恩大学的法学院被认为是强硬派。