水扁与吕秀莲最后以2.5%差距超过得票第2高的宋楚瑜胜选，实现台湾历史上首次政党轮替。
第一次执政时期.
2000年－2004年.民进党执政之初，面临多次政治危机，在政治上：为了安定，陈水扁以国民党籍的原国防部长唐飞为行政院院长，原宜兰县县长游钖堃为副院长。新政府刚成立3个月不到，即发生八掌溪事件。在八掌溪事件中，由于行政部门的反应迟缓，导致四名工人死亡。副院长游钖堃主动请辞，由张俊雄接任。陈水扁当选总统后，时任民进党主席林义雄请辞卸任，由谢长廷当选继任。