937年，抗日全面爆发，孙随政府撤到湖南，参与兴建湘潭电厂。1939年日军二度进攻长沙，孙负责实地考察如何拆解运至云南昆明的路线，以及随军委会迁移装配战时临时电厂。孙后又接受政府指示，在中央没有任何支援的情况下，就地组织了一个骡队，费三个月的时间徒步越过秦岭与大巴山，将连云港电厂锅炉，从陕西迁移到四川自流井去。后来他又奉派至青海西宁，亲自与省主席马步芳及其亲信交涉一年后（马步芳原希望电厂归他自己所有），完成当地第一座的电厂，并担任厂长。而后由于他在迁厂与建厂方面的表现，1942年，资委会为了胜利后的接收