按照由光学显微镜观察到的形态和聚集方式分类。细菌的结构简单，几乎所有细菌按照上述标准都可以被归入球菌、桿菌与螺旋菌或弧菌之列。其中，桿菌最爲常见，球菌次之。细菌还有其它形形色色的形态——比如说螺旋菌的螺旋形（spirochetes）、弧形菌的弧形、球桿菌的球桿形，甚至正方形（比如说一种名爲「""」的古细菌就是这种形状）。德国生物学家费迪南德·科恩是进行细菌形态分类的先驱之一。
球菌.球菌（学名：coccus，来自拉丁语单词「"coccinus"」（猩红色）和希腊语单词「"kok