因为与公孙瓒作战分身乏术，终于没有迎接皇帝，而是派从事中郎徐勋托曹操代为迎驾，于是曹操掌握时机，奉献帝于许，从此挟天子而令诸侯。建安四年，官渡之战前夕，袁绍採纳郭图的计策，将沮授原本所专职的都督分为三，使淳于琼统领其中的一军。五年二月，淳于琼与郭图、颜良等领兵攻东郡太守刘延于白马，颜良阵亡后，大军撤回官渡，并于当地屯驻下来。冬十月，袁绍遣车运送军需，使淳于琼等五人率领兵员万余人负责护送，淳于琼等军营在乌巢，距离袁绍的大营四十里。当军势陷入胶着时，袁绍的谋臣许攸因故叛投曹操，曹操用其计，领虎豹营五千人