国家经委领导。1988年国家医药管理局改为国务院直属局。1993年国家医药管理局改为国家经委领导。1998年3月，朱镕基内阁对国家部委机构大改革。由原国家经济委员会下属的国家医药管理局，合并卫生部药政司，再吸收国家中医药管理局的部分职能，成立国家药品监督管理局。2003年4月16日，根据2003年3月第十届全国人民代表大会第一次会议审议批准的《国务院机构改革方案》和2003年4月国务院批准的《国家食品药品监督管理局主要职责内设机构和人员编制规定》（“三定”规定），国务院直属机构国家食品药品监督管理局