二十六（1851年4月27日），调任广西巡抚。咸丰二年四月二十五（1852年6月12日），因对抗太平军不力，革职。。邹鸣鹤回籍，太平军已陷武昌。咸丰三年（1853年）正月，陆建瀛赴九江督师，疏请起用鸣鹤，筹办沿江防务。邹鸣鹤带病赴任。不久，陆建瀛退守江宁，获罪，命鸣鹤与将军祥厚等筹备守御计划。江宁陷，邹鸣鹤书绝命词曰：「臣力难图报称，臣心仰答九重。三次守城尽节，庶几全始全终。」派人送给其子，自率队出，至三山街，被太平军认出，鸣鹤骂不绝口，被支解而死。事闻，赠道衔，赐卹。同治初，江南平定，曾国藩疏陈鸣