外蒙古撤回了在内蒙古作战的军队。巴布扎布撤往内外蒙古边境。1915年，中国、俄罗斯、外蒙古政府在恰克图会谈，外蒙古承认中国的宗主权。巴布扎布不接受这一结果，仍试图为了全蒙古的统一而发展势力。外蒙古政权因而派军讨伐巴布扎布。1915年，他与清朝的肃亲王善耆以及日本浪人川岛浪速取得了联系，结成同盟，试图推动满蒙独立运动。随后在川岛浪速的帮助下得到了日本参谋本部、关东都督府等机关的援助，组织勤王复国军，举兵讨伐袁世凯，试图复辟满清。不久袁世凯即病死，日本政府也取消了对满蒙独立运动的支持。但巴布扎布仍率部入侵内