文帝却欣赏垣护之所谏，让他补江夏王刘义恭的征北行参军、北高平太守。后又补衡阳王刘义季的征北长流参军，迁任宣威将军、钟离太守。元嘉二十七年（450年）垣护之随王玄谟北伐，玄谟进攻滑台时，护之率领百艘小船作为前锋，进据在滑台西南一百二十里的石济（今河南延津县东北）。至冬季，王玄谟仍无法攻克滑台，相反魏太武帝率领的援军将赶到，垣护之又驰书劝王玄谟请急攻。可是王玄谟并不听从，最终北魏援军击败围城宋军，玄谟连垣护之也未及通知就败返碻磝（今山东茌平县西南）。当垣护之知道时，魏军已经尽数俘获玄谟的水军大船，并在用三重