建汉、回二城，限制回民的自由，并禁止汉回通婚，在公文书中，则民、回别称，表示将回民排斥于一般平民之外。由于受到清朝及汉人的压制，在清朝统治期间，清朝末年时，甘肃、陕西、云南这三省曾发动叛乱。康熙顺治年间，甘州回民丁国栋、米喇印起兵造反，干隆年间的大小和卓之乱，嘉庆年间张格尔据浩罕叛，道光同治年间的陕甘回变与云南回变一时俱起。
基督宗教.满清入关后，汤若望、南怀仁等教士，先后被任命为钦天监主要官员，他们利用职务之便来传教，虽然一度受到康熙历狱的打击，不过随着康熙帝开始亲政后，翻案