两派的对立愈加激烈，文久3年（1863年）京都本圀寺发生了尊王派藩士杀害亲幕派重臣的暗杀事件。隔年禁门之变中，关系密切的长州因战败而成为朝敌，因此暂时保持了距离。然而，庆应4年（1868年）的鸟羽伏见之战及之后的戊辰战争中却加入了新政府军。1871年因废藩置县成为鸟取县，曾一度成为岛根县的一部份，1881年正式脱离成为鸟取县。1884年列为华族中的侯爵。
支藩.
鹿奴藩.鹿奴藩是鸟取藩的支藩，又称为鸟取东馆新田藩，藩厅在鹿野阵屋。1685年池田仲澄与主家分得