业于陆军军官学校43期，同期同学有李翔宙、吴斯怀、陆小荣、陈再福等人。程士瑜任陆军作战署长时，军方在台北市南港布署爱国者飞弹，引起居民反弹。程士瑜上媒体为军方辩护，争取支持。任作战助理次长时，为陈水扁总统提出的「决战境外」撰写作战计划，获得国防部长汤曜明的信任。在国防部长李杰任内，2004年由花防部司令调任马防部司令。2006年，升任陆军六军团指挥官。2007年，因公私帐目不清，被军事检察官收押、起诉。检察官调查，认为程士瑜自2006年起要求行政官纪孟宽少校每月挪用15万元行政费给他使用，共贪污