大稻埕继续从事汉医，当时家住台北厅大加蚋堡大稻埕日新街一丁目。1895年，台湾日治时期开始后，他则继续杏林之业，并于1897年正式取得日本政府发给的汉医师执照。除了医术之外，黄玉阶对台湾社会最大贡献在于推动台湾社会现代化。例如：他于1900年创立台北天然足会，即被认为是废除台湾女子缠足的关键公益团体。除了「放足」之外，他也认为「断发不改装」有助于社会风俗改良，因此成立了宗旨为「剪辫发，仍穿唐装」的「断发不改装会」。1908年，黄玉阶草拟「本岛人宗教规则」，开宗教整合之先声。