本目是水鸟类的演化支之一，为鲣鸟目及鹈形目的旁系群，与其它水鸟类的演化关系如下：
进化.鹳科动物的化石在北美、南美、欧洲、非洲、亚洲等许多国家都有发现，而且大量化石证据表明，这个物种十分古老而且分布广泛。鹳科的形成至少可以追溯到第三纪早期或白垩纪晚期，现代鹳类（包括鹳属"Ciconia"、"Ephippiorhynchus"、"Leptoptilos"等）的化石约出现在中新世（2350万年~520万年）。