伊通满族自治县东南部的河源镇（原板石庙乡）大酱缸村青顶子山北麓，向西北流经寿山水库、东丰县那丹伯镇、伊通营城子镇、县城伊通镇，至马鞍镇转北流，进入长春市辖区，伊通河自南向北穿过长春市辖区东部，至农安县开安镇新开河进入农安县境内，至县城农安镇转东北流，至德惠市郭家镇康家村以西成为农安与德惠两县市的界河，蜿蜒流至农安县靠山镇东南汇入饮马河。河长342.5千米，流域面积8440平方千米，河道平均比降0.3‰。伊通河两岸地势低平，一般洪水期间河宽70米至100米，大洪水期河宽110米至3000米。主要支流有伊丹