深剩140公尺，开阔海域向北逐渐狭窄，呈喇叭状狭长水道，地形呈U状的海槽，宽度仅4公里。之后继续向北，到云林外海，也就是在澎湖群岛东侧海域，水深便只剩130公尺。这里海床崎岖，长年受到强劲海流的侵蚀与许多断层作用，因此生成出犁沟地形，并且这里海床可见到火成岩，表示曾受过火山作用。在北纬23度40分位置开始，澎湖水道转向西北方，这里水深不到80公尺。行经云林、彰化之间的外海，澎湖水道遭受东北方突起的平缓海床「云彰隆起」所阻挡，因此水深又再度骤减，平均约30至40公尺。绕过云彰隆起，澎湖水道最终与北边的乌坵凹陷