省政府秘书长、制宪国民大会代表、第一届国民大会甘肃省代表。他对统治过甘肃的朱绍良、谷正伦、郭寄峤等人和马鸿宾、马鸿逵、马麟、马步芳等人分别提出解决民族问题的策略，以平息争端。1937年，抗日战争爆发，水梓任甘肃省银行董事长，同时任省中苏文化协会会长，与八路军驻兰办事处谢觉哉等频繁交往。1947年，水梓作为甘肃榆中县选出的国大代表，赴南京参加首届国民大会，提出并获通过的各类考试分省定额议案。隔年，他在南京开会期间，被邓宝珊邀约去玄武湖泛舟，并劝告与国民党拉开距离。因此水梓拒决张伯苓要他作考试院考试委员。