医学会医史博物馆，现有的博物馆占地面积2200平方米，建筑面积为6400平方米，展示面积4000平方米，于2005年3月起对公众开放。博物馆一楼是医史综合馆，介绍了中医药学发展历史，以及重要的发明和知名的医药学家。二楼有五个专题展馆，分别是养生康复、针灸推拿、中医文化、中药方剂、中医科教。三楼有校史陈列馆，主要介绍上海中医药大学的发展历史，另外有中药标本陈列馆和中药科普活动室。博物馆还有一个占地面积约9300平米的“百草园·杏林苑”，种植有数百种中医药植物。