每年夏天都会受到太平洋上形成的台风影响，防震和防风是台北101所需克服的2大问题，为了评估地震对台北101所产生的影响，地质学家陈斗生开始探查工地预定地附近的地质结构，探钻4号发现距台北101约200公尺左右有一处10公尺厚的断层。依据这些资料，国家地震工程研究中心建立了大小不同的模型，来模拟地震发生时，大楼可能发生的情形。为了增加大楼的弹性来避免强震所带来的破坏，台北101的中心是由一个外围8根钢筋的巨柱所组成。不过良好的弹性，却也让大楼面临微风冲击，即有摇晃的问题。抵销风力所产生的摇晃主要设计是阻尼器，