指挥谷祥将砖城增高为2.7丈，并挖护城河，宽1.4丈。后因海潮不断冲刷，城墙逐渐坍陷，于明万历四十八年（1619年）尽坍入海。。嘉靖十六年（1537年），兵备副使王仪于旧吴淞所城西南1里处另筑新吴淞所城，亦为一土城。嘉靖三十三年（1554年），巡按尚维持命嘉定知县杨旦改砌为砖城。城周长730丈（2190米），高2.4丈（7.2米），并开挖内、外护城河，外护城河宽2.4丈（16.2米），深1丈（3米），内护城河宽2丈，深8尺。设东、南、西、北四面城门和西北水关一处，筑有雉碟1194垛，敌台9处，窝铺40处