清的民愤，助长了反清运动。顺治十六年（1659年），郑成功带领十七万大军自水路而来与浙东一带进行反清的张煌言汇合，进军江南，所到之处守将皆逃溃，顺长江连克京口、瓜洲，合围时称江宁的明朝旧都，后因清军偷袭成功，退守厦门。郑成功在民众支持下，占领了金门、厦门、铜山、南澳等沿海地带作为根据地，滋扰当地清朝统治。
从禁海到迁界.在顺治十三年（1656年），为了切断当地民众对明郑势力的支持，清朝政府下令颁布禁海令，勒令禁止沿海居民出海，要求海岸设置防卫工事，阻拦明郑势力或者海盗等敌对清朝