博克图站建于1901年，1903年开通运营，为办理客货业务的二等编组站，设有10条站线、1条牵出线、2条货物线。由于车站位于滨洲铁路大兴安岭中部，西侧设有兴安岭隧道翻越大兴安岭，因此铁路开通初期列车需在本站增减补机，车站所在的博克图镇亦因此而繁荣起来。博林铁路通车后开始担当昂昂溪、满洲里、博林线三个方向编解任务。1960年6月将为二等区段站，1982年又降为三等区段站（1988-1997年间曾短暂恢复为二等站）。1983年车站新建长174.8米、宽4米的天桥一座。作为滨洲铁路复线化的一部分，车站于198