由于其不愿去灰熊打球，球队不得不在夏天将其交换到了休斯敦火箭队。2002年，作为球队核心的弗朗西斯在2002年NBA选秀中以第一轮总第一位选中了来自中国的状元秀中锋姚明，他们两人成为了新的火箭队明星组合，在第一年就险些将去年还在联盟末尾徘徊的火箭带入NBA季后赛。他在对阵洛杉矶湖人队时候，拿下了职业生涯最高的44分。他曾经三次入选NBA全明星首发阵容。弗兰西斯由于其达40英寸（1.02米）的垂直弹跳和扣篮而出名。
奥兰多魔术队.2004年6月29日，弗朗西斯连同卡蒂诺·莫布里和凯文