时的大型填海造地工程破坏了原有的海洋生态，最为令人关注的是经常出没于大屿山北部海域的中华白海豚。而由于赤鱲角在工程中被夷为平地，岛上的历史文物及自然生态虽然经过抢救及迁移，但亦无法重建其原貌。为了补偿所造成的破坏，机场管理局自1996年起一直资助沙洲及龙鼓洲海岸公园，并且于2006年在机场南端东岸路设立古窑公园，当中介绍古窑历史和展示10多个当地出土的元代铸炉。
其他环境影响.机场的兴建与使用亦造成北大屿山的急速发展，威胁到该处原有的野生自然生态。
保护.