与郊祀等，商辂则请罢免。此外，太监汪直掌管西厂，屡次制造冤案。商辂率领同官陈十一罪，与宪宗对抗。之后商辂亦说服内阁大臣万安、刘珝、刘吉等内阁重臣，加上九卿项忠等亦弹劾汪直，当日罢黜西厂。虽然汪直不再掌管西厂，但仍然受宠，遂诬陷商辂收授指挥杨晔贿赂，而御史戴缙再次歌颂汪直功劳，请恢复西厂，商辂于是力求离去。后诏加少保，赐敕驰传归。商辂既去，士大夫更加俯首侍奉汪直，没有再敢与之抗者了。商辂为人坦荡。钱溥曾经因为不能升迁，而作《秃妇传》以讥讽商辂；高瑶请恢复明景帝位号，黎淳疏驳，极为诋毁商辂，商辂则均不计较，