在令制国时代此地属于山城国乙训郡，784年桓武天皇将首都由平城京迁至此，建立长冈京，当时的长冈京范围分布在现今京都市、向日市和长冈京市辖区之内，其中长冈京的南部位于长冈京市内。14世纪南北朝时代，属于北朝的细川赖春在此兴建了，到战国时代末期先后成为松永久秀和三好三人众的势力范围；1568年织田信长上洛期间攻下了此城，并在1571年交由细川藤孝治理，1578年细川藤孝之子细川忠兴及细川玉子即在此完婚。1582年本能寺之变后，明智光秀一度佔有此城，在山崎之战败给羽柴秀吉后曾先退回此城，后才于从此前往坂本