皇帝斐迪南三世之女玛利亚·安娜。他出生时，他的四位长兄都已去世，于是成为西班牙王位唯一的继承人。他的出生也成为全西班牙的一大喜事。由于近亲结婚的缘故，卡洛斯二世身患多种遗传病以及智障和癫痫，体质虚弱得随时可能死亡，无法承受一位君主应该受到的教育。他是哈布斯堡家族的家族症下颚前凸（"Mandibular prognathism"）病患中最严重的，下颚由于过于巨大而使他无法咀嚼。他的舌头也大得使他讲的话无人听懂。卡洛斯二世于5岁断奶，由于跛足，到10岁才学会走路。总之，几代的王室近亲联姻使卡洛斯二世在心理和生理