，中华民国驻马其顿共和国大使馆在马其顿首都斯科普里开馆。由于马其顿总统基罗·格利戈罗夫反对建交，为避免出现总统拒接国书的尴尬情况，主导建交事宜的马其顿总理与中华民国政府商定，大使馆开馆后暂不互派大使，待当年总统大选后，再互派大使。但新当选的总统鲍里斯·特拉伊科夫斯基也反对建交，并拒接国书，所以最终未能互换大使。2001年6月18日，中华民国与马其顿断交。
驻北马其顿大使（2001年至今）.2001年6月，两国恢复外交关系。2019年2月12日，马其顿改国号为北马其顿。