基教会得到了美国税务局的税务豁免权，其他地区性教会也陆陆续续得到此权利。然而在1958年，美国税务局开始检视在这项权利之下，其中是否有侵吞款项的情事。1959年，贺伯特旅居英格兰，在英国待到1960年代中期。教会此时也经历了更近一步的质疑。美国食品药品监督管理局开始调查关于山达基教会对其电仪表所做的宣称。1963年1月4日，食品药品监督管理局突袭山达基教会，扣押了数百台电仪表，视之为非法的医疗仪器。这项仪器自此之后就附上了一个免责声明，说明它们是纯粹宗教性的用具。在1960年代中期，山达基教会在澳洲