府为扩建启德机场，以邻近地皮交换圣堂原址。捐款资助兴建圣堂的甘曼斯（Gomes）家人为纪念其先人，将圣堂改名为圣五伤方济各堂，惟二次大战时佔领香港的日军为扩展机场，于1943年将新教堂拆毁。宝血女修会于1930年代在深水埗建立了修院和诊所，以修院的宝血堂举行主日感恩祭。1953年，石硖尾大火令木屋区五万多人无家可归，政府遂兴建大量徒置大厦，为灾民提供栖身之所；教区在此时于灾区附近兴建新圣堂，并採用十多年前在九龙城被拆卸的教堂名称。新建的圣五伤方济各堂于1956年10月21日开幕，由白英奇主教主持祝圣典礼