与宋楚瑜结合竞选隔年的总统大选，仍以些微差距败选，但在立法院一直仍是过半并握有多数席次。2008年（民国97年）国民党提名的马英九分别于2008年总统选举、2008年立法委员选举中赢得选战，国民党重新取得执政权。2012年（民国101年）2012年总统选举、2012年立法委员选举中赢得选战，蓝营延续执政权。2012年立委选举后，新党泡沫化并宣布将重新思考与国民党的关系，亲民党也不再和国民党合作且在诸多事务上与泛绿阵营有所合作。2014年（民国103年）2014年九合一选举中败选，马英九辞去国民党