站结构.贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站分为两个部分，北侧为高速场及正线，事实上超过五分之四的过境TGV列车都会停靠贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站；南侧为普速场，供往返于贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站和贝桑松维约特站之间的TER列车使用。这一车站构造与香槟-阿登TGV站十分类似，但与后者不同的是，由贝桑松维约特站始发前往巴黎方向的TGV也会停靠贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站。
停靠线路.以下列车线路在贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站停靠：