阻拦他进村开展更多调查。为了尽早获得该村疫情更详细的第一手资料，他被迫秘密进入上蔡县，并在多位热心村民的帮助下悄悄深入文楼村调查。同年10月，带着上蔡县文楼村的详细调查报告去北京向中国疾病预防控制中心汇报疫情的调查结果，得到当时的中共中央政治局常委、中国国务院副总理李岚清批示。2000年，继续赴河南省调查艾滋病疫情，依旧被当作不受欢迎的人。有当地官员认为桂希恩作为湖北医生，“不该管河南的事情”。后到其他地方调查艾滋病疫情。2001年，将5名艾滋病病毒感染者带到武汉大学中南医院做全面检查，却引发一些周