民国27年）1月，韩复榘被蒋介石以敌前逃亡之罪处决，手枪旅改编为第28旅，吴化文继续担任该旅旅长。接替韩复榘担任山东省政府主席的是沈鸿烈，吴化文成为沈鸿烈的手下。1939年（民国27年）1月，第28旅扩编为新编第4师，吴化文任师长。翌年8月，吴化文任山东省政府委员兼山东保安第1师师长。在同日军作战中，吴化文起初与八路军关系良好，后因国共不和而不得不结束合作。
从曲线救国到参加人民解放军.1943年（民国32年）1月18日，吴化文表示参加汪精卫政权。吴化文的投降是奉国民政府农林部部长