丧结束后卜居西樵山讲学，来此求学的书生，湛若水会先要求其学习礼仪，而后才能入席听讲，兴起者甚众。嘉靖初年入朝，陞翰林院侍读，不久陞南京国子监祭酒、礼部侍郎，官至南京礼、吏、兵三部尚书，后致仕归乡。嘉靖三十九年四月廿二日（1560年5月16日）逝世于番禺的禺山精舍，享耆寿九十四岁，后归葬故乡增城天蚕岭。追赠太子少保，谥文简。
学派.湛若水师从陈献章，是岭南学派的主要领导人，曾在南岳衡山紫云峰下衡岳寺废址上筑楼建宇，名为甘泉精舍，并在此讲学，后人又称之为甘泉书院。“天下靡然从之，号阳明