请加入中国共产党却一直很艰难，主要是因他与多年好友沈祖荫（托派分子）的关系未查清。初中一年级时，侯仁之与沈祖荫交好，沈祖荫后被打成托派，中共党组织让侯仁之揭发，侯仁之说不清楚，因此这被当作政治上的“疑点”保留，侯仁之的入党申请也因而一直未获批准。直到文化大革命，还有人提起此事，企图从政治上打垮侯仁之。
文革遭遇.文化大革命爆发后，侯仁之受到批斗，罪名是“三家村干将”，因为他曾为吴晗主编的地理小丛书撰写了其中的《徐霞客》与《历史上的北京城》。后来，他又因反对北京大学掌权的聂元梓，被打