的海德里希在一次出访时被英国派来的捷克暗杀部队暗杀，希姆莱就暂时担任帝国保安部表面上的部长，实际职务由布鲁诺·史崔克贝齐（Bruno Streckenbach）负责。之后才把此职务正式交给党卫队上将恩斯特·卡尔滕布伦纳。1943年8月24日希姆莱取代威廉·弗利克成为纳粹德国的内政部长，而弗利克则成为波希米亚和摩拉维亚保护国总督。
犹太人大屠杀.从开战前到战争初期，希姆莱仅命令党卫队将犹太人驱逐出境，但到了1938年，调职到奥地利「犹太人移民局」局长与身为SD人员的阿道夫·艾希曼，他