路轨使列车掉头，于是列车到达吉冈海底后会不载客地前往蟹田站掉头返回吉冈海底站。此外，当多客期间，会增加1往返班次（列车号为82号）。全车设定为指定席，为了一般列车车票外，还需要指定席特急券及海底站参观整理券，整理券可在JR北海道车站内的绿色窗口、「星光广场」（包含在本州的「JR北海道广场」）或北海道旅行社发售。同时也有由函馆近郊至海底站参观整理券的「吉冈海底站来回车票」，此车票可以乘坐「多啦A梦海底列车」指定席。在列车运行时有公告表示「由于保障安全，在吉冈海底站时，只开启2号车厢和4号车车门」，实际