，又设置总管回部各城事务的喀什噶尔参赞大臣，其下设办事大臣、领队大臣，分驻叶尔羌（莎车）、和阗、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔等城。此时期的维吾尔族社会基本处于自治状态，满、汉、蒙古官员对其军事、贸易、治安以外的日常行政事务较少干涉，主要交由当地各级伯克和毛拉根据伊斯兰教法管理。清廷在对准噶尔部屠杀后导致新疆北部人口稀少，塔兰奇人向北方迁徙以填补空虚，其中穆斯林文化和身份得到了清朝官员的容忍甚至提倡，对此亨利·施瓦茨（Henry Schwarz）称，“从某种意义上说，清朝的胜利是伊斯兰的胜利”。1860年代