据显示巴基斯坦三军情报局不仅为阿富汗的塔利班好战分子提供资金、训练和避难所，甚至还是塔利班领导委员会的成员。2010年另有报道指巴基斯坦三军情报局要求塔利班杀掉所有人，包括警察、军人和平民，以威吓人民。2011年，美国法院审讯涉嫌参与2008年孟买连环恐怖袭击的疑犯塔哈瓦尔·拉纳，有证人指称巴基斯坦三军情报局是「虔诚军」和「穆罕默德军」等伊斯兰极端组织的保护伞，三军情报局向他们提供军事和财务上的支援和训练，在制定攻击孟买的计划时，虔诚军和三军情报局之间合作非常密切。