曾被称为「中郡」，17世纪后江户时代后还曾被分为「上中郡」和「下中郡」两郡。在江户时代全郡都成为小滨藩的领地，1871年实施废藩置县后改隶属小滨县，不过在隔年的第一次府县整併中小滨县整併至敦贺县，但敦贺县在1876年遭到废除，位于以南的远敷郡被併入滋贺县，直到1881年才将原本敦贺县的辖区重新恢复设县，不过重新设立的县因为县厅设在福井，因而命名为福井县。1879年滋贺县实施时，正式设置近代的行政区划「远敷郡」，并在小滨町（位于现在的小滨市）设置郡役所。