的社殿，但在二战战败后停止建设。昭和28年（1953年），于曾经举行过招魂祭的藤崎台招魂场旧址（即现在的神社的位置）重新开始营造社殿，昭和32年竣工，神社迁座于此。花冈山原来的社地保留作为神社的飞地“花冈山招魂社”。昭和34年（1959年），成为的别表神社。昭和39年（1964年），因公殉职者（自卫官、警察官、消防员）也被合祀于护国神社。昭和40年，死于空袭的军需工厂的学徒也获得合祀。
祭神.明治维新时代至第二次世界大战期间熊本县出身或者有相当关联的殉国英灵，约6万5千柱。