1939年2月1日第3航空队在慕尼黑创立，防区为德国南西部。由于在二战爆发时资源集中于东线的第1航空队与第4航空队，当时本部队整体兵力不多。至波兰战役结束后才开始集中战力，并于1940年参加法国战役。法国投降后驻扎在法国北部，在不列颠空战中与第2航空队攻击英国本土。而不列颠空战失败以后，随着第2航空队改调而负责整个法国的防务。随着盟军诺曼第登陆的成功，1944年本部队增加空军野战师团以参与防守。而因为战力锐减与本国防空的需求，最后在该年9月26日解散。