五世达赖喇嘛在北京期间住在西黄寺，其间，他亲自为顺治帝及其后妃、皇子、诸王等皇家人士灌顶。次年，他以水土不服为由，经内蒙古凉城县返回西藏。顺治帝又加封他为「西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛」，并赐金册金印，承认达赖喇嘛藏传佛教领袖地位。康熙帝即位后，每年派官员携带皇帝亲笔信前往西藏，探望达赖喇嘛和班禅喇嘛。
与基督教的接触.葡萄牙耶稣会传教士安东尼奥·德尔·安德拉德与曼努埃尔·马克斯（Manuel Marques）曾于1642年来的古格王国（在今西藏阿里地区），获得