1944年（昭和19年）2月转到联合舰队。司令长官由角田觉治海军中将亲补，不过在1944年（昭和19年）7月的天宁岛战役中角田司令长官拔手榴弹自尽战死。之后、再编部队从菲律宾撤退。司令长官寺冈谨平中将调走后，10月20日再由大西泷治郎中将就任。此时，大西中将推进闻名的神风特攻队战术。当年司令部撤退到台湾新竹机场，再行穿越菲律宾海崃和支援硫磺岛强行出撃。1945年（昭和20年）5月10日最后的司令长官由志摩清英中将就任。约1个月后的6月15日第一航空舰队解散。