转世系统，主要活佛系统有吉仲活佛、帕确活佛（旧译“庞球活佛”）、夏仲活佛这三大活佛系统。此外还有一个小的活佛系统。类乌齐寺在藏区的政教地位受到中国中央王朝的重视。据传，元朝泰定帝在位时，太后玛卡赴藏区朝圣，途经类乌齐寺时，将自己一半财产供养该寺。明朝洪武年间，朱元璋封类乌齐寺第三任法台曲吉·杰哇坚赞为国师，并赐以封册、印信、斗篷、红顶珠帽等，当时该寺所属民众达1万户，僧人达6000余人。清朝雍正帝赐封第十三任法台庞球·阿旺加为“诺门汗唿图克图”，并赐金册、金印。清朝还御封第二十一任法台衮噶朗杰为“诺门汗