区划日下村先于1944年升格并更名上井町，1953年再与仓吉町合併为仓吉市，由于本站位于山阴本线进入仓吉市的入口，1972年本站再度更名为仓吉车站，而位于仓吉线上的仓吉车站更名为；但仓吉线也在1985年停止营运。1987年国铁分割民营化后，隶属西日本旅客铁道。2009年起，车站站舍开始改建为跨站式站房，新站房于2011年启用，并以仓吉市区内的老街建筑作为车站外观的设计概念。
车站结构.仓吉车站的站舍为跨站式站房，设有南口和北口两个出口，两边可经由自由通路相通，月台为一个位于