2003年《湾里区城区总体规划》计划将湾里支线铁路改造成轻轨。2006计划开始建设的昌九城际铁路计划行走该铁路沿线。2007年提出湾里铁路拆除的计划。2009年湾里区内铁路彻底废弃。根据之后的卫星图确认第一段和第二段的一小部分连接到向莆铁路并设农大线路所，称之为湾里联络线。其余部分被拆除而湾里车站站房保留了下来。
废弃段.2014年7月确认湾里车站站房将保留下来并改建成博物馆。2014年9月基本改造完成。2014年10月1日开放
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