因改变了它们的表达模式，要么是使之获得了新的功能。如BMP基因表达差异使得大嘴地雀的喙较其他雀类更大。进化过程中，蛇和其他有鳞目动物失去腿，研究发现期间基因表达模式的改变：基因在其他四足动物形成肢体的区域表达不足，或者根本没有表达。1994年，肖恩·B·卡罗尔的研究小组在1994年发现，基因亦决定了蝴蝶翅膀上的眼斑模式，表明工具包基因可以发生功能上的变化。工具箱基因除了具有高度保守性外，还具有相同功能的进化趋势，可能是趋同进化，也可能是平行进化。基因负责四足动物和昆虫的附肢形成，或在更细的尺度上在红