能的。LC-MS也用于分析天然产物和分析植物的次级代谢产物。在这方面，基于质谱的系统有助于从复杂的生物植物样本中获取更多关于化合物范围广泛的信息。
药物开发.LC-MS也频繁地用于药物开发的许多不同的阶段，包括，做肽图、做醣蛋白图、天然产物的去重复化、生物亲和性筛选。体内药物筛选、代谢稳定性筛选、代谢物结构确定、杂质确定、降解产物的结构确定、定量生物分析和质量控制。