朝栋被命办理隘务（即清朝台湾版图与未接受其统治之台湾原住民之间的交界事务），7月23日，苏鲁社进犯罩兰庄，并与官府断绝关系，9月8日林朝栋与柳泰和率军镇压，双方激战至9月20日，但无明显战果，不久林朝栋请假返乡，然后于10月7日率援军返回。9月30日，刘铭传离开台北城，并于10月10日抵达前线视察，却于10月14日遭到伏击，于是清军与原住民双方爆发激战。之后几日，清军入山勐攻，途中被多次伏击，死伤颇多，直到10月28日进攻武荣社，林朝栋与前来台湾镇总兵章高元等人围攻，击杀100多人终迫使武荣、苏鲁等七社投降