发海域多雾，所以最初调查时海洋警察厅相信事故原因在于客轮与暗礁发生了碰撞。不过，这个理论被船长否定，随后专家们也一致否决。一位政府派出的救援人员表示，事件有可能源自于船只本身的故障，因为世越号途经的海域并无暗礁或岩石。2016年12月，梨花女子大学奈米科学系教授金官默（김관묵）出面表示，根据雷达影像分析，事发时船体身后有个巨大物体，虽然一直认定是掉落的货柜，但是经过研究调查后，该物体体积远大于货柜，且能自行转换方向、具备动力。此外，世越号突然以小半径转弯的角度违反工程力学常识，因此可能是遭受潜艇撞击才翻