于龟鳖目演化自双孔亚纲，所以无孔亚纲全部灭绝，其中的米勒古蜥科、夜守龙科、锯齿龙科，都在二叠纪-三叠纪灭绝事件中绝种，只有前稜蜥科仍存活到三叠纪。 无孔亚纲是种传统上的用法，有学者提出这些无孔类动物的彼此关系很远，所以应该被分为几个演化支：出现在晚石炭纪的原始爬行动物（大鼻龙目）、生存在二叠纪的多样性无孔类爬行动物（前稜蜥形目）、以及现存的龟鳖目（海龟、陆龟、水龟）。最早的龟鳖目化石来自晚三叠纪中国的半甲齿龟（"Odontochelys semitestacea"），已经很类似现代乌龟。近年有科学家