于1897年加建副堂。1901年获香港政府授权签发结婚证明书。第二次世界大战时教堂遭受到严重破坏，据称教堂建筑物遭拆卸，取用物料用以重建总督府，并加建日式塔楼。新堂于1949年重建完成开放，继于1971年扩建完成。
启发课程.启发课程起源于伦敦圣三一布普顿堂，香港是首个华人社会开始推动「启发课程」（The Alpha Course），自1994年香港佑宁堂举办首届「启发课程」后，由会友苗礼士（Steve Miller）及解哈拿（Hannah Miller）夫妇开展推动工作，1998