听众入场数锐减，但仍然勉力经营。随着1938年奥地利遭德国吞併，他们被划为德意志第三帝国的「文化乐团」（）之一。1944年9月1日，纳粹当局勒令乐团解散，原有人力则投入战事后勤。1945年9月16日，维也纳交响乐团举行了战后的首场演奏会，演出马勒第3号交响曲。在约瑟夫·克里普斯的领导下，乐团参与了1946年夏季的布雷根茨音乐节，并逐渐收复了名声。此外，1946年起乐团与赫伯特·冯·卡拉扬展开一段密切的合作，卡拉扬以维也纳乐友协会指导的身分，规划了「卡拉扬系列」的音乐会，并率领乐团前往欧洲、北美各地巡回。