共四十九旗，设六盟。内札萨克各旗不但政治地位很高，还保留了一定的兵权。康熙中期以后归附清朝的各部落称为外札萨克蒙古，包括漠北的喀尔喀四部、西套蒙古二旗、青海蒙古各部、科布多各札萨克旗、新疆旧土尔扈特部及中路和硕特部。外札萨克各旗无兵权，隶属于当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。其中喀尔喀四部后来演变为外蒙古。
青海.清代的青海不包括今西宁、海东、黄南以及青海省边缘的部分地区。统辖青海地方的官员为西宁办事大臣，常驻西宁（属甘肃省）。青海大致以黄河为界，分为青海蒙古和玉树等