列为日本国宝保护，是该制度中第一个列册保护的西式建筑。其正式名称为「日本二十六圣殉教者堂」，系为了纪念日本二十六圣人，该教堂朝向他们殉教的地点长崎市西坂。1953年（昭和28年），大浦天主堂正式定为日本国宝。2007年（平成19年）做为「长崎的教堂群与基督教相关遗产」中的一部分列入联合国教科文组织的世界遗产评审名单。2016年（平成28年）成为日本第一座宗座圣殿。为了应对观光客的增加，该教堂所属的大浦教会（大浦堂区）在教堂入口石阶下方的小广场旁另建新的教堂建物，于1975年（昭和50年）启用，以供弥