超过9499件其中549件珍贵文物以及国家一级文物54件。一块有和田羊脂白玉雕刻的玉猴被认为是博物馆的“镇馆之宝”，该玉器是一块巴掌大小的上乘羊脂玉，是1984年和田县塔瓦库勒乡的文物护理员在麻扎塔格戍堡址捡到的。刚进博物馆就能看见一块荟萃了羊脂、墨玉、碧玉、青花玉等多种玉质的山流水，代表着出产于和田的和阗玉。除此之外，馆藏的几件东晋时期佉卢文木牍包括买卖纠纷判决书、放妻书受到了学术界的关注。另外博物馆还有在当地首次发现的青铜器时代的流水墓地、1984年在伊玛木·木沙·卡孜木麻扎古墓群出土的彩绘木棺等藏品。