一定位置发生作用（可以是单链，也可以是双链），把这位置的链切开，再由核糖核酸外切酶进行分解剪切。可以是单个蛋白，如RNase III、RNase A、RNase T1和RNase H，也可以是单个或多个蛋白与RNA的复合体，如核酶RNase P和RNA诱导沉默复合体（RNA-induced silencing complex，RISC）。