把遗产留给了巴克纳，他也搬到芝加哥来对这些财产进行管理。巴克纳仍然对军旅生活存在兴趣，他以少校身份加入了库克县的伊利诺伊州民兵。1857年4月3日，伊利诺伊州州长威廉·亨利·比塞尔（）任命巴克纳为民兵指挥官，不过他在同年10月就辞去了这一职务。山地草场屠杀事件发生后，伊利诺伊州组织了一个志愿军团准备应对可能与摩尔门教之间发生的冲突。巴克纳获派担任指挥官并提升至上校军衔。他接受了这一职务，但也估计部队不会参与实战。事实证明他的推断是正确的，美国联邦政府与摩尔门教领导通过谈判缓和了双边的紧张关系。185