灾情，让许多学者专家或研究机构纷纷提出可能的原因与未来预防的方式。前内政部长李鸿源指出可能是土壤液化的问题，导致虽然震央在美浓，但倒塌却多在台南；国家地震工程研究中心的研究员柴骏甫则指出因为台南土地松软，导致地震的摇晃程度被当地的地形特质给加强，发生了场址效应；气象局地震测报中心课长林祖慰推测指出可能美浓到台南有之前未发现的盲断层；建筑物的施工品质有问题也是严重倒塌发生的原因，对此台南市长赖清德指出在抢救的同时已经开始进行蒐证以便未来对建商公司求偿。国家防灾中心专家表示，如果这次南台湾地震条件在台北，在软土