主要原因是恐怖份子的反美情绪爆发。袭击事件发生后，美国政府处于高度戒备状态，严防类似恐怖袭击事件，并多次发佈新一轮袭击警报。9月底，在美国各地爆发多起炭疽菌感染案件，虽然至今没有发现此事件与九一一有关，但在2002年3月曾一度传言，一名劫机者曾感染炭疽菌。在美国的穆斯林组织迅速谴责袭击，并唿吁穆斯林美国人“献出他们的技能和资源，以帮助减轻受灾群众及其家属的痛苦”。
善后工作.世界贸易中心废墟的大火持续三个月，救援人员花费更多时间清理瓦砾。其中一些残骸样本送往美国国家标准与技