达帝汶和西里伯斯岛，两岛之间的某些岛屿则有风土种如矮水牛以及小巽他群岛的科莫多岛（Komodo Island，弗洛里斯岛〔Flores〕附近）上的巨蜥。群岛也许拥有全世界最丰富的昆虫和鸟类，它们分布范围更广泛，特别引人注目的是大螯甲虫、巨蝶、羽色绚丽的极乐鸟、俊美的孔雀雉和斑斓的美冠鹦鹉。
植物.在大部分马来群岛上，大雨和高温导致植物全年快速生长，种群丰富。雨水充沛地区覆被着热带长绿雨林，比较干爽的地区有半落叶季风林，包括柚木和桉树，这类森林主要呈季节性生长。其他森林类型有海滨林（