由每年开办两班小一（60至70人），跌至全级只得十多名学生。结果在2003年因英皇道校舍的业主大幅加租而被迫停办。在停办后，校董会不断努力筹备复校事宜。在2017年，政府在沙田兴建水泉澳邨后公佈第三次校舍分配工作。香港树人学校校董会引入香港公开大学校长黄玉山、资深官立学校校长洪进美、全国人大港区代表王敏刚、太平船务总经理区浩荣等知名人士出任新校校董以争取于该区复校的机会。此前，香港树人学校早于2003年向教统局申请于东涌建校延续办学过程，且获分配校舍兴建直接资助小学。不过官方最后决定放缓建校计划，并重新检讨