原子的。许多常见的有机物质都是由分子所组成的，海洋和大气中大部份也是由分子组成的。但地球上主要的固体物质，包括地函、地壳及地核中虽也是由化学键键结，但不是由分子所构成。在离子晶体（像盐）及共价晶体有反覆出现的晶体结构，但也无法找到分子。固态金属是用金属键键结，也有其晶体结构，但也不是由分子组成。玻璃中的原子之间依化学键键结，但是既没有分子的存在，其中也没有类似晶体反覆出现的晶体结构。
历史.分子的概念最早是由意大利的阿莫迪欧·阿伏伽德罗提出，他于1811年发表了分子学说 ，认为