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抗生素抗性.虽然比起80S核糖体，哺乳动物的线粒体核糖体与原核生物的70S核糖体更相似，它们仍能因对蛋白质生物合成抑制剂类抗生素敏感程度的不同而被区分开来。但一些抗生素不仅与抑制70S核糖体，还能抑制线粒体核糖体。所以，部分治疗细菌等病原体入侵造成的感染的抗生素对患者有一定的副作用（如使用氯霉素可能引发再生障碍性贫血，而使用氨基糖苷类抗生素则具有耳毒性等）。
GTP亲和性.线粒体核糖体中含有对三磷酸鸟苷（简称“GTP”）具有很强亲和力的GTP结合位点。