台江内海淤积后，最普遍的用途是辟为鱼塭。在日治时期时，抵达海滨的二鲲鯓砲台（亿载金城）尚需要竹筏。但台南市政府则于1980年代开发第五期重划区，填平鱼塭及迁移市政府至此后，目前已成一片市区至亿载金城为止。台江内海较大的遗迹是四草湖及鲲鯓湖。前者汇流盐水溪、竹筏港、运盐古运河、嘉南大排等河川，在安平及北汕尾之间出海，也是昔日安平旧港的所在地；后者则于战后改建成为安平新港。