由快速列车升级为特快列车，车次改为T97/98次，全程时间缩短到约28小时。2003年9月1日，根据国家质检总局、铁道部、公安部、海关总署四个部委决定，京九、 沪九直通列车旅客及其行李物品办理出入境手续程序，由原来的东莞常平口岸办理改为在列车运行在广州东站至深圳站区间途中办理出入境手续。广州东站海关、天河出入境边防检查站以及天河出入境检验检疫局等出入境查验单位人员会在广州东站或深圳站上车，在广深线运行途中为旅客办理手续。列车不再停靠东莞站，出入境旅客无需下车即可办理有关手续，节约了近一个多小时的时间。