南都护府，指挥所在南头城内。
明.洪武二十七年时，在南头城基础上修建了东莞守御千户所城。万历元年（1573年），又从东莞县分析出新安县，县治设在南头城。
清.清初，东莞守御千户所改为新安营。康熙年间，迁界令颁布。整个南头城以及三分之二新安县居民被迫迁离，南头城只余下一面城墙，余下的屋砖都用来建立界墙。康熙五年（1666年）时，因为人太少，新安县荒废，并跟东莞县合併。康熙八年，在两广总督周有德、广东巡抚王来仁的奏请下，复置新安县，治所设在南头城。Sect