尔·卡雷拉以及其继承人比森特·塞尔纳·桑多瓦尔不和，最终，加西亚在1871年率领自由派知识分子起义，在墨西哥总统胡亚雷斯的支持下，加西亚在托托尼卡潘打败了政府军，迫使比森特·塞尔纳·桑多瓦尔下台，自任总统。在位期间，他实施了一系列的改革措施，驱逐了耶稣会会士，实现新闻自由，并且推行世俗化改革，规定政教分离。加西亚还下令占领了洪都拉斯，并同样地推行了世俗化改革。他在位两年，1873年卸任，自由党人胡斯托·鲁菲诺·巴里奥斯·奥延接替他成为新一任总统，并继承他的改革政策。卸任后，他继续写作，并为危地马拉各