季球队找来了防守悍将罗恩·阿泰斯特，但是特雷西·麦克格雷迪因伤表现下滑，姚明又在季后赛受伤。虽然火箭队打败波特兰拓荒者通过了第一轮，但第二轮力拼7战不敌洛杉矶湖人。
重建（2010—2012）.2009-2010年赛季中特雷西·麦克格雷迪被交易到纽约尼克斯，姚明整季报销，队上主力由阿隆·布鲁克斯和路易斯·斯科拉来扛，季中从萨克拉门托国王交易来凯文·马丁成为球队第一得分点。2010-2011年赛季姚明因伤宣布退休。2010年到2012年球季结束，连续三年名列西区第九，无缘季后赛。