音学规则可能会改变音位，此时使用竖线 ("|") 或双斜杠来将底层形式与实际实现区分开来。例如，单词 "cats" 的表层形式为 。假定英语的复数后缀的底层形式读作 ，那么 "cats" 的底层形式就是 。（此处读作是因为清辅音后的清化过程）连音，如汉语中的变调，是一个改变底层形式实际实现的例子。