毒等丝状病毒，感染了这些病毒的蝙蝠会把病毒传染到附近的人身上。此外，蝙蝠也是亨尼巴病毒和丽莎病毒的宿主。蝙蝠也可以携带冠状病毒，是近年来多种大规模流行的唿吸道疾病（例如非典型肺炎、新冠肺炎）的源头。另一方面，食用蝙蝠可能引发某种神经退行性疾病。的民族植物学家和纽约阿尔伯特·爱因斯坦医学院的神经学家奥利弗·萨克斯发现蝙蝠食用大量苏铁科植物，其中的滴滴涕等有毒物质沿食物链流动，营养级越高的捕食者体内的毒素就越多。
用蝙蝠肉做成的菜品.在印尼北苏拉威西省，有一道用到狐蝠肉的名为Pan