因台北市拔河断臂事件请辞，时任新闻处主任秘书的林锦昌接任新闻处处长；1998年，随同连任失利的台北市市长陈水扁去职。2000年陈水扁当选台湾中华民国总统，他出任总统办公室秘书。2004年陈水扁当选连任后，林转任国家安全会议谘询委员。2007年入第二次张俊雄内阁，任不管部会政务委员。2008年2月转任国家安全会议副秘书长，2008年5月20日交接卸任。2008年担任纸风车剧团三六八乡镇儿童艺术工程的共同发起人。2012年总统大选期间，负责民进党总统候选人蔡英文的文稿与发言。2014年六都选举，