长身份当选副总统，并续任院长，引来宪政争议，民主进步党反对副总统兼任院长。司法院大法官于《》中，认二者职务性质虽非显不相容，但仍不宜兼任，此争议最后因连战请辞而划下句点。改行双首长制后，行政院院长更替频繁。2000年首次政党轮替后，民进党首次执政，陈水扁担任8年的总统时共有六任院长，除了唐飞以外，历任行政院院长亦是民进党籍，由执政党一党组阁。除了唐飞（军人出身及国民党籍）外，大部分担任院长者亦曾担任立法委员或台湾省议员。2008年第二次政党轮替，国民党再度执政，马英九的8年总统任期中，亦有六任院长，