山线车站。
车站构造.车站是一座地面车站，设有2面2线的单式月台。车站大楼位于1号月台侧（下行）。两月台之间设有露天跨线桥。2号月台原本是岛式月台，后来中线部分路轨被撒走。另外，王寺和和歌山一方均设置了安全侧线。此站是由桥本站管理的无人车站。曾经此站设有职员当值，当时设有车站大楼。现时的车站大楼变成了「观光物产中心·妙寺站Marche」。此站设有厕所。
使用状况.以下为1日平均乘车人次：
巴士路线.上述路线每日3往返班次（