科曾是这里的一部分，但实际亲缘上，金鳞鱼科比金眼鲷目更接近鲈形亚类，2017年正式发表的《硬骨鱼支序分类学》，金鳞鱼目独自组成金鳞鱼亚类，与鲈形亚类组成本亚类的旁系群。另一方面，旧有的鲸头鱼目及奇鲷目也被并入金眼鲷目之中。本亚类各科的演化关系如下（吉伯鲷科及粗鳞鲷科未检测但预计与奇鲷科亲近）：本亚类与其它新真骨鱼亚群鱼类的演化关系如下，包含其它地位未定各科的大致位置：
内部分类.本目包括2目共13科，如下：