澳门政府在原教堂主祭坛的位置建成了天主教艺术博物馆与墓室，展出部分澳门教会的珍贵文物，遗址重新成为一个宗教场所。2005年，大三巴牌坊作为澳门历史城区的组成部分被列入《世界遗产名录》。
名称由来.大三巴牌坊的前身圣保禄教堂是由耶稣会于澳门创办的圣保禄学院的附属部分。在天主教中，圣保禄被形容为最伟大的传教士之一，他曾三次出外进行传教活动，走遍地中海和意大利半岛等地，学院以他的名字命名，寓意耶稣会远赴东方传教是继承圣保禄的事业。其中文「三巴」一名则来自圣保禄的葡萄牙文「São Paul