0日退休，结束长达三十八年又七个月公职生涯。媒体普遍报道指她的辞职与钱其琛「训话」有关，但她否认，她和董建华亦否认二人不和。2007年6月，陈方安生接受有线新闻访问时透露，她是无法说服董建华放弃推行高官问责制而辞职。陈方安生辞职后，政务司司长由曾荫权接替。陈方安生其后加入泛民主派，成为泛民主派精神领袖，并于2007年参加立法会补选，成为立法会议员。
推行高官问责制.2002年，董建华鑑于第一届任期中，公务员系统对管治起了很大阻力。故于第二届任期开始前，宣布在7月1日开始，推