巴汗庇护的噶举派领袖第十世噶玛巴逃亡康区。随后，固始汗率兵征服了藏巴汗统治的整个卫藏。同年，25岁的五世达赖喇嘛正式坐床，获得众多僧侣的支持。固始汗面见了五世达赖，将卫藏所得赋税全部贡献给达赖喇嘛。作为回报，五世达赖授予他「大国师」的头衔，一说是青海的东科活佛所赠。
建立甘丹颇章政权.西藏的教派纷争以格鲁派的胜利告终。自此，五世达赖确定了其在西藏的统治地位，而固始汗的地位和威望也得到了提高。在西藏，大檀越固始汗掌握了军权，而在政治事务上，摄政第巴索南群培也有很大的发言权。此后十年，