客运大楼也髹上了不同代表颜色。第1客运大楼髹上了日航集团的企业颜色红色；而第2客运大楼则髹上了全日空集团的企业颜色蓝色。现在日航集团更加善用广阔的第1客运大楼，把国内线的登机手续分门别类。南翼负责中国、四国、九州、沖绳等地航线，而北翼则负责北海道、东北、北陆、近畿地方的航线。另外，在2006年4月1日与全日空的国内线实行航班编号共享的亚洲天网航空（SNJ；现空之子航空），亦同时迁往第2客运大楼，使到在两座客运大楼内同时出现了3个系列的航空公司。伴随着第2客运大楼的启用，东京国际机场在2005年4月1