技术研究所、量子科学技术研究开发机构、、、、科学技术振兴机构、、理化学研究所、宇宙航空研究开发机构、、、日本学生支援机构、海洋研究开发机构、、大学改革支援、学位授予机构、日本原子力研究开发机构等22法人。另还管理全国86个国立大学法人，以及的、、高能加速器研究机构与等4法人。2016年（平成28年）4月1日主管之有与放送大学学园等2法人。其中，放送大学学园是与总务省共管。
财政.2018年度（平成30年度）的普通会计期初预算为25兆5256亿9418万9千日圆。按照内部组织划分