泛伊斯兰主义和泛突厥主义影响，新疆再度出现分离主义情绪，分离主义者用“东突厥斯坦”指代整个新疆或他们希望在新疆建立的独立国家。中国官方则反对使用该词指代新疆，认为使用该词是对中国主权的挑衅。
应用情况.“东突厥斯坦”一名的使用与政治议题紧密相关。由于中亚、新疆一带的民族多样性，当地的很多地名及地名对应的地域范围都充满争议性。新疆历史上曾多次在中原王朝控制与当地民族政权之间变换。近代以来，追求独立者往往抵制使用该地的官方及通用名称“新疆”（维吾尔语：شىنجاڭ / Shinjang