大会代表选举中，席次超越亲民党成为台湾的第三大党，台联党趁势要求民进党在2005年中华民国地方公职人员选举中释出提名空间，试图派出刘一德在嘉义市参选嘉义市长，以围魏救赵的策略，在基隆市成功整合换得陈建铭代表泛绿参选市长，不过台南市的部份整合失败台联提名钱林慧君参选。2006年陈水扁爆发国务机要费案，施明德带领红衫军发起百万人民倒扁运动，蓝营分别在六月与十月于立法院两度提出罢免总统案，台联当时选择「停、看、听」不表态，党籍立委集体进场投下「废票」。11月3日，国务机要费案遭起诉后，李登辉指示苏进强走「