额勒登保奉命移师黄柏山，福宁率部听从调遣。黄柏山有地形之天险，清军围攻数月才迫使教徒败逃鹤峰芭叶山，随后又逃往大拏口、建始。同年十一月，清军才在长阳歼其主力，而覃加耀逃往归州，清廷以剿贼不力，夺福宁的太子少保衔。三年（1798年），覃加耀在终报寨被擒，嘉庆帝仍然训斥诸将贻误军机，福宁为地方长官，责任更重，被褫夺职务，罚银四万两充饷，仍予副都统衔，随同英善驻达州，管理四川军需。四年（1799年），英善调驻西藏，福宁于是单独管理四川军需。当时，军营支出泛滥，统兵大员奢靡无度。尽管四川军饷多于湖北数倍，但兵勇