2月22日，香港《南华早报》报导黄菊于该年1月下旬后，因患上胰腺癌而需入院治疗。全国政协发言人吴建民证实黄菊住院，但并未说明其所患是何疾病。有认为外间报道把胰腺炎误传为胰腺癌。在「失踪」期间，他偶有通过给某些活动「发贺信」。2006年6月5日，黄菊在中国科学院第十三次院士大会和中国工程院第八次院士大会上再次露面，但至11月在上海会见以任志刚为团长的香港银行公会访问团以后，黄菊再度没有公开露面。2007年3月7日，他脸带病容出席两会上海代表团会议，这是他最后一次的公开露面，此后一直在上海就医，4月中旬病情突然