其子遵照他的遗愿，劝请梦窗国师开山，将北山殿由宅邸用途改为禅寺，并以义满的法号命名为鹿苑寺，山号则为「北山」。在之后的应仁之乱中，鹿苑寺境内大部分的建筑物都遭到焚燬，只有主建物舍利殿得倖免，成为北山文化唯一的建筑遗址，因而被日本政府在战前就列为国宝。昭和25年（1950年），舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火而完全烧毁（金阁寺放火事件），放在殿中供奉的经书、足利义満木像、观音菩萨像等也一同化为灰烬。日本名作家三岛由纪夫的同名小说《金阁寺》与水上勉的《五番町夕雾楼》都是以此事件为背景题材着成。今