史上第一个冠军，也同时伤透了许多巨人队球迷的心。总教练Dusty Baker也在球季结束后离开了球队，转任芝加哥小熊队的总教练。
2003年－2006年.2003年，在总教练Felipe Alou的带领下巨人队从输掉2002年世界大赛的阴影中重新站了起来，在季赛取得了超过100场胜利，是球队历史第七次和在旧金山的第三次。巨人队在整个2003年球季都是第一名，是仅有第九次有球队达到这个纪录。但是如同1997年球季，巨人队在第一轮的联盟分区赛，以一胜三败输给了将成为那个球季世界大赛冠军