心寺回复原样，建筑了七堂伽蓝、塔院、龙泉庵、东海庵。大永3年（1523年），再度建筑了圣泽院。大永6年（1526年），再次建造了灵云院。此时，妙心寺形成了“龙泉派、东海派、灵云派、圣泽派”四派、“龙泉庵、东海庵、灵云院、圣泽院”四本庵的局面。明治元年（1868年），明治天皇颁布神佛分离令，开始废佛毁释，妙心寺虽受冲击，但也无恙。昭和3年（1928年），妙心寺选择台湾20所重要寺庙颁赠今上天皇御寿牌，至今嘉义县新港乡新港奉天宫与台南市盐水区修德禅寺仍保存。奉天宫所藏的部份于2013年，获文化部