本皇室及政府补助经费，加上民间的捐款，财团法人理化学研究所正式于现今东京都文京区本驹込设立，由伏见宫贞爱亲王担任总裁、菊池大麓出任所长。铃木梅太郎、寺田寅彦、中谷宇吉郎、长冈半太郎、嵯峨根辽吉、池田菊苗、本多光太郎、汤川秀树、朝永振一郎、仁科芳雄、菊池正士知名科学家皆在此参与研究。在第二次世界大战前曾经形成以理研控股为名的企业集团（十五大财阀之一），二战期间曾为日本核研究的研究机构。战后日本盟军佔领时期，理研遭到驻日盟军总司令部（GHQ）解散。1958年（昭和33年），以特殊法人「理化学研究所」