也有人说李旦与郑芝龙的结谊关系，发展出进一步行为，古书写道「李习者，闽之巨商也，往来日本与夷狎，遂弃妻子娶于夷。芝龙少年姣好，以龙阳事之。」，即描述李旦及郑芝龙的同性恋关系。李旦曾皈依天主教，并受洗礼，但依然祭拜观音菩萨、玄天上帝等神佛，尤其信仰海神妈祖，每逢出海，定会率领部下一起烧香参拜。