沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑，现存于澎湖天后宫。此官署直至1622年，荷兰侵犯澎湖为止。1622年时，由于与葡萄牙人争夺澳门的军事攻击行动失败，荷兰舰队最后抵达了澎湖并且在马公风柜尾蛇头山顶设立了基地。明朝政府退出澎湖。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，并使得奴役工作的1500个工人的其中1300人死亡。明朝政府警告驻扎的荷兰舰队澎湖为其领土，之后荷兰人于澎湖之战 (1624年)被明军击退，转往台湾。