二阶段工作由2008年11月起至2009年1月12日清点保护，并于同年3月开始初步释读研究的第三阶段工作。为进一步整理研究，清华大学2009年4月25日成立出土文献研究与保护中心（简称出土文献中心），其主任由清华大学历史系教授、夏商周断代工程专家组组长李学勤教授担任，并同时宣布清华简最终确定为2388枚（包括少数残片）、共14支，除还有个别残断之处没找出来外，基本已完整。李学勤指出，这批竹简既有历史价值，又有文学意义。书简中第一批整理出的简书为周文王临终时对其子发的遗言；原文没有篇题，现据篇文试题为《保训》