撤回荷属新几内亚内部并对日军发起游击战印度尼西亚建国后曾与荷兰对这一地区主权产生争议，1963年5月1日，联合国将西巴布亚交给印尼管理，1969年正式纳入印尼版图。马诺夸里最初属于西伊里安省，后1973年西伊里安省更名伊里安查亚省，2002年更名西巴布亚省，马诺夸里亦属之。2003年1月，时任印尼总统梅加瓦蒂·苏加诺普特丽签署了一项决定，将巴布亚拆分为三个省：中伊里安查亚（）、巴布亚或东伊里安查亚（）、西伊里安查亚（）。2003年2月开始逐渐进行成立西伊里安查亚省的工作，11月任命了一位省长；中伊里安查