仍在争论当中，通常被推论具有短尾部。蛙颌翼龙被归类于蛙嘴龙科，相似物种为蛙嘴龙。在2003年，亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）将亚洲的蛙颌翼龙、树翼龙、热河翼龙，归类于演化支Asiaticognathidae科。在2006年，吕君昌将蛙颌翼龙、热河翼龙列为姊妹分类单元。如同其他蛙嘴龙科，蛙颌翼龙被推论是食虫动物，用宽广嘴部捕抓昆虫为食。