沪昆铁路两条干线的电气化改造先后完工，上海铁路局上海机务段、济南铁路局济南机务段、南昌铁路局南昌机务段也配属了韶山9型电力机车。2008年，京九直通车及沪九直通车（本型号机车主要负责牵引广州东站至北京西站或上海站区段、而广州东站至红磡站区段主要则由韶山8型电力机车负责牵引）改由广铁广段、京局京段或上局沪段的本型机车（改进型）牵引。而自2017及2019年起，沪九直通车/京九直通车在九广铁路以外牵引机车再全面升级为使用交流传动的广铁广段及上局沪段HXD1D/交替使用京局京段HXD3D及广铁广段HXD1D。