肝脏疾病具有相关性，因此在诊断肝肾综合征时必须予以排除。肾前性肾衰竭的肾脏并未收到损伤，与肝肾综合征类似，都是由于肾血流灌注不足引起，且两者的尿钠含量都很低；而与肝肾综合征不同的是，肾前性肾衰通常对补液疗法有反应，会使得血清肌酸酐下降以及尿钠升高。急性肾小管坏死（ATN）是各种原因造成的肾小管的损伤，肝硬化患者可能在治疗过程中使用了肾毒性药物或因为低血压而造成ATN。由于小管的损坏，肾脏无法再吸收原尿中的钠，导致尿纳比肝肾综合征高出很多，以此可鉴别肝肾综合征与ATN。ATN患者在尿沉渣镜检中还能发现透明管型