周光召担任理学院院长。以后熊家炯（1988-1990）、陈皓明（1990-1994）、顾秉林（1994-1999）先后担任清华大学现代应用物理系系主任。1999年现代应用物理系重新更名为物理系，顾秉林（1999-2000）、王青（2000-2003）、朱邦芬（2003-2010）、薛其坤（2010-2013）、陈曦（2013-）先后担任清华大学物理系系主任。