。学校虽然由台湾人主办并经营，但中国大陆当局通常会安排一名中国大陆籍督学在学校担任副校长以了解学校运作。同时，学校虽然可以使用台湾的教材，但因受制于「政治正确」，学校需将由台湾购入的教科书送审，书中的敏感词都会被涂掉或遮蔽。在校内也不会升旗及使用中华民国国歌。在2007年上海台商子女学校完成设立事宜后，中国大陆方面曾表示未来不会再核准设立新的台商子女学校。