残破的城门”和贵宾接待室，同时对展览设施和陈列内容进行了改进和充实。工程仍由齐康设计，青铜雕塑由吴显林设计。为保障工程建设，南京发起了“人人为侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆二期工程捐一元钱”的募捐活动，100多万南京市民共捐款160多万元人民币，募捐在香港也引起很大反响。2005年12月13日，纪念馆的二期扩建工程正式奠基，2006年6月26日起闭馆扩建，2007年12月13日竣工，总投资4.77亿元人民币，建设工程获得民间捐款450万元人民币。扩建工程由华南理工大学何镜堂主持设计，建筑构思展现“战争