遂与议和，上疏陈善后事。寻授职四川总督。干隆五十六年（1791年），廓尔喀背盟，再次入侵济咙、聂拉木诸地。干隆帝命将军福康安督师征讨廓尔喀，责令鄂辉误用巴忠之议致令复生事，夺去其官职，授予副都统之职衔驻守西藏，听从福康安指挥，福康安下令鄂辉督饷。工部尚书和琳弹劾鄂辉得到廓尔喀贡表不上奏，命令夺去他副都统职衔，逮赴前藏荷校以示惩罚。干隆五十八年（1793年），命令他罢师回京，授拜唐阿。加员外郎衔，迁为热河总管。嘉庆元年（1796年），命以侍卫之职到荆州跟从剿灭白莲教教匪，立下战功，以都统衔加太子少保，授职