病退职。道光三十年（1850年），重新起用为甘肃布政使。咸丰元年（1851年），擢河南巡抚。咸丰二年（1852年），调山东巡抚。当时太平军自武昌东下攻打南京，李僡派遣精兵二千支援，并亲赴兖州、沂州、曹州各府查看形势，分兵防守险要地段；还令黄河渡船全部经过曹县刘家口、单县董家口，断绝其他渡口私渡，并大力搜捕捻军。咸丰三年（1853年），太平军攻占南京，徐州反清民军蜂起，李僡再次前赴兖、沂、曹诸府督防。不久，扬州失陷，太平军继续北伐，李僡令防军分三路防御。此后数月，指挥各路军马堵截，最终太平军无法攻入山东。