朝廷诛杀刘牢之。王尚之又投诉称殷仲堪并无过错，不应被降黜。于是晋室又下诏复任殷仲堪为荆州刺史。御史中丞江绩指责桓脩是受到杨佺期的怂恿，为了个人安全而向晋室传达不当讯息，令朝廷误下判断，要求将桓脩收押，付廷尉定罪。晋帝便下诏免去桓脩官职，没多久又命他代替王凝之担任中护军。不久，桓玄大破杨佺期、殷仲堪，晋帝封桓脩为征虏将军、江州刺史，但不久又贬他为中护军。桓玄执政后，命桓脩都督六州军事，担任右将军、徐兖二州刺史、假节。后来桓脩迁任抚军将军，加封散骑常侍。桓玄篡晋建楚后，封桓脩为抚军大将军、安成王。最后，刘裕