肢亚门一般都有书肺及气管，书肺会经血液供应氧及移除废气，而气管可以不用经血液而发挥同样功能。鲎是水生的，故在类同位置有书鳃。已灭绝的板足鲎目估计是有鳃的，但其化石证明却很混淆。但是奥陶纪晚期"Onychopterella"的化石似乎有三对书鳃，外观非常像蝎子书肺。
觅食及消化.大部份螯肢亚门的食道太窄，不足以容纳固体食物。所有蝎子及差不多所有蜘蛛都是掠食者，并会预先在口前腔用螯肢处理猎物。不过有一种蜘蛛是植食性的，并有很多是会以花蜜及花粉来补充其营养。大部份蜱螨亚纲都是吸血的寄生虫