失去了所有保护人，两个弟弟也不太可能即位成为天皇，因此保子内亲王便离开宫中，过着寂静的生活。保子内亲王38岁那年，由朝廷和皇室做主，将保子内亲王以皇女之尊降嫁当时的摄政—58岁的藤原兼家。两人之间相差20岁，因此婚后的生活并不幸福，在第66代天皇—一条天皇朝永延元年（987年）八月，保子内亲王在病榻上孤寂失意的死去，得年只有三十九岁。源氏物语中光源氏的正妻女三宫，据说就是紫式部以保子内亲王为原型所写出的悲剧人物。