清朝统治后，原天兴县疆域被分成了台湾府底下的诸罗县与台湾县。另外台南县政府于1983年9月在其底下的佳里镇佳里兴（今佳里区佳里兴）立有「古天兴县治纪念碑」，但天兴县治是否在佳里兴仍有争论。
沿革.1661年（明永历15年）4月，南明延平郡王郑成功，力取荷兰东印度公司，攻打台湾，在攻下「普罗民遮城」（今日台南市赤崁楼）之后，将其改名为东都明京，并设立承天府，下辖天兴县、万年县二县。天兴县县治位于佳里兴（今台南市佳里区），另一说位于大目降（今台南市新化区）与新港（今新市区）之间，由庄文