站间K889+500处分界。调整后的上海铁路局下设蚌埠、南京、上海、杭州、鹰潭、南昌、福州7个分局。1996年，再一次成立南昌铁路局，原上海铁路局管内的南昌分局归南局管辖。2004年，福州铁路分局和南昌铁路局合并，南昌铁路局管辖江西省和福建省全境铁路及湖北省、湖南省境内部分铁路。2008年3月18日，济南铁路局管辖的江苏省境内铁路和站段（包括徐州机务段）划归上海铁路局，相当于原徐州分局江苏部分的所属站段。陇海线东到连云站、西到虞城县站，京沪铁路北到利国站划归上海铁路局管辖。
机构