入第十二兵团编制转守小金门、大胆岛等金门西侧岛屿，第十二兵团则于12月1日奉命就地改组为金门防卫司令部。第十八军军长高魁元一直做到陆军总司令、参谋总长、国防部长。
指挥官争论.由于在古宁头战役前夕，国军频繁更动金厦地区指挥官，由胡琏出任兵团司令官及福建省主席，接管金门防务，长期担任金门军政首长。古宁头战役开打后第三天，胡琏始抵达金门赴新任，因此尔后发生了金门保卫战指挥权归谁的争论。胡琏与第十八军是陈诚派系，在国民政府撤台后，军事系统内最大山头只剩下陈诚一脉。早期争论上，分成指挥