诺大学厄巴纳-香槟分校于1995年将其升等为长聘副教授，但他于1996年辞去美国教职。1999年8月转任中央研究院经济研究所研究员，并出任行政院国家科学委员会社会科学研究中心首任主任 (1999-2001)(中心设于中研院经济所)，2001年被遴选为中央研究院经济研究所所长，前后两任(2001-2007)，期间升任为特聘研究员，并曾短暂兼任中央银行理事(2002-2003)。管中闵于2009年2月转任国立台湾大学财务金融学系特聘教授，以及该校最高荣誉之「台大讲座」教授，同时创设校级之计量理论与研究中心(CR