分别在六月与十月于立法院两度提出罢免总统案，台联当时选择「停、看、听」不表态，党籍立委集体进场投下「废票」。11月3日，国务机要费案遭起诉后，李登辉指示苏进强走「清廉本土路线」台联明确表态将要支持发动第三次罢免，但时任立院党团要职的廖本烟与黄适卓、黄宗源等挺扁派立委进府会见陈水扁后在立法院党团会议上达成共识相信陈水扁；台联不分区立委赖幸媛则提出质疑「陈总统的话能信吗？」要求党中央支持三罢形成两派意见，但最后中执会还是通过「不支持三罢」的决议。2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，台联第一次提名