。洪武八年（1375年），改隶苏州府。永乐十八年（1420年），县城南为海潮所迫，坍于水，知县高居正、王瑛及指挥江麟在原县城以北10里的姚刘沙秦家符新建县城，城墙方圆仍九里许。宣德年间（1426至1435年），明廷批准巡抚周忱奏请，规定崇明以四山封疆，即狼山以南，宝山以北，西起福山，东迄畲山，其水面皆为崇明境域，境内新涨沙洲一律归属崇明。弘治十年（1497年），崇明县兼隶太仓州。嘉靖八年（1529年），县城坍于海，知县杜畿在姚刘沙西南隔水50里的三沙马家浜筑土城。嘉靖二十九年至三十二年（1550—155