朊病毒污染的风险，会使患者感染克雅氏病。之前从人血清中分离获得的凝血因子VIII则有传播肝炎和艾滋病病毒的风险。从非人类宿主通过表达载体技术生产的药物则大大降低了此类危险因素。
转基因生物.近年来，表达载体技术开始被用于制造转基因动物和植物，并应用于农业和畜牧业。例如把维生素A前体，β-胡萝卜素引入大米，生产出“黄金大米”。以及把来自细菌的抗虫蛋白引入经济作物，以减少杀虫剂的使用量。还有改变番茄的乙烯生产量以延长其成熟期，使之不易腐烂。有反对者认为培育转基因作物的做法可能带来未知的