表大会的福建代表之一。7月，孙中山任命丁超五为陆海军大元帅大本营咨议。 1926年1月，丁超五参加在广州举行的中国国民党第二次全国代表大会，赞成大会重申孙中山制定的联俄、联共、扶助农工的“三大政策”、国民党一大宣言、反帝反封建革命纲领，并且通过了《弹劾西山会议决议案》，当选为中国国民党第二届中央候补执行委员。会后，参与准备北伐，被派为中央特派员，潜赴厦门秘密活动。12月，国民革命军东路军攻占福州后，丁超五抵达福州，任中国国民党福建省党部筹备处主任，兼福建省临时政治会议委员、政务委员会委员。1927年3月