李朝钦一起自缢，明思宗将其首级悬于河间老家，阉党其他分子也被贬黜或处死。然而党争内斗激烈，明思宗不信任百官，他刚愎自用，加强集权。当时东北方的后金（即后来的清朝）占领辽东地区，袁崇焕等人于辽西宁远、锦州等抵御后金可汗皇太极的入侵。1629年皇太极改採绕道长城以入侵北京，袁崇焕紧急回军与皇太极对峙于北京广渠门。经六部九卿会审，最后杀袁崇焕，史称己巳之变。其后皇太极多番远征蒙古，终于在六年后彻底击败林丹汗，取得了传国玉玺，1636年在盛京称帝，改国号为大清，即清朝。并且陆续发起五次经长城入侵明朝直隶、山东等地区