拉冈国王斐迪南二世与卡斯提尔女王伊莎贝拉一世的独子。作为两个王国的继承人，胡安从小接受良好的教育。胡安的母亲伊莎贝拉一世曾邀请义大利人类学家皮特·马特·德安吉拉担任王子的导师，同时将一些贵族子弟带到宫廷中作为胡安学习的榜样。1494年，法国国王查理八世入侵南义大利。为了抵抗共同的敌人，胡安的父母与奥地利结盟，并计画双方子女的联姻。1496年，胡安的妹妹胡安娜与奥地利大公马克西米利安一世的儿子兼继承人菲利普结婚。隔年，胡安与菲利普的妹妹玛格丽特结婚。胡安非常钟爱自己的妻子。然而，在结婚的同一年，胡