裕也随之升任上海市政府办公厅副主任兼市长秘书。2003年陈良宇升任中国共产党上海市委书记，秦裕也转任上海市委办公厅副主任兼市委书记秘书。秦裕长期跟随陈良宇工作，被视作其亲信之一。2006年7月23日，秦裕调任上海市宝山区区长。8月24日，因涉嫌祝均一挪用社保基金一案而被中纪委公开宣布进行调查。8月29日，中共上海市委宣布免去秦裕宝山区党委内的所有职务，接着区长职位亦被免去。2007年1月23日，中华全国青年联合会宣布撤销其青联常委职务。2007年3月2日，秦裕被开除党籍和公职。2007年9月25