艘姊妹舰及新近入役的奥尔登堡号加入了新组建的演习分舰队（即公海舰队前身）第一总队。1887年，巴伐利亚号出席了连接基尔和北海的威廉皇帝运河开凿典礼。它于1888年重返现役，随即陪同新加冕的德皇威廉二世出访波罗的海。在为期十七天的巡航中，护航舰队曾先后在圣彼得堡、斯德哥尔摩和哥本哈根停留。1890年夏天，巴伐利亚号出席了英国向德国归还黑尔戈兰岛的移交仪式。它也参加了9月的舰队演习，在那里，分舰队的全部八艘铁甲舰都模拟俄国舰队对基尔实施封锁。巴伐利亚号于1891年继续留在第一总队，这年的演习任务是模拟一场针对