945年10月赫斯被送到纽伦堡接受国际军事法庭的审判。赫斯被起诉4项罪名：破坏和平罪、密谋罪、战争罪与反人道罪。赫斯在前两项罪名被判有罪，处无期徒刑，至于战争罪与反人道罪的审判结果则获判无罪。1947年赫斯被转移到柏林施潘道监狱。在1966年巴尔杜尔·冯·席拉赫与阿尔贝特·施佩尔获释后，赫斯便成为施潘道监狱唯一的囚犯。
飞英臆测.赫斯前往英国的动机一直是第二次世界大战期间最大的谜团之一；英国当局至今并未公佈档案。1941年初，德国在这时对英国仍有战略上的优势－希腊战役援希英