元二十一年（1284年），并淮平县入临淮县。二十七年（1290年），废临淮府，以盱眙县和天长县隶焉。领五县：临淮县、虹县、五河县、盱眙县、天长县。明朝设有凤阳府泗州直隶州管辖，明朝政府官方认定此地为明太祖朱元璋的出生地，朱元璋出生于在今安徽省明光市明光街道赵府村附近。明洪武十八年（1385年），开国皇帝朱元璋在泗州城北门外十三里处杨家墩，兴建了规模宏大的明代第一陵——“三祖陵寝”。《凤阳府志》云：“泗州南瞰淮水，北控汴流”。明代和清初期，庐、凤、淮、扬、滁、徐的钦差以及监察御使，凤泗兵备道，江北提刑按察