斯·曼卡姆总统被弗朗斯-阿尔贝·勒内发动政变推翻后，第一版国旗被废除，同时塞舌尔启用新的国旗（即第二版国旗）。图案以塞舌尔人民进步阵线标志为蓝本，为上红下绿，中间有一条白色波浪条纹贯穿。当时国旗和塞人阵标志不同的是后者上有太阳图案。该旗帜与苏联统治下的立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚国旗非常相似。当塞人阵在选举中失去多数席位时，其他党派要求更换国旗，1996年6月18日塞舌尔议会批准新的国旗设计，是为第三版国旗。