2001年一同获得诺贝尔生理学或医学奖。诺贝尔委员会特别提及亨特「发现週期素週期性的被降解，而此机制后来也被证实对控制细胞週期非常重要」。2003年，亨特成为爱丁堡皇家学会荣誉院士。2006年，他获颁每年只授予两人的皇家学会皇家奖章。同年，他在为下级勋位爵士，不过后来则表示自己很少使用「爵士」名衔。
个人生活.亨特的配偶是同样为剑桥大学校友的，她本身是免疫学教授。2016年起，她担任新成立的沖绳科学技术大学院大学的副校长（研究）。
争议.2015年，亨