议会大选，而新加坡联盟党在大选中以全军尽墨收场后不久，他更宣佈辞任新加坡人民联盟主席，从此告别立法议会和淡出新加坡政坛。在1964年1月，马来西亚总理东姑宣佈委任林有福为马来西亚驻澳洲高级专员，新加坡在1965年8月脱离马来西亚正式独立后，他旋获签发马来西亚护照，成为马来西亚公民，并留任驻澳洲高级专员一职。当时他形容自己就像「分居夫妇的孩子」（child of estranged parents），期望新马有朝一日会重新统一。在澳洲坎培拉担任高级专员的林有福，于1966年6月11日突然传出失踪的消息，一时