受到了热烈欢迎，“出席各种同学会、学生会、救国会、妇女慰劳会、青年会等”作抗日演讲和宣传。1939年11月，吴玉章到延安，任延安宪政促进会会长、陕甘宁边区新文字协会会长、鲁迅艺术学院院长、延安大学校长、陕甘宁边区政府文化委员会主任等职。1945年抗战胜利后，吴玉章任中共四川省委书记。1946年5月，国民政府迁往南京后，吴玉章以中共四川省委书记的公开身份留驻重庆，领导重庆《新华日报》和西南地区党的工作，这也是我党唯一在国统区公开宣布的省委书记。1948年8月，中共中央决定成立华北大学，任命吴玉章为校长