行政院核定名称为「台南市」不变。另外由于改制会造成既有自治乡镇市公所，改为不具法人身分、市政府派出机关区公所，在行政院于2009年6月通过后的一年余内，各县市部分民代据此而提出撤销案，但因法令无退场机制而未成，并随着2010年底正式实施而无后续讨论。而屏东县则曾有屏东市长叶寿山主张「高屏合都」、屏东县併入高雄市的构想。
改制作业.
新旧承袭关系.据内政部表示，县市合併后的新直辖市，原有的资产、负债、人员及其他权利义务，由改制后的直辖市概括承受。但县市合