是仍然无力回天。而与美国关系上也发生重大变化，1972年美国总统尼克森访问中国大陆，与北京当局签下「上海公报」，重伤台北与华盛顿的关系。两岸之间的情势也随之变化，随后继任美国总统的福特也访问中国大陆，华盛顿与北京的关系正常化已经无可避免。1978年邓小平访问美国，同年底美国总统卡特正式宣佈与台北断交，沈昌焕无力回天，宣佈辞职。
晚年.晚年出任总统府秘书长，除深受蒋经国重用，更是国民党内保守派大将，然而在面对要求解除戒严、开放中央民代全面普选、开放大陆探亲等议题全部持反对态度，与