与司法合作」性质比较接近会员国政府间合作事项，而不是联盟的共同任务，因此其决策机制不是欧盟的通常立法程序，而是由「欧盟部长理事会」（）主导。《里斯本条约》则将「欧盟刑事司法合作」划归欧盟的一般立法程序，亦即由上下两院制的立法机关：欧盟部长理事会（对应于上议院）和欧洲议会（对应于下议院），站在平等地位参与立法。