亡途中被新港社一位原住民用箭射死。荷兰人事后拷问残余起事领袖，并都以酷刑处死。
影响.郭怀一事件平息后，荷兰人考量赤崁缺乏坚固的据点，决定在赤崁新筑一座堡垒，并取名为普罗民遮城，即今赤崁楼。
其他.在苏焕智任台南县县长期间，于台南市永康区的永康科技工业区内设立「郭怀一纪念公园」。