昌年间，唐武宗灭佛，摩尼教受到波及，摩尼教唿禄法师因此逃至福建一带，经福清、福州到泉州传教，并最终去世与泉州清源山下。草庵的建造时间起初存在宋代和元代两种不同的说法，考古人员于1979年在草庵发掘出一批写有“明教会”的宋代瓷碗残片，最终确定草庵始建于南宋绍兴年间。因其最初建造时结草为庵，故得名“草庵”。元朝时，草庵被改为石构建筑。至元五年（1339年），信士陈真泽等人雕凿了庵内的摩尼光佛石造像。由于摩尼教俗称明教，明太祖嫌其教名上逼国号而禁止。明末清初时，草庵因处于清军和明郑的交战区域而被严重毁坏。此后