方法主要用于观察病毒、细菌、细菌鞭毛、生物膜等结构，这些结构的电子散射能力均较低。
染色过程.在中通常使用黑色染料（如苯胺黑）进行负染色。如将载玻片上湿的细菌培养物标本与负染色剂混合再进行干燥后观察。用显微镜观察细菌菌体或它们的孢子时，会发现图像的背景很暗，而菌体很明亮，这也是负染色法的名称来由。如果没有合适的染料，也可以使用普通的防水记号笔来进行负染色。