黄岩岛发育在3,500米深的海盆上，是深海平原上的一座巨大的海底山峰露出水面的部分。黄岩岛所在海域的基底岩层属大洋型地壳的玄武岩类物质，其上覆以火山喷发物及沉积岩（包括珊瑚礁）和顶部松散沉积层。黄岩岛环礁的形成与洋壳垂直升降运动以及板块水平运动有关。第三纪后期，南海东部南北向的海岭形成，其顶部火山峰高出海面；后来火山作用停息，火山峰遭受海蚀夷平，并呈略低于海面的平顶山；平顶山以0.02 一0.04 毫米/ 年的速率下沉，待下沉到一定程度后即不再下沉。在下沉过程中，由于处在热带海洋的环境下，造礁珊瑚在平顶山