日被任命为总教区助理主教，以作为直接的继承人；翌年2月28日瓜兰西诺总主教离世，因此伯格里奥助理主教真除为该总教区总主教，并出任阿根廷主教团副主席；他于同年11月6日获委任为阿根廷东方礼教长区教长。若望保禄二世于2001年2月21日宣佈擢陞伯格里奥为枢机，领罗马圣博敏堂区司铎衔。被擢陞为枢机后，伯格里奥被教宗先后任命在圣座担任、、、、等机构之成员。
当选教宗.教宗本笃十六世于2013年2月28日因健康问题辞职后，合资格的115位枢机于翌月12日进行教宗选举秘密会议；经过5轮投票