大大地发展了城下町。町人的土地按行业和出生地划分，并且加到了町名上，这些町名现在也还保留着。秀长和养子丰臣秀保死后，大和大纳言家绝后。文禄4年五奉行之一、22万3千石领地的领主增田长盛进城。此时开始了波及约48町13间（后扩张为50町）包围城下町的护城河和土垒的建筑工程，完成后使郡山城呈现出被城墙包围城市的雄壮景象。关原之战后，增田长盛被流放到高野山，德川氏下令郡山城的建筑物移筑至伏见城。在奈良奉行所的管辖下、大久保长安出任大和代官，驻守郡山城。然后在大坂夏之阵中，受封大和郡山城1万石的筒井一族当主