进太仆寺卿。万历三十年（1602年）直谏免除矿税，因而得罪明神宗，被削籍归乡，天启初年（1621年）重起为太常寺卿。崇祯初年（1628年）官至南京吏部尚书。崇祯十六年（1643年）李自成军队攻破渭南，南企仲年过八旬，大骂不屈，绝食两日而死。其子居业、族子居益俱绝食而死。
家庭及关联.曾祖父南金，曾任教谕，赠户部郎中、祖父南大吉，曾任知府、父亲南軨。母武氏。