始获得重用，先是被任命为中国农业信托投资公司总经理；一年后，转任中国人民建设银行副行长；1993年6月，出任中国人民银行副行长；1994年，出任中国建设银行行长、党组书记。在此期间，王岐山推动建行和摩根士丹利合作，成立了中国第一家合资投资银行——中国国际金融有限公司，并兼任董事长职务。1997年底，王岐山转调地方任职，出任中共广东省委常委、广东省人民政府副省长。在亚洲金融风暴的影响下，当时广东的银行不良贷款比率达50%；王岐山去广东，主要是协助省委书记李长春处理广信、粤海等国有企业资不抵债的事件，并逐渐为公