内布拉斯加州、北达科他州及南达科他州大平原的密苏里河河道及环境已被大幅改变。运河化及建筑堤坝阻碍了浅色鲟鱼的上游迁徙。水流减少及沉积令区内的氾滥平原不再有季节性的氾滥。自1937年建造派克堡大坝（Fort Peck Dam）以来，密苏里河就有超过90%的湿地及沙洲消失。密苏里河超过3219公里的环境因而被改变，只余下大坝上游的环境被保存下来。这种改变令很多当地的鱼类受到严重打击。在13个浅色鲟鱼出没的州份，只有少量的其他鱼类被列为濒危。虽然现已投放了很多资源在保育工作上，但由于浅色鲟鱼只有很少自给自足的群落