的博罗尼亚（Bolonha）伯爵阿方索继位。阿方索保证尊重教会的赋税豁免权，然后就从法国赶回里斯本。桑乔二世与阿方索打了两年内战。无奈桑乔二世不得民心而战败，被逼逃到了卡斯提尔的托莱多。1248年在当地逝世，并被葬在当地。阿方索继位为葡萄牙国王，是为阿方索三世。
婚姻.1240年左右，桑乔与结婚。曼西亚·罗培斯的父亲是比斯开领主，母亲是雷昂国王阿方索九世的私生女。桑乔与曼西亚·罗培斯没有子女。