日病逝于澳门。按周恩来总理指示“叶落归根”，安葬于南京雨花台侧望江矶。后移葬至上海福寿园陵园。
家庭.第一任妻子为王春翠，第二任妻子为邓珂云。长子曹景仲毕业于清华大学冶金系，文化大革命中被下放到工厂劳动，后因发生爆炸丧生，次子曹景行是中国电视节目主持人、报刊编辑、凤凰卫视资讯台副台长，女儿是演员曹雷。曹聚仁与鲁迅关系密切，晚年着有《鲁迅评传》。