线体、细胞核等胞器通过，其通透性随菌丝的生长状态而改变，可用以调节物质的流动。与单核的菌丝中，桶孔隔膜的形态与组成有所不同，当两株真菌的菌丝发生胞质融合而从单核变为双核时，原有的桶孔隔膜会被分解，并新形成结构较稳定的桶孔隔膜。单核菌丝的桶孔隔膜是由内质网衍生的构造，亦与内质网相连，双核菌丝的桶孔隔膜则是双层膜的构造，不与内质网相连。另外单核菌丝的桶孔覆垫上有许多孔洞，使细胞质与胞器通透，双核菌丝的则没有孔洞，且桶孔隔膜的两端开口还可能被栓状构造堵住，推测是为维持中异质双核的状态，防止细胞核在细胞间流动。