到相当无奈。都发局仅承诺，对于年代久远而合法登记的寺庙，未来重建时予以个案处理。1995年10月，议员为金玉禅寺举行协调会，来作成结论再给庙方两个月时间以完成补照程序，为截弯取直工区中卅多间大小寺庙，唯一没被拆除的庙。原先于松山区的此庙，先被改划至内湖区，后还再因地理位置而被改划至中山区的敬业三路196号，反而因此日益兴盛，成为大直精华区中着名宫庙。
祭祀.分灵初期，每年农历七月十二到十五的中元普渡，龙山寺会邀请两庄组团返驾参香，但这种谒祖进香直到二次大战后多年未举办。