候补博士学位。1936年，秦含章进入德国柏林大学化学及发酵学院学习啤酒工业。当年9月回国，先后在江苏省立教育学院、四川省立教育学院、国立中央大学、复旦大学、南京大学任教。1950年，时任中华人民共和国政务院总理周恩来签署任命状，任命秦含章为食品工业部及轻工业部参事。
晚年.1966年文化大革命开始后，秦含章的首任妻子杨文蔚自杀，秦自己也被批斗和下放，并被迫接受劳动改造。1975年，秦含章结识了营养专家索颖并与之结婚。1979年，在邓小平的指示下，轻工业部食品发酵工业科学研究所成立，