车运行。副都心线内现行的停靠站参见「车站列表」。包括S-TRAIN在该线内有速达运行的优等类别，是日本地下铁首次有3种类列车运行。
S-TRAIN.2017年3月25日起週末假日开始运行指定席列车。在港未来线元町·中华街站－西武秩父线西武秩父站之间运行。乘车必须购买指定席券，中途只停靠涩谷站、新宿三丁目站、池袋站（另有只供乘务员交替的小竹向原站作运行停车），而且不发行只在副都心线内的指定席券。池袋站起不能乘车。地下铁线内运行指定座列车是千代田线运行｢特急浪漫特快｣以来第2例。S