与其他省份的叛军作战，缩减了在巴拿马的军事存在。这些有利条件使巴拿马发生叛乱。纵使1846年的条约援引了美国的义务，美国依然派出了海军到那里去维持秩序。 1885年，美国占领了巴拿马科隆市，因此当时拥有美洲最强大舰队的智利派遣了埃斯梅拉达巡洋舰占领巴拿马城。埃斯梅拉达号的船长奉命停止美国以任何方式达到吞并巴拿马的最终目标。
千日战争.千日战争（1899年至1902年）是19世纪自由党和保守党之间的众多武装斗争之一，摧毁了哥伦比亚，包括巴拿马在内。这场新的内战以《威斯康星条约》的