地直达江岸。古代清凉山位于江边，秦淮河在山下入江，三国时在清凉山修筑了石头城“控江守淮”，地势非常重要。现代长江的河道比古代偏西，在清凉山以西的河西地区留下大片新堆积成的陆地。南京境内矿产资源较丰富，已发现矿藏54种，其中具有开采价值的有近30种。雨花台区的梅山铁矿是中国最大的地下铁矿。另有4种矿储量位于全国前6位，溧水的锶矿（天青石）储量和品位为东南亚之首，六合有蓝宝石矿。南京市还有地热资源，有汤山温泉、汤泉温泉、珍珠泉温泉等。
水系.长江从江宁铜井进入南京境内，向北流至下关