入调查此案，导致时任行政院院长的谢长廷下台与高雄市代理市长陈其迈被撤换。总统陈水扁接受民视访问时公然表示，高捷弊案是高雄人在高雄的事，他完全不知情，被认为是扁谢关系决裂的原因之一。外劳暴动与高雄捷运弊案重挫民主进步党县市长选情，民进党在县市长选举中仅在南台湾当选六席县市首长的因素之一。2006年5月，邱毅揭露陈水扁的女婿赵建铭涉及台开弊案，在日式高级料理餐厅「三井」获取不法内线消息，并进行非法内线交易。赵于同年5月24日遭台北地方法院裁定收押至台北看守所，由于总统府声明与赵建铭发言被检调单位的证据拆穿，