1848年美墨战争结束后，与西班牙签订了瓜达卢佩-伊达尔戈条约，并且将全部或部分的土地给予美国，其中包含西南堪萨斯州。从1821年至1860年代末期为经过莫顿县的主要道路。1854年，堪萨斯领地成立，然而在1861年成立堪萨斯州，成为美国第34个州。1886年，莫顿县成立，名称以来自印第安纳州的美国参议员奥利弗·哈泽德·佩里·莫顿命名。1886年，成为此县的县治所在地。
20世纪.1930年代，由于此县位在黑色风暴的范围内，因此受到巨大的影响。而这起事件也加剧了大萧条对于此