委会表示，因为无人过半，必须在10月8日举行第二轮决选。9月27日，米洛塞维奇不顾欧美国家和国内反对派的反对声浪，宣佈参加决选；而科斯图尼察阵营则宣称首轮选举中已获得过半数选票，拒绝参加第二轮选举，并要求重新验票，但遭选委会拒绝。最后引起反对党在首都贝尔格莱德举行大规模反米洛塞维奇集会。10月4日南斯拉夫抗议民众扩大，终于在10月6日由反对党控制首都贝尔格莱德，宪法法院裁定科斯图尼察当选总统。10月7日科斯图尼察正式宣誓就任总统。之后米洛塞维奇被海牙国际战争罪行法庭列为战犯，被控在克罗地亚、波斯尼亚及科