分为3 个期：免疫耐受期、免疫清除期、低（非）复制期。
免疫耐受期（潜伏过程）.乙型肝炎的潜伏期为40至160天。特点是乙肝病毒（HBV）复制活跃：血清和HBeAg阳性，HBV-DNA滴度较高>100000拷贝/毫升。但血清丙氨酸氨基转移酶（ALT）正常，肝组织学无明显异常。实质上是人体免疫系统对乙肝病毒的感染没有做出反应应答，因此感染了HBV的肝细胞没有受到自体免疫系统的攻击，所以没有出现肝损害症状（如转氨酶升高、肝组织活检或B超异常等）。
免疫清除期.