部分物种具有生物发光的能力。囊鳃鳗目与其他鳗鱼一样都有幼体型态，然而囊鳃鳗目的幼体具有明显的特征：月尾鳗科幼体为近圆形的侧扁型、宽咽鱼科幼体的下颚有明显延长、囊鳃鳗科与宽咽鱼科幼体于肠道末端有明显的深色斑点。囊鳃鳗亚目中目前已确认的三个科均具有两性异形。
分类.由于囊鳃鳗与真鳗的形态学特征上有所差异，因此多半将囊鳃鳗目与鳗鲡目作为两独立分类。然而近年来的基因研究分析显示，囊鳃鳗目应实属于鳗鲡目下的一个演化支。在此目中有四（五）个科：
食物.吞噬