类比例最高，其次是蔬菜类和花卉类。长崎县是日本最大的枇杷产地，而长崎市的茂木地区又是长崎枇杷生产的中心。长崎经济中水产业的比例是日本平均值的3.7倍，位于长崎市西北部的是日本东海沿岸地区最大渔港之一。2015年，长崎市水产类捕捞量达67,012吨，以日本竹筴鱼数量最多，其次是鲭鱼，两者合计佔过半比例。
第二产业.第二产业佔长崎市经济总量的16.7%，低于长崎县（18.4%）和日本（23.5%）的平均值。但就业人口比例佔17.9%。2013年，长崎市工业品生产额达4946.47亿日元