为人至孝，年少已知名，以才能和识见明达精练见称。傅祗先后担任太子舍人、散骑黄门郎和荥阳太守等职，任荥阳太守期间建造沈莱堰解决影响兖豫两州黄河泛滥的问题，百姓因而为傅祗立碑称颂。傅祗后兼廷尉，又迁任散骑常侍、左军将军。太熙元年（290年），晋武帝司马炎逝世。遗体尚未下葬，辅政的太傅杨骏却为取悦人心，打算进封众人封爵。傅祗则写信给杨骏，以皇帝新死，臣下不应论功为由反对，但杨骏不听。不久傅祗调任侍中。元康元年（291年），贾后密谋诛除杨骏，当时有宫中发生事变的传闻，洛阳宫南门云龙门封闭，杨骏召集众官到府第