北府军入援建康，行军至新亭时杨、桓二人畏惧退守蔡州，刘牢之亦受诏退兵京口。最终事件在殷仲堪、杨佺期及桓玄皆受命返回所镇州府而得以解决。
孙恩之乱.隆安三年（399年），孙恩率众攻陷会稽郡，会稽郡、吴国、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡皆有人响应孙恩，聚众十万。刘牢之初遣桓宝及刘敬宣率兵救援三吴，在知道吴郡内史桓谦出走后，刘牢之就上表讨伐孙恩，并立刻出发。刘牢之到吴郡后，与朝廷所派的谢琰屡次击败敌军，并进临浙江，又得谢琰派高素支援。朝廷此时下诏进刘牢之为前将军、都督吴郡