久之后，海上保安厅发现了漂浮在海中的延太郎的遗体。另一方面，柯南与警察们各自展开了独自的搜查。持续搜查事件真相的柯南，在欢迎派对上借由阿笠博士的声音展开推理。直指犯人真实身分，推翻不在场证明的诡计，揭露证据。但犯人预先在机械室安置了炸弹，并趁乱逃走。柯南与少年侦探团在紧追过后抓到了犯人，不过亚芙罗蒂号不断发生爆炸，船的沉没迫在眉睫，小兰却不小心被遗留在船上。且虽然事件被解决了，但其实背后还有更大的阴谋隐瞒着。小五郎留在亚芙罗蒂号与真兇对峙。柯南也查觉到嫌犯另有其人独自前往。到底这两位侦探，能不能解决事件