2004年以前，周玉蔻在政治立场上，长期支持国民党，也帮当时兼任中国国民党党主席的总统李登辉出书。2004年中华民国总统选举期间，不满当时代表泛蓝参选总统的国民党主席连战的财产申报问题，与国民党槓上，甚至与飞碟电台(与董事长赵少康与时任飞碟晚餐主持人陈文茜不合)的政治立场相左，最后请辞飞碟电台台内的所有工作，并退出中国国民党，并转战东森联播网，政治立场也转向泛绿，而后受到前总统李登辉邀请，加入台湾团结联盟。不过加入泛绿联盟的时间也很短暂，因不满时任总统陈水扁及其第一家庭的贪腐，多次在电视节目中与民进党槓上