面积虽小（全境仅0.5121平方公里），外观乃由一座玄武岩方山型构成的独立小海岛，岛屿东、南、西、北岸的地质景观诡谲多变、各有殊胜，诸如东有石英砂层的台地、南北则两侧为玄武岩海岸，西侧兼具海蚀与风化作用形成的景观，呈现独特的「小门屿层」（知名观光景点「鲸鱼洞」即为海蚀地形的代表），可谓各有千秋，不啻为澎湖各类地质的荟萃之处，于是小门屿被澎湖县政府挑选为优先设立地质馆址的地点。
展场.小门地质馆于2000年4月开始动工，翌年4月落成，富有培育当地居民之教育意义，亦有助访客认识澎湖地质