共12支职棒球团加盟，该机构由日本文部科学省体育暨青少年局竞技体育课所管辖。按照日本职业棒球协约第八条第五项的规定，日本职业棒球组织的委员为该机构的会长。两联盟不同的是，太平洋联盟和MLB的美国联盟一样，都是使用指定打击的规则；中央联盟则和MLB的国家联盟2020年之前球季一样，都是投手必须上场打击。
前身.「日本职业棒球联盟」成立于1936年，1939年改名为「日本棒球联盟」，1944年底因为第二次世界大战而停止活动，大战结束后恢复联盟运作；直到1949年底遭遇分裂危机，「日