韦国清兼淮北军区第一军分区司令员和中共淮北一地委书记、军区参谋长。1943年3月，在山子头战役中，率第9旅担负主攻任务。1944年9月，任新四军第四师副师长，参与指挥西进战役，恢复豫皖苏抗日根据地。1945年，韦国清协助师长张爱萍指挥部队攻克泗阳、睢宁、泗县、五河、永城、灵壁、萧县等县城。
第二次国共内战时期.国共内战时期，先后任新四军第二纵队副司令员，山东野战军第二纵队副司令员。1946年在军事调处执行部徐州执行小组任中共方面代表，山东野战军第二纵队司令员兼政治委员，率部参加朝阳