迎晋安帝到江北避乱。不过刘裕拒绝这项建议，又命诸葛长民和刘毅北屯北陵以保衞石头城。及后卢循撤军，刘裕率兵追击，最终成功平定乱事。事后，诸葛长民转督豫州及扬州之六郡军事、豫州刺史、领淮南太守。
图逆事败.义熙八年（412年），时为太尉的刘裕西伐刘毅，诸葛长民以监太尉留府事驻守建康，不过诸葛长民骄纵贪侈，多做不法之事，又聚敛珍宝美女、营建府第屋宅，都不知节制，更残暴兇虐，百姓都苦不堪言。刘毅被诛杀后，诸葛长民本已因自己行为不法，怕会追究到自己的罪责，现见刘毅败死，更怕大祸临头，就打算造