水扁公开表示台湾与中国的关系是「一边一国」，引发台湾各界、中国大陆及美国的争议。2005年3月14日，中华人民共和国全国人民代表大会通过《反分裂国家法》，首次以法律形式制订其「一个中国」政策。许多台湾人民对此感到愤怒，于同年3月26日在台北发起三二六护台湾大游行，有数十万人参加。在修宪与总统直选后的民主巩固时代，支持台湾独立的比例缓步微升、且通常稳定地高于支持统一的比例，而均低于支持维持现状的比例。换言之，与中共的任何政治结合在台湾都是最缺乏民意基础与政治市场的选项。2015年7月，行政院大陆委员会委