（491年），萧子晋服阕，袭封临川郡王。历任东阳太守、吴兴太守、祕书监（领后军将军）。永泰元年（498年），大司马、会稽太守王敬则举兵反，准备拥立齐高帝之孙吴郡太守萧子恪，萧子恪见机逃跑，不知所终。此前，高、武诸子已被全部诛杀。至此，始安王萧遥光劝齐明帝尽诛高、武诸孙，于是包括萧子晋在内的高、武诸孙六十余人被召至永福省。明帝命令太医煮椒二斛，待椒熟后全部赐死。因萧子恪及时赶回，萧子晋等人得以挽回性命。永元元年（499年），萧子晋迁侍中，后转任左民尚书。因为堂妹出葬没有接受任命，被有司奏劾，皇帝将奏章