旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属淀县、西大路县、川越县、宫津县、吉见县、伯太县、宫川县、山上县、前桥县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「野洲郡」，并在栗太郡草津村（位于现在的草津市）设置「栗太野洲郡役所」，同时也负责管理栗太郡和野洲郡。