延续了“满蒙联姻、共治蒙古”的状况。由于最后一任蒙古大汗（元顺帝后代）被皇太极击败，向清朝投降并接受了清朝的封号和公主赐婚，清朝皇帝成为了漠南蒙古的实质君主。随着清朝势力大增，漠北蒙古各部也逐渐开始接受清朝的赐封、与清朝皇室贵族联姻、并接受命于清朝政府理藩院。1644年清朝入主中原后，漠西蒙古准噶尔部（统治新疆北部）违背蒙古诸部之间的盟约，攻击漠北蒙古诸部，并攻灭统治西藏地区、同属于漠西蒙古的和硕特部，试图重建一个以准噶尔部为中心的蒙古汗国。漠北蒙古活佛逃入内蒙古地区，向清朝康熙皇帝、博格达汗求救。康熙