教的消亡，表现出作为外因的社会环境与作为内在动力的宗教本土化、世俗化运动，对宗教发展有着至关重要的影响。明朝中期以后，佛教受皇室宗教活动加强的刺激与儒家的矛盾尖锐起来。这种矛盾促使部分士大夫强烈反对寺院修建并发表辟佛言论。明朝政府对藏传佛教政策与对汉传佛教政策有同有异。其重要差异之一是，明朝对藏传佛教政策与对西部边疆政策紧密相关，而对汉地佛教政策则于周边关系政策基本无关。此外，部分士大夫以藏传佛教为「番教」，认同程度逊于内地佛教。明朝一些皇帝因喇嘛多擅长某些「法术」，对其有特殊兴趣，并因而导致士大夫针对