年4月河本大作调任关东军司令部高级参谋，8月晋升大佐。由于不满奉系军阀首领张作霖拒绝日本提出谋求中国东北地区“特殊”权益的要求，河本大作认为张作霖是日本所谓“满蒙生命线”的障碍，当时日本国内流传着“满蒙生命线论”。1928年6月4日凌晨关东军在奉天郊外的京奉、南满两铁路交叉点的桥洞埋下炸药，炸毁从北京返回奉天的张作霖的专列，张作霖重伤不治身死。事后调查，作为具体幕后主谋的河本大作，并没受到军法审判，仅受到停职并于1929年4月转入预备役的处分。
事件之后.河本大作退出现役后继续在满