6年（清道光二十六年），36户居民在王爷乩童的指导下，恭迎池府千岁、吴府千岁及中坛元帅等三尊神明并移居至现今的台南市龙山里（昔称「下蚶仔寮」）处。1858年（清咸丰八年），蔡杰等人至西海顶港仔捕鱼，在尚有半身浮于海面上的沉难之船上发现妈祖、千里眼与顺风耳的神像，并请回至村庄内供奉。1918年（民国七年），村民于附近海域捡拾海漂王船，迎奉王船上代天巡狩三千岁回村供奉。1933年（民国二十二年），正式建庙取名为「龙山宫」，并将原供奉于草庙之诸神迎请入火安座。1963年（民国五十二年）重修庙宇，并