季休赛期前一轮对阵汉堡的比赛中打进自己在本赛季第10个德甲进球。在2013年俱乐部世界盃半准决赛对阵中国俱乐部广州恒大的比赛中，曼祖基奇在上半场44分钟接应队友蒂亚戈·阿尔坎塔拉的传中将皮球顶入，令拜仁在半场领先对手2:0。他最终帮助拜仁在随后对阵拉贾卡萨布兰卡的决赛中以2:0击败对手，第一次捧起此项锦标。在德甲冬季休赛期完结后，曼祖基奇落选拜仁对阵门兴格拉德巴赫的十八人大名单。据报导，瓜迪奥拉因为对他在训练中的表现不为所动，而决定不将他放入十八人名单之中。及后在下一轮对阵斯图加特的比赛中，曼祖基奇重返拜仁