为御史中丞，但刁协仍留江东不上任。建兴三年（315年），司马睿进位丞相，任命刁协为左长史。太兴元年（318年），司马睿登帝位，刁协官拜尚书左仆射。当时政权新建，典章制度未立，而刁协因曾在朝中任职，因而熟悉制度。于是朝廷的典章制度，都由刁协制定。不久迁任尚书令，数年后加金紫光禄大夫。元帝当时为抑制王导兄弟权势，重用刁协和刘隗，而刁协亦尽心协助元帝。同时推行崇上迎下，排抑豪强的一系列刻碎之政以对抗王导等豪强势力，因而受到王氏所不满。因着元帝试图平抑士族的行为，手握重兵的江州牧王敦于永昌元年（322年）起兵，