（2001年）2月3日，启动金门至厦门航海线，开始「小三通」。民国102年（2013年）5月23日，金门县政府委託美国Aecom公司与日月辰工程顾问公司规划「金门概念性总体规划案」，预计花费近两年时间完成。民国106年（2017年）1月17日，行政院在金城镇设立行政院金马联合服务中心，服务金门县、连江县二县。民国107年（2018年）8月5日，中华人民共和国福建省泉州市正式向金门供水，缓解金门缺水问题，水源为山美水库。民国108年（2019年）1月1日，行政院金马联合服务中心承接原福建省政府