干符年间，累擢户部侍郎、翰林学士承旨。随僖宗幸蜀，以兵部判度支驻绵州（今四川绵阳东），拜同中书门下平章事。宰相王铎年事高，不慎失足跌倒，萧遘赶忙前去搀扶。僖宗喜道：“辅弼大臣如此相和，此乃我之福也！”中和四年十月，任司空。封楚国公。光启二年初，静难节度使朱玫主张另立襄王李煴为帝，萧遘反对，称病婉拒草拟文告。朱玫改请郑昌图起草，并对萧遘不满。田令孜挟僖宗仓皇出奔宝鸡，萧遘不满田令孜专权，未及跟随。当时萧遘弟萧蘧为永乐县令，前往依弟。光启三年，朱玫被杀，宰相孔纬与萧遘不合，诬陷萧遘从逆，拒绝随驾宝鸡，被赐死于永