6月1日至1939年1月1日，德国已合法拥有空军后成为了空军参谋长。1938年，施通普夫晋升为航空兵上将。二次大战期间，施通普夫指挥了多支航空队。1940年7月19日，施通普夫被晋升为大将，并被授予骑士铁十字勋章。到1943年末前，施通普夫指挥过第5航空队，并参与了不列颠空战以及对挪威和英国北部的攻击行动。1944年1月，施通普夫被任命为帝国保卫战（Defense of the Reich）的空军指挥，以防止盟军对德国本土的轰炸。1945年5月8日，施通普夫以空军代表的身份参与德国于柏林签署无条件投