元朗区议会应邀参加，于2003–04球季加入香港丙组(地区)联赛，由元朗区体育会筹办。元朗于2008–09年度香港丙组(地区)联赛，以 14 战 6 胜 1 和 7 负得 19 分，名列第 8 名完成赛季。2009年7月1日，正式与同属元朗区的甲组联赛球队天水围飞马结盟，并罗致前一届效力屯门普高的中场球员张天德，前港青球员杨启俊与及前甲组球员朱兆铭，增强实力争取升班，最终以 13 战 10 胜 2 和 1 负得 32 分，获得季军，是球队近年最佳成绩。因乙组联赛扩充队数，获邀请升上乙组作赛。20