一的客运站，开通后功能全数转移至该站，现今仅为一座停车场。
善化转运站.善化转运站是台南市政府规划并自行办理的公车转运站，位于台湾铁路管理局善化车站站前，于2014年11月13日启用。
关庙转运站.关庙转运站是一座位于台南市关庙区中正路560号的大台南公车转运站。台南客运曾在关庙设置一座客运车站，2003年倒闭后由兴南客运短暂接手至该客运站拆除为止。红干线整併初期以2座候车亭（关庙国中旁及消防队旁）作为先期临时转运站。2015年9月22日在原关庙果菜市场旧