国防部保密局恢复正式编组，于台湾台北士林芝山岩设立局本部，以持续执行国内保防工作及情报搜集之重责大任，并主导调查、取缔中共台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案，牵连之广，造成衆多白色恐怖寃案。1955年，国防部保密局改组为国防部情报局，专责执行战略预警情报搜集、研整之任务。保防侦查等业务拨归司法行政部调查局。1984年发生江南案，国防部情报局局长汪希苓被捕入狱，国防部情报局再次大改组。1985年7月1日，国防部情报局与国防部特种情报室併编成立国防部军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥