3年，宋美龄辞世，秦孝仪也与前行政院长郝柏村、新党主席郁慕明等人一同飞往纽约市为宋美龄致祭 。秦孝仪与马英九的母族也有关连，马英九尊称秦孝仪为娘舅。秦孝仪晚年饱受糖尿病与心血管疾病之苦，故退休后长期接受治疗。2004年9月10日—10月3日，国父纪念馆为其举办了「笔力诗心：秦孝仪诗文书法文房展」，盛大展出83件书法、93件文玩等展品。2005年10月14日至18日，秦孝仪一行回到中国大陆家乡，在湖南省博物馆原馆长熊传薪等人的陪同下来到张家界进行为期5天的考察观光。秦先生一行先后观看了天子山、袁家