在总统府内工作了九年多。因在机要室工作期间参与两岸关系的工作，于1993年被安排转任行政院大陆委员会副主任委员，同年12月出任海基会副董事长兼秘书长，处理两岸关系的会谈工作，并于1994与海协会副会长兼秘书长唐树备进行了「焦唐会谈」，讨论落实第一次辜汪会谈签署之协议，及为其后第二次辜汪会谈做准备。其后两岸关系转趋紧张，会谈一度中断，及至1998年会谈重开，焦仁和被调离两岸谈判的第一线海基会，任侨务委员会委员长；由于焦仁和与当时海基会董事长辜振甫一直合作良好，故外间普遍认为焦的被调离任是出于总统府的意