唐太宗即位后，任左卫将军，封潞国公，迁右卫大将军。贞观四年（630年），改任兵部尚书，检校吏部尚书，实际有宰相之职。贞观九年（635年），任积石道行军总管，跟随李靖平吐谷浑，有很大功劳。贞观十一年（637年），改封陈国公。贞观十二年（638年），迁吏部尚书。侯君集武士出身，学术上没有造就，迁吏部尚书后方始读书。同年，吐蕃围松州（今四川松潘），唐授侯君集为当弥道行军大总管以击之，成功击退吐蕃军。贞观十三年（639年）冬，以侯君集为交河道行军大总管，率兵出击高昌王麴文泰。十四年（640年）八月，进围高