前往探望。在意识朦胧的情况下，木户握着大久保的手言道：「西乡还不适可而止吗！」，在忧心着政府与西乡双方中，于5月26日辞世，享年43岁。
死后.依照遗愿，和众多的勤皇志士们一同葬于。再者，长州正义派政权时代于山口的居宅处（现今山口县山口市纟米）建有木户神社。晚年，据说木户在现在的东京都文京区本驹込5丁目、豊岛区驹込1丁目的别宅招待友人，当时的庭园现今依旧被维持着。JR山手线驹込駅到该别邸之间，留存着以『木户坂』命名的坂道。
政治主张.木户孝允的日记，显示