独立以来，土库曼斯坦伊斯兰领导一直比较自信，但在很大程度上它还是响应政府的控制。宗教法官的官方管理机构在1992年6月选举给予尼亚佐夫总统的官方支持。在另一方面，一些穆斯林领袖反对政府的世俗观念，特别是由前共产党人控制的政府。一些官方领导和老师以外的毛拉已经发誓要提高穆斯林的知识，提高伊斯兰教在社会中的作用，政府对此大惊失色，这种行动可能会疏远斯拉夫东正教徒，政府已经制定了计划，以提高宗教事务部的权力对宗教活动进行更严格监管。