合器为自动控制，同时在低速时电脑会自动将档位降至1档或者2档（高档位需要手动升降）。同时巡航定速也在SMT车型上使用。所有的三代MR2都为手动手放软顶敞篷。收放时必须离开座位。车后窗为电动加热的玻璃窗，而同时代大部分软顶敞篷（如本田S2000，马自达MX-5和保时捷Boxster的软顶版本）仍然只有有机玻璃后窗。丰田在日本和欧洲亦提供可整体拆卸式硬顶供三代MR2使用，但极为稀有。1999年10月，第三代MR2在日本以MR-S产品名发布，首批次为2000年型，分为“B”，“标准”，“S”三个款式，其中