时期，上定林寺被废弃。北宋时期下定林寺仍存，王安石曾在寺中读书。南宋干道元年，陆游在下定林寺题刻。干道年间，僧人善鉴将上定林寺匾额移到钟山正南方的方山北麓重建寺，称为方山定林寺。
考古发现与保护.1975年10月，考古学者发现了陆游在下定林寺的题刻，从而确定了下定林寺的位置。1982年，定林寺摩崖题刻被列入江苏省文物保护单位。1999年，考古人员于钟山南朝祭坛遗址西侧、下定林寺址以北发现一座寺庙遗址，出土了大量文物，考古学者分析认为此即为上定林寺遗址。2006年，钟山定林寺遗址被列