成立于2001年，并于2002年10月27日开始提供服务，其名称是源自在1992年9月被澳航收购的泛澳大利亚航空。起初，澳亚航空专注于提供来往澳洲昆士兰省和日本的旅游航线，其后开拓更多东南亚旅游目的地。2005年，尽管在廉价航空公司的标签下，仍获得Skytrax评定为一间4星级航空公司。于2006年，燃油价格不断上涨和载客量下跌为澳亚航空带来负面影响。2006年4月11日，澳洲航空为了集中营运两个品牌——澳洲航空和捷星航空，因此放弃营运澳亚航空，澳洲航空首席执行官Geoff Dixon 宣佈于2006年7月