长死后，政权逐渐移转至丰臣秀吉手上，天正十三年（1585年）正亲町天皇任命丰臣秀吉为关白，并赐姓丰臣氏。隔年天正十四年（1586年)再任命丰臣秀吉为从一位太政大臣。秀吉也採取了利用天皇的态度，使天皇权威提高，并恢复皇宫的修理与朝廷的仪式。于是织田信长、丰臣秀吉与正亲町天皇三边，互相成为一种依赖与利用的关系。天正十四年十二月十七日（1586年11月8日），正亲町天皇让位给皇太孙周仁亲王，在位二十九年。直到文禄二年二月六日（1593年3月8日）正亲町太上皇崩逝，享寿七十六岁，安葬于深草北陵（今京都府京都市伏