华民国行政院海岸巡防署海岸巡防总局南部地区巡防局于5月12日出动台南舰、福星舰、巡护一号与中华民国海军康定级康定号飞弹巡防舰、济阳级海阳号飞弹巡防舰共同组成联合舰队，前往台菲周边海域，加强海上巡逻及警戒。5月13日，由德星舰接替福星舰执行护渔任务。同时立法院朝野四党团于5月14日发出共同声明要求政府迅即有效护渔，并在未获菲律宾政府正面回应前，应採断然有效严厉制裁。
提出四项严正要求.由于菲律宾在事件过后未有反应，仅有驻台代表白熙礼向受害人表示歉意，5月11日晚间，总统马英九召开国安