全校长命巡警干涉，引起公愤，宣布罢课。1920年1月张煜全辞职，30日，外交部批准，并派罗忠诒继任，由于学生拒绝未上任。2月16日起，董事会主席严鹤龄代理校长。8月，外交部派金邦正（外交部参事）任清华校长。1922年4月18日，金邦正校长辞职，外交部派曹云祥（外交部秘书）代理校长。1924年5月12日，曹云祥被任命为正式校长。曹校长在任约6年中，清华学术规模有了巨大突破，从中等留美预备学校过渡为综合性大学，办学目的也从从派遣留学逐步转为培养本国人才。1925年春成立清华学校研究院国学门（通称国学研究院）