解入京审讯，因私刻年谱而获罪。嘉庆元年判谪戌伊犁六年。嘉庆八年（1803年）润二月，杨廷理从伊犁赦还回籍。因尚积欠官饷，而无法复职。嘉庆八年冬至十年秋，寓居广州、柳州。后来在台湾仕绅资助及亲友借资下，成功降捐知府。嘉庆十一年（1806年）九月补授台湾府知府，派任前嘉庆皇帝召见，杨廷理直言应当开兰，上谕：「禀商督抚」。十二月十一日，抵台南府城就任知府，此为其二次抵台。
开兰历程.嘉庆十二年九月九日自艋舺出发从山路入噶玛兰，与水师总兵王得禄合击驱走佔领基隆、噶玛兰、苏澳的海贼朱濆，