在旧时为排湾族、平埔族群马卡道族之领土。而排湾族曾于此建立大龟文、玛家、三地门等强大政权，因此部分马卡道族，甚至后来的汉族闽南人和汉族客家人会向排湾族纳贡，此些政权大多于日治时代才瓦解。
荷兰时期.荷兰人在明朝政府的压力下，转往台湾发展，并派员勘查台湾各地港湾，于1625年将小琉球绘制于地图上，命名为Mattysen。1633年开始动员白人及台南、高雄、屏东等地原住民协助入侵小琉球后，由于缺乏劳动力，荷兰人不仅招徕汉人也强行征用小琉球原住民俘虏供其劳役。到了1636年更因为此前的粮