叹调》是由鹭巢诗郎重新编曲录制的，《耶稣，世人仰望的喜悦》则是使用既有的音源。在第26话公园沙丘场景中加入的童谣，是由于庵野想要带有真实感的音乐，于是Production I.G的制作人石川光久带人到自己女儿所在的保育园录制。《死与新生》主题曲《魂之轮回》由高桥洋子演唱，及川眠子作词，大森俊之作曲编曲。庵野秀明与鹭巢诗郎两人为《Air/真心为你》制作了两首新歌曲。一首为第25话的片尾曲《THANATOS-IF I CAN'T BE YOURS-》，原曲是电视版的背景音乐，作词者为MASH，歌手是LO