973年再次进行了扩大治理，设计行洪流量达4000秒立米；扩建改建了四女寺枢纽工程，新建了祝官屯枢纽，两座枢纽除具备防洪调度功能外，兼有蓄水灌溉及航运等效益。历史上多次对卫运河进行治理。清光绪二十七年（1901年），漕运废止，卫运河成为行洪河道。1946年，中共解放区冀南行署卫运河河务局对卫运河进行堤防加固、河道裁弯，并在馆陶县修建了申街分洪闸。治理后，全河长155.6公里，河道纵坡徐万仓（又叫秤钩湾）至郑口为1/9000一1/10000，郑口至四女寺枢纽1/8000一1/8260，徐万仓至吊马桥长46