别名「三轮明神」的大物主神，兼具蛇神、水神与雷神的神格。茨城县当地亦有对蛇神夜刀神的崇拜。日本部分地区有尊奉白蛇的信仰习俗，如岩国白蛇。另外，也有很多关于「蛇女」传说的故事（如着名的蛇女房）。妖物方面，日本有蛇骨婆、野槌、手负蛇等着名的蛇型妖怪。阴阳家安倍晴明所撰《占事略决》中有十二天将的概念，当中有「腾蛇」，五行中属火神凶将（与中国天干五行属性相若），家在巳，主惊恐怖畏。日本战国时代军事家武田信玄所提及的十阵，亦有「长蛇阵」。
台湾原住民.台湾原住民鲁凯族与排湾族都对蛇有特殊含义