会圣统制建立后，教廷于首都南京设立驻华使馆。1949年两岸分治，中华人民共和国成立，并未撤回驻华公使黎培里，而是继续留在南京。为此，中华民国外交部部长吴铁城还曾表示不满。1951年时任教廷驻华公使黎培理总主教因砲击天安门案被逐出中国大陆，9月6日到达香港，翌年转往台湾。中华民国政府迁至台湾后，教廷于1949年后继续承认其为代表中国之政府，并且于1952年在台北恢复设置「教廷驻华公使馆」（衔牌上为楷书的正体字，并有拉丁文「」——与在中国大陆时的一样）。1959年6月中华民国政府将驻教廷公使馆升格为大使