对大规模迂回作战不满，林彪因此写信给张闻天，要求撤下毛泽东，换上彭德怀。博古从中做工作，将事情平息下去。8月，中央红军与张国焘红四方面军较量时，毛泽东与张国焘处处相争时，博古始终站在毛泽东一边；9月初，双方的争议已经不可调和时，博古还救出险些死于内斗的叶剑英。10月，中央红军到达陕北吴起镇之后，博古兼任中华苏维埃共和国中央政府西北办事处主席；他与林伯渠合作，一同治理地区的盐运、赋税问题。他还领导党务委员会的董必武、张云逸、李维汉、王首道、郭洪涛五人小组解决当地肃反问题，释放刘志丹、习仲勋、高岗、马文瑞等一百