段期间，秀长因为这些战事，立下不少战功。
秀吉时代.天正10年（1582年）六月二日，织田信长因为部下明智光秀的反叛而死于京都本能寺（本能寺之变）。秀吉与毛利家议和后，从备中国高松城急速返回畿内，6月13日，与明智军战于山崎（山崎之战）。此时，秀长和黑田孝高一同守备天王山。同天，明智光秀战败自尽而死（一说为土民所杀）。同年，秀长任从五位下美浓守。天正11年（1583年）秀吉和柴田胜家战于贱岳（贱岳之战），而秀长也参战。就在两军对峙的当口，织田信孝举兵。在秀吉压制信孝后，敌将佐久