两党的分裂，自由联盟拒绝支持公民党，以免他们取得多数。自由联盟也同样拒绝支持社民党。1998年7月9日，公民党签署反对党协议，确保社民党成为执政党。 2002年议会选举，该党席次衰退至58席，党史上第一次失去国会第一大党宝座，确定成为反对党。米雷克·托波拉内克成为新任党魁。现任总统克劳斯成为荣誉党主席。2004年欧洲议会选举、参议院与地方选举，该党拿下超过30%的得票率。
重返执政.2006年选举，公民民主党拿下81席，成为第一大党。该党与基民盟、绿党组成执政联盟。公民党在20