市名称源自市内建于8世纪的（「葛」与「藤」的日文读音相同，葛井寺也被称为藤井寺）。
历史.在2世纪至6世纪期间的古坟时代就有大量的或皇室的陵墓位于此地，此区域也被称为古市古坟群。在令制国时代，现在的藤井寺市西南部属于河内国丹南郡，西北部属丹北郡，东半部区域属于志纪郡，河内国国府也位于此。本市市名起源建于8世纪，推测是自朝鲜半岛流亡至此的百济王善光后人百济王氏所建立。战国时代畠山氏曾在此建立小山城。1615年的大坂夏之阵中，曾在此发生道明寺之战。江户时代此地被分割