佩利出版的着作《自然神学》里使用了钟表匠类比，但也被用于智能设计假说。在19世纪，这些思辩产生了自然神学，即通过研究生物学来探索神的旨意。这一运动促使了搜集生物化石和标本的热潮，从而导致了达尔文的《物种起源》的产生。智能设计在二十世纪被看成是试图改变科学基础、颠覆演化论的现代神学变形。随着演化论被用于解释越来越多的现象，智能设计假说的论据也在变化，但是其根本观点没变：复杂的系统必须有一个设计者。
词源.“智能设计”一词最早出现在1847年的《科学美国人》一期中，虽然与现在的用法