。太兴末年，领左军将军。太甯年间，进号为卫将军，加封散骑常侍。咸和元年十月丙寅日（326年11月20日）司马祐逝世，朝廷追赠侍中、特进。谥号为汝南威王。
后代.司马祐死后，其子司马统继位，因受南顿王司马宗谋反案牵连而被废。其后晋成帝不忍心司马亮的后代断绝，下诏回复司马统封爵，历任秘书监、侍中，死后追赠光禄勋。其子司马义继位，官至散骑常侍。司马义死后，其子司马遵之继位。义熙初年，梁州刺史刘稚谋反，推举司马遵之为主，结果事泄，司马遵之亦被诛杀。其弟司马楷之的儿子司马莲扶继位。刘宋篡晋自