五年（1597年）年秋，获福建巡抚金学曾起用，守海坛（今福建平潭），以防备倭寇响应丰臣秀吉入侵东南沿海。万历二十六年（1598年）调守泉州府，掌浯（屿）铜（山）游兵，期间两次歼击倭寇有功，擢升为浯屿钦依把总，驻守浯屿水寨。万历三十年（1602年）移镇晋江石湖，同年七月，倭寇流劫广东、福建、浙江等沿海地区后窜入当时称「东番」的台湾以为巢穴。沈有容招募渔民到台湾“阴诇地势”、“图其地理”，并且加紧操练水军。同年冬，福建巡抚朱运昌发密札“令剿东番（台湾）倭”，沈有容拟“出其不意，攻其不备，率二十四艘军舰渡海前