注重保护商船队防止来自水下的攻击，直到1943年之前都没有常规性的组织商船护卫船队。船队的组织性差，由于编组方面的等待和互相之间航行速度调节的稼动率低下而备受指责。1943年下半年，负责进行通商贸易船队保护的海上护卫总司令部成立，对护航船队的组成以及护航战术的研究正式进入规范化。1944年2月期间，盟军对日方商船的攻击导致了日本方面开始变更自己运输船队的组成。在这个月中，超过10％的日本商船受到盟军水下的潜艇或空中的飞机攻击而沉没。这些损失中也包括运送增援部队至马里亚纳和加罗林群岛的。日本海上护卫总司令