990年7月，奉海军总部令，回归海军陆战队司令部管制，后奉中华民国国防部核定，「三军联合作战训练基地指挥部联合裁判组」改编为「旅级、步兵、装步、战车、及火力支援裁判组」；2001年7月，联合裁判长调整为部本部参谋主任，陆军北区、南区联合测考中心裁判十员及陆航、中华民国海军、中华民国空军裁判各乙员纳入裁判组；2001年8月，奉国防部令，改隶海军陆战队司令部管辖。2007年1月，下辖单位改衔为政战综合科、作战训练科、后勤科、医务所、联合裁判组、本部连，并增编主计科迄今。