1月，该院更名为“陆军第四十九医院”，同年奉命进驻西藏。1962年2月1日，正式命名为“西藏军区总医院”，并且迁入现址。该医院负责驻西藏的37个体系部队的医疗保障以及上级军地首长在西藏期间的保健工作。历史上该医院先后参加了1959年平叛、1962年中印边界自卫反击战、“87・4”演习、1989年拉萨戒严、1998年那曲抗雪救灾、兰―西―拉光缆施工、青藏铁路建设等的卫生后勤保障任务。该医院擅长高原医疗，在高原急病防治及高原重病救治方面积累了大量经验。该医院开创了第一例高原“浅低温不停跳体外循环心内直视