1993年，受行政院院长连战之邀，出任法务部部长，后转任行政院政务委员。在1998年台北市长选举中，以些微差距击败竞选连任的陈水扁。2002年以历史新高的64%得票率再次当选，至今无人能破。2005年中国国民党主席选举中，马英九成功当选，2007年因特别费起诉而辞职，并于同日宣布参选2008年总统大选。在2008年总统大选中，马英九以七百多万近六成的得票率当选，也缔造第二次政党轮替。2012年顺利连任中华民国总统。2015年11月7日，马英九在新加坡与中国共产党中央委员会总书记习近平进行两岸领导人会面，