勒德·菲尔莫尔继任总统职务，并邀请克里滕登出任司法部长。州长相信辉格党的裂痕已基本愈合，于是接受了总统的邀请，于1850年辞去州长职务。菲尔莫尔反对奴隶制，他就1850年妥协案涉及的逃奴法合宪性问题征询克里滕登的意见，具体来说，他想了解该法是否中止了人身保护令。克里滕登表示，该法并不违宪，因为正是宪法让国会有责任遣返出逃的奴隶。克里滕登的这一建议有可能是为了让妥协案通过，避免局势进一步激化。他的建议打消了总统的疑虑，菲尔莫尔于是签署了法案。克里滕登首度担任司法部长时就考虑过一些有关佛罗里达地区居民索赔的