自商人、农民及政客等多方人士的批评，他们担心栖息地保护计划会阻碍经济发展。在西班牙，为了保护卡塞雷斯省西北部的沼泽，巴尔德卡尼亚斯新建的度假设施被宣布非法；为了保护海藻，加那利群岛高级法院无限期停止了格拉纳迪利亚港口的建设工程。2017年，在保加利亚黑海沿岸地区，由于缺乏事前沟通，一些正在建设的风力发动机和高尔夫球场的土地所有者收到了来自欧盟的土地禁用警告和罚金要求。当地人民随即举行了对欧盟的抗议示威活动。Natura 2000保护区的范围和性质也饱受争议。大部分的保护区为森林，有的甚至设在城市地区