获悉后，视为反日思想要求严办，结果石钖勋遭同乡告密。适逢学校发生专门部日人组的棒球队与他队比赛，而本部台籍学生杯葛前往加油，引起校方将主谋的石钖勋、丁瑞鱼、张梗、甘文芳四人开除处分，引起台籍学生激愤，向校长提出陈情，并以无限期罢课为周旋，最后在台籍教授杜聪明出面向校长说情下，才改为禁足两周草草了结此事。大正十年（1921年）蒋渭水成立台湾文化协会时，当时就读医科五年级的学弟石钖勋，就成为蒋渭水的吸收对象。最后石钖勋参加文化协会的创立，成为创会理事。大正十一年（1922年）4月，石钖勋自医学校毕业。毕业后