1789年法国大革命中它们完全丧失了它们的特权。留在神圣罗马帝国的51个帝国自由城市中有45个在1803年通过帝国议会的最后一次决议被其附近的领主们吞并。到1806年神圣罗马帝国告终时还有六个帝国自由城市：奥格斯堡、纽伦堡、法兰克福、不来梅、汉堡和吕贝克。
神圣罗马帝国灭亡后.1815年后在德意志邦联只有四个自由城市了：汉堡、不来梅、吕贝克和法兰克福。1866年法兰克福被普鲁士吞并，1937年吕贝克也被并入普鲁士。德意志联邦共和国成立后不来梅和汉堡作为联邦州保存了它们的自由地位