干隆皇帝派嘉勇公福康安为大将军，率兵入藏，由日喀则一路南下，将廓尔喀兵逐出西藏，并挟军威，一路扫荡，最后兵临廓尔喀首都加德满都城下。廓尔喀国王投降，并将确朱嘉措的尸骨、妻小及掠去的扎什伦布寺部分财物一并送至福康安幕府，表示永不敢犯边界，还许诺向大清五年一朝贡。 福康安班师西藏后，按干隆帝旨意对西藏事务进行了整饬，以完善西藏行政为理由，订立了治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛和其他唿图克图的转世。福康安严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了夏玛巴活佛转世，查抄了该系的寺庙和财产，并强令其