前有进深5米的宽阔石铺走廊，正中陈列有一座鼎炉，走廊上还有二方明朝石碑、四方清朝石碑、一方民国石碑.外护的石栏杆为宋代万寿院的遗物，有石柱六根，又内嵌有石屏四幅，为明代文物，屏面上是浮雕花鸟，柱顶雕饰为花座朝上瓣朝下的莲花。天井两侧有木构廊庑，现为茶厅及阿訇居室，茶厅面阔、进深皆为10米，主要是为做礼拜的穆斯林提供休憩场所。殿堂后还有住宅和厨房。
管理.元朝、明朝时期，福州清真寺按“三道制”由伊玛目、海退布、穆安津组成教务组织对清真寺进行管理。从1930年代起，福州清真寺由董事会进