澳门的葡国船只另行收税，以维持澳葡政府经费。1574年，明朝在莲花茎设立关闸由海防副使管理，派驻官兵，严格限制外国人入境区；1608年香山县令蔡善继颁佈《制澳十则》加强管理。最初葡萄牙人仅限于居住在澳门南部（即当时葡萄牙人的主要活动区），临时归属身在印度的葡属果亚亲王所管辖保护。由于留居当地的葡人家庭不断增长，更与当地粤人通婚；加上再有欧洲人选择此地落脚，展开与中国经济、宗教及文化的交流，很快形成小型社区。1623年，葡萄牙政府委任马士加路也为首任澳门总督管理。16至17世纪澳门成为日本（长崎）、琉