砲台等军事设施，妈宫城宣告失陷，日军佔领澎湖群岛全境。1895年（光绪二十一年、明治二十八年）新历4月17日，清廷与日本帝国签订合约，史称马关条约（日方称「下关条约」，），条约内容共11款，其中包括意割让台湾、澎湖群岛予日本。新历5月8日，清日双方在山东烟台换约，大清官员即日起全数撤出台湾和澎湖群岛，澎湖主权自此易帜。
城内设施变迁.明治二十八年（1895年）三月，日军领有澎湖之后，收编原清朝官府的机关，当局为殖民目的积极管理澎湖秩序，开始陆续设置警察、医院、公共澡堂和新式学校