的城垣残迹被中华民国国军拆除以用在其他工事上，使得金门城只剩下夯土层与部分地基。民国八十六年（1997年）起，借由金门酒厂的回馈金，开始重建四方城门，但其形制与原貌有别，其中重建的南门现为金门酒厂的大门。而在民国九十六年（2007年）时，金门国家公园在文台宝塔附近重建了一段古城垣。
指挥管辖.金门守御千户所，下辖设有五个巡检司，清康熙二年（1663年）金门被清军攻陷后实施海禁迁界时五个巡检司城大多遭到毁坏。「每司原编弓兵一百名，工食名皆七两二钱。嘉靖三十九年，以兵兴裁减三十名