侧的缓行线两线设有月台，北侧的快速线两线则未设月台通过本站。缓行线月台为岛式月台1面2线设计。西口、东口皆有跨站式站房。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）
东中野站西口整备事业.本站由中野区与JR东日本共同进行站前广场整备与车站大楼、地下脚踏车停车场的建设。同时进行JR西口的改良工程，直通车站大楼。车站大楼「atre vii东中野」于2012年8月31日正式开幕。
东京都交通局.本站是1面2线岛式月台地下车站。