理藩院分司六个，分掌不同事项，四个司分掌外蒙古、新疆蒙古族、青海暨西藏（即所谓『外扎萨克』）及内蒙古（即所谓『内扎萨克』）的内部行政及对朝廷关系事务、一个掌管新疆回部及西南土司各部、最后一个司主理各外藩司法事宜。理藩院尚管辖内馆、外馆、蒙古学、唐古特（西藏）学、托忒文学、俄罗斯学、木兰围场（清代皇家猎苑）、总管驻京喇嘛印务处（负责管理北京，东、西陵，热河，五台山等各喇嘛寺院的工作）、则例馆（处理部门内的法律条文、定例、办事程序、文案）等机构，以及派出司员，笔帖式作为中央朝廷在外藩的驻官，处理外藩事务