过世后，李登辉继任中国国民党主席和中华民国总统，着手民主政治改革，同时也推动台湾本土化运动及台湾主体性方向的政策，并加强对外关系，引起中共不满。两岸政治继续处于对立、以至互不信任、针锋相对，甚至时有火药味的状态。1996年中华民国首次举行总统直选，中国人民解放军第二炮兵部队却对台湾试射飞弹，造成台湾海崃飞弹危机，使两岸关系跌入冰点。1999年，李登辉提出「两国论」，引发中华人民共和国不满。2000年中华民国第二任总统民选，中华人民共和国国务院总理朱镕基以非常严厉的口吻批评「谁要是敢搞台湾独立，你就没有好下场