、新疆以及西南土司等各个少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。在顺治元年（1644年），顺治将藩院长官「承政」改名为「尚书」，副长官「参政」易名爲「侍郎」，助理「副理事官」爲「员外郎，并在随后的顺治十六年（1659年），让理藩院尚书、侍郎兼任礼部的官衔，将「理藩院尚书」定爲「礼部尚书衔掌理藩院事」，将「参政」改名作「礼部侍郎衔协理理藩院事」。在顺治十八年（1661年），执政的四辅臣认爲理藩院管理整个外藩事务，责任重大，附属于礼部不合适，便下谕此后理藩院官员不用兼礼部官衔，理藩院各长官又复称理藩院