来处理文件里所包含的两部分信息：标识符与序列。为获取更好的压缩率，压缩工具会将之分为两条独立的压缩流处理。例如使用上下文模型和数学编码进行无损压缩的MFCompress算法。
扩展名.包含FASTA格式序列的文本文件并无标准的扩展名。下表列出了各种扩展名及其含义。