而且独立台湾会在台湾有不可轻忽的动员力，1991年5月，法务部调查局逮捕阅读史明着作的国立清华大学学生廖伟程、王秀惠、林银福、陈正然等4人，引发台湾岛内的抗争，而且从5月15日起要求释放廖伟程等4人的大量抗议群众进入台北车站进行长达14日的抗争，是为独立台湾会案。独立台湾会案发生时，台湾支持台独的民意算是少数，但是当时多数台湾人已经有言论自由（及住民自决）观念，认定以国家暴力反对台独违反宪法。由于台湾情势的变化，1993年史明将独立台湾会总部由东京迁回台北，之后相继于高雄、嘉义、台中、台东、新竹等地