港湾可延伸到日茂行前，经泊仔寮、新宫口、埔头、瑶林、九间厝、后宅、车围、顶菜园、下菜园，最后到鹿港地藏王庙一带。鹿港港湾在道光年间已经严重淤积，道光十一年（1831年）重修鹿港龙山寺时大型船只已无法进入，得靠小船过去接驳建材，之后咸丰与光绪年间经历浊水溪氾滥后，鹿港港湾与乌鱼寮之间的航道日渐缩小，到日治时期已成为港沟，明治三十七年（1904年）的台湾堡图上即将此港沟记为「鹿港溪」。日治时期建设的员林大排水沟过台湾沟后，鹿港段另挖新河道（福鹿溪）出海，主水流不再入原鹿港溪河道。