后，吴仁静归国。1800年，武性、吴从周被西山朝的陈光耀、武文勇率军包围于归仁。吴仁静随阮福映前去救援，与阮奇计分管粮饷的运输。1802年（嘉隆元年）阮朝建立后，充任如清甲副使，归国后仍任兵部右参知。1807年（嘉隆六年）充当正使，与副使臣陈公檀前往真腊，册封安赞二世（匿螉禛）为真腊国王。1811年，担任乂安协镇，在任时清廉严厉，体察民情，使得地方安定。他还命督学裴杨瓑作《乂安风土记》。次年升任工部尚书，兼领嘉定协镇。1813年，同嘉定总镇黎文悦一起护送安赞二世归国复位。在此期间，吴仁静受人诬告贪污