起参见了正亲町天皇，辞去了征夷大将军之职并出家，法号昌山。朝廷给予了准三后的待遇。
晚年.丰臣秀吉将山城国的槇岛城给予了他当作居城，并给予了义昭一万石的领地。由于足利义昭是前将军的缘故，丰臣秀吉才给予他这样高的待遇。在丰臣秀吉侵略朝鲜时，义昭率军200人来到肥前名护屋，参加了战斗。晚年与斯波义银、山名丰国等，成为太阁丰臣秀吉御伽众的成员，受到太阁的亲近。1597年（庆长2年）在大坂逝世，享寿61岁。