转刑部尚书，加太子宾客。武则天回洛阳，以韦巨源为西京留守。
唐中宗年间.神龙元年（705年），武则天被政变推翻，其子曾在嗣圣元年（684年）短暂为帝的李显复位，即唐中宗。韦巨源入拜工部尚书，封同安县子。七月，迁吏部尚书，授同中书门下三品，拜相，进封郇县伯。当时朝廷缺乏要员，韦巨源主事除十人官职，其一为检校中书令杨再思，杨再思问其余官职授何人，得知都是宰相们的近支亲属。杨再思深叹：“我们真是负了天下。”韦巨源却说这是时下之计。当时有贤德的人终不能进身，士大夫莫不离心。九月，因韦安石任