学在2000年同四川大学合并。合并前，华西医科大学已发展成为中国大陆最优秀的医学院之一。部分教职工及校友认为其声誉远远高于四川大学，因此坚决反对合并事宜。华西医学中心的成立是内部各方协商后的结果。
现四川大学.并校后的四川大学是中国教育部直属重点综合大学，“985工程”和“211工程”重点建设高校，学科覆盖文、史、哲、经、管、法、理、工、农、医、教、艺全部12个门类，是一所覆盖全部学科门类的综合研究型大学。2007年，四川大学医学院成为新加坡卫生部门承认的八所中国大陆医学院之一