上，海龙鱼亚目曾被归类为刺鱼目，䲗亚目及须鲷科曾属于广义的鲈形目，飞角鱼亚目则曾被放在鲉形目，然而，随着遗传分子学的研究发展，得知这些旧分类存在并系群与多系群问题，于是刺鱼目与鲉形目均已被整并入狭义的鲈形目，而本目的四个亚目与鲈形目相对疏远，却可另组成单系群的海龙鱼目。