问题上对日本持强硬立场的人，都是与日本有着经济利益联系的人，“这些人都跟日本有关系，都是跟日本做生意，所以完全把民族大义忘得精光”。
院长遴选事件.2016年4月16日，中研院召开评议会举行院长遴选，被媒体披露黑箱作业：前院长李远哲在投票前提议并主导通过改变选举办法，使受其支持的加州大学洛杉矶分校化学暨生物分子工程系主任廖俊智在投票中获最高票，封杀被指控是「亲中人士」的郭位。2016年4月17日，李远哲不愿证实此事，仅表示会议结论应保密却外洩，他对此很难过，评议员应该一起去跳海。