居民家园尽失、人去楼空、渔盐业废置及田园荒芜。加上实施海禁，香港本区受严重影响。迁界的惨痛记忆依然在嘉庆年间生活的林氏族人在族谱中的记述记叙下来。康熙五年（1666年），朝廷更一度将新安县併入东莞县。由于沿海居民深受迁海之苦，广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界。康熙八年（1669年）朝廷终允复界，本区居民陆续迁回，至康熙廿二年（1683年）完全解除海禁。因此新界五大家族于上水设立报德祠恭奉两公；锦田乡民(主要为邓氏)亦于1685年于水头村建周王二公书院(又称周王二公祠)，并每十年打醮一次以作酬谢。