格为热带风暴之后，纳莉仍受其北方锋面系统导引，缓慢往东北东方向行进，于9月6日下午至傍晚间通过宫古岛北方海面。而在9月7日午夜12时，联合台风警报中心亦将其升格为热带风暴。不久，纳莉又于当日凌晨行经久米岛南方近海，并于清晨5时被日本气象厅升格为一强烈热带风暴。当日清晨约6时至7时间，纳莉行经庆良间群岛南端，即渡嘉敷岛南方近处。上午7时30分，纳莉于沖绳县纟满市登陆。不过在当日上午，北边锋面已经逐渐往东北远离并持续减弱，纳莉的导引力量顿时减弱，因此当时并未持续朝东北东方向远离沖绳岛，反而开始在沖绳市以东停