这种变化的动因在于皇权对于相权的控制、以及提高行政效率。三省职能逐渐趋向混同合一。有宋一代，虽然三省名义始终存在，但是已经混同为一省。元代以中书省总领百官，与枢密院、御史台分掌政、军、监察三权。尚书省时置时废，门下省则不复置。明初沿袭元制，由中书省统六部，但1380年罢中书省，分中书省之权归于六部。自此，六部取代了三省六部之制。