乱不堪，家康命令本多正信与伊奈忠次负责重建甲斐的内政，而实际上是由大久保长安一手完成。大久保长安修复了釜无川及笛吹川的堤防、开发新田，以及开採甲斐金山，使甲斐的政治在数年内重新回到轨道。
移往关东.天正18年（1590年）的小田原之战后，德川家康奉命移往关东。大久保长安与伊奈忠次、青山忠成、彦坂元正等人一同被任命制作土地的登记册簿，以供家康参考如何分封家臣。关东250万石中，100万石为家康直接管辖，长安与元正、忠次做为关东代官之首负责管理家康领中的一切事务。天正19年（159