处自菲律宾马尼拉移至澳门，由澳门特别行政区政府向秘书处提供办公用房和现金捐款，供秘书处用于支付房舍的运转和保养费用，秘书长由原澳门地球物理暨气象台台长黎梓建（Olavo Rasquinho）担任。秘书处现有气象专家、水文专家、行政秘书、财务会计共计4名工作人员。