备总司令部可直接行文各级学校交出学生，或迳入校园拘捕。一般认为，四六事件是台湾1950年代白色恐怖的滥觞。1947年二二八事件后，省工委学生工作委员会组织在台大及师院加速扩张，其中，师大有杨廷椅、陈水木，台大有台大法学院叶城松、医学院郭琇琮、台大医院许强，台大工学院王子英、王超伦，都附属在中国共产党台湾省工作委员会学生工作委员会由李水井领导。1949年的四六事件，可说是省工委覆灭前的星火；同年5月，立法院通过惩治叛乱条例；8月，光明报事件曝光后，蔡孝干变节，并将整个省工委组织供出，导致台大及师院许多菁英