大部分的亚美尼亚人居住在纳哥诺卡拉巴克战争后分裂出去的区域）。阿塞拜疆还有一个小型的新教基督徒社群，约有5000人，主要由穆斯林改宗。
东正教.阿塞拜疆的东正教会有俄罗斯正教会和乔治亚正教会。
天主教.巴库和周围地区有一个天主教基督徒小社群，人数不到一千人。巴库的天主教堂在史达林时代被拆除，但在2005年9月开始重新建造的一个新天主教堂，并于2007年夏天开放。
琐罗亚斯德教.琐罗亚斯德教在阿塞拜疆的历史可以追溯到公元前一千年。阿