二期工程为上隍-大港段，全长19.8公里。全程包括建设跨京杭大运河、一座全长934.46米特大钢桥及6座立交桥，并新建谏壁站（现上隍站）和大港站（现瑞山站）。工程于1992年开工，1993年投入运营。2003年，镇江市政府和上海铁路局在经过关于镇江西站拆迁的谈判后，决定将原为镇江地方铁路的镇瑞铁路和上海铁路持有的沪宁铁路旧线产权经营权互相置换，并在镇瑞铁路的上隍站新建货场以替代原镇江西站。
未来发展.在2018年发布的《镇江市规划局工作重点规划》中，镇瑞铁路被提出进行改造，