王朝宣扬十二伊玛目派，在其领土奉行十二伊玛目派的法规，支持教派的学术研究。十二伊玛目派的阿訇「打造了一套国家体制的理论」，认为当在「没有确切的正当时」，萨非王朝的君主政制是「等待救世主降临时最理想的政制」。现时，信奉十二伊玛目派的波斯什叶派穆斯林将逊尼派的哈乃斐派取代。在伊朗南部及库尔德人当中则有数量可观的沙斐仪派逊尼派穆斯林，佔少数的伊斯玛仪派穆斯林则散落在各地。一些社区则信奉什叶派的苏菲主义。祆教徒、基督徒、犹太教徒及巴哈伊信仰的教徒都各自形成了一些较小的社群，巴哈伊信仰在伊朗是这些少数宗教里最大的