又任骁骑将军、中书侍郎，升任太常少卿，外任前将军、荆州刺史。当时北魏四方事变增多，到处战争不断，梁武帝萧衍派部将曹敬宗进攻北魏的荆州，围困了很长时间，又引水灌城，城墙只剩几版没有被水淹没。李神俊巡查安抚百姓和士兵，协力固守。皇帝下诏派遣都督崔暹，别将王罴、裴衍等前往支援，曹敬宗才撤退。经过战事之后，城外有很多无人掩埋的尸骨，李神俊命令收敛安葬，朝廷征召李神俊担任大司农卿。魏孝明帝末年，李神俊出任镇军将军、代理相州刺史，驻守于洛阳的北部，当时葛荣的军队向南逼近，李神俊忧虑恐惧，于是故意跌下马伤了脚，仍然停