铁路正式由台湾铁路管理局协助营运。2014年1月10日，阿里山森林铁路筹备处改制为阿里山森林铁路管理处。2014年1月28日，阿里山森林铁路管理处正式营运。2015年12月1日，台湾铁路管理局公布阿里山森林铁路管理处标志及阿里山森林铁路第一线服务人员制服：阿里山森林铁路管理处标志由亚洲大学视觉传达设计学系教授游明龙设计，外形为圆形，背景颜色为绿色，中央为阿里山森林铁路红色机关车；阿里山森林铁路第一线服务人员制服分为冬季制服1套、夏季制服1套、便帽2顶及外套1件，衬衫为浅灰色，长裤为黑色纯棉质料，外套为浅