台中厅大肚中堡梧栖港街（今台中市梧栖区）的蔡配结婚，婚后育有五男四女，其中第三个女儿早夭。其余五男三女中，长男为美国约翰·霍普金斯大学教授、中央研究院院士李远川；次男为前中央研究院院长、1986年诺贝尔化学奖得主李远哲；五男为国立交通大学教授、中央研究院院士李远鹏。长女李惠美嫁给周宗文，周宗文为周碧之子，为基隆颜家颜东年家族的一份子；四女为曾任国立中兴大学副校长的中兴大学名誉教授李季眉。