和卓率兵反抗清廷的征服，终因寡不敌众、军力差距等原因失败，于1759年出逃，被巴达克山头人处死，尸首移交清廷。1758年，乌鲁木齐建立城市的雏形，清政府在这里开始修筑城堡，形成一定规模后，干隆帝赐名“迪化”取启迪教化之意思。1762年设置管理天山南北的伊犁将军，又设置总管回部各城事务的喀什噶尔参赞大臣，其下设办事大臣、领队大臣，分驻叶尔羌（莎车）、和阗、乌什、阿克苏、库车、喀喇沙尔等城。此时期的维吾尔族社会基本处于自治状态，满、汉、蒙古官员对其军事、贸易、治安以外的日常行政事务较少干涉，主要交由当地各级伯克