审查后采用自龙岩站经马坑、龙山至漳州南站的中线方案，从龙岩站向南出发，经南靖县东南，越过九龙江，经漳州市，与鹰厦铁路交龙海站，再由龙海建复线到角美站，进入厦门。全线设龙岩、马坑、龙山镇（原“龙山站”）、南靖站、草坂站、漳州站（原“漳州南站”）、龙海站、角美站、前场站和厦门北站。实际上龙厦铁路起于龙岩，至于漳州南（即现在的漳州），在漳州南接轨厦深线从而到达厦门。龙厦铁路的设计标准是国家一级高速铁路。