李鸿源在公投通过后质疑，马祖水、电、油等资源缺乏，机场、港口腹地小，「现在一、二万人都不够用，如涌进一、二百万观光客，不得了，马祖资源怎么够？」行政院于2012年7月9日召开会议决定由交通部担任博弈业主管机关，主导整体离岛开发休闲观光计画。交通部长毛治国表示，未来对博弈事业有三大重点，即「赌场需高度管制」、「政府要设置博弈管制局」、「管制局需具备司法警察权」。