。其间因苏格兰女王为公教信徒，使得改教运动有多方的阻碍 。1561年起，约翰·诺克斯曾于爱丁堡住了11年。直到1690年，长老宗才成为苏格兰的国教。成为国教之后，君王也要遵从喀尔文主义了，但贵族及大业户（大地主，即「领主」）仍拥有牧师的任命权。事实上长老宗在苏格兰传播的过程并不顺畅，大约经过130年大量流血和牺牲，甚至导致战争的惨痛经验。1572年11月24日，诺克斯逝世。
神学思想.诺克斯一生中的主要神学思想是来自日内瓦的喀尔文，而苏格兰却是喀尔文主义实践的地方，也使得苏格