可以通过合适的多糖降解酶的混合物降解细胞壁来制备。在细胞壁降解期间和降解之后原生质体对渗透压会变的非常敏感。这意味着整个降解过程和原生质体的保存都要在细胞等渗溶液中，以防止细胞膜的破裂。
原生质体的应用.原生质体可用于研究生物膜，包括高分子和病毒的摄取。也用于体细胞的变异克隆。原生质体广泛用于DNA转化（用于制备转基因生物），因为细胞壁会阻止DNA进入细胞。 如果是植物细胞，原生质体可以首先通过脱分化成愈伤组织，然后通过再分化和植物组织培养从愈伤组织发育成芽（发育不全）而再