宁宗庆元元年（1195年）升郡为府，后改嘉兴郡。明宣德四年（1429年）析嘉兴县西北境为秀水县，析东北境为嘉善县；析海盐县置平湖县；析崇德县置桐乡县，嘉兴府下辖7县，称一府七县。此后四五百年内嘉兴府县体制基本未再变动。嘉兴府因其重要性在明朝期间曾由中书省直接管辖。明末清初的清顺治二年农历闰六月二十六日（1645年8月6日），清军攻破此处，因为嘉兴军民拒绝接受清朝廷的剃发令，后进行了惨绝人寰的嘉兴屠城，使嘉兴不复当年繁华，通过调查，当年嘉兴被屠杀50万人，嘉兴的社会发展、经济、文化传播等一落千丈。