你要离开拜仁时，会发现几乎没有比它更好的球队”。6天后，他签署了一份为期两年的续约合同，将至少留在安联球场直至2017年6月。在德甲进入冬歇期前，穆勒共出场16次，射入9球并有7次助攻，以及在欧冠射入3球。在赛季过半时，他共取得13个入球，包括在2012年德国超级杯中以2比1击败多特蒙德，成为队内的得分王及助攻王。拜仁在联赛后半程的第二场比赛中，穆勒即射入1球，帮助球队在客场以2比0战胜斯图加特。他的欧冠第5球则在2013年4月2日完成，帮助球队在四分之一决赛对阵尤文图斯的首回合较量中以2比0获胜，终结了意