180种）为特有种。菲律宾的生物相在相当程度上偏向西马来群岛，因此在生物地理分区上被划入东洋区；但菲律宾除了巴拉望岛及其周边岛屿以外，其他地区都未曾和亚洲大陆相连，因此也有人认为菲律宾属于东洋区和澳大拉西亚区之间过渡的华莱士区。菲律宾有一个特有鸟科- 纹旋木雀科 Rhabdornithidae，其中包含3个鸟种。