分类有不同意见，海鳄类可能是中鳄亚目里的下目，也可能是亚目。然而，中鳄亚目因为本身是个并系群，所以不再使用。为了寻求一致，海鳄类依旧是个亚目，但所处的目，目前还没有命名。在1982年，埃瑞克·比弗托（Eric Buffetaut）证实早期的地蜥鳄科与真蜥鳄科拥有共同的特征，牠们构成海鳄亚目的两个科。有些真蜥鳄科的早期成员在非水生的栖息地发现，显示海鳄类是从半水生物种演化成完全水生物种。佩拉古鳄的分类有争议，有研究人员将牠归类于真蜥鳄科，或是地蜥鳄科与真蜥鳄科的姐妹分类单元。其他科学家认为佩拉古鳄是种原