989年2月任政治部副主任。政治部主要负责中央军委办公厅机关的思想政治工作。其间，1982年下半年至1983年下半年，吕恒礼参加中共中央党校部队分部干部培训班，学习马列主义理论；1984年下半年至1986年下半年，吕恒礼在中国人民解放军政治学院学习马克思主义哲学，毕业时受嘉奖。1989年六四风波中，中央军委办公厅作为中央军委首长的办事机构，位置十分重要。为应对突发事件，吕恒礼和同事们在办公室吃住，一连住了二十余天。为及时向中央军委首长反映北京动乱情况，吕恒礼参加了中央军委办公厅组织的观察组，穿便服到天安