于西安。1988年毕业于清华大学建筑系，1995年，在纽约建立马达思班建筑师事务所（），后将总部迁至上海。2006年12月，马清运成为美国南加州大学建筑学院院长,成为中国首位在国外知名大学担任建筑学院院长的设计师。
家庭.其子马伯骞为歌手，曾参加腾讯视频的明日之子获得亚军。