希郑芝龙意弹劾他，遂革职还潮听勘。永历帝时期，复任兵科给事中。己丑（1649年）五月奉命以监军募兵平远，联络宗人谢志良、谢良友等。庚寅（1650年），广州破，永历帝出逃南宁，继入缅甸，元汴仍往来潮循之间，日谋抗清。癸巳（1653年），郝尚久反正，元汴与李士淳、罗万杰等响应，尚久兵败，元汴乃奉母躲避于丰顺之大田，授徒以食。居大田七年，期间曾至广州，知永历已亡，反清势力逐渐覆灭，遂谋奉母归潮州。但家已被戍兵所占，闻知潮州知府吴颖优礼贤士，作诗贻颖为请，乃得还。吴颖欲以元汴任乡饮宾，清刑部尚书杜立德与元汴是同年进