十五年（1642年），官为行人司正，后升尚宝司卿，直至右废子翰林院侍读，又加司空学士经延日讲官。明亡清兴后，改名正揆，归附清朝，为光禄寺寺丞，后曾官至工部右侍郎。顺治十一年，改光禄寺少卿、任山西乡试考官。同年任大理寺丞。次年，改太仆寺卿、工部右侍郎。顺治十三年（1656年），受御史张自德的弹劾，下部院察议。翌年被革职，时年五十四岁。回家之后，倾力诗文书画创作，直至老死。平生所作诗文题跋，卒后由其子程大皋辑为《青溪遗稿》。
作品.程正揆的着作有《青溪遗稿》《读书偶然录》《沧州纪事