采用FL220型复合冷却器，水、油冷却器采用复合型全铝合金板翅式高效循环冷却结构，依靠复合冷却器风机进行强制风冷。HXD3型机车采用YJ85A型牵引电动机，由永济电机公司引进日本东芝公司的技术生产（东芝公司原型号为SEA-107），该型电动机为四极鼠笼式三相异步牵引电动机，电动机采用全叠片结构，额定功率为1250千瓦，额定电压为2150伏特，冷却方式为强迫通风，采用矢量控制方式，来实现电动机转矩的控制。
辅助电路.HXD3型机车设有两个IGBT辅助变流器（APU），辅助供电电路