同时还在江户城下的河口地区开辟港口，令江户城下成为贸易据点。但太田在1486年（文明18年）被暗杀，江户再次陷入战乱。1520年代，后北条氏控制了武藏、相模等国，成为关东地方最大势力。1582年（天正18年），北条氏照开始修建八王子城，作为后北条氏本城小田原城的支城使用。1590年（天正18年），后北条氏在小田原之战中投降丰臣秀吉，宣告灭亡。此后丰臣秀吉将德川家康转封至关东地方。德川家康决定选择当时规模较小的江户城作为新领地的经营据点，并对江户城进行全面扩建开发。同时德川家康还对江户城附近的低湿地带进行排水