乘船归国，因遭遇台风，飘到太平山，不久被沖绳县警察逮捕，投入监狱审问。而毛有庆的亲族亦因支持清朝而都遭到沖绳县厅的逮捕审问，其中包括了其祖父毛允良。毛有庆的叔母亦在狱中病死。毛有庆要求探视叔母，但却遭到了拒绝。亲清派首领向龙光得知毛有庆被捕后，携次子出奔清朝避难。1892年，毛有庆出奔清朝避难。光绪十九年（1893年）七月十七日，毛有庆病逝于福州，享年三十三岁。着作有《竹荫诗稿抄》。毛有庆的坟墓在今福州市的仓山区。然而，目前在仓山区出土的毛有庆墓碑共有两块。其中一块为(81-64)*(46-42)平