组织受到细菌和真菌的感染，这些微生物的感染是最常见的培养失败原因。除了器材之外，如果所要培养的植物组织是来自一般室外种植的植株，那么这些植物组织也需要以消毒水消毒。操作中所使用的水，是经过高压釜灭菌的蒸馏水。提供植物生长所需的培养基，通常含有醣类（如蔗糖、葡萄糖等）、维生素、植物激素（如生长素、细胞分裂素等），以及一些大量元素与微量元素（以化合物的形式溶入培养基，例如NHNO），某些培养基中也会加入活性炭。不同的培养需求会有不同的配方和比例，一般会使用洋菜或卡拉胶来固定上述的内含物。其中要特别注意生长素