国立台湾大学，居台湾各大学排名之冠。2011年上海交通大学根据2005年至2009年人才培养、科学研究、师资质量、学校资源等办学绩效，首度公布两岸四地百强大学排名，清大名列第四；如不计学校规模（总量）指标，清大办学绩效居百强之首。陈校长任内执行「迈向顶尖大学计画」（教育部「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」，俗称「五年五百亿计画」），获得教育部考评审议委员会高度肯定。2010年1月中央研究院刘兆汉副院长在陈校长卸任惜别茶会中指出：「2006年刚推动五年五百亿计画，当大家正倍感压力地等待成绩出现时，清华早