马尼拉成立军事政府，美国总统授权军事总督掌握行政、立法、司法大权。1899年2月4日，美国和菲律宾共和军之间爆发战斗，并迅速升级到1899年的马尼拉战役。1899年6月2日，菲律宾第一共和国正式对美宣战。这场战争在1902年7月4日正式结束。然而，卡蒂普南组织的成员继续与美军战斗。将军也在其中，他是一位资深的卡蒂普南成员并曾经担任的总统。塔加拉共和国是在总统阿奎纳多被捕后，于1902年宣告成立的。其他的团体，包括摩洛族人和信徒，始终保持敌对状态直到他们在1913年6月15日于中失败。这场战争和美国的