当时，香港连年天旱，再加上不少难民从中国大陆涌入，而这些难民居住的寮屋区大多卫生环境欠佳，因此结核病、疟疾、白喉和霍乱等传染病在香港仍然是十分普遍，而为公众预防传染病遂成为他的主要工作之一。有见及此，他延续和继续推动医务卫生署既有的多项政策，包括加强港口检疫、向公众宣传和教导防治传染病的常识、到地区展开医学调查、向高危人士派发药品，以及积极鼓励市民免费接种卡介苗等防治传染病的疫苗。其中，麦敬时在任内着力推广向儿童免费接种卡介苗，及至1961年，多达80%的产妇在医院分娩后，同意让出生48小时的婴儿接种卡