敏竞选后援会」；1998年陈水扁宣佈参选第二次市长选举，协会亦发起连署来表态支持参选，后期陈水扁多次来访协会，且举办与陈水扁政策座谈会。2000年协会因陈水扁宣佈参选总统，而多次为其街头助讲、宣传等，并举办台湾教授挺扁列车。
陈水扁政府任内.陈水扁当选总统，台湾遭遇第一次的政党轮替，于会刊内可见，许多成员皆表示欢喜，且在其创会十週年会员大会声明中表示，彼时总统大选，台湾教授协会将关注焦点置于「两岸关系」上，陈吕配主张两岸爲互不隶属的国与国关系，所有改变皆需要台湾人民的同意。协会认爲