但在剧场版《AIR/真心为你》当SEELE要用EVA来引发第三次冲击（即“人类补完计画”）开始后，朗基努斯之枪也从月球飞回被九个量产型五号机拖着的初号机前面（而且真嗣正在驾驶），而九个量产型五号机和初号机便与朗基努斯之枪组成生命之树。因为真嗣处于成为神的初号机中，所以他便成为了整个计划的最后支配者，即“神之子”。后来因为真嗣潜意识中有着人类「灭亡」的愿望，带有绫波零意识的莉莉斯便为其达成把人类的形体摧毁。但最后真嗣回心转意，从莉莉斯中解脱并释放当中的灵魂，莉莉斯开始解体，补完中止，计划失败。Sect