院部分迁返南京，并将汪精卫政权的伪中央医院接收并入。重庆中央医院另有部分留在重庆，部分迁移至广州。中央医院遂演化为中国人民解放军南京总医院（原南京中央医院）、重庆西南医院（原重庆中央医院）、广东省人民医院（原广州中央医院）等医院。1949年4月中国人民解放军在渡江战役攻占南京时，由中国人民解放军接管该医院。1950年6月，更名为中国人民解放军华东军区医院。后更名为中国人民解放军华东军区总医院。1955年，更名为中国人民解放军南京军区总医院。1986年，更名为中国人民解放军南京军区南京总医院。南京军区南京