和花莲港，政府还在苏澳港、基隆港、台北港、台中港、安平港和高雄港设立自由贸易港区。至2013年年底，共计72家港区事业经营，贸易量和贸易值分别为1,409.3万公吨与5,017.5亿元，最大的高雄港在货运吞吐量位居世界第十三名。当前主要国际航班机场有台北松山机场、台湾桃园国际机场、台中清泉岗机场和高雄国际机场，各机场进出人数有4,882万人。2013年，共有63家航空公司开设往返台湾的航线，主要国际航线又以中华航空和长荣航空为代表。另外还有15座国内机场联系各岛屿交通，不过台湾高速铁路通车后使得国内空运人次