统治在马耳他不受欢迎。1282年发生西西里晚祷起事，位于伊比利亚半岛东部的阿拉贡王国乘机入侵了西西里岛并确立了在西西里岛的统治，阿拉贡国王同时成为西西里王国国王，属西西里王国的马耳他开始由阿拉贡国王统治。后来阿拉贡与伊比利亚半岛另一大国卡斯提亚合併成为西班牙，因此西西里及马耳他亦开始被西班牙统治。
马耳他骑士团和拿破崙.十六世纪初，哈布斯堡家族的查理五世同时兼任神圣罗马帝国皇帝及西班牙国王，成为欧洲拥有最大权力的君主。1522年，驻守罗得岛超过二百年的医院骑士团被鄂图曼土耳其帝国逐