苏军攻入东北后，山田命令七三一部队和一〇〇部队将贵重仪器和机密资料全部转移到朝鲜南部，销毁所有可能暴露关东军准备细菌战的罪证。
反抗苏军.1945年，日军在各个战场节节败退，处境岌岌可危。1945年6月4日，日军参谋总长梅津美治郎在大连召开军事会议传达日军大本营“关于大陆作战命令”，山田乙三和冈村宁次作了军情汇报，会上具体筹备对苏防御作战。6月14日，山田乙三在新京(长春)召集下属军官的军事会议制订“关东军对苏联作战计划”。6月发布《关东军战斗教令》。山田打算经过周密部署和作战