院改建为国立北洋工学院，陈荩民为代理院长。1943年起，历任北洋工学院院长、北洋大学理学院院长、国立北洋大学北平部主任。其间，他支持学生开展反蒋、反美的活动，营救被捕学生，拒绝联合国善后救济总署的救济。中国人民解放军攻占天津前夕，陈荩民反对迁校将学校迁往台湾，并与18位教授在报上发布公开信，唿吁陈长捷撤离天津。陈荩民因此而险些遭到逮捕。中华人民共和国成立初期，陈荩民任北洋大学校务临时委员会主席。1950年起，陈荩民在北京定居，任北京工业学院教授兼校务委员会委员、中华人民共和国高等教育部高等数学教材编审委