穆拉德·沙阿时代正式建国，该家族因不是黄金家族，因此自称埃米尔。1868年，俄罗斯帝国入侵河中，1873年埃米尔国成为俄罗斯保护国，归突厥斯坦总督区管理。1920年，苏俄红军发起布哈拉行动，攻入布哈拉埃米尔国，末代埃米尔穆罕默德·阿里木汗逃往阿富汗王国，红军宣布成立布哈拉人民苏维埃共和国。
文化.因位置重要贸易路线，布哈拉埃米尔国有各种民族文化，如塔吉克人、乌兹别克人、犹太人。布哈拉和撒马尔罕是当时汗国波斯文化最发达地方。