然而1582年（天正10年）明智光秀发动本能寺之变，信长及其嗣子信忠皆战死。此时足利义昭身在备后国的鞆。而明智光秀麾下的家臣，如伊势贞兴、蜷川贞周等，多为昔日室町幕府的幕臣。足利义昭趁此好机欲返回京都，寻求毛利辉元的支持；另一方面寻求羽柴秀吉和柴田胜家支持他重回京都，但1583年（天正11年）毛利辉元、柴田胜家、德川家康一度着手筹备支持义昭上洛却又无果。同年毛利辉元臣服于羽柴秀吉，足利义昭也向九州的大名如岛津义久、龙造寺政家等人寻求支援，但也无果。1586年羽柴秀吉成为关白太政大臣。此后进入了「关白