第二届三中全会，为提高党权，免去蒋军事委员会主席，与国民革命军总司令职。至4月军阀孙传芳主力被击溃。国民革命军取得北伐战争胜利。4月17日，中国国民党中央执委会第七十四次政治会议，决定奠都南京。1927年4月26日发生宁汉分裂，清除中国国民党内的中国共产党党员，并在各地大规模捕杀中国共产党分子，国民革命军北伐一度中断。国、共两党因而正式决裂，开展长达十年的武装冲突。中国国民党分裂成左派的武汉及右派的南京两个国民政府。以蒋中正为首的右派在南京成立政府，开始清党，将中国共产党党员从军队内清除，并且取消国民革