深一般在2,000至5,000公尺之间，最深处达5,126公尺。海底地形起伏变化甚大，主要为华南大陆棚向东延伸，又有兰屿海嵴、台东海槽、花东海嵴和马尼拉海沟由东向西南北向平行分佈，海嵴深度在2,400至2,600公尺之间，海床沈积物以沙质为主，另外受菲律宾海板块和欧亚大陆板块地质交互作用影响，巴士海崃还是一个地震多发区。巴士海崃是西北太平洋的大浪区之一，属热带海洋性气候。受大洋和大陆间季风的影响，海洋气象特征为高温多雨，季风盛行，雷暴较多，热带气旋影响频繁，也是西太平洋生成的热带气旋进入亚洲的路径之一。