湾镇总兵昌伊苏动用所有兵力，扫荡郭光侯的势力范围（过港仔庄），沿村搜捕只要发现有藏匿郭光侯的地方，一律烧毁。不过，郭光侯在官兵入村时，已经逃离并且前往破仔脚（嘉义朴子港）搭船逃亡。
上京控诉.郭光侯逃离台湾后的情况，根据浙江道监察御史陈庆镛所写之《盘获台湾逆首疏》的记载，可以看到郭光侯是先躲至晋江会馆中，欲找人帮忙写诉状，以澄清冤情，但随即因来历不明而被看馆人举报，引来浙江道监察御史陈庆镛的盘查，最后因为形迹可疑、言语支吾，被当场抓捕。至于郭为何躲至晋江会馆之缘由，根据《台湾省通志