崇智于九月十九日（11月9日）起义，控制福州，杀福州将军朴寿、闽浙总督松寿自尽。二十一日（11月11日）成立福建都督府。二十三日（11月13日），革命军授予孙道仁「中华民国军政府闽都督之印」，总理全省军事和政务。民国二年（1913年）7月，国民党发动「二次革命讨袁行动，孙道仁和许崇智于7月19日通电宣佈福建独立。在苏、川等地讨袁失败后，孙道仁于8月9日通电宣佈取消福建独立。北洋军将领李厚基带兵入闽，任福建镇守使。袁世凯死后，福建省先后为皖系、直系军阀的势力范围。民国六年（1917年），孙中山率革命党人南