承旨召回京城，为礼部尚书。请补外官，知永兴军（今陕西省西安市）。元祐八年（1093年），召为兵部尚书。宋哲宗亲政，邓润甫首陈绍述之说，请求宋哲宗效仿父亲宋神宗推行新法。绍圣元年（1094年）拜为尚书左丞。不同意章惇贬谪吕大防、刘挚的建议。不久病亡，赠开府仪同三司，谥安惠。