造过程中，教堂的长方形布局被保存下来，但其余部分有多少被留用则不得而知。可以肯定的是，倭马亚清真寺有两座尖塔原来是教堂的望楼，第三座光塔则为瓦利德一世所建。历史上，倭马亚清真寺曾经三次被焚毁。第一次是在1069年清真寺发生火灾；第二次是在1400年，中亚的征服者帖木儿纵火烧毁了清真寺；第三次是在1893年，清真寺再度发生火灾。今天，倭马亚清真寺中同时保存有施洗约翰和萨拉丁的陵墓。