车站到发线延长至1050米并铺设电气集中设备，1994年1月竣工。同时为配合北京西站建设，铁路部门于1991年在良乡站上行处的长阳村修建西长联络线，1995年贯通、1996年1月开通。在西长联络线建设期间，部分线路建设物资经由本站转运。因应北京市郊铁路城市副中心线西延需要，良乡站于2020年5月至7月进行适应性改造，工程包括新设客运综合楼、加高两座站台、重建天桥下站台楼梯等，相关工程已于2020年5月13日开工，房山区也同时开始对车站外的京电路和站前接驳条件进行改造优化。副中心线西延于2020年6月30