Apple Music中的Carplay套件获得升级；照片应用程式支援从Live Photo中撷取静态影像； iBooks现在支援Apple Pencil，可画重点并储存喜爱的段落以便之后观看；支援播放以Dolby Digital Plus音讯串流编码的影片等。此外，此更新还修补了一些漏洞。
9.3.1.iOS 9.3.1于2016年3月31日发布。此更新修正了在Safari及其他应用程式中点选超连结时，应用程式变得无法回应的问题。
9.3.2.iOS 9