王朝无法控制整个埃及，有西亚血统行省官员控制了尼罗河三角洲东部的阿瓦里斯，建立第十四王朝，挑战第十三王朝的中央权威。大约在前17世纪，西亚的喜克索斯人侵入埃及，建立第十五王朝。此后的第十六王朝，其法老也是西亚的外族人。后来，底比斯的贵族起兵，建立第十七王朝，反抗喜克索斯人的统治。卡摩斯在位期间向北进军，击败喜克索斯人。其弟雅赫摩斯一世在位期间，将喜克索斯人彻底逐出埃及，第二中间时期结束。