着名的是《汉书补注》和《后汉书集解》，乃是博采众长，集大成者，学术价值已经超过了颜师古、李贤、惠栋的评注，被认为代表了注释《汉书》和《后汉书》的最高成就。后代史学史专家评论“王氏所作补注、集解诸作，都是校注书中标准的着作。”王先谦同时又是经学大师。继阮元之后辑《续皇清经解》，光绪十四年六月，全书辑刊完成。又继姚鼐之后编《续古文辞类纂》，王闿运说他“续编《皇清经解》，纵未能抗行芸台（阮元），续编《古文辞类纂》差足以肩惜抱（姚鼐）”。在语言文字学方面，王先谦也颇有造诣，撰写了《释名疏证补》。此外，一生所