式移交旧台南州厅给文建会，随即委託国立成功大学建筑系进行原台南州厅古蹟建筑修复及新增建工程。整修工程于民国91年（2002年）年底完工，而后「国家台湾文学馆」于民国92年（2003年）10月正式开馆营运，并在民国96年（2007年）3月正式定名为「国立台湾文学馆」，而同在州厅的文资中心改制为行政院文化建设委员会文化资产总管理处筹备处南部办公室。后来文资总处筹备处南办于民国101年（2012年）5月20日正式改制为「文化部文化资产局文化资产保存研究中心」。而在2000年1月24到26日时，原台南州厅主入口