三年八月授河南汝宁府推官。当地土豪祸害百姓，魏应嘉到任后立除之。三十七年十月回乡守制。四十年三月复除山东莱州府推官。升任兵科给事中，上书请立太子，又屡次上疏说明时务及辅臣失职状。改任刑科给事中,上疏请求放还宫女。天启初年，商议保留泰昌年号来继承大统，在明末三案中侃侃言无所顾畏。不久升任吏科都给事中（“小天官”），负责京察事宜。履职期满，升任太常寺少卿，作为钦差代祠孟庙，又历任大理寺右少卿、太仆寺卿、兵部左侍郎，不久以年老为由请求致仕。明思宗朱由检列举魏应嘉在边疆方面的功劳，有所恩赐，但是不再起用。魏应嘉在家