小政党更多席次，而联合政府从开始便处于不稳定的状态。2000年，巴拉克在推动以巴和谈上遭到挫败，巴勒斯坦自治政府主席阿拉法特拒绝巴拉克提出的条件及建议。同年举行的总统选举，工党及执政联盟推举的总统候选人、前总理希蒙·佩雷斯败给在野利库德集团推举的摩西·卡察夫，导致联合政府失去议会的多数。巴拉克被迫提前举行总理直接选举。在2001年推前举行的最后一次总理直接选举，他败给阿里埃勒·沙龙。2009年，加入本亚明·内塔尼亚胡的联合政府，他于2011年退出工党，成立“独立”党，并继续成为联合政府成员至2013