中藩。直孝继承彦根藩。直孝在位期间，石高增封到20万石，其后石高更增高30万石。1860年直弼被暗杀。两年后遭问罪，被幕府减去10万石。1863年（文久2年）恢复三万石到二十三万石。，根据赏典禄增封2万石。1871年废藩置县，成为了彦根县，最终成为滋贺县的一部份。1884年井伊家以伯爵的身份成为华族。
支藩.彦根藩曾经在1714年至1734年期间拥有一个支藩名为彦根新田藩。藩主是井伊直兴十四男直定。其后直定因继承彦根藩而被废藩。