公开支持俄国十月革命，和李大钊成为好友。1918年10月，任大学评议员。1919年（民国8年），当选北京大学教务长。1919年五四运动中，马寅初同情并支持学生，当局逮捕学生后，通过交涉使学生获释。1920年（民国9年），马寅初转到上海方面活动，创办东南大学商学院（后为上海商科大学）。1921年回到北京，当选北京大学经济学会会长。1923年（民国12年），中国经济学社创立，马寅初任社长，刊行杂志《经济学专刊》。
国民政府.1927年（民国16年）3月，北京政府的张作霖封锁北京大学