644年4月24日（旧历三月十八）攻克北京。明思宗在煤山自缢，史称甲申之变。后世有史学家评价思宗在社稷危难之时没有逃跑是“君主死社稷”，但亦有学者指出崇祯多次迁都南京的计划。李自成攻克北京后，纵容部将在京城内大肆搜刮遂失民心。原为明将、镇守山海关的吴三桂带领清军入关，并于一片石战役击败大顺军。清朝摄政王多尔衮与顺治帝入关，北京成为清朝的首都。李自成退回陕西，最后被清军围歼于湖北，大顺亡。
南明与明郑.甲申之变后，明朝在南方尚有势力，史称南明。南明主要势力有四系王，分别是福王弘光