高主教书院成为津贴学校。高主教书院在创校之初已採用英语授课，而教育统筹局也在1998年正式批准高主教书院使用英语作为主要教学语言，该校随即成为香港114间英文授课中学（即学校）之一。2008年，高主教书院迎来50週年校庆，同年宣布小学部迁往湾仔司徒拔道肇辉台1E，即前圣玛加利书院校园。中小学部亦同时转为男女校。
校舍.整个校园分为三幢建筑物，全部设有有盖通道相连。全校所有课室均设有多媒体投影机、银幕及上网设备。Section:::