庄站、朝阳门站，4号线的平安里站，5号线的东四站，10号线的唿家楼站等，这几座车站均是通过通道连接，其中唿家楼站设置了多达8条换乘通道以防止客流冲击。另外在西延部分，终点站金安桥站可与S1线换乘。而预留的二里沟站则受到周边建筑一体化建设的所限，预计将随16号线南延段（甘家口至宛平城段）一同开通。
车站建筑和室内设计.6号线在运河商务区核心区的三站（通州北关、通运门、北运河西站）使用了中庭式设计，首次在北京地铁车站中引入了中庭的空间形式。其中，通运门站为实现快慢车运行模式而采用了双岛