莲麻坑的莲麻坑河和莲麻坑铅矿场分别列入具特殊科学价值地点，拥有稀有的淡水鱼类品种以及香港十分重要的蝙蝠栖息地，更是仅余一条连接内地和香港的生态走廊。莲麻坑昔日曾有铅矿开採，莲麻坑铅矿场于19世纪末已有葡萄牙人经营开採，为香港最早採矿的地方，曾开採出产铅、锌、黄铁矿、黄铜矿等矿产。北区部分地方划入林村郊野公园、船湾郊野公园和八仙岭郊野公园，而红花岭郊野公园亦在规划。由于地处低洼平原，北区不少地方于雨季会出现水浸，多处为香港的水浸黑点，香港天文台会因此而发出新界北部水浸特别报告，渠务署亦于北区进行多项防洪工