元论的人性结构分析，并将其进一步发展，构成其神学思想的主要基础。他主张帮助信徒将魂与灵分开，学习照着灵，不照着肉体或魂，并在基督的死、复活和升天里与祂联合，过得胜的生活。在这方面他的代表作有《属灵人》、《人的破碎与灵的出来》等。在读经方面，倪柝声不强调神学研究、文化批判的价值，认为只是属魂的活动，不能摸到灵。他强调不仅要用心思和思想字面理解和研究，更要借着人的灵，摸到文字后面的灵，。在已过80年的今天，许多基督徒都受其影响。
建立地方教会.倪柝声的职事从初期开始，一直都有一个清楚