普宁出生在西蜀（今四川省成都市）。幼年出家得度，最初学习唯识宗。后来在阿育王山师从无准师范，无准师范书写“兀庵”赠予他，就是他的号。兀庵普宁和祖智、妙伦、了慧一起被誉为无准师范门下的“四哲”。之后，他移居杭州灵隐山、四明天童山、象山灵岩寺。1260年，兰溪道隆和圆尔邀请他赴日，居住在博多圣福寺。不久之后，镰仓幕府北条时赖邀请他去京都，住在建长寺。1263年，北条时赖逝世。1265年，兀庵普宁渡海回国，居住在婺州双林寺。晚年，他居住在温州永嘉县江心山龙翔寺（今江心寺）。1276年（景炎元年）示寂，年寿80岁。