经去世后，1683年，康熙帝命施琅为水师提督进攻台湾。清军攻克澎湖列岛，郑克塽见大势已去便剃发投降，明廷残余势力彻底灭亡。从永历十五年（1661年）4月郑成功入台到1683年9月郑克塽降清为止，郑氏计在南台湾经营共23年 。不过，此后台湾仍存有经常性的反清复明活动，俗谚称台湾「三年一小反，五年一大乱」。在清朝统治台湾的212年，大大小小民变事件发生116次，比如康熙时期的朱一贵、吴福生和干隆时期的林爽文，同治时期的戴潮春等所发动的起事，但最终均以失败告终。