上种种致使莲塘／香园围口岸工程费用大幅度地增加，项目超支近53%，预计需要逾248亿3千2百万港元，将会于2014年2月向立法会申请额外拨款。2014年1月7日，立法会发展事务委员会再次否决莲塘／香园围口岸项目85亿5千万港元的额外拨款申请。多名香港立法会议员炮轰项目在一年半内超支逾5成，质疑估算出错，超支理据亦不充份。因应价格调整准备金额下调，有关部门于同年4月再次申请拨款，由上述额数减少3亿5千万港元至约82亿元。2014年9月，龙山及长山隧道工程展开，并于翌年年初展开爆破及钻挖工程。201