海崃两岸服务贸易协议》对于台湾中小型企业的负面影响，认为不完善的经济制度将会促使得台湾更加仰赖市场规模较为庞大的中国大陆，甚至可能会严重影响中华民国自身的政治与经济环境。与此同时社会运动团体还批评双方政府谈判缺乏透明度，特别是没有公开在2013年6月在上海市召开的讨论内容。这些种种的措施使得立法院朝野两党开始不断发生冲突，
朝野协商.在2013年6月25日时，中国国民党与民主进步党在经过朝野协商后同意强制逐条审查并且表决通过，并且未经实质审查通过前协议不得启动生效。其中朝野协商的签