一部分调到国家保卫局，张耀祠被分配在国家保卫局侦查科任科员。中央红军占领遵义城之后，1935年1月9日中央领导入城时，张耀祠参加了保卫中央领导入城的仪式，参与了毛泽东在老城府衙门广场向群众发表演讲时的安全保卫工作。1月15日至17日，张耀祠又执行了三天遵义会议安全保卫任务。抗日战争时期，张耀祠历任八路军西安办事处副官、招待所主任，延安中央教导大队第三中队队长、组织干事，延安中央警备团政治处保卫干事、参谋、组织股副股长，供给处副主任、营政治教导员。第二次国共内战时期，张耀祠任中央警备团政治处主任、副政委、