西座于1998年进行大规模的内部改建，面向中座的东端兴建外观现代化的新翼。随着政府总部在2011年11月分阶段迁往添马舰的新政府总部，中区政府合署暂时空置。在落实新用途前，曾先后用作临时性的政府办公室，包括西座12楼在2012年3至6月曾作为候任行政长官办公室、中座一楼在2012年10月起，作为南丫岛撞船事故撞船事故调查委员会的聆讯室。
保育与发展争议.
重建西座计画.香港政府在2005年落实添马舰发展工程，把政府总部迁往金钟添马舰，中区政府合署的保育问题