（光绪十三年）福建、台湾分治，台湾改制为台湾省，这时的南投行政区属台湾府台湾县（县治在今台中市南区），县丞驻南投堡。同时云林县衙设在竹山，管辖云林县。1894年（光绪二十年）甲午战争清廷战败，遂于第二年（1895年）将台、澎割让日本。1895年划入台中县，1901年独立为南投厅，1920年改为台中州南投郡、竹山郡、新高郡、能高郡。1945年日本战败，战后初期该县仍属台中县辖。1950年10月，台湾地区实施地方自治，政府调整全省行政区，南投自台中县划出单独设南投县，并于是年10月21日设立南投