为婆罗洲最高峰。该山的低地山坡主要由砂岩和页岩组成，其来源于35亿年前的海洋泥沙。岩基核心及山嵴为侵入隆起的超基性岩。因此在基纳巴卢山上存在很多超基性土壤特有的植物。
基质.马来王猪笼草似乎专门生长于蛇纹石土壤中，其含有高浓度的镍、铬，对于多数植物是有毒的。马来王猪笼草能生长于该生态位意味着其面对的生长空间及养分的竞争较小。此外，也已知阿里猪笼草和长毛猪笼草的根系能耐受重金属含量较高的蛇纹石基质。蛇纹石基质常薄覆于超基性岩上，所以其也被称为超基性土壤，其中还含有丰富的镁，呈弱碱性。