也大量存在于海水和河口栖息地，包括河流下游、红树林湿地和盐沼地。只有少数种类可完全适应于淡水环境，当中包括亚洲河流中的吻虾虎鱼属（"Rhinogobius"）及澳大利亚沙漠的雷虾虎鱼（"Redigobius"）。
分类.本科属于鰕虎亚目，过去是广义鰕虎科的一部份，后来基于原有的鰕虎科是个并系群，因而其中四个亚科被拆分出来组成单系群的背眼虾虎鱼科
系统发生学.虾虎鱼系各科关系如下：
内部分类.本科包含4个亚科约89属: