故事.游戏设定于未来的2020年，外星生命体“龙”袭击了地球，导致地球发生了巨大的变化。日本国土的98%以上处于龙的支配下，日本政府在超能力组织从云的帮助下，开始从龙的支配下夺回东京。游戏中的迷宫取材自现实中的东京，如东京都厅、国分寺等，但在龙的影响下又有较大的变化。故事主要情节围绕战斗小组13班展开。13班由玩家创建：游戏开始时，玩家可以自行选择角色的名称、性别、外貌、职业和配音。与前作不同，本作中职业和人物外貌可以自由搭配。男女角色各有15名配音员（声优），供玩家创建角色时选