正怀着夫妇两人的第六个孩子，已经接近生产。由于她之前流产的历史，汉密尔顿担心手册发表后会给伊丽莎白造成流产的危险。伊丽莎白发现事实后坚决离开在纽约的汉密尔顿，回到奥尔巴尼的父母家中。1797年8月4日产下一个健康男婴。直到9月，他们的长子菲利普患上斑疹伤寒，夫妇二人才再次团聚，逐渐恢复感情。两人的第七个孩子于1799年11月26日出生，夫妇两人按照伊丽莎白的名字给她取名为。1790年代时，伊丽莎白已经开始投身慈善事业，为寡妇和孤儿服务。到1790年代末，她家务繁忙难以全身心投入慈善，但仍然坚持为贫困儿童