随着战争的持续，自由派积累了宝贵的战争经验，这使得胜利的天平逐渐倒向了他们。1860年米格尔·米拉蒙将军（Miguel Miramón）发动的两次对韦拉克鲁斯的进攻均以失败告终。同年，保守派的军队在瓦哈卡州和瓜达拉哈拉两遭败绩。米拉蒙在这一年十二月在墨西哥城外向自由派投降。军队于1861年元旦重占首都。胡亚雷斯在一周后返回了这座他阔别已久的城市。尽管夺回了首都，保守派的游击队在乡村可没有放弃抵抗。米拉蒙将军流亡古巴，后来又去了欧洲。可直到法墨战争的结束，马奎斯将军依旧保持活跃，梅希亚在位于格尔达山脉的大本