出身三河的清长的父亲高力安长和祖父高力重长均战死。因此，当时年仅6岁的清长就由叔父高力重正抚养。清长最初出仕于松平广忠，及后在广忠死后不久的天文21年（1552年）出仕于其子曾经在骏河当人质的德川家康。永禄3年（1560年）5月，家康跟随今川义元攻打尾张，清长则负责将军粮运送至尾张的。永禄5年（1562年），义元战死后，清长跟随独立的家康前往清洲城缔结清洲同盟。其后，清长在西三河平定战和永禄6年（1563年）的三河一向一揆镇压战中先后立下军功，然而他在政治上的贡献比军事上更胜一筹，他在平定一向一揆后保护