华民国政府方面，将港澳地区定位为“有别大陆其他地区之特别区域”，不再是侨区。侨务委员会不再向港澳居民核发“役政用华侨身分证明书或护照加签侨居身分”。港澳居民待遇与外国人相类。进出台湾本岛时，陆港澳居民使用台湾地区入出境许可证。2002年12月，中华民国内政部制定《归化我国国籍者及归国侨民服役办法》，第5条规定，港澳回归前取得香港、澳门侨民身分之男子“适用本办法有关归国侨民之规定”，回台定居或回台定居“初设户籍登记之翌日起”，“届满一年时，依法办理征兵处理”。2015年12月，侨务委员会《华侨身分证明条例