去世后，金正日为父守孝三年，朝鲜劳动党中央委员会总书记和朝鲜劳动党中央军事委员会委员长的职务因此空缺三年。
接任劳动党总书记.1997年10月8日，朝鲜劳动党中央委员会和朝鲜劳动党中央军事委员会发表特别公报，宣布金正日当选为朝鲜劳动党总书记。同年发动为期4年的「深化组事件」清洗运动，令二万人受到迫害，数千人致死。1998年7月14日，中央选举委员会公布金正日被登记为第666号选区最高人民会议议员候选人。7月26日，第10届最高人民会议议员选举第666号选区举行选举，拥戴金正日为朝鲜