认为是马科中最早的品种。现时牠被认为是属于古兽马科，这是与马及雷兽有关的科。始祖马的大小如狗一般，生存于北半球，分佈在始新世早期至中期（距今约6千万至4千5百万年前）的亚洲、欧洲及北美洲。始祖马的第一个化石标本是由古生物学家理查·欧文于1841年在英格兰发现，他基于牙齿的缘故而怀疑这是一头蹄兔目。他并没有发现完整的骨骼，故将牠命名为「似蹄兔兽」（"Hyracotherium"），即始祖马的学名。于1876年，奥塞内尔·查利斯·马什在美国发现了一个完整的骨骼，并命名为曙马（"Eohippus"）。后来发现