3年，乌兹别克斯坦伊斯兰运动领导人朱马·纳曼干尼会见过伊扎布特的代表。2000年9月，吉尔吉斯军队在贾拉拉巴德州恰特卡尔区消灭7名乌兹别克斯坦伊斯兰运动分子，在他们身上发现伊扎布特传单。2000年9月初，塔利班、乌兹别克斯坦伊斯兰运动、伊扎布特的代表在阿富汗喀布尔开会。1999年2月，乌兹别克斯坦塔什干发生针对总统伊斯兰·卡里莫夫的系列爆炸。乌兹别克斯坦特勤机构宣布，有证据显示伊扎布特成员参与这些活动，随后开始大规模逮捕伊扎布特成员，伊扎布特由此完全转入地下，从而极大加深了乌兹别克斯坦政府与伊扎布特的矛盾，