常熟，为钱谦益祝贺八十岁生日。钱谦益将他改字为「留侯」，并且写了一篇《吕留侯字说》，期盼他能像张良报韩刺秦那样反清复明。
中年以后.康熙三年（永历十八年，1664年），与黄宗羲等人再访常熟，视钱谦益病笃而终。同年，东南抗清名帅张煌言被俘，于九月七日在杭州就义。吕留良作诗哀悼，并与万斯大设位祭奠，根据其遗愿将之葬在杭州南屏山麓。康熙五年（永历二十年，1666年），嘉兴课试诸生，吕留良身为秀才也在被试之列，却提前谒见县教谕陈执斋，对他说「予从此不复为诸生矣，敢辞」，并且出示了此前写