等病原体可以在吞噬细胞胞内形成高度特化的液泡，帮助它们在吞噬细胞内生存与繁殖。一些细菌可以在吞噬溶酶体内存活，如金黄色葡萄球菌可以产生过氧化氢酶和超氧化物歧化酶来分解吞噬细胞所产生的杀菌物质（如过氧化氢）。细菌也可能在吞噬溶酶体生成前从吞噬体中逃亡，如李斯特菌（"Listeria monocytogenes"）可以用（listeriolysin O）和磷脂酶C在吞噬体的膜上打洞。
杀灭吞噬细胞.细菌已经发展出一些途径来杀死吞噬细胞。溶细胞素能造成吞噬细胞膜上产生孔洞；链球菌溶血素（