密诏后，七月初四带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同府内叛变的葛诚、卢振一同处决。当日夜里，朱棣攻下北平九门，遂控制北平城。燕王朱棣起兵造反，援引《皇明祖训》，号称清君侧，指国君身边的齐泰和黄子澄为奸臣（谋害皇室亲族），需要铲除，称自己的举动是，为国「靖难」（意为「平定国难」，「靖」为「静」异体字），并上书于惠帝朱允炆。燕军控制北平后，七月初六，通州主动归附；七月初八，攻破蓟州，遵化、密云归附；七月十一，攻破居庸关；七月十六，攻破怀来