清军攻台战争，积极修筑防御工事并征调各地的原住民；原住民反抗并袭杀通事抢夺粮饷，攻击往来汉商。郑克塽指派亲军陈绛，率军镇压各别反抗的原住民部落；各社原住民不敌转入山区，其中竹堑社人转入十八尖山、客雅山等丘陵地，后来大部分社民接受招降回到竹堑社。而之后的眩眩社可能併入竹堑社中。自此，汉人直到1711年以前，未能在新竹进行有效率的屯垦经营。
由竹堑迁往新社.荷兰时期文献记载，当时竹堑社就坐落在头前溪畔。清代早期时竹堑社由香山迁往今日新竹市区中心位置。清康熙六十一年（1721年）朱一贵反