后，该寺多次开展支援抗美援朝的活动。1956年到1957年，人民政府拨款1万元人民币对该寺进行过修缮。二十世纪五十年代，先后有来自埃及、叙利亚、苏丹、约旦等国的穆斯林来陕西大寺举行礼拜和参观访问。1962年该寺被列为新疆维吾尔自治区文物保护单位。然而文化大革命时期，陕西大寺遭严重破坏，原先在大殿屋嵴上像是狮子、老虎、鸽子的石雕，连同八角亭上的2米多高的虽色月牙花瓶被砸毁，陕西大寺本身也被占做为工厂，机床产生的震动使得陕西大寺的瓦片脱落。中共十一届三中全会后，随着中共的民族宗教政策落实，陕西大寺恢复宗教活动。