各地投票所进行，其中台湾省选举人数为12,789,246人，出席投票者8,499,252人，投票率为66.46%；福建省选举人数为46,221人，出席投票者25,716人，投票率是65.76%。23位县市长席次中，民主进步党及中国国民党皆取得9席，亲民党则取得台东县及连江县2席。此外，金门县县长选举则由新党籍的李炷烽胜出，而无党籍人士傅学鹏及陈丽贞则分别在苗栗县县长及嘉义市市长选举中胜出。其中傅学鹏获亲民党支持，而陈丽贞获民进党支持。总括来说，泛蓝取得13席，泛绿取得10席。
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