在宫中极度专横，兄妹两人招来不少人的怨恨，到了809年，还将其亡父藤原种继追封为太政大臣。善于心计和政治眼光的药子为了争权，排除异己，无所不用其极，在天皇上任后第二年，药子与仲成便设下阴谋，让深得朝廷官员拥护爱戴的伊予亲王母子，死于冤狱。伊予亲王是平城天皇的异母兄弟，在三十多位兄弟姐妹中，特别卓越。药子兄妹怕其他贤明官员拥立伊予亲王即位，干脆先下手为强，拔去眼中钉。同年，平城天皇因病（《日本后纪》只记载是风病，后人推测可能是自律神经失调）让位给神野亲王，即嵯峨天皇，药子是一个权慾熏心的女人，眼看到手