坑外观呈多边形状，东西二侧分布着小山嵴，整体受侵蚀程度中等。陨坑西北侧边缘平直，东南外壁连接了卫星坑"麦哲伦 A"，而内侧壁坡较为平整。坑壁平均高出周边地形1030米，内部容积约为1200公里³。碗状的坑底已被玄武岩熔岩淹没，表面无其它典型的地貌结构，反照率与东北方幽暗的月海表面相一致。
卫星陨石坑.按惯例，最靠近麦哲伦陨石坑的卫星坑在月图上以字母标注在该坑中心点的旁边。