0时40分，首发列车G6126次缓缓驶出深圳北站，并于28分钟后直达广州南站，标志着广深港高铁广深段正式投入运营。开通初期，深圳北站只有前往广州南站的班次。乘客若要前往武广高铁各站，需要同时购买两张车票并在广州南站出站转乘。2012年4月1日起，广深港高铁与武广高铁双向直通，广深港高铁实行新运行图，深圳北站增加了20对前往武汉站和长沙南站的班次，取消了原先用于在广州南站不出站转乘的中转换乘卡。任何需要在广州南站换乘的乘客，均可凭纸质车票直接从站台层上楼，返回候车大堂，无须出站。