在“六四”风波中前往公安机关秘密自首，上交了他假借“秘书处”名义偷偷录制“首都知识界联合会”等组织活动的全部录音带，结果导致多人被捕、判刑。2003年，好友邀请他到吉林大学执教，入校前提出“只教书带学生不任职”的两个原则，2008年转入复旦大学，把英国经济学家弗里德里希·哈耶克着作研究引入复旦大学。2013年1月24日，邓正来因胃癌在复旦大学附属肿瘤医院病逝。
作品与思想.邓正来一生有着作25部，译着19部，主编书刊43种，论文58篇。邓正来长期研究西方法学和政治学，主持翻译西方人