幕府的第12代将军足利义晴的次子，其母亲是近卫尚通的女儿庆寿院。他也是第13代将军足利义辉的同胞弟弟。足利义昭出生后，被外祖父近卫尚通收为犹子；而兄长义辉早已被立为嗣子，根据当时足利将军家的惯例，未能获得嗣子地位的将军之子都要出家，因此被送入佛门，进入兴福寺的一乘院，法名觉庆。觉庆法师在兴福寺担任权少僧都的高级官职，本来他一生应该是在担任高级僧官中度过的。但在1565年（永禄8年）发生了永禄之变，第13代将军足利义辉连同其母庆寿院一起，被松永久秀、三好三人众弑杀；担任鹿苑院院主的弟弟周暠也被久秀诱杀。由