98年法国革命中，圣日耳曼德佩修道院的女士小教堂被拆毁，让·马比雍的简朴墓碑也被移走。后来又被重新移回圣日耳曼德佩修道院，至今仍位于修道院祭坛的后方。巴黎地铁的马比雍站是以他命名。在《玫瑰的名字》这部小说中翁贝托·埃可虚构说小说的原手稿是让·马比雍在梅尔克修道院首先发现的。