教廷态度的变化令雍正帝不满，谕旨说：之后雍正帝再次下令禁教。而干隆时期，传教士虽在宫中受到很高礼遇，但仍不能在华展开传教。嘉庆、道光两朝继续执行禁教政策，中国天主教只能地下发展。
争议结束.1932年，日本耶稣会所办的上智大学部分学生参拜靖国神社不行礼，即所谓上智大学学生拒绝参拜靖国神社事件，引起了当时的日本军部的强烈反弹。时任广岛主教约翰内斯·罗斯（1875年－1969年）为解决这一问题，遂展开对教史的研究试图找出有利的案例和证据。结果发现1258年时教廷曾颁发一件通谕，