998年6月20日车站老站房完全关闭。2003年5月19日，由哥本哈根地铁所使用的地下站房启用。腓特烈堡站1864年启用的第一代站房至今依然存在，在腓特烈堡购物中心与哥本哈根地铁建设工程中得以幸存，不过哥本哈根地铁隧道离第一代站房的地基很近。原先丹麦国家铁路所属的腓特烈堡站是地面车站，现在哥本哈根地铁所属的腓特烈堡站是地下车站。丹麦国家铁路与哥本哈根地铁两者轨距虽均为1435毫米的标准轨，但哥本哈根地铁列车宽度、高度均比丹麦国家铁路列车要小，二者的电气化供电方式也不相同。这使得丹麦国家铁路列车无法驶