新武吕溪鱼类保护区位于台湾台东县海端乡，为依据《野生动物保育法》公告之野生动物保护区。在有楠梓仙溪野生动物保护区成立的前例下，当地也发起保育行动，并在1998年公告成立保护区。范围自新武吕溪初来桥起，往上游包括支流大崙溪、雾鹿溪以及武拉库散溪部分河段，总长度37.1公里，面积达292公顷。