时任第三舰队参谋长提出了“有必要让机动部队指挥官统一指挥所在部队。由第二舰队司令长官来指挥的话，并不适合作战”的意见。1943年8月海军解决了相关问题，1944年3月正式组建第一机动舰队。1944年6月，第一机动舰队组建后参加的第一场主要作战就是菲律宾海海战。是役第一机动舰队损失超过300架飞机，已经无法完成机动部队的功能。经此惨败，第三舰队返回本土休整，而第二舰队则南下为捷号作战做准备。同年10月，雷伊泰湾海战（莱特湾海战）爆发，第二、第三舰队均参加了是次作战。第三舰队严重缺乏飞机，只能在恩加尼奥角海