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千禧年代初期.2000年代初，更多如愉园、杰志等的球队加入了争持，令千禧年代初期成为香港足球历史上的大乱世，而南华则在1999/2000年球季成功突围，得到该届的甲组联赛冠军。而在2001年11月29日，南华在亚洲盃赛冠军盃的第二圈主场凭甄马田大演「帽子戏法」以3-2「爆冷」击败日本甲组联赛球队清水心跳。赛后获亚洲足协选为亚洲2001年11月最佳球队，而这更是香港球队首度赢得这荣衔。 可惜同年12月19日的次回合，南华作客大败6-0，未能晋级。不过好景不常，南华因为