肥前四藩（一般称为「萨长土肥」）藩士和尊皇派公家等实力者主导，融入大量前幕府（包含幕府解散后改组成的骏府藩）的中阶官僚（通称为幕臣）所形成的政权。名义上政府是以天皇为首，太政大臣宣政的亲政公议政权，但真正的实权则是「萨长土肥」的藩士们掌握，其中萨摩的大久保利通与长州的木户孝允这两位萨长领袖的影响力特别大。但各藩士之间的理念不同，政府的体制也未成熟，因此政府内部经常出现政治冲突，连带影响到政府的组织改革。维新政府组织可以明治六年政变做为分水岭。在此之前新政府的组织以镇压叛乱、稳定税收和建制为主，加上公议的