913年（民国二年），林长民当选民元国会衆议院议员，并兼任众议院秘书长，5月任进歩党的政务部部长。在衆议院，他担任秘书长兼宪法起草委员，参与制定《天坛宪草》。在北京活动的同时，他还就任福建私立法政学校校长。1914年（民国3年）任政事堂参议，5月任参政院代理秘书长。1915年（民国4年）任法制局局长，不久辞任。1916年，国会重开，继续担任众议院议员。1916年，他还担任宪法研究会编辑事务，该会即进步党人士结合而成。1917年（民国6年）7月，任段祺瑞内阁的司法总长，同年11月辞任。1918年，任总