书院任讲师15年。《清史稿》载：“宗源瀚建辨志精舍于宁波，请以周定其名义规制，而专课经学，着录弟子千余人。”黄以周为学不拘汉宋门户，尤邃三礼，撰《礼书通故》百卷，该书可与杜佑《通典》相比隆，考释中国古代礼制、学制、封国、职官、田赋、乐律、刑法、名物、占卜等，并纠正旧注的谬误，“最博赡精审，盖清代礼学之后劲矣。”。另着有《礼说》、《礼说略》、《礼易通诂》等。
其他.国民党元老吴稚晖曾在南菁书院黄以周门下学习过。吴稚晖回忆初见黄以周，看到其书斋上有大幅格言：实事求是，莫作调人（调节