，提高南化水库之供水量达每年2亿9千万吨，1993年2月20日将计画名称改为「南化水库第二期工程计画」，于1994年6月动工，于1999年6月开始通水运转。
南化水库与高屏溪拦河堰联通管路.南化水库与高屏溪拦河堰联通管路是因应高屏溪枯水期水量不足，为了稳定高屏溪拦河堰之供水，于丰水期利用甲仙堰引水维持蓄满南化水库，并以南化水库取水供应台南、高雄地区，同时期于高屏溪拦河堰取水供应高雄地区，枯水期自南化水库调水供应高屏溪拦河堰，全长57.7公里。2001年7月动工，于2003年11月完