在泊头站，萧振瀛离开专车临时改乘汽车赴冯玉祥的治安防地，不久其专车便遭到冯玉祥派出的便衣队枪击，专车上的卫队一士兵及参谋霍占一受伤。此事曝光后，冯玉祥随即遭撤职。1938年春，第一战区改由程潜担任司令长官，萧振瀛留任第一战区总参议。同年冬，日军占领武汉，程潜调离第一战区，萧振瀛随国民政府撤往重庆。1940年夏，朋友告诉萧振瀛蒋介石企图加害他，萧振瀛乃辞去军政各职，在重庆郊区山洞西山新村闲居，从事社会经济、文化以及公益事业，并常和前线军队联系。原西北军将领何基沣因访问延安而遭到拘禁，后来通过萧振瀛力保才重