顷，工程包括清拆位于竹篙湾东北岸的财利船厂，由于船厂部分土地被重金属、总石油碳氢化合物、半挥发性有机化合物及二恶英所污染，因此必须进行除污。被污染的泥土在挖出后被运送至倒扣湾工地以热力解吸法处理，继而再以混凝土凝固法来处理；过程中所产生的剩余物则被运送至青衣化学废物处理中心焚化。此举引起环境保护团体不满。此外，古物古蹟办事处在2001年8月至11月在财利船厂考古勘察，发现了不同时期具考古价值的文物。船厂清拆工程展开前，有关部门于2001年委派香港及中国的考古研究室和大地考古公司在该处进行抢救性发掘和保存