史外调。御史蒋拱宸弹劾吴昌时赃私巨万，牵连周延儒，给事中曹良直亦劾周延儒十大罪，朝廷遂削周延儒之职，遣锦衣卫逮其入京受审。昌时百般辩解，称“祖宗之制，交结内侍者斩，法极森严，臣不才，安敢犯此？”明思宗亲自审问吴昌时，命用刑打断了吴的小腿， 阁臣蒋德璟、魏藻德奏道：“殿陛之间无用刑之例，伏乞将昌时付法司究问。”思宗怒批：“此辈奸党，神通彻天，若离此三尺地，谁敢据法从公勘问者！”二阁臣奏道：“殿陛用刑，实三百年来未有之事！”明思宗说：“吴昌时这厮也三百年来未有之人。”崇祯十六年冬十二月（1644年1月），被斩首