国71年（1982年）发起重建，至民国73年（1984年）10月完工。而在红毛港迁村之前，飞凤寺坐东朝西，建筑装饰为当地各寺庙之中最精致者。此外飞凤寺的外五营是各有一间小庙，完整性最高，其界线与祭祀圈相符。因为红毛港迁村计画，飞凤寺在民国96年（2007年）11月24日举行迁庙大典，神明安置在国庆十街与红毛港路交会处的临时行宫，次年（2008年）5月动工新建新庙。工程期间，台南下林玉圣宫邀请南安诗山凤山寺神尊来台巡香，于民国98年（2009年）7月23日驻跸红毛港飞凤寺。工程于民国101年（2012年）