其它地区及大学城周边区逐步开设了卫星校园，大学城系统被分散开来。后来也有一些零星的学潮活动，大部分主要是因分级和学费原因所引起。大学最后一次大规模学生罢课发生在1999年至2000年间，当时学生们关闭校园将近一年，以抗议校方要求的每位学生每学期150美元的学费。校方和抗议大学都举行了投票，但双方都互不接受对方的结果。最后根据法院下令，警察在2000年2月7日突袭了罢课者们占领的建筑物，结束了罢课活动。2009年，墨西哥国立自治大学被授予阿斯图里亚斯亲王交流与人文奖，并开始了持续到2011年的数个百周