脑死的传言。但2000年5月14日下午4时7分，小渊在顺天堂大学医学部附属顺天堂医院逝世。令人感到天意弄人的是他父亲亦因此病逝世。小渊死后，获追颁大勋位菊花大绶章。
过世之后.衆议院对曾任总理大臣的议员朗读弔辞，依惯例是由最大在野党党魁朗读的。本来由民主党代表鸠山由纪夫朗读弔辞。但小渊家属拒绝，故破例由同曾当上总理大臣的在野党社会民主党众议院议员、前首相村山富市在众议院朗读弔辞。当时鸠山正强烈攻击小渊长兄小渊光平与秘书的不当利益，被视为令小渊惠三加重压力引致突然死亡的原因。野中亦因