后在台湾大学数十名师生的送别之下，搭乘经青岛、上海等地返回日本。
晚年.河田末吉受二二八事件影响，于1947年5月3日返日，并于其后任职于京都大学工学部应用物理学教室，担任热力学教授。河田末吉在台湾所做的宇宙射线研究，也提供了仁科芳雄等物理学者许多宝贵的数据，并在联合国军最高司令官总司令部（GHQ）的监督之下与东京大学的研究社群合作进行核物理与宇宙射线物理的研究。尔后，河田末吉转任荒胜文策创设的私立甲南大学理学部，并于1959年成为通过认证的辐射防护主任。