但于和约订下为止都仍占领澎湖。1885年5月至6月间，澎湖发生瘟疫，法军病死若干，甚至司令孤拔也罹患赤痢，并快速恶化成贫血。1885年6月9日，在英国的调停下，李鸿章和法国公使巴德诺（Patenotre）在天津签订了《中法天津条约》。6月11日，孤拔病殁于澎湖马公。1885年6月13日，法国远东舰队接获和谈通知，6月16日由李士卑斯代理舰队司令一职，前往鸡笼交换俘虏，并于6月21日撤离鸡笼，8月4日完全撤离澎湖。1885年（光绪11年），台湾建省，澎湖改隶于台湾省。