他的侄子叶铭汉为给叔父平反，曾给北京大学、中共中央统战部、中共北京市委反映情况，均未获得答复。1986年8月20日，中共河北省委发出《关于熊大缜问题的平反决定》，认定熊大缜案为冤案，并称“叶企孙是无党派人士，爱国的进步学者……”。清华校友写信给吕正操将军，要求为叶企孙平反。1987年，叶企孙的平反文件正式公布。1987年2月26日，《人民日报》发表文章《深切怀念叶企孙教授》。1990年，清华大学物理系校友在清华设立“叶企孙奖”。1992年，海内外127位知名学者联名向清华大学提议为叶企孙建立铜像