中央政策组首席顾问刘兆佳于9月8日在报章撰文，指「次主权」虽然为近代学术界讨论国际关系的新名词，但是未有统一定义，亦未正式用于法律或者国际法层次，批评沈旭晖用词不当，容易引起不必要的政治争论和摩擦，更可能造成「有人有意将香港搞成为独立政治实体」等猜疑。刘兆佳认为，曾荫权直接致电阿基诺三世只是利用「亚太经合组织香港代表所建立的与其他国家领导人的人际关系」，是特事特办的行动，与「次主权」无关。沈旭晖其后同意「次主权」宜在学术层面作讨论。
中菲关系.事件发生后，中华人民共和国外交部派遣工