多数阿拉伯政府的失败和世俗阿拉伯激进主义的破产导致一部分受过教育的阿拉伯人（和其他穆斯林）开始支持伊斯兰主义，一个由伊朗的什叶派神职人员和沙特阿拉伯强大的瓦哈比派推动的意识形态。很多伊斯兰主义武装组织在苏联－阿富汗战争期间获得了军事训练，当中的圣战者经旋风行动获得了美国资助，旋风行动是中情局迄今为止进行的最长，也是最昂贵的隐蔽行动之一。其中一名阿拉伯武装分子是富有的沙特阿拉伯人，名叫奥萨马·本·拉登。在20世纪80年代与阿富汗的苏联人作战后，他组建了盖达组织，负责了1998年美国大使馆爆炸案，美国科尔号