与货运量显着增加，旧有的高雄车站渐不敷使用，因此配合都市计画，于当时仍属未开发地带、腹地宽广的大港设置「高雄新驿」，作为新的市区中心；另外也一併将新车站周围的新市区开发纳入考量，由内而外为商业区、住宅区与工业区，并以设计作为货运输送骨干的环状铁路（今高雄临港线）作为市区界线。新车站于1939年动工兴建、1940年完工，1941年6月22日高雄车站正式启用，同日原高雄车站改称高雄港车站。新高雄车站有三座岛式及一座岸式月台，除了岸式月台就在车站站房后方而以平面通道连接外，其余皆以地下道连接，是高雄最早的人行地下