洪武七年（1374年），涠洲巡检司迁往雷州遂溪。万历六年（1578年），自雷州移民于岛上垦耕。清康熙元年至嘉庆11年（1692年-1806年）涠洲居民三度内迁，驻岛行政机构裁撤。同治六年（1867年）重开岛禁，移雷州、廉州二州船户客民于岛上。同年起，法国天主教传教士到涠洲岛传教。并于1880年和1882年，分别建成盛塘村天主教堂和城仔村天主圣母教堂。光绪二十年（1894年），涠洲岛划归合浦县管辖。民国初至1931年，先后属合浦靖海团和合浦第二自治区辖镇。1938年9月至1945年6月，日军占领涠洲岛