合参谋部作战部，担任副作战总监。 麦克里斯特尔被指定在电视媒体面前发表国防部关于伊拉克军事行动的简报。
联合特种作战司令部司令期间.麦克里斯特尔领导联合特种作战司令部长达5年时间，2006年2月，同时为前线司令，虽然该职位应在北卡罗来纳州布拉格堡，但他大部分时间待在阿富汗、美国中央司令部位于卡塔尔的前线指挥部以及伊拉克，直接指挥特种作战行动。 当时，他的工作被认为是非常关键且核心的。 2003年12月，成功捕获了萨达姆·侯赛因，2006年2月晋升为中将。作为新闻周刊所谓“美国军界最