的计算机模拟来分析和可视化这些细胞过程的复杂连接。例如，人工生命或虚拟进化试图通过简单（人工）生命形式的计算机模拟来理解进化过程。
比较基因组学.比较基因组学的核心课题是识别和建立不同生物体的基因或其他基因组特征的联系。这些跨基因组的联系使得我们能够跟踪基因组的进化过程。基因组进化由多个不同层次的事件完成。在最低的层次，单个核苷酸上发生了点变异。在较高的层次，大的染色体片段经历了复制、横向迁移、逆转、调换、删除和插入等过程。在最高的层次上，整个基因组会经历杂交、倍交、内共生等变异，