边抗日游击支队主动撤出晋豫边，编入一二九师新编第一旅。晋豫特委也率领地方党员、干部数千人转移到太行山南平顺县境内。1940年1月晋豫地委改为中共晋豫区党委，聂真任书记。不久，晋豫区党委和太南区党委合并为中共太南区党委（后改为中共晋豫区党委），迁驻太南区平顺县境内，属中共晋冀豫区委领导。晋豫边区党的工作采取精干隐蔽、长期埋伏、以待时机的方针，转入秘密工作时期。1939年5月，朱瑞与徐向前搭档赴山东领导游击战。同年8月，山东八路军部队进行重新编制，徐任八路军第一纵队司令员，朱瑞任政委，统一指挥山东和苏北地区