陈映真于台北市新生画廊筹划关于日治台湾五十年《五十年枷锁》照片展，展出历史照片三百余幅。1997年7月，受邀参加香港主权移交大典，筹划香港殖民时期照片展于台北市诚品书店；也参与1999年的「中华人民共和国建国五十週年大典」；并在1999年12月受邀参加澳门回归大典。1996年获中国社科院授予荣誉高级研究员。2000年，陈映真在《联合文学》杂志九月号发表〈关于台湾「社会性质」的进一步讨论—答陈芳明先生〉一文透露：余光中曾将其文章中引述马克思之处一一标出并加上批註，寄给当时国防部总政治作战部主任王昇，告密其