，蛋外层所包裹的膜和，以及嵴椎动物的皮肤都属于机械屏障；这些机械屏障包裹住生物体，可以阻挡环境中的病原体入侵。但生物体不可能将自身完全隔离于生活环境之外，部分器官（如肺、肠和尿道）需要与外界环境进行频繁的物质交换，因此这些器官有其他的机械防御机制。例如，咳嗽和打喷嚏可以排出唿吸道中的病原体和刺激原；流泪和排尿可以将病原体排出体外；唿吸系统和尿道所分泌的粘液可以黏附和包裹入侵的微生物。化学屏障也可以保护生物体免受感染。皮肤和唿吸道能够分泌抗微生物肽，如β-防御素。而唾液、眼泪和奶水中含有的一些酶，如溶菌酶