尼布甲尼撒二世于前562年暴死后，巴比伦进入衰退期。继位君主都很短命，前555年，拿波尼度在宫廷官员叛乱中被推上王位。前552—前550年，波斯王子居鲁士二世推翻其外祖父在米底亚王国的统治，接下来的十年，居鲁士二世征服从爱琴海的吕底亚王国到印度洋的格德罗西亚，绵延近5千公里的疆土。面对这样一个对手，拿波尼度没有侥幸的可能。前539年，经过短暂战斗，居鲁士二世进入巴比伦。巴比伦从此再也没成为一个独立的王国。
波斯帝国时期 前539年－前330年.居鲁士二世保留巴比伦当地的宗教和习俗