病的流行和三十年战争的影响，刚创办不久的学校便不得不面临搬迁的命运。从1625年5月25日至1650年5月5日的近25年间，学校都一直在附近的马尔堡上课。这期间虽也曾于1633年回过吉森，但只短暂停留了12个月。1787年至1833年期间，会计师、统计学家（August Friedrich Wilhelm Crome）来到吉森大学讲学，同时还出任校长和一个叫作“战争委员会”的委员。这个委员会的作用是要防止大学图书馆的藏书被法国占领军掠夺一空，因为此时正值18世纪末，学校已经被无情地卷入到了法国大革命战争