馆的展厅由两部分组成：其一是元寇记念室（后厅），其二陈列日莲宗史、日莲上人铜像史、武具的历史等计划展示（前厅）。史料馆陈列包括元日战争之际缴获的元军武器等贵重资料，与元寇题材有关的矢田一啸等画家作品，明治初期、西南战争以及甲午战争中被日军缴获的清朝北洋水师靖远号防护巡洋舰上的物品、日俄战争、第一次世界大战青岛战役中日军击败德军所缴获的战利品。
质疑.馆内的清国军舰神符，木制品，高94.5厘米、长45厘米、宽22厘米。牌位上刻“护国庇民妙灵昭应弘仁普济福佑群生诚感咸孚天上圣母