和湖广的巡抚福宁、布政使陈淮三人朋比为奸。更早之前，御史钱沣曾奏劾毕沅于甘肃冒赈一案侵蚀公款。嘉庆元年，爆发川楚陕白莲教起义，为了粉饰太平，毕沅受权臣和珅指使，对此隐瞒不报。川楚教乱标志着清朝走向衰落的开始。川楚教乱平乱不久，直隶、河南、山东诸省又发生天理教领导的癸酉之变。