酶，以及胰脏分泌的胰蛋白酶及胰凝乳蛋白酶，可以将食物中的蛋白质分解为多肽，之后再由外肽酶及分成胺基酸。不过胃和胰脏多半不会直接分泌消化酵素，而是分泌无活性的前体酶原。例如胰蛋白酶是以的形式，由胰腺所分泌，再经由十二指肠的活化成为胰蛋白酶。胰蛋白酶可以将蛋白质分解为较小的多肽。
脂质的消化.有些脂质是从进入口腔起就开始消化，会将一些短链的脂质转换为甘油二酯。不过大部份的脂质是在小肠消化的。小肠中脂肪的出现会产生激素，会让胰腺释放胰脂肪酶，让肝脏释放胆汁酸，有助于脂肪的乳化，可以以脂肪