、景尾（后裁撤改设深坑）、沪尾、新庄、水返脚、金包里、顶双溪、树林口、三角涌、桃仔园与中坜等十三个辨务署。面积大约从数十到三百平方公里，人口从数千人至万人以上。1898年6月20日修改〈台湾总督府地方官官制〉后，承接原本在县厅之下的警察署与抚垦署之职掌，由辨务署第二课负责警察行政，第三课则负责蕃地行政。1901年，着眼于辨务署欠缺灵活，台湾总督府于新的区划方案中将之废除。除了少数整併外，原所辖范围改为之后的厅管辖。
辨务署列表.以下列出台湾各地的辨务署与各署管辖区域