、EF58型电力机车各一台进行改造，所以并没有特意按机车编号作配对，其中只有EF13型5、26号机车恰好取用了相同编号的EF58型机车的旧车体。
运用.EF13型电力机车投入运用初期，主要在战前已经完成局部电气化的东海道本线和中央本线牵引货物列车。1947年，上越线全线完成电气化改造后，EF13型电力机车开始在该线担当货物列车和旅客列车的牵引任务，直至越来越多的EF15型电力机车投入上越线。1960年代初，EF13型电力机车亦曾经被用于新干线列车转移和回送。EF13型电力机车被调离