行政院长萧万长经与企业财团领袖会商后，决定筹组两岸共同基会，推动及研究两岸建构共同市场。萧万长卸任行政院长后，积极鼓吹两岸共同市场概念，并展开游说企业界捐款，结合台湾包括台积电董事长张忠谋、统一企业集团总裁高清愿、国泰人寿董事长蔡宏图以及新光集团的吴东进、吴东亮等人于2001年3月共同筹组成立“两岸共同市场基金会”。尽管台湾经济不景气，萧万长还是集合了包括自己在内的20位捐助人，每人捐款新台币500万元，成立规模新台币1亿元的两岸共同市场基金会。该基金会是民间组织，不是官方机构，并定调在研究论坛的角色，