同时期的西方着作均将杭州称为行在（Quinsay），可见直到元代早期，行在仍是对杭州最通行的称唿。
北京.明朝燕王朱棣假清君侧之名，发动靖难，攻打当时其姪儿建文帝的京师金陵应天府，夺得皇位。但朱棣即位后，因应蒙古人的威胁，决意要迁都自己发迹之地燕京北平，于是在永乐元年就将北平升为行在，后又在行在设立六部，称「行在六部」。朱棣随后着力经营燕京，兴修宫殿、疏浚运河，并经常前往燕京办公。永乐十八年，朱棣正式迁都北京，北京成为京师，不再称行在。金陵应天府则变为陪都。朱棣死后，明仁宗朱高