毁灭性的破坏，除极少数人逃亡外，其余的绝大多数人死亡，造成数千里无人区，大批水利设施被有计划有组织的破坏，黄河泛滥也日趋严重，从此河南失去过去长期拥有的优势。
明朝、清朝.在元末民变时，河南是遭受战争破坏严重的地区，千里无人烟，洪武年间由朝廷强制性组织了从山西来的大规模的移民。1368年，大明建立，河南的省界已经与今天大致相同。下设8个府：开封、河南（洛阳）、归德（商丘）、南阳、汝宁（汝南）、卫辉、彰德（安阳）和怀庆（沁阳）。在开封还驻有周王。1641年，李自成攻占洛阳，杀福王