设有3个出口。
站厅.苜蓿园站在地下一层设有站厅，站厅内设有自动售票机、进出站闸机和安全检查设施。展厅吊顶设有一面面积达700平方米壁画，为南京地铁2号线中最大的一面。壁画以苜蓿园站“七夕节”为主题，运用了冷暖的对比手法，展现了牛郎织女鹊桥相会的场景。站厅不占据两柱间地面，乘客亦可在站台层通过中空的站厅观赏到壁画。
站台.苜蓿园站站台位于地下二层，设有一个岛式站台，有2号线经过，可乘坐二号线列车前往沿途各站。站台设有18个柱子，每层的每个柱子上均绘有中外爱情