视一些β股段。整体上而言，最高的预测准确性只可以达90%，因DSSP的标准方法的性质，与校准的预测相违背。准确的二级结构预测是三级结构预测的重要原素。例如一个确定的βαββαβ二级结构模式，就是铁氧化还原蛋白的记号。
核酸.核酸亦有二级结构，<nowiki>（RNA）分子。RNA二级结构可以分为螺旋（紧接的</nowiki>硷基对）及不同种类的环（被螺旋围绕的不成对核苷酸）。茎环结构是一个硷基对螺旋结构，末端为短少的不成对环。这种茎环结构非常普遍，并且是建构大型结构模体，如三叶