作为战斗机，设计最终导致了一些严重问题。此飞机的最大问题却是来自其最大优势：高速。实战中，飞行员发现他们在成功击落敌机前，就已经超越他们。这使德军不断发展许多更强大的武器，但这个问题没有完全解决。另一个问题是，就像其它滑翔机一样，Me 163使用了滑雪板，而非传统带轮起落架。这意味着当飞机降落到着陆场时，它不能自行移动。此时，最大的问题变成了其有限的燃类载量和低耐力。这种飞机引擎的运作时间不到8分钟，其中一些更被用于起飞和攀登到足够的高度。这让机员只有很少的时间来发现和攻击敌机，更限制了它的操作范围