全部暂停。2020年2月20日，来往深圳的两条航线停航，外港客运码头所有航线已停运。2020年9月10日起，往返外港客运码头和深圳蛇口航线恢复。
航线资料.
跨境渡轮.码头现时提供由澳门至香港（港岛上环、九龙尖沙咀、新界屯门、赤鱲角机场）及深圳（蛇口、福永）等多条航线。划线为受2019年冠状病毒病影响而停航的航班。
直昇机坪.码头天台亦设置直昇机停机坪，提供来往香港及深圳的直昇机航班。外港客运码头往来香港上环空中快线直昇