班牙无敌舰队的那个难熬的夜晚，就是在圣詹姆士宫度过。而1649年的查理一世国王在圣詹姆士宫度过的那晚则肯定更加辗转反侧、夜不成眠了——这里是他临行刑前最后的寝室，他成为英国历史上唯一一个被处死的国王。接着1649年至1653年间短暂的共和国时期，独裁者克伦威尔为了粉碎一切皇权的象征，把圣詹姆士宫改作军营之用。但不久，随着王室的复辟，查理一世之子、本身出生于圣詹姆士宫的查理二世国王就恢复了其诞生之地的原貌。查理二世又重新规划了宫殿北面的圣詹姆士公园。 1698年，怀特霍尔宫被焚毁后，圣詹姆士宫正式成为了当时的