争时期，任第三战区司令，主持江苏、浙江、福建、江西、安徽东南五省抗战长达七年。1941年1月22日，顾祝同命令各县政府、县党部在最短时间彻底肃清皖南新四军零散人员。新四军事件时，顾祝同主要负责包围新四军及扣押叶挺。1945年9月，日本战败投降，何应钦在签字后举办宴会，顾祝同亦参与宴会，宴会结束后步出礼堂与众将合影，下午和同僚前往谒陵瞻仰国父。12月20日，国民政府任命程潜为军事委员会委员长武汉行营主任，余汉谋为衢州绥靖公署主任，顾祝同为徐州绥靖公署主任，刘峙为郑州绥靖公署主任1946年，顾任陆军