发现约有二属，七种。在台湾，莼菜科植物于战后被以观赏植物功能引进，今归化于宜兰亲水区。
分类.1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将莼菜科单独列在被子植物分支中，不属于任何一目和任何一个分支，并建议可以选择性地和睡莲科合并。2009年APG III则让本科与睡莲科保持分离，再加上独蕊草科之后，确立了本科在睡莲目的独立地位。