内先进行单循环赛，各组前两名的队伍再分成两组进行四强赛，产生两组冠军队伍。最后分别由俄罗斯与克罗埃西亚获得冠军，并取得2007年欧洲棒球锦标赛的资格。但是于2005年欧洲棒球锦标赛获得第九名的希腊遭到欧洲棒球总会取消资格，由第十一名的俄罗斯递补，而原本俄罗斯于资格赛取得的资格就由资格赛同组的奥地利顶替。
预赛.12个参赛国家于预赛时分为AB两组，每组各六队进行单循环赛，分组成绩前三名者可晋级复赛。捷克因为使用不合规定的选手参与比赛，在预赛中对克罗埃西亚与奥地利获胜的比赛被国际棒