足类动物起源于3000万年前亚北极地区适应淡水湖泊生活的熊超科陆生食肉兽。鳍足类动物后来发展出两个分支，一支是有耳廓的海狮类和海象类，另一支是没有耳廓的海豹类。
分类.鳍足类动物到底作为一个目与食肉目并列，还是作为食肉目下的一个亚目，多年以来一直有争议。鳍足类动物与其它食肉目动物相比在形态和生活方式的确不同。但因为最早的鳍足类动物的化石是中新世时期，而哺乳纲其他各目最晚出现在始新世，这也成为不能成立鳍足目的原因。