古菌也可以是偏利共生中的获益者，同时寄主既没有获益也没有受害。例如就是在的人体正常肠道菌群中最常见的古菌，这种古菌占了肠道中原核生物的十分之一。在白蚁和人体内，这些产甲烷菌甚至可能是有益的，这些古菌会与其它菌群互相影响并协助消化。古菌的菌落也与不少其它生物表面或附近生活，例如在珊瑚的表面和环绕植物根冠的根际。
在技术与工业中的作用.一些耐热或耐酸碱的嗜极古菌可以作为一些在极端环境下活跃的酶的来源。这些来自古菌的酶拥有很多用途。其中耐高温的DNA聚合酶，例如从中提取的可以在需要进行