捕行动告一段落后，台大部分学生则在宿舍遭到限制行动。而指名逮捕的师范学院自治会主席周慎源逃脱后加入共产党，郑鸿溪与朱商彝(朱实)趁乱逃回大陆加入中国人民解放军，历任至中共中央统战部一局局长，赵制阳则审讯后释放，却无法完成登记而失去学籍。时任台大校长傅斯年对当局不经法律程序迳行进入台大校园内逮捕师生高度不满，亲自找国民党最高当局交涉，要求逮捕台大师生必须经过校长批准。他甚至警告彭孟缉：「若有学生流血，我要跟你拚命！」傅斯年极力保全涉案学生；少数遭逮捕的学生如颜世鸿等，傅斯年也要求军警不得上手铐，并保留他们