。如上所述，尽管经常限制于胃内容物的直接信息，但是可以从胃中残留的生物以外的沉积物在某种程度上推断深海鱼的食性。如果在深海鱼类的胃中发现了沙粒，则意味着该鱼类直接或间接利用沙泥中的生物，反之则较少依赖于这些生物。同为背棘鱼目所属的底栖鱼，海蜥鱼科和背棘鱼科鱼类的食性存在显着差异 。某些寄生虫具有严格物种特异性（仅感染特定的中间宿主和最终宿主），已被用于调查深海鱼的食性。通过研究感染某些鼠尾鳕科鱼类的寄生虫，发现鼠尾鳕科鱼类食用寄生虫的中间寄主钩虾亚目（端足类）和糠虾目动物，并推测单鳍鳐科的里氏深海鳐