大战期间的武装亲卫队成员与纳粹集中营管理人员间维持着相当紧密的互通关系。截至1939年9月1日为止，在希姆莱领导下的亲卫队军事单位共辖有下列子单位：
早期行动.特别机动部队的部分成员与德意志国防军一同参与了佔领苏台德地区、奥地利与捷克斯洛伐克的行动。在这些行动中，特别机动部队均由国防军指挥领导。此外，特别机动部队还为了这些行动特别组成了数个炮兵团，借以充实部份陆军单位的战斗力。特别机动部队所属的「德意志」、「日耳曼尼亚」两个团与希特勒警卫旗队均参与了波兰战役；而「元首」团（德奥