战争）的出兵问题向佐贺藩第10代藩主锅岛直正提出建议等政治活动。德川庆喜进行大政奉还结束德川幕府，庆应3年（1867年）的12月，江藤新平被解除蛰居并恢复郡目付的身分。萨摩藩及长州藩与公家岩仓具视合作，于庆应3年12月9日（1868年1月3日）发布王政复古的大号令，新政府因此诞生，江藤新平也与副岛种臣一起被派遣到京都，代表佐贺藩参与新政。戊辰战争中，江藤被任命为东征大总督府的军监，并与土佐藩士小笠原唯八一起前往江户进行侦察。在萨摩藩的西乡隆盛与幕臣胜海舟会谈并决定江户开城后，由江藤负责接受城内的文书