高分转入台湾省立花莲中学初中部二年级，因成绩优异直升高中部，并于1960年以优异成绩毕业于省立花中。1964年，邱正雄于国立台湾大学经济学系取得学士学位，后来在台湾大学经济学研究所就读。1973年，他于美国俄亥俄州立大学取得经济学硕士，并于1978年在俄亥俄州立大学取得经济学博士学位。在此期间 ，他受聘为台大经济系的副教授，并于1975年开始进入中央银行任职，历任央行业务局副局长、外汇局副局长、业务局局长；1988年，邱正雄在央行担任业务局长时，被华南商银聘为总经理，而后又升任为央行副总裁兼经济研究处处长，