马如龙出身忠良世家，先世江南人，中武秀才。咸丰六年（1856年）爆发云南回变，马如龙在澄江响应起事，自立为帅，与杜文秀取得联系。据新兴、昆阳、晋宁等八城，五年间率云南东南部义军三度围攻省城昆明。咸丰十一年（1861年）接受清廷招抚，跟随马德新降附知府岑毓英，改名马如龙，同治元年（1862年）任清临源镇总兵。同治八年（1869年）清军反攻，起义军失利，退回滇西，这次失利成为起义的转折点。同治十一年（1872年），清军围困大理，杜文秀服毒自杀，起义失败。马如龙历任云南鹤丽镇总兵。追随岑毓英攻灭杜文秀建立的大理