011年香港十大杰出青年得主之一，于2012年在中华人民共和国共188名候选人中被选出，获得颁授年度中国青年女科学家奖，以表扬其于无创性产前诊断研究及应用范畴上的成就。
生平.1997年毕业于澳大利亚昆士兰大学甲等荣誉内外全科医学士，1999年澳大利亚毕业后返回香港，加入香港中文大学化学病理学系系主任卢煜明团队担任博士研究生，开始其职业生涯。2002年，赵慧君获得香港科学学会颁授青年科学家奖。2004年，赵慧君获得香港中文大学博士学位。于2004年至2005年获得澳大利亚洲