91年，元亲将居城迁到浦户城。1592年，参加朝鲜征伐。1596年进行检地。1597年，与盛亲一同制定长宗我部元亲百个条。
人生最后.1598年，丰臣秀吉病逝，政局变得相当不稳定，因此元亲年末留在伏见宅邸，并于11月26日接受德川家康的访问，隔年年初归国。1599年，身体越来越虚弱，为此再次上洛找寻京都及大坂的名医并谒见丰臣秀赖，在伏见屋敷休养，最终一病不起，向盛亲交代遗言后病逝，享年61岁。1928年（昭和3年）11月10日赠正三位。