内部，而不是那些发射X射线的机器之类的外部来源。源自核医学检查的辐射剂量表示为有效剂量，单位是希沃特，且通常采用毫希沃特。检查所造成的有效剂量受下列因素影响：对于不同的核医学检查，有效剂量会有所不同。用来测量肾小球滤过率（GFR）的3 MBq铬-51 EDTA可以造成6 μSv (0.006 mSv)的有效剂量，而采用150 MBq 铊-201的非特异性的肿瘤成像操作所造成的有效剂量则可以达到37 mSv。采用600 MBq 锝-99m-MDP的常规骨扫描所造成的有效剂量则为3 mSv（1）。