京市民共捐款160多万元人民币，募捐在香港也引起很大反响。2005年12月13日，纪念馆的二期扩建工程正式奠基，2006年6月26日起闭馆扩建，2007年12月13日竣工，总投资4.77亿元人民币，建设工程获得民间捐款450万元人民币。扩建工程由华南理工大学何镜堂主持设计，建筑构思展现“战争、杀戮、和平”三个概念。扩建工程自老馆向东新建了新馆，向西增设祭场、冥思厅及和平公园等，还拆除了原馆围墙、调整了警世钟的位置，扩大了悼念广场，改造了老馆，并对“万人坑遗址”进行隔水保护。扩建后，纪念馆占地面积由2.2