本海狮及加勒比僧海豹的绝种。在商业猎捕结束后，像灰鲸及北象海豹数量恢复不少，但是像北大西洋露嵴鲸等物种，仍然是极危物种。此外，海洋哺乳动物也可能成为渔业的，例如被固定网缠住，之后淹死或是挨饿。海上交通的日益普及，也增加了船只碰撞到海洋哺乳动物的机会。栖息地破坏威胁海洋哺乳动物，并且影响其寻找食物及捕猎的能力。例如噪音污染就影响的能力。而全球变暖的效应也让北极的环境恶化。
和其他水生动物的差异.科学家们相信，所有的海洋哺乳动物的祖先都是源于陆地，部分的原因是后来因为食物需要及逃避捕猎