五月开始，持续到十月中旬，其巢筑于近水边被杂草、灌木遮盖的隐蔽处，由杂草搭成，有当地人曾表示在河边的蕃薯田中看过花纹鸭的巢。一巢可产3-4颗蛋，孵化时间不明（但应超过28天）。曾有人观察到雌鸭会将小鸭背在背上，这在鸭类中是相当不寻常的行为（其他种鸭中只有麝鸭常有此行为）。