5年12月，任山西省委副秘书长、办公厅主任，1996年8月，任山西副省长。1998年1月在山西人大换届选举中意外落选。当时省委书记胡富国安排，省长孙文盛同意，薛荣哲改任省政府顾问，仍然分管工业。1999年5月，再次任副省长。2003年，担任中国人民政治协商会议山西省委员会副主席，后出任常务副主席，任职至2008年1月。离开山西省政协后，薛荣哲担任新晋商联合会会长。2020年10月29日逝世。