靖三十七年（1558年）升任浙江淳安县知县，任上勤于政事，做了不少实事。如重新丈量土地，平均徭役；对上司送礼只送米酒等物；又减少百姓正税之外的负担。他还擅长断案，邻县不能解决的疑案，也送到淳安请海瑞解决。巡盐都御史鄢懋卿路过淳安，认为招待太薄，遂唆使御史袁淳弹劾海瑞，使其被降调。后来鄢懋卿、袁淳都因为贪污被革职，海瑞才重新升官。
兴国知县.嘉靖四十一年（1562年），海瑞被降调为江西赣州府兴国县知县。兴国是个穷县，税收不足十分之五。海瑞向南赣巡抚吴百朋上陈《兴国八议》，针对地方利弊