宝瑄出生于一个官宦之家。其父为孙诒经，光绪年间任户部左侍郎。其岳父为李瀚章，曾任两广总督。其兄孙宝琦，清朝末年曾任驻法国公使、驻德国公使、顺天府尹，中华民国成立后，还曾任国务总理。孙宝瑄在清朝先是以荫生得分部主事，后来得保补员外郎。他曾先后在工部、邮传部、大理院等处任职。1895年7月，孙宝瑄到天津向李鸿章上书，提出了“立报馆、兴学堂”的主张，并试图说服李鸿章进行变法，但未被采纳。1900年庚子事变，孙宝瑄加入汪康年、唐才常组织的中国国会（又名“中国议会”），并任该会的干事。1901年3月24日，上海绅