最早发现科摩罗群岛的可能是腓尼基人，而考古发掘显示最早在科摩罗定居的是来自马达加斯加的南岛语系的居民。接着非洲大陆的班图人、阿拉伯人和来自印度尼西亚的移民接踵而来。1505年，葡萄牙的探险者拜访了该群岛。在1841年至1912年间，法国在科摩罗建立了殖民地，属于马达加斯加总督治下。1946年成为法国“海外领地”。1961年通过议会投票取得内部自治。1973年与法国签订协定，法国被迫承认科摩罗独立。1975年7月6日，科摩罗议会通过决议，宣布独立。但来自马约特的代表对该决议投了弃权票，并决定继续接受法国的统