4条主要溪流（龙头溪，位于本岛东北部；双溪，位于本岛北部；西溪，位于本岛西部；小西溪，位于本岛西北部），主要港湾有西部的顺风港和南部的滙鱼湾。此外，钓鱼台列屿实为台湾北部观音山与大屯山的地质延伸。
地质地势.钓鱼台列屿与长崎县的五岛列岛同处于东海大陆棚边缘，构成台湾-宍道褶曲带，其中黄尾屿和同在此褶曲带上的台湾的彭佳屿均属第四纪的小规模玄武岩质火山岛。钓鱼台列屿所在的大陆棚边缘海床地区水深介乎140-160米，沖绳海槽（又称「黑水沟」）位于钓鱼台列屿以南约10海浬，该处海床地形突变至