进入南北朝时代。此后在1348年，光明天皇将皇位让给了光严上皇的儿子崇光天皇，光严上皇依旧以治天之君的身份开设院政。1350年（观应元年 / 正平5年）室町幕府足利将军家发生内乱，足利直义在与执事高师直的争权中失势，投奔南朝。同年足利直义率南朝军在播磨国光明寺城（光明寺合战）和摄津国打出滨（打出滨之战）中大破足利尊氏所率的北朝军。足利尊氏不得不向直义妥协，逼迫高师直出家并向直义所支持的南朝投降。次年足利尊氏废黜了崇光天皇和皇太子直仁亲王，停止了光严上皇的院政，并将北朝一系的皇族囚禁，将三神器送交南朝朝廷