空盘旋三圈后，于10时7分正式降落并实质启用，开场式于6月27日举行。当时的路线有经营的岛内线，稍后再增设马公线。民用机场时期的台南飞行场除了有经营客货运的日本航空输送进驻外，另外还有台南州国防义会航空团进驻，举办多次滑翔机的训练活动。后来由于日本枢密院在1939年11月22日决议通过改由大日本航空株式会社经营日本国内外的民航航线，台南飞行场内属于日本航空输送的设施遂移交给大日本航空。
二战时期.原为民用机场的台南飞行场在1940年转由日军海军航空队使用，民航业务迁到该年3月1