赖、吴、王等姓百姓逐渐形成聚落，建立了所谓「学甲十三堡」。明郑时属天兴县管辖，清道光年间设置「学甲堡」，隶属当时的嘉义县管辖。1895年马关条约签订，台湾割属日本。日治时期，行政区划变化频仍。1896年先划归台南县，4月改隶属嘉义县。1901年划为盐水港厅北门屿支厅，1910年属台南厅北门屿支厅。1920年台湾地方改制，在此设置「学甲庄」，划归台南州北门郡管理。教育方面，则包括1906年设立的学甲公学校，以及1918年的顶溪州，1922年中洲、1923年宅子港等分教场，这些分教场后来