北京陷落，早在关外建立清朝的满人趁李自成起事等因素，入主北京。因为清朝未立即进取华南，加上兵力不足、倡导「以汉制汉」等政策，明朝得以南迁，史称「南明时期」。南明政权，先后由：南明安宗弘光帝（福王）、南明监国鲁王（鲁王）、南明绍宗隆武帝（唐王）、南明绍武帝（小唐王）、南明昭宗永历帝（桂王）等君主执掌。其中，出身海盗而被明朝招抚为官的郑芝龙支持绍宗，并于1644年－1645年间，相继被晋封为南安伯、南安侯及平国公等重要爵位，并身兼户部、兵部、工部三部尚书。
初建.郑芝龙崛起于海