仲军政，姚南仲不从。薛盈珍不断向德宗诬毁姚南仲，德宗怀疑姚南仲。贞元十六年（800年），薛盈珍又遣小吏程务盈乘驿赴长安诬奏姚南仲之罪。姚南仲牙将曹文洽亦往长安，杀死程务盈，随后自杀。唐德宗得知真相后，任命姚南仲为尚书右仆射。贞元十九年（803年）七月，在长安宣平坊去世，年七十四岁。赠太子太保，谥贞。《新唐书·艺文志》着录《姚南仲集》10卷，已佚。《全唐文》卷435存其文一篇。权德舆作《尚书右仆射姚公神道碑铭》。称姚南仲歌诗有逸韵，叙事为实录，皆据根柢而无枝叶，愔愔然君子硕儒之言。