1638年移民到麻萨诸塞湾。本杰明·林肯是移民的第四代后裔，他的父亲同样以本杰明为名，但时人多称他为「林肯上校」（Colonel Lincoln）。「林肯上校」是地方富户，长年担任议员，并且在1746年至1748年间入选麻省湾殖民地议会，亦是该殖民地的太平绅士及上校。「上校」先后与两名女子结婚，而本杰明·林肯则是「上校」与第二任妻子所生的第六个儿女，兼且是家中长男。林肯的幼年在父亲的农场工作，并深受清教徒及阿民念主义的神学观念影响。他自小便患上猝睡症，不善辞令，再加上父亲预算他会继承祖业及公共职务，故此