清正公。1632年，第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分，分配到出羽国羽冈藩，并由新领主细川氏管治，直到废藩置县为止，由细川氏所管治。在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主忠孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死，自此将家纹改变。1755年开设藩校时习馆，重贤进行改革，成功将熊本藩中兴。幕末时代藩内分为勤王党、时习馆党、实学党等。1870年末代藩主护久，支持实学党，控制了藩政。1871年废藩置县后，原有领地成为了熊本县的行政区