行的小建也决定留在大木研究所担任助手，不再旅行，同时小刚再度回归队伍，三人就此往城都地方出发。
EP：城都地区.在城都联盟白银大会16强中，小智再度与小茂决战，这场6对6全面对战，双方都以最强的阵容来应战。最后的殊死斗，小智的喷火龙对小茂最强的水箭龟，小智利用对战场地，喷火龙用「过热」熔化场地，水箭龟的「水炮」令场地满佈蒸气。喷火龙乘机接近水箭龟，贴身混战后，水箭龟失去战斗能力，小智以6比5打败小茂晋级。但是到了8强与来自丰缘地区的叶越交手时，叶越充满特性的神奇宝贝使小智陷入危