1916年春，庄孟侯考入台湾总督府医学校，但因未及年满16岁之规定，于是假报出生日期为1900年1月15日。1920年，庄孟侯毕业于台湾总督府医学校，随后一度于台南市大宫町开业。后来，庄孟侯转任大坂商船社社医，又于1923年辞去该职并返乡于台南市西门町开设大东内科医院，且开始积极参与台湾文化协会活动，并任该会执行委员。1928年3月25日，株式会社大众时报社成立，庄孟侯出任其董事职位；同年，他又因「台南废南门墓事件」遭警察逮捕并一度拘留。中国抗日战争期间，庄孟侯受翁俊明引介成为国民政府在南台湾