们并不能借此改掉所有的设定，他们试图让这部电影表现得更像前传。在初代的一集中，柯克曾在法拉格特号上服役；这一重要设定因被认为与柯克和斯波克相遇的故事无关而省略掉了。此外，电影原本还安排有柯克与童年时期的卡罗尔·马库斯相遇的情节，后者在《星际旅行II：可汗怒吼》中曾以柯克之子的母亲身份出现；然而由于电影需要用更多的时间来介绍核心角色，该段场景最后被移到第12集。要解释清楚船员们为何能再度齐聚并不容易，奥利奇和库兹曼原本打算通过老斯波克来解释时间线会自行修复的原理，并希望借此加强电影关于命运的主题；然而