导致比尔·克林顿专注于战区弹道导弹和类似威胁，并将其改名为弹道导弹防御组织BMDO。 随着乔治·W·布什更加关注全球化，2002年该组织成为导弹防御署。导弹防御局部分或全部负责开发多种弹道导弹防御系统，包括爱国者PAC-3 ，宙斯盾战斗系统 ，THAAD和陆基中段防御系统。 他们还领导了许多其他项目的开发，包括多弹头杀伤载具和更新的多弹头杀伤载具， 动能拦截器和机载激光拦截器 。 作为SDI和BMDO工作的继承者，导弹防御署继续资助高能物理，超级计算/计算，高级材料以及许多其他科学和工程学科的基础研究