后又以丁内艰去职，居丧达十二年之久。万历三十八年（1610年），任广东按察司经历，后升按察司知事。翌年（1611年），再升礼部主客司主事。后移疾去。万历四十五年（1617年），因于党争被打垮而被削籍革职。天启四年（1624年），朝臣交讼其冤，后获起任刑部检校。同年后期，封尚宝司少卿。五年（1625年），朝事大变，再被朝廷削籍革职。同年不久去世，享年六十五岁。
事迹.
痛陈时弊.丁元荐初举进士，即遭临丧父之痛，守孝达八年，后始谒选成为中书舍人。初居官，因见时政流弊