住院后引发肺炎，虽病情已稳定，但未能出席，他在先前拟好的致词稿文中表示，中华民国奠定富强之国的立国基础并永续发展，有三点应做到，「严格的法治及普遍的守法精神」、「健全的文官制度及廉能的政府」、「完善的教育制度及高品质的人民」。2013年6月15日，马英九总统宣布将颁发一等卿云勋章给王作荣，以及前监察院长陈履安、前司法院长施启扬。这三位前院长在李登辉总统任期中卸任，但在李登辉总统并未颁发勋章，王作荣耿耿于怀。
逝世.2013年7月31日王作荣因肺炎引发併发症败血性休克，病逝在台北