萨军且战且退，向九州南部转移。8月17日，萨军精锐突破官军位于长井村的包围圈，在可爱岳打了一次成功的反击战，官军大败。西乡趁势暂时摆脱了官军的追击，带领400余人的残部于8月22日向鹿儿岛撤退。早在同年4月，趁萨军还在九州北部鏖战之时，日本海军中将川村纯义就带领陆海军混编部队沿九州西部海岸线包抄，从鹿儿岛湾登陆并顺利拿下了萨摩藩的大本营鹿儿岛。官军采取怀柔政策笼络人心，但成效不彰。此后鹿儿岛守军又被不断抽调至前线作战，在当地的影响更日渐式微。等到西乡隆盛从可爱岳成功突围回到鹿儿岛的时候，官军只剩下两个中