。1995年5月15日，井上与同是奥姆真理教高级干部的一同被捕。同年12月，井上要求与奥姆真理教脱离关系。井上一审时，检方要求判处井上死刑，但法庭认为井上并不是主犯，而且有悔罪的表现，因此判处井上终生监禁，但检方不服判决结果，提起抗诉。2004年，东京高等裁判所终审认定井上在仮谷清志绑架事件一案中犯下逮捕监禁致死罪，而且在东京地铁沙林毒气事件中井上虽然没有实际参与，但在幕后担任协调工作，确实造成了大规模平民伤亡的后果，因此改判井上死刑。2009年，井上的上诉被驳回，2010年，井上死刑定谳。Sectio