车运至杨梅通运公司的杨梅仓库存放。次批3,502箱文物由那志良、吴玉璋、梁廷炜、昌彼得、李霖灿、高仁俊、索予明等12名人员押运招商局海沪轮运抵基隆港。除了中央研究院历史语言研究所文物独立贮放杨梅外，其余连同首批存放杨梅的文物均于1949年1月9日转运到台中糖厂两栋靠近振兴路的仓库内。末批原定搬运2,000箱文物，但崑崙舰一到中华民国海军眷属就抢先上船，迫使海军总司令桂永清下令开放海军官兵卧舱、甲板、餐厅和医务室等空间容纳箱件，实际上装载了1,248箱文物，后由索予明和张德恒等4名人员在2月22日押抵基隆港，