增长的冲突下，他们的婚姻蒙上一层阴影，而在教宗转而与法国联盟对抗那不勒斯后这段婚姻关系变得更为糟糕，阿方索曾因为对这个结盟感到不满，一度于1499年逃离罗马，但几个月后来在他妻子的唿唤下回到罗马。1500年7月15日，阿方索在与教宗共进晚餐后，于圣伯多禄大殿的台阶上被刺客袭击，虽然他的随从很快的就将刺客给赶跑了，但仍造成多处致命伤，随后他被带到波吉亚寓所疗伤，由他的叔叔那不勒斯国王费德里哥亲自指派的医生以及他的妻子及姊姊细心的照顾，为了防止再遭毒手，房间的门口由重兵守卫，食物也是由卢克雷齐亚亲自准备的。