8年，区士培留薪停职一年，回到英国皇家国防研究学院修读特别防务课程，12月初修毕，若干日假期后，即在1989年2月接替余敦（Robert Upton）任副保安司，偶有署任。1989年12月1日获升为首长级甲级政务官。1990年2月26日，区士培接替班乃信成为最后一名英籍保安司。任内他主司国籍问题、相当棘手的越南船民问题等。面对船民不断涌入，香港可以容纳的地方实在有限，居住环境亦甚挤迫，曾尝试推动自愿遣返，但未成功。最终港府选择了强制遣返船民（当时译为当然遣返），但亦面临美、越两国反对，区士培表示会借英、