稀濒危保护植物的共计216种，占保护区维管植物种类的8.86%，包括国家级保护植物18种，其中蕨类植物5种，被子植物13种。云南省级保护植物35种，均为被子植物。其他还有苔藓植物37科，83属，165种；大型真菌4个纲，22科，56属，102种。森林以热带雨林、热带季雨林为主，重要植物有桫椤、长蕊木兰、箭毒木、千果榄仁、董棕、铁杉、铁力木、四数木、云南石梓等。动物地理区划上，南滚河保护区属于东洋界、中印亚界、华南区的滇南山地亚区，是热带动物科属分布的北界，按生态类型划分属热带森林、灌木、草地——农田生态