海关的方略，他在《题关门形势疏》中道：“画地筑墻，建台结寨，造营房，设公馆，分兵列燧，守望相助。”朝廷发帑金20万两。他的主张，遭到宁前兵备佥事袁崇焕、主事沈棨、赞画孙元化等的反对，袁崇焕要求恢复国土到宁远，但王在晋不听。袁崇焕两次直接将意见报告给首辅叶向高，但叶向高不知前线的情况，拿不定主意。这时大学士管兵部事孙承宗自请行边，亲赴山海关。帝大喜，特加孙承宗太子太保，赐蟒玉、银币，以示隆礼。六月十五日，孙承宗前往山海关，考察了实际地理，听取了各方意见，确定王在晋策略不可行，并同王在晋“推心告语，凡七昼夜”。