大学的神学教授胡斯在伯利恒小教堂用捷克语布道，让平信徒与神职人员同领圣体和圣血，而被教庭裁定为异端，1415年7月6日在康斯坦茨处以火刑。4年以后，布拉格发生第一次掷出窗外事件，引发了胡斯战争。
哈布斯堡时期.自1526年起，波希米亚开始处于哈布斯堡王朝的统治之下。鲁道夫二世在位时（1576-1612年），再次将神圣罗马帝国的首都设在布拉格。他除了热衷于占星术和魔法，同时也热爱艺术，使得布拉格成为欧洲的文化之都，聚集了开普勒等一批天文学家、画家。1617年，狂热的天主教徒，皇帝斐迪