任其手下的海军总长，取得海军统率权。1926年1月，在许世英内阁中，杜锡珪重新代理海军总长，林建章再度被迫下野。后来，他曾被国民政府聘为海军部高等顾问，但基本上从政界引退。抗日战争爆发后，林建章处在日本占领地域内。梁鸿志曾邀请他出任南京国民政府（汪精卫政权）海军总长，被他拒绝。1940年（民国29年）6月14日，林建章病逝。享年67岁。