1946年（民国35年）1月，校名改为「麻豆镇第六国民学校」。同年4月，改校名为「台南县立曾文初级中学」，原肄业之日人子弟奉令遣送回国，少数肄业之台籍一至六年级学生改编至麻豆镇内各国民学校就读。同年9月，正式施行三年制初级中学学制。1956年，奉台湾省政府教育厅核准兼办「高中部」。同年8月，增设下营分部。1957年8月，增设六甲分部。1958年，奉准改为「完全中学」，计高中部3班、初中部14班，学生数768名。1960年8月，六甲分部及下营分部奉准独立设校。1968年，因推行「九年国教」，奉令改制为「国