住民和家臣信教（实际上，向寺社发出的所领安堵状亦是在受洗后发出），在绝大的影响力下，领内的住民差不多全是基督徒。因此废寺增加，破坏寺院以获得建设教堂的材料。
流放时期.由于受到秀吉信任，在天正13年（1585年），被赐予播磨国明石郡的新领地6万石，并以为居城。不过在不久后，秀吉发出伴天连追放令。吉利支丹大名陷入苦况，但是右近为了信仰，不惜舍弃全部领地和财产。此后暂时受小西行长庇护，在小豆岛和肥后国等地隐居。天正16年（1588年），受前田利家邀请而前往加贺国金泽，并得到1万5千石扶