担任西太平洋高级专员的副手，到翌年，日军正式入侵群岛，戴麟趾亦转而加入英属所罗门群岛防卫军（British Solomon Islands Defense Force），期间曾经参与不少防卫战事，更曾大胆的前往敌方防线的后防，结果在1944年分别获英国和美国颁授军功十字勋章和军功勋章（Legion of Merit）加以表扬。第二次世界大战在1945年结束，同年戴麟趾仍取得了陆军中校军阶。战后戴麟趾一直留在英属所罗门群岛防卫军，至1946年才退役。在1947年，戴麟趾重新回到英属所罗门群岛保护地政府任职