值国共合作、中国国民党工作改组，阮担任中国国民党广州临时区党部执行委员会委员，兼任中共广东区委委员及农民运动委员会书记。1925年，阮啸仙与彭湃在广州创办广州农民运动讲习所（农讲所）。此后阮啸仙先后当选广东农民协会常务委员、中共中央农民运动委员、中国国民党中国农民运动委员会委员。
国共合作破裂后.1927年，蒋介石领导下的中国国民党在上海清党，与中共决裂。阮啸仙继续在中共旗下反对蒋派，并与彭湃、穆青等组织广东省委，出任中共广东省委组织部长。同年，阮啸仙与张太雷等进行广州起义的准