长安，杨秀害怕，称病不行。源师劝他不要违反皇帝命令，激怒了杨秀，源师哭泣劝谏，杨秀最终听从了他的建议。杨秀被废后、益州官属多被连坐，源师因为此事获免。后加位仪同三司。604年，隋炀帝即位，任大理少卿。有一个主帅私用卫士外出，炀帝把这个主帅抓起来送交大理寺。源师上奏按照律令应该判处徒刑，炀帝要斩杀这个主帅。源师极力劝谏，炀帝最后听从了。转任刑部侍郎，在官任上去世。其子源崐玉。