财政、军事大权，成为事实上的“总督”，奉天也因而具行省之实。此后，吉林将军、黑龙江将军吏治也进行类似的改制。光绪年间的甲午战争、八国联军之役与日俄战争严重动摇清朝在东北地区的统治，清政府被迫寻求东北统治模式的变革。光绪三十二年（1906年），载振、徐世昌赴东北考察探访，提出东三省改制建议。光绪三十三年三月己亥（1907年4月20日），东北正式改制，三个将军辖区改建为奉天、吉林、黑龙江三个行省，裁撤吉林将军和黑龙江将军，改盛京将军为东三省总督，并加授钦差大臣的头衔。东三省总督同时为三省最高行政、军事长