946年由台南市政府主办的活动，起初由台南市长主祭，1963年之后由行政院派内政部部长担任主祭官，升格为中枢祭典；2017年，行政院尊重社会各界多元声音，回复由地方首长，即台南市市长主祭。1947年二二八事件爆发后，由国民政府派遣来台宣抚的国防部长白崇禧，途经台南时，即前往延平郡王祠向郑成功行礼，并立一石坊于祠前表彰郑成功的「忠肝义胆」，借此宣扬忠于领袖、国家的精神。1950年，中华民国中央政府撤退来台后不久，总统蒋中正亲题「振兴中华」匾额，悬挂于延平郡王祠正殿入口。1963年拆除原福州式建筑改以中国北