993年，执行军级权限。1993年1月缩编为中国人民解放军空军昆明基地，执行副军级权限。2003年12月缩编为中国人民解放军空军昆明指挥所，正师级。在2016年深化国防和军队改革前，空军昆明指挥所隶属中国人民解放军成都军区空军。2016年转隶中国人民解放军南部战区空军。2017年，升格为中国人民解放军空军昆明基地，执行副军级权限。