洪武三年（1370年），封永嘉侯。次年参与伐蜀战役，因擅杀军校，无加封。洪武十二年（1379年），镇守广州。洪武十三年（1380年），亮祖扩建广州城，将北城墻扩展到越秀山上，修镇海楼。亮祖为人骄矜，“不知学，所为多不法。”番禺县（今广州市番禺区）县令道同为人耿直，与当地恶劣士绅为难，土豪恶霸勾结亮祖，亮祖上奏皇帝，言道同无礼。道同被朱元璋处死。但朱元璋随即察觉，悔之不及，深恨亮祖。洪武十三年（1380年）九月三日，朱元璋召亮祖到帝都金陵，将朱亮祖及其长子朱暹以鞭子抽死，亲自写墓志，以侯礼下葬。其