界大战爆发后，该小组转移到各条战线中，自1940年开始，基地主要为狮子联队增补的第4组用于新科飞行员培训。1940年5月，驻扎在布兰肯湖基地的空军部队参与了纳粹德国入侵丹麦及挪威的军事行动，即“威瑟演习作战”。1940年至1941年，来自罗斯托克的亨克尔飞机制造厂在布兰肯湖建起了飞机维修机库。1944年，基地迎来了自其落成以来使用最密集的时期：第3组、第11夜航战斗机联队第10组（）、第3组、第3轰炸机联队第2组（）和第3组均驻扎在此，部分还配备了人类航空史上第一种投入实战的喷射机Me 262和Ar 2