明朝，琼州府隶属于广东省，治所在琼山县（治今琼山市府城镇），管辖全岛。西沙、南沙群岛正式划归琼州府管辖。清朝基本沿袭明制，至清末，海南岛上有1府2州11县。府即琼州府，领儋州和琼山、澄迈、定安、文昌、会同（今琼海）、乐会（今琼海）、临高7县。崖州于光绪三十一年（1905年）升为直隶州，领感恩（今东方市）、昌化（今昌江）、陵水、万县（今万宁）4县。
近现代史.海南在明清时期以及民国初期北洋政府治理下一直归广东省管辖。直至中国国民党北伐战争以后的南京国民政府时期，开始考虑单独建省