约有 220 种淡水鱼（含河口鱼类），其中约有 30 多种为台湾特有种。其中经行政院农委会公告的濒临绝种保育类有高身铲颌鱼和台湾鲑鱼 2种，珍贵稀有保育类有台东间爬岩鳅、埔里中华爬岩鳅、台湾斗鱼和鲈鳗等 4种。以下是台湾淡水（包含溪流、水库、湖泊 和水坝等）及河口的鱼类列表：