九月中旬以后到十月间陆续抵台，使得双方战力情势逆转，沈葆桢的谈判地位因此顿时提升了许多加上此时日军因热病侵袭，病殁650人（阵亡者仅20余人），又已耗军费1260余万日圆（尚未计算购买运兵用船舶的770万日圆），深感难以持续。于是日本政府派内务卿大久保利通为全权大臣，赴清廷交涉。当时沈葆桢及李鸿章对情势皆有清楚的判断，分别上疏表示日本急于谋和，实因情势窘迫。因此大清帝国起初态度强硬，军机大臣文祥公开表示，对于日本方面要求的军费赔偿表示：「一钱不给」。但大久保商请英国公使威妥玛为调人，强势介入。于