003年5月9日市徽原作者保彬控告南京卷菸厂侵犯版权。由于市徽已经废除及特殊性，引起谁是市徽法定版权持有人的法律争议，后该案经法院主持调解，双方握手言和，使纠纷得以解决。
废除.虽然南京市市旗在1997年12月被废除，但市旗在南京市境内继续流通，当地部分企业、学校、机关等单位继续悬挂南京市市旗。2014年南京青奥会期间，青奥村广场除悬挂200多面南京青奥会会旗之外，还悬挂三面南京市市旗。