也是多个重要历史事件的舞台。1568年，织田信长的军队进入京都。在五年后信长又烧毁反抗势力强大的上京，其势力之强盛到达顶点。然而在1582年，在京都爆发本能寺之变，信长自杀。
都市空间的变革.织田信长之后，实现统一日本大业的是丰臣秀吉。秀吉对京都进行大规模的改造，其主要内容包括修建聚乐第，将其作为秀吉统治京都的据点。并且在聚乐第附近修建武家屋敷供大名居住；修建内里，并强制贵族居住在其附近；将京都市内的寺庙集中搬迁至鸭川西岸的寺町，并且将在日本全国都有强大势力的本愿寺自大坂迁至京都，