独特的“园中馆、馆中园”格局。孤山馆区的改造工程完成后，将推出“陶瓷陈列”、“黄宾虹书画陈列”、“常书鸿油画陈列”、“雷峰塔文物陈列”、“漆器陈列”等常设陈列，建成集中展示各类文物、艺术精品的艺术类馆区。
武林馆区.位于杭州西湖文化广场E区，建筑面积20991平方米，陈列面积7600多平方米，2009年12月22日正式开放。目前设有“越地长歌——浙江历史文化陈列”、“钱江潮——浙江现代革命历史陈列”、“非凡的心声——世界非物质文化遗产中的中国古琴”、“意匠生辉——浙江民间造型艺术”