户幕府与美国签订《日美修好通商条约》，德大寺公纯表示反对，故被井伊直弼在安政大狱中以「恶谋策画者」（）逮捕，受谨慎50日处分。后来他和二条齐敬共同宣传公武合体，又反对和宫亲子内亲王降嫁德川家茂，到文久二年（1862年）他同时出任内大臣、和，次年转任右大臣；并担任。庆应元年（1866年）叙位从一位，明治时期起与攘夷派公家保持距离，并留在京都，到明治十六年（1883年）逝世，享年61岁。德大寺公纯一生中从未结婚，故包括西园寺公望在内的子女都是庶子女。