。1995年任民盟全国协调委员会副主席，负责国内政策。他在1996年为民主力量联盟披袍角逐总统职位，在首轮拿下超过社会党候选人伊万·马拉佐夫和保加利亚商业党候选人格奥尔基·甘契夫的最高票，并在决胜一轮中以59.73%的选票击败马拉佐夫，赢得大选。1997年1月19日他宣誓就任保加利亚共和国第2任总统，任期5年。2001年总统大选斯托扬诺夫再度出征，第一轮获得34.9%的支持，落后拥有36.3%票数的格奥尔基·珀尔瓦诺夫、居次位作收，最后亦以46.7%对53.3%在第二轮败给珀尔瓦诺夫。卸下总统一职后