另外，系统亦将设有三条后备路线来往二号客运大楼至一号客运大楼东大堂、二号客运大楼至第三跑道各个客运廊及一号客运大楼西大堂至中场客运廊，以便在上述主要路线发生事故的时候，后备路线能维持有限度的旅客运输服务，以免瘫痪机场的营运。2019年7月，香港机场管理局表示来往二号客运大楼至第三跑道各个客运廊的新旅客捷运系统路线由加拿大庞巴迪与中国中车的联营公司中标设计，预料2024年第三条跑道落成时启用，届时2号客运大楼将成为整个系统的中转站。