后成为联盟国军初始的五名上将之一。然而李尊崇自己合众国上校的军阶，拒绝佩戴联盟国将军徽章。他仅愿佩戴联盟国上校的三星章，而要等到战争胜利后方在承平时期昇为联盟国将军。在指挥维吉尼亚西部的联盟国军，并负责卡罗莱纳海岸防务后，他成为美利坚联盟国总统杰佛逊·戴维斯的军事顾问。两人在西点军校即相互认识。
北维吉尼亚军团司令.在zh-hans:约瑟夫·E·约翰斯顿;zh-hant:约瑟夫·强森将军在1862年6月1日于七松之役负伤后，李继任北维吉尼亚军团司令，获得第一个领兵作战的