西里的阿加莎的瞻礼日，因此按照年代先后，除了日本以外的教会都会延后一天至2月6日才作出纪念，日本的教会则获教廷的特别批准，能够在2月5日对三木进行纪念。三木死后曝尸达80日后，在得到关白的批准后运往了菲律宾等地，后来由带回日本，并且安置于位于现在兵库县宝冢市仁川高台的，另外部分圣髑则在庆长15年（1610年）运往了澳门，后来于1963年由澳门教区将其运返长崎，马尼拉的圣依纳爵教会也在同年将其手腕的遗骨和遗物运返长崎，并且安置于日本二十六圣人纪念馆内。2019年11月24日，教宗方济各在访问日本期间于长崎西坂