水生昆虫或其他节肢动物。此类真菌的体积很小，子实体多为瓶状的子囊壳（perithecia），且大小多在1毫米以下，可能有柄或无柄。有关本纲物种的研究不多，且多难以在实验室中培养。2018年，一篇分子种系发生学的研究分析rDNA序列，结果显示虫囊菌纲为一单系群，且与粪壳菌纲互为姊妹群。
研究历史.有关本纲物种最早的正式研究为1873年，Peyritsch纪录了五个属，共12种物种，并将这些物种归入中。1890年至1932年，美国真菌学家做了许多关于此类真菌的研究，他描述发表了103个