给个别校董会，自己却揽集大权，直接管制每间学校。」2006年1月初两位教师先后自杀后，陈日君指事件和教育改革有关，促请政府立即停止教育改革。2011年，对于教区司法覆核《校本条例》被香港终审法院驳回，陈日君为表达遗憾，进行了三天禁食抗议，期间他只曾领圣体及饮水。
世贸争议.2005年12月在世贸示威期间，陈日君批评警方处理示威游行的方式是「香港之耻」，引起各界批评。一班退休警一度拟到主教座堂抗议，陈日君于是在《公教报》赞扬前线警员，又指「香港之耻」是指警方高层。 此外有警察协会