3月，宋教仁被暗杀，居正回到孙文手下，参加二次革命。居正任上海吴淞炮台总司令，战败流亡日本。流亡日本后的1914年（民国3年）6月，居正加入孙文组织的中华革命党，任党务部长。1915年（民国4年）冬，奉孙文之命，居正来到大连，秘密开展反袁世凯活动。护国战争爆发后的1916年（民国5年）5月，在日军的支持下，到青岛组织中华革命军东北军，任总司令，在山东省展开反袁军事活动，出兵占领淄博建立革命军政府。在这段时期，蒋介石曾任其手下的参谋长。
反共右派.袁世凯死后，居正参加孙文的护法运