权和司法权等被收归西班牙殖民地副王，珍宝船队也宣告结束，被各种小规模的私人船队所代替。西班牙殖民帝国在不久后的拉丁美洲独立战争中瓦解。
档案.因为西印度贸易馆没有固定单一的办公地点，贸易馆的档案长期分散保存在珍宝船队终点所在的塞维利亚、另一个重要港口加的斯、和西班牙皇家综合档案馆所在的西曼卡斯等地。1785年，因西班牙皇家档案馆空间不足，卡洛斯三世下诏要求将所有涉及到西班牙殖民帝国运转的档案统一收纳。当时的西印度事务大臣何塞·德·加尔韦斯（）和历史学家胡安·巴蒂斯塔·穆尼奥斯（）负