翻供，认定孙慎行、王之寀、杨涟等人才是祸首，议戍宁夏，不久魏忠贤垮台，得免此祸。崇祯元年（1628年）命以故官协理詹事府事，力辞不就。崇祯八年（1635年）令推为阁臣，入北京不久即病亡。卒赠太子太保，谥文介。
评价.明末思想家刘宗周受孙慎行影响颇深，曾这样评论说：“近看孙淇澳书，觉更严密。谓自幼至老，无一事不合于义，方养得浩然之气，苟有不慊则馁矣。是故东林之学，泾阳导其源，景逸始入细，至先生而集其成矣。”
着作.着有《中庸慎独义》、《史左编》、《玄宴斋集