成立独自的合弓纲；调孔亚纲被认为是个非天然演化支，是多群失去一个颞颥孔的双孔类动物，所构成的并系群；某些研究则提出龟鳖目也是失去一个颞颥孔的双孔类动物，使得无孔亚纲仅包含一些早期的爬行动物。在系统发生学中，鸟类也被认为是双孔类动物。灭绝的演化支包括：恐龙、翼龙类、蛇颈龙类、沧龙类，以及许多不着名的演化支。大部分早期演化支的分类是易变的。
种系发生学.以下演化树来自于Constanze Bickelmann等人、Robert R. Reisz等人的研究：