南北议和成功后，他任南京留守府参谋长兼第一处处长。后来，他随孙中山到北京同袁世凯商讨国事。1913年二次革命期间，他任总司令部参谋长兼兵站总督，参加沪军讨袁。讨袁失败后，他流亡日本。1916年，耿伯钊归国，入黎元洪总统府任职。1926年后，他历任国民革命军总司令部高等顾问、湖北省电信监督、国民政府军事参议院参议、参军处中将参军等职。1932年6月，他任鄂豫皖剿匪总司令部党政委员会委员。此后他长期不再参与政务活动。 1948年4月，耿伯钊任湖北省政府委员。当时，中国人民解放军已进逼武汉外围，中共地下党