判处斩首，于8月7日行刑，是为哭庙案。临死前金圣叹看见家人，神色自若的说：「莲子心中苦，梨儿腹内酸。」（“莲”与“怜”，“梨”与“离”同音）。他的家人听了忍不住大哭，围观者亦为之潸然泪下。死后由弟子沈永启收其遗骸。金圣叹财产充公，家属发配东北。金圣叹仅向巡抚示威，并无意造反，却遭贪官陷害，在狱中念念不忘才子书评点尚未完成，辜负生平志业，难以释怀，悔恨交加。身后，族兄金昌收集编辑其着作与遗稿，题为《唱经堂才子书汇稿》出版，儿子金雍则编集他对唐诗的评解，题《唐才子诗甲集》出版。
思想.