清治末期，三十九结地区为一街庄，称为「三十九结庄」，隶属于四围堡。该庄昔日西北及东北分别隔得子口溪与番割田庄、七结庄、六结庄及淇武兰庄为介，东南隔武暖溪与茅埔庄为界，西南边为玛璘庄。1901年（日治明治三十四年）11月，废县厅改设二十厅，该庄隶属于宜兰厅，编入第三区。1905年（明治三十八年）7月，该区改名「礁溪区」。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄仍隶属于宜兰厅。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「三十九结」大字，隶属于台北州宜兰郡礁溪庄。战后礁溪庄