单、男双四强，中国公开赛男双亚军；马来西亚公开赛男单四强、男双冠军；2004年第47届世乒赛男团冠军；国际乒联巡回赛希腊公开赛男双亚军；韩国公开赛、中国公开赛（长春）男双冠军（与王皓）；总决赛男双亚军；2005年zh-hans:卡塔尔;zh-hk:卡塔尔;zh-tw:卡达;公开赛男双亚军；第48届世乒赛男双冠军（与王皓）。
个人生活.其女友为马苏。2013年7月，马苏坦承二人已分手。
争议事件.2006年7月21日，孔令辉在北京驾驶无牌保时