基层检察官亦有反对声音。九月政争爆发之后，时任行政院长的江宜桦为谋求保留特侦组，曾经提出修法，将特侦组改隷台湾高等法院检察署，然而该项提议最后并未完成立法。
特侦组裁撤.2016年总统选举，民进党蔡英文政府执政后，法务部长邱太三表示，过去对特侦组「有一些美丽的期盼」，但因仓促立法，导致后续产生很多问题。特侦组设在最高法院检察署，在体制上有冲突与矛盾，没办法监督，也没有救济的再议制度。另外，特侦组因人力不足，经常要跟地检署借调检察官或检察事务官，分散了地检署人力与查案能量。废除特