两个阶段。自1960年监狱建成起，犯人编号大多为两位数字。如潘汉年编号64，袁殊65，杨帆66。饶漱石的编号在全监狱独一无二，为0105。文革开始后，1967年监狱实行军管，犯人编号改成4位，其中头两位为年份，后两位为关入监狱的顺序。如戚本禹为6821，王力为6822，关锋为6823，他们即分别为1968年入监的第21、22、23个犯人。这种4位编号法一直沿用至今。秦城监狱建立之初，关押过原中国国民党战犯（如沈醉、王陵基、曾扩情、徐远举、廖宗泽、王靖宇、孔庆桂等）及满洲国战犯。与此同时，犯有严重错误的中