开始利用慕尼黑机场起降航班。1997年，开办了往返法兰克福机场的航线，公司的规模逐渐扩大，并积极拓展包机业务。2001年5月中旬，海因德尔家族将其纸业集团集予芬兰的竞争对手芬欧汇川，但航空公司却被保留了下来。奥格斯堡航空于2002年陷入经济危机，被迫裁员。这一时期员工减少了四分之一，4架飞机对外出租，许多航班被迫停止，并更换了首席执行官。同年，公司在奥格斯堡机场及拜罗伊特机场设立机库。此时奥格斯堡航空已使用汉莎航空的名义在运作航班，因此机队中的所有飞机均被漆上汉莎区域航空的涂装。但2009年秋季交付公司