升郎中。五十七年，出为山西宁武府知府，调平阳府，颇有政绩。历官江苏粮道、山东按察使。嘉庆十一年（1806年），因巡抚保荐属吏违例牵连，左迁江南河库道。嘉庆十三年（1808年），迁安徽按察使，对冤狱多有平反，升布政使。嘉庆十八年（1813年），擢升浙江巡抚。不久，授漕运总督，在任五年，未有失误。李奕畴对下属宽厚，结果因下属牵连，降四级，又降主事。嘉庆二十五年（1820年），宣宗即位，命奕畴以尚书头衔守护昌陵。道光二年（1822年），以原品休致。道光十九年（1839年），中举已六十年，重赴鹿鸣宴，加太子少保