安克拉治起飞时副机长错误输入坐标导致飞机偏航；另外一个可能原因是飞机起飞后机长忘记将HDG（磁航向）模式更改为INS模式（惯性导航系统），但这是标准的飞行程序，经验丰富的机长理应不会出现如此低级的失误，所以调查人员认为出现第二种原因的可能性比较小。苏联解体后，俄罗斯公开承认拥有KAL007号航班的飞行记录器，并于1992年将其归还给韩国。国际民航组织经过新一轮的独立调查后在1993年提出最终报告。调查小组发现，KAL007号航班在安克拉治起飞后一直到被击落，一直使用HDG（磁航向）模式做为自动驾驶的导航