被改划为国民中学预定用地（现为台北市立新兴国民中学）。经交涉后，台北市政府採取「以地易地」的方式，让原地主玄空师父以九台街（今林森北路、民权东路交叉口一带）的私有地交换当时仍为瑠公圳末梢支流、沼泽的公有地。玄空于是用以建庙。另说则是玄空师父独力购下西新庄子，现今民权东路、松江路口东北角的建庙用地后，玄空商请已有兴建多处庙宇经验的造庙匠师廖石成设计、施工，并于1968年顺利完成行天宫台北本宫。1960年8月12日北投行天宫之后殿庆成，并举行安座典礼。1962年农历四月三崃行修宫兴建及动土整地。