四国山地是四国的分水岭。四国山地北侧的河流流入濑户内海。地形使得这些河流大多短小湍急。四国山地南侧的河流则多流向太平洋，大多为东西走向，长度也比较长。四国长度最长的河川是吉野川，全长194公里，流域面积3,750平方公里，佔四国全体的两成。高知县南部的四万十川因水质优越和少有水库而被誉为「日本最后的清流」。亦以清澈的水质而着称。四国南部是日本降水量最多的地区之一，洪水频发。与之相对的是四国北部的濑户内海沿岸地区却是日本降水量最少的地区之一。因此四国山地中分佈有不少水库，以防止洪水发生并提供四国北部地区的用水