行扬州大都督府长史（扬州大都督是皇子越王李泰，李泰年幼没有上任）。贞观五年（631年），任检校左领军大将军事。以年老请求致仕退休，皇帝给他加勋位至特进。贞观八年（634年），任河北道大使，考察吏治。不久被任为使持节、都督洛怀郑汝四州诸军事、洛州（隋朝和唐高宗以后的东都洛阳）刺史，但随即称病归家。杨恭仁为人谦恭，时人把他比成汉朝的石庆。他的幼弟杨师道娶唐高祖之女桂阳公主，侄女杨氏为唐太宗婕妤，从侄女为巢剌王李元吉妃，侄子杨思敬娶唐高祖之女安平公主。贞观十三年（639年）十二月，杨恭仁去世，年七十二，被追赠开府