中央大学、复旦大学、南京大学任教。1950年，时任中华人民共和国政务院总理周恩来签署任命状，任命秦含章为食品工业部及轻工业部参事。
晚年.1966年文化大革命开始后，秦含章的首任妻子杨文蔚自杀，秦自己也被批斗和下放，并被迫接受劳动改造。1975年，秦含章结识了营养专家索颖并与之结婚。1979年，在邓小平的指示下，轻工业部食品发酵工业科学研究所成立，秦含章恢复了职务。1990年，82岁高龄的秦含章退休。他一生中写下大量着作。2016年，索颖以93岁之龄辞世，秦含章与儿子住在北京市朝阳