年，壬辰倭乱爆发，杨元以副总兵的身份率领2000人，追随总兵李如松进入朝鲜支援。他以左协大将的身份，指挥11000人参加平壤之战，立下战功。此后又在碧蹄馆之战中成功救出李如松。1597年，丁酉再乱爆发，他率领3000名辽东骑兵进入朝鲜支援，隶属于总兵麻贵之下。后被派去镇守全罗道的南原城，强化该城的防御体系。在南原之战中，孤立无援的南原城遭到日本左军的围攻，最终陷落。明、朝鲜联军几乎全军覆没，杨元仅携家丁一人逃脱。他因战败被问罪，斩首示众于汉城南大门。后来朝鲜为了纪念他夺回平壤的功绩，将他的画像奉安于平壤