又一派代表人物陆九渊从金溪来访白鹿洞书院，在朱熹的盛邀之下，登台讲学。陆九渊的「君子喻于义，小人喻于利」，令在场的学生和客人热泪盈眶，在朱熹的要求下，陆九渊将这段演讲内容写下，被刻在石碑上。朱熹在南康任职的两年时间内，是白鹿洞书院历史上最鼎盛的时期。翌年朱熹与陆象山共同讲学，称作「白鹿洞之会」，并奏请赐额及御书，书院名声大振。元代年间战乱，崔翼驻守该地，书院继续办学，直至元末书院所有殿堂斋舍荡然无存。　
明清兴衰.明代初年因朝廷重视科举，罢了荐士的旧制，致使书院讲学之风几乎消失