本政府官方积极推行皇民化运动，禁绝台湾民间信仰活动，后由信徒陈隆兄弟设法，暗中奉祀两年多，才避免遭到日警焚毁，事后地方仕绅劝说日本官吏：「日本亦笃信佛教，观音菩萨为佛教大菩萨，亦广为日本人奉祀，素来护佑日本。」台湾总督府于是勉强同意奉祀，但须兴建日本风格寺庙。昭和十四年（1939年），总督府有条件的同意下，地方善信黄永茂等人捐献土地，完成一和风的寺庙，本命名为「林口庄龙山寺」，为了避免与艋舺龙山寺混淆，在仕绅王金生的建议下，旋即改以芦竹的「竹」、林口的「林」、龟山的「山」三个字，命名为「竹林山寺