本判决未解决争论，反而更激起了自由州人民与反奴人士的情绪，双方对抗越来越激烈，因此本判决成为了南北战争的导火线之一。1861年亚伯拉罕·林肯就职美国总统后，南方各州开始担心传统的产业以及奴隶市场遭到冲击，南北战争于是爆发。美国尽管在经历了四年战火后的重建期的国会中，新增了宪法第十三、十四及十五修正案以废止奴隶制度并赋予黑人选举权，黑人的地位从此被解放，拥有了公民的身份，然而在重建期结束后至布朗诉托皮卡教育局案作出判决期间，南方各州一直被南方白人掌控。这些南方白人在不能蓄奴的情况下，转而通过了许多对黑人不利