97年，爱知机关区的EF65型电力机车全部转出，分别转配属高崎机关区、新鹤见机关区和冈山机关区。至1990年代末，高崎机关区的EF65型电力机车主要担当东北本线、高崎线的货物列车牵引任务，新鹤见机关区所属机车主要牵引关东圈、东海道本线、山阳本线乃至四国地区的货物列车，而冈山机关区则主要服务以名古屋至下关一带的西日本地区。2002年11月末，四国地区的货物列车牵引任务改由冈山机关区担当。2008年3月全国铁路运行图调整，JR东日本管内线路开始使用ATS-P防护系统，高崎机关区的EF65型基本番台、50