1893年时人口约71,000人。1895年（光绪二十一年），台湾依《马关条约》割让予日本，苗栗县废止。当时苗栗县辖三个堡 :苗栗一堡（又称「苗栗堡」，设本县前原名「竹南二堡」）。苗栗二堡 （又称「通霄堡」，设本县前原名「竹南三堡」）。苗栗三堡（又称「大甲堡」，同前，原名「竹南四堡」）。清朝的苗栗县衙门，则设在今日苗栗市的苗栗县苗栗市建功国民小学内。当时朝廷原计划建苗栗县城，但来不及完工落成，进入日治时期时，未完工的苗栗县城，马上被日本殖民政府拆光。