80年代已加入香港足球总会，参加丙组联赛，1990年因原本只得8队的香港乙组足球联赛需要扩充队数，得以首次升上乙组联赛作赛。1990–91年度，黄大仙首次升上乙组联赛，便在前海蜂足球部主任还士祥带领下，以18战9胜6和3负得24分，获得亚军，取得升上甲组的资格。可惜最终放弃升班，留在乙组作赛。到了1998–99年度，黄大仙战绩低落，在乙组 11 支球队中名列第 10，与包尾的东昇，一同降落丙组作赛。在2000–01年度，黄大仙于香港丙组(甲)足球联赛名列包尾，遭淘汰出局。
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