商业用途以增加库房的收入，兴建新政府总部徒然浪费优质地皮。部分泛民主派立法会议员亦反对计划，保护维港行动主席郭家麒认为，将添马舰发展工程强行推动是不明智的决定。此外，保护维港行动联同公民党、梁国雄议员及保护海港协会主席徐嘉慎质疑添马舰用地含有二恶英。而公民党更认为工程造价昂贵，表示强烈反对计划。