像当时大多数位于美国南方的军校一样，佐治亚军事学院效仿西点军校课程与模式，同时还参考位于弗吉尼亚州的弗吉尼亚军事学院和南卡罗来纳州的。 每年约有50％至75％的学员由于该校对体能以及和学业的严苛要求而离开。1861年，南北战争爆发，佐治亚州加入美利坚联盟国。因为战争需求，大量青年加入到了新成立的邦联军队当中，军校教员也不得不帮助训练新兵，使得佐治亚军事学院的生源受到了威胁。时任校长弗朗西斯·W·凯珀斯为了军校能够生存下去，与州政府协商，将佐治亚军事学院作为州工程兵部队的总部，时任州长任命凯珀斯为这一部