6年萧军重返哈尔滨，先后担任了东北大学鲁迅艺术文学院院长、鲁迅文化出版社社长、《文化报》主编等职务。后因为《文化报》与《生活报》论争事件，萧军成为“阶级斗争”的牺牲品，被排斥出文艺界。1949年以后先在抚顺总工会从事戏剧创作和研究。1951年他调至北京市“文物组”当文物研究员，不专门从事写作但他没有停止写作，先后写出了《五月的矿山》《吴越春秋史话》等大量作品。在“文化大革命”中他受到了迫害。“四人帮”被整肃后，萧军得到平反，恢复了名誉。之后他依然辛勤写作，笔耕不辍。1988年6月22日在北京逝世。