通大学及国立中央大学、国立政治大学三校共同组成台湾联合大学系统，整合各校资源，共同成立研究中心。此外，复校后的清华和相邻的交大于1969年开始固定于每年春季举办「梅竹锦标赛」，比赛项目包含球类、桥艺、棋类、田径、拔河等。新竹清华校友会也同北京清华大学及厦门市政府共同成立清华海崃研究院，促进两岸学术及文化交流。根据汤森路透重要科学指标（Thomson Reuters, Essential Science Indicators），清华在化学、物理、材料科学、工程、计算机科学、生物与生物化学及临床医学等七学门