JR公司中，东日本旅客铁道（JR东日本）、东海旅客铁道（JR东海）、西日本旅客铁道（JR西日本）以及九州旅客铁道（JR九州）已成为上市公司，国有股份也已全部售出，达成完全民营化。但另一方面，北海道旅客铁道（JR北海道）、四国旅客铁道（JR四国）、日本货物铁道（JR货物）则仍根据JR会社法，为日本政府100%出资但以公司形态营运的（依照特别法成立的国营公司，属于的一种），股票也未上市。这三家公司因为负责的营运区域或项目基于人口、经济活动等无法抗拒的外部因素，营运基础较为脆弱，无法单靠铁路运输的经营达到收支