袖胡奢麻尹团结了阿伊努人，向大和人发起了进攻，是为胡奢麻尹之战，十二馆有十个被攻占。次年，率领的军队战胜阿伊努军，十二馆成为交战时的据点。1512年，虾夷地东部的村长庶野、訇时兄弟率领阿伊努人起兵，袭击了数个馆，但被上国守护和其子的军队击败。1593年，蛎崎氏第6任当主松前庆广被丰臣秀吉任命为虾夷岛主，从安东氏独立。之后，北海道和人地在幕藩体制下成立了松前藩，馆主和家臣们移居松前城，此后十二馆渐渐荒废。