此城成为番城，无城主。天正10年（1582年），信长于本能寺之变死亡，重臣们召开清洲会议，决定由次男织田信雄继承清洲城。天正14年（1586年），由信雄扩建了二重堀大天守、小天守、书院等。小田原合战后，丰臣秀吉下令移封，但信雄抗命，被除封，此地成为丰臣秀次的领地。文禄4年（1595年）以后为福岛正则的居城。庆长5年（1600年），关原之战东军利用此城作后方据点，战后福岛正则被转封到安艺，领主由德川家康的四男松平忠吉取代。庆长12年（1607年），家康九男德川义直成为了城主。庆长14年（1609年），