语起源的马来语）。外交关系于20世纪60年代正式成立。但是，直到2009年，印尼才在塔那那利佛开放使馆，而马达加斯加驻日本大使馆也兼辖印尼事务。马达加斯加曾经计划在2018年在雅加达开设大使馆，但至2020年，驻印尼大使馆仍未开馆。2003年，婆罗浮屠远征船队访问了马达加斯加，从印度尼西亚驶往加纳的阿克拉。这艘船是从婆罗浮屠小组重建的，重演航程显示了印度尼西亚与非洲（特别是东非和马达加斯加）之间古老的贸易联系，航运路线是从印度尼西亚海域经过塞舌尔，马达加斯加和南非到达加纳。这也是为了证明印度尼西亚古