医院位于伦敦市中心兰贝斯区，与西敏宫由泰晤士河相隔。新医院建筑由建筑师亨利·柯里设计，并在1868年由维多利亚女王奠基。医院最初设立588病床，惟在1896年前因筹款所得的资金不足而未能提供完整服务。目前医院内共有840床位。圣托马斯医院北部在第二次世界大战中受到严重破坏，三栋病房大楼因此而被摧毁。医院重建工作从1950年起展开，医院东翼亦在此时期建成。圣托马斯医院现为英国二级登录建筑。