87年（弘治元年）时，奉丰臣秀吉之命，在严岛神社境内修筑经堂以祭奉在征战九州时阵亡的兵将，也就是今日的千叠阁。千叠阁在秀吉死时尚未完工，并且一直保持此未完工的状态直至今日。在丰臣秀吉死后的关原之战当中，请求毛利辉元加入西军，其后在南宫山佈阵，得知小早川秀秋叛变后，立即撤退。西军败北后，恵琼一度前往毛利本家的阵地，吉川广家建议其逃亡鞍马寺(下间赖廉的女婿－端坊明胜时任本愿寺住持)，其协助惠琼藏匿于京都的六条边、但不幸遭到奥平信昌队的鸟居信商（长篠之战使者鸟居强右卫门之子）捕缚，解送到大津的家康阵所。由于是