通过《宪兵兵员甄选实施计画》禁止同性恋者担任宪兵，理由是「便于生活管理及照顾的需要」。这项政策在2002年5月引起同志团体如台湾同志谘询热线协会、性别人权协会、晶晶书库等发起抗议游行，认为这是用似是而非的说辞，掩饰与合理化国防部的差别待遇，应立即废除；国防部长汤曜明随后表示将废除此法，并加强相关人权教育。国防部军事发言人虞思祖在2010年指出：「台湾兵制为征募并行，依兵役法规定，只要符合入营条件，所有人一视同仁，没有特别强调或凸显性别倾向问题」。然而，虽偶有军人会低调出柜，但和义务役相比，职业军人比较隐