细胞带来了其他的挑战。复制后，两个子代环形染色体有时可能会依然相互连接着或纠缠在一起，必须解决这些问题才能使得在细胞分裂时两个子代细胞均能获得完整的染色体副本。
环形细菌染色体的复制.要理解的过程，最好是借助已被充分研究的"大肠埃希氏菌"和"枯草芽孢杆菌"。染色体复制过程由三个主要阶段组成：初始阶段、延伸阶段和终止阶段。染色体起始位置称为复制起点（oriC），在此处有序地合成“启动器”蛋白是初始阶段的开始。该蛋白的合成过程经过调控，确保在每个细胞周期只会发生一次染色体复制。初始阶段