创立于1676年1月31日，圣卡洛斯大学经历瓜地马拉历史众多重大事件，例如瓜地马拉独立、瓜地马拉革命、瓜地马拉内战等。目前主校区位于瓜地马拉市第十二区，并在瓜地马拉各地设有七所分校。
校史.圣卡洛斯大学于1676年1月31日由西班牙国王卡洛斯二世指示建立，在成立之前，学校为1562年由Francisco Marroquín创立的圣汤玛士学校。圣卡洛斯大学学历于1687年6月18日起，正式获教宗本笃六世认可。在早年16至19世纪，圣卡洛斯大学提供法律、礼拜法、理论学、哲学、医学、