年）发生了永禄之变，第13代将军足利义辉连同其母庆寿院一起，被松永久秀、三好三人众弑杀；担任鹿苑院院主的弟弟周暠也被久秀诱杀。由于害怕杀害觉庆会引发兴福寺僧众的敌对情绪，松永久秀没有立刻杀害觉庆，而是将其暂时监禁在兴福寺。但不久忠于足利义辉的一色藤长、和田惟政、仁木义政、三渊藤英、细川藤孝，以及大觉寺门迹义俊（近卫尚通之子）等帮助觉庆逃出了监牢。在此期间的文书中，觉庆被称作「将军家的当主」、「矢岛的武家御所」等。4月21日被叙为从五位下左马头的官位。经过奈良、木津川逃到伊贺后（伊贺国的守护是将军的近臣仁