二年（1594年）寂默法师重建山门、天王殿。三十二年（1604年）寂默法师改凌霄塔为七层。清朝康熙时，康熙帝曾四度巡幸昆山慧聚寺，并题诗留念。咸丰十年（1860年）英法联军，慧聚寺毁于兵火，独留凌霄塔。1934年，重建凌霄七层宝塔。1937年，中日战争八一三事变后，塔遭日军轰炸，而后山被日军所佔。1945年，日本二战投降，僧人在原地搭建三平房。2005年昆山台商会长林荣德提出申请兴建妈祖庙，协调大陆官员到鹿港参访，参观因九二一大地震损毁的鹿港龙山寺、鹿港天后宫修复工程。为首宗在中国大陆法律上第一座台