同治十年（1871年），升刑部江苏司郎中。次年任湖北荆州府知府。光绪七年闰七月十七，由广东按察使升任广西布政使。光绪八年正月二十四（1882年3月13日），升任广西巡抚。后改广东巡抚，兼理广东学政。光绪十三年（1887年）任河南巡抚，加提督衔。到任后治理黄河水患，光绪十六年（1890年）兼署河东河道总督。同年病卒。
着作.倪文蔚学识渊博，工诗画。着有《禹贡说》、《两江勉诗文集》、《荆州万城堤志》等。