资金投入採用许多方法，包括利用渡轮而不兴建跨过河流的桥樑，直至流量增加。而设计者则坚持兴建一条不受影响的铁路。与希望连接现有城市交通却被退回的私人计划不同，西伯利亚铁路并无如此优先。为了节省金钱和避免与土地拥有者冲突而决定将铁路建于现有城市的外围。托木斯克是当时的大城市，也是最不幸的，邻近的鄂毕河沼泽一般的河岸不适合兴建桥樑。因此铁路南绕70公里并在新西伯利亚跨过鄂毕河，只兴建了一条连接托木斯克的盲肠线，剥夺了城市对应的铁路运输和贸易。
建设.1890年3月，皇太子（后来的尼古