也是西部干线区间车的主要始发站之一，北上至基隆、南下至嘉义。在2013年的统计中新竹车站是台铁所有车站中营收排名第6名（仅次于台北、花莲、台中、台南和高雄等站）。本站为内湾线的起点站。为接驳高铁新竹站，台湾铁路管理局将内湾线新竹－竹中区间改建为双线电气化高架路线，并增设北新竹、千甲、新庄等站，于2011年11月11日通车。此外由竹中分岐至六家车站的路线，命名为六家线。六家线兴建与内湾线改善工程施工期间，内湾线新竹－竹东路段于2007年至2011年暂时停驶，改以新竹客运接驳。于2011年11月11日复驶，