噶尔丹的攻击，罗桑丹贝坚赞率喀尔喀三汗所属部众臣服于清朝。清康熙三十年（1691年），康熙帝册封其为唿图克图大喇嘛，统管外蒙古喀尔喀部宗教事务。此后，按惯例该活佛系统的传承需受到清朝皇帝的册封和西藏达赖喇嘛的认可方能生效。清雍正五年（1727年），雍正帝在库伦修建庆宁寺，此后，哲布尊丹巴转驻于此。干隆帝在位期间，规定哲布尊丹巴每年必须向清朝政府进贡8匹白马和1白骆驼，称为“九白之贡”。干隆还进一步规定，哲布尊丹巴的转世必须在四川理塘地区寻找，在北京雍和宫金瓶挚签决定，以免哲布尊丹巴与外蒙当地王公的世俗权