时政府非但未获得政治权力外，独立宣言也未有任何国家予以承认。在9天过后，印度尼西亚军队于12月7日入侵东帝汶，迫使阿马拉尔逃往山区。隔年7月，印度尼西亚政府宣布东帝汶为其第二十七个省份。而在避难期间，阿马拉尔积极领导撤往山区的东帝汶独立革命阵线，反抗佔领东帝汶的印度尼西亚，共计有10万名农民参与反抗行动。但随着战斗局势无望、民众逐渐疲惫与流行病盛行，使得抗争派与对话派之间发生冲突。阿马拉尔曾在1977年9月13日以叛国罪遭到逮捕，不过东帝汶独立革命阵线趁着囚犯移动到监禁处时袭击，使其得以解放，但之后仍因