达陕北。1935年11月，率部参加直罗镇战役，在攻打甘泉时颈部负重伤。1936年2月，率部参加东征战役，此后进入抗日军政大学学习。12月，任新到达的红四方面军红四军参谋长。
抗日战争与第二次国共内战时期.抗日战争开始后，耿飚任八路军一二九师三八五旅参谋长、副旅长兼副政治委员，驻守甘肃东部，负责保卫陕甘宁边区的西部边境。1941年7月，入中共中央党校学习。1944年9月前往晋察冀军区，任副参谋长兼联络部部长。1945年8月，指挥八路军攻占张家口。1946年，耿飚随叶剑英参加了北平