1690年6月，噶尔丹又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。同年，康熙帝决计亲征，组织左右两路大军，分别出古北口和喜峰口。8月1日，双方大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘夜向北溃逃。噶尔丹战败后因原根据地为策妄阿拉布坦占据，不得不滞留科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起，不断骚扰边地安宁。1696年2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击。5月13日，西路军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹军。1697年2月，康熙帝发动第三次远征，命费扬古、