。元康九年（299年）入朝。当初愍怀太子司马遹被废后，有人建议将立司马允为皇太弟，因议论不合未果。适逄赵王司马伦废去贾后，遂下诏以司马允为骠骑将军、开府仪同三司、侍中，都督如故，领中护军。司马允性格沈着而刚毅，宿卫将士皆敬服他。赵王司马伦废贾南风后、孙秀专权，心知司马伦有篡逆之心，所以称病不上朝，密养死士，想诛杀司马伦。司马伦很惧怕司马允，所以改封为太尉，外在看来是优待他，其实要夺他的兵权。司马允称病不接受。于是司马伦派遣御史逼迫司马允，不当太尉，就是反逆。司马允很愤怒，看了诏书后，原来是孙秀所