教徒入校便成为了科学研究的障碍。1620年，罗马天主教会因为推动反宗教改革，不确定弗莱堡大学的信仰问题，而将两个院系的行政权收归由教廷直辖。奥地利大公玛丽亚·特蕾西亚则着手对境内教育进行改革。1767年大学入学条件在宗教信仰上明确走向自由化，并要求增加自然科学和公共行政学科系。同年，不顾宗教界的抗议，弗莱堡大学收归国有。在1773年，随着教宗克雷芒十四世下达敕令镇压耶稣会，天主教思想在学校的主导地位开始减弱。约翰·乔治·雅格比（Johann Georg Jacobi）在1784年成为了弗莱堡大学的第一位新教