费用而修改地面路线，最后建造了长1.5公里的高架桥，成为日本铁道最早的高架区间。一开始仅单线通车，之后在1906年8月19日复线化。由于列车行驶于高架桥上，为了避免排放式厕所的排泄物影响到居民，本所往西区间禁止使用厕所。由于当时总武铁道难以建设跨越隅田川的桥樑，因此两国桥站成为总武铁道都心侧的总站。当时站房建于车站西侧，为木造2层式建筑，面积170坪（约562平方公尺），建设费约9,000万日圆。站房旁有同为木造2层式的总武铁道本社。月台全长212公尺，东侧有地下道连通龟泽町方向的出口。站内有连通隅田川