将军的权威，足利义辉尽力和各地的战国大名打好关系。他曾多次调停大名之间的冲突，例如伊达晴宗与伊达稙宗（1548年）、武田晴信与长尾景虎（1558年）、岛津贵久与大友义镇（1560年）、毛利元就与尼子晴久（1560年）、毛利元就与大友宗麟（1563年）、上杉辉虎与北条氏政以及武田晴信（1564年）等等，使将军威信有所提高。同时出于怀柔政策，任命大友义镇为筑前、丰前守护，任命毛利隆元为安艺守护，同时批准三好长庆、义兴父子使用桐纹作为家纹。此外将自己的偏讳「辉」字授予了战国大名毛利辉元、伊达辉宗、上杉辉虎（即谦信