十六年（1900年）迁云南布政使，就擢巡抚，兼署云贵总督。三十年（1904年）上奏朝廷，唿吁实行立宪改革。光绪三十一年九月十一，由代贵州巡抚调任广西巡抚。光绪三十二年九月二十（1906年11月6日），解任以侍郎用。。三十二年（1906年）内召，以侍郎充军机大臣，兼署邮传部尚书，授度支部侍郎。支持改革。三十三年（1907年）因御史赵启霖劾段芝贵案，林绍年替言官赵启霖报不平，跟庆亲王奕劻闹翻，称病退出军机，外出任河南巡抚。1910年调回中央任学部侍郎，后改任弼德院顾问大臣，随即告病回乡，1916年病逝于福州故里