该庙正殿及东、西两厢，均甚狭小，促请政府整建吴凤庙。1985年吴凤庙列为三级古蹟。1989年1月1日深夜，继吴凤铜像破坏事件、竹崎乡吴凤故居附近树木被损坏后，此庙史蹟陈列室遭受三、四对不明人士纵火，造成匾额被烧焦黑、门面半毁。同月12日，台湾省议员杨仁福、陈建年、翁文德、李文来向省府主席邱创焕建议吴凤庙改名为「和平纪念馆」，以作族群和谐；邱创焕则答覆说获知真相再谈。，后无下文。1994年3月26日，社口村民向县政陈情，望能收回庙前广场。1999年间，庙身再遭921大地震、1022嘉义地震重创。缺