，之后将根据地移到赤间神宫。翌年，1864年（元治元年），京都发生禁门之变，最后引发幕府讨伐朝敌・长州藩的第一次长州征伐。奇兵队也参加这场战争。1865年（庆应元年），发生第二次长州征伐（四境战争），高杉率领奇兵队活跃于小仓口之战，佔领小仓城。戊辰战争之时，奇兵队成为官军之一部，和旧幕府军作战。此时，也在周防地区创设第二奇兵队（南奇兵队）。明治维新以降，镇台设立后废止。奇兵队等诸队士反对废止，引起脱队骚动，最后被镇压。