3年（1554年）时竣工，武田信豊入城，但这是错误的。胜赖时期的御一门衆的下曾根净喜担任城代的职务，天正10年（1582年）织田・徳川联合军侵攻甲斐时，浄喜把逃往小诸城的信豊的首级献给了织田信长，但浄喜也被信长以对旧主不忠给诛杀了。武田家灭亡后归属泷川一益，再由北条家统治，最后由德川家夺取。之后小田原征伐功劳而得5万石的大名仙石秀久在天正18年（1590年）时入城。秀久在关原之战参与东军、之后的元和8年（1622年）2代的忠政转封上田城为居城。江戸时代小诸藩的藩厅设立，之后由松平氏、青山氏、酒井氏等