担任近江国蒲生郡的检地奉行。
丰臣政权时期.天正十三年（1585年）7月11日，秀吉就任関白，三成也官拜从五位下治部少辅。同年末，被封为四万石的城主，但实际上水口城自天正13年7月被封与中村一氏，天正18年（1590年）又转封增田长盛，文禄四年（1595年）再被长束正家继承，因此三成并没有真正领有过该城。天正十四年（1586年）1月、以几乎是自己年俸一半（1万5000石）的代价延请到原筒井顺庆的家臣岛左近。。秀吉也为之愕然，爲敦促岛左近忠于石田，秀吉将自己的菊桐纹外套赐予岛左近