体长低于 的幼年小眼双髻鲨多以对虾为食（尤其以 "" 为主）。成年鲨鱼则多以硬骨鱼（海鲶科的鱼类与其鱼卵）为食。而虾子、海鲶体表的黏液与卵中富含类胡萝卜素，导致了小眼双髻鲨金黄色的体色。生活在同一区域的同样拥有黄色的体色也以虾为食，但牠们也会猎食梭子蟹、鱿鱼、石首鱼与新生的路氏双髻鲨。小眼双髻鲨容易成为更大型鲨鱼的猎物，例如公牛鲨，更小的个体则可能成为其他硬骨鱼类的食物。