大臣后立即彻查事件的来龙去脉，其后公开厚生省隐瞒的报告及有关资料；除此此外菅直人还在有关受难者遗像前下跪合掌。此事震惊全日本；而菅直人的为官作风受到广泛好评而有「草官打真官」、「官僚杀手」及「焦躁菅」之称。1996年9月，菅直人与鸠山由纪夫合作组成民主党并出任该党代表（即党首），并就任该党政策调查会长。1998年4月，民政党、新党友爱等合流组成新的民主党，菅直人继续出任该党代表；同年7月，自民党在参议院选举中惨败，在野党参议员推举菅直人为内阁总理大臣，惟众议院通过小渊惠三为内阁总理大臣导致菅直人未能当选