喜欢上了天文学，而这种喜欢贯穿了他的一生。在他6岁时，他看到了1577年的大彗星，并写道他“被妈妈带到一处高地看彗星。”在他9岁时，他观察到了另外一次天文事件——1580年的月食，并记录道他记得他被“叫到门外”看月食，月亮“看起来非常红”。然而，童年患上天花，使他的视力衰弱，双手残废，因此限制了他天文观察的能力。1589年，在经历过文法学校、拉丁学校以及毛尔布劳恩（Maulbronn）的神学院之后，开普勒进入了图宾根大学的图宾根神学院。在那里，他师从维塔斯·穆勒（Vitus Müller）学习哲学及雅各