今江苏常州西北）人，刘宋征西将军、仪同三司萧思话第四子，萧惠开、萧惠明的弟弟，萧惠休、萧惠朗、萧惠蒨的哥哥。娶江夏王刘义恭之女为妻。初任着作佐郎，历任征北行参军、尚书水部、左民郎。出任湘东郡内史。任奉车都尉，抚军车骑主簿。泰始二年（466年），兄益州刺史萧惠开起兵反对宋明帝，萧惠基受明帝之命使蜀，説服兄萧惠开归顺明帝，益州当地人反抗，联合氐族军包围成都。萧惠基宣示刘宋朝廷的威信，氐人邵虎、郝天赐斩杀反乱军首领马兴怀后投降。萧惠基被召还建康，担任太子中舍人。出任武陵郡内史，后为中书黄门郎。萧惠基善写隶