五年（1855年），福因寺兴建99间的朝克沁都贡（大经堂），同时扩建藏尼德殿、塔尔尼殿，及诸多拉布隆、仓吉斯等等。清朝同治八年（1869年）时，该寺僧人达993名。清朝同治八年（1869年），福因寺首次遭到摧毁。清德宗光绪三年（1877年），经过道布增活佛的努力，该寺部分殿堂获得修复。民国21年（1932年），阿拉善亲王达理扎雅捐资修缮了朝克沁都贡（大经堂）。民国二十二年（1933年），福因寺占地面积已达到约0.3平方公里，有11座大型经殿，4座拉布隆，5座吉斯等建筑719间，僧人私房779间，共计