伊波普猷在研究琉球的同时也研究日本，对琉球族的形成进行研究，支持「日琉同祖论」。伊波与日本民俗学家柳田国男和折口信夫、人类学家鸟居龙藏、思想家兼经济学家河上肇结为挚友。1947年，伊波普猷病死于比嘉春潮的宅中，享年71岁。葬于浦添市，其友人东恩纳宽惇在浦添城遗址附近为其建立显彰碑。