香港瘰螈面临污染和生境退化问题，亦可能面对捕捉作宠物贸易的威胁。香港瘰螈在香港受到香港法例第170条《野生动物保护条例》保护，分佈点也在郊野公园内，因此在IUCN红色名录内被评为近危物种。
人工圈养繁殖.香港湿地公园及嘉道理农场暨植物园现时有饲养香港瘰螈，以前香港海洋公园「金鱼大观园」都有饲养过。