与扁系负责操盘的高志鹏不满选举结果，他们认为，依党内惯例应等中评委到齐才推举中评会主委，王拓却认为现场虽然只有六人、但已过半数符合规定。邱议莹说，新潮流系没有诚信，「谈好合作却突然翻脸」；高志鹏则说，民进党派系问题就是新潮流系问题，新潮流系「一派独大」与帮派无异。2009年3月，台湾战略学会秘书长王崑义说，由于新潮流系组织结构过分「列宁式政党化」，新潮流系不愿与非该系成员的盟友分享许多政治利益，导致「只要跟新潮流没有牵扯的学者或绿营人士，十之八九都有反新系的情结」；例如2009年2月8日，国立东华大学民