阳新干线开业初时，原来计划将本车厂同时存放山阳新干线和九州新干线的车辆。不过，当国铁分割民营化后，山阳新干线由JR西日本继承，而九州新干线的开发、建设和营运则由JR九州继承，因此九州新干线开通后，并不以此车厂作为九州新干线的车厂。2004年新八代站至鹿儿岛中央站开始局部营运时，以川内新干线车辆所作为临时基地，检查则以鹿儿岛综合车辆所作准。当熊本综合车辆所建设完工之后，以熊本站南面的熊本综合车辆所作为车厂。车辆段及新干线路段以博多南线连接。起初该线仅为连接博多站及此基地之用，后来加入客运并增设博多南站。除