不详，介于桓豁和桓沖之间（320年至327年）。桓秘自少已甚具才气，起初拜为秘书郎，被兄长桓温压抑而未受重用，后来历任辅国将军、宣城内史。梁州刺史司马勋叛晋，走入蜀地，桓祕受任梁益二州征讨军事、假节，带兵协讨司马勋。功成后任散骑常侍，徙中领军。晋孝武帝即位时，妖贼卢竦入宫，桓祕与左卫将军殷康入击卢竦，桓温调查此事时，却将桓祕免官，令其闲居于宛陵，因此桓祕常怀不平之心。桓温病危时，桓祕伙同桓温之子桓熙、桓济合谋打算趁桓氏家族探望桓温的时候对付弟弟桓沖。桓沖密知此事，于是不敢往视桓温。不久桓温逝世，