成军的红军第6军担任参谋长，很快他便昇为军长，他成功阻挡德军在前线凌厉攻势，并因此战功升为中将，之后大部队红军撤退到顿巴斯， 马林诺夫茨基带领红军第6军、红军第12军加入防御战，再次击退德军离开防区；1941年12月他被上级任命为苏联南方集团军群司令员(元帅职缺)，底辖兵力只有三个残破的红军「军」与两个只有坦克师编制的装甲军团(共不到16万兵力)，在兵员及装备皆不足的危况下，马林诺夫茨基竟还指挥所部向德军防线深入勐攻。
哈尔科夫战役.1942年1月18日马林诺夫茨基与苏联西南方面前