共生子女五人，根敦朱巴排行第三。根敦朱巴幼时帮助父母牧羊。 1405年，十五岁的根敦朱巴在纳塘寺出家为僧，拜团柱凯珠为师，从楚巴喜绕受了沙弥戒。二十岁受了比丘戒。之后便到前藏各地云游，先到昌珠寺，拜贡桑巴为师，学“因明”与“中论”。当时宗喀巴正在前藏创立黄教，已有名望，1415年受当时帕竹政权的第五代法王扎巴坚赞之请，在扎西多喀地方向僧俗民众讲经说法，二十五岁的根敦朱巴跟着他师傅团柱凯珠一同前去听讲，才和宗喀巴认识。从此拜宗喀巴为师，成为重要弟子，与喜饶僧格到后藏等地讲经说法。1419年宗喀巴在甘丹寺赤