提速，停靠吉山站的旅客列车数量越来越少，至2000年代初，每天仅余下一对旅客慢车停靠；随着广深铁路最后一对慢车8443／8444次于2003年停运，吉山站再没有旅客列车停靠。2001年，因应中华人民共和国第九届运动会召开，吉山站在九运会主会场广东奥林匹克体育中心南侧新设Ⅰ场，以便疏散观众，这一临时客场被称为“九运会站”。九运会站的站台面积约5000平方米，候车区面积5000平方米，约可集结9500人。2003年春运期间，广深铁路公司一度在九运会站站址设立临时售票处。后来随着九运会结束，九运会站合并为吉山