德国杯拜仁客场2-1击败波鸿，穆勒打入关键绝杀球。此后德国杯半决赛，穆勒在赛后被评为全场最佳，成为德国杯半决赛参加次数最多的球员。拜仁那个赛季也取得了德甲第七冠，穆勒成为球队功臣，在进攻端有不可替代的作用。2019年11月10日拜仁联赛中4-0大胜多特蒙德，赢下国家德比。穆勒在比赛中奉献两次关键助攻，同时也完成了拜仁500场的里程碑。2020赛季穆勒继续为拜仁出战，超越拉姆在拜仁的出场次数。2020年穆勒助攻次数也冠绝五大联赛。2020年4月7日，拜仁官方宣布与穆勒续约至2023年。Sect