允和护驾有功，二十八年（1902年）正月得实授四川提督。六月调授广东陆路提督。因与两广总督岑春煊意见偶有不合，被岑春煊弹劾办理惠州清乡无功且民变愈演愈烈，于二十九年（1903年）八月被罢官，留北洋差遣，继续统领朝阳练军。次年，奉朝廷之命会办沿江巡防。宣统二年（1910年）十月，程允和接任刚去世的程文炳为长江水师提督。告老，未获准。三年（1911年）10月，辛亥革命爆发，程允和奉命率水师援助官军讨伐起义军。后清廷又令程允和等将领停战议和。
下野后.宣统帝退位后，程允和也解甲归