齿鲨缺乏食物而灭绝。其他解释指任何对食物链的影响，都会将庞大新陈代谢需求的猎食者淘汰。有些则指巨齿鲨未灭绝，仍然在今天生存，多部电影也以此为题材。天文学者猜测，于二百六十万年前发生于本地泡的一次超新星事件可能与巨齿鲨的灭绝有关，这事件发生在上新世与更新世边界，是个巨型动物群集群灭绝事件，估计大约有36%的物种（genera）被灭绝。古生物学家罗伯特．波森尼克（Robert Boessenecker）在2019年2月12日发表于《PeerJ》期刊的研究报告中则认爲巨齿鲨的绝灭与大白鲨的崛起有关。然而有