脆放弃竞选连任。与一无所知运动眉来眼去一段时间后，他加入新成立的共和党，1858年再度当选联邦众议员。史蒂文斯和马萨诸塞州联邦参议员查尔斯·萨姆纳等激进分子合作，反对奴隶制扩张，面对战争也拒绝向南方让步。史蒂文斯主张内战结束后彻底终结奴隶制，但亚伯拉罕·林肯总统立场温和，迟迟不愿支持他的立场，令史蒂文斯深感挫败。身为筹款委员会主席，他推动金融立法在众议院通过。随着战争局势日趋明朗，北方胜利指日可待，史蒂文斯在废除奴隶制的立场上更进一步，主张没收种植园主土地分配给刚刚解放的奴隶，确保非裔美国人在未来的南方