清明公允，遂被检举系狱，只因遇到大赦而免罪。元嘉十六年（439年），何承天又任着作佐郎，负责编修国史。后加太子率更令，后更命承天立史学，与儒学、玄学及文学并称四学。元嘉十九年（442年），朝廷立国子学，承天遂加领国子博士，并与太子中庶子颜延之为太子执讲《孝经》。后迁御史中丞。时何承天与尚书左丞谢元不和，更互相窥伺对方任内的过失，多次互相弹劾。因生活奢侈而不够钱用的江夏王刘义恭于元嘉二十一年（444年）向尚书申请提取明年的资给，谢元自行决定拨二百万钱给刘义恭而未有按规则将二十万钱以上的拨款上奏。事情被揭发