藻有时形成暴发，浓度超过100万个细胞每毫升，释放出大量毒素，形成了红潮, 根据其导致的水的颜色命名。有些无色的甲藻也会暴发，形成毒潮，例如"有害费氏藻"(Pfiesteria)。有些甲藻暴发并不危险。夜间看到的海水的蓝色闪光是甲藻暴发时，受到扰动时的生物发光。赤潮对贝类的影响,如蛤蚌毒素（saxitoxin），会造成瘫痪。藻类暴发对生态破坏的研究。
脂类与固醇的制造.甲藻生产特别的脂类与固醇。甲藻制造的一种典型固醇是dinosterol。
生物发光.