均为过境河流。石林县内共有天然湖泊、坝塘129个，基本分布在海拔1,900至2,000米的中部岩溶地区，属岩溶湖泊。主要湖泊有月湖、长湖、圆湖等，月湖是石林县最大的湖泊，有20余个湖泊被改造为蓄水工程。截止2016年末，石林县内共有中型水库2座（黑龙潭水库和月湖水库）、小型水库100座、塘坝217座，总库容10,197万立方米。最大的人工湖泊是位于县城以东的黑龙潭水库，建于1966年，是县城一带居民生产生活的主要水源。县境中部岩溶地区的地下水分布较广，泉水岩溶湖、暗河较多，流量在每秒5升以上的泉眼有