班次开出，西贡巴士总站站长会视乎情况于92线或299线（现已改为299X线）抽调车辆行走99线以维持原有班次，在99未改为全空调行走时，曾经出现空调巴士行走99，不过收取普通巴士车费，变相提供升级服务。本路线于1994年5月16日起于平日增派丰田Coaster24座位空调巴士（AT75/EL452）行走，不过却是独立运作，并在午膳时间停开，丰田24座位小巴退役后，改派其他单层空调巴士行走，后来午膳时间继续提供服务，由92抽调1辆双层空调巴士行走，为当时平日唯一空调双层巴士班次。 用车方面，初期採用