业工会而遭时任老板余纪忠开除，从此从报导者的角色转为专职运动者。离开中国时报后，郑村棋开始协助筹组台湾基层工会组织，包含中国时报产业工会、中正机场工会联谊会、工作伤害受害人协会、台湾区仓储运输业工会联合会、台北市产业总工会、台北县产业总工会、日日春关怀互助协会等，因为积极搞工运，1990年代郝柏村担任行政院长时，整肃社运，把郑村棋列为「工运流氓」。同时，郑村棋也跟海外的知识份子弄了一本学术刊物《台湾社会研究季刊》，希望能够在学术思想上有个另类的思维，不要完全是一种自由主义、自由派的思维跟经济。郑村棋