库伦旗政教分治办法》，规定掌印札萨克达喇嘛一缺改分为二缺，即行政与宗教各一缺，行政职位称“札萨克”（与其他各旗相同），宗教职位称“兴源寺锡勒图喇嘛”。自此，该旗与其他各旗一样，成为札萨克负责行政的旗，结束了政教合一的制度。兴源寺每年举办4次大法会，即农历正月和六月的十四日、十五日两天为跳鬼会，届时库伦旗的喇嘛全体参加。每隔三年即逢农历牛年、蛇年、鸡年，兴源寺举办一次嘛呢法会，规模盛大。这种法会每次都提前两个月筹办，制做“嘛呢丸”。此种法会自农历七月初五日至初七日整修座位，初八日正式开始法会，一直举办7昼