，马萨诸塞湾交通局开始在水族馆站设置临时隔水沙袋控制洪水。进入车站的海水浸泡损坏车站电梯，使其连续几个月无法正常工作。据交通局估算，要彻底修复车站漏水及洪涝问题需要大约两千万至四千万美元。
中央车站提议.是一个将波士顿北站和波士顿南站连接在一起的提案，分布在城市两侧的通勤铁路可以完美连接在一起。工程最初提议在及水族馆站下方,离地大约40米处建设隧道。2003年的主要投资研究/环境影响报告草案考虑了双轨和四轨情况下有无中央车站的设计。有中央车站则在牛奶街北侧和印度街南侧设置四个出站口