紧邻四牌楼校区的南京地质学校并入东南大学，暂时缓解了东南大学紧张的用地形势。由于浦口校区仍然不能满足学校需要，2003年东南大学开始在江宁区筹建九龙湖校区。2006年，东南大学占地近4000亩（含水域面积）的九龙湖校区投入使用，原浦口校区被用来作为东南大学成贤学院校址。
校园.东南大学目前拥有四牌楼、丁家桥、九龙湖3个校区，共计5980亩，分布于中国江苏省南京市的市区及郊区，以及无锡分校、苏州研究生院、常州研究院、盐城新能源汽车研究院。四牌楼、丁家桥、九龙湖三个校区为东南大学的主要