迁鸾台侍郎，授同凤阁鸾台平章事，为实质宰相。不久转凤阁侍郎，仍居相位。麟台少监李峤为王方庆上表辞让，未果。神功元年（697年），武则天伯父武士让之孙清边道大总管建安王武攸宜破契丹回朝献俘，按传统应由军乐队奏乐。因武攸宜回朝时，正值高宗去世当月，内史王及善请求备鼓吹但不奏乐。王方庆引用晋朝先例，称乐队只有当武攸宜回朝正值高宗忌日时才不奏乐，建议乐队仍然奏乐，武则天同意了。大约同时，一次，武则天去万安山的玉泉祠，上山的道路很险峻，想乘腰舆上山。王方庆反对，称作为君主这样做太危险了，她同意了。同年，她升他为石