2016–17年全国城市足球联赛，为中华民国足球协会主办的最高层级足球赛事，本赛季为全国城市足球联赛的第十个赛季。
资格赛.资格赛第一轮于2016年7月29日至8月2日进行；第二轮于8月19日至21日进行。比赛地点为台北市百龄足球场。
赛事停办.中华民国足球协会决定2016年城市联赛不办，取而代之是台湾企业甲级足球联赛，目前规划2017年开打，分为上下两循环共8队，并期望寻找中油国营企业赞助。