马其顿希腊礼天主教会。现今，北马其顿天主教会的信徒大约有11,266人。北马其顿也有一些新教徒。19世纪晚期到20世纪早期，美国传教士曾在斯特鲁米察-佩特里奇一带的村庄传佈循道宗。此外，也有少数人信仰浸礼宗。北马其顿北部的属于塞尔维亚正教会。若以塞族人口计算，大约有36,000人。
伊斯兰教.伊斯兰教在北马其顿的重要影响自14-15世纪奥斯曼帝国的侵略开始。许多土耳其人在马其顿地区定居，并带来了伊斯兰文化。不少阿尔巴尼亚族人和一些马其顿族人改信伊斯兰教。尽管许多人已经被土耳