时，亦有小部份学校自行宣佈停课。3月27日，香港政府宣佈从3月29日开始全港所有学校停课（当时只要求停课至4月7日，但后来延长至4月下旬后分阶段复课），所有教学都必须透过网上进行，或由家长到学校领取工作纸及自学材料回家。另一方面，当时香港市民普遍认为以董建华为首的特区政府处理疫情不力，没有主动要求有关单位提供相关资料。例如在3月20日，医管局行政总裁何兆炜通知卫生署指疫情已经在社区蔓延，但卫生福利及食物局局长杨永强仍一再强调「没有社区蔓延迹象」，并坚持学校不必停课。其后董建华在立法会会议上被问及何以未有处罚