青年会由学生组成，1902年后设于琥珀厅，它们组织“校风团”改革校中陋习，参加“拒俄运动”，组织体育运动。1906年书院的文学会的大学堂以下的同学，分为Alpha和Beta两组，前者取名“木铎会”，后者取名“醒石会”。二会中，木铎会人才鼎盛，如罗尔伦、吕彦直、查谦、奚伦、谢循功诸生。文学会常举行文学及辩论赛，学校对优胜者予以奖励。1909年12月，学生编辑委员会创办英文杂志《The Nanking University Magazine》，后在陶行知倡议下出版中文期刊《金陵光》。1903年，孙熹圣在汇文书院