一面加强江西地方武备，一面向朱宸濠陈说大义，并屡次公开反对朱宸濠，遭朱宸濠忌恨。正德十四年（1519年），朱宸濠欲借自己生日庆祝筵席之机谋反，孙燧应邀前往，并与朱宸濠针锋相对，宴后遭朱宸濠杀害。朱宸濠叛乱不久即被王守仁平定。明世宗朱厚熜即位，追赠为礼部尚书，谥忠烈。《明史》将其事列入忠义传。
家族.曾祖父孙逊益，封监察御史；祖父孙孟宏，遇例冠带；父亲孙新存，递运所大使。母李氏。