被分配至第一分舰队第一支队的其余勃兰登堡级战列舰，受命前往东亚海域协助镇压义和团运动。因此，德皇威廉二世号及第二支队的其余舰只于7月8日被转移至第一支队，受海军少将指挥。8月15日，年度秋季演习开启；舰队最初是在实行战术演习，随后编成战斗队形巡航穿越卡特加特海峡，并于9月21日在波罗的海西部进行演习。在这些演习期间，德皇威廉二世号均是作为裁判舰使用，霍夫曼遂将他的旗帜临时转移至姊妹舰德皇腓特烈三世号上。当9月29日在基尔的训练结束后，他又重返德皇威廉二世号。1900年11月1日，德皇腓特烈三世号取代德皇威