葡萄牙王国脆弱的统治，于是在即位当年遣散了独裁者若昂·佛朗哥和他领导的整个内阁，邀请海军上将阿马拉尔组阁，并邀请复兴党、进步党参加。这被共和派和社会主义者称为一次巨大胜利。在他统治的两年时间，七次改组内阁，政局一片混乱，终于在1910年10月3日晚爆发了革命，曼努埃尔二世的宫殿被轰击，他于10月5日被废黜并于当天逃亡到英国海外领地直布罗陀。曼努埃尔二世后定居英国伦敦。1913年9月4日，在锡格马林根与霍亨索伦公主霍亨索伦-西格马林根的奥古斯塔·维多利亚公主结婚。没有子嗣。曼努埃尔二世是一位藏书家，并