否认该地址为调查组织。一名姓庞的职员则称研究中心并无任何政治背景。另有媒体报导，质疑香港调查研究中心的票站调查是否被亲建制派政党作为选举工具。2008年9月，该中心研究员吴文涛在《头条日报》及网站发表文章《泛民限制票站调查的谬误及阴谋》，反驳公民党汤家骅等人指责部份非大学研究机构是亲北京阵营的选举工具，旨在透过票站调查来调整配票策略的论调。另外，香港调查研究中心于2009年3月16日向立法会政制事务委员会提交的「关于票站调查的一些意见和建议」意见书中，也驳斥了汤家骅等人的指责。