驶于甲州街道上的京王线改为地下化，小田急小田原线也受限于空间限制，为了确保月台数量而改建为两层，之后地下铁各线通车、总站大楼建设等带动下逐渐形成现在的样貌。
车站结构.新宿站位于东京都新宿区新宿三丁目至西新宿一丁目、及涩谷区代代木二丁目至千駄谷五丁目的范围。JR之车站出口分为西口、东口、南口等各方向。西口和东口都有几个通路。亦有地下道连接广大范围。
JR东日本.JR东日本站区共有8座岛式月台16线，均位于地面。月台沿南北两方延伸，而编号则从东边的埼京