，共有长崎本线和大村线两条路线。长崎车站是长崎的铁路交通中心，2015年度的乘客总数达809.8万人，日均客流量达22,127人次。浦上车站则是长崎市区中北部的主要车站和长崎第二大车站，2015年度总乘客数达191.4万人。往返于长崎车站和博多车站之间的特急「鸥号列车」是长崎重要的联外铁路交通方式，每日往返运行26班次。现在JR九州正在兴建武雄温泉车站至长崎车站之间的长崎新干线（武雄温泉车站至新鸟栖车站区间曾拟用轨距可变列车行驶，但目前已放弃，仅余建设新线或採用迷你新干线方案），竣工之后将大幅改善长崎和博多