调入近代史所，任二级研究员。1985年起享受终身不退休专家待遇。期间曾有写作计划，但未完成。2008年10月3日，瞿同祖在北京协和医院逝世，享年98岁。
家世.出身世家，祖父为晚清大学士瞿鸿禨。父瞿宣治先后任职于中国驻瑞士及荷兰公使馆，1923年病逝于法国马赛。叔父瞿兑之。
名字来源.瞿同祖因生于1910年（岁在庚戌），祖父生于1850年（也是庚戌），因此名同祖。出生之日，恰好是天贶节，故字天贶。