侯，便在今日署立澎湖医院一带建造施琅生祠。由此推估施将军庙建祠的期间约略于1683年施琅封侯之后、1696年施琅过世之前。
沿革.施将军庙在有清一代香火鼎盛，庙宇规模亦远大于今日。道光十二年（1832年），施将军庙加祀赴台弭平「张丙之乱」而殉职的海坛镇标兵杨高陞和澎湖水师高清河等入祠，从此改称「施公祠」。1895年（光绪21年、明治28年）台湾进入日本帝国统治时期；统治者因政治因素考量，刻意提高郑成功的地位（母亲是日本人）。施琅曾做为郑成功手下，却涉叛郑降清之举被扩大宣染，一代