水气造成白蚁侵蚀，破坏古物古蹟，座堂没有冷气供应。座堂除了有主教专用的座椅、法政牧师及座堂牧师专有的座椅，亦有港英年代遗留下来铸上英国皇室徽号的会众座椅，是留给当日港督或英国皇室家族成员途经香港崇拜时预留给他们坐的。1997年香港主权移交前座堂更曾悬挂英国国旗，之后已拆除。目前座堂每天均有崇拜。也有早堂晚堂崇拜，崇拜的语言主要是英语，亦设广东话、普通话及菲律宾语，崇拜者来自世界各地，是一所国际性座堂。座堂会在一些圣日举行唱颂大圣餐礼，香港岛教区、澳门传道地区的按立圣职圣礼和诗班节亦在圣约翰座堂举行。