亡后，相传宋帝昺投海死后，遗骸漂流至赤湾，葬于南山脚之下，今有深圳南山宋少帝陵。明朝统一全国，于南头卫城、大鹏所城二地设立卫所并筑城，负责防卫广东沿岸海上防务隶属广州，南头城遂有「全广门户」之称。深圳在明朝初年属东莞县，明正德十六年（1521年），葡萄牙人入侵南头城，爆发屯门海战。万历元年（1573年），于南头设立县治，取名新安，喻意「革新鼎安、转危为安」，治所南头，辖今深圳和香港，最高时期派参将管辖。清康熙元年（1662年），为了防止沿海居民与郑成功军队接触，下达海禁政策及迁界令禁止居民出海，对新安县