西仔反中，淡水人迎清水祖师佛像到战场祈福，后清兵顺利击退法军，却引发了淡水与艋舺两派的争执，淡水人认为这尊显灵的清水祖师神像（落鼻祖师），本为淡水所有，只是因为淡水并无建造祖师庙，却又获清代光绪帝诏赠「功资拯济」的敕额，只好把神像及敕额辗转安置于艋舺；而艋舺方面则认为这尊显灵的清水祖师是由艋舺祖师庙借去的，造成了淡水与艋舺两派信徒的大纠纷，日治时期经官府协调，由艋舺与淡水二庙轮流奉祀。
建庙.清水祖师神威显赫，然久而无庙，仅仅奉祀于民宅，淡水人久慕之。台湾日治时期昭和六年（1931