1916年）11月，合并府县的医师会，成立大日本医师会，就任会长。大正六年（1917年），北里柴三郎致力于庆应义塾大学医学部的创立，成为第一代学部长（医学专业1920年（大正9年）改称为医学部）。大正十二年（1923年），日本医师会创立。就任第一任会长。大正十三年（1924年）2月，男爵叙爵。昭和三年（1928年）5月辞去医学部长一职，就任顾问。昭和六年（1931年）6月13日5点，北里柴三郎因脑溢血病逝于东京麻布的家中，享寿七十八岁。6月17日，在青山殡仪馆举行了葬礼。之后长眠于东京青山灵园内。