酶处理后质粒往往会断开，这时可以把特意挑选的段添加进去。这些段比如可以生产胰岛素、生长激素和催生素之类的肽类激素药物。在把这些有用的基因加入质粒之后这些细菌被用作病毒载体，它们不断复制并且把被更改的基因感染到其它细胞中去，增加携带重组的细胞数量。在基因治疗中质粒的使用也是一个关键因素。在这里使用的病毒是zh-cn:克隆;zh-tw:复制;载体。这些病毒通过病毒复制把重组上的基因运输和传递给受感染的生物。一般这样的质粒含有三个组成部分：一个复制器、一个选择标记和一个-{zh-cn:克隆;zh-tw