2年10月17日，吴兆麟在武昌因哮喘病逝。重庆国民政府明令褒扬并予公葬，葬于武昌伏虎山。
着作.吴兆麟着有《太湖秋操纪实》、《战术实施》、《辛亥武昌革命工程第八营首义始末记》等。他还存有武昌起义时期的文电底稿以及日记多种，后来曹亚伯撰写的《武昌革命真史》从中多有取材。