始寻求互相合作，逐渐发展为民兵组织「联合伊斯兰法庭」。
第二次摩加迪沙战斗.经过数星期战斗后，该组织于2006年6月击败美国支持的军阀联盟，攻佔了首都摩加迪沙，到9月已控制了索马里中部及南部大部份地区。有报道称该组织得到沙特阿拉伯的暗中支持。2006年12月，埃塞俄比亚开始大规模介入索马里内战，派出大批士兵进入索马里境内，并出动空军助战，支持索马里过渡政府反击联合伊斯兰法庭，后者节节败退，在12月28日放弃摩加迪沙，在2007年1月初基本上已失去全部佔领区，然而外界相信联合