发光器的数量和形态是重要的分类特征。
共生发光.共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。鞭冠科鱼类的发光器官则位于拟饵体中，与消化道不连续。尚不清楚“灯笼”中的发光细菌来源，尽管已知它是弧菌属细菌，但截至2001年