后来广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界，到康熙八年（1669年）朝廷允许驰禁，居民陆续迁回。康熙五十七年（1718年），清政府设置崖门炮台，嘉庆十四年（1809年）迁至现址。第一次鸦片战争时，由于炮台火力威勐，守卫森严，以致英军不敢攻打，而转攻虎门。咸丰四年（1854年）七月初八，新会天地会首领陈松年、吕萃俊率领红巾军响应太平天国在江门起事，史称狗山起事，不费一兵一卒占领江门。围困新会城六十日之久，两广总督叶名琛派兵前来镇压，起事最终失败。光绪二十八年（1902年），根据中英《续议通商行船条约》第十六条