不久因贿赂权贵被太监王坤举发削职，寓居南京。马士英闲居南京时与阮大鋮交厚，更因阮之力复出担任凤阳总督一职，结下了与阉党的深厚关系。
弘光朝.崇祯帝殉国后，当时藩王中尚存的神宗直系子孙，有福王朱由崧、惠王朱常润、潞王朱常淓、桂王朱常瀛（永历帝朱由榔之父）等人。论辈分亲疏，又以福王朱由崧为其中最适当人选，然而南京朝廷的许多大臣皆为东林党、复社出身，对于拥立福王有所顾忌。因为此前明神宗曾经想要废太子，改立朱常洵（福忠王，朱由崧的父亲），遭到东林党人的反对而作罢，是为国本之争，故东林党、复