隋朝时称“福应禅院”。唐朝时，因保存着吴道子的观音像，又称“观音寺”。唐懿宗咸通年间(860年)和僖宗干符年间(874年)，寺内建立石刻陀罗尼经幢。宋朝，有位高僧惟果常静卧寺中念禅，人尊之为“卧龙禅人”，宋太宗时(976—997年)更寺名为卧龙寺。元朝、明朝、清朝都相继重修。1900年，八国联军入侵北京，慈禧太后与光绪皇帝避难西安，慈禧太后施银千两重修庙宇，并建立石碑坊。慈禧还亲书“慈云悲日”、“三乘迭耀”匾额赐寺，并为山门书额“敕建十方卧龙禅林”。当时西藏、蒙古的喇嘛、王公们送来各类贡品、佛像，其中佛