调查会干事、台湾中央卫生会干事。1905年任台东医院医长2个月又24天。高木友枝一方面以扑灭老鼠为主要防治策略，二来设置卫生警察，加强搜寻与监视。另因驻台日军亦受鼠疫波及，日本政府遂以辟建永久兵营为保障日籍军属之根本方案，依据1898年台湾总督向日本陆军省的报告，效法欧洲殖民城市，强制拆除旧有市街改建新市区，或将兵营设在远离市街、新的卫生区域。高木友枝接替山口秀高任医台湾总督府医学校校长的期间，创设台湾医学会及发行《台湾医学会杂志》。他非常重视学生的品格教育，既不具有种族偏见，也不禁止学生使用母语，