与《科学》杂志，杨杏佛认为：“在现今世界，假如没有科学，几乎无以立国。”1918年回国，任汉阳铁厂会计处成本科科长。1919年9月执教于南京高等师范学校（1921年改名国立东南大学，1928年改名国立中央大学，1949年改名南京大学，1988年改名东南大学），先后任工科教授兼主任、商科教授兼主任。1924年任孙中山秘书。1925年6月10日创办《民族日报》，发表文章声讨英帝国主义罪行，抨击北洋军阀的卖国行径。1925年9月和张闻天、陈望道、杨贤江、恽代英、郭沫若、胡愈之等人成立“中国济难会”，筹款营