位立委在台北县第二选区对战的特殊情形，不过林志嘉最终仅获数千票，大败给寻求连任的民进党立委林淑芬。2013年11月22日，林志嘉正式宣布参选第2届新北市长选举。选前与民进党新北市长参选人、前行政院长游钖堃进行新北市长参选整合民调，决定退出让游钖堃代表泛绿参选新北市长。2016年2月1日，立法院长苏嘉全宣布任命林志嘉为立法院秘书长。2020年2月1日，立法院长游钖堃宣布林志嘉续任立法院秘书长。