日本首次成为该组织的观察员国。
军事.日本在联合国的邀请下，于2002年3月至2004年6月派遣了2,287名自卫队队员参与对东帝汶的援助行动。2006年，东帝汶国内局势紧张，骚乱持续升级，为此联合国安理会在8月设立了联合国东帝汶综合特派团，而日本也在2007年1月至2008年2月以及2010年9月至2012年9月期间，分别派遣4名警官以及8名自卫队官员参与支援。另外日本也分别在2007年以及2012年派出一些人员参与东帝汶大选的监督活动。另外，从2010年开始，防卫大学校每年