建议以肌肉注射方式给药，因为会造成血肿。由于普通肝素在生物体内的半衰期约为一到二小时，因此若能以点滴的方式给予效果会较佳。低分子量肝素的半衰期较长，约为四到五小时；因此可以以每天一剂的方式给予。在长期抗凝血剂的治疗上，肝素一般只使用到口服抗凝血剂（如：华法林）开始发挥作用即停止给药。已针对肝素剂量出版临床指引。 
自然降解或清除.普通肝素的半衰期约为一到二小时，低分子量肝素的半衰期约为四到五小时。巨噬细胞会吞噬并分解与它结合的肝素，内皮细胞则会借着与肝素的结合使其无法与抗凝血酶