生.奇蹄目及鲸偶蹄目为有蹄类的主要支系，二者最先于古新世晚期至始新世早期（即约 5400 万年前）出现，在多个大洲中急速散佈成多个物种并平行演化。尽管鲸豚类动物并无有蹄类最普遍的形态特征，但研究显示牠们是由早期的偶蹄目演化而来，与其他偶蹄目（如牛及河马）有直接关系，因此偶蹄目也常被表述为鲸偶蹄目，以显示偶蹄类与鲸类的同源关系。蹄兔目、海牛目及长鼻目并称为近蹄类。管齿目和象鼩目曾被认为属于有蹄类，并有牙齿及基因证据支持。象鼩目及管齿目最近连同近蹄类被称为假有蹄类。基因研究显示这些动物并非奇蹄目及偶蹄