海军总司令部，同时将军政部海军处扩大为海军署，由军政部部长陈诚兼任署长。1946年7月1日海军署撤销，改编为中华民国海军总司令部，隶属中华民国国防部，陈诚以参谋总长名义挂名海军总司令。1946年10月16日，国民政府正式发表中国驻英国军事代表团团长桂永清中将为海军副总司令，代理总司令职。第二次国共内战于1949年接近尾声时，部份海军撤出长江，另有大量海军官兵因与中央政府长期不和，而脱离中华民国海军加入中国人民解放军海军。1949年5月，海军总司令部撤退到台湾，6月起，行政院命令海军开始执行关闭政策，封锁