中储存游戏，萨姆斯的健康值和武器弹药同时也会补满 《超级银河战士》有三个结局，分别与玩家完成游戏的时间有关。这个会决定萨姆斯的服饰。最好的完成结局是游戏时间少于3个小时。
情节.按照时间计算，《超级银河战士》发生在《银河战士II 萨姆斯的回归》之后，开始于赏金猎手萨姆斯的叙述。萨姆斯介绍了密德罗特如何从一个蛋孵化成幼体，之后立即把自己作为母亲。她带领着幼体来到古神星际殖民地。那边的科学家认为幼体能够利用他们的能量。之后萨姆斯离开了殖民地，她收到了求救信号然后返回殖民地，发现