民、刑事审判，採三级三审制，设有一高等法院、一覆审法院及十五地方法院，各法院除设置判官外，同时设置检察官，并无独立之检察机关之设置，判官与检察官均由台湾总督任用。7月15日后，今日之花莲曾先后归台东地方法院与恆春地方法院管辖。1898年（明治31年），台东厅再度成为台南地方法院管辖区。1909年（明治42年），花莲港厅改归台北地方法院宜兰出张所管辖区。1920年（大正9年），始设台北地方法院花莲港支部，管辖区包括花莲港厅及台东厅。1936年（昭和11年）台北地方法院花莲港出张所改制为台北地方法院花莲港支部，