将顺昌下锦衣卫镇抚司诏狱。逮捕时激起苏州人民反感，由于周顺昌平日有德于民，上万民众上街争夺周顺昌，两名东厂锦衣卫被当众打死，后来五位民众出面顶罪，避免苏州居民被官府法办，也被处死。复社领导人张溥《五人墓碑记》就是纪念这五人的作品。顺昌在狱中被锦衣卫许显纯拷打，要求他交出赃款三千两银，牙齿尽落，负责拷问的显纯问道“复能骂魏上公否？”，周顺昌把满口鲜血喷到许显纯脸上，骂声更厉。许显纯只好半夜偷偷杀了顺昌，年四十三。。崇祯元年（1628年），崇祯帝追究阉党，忠贤畏罪自杀，顺昌追赠太常寺卿，谥忠介，加封其一