系统，有翅亚纲的「水生昆虫」可分为外翅部和内翅部。外翅部的类群有蜉蝣目、祯翅目、蜻蜓目、半翅目（划蝽科、仰蝽科、黾蝽科、蝎蝽科等）和（直翅目(蚤蝼科）； 内翅部的类群有毛翅目、长翅目、广翅目、脉翅目（水蛉科）、膜翅目（潜水姬蜂科）、鳞翅目（水螟亚科）、鞘翅目（龙蝨科、豉甲科、两栖甲科等）和双翅目（蚊科、摇蚊科、蚋科等）。无翅亚纲的水生昆虫仅有现已分类为内口纲的弹尾目。