恩从科珀斯克里斯蒂的飞行学校毕业，然后前往弗吉尼亚州的奥西安纳海军航空站，接受为期5个月的进一步强击机飞行训练。从1960年11月开始，麦凯恩成为无畏号航空母舰和企业号航空母舰“世界着名战斗老虎”第65攻击中队的强击机飞行员，两艘航母的基地都是诺福克海军基地，除在加勒比海巡航外，还多次部署到地中海。麦凯恩的驾驶技术有所改善，但就在1961年12月，他又在西班牙南部上空因过于鲁莽地降低飞行高度而撞上输电线缆，造成当地停电，不过他还是成功将受损的强击机开回无畏号航母。1962年1月，企业号航母展开处女航