但教育部没有正面回应。
争议.
违设补习班争议.2006年5月，人本教育文教基金会在未申请补习班立案下，违法开班教授国小中低年级数学课程。
2018高雄市长选战中国国民党阵营造势唱《夜袭》争议.2018年中国国民党高雄市长候选人韩国瑜在高美医专举办「三山大会师」旗山场造势大会，在现场唱中华民国国军军歌《夜袭》，遭人本教育文教基金会大肆挞伐。人本教育文教基金会主张，《夜袭》代表的意识形态就是「排除异己，在所不惜」的仇恨意识，违背民主、和