出任「中国地方自治研究会」发起人之外，并且与雷震有所连系；1960年雷震被捕后，当局便开始进行对李万居的打击，让台北市议会议长张祥传以借着购买增资股权，以及当局司法手段的两面手法，夺取《公论报》的经营权。李万居虽然仍然有心办一份给青年人的杂志，但是因为糖尿病的旧疾复发与妻子的遽逝，而于1966年4月9日溘然长逝。
身后与历史评价.李万居为定义上的半山仔，在返台初期担任官方媒体台湾新生报负责人，与外省借同僚一同支持台人奴化论，且与国民党特务密切来往，在二二八后对政府失望后投入民主政治