本钦的配合下，清查西藏各地的户口，确定各个万户的贡赋，并且建立驿站以及保证驿站交通的乌拉差役制度，在此基础上，元朝在西藏驻扎军队，设立各级官府，以保证对西藏的统治和政令的推行。元末元顺帝中后期，汉地局势混乱，萨迦派在西藏的领导地位受到新兴的帕木竹巴（元史作伯木古鲁万户）的挑战。在萨迦巴统治下的各部落中，止贡、帕竹和蔡巴三个万户长辖区地广人众，佔有举足轻重的地位。1358年，帕竹首领绛曲坚赞 借故挥兵进占萨斯迦，废除最后一任萨迦本钦，控制了西藏大部分地区，由此结束了萨迦巴统治西藏的时期。