惹人讨厌，因此顿时间，武田的地位与名望也因此一落千丈，让武田产生了叛变的想法。由于武田时常与脱队的伊东一派，以及萨摩等方面的接触，最后他的行为也被近藤以及土方发觉而决定铲除武田。一说在庆应三年（1867年）6月22日，武田申请退队的送别会结束后，由斋藤一与篠原泰之进一同送武田到萨摩藩邸，途中经过鸭川钱取桥附近时，由他们动手暗杀了武田。（是否出自斋藤或者篠原之手众说纷纭。）