天启六年十二月二十三日（1627年2月8日），朱寿鍊去世，享年四十四岁。因其无子，后事由其弟辅国将军朱寿（号又白）负责办理。
墓葬.朱寿鍊葬于兖州府城东南泗水桥迤东南之原（今山东省济宁市兖州区兴隆庄镇南李家村东北）。其墓葬在清朝宣统二年（1910年）修建津浦铁路时被发现，随后其遗骨被迁往舞雩台附近的朱氏茔地。