长办公处为保办公处，「竿塘联保办公处」改称竿塘乡。1949年9月1日，马祖守备区指挥部成立，隶属台湾警备总司令部。1950年初，马祖守备区指挥部设立马祖区公所于山陇，辖南、北竿两乡，竿塘乡正式废止。1953年，西洋岛由中华人民共和国所管辖（现归霞浦县管辖，改设霞浦县海岛乡），而马祖列岛和东涌岛仍由中华民国实际管辖。