清领时期即设立的养济院（清康熙23年，1684年）、义冢（清康熙59年，1720年）、普济堂（清干隆11年，1746年）、育婴堂（清咸丰4年，1854年）、卹嫠局（清同治13年，1874年）等五个机构的财产整併。其成立经费是来自于1897年明治天皇以英照皇太后之丧而赐颁台湾的救济金15,000日圆，其中之5,284圆，以及其他捐款787圆。1900年1月，台南慈惠院搬到圣公庙街，并将服务范围扩大至阿缑厅、台东厅和花莲港厅有社会救助需求的废疾、病伤、老衰、幼弱、贞节寡妇和穷苦族群。台南慈惠院于1900年12月