迁遵化兵备副使。因不肯向魏忠贤叩拜，被魏陷害，诬陷得赃款6300金，后定秋决，得白楹所救获免。崇祯帝即位，魏忠贤伏法。耿如杞获赦，升任太仆寺卿。崇祯元年（1628年）三月，陞任都察院右副都御史，提督鴈门等関兼巡抚山西。崇祯二年（1629年），清军自喜峰口入，北京大震。耿如杞会同总兵官张鸿功雄兵五千入卫北京，兵部令守通州，又调昌平，又明日调良乡，久未得饷，三日不得食，以致哗变大掠。崇祯闻知大怒，下诏逮捕如杞、鸿功。崇祯四年（1631年），斩于西市。其子耿章光上书鸣冤，后平反昭雪，弘光帝加封左佥都御史。