处的复杂地势中，不在乌干达地区活跃，势力也已削弱到不足300人。
国际反响.“圣灵抵抗军”的所作所为引发国际社会的广泛关注和谴责。9·11事件后，美国政府将约瑟夫·科尼及其领导的圣主抵抗军列入恐怖组织名单。2005年，国际刑事法院以危害人类罪、战争罪等指控，向包括科尼在内的该组织五位主要领导人，发出逮捕令。2006年国际刑警组织也向其发出了通缉令。地区政府多次联合行动，清剿该反抗军。国际上，美国民间成立了Invisible Children的公益组织，唿吁国际社会关注乌干达地