到环境中，将许多有机污染物分解成小分子。有些真菌同时还是，可吸收环境中的重金属离子并储存在子实体中，有移除环境中的污染物与重金属的功效。
案例.分解作用是真菌在生态系中所扮演的重要角色之一，由菌丝体往体外分泌酵素达成。木质素和纤维素是植物纤维的两个主要组成部分。许多真菌可体外分泌酸性物质与酵素以分解纤维素与木质素等大分子物质，进行胞外消化，许多有机污染物也有类似这些物质的长碳链结构。真菌修复的关键是找出可分解特定污染物的真菌种类，已有某些种的真菌被发现有分解VX (神经毒剂)和沙林