考取梧州府学员，中秀才。后来，马晓军被选送保定陆军速成学堂学习，随即被陆军选送到日本振武学校，补习普通科三年，转联队为入伍生。在东京时，马晓军加入中国同盟会。受训期刚满，1911年辛亥革命爆发，马晓军当即归国参加革命，任南京留守府参谋兼学生军队长。南北议和之后，马晓军回到广西，担任混成旅参谋。1913年二次革命失败后，马晓军流亡日本，入日本陆军士官学校中国学生队第十期步兵科。1915年毕业后返回北京，在陆军第十师见习。同年，奉蔡锷之命返回广西。途经南京时，遭袁世凯的手下发现并扣留数日，脱险之后回到广西。