选人蔡英文曾经投资过宇昌公司，担任其董事长，此事成为政治上的争议事件。蔡英文于担任行政院副院长时，协助并核准宇昌生技公司（今中裕新药）的设立，在卸任后担任该公司董事长，以其家族资金投资宇昌生技。遭中国国民党质疑滥用权力、图利特定人士、贪污。包括陈良博、杨育民及何大一等生技界人士皆被牵连进此案件中。选后由特侦组签结无不法，唯监察院仍通过纠正文追究行政责任，认定国发基金历年所派董事及相关人员都有违失。经建会主委刘忆如公布相关公文有变造的状况，一审被判要赔蔡英文200万。此案对2012总统选举造成影响，马英九胜出