的首个入球，即在1比0战胜沃尔夫斯堡的比赛中射入全场唯一进球。其于2013–14年欧洲冠军联赛的首个入球则发生于10月2日，在曼彻斯特市球场以3比1战胜曼彻斯特城的比赛中射入己方第二球。穆勒还参加了该年度的世界俱乐部杯2014年5月17日，穆勒在的加时赛中射入全场第二球，并帮助拜仁以2比0战胜多特蒙德而获得球队历史上的第十个双冠王。同时他还在五场比赛中共射入8球，成为这项赛事最佳射手。
2014-15赛季.2014世界杯完结后，穆勒昔日的恩师范加尔离开荷兰国家对前往曼联担任总教