对陈及其的家人牵涉的金额感到「恶心」，但是他也认为此案也反映出台湾过渡中的法律体制之部分缺失——法院该在保证他不会逃跑的条件下释放他，也要保证他有适当的机会为自己辩护。不过，马英九随后也公开澄清对陈水扁的司法羁押并无不当。2019年孔杰荣于台湾驻美国纽约的台北经济文化办事处举办的台湾关系法40週年活动时，提出：美国国务院对于台湾总统、副总统与行政院长只能过境美国不能正式造访，以及外交部长与国防部长造访美国不能接近华盛顿哥伦比亚特区等限制太严格也没有必要；台北经济文化办事处应该正名为「台湾经济文化办事处」