吉斯人被清朝统治。向清朝纳贡的吉尔吉斯人被称为「布鲁特」分为东西两部，西布鲁特游牧于喀什噶尔北部河西部、叶尔羌西南部；共有四大部落；东布鲁特游牧于乌什、阿克苏西北，伊犁西南，共有五部落。后来清朝衰落，在1864年的《中俄勘分西北界约记》将外西北割让给俄罗斯帝国，因为人随地归，吉尔吉斯人从此被俄国统治（一部分因为被准噶尔汗国裹胁叛乱被干隆帝送交黑龙江富裕县）。18世纪，今日的吉尔吉斯地区分别是准噶尔蒙古（北部）及浩罕汗国（南部）的势力范围。19世纪20年代，浩罕势力扩张，整个吉尔吉斯地区都成为了浩罕汗国的一