非法移民提供了使他们就业和家属合法化的机会。1997年的印度尼西亚和菲律宾非法移民正规化计划实施了六个月后（3月1日至8月31日），使约12万名菲律宾工人及其家属合法化。为了补充马来西亚的正规化计划，菲律宾大使馆设立并运营了四个临时办公室（哥打京那巴鲁，斗湖，山打根，纳闽），向利用该计划的无证菲律宾人发放护照。2013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部队从菲律宾南部进入沙巴东部地区索取领土，并引起持续41天的拿笃冲突，两国外交关系再次陷入紧急状态。马来西亚对此采取反制措施，包括遣返在沙巴的菲律