为孙的外交顾问，参与了与苏俄特使越飞在上海的会谈。1923年初，孙回到广州，重组政府，自任大元帅。1924年，陈友仁到广州担任孙的英文秘书，很受孙器重，旋被任命为担任大元帅府航空局长，并与孙的苏联顾问鲍罗廷建立非同寻常的私人关系。1924年11月，冯玉祥控制北京后，邀请孙北上，陈友仁也随同前往。1925年孙在北京逝世前，陈友仁代为起草《致苏联遗书》。
再留北京、又办英文报纸《民报》与入狱.孙死后，他留在北京，创办英文《民报》。这一次办报，他又因为抨击张作霖而被捕四个月。