部门录取的许子秋等三十六名台湾籍青年，李登辉到爱荷华州立大学研究农业经济。1953年取得硕士学位，同年自美国返回台湾，担任台湾省农林厅技士及经济分析股股长，同时也在国立台湾大学及国立政治大学担任兼任讲师的工作。之后，他又陆续转到合作金库以及中国农业复兴联合委员会（简称「农复会」）就职，担任研究员。由于农复会享有美援，待遇相对优渥，李登辉因此在该机关服务12年。在这期间，他曾经于1960年被警备总部会同调查局约谈，未经判决就被拘留四个月半。当时农复会的负责人沈宗瀚委託蒋彦士向情治人员交涉，后来无罪释放李登