永明十年（492年），封为宁朔将军、济阳太守。永明十一年（493年）其长兄郁林王萧昭业即位后，封萧昭秀为临海郡王，食邑二千户。隆昌元年（494年）正月，为使持节、都督荆、雍、益、宁、梁、南北秦七州军事、西中郎将、拜荆州刺史。延兴元年（494年），海陵王萧昭文继位后，征为车骑将军，负责守卫京师，以永嘉王萧昭粲代其职务。建武二年（495年），通直常侍庾昙隆启奏：「周定雒邑，天子置畿内之民；汉都咸阳，三辅为社稷之卫。中晋南迁，事移威弛，近郡名邦，多有国食。宋武创业，依拟古典，神州部内，不复别封。而孝武末年，分