国杯赛都获得了亚军。在两项杯赛中共有3场比赛被拖入了点球大战，其中两场取胜均得益于诺伊尔的扑救，而他本人在拜仁的首个入球则是在对阵切尔西的欧冠决赛点球大战中取得。在2012-13赛季对阵鲍里索夫BATE的冠军联赛比赛中，当菲利普·拉姆缺阵和巴斯蒂安·施魏因斯泰格被替换下场后，诺伊尔第一次作为场上队长戴上了队长臂章。2013年4月6日，他随拜仁在第28轮联赛后便提前确保了德国足球冠军。这也是诺伊尔获得的第一个冠军头衔。在2013年5月4日的第28轮联赛中，他又首次作为拜仁队长参加德甲比赛。2013年5月2