用。
药用.苯扎氯铵是滴眼剂经常使用的消毒剂：典型的浓度范围为0.004％至0.01％。更强的浓度可产生腐蚀性，导致角膜内皮不可逆转的损害。 苯扎氯铵也具有表面活性剂的功能，溶解泪膜的脂质以及增加药物渗透性，使其成为有用的赋形剂。避免使用苯扎氯铵于隐形眼镜清洁液在文献中被讨论。
副作用.虽然在历史上苯扎氯铵已经普遍地作为杀菌剂在眼用药剂，但其具有眼毒性和刺激性，为了符合消费者的需求致使制药公司增加生产不含杀菌剂的药剂，或改用危害较小的杀菌剂替代。