臣秀次失势（秀吉亲生子秀赖出生于1593年），遭到连坐被流放到能登国津向；但在前田利家、德川家康的说情下，不久就回归了。庆长2年（1597年）开始的庆长之役，再次渡海进驻西生浦城。之后加藤清正在蔚山筑城，遭到明‧朝鲜联军的急袭，幸长率军苦战明朝副总兵‧李如梅（蔚山之战）。庆长3年（1598年）秀吉死后，从朝鲜撤退。之后和加藤清正、福岛正则等人同属武功派，和五奉行之一的石田三成等文治派彼此对立。庆长4年（1599年）、两派间的仲裁者‧前田利家死后，幸长和加藤、福岛等人共同袭击石田三成。庆长5年（1600年