亚化石，亦作半化石或准化石，泛指所有因时间不足或其他未能满足化石化的条件而形成的生物残骸，例如：骨块、巢穴或排泄物。常见于数千年前的生物出土物，存在于岩洞或其他遮蔽物。来自中生代的亚化石十分罕见，通常都已高度腐化，所以争议比较大。保持不变的，绝大部分来自于第四纪的沉积物，计有：摇蚊科幼虫的头颅、介形虫的甲壳、硅藻和有孔虫。亚化石相对于化石的重要性在于：亚化石未完全钙化，仍然保存有原来生物的有机物质，使之可以透过放射性碳定年法来检测其年代，又或可从中抽取出DNA、蛋白质或其他生物化合物来测序。