连任台南县长，打败中国国民党候选人郭添财，连任第15任台南县县长。苏焕智担任台南县长期间，最显着的施政成果为开发南科特定区、推动都会公园（奇美博物馆）设置、以及台南县市合併升格：其余政绩尚有：推动县政之外，2003年为捍卫台湾主权，苏焕智向李登辉前总统提议，效仿波罗的海三小国，举办228手牵手护台湾运动，并率先于2004年2月1日在台南县台一线举行实地预演。于该年推动七股国际机场的兴建，惟与当年担任立委时致力维护七股环境之主张相违背。2009年在台北县升格直辖市及台中县市合併升格直辖市的影响