芬克尔与并列成为法兰克福队史上任教时间最长的主教练。2009年10月3日，丰克尔成为柏林赫塔的主教练，他是接替了不久前刚被解职的吕西安·法夫尔。至2010年5月，排名积分垫底而降级的俱乐部宣布，它们将不会延长与丰克尔在赛季末到期的合同。至2010-11赛季，丰克尔又接过同样从德甲降级的球队波鸿的教鞭。波鸿在他的率领下以第三名完赛，并获得了参加升级附加赛的资格，却以1比2的总比分不敌普鲁士门兴格拉德巴赫。丰克尔于2011年9月14日在赛季仍进行期间辞职。当时波鸿连续4场比赛失利，在七轮过后位居积分榜第