军委分会会议上，遭受新四军代政委饶漱石的批判，此即“黄花塘事件”；11月，前往延安，参加中共七大。1945年，出席中共七大，当选中共第七届中央委员。8月，任新四军军长、中共中央华中局副书记。当年，陈毅与小自己21岁的张茜结婚，战争期间，长子陈昊苏、次子陈丹淮先后出生。
第二次国共内战时期.抗日战争结束后，陈毅任中共中央华东局副书记、新四军军长兼山东军区司令员、山东野战军司令员。1945年10月，指挥所部发起津浦战役，歼国军2.8万人，迟滞国军北进。1946年6月，指挥部队先后攻占德