花有长在茎先端或茎侧部，花序为圆锥花序或总状花序。花同时有雌蕊和雄蕊，为面对称。花萼有两片，小，有些种的花萼早落。花瓣四片，分两层，基部合并，内层的两片的先端也长在一起。上部花瓣基部有一根刺。每朵花里有六枚雄蕊。雌蕊基部的子房二室。紫堇属植物的果实为角果，每个角果内含数个种子。种子黑色，表面光滑，大多数具一油质体。