你早有名誉，加上地位如此高，能不危险吗？」王谧因而恐惧出奔。刘裕不久以武陵王司马遵承制总百官事，并上请司马遵派人追还王谧。王谧回去后仍以本官受任，并加班剑二十人。义熙三年十二月戊子日（408年2月5日），王谧去世，享年四十八岁。朝廷追赠侍中、司徒，赐谥号为文恭。