（转移RNA）与rRNA（核糖体RNA），以及一些小RNA，如snoRNAs、microRNAs、siRNAs与piRNAs；较大的则有Xist、Evf、Air、CTN与PINK等。基因组中可生产非编码RNA的DNA比例目前仍未明了，最近的转录组及微阵列研究显示，在老鼠基因组中，可能有超过3万个长ncRNA。mRNA（信使RNA）末端也含有一些非编码区域（non-coding regions；UTRs），虽然这些部分并非蛋白质编码，但mRNA并不归类于非编码RNA。