但回族与汉族同样成为三区革命中被东突厥斯坦共和国种族清洗的对象（杀汉灭回）。中华民国政府支持者大多数是马步芳的中华民国国军的部队。其中包括曾经在新疆与苏军对抗的马虎山。其他包括抗日战争时期击败日军的。马步芳、马虎山与支持中华民国政府的其他将军都曾经是国民革命军的军人与中国国民党党员。大多数的部队是康藏边界纠纷、抗战，伊宁事变与国共内战的老兵。参与部队多为回族，撒拉族与东乡族。1949年宁夏战役后，马步芳带着超过5万美元的军费逃到了香港。马鸿宾与儿子马敦靖等回族将军后来叛逃到中国人民解放军。撒拉族韩有文在新疆