宫修复前，顺治帝、康熙帝曾在此居住。顺治三年（1646年）至顺治十三年（1656年），顺治帝居住保和殿，时称“位育宫”，顺治帝大婚也在此举行。康熙帝自即位至康熙八年（1669年）居住保和殿，时称“清宁宫”。这两位皇帝居住保和殿时，均以暂居而改称殿名。干隆五十四年（1789年）起，保和殿成为每科殿试的固定场所。在礼部举行的会试中获录取的人（称为贡士，其中第一名为会元）方有资格参加殿试。题目由皇帝拟定，并指定大臣阅卷。辛亥革命后，清逊帝溥仪仍居后宫。袁世凯意图称帝时，以三大殿为宫殿，对内外装潢有所改动。