取向使他与博物馆总裁杰瑟普(Morris Jesup)以及馆长班普斯(Hermon Bumpus)发生冲突。他于1905年辞职，再也没有为任何博物馆工作。
学术生涯晚期：学院人类学.1896年，鲍亚士被任命为美国哥伦比亚大学体质人类学讲师，并于1899年升等为人类学教授。然而，在哥大教学的人类学家分属不同科系。当鲍亚士离开美国自然历史博物馆，他与哥伦比亚大学协商将人类学家集中到同一个系，鲍亚士将主持该系。鲍亚士在哥大的人类学系成为美国第一个设立博士课程的人类学系。在这段期间，鲍