本片设定在西元2032年的日本，亦即前作事件的3年后，剧情从发生在新港市的高级人造女奴机器人「哈达莉」（，Hadary）失控杀人事件开始，公安九课派出巴特和德古沙以私人身分调查生产女奴的跨国企业洛克斯索尔斯公司（）。在业余时候，巴特很想念离开九课的草薙素子。他的发型改为马尾，并且养了一只巴吉度犬。巴特和德古沙沿线追查，和新港市黑帮与择捉经济特区的一名骇客金对抗搏斗之后，得到足够线索与资源让巴特潜入洛式公司的工厂船。巴特只身闯进工厂船，面临大批人造女奴的袭击。意识已经上传至网路上的草薙素子将自我意识传输至