卞敦成年后便先后在州郡和司空府任职，后任太子舍人、尚书郎。卞敦的表现得到很多其他官员的称许，东海王司马越听闻后便召他作为自己的主簿。永嘉三年（309年），前赵刘聪与王弥等人率五万精锐骑兵进逼洛阳，卞敦与胡毋辅之共劝时任太傅的司马越抗击王弥，但遭到太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。卞敦于是竭力争论，众人都支持卞敦，最终司马越都领兵抵抗并成功击退前赵军。及后卞敦便出补汝南太守，当时司马睿曾边请他出任镇东军谘祭酒，但卞敦不应命。征南将军山简则请得他任其司马。次年，山简应朝廷诏命将流落于南阳地区的雍州流民迁回本