R北海道正式废止此船班；但仍有民营业者使用其他码头继续经营接载汽车和乘客的青函航路渡轮航班。连络船停航之后，JR北海道将大部份船只出售或拆解，但保存了少数船只开放参观，分别是位于函馆车站旁的第二代摩周丸、青森车站旁的八甲田丸，以及东京都品川区台场船之科学馆的羊蹄丸（已于2013年4月拆解）。