昆明为木懿建立“益笃忠贞”牌坊，以表彰其功绩。但木懿没有建立牌坊，而是将建牌坊的资金全部捐给户部，充当明军军费。崇祯帝升木懿为太常寺正卿、布政使右参政。1647年（永历元年），丽江被张献忠的流寇袭击，木府众多重要文书被毁。1659年（顺治十六年），顺治帝派兵进入云南时，木懿表示效忠于清朝。翌年，清廷册封他为丽江知府。云南的吴三桂计划叛清，于1667年遣人征调丽江兵一千人，遭到木懿拒绝。吴三桂便派兵查抄木府，没收丽江土司的金印。翌年，将丽江辖下的诏国、你那、香罗、鼠罗、中甸五县割让给吐蕃。吴三桂逮捕木