机关的查对时间，由30日延长至60日。主管机关法定公告的期间由公民投票日28日前提早至90日前，并新增「正反意见支持代表于全国性无线电视频道发表意见或进行辩论之办理期间与应遵行之事项」之公告。
评论.2003年12月3日，《台湾日报》专栏作家金恒炜批评：台北市市长马英九强力宣称《公民投票法》第17条的防御性公投必须交由立法院「审议委员会」审议，「形同『委任公投』，是国亲两党用以『卡住』公民投票的设计，目的在操控议题，一旦不合党意，就能予以封杀。……马英九『党国是从』，从『委任直选