其中一对“出云号”和“濑户号”列车改为使用JR西日本285系电力动车组。1995年至2001年间，由于机车运用大幅减少，JR东日本将其中23台PF型机车报废，并将另外2台机车转售予JR货物。2000年3月，“彗星号”列车开始与“晓号”列车合并运转，在京都至下关之间改由EF66型电力机车牵引。自此，JR东日本的EF65型电力机车仅主要用于牵引“出云号”和“银河号”列车，直到这两对卧铺列车分别于2006年3月和2008年3月停运为止，EF65型电力机车才不再牵引定期列车。2005年秋季至2007年底期间