被同学王琳推荐为戎昭将军、宜都郡太守，跟随王僧辩救援武昌徐文盛。郢州陷落，孙玚驻守巴陵，加固防备。侯景军来攻，包围巴陵，孙玚日夜奋战，侯景军撤退。孙玚随梁军东下，在姑孰力功有功。受位员外散骑常侍，封富阳县侯。担任假节、雄信将军、衡阳郡内史，没有赴任，转任衡州平南府司马。击破黄洞蛮立有战功，任东莞郡太守，代行广州刺史。受号智武将军，监湘州事。555年（绍泰元年），梁敬帝即位，任命他为持节、仁威将军、巴州刺史。557年（永定元年）南陈建国，翌年王琳在郢州拥立南梁永嘉王萧庄。王琳召孙玚担任太府卿，受位通直散骑