1912年（民国元年）1月，南京临时政府成立，陈锦涛出任财政部总长。1912年3月，与许世英组织国民共进会。1912年9月，出任北京政府财政部审计处总办。1913年（民国2年）10月，任财政部驻外财政员，驻英国伦敦。1916年（民国5年）6月，任段祺瑞内阁财政总长兼署理外交总长。1917年4月，因受贿罪被收监。当时，1917年4月上海《申报》揭露北京政府财政部在受理商人张兴汉开办炼铜厂申请的过程中，总长陈锦涛、次长殷汝骊等主要官员涉嫌收受张兴汉的商业贿赂。该报道发表后，国会众议院提出质问，经司法调查属实