战斗时，萤幕就会跳转至回合制的战斗画面。在战斗中，玩家可以命令宝可梦使用招式对战、使用道具、替换宝可梦或逃跑（与非玩家角色的对战不能逃跑）。每只宝可梦都有各自的生命值，当一只宝可梦的生命值降到零时就失去战斗能力。而当玩家的宝可梦击败敌方的宝可梦时可获得经验值，累积一定的经验值即可提升等级，多数宝可梦会在达到一个特定等级时进化。除了获得战斗的胜利外，捕捉宝可梦也是游戏的一大要素，在与野生的宝可梦战斗时，玩家可以使用精灵球对其进行捕捉。若捕捉成功，该宝可梦就会成为加入玩家的队伍（若队伍已满六只则会存放在宝可