996年9月5日无预警遭撤换，降调为中华民国财政部参事兼财团法人证券暨期货市场发展基金会董事长。1998年5月25日改调中华民国行政院参事兼秘书室主任，又于1999年1月7日升任中华民国行政院参事兼第四组组长，掌管金融业务。2002年2月8日，陈水扁政府拔擢陈树担任财政部常务次长，低调扮演着称职的辅佐角色，却于2004年7月于媒体追问下，坦承若取得社会共识，将原列为财政部长期目标的「复征证所税」改列短期目标，导致股市重挫，迫使时任财政部长林全公开对外表示「税改由部长说的才算」。2006年8月，在