明于是在上虞带母亲和妹妹逃到东阳，再经鄱阳到建康，寄居在国子学以避难。元兴元年（402年），荆江二州刺史桓玄消灭司马道子父子，掌控朝政，其亲信卞范之任丹阳尹，一时权倾朝野，并想将女儿嫁给谢方明，但方明始终没有答应，桓玄见状就以其为着作佐郎作嘉许，又补司徒王谧的主簿。刘裕讨平桓氏势力后，方明堂兄谢裕举其任刘裕主簿，方明任内尽忠报效，知无不为，刘裕对其亦很赏识，多次赏赐他。方明后转从事中郎，及后更转任刘裕弟左将军刘道邻的长史，刘裕更命令左将军府内所有事都要由方明决定。义熙十年（414年），道邻升任中军将军，