体与蛋白质结合部位的结合常常引起蛋白质构象的改变，并导致细胞功能的改变。因此，蛋白质上的结合位点是信号转导途径的关键部分。 配体的种类包括神经递质、毒素、神经肽和类固醇激素。结合位点在许多情况下引起功能改变，包括酶催化、分子途径信号、稳态调节和生理功能。电荷、空间形状和位点的几何结构选择性地允许高特异性配体结合，激活蛋白质所负责的细胞相互作用的特定级联。
催化作用.酶通过比底物和产物更强烈地与过渡态结合而产生催化作用。在催化结合位点，许多不同的相互作用可能作用于底物。包括电催化、酸