历因此未被遣退，而是继续在直系部队服务，1921年担任孙传芳总部参谋。1922年底，完成陆军大学教育毕业。1923年（民国12年）毕业后，秦德纯被分配到驻扎河南省的陆军第二十四旅（旅长王为蔚）担任旅参谋长，该单位在1924年扩张为陆军第24师。同年第二次直奉战争直系败北，24师接受冯玉祥国民军第二军（军长岳维峻）的收编，将部队更名为国民军第二军第5师，秦德纯续任该师参谋长兼骑兵团团长，驻周家口整训。1925年（民国13年）10月，直系吴佩孚东山再起，在汉口就任讨贼联军总司令，秦德纯随王文蔚部队在民国十四