次河湟事变中，比利时牧师曾负责内蒙古西部的一个汉人天主教村庄小桥畔的防御。义和团运动期间，内蒙古有2000多名天主教徒被杀。法国天主教神父阿方斯·伯明（Alfons Bermyn）希望外国部队能驻扎在内蒙古，但被满清政府拒绝了。伯明（Bermyn）向恩铭请愿，希望将部队派往河套，伯明谎称端亲王的蒙古人部队和董福祥的甘军威胁天主教徒。在内蒙古有一个非法的天主教神学院。2007年，非法天主教会的几名神父被捕。2010年，一位天主教神父试图阻止中共拆除鄂尔多斯市唯一的天主教教堂，不过未能阻止，其本人也