由丰臣秀吉统治，先后由桑原贞成、杉原家次、浅野长政（此三人在1582至1583年间短期任职）、前田玄以担任京都所司代。在室町时代、安土桃山时代，由于政权在关西，此职实际作用不大。及至江户时代，由于政权转移到江户，为加强对关西的控制，仿照鎌仓时代「六波罗探题」一职设立的京都所司代于1600年遂成定制。幕末倒幕唿声高涨，京都屡次发生动乱，商店被破坏，强盗横行。幕府有感京都所司代无法控制治安，于1862年设置京都守护职作为负责京都治安的最高机构，京都所司代转为京都守护职辖下，直至1867年随幕府政