驾崩，孙子熹宗朱由校即位后，于十月丙午（10月27日）葬神宗于定陵。弥留之际：临终遗言：
陵寝墓地.万历帝的定陵1958年被发掘，万历帝尸骨复原，“生前体形上部为驼背”、左脚略右脚短。文革时期的1966年8月24日，遗骨被红卫兵付之一炬。因此，万历皇帝之所以三十年不上朝的原因，有一说是认为自己身形不正，感到自卑，所以不敢见人。
陵寝的考古发掘.1955年10月4日，郭沫若、沈雁冰、吴晗、邓拓、范文澜、张苏等人联名提交《关于发掘明长陵的请示报告》给国务院