V帕尔（）的青训营，并在他10岁的时候转投距离当地50公里远的德甲球队拜仁慕尼黑。在拜仁青训体系中，穆勒的进步迅速，并在2007年成为球队夺得19岁以下德甲联赛亚军的一员。2008年3月，在拜仁慕尼黑二队对阵翁特哈兴的一场地区联赛比赛中，穆勒替换斯蒂芬·菲尔斯特纳出场，并取得入球，完成了他在二队的首秀。在2007-08赛季，他还代表二队有过另外2次的出场纪录，同时仍继续效力于19岁以下青年队。在随后的一个赛季，拜仁二队获得了参加新成立的德国足球丙级联赛的资格，穆勒于此项赛事中确立了自己作为关键球员的地位，他