下方按时间顺序列举了与凤凰卫视有关的争议。
拒绝透露SARS疫情.2003年，北京解放军301医院的退休医生蒋彦永认为SARS疫情与张文康所宣布相差甚远，其拒绝透露实情，从而给中国媒体和凤凰卫视写电子邮件反映情况但都没有结果。
马立诚离职事件.2004年，凤凰卫视评论员，曾供职于中国共产党党报《人民日报》评论部的记者马立诚突然离职。被指因为马立诚是因为高调批评中国的对日政策和北韩政策，引起了北京方面的不满而离开凤凰卫视的。法新社报道说，马立诚离去原因，凤凰