在新疆的传播与新疆的突厥化几乎是一起进行。现代的新疆大体上由天山山脉分隔为南疆、北疆，以及东疆。南疆地形以塔里木盆地为主，历史上又名阿尔蒂沙尔。新疆最早的居民是印欧语系的塞人和吐火罗人，主要信仰佛教。在汉代已因与匈奴的战争而设置西域都护。在唐代设有安西四镇，后因安史之乱逐渐放弃，此后该地区遭受了突厥族穆斯林的伊斯兰化。在9世纪后，塔里木盆地西部逐渐被喀喇汗国佔据，东部则是信仰佛教的高昌回鹘。在10世纪后伊斯兰教成为喀喇汗国官方宗教，通过向于阗和焉耆进攻向东传播。但一直停留在阿克苏一带。在1390