3，冠军则被另一支来自慕尼黑的球队慕尼黑1860所夺得。1963年5月11日，德国足协通知拜仁，他们无法获得新赛季德甲的参赛资格，因为足协不希望同一座城市出现两支德甲俱乐部。拜仁就此错过了成为德甲创始成员的机会，他们是在两年后才依靠由年轻的天才球员弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒以及塞普·迈耶组成的中轴阵容于1965年成功晋级德甲。
黄金时期（1965年-1979年）.拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，同时赢得了德国杯冠军，这也使他们有资格参加1966-67赛季的欧洲优胜者杯。在这