1902年），当地的官员准备以“拳匪”的罪名将几个“吃大户”的饥民处决，以便应付外国人惩办义和团的要求。宋联奎调阅案卷后称：“宁忤上官，断不能杀人以媚洋人。”同年，宋联奎给四川总督岑春煊致信，陈述治理四川的意见，受到岑春煊赏识，岑春煊遂任命他担任忠州知州。光绪三十一年（1905年），任四川资州知州，任内筹建资州中学堂和半日学堂，并且捐廉俸购买并种植两所桑园，每年产桑苗二十万株，所产桑苗发给农民进行种植。他还将州署按例应得白银一千两捐献出来办学，用以添建初级师范学堂。此外，他整顿了警察户吏，蠲免了民众应纳