出生在福清三山镇坑边村的一个贫苦农家，原名翁贤华。他少时家境贫寒，三岁时因患小儿麻痹症，导致行走困难。民国二年（1913年）进入小学，后考入福清融美中学和福州英华中学。民国十七年（1928年）考入北平燕京大学历史系，改名“独健”。读书期间，为史学家邓之诚、洪业、陈垣等赏识，并在洪业、陈垣等的影响下决定从事蒙元史研究。民国二十四年（1935年）赴美留学，三年后获得哈佛大学博士学位，同年入巴黎大学深造。 民国二十八年（1939年）回国，先后在天津工商学院、云南大学、中国大学等校任教，同时开展对蒙元史的系统研