在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始攻打之，到1664年首领李来亨被杀而亡。
明朝余绪.
三藩之乱.清初，由于满洲力量不足，因此「以汉制汉」，以汉人降将管理华南：1673年，康熙帝打算撤销三藩，吴三桂率先举兵反叛，以反清复明为号召，自称“总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军”，分兵攻陷湖南、四川。耿精忠（耿继茂之子）、平南王尚可喜之子尚之信（起兵罢黜其父而即位），先后响应于福建和广东，广西孙延龄、陕西王辅臣亦反，台湾奉明朔的延平郡王