与大坂方面有往来的嫌疑，而在元和五年（1619年）被幕府定罪，十月二十六日于江户斩首，族人也在长崎被处刑。而在村山等安死后，长崎代官一职便由与他发生纠纷的末次平藏政直继任。而所谓与大坂方往来的嫌疑，是指大坂夏之阵时，等安派一个儿子将石火矢与弹药送入大坂城协助浪人之事。此外据说在吉利支丹中担任道明会司祭的三男弗朗西斯科等安被判了流罪，秘密在长崎港外的高鉾岛下船，之后在丰臣一方的帮助下被送到他处。这件事据说是村山等安的厨师三九郎告诉平藏政直的，而三九郎则是因为自己的女儿被村山等安亲手杀死而怀恨在心，遂将此洩