层九间，底层东、西、南、北四面当中各开一门，四周环有围廊。主楼四角各接三层六角亭一座，底层各开两门，分别和主楼、回廊相通。《清宫词》、《清稗史》记载，水殿以铜作栋，以玻璃为墙，墙的夹层中置水养鱼，底层地板为玻璃制，可透过地板见到池中游鱼嬉戏、荷藻参差。隆裕太后为其题匾额曰“灵沼轩”，俗称“水晶宫”。实际上，该殿全部构架均为铁铸，殿内四根蟠龙纹柱也是用铸铁锻造。整座建筑大多采用汉白玉砌成，很少用砖，外墙雕花，内墙贴白色及花色瓷砖。由于国库空虚，水晶宫直到宣统三年（1911年）冬尚未完工，随后被迫停建。宣统