使日军轻易佔领台北城，并直入桃仔园（今桃园市）。林朝栋见状，感到大势已去，支付银饷后独自西渡抵达厦门。到厦门后，林朝栋于1897年两度奉旨晋见皇帝两次，由南洋大臣刘坤一指挥。1899年刘坤一返回北京，由于林朝栋和江苏巡抚鹿传霖不合，便辞官返回厦门经营樟脑事业。1902年林朝栋转往上海居住，最后于1904年6月13日去世，享年五十四岁，身后葬在漳州香亭坂。
影响.林朝栋清法战争时优异的战功，让他得到刘铭传的青睐，因而在刘氏主政台湾期间受到重用，除了负责抚垦业务外，也接掌当时台湾最