起始氨基酸（真细菌则使用N-甲酰甲硫氨酸）。另外，所有新壁总域成员具有好几种RNA聚合酶，而真细菌只有一种。
解释.关于新壁总域在系统发生树的位置，学界看法不一，但主要可分为两大理论：
三域观点.当卡尔·乌斯第一次提出三域系统理论的时候，他相信真细菌域、古菌域，和真核生物域三者同时出现，且在系统发生树中互为姊妹群。但后来许多证据显示古菌和真核生物间的关系比其他细菌更相近。这些证据包含这两域的生物都可使用胆固醇和蛋白酶体等复杂分子。这在大部分的细菌中是没有的