萧衍攻占夏口，萧衍对刘季连不放心，以邓元起为新除益州（治所设在四川成都）刺史，接替刘季连。次年萧衍称帝，封当阳县侯。萧衍下诏，命邓元起担任都督征讨诸军事，增援汉中（陕西省汉中市）；此时晋寿（四川省广元市西南）陷落。邓元起回京（首都建康）。有一天，西昌侯萧渊藻要求邓元起留下良马，邓元起说：“年轻人，要马干什么？”萧渊藻借酒醉，斩邓元起。邓元起部下愤怒，包围成都城放声大哭。萧衍贬降萧渊藻为冠军将军。追赠邓元起“征西将军”，谥号忠侯。