理论认为在分子遗传学的层次上，基因的变化大多数是中性突变。由于中性突变对生物个体既没有好处也没有坏处，因此并不受自然选择影响。现今的演化生物学家认为，自然选择理论与中性理论是能够并立且互补。
非基因遗传.拉马克的用进废退说虽然被德国的科学家魏斯曼的实验否证，但近年来有新的证据显示有些表观遗传学特征可以不透过基因遗传，也就是说有些后天获得的性状可以遗传给下一代。除此之外，包括双重遗传理论、文化演化和栖位建构等理论也认为会遗传并发生演化的是只有基因。
重要的演化生