辜者的承诺的唯一方法就是加入革命、推翻德川幕府的剑心与师父比古清十郎发生了争吵并就此离开。下山后，剑心加入了长州藩维新志士高杉晋作组织的奇兵队，并很快受桂小五郎赏识，被招募成为其手下的杀手。1864年，为了执行任务，15岁的剑心和负责善后的饭冢等人来到了京都执行“天诛”任务。在一次执行刺杀京都所司代重仓十兵卫的行动中，剑心被重仓身边的一名随从清里明良在脸颊上留下了一道伤。这道伤一直都没有愈合。一个雨夜，在完成又一次刺杀任务后，剑心遇到了一名意外出现的杀手。在杀死了这名技术娴熟的杀手后，剑心意外遇到了一位神秘