达延安，11月入中共中央党校二部第十支部学习，参加整风运动。1944年7月任军委一局第二处副处长兼第三科科长。1944年9月奉命同美军驻延安观察组进行联络。1944年底，西北局评出74名陕甘宁边区特等劳动模范，王政柱荣获“特等模范工作者”称号。第二次国共内战中，1946年6月任中央军委总参谋部第一局副局长兼中央书记处延安枣园作战室主任，1947年3月任西北野战兵团副参谋长，1947年7月任西北野战军第一副参谋长。1949年11月任第一野战军暨西北军区司令部副参谋长。1951年1月兼任第一野战军兼西北