集团于1992年10月31日自华信航空撤资，从此华信航空成为中华航空全额投资的子公司。1999年，中华航空重组本身拥有的子公司，于8月8日将华信航空和主要经营离岛航线的国华航空合併，华信航空为存续公司。随着中华航空于1995年变更飞机涂装为梅花涂装而在国际航线经营不再受到阻扰后，华信航空也逐渐交出长程航线并接手华航的区域航线及国内航线，自此开始转型为经营区域性短程国际航线及台湾本岛、离岛航线为主的航空公司，并拓展其飞航服务至东南亚、关岛等地区。华信航空在2002年6月29日的台港航权谈判中，获得台湾方面