1885年，南次郎被寄养在东京的叔叔（其时为日本陆军少尉）家。先后就学于日本陆军幼年学校、日本陆军士官学校（1894年毕业）、日本陆军大学，成为日本陆军的中级军官。积极策划参加了日本初期侵略朝鲜和中国的各项事变和军事行动：九一八事变、组建“满洲国”傀儡政权、制造华北“自治”……等，导致日本后来走向战争。1927年南次郎作为陆军副参谋长，参加了田中义一组织的“东方会议”，参与了会议纲领的讨论并参与制定《对华政策纲领》和《帝国对满蒙之积极根本方针》等，以大东亚共荣圈的理想为号召，实质目的是符合当时新帝国