直至2002年3月方建成运作，比其他3个局晚了1年。在石垣市民及八重山星之会争取下，2004年5月，国立天文台宣布决定在石垣岛建设光学红外线望远镜。2006年3月，石垣岛天文台在前势岳山顶建成，4月1日对公众开放。2006年9月15日至16日，台风珊珊吹袭八重山诸岛，运作约半年的天文台严重受损，白天的公开参观及夜间的星空观望会被迫暂停。2007年4月1日，天文台修复完毕，重新提供公众观星服务。2007年7月8日，累计来馆人数达到1万人，2010年2月21日突破3万人。2013年，天文台增设「星空