诗歌家末永茂世的长子。弟弟是政治运动家末永节。末永纯一郎从小学习国学和汉学，1883年前往东京在杉浦重刚门下学习。1887年考进了东京帝国大学法科大学。1889年在名为《日本》的新闻报社工作。日清战争时成为了一名战争记者，作出了不少贡献。1898年山县有朋计划对新闻报纸加税，末永纯一郎和他的朋友们展开了对此的反对，成功阻碍了山县有朋的计划。1900年当上了《东邦协会》的干部，和梁启超、康有为、孙文、黄兴结交，开始支持他们的活动。他同时也在东亚同文会、对俄同志会有活动。1905年他到达了满洲大连创刊《