山系的阿帕拉曼山、莫西潘山、卡梅奇瓦兰山及特理奇山四座山上都发现了小囊太阳瓶子草。其中种群数量最大的为阿帕拉曼山，部分植株可以分布于几乎垂直的岩壁上。小囊太阳瓶子草常分布于开阔处，多位于排水良好的岩石间，极少见于极其潮湿的池塘边及渗水的斜坡上。其与凤梨科、黄谷精属及覆鳞属植物同域分布。小囊太阳瓶子草与其他太阳瓶子草相互隔离，尚未发现关于小囊太阳瓶子草的自然杂交种。
相关物种.小囊太阳瓶子草的瓶盖在属内是非常特殊的，所以其似乎与其他太阳瓶子草属物种之间并不存在非常密切的近缘关