自治政府和唿伦贝尔自治省政府合併，建立内蒙古自治政府，就任主席。中华人民共和国成立以后，内蒙古自治政府改为内蒙古自治区，仍以乌兰夫为政府主席。1966年7月2日，时任中国国家主席刘少奇、中央书记处负责人邓小平代表中共中央找乌兰夫谈话，指责乌兰夫不搞阶级斗争，犯了地方民族主义和修正主义的严重错误。乌兰夫被指称图谋内蒙古独立与併入蒙古国而遭到批斗，此后引发了内人党事件，据中华人民共和国最高人民检察院特别监察厅起诉林彪、四人帮的起诉书，“内蒙古自治区因内人党冤案，有三十四万多名干部、群众遭到诬陷、迫害，一万六