0月奉京沪卫戍司令汤恩伯之命令，任常镇地区守备指挥官，负责无钖、苏州、江阴等八县防务。1946年6月任重庆警备司令任职18个月。1948年初被起用担任整编四十七军军长，1948年8月调任十六兵团司令官。1948年11月，率兵团参加徐蚌会战。12月遭到华东野战军包围后，率领16兵团在兵团及军直属山野炮掩护下突围。突围后到达萧县，拂晓时遭到小部解放军部队的夜袭，兵团部队大部份崩溃，孙元良率兵团司令部400多名官兵逃脱。1949年2月，任第十六兵团司令官兼任第41军军长，率领官佐从南京到万县，在孙震的川鄂边区