6年，西岛返回日本，在东京大学建立理论物理研究组，并担任一些领导职务。1986至1989年，他任所长。1995至2005年，任仁科记念财团理事长，这是一个旨在推动日本物理学发展的基金会。西岛在学术研究方面一直保持活跃，直到去世。西岛后期的研究领域为夸克禁闭和。2009年2月15日，西岛和彦因白血病去世。