被调到中国科学院历史研究所二所工作，担任侯外庐的助手，参与撰写《中国思想通史》。李学勤在中国科学院历史研究所，历任研究实习员、助理研究员、研究员，其间还曾管理过历史研究所的图书馆。1970年，李学勤到五七干校劳动改造，1971年因时任中国科学院院长郭沫若计划修改《中国史稿》被调回北京。1974年，李学勤开始参与新出土马王堆帛书的整理，1975年被借调到国家文物局。1976年，参与整理睡虎地秦墓竹简。1977年5月，中国科学院哲学社会科学部独立为中国社会科学院，历史研究所属之。1978年，李学勤返回历史研