1218年，成吉思汗派长子术赤进攻花剌子模，击败花剌子模，1220年攻取其首都，1226年攻取阿富汗的赫拉特，但当地人马上发动起义，杀死蒙古地方官。蒙古人重夺此城并屠城，城市约150万人几乎被杀光。1251年蒙哥即位后，任命其弟旭烈兀为波斯统治者，建立伊儿汗国，把大量蒙古人迁至阿富汗，今日阿富汗境内的哈扎拉人便是当时迁来的蒙古人。由于蒙古人是游牧民族，因此统治初期不看重经济发展，直到合赞汗上位后才有改善。他即位后，改信伊斯兰教，废伊儿汗（藩王之意）称号，改称苏丹，不再臣服于元朝，鼓励农工业发展，使阿富汗开始