万历十八年（1590年）间编成。李卓吾自称此书仅是用来自己阅读，所以得名「藏书」。不过在该书写成后，借阅人数过多，李卓吾最终于明朝万历二十七年（1599年）在金陵刊刻。由于李卓吾在书中抨击程朱理学，该书刊发后，明朝当局两次下令取缔该书。纪晓岚在主持修编四库全书时，也认为该书侮辱孔子，将其列为禁书。陈仁钖对该书有所研究和评论，并写有《藏书》评本。1959年，中华书局对该书进行整理校点后出版，1974年再次修订出版。