6月，他任河南省政府委员兼财政厅厅长，同年8月任国民政府内政部首届部长。翌年1月，兼任河南省民政厅厅长（国民政府内政部长兼任）。10月，任首任国民政府卫生部部长。1929年（民国十八年）3月，任中国国民党第三届中央候补执行委员。1930年（民国十九年），北平召开了反蒋介石派的中央党部扩大会议，薛笃弼参加并任宣传部委员。反蒋介石战争终结后，薛笃弼复归中国国民党主流派。以后他当选中国国民党中央候补执行委员，并在第五届中的1936年（民国二十五年）7月升任中央执行委员。1941年（民国二十九年）7月，任行政院