局组建的昆玉铁路公司负责经营，属地方一级铁路，是中国第一条地方投资修建的铁路。2010年11月28日开始扩能改造，2016年10月28日开行检测动车组联调联试，2016年12月15日扩能改造建成通车。2016年12月29日，昆玉铁路开行昆明南站始发，往玉溪站方向的动车组。2020年，昆玉铁路开行铁路e卡通功能。