玄亲口证实将出任行政院长，内阁成员名单也陆续对外公佈。4月21日，刘兆玄于台北市长官邸召开记者会，公佈第一波的17人内阁名单，其中仅3人具有外省籍，女性则佔5位。其中内定前财政部长邱正雄为行政院副院长、国民党副秘书长廖风德为内政部长、前监察委员王清峰为法务部长。4月28日，刘兆玄与准副阁揆邱正雄于台北市长官邸公佈第二波内阁人事名单，其中最受瞩目的教育部部长一职由前政大校长郑瑞城接任，陆委会主委则由有台联党籍、被视为前总统李登辉核心幕僚的前立法委员赖幸媛出任。基于赖幸媛以前曾指责江丙坤为「台奸」，深绿色彩浓厚