寺部分信众认为廖炭只注重大仙巖的经营，最后番社庄（今东山区）庄长陈按察在该年（1931年）向法院提告，后来白河庄长林占春等人出面调解，廖炭乃将碧云寺寺产全部交给番社庄人士管理，才平息此纠纷。昭和十九年（1944年）在皇民化运动的背景下，大仙寺寺产被白河街役场佔有。街役场对此成立财团法人后援会，由白河街长「五十里子之作」兼任后援会会长，寺务由街役场派员驻寺处理。
中华民国时期.二次大战后，在当地仕绅何火炉等人努力下，始自后援会取回寺产，并正式在民国36年（1947年）组织董事后援