，某一分子在细胞层面的作用方式是“转录调控”，这一分子在分子层面上的“作用机制”则可能与DNA分子结合。不过，因为学界对作用方式和作用模式的定义并无明确共识，一些文献中也存在作用方式和作用机制两词混用的情况。作用方式是连接分子层面的作用机制与生物体生理学上改变的桥梁。如果某一分子分子水平的作用机制尚未阐明，作用机制就显得尤为重要。