曾于中共八届十二中全会上发出“最高指示”，特别提到“对北京大学的翦伯赞、冯友兰要给出路”。但江青的手下依然通过秘密成立的“翦伯赞专案组”，对其进行逼供，要求他证明1935年刘少奇与国民政府谈判时有变节行为。翦于1968年12月18日夜，夫妻双双吃下大量安眠药自杀身亡。死时口袋内有两张纸条，一张说“实在没有什么可交代的”；一张三唿毛主席万岁。
官方平反.1978年8月，中共中央领导人邓小平亲自批示：“我认为应予昭雪”，为他彻底平反昭雪。1979年2月22日官方举办了他的追悼会。