法院一审被判死刑，后改为无期徒刑，柯水发等人的上诉被高等法院于1945年3月驳回后，柯水发被送到了台南刑务所。在旗山事件期间，柯水发曾经与陈朝景、郭国基、黄占岸关在同一间牢房里。二次大战后柯水发才被释放，并担任旗山地区三民主义青年团长。1947年二二八事件发生后，柯水发在3月4日与陈芳洲等人奉区长曾纪文之命在中山堂召开临时治安维持会，以维护旗山地区的安全，后来该会底下的警备队警备组副组长张丁枝不顾其劝阻，带队查封了旗山一带的陆军仓库，并集中武器，押禁陆军士兵，而治安会此时将旗山一带的外省人集中在青年旅社