2号航站楼的压力，首都机场于2003年开始改造1号航站楼，2004年6月主体完工。2004年9月20日，整修一新的一号航站楼重新投入使用，专门承载中国南方航空航班。2005年1月29日，自1949年两岸分治56年后中国大陆和台湾之间首次不中停香港的台商包机在机场降落，为两岸直接通航铺路，春节包机直航开始后，搭乘人数不断增加，逐渐改为现行两岸城市间的定期航班。2003年8月，首都机场在原东跑道（36R/18L）以东1525米处兴建第三跑道以及在新跑道与原东跑道之间修建新航站楼的工程立项，同年10月29