对文物迁台，曾致函国立中央博物院筹备处主任杭立武说：“运出文物，在途中或到台之后，万一有何损失，则主持此事者，永为民族罪人。”1949年4月14日，她在上海和徐森玉、王家楫等人联名写信，唿吁将已运至台湾的文物运回。中华人民共和国成立后，1950年南京博物院成立，曾昭燏任副院长（院长为徐平羽）。1950年至1952年，曾昭燏主持江宁县东善桥“南唐二陵”（南唐烈祖李昪、南唐中祖李璟陵）的考古发掘，主持编写《南唐二陵发掘报告》；率考古小分队到江宁县湖熟镇考察，证实湖熟确实存在商周时期“台型遗址”，并在江宁县其