政府指派为北方代表之一，与北方全权代表唐绍仪一道赴上海，与革命军代表议和。1912年，中华民国临时大总统袁世凯任命冯耿光为总统府顾问兼山东临城矿务局督办。由此，冯耿光脱离军界。1915年袁世凯称帝，进步党人梁启超与蔡锷发起护国战争。中法实业银行董事王克敏也参与了梁启超、蔡锷等人的反袁秘密活动。1916年春，冯耿光赴天津公干，入住利顺德饭店。当时，冯耿光在天津遇到王克敏，王克敏之父与冯耿光家为世交，冯耿光与王克敏也是老熟人，王克敏遂邀请冯耿光赴梁启超、蔡锷的同僚蹇念益处。在蹇念益的劝说下，冯耿光赴南京，成