总主教一席经常由维特尔斯巴赫王朝的巴伐利亚系成员担任。由于这段期间的科隆总主教也通常身兼明斯特和列日的采邑主教，因此科隆总主教成为了德国西北的重要领袖之一。1795年，选侯国在莱茵河左岸的领土被法国占领，并于1801年被正式割让。随着1803年的而世俗化，采邑总主教区解散，西发里亚公国被分给黑森-达姆施塔特伯国。1824年，科隆再度成立总教区，只是总主教不再握有世俗政治权力，而是单纯的宗教领袖。现今主教座堂为知名的科隆大教堂。