本各地仍保留着大量珍贵的生态系统，如知床、白神山地、小笠原群岛和屋久岛都是联合国教科文组织认定的世界遗产。在环境保护方面，日本是世界上最早面临大规模公害的国家，并在1960年代后期开始积极立法减排，至21世纪全国主要大气污染物全部达到环境标准。由于高度经济成长期以后日本饮食文化的变化及海外农产品的输入，日本的农林水产业在20世纪开始出现农田与人工林的闲置，渔业资源减少等问题。自1970年代以来，相较于其他国家森林面积的持续萎缩，日本的森林覆盖率一直保持在三分之二上下。2012年，日本的森林面积达253,20