政府对耶和华见证人信徒犯下的一些不容忍行为。由于纳哥诺卡拉巴克战争，纳戈尔诺-卡拉巴赫地区地区的清真寺已经关闭，阿塞拜疆的亚美尼亚使徒教会教堂同样也关闭或遭到破坏。阿塞拜疆政府当局对伊斯兰教的立场是有争议的。胡须长得比平时多的人往往被当局怀疑，因为害怕瓦哈比派教义的传播。 尽管政府否认了这个问题，但阿塞拜疆警方却以律师的批评为由侵犯了穆斯林的权利。 2009年“宗教法”要求所有宗教团体强制重新登记。 获得重新註册的绝大多数宗教团体都是伊斯兰教穆斯林。