大量图书经香港运往外国暂存已防在战火中受损。陈君葆负责接应海运至香港的图书，整理记录后运往美国暂存。日本和美国爆发太平洋战争后，书籍无法如期海运至美国，滞留香港。1941年12月25日，香港沦陷，进入日治时期。沦陷仅三天，日军已派军官查封香港大学的图书馆，发现了111箱已整理装箱的书（共计约3万本），随即运往日本东京上野恩赐公园帝国图书馆（但陈君葆当时不知道会运往何处）。在三年零八个月期间，陈君葆唯有整理馆藏。日本在第二次世界大战战败投降后，他开始追寻那111箱书。1946年1月，他知道外国朋友博萨