赴印度加尔各答讲学。中华人民共和国成立后在中国人民解放军昆明总医院任职，曾担任副院长。被选为云南省政协第一届委员，第二、三届常务委员会委员，云南省第二、三届人大代表，中华医学会云南分会理事，中国防痨协会云南分会理事。1969年5月12日，孙建毅在文化大革命中遭迫害而死。1978年12月23日，昆明军区总医院为其举行追悼大会。