名士兵的自白有出入。三名士兵的不在场证明经查成立，引发三人家属强烈不满。桃园地检署侦结，依强盗、抢夺等罪嫌提起公诉。主嫌张永涛因出资购枪再委由他人共同抢夺基地内弹药，被检察官彭南雄向桃园地方法院具体求处无期徒刑。陈国镇、吴佳星、徐云南三人求处十五年有期徒刑，刘彦廷、张沛隆、方志诚与陈勐浩四人求处十年有期徒刑，林文源求处六年有期徒刑。苏黄平、罗樟平、王至伟并未被起诉。
刑求疑云.但是自失窃案发生，涉案士兵遭调查和收押后，屡屡传出各种刑求版本，甚至包括下体被冰块刑求、肚皮隔书本以榔