隶属于南投厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「埔西区」，隶属于南投厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，埔西区仍隶属于南投厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「水尾」大字，隶属于台中州能高郡埔里街。战后埔里街改制为埔里镇，隶属于台中县，大字亦改制为里。1950年10月，中、彰、投分治，埔里镇改隶属南投县。
聚落.本地区发展较早的聚落有顶赤崁、下赤崁、水尾、观音山、刣牛坑、灯心湖、水流东、松柏崙、魔燐窟等，