演化假说：在分子水平上大部分突变并没有被自然选择淘汰，自然选择对它们呈中性，群体中的中性等位基因的固定（fixation）是通过突变的随机漂变的平衡来实现的，他们的存活下来的概率是随机的（“运气”问题），而不是受到选择作用而留下来。中性假说完善了赖特的遗传漂变理论，并给木村早年和克罗提出有限位点模型（infinite site model）找到了实际的生物学依据。在木村提出中性演化假说之后，一大批木村的追随者和木村一道不断努力完善中性演化理论，并使其成为新兴分子数据分析的利器。1962年－1972年是木村学