此后3年，尽管车臣仍为俄罗斯共同体的其中一员，但实质上却享有独立地位。不过俄罗斯于1999年发动第二次车臣战争，终于获得胜利，重新掌握了对车臣地区的控制权。车臣分离主义势力此后也基本上被粉碎，其余的车臣反抗军势力则转移至山区驻扎，与俄罗斯联邦军进行山地游击战。