后，松阴于邻接的小冢原回向院（现东京都荒川区）的墓地下葬；然而在文久3年（1863年）时，被高杉晋作等攘夷派人士们移葬现时的东京都世田谷区。墓碑现在仍残留在回向院的墓地。在明治15年（1882年），世田谷区墓地对出的大街建造了松阴神社。与此同时，在现今山口县萩市，有一个在吉田松阴死后第一百日时建造的遗发冢，现成为了该市的指定史蹟，萩市之中亦有另一个在明治23年（1890年）时兴建的松阴神社。吉田松阴亦被供奉在靖国神社之内。