或与顺性别男性相反，而跨性别男性则与顺性别男性相似，甚至在监督下的激素使用，这也可以使跨性别者的大脑变得更接近同性别的顺性别者。然而，这些研究是有限的，因为它们只有少数受试个体。在男同性恋和异性恋男性以及女同性恋和异性恋女性之间也存在大脑结构差异，这是生物学和性取向的广泛研究的一部分。研究还发现，男性向和女性向的跨性别女性的大脑功能和反应都像顺性别女性一样，与顺性别男性不同，或者介于两者之间。同样的，像Rametti这样的研究发现，无论性取向如何，跨性别男性都有类似男性的白质形态（甚至在使用激素之前）。