在5月16日亦被攻佔，其后新政府军通知五稜郭将会发动总攻击，经过城内众人商议后，榎本等人在5月18日投降，将五稜郭交予新政府军。
练兵场.进入明治时代后，五稜郭归由兵部省（1873年后则是陆军省）管辖。1871年，为了兴建札幌开拓使本厅舍，原本的奉行所厅舍和附属建筑物相继被拆除，但是实际上却没有将拆卸后的建筑材料运往札幌，而是用于和建造蓬莱町游郭。其后，五稜郭也没有加建，而是当成练兵场使用，而在1890年至1899年间，砲兵大队的临时事务所亦设置在五稜郭。虽然一般市民严禁入内，