行期间他出任航天飞机载运机的教练飞行员。1984年4月他成为挑战者号STS-41-C任务的飞行员，这次任务成功地发射了一颗人造卫星，修理了另一颗人造卫星。在挑战者号的STS-51-L任务中斯科比被提升为机长。这次飞行的任务包括发射一枚观察正在接近的哈雷彗星的人造卫星以及开始太空教师计划。由于天气恶劣和技术问题起飞一再被推迟。当航天飞机最终起飞后由于一枚密封环的缺陷导致飞机在起飞73秒后爆炸，包括斯科比在内的全部机组人员丧生。许多人通过电视实况转播直接看到了这次悲剧，此后美国进行数日国家哀悼，美国国家航空