缉奉命平乱，深受最高当局赏识，先升任台湾全省警备总司令，之后出任台湾省保安副司令、台北卫戍司令、参谋总长等要职。1949年，四六事件爆发，陈诚决定展开镇压、下令当时担任警备副总司令的彭孟缉缉拿「主谋份子」。12月16日，任命彭孟缉、李友邦，杨肇嘉、李翼中、游弥坚、朱文伯、刘兼善、杜聪明、陈启清、李连春、华清吉、林日高、陈尚文、陈天顺、陈清汾、颜钦贤、邹清之为台湾省政府委员；任命彭孟缉兼副司令。中华民国政府于1949年迁往台湾后，革命实践研究院军官训练团于1950年成立，彭孟缉任主任，此后并成立高级班