陆地上高度最高的生物。泥盆纪早期真菌化石的种类开始变多，且特征较更早化石典型许多，对其是否属于真菌争议渐渐减少，许多壶菌门与接合菌门的化石在中被发现。担子菌门与子囊菌门也差不多在此时出现，到石炭纪的宾夕法尼亚世，多数现生真菌的纲都已经出现了。形态类似地衣的化石最早在5-6亿年前的地层中就出现了，地衣是早期陆域生态系的重要成员，最早确定为地衣的化石出现于4亿年前，约与最早的子实体化石同期。具有与现生担子菌扣子体相似结构的化石也出现于石炭纪宾夕法尼亚世的地层，与一株蕨类的化石一起出现 。同担子菌亚纲的真菌化