元朝至元十四年（1277年），改为宁国路。至正十七年（1357年）四月，朱元璋政权复改为宁国府，后又改宣城府、宣州府，至吴王元年（1367年）四月，仍称宁国府。下领六县：宣城县（首县）、南陵县、泾县、宁国县、旌德县、太平县，属南直隶。清朝初，属江南左布政使司。康熙时，属安徽省。所辖六县不变，宁国府与该省的徽州府、太平府、池州府、广德直隶州以及江苏省江宁府、浙江省杭州府、湖州府相邻。考评繁，难。宣统退位、中华民国成立之后，随着全国罢府而废。