外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。清大校长贺陈弘认为此一修正将严重干预遴选委员的独立自主；中研院院士、教育部前部长曾志朗则表示，教育部管太多，此一修法让大学教育「从宪政时代退回训政时代」。
支持教育部介入者.中兴大学法律系教授李惠宗撰文，以法学方法论方式，指出本案中许多法律争