七七卢沟桥事变后，日军压境，培正迁校址至鹤山。1938年1月，学校由广州迁址至澳门，以保培正教育事业。战火期间，在澳门、鹤山、坪石、桂林、湖南及江西均有培正员生上课，保持教学素质。培正员生在外更投入抗战工作，包括继续组织宣传队传播爱国思想、向难童提供免费学额以助其学业等、发起「每人每日一仙捐款运动」、「节衣运动」及「募集寒衣运动」。1939年，黄启明校长在香港去世长辞。1945年8月，抗战胜利，培正随即进行复员工作，澳门员生分批返回广州。数月之间，广州及香港两地校舍次第回收。澳门方面，继续以