恩来早前的干预，两派斗争遂告平息，不过吕嘉民在两派斗争失去知青的信任并失去威信。1970年9月30日，吕嘉民等三人因批斗林彪而被军人拘押，并承认犯下「反林彪副统帅的反革命罪行」，吕嘉平在弟弟的揭发之下亦受牵连。1971年8月，吕嘉平及其妻被捕，吕嘉平被判死刑，其妻被判死缓，而吕嘉民自己则被继续关押（此时其着作《狼图腾》已开始腹稿）。后来九一三事件发生，林彪政权垮台，他们才获得特赦，吕嘉民则在几个月后获释。获释后吕嘉民生活回复平静，并被官方指定为「反林彪英雄」。1975年，同为知青兼与吕嘉民同住一个蒙古包