1920年起，瓦克斯曼开始在科学界有了一些名气并出版了两本重要的专业着作。其中《土壤微生物学原理》被土壤细菌学的研究者奉为经典。同时，他的实验室也不断有新成果问世。20年代中，瓦克斯曼升为副教授，1930年又升为教授。1930年代，瓦克斯曼对土壤、腐殖质土壤与泥炭中微生物复杂的生命结构进行了系统的研究。作为这个学科领域的带头人，他吸引了许多慕名而来的研究生和博士后。瓦克斯曼在撰写专业着作的同时，与不少微生物方面的企业建立了良好的合作关系。这些企业日后对生产和推广瓦克斯曼的研究成果起了很大作用。1939年