组中也存在假基因。这些拥有假基因的细菌通常为共生或细胞内寄生，因此它们不需要一些生活在外界复杂环境中的细菌所必须的基因。一个极端的例子是麻风病的病原体--麻风杆菌（"Mycobacterium leprae"）的基因组，已报道有1,133个假基因约占其转录组的50%。