以辨认由谁所写，王恭自疑是庾楷假造的，更以第一次叛乱时殷仲堪没有行动，于是首先行动，于七月上表讨伐王愉和司马尚之兄弟，又派何澹之和孙无终率兵至句容。不过殷仲堪其实见王恭第一次叛乱后声望大增，认为王恭必胜；而且自己在当时也没有甚么行动，于是积极参与，先遣杨佺期率五千水军与桓玄作前锋，自己则领二万兵在后，一直沿江东下。桓玄与杨佺期一直东下，至八月到达湓口，新到州的王愉因没作准备而出逃临川但被桓玄偏师所俘。九月辛卯日（9月28日），朝廷加司马道子黄钺，以会稽世子司马元显为征讨都督，以王珣、谢琰讨王恭、司马尚之