窄身车体（阔度：2,800毫米）。另外，车体离地高度从上一代的1,180毫米，减低至1,165毫米（900番台除外），令列车和月台的高度（1,100毫米）逐渐接近。这样能令乘客（主要是行动不便和携带大件行李的乘客）上下车时更方便。所有车体均以轻量化不锈钢制造，而车头结构则沿用上一代以玻璃钢制造的盖板。车窗方面，由于209系的单块密封式车窗引来不少批评（主要是事故后车厢空气不流通而引致乘客不适），因此E231系的车窗一般都改为大小两块的设计——小的一块是固定车窗，而大的一块则容许乘客自行开合，借此加强空气