有一位由广东省教育厅派驻东莞台商子弟学校的督学兼任副校长。学校虽然採用台湾学制，使用正体字及注音符号，教材亦是由台湾进口，但由于中国大陆方面的审核，教材上敏感的字眼如「中华民国」、「蒋中正」，以及敏感议题如「台独」、「台湾入联」、还有中华民国国旗和民国纪年皆会被涂掉。入学台湾之大学校院的大学学科能力测验，于2012年首次在广东及上海的台商学校设立考场，试卷在台湾的闱场印刷完成并弥封后，由试务人员搭机带往大陆，主办的大学入学考试中心并事先协调中国大陆海关不予以拆封检查，试卷也随身携带不託运，考试完毕后