母姊光子内亲王，同母兄三条天皇，同母弟敦道亲王。由于母亲早逝，他和兄长三条天皇自幼在外祖父藤原兼家的爱护下成长。永祚元年（989年）十一月元服、亲王宣下，授四品，官拜弹正尹，因此又别号弹正宫，后晋为二品。正历三年（993年）经异母兄花山天皇推荐，纳藤原伊尹的九女为妃。两人之间没有生育，有一养子藤原良经（实父藤原行成）。为尊亲王年幼时以「幼美姿仪，光彩慑人」闻名。元服后时人认为他不如之前俊美，性格也有点轻浮。大约在长保三年（1001年），他与和歌歌人和泉式部陷入热恋，身份上的差别（和泉式部仅是中流贵族