参赞大臣海兰察前往枋寮等地平定事件。在这之后李光显因战功擢署「闽安协右营千总」，赏戴蓝翎，干隆五十四年（1789年）补「澎湖协右营千总」，五十九年（1790年）调福建水师督标右营千总。嘉庆元年（1795年）七月，李光显随参将李长庚到浙江石浦洋追剿海盗蔡牵等人，后于嘉庆三年（1798年）三月升福建督标水师营中军守备。升任守备之后，李光显致力于追剿当时东南沿海海盗，于嘉庆九年（1804年）调升广东平海营参将，隔年（1805年）六月因在新安零丁洋、东莞沙嘴洋、香山大虎洋一带歼灭与招抚大量海盗，调升台湾水师协副