生于巴拿马运河区可可索罗海军航空站的海军医院，他的父亲是海军军官小约翰·“杰克”·麦凯恩，母亲叫罗伯塔·麦凯恩（，1912–），“莱特”（）是母亲的娘家姓。麦凯恩三世有苏格兰混爱尔兰裔和英格兰裔血统。麦凯恩三世的祖父母辈都是阿肯色州、密西西比州和德克萨斯州居民，而且大部分父系和母系先祖都是南方人。麦凯恩家族父系祖居密西西比州卡洛尔县，从1848年起就在特奥克（）拥有面积达8.1平方公里的种植园，并且一直经营到1952年止。南北战争爆发前，种植园内还有许多奴隶，其中有些人的后裔也采用麦凯恩家族的姓氏，自称