分之三绝对多数决下，动员戡乱临时条款被废止，总统李登辉宣佈自1991年5月1日零时起，结束施行长达44年的「动员戡乱时期」，恢复宪法条文之适用。李登辉继承蒋经国的民主化与本土化政策，并予以深化，但也有黑金政治与派系政治的包袱。李登辉在总统任内陆续推动六次修宪，万年国会在1991年宣告退职，并在1996年举行首次正副总统公民直选。2000年3月18日总统大选，由民进党提名的陈水扁及吕秀莲当选中华民国第10任正、副总统，是台湾第一次中央政府和平政党轮替。2004年，陈水扁及吕秀莲在总统大选再度当选连任，泛蓝阵