不久学校被警察当局查封。1937年7月，受七七事变影响、全面抗战爆发。马曜取道香港越南回到云南。回乡后马曜当过安宁温泉小学校长，安宁武安镇南昆明等地的中学和师范学校的文史教员。1939年10月，马曜到西南联大进修。从陈寅恪教授学习历史，从罗庸、刘文典教授学习古典文学，还选修了魏建功教授的音韵学、许维遹先生的先秦诸子学，陈梦家先生的文字学。1940年10月，马曜以全班第一名的成绩在西南联大中学教师晋修班毕业，任教于昆华中学。1945年冬，抗日战争胜利后, 他与闻一多、楚图南、冯素陶等民主同盟负