9年，袁世凯被开缺回乡。北洋六镇高层，有所调整。
新政中的军事改革.清廷签订《辛丑条约》后，慈禧太后决心推行新政，进行军事改革。光绪二十九年十月成立总理练兵处，并令各省成立督练公所，负责训练新军；并且裁减原有的旧军（防军、练军、绿营），剩下的精选若干营为常备、后备军及巡警营（即宪兵）。清政府原订计画以北洋新军为中央军、各省的新军为地方军，一共在全国编练三十六镇新军；到清朝覆亡的时候，全国已练成新军十六镇和十六个混成协（一说为十四个镇﹑十八个混成协），其中装备与训练为袁世凯的北洋六镇