建了本丸、二之丸和三之丸等城郭，并改名为松本城。1590年（天正十八年），丰臣秀吉为了削减德川家康的势力，将德川家移封到关东，小笠原氏也跟着移封到下总古河。松本一地则改封给由德川家出奔到丰臣家的石川数正。石川数正、康长父子以松本城为松本藩的居城，兴建天守(最初的干小天守)、城郭和城下町，确立了松本城的规模。松本藩自石川家后历经六度改易，依次由小笠原家、户田松平家、越前松平家、堀田家、水野家和户田松平家入主，皆以松本城为居城。1727年（享保十二年）本丸御殿失火烧毁，并未重建，此后以二之丸作为藩政