被称为「五马渡江」。司马睿承制后，拜司马宗为散骑常侍。晋愍帝亦在西都，以司马宗为平东将军。晋元帝即位，拜司马宗为抚军将军，领左将军。晋明帝继位后，加封司马宗为长水校尉，转任左卫将军。司马宗和右衞将军虞胤向来获明帝信任和亲近，更掌禁军，聚集很多心腹党羽，使王导和庾亮两位重臣不满，对他有意见。其后，晋明帝病重不愿见人，群臣都不能与他接触。庾亮又察觉司马宗、虞胤与太宰西阳王司马羕打算趁机作乱，于是他便直入明帝的卧室，并向明帝陈说司马宗等的图谋，亲自要求辅政，因为他的言辞深切，终于令明帝有所感悟，引庾亮升御座，