高的人气，甚至产生了“有人情味的有马水天宫”这样的谚语为人称道。在有马家的账簿中，以“水天宫金”为名记录水天宫的收入（包括赛钱、供奉和贩售物品），安政年间（1854-1860年）达到每年2000两，对财政紧张的有马家来说是非常重要的副业。1871年（明治4年），有马家上屋敷搬迁至赤坂，当时神社也一同迁座至赤坂，但次年旋即又迁座至中屋敷，即现址。为了纪念镇座江户200年，神社管理方决定重新改建社殿。2013年3月1日至2016年4月7日期间，作为代替，在日本桥滨町的附近设置了临时神社（假宫）。2016