2006年2月27日，陈水扁在主持国安高层会议后最终决定，国家统一委员会「终止运作」（cease to function），不再编列预算，原负责业务人员归建；国家统一纲领也「终止适用」（cease to apply），并依程序送交行政院查照。由于受到在野党、美国政府等各方面的压力，他改「废除」为「终止」。
评论.1991年2月在一个国民党专案小组会议上钱复提出「大陆政策的位阶要高于外交政策」的核心观点，认为国家统一纲领的基石能带来安全保证和解放军不动武的理由，虽然不能完全确保但