来双方全灭后十年，宽永三年，天下变得太平。在这个和平的环境下，忍者成为了无用之物，唯有隐藏起来。其后，甲贺与伊贺的族人希望透过双方幼主进行联婚，以他们的血脉及力量能巩固族群的命脉。甲贺五宝连的首领甲贺八郎，以及伊贺五花撰的首领伊贺响，双方都继承了祖先的力量而懂得使用瞳术，二人结下契约，然后发动了称为「樱」的未知力量。但可惜，在日子渐久后，他们才发现原来他们是亲兄妹。