仍请文宗配祀。许彭寿复引据文宗御制诗有「以后无须变更」之句，请下廷臣再议，议不配祀。诏斥孚恩谬妄，又以籍肃顺家得陈孚恩私书，有暗昧不明语，乃逮下狱，籍其家，追缴宣宗赐额，遣戍新疆。居新疆数年，伊犁被兵，将军常清等奏陈孚恩筹饷治军有劳，命免戍，留助理兵饷。同治五年，伊犁陷，陈孚恩及妻妾儿媳同殉难。《清史稿》说陈孚恩“鄙夫患失，反复靡常”。
书法.陈孚恩书法董其昌，与祁隽藻、赵光、许乃普并称同光四家。