药工业上的应用，成效十分显着，生产出了如抗生素、维生素、动物激素、药用氨基酸、核苷酸（如肌苷）等。目前，常用的抗生素已达100多种，如青霉素类、头孢菌素类、红霉素类和四环素类。另应用发酵工程大量生产的基因工程药品有人生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素-2、抗血友病因子等。
在食品工业上的应用.发酵工程在食品工业上的应用十分广泛，主要包括：第一、生产传统的发酵产品，如啤酒、果酒、食醋等，使产品的质量和产量得到明显提高。第二、生产食品添加剂。如L-苹果酸、柠檬