去往砂拉越，从此开始了他的外交生涯，并于1856年成为了英国驻文莱总领事。1858年，斯宾塞·圣约翰与休·洛一起攀登了京那巴鲁山。因此，京那巴鲁山的一座山峰被命名为斯宾塞·圣约翰峰（海拔4091米，仅比休·洛峰矮4米）。1862年，他出版了一本关于他在婆罗洲的经历的书，名为《远东森林的生活》（）；1879年和1899年，他出版了两本詹姆士·布鲁克的传记。1863年，他成为海地的临时代办；1871年，成为多米尼加共和国的临时代办；1872年，晋升为海地的驻地公使；1874年至1883年，成为利马的临时代办