西迁南迁，北平大学大部撤离到了古都西安并在那里和北洋大学等华北名校一起组成了西北联合大学。与此同时，部分未撤离北平的医学院教师在日占区继续行医、教学，并组建了北京大学医学院，院长为鲍鉴清。太平洋战争后北京大学医学院吸收了美属北平协和医学院的部分师资。如林巧稚，诸福堂等均曾在这任过职。有人也把1937-1945年这段时期称为“伪北京大学”医学院。1945年，国民政府教育部决定在国立北京大学、国立浙江大学、国立山东大学和国立武汉大学四所高校设立医学院。原北京大学医学院改组为北平临时大学补习班第六分班，该班连