5月，林枫任晋西南区党委书记、兼任八路军晋西独立支队政治委员。十二月事变后，率部队转移至晋西北。1940年起，任晋西区党委书记、晋西北军政委员会委员、晋西北临时参议会筹委会副主任委员、陕甘宁晋绥财经委员会委员。1942年8月，任晋绥军区副政治委员、中共中央晋绥分局副书记。1942年10月当选为晋西北临时参议会议长。1943年10月，林枫任晋绥分局代理书记、晋绥军区政治委员，同吕正操指挥晋绥区作战。
第二次国共内战时期.抗日战争胜利后，林枫赴东北，任中共中央东北局委员、东北局组织部部