都察院。崇德二年（1637年）设立议政王大臣会议，这是后金时期和清初重要的决策机构。
入关至清中期.顺治元年（1644年）清军入关后，国都由盛京城迁至北京城，并增设多个中央行政机构。顺治十五年（1658年）又仿照明朝内阁制度设立内阁，由大学士、协办大学士、学士、侍读学士等组成，负责起草、传达诏令，进呈题疏，代批拟旨等。清朝的内阁名义上居中央辅政机构之首，但没有明朝中后期内阁那样的实权，内阁的最高长官大学士，虽然品极位崇，实际上只是皇帝的私人秘书，为皇帝缮写文书和谕旨而已。康熙十六年