波多黎各鹦鹉其下有两个亚种：
演化历史.由于没有证据显示西印度群岛以往是连接在大洲之中，故假设所有原住的鸟类都是源自从其他地区而来的迁徙者。一些细小的物种未能跨越大幅的海洋，但鹦鹉却能飞越海洋。大部份加勒比地区的鸟类都是来自中美洲、北美洲及南美洲。在加勒比地区的亚马逊鹦鹉属可以分为两类：在大安地列斯群岛的5种中型物种及在小安地列斯群岛的7种大型物种。所有在大安地列斯群岛的类群都有相关的特征，如绿色的身体及白色的眼圈。故学者认为大安地列斯群岛的亚马逊鹦鹉属都是银顶亚马逊鹦鹉的后裔，