元将家康居住并处理政务的大坂城西之丸接收，进驻大坂。但9月15日关原本战未亲自出阵，由同族秀元及吉川广家代为出阵。但关原之战三成等西军战败后，9月24日，拒绝立花宗茂及毛利秀元等继续抗战的建议，辉元自大坂城退去，四国及九州的毛利军也顺次撤退。原本吉川广家透过黑田长政与家康的交涉，希望毛利家获得本领安堵、家名存续。因此在关原之战时，吉川军挡住毛利军的进军路线，毛利吉川广家军自始并未出战。然而，家康战后反悔，搜出辉元与西军联系的大量书信，并将毛利辉元改易至周防、长门2国，而毛利氏家督可以继续存续，改易后石