山本愿寺等成为如同大名家的强固组织，迫使守护大名和战国大名和其妥协。但是，尾张的战国大名・织田信长在「天下布武」的方针下，彻底讨伐敌对的宗教势力，如延历寺烧讨、长岛一向一揆、石山合战等。此外，信长主催日莲宗僧和净土宗僧的宗论（安土宗论）。结果，因为净土宗的胜利，信长约束法华宗不再非难其他宗派，也是抑制宗教势力之策。
安土桃山时代.信长死于本能寺之变，家臣丰臣秀吉成为实质的后继者。秀吉大概继承信长的路线，使敌对的根来寺、高野山屈服。之后将有力寺社转移到大坂城的城下町，派遣弟・丰臣