个扎仓为晚期设立，故一般史料仅记载最初的5大扎仓，即林堆扎仓、林麦扎仓、奴林扎仓、耶当扎仓（又称库优扎仓）、江热扎仓。其中，林堆扎仓、江热扎仓为最早创建。后来，晚期又陆续创建了古学扎仓、格龙扎仓、阿确扎仓、策尼扎仓。5大扎仓下设8个禅相院，禅相院下设若干康村。中华人民共和国时期，强巴林寺设立了强巴林寺民主管理委员会，2011年10月改设强巴林寺管理委员会。宗洛·向巴克珠活佛长期担任强巴林寺民主管理委员会主任，2011年10月改任强巴林寺管理委员会第一主任。2013年2月11日（藏历水蛇年元月初一），昌都