但这次任命却被外界认为是他与陈良宇竞争上海市委书记落败，而“被迫”离开的结果。一个月后，他又兼任起江西省人大常委会主任；并在中共十六大上，当选中央委员。
公安部部长.2007年10月29日，孟建柱被任命为公安部第十二任部长，授总警监警衔。此外，还陆续兼任中共中央政法委副书记、中央综治委副主任、武警部队第一政治委员、国家反恐怖工作协调小组组长等职。2008年3月，在第十一届全国人大一次会议上，晋升国务委员，并继续担任公安部部长兼武警部队第一政委。2012年12月28日，第十一届全国人