修好条规》谈判的柳原前光，就八瑶湾事件向清方抗议并要求赔偿。清方认为已经抚恤琉球人，拒绝赔偿；同时声称「（台湾）生番系我化外之民，问罪与否，听凭贵国办理。」这为后来日本入侵台湾提供了口实。
琉球藩的设置.经过八瑶湾事件后，日本鹿儿岛县参事大山纲良提出了“台湾征伐论”；他假借琉球国王尚泰的名义，请求日本出兵台湾，惩治生番。但明治天皇认为琉球属于中日两属状态，此举暂不合适。对此，琉球非常惧怕日本出兵台湾会破坏琉球与清朝的关系，尚泰王于1872年和1873年两次派遣使者前往东京，建议日本