2016年.乔纳坦·克里斯蒂参加2016年马来西亚羽毛球首要超级赛，在首圈先以局数 2:1 （21-13 、12-21、21-8）淘汰赛会7号种子中华台北的选手周天成；在次圈又以局数 2:0 （21-15 、23-21）横扫香港的胡赟。在八强的赛事中，他以2:0（21-19 、21-19）力克英格兰的拉吉夫·欧斯夫晋级；但在四强却以1比2（21-8、19-21、14-21）不敌赛会头号种子中国选手谌龙，四强止步。同年，克里斯蒂入选印度尼西亚国家羽毛球队的大名单，以第二单打身份出战