经济崩溃的影响，包括关联企业和非生产部门整体的经营业绩恶化。2000年2月份，申请《企业复苏法》破产保护，事实上的破产了。之后半数以上的店铺关闭，下属公司被清算，位于东京中央区东日本桥的总公司大楼也转卖了出去。在各种企业复苏计划中，于2002年2月和印刷电路板制造商“京田（Kyoden）”集团（包括“shop99”和“99plus”下属公司）达成了作为赞助商支援长崎屋复苏计划的意向。同年八月，接受第三方增资，成为了连结子公司。现在总公司位于千叶县市川市南八幡四丁目9-1的本八幡分店大楼。