陕西提学副使、四川右参政、佥都御史。隆庆六年（1572年）建清平山甫书院，吴国伦提学贵州时，亲晤应鳌于山甫书院。官至工部尚书，谥文恭。
着作.孙应鳌继承王阳明之学，将“心即是理”引申为“心即是仁”，为“明代四大理学家之一”。卒于万历十二年（1584年）。着有《学孔精舍诗钞》、《学孔精舍汇稿》、《淮海易读》、《论学会编》、《教秦语录》、《教秦总录》、《教秦绪言》、《雍谕》、《幽心瑶草》、《道林先生粹言》、《春秋节要》、《左粹题评》、《四书近语》、《律吕分解发明》、《庄义要删》、《督学