而整个仓敷辖区在江户时代分别属于天领、冈山藩支藩天城池田家、备中松山藩丹波龟山藩的领地。1871年废藩置县后，设置仓敷县，县役所并设于仓敷村，隔年仓敷县与福山县合併为深津县，后又改名为小田县，直到1875年才与冈山县整合为现在的冈山县。2018年7月西日本豪雨灾害中，由于溃堤，导致真备地区大范围的水灾，至7月11日为止已造成48人死亡，仓敷市也因此成为此次豪雨灾害中死亡人数最多的行政区划。
行政.辖内设置八个行政区：仓敷、儿岛、玉岛、水岛、庄、茶屋町、船穗