在巴基斯坦西北侧与阿富汗有长达2,640公里的边境线。其中北边延兴都库什山脉和帕米尔高原山嵴，在地处阿富汗国境内为一处狭长地带称为瓦罕走廊，此通连中国新疆的东西向战略要道同时区分了巴基斯坦与未接壤的塔吉克斯坦。传统上兴都库什山脉被认为是印度教徒抵御中亚入侵的天然屏障。目前巴阿实际边境线称为杜兰德线，该线于1893年由当时的英属印度政府外务大臣莫蒂默·杜兰德()主持划定，1947年印巴分治以前未遭到什么困扰。该线的合法性后来遭到了阿富汗政府和跨越巴阿边境的普什图族质疑。阿富汗声称杜兰德线是强者强加给弱者的，