庆九年（1804年）六月，清军德楞泰部在陕川交界的凤凰寨败苟文润部，八月，教军叛徒赵洪周杀死苟文润投降清军。九月，苟朝九在南郑被俘杀，不久王作经也在四川白岩湾跳崖牺牲。嘉庆十年（1805年）五月，教军最后一位主帅王世贵被杀，川楚教乱正式被平定。新任陕甘总督那彦成于边界“留心防范”，对于白莲教徒不再搜查滋事，“日久可自行潜消”。
影响.为平息叛乱，清政府征调十六省的数十万军队，五易统帅，十余名提督、总兵等高级武官及副将以下400余名中级武官阵亡。据统计，清朝前后投入超过二亿两白银