庾悦初任琅邪王司马德文的司徒行参军，后历迁司马、主簿及右长史。元兴元年（402年），桓玄击败司马元显执掌朝权，自领豫州刺史，以庾悦为别驾从事史，迁骁骑将军。元兴三年（404年），桓玄篡位，庾悦改任中书侍郎。次年，刘裕起兵讨伐桓玄，攻破建康，并以武陵王司马遵承制，任命庾悦为宁远将军、安远护军、武陵内史。后刘裕以其为自己的镇军谘议参军，在刘裕于义熙四年（408年）迁车骑将军后亦随其转任车骑从事中郎，后迁中军司马。次年，刘裕攻南燕，庾悦亦随军，尽力征战。义熙六年（410年），刘裕灭燕后因卢循之乱而急