有252,630人，不仅比1937年的276,918人减少，还被福冈市、八幡市超过，是九州人口第三多城市。长崎人口在第二次世界大战期间大幅减少，特别是原子弹爆炸导致超过7万人遇难。1945年时，长崎市只有人口142,748人，和前一年相比几乎减半，且被熊本市超过，成为九州人口第四多城市。战后长崎人口数虽快速恢复，但相比九州其他地区仍较缓慢。1975年时，长崎市人口虽达到505,835人的峰值，但此后开始减少。并被鹿儿岛市超过，成为九州人口第五多城市。2000年人口普查时，长崎市人口更被大分市超过，变为九州人