从机场经西部郊区至慕尼黑火车总站的时间通常约为44分钟，而途径东部郊区的S8线需41分钟，反方向从慕尼黑中央火车站至机场则分别需时41和39分钟。除了可以通过上述城铁服务前往至弗赖辛外，慕尼黑机场还与慕尼黑-雷根斯堡铁路相连接，可籍由区域列车前往纽伦堡、帕绍、魏登、班贝格、霍夫甚至布拉格。双线的S-Bahn车站位于航站楼的下方，设有一座210米长的侧式月台。该建筑是由一个长1,300米、离地深11米的隧道嵌入而成，其西部和东部的上方分别为停机坪和中央区。除了300米长的车站设施外，建筑设施还包括月台西端