电厂的主张与民进党政府废核四的主张完全不同，最终唐飞于2000年10月6日被迫辞职，也结束中华民国政治史上短暂的「共治」时期。以陈水扁演说中提到过「搬开路上的大石头」暗喻唐飞的去职。
张俊雄内阁（第一次）.唐飞辞职后，由副阁揆张俊雄于2000年10月接任行政院长，民进党在国会席次佔少数，在联合内阁解组后开启随后长达七年半少数政府执政的局面。其后，在停止兴建核四问题中，陈水扁总统坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与总统陈水扁会谈（媒体称「扁连会」），会中连战试图说服陈水扁续建核