少含有毒物质及重金属的废料未经处理便直接排放到维多利亚港，沉积在维多利亚港海底的污泥中。缺德者乱抛垃圾到海中，船只漏出的油渍等问题均是水质下降的来源。此外，充满化学物的家居清洁用品经厕所排放到维港，特别是沙士事件时期，市民大量使用漂白水，致使海水中的氨含量偏高。多次的填海亦是一个间接影响水质的因素：填海工程将海岸线修直，造成一些海水流量不大的死位，海港的收窄也减弱了潮水的沖刷能力，这些均造成维多利亚港上一度积聚垃圾及臭味。根据水质测试证实海水中的大肠桿菌含菌量偏高，氧含量偏低，容易令鱼类及其他海洋生