形，顶端为圆形或截形，长于上萼片；下唇近圆形，顶端微凹或全缘，喉隆起；距为狭圆锥状或近筒状，基部为宽圆锥状，弯曲或直，通常长于下唇并与其平行或成钝角。雄蕊2枚，无毛；花丝线状，长1毫米；药室汇合，具细小乳突。雌蕊无毛；子房球形，上位，1室，特立中央胎座；花柱短；柱头下唇为圆形，上唇极小，为正三角形。花期为6月至次年春。短梗狸藻的蒴果为球形或长球形，长2至3毫米，果皮坚硬且不透明，室背开裂。种子为长球形或长圆状椭圆球形，长0.25至0.3毫米，无毛，散生乳头状突起或网纹，网格纵向延长。果期为7月至次年春。