15日，希特勒占领了捷克斯洛伐克全境，伏契克留在布拉格继续从事捷共的地下活动，并开始研究捷克19世纪的文学。1940年，他发表了专论《战斗的鲍日娜·聂姆曹娃》。这年秋，他写出了《致戈培尔部长的一封公开信》，让它以秘密传单的方式流传。1941年春，捷克斯洛伐克共产党的第一个地下中央委员会被破坏后不久，他和另外两名中央委员一起，建立了第二个地下中央委员会。1942年4月24日因叛徒出卖，他被德军逮捕，并被刑讯逼供，几度濒死，被收押于布拉格庞克拉茨监狱中。1943年8月25日，他在柏林被纳粹德国法庭判处死刑，9月