期，太平天国定都南京，安徽南部是其主要粮食和军事基地，在曾国藩的湘军和陈玉成的太平军反复拉锯战中，安徽南部流失大部分人口，经济遭到严重打击，战后从河南、湖北居民移居皖南，文化习俗有所改变。同时期，捻军也发源于贫困而土匪横行的安徽北部。李鸿章在合肥附近招募淮军赴江浙作战。太平天国之后淮军成了清朝的一支重要力量。
民国.民国元年（1912年）1月1日中华民国成立，安徽首任都督兼民政长是同盟会员柏文蔚。民国二年（1913年）7月二次革命，安徽宣佈独立，反对袁世凯。失败后柏文蔚流亡日本，袁