麦金莱其实是想他进入委员会，负责在菲律宾组织民事政府。总统需要他辞职接受任命，承诺只要这项工作完成，下一次最高法院出缺就提名塔夫脱。塔夫脱要求执管委员会，对任务成功与否负责，总统同意后，塔夫脱于1900年4月赶赴菲律宾。美国介入意味着菲律宾革命融入美菲战争，菲律宾人为独立而战，但1900年军事总督小亚瑟·麦克阿瑟为首的美军已占上风。麦克阿瑟觉得委员会纯属累赘，这时就叫毫无准备的菲律宾人民自治根本不切实际。但麦金莱授权委员会控制驻菲美军预算，所以将军只能配合塔夫脱。1900年9月1日，委员会接手菲律宾行政