后仍因感到人身安全受威胁而避居大连。1931年（民国20年）九一八事变爆发后，孙传芳隐居于天津英租界之内礼佛诵经度日。1935年（民国24年）11月13日，孙传芳在天津佛教居士林诵经时，被刺客施剑翘埋伏从背后枪击，当场去世，得年51（满50歳）。葬于北京西山卧佛寺东南，即孙传芳墓，现位于北京植物园内。
家庭.孙生有子女七人，其中子四人，分别为孙家裕、孙家震、孙家均、孙家勤；女三人。四子孙家勤为画家，乃张大千之弟子，曾任台湾师范大学美术系教授。