年，桓温率水军移守合肥，朝廷改以桓温为扬州牧、录尚书事，并两度征桓温入朝。桓温在第二次征召时才入朝，行至赭圻时停止并留驻当地。当时前燕又再进攻洛阳，守将陈祐留兵出奔。司马昱知道后，于是于兴宁三年（365年）与桓温商议征讨之事，并让桓温移镇姑孰。但同年因晋哀帝死，征伐之事就暂停。同年，前燕攻陷洛阳。
北伐前燕.太和四年（369年），桓温为了树立更高的威望，发动第三次北伐，并请与徐、兖二州刺史郗愔、江州刺史桓沖及豫州刺史袁真等一同讨伐前燕。而桓温其实一直都希望控制郗愔在京口（今江苏镇江