建立武周，打压唐朝旧臣。长寿二年（693年），酷吏诬陷窦德妃与母亲庞氏行巫蛊之术。窦德妃被杀害。而窦孝谌被贬为罗州司马，不久去世。他的外孙、窦德妃的儿子李隆基后来即位为唐玄宗。景云元年（710年），追赠太尉、邠国公。长子和次子的墓志则显示，窦孝谌还获得了太保、荆州大都督、上柱国、豳国公的追赠。
家庭.
妻.庞氏，右金吾大将军庞同善之女。被酷吏所诬陷，说他和女儿窦德妃咒诅不道，给事中薛季昶审问，罪当死。窦希瑊讼冤，徐有功明其冤枉，庞氏得免死