大学合并后改为东北大学医学院，但该计划因九一八事变爆发而搁浅。1932年满洲国成立后恢复奉天省，学校也恢复旧名“奉天医科专门学校”。1938年决定更名为盛京医科大学。抗日战争结束、东北光复后，国民政府接管了学校，将其改名为私立辽宁医学院。1948年中国人民解放军进军沈阳后，又改名为辽宁医科大学。1949年6月，最终并入中国医科大学。奉天医科大学旧址现位于沈阳市大东区小河沿路44号辽宁省肿瘤医院内。2004年被列为沈阳市第一批不可移动文物名录，2008年列为第三批沈阳市文物保护单位。