9年带领学术团队与大陆进行交流至生前未曾中断。1994年，李玉阶过世。李子弋以枢机使者之位，任天帝教第二任首席使者，1997年2月1日，接掌天帝教。李子弋以学术研究之便，前往中华人民共和国各地参访，参与孙子兵法研讨会等学术活动，并传播天帝教，结识乔石等中国共产党内重要官员。他也因此成为国民党内重要的两岸关系智囊学者，在李登辉执政时期成为李登辉政府与中国共产党进行私下交换意见的管道之一。2007年，卸任天帝教首席使者一职，全力投入宗教与和平协进会，目标落实两岸和平。2016年2月18日，于台北