与掌握大权的民主党自由派代表人物总理张勉不合，于1961年2月另行筹组新民党。民主党的执政混乱，亦成为后来1961年朴正熙5·16军事政变成功的原因。政变后，他作为在野党的领导人，他曾于1963年及1967年两度挑战朴正熙的总统地位，后来被金大中及金泳三取代其领导地位。他在当时被视为是抵抗军事政权及推动韩国民主运动的代表人物。卸任后尹潽善生活很低调，他的健康状况也随着他年岁增长而变差，他于1975年患上糖尿病，后来又发生肾功能衰竭，1988年5月，尹潽善留医一段长时间，最后在1990年7月18日去世