州军队付款。莫里斯指责林肯危害议会权威，而林肯则反驳莫里斯漠视军队叛变危机。后来林肯开始筹备战后减员，并决定在战争结束后辞职返乡。当宾夕法尼亚州民兵恐怕议会拖欠薪金、而在6月包围费城议会厅时，林肯正在维珍尼亚州执行公务。邦联议会恐怕再遭民兵威胁，而转到普林斯顿开会。10月29日，林肯向邦联议会辞职，并获得接纳。他在同年获选为的麻省分会主席。
战后.林肯回到家乡兴咸镇后忙于整顿衰败的家业，专注于商业及土地投资。他在战后公开反对蓄奴，并且以身作则。他的最后一名奴隶在1789年因年迈而去