NA）作为模板。反链核糖核酸病毒及双链核糖核酸病毒都是以双股RNA形式生存。但是，有些正链核糖核酸病毒，如小儿麻痺病毒，亦包含这些RNA依赖性RNA聚合酶。
转录辅助因子.有部份蛋白质可以与RNA聚合酶结合，并修饰其活动。例如大肠桿菌的greA及greB可以促进RNA聚合酶噼开接近链末端RNA模板的能力。这可以夺回陷入了的聚合酶分子，并且可以校对RNA聚合酶偶然的错误。另一种辅助因子Mfd涉及在转录合併修复中，而其他辅助因子则都是负责调节作用，即帮助RNA聚合酶选择是否表现某些基因