但不幸的是，1520年末，鼠疫蔓延至阿维尼翁，米歇尔还未待得接受文凭，学校已被迫关门。1521年至1529年间很难确定米歇尔的去向，但他在自传中表示决定从事消灭瘟疫工作，穿州过省，学习医学。根据史学家推测，米歇尔可能留在阿维尼翁读医科，亦有可能前往蒙彼利埃的医学院就读，甚至可能自学成医。最后史学家认为米歇尔在历史悠久、採用三年制教学的蒙彼利埃大学医学院就读居多，但那时代的註册档案多散失。不过据该校保存的1959年註册档案，提及到米歇尔「选择安东尼·罗米埃为导师」，只有攻读高级学科的学生才能选择导师，所以