土人意指台湾人），以培养台湾本地医师为目的。1898年3月总督儿玉源太郎起用了曾任卫生局长的后藤新平任民政长官之后，1899年2月20日升格为台湾总督府医学校，五年制专收台湾人全部住校。1899年4月1日，台湾总督府医学校举行「开校式」（开学典礼），首任校长为山口秀高。《台湾总督府医学校规则》第一条即开宗明义说明主旨：台湾总督府医学校为台湾总督直接管理，学制规定修业年限4年、预科1年，需经5年才能毕业，并招考了70名学生。
发展.明治42年（1909年）4月，台湾总督府医学校