曼在撰写专业着作的同时，与不少微生物方面的企业建立了良好的合作关系。这些企业日后对生产和推广瓦克斯曼的研究成果起了很大作用。1939年，瓦克斯曼担任了美国战时细菌委员会主席。他利用自己早年对土壤微生物的研究结果，研制出保护士兵与军事设备的杀菌剂，他还帮助海军解决了损害船体的细菌问题。这一年，瓦克斯曼的一位研究生发现了两种从土壤中分离出来的抗菌素：短杆菌酪肽和短杆菌肽，后者对革兰氏阳性菌十分有效。但由于短杆菌肽对人体毒性过大，只能用于动物的各种细菌感染上。这一发现激励了瓦克斯曼继续探索土壤中抗菌微生物的医疗作