所与大学间冲突变得白热化，新亚研究所先被大学终止补助，继而脱离了中文大学，在后继无人的情况下，使研究所一蹶不振。1973年新亚中学创办后，他出任其校董会成员。1975年，任台湾大学哲学系客座教授；同年确诊肺癌，虽经反覆治疗仍无效，1978年2月2日凌晨于香港病逝。葬于台北观音山朝阳墓园。国际哲学界公认他为「当代新儒家」的一位代表人物。2003年四川省宜宾市成立了「宜宾学院唐君毅研究所」，又建立了「唐学网」及出版《唐学》集刊，内容栏目包括「生命垂范、唐学通论、体系与方式、哲学与文化、宗教与道德、教育与人文