2004年马来西亚联赛再度作出改革，马来西亚足球总会将联赛私营化，通过成立“马来西亚超级足球联赛公司”管理最高级别的超级联赛，马足总依然继续管理第二级联赛，名为“首要联赛”。2007年，马足总推介第三级联赛，名为“马足总联赛”。而在2015年的亚洲足协杯，柔佛DT成功的拿下冠军，成为目前为止唯一一个在洲际杯赛获得冠军的东南亚联赛。2018年马超联赛正式启用"5外援"，每个球队能注册3个不限国籍，1个亚洲外援俗称"亚外"，1个东南亚外援。而东南亚外援需要在该国国家队达到上场的次数才能为该球员注册为东