8月，辞东北大学校长职。张学良东北易帜后的1929年（民国18年）1月，刘尚清任东北政务委员会委员。1930年（民国19年）12月，升任国民政府内政部部长。1931年5月，出席国民会议；6月兼任国民政府委员；8月兼任救济水灾委员会委员；9月兼任全国经济委员会委员；12月连任国民政府委员，免内政部部长职。1932年（民国21年），任北平政务委员会委员。1933年5月，任军事委员会北平分会委员。1937年（民国26年）4月，任安徽省政府委员、主席，5月兼任安徽省保安司令，9月派安徽省普通考试试务处处长，