兴建了曼巴独宫（曼巴扎仓所在殿堂）。清朝同治年间，扎那格尔迪重建大常署、二常署、诺彦商、佛爷商、五道庙、四大天王庙。经堂、佛殿为琉璃兽嵴顶，庙宇增至30余处，僧房600多间，常住喇嘛将近2000人，准格尔召达到鼎盛时期。1920年，东协理那森达赖及其子奇子俊捐款3万两白银重修准格尔召。至此，准格尔召已形成大规模寺庙建筑群。准格尔召以苏克沁独宫为中心，共有34座殿堂，4个扎仓，8个庙仓，2处葛根宫，1座札萨克行宫，300多间喇嘛房舍。中央最大的一座建筑为苏克沁独宫，位于整个召庙建筑群的核心，用来藏经及