马晓军率部回到广西梧州，该团营长向陆荣廷进谗言，陷害马晓军。马晓军获朋友在陆荣廷处疏通而免祸。但马晓军部因此被陆荣廷调驻百色，陆荣廷意图令马晓军不能接近广东与粤军勾结。
投奔国民党.1921年5月，孙中山在广州就任非常大总统。北洋政府方面的广西都督陆荣廷分三路进攻广东。广东派密使赴广西作内应，随后反攻广西。粤军进攻广西时，陆荣廷部的刘震寰、沈鸿英在梧州怀集倒戈，马晓军也在百色响应。陆荣廷被迫下野。广西被孙中山占领，马晓军被任命为广西田南道十三属警备司令，手下军队扩编为大营，内分两位