修完学业取得硕士学位后，朱健于1996年10月2日担任澳门第一审法院法官，这也是澳门史上第一位法官为中国籍人士；1999年12月20日澳门特别行政区成立，朱健被确定委任为澳门终审法院法官。在任法官期间，处理过2000年澳门大赛车冲出赛道意外赔偿上诉案、尹国驹上诉案及欧文龙贪污案等。
法官以外的工作.朱健在任法官期间，也担任过其他职务：1998年受邀在澳门大学法学院任中文法学士及中文澳门法律导论课程的导师，也做过第一至第四届进入法院及检察院司法官团的培训课程实习教员，亦曾为澳门法律改