1998年及2000年，出云市站和电铁出云市站先后完成高架化成为高架车站。
车站构造.
西日本旅客铁道.出云市车站的月台为位于高架二楼的2面4线的岛式月台，唯一的验票口位于高架下方的一楼。车站北口以出云大社作为外观形象设计，站内设有绿色窗口、，站舍内有餐厅、土产店、观光案内所、服饰店、百元商店及便利商店。
月台配置.过去在改建为高架车站前还曾有专供大社线使用的0号月台。目前1号月台位于最北侧，4号月台位于最南侧；位于内侧的2号、