989年和卢少慈同居，两人之间也生了一个女儿。吴孟达于1993年赴新加坡拍摄《花田囍事》时认识了现任马来西亚籍妻子侯珊燕。两人认识时间不长，但感情迅速升温。两人于1996年奉子成婚，生下了女儿吴楚妮。2002年独子吴韦仑出生，目前儿女都定居于马来西亚新山。