为国大代表，同时担任抗日军事参议会参议员。1938年，国民政府任命其为内政部礼仪司司长，1939年湖南省参议会任命其为秘书长，均固辞不受。1940年到1942年，黄士衡担任私立船山中学校长。1946年，黄士衡当选为湖南省参议员、国大代表。程潜、陈明仁在“湖南和平起义”之后，黄士衡在起义通电上签字，向中共投诚。中华人民共和国建国后，在当局担任第一届省政府委员，第二届全国人大代表、省政协一、二、三、四届委员、常委，湖南省第一、二、三、五届人大代表。中华人民共和国建立之后，黄士衡在湖南大学教书