山科本愿寺（やましなほんがんじ）是曾经位在京都府京都市山科区的净土真宗寺院。文明15年（1483年），由本愿寺第8世法主莲如完成・建立。实如和证如的时代，在周围筑堀和土垒，形成寺内町。天文元年（1532年），被六角氏和法华宗徒烧讨（山科本愿寺之战）。证如移转到石山本愿寺。现在，迹地建有净土真宗本愿寺派和真宗大谷派的山科别院，南殿迹是大谷派的光照寺，土垒迹是山科中央公园。2002年，南殿迹和土垒迹指定为国之史迹。