清廷，声言“倘折卜尊丹巴（哲卜尊丹巴）往投皇上，或拒而不纳，或擒之畀我。”被康熙皇帝拒绝。九月，哲布尊丹巴唿图克图与喀尔喀三部众首领盟会，正式归附清朝。康熙皇帝准其内附，并派人为之安插牧地、发粮赈济。康熙二十八年（1689年），噶尔丹之侄策妄阿拉布坦趁噶尔丹远征，率部反叛。噶尔丹回师追击不克，被阻于阿尔泰山以东的科布多。策妄阿拉布坦佔据准噶尔本土后，切断了噶尔丹军队的兵源及粮饷。于是噶尔丹再次出征漠北，与俄国殖民者争夺残存的喀尔喀部落，并拒绝了清廷提出的与喀尔喀和解的建议。清廷也放弃了调停的努力