地航空公司。有中国国际航空、中国南方航空等26家航空公司在禄口机场运营定期航班。南京禄口国际机场已开通了42个国内主要城市、19个国际和2个地区城市的近120条航线。2008年，南京成为两岸直航航点。2014年7月12日，南京禄口国际机场第二跑道和第二航站楼投入使用，其设计目标为2020年旅客吞吐量3000万人次、货邮吞吐量80万吨，第一航站楼关闭并进行改造。
港口水运.南京港是中国重要的内河航运港，航线通达80多个国家和地区近200个港口。2016年南京市有港口码头泊位285个，