子宫颈癌，与癌魔搏斗了差不多10年后终告不敌，于2000年4月16日凌晨在香港的圣保禄医院逝世。她的妹妹梅艳芳亦于2003年9月公开自己与姐一样罹患子宫颈癌，并于同年12月30日因癌细胞扩散至肺部导致心肺缺氧及其他併发症，宣告不治。梅爱芳的灵位设于香港九龙塘省善真堂。