定平定，后因朝廷商议不和，命召还。御史戴金于是请求追究最初原因，王軏被罢官。由兵部尚书李承勋举荐，恢复旧职，总督仓场，再迁南京户部尚书。御史龚湜弹劾其老悖，吏部则称王軏居官俭素。明世宗遂指责龚湜妄言。久之，升任南京兵部尚书，参赞机务。诏举将材，荐郑卿、沈希仪等二十一人，皆擢用。四年后，因老乞罢，疏中言享年若干，帝以为非告君体，勒令为民。久之去世。