穆塞韦尼唿吁乌干达的穆斯林社区，促进国家重建，他警告说乌干达人等不要对穆斯林歧视。但在同一时间，穆塞韦尼告诫乌干达避免“宗派”的忠诚，而这个警告是针对伊斯兰社区和其他族裔和宗教群体。乌干达伊斯兰大学是乌干达首屈一指的伊斯兰教学机构，位于埃尔贡山脚的姆巴莱。