（1938年），赴重庆任三民主义青年团中央干事兼对外团务计划委员会主任委员，中央党政训练班指导员。民国二十八年（1939年），负责召集全国禁烟会议。民国二十九年（1940年），任农林部政务次长。翌年，代理农林部长。民国三十一年（1942年），他被委任为监察院监察委员，但他并未就任。民国三十二年（1943年），任第二届广东省临时参议会议长，任内发动民众支援抗战。民国三十四年（1945年），他连任中国国民党中央执行委员。民国三十五年（1946年），林翼中任广东省参议会议长、制宪国民大会代表，发起筹设珠海大学