流喷气式战斗机中第一款双垂尾布局、全动平尾），所以低空飞行时飞行员通过液压系统时难以操控舵面往往过量（没有飞控计算机的自动控制），以及其所使用的R-15涡轮喷射发动机油耗过大以致于超音速作战时作战半径太短等问题。另外虽然MiG-25的最大速度可达到3.2马赫，但在此速度之下其发动机有严重损坏的危险，因此MiG-25的最大飞行速度被限制于2.83马赫，且飞行员一般飞行时却只被准许加速到2.5马赫以保护引擎。MiG-25的雷达发射功率十分的大，致有较佳的杂讯防制能力，以弥补苏联在泸波器与讯号处理等电子系统上