542年至逝世前一直是市级牧师团的主席。从1541年到1555年进行一系列的神学争论。1559年圣诞节，市议会通过接纳加尔文为正式公民身分。当时的日内瓦的宗教改革并非在加尔文加入才开始，在加尔文之前是由等人发起的，并在1536年市民大会投票决定建立基督教城市。加尔文本人并非日内瓦的独裁者，他为当时日内瓦议会与教会制定规章制度，坚定而柔和地要确切执行，他个人也要守法与依法办事，这一切要成为后人有法可依的传统。加尔文本人不是主动把一套法规强套在日内瓦，他是应邀以其法律与神学知识，协助当地市议会制定教会法（不