几经中断。1622年，大学内举世闻名的遭洗劫，珍贵书籍文献被掠夺至罗马献给教宗。三十年战争后，大学重建工作又因1693年路易十四指挥法国军队摧毁海德堡而陷于停滞。
十八世纪.18世纪时，海德堡大学的光芒一度黯淡，发生在校内的反宗教改革，使得海德堡大学丧失了先前具有的崇尚学术自由、大胆质疑、对旧体系批判和抗争的新教精神。大学教职被耶稣会所把持，昔日举世闻名的欧洲学术和文化中心一去不返，取而代之的是呆板、繁琐、枯燥、抹杀一切新思想和独立精神、不得阅读教会罗列的禁书、片面追求华而不实的布