萧光琰的，把他描绘成小丑，又嘲笑他的言行。对此，萧光琰极为愤怒，又变得沉默苦恼；他经历长期的政治批判后逐渐失去自我，不敢再像往日般直抒己见。后来，人们停止对科研人员的批判，而研究所领导也在1961年向萧光琰亲自道歉，他又不计前嫌地重新积极工作。在文化大革命期间的清理阶级队伍运动中，萧光琰被批判为“反革命特务”，遭受批斗和大字报攻击，家里被强制迁入了几户人家。1968年10月5日，萧光琰被工宣队（文革时期派驻各单位的组织）抄家，并被抓进牛棚（文革时期拘禁知识分子的地方）里面监禁，他深感绝望；为了博取“成功