害后，家督由忠清之兄水野胜成继任，忠清则成为江户幕府将军德川秀忠的家臣。同年爆发的关原之战中，忠清亦有份参战。庆长7年（1602年），忠清获赐上野1万石，成为大名，同年获朝廷任命为从五位下隼人正。庆长10年（1605年），忠清获任命为书院番头，并且兼任奏者番。庆长19年（1614年），大坂冬之阵爆发时，忠清留守于冈山砦的秀忠本阵，而在元和元年（1615年）爆发的大坂夏之阵则击败大野治房，主下大功，但是由于与青山忠俊和等人争功，而被判罚。元和2年（1616年），在德川家康死去之前不久，忠清获解除闭门处分，