1915年5月，转任第二舰队司令。1917年6月任海军总司令，授海军上将。1918年2月，饶怀文将海军总司令公署自南京下关迁至上海高昌庙。饶怀文还以长江防务紧张为理由，命长江上游舰队归第二舰队司令杜锡珪指挥，安庆以下则派参谋长何品璋驻舰指挥。饶怀文还派陈绍宽考察法国海军，派技正郑滋樨办理炼钢事宜。1918年3月，饶怀文在任上病逝，享年53岁。