阿基诺三世和官员们涉嫌干犯叛国罪，及应该为44名人员的殉职承担全部责任。除了指控菲律宾政府反恐怖主义不力，亦指控阿基诺三世和其同僚推动与叛军和谈，同莫洛伊斯兰解放阵线达成一份新和平协定，将部份菲律宾国土拱手相让。此外，控诉书亦指责菲律宾政府拨给予莫洛伊斯兰解放阵线500万披索（约11万3千5百美元），为送予恐怖分子的军事援助。翌日，菲律宾政府新闻部长表示，有关指控没有任何实质基础。一些参议员亦形容该叛国罪指控毫无根据，阿基诺三世是在推动同莫洛伊斯兰解放阵线的和解进程。而菲律宾政府发言人则表示，支付500