领的马刺队再次以西区第一种子的身分，进入季后赛，尽管本赛季因劳资纠纷仅打66场，但马刺依旧夺得了50场胜利，从而连续13年胜场50+，创造NBA新纪录。首轮对上犹他爵士，结果4:0横扫对手，第二轮碰到洛杉矶快艇，又一次4:0横扫对手，西区冠军赛碰上俄克拉何马城雷霆，马刺原本2:0领先，不料最后被雷霆4连胜，没办法进入总冠军赛。
2012-2013赛季.本赛季邓肯再度率领马刺获得58胜24负成绩，不仅以西区第二种子身份进入季后赛，更把连续50胜赛季的记录刷新至14年。邓肯也以中锋身份