市并将其作为共和国的首都。38年第一届总统任期结束，41年时休斯顿又再度竞选并供职到1844年。由于他支持并在得克萨斯实行奴隶制，美国国会反奴隶的议员们，拒绝接受德克萨斯加入美国。1845年，得克萨斯最后并入美国，1859年他成为州长。1861年，南北战争打响，得克萨斯州很多人支持南方，但休斯顿始终反对得克萨斯加入南方叛军。他由于拒绝宣誓支持美国南方邦联而被撤职，后退出政坛，1863年逝世。
纪念.美国陆军位于德州圣安东尼奥的一处军事基地－山姆·休士顿堡（）即以山姆·休士顿为名