副总理（副首相），国家战略担当大臣，内阁府特命担当大臣（经济财政政策、科学技术政策）。2010年1月7日，菅直人兼任副总理，财务大臣，内阁府特命担当大臣（经济财政政策）三职。
出任首相.2010年6月2日，鸠山由纪夫因沖绳美军普天间基地搬迁事件而请辞民主党代表；菅直人于同日宣佈角逐该党党首。6月4日上午，菅直人以291票对129票击败樽床伸二成功当选为日本民主党第13任代表，是他第三次出任党首；同日下午，菅直人在日本参、众两院首相指名选举中分别以123票及313票击败谷垣祯一，当选