贝尔生理学或医学奖。理事长、校长在祝贺声明中，视之为「北里的继承人」：前理化学研究所所长、诺贝尔化学奖得主野依良治评论：「（大村智的获奖）达成了北里柴三郎教授的悲愿」。明治三十九年（1906年）4月，日本联合医学会会长。9月被任命为帝国学士院会员。明治四十一年（1908年）6月，迎来恩师科赫夫妇。大正二年（1913年），成立日本结核预防协会，担任副会长。大正三年（1914年），传染病研究所从内务省移交给文部省，并入东京帝国大学时，反对移管而辞去所长。此时，以志贺洁为首的研究所全体职员一起提出了辞呈