区最大的海运国家，但由于经济互助委员会解散，海运量大幅下降。哈瓦那港和圣地亚哥港为主要港口。共有20个机场，其中11个为国际机场。2012年，古巴航空公司有13架现役客机，除了三架空中客车A320-200型客机，均为俄罗斯和乌克兰所制。它以哈瓦那何塞·马蒂国际机场为总部，与加拿大、墨西哥、西班牙、俄罗斯、委内瑞拉等15个国家通航，共有35个目的地。也有很多外国航空公司经营直航古巴航线，美国与古巴之间没有正常的商业航线，运营形式为包机，美国政府在外交官遭到声波攻击的事件之后恢复禁止美国公民独自前往古巴。以