洛共和国，阿奎纳多重新当上菲律宾总统。各地的革命军改名爲菲律宾共和军。1899年初，西班牙总督与美军密约，将马尼拉「让渡」给美国，美军遂入驻马尼拉，阻挠菲律宾共和军收复马尼拉。2月4日，美军突然进攻马尼拉市郊的菲军，翌日菲律宾第一共和国向美国宣战，美菲战争爆发。共和国政府在主战和主和的争论中，阿奎纳多又倒向投降派。5月7日，他支持主降派的巴特诺和布恩卡米诺分别篡夺了内阁主席和外交部长职务，主战派领袖遭到排挤或杀害。11月，美军加强攻势，共和军转入地下打游击，阿奎纳多逃往巴兰南镇。12月10日，美西战争结