上海的陈良宇、韩正等，打压揭发周正毅的群众，阻挠对周案的深入调查。另外，有关黄菊妻子余慧文参与了挪用上海30亿元社会保险基金的传闻也令黄菊的声誉受到打击。
“黄菊模式”.有消息称，2006年黄菊因为牵扯到原上海市委书记陈良宇案而被调查，不过由于当时他被诊断出患有胰腺癌，因此政府就对其减少了曝光度。最终黄菊未等到陈良宇宣判便已不治病逝。逝世之后，中国共产党官方讣告仍给予其高度的评价，称其为“中国共产党的优秀党员、久经考验的忠诚的共产主义战士、党和国家的卓越领导人”，并充分肯定