左丞相，尚书右仆射改为右丞相、丞相兼枢密使成为常例。殿阁大学士，除了北宋原有的观文殿、资政殿、端明殿、龙图阁，新设敷文阁、焕章阁、华文阁、宝谟阁、宝章阁、显文阁。南宋初年，谏院不隶属于中书省门下省两省。礼部尚书不常设，户部侍郎、礼部侍郎各二人。南宋将九寺（太常寺、光禄寺、鸿胪寺、卫尉寺、太仆寺、宗正寺、大理寺、司农寺、太府寺）改为五寺，光禄寺、鸿胪寺并入礼部，卫尉寺并入工部，太仆寺并入兵部，宗正寺卿不常设。五监（国子监、少府监、将作监、军器监、都水监）中都水监并入工部。宋高宗时设立御前五军，称之为神武军