谢长廷共同搭档参选总统副总统，以「和平尊严、台湾总统」作为选举号召。1996年中华民国总统选举，由于中共发射飞弹的影响，国民党提名的李登辉支持度上升，最终成功连任，民进党提名的彭明敏与谢长廷只得到21.4%的选票，为民进党历次得票最低的一次，党主席施明德也因此辞职。
组成建国会.1996年4月，彭明敏退出民进党，组成建国会并自任会长，喊出「台湾要建国，不能寄望民进党」。1998年9月18日，建立新国家阵线改组为新国家连线，彭明敏出任新国家连线荣誉会长。1998年中华民国