先升读西螺国中。2008年，就读国三的程琪雅在97年第一次全国排名赛拿下乙组女单冠军而晋升甲组，跟着再进入台北市立大同高级中学 ，曾代表中华台北出战马来西亚亚罗士打举行的2009年世界青年羽毛球锦标赛，并夺得团体第四名。2013年9月，程琪雅出战比利时国际赛，并打进女单决赛；她最终以（20-22、11-21）不敌印尼选手，屈居亚军。同月，她又在波兰国际赛打进女单决赛，最终更击败队友许雅晴，拿下个人生涯首个国际赛冠军。2015年8月，程琪雅参加印尼雅加达举行的世界羽毛球锦标赛，与王齐麟合作出战混合双打