5时至午夜，下城由午夜至早上5时。1999年10月3日起，2号线在深夜期间在曼哈顿以慢车营运。2001年9月11日以后，2号线列车在曼哈顿完全以慢车营运，以免阻碍3号线列车停靠14街车站为总站。日间的快车服务在2002年9月15日恢复。为了维修飓风桑迪为克拉克街隧道带来的损毁，2017年6月17日至2018年6月24日间的週末，2号线来往布朗克斯的伊斯彻斯特-代里大道车站至曼哈顿下城的南码头车站，而布鲁克林和东180街车站以北的布朗克斯交由5号线负责。列车只会在日间的96街车站与时报广场-42街车站