嗜酒和滥用药品都是导致免疫功能低下的因素。而在发展中国家，营养不良则是引起免疫功能低下的主因。饮食缺乏足够的蛋白质与免疫力低下密切相关，包括损害细胞介导免疫、补体活力、吞噬细胞功能、IgA抗体浓度以及细胞因子的产生。缺乏单个营养元素，如铁、铜、锌、硒、维生素A、C、E和B，以及叶酸 （维生素B），也能够降低免疫反应活力。此外，在发育早期，由于基因突变或者外科手术导致胸腺缺失，会引起严重的免疫力低下并且很容易感染疾病。免疫功能低下在很多情况下具有可遗传性或“获得性”。例如，慢性肉芽肿病的患者体内的吞噬细胞