研究所在重庆市沙坪坝的重庆南开中学图书馆内恢复成立，在昆明设办事处。1940年，日军攻入越南，西南联大准备前往四川，在叙永暂设分校安置新生及先修生。次年夏，局势稳定后，叙永分校结束。1941年至1945年间，西南联大有数百名学生应征作战翻译、参与中国远征军入缅作战、参加印度远征军等。西南联大期间，三校师生以“刚毅坚卓”的校训为指导，在条件极其艰苦的情况下开展教学、科研工作。1944年1月1日，国民政府为褒奖南开大学创始人张伯苓终身从事教育，颁发一等景星勋章，以示嘉奖。1945年11月25日，西南