琪雅出战加拿大羽毛球大奖赛，在女双准决赛以1比2（23-21、7-21、15-21）不敌韩国的朴绍英/Park Sun Young。同年7月，她与程琪雅出战美国羽毛球黄金大奖赛，在女双准决赛以0比2（11-21、17-21）不敌赛会3号种子、泰国的普蒂塔·素帕猜恭/沙西丽·德拉达那猜。2016年1月，李佳馨参加该年度第一次全国排名赛后进行右腿髋关节手术，经过七个月的休养后并在第二次全国排名赛复出。2017年8月，李佳馨参加中华民国台北市举办的世界大学运动会羽毛球比赛，与王齐麟在混双决赛以2比1（12