首府特诺奇提特兰，在此之后西班牙人大致控制了墨西哥中部高原一带。 
殖民时代.在西班牙人征服了特诺奇提特兰的几年后，奥托米人逐渐地基督教化。首先对奥托米人传教的是方济各会，主要传教的时间从1530年到1541年，到了1548年，奥斯定会批准了 和 两地修道院的创立，其中位于 Ixmiquilpan 的修道院拥有杰出的壁画，绘制于十六世纪下半叶，它呈现了原住民的主题也结合了基督教神话的元素。随着奥托米人的基督教化，他们开始适应欧洲的政治组织形式，然而奥托米人仍然保有自己的民族认同。