政专机成军典礼，低调处理的中华民国空军也未邀请陈水扁参加。而在2000年4月21日，李登辉便曾经搭乘总统专机从花莲县返回台北市。而在同年5月20日，陈水扁在参与2000年中华民国总统就职典礼后，上任隔天便搭总统专机飞往金门县，并有中华民国国防部部长伍世文、国防部参谋本部总长汤曜明、中华民国陆军总司令陈镇湘、中华民国空军总司令陈肇敏、国防部总政治作战局代理主任陈兴国等将领陪同，共同视察陆军金门防卫指挥部作战中心的防务备战状况，傍晚则飞到高雄市。而在7月14日，陈水扁特地招待新闻媒体记者随行搭坐总统专机