级中学，并考入哈佛大学，师从人类学家克莱德·克拉克洪（Clyde Kluckhohn）教授学习人类学。并受到社会学家诺曼·包拔（Norman Birnbaums）、政治学家的影响，使用社会学研究历史。1954年，孔飞力在英国伦敦大学东方与非洲学院学习日语与日本史。1955年到1958年，孔飞力毕业后到美国服兵役，在此期间，他在加利福尼亚州的美军语言学校学习中文与汉字。1958年，孔飞力在乔治城大学攻读研究所，获硕士学位。1959年，孔飞力入哈佛大学，师从费正清和史华慈学习中国历史，并且在1964年获