上海教会有不少信徒无法理解倪柝声帮助二弟倪怀祖经营中国生化制药厂的行为，觉得不够属灵，并且质疑倪柝声在期间做了昧良心的事，以致生化药厂变成了“生话药厂”，教会的属灵气氛也受到很大影响，甚至李渊如也退出事奉，到苏州隐居。在这样的情形下，上海教会的长老们（张愚之、俞成华、唐守临等人）将倪柝声革除出上海教会，在此后的6年时间里，倪柝声尊重上海教会的决定，停止了一切事奉，且不知何故一直没有参加任何地方教会的擘饼。即使在重庆期间，张郁岚长老邀请他出来讲道，倪柝声也只能拒绝。
恢复职事和南阳路会所