国神召会调查他的神学，发现他的教导与神召会教义完全相容，但这并没有完全结束争论。赵声明一些对手的责备是不实的。在他用朝鲜语出版的一本书里，强烈否认他曾宽容祭祖。报界人士后来公开道歉。鉴于这些谴责已经造成损害，导致他的宗派来调查他的教导。赵的书强烈反对佛教和萨满教，但有人说即使如此，他还是受到他所反对的这些思想的微妙影响。多数时候，赵不理睬这些批评，很少公开答复，他说，为他们祷告，坚持自己的生活和事奉。他对祭祖责备的答复是一个例外。
其他争议.2002年，赵镛基涉嫌利用职权