嘉靖倭乱时，江南官僚弹劾浙闽总督朱纨，致使朱纨被革职，负气自杀；后上海人徐阶又以通倭寇为名，扳倒严嵩父子，以徐阶为首的这批江南官僚或被认为是东林党的雏形。嘉靖末年的党争，亦由此而起。
学问.万历三十二年（1604年）以顾宪成与高攀龙为首的学者重修宋儒杨中立主讲的东林书院，并在此讲学，学问调和了阳明学与朱子学，主要是阳明学的守旧派，甚至是偏朱子学，每年一大会，每月一小会，会期各3天。东林书院则成为江南谈论国事的舆论中心，在此谈论国事的人则称自己为东林党人。《明史纪事本末》云：