系统中，在两铁合併前属于九广铁路的东铁线（包括未来通车的沙中线过海段）、西铁线、马鞍山线（包括未来通车的屯马线）及轻铁均使用1,435毫米的标准轨，而在合併前属于香港地铁的观塘线（调景岭站至油麻地站区间）、荃湾线、港岛线（上环站至柴湾站区间）、东涌线、机场快线及将军澳线则用稍窄的1,432毫米（假窄轨），合併后新建的南港岛线则使用1,435毫米的标准轨。而新建的地铁延长线（观塘线延线和港岛线西延），也使用1435毫米的标准轨修建。这两种轨距差距仅3毫米，因此可以相通使用。香港电车则使用1,067毫米窄轨