方与台湾总督桦山资纪在日舰横滨号在海上完成台湾交接。6月3日，基隆同知方祖荫请唐景崧驻八堵，唐不从并使黄瑞德率护卫营协防。6月6日，台湾民主国总统唐景崧逃至沪尾（淡水）的德商得忌利士洋行（Douglas Lapraik & Co），并乔装成老妇，与陈季同乘德国籍运煤轮船鸭打号（Arthur）弃职逃亡至厦门；其母亲也在后来的慌乱中据闻遭抢并下落不明。
第一阶段尾声.5月29日至6月18日止，此战争的两方正规军交战告一段落。此阶段，清兵及台湾民主国辖下兵勇等，共约3,000名余名正