列车都进行了更新工程，包括：
退役.1996年东叶高速线开业，导致JR列车直通东西线运用遭到削减，所以JR东日本展开了301系及103系1200番台的退役计划。JR东日本率先逐步把休车中的301系车厢退役，然后又借营团公佈东西线ATC更新计划（WS-ATC及ATC-3更新为新CS-ATC及ATC-10）时宣布引入新型车辆取代301系及103系1200番台。最终2002年E231系800番台登场，2003年6月10日301系最后一次行走东西线之后正式退出定期运用；而103系1200番台