护照和日本人比赛。因比赛输掉，中华民国临时护照被没收，成了无国籍人。1947年，濑越宪作在吴清源不知情的情况下代他向日本棋院递交了「辞呈」，第二年濑越本人也辞去了日本棋院理事长的职务。1949年吴清源恢复中华民国国籍。1968年，吴清源参加本因坊战被日本棋院以无籍为理由而拒绝，他才得知实情，最后双方和解。1979年，吴清源因为家人生活工作关系重入日本籍。
宗教信仰.1935年吴清源开始笃信新兴宗教「世界红卍字会」。1944年吴清源皈依玺宇教，同年底声明自棋界引退