院长为鲍鉴清。太平洋战争后北京大学医学院吸收了美属北平协和医学院的部分师资。如林巧稚，诸福堂等均曾在这任过职。有人也把1937-1945年这段时期称为“伪北京大学”医学院。1945年，国民政府教育部决定在国立北京大学、国立浙江大学、国立山东大学和国立武汉大学四所高校设立医学院。原北京大学医学院改组为北平临时大学补习班第六分班，该班连同附属医院（北大医院）再次组成北京大学医学院。院长为马文昭。部份原医学院教授遭解职。而新聘师资中云集了一大批欧美留学博士。这些人代表当时学界最高水平，后来均成为学界泰斗。如