，他进入南京国民政府专卖局任管理职位。1946年2月，洪子瑜获准携带家眷随严家淦前往台湾；此后，他先后任职于数个由中国国民党掌控的事业机构。不久，他获任月眉糖厂副厂长及主任秘书，并与家人居住于厂区内的宿舍。1950年2月26日，内政部警政司保安特警突然逮捕洪子瑜；洪氏随后遭指控牵涉沈镇南匪谍案。洪氏先被关押于台北保安总队队部，后又受台湾保安司令部军法处连续审讯。最后，洪氏获判移送绿岛新生训导处接受「感化教育」；此后，他在监视下持续接受「劳动改造」3年又3月。出狱后，他因留下政治犯前科一时无法找到稳定工作；