中期，有关记录已不再显示该修道院有叙利亚僧侣。前亚历山大教宗欣诺达三世便是来自于该修道院的僧侣。叙利亚修道院所藏的手稿因其价值，曾多次被欧洲人盗窃，尽管修道院曾拒绝给予这些人，盗窃行为也未见收敛。这一过程至少持续到1883年。大量珍贵手稿现藏于梵蒂冈、巴黎国立图书馆以及伦敦的大英博物馆。修道院中的主要教堂为至圣童贞女教堂。该教堂拥有公元八世纪珍贵的圣母领报壁画。由于其历史，许多早期科普特的铭文上会盖有一层叙利亚人的铭文或作画。此外，该教堂的艺术风格也受到了伊斯兰教艺术的影响。