馆也几易其名。1915年，图书馆更名为南京高等师范学堂图书馆，1921年更名为东南大学图书馆。1923年，东南大学图书馆馆舍毁于火灾，馆藏图书未能幸免；后于1924年由齐孟芳（齐燮元之父）捐资修建新馆，命名为“孟芳图书馆”。1928年，孟芳图书馆更名为中央大学图书馆，1949年5月改为现名。1952年南京高等学校院系调整，原金陵大学文理科部分并入南京大学，金陵大学图书馆的文理科藏书也随之并入南大图书馆。1979年，南大图书馆新馆舍开工兴建。新馆舍面积约1.6万平方米，内设10个不同类型的书库、阅览室及参