庆侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东莞伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，均遭诛连。《逆臣录》记载受此案株连被杀的高官有两万五千人。但纪非录所记载太祖的儿子诸藩王犯有很多暴行，太祖则只是轻微劝戒了事。太祖还通过设立锦衣卫（洪武二十年废除）、诏狱、廷杖等机构或制度，打击功臣、特务监视等一系列方式加强皇权控制。
分封藩王.太祖遵古制，王命法：三十受兵、六十归兵。国有三军，所以诫非常，伐无道，尊宗庙，重社稷，安不忘危。太祖令诸藩镇守天下，又各领兵权，这固然是亲亲之情，信任无以复加