出现扣错数.2008年12月1日，公交车资优惠及公共巴士新收费实施首日，因「澳门通」之收费系统的参数设置出现问题，共有10辆巴士出现多扣及错扣等轻微故障，澳门通及巴士公司在收到乘客投诉后即时作出检测并即时作出纠正措施，事件亦通报交通事务局。事后，澳门通经统计受影响交易共有395次。澳门通亦表示对受影响之澳门通卡持卡人可到门市核实后，可获即时退款并将赠送澳门币10圆加值额。
缺乏竞争.澳门立法会议员吴国昌指车资优惠计划有利益输送之嫌，批评经营相关电子收费服务安排未有公开公平竞争