头甲鱼纲的年代由志留纪及泥盆纪延至今天。
分类.头甲鱼纲最初于1920年代被认为是包含骨甲鱼目、盔甲鱼亚纲、盲鳗及七鳃鳗，因为它们都有单一的背部鼻孔。自此以后，有关无颌鱼类之间关系的意见有所改变。大部份学者都认为无颌纲是并系群，演化出有颔下门。由于拥有共同的鳍片，有颌嵴椎动物的起源可能接近头甲鱼纲。很多学者由于骨甲鱼目与缺甲鱼亚纲的关系不明而弃用了头甲鱼纲的名字，而七鳃鳗的亲缘关系也受到质疑。其他学者将头甲鱼纲只限于包括与骨甲鱼目有明确关系的类群，如盔甲鱼亚纲及Pituriaspi