仁宗系交替继承皇位，然而又因元仁宗废除协定而再度混乱。元朝的继承问题直到元惠宗方稳定，但也进入元朝末期。元朝政治制度与金朝一样承袭宋朝制度，採取文武分权的制度，以中书省总理政务，枢密院掌管兵权。然而元朝的中书省已成为中央最高行政机关，元朝不设置门下省，尚书省时设时不设，仅元世祖时期与元武宗时期有设置，所以门下省与尚书省的权力皆交给中书省。中书省统领六部，主持全国政务，形成明清内阁制的先驱。其组织架构继承南宋体制，宰相的称唿共有中书令、司统率百官与总理政务等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中书令缺则总领中书事