08年，陈水扁因涉嫌贪渎被羁押，还有报道将该事与蓬莱岛杂志案对比。蓬莱岛杂志案原告冯沪祥表示“蓬莱岛杂志案和美丽岛事件案，完全是两回事，当初他（蓬莱岛杂志案）明明是一个单纯的刑事诽谤案，他（陈水扁）却把他扭曲成是政治事件，现在他（陈水扁）明明是明显的涉及贪污案，也把它（该贪渎案）扭曲成政治事件。”。
复刊.2009年9月10日，《蓬莱岛杂志》正式复刊。但在此之前网站名称“蓬莱岛杂志.net”已经被中国一个网站抢先註册，被一些媒体称为“山寨版”。