款者大多都希望受惠的学生能为自己祈祷及祝福，故学院对学生的教导也多围绕宗教议题。后来，国王亨利八世于1536年下令打压修道院，学院也被要求解雇其研究天主教教规的教授们并停止教授经院哲学，从此剑桥大学的教学和研究重点从宗教和神学转为希腊与拉丁经典、圣经以及数学。随着与教规教育的疏远，大学的教学重点也逐渐远离天主教思想。慢慢，一些基督新教提倡者在大学里开始散播自己的思想，大约一个世纪过后，剑桥成为新教分裂活动的中心地。
数学与物理学的发展.从十七世纪牛顿任职期间到十九世纪末，剑桥大