顺利当选，1994年日本新党解散，茂木成为无党籍议员。1995年加入自民党。小泉第2次改造内阁就任内阁府特命担当大臣（沖绳及北方对策，个人情报保护，科学技术政策），IT担当大臣。众议院厚生劳动委员长。福田康夫改造内阁就任内阁府特命担当大臣（金融）兼行政改革担当大臣。自民党政务调查会长。第2次安倍内阁就任经济产业大臣，产业竞争力担当大臣。第4次安倍内阁就任经济再生担当大臣，并兼任新创设的全世代型社会保障改革担当大臣。2019年9月11日，就任外务大臣。