3年12月20日），成为，中务卿的官职则随着律令官的废止而归还给了朝廷。1868年3月13日（庆应4年2月20日），帜仁亲王担任一职，但还没有什么公开的活动，议定一职就被废止。1868年2月10日（庆应4年1月17日），担任神祇事务课总督，努力普及国家神道和国学。1871年（明治4年）7月25日，把家督的职位让给炽仁亲王后开始隐居，在这期间他还担任了神道总裁和（国学院大学的前身）总裁等职务。1886年（明治19年）1月24日，患有胃癌的帜仁亲王病危，得知这个消息的明治天皇急忙授予他大勋位菊花大绶章，