始主张，台湾需要有组织的反对党，才能够推动民主化运动。1981年，邱义仁取得硕士学位后，原拟继续进修博士，但因为经济因素，决定中止博士班学业，回到台湾。他加入许荣淑创办的《深耕杂志》，并推动成立党外编辑作家联谊会。1983年，邱义仁发动「批康运动」，对康宁祥的议会运动路线提出批判，主张与国民党划清界线。1984年，邱义仁与吴乃仁等人一同创办《新潮流杂志》，积极吸收成员，主张以组织化行动，成立反对党，以加强民主化的力量。1986年，民主进步党成立，邱义仁为创党党员之一。1990年代，邱义仁曾长期担任民