汤玛斯·杰佛逊的民主共和党正在激烈竞争。盖茨在阿龙·伯尔的游说下，代表共和党参与纽约地方议会选举，并且在选举胜出。但此举却令到他与亚当斯、丹尼尔·摩根、及等人的长年友谊彻底破裂。议会任期结束后，盖茨开始低调生活。1806年盖茨因病去世，在纽约三一教堂近华尔街旁的墓地下葬。