用全磁碟加密来达到。加密功能防止未经授权的人存取随身碟上的资料；缺点则是因为没有统一的标准，此随身碟只能在少部份安装有相容加密软体的电脑上使用。有些加密软体可以不需安装即可执行。这些软体的执行档可以跟加密的档案一起储存在随身碟上。加密的档案可以在执行微软Windows的电脑上存取。其它的随身碟允许使用者设定不同大小的加密与公开分割区。而为了Windows、MAC、Linux设计的加密软体执行档可以放在公开分割区中。有些较差的加密软体可能需要管理者权限才能执行并存取资料。新款的随身碟支援生物指纹功能来