接受了第五代火影─纲手所指派的任务，鸣人、小樱、佐井和大和一行人来到了名为「楼兰」的废墟，并和在此地企图夺取「龙脉」力量的百足流氓的傀儡军团战斗，在此时，百足先行一步将封印「龙脉」之力的封印式吞噬，并产生极强大的力量，在这力量当中，鸣人和大和两人因而卷入时空的漩涡当中，并同时失去了意识。转眼间，场景回到20年前，此时的「楼兰」，是个高塔林立，位于沙漠中央的一座大城。鸣人醒来之后，发现自身居然身处异地，就在此刻，傀儡兵团再次袭来，且力量显得更强，即便鸣人开始学习如何使用此次任务特别赋予的忍具─「查克拉刀」