在国防军事方面扮演辅佐总统角色的参军长一职；而仅留原有的祕书长职务，承总统之命，综理总统府事务，并指挥、监督所属职员。总统府除了府内各单位（局、室、处）之外，并设置资政及国策顾问，由总统遴聘，对国家大计得向总统提供意见并备谘询；在国防军事方面则设置战略顾问，由总统任命现役二级上将或一级上将出任，可以针对战略及有关国防军事事项向总统提供意见并备总统谘询。中央研究院、国史馆等二个政府机构直隶于总统府。2003年1月10日，总统府仿效美国白宫实习生制度增设总统府青年工作团，总统陈水扁宣布青年工作团正式成立