此后，防卫驻在官的运作实际受到外、防两个部门的双重影响，其经费和日常管理由外务省的情报调查局（1993年改组为国际情报局）负责，而人员选派和业务指导则归防卫厅处理。1997年1月，防卫厅之下成立情报本部、统筹自卫队陆、海、空情报的管理，并由曾在日本驻华大使馆当防卫官的出任首届部长。该机构成立之初，防卫厅向外务省调拨了40名自卫官，分别分发到33座驻外使馆去，但这些自卫官在国外集妥的情资仍需透过外务省才能转发给防卫厅，并由情报本部的分析部详加评估。21世纪后，日本政府以恐怖活动、大规模杀伤性武器扩散、