1996年，真理大学麻豆校区设立于麻豆镇北势里，1997年正式开校。成为麻豆地区首座大专院校。1999年11月19日，在地方人士争取下，原麻豆糖厂办公建筑经台南县政府列为古蹟，定名为南瀛总爷艺文中心。2000年，致远管理学院（2010年改名台湾首府大学）设立于麻豆镇南势里水堀头遗址旁，成为麻豆地区第二座大专院校。2008年6月，台南县政府在麻豆水堀头遗址处整建为「蔴荳古港文化园区」。2010年8月2日，东西快速道路台84限麻豆交流道至西庄交流道通车。2011年10月2日，麻豆交流道至下营系