除恶专项行动」，王即为打黑行动主要负责人。在打击黑帮组织的同时，他也揪出了一批与黑社会团体勾结的公职人员，包括重庆市司法局前任局长文强，并着手对公安局内部进行机构改革和干部整顿。王立军在刑事科学方面也造诣颇深，为国际法医颅面鉴定协会副主席，并在北京大学法学院担任刑法所研究员，同时被浙江大学、东北财经大学、西南政法大学、第三军医大学、北京邮电大学等学校聘为兼职教授、法医专家。2012年2月6日，王立军突然进入美国驻成都总领馆，紧接着重庆市人民政府新闻办微博宣布王立军接受“休假式治疗”，此事引起重大反响