一个小分支，瓦德蒙特家族恢复了对公国的统治。此时公国的统治者为雷内二世，他后来又获得了巴尔公爵的头衔。法国宗教战争期间，洛林王朝其中一个一个小分支，即吉斯家族，开始主宰国内政治。在亨利三世统治时期末期，吉斯家族甚至有机会通过联姻继承法兰西王位。玛丽·德·吉斯，即苏格兰女王玛丽一世的母亲，也来自这一家族。在波旁王朝统治期间，吉斯家族仍然是最高等的贵族，此时家族的领袖为埃尔伯夫公爵。同时，瓦德蒙特家族则继续统治独立洛林和巴尔公国。路易十四的于1669-1697年间占领洛林，迫使洛林公爵与世仇的哈布斯堡王