板车轮流运上火车，于隔天黎明启运。沿途有100名军政部宪兵和若干名院内警卫荷枪实弹戒备，由平汉铁路转陇海铁路再沿津浦铁路南下，首批文物在吴瀛和那志良等人押运停靠南京下关；3月中旬才将档案运到行政院大礼堂暂时落脚，古物和图书另以招商局江靖轮运抵上海法租界天主教堂街仁济医院内存放。随后马衡、袁同礼、沈兼士及俞同奎等人各押一批运抵，至5月15日止，共有5批文物抵上海，分别来自故宫博物院13,491箱、古物陈列所5,415箱、颐和园640箱与国子监11箱，合计19,557箱。同时又另外在英租界四川路向业广公司租了一