科斯河发源自新墨西哥州北部的桑格雷克里斯托山脉，而该山脉是洛矶山脉最南端。河水之后会往南流，先后流经佩科斯国家历史公园、、、盐溪自然保护区、、、以及埃迪县的洞窟城等地，然后进入德克萨斯州。而在德克萨斯州内，河水会往东南方流动，先后流经洛文县、里夫斯县、沃德县、贝可斯县、克伦县、克罗基特县以及特勒尔县，最终在巴尔韦德县德尔里奥市西北面的塞米诺尔崃谷与格兰德河合流。另外，美国垦务局亦沿佩科斯河修建了多个水坝，包括阿拉莫戈多水坝（Alamogordo Dam）、、麦克米伦水坝（McMillan Dam）及雷德