土轰炸外，B-29还对日本的航运路线进行大规模的佈雷。到了战争末期，日本的海运因航线受阻而接近瘫痪。至于最为人所熟识的B-29，相信是「艾诺拉·盖号」。1945年8月6日，艾诺拉·盖号在广岛投下第一枚原子弹小男孩。三天之后，另一架B-29博克斯卡号在长崎投下第二枚原子弹胖子。经过B-29轰炸机所搭载的炸弹、燃烧弹的连续数月攻击后，日本各大城市及工业基地受到了毁灭性的破坏。加上苏联对日本宣战，天皇裕仁被迫选择接受《波茨坦宣言》，无条件投降。
二次大战以后至退役.二次大战以后，