害组分大量侵入含水层，使水质恶化；污染物是否能进入含水层取决于地质、水文条件；地下水污染不易清除，不像地表水那样，即便清除污染源，也不可能在短时期内净化，污染可持续相当长时间，自然净化期长达数百年以上；污染后再治理相当困难。1940年，美国国防部于密苏里州附近圣路易斯（St. Louis）的Weldon Spring地区开辟TNT炸药生产工厂，大量的污染物流入地下水层，至今Weldon Spring仍是废区。1947年至1952年，纽约州尼亚加拉瀑布城的胡克电子化工公司把有2万公吨含二恶英和苯工业废料排