运河漕运随后彻底断绝，而海运的运货量也大大减少。至正二年（1342年），朝廷从江南地区大举搜刮官粮以及贵族和寺庙内的的粮食并将它们全部运往北方，所得的粮食只有二百六十万石。至正十二年（1352年）起，正常的征集和运输结束，朝廷依靠江浙地区的张士诚、方国珍和福建的陈友定每年运来的数十万石粮食维持生计。至正十九年（1359年），漕粮的运量跌至十一万石。至正二十三年（1363年），元朝海运彻底断绝。元朝朝廷的生命线事实上随之崩溃。此外，此时的各大行省行业衰败，爆发了许多饥荒，朝廷再也无法维持在北方的统治。不久