2年（1584年）在秀吉跟德川家康之间的小牧、长久手之战中，加藤光泰奉命镇守犬山城，天正13年（1585年）又被秀吉增加了至美浓大垣城4万石。同时负责管理当地藏入地2万石，但对自家家臣领地分配的管理不善，加藤光泰遭到秀吉责难，在同年9月被没收领地，送往丰臣秀长的大和郡山城蛰居。天正15年（1587年）加藤光泰获秀吉赦免，重新在大和国宇陀郡秋山城1万6千石的领地，并叙任从五位下・远江守的官位，又移封到近江佐和山城2万石的领地。天正18年（1590年）加藤光泰参与小田原征伐，在山中城立有军功，战后在本封在甲