被中国国家队征召，随队参加1994年亚运会。在1994年10月1日中国队与土库曼斯坦队的比赛中，高仲勋在第69分钟通过点球的方式攻入一球，帮助球队暂时以2:1的比分领先对手，这是他国家队生涯中的首粒进球，最终中国队2:2战平土库曼斯坦队。1998年延边敖东时期，在延边队客场对阵重庆队的比赛中，由于不满裁判吹偏哨的行为，高仲勋比赛结束后对着场边记者怒吼“中国足球没戏了”，被认为是中国足坛最经典的几句话之一。2000年，由于延边队降级，高仲勋转会至乙级球队北京宽利足球俱乐部。一年后，由于北京宽利未能升级甲B