院培养的很多优秀数学家如恽之玮、张伟、许晨阳、朱歆文等选择在美国从事科研、教学工作，引发中国网民的担忧与争议。
田刚-丘成桐事件.2005年8月19日，《北京科技报》发表题为《丘成桐：中国目前教育不可能出一流人才》的采访，文中丘成桐指责中国数学界腐败，并不点名批评田刚涉嫌剽窃。2005年9月29日，丘成桐在浙江大学和中科院数学网站上再次批评“北大学风不正”，并在一篇题为《丘成桐院士澄清有关北大的某些事实真相》的采访中声称田刚的成就基本是依靠丘成桐得来，而且田刚的道德恶劣，涉嫌学术造