总督府为了配合南进政策，在台北帝国大学成立热带医学研究所，第一任所长由校长三田定则兼任，之后由下条久马一教授专任。1945年中华民国接管台湾后，热带医学研究所改隶属国立台湾大学医学院，首任所长由医学院院长杜聪明博士兼任。1948年，热带医学研究所奉教育部核准成立，为医学院奉准成立的五个研究所之一。1951年8月，原热带医学研究所改为公共卫生学研究所，隶属于医学院。1972年正式成立大学部公共卫生学系。1993年，为了促进台湾公共卫生界的研究能量，以及协助政府解决公共卫生问题，将公卫系与公卫研究所扩编