抗日战争爆发后，宋日昌参加八路军一二〇师。1938年2月，重新加入中国共产党。1940年，调往新四军第四师工作，后来又调入新四军第一师工作。历任豫皖苏联防委员会民政处长，苏中行政公署民政处处长，苏中粮食局局长，苏南行政公署副主任、党组书记等职。第二次国共内战期间，宋日昌历任山东省人民政府民政厅副厅长，支前委员会政治部部长，胶东行政公署代理主任、党组书记，华东野战军先遣纵队政治部主任，中国人民解放军合肥市军事管制委员会副主任等职务。1949年，任皖北行政公署主任兼支前委员会司令。1950年起，宋日昌历