为总督平定云南苗变，推荐潘季驯治理黄河。改兵部一尚书二侍郎制为一尚书四侍郎制，侍郎们分工。
与张居正的政争.高拱与张居正供职时国子监相识，二人志趣相投，相期将来入内阁匡扶社稷。但当明世宗去世当天，当时的内阁首辅徐阶只召自己门生张居正共同写就嘉靖遗诏，并未通知已是阁臣的对手高拱，二人顿生龃龉。此外，在隆庆五年（1571年）高拱的亲信传言张居正接受徐阶三万两白银贿赂以救他的三个儿子，二人心中误解日益加深。张居正暗中和对高拱不满的秉笔太监冯保同盟。隆庆六年（1572年）正月，以高拱为柱国