16的收费高昂（西铁通车首年提供折上折优惠，收费为$12.8，通车第二年后收费为$14.4，两铁合併后收费为$12.9），本线客量开始下跌，但由于当时西铁线未能直达尖沙咀，故影响不大。然而，西铁线延伸至红磡的九龙南线于2009年8月16日通车之后，元朗区居民可乘搭西铁线直达佐敦、尖沙咀和红磡，由于本线与西铁线的路段严重重叠，令本线客量下跌超过50%，于平日非繁忙时间更只有10-15人乘搭本线前往市区。因此，九巴由2009年9月28日开始，大幅削减本线班次，于平日早上繁忙时间由朗屏站开出的班次，由最密的8