任临床医师；后进入西安医学院（今西安交通大学医学部）攻读医学硕士。毕业后，他任教于北京医学院（今北京大学医学部），就职于病理生理教研室；1985年至1987年间，曾在美国埃默里大学药理学系学习进修。1987年回国后，韩启德继续在北京医科大学（今北京大学医学部）任教；此后历任，北京医科大学附属第三医院心血管研究室副主任、主任，副研究员、研究员，教授，血管医学研究所副所长等职。1995年，他先后出任北京医科大学副校长、校长，还曾兼任研究生院院长，心血管基础研究所所长。1997年，当选为中国科学院院士。