十一年（1905年），官派留学日本早稻田大学学习法学。在日本，宁调元再度见到黄兴，并和陈天华结为好友。1905年11月，日本文部省公布“取缔规则”（《关于许清国人入学之公私立学校之规程》）。中国留日学生认为该规则“有辱国体”，举行罢课。同年12月8日，陈天华愤而投海，中国留日学生群情激愤。宁调元为罢课骨干，当选为文牍干事，起草过许多宣传品。
公葬烈士.1905年末，宁调元和姚宏业等人回到中国上海，与归国的各省留日学生创办中国公学。不久，宁调元因惦念渌江中学堂而返回家乡。1906年4