1927年，东洋制糖又併入大日本制糖，而后进行路线整併、车站合一之工程。1942年北港＝湾仔内间北港溪桥沖毁，当时正有列车经过遂翻落溪中，造成数十死伤。断桥后，在溪南设立假北港临时乘降场（位于东石郡六脚庄崙子）作为应急，战后改称南北港车站。1945年二战结束，日人资产由台湾糖业接收、台湾糖业承袭原有路线。后因民意强烈要求，在1951年修复北港溪桥（现名复兴铁桥）、列车恢复行驶至北港。稍后又开行例如虎尾嘉义间直通车、配合当时北港进香参拜妈祖之热潮，推出糖铁罕见的对号列车、仅停新港一站等。战后1960年