双核亚界是真菌界中包含了子囊菌门和担子菌门的一个亚界，两个门一般都有，可能为菌丝或单细胞生物，但都不具有鞭毛。双核亚界大部份都是所谓的「高等真菌」，但亦包含了许多在旧文献中被归类为霉菌的无性世代物种。在系统发生学里，这两门经常被归类在一起。