东部的和市内最高峰亦位于这里。函馆市段丘地形发达，可分为海岸段丘和河岸段丘。段丘地形多分佈在山麓地区。市辖区西南部则地形较为平坦，被称为函馆平原。函馆平原的东侧是龟田山地，西侧是上矶山地，呈三角形，大部分地区是海岸平原。函馆市的中心市区就位于函馆平原和函馆山之间的连岛沙洲上。函馆山原本是由海底火山喷发而形成的岛屿，后因山上土砂外流堆积形成沙洲而和北海道本岛连接，变成陆连岛。水系是函馆市内最主要的水系。为防止洪水和提供生活用水，函馆市兴建了、等水库。明治初期的函馆市区主要位于函馆山山麓和连岛沙洲南侧的地区