形成交错的网络，这个现象称为融合（anastomosis），是有性生殖不可或缺的。许多子囊菌与担子菌接着会进入的时期，即菌丝中一个细胞里有两个细胞核，分别来自两个亲代个体，这两个细胞核不会马上进行核融合（karyogamy），而会在细胞中共存一段时间。子囊菌门子实层中双核的菌丝会形成一个钩状结构（crozier），以确保细胞核分裂时，两个子细胞核可以分别妥善分配到上方与下方的细胞中，维持菌丝异质双核（有来自双亲的两个细胞核）的状态。细胞中的两个核融合之后，会立刻进行减数分裂产生子囊孢子，子囊孢子释放、散播到