在2005年，马刺队再次进入NBA总决赛，在第七场，邓肯取得25分和11个篮板，成功带领圣安东尼奥马刺队以4比3击败底特律活塞队，他亦第三度成为NBA总决赛最有价值球员。 邓肯是NBA历史上第四个取得NBA总决赛最有价值球员三次或以上的球员，其他的有迈克尔·乔丹、沙奎尔·奥尼尔和埃尔文·约翰逊之后还有被誉为最强高中生的勒布朗·詹姆斯。
2005-2006赛季.2006年，邓肯率领马刺队一路杀进西部半决赛。半决赛中遭遇达拉斯小牛队，双方大战七场比赛。但在关键的第七场第四节的最后时刻，