1986年至1987年，叶刘淑仪获港府举荐到美国史丹福大学进修，攻读工商管理硕士学位，期间更获丈夫陪读支持。学成返港后，叶刘淑仪于1987年出任助理贸易署署长，成为施祖祥之副手。1990年升任副行政署长，与其上司曾荫权一同负责向英方及香港市民推广居英权计划。1993年改任副工商司，当时的上司为周德熙，任内她曾出游欧、美等地，向外推广香港的工、商发展和磋商香港驻海外经贸办事处的过渡安排；并协助港英政府游说以总统比尔·克林顿为首的美国政府延续对华最惠国待遇。叶刘淑仪在1995年9月获时任港督彭定康起用为工业