寺内还建有藏有《四库全书》的文宗阁，该藏书楼建于干隆四十四年（1779年），是江南南三阁中首先建成的清朝皇家藏书楼，原址位于紧邻金山寺（江天禅寺）旁的江心洲上，四面环水。建筑风格仿照了宁波天一阁，中经嘉庆、道光两朝，后毁于咸丰三年（1853年）的太平军和湘军在镇江的战役，历时74年。现在的仿清代建筑风格的文宗阁建在金山寺旁的一处三面环水的地方，按照古书《两淮盐政史》里描绘的当时文宗阁的图画重建，采用传统砖木结构，占地面积934平方米，建筑面积1286平方米，收藏北京故宫博物院文渊阁《四库全书》古籍影印本。复