时的家长林文明被控侵占虏人以及带头威胁官府等罪而被官府密谋，被凌定国突然斩杀于审堂之上。因此，林家在林朝栋祖母林戴氏与叔公林奠国带领下，展开长达15年的诉讼案件，其间并四度前往北京控诉，而林朝栋也曾前往福州和北京诉请冤情，但始终没有结果，不过因捐官而获得兵部郎中之职务。1882年，林戴氏重病不起，而林家也因控诉案花费大笔家产，但却难获胜诉，于是经过多番考虑后，林朝栋为林文明结案，并返回台湾接掌家业。同年中，福建巡抚岑毓英来台湾巡视，决定在东大墩建立新府城（即今台中市），并于大甲溪建立桥樑与堤防以整治溪水