完工后，即成为台北的教务发展中心。由于当时来台的日本内地籍教友在语言和习惯上均与台湾本地教友不同，遂于1928年在桦山町另建日本人专用的教堂，即今之华山天主堂。二战末期，蓬莱町大圣堂在台北大空袭时被美军炸毁，造成严重死伤。截至日治时期结束前，台北共有2处堂区、3处兼管区（非独立堂区）。1949年12月31日，圣座将台湾中北部由原有的台湾监牧区划出，成立台北监牧区，当时管辖范围包含台北市、台北县（今新北市）、基隆市、新竹市、新竹县、花莲县以及草山管理局（当时桃园、苗栗、宜兰等县尚未成立），其余县市则归台湾