萨穆伊尔统治时期，约阿尼纳是保加利亚第一帝国的一部分。保加利亚一直统治该城直至1082年，被诺曼人佔领为止。阿历克塞一世在1108年把城市纳入拜占庭统治。在十三世纪(1204年)，原拜占廷皇室后裔所建的伊庇鲁斯君主专制国成立，约阿尼纳成为了继阿尔塔 (希腊)以后国内最重要的城市。公元1337–1340年，安德洛尼卡三世分解了专制国，约阿尼纳重新成为了拜占庭的一部分，但数年后塞尔维亚人佔领了该城。约阿尼纳在塞尔维亚帝国统治期间蓬勃发展，成为了一个重要的经济和文化中心。公元1358至1416年，约阿尼