族群之间存在诸多利益冲突。如福建的鹤佬人和广东的客家人、潮州人之间发生闽粤械斗；来自福建的泉州人与漳州人之间发生泉漳械斗等。不过，这时期台湾各族群间除分类械斗外亦有合作。例如1796年，吴沙在拓垦蛤仔难时，有漳籍、泉籍与客籍人士共同入垦。1884年中法战争期间，法国军舰侵犯台湾，骚扰沿海各省。1885年（光绪十一年），清廷为应对边疆危机、防御外国入侵，设福建台湾省，管辖原福建省的台湾府和台北府，原福建巡抚刘铭传改任台湾巡抚，台湾建省经费主要由福建财政承担。
台湾日治时代.189