在密宗方面，萨迦派发展出三个支派：俄尔派、擦尔派、贡噶派。俄尔派由俄尔钦·贡噶桑波（1382年－1456年）创立，祖寺为俄尔寺，是萨迦派晚期在后藏弘传密教的重要场所。贡噶派由图敦·贡噶南杰创立，贡嘎曲德寺成为萨迦派在前藏弘传密法的重要场所。擦尔派由擦尔钦·罗赛嘉措（1496年－1566年）创立，他常驻土丹根培寺。《卫藏道场胜迹》记载：贡嘎曲德寺“营建精美绝伦。大殿后堂的净香室中供有班钦·迦耶多罗的颅盖骨，颅内有极为殊胜的释迦像。”该寺内还有事续、行续、瑜伽续、无上瑜伽续的四十五种修法会供曼荼罗。文化