台湾较早发起推动「两岸国际关系研究」学术交流的学者之一，亦广泛参与台北大陆政策决策谘商，并多次代表台北出席美国智库主办的各种美中台第二轨道对话座谈，系相关领域较知名且有影响力之学人。
争议.2019年10月5日，邱坤玄引述前美国在台协会(AIT)理事主席卜睿哲(Richard Bush)的见解表示，相较于美国对抗议的处理方式，在香港反送中运动中「香港警察的克制行动，其实是可以被赞扬的」，同时他质疑抗议的香港民众属于有组织的暴民，引发争议。(自由时报新闻报导)