奉命前往似岛临时陆军检疫所，任似岛检疫所事务官，制造霍乱血清，并用以治疗霍乱患者，是世上首次用霍乱血清治疗霍乱之实例。同年9月任传染病研究所治疗部长。1896年4月任内务技师，6月任血清药院长兼内务技师，9月任中央卫生会委员。1897年5月，代表日本去莫斯科参加第12回万国医事会议，接着参加柏林万国癞（痲疯）病会议。
德国期间.柏林万国癞（痲疯）病会议后，高木友枝出差德国两年，至柏林传染病研究所在罗伯·柯霍指导下与奥古斯特·保罗·瓦瑟曼合作研究。1899年5月，赴柏林参加万国结核病