考试医师考试及格，取得执业资格。1988年，他获聘为行政院卫生署优生保健医师。1989年，柯氏担任台北荣民总医院主治医师；同年，他也成为消化外科专科医师，专业从事肛门直肠疾病手术治疗。1991年，他创办广川医院并开始担任院长。1992年，他取得中华民国急救加护专科医师资格。2004年，柯氏创立财团法人犯罪被害人保护协会并担任主任委员；同年，他成立关于三寸金莲研究的网站。2007年，取得超音波专业医师资格。2009年，他在广川医院成立「性福门诊」，专治性功能障碍。2011年，他开始担任台湾性教育学会顾问。