世，享年54岁。逝世后，挚友曾熙、弟子胡小石共理丧事，将其遗体葬于南京南郊牛首山梅岭罗汉泉，在墓旁植梅花300株，筑室数间，题名“玉梅花庵”，以志其号。1916年，南京高等师范学校（由两江师范学堂改建而来）校长江谦在校园西北角六朝松旁，建茅屋三间，取名“梅庵”，以志怀念。
作品.遗着有《围城记》；经门人整理遗稿，1939年中华书局出版了《清道人遗卷》，共计文、诗、跋、书论四卷。李瑞清通诗、书、画，尤精书法。自幼钻研六书，学习书法，对殷墟、周、秦、两汉至六朝文字皆有研究。为一代书