翼龙被认为属于准噶尔翼龙超科的未定位属。有研究根据齿槽的形状，认为敦达古鲁翼龙以螃蟹或其他贝类为食。在2007年，亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）提出敦达古鲁翼龙的外表类似德国翼龙、准噶尔翼龙，但无法确定敦达古鲁翼龙是否属于翼手龙亚目或使基础型翼龙类。克尔纳建立敦达古鲁翼龙科（Tendaguripteridae）以包含此属，但没有建立演化支定义。