内部则反应于不同类别的细胞、组织、组织系统、器官等。早期的植物解剖学被涵纳在描述植物的外形及外部构造的植物形态学之中，大约在20世纪中期方被考虑为一独立的学门，具有专门的研究领域，并被认为是专门研究植物内部构造的科学。现代的植物解剖学经常是细胞层级的显微构造，即组织切片、显微镜学相关议题等。