⟷腓特烈堡站段也于1998年6月20日停用（该段现属哥本哈根地铁，但原哥本哈根市郊铁路时期为地上线，哥本哈根地铁时期为地下线）。第一段隧道于1998年9月完工，随后盾构机转移至港口街（Havnegade）。1998年12月，开始建造其中9座地铁站。2号线完整的方案也于1999年4月公布，论证的结果认为2号线阿迈厄岛段采用以高架线与地面线为主的形式更有利于逃生。1999年5月，第一列地铁列车抵达哥本哈根，并进入调试阶段。1999年12月，隧道挖掘至Strandlodsvej，之后盾构机被转移至港口街（Ha