）。但是壬生之战中，土方不幸于乱军中被地面跳弹所伤，转进会津休养了三个月，并在此时兴建了供奉近藤勇的天宁寺。8月会津战争，土方前往庄内藩寻求援军支援，之后在仙台加入了榎本武扬率领的旧幕府海军继续奋战新政府军。与榎本共同出席奥羽越列藩同盟军议、但奥羽越列藩同盟不久即瓦解、同盟藩一一向皇军屈服投降，遂率领新选组残部和桑名藩士乘上大江号、与榎本武扬于10月12日自仙台折滨（现宫城县石卷市折滨）出航、前往虾夷地（北海道）。
箱馆战争.10月20日、于虾夷地鹫之木上陆后、土方被任为兼道军