飞机退役后，NASA将再次改进发射台使之为载人的战神一号和无人战神五号服务。 LC39B服务于前者，LC39A服务于后者。
LC-39B.NASA在2007年1月1日封闭了LC39B，其最后任务是2006年12月9日发射的STS-116。在对LC39B的改造中，承包商安装了三个243.8米高的避雷塔，类似于在邻近的卡纳维拉尔角空军基地里宇宙神五号和德尔塔四号的发射台所使用的。同时除掉现存的单避雷塔，除掉了阿波罗时代遗物之一的起重机集成。承包商还将出去旋转服务体，改造一个移动发射