他动物造成疾病，真菌感染或食物腐败引起的作物损失对人类的食物供给和区域经济产生很大的影响，而真菌病则包括足癣等浅表层的感染，与隐球菌病等全身感染的疾病，严重时甚至可能致死。有些蕈类被人作为食物，有些真菌则是食品工业的要角，可以作为面包的膨松剂，或发酵制造酱油、豆腐乳与酒等食品。1940年代起，真菌亦被用来制造抗生素，现在许多工业所需的酵素也是由真菌所合成。有些真菌可以被当作生物农药，用来抑制杂草、植物疾病及害虫。真菌各门的物种之间不论是在生态、生活史及形态（从单细胞水生的壶菌到巨大的菇类）都有很巨大的差