后，越来越多的日本人定居于此，朝鲜对此加以了制止。富山浦、乃而浦和盐浦三港的倭馆被统称为「三浦倭馆」。定居于朝鲜的日本人被称为「恆居倭」，其首领称为「头」，施行自治政策。恆居倭中有些人因为倭馆内的人口过剩而居住于外，从事渔业或农业，开展秘密贸易并逐渐倭寇化。当初朝鲜对恆居倭行使征税权和检断权，给予了恆居倭的生活以很大的压力。1510年，因贸易冲突和对朝鲜的不满，恆居倭以三浦为据点发动了大规模叛乱，史称「三浦之乱」。对马岛主宗盛亲亦派宗盛顺出兵朝鲜支援恆居倭。这次叛乱以朝鲜官军的胜利告终，王府关闭了倭馆，