抱着“凡古必真，凡汉皆好”的态度，《四库全书总目提要》批评他“其长在古，其短亦在于泥古”。王引之批评惠栋“见异于今者则从之，大都不论是非”。方东树的《汉学商兑》多指责清代汉学家“离经叛道”，是“几千年未有之异端邪说”，如“鸩酒毒脯，烈肠洞胃”。中国社会科学院历史学研究员王冬芳质疑「干嘉学派的历史现象是由于清政府所实施的文字狱所造成的，逼迫学者们回避社会现实钻进故纸堆」的观点，他说：「干嘉学派的成员都是当时的精英，他们高官厚禄名利全有；他们家财宽厚不必自寻苦役；他们的着作也不是陈词老调无用文章，而是语出惊