拆除包括北门在内的剩下四座城门，后来在学者山中樵及其他学者的请命之下，加上民政长官后藤新平的支持，才得以避免被拆除的命运。之后又于1935年依《史蹟名胜天然纪念物保存法》指定为史蹟加以保存。原有的城墙被拆除后，墙基皆重新开辟为三线林荫大道，被称为「三线路」。北门的位置正好位于北三线路（今忠孝西路）与西三线路（今中华路）间的接点，加上其他整建或新设道路的交会，变成立于圆形安全岛上的北门，有逐渐成为道路交通要冲地标的态势。而在北门附近，日本人也新建了两栋公共建筑——铁道部厅舍（1919年落成，后成为台湾铁路