绍至惠州的石井兵工厂担任工程师。1921年，孙中山统一两广之后，在桂林设大本营，邀黄昌谷任其侍从秘书，随驻桂林。在此期间，黄昌谷经常奉孙中山之命，往返于桂林、广州、韶关、赣州联络革命。1922年，黄昌谷被任命为江西战地度支处处长。1923年，在平定陈炯明的叛乱后，孙中山回到广州任陆海军大元帅。黄昌谷随孙中山回到广州，历任陆海军大元帅大本营宣传委员、财政委员会委员，参与筹建中央银行，并且担任会计司司长、金库库长。1923年1月27日至1924年9月，孙中山常在周日赴国立广东高等师范学校的校园演讲“三民