以前后叙功，加太子少保兵部尚书、右都御史，阴一子世袭锦衣卫。万历四十六年（1618年）逝世，卒年七十六岁，葬故里井坑。赠太子少保，谥文定。
平播战役与治理贵州.万历二十四年（1596年），历代世袭播州（今贵州遵义）宣慰使的土司杨应龙叛乱，战火波及四川、贵州、湖广三省，贵州巡抚江东之进剿不敌，全军覆没。万历二十七年（1599年），万历帝罢江东之之职，郭子章临危受命，受命为右副都御史、贵州巡抚，负责贵州方面军事指挥。郭子章到任后，储备粮草，组建黔军，稳定周边各土司，并争取到贵州宣慰