万历元年（1573年），东莞县的南部分拆出新安县，居民7608户，33971人。清朝康熙年间，为对抗台湾的明郑政权，将东南沿海居民内迁50里，再迁30里。迁海导致新安县人口仅剩下2千余人。1666－1669年间并入东莞县3年之久。康熙七年，广东巡抚王来任上书迁界之害。康熙八年（1669年），清廷下令复界、复立新安县。由于人口流失严重，新安县政府大力招垦，吸引嘉应州（梅州市）、惠州、潮州等地客家人入籍新安县。
南北分治.1839年，清廷和英国之间的贸易磨擦终导致第一次鸦片战争的爆