阮科占祖先是海阳人，曾祖父阮廷伸跟随端郡公阮潢南来，入籍正营香茶县（今承天顺化省香茶市社），担任旧营队长，受封都胜侯。祖父阮廷魁，担任旧营将臣吏司，受封淳美男，父亲阮科名是正营勾稽，因功受封景禄伯，是阮廷改阮科第一世。
生平.永寿二年五月二十四日（1659年7月13日），阮科占出生。他初入官场，担任首合一职。正和二十二年（1701年）春，阮科占和文职陈廷庆跟随外左尊室耀、内右该奇宋福才前往广平督军，监察修筑正垒。永盛六年（1710年），因陈廷恩举荐，升任正营该合，兼任知簿。永盛十