湾省行政长官公署的腐败统治逐渐感到不满。在二二八事件发生期间（1947年3月2日下午2时）遭流弹击中右腿；当时，他因惧怕就医遭人发现而自行返家敷以民俗草药，因此导致右腿终生残废。此后，他对国民政府感到澈底绝望；同时，他也开始参与左翼读书会活动，并企图谋画推翻统治当局。此时，施儒珍的妻子因两人感情不睦离家出走。1950年后，在台湾省政府农林厅检验局新竹分局任职的施儒珍，成为军警缉捕对象之一；他先是前往舅舅家躲藏三天（舅舅随后因此被捕并处以有期徒刑三年），后又跑到堂伯家旁洞穴中躲避两年，最后才在胞弟施儒昌掩