1960年，肯雅塔被缺席当选为肯尼亚非洲民族联盟主席，肯尼亚全国上下都要求尽快释放他。最终，肯雅塔于1961年8月21日被释放。
独立后.1963年，肯尼亚非洲民族联盟赢得了大选，肯雅塔出任自治政府总理，其间他唿吁全国和解并挽留白人农场主。同年12月12日，肯尼亚宣布独立，次年成为共和国，肯雅塔出任总统。1964年11月10日，在合并了反对党之后，肯尼亚非洲民族联盟成为肯尼亚唯一的政党。肯雅塔在独立后的土地改革中，使政府占有了大量土地，成为肯尼亚最大的地主，其部族基库尤人也获得