所涉工程总造价增至971.63亿元，每公里沙中线造价逾57亿元，较广深港高铁每公里造价33亿元贵72%，成为香港铁路史上造价最贵的工程，堪称「千亿铁路」。事实上，若按每公里成本计算，沙中线建筑费为全球铁路工程第二贵，平均每公里造价达59亿港元，比德国、荷兰、韩国、台湾等地的高铁项目都要昂贵。根据港铁在2017年12月向政府提交沙中线最新工程费用估算，主体工程成本由708亿元增至873亿元，超支165亿元。多个政党批评港铁低估工程开支。立法会铁路事宜小组主席田北辰质疑政府内部协调有问题。2020年2