此后似乎陷入某种忧郁，他的支出也有所减少。但莫札特依旧维持多产，当年的6到8月，他一连完成了三首交响曲（第39至41号）。1790年1月26日，《女人皆如此》在维也纳首演，这也是莫札特与彭特合作的最后一部歌剧。同年2月，约瑟夫二世驾崩，他的继位人利奥波德二世既不喜欢莫札特，也对共济会不怀好感；而好友海顿也去了伦敦，使得这段时间的莫札特意志更加消沉。也大约是在这时期，莫札特为了开源而展开数次的长途旅程：他在1789年春季拜访了莱比钖、德勒斯登与柏林，隔年又前往法兰克福、曼海姆及其他德意志城市。1791