民主进步党创党，成为创党18人工作小组成员。洪奇昌于1986年年底代表民进党以无党籍的身分参选台北县国大代表，以全国最高票16万1384票当选国大代表，与苏嘉全、翁金珠、黄昭辉、蔡式渊等十人，成为第一批成功当选国大代表的民进党人士。1987年与谢长廷、江盖世一起于当年6月12日发起戒严以来最大规模的游行，并与反共爱国阵线和警方发生冲突，是六一二事件。1988年5月20日，时任国大代表的洪奇昌参与由云林县农权会发起之游行，当晚洪奇昌与群众遭到警方与镇暴部队镇压驱离，是520农民运动。520农民