时期，由于列强入侵，土匪横行，国弱民贫，这些寺庙渐遭破坏，到解放初期基本毁坏。受土地改革和文化大革命等极左思潮影响，这些寺庙都未能延续下来。前郭尔罗斯蒙古族自治县恢复重建妙因寺，于2000年7月10日获得吉林省人民政府批准。2001年4月，请来北京雍和宫拉西仁钦法师为重建妙因寺选址，法师到查干湖畔选址时，远眺敖包山如长龙横卧在查干湖畔，山上缭绕着蓝色仙气，遂认定此地乃“前有照，后有靠，聚财有余，吉祥安康”之宝地，确定该地为重建妙因寺新址。新址距离该寺原址1公里（妙因寺原址位于今妙因寺村，妙因寺在解放初期