车站扩建，铺设原建设时预留的5条股道并新建12-19道，同时新建驼峰、牵出线等设施；货场内货物线增加至6条并新建仓库。1963年再次对货场进行扩建，货物线增加至9股和4座货物仓库。1988年车站更名为重庆南站。车站原为成都铁路局的直属车站，下辖成渝铁路本站-区间，2006年3月18日并入重庆西车站（现兴隆场车站）。2009年12月，随着团结村站重庆铁路集装箱中心站的建成投入使用，重庆南站与重庆东站集装箱货运业务停止办理。上述两站所有货运业务停办后，重庆地区的铁路货运业务将转移至团结村站、白市驿站