科尔沁部首先成为后金的藩属。“本朝龙兴，蒙古科尔沁部率先归附，及既灭察哈尔，诸部相继来降。于是正其疆界，悉遵约束。有大征伐，并帅师以从。及定鼎后，钖以爵禄，俾得世及。每岁朝贡以时，奔走率职惟谨，设理藩院以统之。”至干隆三十六年（1771年），渥巴钖率土尔扈特部内附，蒙古除布里雅特、卡尔梅克由俄罗斯帝国统治，其余各部均纳入清朝版图，干隆帝作诗曰：“从今蒙古类，无一不王臣。”清代蒙古分为八旗蒙古、内属蒙古与外藩蒙古，实行盟旗制与札萨克制。八旗蒙古于天聪九年（1635年）从八旗满洲中分出，是与八旗满洲、八旗汉