任第三届理事长。1995年4月，兼任司法院民事诉讼法研修委员会召集人。1996年6月，十大杰出青年基金会完成法人登记，正式开始对外运作，王甲乙出任第一届董事长，1999年连任第二届董事长，直到2002年8月9日该基金会第三届第一次董事、监察人联席会决定王金平接任第三届董事长。任内，2002年4月4日，王甲乙率队参访中国大陆。1996年10月24日，届龄70岁，自最高法院院长职位上退休。1999年5月20日，出任无给职总统府国策顾问。王甲乙还曾在司法官训练所、中国文化大学、中兴大学、辅仁大学等校兼职任教。