之后，在段祺瑞的策动下，安徽、奉天等八省先后宣布独立。黎元洪请督军团团长张勋入京调解。张勋对黎元洪提出条件，必须解散国会。黎被迫答应，并于6月12日发布命令解散国会。6月14日张勋率领辫军入京，7月1日张勋拥立溥仪，改建帝制，是为辫军复辟。7月12日复辟被段祺瑞镇压，黎元洪于事后辞去总统职，总统改由冯国璋担任，总理仍由段祺瑞担任，府院之争告一段落。最后段祺瑞于8月14日宣佈对德国及奥匈帝国宣战，收回两国在天津及德国在汉口的租界，加入协约国参加一战。但是段祺瑞拒绝恢复被张勋解散的国会，从而引发孙中山号