日战争爆发后，医院内设立了伤兵医院和难民所。医院的德国籍神父与日军交涉周旋，最终确保了医院的正常运行。战后医院又获得了联合国善后救济总署和中国天主教福利会的资助。国共内战中，国民党军队撤离上海之前炸毁了医院的水塔和教堂钟楼。中华人民共和国成立后，上海市军管会于1952年11月12日接管普慈疗养院，更名为上海市立精神病院，交由上海市卫生局（今上海市卫生健康委员会）管理，中国着名精神病学家粟宗华主持医院工作，后任院长。此后数年间，在粟宗华的主张和上海医学界的支持下，私立虹桥疗养院、中国疯人医院、复生医院、清