西藏进行直接管治的历史始于元朝，元朝时期的西藏政教合一制趋于定型，逐步形成了政教权力的高度统一，便于蒙古人对西藏的统治和治理，而且元朝在西藏还有严密和等级森严的基层组织。1240年蒙古征服吐蕃（今西藏）。忽必烈1260年登基成为大蒙古国皇帝，将西藏萨迦派八思巴封为国师、中原法王，1270年升级建立帝师制度，辅助元朝国政，并设置宣政院，使西藏纳入了蒙古的管辖之下，宣政院为专管全国佛教事务的机构，兼管设立于吐蕃的三个宣慰司。1260年，元世祖忽必烈召集拥护自己的各路蒙古宗王在开平府召开忽里勒台大会，举行