崇祯帝复召进士四十八人于文华殿，问：「今日内外交讧，何以报仇雪耻？」藻德即以「知耻」对，又自叙崇祯十一年（1638年）守通州有功。帝擢置第一，授翰林院修撰。薛国观拔爲第一名的邹式金被抑爲二甲，杨琼芳被抑爲三甲。崇祯十七年（1644年）二月，诏加兵部尚书兼工部尚书、文渊阁大学士。三月，蒋德璟罢相后，继任首辅。同月，太监杜勋入城劝降，帝问藻德意见，藻德不发一语，崇祯大怒，当着魏藻德的面推倒龙椅。闯王李自成破燕京，藻德投降。李自成责问藻德为何不殉死？魏藻德回答说：「方求效用，那敢死。」，自成部将刘宗敏