金应元、使者吉时逢等渡明请求册封；因当时清军攻入中原，战乱未平，且又有海盗阻隔道路，所以长时期滞留在福建省。1645年，南明弘光帝即位，遣福州左卫指挥花煾诏谕琉球。尚贤王遣毛大用、阮士元庆祝并再次请求册封。弘光帝以礼科给事中陈燕翼为册封正使、行人司行人韩元勋为册封副使。不过未出航的时候弘光政权就被清军所灭。隆武帝立于福建，遣指挥闽邦基诏谕琉球，琉球还继续遣使向南明朝贡。1646年，隆武帝为清朝所灭后，琉球仍然向监国鲁王朱以海朝贡。琉球王府也同支持鲁王的建国公郑彩关系密切，郑彩也严禁手下船只袭击琉球贡船。