于阗在喀喇汗国的统治下，语言和人种逐渐突厥化，并皈依了伊斯兰教。在1271至1275年间，马可波罗曾来过于阗。并记载于阗人已全尊崇默罕默德了。后经西辽、蒙古帝国、察合台汗国、叶尔羌汗国、准噶尔汗国的统治，到干隆二十四年（1759年）被清军纳入清朝治下，清德宗光绪九年（1883年）置和阗直隶州。
突厥-伊斯兰教徒征服佛教国于阗.主条目：新疆的突厥化和伊斯兰化在公元10世纪，伊朗的塞迦佛教王国于阗是唯一尚未被突厥维吾尔族（佛教）和突厥喀喇汗（穆斯林）两国征服的城市国家。