在1991年，Jürgen A. Boy、Thomas Martens将这些化石叙述、命名。模式种是"T. mahlendorffae"，属名意为「图林根的洞孔」，种名则是以作家Ursula R. Mahlendorf为名。图林根窗龙最初被归类于原古蜥科。在2006年，一份早期爬行动物种系发生学研究，发现图林根窗龙是大鼻龙科的姊妹分类单元。。之后其他研究也得出类似结果。