师一家失踪事件中，小林善纪指称奥姆真理教为主犯，而与奥姆真理教交恶，甚至于险遭神经毒气攻击。小林善纪也因此与该书的出版者扶桑社交恶，转至小学馆连载；之后又转至幻冬舍连载。
个人生活.小林善纪频繁参与毒品、艾滋病问题，以及新历史教科书编纂会《新历史教科书》推广运动，否认南京大屠杀和慰安妇问题的存在。个人兴趣方面有AKB48、摔角等，近年来尤以做为AKB48的大粉丝而活跃，对AKB48及其姊妹团体多所赞赏，曾表示喜爱的成员（包括AKB48集团的现役与毕业成员）有大岛优子、市川美织、