十年（1884年）10月，清法战争西仔反时，法国军队进攻淡水。淡水人迎出清水祖师助战，竟然大胜法军。据说祖师显灵，本地屋顶有和尚护卫，使法军惧而撤退，乡民普信是祖师显神威。到了二次大战，受到盟军轰炸，有二枚掉到祖师庙的未爆弹，信众归因于祖师护祐，清除火药后，改成烛台，置于正殿两侧纪念。
纷争.清光绪十年（1884年），西仔反中，淡水人迎清水祖师佛像到战场祈福，后清兵顺利击退法军，却引发了淡水与艋舺两派的争执，淡水人认为这尊显灵的清水祖师神像（落鼻祖师），本为淡水所有，只是因为淡