务者等等先后入寺出家，喇嘛遂增至50余人。嘉庆十二年（1808年），察布查尔布哈（大渠）凿通以后，锡伯营八旗军民自绰霍尔河畔的佛嘎善（老村）南迁到新渠的两岸，筑城居住。原来的喇嘛苏木（靖远寺）遂遭到废弃，原有全部建筑逐渐被毁，后来寺址被平为耕地。清朝同治五年（1866年），在同治新疆回变中，伊犁回众攻克伊犁将军衙门，伊犁将军明绪自杀，前任伊犁将军常清被杀。惠远城普化寺被毁，所藏全部佛经后来转移到靖远寺。光绪十四年（1888年），锡伯营八旗军民集资，在如今的孙扎齐牛录城堡内重建靖远寺。靖远寺是由锡伯营