古高原东部实现“中兴”，佔据河套地区。1572年，达延汗的孙子阿勒坦汗率土默特部入驻河套，并在今玉泉区境内建“库库和屯”城，在与当地汉族的相处过程中，土默特部从草原游牧过渡到定居生活。阿勒坦汗在此前和明朝订立的藩属关系，阿勒坦汗被奉为“顺义王”。明政府于万历年间赐汉名“归化”，意思是令少数民族归顺、化一，服从明朝廷的统治。在大兴安岭以东的兀良哈地区，明初沿袭元朝设置了三个卫所，被称为“兀良哈三卫”；然而由于利益分配问题，三卫在明成祖时期归附东蒙古，攻击明朝，并最终于明英宗时期彻底脱离明朝、投向西蒙古瓦剌