晋、十六国先后属前凉、前秦、后凉、西凉等。隋朝时受突厥汗国的统治。唐灭东、西突厥之战后，属安西都护府，设疏勒都督府。宋、辽时境内大部分属喀喇汗国，其中东北部属西州回鹘，南部属于阗国。西辽天禧三十三年（1210年），屈出律灭喀喇汗国，州境属西辽。蒙古成吉思汗十三年（1218年），蒙古灭西辽。元至元十二年（1275年），在阿力麻里设中书行省，设断事官；至元十八年（1281年）改断事官为都护府。至正六年（1346年）为察合台后王封地。明初为别失八里之喀什噶尔。永乐十六年（1418年）改别失八里为亦力把里。