时期充满了虚弱和混乱。此地受到来自伊朗和北部持续的入侵。在这一时期，一群新的人群，俄罗斯人开始进入中亚地区。由于俄罗斯商人已经扩张进去今哈萨克斯坦草原，他们与塔什干的对手建立了强大的贸易关系。
俄国统治时期.1867年，中亚人阿古柏建立的“哲德沙尔汗国”改称“洪福汗国”，攻占库车、库尔勒，佔领天山以南的南疆。 随着阿古柏的扩张，大批乌孜别克族人进入新疆，成为今天新疆一个重要的少数民族之一。有些乌兹别克人是在明代前住费尔干纳盆地与河中的维吾尔人后人，有些是受阿古柏裹挟至浩罕汗国。17