五十年代中，任继愈相继发表多篇研究中国佛教思想哲学的论文，后来以《汉唐佛教思想论集》出版，成为中华人民共和国用马克思主义研究宗教问题的奠基之作。1962年至1963年始由任继愈主编的《中国哲学史》出版，并成为中国大学哲学系的基本教材。1964年，在毛泽东批示下，任继愈成立了中国社会科学院世界宗教研究所，并担任第一任所长。世界宗教研究所任职期间，任继愈与北京大学联合培养宗教学本科生，培养了大批宗教学研究人才。1978年底，在中国无神论学会成立大会上，任继愈首先提出儒教是宗教的论点。1980年起，任继愈