正的EVA」，冬月耕造则称Mark.06为「真正的神」。
Mark.06.造型与初号机有少许接近，头上有角及光环，涂装为蓝色，眼睛由红色V字型眼罩遮盖。Mark.06由SEELE在月球上建造而成，似乎是把月球上戴着近似七目耶和华之眼（即TV版的莉莉丝面具）的黑色巨人（可能是新剧场版的四个亚当之一）穿上EVA的装甲后作为EVA使用。在《福音战士新剧场版：破》结尾处，渚薰驾驶Mark.06以卡西乌斯之枪自空中投出刺中初号机，进而终止了第三次冲击。在《福音战士新剧场版：Q》中