南港机厂遭到洪水涌入，且持续蔓延至南港线。台北捷运公司在围堵失效后，决定停止所有列车营运，并准备将所有高运量列车全面撤至淡水线高架段。同日上午，因台北车站站前广场施工防堵发生缺口，导致洪水涌入台北车站板南线月台，并往东西漫延；下午，洪水自台铁松山车站经地下隧道流至台北车站，从台铁月台层一路转进淡水线月台，并往南北继续扩散。最终造成南港机厂、昆阳站－龙山寺站区段（板桥线、南港线）、古亭站－双连站区段（淡水线、新店线）、小南门站、高运量行控中心所有设备和部分列车泡水。之后除了木栅线于9月18日即完全恢复营运