里斯本主清真寺的原址，新建一座主教座堂。第一座建筑兴建于1147年到1200年代，为晚期罗曼式风格。当时，里斯本的主保圣人，萨拉戈萨的圣味增爵的圣髑从葡萄牙南部带回到里斯本主教座堂。在13世纪末，葡萄牙国王迪尼什一世兴建了一座哥特式回廊，他的继承者阿方索四世将主要的小堂改为哥特式风格的皇家先贤祠。1498年，莉娜王后在主教座堂回廊的一座小堂创建了仁慈堂，这个天主教慈善机构后来蔓延到其他城市，在葡萄牙及其殖民地扮演非常重要的角色。里斯本经常面临地震的威胁。在14世纪到16世纪，就曾经历了数次地震，不过最