气中的氮气与水化合来制造氨水，又被细菌利用来转化成其他有机化合物。有一些固氮细菌如根瘤菌在豆类植物的根部生长。根瘤菌与豆类植物组成了一种互利共生的关系，以氨水来换取植物提供的碳水化合物。然后，其他的异养生物又从植物中获取碳。这一过程包括细菌或真菌的遗体以发酵或降解的方式回到无机物状态。
菌根.菌根是生活在土壤中的真菌与植物根脉的共生关系。真菌帮助植物吸收矿物质，水和有机营养物质，同时吸收植物产生的糖类和氨基酸。菌根主要有两种：内生菌根（真菌插入根内），与外生菌根（真菌在根外形成外壳