依据疾病不同的位置，这些特征包括损伤或破坏有异常免疫反应的组织、改变器官的生长或功能。有些疾病只针对特定器官并仅影响某些组织，而另一些则是影响到全身组织的。疾病类别不同的病患可能有不同的体征和症状。
癌症.研究显示自体免疫性疾病与癌症有高关联性，罹患自体免疫性疾病会增加某些癌症的风险或机率。自体免疫性疾病透过各种机制引起发炎，造成发炎的方式并不会大幅影响罹癌风险，相对的，风险取决于自体免疫性疾病增加了癌症相关的慢性发炎。常见与癌症相关的自体免疫性疾病包括：乳糜泻、炎症性肠病（克隆氏症