立民政厅，马步云任厅长，总揽陕西省西部十余县的民政权。此时北洋政府派出的支援陈树藩的各省数万军队陆续进入陕西，而陈树藩又以省长职位诱使刘镇华的镇嵩军襄助，各路军队围攻靖国军。1919年3月，已在凤翔被奉军、甘军、直军、镇嵩军围困数月的靖国军第一、二路，在郭坚“联许倒陈”的策略下，由马步云与担任援陕总司令的奉军师长许兰洲“局部议和”，郭坚部接受许兰洲部改编。1920年，马步云离开了郭坚部，到北京闲居，其间翻译了日本人关一的《工业政策》一书。1921年，马步云回到陕西，任教于陕西法政学校（由西北大学改建）。