基金会取得法人设立许可，性质为财团法人，主管机关为总理府与外务省。1997年1月，该基金会开始发给韩国慰安妇慰抚金。1997年5月2日，该基金会开始在台湾受理慰安妇申请慰抚金，拟向每人支付慰抚金200万日元（约合新台币五十万元）。2001年1月，由于中央省厅再编，总理府改组为内阁府，外务省专任该基金会的主管机关。但在该基金会的赔偿计划公布后，由于赔偿金是源于日本国民捐献而非源于日本国库，因此遭到部份慰安妇强烈抗议，也遭到韩国、中国大陆、台湾等地舆论与政府勐烈抨击，称这是日本政府回避国家赔偿的措施，目的是让日