2009年第二季的盈利报告和记录达1,312亿日元亏损。传出日航将会申请破产的消息，其联盟寰宇一家宣佈一系列拯救行动，同时天合联盟的达美航空亦提出拯救日航的消息，令美国航空将提供日航的资金提升至14亿美元。2010年1月19日，日航向东京地方裁判所申请破产保护。2月9日，日航宣佈将加强与美国航空的合作关系，并将共同申请美日航线的反垄断豁免权。日本政府持有的企业再生支援机构（ETIC）于2010年向日航注资3500亿日圆。2011年3月1日，日航的波音747客机正式退役。自1970年启用的波音747客机，