馥等上疏说莫洛清正，在官有善政，乞求其留任以慰民望。康熙帝答复，“简用督抚，原以绥辑地方，爱养百姓。莫洛既能得民，其免处分，供职如故。”不久，升任刑部尚书。康熙十二年（1673年），吴三桂等奏请撤藩，康熙帝与廷臣讨论，均主张不撤藩，惟有莫洛与米思翰、明珠赞同撤藩。次年（1674年），吴三桂借口朝廷撤藩而反清，四川提督郑蛟麟等起兵叛应。二月，康熙帝命莫洛经略陕西，拜武英殿大学士，仍管兵部，赐以敕印，莫洛到任后，即调遣各路兵马征讨四川。当时郑蛟麟兵据广元百丈关，莫洛派遣都统马一宝、将军席卜臣赴汉中，副都统科