儿，就带着麾下二千名文武官吏跟着僧韶回建康。当时宋明帝有效管辖区域只有建康所在的丹阳郡而已，殷孝祖的入援，加上他手下的悍勇壮士，都足以安定建康的人心。宋明帝就进殷孝祖为冠军将军，假节督前锋诸军事，领兵进佔虎槛，以抵御来自寻阳的敌军。宋明帝更将皇室收藏的诸葛亮筩袖铠帽全部赐给孝祖。不过，殷孝祖自以他南归建康的忠诚，对诸将施加压逼，军中若果有亲人在寻阳政权那处的话都想治他们的罪，故此导致不得人心，人们都不想听他指挥。不久，孝祖进使持节、都督兖青冀幽四州诸军事、抚军将军、兖州刺史。泰始二年三月三日（466年4