女妖龙被命名时，被归类于独自的似鸟身女妖龙科。在2005年，瑞钦·巴思钵与小林快次针对似鸟身女妖龙进行亲缘分支分类法的分析，认为牠在似鸟龙科演化支的演化位置，比似金翅鸟龙与似鸟龙科还原始，但较似鹈鹕龙衍化。这个发现支持了似鸟龙下目是起源于下白垩纪的亚洲或欧洲，后来在上白垩纪前迁往北美洲的理论。