贤谋反，实权被陶晴贤所夺。此后大友义镇趁机攻入曾是大内氏领地的丰前和筑前地区，成为九州最大的势力。1587年（天正15年），丰臣秀吉在平定九州之后将小仓六万石封给毛利胜信。关原之战之后，细川忠兴成为新的北九州一带的统治者。他在1602年（庆长7年）修筑小仓城，开启了小仓城下町的历史。1632年（寛永9年），小仓藩第二代藩主细川忠利被转封到熊本，小笠原忠真成为新的小仓藩主，此后直到幕末为止，都是北九州地区的统治者。
明治维新到五市合併.明治维新之后，日本在1871年实施废藩置县，北九