以统管伊犁将军，直属中央管辖的阿尔泰地区则多次发生沙俄侵占，外蒙古军队叛乱事件。让伊犁、塔城、阿尔泰改归新疆政府直辖成为当务之急。民国五年（1916年），刘文龙赴塔城磋商改道之事。同年，塔城改参赞为道尹，改归新疆。民国七年（1918年），刘文龙到阿尔泰与陈毅都护共商阿尔泰归并事宜。民国八年（1919年），阿尔泰正式改区为道，设阿山道尹，并入新疆。民国六年（1917年），刘文龙处理了败于革命派的俄国皇帝派军队越境进入中国事件。刘文龙于1922年3月任新疆省教育厅厅长。刘文龙就任教育厅厅长后，杨增新除将北京