年后在赞岐国驾崩，享年46岁。一说是被三木近安暗杀。
流亡后的生活.根据《保元物语》记载，崇德上皇到达赞岐国之后，过着软禁的生活。其间，他投身于佛教信仰之中，发愿往生极乐世界，抄写了五部大乘经（法华经、华严经、涅槃经、大集经、大品般若经）并上献京都──关于此点，又有用墨抄写、用血抄写两种版本的说法。后白河天皇怀疑这是来自崇德的诅咒，拒绝接受这些抄写的经书，将之退还了回去。此后，崇德上皇对后白河天皇恨之入骨。据《国史略》载，崇德上皇发愿「愿为大魔王，扰乱天下。以五部大乘经，回向恶道。」