二二八事件发生后，杨基铨精神陷入紧张恐惧之中。1947年6月，杨基铨应台湾省政府农林厅厅长徐庆钟邀请到该厅水产科服务。1952年，杨基铨报名赴美进修考试。杨基铨报考水产部门及格。与工程部门录取的高玉树、公共卫生部门录取的许子秋、农业经济部门的李登辉等三十六位台湾籍青年获招募选取前往美国进修；随后，他在美国实习「水产行政」一年，并自该国渔业政策中获得启发。在美国期间，杨基铨曾与高玉树在华府同住两个月，得知高玉树打算参选下届市长选举，并希望杨基铨协助他推行市政。返台时杨基铨与高玉树同在东京下机过。