代其兄樊俊为梁兴郡太守，兼三州游军，随宜丰侯萧循讨湘州陆纳。到达巴陵，安营未整，陆纳夜袭，萧循大军混乱，军情危急时，樊毅指挥若定，身先士卒，与敌肉搏，奋战斩杀十余人，平定混乱。以功绩受位持节、通直散骑常侍、贞威将军，封夷道县伯。担任天门郡太守，进爵为侯。西魏军包围江陵，樊毅率兵救援江陵，江陵陷落，樊毅被岳阳王萧詧擒获。久后逃回。南陈建立，樊毅和弟弟樊勐响应王琳起兵。王琳战败，樊毅随王琳奔北齐，南陈太尉侯瑱派使者招降樊毅，樊毅率子弟、部曲归顺陈朝。561年（天嘉二年），受位通直散骑常侍，随侯瑱攻打巴州、湘