初时经历了一段繁荣时期，当时数学系、天文系与地理系尤其能吸引国外的很多学生就读。拉丁语系、希腊语系、希伯来语系和文学系同样很受欢迎。学院到16世纪中期时危机四伏，到17世纪初时退步到盲从于反宗教改革的地步。耶稣会在内讧中占据优势，在1579年于维尔纽斯建立一座大学学院，但他们未能接管克拉科夫学院。在这种条件下，很多人选择到国外继续求学。齐格蒙特一世建立了现存的文艺复兴风格瓦维尔城堡，他和他的儿子齐格蒙特二世支持知识界与艺术界的活动，身旁都围绕着具有创造性的精英们。他们这种对知识分子与艺术家的资助为神职人