和平计画皆有所偏袒而不被全体所接受，故一直到1995年10月战争才结束。最终，波黑维持独立，由塞族共和国与波士尼亚与赫塞哥维纳联邦两个政治实体所组成。波赫战争结束后隔年，塞尔维亚的自治省科索沃也开始了独立运动，南联盟也以武力镇压，引来了北约的干涉，「科索沃战争」爆发。最终南军放弃其军事行动，科索沃被转交给北约管辖。2000年10月，米洛舍维奇下台，由温和派的沃伊斯拉夫·科什图尼察接任南联盟总统，南联盟与欧洲和北约关系开始好转，并逐渐走向民主化。随着时间过去，南联盟中蒙特内哥罗与塞尔维亚之间不平等的问题逐渐符