过程期间，主开发人员蔡明宏需要去服兵役，因此整个故事被分成两个。亦因如此，轩辕剑和轩辕剑贰的人物相同，故事亦有连贯性。官方对此两款作品的定位是「神幻奇想」，故事设计时并没有明确的时代背景，及后为了对整个系列确立一个世界观，将轩辕剑的时间定为夏末至商到西周时期。本作在当初制作之时并没有考虑与历史的结合性，因此在后来大宇将轩辕剑以及轩辕剑贰划归到「上古~商朝」的故事区段后，新加入的玩家对于轩辕剑和轩辕剑贰中不断出现椅子等不合时代的东西经常感到困惑。值得留意的是，因为发售时未达到原定开发的进度，轩辕剑中三