统，当时陈肇敏已退伍，马英九却挑选离开军中四年之久的陈肇敏出任。除了有为多人强争大位的局面解套外，陈肇敏的台湾省籍背景可能是获得出线的重要原因之一。
陈水扁319枪击案失言事件.2008年5月21日，陈肇敏以新任国防部长身份列席立法院国防委员会备询时，曾经语出惊人地表示三一九枪击案「陈水扁肚子的枪伤，根本就不是在2004年3月19日当天在台南市金华街第一现场所造成。」等话，曾引起一阵譁然。 
88风灾拍照延宕救灾进度事件.2009年8月，因莫拉克台风造成南台湾