士丁尼的统治下，圣索非亚大教堂开始动工。这座教堂后来成为东罗马宗教生活和东正教的中心。
第一次中衰与希腊化.查士丁尼一世给他的继承人留下了一个空空的国库，而他的继承人也无法对付所有边境上突然出现的新敌人。在查士丁尼时代，最早的斯拉夫人（542年）、阿瓦尔人（557年）就已经穿越了多瑙河。由于帝国的重兵集结在东部边境，以对抗萨珊王朝，因此他们得以从帝国的西北部趁虚而入。斯拉夫人打垮了驻扎在伊斯特拉半岛上的帝国军队，并夺取了亚得里亚海沿岸的所有主要城市，摧毁了多瑙河以南的帝国防务体系。