首领多由世袭产生，但须经明朝政府认可后方生效，并且须按规定前往京师北京朝贡。建州三卫的统治范围大致上由东北至图们江流域、东南至鸭绿江、西至开原及辽东边墙一带，早期归属奴儿干都司，奴儿干都司废除后改属辽东都司。明末努尔哈赤统一建州女真各部反明，并于万历四十四年（1616年）建国号金，建州三卫的建制废除。