，从高到低分别为：大慈法王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛。正德五年，大慈恩寺的住持的地位和大隆善护国寺住持的地位相同。正德五年六月壬辰，“大慈恩寺佛子乳奴领占升为法王”。明朝嘉靖年间，朝廷开始崇尚道教，排斥他教。由于大慈恩寺为藏传佛教（喇嘛教）寺院，内驻“番僧”。嘉靖二十二年三月癸酉，“初，禁苑北墙下，故有大慈恩寺一区，为西域群僧所居，至是，上以为邪秽，不宜迩禁地，诏所司毁之，驱置番僧于他所。”由此，大慈恩寺被毁。《礼部志稿》载，“嘉靖十年，右春坊右中允廖道南请改大慈恩寺兴辟雍以行养老之礼。