拉寺、哲蚌寺僧兵攻打驻守拉萨的藏巴汗军队。次年（1618年），彭措南杰平定了动乱，使前藏大部分地区也臣服于藏巴汗。现代藏学一般将1618年定为藏巴汗取代帕竹政权统治西藏地区的开始。但此时的帕木竹巴世系并未消亡，阐化王（帕竹第悉）的名号仍具有号召力。清崇德八年（崇祯十六年、1643年），“阐化王及河州弘化、显庆二寺僧、天全六番、乌斯藏董卜……先后入贡，献前明敕印，请内附矣”。顺治、康熙之际，统治后藏的和硕特顾实汗已死，五世达赖年迈，执掌权柄的第巴桑结嘉措多次冒用阐化王的名义遣使入贡，请赐敕印，被清廷察觉。