处车务组管理。抗战期间，车站改由华中铁道管辖。抗战胜利后车站隶属津浦铁路管理局浦口分局车务处管理。南京被解放军控制后，车站由南京市军管会两浦分会接管，后转隶济南铁路局。1953年起，车站由南京铁路分局管理。1970至1971年间，车站隶属两浦（浦口、浦镇）站区。1972至1978年间，本站曾改名浦口中心站。1999年时，本站还下辖东葛站、永宁镇站、林场站、梅桂营站和浦镇站五个车站。2006年3月21日，原南京北直属站整体建制划归南京直属站管理，后又于2011年3月28日改由南京东直属站管辖。Se