II在商业、家庭与学校用户之间很普及，特别是在第一款试算表软件“VisiCalc”发布后。这个软件一开始只能在Apple II上运行。Apple II本来运作时只有一开机ROM里内建的BASIC程式语言直译器可用，后来才随着软碟机的加入而有“Apple DOS”。最后一版的Apple DOS是「Apple DOS 3.3」，后来Apple DOS被ProDOS取代来支援分层文件系统以及较大容量的储存设备，能使用软碟或硬碟。此外 Apple II 也可以使用 UCSD Pascal 作业系统，UCSD 二