初期沿用明朝旧制。清朝顺治十年（1653年）、康熙二十八年（1689年）、干隆九年（1744年）、干隆十六年（1751年）均曾修葺慈宁宫，将其作为皇太后居住的正宫。其中，顺治十年（1653年）为依旧制重建。干隆元年（1736年）拆除了西侧的外宫墙，辟建寿康宫；将慈宁宫主宫区的内宫墙辟为慈宁宫外宫墙，将内宫墙的廊房改建成围房；将西侧副宫区的后部建筑移到慈宁宫后面（北面），与原“宫后舍”统一规划改建成寿中宫、寿东宫、寿西宫（即中宫殿、东宫殿、西宫殿），并且在原慈宁宫东侧的外宫墙增开了慈祥门，作为这后三宫的进出通