攻击机单位总数便仅有18-24架，而侦察机编制的飞行战队多半只有2个中队，因此实际编装仍得参考各部队实际运作而定。战队队长由于需要同时管理战斗单位与后勤单位，由于后勤单位是大队编制，故主官职阶至少需要中佐级别始可合乎指挥链，实际配置时多半是资深中佐或大佐；不过在1941年开战前因快速扩军已经无法顾及职阶问题，主官多是由一般中佐或是资深少佐；到日本战败前主官职阶多半维持在此标准。战队分成战斗与侦察两种类型，飞行战队由飞行团管辖，而飞行团由飞行集团指挥，1943年飞行集团改称飞行师团，并在上方增设航空军