与其过度依附日本及美国的政治路线之后，李登辉在1999年5月聘请新一届国家安全会议谘询委员时不再续聘戴国煇；后来戴国煇担任中国文化大学历史系专任教授，并在国立政治大学兼课谋生。2001年1月9日，戴国煇因为感冒引发败血症病逝于台大医院，享年70岁；其骨灰海葬洒于台湾海崃。