分别设于古代馆及现代馆内
新址.新馆楼高4层，总面积为4,400平方米，比赤柱旧址大5倍，有19间展览馆，其中两间供予租用，馆藏达3,000件，并设有资源中心、咖啡馆、礼品店和航海精品廊。新址引入了不少科技元素，例如将记叙清朝嘉庆年间清朝廷扫平海患的《靖海全图》以高科技数码扫描修化为动态版本，重现清朝水师围剿海盗的事蹟等，当中记叙了在大屿山对出海面与张保仔的大战；卷轴由20幅精致绘图组成，全长达18米。《靖海全图》动态版本分为两个部分，一方面360度投射将其于巨型幕墙上，使到观众