巫统改选中站在元老派的阵营，结果以微差的票数败给宏愿队的拿督斯里纳吉、丹斯里慕尤丁及丹斯里莫哈末泰益，失去副主席的职位，但他仍被委任为巫统最高理事会成员。1995年12月30日，阿都拉宣佈参选1996年巫统副主席职位，最终顺利获胜。1998年亚洲金融风暴，马哈迪为免被党内派系逼下台，把安华革职，1999年1月8日，马哈迪改组内阁，委任原外交部长阿都拉·巴达威为副首相兼内政部长，中止了外界对副首相人选的猜测，也使阿都拉一跃而为万众注目的政坛明星。阿都拉作为巫统元老及资深内阁部长，的确具备了出掌这两个重