直到织田信长上洛以后才有改善。信长需要借由天皇的权威，发出给敌对势力的和谈敕命。包括1570年时对朝仓义景、浅井长政，1573年对足利义昭，1580年对石山本愿寺等数次战争，都是以正亲町天皇的名义发出和谈敕命，为此信长尊重天皇。信长死后，政权逐渐移转至丰臣秀吉手上，天正十三年（1585年）正亲町天皇任命丰臣秀吉为关白，并赐姓丰臣氏。隔年天正十四年（1586年)再任命丰臣秀吉为从一位太政大臣。秀吉也採取了利用天皇的态度，使天皇权威提高，并恢复皇宫的修理与朝廷的仪式。于是织田信长、丰臣秀吉与正亲町天皇三边，互相