为了推卸自己的责任，诬告陆恩爵的儿子、练勇陆世孝“通匪”。倪毓棻遂处决了陆恩爵、陆世孝。1913年10月至1916年4月，倪毓棻任皖北镇守使。1915年，安武军成立后，他曾任安武军统领。他还曾获授陆军中将，并获四等嘉禾章，二等文虎章。1916年，在护国战争中，被任命为安武军行营司令，率安武军赴湖北、云南讨伐护国军。1917年府院之争中，随倪嗣冲反对黎元洪，率部开赴天津，事定后率部返回安徽。1917年8月8日（农历六月二十一日），倪毓棻在蚌埠病逝。