保留区位于黑潮支流、南海季风流、及潮汐流交会处，邻近海域蕴藏丰富的渔类资源。鸟类大多为冬季候鸟和过境鸟，常见鸟种包括黄足鹬、大苇莺和家燕等。夏季候鸟以苍燕鸥和白眉燕鸥较多，其次为小燕鸥和红燕鸥。澎湖县野鸟学会2014年6月在保留区内的鸡善屿发现有黑嘴端凤头燕鸥在此繁殖，是马祖列岛、韭山列岛后，确认的第三个繁殖地。
台湾世界遗产潜力点.「世界遗产」登录工作有许多前瞻性的保存观念，为使国人保存观念与国际同步；2002年初，文化部（原：行政院文化建设委员会）陆续征询国内专家及函请县市政