郑成功时代之壮盛，耿精忠一开始甚为轻视。但郑经以厦门为根据地，陆续攻下漳州、泉州与潮州三府，进而攻下闽粤交接的重要据点惠州。郑经于攻下多座城市，商请耿精忠如约拨船及地方安插兵士。耿精忠不答，双方开始交恶。1680年代始，广东平南王尚之信、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦去世，明郑势力败退仅能守住厦门。1680年，清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并率残余兵力回台，至此，明郑在闽南的势力再度消失。Section:::