影响而迁拆的佐敦道码头为总站的路线。但由于广深港高速铁路工程影响，佐敦（汇翔道）亦须被迁拆。该总站已于2009年12月20日永久封闭，并由佐敦（渡华路）及九龙站两总站取代。总站旁边设有旅游巴士及电单车停车场，于2009年12月19日下午四时迁往佐敦（渡华路）总站旁边的停车场，并于傍晚七时封闭入口。
历史.佐敦（汇翔道）总站位于旧佐敦道码头巴士总站的西南方，于2003年2月23日启用，用以替代受九龙南线柯士甸站工程影响的佐敦道码头巴士总站。总站东面的客车停车场则于于2005年9月