达3.5万件，约佔所有文物的三分之二。1909年8月22日，学部左丞乔树楠命陕甘都督毛实君封存莫高窟藏经洞。1910年，朝廷命新疆巡抚何彦升将敦煌遗书运至北京；押运官傅某至北京后，不直接向学部复命，暗中把车队赶进何震彝私宅；何震彝与岳父李盛铎，还有刘廷琛、方尔谦等四人，翻阅了车上全部的敦煌遗书并取走。8000余卷敦煌遗书，被官员截留不少；这些文物经过儒官的精选，都是上等文物。
整理.藏经洞内有大量的佛家典籍，例如《妙法莲华经》、《大般若波罗蜜多经》、《金刚经》、《维摩诘经》、《