在1962年10月起担任台大物理系的系主任。1965年，台湾行政院国家科学委员会成立物理研究中心，许云基则和沃尔夫冈·克洛尔一同成为台大物理系于该中心的讲座教授。
晚年.1985年，许云基从台大物理系退休，并在1989年与沃尔夫冈·克洛尔一同成为台大物理系的名誉教授。在他退休后，由于原子核实验室空间不足，导致其加速器被迫拆解，但林松云和许玉钏二位技师因为不舍而将其零件四处分藏各处近二十年。他们二人甚至将那些零件分藏在仓库、地下室、浴室天花板等处。到了2004年，台大物理系决定重组该