熙二十年（1681年）均曾重修。旧时遇到干旱，附近几十里的水源都枯竭时，唯有黑龙潭水终年不绝。无论雨量多大，黑龙潭水也不涨；干旱时，黑龙潭水也不下降。黑龙便成为传说中掌管云雨之神，对逢干旱求雨者，有求必应。村民为答谢黑龙之恩，出资出力供奉龙王庙。明朝万历帝和清朝康熙帝、干隆帝等皇帝，均曾来此处祈雨、观潭。为此，龙王殿南侧还兴建了供皇帝休憩的行宫数十间。传说，干隆帝88岁时，还曾亲来该庙向龙王叩头。为此，干隆帝破例将该庙顶上的绿琉璃瓦换成皇家专用的黄琉璃瓦。明清两朝，黑龙潭祈雨活动规格高、规模大。