地铁工程让路，车站被“镜像对称平移”——仅钟楼部分保留了原建筑，而钟楼以北的部分被拆除，在钟楼南侧重建，但整体大致保留了原来的风貌。1990年代，拆除剧场，车站被改建为“老车站商城”和“电讯市场”，成为各路小商贩的聚集之地。直到2001年，方成为北京市文物保护单位。
成为博物馆.2005年7月6日，北京市人民政府发函建议北京铁路局腾退商户，将老车站改建为博物馆。2006年，清退商户的工作正式开始。2007年开始，铁路部门组织对车站进行修复。2008年，成立北京铁路博物馆筹建部。20