封瞿昙寺创寺僧人三罗喇嘛（即三丹罗追）为大国师，授西宁卫僧纲司都纲，并封土地、划林地，派兵保护寺院，连年布施及赏赐宝物，使瞿昙寺成为安多政教合一的大寺，是明朝同青海藏区进行联系，推行“抚边”政策的枢纽。
卓仓.经过发展，瞿昙寺在明朝逐渐成为雄伟的宫殿式建筑群。控制瞿昙寺的来自西藏卓窝垅的桑杰扎西的家族也逐渐成为湟河地区的重要地方家族势力，该家族因“卓窝垅”而得名“卓仓”。因为桑杰扎西是玛尔巴译师的后裔，所以有时将“卓仓”也称作“玛尔仓”，但“玛尔仓”一名用得不广。明朝宣德年间以前，