之后，士林地检署检察官陈瑞仁将林肯建设负责人李宗贤 等6名建商与台北县政府农业局、台北县政府工务局等14名官员提起公诉，具体求处有期徒刑5年6个月至12年不等。1998年9月29日，士林地方法院判决李宗贤有期徒刑10年6个月、褫夺公权七年；涉及图利罪及伪造文书的14名台北县政府官员，除了林文能无罪、陈志铭移民澳洲未拘提到案外，其余被告则分处有期徒刑2年至9年不等；19名被告均无到场，受灾户的民事赔偿转由民事法庭审理。
国家赔偿案.23位林肯大郡受灾户于1998年向台北县政府提出国家