宣佈上任开始，由于被怀疑是因为「卡管」的政治任务而上任，所以蓝营立委就一直针对他的争议连番攻击，包括在东华大学校长任内在海外成立公司的争议等。5月24日，国民党立委柯志恩在委员会质询，揭发吴茂昆在2005年，担任行政院国家科学委员会主委期间未申报就参与在中国杭州举行的国际学术高峰会，当时吴茂昆原定去苏州参与会议，但在当时香港科技大学校长朱经武的邀请下，转到杭州参与国际学术高峰会。违反了当时的规定，柯志恩质问吴茂昆违法是否下台，他一开始就直接地答违法就下台，但柯志恩表明有证据来证明他没有申请，他就支吾以对，说