7年抗日战争爆发后，《中美日报》创刊，张若谷应邀参与编辑，发表中文及英文文章，号召抗日，遭汪精卫列入82名抗日分子黑名单。1941年9月24日，张若谷在上海法租界被日本宪兵会同法国警察逮捕，舆论哗然，日本及汪精卫方面被迫释放了张若谷。1943年，畲山进教之佑圣母大殿由圣座册封为乙级宗座圣殿，张若谷为此创作《畲山圣母歌》两首，词曲皆为其所作。1945年抗日战争胜利后，张若谷赴南京任南京总教区总主教于斌的私人秘书，天主教《益世报》南京版编辑。中华人民共和国成立后，1955年9月8日，张若谷因宗教原因被抄