奎纳多任总统。共和国执行《马洛洛斯宪法》，代替了原埃米利奥·阿奎纳多建立的革命临时政府。宪法规定菲律宾共和国的立法权属于由一院制选举产生的国民议会，行政权属于议会选出的总统，司法权属于首都的高级法院以及依法建立的各级地方法院。宪法宣布保护私有财产，规定政教分离，国民享有基本人权。根据1898年6月18日和20日通过的法令，处于菲律宾第一共和国实际管辖范围内的地方政府很快被重组。马洛洛斯的国会通过的一项重要法令之一是通过提供国家贷款来平衡菲律宾共和国的大额开支。在1898年6月12日《菲律宾独立宣言》