但丹羽的任命从一开始就充满争议，主要被指责的是他作为日本五大贸易公司之一的伊藤忠商事董事长，与中国有千丝万缕的利益关系，而且对华关系重要、他没有外交经验等。不过民主党坚持正因他是商人，所以有利发展中日经济关系。争论持续到丹羽上任后3个月，中国渔船与日本巡逻船钓鱼岛相撞事件后关系大幅恶化，民主党政权内也传出了叹息，更迭的传闻便不绝于耳。2012年，在接受英国《金融时报》访问时表示反对东京都购买钓鱼台之计划，对取得多数民众认可的购岛计划予以批评。为此，日本官房长官藤村修紧急表示丹羽宇一郎的此发言不代表日本政