革命时，国军为防止南疆民众支援三区革命，对巴仑台严加防守。1970年代，巴仑台成为新疆战备建设重点。当时中央定的战略方针是，一旦苏联入侵新疆，新疆部队依托天山独自作战，长期固守。所以位于天山腹地的巴仑台被建为战时指挥中心及战备物资基地，并大量驻军。兴建南疆铁路时，出于战备考虑，线路也经过巴仑台。后来，驻巴仑台的大部队撤走，但此地仍一直是军事要地，据说直到20世纪末仍不对外国游客开放。由于军事意义下降，新修的南疆铁路乌鲁木齐至库尔勒段改为直行，绕开了巴仑台。如今巴仑台早已对外国游客开放，例如2006年入秋之后