头角小童提供教育，故赖存忠神父于1968年9月命谢鸣之神父创办此校。后改由另一位同是玛利诺会所训练的神父刘文修继任校监。及后因神父们工作繁重，曾由王昌云先生兼任校监及校长，不过于1976年又由另一玛利诺会士江天文神父出任校监，及至1982年8月交由天主教香港教区续办。上午校2000年9月迁往乐华邨同时改名为乐华天主教小学，下午校留守原址同时转为一所全日制小学。牛头角天主教小学最后一届小六学生于2002年毕业，校舍交回香港政府并随后于2003年开始清拆工程；而未完成课程的学生，则转入乐华天主教小学继续学业。