争议事件.
宇昌案.2011年12月12日，在2012年中华民国总统选举前30天，中国国民党马英九政府由行政院经济建设委员会主委刘忆如出面指控宇昌案涉及不法，翁启惠发表声明认为目前舆论对民进党总统候选人蔡英文不太公平，不久后翁表示该声明不一定是针对蔡英文，所有参与的人都有责任呈现事实，帮助社会了解前后过程。2012年1月14日总统选举，蔡英文败选；同年8月14日，特侦组查无不法事实，签结此案。
浩鼎案.2016年3月23日，时任中研