选结束后，一些蔡英文支持者在网路上质疑，新潮流系掌控的民进党地方党部，例如台南市党部，在开票时没有派人监票，涉嫌「暗中配合国民党作票」导致蔡英文落选。民进党无回应。2012年12月31日，詹钖奎披露，曾有人在《自由时报》内部会议中委婉劝告该报创办人林荣三不要利用媒体公器襄助新苏连，反而被林荣三大骂「不支持苏贞昌，要支持谁」。2013年8月15日，蔡百铨在《台湾守护周刊》发表「2012年大选谁出卖蔡英文」。2015年6月11日，再发表「蔡英文，新潮流这么值得您信赖吗？」。2015年10月2日，又在民报