们多醣类荚膜的抗原性结构而分类。五个血清群：A型、B型、C型、Y型及W135型差不多是造成所有人类患病个案的血清群。其他菌株包括29-E型、H型、I型、K型、L型、X型及Z型。
疫苗.从疫苗的制备工艺上，可以分为：现时美国有两种疫苗可以阻止脑膜炎双球菌疾病。商品名为「美那克查（Menactra®）」的疫苗适合11-55岁的病人。商品名为「美诺蜜（Menomune®）」的疫苗则适合其他年龄及旅行者。另外，亦有两种四价的脑膜炎双球菌疫苗（专针对A型、C型、W135型及Y型），