并由总督统领闽浙台三省，时命设「台湾巡抚」。1887年，台湾宣告正式建为行省，正名改称为福建台湾省，巡抚亦更名为福建台湾巡抚，简称台湾巡抚。福建台湾巡抚总管台湾军政兼海关学政，依例加都察院右副都御史衔，在官职上属巡抚官衔，品等为从二品，依例若加兵部侍郎衔后升为正二品。在官饷方面，福建台湾巡抚年薪约为白银155两，养廉银则达一万两，而当时工人、差役一年薪饷则约为20至30两银钱。