会被牠的胃齿臼磨碎，并在肝胰脏消化。南极磷虾亦可以捕食桡足类、端足目及其他细小的浮游动物。牠的食道是一直管，而消化效能则不是太高，因而其粪便仍有大量的碳。在水族箱，有发现南极磷虾会互相吃对方。当牠们在水族箱内没有被餵食时，牠们会脱壳缩小体型，这是其他动物所没有的。这可能是牠们对在冬天食物供应限制的适应。
泸食性.南极磷虾可以直接利用浮游植物的细胞，这不是其他相同体型动物所能做到的。牠使用那高度发展的前足，作为有效的过泸器官，来进行泸食性摄食的： 在胸部的6只胸足形成一个非常有效