天正11年（1583年）因为大雨，上杉家败北。兼续于是整治了主流不定的信浓川、开凿支流中之口川，奠定现在新潟平原的基础，然后逐渐挤压新发田家的空间。天正13年11月20日（1586年1月9日），佔领了新潟城和沼垂城，取得新潟港的控制权。失去经济来源的新发田重家很快衰败。天正15年10月23日（1587年11月13日），兼续和藤田信吉一起攻陷新发田城的支城：五十公野城；之后于10月28日立刻攻佔了新发田城，结束战争。天正16年（1588年10月7日），与须田满亲、色部长真等人一同接受丰臣秀吉赐姓丰臣，以丰