执政者不悦，改太常卿。黄巢之乱，孔纬跟随唐僖宗幸蜀，改刑部尚书，判户部事。宰相萧遘在翰林时，与孔纬不合。于是，因户部取给不充足，将孔纬移为散秩官职，改太子少保。光启元年（885年），从驾还京。是时田令孜军败，沙陀逼近京师，僖宗移幸凤翔，邠州节度使朱玫引兵来迎驾。田令孜挟僖宗逃往山南。因为是半夜出逃，百官来不及扈从，随驾者只有黄门卫士数百人而已。僖宗停驻宝鸡等候百官，诏授孔纬御史大夫，遣中使传诏，令孔纬率百僚赶赴行在。时京师急变，从驾官属至盩厔都被乱兵所剽窃，资产装备殆尽。孔纬受命见宰相论事，萧遘、裴