恢复基本运作。学校主楼在离旧址500公尺处重建，几乎完全保留原来的设计。到了2004年1月时，大学里只有24台电脑。作为重建计划的一部分，喀布尔大学与四所外国大学建立了合作关系，其中包括普渡大学与亚利桑那大学。此外，资讯技术中心成立于2002年，由德国学术交流总署和柏林工业大学合作。阿富汗国内高等教育学生人数从2002年的22,717人增加到2008年的5651人。到2008年，该大学有9,660名学生，其中2,336名（24％）为女性。2007年，伊朗向喀布尔大学捐赠25000册书籍，另向牙医系捐赠8