二波巨大海啸于第一波海啸抵达10分钟之后就侵袭了奥尻岛西部。奥尻岛南部青苗地区是巨大海啸灾害最严重的区域，当时居民有1,401人，罹难或者是失踪达109人，负伤有129人，住宅全毁有400栋。
火灾.青苗地区在海啸侵袭后发生9件火灾，当时东北风风速为10公尺，导致火灾迅速蔓延。深夜10点40分左右，青苗北部旅馆就开始失火。凌晨12点30分，渔业协同组合仓库、食堂也都发生了火灾。最后火灾延烧面积约5公顷，烧毁有192栋房屋。青苗地区最后只有17栋房屋未被烧毁，其他房屋都遭到了破坏