也积极调查石器、古坟等遗物。指出学界权威关野贞错认为高句丽古坟者应属汉人，证明汉人在当时己移居朝鲜半岛，为一巨大发现，但他亦因此于后来遭排斥。1919年，前往西伯利亚，以黑龙江流域为中心进行原住民调査。1930年代之后，前往中国北方，将其研究主题转向辽朝。1923年，就任国学院大学教授。1924年，辞去东京帝国大学教职，于自宅设立鸟居人类学研究所。1928年，以自己的名义为上智専门学校向文部省申请并完成升级手续，成立上智大学。随后，任该校文学部长与教授。1933年，辞去国学院大学教职。