统贝拉克·奥巴马宣布，盖茨将继续在自己的内阁担任国防部长一职。盖茨是历史上第14位为来自不同党派的两位总统服务过的内阁成员，也是当中的第一位国防部长。盖茨在奥巴马内阁上马后的当务之急就是反省美军的阿富汗战略。盖茨作为在总统继任顺序的第六顺位，在奥巴马的就职典礼时被选为指定幸存者。
退出政坛后.盖茨和Anja Manuel以及前同事康多莉扎·赖斯、斯蒂芬·哈德利共同成立了一家策略分析公司—赖斯哈德利盖茨事务所（RiceHadleyGates LLC）。2011年9月6日，威廉与玛