39年，转任兵站总监部第十六兵站少将分监，曾为参加桂南会战的中国军队星夜调运军需弹药。1940年起，调任广西绥靖公署少将高级参谋，策划地方治安事宜。1944年秋，日军进攻桂林、柳州等地，11月10日侵占桂林。史蔚馥随部撤退，在永福县境遭遇日军第十三师团，力战不敌被俘。日军第十三师团长赤鹿理设席置酒，劝诱他投降。史蔚馥严词拒降，并于席间痛斥日军侵略罪行，后被乱刀刺死。
荣誉.1947年4月12日，中华民国国民政府明令褒扬。2015年被中华人民共和国民政部列入第二批600名