而在2003年则发生了150宗，占世界海盗事件的三分之一。为了对抗海盗，马来西亚、印尼、新加坡、泰国四国海军于2004年7月开始已经增加了巡逻次数，要全年全天候巡逻马六甲海峡。
恐怖主义的威胁.由于马六甲海峡宽度最窄处的新加坡海峡，只有2.8公里，而其深度只有25米。很多专家担心若恐怖份子将一些船在这些地区弄沉，将会对世界经济造成巨大损失。
印尼造成的烟雾.由于印尼常发生森林大火，有些印尼人又有烧森林进行火耕的传统，结果马六甲海峡常出现烟雾。影响了航行