9年3月初，中华全国学生第14届代表大会时，毛泽东在北平香山接见学生代表，袁永熙被认为不符合条件而被排除在接见之外。会后，他被分配到团中央学生部担任秘书主任、副部长。1953年，调任中共清华大学党委书记（校长为蒋南翔）。1956年被撤职，改任校长助理，蒋南翔继任党委书记。1957年，袁永熙被打成“右派分子”，并被扣上“阶级异己分子”的帽子。因此，他再度被开除中国共产党党籍，陈琏被迫和他离婚，袁永熙被下放到北京郊区南苑生产队劳动改造。其间，他放羊、喂猪、掏厕所，已多年患肺结核的袁永熙又染上了羊身上的布鲁氏