成，以产生对不同DNA序列特异的大小不同的扩增子。通过一次靶向多个序列，可以从一次测试运行中获得其他信息，否则将需要数倍的试剂和更多的时间来执行。每个引物组的退火温度必须经过优化，以在单个反应中正确地起作用，并且当通过凝胶电泳观察时，扩增子的大小（即其碱基对长度）应有足够的不同，来形成不同的条带。如果扩增子大小重叠，则可选地可以使用已经用不同颜色的荧光染料染色的引物来区分和可视化不同的扩增子。市面上已有用于PCR的商业多路复用试剂盒，并被许多法医实验室用来扩增降解的DNA样品。
应用