大规模修葺扩建，两年后的康熙三十六年（1697年）工程竣工，康熙帝赐寺名“崇福寺”。第二世内齐托音唿图克图还奏请康熙帝恩准，修葺了大召和席力图召。1698年，第二世内齐托音唿图克图成为归化城掌印扎萨克达喇嘛，喇嘛印务处也改设于小召，自此小召的宗教地位超过大召，民间遂有“大召不大，小召不小”的说法。康熙四十二年（1703年），在小召内建成了敕建满文、汉文、蒙古文、藏文四体文字的《圣祖御制延寿寺碑》及碑亭。小召的喇嘛受到清朝皇帝许多恩典，比如独许应用蒙古文佛经。小召东面有慈灯寺，原是小召的一个属召。