巾军与元兵战于吉安，书院大部被毁，两年后又遭大水。至正十五年重建。入明以后，白鹭洲书院渐成遗迹。明嘉靖五年（1526年），知府黄宗明重建白鹭洲讲堂。嘉靖二十一年因白鹭洲易遭水患，迁书院于仁寿山慈恩寺，改名鹭洲书院。隆庆元年（1567年）书院改为庐陵县学。万历元年（1573年），书院迁城北。经过两次迁徙，书院已名存实亡。万历二十年 (1592)，知府汪可受将书院迁回白鹭洲，主持修筑了吉台、永堤以加强防洪，修复并扩建了宋时以来的堂、楼、亭、阁等，新增三坊、十学号房等，并增置院田，确保书院经济来源。汪可受因中兴白