6年，中法战争于台湾发生俗称西仔反相关战事，战事过程中，孤拔所属法国舰队轻易攻佔澎湖，因此，清朝政府将澎湖水师协升格为澎湖水师镇，直接受台湾巡抚或之下的台湾道制约。不过从水师协升格后水师镇的的此清朝军事单位于1895年的甲午战争末期，遭日军击败。并在台湾日治时期开始后，加以裁撤。