通过严格审查，这使得大学失去学术自由。其中原本将会由新国王任命的柏林洪堡大学教授弗里德里希·谢林审查马克思的博士论文，但马克思博士论文里哲学高过神学的争议立场不可能被反对黑格尔的保守派教授所接受，所以马克思将博士论文改寄给萨克森-魏玛-艾森纳赫大公国的耶拿大学审查博士资格，最后于1841年4月由该学校教授授予哲学博士学位。马克思和鲍威尔都是无神论者，1841年3月两人开始计划创办杂志《无神论档案》（Archiv des Atheismus），但是最终没有实际行动。同年7月，马克思和鲍威尔从柏林前往波昂，并且