还手敕予以赦免，长寿二年（693年）九月还升他为行鸾台三守侍郎、同凤阁鸾台平章事，为实质宰相。证圣初年（694年末），武则天不满权相李昭德，将其外贬，宰相周允元和司刑少卿皇甫文备上表弹劾陆元方和其他几位宰相——内史豆卢钦望、同平章事韦巨源、杜景俭、苏味道不能匡正李昭德。五位被弹劾的宰相都被贬为刺史，陆元方被贬为绥州刺史。陆元方不久又被召回任检校春官侍郎，又转试天官二侍郎、尚书左丞兼司尉卿。一次，他被弹劾只选拔朋友做官，武则天愤而免其官，只许他白身履职。陆元方继续推荐官员，武则天问他怎敢如此，他答：“