殿是后世加建。1990年代，八座三怙主殿中的南、西、北三座重建。原来东殿的三怙主石刻等，现供奉在布达拉宫东面山脚处。从林廓南路向西行至十字路口，西边便是南方三佑怙殿。从阿尼仓空寺出来沿顺时针方向走，很快便可到达。南方三佑怙殿是甘丹寺的属寺。其旁边有甘丹寺开的小店铺。南方三佑怙殿门口悬挂的匾额上题有藏文、汉文、英文，其中汉文为“南方三佑怙殿”。进门便为摆着转经筒的转经道，经过转经道便是院子（天井），由僧房与大殿合围而成。僧房上种有鲜花。大殿共两层，一层为佛堂，除供奉宗喀巴之外，还供有甘丹寺的黑白照片。