1979年中美建交，因应时局的变化神学院设立附属「基督教社会研究所」，郑担任所长，同时于长老教会信仰与教制委员会主委任内开始研拟长老教会「信仰告白」。年底即发生高雄美丽岛事件，教会有关人士多位受牵连。隔年林宅血案发生，4月总干事高俊明牧师被逮捕。再隔年陈文成事件发生，郑牧师等教会人士冒着生命危险牧会关怀遗族眷属。1980年前后郑牧师出任「教会公报」社论主笔和理事长。1994年他于台南神学院开设「台语文化教室」，推动台湾母语文化建设。2002年他正式二度退休，出版了《押韵诗篇》与《台湾翠青》- 基督信