干清宫和坤宁宫同时烧毁，正德十四年（1519年）重建干清宫和坤宁宫。万历二十四年（1596年）干清宫和坤宁宫又被烧毁，万历二十六年（1598年）重建竣工。清兵入关以后，干清宫在顺治十二年（1655年）重修。清朝嘉庆二年（1797年）干清宫发生火灾被烧毁，嘉庆三年（1798年）重建，现存的干清宫便是此次重建后的形制。关于明朝正德九年正月十六日晚发生的火灾，《武宗实录》载，“正德九年正月庚辰。上自即位以来，每岁张灯为乐，所费以致万计。库贮黄白蜡不足，复令所司买补之。及是宁王宸濠别为奇巧以献，遂令所遣人入宫悬