藩王便进行了叛乱，史称“三藩之乱”。从许多记载来看在平三藩时还有清军对平民的大量屠杀，不仅仅只在四川、云南，其他相关地区也遭受类似的厄运，比如江西百姓遭受屠戮的数量就不少。此时西藏与蒙古准噶尔也虎视眈眈，北部俄罗斯沙皇国也窥视清朝的情况。内部的甘陕总督王辅臣与察哈尔王也伺机进行叛乱，在京郊还发生了杨起隆叛乱。康熙帝沉着应对，稳定王辅臣，平定了察哈尔与粉碎了杨起隆之乱，康熙帝派军平定三藩的势力，“以全国敌一隅”，用了八年时间最终平定了三藩的势力。三藩平定后，台湾郑氏政权经常袭扰内地，康熙帝派姚启圣为福建总督，