病毒（高危类型）有关。在性接触之前注射过人类乳突病毒疫苗的女性，患阴道上皮内瘤变的概率会减少。一项研究发现阴道上皮内瘤变大多病发于阴道的上三分之一处，并呈现为多病灶状；65%的VAIN患者同时患有宫颈上皮内瘤样病变，10%的VAIN患者同时患有外阴上皮内瘤变。另外一项研究表明，大多数VAIN患者在单纯治疗后即能进入痊愈期，但是5%的案例恶化为更严重情况。