母姊明正天皇让位而成为天皇。由于他的性格相当激烈，对于幕府方面颇有抵抗之意。另一方面，他是个爱好学问的人，受到当时儒者藤原惺窝的影响，积极引进朱子学。此外，他再次提出恢复神宫例币仪式，也有意要复兴大学寮。承应三年九月二十日(1654年10月30日)，后光明天皇罹患痘疮而驾崩，年仅二十一岁，安葬于月轮陵（位于今日京都市东山区）。