牙人所占领。1571年，西班牙人侵占吕宋岛，建马尼拉城。1594年，西班牙人公告马尼拉成为菲律宾群岛的首都。此即西班牙统治菲律宾的开始。
菲律宾第一共和国.1896年8月，安德烈·滂尼发秀领导的卡的普兰（Katipunan）在马尼拉近郊的马林塔瓦克山（卽巴林塔瓦克山）发动起义，各地响应，进攻西班牙殖民军。次年阵营内部发生分裂，埃米利奥·阿奎纳多（Emilio Aguinaldo）篡夺领导权，杀害滂尼发秀，并与西班牙殖民者妥协。但起义者坚持斗争，后起义者几乎占领全国。埃米利奥·阿奎纳