回国后，刘鹤担任国家计委政策研究室副主任。翌年调任长期规划和产业政策司副司长。在1994年7月，他再远赴美国，在哈佛大学约翰·F·甘迺迪政府学院国际金融和贸易专业修读公共管理硕士，并在1995年6月取得学位。1998年，刘鹤调至国家计划委员会下属的国家信息中心，担任正局级常务副主任，兼中国经济信息网公司董事长。2001年，他进入国务院，任国务院信息化工作办公室副主任、党组成员，同时为国家信息化专家咨询委员会主任。
中央财经领导小组.2003年起，刘鹤在隶属中国共产党中央委员会的中