召开校务会议讨论通过，才能送交合併计画书至教育部，教育部则尊重学校需求和做法；但由于难以提出两校都能接受的条件，过程亦容易受到反弹和阻力，甚至有学校借此要求大额经费补助，最后仅有国立嘉义大学、国立东华大学、国立台中科技大学等少数成功案例。为此，立法院教育及文化委员会在2010年初审通过《大学法》修正案，使教育部在国立大学的合併案中，具有行使大学整併的公权力，亦能够掌握主导权。其中教育部能够依照学校招生状况、整併学校特色互补和教育资源整合等指标，推动大学所提出的整併计画，并且也计画在半年后便拟定相关配套办法。