达70多万股，远超出原先预想，而后该会社得到总督府技师的支援，开始更为精密地探勘路线，然而到了明治卅一年（1898年）1月开始要向股东收取缴纳保证金时，日本发生经济萧条，只有收到7万股的部分，而后勉强增加到15万股，但最后仍由于资金不足无法开工，于是在后藤新平等人主导下，总督府决定还是由官方兴建纵贯线。而在此一时期，日方开始针对北基段铁路进行改良，而由于日方认为清朝的狮球岭隧道一带坡度太大，遂更改路线，并于明治廿九年（1896年）5月开挖竹仔藔隧道。该工程由陆军临时台湾铁道队队长山根武亮担任监督，实际工