治区人民检察院办公处所，直到1983年陆续迁出。但将军衙署西跨院未被收回。直到2007年5月17日，西跨院最终被移交给将军衙署博物院管理。1985年起，衙署为内蒙古文物考古研究所办公使用。1985年，将军衙署古建筑群作为“清代将军衙署旧址”被内蒙古自治区人民政府列为第二批内蒙古自治区文物保护单位。1992年，经内蒙古自治区人民政府批准，内蒙古自治区书画院暨内蒙古清·将军衙署博物院成立。1997年，内蒙古清・将军衙署博物院划归内蒙古博物馆管理。2002年，内蒙古清・将军衙署博物院划归内蒙古文物交流中心管理