两区让外界以为台湾是中国的一区，严重损害台湾的国家利益，已触犯《刑法》外患罪，将追究他们两人的责任。前国史馆馆长张炎宪表示，马英九应该说中华人民共和国是中华民国宪法的一部分，但马的所做所为却违反中华民国宪法，有叛国的嫌疑。前驻日本代表罗福全说“马英九在总统大选时不提，现在才提，是欺骗人民”，马英九的心态是出卖台湾。台湾独立建国联盟认为马英九在此时自毁长城恐怕是因为治国无方引起怨声载道，必须以此作为转移焦点的烟幕，并唿吁全民一起罢免「帮凶立委」。「公投护台湾联盟」总召集人蔡丁贵等同样强烈不满，痛批吴伯雄的