。诺克斯在任初期，负责组建一支常备民兵，然而这支军队却难以应付谢司叛乱。诺克斯主张建立一支正规陆军，他的建议更成为美国陆军创立的滥觞。谢司叛乱后，美国制宪会议召开。诺克斯主张扩大联邦政府权力，并鼓励华盛顿参与会议，自己则大力游说麻萨诸塞自治政府支持。当美国宪法通过后，诺克斯一度成为副总统的热门人选，但他选择继续留任战争部。副总统最终由约翰·亚当斯获选。华盛顿就任总统后，任命诺克斯为第一任战争部长。诺克斯在任期间，美国先因土地纠纷而发动美国印第安战争，到1793年又与法国陷入准战争状态。诺克斯派出军队攻打