，权臣丰臣秀吉设立碁所。德川幕府时代，出现了在天皇或征夷大将军面前对弈的“御城棋”，日本围棋逐渐兴盛，出现了本因坊、安井、井上、林等围棋世家。其中坊门尤其人才辈出，先后出现了道策、丈和、秀和、秀策、秀甫、秀荣等杰出棋士。日本围棋由于废除了中国古代围棋的座子制（中国古代围棋是放四个座子，就是两黑两白放在对角星的位置上，双方在这个基础上开始布局），布局理论得以极大发展。同时由于日本棋手对唐代围棋数路法的胜负判定规则（以围地多少还是活子多少为目的——或者是否以其它目的行棋，还可继续考证）产生了直观上的的误解，