任内最大的考验。在1966年，中国大陆爆发文化大革命，使位处中国边陲的香港也变得日益动盪不稳。就在他上任后不久，九龙地区在1966年4月因为天星小轮头等收费上调五仙至港币两毫半而发生暴动，期间港府一度宣佈实施宵禁。暴动过后，港府虽然发表报告承认香港警队的贪污问题是暴动成因之一，但叶钖恩仍批评祁济时不了解问题严重性，也「不愿意倾听可以了解真相的事情」。不过，祁济时事后公开反驳叶钖恩的言论，他强调警队贪污问题只局限于初级警务人员，认为问题并不如想像般严重。
应对六七暴动.继天星小轮加价