内建筑大为完善。于1874年（同治十三年）及1875年（光绪元年），妈阁庙两度遭受飓风破坏而受损，经两年重修扩建后，奠定今天的模样。
创建者考据.中国历史学者徐晓望推断，妈阁庙的创建者是福建漳洲走私商人、海贼严启盛，其主要根据为文献《香山县乡土志》中的记载：「天顺二年（1458）七月，海贼严启盛来犯。先是，启盛坐死，囚漳州府；越狱聚徒，下海为盗，敌杀官军；至广东招引蕃舶，驾至邑沙尾外洋（则今澳门）。」他亦推断严启盛在澳门建立走私据点并「招引蕃舶」，是明朝年间澳门作为海上贸易港口发展