经营该车站直至第二次世界大战结束。在1933年1月的纳粹党掌权后，巴登车站已于同年3月开始在塔楼悬挂一面纳粹十字旗。这导致了在建筑物面前的抗议活动，并引发示威者和警察之间的暴力冲突。随后，瑞士于1940年开始禁止展示纳粹的旗帜。通过设在站台上的瑞士邮政邮筒，所有信件都可以不经德国警方的审查而从这里寄往国外，这些邮筒直至1940年才被拆除。客运交通量在此时跌落至最低点。德国的护照及边境管制自1940年5月起被转移至德国境内的莱茵河畔魏尔、和格伦察进行。此外，整个德国国内的过境运输也被转移至维瑟河谷铁路