厅长，同年审判厅撤销，回到内地参加辛亥革命，先在北洋政府国务院任职，后任总统顾问。
指派新疆.1917年黎元洪任总统，原本分派樊耀南到新疆任阿克苏道道尹，但被杨增新拖延改任为迪化道道尹，其后又任兼任督署军务厅长、外交特派员、俄文法政学校校长等职。1920年，樊耀南开始兼理外交，在《新疆俄文法政专门学校第一届毕业同学录》序中写：“中俄接壤，语文隔阂，因应往来，莫知情伪，我不谋人，宁知人之必不我欺欤？”同年五月，樊耀南作为新疆方面全权代表与苏俄政府全权代表阿佐尔宁经多轮谈判，最终签