43年（民国三十一年至三十二年）清乡期间将崇明区公署改称崇明特别区公署，又于1944年（民国三十三年）8月将崇明特别区公署复称崇明县政府。经中华人民共和国国务院批准，1958年1月，江苏省松江专区的上海、宝山、嘉定等3个县划归上海市；11月12日，苏州专区的川沙、青浦、南汇、松江、奉贤、金山等6个县和南通专区的崇明县划归上海市。2005年5月18日，国务院批准将宝山区的长兴乡（2009年撤乡建镇）、横沙乡划归崇明县管辖。调整后，崇明县辖13个镇、3个乡。2016年6月6日，国务院批复同意撤销崇明县