亦曾至哲蚌寺学习。21岁拜万宁住持嘉样烈巴曲觉为亲教师，受比丘戒，学习量释论及大论。当时格鲁派向西康、青海、阿里传播，他此后在前藏、后藏、山南各地传法，1509年在山南圣母湖畔创立曲科杰寺。1510年，根敦嘉措成为扎什伦布寺第五任住持，1517年又出任哲蚌寺第九任住持，恢复了拉萨祈愿大法会，在哲蚌寺修建甘丹颇章，供其居住，建立管理寺属庄园的第巴。第五世达赖喇嘛就以甘丹颇章为达赖政权之名。1525年他又兼任色拉寺第九任住持。1542年圆寂于哲蚌寺。被索南嘉措追认为第二世达赖喇嘛。