各省设置委员分支机构。不过，因为第二次国共内战等因素，该委员会并未发挥其功能。其中，黄泛区复兴局局长甚至没有布达任用。1949年6月22日，国民政府于第二次国共内战过程中失去大部分中国大陆领土后，将行政院善后事业委员会裁撤。末任主任委员则为第二任的蒋梦麟。