南市境内有7公里余路线，现时唯一营运中的车站为台南车站、亦为全市之中心与台湾主要交通辐辏。昔时尚有东门车站及南台南货运站，今皆停用。有关政府部门正在规画2017年时将铁路改为地下化，并增设若干通勤站，详见台南市区铁路地下化计画。另外，台湾糖业昔日曾行驶关庙线（1948年~1972年）客运路线。
轨道.台南曾于1990年代规画三条捷运路线，其中红线因能联络高铁台南车站而列为优先路线。唯经费因素，先行以新建台铁支线替代，详见沙崙线。另外，市府亦提出若干轻轨及单轨列车计画。详见台南捷运。