鲁贤、蔡石方、朱洪声、陈天祥、王仁生、陈云棠、朱雪帆、刘季泽、傅鹤洲、李度、范忠良等30多名神父被打成“龚品梅反革命集团”，被捕入狱，史称“九八教难”。1960年3月17日，龚品梅主教等人一起被判刑。同年自选自圣张家树为上海教区主教，不被教宗承认。主教座堂也迁到徐家汇天主教堂。1966年文革开始，所有圣堂全部关闭，挪作他用。1965年，修女被集中住在漕溪北路201号，1966年6月文革爆发，教区受到冲击，存款被冻结，房产包租被取消，8月神父也被集中住在漕溪北路201号，教职人员参加生产劳动维持生活