又挟晋安帝反抗，刘裕直到405年肃清桓氏势力，得以迎晋安帝复位，掌控了朝廷。
刘裕篡晋.刘裕掌控朝廷后，荆州刺史刘毅忌妒，意图举兵。412年刘裕抢先讨伐刘毅，刘毅兵败自杀。405年，益州刺史毛璩率军讨伐江陵桓振，蜀军不愿远征，推谯纵为首叛晋，谯蜀建立。蜀军随后攻陷成都，杀死毛璩，谯纵自号成都王。408年晋廷派刘敬宣率军讨伐但失败。413年刘裕派西陵太守朱龄石率军西伐，攻佔成都。谯纵败退自杀，谯蜀亡。卢循为孙恩继承人，桓玄为安抚他任为永嘉太守，但他仍不断袭扰沿海。404年卢循由海