早期在东京大学读自然科学，1908年转入哲学系，从学于井上哲次郎、等人，1913年于东北大学担任讲师，于自然科学科讲授哲学。1918年他受聘至京都大学，与西田几多郎逐渐形成京都学派。1922年至24年，田边元以文部省在外研究员的身份，赴德跟随胡塞尔学习现象学，后转向青年海德格尔。1942年至45年，因战争停止一切文笔活动。1945年退官隐居于群马县长野原町北轻井泽大学村。1951年获颁日本文化勋章，同年妻子千代辞世。1961年脑软化症併发，入院群马大学中尾内科，1962辞世。曾提出「种的逻辑」、「忏悔道