台湾的专机，继续在北京大学任教。1949-1951年，继任北大理学院院长兼物理系主任、学校校务委员。1952年北大院系调整时，辞去院、系领导职务。1954年以后，先后当选为第二、三届全国政协委员、四届政协常委。1955年当选为中国科学院学部委员。文化大革命中遭到打击和迫害，饱受折磨，1968年10月16日“清理阶级队伍”时，在北京大学燕南园41号上吊自杀身亡。1978年平反昭雪。
评价.1962年2月24日，胡适主持中研院第五次院士会议时，去世前说的最后一段话曾提到饶毓泰：「我