京体育学院、南京艺术学院、中央美术学院、中国传媒大学等校和南京大学也有不同程度的密切渊源关系。国立政治大学、香港中文大学（新亚书院）、中国文化大学、国立台湾体育学院、国立联合大学、中华科技大学、南华大学等和南京大学同样存在密切渊源联系。南京大学附属丁家桥小学、南京大学附属中学、南京师范大学附属中学、金陵中学、南京师范大学附属小学、鼓楼幼儿园等。
合作交流与伙伴友校.南京大学一直是开展国际交流与合作最活跃的中国大学之一，与世界上众多一流大学和高水平科研机构建立了紧密的协作关系