12年辞世，享寿100岁。其家族祠堂秦氏支祠与天一阁一同被列为中华人民共和国全国重点文物保护单位。自小家富收藏。秦秉年继承了父亲的收藏，在历代印章印玺、竹雕、古琴方面收藏富甲海内。秦秉年分批次将自己的收藏捐赠给了中华人民共和国多家博物馆，特受中华人民共和国文化部表彰。至2010年，秦秉年共计捐赠珍贵文物8377件（套）和326种古籍计2318册予各博物馆。