被毁，南京港也迅速衰落，直到五代十国时期才恢复。明朝初期，作为首都的港口，南京港也成为了全中国的水运中心。明朝末期后，南京港又在此陷入荒废，直到1899年南京开埠才逐渐恢复。随着津浦铁路和沪宁铁路的通车，南京港的业务量急剧增加，一批新码头也建立了起来。国共内战期间，由于岸边年久失修，加上国民党在撤退时炸毁了一些码头，南京港无法运作。50年代后，中央政府和南京市政府都非常重视南京港的建设，并陆续改造、新建了一批设施。1986年3月20日，南京港对外开放，并成为了中国内河吞吐量最大的港口，直到在2018年被苏州