一个岛式月台，4个出入口(1个封闭中)。本站设有半高式月台门。
车站出口.出口1、2位于车站西端，出口3～5位于车站东端，无障碍电梯位于出口4之间。
利用状况.国父纪念馆站位处繁荣的东区商圈，邻近的国父纪念馆为台北市的重要景点，每逢跨年期间常有大批人潮进出，与市政府站同为跨年期间最拥挤的捷运站，常需弹性加开空车疏散人潮。为了加强乘客安全及防止人员入侵轨道的情形发生，台北捷运公司于2010年在本站、市政府站与圆山站加设月台闸门。