降朝廷，并倒戈进攻王恭，令王恭兵败被擒，及后被朝廷处死。王恭死后，殷仲堪等荆州军团退守寻阳，拒绝接受朝廷任命。由于朝廷不知荆州军团的虚实，于是司马元显仍以严兵相拒，情势紧张，内外忧惧。司马道子命司马元显领甲杖百人入殿防衞。不久，加司马元显散骑常侍、中书令，兼领中领军，持节、都督如故。同年殷仲堪终接受朝廷安抚，各还其州，危机才得以解决。
夺权执政.隆安三年（399年），司马道子患病，同时亦沉溺饮酒，每天都在酒醉中。司马元显知道父亲的声望已不再，于是暗示朝廷解除其司徒及扬州刺史职务