物钟存在于下丘脑的视交叉上核（suprachiasmatic nucleus, SCN）。
单细胞生物.从1940年代就已经知道，单细胞生物也有自己的生物钟。所以从中可得知，生物钟的运行并不一定需要一个网络作为硬件。 藻类如眼虫属或衣滴虫有趋光性昼夜节律。草履虫有昼夜生理过程。海生的腰鞭毛虫， 如多边膝沟藻，也有自己的昼夜节律。它在日出前一个小时就会浮到水面，形成厚厚的一片，进行光合作用。在有利条件下它们会形成红潮。在日落之前它们则会重新潜到海中。晚间它们借助荧光素酶发出生物