与中国国民党主席吴敦义两人座位相邻，不时交谈、互动热络。吴敦义受访时表示，赖清德跟他说接行政院长后，希望能去看他，而吴敦义说，那时立法院有质询，碰面会比较麻烦一点，认为应缓一缓，而赖清德则表示希望越快越好。2017年11月3日，赖清德特地前往吴敦义办公室进行拜会，吴敦义在电梯门口迎接赖清德，两人手牵手一同走进办公室，展现好感情，会后互相肯定对方。赖清德感谢吴敦义在行政院长任内对台南市政的支持，吴敦义则称赞赖清德一例一休是「劳资重建和谐互助、共创双赢」，并表示虽然他们两人不同党籍，但希望台湾、中华民国好，