内战.1861年5月2日，菲尔普斯被任命为第一届佛蒙特步兵上校，并于5月8日被召集到美国服役。他的军团于5月13日抵达弗吉尼亚的门罗堡。5月27日，菲尔普斯（Phelps）指挥佛蒙特州第1步兵，马萨诸塞州第4步兵和纽约第7步兵，向位于詹姆斯河河口的纽波特纽斯（Newport News）移动了10英里。1861年5月27日，他被提升为准将。1861年11月，他在本杰明·巴特勒少将的领导下被转移到海湾省，然后菲尔普斯出发前往墨西哥湾，他的军团占领了密西西比州的希普岛。他的军团在1862年4月支持戴维·法拉