负责石长铁路资产经营，确保国有资产保值增值。其客货运输生产业务委托广州铁路(集团)公司下属运输站段管理。石长铁路在开通初期及复线建成初期仅开行货运列车及普速客运列车。2017年9月21日起，石长铁路开行动车组列车。开行初期每日共八对车次，来往于常德、益阳、石门与长沙间，石门到长沙最快运行时间2小时45分、常德到长沙最快运行时间2小时、益阳到长沙最快运行时间1小时。在黔张常铁路、乌山联络线通车后，石长铁路还开行了株洲、湘潭、长沙至张家界、黔江的跨线动车组与普速列车。石长铁路动车组列车全程二等座票价74元，