跟守城方和谈，派遣从弟柴田专斋跟佐佐成政的外甥佐佐新右卫门为人质，随后以佐佐成政率兵士进入城中后，跟城外的织田军里外夹击攻破了城池。6月3日时，上杉军有了城池将要陷落的觉悟，守将和指挥官中条景泰、竹俣庆纲、寺岛长资、龟田长乘、藤丸胜俊、蓼沼泰重、山本寺景长、吉江宗信、吉江景资、吉江资坚、安部政吉、石口广宗、若林家长等13位武将殉城自尽，织田军攻下鱼津城后，松仓城兵自知不敌，佯装仍在备战，伺机逃往越后，柴田胜家随后便派兵将城池拿下。但因爆发本能寺之变，织田信长、织田信忠父子为明智光秀所害，柴田胜家等人