祁寯藻之弟。道光十八年（1838年）中进士第一名即状元，同榜即后来名人曾国藩，选翰林院庶吉士，散馆后授编修。以召对得到宣宗赏识，特授湖北黄州府知府，调武昌府。正值湖北连年洪水，祁宿藻赈灾防洪，政绩卓着。破格提拔为广东盐运使，迁按察使，又迁湖南布政使，剿灭韶州数县土匪，赐花翎。调江宁布政使。咸丰元年（1851年），黄河决口，大学士杜受田奉命赈灾，疏请以宿藻督办江北赈济事务。不久，太平军将东下，南京告急，宿藻飞驰返回，尽力筹备守城事宜，然而督抚仓皇失措，各存意见，宿藻劝谏不听。太平军兵临城下，宿藻亲自登城指