2001年，查尔斯·克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，共利用了70个形态特征。以下为猪笼草进化树的“第1分支”，其相关性达51%。疑惑猪笼草与无刺猪笼草的相关性高达95%。
自然杂交种.曾在塔拉克毛火山发现过一棵雌性的疑惑猪笼草与泉氏猪笼草的自然杂交种成年植株。其漏斗形的上位笼为黄绿色。捕虫笼体型较小，高仅可达10厘米。和疑惑猪笼草一样，其茎和笼蔓都为紫红色。叶片为绿色，中脉为红色。疑惑猪笼草与泉氏猪笼草的自然杂交种与疑惑猪笼草的最大区别在于，其笼