士团首领阿罗夫·德·维格纳科特的庇护，使他杀死托马索尼的罪行得到赦免。德·维格纳科特非常喜欢这个着名的艺术家，让他当骑士团的官方画家，还吸纳他当骑士。早期的传记作家贝洛里记载说卡拉瓦乔对自己获得的成功很高兴。在马耳他时期，他的主要作品包括巨幅的《被斩首的圣施洗者约翰》（他惟一签名的作品）和《阿罗夫·德·维格纳科特及侍从的画像》以及其他骑士团首领的画像。尽管如此，1608年8月末他还是被捕入狱。很久以来，这次突然变故有多种猜测，但最近的研究显示，这是另一番争斗的结果，在这次争斗中，一所房子的门被毁掉，一个骑士