二二八事件爆发，张志忠在嘉义联系地方反抗人士台南李妈兜、斗六的陈篡地，与嘉义的许分等人，组成「台湾民主联军嘉南纵队」，任司令职，由简吉任政委，陈篡地、许分担任副司令，辖朴子、北港、新港等八个支队。1947年3月4日参与围堵嘉义水上机场，并拟与台湾中部的二七部队会师。因国民政府军整编二十一师抵达，战况不利，转入山区，纵队改称「台湾自治联军」，其后人员化整为零，张志忠转至莺歌活动。
被捕与枪决.1949年底，张志忠妻子季澐被捕。1950年1月中共台湾省工作委员会被中华民国政府破获，省委