系的预算与人事彼此不互通，偶尔也有互斗的小型冲突。由于大型舰只大多是清朝时期继承的老旧舰只，小型舰战力不足，部分在战争爆发时就自沉阻塞航道，少数的近代舰只在9月后即遭日本之「支那方面舰队」击溃而全灭，仅存少量炮舰开至四川地区躲避，另外也有少数特例如逸仙舰被击沉后遭日军打捞回收，战争结束后再度回归中华民国服役。