2000年，角川春树事务所主办的小松左京赏设立、小松左京担任评审委员（2009年退出）。2001年，同人志『小松左京杂志』开办，毎集开头文张连载小松与着名人物的谈话。2006年，《日本沉没》再度改编为电影，由草彅刚主演。小松左京于2011年7月26日因肺炎于大坂府箕面市病逝。
纪念.1993年，小林隆男发现6983小行星，后来于2002年命名为小松左京。