期间，与和留日同学祝兰亭等回国，在湖北黄州考棚街设光黄学社讲习所。光绪二十九年（1903年）暑假，和留日同学陈英才等回湖北应乡试，中举人。光绪三十一年（1905年），考入京都帝国大学法学部法律学科。光绪三十三年（1907年），程明超毕业回国，钦赐游学进士，授翰林院编修。宣统二年（1910年），曾选资政院钦选硕学通儒议员，但和朱献文一样未被钦点。次年才补点成为硕学通儒议员。辛亥革命中吴禄贞遇刺身亡后，程明超作为其留日同学曾负责治丧。中华民国元年1月，任南京中华民国临时大总统孙中山的秘书长。民国十年（1