万历二十年，丰臣秀吉入侵朝鲜半岛，宋应昌上疏说：“我救朝鲜，非止为属国也。朝鲜固，则东保辽东，京师巩于泰山矣。”八月十九日，应昌以兵部右侍郎经略备倭军务，九月离京，与总兵李如松率军共赴朝鲜，收复平壤、开城。军纪良好，所至秋毫无犯。后因反对兵部尚书石星的撤兵论，遂引疾归。隐居西湖孤山。着有《经略复国要编》。