同知二人，指挥佥事四人，镇抚司镇抚二人，掌印一人，佥书二人。有士卒五千六百名，分为五个千户所，每所设正千户一员，副千户二员，下辖十个百户所。并设卫学，有教授一人、训导一人。至万历年间，孝陵卫仅存一千八百余人。后来逐渐演变为普通村庄，现为普通街区，附近有南京地铁孝陵卫站。
懿文太子东陵.洪武二十五年建，其址过去有过争议，一说在梅花山之西，一说在孝陵东。现在经过考古发掘的遗迹在孝陵东约60米处，作为明东陵原址陈列。
陪葬功臣墓.明初功臣赐陪葬者，皆葬于钟山之阴