心担任专任研究员，也在国立政治大学选举研究中心兼任副研究员、研究员及政治系担任兼任副教授、教授。1999年至2002年，他在国立政治大学国际关系研究中心担任副主任。
经历.
总统府副秘书长.2002年，获陈水扁主政下的执政党政府任命为总统府副秘书长。
陆委会主任委员.2004年5月20日，吴钊燮卸下总统府副秘书长的职务，被重新任命为行政院陆委会主任委员。
驻美代表.2007年4月10日，吴钊燮出任中华民国驻美