与温菲尔德·斯科特将军带领的部队会合。斯科特带领部队从普埃布拉继续深入内陆，这一过程中没有遭遇抵抗，之后从南部进攻墨西哥城。1847年的这场战役里，汉考克参与了孔特雷拉斯之战和楚鲁巴斯克之战，这也是他的首次实战经历，并在之后因表现英勇且有立功行为加衔中尉。汉考克的膝盖在楚鲁巴斯克负伤，并因此出现发烧症状。虽然他的身体状况有所改善，可以带兵参加莫利诺德尔雷伊之战，但还是因为发烧而无法参与最终突破墨西哥城的战斗，对此他抱憾终身。战争胜利后，汉考克和第6步兵团继续留在墨西哥直到两国于1848年签订和平条约。