尚处于降级区的德甲球队汉莎罗斯托克。在他的管理下，罗斯托克在当季德甲提前三轮保级成功。至2001-02赛季，其胞弟亦被聘为球队的助理教练，但在经历了前半程的低迷表现后，两兄弟于2001年12月1日双双遭到解雇。2002年2月14日，丰克尔出任德甲球队科隆的主教练。尽管战绩良好（主场保持不败），他却无法阻止科隆历史上第二次降入德乙。但他仍能够率队在2002-03赛季立即重返德甲。此后由于表现不佳，丰克尔2003年10月30日辞任科隆主教练。丰克尔于2004-05赛季初期接过德乙球队和睦法兰克福的教鞭；