任国立台湾大学电机系副主任，2001年到2004年间担任台大电子研究所所长，2008年到2010年间担任台大创意创业学程主任兼台大副研发长兼电资学院副院长，2012年到2013年间担任国家实验研究院院长。2016年5月20日，陈良基由台大副校长转任教育部政务次长。2017年2月8日，陈良基转任科技部部长。 2018年6月，超越徐爵民成为科技部成立以来任期最久的部长。2019年1月11日，赖清德宣布内阁总辞，并由苏贞昌接任行政院长。陈良基在接受苏贞昌征询后，原定转任教育部长。但因科技业界反映观感不