圣院宫（名字不详）的东宫之位被废除。后来后龟山天皇提到，自己之所以决定退位交出神器，是由于考虑到天意和避免百姓遭受兵灾。南北朝统一之后，后龟山居住在大觉寺里，时人称之为「大觉寺殿」或「南主」，享受室町幕府的优待。明德5年（1394年）2月4日初次同足利义满在天龙寺会面，结果同月23日接受了「不登极帝」和「太上天皇」的尊号。在此之前，北朝的光明天皇曾向南朝的后醍醐天皇上「太上天皇」的尊号，因此这仅仅是幕府让原北朝和原南朝双方势力都保持各自体面的苦肉计。应永4年（1397年）11月27日，后龟山辞退了自