海尔八世从拉丁帝国夺回君士坦丁堡。1453年君士坦丁堡为奥斯曼帝国攻下，成为其首都，穆罕默德二世承认普世牧首真纳迪乌斯二世为奥斯曼帝国东正教臣民（米利特）的宗教、政治领袖。但此后普世牧首的领袖地位渐渐衰落。1593 年，牧首耶利米亚斯二世宣布莫斯科教区为自立教区。此后，希腊（1833年）、罗马尼亚（1865年）、塞尔维亚（1879年）、保加利亚（1870年）和阿尔巴尼亚（1937年）国家教会，依次成为自立教区。1922年，小亚细亚和色雷斯的约150万希腊、东正教居民，在希腊土耳其人口互换中被驱逐