慕容垂称帝，封段元妃为夫人。建兴三年（388年）四月丁亥，慕容垂册封段元妃为皇后，对她十分宠幸。段元妃给慕容垂生了两个儿子渤海王慕容朗和博陵王慕容鉴。段元妃聪明有决断，她看到慕容垂的皇太子慕容宝缺乏能力，建议慕容垂另立有才能的皇子为皇太子，像辽西王慕容农和高阳王慕容隆，又建议慕容垂将他奸诈的儿子赵王慕容麟处死，但慕容垂拒绝，并怒骂段元妃心怀叵测。段元妃向妹妹段季妃诉苦，并表示将来后燕能指望的人是慕容德。消息走漏，从此段元妃与慕容宝、慕容麟结下深仇。建兴十一年（396年）四月初十，慕容垂去世，五月廿三