世纪畠山氏势力衰退后，由于椎名氏与同为畠山氏守护代的之间的纷争，在各自寻求外援之后，也成为上杉谦信和武田信玄对抗的战场。1580年织田信长平地此地后一度成为佐佐成政的领地，1585年后改成为前田利长的领地，也因此至17世纪江户时代后，郡内全部区域都成为前田氏加贺藩的领地。1639年前田利常将新川郡西侧的64村及划分给其次子，设立富山藩，此后新川郡的西半部就属于富山藩，东半部则继续属于加贺藩。19世纪末明治维新实施废藩置县后，原属加贺藩和富山藩的区域分别改隶属金泽县及富山县，在1871年的第一次府县整併后