非在所有情况下管线技术都起作用。可能有一些缺点。如果一条指令管线能够在每一个时脉週期接纳一条新的指令，被称为完整管线化（fully pipelined）。因管线中的指令需要延迟处理而要等待数个时脉週期，被称为非完整管线化。当一名程序员（或者组合者/编译者）编写组合代码（或者汇编码）时，他们会假定每个指令是循序执行的。而这个假设会使管线化无效。当此现象发生后程式会表现的不正常，而此现象就是危害。不过目前有提供几种技术来解决这些危害像是转发与延迟等。
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