在维斯孔蒂的支持下，他的岳父阿梅迪奥在1439年11月至1449年4月成为了对立教宗斐理斯五世。1435年底热那亚因不满菲利波的长期压榨，爆发独立行动并赶走米兰的官员，又在1436年与威尼斯、佛罗伦斯、教宗结盟，由之前倒戈投靠教宗的佣兵队长弗朗切斯科一世·斯福尔扎领导联盟军，在1440年击败米兰并确保了热那亚的自由与独立。菲利波虽然在北义大利受挫，但他大力支援的阿拉贡国王宽宏者阿方索却在1442年攻下了那不勒斯，义大利的均势仍在巧妙地维持着。之后菲利波在米兰设立了学院，并且邀请知名学者加斯帕里诺·德