构协议时，民进党立委包围主席台并爆发蓝绿冲突，黄伟哲扯下议会计时器丢出，导致国民党立委吴育昇眉头流血，因而转送台大医院缝合八针，民进党立委第一时间则指控吴育昇造假；黄伟哲随后公开向吴育昇致歉，并向社会大众致上歉意，吴育昇坚持提告，法院判决拘役55日，得易科罚金定谳。
长荣大学两盏灯事件.2020年10月30日，长荣大学爆发长荣大学外籍生命案。后续黄伟哲于2020年11月3日，视察长荣大学车站台铁便道，脱口而出：「只有两盏灯坏掉」，后来长荣大学消防学程谢同学接受採访时陈述，「不是不亮