自此至终都与曹锟的亲信、财政总长王克敏不和。半年以来，自金佛郎案到德发债票案，双方争吵不断。而曹锟又偏袒王克敏。执政后期，孙宝琦稍迁就王克敏，和他在德发债票案上合作。但是后来孙宝琦终于忍无可忍，在7月1日突然请辞，避居北京城郊。次日请辞获批，由外交总长顾维钧代理总理。