主体改建成邮局(2002年1月时仍存)，为糖厂与附近居民服务。邮局拆除后，神社只留下台基、参道及其两旁的的花岗石基座，另外还有「手水舍」遗迹。后来为避免台糖与建商合作开发而造成破坏，台南县政府以神社遗迹遗留大量神社基座，且周围拥有丰富林相及原始生态（有诸罗树蛙踪迹）为由，在2007年7月3日指定为暂定古蹟，并于2009年5月27日经正式公告成为古蹟。2012年发现原三崁店社社号标。
神社建筑.三崁店社原配置有参道、混凝土造社号标、(样式不明)鸟居应至少1基、狛犬1对、混凝土造灯笼6