类攻击仅为特例，对北越的整体运输影响不大。6月5日企业号离开越南，并在10日到苏比克湾卸载武装，预备返国。21日企业号穿越金门大桥，抵达新母港阿拉米达，稍后进入三藩市海军船坞翻修。在船坞期间，企业号重修了舰上四门弹射器，更新舰上航空设施，并安装了RIM-7海麻雀飞弹。
第四及第五阶段滚雷行动.1966年9月初，企业号完成翻修，并开始在近海试航及训练。舰上第9航空团也首次编组可在恶劣天气执勤的A-6A攻击机。11月19日企业号离开阿拉米达，第二次部署到越战战区。企业号途经珍珠港及苏比