.与组织蛋白H2A及H2B类似，组织蛋白H3有着一个主要的球状结构域与长的N端尾巴，是组成小珠子串结构内的核小体的重要原素。它的N端尾巴从球状核小体核心伸出，能进行多种影响细胞运作的表观遗传修饰。这些修饰包括将甲基及乙酰基共价附着于离氨酸或精氨酸，及丝氨酸或羟丁氨酸的磷酸化。离氨酸9的甲基化涉及基因沉默及在DNA内形成相对较不活跃的异染色质。组织蛋白H3的乙酰基化会在组织蛋白尾巴内不同的离氨酸位置出现，并且由组织蛋白乙酰转移酶（HAT）所催化。离氨酸14的乙酰基化在基因中很普遍，亦会转录成为核糖核酸（RN