K39/40次升格为T39/40次特快旅客列车，每日运行，并不再与K19/20次同时刻运行。T39/40这对车次曾于2005年7月至2011年1月用于深圳-桂林列车，后者现已改为K950/951、K952/949次列车。2014年，哈尔滨铁路局开行另一班京齐快速，车次也使用K39/40，同年延长至海拉尔，2017年改到鸡西。
列车编组.T39/40次列车使用哈尔滨铁路局齐齐哈尔北车辆段的2组25K型客车运行，全列18节，其中行李车1节，硬座6节，餐车1节，软卧1节，硬卧8节，空调发