由西亚（波斯湾国家）、南印度及马来群岛的穆斯林贸易商人传入。伊斯兰教曾经是菲律宾的主要宗教，在西班牙殖民期间，由于西班牙传教士引入了罗马天主教，伊斯兰教迅速沦为菲律宾的次要一神论信仰。绝大多数的菲律宾穆斯林属于逊尼派中的沙斐仪派，也有小部分的什叶派和阿赫迈底亚穆斯林。根据菲律宾全国宗教调查显示2015年菲律宾约有5.6％的人口是穆斯林；然而，（NCMF）在2012年的估计表明，菲律宾有1070万穆斯林，约佔总人口的11％。
犹太教.截至2005年，菲律宾犹太人最多达18500人。2