根据2000年人口普查，圣迭戈县的总面积为，其中有，即92.8%为陆地；，即7.2%为水域。本县既是加利福尼亚州面积第十大的县份，亦是美国面积第84大的县份。圣迭戈县有各种不同的地形。在其西侧，是长的海岸线。在海岸线和拉古纳山脉之间的土地主要由山坡、台地和小崃谷组成。在东北方，冰雪盖顶的山峰林立。而东部则为大片索诺兰沙漠。佔县份总面积1/3的西部为发达的都市地区，但佔县份总面积2/3的东部却为荒芜的穷乡僻壤。
毗邻县.圣迭戈县之毗邻县皆为加利福尼亚州之县份。Section