出任肯塔基州副州长。然而两人和合作并未长久。雅各布攻击1863年《奴隶解放宣言》，认为该宣言并不合理，因为许多肯塔基州奴隶主都对联邦效忠，但是他们没有因释放奴隶而获得相应赔偿。同年，雅各布妻子莎拉去世。1864年，雅各布支持作为美国民主党候选人的乔治·B·麦克莱伦竞选1864年总统选举。当时负责肯塔基州的联邦指挥官将军因为他严苛的手段，包括基于不可靠证据而对有嫌疑的间谍进行处决，在州内受到广大的争议和质疑。为确保林肯在肯塔基州获胜，伯布瑞吉以攻击林肯政府名义逮捕了雅各布，并把雅各布押往位于南方前线的弗吉尼亚