门与担子菌门共同组成双核亚界，是真菌中多样性最高的类群，包含绝大多数蕈类、植物病原菌以及用于食品工业的真菌，而传统分类系统中的壶菌门与接合菌门都被认为是并系群而有所调整，芽枝霉门与新美鞭菌门从壶菌门中分出，成为两个独立的门，接合菌门则被分拆成球囊菌门与毛霉亚门、、梳霉亚门和等四个亚门。2018年，Tedersoo等人又发表了新的真菌分类系统，将真菌细分至十八个门。下面的演化树是根据Silar等人（2016年）与Tedersoo等人（2018年）做出的新分类系统绘制，包含真菌的主要分类单元。注意演化支的长度与