该庙方圆20公里以内供沙纳尔们（家庙牧户）放牧及居住。1937年日本占领锡林浩特草原之后，查干敖包庙衰落，仅余335名僧人。文化大革命时期，查干敖包庙被彻底摧毁，仅剩一座殿堂即“福佑寺”。1988年，中共苏尼特左旗委、苏尼特左旗人民政府根据中央及内蒙古自治区相关文件的精神，为查干敖包庙恢复了历史名誉，并且维修了尚存的西廊厢房的下层，该庙自此恢复正常的宗教活动。1990年以后，恢复兴建了西院3个大殿、1个寺堂以及舍院等建筑。到2004年前后，已修复及重建的主要建筑有福佑寺、西廊配房、东西配殿，该庙有喇嘛3