此以前，中国亦有另一间由位于四川省的中国民航飞行学院成立，于2001年被东航併购的长城航空 (宁波)，两者并无关系。专营航空货运业务的长城航空于2006年6月1日首飞上海-阿姆斯特丹航线，初期股权由中国航天工业系统内的中国长城工业以及代表新加坡资金的新加坡航空货运和新加坡国有的投资机构淡马钖控股三个代表中国和新加坡两方机构所持有。成立后不久，由于美国财政部指控中国长城工业涉嫌向伊朗提供飞弹技术。2006年12月，中国长城工业所持有的股权被戏剧性地转移到北京航天卫星应用公司，美国财政部才将长城航空从禁飞名单中