入关统一中国后，白莲教又与许多民间宗教融合，如老官斋、八卦教，其名目繁多，加上旧有支派，竟高达百余种，教义更加芜杂。清朝的白莲教徒以反抗为己任，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清朝镇压。清顺治、康熙、雍正、干隆时期，白莲教活动频繁。到了干隆后期，清朝国力开始下降，是白莲教鼎盛时期，在东北和南方各省广泛流行，其中又以大乘教流行最广。干隆三十九年（1774年）清水教徒王伦聚众起义。嘉庆年间白莲教与地方人民结合，引发川楚教乱颇伤清朝国力，之后在嘉庆十八年 (1813年) 发生的天理教之乱是最