至1730年为全盛期，港口甚至达20个。其中的铁线桥港、盐水港、茅港尾港、麻豆港，不仅贸易兴盛，也是县治通往郡城的要道，无论水陆交通或军事地位上，皆十分重要。1731年之后，倒风内海急水溪和曾文溪的改道淤积逐渐陆化，港口数持续下降。日治初期绘制的《台湾堡图》中已无倒风内海，原内海位置已成平原，原先的河港转变成乡村集散中心，部分因人口外移严重成为农村。
倒风内海四大港.盐水港（月津港）：位于现今盐水区。在清朝时期不仅是贸易港，也是重要的军事要地，在中心市街筑有盐水城，港边建有护庇