宗干隆年间，竹堑城信众组织神明会「天公会」，轮流奉祀玉皇大帝神位，咸丰元年（1851年）建庙于迎曦门（东门），同治九年（1870年）由檀越王居鸠资，迁修庙宇于今址，1895年乙未之役日军与栋军都司姜绍祖部交战，本庙毁于战火，另说是台湾日治时期被官府征收。大正二年（1913年），由本地士绅陈杨镜等众募集银钱，重建于今址，二战后重修。
「台湾天公三间半」之传说.台湾民间记载一句「台湾天公三间半」的说法，意思是台湾主奉天公的名庙，分别是南台湾的台南天坛、中台湾的沙鹿玉皇殿、北台湾的新竹天