856年），檄令邓绍良、秦如虎、都兴阿等合攻宁国府，江长贵击败来援的太平军，收宁国府城，获得嘉奖。浙江杭州府知府王有龄被通判徐征讦控，桂清复奏有微词，被朝廷责问，十一月六日以病免职。七年（1857年）春，两江总督怡良因病出缺，桂清同年的文渊阁大学士彭蕴章保荐以何继任，统筹粮饷。四月十二日，以二品顶戴署理两江总督。六月六日，实授两江总督。桂清保荐王有龄升授江苏布政使，获准。此时江宁已沦陷多年，总督驻常州，军事由江宁将军和春主导，江南提督张国樑为帮办，前任总督怡良专责转运粮饷。桂清屡次奏陈方略，符合咸丰帝期