先遣使到交趾郡探听叛军虚实并宣提朝廷声威，以动摇群众之心；及后朱儁就与七郡军队一同进击,成功斩杀梁龙，招降数万人, 很快就平定叛乱。光和四年（181年），朱儁更击败乌浒蛮。朝廷论功封为都亭侯，并征他入朝任为谏议大夫。
黄巾之乱.中平元年（184年）二月，黄巾之乱爆发，朝内公卿因朱儁有才略而推荐他，于是拜为右中郎将、持节，与左中郎将皇甫嵩讨伐颍川黄巾叛军。朱儁初败于波才，波才于是进围皇甫嵩所据的长社，皇甫嵩当时以火攻令波才军惊乱，朱儁就与皇甫嵩及赶至的骑都尉曹操联军进攻，大败波才，杀