15日，马丁内斯又转投了上海申花在中超中的主要竞争对手之一——北京国安。由于国安曾经拥有沃尔特·马丁内斯，所以球迷和媒体习惯上将埃米尔称作“大马丁内斯”，但事实上埃米尔的年纪比沃尔特·马丁内斯还要小将近6个月。他在加盟国安队后一段时间内表现一般，在中超联赛前半段，马丁内斯进球寥寥，仅在主场3比1击败深圳红钻比赛中利用任意球攻进一球。但是在赛季尾声，他却突然爆发，先是在伤停补时阶段打入一球帮助北京国安客场逼平了争冠主要竞争对手河南建业，随后又在最后一轮的联赛中上演了帽子戏法，帮助北京国安最终夺取了中超冠军