作与研究工作。1983年，打破台大医院纪录在39岁通过内科临床教授升等。在1992年49岁时，当选中央研究院生命科学组院士，成为当时最年轻的中央研究院院士。2001年，成为国立台湾大学医学院院长，是1949年后唯二非博士出身的院长。2005年获选为美国国家科学院外籍院士，当时台湾出生的美国国家科学院院士只有6人，只有他是只接受台湾本土教育而未曾出国读书，甚至没有硕士学位。2005年6月20日，台大医院东址一楼大厅树立「伦理墙」，揭示陈定信执笔、院长林芳郁签名之文章《我们的信念》，教导后进「为医之道德」。