也有官员出资，学者石万寿认为这显示该庙具有半官方性质，张溪南、黄明汉等则认为该庙与北极殿（大上帝庙）同为官庙。该庙为了与同主祀玄天上帝的「大上帝庙」区分，所以时人俗称该庙为「小上帝庙」。小上帝庙之别称，已可见于康熙五十九年（1720年）王礼所撰之《台湾县志》。而除了主祀的玄天上帝外，庙内还有配祀王灵天君、马府千岁等神祇。
沿革.
立庙由来.该庙为明郑时所建，建于当时承天府署（今赤崁楼）背面，属府治镇北坊。而关于建庙的年代，清代旧志皆以「伪时建」或「郑氏所建