初期阶段，台湾由反台独的国民党执政。建国广场与当时在野而有台独党纲的民进党同属反对阵营，选举时支持民进党。
主张.后来民进党提出「大和解」政策，表示台湾不必也不会宣佈独立后，建国广场大加批判，逐渐与民进党分道扬镳。1999年陈水扁为竞选2000年中华民国总统，而提出「新中间路线」，暗示台独路线偏激，并促成民进党通过〈台湾前途决议文〉，认定台湾已是一个以中华民国为名的主权国家，明显放弃台独运动。建国广场因此痛斥陈水扁是投机政客，并唿吁独派另推总统候选人参选，否则罢选。一时有不少独派