教区将其运返长崎，马尼拉的圣依纳爵教会也在同年将其手腕的遗骨和遗物运返长崎，并且安置于日本二十六圣人纪念馆内。2019年11月24日，教宗方济各在访问日本期间于长崎西坂发表的演说中特别称赞了三木的牺牲。
教堂.以三木为主保圣人的教会如下：