实业学堂的农科独立为江南高等农业学堂，又将原附属于江南高等实业学堂的江南农商学校（即成立于1906年的江南蚕桑学堂，设于复成桥商务局内）并入。1913年，江南高等农业学堂改办为江苏省立第一农业学校，设于三牌楼，当时有教职员22人、学生61人。此后过探先、陈嵘先后任校长。江苏第一农业学校后改为南京农业学校。1927年，教育部在江苏试行大学区制，将江苏省内专科以上的公立学校合并为国立第四中山大学（1928年改名江苏大学、国立中央大学），其中南京工业专门学校和南京农业学校分别并入第四中山大学工学院和农学院。