事于2011年最先提出古神翼龙科是单系群，包含了掠海翼龙科和朝阳翼龙科。以下列表是根据大卫·安文（David Unwin）在2006年的研究：
种系发生学.以下演化树是根据吕君昌、大卫·安文等人在2008年的研究，认为古神翼龙科是个原始神龙翼龙类的并系群。亲缘关系接近于神龙翼龙，而离神龙翼龙较远的物种被归类于"新神龙翼龙类"（Neoazhdarchia）：以下演化树则是根据Felipe Pinheiro等人在2011年提出的研究，认为古神翼龙科是个单系群，包含掠海翼龙亚科