小樽筑港车站附近设有小樽筑港线外货运站（），作为JR货物在此地区的货柜集散设施。另，JR北海道也在车站西北方向设有小樽筑港机关区，区域内设置有线路维护用车辆、除雪车辆所需的停车用侧线，与储存相关物资用的资材场。
车站结构.岛式月台1面2线的地面车站。