时年63岁。圆寂时，将自己的衣帽传给贾曹杰，于是贾曹杰继承了甘丹寺住持之位。藏传佛教史上将宗喀巴、贾曹杰、克主杰合称为“师徒三尊”。后世为了纪念宗喀巴，在其圆寂之日了设立燃灯节，于藏历每年十月二十五日期间举行。
传说.宗喀巴以文殊菩萨为其本尊，藏地相传其为文殊菩萨化身。相传宗喀巴涅槃后，往生兜率天，成为一生补处菩萨。
格鲁派.宗喀巴刻苦学习，经过长期的苦学精修，创建了一整套佛学体系，其重要论着《菩提道次第广论》和《密宗道次第广论》无上瑜伽修法就是其思想体系