5月27日，中国人民解放军占领上海，同年6月15日，接管国立交通大学上海本部。在1949年7月平、唐两校共同成立中国交通大学后，唐校也最终与在上海的国立交通大学分离。1949年国共内战期间部分师生随国民政府迁台，1958年由在台校友倡议复校，即如今位于新竹市的国立交通大学。中华人民共和国成立后，国立交通大学的上海本部更名为交通大学，平校和唐校另合并成立中国交通大学，是为由沪平唐三地构成的交通大学第二次解体。
院系改革（1952年）.50年代初，当时的政府参照苏联专业化的教育模式