惔熟悉桓温，指桓温虽然有才干但也极有野心，不能让他居于荆州这个控制长江上游的「形胜之地」，建议由司马昱亲自外镇荆州，或由刘惔自己任荆州刺史。司马昱没有听从刘惔的建言，桓温任荆州刺史，获得了日后夺权掌政的资本。永和二年（346年），何充去世，左光禄大夫蔡谟加领司徒兼录尚书六条事，与司马昱一同辅政，司马昱总理万机，其实是东晋朝廷的决策者。何充兼领的扬州刺史此时出缺，褚裒举荐了名士殷浩，殷浩辞让并写信给司马昱说明理由，但司马昱劝他出仕，四个月后殷浩终于出仕。次年，桓温平灭成汉，建立大功，威望和势力都大为提升，