中、黄悟修负责，并于光绪六年（1880年）竣工。（书载「黄别驾烈侯」，即指黄步梯，「别驾」为通判别称，「烈侯」则是黄步梯的字。）光绪16年（1889年），堂主辛修忠募款重新修缮澄源堂，翌年澎湖仕绅许棼乃撰〈澎湖妈宫澄源斋堂记〉碑文。光绪21年（即明治28年，1895年），位于妈宫的鸾堂一新社因被乙未战争战火波及，一度借用澄源堂（斋教之先天道）设坛，扶鸾济世。日治时期间澄源堂仍持续运作，素有「澎湖第一才女」之称的蔡旨禅（1900-1958年）在大正13年（1924年）于澄源堂设帐教学，为澎湖地区首