书院之风盛行，曾出现崇文书院、敷文书院、紫阳书院、诂经精舍和求是书院（浙江大学前身）等着名书院。明代正德年间，杭州知府杨孟瑛力排众议，大规模疏浚西湖，恢复其原貌。
清代.清代康熙、干隆多次巡游杭州，对西湖也十分关注，康熙帝还为西湖十景题字立碑。清光绪二十年（1894年），清政府被迫签订《马关条约》，杭州被辟为通商口岸，在拱宸桥地区设立通商场和日本租界。杭州开始进入半封建半殖民地时期。1911年11月5日，新军起义，进入城区，焚抚署，俘浙江巡抚，杭州其余各主要官员潜逃，杭州结束了封