溪主流的河川，使得位于主流上游河段的雾社溪也广泛被人误认是浊水溪。雾社溪位于南投县仁爱乡境内，发源于武岭，即合欢东峰西侧的板岩层崩壁。其源头处的高度是海拔约2,880公尺。汇集合欢山西坡之水后，沿纵谷流下，至庐山附近与塔罗湾溪汇流，至万大附近与万大溪合流后，始称浊水溪。台湾电力公司利用雾社溪的溪水，于溪上兴筑雾社坝形成万大水库，利用水头落差，提供万大发电厂进行水力发电，为该流域电力开发之枢纽。