管委会主任、伊玛目，监督审查清真寺的财产，处理清真寺管委会主任和伊玛目之间的纠纷，以及涉及清真寺的经济纠纷，群众中涉及宗教的纠纷有时也由新疆伊斯兰教协会出面处理。
文革岁月.1966年文化大革命爆发后，和中国其他省份一样，新疆维吾尔自治区也深深卷入大规模政治运动中，知识分子受到迫害，宗教信仰成为被消灭对象。谢日甫江·阿不都拉说：“‘四人帮’别有用心，把文化大革命的性质改变了，压迫人民，也破坏了宗教事务和宗教场所，把好多清真寺破坏了，有些清真寺改成了别的场所，有的被烧掉了。”清真寺绝