政权以后，为避免李贤有什么轻举妄动，派丘神勣去巴州监视他。但丘神勣却擅自将他囚于别处，逼他自杀，李贤遂死。武则天得知此事，于显福门为李贤举哀，并恢复他的王位，贬丘神勣为叠州刺史。唐中宗神龙二年（706年），追赠李贤司徒的官位，并派人迎其柩陪葬干陵。唐睿宗景云二年（711年），追赠皇太子地位，谥章怀太子，与其妃房氏合葬。
黄台瓜辞.李贤在当太子时，有感于母子亲情在权力斗争之下已荡然无存，乃作《黄台瓜辞》，希望武后醒悟。此诗与曹植之《七步诗》并列为千古绝唱。诗全文如下：章怀太子以摘