川家康下令禁止基督教。1619年，德川秀忠又在全国各地的高札场发佈禁教令。1629年，幕府发表了「踏绘」命令，命令所有的基督徒每年都要践踏基督教圣像以示背弃基督教，拒绝者则被当作基督徒逮捕处罚。关于踏绘这个仪式的提案具体是谁提出的，至今仍是个谜，有荷兰人提出说、泽野忠庵提出说等等不同的说法。在江户幕府的高压政策下，有些吉利支丹（基督徒）不得不改变宗教信仰（宗门改），另一些则秘密继续信仰基督教。此后，江户幕府亦用于测试来到日本的欧洲人是否为传教士。1856年，长崎、下田等通商口岸废除了踏绘这个仪式