群臣，并派林习山驻守烈屿，以此做为「反清复明」根据地之一。1650年（顺治7年；南明永历4年），郑成功驱逐郑氏兄弟，金厦成为其抗清前线之一；不久，明郑中枢又重返金、厦两岛。至康熙平台后，金门航运地位逐渐为厦门所夺。清代中后期，因生活困难，金门人相率下南洋或东渡日本，成为外侨者众。1651年8月，南明鲁王朱以海从舟山逃往金门，并于1662年11月病故于金门，死后安葬在金门城东之青山岩，为鲁王墓。 1663年（康熙2年；永历17年）11月，耿继茂、李率泰督清军及明郑降兵攻取金门和厦门，明郑周全斌部不敌而退至