S基本汉字时，由于规格未要求明示各文字的典据，JIS基本汉字中出现了不少不仅音、义、历史，而且连用例都不明确的文字，即所谓的「幽灵文字」，大约有60字，一说超过100字。最具代表性的有「」、「」等字，不仅《康熙字典》中未收录，追加了国字、新字体等的诸桥辙次的《大汉和辞典》（2000年补充了含部分JIS基本汉字的《补卷》除外）中也没有记载。基于此情况，1997年制定改定规格时，其原案作成委员会以委员长和的等人为中心，调查了1978年规格的原案编制时参考的文献。其结果是原本被视为幽灵汉字的，多数为地名等