同年秋，唐继尧转任云南都督，刘显世任护军使，成为贵州省的最高军政长官，王文华兼任副官长。当时，王文华向刘显世提议将原有的巡防营改革为新军，改革实行后，王文华任黔军第1团团长。
护国战争的活跃.1915年（民国4年）12月，云南的蔡锷、唐继尧发动护国战争。刘显世既不希望举起反袁世凯的旗帜，又不愿同唐继尧决裂。后经王文华、贵州巡按使戴戡的劝说，刘显世在军事及政治压力下决定反袁。1916年（民国5年）1月27日，刘显世发表贵州独立宣言（反袁世凯宣言）。王文华被任命为护国第1军左翼东路司令