美国国家运输安全委员会亦有派员到台湾协助指导。由于CI611班机的坠毁非常突然，事故发生前飞行员与地面塔台间的联络一切正常没有前兆 ，因此飞机刚坠毁时关于失事的原因众说纷纭。雷达纪录显示CI611在坠毁时曾先分裂成四大块结构后才坠入海中，因此遭中国人民解放军飞弹击中、恐怖攻击的说法曾列在肇因名单的前几位，除此之外像是陨石击中、匿踪战机之类的武器误击也曾是认为的可能原因之一，但这些可能都遭到否定。在调查期间，调查人员发现本次空难和1996年环球航空800号班机空难十分相似，包括：这些因素都令调查人员