分子生态学是利用进化生物学理论，采用分子生物学和基因组学的实验方法和技术手段、统计学和数学的分析方法，通过计算机科学的技术和算法，旁及地学、古气候学等, 研究物种和种群的遗传变异及表观遗传变异、遗传谱系, 探讨生物多样性演化、生物地理演化、物种分化、生态适应等的生态学和进化生物学机制。研究范围包括种群演化历史、种群分化和物种形成机制、寄主选择、配偶选择、繁殖行为、生殖方式、精子竞争、扩散和建群、遗传谱系地理演化、遗传分化和局部适应、生态适应的遗传基础、气候变化的生态学和进化生物学后果、生物对环境变化的响