哈马黑拉地区水域渔业资源蕴藏量估计达644,382.48吨。渔业是该地区重要的经济活动。大多数居民在沿海居住，依靠海产为其经济来源。直到2002年，捕捞渔业产量为98,782.21吨，占总产量的65％左右。除渔业资源外还有其他价值较高的海洋产品，例如甲壳类动物、海参、软体动物和海藻。北哈马黑拉县的渔民大多使用传统的捕鱼工具作业，例如渔网。水质好海域使得海洋水产养殖业得以发展，特别是石斑鱼、海螯虾，海藻和珍珠。不过北哈马黑拉县的水产养殖的优化和生产力一直很低。直到2002年，海洋养殖总面积达到128,110公