文杰紧密合作，将恆春的原住民部落归顺当作日本进出东部的起点。在潘文杰斡旋下，他说服有「卑南王」之称的卑南社头目陈达达、马兰社头目谷拉斯·马亨亨等东部部落领袖的归顺，订立获得互不侵犯的承诺后，开始准备东部征讨。1896年卑南、马兰联军于雷公火之役击败刘德杓率领的镇海后军后，相良率日本官兵自恆春乘船登陆卑南，并在新开园战役消灭镇海后军，瓦解台湾最后的清朝正规武装势力。同年4月7日，总督府正式任命为台东支厅长，五月间，台东支厅改制台东厅，于是相良长纲正式成为首任台东厅长，并兼任台东抚垦署长（代理）及台东国语传