次世界大战爆发后，战争摧毁了博物馆馆址，约5%的藏品毁于战火，战争期间，博物馆将90%的藏品转移至柏林动物园旁的一个地堡之中，战后被苏联红军作为战利品运回苏联，这批藏品大部分都藏于现在的俄罗斯圣彼得堡的埃尔米塔日博物馆之中。还有一部分藏品在战争中被藏于马格德堡处的一个盐矿之中，这批藏品战后回到西柏林。因为战后柏林被一分为二，博物馆也遭到了分割的命运，1952年，民主德国政府将其藏品藏于佩加蒙博物馆，1959年，该博物馆收到了中华人民共和国因与民主德国建交10周年而赠送的251件从新石器时代到清末的艺术品。1