法军内部对于舰队应否停泊在阿布基尔湾曾有不同想法。当亚历山大港被证实不适合法国舰队停泊后，布鲁伊招聚他的舰长们，就他们各自的理想港口进行讨论。拿破崙下令舰队在水深浅、地形开放的阿布基尔湾下锚；但他加上一个建议说，如果停在此港太危险，布鲁伊可以率舰北驶科孚岛，只留下运输舰和少数轻型战舰在亚历山大。但布鲁伊相信岸上的陆军需要他的舰队来提供必要的支援，因而并未对此建议加以採纳。后来他又召集舰长们登上他的120门炮旗舰，讨论一下纳尔逊会否发现法国舰队在此下锚。反对在阿布基尔湾下锚，并坚持法国舰队在开放水域才能以最