33年，亨利八世秘密跟女侍官安妮·博林结婚，安妮·博林在同年6月1日加冕为王后，并在当年的9月7日生下了玛丽公主的异母妹伊丽莎白公主，即日后的伊丽莎白一世，坎特伯里大主教托马斯·克兰麦随即宣佈亨利与凯瑟琳的婚姻无效，和安妮的婚姻才是合法的。亨利八世因而与圣座决裂，自任为英国国教会（或称英国圣公会）首脑。她的父亲亨利八世开始公开怠慢她的母亲凯瑟琳。1531年开始，玛丽因为过度抑郁而多病，但亨利不允许她去看望她的母亲（直至母亲去世）。她的女仆和家臣们（包括索尔兹伯里伯爵夫人）被遣散，继承人身份则转予她的同父