于两位候选人也不足宪法要求的三分一票数，总统选择交由国会决定。军方与阿普拉党的长期敌对逼使阿亚·德·拉·托雷与得票第三的前独裁者奥德里亚定出协议，组成联合政府，让奥德里亚再度成为总统。但是，关于欺诈的广泛指控促使秘鲁军方撤职普拉多并成立了由里卡多·佩雷斯·戈多伊领导的军政府。戈多伊管理着一个短暂的过渡政府并于1963年举行了新选举，贝朗德以较为缓和但仍微弱的5％优势获胜。在1960年代的整个拉丁美洲，受到古巴革命启发的共产主义运动试图通过游击战赢得权力。（MIR）于1965年发动了一次失败的武装起事