先后担任九三学社中央副主席，北京大学常务副校长，北京大学研究生院长，北京大学医学部主任、心血管研究所所长、生物医学跨学科研究中心主任，北京大学教育基金会名誉理事长等职。2001年6月，他当选为中国科学技术协会（简称“中国科协”）副主席；次年12月，当选九三学社中央主席。在2003年3月举行的第十届全国人大第一次会议上，韩启德当选为全国人大常委会副委员长。2006年5月，他又当选为中国科协第七届全国委员会主席。2008年3月，韩启德继续当选第十一届全国人大常委会副委员长。2008年12月当选欧美同学会·中国留