三十九年（1560年）以左副都御史的身份出京，总理两浙、两淮、长芦、河东四盐运司盐政，尽得天下之利。鄢生性奢靡无度，“至文锦被厕装，白金饰溺器”，“制五彩舆，令十二女子舁之”。鄢懋卿在浙江淳安被当地知县海瑞冷落，心有不甘，嘉靖四十一年（1562年）联合胡宗宪弹劾海瑞，将原本升任嘉兴府通判的海瑞，降职为江西兴国州判官。后官至刑部右侍郎。严嵩倒台后，御史郑洛弹劾鄢懋卿与大理寺卿万寀朋党为奸，免职处分，既而先后发落戍边。《明史》将其列入《奸臣传》。
事迹.鄢懋卿同年王忬，累官蓟辽总督，被