根本不知道他们的目标是甚么；直至完成远征的第一阶段后，拿破崙才公开这秘密。
地中海战争.1798年5月19日，拿破崙的舰队自土伦启航，很快就驶过利古里亚海；在热那亚聚集更多舰艇后，随即向南沿着撒丁岛岸边航行，在6月7日就已驶过西西里岛。6月9日，舰队驶至由医院骑士团控制的马尔他；当时骑士团的是 。拿破崙求他让他的舰队得以进入要塞化的瓦莱塔海港，但被拒绝；他随即以大规模入侵马尔他群岛作为回应，并在24小时内彻底击败了医院骑士团。后者在6月12日正式投降；骑士团把马尔他群岛及其资源的