站的轨道是主轨，来往兀兰火车关卡去丹戎巴葛火车总站的火车驶过这条轨道。由于新加坡铁路是单线铁路，交会时，丹戎巴葛火车总站开往兀兰火车关卡的火车会停在中间的轨道上让车，而第三条轨道是车站的备用轨道。1993年起武吉知马火车站禁止上下客，所有乘客必须到丹戎巴葛火车总站上车，武吉知马火车站如同停用。然而，这个火车站仍设有站长，驻守在车站内。火车站主要用于南北向列车的错车以及信号控制。每列南下丹戎巴葛的火车车长，都必须向武吉知马站站长手中接过“通行钥匙”，安全确认火车是双向轨道上唯一运行火车。由于新加坡的高度发