营初期，北海-防城港城际特快列车采用9节25T型硬座车编组。但由于宣传力度不够，以及客流不旺等原因，目前该城际特快列车的编组缩短为5节25T型硬座车编组。
机车交路.自开通运营以来，北海-防城港城际特快列车全程采用由南宁铁路局柳州机务段租借给广西沿海铁路股份有限公司的1组东风11G型柴油机车，机车可直接向列车提供电能，用于列车内空调和水炉等设备需要，因此列车不需要再额外加挂一节空调发电车。这也是广西境内第二列使用东风11G型柴油机车牵引的特快列车。2015年4月，因应钦州东至钦州