氏的意见引发中央研究院院士许倬云的不满，许氏因此于2004年11月24日在《中国时报》撰文斥「林玉体身为中华民国特任公务员，经过宣誓，自应遵从宪法及法律的规定，执行其赋予的公务；该员否定国家的存在，则其服务的政府也不存在。」，同年11月26日林玉体于《自由时报》发表〈历史的院士 常识的侏儒〉，说「一位院士级的人，竟然不知『本国』到底指何国而言」「『本国史地』就是『台湾史地』，『台湾』这个『本国』，辖区包括台湾、澎湖、金门、及马祖，但绝不包括『大陆地区』」「『本国』为什么除了『台湾地区』之外，还指涉『大陆地区