诸将分屯锦州、松山、杏山、右屯、大凌河、小凌河各要塞，又向北推进了二百里，几乎完全收复了辽河以西的旧地。而此时后金大汗努尔哈赤亦将京城南移至辽宁沈阳，双方摆出进攻姿态，剑拔弩张，局势一触即发。当时明朝朝廷内部魏忠贤等阉党大肆屠杀东林党人，其中杨涟、左光斗、魏大中、袁化中等大臣被诛杀，而在辽东边防立功的熊廷弼亦遭牵连。孙承宗亦被阉党人高第取代辽东经略职位。高第继任后，立即要求袁崇焕将辽东部队全部撤入山海关（一说撤入部队不包括宁远），袁崇焕与督屯通判金启倧认为城池已收复，无理放弃撤退，于是极力反对，并抗命拒