亚大教堂的镶嵌画佈置相当华丽。这些壁画描绘了圣母玛利亚、耶稣、圣人、帝王及皇后，还有其他纯粹装饰性的几何镶嵌画。1204年，君士坦丁堡遭到洗劫，拉丁十字军肆意破坏城内重要拜占庭建筑的贵重物品，包括圣索菲亚大教堂的黄金镶嵌画。组织入侵君士坦丁堡的恩里科·丹多洛把许多劫掠得来的物品运到威尼斯。圣索菲亚大教堂在1453年变为清真寺，由于伊斯兰教禁止具象的影像，许多镶嵌画都被石膏覆盖。不过这些画并没有被一次性地全部被覆盖，一些十七世纪的纪录反映访客依然可在教堂内看到基督的图像。在1847年至1849年间，加