2006年以《嫌疑犯X的献身》获第134届直木赏和本格推理大奖，此书并一举拿下当年度三大推理小说排行榜——「『这本推理小说了不起！』」、《本格推理小说 Best 10》和「週刊文春推理小说 Best 10」的第一名，故有三冠王之称。2008年，《流星之绊》获得第四十三届新风奖，同年该作被拍摄成同名日剧。并出版《伽利略的苦恼》（神探伽利略系列第4部）、《圣女的救济》（神探伽利略系列第5部）2009年5月，东野圭吾成为特别理事会理事长，继承大泽在昌职务。同年，出版《悖论13》、《新参者》（加贺恭一郎系