先在2016年6月13日开始运作，以加快建立商贸网络和设立永久办公室的工作，而首任处长杜彭慧仪在同年9月13日上任后，驻新加坡经贸办的相关工作亦正式移交至驻雅加达经贸办。及后，港府为了加强对东南亚国家的联系及开发南亚国家的潜在商贸机会，在2019年2月在曼谷设立驻曼谷经贸办，并接受驻雅加达经贸办的监督。
职能.香港驻雅加达经贸办于2016年设立，是香港特别行政区政府设在印尼的官方代表机构，处理香港与东南亚国家联盟、印尼、马来西亚、文莱及菲律宾的关系。虽然它并非是港府在东南亚设立的第