基酸序列与牛中的牛冠状病毒相似度高达99.3%–99.6%，其中有些亦造成类似牛只冬痢的症状。
基因组.牛冠状病毒的基因组约长31000nt，编码冠状病毒皆有的复制酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，此外在复制酶与刺突蛋白的基因中间有编码（HE）与一辅助蛋白ns2的开放阅读框（乙型冠状病毒支序A的共同特征），在刺突蛋白与外膜蛋白的开放阅读框间有ns4.9与ns12.9等两个编码辅助蛋白的开放阅读框，且在衣壳蛋白的开放阅读框中