会解散后，王凤翥留在北京。民国四年（1915年）袁世凯称帝，山东起义，王凤翥遂回到家乡筹备，并以山东护国军代表的名义，和张鲁泉等人奔走于山东、上海、青岛之间。民国五年（1916年）护国战争中，孙中山发起讨袁战争，派居正到山东组织中华革命军，王凤翥转为中华革命党党员，并参加讨袁活动，为协助中华革命军进驻诸城县做了许多工作。同年国会复会，王凤翥再度到北京出任参议院议员一职。此后，在北京政府时期，王凤翥一直担任第一届国会参议院议员，曾代表大总统黎元洪与南京的副总统冯国璋谈判。民国十九年（1930年），王凤