江南省已经分为江苏省和安徽省，江苏省和安徽省分别为全国十又八省之一。省界与今天比较变化不大。晚清时期，太平天国定都南京，安徽南部是其主要粮食和军事基地，在曾国藩的湘军和陈玉成的太平军反复拉锯战中，安徽南部流失大部分人口，经济遭到严重打击，战后从河南、湖北居民移居皖南，文化习俗发生巨大改变。宣城地区尤为重灾区，该地的方言从吴语变成多种官话与西部吴语混居的状态。同时期，捻军也发源于贫困而土匪横行的安徽北部。李鸿章在合肥附近招募淮军赴江浙作战。太平天国之后淮军成了清朝的一支重要力量。