任该校校长，适逢该校发生学潮。马叙伦来校之后，推进教学改革，倡导民主办学，推行北京大学教授治校的经验，对学生自治会的权利十分尊重，并筹资修理校舍，使该校的面貌迅速获得改观。但马叙伦的做法遭到势力强大的浙江省教育界保守派的强烈反对。许宝驹当时已担任浙江省教育厅秘书。他支持马叙伦推行的教育改革，和马叙伦等人形成了浙江省教育界的革新派，与保守派斗争。1922年夏，浙江省教育厅厅长夏敬观辞职，厅长空缺。许宝驹和当时的杭州一中校长、原北京大学教师黄人望等人提议马叙伦继任厅长。他们还专程到北京，获得了蔡元培、李大钊