会社的四辆（1905年后的14号型），各式编号各自为政，毫无章法。总督府为解决此一混乱的问题，乃于1899年10月进行台湾铁道史上第一次编号改组，重编这16部车头的编号。
编号规则.自1899年10月起，凡配置于北部线（北、基、桃、竹一带）的车头，赋予偶数编号，而配置于南部线（南、高一带）者，则赋予奇数编号，皆以购入年代先后顺序编号。在1900年初，已有13辆在北、3辆在南。随着施工进行需求渐增，铁道部多次向日本内地调来中古车，并向英国、日本购入新车，台湾的铁道建设，渐渐步入正