配对，形成一种称为替代环或D环的三股结构。
化学修饰.
硷基修饰.基因的表现，受染色体上的染色质结构与异染色质（基因无表现或低表现）区域里的胞嘧啶甲基化所影响。举例而言，当胞嘧啶受到甲基化时，会转变成5-甲基胞嘧啶，此作用对于X染色体的去活化、铭印和保护脱氧核醣核酸分子不被内切酶所切断（存在例外）而言相当重要。甲基化的程度在不同生物之间有所差异，如秀丽隐桿线虫便缺乏胞嘧啶甲基化，而在嵴椎动物体内则较常出现，大约有1%的脱氧核醣核酸为5-甲基胞嘧啶。5-甲基胞嘧