尽管在2009-10赛季取得成功，但范加尔还是于2011年4月遭到解雇，因为拜仁在下个球季德甲联赛中落后，并在欧洲冠军联赛淘汰赛首轮因客场进球劣势而再次被国际米兰淘汰出局。范加尔的助手安德里斯·永克尔临时接管球队直至赛季结束，并取得联赛第三。2011-12赛季，拜仁再度请回了海因克斯担任主教练。尽管俱乐部签下曼努埃尔·诺伊尔，解决了卡恩的合适替代者问题，但球队却重蹈2002年勒沃库森的“三亚王”悲剧，连续第二个赛季颗粒无收。在国内，无论是联赛或杯赛均不敌多特蒙德屈居第二；而作为欧冠改制后第一支在主场参加