交收系统停顿，大量货物积压在货站。香港政府及后需要重新开启原启德机场的二号空运货运站，有商人更直接将货物调度到邻近机场交收。新机场的混乱其后逐步解决，并且逐渐被公众所接受。香港特区政府委任了胡国兴法官及郑维健博士成立独立的新机场调查委员会，彻查事件，而立法会及申诉专员公署亦先后就事件进行调查及发表报告。香港机场管理局于2006年至2010年投资了45亿港元以提升客运大楼和停机坪的设施，将两座入境大堂合併，并且增加了柜位数目。中央客运廊部分办公室被拆除，走廊扩阔至12米及将外墙改为玻璃幕墙。此外，增添了转