年，由于科索沃问题，北约对南斯拉夫联邦进行空中攻击行动，导致难民大量涌入马其顿。中华民国外交部结合政府与民间于该年4月组成「马其顿境内难民救援团」，援赠总额约700万美元。外交部政务次长李大维与立法委员、慈善团体、医疗团以及记者团等人亦前往马其顿，并会见总理、与。建交期间，为协助马其顿经济重建及发展，中华民国协助设立史高比耶加工出口区，以提升对马其顿的投资、增加就业机会。由中华开发工业银行与财团法人国际合作发展基金会（国合会）合资设立的史高比耶开发管理公司（资本额100万美元，中华开发投资55%，国合会