006年一举拿下亚洲足球小姐和亚洲最佳青年足球运动员双料奖项之后一度被视作孙雯的接班人。但在2007年之后，因为伤病等原因，马晓旭的竞技状态急剧下滑，加上一段时期内中国队在战术上对她过分依赖，她为此承受了不少非议。2016年，她重返国家队并随队参加了里约奥运会。