布殊总统第三号令签署，在911事件发生六个月后付诸实施，目的是提供一个“全面和有效的手段以向美国联邦、州、地方政府以及美国人民发布遭受恐怖袭击风险的情报”。2002年3月12日系统由时任总统安全事务助理的汤姆·里奇公布，但当时对其开发、部署和管理则由美国司法部长负责。2003年1月，美国国土安全部正式投入运作，系统管理权亦随之转交该部。根据总统第五号令，安全警戒级别的确定应由国土安全部部长和总统安全事务助理商榷后做出。2011年1月27日，美国国土安全部部长珍妮特·纳波利塔诺宣佈国家恐怖主义咨询系统