党轮替，民主进步党执政后，杜正胜被任命为国立故宫博物院院长，2004年，陈水扁当选连任总统，杜正胜被任命为教育部部长并为行政院政务委员。在任期间由于政治言论曾引起当时社会批评和攻击。2008年5月20日卸职，由郑瑞城接任。2004年5月6日，台湾《自由时报》报导，杜正胜昨日以故宫博物院院长身分于立法院进行故宫工作报告，立委李庆华提出杜正胜的硕士论文质询，并指出其中註解八的内容，上书「谁说的，我已忘了，但现在也没有寻找的必要，反正我不打诳说谎」。对于此内容，有人认为这多少带有年少轻狂的气息，且当年的学术规