两位兄长司马尚之及司马恢之各拥兵权，以支援司马道子。叛乱平定后，司马休之就官拜龙骧将军、襄城太守，镇守历阳（今安徽和县）。
投奔南燕.元兴元年（402年），荆州刺史桓玄因司马元显下令讨伐而率军东下建康（今江苏南京市），并派了将领冯该进攻历阳。司马休之原本固守城池，但在其兄司马尚之兵败后就率五百兵出城作战，终也不能取胜。司马休之于是携同子姪北逃南燕。
返回晋廷.元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐桓玄，并攻下建康，司马休之当时在南燕也卷入刘敬宣、高雅之的流产政