推断由于分子进化而产生的进化关系，并导致系统发育树的构建。 根据1870年代Haeckel所知的信息，右边显示的图描绘了生命系统树作为最早的详细树木之一。分子系统发生学的出现，很可能会改变大众对旧有动物分类的认识。举例说：传统上鳞翅目物种皆二分为蛾跟蝴蝶两大分支，但研究认为其实所有蝶类皆应归类到凤蝶总科去，而凤蝶总科又是鳞翅目之中、有喙亚目之中、真鳞翅类之中、真异脉类之中、双孔亚目之中、短突双孔类之中、螟蛾类中的一个演化支。类似的改变还有啮虫总目的合併，以及白蚁被合併进蜚廉目的例子。