7年林明德当选为中华民国法官协会理事长，期满两年时，1999年获选续任中华民国法官协会理事长。其间，1999年11月，该协会在台北市主办国际法官协会第四十二届年会，此为国际法官协会第一次在亚洲举办年会。中华民国的司法预算于1997年度以前，一直是由行政院直接编制，有时对司法机关提出的概算大幅删减，这种制度违反权力分立与制衡的原则。1997年3月25日起，中华民国法官协会理事长林明德发动法官、检察官连署向国民大会请愿，要求修改宪法，以规定司法预算独立编制，行政院不得迳予删减，行政院如有意见可加註併送立法院