989-1994年间，中国大陆超八成的HIV感染病例发生于云南，主要通过传播。1995年以来，艾滋病的传播逐步扩大化：1995年前，引起的HIV感染仅在云南一省流行，到1999年全国多数省份均已报道同类案例；输血传播出现在华中地区，全国各省均已出现性传播病例，但云南的疫情仍为疫情扩大的主体；1995年报告病例为之前十年的总和，全国范围的疫情被认为存在低估，2000年代媒体报道显示当年河南省等地存在瞒报疫情的情况。到1999年底，中国大陆地区官方估计有爱滋病感染者50万人，英国《卫报》提供的内部估