只要他念得完东吴，将来有一天一定会回来执教的，终于在1986年毕业。1986年大学毕业后，林建隆偕妻赖妙净前往美国一同攻读硕士学位，后又攻读博士，返台后在母校东吴大学执教，现为教授。林建隆着有自传《流氓教授》；该书被台湾电视公司改编为同名电视剧，由王识贤主演，于2001年在台视主频八点档时段播出。林氏主张台湾独立的政治立场鲜明，常于三立新闻台《大话新闻》、民视新闻台《头家来开讲》、中华电视公司《台湾起动》等政论节目中发表言论。