任国防部长，但因为政党轮替，任期时间仅不到3个月后随即下台，由陈肇敏接任。蔡明宪因被控在陈水扁政府时期利用职权违法收集机密文件并协助交予前国家安全会议秘书长邱义仁，2010年4月被法务部调查局以《中华民国刑法》妨害国交罪、《国家机密保护法》等罪嫌列为被告，函送特侦组侦办。 2015年，中华民国最高法院维持台湾高等法院原判，邱义仁、蔡明宪无罪定谳。2019年4月12日，蔡明宪宣布退出民进党，退党声明抨击「民进党至今仍然竟日追逐眼前短小的党内派系政治利益，而漠视台湾人民如此的焦虑及疏离感日益扩大」。20