边大学队，并在1990年随队获得中国足球乙级联赛冠军，升级至中国足球甲级B组联赛。高仲勋在延边队的出色表现，使其成为了中国足球史上为数不多的少数民族国脚之一，也被认为是吉林足球的标志性人物。1992年亚洲杯时，他随队夺得季军。1993年，高仲勋随吉林三星队获得1993年中国足球甲级B组联赛第四名，升级至甲A联赛。1994年，高仲勋再次被中国国家队征召，随队参加1994年亚运会。在1994年10月1日中国队与土库曼斯坦队的比赛中，高仲勋在第69分钟通过点球的方式攻入一球，帮助球队暂时以2:1的比分领先对手