任务连将直接纳入英国陆军特种空勤团编制、被拼入中国人民武装警察部队，甚至是已经解散的流言。事实上，香港主权移交后，特别任务连持续地发展。
水陆两队合併，海事能力提升.2000年，为了提升特别任务连的全体水平，首位华人主管欧阳照刚警司将水上攻击队合併至陆上攻击队，务求对每位人员皆施以海陆空三栖的全能训练，以大幅度地提升特别任务连的海事动员能力、机动性、效率及整体质素。此外，警犬队开始为特别任务连训练专门执行高危险性罪案及反恐任务的警犬（包括攻击犬等）。九一一事件后，特别任务连特别提升