东黄寺、西黄寺遭到破坏，建筑受损严重。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，东黄寺遭劫。中华民国时期，东黄寺和西黄寺因年久失修，损毁严重。1940年代，该寺仍为喇嘛庙，开展佛事活动。释妙舟《蒙藏佛教史》载，1958年，东黄寺全部建筑、西黄寺的逹赖喇嘛庙因破败而被拆除。
建筑.东黄寺坐北朝南，建筑宏丽。特别是该寺的大殿，十分高大。过去老北京有谚语：“东黄寺的殿，西黄寺的塔”，即称赞东黄寺的大殿同西黄寺的清净化城塔。东黄寺的主要建筑自南向北依次为：