至安艺樱尾城，两年后被送为备中猿挂城主备中三村氏一族中穗井田元资的养子，遂改姓穗井田，作为毛利氏东方的重镇，转战山阳道参与备中、播磨的战事，征讨三村家、尼子家残党。同为智勇兼备，且年龄与当主毛利辉元相近，所以一向受到信任。1585年，其子毛利秀元被毛利辉元收为养嗣子，同时恢复了毛利的姓氏。其后更与另一名兄长二宫就辰（相传是元就的私生子）一同担任广岛城的普请奉行。后来于1597年在樱尾城病死，早于其同年病故的三兄小早川隆景。据说在他故去以后，隆景曾道：「何以他会死在我之前？」。穗井田元清死后葬于洞云寺