。唐高宗嗣位，历迁右武侯大将军、冀陕二州刺史。不久请求致仕，拜光禄大夫。麟德二年（665年）卒，年八十。赠荆州都督，谥号“襄”，赐温明秘器，陪葬昭陵。史载丘行恭生性严酷，官场同僚对他极为忌惮，多次因手段残酷被弹劾免职。贞观十七年（643年）一月，鄠县县尉游文芝告发代州都督刘兰成谋反，一月戊申，兰成被处以腰斩。丘行恭竟挖出兰成的心肝烹食。唐太宗知道后责备他：“兰成谋反，国有常刑，何至如此！若以为忠孝，则太子诸王先食之矣，岂至卿耶？”行恭惭愧无语。有子丘神智、丘神勣、丘神福、丘神鼎。