瑛等人，编写《认识台湾国中教科书参考文件》，批评《认识台湾》教材涉及台独意识及及日本皇民史观。
陈水扁总统任内.2001年，陈水扁总统主政时期，为因应九年一贯教育课程的实施，由教育部长黄荣村聘请委员重新修定课纲，由清大历史系教授张元担任历史科课纲召集委员。在张元等人编写的历史课纲中，台湾史首次独立成册，脱离中国史范围教授，将中国明清两朝併入世界史教授，主张学生应由本土历史开始学习，进而学习中国史与世界史。在2003年，这份课纲首次公开，受到立法委员及媒体抨击，张元因此辞去召集人职位