疏凡二十余上，悉奉温旨褒嘉。出典湖广乡试，取士百六十人，而捷南宫者六十四，得士称最盛。选太常寺少卿，假归。康熙元年（1662年）补四译馆少卿，修葺馆署，考校译字生四十人；请复旧制，兼翰林职，着为令，馆中勒石纪德；转右通政使。康熙十二年（1673年）充殿试读卷官，晋太常寺卿。会天坛有牧马者，上遣内侍察堂官职名。或谓光祀任甫三日，可勿预。光祀曰：“居其职，敢诿其过乎！”遂与同官俱列名，罚俸三月。其年，迁通政使，擢兵部右侍郎。康熙十二年（1774年）十二月初，吴三桂起兵叛清，孙光祀密疏请诛杀其子吴应熊，以杜绝