，兼临时检疫局技师，10月临时检疫局技师废除，兼临时检疫事务官。1901年3月防疫课长解任，7月免临时鼠疫预防事务局顾问。
台湾期间.1901年，台湾鼠疫大流行，死亡三千多人，连台北避病院院长本田祐太郎也同样感染鼠疫殉职，时任民政长官的后藤新平请来高木友枝协助扑灭疫情。1902年3月31日，高木友枝任台湾总督府医院医长兼医院长，身揽多职，如台湾总督府技师、台北医院长、民政部警察本署勤务、红十字社台湾支部副长属託、台湾地方病及传染病调查会委员、台北基隆市区计画委员。1903年又任临时