7月南下广州参加孙中山护法运动，任广州军政府交通部长。1920年任大元帅府秘书长。1921年任孙中山非常大总统总统府秘书长，并一度任广西省省长。1923年出任上海大夏大学首任校长。1924年和冯自由、章炳麟等人发表宣言，反对国民党改组和联俄容共、扶助农工等三大政策。同年出任北京工业大学校长。1925年，孙中山、段祺瑞合作，马奉孙公命，有事于北京。遂出任北洋政府司法总长。1926年，调教育总长 (未就任)。 被国民党第二次全国代表大会开除党籍。1928年创办省立广西大学，曾三任