车最初计划用于牵引货物列车，但由于柴油机车不会像蒸汽机车那样喷出煤灰烟尘，因此在实际运用当中以牵引北陆本线的优等旅客列车为主，包括“日本海号”和“北陆号”卧铺急行列车。1956年4月至10月期间，DD50 4号机车借出予四国铁道管理局高松机关区，在四国地区的土赞线进行为期半年的试运行，并与DF40型柴油机车做对比试验。1957年，搭载蒸汽锅炉的DF50型柴油机车投入北陆本线运用后，DD50型柴油机车改为用于牵引货物列车为主；同年，原敦贺机关区更名为敦贺第一机关区。此外，DD50型柴油机车亦会在敦贺至今庄