发的老师就以二神教之罪名而被处死。783年，在哈里发麦海迪的命令下，巴格达成立了针对二神教的宗教裁判所，利用极为残酷的手段消灭摩尼教徒。这一做法在哈里发穆格台迪尔统治时期得到延续，大量摩尼教徒逃亡唿罗珊。唿罗珊萨曼王朝的君主纳速尔二世想要杀掉他们，但在高昌回鹘的压力下不得不停止。11世纪之后，中亚地区摩尼教的活动渐趋减少，而为伊斯兰教所替代。
欧洲和北非.摩尼在世时，摩尼教已经传入约旦，摩尼也曾派弟子向巴勒斯坦、叙利亚和埃及等地传教。摩尼死后，有大量信徒逃亡到罗马帝国境内，摩尼教思