合搜索，在多日搜寻无果后，11月30日，阿根廷当局宣佈停止搜救。12月，阿根廷海军司令遭到解职。圣胡安号在最后一次与阿根廷海军联络时曾报告通气管进水。在联络几个小时后潜艇发生爆炸。2018年11月17日，阿根廷海军在位于距离阿根廷丘布特省里瓦达维亚海军准将城东南460公里的大西洋海平面以下800米处发现了圣胡安号的残骸。发现时该潜艇已经解体，残骸散布在80×100米的区域内，但阿根廷当局没有选择打捞。随后阿根廷总统宣布举行为期三天的全国哀悼。