；1991年的第二届国大代表选举中，于嘉义市当选。1996年，蔡启芳当选不分区国大代表并曾担任国大党团召集人，1997年，有意参选嘉义市长，但在党内初选期间便被民进党拒绝。蔡启芳也曾担任民进党嘉义县党部主委以及嘉义市党部主委，并且曾经加入过民进党内次团正义连线。2004年，蔡启芳连任第六届立法委员，而且还担任台湾日光灯股份有限公司董事长。2005年12月15日，宣布参选民主进步党主席，但最终并未参加选举。2006年，民进党立委萧美琴有意草拟及游说《同性婚姻法》的法律制定案，遭蔡等23名立委提出反