塔尔图大学的爱沙尼亚学生会，并在1884年6月4日由Otepää的牧师挂在大会堂上，并被视为神圣的。这面国旗现在被陈列在爱沙尼亚博物馆。
独立.在1918年2月24日发表爱沙尼亚独立宣言时，旗帜成为了爱沙尼亚民族的象征，并被用作国旗。在1918年11月21日，国旗被正式通过。在1918年12月12日，国旗第一次放在视为国家象征的塔林赫尔曼塔上。
第一次苏联统治时期.1940年6月，苏联入侵之后，国旗被禁用。在爱沙尼亚独立日，1940年6月21日，国旗在爱沙