驱除灾孽。滨海之地浪涌淘沙，故以名宫焉。」此庙址处在荷治时期到清治中叶时，庙前临海，干隆时代的重修碑记也写：「对峙者荷兰城，环绕者鲲身砂...」道光十六年（1836年）的〈重修沙陶宫记〉，刻有捐款者为开兴号、黄化鲤、启泰号、福兴号。其中黄化鲤还捐赠总赶宫、兴济宫、温陵祖庙。
日治时期.1905年，沙淘宫西侧建立大菜市。
战后时期.1949年，一位郑姓摊贩在此庙前开始贩卖菜粽，为当地着名的台南小吃。人称「沙淘宫菜粽」、或「大树下菜粽」、「老郑菜粽」等。