迅、周作人、许寿裳、易培基、许广平等师生爆发争执，得到时任中华民国教育部署总长章士钊力挺，但迨至下半年，女师大学潮日炽，杨荫榆被免职。1927年，至苏州女子师范学校任教，并在东吴大学、苏州中学兼授外语，1935年在娄门创办二乐女子学术社，任社长。抗日战争期间，当时寓居苏州的杨荫榆目睹日军的种种暴行，多次向日军长官抗议，并因此在1938年1月1日被日本兵诱押至苏州盘门吴门桥下，射杀身亡，遗体被投入河中。
家庭.有哥哥杨荫杭，侄女杨绛（是杨绛的三姑母）。