三公九卿制共存，直至隋朝建立后才废止三公九卿制。门下省负责献计策和劝谏皇帝，参与机密之事，又成为大权掌握的机构。南朝皇帝为了避免被世族控制，所以让寒门担任皇帝身边的机要职务。例如通事舍人不仅替皇帝起草诏令，又掌管政令，成为天子身边的实权职务。另一个要职是典签。南朝君主鉴于东晋方镇势强，威胁中央，因此多以宗室子弟为州镇军政长官，这就是「拟周之分陕」。典签则负责控制州镇要事。典签每年数次回京向皇帝报告刺史好坏。齐武帝时典签权势达到极盛，诸王刺史都非常害怕典签，所以当时有「诸州惟闻有签帅，不闻有刺史」的说法；之后