丰帝逝世，两宫太后垂帘听政；九月四日夜，清军在马山脚下挖掘地道，暗通到城下，装上大量火药。九月五日（1861年9月5日）上午八时，炸开缺口，随后湘军蜂拥而入。守将吴定彩、叶芸来堵住缺口，拚死奋战。英王陈玉成、辅王杨辅清见大势已去，率部退往集贤关；九月，胡林翼病逝，安庆终于陷落清军之手，城内守军拼死抵抗，叶芸来等数万将士全部牺牲，仅张朝爵侥倖脱逃，湘军进行屠城，数万安庆军民被屠杀。曾国藩的幕僚赵烈文目睹了这次惨祸：“杀贼凡一万余人，男子髻龀以上皆死，……妇女万余俱为掠出”，“军兴以来，荡涤未有如此之酷者矣”。