蛟自缢于流水大埠桥边，终年58岁。永历帝闻讯，三军缟素痛哭，谥文烈。
归处另说.二说，接《明史》“（李）勇，腾蛟旧部将也，率其卒罗拜，劝腾蛟降。腾蛟大叱，勇遂拥之去。绝食七日，乃杀之。”腾蛟实未死，部份旧部同其归隐四川顺庆府（张献忠战死遗址一带），死后葬于灵龟山，有实坟，封号“龟山之人”。
评价.史家顾诚则认为隆武之亡，不能只归咎于郑芝龙，何腾蛟本人实难辞其咎。隆武帝知道郑芝龙跋扈难制，希望何腾蛟派精兵迎驾，移跸江西，“清军进攻赣州，隆武帝进退维谷的时候。