地区休整。11月，参加陇海路破击战，破击砀山至黄口段铁路，在砀山歼国军1个旅。12月，率部向西进攻，连续攻克永城、涡阳、亳县、柘城等地。1948年6月，叶飞任华东野战军第一兵团副司令员兼副政治委员，在豫东战役中统一指挥5个纵队围歼区寿年兵团。9月，参加济南战役，和兄弟部队一起在鲁西南地区担任阻击任务。济南战役后，叶飞由于患黑热病而到济南养病，以致于未能参加淮海战役。1949年2月，叶飞升任第三野战军第十兵团司令员，参与渡江战役和上海战役。上海战役中，解放军初战不利，叶飞随后建议增调部队，并稳扎稳打，最终