《FLCL》被卖予Production I.G。2016年，khara起诉公司在洽谈使用《新世纪福音战士》版权时借用1亿日圆而没有按时归还。此案揭露了GAINAX受到收入所限和负债扩大困扰，而专属动画师团队亦几乎全数解散。于2018年，原本接下的《琴之森》亦因资金和管理问题，要由及后被卖至其他控股公司的子公司GAINA工作室代劳。普遍认为导致GAINAX发展缺乏方向的元凶，为后期侧重作品概念多于公司实质运作的主席山贺博之。