53年，林恭以太平军名号，在台湾起事，并配合内地太平军势力结合，攻陷台湾凤山县并围攻嘉义。当时担任澎湖水师协副将的邵连科率领水兵400，于澎湖出发，帮助在台游击王国忠前往台湾参与战事，并击败林恭所属蔡贤、林略等，之后并平定噶玛兰地方骚乱。1855年（咸丰5年）邵连科因战功，奉旨接任吕大陞担任台湾镇总兵。是台湾清治时期此期间，受台湾道制约的台湾地区最高军事首长。