砂拉越组成了马来西亚联邦，这迫使马来亚航空更名为“马来西亚航空”（MAL），马来西亚航空也接管了婆罗洲航空，并升格成为国家航空公司。在20年内，MAL从单架飞机运营商成迅速长，成为一家拥有2400名员工和采用当时最新机队的航空公司。1966年，随着新加坡退出马来西亚联邦，公司被迫更名为马来西亚-新加坡航空（，简称MSA），MSA也因而同时成为2个国家的国家航空公司。公司在接下来的数年急速扩张，MSA先后引进波音707和波音737，并开始拥有飞往珀斯、台北、罗马和伦敦的航线。然而MSA在1972年因新加坡