樊巡是南朝陈人。豫州刺史樊勐之子。樊勐以樊巡代理南豫州（安徽省当涂县）事务，又命散骑常侍皋文奏率兵镇守姑孰（今安徽当涂）。开皇八年（陈后主祯明二年、588年）十一月隋军大举伐陈，韩擒虎以精兵五百人，横江夜渡彩石，正月初七，仅半日即攻下姑孰，生擒樊巡及其全家，皋文奏大败逃回建康。