被派到新疆，马元章叮嘱他既要为官，又要协助教门。新疆都督杨增新因同为云南人的缘故，用马绍武为衙门的文书先生，马绍武工作敬业，于1914年受任为库车驻防司令（或安办amban，地方军事首领），1915年任疏附县知事（相当于县长），因宗教教派矛盾被喀什提督马福兴逐出喀什，出任乌什县知事。1917年6月，前往新疆调查财政的北洋政府财政部委员谢彬在阿克苏附近遇到从疏附卸任回省的马绍武的车队，见“大车三十余辆，马车轿车数辆，浩浩荡荡，尘土蔽天。”在高赞派内，马绍武被称为“瘦大人”，威望很高，当时“亏欠公款，函致吐鲁番