396年，拓跋珪即位为皇帝，任命贾彝为尚书左丞，参与北魏国政，加给事中。在邺设置行台，贾彝和尚书和跋留守邺城。之后，召还平城。408年，去温泉养病时被叛胡执送后秦，献给姚兴。抑留数年后，逃亡回到北魏。又被赫连勃勃所擒，任命他为秘书监。六十一岁时去世。魏太武帝平定赫连昌，其子贾秀迎其尸柩，葬在代郡之南。