奥托四世起先对英诺森三世作出让步，因而英诺森三世在1209年为他进行了第二次加冕。但当奥托四世企图染指教皇势力之下的西西里王国之后，英诺森三世便彻底与他决裂，并于1211年的纽伦堡会议上开除了他的教籍。英诺森三世把被他监护着的，霍亨斯陶芬王朝的继承人腓特烈立为罗马人民的国王。奥托四世并未屈服，但在1214年7月27日的布汶战役中，他与英格兰国王约翰的联军被法兰西国王腓力·奥古斯都击败。这一战不但结束了奥托四世的政权，并具有另一重大意义：神圣罗马帝国主宰欧洲的时代已经结束，法兰西王国成为最强大的基督教政权。