到了1998–99年度，黄大仙战绩低落，在乙组 11 支球队中名列第 10，与包尾的东昇，一同降落丙组作赛。在2000–01年度，黄大仙于香港丙组(甲)足球联赛名列包尾，遭淘汰出局。
地区球队年代（2002–2012年）.香港足球总会依照荷兰足球顾问报告，与全香港各区区议会合作，于2002年成立香港丙组(地区)联赛，首届赛事只有11个区议会派队参赛，加上香港学界及香港08共13队参赛，翌届全香港18个区议会均有派队。于是，黄大仙重新加入，代表黄大仙区议会参加香港丙组(地区)联赛。