用「专用通道」令工程需要先将南昌站地基移除。该问题反映出当初在验收南昌站时，九铁（后来与地铁合併成港铁）存在疏忽；及后建高铁时，港铁的前期测量工作又有不足，以及在工程技术筛选和监督方面不力。
当初预算及对质疑回应.前立法会议员李永达曾质疑2013至2015年为工程高峰期，估算造价是否会上升一至两成；政府回应价格判断由专业评估属合理。另一立法会议员陈伟业曾指出工程过急，若改动设计或合约将会遇亿计索偿；政府回应政府累积经验会紧密监察。
成本大幅上升.物价、建筑