感，且具有「重叠的」本质。假结结构的碱基对的嵌入较差，即碱基对与其他的碱基对有一定重叠。这使得通过标准的动态规划方法对RNA序列中可能存在的假结结构的变得更加困难。动态规划通过一个递推记分系统来确认配对的茎结构，因而很难测出非嵌入的碱基对。更新的随机上下文无关文法也面临相同的问题。因此，像Mfold和Pfold这样的流行的二级结构预测方法并不能预测出目标序列中的假结结构。它们只能确认更稳定的假结结构中的两个茎。可以通过动态规划的方法确认某些类型的假结结构，但这类方法不够详尽，而且在作为序列长度的函数时与