在于补助金支付的事务由总部可以完成，地区的教育行政完全由地方教育委员会负责。
管理的法人组织.2017年4月1日文部科学省主管的独立行政法人有、、、、国立科学博物馆、、防灾科学技术研究所、量子科学技术研究开发机构、、、、科学技术振兴机构、、理化学研究所、宇宙航空研究开发机构、、、日本学生支援机构、海洋研究开发机构、、大学改革支援、学位授予机构、日本原子力研究开发机构等22法人。另还管理全国86个国立大学法人，以及的、、高能加速器研究机构与等4法人。2016年（平成28年）4月