自然历史博物馆的第三次蒙古挖掘活动中，在蒙古戈壁沙漠发现了鹦鹉嘴龙的第一批化石，包含模式标本（编号AMNH 6254）在内。在1923年，亨利·费尔费尔德·奥斯本正式将这些化石命名。这次挖掘活动还发现原角龙、偷蛋龙、迅勐龙的化石。之后，蒙古、苏联、中国、波兰、美国、加拿大、日本等国组成的挖掘团队，陆续在蒙古国、中国内蒙古发现蒙古鹦鹉嘴龙的化石。目前已经发现超过75个蒙古鹦鹉嘴龙的个体化石，其中有接近20个是完整的头颅骨与骨骼。蒙古鹦鹉嘴龙的化石发现于下白垩纪的地层，相当于阿普第阶到阿尔比阶，约1亿250