市辖区面积2,063平方公里，河湖等水域面积1,266.7平方公里。
地形.全市地势北高南低，境内地形地貌复杂多样，其中以丘陵、平原为主。巢湖平原（皖中平原）素有有“皖田肥美”之名，为安徽省重要的水稻、棉花、油菜及水产区，据《资治通鉴》记载，早在三国时期，曹操就在今庐江、无为一带屯田养兵，发展农业。
气候.巢湖市的气候属于北亚热带湿润季风气候，具有雨量适中、光照充足、四季分明的特点。一年之中，一月的平均温度为最低，约为2.4～2.8℃；七月平均温度最高，约