段期间内，诸罗义民协助清廷官兵，死守城池，奋勇抵御。1787年11月3日，干隆下旨改「诸罗」为「嘉义」以褒扬全体官民的忠义精神与行为表现。。1885年，台湾建省，1887年，置三府一直隶州十一县三厅，隶属台南府。光绪二十年（1894年），清廷与日本发生甲午战争。光绪二十一年（1895年）3月2日，清军战败，乃任李鸿章为全权大臣，赴日本下关，与日本全权大臣展开议和。4月17日，与日本签订《马关条约》，割让台湾全岛及澎湖列岛给日本。日治时期，1895年，日本在台北设置台湾总督府始政，5月21日，分台湾为三县