但是，英军并未修复马家堡站原建筑。英国人还利用津芦复线的钢轨，擅将铁路从马家堡延至永定门外，随后破北京外城城墙进入城内，将铁路展修到天坛坛根。清廷认为铁路修到天坛坛根有损国家尊严，经商议，1901年英国人将自永定门至天坛的铁路拆除，改从永定门接至正阳门东站。至此，关内外铁路北京方面的终点遂由马家堡站改为正阳门东站，从1897年至1901年，马家堡站充当终点四年。1901年《辛丑条约》签订后，光绪二十七年（1902年）慈禧太后自西安回北京，“亦用自芦沟桥至马家堡铁路”，在马家堡站下车，“（辛丑十一月）