首领阿古柏逃往焉耆，留下他的小儿子驻守库尔勒为其垫后。随后，张曜部队和徐占彪部队在罗长祐所率的湘军的协助下收复吐鲁番。此时，通往南疆的门户大开，南疆地区纷纷起来反对阿古柏的统治。阿古柏之后神秘地饮毒酒身亡。白彦虎率领余众逃窜到开都河一带。阿古柏的长子胡里为争权夺位杀死其弟，率领残部逃到喀什噶尔称王，继续与清军对峙。这时李鸿章等又使朝廷发出敕令：“廷臣聚议，西征耗费巨款，今乌城、吐鲁番既得，可以休兵。”左宗棠看罢大不以为然，于是又上疏抗旨，据理力争。摄政的西太后看罢他的奏章，被说服，于是才继续新疆