为起义军旗，孙中山进入广州，创农学会为机关，并广征同志，定农历九月初九重阳节（10月26日）为起义之日。但因洩密，而导致这次起义以失败告终，以陆皓东为首的多数成员被捕处刑，孙中山则被清廷通缉，是第一次起义。1900年6月，义和团运动在中国北方爆发，八国联军进攻天津及北京。9月，孙中山与日本友人及原香港兴中会核心人物先赴香港，但被禁入境后转往台湾，得台湾日治时期日本台湾总督府官员答允支持在广东惠州归善县（今深圳市盐田区三洲田村一带）发动起义（称惠州起义）。后因日本官员临时改变态度而失败，孙中山亦返回日本，