採用普通、直接、平等、无记名、单记、相对多数投票制度。该次选举共有三组候选人，依号次排序分别为：民主进步党推荐提名的蔡英文与苏嘉全（简称「蔡苏配」）、中国国民党推荐提名的马英九与吴敦义（简称「马吴配」）、以及亲民党提名但以联署方式登记参选的宋楚瑜与林瑞雄（简称「瑜雄配」）。其中马英九以时任（第十二任）总统身份竞选连任、吴敦义为时任行政院院长，蔡英文与宋楚瑜则皆以在野党党魁身份参选，苏嘉全时任民主进步党秘书长，林瑞雄则是唯一不具任何政党职务的候选人。此次选举中，两岸关系、经济民生与候选人的个人操守成为竞选