蝇，蜉蝣等昆虫等为食物，但也有捕捉鱼的记录。牠们会用脚捉着往水面的鱼，而且可以一边飞一边吃。外国研究显示，一只7克重的水鼠耳蝠经过一个小时猎食后，体重可增加至11克，相当于本身体重的57%。
繁殖.于外国，水鼠耳蝠主要在秋天时候交配，至春天生产。牠们通常一胎一只，蝙蝠出生后大约三个星期就懂得飞行，至6至8个星期后就可以完全独立。
保育状况.由1981年起，所有英国境内的蝙蝠都系受到《野生动物及郊野公园条例》第5条保护，而香港也有相似法例：《野生动物保护条例