人士吁请袁世凯“万勿南下”，副总统黎元洪也通电全国表态：“舍南京不至乱，舍北京必至亡。” 南方各省纷纷附和。这样的局势使蔡元培也不免受到蒙蔽，他于3月2日向南京政府发电，要求参议院迅即同意“确定临时政府之地点为北京”和“袁不必南行”之要求。 处于被动的孙中山只得作出让步。3月6日，南京临时参议院决议，允袁世凯在北京就职。3月10日袁世凯在北京石大人胡同前清外务部公署就任临时大总统。当时任第三镇参谋官杨雨辰在回忆录中说：“这场兵变是有预谋、有组织而发动的，是袁氏父子早在数日前就蓄谋制造的乱局。”