真菌在根外形成外壳）。在研究有一些植物幼苗没有自然生长的土壤环境时就无法生长时，科学家们发现了菌根。有一些土壤中的微生物，如极端微生物，可以在极端的环境条件下生存，如温度，pH值和缺水。
土地退化与污染.当种植农作物时使用杀虫剂或除草剂时，同时也会危害到土壤中的生物。这些生物的死亡常常会引起远期的或未预期的后果。因此使用杀虫剂前因对其可能对土壤生物所造成的危害了解清楚，同时也要对其对地面生态学部分的影响了解清楚。刀耕火种是杀死土壤中生物的一个重要因素。当土壤表层温度增加时保