始点（通常于50个硷基对以内）。真核生物启动子调控序列一般与转录因子结合，当中涉及形成转录复合物。一个例子是E盒（序列CACGTG），它会与硷性-螺旋-环-螺旋（bHLH）的转录因子结合。
结合.启动子序列（P）与σ因子RNA聚合酶复合物（R）的结合涉及两个步骤：
与启动子功能变异有关的疾病.以下是从人类孟德尔遗传学（OMIM）证实与启动子故障有关，不论是因启动子序列直接突变或是转录因子或转录共激发因子的突变。而多种癌症都没有列下是因为从染色体易位产生