距离作为列屿主岛的钓鱼台约110公里，而距离石垣岛则位于北方150公里处，另外在其正南方还分别有宫古群岛的多良间岛和水纳岛；而其绝对位置则位于东经124度33.4分、北纬25度55.2分上，面积为0.0609平方公里。赤尾屿的最高峰为海拔高度75公尺的赤坎岭，其位置则在岛屿中部偏南处，另外岛上其他高地还有岛屿北部的系缆石。另外在赤尾屿北方附近的小岛礁则被日本视为自身专属经济区边界的参考点之一，在2012年3月2日时日本将该岛礁命名为北小岛，并在同年3月23日时在日本中将岛屿列为日本国家财产。但尽管日本政