谋剷除镰仓幕府，不料计划败露，后醍醐天皇遂乔扮女装带着三神器逃出京都，号召各地豪强起兵勤王，开启元弘之乱的序幕。楠木正成在下赤坂城起兵响应。虽然后醍醐天皇很快兵败，被流放至隐岐岛，楠木正成与护良亲王仍展开抗战，用巧妙的游击战法以小部队死死拖住幕府六波罗探题主力大军。楠木正成死守千早城，利用游击战与幕府军交锋，成功击退对手(千早城之战）。1333年，后醍醐自隐岐岛脱逃，幕府大将足利尊氏阵前倒戈，灭探题部队。新田义贞亦乘机起兵关东，灭亡镰仓幕府。当后醍醐天皇实行建武新政时，楠木正成出任记录所寄人、杂诉决