，密苏里号战舰一直是该舰队的旗舰。舰队司令官威廉·海尔赛在二次大战结束后，率领他的舰队至日本东京湾，并在密苏里号战舰的甲板上接受大日本帝国签署的投降书。战后的1986年7月，第三舰队以科罗纳多号两栖运输舰作为该队新的旗舰，1991年8月，岸上总部由珍珠港转移至圣地牙哥现址。
管辖区域.东部及北部太平洋海域，包含白令海、阿拉斯加、阿留申群岛及部分北极等。
战力.第三舰队有超过100艘舰艇，包括4艘尼米兹级核动力航空母舰：