至2017年，南开区辖区内水域面积10.78平方公里。南开区辖区内东、北隅有海河、卫津河、南运河环绕，中部津河南北流向，至复康路向东与卫津河贯通。辖区内有水上公园东湖、西湖、南开大学马蹄湖、新开湖，天津大学青年湖、敬业湖、爱晚湖，长虹公园湖、南翠屏公园环山湖、天津奥林匹克中心体育场人工湖等湖泊。区内地下水受地质构造、地貌、水文和古地理条件控制，具有山前平原向冲、滨海平原过渡的水文地质特征，水文地质条件呈现出明显多样性、复杂性和分带规律。
行政区划.下辖12个街道办事处：