大学校长蔡元培邀请，重任北京大学教授。1919年五四运动中，马叙伦任北京大学教职员会和北京中等以上学校教职员联合会书记和主席。1920年，在北京大中小学教职员工向军政府进行索薪运动中，马叙伦被推举为运动领袖。1921年6月，他任浙江第一师范学校校长、浙江省教育厅厅长。北京政府改组后，他回到北京，两次任教育部次长，并曾经一度代理教育部部务。其间，他曾经掩护了李大钊。1923年，他加入中国国民党，任中国国民党北京特别党部宣传部长。1925年五卅惨案发生后，他在北京联合各界人士成立了“五卅惨案后援会”。1926年