行政院和总统的同意，使得行政和立法机关冲突时难有协商空间。过去还设有一院制的国民大会，为常设性选举人团，享有议会权力。但经数次国民大会改选和宪政改革后，2005年选出的任务型国民大会通过立法院提交的宪法修正案，正式废除国民大会，并将宪法修正案的复决权改由公民投票决定。司法院，是中华民国最高司法机关，主要审理民事、刑事、行政诉讼、公务员惩戒。司法院院长、副院长和13名大法官组成大法官会议，大法官任期8年，由总统提名，并经立法院同意后任命，负责统一解释宪法、法律或者法令，并召开宪法法庭审理总统、副总统的弹劾