清晨，胡安以风速每小时160公里的二级飓风强度在哈利法克斯的沙德湾（）和普罗斯佩克特（）之间登陆。风暴在从南向北穿越新斯科舍的过程中一直保持着飓风强度，然后在爱德华王子岛上空减弱为热带风暴。9月29日晚，风暴在圣罗伦斯湾北部的安蒂科斯蒂岛附近由另一股温带低气压吸收。这场飓风在穿过新斯科舍中部和进入爱德华王子岛的过程中造成了大范围的破坏，风暴中心以东和以西区域受到的影响较小，大部分损失都是由这些区域遭受的狂风引起。胡安所过之处共造成8人死亡，经济损失超过1.5亿美元（2003年美元，相当于年的美元），报告