平军逼近上海的同时，李泰国向清廷请病假，称其1859年7月在一次反英抗议期间受的伤需要返回英国治疗。李泰国离沪期间清廷任命两名署理总税务司：乔治·亨利·菲茨罗伊（曾任额尔金伯爵的私人秘书）与赫德。菲茨罗伊愿意留在上海，而赫德则走访全国各地筹办海关。随着天津条约的签署，中国通商口岸迅速增加，海关系统急需扩张以管理日益增多的国际贸易。1861年，赫德建议总理衙门购买阿思本舰队，此建议获采纳后在英国的李泰国着手购置舰船及招募人手。1862年（同治元年），在赫德与恭亲王的倡议下中国第一所新式学校—京师同文馆成立