两名官员送往廓尔喀首都加德满都关押。当年，廓尔喀侵略军进攻定日协格尔寺遭到顽强抵抗，不得不转而进攻日喀则。1792年，清朝的将军福康安奉命率领1700多人开至前线同藏军共同作战，将廓尔喀侵略军全部驱逐出西藏，全部收复被廓尔喀军队占领的聂拉木等地。文化大革命期间，该寺被毁。1980年代，由吉隆县人民政府批准恢复。1980年代重建之后，被列为吉隆县文物保护单位。2013年，被列为第七批全国重点文物保护单位。2014年度西藏自治区和谐模范寺庙暨爱国守法先进僧尼评选中，帕巴寺2名僧人被评为爱国守法先进僧尼。