装备精良之滇军，不再成为中国军界主要势力之一。
北伐.1926年夏，参加北伐，任国民革命军第七军军长，转战有功，8月曾亲自参与指挥贺胜桥战斗，获得胜利。1927年1月底，苏俄派米哈伊尔·马尔科维奇·鲍罗廷游说李，希望其取代蒋中正继任国民革命军总司令，遭李拒绝。李返回南京后，全力支持蒋反苏清共，并警告张发奎需警惕叶挺反对国民政府。但李亦曾在九江劝蒋辞去黄埔军校校长一职，以免予人口实而被指为“新军阀”。1927年4月，新桂系联合蒋发动清党，处决中国共产党员和中国国民党内左翼人士