仙宫是陶瓷业行业神庙，于1930年停窰后，村民转为务农，但仍然敬奉樊仙祈求风调雨顺，成为地区保护神。1949年成立的「碗窰公立学校」设于樊仙宫旁，于扩展时在宫内范围设立校长室、小卖部及教职员工厨房等。1964年樊仙宫于二战后首次重修，于正门屋檐下绘画两幅壁画，一是大埔王肇枝中学，一是碗窰后山的燕岩，表明由王肇枝中学到燕岩均属樊仙宫护佑之地。1970年代中期一场严重火灾破坏了樊仙宫很多历史遗蹟，大门上的书法和绘画于1976年整修时重新着漆。由于樊仙宫是香港境内唯一供奉樊仙的庙宇，见证了陶瓷业在香港的盛衰，