带之一，湖区周边人类活动有限。湖区周围形成典型之的内陆高山湖泊湿地生态系统，对北疆的气候和水源调节起到重要作用。为保护赛里木湖和果子沟，2007年霍城县果子沟牧场、芦草沟、清水河等乡镇近1200名牧民下山定居。湖区共有分属于58科288属的639种种子植物：其中裸子植物8种，被子植物有 55 科 285 属 631 种，后者占湖区植物之多数，主要构成林下和草原 、草甸、荒漠。湖区以草场为主要的土地利用类型，但自1980年代开始有大面积退化现象。天然分布的野生动物主要分为以沙狐、草原旱獭等为代表荒漠动