国安度晚年，1946年又再次回到中国担任圣约翰大学校长。1947年4月，卜舫济去世于上海，葬于上海静安公墓。卜舫济主张教育与政治分离，反对以学校为基地从事政治运动，为此曾与热衷于从事政治运动的学生发生数次冲突事件。1925年，一批学生因此退学，另组光华大学。
婚姻.卜舫济在年轻时，曾经力排众议，在1888年9月27日，与圣公会华籍牧师黄光彩的女儿黄素娥结婚。1918年黄素娥因病去世，次年，卜舫济再婚，新娘是圣约翰英籍教员顾斐德（C. Gooper）的遗孀Emily G. Goo