日本侵略朝鲜的野心，但由高宗和闵妃最终还是决定和日本缔结条约，并严厉弹压崔益铉等示威者。崔益铉被下令流放到黑山岛，3年后得以释放，回到故乡抱川，专心兴办教育、研究学问。
抗日.高宗三十一年（1894年），日本透过中日甲午战争而驱逐清朝势力、控制朝鲜政权。在日本的主导下，朝鲜开化派断行“甲午更张”，开始推行近代化的改革。“甲午更张”的改革措施短期和表面上有利于朝鲜社会的进步，但实际上却是日本推动朝鲜同化于且合并入日本的过渡工具。于是已十多年不问政治的崔益铉向朝廷上了一道《请讨逆复衣制疏