数量与不同位置，爬行纲分为四个亚纲，分别为：以上四个亚纲，除了单孔亚纲以外，目前都属于蜥形纲。
分类学.以下目级列表是根据班顿以后的研究（2014年）：
系统发生学.以下简易版的爬行动物演化树，龟鳖目曾与众多史前副爬行动物一起归类为无孔亚纲，但后来的遗传分子学研究多支持龟鳖目位于主龙类所在的双孔亚纲演化支之中：
演化历史.最早期的爬行动物，出现于石炭纪晚期，约3亿2000万-3亿1000万年前，演化自爬行形类（Reptilio