毕业于山东师范大学外语系，随后在北京外国语大学接受高翻培训，于1994年取得美国密苏里大学政治学博士。1984年起，秦亚青开始在外交学院任教，研究国际关系理论与英语高级翻译，历任英语系副主任、主任、院长助理、副院长、党委书记。2014年，秦亚青接替赵进军，担任外交学院院长。秦亚青是历任外交学院院长当中，第一位非中国外交官出身的院长。