进入费城海军造船厂，专门为这次新任务做好准备。在此期间，该艇重新分类为辅助潜艇，船体分类符号为AGSS-311。她载着民间科学家团队于5月18日开始了“海上扫描”的第一阶段。她的此次巡航访问了英格兰的朴茨茅斯；挪威的亨墨菲斯和卑尔根；苏格兰的; 格陵兰的图勒、卡科尔托克和努克；北爱尔兰的贝尔法斯特；以及加拿大新斯科细亚省的哈利法克斯，于12月3日回到新伦敦。射水鱼号在六个星期的保养后，于1961年1月20日进行了“海上扫描”的太平洋阶段，2月6日过巴拿马运河，并通过圣地亚哥前往夏威夷。她于3月27日离开珍