杰克逊维尔市北接拿骚县，西邻贝克县，南接克莱县与圣约翰斯县，这些县与杜瓦尔县一道形成了杰克逊维尔城市圈。上述五县与帕拉特卡小都市圈（普特南县）和圣玛丽小都市圈（佐治亚州康登县）共同组成杰克逊维尔—圣玛丽—帕拉特卡大都市圈。发源自杰克逊维尔南部的圣约翰河，是克莱县与圣约翰斯县两县的县界，它自南向北流经杰克逊维尔，并将整座城市一分为二，后在市中心以北向东注入大西洋，其主要支流是这里的在地河流。跟佛罗里达州的大部分地区一样，杰克逊维尔的地势也十分平坦。根据美国地质调查局的数据，杰克逊维尔的最高点海拔仅