所联合支持的科斯图尼察得票率则是百分之48.22%。选委会表示，因为无人过半，必须在10月8日举行第二轮决选。9月27日，米洛舍维奇不顾欧美国家和国内反对派的反对声浪，宣佈参加决选；而科斯图尼察阵营则要求重新验票，但遭选委会拒绝。最后引起反对党在首都贝尔格莱德举行大规模反米洛舍维奇集会。10月4日南斯拉夫抗议民众扩大，终于在10月6日由反对党控制首都贝尔格莱德，宪法法院裁定科斯图尼察当选总统。10月7日科斯图尼察正式宣誓就任总统。科斯图尼察上任后即改善了米洛塞维奇时代的国际孤立，加入联合国，并且进行了南