合于2001年夏季因为散班退出甲组联赛，他遂转投花花。2002年，朱兆基加盟晨曦，并于一季内协助球队横扫本地所有锦标，为晨曦球队夺得四冠王美誉，而他更在2003/04年度首次入选香港足球明星选举的最佳十一人阵容。在千禧年间，朱兆基曾获本地老牌球会南华斟介，不过当时他考虑是想争取更多落场机会而婉拒。他于2009年7月离开效力7年的晨曦转投升班马沙田，直至2010年7月再转投劲旅杰志，凭借其丰富的比赛经验，为球队建立首个三冠王朝。结果朱兆基在2013/14赛季转任球员兼助教。2014年5月，朱兆基离