初做了江州西曹主簿，后当上南谯王刘义宣的征北行参军，并跟随他先后任征北参军事、车骑参军及车骑主簿，后任江州治中从事史。元嘉三十年（453年），太子刘劭弒父篡位，时仍为江州刺史、武陵王的宋孝武帝刘骏起兵讨伐，版授邓琬辅国将军、南海太守，让他领兵讨伐广州刺史萧简，孝武帝虽然在数月后就消灭了刘劭，于建康称帝，不过因萧简坚守，邓琬要围攻到翌年（454年）才攻下。然而，义宣与臧质及鲁爽等人于孝建元年（454）就起兵反对孝武帝，邓琬弟邓璩站在臧质一方，邓琬因而被广州刺史宗悫收捕，只是遇到大赦而获免罪。变乱被平定后，邓琬