邦进入中国人民抗日军政大学第二期，担任第一大队党总支书记，后留下编入高级研究班。同年秋，留任担任抗日军政大学政治部副主任，主办校刊《思想战线》。1938年24月，抗大举办第四期，胡耀邦兼任第四期一队政委，与队长苏振华搭档。1939年3月，中央调胡耀邦返回延安，担任中共中央军委总政治部组织部副部长，当时部长方强在华北工作，胡耀邦因此代行部长职位、不久直授，由总政治部主任王稼祥和副主任谭政领导，着手负责整个共产党部队领导干部的考察、任免和调动。1940年，胡耀邦兼任军委直属机关政治部主任，并配合柯棣华筹建白求恩