苯教三所依的一头骡子在当车地区一处像肩胛骨的地方伏卧不起。索僧东巴益喜坚赞随即想在此地修建一座苯教寺院。藏历铁兔年（1351年），年逾50岁的索僧东巴益喜坚赞在此动工兴建三层阁楼式经堂，由此奠定了琼毛寺的基础。当时，经堂内供奉的塑像包括三世佛、八大菩萨、德拉护法神尊、玛赞护法神，此外经堂内还有显密各本尊的壁画，还有苯教经、像、塔等等三所依。索僧东巴益喜坚赞以该经堂为基地弘法。后人遂将索僧东巴益喜坚赞誉为苯教的第二佛陀。琼毛寺有三大活佛系统，分别是琼毛活佛、瓦塞尔活佛、卡尔纳活佛。1966年文化大革命