而干隆二十八年（1763年），北郊商人苏万利等人集资修庙，为郊商参与庙宇维修之始。次年，由于水仙宫庙前小港淤塞，被附近居民侵占，于是当时的台湾府知府蒋允焄下令拆除违建并增广庙埕，事后立「水仙宫清界勒石记」石碑在庙中三川门内。之后在嘉庆元年（1796年），三郊大修水仙宫，并改庙北十三间店铺为「三益堂」，为总理三郊事务之办公室；同年原奉祀在后殿的福德正神移到佛头港景福祠合祀。之后道光十三年（1833年）、光绪三年（1877年）时，亦有整修。进入日治时期后，由于三郊资助过刘永福抗日，以及与中国大陆内地间的贸易