，元贞二年（1295年），元朝再次设立北庭都元帅府。此后经过长时间的争夺，确立了察合台汗国对当地的统治。明洪武二十三年（1390年），察合台后王（即东察合台汗国）黑的儿火者遣使贡方物。永乐四年（1406年），后王沙迷查干遣使贡玉璞等方物。永乐七年，明成祖封瓦剌马哈木为顺宁王。永乐十一年（1413年），吏部员外郎陈诚出使西域，曾访问别失八里。1417年察合台歪思汗弑杀叔叔别失八里国王纳黑失只罕，自立为王，号亦力把力。宣德二年（1427年），歪思遣使入贡，明宣宗赐歪思金刀甲胄。正统后亦力把力朝贡不绝。