山大道之事。近年护国寺发掘出明代天池寺石雕佛像十余尊，也是万历年间第一次重建时的重要佛教文物。此次重建，使梵净山形成了以金顶古茶殿、释迦殿、弥勒殿为中心，沿朝山大道辐射至西岩古寺、天马古寺的西、北两路的寺庙群。
第二次重建.明万历27年（1599），贵州播州土司（今贵州遵义）杨应龙叛乱，祸及梵净。“既自播乱之后，传闻四方，往来朝觐人稀，非复日盛”（《敕赐碑》）。万历46年（1618），梵净高僧妙玄和尚奏请明神宗重建梵净。“以故天哀名山之颓，而赐以钦命僧妙玄重建金顶正殿”（《敕赐碑