当时张献忠已入境内，敌兵充斥。都贤昼夜日夜修理防御工事，并把所有幕僚的薪资都捐献给军队。左良玉驻兵九江，军纪败坏，抢劫百姓，于是郭都贤命左良玉离开，自己募兵抵抗张献忠。当时有人阻挠他，于是他辞官隐居庐山。崇祯十七年（1644年）甲申之变时，郭都贤一度绝食，但没死，史可法在扬州开府抗清，要封郭都贤，郭都贤不答应。清顺治三年（1646年）出家，入桃江浮邱观为道士，一说为僧。组织了浮邱山“三千道士下洞庭”的抗清活动，即「洞庭举事案」。桂王在肇庆即位，是为永历帝，以兵部尚书一职召郭都贤，而郭都贤已出家。