官房长官安倍晋三成功当选自民党总裁，小泉的自民党总裁任期在隔日届满，并于9月26日辞去首相一职，由安倍晋三接任，完成交接。卸任后他在12月15日开始担任改革加速议员连盟顾问。但小泉任命的内阁総理大臣秘书官饭岛勲于2007年9月23日辞职，因为与他对立的福田康夫在该日当选自民党总裁，成为日本内阁总理大臣。随后麻生太郎在2008年以绝对优势当选自民党总裁后，与他政见相悖的小泉宣佈退出政坛。小泉退出政坛后，在政治上仅担任自民党议员组织「创造梦想讲习所」最高顾问、以及在自己创立的民间智库「国际公共政策研究中心」担任