研究院和中国科学院等的许多研究院所机构都是由南京大学教授或毕业生建立的，这些先驱者包括王琎、竺可桢、周仁、杨杏佛、钱崇澍、赵承嘏、陈桢、王家楫、罗宗洛、严济慈、王应睐、周国城（Kuo-Chen Chou、生物物理学家）、庄长恭、吴学周、魏喦寿、周鸿经、凌纯声、郭廷以、邢慕寰等人。中国科学院期刊刊登的科学史学家李佩珊的一篇中国现代科学史的文章中，列出了877位在现代史上对中国科学有较大贡献的科学家并统计其毕业的学校，南京大学前身中央大学以115位毕业校友位居第一。截至2007年中国科学院共选出1107名院士，