据库包括或HMDB，或YMDB，或ECMDB，拟南芥代谢物组数据库或AraCyc，以及尿代谢物组数据库，脑嵴液（CSF）代谢物组数据库，和血清代谢物组学数据库 。后三个数据库是人类生物流体特有的。还存在许多非常流行的一般代谢物数据库，包括京都基因与基因组百科全书(KEGG)，MetaboLights，，，LipidMaps，和Metlin。代谢物组数据库与代谢物数据库可以进行区分，因为代谢物数据库包含来自多个生物体的轻微注释的或天然的代谢物数据，而代谢组学数据库包含特定生物体的丰富详细的和大量参考的化学的，