的云，水气构成的云是最密集的，并且对大气动力学有最强的影响。这是水相对于氨和氢化硫，比较之下有较高的凝结热和水的高丰度结果（氧气是比氮和硫更为丰富的化学元素）。雾层主要位于对流层（0.2巴）和平流层（10毫巴）之间的主云层之上，后者被认为是由浓缩的重多环芳香烃或联氨组成的，并是甲烷受到太阳紫外线辐射（UV）影响出现在同温层的上层。甲烷的丰度相对于氢分子大约是10，同时其它的碳氢化合物的丰度，像乙烷和以炔，相对于氢分子大约是10.。木星的热成层位于压力低于1微巴之处，能展现气辉现象、极区的极光和X射线的辐射