999年前，剑龙级潜舰多次执行30天潜航任务，作战半径包含东海，台湾海崃东部、太平洋西部及南海。2000年前，剑龙级潜艇多次获战力竞赛第一名、国军莒光舰，舰长亦荣获国军英雄，资深优秀士官亦获国军楷模接受表扬。2004年7月28日，中华民国第十任总统陈水扁参与出海下潜，为台湾唯一参与剑龙潜舰出海下潜的总统。2005年，舰长王立申，昇海军二级上将，是海龙舰服役军官的第一位上将。2007年，多次纳编六二特遣队，驻守基隆港及苏澳港。2009年，多次执行连续航行30天航行。