。在多良间村退出后，下地町及上野村也先后于8月及9月退出合併。剩余的平良市、城边町及伊良部町于是重新成立新的合併协议会。2004年12月下地町和上野村重新加入新的合併协议，新市名从「宫古市」、「宫古岛市」、「琉宫市」中挑选了「宫古市」。但岩手县宫古市因为名称相同要求重新评估，于是在重新进行意见调查后，决定改使用「宫古岛市」。2005年3月15日合併协定签定前，伊良部町议会中未能通过新的合併议案，原本其余四市町村计画重新架构新的协议会，但3月25日伊良部町议会重新通过合併议案，合併案终告确定。