帝国在巴西尔二世（976-1025）统治下，国力扩张，并逐渐吞併亚美尼亚王国。1045年，巴格拉提德首都阿尼被拜占庭军队所占，亚美尼亚王国再次灭亡。亚美尼亚高原再次由外族统治。九世纪后期，塞尔柱人入侵亚美尼亚高原，部分亚美尼亚难民逃至濒临东地中海的奇里乞亚，建立奇里乞亚亚美尼亚王国（1080-1375）。奇里乞亚与十字军国家透过联姻维持友好的关系，十字军亦曾协助亚美尼亚抵抗拜占庭和土耳其人。12世纪，由于蒙古人佔领了至中亚至中东的大幅领土，奇里乞亚与蒙古人结盟以对抗穆斯林，尤其是埃及的马木留克。13-1