落成之后，矶小屋原本的功能渐渐被取代，因大多数的实验与课程移至考种馆进行。
现在.矶小屋是台湾早期重要农学研究基地，因而经年累积大量日治时期迄今之农业研究器材、书籍文件、文书用具与家具等。2003年，农艺系于矶小屋的暗房中发现矶永吉教授遗留的文献手稿，经过总图书馆特藏组的整理，合计四千多册的手稿、书籍确定为矶永吉先生所有，内容涵盖当时的实验纪录、来自总督府的公文、南洋农业的调查书等珍贵资料。目前这些文献存放于总图书馆的「矶永吉文库」，成为台大的特藏。2006年，台大农场场务会议