陈仁宗同太上皇一起来到陈舍湾指挥抗元。副都统军、仁惠王陈庆余击败了元军。此后，越军又于1284年和1288年两次击退了元军的进攻。1290年，因牛吼蛮在哀牢（老挝）支持下不服陈朝统治，陈仁宗御驾亲征讨伐哀牢。1293年，陈仁宗禅位给皇太子陈烇，是为陈英宗。其本人则出家，研究佛学，但仍执掌朝政。英宗即位后，尊仁宗为宪尧光圣太上皇帝。元朝遣兵部尚书梁曾至越，要求陈仁宗入朝。仁宗託病，遣陶子奇出使元朝。元朝又欲进攻越南，但因忽必烈的逝世而放弃了出征的计画。1308年，陈仁宗病逝。谥号法天崇道应世化民隆慈显