他被召见入京，担任右拾遗、直史馆。他旋即进谏，以《端拱箴》来批评皇宫的奢侈生活。后来历任左司谏、知制诰、翰林学士。爲人刚直，敢直言进谏，誓言要“兼磨断佞剑，拟树直言旗”。曾三次被贬职：于淳化二年（991年），一贬商州，于至道元年，二贬滁州，于咸平元年（998年），三贬黄州。故有“王黄州”之称。谪居黄州期间，以骈散相间之《黄州新建小竹楼记》抒发虽遭贬谪却心地坦荡，具达观旷逸之胸怀。宋眞宗咸平四年（1001年）徙蕲州，未踰月而卒，年四十八。欧阳修十分仰慕王禹偁，在滁州时瞻仰其画像，又作《书王元之画像侧》。