纶改用石材，重新修筑。马经纶与思想家李卓吾友好，经纶曾言：“吾友是谁？李卓吾先生是也。虽吾友，实我师也。”。卓吾《续焚书》中多称为「马侍御」。万历二十九年（1601年）春，卓吾北上通州，住经纶家中。每日一起研读《易经》。大学士沈一贯指使都察院左都御史温纯伙同礼科给事中张问达奏劾卓吾，卓吾入狱。马经纶上《与当道书》为卓吾辩解，但无效，卓吾自裁死。卓吾死后，耗资为其治丧。