理校长一事告知正在北平的蒋中正。10月20日，行政院正式发布张伯苓辞职、由何廉出任南开新校长的命令，并无如前所议张氏转任名誉校长一事，致何廉给朱家骅写信抗议，但未获回应。同年年末，张伯苓以“体弱需静养”为借口，离开了南京的考试院，回到重庆沙坪坝南开中学津南村3号的寓所，深居简出。1949年，中国大陆政权更替之际，由于张伯苓具有较高的社会威望，国共双方均在争取张伯苓。周恩来通过在香港的南开校友王恩东辗转捎信给张伯苓，并在信中以在南开就读时的笔名飞飞写道：“老同学飞飞希望老校长不要动”，请其不要离开中国大陆