传信息的修改和添加。卵母细胞受精后形成合子，它的联合基因组进行去甲基化和重新甲基化（除了印迹基因）。通过囊胚阶段，胚胎干细胞的甲基化已完成。这种去甲基化/重新甲基化过程被称为“重新编程”。甲基化在没有DNA甲基化转移酶的基因剔除突变中尤为重要，所有生成的胚胎会在囊胚时期死亡。
出生后发育.越来越多的证据揭示，甲基化在环境因素和遗传表达交互作用间发挥重要作用。在小鼠刚出生的前6天里，不同的护理方式会诱导一些启动子区域不同的甲基化模式，从而影响基因的表达。此外，如白细胞介素的信号传导等