前已逐步应用在各种不同的模式生物当中。
发现歴史.聚簇DNA重复的发现始于世界三个地区的三个独立地点。我们今天称为CRISPR的基因组重复群集，即原核生物拟核DNA链中的丛生重复序列，在1987年一份由大坂大学的石野良纯领衔的大肠桿菌研究报告中被首次描述。2000年，相似的重复序列在其它真细菌和古细菌中被发现，并被命名为短间隔重复序列（Short Regularly Spaced Repeats，SRSR）。2002年SRSR被重命名为CRISPR，其中一部分基因编码的蛋白为核酸酶