击敌对教派，没收了他们寺院的财产，并迫使他们改宗格鲁派。其最大政敌噶举派被打击程度尤为严重。然而，在确立格鲁派的统治地位之后，五世达赖一改之前的强硬作风，採取了兼容并蓄的政策，并允许他们复兴自己的寺院。五世达赖採取各派所长，修习了各派知名的教法，例如向宁玛派上师学习大圆满法，并建立「莲师八相灌顶仪轨」，因此受到宁玛派等派的支持。不过，却引起了祖古扎巴坚赞等坚持传统的格鲁派僧人的强烈反对，扎巴坚赞批评达赖，随即遭到逮捕，不久圆寂狱中。有些格鲁派人士认为扎巴坚赞是被五世达赖赐死，或者狱中受虐而自杀的，他们表示，