年末，沈宗濂调入国民政府军事委员会委员长侍从室第四组任秘书。此后，他研究各类问题，为蒋介石出谋划策，曾经建议蒋介石择机加强同西藏的关系。他还曾任国防最高委员会参事、国民政府军事委员会委员长侍从室参事。1943年10月，沈宗濂被蒋介石派任为国民政府蒙藏委员会驻藏办事处处长，接替孔庆宗。1944年8月8日，沈宗濂抵达拉萨。此后，他大量宴请拉萨的僧俗官员及外国使节，并定期布施拉萨藏传佛教三大寺、上密院、下密院僧众。1945年8月15日，他在拉萨举办了庆祝抗日战争胜利宴会。这些活动密切了同拉萨僧俗的关系，使中国