兴府知府南大吉之孙。陕西乡试第四名，后参加会试第二百二十三名。万历八年（1580年）登进士第三甲第二百一十八名。以祖母年纪大为由，请求回乡奉养祖母。后授刑部主事，擢太仆寺少卿，进太仆寺卿。万历三十年（1602年）直谏免除矿税，因而得罪明神宗，被削籍归乡，天启初年（1621年）重起为太常寺卿。崇祯初年（1628年）官至南京吏部尚书。崇祯十六年（1643年）李自成军队攻破渭南，南企仲年过八旬，大骂不屈，绝食两日而死。其子居业、族子居益俱绝食而死。
家庭及关联.曾祖父南金，曾任教谕，赠户