内的密宗扎仓层次更高。在上密院和下密院修习的喇嘛可以逐级升为上密院和下密院的堪布，卸任后的堪布称为“堪苏”。上密院堪苏可升补为甘丹寺夏孜扎仓的法尊“夏孜曲杰”（意为“东顶法尊”），下密院堪苏可升补为甘丹寺绛孜扎仓的法尊“绛孜曲杰”（意为“北顶法尊”）。宗喀巴法位甘丹赤巴的继承者轮流由这两位曲杰担任。寺内普通僧人称“扎巴”，德高望重、学识渊博的僧人称“喇嘛”。寺内读经的僧人为数不多，多从事杂务等活动。学经僧人称“贝恰娃”，他们所能考取的最高学位是“格西”。获得格西后，僧人可出任僧官、收徒、担任寺内职务等，