毁寺之事再发生，慈寿皇太后于嘉靖十二年（1533年）将天顺六年（1462年）所铸的铜钟重新翻铸，作为保明寺的“擎天柱”（这口“保明寺钟”后来被大钟寺古钟博物馆收藏）。此后，保明寺又经历了多次被拆而复建的过程。明末清初，保明寺毁于火灾。清朝康熙年间，康熙帝在康熙五十年（1711年）开始重修该寺，康熙五十八年正月（1719年）落成。因为“保明”一名有保卫明朝之嫌，所以康熙帝赐名“显应寺”。此后，显应寺自皇家寺院逐步变为民间寺院。旧时，农历每年四月初一日至十五日，显应寺举办庙会。四月初一日开山门，四月初八