2005年，撤销格尔木机务段并入西宁机务段。2011年，恢复格尔木机务段。2009年4月兰青二线电气化开通运营。2010年11月哈木铁路正式运营。2014年8月拉日铁路正式开通运营。2014年12月新关角隧道双线正式通车。2014年12月25日新西宁站正式投入使用，同年12月26日，“兰新客专”全线开通运营。截至2012年6月末，青藏铁路公司共有运输站段17个，运输业辅助单位2个，非运输企业6个。管辖兰青铁路（海石湾至西宁）、青藏铁路（西宁至拉萨）2条干线，茶卡、宁大、双湟3条支线和1条哈木合资铁