事征服和与当地统治者的联盟，他们在印度尼西亚东部建立了贸易站、堡垒和使团，统治范围包括特尔纳特、安汶岛和索洛岛。1575年在特尔纳特被当地人打败后，葡萄牙人失去了很多贸易据点和东印度的属地，之后被荷兰人占领。葡萄牙在印度尼西亚的存在减少到索洛岛、弗洛勒斯岛和现在的小巽他群岛的葡属帝汶。印尼独立后，两国于1950年正式建交。印度尼西亚第一任总统苏加诺于1960年访问了葡萄牙。但是自1964年以来，两国断绝了外交关系，并于1975年5月恢复外交关系，原因是葡属帝汶的非殖民化的问题，其邻国印度尼西亚是帝汶