分凉州置沙州，高昌郡改属沙州。前秦建元十二年（376年）灭前凉，废沙州，高昌郡复属凉州。此后，高昌郡相继为前秦（376年－386年）、后凉（386年－398年）、北凉（398年－435年）、阚爽（435年－442年）、北凉（442年－460年）所有。北凉神玺二年（398年），复置沙州，高昌郡属之。承平十八年（460年），阚伯周据高昌郡建立高昌国。