天花多次流行，此地死去很多人，经济及文化趋于毁灭。 16世纪学者巴卧·祖拉陈瓦的《噶当教法源流》记载，“仲滚·桑杰温是喇嘛嘉宇瓦的转世……在我（指作者）33岁时，拉康钦莫毁于一场大火。”巴卧·祖拉陈瓦生于1504年，故甲玛拉康钦莫应是1536年左右（藏历第九饶迥火猴年）毁于大火。1640年，蒙古的固始汗入藏，甲玛的万户长与之发生战争，造成甲玛的许多古建筑遭焚毁及破坏。 拉康被毁后，由霍康家族的后裔阿沛·阿旺晋美的父亲率人维修。所以此后，也有人称该拉康为“阿沛拉康”。赤康村内保留着西藏贵族庄园