除了伯克制，裁汰各地驻扎大臣，设置厅、府、州、县，实行与内地各省一样的行政制度，使战乱后的新疆社会和大清各地的政治制度得到相对统一。
中华民国.1911年辛亥革命后清朝被中华民国取代，革命党人湖南人刘先俊等在伊犁策动起义，杀死伊犁将军志锐，成立伊犂临时军政府。新疆巡抚袁大化电奏清廷保阿克苏道尹杨增新为新疆都督，自己逃离新疆。杨增新在1912年和军政府议和，逐渐取得全疆控制，并拥护中华民国大总统袁世凯。革命党人或被杀死，或回到内地。同年底在沙俄的阴谋策划和鼓动支持下喀尔喀蒙古宣布独立