后朝廷果然因王蕴违反规则而免去其官职，但因士庶皆为其申诉，最终只贬其为晋陵太守。王蕴在晋陵亦有治绩，受百姓歌颂。宁康三年（375年），其女王法慧被晋孝武帝纳为皇后，王蕴以皇后之父的身份获授光禄大夫，领五兵尚书、本州大中正，封建昌县侯。但王蕴认为自夏商周三代制度中都没有因为与皇室结姻亲而赐爵位的例子，于是坚持不肯接受，虽得朝廷下诏力劝但仍不肯接受官职及爵位。至太元元年（376年），以尚书仆射掌政的谢安打算以王蕴外出为方伯，在让桓沖解任徐州刺史后，就授予王蕴都督京口诸军事、左将军、徐州刺史、假节。当时王蕴再