院处理东北政务，下辖九省二市，对行政院所属部（会、局）在东北行政事业机关给予指导、监督。1948年1月17日，国民政府特派卫立煌为东北行辕副主任兼东北剿匪总司令部（简称“东北剿总”）总司令。驻沈阳，受国防部及东北行辕指导。5月19日，国民政府撤销各地行辕。东北行辕之职权与业务归并东北剿匪总司令部。东北行辕政务委员会改称东北剿匪总司令部政务委员会。兵力方面则重新组建在东北1947年冬季战役中被消灭的新编第五军，新编成新编第八军，使正规部队达14个军约48万。原华北剿总和东北剿总共同指挥之冀热辽边区司令