该寺的组织为喇吉、扎仓和康村三级管理组织。喇吉为全寺性组织，康村是基层组织，扎仓介于二者之间。喇吉的总领称“堪布赤巴”。上密院和下密院是地位对等的研习密宗的高级组织，比三大寺内的密宗扎仓层次更高。在上密院和下密院修习的喇嘛可以逐级升为上密院和下密院的堪布，卸任后的堪布称为“堪苏”。上密院堪苏可升补为甘丹寺夏孜扎仓的法尊“夏孜曲杰”（意为“东顶法尊”），下密院堪苏可升补为甘丹寺绛孜扎仓的法尊“绛孜曲杰”（意为“北顶法尊”）。宗喀巴法位甘丹赤巴的继承者轮流由这两位曲杰担任。寺内普通僧人称“扎巴”，德高望