于唐灭东突厥之战之时，一位来自撒马尔罕的粟特人康苏密挟持萧皇后和隋王杨政道投降唐朝，此二人也是当初东突厥作为“反唐复隋”的手上棋子。这时萧皇后已经六十多岁，回京后的萧皇后得到了唐太宗的礼遇。贞观二十二年，萧皇后崩逝，享年八十一岁。萧皇后逝世后，唐太宗以皇后礼将其葬于杨广之陵，与炀帝合葬，上谥愍皇后。2013年，考古人员宣称其与隋炀帝的合葬墓被发现。内有一1米5的女性骸骨，被认为是萧皇后的遗骸。
子女.史书中隋炀帝杨广的子女有明确生平记载的有三子二女，其中二子为萧皇后