东南大学物理系教授7年时间。此后到上海担任沪江大学物理主任。在上海，他还担任基督教青年会全国协会总干事，并于1947年出任圣约翰大学首任中国校长。这一时期，涂羽卿政治立场激进，发表过一些批评国民政府的言论。1950年，涂羽卿等40名基督教人士发起《三自宣言》，成为中国基督教三自爱国运动的早期倡导人之一，担任中国基督教三自爱国运动委员会常委，以及第2-4届全国政协委员会委员。1952年圣约翰大学解散以后，涂羽卿任南京师范学院、苏州江苏师范学院物理系教授、以及上海师范学院物理系主任。文革时期，涂羽卿由于