截至2012年11月，克罗埃西亚当局已接获6,390件发生于风暴作战期间的犯罪报告；其中有2,380人遭认定犯下抢劫、纵火、谋杀、战争罪与其他不法行为。2012年，塞尔维亚当局对五件于风暴作战期间犯下的战争罪行展开调查。截至2012年3月，共有144处万人冢与1,200处个人墓冢被发现，当中埋葬着3,809名克罗埃西亚平民与军人的遗体。