于1867年（不含上海市）内地会传教士童跟福（G.Duncan）进入南京（后来转交给新来的其他差会），次年戴德生亲赴扬州，而引发扬州教案，1868年，美南监理会差会得以正式在苏州立足。此后，基督新教约有30个教派陆续传入江苏省，其中传教规模最大的包括美南长老会和美南监理会，前者是在江苏北部的主要传教差会，曾经在清江浦（淮安）开设仁慈医院；后者的传教在太湖流域，在苏州曾开办有东吴大学、博习医院等着名机构。目前江苏省的基督新教教徒约为160万人，大部分集中分布于北部（宿迁、淮安、盐城、徐州、连云港5市）以及