80年，白鹿洞主被调走当官，白鹿洞书院再废。西元1002年，宋真宗赵恒颁发一道圣旨，全国兴起研学之风，白鹿洞书院得到修缮。西元1054年，白鹿洞书院毁于兵火，期间耕地又被收回，书院无法继续提供膳食，学生纷纷离去，校舍逐渐倒塌，书院不久就停办了，北宋末年，金兵南下，书院从此荒废百年。　到了南宋，中国理学开始兴盛，复兴书院成为当时的重要运动。朱熹的出现，正式奠定白鹿洞在往后700年的学术位置，直至清代科举制度结束为止，被称为“海内书院第一”。
南宋复兴.南宋淳熙六年(公元1179年