区主要为至诚学院所使用，除福州大学一些研究机构外，福州大学教学逐渐向新校区搬迁。
旗山校区.旗山校区即“新校区”，是在福州市重新规划城市片区后，为了适应新需要而于2004年后陆续兴建的，为现在的学校办学主体，地址为福州市闽侯县上街镇大学新区学园路2号。旗山校区至怡山校区可搭乘96路公交车，至市内可乘55路、97路、48路公交车，福州地铁2号线在旗山校区东门设有福州大学站。
铜盘校区.铜盘校区为海洋学院（闽台合作）一二年级教学区，位于福州市软件园二期南侧五凤