930年7月在上海成立全国海港检疫管理处，派伍连德任该处第一任总监兼上海海港检疫所所长。1931年九一八事变发生后，伍连德辞去在东北的职务南下。其间曾被日军指为间谍，拘留在沈阳，后经英国领事斡旋保释，南下赴上海就任全国海港检疫总监。1937年4月，任中华医学会公共卫生学会会长。
返回槟城.1937年日本攻占上海之后，伍连德因夫人过世伤心欲绝，返回出生地马来亚，同时开业悬壶济世，其后在吉隆坡创办了吉隆坡医学研究中心。1947年，他最后一次访问中国。1951年，伍连德将其位于北京市