稽郡治吴县属吴郡，故移治于山阴县。永和三年（138年），釐章安县东瓯乡置永宁县。此时会稽郡领十五县：山阴、鄮、乌伤、诸暨、余暨、太末、上虞、剡、余姚、句章、鄞、章安、东冶、永宁、候官。献帝时，刘繇及孙策一族先后割据江东，于会稽郡内析置十余县。初平三年（192年），分太末县置新安县，分乌伤县南乡置长山县。兴平二年（195年），分诸暨县置吴宁县。建安元年（196年），孙策分章安县南乡置松阳县，又分候官置建安、汉兴、南平三县。建安四年，分太末县置丰安县。建安十年（205年），分建安县、上饶县地置建平县