和其他政治派系的反抗，使得国内纷争不断。在1950年就发生大规模的内战，连执政的「反法西斯人民自由同盟」也在1958年发生分裂。1960年缅甸举行大选，由吴努重新取得执政权。1960年，中华人民共和国与缅甸签订《中缅边界条约》。第二次国共内战后，中华民国国军之一支带眷属、情报员等撤退入泰国北部与缅甸交界。1950年起，缅甸就持续攻击这支军队，并向国际控诉此军队入侵缅甸国境。中华民国接回一部分军队与眷属，其他人则进入泰国，后来称为泰北孤军。
军政府时期（1962年-2010年）.