81年3月通过《邦联条例》，更名为，并设置战争部长一职统筹军事行政，以取代原有的议会战争委员会（Board of War）。不过，议会却因地方派系冲突，一直拖延到10月才有决定。按照当时的共识，战争部长须由新英格兰将军出任。林肯起初在名单上排于格连及亨利·诺克斯两人之后，但他却能够为各方接纳，又有处理文人政府与军队矛盾的经验。这促使议会在10月30日投票选出林肯为战争部长。林肯在1781年底上任，随即要处理多个棘手问题。他要从头建立整个军事行政部门，处理自春季以来邦联议会积压的所有军事政务。这些政务包括