设三辨务署，分别为管辖莲乡的奇莱辨务署、管辖新乡和奉乡的水尾辨务署，以及管辖南乡跟广乡的卑南辨务署。到1901年时，废办务署改设支厅，原卑南辨务署分拆为厅直辖跟二支厅。1909年，花莲地区脱离台东，成立花莲港厅，独立设治至今。1908年12月发生七脚川事件，日本军警进攻并焚毁花莲北部最大原住民势力阿美族七脚川社，七脚川社族人被迁移到七脚川社被迁移至今日之花莲池南、月眉、溪口及台东县海端，称为七脚川新社，七脚川社的土地被没收，后来即变成日本移民村吉野村的土地来源。。1910年2月9日，荳兰移民指导所成立于