清宫火灾，石天柱上疏称朝廷弊病，累迁工科都给事中。正德十一年（1515年），都督马昂献其妹马氏给武宗，而此女已有身孕。石天柱率领同僚联名两次上疏，不报。泰山有碧霞元君祠，宦官黎鑑请求征收香火钱作为修葺费用。石天柱称祀典中只祭祀东岳神，没有所谓的碧霞元君，属于不合礼法的淫祀，不能许可。正德十二年四月，武宗下诏清出西安门外鸣玉、积庆二坊民居，并所有修建，石天柱等上疏请求停止，武宗全然不省察。同年，武宗开始在塞外巡游，并在宣府修建镇国府，石天柱率领同僚尽力进谏。孝贞纯皇后将要安葬，武宗借动土名义又要巡