存在的一些小缺口于2002年10月前测序完成。基因组包含6个染色体，约1亿个碱基对，编码约20,470个蛋白。此后，部分基因组序列进行过一些修正，不过范围都在数千个碱基对以内。
大小和基因含量.秀丽隐杆线虫基因组长度大约有1亿碱基对，由六条染色体和一条线粒体基因组组成。其基因密度约为每一个基因有五个千碱基对(kbp)。秀丽隐杆线虫的基因组中，内含子占26%，基因间区段占47%。据估计，全基因组中的非编码RNA基因在16,000种左右，很大一部分编码的是piRNA。许多基因排列成簇，