京城的群贤公卿都对他到如此偏僻的外地补缺任职而惋惜，他却欣然赴任。他在秦安开凿了九条河沟，灌溉了万亩粮田，并且亲自教农民使用新式农具。在职期间，他平反了许多冤狱。他又在县里开设了陇山书院，授课教书。干隆六年（1741年）朝廷又令牛运震兼任徽县知县，又任两当县知县，由于他辖治三县，便在三县中心点的大门镇（别名小甘州）设堂办公，听讼断案。并且解决了徽县多年来的虎患。干隆二十三年（1758年）正月二十二日，牛运震因病于家乡兖州辞世。
评价.牛运震一生廉洁勤政，兴利除弊，被后世誉为：“威