事变后，随日本逐步进入战争状态，国家神道的地位也得到进一步强化。1940年，日本成立，加强对国家神道的控制。在此之前，神社的神官普遍尽量避免涉及政治问题，而是专注于进行宗教仪式，很少主动向他人宣讲国家神道中对天皇的崇拜等涉及意识形态的内容。日本也曾在朝鲜、台湾等外地（殖民地）设置国家神道的设施，比如日本曾在台湾设立台湾神社、在朝鲜曾设立朝鲜神宫。而建设于1910-1920年代的满铁附属地神社（位于中国东北）都以天照大神或明治天皇为主祭神，体现了国家神道的影响。
废止.日本在第二