帝君祠合建成芝山巖惠济宫。光绪十六年（1890年）焚燬，十八年（1892年）重建，后又经过数次修缮。1895年7月，台湾总督府学务部在此庙成立芝山巖学堂，是台湾第一所日式现代学堂，记者写为台湾现代教育的发祥地。当时有台湾女子就读。次年元旦，学堂发生六氏先生事件。耆老吴深回忆，1928年芝山岩冒出泉水，此庙才恢复鼎盛。1955年7月30日，士林寺庙管理委员会商讨重新修建芝山岩惠济宫、士林神农宫事宜，并成立兴修士林寺庙筹备委员会。芝山岩惠济宫因年久失修，损坏不堪，经地方士绅潘光楷、林振兴、陈天钖等发动信