年7月日，苏迪尔曼向苏卡诺表示自己不支持苏达索诺，苏哈托下令逮捕苏达索诺，并释放夏赫里尔总理以示忠诚，这让他在接下来对于第三师的清洗中，能够全身而退。后，第三师重新整编。1946年8月前，苏哈托成为第三师（现名）第22团的首领，以日惹为根据地，驻守中爪哇省区域。根据荷兰的情报，在1947年中，苏哈托的军团已有4个营，定期轮调到北方的三宝珑附近驻守，以牵制那边的荷兰军队。荷兰方面的情报还指出，在华裔印尼商人林绍良的协助下，苏哈托还与走私集团合作贩运鸦片。以以物易物的方式，处获得武器、食物、衣物，和其他补给