差距再度败给民进党，马英九被推为「泛蓝共主」；2005年，马英九击败立法院长王金平，成为中国国民党主席，其后，陈水扁爆发国务机要费案，引起了社会不满，导致倒扁运动正式产生，泛绿阵营支持度大幅低落，终于在2008年中华民国总统选举时，马英九击败了民进党的谢长廷与苏贞昌，成为中华民国总统，达到其从政生涯最高峰，台湾完成第二次政党轮替。
支持度下滑.由于当前中华民国在修宪后改行半总统制，行政院长由总统任命，不经立法院同意，实务上等于总统直接透过行政院长施政，故内阁的表现亦连带影响了总统的