黉就读。1919年7月，自第三高等学校毕业，同年9月进入京都帝国大学医学部就读，1923年毕业后担任该校解剖学教室的助手。大正13年(1924年)1月，受教授的指引，金关开始研究人类学，同时受教于教授学习病理学，及教授带领下接触考古学。同年3月，与新潟县小野铃藏的四女みどり结婚，并在岳父的指导下学习古美术鑑赏。大正14年(1925年)升为助教授，主讲骨学，之后也于大谷大学、京都大学文学部史学科授课。昭和4年(1929年)1月，进行琉球人掌纹调查及人骨採集的研究，昭和5年(1930年)9月，以《琉球人