。由于竞争增加，日航的公司架构亦有所转变；日航重整为三个分部：国际客运、国内客运及货运（包括邮件）服务。1990年代初，波斯湾战争开始前，日航加派航班协助日本侨民撤离伊朗。1992年，日航开办了「日航包机」，1997年，华特迪士尼公司宣佈日航为东京迪士尼乐园的指定航空公司。同年，日本航空快运成立，主要使用波音737客机。1990年代，美国及英国经济衰退，使日航遭遇经济困难。自1986年，日航每年一直有盈利，直到1992年开始亏损。日航开始实行节流措施，包括设立廉价航空公司日本航空快运及将度假游客转往日线