改任陕甘宁边区政府教育厅副厅长。国民革命军攻入延安后，随西北野战军转战陕北。1948年7月，率团到黄龙新区开展文教工作的恢复和改造。同年秋，针对陕甘宁边区文化教育落后的情况，江隆基提出坚持“民办公助”的方针。
共和国时期.中华人民共和国成立后，江隆基担任西北军政委员会教育部部长，主持对西北地区旧有教育体系进行改造。1952年10月，调任北京大学副校长，协助校长马寅初主持管理校务，并对北大进行教学改革，使北京大学完成向“新民主主义大学”的转轨。1953、1954年江隆基写了好几件工作