相关，金额约为数千万不等，2000年－2005年间，因执政党民进党沿用原本两法之单据核销方式，遭反对党与媒体质疑总统府事涉「贪污」及「伪造文书」。据报导，总统府自2005年9月，国务机要费已经从原本领据方式改为「代收款」方式入帐，收支均透过「代收款」科目，使明细及报表能完整正确表达一定期间的收支情形，并于总统府会计月报内显示，使国务机要费的帐务处理合于规定。不过经舆论抨击后，2006年9月起，依总统府新修订的「总统府执行国务机要经费作业规定」，国务机要费帐户付款作业重新配合调整，除废止2005年修正的代