累积有高浓度的持久性有机污染物，且齿鲸体内的浓度多半高于须鲸。这些污染物也会透过哺乳传染给幼鲸。污染物会导致并且降低对感染疾病的抵抗力。除了有机污染物外，鲸豚类也会误食塑胶袋等海洋垃圾，这些垃圾无法经由消化道排出，进而造成胃肠的阻塞。环保主义者认为，军用声呐会干扰鲸类活动，进而对牠们的存活造成威胁。有些科学家认为军用声呐会导致鲸鱼搁浅，原因是鲸类为了躲避声呐的干扰而快速上浮，导致减压症产生而搁浅。