为太子即仓促继位，即明熹宗，孙承宗继而做了熹宗的老师。这样，年近花甲的孙承宗，依借帝师的地位，逐渐地进入了明朝后期政治权力的中心。天启二年（1622年）孙承宗升任为礼部右侍郎。天启帝以孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，至辽东勘查，据说与经略王在晋争执，天启帝将在晋改任南京兵部尚书，以承宗为辽东经略，以为“迩年兵多不练，饷多不核。以将用兵，而以文官招练；以将监阵，而以文官拨发；以武略备边，而日增置文官于幕；以边任经、抚，而日问战守于朝。此极弊也。今天下当重将权。择一沉雄有气略者，授之节钺，得自辟置偏裨以下，勿