政府任命为四川宣慰使，唿应北伐。北伐结束后，吕超加入李宗仁的新桂系，参加反蒋介石战争遭到大败。1939年（民国28年）10月，吕超在重庆创建中国抗建垦殖社，推进开垦事业。1948年（民国37年）1月，任监察院监察委员。1949年（民国38年），替中国共产党策反四川省的国民党部队。1950年，被任命为中华人民共和国西南军政委员会委员。1951年7月20日，吕超在重庆病逝。享年62岁（满61歳）。