组织化学染色，酶联免疫吸附试验（ELISA）或质谱法。 (Secretomics)是利用蛋白质组学方法研究和分泌途径的蛋白质组学的子领域，最近已成为发现疾病生物标志物的重要工具。
蛋白质基因组学.在()中，蛋白质组学技术（例如质谱法）用于改善基因注释。 对基因组和蛋白质组进行并行分析有助于发现翻译后修饰和蛋白质水解事件，特别是在比较多个物种时（比较蛋白质组学，comparative proteogenomics）。
结构蛋白质组学.结构蛋白质组学()包括对