3年4月左手肘韧带断裂，当时养乐多燕子队表示，藤井如果进行手术，至少需要两个球季才能复出。直至在2004年5月26日的中日战中康复后首次登板。2008年1月，与坂元弥太郎、三木肇3对3交换至日本火腿斗士。两年间，均为主要先发投手之一。2009年日本大赛第五战中，先发上阵7局4安打无失点的好投，留下强烈印象。季后，与日本火腿队交渉决裂，行使FA权利。其后，与在巨人队清武球团代表在短短40分钟交渉中达成共识，移籍到巨人队。2010年开幕后，即成为主力先发投手之一。2010年5月3日，与养乐多燕子对战