因立太子之事与内阁争执长达十余年，国本之争使他以不上朝及怠政作为与大臣的对抗。万历十四年（1586年）后，神宗开始连续不上朝，期间长达三十年，史称万历怠政。万历中期后虽然不上朝，但是也没有宦官、外戚干政，也没有严嵩这样的奸臣，朝内党争也有所控制，万历朝鲜之役、女真入侵辽东和梃击案，神宗都有反应及参与，表示他还有看奏章，并透过一定的方式控制朝局。一般史家认为的明朝灭亡之起点，如万历十年（1582年）张居正去世，万历二十年（1592年）起长达六年的援朝鲜之战，万历三十一年（1603年）间的「妖书案」，接