改名为圣马可中学，并迁校到筲箕湾道460号。到2001年，便迁到现在位于爱秩序湾爱东邨的新校舍。值得一提的是，此校现时校舍的兴建计划，亦是全港最后一份付诸立法会表决的灵活式校舍建设计划，以及最后一座建成的同类校舍（而最后一座启用的同类校舍为东涌灵粮堂怡文中学，早于1999年完工，但一直丢空至2002年才启用），与爱东邨其他楼宇一併由香港宝嘉建筑（时称「法国宝嘉建筑」）承建，并于2001年完工。
办学宗旨.注重学生在下列五方面的均衡发展：追求知识、积极探究、认识社会文化、人际相处