16年又爆发了库斯科起义。尽管这样，在秘鲁的克里奥罗寡头仍然保持着对西班牙王室的忠诚。这个说明了一个事实，秘鲁总督辖区成为西班牙对于美洲大陆统治的最后堡垒。
独立战争.秘鲁的独立运动始于西班牙裔美洲人的土地主和其军队，领头人为阿根廷人荷西·德·圣马丁及委内瑞拉人A|zh-hans:西蒙; zh-hant:斯蒙; zh-tw:西蒙;·A|zh:玻利瓦尔; zh-hans:玻利瓦尔; zh-hant:玻利华; zh-tw:玻利瓦;。圣马丁在查卡布科战役剷除了智利的保皇派