四年任内〔1998/2/4—2002/2/3〕，由台积电募款新台币一亿五千万元，支持清大筹建台积馆并成立科技管理学院。亦从旺宏、台达电、威盛、凌阳、合勤、台湾应用等诸多公司为清大募得约五亿捐款。同时促成与国立交通大学、国立中央大学、国立阳明大学筹组台湾联合大学系统合作方案。而两岸清华大学与北京大学、复旦大学、苏州大学、兰州大学交流成果，亦颇可观。刘炯朗接任清华大学校长刚满一个月，清大校园内发生刑事案洪晓慧事件，校园气氛低迷，校誉深受打击。但是在远见杂志所做的学术声望调查，清华大学在他任内于1998、1999