1月29日被捕的同工汪佩真、李渊如、张愚之、蓝志一等人一同在上海，被作为“倪柝声反革命集团”公开控诉。倪柝声被捕以后，“1954年底，上海聚会处正式表示，要改变倪柝声参加三自的决定，退出三自。” 1956年，上海聚会处经过改组，由唐守临、任钟祥以及左弗如负责。他们和北京教会的负责人阎迦勒宣布再次革除倪柝声。许多信徒不再去南阳路聚会。在政府召开的控诉大会上，倪柝声被“揭发”出一连串罪名：政治上无比反动，如其中的一个罪名是在1940年代不赞成学生信徒上街进行反对国民政府的游行示威（因为坚持圣经中顺服政府