总统马英九任内就调整2次，调涨频率与金额均高于民进党政府。2009年10月，高雄市市长陈菊向行政院院长吴敦义提议在寿山设立国家级自然公园，获吴揆指示交由内政部营建署推动筹办「寿山国家自然公园」。国光石化开发案预定于浊水溪河口北岸湿地填海造陆，而中华白海豚协会表达抗议声称此开发案会阻断白海豚洄游路径，危害仅存不到100只白海豚的生存空间。对此吴揆接受记者访问时表示，白海豚保育议题已指示经济部必须纳入学者专家进一步详细研究，因研究报告指出白海豚有牠游水的路径，是会转弯的，也可能借由行为训练引导的方式来穿越