。到11世纪，阿莱克修斯一世皇帝（统治时间：1081-1118年）将布拉赫奈宫作为自己的主要寝宫，他的孙子曼努埃尔一世（统治时间：1143-1180年）则对宫殿进行了大规模改造，包括加固宫殿的防御工事并建造新的大厅。特别是曼努埃尔一世修建一座精致的外城墙（布拉赫奈城墙，与狄奥多西城墙连为一体以防卫布拉赫奈宫）和几座华丽的大厅，诸如伊琳娜大厅（以其母命名）和波吕提摩斯大殿（"Polytimos Oikos"，意为贵重的宫殿），当时也将这一片宫殿群称为“新皇宫”。现在仅有宫殿群下方的遗存下来。第四次十字军东