国内地高等院校第二名（仅次于北京大学27名），其中5位为上医毕业生。同年，上海第一医学院集中力量，倾半校之力，在重庆建立了重庆医学院。1959年，复旦大学和上海第一医学院成为首批全国重点大学。
文化大革命时期.复旦大学在文化大革命时期陷入一片混乱，发展几近停顿。文革中，复旦受审查和批斗的教职工占80%左右，受迫害致死的有41人。直到1978年中共十一届三中全会后，受迫害者才得到平反。1966年，“八·六斗鬼风”席卷复旦。8月5～8日，复旦大学56名教授和干部头戴高帽，脸涂墨