个人权利被限制的开始。于是华人的政治活动被迫大大地减少了，但是没有完全消失。随着印尼经济进一步被印尼华人控制，这些歧视越来越严重。原住民谴责政府不提供一个平等的平台反而加剧他们的困境。这使得印尼华人与印尼原住民的关系进一步恶化，尤其是与印尼的主导民族-爪哇族的关系不佳。因为许多印尼原住民认为华人是殖民政府的代理。而华人向唐人街聚集（与原住民分隔）的倾向加剧了这一状况。1959年总统苏加诺批准了「PP 10/1959」这一文件命令，主要是强迫华人关闭在农村的产业，搬迁到城市。这一命令的实施很野蛮。1960