城未能攻下，其他两路之兵皆被日军击败。1598年8月，太合丰臣秀吉病死于京都伏见城；10月，执掌权力的德川家康等五大老决议撤兵，于是向在朝鲜的日本部队下达命令准备撤退。11月，日军以驻在蔚山的加藤清正军团为首，开始分批撤退。此时明军则分道进击，由广东南澳水师副总兵陈璘统率新任副总兵邓子龙、游击马文焕等部，以战舰数百，分佈于忠清道、全罗道、庆尚道等诸道海口预备截击由海路撤退的日军。原本，小西行长与明军将领刘綎达成共识，让日军安全撤军而明军则不追击，于十一月十日准备撤出顺天城，不料明军出尔反尔，派出船队