教会脱离北京教区，成立朝鲜教区，1836年，法国传教士（Pierre Philibert Maubant）在朝鲜教徒接应下渡过鸭绿江潜入朝鲜，成为朝鲜第一名欧洲传教士（此前有两位华人传教士周文谟、刘方济），此后法国巴黎外方传教会开始在朝鲜传教。宪宗时1839年再兴己亥邪狱。后又有丙午邪狱等。但天主教在朝鲜势力反而越来越大。到1864年信徒数量更达23000名。高宗即位后，兴宣大院君主政。天主教徒介入朝鲜内部党争。高宗初年，沙俄屡次跨过边境要求通商，遭拒绝。朝鲜天主教徒试图联络英、法结盟，制约俄国。此举引