郭坑站于1957年随永安-厦门段通车而开通运营，为三等区段站，设有一座二层高、面积4800平方米的瓦片站房，售票处面积30平方米，候车室面积257平方米，站内设有8条股道。漳州支线于1958年竣工。当时部分鹰厦铁路客运列车在经过郭坑后会通过该支线进漳州站，然后再原路返回郭坑站。郭坑中心站曾经为福州铁路分局的直属站段，1979年合并至新成立的漳平车务段，后又分出漳州车务段。1981年车站股道增加至12条，其中6条为到发线、6条为货运线。车站新站房于2004年启用。同年11月1日，车站由郭坑站更名漳州东