为文官，台湾守备队则再整编为台湾军，另派台湾军司令官。除此，以台湾为名的同类型军队，尚有成立于1939年1月31日，由来自台湾军的波田（波田重一）支队、饭田（饭田祥二郎）支队改制重编的台湾混成旅团。以使用毒气闻名的此旅团则于改编前后参与了中日战争的武汉会战及之后的南洋战争。而1939年－1945年间编成的台湾混成旅团虽仍以台湾守备队为主，但名称、功能与编制上，均以19世纪末的台湾守备混成旅团大相迳庭，其成员也涵盖高砂义勇军与台籍志愿军与台人征兵。