1997年5月1日，龙岩撤地建市，医院随之更名为龙岩市第二医院。2009年，龙岩市第二医院成为福建医科大学的临床教学医院。2013年7月17日，医院新院区启用，建筑面积11.75万平方米，设置床位1000张。2015年6月12日，龙岩市第二医院和上海长海医院签订普外科和泌尿外科的深度合作协议。2017年4月27日，龙岩市第二医院揭牌成立眼科中心，并与天津市眼科医院正式“联姻”挂牌协作，成为天津市眼科医院“龙岩协作医院”。