年，首任新疆巡抚刘锦棠上书光绪帝，由于湘军在新疆水土不服、思乡怀旧导致战斗力下降。提出以甘军充实新疆防务的构想。该建议后被采纳，董福祥于光绪十六年（1890）出任新疆提督，原甘军部将张俊于光绪二十一年（1896）继任新疆提督。光绪十年（1884年），越南爆发中法战争，陕西提督帮办军务雷正绾奉命率甘军驻凤凰城以固边防，战后回归原任。董福祥在新疆率甘军驻守19年，御敌戍边，兴修水利，开垦屯田，整修道路，政绩卓着，赢得朝野赞誉。1880年代末，甘军已基本负责新疆防务，张俊、何得彪、何建威、张铭新等纷纷脱离