后下部武装，只在机身尾部设置搭载两挺13毫米MG 131机关枪的遥控半回转炮塔来防御自己，虽然自自卫武器弱小，但是该机枪的射速高和火力强，搭载在电力半回转炮塔，能有效驱赶被追击的同盟国战斗机，所有改进为了减少飞行阻力和达到高空高速性能。Ju 388平流层万用军机有多种变化:J是日间战斗机与夜间战斗机，前者武器为两门2公分MG 151/20机关炮和两门30公分MK-108机关炮设置于机身底部、2挺13毫米MG 131 机关枪设置于机身尾部的回转炮塔，后者武器为后者配置夜战专用雷达探测器、武装与前者相同