罗斯福于1942年作出最后决定下令拘留日裔、意大利裔、和德裔美国人（许多人一直到战后才释放）。自1960年代起他被指控与其他欧洲国家一样不採取果断的行动制止德国纳粹大屠杀造成6百万犹太人死亡。批评者指出，在1939年大屠杀发生时，936位犹太难民在圣路易斯号客轮上被剥夺了庇护权，不允许其进入美国。
外交争议.自1980年代起他被由苏联佔据的国家逃到西方国家的难民批评与温斯顿·邱吉尔在雅尔塔会议对斯大林的侵略坐视不理，导致东欧被苏联及其扶植的极权政权统治数十年。1986年8月23日，