关的蛋白质。在许多情况下，蛋白质家族具有相应的基因家族，其中每个基因编码具有1:1关系的相应蛋白质。术语"蛋白质家族"不应该与"科 (生物)"（）混淆，因为它("科 (生物)")用于生物分类学。家族中的蛋白质来自共同的祖先（见同源），通常具有相似的三维结构，功能和显着的序列相似性。其中最重要的是序列相似性（通常是氨基酸序列），因为它是同源的最严格指标，因此是共同祖先的最清晰的指标。使用序列比对方法评估一组序列之间的相似性的重要性存在相当完善的框架。不共享共同祖先的蛋白质不太可能显示统计学上显着的序列相似