奎征服后，成为葡萄牙在东印度群岛扩张的战略基地。马六甲皇朝最后一位苏丹马末沙逃往柔佛避难，并多次在陆地或海洋袭击葡萄牙以求复国，让葡萄牙人吃尽了苦头。最后在1526年，一支由Pedro Mascarenhaas率领的强大的葡萄牙舰队，摧毁了苏丹马末沙在宾坦岛的基地。苏丹马末沙与眷属逃亡到 马六甲海峡对岸苏门答腊的，两年后在当地逝世。葡萄牙王国占领马六甲后，建立葡属马六甲殖民地，并以海盗式的经营模式统治，令马六甲的商业地位一落千丈。在三角战争期间，马六甲多次被柔佛苏丹国和亚齐苏丹国围攻，马六甲的经济也受到