光合细菌只含有一类反应中心体，而植物和蓝藻则含有两类。此外，光系统是在光合作用中发挥主要作用的蛋白质复合物，包括光系统I和II。在植物中，光系统II可以利用光能从水中获得电子，并释放出氧气。电子随后流入细胞色素b6f复合物，该复合物用能量将质子泵出类囊体（位于叶绿体中）膜。被泵出的质子又通过膜回到类囊体内，从而驱动ATP的合成（类似于氧化磷酸化中的ATP的合成）。当电子继续流过光系统I时，它们可以被用于还原辅酶NADP、用于卡尔文循环或回收后用于合成更多的ATP。
合成代谢.合