派系间的分歧更加尖锐。亲行政派通常支持英国一方（或希望保持中立），而反行政党支持法国一方。杰斐逊于1792年加入该派系，并以共和党的名义参加了当年的大选。政治现在变得更加稳定，有着明确的政党（汉密尔顿的联邦党和杰斐逊的共和党），从而产生了持续20年的第一政党体系。