后来落到宰相严嵩、严世蕃父子手上，明人田艺蘅《留青日札》载严嵩为得《清明上河图》，以1,200百金从苏州陆氏处购得，“馋得其赝本，卒破数十家”。严嵩倒台，图被没收，第三次纳入宫廷。经明代皇室收藏，后来太监冯保偷出，在画上加了题跋，之后真本又不知去向。清朝时由陆费墀保存，在上面矜印题跋。后由湖广总督毕沅收藏。嘉庆二年（1797年）毕沅死后，《清明上河图》第四次进宫，深藏紫禁城迎春阁内，嘉庆帝命人将其收录于《石渠宝笈·三编》一书之中，此后《清明上河图》一直在清宫珍藏；虽经历1860年英法联军入侵和1900年