爆发辛亥革命之后，他被外蒙古各部落推戴为蒙古大汗，宣布脱离满洲清朝独立，建立政教合一的大蒙古国。不过，蒙古的独立仅受到西藏的承认，未得到国际社会的广泛认可，其北邻俄罗斯对此也採取模棱两可的态度。1915年，中、俄、蒙三方签订条约，外蒙古成为中华民国的「蒙古地方」。1919年，徐树铮率领军队占领外蒙古，软禁博克多汗并取消自治。徐在外蒙古实行改风易俗政策，遭致外蒙古各界的广泛不满。他们组织了各种武装组织进行反抗，这其中包括了共产主义者苏赫巴托和乔巴山，并寻求俄罗斯人的帮助。翌年趁中国内地内乱之机，罗曼·冯·