1838年10月退出中美洲联邦，成立共和国。1840年宏都拉斯在危地马拉独裁者拉斐尔·卡雷拉支持下，保守派建立独裁政府。1853年以后，洪都拉斯国内的自由派和保守派经常发生政变和内战，政权更迭频繁。金、银矿业遭到破坏、影响经济发展甚鉅。从1840年代起，英国侵占洪都拉斯东部地区和巴亚群岛，修建铁路，并取得大片土地的租让权。19世纪末，美国攫取了圣胡安西托地区的银矿开采权。20世纪初，美国联合果品公司和标准果品公司霸占北部沿海平原大片土地，发展香蕉种植园，并垄断大部分铁路、航运、电力和香蕉出口。到1913