兹曼受聘为慕尼黑大学的理论物理学教授。1893年，他继承他的导师约瑟夫·斯特藩成为维也纳大学的理论物理学教授。
晚年.玻尔兹曼晚年投入了大量精力来捍卫他的理论。他与他在维也纳的同事交恶，特别是1895年成为哲学及科学史教授的恩斯特·马赫。同是在1895年，和威廉·奥斯特瓦尔德在吕贝克的一次学术会议上提出了“活力说”。他们认为能量，而非物质，是宇宙的主要组成。玻尔兹曼及支持他原子理论的物理学家与之进行了旷日持久的争论。1900年，玻尔兹曼受威廉·奥斯特瓦尔德之邀来到莱比锡大学在马赫因