合国科索沃临时行政当局特派团选中接替鲁戈瓦，就任新总统，2006年2月10日就职。2006年7月24日，塞伊迪乌在维也纳参加了高层会议，会见了塞尔维亚的总统和总理，共同商讨科索沃未来的地位问题。塞伊迪乌也是2001年科索沃宪法框架的起草人之一，他通晓阿尔巴尼亚语、英语、法语和塞尔维亚语。他和他的妻子内扎费特有三个儿子。2008年2月17日，科索沃正式宣布独立。2010年9月27日，因同时担任总统和政党主席而被法庭裁定违反宪法，塞伊迪乌宣布辞去总统职务。