时天气炎热，她便赶到活动现场沿路发放茶水，一起声援农民运动，不料在晚上七点，其与其父遭警方逮捕，坐了七个月又二十三天的牢。出狱后，林慧如至自由时代杂志社，向郑南榕先生感谢他对520农民运动的义助。1989年4月7日，林慧如亲眼见证了郑南榕先生为捍卫言论自由与台湾独立理想而以身殉道，决定返回云林家乡投入政治。
云林县议员.1990年，林慧如以民进党员身分投入云林县第二选区县议员选举，并以出生之犊之势，获最高票而当选。担任县议员时期她一步一脚印的精神与的服务态度，使她很快建立起口碑