庄蕴宽表示反对，并召集肃政史开会议决呈请袁世凯将帝制“迅予取消，以靖人心”。1916年4月至1927年2月，任审计院院长。1924年12月20日，清室善后委员会成立，庄蕴宽任委员。1925年10月10日故宫博物院成立，庄蕴宽被尊为主持典礼的主席，在干清宫主持开院典礼。同年，任故宫博物院理事、故宫博物院图书馆馆长。1926年，和卢永祥任故宫博物院维持员。后来故宫博物院成立维持会，江瀚任会长，庄蕴宽、王宠惠任副会长。南京国民政府接收故宫博物院后，庄蕴宽再度出任故宫博物院图书馆馆长。1929年，江苏通志编