吴三桂、耿精忠起事而渡海西征，命陈永华总制东宁，负责后勤作业。1680年6月，郑经退返台湾，陈永华被当权者冯钖范、刘国轩排挤，陈后为冯钖范所骗，辞去总制与勇卫，退居龙湖巖（今台南市六甲区赤山龙湖巖）。1680年7月逝世，后葬于天兴州赤山堡大潭山（今台南市柳营区果毅里）。后来清朝把他的骸骨迁葬回泉州，遗留一小部分在原位。
史载.连横《台湾通史》提到：「陈永华，字复甫，福建同安人。永华闻父丧，即弃儒生业，究心天下事。时成功延揽天下士，接见后，与谈时事，终日不倦。大喜曰：『复甫今之卧