正手谕转入中华民国海军陆战队，成为陆战队司令部下属少校参谋。随后快速升任陆战队司令部中校参谋处长。在民国五四十二年（1953年）参与东山岛战役，战役中孔令晟为最后一批撤退者，并救回肩负断后任务却因连络不良而未及时撤退的中华民国陆军第45师135团（团长袁国征）。东山岛战役后孔令晟在民国四十三年（1954年）7月编入由实践学舍开办的党政军联合作战研究班第二期，民国四十四年（1955年）3月结训。受训中高层原本属意把他送到金门防卫司令部担任参谋长，但是金防部核心主官为上将职缺，孔令晟过于资浅，因此在嘱託胡宗南与