595年1月15日，西罗尼姆斯·法布里休斯创办了世界上第一个解剖剧场。随后，在医学名家们，如乔瓦尼·莫尔加尼，的努力下，最终现代解剖学于欧洲诞生。在1592年至1610年期间，伽利略任职于帕多瓦大学，并很大的影响了科学和自然学科的研究方法。到了18世纪，威尼斯共和国的经济、政治逐渐衰弱，帕多瓦大学也迎来了它的低谷，特别是法学院和工艺学院之间的区别消失了。 19世纪帕多瓦被奥地利帝国统治，一直到1867年同意大利王国合并。在1797年至1813年那段政治糟糕的时期，许多优秀的老师遭到了解雇。1848