政府实际控制领土缩限至台澎金马与东沙、南沙群岛。1949年5月20日起，台湾省主席陈诚对全台湾下达戒严令，从此台湾便进入长达三十八年的戒严时期，人民的人权，包括集会、结社、言论、出版、旅游等权利被限缩，异议人士不断遭受迫害，情治单位（主要执行者是台湾警备总司令部）对可疑人士及批评、反对国民党政府者滥捕滥杀、没收财产，不时传出冤狱，史称「白色恐怖」。1950年3月，代总统李宗仁滞留美国，蒋中正宣布在台湾复行视事。此时政府财政匮乏，使用先前抢运到台湾的黄金解危。期间中国大陆东南沿海依旧动盪不安，受到解放军