师（今南京市），祖父何汝健于嘉靖三十二年（1553年）中进士，父何湛之于万历十七年（1589年）中进士。何栋如出生于隆庆六年（1572年）七月初八，随父寄寓山寺读书，万历二十二年甲午科举人，二十六年（1598年）中戊戌科进士，三代皆为进士，后来他被任命为湖广襄阳府推官，与张宾王等素有往来。万历三十二年（1604年）九月二十二，因被陈奉诬陷“击杀天子税使”，皇帝下诏“星夜扭解来京究问”，襄阳人赴阙为何栋如诉冤，出狱后削籍回乡。万历四十八年（1620年），后金兵连克开原、铁岭（今辽宁铁岭），何栋如上《越缨疏