于中国国民党的专政诸多不满，而遭到第一次以「企图颠覆政府」入罪。1979年因美丽岛事件，藏匿施明德而再度入狱。前后共坐牢12年。2000年，林树枝出版《玩弄众生：施明德的伪装岁月》，书中指施明德坐牢绝食期间偷吃泡面、喝人参茶、还曾写信向中华民国总统蒋经国求饶，批评施明德沽名钓誉、虚假无耻。2006年，施明德发起百万人民倒扁运动，林树枝将《玩弄众生：施明德的伪装岁月》改版发行，遭施提告。刑事部分，2008年台北地方法院判处林树枝5个月有期徒刑，得易科罚金。民事部分，2009年台北地院判决，林树枝须赔偿施明