大师二次入藏时，跟随其师入藏，藏人相传，在旅途中，莲花戒大师曾经施展神通，降伏了十二丹玛女神和念青唐古拉山神。随后他返回那烂陀寺继续修行。西元762年，寂护大师过世后，藏地因为汉地禅宗僧侣摩诃衍和尚传入顿悟成佛的学说，引起教义争论。藏王赤松德赞派人至印度，敦请莲华戒大师入藏，在桑耶寺召开辩经大会，史称「拉萨法诤」。双方辩论的结果，由莲华戒大师获胜，藏王于是禁止摩诃衍一门继续在西藏讲授汉传佛教，将他们驱逐出藏。从此藏传佛教以寂护大师与莲花戒的见解为主流。在拉萨法争之后，莲华戒大师的行踪，史书上并没有记