德商奥利（Ohly）到水返脚（今汐止）日军扎营处，表明代表台北外侨请日军开赴台北城，而后日军于6月11日顺利进入台北城。6月17日，首任台湾总督桦山资纪在台北举行「始政典礼」，开启日本在台湾长达半世纪的殖民统治。同年8月，辜随北白川宫能久亲王率领的近卫师团南进，协助剿杀抗日台湾人民有功，以台湾绅士的名义，跟水野遵到东京，受警界人士接见，日方赐予叙勋六等、授「单光旭日章」，蒙受破格的光荣。隔年辜被任命为「台北保甲总局」局长兼团长。保甲总局，于保甲内实施连坐法并组织壮丁团，协助管理台民以及对付抗日军。台