的周边降雨透过土壌充分过泸，几乎没有有机物或磷酸盐等生活废水污染。加上夏季温度低，减缓了有机物的分解。另外，湖面的直接降雨忠实反映了大气汚染的影响，因此摩周湖水也成为日本监测地球环境变化的对象之一。由于长期以来湖水的水位变化不大，有学者认为可能有地下伏流与湖水相通，并推测伏流水的水源与位于湖东南方八公里的北海道区水产研究所虹别鲑鳟事业所附近的涌水，或是位于位于湖北方约四公里处的神之子池来自相同的伏流水。在湖中间有一小岛，被称为神婆岛（），湖岸周围是海拔600公尺左右的陡峭火山口壁，东南端是最高峰「神