民国元年（1912年）7月任北京政府的代理司法部次长。陆徴祥内阁司法总长王宠惠中途辞任后，王式通暂时代理司法总长。后来转任总统府法制秘书。其后历任约法会议秘书长、政治会议秘书长、总统府内史、政事堂机要局长等要职。民国五年（1916年）5月，王式通任段祺瑞内阁的国务院秘书长。翌月，改任国务院参议。民国六年（1917年）9月至民国九年（1920年）9月，任全国水利局副总裁。此后还曾任清史馆纂修、故宫博物院管理委员会副委员长、东方文化事业总委员会委员，是当时史学、地方志方面的权威学者。民国二十年（1931