内湖发生女童遭杀害事件，行政院长张善政表示，如果没有精神异常状况下，而蓄意杀人，应该给予最大的刑罚，至于是否要废除死刑，需寻求社会共识。
肯亚案.2016年4月20日，法务部等专案小组赴陆了解肯亚案，行政院长张善政表示，对岸让诈欺嫌犯对外讲话，是有特殊目的，希望在媒体前承认有罪；以台湾为例，人权尊重程度比对岸好，「这种事情不会出现，也不应该出现」。
协助地方防疫.2016年4月22日，国家卫生研究院在行政院统合指挥下，分别在台南、高雄设立「国家蚊媒传染病防