成化七年（1471年），黄珣高中辛卯科解元，成化十七年（1481年）登辛丑科一甲第二名进士（榜眼），授翰林院编修，状元为余姚同乡王华。历升侍讲、右春坊谕德、南国子监司业，升祭酒。不久因母丧去职，孝宗念及经筵旧臣，特遣人营葬祭。黄珣丁忧结束后，出任北国子监祭酒。弘治十八年，升南京吏部右侍郎。正德二年（1507年），晋南京吏部尚书。正德年间，权珰刘瑾专权，劳民伤财，黄珣与林瀚上奏时政十二事，得罪刘瑾，结果黄珣被勒令致仕。刘瑾想到谢迁与黄珣同乡，对余姚人恨之入骨，将燕京的余姚籍官员全部调到外地，一个也不留。