降雨主要发生于每年的10月至4月之间，平均降雨量为300至410毫米（12至16英寸），而山区的降雨量则更多。除了降雨外，圣胡安溪还从农业地区、城市及其他源头获得额外的地表径流，这引致溪流的旱季流量出现反常现象，而这些径流更会把垃圾、重金属、油份、农药和化肥等污染物输送至溪流内。奥索溪是流域内最严重的污染源。根据《洛杉矶时报》的一篇报导，一名南加州的环保主义者为了取回意外掉落至上奥索溪水库的舷外引擎，而前后花了三天时间潜进该水库，后来他表示自己的皮肤因过敏而引起荨麻疹及疖肿，胆囊也出现问题，并在两年半内前后