置诏安县。嘉靖十四年（1535年），割漳州府、泉州府、延平府三府四县边地置大田县，隶延平府。嘉靖四十五年（1566年），割龙溪、漳浦县地置海澄县。隆庆元年（1567年），析龙巖并延平府永安、大田三县地置宁洋县。万历四年（1576年），割潮州府饶平县信宁都南澳岛的青澳、云澳来属诏安县。入清以前，漳州府增设五县，达到十县规模。
清朝.清朝时，府治仍为龙溪县。雍正十二年（1734年）后，漳州府范围大约等同今日的漳州市（不包含龙海市角美镇少数地区、南靖县西北角之长塔村）