本部的保安政策司工作，1991年复获送往台湾学习国语，1992年起奉派香港担任中英联合联络小组英方首席代表办事处一等秘书，有份和中方讨论香港主权移交前夕的协调工作。不过，吴思田未及1997年香港主权移交，就率先在1996年调回外交部保安政策司辖下的联合国事务部供职，到1998年获进一步重用，入值内阁厅，担任时任内阁秘书理查·威尔逊爵士（Sir Richard Wilson）的首席私人秘书。在2000年退出内阁厅后，他获政府补送到美国任哈佛大学魏德海国际事务中心（Weatherhead Centre fo