后因各宗教或教派的教义规范更加刚硬，而且信徒的识字率提升，便导致各宗教间的紧张程度开始增加。除基督教间的冲突，不同宗教也有类似情形。由北非传入的伊斯兰教崛起，亦造成了不小的冲击。在伊斯兰教的历史，正统的逊尼派与什叶派间的冲突，直到今日仍没停过。历史上，宗教改革、荷兰的八十年战争、德国的三十年战争和近年爱尔兰新教徒教派所引起的内战。
革命.当内战是由思想意识体制的层面所引起时，通常可称为革命。发起这种类型内战的叛乱军，其主要权力往往是散佈在一个组织中而非由单人掌权，这项最有名的例子，