功能区内线路由松山湖公交运营。
东部公交运营片区线路.东部公交运营片区包括塘厦镇、凤岗镇、清溪镇、樟木头镇、黄江镇、谢岗镇、常平镇和桥头镇，片区内线路由东莞巴士东部分公司运营。
水乡片区线路.水乡片区包括中堂镇、麻涌镇、望牛墩镇、道滘镇和洪梅镇，片区内线路由水乡新城公汽运营。
专项公交.这些线路为针对学校、工业园区等地定制运营模式来开行的线路，仅在特定时间运营。此处不列出莞马、清明等临时线路。