。有人获释后感激士元恩德，以进茶为谢礼，内藏黄金。士元察觉后，立即召集乡老及送礼之人，当面指出：“我释汝罪，公也；今以金餽，翻成私矣。且既感我，何污我也？”其人羞愧不已，叩首抱金而去。后来经过保举，士元进京在刑部任职。边境报急，京师戒严，士元转户部，前往大同管理军饷。当时军事繁杂，士元日夜操劳，呕心沥血。回京复命之时，当地人依依不舍，送出十余里。士元重返京师，升任户部员外郎，转郎中。其时官员结党严重，有人劝士元加入某党，可保仕途无虞，被其断然拒绝。崇祯四年（1631年），士元出任河南汝宁知府，任内律己奉