罗二世的党羽暗杀了皮萨罗，原本殖民政府的稳定就被随后的内战动摇了。尽管如此，西班牙并没有忽视殖民进程。最重要的里程碑是1535年利马城的建立，行政机关就设于该城。新的统治者西班牙人沿用了委託监护制，让他们可以提取当地居民的贡品，并将其中的一部分送往塞维利亚，以换取原住民改信基督教。土地的权利归西班牙国王所有。作为秘鲁总督，皮萨罗使用委託监护制向他的士兵同伴授予对秘鲁原住民群体几乎无限的权力，从而形成了殖民地的土地保有权结构。现在秘鲁原住民被预期要为其地主饲养旧大陆的牛、家禽和农作物。一旦抵抗，就会受到严