，升任重庆市副市长、重庆市政府党组成员。2008年起，任重庆市政府党组副书记。2011年起，兼任重庆行政学院院长。2013年4月，马正其调任国家工商行政管理总局党组成员、副局长。2018年1月，当选第十三届全国政协委员。2018年3月，任新组建的国家市场监督管理总局副局长。2019年5月，国务院免去马正其的国家市场监督管理总局副局长职务。
遭举报事件.2013年7月29日，《新快报》记者刘虎通过其在新浪微博实名认证的账号实名举报国家工商总局副局长马正其嫌渎职犯罪，这是继罗昌平举报刘