东部的一个铁路枢纽，多勒－贝尔福铁路和在境内交汇，同时可联通前往里昂方向的铁路。1981年，得益于法国高速铁路东南线的建成，贝桑松成为法国首批开通高铁列车服务的城市。2011年，法国高速铁路莱茵河－罗讷河线建成通车，该铁路经过贝桑松市区北部，并设有一个高铁车站和一条通往贝桑松市区的联络线。贝桑松维奥特站位于市中心，杜河右岸，该站每天开行前往第戎、里昂、贝尔福、等地的区域列车。2018年，该站累计发送旅客数量达194.8万人次。贝桑松-弗朗什-孔泰TGV站，一般简称为“贝桑松高铁站”，位于贝桑松北部的