民革命军第十四军军长冯治安互换职务避免冯玉祥的猜忌。后冯玉祥调秦德纯担任第二集团军总司令部副参谋长，进入国民军系服务。1928年（民国17年）6月，秦得纯开始兼任山东省政府委员。北伐结束后，因军队彻裁问题冯玉祥发动多度联合地方实力派军人试图推翻蒋中正执政，最终引爆了中原大战，秦德纯在这期间一直担任高阶参谋，民国十八年10月接任讨蒋国民军副参谋长，民国十九年4月部队改编为第二方面军（指挥官鹿钟麟），秦德纯升任参谋长一职。由于国民军在中原大战损失惨重，冯玉祥下野，第二集团军也因此解体，秦得纯短暂离开军职