回族自治区，青海省部分地区）发生了同治陕甘回变，共导致了至少两千万平民丧生（见同治陕甘回变）。同时，清朝西北一带的回疆也发生叛乱，清廷恐怕沙俄会趁机将势力渗入中国回疆，派左宗棠平乱，最终正式建立新疆省。中华民国时期，孙中山提出五族共和，军阀马家军（马步芳及其家族）在西北地方为第一大军阀。中华人民共和国成立后，在文革期间，伊斯兰教和其它宗教同样受到巨大的灾劫。不少清真寺都被红卫兵破坏。1975年，在云南爆发了回族武装反叛事件，遭当局镇压。后被称为沙甸事件。1978年之后，中国政府放寛了对伊斯兰教的管制