失势而下狱并且最终自尽而死，他忠义的形象依然深入民间。隆庆六年（1572年）明穆宗为其初步平反。万历十七年（1589年）明神宗为他全面彻底平反，肯定他的抗倭功绩，将他的官衔尽数恢复，并赐予御葬荣誉，追谥襄懋。
家世渊源.先祖胡炎在东晋迁居绩溪，胡宗宪为胡炎第34代孙。前中共领导人胡锦涛是胡宗宪直系后裔，胡炎的第48代孙。