宣佈建立独立的科索沃共和国，自行举行选举，同时自行开办了医院、学校、广播电台等。而南斯拉夫解体也在这时开始。波黑战争后，塞尔维亚开始组织塞尔维亚人移民至科索沃，引发了阿尔巴尼亚人的反感。1990年代中叶，阿族游击队以塞族军政人物及设施为目标开始进行游击战。1998年3月，南联盟军队开始协助塞尔维亚警察，进行大规模军事行动。在接下来的几个月里，有二十万阿族人在南联盟的军事行动中流离失所，沦为难民。阿族及西方普遍认为这是南联盟种族清洗政策的结果，认为塞尔维亚领导人米洛舍维奇当时图谋把科索沃的主要民族由阿族换