然这次民族识别工作解决了很多之前遗留的问题，比如确认了云南基诺山等地的基诺族爲独立民族。但由于与第一次民族识别只是单纯地给自己族群正名不同，第二次民族成份更改是带着有优惠政策的吸引的，因此其后也遗留下了许多问题，比如2009年重庆文科高考状元何川洋的民族造假事件。实际上何川洋并非个案，不过以往的民族成份恢复运动已经造成大量的既定事实，难以追究。
认定草率.上面所列的几点民族成份恢复的依据在施行过程中，也常常有互相矛盾之处。如第一条查阅家谱，在其对恢复民族成份有帮助时便会承认真实性，