老死于台湾。陈永华死后，其坟墓在今台南市柳营区，称陈永华将军墓，已成为台南市的观光名胜地点。台南府城奉祀广泽尊王的凤山寺，也为他改名为永华宫，以纪念之。正史未记载陈永华有从事组织天地会之事，但民间流传陈永华遣人在中国大陆发展反清复明特务组织。最早，郑成功为了反清复明，开创天地会（汉留组织），该组织潜伏于中国大陆，在大陆蒐集情资、制造谣言、分化满汉、伺机起事，后将会务传予其幕僚陈永华。陈永华在会内，以化名陈近南，其各地的联络人，皆用「陈近南」此一代号行动。据说陈近南在湖北时，以道士自居，曾结庐襄阳城南