939年3月，科隆号参与了德国要求从立陶宛吞并梅梅尔的行动。同年晚些时候，它与战列舰格奈森瑙号以及装甲舰德国号、舍尔将军号和施佩伯爵将军号一同，在大西洋进行了一系列的大规模演习。在8月的最后几天，科隆号奉命驻扎在波罗的海西部，以防止波兰舰只在9月1日德国入侵波兰后出逃；但它未能完成这项任务。随后，它随姊妹舰柯尼斯堡号和其它几艘德国巡洋舰在北海布设了一个防御性雷区。10月7－9日，科隆号与格奈森瑙号和九艘驱逐舰一同向北海。它们的目标是将英国皇家海军的部队引诱越过U艇线并进入德国空军的射程范围，但在这两方面