不时有地震和海啸侵袭。巴布亚新几内亚最长的河流是塞皮克河，长，流向北海岸。第二长河是弗莱河，流域途径世界最大的树沼地区，流向南海岸，长。印度尼西亚是巴布亚新几内亚唯一的陆上邻国，两者之间有长820公里的陆上国界线。巴布亚新几内亚的海上邻国有澳大利亚、所罗门群岛。由于对热带木材需求的增加，巴布亚新几内亚的热带雨林面临砍伐问题，特别是沿海地区的雨林。若这一趋势继续，2021年时，巴布亚新几内亚的森林面积将比1975年独立时减半。