渡河的规费会捐给新兴宫当香油钱。而在嘉庆十八年（1813年）时，新兴宫发生火灾，道光五年（1825年）重修。进入日治时期后不久，于明治廿九年（1896年）成立了大日本台湾佛教会，本部便设于「艋舺妈祖宫」（新兴宫）内。之后新兴宫内又设置了国语传习所，曹洞宗从军佈教使佐佐木珍龙又在庙中设立了慈惠医院。此外根据《台湾日日新报》的记载，艋舺的壮丁团事务所就设在新兴宫内，而且当地的治安状况似乎不好，庙里的住持曾经被骗两次。又根据日方的调查资料，当时新兴宫土地面积有160多坪（建筑面积127坪），显见具有相当规模。