1939年2月，撤销重庆行营，改在成都及西昌分别设立成都行辕和西昌行辕。1940年4月，桂林行营改组为桂林办公厅。1943年11月，裁撤桂林办公厅。抗日战争胜利前后，重庆国民政府在军事上採取了一系列紧急措施，主要是为了接收日本佔领区与对抗中国共产党做好准备。