多个特别委员会任职。1790年12月30日，弗吉尼亚州州长贝弗利·兰多夫（）任命斯科特为弗吉尼亚民兵准将，统领整个肯塔基区的民兵，此举可能源自华盛顿的建议。斯科特在这个位置上的主要职责是监查俄亥俄河沿线的18个前哨基地。1791年1月，华盛顿总统接受联邦参议员约翰·布朗（）的建议组建肯塔基区战争委员会，其成员包括布朗、斯科特、谢尔比、洛根和哈里·英尼斯（）。委员会有权召集当地民兵，同联邦军队联合行动打击印第安人，他们建议组建志愿军寻找并摧毁俄亥俄河北侧的印第安人定居点。同月，华盛顿批准从华盛顿堡（，今俄亥俄