次自然科学工作者代表会议的精神，中国工程师学会及上海分会均告解散。1954年5月，中华全国自然科学专门学会联合会上海分会完成了对中国工程师学会遗留物资、钱款的接收。中国土木工程学会以中国工程师学会作为其前身。1945年台湾光复后，中国工程师学会旋即在台湾成立分会。中华民国政府迁台后，自中国大陆各地来台湾的该会会员决议，将总会迁台改选。1951年3月，中国工程师学会总会正式在台湾复会。除每年举办年会及开展学术活动外，还定期发行会刊、会报及其他有关工程学术方面的图书和刊物，会务持续发展。1965年，为纪