步射和钱弘聚众百多人作乱，藏匿于原乡山，朱序于是迁中军将军桓沖司马、吴兴太守，领兵讨平钱弘。次年转迁辅国将军、兖州刺史。太元元年（376年），前秦攻伐前凉，桓沖与荆州刺史桓豁合作派军侵扰前秦与东晋边界，以减轻前凉所受的压力，当时朱序就受桓沖所命，与桓石秀等游军于沔汉一带。不久前凉覆亡，诸军皆罢。然而因为形势改变，桓豁于是表朱序为南中郎将、梁州刺史、监沔中军事，镇襄阳（今湖北襄阳市），并于太元二年（377年）三月正式拜官上任。同年桓豁去世，桓沖接手荆州，并亲近朱序，打算与其一同守衞国土，对抗强盛的前秦。