斯·辛普森·格兰特于是在1861年9月6日领军占领帕迪尤卡还以颜色。由于肯塔基州已经不可能再保持中立，伯内特召集邦联支持者于1861年10月29至31日在拉塞尔维尔开会并亲自主持；会上，自行任命的代表们决定于1861年11月18日召开主权会议，建立肯塔基州邦联政府。伯内特在这两次会议之间的日子里前往霍普金斯，与威廉·坎贝尔·普雷斯顿·布雷肯里奇（）上校组建出一个效忠南方的团，号称肯塔基第8步兵团。1861年11月11日，伯内特在奥尔康营加入美利坚联盟国陆军，成为第8步兵团上校，但此后一直都没有过指挥作战