贸易局于首都布拉格设立驻捷克代表处经济组。2013年，中华民国是捷克进口金属切割机及金属成型机第4大进口来源（佔5.30%），次于德国（40.14%）、日本（9.99%）、义大利（9.58%）。2019年，捷克是中华民国第45大贸易伙伴、第41大进口伙伴、第39大出口伙伴。出口至捷克的金额为4亿5,442万8,317美元，年减1.749%。自捷克进口的金额为3亿6,459万0,382美元，年增7.611%。贸易呈现出超（盈余）8,983万7,935美元，年减27.382%；2018年，捷克是中华民国