领兖州刺史，封阳武亭侯，不久再被任为督领江州。孙权曾多次和邓芝联络，赠赐丰厚。243年，迁为车骑将军，后再授假节。249年，涪陵民夷徐巨等杀死都尉造反，邓芝率军前往征讨，将其领袖枭首，百姓安居。而据《华阳国志》中记载，邓芝在征涪陵时，见到缘山有许多黑猿，邓芝又好弓弩，便亲手射猿，一箭便中。猿拔出箭矢，卷树皮、树叶塞住创伤。邓芝说：「嘻，吾违物之性，其将死矣！（唉，我违背物种的天性，我将死了！）」又有一说，邓芝见到一只猿抱着子猿在树上，用弩射他，射中母猿，子猿为母猿拔箭，卷树皮、树叶塞住创伤。邓芝感到叹息