ion::::影响.幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并严格禁绝天主教及其他基督宗教，幸存的教徒被迫成为地下信徒。此后到19世纪中期，日本本土再没有发生大规模的战争。对基督宗教的禁绝直到明治维新时期才取消。事后幕府调查时，调查者在松仓胜家住宅的桶中发现农民的尸体，因为此事而被幕府没收领地并被斩首（通常幕府对大名的处断是较为名誉的切腹，松仓胜家是德川幕府历史中唯一被下令斩首的大名）；此外，当初对天草地区检地时给予过大石数判定而导致居民生活困苦的唐津藩主寺泽广高已死，但其子次任藩主寺泽坚高