来他被拥立为江西都督。后来，马毓宝因不接受孙中山委派的熊樾山到内务部任职，受革命党人排挤，于1912年（民国元年）1月辞任。此后，马毓宝曾任北京政府大总统顾问。1912年10月17日，获授陆军中将并加上将衔。1922年9月14日，获将军府授为宝威将军。国民政府时期，马毓宝曾任参军处参军。1933年（民国22年）2月1日，马毓宝逝世。享年70岁。其遗体归葬老家蒙城。