公元2000年为止，每年装卸量已有一千七百多万吨，进港船只已达两千余艘的营运情形；从亏损到盈余，达成带动台湾东部经济的任务，并成为国际闻名的商港，可说是稳健进步。目前配合政府执行「东砂西（北）运」政策，纾解北部地区砂石短缺的问题，但近年来由于邻近的位于秀林乡和平村的和平水泥专用港开始营运，花莲港的运量则开始略有衰退。在2001年与日本石垣港缔结为姊妹港。2012年3月1日随者台湾港务公司成立，花莲港务局改制为台湾港务公司花莲港务分公司。2017年11月11日迎接自开港以来最大的邮轮「海洋赞礼号」进港