8年3月，他和杨振鸿等人发起云南独立大会，被清政府开除官费并通缉。此后，吕志伊到缅甸仰光任《光华报》总主笔、《进化报》主笔。1909年，他在《光华报》上撰写对联上联“摄政王兴摄政王亡建虏兴亡两摄政”，征集下联，一时震动海内外。1911年初，他参加广州黄花岗起义，担任统筹部印信、密件保管、撰写檄文等工作。黄花岗起义失败后，他到上海任《民立报》主笔。1911年7月，他和宋教仁、陈其美等人创建中国同盟会中部总会。1911年9月，他受湖北的革命党人和中国同盟会中部总会委托，到香港请黄兴到湖北武昌领导反清起义。武