因为不肯顺从杨嗣昌意思修改塘报，坚持象昇已战死，而被处极刑。崇祯急调洪承畴部北上勤王，剿寇策略遂功亏一篑。后李自成往河南发展。崇祯十三年（1640年）二月七日，朝廷特命杨嗣昌以大学士督师，赐尚方宝剑，前赴湖广指挥围剿张献忠等。嗣昌与陕西副将贺人龙、李国奇夹击张献忠于太平县玛瑙山（今四川万源），史载“大破之，斩馘三千六百二十，坠巖谷死者无算。”崇祯表示嘉许，有手谕曰：“卿自昨年九月初六日辞朝至今，半载有余，无日不悬朕念，与行间将士劳苦倍尝，而须发尽白，深轸朕怀。又闻卿调度周密，赏罚严明，深慰朕平寇安民之意