996年，他与彭明敏搭挡参选同年的总统选举，是民进党首度在总统选举中推出候选人。1998年至2005年间，谢长廷任两届高雄市市长，是高雄市（合併前直辖市）首位非国民党籍的市长。他在2005年转任行政院院长，至翌年辞职赴外进修。2006年，在百万人民倒扁运动爆发后，谢长廷在民众充满对民进党的不满下，在年末的直辖市长选举中代表民进党出选台北市市长落败。翌年，他再度成为民进党的2008年中华民国总统选举的总统候选人，获41.5%的选票败选。在败选后，谢长廷随即宣佈退出政界，并创设成立台湾维新基金会。201