建设成给养补充基地。天正十五年（1587年），平定九州之战中成功地劝降了九州萨摩岛津氏。次役水军是决定胜负的关键，三成在后勤方面的出色支持是取得胜利主要原因之一。九州平定后，被任命为博多奉行主掌九州的战后重建。天正十六年（1588年）斡旋萨摩国岛津义久进京谒见秀吉。天正十七年（1589年），担任美浓国检地。天正十八年（1590年）秀吉讨伐关东相模北条氏，石田三成率领二万五千大军围攻了北条家的武藏国忍城，当时部队中有佐竹义宣、真田昌幸、大谷吉继等名将，近年出土的书信显示当时石田三成驳斥以水攻攻