10月12日马克西米利安在雷根斯堡去世，临终时拒绝接受天主教的最后一次圣礼，以此表明他的个人真实信仰，是受到路德新教的深刻影响的。马克西米利安和妻子玛丽亚生有9个儿子和6个女儿，其中鲁道夫二世和马蒂亚斯后来都成为了神圣罗马帝国皇帝，女儿伊丽莎白嫁给了瓦卢瓦王朝的法国国王查理九世。
家庭.1548年9月13日马克西米利安与玛丽亚结婚，玛丽亚是查理五世和葡萄牙的伊莎贝拉的女儿。马克西米利安与玛丽亚共有16个孩子：
头衔."马克西米利安二世，蒙上帝恩典，神圣罗马