贼，其后他本人为此不遗余力，献计多尔衮。随多尔衮南下，闻甲申之变，李自成大顺军陷北京，崇祯帝自尽，明朝灭亡。洪承畴建议“出其不意，从蓟州、密云近京处，疾行而进”，直趋北京，多尔衮用之，终杀败大顺军。洪承畴建言将目标对准大顺军，招纳故明遗臣，很快清廷稳定北直隶、山东、山西三省之地，迁都燕京。入关后，顺治皇帝任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务并授秘书院大学士，成为清朝首位汉人大学士。顺治二年（1645年）五月，多铎灭南明弘光政权，多尔衮被胜利冲昏头脑，下“剃发令”，激起强烈反抗。危难