村公三郎于滋贺县大津市出生。吉村家经营同县坂田郡山东町中山道脇本阵。父亲吉村平造是大坂朝日新闻社政治记者、历任保险公司、大坂市副市町村长、第11代广岛市长（在任1915年1月～1916年12月），因此吉村2岁开始居住于京都市下京区，吉村4歳时移居广岛市大手町。11歳至12歳期间，吉村公三郎于东京向岛生活。之后因为关东大地震，吉村移居滋贺县山东町。1924年，吉村于进入岐阜县立大垣中学（现在的岐阜县立大垣北高校），但是在中学4年级时退学。之后转入东京私立日本中学（现在的日本学园高校），隔年顺利毕业。1