76年4月20日，高秉常主教擢升林家骏为天主教澳门教区副主教，负责教区内部事务；1978年起兼任澳门教区事务统筹处主任外、创办《晨曦》週刊外，获得澳葡政府邀请出任为澳门东亚大学建校谘询委员会委员。翌年升任红衣团团长外，并奉高秉常主教训令协助改组合併圣若瑟教区中学及担任澳门中华学生协会名誉顾问。林家骏于1981年至1991年出任澳门东亚大学校董会委员；1982年起为圣若瑟中学留港校友会永远顾问；1983年被委任为澳门明爱委员。他出任副主教期间还成立了澳门公教婚姻辅导会（即今澳门美满家庭协进会），并被选为该