基团则不会有保护的氨基酸聚合会发生，这将会导致低产率的肽或是合成上的失败。N末端保护基团需要附加步骤来除去保护基，以下为设计流程：目前有两种保护基团(t-Boc, Fmoc)在固相多肽合成反应是最常见的，他们的不稳定性通常是因氨基甲酸酯基团所引起，氨基甲酸酯基团很容易释放CO2，然而这却又是一个不可逆反应。
T-Boc保护基团.此为最初实验最常用来合成蛋白质的方法(tert-butyloxycarbonyl可简写为 "Boc")，可用来保护的α氨基。在这个方法中，Boc基团利用共