辂拒绝。石亨不悦，命言官弹劾商辂，商辂于是下狱。商辂自诉《复储疏》在礼部，可以覆验，没有得到回覆。当时中官兴安稍微解释，英宗更加震怒，兴安则称：「向者此辈创议南迁，不审置陛下何地。」英宗稍解，于是改释商辂为民。后来，英宗常自言自语道：「辂，朕所取士，尝与姚夔侍东宫」，不忍弃之。但因忌恨者多，竟不敢复用。
成化年间.成化三年（1467年）明宪宗召商辂入京，恢复其内阁官职。商辂疏辞，宪宗称：「先帝已知卿枉，其勿辞。」商辂于是进言陈勤学、纳谏、储将、防边、省冗官、设社仓、崇先圣号、广造士