用.菸硷型乙酰胆硷受体可被蛇毒和贝类毒液中存在的箭毒、六甲铵和毒素（如α-真菌毒素）阻断。诸如神经肌肉阻断剂之类的药物可逆地与神经肌肉连接处的菸硷样受体结合，并在麻醉中常规使用。菸硷受体是尼古丁作用的主要介质。在重症肌无力中，神经肌肉接头处的受体被抗体靶向，导致肌肉无力。毒蕈硷型乙酰胆硷受体可以被阿托品和东莨菪硷药物阻断。先天性肌无力综合症（CMS）是由神经肌肉接头处的几种类型的缺陷引起的遗传性神经肌肉疾病。突触后缺陷是CMS的最常见原因，通常会导致菸硷乙酰胆硷受体异常。导致CMS的大多数突变都在