批评林全不适任行政院院长时，很多人都说「才100天，怎么可以叫人下台」；现在150天了，「多50天，有看出什么好成绩吗？民调升了吗？我答案很清楚了吧」。2019年1月3日，吴澧培连同其他三位独派大老（前总统府资政彭明敏、前中央研究院院长李远哲、台湾基督长老教会牧师高俊明），于自由时报刊载他所主笔的「致蔡总统的公开信－敬请不要参选连任」，建请总统蔡英文放弃连任、交出行政权、退居第二线。吴澧培对蔡英文政府的不满，包括蔡英文任用「老蓝男」林全担任行政院院长，以及教育部部长叶俊荣聘管中闵任台大校长。Sect