兆祥认为该舰应由中国海军指挥，拒绝白宁顿护航的提议。1948年7月28日抵达香港，白宁顿离舰飞到南京向海军总司令桂永清告状，桂永清决定撤换舰长，派海军总部作战处长卢东阁接任，一到南京，桂永清就为此事指责邓兆祥。该舰于1948年8月14日抵达南京。自国军在第二次国共内战中与解放军的三大战役中溃败，当时在“重庆”舰上服役的部分官兵，由于对战争形势的失望，以及在中共地下组织策动之下，经秘密串联形成了两个秘密组织：一个是以王颐桢、武定国、洪进先、毕重远（中共地下组织党员）、陈鸿源、张启钰（中共党员）等27名士