故事以赤红为主角，描述他蒐集宝可梦图鑑的旅程，与以小智为主角的主系列电视动画完全无关，风格也大相迳庭。
故事大纲.真新镇的赤红和青绿从大木博士手中取得了宝可梦图鑑，并踏上完成图鑑的旅程，大木博士分别给了两人一个宝可梦，赤红选择小火龙、而青绿选择杰尼龟。赤红出发后不久即开始捕捉宝可梦，他在一次对战中败给青绿之后，意识到如果想完成图鑑，自己也必须成为强大的宝可梦训练家，因此开始向道馆挑战。在道馆馆主小刚的指导下，赤红对宝可梦战斗有了基本的认识，并击败了小刚的大岩蛇、取得了第一个徽章。