教会重新加入三自，1958年的献堂献庙运动得以顺利进行。上海地方教会不少信徒当时深受挫折 ，离开聚会，也有少数信徒如许梅骊转而配合政府，控诉地方教会和倪柝声。1956年，上海聚会处经过改组，由唐守临、任钟祥以及左弗如负责。他们和北京地方教会的负责人阎迦勒宣布再次革除倪柝声。1958年，中国大陆基督教于实行联合礼拜。上海教会使用不到10年的南阳路聚会所也被迫“献给”国家，后来改为静安体育馆。许多基督徒不相信这些指控属实，并同情倪的遭遇。后有证据显示，对倪和地方教会的逼迫，是由三自运动的领导人吴耀宗诬告