总统候选人谢长廷任代主席。3月22日的2008年中华民国总统选举，长昌配以二百二十一万票的差距落败，民进党于5月20日后下野。谢长廷于中常会请辞党主席，但党部慰留谢长廷，谢最后留任至五月党主席改选为止。4月18日，党主席改选登记结束，由蔡同荣、辜宽敏及蔡英文竞选。4月24日，民主进步党党部正式废除排蓝民调。5月13日，蔡同荣宣佈退出党主席改选，并宣佈支持辜宽敏。5月18日，蔡英文于民进党主席选举中一共获得73865票，击败了对手辜宽敏（48882票），以及宣佈退选的蔡同荣（6530票），成为民进党第12届党