对朝廷的态度转为强势干涉，连官位的任命权都掌握在幕府手上，唯一得到改善的是，朝廷的财政状况不再像战国时代一样贫乏。但只比一个最低级的大名（三万石）好一点而已。朝廷一样财政不济。丰臣秀吉在世时，有意立后阳成的长子良仁亲王为后阳成天皇的后继者，关原之战后，后阳成废了良仁亲王的继承权，并有意传位给弟弟八条宫智仁亲王，后来因为德川氏以智仁曾为丰臣秀吉的养子而反对才拥立后水尾天皇为后继者，为此后水尾天皇与后阳成天皇父子长期不和。据説德川家康因爲顾忌后阳成天皇和丰臣秀吉的关系，所以逼退天皇，让亲近德川家的政