建筑成本持续上涨而会超支。2012年12月，西九文化区管理局成员单仲偕表示，他们正在研究以何方法融资，研究方法有三，除了向立法会申请额外拨款外，亦考虑是否以借贷或者公私营合作。预料M+定价后决定方案，最快于2013年年中决定。2013年4月2日，民政事务局及西九文化区管理局向立法会监察西九小组委员会呈交文件，表示有4项策略应对财政超支问题，包括「根据已核准的预算作设计」、「设计将避免超出实际要求和避免非必要工程」、「研究公私营合作模式等採购策略」及「寻求捐款、赞助和命名权」。
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