核生物中，eIF4E有许多异构体；在不同物种间，其数量也有差异。不同的eIF4E异构体有不同的帽结合活性，这就可用于对不同mRNA进行选择性翻译。有一些细胞进程需要特异的eIF4E异构体的活性。例如，在果蝇中除去eIF4E-1和eIF4E-2会导致雌性无卵巢发育。还有一些eIF4E异构体具有许多不同的功能。例如，果蝇的eIF4E-6被发现无法与eIF4G结合，可能是作为翻译阻遏蛋白；人体中的eIF4E-1被发现参与了对一系列特异mRNA的核mRNA转运。
结构.eIF4E含有一个由8