战争中根特的经济受到了严重的打击。根特在百年战争之后通过和勃艮第公爵领下的其他属地建立贸易联盟而得到了复苏，但好景不长，过重的税收引起了根特人民的反抗，最终导致了哈弗尔战役（Slag bij Gavere），根特的反抗被镇压，有16000居民死亡。低地国家的中心也从布鲁日－根特为代表城市的弗兰德转移到安特卫普－布鲁塞尔为代表城市的布拉班特公爵领地。1539年根特发生反抗神圣罗马帝国皇帝和西班牙国王查理的根特反抗（Gentse Opstand），查理亲临自己的故乡根特进行镇压，并命令根特的贵族赤脚带镣走过