长选举中民进党与新党搭档竞选立法院长，但是原先被看好的施明德由于内部跑票，以一票之差败给国民党的候选人，跑掉的这一票更是党内新兴政治明星、时任台北市长陈水扁的子弟兵民进党立委张晋城，造成施明德和陈水扁日后的不和。李登辉于是要新任副总统的连战，继续出任行政院院长，被民进党等立委指责违宪。1996年总统选举后，民进党主席施明德以选举失利引咎辞职，改由许信良再次出任民进党主席。李登辉其后召开国家发展会议。会议中，时任总统李登辉以冻结台湾省政府选举，虚级化台湾省政府功能（又称为「冻省」）来与民进党交换行政院长不