湖形成迄今已有约340万年的历史，当时，抚仙、星云、杞麓3湖相通，称“古抚仙大湖”。后随着湖周边山体持续抬升和湖盆深陷，致使湖泊不断加深，成为现在的深水湖泊。古时抚仙湖水位比现在的正常水位1721米高出很多，随着历代对湖泊吐口河道的不断疏浚和开凿，到明、清时期，湖水位降至约1725米。抚仙湖的出水河道海口河（旧称清水河）历史上常被阻塞，沿湖田地一遇水涨即大片被淹。1966年海口河大修后，平均水位1721米。
形态特征.抚仙湖是一个南北向的断层溶蚀湖泊，其形如葫芦状，北部宽而深，南部