担任中央研究院政治学研究所特聘研究员、台湾大学政治系教授，并兼任蒋经国国际学术基金会执行长。2012年7月当选台湾中央研究院院士，成为1949年以来政治学门的第二位院士（另外一位是胡佛院士）。朱云汉的研究专长为东亚政治经济、国际政治经济、两岸关系、民主化，以及社会科学方法论。在台湾大学政治学研究所长期开设「中国大陆政经社变迁」、「国际政治经济学」以及「东亚政治经济」等课程，在大学部则教授「社会科学方法论」、「比较政府与政治」等课程。他目前担任「亚洲民主动态调查」总主持人，此一大型跨国调查研究项目利用