注极大的心力于其系统的完善，但被子植物分类学上一个新的种系发生学的面相应被重新提出，尤其针对科与目等高阶分类群的分类。植物种系发生学组于是提出此APG系统。
方法.APG (1998年)选择相当数量的单源的亚科分类群，如此对于被子植物的高阶分类极有为用。但对于此分类群的正式分类处理，与予以种系发生学上的命名实则不同，命名上当时仍存在诸多争议。APG採用了《国际植物命名法规》的方式，为科级及目级的分类群命名。关于目级以上的分类，APG特别提出：习惯上使用的目级以上分类群概念，与命