雷诺兹担任督导工程师，为五大湖地区数十座灯塔选址并监督其建设工作。1867年3月7日，雷诺兹晋升工兵队中校，然后开始监督美国墨西哥湾沿岸地区的灯塔建设，后又于1874年在新泽西州督导赫里福德湾灯塔的建设。1881年1月2日，雷诺兹再度晋升，获得工兵队永久上校军衔，接下来继续参与许多港口和河流通航的改善工作直至1884年退役，这时他的军旅生涯已经超过40年。雷诺兹从部队退役前获选为长老宗长老。1893年，雷诺兹与西点军校的老同学重聚，据参与聚会的约瑟夫·雷诺兹回忆，威廉这时虽已退役近10年，但看起来身体健