开行初期，车上条件并不算好。后来，为了给两地旅客有着更好的体验，沪港列车不断升级服务体验，目前已成为中国设施相对较好的列车之一。沪九直通车的硬卧，初期为全开放式，后改成半封闭式，同时改装全车座位空间，从而增加残障人士使用卫生间的便利。车厢设有两人包间的高级软卧，配备卫生间，还有沙发、电视等设施。此外，列车还为旅客免费提供衣架、保险箱，部分包间增设独立卫生间。2016年起，列车加装了WiFi接收器，实现了WiFi全覆盖。作为跨境列车，列车餐车原材料为国境口岸卫生许可的监管范畴，同时供应商须受上海海关备案管