优惠制晋级。穆勒的恩师范加尔则因为战术、转会和用人策略的僵化而遭到越来越多的批评，并最终失去了他的工作，其主教练职位由尤普·海因克斯接替。
2011-12赛季.穆勒在拜仁参加的该赛季首场德国杯比赛中便为球队赢得两个点球，在马里奥·戈麦斯和施魏因斯泰格先后将其罚入后，他又在比赛末段亲自射入第3个入球，最终以3比0战胜布伦瑞克。在德甲联赛中，穆勒用了5场比赛的时间才取得他的首个入球，于2比0战胜沙尔克04的比赛中打破场上僵局。2011年11月26日，他又在德国杯对阵因戈尔施塔特的比赛中