区都进行了市街化的改造，后期在中山道的街道两侧商店林立，商业得到了很大发展。在进入明治时期以后，广大的武家宅地遗址大部分转为教育机构和军事设施使用。1877年（明治10年）4月12日，东京大学在加贺前田氏的领地遗址上设立，四周集结了大量的出版社等机构，坪内逍遥、森鸥外、夏目漱石、樋口一叶等着名文人也在附近居住。连同先前设立的东京师范学校（现筑波大学大冢校区）和东京女子师范学校（现御茶水女子大学），文京区体现出鲜明的文教地区特色。1878年（明治11年），根据郡区町村编制法成立了属于东京15区的小石川区和本乡