到重庆任国民政府林业部长，派吴忠信任新疆省长，并命令回族军阀马步芳派一个军的骑兵驻扎在新疆各地，对东突厥斯坦独立运动的活动进行镇压。民国三十五年（1946年）6月，「三区革命」领导人阿合买提江、阿不都克里木·阿巴索夫等撤销了艾力汗·吐烈的职务，将「东突厥斯坦共和国」改组为伊犁专区参议会。爆发三区革命的地区，认同中央政府的汉族民众被大肆屠杀，其中，伊宁事变中，随着国军战败，伊宁的汉族民众被屠戮殆尽。而在三区当地民众中却形成归化苏联国籍的高潮，更加深了新疆固有的苏联侨民问题。这一社会问题在此后深刻影响新疆十余年