着妖精们让他们不至于太活跃，已有一段时间了。如今，这个安稳的睡眠之季节终于要告终结。博丽神社的巫女博丽灵梦从住在森林的魔法使的口中听到不可思议的传闻，说她看见云的断层间有很不可思议的船飞在那里，而那船好像是在找寻着甚么而不断在云间廻游。博丽巫女博丽灵梦、普通的魔法使雾雨魔理沙、还有守矢神社的风祝东风谷早苗，为了追上那艘船，于是三人同一时间向着天空出发了。
结局.根据神灵庙的设定，飞船（圣荤船）已被改建为命莲寺，且神子与灵梦的对话得知，依照故事的推进应该是 Ending No