此，肽树脂中并不需要中合反应，除了缺乏肽之间静电排斥可以导致增加的聚集。因为游离的芴基是发色团，脱去保护通过Fmoc基可以通过自动合成UV吸光度的途径。Fmoc基的优点在于，它是在非常温和的硷性条件下（如哌啶）裂解，但在酸性条件下稳定，虽然在某些合成序列并不总是如此。这使得不稳定温和的酸保护基团在硷性条件下是稳定的，如BOC和芐基，被当做支链的目标肽氨基酸残基。这样的垂直保护基方法在有机化学合成中是很常见的。Fmoc优于BOC的原因在于Fmoc更容易裂解，然而他的原子经济性也较小，因为芴基比t-丁基大得