的故事舞台是合众地区，一个不属于先前的游戏背景关都、城都、丰缘和神奥的新地区，那些地区都是以日本为原型，但合众地区是以美国纽约市为蓝本而设计的，这是增田顺一在选择《钻石·珍珠》的原型城市时出现的想法。实例之一是飞云市，它是该地区的中央大都市，有着类似布鲁克林大桥式悬索桥和大量的摩天大厦。增田还让飞云市的街道上佈满人潮、传达出「社区的感觉」。合众地区有着多种多样的景观，居民的种族和职业也都很多元。该地区的日文是 ，意思是尽管有来自各地的人和宝可梦，但他们都汇聚于一处。
故事.与神奇宝