系包括互利共生、片利共生与寄生。
与植物.真菌与植物形成菌根的共生关系，对植物的生长与许多生态系的维持都相当重要，超过九成的植物与真菌形成菌根，其中许多依赖菌根生存。菌根的演化历史十分古老，早在4亿年前就已出现，可以促进植物对硝酸盐与磷酸盐等关键无机盐的吸收，在无机盐浓度较低的土壤中尤为重要，而植物则将部分由光合作用合成的有机物提供给共生的真菌。菌根还有可能媒介植物与植物之间的物质交换，这种物质交换网称为，其中菌异营是一个相当特殊的例子，为某些植物寄生真菌，借由菌根从真菌体内获取自