政府将建筑的二楼与三楼拆除。2009年，行政院文化建设委员会将建筑列为「暂定古蹟」以暂时保留，促嘉义市政府重新评估新市府北栋工程。而嘉义市政府在2010年5月决议不将郡役所建筑列入古蹟，使先前的暂定古蹟地位失效。10月时市政府正式将郡役所拆除，只保留部分柱列。郡役所拆除后，嘉义市政府先后将北侧改为绿地；南侧改为收费停车场，并于该地举办跨年晚会。
改建.2017年，涂醒哲市府决议终止北栋大楼兴建案，原址将新建「市民中心」，预计民国107年发包；民国111年完工。