州刺史钟天柱葬于清溪葵湖村蒲芦岭。元朝时，清溪归江西行省管辖。明朝时，该镇为广州府东莞县文顺乡管辖，崇祯年间建立了清溪老墟，为当地乡民集散买卖之地。 清代废除迁海令后，清溪为新安县管辖，至嘉庆重归东莞县管辖。自明清起，不少移民迁徙清溪，如明代洪武年间由常平镇白石岗迁入的长山头村殷氏、洪武年间由惠东梁化迁入的茅輋村林氏、明代中期由梅县迁来的鹿湖坝王氏、明正德年由宝安龙岗高桥迁至的大稔布林氏、明嘉靖年迁来的牛湖李氏、明天启年厚街王氏、长乐黄姓、宝安县密湖岗林氏迁来组成河伯桥村、明末从长乐迁至的深圳仔黄氏、明末清