事件发生后，日本警视厅迅速展开调查，并在宾馆中检验出了韩国驻日大使馆一等秘书金东云（本名金炳赞）的指纹。由于涉及外交人员，且韩国方面在绑架金大中之前并未告知日本政府，因此此事件引起日本方面严重不满，特别是一些在野党以及出身于法律界的议员都认为韩国侵犯其主权。1973年8月23日，在日本参议院法务委员会上，议员们提议调查韩国政府在此事件中的参与程度、是否侵害日本的主权，并希望政府公开调查进度并通过外交途径使金大中返回日本。法务大臣田中伊三次亦表示根据其直觉，此事应是韩国的秘密警察所为。另一方面，外务大臣大平