原氏担任摄关成为了常态。让位后在冷泉院居住了11年，故称冷泉院。度过了42年的上皇生活后，于62岁驾崩，花山天皇等皇子女及其弟圆融天皇、侄一条天皇等亲族都比他早逝。根据记载，死因被认为是痢疾。此后直至后一条天皇即位的近50年间，冷泉系与圆融系都处于两统迭立的状态。直到父方是圆融系，母方是冷泉系的曾孙后三条天皇即位，两皇统才融合。
怪异举动.据称冷泉天皇自从皇太子时代开始就因精神疾患而做出不少引人注目的怪异举动。大江匡房所着的《江记》等中记载了冷泉天皇的如下行为：然而，有记载表