调任运输局副局长。1999年9月出任经济局副局长。2002年5月13日被调派到日本东京，接替张敏仪担任香港驻东京经济贸易首席代表，2006年2月退休返港。同年离开政府；当时为首长级第三级，月薪约13万港元。同年获香港总商会聘任，于9月1日起接替翁以登出任香港总商会总裁2011年7月，香港总商会公布方志伟将于年底前提早离任。至8月初，总商会决定提早解约，把离任日期提前至8月5日，由被称为现政务司司长唐英年「爱将」的前政务官袁莎妮接任总裁。方志伟被提早解约后，获总商会一笔过支付直至2