命为破虏将军。建武二年（26年），大司马吴汉讨伐荆州宛县董䜣，吴汉军队在途中掠夺，邓奉的故乡新野被残害。邓奉被激怒，撃破吴汉军，叛汉。他的好友赵憙写信劝说邓奉，邓奉没有理会。邓奉与董䜣协力，南北挟撃包围汉扬化将军坚镡，历时一年。同年十一月，光武帝任命廷尉岑彭为征南大将军，率将军8人攻撃堵乡（南阳郡叶县方城附近）董䜣。邓奉率领南阳精鋭部队救援董䜣，和岑彭军大战。贾复负伤，淯阳之战朱祜被俘。建武三年（27年）三月，光武帝亲征，董䜣派遣别队，岑彭在叶县撃破别队。光武帝到达南阳郡堵阳，邓奉逃到淯阳，董䜣投降。夏四月