查允元（），字仁卿，号虞臯，浙江杭州府海宁县人，民籍，明朝政治人物。
生平.万历四年（1576年）丙子科十二名举人，万历十四年（1586年）癸未科二甲第四名进士。任礼部主客司主事。累官提督江西学政。
家族.曾祖查绘，诰赠大理寺左少卿；祖父查秉彝，戊戌进士，顺天府府尹加赠通议大夫；父查志立，丙辰进士，河南布政使司左参政。母姚氏（封宜人）。