993年，王拓辞去国大代表一职，代表民进党参选基隆市长，仍告败北。1995年，王拓当选民进党全国不分区立法委员。1998年，王拓于基隆市当选立法委员。2001年与2004年，王拓都成功连任，成为民进党立法院党团的重要干部。2002年，王拓加入民进党正义连线，任执行委员。2004年底，王拓加入新潮流系。2005年，民进党征召王拓参选基隆市长，登记参选后，为统合泛绿势力，改为支持台湾团结联盟提名的陈建铭参选，但陈建铭最终仍败给国民党候选人许财利。在第二次张俊雄内阁时，王拓担任行政院文化建设委员会主任委员。