西塔寺逐渐成为阿育王寺主要的宗教活动场所，而乌石岙东塔寺则逐渐冷落直至废弃。天宝二年（743年），鉴真第三次东渡失败，获救后曾住锡于阿育王寺，同行的日本僧人普照曾长时间在阿育王寺居住。会昌五年（845年），唐武宗灭佛，舍利被官府没收，5年后归还寺院。五代后周显德五年（958年），寺遭火毁。宋建隆元年（960年）修复。端拱元年（988年），宣密素任阿育王寺住持，此时寺院由律宗改为禅宗，宣密素也被尊为第一代祖师。大中祥符元年（1008年），阿育王寺被朝廷定名为“阿育王山广利禅寺”，拓为十方禅刹。天禧五年（1