会区带来的大众运输功能仍然不足，都市核心区域仍迫切需要大众捷运系统，相继于2003年间提出建置轻轨运输系统的构想；在双方于2004年10月25日连成一气后，台南县政府于2006年委外针对台南捷运的优先路线进行重新评估，一併进行整体路网的修正，将改起讫于台南县新化镇、亿载金城的台南捷运绿线设为台南捷运的第一顺位推动路线；然而台南捷运系统2010年进行后续送审时，因自偿率过低，旋即遭到交通部退回，而台南市首任市长赖清德上任后，也认为兴建成本过高且路幅过于狭窄不易兴建，正式终止台南都会区轻轨运输系统计画，此案不了