2012年，澳网进入四强后，以盘数7–6、 2–6 、6–7、4–6负于纳达尔，连续两年四强出局，在马德里大师赛后，排名升至世界第二，但在罗马大师赛后，又回到世界第三。在法网，费德勒半决赛4–6、 5–7 、3–6不敌排名世界第一的乔科维奇。在温布顿创历史地八次进入决赛，对阵英国选手穆雷，费德勒先输一盘，随后倒追三盘逆转对手，以4-6、7-5、6-3、6-4四盘赢得比赛，第七次夺得温布顿冠军，追平桑普拉斯的七次夺冠纪录。此外，费德勒积分以75分微弱差距超越卫冕失败的乔科维奇，在决赛后的星期一第三次登顶世界排