查撞船事故的经过及肇事原因，香港警务处则调查在事故中可能存在的刑事责任。2012年10月1日，香港警务处重案组及海事处人员于现场视察小轮，香港警务处同时设立热线，唿吁市民就撞船事故提供资料。并于南丫岛榕树湾码头设立站点，询问市民有否见到案发经过。同日，行政长官梁振英决定在行政会议审议后，引用《香港法例》第86章，即《调查委员会条例》之下行政长官会同行政会议的权力，成立调查委员会──南丫岛海难调查委员会，负责就事故的起因、日后如何避免同类型的事故及相关事宜，展开调查研讯。调查委员会由有高度公信力，及独立于香港