1999年12月开始建造，而其他站点则到2001年3月方动工兴建。2004年4月，首列车到达车辆段，并在进行调试及试营运。2004年12月28日17时，深圳地铁一期工程开通试运营。实际开通的时间比当初预期的时间推迟了大约一年。一期工程开通的线路包括1号线（世界之窗－罗湖）和4号线（福民－少年宫）概算总投资115亿元，经竣工决算审计后的总造价106.53亿元。由于涉及与香港接驳方面的问题，皇岗站在一期工程完成时并未启用，直至2007年7月1日方启用，但是当时福田口岸仍未开通，故地铁乘客仍不能由此前往香港，