切尔克斯自治州分裂而成（分裂为了卡拉恰伊自治州和切尔克斯自治州）。 卡拉恰伊人因宣称同德国人合作而被流放到中亚，之后卡拉恰伊自治州于1943年（也就是第二次世界大战期间）解散。这段时间里，部分领土与格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国合并。1957年该州和切尔克斯自治州合并，并恢复为了卡拉恰伊-切尔克斯自治州。