斯·亨利·赫胥黎（Thomas Henry Huxley）于1869年将鲸龙归类于恐龙后，鲸龙才被真正了解。在早期的研究历史，有许多化石被归类于鲸龙，目前被发现属于其他不同恐龙。牛津鲸龙（"C. oxoniensis"）是最着名的种，化石是从英格兰牛津郡及拉特兰发现，年代为中侏罗纪的巴柔阶，比模式种短体鲸龙（"C. brevis"）所有的资料更多。理察·奥云在鲸龙的最初研究里，并没有标名模式种，导致后来研究的混淆。模式种中间鲸龙（"C. medius"）的化石太少，没有足够鑑定的特征。有学者主张将牛津鲸