领噶尔丹入侵喀尔喀蒙古，并乘胜进兵至内蒙古；至干隆二十年（1755年）清军进兵伊犁（今新疆伊犁州霍城县），俘获准噶尔首领达瓦齐，以“准噶尔汗国”灭亡而告终。达瓦齐被俘后，时任定边左副将军的辉特部台吉阿睦尔撒纳（非准噶尔人）起兵反叛，天山北路再次陷入动乱。干隆二十三年（1758年）初，逃亡的阿睦尔撒纳病死于俄罗斯，俄国请清使验看尸首，“准噶尔之事，于是大定”。次年，清军剿灭叛军残部并平定回部大小和卓之乱，西域全境底定，西北边患暂告终结。平定阿睦尔撒纳之后，清代蒙古未再发生大的变乱，直至1911年辛亥革命后的外