生殖器官是指在复杂生物体上任何与有性繁殖及组成生殖系统有关的组织（严格意义上，不一定都属于器官）。另外有相关的性器官一词，广义地说是指会带来性快感的器官。生殖腺是指产生配子的器官。在人类身上是指睾丸与卵巢。开花植物的性器官是花。 松柏门植物的性器官是松球，苔藓植物门、蕨类植物则以孢子囊为其性器官。
植物.孢子植物孢子体的雌性生殖器官为颈卵器，雄性生殖器官为精子器。种子植物的花、果实或种子。雄性生殖器官为雄蕊，雌性生殖器官为雌蕊。但植物的繁殖不一定依赖这些器官或组织，例如