5年春，南京军区对郭化若举行批判大会公开批判，大尉以上军官全体参加。郭化若被批判为“反党、反人民、反社会主义”。因毛泽东表示批判郭化若采取“背靠背”的方式，所以不要郭化若出席批判大会。此后，郭化若被软禁在家，定性为“敌我矛盾做人民内部矛盾处理”。文化大革命爆发后，1968年，在许世友支持下，南京军区召开大规模批斗“倒许乱军夺权”分子、推行“多中心”学习班。其中在南京军区后勤部学习班批斗郭化若。林彪倒台、邓小平复出并主持中央军委工作后，1973年郭化若获彻底平反，平反后复出，调到北京任中国人民解放军军事科