月代理清驻美国、墨西哥、秘鲁、古巴公使。1908年3月回国，在外务部任职。1909年初，署外务部左参议，5月补任左参议，8月署右丞，不久改为署左丞。8月25日，兼任学部丞参上行走、游美学务处总办，主持选拔庚款留美学生，并创办了游美学务处肄业馆（后改名为清华学堂，即清华大学前身）。1911年4月清华学堂正式开学，周自齐任监督（校长）。1911年11月丁忧期满，由清华学堂监督补原官外务部署左丞，12月迁度支部任副大臣（袁世凯内阁财政次长），仍任游美学务处总办兼清华学堂监督至1912年4月初。1912年3月改