内战中同中国共产党领导的中国人民解放军多次交战，逐渐处于劣势。1949年（民国38年）3月，中国人民解放军攻占太原近在眼前。杨爱源和徐永昌推动中华民国代总统李宗仁将阎锡山召到南京。阎锡山得到这一逃离太原的借口后，乘専用飞机飞往南京。4月，杨跟随阎逃到台湾。在台湾，杨爱源任总统府顾问委员会顾问。1952年（民国41年）10月他引退。1959年1月2日，他在台北病逝。享年73岁。