为第二代领主松仓胜家对待人民过于残暴，引发岛原之乱，造成此地区严重的破坏，甚至大量的居民死亡。直到继任的领主高力忠房推动移民政策之后才开始恢复。废藩置县后，伊度成为岛原县的县厅所在地，直到岛原县被併入长崎县。位于岛原半岛中央的云仙普贤岳为着名的活火山，曾在1792年爆发产山崩，土石落入海中后引起海啸，海啸在有明海沿岸的肥后国、天草群岛、岛原半岛造成共约一万五千人的重大伤亡，为日本历史最重大的火山灾害。近年在1990年11月17日也一度爆发，并在隔年的6月3日产生火山碎屑流，造成43人死亡，其中包