二年（1543年），因廕袭任福建镇海卫参将，后升副总兵，至福建都指挥佥事。嘉靖二十七年（1548年），倭寇大举骚扰中国东南沿海一带，勾结恶商，烧杀劫掠。嘉靖帝遣都御史朱纨前去巡抚浙江。考虑到浙江的官员多与倭寇勾结，朱纨调卢镗率兵从福建前来清剿。根据《明史》记载，卢镗有大将之才，因此为都御史朱纨所倚重；当诸将望风而溃的时候，唯独卢镗与汤克宽英勇善战，威名仅次于戚继光、俞大猷。同年，卢镗率军捣毁倭寇在双屿的巢穴，擒许栋等人。翌年，朱纨因受到御史陈九德的弹劾而革职查办。朱纨自杀，卢镗、柯乔也被当作朱纨的党