核菌也可能透过血液循环而感染到肺部，通常会感染道肺部的顶部这被称作「」。80%以上的结核菌会感染肺部形成肺结核，血液循环也可能把感染带到身体其他远端部位，例如週边淋巴结、肾脏、脑部和骨骼，造成肺外结核。全身所有部位都有机会被结核菌感染，但是心脏、骨骼肌、胰脏以及甲状腺较少受到侵犯，其机制至今未明。肺外结核患者不一定会咳嗽，最明显症状则是感染处肿胀、疼痛。结核病被归类为一种炎症。巨噬细胞、T细胞、B细胞以及纤维母细胞 聚集为肉芽肿，且淋巴细胞会围绕受感染的巨噬细胞。其他巨噬细胞会在肺泡囊融合为一个多核的细胞