身岛已经连成一个与内陆相连的长条状的沙洲半岛。因此郑成功的军队在攻下内陆的普罗民遮城（今赤崁楼）后，得以循海路及陆路攻打位在半岛前端的热兰遮城。大约在此前后，中文文献多以「台湾」取代「大员」，大员一词很快不再使用。鲲身半岛和台湾本岛间的台江内海，在清道光年间逐渐淤浅，最后陆化消失，与台南连成一片。