德意志选帝侯与1400年8月20日选举巴伐利亚公爵鲁普雷希特为神圣罗马帝国皇帝，废弃瓦茨拉夫四世。1403年博义九世决定接受这个决定，承认鲁普雷希特。1398年和1399年博义九世唿吁欧洲基督徒去帮助拜占庭皇帝曼努埃尔二世，抵抗苏丹巴耶塞特一世对君士坦丁堡的威胁，但是当时在欧洲很少有人响应他的号召去再次组织十字军。1391年10月7日，博义九世将瑞典圣毕哲封圣。1391年他建立了费拉拉大学，1398年他设立了费尔莫大学。1392年他批准在埃尔福特设立大学。1404年，博义九世因病逝世。