体验康纳的生活，当时他由莫霍克族（原住纽约州的印第安人）抚养长大。在英国殖民者进攻并烧毁了康纳的村庄后，他最终走上一条对抗暴政（和圣殿骑士）的道路。本作的故事仍然以刺客组织与圣殿骑士的斗争为主线。
剧情.紧接前作《刺客教条：启示录》，现代刺客戴斯蒙·迈尔斯（Desmond Miles）与同伴肖恩·海斯汀（Shuan Hastings）、丽贝卡·克琳（Rebacca Crane）及父亲威廉·迈尔斯（William Miles）已找到「第一文明」（First Civilizat