除了上述这些机车设计方面的缺点，当时的12V240ZJ型柴油机亦暴露出不少问题，燃烧性能方面的主要问题包括燃烧压力高、排气温度高、排气冒黑烟的“两高一黑”，柴油机零部件结构方面亦经常发生气缸套拉伤、连杆瓦和主轴瓦剥离烧损、气缸盖和活塞裂纹、气阀下陷、机油稀释等问题。1971年至1974年，北京二七机车车辆工厂与铁科院机辆所、大连所、戚墅堰所、北京大学等单位合作，针对柴油机的各项问题进行了大量理论研究和改进试验工作，特别是直接造成“两高一黑”的燃料喷射系统、配气系统和增压系统。同时，亦对喷油泵、喷油器、水