分析（Bayesian inference of phylogeny）是根据已知的先验机率推导后验机率的似然函数，进而去预测最可能的系谱树。随着电脑计算速度的演进以及马尔科夫-蒙特卡洛法的演进，贝叶氏谱系分析越来越受重视和应用。贝叶斯推断时常应用于分子系统发生学以及系统分类学。
分析软体列表.下表列出最常用的系谱分析软体，有些不只使用贝叶氏谱系分析。
应用.贝叶氏谱系分析在分子系统发生学上具有相当广泛的应用，包含：