5号机车于2002年报废。
铁道部专运处.后四台NY6型机车（0007～0010）交由中华人民共和国铁道部专运处使用，专门担当国家领导人和国外贵宾的专列牵引任务，从1970年代起一直是中国最主要的专运机车，例如毛泽东、华国锋、邓小平、杨尚昆、江泽民等领导人的专列均曾经由NY6型机车牵引，1992年邓小平南巡专列就是由NY6型0009号机车全程牵引。专运机车的维护保养明显优于一般机车，平日非执行任务时停放于北京内燃机务段，并且每月至少进行一次熘轴。至2000年代，随着最高速度达到