96年台海危机时，李登辉任命胡接任驻美代表。随后投入国民大会代表选举并成功当选。1997年萧万长组阁时，因副总统连战及萧万长不赞同总统府授意出任外交部长的人选驻英代表简又新，胡被任命为外交部长至1999年，期间参与处理“两国论”。1999年，921大地震发生时，正当世界各国迅速派遣搜救人员并提供技术和财务援助时，中共却阻挠这些国际救难队和救援物资抵台湾。胡志强表示俄罗斯的救难队921当天要从莫斯科经蒙古飞越中共领空驰台救援，却遭中共阻挠拒不提供俄方申请的航道，迫使搜救队飞机辗转在西伯利亚的伊尔库斯克