60年），柔然杀高昌王，高昌人立阚伯周为高昌王，高昌城为国都，建立了一个汉族地方王朝。高昌城成为吐鲁番的政治、经济、文化中心。北魏文帝太和五年（481年），高昌人立张孟明为高昌王。公元496年，高昌人杀张孟明，另立马儒为王。公元501年，高昌人杀马儒而立麴嘉为王。麴氏高昌王国曾先后依附于柔然、高车、突厥，臣服于北魏、西魏、周和隋，并受其册封。王国建置为郡，县、城制，县下设乡，乡下设里。从阚伯周开始，吐鲁番进入高昌王国时期。唐朝征服了高昌国，并设置安西大都护府，吐鲁番在此期间一直遵循与内地较一致的制度和风俗习