唐干符中由杨氏统治，凡二十九世，八百余年，到杨应龙时为止。皇上将播州地设置遵义、平越二府，分属川、贵两行省。李化龙起初父丧，准备赴丧但因军务需要而夺情起用，到这时乞求回家居丧。万历三十一年（1603年）四月，起用为工部右侍郎，总理河道，与淮、扬巡抚李三才奏请开通淤塞的黄河，由直河入泇口抵达夏镇二百六十里，避开黄河吕梁险峻地带。再次因母丧丁忧离去，因此前军功，晋升为兵部尚书，加少保，荫一子世袭锦衣指挥使之职。
协理京营.万历三十五年（1607年）夏，协理京营戎政。李化龙认为京营乃