齐在年少时曾随兄长努尔哈赤外出谋生。万历十一年（1583年），为报父仇，舒尔哈齐跟随努尔哈赤以十三副盔甲起兵。经过数年的努力，兄弟二人不但灭掉杀父仇人、图伦城主尼堪外兰的势力，还征服了浑河部、董鄂部、苏克素浒部、哲陈部、完颜部、朱舍里部、讷殷部，统一了建州女真。舒尔哈齐也成为了仅次于努尔哈赤的建州女真第二号实力人物，接掌努尔哈赤起兵时创立的黑旗军（努尔哈赤则另建红旗军亲领）。在当时仅仅三万余兵马的建州女真，直属于舒尔哈齐麾下的战将有四十余员，兵力达五千人之多。随后，舒尔哈齐逐渐开始不甘于做兄长努尔哈赤的