存在着矛盾，而在于众多公司的矛盾中，以与腾讯的矛盾最为人所知且最受关注。两家公司在2010年11月上旬的矛盾甚至引发了恶性商业竞争事件。
或涉防火长城.2012年7月2日，据千龙网报道，奇虎360公司在2005年加入中国GFW防火长城计划，奇虎360的两名高管齐向东和石晓虹加入了研究搜索引擎的安全管理系统，网上也可查到有方滨兴、齐向东、石晓虹曾经共同参与的科技成果。但奇虎360董事长周鸿祎否认这件事，并表示系竞争对手恶意抹黑。奇虎首席安全官谭晓生也在Mozilla的安全邮件列表