哥萨克军团创建于1854年，但第一座哥萨克村则于1858年成立，名为哈巴罗夫村（Khabarovskaya），而相关的法令则在1860年通过。阿穆尔军团最先隶属于俄国远东总督，1879年后改隶于阿穆尔州州长，但州长多半由阿穆尔军团的哥萨克首领兼任（乌苏里哥萨克军团也由其所兼），总部设于布拉戈维申斯克。阿穆尔军团负责保卫阿穆尔河与乌苏里江沿岸，后者在1889年改由新成立的乌苏里军团接掌，但双方仍共管一支于1897年成立的内河舰队。军团本身拥有大约64,000平方公里的直辖地，120个定居点内有49,200