最终败选失去政权，而宋楚瑜在2000年3月主导成立了亲民党，新党立即流失了一部分的支持基础。许多新党、国民党籍立委转为亲民党，新党在2000年4月以后正式退居国会第四大党。2000年10月，因核四问题，朝野关系趋于紧张，新党力倡泛国民党整合，首次提出泛蓝的概念，国民党、亲民党、新党以及部分无党籍人士结为在野联盟，成为国会的绝对多数。但国亲新三党却未在2001年的立委选举中合作，亲民党成为新党最不友善的竞争伙伴，尤其亲民党提名了许多原新党市议员参选立委，同时带走了原本新党的支持者。操盘的谢启大为了让新党维