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用法.如同Javadoc，Doxygen从源文件提取註解。除了Javadoc的语法，Doxygen支持Qt使用的文档标记，并可以输出成HTML、以及CHM、RTF、PDF、LaTeX、PostScript或手册页。
范例代码.注释文档一般用两个星号标志：/**但也能像一样使用<nowiki>*!</nowiki>的标志。例如：以下说明如何从C++源代码产生文档。请确保参数EXTRACT_ALL在