4月任哈尔滨师范大学校长。1989年5月，王佐书加入中国民主促进会。1995年4月任中国民主促进会黑龙江省委副主委。1997年5月任中国民主促进会黑龙江省委主委。1998年春，王佐书高票当选黑龙江省人民政府副省长，分管卫生工作。他在1998年夏的嫩江、松花江流域特大洪灾中，亲自走遍了黑龙江省确定的22个重灾县（市），指导防疫工作。任内，他大力纠正卫生系统的不正之风，亲自暗访了许多医院、门诊，对发现的问题及时处理，这对黑龙江省全省医疗系统震动很大。2002年12月，他当选为中国民主促进会中央专职副