为来台湾最早、主持情报机关最久，所以一手造出的冤案、假案、错案最多」。李敖指称彭在任驻泰大使时，就曾指派特务制造冤案，绑票华侨舒家栋来台，导致舒家栋家破人亡、岳父母双双上吊自杀。。
争议事件.彭孟缉之子彭荫刚（中国航运董事长，前香港特首董建华妹夫）委用学者中研院研究员朱浤源、黄彰健等人为彭孟缉翻案。但在原文目的写道「消除对外省人的误会，为中国统一促进」以及“彭孟缉处理高雄事件未犯错”为结论，至今仍受到争议。另彭荫刚在媒体刊登广告，歌颂其父一生，更于文章中指称当年二二八事件受难者为「