伪时建」或「郑氏所建」带过，而日治时期的寺庙台帐记载则为明永历廿五年（1671年）。庙方出版的沿革则曾写说在明永历年间（1665年─1671年），不过后来已更改为明永历十九年（1665年）。而学者陈在正考证明代遗臣王忠孝所撰〈东宁上帝序〉一文，认为该庙是明郑时期镇将林陞及其部下黄某，奉请真武大帝神像到东宁府治镇北坊建庙崇祀，嘱託王忠孝为主倡者。而该庙即是开基灵祐宫，后来郑氏再建大上帝庙。因王忠孝于永历十八年（1664年）四月渡台，十九年冬末病，二十年四月廿八日（1666年5月31日）病殁，故认为该庙约于明永