始出现警号，几年间多次进出医院，拍罢《包青天》后，更与经理人合约纠纷而一下子推掉无线的片约，期间只以部头合约的身分接下亚视《再见艳阳天》一剧。其后病癒，准备全面复出，于是她于1997年重返无线。可惜在1990年代末，因新晋花旦陈慧珊、郭可盈、宣萱、蔡少芬、郭蔼明及张可颐的出现，以及年纪情变等问题；她的角色开始有所改变，戏分不太重，使到美琪从一线花旦沦落成为二线女艺员。但她从不怨言，继续拍摄好的电视剧给观众欣赏。邵美琪的作风低调，从不喜欢宣传自己，也不懂得应酬；是娱乐圈少有的异数。在她看来，没有争名夺利，