2S MT-RNR1，而39S亚基中则含有长度约为1560nt的16S MT-RNR2。高等植物的线粒体中另外含有一种沉降系数也为5S，但与该rRNA细胞质核糖体的5S rRNA不同。
基因与表达.线粒体核糖体各组分由分别属于细胞核与细胞质的两个基因组编码，所以线粒体核糖体需要两个基因组共同表达来形成。哺乳动物细胞核中编码线粒体核糖体各组分的基因比其编码80S核糖体的基因以更快的速度进化着。部分生物（例如哺乳动物）的线粒体核糖体中的所有核糖体蛋白质皆由核基因编码，并由80S核糖