他坚辞不就，只好离开河阳山，回到苏州施家桥。《水浒传》大体也是在此时写成。元惠宗至正二十六年（1366年），朱元璋包围苏州攻打张士诚。为了躲避战乱，在好友的帮助下，施耐庵举家迁回兴化白驹场故居。《水浒传》成书后，很快民间传抄开来。根据民间传说，刘伯温奉皇帝之命寻访施耐庵时，发现了施耐庵写的《水浒传》，并带给了皇帝。朱元璋看过后，认为“此倡乱之书也，是人胸中定有逆谋，不除之必贻大患。”密令当地官吏逮捕施耐庵。施耐庵被关押一年多后被释放，但是身体已经不行。虽然有罗贯中的帮助，但是返家途中又染病不起