廷准许自筹工款后即前往南洋招商，同年4月于台北大稻埕开工，台北车站亦座落于大稻埕。1887年5月20日成立「全台铁路商务总局」。轨距则为3呎6吋（1,067mm）并沿续至今。开工初期最先兴建的是由基隆港口经台北到新竹（当时称为竹堑）。其中位于基隆端的狮球岭隧道工程，从1888年（光绪十四年）春动工，到1890年（光绪十六年）8月完成，全长235公尺，费时30个月才凿通，为台湾第一座铁路隧道，亦是目前唯一仅存的清代铁路隧道，也是当时中国的第一座铁路隧道。1888年（光绪十四年），大稻埕跨越淡水河上之大木桥竣工