府创立，以用来取代以解散的北婆罗洲特许公司的管治。总督由英王乔治六世任命，之后由女王伊莉莎白二世任命。直到北婆罗洲于1963年8月31日获得自治为止。马来西亚建国后，总督改称为沙巴州元首（Yang di-Pertua Negeri Sabah），由马来西亚最高元首任命。