其后于1978年，转为全津贴中学。1980年代以后，鑑于市区人口老化及深水埗区中学学位过剩，校方遂应教育局建议，迁校屯门。由1992年9月开始，学校分两年将学校迁入屯门大兴邨新校舍，而旧校中学部之运作亦于1994年结束。崇真书院在2003年成为首间获世界卫生组织颁发的金奖健康学校。2010年，崇真书院曾一度爆发上唿吸道感染潮。学校内有二十名学生及一名职员受到感染。2011年12月，该校因疑似管制学生行为一事而受到社会关注。当时崇真书院发出信函描述学生私下相约在晚间烧烤及吃火锅一律会被视为不当行为，并要求