高洪波加盟球队，担任上海东亚主教练。人员方面，球队替补战怡麟与刚刚从上海申花租借回归的主力后卫柏佳骏离队转会至上海申花，而东亚则从杭州绿城签入了自由球员吴禹寅，其他内援名额则用在了从中邦引入的年轻球员上。
联赛.上海东亚的2013年赛季虽然以一场1比4不敌北京国安开始，但随后球队一度取得了2胜3平的不俗战绩，排名也达到了第六。然而在4月28日对阵上海申花的德比战中，东亚在先进一球的大好形势下，被对手连扳两球逆转，球队核心武磊也因报复行为被罚下场。从这场失利开始，球队遭遇了五连败，排