举他从前的学生狄奥多尔·巴尔·瓦本以约翰之名担任阿米达的牧首，开启了教派长达13年的分裂期。米海尔对此採取强硬的手段，他逮捕了敌对的牧首狄奥多尔，将其监禁在巴尔·索马修道院内，并正式废黜他的职位。部分修士私下让狄奥多尔逃出修道院，狄奥多尔脱身后继续逃往大马士革，企图向萨拉丁寻求帮助，惟并未成功。此后狄奥多尔前往耶路撒冷，于公元1187年耶路撒冷沦陷后，他跟随亚美尼亚天主教的格里高利四世（Gregory IV）转往，在格里高利四世帮助下，狄奥多尔争取到当时奇里乞亚亚美尼亚王国亲王的官方认可。由于狄奥多尔拥有庞