父一同逃往东方，小庞培则留在罗马照顾其继母。前48年，庞培军队于法萨卢斯战役中战败，庞培被迫逃命，科涅莉亚与小庞培与他在莱斯沃斯岛会合，一同前往埃及。9月29日，小庞培亲眼目睹父亲被杀害。此后，科涅莉亚返回罗马，小庞培则参加阿非利加行省的抵抗势力，与、小加图、兄长格奈乌斯及其他元老，谋划抵抗凯撒及其军队。凯撒在爆发于公元前46年的首场战役——中取胜。前45年，凯撒又在西班牙的中击败庞培兄弟二人。格奈乌斯被处决，但是小庞培逃过一劫，前往西西里岛。公元前44年，凯撒在返回罗马后遭到谋杀。元老院任命小庞培