管理人林尔祯并无契卷及字据，但以大众庙中元祀业碑所载，得以保全权利。日治时代初期，东坛、北坛被废、虎头山冢等义冢被政府移除作为建设，因此南坛大众庙后建有纳骨所二座，收纳此一地区历次清冢时的无主骸骨。庙方还曾将神像、无主骨灰、骨骸移至新大众庙。皇民化运动时期，南坛大众庙将庙产土地24笔共9,482甲，被迫以「新竹城隍庙」之名寄付给新竹至诚会。该时期，收容被毁的新竹东宁宫的五谷先帝神像。1941年，庙方的崙仔尾土地被日本海军征买8,9345甲，仅存黑金町五五六番的祠庙敷地。Secti