岛最繁忙的港口是巴斯蒂亚，2012年乘客数超过250万人次，其次是阿雅克肖、利勒鲁斯和卡尔维。南部的和韦基奥港也有较小的渡轮码头，并有来自马赛的季节性航线，而博尼法乔的港口只有来自邻近的撒丁岛的小型渡车船停靠。服务于科西嘉岛的轮渡公司有（连接意大利萨沃纳、里窝那、皮翁比诺与法国土伦、尼斯）、（连接法国马赛、土伦和尼斯）、（连接法国马赛）和（连接意大利里窝那和热那亚）。
公共交通.、等为数不多的公共交通公司服务于科西嘉岛，仅巴斯蒂亚城市圈、阿雅克肖城市圈和韦基奥港拥有城市公共交通