教谕迁顺天府东安县（今廊坊市）知县，革除旧时的弊端十二件事。调往事务繁重的保定新城县（今高碑店市）。崇祯二年(1629年)，县城遭到敌兵进攻，丘民仰早晚登上城楼防守。入京勤王抵御后金的军队都从他这个地方出发，丘民仰调度有方，人民没有感到被骚扰。提升为御史，被称为敢于讲话。当时各地多盗贼，镇将巡抚都怯懦不敢出战，酿成大乱。吴桥发生兵变，多城被攻陷，巡抚余大成、孙元化都主张招抚。农民军骚扰山西，巡抚宋统殷下令，杀死贼寇的抵掉死罪。丘民仰先后上疏议论他们的错误，后来的事情都像他说的那样。遭逢妻子过世，请假回家