后历任五二四团团附（军衔中校）、代团长、团长（军衔上校）。1937年8月，淞沪会战爆发。韩宪元作为国民革命军第八十八师第二六三旅第五二四团团长，在上海闸北作战。11月8日，撤离上海，11月底参加南京保卫战。12月12日，在南京雨花台阵亡。国民政府追赠其为陆军少将。