主导的官制改革方案出炉，因对满清亲贵不利，又遭反对。慈禧又改换其他大臣继续制定方案，最终形成对满人官员有利的方案。1907年1月13日，清廷谕军机大臣着直督袁世凯迅饬提督夏辛西统带原统队伍，前往山东督办兖（州）曹（州）剿匪事宜。3月13日，盛京将军赵尔巽、直隶总督袁世凯联电外务部，请与日使议订《满韩陆路通商详细专章》。3月29日，都察院代表直隶、江苏、山东三省京官筹款自建津镇铁路，清廷谕军机大臣着袁世凯、张之洞妥商办理。5月17日，袁世凯派蔡廷干统带军舰「海容」、「海圻」两艘游历南洋，借以保护华侨。6月