朝廷与隆武朝廷互相对抗，双方互不承认其明朝正统地位，双方的军队时常在闽浙边界上发生冲突。时隆武二年（1646年），清军趁明朝内讧之机开始征讨浙江，由于得不到隆武朝的支援，明军大败，浙江各州县被清兵攻取。永历五年（1651年）九月，清兵攻陷舟山，鲁王又在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。
隆武政权.大明弘光朝廷覆灭后，在鲁王朱以海宣佈监国于绍兴之时，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下登皇帝位于福州。隆武帝即位后，曾联络各地抗清义军，并屡议出师北伐，然受制于郑芝龙