总督德寿的邀请，调充广东武备学堂教习、督练公所参谋处总办、道员、参议官。1910年，因广州新军起义，吴锡永处事不当，遭降一级。1911年4月黄花岗起义后，吴锡永清理战场，左腿被残留的炸弹炸伤。同年8月7日，充督练公所军事参议官，并赏给陆军协都统衔。中华民国成立后，吴锡永从军界退出，此后历任北京政府财政部秘书，山东卷烟特税局局长。1929年6月12日，吴锡永出任上海财政局局长。1929年7月，上海市公债筹备委员会成立，吴锡永兼任委员。1930年，接替陈其采兼任江海关监督。1931年3月27日，任国民政府主