国驻新加坡使馆一秘。2002年，任驻阿富汗使馆参赞。2013年，任中国驻阿富汗大使。2015年10月初，邓锡军卸任中国驻阿富汗大使，返回中国。此前，他于9月被任命为中国外交部阿富汗事务特使。邓锡军离任中国驻阿富汗大使前，阿富汗总统为他授予了萨义德·贾马鲁丁·阿富汗勋章。