定了福王就藩日期。但不久受到郑贵妃影响，重下新手谕要福王留到第二年冬天，叶向高留谕旨不宣。万历派宦官去督促叶向高下谕，叶却封还手谕，拒不从命，神宗无奈，只得同意福王按时就藩。由于党争渐烈，所提的建议又不被神宗采纳，叶向高深感自己已无能为力，在推荐了方从哲和吴道南之后，他便多次上疏坚决请求辞官，神宗却又多次不允，叶向高只得勉力支撑局面，一直到万历四十二年（1614年）神宗才下令晋叶向高少师兼太子太师，致仕。闲居在家的叶向高对日本抱有高度的警惕。万历四十四年（1616年）他写信推荐老友沈有容，之后几年一直表