衙库房中所有的二万两银钱拿出发饷，并向宁远商民借五万两，哗变始解。毕自肃引罪自杀。同年八月，袁崇焕到达辽东，逮捕张正朝、张思顺等十五人并斩首于集市，此外，斩杀中军吴国琦、惩罚参将彭簪古，并罢免都司左良玉等四人，兵变始定。哗变改变辽东部队的驻守布局：祖大寿仍镇守锦州；何可刚升任都督佥事，代替解任后的朱梅，宁远、锦州合镇；赵率教则转移至山海关；而袁崇焕亲自镇守宁远。因为毕自肃已死，袁崇焕上奏请撤消辽东巡抚职位，并罢免登莱巡抚孙国桢、取消该巡抚职位，崇祯皇帝均批准。此外，袁崇焕又抚慰哈剌慎三十六家，稳定边疆安