言诗曰：“志士不忘在沟壑，勇士不忘丧其元。我今不死更何待？愿早一命归黄泉！”三月十五，唿侍者剃发，夺其剃刀割喉，气不绝者两日，三月十六日（公历5月7日）子时气绝，享年76岁。东厂锦衣卫写给皇帝的报告，称李贽“不食而死”。马经纶葬之通州，墓今犹存，在北京市通州区海子公园燃灯塔西侧。万历三十八年（1610年），李贽的学生汪可受，以及梅掌科、苏侍御捐银钱为李树碑。据说「卓吾血流二日以殁，惨闻晋江，士庶甚闵，于晋江西崙作『温陵先师』庙，颇奉香火，后毁于兵燹。」李贽生有4子3女，除大女儿外，其他都不幸夭殇