他任首任旗长。1936年（康德3年）4月，兴安北省省长凌陞被关东军处死，额尔钦巴图接任兴安北省省长，直到1945年（康德12年）8月。他利用有限的权力改善牧民佔多数的省内民衆的生活，声望日增。他曾组织编写唿伦贝尔和新巴尔虎历史的资料书，翻译满文《资治通鉴纲目》等书。1945年8月日本投降后，在苏联红军的支持下，1945年10月唿伦贝尔自治省政府（后改称唿伦贝尔地方自治政府）在海拉尔成立，额尔钦巴图任主席。1946年11月，东北民主政府正式承认唿伦贝尔地方自治政府，额尔钦巴图欢迎中国共产党党员高锦