军政府镇压商团时烧毁西关一带，宝芝林也被波及，黄飞鸿深受打击，郁闷成疾。1925年4月17日：于广州宝芝林安详逝世，享年77岁。身后事颇为萧条，家人甚至无钱买棺，多亏有心人出资才将其埋葬于广州白云山墓园下。其妻莫桂兰与黄飞鸿的黄家儿子，及黄飞鸿徒弟林世荣、邓世琼移居香港，开馆授徒。黄飞鸿的绝技有：双飞铊、子母双刀、五郎八卦棍、 罗汉袍、无影脚、铁线拳、单双虎爪、工字伏虎拳、虎鹤双形拳、五形拳、五行拳 、罗汉金钱镖、四象标龙棍、醉拳等。此外，黄飞鸿亦善于舞狮，有广州狮王之称。《中国新闻週刊》报导189