机关学校学生转移到筑地海军兵学校；因此机关学校第4期生也编入兵学校内，成为兵学校第16期生。而海军机关学校的名称由机关师和机关手养成所沿用。由于日本海军体制的原因（如轮机系统的海军军官最多只能晋升至海军机关中将，也没有可能指挥军舰，遑论执掌舰队或者镇守府等要职），导致兵科和轮机科合并办学时期，轮机科招生数量不足。为了解决这个问题，1890年（明治23年）10月18日，在兵学校内再次把将校科（兵科）和轮机科分设，对两者采取不同的培养方式。1893年（明治26年）11月29日海军再次在横须贺设立海军机关