0月31日，日军以各部族村落为目标发起总攻击，虽遭到原住民有力之反击，但至11月1日除马赫坡社外其他各社均为被军警佔领，塔达欧·诺干亦战死。抗日主力退到马赫坡社，其余散在各溪溪谷。11月2日马赫坡社亦被军警佔领（日方同时在村中发现了大量原住民私下储存的黑色火药），起事原住民完全退入山中，大部分退至马赫坡、塔罗湾两溪溪谷，利用悬崖绝壁的有利地势与日方作战。11月5日，台湾军台南安达大队第三中队在马赫坡社东南方高地附近与赛德克族人爆发激战，两小时的战斗中受到15人战死，13人负伤之大损伤。原住民方亦有伤亡，