平章事，充集贤殿大学士，拜为宰相，不久兼户部尚书。昭宗曾怀疑裴贽表面道貌岸然，实则乱性，问所信任的翰林学士韩偓的看法。韩偓指出之所以有这样的流言，是因为裴贽和族人亲善，允许其中多人住在自己府邸，这些人和外人的关系对裴贽造成了不良影响。韩偓知道唐昭宗每听到咸通年间事都会触动，还说到裴贽是唐懿宗咸通年间大臣裴坦的堂侄。唐昭宗没有处置裴贽。天复元年（901年），昭宗刚在政变后复位，秘密问韩偓“陆扆、裴贽谁忠于我？”韩偓为陆扆辩解。同年，昭宗被以韩全诲为首的当权宦官劫持到其盟友军阀李茂贞治下的凤翔，于十二月诏裴贽充