祖遣使宣抚流求，但到达后跟当地人语言不通，无功而返。元成宗元贞三年（1297年），福建省平章政事高兴遣省都镇抚张浩、福州新军万户张进赴琉求国，生擒130余人而返。第二年正月，又将所俘琉求人放回，要他们归顺元朝，此后不了了之。元明宗至顺元年（1330年）及元统五年（1337年），汪大渊两度由泉州出发到各国贸易，他在《岛夷志略》中记载澎湖属泉州晋江县，而琉球为海外诸国之一。
明朝前期.1384年，明朝废除澎湖巡检司，又于1563年复设澎湖巡检司派兵驻守。《东番记》记载永乐初年郑和下西洋