1998–99年欧洲足协盃是欧洲足协举办的第 28 届欧洲足协盃赛事，今届赛事是旧有制度下的最后一届赛事。下一届开始，欧洲盃赛冠军盃会合併于全新的欧洲足协盃。本届冠军则由帕尔马夺得，他们于决赛击败马赛，历来第二次夺得冠军。这亦是意大利球队近 11 届赛事中的第八次夺冠，但自此以后就再未有意大利球队成功于欧洲足协盃中再赢得冠军。