处于规划阶段的哥本哈根地铁计划将哥本哈根市郊铁路万洛瑟站⟷腓特烈堡站区间改为地铁。在此之前的10年间，本站的货运量大幅缩水。车站货场在20世纪90年代也被卖给了腓特烈堡购物中心。1995年前后，1934年扩建的部分也被拆除用于兴建腓特烈堡购物中心。哥本哈根市郊铁路站台也临时搬迁，直到1998年6月20日车站老站房完全关闭。2003年5月19日，由哥本哈根地铁所使用的地下站房启用。腓特烈堡站1864年启用的第一代站房至今依然存在，在腓特烈堡购物中心与哥本哈根地铁建设工程中得以幸存，不过哥本哈根地铁隧道离第