索沃战争结束后的2000年恢复。2003年，日本向塞尔维亚提供无偿资金援助，向贝尔格莱德赠送了93辆公共汽车。2004年，驻大坂塞尔维亚与蒙特内哥罗名誉总领事馆设立。2011年东日本大震灾中，塞尔维亚政府表示支持，并透过塞尔维亚红十字会捐赠了5000万第纳尔（约合4525万日圆）。塞尔维亚与日本有良好的关系，视日本爲亚洲最大的贸易伙伴，但日本仍承认科索沃的独立，并于2009年2月25日与科索沃建交，成爲首个与科索沃建交的亚洲国家。