江西省人民政府为主进行管理。2002年1月，江西省国防科技工业学校并入。2002年4月学院更名为东华理工学院。2003年抚州师范专科学校并入。2007年3月更名为东华理工大学。2021年1月25日，经中华人民共和国教育部批准，原由东华理工大学管理的独立学院东华理工大学长江学院脱离该校管理，转设为公办普通高等学校赣东学院，由江西省人民政府领导管理。
院系设置.东华理工大学设有地球科学学院、地球物理与测控技术学院、核科学与工程学院、水资源与环境工程学院、建筑工程学院、信息工程学院