000年至2003年，经地方宗教部门推荐，云南省党政有关部门讨论并通过决议，推荐东宝·仲巴活佛到北京的中国藏语系高级佛学院学习。2001年，依照历史沿革，东宝·仲巴活佛驻锡云南丽江指云寺，任丽江地区十三大寺教主。2001年，东宝·仲巴活佛再次受到噶玛噶举派摄政大司徒活佛、三宝法王嘉察活佛和宁玛派大圆满持有者夏扎活佛的灌顶和教授，并在夏扎活佛座下闭关三个月。由于其教证圆通，获第十七世噶玛巴、四宝法王大司徒活佛、三宝法王嘉察活佛委任，管理噶玛噶举中国事务，颁发委任书并赐法印。2006年4月，当选为丽江市