马关条约》签订后，蔡元培深受震动，开始广泛涉猎译本书报，留心时事，学习日文和西学，同情维新派。
革命生涯.1898年秋（清朝光绪二十四年）戊戌变法失败后，清政府杀害了他所崇拜的谭嗣同，使他深感清廷政治改革“无可希望”，断然离开翰林院南下，任绍郡中西学堂（今绍兴市第一中学前身）总理，提倡新学。1900年秋，因不满于守旧派的反对和校董的干涉，辞职。1901年夏，蔡元培来到上海代理澄衷学堂校长。9月，被聘为南洋公学经济特科班总教习，传播爱国民权思想。次年在上海与章炳麟、蒋智由、叶瀚等