有清音、浊音的区别。虽然日语和朝鲜的死语高句丽语在数词上有相似的词汇，然而高句丽语的实际情况人们所知甚少，目前还难以成为语系的判断依据。有学者认为琉球群岛（旧琉球王国）的语言是日语的一种方言（琉球方言），也认为其虽然和日语语系相同但是另外一门语言（琉球语），并将琉球语定位和日语同属于日本语系，不同的研究者和机关对此看法有分歧。综合以上两种说法，更有学者提出『韩日-琉球语族』，正在引发学术界的讨论。另外在过去还有人认为日语和雷布查语、希伯来语是相同语系，但这些议论只停留在伪比较语言学的范畴内。