务于2000年2月开展投入服务，住院服务则于2000年4月26日开展投入服务，急症室服务于开院初期2000年7月26日只提供16小时服务。2001年2月5日将军澳医院正式全面投入服务当中包括24小时急症室服务。2006年4月7日在医院管理局资助及香港浸会大学支持下于医院一楼开设基督教灵实协会暨香港浸会大学中医诊所及临床教研中心，该中心由基督教灵实协会负责营运。2008年9月将军澳医院展开第二期扩建计划的第一阶段，为一座耗资19.4亿港元，楼高11层的日间医疗服务大楼，于2012年3月12日启用，并且