福建省的一部分，对台湾并不积极治理。1874年发生牡丹社事件后，使清朝政府体认到台湾的重要性，自此开始增设府县、经济现代化等积极建设，并于1885年将台湾建省。由于甲午战争的失败，清朝在1895年4月与日本签订《马关条约》，将台湾永久割让给日本。历经台湾民主国的短暂抵抗后，台湾在同年6月进入为期50年的日本统治时期。
弃留廷议.康熙22年（1683年）农历六月，福建水师提督施琅在澎湖海战中击溃东宁王国刘国轩舰队，未久，位于承天府（今台南市）的延平郡王郑克塽于七月十五日（新历9月5日