299路线大都会客运部分也随之更换同款公车，但有网友认为为避免高低落差妨害轮椅族上车，再加上299路线因行经中心诊所医院及台北车站等重要交通节点，希望将这三条都能更换为全新的低底盘，而大都会客运曾以无法爬山到松职总站为由不考虑换车。最后大都会客运于2013年12月将配车全面更换为低地板公车，三重客运并于2015年8月随车辆汰换第一次更换5辆新低地板车辆至本线行驶。台北捷运新庄线于2012年1月5日通车至辅大站，取代299线的一部份的运输功能，业者曾预估新庄线免费试乘时期恐影响三成营收且收费后也将有一成乘