循乘刘裕北伐的机会袭击建康，但刘裕适时回军，成功防御京师，并于稍后击溃卢循主力，卢循及其势力于义熙七年（411年）完全肃清。刘裕又在义熙九年（413年）派将领朱龄石收复蜀地。另一方面，他又于义熙八年（412年）先后消灭了当日与他一同起兵讨伐桓玄的刘毅及诸葛长民，又于义熙十一年（415年）消灭了宗室司马休之，除去了政敌。义熙十二年（416年），刘裕奉琅邪王司马德文的名义北伐后秦，于翌年成功灭掉后秦，不但收服了河南及洛阳失地，更重夺关中。虽然关中于义熙十四年（418年）刘裕班师后为夏国所佔领，但刘裕地位已经稳固