月20日，刘永福见大势已去，与其义子刘成良搭乘英国籍商船「塞里斯轮」（Thales，《台湾通史》译作「爹利士」）内渡厦门而去（1895年台海登船临检事件）。郡中大震，争舟走厦门，台南城内秩序大乱。10月21日辰刻，地方士绅陈修五、吴道源恳请英国牧师巴克礼及宋忠坚等人向日军第二师团乃木希典将军交涉，巴克礼与及教徒执英国旗，在夜间前往军营，引导日军不流血和平入城，日军由小南门顺利进入台南城，至此民主国灭亡。10月22日，日本水军由安平南路入安平港，遗兵二十余人被杀。10月23日，近卫师团长北白川宫能久