此后他被迫辞职，返回贵州。后来，贵州省内各派阀有拥立任可澄的活动，但他厌倦了政治斗争而不愿意卷入。他担任了贵州通志局主管，一心编纂《贵州通志》。1926年（民国15年）6月，他被北京政府杜钖珪临时摄政内阁聘为教育总长，随后在顾维钧临时摄政内阁、顾维钧摄政内阁中继续任该职。国民政府时代的1935年（民国24年）8月，他任全国禁烟委员会委员，1937年（民国26年），他任云贵监察使。1946年（民国35年），任可澄在昆明因脑溢血而病逝。享年68岁。