被爆出消防设施短缺等问题；金塔寺石窟的壁画出现了严重的酥碱、空鼓、颜料层粉化等现象。。同年，国家文物局下拨专款，对马蹄北寺、金塔寺和千佛洞的壁画、彩塑进行修复，并着手进行渗水处理加固、金塔寺石窟栈道改造、上中下三处观音洞维修保护等工程。2004年，肃南裕固族自治县政府在马蹄寺石窟群周边修建了停车场、卫生间等部分景区设施。同年8月，马蹄寺石窟群正式开始大规模维修，主要工作为岩体的加固，耗费专款共计478万元人民币，整体的维修工作于2006年11月正式完成。2005年起，马蹄寺石窟景区内的原有住户和单位被陆续迁