中日战争规模日渐扩大，讲习会资料准备与会务宣导也跟着逐渐以宣扬日本军国主义精神或皇国精神为主，之后则成为皇民化运动的主要宣导组织，其主讲者也从宗教人士改为总督府文教局长及其特地安排的日籍讲师。1941年，南瀛佛教会正式改组为「台湾佛教」，惟同时台湾斋教、佛教人士几乎全部退出于该佛教会。而就在改组同时，台湾宗教界亦相继成立「台湾佛教龙华会研究会」、「尊皇敬佛台湾斋教教善会」及「台湾佛教龙华会」相关分支机构，不过目的相同的都仅是推动皇民化运动。1945年，台湾日治时期结束，以南瀛佛教会为主力的「台湾佛教」正