992年收到了美国国家科学基金会（NSF）的至关重要的拨款。大约1990年代早期美国国家航空航天局（NASA）研究了用在地球观测系统（EOS）计划中的15种不同文件格式。在两年评述过程之后，HDF被选择为EOS数据和信息系统的标准格式。1996年美国能源部的劳伦斯利弗摩尔、洛斯阿拉莫斯和桑迪亚国家实验室与NCSA抽调人员成立了数据建模和格式（DMF）小组，研究满足高级模拟和计算规划（ASC）需要的并行I/O能力的文件格式。在NASA的额外支持下，三实验室与NCSA联合开发了第一版的HDF5并于1998年