此外林正二曾于2006年初指示助理徐文保与数个乡镇首长勾结，替乡镇市公所向体委会、环保署、观光局等争取补助款，再向内定厂商收25%回扣，立委拿15%，乡镇长分10%。2014年12月29日，台中地院依贪污罪判林正二20年徒刑，徐文保18年、前花莲市长蔡启塔15年，另有多家厂商被判罚金。2006年9月29日
其他争议.立法委员林正二九月二十九日深夜酒驾肇事，抽血检验结果酒精浓度高达零点七一六，台东警方将补做笔录后依公共危险罪嫌函送地检署侦办。 2012年，林正二与林沧敏、杨琼