年（1661年）清廷借口“抗粮”，发生“江南奏销案”，叶方蔼被奸人告发，少缴了白银一釐，即一枚铜钱，即被降官，民间有「探花不值一文钱」的说法。不久授上林苑蕃育署丞。康熙十四年（1674年）迁国子监司业，再迁侍讲。康熙十七年（1678年）朝议撰修《明史》，特开博学鸿词科，叶方霭、张玉书任总裁。康熙二十年（1681年）任刑部右侍郎。康熙二十一年（1682年）病卒。
着作.有《读书斋偶存稿》4卷; 太极图论》，《孔氏志》8卷，《叶文敏公集》12卷，与库勒纳合撰《干坤二挂总