方协调之下，于1994年6月28日正式决定使用「南草津」作为车站名。自2014年起，南草津站超越了草津市的中心车站草津站而成为滋贺县内乘车人数最多的车站。
车站结构.岛式月台2面4线的地面车站。可对应12辆编组列车。设有跨站式站房，东西均设有站前广场。
使用情况.2018年度1日平均上车人次为30,755人，JR西日本车站排行第28位。2014年度超越草津站，成为滋贺县内上车人次最多的车站。开业前，立命馆大学琵琶湖·草津校园开设预算为最多1日平均上车人