作用中，最关键的酶是磷酸丙酮酸羧基激酶，它可以使草酰乙酸脱羧，生成磷酸丙酮酸，GTP分子爲该反应提供能量。值得注意的是，琥珀酰辅酶A转化爲琥珀酸过程中生成的GTP分子可用于上述过程，是一个糖异生与柠檬酸循环联系的纽带。柠檬酸循环的一些中间体可通过转氨基作用，经过一系列反应转化爲氨基酸。比如，α-酮戊二酸可以转化爲谷氨酸，草酰乙酸可以转化爲天冬氨酸。上述过程是可逆的，即氨基酸也可以通过脱氨基作用转化爲柠檬酸循环的中间体而进入柠檬酸循环分解代谢。不过，氨基酸通过上述途径分解代谢产生的能量很少，一般情况下，只