吴姓先民从故乡漳州青礁慈济宫迎请保生大帝金身来台，供奉于笨港自宅，也吸引附近居民前往敬拜，香火日渐鼎盛。到了1767年（干隆三十二年），由笨港街的仕绅、商贾、医生、信众合力鸠资，建成笨港慈济宫（沿用青礁慈济宫之号），此即新港大兴宫的前身。1799年（嘉庆四年），笨港溪洪水横溢，沖毁笨港街面。信众遂于麻园寮（新港旧称）现址重建新庙，至1804年（嘉庆九年）落成，由王得禄命名为「大兴宫」，并敬献一张桌案。1840年（道光二十年）及1858年（咸丰八年）历经两次重修，今日庙旁凉亭保存一块咸丰八年的「大兴宫重修