始统治台湾，及拨调水师把总一员，兵一百名驻扎打狗仔旗后。康熙五十八年（1719年），《凤山县志》载，旗后汛有砲台一大座，安中国式大砲六门，道光廿二年（1840年），中英鸦片战争，清廷且于旗后筑砲台一座以为防备。同治十三年（1874年），日军入侵琅峤（恆春）直攻石门牡丹社，造成牡丹社事件，清廷派船政大臣沈葆桢来台加强海防，乃先后派准军统领唐定奎、副将王福禄，督造旗后（威震天南）、港口（雄镇北门）等二处砲台，构成中、低射程火砲威力，以共扼打狗港。旗后砲台因聘英国工程师设计，虽属西式砲台，兵房位于北区，指挥所