国立清华大学校长刘炯朗的推荐下，至东海大学担任校长，提出「发展东海大学成为一所卓越的教育学府」、「採研究和教学并重的平衡步伐」、「将职业技能服务于社会及团体」、「协助台湾的人文、经济及社会发展」四大办学目标，并以「求真、笃信、力行」校训，延续东海创校的基督教精神，积极地在教育、学术和服务三方面努力向上提昇。在其八年任期内，建设了位于东海大学第二教学区，包括管理学院大楼、音乐系及美术系馆、新学生宿舍、教职员宿舍及体育设施等，并成立博雅书院。2012年，程海东在第三任的校长任期届满前一年辞去校长一职，同年八