反后，元禹出任都督，前往讨伐。元禹很喜欢谶纬之学，经常说晋国故地有福气，孝昌末年就前往拜见尔朱荣。建义元年（528年），元禹与尔朱荣共同进入洛阳，出任中军将军、金紫光禄大夫，封鄄城县开国伯，食邑五百户，担任并州东面大都督，镇守乐平郡。普泰元年，元禹升任骠骑将军、左光禄大夫，普泰元年四月廿日（531年5月21日），元禹被乐平郡百姓王恶毡起兵杀死，虚岁四十五。魏孝武帝元修登基后，追赠元禹骠骑大将军、仪同三司、都督青州诸军事、青州刺史，太昌元年十一月十九日（532年12月31日）迁葬西陵。