06年7月担任国务院学位委员会办公室主任，教育部学位管理与研究生教育司司长。2006年8月起担任浙江大学党委常委、校长。2011年11月兼任浙江省科协主席。2013年2月起担任国家自然科学基金委员会党组书记、主任。2018年1月，当选第十三届全国政协委员。
学术成就.杨卫长期从事宏微观断裂力学、细观与纳米力学、力电耦合失效等领域的研究。出版了一系列论着。其中《细观塑性力学及其应用》和《力电失效学：电致失效, 力电耦合, 区位转换, 质流失稳》为Springer出版社出版