1949年8月国立中央大学改名国立南京大学，潘菽任国立南京大学心理系教授兼系主任。1949年11月出任国立南京大学校务委员会主席。1951年7月“校务委员会主席”改为“校长”，潘菽任南京大学首任校长，至1957年6月。1955年6月，潘菽当选为中国科学院生物学部委员。同年任中国心理学会理事长。1957年，南京大学心理学系迁往北京，与中国科学院心理研究室合作建立中国科学院心理研究所。潘菽任所长。从20年代到50年代中期，潘菽执教30年，讲授过普通心理学、实验心理学、理论心理学、比较心理学、社会心