撤台的军官，母亲杨克冰为国校教员。家中有五个兄弟姐妹。
大学、研究所时期.倪再沁从小功课不佳，中学就读光仁中学，毕业前学校做的性向测验，发现在美术类的得分最高，故选择考美术系。经补习术科后考进中国文化大学美术系，并选择国画组，以篆刻、国画、美术史为主修课目。大学毕业后顺利进入中国文化大学艺术研究所。。大学时期的台湾党外民主运动所带动的激辩热潮感染了校园，康宁祥的异论也深深撞击了来自深蓝家族的倪再沁。来自彰化的同学杨茂林，可以说是倪再沁台湾本土意识的启蒙者，他与杨茂林经常在宿舍间