批评只有几名香港学者出席谘询会，代表性严重不足，缺乏公众参与。
「一国两制」及「港人治港」争议.有人认为，依据香港政府的法定程序，新界东北新发展区尚在「本地谘询」的阶段。这个计划却与广东政府合作，令人怀疑香港政府是否仍在执行「一国两制」。同时此计划的官方网站连繁体版也没有，亦没有操粤语者担任顾问，代表此计划没有港人参与的成份。
规划内容争议.报告纳入了许多香港本地工程，例如北环线、新界东北及屯门至深圳铁路等大型基建，惟未谘询香港市民，纳入内地区域规划令香港