大学哲学系教师被停聘，人数之多几乎使哲学系关门。不久，弗里德里希·哈耶克教授到台湾访问，政府也禁止殷海光与之晤谈。而且殷海光生活起居也受到监视。他不堪身心双重折磨，是年罹患胃癌，病中嗜食芒果，并坚持阅读着作不辍。1969年病­逝，享年49岁。他的弟子李敖认为，殷海光是因为国民党的压力，引致生病、致癌。李敖：「我的老师殷海光这个人道行不大够，说的一口哲学，自己心里的哲学恐怕是没想通，他每天讲到蒋介石就生气呀，气到胃痛，饭菜都没办法喫，最后生病得了胃癌，论文都証明压力是胃癌很大的诱因，殷海光（生病）很有可能