与皮卡丘失散，在寻找的过程中再度遇上小刚，两人便一同行动。不久遇上一位带着电击怪训练家，他以神奇宝贝的强弱而决定捕获目标的态度使小智感到非常反感，在那位训练家提出与小智进行对战，但因小智的神奇宝贝数目不足作罢。之后结识救了皮卡丘的当地的新人协调训练家小光及她的首只神奇宝贝波加曼，事后在小光的提议下，3人结伴同行，展开神奥之旅。不过就在旅程即将开始之际，那位训练家—真司，出现于众人面前，再度要求与小智进行3对3的对战。小智和真司的第1次战斗，在研究所的后院草地开始，战斗以赛和告终。真司因对姆克儿的能力不满