官立及津贴中学学位出现不足情况，故此成为由香港政府透过「买位制度」资助的私立中学，至2000年方转为直资办学，并将九龙及葵涌分校分拆出圣玛加利男女英文中小学（该校则沿用「圣玛加利教育机构有限公司」名义办学，而此校则新成立一所公司作办学机构）。前址为于香港中环坚道97号及山道保德街31号及界限街105号及界限街118 至120及大子道229至231分校前址。然而，2014年校方表示因校舍租金高昂，业主大幅加租下，2014新学年将停收中一学生及逐步停办。在2013年，该校获批暂借沙田大围崇兰中学之旧校舍，以