书院内设博物院、圣道馆。1890年，汇文书院创办成美馆，正式设立中学部。1892年，书院授课分为大学堂、高等学堂、中学堂、小学堂四级，每级学制均为四年。1896年设医学馆。书院内最早学生只有5人，知名的教师也很有限，穆尔为西文总教习，恒谟为西文教习，师图尔为医科总教习，马林、比必为医学教习；除上述西方教员外，聘李自芳为国文总教习，周歧山、李鉴堂为国文教习，书法家骆寄海也曾在汇文任教。当时的汇文书院，管理极严，学生住校要两周才可以出去1次，下午4点以后，一律不准呆在教室或宿舍内，要到操场进行体育锻炼，是清教