是孔洞区最细的部份，决定离子的通透性。内侧的孔洞是由S5至S6跨膜段合成。区域III和IV之间连结的跨膜段也对通道的机能也很重要，在通道长期活化后，此区域会使通道不活化（inactivated）。
配体门控型.的钠离子通道是靠和配体的键结而活化。像神经肌肉接点是，其配体为乙酰胆碱，大部份的钠离子通道也可以允许一些钾离子通过。
对动作电位的影响.电压门控的钠离子通道和细胞的动作电位有密切关系。若细胞的膜电位有电荷，且已有足够的通道打开，会有少量但显着的N