后撤回苏区。不久，孔部扩编为红十六军，孔任军长，并在木石港战斗中，重挫国民革命军。1932年11月，因不服从朱德的命令而被撤职。1934年7月，孔寻机逃离红军，向国民政府投降。投降后，孔协助国民政府军队制定对红军的围剿计划，1935年后，参与对红军游击队的清剿。抗战期间，孔任国民革命军第五十八军暂编五十四师中将师长。1943年因贪污罪被判处有期徒刑3年。出狱后经商为生。1949年中华人民共和国成立后长期匿居，1955年在云南被捕，次年病逝于北京监狱医院中。