多样性的了解仍相当有限。一项2017年的研究估计真菌种类应该介于220万至380万之间。历史上有许多方法可以用来鑑定真菌物种，传统真菌学主要以孢子或子实体的大小、形状等形态上的特征分辨真菌，另一种鑑定物种的方法是透过生理与生化性质，即依的结果来分辨。分子生物学兴起后，DNA测序与支序分析等技术对真菌多样性的研究起了决定性的作用，不但大大提高了对新物种的分辨能力（特别是隐真菌门等传统上不清楚的低等真菌），也更能反映不同类群真菌在演化上的关联。
真菌学.真菌学是生物学的一个分支，研究真