称病引退，不知所终，据传道开因为紫柏禅师的事，临行前毁去了自己对诸佛、菩萨出身、化身的研究《如来渊源攷》一书，避免卷入国本之争的文字狱内容。道开离去之后，紫柏真可非常想念道开，还曾经写了两首诗表达思念之意，但是道开依然不知去向。而后紫柏真可果然因第二次妖书案遭到东厂、锦衣卫拷打，伤重圆寂。
着作.着作不多，遗有《密藏开禅师遗稿》二卷、《密藏禅师定制楞严寺规约》一卷、《藏逸经书标目》一卷、《如来渊源攷》（攷，同「考」。已佚，文字散见各书）。