1845年回国行医。1859年（安政6年）他决心往日本进行医疗和传道，与志向相同的妻子克拉拉·玛丽·黎金磐（Clara Mary Leete，1818-1906年）一道从神奈川登陆日本。赫本在实施医疗事业的同时进行日语的研究，编写日本最初的日英词典《和英语林集成》，并使用美国平文的名字出版。他也在旧新约全书日语文本的翻译工作中也担负了重要的角色。同时，1863年（文久3年）于横滨开设平文塾，期盼基督教主义教育能在日本生根。此后，平文塾与其他的新教各派的宣道学校合併，1887年（明治20年）赫本投自己的财