抗瑞军的人民起义最终获得成功。恰尔涅茨基让约翰二世从流亡状态中回来，并让他能够收复失地。但是约翰二世未听恰尔涅茨基的劝告，发动华沙战役，最终以战败收场，但恰尔涅茨基随后的策略让波兰从这次战败的不良影响中恢复过来。 在瑞典人从克拉科夫与华沙撤退，瑞典与丹麦签署的哥本哈根条约失效时，他指挥军队送去将卡尔十世的军队驱逐出日德兰半岛，并为联军最终的胜利做出了贡献。在签订了让波兰与瑞典之间的长期分歧缓和的奥利瓦条约后，恰尔涅茨基又被派往波兰东部边界，在那里波兰与俄罗斯之间的战争依旧在激烈地进行着。他在1600年战