屁股等裸露的皮肤红色。公猴犬齿发达。屋久岛亚种的体毛长，毛色暗褐。头盖属小型。眼窝纵长，间幅狭窄。
分佈范围和食性.日本猕猴在白天活动，大多数时间都在森林中，范围包括落叶林、阔叶林和常绿林。它们以种子、根茎、花蕾、水果、无嵴椎动物、浆果、树叶、鸟蛋、蘑菇和谷物为食。
习性与繁殖.日本猕猴一般组成一个规模为20至100头的群体，分成几个家庭，一般而言，母猴与公猴的比例约为3比1。母猴的地位有明显等级制，公猴在种群中则比较游离。日本猕猴可以在的严酷环境