势力仍在荆州盘据，并反攻江陵，直至义熙元年（405年）才再收复江陵，驱逐当地桓氏势力，并自江陵迎晋安帝回建康，不久刘裕就还镇丹徒。义熙二年（406年），刘裕因功受封为豫章郡公。义熙四年正月（408年），因上年年末扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘裕听从刘穆之的劝言入朝议继任人选，终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，入掌朝政大权。
平定卢循.卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（410年）起兵，进攻江州。当时朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚灭南燕，收到诏