动机绝缘等级提升至F级，电枢和主极绕组均采用无溶剂环氧树脂浸渍绝缘材料，以改善牵引电动机的绝缘和耐热性能。冷却方式为强迫通风冷却。
辅助电路.EF66型基本番台第一次量产车采用直流电传动的辅助电路系统，主要辅助机械设备均采用直流电动机驱动，输入电压为1500伏特。主电阻器通风机和牵引电动机通风机共用两台MH91G-FK99型电动通风机，其中第一至第四号牵引电动机共用一台通风机，第五及第六号牵引电动机和主电阻器共用另一台通风机，通风机额定功率为2×19千瓦，供风量为每分钟2×180立