时人传称「辅仁大学是三个大学」。2000年1月，辅大董事会通过三单位合併决议案，并于2002年8月1日正式执行，三单位分立的体制始走入历史。圣言会会士柯博识（Jac Kuepers, SVD）曾因此称「辅仁大学不是一般的私立大学」：1960年，中华民国教育部核准辅大复校，预定校地由阳明山管理局士林镇员山地区、阳明山管理局士林镇外双溪（近百公顷山地）、台北县永和市 、台北县新店镇等地不断更换，并曾计画将学校划分为数个校区，校本部设于士林内双溪；医学院、护理科设于台南县、市；工、商、理及外国语文学院设于高雄