在外的足利义辉之弟足利义昭成为第十五代幕府将军，挟其为傀儡以号令天下。足利义昭并不甘心作织田信长手中的傀儡，后来暗中联络各地势力大名，意图挑战织田信长的权威，导致他于天正元年（1573年）被后者流放赶出京都。室町幕府至此灭亡，开创了安土桃山时代。信长在琵琶湖畔的安土建造了达七层高用石头墙壁围着的城堡。城堡可以承受火枪的攻击，成为战国时期的标志。信长授予被征服大名封地，清除免税商业的障碍，把受贬抑的宗教团体和商人拉拢到他自己的军事体系中，因此增长了自己的实力。他通过大规模的战争控制了全日本大约三分之一的令制国