不明关怀协会的前身，是一个变性、跨性（Trans）与阴阳人（Intersex）的互助小组。由台湾性别不明关怀协会现任顾问吴芷仪于2009年成立。
关怀双性人的争议.台湾性别不明关怀协会是以跨性别爲主的团体，号称关心双性人实在有争议。理事长吴依婷曾发佈过新闻稿“民众是基于社会性别互动，但现今以生理性别註记在身分证上，对跨性别有很大影响，包含后续衍生的就业歧视等问题。”被认定是无视双性人的生命经验，双性人不是因生理性别而被性别指定爲男性或女性。