铁路杏林大桥上的接触网立杆被风吹断，导致鹰厦铁路、福厦铁路至区间电力供应中断，电力机车牵引的列车无法进岛。16日厦门站原计划开行的列车全部停驶；铁路部门预计，至9月25日前所有旅客列车无法进入岛内的厦门站，故将部分进岛列车停运，或缩短到临近的厦门北站、漳州站、漳州东站始发终到。9月17日，对于部分滞留在岛上的动车组列车车底，南昌铁路局调用了内燃机车将这5列动车组列车车底车拖至厦门北站。同时，所有进入岛内厦门站的普速在杏林站加挂内燃机车（均不设列车供电系统）进岛。经过维修人员于9月16日夜至9月17日凌晨