主要公路和铁路、常遭遇恶劣天气、频繁的台风以及需满足环境保育方面的要求等。工程首度採用混合盾构式隧道钻挖兴建，主要目标为减低对中华白海豚等的生态影响，同时降低于建造期间对繁忙的龙鼓水道的海上交通影响，亦可以避免现时供应电力予香港国际机场的海底电缆改道。承建商将会以两台直径17.6米、相等于逾5层楼高的钻挖机（北行及南行线钻挖机，分别命名为「黄蓉」及「盖亚」），建造海底隧道，比较传统沉管方法，可以减少弃置1,100百万立方米的淤泥。由于在海床下进行钻挖工程需要面对强大水压，因此工程需要使用高达6倍大气压的