蒋中正同中国共产党路线对立，鹿辞职，前往重庆。此后，鹿钟麟受冯玉祥指示，从事联共的政治活动。1944年，被任命为兵役部长。1946年7月31日，晋升为国民革命军二级上将，转任华北宣抚使代理河北省主席。退役后，隐居天津。1948年冯玉祥去世，次年中华人民共和国建国，鹿钟麟留在中国大陆。此后在天津义生里街道办事处工作，1954年被任命为国防委员会委员，但未赴职。1966年1月11日，鹿钟麟于文革前夕的天津患癌病逝，享年81岁。据大商贾谢家后人讲，谢家为其料理后事。