司、中国南京外轮代理公司等企业成立南京港口集团公司，2017年与连云港、苏州、南通、镇江等港口公司整合成立江苏省港口集团。
运营数据.2016年，南京港货物吞吐量2.28亿吨，其中长江港口完成2.20亿吨，集装箱吞吐量308万标准箱（20英尺），40英尺箱吞吐63万箱。水路货运量1.38亿吨，水路货物周转量2,185亿吨公里，铁水联运1,149万吨。煤炭、石油制品、金属矿石、集装箱、钢铁、化工原料占总吞吐量的86.6%。全年进出口货运量2,166万吨，94万标准箱。