核定。不过，其后遭特别预算冻结，执行阶段又先后发生景观和建筑顾问等标案违约终止契约所衍生的履约纠纷，以及莫拉克台风沖毁院区部分基地土堤造成损害等诸多问题，致使计画一再延宕而做通盘检讨修正。2010年10月22日修正计画核定后，同年12月23日改委由中华民国内政部营建署代办兴建相关工程，并结合民间企业资源，分期建设院区。首期约200,000平方zh-hant:公尺;zh-cn:米的博物馆区相关工程，包括软体建置计画在内的整体工程预算约新台币79.33亿元，博物馆主体建筑核定兴建面积59,958平方