建邺区的江心洲隔水相望，东北与栖霞区相连。位于宁芜继承式火山盆地上，地壳稳定性较好，地下水资源较为丰富。中部岗峦起伏，为丘陵地带，北部的秦淮河冲积平原及南部的金川河冲积平原地势较平坦，有清凉山、四望山、八字山、蛇山、马鞍山、狮子山、幕府山、象山、老虎山等丘陵，及鼓楼岗、五台山、傅厚岗、古平岗、华严岗、水佐岗、水佑岗、彭家岗等岗地。金川河作为护城河流入玄武湖，秦淮河通过三岔河河闸注入长江，板荡河为杨吴城壕一部分，乌龙潭位于南部。鼓楼区属亚热带湿润气候，四季变化明显，冬夏季长，春秋季短，年均气温15.4℃，