太后哭诉，请求太后重新训政。不过当时军机大臣的任免，还是需由慈禧太后批准，因此有部份的军机大臣在变法中遭到革除，多少也是慈禧太后的默许。6月16日，慈禧太后命咸丰帝老臣刑部尚书崇礼代理步军统领。6月25日，慈禧太后再命怀塔布管理圆明园官兵，刚毅管理健锐营。怀塔布跟刚毅重回军机大臣的原因，在于光绪帝变革过于急躁，官员革除不少，慈禧担心影响国家官员任免问题，因此慈禧太后对光绪帝批准的免职官员，有部份是不同意。
发生磨擦.9月1日，礼部主事王照疏请光绪帝游历日本等国，以考察各国情况。