战立有战功，就此担任家康长子松平信康元服补佐工作。天正7年（1579）织田信长要求信康自杀后选择蛰居。后来得到家康允许，以直臣身份复职。天正10年（1582）织田信长横死于本能寺之变，家康于隔年（1583）平定甲斐，命亲吉着手建造甲府城且对于郡代的武田氏遗臣进行慰抚。亲吉同时尽力于领内经营。天正18年（1590）小田原征伐战功显赫，跟从家康移封关东地区，被给予厩桥3万3000石。在关原之战中，平岩亲吉逗留在上野国廐桥，监视关东地区以及防止上杉景胜南下。庆长6年（1601）再度返回甲斐，给予甲府6万3