第十一届全国人大第一次会议上，扎克尔当选全国人大民族委员会委员；2009年7月起，还兼任中华全国归国华侨联合会副主席；2011年6月起，任全国人大民族委员会副主任委员、兼全国侨联副主席，并被明确为副部级干部。2013年12月，出任中共新疆维吾尔自治区人大常委会党组书记；次年1月，在自治区第十二届人大第二次会议上，当选自治区人大常委会主任。2014年12月，接替调国务院工作的努尔·白克力，出任中共新疆维吾尔自治区党委副书记、自治区政府代主席。2015年1月起任自治区政府主席。2018年2月24日，当选为第十三