天主教马拉卡勒教区（）是罗马天主教会以南苏丹共和国马拉卡勒为中心的一个教区，属朱巴总教区。教区位于该国东南部的上尼罗省、瓦达省和琼莱省。2004年有77,824名教友，九个堂区、十六名司铎。现任教区主教为。1933年1月10日自喀土穆代牧区分出成为科多克自治传教区，1938年8月4日升为监牧区，1949年7月14日易名。1974年12月12日升格为教区。