会有规律地关心和保护巢址。幼鳄出壳时发出叫声，雌性将巢挖开护送雏鳄进入水中，而有时雄鳄也协助。雌鳄也会用嘴帮助胚鳄破壳而出，并用嘴携带幼鳄进入水中。眼镜凯门鳄于其一生中不同时期均有不同敌人。捕食鳄卵的动物包括有黑点双领蜥、发冠长脚鹰、食蟹狐、浣熊、长鼻浣熊和戴帽猴等。而以雏鳄和幼鳄为食的则有鲶鱼等食肉性鱼类、龟、鳄鱼、夜鹭、鹳、鹰、虎猫以及家猪等。美洲豹及森蚺就会捕食成年鳄鱼。
种群动态.眼镜凯门鳄分佈广且数量多，是提供国际鳄皮贸易的最主要种类。于原生地以外地方，牠们是极具威胁