押送至北京，由清朝太医院安置居住，日时馈宴，朱由崧酣饮极乐。清顺治三年（1646年）四月九日，有人向清摄政王多尔衮告发，称居住北京的前明衡王、荆王欲谋反。同年五月甲子，弘光帝与秦王朱存极、晋王朱审烜、潞王朱常淓、荆王朱慈煃、徳王朱由栎、衡王朱由棷等十七人被斩首于菜市口（一说弘光帝以弓弦绞死）。
陵墓.朱由崧王妃黄氏之弟黄调鼎购得棺木，与黄妃合葬于河南孟津县东山头村。
追谥.弘光帝凶讯南传后，监国鲁王朱以海上谥号为赧皇帝，不久又上庙谥为质