它也能用于两岁以上儿童的肾脏、肝脏、心脏、与肺脏移植的排斥反应，它也会跟其他药物用于治疗腹膜后纤维化。除了作为器官移植受赠者降低急性排斥反应发生率的免疫抑制剂外，霉酚酸酯也用于治疗自体免疫性疾病和类似于免疫介导疾病的类固醇治疗的案例也愈来愈多，如贝赛特氏症、寻常型天疱疮、顽固性不全系统性红斑狼疮、免疫球蛋白A肾病、小血管炎和银屑病等。随着于治疗狼疮性肾炎的应用上不断增加的趋势，这跟环磷酰胺的推注疗法相比，病人的反应较佳，霉酚酸的治疗显示出更频繁的完全缓解和更少出现频繁的併发症，例如较少出现骨髓抑制、