特定残基被修饰，如磷酸化、糖基化等）。例如，截至2014年，在人类蛋白质组中共发现92179种蛋白质，其中71173个是剪接变体。另一方面，并不是所有的基因最终都会生成蛋白质，许多已知的基因编码的最终产物是RNA。此外，完整的蛋白质组大小取决于生物所处的界。 例如，2016年发布的一项研究显示，真核生物，细菌，古菌，和病毒平均在其基因组中分别编码有15145、3200、2358和42种蛋白质。血浆蛋白质组数据库（Plasma Proteome database）包含有关10,500种血浆蛋白质的信息。