12世纪后，出现名为「山科荘」的荘园，并由藤原北家分支出负责管理。15世纪末，僧侣莲如在此建立山科本愿寺，其周围建立了土垒等防御工事，形成了，此后在16世纪初的之中烧毁，此后本愿寺的势力才转移到大坂建立石山本愿寺。14世纪后，宇治的茶叶开始盛行，宇治茶的名声为当地带动了发展，但在16世纪末丰臣秀吉兴建伏见城时，同时进行的太合堤造成宇治川的水道改变，使得伏见成为水运物流的中心，此后宇治便失去的水运交通的优势。在江户时代为皇室或皇室相关门迹的领地，1868年幕府结束新政府成立后，隶属新成立的京都裁判所