员针对此事提出质询，行政院长吴敦义承诺台湾史和中国史的比重不会改变，台湾史维持独立成册，不会改变。9月18日，中国统一联盟等民间社团，在教育部外发起游行，主张将历史教科书中分离主义（台湾独立运动）的内容删除，以中华民族观点重新编写。2012年2月，蒋伟宁接任教育部长。专案小组公布审订过后的课纲，预计在2013年（民国101年）年施行，即101课纲。其内容大致保持98课纲的内容，除第四部份中华民国统治时期改动外，其余部份改动不大。进入出版社编写教科书、送审的阶段。
104课纲.1