270年，八思巴为忽必烈灌顶，而忽必烈为酬答八思巴造字之功，封八思巴为大宝法王，其封号由国师升为帝师，并通过八思巴的举荐，任命总管西藏事务的行政长官和13个万户府的万户长。1271年，忽必烈改国号为大元，建立元朝，而忽必烈即为元世祖，又于1279年灭南宋。此时原蒙古帝国已分裂为元朝和四大汗国，各自为政，大蒙古国不复存在。而这时西藏则为元朝所设立的宣政院所管辖。一方面，在元世祖及其后的元朝皇帝的大力支持，宣政院的职权一直由萨迦派所掌握，负责统治整个西藏地区，直至元末。另一方面，元政府在文化和其他层面也受到