2年3月，任广西第二军统领，驻扎龙州，兼边防对汛督办。1916年，任广西护国讨袁军第一支队司令。1917年，任护国军粤桂联军第二军司令，率部开入湖南，1918年退回广西。1921年，被旧桂系余部推举为广西自治军总司令，驻扎南宁。1922年11月9日，获将军府俊威将军。1923年3月，大总统黎元洪任命林俊廷兼任广西省省长，同年7月去职。1923年底，孙中山任命林俊廷为广东八属军务督办。1925年3月，林俊廷联合龙云攻入南宁，林俊廷宣布再度出任广西省省长。同年7月，李宗仁、黄绍竑再度攻打南宁，林俊廷乃逃离广