义勇队遭国民政府强制解散，李友邦担任三民主义青年团台湾分团主任。民国三十六年（1947年）二二八事件爆发后，李友邦被台湾省行政长官陈仪以通匪与幕后鼓动暴动罪名逮捕，并解送南京监禁3个月，经过其夫人严秀峰至南京向蒋经国说明原委，李友邦才被释放，返台在基隆港码头受到热烈欢迎。李友邦回台湾之后，担任中国国民党台湾省党部副主任委员兼中国国民党改造委员会委员。民国三十八年（1949年），台湾省保安司令部根据「省工委匪谍案」逮捕朱谌之（化名「朱枫」）。由于朱谌之从吴石及蔡孝干等处取得重要机密文件及胶卷后并未直接