要的联外铁路交通方式，每日往返运行26班次。现在JR九州正在兴建武雄温泉车站至长崎车站之间的长崎新干线（武雄温泉车站至新鸟栖车站区间曾拟用轨距可变列车行驶，但目前已放弃，仅余建设新线或採用迷你新干线方案），竣工之后将大幅改善长崎和博多之间的铁路交通。长崎电气轨道经营长崎市内的路面电车系统，共有四条路线，是长崎市内重要的公共交通手段。长崎自动车道连接长崎市和佐贺县鸟栖市，是长崎市内唯一的一条高速公路。由于长崎市的路网是集中在市中心的一极集中型，加上道路狭窄，因此交通堵塞严重。现在长崎市正在兴建放射环状道路