瓦解、同盟藩一一向皇军屈服投降，遂率领新选组残部和桑名藩士乘上大江号、与榎本武扬于10月12日自仙台折滨（现宫城县石卷市折滨）出航、前往虾夷地（北海道）。
箱馆战争.10月20日、于虾夷地鹫之木上陆后、土方被任为兼道军总督攻向五稜郭城。箱馆（今函馆市）・五稜郭占领后、土方率领额兵队直扑松前城（福山城），未几应声陷落。同时、榎本武扬率领海军掩护、但开阳号军舰却在江差沖遇上暴风雨而触礁沈没。12月15日榎本为招待各国领事返回五稜郭，并举办亚洲第一次记名选举。开票结果，由通晓国际公法的榎