如果张献忠已将四川人几乎杀光，那为何清军需要花费十多年时间去平定四川，又质疑为何千里已无人烟的四川能够抵抗清军十多年，甚至有人认为是清军将屠川责任栽赃给张献忠。对此有学者作出解释，指出张献忠死后四川一带形成了清军跟明军对峙的局面，清军的势力于四川北部保宁一带，而南明军队保有着四川境内大部分州县。四川的广大地区尤其是人口集中的川西平原，已如千里荒漠无人区，以致川南的南明军队和川北的清军两军相互对战时需要至少准备半个月的粮食，粮食问题难以解决，导致明清两方都难以推进，这就是清军花了13年才佔领整个四川的最主