940年（昭和15年）后殿遭回禄之灾，迄今未重建。 1985年，因辟建停车场而挖出一批长期埋在地下的清水巖后殿石材。 1997年，开始按修复计划分期整建，至今已完成三川殿、正殿之整建。
特色.艋舺清水巖座东朝西，占地约2,000坪，建地约500坪，原有三殿完整格局，后殿因火灾倒燬，右护龙约有十分之三面积也因长沙街拓宽于1971年拆毁，现存为面阔七开间两进两廊两护龙「七包三」形式的建筑，两殿间以左右廊相连中庭，两侧护龙则以过水廊连接正殿。
重要文化财.三川殿