改为直辖领地，并设置箱馆奉行。为了加强港口的防卫和外交，还搬迁了奉行所。1859年，在安政条约签订之后，幕府在沙洲的中央开凿了南北方向的水渠，使得用于搬运物资的小船得以通航。同年7月1日，箱馆正式对各国开港。在开始和外国进行贸易之后，箱馆主要的贸易品是对英国和美国出口鱿鱼丝和海带等产品，但箱馆的贸易额要远低于横滨港及长崎港。
近代.在明治维新之后，箱馆于1869年被划入开拓使管辖，改名为函馆港。自1879年开始，进行了港湾整备的调査。根据担当的内务省技师罗文霍斯特·穆尔德尔（"An