由时任医院骑士团于1776年创立，当时馆藏路易·盖因·德·唐森（）骑士所原有的书籍。图书馆自1925年起开展法定送存工作，并与马耳他大学共同拥有最大规模的马尔他相关馆藏。图书馆也藏有医院骑士团、姆迪纳大学和法勒他大学的档案。图书馆位于法勒他市中心近大教长宫的一座18世纪末新古典主义建筑内，该建筑由波兰裔意大利建筑师设计，现为马尔他第一级国定古蹟，并被列入内。图书馆在戈佐岛亦设有分馆。
历史.马尔他国家图书馆的历史可追溯至1555年。其时，时任大教长下令将所有属于医院骑士团的书籍