铁公司不服，向环评上诉委员会上诉，但最终被驳回。最后九铁公司採纳科大教授方案，改以地底隧道（隧道钻挖机，辅以冻土技术）形式穿过塱原湿地。虽然此方案有兴建成本上升、回报率下降及完工日期押后等等缺点，却仍获大多数人所接受及支持，认为是平衡生态与基建需要的可持续发展方案。
古洞站.虽然支线沿途暂时不设车站，不过当列车驶过塱原湿地后，已有预留的地底车站－古洞站。此站的建设，是因应香港特区政府于2003年公佈的研究，指出古洞北及粉岭北共689公顷的土地适合作新发展区。由于古洞很有可能成为新市