自北向南依次是焉耆、库尔勒、塔里木、且若四个垦区，分布在焉耆盆地内和塔克拉玛干沙漠边缘。第二师下辖14个农牧团场、1家上市公司（冠农股份）、1个省级工业园、20个科教文卫事业单位、200多家中小企业。
垦区团场.第二师现辖1个县级市、14个团、9个镇（实行“团镇合一”管理体制）。