为特定的三级结构的因素称为折叠密码（）。肽链被翻译出来后，多条肽链能自行折叠成蛋白质。但其可能因为环境因素导致折叠错误，需要分子伴侣正确折叠。因此折叠密码并不是决定蛋白质折叠的唯一因素。
蛋白质折叠的预测.折叠密码需根据蛋白质一级结构（下文称“对象”）预测出三级结构来确定。以下为预测的两种方法。
"假设法".此法在假设折叠后蛋白质的分子构象为热力学最稳定，能量最低状态的基础下，使用分子力学的能量极小化方法，预测对象折叠后的结构。
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