继任后，教团内部发生继承纷争，1602年前继承人教如得到大名德川家康支持脱离教团，在本寺东侧另创真宗本庙，通称为「东本愿寺」，形成东西对立局面。当地人因此习惯将龙谷本愿寺称为「西寺」（），久之通称为西本愿寺。本愿寺派在日本时代曾到台湾布教，并曾在台北万华建立西本愿寺。现任住持为本愿寺派第25任门主大谷光淳（法号専如）。境内残留许多以桃山文化为代表的建筑和庭园，在1994年（平成6年）指定为国家史蹟，同年12月以「古都京都的文化财」登录为联合国教育、科学及文化组织的文化遗产。2018年9月强烈台风