大约60种鸟类。此外，在该岛及其周边，还发现了25000多只纳斯卡海鹅、17种珊瑚、约400种色彩斑斓的热带鱼和棘皮、软体、甲壳、节肢、环节等动物。
保护.1986年，哥伦比亚政府批准设立马尔佩洛动植物保护区，以此保护岛内的生物多样性。同时，哥伦比亚政府在岛屿周边设立禁渔区，哥伦比亚军方在岛上建立了基地，防止有人突破禁渔令。而游客则需要获得一个来自于哥伦比亚生态部的书面许可后，方可进入岛内。2005年，哥伦比亚政府扩大了禁渔区的范围。联合国教科文组织在2006年将保护区列入世界