属于伊势国员辨郡，17世纪进入江户时代后，除东北部以外的大部分区域成为的领地，而东北部则属于。19世纪末明治维新实施废藩置县后，这些区域后改隶属桑名县和忍县；1872年的第一次府县整併后，全数区域被整併至安浓津县，不过仅安浓津县在三个多月后被更名为三重县。1889年日本实施町村制，现在的东员町辖区在当时分属、、、共四个行政区划，其中大长村、稻部村、神田村在1954年合併为东员村，久米村则在1955年废除，其西部的中上地区被併入东员村；1967年东员村升格改制为为东员町。
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