速铁路开通运营后，原先上海南站开行的D字头列车全部转移至上海虹桥站开行，上海南站不再开行D字头列车。受此影响，原每日客流大致在7万左右的上海南站运能减少34520人次。2012年9月28日城际化改造完成的金山铁路投入运营，上海南站开行前往金山卫站的C字头动车组列车。为应对金山铁路公交化的运营模式，上海南站将专用作金山城际列车的10、11号站台加高以停靠动车组列车；同时设置原西南出口区域为单独的金山铁路旅客乘降区：包括旅客专用进出通道、等候区域和通道并联通10、11站台。
车站结构.