1998年，印度进行核武试验时，两国的关系一度落到低谷。日本宣布对印制裁，暂停双边关系，停止经济援助。三年后制裁解除，两国双边关系再次恢复。2000年8月，日本首相森喜朗访印，并与印度缔结“21世纪日印全球伙伴关系”（，） 。次年12月，印度总理瓦杰帕伊受邀访问日本，双方发表“日印联合宣言”，宣布进行“高级别战略对话”，加强经济、军事和反恐合作 。2005年4月，日本首相小泉访问印度，在与印度首相辛格发表的联合声明《亚洲新时代日印全球伙伴关系的战略方向性》中，两国宣布将进一步加强战略合作与经贸