句丽，破高丽军三万人，拜银青光禄大夫。苏威及左卫大将军宇文述、御史大夫裴蕴、黄门侍郎裴矩等受诏参与官员任免，多受贿赂。杨恭仁正直不阿附裴蕴，于是被排挤出中央，出任河南道黜陟大使，讨捕农民起义。他在谯郡（今安徽亳州）被朱粲打败，奔还江都。618年春，宇文化及杀害隋炀帝，立他的侄子秦王杨浩为帝。宇文化及杀害了大批的隋朝高官和宗室，但是没杀杨恭仁，反而任命他为吏部尚书。宇文化及率骁果军北返，败于李密，宇文化及派杨恭仁守魏县（今河北邯郸）。当时元宝藏据有魏郡，619年，唐朝大臣魏征劝说元宝藏，捉住杨恭仁送于京师