马元兴的弟弟。司马仲明先后出任侍御史和中书舍人，以谨慎机敏而出名，稍稍升任卫尉少卿，仍兼任中书舍人，又外调为征虏将军、凉州刺史，因为贪残被御史弹劾定罪，得到赦免，多年没有被授予官职。司马仲明后娶灵太后的堂姐为继室，被任命为武卫将军、征虏将军，又转任光禄大夫，仍然为武卫将军，又升任大司农卿，加号安东将军、散骑常侍，外调为安北将军、恒州刺史，仍然为散骑常侍。正光五年（524年），司马仲明去世。