CR反应同时进行时会导致问题：引物设计更加困难，错误的杂交频率也会提高。
应用：全基因组甲基化检测（WGBS）.亚硫酸盐测序正在取代限制性标记基因组扫描，成为检测全基因组甲基化情况的主流技术。人类的表观基因组正在逐步完善中。表观基因组的信息对于基因序列的应用和调控功能的理解十分重要。表观基因组的稳定性比基因组低，因此对它的了解也更困难。一个个体的表观基因组和年龄、组织相关，被环境所调控，在疾病发生时会出现异常。对于表观基因组的研究可以对正常表观遗传和疾病相关的改变做出深入了解。