管理学、人文学、环境学、自然科学、电脑科学、工程学领域见长，为全国学门规模最大的五所综合大学之一，提供自由跨领域修课制度。其主校区为寿丰校区，坐落于花东纵谷北端，设有理工、管理、艺术、环境、花师教育、原住民民族、人文社会科学学院；海洋科学院坐落于垦丁国家公园，由国立东华大学与国立海洋生物博物馆合作成立，具八大学院、39个学士班、57个硕士班、16个博士班、多个校属研究中心，亦是TUE、PPUL、EUTW、GAZE成员大学。2019年，为台湾唯一入围《泰晤士亚洲最佳领导管理团队》之卓越大学。2020年