皇即位后第十年（1392年），南北朝宣告统一，南朝的后龟山天皇以两统迭立为条件，交出三神器并且退位。后龟山天皇退隐到了京都的大觉寺，被尊为「太上天皇」。根据当时的协定，后小松天皇的继承者必须是后龟山天皇的儿子，而且以后的继位者应该以南（大觉寺统）、北（持明院统）两统轮流的方式来排定。不过后来朝廷却遵照足利义满的意向，违反了这个约定，在1412年让后小松天皇传位给自己的儿子实仁亲王，以致于后来大觉寺统方面的人士强烈不满。此后的很长一段时期里，大觉寺统的皇族后代，尤其是小仓宫一族，试图夺回皇位，是为后南朝运动。