首尼孔还积极参与政治活动，说服沙皇介入三十年战争借机夺取瑞典控制通往波罗的海的港口，1648年签订西发里亚和约瑞典取得了波罗的海的控制权，战争的失败引起许多贵族政治上的责难。1658年起，沙皇冷淡对待被称之为“知音”的牧首尼孔，对在宗教改革的过程中让俄罗斯正教会凌驾于沙皇之上的意图表达不满。这是意志对决的考验，1658年8月在宗教会议上牧首尼孔辞去了他莫斯科和全俄罗斯牧首职位，并避居到，也许，希望以自己的重要性和主体性能引起人们的慰留。此后两年，沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇和尼孔依旧疏远和这个冲突悬而未解