回到德国后，柯尼斯堡号重新开始了它的火炮训练任务，同时也作为雷达样机的试验台。它本计划转配至U艇学校，在那里将被用作U艇船员的。但这项任务因1939年9月爆发的第二次世界大战而中断。在德国入侵波兰的前一天，柯尼斯堡号于8月31日在波罗的海发现了波兰驱逐舰和。在敌对行动开始时，它和其它几艘德国巡洋舰在北海布设了一个防御雷区。然后它驶入波罗的海展开训练演习。于1939年6月至9月担任该舰的舰长。同年末，舰只在船体上安装了一副用于抵御磁性水雷的消磁线圈。柯尼斯堡号于1940年3月重返现役，当时它被分配至攻击挪