科学方法的许多特点是由古希腊、埃及、印度和苏美尔文明开创的。后来在中世纪时期，许多来自这些文明科学知识由天主教会负责保管，从而使科学研究的方法在文艺复兴到启蒙时期的欧洲得到发展。伊斯兰教也对数学、天文学等方面做出了巨大贡献。历史上许多最着名的科学家，如帕斯卡、哥白尼和现代遗传学的创始人孟德尔是虔诚的基督徒。大爆炸理论最初是由一位名叫乔治·勒梅特的神父提出的。印度教历史上拥抱理性与经验主义，认为科学是合理的，但对世界的了解不全面。儒家在不同时期对于科学持不同观点。今天大多数佛教徒认为科学与他们的信仰可以互相补