月十七日由长崎出发，二十二日在台湾南部的恒春附近登陆。虽然受到瘟疫与台湾原住民游击式反击，仍于6月成功地佔领大龟文王国南方领土。西乡等佔领台湾南部期间，日本政府派遣大久保利通为全权大使，由李仙得陪伴前往中国，重覆交涉的结果，于同年十月三十一日缔结「北京专约」，清廷以购买日军所建房舍道路名义付日本五十万两银钱，而日本则答应由台湾撤兵。清廷在条约中称日本出兵台湾是「保民义举」，并且同意支付受害者遗族慰问金十万两白银。其中保民所指为「日本国小田县民」，但日本片面解释为清廷对琉球属日的承认。日本出兵台湾，成