，于胡惟庸案后析大都督府为五，分统诸军司卫所。明朝一共设置十六个都司、五个行都司与两个留守司。其中十三个是与布政使司同名的的都司，其他三个是万全都司、大宁都司和辽东都司。五行都司是陕西（治甘州卫，今张掖）、四川（治建昌卫，今西昌）、湖广（治郧阳卫，今湖北郧县）、福建（治建宁府，今建瓯市）、山西（治大同府）。两留守司是洪武年间设置的中都留守司（今凤阳）和嘉靖年间置于承天府（今湖北钟祥）的兴都留守司。属羁縻性质的都司中，最有名的有统辖黑龙江和松花江流域、库页岛的北半部的奴儿干都司，在政教合一的青藏地区设置有乌斯