图巴塔哈群礁内栖息，有许多种类已被确定为濒危生物。已发现的动物包括了蝠鲼，狮子鱼，海龟，小丑鱼，和鲨鱼等等。珊瑚覆盖了整个区域的三分之二，许多海洋生物生活在环绕岛礁的水域中。这里有350多种珊瑚与500多种鱼类，丰富多样的生态环境可以媲美澳大利亚的大堡礁。2009年6月，图巴塔哈群礁爆发了棘冠海星灾害，有可能影响这种相对原始的珊瑚礁生态功能。除了作为一个海洋生物的避难所，图巴塔哈也是一个着名的鸟类保护区。在南部环礁的一个灯塔小岛上居住着大量海鸟。而在图巴塔哈群礁周围，数以万计的红脚鲣鸟、燕鸥、军舰鸟