朱纨所倚重；当诸将望风而溃的时候，唯独卢镗与汤克宽英勇善战，威名仅次于戚继光、俞大猷。同年，卢镗率军捣毁倭寇在双屿的巢穴，擒许栋等人。翌年，朱纨因受到御史陈九德的弹劾而革职查办。朱纨自杀，卢镗、柯乔也被当作朱纨的党羽而受打压，关押入狱，定了死罪。嘉靖三十一年（1552年），因倭寇猖獗，嘉靖帝派遣佥都御史王忬前往东南沿海一带。在王忬的奏请下，嘉靖帝同意赦免卢镗，戴罪立功。嘉靖三十三年（1554年），兵部尚书张经总督闽浙军务，任命卢镗为参将。翌年，卢镗和俞大猷在嘉兴之北的王江泾大破倭寇，斩一千余人。同年