斯坦科夫在索非亚中央陆军队预备队正式开始了执教生涯。2000年1月，亚历山大·斯坦科夫从塞浦路斯回到国内，担任母队索非亚中央陆军的助理教练，其中多次以“救火队长”的身份担任主帅。此后，亚历山大·斯坦科夫还曾担任过保加利亚足球甲级联赛黑海队主教练、俄罗斯足球超级联赛苏维埃之翼的助理教练。除此之外，亚历山大·斯坦科夫也曾先后执教过保加利亚国奥队和保加利亚国青队。在以主教练的身份率领索非亚中央陆军队夺取联赛亚军后，亚历山大·斯坦科夫接到大连阿尔滨足球俱乐部的邀请来华执教，并于2011赛季带领大连阿尔滨冲超成功