参加了长征。途中调任中央军委卫生部保健局副局长，之后改任红一军团卫生部卫生主任。到陕北后，任军委后方卫生部部长。
抗日战争时期.抗战爆发后，任中央军委卫生部副部长，后在中共中央党校、抗大和马列学院学习。1938年冬，姬鹏飞调任新四军后方政治处主任兼军医处政治协理员。1940年10月，任新四军苏北第一纵队政治部主任，参与黄桥战役。皖南事变后，出任新四军第1师一旅政治部主任、一师三旅政委兼苏中第四地委书记、第四军分区政委，参加苏中反清乡作战。1945年，出任苏中军区副政委兼政治部主任。