长崎总教区（）是天主教会在日本长崎设置的总教区，也是日本三个总教区之一，管辖范围为长崎县全境。其所属的长崎教省下辖福冈、大分、鹿儿岛和那霸四个教区。现任总主教为自2003年12月14日起接任的，辅理主教为。长崎是日本天主教早期的发展中心，丰臣政权与江户时代禁教时仍然有信徒秘密保持信仰，被后世称为「隐匿的基督徒」；至1865年再度为外界所知，史称「」。时至今日，长崎一带有4%的人口为天主教徒，是日本天主教徒比例最高的地方，信徒人口数则仅次于东京总教区。
历史.1846年，圣座为了