《历史剧场：痛苦执政八年》发表会中批评，从陈水扁新书《台湾的十字架》可以看出，陈水扁没有朋友、没有智慧、没有核心价值、没有希望，而且书名取错了，「十字架不是他自己要的；他是送给我们，然后把他的朋友一个个钉在上面。」陈芳明说，任何人做错事、滥用权力、收受政治献金，只要讲独立建国，就得到民意、就被原谅，这才是对台独最大的伤害；「这种思维若在民进党内继续存在，会创造更多阿扁出来。」2010年8月29日，陈芳明说，民进党十年政纲强调「战后大陆移民不应再被视为外来他者」，语意彰显台湾闽南人「闽南意识的自我独尊」，