政府为提高天皇的威信，改变了宫廷的制度。先是选出皇后，解散宫女。其次为了摆脱旧势力干政的现象，大久保利通提出迁都大坂的构想，但消息传出后遭到京都民众激烈反对，因此仅安排大坂行幸。之后接受大木乔任和江藤新平建议，决定迁都到原幕府所在地江户。于是1869年明治天皇行幸江户，隔年正式迁都，改江户为东京。1868年4月7日，天皇公布《五榜禁令》，改革身份制度，废除四民制度，将过去的公家、大名等贵族改称为“华族”，武士改为“士族”；为减轻因“版籍奉还”而连带的财政负担，逐步废除封建俸禄；此外，颁佈了武士「废刀令」