10月，卫防御日军进攻湘西，再次设立第六战区，陈诚为司令长官。敌后战场建制游击总指挥、挺进军。第一次长沙会战后，商震代任司令长官。1940年4月併入第九战区。06月，宜昌失陷。07月1日，第三次设立第六战区，辖区为：鄂西、鄂中、鄂南、湘北及湘西、川东、黔东，陈诚为司令长官。1943年2月，陈诚转任远征军司令，孙连仲代任第六战区司令长官。
1945年.1945年9月由恩施移驻武汉。1945年9月13日订定之受降计划。9月18日在汉口接受日本第六方面军投降。第六战区兵