王敦之乱爆发，大将军王敦举兵攻陷建康，执掌朝政，又表荀崧为尚书左仆射。同年晋元帝因王敦之乱忧愤而死，群臣商议元帝庙号，但王敦则认为现在国家未统一，当日后再议。然而荀崧则不认同，更建议上庙号为「中宗」。太宁元年（323年）加散骑常侍，后又领太子太傅。王敦之乱被平定后又任金紫光禄大夫、录尚书事，封平乐伯。后更迁右光禄大夫、开府仪同三司，录尚书事。后来又加领祕书监，给亲兵一百二十人，颇见亲待。咸和三年（328年），历阳内史苏峻率叛军攻陷建康，荀崧与王导等人在叛军入宫时共同守衞晋成帝。不久苏峻强迁成帝到石头