之后历经整修，后来在第二次世界大战时，因昭和20年（1945年）3月1日台南大空袭，州厅遭美军以烧夷弹击中导致严重受损，原法国马萨式屋顶、卫塔屋顶、及木构造部分接近全毁，仅余外墙矗立荒废约4年。
空军供应部时期.二次大战后，中华民国空军供应司令部（后更名为空军后勤司令部）由上海迁至台南，第三办公处于民国38年（1949年）进驻稍加整修后的州厅，当时仅修复为桁架斜屋顶，大厅柱子亦只作简单收头。民国57年（1968年）经台南市议会决议后，台南市政府函请空军供应司令部迁让该机构所使用的台