公司及九铁公司就拟议合併一事开始进行商讨。政府希望两铁合併可採用一个更客观及透明度更高的票价调整机制、取消转乘车费及尽早解决目前正在规划中的铁路项目转车安排。当时预计在同年8月完成有关商议，但因出现问题而拖延。2006年3月10日，九铁公司发生了人事变动事件。虽然起因源于公司内部事项，但由于被公众认为是管理层失误，也暴露出香港特区政府监管不力，于是两铁合併变成事在必行，而且必须加速进行。然而，田北辰于2018年于媒体谈及沙中线事件时表示，两铁合併因由并非单因该次人事事件所致，而是因为九铁投得沙中线经