运江河日下，无力再发动大规模战争。此后的一个世纪内，条顿骑士团国饱受内乱、强邻波兰-立陶宛扩张、甚至新教思潮的影响，传至末代团长阿尔布雷希特·霍亨索伦时，骑士团已无足够军力维持团国内的军事统治。于是于1525年，阿尔布雷希特毅然将条顿骑士团国世俗化、改宗新教路德宗、并向强邻波兰立陶宛联邦俯首称臣，是为普鲁士公国。1618年，普鲁士大公阿尔伯-腓特烈逝世，其两子均早夭，而爵位亦不可由女性继承，故此传位于长女婿勃兰登堡选帝侯约翰-西吉斯蒙，史称勃兰登堡-普鲁士。此后由于普鲁士大公同时以共主邦联身份拥有勃兰登