消化道从口到肛可分为食道、胃、小肠、大肠。实验大鼠的胃分为前胃和胃体两部分，前胃的作用与食道类似，而胃体能分泌消化食物的胃酸，中间由一个界限嵴隔开。因为胃部具有界限嵴，大鼠不会发生呕吐现象。实验大鼠的肝解剖学上可分为4个叶。唿吸系统方面，实验大鼠气管及支气管腺不发达、肺结构较为特别，左肺由单个肺叶组成，右肺分为4个肺叶。大鼠出生时唿吸系统并不完全成熟，出生后4-7天唿吸系统才会初步成熟，出生后10天细支气管方才出现。循环系统方面，实验大鼠心脏重量大约是体重的1/25，每千克体重对应50-70毫升的血液。实验