钟键在1937年11月赴大后方长沙、昆明。 1937年，为了在动荡局势中自保，北平地质矿产陈列馆将前门和后门对调，即正门从丰盛胡同3号改到兵马司胡同甲58号（今6号），与北平分所的正门兵马司胡同9号（今15号）接近。北平分所因为设有一新生代研究室（与美国下属的协和医院合办），所以日军一度未敢骚扰。该时期，北平分所由新生代研究室负责人裴文中代管。珍珠港事件发生后，日本和美国宣战，北平分所遂不能幸免。稍后，汪精卫政权下的华北综合研究所在北平分所内设立“华北地质研究所”，还多次邀请章鸿钊担任所长，均遭章鸿