毁坏或夷平，秦淮文化再次衰落。日军占领南京期间，秦淮分属第一、二区。中华人民共和国建立后，在原民国区划基础上成立南京市第三区，1955年时命名为秦淮区。1966年，文化大革命爆发，以革命城市遵义为名改为遵义区。1973年恢复秦淮区区名。1974年，因批林批孔运动的兴起，秦淮区内的大量儒学文化建筑被破坏。20世纪80年代起，南京市逐步开始保护和重建秦淮地区的历史文化建筑，并将夫子庙地区开发为历史文化旅游景区。1995年，原雨花台区红花镇和南京大校场机场军事用地被列入秦淮区区属范围内。2001年，红花镇被改为秦