棘冠海星幼虫大量繁殖。人类过度捕捞棘冠海星的天敌——大法螺，也是棘冠海星数量暴增的原因之一。 根据CRC珊瑚礁研究中心的定义，如果每公顷范围内的成年海星超过30只，即为“海星爆发”。
海运.运输事故也是一个紧迫的问题，因为有几条商业航运路线都经过大堡礁。大堡礁海洋公园管理局（Great Barrier Reef Marine Park Authority，GBRMPA）估计大约6000艘长度在50米（164英尺）以上的大船会经过大堡礁这条路线。从1985年到2001年，有11起船只