为筑前、丰前守护，任命毛利隆元为安艺守护，同时批准三好长庆、义兴父子使用桐纹作为家纹。此外将自己的偏讳「辉」字授予了战国大名毛利辉元、伊达辉宗、上杉辉虎（即谦信），以及足利氏一门的足利辉氏等人（此前名叫「义藤」的时候曾将「藤」字授予细川藤孝、足利藤氏和筒井藤胜），将足利将军家的通字「义」字授予了岛津义久、武田义信等人。《穴太记》对足利义辉的政治手腕给予了很高的评价，许多大名先后承认了将军的权威，织田信长、上杉谦信等人先后上洛拜见将军，大友宗麟也向将军献上铁炮。永禄年间，甲斐国的武田信玄（即武田晴信）