时代后，足利尊氏拥立持明院统的光明天皇，而后醍醐天皇作为大觉寺统的代表则逃往大和国的吉野(今奈良县)。北朝的持明院统在京都受到足利氏的严密控制，南朝大觉寺统则持有象征天皇的三神器--八咫镜、八尺琼勾玉和草薙剑，双方形成南北对峙的局面。之后到了北朝后小松天皇时，南朝后龟山天皇退位且交出三神器，使南北朝复归统一，按照原本两统迭立的原则，继任者必须是后龟山天皇的子孙，但后小松天皇违反约定，由自己的儿子实仁亲王即位为称光天皇，并宣布两统迭立的情况结束。