特地由新加坡改到马六甲召开会议，好让他能够在出生地宣誓就职。第二次世界大战在1939年爆发后，邱善佑多次捐助殖民地政府以支持英国在欧洲的战事，其中包括在1939年9月二战爆发后不久捐出5,000马来亚元，以及在1940年7月再捐出1,000英镑。随着远东和东南亚局势日益严峻，他进一步获政府委任为平粜局局长，到1941年5月还获政府根据《防卫（补偿）规例》委任为补偿委员会委员，参与审理在槟城地区因防务工作而引起的赔偿个案。不过，当太平洋战争和马来亚战役在1941年12月相继爆发后，当地局势因日军入侵而急转