81年9月至1983年7月，在中国人民解放军政治学院学习。1986年8月，任空军乌鲁木齐指挥所纪律检查委员会副军职专职副书记。1990年6月，任空军乌鲁木齐指挥所政治部主任。1993年1月，任空9军军政治委员。其间，1993年8月至1996年2月，在中共中央党校领导干部专业函授班学习，获得中央党校大学学历。1996年7月，任兰州军区空军副政治委员兼纪委书记。1997年3月，邓昌友任空军政治部副主任。1997年11月，任空军政治部主任、空军党委常委。2002年5月起，担任空军政治委员、空军党委副书记。