洲联盟委员会于2003年7月提出了立法草案； 到2004年春季，已通过（EC）851/2004法规，该中心于2005年5月投入运营。 中心任务开始后不久就证实了其使命的相关性，当时H5N1禽流感到达欧盟附近地区导致人们担心该疾病可能会适应或变异为人类流行性感冒的瘟疫毒株。
组织结构.
单元部门.ECDC当前在基于五个单元部门的矩阵结构上运行：首席科学家办公室单元部门负责监督七个疾病项目，微生物协调科和科学咨询协调科。
项目.疾病