国各省均已出现性传播病例，但云南的疫情仍为疫情扩大的主体；1995年报告病例为之前十年的总和，全国范围的疫情被认为存在低估，2000年代媒体报道显示当年河南省等地存在瞒报疫情的情况。到1999年底，中国大陆地区官方估计有爱滋病感染者50万人，英国《卫报》提供的内部估计高达400万人。吸毒者和卖血者均多为农村人口，对HIV知之甚少，对自身病情了解甚少，疫情的规模可能被低估。
云南疫情.1989到1994年期间，云南边境地带共报告中国大陆超八成的感染病例，其中超过90%为少数民