锟贿选而逃往上海。1924年（民国13年），福建私立法政学院改组为福建大学（现福建师范大学），他就任校长。他发表了《敬告日本人》公开信，批判日本的对华政策。翌年，他被段祺瑞的执政政府任命为国宪起草委员会委员。同年11月，奉系将领郭松龄针对奉系领导人张作霖发动兵变。当时林长民被郭松龄聘任为秘书长，林长民接受了任命，跟随郭松龄。后来，郭松龄遭到张作霖的反击而兵败。12月24日，林长民在奉天省新民县（今新民市）小苏家屯的混战中遭流弹击中而身亡。享年50岁。