和卫生部部长张文康因防疫不力、瞒报疫情而被免职。在海南工作仅五个月的王岐山，出任中共北京市委副书记、副市长、代市长；并在2004年2月召开的北京市第十二届人民代表大会第二次会议上，正式当选为北京市人民政府市长。
进入中央.2007年10月，在中共第十七届一中全会上，王岐山当选为中共中央政治局委员，从而进入中央核心领导集团。同年11月29日，中共中央宣布，王岐山不再兼任中共北京市委副书记、北京市市长职务。在2008年3月举行的第十一届全国人大第一次会议上，王岐山被任命为国务院副总