对商人的压制引致大坂等地富商势力的抵制；《人返令》等法令又对手工业、人口流动及工资物价的限制，既赶绝农民出城的生计，又加深各阶层生活的困境，造成广泛的不满。此外，鑑于推行《上知令》令京坂及江户一带的大名及武士失去领地，更引起这群最支持幕府统治的谱代大名及旗本武士对幕府的强烈反感。除了武士及农民对改革不满，改革的一些措施如节约政策也干扰着大奥的运作，引起将军府后宫的不满。特别当时掌管大奥的御年寄姉小路和下任将军生母本寿院的顽强抵抗。于是改革在加深幕府的统治危机及主持人倒台下，水野忠邦被罢免，改革亦宣告失败