位大弟子直贡巴、达隆唐巴开始修建祖拉康大殿。南宋嘉定元年（1208年），出身于当地郎氏家族的僧人扎巴迥乃（grags-pavbyung-gnas，1175-1255）出任该寺寺主，自此该寺寺主一职专由郎氏家族的兄弟叔侄世袭。元朝分封乌思藏各地方势力为万户，帕木竹为十三万户之一。万户长一职依例由丹萨替寺的寺主兴荐。1320年代，扎巴迥乃的侄曾孙绛曲坚赞出任帕竹万户长，集家族及政教权力于一体，并使用武力兼并了前藏的大部分地区，同控制后藏的萨迦派抗衡，建立了帕竹第司政权。元朝至正十一年（1351年），绛曲坚赞