、新野各城，引兵南下，与秦丰战于黄邮水上，大破敌军。吴汉御众不严，汉兵所过之处多有暴行，当时破虏将军邓奉受命归乡，见到吴汉掠夺家乡新野，怒而反叛，击破汉军，获取其辎重，屯聚淯阳，与董䜣等人联合。直到第二年夏天，汉军才得以击破叛军。此后，吴汉又与偏将军冯异击破昌城五楼贼张文等，接着又在新安攻打铜马、五幡，都取得了胜利。建武三年（公元27年），闰正月甲辰，吴汉跟随刘秀前往宜阳讨伐赤眉残部。同月丙午，赤眉残部奉上高皇帝玺绶，向刘秀投降。二月，吴汉率领建威大将军耿弇、虎牙大将军盖延，在轵西击败并降伏青犊军。