车性能与质量，铁道部质检中心并对该型机车及主要部件进行了部级鉴定试验。1997年1月至5月期间，对永济电机厂制造的牵引发电机和牵引电动机进行了性能鉴定试验。1997年6月至8月期间，在大连机车车辆厂内对16V240ZJD型柴油机进行了部级鉴定试验，包括UIC100小时性能试验和ORE 360小时耐久性试验。2000年，铁道部选定了配属济南铁路局济南机务段的东风4D型0336号机车作为运用考核机车，该机车于1998年12月投入使用，至2000年3月完成了30万公里运用考核，期间并没有因机车质量问题造成机破和