隶属北京东正教总会管辖。1906年，新疆东正教教会在乌鲁木齐（时称迪化）兴建一座教堂，称迪化市圣尼古拉教堂（乌鲁木齐东正教堂；St Nicholas Church of Urumqi），主堂面积达到110平方米，辅助用房面积达到600余平方米。中华人民共和国成立后，1949年10月2日同苏联建交。1950年初，苏联在中国新疆维吾尔自治区乌鲁木齐、喀什设总领事馆，在伊宁、塔城、阿勒泰设领事馆。乌鲁木齐总领事馆保护了乌鲁木齐东正教堂、俄罗斯公墓。1950年代，中苏两国均推行“无神论”，东正教在乌鲁木齐的发展