有两层，月台设于P层（地面），而大堂、沙田车站围、商店及所有出入口均位于C层（架空）。
大堂.沙田站收费区大堂设于月台上层，非收费区则位于月台北端之上（巴士总站）及一条横跨大埔公路—沙田段（9号干线）的大型行人天桥上，以连接新城市广场及车站上方连城广场。沙田站设有一个客务中心，位于收费区和非收费区大堂，并以处理非收费区乘客的票务查询、购买头等或过境车票及八达通增值的服务，并设有一个城际客运售票处以供乘客购买城际列车车票。沙田站提供不同类型的商店以供乘客购物。虽然收费区列明不