（866年）在应天门发生了纵火事件「应天门之变」，主谋大纳言伴善男诬指左大臣源信纵火，但最终失败。事后为源信辩护的藤原良房掌控朝政，许多公卿被流放。天德4年（960年）内里首次烧毁，此后不断发生火灾，天皇在平安京内里坊中营造临时住居，称为「里内里」。应和元年（961年）即重建，但在十五年后的贞元元年（978年）再度烧毁，此后火灾频繁。在永保2年（1082年）的一次烧毁后，重建工作甚至花费了19年，至康和2年（1100年）才完成。此期间，1086年即位的堀河天皇，其即位礼在里内里之一的堀河院举行。即使