中统特务侦查得知，欲杀害杨杰、李仲公，但未获蒋介石准许。李仲公受到更严密监视。1942年，李仲公辞去禁烟委员会主任，且未接受黄河水利委员会委员长的任命。内政部特务制造了李仲公“贪污鸦片案”，企图“搞臭”李仲公。1946年1月政治协商会议开幕之际，中国国民党内大多数民主派人士均认为蒋介石必会屈服于民意，通过政治手段解决国共矛盾，成立联合政府。李仲公则因对蒋介石了解极深，故认为“蒋对中共决无诚意，决不会放弃武力统一的政策，告戒大家看错了须防上当，要倒蒋只有靠中共武力革命。”李仲公多次在秘密举行的民主座谈会上