是生态系中的主要分解者，且在生态系的物质循环扮演重要角色。分子系统发生学显示真菌在演化上是一个单系群，由一个共祖演化而来。黏菌与卵菌（水霉菌）在历史上曾因形态相似而归属真菌界，但分子支序显示它们与真菌的亲缘关系甚远，是趋同演化的结果。研究真菌的学科称为真菌学，通常被视为植物学的一个分支。但分子证据显示，真菌和动物之间的关系要比和植物之间更加亲近，真菌与动物同属后鞭毛生物，两者在演化上的关系也是分类学的研究热点之一。真菌广泛分佈于全世界，但多数真菌体型很小，或存在土壤与水域中，常被人所忽略，某些物种会产生