主线经停站暂定站名为：广州站、广州北站、汽车学院站、狮岭站、银盏站、龙塘站、清远站（非京广高铁清远站）、清远大学城站、清新（飞来湖）站；白云机场支线经停站暂定站名为：汽车学院站、天贵路站、花山站、机场北站。广州北站规划与广州地铁8号线、广州地铁9号线、广佛环线、京广铁路、京广高铁换乘，机场北站规划与广州地铁3号线、穗莞深城际轨道北延段换乘。后来，珠三角城际轨道交通规划有重大变动，其中广清城际铁路的车站在清远的终点站改为城轨清远站，汽车学院站改为石陂站，广州站—广州北站之间增加了棠溪，江高两个车站，原白云