能除真枝藻目以外均非单系群，有待进一步研究。形态分类可参见细菌分类表。是发现年代最早的化石。
分类.虽然传统上蓝绿菌归于藻类，称为蓝绿藻门（Cyanophyte），最新研究早已将它排除，因为其和藻类差异甚大。藻类是有膜状胞器的真核生物成员，蓝菌是缺乏膜包围的胞器（膜状胞器）的原核生物，含有单一环状DNA分子，细胞壁含有肽聚糖，核糖体大小、成分和真核生物不同。蓝绿藻在特化折叠的原生质膜（称为叶绿囊膜）上行光合作用。因此，它们即使拥有类似的生态栖位，彼此仍然差异很大。Section