下层的摩尼教则进一步发展，最终与白莲教、弥勒教等秘密宗教相互结合，产生了元末的农民起义。
明.在元末的农民起义中，宗教异端发挥了极其重要的作用。韩山童等人以红巾裹头，以白莲教、弥勒教为旗帜，自称红巾军。朱元璋曾经加入“小明王”韩林儿的宋国为左副元帅，1364年封吴王，1368年灭元称帝，国号大明，年号洪武。朱元璋以宗教造反起家，深知民间异端的影响。洪武元年，他接受李善长的建议，下诏禁绝民间宗教异端，明教也在禁绝之列。“高帝幸汴，善长复留守，得颛杀生封拜焉。帝还，诏定封建诸王官属国邑