料的清酒麹中分离出该菌体，并将其命名为「'」，其中种名「'」即是来自于稻属的学名「'」。数年后，赫尔曼·阿勒堡感染上痢疾，而在1879年8月28日逝世。1884年，日本邀请的学者将其从散囊菌属（'）移至麴菌属（"），至今都是如此。由于米麴霉和有害的黄麴霉的外观非常相似，所以米麴霉一度被西方的微生物学家将它与黄麴霉一併视为有害的霉菌，并认为是黄曲霉的近缘种，该菌也导致了在食物安全的议题中的一场争论。后来认为米麴霉应该是黄曲霉的驯化类群，只是它的变种。目前认为米麹菌属于黄曲霉一个群的亚群，并保留其种的分类地