二二八事件的劫难。1949年他受教会差派在嘉义布袋镇沿海开拓传道，兼任母校长中教师。1955年至芝加哥McCormick神学院研读硕士学位，后又前往瑞士日内瓦大学普世教会研究所进修，回国后受聘于台南神学院。 1963年受邀担任西德文化部部宾，参与研究德国的社会与教会关系。1966年又受邀担任以色列宗教部部宾。郑儿玉在台南神学院创设了基督教社会互谈会（Christian Academy, 1967），此外又举办信徒事工班、工业社会服务、家庭协谈中心，在高雄市创设生命线等等。此时国民党政权开始压迫长老教