巴与察哈尔部林丹汗失和，率部投奔努尔哈赤，为最早归附清王朝的蒙古部落。而自翁果岱的族兄弟——莽古斯、明安、孔果尔三兄弟一代起，科尔沁部即不断与清皇室联姻，关系密切。努尔哈赤、皇太极、顺治帝的多个妃子，包括孝端文皇后、孝庄文皇后等均出于此部。清末将领僧格林沁、起义军首领嘎达梅林等都是科尔沁蒙古人。满洲人认识藏传佛教也与科尔沁蒙古人有关，而他们也几乎世代与清代满族贵族通婚。崇德元年（1638年），科尔沁部所属六旗，与扎赉特旗、杜尔伯特、郭尔罗斯前后两旗共十旗，会盟于哲里木（哲里木山在今兴安盟科尔沁右翼中