真菌分类系统是关于真菌的科学分类法。19世纪至今，各学者对真菌的分类不尽相同，其中最常用的是安斯沃斯在1971年作出的分类系统。
贝西分类系统.1935年，恩斯特·贝西（）出版了美国第一本真菌学教科书。1950年，又出版了《真菌的形态和分类》一书，其中包含了他所创的“三纲一类”分类系统。
马丁分类系统.乔治·威拉德·马丁（）继承了“三纲一类”的分类系统，并作了细化。
亚历克索普洛斯分类系统.亚历克索普洛斯（）对之前混乱的分类单元