藩主的真田信之不满，信之将与上田藩有关的文件烧毁，导致忠政初期难以掌握领内情况。忠政在小诸藩时代时继承父亲秀久的强权统治，将散落各处的领民重新集合，让浪人务农，努力保持领内稳定，另一方面又废除，改为实行石高制，着手改革领内制度。入主上田后，忠政接替真田氏，全力开发新田以及推进产业发展，同时实行兵农分离政策，将领内分为8组，在各村设置庄屋强化管治。宽永3年（1626年），忠政大幅改修上田城，两年后的4月20日死去，享年51岁，由长子继任家督。