不被外界看好的谢长廷却最终而以些微差距胜选，南台湾县市全面由民进党执政的绿色执政版图情势首次出现。选后，民进党内四大派系进行了中国政策的公开电视辩论，最终「大胆西进」与「强本渐进」两条路线互相妥协，达成了「强本西进」的共识。1999年，为因应2000年总统大选，民进党通过《台湾前途决议文》，承认台湾已是民主的国家，国号是「中华民国」。随后推选陈水扁与吕秀莲参选正副总统。选战过程原本不被外界看好，但因兴票案等影响，使陈水扁与吕秀莲最后以2.5%差距超过得票第2高的宋楚瑜胜选，实现台湾历史上首次政党轮替。