剌子模王国兴起，乌尔根奇成为该国的首都，但是到了阿拉乌丁·摩诃末苏丹时期，因为政治上的因素，而将帝国首都由乌尔根奇迁到河中的撒马尔罕。西元1220年，成吉思汗派遣朮赤与察合台两人进攻乌尔根奇（即玉龙杰赤之役），由于朮赤与察合台两人意见不合，加上守城的康里人抵抗异常顽强，乌尔根奇一直到了隔年才被蒙古人攻破，蒙古人在愤怒之下，对乌尔根奇展开了彻底的破坏。1231年，乌尔根奇在原城池的南方重建，虽然在1272年伊儿汗国入侵时受到毁坏，但是到了14世纪又重新成为花剌子模地区的最大都市。但是随着阿姆河的河道迁