73年闻尚可喜将撤藩归辽东，耿精忠与吴三桂为试探朝廷态度亦具疏请撤，康熙帝允许。吴三桂起兵时，招耿精忠共同起事，于是耿精忠在1674年自称总统兵马大将军，蓄发易冠服，于福州虏杀福建总督范承谟（范文程之子）及幕僚50余人，与吴三桂合兵入江西，并且邀台湾郑经由海道取沿海郡县为声援，一时兵势甚盛。耿精忠叛乱时，康熙命康亲王杰书、将军赖塔分由浙江、衢州讨之。郑经以耿精忠未遵守约定，迳取漳州、泉州二州，纳其降将。耿精忠见大势已去，于1676年降清。1680年郑经败回台湾，耿精忠请入觐，康熙令三法司按治囚禁