总统以609万3587票、80万票之差败给中国国民党寻求连任的马英九及时任阁揆的吴敦义。2016年立委选举中当选第九届不分区立委，之后当选立法院院长，成为中华民国史上首位非中国国民党（民主进步党籍）的立法院院长。2020年5月20日起担任中华民国总统府秘书长，2020年8月2日因姪子苏震清涉及贪污而宣布辞去总统府秘书长一职。总统府于2020年8月3日宣布由李大维担任总统府秘书长。
早年经历.父亲为苏兴旺，从事贩卖猪肉摊贩、母亲陈水荫为传统农家妇女，家中共8位子女，苏嘉全排行