和尤斯图斯·冯·李比希合作。之后，托马斯回到爱丁堡，并在爱丁堡大学和苏格兰皇家高地与农业学会工作。1852年，托马斯在格拉斯哥大学任命为化学钦定教授。 1853年，托马斯在对生物碱的研究中发现了可待因的分子结构。 1868年，他在骨焦油的蒸馏过程中发现了吡啶和与其相关的有机物，如甲基吡啶。 1872年，安德森被皇家学会授予皇家奖章。1874年，他辞去钦定教授的职位，后于奇西克去世。托马斯·安德森不仅在有机化学上有所成就，还在农业化学领域作出贡献。他撰写了超过130篇有关土壤、肥料以及植物疾病的报告。