南时，遭遇袁世凯所派刺客的暗杀，但成功躲过一劫因此学界一般认为，此案极有可能为袁世凯所为，当然也有一些人提出其他观点。1913年3月宋教仁遇刺后，根据警方调查，袁世凯心腹、国务总理赵秉钧是重大的谋杀嫌疑犯，而袁世凯亦涉嫌。袁世凯镇压二次革命后，应桂馨认为时机已到，公然发出「请平反冤狱」的电报，并毫不避嫌地跑到北京，写信给袁世凯要求实践当初「毁宋酬勋」的承诺。袁世凯如果授予他勋位，那就等于承认自己是刺杀宋教仁的主犯，这让袁世凯非常头疼。其后应桂馨在离开北京的火车上被京畿军政执法处的侦探长郝占一和另一侦