22年，进从一位，拜左大臣。1123年，崇德天皇即位，忠通任摄政。1128年，拜太政大臣。忠实偏爱次子赖长，与忠通不合。1150年忠实希望让赖长担任内览，忠通则向鸟羽法皇表示反对，此举令忠实大感愤怒，认为忠通「不孝」，派人至忠通家中，夺取朱器台盘（藤氏长者的信物），授予赖长。其时忠通正欲为嫡子基实举行加冠礼，因氏长者的地位被夺而中止；而后嫡子基实元服礼、次子基房着袴礼，都只有少数公卿与会。在近卫天皇在位期间，赖长（时任内览左大臣氏长者）的权势压过任关白的忠通。1156年，鸟羽法皇去世，爆发保元之乱，