同治承4年冬，美浓源氏举兵。平家以清经的叔父平知盛为主将，清经则和兄长资盛为副将，跟随出征。治承5年（1181年），平家的领袖平清盛去世。同年，平家以清经的叔父平重衡为主将，清经为副将，在墨俣川之战中打败源行家。寿永元年（1182年），清经的叔父平宗盛规划了一个针对全国各地的作战计划，当时清经与异母兄平维盛被安排负责东山道和东海道。不过，这个计划最终没有实行。寿永二年（1183年）4月，清经被选为石清水八幡临时祭的敕使。不久后平家即于俱利迦罗之战中惨败于木曾义仲军，京城即将失守。平家一门在平宗盛的