等人图谋造反，司马晞于是被收付廷尉。随后，御史中丞司马恬在桓温的指令下奏请诛杀司马晞，但在简文帝的坚持下，桓温虽然再作请求仍不得要领，最终令司马晞免于被诛杀。司马晞后被废去爵位，与家属皆流放至新安郡。太元六年（381年），司马晞逝世，享年六十六岁。晋孝武帝于是奉迎其灵柩并征还司马晞被流放的家属，又追封司马晞为新宁郡王，谥号为威，并由其子司马遵继嗣。太元十二年（387年），孝武帝恢复司马晞武陵王爵位。
家庭.
母.王才人，是琅琊王司马睿的妾室。晋怀帝建兴四年