古菌与其它生物之间的关系主要都是互利共生或者偏利共生。至今还没有发现古菌是任何其它生物的病原体或寄生虫。虽说至今没有发现并确定古菌病原体，但是研究证明一些产甲烷菌的种类可能与牙周疾病有关。另外，一种"Nanoarchaeum equitans"可能是泉古菌的寄生物，必须在宿主细胞内生活并繁殖，但是对寄主没有任何好处。相反的，（ARMAN）只是与酸性矿井内生物薄膜的其它古菌偶尔接触。这种关系的性质至今仍然是未知的。但是科学家知道和之间的关系与微小的ARMAN古菌不同，ARMAN古菌一般与细胞不会相互影响。