683年（永历三十七年）9月降清为止，郑氏计在南台湾经营共23年。清将领施琅受郑克塽投降后，台湾正式进入清治时期。清朝消灭东宁后，除了大举毁灭东宁王朝的文化，更将东宁朝臣们与其亲属大举迁往清国。其中，郑氏王族纳入上三旗管束；文武官员与士兵则分别迁至在山东、山西及河南诸省垦荒，使台湾失去可能领导反清的人物。至于东宁的大量遗民，清廷则採取以汉治汉的策略，长期以攻台将领担任台湾军事首长。如福建水师一职从1684年至1721年计37年间共历施琅、张旺、吴英、施世骠四任提督，除张旺之外，其他皆是攻台将领，尤其是施