铁路、港深机场铁路共线与否的问题一直未得到解决，11号线的前期工作进行得十分缓慢。2008年12月穗深城际线在宝安举行了声势浩大的开工仪式（是时的设计为与11号线共线），省委书记汪洋、省长黄华华均出席。然而由于设计更改，旋即停工。2010年7月，中国铁道部部长刘志军与广东省常务副省长朱小丹在铁道部就加快广东省铁路建设举行会谈。珠三角城际轨道交通原由广东省政府主导，省部会谈后，改由铁道部主导。穗深城际线由原来的城市轨道交通制式改为国铁城际铁路制式。穗深城际线不再进入深圳市中心区。穗深城际线的旅客须在机场站