吴伯雄为首的鹰派发生内闹而落败。市长失利后，老将洪昭男再度连任立委，并于政党轮替前后，多次代表国民党提释宪案（「反对国民大会代表延任释宪案」1999、「核四释宪案」2000）。由于个性内敛硬颈，屡次在国民党党内争取立院正副院长居下风。2002年以仅次于王金平的立院资历争取政策会执行长失利而萌生退意，并于2004正式宣佈退休交棒予年轻新秀。