于前314年于其故地建巴郡，为三十六郡之一，治所在江州城（今重庆市渝中区）。公元前206年汉刘邦取得巴蜀之地后，仍依秦制设巴郡。东汉时又增设涪陵、巴东两郡。并于今江北嘴一带新建一城，称北府城。巴郡太守一度于此办公。重庆地区三国时期的遗产众多，包括白帝城和张飞庙等。三国演义里面的很多故事都发生在现重庆地区。
两晋南北朝.曹魏灭蜀汉之后，四川地区分置益州和梁州，重庆属梁州。此后重庆地区先后隶属于西晋、北秦、南朝宋、南朝梁和北周。这一时期由于中原大乱，人口流动频繁，使中原文化对四川