得卡尔和齐格蒙特三世正式决裂，激发出严重的宗教斗争。这也是瑞典的不幸，许多为天主教讲话的人士被处以极刑，天主教聚会被禁止，瑞典的非天主教教士也被驱逐，这种情绪燃烧了很长时间。1598年，波兰集资建立了一支舰队，护送齐格蒙特三世登陆瑞典，远征斯德哥尔摩和卡尔马，1598年9月25日，位于林雪平发生的「斯通耶布罗」之役中，他被卡尔九世打败，这也是他最后一次和瑞典人在瑞典土地上的战斗，2000人在战争中阵亡。1599年7月24日，齐格蒙特三世被瑞典议会废黜，卡尔九世以摄政的头衔成为瑞典实际统治者（1604年加