使陈宧通电反对帝制宣布独立。鹿钟麟在其中出谋划策。1916年（民国5年）5月，陈宧宣佈四川独立。冯玉祥部改编为护国军第5师，鹿任第5师第3团营长（护国战争结束后，该部复称第16混成旅）。
国民军基础的奠定.同年6月袁世凯去世，段祺瑞势力大增。段祺瑞罢免了冯玉祥的旅长职务，任命其部下第1团团长杨桂堂继任旅长。此后，鹿钟麟历任军械官、砲兵营长等职。1917年（民国6年）7月张勋挟天子以令诸侯，拥立前清皇帝溥仪，实行复辟，第16混成旅的鹿钟麟、邱斌、张之江、李鸣钟等要求旅长杨桂堂出兵讨伐