万巴德继续维持至1871年。经过万大卫（David Mason）与连多马（Thomas Rennie）的接替之后，W. W. Myers于1879年任职至1896年，期间他在1883年完成了慕德医院。该医院同时兼负气象观测的工作，于大约1880年代末至甲午战争间，有发布台风警报的能力。1875年（光绪元年），副将王福禄在旗后山岭上建造砲台。1886年，武弁吴元德在旗后码头建了釐金局。1887年又设了海关。日治时期设于旗后的工业包括旗后町的台湾船渠株式会社高雄工场、振丰造船铁工所、广岛造船所；以及平和