与民族主义共和联盟领导的政府签署停战协议，改组为一个合法政党。1994年至2004年间，法拉本多·马蒂民族解放阵线的候选人参加了三次萨尔瓦多总统选举，但均未成功。2009年3月15日，该党候选人毛里西奥·富内斯在2009年萨尔瓦多总统选举中击败执政党民族主义共和联盟候选人罗德里哥·阿维拉，成为第65任萨尔瓦多总统，并终止民族主义共和联盟1989年以来20年执政。2014年萨尔瓦多总统选举由该党候选人萨尔瓦多·桑切斯·塞伦副总统赢得大选，成为第66任总统，持续执政至2019年。