以依照太阳能面板得到的能量调整泵的输出功率。第二，控制器一般会有低压或高压保护，若电压超过泵的运作范围，此情形下会关闭系统。因此可以增加泵的寿命，降低维修频率。太阳能泵配合的马达可以是直流马达或是交流马达。直流马达的功率可以到3 kW，适合用在像花园喷泉、造景、牲口的饮用水，以及小型的灌溉计划。直流系统的效率会较交流系统要好，因此可以选用较小的太阳能面板，也可以节省成本。若是利用直流无刷马达或是永磁同步马达，需配合变频器使用。若选用的是交流马达驱动的泵，需要加装变频器让太阳能面板产生的直流电转换为交