它建筑先后被拆改，失去原貌。普度寺里有民国时期建立的“国民三小”，后称“普度寺小学”，后来又改称“南池子小学”。中华人民共和国成立后，普度寺的中间部分被南池子小学使用，周边部分迁入居民，新建了大量平房作为居民住宅。1984年，“普度寺大殿”被定为北京市文物保护单位。2001年9月，普度寺的修缮和复建工作启动。2002年至2003年，政府投资迁出占用普度寺大殿的南池子小学以及住在寺界内的186户居民，全面修复了普度寺的台基、正殿、山门、方丈院北房（位于正殿西侧），其他房屋基址在进行考古发掘后回填保护，其上