。双方签下一份为期三年1128万美元的合约。在本赛季的第一场对上纽奥良黄蜂的比赛中，格林得到9分，并送出了2次阻攻。2012年11月1日，他在马刺击败奥克拉荷马雷霆的比赛中攻下13分。接着在11月3日，丹尼·格林攻下21分，帮助马刺以110−100击败犹他爵士。2012年12月29日，在马刺以122−116战胜休士顿火箭的比赛中，丹尼·格林三分球7投5中，得到17分以及5篮板。
3D球员先行者.靠着精准的三分投射，格林成为马刺不可或缺的夺冠拼图。在2013年NBA总决赛的第二场比赛