7年8月，来自义大利的流行病几乎摧毁了这座城市。自九世纪晚期起，纳夫帕克托斯便成为了拜占庭帝国尼科波利斯军区的首府。其所辖教区亦被提升为城市教区。在九至十世纪，此地为拜占庭帝国海军的重要港口，并为一与南义大利拜占庭佔领区交流的重要战略地点。随着第四次十字军东征而致使拜占庭帝国的败亡，此处成为了逃亡政权伊庇鲁斯专制国的一部分。在1294年，该城被转交给菲利普一世，塔兰托王子(Philip I, Prince of Taranto)，作为萨玛‧安洁莉娜‧科穆宁(Thamar Angelina Komnene