不满川军入藏而出走英属印度，驻藏办事大臣联豫向朝廷奏报，清廷遂革除其达赖喇嘛的名号。温宗尧进行事后处理后转任内地，历任两江总督署洋务顾问、外务部参议。
民国初期的活动.1911年（宣统三年）10月，武昌起义爆发之际，温宗尧列名伍廷芳、张謇等人支持共和的电文。1912年（民国元年）1月后，温宗尧任议和参赞、上海通商交涉使、湖北军政府外交代表。此外，还担任统一党参事。不久，温宗尧同岑春煊等人组织国民公党，温宗尧任副会长。同年8月，宋教仁主导的国民党成立，温宗尧任参议。1915年（民国4