负责主管军政府的民事小组后方司令部，并获授予陆军中校军阶。在1946年初，石智益再被调返香港，于民事小组司令部秘书处工作，直到1946年5月殖民地文治政府重新投入运作为止。在香港重光初期，曾与石智益在临时军政府民事小组共事的同事包括何礼文、白嘉时、戴斯德和徐家祥等人，这批政务官员在战后的港府中均身居要职。
战后香港.香港总督杨慕琦爵士在1946年5月复任，重新设立文治政府后，熟悉经济和人力资源事务的石智益重新加入港府，出任助理财政司，同月起兼任行政及立法两局秘书和署理首席助理辅