，宇宙清平大同年。于是决定重建新庙，乃筹组「太子宫重建委员会」，积极进行重建工作事宜。民国六十年新庙重建正如火如荼的进行时，地方人士对于旧庙是否要保留，曾有一番争议。据当时第二届管理委员会主委何火表示，因大多数人认为旧庙有其历史意义应予保留，最后掷筊请示太子爷神意，太子爷谕示：保留旧庙，另于旧庙后方择址重建新庙。太子宫旧庙终得以保留下来，并于民国八十八年十月十六日经台南县政府评定为县定古蹟。新庙重建委请高雄市谢自南建筑师设计庙貌蓝图。重建蓝图分为前后两殿、两层，两厢为香客大楼，并遵从神示，坐向为：坐