齿弃郡归襄阳，以为桓温有异图，于是撰写《汉晋春秋》五十四卷。该书以汉光武帝刘秀起，记载到晋愍帝司马邺的一段历史，习凿齿在记载三国时就以蜀汉为正统，称曹魏虽然接受汉献帝禅让，但也是篡逆，而以蜀汉为司马昭主导的曹魏所灭一事视为晋室继汉而兴之时。他引了晋武帝司马炎的名讳对应蜀汉最后的年号炎兴，蜀后主刘禅名禅对应禅受，说明禅代是天意而不是人能够仗势而成。后以脚疾没再任官了。
前秦时期.太元四年（379年），前秦围攻一年后终攻下襄阳，前秦天王苻坚对其亦早有听闻，于是命车载他和释道安一起去见他