小，距离大陆或其他大岛远，所以岛上的嵴椎动物种类并不多。主要的物种为节肢动物的昆虫纲与软甲纲动物，当然也少不了以昆虫为食的蜘蛛与蜈蚣，还有在土壤中常见的蚯蚓、鼠妇等。自1994至2013年，在南沙太平岛共纪录到6纲，55科，60种陆域嵴椎动物，其中以昆虫比例最高，共有38种，佔了66%，其它各纲皆未超过10种。岛上鑑定出来的无嵴椎动物，大多为东亚分布的种类，并无特有种。推测是因太平岛位于越南、菲律宾与婆罗洲之间，物种皆源于这些大岛。牠们随着海漂植物或乘着热带气旋过来，也借着货物运输或景观植物的移入登岛。