实行四川、西康分治。1939年1月1日，西康省政府正式成立，省会设康定，刘文辉任西康省主席。西康省政府实际仅能管辖金沙江以东的康区。西藏噶厦则向金沙江以西的康区派出昌都总管等官员管辖。1941年，班禅堪布会议厅认定了第九世班禅额尔德尼的转世灵童，但因噶厦反对，直到1949年6月3日中华民国政府才“特准继任为第十世班禅额尔德尼”，8月10日举行了坐床典礼。但噶厦一直不承认其地位，声称其“是一个候补灵童”，另外认定了一位第十世班禅额尔德尼，令其住在拉萨，并宣布其经过了西藏独立国的批准，为合法的班禅额尔德尼。