国民政府于1929年4月12日成立之部级军事机关。该单位最重要目的在重建中华民国海军，力图发展海权。该部设有舰政、军事等司，历任部长有杨树庄及陈绍宽。1937年，该部所辖海军军力，几乎在中日战争初期海战中遭大日本帝国海军击溃。1938年1月1日，在几乎无军舰管辖的窘境下，该部遭裁撤，併入国民政府军事委员会海军总司令部。