署《阿姆斯特丹条约》的会议上，欧盟领导人同意将《申根协议》、相关公约和根据前两者所制定的相关规定写入欧盟法律的主体，即《共同体既存典章制度》（""），随着1999年《阿姆斯特丹条约》的生效，有关申根区的相关法律和既有规范也准时起效。由于当时存在着对奥地利东部和南部与前共产主义国家之间的边境的忧虑，奥地利加入申根区的进程被暂缓执行。意大利则是出于其较长的海岸线的边境安全以及在其附近海域出现的大量北非、亚洲和巴尔干地区移民而被暂缓加入申根区。这两个国家于1997年才获批加入申根区。希腊也因为安全因素直至20