猪俣五平治和和田仁兵卫等远藤氏家臣死伤无数的情况下，庆隆成功逃脱。天正13年（1585年），秀吉发动，庆隆与胤基一同参战。同年8月，长近和奉命前往飞驒讨伐三木自纲，庆隆兄弟亦有参战，最终自纲投降。天正15年（1587年），庆隆和胤基参加了秀吉发动的九州征伐。翌年，秀吉兴建聚乐第，并且在赏赐西京口的住所给庆隆和胤基后，他便携妻子一同上京。天正16年（1588年），秀吉以立花山之战等曾经反抗其为由，没收两远藤氏约2万石的领地，将庆隆减封至小原7,500石，胤基则减封至犬地5,500石。在石高减少的情况下