以用手投掷或是用百式掷弹筒发射。与早期的九一式或九七式手榴弹不同的是，弹体并无分段，而是光滑并在两端扩开的。它的直径也较91式稍小。操作时须先拉扯接在安全插稍上的线以将插稍拔除，再将引信的末端在一个硬物上（例如石头或头盔）敲击一次，然后立即掷出。由于撞针是内建的，并不需要旋上或旋下撞针固定器；这点与日本早期的手榴弹不同。99式手榴弹也可在拔除插稍后，放置在地板或椅子下作为诡雷。
战斗纪录.99式手榴弹在中国抗日战争与第二次世界大战的各场战役被发给日本步兵作为标准枪榴弹，最早落入