会主义的绊脚石」开始拆寺工程，至1969年被完全摧毁。兴建于雍正年间的惠远寺，该寺特有的「色吉甲本」也在西藏文革时遭毁。哲蚌寺虽然后来重建，但西藏人依然习惯向原址的废墟膜拜。中共将这些寺庙的建材拿来兴建党部或解放军军营。许多古老壁画（如唐卡画）则被漆上毛泽东像或红卫兵标语。1683年建成的「噶丹松赞林寺」（迪庆州最大藏传寺院）于1966年遭受中国攻击，百年经书被焚，佛像、寺院被砸烂。中国国家计划委员会经济所澳洲籍华裔人口学家严浩在《中国的藏族人口：迷思与事实的再检验》中以1953年至1964年人口统计落