1989年六四事件后首次获准进入内地。李柱铭回港后发表「民主派已经跌入北京设下的圈套」的言论，受到广泛批评，甚至包括当时的民主党主席李永达。2005年11月29日在华府会晤美国国务卿赖斯等人后对媒体表示，“香港若无民主，中国一国两制的统一政策不会得到台湾的欢迎”。2005年12月22日，政改方案被否决后，遭许仕仁点名批评。2006年12月，民主党怀疑内部的部分党员被中共方面收买、渗透；遂由元老李柱铭、司徒华、秘书长张贤登等进行调查（会员政策专责小组报告）。调查包括中共方面收买党员、对党员指导言论