元年（前8年）改交趾刺史部为交州刺史部，南海郡隶交州。孙吴黄武五年（226年），交州分为交、广两州，南海郡隶广州，但不久就撤销了广州，永安七年（264年）又复置广州。东晋咸和六年（331年），晋成帝将南海郡一分为二，分出东官郡，郡治在目前深圳市南山区南头古城，管辖八县：宝安县、安怀县、兴宁县、海丰县、海阳县、绥安县、海宁县、潮阳县。隋朝开皇九年（589年），撤销南海郡，置广州总管府，仁寿元年（601年），因避隋炀帝名讳而改名番州，大业三年（607年）又改为南海郡。户三万七千四百八十二，下辖十五县