官兵活着返回北京。1898年，健锐营由反对变法的刚毅掌管。1900年8月14日八国联军进攻北京，健锐营奉命进城增援守军，官兵在地安门与进城的日军展开激战，一定程度上延缓了联军的进展，为慈禧太后的逃亡争取了时间，这是健锐营最后一次执行战斗任务。光绪年间尚有官兵4136人，连同家眷共1.5万人。光绪末年，清军开始效法西方改革军制，废除八旗兴建新军，健锐营青壮年子弟大部分都应召进入西苑北苑的新军军营，健锐营内留下的都是老幼妇孺，营内日常的军事操练也逐渐停止了，最终八个旗份蜕变为八个村庄，翼长参领等军事