嘉靖帝至历代帝王庙躬祭历代帝王，翰林院侍讲学士廖道南以皇帝亲祭历代帝王礼成，敬献《景德崇圣颂》。北京历代帝王庙建成后，南京历代帝王庙被废弃，北京历代帝王庙成为中国唯一的历代帝王祭祀场所。《明世宗实录》载，嘉靖二十四年二月庚子（1545年），礼部给事中陈棐请撤销历代帝王庙中的元世祖及木华黎、博尔忽、赤老温、伯颜等五人的神位，获嘉靖帝同意，同时还撤销了南京历代帝王庙中的元世祖像。
清朝重修.清兵入关之后，顺治帝增加祭祀元朝和辽朝、金朝帝王，并加祭各朝的贤臣，入祀帝王及贤臣多有调整。