的地形和复杂的海岸线使得长崎县有众多渔港。2014年，长崎县的捕捞渔业和养殖渔业的总渔获量超过26万吨。长崎县渔业的生产量和生产金额都是日本第二，仅次于北海道。就鱼种来看，以日本竹筴鱼、白腹鲭、鲣鱼、金枪鱼、鰤鱼、鱿鱼等鱼种最为突出。长崎县的日本竹筴鱼、真鲷的生产量是日本第一。
第二产业.2014年，长崎县工业品生产金额有15,625亿日元，其中输送用机械的比重最高，其次是电子设备、食品、泛用机械。这四个行业均佔比超过10%，合计佔比超过七成。就区域分佈来看，长崎市曾长期是长崎县内