。1597年日本再次派兵出征朝鲜。加藤清正再次作为日军的先锋出阵，首先攻佔朝鲜黄石山城。之后攻下全罗道佔领全州。当清正佔据忠清道镇川后，在西生浦城。而日军则根据加藤清正的绳张筑起蔚山城，当建造完成时将由清正防御此城。当蔚山城快将完成时，明军杀到（蔚山城之战）。加藤清正等500名人员进入蔚山城并尝试死守，直到毛利秀元、黑田长政等援军到达时进行反击击退明军及朝鲜军。翌年9月日军准备撤退时死守蔚山城，再次击退明军及朝鲜军。
入侵朝鲜后.1598年当丰臣秀吉病逝后，与五大老之一德川家康