44年到1661年，江南传教区享受着和平的时期，但是对于工作，传教士的数目还是太少。1660年教廷成立南京代牧区，交给多明我会的中国会士罗文藻主教负责。在1664年到1671年的迫害时期，有20位耶稣会会士被驱逐到澳门，南怀仁神父后来在北京获得释放。康熙帝去世后，雍正帝宣布驱逐江南所有传教士；但是还是有少数传教士隐藏了起来，得到12位或15位中国神父的帮助，照料教区内的信徒。1690年教廷宣布成立南京教区，由葡属印度果阿总主教节制，管理江南省和河南省两省教务。南京的第一位主教是来自米兰的耶稣会会士Alle