委员任内仍然是台湾铁路管理局台北机厂技佐助理员。2008年中华民国立法委员选举，林惠官转战区域立委，代表亲民党参与连江县选举区立委选举，他是唯一一位代表亲民党参选立委选举的候选人，其余地方选区亲民党候选人均统一以中国国民党提名。但在该届中，因中国国民党提名曹尔忠竞选连任，再加上天候不佳导致其故乡莒光乡有大量滞外选民不及回乡投票，故虽有同党县长陈雪生加持，林惠官仍以118票、不足3%的些微差距三连霸失利，并退出亲民党，立委卸任后，林转任马祖酒厂董事长，2009年重回中国国民党。2009年5月间，在