高宗之子唐中宗第二次登基时（705年 - 710年），源干曜任殿中侍御史，神龙二年（706年）二月黜陟江东道，为朝散大夫行度支员外郎摄右台侍御史。他被认为是一位称职的官员。唐隆元年（710年），中宗的弟弟相王、先前的唐睿宗李旦也再次登基。景云年间，累迁谏议大夫。此时，公卿百官三九射礼不行已久。二年（711年）二月，源干曜引用孔子的话上疏：「尔爱其羊，我爱其礼。」主张复兴。历史上并未记载睿宗是否采纳了他的意见，但不久他就被任为梁州（大约在今汉中）都督。太极元年（712年），诏举文可以经邦国者，源干曜时任宣劳使