《无尽的任务》等西方MMORPG印象深刻，并说服史克威尔以最终幻想品牌开发自己的MMORPG。《穿越时空》的负责团队在英文本地化完成后就加入《最终幻想XI》开发。开发始于1999年11月。游戏起先在史克威尔的“全平台和媒介”开发新哲学下开发。制作人田中弘道称《最终幻想XI》受到《最终幻想III》的极大影响，特别是其战斗和魔法系统。田中表示因为技术限制，史克威尔不得不投入最终幻想历史上空前的精力，因此《最终幻想XI》成为“史上最（具代表性的）最终幻想”。游戏在英伟达GeForce 4 Ti图形处理器下开发