而召去玄谟五百旧部曲入宫的机会发动兵变，借由王玄谟大将的威望得朝廷支持，从而取得成功；可是包法荣将此计告知玄谟后玄谟却不敢做。同年，湘东王刘彧联结阮佃夫、寿寂之等人弒杀宋前废帝，自登帝位，即宋明帝。宋明帝对王玄谟相当礼敬，以其为车骑将军、江州刺史，并因应邓琬举晋安王刘子勋为帝对抗宋明帝朝廷，以玄谟为大统率领水军，让其担任司徒、都督征讨诸军事建安王刘休仁的副手。泰始二年（466年）转左光禄大夫、开府仪同三司，领护军将军，同年转车骑将军、南豫州刺史，加都督。泰始三年罢南豫州，王玄谟为特进、左光禄大夫、护军将军。