秋里对换职务，出任中国人民解放军总后勤部政治委员，被授予上将军衔。1966年，李担任中国人民解放军高等军事学院院长兼中共中央军委委员，后在“文化大革命”受迫害。1977年，李复出任后勤学院政委，1981年退休，任中央军委顾问兼中顾委委员。1989年，在六四事件中，李聚奎反对出动军队实行戒严。李聚奎是中共第七、十二、十三次全国代表大会代表，中央军委委员，第二、三届国防委员会委员，第四、五届全国人民代表大会代表和常务委员会委员。1995年6月25日，李聚奎在北京去世。相传，李是红拳高手，并曾前往少林寺学艺。