自体抗原。一些mTECs被胸腺树状细胞吞噬，它们的自体抗原就会呈递在树状细胞的MHC-II分子上（经过了阳性选择的CD4+细胞只能识别MHC-II分子）。在这里，与自体抗原表现出过强的亲和力的T细胞会接收到凋亡信号并凋亡（在这些细胞中也有一部分会成为调节T细胞），存活下来的细胞就作为成熟的初级T细胞离开胸腺。这一过程是中枢免疫耐受的重要组成部分，其意义在于筛选掉可能对自体抗原产生反应的T细胞，从而避免自体免疫疾病的发生。
胸腺输出.经过阳性选择和阴性选择，最初到达胸腺的T细胞中有9