机都前往梵蒂冈参加丧礼并选出新教宗。教宗保禄六世逝世十天后的8月16日，于斌在梵蒂冈因劳累过度及心脏病猝发去世，未能参加选举新任教宗的正式投票，全球各大电视台均发布其逝世消息，同时有全球94位枢机参加了他的丧礼。于斌的遗体安葬于辅仁大学校园。与傅斯年、梅贻琦、成为台湾少数葬于校园的校长。