刚发生了并称为「日本国铁三大谜案」的松川事件、下山事件及三鹰事件，在这样的背景下，导致了民众的恐慌。有人认为，这起集体食物中毒事件是为了使社会混乱而进行的下毒。然而，在鱼干中并未化验出包括砒霜、亚硝酸盐等任何有毒化学物质，事件的原因仍然不明。对此，大坂大学的藤野恒三郎教授（鲁迅的老师藤野严九郎的侄子）从未知感染菌的角度进行了分析。他使用大菜培养基培养菌种，并进行动物实验，最后终于从鱼干样品中分离了一种新种细菌，即肠炎弧菌，找出了食物中毒的原因。由于这种新种细菌是日本人发现的，在当时的日本医学界掀起了一阵