多次确认范围后除增加台湾海崃海域部份外，亦联合台南县政府（当时县、市尚未合併）将邻近之七股乡一併纳入并拟名台江黑水沟国家公园（「黑水沟」为台湾海崃之俗称）。2009年6月29日，内政部通过计画，为便于国际行销，确立以台江为名。正巧同日，也是台南县市合併改制直辖市审议通过，在当时被认为是台南的「双喜临门」；同年10月15日，台江国家公园公告计画12月28日，正式成立。台江国家公园管理处在新行政中心完工前暂设于安平港，2016年1月13日行政中心正式启用 。在台江国家公园成立前，曾规划四草野生动物保护区（1