运的特别车辆没有车厢编号。特别车辆所属车辆段为（简称），其余车厢则配属（简称）。除特别车辆外，全列车均为绿色车厢，一般旅客搭乘时须缴付「绿料金」（グリーン料金）。
运用区间.由于较远途的行幸，通常会使用新干线或行政专机，因此E655系虽可交直流两用，亦可由柴油机车牵引行驶非电气化区间，但做为御召列车时，大多以JR东日本的关东地区及东北地方南部路线为主，进入其他铁路公司路线则只有伊豆急行线与北陆本线（直江津至金泽）。