军侵犯云南，指令陈玉科拆毁滇越铁路碧色寨至河口段的铁路，并炸毁沿线多处桥梁。民国33年（1944年）11月，陈玉科任云南省第五区行政督察专员。民国35年（1946年）后，任昆明市市长，云南大学政法系教授、《云南日报》社社长。 1947年春，当选制宪国民大会代表。1949年，陈玉科出走香港。1980年，陈玉科在台北荣民总医院病逝。