当天晚些时候又重新组织并在位于波多黎各圣胡安以北约650公里海域时第三度达到五级飓风强度。9月15日清晨，风暴中心顶部的云层导致伊莎贝尔又一次减弱为四级飓风。当天晚些时候，深层对流的内部核心开始退化，同时风眼也开始衰减。由于西北方向有一个东南走向的高压嵴形成，伊莎贝尔转向西北偏北，并且行进速度放缓。垂直切变的逐渐增强使飓风强度进一步减弱，于9月16日在北卡罗莱纳州哈特拉斯角（）东北方向约1035公里海域降级为二级飓风。虽然外流的组织性仍然良好，但对流强度仍然很弱，伊莎贝尔在二级飓风强度上保持了两天后于9