山东乡试第六十九名举人。弘治十五年（1502年）联捷壬戌科二甲第八十七名进士。授刑部主事。正德年间，因忤逆刘瑾，谪砀山县知县。刘瑾被诛，陈九畴官复原职，升刑部郎中、肃州兵备副使。率兵击退番酋速檀满速儿进犯、并逮捕阿剌思罕儿及斩巴思。因兵部尚书王琼厌恶彭泽，陈九畴受牵连被除名。世宗继位，陈九畴再复原职，升任陕西按察使。升任都察院右佥都御史，巡抚甘肃。嘉靖三年（1524年），速檀满速儿再次以二万余骑围肃州。陈九畴率兵从甘州赶赴入城抵御，进副都御史。土鲁番败遁，在京师散佈谣言称肃州之围，由陈九畴激化所