次革命进行镇压，不久调任海军部参谋，1914年4月任海军部参谋处处长，1917年调海军编史监修，1918年3月，升任海军总司令，授海军中将军衔。1920年因与海军总长林葆怿联名致电北京政府和广州军政府宣布海军统一而遭反对。1921年7月，经北洋政府授予将军府澄威将军称号，同年8月12日辞职返回故乡福州，在三坊七巷中吉庇巷的府邸度过晚年。
蓝建枢故居.蓝建枢曾在1920年倡议集资修缮马尾昭忠祠。他是爱好闽剧的票友，在福州赋闲期间也担任过东岳泰山庙的总理。其故居在三坊七巷的吉庇巷与南后