那里成为埃及军的上校。埃及政府从1820年代开始往南扩张，并在英国探险家山缪·贝克（Samuel Baker）的领导下，在1870年2月到达尼罗河上游的喀土穆，1871年6月到达刚多卡洛。贝克在当地遭遇了极大的困难，所以总督要求戈登去处理当地事务。在开罗待一小段时间后，戈登经由萨瓦金（苏丹海港）和柏柏尔（苏丹北部城镇）到喀土穆，从喀土穆他又继续沿着白尼罗河到了刚多卡洛。戈登留在刚多卡洛省直到1876年10月。他建立从索伯特河（Sobat）到乌干达前线的哨站，以及打击奴隶交易活动。然而戈登开始和埃及官