任命成为民兵指挥官。内战爆发后，肯塔基州宣布保持中立，巴克纳对州民兵部队加以强化，试图保卫这种中立性，但很快就因州委员会的不信任而辞职。巴克纳起初回绝了北军的任命，但在肯塔基州的中立被破坏后加入了邦联陆军。1862年，他在多纳尔森堡战役中接受了尤利西斯·辛普森·格兰特“无条件投降”的命令，成为内战中首位与部队一起投降的邦联将军。巴克纳在内战接近尾声时还参加了布拉克斯顿·布拉格领导的入侵肯塔基军事行动，这场行动以失败告终，之后他成为埃德蒙·柯比·史密斯在跨密西西比部的参谋长。战争结束后，巴克纳开始在政坛上