。蒯恩于是大分高兴，自此以后出征都常一马当先，杀敌甚多。元兴三年（404年）刘裕起兵讨伐桓玄，蒯恩亦有随行，收复建康（今江苏南京市）后，即以宁远将军领军旗队。随后又随刘道规西征桓玄余众，助其攻陷偃月垒并俘其守将桓仙客，并于次年攻下江陵（今湖北荆州市荆州区）。义熙二年（406年），蒯恩因攻破据应城造反的张坚，获封都乡侯。义熙五年（409年）蒯恩又随刘裕进攻南燕，助破广固（今山东青州市）。广州刺史卢循乘刘裕北伐机会起兵，兵临建康，蒯恩随刘裕快速回防京师，共负责在查浦抵御卢循军。卢循撤离建康后，蒯恩又与王仲德