控制台则是行车控制主任座位，设有一个长120米、由99个超高清大型投射屏幕组织而成的屏幕墙，可以同时显示各路线列车于实际时间的所在位置，月台、列车车厢、列车驾驶室闭路电视画面及各车站的环境数据等；由约170名职员负责，24小时全天候运作。至于广深港高速铁路香港段的车务管理并非由本中心控制，而是由广深港高速铁路位于石岗列车停放处的车务控制中心控制，而列车控制系统功能则由国铁广州局集团广州动车段本部（广州南动车所）附设车务控制中心控制，以便与中国高速铁路网同步调度。港铁不时安排导赏团，带领宾客到控制中心