分路线重建，却又毁于2009年八八水灾。
八八水灾.全线定期列车因八八水灾而停驶。2010年6月19日祝山线及神木线复驶，2012年12月23日阿里山线嘉义-竹崎区间复驶。。阿里山线竹崎-奋起湖区间，于2011年8月30日樟脑寮23K桥梁完工后修复，2014年1月27日举行通车典礼；奋起湖-屏遮那区间因为严重崩塌，採用新奥工法开凿隧道改线，多林隧道于2013年8月27日贯通，屏遮那隧道于2014年3月27日贯通，于2014年10月底全部完工。为配合第3阶段(奋起湖至神木段)复驶