联盟共和国形成后，两国之间日益疏远，而重组后的塞尔维亚和黑山是一个松散的联邦，接近于邦联，但仍维持单一国际法人人格，两个加盟共和国只有在外交、国防等方面合作，各自实行不同的经济政策以及货币（南斯拉夫第纳尔和欧元）体系，国家最高机构也分散在贝尔格莱德和波德戈里察两个首都。联邦宪法规定任何一个共和国可以在2006年以后通过公民投票寻求独立，而黑山正是在2006年运用了这一项权利，通过公投解散了塞黑国家联盟。另外，1999年科索沃战争结束之后，塞尔维亚南部的科索沃地区实际脱离了塞尔维亚的实际管辖，并且成为了联