大专校院98学年度足球运动联赛为第5届大专校院足球运动联赛。男子组分为男生公开组第一级、男生公开组第二级和男生一般组，女子组分为女生公开组第一级。本年度男生公开组第一级第七名、第八名将降级到来年男生公开组第二级。男生公开组第二级冠军、亚军将升级到来年男生公开组第一级。男生一般组冠军、亚军将来年男生公开组第二级。