大会就该案对中华民国国防部提出正式质询；此为台湾媒体首次揭露此事。国防部发言人张慧元少将一再否认该事件，反控吴委员「破坏国家形象」，表示该船乃「中共渔船，在不理会警告后才用火箭弹将其在海上击沉」，于当夜三台晚间新闻联播；翌晨（6月6日）起各地报社皆奉行政院新闻局命令刊行中央社转发之军闻社统一专稿。本案一直列为军事机密达廿载，严禁「洩露、交付或公示于人」，违者依《妨害军机治罪条例》起诉，再加上当时仍为台湾戒严时期，因此媒体报导受限而多为零星片段，多年后仍有误信官方託词而以为三七事件乃大陆渔船被国军「一砲击沈」