同年晋升海军中将、海军省军务局长。1937年任第四舰队司令长官。1938年11月15日改任第二舰队司令长官。1939年任海军省舰政本部长。1941年晋升海军大将、吴镇守府司令长官。10月，东条英机内阁组建，欲任命他为海军大臣，但被他拒绝。12月，太平洋战争爆发。1942年，任军事参议官。1943年，任横须贺镇守府司令长官。1944年5月3日，联合舰队司令长官古贺峰一大将死于飞机失事，丰田副武接任司令长官。战争后期，日本在太平洋战场连遭惨败，1945年4月，包括大和号战列舰在内的第二舰队在丰田副武的命