他的祖父西博尔德·开普勒（Sebald K.）曾经是这个城镇的市长，但是约翰内斯·开普勒出生时，开普勒家族的家业已经开始衰落。他的父亲海因里希·开普勒（Heinrich K.）为了营生，当了一名危险的雇佣兵，在约翰内斯五岁的时候就离开了家庭，据说后来死于荷兰的“八十年战争”。约翰内斯的母亲凯瑟琳那·古尔登曼（K. Guldenmann）是一名旅店老板的女儿，同时是一名医生和草药商。约翰内斯是早产儿，孩提时体弱多病。然而，他超常的数学才能经常给他外祖父旅馆内的客人留下深刻的印象。他在很早的年纪就接触到并喜