爆发激烈战争，1594年柬埔寨战败被佔，由于暹罗人的影响，上座部佛教佔强势地位，大乘佛教和印度教逐步衰微，很多印度教建筑被替换为上座部佛教式样，林伽雕塑被取缔后安放佛像。不过印度教、大乘佛教的宗教影响并未消除，仍在民间流传。19世纪，柬埔寨沦为暹罗和越南的双重附庸。1864年，法国建立交趾支那（位于今越南南部）殖民地，柬埔寨国王诺罗敦一世请求法国对柬埔寨进行保护，柬埔寨法国保护国成立。比起英国在缅甸、斯里兰卡殖民地破坏佛教、强推基督教，法国殖民统治较爲柔和。为了颠覆泰国寺院教育在该地区的统治地位，并使用