落陷后逃亡至伊贺国。此后六角家则展开反抗信长的游击战。眼见信长的上洛行动，执中央政治牛耳的三好义继、松永久秀等人了解到信长的实力而向信长表示臣服，其他隶属于三好三人众的势力多数逃亡至阿波。剩下如池田胜正、篠原长房等人也投降信长。足利义昭成为十五代室町幕府将军后，曾劝信长继承管领斯波家或担任副将军之位，但信长拒绝了足利义昭的提议，只接受足利家桐纹和斯波家同等待遇（上洛之战）。1569年（永禄十二年）一月，趁信长率领织田军主力返回美浓的空隙时，三好三人众与斋藤龙兴等美浓浪人共谋袭击足利义昭的临时御所六条本圀