赖时期之后，虽然拉隆寺改宗格鲁派，但其噶举派传承仍然存在，所以寺内便有了五个不同的转世活佛系统，以分管该寺在不丹、康区、后藏等地的教务。拉隆寺主持活佛实行金瓶掣签，并在中国内地中央政府及西藏噶厦处备案。21世纪初，该寺仍然属于格鲁派寺院，但同时也有噶举派和宁玛派的教法传承，各派均有一名活佛传承。每年藏历五月，在拉隆寺举办跳神活动时，都会有从不丹专程赶来的商人云集。
建筑.拉隆寺建筑群位于一座不规则且略微呈“亚”字形的长方形大院之中，大院围墙东西宽约120米，南北长约200米，寺