11月2日，被调任为陆军教育总监。1945年4月畑俊六荣任日本广岛第二总军总司令，准备本土决战，8月6日广岛遭美军原子弹轰炸，在火车站的畑俊六幸免于死，力主停战。8月14日天皇召开御前会议，听取第一总军杉山元元帅，第二总军畑俊六元帅，海军军令部总长永野修身元帅的意见，和杉山的主战意见不同，他明确的表明了态度：“很遗憾，我的军队无力正面阻止美军的登陆。”。1945年8月15日，日本宣布无条件投降。在中国政府的指控和强烈要求之下，畑俊六被远东国际军事法庭作为甲级战犯嫌疑人逮捕，关入东京巢鸭监狱。Se