中即不乏海洋真菌，且其中许多在演化树上是较深的支序（即该类群出现的时间已久），它们可能即是由真菌登陆前古老的海洋真菌类群演化而来，另一种假说则认为现存的海洋真菌是从陆生真菌演化而来，其论点为淡水真菌中在演化树上较深的演化支比海生者还多，另外海洋真菌多属双核亚界等演化上较晚分支的类群，淡水真菌反而有较高比例是较早分支的低等真菌。2011年，一项分子系统发生学研究以rDNA序列分析海洋真菌类群的亲缘关系，发现真菌在陆地与海洋间的转换发生了多次，且可能与真菌演化上多次丢失鞭毛的特征相唿应，显示不同真菌在海生与陆生