之苦后，朴正熙于1949年初被任命为陆军本部战斗情报课课长。由于他被误认为共党成员被捕，加之他的三哥朴相熙在大邱10月事件中被警察开枪打死，他的母亲受到很大打击。同年8月12日，朴正熙收到母亲病危的电报。在他母亲病逝前后，朝鲜半岛局势愈发紧张，最终爆发朝鲜战争。朴正熙办理完母亲丧事后，接到命令立即回到岗位。由于在战争中负责召集掉队士兵有功，他从此摆脱了赤色分子的嫌疑。朝鲜战争期间，朴正熙的军职得到迅速升迁。1950年10月25日，刚昇任中校的朴正熙又被任命为驻扎在大田的第9师参谋长。1951年4月15日