有保护性的黏液，以及可以利用碳酸氢钠与胆汁进行中和反应，因此十二指肠是小肠部位当中，对于高酸性食糜不敏感的部位。在pH值为7时，从胃而来的消化酶不再具有活性。这会导致进入十二指肠的厌氧细菌，会进行这些消化酶的进一步降解。这些细菌还同时合成维生素B与维生素K。(小学P4资料)