水埗班底转会由日资赞助的横滨FC香港，于同年7月获邀随中超球会广州富力跟操两星期，直到2013年夏季正式加盟香港老牌球会南华，但未有透露转会费，可是陈肇钧首季大部份时间只能当后备，加上不时受伤，未能争取到太多落场机会，他于2015年4月15日以3–1击败马超球会彭亨的亚协盃分组赛，取得首个亚协盃入球。季尾陈肇钧在香港足球明星选举中当选最佳青年球员。直到2017年6月，南华宣佈经重新检视球队近年发展后，决定来届退出港超联转战甲组联赛培育青年球员，而陈肇钧与南华解决合约问题后，离队转会东方龙狮，可是他仅上阵