地组织考试，引发争议。2015年，应元学校更因违规组织考试而被要求减少20%的招生名额。2020年，广州市的民办学校开始采用摇号招生的政策，应元学校亦从往年的面向广州市全市招生调整为仅面向越秀区招生。
校园环境.应元学校校址原是清代关帝庙，1950年代至2002年期间为广州市越秀区清泉街小学所在地；小学调并至其他学校后，该校园空置。2002年，广州二中进驻并开办应元学校。应元学校内有三棵古树，包括140年历史的木棉、130年历史的秋枫、近百年历史的榕树等。