量变化很大，所以生态系统也变化多端。栖息于墨累河中的鱼类种类繁多，包括墨瑞鳕、黄金鲈、银鲈、突吻麦鳕鲈、澳洲麦氏鲈、澳洲鳗鲶等。除了鱼类以外，墨累河螯虾（Murray River Crayfish）、蛇颈龟、水鼠与鸭嘴兽也栖息在墨累河流域。墨累河流域也是赤桉主要的生长区域。 自从欧洲人移居澳大利亚后，墨累河的生态逐渐遭到破坏，许多独特的生物数量逐渐减少，甚至消失。2000年至2007年间所发生的大干旱也对赤桉的生长造成巨大的压力。墨累河有时也会发生大洪水，例如1956年的水灾就淹没许多城镇，并持续6个月