大西洋水系外，其余皆属印度洋水系，分属林波波河和赞比西河两大流域。此外博兹瓦纳还有许多内流河，主要流入奥卡万戈三角洲和马卡迪卡迪盐沼。主要湖泊有恩加米湖和达乌湖（Lake Xau）。
生态植被.博兹瓦纳全国土地面中约3/4覆盖有热带稀树草原。植被与降雨量分布相对应，从西南部的稀疏草地和旱生灌丛，向东、向北依次渐变为灌丛和树木草原。真正的森林仅分布在东北部乔贝河两岸。甚至在卡拉哈里也有植被，足以养活成群的野生动物。野生动物种类繁多，有狮子、大象、豹、河马、长颈鹿，多种羚羊、鳄鱼和数种