入南开大学哲学系学习；1982年，进入中国社科院研究生院，攻读科学社会主义专业硕士学位；毕业后，留在社科院从事学术研究工作，同时在职读中国社会科学院研究生院比较社会主义体制专业博士研究生，导师为苏绍智。在此期间，郭树清曾于1986年间，借调国务院经济体制改革方案设计办公室工作；于1986年7月赴牛津大学圣安东学院作访问研究一年。1988年2月，获法学博士学位，学位论文题目为《模式的变革与变革的模式》。
仕途.1988年9月，郭树清任国家计委经研中心综合组副组长（副司级）。1993年