1月16日亦因淋巴癌病逝，六星期内，同年12月30日，小弟林振刚亦同因淋巴癌逝世。2004年11月24日黄霑逝世。2005年初，林父因心脏病去世，林前夫李忠琛亦于2008年因心脏病逝世。2014年1月21日，林燕妮的母亲去世。林燕妮于2016年确诊患肺癌，曾接受化疗及电疗。2018年5月31日，她因肺癌在养和医院证实离世，享年75岁。随着她的去世，她在《明报》专栏〈寂寂燕子楼〉的最后一篇文章「 我又见到永恆」，于2018年6月6日在该报副刊刊出。林燕妮去世前几年一直深居简出，亦从没对外界透露患癌消息