防止公投因投票人数不足而无效。而国民党方面则支持两阶段领投票（进投票所后，先进行选举投票后，再进行公民投票，公投选票仍可以选择不领），引发了一连串的「一阶段、两阶段」争议，更导致泛蓝执政县市与民进党执政的中央政府的对峙局面，中央选举委员会的上级机关行政院甚至以撤换县市选举委员会主任委员的手段，要求泛蓝执政的地方政府全面採用一阶段领投票。陈水扁总统更曾在公开场合扬言，二阶级领投票的选举无效。中央选举委员会为求解决争议，最后将一阶段领投票的方案改为「只要选民不离开投票所，可以分两阶段领投选举票及公投票」