被指「反革命份子」，犯上反革命组织罪，于6月9日被捕，原被判10年监禁，他在庭上抗辩：他最后被加刑至13年，初于邵阳市泷溪监狱（湖南省第六监狱）服刑，后改囚沅江监狱（湖南省第一监狱），接着往岳阳劳改农场劳改。他原在1996年6月因患多种病症而获保外就医，但邓小平在1997年逝世，中国当局怕他以此机会号召平反六四，撤销了他的保外就医，于2月重囚沅江监狱。服刑期间，他坚持原则，拒绝当权者的说法，受尽酷刑对待，疾病也得不到治疗，绝食抗议但遭狱方撬掉左侧牙齿强迫进食。李旺阳在监狱的情况可由他接受香港有线电视