1965年5月，经国务院批复，巢湖专员公署于同年7月25日恢复，治巢县城关，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、和县、含山县6县。1971年3月，巢湖专员公署改称巢湖地区行政公署。1983年7月，肥东县划归合肥市。1984年1月，巢县改为县级巢湖市，仍属巢湖地区行政公署管辖。1999年7月，巢湖地区改为地级巢湖市，原县级巢湖市改为巢湖市居巢区。2011年7月，国务院正式批复安徽省关于拆解巢湖市分别划归合肥市、芜湖市和马鞍山市的决定。
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