等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中特定基因座上各个等位基因所佔的频率，或者说是等位基因在基因库中的丰富程度。
定义.等位基因频率的定义如下：那么等位基因频率为i/(Nn)。举例来说，如果在某种群中一个等位基因的基因频率为20%，那么在种群的所有成员中，1/5的染色体带有那个等位基因，而其他4/5的染色体带有该等位基因的其他对应变种——可以是一种也可以是很多种。值得注意的是在二倍体基因中，带有该等位基因的个体最多可能有2/5。如果等位基因随机分布的话，那么