给事中。万历九年（1581年），任工科左给事中，巡视陕西四镇的边务。回来后，向神宗奏报训练部队、储藏粮饷等十件事，神宗全部予以赞同。不久，升为户科都给事中。万历十三年（1585年），萧彦升任太常寺少卿。万历十五年（1588年），以都察院右佥都御史、巡抚贵州。都匀答千岩苗族叛乱，土官蒙诏不能制服，萧彦命令副使杨寅秋平定叛乱。宣慰安国亨诡称要献上大木，受到赏赐。等到征求大木时却称没有，被萧彦弹劾。安国亨非常害怕，诬赖商人掠夺了他的大木，在朝廷上攻击萧彦。神宗大怒，准备治罪萧彦。大学士申时行等称是安国亨反咬一