对藏人叛乱，长庚暂时前往硕般多，得知争端由当地藏官肆虐百姓酿成，遂向下属授以机宜，调集汉、藏官兵征讨，同时严惩了涉事藏官。于是众官商议收瞻对藏人之地，仍划归四川管辖。长庚提出瞻对地区自干隆年间以来，屡次叛乱，劳师动众。同治初年，西藏平定，清廷将瞻对划归达赖喇嘛，派堪布管理。今若夺其地，使朝廷失信于藏人，也许将因小失大。于是，为详定善后章程，长庚与将军岐元、川督刘秉璋等一同上奏，遂将该事件平息。光绪十六年（1890年），升任伊犁将军。伊犁正值大乱过后，各种事务皆待整理，长庚到任后，多有规划。此时，英、俄窥