木离开新疆省首府迪化（今乌鲁木齐市）回“三区”方面的首府伊宁。很快，“三区”方面的其他代表及部分“七区”的新疆省参议员也先后返回伊宁，新疆省联合政府完全破裂。“三区”与中国国民党统治的“七区”重新形成武装对峙。当时，受中国国民党支持的乌斯满、哈力伯克、乔嘉甫等等势力对“三区”发动武装叛乱；三区革命初期的民族分裂及仇视汉族的思想在一定范围内仍然存在；三区革命临时政府机关的官僚主义也出现蔓延，影响政府机关的声誉及效率。为了解决上述三方面问题，1947年“三区”在大规模平叛，恢复“三区”统一的同时，又广泛整顿各级