南新宿线亦正式获派E233系3000番台，车辆运用上与上野东京线相同。配置于国府津车辆中心的3000番台E编组主要是替代陆续从国府津车辆中心调回鎌仓车辆中心的E217系列车的空缺。这些E217系列车共有3列（基本及附属编组），都是在2006年因为湘南新宿线加强服务而横须贺线、总武快速线减班被调至国府津车辆中心，以取代老化的113系。第一列E217系列车于2007年度被调回以腾出其他横须贺线E217系列车进行更新工程，而第二列则于2009年度因横须贺线武藏小杉站开业需增加班次而被调回。E编组目前只制造