此期间媒体爆出安南的儿子利用伊拉克「石油换食品计划」贪污的丑闻。安南支持派驻联合国维持和平部队往苏丹，他也着手推动一些关于女性权利的工作。于2006年12月31日任满退休，之前的同年9月，安南发表离职宣言，当中提到当今世界两项最值得关注的问题是非洲的暴力屠杀和阿拉伯与以色列之间的种族冲突。2012年2月23日，他出任联合国与阿盟联合特使，到叙利亚等国展开斡旋行动，以解决叙利亚危机，并提出了安南六点和平计划。2012年8月31日任期结束。2018年8月18日，安南于瑞士联邦首都伯尔尼病逝，享寿80