扁与马永成涉嫌教唆伪证部分，检察官也没有起诉，合议庭也将这部分移送检察官侦办。2009年12月2日上午，台北地检署侦办林德训在国务机要费案中教唆伪证罪，传唤林德训与曾天赐出庭作证，林德训出庭作证并否认涉案，曾天赐未出庭。2009年12月5日，《联合报》【黑白集】讽刺《自由时报》：「《自由时报》之『不自由』，最轰动的例子是2006年7月大幅『独家』报导『南线专案』：『甲君』坐计程车而来，在北一女门口下车，交出『林林总总一堆单据』，然后从总统府人员当场领取现金……。这样的情节，用脚趾头想都知道必假无疑；