编入第十八军建制，该部队原为黄埔教导第三师，编入时番号为第十四师，1954年（民国四十三年）后之番号为预六师，1973年（民国六十五年）番号改为第二〇六师驻地新竹关西（学六师），2009年（民国九十八年）番号改为十六师，2001年（民国九十年）1月因应精实案，师部改编为「十六师指挥机构」，所辖的六一六旅驻地桃园杨梅改编成联兵旅一一六旅、六一七旅驻地新竹关西改编成联兵旅一〇六旅、六一八旅驻地苗栗头份改编成联兵旅一一八旅。2004年（民国九十三年）4月因应精进案，第一一八旅裁撤、第一一六旅移驻斗焕坪并改编为后备