湾清治末期至日治初期，水坑地区为一街庄，称为「水坑庄」，隶属于竹北一堡。该庄北与石头坑庄、内立庄、打铁坑庄、下南片庄为邻，东与下横坑庄为邻，南边为中坑庄，西边为九芎林庄、上山庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「水坑」大字，隶属于新竹州竹东郡芎林庄。战后芎林庄改制为芎林乡，隶属于新竹县，大字亦改制为村。1950年桃、竹、苗分治，芎林