其驻地科布多发生大旱，噶尔丹被迫东征清朝。清朝康熙帝派兵攻打准噶尔，在乌兰布通、昭莫多两次击败噶尔丹。噶尔丹兵败逃亡，此时策妄阿拉布坦已趁机占据准噶尔故地，噶尔丹走投无路，被迫自杀。
生平.噶尔丹是准噶尔首领巴图尔珲台吉第六子，僧格的异母弟。其名取自藏语“甘丹”（）一词，意为兜率天。1648年，幼年的噶尔丹被认定为四世尹咱唿图克图的转世，1656年赴西藏拉萨大昭寺接受五世达赖喇嘛灌顶，此后去日喀则扎什伦布寺拜四世班禅喇嘛为师。1662年四世班禅去世，他又回到大昭寺追随达赖喇嘛，