2012年11月台湾逾2400医生连署反对中国共产党执政当局强制摘取法轮功及异见人士的器官供移植，施纯仁公开表示：「违反人的意志摘取器官，这种恶行已经不是医疗行为，已经是杀人行为了，放任现象横行，对人类是很大的灾难。」并唿吁门生公开支持。施纯仁认为，这对中国是一个关键时刻，他严词批评中国共产党执政当局是「生命尊重力量都没有的政府，将来这个政府绝对不能够生存下去。」（参见关于指控中共摘取法轮功学员器官的独立调查报告）
主要政绩.卫生署官网，列举施任内重要施政成果如下：Sectio