天皇为了牵制当道的外戚藤原氏，而重用道真。寛平3年（891年）2月，他补任藏人头的官位，后兼任式部少辅与左中辩。次年1月，升任从四位下，并于同年年底兼任左京大夫；寛平5年（893年）2月，47岁的菅原道真补任参议一职，并兼任式部大辅，后因兼任左大辩、勘解由长官、春宫亮，而免去式部大辅的职务。寛平6年（894年）8月，他被任命为遣唐大使，但在道真的建议下，当时的日本朝廷废止了遣唐使的职务，同年12月，菅原道真兼任侍从。895年，他兼任近江守一职，后升任从三位权中纳言，兼任春宫权大夫；其长女衍子成为宇多天皇