Liberacion Nacional，英译为Zapatista National Liberation Army）的自治区探访，结合查巴达领导人马诃士（Subcommandante Marcos）的童话诗文及报导，辑为《蒙面丛林》一书出版。2005年白米炸弹客杨儒门入狱服刑后，吴音宁与其书信往来，鼓励他透过书信写下自己的故事。2007年，出版25万字的《江湖在哪里？——台湾农业观察》记录下战后五十年台湾农业的发展与困境，被获评为当年的中时开卷版年度十大好书之一。2008年，出版个人诗集《危崖有花》，用诗的