位于地面，与铁路上海南站的站台一致，但彼此之间无法互通；1号线、3号线和15号线的站厅均位于地下一层，唯两者位于铁路站房的两侧，需由地下通道连接。1号线站台设于地下二层，15号线站台则位于地下三层。
1号线.1号线站厅位于铁路上海南站的北侧地下一层，呈东北-西南方向布置。其中收费区位于站厅南侧，设有三块进站区域和四块出站区域，设有连接三号线站厅的换乘通道。站厅非付费区内设有便利店、快餐店等商业设施。1号线站厅设有3组楼梯通往位于地下二层的1号线站台；同时还设有两组升降电梯：其中