包括加入「日落条款」订明出租西九站内地口岸区的租约期，以及只有通关、检疫等内地出入境法律适用于西九龙站的「内地口岸区」等，结果全数否决，大多表决以10秒时间完成。草案于6月6日在立法会大会恢复二读。民主派议员多次在会上抗议程序不公，陈志全、区诺轩、谭文豪及朱凯廸先后被逐。民主派会议召集人莫乃光批评叶刘淑仪主持会议手法不理会守则，全体泛民议员发表联署信，斥责政府、叶刘淑仪及其他建制派议员所为。6月14日，立法会大会三读以40票赞成、20票反对、1票弃权通过高铁一地两检条例草案。民主派斥条例粗暴通过。