事件及违反社会秩序维护法案件之审理。另外设有行政诉讼庭，受理第一审简易行政诉讼程序及交通裁决案件。台湾高等法院台南分院座落于中西区，为台湾高等法院的第一个分院，主要业务为审理及裁决云林、嘉义、台南三个地方法院第一审民事、刑事上诉及抗告案件。高雄高等行政法院在台南亦设有台南庭，座落于中西区，採巡回庭方式，审理嘉义、台南地区一般行政诉讼及第二审简易行政诉讼程序及交通裁决案件。
检察机关.台湾高等检察署台南检察分署座落于中西区，为台湾高等检察署的分署，办理云林、嘉义县市、台南四县