向一揆众在前往长岛之时却直接逃入城中，织田信长遂率全军将长岛城团团包围，切断其粮道。在一向一揆被织田军包围在长岛城同时，本愿寺显如也去信武田胜赖，希望武田家出兵牵制织田信长，武田胜赖也在8月24日回信承诺将出兵尾张、三河，但武田胜赖当年9月却是出兵远江国跟德川家康在天龙川对峙。在历经约3个月的包围后，长岛城内粮尽力屈，一向一揆众在9月29日降伏开城，获织田信长允降的一向一揆众乘船出城，但织田军却出尔反尔，安排了数千挺铁砲射击船只，企图逃跑的一揆众也被埋伏在河边的织田军杀害，连长岛一向一揆首领愿証寺的