位于横琴口岸旁的广珠城轨车站对接，实现两地轨道交通无缝换乘。但在最终兴建方案中，沿莲花大桥方向由高架逐步过渡至隧道路段，并以河底隧道的方式穿过十字门河道进入横琴岛的澳门管辖范围，于横琴口岸澳门口岸区的地底设车站，列车掉头处位于横琴口岸澳门口岸区属珠海市香洲区横琴岛管辖范围内的北侧，并不能与珠机城际无缝换乘。