道的感染比例较低，因此这类的配方奶可能可以预防新生儿常见的肠道及上唿吸道传染病。母奶益生菌也可以提高婴儿体内细菌中，益菌的比例，并且支持婴儿还不成熟的免疫系统。目前已知乳酸桿菌及双歧桿菌在肠道中定殖，并且和其他细菌竞争养份，可以抑制致病菌（例如及产气荚膜梭菌）的成长，避免这些细菌黏沾在肠道上。肠道内偏利共生的定殖也可以维持免疫系统的稳态，这些细菌会刺激辅助型T细胞1反应，并且对抗辅助型T细胞2对新生儿免疫系统的反应，减少发炎反应（例如坏死性小肠结肠炎）的发生率。婴儿若有哭闹症状，有可能是因为肠道中的