牢狱中，不知所终。温体仁死后，明思宗赠为太傅，谥文忠。福王朱由崧即位于南京后便削其谥号，弘光元年（1645年）三月又恢复了温体仁的谥号。《明史》将温体仁列入奸臣传，评价曰：“流寇躏畿辅，扰中原，边警杂沓，民生日困，未尝建一策，惟日与善类为仇”。王夫之《读通鑑论》评论董仲舒时提到：「温体仁行保荐以乱之，重武科以亢之，杨嗣昌设社塾以淆之，于是乎士气偷，姦民逞，而生民之祸遂极。」
墓葬.光绪《乌程县志》记有“明大学士温体仁墓在毗山下”，现有“明大学士温体仁墓遗址”石碑。