特区政府不应宣传和支持「两国论」，部份香港亲中传媒批评传媒不应该「鼓吹台独」。11月，郑安国工作签证期满，但香港政府没有续发签证，被调回台湾，但继任的张良任亦未能得到香港入境处签证；等待十三个月后，于2001年1月才成功赴港履新。对于此事，香港行政长官董建华表示中华旅行社代表要接受某些条件；香港特区政府则声明台湾当局及其人员在港从来没有官方地位。2005年，时任台北市长的马英九，原订于1月10日前往香港大学演讲「从台北看华文城市的兴起」及一系列观光推广演讲访问活动，但截至启程前一日仍未取得香港入境处签证