由于远东航空的运输许可证在2009年5月18日到期，远东航空在5月16日的最后期限之前，向民航局重新提出恢复营运计画书，将原本租机计画改为修机优先。2010年11月27日，远东航空成功完成特种适航，交通部民航局于11月29日发放适航证。因原先使用IATA代码FE的航空公司停飞，远东航空得以从长年使用的EF，更换为较符合公司名的FE。2011年4月18日远东航空正式复航，首飞台北至金门航线，10月起陆续加开航两岸航线，恢复亚洲区域的飞航服务。在经过五年的努力后，台北地方法院于2015年10月20日裁定重整