认为模式标本是由中位笼组成的，这就使得实际的植株表现为非典型的形态。暗色猪笼草分类的不确定性很大一部分原因是因为没有在模式标本的采集地重新采集标本，同时又将很多类似的植株混入这一类群中。马修·杰布和马丁·奇克在他们1997年发表的专着《猪笼草属（猪笼草科）的框架性修订》中试图解决这个问题，他们将暗色猪笼草描述为一个分布广泛且可变性极高的物种。
亚种.已有两个暗色猪笼草的亚种的描述，但其已都不属于暗色猪笼草：这两个亚种最初由朱马特·哈吉·亚当和克里斯托弗·C·威尔科克命名，之