府军对旧幕府军的据点箱馆展开总攻并取得胜利，是为箱馆战争。战后幕府设立开拓使，并将虾夷地改名为北海道，箱馆改名为函馆。明治时代的函馆是北海道的玄关，城市迅速发展。1895年，政府在函馆湾进行填海工程，港口和市区的规模都大幅扩大。然而随着北海道厅的成立使得札幌正式成为北海道的行政中心，札幌的外港小樽迅速发展为和函馆并列的北海道两大港口，函馆的工矿业贸易地位也因此相对下降。20世纪初期，函馆迎来了发展的转机。1907年日俄渔业条约签订使得日本获得在鄂霍茨克海和白令海等地的渔业权，因此迅速发展。因众多渔船自函馆出