政府征用作为办公厅舍，但后来被迳自指定为官有地，又指定作古蹟。期间两广同乡会一直希望取回产权，但遭日本政府拒绝。大正9年（1920年），广东记者团抵台南视察，发现两广会馆座落在市中心，建议改建为旅馆。民国18年（1929年）中华民国政府特命全权公使汪荣宝具名，以外交公文书形式，致函日本外务大臣币原喜重郎，要求发还会馆，但仍无下文。最后，两广会馆炸毁，战后台湾又由中华民国接管，两广同乡终取回土地产权，现已成为民居。