电脑进行模拟，计算可行的模型是建立在基本定律或基本定律吧的近似模型上的。例如，分子可以用薛定谔方程的近似解分子轨道模型进行模拟。在工程中，物理模型通常运用的数学方法如有限元分析。不同数学模型使用不同的几何学，但所使用的不一定是描述宇宙最准确的几何学。欧几里得几何多用在经典物理学中，而狭义相对论和广义相对论都是不使用欧几里得几何的理论。在数理生物学中，哈温定律描述一个无限大的族群、里面随机交配、没有天择或突变。族群遗传学模型常假设固定的族群大小。计量遗传学模型则假设连续性状。
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