洪武元年（1368年），邓愈加封太子谕德。挂征戍将军印，率领军队进军南阳以北。于是攻克唐州，进攻南阳，在瓦店击败元军，向北追击，直抵城下，攻克南阳，擒获史国公等二十六人。随州、叶县、舞阳、鲁山各州县相继投降。邓愈又率军攻下牛心、光石、洪山诸山寨，均州、房州、金州、商州全部平定。洪武三年（1370年），任征虏左副将军，协同徐达西征甘肃。王保保驻扎车道岘，邓愈直抵其堡垒，设立栅栏进行威逼，王保保部溃败。谕降吐蕃诸酋长，宣慰何锁南普等都交出印章，请求投降。明军追击豫王至西黄河，直抵黑松林，击斩元军大将。河州以西