院研究员朱浤源、黄彰健等人为彭孟缉翻案。但在原文目的写道「消除对外省人的误会，为中国统一促进」以及“彭孟缉处理高雄事件未犯错”为结论，至今仍受到争议。另彭荫刚在媒体刊登广告，歌颂其父一生，更于文章中指称当年二二八事件受难者为「暴徒」，该则广告引发受难者凃光明家属的强烈不满，控告彭荫刚诽谤。二二八事件受难者以及民间团体长期传言，彭孟缉死后入祀于忠烈祠是对他们的伤痛，因此应该将彭氏移出忠烈祠。但中华民国国防部出面釐清，国防部发言人虞思祖少将表示，彭孟缉的家属至今都没有向国防部申请入祀圆山「国民革命忠烈祠」，