鲁首都利马设有大使馆，秘鲁则在日本首都东京设有大使馆，并在东京、名古屋设有总领事馆。
历史.两国关系可以追溯到17世纪初，当时即有日本人移民到秘鲁，而当时的西班牙商人也已经与日本商人有经贸上的往来，他们将日本商品带入了当时还是西班牙殖民地的秘鲁。1872年5月，一艘秘鲁轮船玛耶西号运载232名契约华工从葡属澳门前往秘鲁卡亚俄港途中，由于船只损坏，被迫驶入日本横滨，其中的一名不堪受虐的华工跳入海中，被英国水手救起。英国方面在了解玛耶西号虐待华工的情况之后，通知了日本外务大臣，日方