，清康熙年间又进行大修。保国寺大殿为全寺现存历史最悠久的建筑，建于北宋大中祥符六年（1013年），是长江以南现存为数不多的北宋木构建筑之一，宋《营造法式》的重要实例，亦以“鸟不入，虫不蛀，蜘蛛不结网，灰尘不上梁”闻名。1961年，保国寺被列入第一批全国重点文物保护单位。至2017年，保国寺已无宗教活动，由保国寺古建筑博物馆管理，并成为清华大学、同济大学等多所一流建筑专业高校的教学研究基地。因建筑与韩国、日本同时期寺院的相似性，保国寺被列入海上丝绸之路申遗推荐项目。
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