制巨兽行动的「奥卡装置」（），使失控的摩斯拉平静下来。但基地很快遭受由艾伦·乔纳为首的生态恐怖团体袭击，抢走奥卡装置并劫走艾玛和麦蒂森，摩斯拉则逃往附近瀑布中结茧。两位君主高层芹泽猪四郎和薇薇安·葛拉罕召回艾玛的前夫马克协寻艾玛母女的下落，身为人与动物关系学专家却厌恶巨兽的马克，为了救妻女而勉强协助他们。当时栖息于百慕大海底的哥吉拉开始游往南极洲，众人推测乔纳身在南极洲的君主基地，其准备释出一只被冰封数千年的三头巨龙「零号怪兽」，其跟哥吉拉竞争顶级掠食者地位。军队抵达基地后撞见撤离中的乔纳一伙，然而艾玛