院制系统管辖着大学的一切行政事务。多伦多大学的名誉校长通常会由一名前加拿大总督、安大略省省长或外交官来担任，是学校名义上的长官，行政校长则是由委员会钦定为首席执行官。与北美大多数的高等教育机构不同的是，多伦多大学是一所联邦制大学，基本结构效仿自英国的剑桥大学和牛津大学。每个学院在录取、奖学金、教育项目和其他相关的学术或经济事务上有一定的自治权，这也包括了传统住宿型学院所拥有的住房及相关事物方面的权力。每个学院都有自己的历史、特色和资源，除了提供住宿设施之外，亦负责部分的教学事务。这一系统在十九世纪逐渐完善