东马两部分，西马的铁路系统由马来亚铁路管理，由新加坡出发一路往北连接了西马地区的主要城镇；东马则仅有一条沙巴州铁路，负责沙巴境内旅客和货物运输服务。轻快铁方面，马来西亚拥有非常密集以及复杂的轻快铁网络连接吉隆坡周围、整个吉隆坡首都的各个角落、布城、雪兰莪部分地区以及吉隆坡国际机场等等地区。目前马来西亚中央政府正规划在全西马各主要大城市设立与吉隆坡相同的轻快铁网络。
港口.马来西亚的主要港口包括了巴生港（Port Klang）和丹戎帕拉帕斯港（Port of Tanjung Pe