复杂案件，如果中央军纪委调查完成，但中央纪委听取中央军纪委调查结果之后认为有必要进一步调查，中央纪委也会与中央军纪委联合办案。例如中央纪委参与调查了谷俊山案。此外，例如调查徐才厚等高级军官时，中央纪委也会参与调查过程。2016年1月10日，在深化国防和军队改革中，军委机关调整组建，成立新的中央军委纪律检查委员会（简称“中央军委纪委”），为军委机关的15个职能部门之一。2016年2月，中央军委纪委开设信访举报专线电话及专用信箱，“主要受理对军队单位、军队管理的人员违反党纪军纪问题的检举控告，以及军队党