不知该如何处置天皇，但天皇此后更加深了倒幕的意志，同醍醐寺的文观、法胜寺的圆观等僧人亲近。元德二年（1329年）假借为中宫安产祈祷为由，暗地里为征讨关东祈愿，并拉拢兴福寺、延历寺等寺社势力的关系。但大觉寺统的贵族大多支持邦良亲王，而持明院统的贵族则支持镰仓幕府，后醍醐天皇陷入了孤立状态。而且邦良亲王病死后，镰仓幕府指定持明院统的量仁亲王为皇太子，后醍醐天皇的皇位岌岌可危。元弘元年（1331年）后醍醐天皇再次计划倒幕，但被身边的吉田定房告发；后醍醐天皇携带三神器逃出京都，以比叡山为据点，举兵讨幕。但最后被包围