年（天文十三年）出生，为丹波国新乡领主赤井时家第四子直之的嫡男。此后，直之从赤井氏独立，领有信浓国山口之地，改名山口直之，出仕于德川家康。1585年，山口直友继承家督之位，前往骏河国的兴国寺城，追随松平清宗，防备小田原的后北条氏。北条氏灭亡后，获得下总国千叶郡300石的领地，列近习。1598年，加增上总国周准郡230石。山口直友与九州关系很深。1599年（庆长四年），岛津氏与其重臣伊集院氏发生纷争，史称庄内之乱。山口直友作为德川家康的使者前去调停，达成岛津义久、岛津忠恒以及伊集院忠真之间的和解，结束