位继承战争于1580年被邻国西班牙哈布斯堡王朝呑併，西班牙国王宣佈兼任葡萄牙国王，组成伊比利联邦。直至1640年才重新独立(葡萄牙王政复古战争)，但国力已不复当年，难以与英国、荷兰、法国等新兴殖民帝国争霸，但依旧保留了「老牌殖民国家」的身份。葡萄牙在亚洲殖民争夺中失去优势，在入侵香港的屯门海战被明朝击败只留下东帝汶及澳门两地。葡萄牙为了重夺霸权，努力发展。但在1755年里斯本大地震中首都里斯本被重创，粉碎了葡萄牙的野心，后集中发展葡属巴西。在拿破仑战争中葡萄牙皇室被迫迁移到巴西，令巴西发展到与宗主国同级