终导致了施马尔卡尔登战争（Schmalkaldischen Krieg）的爆发。维滕贝格继续保持了正宗路德宗的中心。
17和18世纪.17世纪初着名学者如丹尼尔·森纳特（Daniel Sennert）等还吸引了许多学生，但是三十年战争开始后局势转换了。1626年城墙再次被加固，能够服役的市民加强城墙的守护。维滕贝格本身在战争中受到的破坏有限，但是它周边的许多地方被焚毁。许多人逃到维滕贝格的城墙里寻求保护，这导致市内爆发饥荒和瘟疫，使得市内人口减少。1637年维滕贝格击退了瑞典将军约