一条DNA链上也发生了相同的反应，这样就在两条链的骨架上分别暴露了两个游离的3'羟基，这时的DNA-酶复合物即是反应的中间体。下一步，DNA上游离的3'羟基会与另一条DNA上的5'磷酸基团共价连接，并使后者和重组酶上的酪氨酸残基解离，生成重组反应中的霍利迪交叉。这样，两条原本并不相连的DNA链连接在了一起，再通过后续的酶切和连接，两端DNA序列发生了互相交换，蛋白质之间的相互作用促进并指导了这个过程的进行。当某些病毒，比如一些噬菌体侵染细菌细胞时，会将自己的遗传物质整合进宿主的基因组中。发生整合的特