被囊动物亚门）在深海相对丰富，而以这些胶状的生物为主食的深海鱼很少，仅限于黑头鱼科、后肛鱼科和小口兔鲑科（后两者属于水珍鱼目）等 。尚不清楚其它鱼是因为它们营养成分低而避免食用，还是因为它们被迅速消化以至于无法从胃的内容物识别。以刺胞动物为主食的深海鱼的口腔和食道被厚厚的结缔组织覆盖，可以保护它们免受刺丝胞毒素的伤害。中大型游泳深海鱼中食鱼的很多，如巨口鱼目，丰富的灯笼鱼是重要猎物。沉降至海床的大型生物的遗骸也是深海生物的重要食物。无颌类所属于盲鳗科与通鳃鳗科的寄生鳗，是专门食用这些遗骸的食腐深海鱼类。