。本疾病的患者致密部神经元大量死亡，有的甚至丧失高达70%的神经元。一般来说，正常人的蓝斑核及黑质颜色较深，因为该区的细胞会产生。而帕金森氏症患者的蓝斑核及黑质会因神经元大量死亡而显得较淡。则可观察到黑质的神经元数量减少，并在残余细胞中存有；同时，星状细胞会伴随着神经元一起死亡，则会活化以清除细胞残骸。其中路易氏体为帕金森氏症最具鑑别性的病理特征。
病理生理学.帕金森氏症的主要症状大多肇因于黑质的多巴胺性神经元退化。大脑基底核与外界联系的路径大致依其投射位置可分为五条，分别