次真正步入政坛，也正式与中华人民共和国交手。作为陈水扁任内首位行政院大陆委员会主任委员，她还是行政院大陆委员会首位女性主任委员、及首位完成4年任期的主任委员。在这期间，她认为「特殊的国与国关系」是开创海崃两岸关系新架构的提议，并紧急阻止陈水扁接受「九二共识」。在这期间，蔡英文最重要的海崃两岸政策，是在第一线与中国大陆协商，最后促成「小三通」模式自2001年1月1日起开放，实现小规模的通商、通航和通邮。她还曾自称是台湾人，也是文化和血缘上的中国人。2001年，陈水扁提出「统合论」，蔡英文则避开新闻媒体不断