惩戒委员会于柯文哲出国开会时以突袭方式公布处分，让他没回应机会，她也用柯文哲不在台湾管不到她的时候说明事件始末，并控诉相关人员伪造流程陷害丈夫。她说：柯文哲扛下责任可以接受，但她无法接受基于落实穷人器官分派正义、全力为台大医院投入器官劝募制度设计6年、器官移植17年都没拿半毛钱的柯文哲扛下罪责污名。至于柯文哲会否因医师生涯受阻而改选市长，陈佩琪表示：当医生不错的人为什么要从医界出走，一定是有原因。如果丈夫要选，不用家庭革命，我尊重支持！2014年1月，柯文哲在其新书《白色的力量》发表会上提到陈佩琪对于他