2002年1月1日，该校因为工业中学教育政策之改变而由「棉纺会职业先修学校」改名为「棉纺会中学」。在2007年，该校的步操乐团与香港福建中学（小西湾）升旗队乐队、香港少青步操乐团、香港中文大学校友会联会张煊昌中学步操管乐队以及岭南中学步操管乐队参与中华人民共和国58周年国庆巡游庆祝活动。学校的银乐队曾于2011年3月21日参与珠海学院举办的植树活动。同年4月，棉纺会中学被九龙仓集团有限公司选为其中一间中学（总共10间），参加为期6年的「学校起动计划（Project We Can）」，并连续6年每年获资助20