农委会告知自由时报等媒体这不是H5N2禽流感而是另一种「新城病毒」，但新闻报导后，防检局又发了篇新闻稿表示「不是新城鸡瘟（Newcastle disease），暴毙原因不明」转变原本说法。而李惠仁调查，真正的答案病毒已变种在地化。然而台湾没有回报给世界动物卫生组织（OIE）任何情报，农委会反而在12月把新城鸡瘟病毒从甲级降到乙级。2010年一月发生大量鸡只死亡的疫情，发现H5N2，家畜卫生所连续做了两次试验，检测后发现28间养鸡场都呈现阳性反应，指数都远远超过世界动物卫生组织所建议之国际判定标准。2010年