军入关。林庆业便与明将马腾高并肩作战。后来兵败，马腾高被俘降清，林庆业再次失去了抗清的机会，计画逃跑时被下属出卖而遭清军俘获，解赴北京。然而，朝鲜将军沈器远得知后便发动政变，迫使朝鲜仁祖要求清朝释放林庆业归国。1646年，林庆业回国途中，被朝鲜大臣金自点指使护送士兵谋杀了他。1697年，朝鲜肃宗追赠林庆业忠愍的谥号。