天正10年（1582年）的本能寺之变中，织田信长横死，沟口秀胜作为丹羽长秀的从属，加入丰臣秀吉方，在天正11年（1583年）的贱岳之战后，沟口秀胜随丹羽长秀转封至加贺国，获得江沼郡大圣寺城四万四千石的领地。天正13年（1585年），丹羽长秀之子丹羽长重被改易至若狭，沟口秀胜被丰臣秀吉招揽为直臣，保有原领，后来也参加九州征伐等战事，在天正15年（1587年）被秀吉封为从五位下伯耆守。庆长3年（1598年）沟口秀胜被转封到越后国蒲原郡新发田城，领地增加到6万石。庆长5年（1600年），沟口秀胜在关原