现了新石器时代遗址十一处，从出土的遗物分析，这些遗址属于同一系统的文化。之后再根据考古学家的考证，澎湖在5000年前就有人类活动，出土的文物以粗绳纹陶为代表的新石器文化，据推测当时的先住民可能是来自台湾西南部的暂时性居民，活动地点散佈在吉贝屿、白沙岛、澎湖本岛、西屿及望安岛等地，因此有学者认为今日的澎湖白沙乡的吉贝与赤崁，其地名的由来与台湾西南部的原住民有关。1983年由中央研究院历史语言研究所臧振华发现白沙岛莳板头山车边海岸的莳板头山文化遗址。1984年挖掘后发现该遗址有粗绳纹陶（4800年）素面红陶