担任参将，分守宁夏西路，以勇敢闻名。安化王朱寘鐇谋反时，冯祯驰奏报告。事后进署都指挥同知。不久，擢为副总兵，协守延绥。武宗正德六年（1511年），中原发生盗乱，他率领所部前往讨伐，在阜城破敌并解曹州之围，因功进升为都督佥事。次年，再次率领副总兵时源，参将神周、金辅击败刘惠、赵鐩叛乱。之后因官军内部不协，冯祯力战而亡。赠洛南伯，赐祭葬，授其子冯大金为都督佥事。