汉人反清复明运动与防止散播不利皇帝的消息，屡兴文字狱以控制士大夫的思想。文字狱之案件常是无中生有，小人造谣所为。较大规模的文字狱甚至可以牵连多人受害。柳诒征称“前代文人受祸之烈，殆未有若清代者。故雍干以来，志节之士，荡然无存。……稍一不慎，祸且不测。”。顺治四年（1647年），发生第一起文字狱“函可案”。一位法号函可的和尚因藏有“逆书”《变记》而被逮捕，后来流放到沈阳。顺治末年又发生庄廷鑨明史案，并惊动朝廷中的辅政大臣鳌拜等人。清朝诸例文字狱中，有名的有康熙时期的南山案、雍正时期的查嗣庭试题案和吕留良案等。