蛋白质家族。
识别.蛋白质超家族可以用多种方法进行鉴定。
序列相似性.之前，不同蛋白质序列之间的相似性曾被作为推断同源性最常用的指标。序列相似性被认为是相关性的一个指示物，因为相似的序列很有可能来自于基因重复和趋异进化，而不太可能来自于趋同进化。由于密码子简并的缘故，蛋白质的氨基酸序列一般比核酸序列更具有同源性。由于某些氨基酸的性质较为相似（在大小、电荷、疏水性等方面），发生在它们之间的保守突变往往对蛋白质的功能仅具有中性的影响。基本上，蛋白质序列中最保守