之士积极的推动下同意任职一年期限的约定，他于同年4月1日就任长冈市第一任市长。在这种情况下，牧野忠笃迎请在内务省工作的河岛良温担任副市长。在他任职市长期间，他将市政重点放在长冈市的未来规划并投注在教育、东山区的油田的开发、长冈高等工业学校上（现在的新潟大学工学部）。牧野忠笃在辞去市长职务后继续担任贵族院议员，并担任帝国农会会长、大日本蚕丝会会长、引领日本生丝业界的发展。此外，山本义路（带刀）在戊辰战争死亡而无子嗣以继承旧藩的山本家业，于是牧野忠笃推荐当时在海军服勤的高野五十六少佐担任山本家家督，