但因与驻日盟军总司令佔领与教育政策矛盾，引发在1948年于大坂及神户地区抗议的坂神教育事件，之后全国各地朝鲜学校被关闭。1950年代半再重新建立，1960-70年代各都道府县也逐渐承认朝鲜学校。这些学校多由朝鲜提供营运经费，由朝鲜总联管理，教科书为朝鲜大学与学友书房共同编撰与印制，经由朝鲜政府所审阅过（另有少数韩国学校由zh-hans:韩国;zh-hant:南韩提供经费及由在日本大韩民国民团管理）。日本政府往往拒绝向他们提供经费，一些自治体有拨款补助或是低廉租金提供校地。