垂直管理。任上查处了上海社保基金挪用案等重大案件，查办上海市委书记陈良宇、郑筱萸等官员。2007年10月22日，69岁的吴官正因为年龄原因在中共十七届一中全会后卸任中共中央政治局常委和中央纪委书记退休，其中共中央纪委书记一职由时任中共中央组织部部长贺国强接任。吴官正在离任时感慨：“面对严峻腐败、消极情况、积重难返的问题，我给自己仅能打59分，不及格。”并对其未能推行的干部财产收入申报公开机制；现行纪委、监察部组织架构和隶属关系的改革；官员公款消费禁令的三事抱憾。
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