后，侯世奎被捕关入监狱，直至第二次国共合作之后获释。1938年3月到达西安八路军办事处。进入延安抗大学习，通过了党组织对他的历史审查。1949年底，回到家乡任甘肃军区参谋长。1952年，侯世奎调任西北军区干部文化学校校长。1955年，授予中国人民解放军少将。1961年1月任中国人民解放军甘肃军区副司令员。1966年离休。