东汉光武帝复鲁郡为鲁国，先后封刘兴和废太子刘彊为鲁王，沿用西汉鲁城。三国和西晋时鲁县仍为鲁郡郡治，但城垣再度缩小。隋代易名为曲阜县，属兖州。曲阜首次从地名正式成为行政区划名。宋真宗大中祥符五年（1012年）闰十月改名为仙源县。相传黄帝出生地寿丘在此县，而宋真宗宣称黄帝是保生大帝降世（后又降世为宋朝皇室始祖赵玄朗），故此处为神仙之源头。宋真宗江县治徙往寿丘，并建造景灵宫以奉祀黄帝，又特定仙源县官由孔子后裔充任。干隆《曲阜县志》卷二十四记曰：“帝言轩辕黄帝降于延恩殿，谕群臣曰，赵之始祖再降乃轩辕黄