武帝询问《左氏疑义》三十多条，尚书仆射范阳张缵、太常卿南阳刘之遴和他讨论，二人都无法反驳他的意见。萧济担任南梁的祕书郎，迁任太子舍人；因参与平定侯景之功获封松阳县侯，食邑五百户。陈霸先镇守徐方，委任萧济为明威将军、征北长史。承圣二年（553年），征召为中书侍郎，转官通直散骑常侍。陈蒨任职会稽太守，又以他出任宣毅府长史，转迁司徒左长史。陈蒨即位为陈文帝，授侍中，不久改授太府卿，但因为母亲逝世不接受任命。萧济为陈霸先和陈蒨佐理政务，得到两朝君主的厚待，赏赐比平常人丰厚；历任兰陵、阳羡、临津、临安等县令，在地皆有