障方舟子的人身安全。同时成立监管小组，向小组公开帐目并接受监督。这两项基金未向社会公布过其基金使用明细。在2013年与崔永元有关转基因食品的争论中，这一点亦遭崔永元及其支持者的质疑，被指为「黑资金」。2007年1月，冼岩发表评论，认为方舟子巧妙避开何祚庥曾留下污点的控制论、共振论和基因学说等，恰到好处既抨击“伪科学”，又保护了成为他衣食父母的何院士。
为何祚庥授奖.2014年1月13日，“新语丝”网站经营者方舟子授予何祚庥由林树坤赞助的“新语丝科学精神奖”，奖金为一万瑞士法郎。