小瓜虫等。纤毛虫在分类上比较复杂，尚无统一的定论。按传统的分类，原生动物作为动物界中的一个门，纤毛虫为其中的“纤毛纲”（Ciliata），有时也将其列为原生动物门的纤毛亚门，或将原生动物看作动物界的一个亚界，纤毛虫划为一个门——纤毛门。按照汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出的分类系统则属于囊泡藻界的“纤毛虫门”（Ciliophora）。
细胞结构.
细胞核.与其他大部分真核生物不同,纤毛虫有两种大小不同的核，一种是二倍体的小核，负责基因重组；另一种是多倍体的大核