东宁王国为期21年的统治正式结束。明朝宗室朱术桂等因不愿投降而自杀，若干郑氏宗室（如郑成功第六子郑宽）因担心遭到迫害而从此隐姓埋名。后人郑守让称祖先因此举才得以侥幸躲过满门抄斩，因此告诫后世子孙不得对外洩露家族为郑成功后代的秘密。台湾自十六世纪（明代嘉靖朝后），便是福建、广东、日本等海盗倭寇的窝藏之地，由于贸易昌盛，陆续吸引西方国家如葡萄牙、西班牙进犯明朝东南沿海海域荷兰与西班牙更一度佔领台湾作为对明朝、日本贸易的据点，继而统之的东宁政权，即是来自以郑芝龙、郑成功父子为首海商武装集团势力的延续。