.大通寺的前身是南汉僧人达岸建设的寺院，名为「宝光寺」， 是南汉时期有名的兴王府南七寺之一。
宋朝.政和6年（1116年），经略使觉民在寺院题书「大通慈应禅院」的横额，「大通寺」因而得名。宋朝时期，大通滘（今白鹅潭西侧的花地河）是西江、北江行船的必经之处，成为广州的一大港口——大通港，并促使大通寺以南发展成为广州八大镇的大通镇。
清朝.康熙年间，大通寺经过重新装修，扩大寺院的范围，修建了辉煌的大雄宝殿和天王殿，并在烟雨井附近修建六角亭、烟雨楼和精舍。