920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「石龟溪」大字，隶属于台南州斗六郡斗南庄。1940年，斗南庄升格为斗南街。战后斗南街改制为斗南镇，隶属于台南县，大字亦改制为里。1950年10月，云、嘉、南分治，斗南镇改隶属云林县。
聚落.本地区发展较早的聚落有石龟溪、南靖厝、包厝（下庄仔）等，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有埤寮地名。
交通.台铁纵贯线是台湾西部南北铁路干线，大致以北北东—南南西走向经过石龟溪