长胡乔木（中央书记处候补书记），副院长兼党委书记周扬（中央候补委员、中宣部副部长，文艺界实际工作的最高领导人），副院长胡绳（原中央政治研究室副主任、《红旗》杂志社副总编辑），秘书长柴沫（原中央政治研究室秘书长）。马列主义研究院成立后，起初租用北京市海淀区西颐宾馆北馆作为办公场所，后迁至中央党校。研究院成立后，遵照陈伯达的意思，工作人员全都下基层，起初在北京市通县农村开展“四清”，后又在北京、天津的工厂开展“四清”。1966年6月，陈伯达命工作人员全体回院参加“文化大革命”。在这期间，陈伯达先后主笔起草了