翻尼迈里后，科普特领导人在1986年选举中，支持了一位世俗候选人。然而，全国伊斯兰阵线在军方的帮助下，推翻了当选的萨迪克马赫迪政府，因而社会重拾了对科普特人的歧视。数百名科普特人被公务员和司法部门解僱。1991年2月，一名为苏丹航空公司工作的科普特飞行员因非法持有外币被处决。在他被处决之前，如果他皈依伊斯兰教，他就会获得大赦和金钱，但他拒绝了。成千上万的人参加了他的葬礼，许多科普特人遭到处决，并且开始逃难。科普特人对苏丹国籍的限制渐渐增加，他们很难透过出生或归化获得苏丹国籍，因此常在出国旅行时造成问