波黑政府一共只能控制25%的波黑领土，并且实际上只能代表波斯尼亚克族。1995年8月，北约对波黑塞族军队进行了长达两周的空袭，波黑政府军和克族武装趁机发动反击，从塞族手中占领了大量的被占领土。联军迅速占领了波黑的一半土地，并反包围了塞族的统治中心巴尼亚卢卡，迫使塞族回到谈判桌前。1995年12月14日，斯洛博丹·米洛舍维奇、弗拉尼奥·图季曼和伊泽特贝戈维奇分别代表南斯拉夫、克罗地亚和波黑三国，在美国的斡旋下签署了《代顿协议》，宣告波黑内战告一段落。根据代顿协议，次年重建了三人波黑主席团，伊泽特贝戈维奇作