方周末》经常会因为违反中宣部的某些禁令而遭到中国大陆的新闻监管部门的批评和处分。有时舆论监督报道涉及的地区，会出现买不到当期《南方周末》的情况，据称可能遭到恶意收购或阻止在当地发行。
2001年.长江文艺出版社出了上下卷《中国底层访谈录》之后，中宣部发布禁令；该书作者廖亦武向美国之音指，《南方周末》整版刊登了作者关于此书的谈话，报纸的主编、副主编和编室主任等统统被撤职，出版社也遭受巨大经济损失。
2002年.2002年《南方周末》头版揭露希望工程负责人挪用