非主义和伊斯兰其他形式的神秘主义派别的活动改为秘密进行，其中一些教派仍然拥有众多的追随者。为了避免仍然有效的这些禁令，这些组织使用“文化协会”的名称。 自公元4世纪起，该市就是希腊正教会的精神领袖君士坦丁堡普世牧首的驻地。目前的驻地为芬内尔区的圣乔治主教座堂。土耳其正教会和亚美尼亚使徒教会，各有一位宗主教驻在伊斯坦布尔。在保加利亚正教会的自主地位得到其他东正教教会的承认以前，其总部也设在伊斯坦布尔。土耳其大拉比也驻在伊斯坦布尔。许多地方反映进入伊斯坦布尔的不同团体，主要的有阿尔巴尼亚村（Arnavutk