黑山前锋德扬·达米亚诺维奇等球员的出色发挥，得以夺得亚军，在冠军赛中被水原击败。球队因此获得2009年亚足联冠军联赛的参赛席位。在2009年亚足联冠军联赛小组赛中，首尔首战4－2战胜了印尼球队斯里维加亚，随后便遭遇三轮不胜，败给日本球队大坂钢巴，在与中国球队山东鲁能的两回合较量中取得一平一负，出线机会渺茫。但首尔于随后两轮取得连胜，再加上出线竞争对手山东鲁能爆冷败给斯里维加亚，首尔得以“起死回生”，以F组次名自小组出线进入淘汰赛。淘汰赛阶段，首尔在与鹿岛鹿角的两回合较量中以5－4的总比分将之淘汰，进入半