堂内部的装饰也是非常华丽。教堂中保存有圣方济各沙勿略的画像。沙勿略的墓室是1696年由美第奇家族的托斯卡纳大公科西莫三世捐赠的，由17世纪佛罗伦萨的雕刻家（）花费十年之功才最终完成。保存遗体的棺椁则由纯银制作。另外，在教堂二层的艺术画廊收藏有果阿本地超现实主义画家Dom Martin的画作。