三年（530年），元显恭被授任安东将军、大司农卿、河南邑中正，很快转任使持节、都督东荆州诸军事、中军将军、东荆州刺史，代理征南将军，东荆州都督，其余官职如故。魏孝庄帝元子攸刺杀尔朱荣后，于永安三年十月授任元显恭使持节、都督晋州建南汾三州诸军事、镇西将军、晋州刺史，兼任尚书左仆射、西北道行台、大都督节度薛善乐、薛修义、裴元隽、薛崇礼、薛憘族等诸军，率领禁军，西援平阳，抵御尔朱世隆。尔朱兆攻入洛阳后将魏孝庄帝害死，元显恭在正平被尔朱世隆的部将刘贵击败，元显恭被擒获，后被害死在晋阳。魏孝武帝元修初年，朝廷赠予元显