整体打捞船体，方案有三：一是用沉箱整体罩住打捞；二是将船体分拆打捞；三是将船体用特种胶水粘牢后托出水面。由广东省文物考古研究所与国家水下文化遗产保护中心在4月9日开始对南澳一号重新打捞文物。
发掘情况.文物基本上为漳州市平和窑克拉克瓷的瓷器，此外还有景德镇产的彩釉瓷器以及金属器等。瓷器的主要类型包括青花瓷大盘、碗、钵、杯、罐、瓶等，此外还有釉陶罐、铁锅、铜钱、铜板以及锡壶等。在出水瓷器的纹饰中有人物、花卉、动物等图案以及汉字。如用莲花代表“廉政”的“廉”，用鹿代表仕途的“禄”。纹饰