华民国时期，塔内楼板楼梯被毁，而塔院成为兵营，后来冯玉祥曾在此创办军事学校，寺庙的其余附属建筑被全部拆除。20世纪50年代时，平凉曾多次发生7.0级以上地震，延恩寺塔的第六层和第七层被震出8-10厘米的裂缝，塔刹被震倒。1963年，延恩寺塔被列为甘肃省文物保护单位。1985年，甘肃省文化厅拨专款10万元对宝塔进行了维修。2006年，延恩寺塔被列为全国重点文物保护单位。2012年，延恩寺塔的维修加固工程正式开工，并于当年6月完工。2014年，延恩寺塔周边护坡抢险加固工程正是通过国家文物局审批，并获得了国家文物