日，军医学校第二次成立，不过因为原校址已经由水路部占用，所以一段时间内军医学校还要继续借用海军大学校的校舍和设施。1900年（明治33年）5月24日，学校不再直属于海军大臣，而是改为隶属于海军省医务局。1904年（明治37年）1月18日，为应对日俄两国之间的紧张局势，各教职员纷纷调动至别处，学校一度停止授课，直到1905年（明治38年）10月重新和平为止，学校才陆续恢复运作。1907年（明治40年），日本修订了海军高等武官条例，在除官立、公立医学院校外，也允许从部分已经由文部大臣批准的私立医学院校里挑选