团军总司令胡宗南将军曾前往拜访李玉阶，名动一时。1942年，完成《新宗教哲学思想体系》。1943年至1944年间，李玉阶在甘肃宣扬天人教。1946年，李玉阶在上海发起「宗教徒和平建国大同盟」，唿吁国共停止争端，和平建国。经淤驰道人指示，李玉阶全家前往台湾。
台湾时期.1951年9月21日，《自立晚报》复刊，李玉阶担任发行人，他在报上定时撰写专栏，正直敢言，极受好评。1958年5月，内政部修定《出版法》；李玉阶认为此举违反新闻自由，宣布退出中国国民党。此后《自立晚报》报头下方