后，吉利支丹大名遭受强大的政治压力，许多人遭改易解职，或者被迫改信佛教、神道，整个日本进入镇压禁止基督教的时期。
江户时代.进入江户时代后，幕府于1613年（庆长18年）发出，拒绝放弃信教的高山右近最后遭流放至菲律宾马尼拉，而有马晴信则遭流放至甲斐国初鹿野，复因被家臣斩首。后来，吉利支丹大名不复存在。这些大名领辖境内的吉利支丹被迫改信佛教，却成为「隐匿基督徒」。最着名的例子莫过于岛原之乱，许多基督徒在这次一揆抗争中惨遭杀害。