则设在九龙石硖尾南昌街382号公共衞生检测中心，另于沙田沥源健康院设有化学病理及血液科实验室（未来将迁往公共衞生检测中心）。由于2019冠状病毒病香港疫情的缘故，卫生防护中心亦在2021年1月11日起，设立一个临时的跨部门密切接触者追踪中心，位于九龙启德协调道3号启德社区会堂，由各纪律部队借调人手运作，并由此中心协调。