88年5月，万绍芬调中央工作，出任中华全国总工会副主席、党组副书记，继续享受正部长级待遇；同年12月起，至1995年10月，又出任中共中央统战部副部长。1993年3月，万绍芬当选第八届全国人大常委会委员兼华侨委员会副主任委员；同时，她又获委任为香港特别行政区筹备委员会预备工作委员会委员，参与筹备香港主权移交有关事务。1998年3月，万绍芬连任第九届全国人大常委会委员，并出任内务司法委员会副主任委员。