1994年起，台史所刊行《台湾史研究》季刊。台史所举办的国际学术研讨会及出版书籍史料，涵盖台湾原住民、台湾与东南亚/南岛语族、台湾宗教、台湾农民运动、台湾民族主义、孤拔、林献堂、陈澄波、台湾总督府、台湾拓殖株式会社、台籍日本兵、二二八事件、简吉、赖永祥、兰大弼、泰源事件、台湾民主化、国会耆宿、九二一地震等领域。