特征与某些原始的原猴类相似，因此科学家曾对于树鼩目该被置于食虫目还是灵长目有不少争议。后来食虫目被发现是一个多系群，其成员陆续独立出来或被分置于其它目，食虫目因而被取消了。树鼩目则依分子学研究而被置于灵长总目之下的灵长动物分支，成为皮翼目和灵长目的近缘旁系群。依灵长形学说，本目与灵长总目各目的关系如下：