2000年总统大选，颜万进曾参与撰写陈水扁总统两岸政策白皮书，并担任陈水扁总统竞选总部战情部主任，参与各项决策。陈水扁当选以后，民进党中国事务部于颜万进主任任内开始出版《中国事务》季刊。
所属派系.在派系上，一般认为颜万进属于新潮流系，颜万进并曾担任该派系领导集体「政协」的委员。
涉入弊案.2006年7月19日，颜万进因涉台北市北投区北投空中缆车弊案，遭检方依贪渎罪嫌声押；20日下午，台北地院裁定颜万进羁押禁见；当天，颜万进主动请辞获准。2007年9月