庙内供奉的二祖、三祖神像为创建时期原尊，格局为传统两殿两护室，带拜亭及钟鼓楼，偌大的庙庭仍是内惟地区保有阵头练习的传统。内惟青云宫同时也是左营旧城城隍庙兴隆内外里十三公庙之一。
祀神.内惟青云宫主祀保生大帝、保生二大帝、保生三大帝，配祀福德正神、註生娘娘、虎爷、中坛元帅、太阳星君、孚佑帝君、观音佛祖、太岁星君、元帅爷公。