04年修改路线，设计改为将马铁（今马鞍山线）经红磡接驳西铁（今西铁线），成为东西铁路走廊，而第四条过海铁路线则由东铁（今东铁线）过海，成为南北铁路走廊。沙中线慈云山和黄埔花园地区的服务方式也经过多次转变，九铁曾建议于两地区兴建自动行人运输系统，分别连接钻石山及红磡站。拟议的中环西站因地质问题而修改位置，成为中环南站。由于有投资者担心九铁营运沙中线会浪费资源和构成恶性竞争，政府于2004年开始研究两铁合併，并于2006年通过。沙中线因此需再作规划，后于2007年公佈合併计划，保留原有东西、南北两条铁路走廊