治下，波立联邦在对外战争的成就当中，迎来国际地位、军事与经济影响力的顶峰期，是「波兰黄金时代」的最后光辉；但另一方面是，他受耶稣会鼓动，把天主教激进的反宗教改革潮流引入联邦，使得原本宽容合作的教派与贵族出现裂痕，并且浮现出导致后来联邦衰落瓦解的预兆。现今波兰通俗的历史书籍，常常把联邦衰落的源头归咎于他，但学术性的历史学者却认为这并非他的过错，也不是他所能掌控，而较多是植基于联邦体制原本分权倾向的巨大弱点（波兰特有的贵族民主制）。但是，齐格蒙特三世应该为后来的联邦衰落负上多少责任，仍是一个高度争议的话题，