第21轮京都不死鸟对阵栃木SC的比赛中，久保裕也迎来了自己旅欧前的最后一战，最终京都不死鸟2：2战平栃木SC。在2013年赛季中，久保裕也在日乙联赛出场16次，打进7粒进球。2013年7月1日，久保裕也由京都不死鸟转会至瑞士足球超级联赛球会伯尔尼年轻人体育俱乐部，转会金额为45万英镑。7月13日，在瑞士超联赛第1轮伯尔尼年轻人主场对阵钖永的比赛中，久保裕也在比赛第74分钟替补登场，完成在欧洲联赛的首秀，最终伯尔尼年轻人以2：0的比分战胜锡永。7月28日，在瑞士超联赛第3轮伯尔尼年轻人主场对阵图恩的比赛中