登号泊港期间，由十架布伦亨式轰炸机组成的英国部队于9月4日袭击了港口；市内的德国高射炮手击落了五架轰炸机中的四架，其中一架在无意中撞向舰只。撞击事故中，埃姆登号共有9人死亡、20人负伤；他们因此成为了战争期间德国舰队的首批伤亡人员。随后，埃姆登号被调往波罗的海，担负通商保护的职责。它于12月2日至1940年1月3日返回威廉港进行定期维护，之后恢复了训练职责。在船厂期间，一副消磁线圈被安装在上方，以保护舰只免受磁性水雷的伤害；而舰只的防空武器也得到加强。工作完成后，埃姆登号于1939－1940年冬季重返培训岗