自治区成立，于振瀛被派为中央赴西藏代表团秘书长。1957年7月6日，民革中央常务委员会第14次会议举行。会议通过了民革中央《关于党内整风的决定》，决定开展反右派斗争，并且成立了民革中央整风办公室，熊克武任主任，于振瀛与梅龚彬、朱蕴山、王昆仑、屈武、陈此生任副主任。1960年5月22日，因患食道癌在北京逝世。5月25日，于振瀛公祭大会在嘉兴寺举行，蔡廷锴主祭，朱蕴山致悼词，张治中、邵力子、陈劭先等人参加祭奠，中共中央统战部及各民主党派领导人、民革在北京的中央委员及各部门负责人以及于振瀛的生前好友等30