京大学：冯康、刘东生、王德宝、秦仁昌、侯先光、闵乃本；另有2人曾执教南京大学：李四光、钱崇澍；另外“人工合成牛胰岛素试验研究”由南大校友王应睐领导完成；而全部约一半项目的得奖人名单中有南大校友，遥遥领先。在国家最高科学技术奖得主中，除毕业于前南大附中的袁隆平外，南大有三位校友：刘东生、闵恩泽、吴良镛。2006年的一个统计显示，在中国科学院约120位研究院所机构负责人中，15人毕业于南京大学，位居第二位的北京大学为10人，第三位的中国科学技术大学为7人；在2010年的统计中，14人本科毕业于南大，位居第二名的