。金朝、元朝设立元帅府、都督府，十六卫废除。
明朝十二卫.明初洪武年间，京卫上直卫设十二卫：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫、京卫上宿卫。不隶属五军都督府，永乐之后，扩充至二十六卫。建文四年燕王朱棣发动靖难之变篡位成功，本年改称洪武三十五年，擢升下列北平燕王三护卫为亲军：永乐四年再擢升原北平都指挥使司七卫为亲军：宣德八年设以下四卫，掌随驾护卫：以上二十六卫俱称亲军都指挥使司，不属五军都督府管辖。