朝时期，此处曾是西藏的政治、军事、文化中心，出现了萨迦班钦贡噶坚赞、八思巴等许多要人。萨迦寺在中国历史、西藏历史、藏传佛教史上地位十分重要。该寺收藏的宗教、历史、建筑、雕塑等方面文物极其丰富，被誉为“第二敦煌”。1073年（北宋熙宁六年），吐蕃贵族昆氏家族的后裔昆·贡却杰布（1034年－1102年）发现本波山南侧的山坡上，土呈白色，带有光泽，呈现瑞相，即出资兴建寺院，后来被称为“萨迦阔布”，但十分简陋，这便是萨迦北寺的前身。此后逐渐形成了萨迦派。萨迦寺采用象征文殊菩萨的红色，象征观音菩萨的白色，象征金刚