尔的意愿，与他曾在沙尔克04共同训练的守门员教练也会一起加盟拜仁。此次转会遭到了许多拜仁慕尼黑支持者的强烈抵制。当转会案仍在磋商之时，大量拜仁球迷在对阵沙尔克04的德国杯比赛中高举上书""（巴伐利亚语“不要诺伊尔”之意）的字条，以表示对前守门员托马斯·克拉夫特的支持。而当诺伊尔完成签约后，他还受到了来自拜仁进一步的尖锐攻击。诺伊尔代表拜仁慕尼黑参加的首场正式比赛是2011-12赛季德甲的第一轮，球队在主场以0比1不敌门兴格拉德巴赫。不过，他很快便打破了由奥利弗·卡恩在该俱乐部创造的1000分钟的不失球