着部份龙队球员转台台湾大联盟，这些球员历经选秀后继续跟随徐总加盟高屏雷公队。2003年初，国内两职棒联盟合併，徐生明以第一金刚队总教练回锅中华职棒，成为唯一能游走两职棒联盟的总教练，但只执教了三十几场即辞职离队。随后担任中华成棒队总教练，于亚洲棒球锦标赛击败南韩队，使中华成棒队取得雅典奥运资格。2003年，中信鲸球员爆发涉及签赌打假球，总教练林仲秋请辞，徐生明应林仲秋之邀，接任中信鲸队投手教练、总教练，并以五百胜的成绩成为台湾职棒史上最多胜的总教练。2004年，率领中华成棒队参与雅典奥运，但