记载的日本于辛卯年征韩之事，其时间与神功皇后的事蹟不谋而合，古时候被认为是神功皇后存在的佐证，而今学术界则认为只是巧合。为了避免天皇之位于历史上长时间空置的情况，日本在明治维新以前将神功皇后视作天皇或准天皇的地位，也曾在明治维新时期发行印有神功皇后肖像的纸币。此故事在1880年代正式写入教科书，直到太平洋战争后才废除。
世数争议.神功皇后一度被记入天皇世数，作为第15代天皇，而《大日本史》则驳斥其说法。其文曰：“按仲哀之崩，天下无主，皇后奉遗腹，以号令四海，称为胎中之帝。然应神既生