各地有不同的变异，如：西大西洋的种群比东大西洋的体型大；黑海的种群比波罗的海的体型小，且背鳍前有较多的隆起，从生理上它们更适合较低的盐度；波罗的海的种群比北海的体色深，并有一层特殊的脂肪。这些变异的原因是不同区域的港湾鼠海豚之间很少互相交配。现有5个亚种被确认：在每个亚种内还可以分为更小的、区域性的族群，仅在欧洲海岸就有约十多个互不交配的族群，如波罗的海的族群似乎与北海北部的族群交配较多，但因迁徙途径不同而与北海南部的族群交配极少。
威胁和保护.现存的港湾鼠海豚的总数不明，