近代曾有多个基督教新教教派传入，在华规模最大的差会——中国内地会曾在镇江设立总部，并设立培训新来传教士的语言学校，创始人戴德生夫妇都安葬在此；在江苏省规模最大的差会——美南长老会则以镇江为基地，进而向江苏北部地区大规模传教，该会最着名的传教士即赛兆祥（赛珍珠的父亲）。西部旧城区曾经是各教派教堂分布的密集地带，今日还保留了2座基督教老教堂：大西路福音堂（原属卫理公会）和宝盖路真道堂（原属神的教会）。天主教也传入了镇江地区，不过市区西部的旧天主教堂已不复存在，只留下天主街地名，目前保留下来的只有丹阳天主堂。