2005年与马竞选党主席落败。国民党荣誉主席连战也充分表达对马英九的厌恶之情，2007年11月连向杨透露，暂时还不想为马辅选；杨特别注明，连明显地对马透露出不屑态度。前台湾总统陈水扁因案服刑中，杨甦棣问连战，「你不喜欢的那个人」是否会被特赦？（意指陈水扁是否会被特赦）但连竟幽默回答：「你是说马英九吗？」，指出他对马英九的厌恶。连战也批评马英九的国家认同，他说马没有台湾意识，马认同「中华民国」，而非「台湾」。连战私下经常批评马，暗示马解决问题的方式往往过于僵硬、缺乏弹性。连还戏谑地说，要想知道马会怎么做，