那内学院迁至四川。1943年，欧阳渐病故，由吕澂接任院长与教务主任，继续在四川教学研究。中华人民共和国建立后，学院于1952年停办，之后成为中国佛教协会常务理事。后任中国人民政治协商会议第二、三、四、五、六届委员，中国科学院哲学社会科学学部委员，中国佛教协会常务理事。1966年，71岁的吕澂因文革避居江苏故居，后再迁于北京清华园，直至1989年7月逝世，虽然身体康健，但为避祸，此段时期没有新作品问世。
学术成就.吕澂指出，中国佛学的核心思想，有关心性本净方面的理论，虽然源自