为入侵者而进行攻击，从而引起自体免疫疾病。常见的自体免疫疾病包括慢性甲状腺炎、类风湿性关节炎、第一型糖尿病和全身性红斑性狼疮。
历史.人们对于免疫系统的认知来自于免疫学的发展。免疫学是一门研究免疫系统的结构与功能的学科。它发源自医学和对疾病免疫的原因的早期研究。目前已知的最早提及“免疫”这一现象是在公元前430年爆发的雅典大瘟疫期间；古希腊历史学家修昔底德发现在上一次瘟疫中得病的人在瘟疫再次爆发时不会再染病。但这一现象的原因却一直不为人所知。直到18世纪，皮埃尔·莫佩尔蒂用蝎毒做实