年持久自由军事行动位于菲律宾时，三栖特战队也被包含在刺杀阿布沙耶夫首领的行动中。2002年3月，三栖特战队也有参与阿富汗战争森蚺行动中。2003年的美伊战争也是一样。2011年5月1日三栖特战队参与了美国在巴基斯坦的军事任务行动，成功将盖达组织首脑宾拉登击毙。2011年8月6日凌晨，美军直升机在阿富汗突击塔利班指挥官驻所时，被塔利班民兵以火箭砲击落，有30名美军和7个阿富汗政府军身亡，其中22人是三栖特战队成员，同样属于2011年5月1日狙杀宾拉登的第六队。原美军中央司令部副司令、新任驻阿富汗美军最高指