先世为开封人。明万历四十三年（1615年）乙卯科举人，四十四年（1616年）丙辰科进士，三甲第31名。天启时，授山西道御史，因魏忠贤专权罢归。崇祯元年（1628年）任河南道御史，次年转太仆少卿。任户部尚书，因得罪首辅温体仁而下狱。崇祯九年（1636年）李自成攻陷开封，以按兵不救之罪入狱。十五年（1642年）三月，李自成军在河南东部连克十余城，四月二十四日起第三次围攻开封。明廷起用侯恂为兵部侍郎，负责山东、河南、湖北军务，侯恂发帑五十万犒赏左良玉，陕西总督孙传庭增援河南，左良玉与李自成会战于朱仙镇，李自成部于