新竹市建新路「日本海军第六燃料厂炼油厂遗存建筑群」一号建物，在日本战败撤出后，由联合勤务总司令部留守业务署安置失联国军眷属，俗称「寡妇楼」。已由新竹市政府决议採意象或局部保存，竟遭人蓄意破坏，夷为平地。林智坚震怒，要求警方缉兇究责，在责任未釐清前，冻结国防部所提的都更审议程序，并与文化界人士讨论后续处置方式。事件后一年多来，都更持续冻结，但后续处理方式，在地居民未有共识。
2018年农民历出现日本旭日旗事件.2018年1月，新竹市政府印赠的农民历封面出现标示日本军国主义的旭日旗，其内