鹿、水羚、加拿大马鹿、驯鹿与长颈鹿等反刍动物的肠道或唿吸道中皆有发现不同株系的牛冠状病毒，胺基酸序列与牛中的牛冠状病毒相似度高达99.3%–99.6%，其中有些亦造成类似牛只冬痢的症状。
基因组.牛冠状病毒的基因组约长31000nt，编码冠状病毒皆有的复制酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，此外在复制酶与刺突蛋白的基因中间有编码（HE）与一辅助蛋白ns2的开放阅读框（乙型冠状病毒支序A的共同特征），在刺突蛋白与外膜蛋白的开放