人民团体组成了上海人民团体联合会，他任该联合会的常务理事。1946年6月23日，他参加上海人民和平请愿团，到南京唿吁和平。请愿团抵达南京下关时，团员们遭到中国国民党特务和暴徒的殴打，马叙伦身受重伤，此为下关惨案。事件发生后，在南京的中共代表团的周恩来、董必武、邓颖超等人连夜到医院探望。在延安的毛泽东、朱德也发电报慰问。对此，马叙伦说：“中国的希望只能寄托在你们身上。”1946年6月底，国军向解放区发动全面进攻，并镇压爱国民主运动。马叙伦对此严词痛斥。1947年底，马叙伦经中国共产党的帮助，自上海平安抵达