杨坤如则仍在坚守惠州。由于陈炯明提倡联省自治，赣督方本仁、闽督周荫人皆愿与他合作，遂为粤军提供休整之处。同日，胡汉民电知革命军孙中山已在12日于北京逝世。蒋见粤军主力已退出广东，立即在军中发哀告全军将士书，回广州祭奠，并整理校务。后于7月1日陆海军大元帅大本营改组为国民政府。
两次东江战役的间期.6月，滇军杨希闵、桂军刘震寰发动叛变，蒋奉命令兼任广州卫戍司令，东征军右路军迫于后方变故，放弃刚战胜收复的县城西返，黄埔教导团由东江反攻广州，粤军则由广九铁路反攻。6月5日，大元帅府免