912年10月，北京政府授予熊秉坤陆军少将。1913年1月，补授勋五位。同年，熊秉坤参加了“二次革命”，组织改进团，后出任鄂中司令。二次革命失败后，遭黎元洪悬赏通缉、缺席审判，熊秉坤流亡日本。1914年，熊秉坤参加中华革命党。同年秋，熊秉坤回到湖北，被孙中山任命为讨袁鄂军司令。护法运动爆发后，熊秉坤出任广州大元帅府参军、高级副官、代参军长等职。后来，熊秉坤在回到武汉进行策反活动时，正逢二七大罢工，《张国焘回忆录》称，当时武汉的中国共产党的最后一次会议因会议地点被吴佩孚方面发现，乃临时改在熊秉坤家召开。中