与一般庙宇有别，为仿明式歇山门楼。民国105年（2016年）8月14日的祝寿法会上，该庙主委林忠民表示因郑成功託梦要向原住民道歉，所以在庙旁鹿耳门公园举办祈安法会。该法会仪式仪式由无极凤慈宫协办，并请来副市长颜纯左、副议长郭信良做见证。但该法会引来西拉雅族不满，8月16日在市议员谷暮‧哈就与蔡玉枝主持下，有多位西拉雅族人在台南市议会抗议镇门宫借法会消费原住民与阿立祖。西拉雅族长老指出该场法会服装、仪式、法器都不对，不符合西拉雅族传统。对此主委林忠民回应，镇门宫是首次举办又不懂原住民仪式，才找有经验的团体