仍保留早期法国战舰明显的，导致本舰在航行稳定性仍然差强人意，但在机动性上却有所改善，整体而言还算得上是成功的设计。刚开始服役的耶拿号立刻被指派为第2战斗总队的旗舰，之后就经常随着舰队一同进行海上演习及执行巡航任务。除了于1906年在土伦附近撞沉一艘鱼雷艇外，耶拿号在服役初期还算顺利。1907年3月，在土伦旱坞中维修的耶拿号突然发生弹药舱殉爆意外，造成舰体严重损毁；事后调查显示，整起意外主因为当时法国海军常使用的砲弹装药－自燃造成的。由于耶拿号损毁过于严重，法国海军仅将本舰修理至使其不进水的状态，于190