后再度率水军骚扰全罗道沿岸地区。在鸣梁海战中，来岛通总充当藤堂高虎部的先锋，突入鸣梁海崃；但朝鲜军李舜臣设下了埋伏，借退潮之机袭击日军。来岛通总受到朝鲜板屋船的袭击，被击毙，成为日本在万历朝鲜战争中唯一一位阵亡的大名。次子来岛长亲继承家督之位。进入江户时代后，长亲成为丰后国森藩的第一代藩主，为久留岛氏之祖。