场常因此关闭。此外，金门机场亦是政府开放小三通的重要转运据点，旅客购买小三通的票，各家航空公司都会帮乘客以游览车接送到金门水头码头，大约历时15-20分钟后，再由水头码头搭船前往厦门或泉州。
航空公司与航点.由立荣航空及华信航空营运台北松山、台中、台南、嘉义、高雄及澎湖共6条航线，主要以ATR72-600、A321-200及ERJ190机型执飞。2020年新冠肺炎爆发，国际线需求下降，但离岛航线需求大增，华信航空部分航班由台湾虎航A320-200或中华航空B737-800营运