他们办的南通博物苑了”的影响，江苏省政府决定恢复南通博物馆，1958年正式恢复。文革中南通博物馆曾与其他单位合并为劳动人民文化馆，1976年恢复原建制，1981年馆址西北侧的张謇故居濠南别业被纳入管理范围，1984年正式恢复南通博物苑原名。2002年由吴良镛设计新馆，2005年9月建成，2008年入选中国首批国家一级博物馆。
馆舍.南通博物苑的建设特色在于馆园一体，将展厅等建筑融于园林之内，苑中花草树木和珍禽异兽与室内展品唿应，原有园林建筑设施中仍存藤东水榭、国秀坛、假山和水池等，