恩赫赛汗成为该党的国家顾问委员会委员，并兼任其安全及外交政策常设委员会主席。在2001年民主党内提名总统候选人的选举中，他被拉德那苏木贝尔勒·贡其格道尔吉击败，但后者在总统选举中败给了那楚克·巴嘎班迪。在2004年国家大唿拉尔选举中，恩赫赛汗作为“祖国－民主联盟”候选人，在库苏古尔省第47选区当选国家大唿拉尔委员。随后，自2004年至2006年，担任国家大唿拉尔安全及外交政策常设委员会主席。由于未能支持总理查希亚·额勒贝格道尔吉的政府，致使该政府倒台，恩赫赛汗被民主党开除。2006年1月，被新任总理米耶