而蔡同荣一直都是台教会会员而与台教会有长期友善的互动，而且最先主动以电话联络台教会讨论委任事宜的王明玉是蔡同荣的得力助手，台教会的「裁判」角色与蔡同荣的「球员」身分引发「球员兼裁判」的疑虑，使调查小组的公正性备受质疑。1997年10月7日，施明德在立法院召开公听会，检讨政治人物介入媒体的问题。1997年10月13日，《商业周刊》报导，在蔡同荣「意识形态高于新闻」的逻辑之下，一部分从「中国意识浓厚」的CTN跳槽到民视的记者因「水土不服」而纷纷重返CTN；在嘉义市立法委员补选投票之前爆发本案，蔡同荣用他