总统米勒德·菲尔莫尔下令将阿尔卡特拉斯岛设为美国联邦特别军事预留基地。菲尔莫尔本期望能从美国政府手中拿到一笔可观的赔偿金，但是后来美国政府什么也没给他。菲尔莫尔和他的儿女直到1890年仍在爲了得到补偿金上诉。墨西哥-美国战争之后，双方签署了瓜达卢佩-伊达尔戈条约，直接导致美国从墨西哥收购加利福尼亚州。随后迎来了加州淘金浪潮。随后几年，美国军方开始考虑在阿尔卡特拉斯岛沿岸设置炮兵连保护旧金山海湾是否合适。1853年，在Zealous B. Tower的指示下，美国陆军工程兵团开始在岛上修建防御工事。岛上的