2000年私有化后改名为地铁有限公司）的附属公司港铁轨道交通（深圳）有限公司运营。该线的一批员工曾于港铁公司受训（包括于九龙湾车厂），为期十二星期。
二期工程开通.4号线二期工程由少年宫站向北延伸，经莲花北、梅林地区到达龙华的清湖站，路线长15.94km。其中：地下线5.09km，地面线和过渡段0.52km，高架线10.33km。设2座地下站、1座地面站和7座高架站，共10座车站。新建龙华车辆段，作为车辆的维修、停放基地及全线的支援中心。投资估算59.3亿元。深圳市政府