七月三日开始下大雨，城门崩坏，只能以巨木支撑。七月四日，城门大崩，清兵自城东攻入，峒曾退出西门，长叹道：“嘉定亡，余何忍独存！一死已矣，所痛哉阖城百姓耳！”。拜辞祖祠后，偕二子侯玄演、侯玄洁赴死投水自杀，因池水浅，一时未死，遭清军骑兵砍杀而亡。清高宗干隆四十一年（1776年）追谥忠节。《明史》有传。