酶可以催化氨基糖苷类药物特定位置的氨基或者羟基乙酰化、磷酰化或者链接上核酸，这种变化会使氨基糖苷类药物失活。对氨基糖苷类药物的结构改造常常围绕这些易被钝化的位置进行，降低这些位置的反应活性。
不良反应.氨基糖苷类药物因其严重的不良反应而闻名，而诸多不良反应中最为着名的，是严重的耳毒性。1960年代和1970年代氨基糖苷类药物流行的时候，很多人因为使用此类药物而失聪。
耳毒性.氨基糖苷类药物会在耳内蓄积，使感觉毛细胞发生永久性改变，从而造成失聪。此外它还会损害