在菲律宾使用飞燕的部队有17、18、19三个飞行战队，并参加了部分对舰攻击，但是在驾驶员与维修员都训练不足的状况下，实际可用机数仍然十分糟糕，即使川崎厂方不断进行改良，但是引擎妥善率问题在补给不足的外地作战部队眼中看来始终无解。战争进入后期，美军以跳岛战术连夺塞班岛、硫磺岛后，新开发的战略轰炸机B-29超级堡垒得以开始轰炸日本本土，这时候因为在本土后勤补给方便妥善率得以大幅提高，托液冷引擎和高展弦比之福、高空巡航性能优异、又拥有机砲火力的飞燕，表现便较标准武装只有机枪的一式战斗机与二式战斗机亮眼。但美国