二层为联络通道。
站厅.黄边站分为东西两个站厅，均位于地下一层。与2号线位处旧机场位置的三个车站相比，两个站厅及两个月台无论在收费区范围以及非收费区范围均可由两条路轨下方的联络通道前往。车站商店及自助服务方面，黄边站亦设有便利店、洗衣店以及面包糕饼店，其中东西站厅均设有便利店。另外黄边站设有自动照相机、自动售卖机以及供乘客充值羊城通，缴纳水电费以及交通罚款等服务的“好易”机。
月台.黄边站设有两个侧式月台，位于广云路地底。两个月台在乘客眼中看似两个位于