店线及其支线小碧潭线通过。松山新店线的南段全位于新店区境内，并以过去公路局新店总站原址改建的新店站作为终点，除新店站外沿线上尚有大坪林站、七张站与新店区公所站共四个位在新店境内的车站。除此之外，在七张站处尚有一条延伸至新店机厂的维修路线改建而成的小碧潭支线，其终点位于与机厂併设的小碧潭站。
捷运.除了已通车的新店线外，台北捷运二期路网的环状线也通过了新店区的北端。西环段的大坪林与十四张两站已通车，而南环段的宝斗厝站目前尚未动工。
道路.在通过新店区境