世纪就有阿拉伯穆斯林商人进入印度尼西亚的证据。 到15世纪，在苏门答腊和爪哇的传教士（Malik Ibrahim）和郑和加速了伊斯兰教的传播。与中东伊斯兰教相比，印度尼西亚的伊斯兰教在很多情况下都没有经过精心的实践。大多数印度尼西亚穆斯林属于逊尼派中的沙斐仪派。
阿赫迈底亚.印尼约有40万阿赫迈底亚穆斯林，遍布全国各地542个分支机构。如同印尼的什叶派，阿赫迈底亚穆斯林常被主流的逊尼派穆斯林歧视，面临越来越多的不容忍。
基督宗教.印度尼西亚政府承认基督宗教