抚兼施的策略尽快平息农民起义，三边总督杨鹤执行以抚为主，以剿为辅的政策，企图瓦解农民军。在明军剿抚兼施进攻下，除陕西战场义军壮烈牺牲外，不少首领接受了朝廷招安，呈现出时降时叛的复杂局面。
结果.1629年（崇祯二年）春，明朝诏令杨鹤为陕西三边总督，围剿农民军，督捕王二等头领。在与官军的作战中，王二被俘，后被陕西兵备商洛道刘应遇杀害。王二死后，起义军余部继续与官军斗争，顽强地坚持了数年。