大都督府、御史台，同议军国大事，监督圜丘之工程。
获罪身死.胡惟庸早年任宁国知县，因为李善长的推荐，被擢为太常寺少卿，后升任左丞相，两人因此互相往来。而李善长的弟弟李存义之子李佑，又是胡惟庸的侄女婿。洪武十三年（1380年），胡惟庸案发生，受牵连而处死者甚多，但李善长仍然如故。此时御史中丞空缺，李善长暂时管理御史台事务，多次向朱元璋提出建议。洪武十八年（1385年），有人告发李存义父子实为胡惟庸的党羽，朱元璋下诏免死，将他们安置在崇明，但李善长没有表示感谢，朱元璋因而怀恨在心。