历四十四年（1616年）礼科给事中亓诗教怀疑熊明遇与东林党通，上书弹劾他，建议将其外调。后历任福建佥事、宁夏参议。天启元年（1621年）以尚宝少卿进太仆少卿，不久，擢升南京右佥都御史，天启五年（1625年）被魏忠贤革职，并牵连汪文言案，被贬到贵州平溪卫。崇祯元年（1628年）起复，任兵部右侍郎，次年进为左侍郎，迁南京刑部尚书，崇祯四年（1631年）任兵部尚书，次年清军入关劫掠，巡抚沈棨与中官王坤私自与清军议和，被给事中孙三杰弹劾，明思宗将其解职，不久以兵部尚书衔致仕。致仕多年后又被人推荐起复为南京兵部尚书，