萧巨源（），字用溥，江西吉安府庐陵县人，民籍，明朝政治人物。
生平.江西乡试第四十七名举人。弘治三年（1490年）中式庚戌科三甲第一百零四名进士。
家族.曾祖萧斌；祖父萧思才；父萧振伦，义官。母杨氏。