弹劾，晋元帝仍然赦免他。晋元帝统治后期，阮孚转职太子中庶子、左卫率，兼领屯骑校尉。晋明帝即位后，阮孚转任侍中。由于他在平王敦之乱时有功，获封为南安县侯。后来朝廷擢升他为吏部尚书兼领东海王师，但阮孚以健康理由推辞，晋明帝命令阮孚在家就任。时任尚书令郗鉴认为阮孚不合礼仪，晋明帝说不能因为这样就埋没人才。不久晋明帝病重，温峤前往宫中准备接受遗命，经过阮孚的府邸，便要求他一同入宫接受顾命。温峤指阮孚德高望重，国家非常需要他效力。阮孚没有回应，只是不断要求下车，但被温峤拒绝。在车子到达宫门前，阮孚声称内急