发后，民国27年（1938年），余井塘任中国国民党中央组织部副部长，任内认为“除倭寇外，没有敌人”，主张团结容共抗战。1939年2月，在重庆担任中央政治学校毕业生指导部主任，创办《服务月刊》。1939年8月，余井塘出任国民政府教育部次长，协助教育部部长陈立夫办教育。民国33年（1944年）6月，复任中国国民党中央组织部副部长。民国34年（1945年）日本投降后，国民政府还都南京。余井塘为扭转各省政治腐败、民怨沸腾的局面，联合赖琏、黄宇人等人举行“革新运动”座谈会。民国37年（1948年），余井塘获蒋介石召见