苻健于是命苻苌与苻雄、苻菁等领兵抵抗，却于蓝田县败于桓温，于是退守长安城南，联同雷弱儿所率从长安城内调来的三万精兵防御停驻于灞上的桓温大军。后桓温因败于苻雄，亦缺乏军粮，于是退兵，苻苌等于是率大军追击，杀伤晋兵以万计。苻健不久追论抵抗桓温的功劳，以苻菁为司空。皇始五年（355年），苻菁改任太尉。同年，因应苻苌于上一年十月去世，苻健立了三子苻生为太子。苻健在六月患病，至庚辰日（7月5日），苻菁以为苻健已死，于是带兵攻入太子所住的东宫，意图杀死苻生，自己登位。不过当时苻生在苻健所住的西宫侍疾，苻菁于是转攻东