，两位党主席对于民进党的路线有着不同的思维，但始终无法成为党内主流意识。1996年，施明德联合新党参选立法院院长，但以一票之差落败。1996年，是中华民国总统首次直接选举，民进党推选早期的独派宣导者彭明敏参选，但因国民党候选人、当时的总统李登辉对于台湾人选民的强大号召力，加上外在因素如台湾海崃飞弹危机至台湾外海等举动而导致民进党惨败。施明德辞去党主席职务以示为此次选举失败负责。但在地方上，民进党的势力依然强劲。1997年中华民国县市长选举中，民进党赢得了全台12个县市的执政权，首次超过国民党的县市长席次