等人2000年在研究长鳞龙的叉骨后，指出牠其实是主龙类。乔治·奥利舍夫斯基（George Olshevsky）支持长鳞龙是主龙类，甚至是种早期的恐龙。不过在2001年，大卫·安文与麦可·班顿提出不能借由诊断长鳞龙的头部洞孔来确定其分类，因为这些洞孔可能在化石化的过程中损坏。他们同意Sharov指长鳞龙有颌缘牙及间锁骨，但却视那叉骨为锁骨。根据这些特征，长鳞龙会是属于鳞龙超目，而非鸟类近亲的主龙类。
争议.因为这些类似鸟类的结构，长鳞龙处于「鸟类是否从恐龙演化而来」争论的中心。大多数