协会最为人所认识，该会在1996年1月发动保护海港签名行动，获得17万名公众签名支持，逼使香港政府于同年5月搁置青洲填海计划。此后，该会于同年6月呈交《保护海港条例》，于12月收集了148,041个签名递交给时任香港总督彭定康，结果后于1997年6月于立法局最后一次会议时成为法例。该条例列明「海港须作为香港人的特别公有资产和天然财产而受到保护和保存」。香港主权移交后，反对填海的声音渐趋强烈。1998年，因为保护海港协会为首的多个环境保护团体的反对，逼使香港政府先后需要暂缓及重新检讨启德发展计划及添马舰发