当时22岁郑科伟也成为主要的中场人选之一。此后，郑科伟经常在申花队主力阵容中占据一席之地，2003年还随队获得末代甲A联赛的冠军，不过与申思、祁宏、朱琪等原申花中场相比，他却从未入选过国字号球队或者获得联赛最佳阵容等荣誉。而且，其出场也与申花主教练吴金贵的去留有关，吴金贵两次离任，郑科伟都遭到“冷藏”。2008年赛季中期吴金贵离任后，上半赛季首发了11次的郑科伟甚至连替补席都没有坐到过一次，赛季结束后被挂牌。2009年，郑科伟加盟南昌八一与球队签订了一份两年的租借合同，费用未透露。最终幚助南昌队成功