扶余开始衰退，汉顺帝永和元年（136年），扶余王曾来到洛阳，晋书记载永和二年夫余为百济所侵西徙近燕。之后到了三国时代，辽东半岛被公孙氏支配。后来扶余受到鲜卑的攻击，慢慢步向衰亡。至晋太康时，为慕容廆所破，旋即复国（扶余王依虑自杀，子弟亡走沃沮，子依罗后即位）。346年慕容氏又攻击扶余（同时两属于慕容与高句丽），最后在北魏被勿吉所灭亡。唐薛仁贵征高句丽，尝攻拔之。渤海国曾经在东扶余故地建扶余府，领扶州，仙州，扶州领扶余，布多，显义，鹊川四地。金朝置蒲与路（于农安故地置济州），明朝置福余卫，皆扶