并奉桓玄为盟主，不受朝命，并要求朝廷为王恭平反，诛杀刘牢之及司马尚之，以及申诉殷仲堪独被贬黜官位。朝廷对此十分畏惧，司马道子因而下诏慰问他们，以图和解，又罢免桓脩。殷仲堪等于是奉诏回到自己的辖地。杨佺期不久便入主雍州，放在殷仲堪举兵时支持朝廷的原雍州刺史郗恢回京，殷仲堪却在其路上派人杀害郗恢。
桓玄所灭.虽然殷仲堪与桓玄和杨佺期结盟，不过其实殷仲堪一直都忌惮桓玄跋扈难制，杨佺期亦与其不睦，多次想攻伐桓玄，就在寻阳时杨佺期就已经想袭杀桓玄，只是殷仲堪顾虑杨佺期兄弟勇勐，怕桓玄死后不能