酸、醇、醛、萜类等。GC-MS也用于测定由于腐坏和掺假所造成的污染物，这些污染物可能是有害的，而且，常常由政府有关部门对其实行控制。例如，杀虫剂。
天体化学.几台GC-MS已经离开了地球。两台由海盗号（Viking ）项目带上了火星。金星计划探测器（Venera） 11号和12号和先驱者金星计划探测器（Pioneer Venus）用GC-MS分析金星周围的大气。卡西尼-惠更斯号探测任务(Cassini-Huygens mission)的惠更斯号探测器（Huygens probe