防御使辛兴宗领兵截住洞口，佔为己功。方腊及其相方肥等五十二人被俘，七月戊子，童贯俘方腊送往首都汴京，八月二十四日丙辰伏诛。该月童贯加太师，进封楚国公。
余战.方腊余党散走浙东，五月，俞道安自温州永嘉县楠溪攻佔乐清县，由郭仲荀与姚平仲继续围剿，宋军姚平仲部攻陷台州仙居。六月，吕师囊转战黄岩，被宋军折可存部击灭于断头山。七月，俞道安部转战处州，十月战死于永康县山区。宣和四年三月全部平乱。
结局.方腊之乱，「凡破六州、五十二县，戕平民二百万。所掠妇女，自贼洞逃出