此后，他成为华中农业大学教授，博士生导师。历任中国柑橘学会理事长、国际柑橘学会主席、中国园艺学会副理事长。1995年5月至2002年3月任华中农业大学副校长。2002年3月被聘为长江学者特聘教授。2007年当选为中国工程院院士。2007年6月起，任华中农业大学校长，接替张端品。在“十二五”体系建设工作中，邓秀新成为现代农业产业技术体系国家柑橘产业技术体系首席科学家。2016年6月，当选中国科协副主席。2018年2月24日，当选为第十三届全国人大代表。他是第九、十届全国政协委员。第十一、十二届全国人