院哲学社会科学部委员、中科院广州分院院长、广东哲学社会科学联合会主席、广东省政协副主席等职，为宣传、教育、社会科学事业呕心沥血，辛勤工作。1961年1月12日，杜国庠因病在广州逝世。
身后.杜国庠逝世时，正率领中国代表团访问古巴的郭沫若惊闻噩耗，忆留日同窗以至长期共事的岁月，感伤万分，欣然赋诗表达对杜国庠的深切悼念，其中有“生死交游五十年”之句。回国后，郭沫若亲自为《杜国庠文集》作序，称自己“无论在做人和做学问上实际受了他的教益不少”。