司在新加坡办公，因此也有称作「新加坡辅政司」。在1896年7月，英政府进一步把马来半岛的雪兰莪、森美兰、霹雳和彭亨四个州合组为马来联邦，并以海崃殖民地总督兼任英国驻马来亚高级专员一职。可是，海崃殖民地总督与辅政司远在新加坡办公，因此联邦事务是由位于吉隆坡办公的马来联邦总驻扎官（1911年改称马来联邦布政司，1936年再改称联邦司）掌控。新设立的马来联邦总驻扎官与海崃殖民地辅政司互不从属，但两者性质类似，辖下四州各置有一名驻扎官，但马来联邦总驻扎官在日常事务中代表高级专员作出实质管治，因此实权相对上比海崃