绝对最高温曾达摄氏35度；最冷的月份为1、2月，曾出现1.5度之低温。春季多雨潮湿，3至5月多雾。雨量稀少且季节分佈不均，秋冬多干旱，枯水期长达半年，严重时需由台湾本岛运水应急。4至6月梅雨季节及7至9月常有台风挟带豪雨，年雨量约在1千公厘左右。由于季风影响，风向随季节变化颇为规律。夏季常吹南南西风及西南风，秋冬后几全为北北东风或东北风。入冬后季风常伴随冷气团南下，风势强劲而寒冷。
交通.在空中交通方面，目前仅有国内航班，立荣航空每日从台北松山机场往返马祖南竿机场八个班次，多