一度在沼栅（秋田县横手市雄物川町沼馆）吃了一次败仗。家衡听从叔父之言将据点移至难攻不落的（横手市金泽中野），而义家听从吉彦秀武之言改打兵粮战，包围金泽栅直到对方兵粮耗尽。家衡及武衡因无粮食而放火烧栅欲逃走，后来都被抓住并斩首。战后，清衡改回本姓并成为奥州藤原氏之祖。
任押领使.宽治5年（1091年），清衡以黄金和名马贿赂关白藤原师实，巩固了奥羽地区的统治者地位，但在翌年6月，清衡被陆奥守怀疑有开战的企图。宽治7年（1093年），清衡势力下的平师妙、平师季父子反叛，袭击了出羽国府．秋