迫害，身前他曾写信请求毛泽东，希望并相信毛泽东一定会救他。1966年9月3日，毛泽东做了批示：对傅连暲“应予保护”，傅举家搬至香山附近“安心静养”，1968年3月，再次被抄家，被红卫兵冠以“卫生部头号走资派”、“三反分子”、“天主教会间谍”等罪名，死于秦城监狱中。1973年11月，经毛泽东批示，解放军总政治部批准，追认为革命烈士。1975年5月17日，毛泽东批示：“傅已入土，呜唿哀哉”，“应予以昭雪”。7月，经中共中央军委批准恢复名誉。9月，解放军总后勤部举行安灵仪文。