华人民共和国成立后，任山东省委副书记等职。1957年反右运动中，因被指‘对右派有温情主义’而撤职。「文化大革命」期间受到批斗。1978年任复旦大学党委第一书记，1979年出任中共上海市委常委、书记处书记。此后退居二线，任上海社联主席、上海文联主席、《辞海》主编，中国大百科全书总编委员会副主任以及中顾委委员等职。夏征农是中共八大代表，十二大列席代表，十三、十四、十五、十六、十七大特邀代表。2008年10月4日，夏征农逝世于上海华东医院，享年104岁。