因组，这种差距在真核生物中表现得更为明显。因为很多mRNA在转录完成以后，会经历RNA剪接（RNA splicing）的阶段。同一条mRNA经由不同的方式的剪接，会形成不同的成熟RNA产物（即剪切变体，splice variant）。此外，大部分蛋白质在翻译阶段结束后，会经历翻译后修饰（蛋白质特定残基被修饰，如磷酸化、糖基化等）。例如，截至2014年，在人类蛋白质组中共发现92179种蛋白质，其中71173个是剪接变体。另一方面，并不是所有的基因最终都会生成蛋白质，许多已知的基因编码的最终产物是RNA。此外