位后，1414年南朝的支持者北畠满雅发动叛乱，法皇重申了两统迭立的要求，最终在上野亲王的调停下双方达成和解。1414年，义持胁迫斯波满种（斯波义将的侄儿）退隐高野山，使斯波氏失权。1416年，关东发生上杉禅秀之乱，足利义持将参与此事的弟弟足利义嗣关押在相国寺。上杉禅秀之乱后，富樫满成诬称管领细川满元以及斯波义重联合许多守护大名和公卿，试图推翻室町幕府。（也有人认为这是足利义持的授意，试图借此契机来打倒一些有力的地方守护大名。）不久义持命令富樫满成杀害了义嗣，并流放了许多大名和公卿。但不久细川满元等人便称