地质构造复杂。中山、河谷、盆地相间排列，地形错落有致，云南四大平坝之一的祥云坝即位于县境中部。东北部米甸境内的五顶山海拔3241米，为全县最高点；南部鹿鸣高峰岭大河边海拔1433米，为全县最低点。
水系.祥云境内河流分属长江上游金沙江和元江-红河两大水系。主要河流有金沙江流域的鱼泡江及其支流楚场河、格子河，元江流域的鹿窝河。在县境西部有两座半封闭性的天然淡水湖：青海湖和莲花海。
气候.祥云县属于北亚热带高原季风气候，冬无严寒，夏无酷暑。年平均气温14.7℃，年