普悠玛客运创始目的在于台东市区因台湾铁路管理局旧台东线停驶及旧台东车站裁撤，现今台东车站位置距离市区过远交通不便，此外近年旅游人口增加，大众运输需求量大，因此台东县政府公开路权供业者申请，最后由高雄客运所属公司高旗旅行社取得经营权，随后高旗旅行社成立子公司普悠玛客运，2014年5月23日完成设立登记，2014年7月1日正式营运。