，另设置「岛厅」由各地府县直接管辖；直到各地陆续实施「岛屿町村制」，或是取消岛屿指定状况，视为本土并施行「町村制」之后，各岛屿地区才开始设置町村。
伊豆群岛及小笠原群岛.由于人口较少，且小笠原群岛上有来自欧美的居民，因此最初由东京府直接管辖。
隐岐群岛.隐岐群岛上最初曾设置海士郡、知夫郡、周吉郡、稳地郡四郡，并设置郡役所负责行政之管理；直到1889年废除四郡，设置隠岐岛厅，隶属岛根县管辖。
吐噶喇群岛及奄美群岛.在设置鹿儿岛