敦认为他此行一定时有诛杀处罚，后司马越果然收捕中书令缪播等十余人，并处死。司马越任命王敦为扬州刺史；潘滔认为让王敦到外偏远地会令他肆意妄为，成为无法制约的地方豪强。但司马越不听。
助建东晋.王敦到扬州后与堂弟王导一起辅助司马睿在江南地区建立名望，为着中兴晋朝；因司马睿依靠王敦及王导才能建立力量，所以当时人有说：「王与马，共天下。」之后被征拜尚书，但王敦坚持留在扬州不上任。司马睿于是任命王敦为安东军谘祭酒。永嘉五年（311年），当时扬州刺史刘陶逝世，司马睿于是任命王敦为扬州刺史，加广