制改成俸禄制。5代栋再分了1万石领地给其弟昌成立平户新田藩。最后的藩主：12代诠的时代已是幕末了。第二次长州征伐之后，藩欸的舆论向倒幕倾斜，庆应四年（1868年）戊辰战争后更确定了参与官军方的方向。同时进行军制改革，编成了西式部队，转战奥州。明治四年（1871年）废藩置县后，平户藩转变成了平户县，后来又合併于长崎县。明治十七年（1884年）松浦家当主诠受封为伯爵正二位勋二等，列席于华族（贵族）。外様　63,200石→61,700石→51,700石→61,700石
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