仍镇延绥。天启初年，廷议京师军队不足用，召边将分营训练，以萧如薰典神机营。面圣时，天启帝赐食嘉奖慰劳。次年，出镇徐州。不久召还北京，又以总兵官之职镇守保定。五年（1625年）夏，宦官魏忠贤之党弹劾萧如薰与已故南京户部尚书李三才联姻，萧如薰于是被夺职。崇祯初年卒，得按制度赏赐、抚恤。萧如薰为将持重。历次镇守七镇，都被称颂。他能做诗，士人趋之若鹜，家里宾客常满座。妻杨氏和继妻南氏都是贵家女，脱簪珥待客仍然不足。军中以为苦，但萧如薰不能推却宾客。因一时风尚，诸边军物力被消耗，有识者为此感叹。