重庆、西康.1932年10月，回到南京之后的格桑泽仁仍任蒙藏委员会委员兼《蒙藏周报》社副社长等职务。他募资购置了巨幅释迦牟尼像，赠给了巴安县丁宁寺（后称康宁寺），并将一些物品送给家乡。1934年夏，他奉蒙藏委员会及参谋本部会派，到甘肃省、宁夏省、青海省视察蒙藏区域。抗日战争爆发后，他在抗日战争期间曾任国民政府军事委员会中将参议。民国二十七年（1938年），格桑泽仁和在重庆的康藏人士青攘唿图克图、国民政府女官员刘曼卿等人发起成立了“康藏民众抗敌赴难宣传团”、“西康民众慰劳前线将士代表团”，到各战区宣