王位之争.穆罕默德二世在1481年去世后，巴耶塞特与弟弟杰姆苏丹为王位继承权而开战，杰姆战败后逃到罗得岛，向医院骑士团寻求援助。骑士团挟持了杰姆，后来把他送到法兰西王国，其后再转移至教宗诺森八世那里。教宗初时打算利用杰姆作为驱逐土耳其人出欧洲的工具，却未能成事，后来利用他作为向巴耶塞特二世谈判的筹码。杰姆被囚禁至1495年，因脓疮恶化，在那不勒斯的一所监狱中逝世，另有人认为杰姆被一位希腊理发师用毒匕首杀害。
内部叛乱.在帝国东部的叛乱，例如“红头”（奇兹尔巴