子畏惧王恭和殷仲堪等，于是听信谯王司马尚之树立外援之言，以王愉为江州刺史，并分豫州四郡由他都督。当时豫州刺史庾楷抗议但失败，于是怒而劝王恭讨伐司马尚之兄弟。王恭听后也想起兵，在得到殷仲堪及广州刺史桓玄的支持并被二人推为盟主后就正式起兵。司马道子在其世子司马元显建议之下决心讨伐王恭，于是命王珣为前将军、都督琅邪水陆军事、假节。面对桓玄大败司马尚之军，王珣守建康北郊以防备桓玄。同年王恭起事被平定。王珣于是上还符节，并获加授散骑常侍。隆安三年四月乙未日（399年5月30日），王珣获加授衞将军。隆安四年（4