1899年夏，东渡日本，与梁启超等人修好，返回上海参与《亚东时报》编务工作。此时章太炎之排满观和古文经立场日益明确，在苏州出版了其着作《訄书》（第一版木刻本），由梁启超题签。晚清1900年义和团事件发生后，趋新之士大夫严复、汪康年、唐才常等在上海组织「中国议会」以挽救时局，并策划自立军起义，章太炎应邀参加。在会上，章太炎反对光绪帝复辟，主张驱逐满、蒙代表，并割辫明志。但章氏仍与康、梁等人保留着联络。
革命与讲学.1902年章太炎再次逃亡日本，寓梁启超《新民丛报》馆，并与孙中山结交，