有少量二次葬、俯身葬和侧身曲肢葬。在墓葬层发现较多蓼属和蕨属等水生植物花粉，表明遗址距湖较近，水域面积较大，气候湿润。居址层为前4300年至前4000年的两座先民居址，为前堂后室的半地穴浅坑式建筑。在居址层发现大量炭屑，说明居民常年用火。生土层发现蒿属和藜属植物，表明当时气候干燥。因此，薛城遗址前期湿润，后因气候趋于寒冷，先民移居他处。根据对遗址出土的文物分析，薛城遗址先民依湖而居，以捕鱼为生，也有人栽培粳稻。居民已可以在陶鼎中烹饪食物。