军陆续佔领国军在西南各省与沿海之根据地，最后中国大陆全面被解放军控制。自此，中华民国失去中国大陆的统治权。中华民国政府只剩下以台湾为主的两个省份的建制（包括台湾省和福建省），台海两岸开始分治。1955年后，中华民国政府实际控制领土缩限至台澎金马与东沙、南沙群岛。1949年5月20日起，台湾省主席陈诚对全台湾下达戒严令，从此台湾便进入长达三十八年的戒严时期，人民的人权，包括集会、结社、言论、出版、旅游等权利被限缩，异议人士不断遭受迫害，情治单位（主要执行者是台湾警备总司令部）对可疑人士及批评、反对国民党政府