转世活佛系统，即章嘉唿图克图与哲布尊丹巴唿图克图。清代大漠南北寺庙广佈，以多伦诺尔的汇宗寺、固阳的五当召（广觉寺），库伦的甘丹寺、土谢图汗部的庆宁寺最为着名。据粗略估计，清代末期蒙古男子出家当喇嘛的比例达到三分之一以上。在较为偏远的蒙古北部，仍有传统的萨满教信仰。
驻京喇嘛.章嘉唿图克图、青海的敏珠尔唿图克图、西藏的噶勒丹钖哷图唿图克图与济咙唿图克图常驻京城，直接供职于朝廷，被封为国师、禅师，地位在雍和宫总堪布之上。
游牧喇嘛.对于哲布尊丹巴等在原地游牧的