共和国将中华民国对钓鱼台的主权宣誓虽不作官方表态，但通常暗中予以支持，从而导致日方与台发生冲突时，会一併指责中国大陆政府），而台湾就此事件再次关注护渔问题，将护渔船舰由3艘增加到7艘，但行政院秘书长薛香川则表示巡防舰维持钓鱼台12海浬外执勤政策不变。中华民国总统马英九在此事件亦被受批评，指责事件发生多日，仍未发表意见和採取行动，统治能力不足，其后总统府就事件发表四项声明。事件中，日本事务会执行长蔡明耀因「误判事件」而自请处分，中华民国前总统陈水扁在外交部体制、亚太司之外设立的日本事务会亦被裁撤。此外