2007年1月，南京市政协社会法制民族宗教委员会提交了名为《关于在河西新城区择址建设基督教堂的建议》的提案，南京市政府经过讨论，最后决定兴建教堂，以适应城市建设国际化的要求，并使其成为南京市一道新的文化景观。南京市基督教协会邀请东南大学建筑研究设计院、南京大学建筑设计院、北京中华建筑设计院和美国LDX公司参与设计，经过评审，东南大学建筑研究设计院方案最终入选。2007年11月，圣训堂举行奠基仪式。2009年7月，教堂钢结构主体竣工。2013年3月31日，复活节当天，圣训堂举行献堂典礼和落成典礼，正式投