陂圳也于茅港尾或邻近地区逐渐建设起来，诸罗知县周钟瑄也于康熙55年建茅港尾公馆。官道也经通于此，使得茅港尾一跃成为府城至诸罗县城南北官道上最大驿站，仅次于台南府城及盐水港。商人云集，热闹繁华，曾被以「小扬州」来形容。此时下营仍归茅港尾管辖。18世纪中，八掌溪、急水溪，相继改道，挟带大量土石泥沙沖入倒风内海，滨海沿岸逐渐成为陆地，导致港口淤塞。同治元年（1862），台南地区发生大地震，茅港尾亦受到摧毁。光绪11年（1885）分设茅港尾东、西二堡。此后自然条件的改变加上兵戎和瘟疫，港口地位就此让给了麻豆港。