称帝后，论功行赏，官其为工部右侍郎，辅佐世子守卫北京。之后召还，进兵部尚书。朱棣起兵时，其次朱高煦从战有功，朱棣曾许诺给予太子之位。之后，淇国公邱福等人劝朱棣立其为太子。唯独金忠认为不可，并在朱棣面前陈述历朝各代嫡孽故事。朱棣无法定夺，只能密请内阁解缙、黄淮、尹昌隆等人参议，解缙赞同金忠意见，于是立世子为皇太子，而金忠为东宫辅导官，任兵部尚书兼詹事府詹事。永乐六年（1408年），兼辅皇太孙。朱棣北征时，命金忠与蹇义、黄淮、杨士奇留守辅佐太子监国，当时朱高煦机谋夺嫡，在朱棣旁边谮语离间。永乐十二年北征，因