路运行的大部分列车；少部分列车亦会同时停靠杭州东站；动车组列车20对，包括沪昆客运专线南端至杭深线的跨线列车和6对由CR200J担当的列车、CR200J担当的既有线动车和始发既有线动车2对，分别发往南京和启东。
绍兴城际线.绍兴城际线的部分列车将贯通运营至本站。绍兴城际线并不在火车南站的候车大厅内乘坐，而是在西广场设有专门的候车区。运营初期，杭州南到钱清区间可免费乘坐。
接驳交通.杭州南站的接驳交通设施主要位于东广场，集合地铁、公交、出租车和长途汽车等多种