带领下，配合马来亚、英国殖民政府发起大规模保安行动（即着名的“冷藏行动”），拘捕及拘留至少133人，包括反对派重量级政客、新闻记者和编辑以及学生，外界普遍认为这次行动是针对共产主义者，打压反对新加坡和马来亚合併的声音。 同年7月，李光耀在伦敦与马来亚东姑阿都拉曼政府达成协议，新马正式合并。合并后的马来西亚联邦政府与李光耀主导的新加坡自治邦政府采取行动，逮捕了新加坡的多名马共高层。新马合併后，马来西亚联邦政府与新加坡自治邦政府在经济等多项政策上很快就产生严重的分歧。1964年，新加坡发生种族骚乱，李光耀政