寺寺址时，僧众和信众一致认为建寺一定要有防守、防火功能，所以在本波山和巴钦颇章顶上各架起一门火炮，朝山下射石头选点，结果射出的一块石头落在大殿门前左侧，一块石头落在大殿广场中央，当即涌出泉水，大家认为这是祥瑞之兆，便决定在这里建寺。1268年，萨迦第一任本钦释迦桑布（生卒年不详）奉八思巴之旨，以杰日拉康为蓝本，设计建造拉康大殿，后来历任萨迦本钦（又称“乌思藏本钦”，为元朝萨迦政权的首席行政长官）先后扩建，直到第九任本钦阿伦（生卒年不详）任职时期，萨迦寺的建筑工程才全面结束。萨迦南寺平面呈方形，东西长21