陆的新闻监管部门的批评和处分。有时舆论监督报道涉及的地区，会出现买不到当期《南方周末》的情况，据称可能遭到恶意收购或阻止在当地发行。
2001年.长江文艺出版社出了上下卷《中国底层访谈录》之后，中宣部发布禁令；该书作者廖亦武向美国之音指，《南方周末》整版刊登了作者关于此书的谈话，报纸的主编、副主编和编室主任等统统被撤职，出版社也遭受巨大经济损失。
2002年.2002年《南方周末》头版揭露希望工程负责人挪用亿元善款进行投资，最终导致亏损。结果这份报纸几十万