迁到台后政府功能全部迁移至台北总统府。1944年因为国民政府为纪念林森主席的贡献而将其家乡——福建省闽侯县改名为林森县。1950年4月中共将之复名。2015年2月，闽侯县开始在祥谦镇凤港村建设林森公园，2016年完成主体工程。重庆歌乐山上有一处蒋中正赠给林森的园林，至今仍被称作林园，此处亦是林森埋骨之处。