1893年7月7日 - 1899年6月8日任职陆军军医学校校长。
医学事故.森鸥外坚信脚气病源细菌说，大肆抨击食物说，拒陆军採纳米麦混食，斥责海军的洋食实验为毫无科学根据的鲁莽举动，甚至严厉指控主导海军伙食改革的高木兼宽。1894年 不少陆军军医目睹海军实施伙食改良后，成功抑制脚气病，他们态度略有松动，但森鸥外坚持己见，毫不妥协。甲午战后，日本治理台湾之初，他监调任台湾总督府陆军局军医部长，严禁陆军部队擅自提供米麦混食。结果，他驻台三个月内，将近两万五千名士兵中，