蒙古人来自蒙古草原，1206年成吉思汗建立了蒙古帝国，岭北行省所在的内外蒙古是蒙古帝国初期的核心部分。1206年到1260年，帝国初期首都就在漠北的哈拉和林。1271年元世祖忽必烈在中原建立了元朝。忽必烈迁都大都前的上都（开平府）在今内蒙古的锡林郭勒盟正蓝旗境内多伦县西北闪电河畔，上都是蒙古帝国的首都。1260年，蒙哥汗死后，留守首都的阿里不哥被蒙古本土的贵族推举为大汗，据有漠北。而忽必烈闻讯后，也在开平也自立为大汗，据有漠南。双方遂展开激烈内战，历时四年之久。1264年阿里不哥力竭投降，忽必烈把他幽禁