特区政府宣布无限期搁置「廿三条」立法。2004年始担任香港市民支援爱国民主运动联合会（支联会）常委，2008年起任副主席及维权部负责人至今；2005至06年间先后受美国政府、欧洲议会及欧洲委员会邀请，走访美国多个城市、欧盟总部及欧洲议会。‬2003年香港区议会选举中，蔡耀昌出选沙田区火炭选区当选，成为沙田区议会议员，惟于2007年香港区议会选举中以184票之差败于亲建制派、新世纪论坛的庞爱兰，连任失败。2012年香港立法会选举中，蔡耀昌代表民主党参选新界东选区，以10,028票排第14名落选，被没收