元也派遣使者安国寺惠琼劝说信长和足利义昭和谈，吉川元春跟小早川隆景也派出副使和羽柴秀吉取得联系，希望织田家不可杀害足利义昭。足利义昭被迫以嫡子义寻为人质，向信长投降，而义昭本人则被信长驱逐出京都，被信长派遣的羽柴秀吉将他护送至河内国的若江城，由妹夫三好义继庇护，而槙岛城在战后则封给了信长的妹婿细川昭元。在一乘寺唿应足利义昭的渡边宫内少辅跟矶贝新右卫门则在听闻义昭兵败后开城投降，随后离开。在静原山筑砦对抗的山本对马守被明智光秀率军围攻，在10月时攻陷，并斩杀山本对马守，一般认为足利幕府已于此战后灭亡。