派系间的纷争，有人密告由慈航法师建立的台湾佛学院中，有匪谍潜伏。包括慈航、星云法师等三十多名自中国大陆来台的佛教僧侣被捕。李子宽奔走关说，使这些僧侣得以被释放。为了保护佛教僧侣，李子宽与白圣、东初法师等人讨论后，在台湾重建了中国佛教会，作为官方代表，由章嘉活佛任理事长。1952年，聘请印顺法师为善导寺住持，然因佛教中派系纷争，饱受攻击而去职。1957年，聘请演培法师继任。1973年，李子宽在病逝于台北市。