使南宋重文轻武的情形加剧。苗傅拿「徽钦」二帝仍在北方来质疑高宗皇位的正统性，以此为主要理由要求高宗退位，加深了高宗对军人专权及失去皇位的恐惧，但因局势不稳及金兵的威胁下，高宗仍需要武将以对抗金兵的威胁，主战派及主和派在朝中形成均势，直至定都杭州及高宗任用秦桧为止。此兵变对高宗日后阻拦岳飞北伐、杀岳飞、与金朝达成绍兴和议，偏安江南以保持半壁江山有一定程度的影响。