到元末帕木竹巴正式取代了萨迦巴在西藏的领导地位才告结束。不久后元朝也被推翻，明朝正式成立。
背景.877年吐蕃覆灭后，该地区分裂为若干个小邦。各地之部落自行成立政权，发展成众多部族。直到13世纪初，蒙古人迅速兴起，在攻灭西辽、花剌子模、西夏、金朝之后，控制了纳里（今阿里一带），已对西藏形成三面包围之势。1264年元朝建立总制院，封藏传佛教僧人八思巴为总制院院使，取得了统治乌思藏的权力，正式开始西藏历史上的教派统治时期。根据蒙藏史料，最早在1206年之后，蒙古帝国用兵吐蕃的古鲁格