交由行政院管辖的军政部、海军部、参谋部、军事参议院、训练总监部办理。军政部隶属于行政院，初期掌理全国陆军、海军、空军行政事宜，监督指导各省区军政事务。军事参议院是国民政府最高军事咨询机关。1932年1月，为统一军政系统，国民政府恢复军事委员会，蒋中正为委员长兼参谋本部参谋总长，直到中国抗日战争结束。1946年6月1日，撤销军事委员会及军政部等组织，改组设立国防部，首任国防部部长白崇禧上将、参谋总长陈诚上将。当时由国防最高委员会以行政命令《国防部组织纲要》成立，国防部承国民政府主席之命，综理军令事宜，