选为国王后，维也纳再次成为首都，但是他在任期间发生了1421年至1422年对维也纳犹太人的第一次大规模驱逐和迫害。软弱的腓特烈三世（1440年至1493年罗马人民的国王，1452年至1493年神圣罗马帝国皇帝，1457年至1493年奥地利大公）在与匈牙利国王匈雅提·马加什的战争中，失去了包括维也纳的几乎全部奥地利领地。1556年匈牙利和波希米亚并入哈布斯堡家族领地后，维也纳最终成为神圣罗马帝国的首都。
奥地利帝国及奥匈帝国.在法国大革命战争中，维也纳先后两次被拿破仑的军队占领。