菌属"Clostridium"中细菌产生的特殊休眠体，这些细菌会在缺乏养分的环境时开始进入此休眠状态，有极强的抗逆性，对热、碱、酸、高渗以及辐射均有强耐受性。通常使用的杀灭芽孢的方法为高压灭菌。普通的巴斯德消毒法无法杀灭芽孢。这些孢子里面含有细菌的遗传物质、核糖体和大量的吡啶二羧酸（Dipicolinic Acid），吡啶二羧酸是一种内生孢子特有的化学物质，作用是帮助维持孢子处于休眠状态，在孢子里佔了高至10%的干重。内生孢子由德国科学家费迪南德·科恩发现。(使用高温高压消毒法)