2006年9月20日的自民党总裁选，选前被指名的安倍晋三胜出。翌日9月21日，小泉结束自民党总裁任期，9月26日小泉内阁总辞，卸任内阁总理大臣。小泉是1987年中曾根政权以来第一位完成任期的总理，其内阁也是战后在任时间第四长的内阁（当时）。第21回参院选，自民党陷于安倍政权的与阁僚丑闻，惨败给民主党，创党以来首次失去参议院第一大党宝座。众参两院由不同政党把持的「较劲国会」加深了朝野对立，使得政策难以推行。总理大臣的领导力也大幅滑落，总理总裁更迭频繁。
第二次在野与重返执政.