使农业生产量（米、糖等）的增加，奠定府城成为文化商业重镇。由于初期清廷派来的官吏素质良莠不齐、加之官民间语言的隔阂、以及清廷对台湾住民的高压政策等，造成武装起义或骚扰事件不断发生，1721年的朱一贵事件、1786年的林爽文事件、以及1862同治年间的戴潮春事件，被称为清朝统治下台湾的三大「叛乱案」。然而，朱一贵事件与林爽文事件，打着武装起义和反清复明的旗号，实际上乃为烧杀劫掠之盗匪组织，专门鱼肉台湾其他乡民之持械抢劫暴行。雍正2年增设一县（彰化）、二厅（淡水、澎湖），并降旨准广东人移民台湾，雍正10年首