早年.哈梅内伊在马什哈德出生，1939年4月19日出生。他在八名兄弟姐妹当中排行第二，他的其中两位兄弟都是教士。弟弟哈迪·哈梅内伊（Hadi Khamenei）是有名的报章编辑和教士。哈梅内伊具有一半伊朗阿塞拜疆血统，母亲是亚兹德人。他在马什哈德的哈瓦扎（Hawza，传统伊斯兰神学院）研读神学，他的导师包括哈吉·谢赫·哈希姆·可疾维尼和阿亚图拉米拉尼，他在1957年前往纳杰夫。在纳杰夫过了一段短时间后，他返回马什哈德，在1958年开始于库姆定居，参加了阿亚图拉侯赛因·布鲁杰迪