始居民中有矮黑人（Negroid），亦称尼格利陀人（Negritos）。他们被约在四千年前开始从亚洲大陆入境的所取代或吸收，原古马来人带来水稻种植与家畜饲养技能。约在西元前3世纪从东南亚来的马来人接踵而至，散布到印度尼西亚和菲律宾各地，他们然后又被继来的民族如孟-高棉、泰、缅人挤出亚洲大陆（马来半岛除外）或吸收掉。马来群岛的马来族系后来又同阿拉伯人、印度人及华人有小规模的混合。马来群岛居民讲多种语言，属于马来-波里尼西亚语系，亦称澳斯特罗尼西亚诸语言（Austronesian languages）。现代