在男单准决赛以0比2（13-21、19-21）不敌赛会9号种子、队友的宋俊洋。2016年1月，伊斯干达·祖卡奈因·再努丁出战马来西亚羽毛球大师赛，在男单决赛以0比2（18-21、11-21）不敌赛会头号种子、前辈的李宗伟，赢得亚军。同年5月，他入选汤姆斯盃的男单大名单，助马来西亚队赢得男团季军。同年6月，他出战中华台北羽毛球公开赛，在男单准决赛以0比2（16-21、10-21）不敌赛会5号种子、东道主名将的周天成。同年11月，他出战中国羽毛球首要超级赛，在男单准决赛以1比2（20-22、22-20、7-