要来源为轨道交通上盖及沿线土地的开发收益。资本金以外的资金来自国内银行贷款。在土地收益不能满足需求时，才由市财政资金投入。除了传统的银行贷款，深圳地铁还陆续开展了多个融资项目，如2011年深圳地铁集团发行了百亿元的中期票据，2013年又发行了百亿元的企业债券。但深圳地铁的建设与发展仍面临着很多难题。
BT与BOT.深圳市政府从二期工程开始，大规模使用建设－移交（Build-Transfer）模式用于地铁建设，即由中标单位先行垫资建设，政府三年后进行回购。以缓解资金压力，加快建设进度