（1937年）抗日战争以前，省会在闽侯县。民国27年（1938年）省会迁往永安县，抗战胜利后复治林森县（旧称闽侯县）。民国35年（1946年）1月析林森县城厢区置福州市，均位于今福建省福州市。民国38年（1949年）8月，福建省政府随着中华民国国军，从福州市迁至金门县。民国45年（1956年）7月因为金马地区实施战地军政指挥，福建省政府虚级化并迁至台湾省台北县新店市北新路二段228巷2号办公，至民国81年（1992年）11月7日因金马地区战地政务终止，于民国85年（1996年）1月15日迁回金门县金城镇民权