可以通过特殊的翻译机制来引入。相反的，非蛋白胺基酸则是指在蛋白质内找不到（如carnitine、GABA和L-DOPA），或没有被标准遗传密码编码（如羟脯胺酸和硒甲硫氨酸）的其他胺基酸。后者通常源自于蛋白质的转译后修饰作用。对于生物缺少将某些非蛋白胺基酸（如鸟氨酸和）组进蛋白质内的功能，是有着很清楚的根本因素；如前面所举的两个胺基酸就会cyclize against the peptide backbone and fragment the protein with relatively short