育部长杜正胜却圈选李嗣涔，校方也只得默认政府的选择。对此，杨永斌甚至发表公开信中说：「201位台大校务代表长期观察所做的决定，比不上教育部 5 位委员40分钟的答询。」
担任校长期间学校所受捐款.2005年7月：联发科董事长蔡明介与联发科5年内共同出资1亿元赞助「台大─联发科技无线整合系统实验室」的研究经费。2005年12月：台湾积体电路公司捐赠1亿2千万元建化学系的化学新研究大楼「积学馆」，于2007年12月动工，2009年11月落成。2006年6月：华硕电脑董事长施崇