在后殿供奉普庵禅师神位，用以降妖伏魔。每月六日与廿日，日本临济宗僧侣要向普庵禅师神位礼拜诵经，祈祷寺院平安。由于普庵禅师的神异性，有些非佛教的闾山派和湘、赣等地道士奉普庵禅师为祖师，号称「普唵教主」，即「普庵派」（普唵派）。他们供奉的普庵禅师，有无限化身，故其造像有多种：有比丘像，道士像、公卿像（鹿港玉渠宫）、将军像、帝王像等。从事渔业、航海者也常会在船上供奉普庵禅师神位，以保水上平安，神像也常常是水手像或渔夫短衣戴笠如涉水之像，普庵禅师也被认为具有某部分海神的功能性。民间信仰以红、黄等色纸写上