北京后，其他传教士和利玛窦受洗的教徒都希望可以得到皇帝的恩准，让利玛窦安葬于北京，借此来认可教会和天主教在中国的合法存在。为此，耶稣会士庞迪我神父向万历皇帝上呈奏疏，希望能破例赐地埋葬利玛窦。庞迪我在奏章里称：虽然朝廷中有人反对，但该事在内阁大学士叶向高等人的多方努力下，还是很快得到了万历皇帝的照准。1611年，由徐光启主持，万历皇帝赐利玛窦安葬于平则门外二里沟的滕公栅栏，教会无需付款便可拥有这份产业。至19世纪末，安葬于滕公栅栏的欧洲传教士已逾百名。1900年，墓地被义和团砸毁，墓穴被掀，碑石被砸；其