波谱法确定核酸和蛋白质核磁共振波谱相似但存在差异。核酸具有较小的氢原子百分比，这是在NMR光谱学中通常观察到的原子，并且因为核酸双股螺旋是刚性的且大致线性的，所以它们不会自行折叠以产生“长程”相关性。通常用核酸完成的NMR的类型是H或质子NMR，C NMR，N NMR和P NMR。 几乎总是使用二维核磁共振波谱方法，例如相关光谱学（COSY）和总相干转移光谱学（TOCSY）来检测穿透式核耦合，(Nuclear Overhauser effect)光谱法（NOESY）来检测彼此在空间上靠近的核之间的耦合。