对毛文龙颇为倚重，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方剑，设军镇皮岛如内地。”、“毛文龙灭奴虽不足，牵奴则有余”。工科给事中杨所修曰：“东方自逆奴狂逞以来，唯一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘掖间撩动而牵制之。”然毛文龙部与崇焕不和且不肯受节制，难以调遣等问题，袁崇焕患之，与内阁辅臣钱龙钖谈到平辽事宜，认为文龙“可用则用之，不可用则杀之”，主张“先从东江做起”，集中精力对付毛文龙。崇祯二年（1629年）五月二十九日袁崇焕以阅兵为名，乘舟至双岛，六月三日上岸，毛文龙率领的皮岛官兵列队欢迎。此时袁祭出尚方宝剑，宣布毛