准噶尔汗国蒙古人和俄罗斯帝国人排挤，渐渐迁移到天山北麓的伊塞克湖一带，即今日吉尔吉斯斯坦之地。清代，吉尔吉斯部落分为东布鲁特、西布鲁特。西布鲁特游牧于回部境内，受喀什噶尔参赞大臣等各路驻扎大臣管制，东布鲁特为清朝境外的藩属部落。
唐朝.640年9月19日（贞观十四年八月癸巳，农历八月二十八日），交河道行军大总管侯君集平高昌，以其地设西州。640年10月11日（贞观十四年九月乙卯，农历九月二十一日），于西州设安西都护府，用以针对西突厥。贞观二十二年（648年），安西都护府迁至龟兹。