构跟中国内地没有直接关系，所以在保障宗教自由方面按照原殖民地时期的模式。因此在特别行政区可以看到神职人员的公开传道活动。各种基督宗教的教派在这些地方也可以有自己的机构和信徒。
北京.新教传入北京，始于1861年伦敦会的医疗传教士雒魏林（William Lockart）。数年之内，英国圣公会、美北长老会、公理会和美以美会等英美差会均在北京得以立足。北京的基督教在1900年的庚子事变中受到毁灭性的打击，但是在20世纪初经历了较大的发展，成为英美教堂和传教士集中的城市之一，兴办了燕京大学等