96年港穗直通车的北面终点迁往位于天河区的广州东站。到1997年香港主权移交时广九直通车每日开行六对，年载客量148万。
高速化.1998年6月1日，广深铁路电气化工程完成，港穗直通车开始使用最高时速达200公里的「新时速」摆式高速列车运行当时代表高速列车的“G（高）”字头车次，运行时间缩短至最短90分钟；在开通首两年，新时速列车的大修均安排于列车抵港后，进入九铁何东楼维修中心进行。至1998年8月28日，九广铁路公司购入的九广通列车正式投入服务，此前港穗直通车只是由广深铁路股份有