长渡边因属下涉及误杀案件被迫宣佈引退。
六代目.2005年8月，司忍（本名篠田建市）继承六代目组长，却也因涉案于同年底收监服刑6年，山口组的营运暂时由「执行部」代理、并新设「干部」职。此时，山口组仍积极涉入关东的势力版图、吸收在东京活动的国粹会以对抗关东的两大势力住吉会及稻川会。2007年2月，住吉会直系小林会干部遭山口组国粹会成员于东京西麻布街头枪杀，引发「新东京抗争」事件，在东京都警方的强势介入下双方以和解收场；同年2月15日，国粹会会长工藤和义为了对事件负起全责于自宅举枪自尽