。1891年他再次回到了美国。在麻省理工学院教授有机化学（1892年－1897年）。1898至1900年成为麻省理工学院的校长。1900年他辞去校长一职，继续从事有机化学与物理化学的研究。
荣誉.1885年，法国政府授予他法国荣誉军团勋章，以表彰他对科学研究的贡献。英国科学协会接纳他成为一名会员。1898年哈佛大学授予他名誉博士学位。麻省理工学院的的一个集体宿舍大楼也以他的名字命名——The Crafts。