80年代后期就开始研究小型商用飞机，采用其他厂家所制造的发动机。本田的SHM-1/MH01涡轮螺旋桨飞机进行层流机翼测试，本田在1980年代后期和1990年代初期的MH02都在密西西比州立大学拉斯佩特飞行研究实验室进行制造及组装。该MH02的原型是使用碳纤维／环氧树脂复合材料所制造的小型商用飞机。MH02的飞行测试直到1996年，之后该飞机就被运送到日本。1997年，HondaJet的设计师即本田飞机公司的创始人描绘了该飞机的草图，并在1999年定下了该飞机的概念设计。同年，在波音的风洞里进行风流测试。