事法院属福建省直属机构，对厦门市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，审判工作受福建省高级人民法院监督。
管辖.厦门海事法院管辖北到福建省与浙江省交界处、南到福建省与广东省交界处的延伸海域，其中包括东海南部、台湾省、海上岛屿和福建省所属港口发生的一审海事、海商案件。不服该法院一审判决的上诉案件由福建省高级人民法院管辖。