被拆分成了春季赛和秋季赛两个部分。1997年，墨西哥足协取消了墨西哥杯，墨西哥冠军杯也因此停办。2002-03赛季，墨西哥冠军杯重新开办，但对垒双方却换成了墨西哥足球超级联赛春季赛和秋季赛的冠军。新版的赛事进行了4届后再度中断。2012年，全新诞生的墨超和墨甲运营主体Liga MX又一次重新启动了这项赛事，组织了一场墨超冠军与墨甲冠军之间的友谊赛。 2013-14赛季，Liga MX确定了当赛季的墨西哥冠军杯的对阵双方将会是2013年春季联赛冠军和2013年春季杯赛冠军。从2018赛季开始，墨西哥冠