淡水鱼可分为:初级淡水鱼、次级淡水鱼以及周缘性淡水鱼，其中以初级性淡水鱼的种类最多，其次为次级淡水鱼，而后为周缘性淡水鱼。以科学分类法来看，有颔下门（"Gnathostomata"）中的硬骨鱼总纲（"Osteichthyes"）佔最多数，而硬骨鱼纲中的辐鳍鱼纲（"Actinopterygii"）为数最多，包含了近万种的淡水鱼类，其他像肺鱼（"Dipnoi"）、多鳍鱼（"Polypterus"）及矛尾鱼（"Latimeria"）等包含大部分古老鱼种所属的肉鳍鱼纲（"Sarcopterygii"），最多也只有几