属于札幌市交通局的地下铁车站。琴似车站是札幌市营地下铁东西线的沿线车站之一，车站编号T03，在1999年2月25日本站至宫之泽车站间的延长路段还没通车之前，琴似曾一度是地下铁东西线的西端终点站。在北海道旅客铁道（JR北海道）函馆本线上也有一同样名为「琴似」的车站，两车站间实际间隔800公尺，转车便利度普通。名称源自阿伊努语的「kot-ne-i」，意思是「凹陷的地方」。
车站结构.地下1楼为大堂，地下2楼为1面2线岛式月台的地底车站。