基督教的兴起，发展出的经院哲学则将理性臣服于启发宗教精神和揭示基督教真理的工具，使中世纪的欧洲的知识及政治方面，基督教思想看似坚不可摧；然而人文主义、文艺复兴、新教改革等等的对基督教思想的挑战，产生各方面的在理性与知识的重要转变：一方面人文精神孕育实验科学（包括弗朗西斯·培根、哥白尼、伽利略和笛卡尔），还有数学思考的严谨性（莱布尼兹和牛顿） ；另一方面，罗马天主教会的单一权威同时面临两个挑战：一为新教改革，二为文艺复兴从古典文化中发掘的「人有创造能力」概念；因此，迈向真理的道路就渐渐不是基督教思想以神为