斯二世任命为宗教法庭大法官，同时获得枢机头衔。希梅内斯认为，宗教法庭法官应该严守法规，但必须要扩大最高宗教法庭的权力，使之能够管辖各地的宗教法庭。他在1509年率探险队赴非洲，为西班牙夺得非洲的奥伦。当他回到西班牙，希望斐迪南支持他进一步征服北非的穆斯林以达成十字军之理想时，斐迪南拒绝了他的构想，因为投入义大利战争的斐迪南对义大利的财富和权力更有兴趣。
最后岁月.1516年1月28日费迪南死后，他再次出任卡斯蒂利亚摄政，直到1517年费迪南的外孙查理（即后来的西班牙国王卡洛斯一