奉观世音菩萨的殿堂採用巴洛克建筑，有仿拱型廊、柱头的花草藻饰。寺前摆有巨大的化石，来源一说是郑保真梦见孔明託梦，次日到青草湖打捞获得；另一说是早年整地挖得的化石。林朝棨研究是百万年的动植物化石。已废除的新竹神社石灯、净身池等也从客雅山移置于此。寺内还有狄膺墓，其牌坊题有蒋介石的「风徽永挹」，对联为陈诚、于右任所写。章亚若母亲也安息于此寺的灵骨塔。一次立法委员段剑岷来新竹县玩后，认为一些地点名称太俗，就写信给新竹县长刘榭燻，指灵隐寺应该改叫谐音的「林荫寺」、青草湖改为「澡湖」、飞凤山代劝堂改称「梅花观」