日本旅客铁道（JR东日本）运营。新潟车站和秋叶区的新津车站是新潟市的两大铁路交通枢纽。其中新潟车站是白新线、信越本线、越后线三条在来线的交汇点，并且也是上越新干线的北端起讫点。新津车站则是信越本线、羽越本线、磐越西线三条在来线的交汇点，且车站西南有新津车辆制作所，生产铁路客车。1982年上越新干线的开通大幅改善了新潟和关东地方之间的交通。现在通过新干线，自新潟市出发最快只需要不到1小时40分就可以到达东京。新潟市没有地铁，市内的主要公共交通系统为公共汽车，主要营运者公司不仅承担大部分新潟市内的公交运行，