贯通后，3号线北段拥挤，4号线由于作为环线，串联各条线路，早晚高峰也经常拥挤，但共线段的存在严重地牵制两线的运能提升，随着地铁线路增多，分离也不得不进行。
运营方式.分线前与分线后运营模式有很大不同，3号线南端将于上海南站站至宜山路站双向运行，北段将于宝山路站至江杨北路站双向运行，使得一条线同名不贯通。
工程.在原有的基础上，于宝山路站与上海火车站站站台两侧建造两条长约2.02km复线，并增加少许道岔，供3号线运行，同时宝山路站与上海火车站站将会成为岛式站