塔里木河、博斯腾湖多次向塔里木河下游输水，加上昆仑山水系的车尔臣河、若羌河和米兰河正值盛水期，台特玛湖得到迅速恢复，塔里木河下游两岸濒临死亡的植被恢复了生机。2002年台特玛湖最大水面面积曾经达到约213平方公里。2006年以来博斯腾湖水位下降，巴音郭楞蒙古自治州用水也开始紧张，从孔雀河调水越来越困难，使得台特玛湖只能够季节性的维持一定的水面，2007年目测为10平方公里左右。2008年，因持续干旱影响，塔里木河来水量大减，又重新回到以前的干涸状态。 自2010年起，发源于昆仑山区的车尔臣河来水量较大，