任密苏里战争部指挥官，管辖范围包括密苏里州、堪萨斯州、科罗拉多州和新墨西哥州。汉考克前往堪萨斯州利文沃思堡开始从事自己的新工作。此后不久，威廉·特库姆塞·舍曼将军指派汉考克带领远征队前去与夏安族和苏族谈判，这两个印第安人部落同美国联邦政府之间的关系自沙溪大屠杀以来已经显着恶化。谈判从一开始情况就很紧张，汉考克下令焚毁堪萨斯中部一处废弃夏安族村落之举更是火上浇油。虽然各方都没有因冲突导致较大的人员伤亡，但这次使命取得的进展仍然相当有限。
重建时期.汉考克在西部停留的时间较为短暂。约翰