标本（编号MSM P4166）只有部分头颅骨、嵴椎、肋骨碎片，发现于美国新墨西哥州的Moreno Hill组地层，地质年代约9300万年前，相当于土仑阶。在2010年，这些化石被命名为新属，模式种是"J. rugoculus"。属名来自于当地印地安部落祖尼人的两个名词，意为「咀嚼的嘴部」，意指牠们已演化出可咀嚼的复杂嘴部结构；种名在拉丁文则意为「皱褶眼睛」，意指其眼眶周围的形状。根据亲缘分支分类法分析，显示黑亚瓦提龙是种原始鸭嘴龙超科，比原赖氏龙、原巴克龙、始鸭嘴龙还要演化，但比双庙龙、沼泽龙、巴克龙等