押于重庆警备司令部，后转至渣滓洞看守所。期间遇害，并被投入镪水池里毁尸灭迹。散木认为兇手是谁还是悬案，较有可能是中统。费巩失踪后，引起了重庆社会各界的震动，但外界不知道他已经遇害。1946年1月，中共代表提出的和平谈判八项要求中的第七项包括“立即释放叶挺、廖承志、张学良、杨虎城、费巩”。但国民党当局对此未进行交代。一直到中华人民共和国成立后，1951年柳亚子在所作的《费韦斋集》序文中还写有“香曾复以在重庆签名民主运动，为蒋逆党羽所劫持，存亡未卜”。直到后来经过调查，才发现费巩遭秘密绑架后，不久便已在渣滓