于1243年6月接任教宗，与弗里德里希的冲突立即趋于尖锐。教宗为躲避皇帝攻击，致信路易寻求庇护。然而，路易礼仪周详的回答信使，他征询了贵族们的意见，他们建议拒绝教宗的请求，以作为维持中立态度的必要。依诺增爵四世流亡，落脚在深受法兰西影响且几乎是独立城市的里昂。1244年12月27日，教宗宣布将在里昂召开公会议，要求皇帝在公会议上接受审讯，为自己进行辩护，并听取判决。路易也受邀参加公会议，但是他出于避免卷入纠纷过深的考虑，未有接受邀请，他建议在克吕尼会见依诺增爵四世，希望借此促进他与皇帝的和解。会谈中，教宗加