部首领噶尔丹攻佔叶尔羌后，扶植叶尔羌汗后裔阿卜都里什特作为傀儡政权进行统治。到了策妄阿拉布坦时期，约在1700年准噶尔出兵重新控制了天山南路，不再立叶尔羌汗，叶尔羌汗国彻底灭亡。
政治.汗国大部制度和成吉思汗时代无异，只是信奉伊斯兰教。汗国的官员分为军事官员、宫廷官员、中央官员、宗教人士官员。汗由库里台大会推举。法官由宗教官员与世俗官员出任。由案情决定，官教案件由哈的负责，习惯法由伯克负责。
经济.经济为园地业、商业、畜牧业。以农业为主，土地分别为国有土