称病请辞，王建不许。三年（900年）六月，王宗涤被授以宰相荣衔同中书门下平章事。天复元年（901年）三月，王宗涤因病请辞，王建让时任马步使的王宗裕接任。九月，宰相崔胤召宣武军节度使朱全忠诛杀宦官，十一月，当权宦官韩全诲挟持昭宗逃离长安投奔盟友凤翔节度使李茂贞，朱温攻打凤翔想夺回皇帝。十二月，李茂贞和朱全忠都向王建求援，昭宗也秘密派中官仇承坦谕旨王建。王建想戏耍双方，表面上答应朱全忠、拒绝李茂贞，却派密使去凤翔鼓励李茂贞坚守，答应予以救援，又派王宗涤和另一养子武信军节度使王宗佶为扈驾指挥使率军五万北上，声称迎