170年），朱熹在浙江做官，任司提举浙东常平茶盐事，曾在稽山书院讲学。宋朝时，书院已经海内闻名，讲学活动众多。元朝至正年间，廉访副使王侯复扩建修葺了书院，元末书院曾一度荒废。
中兴.大明正德年(1506年至1521年)，山阴知县张焕将书院搬迁至原址的西面。明嘉靖三年（1524年），绍兴府知府南大吉和山阴县令吴瀛拓展书院，增建“明德堂”、“尊经阁”等建筑。书院因正德年间王阳明在此收徒讲学而大兴。王氏在此系统阐述自己“致良知”的理论，并亲自撰写有《稽山书院尊经阁记》。稽山书院是王阳明在