主教会的管区，从原本单一的日本宗座代牧区分为南纬、北纬2个宗座代牧区，东京当时属于日本北纬宗座代牧区（简称北日本代牧区），但教座当时设于横滨。至1878年，宗座代牧从横滨迁驻至东京筑地的筑地教会。北日本代牧区成立之时的辖区，包括中部、关东、东北、信越、北海道等地方，至1891年4月17日再将北海道与东北地方分出另立函馆代牧区（今仙台教区）。1891年6月15日，日本建立圣统制，北日本代牧区改名升格为东京总教区，当时为日本唯一的总教区；辖区仍为中部与关东地方，成立初期的教区主教则主要由巴黎外方传教会会士担