，黄巢攻入长安，僖宗出逃蜀地。郑畋组织军队抗击黄巢军。中和元年（881年），郑畋败黄巢部将尚让等于龙尾陂（今陕西岐山东），又与西北诸镇约盟，号召藩镇合兵攻打长安。不久，其部将李昌言兵变，赶走了郑畋。于是郑畋被罢黜为太子少傅。二年，朝廷召郑畋至成都，复官以司空、门下侍郎、同中书门下平章事，主管军务。三年，黄巢军从长安撤退，僖宗回到长安。时权宦田令孜及其兄剑南西川节度使陈敬瑄与郑畋不和，排挤郑畋，乃投其子于彭州（今四川彭州）。不久病逝。有子郑凝绩字裕圣，户部侍郎；孙郑绍余，字垂芳。女儿嫁给相如令李德休。