扩张至布鲁克林后，不少布鲁克林居民选择乘坐地铁进入曼哈顿，而BRT的高架铁路、路面电车客流量下降。 
电气化.在纽约地铁系统扩张的同时，托马斯·爱迪生和乔治·威斯汀豪斯之间正展开着商业斗争（即电流战争），两人各自开发了直流电和交流电输电系统。此后交流电成为主要输电方式，但纽约地铁的电气化铁路采用直流电输电系统。目前纽约地铁列车使用第三轨600V直流电供电（A系统使用第三轨625V直流供电）。
三区地铁系统规划.在纽约市的法定债务上限提高后，1908年前又有