方祖荫（），字樾庭，又字作亭，号庆堂，安徽省安庆府桐城县（今属安庆市桐城市）人，清朝政治人物。
生平.监生出身。光绪十一年（1885年）十一月，以台湾府埔里社厅通判署理台北府新竹县知县，兼摄苗栗县事。陞台北府基隆厅抚民理番同知。十七年（1891年）擢台南府知府，加三品衔。管辖约今台湾南部之嘉义县、嘉义市、台南县、市全境及高雄县部份区域（建省前之台湾县区域）。该区域面积约为4500平方公里，也是清治时期台湾岛之汉人集中地所在之一。1895年，台湾遭中国清朝割让予日本，台湾士绅筹组台