于脉翅目、鞘翅目与蟑螂的消化道中，目前尚不确定它们是否对昆虫宿主有益。在腐木上生长的真菌对木食性昆虫相当重要，长期下来真菌可以改变腐木上元素的组成，释放磷、氮、铁、锌、铜、钾等甲虫生长的必须元素到腐木中，对木食性昆虫的生长发育相当重要。另外许多双翅目眼蕈蚊总科的昆虫（包括、的物种）幼虫以真菌的子实体或菌根为食。
作为寄生物、病原菌.许多真菌寄生于植物、动物（包括人类）、甚至其他种真菌中。有些真菌是感染农作物的植物病原菌，例如感染稻米的稻热病菌、造成荷兰榆树病的、造成的栗疫病菌、感染