藩的范围大概包括加藤清正及小西行长管治的领地。后者在关原之战参加西军，因战败后被德川军处死，其领土分配给加藤清正，成为52万石大名，清正时代建造熊本城，在清正管治期间，风评良好，后世称他为清正公。1632年，第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分，分配到出羽国羽冈藩，并由新领主细川氏管治，直到废藩置县为止，由细川氏所管治。在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主忠孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死，自此将家纹改变。1755年开设藩