经济管理部门工作；曾历任省经贸委综合处干事，调研室副主任、主任，政策法规组组长，企业处处长；2000年7月，升任省经济体制改革委员会办公室副主任；2001年6月，任省发展计划委员会副主任。2002年12月，祝作利转任中共陕西省委副秘书长；期间，在西北工业大学工业工程专业学习，获工程硕士学位。2006年3月，出任省发展和改革委员会副主任； 2008年3月，晋升省发改委主任、党组书记；2013年1月，当选政协陕西省第十一届委员会副主席。