阳教区合并到广州教区，并以原惠阳教区主教叶荫芸为合并后广州教区主教。1995年初，邓以明赴美国旧金山疗养。5月，在前往康涅狄克州斯坦福参加上海教区龚品梅枢机举行的晋铎65週年、晋牧45週年及擢陞枢机15週年三项庆典时，发现感染肺炎，6月27日，病逝于美国康涅狄克州斯坦福圣若瑟医疗中心，享年87岁。遗体安葬于旧金山附近圣嘉勒县的耶稣会墓园 。
着作.自传《天意莫测》