在台湾的影响力相当大，中华民国总统马英九在哈佛大学深造时是他的学生，马的夫人周美青亦曾是他的人权事务研究助理。1985年，孔在台湾政治犯吕秀莲被释放的过程中发挥了关键作用——吕在哈佛大学求学时亦是他的学生，后来成为中华民国副总统。此外，在1985年江南案发生后，他曾义务代表刘宜良（即江南）的遗孀到台湾出庭。于诉讼的期间，他认为光是将兇手——也就竹联帮分子陈启礼等人——定罪是不够的；他认定中华民国政府必定直接参与了这次阴谋，且必须为之负责。后来证明他是对的，中华民国的情报局长及其属下相关人等也被逮捕并判刑