铁道部“中取华东”重点工程之一的浙赣绕行线开通。浙赣绕行线由笕桥站引出，经杭州东站、钱江二桥至白鹿塘站，作为杭州站的分流线路，1997年实现复线化：本站杭州东站间新建长1690米的杭州疏解特大桥，供上行列车使用。2006年7月19日浙赣铁路的起点由杭州站移至笕桥站，原经过杭州东站的浙赣绕行线改为正线，经杭州站前往白鹿塘站的线路改为绕行线；但浙赣线与沪杭线又于同年12月31日18时起合并为沪昆线。2009年车站修建了连接沪杭高铁的联络线，使得沪杭高铁的列车在杭州东站尚未完工的情况下可通过该联络线驶入杭州站