同治二年（1863年）丁曰健任台澎兵备道，周懋琦以主事参谋军事，其间曾两度内渡请饷接济，后因协助平定戴潮春事件有功，以员外郎分部候补，加四品衔。同治十一年（1872年）奉旨以台湾府知府身分兼任按察使衔分巡台湾兵备道。光绪二年（1876年）因水土不服调任福宁府知府。光绪五年（1879年）台湾建省后，亦再代理一任台湾府知府。丁忧离任，其后任福建船政提调。再任监督出洋肄业事宜。
着作.着有《全台图说》、《议复水师李提督台湾治略》等