认为稻鼠属是一个完整的属或为"Hesperomys"的亚属。但自1890年代起，一般已接纳稻鼠属为一个完全的属，且与"Hesperomys"有所分别。
物种界线及亚种.于1890年代，有几个稻大鼠的亚种被描述：于1893年在科罗拉多州的"natator"、1894年在德克萨斯州的"texensis"及1898年在科罗拉多州以外地方的"coloratus"。克林顿·哈特·梅里厄姆（Clinton Hart Merriam）于1901年确认"natator"其实是另一物种，而"texe