6个乡镇并为20个镇、20个乡。2000年6月16日，苍南县撤销沪山镇、灵江镇、渎浦乡，其行政区域并入灵溪镇；撤销湖前镇、平等乡、江山乡，其行政区域龙港镇（不包括江山乡后垟增村、梁宅村）；江山乡后垟增村、梁宅村划归宜山镇管辖。2011年，苍南县撤销观美镇、凤池乡、浦亭乡，其区域并入灵溪镇；撤销舥艚镇、芦浦镇、云岩乡，其行政区域并入龙港镇；撤销炎亭镇、大渔镇、石砰乡，其行政区域并入金乡镇；撤销望里镇、括山乡、仙居乡、新安乡建制，其行政区域并入钱库镇；撤销霞关镇、沿浦镇、渔寮乡、蒲城乡，其行政区域并入马站镇