时将其划入宁夏省，并置阿拉善和硕特特别旗与额济纳旧土尔扈特特别旗，直属于行政院。中华人民共和国建国后，所辖区域先后归宁夏、甘肃省、内蒙古自治区管辖。1979年5月30日，中共中央、国务院决定恢复内蒙古自治区1969年7月以前的行政区划，甘肃省所辖的额济纳旗和阿拉善右旗、宁夏回族自治区所辖的阿拉善左旗，从1979年7月1日重新划归内蒙古自治区。同年11月，国务院批准内蒙古自治区关于设立阿拉善盟的报告。目前额济纳旗与甘肃省酒泉金塔县存在因土地资源引起的行政管辖权纠纷，曾发生过额济纳旗检查站砸毁事件。Se