类于喙嘴翼龙科。大卫·安文（David Unwin）的近期着作《"The Pterosaurs: From Deep Time"》则认为翼手喙龙生存于白垩纪，但这是根据旧资料而来。安文也提出翼手喙龙属于掘颌龙亚科。2014年的研究表示翼手喙龙属是悟空翼龙科的近亲。