死于狱中。到明朝天启三年（1623年），大宦官魏忠贤又出资扩建碧云寺，并将于经未能使用的墓穴规模扩大，结果没有用成便因罪大恶极而在崇祯初年自缢后被戮尸。1644年，魏忠贤的党羽葛九思随清军进入北京，将魏忠贤的衣冠葬在墓中，成为魏忠贤衣冠冢。清朝康熙四十年（1704年），江南道监察御史张瑗奉命巡视西山时，起初将之当作前朝皇帝的陵寝，后来得知是魏忠贤衣冠冢，遂于同年五月十二日上奏，五月二十二日诏平其坟。清朝干隆十三年（1748年），干隆帝在明朝的规模上又进行大规模的修葺和扩建，新建成金刚宝座塔、水泉院