明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「石头坑」大字，隶属于新竹州中坜郡新埔庄。1941年，新埔庄升格为新埔街。战后新埔街改制为新埔镇，隶属于新竹县，大字亦改制为里。1950年桃、竹、苗分治，新埔镇隶属不变。
交通.县道115号是观音至芎林的道路，大致以纵向蜿蜒经过石头坑地区，向北转东北可前往新埔市区、杨梅、新屋、观音等地，向南可前