大的维修工程于2004年夏季动工，2006年秋季完成并重新开放教堂。其中维修的重点是彻底解决屋顶漏雨问题，拆除20年代建造的整个屋顶及大梁，原样重做；其次更换玻璃窗98扇，共600多平方米。教堂原本的玻璃窗是19世纪由法国进口，但在历经战争以及文革期间红卫兵的破坏，已经几乎全部不存。由于中国大陆缺乏有制造教堂彩色玻璃经验的公司，新的玻璃窗从一间菲律宾公司订做，上面描绘圣经中的故事以及圣人的画像，下方带有英语的文字说明，有别于原来法国玻璃窗的拉丁文和法文说明。此外还对教堂的楼梯、信道、梁架进行整修，西塔新