于，参与了在查特胡奇河和亚特兰大等地阻击联邦军队的军事行动，然而邦联军队战败，联邦军火烧亚特兰大，佐治亚军事学院校园也在战争中被摧毁。此后，学员营被调往当时佐治亚州首府米利奇维尔，作为当地民兵部队的一支驻防于此。他们参与了阻击谢尔曼向佐治亚海滨城市萨凡纳进军，但又未能成功，遂返回米利奇维尔一直驻守于此直至战争结束。战后，凯珀斯和佐治亚军事学院校友试图重建军校，结果因无法得到政府的财务支持而作罢。
复校.1961年，佐治亚陆军国民警卫队宣布重建佐治亚军事学院作为该州的军官候选学校