Virtual Console上再版；游戏于2013年和2014年分别在北美和欧洲的任天堂3DS Virtual Console 发行。加藤正人接替红白机前两作设计师吉泽秀雄，担任本作的设计。游戏是忍者龙剑传三部曲的第三作，情节设定于系列前两作《忍者龙剑传》和《忍者龙剑传II 暗黑的邪神剑》之间。玩家操控被陷害谋杀艾琳的隼龙，调查她背后的真相。他最终发现，CIA特工福斯特和另一人克兰西利用次元狭缝，创造并操控注入能量的人工生命体。游戏机制和前两部忍者龙剑传类似，但新增抓吊上方绳索与提升剑威力等操作。