李世民的眼疾到草堂寺求佛保佑，造石佛送入寺内供养。唐时，草堂寺曾改名为“栖禅寺”。天宝年间，飞锡法师主持寺务，传播佛法。元和年间，唐宪宗敕令重修，宗密禅师在此弘扬佛法。宋朝初年重修，改称“清凉建福院”，金、元、明时仍称草堂寺。清雍正十二年（1734年），僧肇被封为“大智圆正圣僧”，草堂寺因此又改名为“圣恩寺”。
建筑风格.草堂寺中存“姚秦三藏法师鸠罗什舍利塔”，为唐制。八面十二层，以玉白、砖青、墨黑、乳黄、淡红、浅蓝、赭紫及灰色共八色玉石雕镶而成，因而称八宝玉石塔。塔下层浮雕须弥山