台汗国也先不花二世及羽奴思汗拨一块蒙兀儿斯坦的土地（库齐巴什），收留了他们，从此这就是哈萨克汗国的一部分。察合台汗国也愈来愈局限在南疆。这地方后来成为哈萨克汗国的大玉兹，居民是康里、乌孙、杜格拉特、札剌亦儿等部落。有研究者认为，至羽奴思汗时，蒙兀儿人的穆斯林身份已被伊斯兰世界所接纳。在17世纪这里成为准噶尔部的地方，蒙兀儿人也逐渐融入维吾尔人中。