染色体复制并分离后，细胞开始一分为二。虽说目前古菌中只有硫化叶菌的复制周期被阐明，但是这样的细胞周期大体上类似于在细菌和真核生物的周期。和真核生物一样，古菌的染色体也可以在多个位点（复制起点）开始用DNA聚合酶复制。然而古菌用于控制细胞分裂的蛋白（例如FtsZ，制造逐渐缩小的“Z环”以帮助细胞质分裂）和分离两个子细胞的隔膜部分，这些与细菌的二分裂相似。但与细菌、真核生物不同，目前未发现有古菌进行孢子生殖。一些的种类可以进行并生长成为不同的形态。这些形态包括拥有可以防止出现的厚细胞壁，这使嗜卤盐菌可以在盐