充实为由，上表解职为领郡。永明七年（489年），进号右将军，迁为丹阳尹，将军如故。转左卫将军。累迁中护军，仍出为持节、加为都督郢、司二州军事、平西将军、郢州刺史。当齐郁陵王萧昭业即位后，进号安西将军。隆昌元年（494年），转为散骑常侍、护军将军。延兴元年（494年），转为镇军将军，领兵置佐，仍然位居常侍。当齐明帝萧鸾即位后，萧鸾派遣裴叔业的典签柯令孙刺杀建安王，萧子真走入床下，柯令孙牵他出来，萧子真叩头乞为奴以赎其死，柯令孙不从，因而见害，当时只有十九岁。