营上有很大问题。由于传教士只由付出不求回报的经营方式，将医院当成教会，以至于医院财务面临危机。加上1980年代，台湾政府开始推动医院加入劳保医疗给付，而谭维义仍坚持申请给付的手续太繁琐不愿加入，更导致病人流失。因此，于1991年时，吕立汉等13名主管先后辞职。
退休与晚年生活.在东基再度闹人力荒的情形下，谭维义依旧坚持初衷。1993年，谭维义获得医疗奉献奖，但也在同年，双手已经罹患关节炎；1994年，当时89岁，独居多年的的母亲艾莉丝写信希望谭维义回家团聚陪陪老母，于是谭维义宣佈放