台湾土石城墙的首例。干隆六十年（1795年）三月十日陈周全事件发生，杨廷理带兵解救斗六，并收复彰化与鹿港两地，俘陈周全，事件于十九日吿平定。同年，遭福州府知府控昔日侯官县知县任内仓谷亏空，遭押解入京审讯，因私刻年谱而获罪。嘉庆元年判谪戌伊犁六年。嘉庆八年（1803年）润二月，杨廷理从伊犁赦还回籍。因尚积欠官饷，而无法复职。嘉庆八年冬至十年秋，寓居广州、柳州。后来在台湾仕绅资助及亲友借资下，成功降捐知府。嘉庆十一年（1806年）九月补授台湾府知府，派任前嘉庆皇帝召见，杨廷理直言应当开兰，上谕：「禀商督