庄秉元为中国清朝武官官员，本籍福建。行伍出身的庄秉元于1818年（嘉庆23年）奉旨接替萧得华，于台湾地区担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海崃的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。