3门8纲18目的土壤动物在这里生存，其中昆虫纲、寡毛纲、腹足纲的动物具有。常见的土壤动物则有弹尾纲、甲壳纲、综合纲、唇足纲。蛛形纲的数目则是最少。其中优势昆虫类群为鞘翅目、直翅目、半翅目和膜翅目，并且以植食性昆虫为主。鞘翅目以瓢甲科和叶甲科为主，半翅目以蝽科与为主。该地区的昆虫多样性指数较低，常见昆虫种类较少。水磨沟风景区内的土壤动物的总数和多样性随着海拔的增高而增加，其原因是山底受人类活动影响，污染程度高。另外，随着海拔的增高，温度、湿度等环境条件逐渐适合土壤动物生存，土壤动物的数量和种群也开始增多。