1407年明朝军队南下入侵胡朝，阮飞卿参加了抗明战争。在咸子关（位于今越南兴安省文江县咸子社）一役中，胡朝军队主力遭遇明军的埋伏而全军覆没，阮飞卿被迫投降。安南被明朝吞并后，阮飞卿与胡季牦、胡汉苍以及一众胡朝官员被明军俘虏到了金陵（今中国南京）。其子阮廌送他至南关隘口（今友谊关），恸哭不愿返回。阮飞卿劝他回去，要他将来为父报仇、为国雪恨。阮廌听从了，后来辅佐黎利反抗明朝统治，开创后黎朝。1429年，阮飞卿病逝于中国。着作有《溪诗集》一卷，此外《全越诗录》中保存有其诗作77首。