945年8月日本无条件投降后，朱昭阳与志同道合者发起组织「新生台湾建设研究会」并被推为会长，准备返台参与建设家乡。1946年2月，朱昭阳举家与六、七百位旅日台籍人士自东京乘坐遣送船冰川丸抵达基隆。在埤仔墘老家欢庆团圆后，他应台北市长游弥坚请託接掌市立大同中学，并应魏清德邀请，协助整顿台湾省合会储蓄公司；此间，他为筹募办学基金开始与刘明奔波各地，并组织延平学院董事会，敦请林献堂出任董事长。1946年10月10日晚上，延平学院借用私立开南商工学校操场举行开学典礼，第一所由台湾人自主创办的大学宣告诞生。