置五卫十二所四十二巡检司。府州县巡检司亦设有巡检司，归地方官管辖，但其设置、裁撤、考核皆由兵部掌管。
清朝.清朝沿用明制，不过佐以行政权力。晚清，中国人口大增，县衙数量并无增多，于是次县级的巡检司在数量上与功能上日渐增多，也多有通判等官职设置，如澎湖文澳巡检司。