31年（民国20年）九一八事变爆发后，马寅初发表《长期抵抗之准备》一文，批判蒋介石的「不抵抗政策」、攘外安内政策。同年，马寅初任南开大学商学院董事。1934年（民国23年），针对引发物价大混乱及对外金融政策失当问题，马寅初在立法院会议上激烈责难财政部长孔祥熙。
抗日战争.抗日战争爆发后的1939年（民国28年），马寅初任重庆大学教授兼商学院院长。他为抗日而发表各种评论。同时，他对以四大家族为首的腐败高官感到愤怒，故最先提出对高官征收「临时财产税」，并公开对高官腐败提出批判。由于对中