东十八檀林之首，增上寺因而越来越兴旺。庆长3年（1598年），由于江户城的扩建，寺址迁移到现在的芝。德川家康还捐赠三解脱门、经藏以及大殿的建立等。当时的朝廷还册封存应上人为「普光观智国师」的封号，并赐予常紫衣（袈裟）。这时的增上寺，在宗派上的地位已跟位于京都的知恩院相等，寺庙的领地高达一万余石，寺领之内有48院，学寮有一百多间，在当时称为「寺格百万石」。延宝8年（1680年）6月24日，当时由于江户幕府第四代将军德川家纲因病去世，在增上寺举行葬仪时，执行警备职务的奉行内藤忠胜，因为不满另一名奉行永井尚长