难，自己离开了能岛、託庇于肥后国的菊池氏，因此拜领当主菊池武俊偏讳"武"取名为武吉。当再返回能岛时，与叔父隆重击退了争夺家督的对手村上义益，成功控制能岛。在义益病逝后，与来岛通康和解，迎娶其女缔盟，顺利成为村上三岛的头领。天文23年（1554年），大内义长向室町幕府进贡米2000石，由陶晴贤麾下的屋代岛白井水军经海路上洛，途中通过能岛村上家的势力范围时，屋代岛水军无视村上武吉设立的关卡、拒缴帆别钱，更欲强行以武力突破。结果遭村上武吉于蒲刈伏击，顺利歼灭屋代岛水军，并将船上欲进献幕府的2000石大米悉数没