加上1990年代以来，台北政府逐渐减少海崃两岸对抗的意识形态和减少对海外亲台团体的财政支援，令亲台团体的政治立场基本上也产生了变化。亲台团体一向反对台独，1999年，时任总统李登辉发表「两国论」，台湾和中国大陆的关系跌至谷底，2000年，台湾第一次政党轮替和陈水扁上台后，亲台团体要求李登辉辞去国民党主席一职。2008年，总统马英九上任后两岸关系有新突破。亲台团体的立场至今仍支持中华民国，在参与集会游行时，携带青天白日满地红旗及孙中山先生画像亮相，为其重要特色之一，甚至还多次举行纪念孙中山先生、中华民