势力开始抬头后后，毓贤感到外国教会势力比拳运对清朝统治的威胁更为严重，因此对义和拳的镇压就不像以前那样卖力，采取了剿抚兼施的策略。光绪二十四年（1898年），即提出“化私会为公举，改拳勇为民团”的主张，以实现其排外的目的。二十五年（1899年）二月，任山东巡抚后，明确表示“民可用，团应抚，匪必剿”，并特意在省城济南设场招纳拳民，令义和拳民教授兵勇拳艺。他任凭平原、高唐、茌平一带朱红灯、心诚和尚等义和拳领袖设场授徒，攻击教堂，打击教士。光绪二十五年（1899年）7月，平原县杠子李庄教民李金榜欺压拳民，知县