预留沪杭磁悬浮3台4线位置，规模与上海虹桥站相当。终点站宁波站为8台16线车站。改建中的杭州南站为7台21线车站。三座车站均设有城市轨道交通换乘设施，杭州东站还将设有运河水上巴士换乘设施。杭甬客运专线车站列表如下，斜体表示尚未开通的设施。全线都位于浙江省。
车站更名.杭甬客运专线中两座车站在建设时曾采用不同的名称。其中，绍兴北站曾因靠近柯桥而取名绍兴柯桥站。这一名称在互联网上引起了争议。车站最终由铁路部门定名为绍兴北站。余姚北站曾因位于余姚市和慈溪市交界处而起名为余慈站，后定名