清朝顺治年间（1644年至1661年间），原是清圣祖康熙帝的避痘所，又传说是康熙帝幼年时的读书处。雍正帝幼年时，为防止出痘，也曾经在保姆的照顾之下居于此处。雍正元年（1723年），雍正帝拟将此处建筑分给宝亲王（即日后的干隆帝）为王府，但宝亲王并未迁入。干隆帝继位后，将该建筑改为喇嘛庙，命名为“福佑寺”。《钦定日下旧闻考·卷四十一·皇城三》载：干隆五十八年（1786年），青海塔尔寺的十七世阿嘉活佛奉干隆帝旨管理福佑寺事务。1919年12月28日，在“驱张运动”中，毛泽东率领“湖南公民代表团”来到北京