朝政混乱，部分中下阶官吏在政治上受到排斥，纷纷要求政治改革，并强调道德标准。1593年癸巳京察促成东林党的形成，其名称源自顾宪成重修的东林书院。主持京察的孙鑨、李世达和赵南星，利用京察将不符他们标准和不属于东林党的官吏降职解雇。经过多次京察后，引起众多反对党如宣党、崑党、齐党、浙党等兴起并与东林党互相倾轧。自此门户之祸坚固而不可拔，图使朝政空转内耗。明熹宗时反对党在东厂魏忠贤的羽翼下成为阉党，开始专权，并且迫害东林党人，东林党受到严重打击，有所谓东林六君子、东林七贤等被阉党杀害，直到明思宗即位，才整肃了阉党