过多次重修，直到明朝嘉靖二十八年由住持德隐进行了一次大修，花塔的面貌，基本上与今天一样。
寺门位置.宋代广州净慧寺山门在今中山六路，明初割寺之半为永丰仓，山门亦在被割之列，洪武八年（1375年）在千佛东重建觉皇殿，改后山门东向。民国十年（1921年），市政府拆城筑路，在六榕寺东部先后辟建花塔街（今六榕路）和净慧公园（今广东迎宾馆），以致山门再往后退与天王殿相连，寺院范围再次缩小。而今占地面积不足八千平方米，塔、殿、堂、楼、阁、廊、舍等建筑总面积4350平方米。此外，东北距寺院三公里