因不明。骨灰至今下落不明。1976年9月23日，养女吴小彦在精神病院自杀。
争议.吴晗在1950及60年代批斗其他知识份子时，非常投入和卖力，最后也在政治斗争中落得同样的下场。吴晗主张拆除北京城墙和古建筑，甚至提出过改建故宫的构想。这也让他与以梁思成为代表的反对拆毁北京古建筑派发生激烈的交锋。1955年10月，时任北京市副市长的吴晗作为发起者，联合了当时的中国科学院院长郭沫若、文化部副部长沈雁冰、人民日报社社长邓拓、中国科学院历史研究所第三所所长范文澜等人，联名上书政务