会议领导人非正式会议（APEC高峰会）后，过境台湾中正国际机场，与中华民国高层官员会面。1999年9月21日，台湾发生大地震，新加坡政府派遣紧急救难队抵台协助搜救。2004年，李显龙在上任总理之前到访台湾，台湾媒体对此做出大幅报导，引起了中华人民共和国政府的不满。由于中国大陆主张对台湾拥有主权，中华人民共和国政府反对邦交国与台湾建立任何的正式关系。中华人民共和国外交部发言人章启月声称李显龙“伤害13亿中国人民感情”。这促使李显龙在当上总理后重申支持一个中国政策，反对台湾独立，并说台湾报章作出了推测性