历有抵抗事实...」被指鼓励「青年均能立志为台湾独立而努力，勿再受大陆中国管辖」，获得不少掌声。被国民党政府的保密局认为极度不妥而将其列为「台独分子」。不久，2月底发生二二八事件，郭国基遭政敌挟怨报复，被指煽动暴动于5月6日被捕，入狱210天，最后由台湾高等法院判决无罪释放（当时郭国基辩护律师是陈逸松）。而在狱中体认到国民党省党部的袖手旁观，使郭国基心灰意冷，在出狱后退出国民党。在郭国基系狱期间，保密局仍在一份〈台湾不肖份子勾结外人阴谋独立自治运动〉密报中，宣称「以日本在台湾地下工作人员为背景者：以日谍田