1830年，谢弗勒尔开始接替老师沃克兰担任国家自然历史博物馆的有机化学教授。之后从1836到1863年，他曾先后担任六次国家自然历史博物馆馆长，每次任期两年。1863年之后，馆长一职的任期改为五年，谢弗勒尔一直连任到1879年自己辞职为止。1871年的普法战争中，八十五岁的谢弗勒尔报名参军，因为高龄被拒绝后，他继续在实验室和温室里从事农业化学研究，还曾抗议普鲁士对科学院的摧毁，引起了公众的关注。晚年的谢弗勒尔曾接受以为名人拍摄照片着称的摄影师纳达尔的拜访，纳达尔将拜访过程用相机记录下来，于1886年出版