航空公司与北欧航空具有很强的联系，经常飞行北欧航空位于哥本哈根、奥斯陆和斯德哥尔摩的枢纽。爱沙尼亚航空拥有良好的联系网络，参加北欧航空的EuroBonus飞行奖励计划，此外还与北欧航空共享统筹的时间表和共享机场贵宾休息室等等，亦共享其他产品和服务。北欧航空是星空联盟的成员，但由于运营商有不同，所以爱沙尼亚航空并不属于星空联盟或任何其他航空联盟。北欧航空拥有爱沙尼亚航空49%的股权、爱沙尼亚政府拥有爱沙尼亚航空34%的股权，而Cresco投资银行拥有爱沙尼亚航空17%的股权。截至2007年3月，爱沙尼