日，教育署「延续教育部」辖下的五所教育学院併入香港教育学院，自此教育署不再管理任何专上院校。1997年7月1日，香港主权移交，教育统筹科更名为教育统筹局（Education and Manpower Bureau）。2002年7月1日，香港特别行政区行政长官董建华推行主要官员问责制，并将香港特区政府各政策局重组为十一局；负责劳工事务的劳工处拨归经济发展及劳工局。2003年1月，由于香港特区政府财政赤字严重，政府需要精简人手，所以实行「局署合併」，把辖下的教育署及教育统筹局合併为新的教育统筹局。