在宋朝以后则基本消失。摩尼教转而在民间秘密流传，并渐与其他宗教结合，历五代两宋仍不衰。北宋的方腊和钟相起义都与摩尼教有关。伊斯兰教方面，唐朝时，穆斯林开始到中国进行贸易，宋朝伊斯兰教的影响更大。穆斯林在西洋与南洋贸易中佔优势，他们负责市舶司，最着名的是蒲寿庚。犹太教徒主要分佈在宋朝开封一带，当时被称为「蓝帽回回」、「天竺教」等。他们自称「一赐乐业」教徒，极有可能是以色列的音译。他们是现今开封犹太人的祖先。
教育.宋朝政府对文人之待遇在中国史上属于最高水准，由于宋代非常重视考生质素，