林所构成的环境，也是各种植物、动物、与真菌的栖息地。台湾的海岸线与邻近海岸地区，过去拥有广大的红树林与沼泽，并因此孕育许多生活在潮间带的动物。但现今大多已经消失，只保留在例如台南的七股湿地与台北的淡水河河口等少数区域。此外最南端的恆春半岛，至今仍存有热带季风林与珊瑚礁。由于人类在平地开发，大型野生动物大多仅能分佈在山区或较稀少的低海拔森林中。由于栖地破坏和外来种引入，造成台湾部分原生物种负面影响，有些甚至濒临灭绝或已灭绝。如：福寿螺、美国螯虾、澳洲淡水龙虾、吴郭鱼与非洲大蜗牛这五个外来种引进后，因欠缺天敌的