和天津市以第十个入围985工程的名额等条件向两校施压。但是，由于两所学校均有悠久历史和办学特色，且校友等力量反对，合并计划最终失败，两校的办学方针调整为“各自独立办学、相互紧密合作”，两校之间连通的天南街也筑起了围墙。2000年8月，南开大学与天津经济技术开发区合作创办了南开大学泰达学院。12月，南开大学、天津大学同时入围“985工程”。2002年，南开大学深圳金融工程学院在深圳成立，是中国首家金融工程学院。2004年6月，南开大学教育基金会成立。2005年，南开大学下属允公集团被发现存在重大资金漏洞，共