内阁解组后开启随后长达七年半少数政府执政的局面。其后，在停止兴建核四问题中，陈水扁总统坚持停建核四。当时的国民党主席连战正与总统陈水扁会谈（媒体称「扁连会」），会中连战试图说服陈水扁续建核四；但扁连会结束一小时后，行政院马上宣佈停建，导致国民党籍与亲民党籍立法委员提案罢免总统。2001年1月15日，司法院大法官作出释字第520号解释文，要求行政院若欲变更国家重要政策，停止预算执行，则须向立法院报告，并获立法院决议后始得停止执行。后，陈水扁让步，宣佈续建核四。2001年5月，陈水扁依中华民国宪法获得采