仍另设有管辖范围缩小为伊塔地区的伊犁将军。建省后的伊犁将军仍驻惠远城，统辖伊犁塔城的满营和锡伯、索伦、察哈尔、额鲁特各营，监督蒙古、哈萨克、布鲁特各部落，节制伊犁镇标（兼受巡抚节制）及伊塔道，办理中俄交涉事务等。阿尔泰地区则属于清政府1761年设立科布多参赞大臣管理，而科布多受乌里雅苏台将军统辖，1905年，将阿尔泰从科布多划出，另设阿尔泰办事大臣，直属中央。新疆建省后，仿照蒙古族所行的札萨克制度，在哈萨克各部落中设置王、公、贝子、台吉、乌库尔台、扎楞、藏根等职，统治各部落牧民。同时改行定额租赋，牧民负担较