扁总统之邀，担任2004年总统大选陈水扁竞选总部总干事，协助陈水扁连任成功。
总统府秘书长（2004-2005年） 与民进党主席（2005年）.
秘书长.2004年5月20日，陈水扁就任中华民国第十一任总统，苏贞昌卸仼台北县长后旋即获任命为总统府秘书长，其台北县长遗缺由副县长林钖耀代理。秘书长任内，衔总统陈水扁之命，推动「宪政改造」工程，并办理先期筹备工作。苏贞昌于总统府内设「宪政改造推动工作小组」，举办多场宪改座谈会，征询各界学者专家，为第二阶段宪改工程