源》时，化石记录本身亦并不为世人所熟知，更勿论过渡化石。因此达尔文曾说过渡化石的缺乏是其理论最大的弱点，但同时他也认为这可以用地质记录数据的缺乏来解释。 实际上后来其反对者也用这“缺失的一环”来攻击达尔文的学说。 然而在《物种起源》出版之后两年就出土了始祖鸟的化石，而这一化石被认为是恐龙向鸟类演进的重要过渡化石。在随后的几百年中，又有更多的过渡化石被人类发现，现在其丰富程度已经足以证实嵴椎动物的纲之间都是有关系的。
过渡化石的研究史.生物不是固定而是会随时间改变的观点在18世纪就有