47年，涉入谋议台湾独立案，遭逮捕及判刑一年七个月。但并非关在监狱而是软禁在寺庙中，最终以保外就医的名义释放。由于他所属的台湾水泥公司佔有最初开办筹资时的台湾证券交易所相对较多的股份，辜振甫因此当选台湾证券交易所第一任董事长，此外也协助出资建立台湾经济研究院，并与姪子辜濂松一起扩张事业版图，跨足水泥及橡胶等传统产业。长子辜启允接棒后，亦更将触角涉及电信产业，成立和信超媒体于美上市，股价在美国爆涨。未久，事业在网路泡沫化以后，和信市值在台亦随之大落。2003年，在辜启允去世后，辜振甫叔姪悄然分家，由辜振甫