部分的工作是在理查三世时期由建筑师亨利·耶维尔（Henry Yevele）完成的。1503年亨利七世叫人建了一个礼拜堂。亨利八世与罗马教廷断绝关系后，1534年西敏寺修院也被国王控制，并在1540年关闭。这段时期内原本给西敏寺的拨款都全部被转移给圣保罗座堂。在女王玛丽一世统治时期西敏寺曾短暂地重开，但在1559年，伊丽莎白一世再次关闭了西敏寺。1579年，伊丽莎白一世重开西敏寺，但规定由王室直接管理，并把建制从修道院改爲法政牧师团。 从此管理西敏寺的人不再是主教，而是主任牧师（dean），而且由国王