信仰延续下来，其中大多数集中在今日的长崎县境内，这些人在日后被称为「隐匿基督徒」（）。
禁教解除后至今.日本自江户时代初期便实施的锁国政策，于19世纪中叶起在西方列强挟着船坚炮利要求的情势之下面临挑战，但这也给了天主教重启因3个世纪的禁教而中断的日本传教事业的契机。有鑑于此，圣座在1846年成立日本宗座代牧区，并委由法国的巴黎外方传教会负责管理；当时巴黎外方传教会派遣会士西奥多·奥古斯丁·福尔卡德（同时为第一任日本宗座代牧）从琉球抵达长崎，试图进入日本传教，但因锁国政策而未能成功。