工程学之分别.合成生物学是以过去三十年来研制而成的工具为发展基础。基因工程学则专门运用分子生物学来制造脱氧核醣核酸（例如复制及聚合酶链式反应），并以自动定序形式来读取脱氧核醣核酸。合成生物学增添了脱氧核醣核酸自动合成、标准设定、抽象概念应用以及人工设计组合等功能，大大简化整个设计程序。
现今的应用范围.
生物能源.进行细胞工程，将糖、淀粉质、纤维素（农业废物）及二氧化碳中的碳，转化为具效益的产物，包括交通工具所需燃料。利用可再生原料进行碳中和化合作用，有助减