「云点」（cloud point）。石油基柴油的云点大约在摄氏零下15度，而100%生质柴油B100在摄氏零度时便会开始云化，低温时很容易堵塞汽车油路。在冬天使用生物柴油必须加入添加剂或者其他的保温措施。而在湿热环境下，长期储存生物柴油还需要考虑到抑制微生物和细菌的滋生。
能量值.生质柴油另一个劣势，是B100的蕴含能量比石油基的柴油燃料低11%，最大马力输出大约会减少5－7%。但这个差距并不大，如果是使用5%生质柴油更几乎没有差别。反而是生质柴油的黏性大于石油基柴油，对燃喷射料系