日军闯入上海租界，盛振爲将东吴大学法学院部分师生迁至重庆，在重庆沙坪坝寻得校址继续办学。盛振爲坚持以比较法为宗旨的办学理念，获得东吴大学董事会肯定，将盛振爲提升为法学院院长。1941年到1950年，盛振爲担任东吴大学法学院院长，直到1950年被撤职，由杨兆龙接任法学院院长。1943年，盛振爲与迁至重庆的沪江大学、之江大学联合办学，组成东吴、沪江、之江法、商、工联合学院，盛振爲任院长。抗日战争胜利后，盛振爲将东吴大学在重庆的分支迁回上海，与留在上海的分支合并。不久，盛振爲被东吴大学董事会任命为东吴大学代理