解放区（即日统区）的部队暴露在日军的视线内。日军原本于1940年初在华北平原以部分日军兵力为主由伪政府协同推行治安肃正作战，百团大战促使日军又把“治安肃正”扩大为“治安强化运动”，并于1941年2月制定了《治安强化运动实施计画》，调回约二十万的部队于1941年至1943年进行“扫荡”，更进一步推行“杀光、烧光、抢光”的「三光」政策。扫荡的结果八路军主力几乎全面撤出山西，而在当地扩编的民兵团则化整为零，调整回最低限度的游击战。1942年八路军前方军部被日军偷袭，前总参谋长左权殉国；此后中共中央军委决定仍然把集