芳接受马全钦的劝阻返回化隆。1931年，统治青海长达20年的军阀马麒病死，其弟马麟代理青海省政府主席，与蒋介石政权产生嫌隙。蒋介石为控制青海地区，便扶持了马麒的儿子马步芳。马步芳作为青海的军事首脑，与其叔父马麟产生矛盾。1936年，马步芳和哥哥马步青与甘肃马仲英余部、宁夏的马鸿宾、马鸿逵合作，组成“马家军”，击败中国工农红军西路军。1937年3月4日，国民政府任命马步荣为青海省政府委员，马步芳兼青海省建设厅厅长。马步芳逼其叔父马麟下台。1945年5月，马步芳当选为中国国民党第六届中央监察委员会委