至新校园。1858年秋，厄尔利卸任校长职位受命前往乔治城大学，威廉·弗朗西斯·克拉克（）继任。
乔治城大学.1858年，厄尔利受命接替伯纳德·马奎尔的乔治城大学校长位置，上任时国家形势极其紧张，南北战争迫在眉睫。不久他得知威廉与玛丽学院的图书馆毁于火灾，于是捐出一箱共100本图书协助重建。1860年，亚伯拉罕·林肯当选美国总统，南部各州随即脱离联邦。1861学年开始时，许多南方学生离校回家，北方学生也是如此。如此局面学校本应难以维系，但乔治城大学继续办学，内战期间始终坚持为寥寥无几