在1898－1899年冬季，它曾临时担任此时已升任海军中将的奥古斯特·冯·汤姆森麾下的第一分舰队旗舰。继1884年被分类为“铁甲舰”、1893年更改为“三等铁甲舰”（）之后，巴伐利亚号及其姊妹舰于1899年2月25日又被重新归类为“战列舰”。在当年前往里斯本的春季训练巡航期间，巴伐利亚号在北海发生严重海损，并回到威廉港进行维修。从1899年12月14日至1900年1月27日，该舰再次担任分舰队旗舰，其后于1900年2月12日撤出现役。巴伐利亚号于1903年移驻基尔，并自1904年1月2日起被编入设于当地的，