与单股脱氧核醣核酸结合的类型，称为单股脱氧核醣核酸结合蛋白。人类的复制蛋白A是此类蛋白中获得较多研究的成员，作用于多数与解开双螺旋有关的过程，包括脱氧核醣核酸复制、重组以及脱氧核醣核酸修复。这类结合蛋白可固定单股脱氧核醣核酸，使其变得较为稳定，以避免形成茎环（stem-loop），或是因为核酸酶的作用而水解。相对而言，其他的蛋白质则只能与特定的脱氧核醣核酸序列进行专一性结合。大多数关于此类蛋白质的研究集中于各种可调控转录作用的转录因子。这类蛋白质中的每一种，都能与特定的脱氧核醣核酸序列结合，进而活化或抑制