.疾病的发生，是宿主的免疫机制受损，接着病原体对宿主造成损害。微生物可利用释放多种毒素或破坏性的酶来造成组织损伤。例如，破伤风梭菌会释放让肌肉麻痺的毒素，而葡萄球菌属会释放产生休克和败血症的毒素。并非所有传染原都会引发宿主生病​​。例如，少于5％的小儿麻痺症感染者会发病。另一方面，某些传染源具有高病毒性。譬如引起狂牛症和克雅二氏病的朊毒体，会让所有被感染的动物以及人类死亡。持续性感染的发生是因为初始感染后，身体内病原体无法被清除干净。持续性感染的特征是病原体的持续存在，通常是潜伏性感染状态，偶尔会复发