奥地利女大公玛丽亚·特蕾莎的第四子，母亲是摩德纳和雷焦公爵埃尔科莱三世·埃斯特的女儿。由于母亲是埃尔科莱三世·埃斯特去世时唯一的合法子女，法兰西斯科成为摩德纳和雷焦公国的继承人。
家庭.1812年，法兰西斯科与外甥女萨伏依的玛丽亚·贝亚特丽切结婚，两人共有2子2女：