广泛流传，被视为“海内宗宝”。很快传入朝鲜，君臣皆阅读《皇明通纪》，宣祖、肃宗、英祖等朝鲜国王经筵之时，专门与朝臣讨论其内容。朝鲜英祖国王（1724—1776年在位）曾命大臣将其删改，编成朝鲜版的《皇明通纪辑要》。隆庆五年（1571年）9月，工科给事中李贵和上疏，称《皇明资治通纪》一书“欲以一人闻见，臧否时贤，荧惑听众，若不早加禁绝，恐将来以讹传讹，为国是之累非浅也。”，列为禁毁书。但“海内盛行，虽禁亦不泯矣”。台湾国家图书馆藏有“东莞陈氏家刻本”是目前所知最正宗的《通纪》原刻本。