并逐渐朝校长负责制过度，1988年9月之后，实施校长负责制至今。1992年开始，清华大学成为副部级大学，校长与校党委书记行政级别均为副部级，并且须由由中共中央任命、中共中央组织部负责宣布任命结果。
经费.清华前身游美学务处本因庚子赔款的美国“退款”而立。根据1901年八国联军迫使清政府签署的《辛丑条约》，共赔偿各国白银45,000万两，分39年还清，年息4厘，本息合计98,223.815万两，其中美国分得32,939,055两，按当时1:0.742折算，合美金24,440,778.