亚图拉拒绝承认哈梅内伊的马尔贾身份。最终哈梅内伊以责任重大为由不接受成为伊朗什叶派穆斯林的马尔贾，但接纳成为伊朗境外什叶派穆斯林的马尔贾。因与霍梅尼对立而被软禁的大阿亚图拉穆罕默德·设拉子（Mohammad Shirazi）不承认哈梅内伊为马尔贾。佩斯大学教授礼萨·阿夫沙里在《伊朗人权》一书里提到，设拉子对哈梅内伊被认可为最高领袖和马尔贾感到「愤慨」，他似乎更倾向于由一群大阿亚图拉组成的委员会来领导国家。其他对哈梅内伊的马尔贾地位抱有疑问的教士还包括大阿亚图拉侯赛因-阿里·蒙塔泽里、大阿亚图拉哈桑·