得主力部队无法有效支援南云忠一和近藤信竹。山本五十六也认为美军航母将会与战舰分开行动，而他的主力部队将负责对付美军的战舰编队。最后，山本五十六编组了的阿留申警戒部队，负责MI作战和AL作战的后备支援，并部署在主力部队以北，包括四艘旧式战舰（日向号、伊势号、扶桑号、山城号）、两艘轻巡洋舰（北上号、大井号）及12艘驱逐舰（、、、、、、、凉风号、、、时雨号、白露号）。当山本在N日南下与美军交战时，高须四郎会从后接替空缺。此外，山本五十六亦筹备第二次，派飞艇到欧胡岛进行侦察，又调派的14艘潜艇到夏威夷群岛海域，