战役、平津战役中，军委作战部成为中共中央、中共中央军委的高级参谋机构。1949年2月，聂荣臻、叶剑英被任命为中共中央军委（对外称“中国人民革命军事委员会”）副总参谋长。当时的中共中央军委总参谋长是由周恩来兼任。1949年3月23日，毛泽东率中央机关进北平。军委作战部人员分成两批，第一批由部长李涛带领随毛泽东进北平，第二批于3月26日出发。3月25日，中共中央机关进驻香山静宜园，毛泽东入住双清别墅。军委作战部先遣人员进驻香山见心斋，与中国人民解放军总司令朱德的住所很近。军委作战部在香山工作7个月。其间，军