水官三神，故俗称“三官庙”。该庙建成之后，明宪宗曾撰碑文，记述建庙缘由与该庙的建筑规制。明朝正德十一年（1513年），明武宗赐封该庙住持严天容为真人，“领道教事”。大慈延福宫曾经过两次较大规模修缮。第一次是明朝嘉靖四年（1653年）。明朝礼部尚书兼翰林院学士徐阶撰写碑文称：“大慈延福宫者，宪祖纯皇帝之所建，而国家岁时祈禳报谢之所。其所祀曰三元三大帝，盖天地水□□赐福赦罪解厄之神也。嘉靖己酉，宫之建至六十七甲子矣。丹青金口之剥落暗昧……真人陶仲文以上赐金与所度道士楮价，葺而新之。始于三月十日，至七月讫工。