试院委员林玉体及后来代理环保署长的蔡丁贵，三人合力帮助尤清做好教育及环保工作；当时大汉溪、新店溪满是垃圾的脏臭河床，在张国龙的规划下，获得有效的清疏改善。1994年中秋节隔晚，张国龙因在立法院门口参加罢免赞成核四立委的活动，遭警方以违反《集会游行法》逮捕并被判刑30天，当时张国龙拒绝易科罚金而遭收押，还是太太自行为他代缴罚金后才获释。1999年任基隆社区大学校长，2000年起改任国立台湾大学物理系兼任教授，2005年担任环保署长，2007年5月卸任。