在京口奉江夏王萧宝玄攻打建康。王莹受假节，率军在湖头抵抗崔慧景。崔慧景夜袭，王莹军败逃散。王莹从水上逃脱，回到台城。崔慧景被萧懿击败，王莹回朝任职领军府。四月，任尚书右仆射。萧衍起兵，王莹再受假节、都督宫城诸军事。
梁武帝时期.中兴元年（501年）十二月，萧衍平定建康，召任王莹为尚书左仆射。中兴二年（502年）正月，萧衍任相国，王莹任相国左长史，加冠军将军之位，遣至江陵奉法驾迎齐和帝。三月，和帝到达姑孰在别宫发出让位诏书。四月，萧衍即位为梁武帝，建立梁朝。王莹受中书监、抚军将军之位