有许多演化现象是借由复制基因而产生的（）。现存许多利用基因复制的机制来解释新功能及蛋白质产物如何出现的假说。虽然每一假说都能给予一些解释，但对它们相对的重要性却仍不了解。
基因的保存.虽然复制基因只会发生在单一细胞中（无论是单细胞生物或是生殖细胞），但其仍要和其他无复制基因的细胞抗衡。若是这复制影响了细胞原本的功能，该细胞的适存度或生殖成功率则会比其他竞争对手还低，导致快速的死亡。而若此复制基因对适存度无影响，则就会在这族群中留存下来。在某些例子中，复制基因会甚至马上会对细胞的适存