区分为国家级和省级，其中国家级水产种质资源保护区是指在国内、国际有重大影响，具有重要经济价值、遗传育种价值或特殊生态保护和科研价值，保护对象为重要的、洄游性的共用水产种质资源或保护对象分布区域跨省（自治区、直辖市）际行政区划或海域管辖权限的，经国务院或农业部批准并公布的水产种质资源保护区。迄今全国共有464处国家级水产种质资源保护区。注：标“*”者，为跨省际行政区划或海域管辖权限的国家级水产种质资源保护区。