五年，1648年），进南明东阁大学士兼兵部尚书，加太子太保。永历三年（清顺治六年，1649年），清军克闽，宸荃迁师舟山。永历五年（清顺治八年，1651年），清军集大兵分三路攻舟山，沈宸荃兵败。永历六年（清顺治九年，1652年）正月初二，宸荃去福建途中，遭台风海难身亡。谥节愍。后来清朝干隆帝谥宸荃为忠节。
身后逸事.康熙时清廷修《明史》，有朝臣建议沈宸荃、张煌言不能以叛逆论，得康熙帝的认可，遂将沈宸荃列传于明史。干隆四十一年（1776年），干隆帝下江南，听闻前朝沈宸荃英雄事迹