一天伊莎贝拉的妹妹路易莎·费尔南达和法国国王路易-菲利普一世的小儿子安托万成婚；法国国王希望借由这样的安排让自己的后代入主西班牙，尽管引来了英国的抗议，因为恐有违反乌特勒支条约的可能。婚后，弗朗西斯科和女王有一子四女活至成年。历史传闻记载，由于他有同性恋倾向，因此盛传包含国王阿方索十二世在内的（一部分或全部）伊莎贝拉二世的子女，皆非弗朗西斯科的亲生骨肉；这个谣言尤其被伊莎贝拉叔父莫利纳伯爵卡洛斯的支持者卡洛斯派用来攻击阿方索十二世的血统。