5年在云南省德宏州首次报道C亚型毒株。1999年，福建省发现中国大陆已知最早的HIV-2感染者：一名西非回国居民被边检检出HIV-2，其在海外以及回国后在国内均有冶游史。2018年，湖南省出现中国大陆首次非输入性HIV-2传播病例报告，共2人确诊。HIV的基因具有高度变异性，能依据时空适应差异产生许多亚型，在中国发现的HIV-1亚型现已经包括B、B’、A、C、D、E、F、G以及BC和BB重组体等。当前中国大陆地区HIV传播的优势株为CRF01_AE，有较强的致病性，脱离潜伏期仅需要4-5年。华中地区有偿