先后攻占洛阳、郑州、南阳、襄樊等地，并一路扩充队伍，实力发展到3个军及直属部队、特种部队，共5万多人。1927年（民国16年）6月，历任国民革命军第2集团军第3方面军总指挥兼河南省政府委员。模仿武汉军事政治学校组建了军事政治干部学校，自任校长，共产党员张兆丰与国民党左派余亚农为副校长，魏昆山为教育长，学员后分到第六路军各部从事政治工作。
国民革命军时期.驻襄樊期间，方振武在进军路线、给养补充等问题上和冯玉祥发生了一些矛盾，宣布脱离冯玉祥的国民革命军第二集团军，接受武汉国民政府委任的“