郑时期，由于郑军有缺粮的问题，故鼓励种稻，糖产量一度下降，后来刘国轩受命从福建输入新种蔗苗，并且从泉、漳聘请制糖名师改良技术，台湾糖年产量达到18,000公吨。此一时期台湾糖业的主要出口对象仍然是日本，借此换取制造火器需要的铜铅等金属，1682年时输出到长崎的糖有9,923担，此外在1677年5月有一笔英船福尔摩沙号载运台湾糖到印度的记录。
清治时期.台湾为清朝所统治之后，制糖业依然持续发展，而糖廍主要集中于今天的台南一带，清末时有八成糖廍都集中于此。而相较于荷兰与明郑对糖业採取政