979年被坦桑尼亚军队和乌干达流亡者推翻后，乌干达在大选前被总统委员会领导的过渡政府统治。奥博特的人民大会党在1980年举行的选举中获胜。在第二次的总统任上，奥博特开始执行比第一次总统任上更残暴的高压统治。终于五年之后，反对党认为总统选举被操纵，以约韦里·穆塞韦尼的全国抵抗军为首的武装力量实行游击反抗。奥博特的全国解放军和叛军的战斗估计共造成100,000人死亡。1985年7月27日，奥博特再次被他的军队将领巴西利奥·奥拉拉-奥凯洛和蒂托·奥凯洛将军发动军事政变推翻。
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