1943年兼任代理陆军大学校长。1944年4月，国民政府行政院设立「台湾调查委员会」，任陈仪为主任委员（委员有沈仲九、钱宗起、夏涛声、周一鹗、王芃生、胡福相、何孝怡等和台籍的丘念台、谢南光、黄朝琴、游弥坚、李友邦等）。调查委员会对台湾日治时期的政治、经济、民生、军事等各方面作出颇为详细的调查，报告书长达四十余万字。之后提出的《台湾接管计划纲要》，亦获政府的接纳。二次世界大战结束，日本无条件投降。1945年8月，蒋中正设置台湾省行政长官公署，以陈仪为长官。8月29日，蒋委任陈仪为台湾省行政长官，之后又