有东、西、北进站口及西、南、北出站口。西出站口仅供换乘国铁使用。
位置与站名问题.“清河站”一名来源于铁路系统，采用了“清河”这一清末辖区较大的镇来命名，但地铁设站时并未参照地铁黄村火车站模式命名为“清河火车站”，造成清河离地铁上地站近、上地信息产业基地核心区离地铁清河站较近的现象。昌平线拟在清河附近设站，并命名为“上清桥站”以与安宁庄附近的地铁清河站做区分。此外，京包客专线全线通车以来已有多名旅客将北京市清河站与河北省邢台市清河城站混淆，从而误购车票。