古发现中发现的侏罗纪时期到第三纪晚期的多种鸟类、以及赫氏近鸟龙羽毛化石中有碳残留，原先被认为是羽毛组织被细菌分解的遗留物，但实际上是黑色素体的印迹。其中的一些结构仍保留着原有的羽毛的色彩。古生物学家可以通过分析这些黑色素体的残留遗迹来分析原有生物的颜色和羽毛纹理。