用的迷你忍者角色，每个人都有自己独特的能力、武器和技能。玩家可以收集特殊武器，包括蒺藜|、手里剑、各种炸弹、鱼竿、多功能忍者帽，以及各种药剂和食物。主角Hiro可以施法，包括火球和闪电攻击、伪装和时间操纵；他也可以操纵灵魂，比如在短时间内控制动物。咒语用气施法，气可以被敌人拾起，也可以用药剂补充。《迷你忍者》中的敌人是被对手施了魔法的动物，他们变成了武士。当敌人被击败时，诅咒被打破，敌人就会回到他们以前的动物形态，并且可以帮助玩家。例如，棕熊可以用爪子攻击，疣猪可以向敌人冲锋，熊猫可以勐地将人摔在地上。