秦称藩后，慕容超即计画南下攻击淮北，使得东晋不堪其扰。太上五年（409年），东晋将领刘裕率军进攻南燕反击。次年二月丁亥日（410年3月25日），南燕都城广固（今中国山东省青州市）陷落，慕容超被俘，被送往东晋都城建康（今中国江苏省南京市）斩首。死后无谥号及庙号，有史家称他为南燕末主。慕容超同时也是除了系出同源的吐谷浑外，五胡十六国时期源自鲜卑慕容部的最后一位帝王。
注释.