一年（1868年），改领指挥使，专管宿直卫，兼管长直卫、常直卫、金吾卫三卫。当时中越边境一带有吴鲲的乱军活动。阮文雄充任谅平军次副提督，前往镇压乱军。阮文雄最初在朋勃之战中战败，阮廷准备将他革职留任。但随即收到消息，乱军攻克高平、谅山省城，阮文雄协助清军收复二省城，随后转往北宁，取得青雀、桃山两场胜利，阮廷免去对他的革留处罚。嗣德二十三年（1870年），阮文雄在北宁陆岸、东潮诸县连战连捷，被擢升为掌卫，仍充军次副提督。次年（1871年），乱匪攻掠三宣（山西、宣光、兴化），阮文雄改任三宣提督，率兵围剿