ion::::安全性.根据绿色和平组织欧洲分部的最新研究，苏菌毒素对小鼠肝脏可能有轻微损害。
问题所在.苏菌基因的表达会发生变化。若温度不理想，可能降低毒素产生，使植物易受侵蚀。更加严重地，毒素减少的晚季植物已被证明，会形成启动子的DNA甲基化。毒素的持续使用会使普通害虫演化为抗性虫。已知小菜蛾对苏菌毒素的喷雾形式已有抗性。另一种可能的危险，如，转基因玉米与变异野草杂交，苏菌基因的抗性即由可能因食物链来到食草动物群落中。蜂群衰竭失调也可能跟苏菌转基因作物有关。