尚可喜自捐王俸，重修寺庙。重修工程于康熙二年（1663年]）动工，新寺庙在次年落成。大殿高、深、宽各30米，供奉三尊铜铸佛像，分别为释迦牟尼佛、阿弥陀佛、弥勒佛，各尊佛像高约6米、重10吨，故名大佛寺。康熙六年（1667年），尚可喜之子成为驸马，同固伦公主一起回广州省亲。当时尚可喜迎请了第五世班禅喇嘛及四十多位藏传佛教高僧来到广州，举办“无遮大会”，持续四十九天。雍正十一年（1733年）朝廷向全国佛门降谕旨，整顿沙门。而广州知府选择在大佛寺宣读谕旨，并在大佛寺建了“宣谕亭”。这时的大佛寺达到其历史上