9月10日，美国总统特朗普宣布开除了博尔顿的国家安全事务助理一职，而博尔顿则表示自己于前一晚主动提出辞职。2020年6月，博尔顿计划在当月23日推出新书《事发之室：白宫回忆录》，披露美国总统特朗普的对外政策。在贸易战谈判中，他甚至对于中共中央总书记习近平主张的「中国不接受不平等条约」、「中国人民会反美」的说法提出质疑，并多次特别批评中国与俄罗斯等国的历史和政策。其中报导他指称川普对于美国与台湾关系「消化不良」（dyspeptic），并称川普曾以笔尖和办公桌分别形容台湾和中国的定位作为对比，引发台湾人士忧