落间继续存在着，这些信仰在元代由于朝廷的支持而又一次活跃起来，并在华南的港口城市，如泉州，兴建教堂。但此时教派的名称与唐朝时的名称不同，在元代聂斯脱留派称为也里可温教（也里可温，即福音 evangelion 的音译）。元代的景教寺称为“十字寺”，据《元史》记载，有72所，分布在吐鲁番、哈密、伊犁、沙州、兰州、宁夏、太原、济南、扬州、泉州、杭州、福州、重庆、房山、广州、昆明等地。由于元朝的灭亡，且中亚逐渐信奉回教，蒙古人也多半皈依了藏密佛法，两教的蚕食之下，景教信仰衰落了，直到明代天启五年（1625年