示牠们之间有着基因流。若然确定，牠们有可能是同一物种。另外，黄颈亚马逊鹦鹉的两个亚种"A. a. caribaea"及"A. a. parvipes"比其指名亚种更接近双黄头亚马逊鹦鹉，肩膀上都有红色的羽毛。另外，饲养下的这些物种都有混种，而DNA的系统发生学分析并不支持分裂为不同的物种。双黄头亚马逊鹦鹉传统上包含了几个亚种：另一个在墨西哥湾的亚种"A. o. magna"，现已被认为并非有效，故将之包含在指名亚种之内。相反，在瓜地马拉东部及洪都拉斯西北部像"A. o. belizensis"的群落