派在多数大城市掌控权力使得西班牙第二共和国成立之后，西班牙王室踏上了流亡之途。阿方索十三世希望他自愿的流亡能或许避免共和派与君主派的内战。王室开始住在法国，后来是意大利。随后夫妻两人分居，维多利亚·欧亨尼亚回到了英国伦敦。1938年，全家聚集在罗马，胡安的长子胡安·卡洛斯王子在马尔他宫受洗， 由梵蒂冈国务枢机卿欧金尼奥·派契利进行（代替将去的庇护十一世，他自己几个月后也成爲了庇护十二世）。1939年二战爆发，英国政府要求她离开；她遂住在了瑞士。她在洛桑外买了个名叫Vieille Fontaine的城