担任中央军事政治学校（武汉时期）校务委员。武汉国民政府时期，徐谦是中国国民党中央和武汉国民政府的主要领导人之一。在推行新司法制度、收回汉口英租界等方面都作出重要贡献。4月2日，吴稚晖、张静江等人在上海召开中国国民党中央监察委员会紧急会议，通过“清查共产党呈文”，徐谦被列入看管监视名单中。4月12日，蒋介石在上海发动四一二事件。4月19日，武汉国民政府出师河南继续北伐，6月1日与冯玉祥所部国民军在郑州会师。6月10日到13日，汪精卫、徐谦、孙科、顾孟余等武汉方面领导人来郑州与冯玉祥开会。会上，汪精卫谴责蒋