9月14日新校正式开放。其后第二次世界大战爆发，学校被迫于1940年关闭，用作驻港英军的医院。日治时期学校被日军佔用为医院，有谣传指学校草地曾被用作乱葬岗。战争期间学校损毁程度甚微，重光后被英国皇家空军再度征用作军医院。其中一名军医在礼堂入口上方的大理石刻上「」（在人类冲突的历史中未曾出现过）一句，语出英国首相邱吉尔于1940年8月20日在英国国会一场着名演说。1946年夏季，学校重新开放，当时只有79名学生就读。1947年起学校接受所有国籍的学生，并于1948年度学校颁奖礼时宣布改名为「英皇佐治五世学