被押解至波兰和德国不同的集中营，最后抵达奥地利的毛陶森集中营。他被释放时，已前后被囚禁于12个集中营，其中5个是进行屠杀的集中营，多次差点被杀害。在大屠杀中，他与妻子共失去了89名亲人。
纳粹猎人.1945年5月5日，维森塔尔被美军救出。美军发现他时，身高6英尺，却只有45公斤重。当他回复健康，他随即为纽伦堡审讯蒐证。1947年，他与其余30个志愿者于奥地利林茨成立犹太人档案中心，为日后的审讯蒐集资料。可惜，美国和苏联对进一步审判战争罪行失去兴趣，志愿者纷纷离去。维森塔尔全职为受二