皇第二皇子，母亲是劝修寺教秀之女劝修寺藤子。明应五年十二月二十三日（1497年1月26日）后奈良天皇出生于京都御所内。1512年亲王宣下，1526年因为后柏原天皇崩御而即位。但是因为皇室财政极度困难，无力举办即位仪式，因此一直到十年后的1536年，经过后北条氏、大内氏、今川氏等战国大名集合资金，才举办了即位的仪式。皇室财政困难到曾出售天皇亲笔字来增加收入，因此在当时天皇的亲笔字非常容易就可以得到。据传后奈良天皇相当的有慈悲心，在发生瘟疫、洪水与饥荒时，都会祈祷人民平安。弘治三年九月五日(1557年9月27日