不得升职，必然报复。彭华畏惧，告知万安，焦芳得以晋升为侍讲学士。
弘治朝.弘治年间，焦芳一路升迁，由霍州知州、四川提学副使、南京右通政、太常少卿兼侍讲学士、到吏部左侍郎。与当时的礼部刘健、兵部谢迁交恶，因此深结阉宦以自固。后来明武宗登位，便与刘瑾合作，逐走刘健、谢迁。
正德朝.正德改元，焦芳依附刘瑾，言必称千岁，并且自称曰门下。《明史》之中列为阉党，有恶誉。与其子焦黄中(正德三年戊辰科进士)同把吏部，掌握官员升迁大权。正德元年（1506年）为吏部尚书兼文渊