木棉亚科（学名：）是锦葵目锦葵科的一个亚科。
分类.本亚科的成员在克朗奎斯特分类法中被归类为木棉科，但传统的木棉科不是单系群，因此APG分类法将其并入锦葵科。
系统发育学.本亚科与其它锦葵科亲缘关系如下：
内部分类.本亚科包含28个属，如下：