朝至元三十一年（1294年），此后几经迁移，至清咸丰五年（1855年）重建于今址。民国时期，改为上海市民众教育馆。文化大革命期间，部分建筑被拆除，至二十世纪八十年代，成为上海着名的旧书市场的所在地。1997年，经过全面整修的文庙大致恢复了清代的格局，作为祭孔和展示中国文化的场所对外开放。目前的文庙建筑群包括文庙、学宫两条南北轴线上的院落以及东部的园林，主要建筑有棂星门、大成门、大成殿、崇圣祠、明伦堂、尊经阁、魁星阁等。2002年被公布为上海市文物保护单位。
历史.早在北宋熙宁七年（