次的骇客攻击而报案，对此张善政认为已达到资安管理的第三级攻击，要求高铁与国道计程收费资讯安全都应比照政府资安标准进行回报，之后交通部会同刑事局等人员前往远通测试，发现远通伺服器乘载量不足而造成大当机的状况。2014年3月3日，行政院国家科学委员会升格为科技部，张善政出任首任科技部长，任内设立两个任务编组，包括「学术研究谘议会」及「产学推动谘议会」，分别由翁启惠和李世光担任共同召集人。
行政职务.2014年12月8日，张善政出任毛治国内阁的行政院副院长一职。2015年1月，张善政表示