5月起，该博物馆开始筹备建馆及布置陈列。同年9月开馆，同时推出第一个展览《昌平县十年改革成就展览》。1989年，该馆举办《昌平县出土文物展》，展示昌平历年出土文物140多件，成为该馆的固定展览之一。1990年5月至1991年3月，该馆自首都博物馆引进《李大钊同志生平事迹展览》。1999年，随着昌平县改为昌平区，昌平县博物馆改为昌平区博物馆。 2004年12月18日，昌平区博物馆新馆正式开放。新馆位于昌平区府学路10号昌平图书馆2层。