到明军和朝鲜军攻击，秀元立刻返回蔚山救援，成功击退朝鲜军（蔚山城之战）。秀元在1599年与辉元独立成为大名，在周防吉敷郡、长门两国及安艺国佐伯郡获得20万石领地。关原之战时，毛利军支持西军，总大将毛利辉元留守大坂城，秀元是毛利军的前线指挥。不过由于吉川广家已成为德川家康的内应，因为对于交战相当消极，结果在关原的战斗上，吉川广家军成为束缚了毛利家安国寺惠琼、长宗我部长束正家等军势的阻碍。其后随着西军阵势瓦解，毛利军在毫发无伤之下，亦宣告撤退。当毛利军返回大坂城时，毛利秀元及立花宗茂等将曾要求毛利辉元积