也宣告退役，尤尔根·克林斯曼成为他的继任者，与拜仁签订了一份为期两年的合约。然而，克林斯曼甚至未能熬过首个赛季，这是源于拜仁在2008-09赛季首先迎来了一个糟糕的开局，先是在德国超级杯以1:2不敌多特蒙德，又在前6轮联赛中只胜2场，继而在德国杯八强被勒沃库森淘汰。欧洲冠军联赛中，拜仁也在总比分12:1击败了里斯本竞技并创造了欧冠淘汰赛阶段最悬殊比分记录后，被巴塞罗那以5:1淘汰出局。2009年4月27日，在拜仁主场败给沙尔克04并滑落至联赛第3后的第三天，克林斯曼被解雇，前主教练尤普·海因克斯以代理主教练