生代表之一，同其他学生代表会见大总统冯国璋并提出抗议。此后，段锡朋等人组织“学生救国会”，创办国民杂志社发行月刊《国民杂志》，段锡朋任该杂志社评议部部长。1919年巴黎和会上中国受到不公正对待的消息传回中国国内，引起舆论哗然。1919年5月3日晚，北京大学等高校的学生在译学馆后院礼堂举行大会，商量对策并组建学生联合团体。此次大会及其后的学生联合组织均由段锡朋任主席。时任北京大学学生会主席的段锡朋和傅斯年等被推为天安门大会主席与游行总指挥。1919年5月4日，在段锡朋和傅斯年等人的组织下，五四运动爆发。