杭州南站的东、西广场均设有公交场站。东广场为主要公交换乘站，有300、328、711、711B、720、726、747、731、736和743共11条始发公交，其中300路开往杭州站；西广场公交站有123、707、748、181停靠，其中123路开往杭州东站。另外东西广场间设有免费接驳公交。后半夜则有8701路公交车连接萧山人民广场，7月30日起又开行至城站火车站的夜间通宵线8300路。2020年7月15日起萧山长运开通杭州南站西广场至杭州萧山国际机场专线。
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