刘牢之为司马，借以获得北府军的实际控制权以增加自身实力。隆安元年（397年），王恭上表讨伐王国宝及王绪，并起兵向建康，最终司马道子主动将王国宝及王绪收捕处死满足王恭要求，王恭亦因而罢兵，反而还派刘牢之领军讨平原本约定在吴郡响应自己，但此时欲不肯听命罢兵的王廞。王恭成功逼司马道子杀掉王国宝及王绪，但未能让他与司马道子间的矛盾得到解决，司马道子还是想办法树立外藩作援防备王恭。而举兵成功也令本身出身高门的王恭更认为自己威名已盛，对倚仗的北府主力之核心刘牢之只是以普通武将对待，待遇并不优厚，这令自负的刘牢之很怨