1419年北欧最古老的大学之一罗斯托克大学由教宗马丁五世许可在此成立 。罗斯托克直到1669年最后一届汉萨大会都是汉萨成员，而王侯对城市的控制强化所导致的汉萨同盟的衰落也体现在罗斯托克的历史中。1484年教宗因诺森八世在一则教谕中宣布圣雅各比教堂为天主教机构，此举受到一些罗斯托克人抗议，引起从1486年持续到1491年的教堂争端，什未林的公爵以此为由处罚城市，抬高捐税，从市民中征兵充实梅克伦堡军队。1487年拉策堡主教将罗斯托克革出教会，大学因而迁往吕贝克，次年教宗又允许大学返回罗斯托克。1520年左