于南北战争期间出任邦联出纳，还于1861年当选阿宾顿市议员。他在战争期间的具体事迹大多已无从考证，只知他曾致信约翰·埃克尔斯（）准将，称弗吉尼亚州西南部由北军支持者组建的秘密组织“美国英雄团”正在逐渐壮大。军方利用这封信同其他报告一起要求法院授权暂停人身保护令，以便采取拘捕行动。战争结束后，约翰斯顿于1867年在阿宾顿建立维拉玛丽亚学院，向女性提供接受教育的机会。1869至1870年间，他是弗吉尼亚州高等巡回法院和衡平法院的法官。约翰斯顿还于1869年左右同当地青年律师合伙开办律师事务所，这个名叫丹尼尔