蚌巴则支持同一派系内的噶玛噶举派，政权冲突又导致了教派冲突。帕竹第悉与格鲁派、仁蚌巴、止贡派、达隆派之间发生混战。仁蚌巴一度禁止拉萨的格鲁派参加祈愿法会，改由噶玛噶举派和萨迦派主持。帕竹第悉则恢复格鲁派的权力，并延请格鲁派僧人根敦嘉措（后来被追认为二世达赖喇嘛）主持拉萨的祈愿法会。根敦嘉措还接受了帕竹第悉赠予的住所，即今哲蚌寺内之甘丹颇章。嘉靖四十三年（1565年），阿旺扎西扎巴才遣使向朝廷请封阐化王之位。
辛厦巴的崛起与帕木竹巴的消亡.大约在嘉靖末年，阿旺扎西扎巴之子夏仲阿旺扎巴