后有成对的颞孔（下颞孔和上颞孔），其它的鸟类包括始祖鸟，都没有这样的颞孔。孔子鸟的飞行器官比始祖鸟的有所改进。一些标本的胸骨有一扁平的突起，这和现代鸟类的龙骨突相似。能飞行的鸟类发展出膨大的龙骨突，为重要的飞行肌肉提供附着点，使得翅膀能够上下拍动。与始祖鸟相比，孔子鸟有延长了的"喙突 (Coracoid)"，这表明了孔子鸟的肩部肌肉在向现代鸟类进化过程中比始祖鸟更进一步。孔子鸟的胸腔通过带钩突的肋骨和胸骨肋得到加强。叉骨和始祖鸟和各种(非鸟)兽脚类动物一样，不是叉状，而是回力镖状。在大量的重构图中