扰和抗倭斗争，天一阁藏书文化的出现和以王阳明、朱舜水等人为代表的浙东学派在思想史上的贡献。第六部分（东南都会）展出清初以张煌言为代表的宁波抗清斗争，清代以黄宗羲为代表的宁波学术的鼎盛时期和开放海禁后宁波对外交流的兴盛。第七部分（开埠通商）展出宁波在第一次鸦片战争及中法战争中的历史，宁波开埠后西方对宁波造成的影响和宁波商帮的形成、发展与兴盛的过程。该陈列曾获得第八届全国博物馆十大陈列展览精品最佳创意奖和最佳服务奖两个单项奖。
专题馆.宁波博物馆常设三个专题陈列，分别为“‘阿拉’老宁