1554年去世后，竟没有人能够接替他的职位，因为除了他以外大学已经没有了其他的讲师。在选帝侯Johann VI. von der Leyen的支持下，耶稣会在1560年接管了大学，并且重建了神学和哲学系，但同时却忽视了其他专业。因为地理位置偏僻，又爆发了鼠疫，特里尔的人口从1363年的约10000人降到了1542年的约8500人，经济状况跌也落到了最谷底，市政府捉襟见肘，资金短缺始终困扰着特里尔大学，不能确保固定的教师资源。直到选帝侯Franz Ludwig von Pfalz-Neuburg时才以国家资助