当地藏族人将南山七沟地区称作“卓仓”，称瞿昙寺为“卓仓多杰羌”或“卓仓寺”，当地藏人自称“卓仓巴”或“卓仓哇”。
活佛系统、属寺与寺院的衰落.瞿昙寺原来属于藏传佛教噶玛噶举派寺院。明朝末年，格鲁派兴起后，瞿昙寺改宗格鲁派，出现智合仓、卓仓曼巴仓、卓仓居巴仓三个活佛转世系统。其中，智合仓活佛系统将瞿昙寺的创建者三丹罗追追认为第一世，历世智合仓活佛为该寺寺主。实际上，智合仓活佛的转世系统开始于清朝康熙年间获封为“灌顶净觉弘济大国师”的班觉丹增。二世智合仓活佛罗桑丹贝尼玛、三世智合仓活佛