地或网络服务能在阅读前把文件转换成其他格式。2010年3月30日安全专家Didier Stevens报告Adobe Reader和福昕阅读器有如果用户经询问允许启动时运行恶意可执行文件的漏洞。
使用限制和显示.PDF可能会被加密，以致查看或编辑内容时会要求输入密码。PDF参考书同时定义40位和128位加密，都运用RC4和MD5的复杂系统。PDF参考书还定义第三方可以制定他们自己的PDF加密系统的方式。PDF文件或许还包含嵌入的DRM限制，提供限制复制、编辑或打印的进一步控制