西科尔斯基从此时起成为国家最高委员会（Naczelny Komitet Narodowy）军事部部长，直到1916年一直担任此职。后来，作为克拉科夫波兰军团长官，他负责为军团征募新兵。波兰军团是由约瑟夫·毕苏斯基建立的军事组织，意欲让波兰从俄罗斯帝国、奥匈帝国和德意志帝国的统治下独立。军团最开始与奥匈帝国联盟一起对抗俄罗斯帝国。自1916年起，西科尔斯基与毕苏斯基之间的矛盾越来越大，西科尔斯基提倡继续与奥匈帝国合作，而毕苏斯基却认为奥匈帝国和德国破坏了波兰人民对他们的信任。1917年6月，毕苏斯基拒绝接受奥