5年3月10日，山阳新干线冈山至博多区段通车以后，EF61型基本番台电力机车亦不再担当急行旅客列车的牵引任务，仅用于牵引行包列车和临时列车，有时候也牵引区间货物列车。在运用末期，蒸汽锅炉造成的车体腐蚀是一项比较严重的问题。与同样搭载蒸汽锅炉的EF58型电力机车相比，EF61型电力机车的车体结构较轻，车体外板也变得更薄，因此车顶蒸汽排放口对车体顶盖的锈蚀问题也更为严重，部分机车甚至还发生顶盖崩落的事故。例如，EF61 1号机车曾经花了几个月的时间，才完成修补约一半面积的车体顶盖。从1980年代初起，E