要河流包括长的梅里马克河（Merrimack River），该河将新罕布什尔州的下半分为南北部分，最终在位于马萨诸塞州的纽伯里波特流入大西洋。 其支流包括康图库克河，佩米奇瓦塞特河和温尼珀索基河。长的康涅狄格河从新罕布什尔州的康涅狄格湖开始，向南流入康涅狄格州。该河定义了新罕布什尔州与佛蒙特州的西部边界。 通常情况下，州界不在河的中心，而是在佛蒙特州的低水位部分。这意味着沿佛蒙特州边界流淌的整条河流（除了水坝已被水坝抬高的地区）全部位于新罕布什尔州。新罕布什尔州只有一个城镇——匹兹堡与佛蒙特州共享有陆地边界