2月太平洋战争爆发后，日军在满洲增兵至一百万人，“毁灭性的扫荡”东北抗日联军。1942年7月，中共南满、北满、吉东三个省委合并成立中共东北委员会，冯仲云任该委员会委员。后来，东北抗日联军在日军大规模扫荡下，被迫赴中苏边境整训，仅存的部队合组苏联远东方面军独立第88步兵旅，冯仲云任该旅政治教员。1945年抗日战争结束后，冯仲云奉派赴沈阳、哈尔滨等地任职。1946年4月，任松花江省人民政府主席兼哈尔滨工业大学校长。中华人民共和国成立后，1953年6月出任北京图书馆馆长。1954年9月，任中华人民共和国水利部