跋摩四世（此人可能与占族传说中的传奇国王波克朗加莱是同一人）攻破了吴哥，将高棉降为占婆的附庸。阇耶跋摩七世即位后，高棉摆脱了占婆的统治，后来又在1203年征服了占婆，直到1220年占婆才得以复国。高棉帝国从14世纪开始迅速衰败，在其西部，泰族人的素可泰王国和阿瑜陀耶王国相继崛起，此后阿瑜陀耶王国成为了高棉帝国的劲敌。1352年，阿瑜陀耶的乌通王包围并攻破了吴哥城，数年后高棉恢复独立。但在1394年，吴哥再度被阿瑜陀耶王攻破。高棉王博涅亚认为吴哥城无法防御，于1431年迁都金边，自此高棉帝国时代结束。