考拉继续进行游击战，直到1870年3月1日巴西军队将其击毙，战争结束。1872年1月9日战争双方签署停战条约，而同盟国军队直到1876年才撤出巴拉圭领土。
结果.巴拉圭战争是南美历史上规模最大、最惨烈的一次战争，通过这次战争巴西和阿根廷瓜分了巴拉圭约11万平方公里国土，而巴拉圭不仅失去了大片国土，其人口亦大为削减。关于巴拉圭的人口损失有很多估算。有资料称死亡人数（战死或病死）占到了战前人口的50%，即20万、30万甚至50万。《巴拉圭简史》又提供了一组不同的数据：1865年人口