抚司于妈宫城（今澎湖县马公市），另又设有半线安抚司（今彰化）、鸡笼安抚司（今基隆市）、淡水安抚司等。为治理方便，将承天府与澎湖安抚司称「中路」；万年州与南路安抚司为「南路」；天兴州与北路安抚司为「北路」，至于半线、鸡笼和淡水三安抚司亦纳于北路之中。进入清治时期后，清廷大体继承了北中南的格局设置区划，以中路为台湾县，南路为凤山县，北路为诸罗县。