罗及百济、耽罗、日本四国酋长赴会，唐高宗大悦，擢为大司宪。袁异式大惧，内心不安，刘仁轨告诉他忘掉过去的事，干封元年（666年）六月，刘仁轨迁右相，兼检校太子左中护，累前后战功，封乐城县男，推荐袁异式任中台司元大夫。监察御史杜易简曰：「斯所谓矫枉过正矣！」咸亨元年（670年）正月初三，刘仁轨乞老归养，获准，不久复出，出任陇州刺史，以防吐蕃。咸亨三年（672年），出任太子左庶子。咸亨四年（673年）三月初十，奉命改修国史。仪凤二年（677年）五月，吐蕃犯扶州（治同昌，今甘肃文县）临河镇，唐军兵败，朝廷以刘仁