分隔为四个小间，分别祀奉着同祀神。西护室（右护龙）则採取总间的形式，后半供祀神之用；前半则搁放王船及储放神具祭器之用。在大殿与护室之间另外搭有过水亭具遮雨功能，使独立居中的正殿可以与左右护室相通。另外内墙或上侧遍佈了神话故事或历史人物的浮雕彩绘，以及麒麟木雕等，姿态生动，栩栩如生。庙侧天井有一口光绪十二年（1886年）的铸钟；右护室供有一艘王爷船，和一对光绪十八年（1892年）的木楹联，上面刻有：「旗峰焕彩浮光照，鼓屿来潮汐信通」。除此之外还有康熙三十年（1691年）的「垦耕契文」。另外天后宫还有记