于10月请病假回到英格兰。病好后，巴里于1846年被派往马耳他。在这里，巴里因莫名其妙地在当地教会中为神职人员保留席位而受到严厉谴责，他不得不应对1850年爆发的霍乱疫情的威胁。1851年，巴里被派往克基拉岛，并于5月16日晋升为医院副总督察，相当于中校。巴里休假时临时访问了克里米亚 — 正式访问的请求被拒绝 — 在那里的Scutari医院和弗罗伦斯·南丁格尔发生了争执。最后，在1857年，巴里被派往加拿大，并于9月25日被授予当地医院监察长（相当于准将）。在那个位置上，巴里为囚犯和麻风病人以及士兵及其