反对光绪帝复辟，主张驱逐满、蒙代表，并割辫明志。但章氏仍与康、梁等人保留着联络。
革命与讲学.1902年章太炎再次逃亡日本，寓梁启超《新民丛报》馆，并与孙中山结交，极力牵合孙、康二派的关系。同时通过日本的中介，接触到西方哲学、社会学、文字学等领域的学术着作。当年夏回国后，重新改定《訄书》（即《訄书重订本》，1906年于东京出版铅印本，改用此前邹容的题签），并有撰写《中国通史》的计划，与梁启超同为现代中国“新史学”的奠定者。此期间，参加上海爱国学社。1903年，发表《驳康有为论革命书