他的父亲是一名天主教会的探题，而母亲则是一名新教盎格鲁宗的信徒。和兄弟姐妹关系甚好，但是如果他对人不满，他会毫不犹豫的实行报复。当遭到质疑和反对时，他通常选择用武艺解决，而不是雄辩，但其实他童年上学时由于身材矮小经常受到同学和老师的嘲讽。后来跟随哥哥充当巫医，自称能通灵，并得到耶和华的神谕。1976年，乌干达局势混乱，15岁的科尼辍学加入反对派，开始战争生涯。
圣主抵抗军.初期，科尼的组织命名为“联合神圣救世军”（United Holy Salvation Army），随即开始绑架