年曾被撒玛利亚人摧毁，但查士丁尼一世重建了大教堂。 在10世纪，阿拉伯穆斯林将大教堂改为纳布卢斯大清真寺。 阿拉伯地理学家al-Muqaddasi写道，大清真寺在纳布卢斯的中心，地板精美。十字军把它由清真寺改为教堂，但只进行了少许改动。1187年，萨拉丁领导的阿尤布王朝再次将其改为清真寺。1242年，十字军的圣殿骑士团将其焚毁。 1300年的阿拉伯编年史证实，大清真寺显然已被修复，是“一个精美的清真寺” 1335年，维罗纳的旅行者詹姆斯记载，清真寺曾经是“基督徒的教堂，但现在是撒拉森人的清真寺”。