1月13日（天统四年十二月初十日）武成帝驾崩，仆射和士开秘不发丧三日。冯子琮怕和士开与赵郡王高叡、临淮王娄定远不和，发生伪诏高叡外任，剥夺娄定远禁卫权的事情。于是发丧。元文遥以子琮是胡太后的妹夫，会导致太后干政，説服赵郡王高叡、和士开外任冯子琮任郑州刺史。胡太后为齐安王高仁弘纳冯子琮长女为妃。冯子琮申请休假回到国都邺城，任吏部尚书，于是留在邺城。571年（武平二年）二月，任尚书右仆射，七月，瑯邪王高俨杀害和士开，冯子琮参与其事，七月廿五日（571年8月30日）在内省被绞杀，虚岁四十三，十月乙亥朔廿二日丙