906年1月就任为内阁总理大臣。1908年6月，日本社会主义人士由于在集会中公开展示大面红色旗帜，被警方认为「对天皇不敬」，双方发生激烈冲突，并演变为大规模械斗。其中荒畑寒村、及堺利彦等14人更因而遭到警方逮捕，并分别被判处1年6个月至2年6个月的有期徒刑，史称赤旗事件。赤旗事件使第一次西园寺内阁受到舆论及政府内保守派人士抨击，最终总辞下台，并在「」协议下推荐桂太郎再度出马组阁。
内阁成员.除部分特殊情况外，本内阁阁员皆于1906年1月7日就任。