成立政学会。但是，李根源等促使南方政府同段祺瑞联合，抵抗孙文。李根源支持岑春煊同陆荣廷的旧桂系联合，迫使孙中山一度下野，岑春煊等人在南方政府内获得优势。1920年（民国9年），在孙文、唐継尧的政治及军事反击下，政学会于同年8月被迫解散。孙文支持粤军陈炯明的军事行动，岑春煊、李根源等被迫下野。
晩年.此后，李根源在北京政府方面活动。北京政府于1922年（民国11年）9月任命李根源为航空署督办。11月，李根源任张绍曾内阁的农商总长。翌年6月，李根源入高凌霨内阁继续任农商总长，并曾在