昭和18年11月15日加上新编的第九舰队，昭和19年3月25日转出至南西方面舰队。昭和20年5月29日に小泽治三郎中将就任联合舰队司令长官，同期生的草鹿南东方面舰队司令长官为先任，因为日本海军有先任者不受后任者指挥的惯例，不归于小泽的指挥系统而成为大本营的直辖部队。终战时仅是拉包尔・布因等主要据点的警备队而存在。