间，有一僧自安溪清水巖奉清水祖师香火，来澎湖马公文澳弘法，医术精湛，为人治病有神效，不取药资，亦不受钱米，其离去后，父老搭建了文澳祖师庙奉祀祖师香火，更是以此庙来纪念此僧行医济民之德。台湾日治时期，1924年，由文澳赵皆得、林正法等善信，由文澳祖师庙分灵清水祖师神像，至高雄奉祀，初期建庙于盐埕北野町，后遭政府征收土地，1934年将庙迁徙至新兴区大港埔，改称大港埔祖师庙。1951年开始重建，1953年完工，1969年因信众过多，庙宇无法容纳，又扩建庙宇，1974年改建为宫殿式。
祀