歉启示，对于该团艺术总监吕柏伸在未获创作人授权下，使用2011年于国立台湾大学授课时，学生周书正所缴交的剧本《魔法师与小男孩》，改编为《魔法师的最后一堂课》，并声称该事件是行政疏忽。另外，与台南人剧团在2016年以「云门剧场驻馆计画」获得中华民国文化部新台币95万元的补助金，由于该计画包括《魔法师的最后一堂课》演出示范讲座，因此文化部已于同月26日发函请剧团提出说明。