西晋末已有为流民设置的郡县，在张轨为凉州刺史时，就为秦、雍流民设置武兴郡。405年，西凉李暠即为南人置会稽郡、中州人置广夏郡。这些郡县略同于东晋南朝的侨州郡县，只是使用大略的地名而非流民原籍。十六国也如同西晋一样，设有行台制，但性质较为不同。行台是魏晋时期的机构，在战争发生时，中央机构尚书台派出机动的行政单位（可能只是一部分尚书台官员或只有使者之类的），代表朝廷随军都督。但是十六国的行台是尚书台派出单位，设置于战略位置的地方最高军政机构。例如后赵石勒建都于襄国，设行台于洛阳。后燕慕容垂建都中山，