案馆在以前一直位于大教长宫，并在1980年代后期搬迁至三个不同的地方。在法庭听证会和裁决的档案纪录在1987年开始转移到姆迪纳班卡·朱拉塔利后，马尔他国家档案馆法律文件分馆在1988年成立；档案馆的戈佐岛分馆随后成立。1994年，时任马耳他总统乌戈·米夫苏德·邦尼奇为位于拉巴特圣灵医院的总馆和主要设施揭幕。档案馆的所有馆舍都设有供研究人员使用的阅览室，并可以向能够提供有效身份证明的16岁以上人士开放。近年来，马尔他国家档案馆紧随世界上多国的档案馆的步伐，一直在互联网上增加其影响力。包括允许公众在线搜索档