传调整抚垦编制，设立中路与南路营务处，林朝栋负责「栋」字营扩编为三营。1888年施九缎事件爆发，林朝栋率领1800人前往彰化城救援，其中800人为新募乡勇，应属于民团，并有前营与后营两个新营的编制，但事件结束后可能被解散。1890年随林朝栋前去兴建台北城城墙。之后因应抚垦事业的需要，栋军规模快速扩充，至1892年胡传巡阅全台军队时，已有十营之多，为台湾中部规模最大的军团，其中大多数驻扎在山区堡垒中，以防原住民突然袭击部队。1894年年底甲午战争期间，台湾巡抚邵友濂为防范日军攻台，命林朝栋率领四营栋军