缓慢、必须操作于真空内、还有，电子束在固体内很快就会散开，很难维持聚焦。最后这缺点限制住分辨率不能小于10奈米。因此，电子束平版印刷术主要是用来制造少数量特别的积体电路。技术使用电子束来照射物质。爲了要改变物质的物理性质或灭除医疗物品和食品所含有的微生物，可以考虑使用电子束照射技术。做为放射线疗法的一种，制备的电子束可以用来照射浅表性肿瘤。由于在被吸收之前，电子束只会穿透有限的深度（能量为5–20 MeV的电子束通常可以穿透5公分的生物体），可以用来医疗像基底细胞癌一类的皮肤病。电子束疗法也可以辅助治疗