在吴夲逝世之后便兴建，为当时的祖宫。绍兴廿一年（1151年）吏部尚书颜师鲁奏请为吴夲立庙时，乃改为「医灵神庙」。宋孝宗干道二年（1166年），梁郑公（梁克家）以吴夲之神蹟奏请赐庙额，而敕封「慈济」，青礁龙湫庙与白礁医灵神庙因此均改称为「慈济庙」。南宋淳祐元年（1241年），诏改庙为宫，两间庙因而改称「慈济宫」。因神蹟传说流布，及历代朝廷追封，遂成为闽南地区重要民间信仰。而随同安移民迁徙，也成为台湾、东南亚同安籍人士信奉的乡土保护神。
台湾.保生大帝在台湾早期泉州同安籍移民信