无性生殖，在菌丝的末端产生直径约80~500微米的孢子（称为Glomerospores）。在某些情况中，孢子生成后会进一步形成球囊状的构造（saccule）。
种系发生学.早期对于球囊菌门的研究多半着重在其型态及土壤中、菌根内外孢子堆的构造「球囊菌门」的概念最早是在原囊霉属（"Acaulospora"）及"Gigaspora"两个属被提出，并和接合菌门"Endogonaceae"下的"Glomus"属共同被提升为科，合为球囊霉目（属于接合菌门）。1998年Cavalier与Smit