能为促进脑部的体温调节。异特龙的头颅骨与下颌是由个别的骨头所组成，而骨头之间有可活动关节。例如下颌的前半部与后半部可往外弯曲，增加骨头间的空隙，因此可以吞下较大的食物。脑壳与额骨之间可能也有类似的关节。
骨骼.异特龙拥有9节颈椎、14节背椎、5节支撑臀部的荐椎。尾椎的数量不明，可能随者个体大小而不同；詹姆斯·麦迪逊估计异特龙有接近50节尾椎，而葛瑞格利·保罗认为这个数量过多，提出应该不超过45节。颈椎与前段背椎有中空区域，这种空间也可见于现代鸟类，被认为具有类似鸟类的气囊系统，