出李鸿章之子李经方暗通不久前被天津县捕获的日本奸细、在日本开设洋行等。然而弹劾疏文均未被上报。当时正值慈禧太后六旬万寿庆典，承办典礼的官员在国难之际仍然大举铺张，张百熙上奏将其罢免。又与侍讲学士陆宝忠等一起弹劾当权高官“朋比误国”等十项大罪。不久，重臣孙毓汶称病归里，恭亲王奕䜣重入军机，百熙出督广东学政。
改革教育.光绪二十三年（1897年），张百熙升任内阁学士。次年戊戌变法失败后，因为曾举荐康有为而获罪，被革职留任。光绪二十六年（1900年），补授礼部侍郎。同年，八国联军逼近北京