国民政府对内主要有两大隐忧：中国共产党的武装分离运动，地方势力的叛变。
中国共产党的武装分离运动.1927年8月，中国共产党在江西发动南昌暴动。1931年，九一八事变日军攻佔中国东北诸省，乘国军北调之机，于11月7日在中华民国江西省瑞金县成立中华苏维埃共和国，制造“两个中国”，更趁一二八事变全国上下抵抗日本军阀侵华时，扩大湘赣粤闽「苏区」，组织「中华苏维埃共和国中央政府」，造成社会动盪不安。最初首都设在江西瑞金，毛泽东任主席。
地方势力叛变.由于阎钖山、冯