苏联支持的东突厥斯坦第二共和国掌握着新疆的实际统治权。但此后，苏联取消对“三区”势力的支持。后期，“三区”势力与苏联支持的中国共产党合流。1949年9月新疆和平解放，随即被10月成立的中华人民共和国纳入统治。1950年代初，在新疆的反叛势力主要是中华民国政府的残余军事力量和泛突厥主义、伊斯兰组织。1950年阿不都拉大毛拉在伊犁秘密建立大突厥主义伊斯兰党。伊犁组负责人热合曼诺夫，密谋叛乱。被粉碎。8月18日，昭苏县暴乱被击溃，1951年10月28日，马力克阿吉暴乱，1952年2月，大突厥主义伊斯兰党被剿灭