都建议玄谟称疾不要去，但玄谟却说：「我受过先帝这么大的恩，又怎可以怕死求苛活呢。」坚持要去。玄谟多次向前废进谏，并曾哭请废帝不要施刑行戮，弄得废帝大怒。时沈庆之亦屡谏废帝，为废帝所忌，遂被废帝杀害；而时亦有传言称王玄谟也被诛了，玄谟当时其实也相当恐惧。蔡兴宗曾对玄谟亲信包法荣表示王玄谟可以借废帝因出猎而召去玄谟五百旧部曲入宫的机会发动兵变，借由王玄谟大将的威望得朝廷支持，从而取得成功；可是包法荣将此计告知玄谟后玄谟却不敢做。同年，湘东王刘彧联结阮佃夫、寿寂之等人弒杀宋前废帝，自登帝位，即宋明帝。宋明帝对王玄