尽管1906年车站刚开通时便有很细小的渗漏，但后期的越来越严重的渗漏可能是大开掘施工所导致的。由于车站东部出入口临近波士顿港，及风暴潮期间海水可能灌入车站。2018年1月4日，受影响，冰冻的海水随着浪潮灌入车站，车站临时关闭并于第二天重新开放。行进中的温带气旋再次使海水倒灌，车站被迫关闭。2019年，马萨诸塞湾交通局开始在水族馆站设置临时隔水沙袋控制洪水。进入车站的海水浸泡损坏车站电梯，使其连续几个月无法正常工作。据交通局估算，要彻底修复车站漏水及洪涝问题需要大约两千万至四千万美元。Section:::