根源入高凌霨内阁继续任农商总长，并曾在数日间代理国务总理。国民政府时代，在抗日战争之际，李根源在江苏组织老子军，后在社会上唿吁抗日，任云贵监察使、国策顾问。1945年初，抗战胜利，李根源辞去了云贵监察使之职，回到家乡云南腾冲，即积极倡导修建腾冲国殇墓园。经过半年多的努力，国殇墓园完工了。园中建了忠烈祠、纪念塔、纪念碑。国民党要人蒋介石、于右任、何应钦、卫立煌及二十集团军将领都题了词。腾冲抗战中牺牲的军队官兵和民工的名字，都刻在了碑上。中华人民共和国成立后，李根源留在中国大陆，任西南军政委员会委员