市永安区建立的永安港亦名列国际商港辅助港口。国内商港则有5座，嘉义县的布袋港及澎湖县的马公港（澎湖港两大港区之一）主要是以离岛运输及观光为主，深澳港以台湾中油公司卸油气与观光海钓为主；而金门港（下分3个港区）与马祖港（下分5个码头区）透过小三通模式，与中国大陆直接通航，并进行非正式贸易活动，福建当地台商也多循此途径往来台湾与大陆两地。
工业港.目前有3座工业专用港：云林县麦寮乡沿海由台塑公司所设立之麦寮工业港，主要负责台塑六轻工业区之原料成品进出口。花莲县秀林乡和平村的和平工