便有人谓文澳城隍庙规模狭隘，不足展敬。澎湖海防粮补通判谢维祺遂于干隆四十二年（1777年）倡议另建，获台湾府知府蒋元枢鼎力支持，两年后辟建妈宫城隍庙于今址，故形成澎湖以一邑而有两座官祀城隍庙的情形；类似的情形在台湾亦发生于凤山县，但凤山县主因是先后有旧城与新城建设之故。光绪十一年（1885年），清法战争法军进攻澎湖，妈宫城隍庙受兵燹之灾而受损。但法军攻澎战役期间，曾传出城隍爷神明显灵庇佑澎湖人民、兵勇之神蹟，翌年（1886年）澎湖通判程邦基重启修建城隍庙时，光绪皇帝因此加封文澳及妈宫城隍庙为「灵应侯