和其余三个硫相互键合从而形成四面体的局部分子结构。 其余的六个Fe在分子团簇中和都分别和三个硫相连。这六个Fe构成了三棱柱型的空间，其中裹覆着一个碳原子。Mo原子连接着三个硫原子并通过一个组氨酸（His）固定到固氮酶上。和Mo同时相连的还有一个双配齿的高柠檬酸从而在Mo附近形成了一个八面体配位场。延伸X射线吸收精细结构（EXAFS）光谱学分析最早的证实了铁钼辅因子的几何构型。其中Fe-S, Fe-Fe和Fe-Mo键长分别为2.32, 2.64和2.73 Å。
铁钼辅因子电子性能.从