NA修复酵素辨识并移除，而5-甲基胞嘧啶在脱氨作用之后则会形成胸腺嘧啶。此种转变会导致置换突变（transition mutation）的发生。一般的胞嘧啶可在某些化学物质，如亚硝酸的作用下而发生脱氨作用，进而转变成胸腺嘧啶。5-甲基胞嘧啶可以抵抗亚硫酸所可能造成的脱氨作用，因此可用亚硫酸定序法（bisulfite sequencing）来分析DNA胞嘧啶的甲基化情形。