他目睹了台湾民主国首领的潜逃，与台北城内失望士兵破坏并搬空公家物资的行径。当台北城内的汉人富商与平民面临来自暴动士兵与抢匪的威胁时，人们开始期望日军进城维护秩序；在众人议论中，达飞声与另两位洋商自愿前往日军阵地传递讯息。此后，他开始随日军採访，纪录乙未战争的情况；但遭批评立场过于转向日本（但他曾批评部分调至台湾南部的军队及日籍苦力素质不佳）。 当日军全面控制台湾后，他即在淡水开始经商贸易。1897年，他被美国总统格罗弗·克里夫兰任命为美国在台湾本岛的领事代理；任职期间，他写下了许多关于台湾事务的专题着作