DNA检验，其使用了数百件马鹿、加拿大马鹿与其他鹿属的鹿科动物的样本，强烈显示加拿大马鹿构成了另一个物种："C. canadensis"。原先的分类法中，"C. elaphus"种名底下有超过十二个亚种；DNA检验断定加拿大马鹿和白唇鹿比较亲近，甚至连梅花鹿都比加拿大马鹿更与马鹿有关。尽管加拿大马鹿和马鹿能透过圈养繁殖产下有生育能力的后代，二野生种间的地理的隔绝，以及交配行为的差异，都显示加拿大马鹿和欧洲马鹿在受制环境以外的繁育是不可能发生的。
亚种.加拿大马鹿有众多的亚种：六种来