司政通成为关白，期间推动幕府签订《日美修好通商条约》，故与老中堀田正睦被大量公家大臣抗议，要求撤回条约，是为「廷臣八十八卿列参事件」。孝明天皇因此事而暂停其的职权，几乎等于停其关白之职务。其后朝廷准许他复职，他此后促进与幕府合作，积极推动公武合体，至明治四年（1871年）逝世，享年74岁。