伊斯兰教，在波斯尼亚和黑塞哥维那有长久的历史，是在15世纪由于奥斯曼帝国征服巴尔干半岛而引入。伊斯兰教也是波士尼亚克人最主要的宗教，他们多是逊尼派哈尼斐学派信徒，少数是什叶派十二伊玛目派信徒。现在世界上有3500000波士尼亚克人，但据估计1550000人仍住在家乡波斯尼亚和黑塞哥维那，他们佔国家总人口的40％。而其他的穆斯林则有阿尔巴尼亚人、吉卜赛人和土耳其人。到17世纪初，大约三分之二波斯尼亚人口是穆斯林。波斯尼亚和黑塞哥维那在1831年的波黑起义后仍然是一个省留在奥斯曼帝国，在1878年柏林会