弱多病的慈和皇太后在北京紫禁城去世，年仅二十四岁（虚岁）。根据《清实录》的记载，年幼的康熙帝对生母的离世悲痛不已，康熙帝的祖母昭圣太皇太后和嫡母仁宪皇太后不得不多次下旨安抚他。最初，大臣拟出安葬孝康章皇后的方案竟然是葬于朱耳峪村后沟以北的悼妃园寝，惟昭圣太皇太后最终下达旨意曰“让汗之母与诸福晋葬于一处，不大好”，后入葬清孝陵。上谥号曰“孝康章皇后”。后升入太庙、奉先殿祭祀。康熙朝、雍正朝和干隆朝，屡加谥，最终谥曰孝康慈和庄懿恭惠温穆端靖崇天育圣章皇后。康熙帝亦将她的家族由汉军八旗抬旗至满洲八旗，姓氏满洲