作模式生物的研究，例如便是用粉色面包霉菌的实验证实的。酿酒酵母、与小巢状麴菌也都是重要的模式生物，长久以来用于有关细胞週期、染色体结构与等真核生物遗传学与细胞生物学的基础研究。近年来有更多真菌被当成医学、植物病理与工业研究的模式生物，例如人类的病原菌白色念珠菌、植物病原菌稻热病菌与工业上常用来大量生产真核生物蛋白质的。
其他.真菌被广泛用来生产柠檬酸、葡萄糖酸、乳酸与苹果酸等化学物质 ，以及工业用的酵素，例如洗衣粉里的脂酶、用来生产纤维素乙醇和牛仔裤的纤维素酶、以及淀粉酶、蔗糖酶、