自2011年9月起，配置于田町车辆中心的3000番台NT编组陆续竣工（NT1编成 - NT14编成、NT51编成 - NT64编成 → E03编成 - E16编成、E53编成 - E66编成）。NT编组主要作为田町车辆中心211系的后继车辆，主要服务东海道本线。与之前落成的E编组相比，采用了在京叶线使用的5000番台的列车禁止移动联锁系统。基本编组的6号车厢新增了厕所，车辆的番台区分改为3800番台，所以列车车厢配置亦与E编组有所差异。NT编组自2011年11月12日起在东海道线服务，主要替代211系运