伊斯兰教是吉尔吉斯斯坦最大的宗教，86.3%人口是穆斯林。在吉尔吉斯斯坦的穆斯林的是逊尼派分支，而8世纪时由阿拉伯人带入该地区。它与河中的伊斯兰教不同，吉尔吉斯伊斯兰教有很大随意性。多数穆斯林也同时遵循萨满教传统。他们毛拉也只管宗教，社区事务另有人负责。吉尔吉斯伊斯兰教也有地区差异，南部的比较虔诚。吉尔吉斯也有很多其他族裔穆斯林，其中最大的是乌兹别克族，同时俄罗斯族等欧洲民族多数在独立后离开。
伊斯兰教的引入.伊斯兰教在八世纪时传入吉尔吉斯，当时有少数吉尔吉斯人来到楚河一带生活