举家迁居上海。马昭懿在上海法政学院任教。在上海期间，马昭懿和老朋友朱绍濂（茂溪）、沈纯常（蕙荪）、杨圭章（竞存）、徐小淑（双韵）、吕在廷（肖夔）、马达生（无尘）、谱弟吴征（待秋）常通书信，以诗词唱和。1943年秋，马昭懿回到崇福。马宅已遭日本人及汪精卫政权人员占用，马昭懿只好住在原用来堆放柴草和杂物的两间老屋。老屋位于马宅大花园西侧，前面临着横街，原来属永秀屈家，后被永秀屈家当作律师代理费抵给马昭懿。马昭懿回乡后，有人劝他出山做事，被他借口老病谢绝。但他患上严重失眠。经长辈和朋友劝说，娶彭志豪为继室。