由于郦道元是北朝人，未必能亲临南方水系，记录不免简略，有不少错误；卷二十九〈沔水〉写沔水（今汉江）“又东至会稽余姚县，东入于海”，是重大错误；事实上，《水经注》记载的北方诸水，错误也不少。陈桥驿曾以卷十四《濡水》一篇为例，经“濡水从塞外来，东南过辽西令支县北”注中，注文对濡水发源的记载，即是一个明显的错误。又由于受到《山海经》、《穆天子传》的影响，《水经》甚至有荒诞不经的内容，例如称济水“三伏三见”，《尚书·禹贡》最早提出“三伏三见”的特性，甚至《梦溪笔谈》亦载：“今历下凡发地皆是流水，世传济水经过其下，