淡水鱼一度暂停供港。内地供港食品频频被发现有致癌物质，不少市民归咎于港府监管不力，结果连带曾荫权的声望在其后的民调中有所下跌。市民对食品的忧虑日益加深，促使港府在2006年5月2日设立食物安全中心，以加强监察供港食品质素。另一方面，为了防范甲型流感病毒H5N1亚型继1997年以后再度在香港爆发，曾荫权任内又宣佈于2009年起，全香港将不会再有活鸡贩卖，由新的中央屠宰系统所取代，而新的屠宰场选址于上水兴建。不过，食环署在2010年宣佈，由于中央屠宰并不符合经济效益，会搁置计划。环境方面，曾荫权上任以后