进入横滨水手青训，但最终落选青年队。随后被湘南主帅曹贵哉相中，进入湘南U18梯队。湘南青训出身的远藤航2011年1月升入一队，在其职业生涯的第二年以19岁的年龄成为队长，并为球队升入日职做出贡献。后卫远藤航或将在赛季结束后转会，目前浦和红钻及神户胜利船均对其有意。2016年转会加盟浦和红钻。浦和红钻官方宣布，日本国脚后卫远藤航转会比甲圣图尔登。圣图尔登客场1:1战平亨克，刚刚加盟圣图尔登的日本国脚远藤航攻入一球。在比甲第4轮的一场比赛中，圣图尔登客场2-2战平华斯兰德贝弗伦，远藤航打入一