团军第4方面军总指挥。11月，任陕西省政府主席。此后他欲继续以武力统一陕境，在攻克东府大荔后，于1928年春亲率所部又围攻西府重镇凤翔城。至9月上旬城破后，曾下令将俘虏的党玉琨所部官兵全部杀尽，人数达4000人以上。1928年5月至6月前往河南攻打樊钟秀。
长城抗战.北伐后，冯玉祥同蒋介石矛盾激化。宋哲元参加冯的反蒋战争。1930年（民国19年），反蒋军最终败北。战败后，冯玉祥余部退居晋南地区，由宋哲元负责。蒋介石令张学良主持军事委员会北平分会。张学良将冯玉祥余部整编，缩编为陆