中华民国断交，黄请辞外交部长负起政治责任，获行政院长张俊雄慰留。2008年1月14日，中华民国与马拉威共和国断交。2008年5月6日，因「巴纽外交公款侵吞案」爆发，黄志芳为承担责任请辞下台。
卸任后.2010年5月10日，新加坡法院就「巴纽案」判决认定中华民国外交部遭到外交掮客讹诈，此外中华民国法院判决认定黄志芳与邱义仁等人并未涉及收贿或经费入帐问题。2015年1月21日，黄志芳在民进党秘书长吴钊燮陪同下向传媒宣布加入民进党，并接任民进党国际事务部主任，被外界视为对民进党主