事件爆发时，随族兄蓝廷珍平定乱事一同来到台湾，随后便提出治理台湾的多方建言，不少获得雍正皇帝採纳。在朱一贵事件平定后，朝廷鉴于诸罗县幅员过广，不易管理，经蓝鼎元倡议，朝廷在雍正元年（1723年）于大甲溪以北设「淡水厅」，大甲溪以南、虎尾溪以北设置「彰化县」，彰化县县城设于半线庄（今彰化市），并将原在诸罗县（今嘉义市）之北路协镇移驻到彰化县，便于北控淡水、南驭诸罗。雍正五年（1727年），澎湖群岛从台湾县分割出来，设「澎湖厅」。雍正朝「一府四县二厅」之行政规制沿用近九十年，直到嘉庆17年（1812