修建城隍庙时，光绪皇帝因此加封文澳及妈宫城隍庙为「灵应侯」，以堪比府城城隍庙的规格修建。光绪十五年（1889年），澎湖厅署迁移至妈宫，妈宫城隍庙的官祀地位于焉巩固。
清水解烟毒.明治卅四年（1901年），为了协助澎湖居民戒除鸦片菸瘾，由当地乡绅筹组成的一新社成员集合在妈宫城隍庙中，祈求城隍爷襄助澎湖百姓。据闻澎境灵应侯（城隍爷）降诗曰：「鸦片烟毒害不轻，荒工废事失经营；有心世道除民患，恩准开坛在此行」，降坛指示六则卸除鸦片的条文，并敕赐神方与甘露水、百灵丹予上瘾者服用，居然灵验