使系统进行特殊的启动操作，如诊断、进入安全模式等。参数及功能随着Windows的迭代有所不同。
易发问题.WIN.COM一旦被损坏或删除，将直接导致Windows 1.0、Windows 2.0、Windows 3.x、Windows 95、Windows 98无法启动。Windows ME由于IO.SYS接管了WIN.COM的作用，将不至于出现无法启动的问题。Windows 95和98的IO.SYS一旦发觉WIN.COM无法加载，将加载COMMAND.COM。Windows 98