，在来线部分面积30000平方米，新干线部分（含JR东海）面积46000平方米。地下部分包括位于主要站区南边较远处，锻冶桥通（接近有乐町）地下第三、四层，呈东西向的JR京叶线车站；丸之内侧站房前方（西侧）广场地下第四、五层，呈东北—西南向的JR总武线、横须贺线车站（第四层为穿堂层，第五层为月台层）。另外车站于地下第二层连接呈南北向的东京地下铁丸之内线车站。新干线转乘口（中央、南。附转乘窗口、精算所业务）、丸之内地下北口、京叶地下丸之内口、日本桥口业务已经委託给管理。除此之外，新干线还有日本桥等剪票口。