、）出纳业务的金融机关也称「指定金融机关」，但与本条目所述之指定金融机关分属不同法律规定。
手续费问题.过去地方公共团体的指定金融机关，由于可强化地方信用，并且可在无成本的情况下取得巨额公款，吸引各金融机关积极竞争。因此出现如岐阜县由各地域银行轮流出任指定金融机关的状况。另外也曾爆发福冈县知事接受福冈银行政治献金的丑闻。但在1990年代以后金融自由化浪潮下，由多间金融机关之间进行利率竞争成为常态化，指定金融机关业务不再像过去如此有利可图，各银行也开始评估收纳业务等产生的成本。