码头区及位于湖西乡的龙门尖山码头区，两者陆路距离约18公里、海路航程约15海浬。马公码头区北与基隆港相距约185海浬，中与台中港相距85海浬、与布袋港相距41海浬、与安平港相距52海浬，南与高雄港相距76海浬。另外，从马公港出发至望安乡约需18海浬、至七美乡约需29海浬，龙门尖山码头区至布袋港约需28海浬。
测天岛军港.马公港为军民共用港，军港部分称为测天岛军港。测天岛军港为中华民国海军军港之一，是海军马公基地的一部分，也是成功级巡防舰的母港。