世纪初才开始建城。此后不久，佩皮尼昂成为的首府。1172年，鲁西永吉拉尔二世伯爵将土地遗赠给巴塞罗那伯爵。1197年，佩皮尼昂获得部分自治权利。1258年，根据《科尔贝条约》，路易九世开始对佩皮尼昂进行封建统治。1276年，阿拉贡国王、巴塞罗那伯爵海梅一世建立了马略卡王国，佩皮尼昂成为其大陆领土的首都。随后的几十年，被认为是佩皮尼昂历史上的黄金期，是制衣、制皮、打金及其它奢侈品制造的中心。1285年，腓力三世在征战阿拉贡王国失败后的回国途中在佩皮尼昂逝世。1344年，佩德罗四世再次将马略卡王国和佩皮