维宣誓效忠本·拉登，躲藏在巴基斯坦的本·拉登也给予扎卡维认可。但基地组织对扎卡维的所作所为并不满意。2005年基地组织二号人物艾曼·扎瓦希里致信扎卡维，警告他滥杀什叶派平民违背教义尽失民心，同时希望扎卡维给基地组织提供资金。2005年12月16日，伊拉克内政部副部长卡马尔透露，警方上一年曾在费卢杰抓获扎卡维，后来又误放了他。2006年美国政府公布恐怖嫌疑犯名单，捉拿扎卡维的赏金高达2,500万美元，和本·拉登一样。3月14日约旦正式起诉扎卡维等8人，指控他们制造2005年11月安曼发生三起连环恐怖爆