土地殿、地母殿等建筑；从2002年起，部分爱心人士筹款建设下院的玉皇殿，2007年12月玉皇殿开工建设，2008年完工。另一方面，玄妙观的建筑多被拆毁。到21世纪初，除了三清殿、玉皇殿、藏经楼等主体建筑存在之外，其他建筑均遭破坏。原全国政协常委、中国道教协会会长闵智亭是南阳人，生前关心家乡的玄妙观的恢复。但玄妙观一直未能恢复。2013年3月，第十二届全国政协委员、中国道教协会副会长黄信阳在中国人民政治协商会议第十二届全国委员会第一次会议上发出提案，建议在原址恢复玄妙观为道教活动场所，将占用玄妙观的中共宛