R九州高速船前身为JR九州船舶事业部，负责九州地区铁路与附近地区的渡轮接驳。1990年5月2日起，JR九州船舶事业部开始引入水翼船「长崎号」，行走长崎县长崎荷兰村至博多港铁路接驳航线。及后，更于翌年3月25日引进多一艘水翼船「甲虫二号」，以加开日韩对马海崃航线，「甲虫号」航线开始营运。1992年3月25日，「长崎号」航线于长崎一端改为于豪斯登堡始发终到。1994年3月31日，原「长崎号」水翼船改隶日韩国际航线，并易名为「甲虫号」，长崎至博多国内航线相应停运。2000-01年间，韩国大亚高速海运及