，课程几乎无法开出。当时上海医学院院长朱恒壁教授来到永新，与王子玕院长商谈后，两院决定西迁昆明联合办学。中正医学院师生经镇南关、河内转往昆明，选择昆明城外白龙潭为院址，在建房时学生借住昆华师范。1939年春学校正式迁往白龙潭。1939年秋，国立上海医学院由上海迁往昆明，与中正医学院联合教学，但两院的机构、行政财务均保持不变。
东迁镇宁.1940年昆明白龙潭院址被炸，上海医学院决定迁住重庆，中正医学院则迁往贵州镇宁县。
回迁永新.1941年初决定回迁