亲自镇守宁远。因为毕自肃已死，袁崇焕上奏请撤消辽东巡抚职位，并罢免登莱巡抚孙国桢、取消该巡抚职位，崇祯皇帝均批准。此外，袁崇焕又抚慰哈剌慎三十六家，稳定边疆安定。崇祯二年，明思宗加封其为太子太保，并赏赐蟒衣、银币。
诛杀毛文龙.崇祯二年（1629年）袁崇焕与内阁辅臣钱龙钖谈到平辽事宜时，提及其欲除去毛文龙。天启四年至七年中，毛文龙多次袭击清军，都遭失败，此后在皮岛驻扎。因此东林党人工科给事中潘士闻、尚宝卿董茂忠上书弹劾请撤毛文龙。兵部商议时，袁崇焕提议派遣官员至皮岛管理兵饷核查银钱