行方向皆会挤塞。2018年2月4日起，驾车人士可以在将军澳隧道的人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式Mastercard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。
改善工程.通车初期，将军澳隧道公路外的回旋处由于需要应付来自三个方向的车辆，导致形成瓶颈，为了应付交通挤塞的问题，有关方面在1990年代后期，落实了计划良久的分层交汇处建造工程，利用行车天桥、公路和引路，把前往不同地方的车辆分开。工程在2006年竣工，增强疏导交通效果之余，交通意外亦