由于吴亚鲁在三女师驱赶校长的斗争中暴露身份，七、八月间党组织为保护，调他去河南郑州豫丰纱厂从事工人运动。以后调往南京，1926年4月，中共南京地方委员会成立时，他出任宣传委员。1926年下半年，吴亚鲁受组织派遣参加国民革命军的北伐。到了武汉，在国民革命军第四军第二十四师担任政治部宣传科长。随与苏同仁一起参加南昌起义。同年底，由中共中央派来厦门，吴亚鲁任中共福建临时省委秘书长。1928年8月，被选为临时省委委员，任中共福建省委宣传部长。随后，吴亚鲁以省委巡视员身份到安溪、南安、永春、莆田指导工作，整顿党团