科举文教在中国领先的地位。1276年，蒙古军队攻占临安后，南宋益王赵昰升福州为福安府以福州为行都称帝，改年号景炎，十一月，蒙古军队攻占福州，赵昰从海路南逃。元代福州大部分时间作为福建首府，元末的1359年到1362年，亦思巴奚军一度占领福州，其后元朝的陈友定取而代之。1368年（洪武元年）明朝军队占领福州。
明至清中期.从明代起，福州一直是福建的首府。明初的福州造船业发达、航海技术先进。福州地区与琉球王国素有密切的文化及商贸往来，1396年福州三十六姓开始迁居琉球，而郑和舰队选择长