在11世纪五十年代的大可汗王朝皈依伊斯兰教之后，高昌回鹘的摩尼教也逐渐消亡。13世纪后不再流行于天山南北的西域地区。
宋.宋代的摩尼教呈现分化趋势。一部分摩尼教依托道教进一步发展。早在唐代的《摩尼光佛教法仪略》中就曾引用《老子化胡经》论证老子、佛陀和摩尼为一身：“《老子化胡经》云：‘我乘自然光明道气，飞入西挪王界苏邻国中，示为太子。舍家入道，号曰摩尼。转大法轮，说经戒律定慧等法，乃至三际及二宗门。上从明界，下及幽途，所有众生，皆由此度。摩尼之后，年垂五九，我法当盛者。’”在道教势