孙渡被龙云提拔为滇军参谋长。孙渡向龙云提出了滇军缩编（「废师改旅」）的进言，获得龙云采纳。但是，由于该方案实施过于仓促粗糙，卢汉的师长权限遭到剥夺，士兵的军饷和口粮也遭到削减。卢汉与抱持不满的其他师长还有士兵们出现了针对龙云发动兵变的声音，孙渡乃被迫出走上海。结果，卢汉被龙云降伏，孙渡回到云南继续任参谋长。1934年（民国23年）12月，中国工农红军红一方面军长征到达贵州省。当时，龙云被蒋介石任命为剿匪第2路军总司令，孙渡任其手下的第3纵队司令，率部迎击红军。孙渡对蒋介石想使滇军同红军在作战中两败俱伤的