二世于是采用法老称号，但却在远在苏萨的家中统治，将埃及划为总督区。公元前5世纪有几次较成功的反抗波斯的起义，但埃及从未能永久地驱逐波斯人。在波斯的统治下，埃及与塞浦路斯、腓尼基被一同划入波斯阿契美尼德王朝下的第六总督区。波斯第一次统治时期也被称为第二十七王朝，结束于公元前402年。公元前380年至公元前343年，最后的本土王朝、第三十王朝统治埃及，结束于奈科坦尼布二世。公元前343年，波斯人短暂地恢复对埃及的统治，也被称为第三十一王朝。但不久后，在公元前332年，波斯统治者马查西斯（Mazaces）将埃