吴益政参选2020年高雄市市长补选。2020年8月13日，吴益政在高雄市长补选面对舆论对其两岸立场时，在脸书公开表明对九二共识的态度是「早已不存在」，并反对一中原则。2020年8月15日，补选结果出炉，以38960票、4.06%的得票率，败给民主进步党的候选人陈其迈，将无法收回两百万保证金。
事件.
任邱毅助理期间.2007年邱毅带职入狱7个月，保有立委身分，11月出狱时，吴益政与支持者将分乘六辆巴士一起到大寮监狱迎接邱毅。而邱毅出狱后，也回立法院续任