四川南部同袁世凯派军队作战，立下军功，为护国军的胜利作出了贡献。1916年（民国5年）6月，吕超被任命为第5师第58团团长。1918年（民国7年）2月，孙文的南方政府任命熊克武为四川靖国军总司令，吕超作为先锋进攻成都。他们击败了北京政府派的四川督军刘存厚，并将其驱逐出四川省。此后，熊克武被任命为四川督军、杨庶堪被任命为四川省长，吕超则任第5师师长。1919年（民国8年），熊克武同陈炯明、唐继尧、赵恒惕联合主张联省自治，遂同孙文的路线发生对立。因此，1920年（民国9年）4月，吕超等孙文派军人发动「倒