平洋，与今天的流向相反。直到安第斯山脉在南美洲西部隆起，被迫转向东方流出，例如在河中可以找到二十多种和太平洋上品种近似的魟鱼。河流首先在亚马逊盆地形成大湖，后来湖泊干涸，才形成目前的雨林景象。
源头和上游.亚马孙河的源头是在安地斯山脉区中一个海拔5,597米的密斯米雪山的一条小溪，距离的的喀喀湖约160公里，距利马约700公里，密斯米雪山作为源头是在1971年第一次认定，后来更精确的源头位置又在1996年、2000年和2007年被多次重新确定。溪水先流入劳里喀恰湖，再进入阿普里马克