中华民国与吉尔吉斯关系是指中华民国与吉尔吉斯共和国之间的关系。两国无官方外交关系，目前也没有在对方首都互设具大使馆性质的代表机构。对吉尔吉斯的相关事务由台北－莫斯科经济文化协调委员会驻莫斯科代表处。
政治.
外交.1916年，俄罗斯帝国对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯民族从中亚迁徙至新成立的中华民国（北洋政府）。2016年12月28日，吉尔吉斯副议长阿利别科夫传出因在12月21日访台与中华民国立法院长苏嘉全见面，在中华人民共和国向抗议后就自行辞职。阿利别科