以便作为博物馆用途。翻新工程耗时8年。2012年完工后开放给公众参观。
建筑风格.四进两廊式的四合院建筑。前庭院非常宽阔，种植榕树。后庭院有一棵数百年树龄的木棉树。
文化遗产.1991年11月23日，金门县政府公告清金门镇总兵署为金门县文化资产县定古迹。 清金门镇总兵署也被列为国家三级古迹。