嘉靖年间，王机褚征服辉发河流域土部，在扈尔奇山（辉发山）上筑城，建立辉发部，因辉发河流经而得名。也有认为，辉发满语意为野茶汁，辉发河水色青似野茶汁，故以其为部落名。而在《辽史》里，辉发作契丹语，最早为女真部落的名称，意思是“往来无禁”。辽称“回霸”，明、清着作里又作“回跋”，在其它史籍中出现时又写作“回怕”、“灰扒”。
干流概况.辉发河发源于辽宁省清原满族自治县南山城镇境内的龙岗山脉北麓，蜿蜒北流进入辽吉两省交界处的海龙水库，出库后进入吉林省境内，向东北流经梅河口市、辉南县、桦甸市，