中心处出现了黑暗的气体云，并使周围的太空牧场开始燃烧。接着突如出现了神秘部队「GOFER」，并对Gradius星展开了攻击。为了阻止GOFER的攻击，超时空战斗机「Vic Viper」再度出击。
游戏系统.本游戏除了延续宇宙巡航舰 (游戏)的基本系统及操作之外，追加了几项新要素与变更。蓝色能量胶囊除了可以消灭低耐久度敌人，并可让画面上的敌方子弹全部消失。每取得一次红色胶囊即可提升一格能量表，每一格能量表各自表示一种装备供玩家选择。在FC版中,1P操纵的战机为Vic Vipe