文锦的支持下，教育署拨地二万四千余呎及资助款项，且核准学校成为津贴小学。前后花了三年时间完成建校过程，于1959年9月正式开课。为纪念黄凤翎慷慨捐献三十五万兴建中小学时的部分经费，香港佛教联合会决定为中学部冠名为「佛教黄凤翎中学」，而小学部则以其弟、前太古洋行经理黄焯菴之名来命名（以纪念他生前捐出九十二万元经费），所以名为「佛教黄焯菴小学」。办学初期，该校与其他小学一样以半日制形式上课，直至2004年9月正式实施全日制上课。翌年，即2005年9月年开始实施「一条龙」办学模式，毕业生可选择升读连系中学佛教黄凤