新加坡「国际关怀」总部委託在港成立「更新资源（香港）有限公司」，继续出版、发展《道材》和「21」遥距课程，亦不时于世界各地主领专题讲座。2001年12月，杨氏与妻子到英国度假期间身体突感不适，入院后更陷入昏迷状态。2002年1月7日，杨氏病逝于英国爱丁堡，享年57岁。
纪念基金.杨牧谷于2002年1月去世后，2002年6月「杨牧谷牧师纪念基金」成立，接收捐款以纪念杨氏的贡献。基金捐款用以制作及出版杨氏的言论及着作，推动神学教育、讲坛信息、文字影音、病患者事工等的发展，鼓励及协助