最终得以昭雪。成化年间，其子于冕获赦，上疏为父鸣冤，宪宗亲自审理，并下诏予以平反：弘治二年，经给事中孙需进言，孝宗追赠于谦为「特进光禄大夫、柱国、太傅」，谥号「肃愍」，钦赐「在墓建祠」，题为「旌功」，设春秋两祭。葬于谦于杭州西湖三台山麓。万历年间，明神宗改授谥号为“忠肃”。在此后的数百年中，杭州、河南、山西等地祭祀他的事情仍不绝。
纪念.
祠堂故居.因为于谦为拯救明朝社稷的“救时宰相”，在北京、杭州、河南、山西等地均有纪念他的祠堂与故居