卵囊(Oocysts)的水所引起。在健康的人类宿主体中，132个卵囊就可引起感染症状，小隐胞子虫的生活史和其他隐胞子虫属的种相似，在受感染的肠道细胞中，可以发现胞子体(sporozoites)和裂殖子(merozoites)。在患有爱滋病或正在接受免疫抑制疗程的免疫功能不全的病患，也有感染小隐胞子虫的风险，严重可能会致死。诊断是否被小隐胞子虫感染，可用血清测试，或使用acid-fas染色法配合显微镜观察。小隐胞子虫是经水传染的重要寄生虫，对氯化有耐受性，在含氯浓度1000mg/L的水中，可存活2