在澳门仅用葡萄牙国旗。三版澳门政府旗的区别主要是下方的葡萄牙文有所变化，其中：
沿革.葡萄牙人于1517年建立葡佔屯门政权，但在西草湾之战战败给明朝后，于1553年转移居留今日澳门一带，1557年正式定居，于1583年（明朝万历十一年）成立澳门议事会，为租借地，但每年付500两白银予明朝政府为地租银。到1616年（明朝万历四十四年），卡拉斯科（）被任命为澳督，但并没有到任。直至1623年（明朝天启三年），下一任澳督（马斯卡雷尼亚斯）正式到澳门到任就职。在清政府与大英帝国签订