系条例》起草研究小组召集人，负责起草管理台湾、香港与澳门间经济关系的法案。从1990年代后期起，海崃两岸关系历经数次波动。1998年，她以行政院大陆委员会谘询委员身分，出席第二次辜汪会谈，担任随团发言人。1999年至2000年，李登辉聘请她兼任中华民国总统府国家安全会议谘询委员，及出任第六届国家统一委员会研究委员，成为身边的重要幕僚之一。1999年，在国家安全会议的专案委託下，担任李登辉执政最着名的「特殊的国与国关系」研究小组召集人。在这期间，她由中华民国国家安全局丁渝洲提拨研究经费，参与「特殊的国