有了提防，于是在1574年5月，弗朗索瓦和科塞-布里萨克元帅一同被捕入巴士底狱。因为其弟当维尔公爵亨利（任朗格多克省总督十多年）拥兵自重，威胁王室若自己的哥哥有任何闪失，他就要进军巴黎，故凯萨琳与亨利三世也不敢将他定罪，但仍监禁打压。1576年国王亨利三世为了瓦解“第三党”与胡格诺派的联合反抗，借口发现弗朗索瓦在议会的记录有证明他清白的证据，正式宣称他是无辜的，于是他在《大亲王和约》签订前被释放。1579年5月6日死于埃库昂城堡（Castle of Écouen），弟弟当维尔公爵亨利继承为蒙莫朗西公爵。