于外敌相继入侵，导致国土缩小，建筑也减少，规模也大不如前。这一时期的特点是占地少而向高处发展，中央大穹隆没有了，改为几个小穹隆群，并着重于装饰，如威尼斯的圣马可教堂。在马其顿王朝（867-1056年），位于希腊的达夫尼修道院，俄西俄斯罗卡斯修道院和希俄斯新修道院兴建完成，为拜占庭中期的建筑。而科穆宁王朝时期兴建、位于伊斯坦堡和小亚细亚的拜占庭建筑几乎荡然无存，现今剩下的包括位于卡帕多奇亚的数座石建修道院。
后期（13－15世纪）.数次东征使拜占庭帝国和其建筑损坏不堪，尤以第四次十字