发国亲联盟反弹，选举结果民进党惨败，邱义仁自此以「割喉邱」着称。2008年间，邱义仁被指控涉入巴纽外交公款侵吞案，于5月5日辞去行政院副院长一职，声明退出民主进步党与政坛。5月6日请辞获zh-cn:准; zh-tw:准;，外交部部长黄志芳、国防部副部长柯承亨也同步跟进请辞获zh-cn:准; zh-tw:准;。在回到民间后，又因安亚专案、鐽震案等指控，遭受长期的司法调查。他至高雄市内门区务农，台面上远离政治圈。2012年大选过后，蔡英文辞掉民进党主席，邱义仁主张民进党应该发展「不叫台独