有相左，而当连战（连战以往经常提拔他）在美国访问时他不但未有陪同，而当时陈水扁正过境美国，他无可选择之下只好以公职为重而陪伴在侧。连战更被代去的驻美副代表当众羞辱，事后连战夫人连方瑀因此当众拒收程建人夫人所送的花。而被蓝营人士指为卖友求荣。当时总统陈水扁每当在统独、对美关系及两岸问题上出现新政策时，很少会在事前知会驻美代表处，此举令美国政府对程建人感到不满，认为他欠缺代表性。不过在退休卸下职务后，适逢倒扁运动兴起，程建人对媒体表示不排除参与支持百万人民倒扁运动，显露压抑多年的国内政治立场倾向。中