泰初年，转任侍中、镇东将军、仪同三司、兼为尚书右仆射，后又改加侍中、尚书左仆射。河阴之变后政局一片混乱，诸王大多各自逃生，元修逃亡民间，隐居务农。中兴二年（532年）高欢击败尔朱氏，欲立元悦为帝，因无法服众，只得退而选择元修。斛斯椿从元修的心腹好友王思政辗转寻到元修，元修道：“这该不是把我出卖了吧？”高欢遂亲自前来表达诚心，泣下沾襟。元修方才入京，四月廿五日（6月13日）即位。登基十天就杀死废帝节闵帝元恭和叔父元悦，半年后又杀死曾被拥立为帝的东海王元晔、安定王元朗。元修即位后与高欢的长女结成政治婚姻