长的河流，全长800公里，自西向东注入印度洋；阿西-加拉纳河为第二长河，全长390公里，流域面积达7万平方公里。另外，埃瓦索恩吉罗河是肯尼亚北部地区的主要水源，最后流入东非大裂谷东部的纳特龙湖。纳特龙湖水深少于3公尺，湖水蒸发令湖泊有高浓度的矿物质。维多利亚湖位于肯尼亚以西，面积68,870平方公里，仅次于苏必略湖，是非洲面积最大的淡水湖和世界第二大淡水湖。图尔卡纳湖绝大部分位于肯尼亚北部境内，仅最北端位于埃塞俄比亚境内，总面积6405平方公里，是肯尼亚最大的湖泊。该湖属于咸水湖，由于无湖水流出口，导致盐度