小田原征伐后，秀吉为了监视有野心的独眼龙伊达政宗改封氏乡到黑川四十二万石（进行检地，增加到九十二万），其后将居城扩建，并改名为会津若松城。因为氏乡的幼名是鹤千代且蒲生家纹有舞鹤的图案,因此会津若松城又别名鹤之城。此后发展会津若松城，建立乐市，为日后的会津藩建立了基础。之后数度与伊达政宗对立，1591年压制葛西大崎一揆、九户政实之乱，并向秀吉告发葛西大崎一揆有可能是伊达政宗所煽动而造成的。此外，1592年文禄之役期间在名护屋城参战。1595年于京都伏见的蒲生官邸病逝，终年四十岁。墓所在京都市北区大德