府在鸟岛、1936年聟岛列岛指定为禁猎区。当时牠主要用于出口，但据估计，即使在1910年禁止羽毛贸易之后，据估计日本有6,300,000只鸟被猎捕用于分销目的。以前短尾信天翁甚至也繁殖于小笠原群岛、大东群岛、澎湖群岛，然而繁殖地遭到破坏。据说也曾繁殖于彭佳屿、西之岛。1939年，短尾信天翁仅剩的繁殖地鸟岛火山爆发。1949年4月，鸟类学者在伊豆群岛及小笠原群岛的调查中并未发现短尾信天翁，遂发表了「短尾信天翁灭绝」的报告。短尾信天翁一度被视为灭绝。直到1951年在鸟岛发现了短尾信天翁的繁殖，才再度发现。。