专任政务员及牧师后，因派驻人员日渐增多，为因应需求及改善水质而于1657年开凿的大井。井址选定于诸罗山社聚落中心：「中央广场」，广场附近即为政务员与牧师的房舍群。而后在明郑时期曾由镇守当地的部将吴智武所整修。在干隆二十七年（1762年）时，诸罗知县卫克堉因该井井水味美，闻名全县而以「兰井泉甘」之名列入诸罗八景之一。而在日治时期初期，该井依然为当地居民所使用。但日本人类学家伊能嘉矩于1909年踏查时发现，当时官署已在水井贴上「不适于饮用」的告示。1928年12月11日，报纸报导红毛井已被砖石填满，「秽水差