343旅旅长兼鲁西军区副司令员、教导第3旅旅长、鲁西军区司令员兼鲁西专署专员。1941年初，杨勇与苏振华率教导第3旅运用围点打援的战法，取得潘溪渡战斗的胜利，继又挫败了日军对鲁西区的扫荡。同年7月任冀鲁豫军区副司令员。不久赴延安，先后在军事学院、中共中央党校学习。1944年，杨勇任冀鲁豫军区副司令员，指挥部队连续拔除日伪军据点200多处，使鲁西南的各小块游击根据地连成一片，新建了一个专署和六个县政权。1945年，杨勇指挥部队攻克南乐、东平、阳谷等县城，歼灭日军万余。同年9月，攻占长垣、汤阴等10多县。