其中前者成为今内蒙古自治区的主体部分。清代后期的官方文书中出现了内蒙古和外蒙古的概念。内蒙古一词指内札萨克蒙古49旗，外蒙古则指喀尔喀4部（有时也包括科布多和唐努乌梁海）。清亡之后喀尔喀蒙古走向独立，而内蒙古则在中华民国的统治下，分属于兴安省、热河省、察哈尔省、绥远省、宁夏省。后来国共内战中华民国离开大陆后，由中华人民共和国统治，设内蒙古自治区。清朝蒙古地区实行盟旗制度。盟由各部定期会盟而形成的机构，旗是分解原来的部落而组成。盟旗中地位最高是各旗札萨克与藏传佛教的唿图克图。
近代