90年6月10日，得票率最高的2大候选人对决的第2轮选举中，藤森以57％的得票率胜过作家出身、中间派的马里奥·巴尔加斯·略萨而当选总统，并于1990年7月28日宣誓就职。
清剿游击队.在藤森上台前，秘鲁全国有不少领土均为反政府游击队所控制，计有毛派组织「光辉道路」及马列主义组织「」游击队（MRTA）。单在1989年，超过100名官员被「光辉道路」杀害，有四分之一的秘鲁区议会及省议会选择不举行选举。在「光辉道路」的恫吓下，秘鲁有超过三分一的法庭，在同一年内出现了太平绅士职位空缺。此外