随着中央省厅再编，2001年1月6日成立内阁府。原总理府外局沖绳开发厅等管理的沖绳政策移交给内阁府。而总务厅的特别机关北方对策本部等所管之北方领土政策也交给内阁府。同时，设立特命担当大臣制度。同日成立第2次森改造内阁（中央省厅再编后），日本众议院议员桥本龙太郎就任「沖绳及北方对策担当大臣」。之后的各内阁仍维持「沖绳及北方对策担当大臣」作为沖绳政策与北方领土政策的特命担当大臣。2003年9月22日成立的第1次小泉第2次改造内阁将职称改为「内阁府特命担当大臣（沖绳及北方对策担当）」，由众议院议员茂木敏充出任