行政院核定后，由大学执行。教育部在2012年6月22日制定「国立大学合併推动办法」，订定合併办法，组成合併推动审议会。2013年1月23日教育部针对「单一县市超过2所国立大学且学生数低于一万人」之学校推动合併，发文给国立阳明大学、国立台北教育大学、国立台北艺术大学、国立台北护理健康大学、国立台北商业技术学院、国立台湾戏曲学院、国立新竹教育大学、国立台中教育大学、国立台湾体育运动大学、国立台南大学、国立台南艺术大学、国立中山大学、国立高雄大学、国立高雄师范大学、国立高雄第一科技大学、国立高雄海洋科技大学、国立