山国家公园区域内共有两处列为生态保护区域，面积为73,622.34公顷，占国家公园总面积71％，含有丰富的动、植物及地形景观资源。特殊天然景致划设为特别景观区者共有九处，包括玉山群峰、秀姑峦山、达芬尖山、塔芬山、云峰、新康山、三叉山、向阳山、关山断崖、南横公路沿线及日治八通关越岭道等地。成立之初，玉山国家公园管理处将清代修筑之八通关古道及其两侧遗址划为史蹟保存区，并于园区北部的观高、西北部的塔塔加、中部的梅兰、西南部的天池、南部的梅山以及东部的大分则分别设置游憩区，遂经多次调整后，梅兰、大分等地皆已改划为生