830年，又有一些美国人在岛上开展过殖民，但是没有成功。1875年，英国将这些岛屿的所有权转交给日本。1880年，日本在该群岛建立居民点并建立统治。二战期间，美国军队和日本军队为争夺小笠原群岛展开连番激战，美国前总统乔治·H·W·布什驾驶的鱼雷轰炸机曾在父岛附近海域被击落，险些丧命。至于硫磺岛战役则更是举世闻名。1945年，美国海军占领该群岛，并强行迁离了所有日本居民。1968年，基于小笠原归还协定，该群岛被归还给日本，原先被迁离的居民又回到了岛上。2011年，小笠原群岛列入联合国教科文组织世界遗产