只有一次在亚特兰大的1996年夏季奥林匹克运动会没有给予这种赞扬，组织受到严重批评。在2001年，萨马兰奇不再申请主席职位。在莫斯科被举行的国际奥委会第112次全会上，他由雅克·罗格接任。在此次全会开幕式上，俄罗斯总统弗拉基米尔·普京授予萨马兰奇「荣誉勋章」。而后他变为国际奥林匹克委员会终身名誉主席。他任国际奥委会首领时间第二长（21年），任职最长的是皮埃尔·德·顾拜旦（29年）。随着他的退休，他在马德里申办2012年和2016年奥林匹克运动会中扮演一个主要角色，虽然两次申办都未成功。在1991年因他对