订后，塞尔维亚政府开始统治马其顿。在第二次巴尔干战争期间，塞尔维亚和前盟友保加利亚之间爆发了战争，斯科普里则在战争期间仍由塞尔维亚王国统治。第一次世界大战爆发后，保加利亚王国于1915年佔领了斯科普里。1918年至1939年期间，斯科普里成为新成立的南斯拉夫王国的一部份。在1920年，斯科普里曾被南斯拉夫共产主义者联盟支配了半年。塞尔维亚人统治者爲了破坏马其顿人的民族主义思想，对民族主义者採取远比奥斯曼统治时期更残酷的镇压行动。1931年，南斯拉夫王国开始实施地方分权，斯科普里成为发达自治州的首府。1941