今广西壮族自治区扶绥县）渠芦村人。1851年，吴亚终之父吴凌云组织全胜堂，在新宁响应太平天国起义。1861年，吴凌云在广西太平府（今广西壮族自治区崇左市）建立延陵国，吴亚终被立为太子。1863年，清兵攻陷太平府，吴凌云阵亡。吴亚终逃往归顺府（今靖西市），继续抗清，于1868年被广西提督冯子才击败。吴亚终逃往越南，向越南阮朝投降。但不久反叛阮朝，夺取高平省城。高平总督范芝香向清朝求援，清朝派遣谢继贵入越支援，协同越南剿抚使翁益谦、副提督阮曰成，在七溪击破之。但不久吴亚终再纠集部众，大破越军于谅山，