年李自成攻陷北京，崇祯帝自杀，福王朱由崧在南京建立南明。1645年清军攻陷南京，降为江宁府，但是民间仍习称为南京。清初，江宁为江南省省府。干隆年间，大清会典中正式记载把江南省拆分为江苏安徽两省。直到清末，江宁是统辖江苏（包含上海）、安徽、江西三省的两江总督驻地，同时在江宁设立江宁布政使，管辖江宁府和江苏省长江以北的扬州府、淮安府、徐州府、海州直隶州、通州直隶州和海门厅，管辖安徽民政的安徽布政使在1780年以前也曾长期驻扎在江宁。江宁城东置江宁满城，明故宫旧址驻扎有八旗军队，设江宁将军管辖。清廷在江宁设立