命为陆海军大元帅大本营参军，此后曾任国民革命军总司令部高级参谋。1927年11月28日，任国民政府军事委员会办公厅主任，1928年3月13日免职。1928年11月13日，任国民政府军政部主任参事，任至1929年4月29日免职。1929年3月27日，蒋桂战争爆发，此后新桂系失败。1930年8月21日，黄绍竑致电蒋介石“息兵和谈”。同年10月26日，李济深、陈铭枢鉴于黄绍竑、白崇禧等人均是马晓军的旧部，故请马晓军主持两广和平。同日，国民政府派马晓军自上海经香港转赴梧州收拾广西局面。在广西，马晓军倡修武博