于1570年（元龟元年）吉利支丹大名大村纯忠将长崎浦开放给葡萄牙人作为贸易港。大村纯忠于翌年在长崎兴建长崎六町。当时长崎六町的居民多是附近的天主教信徒和来自各地的移民。1580年（天正8年），大村纯忠将长崎奉献给耶稣会。然而在1587年（天正15年），丰臣秀吉在平定九州之后发布伴天连追放令，驱逐天主教传教士，并在翌年将长崎作为直辖领地。在长崎成为直辖领地初期，当局对天主教的管制并不严格，甚至还有新教堂兴建。但在1597年（庆长元年），当局下令处死长崎的26名天主教信徒。1612年（庆长17年）之后，德川家康