早上11点广州南站附近线路电力装置不稳定，一度有列车停驶10分钟，导致车内冷气熄灭、部分灯亦关上。
大堂滴水和水浸.2018年9月24日适逢下雨天，车站天幕下多处地方出现滴水情况，港铁安排水桶盛载。由于天幕下面部分空间为西九龙站内地口岸区，维修工程或会涉及不少问题，包括发生意外时产生的救援、法律及索偿问题。2018年11月1日下午2时半左右，停车场内一辆货车撞毁消防花洒，引致地下、B1、B2层受到影响，其中B2层的美食广场需暂停开放，工人忙于清理积水。