时钟花科、钟萼木科、地果莲木科、弯子木科、骆驼蓬科、旱霸王科、珙桐科、厚皮香科、假红树科、桃叶珊瑚科、陀螺果科、半边莲科、离水花科、黄锦带科、川续断科、北极花科、刺续断科及败酱科等。其它被APG III合并的科有：黄花绒叶草科、菝葜木科、黑三棱科、杜香果科、异裂果科、裸木科、方枝树科、喙萼花科、梅花草科、杜茎山科、紫金牛科、假轮叶科、寄奴花科、多香木科、智利木科、假茱萸科、参棕科及番茱萸科等。此外，APG III也承认了19个新的科：刺藤科、青皮木科、粟麦草科、南商陆科、小鸡草科、土人参科、回欢草科