族在和歌山经营五金行，幼时体弱多病，故以「熊」野权现寄居的子守「楠」神社而取名，希望熊野权现神灵护佑。少时入读，后考取东京帝国大学预科，因为代数不及格，愤而退学，留学美国密西根州立农业学院（今密西根州立大学），又辍学，到古巴踏勘新物种，后到英国的大英博物馆作研究，并在英国与中国革命家孙文结为好友，孙文曾向犬养毅称扬熊楠「君游学欧美将廿年，博通数国语言文字，其哲学理学之精深，虽泰西专门名家每为惊倒，而为植物学一门尤为造诣。君无心名利，苦志于学，独立独行，十余年如一日，诚非人可及也。」1929年曾为同是黏菌