命为莫斯科军区司令并在冬季战争中担任军队指挥官但损失惨重。1940年，布琼尼被任命为副国防人民委员。1941年7月至9月，布琼尼担任西南方面军执行指挥官，以迎对入侵乌克兰的纳粹德国部队。由于盲目执行最高统帅部的刻板命令，西南方面军在随后的乌曼战役和基辅战役中被包围，造成苏联150万人死亡或被俘，成为军事史上最大的战败之一(后由铁木辛哥取代)。9月，斯大林解除了布琼尼的指挥权并以谢苗·铁木辛哥取而代之。随后，他还陆续担任了一些军事职务。布琼尼退休时被授予了“苏联英雄”的称号。布琼尼培育的以运动性和