年2月10日（庆应4年1月17日），担任神祇事务课总督，努力普及国家神道和国学。1871年（明治4年）7月25日，把家督的职位让给炽仁亲王后开始隐居，在这期间他还担任了神道总裁和（国学院大学的前身）总裁等职务。1886年（明治19年）1月24日，患有胃癌的帜仁亲王病危，得知这个消息的明治天皇急忙授予他大勋位菊花大绶章，同日，帜仁亲王病逝，享年73岁。死后葬于。
书法与歌道.和有栖川宫的历代当主一样，帜仁亲王也很擅长书法和歌道。他是的集大成者，五条御誓文的正本便是由帜仁亲王书写的