东非大裂谷湖泊是沿着东非大裂谷在非洲东部从北方埃塞俄比亚到南方马拉维的一系列湖泊，这些湖泊包括全球最古老、最大型和最深的湖泊。许多湖泊是有丰富生物多样性的淡水生态区，而其他的盐硷湖则存有高度特殊的生物体。东非大裂谷的湖泊是以在其中的水域中至少有800种丽鱼物种的进化而闻名的。预计更多物种将被发现。世界自然基金会指定这些湖泊为其重点生态保护区之一。在这篇文章中，主要湖泊被列出，一般是以从北到南的顺序，并且每个湖更详细的文章可以通过名称的链接来访问。