改革和结构性调整，开始了第三次创业。1998年，中科大加入了中国科学院实施的知识创新工程，从而获得了中国科学院更大的支持。从1990年代开始，学校积极进行教学现代化，将教学设备和方法进行更新，利用多功能教室以及多媒体计算机展开教学，并在校园中普及计算机网络，使得中科大校园网成为国内高校中普及面和使用率最高的网络之一。1998年，朱清时担任中科大校长，开始推动学校改革；直到2008年离职，朱清时的任期长达10年，也是首任校长郭沫若之后，任期最长的校长。在担任校长期间，他提出了把学校建成“质量优异、特色