。后来消灭堂弟木曾义仲的势力，（1185年）在坛之浦之战中消灭平氏的势力。文治元年（1185年），源平合战结束后，源赖朝留守鎌仓。他指派北条时政任京都守护与朝廷交涉，争取在全国各地设守护和地头，以掌握地方军及政权。建久三年（1192年）源赖朝出任征夷大将军。此后在朝廷之下建立半独立的鎌仓幕府。建久十年（1199年）源赖朝死后，源赖家继任成为鎌仓幕府第二代将军。 建仁三年（1203年）北条时政杀死源赖家岳父比企能员一家及赖家的长子源一幡，废黜了源赖家将军之职，流放他到伊豆修禅寺(静冈县伊豆市)中幽禁。