墓碑上的「大日本」三字被删去，至2000年复原。
近年台琉双方与事件相关的交流活动.1997年1月，宫古商工会议所一行人到南台湾观光旅行之际，参拜位于当地的宫古岛死难者墓，同年4月再次参拜。2004年11月，琉球与日本学者到牡丹乡牡丹水库举办事件回顾「牡丹社事件一百三十年历史与回顾国际学术研讨会」。2005年6月，台湾方面就当年杀害海难琉球人之事向琉球道歉，牡丹乡乡长林杰西率团前往琉球与宫古岛民后代会面，寻求和解，访问团发言人华阿财承认当年族人杀害宫古岛人为错误，并对此感到遗