海军向一艘潜艇投下警告性深水炸弹，几乎令潜艇舰长发射核弹。数日后，美苏之间达成秘密协议。苏联同意中止兴建导弹基地，而美国则解除封锁。危机方告结束。11月21日甘迺迪公开宣佈解除封锁，而企业号则在12月8日返抵诺福克。稍后企业号曾试飞A-6A攻击机及E-2A预警机。1963年2月6日，企业号第二次前往地中海巡航，并先后到访康城、雅典、巴勒莫、那不勒斯、科孚岛、塔兰托及罗德岛。由于伊拉克及叙利亚先后发生斋戒月政变（Ramadan Revolution）及三月八日革命，复兴党以军变执政，引发地区局势紧张。企业