1999–2000年欧洲足协盃是欧洲足协举办的第 29 届欧洲足协盃赛事。由本球季开始，欧洲盃赛冠军盃会合併于此项赛事，组成全新制度的欧洲足协盃。本届赛事由加拉塔沙雷夺得冠军，他们于决赛击败阿仙奴，成为至目前为此，唯一一队夺得欧洲赛事冠军的土耳其球队。