般农作物也可以被送入厌氧沼气池，产生能量。厌氧消化被广泛用作可再生能源的来源，微生物产生的沼气、甲烷、二氧化碳和其他污染物。这沼气可直接用于燃料，热电联产和电力燃气发动机，或提炼成天然气。它可产生出沼气作为燃料取代化石燃料，也可产生营养丰富的可以用作肥料。厌氧菌在新陈代谢过程中，因所产生之能量较低，故细菌之生长缓慢，生产时间（generation time）较长，以葡萄糖之分解为例，好氧性分解每摩尔之葡萄糖可获得六百八十六卡能量，而厌氧分解仅可得五十二卡，故要获得相等之能量，厌氧性细菌细胞消化之物质