原本的2005年底，延至2007年12月才举行大选，而2007年的大选他以90.77%得票率再度连任。国内的激进伊斯兰教反政府组织企图推翻政府，卡里莫夫对之作出打压，而他们被怀疑与2004年3月发生的恐怖爆炸案有关。卡里莫夫透过缺席审讯，把乌兹别克斯坦伊斯兰运动的两名领袖判处死刑，其中一位领袖据报已在阿富汗被杀，而另一名则仍逍遥法外。由于乌兹别克的人口密度颇高，2010年卡里莫夫曾强制推行计划生育政策，下令生育超过两名的育龄妇女强制接受结扎与摘除子宫等绝育措施。卡里莫夫的妻子塔季扬娜·阿克巴洛夫