1月获授海军中将衔。翌年6月，他任津浦铁路管理局局长兼津浦铁路督办。同年9月，他署鲁案善后督办，参与收回胶澳铁路。1923年（民国12年）1月，他在王正廷临时内阁署理交通总长。同月，他在张绍曾内阁正式任交通总长。1924年（民国13年）10月，第二次直奉战争直系败北，吴毓麟下野。以后他寓居天津。1930年代他从事各种实业活动。1944年（民国33年），吴毓麟逝世。享年74岁。