功整合造成陈水扁落败。陈水扁在市长败选谈话中向支持者说：「对进步团队的无情，是伟大城市的象征。」（引用并改写自英国首相邱吉尔）。
总统.
第一次任期.1998年台北市长选举落败之后，同年底入总统府晋见总统李登辉（时为国民党主席），李登辉公开推荐一篇《从摩西到约书亚》的文章给陈水扁，引发舆论对「谁是李登辉的约书亚」的广泛讨论。1999年陈水扁出访外国进行「学习之旅」，并出版《台湾之子》自传书为其参选2000年总统大选铺路。但当时民进党有所谓「四年条款」的内规