文辉调第24军马成龙团到巴安县进行弹压。马成龙团到达巴安县后，首先击败了藏军，藏军撤退。其后，马成龙团迫使巴安民军上缴武器，并捕杀了几位格桑泽仁手下干部。格桑泽仁在此之前便潜往农村，躲过一劫，此后经云南返回南京。至此，巴安事变以格桑泽仁失败，藏军溃退回金沙江以西，刘文辉继续统治巴安县而告终。
南京、重庆、西康.1932年10月，回到南京之后的格桑泽仁仍任蒙藏委员会委员兼《蒙藏周报》社副社长等职务。他募资购置了巨幅释迦牟尼像，赠给了巴安县丁宁寺（后称康宁寺），并将一些物品送给家乡。