为中华民国临时大总统。1912年1月1日（辛亥年十一月十三日）晚上10时，在南京总统府举行中华民国临时大总统就职典礼。孙宣誓就任。是年1月底，组成临时参议院（国会）。但当时的《纽约时报》报导对的合法性提出疑问。「大总统誓辞」如下：南京临时政府定用阳历，及用五色旗为国旗。当时满清政权并未终结。1月3日，袁世凯指使手下冯国璋、段祺瑞等48名北洋将领联名通电，反对共和制和南京临时政府，拥护君主立宪制，并以军事实力向临时政府施压。受到此事影响，南京方面内部主战情绪空前高涨，临时政府于是接受孙的用兵主张。