菊头蝠样本中含有与SARS-CoV相似的冠状病毒，经全基因组定序得到HKU3-1、HKU3-2与HKU3-3等三个病毒株，是首次在蝙蝠样本中发现SARS相关病毒，此前仅知果子貍、貉与鼬獾带有SARS病毒。HKU3-1、3-2与3-3的基因组约长29700nt，其序列与SARS-CoV相似度为88%，大部分差异位于刺突蛋白（S）、ORF3与ORF8，其中尤以ORF8差异最大，与果子貍SARS病毒一样比人类SARS病毒多了一段长29nt的插入序列（但此29个核酸与果子狸病毒的不完全相同），形成一完整的长开放阅读