繁忙的市舶司衙门周围发展起来。随着海外贸易的重要性日益增长，至元二十九年（1292年）上海升为县，上海城成为县治。明朝时，上海的主要河道进行了大改造，流经县城、原来是吴淞江（苏州河）支流的黄浦江成为主河道，吴淞江成为其支流。1553年为抵御溯江而上的倭寇第一次修建了环城的城墙。此时的上海城已经成为较大的城镇，城内与其他太湖流域城市一样，河网密布，街道大多临河而建。康熙廿四年（1685年）在上海县城设关税司，即后来的江海关。1842年鸦片战争后期，上海县城曾被英国占领，同年的《南京条约》开辟上海为五个