的主要原因在于它们的甲壳比较难保存为化石。最早的甲壳亚门动物有可能类似于今天生活在盐水洞穴中的桨足纲，但它们没有留下化石。最早的甲壳亚门化石出现于寒武纪。至今已发现的有鳃足纲、颚足纲、介形亚纲和软甲亚纲动物的化石。介形亚纲动物从出现以来就是浮游动物的重要组成部分。它们的壳常在沉积岩中出现，因此是重要的指标化石。在化石中常出现的还有藤壶。
分类.一般甲壳亚门动物与气管类动物（昆虫和蜈蚣）被看作是姊妹群。一些学者认为昆虫和蜈蚣是甲壳亚门内的动物。这个意见的由来在于对这些动物