巴（上师吉祥贤）自元大都回拉萨的途中所建。当时，建寺的施主是随行的元朝大臣“安强生”（音译）。后来，涅温贡嘎巴（宗喀巴的上师之一）曾任该寺住持。从宗喀巴的四成就弟子喇嘛桑杰巴桑（佛贤德）出任该寺住持起，该寺转为格鲁派道场。桑杰巴桑之后接任住持者，为宗喀巴的二庄严弟子之一贡嘎坚赞。其后，担任住持的高僧有“撷呐绕登、宗澈登、吉祥光、狮子宝、虚空海、十难论师加涅、十难论师阿竹、菩提宝、戒海、扎巴炯尼、理塘拉乌曲究”等人。从第二世夏坝活佛夏坝·应巴曲达开始，夏坝活佛世系成为麻通寺的法台。此后，第三世夏坝活佛