和凯瑟琳·霍华德，都是他的子侄辈。在两人嫁给国王的过程中托马斯·霍华德都曾积极出谋划策，发挥了重要作用。不幸且巧合的是，安妮和凯瑟琳最后都掉了脑袋。1546年托马斯失足，被剥夺了公爵头衔并投入伦敦塔。若不是亨利八世在次年就去世，他多半难逃一死。信奉天主教的玛丽一世女王登基之后，托马斯·霍华德被释放。作为回报同为天主教徒的托马斯努力帮助女王维护和巩固其权力，但也因此得罪了信奉新教的王室成员，尤其是继任的玛丽同父异母妹妹伊丽莎白一世。
早年生活.托马斯是第二代诺福克公爵托马斯·霍华