北京市委常委，并使得时任市委常委、市委宣传部部长的蒋效愚落选。半年后，孙政才出任北京市委秘书长。孙当选时任北京市委书记的是后升任中共中央政治局常委的贾庆林，而后北京市领导班子人员发生变动，刘淇接替贾庆林任市委书记，王岐山接替因SARS事件引咎辞职的孟学农出任副书记兼市长。传媒报道称，孙政才在任市委秘书长期间，“结构性地站在市委书记一边”，与王岐山颇为不睦。
孙妻疑涉他案.在全国政协原副主席、中共中央办公厅原主任令计划与同样身为全国政协副主席的中共江西省委原书记苏荣涉嫌违纪遭查后