投降，台湾进入民国时期。因为政权交替，日人井上伊之助面临被遣返回日的窘境，为了留籍台湾继续进行医疗服务，井上伊之助自行改名为高天命，并获得卫生局继续聘任为松山疗养院医生。翌年，他辞去疗养院工作，前往宜兰的天埤发电所继续服务，并继续传道工作。惟不久则因二二八事件动盪，被迫离开台湾。
去世.回到日本的井上伊之助并未再从事医疗服务，而是转为神职及教学工作。1966年6月20日凌晨1点40分，于日本兵库县神户市滩区上野大字城下山的自宅因脑软化症去世，告别式在大坂市北区神山町于6月26日