与亚当斯政见不合，使得后者在1800年美国总统选举中落败。当副总统托马斯·杰斐逊与阿龙·伯尔角逐总统时，他因为私人恩怨帮助杰斐逊击败伯尔，使得杰斐逊当选总统，伯尔当选副总统。在他与亚当斯决裂后，他在党内只有几个支持者。1804年，副总统阿龙·伯尔竞选纽约州州长，汉密尔顿表示反对。1804年7月11日，伯尔向汉密尔顿发起决斗，在决斗中，伯尔开枪击中了汉密尔顿，汉密尔顿受到重伤，于第二天去世。
家世与童少年时代.汉密尔顿的外祖父是一个法国加尔文教教徒和医师，在南特赦令被废除后来到尼