祯元年（1628）三月，熊文灿出任福建巡抚，对《闽书》有兴趣，“以师之志，不异乎圣人”，决定资助其出版，并要求何氏补写万历四十四年至万历四十八年之事迹。崇祯二年，终于完成所有补修工作，得以刊印，共一百五十卷。清朝康熙二十三年（1684年），郑开极《福建通志》即承袭于《闽书》。