铜、钴、镍、钖、银等金属元素也是，此类污染物不易被微生物降解。典型的有毒重金属是镉、汞和铅，它们被收录在世界卫生组织（World Health Organization）发布的要求公众关注的十大化学品名录中。名录中其他化学品是锰、铬、钴、镍、铜、锌、银、锑、铊。重金属存在于自然界。它们随着人类活动被富集起来。它们可以随着唿吸、饮食、皮肤接触进入植物、动物和人体的组织中，开始干涉细胞的正常生理活动。古时候人们就已经知道了砷、汞和铅具有毒性，不过直到1868年，人们才开始系统地研究一些重金属的毒性原理。