签订《马关条约》，割让台湾，罗秀惠与同为举人的黄宗鼎、汪春源，户部主事叶题鴈、翰林院庶吉士李清琦等人联合上书都察院代奏光绪帝反对割台。台湾割让给日本时，曾一度搬到北京居住，1897年返台，定居台南安平，并担任台南国语传习所教务嘱託。此外在儿玉源太郎担任台湾总督时，曾受聘担任《台澎日报》汉文主笔，且参与《台南县志》的编纂工作。1899年台南师范学校（今台南大学）成立后，应聘为教务嘱託，并教授汉文与习字，后于1902年因病辞职。之后罗秀惠前往福建创《厦门日报》，该报停刊后再次返回台南，于1908年时前往台北