月，朝廷命他取代江西招讨使曹全晸。当时，曹全晸刚和山南东道节度使刘巨容大败黄巢，正在追击。朝廷让段彦谟取代曹全晸使曹停止了追击，黄巢及其主将尚让得以逃脱。
控制荆南.刘巨容击败黄巢后回师山南东道，而前宰相诸道行营都统兼荆南节度使王铎早在曹、刘击败黄巢前都逃跑了，荆南节度使空缺，无人管领。荆南监军宦官杨复光让忠武军都将宋浩在朝廷任命前权知荆南府事，段彦谟以兵守城，随后朝廷下诏任宋浩为荆南安抚使。段彦谟耻于居宋浩之下，因此怨恨。宋浩不敬杨复光，杨复光唆使段彦谟杀宋浩。广明元年（880年