来波斯国王大流士三世在伊苏斯战役战败的消息，法那巴佐斯立即打消入侵伯罗奔尼撒的计画，并且回到希俄斯岛镇住反叛的希腊人。当亚历山大转向进攻腓尼基诸城，使腓尼基和赛普勒斯的舰队支持亚历山大，法那巴佐斯更加孤立无援。随着亚历山大声势越加浩大，法那巴佐斯治下的爱琴海诸岛纷纷反叛，当地希腊人并引进马其顿军队，于希俄斯岛俘虏法那巴佐斯，但法那巴佐斯在关押期间偷偷逃走。
后期.关于法那巴佐斯逃亡后的那段时期没有相关记录，但最终法那巴佐斯至少在前324年前投降亚历山大大帝，在那一年亚历山大在苏萨举