2年间医学部长由富田雅次担任，1942年到1944年的医学部长是小田俊郎，1944年森又回任医学部长，直到1945年。终战时，正担任台北帝大医学部长的他，将医学部移交给接收的台湾人药理学讲座教授杜聪明，成为台北帝大最后1任医学部长，杜出任新成立的国立台湾大学医学院院长，聘请他担任医学院解剖学教授。不久离开工作10年的台湾，回到东京担任私立帝国女子医学专门学校（1950年改成现在的东邦大学）的校长（任期1946年到1949年），后专任东邦大学医学部教授。森于菟在兄弟4人中最早写了父亲的回想记（最初