青海、甘肃、宁夏各省落入了以马步芳和马仲英等人为首的马家军的手中。在第二次中日战争期间，日本人施行“三光政策”，并破坏了许多清真寺。据 Wan Lei 所说，“统计数据显示，截至1941年4月，日本摧毁了220座清真寺，并屠杀了无数的回族人。”在南京大屠杀后，南京的清真寺中堆满了尸体。同时他们也施行经济压迫政策，其中涉及到对清真寺的破坏，并导致许多回民失业、无家可归。再者就是一些故意的侮辱性的政策，例如将肥猪肉涂在清真寺上、强迫回民给士兵们杀猪、表面上是在强迫女孩做艺妓和歌手的训练，但事实上却将她们充当