的穆斯林已经开始在日喀则定居。1343年，穆斯林筹资在当时日喀则城南创建了该清真寺。清朝干隆年间，清廷决定在江孜、日喀则派驻军队之后，部分来自四川、陕西一带的军队中的穆斯林驻防日喀则，在此形成了小型穆斯林居住区，其间多次筹资修缮或重建该清真寺。该寺是今日喀则市境内从古至今唯一一座清真寺。清朝时依照定制，还在日喀则城外、年楚河以东的山坡上划出穆斯林墓地，如今该墓地仍存有墓葬数十座、墓碑十余通。日喀则清真寺的主体建筑为藏式平顶建筑，坐西朝东，建筑面积为320平方米，为2001年7月7日在该寺原址上重建而成。