煇在国家发展会议质疑李登辉的两国论与其过度依附日本及美国的政治路线之后，李登辉在1999年5月聘请新一届国家安全会议谘询委员时不再续聘戴国煇；后来戴国煇担任中国文化大学历史系专任教授，并在国立政治大学兼课谋生。2001年1月9日，戴国煇因为感冒引发败血症病逝于台大医院，享年70岁；其骨灰海葬洒于台湾海崃。