与政府也使用过该密码机，密码机的主要使用者包括第二次世界大战时的纳粹德国。在恩尼格玛密码机的所有版本中，最着名的是德国使用的军用版本。尽管此机器的安全性较高，但盟军的密码学家们还是成功地破译了大量由这种机器加密的信息。1932年，波兰密码学家马里安·雷耶夫斯基、杰尔兹·罗佐基和亨里克·佐加尔斯基根据恩尼格玛机的原理破译了它。1939年中期，波兰政府将此破译方法告知了英国和法国，但直到1941年英国海军捕获德国U-110潜艇，得到密码机和密码本后才成功破解。密码的破解使得纳粹海军对英美商船补给船的大量攻击