私人办学风潮兴起，1904年颁布的《癸卯学制》规定学制为五年，仍设经学课程。1902年，改文正书院为江宁府学堂（今宁海中学），是南京第一所官办中学堂。1904年，回族富绅曹家麟等人创办私立钟英中学堂（今三中），粤绅沈凤楼等人创办私立旅宁第一女学（后并入中华中学），皖籍汪菊友等人创办私立安徽旅宁中学（今六中）。1905年，两江师范学堂附属小学堂改为附属中学堂（今南师附中），养正学堂增设达材中学。1906年，设暨南学堂（今暨南大学），是南京第一所官办侨生中学堂。1907年，清政府承认女学的合法地位，南京兴起