熊族群数量最多之区域。本园区鸟类约有191种，其中23种台湾特有种鸟类皆可在园区发现。本区的爬虫类与两栖类数量较少，爬虫类有蛇类14种，蜥蜴4种，以阿里山龟壳花、梭德氏游蛇及斯文豪氏攀木蜥蜴等数量较多。两栖类共发现有13种，其中有尾类有阿里山山椒鱼及楚南氏山椒鱼2种，均为台湾特有种，为世界山椒鱼分布带之最南界；无尾类有11种，以盘古蟾蜍、莫氏树蛙及褐树蛙为台湾特有种。园区内共纪录有鱼类4科12种，其中有台东间爬岩鳅、高身铲颌鱼、何氏棘魞、台湾石宾、粗首鱲为台湾特有种。园区内昆虫826种，蝴蝶种类达282种，