着手变更地方行政制度，在1871年先制定了大区小区制，并在隔年开始实施，但此制度并未考量各地状况，未能顺利推行。1878年日本政府制定「地方三新法」，确定了地方行政制度的架构，包括「府县」、「郡区」、「町村」的三级架构，之后陆续1888年实施市制和町村制。
岛屿地区.在1888年实施市制和町村制时，岛屿地区被排除在外，不视为本土，另设置「岛厅」由各地府县直接管辖；直到各地陆续实施「岛屿町村制」，或是取消岛屿指定状况，视为本土并施行「町村制」之后，各岛屿地区才开始设置町村。S