的超家族多次独立地，以趋同进化的方式得到的结果；在同一超家族内也会存在一系列不同（或许在化学意义上类似）的催化机理。
进化意义.蛋白质超家族代表了我们现在鉴定蛋白质共同祖先的能力极限。现今，这是基于直接证据的，可以划分出的最大进化类群。它们也因此代表了一些极为古老的进化事件。例如，有些蛋白质超家族的范围包括了生物类群的全部五界，说明了这些超家族的共同祖先蛋白存在于地球上所有生物的最后共同祖先（LUCA）体内。
多样性.大部分的蛋白质（66-80%的真核蛋白质