后1960年代医院一楼大堂的小教堂被移上二楼，半身像亦随之而移到二楼洋台处。圣辣非医院在1975年结业，合共经历406年。其址在医院结业曾空置多年，亦曾用作收容难民，及后澳葡政府收购医院旧址并作为澳门货币汇兑监理处办公室。由于澳门回归中国的关系，葡萄牙政府因而在澳门于1999年12月18日设立总领事馆，并由葡萄牙总统桑帕约（Jorge Fernando Branco de Sampaio）主持总领事馆开馆礼。2004年，葡萄牙关闭在香港的葡萄牙驻香港总领事馆，葡萄牙总领事馆的领事服务地点由香港更改为澳门