射机时代的来临，B-29开始退下前线。当B-36和平缔造者轰炸机开始服役后，B-29由重型战略轰炸机改变为中型轰炸机。之后B-29多数转为执行辅助性质的工作，例如搜救，电子侦察、空中加油、气象侦察等。1950年代波音公司生产的B-47轰炸机，和B-52同温层堡垒轰炸机开始服役，B-29正式退下火线。
衍生机型.二次大战以后，苏联使用逆向工程，复制了战时在苏联迫降的三架B-29，并且称之为图-4轰炸机。图-4在1949年开始生产，一共制造了1000架左右，部份更出口至中国，在解放军