区主教聘他为华北教区任会长。同年12月8日，珍珠港事件发生数小时后，日本宪兵队包围燕京大学，赵紫宸等11位教授被捕，赵氏被日军囚禁至1942年6月18日始获释。抗战胜利后，他恢复燕京大学宗教学院院长的职务，兼任中国文学教授。1947年，赵紫宸获美国普林斯顿大学颁授荣誉神学博士学位。1949年9月，赵氏成为中国基督教界五位代表之一，参加了中国人民政治协商会议第一届全国委员会会议。之后他成为基督教三自爱国运动发起人之一，1954年当选为中国基督教三自爱国运动委员会常务委员。但自1951年开始的「三反五反运动