年1月31日，在U23亚洲盃决赛日本23岁以下足球代表队对阵韩国23岁以下国家足球队的比赛中，久保裕也首发出场并打满全场比赛，帮助日本U-23国家队以3：2的比分战胜南韩U-23国家队，赢得了该届U23亚洲盃的冠军。2016年11月11日，在日本对阵阿曼的友谊赛中，久保裕也在比赛第71分钟替补登场，完成了自己的国家队首秀，最终日本国家队4：0战胜阿曼队。2017年3月24日，在世界杯外围赛十二强赛B组日本客场对阵阿联酋的比赛中，久保裕也在比赛第13分钟禁区内小角度破门得分，并在比赛第51分钟助攻今野