位期间，没有能尽早确立及处理好继承人问题，虽然他一早立长子李建成为太子，他眼见皇太子李建成与各儿子明争暗斗，他却一再的纵容，图让众子互相制衡并未加以控制，同时次子李世民拥护者众多，导致太子李建成、李元吉和李世民之间的矛盾激化。最终李世民先下手为强发动政变，史称玄武门之变，李建成、李元吉被李世民所杀，李世民的军队控制了长安，声称是二人作乱伏诛，加上群臣的支持和拥戴，李渊被迫将军国大事交由李世民处理，而李建成、李元吉不但被追废为庶人从李氏族谱里被除去，二人所出诸子也遭诛杀殆尽且皆被除宗籍。三天后，高祖立