吴应熊以额驸的身分留居京师，实际为朝廷的人质。顺治十年（1654年）授吴应熊三等子爵，顺治十四年加少保兼太子太保。清圣祖康熙七年（1668年）晋少傅兼太子太傅。康熙十二年（1673年）十二月，三藩之变，吴三桂起兵反清的消息传至北京，吴应熊被捕入狱；纳兰明珠建议，将吴应熊及其子吴世霖处死。康熙十三年（1674年）四月十三日，吴应熊及吴世霖被绞死，其余幼子俱免死入官（《清史列传·吴三桂传》），但于康熙二十年（1681年）云南平定后仍被一併处死。吴应熊被绞死后，康熙皇帝经常下诏慰借建宁公主，吴应熊「为叛寇