VE系综下的模拟的取样也有轻微影响，从而对物理量的统计值引入系统误差，故而引入PBC的NVE系综被建议称作NVEPG系综。径向分布函数g(r)在r大于半个盒子边长时是不准确的，r等于盒子边长时更是有人为的尖峰。在固体体系中，涉及振动的研究，声音，冲击波或声子的波长范围受体系大小的限制。对于长程力例如电磁相互作用的计算，需要使用特殊的方法(如Edwald加和，PPPM方法等)。相行为研究中，连续相的取向由于界面能的影响常常沿着盒子边长，体系受限甚至可能得出错误的结论，因此即使引入PBC，体系的大小也应当足够大