时政府成立，冯自由出任孙中山临时大总统的机要秘书。临时政府迁往北京，袁世凯接任临时大总统后，经孙中山、黄兴推荐，冯自由于1912年5月7日被任命为北京临时政府稽勋局局长，汇集革命史料，1913年7月29日免职，改由许宝蘅兼署。在稽勋局局长任内，冯自由使在美国学习的孙科得补官费，并且经手保送了宋子文、杨杏佛、任鸿隽、谭熙鸿、李骏、李四光、刘鞠可、赵昱、吴玉章、李晓生、吴昆吾、马素、萧友梅、黄芸苏、刘燕贻、张竞生、冯伟（冯自由的胞弟）等50余人出国留学（此即辛亥革命后首批派遣留学生）。1913年二次革命爆发