部分建筑物，主要部分未被火焚烧。此后该寺继续遭破坏。一些法器以及唐卡被僧众隐藏起来，以防止遭没收。该寺被废弃了50年。1988年起，该寺开始全面重建。 1991年，一位上师访问了庆宁寺，他是出生在鄂尔多斯的洛桑丹增·嘉措贝桑（），曾被迫先后离开印度哲蚌寺和尼泊尔，因为他批评十四世达赖禁止信仰多杰雄登。这位上师应邀出任该寺住持，并在此驻锡，直到他于2009年圆寂，他和印度北部的藏族流亡者社会断绝了联系。21世纪初，有约60名遵循戒律的沙弥以及受戒僧人住在该寺内。自该寺重开以来，已经恢复了「查玛舞」仪式