姆塞·舍曼准将接替了健康状况不佳的安德森。1863年8月，安德森被指派担任其最后的一个军事职务---位于罗得岛州纽波特的亚当斯堡的指挥官。巧合的是，博雷加德自西点军校毕业后的第一个任命即是亚当斯堡。1863年10月27日，安德森正式退役。随着罗伯特·E·李在阿波马托克斯法院投降和停战协议的生效，安德森以荣誉晋升陆军少将的身份重返查尔斯顿，参加了萨姆特堡的庆典仪式。1869年，安德森在马萨诸塞州布伦特里与“美国军事学院之父”西尔韦纳斯·塞耶进行了会谈，会谈成果之一是建立军事学院毕业生协会（Militar