总督监督。菲律宾从未承认苏禄苏丹对这些领土的丧失，这是后来菲律宾宣称拥有沙巴主权的理由。1888年文莱成为英国保护国，1891年英国再与荷兰签订条约，确定两国在婆罗洲的边界。1910年英国对马来群岛领土的统治模式成形。海峡殖民地成为英国海外领地，由受伦敦的殖民地事务大臣监督的总督管理。这个领地的居民半数是华人，但所有的代办（参政司），不论种族为何，均是英国公民。最早接受英国参政司的四个苏丹国，霹雳、雪兰莪、森美兰和彭亨组成马来联邦。名义上它们依然独立，但是从1895年开始受一个英国“总参政司”管理，实际