移镇邹山，但其时兖州有不同行台任命的刺史各自为政，并且屡遭外族政权侵攻，更有饥荒，所领流民处境恶劣，三年间所领人数却反增至数万人。然而郗鉴终在永昌元年（322年）逼于北方后赵政权的军事压力而率众南退至合肥。郗鉴随后一度在建康朝廷内任职，并协助晋明帝讨平王敦之乱，以车骑将军、假节都督徐兖青三州军事、兖州刺史身份返回江北出镇广陵，并在随后苏峻之乱时自广陵领兵渡江，在京口附近筑大业等三垒阻遏苏峻叛军挟晋成帝东走会稽，成功协助平定乱事。战后郗鉴仍留京口，并因为应付后赵刘征等浮海侵略东晋的部队而让江淮流民大量迁入京口