3年第二次晋州城之战中，指挥龟甲车部队，负责由北面攻城。不久朝鲜与丰臣秀吉和谈完毕后撤退，被俘的两名王子亦得以获释。在此开始与小西行长和石田三成等人对立。1597年日本再次派兵出征朝鲜。加藤清正再次作为日军的先锋出阵，首先攻佔朝鲜黄石山城。之后攻下全罗道佔领全州。当清正佔据忠清道镇川后，在西生浦城。而日军则根据加藤清正的绳张筑起蔚山城，当建造完成时将由清正防御此城。当蔚山城快将完成时，明军杀到（蔚山城之战）。加藤清正等500名人员进入蔚山城并尝试死守，直到毛利秀元、黑田长政等援军到达时进行反击击退明军及