部设10个职能司（局、厅），其中包括疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）。2003年，经中央机构编制委员会办公室批准，中华人民共和国卫生部内设司局调整，仍设疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）。2006年，经中央机构编制委员会办公室、中华人民共和国人事部批准，中华人民共和国卫生部内设机构调整，疾病控制司（全国爱国卫生运动委员会办公室）更名为疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。全国爱国卫生运动委员会的具体工作由中华人民共和国卫生部承担。全国爱国卫生运动委员会办公室（简称“全国爱卫办”）