题在于其起源是基于化石纪录。最早的非洲有蹄类及象鼩科的化石证据却是在非洲以外的地方发现。非洲兽总目被认为是属于大西洋兽类。非洲兽总目的单源性亦非受到接纳，形态证据将象及其亲属分类在有蹄类中。这亦发生在土豚及象鼩科上，象鼩科可能与囓形类有关。另一类马达加斯加的，其血缘并不清楚，但可能亦是属于有蹄类，与土豚有关。一些形态学证据支持马岛猬科及金毛鼹科是Lipotyphlan（如加勒比海地区的沟齿鼩属）的近亲。