教育运动中，派了70余人的工作组搞出了“张（闻天）孙（冶方）反党联盟”，张闻天、孙冶方由此被打倒，秦柳方成为该所唯一一位大左派。陆定一据此曾提议让秦柳方担任经济研究所所长，但于光远、林涧清说“秦柳方的市侩作风太严重”，此议方才罢休。文化大革命前夕，钱俊瑞在中共中华人民共和国文化部党组书记任上犯了错误，被贬至安徽省担任安庆地委副书记。文化大革命期间，钱俊瑞在当地遭到批斗，逃到北京，曾经躲藏在秦柳方家。文化大革命结束后，孙冶方获得平反，回到经济研究所。此后，秦柳方自觉颜面无光，乃找到钱俊瑞，要求调到中国