开始密西西比河的沉积物就不断周期性地参加墨西哥湾的造岸过程。整个密西西比河河湾就是这样形成的，密西西比河三角洲只不过是其中最新的一部分。不过从生态学的角度来看这部分与过去的部分很不一样。最近的三角洲形成是从更新世开始的。当时大量海水被结合在冰川中，海平面比今天低约100米，当时密西西比河的入海口位于今天的墨西哥湾内。一万年前冰川开始融化，导致海平面上升。5000至6000年前海平面开始稳定，现代密西西比河三角洲的形成开始了。
最近变化.平均每过一千年左右密西西比河入海的河道会改