是在高中时起的，「方舟」在古文里的意思是两条船并在一起行驶，「方舟子」的意思就是脚踏两条船（科学与文学）的人。1985年，方考入中国科学技术大学生物系，并于1990年获得细胞生物学士学位。同年，方前往美国，就读于密歇根州立大学，1995年获得生物化学博士学位。之后，他陆续在罗切斯特大学生物系、索尔克生物研究所进行博士后研究，方向为分子遗传学。1994年，方舟子与张峥等一些海外华人创办中文网络文化性综合刊物《新语丝》月刊。起初该刊物通过在「ACT」上贴而发行。之后于1996年建立了「新语丝之友」通讯网