国6年），任靖国联军参谋长，后赴日本考察军事。1920年（民国9年）12月初，杨蓁、邓泰中、金汉鼎等滇军指挥官因对滇系领导人唐继尧不满而秘密集会。会上决定迅速发动兵变，杨蓁劝靖国军第1军军长顾品珍回师昆明。次年2月，顾、邓、杨、金等人发动兵变，当时遭叶荃袭击的唐继尧急忙逃到香港。顾品珍主政云南，杨蓁任第3卫戌司令。后任滇军第3军混成旅旅长，还兼任北伐滇军第2路司令。但是，1922年（民国11年）初，顾品珍怀疑杨蓁与土匪吴学显秘密勾结，乃突然解除其第2路司令职务。杨蓁也猜疑和抱怨金汉鼎，企图派人杀金汉鼎。