全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于苗栗厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄改隶属于新竹厅。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「水尾子」大字，隶属于新竹州竹南郡后龙庄。战后后龙庄改制为后龙乡，隶属于新竹县，大字亦改制为村。1950年桃、竹、苗分治，后龙乡改隶属于苗栗县。1951年，后龙乡升格为后龙镇，村改制为里。
聚落.本地区发展较早的聚落为水尾仔，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有蚯蚓堀、秀水、下水尾、水圳尾等