军领导机关大调整，除马宁被破格提拔为空军司令外，武汉军区空军司令员傅传作少将被破格提拔为空军政委。另外张廷发少将、成钧中将、邹炎、张积慧、曹里怀中将、邝任农中将、薛少卿少将为空军副司令员，高厚良少将、杜玉福为空军副政委。 1977年4月，以华国锋、叶剑英为首的中共中央认为马宁与“四人帮”有牵连，对马宁撤职、隔离审查。张廷发接任空军司令员。1984年，马宁将军按副兵团职待遇离休。2010年12月3日，马宁因病医治无效，在北京逝世，享年89岁。