一方面，飞机的振动和运动也都会增加观测上的困难。在飞机起飞之前必须先预冷望远镜所在的货舱，以便能与外面的温度相同（避免温度造成的变形）。为了避免湿气和结露，在冷却之前货舱还必须灌满氮气。
飞机.SOFIA使用的飞机是一架波音747SP（出厂编号21441/306）。它最初在1977年5月交付给泛美航空。联合航空在1986年2月购买了这架飞机，并在1995年将之除役。两年后，NASA从联合航空购买了这架飞机给SOFIA计画使用。为了进行天文学观测的飞行，从1997年起由位于德州威克市