为北京经济学会做《经济规律的客观性》的报告，对“三面红旗”中出现的问题进行批评，倡导按照客观规律办事。在担任宣传部长后，他还曾短暂主管过北京市的文艺工作。1963年，江青为搞“戏剧革命”，到北京市进行“调查研究”。这使李琪被迫将主要精力放在戏剧，特别京剧上。此后，1963年，在李琪的领导下，北京京剧团根据沪剧《芦荡火种》改编为京剧《地下联络员》，受到江青批评，江青还亲自指导该剧的修改。1963年至1965年，李琪坚持传统戏、新编历史戏、现代戏不可偏废，反对禁演传统戏。1964年，李琪力主老剧种要保留剧种