出辞职，程家柽主动担任编辑长。该刊第二期因刊载《日本政客之经营中国谈》一文，遭到日本警察封禁和没收。程家柽幸获大隈重信、犬养毅等日本人士帮助而免于牢狱之灾。不久，孙中山从美洲到日本。1905年7月28日，程家柽邀集黄兴、陈天华、宋教仁、白逾桓、田桐、张继、但焘、吴晹谷等人在《二十世纪之支那》社和孙中山见面。这是黄兴和孙中山第一次见面。大家就革命团体联合事宜进行了磋商。7月30日，兴中会、华兴会、光复会、科学补习所等革命团体的骨干在东京召开中国同盟会筹备会，推举程家柽、黄兴、宋教仁、陈天华、张继、马君武等