于Microsoft Windows，允许注释文档。Tracker Software的PDF-XChange Viewer的免费版允许不受限制的注释和标记。苹果Mac OS X内置PDF阅读器Preview也可以像免费软件Skim那样注释，后者支持与LaTeX、SyncTeX和PDFSync集成，以及与BibDesk参考文献管理软件集成。免费软件Qiqqa可以创建总结所有注释的报告，而且笔记通过他们的PDF库做出来。对于移动版的注释，iAnnotate PDF（来自Branchfire）和GoodRea