度赴日本学习。1916年（中华民国五年）38岁，夏天，大坂医科毕业。1908年至1916年留学日本期间，除1911年回中国一年外，余云岫从不缺课。当时余云岫深受日本明治维新以后，取缔汉方医学，发展西医，日本医学得到全新发展的影响。他把在日本学到的西洋医学和早年学到的中医两相对比，后者显然相形见绌。发出了“长习新医，服膺名理”的感叹，立志以医学革命为毕生追求。
回中国发展.1916年（中华民国五年）38岁7月，回中国任公立上海医院医务长。1917年（中华民国六年）39岁，