直隶改江南省，由此得名“江南贡院”。康熙年间，考试号舍已增至一万三千余间。同时，江南分省，江南贡院逐成为江苏、安徽两省共用乡试贡院。咸丰三年（1853年），太平军攻领南京城后，江南乡试停止。同治二年（1864年），湘军攻下南京城，江南贡院已破败，在曾国藩主持下，重修江南贡院。亦有研究者认为，在太平天国时期、湘军攻陷南京之战中，江南贡院未受到大的破坏。同治三年（1865年）十月，重修工程竣工。次月，举行乡试。同治十二年（1873年），考试号舍达20644间。光绪二十九年（1903年9月28日），江南贡院举