日淡水线通车后，与木栅线形成同系统却互不相连的的两条独立路线。2000年8月31日板桥线龙山寺站－新埔站、小南门线通车；同年12月30日南港线市政府站－昆阳站全线通车，至此初期路网完工。2004年9月29日，因新店机厂附近住户催生于机厂顶楼加盖的小碧潭支线完工通车，从小碧潭站上车于七张站转乘新店线，自此时起，来往新店与台北市区的列车班次受新店线轨道配置与支线的影响而无法加密。2006年5月31日捷运板桥线第二阶段延伸和土城线完工通车，全长7.2公里，板南线终点站由新埔站南移至永宁站。Sectio