PAC名是一个很好的选择，不仅对人而言直接可读，从计算机角度也提供了独一无二的字符串。不过，对大分子而言，IUPAC名就显得过分冗长了。至于化合物的俗名，则难免受到数词同音或数词同义的干扰，不适合作为搜索关键词。另一方面，分子的物理/化学描述单元，诸如分子量、（部分）电荷、溶解度等等，几乎可以直接从分子结构计算出来，而药学描述单元则一般能从多元统计分析或实验（药物筛选、生物检定法等）结果中获得。所有这些描述单元都和分子的表达式被储存在一起。
化学相似性.对于化学相似性，并没有统一的