14年（民国3年），他任陆军第20师师长，同年因病辞任。袁世凯死后，他被视爲段祺瑞所率皖系军阀干将。1917年（民国6年），他任长江上游司令部司令。同年夏，他兼任四川査办使。1920年（民国9年）6月，他兼任湖南督军。7月直皖战争之际，吴光新被直系军阀、湖北督军王占元拘禁，其军队被解除武装。1921年（民国10年）获得释放后，吴光新参与奉系军阀。1924年（民国13年）9月第2次直奉战争中，他任奉军第6方面军副司令率军参战。段祺瑞的中华民国临时政府成立后，他任陆军总长、陆军训练总监。1925年（民国14