989年，小艇队的员额增加至逾百名，由一名总督察出任主管；水师改进为13艘快艇。随着执法能力提高，其职能亦相应改变，从昔日单纯的打击偷渡，扩展至包括追截走私及反恐。小艇队的成效享誉国际，世界多国陆续来访香港倣效，包括汶莱、阿曼及小艇队的原先倣效对象──英国军队。
反走私特遣队成立.1990年代起，走私罪行愈见猖獗，日均近20艘快艇进入香港，泊岸提取走私物品，主要为香烟、录影机、电视机、左軚汽车及在香港偷窃得来的汽车，每日走私物品市值达数百万港元。当时，很多私枭都持重型枪械，并用配备