己亥，光武帝刘秀抵达怀，派耿弇率领彊弩将军陈俊在五社津驻军，负责荥阳以东的防务，吴汉则率领十一将军围困洛阳的朱鲔。建武二年正月庚辰（公元26年2月22日）刘秀封诸功臣为列侯，耿弇被更封为好畤侯。建武三年（公元27年）二月，在大司马吴汉属下与虎牙大将军盖延在轵西共破青犊贼。四月，刘秀亲征，邓奉投降，刘秀想要宽宥他，但被耿弇、岑彭两人谏止，邓奉终被处斩。六月，延岑从武关出兵进攻南阳，攻克数城，穰人杜弘率衆人依附。耿弇与在穰地延岑等人交战，大破敌军，斩首三千余级，生擒将士五千余人，得到三百印绶。杜弘投降，延岑