县官员陆僧瓒奏请梁武帝建重云寺，梁武帝表示嘉许，钦赐匾额题为「大梁广德重玄寺」，但是「重云」被误题为「重玄」，从此改称「重玄寺」。唐会昌二年（842年），武宗灭佛，重玄寺被迫迁往苏州城外唯亭镇。元朝至顺年间（1330-1333年），重元寺毁于火。至正年间（1341-1368年），悦南楚和尚重建重玄寺。清朝时，因避康熙帝玄烨之讳，易「玄」为「元」，重元寺名延用至今。1966年，文化大革命开始，重元寺最终毁于文革年代。2003年，江苏省政府批准重建重元寺。重元寺于2007年11月17日开光。