Xa相较之下，Xi受到了高度DNA甲基化与组蛋白H3离氨酸-9甲基化；以及低度的组蛋白乙醯化（histone acetylation）与H3离氨酸-4[甲基化。这些作用皆与基因沉默作用有关。此外，有一种称为macroH2A的变形组蛋白只会出现在Xi中的核小体，而不会在一般的染色体上。
失活X染色体上的基因表现.即使遭受去活化的作用，Xi上除了Xist基因以外，还是有一些其他基因可以表现。这些维持作用的基因通常是以丛集方式存在，在老鼠体内只佔有少量，在人类体内则佔有约25%。许多得以