，“一个根子不正”，中共中央西南局认为「贵州已烂掉了」，「贵阳市是反革命的两面政权」，贵阳市被宣布是「小台湾」。1965年1月，毛泽东对刘少奇已忍无可忍，发布《二十三条》。毛泽东要周林立即复职，李井泉说「周林在贵州已被搞臭了，不宜再回去」。接着李大章和李井泉压迫周林承认「贵州省委犯了右倾机会主义路线性质的错误」，周林以《二十三条》辩解，拒不接受指责。文化大革命期间又遭受迫害。1975年起用为南京大学书记兼校长，中华人民共和国教育部副部长兼北京大学书记、中顾委委员。