相继成立之后，叶惠钧被任命为通阜司（铁道部的前身）司长。但叶惠钧无意做官，遂谢绝任职，率商团返回上海。此后，叶惠钧担任李平书的助手，出任上海江南机器制造局总稽查兼材料处处长、商团公会副会长。
二次革命之后.1912年3月20日，宋教仁在上海北站遇刺，很快身亡。4月18日，国民党在张园举办追悼宋教仁大会，逾万人到会。叶惠钧说：“今宋先生不死于革命未成之时，而死于共和成立之后，其中情形令人难以索解。今日诸君见宋君死事之惨，莫不伤心痛哭，但望诸君出此门，万勿忘宋君惨死之苦，须人人担负获凶党