京城从其弘文天皇居住的大津京迁回到飞鸟京。由他按照中国的样板制定的于689年颁布的律法也是根据飞鸟净御原宫的名字命名为飞鸟净御原律法。 天武天皇崩御（686年）后持统天皇也一直住在飞鸟净御原宫，直到八年后（694年），她才迁往飞鸟京西北方向2.5公里的藤原京。 根据日本书纪记载，飞鸟净御原宫包括一座大极殿和多位官员用行政办公室，建筑格局上还有整套的复杂的下水道系统。此外考古学家还发掘出了一些很不寻常的石制建筑（其中一座被认为代表了佛教的须弥山）。在宫殿的外围是一座半城市的京城区域（"京"），之后发展为京