海南站高架化相关官方文件中提及，JR海南站高架化后，新的日方站会以与JR线构成直角并继续座落于地面)。
车站构造.车站为高架车站，设有2面4线的岛式月台，可进行待避。上行本线迁移至高架车站，随后迁移下行本线。最后在1998年（平成10年）10月10日成为高架车站（平成10年10月10日）。车车站大堂位于高架桥，比为近代的设计。在车站内设有升降机和电梯。和歌山方向的折返列车由于在路轨配线上需要使用1号月台。车站大堂内设有7-11 JR海南站闸口店，该便利店在车站进行改装后，在201