过去每天也有数趟货物列车来往香港和深圳在站，由于中港两地之间的铁路货运量从1990年代末开始持续减少，港铁于2010年决定停止办理货运业务。而在深圳北站内也设有笋岗出入境边防检查站，为进港的“三趟快车”进行边检、活畜防疫等工作。由于广深港客运专线、厦深铁路的兴建，深圳将相继出现新深圳站、深圳东站、福田站等新火车站，铁道部在2008年中对深圳的火车站名称进行了梳理，对于位于龙华区（当时为宝安区）民治街道的广深港客运专线新深圳站正式命名为“深圳北站”，而位于罗湖区笋岗片区的原深圳北站恢复命名为“笋岗站”。