人民共和国建交后，即于1996年12月5日起中止大部分的合作计画及援助案。2020年5月，对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，中华民国捐赠南非5万片医疗用口罩，协助第一线医护人员对抗疫情。
学术.中华民国外交部提供「台湾奖学金」、教育部则提供「华语文奖学金」，以及各类讲习班名额给与南非官员与学生赴台进修，促进双边文教、技训交流。
交通.
航空.
客运.两国无直航班机，可经由（不计航点远近，截至2019年12