施等机关有植物防疫所、动物检疫所、那霸植物防疫事务所、动物医药品检査所、农林水产研修所及农林水产政策研究所。有农林水产技术会议。地方支分部局将沖绳以外的日本全国分为七个地方农政局与北海道农政事务所。本省设置当初称为农林省（のうりんしょう），但在200海里水域问题等让日本政府开始重视水产行政的重要性后，于1978年7月5日改为现名。
所掌事务.为了达成上述农林水产省设置法第3条之任务，农林水产省设置法第4条列述总共87项的事务。具体事务如下。
组织.