返回中国大陆家乡，及随之而来的台湾居民到中国大陆的旅游接待、两岸经贸往来及投资、婚姻、财产继承等涉台事务。在此情况下，原来的中国共产党内台湾工作机构中央对台工作领导小组办公室已无法适应新形势。1988年，中共中央决定委托中共中央政治局委员、国务院副总理吴学谦和中共中央政治局候补委员、原铁道部部长丁关根筹组具备行政和管理职能的政府内台湾工作机构——国务院台湾事务办公室（以下简称“国务院台办”）。1988年9月9日，国务院第21次常务会议决定成立国务院台湾事务办公室，为国务院办事机构，是国务院直属事业单位。