又刷新了他自己保持200蝶式的公尺世界纪录（1分54秒58）。在2003年，菲比斯打破了他自己创下的400米个人混合的世界纪录（4分9秒09）。在同年六月，他打破了200米个人混合泳的世界纪录（1分56秒04）。接下来在 2004年8月，菲尔普斯在雅典奥运上再一次打破了他自己创下的400米个人混合泳的世界纪录（4分8秒41）。2008年8月10日，菲尔普斯在北京奥运上再一次打破了他自己创下的400米个人混合泳的世界纪录（4分3秒84）。此外，在男子200米蝶泳决赛破世界纪录成绩夺金（1分52秒03）。