湾，先后有了竹溪寺、弥陀寺、龙湖巖等名剎。明郑年间除了福州涌泉寺（临济宗）的僧侣，对台湾寺院法脉影响深远之外，另有一个法脉，即福清黄檗寺（黄檗宗）。之后开启了南明延平郡王在台湾的统治。
十八世纪.在清治时期，台湾禅宗的僧侣不拘于伽蓝、兰若，也常常驻于天后宫、水仙宫、城隍庙等为住持，甚至为宫庙之创建者，故台湾许多古老天后宫等庙宇，都带有浓厚的佛教色彩。展现了台湾民间信仰的包容性，如关渡天后宫、淡水福佑宫、松山慈祐宫、新庄慈祐宫、板桥慈惠宫、大甲镇澜宫、丰原慈济宫、西螺福兴宫、麦寮拱范