依赖塞维利亚商人的贸易馆也因此受到打击。卡洛斯三世进一步削弱了贸易馆的权力；其子卡洛斯四世于1790年完全废除了西印度贸易馆。贸易馆的税务权和司法权等被收归西班牙殖民地副王，珍宝船队也宣告结束，被各种小规模的私人船队所代替。西班牙殖民帝国在不久后的拉丁美洲独立战争中瓦解。
档案.因为西印度贸易馆没有固定单一的办公地点，贸易馆的档案长期分散保存在珍宝船队终点所在的塞维利亚、另一个重要港口加的斯、和西班牙皇家综合档案馆所在的西曼卡斯等地。1785年，因西班牙皇家档案馆空间不足，卡洛斯三