发源于阿尔泰山的比亚河和卡通河，在阿尔泰边疆区的比斯克西南汇流形成鄂毕河。比亚河发源于捷列茨科耶湖，卡通河则发源于别卢哈山的冰川。在到达北纬55°前，鄂毕河曲折向北或者向西流，然后向西北划出一个巨大的弧线，然后向北，最终向东注入鄂毕湾。鄂毕湾是一个连接北冰洋喀拉海的上千公里长的狭长海湾。鄂毕河由几条支流汇合而成，特别是在东经69度附近汇入的额尔齐斯河。额尔齐斯河发源于中国，如果把额尔齐斯河作为鄂毕河的源头，实际上会使得鄂毕河更长，从额尔齐斯河源头起到鄂毕湾，则额尔齐斯-鄂毕河将以5410公里的长度居于俄罗斯