3月，南京国民政府（汪精卫政权）成立，褚民谊任行政院副院长兼外交部部长。以后，他负责对日本的外交折冲。同年12月，他任驻日本大使。1941年（民国三十年）10月，他复任外交部长。此后他曾任访日特使，获昭和天皇授予勋一等旭日大绶章。在南京国民政府（汪精卫政权）中，他是和汪精卫、陈璧君接近的派系「公馆派」的一员。1944年（民国三十三年）11月汪精卫逝世，陈公博代理国民政府主席一职。此后陈公博和褚民谊发生激烈冲突，周佛海乃从中斡旋调和。1945年（民国三十四年）7月，褚民谊被任命为广东省长兼保安司令、广