日治前期，上公馆地区为一街庄，称为「上公馆庄」，隶属于竹北一堡。该庄北与树杞林街为邻，东北一小段与鸡油林庄为邻，东与下公馆庄为邻，东南边及南边为员岽仔庄，西南边为大湖庄，西边为水磜仔庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「上公馆」大字，隶属于新竹州竹东郡竹东街。战后竹东街改制为竹东镇，隶属于新竹县，大字亦改制为里。1950年桃、竹、苗分治，竹