所涵盖的内容，起至神武天皇，终于南北朝结束的1392年。其中包含七十三篇本纪，敍述帝王之事；七十篇列传，记载后妃、皇子、皇女、群臣、幕府将军、将军家臣、文学、歌人、孝子、义烈、隐逸、方技、叛逆之臣的事蹟以及周边国家和民族的情况；二十六篇志，收纳关于神祇、氏族、职官、国郡、食货、礼乐、兵、刑法、阴阳、佛事的文章；二十八篇表，收入了关于臣、连、伴、造、公卿、国郡司、检非违使、将军僚属的列表。《大日本史》颇受古中国儒家与史家思想，尤其是朱舜水、林罗山等名士影响；因此也是儒家书籍，是日本儒家的代表作品之一。