在教廷的安排下直接入住梵谛冈城的临时馆舍，确定了正式的外交关系。二战后，中华民国驻梵蒂冈公使馆迁出梵蒂冈城，并在罗马市区设馆。1959年6月，公使馆升格为「中华民国驻梵谛冈大使馆」，由谢寿康成为首任驻教廷大使。2005年3月，大使馆自罗马市区搬迁到协和大道4号，位于教廷所属的大楼。新馆大楼面向天主教信仰中心的梵蒂冈城，靠近每天游客众多的圣伯多禄大殿，馆舍悬挂代表中华民国的青天白日满地红旗。