12时36分第7排至第9排之上方行李柜突然发出巨响，随即在机身右侧冒出大量黑烟，爆炸让一些杂物及烧焦的行李抛出机外并散落在跑道上。乘客很快地撤离，消防员则花了超过半小时才控制火势。飞机舱顶烧出大洞，导致飞机报废。最后28名乘客受伤，其中造成一名孕妇李惠蓉流产，前田径选手古金水的哥哥古金池经抢救47天仍告不治。
事故原因.初步的调查报告于1999年发表，指出爆炸原因是因为有乘客携带两支家用漂白剂、机车电池并放在客舱顶的行李架上。不过，台湾花莲地方法院法官断定有乘客携带了两支汽油登机。