文深深获得中华民国总统李登辉等高层赏识，选中她担任李登辉政府的两岸问题专家。从1994年至1998年，担任行政院大陆委员会谘询委员会委员，协助统筹处理海崃两岸关系事务。其政治生涯因这次机缘，长期与两岸问题有密切关系。在1994年至1995年，担任《香港澳门关系条例》起草研究小组召集人，负责起草管理台湾、香港与澳门间经济关系的法案。从1990年代后期起，海崃两岸关系历经数次波动。1998年，她以行政院大陆委员会谘询委员身分，出席第二次辜汪会谈，担任随团发言人。1999年至2000年，李登辉聘请她兼任中华民