头（生产编号均以「」开首）均安装了停车制动装置，长期停泊时不需再使用止动楔固定列车。E231系的制动系统和上一代新系列车辆一样，採用电传操纵空气制动和再生制动，动力车在停定前均可通过再生制动抵销部分加速时所消耗的电力。而山手线用500番台及用以和东京地下铁东西线相互直通运行的800番台则採用了再生制动效果更佳的纯电子制动。此外，全线E231系也安装了紧急制动系统和紧急列车保护装置，在意外发生时减低损害。空气压缩机则採用在209系、E217系表现良好的德国Knorr-Bremse制低噪音涡卷式压缩机。