编号FMNH PR 2100）的电脑断层扫描，显示出大略的脑部与内耳结构。与身体相比，玛君龙的脑部非常小，除了这方面之外则类似非虚骨龙类的兽脚类恐龙，有非常传统的外形，较类似现代鳄鱼，而非鸟类。玛君龙与其他兽脚类恐龙的差别之一，是牠们的较小型绒球，绒球是小脑的一个区域，可协助调节眼睛与头部的动作。这显示玛君龙与其他拥有小型绒球的阿贝力龙科恐龙，例如印度龙，并非依靠快速的头部运动与视力来捕抓猎物。对于内耳的研究，可以推论出玛君龙的行为模式。内耳的半规管可协助保持平衡，而当头部保持警戒姿势时，侧半规管会与地