还在法王亨利二世的牵线下，娶了他的表姊──法国公主玛格丽特（贝瑞女公爵），是法王亨利二世的妹妹。两人婚后唯一的孩子是萨沃伊的卡洛·埃曼努埃莱一世。虽然1559年的卡托-康布雷齐和约将皮埃蒙特和萨伏依的大部分还给伊曼纽尔，但是都灵、基耶里、皮内罗洛、基瓦索、维拉诺瓦达暂时都还在法国手里，因为法国王室认为这些土地是否直接属于萨伏依公爵还有争议。幸好伊曼纽尔的夫人玛格丽特对夫家的权益据理力争，靠着她的聪慧和品德，以及公爵的战略技术，在谈判桌上让法国陆续归还上述领地，直到1562年底只剩皮内罗洛、萨维利亚诺和佩