1567年）、万历二年（1574年），慈宁宫均曾修缮。万历十一年（1583年），慈宁宫正殿遭火灾，万历十三年（1585年）重建慈宁宫正殿并于同年落成。
用途.明朝紫禁城初建时，宫中尚无太皇太后或皇太后，所以未有专供太后居住的寝宫。宣德年间，曾间或以皇太子居住的清宁宫充做太后居所。之后，明朝的太皇太后、皇太后及前朝妃嫔多以慈宁宫、仁寿宫作为寝宫。嘉靖朝，明世宗为蒋太后兴建慈宁宫及慈庆宫作为太后寝宫。同时，慈宁宫也是前朝妃嫔的居所。明朝万历年间的慈圣皇太后、泰昌元年（1620年）万历帝的