1485年）5月，义尚的侧近奉公众与义政的侧近奉公众发生武装冲突，双方的对立激化。同年6月义政剃发出家，事实上下定了离开政坛的决心。延德元年（1489年)，其嫡子足利义尚在征讨六角氏的阵中死去，义政决定重归政坛，但遭到妻子日野富子的反对。此时义政身患中风，无力管理政务。因此在美浓守护土岐成赖的调停下与亡命的弟弟足利义视达成和解，收养义视的嫡子义材为自己的养子，立之为继承人。
逝世.延德二年正月初七日（1490年1月27日）足利义政病逝于银阁寺内，享年五十四岁，死后追赠正一位太政