。克尔文所设计的民主和共和的教会组织形式，要实行民主选举与神权共和。在克尔文的领导下，日内瓦成为政教合一的神权共和国和宗教改革的中心。后来持守克尔文主义的人士，往往也喜欢政教合作的关系，不愿政府与教会严格的分离，而希望能彼此合作，比如信奉克尔文宗的英国清教徒移居北美之后，曾在麻塞诸塞殖民地建立了政教合作的体制。
浸礼宗.从再洗礼派开始就非常执着地、坚定地支持政教分离的原则，反对像圣公会那样与英国政府维持特殊结合关系的教会（英国君主为英国圣公会的最高领袖），并因此深刻影响了美国建国后