被海水分隔，形成了今日的托列斯海崃。雪山山脉和马勒山脉横贯全岛，海拔4000米以上；最高峰查亚峰高达4884米，南部的里古-弗莱平原为最大平原，沿海多沼泽和红树林。地处赤道南侧，东南沿海属热带草原气候，海拔1000米以上属山地气候，其余地区属热带雨林气候；北半部年降水量3000毫米以上，南部1000－2000多毫米，1－4月常受热带飓风袭击。
生态.在大约786,000平方千米的热带土地当中，新几内亚有巨大的生态价值：共有11,000种植物；将近600种独特的鸟类，包括极乐