长15公里的内环线也在1997年8月被拆除，原址为目前的上海轨道交通3号线上海火车站站—上海南站站区域，内环线上的长宁站和徐家汇站同被拆除。
电气化.为满足长三角地区客货运输的增长需求，铁道部从2004年12月开始对沪杭线进行电气化改造，总投资11.8亿元人民币，至2006年9月完成。经过电气化改造后，货物列车牵引定数由3500吨提高到4000吨，运输能力由每天180对列车提高到240对列车。同时原有的不少小站被撤消关闭。2006年7月上海南站启用后，沪杭线的起点由上海火车站移