近沉积物表层所发现较少见的第二种结构中，某些样本有较高比例的碳氢化合物长链（<99%甲烷）包含于结构二型的包合物中。其甲烷的碳同位素较重（δC为 -29至 -57 ‰），据推断是由沉积物深处的有机物质，经热分解后形成甲烷而往上迁移而成。此种类型的矿床在墨西哥湾和里海等海域出现。某些矿床具有介于微生物生成和热生成类型的特性，因此预估会出现两种混合的型态。气水化合物的甲烷主要由缺氧环境下有机物质的细菌分解。在沉积物最上方几公分的有机物质会先被好氧细菌所分解，产生CO，并从沉积物中释放进水团中。在此区域的