到支仓回来时，日本已经彻底地改变了：自1614年起，日本开始清除天主教在日本的影响，日本进入了锁国时代。由于宗教迫害，试图与墨西哥建立贸易联系的努力终告失败。最终，支仓似乎没有取得什么像样的成果，除了他对于西班牙国力及其开发殖民地的方法的观点影响了德川秀忠，并使他于1623年开始与西班牙断绝贸易往来，于1624年断绝了外交关系。支仓后来怎么样无人知晓，但对于他晚年的说法却有很多种。有人说他放弃了天主教信仰（常长回国时开始实行禁教令，有人说他身死殉教，还有人说他参加了天主教私密团体。支仓死于1622年