世界一流大学是中国综合国力的重要体现。然而清华在建设一流大学的同时，也遇到一些困境。学科建设方面，人文学科规模不大，医学部分一直无法与协和合併；青年教师住房问题长期无法妥善解决；2005年的水木清华BBS事件让学生与校方严重对立，最终学生在校外创办水木社区（“新水”，与校方“旧水”对应）。
百年校庆至今.2010年，清华在校庆日上宣布启动“百年校庆年”，发布校庆标识，公布校内道路命名方案，开始举办各类学术活动、社会服务、校友互动等。同年7月，北京清华大学和新竹清华大学组成“两岸