，朱元璋罢中书，仿《周官》六卿之制，升六部秩，各设尚书、侍郎一人。六部包括吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，其所属最高长官为明朝吏部尚书、明朝户部尚书、明朝礼部尚书、明朝兵部尚书、明朝刑部尚书、明朝工部尚书，其常常与都察院之都御史、通政使司之通政使、大理寺之大理寺卿合称“九卿”。明朝时，重臣任择须由九卿及外省巡抚、总督公开举荐，此为廷推。各部司不能单独决定的国家大事、要事，须经九卿公决，此为廷议。而由三法司无法决定的大型狱讼，以由九卿开会定狱，此为廷鞠或园审。其与明朝内阁构成了明朝的行政权力中心与决策核心