等地也有发现零散的喙嘴翼龙化石，也被建立为新种。在1995年，翼龙类学家Chris Bennett提出一份喙嘴翼龙的德国化石研究，发现这五个种其实是同一个种（明氏喙嘴翼龙）的不同成长阶段。Chris Bennett也提出，德国以外的喙嘴翼龙可能是喙嘴翼龙科的分类未明属。目前大多数古生物学家只接受明氏喙嘴翼龙是有效种，而其他种大多成为明氏喙嘴翼龙的异名。在1977年，植物学家L.A. Garay将一属兰科植物命名为"Rhamphorhynchus"。但这两个物种分属于动物界、植物界，因此没有命名优先权