万羽三次郎，于1910年代改筑校舍。后来在大正 十一年（1922年）4月改称「旗山第一公学校」，到了昭和六年（1931年）又改为「旗山第一国民学校」，昭和十六年（1941年）再改为「旗山国民学校」。高次大战后，于民国五十七年（1968年）8月因实施九年国民义务教育而改为「高雄县旗山镇旗山国民小学」，后因行政区划改制而成为高雄市旗山区旗山国民小学。创校时其学区分为蕃薯藔、溪州、沟坪、旗尾、山杉林、甲仙埔、田藔、古亭坑、观音亭九区，涵盖21个街庄。之后随着学生增加，陆续成立中埔分教室、田寮分校、六龟里分校、