现场遗留的刀鞘等物証、3日后被暗杀的伊东甲子太郎的同志（御陵卫士）的证言，显示犯人是新选组的原田左之助。事件后，新选组局长近藤勇在11月26日接受幕府的调查时否认。现在，几乎无支持新选组犯行说的研究者。
萨摩藩阴谋说.龙马受到松平春岳、胜海舟的影响，主张由诸侯会议设立新政府，其中也包含大政奉还后的德川庆喜。以武力倒幕和排除旧权力为目标的西乡隆盛、大久保利通等人与龙马意见相左，将龙马的行迹透露给幕府。西乡和龙马在庆喜的待遇上意见相左，但是，此说过度强调大政奉还派和武力倒幕派的路线