26年），郗鉴加领徐州刺史。次年苏峻和祖约即发动叛变，进攻建康。郗鉴知道后打算亲自领兵营救，但朝廷却以防御北方进攻而阻止，郗鉴唯有派司马刘矩领三千人保卫建康，但次年建康便沦陷，刘矩亦退还。中书令庾亮在建康失陷时出走，到寻阳投靠温峤，并宣太后口诏，升郗鉴为司空。郗鉴所在的广陵临近后赵边境，城孤粮绝，军民因对北方南侵的畏惧而没有坚守的决心，但接到诏书后郗鉴即向三军宣布要讨灭苏峻和祖约，士兵亦争相要求要效命。郗鉴见此，于是派将军夏侯长通知温峤，并预计苏峻会挟持晋成帝司马衍到会稽，建议温峤在重要据点立营据守以阻其去