989条河川被指定为一级河川。这样指定一整个水系，而非个别河川的区分法是基于《河川法》的精神，一条大河的主流及支流的治理不应受到行政区划的影响，而应该是贯彻整个水系的管理。一级水系一般来说是由国土交通大臣（国土交通省河川局）管辖，但也有一些河川被委託给都道府县知事管理。一般来说属于一级水系的河川都会被指定为一级河川，但也有一部分流经都市的小河及源头附近的小溪被指定为「准用河川」或「普通河川」。沖绳县是唯一没有河川被指定为一级水系的都道府县。