明朝拒绝了同室町幕府的贸易。1401年，足利义满又以「日本国准三后源道义」为名，遣博多的商人肥富、僧人祖阿赴明朝。当时怀良亲王势力衰落，建文帝封义满为「日本国王」，并要求足利义满取缔倭寇。 在使者返回日本之际，明朝发生了燕王朱棣夺位的靖难之变。明成祖朱棣夺取帝位后，派遣使臣分赴四方。永乐元年（1403年）琉球、日本、暹罗各国使节到中国朝贡，建立了宗藩与册封关系。1404年，足利义满又遣使赴明，贺册立皇太子。当时对马、壹岐一带的倭寇骚扰明朝沿岸，明成祖要求足利义满进行抓捕。义满发兵歼灭倭寇，献倭寇首领