原有的传教区体制转为教区制；而台湾的教区数目，也逐渐由原本的1个监牧区，增加至7个教区、1个宗座署理区。天主教会及团体在台湾的社会服务、医疗与文化、教育等方面有一定的贡献。各大政党包括中国国民党和民主进步党等都有致力与教廷发展外交关系。民进党籍总统陈水扁于2005年访问罗马，出席教宗若望保禄二世的葬礼，成为首位到访教廷的现任中华民国总统。国民党籍总统马英九于2013年3月出席新教宗方济各的就任典礼，是首位与现任教宗会面的中华民国总统。2016年的中华民国总统选举，时任中央研究院副院长陈建仁以无党籍身