两边的紧张，然而双边合作越来越紧密，譬如马六甲海崃的互相巡防（参照五国联防）等等，同时两国也经常进行联合军事演习。外交上，与邻国马来西亚常在水源、领土、种族、宗教、教育有争执：例如马来西亚向新加坡供水的价格问题、白礁主权争议（2008年5月23日经国际法院裁决，白礁主权属于新加坡）、新加坡填海工程和新马长堤大桥修建、2002年新加坡的一所政府学校决定开除一名坚持戴头巾上学的穆斯林女学生后，许多马来西亚人就曾到新加坡驻马来西亚大使馆前示威抗议。新加坡电影跑吧！孩子提及到马来西亚和新加坡复杂的外交关系。