立舍差司（掌诉讼）、将臣吏司（掌钱粮）及令史司（掌正营军饷及祭祀），将境内官员的任命权握在自己手里，后黎朝留下的政府机关改为直接听命于阮氏。1620年，阮氏宗亲阮福洽和阮福泽与郑氏政权内通，可是阴谋被揭发，阮福洽、阮福泽二人被擒，郑氏只好退兵，于是阮福源正式拒绝将赋税交与河内的朝廷。一份要求阮氏臣服于朝廷权威的正式谕令，也被阮福源拒绝。1623年郑松逝世，其子郑梉继立。郑梉再次正式要求阮福源臣服，又借口进贡大明，要求阮福源进贡大象及海船，并遣子入侍朝廷，也被阮福源一口拒绝了，这次抗命给予郑氏充足借口