着南方哭说：“昔讨逆弱冠以一校尉创业，今后主举江南而弃之，宗庙出陵，于此为墟。悠悠苍天，此何人哉！”不久后，孙秀被降为伏波将军，但依然保留开府。但因为他特殊的身份，中原世族们都看不起他，不愿意做他的掾属，孙秀就只得向寒门人士招手，其中就将出身于江东庶族的陶侃召入府中任舍人。孙秀后来于永宁年间（301年－302年）逝世，死后追赠为骠骑将军、开府。
逸闻.晋武帝曾将自己的表妹蒯夫人许配给他，蒯夫人生性好妒，曾因为妒忌辱骂孙秀为“貉子”，孙秀听后心中大为不平，于是从此与蒯夫人分居。蒯夫人