混乱也没有完全结束。申屠建的业师、新朝大司空崔发归降申屠建，崔发为王莽即位正统化多有贡献，申屠建把崔发交给了丞相刘赐，崔发被处死。申屠建、李松向更始帝送皇帝舆服，催促迁都长安，更始入长安，封申屠建为平氏王。更始三年（25年）六月，更始政权重臣王匡被刘秀部将邓禹打败，赤眉军同时西进，申屠建和王匡、张卬、廖湛、胡殷一起建议更始帝逃回南阳，更始帝不同意。申屠建、张卬、廖湛、胡殷、隗嚣等人心怀不满，想要劫持更始帝，更始帝事前察知，传五人入宫，想要一起诛杀。张卬四人得知情况有变而逃走，只有申屠建进入宫廷内