录.螯肢亚门的化石纪录有很大的断层，这是由于牠们的外骨骼是有机的，很难作为化石被保存下来，除非是在特别适合保存软组织的地层才能有所发现。伯吉斯页岩中属于5亿500万年前的及西德尼虫都被分类到螯肢亚门中，因为前者有体区分段，而后者则有像剑尾目的附肢。支序分类学分析却认为它们有更多的特征并不属于螯肢亚门。5亿1800万年前的抚仙湖虫是否属于螯肢亚门激起了争论。另一个寒武纪的原先被分类到（Aglaspidida）中，但有可能是属于板足鲎目。若这些任何一种是与螯肢亚门有关，化石断层最少也有4300万年。已知最