亨被捕后，成为第三代教主。此后他却在东学运动中并不活跃，而是积极从事朝鲜的近代化运动。他与独立协会等开化派人物交流，接受了一些西方思想。在此期间朝廷对东学党严厉镇压，他的侄子被捕处死，他本人只好逃亡到日本，取“李祥宪”为化名以免被追杀。在日本期间，他与吴世昌、权东镇、朴泳孝、赵羲渊等流亡日本的原官僚交流，通过日本的明治维新认识到人才培养的重要性，提出朝鲜选拔青年去日本留学，并且主张内政改革和近代化。1904年甲辰改革运动期间，与权东镇、吴世昌一起组织进步会。由于李容九等教徒变节，组建亲日团体一进会，