6年1月，南大与香港粤海集团属下的粤海投资有限公司合作，成立南方大厦有限公司，粤投注资1.8亿，占注资总额的56%。但合资后几年出现严重亏损，粤投在亚洲金融风暴也受到冲击，已无暇再顾及南大，至2001年合作结束。1999年7月被公布为第五批广州市文物保护单位。2000年被广州市政府第一批授予广州老字号称号。2001年底，在广州市国有商业企业的改革重组中，南大集团实行先托管后重组，加入广百集团，推动解困重组，寻求生存和发展空间。2004年9月5日，南方大厦最后一日营业，营业额超过300万，入场人次超过