许多小船及水上计程车穿梭在圣彼得堡运河上。圣彼得路线公司经营两条渡轮路线，分别是赫尔辛基到圣彼得堡与斯德哥尔摩到圣彼得堡。
铁路.圣彼得堡拥有城际及市郊铁路网路，包含五个不同的铁路终点站（波罗的海站、芬兰车站、拉多加站、维捷布斯克站与莫斯科站），以及几十个非终点站。圣彼得堡有国际铁路连接芬兰赫尔辛基、德国柏林及俄罗斯所有加盟共和国。赫尔辛基铁路建于1870年，全长443公里（275英里）。游隼号列车往来圣彼得堡与莫斯科约需要三个半小时。莫斯科－圣彼得堡铁路于1851年开通，