，中华人民共和国在全国进行院系调整，华西大学除医药学以外的专业均被调离，但也有其他高校的医学学科併入该校。1953年，仅剩下医学科的华西大学改名爲「四川医学院」。1985年，四川医学院改名爲「华西医科大学」，后者于2000年与四川大学合併，现爲「四川大学华西医学中心」。
校园建筑.华西协合大学的老建筑群以华西钟楼为代表，华西医科大学和四川大学华西医学中心的徽标中都包含该钟楼的图案。2006年，成都市人民南路实行风貌改造时，华西医科大学的旧校门被拆除，取而代之的是仿照华西协合大学时