台湾日益民主化、军事採购（如拉法叶舰）等因素而密切化。1993年2月1日，法亚贸易促进会、旅游签证组改与法国在台协会合署办公，后来均纳入其下，使整併后的法国在台协会成为欧洲诸国驻台机构中组织人员最具规模者。1995年5月起，法国在台协会对中华民国国民核发申根共同签证。2011年6月8日，法国在台协会为了因应法国外交部新成立的文化推广部门「」，而将创会之初所使用的法语会名「」改为「」，但中文会名不做更动。
下辖部门.法国在台协会之内辖有如下部门：