自任扬州刺史。司马道子知道后大怒但不能作甚么。司马元显自以年轻，不想短时间内接受父亲两项重要职位，于是以琅邪王司马德文为司徒。同时司马元显信任庐江太守张法顺，以其为谋主，又树立自己的党羽，桓谦以下的门阀权贵子弟都与其交往。司马元显当时为增加兵源，于是下令三吴各公卿以下，原为官奴而被门阀转为荫客的人移置建康，号称为「乐属」，但惹来当地门第士族的不满。
败坏朝政.孙恩就正值当时三吴民心不稳，于是自海岛进攻上虞，及后更攻陷会稽，三吴八郡皆响应孙恩。面对如此局面，朝廷内外戒严，司马元显以中