。2003年及2005年时，独立国家联合体中，有三个成员国发生颜色革命：格鲁吉亚的爱德华·谢瓦尔德纳泽被推翻，乌克兰选出维克多·安德烈耶维奇·尤先科，吉尔吉斯的阿斯卡尔·阿卡耶夫下台。在2006年格鲁吉亚退出国防部长理事会，原因是格鲁吉亚计划加入北约，而不可能同时参与这二个军事组织。，不过格鲁吉亚仍是独立国家联合体的成员国，一直到2008年南奥塞梯战争后，才在2009年8月退出独立国家联合体。2007年3月时俄罗斯联邦外交部长伊戈尔·伊万诺夫表示对于独立国家联合体是否可以发挥功效的疑虑，强调欧亚经济