他虽被开除教籍，腓特烈还是在1228年领导了十字军东征，这次东征结束于一系列谈判并使耶路撒冷王国短暂复国。腓特烈凭借此次东征的胜利与西西里上的优秀反击恢复了自己的教借，但仍然无法阻止皇帝与教宗的冲突日益加剧，其结果就是，腓特烈所信赖的日耳曼共治国王，长子亨利在教宗的支持下于1234年发动了对父皇的叛乱，而1247年腓特烈死后，德意志诸国又在教宗的支持下选出了一位对立国王。除了他的帝国要求之外，腓特烈的统治期是帝国中央集权瓦解的转折点。当他专注于将西西里建立成一个现代的中央集权国家时，他大部分时间都不在德