西乡赖母逃往箱馆，投奔榎本武扬、土方岁三等所建立的虾夷共和国。虾夷共和国在箱馆战争中战败灭亡，西乡赖母被逮捕，关押于馆林藩。1870年改名保科赖母。1872年获得赦免，在伊豆开设私塾。此后担任九州岛都都古别神社宫司的职务，但在西南战争期间由于曾经与西乡隆盛关系密切而被免职。1887年参加了大同团结运动。1889年担任灵山神社的宫司，在此期间将祖传的大东流合气柔术传给了武田惣角。1899年辞职返回乡里，1903年死去。葬于会津的善龙寺。着有《栖云记》。西乡赖母以其大多数家族成员为江户幕府殉难而被当作悲