0月24日在先父源义朝的供养法会上却未能得到家臣广泛的支持。然而事已至此，势在必行，10月26日将土佐坊昌俊斩于，与源赖朝正式决裂。源义经等心知京都不是谋事之地，无力迎战，决定离京西行，投靠九州的菊池氏，在西国发展势力。11月3日源义经等率500人左右由摄津大物浦走海路，突遇暴风来袭，此番不得突破，又退回了摄津。约莫同时，北条时政奉源赖朝命领千骑先行，随后源赖朝亦率大军上洛。法皇听闻源赖朝进京，态度骤变，11月11日便应源赖朝的要求下达讨伐源义经、源行家的院宣。讨得院宣的源赖朝飞檄诸国设置守护、地头，全