部为茂舍祖背斜、断层和盆地，东南部主要是北东向和北西向的两组断裂交叉构造。石林县内的地层，除奥陶系、侏罗系、白垩系之外，从震旦系到第四系均有出露，石灰岩地层分布最广，占总面积的62.9%。土壤分布则以红壤为主，占总面积的80.06%，其次为紫色土、水稻土、和黄棕壤。
水系.石林彝族自治县属珠江水系南盘江流域，主要河流有巴江、南盘江、普拉河和大可河。其中巴江发源于石林县，县内流程48.2千米，流域面积占县面积的40%，是县内最大的河流，年产水量6.46亿立方米，径流量1.62亿立