当时沈葆桢因军饷事与曾国藩、席宝田不和，宝箴居中调解，致使上下一心，通力合作，「卒以歼寇，竟大功」。曾国藩因而有「半杯旨酒待君温」等句美言相赠，以示看重。1864年（同治3年）湘军攻陷南京城，太平天国破，幼主洪天贵福出逃，宝箴献策席宝田，派兵埋伏在广昌、石城之间，果然擒获天国幼主与重要人物十余人。事后席宝田叙功欲保举宝箴当知府，但是他没有接受，而回到曾国藩身边，时常与其咏文论书，「游咏无虚日」。
不得已就末职.1868年（同治七年），曾国藩调任直隶总督，宝箴才「以家贫养亲，不得已而