部分氢化的不饱和脂肪酸因为异构化反应，含有大量反式脂肪。
对健康的影响.和其他可在饮食中摄取的脂肪不同，人造反式脂肪对健康有害，是人体不必要的营养素。食用人造反式脂肪将会提高罹患冠心病的机率，因为它可令低密度脂蛋白上升，并使高密度脂蛋白下降。肝脏无法代谢反式脂肪，也是高血脂、脂肪肝的重要原因之一，世界各地的健康管理机构建议将人造反式脂肪的摄取量降至最低；一般认为，经过部份氢化的植物油和纯天然的植物油相比，前者对于健康造成的风险较大。但是天然反式脂肪酸异油酸可以像ω-3多元不饱和脂肪