00年11月7日，德皇腓特烈三世号在进行训练演习后驶往基尔。期间德皇威廉二世号试图超越德皇腓特烈三世号，因此后者停了下来，以便让前者优先进入港口。然而，恢复行驶的命令下达得太快，以致舰只不慎撞上了德皇威廉二世号。德皇腓特烈三世号的舰艏遭到轻微损伤，而其姊妹舰则是在装有的舱室中稍稍受损。维修工作在三天内完成，不需要任何舰只进入旱坞。这些舰只自12月4日开始冬季训练巡航，期间于10－12日在挪威的拉尔维克作停留。三天后，该分舰队返回德国。
1901年搁浅.舰只于1901年初进行定期维修