维那、斯洛文尼亚、马其顿等国家的纷纷独立，球队虽然继续使用“南斯拉夫”的名称，但成员只剩下塞尔维亚籍和黑山籍的球员。虽然南斯拉夫联盟共和国于1992年4月28日成立，但是由于国际体坛因南斯拉夫内战而杯葛南斯拉夫的关系，他们直至1994年12月23日被巴西击败之前，都未曾参与国际赛事。他们曾打进两次世界盃，1998年及2006年，他们也曾进入2000年的欧洲国家盃。在2003年，南斯拉夫正式改名为塞尔维亚和黑山，足球队也同时改用现在的名字。由于黑山已经宣佈独立，塞黑国家足球队在2006年世界盃之后改名