的战舰将炮口转向他们的招待者。马耳他骑士团团长以骑士团不会与信仰天主教的国家交战为由，向拿破崙投降。拿破崙在马耳他只停留数日，这段时间中他劫掠了岛上很多财富，并建立起傀儡政权统治。然后拿破崙留下部份驻军后，大军就继续埃及远征。骑士团的大部分成员后来前往俄罗斯，俄罗斯沙皇保罗一世给予他们庇护，而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。离开了马耳他岛之后，骑士团就此失去了领土，但作为一个组织仍然存在，虽然骑士团在马耳他岛的主权权利透过1802年亚眠条约的签订而得到英法等国的承认，但骑士团却从未被允许回到该岛