崇祯十年，调任实录馆副总裁。崇祯十年（1637年）秋，升任为礼部右侍郎兼东阁大学士。性格简易，崇祯十一年（1638年）八月，因督师饷绝，罢归。隆武元年（清顺治二年，1645年），隆武帝诏旨傅冠以尚书兼大学士原官督师江西。清兵攻陷江西，傅冠躲在邵武府泰宁县门人江亨龙家中，亨龙怕遭连累，与子江养源把他献给清军。李成栋执礼甚恭，并劝他投降，傅冠拒绝说：“吾乡无叩头宰相，但有断头宰相尔！”。两次自杀未遂。后押送至汀洲（今福建长汀县）由镇将李发管押，清廷下令斩决。永历元年（顺治三年）十一月二十一日，傅冠整衣冠南向