约中两统迭立（由南朝系大觉寺统和北朝系持明院统交替继承皇位）的条件，准备立后小松天皇的儿子躬仁亲王为太子；后龟山突然出奔嵯峨，秘密临幸吉野，欲召集旧南朝势力以示抗议。此后，后龟山法皇过着贫穷的生活。然而1412年躬仁亲王登基，成为称光天皇。1415年伊势国司北畠满雅发动叛乱，反对幕府。在上野亲王（后龟山法皇的弟弟）的调停下，北畠停止了进攻，后龟山法皇与幕府达成和解。翌年，室町幕府认为将后龟山法皇安置在吉野十分危险，在广桥兼宣的交涉下，法皇回到了京都大觉寺。应永31年（1424年）4月12日，在这个电闪雷鸣的