达80米，4重5层的天守阁参考了小仓城的设计。而锅岛氏原本的居城莲池城在一国一城令下被拆卸。佐贺城经历过多次火灾，特别是1726年（享保11年），本丸之内包括天守的大部份建筑物烧毁。1728年，在二之丸建造了御殿，此后藩政中心改在二之丸。1835年（天保6年）二之丸遭遇大火，再次重修本丸，政务的处理也移至本丸，而天守在享保大火后就没被重建，一直以御殿代替。至于现存的鯱门及续橹大门是1838年建成的。御殿在明治维新之后作为法院和学校使用。
近现代.1874年（明治7年）的佐贺之乱