为了加强双边的贸易关系，郑经允许日本商人住在基隆，台日双方的贸易量在1665年到1672年达到高峰。郑氏三世之货币，以制钱永历通宝是委托日本铸造，也因为通商频繁，东宁亦流通当时日本的货币——。
清朝统治时期.1683年，清廷派遣施琅率军攻台，结束明郑时期统治，大清将台湾纳入版图。之后再度行渡台禁令限制汉人抵台，渡台者须向官府申报等；而同时期日本幕府亦厉行锁国政策，双方的往来遂中断长达近两百年。1871年，琉球国船队在台湾东南部遇害，是为「八瑶湾事件」。1874年，大日本帝国因八瑶湾