始有许多弟子依止在他门下，成为一方丛林。祩宏申明戒行，要求门下每半月诵《梵网经》与比丘戒品。因其参学时，特重参究念佛，因此开净土一门，着《弥陀疏钞》。又编辑禅宗语录，作《禅关策进》，以禅净双修教导门下。他又特别重视戒杀生，与放生，文章流行于世。明神宗万历四十三年（1615年）病，遗言：「大众老实念佛，毋捏怪，毋坏我规矩。」之后端坐，面西方唸佛圆寂。
着作.着有《自知录》、《竹窗随笔》、《锱门崇行录》等书。