郡相继为前秦（376年—386年）、后凉（386年—397年）、北凉（397年—401年）、西凉（401年—420年）、北凉（420年—440年）所有。北凉前期，分酒泉郡凉宁等县置凉宁郡。西凉曾建都福禄。北凉玄始九年（420年），酒泉郡划入沙州。北凉承和八年（440年），酒泉郡降于北魏，郡废，改置酒泉军，属敦煌镇。北魏孝明帝孝昌中（525年—527年），复置酒泉郡，属瓜州。隋文帝开皇三年（583年），废酒泉郡，领县直属甘州。唐玄宗天宝元年（742年），改肃州为酒泉郡，领酒泉、福禄二县。唐肃宗干元元年