军事上仍是以陆地为主，并未採用海上策略。1646年郑芝龙泉州同乡洪承畴劝降郑芝龙，因此以海盗来袭为理由将驻军撤离仙霞关让满洲清军入闽，郑芝龙退守泉州安平；年底满清军迫近安平，博洛以高官厚禄诱降，9月晋封他为泉国公，12月，郑芝龙降清，时年43岁。子郑成功谏阻失败。满洲清兵洗劫安平，郑成功率众入海抗清。郑芝龙后被诱劫往北京，封同安侯。1647年，清兵终攻破其福建故乡，其妻田川氏自杀。满清软禁郑芝龙多次招降郑成功不成，1655年入狱。1661年郑成功北伐失利后决定东取台湾，5月成功占领赤崁。11月24日，满