孔隐之之侄。通文史、星算，精医术，尤长于脉学，曾以一剂治好许耀忠之疾。官至散骑员外郎。经由范晔外甥谢综的介绍，认识范晔，常在一起赌博。元嘉二十二年（445年）十一月，徐湛之告发范晔、孔熙先等密谋拥立刘义康，被以谋反罪被处死刑。熙先被逮捕到建康时，文帝见他“辞气不桡，甚奇其才”，便责问他：“以卿之才，而滞于集书省，理应有异志。此用我负卿也。”又诘责吏部尚书何尚之：“使孔熙先年将三十作散骑郎，那不作贼。”熙先在狱中上书谢恩，并告诉皇上要戒骨肉之祸，曰：「愿且勿遗弃，存之中书。若囚死之后，或可追录，庶九泉