馆凑都利于船舶停靠。进入19世纪后，幕府于1801年（享和元年）在内涧町开凿了水渠。在1804年（文化元年）修建了人工岛，并且在岛上建造了造船厂，1811年（文化8年）又修建了沖之口番所。被任命为虾夷地御用定雇船头的高田屋嘉兵卫以箱馆为据点，开展箱馆和国后岛、择捉岛、根室之间的贸易，对箱馆的发展做出了贡献。
开港之后.
幕末.1854年3月31日，日本和美国签订日美和亲条约，箱馆于同日开港。在开港之后，马修·培理率领旗舰以下的5艘船只在同年5月17日进入箱馆凑