992年，中华民国首次全面改选国会，国民党得票大幅下降至53%，宋辞去党的秘书长一职。
最后一届官派台湾省政府主席.1993年，获委派担任末代官派台湾省政府主席。
参选首届台湾省民选省长.于1994年首次办理省长选举时高票当选连任，成为台湾省第一位民选省长。1998年台湾省被冻省，从此不再进行省长选举，宋楚瑜成为唯一一任民选省长。
角逐2000年总统大选.1999年，因为争取中国国民党总统候选人提名未果而和李登辉、连战决裂，