曼帝国的侵略开始。许多土耳其人在马其顿地区定居，并带来了伊斯兰文化。不少阿尔巴尼亚族人和一些马其顿族人改信伊斯兰教。尽管许多人已经被土耳其人同化，这些（或称 Torbeši）普遍还保留着马其顿文化和习俗。 到19世纪，北马其顿大部分的城市的主要居民都是穆斯林。 泰托沃的沙连纳清真寺就是过去奥斯曼统治的遗留。2002年，穆斯林占北马其顿总人口的大约三分之一。2002年以后，北马其顿没有再进行过人口普查。也就是说，此后的所有估测数据都是不够准确的。
犹太教.从公元二世纪罗马帝国时期开始