击败噶尔丹。康熙三十二年（1693年），为安北将军，驻扎归化城。康熙三十四年（1695年），诏授抚远大将军，寻被康熙帝召入觐，授之以方略。康熙三十五年（1696年）二月，康熙帝诏亲征噶尔丹，三路出兵，以黑龙江将军萨布素领东路军，费扬古领西路军，振武将军孙思克、西安将军博霁从陕西出镇彝并进，康熙帝亲自督中路军从独石口出。同年五月，费扬古于昭莫多之战立功，康熙帝赐御佩櫜鞬、弓矢，命其还军。康熙四十年（1701年），随康熙帝赴索约勒济，途中生病，康熙帝驻跸一日，亲临视疾，赐费扬古御帐、蟒缎、鞍马、帑银五千，遣大臣