一日（1634年5月7日）巳时，朱由木薨逝，享年四十七岁，谥号定。其后，益世子朱慈袭爵。
墓葬.崇祯七年十二月二十一日（1635年2月8日），朱由木与元妃黄氏、待追封次妃王氏合葬于江西建昌府南城县十都五龙山（今江西省南城县万坊镇游家巷村女冠山）。1982年8月，江西省文物工作队等部门对三人的合葬墓进行了发掘。朱由木棺室部分被盗，黄氏棺室被盗严重，仅王氏棺室保存完好。