隧道通车前已计划开办，最初编号为101E，后改称401，最后正名为601，于1989年9月22日投入服务。由新巴与九巴联营，提供马鞍山、滨景花园及沙田第一城往来北角、铜锣湾、湾仔及金钟的过海隧巴服务，于1992年7月6日起投入服务，配合马铁（现港铁马鞍山线）通车而于2005年3月25日将总站由中环（港澳码头）迁到金钟（东）。
过海隧道巴士680A线.由新巴独营，只在早上繁忙时间提供服务，乃680 的辅助线，于2003年10月27日起投入服务，路线除加停海富中心外完全与680线重