奉佛教的畏吾儿地排除在突厥斯坦之外了。15世纪末16世纪初，乌兹别克人南下建立了多个乌兹别克汗国，使阿富汗北部增加了大量乌兹别克居民，使当地被称为“阿富汗突厥斯坦”。欧洲地理大发现时期，西方人从阿拉伯人的着作中接触到“突厥斯坦”的概念，1722年法国巴黎出版的《帖木儿伯克史》中将整个西伯利亚称为“北突厥斯坦”，将新疆称为“南突厥斯坦”。由于地缘的关系，俄罗斯人对东方要比其他欧洲人更为了解，1558年伊凡雷帝的商业代表詹金森访问河中地区的布哈拉汗国，其所着的《旅行报告》中将布哈拉视为突厥斯坦最重要的国家。