办民国大学，彭任校长。1913年袁世凯解散国民党，取消国会。彭被迫流亡日本。1916年袁世凯死后，国会重开。彭入京继续任众议院议员，旋即当选为众议院委员长。1917年7月南下广州，任护法国会众议院议员。护法运动失败后，再返北京。1922年任北京政府王宠惠、汪大燮和张绍曾三届内阁教育总长。1923年在内阁会议提案逮捕财政总长罗文干，引起北大校长蔡元培辞职和学潮，受到舆论抨击。抗日战争时期，先后任国民参政会第一、二、三届参政员。1943年病逝，终年65岁。