空袭广州，市一中与市二中合併，到沦陷后停办并撤出原校址；1947年，广州市立第二中学迁入。学海堂最初在西关挂牌，1824年迁至越秀山办学；菊坡精舍和应元书院亦在越秀山一带办学；广州二中于1930年在文澜书院挂牌，1947年进驻越秀山，被认为继承了前述三家书院的办学传统。目前，该校区是二中的主校区，2007年开始成为纯初中部校区。
科学城校区.为建设示范性高中，在“初、高中分离”的政策下，广州二中在萝岗区（现黄埔区）广州科学城开办新校区。新的科学城校区于2004年动工、2005年落成