黎的免职令，后被国共史学家描述为府院之争。宪法同时保障司法独立，规定独立、公开审判的司法原则。1913年国民党理事长宋教仁被杀案中，地方检察厅可以公开传讯国务总理赵秉钧；又如1925年10月京师地方监察厅派检察官翁敬棠调查“金佛朗案”事件，外交总长沈瑞麟、财政总长李思浩、前司法总长章士钊全被审查，期间，中央政府没有干涉，反映出当时司法的独立性。
内阁.袁世凯政府初期实施内阁制，于1912年4月21日成立，由国务总理和各部总长组成。内阁（即国务院或议事堂）行使国家一切行政权力。凡