美籍台湾人郭树人表示台湾共和国护照发行单位是「台湾共和国政府」，建国党提出反驳称该党才是台湾共和国护照的真正发行单位。2001年10月30日，建国党高雄市北区立法委员候选人刘明松指控，中华民国中央银行发行的新版新台币1000元钞票背面以玉山与帝雉作为图案，是剽窃台元券的创意。2003年11月9日，建国党开宣传车到台北市西宁南路中华爱国同心会总部抗议，双方隔着警戒线相互叫嚣，警方派出127名警力维持秩序，没有爆发肢体冲突。2003年11月20日，建国党党员在台中市地下电台「海洋之声」推出《