其公开特务武装部分与军委会军令部第二厅合併为国防部第二厅，由郑介民任厅长；1946年8月，军事委员会改组成国防部，军统局的正式名称亦改为国防部保密局。其公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，由郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。1949年2月代总统李宗仁任命原副局长、六处少将处长徐志道为保密局长，福建站站长林超为副局长；但毛局长只移交了局长办公室的内勤小班子，所有外勤单位和情报业务一律带走仍由毛人凤负责；将保密局本部大部分人员及机构档案由南京撤往上海设立上海办事处，把原