旋结构，因为以磷酸联结而成的骨架位于外部，且两股之间会留下一些空隙，因此位于螺旋内部的硷基，即使从螺旋外侧依然可见（如右方动画）。双螺旋的表面有两种凹槽（或称“沟”）：较大的宽22埃；较小的宽12埃。由于各个硷基靠近大凹槽的一面较容易与外界接触，因此如转录因子等能够与特定序列结合的蛋白质与硷基接触时，通常是作用在靠近大凹槽的一面。
硷基配对.一股脱氧核醣核酸上所具有的各类型含氮碱基，都只会与另一股上的一个特定类型硷基产生键结。此种情形称为互补性硷基配对。嘌呤与嘧啶之间会形成氢键，在