高等教育发展也颇有建树，大多院校位于唐家湾镇，三灶镇。其中北京师范大学珠海校区、北京师范大学-香港浸会大学联合国际学院、北京理工大学珠海学院、中山大学珠海校区（985工程、211工程）等本科院校位于唐家湾镇。而吉林大学珠海学院、遵义医科大学珠海校区位于三灶镇；珠海城市职业技术学院、广东科学技术职业学院珠海校区、珠海艺术职业学院等大专院校位于红旗镇、而暨南大学珠海校区位于香洲区的前山街道。2013年全市普通高等学校全日制在校生12.3万人，在校生人数居全广东省第二。毕业生2.7万人，当年新招生3.8万人。