全英语授课的学校。1886年年轻的卜舫济出任校长，时间长达52年，对圣约翰的发展发挥了很大的影响。1892年起学校正式开设大学课程，并且将英语作为最重要的学科教授。1896年，改称圣约翰学校。1905年，圣约翰书院正式升格为圣约翰大学，并在美国首都华盛顿注册，大学设文学院、理学院、医学院、神学院四所大学学院以及一所附属预科学校，成为获得美国政府认可的在华教会学校。此时的圣约翰已经初具规模，拥有了一座礼拜堂（圣约翰座堂）、一座以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”和另一座用庚子赔款所建起来的“思颜堂”（