地制度也被废止，神户外国人居留地重新由日本管理，然而其神户市中心市区的地位仍维持至今。作为西洋文明在日本的窗口，神户在东西文化交流中发挥重要的作用。日本首个铁路隧道、首个咖啡厅、首瓶波子汽水、首个水族馆、首个高尔夫球场、首个日本国内生产的蒸汽机车、首个爵士乐队等众多新事物都是出现在神户。1889年，神户施行市制，成为日本最早的一批市。进入20世纪后，神户市仍然持续快速发展。1905年，坂神电气铁道开通神户（三宫站）至大坂（出入桥站）的铁路，这是日本首条都市间铁路。随着铁路的开通，神户和大坂之间的经济活动