克尔克之后法王路易十一立即夺走弗兰德地区。可是1479年，奥地利在中击败法国，而且玛丽在1482年去世，促使阿拉斯条约签订，马克西米利安一世于是获得弗兰德地区。由是，此地（包括敦克尔克）便併入哈布斯堡家族的尼德兰，直到1582年荷兰共和国建立，此地归入南尼德兰，作爲西班牙哈布斯堡家族的采邑。
私掠海盗基地.此后的历史内，西班牙、荷兰联合王国、英国、法国依然在不断争夺敦克尔克。八十年战争初期，荷兰起义军自1577年起掌控着此城。1583年，为西班牙重夺此地，之后此地便成爲驰名的敦克尔