班师回到武昌，所部改编为第八师，季雨霖任师长，梁钟汉任大元帅府高级顾问，后当选湖北省议会议员。1913年，黎元洪排挤湖北的革命党人，梁钟汉被迫逃往上海。到上海后，他任宝山县长，参加二次革命，协助居正防守吴淞炮台，后又调任讨袁军总司令部总参议兼财政主任。二次革命失败后，梁钟汉到日本见孙中山，参加中华革命党，任中华革命党湖北西路总司令，回到湖北起兵讨袁。途经上海时，他被袁军的密探诱捕，关押在上海法租界巡捕房的芦家湾监狱。经孙中山营救，他未被引渡给北洋政府方面。此后三年他一直在法租界狱中，直到1916年6月袁世凯