为天敌控制紫茎泽兰的生长，野外寄生率可达50%以上；中国科学院昆明植物研究所研究发现，块菌也可以抑制紫茎泽兰的生长。 
替代控制.用臂形草、红三叶草、狗牙根等植物进行替代控制有一定成效。
化学防治.2,4-二氯苯氧乙酸、草甘膦、敌草快、麦草畏等10多种除草剂对紫茎泽兰地上部分有一定的控制作用，但对于根部效果较差。
利用.紫茎泽兰的全草可药用，有小毒。在云南南部民间取其茎叶煮水洗，治疗香港脚和稻田湿疹，也有以叶揉擦患处，能止血、止痛、消炎