正觉寺是理藩院管理的满族藏传佛教寺院之一，也是北京9座满族藏传佛教寺院之一。清朝载于《理藩院则例》的满族藏传佛教寺庙共有6座，分别为东陵隆福寺、西陵永福寺、香山宝谛寺、圆明园正觉寺、功德寺、承德殊像寺。1860年，圆明园遭英法联军洗劫；1900年，圆明园又遭八国联军破坏。在这两次劫难中，正觉寺因位于圆明三园园墙外而幸免，最终成为圆明园内残存的完整度最高的建筑群，寺内还存有圆明三园唯一残留的古树群。1900年前后，正觉寺曾一度被义和团占用。八国联军占领北京时，寺内部分门窗及佛像被驻在该寺南边的朗润园（