子系统发生学研究以粒线体DNA序列分析鸭科各物种的亲缘关系，发现爪哇灰鸭是分佈于澳洲的栗胸鸭的姊妹群。爪哇灰鸭的族群在2014年估计有数万只，但其数量因过度猎捕与栖地破坏正快速下降中，IUCN将其归类为近危物种。爪哇灰鸭分佈的岛屿包括婆罗洲东南部、苏门答腊南部、爪哇岛、峇里岛、龙目岛、松巴哇岛、松巴岛、弗洛勒斯岛、龙布陵岛、罗地岛、苏拉威西岛（包括其周围的托吉安群岛、塞拉亚岛、穆纳岛、布顿岛与苏拉群岛）、韦塔岛与帝汶岛，可能还包括安汶岛、卡伊群岛以及塔宁巴尔群岛。