之下施蒂利亚首府格拉茨成为了反宗教改革的中心，1585年新成立的格拉茨大学亦成为耶稣会士反宗教改革的据点。反宗教改革行动持续至下一任内奥地利大公，查理二世的儿子哈布斯堡的斐迪南二世在位时期，斐迪南二世于1619年成为全哈布斯堡领地的唯一统治者，并身兼神圣罗马皇帝。1600年斐迪南二世驱逐施蒂利亚区内所有信奉新教的人口，包括天文学家约翰内斯·开普勒。同一时期施蒂利亚地区亦不断遭受鄂图曼帝国的军事入侵。自1526年摩哈赤战役之后的16及17世纪，施蒂利亚一直处于土耳其人的军事威胁之中，施蒂利亚地区严重受创、人口