时，郑怀德开始参与军中机密事务。1794年，被任命为镇定营记录，随后升为户部右参知，并负责漕运和粮饷的押运。1801年，阮福映率大军夺取西山朝都城富春（今顺化），但武性仍被西山军陈光耀、武文勇部围困在归仁。郑怀德随黎文悦、宋曰福等人前往解围。郑怀德去广南、广义一带租粟以供军中的粮食。1802年，陈光耀、武文勇率军逃走，郑怀德随阮文诚整理户政。阮朝建立之后，郑怀德被任命为户部尚书。同年，阮福映遣郑怀德为正使，由兵部参知吴仁静、刑部参知黄玉蕴担任副使，将缴获的西山朝印绶献给清廷，同时将华南海盗首领东海王