出场29次，为球队贡献了5个进球和8次助攻，不但帮助江苏舜天队顺利完成赛季保级目标，而且还因此入选高洪波执教的中国国家队。12月4日，邓卓翔在09中超年度颁奖典礼中获得最佳新人的荣誉。2010赛季，邓卓翔与山东鲁能签约，并于2月24日在与广岛三箭的亚冠联赛中替补出场完成俱乐部首秀。由于赛季初跟随国家队集训和比赛，错过了鲁能的土耳其拉练，和球队的磨合不佳。在亚冠赛场鲁能泰山客场对阵浦项制铁的比赛中罚丢点球，随后多场比赛没有获得出场机会。2010赛季中期的间歇期结束后，邓卓翔逐渐获得球队首发位置，在山东鲁能