施锦珊、莫天全的支持下，艺术博物馆建筑得以破土动工。2002年，清华大学向各界征集博物馆设计方案，最后决定由瑞士着名建筑师马里奥·博塔主持设计，清华博物馆也将是他在中国的第一个设计作品，此博物馆将与新清华学堂以新主楼为中点成对称布局。2013年初，世纪金源集团董事局主席黄如论出资2亿元人民币，捐建清华大学艺术博物馆，获得冠名权。2015年4月8日，“清华大学艺术博物馆筹备工作专题汇报会暨首任馆长聘任仪式”在清华大学美术学院举行，清华大学美术学院名誉院长冯远获聘为清华大学艺术博物馆首任馆长，清华大学校长邱勇