吴兴县五等侯。卢循之乱时，盗贼乘乱而起，作唐县当时就有郭寄生等人作乱，檀道济获授扬武将军、天门太守，领兵将之消灭。其时因卢循佔据江州，荆州与建康通讯断绝，刘道规遂命王镇之领道济等领三千兵入援建康，但为后秦所派将领苟林所败，不能前进。其时桓氏残余势力的桓谦亦乘机进攻荆州，刘道规领军提御，檀道济于枝江身先士卒，先陷其阵，协助道规击败桓谦，后亦参与消灭苟林。不久，卢循将徐道覆亲攻江陵，道济亦助刘道规击败他，成功保全荆州。卢循之乱期间，道济战功甚多，遂转安远护军、武陵内史。后转太尉刘裕参军、中书侍郎以及宁朔将军