库资料有限，因此作出的分子结构会与实际值有所误差，因此，使用软体作出的一些数据仅供参考，应以实际实验为主，软体仅作为辅助功用。
例子.例如要制作一个丙硫醇，只需现任意将三个碳连接起来，在使用内附的加上氢功能，然后在任意碳上接一个硫，最后再使用分子结构最适化，程序会依据分子力学、元素资料、电负度、孤对电子数等资讯用不同的模型计算出最接近真实的分子结构。