玛格丽德、小舅子乔治·范德比尔特（）和其中一个女儿的监督下与长女佛罗伦斯的遗体一起转移到新建成的谢泼德家族陵墓。谢泼德的遗产除捐赠给大楼美国学院的10万美元外，还有价值85万美元的不动产和50万美元私人财产，总数135万美元（相当于如今的美元）。根据遗嘱，他的现金和财物除留给夫人、孩子和弟弟奥古斯塔斯的部分以外，还留给了多个宗教组织。谢泼德生前还资助过多种奖学金和奖金，其中包括纽约市立大学和纽约大学一年一度的埃利奥特·谢泼德奖学金；他还向纽约大学法学院的亚伦·范德波尔（）律师图书馆捐赠了大量藏书。谢