第一批到达南洋群岛的马来人，属于南岛民族，他们在新石器时代晚期迁徙至南洋群岛。书籍 "The Encyclopedia of Malaysia: Early History" 指出了马来人起源的三大理论，但是历史学界尚无定论。值得注意的是，现今存在的原马来人依旧可见，他们包括了莫肯人、Orang Jakun、Orang Kuala、Orang Temuan和Orang Kanaq。[41]
南亚起源说.发表于1889年，主要的支持者有R.H Geldern, J.H.C Kern