中普及率98.6%。南京是全国高等教育资源最集中的城市之一。民国时期，南京曾有国立中央大学、私立金陵大学、金陵女子文理学院等全国着名的高等学府。1949年国立中央大学改名国立南京大学，1950年去“国立”径称南京大学，之后1952年院系调整，衍生出南京大学、南京工学院、南京农学院、南京师范学院等多所院校。经过多年的发展，截至2011年，南京普通高等学校（不含军队所属院校）共有53所，在校本专科学生71.57万人，在校研究生9.28万人。有南京大学、东南大学2所“一流大学建设高校”，河海大学、南京航空航天