宫祀奉。二战后，及1957年番仔寮应元宫丁酉科谢恩祈安三朝清醮时，应元宫皆曾派出神轿迎请学甲慈济宫旧三大帝神像前往鑑醮。
特殊的分灵庙宇.学甲慈济宫的分灵庙宇随着学甲人的迁徙拓垦足迹，遍佈台湾岛上，其中最特殊的乃是分灵至中国福建晋江的宝泉庵，乃是清代晋江深沪人旅居台湾，由台南学甲迎请回乡祀奉，并进而分灵至香港、菲律宾马尼拉、宿雾等地。
管理组织.在1948年以前，按日治时期庙宇的通例，设置管理人，负责掌理庙务，另有炉主、头家等参与祭祀活动，1949年后，成