国民政府特组织一个特别法庭审讯之，地点在粤军总部，以朱培德、谭延闿、李烈钧为法官，朱培德为审判长，以宪兵营长为护庭法警。” 此位宪兵营长便是林祥。林祥称，林直勉在法庭上陈述其反对容共的主张时，遭朱培德驳斥。后来，林直勉被囚禁在虎门炮台。1927年春，获陈铭枢、吴稚晖、邓泽如营救，林直勉被释放。中国国民党广州市党部设宴欢迎林直勉出狱时，称他是“忠诚的国民党同志”。
积极反蒋.1931年，胡汉民遭蒋介石囚禁，广州召开了反蒋介石的“非常会议”，成立了同南京国民政府抗衡的广州国民政府，林直