，麓山寺再度被在后金铁骑的战火中毁坏。 
清朝.清朝顺治十五年（1658年），朝廷重修麓山寺。先后在智檀、文惺主持下，进行过几次大修。清朝出了智檀、文惺、弥嵩、天放、笠云五大诗僧。 
中华民国大陆时期.民国初年复名“古麓山寺”；抗日战争时期，弥勒殿、大雄宝殿、禅堂和斋堂等大部分建筑被被日军飞机炸毁，仅存山门、观音阁、虎岑堂等建筑。 
中华人民共和国.文化大革命以前曾有7名僧人住寺，文化大革命期间佛教活动中止。1983年，麓山寺