林檎于埼玉县浦和市（现：埼玉市）出生，但是由于父亲工作的关系，在椎名林檎幼年时期就举家迁移至九州福冈县。椎名林檎的父亲是一位爵士和古典音乐的爱好者，母亲则是芭蕾舞者。椎名林檎在父母的艺术薰陶下，五岁时就开始学习弹钢琴以及传统芭蕾舞。但椎名林檎幼年时曾罹患食道窄小的遗传性疾病，动过数次手术，使她的肩膀变形，也因此断送了芭蕾舞的生涯。但丝毫不影响她的创作才华，国中的班级戏剧表演中，椎名林檎自告奋勇地帮这出戏写歌，这也是她生平第一次尝试作曲及填词。高中时代的椎名林檎和其他同学组成乐团「Marvelous Ma