月至1993年7月，任中央军委纪委书记。邓小平在六四事件之后卸任军委主席，新任中共总书记江泽民兼任军委主席，王瑞林在军队实际上扮演监军角色。1992年10月起兼总政治部副主任，1994年5月授上将军衔。1995年9月，中共十四届五中全会增补王瑞林为中央军事委员会委员。2003年3月第十届全国人民代表大会后退休。
与邓小平.王瑞林在军队长期负责组织人事工作，不少高级将领都出自其门下。据悉，上世纪九十年代担任军委副主席的迟浩田、张万年，都是王的山东同乡，由其举荐。王瑞林与邓小平情同父子