斯维登堡自然哲学的三个主要问题都受到笛卡儿的启发：第三个问题是他宇宙学的核心，深受英国作家T.伯内特《神圣的地球理论》一书的影响，是康德-拉普拉斯星云说的先驱。在这以后，斯维登堡对生理学和人体解剖学进行了认真的研究，特别着重研究了血液和大脑。提出人的灵魂位于大脑，特别是位于大脑细胞的皮层。但是他的解剖学上的成果并未受到同时代科学家的注意。晚年主要研究神学。他将巨大的精力用于解释《圣经》，并叙述他在定中对神灵和天使世界的所见所闻。他认为上帝的存在是不可描述的，因为它本身既是实体又是形式。但是上帝的本质