港的历史可追溯至奈良时代的大轮田泊。自鎌仓时代之后，大轮田泊改称兵库津。在室町时代，兵库津作为日明贸易的据点曾是一座国际港口。然而由于日本在江户时代实施锁国政策，兵库津转变为国内港口，但仍然拥有重要的地位。神户港在1868年开港之后再次发展为国际港口。在明治和大正时期，神户港就已经多次实施筑港工程。1919年时，日本的贸易额中有34%的都是经由神户港进行。战前的神户港是日本最大的港口，进口和出口的商品也随着日本经济的发展日趋多样化。当时亦有众多海运企业将总部设在神户。神户港在二战期间严重受损，战后神户港虽然