同李朝仪于宁河、营城、大沽等地修筑炮台，抵御侵略。1860年大沽口、天津失陷，他统率以蒙古骑兵为主力的军队，退至通州防守。其部与英法联军战于通州之八里桥，八里桥之战惨败，蒙古主力尽丧。英法联军入北京，毁圆明园。旋被夺爵，仍任钦差大臣。1860年九月，直隶、山东一带捻军四起，后奉旨“剿捻”于山东、河南、安徽。1861年加入东太后慈安、西太后慈禧和奕䜣的祺祥之变，消灭了肃顺的顾命八大臣集团，开始两宫听政。同治四年（1865年）五月，高楼寨之战，僧格林沁在山东曹州府菏泽县高楼寨附近的吴家店，遭捻军赖文