传统上很难将原杉藻归类至现存的分类系统中，目前的观点认为它们属于真菌，也有研究认为它们为藻类的共生体（即地衣），且其组织中的管束细胞与球囊菌门的十分相似。而对于原杉藻与其他真菌类群的关系亦有多种观点，除了认为其与球囊菌门接近者外，也有观点认为其属于担子菌门、毛霉门或子囊菌门。
形态学.原杉藻化石主干的直径达，高度可达，为当时陆地上最大的陆生生物。它们主干的基部较粗且具有分枝，可能具有类似根部的构造，但仍然未有化石纪录。可能为原杉藻根部构造的铸型印痕化石在泥盆纪地层年代十分常见。