其后在中不敌森长可而投降。天正12年（1584年）爆发的小牧、长久手之战中，胤基作为羽柴军的一员参加，最初隶属于池田恒兴，后来恒兴战死后转为在堀秀政麾下效力。天正13年（1585年），胤基与庆隆一同参与秀吉发动的。天正15年（1587年），秀吉发动九州征伐，胤基与庆隆也有参加。翌年（1588年），秀吉兴建聚乐第，胤基和庆隆获赐予在西京口的居所，胤基因而与妻子一同上京。天正16年（1588年），秀吉以在立花山之战等曾经反抗其为由，没收两远藤氏约2万石的领地，将庆隆减封至小原7,500石，胤基则减至犬地