仅次于吉冈海底站）。车站位于青函隧道本州端，车站名称虽有「海底」二字，但实际上车站仍位在本州陆地上，而非津轻海崃海底。龙飞海底站与吉冈海底站的兴建原因均是作为青函隧道发生事故时的紧急避难场所，配置线路维护基地，以及安装维持隧道运作的器械。车站的两座侧式月台沿隧道两侧而建。由于只用于紧急疏散乘客，月台宽度极为狭窄，仅有不到一人宽。且由于青函隧道是未来北海道新干线的必经之路，月台的长度足以容纳16节长的新干线列车。车站开放参观时，每天有2对「白鸟／超级白鸟」号列车停靠本站。列车长会利用紧急装置打开2号车