.1869年开设前身「海军操练所」，后改称「海军兵学寮」。1876年迁往东京筑地改称「海军兵学校」（由于日本海陆军间的长久不和，因此未像日本陆军士官学校一样称为「海军士官学校」）。1888年再迁往现址广岛县濑户内海安艺群岛的江田岛上。1923年关东大地震，海军机关学校校舍全毁，因此向江田岛海军兵学校借用校舍上课，因为在同地上课的缘故，所以海军机关学校33-36期学生与海军兵学校52-55期学生日后官场关系较密切。1943年在岩国飞行场设立岩国分校，1944年设立大分、舞鹤分校，1945年设立针尾分