升上甲组后的初期，公民主席贝钧奇暂为负责组军工作，并吸引了物流业公司华家堡的冠名赞助。华家堡在甲组联赛只得尾二，按例需要降班，球会主席林鹤龄只在甲组角逐一年便宣佈解散球队，并将会籍交回石硖尾。
屯门普高年代.石硖尾将会籍借予前香港队门将任炜雄成立的屯门普高足球会，以丙组甲球队屯门足球会球员为班底，加上数名国援组成，实力较弱季初连场大败。2009年3月31日联赛对愉园，在完场前7分钟内连失四球而以1-5落败，爆出怀疑打假波事件，香港廉政公署介入调查。由于事件令香港足球声誉蒙污，加上应