继续投入政治运动，因而备受党外人士敬重。1987年台湾解严以后，淡出政治活动，未再参与美丽岛事件纪念活动。2000年代献身佛教现代化、游走山林庙寺，并且教导921大地震灾后失学的小学生。1992年中华民国立法委员选举，民主进步党在台中市提名洪奇昌、刘文庆、陈阳德与纪万生参选，林俊义唿吁台中市的选民支持洪奇昌与刘文庆，结果洪奇昌与刘文庆均当选；纪万生认为林俊义「公然残杀自己同志」，扬言控告林俊义。2003年10月22日，因肾结石住院的民主进步党秘书长张俊雄由副秘书长李应元代发声明恳请党内同志「回首来时