硕士学位后，原拟继续进修博士，但因为经济因素，决定中止博士班学业，回到台湾。他加入许荣淑创办的《深耕杂志》，并推动成立党外编辑作家联谊会。1983年，邱义仁发动「批康运动」，对康宁祥的议会运动路线提出批判，主张与国民党划清界线。1984年，邱义仁与吴乃仁等人一同创办《新潮流杂志》，积极吸收成员，主张以组织化行动，成立反对党，以加强民主化的力量。1986年，民主进步党成立，邱义仁为创党党员之一。1990年代，邱义仁曾长期担任民主进步党祕书长，与吴乃仁等人共同将民进党由传统的街头抗议路线转型为议会竞选路