学校的自治权限行使范围仅限于「组织遴委会」，但遴委会组成后的相关运作，必须受相关法令规范，而教育部有权作「适法性监督」。2018年5月29日，教育部长吴茂昆被国民党立委柯志恩揭发，在国科会主委任内(2005年)到大陆考察时，在当时的香港科技大学校长朱经武的邀请下，原来只申请去苏州出席国际科学理事会，没有向政府申报而转往杭州参加高新技术高峰论坛，违反了法律的规定，最后宣告下台。5月31日，台大国发所博士生王宗伟等台大学生，下午到教育部完成递交诉愿书，希望教育部做成聘任管中闵。6月4日，台大正式委託律师