总长度与一般列车的10辆编组一致。而E331系的14辆编组，实际上是两列7辆编组连接的全通编组，在检查的时候，列车就会分割成两列7辆编组列车进行检查。
运用.2006年完成后，E331系除了在京叶线进行试车外，也曾进入内房线和外房线进行试车。此外，为了安装实验用转向架，E331系也曾驶入大宫总合车辆中心。JR东日本计画让E331系在2007年至2010年3年间在京叶线试车，以测试直接驱动的动力模组和关节转向架的优点（在检查和成本方面），然后再决定是否量产此型车辆。2007年（