军开始对南京进行大规模的空袭轰炸，市容与城市建设受到严重破坏，11月国民政府迁都至重庆，12月8日日军进犯南京城，由于指挥官唐生智临阵脱逃，中国军队在南京的防御溃散，12月12日南京沦陷。12月13日开始后的大约六个星期时间，入侵的日本军队在南京进行了大屠杀，至少30万人遇难。南京沦陷后，侵华日军将南京做为扶植汉奸傀儡政权的根据地，1940年(民国29年)汪精卫在南京成立「中华民国国民政府」，替日本人统治大前方的沦陷区。1945年(民国34年)8月15日日本投降，中国抗战胜利，不久之后国民政府收复南京。