一次较大型修葺，并一度将教堂外立面改为石米饰面。1999年，教堂穹顶从中间裂开，后来经文化司署（现澳门文化局）维修，于同年12月3日完工，由澳督韦奇立将军主持揭幕和由林家骏主教主持祝圣礼后开始对外开放。2001年，圣若瑟修院及圣堂获得联合国教科文组织亚太区文物古蹟保护奖；2005年，作为澳门历史城区的组成部分，圣若瑟修院和圣堂被列入世界文化遗产名录。2010年，澳门文献信息学会在天主教澳门教区和澳门基金会支持下，以提名人身分选出具有历史意义和具有影响的澳门教区主教公署的档案及圣若瑟修院所藏古籍，并以《天