以上的病毒株感染的细胞中病毒基因组之间的自然重组。这要么通过同源核酸链的交叉互换进行，要么通过基因组区段的重组进行。科学家建议将病毒的这种突变看作流感病毒和其他病毒的进化方式。西部马脑炎病毒（WEE）就是一种重组病毒，它由另外两种密切相关但又截然不同的脑炎病毒的重组而得到。另外，重组对于流感病毒大流行十分重要。