整支舰队交由南云忠一中将指挥，并另外派遣5艘袖珍潜艇，作为空袭失败后对美国舰队突击的功用。整只舰队的编列为：至于当日的作战方式则是在晚上离开母港，各前往集中于择捉岛南部的单冠湾，静候指示，一旦位在华盛顿的外交部人员谈判成功，就立即返航，否则就前往夏威夷执行攻击。攻击方式由机队指挥—渊田美津雄决定，就他在现场判断奇袭是否成功，若成功就发射1枚信号弹，由鱼雷机先进行攻击，再来是水平轰炸机，最后才是俯冲轰炸机。若美军已有准备，则是发射2枚信号弹，由俯冲轰炸机先攻击，诱出高射砲位置，再由水平轰炸机攻击。当日是