就学期间对东南亚的关心继续积累，希望对这个领域的研究能有助于台湾，也能借此让台湾的经验有被认识的机会。2019年7月15日，林飞帆加入民进党担任副秘书长，月薪9万，但因其先前多次批评民进党，让此一人事任命颇受争议。2020年1月15日，林飞帆和罗文嘉在民进党中常会宣布因「总统连任、国会过半」任务已达成，请辞秘书长及副秘书长职务，并向党主席卓荣泰表达不会留任，做到同年5月19日任期届满为止。不过，根据民进党最新拍板的人事名单，林飞帆确定留任副秘书长，而秘书长则由林钖耀接任。
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