物则成为它们的外类群。APG III分类法也维持了这样的分类。
内部分类.金鱼藻的种类尚没有完全确定，已经发现大约30多种，但有许多种可能仅仅是变种，目前最主要的只有两种。
系统发生学.金鱼藻科和其它被子植物的演化关系如下：