肯尼亚河马属与现代西猯科和猪科关系最为密切。最近的分子生物学研究表明，肯尼亚河马属与鲸鱼的亲缘关系比其他偶蹄目动物更近。对偶蹄类和鲸鱼化石的形态学分析，也包括肯尼亚河马属，有力地支持了河马科和解剖上相似的石炭兽科之间的关系。两类早期鲸鱼（巴基鲸属和熊神鲸属）组成了凹齿下目的姐妹群，但这种关系没有得到很好的支持。