返回北京后，吕嘉民开始参加北京之春运动，并加入《北京之春》杂志任总编辑。 其后，他考上了中国社会科学院马克思列宁主义毛泽东思想研究所（马列所）研究生院，并与知名指挥家李德伦外甥女、同是《北京之春》编辑及满都宝力格牧场知青的德方结婚，六年后离婚，与女作家张抗抗再婚。 吕嘉民研究生毕业后进入中国工运学院（今中国劳动关系学院）任副教授。后来六四事件爆发，吕嘉民因参加学运第二次被捕，被关押在秦城监狱，与周锋锁同一牢房，至1991年1月始被释放，不过副教授的职位自此不保，他不能持护照出境，亦不肯公开露面。 此后他利