在很多学校，特别是在美国南部的学校，并没有服从最高法院的相关规定。种族隔离在公车上、餐厅里、电影院里、厕所里和其他一些公共场所都在继续着。肯尼迪支持种族融合与公民权益，在1960年的一次活动中他致电给科丽塔·斯科特·金——被判刑入狱的牧师马丁·路德·金的夫人，肯尼迪认为马丁·路德·金可以为他带来一些额外的来自于黑人的支持。肯尼迪和他的弟弟，司法部长罗伯特·肯尼迪的介入为提前释放马丁·路德·金奠定好了基础。1962年，尝试去密西西比州大学上课，但白人大学生对其百般阻挠。肯尼迪之后派了400名法警以及300