到了一位名叫达妮艾尔·卢梭的法国女子，她是16年前沉船事故的幸存者。他们还发现埋藏在地下的神秘金属舱口。在其中两名角色试图打开舱口的同时，另外四名幸存者搭建好竹筏，准备离开小岛。同时，闪回（flashback）主要以各角色在坠机前的生存细节为中心。第二季开始关注幸存者和“其他人”之间的冲突，以及信仰和科学的不断碰撞。在解决之前一些谜题的同时，又产生了新的疑问。在舱口中，杰克和洛克对枪支和药物控制权的争夺愈演愈烈，在“长线骗局”（The Long Con）一集中，索耶通过诡计最终取得了控制权。本季又引入新