。元祐九年（1094年），宣仁太后病逝，宋哲宗亲政，章惇入汴京，拜尚书省左仆射兼门下侍郎，恢复宋神宗的新法，史称「绍述」，意为继承父业，除曾布为翰林学士，晋张商英为右正言。章惇当政期间，对元祐诸臣大肆清洗，以“抵毁先帝、变易法度”的罪名，剥夺了司马光、吕公着等人的赠官谥号，绝大部分的旧党党人都被流放或罢黜，贬到岭南等蛮荒地区，又企图追废宣仁太后，为哲宗所止。但在公家事务上，章惇甚为正派，未曾以官爵私其亲信。宋徽宗即位后，临朝听政的钦圣太后将章惇则以罪贬逐于外，改用韩忠彦、曾布为宰相，试图化解党争