被囊动物（尾索动物）的幼体具有嵴索和神经索，但在成体中消失；头索动物终身保留嵴索和神经索；而在进化程度最高的嵴椎动物中，嵴索由骨质嵴柱取代。
下级分类.以下列表参考自《Vertebrate Palaeontology》第四版，嵴椎动物以外的类群参考自《Fishes of the World》。虽然该分类体系为反映演化关系而采用亲缘分支分类法，但也保留了林奈分类法中使用的传统分类等级。依照亲缘分支分类法，嵴索动物门的系统发生树如下所示，符号 † 表示已灭绝，双杠线表示为并系群。