后来由于当地爆发霍乱与痢疾，西班牙人因此损失惨重并开始安排撤离行动。在疫情好转的72天后，西班牙人决定放弃汶莱并于1578年6月26日返回驻地马尼拉。这一系列的短期破坏对汶莱影响甚微，而苏禄也因此得以在不久后恢复到独立自主的状态。可是，汶莱却从此丧失了在吕宋的主导权，而整个岛屿也被牢牢掌握在西班牙人的手中。本地区变化的长期影响不能够避免。在苏丹侯赛因之后，文莱进入了衰落时期。这是由于文莱内部对于苏丹位置的争夺以及欧洲殖民力量在这一地区的影响力上升，此外还有其他包括具有争议的传统贸易事情以及文莱与许多其他