但时任国民党主席马英九不同意，只打算让他角逐副议长。许崑源不满，成立跨党派的「大高雄问政联盟」，成为议会关键势力，不少市府官员私下早就敬称许崑源为「议长」。出入「大高雄问政联盟」的议员、官员、媒体记者，竟比议长室还多，影响力超过补选时由蓝转绿的新任议长蔡见兴。2008年总统大选，无党籍的许崑源投靠国民党，为该党总统候选人马英九和副总统侯选人萧万长助选，担任马萧竞选总部全国无党联盟总会长。马英九胜选后，许崑源加入国民党。当外界询问他为何加入国民党时，许崑源称，自己的哥哥就是民进党元老，所以不是没有想过参加