施废藩置县后这些区域改隶属和歌山县和新宫县，1872年的第一次府县整併后，将原属牟娄郡位于熊野川已被的区域划入度会县，1876年第二次府县整併后再被併入三重县。1879年实施时，正式从牟娄郡分出设置近代的行政区划「南牟娄郡」，并在木本浦（位于现在的熊野市）设置郡役所。