面2线的相对式月台，可进行列车交会的地面车站。车站大楼位于1号月台侧，月台之间设有行人隧道连接。2号月台旁边为那智丹敷浦（那智海水海滩，别名「蓝色沙滩那智」（）），在月台上可望见沙滩。在1936年（昭和11年）12月，第2代车站大楼竣工，大楼模仿熊野那智大社，为神社风格的设计。车站虽然是无人车站，在1998年（平成10年）8月，大楼加建那智胜浦町营的那智站交流中心。那智站交流中心设有2层，第1层是休闲空间，设有按摩椅和饮品售卖机的休息室，也设有售卖当地农产品和特产品的商店。在第2层为町营温泉「丹敷之汤」