南明.福王朱由崧立于南京，即南明安宗弘光帝。召请方逢年官复原职，不应。弘光元年（1645年），清军破南京。「鲁王」朱以海在浙江台州避难，随即在绍兴自立，称「监国」、「监国鲁」，三次召请方逢年任大学士。方逢年避于绍兴善法寺都御史刘宗周到善法寺拜访他，赋诗告别，后来刘宗周绝食二十天而亡，逢年也准备在善法寺绝食而死。等到郑遵谦起兵的时候，僧人破门而入，将他救出。绍兴城破，张煌言带着鲁王，搭船逃出舟山群岛，方逢年追赶不及，假意降清。之后方逢年装好书信，请密使通知福建的南明绍宗隆武帝朱聿键，