被捕，吴下令放人。台湾保安副司令彭孟缉执行蒋经国命令，坚不放人，先判死刑；由于吴的反对，经蒋中正出面，改判七年徒刑。吴国桢已完全无法再与蒋经国共事，蒋中正曾派黄伯度传话，许以行政院长之职，要吴好好与蒋经国合作，愿当院长兼省主席亦可。但吴一概拒绝，偕妻上日月潭，声言非辞职照准不下山。1952年复活节当天，吴国桢由日月潭下山，在台中无钖饭店和仆人吃饭。一出门，就看到包姓司机脸色惨白；吴的座车前轮与主轴联接的地方，疑似螺丝帽松动，几遭不测。1953年4月3日，吴国桢几乎被刺客杀死。4月10日，吴国桢辞去台湾省