纳吉任内也设立了一个马来西亚发展有限公司（"1MDB"），其设立目的为建立全球伙伴关系和促进外商直接投资，是国家的战略举措。然而，1MDB却在2015年被爆出负债110亿美元，马来西亚前首相马哈迪表示，1MDB借贷太多，而且缺乏透明度。随后，美国《华尔街日报》报导称有7亿美元（折合马币约26亿令吉）从此公司转入纳吉的私人户口，引发马来西亚国民哗然。1MDB贪腐案也涉及许多国家。马哈迪和时任副首相慕尤丁的阵营公开批评，导致马哈迪失去在国家机关和公司担任的职务，慕尤丁也丢失副首相职位。。对此，纳吉与1MDB皆