后裔东正教信徒的需要，日本正教会有了复苏的迹象，并转为美国正教会管辖。即位在纽约的圣弗拉基米尔神学院毕业的神职人员成为了主教。后来经俄罗斯正教会允许，日本正教会重新回到俄罗斯正教会管辖之下。2005年第一座东正教修道院在东京开设，由来自俄罗斯谢尔盖圣三一修道院的格拉希摩斯任院长。2007年，日本正教会的领导者是丹尼尔都主教（原名主代郁夫），有超过3万信徒。