方要在象鼻山设立炮台、灯塔的要求，为出席的清廷台湾道尹吴大廷、台湾总兵刘明灯否决，造成日后美方直接绕过清廷与排湾族「亲善盟约」的另一项因素。李仙得10月23日回到厦门。同治八年（1869年）2月，李仙得再度来台确认原住民是否遵守该条约，2月28日与卓杞笃再度会面，双方正式签订了「南岬条约」的书面协议，罗发号事件始告落幕。
影响.由于李仙得在此事中获得大量有关台湾的珍贵资料，之后在台湾牡丹社事件（屏东）中，受到了日本政府的器重，获日本聘任为「外交顾问」，协助日本交涉和对付台湾住民