地区有一些武装海商集团、倭寇等聚集，如：1566年3月－1573年的潮州惠来人林道干、1573年－1575年的潮州饶平人林凤、泉州人李旦、漳州海澄人颜思齐、泉州南安人郑芝龙等。
郑氏时期.郑氏时期曾在南台湾建立东宁国，名义上隶属南明。郑成功之子郑经撰文：「远绝大海，建国东宁，于版图疆域之外，别立干坤。」一般认为是最早的「汉人台独思想」，郑经并曾向康熙帝提出作为清朝屏藩，不登岸、不剃发，遵朝鲜例的谈判条件。不过郑氏于此提出的独立概念有其华夷思想的时代背景，以保有台湾汉民族之华夏文明反