下令开除滋事的卫兵，并令儿子离开安徽。而刘道章仍然径行离职，并指使安庆全城的警察一律罢岗。吕调元因此被迫向北京政府引咎辞职。安徽督军倪嗣冲电请北京政府“于吕省长、刘厅长皆予慰留”，但电文中显指过错在吕调元方面。12月31日，吕调元的省长职务被免，专任督办斋堂煤矿事宜。民国8年（1919年），吕调元在任安徽省省长时，曾经通令安徽省各县修志，以备省志甄录，并且亲自担任太湖志局总裁。民国12年（1923年）2月，安徽省省长许世英辞职。北京政府与安徽督军马联甲、江苏督军齐燮元协商之后，命吕调元再度出任安徽省