他受命治理苏州，“谋乘此尽除三吴知名之士”，俘杀陈子龙。以功授福建总督。顺治八年（1651年）陈锦、金砺、刘之源、田雄等率兵攻舟山群岛，鲁王以张煌言留守舟山。是年八月，陈锦趁雾攻陷螺头门（蛟门），荡胡伯阮进战死。陈锦无子，顺治五年（1648年），其妻见恽寿平风神秀朗，便收为养子。顺治九年（1652年）四月郑成功兵围漳州城，陈锦部大败，兵员器械损失很多，退至同安县之凤尾山。七月，陈锦鞭笞其家丁库成栋，是夜陈锦被库成栋刺死，割其首，献给郑营。郑成功奖赏库成栋之后，却以叛主之罪名，谋杀了库成栋。陈锦军星散回汛