虽然家长批评儿童游戏中出现了药品，但《马里奥医生》及移植版依然受到了普遍的好评。其中特别的负面评论是《ACE》杂志为Game Boy Advance版打的510‰分，并批评游戏画效单调、操作乏味，还称游戏是“糟透了的剽窃”，做的比原版还差。在《任天堂力量》举办的全任氏主机最佳200游戏中，《马里奥医生》排到了第134位，而ScrewAttack评游戏为史上七佳马里奥游戏之一，同时IGN将游戏排到了FC平台的第51位。此外IGN亦将田中宏和所谱的游戏音乐评为十佳8位游戏音乐的第7名。游戏被收录在GB