初属噶当派，后来改属萨迦派至今。到21世纪初，该寺已改宗萨迦派约500年。科迦寺所在的科加村（又译科迦村）以该寺为中心兴建，平面呈东西向布局。根据记载，先有科迦寺，后有科加村，科加村因科迦寺而得名。科迦寺的规模很小。寺内供奉的文殊菩萨曾受到高僧仁钦桑布加持。寺内还有两尊佛像是“萨迦玛波南木霓”，一尊是萨迦班智达，另一尊是卓贡曲嘉帕巴（八思巴）。科迦寺最大的宗教节日是藏历每年一月十二日举行的建寺庆祝活动。届时，表演者会头戴各种面具，身穿宽袍大袖的服装，跳宗教舞蹈。每年藏历六月，科迦寺都会举办传统的