钧返回黄埔军校筹组教导第三团，转任教导第三团团长，并投入歼灭广州国民政府的滇系与桂系军队之任务。在10月爆发的第二次东征战役中教导第三团只作为侧翼支援部队，未投入战斗最为激烈的惠州城攻城战。第二次东征结束后，钱大钧在民国十五年（1926年）1月升任国民革命军第一军第一师（师长何应钦）副师长兼司令部参谋长。何应钦在升任军长后将师长职务交付钱大钧，在2月即调职为第2师师长，3月又调为第一军第20师（前黄埔军校教导师）中将师长。在国民革命军北伐时，20师作为根据地的防御任务驻防广州，钱大钧因此兼任了广州警备司令部