建国，翌年王琳在郢州拥立南梁永嘉王萧庄。王琳召孙玚担任太府卿，受位通直散骑常侍。王琳攻打南陈，命孙玚为使持节、散骑常侍、都督郢荆巴武湘五州诸军事、安西将军、郢州刺史，留守郢州。560年（天嘉元年），北周史宁率兵四万攻打郢州，孙玚的助防张世贵将郢州外城献给北周投降，孙玚因此损失军民男女三千人。周军堆土山筑高梯，日夜攻城，乘风放火，火烧内城南面五十楼。孙玚的兵士不足一千人，孙玚以酒食鼓励兵士士气。周军攻郢州艰苦。以任命孙玚为柱国、郢州刺史，封万户郡公笼络他。孙玚假装同意，趁攻城渐缓加强城防。陈军破王琳，乘胜追击