开始，首通段停止服务50日，进行全线设备系统大联调。2003年6月28日，晓港至琶洲段（现该段属于8号线）与首通段贯通投入服务，至此旧2号线全线通车，长度为18.28公里。2003年11月28日，首列二号线国产列车在长春下线。2005年7月21日，江南西站附近的海珠城广场基坑发生倒塌事故，由于担心危及2号线安全，旧2号线市二宫—中大区间停运23小时58分钟。随着2号线调整工程：琶洲至万胜围段与3号线首通段，4号线大学城专线段于2005年12月26日一同投入服务，增加了客村和万胜围两站分别作为与3号线