牛津学堂改为神学校（即后来的台湾神学院）。1911年年底，马偕博士的长子偕叡廉取得教育硕士学位后，返台筹办一所中学校；同年，教会将宣教中心移到首府台北，并将神学校迁往该地，遗留下来的牛津学堂旧址即成为新学校的预定地。1914年3月9日，日治时期的台湾总督府核发设校许可，该日期恰好与马偕博士42年前登陆淡水的日期相同，也成为日后的校庆纪念日。同年4月4日，淡水中学校（Tamsui Middle School）在牛津学堂举行开学典礼，当时的总督府学务课课长、淡水支厅厅长等政府官员皆来参加。创立之时即为五年制