长（Commanding officer）及副舰长（Executive officer）提供建议，并负责命令执行及舰上水兵的风纪。每一位新任水兵上舰后，通常由潜艇水手长负责接待。潜艇水手长是舰上最资深水兵，舰长并不需要从舰上挑选军衔最高或者年资最长的士官担任；同样的，当更加资深的水兵上舰后，并无代替该职位的必要。其选拨过程首先由舰长推荐，再由舰艇分舰队长向海军人事部门提出申请，最后由其他水手长进行面试。2011年9月底，海岸警卫队最后一批3艘飓风级沿海巡逻艇已全数归还海军，因此该职务在海岸警卫队已失