不久因母丧去职，孝宗念及经筵旧臣，特遣人营葬祭。黄珣丁忧结束后，出任北国子监祭酒。弘治十八年，升南京吏部右侍郎。正德二年（1507年），晋南京吏部尚书。正德年间，权珰刘瑾专权，劳民伤财，黄珣与林瀚上奏时政十二事，得罪刘瑾，结果黄珣被勒令致仕。刘瑾想到谢迁与黄珣同乡，对余姚人恨之入骨，将燕京的余姚籍官员全部调到外地，一个也不留。正德九年（1514年）八月，黄珣卒于家，朝廷赐祭葬，赠太子少保。 嘉靖初追谥文僖。
着作.着有《纷纷论稿》、《惕斋稿》、《东山文集》、《素庵诗集》等。