39年德国入侵波兰后，比亚韦斯托克于9月15日被国防军占领，一周后根据移交给从东方入侵的红军。1939年11月1日至2日间，战前的比亚韦斯托克省和波兰第二共和国的一半以上领土被。根据先前在莫斯科签署的德苏条约的条款，比亚韦斯托克市被并入苏联的白俄罗斯苏维埃社会主义共和国，直到1941年6月德国入侵苏联为止。成千上万的犹太难民从涌入该城。 在苏联占领期间，犹太公司和商店被关闭；犹太社会、教育和政治机构被认定为非法。此外，许多犹太人和波兰人“资本家”被苏联当局流放到西伯利亚。
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