新疆军区下辖南疆军区、伊犁军区（1955年10月31日自伊犁哈萨克自治州军区改称），均执行军级权限。1969年12月，伊犁军区改称为北疆军区。由于北疆军区领导机关驻地伊宁距中苏边界仅70公里，北疆军区在1970年4月东迁到沙湾县城，1970年10月迁到石河子市，1971年10月迁到乌苏。1979年5月1日，新疆军区遵照中央军委1979年4月9日电令，改称为乌鲁木齐军区，下辖南疆军区、北疆军区、东疆军区这3个军区。1985年6月，中国人民解放军“百万大裁军”开始。遵照中央军委命令，1985年8月30日撤销