逢献帝东归，汉献帝来到安邑，此时王邑担任河东太守，给予汉献帝身边的官员绵绢，被汉献帝封为安阳亭侯。王邑又兼任镇北将军。曹操平定袁尚、袁熙后，并州的高干造反。此时河东太守王邑被征召入朝廷，王邑以天下未平定为由不愿意接受征召，河东人河东郡掾卫固、中郎将范先向钟繇请求将王邑留在河东郡，钟繇拒绝。王邑只好回到朝廷。王邑来到朝廷后担任大司农，并兼管太常的公务。建安十八年七月（213年），汉献帝派王邑聘请曹操的女儿为贵人。