科学院分设理工系、农林系、教育系、行政系、公安系。
东北行政学院.1948年11月，东北科学院迁往沈阳，复名为东北行政学院。于12月开学。林枫任院长，王一夫任副院长。分设行政、教育、司法3个系，1个师范部。东北科学院美术系并入东北大学，东北科学院医学系并入哈尔滨医科大学，东北科学院农林系并入东北农学院。1949年5月，原嫩江省民政厅厅长刘靖被任命为东北行政学院第一专职副院长。1949年8月1日，中共中央东北局和东北行政委员会颁布了《关于整顿高等教育的决定》。根据此决定，东北