原嘉义县北半部拆分而出，辖区北至浊水溪，南至牛稠溪（今北港溪），东至中央山脉分水岭，约当今之云林县全部及南投县南半部。1895年（光绪二十一年），台湾依《马关条约》割让予日本，云林县废止。云林县的县治最初设在沙连堡林圯埔近郊的九十九崁云林坪（今南投县竹山镇）上，故将县名取作云林县，但后来由于交通等因素，于光绪十九年（1893年）将县治移到了斗六门（今云林县斗六市）。
行政区划.1894年（光绪二十年），云林县下辖十五堡：