将不同的蛋白质分离。其分辨率可以分离等电点差别只有0.01的蛋白质。双向凝胶电泳需要首先通过等电位聚焦按照等电点分离蛋白质，然后通过十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳根据分子量分离蛋白质。
活细胞中的等电位聚焦.有人 认为，真核生物活细胞在其内部对于蛋白质进行等电位聚焦，以克服酶和代谢反应的反应物扩散速率限制，并通过等电位聚焦来限制一些生物化学反应速率。
基于芯片的等电位聚焦.基于微芯片的等电位聚焦具有可提供快速的蛋白质分析、检测量小、制造成本低等优点，因