1年的克朗奎斯特分类法将裸木属列在桃金娘科中，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法认为应该单独分出一个科——裸木科（），仍然列在桃金娘目中，只有1属1种——裸木属裸木，2003年经过修订的APG II 分类法维持原分类。后来发现异裂果科的异裂果属是裸木属的旁系群，两者又是其它桃金娘科的旁系群，2009年修订的APG III分类法便将裸木科与异裂果科重新并入桃金娘科，成立包含这两个属的裸木亚科。