五郡。元徽元年（473年），割钟离郡属徐州。至此，南兖州领十一郡：广陵郡、海陵郡、山阳郡、盱眙郡、南沛郡、秦郡、新平郡、北淮阳郡、北济阴郡、北下邳郡、东莞郡。南朝齐时，割新平郡属兖州。建元四年（482年），併北淮阳、北济阴、北下邳、东莞四郡入广陵郡。永明元年（483年），併秦郡入青州之齐郡。至此，南兖州领五郡：广陵郡、海陵郡、山阳郡、盱眙郡、南沛郡。
梁陈.南朝梁时，复置秦郡；分广陵郡置广业郡，后改为神农郡；割山阳郡属北兖州。大宝元年（550年），割秦郡置西兖州。至此，南兖州领