物理寻址相比，IOMMU的缺点包括：
虚拟化.当操作系统在虚拟机器内运行时（包括使用的系统，例如Xen），其通常不知道它要访问的内存的主机物理地址。这使其难以直接访问计算机硬件，因为如果客户机系统尝试用客户机的物理地址进行直接记忆体存取（DMA）来吩咐硬件，其可能损坏内存数据，因为硬件不知道给定虚拟机客户机物理地址与主机物理地址之间的映射关系。而由管理程序或主机操作系统介入I/O操作来应用翻译则可以避免损坏，但会增加此I/O操作的延迟。IOMMU可以依靠将客户机物理地址映射到主