许多类型的燃料和热源可能被认为用于微型热电联产。这些来源的性质在系统成本，热成本，环境影响，便利性，易于运输和存储，系统维护和系统寿命方面都有所不同。 正在考虑与微型热电联产一起使用的一些热源和燃料包括：天然气，液化石油气，生物质，植物油（如菜籽油），木煤气，太阳能热能，最近还有氢，以及多燃料系统。
发动机类型.天然气适用于内燃机，如奥托四冲程发动机和燃气涡轮发动机系统。 燃气轮机由于其高效率，小尺寸，清洁燃烧，耐用性和低维护要求而被用于许多小型系统中。 用箔轴承和空气冷却设计的燃