助理教授。1992年离开三岛市的国立遗传学研究所去新成立不久的综合研究大学院大学担任教授（1992-)。2002年，高畑尚之当选美国艺术与科学院外籍院士。2008年至2017年任综合研究大学院大学的校长。
研究领域.高畑尚之是木村资生后期主要合作者，他为完善中性演化理论做了很多工作，特别是在人类遗传学的主要组织适合抗原(MHC,major histocompatibility antigens)的研究，拓展了群体遗传学的范畴，为研究人类的疾病、演化、迁徙提供了一个很好的理论框架。现