但11月27日的五都选举最终在不被看好的情况下小输给国民党提名、寻求连任的胡志强。吴乃仁于选后请辞祕书长一职，主席蔡英文于同年12月20日宣佈苏嘉全重新接任秘书长，于同日的中执会后正式上任。2011年9月9日，苏嘉全接受蔡英文的正式邀请，成为2012年总统大选的副总统候选人，隔年1月14日宣告落败。2015年11月11日，民进党第9届不分区立委名单出炉，苏嘉全排名第9位，并于隔年1月16日当选。2016年1月29日，与有意角逐立法院长的柯建铭、陈明文经过协调后，确定与蔡其昌一同角逐立院正副龙头宝