件之后清廷体认到台湾的重要性，转为积极治理台湾，增设府县，并对台湾东部及原住民地区以「开山抚番」进行开发、征服及台湾东西部越岭古道，虽最后仍无法有效统治原住民地区，但可防止外国势力以原住民治理问题进犯台湾。并于1884年爆发中法战争后，1885年建立福建台湾省，直至1895年割让台湾予日本。日本接手台湾后，鉴于此次攻台与接收过程中病死人数远多于战死，决意在台湾积极着手规划建设医疗卫生设备。
考据.日本沖绳大学历史系客座教授又吉盛清认为，牡丹社事件发生源自「语言隔阂的误会」，非