但很擅长搞政治斗争。2009年3月7日，瞿海源在「雷震、反对党与社会运动研讨会」说，民主进步党标举台独口号却做不到台独，是陈水扁政府八年执政失败的主因；他说，民进党现在应该有智慧地维持台湾独立，而不是用意识形态、浪费资源去搞连自己都认为不会成功的台湾独立运动。他说：「有很多民进党人把台湾独立当成基本的价值，把这个价值当成政治行动的依据，实在是大有问题。激进一点的说，虽说要台独，但说了八年都还做不到。平心而论，现在的当务之急为『有智慧』地维持台湾的独立，而不是动不动就喊喊台湾独立的口号。」2009年6