与库奥皮奥大学合并之前，约恩苏大学设有8个学院，分别为：生物科学学院、教育学院、林业科学学院、人文学院、法经商学院、理学院、社会科学与区域研究学院、神学院。独立机构有：计算中心、继续教育中心、教育技术中心、芬俄跨国大学、旅游研究中心、卡累利阿研究所、语言中心、梅克里湖研究站（位于伊洛曼齐）、萨翁林纳继续教育与区域发展中心（位于萨翁林纳）、图书馆等。约恩苏大学为国际学生开设了基础芬兰语课程和13个国际课程。其中5个为非学位课程，课程周期一般为1学年，主要面向交换生，分别是：卡累利阿、俄罗斯与波罗的海区