明治35年（1902年）至明治37年（1904年）以《续国史大系》为名刊行。田口卯吉编辑，以黑板胜美为主校订。其目录如下：
第二次：国史大系六国史、国史大系类聚国史.黑板胜美对以刊行的国史大系中的六国史再次进行校订，并新增《类聚国史》，编成《国史大系六国史》4册和《国史大系类聚国史》一册，共计5册，于大正2年（1913年）至大正5年（1916年）期间于经济杂志社刊行。其目录如下：
第三次：新订增补国史大系.于昭和4年（1929年）至昭和39年（1964年