金银岛竟然沉入了海底，而静香亦突然被抓到海盗船上一同沉入海底。海盗们逃走后，大雄他们遇到了一名在海上漂流的少年“弗洛克”和一只名叫“谜题”的机械鹦鹉。弗洛克自称是从海盗船逃出来的机械工，并且知道金银岛隐藏的重要秘密，原来那座岛是一艘高速运行的海盗船，用23世纪的高科技制成，一边穿梭于过去、现在、未来，一边攫取沉睡在海底的宝藏。大雄一行人决心要救出静香，而弗洛克亦担忧此时正在海盗船上的妹妹「莎拉」。与此同时，海盗船正在高速运行，而静香则被带到一个房间，并遇见了莎拉，静香发现二人长相一模一样，只是头发颜色不