，击退农民军“混天星”。农民军逼近汉中，封地在汉中的皇叔瑞王朱常浩告急，樊一蘅与副将罗尚文往救，正逢洪承畴大军到，农民军退去。樊一蘅升任按察使，与副将马科、贺人龙屡次在汉中击败农民军领袖“祁总管”，将其降服。崇祯十二年（1639年），擢为右佥都御史，代郑崇俭巡抚宁夏，被弹劾，罢官归家。崇祯十六年（1643年）冬，获举荐，起为兵部右侍郎，总督川、陕军务，但因道路阻碍，诏命未能送达。
经营川蜀.崇祯十七年（1644年），李自成破北京，崇祯帝自缢殉国。福王朱由崧在南京称帝，继续如前任