1977年台南县政府于南化乡（今南化区）设立「噍吧哖起义抗日烈士纪念碑」与玉井虎头山立「抗日烈士余清芳纪念碑」，以彰义士之忠烈，并于2012年完成修复落成，2010年代末，台南县政府于玉井乡（今玉井区）增建一座「噍吧哖纪念公园」。而当时起义的地点南化乡、玉井等地皆设有「忠烈庙」、「怀恩堂」等忠烈祠，奉祀革命义士的神位。台南民间也私设有「西来庵噍吧哖纪念馆」的宫庙，台南市政府文化局将玉井旧糖厂的招待所等建物保留并修建为「噍吧哖事件纪念园区」，原本预计于2015年10月底到11月初前完工，最后在该年11月27日