蒿素及另一种抗疟药物（可能是甲氟喹、苯芴醇或）；如果青蒿素无法取得，则可使用奎宁加上去氧羟四环素。为避免疟原虫抗药性增加，疟疾盛行地区的病患应尽量在确诊后才开始投药。疟原虫已逐渐对几种药物产生抗药性，具有（氯喹）抗性的恶性疟已经散布到多数的疟疾盛行区，青蒿素抗药性的问题在部分东南亚地区也日益严重。主要流行地区包括非洲中部、南亚、东南亚及拉丁美洲，这其中又以非洲的疫情最甚。根据世界卫生组织的统计，2013年全球疟疾病例共有1.98亿例，造成584,000至855,000人死亡，当中有90％是在非洲发生。