化石最早则可上推至一亿三千万年之前。接近近代的花朵化石的突然出现，在演化论中产生了一个问题，被达尔文称做是「恼人之谜」（abominable mystery）。关于被子植物的起源时代，一直存在多种说法，主要有古生代起源说、三叠纪起源说和白垩纪（或晚侏罗纪）起源说。长期以来，古生物学家一直未能发现白垩纪以前地层中的确凿的开花植物和花粉化石，故白垩纪起源说成为学术界的主流。而一些学者也认为在侏罗纪晚期就已为被子植物的发展准备好了条件，被子植物起源的时间应当略早于白垩纪，21世纪以来则陆续有发现侏罗纪末期开花