福建沿海，共设五卫十二所。金门守御千户所为十二所之一；兵部称唿金门是「金门所」，下辖峰上、官澳、田浦、陈坑四个巡检司，后又增设烈屿巡检司。因金门固守福建东南海口，取「固若金汤，雄镇海门」之意，而由浯洲改名为金门。嘉靖三十九年（1560年）三月二十三日倭寇从料罗登岸，二十六日劫肆西仓、西洪、林兜、湖前诸乡社，死者数百人；二十八日复有倭艘自石壁兜登岸，再劫平林、阳翟等十七都诸乡，最后攻陷官澳巡检司城，「纵火屠城，自夜至旦，刀斧挺击，积尸与城埒，城外亦纵横二里许，妇女相携投于海者无数」，整个金门东半岛，几被洗