岁时，患天花，险些丧命。15岁时随父亲出入佛寺，并从此对佛学产生终生的兴趣。万历二十七年（1599年），18岁时补苏州府学生，后在江南与士林俊杰广为交游。万历三十二年（1604年），东林书院创办，钱谦益赴焉学习，师从顾宪成、高攀龙等人。24岁时，同县的瞿式耜（时年18岁）从学，并与钱谦益维持师弟关系始终，钱称其谓“我稼轩”（稼轩为瞿式耜之号）。万历三十四年（1606年），参加应天府乡试，获得第3名，座主为徐良彦与傅新德。翌年（1607年）赴北京参加会试落第。万历三十八年（1610年）春，二十九岁再次赴京赶考