丘仲孚年少好学，从祖父丘灵鞠认为他是人才，经常称他为千里马。南齐永明初年他获选为国子生，察举高第，但未获任官就回到家乡。他家中贫穷，无法自给自足，就聚集盗贼，为他们计画劫掠三吴。丘仲孚聪明有谋略，盗贼们都畏惧服从他之。太守徐嗣征召他补任主簿，历官扬州从事、太学博士、于湖县令，有能力名声。当地太守吕文显当时获得君主宠信，欺侮诋毁属下县份，只有他不屈服，因父丧辞官。齐明帝继位，丘仲孚得起用为烈武将军、曲阿县令，其时会稽太守王敬则举兵造反，趁朝廷没有防备，令造反的事刚传到朝廷，王敬则的前锋已到达曲阿。