教初创时受到日本警方压制，但以中山家族为中心顽强存续，并于1896年随日本移民传入台湾，在台北、嘉义等地活动，信徒多为日本人，且同样遭到日本统治当局取缔；直到1908年，天理教在日本获得政府许可设立正式教会，在台天理教方被解禁，但台湾当地人入教甚少。太平洋战争后，日本信徒被遣返，天理教在台活动一度中止。1962年，日本人再度来台，恢复传教工作。1966年起，与台湾建立学术交流机制，并派遣三滨善朗来台重建天理教传道系统。1971年12月，获准成立「财团法人中国天理教总会」，1977年9月，于大直新建的台湾传道