.此站有两面侧式月台及两股轨道，往近江中庄站方向设有横渡线，月台长度可停最多8节车厢的列车。牧野站由坚田车站管理，窗口售票业务委託由JR西日本的子公司「JR西日本交通服务」派员办理，清晨与夜晚无人派驻。售票窗口设有售票终端机，并设有自动售票机及ICOCA的读卡机，但并没有设自动补票机。
使用情况.根据「滋贺县统计书」，1日平均上车人次如下表。
车站週边.车站靠近琵琶湖，在夏季时有不少泳客前往游泳。从车站徒步约半小时可达琵琶湖八景之一「海津大崎」，在樱花