南安平建立热兰遮城作为统治中心。1651年，爆发在台汉人反抗荷人统治的郭怀一事件。最终在荷兰统治当局与台湾原住民联守下平定，之后荷兰统治当局建立普罗民遮城。1661年4月，郑成功军队登陆台南，与荷方展开战争，1662年2月荷兰人向郑成功投降，递交降书后旋即退出台湾，台湾进入明郑时期。
郑氏治台时期.郑成功取得台湾后，荷兰亟思「光复福尔摩沙」，为此一度与清朝政府结为清荷联军。1663年10月间，荷兰舰队司令率领16艘战舰、2000名士兵，与清靖南王耿继茂、福建总督李率泰签定联