试运营。9月1日，改建后的南京站开始进行为期20天的试营运，候车大厅和站前广场通过了验收。同年9月21日正式营运，49趟原在南京西站、中华门站到发的列车改在南京站始发。
新建北站房.2009年底，南京站开始进行北扩工程，作为沪宁城际铁路始发站使用。2010年7月1日随沪宁城际高铁开通而投入使用。南京站城际场共新建线路6条，站台4座，现有线路1条增加停靠站台，与城际站台合用。完成后，南京站共有站台8座，到发线14条，其中普速场8条，城际场6条。2010年11月，南京站北广场工程开