之前的政府施行的反天主教限制政策在20世纪60年代恢复。
内战.多个文官政府推行积极的推回政策，导致农村地区自1960年起发生一连串左翼叛乱。这导致美国支持的危地马拉军政府和经常得到很大程度支持的左翼叛乱分子陷入长达36年的危地马拉内战。其中规模最大的运动由率领，该组织巅峰时期成员达27万。内战期间，双方都对平民犯下暴行，其中93%在美军的支持下实施，而美军曾在80年代对当地的土着玛雅人发动种族灭绝的焦土运动。里奥斯·蒙特和费尔南多·罗密欧·卢卡斯·加西亚在位时，这类暴力行为尤其严