入湖广总督毕沅幕府，协助编纂《续资治通鉴》等书，毕沅待之甚厚。五十五年，毕沅再邀为《湖北通志》总纂。嘉庆五年（1800年），贫病交迫，双目失明。次年十一月卒。葬山阴芳坞。
着作.章学诚一生精力都用于讲学、着述和编修方志。所着《文史通义》，与唐刘知几的《史通》幷称史学理论名着。曾编纂《史籍考》，拟尽收古今史部书叙目凡例，总目达三百二十五卷，但书未完成，稿亦散失。所修方志，传世有和州、亳州、永清三志。曾主修《湖北通志》，现存遗稿数十篇。章学诚一生颇自负，不与刘知几并称，他说：“郑樵有