自1944年秋，历任中共中央西北局组织部副部长、部长，西北局常务委员，西北局党校校长，西北局纪律检查委员会书记，西北人民监察委员会主任；是当时中共中央西北局的主要领导人之一。中华人民共和国建国后，1952年冬，在习仲勋调中央工作后，马文瑞晋升为中共中央西北局副书记、兼组织部部长；1954年9月，在国务院成立后，出任中华人民共和国劳动部首任部长；于1956年召开的中共八大上，当选中央候补委员。“文化大革命”开始后，马文瑞受到迫害；于1966年12月免职；在中共八届十中全会上，被确定为 “习仲勋、贾拓夫