为基督教是西方社会的一个“毒瘤”，曾经给西方社会带来了无数的灾难。“现在这个毒瘤有向中国扩散之势，而且还是最毒的部分。”因此“基督教将会是中华文化的一大威胁”。关于耶稣，方舟子认为“没有任何可信的史料证明曾经存在拿撒勒的耶稣这么个人”。同时，方认为福音书中描写的耶稣“歧视残疾人”、“无同情心”、“伪善”、“暴力”且“撒了弥天大谎”。2013年7月，美国旧金山发生韩亚航空214号班机事故。在得知遇难学生是去参加基督教学校组织的夏令营后，方舟子评论道“上帝也不保佑保佑他们”。
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