内清除，并且取消国民革命军内党代表及政治部编制。国民革命军开始被中国共产党称为蒋军，中国共产党指责国军已成为「新军阀」蒋中正工具。至7月15日，武汉政府分共，8月19日武汉中国国民党中央党部及国民政府发表迁都南京，又合而为一。8月，蒋中正辞去总司令职。孙传芳乘机反攻，被李宗仁、何应钦、白崇禧在南京龙潭击败。1928年1月，蒋中正复出。支持北伐的冯玉祥手下的国民军，及阎钖山手下的北方革命军併入国民革命军战斗序列。国军编为第一、二、三、四集团军，分别由蒋中正、冯玉祥、阎钖山及李宗仁任司令；蒋中正为总司令。6