于1938年迁到香港，借用香港大学陆佑堂及租用新界元朗农地继续办学，再于1942年因香港沦陷迁到粤北韶关。于第二次世界大战后迁回广州康乐校园。因内地高校院系调整，中华人民共和国政府向各有宗教背景大学作出整顿，广州的岭南大学停办，并于1952年被併入中山大学，现在的中山大学校园正是昔日岭南大学的校址，多座前岭南大学建筑已列为广东省重点文物保护单位。
岭南书院创立.「岭南中学校董会」联同「岭南会所」及「岭南大学香港同学会」于1961年组成「岭南教育扩展会」，负责研究发展岭南教育，并