1年太平洋战争爆发后，上海完全沦陷，之后远东的航运中心从上海转移到了香港，上海港的地位逐渐被香港取代。
中华人民共和国时期.1949年5月，中国人民解放军攻占上海。6月，中华民国政府推行关闭政策，外国船只被禁止进入中国领海。中华民国海军的军事行动又有效的封锁了长江口。次年，中华人民共和国突破中华民国对长江口的封锁。此后，中华民国仍长期维持对台湾海峡的封锁。因此在1968年之前，上海港在内的大陆港口与南方港口之间互不通航。同时，受中华人民共和国经济的影响，虽然上海港一直为中国大陆最大