辽王立一大白纛（白旗），上写「讼冤之纛」，被视为造反，洪朝选认为辽王愚昧，并非谋反，于是选择避重就轻。隆庆三年京察，是年十一月，刑部左侍郎洪朝选和光禄寺少卿尹乐舜等官员被判定为不称职，依例致仕。洪朝选归乡，甚为愤恨，发言指责张居正夺情不孝，又批评福建巡抚劳堪。隆庆四年，同安县民刘梦龙和叶絃有财务纠纷，打起诉讼官司。福建巡抚何宽宣判刘氏败诉。刘家不服，而叶絃是洪朝选夫人的亲侄子，刘家长辈刘存德遂指使家族子弟搜集洪朝选的不法情事。万历二年，刘梦龙向福建巡按御史孙琮提交了洪朝选的罪证，但孙琮置之不理。万历五年