古兵犯遵化、玉田，马芳因抗击不力，被贬为都督金事。嘉靖四十年（1561年），与俺答部七战皆捷，升总兵。嘉靖四十五年（1566年）十月，俺答以十万骑兵犯万全右卫，马芳在马莲堡迎敌，令大开堡门，俺答部疑有伏兵，不敢轻入。入夜，马芳下令出击，于拂晓大破敌兵。《明史·马芳传》称「大小百十接，身被数十创，以少击众，未尝不大捷」，“威名震边陲，为一时将帅冠”；诗人尹耕有诗：“威名万里马将军，白发丹心天下闻”。有子马林。