1号月台原为506线的月台，因杯渡路架空路轨工程及列车不足，506线永久由巴士行驶，一直闲置至今(与6号爲备用月台)。屯门码头站公共交通交汇处设于6号月台旁和调头路轨内，该处为行人、巴士及轻铁共用部份路段，因此较容易发生意外。同样使用相同总站设计的三圣站，早已将巴士总站与轻铁路轨分隔，以保障行人及乘客的安全。而在2号至5号月台下车的乘客，若果需要前往海趣坊或码头，需要沿着近海的入站路轨旁步行一段距离，由于步行方向与列车的行驶方向相同，乘客通常没有注意后面的列车，继而产生意外。此外该处亦设有轻铁客务中