碱基的改变，特别是使G:C对突变为T:A对的，会造成氧化损伤。无机砷即使在低浓度时也会导致DNA链断裂。
抑制DNA修复.抑制DNA修复据信是无机砷产生基因毒性的主要机理之一。与砷接触后产生的活性氧造成的DNA碱基损伤需由核苷酸切除修复（NER）和（BER）两种过程修复。具体来说，NER机制是修复DNA双螺旋中大块变形的主要途径，而BER机制则主要修复活性氧导致的单链断裂，不过无机砷也可抑制BER机制。
免疫紊乱.砷会严重伤害先天和后天免疫系统。在内质网应