派专机飞往印尼疏散受难者，并且安排C-130运输机于国内待命及派遣舰队至峇里岛海域随时进行撤侨。中华民国政府要求保护受难者，并威胁要撤回中华民国在印尼的投资（约130亿美元），禁止印尼劳工入境（约1万5千人）。对于印尼表达希望勿撤资撤侨，时任外交部部长胡志强5月17日表示，政府动作如果太大，担心激怒印尼政府，后果难以掌握， 至同年7月29日公开召见印尼驻台代表提出「最严正的抗议」。8月3日，上百人向印尼驻台北经济贸易代表处抗议印尼华人女性被强暴。8月8日，印尼投资部长飞往台湾提倡投资印尼时，也因此为此事件道