议员约翰·布雷肯里奇接任美国司法部长，约翰·阿代尔接替他完成任期，但在一年后进行的下一任参议员选举中，阿代尔因为与艾伦·伯尔的关系密切，使得他落选，他随即于11月辞去参议员职务。肯塔基州不得不另外推举人选来完成任期，于是克莱以其杰出的政治能力，被选入美国参议院，担任了不到一年的参议员。但克莱当选时，他尚不足三十岁，违反了美国宪法第一章中要求参议员需超过三十岁的要求，这一点参议员们乃至克莱自己都没注意到 。1807年克莱完成参议员任期，回到肯塔基州担任州众议院议长。。1809年1月3日克莱提出一项要求州议