9年台风破坏大楼外墙.1999年9月16日台风约克袭港，香港天文台曾悬挂十号飓风信号，入境事务大楼的玻璃幕墙被吹毁，以致大量政府文件被吹至地面。
2000年纵火案.2000年8月2日，大批声称拥有居港权的中国人带着易燃液体和打火机到入境事务大楼要求与官员见面，并威胁自焚，期间施君龙等人在现场纵火，事件中高级入境事务主任梁锦光及争取居港权人士林小星被烧死。2002年2月首被告施君龙被判谋杀及纵火罪名成立，判处终身监禁，另外6人彭汉坤、傅模、林兴銮、杨义坪、杨义炎及周洪川，则因误