稷坛附近修建一座观象台，作为观星台的参照。嘉靖二年（1523年），观星台上树立起一根风竿，竿上设置28道铁箍，象征28各星宿。此外还在台上安放了浑天仪和简仪。此外，嘉靖年间曾对古观象台大规模维修。
清代.顺治元年（1644年），清朝入关，当年改观星台为观象台，隶属于钦天监，地理位置不变，制度沿用明制，此后不久终止了南京鸡鸣山的观测活动。康熙七年（1668年），鸡鸣山的全部设备被运回北京，此后并未投入使用，部分仪器在之后仪器的制造当中被熔。康熙八年（1669年）钦天监副南怀仁上疏改造