005年，杨祖珺担任「声援杨儒门大联盟」联络人。2011年至2013年6月，杨祖珺担任国立台南艺术大学音像记录与影像维护研究所专任副教授。2004年10月6日，《新新闻》第917期刊登杨祖珺的文章，颠覆民进党官方版党史。2005年8月13日，夏潮联合会与社运界及知识界二十多个团体在台北市二二八和平纪念公园露天音乐台举办「世界反法西斯战争胜利暨中国抗战胜利、台湾光复六十週年纪念大会」，杨祖珺与詹澈担任主持人。杨祖珺说，法西斯主义的阴影存在于国际之间、也存在于社会生活里；社会中对于各种在宗教、种族、族群