此外缺乏完整的二军制度，选手平均职业生涯只有五年，使得台湾的青年及业余选手对于加入中华职棒意愿降低，改而考虑加入合库或台湾电力等由企业经营的业余球队，退役后可以到母企业上班，或者考虑加入其它国家的职业棒球队。譬如名列亚锦赛全垒打王与打点王的业余选手吴宗峻，面对兴农牛队开出300万签约金，仍因中职涉赌案而慎重考虑是否要留在业余的合作金库队。最后他在牛队积极游说并提高签约金到350万的情形下同意加盟，但同为牛队代训球员的陈瑞慕，依然因为假球案的影响而决定留在业余的台电队。曾为La New熊队代训球员的左投手