香港中文大学经济系出任助理讲师。1981年获芝加哥大学颁发哲学博士学位后晋升为讲师，同时出任新亚书院学生事务长（1981年－1983年）。其后参与逸夫书院的创立与草创时期的工作。在1987年成为高级讲师。在中大期间，他曾在芝加哥大学全国民意研究中心、史丹佛大学胡佛战争、革命与和平研究所任访问学人。1988年，王于渐创立香港经济研究中心，并担任中心主任至今。1992年，王于渐加入香港大学经济及工商管理学院，担任副教授，三年后晋升为教授。；其后曾担任商学院院长（1997－2002年）、经济及工商管理学院院长