要认清心理学的价值所在，并要敢于知难而进，有所作为，共同来开垦中国科学领域中的这一“半荒区”。1944年，潘菽和梁希、涂长望、金善宝等，联合包括竺可桢、李四光等着名科学家在内的一百多人共同发起组织了“中国科学工作者协会”。1946年5月，潘菽和许德珩、涂长望等在重庆创立九三学社。1949年8月国立中央大学改名国立南京大学，潘菽任国立南京大学心理系教授兼系主任。1949年11月出任国立南京大学校务委员会主席。1951年7月“校务委员会主席”改为“校长”，潘菽任南京大学首任校长，至1957年6月。