纽约市的东河流经长岛海湾，将布朗克斯和曼哈顿与长岛隔开。哈莱姆河位于东河与哈德逊河之间，分隔曼哈顿和布朗克斯两行政区。布朗克斯河流经布朗克斯和威斯特彻斯特郡，是纽约市唯一皆为淡水的河流。纽约市的大部分地区都被人为的修整过，自荷兰统治时期开始就有大量的填海造地工程在曼哈顿下城等地进行，如1970至1980年代的砲台公园城市计画。 纽约市的总面积约，其中为水域，为陆地。城内最高海拔位在史泰登岛的托德山，约，是缅因州南部的东部沿岸的最高地。
气候.根据柯本气候分类法，纽约属于副热