和玛丽二世颁下皇家宪章。新成立的学校亦因此得名威廉与玛丽学院。值得注意的是，皇家宪章规定学院需要永远地保留原校名（即便威廉与玛丽学院以现代标准可以称为大学）。皇家宪章亦要求高等教育必须包括三所学院：语法学校、哲学学校和神学院。哲学学校为学生提供道德哲学（逻辑、修辞、概念）和自然哲学（物理、形而上学和数学），而神学院的年轻人要准备入英国教会。而詹姆斯・布莱尔则成为学院的第一位校长，终身任命。布莱尔于1743年去世。1693年，学院在本地的市民议会中获得一个席位。议会决定办学的开销由烟草税和皮草的出口关税支