北京大学周树人等40多名教师公开发布《反章宣言》，助该校复课，并且在该校义务授课。同年冬，谭熙鸿参加了北京各界人士发起的争取国家关税独立运动。1926 年，英国国会处理中英庚子赔款退赔事宜时损害中国教育事业，谭熙鸿同中国教育界领袖雷殷、马叙伦、陶行知、林风眠等20多人三次向英国庚款咨询会调查团提出抗议。1926年三一八惨案发生后，段祺瑞执政府缉拿所谓“肇事者”，《京报》刊登的通缉名单列出48人，其中包括谭熙鸿、徐谦、李大钊、吴稚晖、李石曾、顾孟余等。1927年，奉军入山海关，谭熙鸿于同年3月间离开北京南下。