选再度当选为国会议员，也被总理马田（）委任为文化部旗下的多元文化国务部长。2006年，陈卓愉成功连任，并担任联邦自由党边境事务评论员。然而两年后的联邦大选，陈被保守党候选人黄陈小萍以约8,000张选票之差击败，未能再度连任。陈卓愉于2009年与乐美森和苏立道争夺来届联邦大选列治文选区的自由党候选人资格，最终由苏立道胜出。