12年秋，何遂任北京政府陆军第八师（师长王孝缜）司令部代理参谋长，仍兼任步兵32团团长。后被迫辞职，拟赴日本留学之际，发生了“宋教仁案”，遂于1913年“二次革命”期间参加军事策反活动。1913年秋，与王孝缜、黄恺元、刘建藩逃亡日本，未经考试获准东京早稻田大学政治经济科学习，其夫人陈坤立亦入东京青山女子实践学校学习。1913年12月，何遂接到陕西都督陈树藩的邀请返国，任陕西都督府教导营营长，后任教导团团长。1915 年春，何遂应黎元洪之邀返回北京，任陆军大学第四期正则班上校战术教官，时任陆军大学校长