随着政府机关精简，实业部同农矿部合并成立新的经济部，秦汾任经济部政务次长，负责确定战时体制下的经济政策。1941年（民国30年）9月，他任行政院水利委员会常务委员。抗日战争结束后的1947年（民国36年）12月，他任行政院赔偿委员会副主任委员。第二次国共内战后，他逃往香港，1951年（民国40年）迁居台湾。在台湾，他经营中华纺织公司、中华建筑公司等企业。1973年（民国62年），他在台湾病逝。享年92岁。
学术贡献.他在数学、天文学方面造诣很深。