任副司令，但因程壁光尚在英美未归国，故黄钟瑛代理总司令。黄钟瑛将起义舰队编组成两个舰队，他自己兼任第一舰队司令，汤芗铭任第二舰队司令。舰队复驶至武昌支持黎元洪起义军。1912年（民国元年）1月，南京临时政府成立，他任海军部次长兼北伐海军总司令。他率海容舰、海琛舰北上烟台，助革命军光复登州（今烟台）。4月，他任北洋政府海军部次长。11月，他获授海军中将。1913年（民国2年）10月，他继支持二次革命而下台的谭延闿担任署理湖南都督兼民政长。1914年（民国3年）5月，他兼署理湖南巡按使，6月他获得“靖武将军