奖报名件数首度突破千件，报名件数后续也出现大幅成长。2000年后，金曲奖陆续发生变革。新闻局为平衡台湾各地文化发展，在2001年（第12届）首度将金曲奖颁奖典礼移师高雄举行，2002年（第13届）、2005年（第16届）亦在高雄举行，但2006年（第17届）与2007年（第18届）以后的流行类颁奖典礼固定于2005年底启用的台北小巨蛋举行。2003年第14届金曲奖为鼓励介于古典和流行之间的跨界作品而增设「最佳跨界音乐专辑奖」，并为鼓励客语及原住民语音乐而将「最佳方言男演唱人」和「最佳方言女演唱人」两个奖