禽流感影响，户外湿地保护区对外关闭。2009年2月1日，世界湿地日2009年香港区庆祝活动于香港湿地公园举行。2月2日，香港湿地公园与新加坡双溪布洛沼泽保护区成为伙伴湿地。2009年6月下旬开始，游客可在公园室内地方，包括票务处、中庭、观景廊、大家乐餐厅及湿地探索中心使用「香港政府WiFi通」免费无线上网服务。2009年10月1日至4日，作为庆祝中华人民共和国成立六十周年的活动，连续四天举行「文化节」宣扬爱护湿地的重要性。2009年10月17日，「世界湿地日2010」香港区启动礼于公园举行，