上天皇身份行院政。往后几位天皇的母亲，与德川家没有血缘关系，因此在过世以后才追赠女院身分，而几位女院的父亲的授官仪式也是在极秘之间进行，可见幕府对朝廷有所压力。后水尾天皇致力于和歌，曾命令臣下编撰《类题和歌集》。作有《伊势物语御抄》。此外他笃信佛教，曾拜中国福建渡来人隐元禅师为师父。后水尾天皇于延宝八年八月十九日(1680年9月11日)过世，享年八十四岁，安葬于月轮陵。后水尾此一谥号，是后水尾天皇生前亲自指定的谥号，来自平安时代的清和天皇。清和天皇别号水尾帝，清和天皇的后任是其子阳成天皇，阳成天皇因行事