也都入选了世界杯冠军阵容，但1991年随着后卫罗伊特和科勒尔（连同其他几位德国球员）出走意大利，则意味着拜仁必须继续加强后防实力。在尤普·海因克斯的带领下，球队先后止步于1989年欧洲联盟杯、1990年和1991年欧洲冠军盃的半决赛，分别淘汰他们的那不勒斯、AC米兰和贝尔格莱德红星都赢得了当届赛事的冠军——其中米兰需要战至加时赛才凭借作客入球淘汰拜仁，而红星则是依靠奥根塔勒不幸在最后时刻的乌龙球才得以晋级。除了官方的欧洲足联赛事，德国也在此期间实现了统一，于是在1990年11月，拜仁作为西部卫冕冠军参加