东侧是其附属寺院普佑寺，为扎仓（经学院）。
建筑.普宁寺建在山坡上，坐北朝南，占地面积33000平方米，有主要建筑29座。建筑风格独特，吸收并融合了汉传佛教和藏传佛教的寺院建筑格局。以大雄宝殿为界，分为前、后两部分。前半部分为汉传佛教“伽蓝七堂”式布局，中轴线上依次分布着山门、碑亭、天王殿、大雄宝殿等殿堂，两侧为钟鼓楼和东西配殿。后半部分为藏传佛教风格的寺庙建筑，是仿西藏桑鸢寺而建的藏式曼陀罗。平面有一条南北中轴线贯穿。主要建筑有：
佛事活动.普宁寺有佛门