大部分为隐性感染。该疾病在日本的媒介主要是三带喙库蚊，不过在热带地区，也有其他蚊虫作为传播媒介。日本脑炎的潜伏期在6到16天左右，症状有发高烧、痉挛及休克。一旦发病，只能采用对症疗法。据推测，发病之后的死亡率在10%到20%，但一半以上的发病患者都会受到脑损伤，留下脑部功能障碍或是瘫痪等严重的后遗症。1954年(昭和29年)，日本开始推广接种灭活疫苗，到1965年(昭和40年)时，高度精制的活疫苗开始投入使用。日本在1967年(昭和42年)到1976年间积极接种活疫苗，患者数量出现了戏剧性的下降。S