大战结束后，就任中华民国花莲港厅接管委员会专员。民国39年（西元1950年），台湾依据「台湾省各县市实施地方自治纲要」举办第一届县市长选举，花莲、台东首先举行投票，当年54岁的杨仲鲸在6名竞选者中当选第一届花莲县县长，他和吴三连（台北市）、杨基先（台中市）是本届中竞选成功的三位社会人士，而杨仲鲸的当选证书是第一号。