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车站楼层.本站共有两层。地面为开创大道、开达路、香雪三路、广州宝能观致文化中心及其它小区或建筑。目前车站地下一层为站厅；地下二层为6号线月台。
站厅.萝岗站站厅设有售票机、自动售卡/充值机、客务中心和洗衣店、自动照相机、自动贩卖机、“好易”自助服务等设施。为方便行人进出，目前站厅南侧被划分为收费区，收费区内设有三台扶手电梯、两组楼梯和一台专用电梯供乘客来往于站厅及月台层。
月台.本站设有一个岛式月台，位于开创大道北侧的地底。