成为自东京出发经铁路前往亚洲大陆最近的日本海沿岸港口，战略地位大幅提高，成为日本对亚洲大陆的重要战略据点。太平洋战争（二战东方战场）开始之后，新潟市的军需工厂更明显增加，新潟港的货物吞吐量更在1944年创下新高。新潟由于其重要的战略地位而被美军列入投放原子弹的候选地点之一。在广岛市、长崎市相继被投下原子弹之后，日本政府认为新潟市有可能是下一个遭到原子弹攻击的城市，并于1945年8月10日下令疏散新潟市内民众，这使得新潟成为史上唯一假定遭到核弹攻击并疏散市民的城市，也让新潟市在几近无人的状态下迎来了二战的终结