清正在获得了行长的领地后，在熊本筑城，也就是现今熊本县的熊本城。庆长8年（1603年）、获赐丰臣姓。 1605年就任从五位上、侍从肥后守。1610年协助幕府负责建造名古屋城。在关原之战后，清正和浅野氏致力保护丰臣秀赖和丰臣家，包括1611年前往京都二条城，为家康与丰臣秀吉之子秀赖进行斡旋，返回领地途中在船上病发，6月24日病死于肥后的主城熊本城，终年五十，其死因亦有所争议，包括梅毒、花柳病、癞疮等。但有不少人认爲是德川家康爲了要摧毁大坂政权的保护伞，所以在二条城会面时，以毒馒头毒杀清正。墓地位于熊本