嘉庆十六年，补授詹事府少詹事。同年十二月初十日，“奉旨补授内阁学士兼礼部侍郎”。嘉庆十七年五月初八，补授工部右侍郎，兼管钱法事务。嘉庆十七年（1812）八月接替许兆桩为漕运总督，同月二十日将《儒林传稿》交付国史馆。道光元年（1821年）阮元奏请申明禁鸦片，加重行商责任，夷船进口，照旧认保，另饬身家殷实的四行轮流加保，如有隐徇，分别惩办，并先将总商伍敦元加以处分。 阮元在杭州任职期间，大力疏浚西湖，并将挖出的淤泥堆成湖中小岛，后人称为“阮公墩”，今为观光点。道光十八年（1838年）以体仁阁大学士致仕。道光