举人，万历十四年（1586年）丙戌科会试一百九名，登二甲第九名。任湖广随州知州，陞兵部郎中。日本侵朝鲜，大司马石星主抚，祝以豳坚决反对，奏称：“日本掠贼，朝鲜属国，今以朝鲜急而遣招抚，是弃朝鲜也。东藩折于日本，势必及我。”出为广东佥事，整顿粤东海防，击退荷兰侵略者，缴获大炮，研得其法。居乡十六年，复起为江西按察使。天启七年（1627年），擢应天府府尹。晋工部左侍郎致仕。崇祯五年（1632年）卒。
藏书.藏书万卷，有藏书楼名“万古楼”、“赐书堂”。
着述.着