部下李傕、郭汜即攻陷长安，杀死大批大臣，再次挟持献帝。后来李郭二人内讧战斗，民不聊生，献帝与一批朝臣于兴平二年（195年）七月逃离长安，途中多次成为李傕、郭汜、张济、杨奉等军阀争夺挟制的目标。
迁至许都.汉献帝与朝臣历经一年才于建安元年（196年）七月到达旧都雒阳。不过雒阳早经董卓撤离时焚烧，宫室尽毁，百官披荆棘藏身断壁之间，更加粮草断绝。八月，朝臣曹操从雒阳挟刘协到许县，称许都，作为其“挟天子以令诸侯”战略的一部分，刘协成为一位毫无实权的傀儡皇帝。宫中的守卫和侍从其实都是曹操的人