岸秘密沟通的舞台上正式退场。1990年，泰顺县、文成县水灾，南怀瑾立刻创建了南氏医药科技基金会、农业科技基金会等机构赈灾。1990年2月14日除夕百岁老母撤手西归。2004年，南怀瑾移居中国大陆上海。2006年后长住江苏省苏州市吴江庙港，创立太湖大学堂，后建立光华奖学基金会，资助多间中国大陆大学，如北京大学等。2009年4月8日中午，南怀瑾妻子王翠凤在温州家寿终正寝，享年九十四岁。2012年9月20日，太湖大学堂秘书处发表公告称，南怀瑾正住于禅定。随后，多家媒体报道称南怀瑾已于9月29日下午