TNT当量的核弹头，可以将半径300米内的所有飞机炸成碎片。因此，为了避免自机被爆炸波及，发射以后F-106会自动进入回避航线。所有导弹和核火箭都安装在机身弹舱内。原本F-106是不带机炮的。1969年为了可能的越南部署，康维尔为F-106加装了M61火神机炮。机炮和导弹一样都被隐藏在机腹弹仓内。考虑到部署的机场大多位于寒带且机场条件较差，F-106机上配备有很好的除冰系统，并且安装了拦阻索以减少着陆距离。为了增加航程，F-106特别使用了一种低阻力副油箱。这种副油箱的一大好处是可以在任何速度下挂载而