2月，康熙帝发动第三次远征，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。正当清军进发之时，噶尔丹众叛亲离，军队只剩下五六百人，遂饮药自尽（又说被人杀害）。噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部又逐渐强大，和清朝再次发生冲突。1716年，他派兵于西藏，占领拉萨。1718年清朝由青海路出兵入藏，不过全军覆没。1720年清朝第二次出兵才赶走准噶尔军。清朝和准噶尔军在吐鲁番方面也有战斗。
灭亡.