太平洋战争爆发后，改由直属于台湾总督府的基隆港务局负责。基隆港由于当时台湾主要物资吞吐港及海军基地的地位，在大战末期首当其冲，成为美军轰炸的首要目标。港埠设施及港内停泊船只皆毁损严重，港区几成废墟。
战后至今.1945年，中华民国接管台湾，续设基隆港务局，隶属于台湾省政府交通处。港务局改组时以打捞港内一百多艘沉船及复建码头、桥樑、船渠、船坞、运河、防波堤、修理场及仓库等原有设施为主，1953年以后才开始增设港埠设施，如增建西29、30号码头、渔港区突堤码头、兴建通栈仓库等，并填筑大