政权在代表幕府势力的同时与朝廷上层也保持良好关系，试图独占与朝廷的合作，排除诸强藩对国政的参与，因此而渐渐与一直试图参与国政的萨摩藩产生龃龉。1864年7月，京都朝廷下诏讨伐长州藩，德川庆喜命令西日本21藩共同出兵讨伐长州，史称第一次长州征伐。8月，英国、法国、荷兰、美国等四国舰队为报复长州藩1863年的攘夷行动，炮轰下关(下关战争)，逼迫长州签订城下之盟。9月中旬，西乡在大坂与胜海舟会面，并接受胜的意见，决定对长州实施缓和策略；10月初，藩命西乡改名为“西乡吉之助”；10月12日，西乡被任命为征长军参