攻下台湾，废除明郑时期的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗县、台湾县、凤山县三县，天兴县疆域被分为诸罗县与台湾县。
次级行政区划.天兴县底下设有十三个里，分布在今台南市中南部地区，分别是武定里、永康里、长兴里、保大里、归仁里、永丰里、新丰里、广储里、感化里、新化里、永定里、善化里及开化里。其中善化里、新化里、永定里、开化里四里后来被纳入清朝的诸罗县辖区，余九里纳入台湾县辖区。
县治.关于天兴县的县治所在地，虽然台南县政府已在佳里