一年七月，上疾大渐，召肃顺及御前大臣载垣、端华、景寿，军机大臣穆廕、匡源、杜翰、焦祐瀛入见，受顾命。慈安、慈禧两宫太后意图垂帘听政，肃顺严加反对，慈禧太后与恭亲王等人发动祺祥之变夺权，慈禧命肃顺护咸丰帝梓宫回京，其实是牵制其行动。九月，肃顺在密云被捕，被斩杀于菜市口。肃顺曾经上奏咸丰帝，要求减免八旗子弟的俸饷，引来怨怼。就刑时，道旁观者争掷瓦砾，首都的百姓都纷纷称快。肃顺临刑时骂道，“想不到，受了小娘们的算计。”其余痛骂甚多，「将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣子所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲