可以是单组份的纯溶剂，但更多情况下选用一定比例的混合溶剂。流动相的选择对柱色谱分离至关重要。溶剂配比或根据文献，自己尝试时则需综合考虑产物和溶剂极性等因素。极性产物能被极性溶剂洗脱，而非极性产物能被非极性溶剂洗脱。常使用薄层色谱法（TLC）测试各组分的保留因子，以确定固定相溶剂种类和配比。通常，保留因子在0.2至0.3之间较为合适，平衡了分离效率和溶剂消耗量。流动相的流出速率影响分离的效果。较快的速率能缩短实验时间，并且减少扩散，因而使得分离效果更好。然而流速也不是越快越好，因为固定相和流动相之间平衡需