后疫情在3个月内得到控制。1921年，他代表中国到布鲁塞尔出席国际医药会议。1922年6月至7月，他署北京政府教育部次长，并兼任京师图书馆馆长。1922年，他兼任中央防疫处处长，1923年卸任。1924年，他任青岛公共卫生管理局局长。1926年，北京中国红十字会监事，并任北京中国红十字会医院院长。1929年，他任天津公共卫生局局长，不久又任北平红十字会医院卫生总监。1931年他卸去天津公共卫生局局长职务，改任天津市政府参事，1935年他辞职。抗日战争期间，全绍清坚持不任亲日政权职务。抗日战争胜利后，他任