令兼河北省政府主席鹿钟麟任命孙良诚为冀察战区游击指挥官，孙良诚乃复归前线。1940年（民国29年）春，他任鲁西行署主任。但是，国民政府中央在装备、补给方面对其给予冷遇，1942年（民国31年）他被罢免鲁西行署主任职务。怀抱不满的孙良诚乃投靠南京的汪精卫政权。以后，他历任汪精卫政府的第2方面军总司令、开封绥靖公署主任、苏北绥靖公署主任。
二次国共内战.抗日战争结束后，孙良诚重归蒋介石的国民政府，被任命为国民革命军新编第二路军总指挥。1946年2月编为暂编第5纵队，辖第10、第11总