韦特被教会当局逮捕，并监禁在维埃纳，并在3天后从监狱逃脱。1553年6月17日，法国异端裁判所“在日内瓦牧师-加尔文呈上的17封书信的帮助下”裁定塞尔韦特异端罪成立，判决与其着作一同处以火刑。由于塞尔韦特业已逃离，火刑时使用了其模拟像。原本打算逃往意大利的塞尔韦特在日内瓦停留下来，于是加尔文及其新教改革追随者们就是在这里向当局举报了他。8月13日他参加了加尔文在日内瓦的一次布道会，在那里他被当场认出并在仪式结束后被逮捕。其后他再次入狱，并被没收了全部财产。对于塞尔韦特来说不幸的是，此时加尔文正努力挽