条约后，阿姆河成为阿富汗的官方边界。波斯语在两国得到广泛应用，在阿富汗的塔吉克人人口比塔吉克斯坦略多。两国关系于1992年6月15日正式成立，塔吉克斯坦于2002年初在喀布尔开设了大使馆。马扎里沙里夫领事馆也于当年11月开放。塔吉克斯坦总统埃莫马利·拉赫蒙和阿富汗哈米德·卡尔扎伊首次在杜尚别举行的2004年经济合作组织首脑会议期间正式会面。拉赫蒙于2005年4月对阿富汗进行了正式访问。
边界问题.阿富汗和塔吉克斯坦共有大约1,300公里（810英里）的边界，其中大部分是崎岖