十七年），擢升右都御史，总督宣府、大同、山西三镇。次年，鞑靼发生“洮河之变”。萧大亨在朝廷力排众议，反对妄开边衅，召会鞑靼酋长，责其背德之罪，顺义谢罪请归，还所掠洮河人口。1592年（万历二十年），宁夏边将勾结鞑靼反叛，为明军所破。萧大亨平叛有功，升任兵部尚书、太子太保。是年，朝廷亦增其祖父萧胜、其父萧贤为兵部尚书，并在故乡泰安府建坊旌表。泰安城内宁武街原有萧公祠，今废弃为民宅。萧大亨因戍边多年，跋涉塞外，以经历、戍务纂《夷俗记》一书，刊行于1594年（万历二十二年）。1595年（万历二十三年），萧