靖25年）10月12日，幼年怀出家之志，11岁时至报恩寺西林永宁法师门下，诵习佛经，兼通儒学、道家。19岁时谒见栖霞山云谷法会禅师，读《中峰广录》，决心参禅，返回报恩寺剃发出家。因读《华严玄谈》，崇拜清凉澄观法师为人，自字澄印。1586年，致信紫柏真可，两人在即墨相遇，相谈一晚，从此成为一生至交。1595年（万历23年），因涉入朝廷政争，以私修庙宇之罪入狱，流放广东雷州。紫柏真可在北京奔走，企图为他平反，引起朝野议论，但真可在搭救憨山的过程，陷入第二次妖书案，遭东厂锦衣卫拷打，伤重圆寂，憨山为真