情报方面，余清芳保密工作不佳，各地起兵风声四起，总督府听闻，遂通令各地警方加强查缉，控管地方上不良分子。作战方面，余清芳之行动策划亦不够细腻，未建设好联络管道，也未管制手下作为，就派遣手下苏东海携带大量金钱，来往闽南厦门与台湾之间，行踪诡异，随即被基隆港警察逮捕。官方为查出幕后主谋，佯装不知情，纵容狱中的苏东海继续派人传递讯息，暗地监视，终于发觉余清芳、罗俊江等人才是事件主谋，于是大举搜捕抗日分子。罗俊江走避不及，于嘉义竹崎遭到逮捕。余清芳于事洩后即潜入山中，和同谋者江定商讨对策。1915年7月