1997年，俱乐部为了改变球队的打法，开始坚持聘请外籍主教练，其中包括拉扎罗尼、伊利亚·佩特科维奇等带队参加世界杯决赛圈的主帅，以及获得过欧洲冠军杯的柳普科·彼德洛维奇。不过申花在此期间始终未能压倒中国足坛的霸主大连队，最终只获得了四个联赛亚军和一个足协杯冠军，但是球队的风格则成功向技术流派转型。2000年，赛季开始前，俱乐部股权发生变化，原先的投资方上海申花集团退出，由七家上海大型国有企业共同参股组建新的上海申花股份有限公司，原投资者申花集团不占资产，不过新组建的公司保留了“申花”的名称，并继续留用