次政党轮替。主张台湾独立建国的民进党首次执政。2002年，陈水扁提出「一边一国」主张；2003年陈水扁提出「新宪说」。2004年陈水扁连任总统，中华人民共和国国台办发表《》。2005年中华人民共和国第十届全国人民代表大会通过《反分裂国家法》，表明中华人民共和国政府希望和平统一，但同时在台独事实发生或者和平统一无望的前提下，不放弃非和平方式及其他必要措施来阻止台湾独立。
政治制度与理念的差异.自1950年起中华民国政府开始在台湾实施县市地方自治，使得非国民党籍者仍可参与地方层级的选举