成帝时历任九卿，封褒成君。孔霸的后裔至孔昱这一代，爵位始终传袭不绝，家族中担任宰相、九卿、刺史、太守共计五十三人，列侯七人。孔昱自小学习孔氏家学，大将军梁冀征召他做官，孔昱不作回应。太尉举荐贤良方正，孔昱因为回答问题不合皇帝的意思，于是称病辞去，后来因党锢之祸被禁止做官。汉灵帝即位，以公车征拜孔昱做议郎，补官为洛阳令。孔昱因为老师去世，放弃官职，死在家里。
孔昱的字.《鲁相韩敕造孔庙礼器碑》与《史晨飨孔庙后碑》均称“孔翊字元世”，而孔翊是孔昱的亲叔叔，叔侄不可能同时字-{元