建议撤往印度，而率第五军穿越野人山返回中国云南，4万人进山，仅8千人出山生还（杜聿明后来坚称系遵守蒋中正命令，惟受争议）。杜聿明在此事中埋下了东北剿共战役中处处为难孙立人的伏笔。1944年，任第五集团军总司令兼昆明防守司令。1945年2月20日，升爲陆军中将。中国抗日战争结束时，蒋介石即密令杜率部，于秋季围攻昆明五华山，迫使龙云于同年10月辞去云南省军事行政职务。10月26日，任东北保安司令部司令长官。
第二次国共内战.1945年10月18日，杜聿明被撤销昆明防守总司令及第五集