协合大学农艺系以及私立相辉学院农艺系合并而成；1952年全国高校院系调整，又将四川大学、云南大学、贵州大学、乐山技专、西昌技专、西南贸易专科学校、川北大学等10余所院校的农学院和部分农业及经济管理系科并入。1979年由国务院批准成为国家重点大学，直属于农业部。1985年西南农学院更名西南农业大学。2001年合并了荣昌畜牧兽医学院、中国农业科学院柑桔研究所，成立了荣昌校区。该校已经于2005年7月16日正式与西南师范大学合并成立综合性大学西南大学。