从三级结构变性，再度形成长桿状。另一方面，蛋白质有不同的电荷和复杂的形状，所以当放电动势（EMF）在同一种蛋白质样品上，蛋白质可能会以不同的速度进入凝胶或完全不移动。所以蛋白质在有洗涤剂，如：十二烷基硫酸钠(SDS)或十二烷基磷酸钠(SDP)出现时会变性。洗涤剂会以负电荷覆盖蛋白质。通常SDS键结的量跟蛋白质的大小有关系，所以键结后变质的蛋白质带有负电荷，而且所有蛋白质有相似的「荷质比」（电荷和质量的比值）。因为变质的蛋白质移动方式像是长桿状，而不是复杂的三级结构，和SDS结合的蛋白质在凝胶内移动的速率