1942年协和医院被迫停办。曾宪九转到北平中和医院，除从事临床工作外，还主动开展了胰腺疾病的研究，同时在北京大学医学院任教。1947年协和医院恢复，1948年4月曾宪九回院任外科主治医师、讲师。1949年晋升副教授，1953年晋升教授。1956年，接替吴英恺出任外科主任。首都医院外科主任、教授。在文化大革命期间，曾宪九被红卫兵打成「反动学术权威」。1985年5月30日病逝于北京市，享年70岁。
贡献.1950年代，曾宪九发现当时通用的肠侧侧吻合术违反生理规律，提出了解决肠侧侧吻合综