于十月十日返抵台南府城，却接到圣旨要其内渡返回。于嘉庆十三年四月内渡。嘉庆十四年（1809）八月，以「候补知府」身份渡台处理漳泉械斗，此为其第三次抵台。嘉庆十五年，与来台查办漳泉械斗案后续事宜的闽浙总督方维甸随行，在艋舺遇到噶玛兰头目请求收治版图，方维甸授与杨廷理18条创始事宜准则，派其入兰办理。四月五日，杨廷理再次入兰悉心勘查，筹划兰事，在这段时间首次划定兰城规模方位并「植竹为城，环以九芎树木」，待至十月返。嘉庆十六年元宵，杨廷理陪同台湾道张志绪勘查噶玛兰，此为其第三次入兰，于三月返府城。同年三月-五