市委常委升为市委副书记。而其手下八名副市长中，竟然没有一位市委的常委。这注定了在中共北京市委常委会上，孟学农的意见很难得到广泛支持。2003年初，SARS疫情已经“悄然”入京；新任市长孟学农没有如实向外界透露疫情的发展状况。不久，北京的一名退休军医蒋彦永透过海外媒体，踢爆了北京市SARS疫情的真实状况，世界为之哗然。中国政府的诚信度开始受到外界质疑。由于蒋彦永提供的情况，与早前孟学农以及时任卫生部部长张文康的言论大相径庭。为了挽回政府的形象，中共中央决定，以处理SARS危机不当为由，免去了孟学农和张文康