格兰的特许公司的垄断权类似，苏格兰公司也享有特许的领土主权和缴税豁免权。在公司成立的早年间，其一直被财务和政治问题所缠身。公司的管理层在地理上分成了爱丁堡和伦敦两派，两派当中都有苏格兰人和英格兰人。同时公司管理层在经营方向上也有分歧：一些人主张开展对印度和非洲海岸的贸易，以和英格兰的东印度公司竞争；另一方则支持威廉·佩特森的达连计划。最终达连计划占了上风。1698年7月，公司组织了第一次开发行动，该行动由威廉·佩特森领导，旨在寻求在巴拿马地峡的达连建立殖民地，并以此作为连接欧洲与远东地区的贸易点。