克塽于七月十五日（新历9月5日）向施琅请降，康熙皇帝经过议政大臣会议讨论后，七月份决定接受郑克塽投降，并下令郑克塽家族及其部属悉数搬离台湾、迁至北京或山东；八月十八日（西历10月8日），郑克塽率众剃发易服，东宁王国为期21年的统治正式结束。明朝宗室朱术桂等因不愿投降而自杀，若干郑氏宗室（如郑成功第六子郑宽）因担心遭到迫害而从此隐姓埋名。后人郑守让称祖先因此举才得以侥幸躲过满门抄斩，因此告诫后世子孙不得对外洩露家族为郑成功后代的秘密。台湾自十六世纪（明代嘉靖朝后），便是福建、广东、日本等海盗倭寇的窝藏