游击队从海外获得补给。此外，马来亚海军部队也负责新加坡等港口防务。1952年8月，为表彰马来亚海军部队在紧急状态期间的表现，英女王伊丽莎白二世正式授予马来亚皇家海军（）的名号。
独立建国与马来西亚化.独立后不久的1958年，马来亚联合邦通过与英国政府谈判，将原属英国海军的资产转移给新成立的马来亚皇家海军。此处的“皇家”指代的是最高元首暨马来亚三军最高统帅。在马来西亚成立后，1963年9月16日改名为马来西亚皇家海军。1960年代的印马对抗期间，马来西亚皇家海军负责东马地区的巡逻防务