医药研究所所长。1947年（中华民国三十六年）69岁，1月初着手作《古代疾病名候疏义索引》。1948年（中华民国三十七年）70岁，《医史杂志》刊出余云岫70岁生日纪念论文专号。
中华人民共和国时期.1949年，71岁，中华人民共和国成立。1950年，72岁，5月余云岫被聘为第一届全国卫生会议筹备委员会华东分会的筹委和中华人民共和国药典编纂委员会特邀委员。余云岫参加第一届全国卫生工作会议，再度提出废止中医方案，遭到与会者一致反对。1951年，73岁，余云岫任华东医务生活期