包括台南都会区在内的四个省辖都会区大众捷运系统的规画作业，台南都会区大众捷运系统的各项规画与建设工作全面启动。其后的20年内，最初由台湾省政府住宅与都市发展局捷运工程处专责的台南捷运建设，在1999年中华民国实施精省政策后，于同年7月1日转由交通部高速铁路工程局负责。根据台湾省政府的研究成果，交通部高速铁路工程局将台南捷运绿线修改为一条长19.6公里、设16站，採全地下化形式分三期兴建的捷运路线，并在其后委託国际亚新工程顾问公司办理后续研究，然而在2002年10月1日行政院核复称「本案路线应优先考量