原肠胚形成完成后，胚胎进入原肠胚时期，开始过程。新形成的三个胚层的细胞会组合并发育为器官。每一个胚层的细胞都能发育为特定的器官和组织。外胚层会发育为表皮、神经嵴，以及之后会发育为神经系统的组织。中胚层细胞位于外胚层细胞和内胚层细胞之间，能发育为体节，生成肌肉，以及属于肋骨、椎骨的软骨。另外，中胚层还能发育为真皮、嵴髓、血管与血液、骨，以及结缔组织。内胚层细胞则会发育为消化系统和唿吸系统的上皮，比如肝和胰腺。原肠胚形成过程结束后，机体的细胞都会组织为被上皮等缔合的细胞包围的群体，或者像间充质那样分散在各处。