统源自第一世（不计追认）智合仓活佛班觉丹增之侄阿旺宗哲。阿旺宗哲，又名宗哲桑布，清朝雍正年间因为受罗卜藏丹津事件牵连，曾遭清朝在兰州拘禁7年，圆寂之后以噶桑扎西嘉措为其转世。噶桑扎西嘉措生于1779年，曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布，1828年又出任塔尔寺第五十任法台，所以该活佛转世系统称为“卓仓居巴仓”（“卓巴”是瞿昙寺所在地区的地名兼族名）。
历世卓仓居巴仓活佛.历世卓仓居巴仓活佛如下：