这时许多弟子都来造访，顾宪成兄弟为他们兴建教室和宿舍。1606年，顾宪成重建东林书院，从士绅筹得300两捐款，无钖知县林宰和常州知府欧阳东凤都赞同其事，分别批出312两及100两的补助，县令并捐赠祀田。县、府公款用于兴建祠堂，祭祀宋代杨时、罗从彦、胡珵、喻樗、尤袤、李祥、蒋重珍及明代邵宝8位先贤，士绅捐献则用于讲堂。除了顾宪成兄弟及高攀龙外，参与重建书院的还有顾宪成女婿王永图、无钖人安希范、刘元珍、陈幼学、叶茂才、张大受等。东林书院模倣白鹿洞书院，立有「东林会约」，提出书院讲学的宗旨、讲学好处和要戒忌的