1540年），庙内原有的文昌祠被改建，建成后改名为启圣祠。万历三十一年（1603年）整座庙内的主要殿堂被全部重修，此外野奴泾、唐家滨、新渠、南杨树滨、北杨树滨被引到应奎山周围汇合，并取名为汇龙潭。至此整座孔庙规模基本定型，被誉为孔庙中的“吴中第一”。清朝时孔庙几经重修，咸丰年间该孔庙曾在小刀会起义和太平军东征当中遭受损坏，后来又得到全面重修，并在汇龙潭边建造了魁星阁。民国年间，嘉定孔庙长期被米厂占用，建筑结构被损坏。抗日战争时期，嘉定孔庙在日军轰炸中严重损毁，大成殿及东西两庑的门窗被震坏。1958年，嘉