日本军政府为了方便掌控制定宗教团体法，将日本所有差会解散，并组织日本基督教团(日本キリスト教団)。日本军政府惟恐基督教势力受美国影响和支配，强制关闭了许多教会，并监禁不愿意加入日本基督教团的基督徒。
二战后.1947年制定的日本国宪法，完全保障宗教自由，日本逾四百年打压基督教传播的政策才正式终止。二战后，日本基督教得以自由传播，但至今信仰基督教人口只佔百分之一，影响力远不及日本当地的神道教及中国传来的佛教，此外，强烈的神道教文化使日本包含基督教在内难以传播和吸引信众。虽然日本和