财务装备处、生活卫生处、审计处、信息指挥中心等工作机构。2008年12月，根据司法部和新疆生产建设兵团党委的统一部署，新疆生产建设兵团监狱管理局开始实行监狱经济体制改革。2015年，新疆生产建设兵团监狱管理局被中共新疆维吾尔自治区党委、新疆维吾尔自治区人民政府授予集体一等功。