菌以菌丝的形式生长，菌丝是直径2-10微米的圆柱体丝状结构，可长达数公分。菌丝一般自其顶端往前生长，新的菌丝形成通常是旧有菌丝的中间产生了一个新的生长点，而长出新的分支，也有些情况是生长中的菌丝顶端分岔成两条菌丝。菌丝成长后相互交错，成为真菌的营养构造菌丝体。菌丝可以是（无）或是有隔板的，有隔板的菌丝不同细胞核间有细胞壁将其分隔，使一个隔间具有一或数个细胞核，多核菌丝则没有隔板，基本上就是一个含有多个细胞核的巨大细胞。隔板上通常有小孔可以使细胞质与胞器流通，有时细胞核也可以通过小孔，例如担子菌门真菌形成的桶