与多样组合的模式的解释。这一争论在20世纪70到80年代达到顶峰，期间大量关于分子层面选择的证据被发现。
概览.诸如Freese (1962)和Freese&Yoshida (1965)等资料显示，中性突变可能是广泛的，随之木村资生在1968年提出中性演化理论来解释这一现象，在1969年King和Jukes也不约而同地提出这一理论。理论的提出者们猜想，绝大多数已知物种的基因差异在自然选择上都是“中性”的，亦即这些基因上的差异所产生的表达的分子之间的差异不影响自然选择中物种的适