.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。持中华民国护照与邀请函的中华民国公民仅允许申请访问、商务、媒体从业人员签证，可就近至巴基斯坦驻香港总领事馆申请。经巴基斯坦转机，不需申办过境签证，若转机等待超过24小时，则需申办入境签证。持巴基斯坦护照的巴基斯坦公民抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多30天并不得延期。
相关警示.有鑑于2019冠状病毒病疫情，中华民国外交部的国外旅游警示分级表将巴基斯坦归类为红色警示：不宜前往，宜尽速离境（2020