火车东站站是杭州地铁1号线和4号线，也是和建设中6号线、中轴快线，以及规划中8号线的一个换乘站点，站台结构为地下三层双岛式站台。1号线位于外侧，4号线位于内侧，站台层位于火车东站地下靠东处，线路下穿火车东站东西广场联络通道，出站后穿过东广场，向东进入彭埠街道。该站于2013年6月30日，即新杭州东站启用前一日投入使用，4号线一侧站台于2015年2月2日启用，但4号线的屏蔽门早已和1号线一起建好，以防止乘客误入隧道。
车站构造.岛式月台2面4线地下车站。
站厅