门大学任教，1980年起担任厦门大学寄生动物研究室副主任一职，1981年升为副教授。1985年获得博士生导师资格，1986年升为正教授。升为正教授的同年，唐崇惕开始对肝包虫进行研究。1991年，唐崇惕被选为中国教育部科技委员会委员。1991年，当选为中国科学院院士。1995年起开始担任厦门大学寄生动物研究室主任。2010年，开始担任甘肃省动物寄生虫病重点实验室学术委员会主任。
荣誉.1978年，唐崇惕荣获中国科学大会科技成果奖，1980年荣获福建省人民政府科技二等奖。1982年、1