猪车问题.在1999年8月之前，由于屠房设于市区，因此运载牲口的货卡需前驶经沿线各站。每日平均有30个车卡运载牛、猪及羊来港（列车通常在中午前夕进入香港），使乘客及居民受到「猪车」气味困扰。直到区域市政局（现改为食物环境卫生署）上水屠房于2000年1月启用后，问题终于得以解决。
卫生问题.虽然大部分东铁线全线车站洗手间已经在2015年至2016年翻新，厕所都只提供座厕，但是东铁线少部分厕所设计非常狭窄和使用率甚高，引致部分厕所卫生问题日益严重，结果有时厕所臭