斯年等人的组织下，五四运动爆发。五四运动之后，段锡朋历任北大学生干事会总务股主任、北京中等以上学校学生联合会会长。6月3日，北京学生遭北洋政府逮捕，引起上海等地的支援爱国学生运动，故6月起五四运动的中心转到了上海。6月16日，中国各省学生代表在上海大东旅社开会，成立中华民国学生联合会，段锡朋任首任主席，任期一年。此后，该联合会一时成为中国学生运动的中心。1919年夏，段锡朋毕业后留校任职。1920年10月，获穆藕初捐助，和北京大学学生周炳琳、罗家伦、汪敬熙、康白情一同赴美国留学。段锡朋获哥伦比亚大学