崎青年师范学校、长崎高等学校，是长崎县唯一的国立大学。现在长崎大学是一个拥有九个学院（多文化社会学院、教育学院、经济学院、医学院、牙医学院、药学院、工学院、环境科学院、水产学院），超过9000名学生的综合性大学。全部学院均位于长崎市内。长崎市还有、长崎外国语大学、、四所私立大学。
交通.由于长崎市多山的地形和道路宽度普遍较窄，使得路面电车和巴士等公共交通机关在长崎市交通分担率中有较高比例，而脚踏车则比例极低。长崎市内的普通铁路由九州旅客铁道（JR九州）运营，共有长崎本线和大村线两条