九年（1896年）4月1日因〈台湾总督府地方官官制〉，台南民政支部改回台南县，今台南市为当时的县直辖地与嘉义支厅，而台南府城内分为第一到七区。当时虽开始出现「台南市」、「台南市街」、「台南城市」之名，但仅作为堡里名使用，不具法人地位。明治三十年（1897年）6月10日推行六县三厅制，台南县嘉义支厅独立为嘉义县，此时在县厅之下设有辨务署，今台南市的辖区在当时（1897年）设置有台南、关帝庙、湾里、大穆降、噍吧哖、萧壠、六甲、店仔口、盐水港等九个辨务署。明治卅一年（1898年）6月20日，改为三县三厅制