有两种类型，分别是真染色质与异染色质。两者差异最早是以受到染色之后的颜色深度来分辨，前者较淡，而后者，也就是异染色质则较深，可见其结构较为紧密（组蛋白包覆率及双螺旋化的程度较较高）。异染色质一般分佈于细胞核的边缘地带。异染色质大多是由不具遗传活性的卫星序列（satellite sequences）所构成。其中的基因皆受到不同程度抑制，有些即使在真染色质内也无法表现。在细胞週期的S phase中，异染色质比真染色质更晚进行复制，且只在真核生物中存在，着丝粒及端粒皆属于异染色质，雌性体内去活化的X染色体（也