朝所取代后，他们大多被明朝军队赶回了草原。
明朝.1583年，耶稣会传教士利玛窦得到允许，从澳门进入广东省肇庆居住。他们所采取的上层传教的策略取得了成功，得以进入宫廷，但他们宽容中国信徒祭祖的做法招致其他修会的批评，由此引发中国礼仪之争。
清朝.教宗克勉十一世当时听信道明会和方济会的控告，认为中国儒家的祭孔及祖先崇拜违反天主教教义，结果引发清朝朝廷反制，严厉限制传教士活动。直到1939年，罗马教廷才撤消禁止中国教徒祭祖的禁令。
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