4点25分进行攻坚，并对两犯人进行射击。主嫌当场遭到射杀，另一人则受了重伤，最后所有人质平安救出。在攻坚之前，一名警官尝试说服犯人，最后反倒激怒对方，主嫌在丢出土制炸弹的瞬间，长崎县警察突击队对嫌犯进行射击，主嫌身重七枪死亡。重伤的犯人最后被判决六年徒刑。在日本因为射杀犯人而解决的劫持事件，此次事件是暨1970年濑户内劫船事件发生以来第二例。