治理两国的据点，1604年在此兴建萩城。，也因此在江户时代毛利氏领地的正式名称为「萩藩」，此后至1863年的260年期间此地皆为萩藩的政治中心，直到19世纪末萩藩将藩厅迁到山口后，萩藩的正式名称也随之改为「山口藩」。明治维新后，日本于1871年实施废藩置县，山口藩被改设为山口县，此地也随之隶属山口县；1889年实施町村制，现在的萩市范围在当时分属：萩町、、、、、、、、、、、、、、、、、、见岛村共19个行政区划。1923年，萩町与相邻的椿东村（原椿乡东分村）、椿村（原椿乡西分村）、山田村合併为新的萩町