日本人以毒药谋杀。也有另说称该日籍牙医实为日军指派以害死吴，家人得知消息连夜乘船逃往重庆。吴佩孚病逝前谆谆告诉国人:「汝辈读孔孟书，当知其义，孟子不云乎，小固不可以敌大，寡固不可以敌众，弱固不可以敌强，奈何有其一而敌其二哉!」其葬礼各界闻人皆亲临致敬，孔祥熙、吴稚晖等人都有发表演说。
身后.1939年12月6日，蒋介石向吴家属致唁电称赞吴：「精忠许国，大义炳耀，海宇崇钦，流芳万古……」。12月8日，宋美龄以个人名义电唁吴家属。12月9日，国民政府令着追赠吴佩孚陆军一级上将，以及明令