始使用军舰旗，采用带蓝色十字架的白色背景，左上角是国旗图案。军舰旗长宽比为二比一，十字架宽度为所在边长的七分之一。。该旗曾是考纳斯游艇俱乐部的旗帜，不过当时的长宽比是三比二。舰首旗与立陶宛政府用旗相同，该国海军舰艇还采用三角形舰首旗。1993年，立陶宛议会正式确定立陶宛总统旗，采用暗红色背景，中间是国徽图案，长宽比为1.2比1。立陶宛各县均有县旗且遵丛相同的图案格局：蓝色背景，四周有十个金色洛林十字（与国徽骑士盾牌上的十字相同），中间是该县自定的标志，大部分就是县徽。