军指挥使孙德昭打败废黜昭宗另立皇长子李裕为帝的刘季述，唐昭宗复位，崔胤进位司空，复知政事，兼领度支、盐铁、三司等使。天复元年（901年）昭宗被宦官韩全诲劫持到凤翔节度使李茂贞，崔胤召朱全忠救驾。崔胤利用朱温对抗宦官，玩弄权术，排斥异己。三年（903年）神策军解散后，昭宗以朱温为天下兵马副元帅，欲以皇子为名义上的大元帅，崔胤又迎合朱温的意思，在昭宗属意李裕的情况下坚请昭宗以年轻的嫡次子辉王李祚为元帅。朱温厌恶李裕，要崔胤提出以参与政变为由处死李裕，昭宗不肯，朱温否认是自己的意思。崔胤又觉得朱温权势渐大，暗中召