迫从克里姆林宫逃到谢尔盖圣三一修道院。为此她名义上被迫让出摄政位子给伊万·霍文斯基，但在射击军的支持下，她仍保有实权。索菲娅主政时对逃亡农奴的一些让步曾引起地主不满。此外在她当政期间俄国主要发生的大事有：1686年与波兰签订互不侵犯条约；1689年与清朝签订《尼布楚条约》；征讨当时还属于奥斯曼帝国的克里米亚半岛等。
放逐.1689年彼得一世完婚并准备亲政，但索菲娅并不打算还政。射击军首领沙克洛维蒂更是建议她直接称女沙皇。但是由于射击军大多在彼得居住的莫斯科郊外，密谋为彼得知晓。