施琅投效清廷，也不利于中国的经济和文化发展。从历史、道德两面来看，施琅都是负面人物。香港着作武侠小说家金庸在《鹿鼎记》中通过韦小宝对施琅说的语言透露了金庸对施琅的不满。
施琅与妈祖.施琅底定全台，上奏清廷建议奉台湾民间信仰的妈祖「天妃」赐晋「天后」，康熙二十三年（1684年）清廷准奏，且进颁「护国庇民妙灵昭应仁慈天后」敕号，改台南宁靖王府为大天后宫，派满族大臣礼部侍郎（三品）雅虎致祭。雍正四年，皇帝又御书「神昭海表」匾，由台湾镇总兵林亮迎至天后宫敬悬，干隆时期清廷又颁旨改官祀，