一度试图夺还白河城，皆失败，转为借助崃谷地形进行防御。新政府军兵临藩主的居城若松城下，西乡赖母再主和议，但藩士皆主张顽抗到底。若松城降服后，其母亲、妻子以及大部分子女自杀了，西乡赖母逃往箱馆，投奔榎本武扬、土方岁三等所建立的虾夷共和国。虾夷共和国在箱馆战争中战败灭亡，西乡赖母被逮捕，关押于馆林藩。1870年改名保科赖母。1872年获得赦免，在伊豆开设私塾。此后担任九州岛都都古别神社宫司的职务，但在西南战争期间由于曾经与西乡隆盛关系密切而被免职。1887年参加了大同团结运动。1889年担任灵山神社的宫