，一些其他的非线性编辑系统使用另一种模式，即只要媒体对象在时间上不重叠，不同的媒体对象都可以佔用相同的轨道，这种方式可以保持专案档案的简洁。After Effects採用的层系统广泛的应用关键帧。虽然其他合成软体，特别是那些採用树状或节点的工作模式（如Nuke），更适合管理大量的素材，但是After Effects能够透过有选择性地隐藏层或分组来管理有点杂乱的轨道。主介面由几个面板组成。最基本的面板为专案面板、合成面板和时间轴面板。专案面板可以导入影片和音讯素材到专案中。时间轴面板可以调整层顺序及时间。