15日，王恩哥不再担任北京大学校长，转往中国科学院任职。任北京大学常务副校长时，王恩哥提出“小班课教学”概念，在北大全校试点推行教学改革。在北京大学校长任上，王恩哥于2014年5月4日宣布启动燕京学堂项目，此举饱受争议，遭到北京大学教授高峰枫、苏薇星、辛德勇等人公开撰文批评。2014年6月北京大学学生组织的“静园小组”发起的网上调查显示，3082名受访者中308人支持燕京学堂项目，1341人中立，1433人反对。校方宣称燕京学堂是高端学术项目，但反对者认为这个一年制的硕士项目几乎不可能培养出高端的学术人才。