文士及等保持中立。武德九年，突厥侵犯唐边境，李建成向高祖建议由李元吉做统帅出征突厥。太子府率更丞王晊告诉了秦王：李建成想借此控制秦王的兵马，并准备在昆明池设伏兵杀李世民，于是李世民决定先发制人。武德九年六月初四庚申日（626年7月2日），李世民在首都长安城宫城的北门玄武门附近射杀皇太子李建成、齐王李元吉，史称「玄武门之变」。此后高祖让出军政大权予秦王，而建成、元吉则被宣布为作乱者，诸子则遭诛杀并从宗籍中除名。三天后（六月初七癸亥日，7月5日），李世民被立为皇太子，诏曰：“自今军国庶事，无大小悉委太子处决