古神翼龙科较远；并将他们建立为独立的掠海翼龙科、或者是妖精翼龙科但掠海翼龙科的命名时间较早。另一派分类法则认为牠们是古神翼龙科的近亲，并将相关物种归类于古神翼龙科的一个亚科，掠海翼龙亚科（Thalassodrominae）。以下第一个演化树，是根据吕君昌等人的分类法。第二个演化树，是将掠海翼龙类归类于古神翼龙科的一个亚科。