国民大会被停止运作，其职权被移转到立法院或由人民直接施行，公投复决写入《宪法增修条文》，立法院取代国民大会原有的国会权责，大幅改变了中华民国宪政体制的架构。陈水扁执政期间的行政院院长（政府首脑）共六任、五位。其中，民主进步党籍政治人物张俊雄分别于2000年及2007年担任行政院院长。
马英九政府.自2008年5月20日起，马英九就任中华民国第12任总统。在2012年1月14日的第十三任中华民国总统副总统选举中，马英九以689万票连任成功，于同年5月20日就任第13任总统。马英九