部门与区域联合服务中心承接，首先成立南服，陈水扁政府时期又陆续成立中服、东服以分担业务。而整併政区的部分，许多人提出如「三都十五县」（马英九提出）、「四省两特区双首都」（吕秀莲提出）及「六星计画」（谢长廷提出）等计画，然而改革的过程遇到许多阻碍。到了马英九政府时期，以马英九所主张的三都十五县计画为蓝图，实施更多的区划变更。1998年，中央政府实施省虚级化政策，使台湾省政机构大幅精简；原由省政府负责之政务，转由行政院及其所属的区域联合服务中心来共同承担。2007年，人口超过200万的台北县升格为准直辖市，