的1号线、盐尻、辰野方的切欠月台是0号线。奥之岛式月台1面2线为站舎侧起2号线、3号线。有1条留置线。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图 ）快速「MISUZU」于本站2号线作方向转换。盐岭隧道开业时饭田线直通的急行列车（现在定期列车的急行列车废止）经过本站、有分割併结设备。
冈谷线外货运站.冈谷线外货运站（）（略称、冈谷ORS）为车站南侧的JR货物货柜集配基地（线外货运站）。没有敷设铁路的货物站、不设货物列车发着。现在有作为列车代替品的货柜