十三年（1704年），知县宋永清建县公署及崇圣祠于县治内。康熙四十八年（1709年），又在兴隆里设学田九十甲，以筹教育经费。次年，建义学书院于文庙左侧，于是官学、私学并兴，文风日盛。康熙五十八年（1719年），初修《凤山县志》完成。此一时期最着名的知县为曹谨，左营地区的曹公圳为期任内所建。
行政区域划分.清治时期，清政府废承天府另建台湾府，分万年州为台湾、凤山二县，隶属台湾府。凤山县治设于埤仔头，高雄市地区遂由万年县辖改归凤山县辖。光绪十三年（1887年），再调整行政区域为三府一直