莉根如愿以偿，神族此时没有其他的选择。亚坦尼斯和泽拉图最终启动了神庙，扫净了夏库拉斯上的全部虫族。在第二阶段的人类剧情中，玩家跟着杰拉德·杜格尔和艾力克希·斯杜科夫率领地球联合理事会的远征舰队进攻泰伦自治联盟。舰队起初遇到了一位抗击自治联盟的特工萨米尔·杜兰，斯杜科夫将其视为一位特殊顾问。舰队在杜兰的帮助下取得了第一次胜利。UED很快在前联邦首都行星塔桑尼斯上发现了“幽能干扰器”——一种可以干扰虫族通信的设备。杜兰说服了杜格尔司令将其摧毁，但在最后关头斯杜科夫将其制止。远征军随后开始进攻自治联盟的首都柯