建筑物显现中国传统寺庙建筑特色外，祠内建筑又按左龙右凤、五行属性而兴建，令整座建筑群组更见特色。黄大仙祠于2010年5月被确定为香港一级历史建筑。主殿红柱金顶、蓝楣黄格的外观，可视为中国传统寺庙建筑的典型。主祭坛中央供奉黄大仙师之画像，殿内亦供奉了护法神齐天大圣及地主。主祭坛背后刻有一幅木雕，载述了黄大仙师得道成仙之事蹟。殿内墙壁更装上儒、释、道三教的木刻经文和图画，饶富意义。位于大殿旁的三圣堂，供奉吕祖先师、观音菩萨及关圣帝君。吕祖（即吕洞宾）是道教的神仙，观音是佛教的菩萨，加上麟阁供奉儒家先师孔