公帑兴建，政府要确保宗教色彩较淡，兴建目的亦不能是为了让个别宗教传教，须提供多元意见。亦有市民意见认为将个别宗教的内部见解及神话作正史于园内介绍，并不属于现代科学范畴，也有违香港政教分离的原则，反对人士更为此设立网页收集签名。马湾公园总经理刘志远在《明报》访问中回应表示，挪亚方舟强调的是「爱家庭、爱自然的观念」，「并非宗教宣传场所」，然而影音使团总干事袁文辉则表示希望「这不只是一个旅游景点」，并希望「所有入方舟的人士，不论是什么国籍的旅客都能知道何谓真正的爱，效法基督的爱来爱生命」。在马湾公园的导览