苏丹住在林梦Tantuya，并与日军少有往来。日军留用多数马来人政府官员。汶莱与砂拉越王国还有英属北婆罗洲一起重新划分为5个行政区。汶莱被划为美里州汶莱县。木村强被认命为县知事。日本佔领期间，易卜拉辛将许多重要的政府文件藏起来，不让日军所用。日军也将尤拉·哈林和其他许多汶莱人，以南方特别留学生的身分送至日本受训。日佔期间，学校教授日语，政府官员被要求学习日语。当地货币被改为俗称香蕉票的马来亚和婆罗洲军票。
战后.第二次世界大战结束后，英国军事管制区成立。该政府主要由澳洲官员与公