1556年）六月，曾率众于上海县击退倭寇的佥事董邦政率部进剿苏松地区倭寇的基地。此后境内的倭患逐渐平息。至万历十六年（1588年）春，知县熊密于县学和应奎山之间开凿汇龙潭。天启元年（1621年），在举人孙元化的邀请下，意大利籍的天主教传教士曾德昭和郭居静前来嘉定传教，并兴办教堂。这也成为了天主教进入嘉定的开端。
嘉定三屠.明弘光元年（1645年），清兵突破江北四镇防线攻克扬州、应天府。原镇守徐州的闯军降明将领李成栋归附清军。并于闰六月初七日抵达嘉定城外，十二日，清廷宣布推行雉发