任职都督府顾问，兼任军务部副部长等职。1913年，蒋翊武在广西进行反对袁世凯的活动时，被亲袁的广西军阀陆荣廷逮捕并处决于桂林榕湖畔。该处现有孙文题字之蒋翊武就义处纪念碑，碑边道路取名翊武路。1916年9月，自桂林迁葬于湖南长沙岳麓山，墓葬现为湖南省文物保护单位。