“通共”案，由蒋介石手谕被捕，1948年无罪释放。1949年4月，出任上海民盟淮海路支部委员。1949年赴香港，立即获得法国特批护照并获港英居留权。1950年，婉拒英属香港政府委任邀请而转道回到上海。1951年，因镇反运动于当年4月29日入狱，判处无期徒刑，关押在上海提篮桥监狱。1975年出狱，坐牢整整24年。1979年，上海市高级人民法院改判薛耕莘“原判不当，应予撤销”，获得彻底平反。出狱后发现妻子已先他而去，晚年由妻妹照料。1981年任上海市文史馆馆员并享受局级干部待遇。2008年9月7日以104岁