矛盾日益激化。1438年，足利义教出兵讨伐足利持氏，史称永享之乱。嘉吉元年（1441年），“四职”之一的赤松满祐刺杀足利义教。尽管他很快就被幕府方面消灭，但是室町幕府的权威却降低了。这一事件被称为嘉吉之乱。同时期，各地的农民也发生了暴动，在日本史上称为土一揆。幕府被迫发佈《德政令》。第八代将军足利义政尽管在艺术上有所成就（建立了银阁，促进了“东山文化”），却在政治上因为继承人的问题，在应仁元年（1467年）造成了应仁之乱。各地守护势力日益发展，夺取了幕府在各地的庄园。幕府的势力逐渐缩小到京都及週边山城国