，实为最大的因素」、「"二二八"事变就是一起被严重歪曲了历史事件」。
陈水扁政府.在民进党执政时，更明显地对陈水扁多作批判，表现出反对台湾独立路线的态度。2008年，国民党重新执政后，南方朔多次积极批判马英九政府政策摇摆，对于马英九的人格、ECFA的批判也甚至有不少与深绿人士相近，甚至指出陈水扁政府的偏激是国共联手逼出来的，他们政治迫害陈水扁是严重的错误。由南方朔对马政府及ECFA的批评，可见他的偏左背景。
2012年总统大选.2012年总统大选，南方朔转向