随着肾盂扩大，肾实质（由肾丝球和肾小管构成）渐渐萎缩，功能也越来越差。最后肾脏变成水球一般，只剩一层薄薄的外层，这时即使解决了阻塞问题，肾功能也不能恢复。如果一侧肾积水，另一侧会加倍工作以排除体内的废物，伹如果两侧肾都有积水，患者将会面临肾衰竭，必须靠血液透析也就是俗称的洗肾维持生命。肾积水的患者同时也比一般人容易产生结石与受到细菌感染。
治疗.肾积水的治疗原则就是解决阻塞问题，所以针对不同部位和不同程度的阻塞，各有不同的治疗方案。