核酸的结合强度，是由GC配对所佔比例，以及双螺旋的总长度来决定。当脱氧核醣核酸双螺旋较长且GC含量较高时，其双股之间的结合能力较强；长度较短且AT含量较高时，结合能力则较弱。双螺旋上有某些部位必须能够轻易解开，这些部位通常含有有较多的AT配对，例如细菌启动子上一段含有TATAAT序列的普里布诺盒。在实验室中，若找出解开氢键所需的温度，也就是所谓熔点（"T"），便能计算出两股之间的结合强度。当脱氧核醣核酸双螺旋上所有的硷基配对都解开之后，溶液中的两股脱氧核醣核酸将分裂成独立的分子。单股脱氧核醣核酸分子并无固定