1904年，他先后主持江苏仕进馆，江苏法政学堂，江南将弁学堂及江南陆师学堂。1907年，江苏巡抚陈夔龙调他任江苏参谋处督办，主持新军的训练。其间他着有《江苏参谋处兵学》一书。1907年底，他辞职请调四川。到达四川成都后，他任四川陆军小学堂总办。当时赵尔丰督川边军事，罗长裿参与其幕府。1908年，他被赵尔丰任命统领川边巡防新军五营，同时赵尔丰任命钟颖统领川边混成协。在任上，他主张对藏人以抚绥为主。1909年，清政府电令川军2000人调防西藏，英属印度政府唆使西藏三大领主叛乱。他因主张抚绥而遭到下属和赵尔丰