以后，尚书分曹治事，由曹渐变为部，至隋唐始确定以六部为尚书省的组成部分。以吏、户（隋称民部）、礼、兵、刑、工六部比附《周礼》中的六官，秦汉九卿的职务大部并入。元代六部改属中书省。明太祖废宰相不置，以尚书任天下事，六部直接对皇帝负责，地位更加提高。明成祖永乐迁都，国都虽在北京，但依旧设置南京六部，清朝亦旧都设置盛京五部。清末，新设外务等各部，六部之名遂废。
出自.魏晋时期，尚书省独立于少府，成为中枢所在。尚书机构庞大，分曹治事，常有增省。以仆射、尚书领若干曹，曹置郎，下有令史等吏