宗崩，明武宗即位，高凤掌管机密，提议奉行正德初年新政，岁禄二十四石。负责办理孝宗的丧事；太皇太后王氏命他主持武宗的纳皇后礼。正德元年（1506年），岁禄加至八十四石。正德四年（1509年），高凤称病，求退休，正德七年（1512年），高凤去世。吏部尚书、大学士李东阳为撰墓志铭。