亚季的召唤》打开在《浩劫杀阵：车诺比之影》的故事结束后的不久，通往变异地区中心的所有道路已被发现及开通，此时政府（乌克兰政府）决定发动大规模称为“航道”的军事行动，企图将切尔诺贝利核电站重新佔领和控制。根据行动计划，第一个小队将被派遣对整个变异区进行空中侦察，标绘出各变异点位置的详细布局。此后再利用此地图，把大量部队开进到里面。尽管军方他们已经作充分准备，但行动还是失败了。打头阵的战斗直升机大多数都失去联络。为了收集行动失败的内幕资料，乌克兰的安全部门将派特工到变异区中心进行调查。从这时起，一切都由玩家做主