由JR东海委託给子公司东海交通事业代为经营的业务委託车站，并由名古屋车站负责管理，设有绿窗口。枇杷岛车站在1886年初设时，原名清洲，位置也与目前的站址不同。1906年时迁移现址并改站名为枇杷岛，而「清洲」的站名则一直到1934年之后，才由隔邻新设的车站承接。至于东海交通事业所经营的城北线方面，由于是与货物列车专用的稻泽线共用枇杷岛车站附近的路线，因此得根据货物列车的运行状况随时调整发车月台。本站也是城北线沿线所有的车站之中，唯一派驻有站员的有人车站。
车站结构.岛式月台2