866年）及光绪二十一年（1895年），祝贡寺两次毁于兵燹，后来又重建，为格鲁派寺院。中华人民共和国成立初期，该寺有活佛1人，为祝千活佛罗藏久美，时在塔尔寺学经，后来还俗，1990年代，正在担任天祝县藏医院院长、甘肃省政协委员、天祝县政协委员。中华人民共和国成立初期，该寺还有僧人49人；建筑有大经堂1座，昂欠1处。1958年后，该寺建筑陆续被毁。1981年，该寺重新开放。根据天祝县宗教局2005年统计，该寺有僧人1人，信教群众5000人。2012年7月24日，第十四世祝千活佛洛桑三旦嘉措坐床庆典大会