前，东帝汶人投票决定脱离印度尼西亚独立。2012年5月，葡萄牙总统阿尼巴尔·卡瓦科·席尔瓦访问印度尼西亚，这是自1950年两国建交以来葡萄牙总统的首次访问。
文化.葡萄牙人是最早接触到印尼群岛原住民的欧洲人之一。文化影响可以从印度尼西亚语中来源于葡萄牙语的外来词来略知一二,这些外来词主要是欧洲人带来的东西,比如sabun(来源于sabão，意思是肥皂), boneka(来源于boneca，意思是娃娃),gereja(来源于igreja，意思是教堂),bola(来源于bola，意思是球