世宗亦怜悯王琼年老多病，于是命其还籍为民。御史胡松因弹劾桂萼而贬到外地任职，其同僚周在请求宽恕胡松，而一同被下诏狱。桂萼于是再次提起王琼此前攻击杨廷和之事，于是廷臣纷纷再次举荐，世宗才命恢复王琼兵部尚书职位，待用。次年，再以其担任兵部尚书兼右都御史，代替王宪总督陕西三边军务（陕甘总督）。土鲁番佔据哈密，廷议闭关绝其贡已经有四年。至此，其将牙木兰率领两千人求归属，沙州番人帖木哥、土巴等亦率领五千归属。番人连续两次来寇，接连被参将云昌、游击彭濬击退，此后王琼就奏乞抚纳，世宗採纳兵部尚书王时中议，听从王琼採纳