0年，葡萄牙推翻帝制建立共和，耶稣会敎士再次从修院中被驱逐，修院后来由葡萄牙天主敎会管理。
近现代.1938年，时任教宗下令圣若瑟修院只许开放予以担任神职人员为目标的修生，修院的学生人数因而大幅下跌。1966年，中国大陆发生文化大革命，修院的修士们陆续避走葡萄牙，后来修院只开办一些短期班，以训练澳门、香港、帝汶、新加坡等地的神职人员。到了1990年代，修院暂停一切神职人员的培训工作，而教堂则仍然坚持每月举行一次弥撒。1953年，时任天主教澳门教区主教罗若望主持策划圣若瑟教堂的一