西辽派一位沙黑纳（太师僧少监）监督政事，这位少监不断逼迫畏兀儿，国王巴而朮·阿儿忒·的斤在1209年袭杀少监，叛离西辽，投降成吉思汗。他因此成为成吉思汗的第五子。畏兀儿是第一个和平併入蒙古的定居国家，对蒙古帝国的架构大有影响，他们是帝国的出色管理者。元朝与察合台汗国及窝阔台汗国交战时，畏兀儿人首当其冲，受到重大破坏。吐鲁番被察合台汗国攻陷，亦都护带着大量部众迁居元朝境内。元末开始，畏兀儿之地渐渐被伊斯兰化的东察合台汗国佔领，以王族亦都护家族爲代表的拒绝伊斯兰化的畏兀儿人东迁甘肃永昌一带，大部分同化于汉族