祺瑞临时执政复权，曽毓隽作爲幕僚也一起复权。翌年，其妹曾毓瑞（字花日）被国民军逮捕、拘禁，他本人逃脱。国民政府北伐结束后，曽毓隽被国民政府通缉。1938年（民国27年）南京的中华民国维新政府诱其出山任职，被他拒绝，此后曽毓隽流亡香港。同年6月，他到了重庆，此后他任国民政府赈济委员会委员直到1941年（民国30年）5月。1949年中华人民共和国成立后，他寓居北京。他手头有自己的109亩的产业——金鱼池，但很快因缴不起地产税而于1953年将该池卖与北京市人民政府。1956年应当时中央文史研究馆馆长章士钊之约