。正在享受潜水乐趣的小兰和园子，意外遇到了一群正在寻找宝物的宝藏猎人，不料其中一名猎人田山资悦突然遭到鲨鱼群的攻击，小兰和园子虽然幸运逃离，但该名猎人最后还是不幸身亡，闻讯赶来的柯南发现这名猎人的死因相当诡异，于是便与灰原一起展开调查该名猎人的死因。柯南发现死者的潜水服附有破裂的装有鱼血的薄塑料袋，断定这是一起谋杀。柯南等人一边寻找着行踪诡异的猎人下落，一边试图解开那则疑似为整个事件起因的宝藏传说，以及罪案现场海底宫殿的谜题。经过一番调查之后，他们找到了一个神秘的名词「JOLLY ROGER（海