一副校长，李方训（原金陵大学校长）为第二副校长，保留原南大、金大必要职员组织行政机关。原南京大学及前金陵大学的档案、文物，除需立即应用者以外均归南京大学。全校专任教师253人，本科生1296人，专科生482人。1953年系科调整中，浙江大学地理组及四川大学地理学系并入南京大学地理学系。1956年，心理系迁往北京组建中国科学院心理研究所。
工科.
南京工学院.1952年，以原南京大学工学院为基础，合并原南京大学农学院食品工业系，金陵大学理学院电机系、化工系，