859年颁布《改革法》，没收天主教会的财产，实行政教分离，驱逐教皇使节和违抗命令的教士，击退英、法、西三国联军的武装干涉，并粉碎法国在墨西哥建立的傀儡帝国，大地产势力和改善印第安人生活条件的措施，促进民族意识的高涨。1864年至1867年，胡亚雷斯领导墨西哥反抗法国皇帝拿破仑三世的侵略并取得成功，并于1867年5月处死了拿破仑三世扶植的傀儡皇帝马克西米连大公。战争结束后，他两次当选总统，曾兴办印第安人教育，镇压退伍军人暴动和波费里奥·迪亚斯将军的叛乱。他还进行了一些自由主义的社会改革，在墨西哥历史上起了