寺的寺名“科迦”在藏语中意为“定居”。传说过去噶尔一带的居民擅长铸造佛像，一天，居民们以马车运送一尊观音像，行至孔雀河边，马车遭石头卡住，无法前行，于是人们便在停车之处兴建了一座寺院，取名“科迦寺”。实际上该寺是996年由大译师仁钦桑布创建。建寺之初属噶当派，后来改属萨迦派至今。到21世纪初，该寺已改宗萨迦派约500年。科迦寺所在的科加村（又译科迦村）以该寺为中心兴建，平面呈东西向布局。根据记载，先有科迦寺，后有科加村，科加村因科迦寺而得名。科迦寺的规模很小。寺内供奉的文殊菩萨曾受到高僧仁钦桑布加持