9年的命名研究里，约瑟·波拿巴等人提出瓜巴龙是个原始兽脚类恐龙，并归类于独自的瓜巴龙科。在2007年，约瑟·波拿巴等人发现农神龙非常类似瓜巴龙，而农神龙也生存于相近时代的巴西。约瑟·波拿巴等人将瓜巴龙、农神龙都归类于瓜巴龙科，并将瓜巴龙科改归类为原始蜥脚形亚目恐龙，或者与蜥脚形亚目、兽脚亚目的最近共同祖先是近亲。约瑟·波拿巴等人也提出，瓜巴龙、农神龙的外形比较类似兽脚类恐龙，而较不类似蜥脚形恐龙<ref name="bonaparteetal2007">