孝芬早已厌倦外任，坚决推辞不上任，于是魏孝庄帝任命他出任太常卿。普泰元年（531年），南阳郡太守赵脩延偷袭占领荆州城，囚禁刺史李琰之，招引南梁军队。朝廷任命崔孝芬出任卫将军、荆州刺史，兼任尚书南道行台，又任命崔孝芬出任都督三荆诸军事、车骑将军、署理骠骑将军。崔孝芬已经出兵，于是改任散骑常侍、骠骑将军、西兖州刺史。太昌初年（532年），崔孝芬兼任殿中尚书，很快出任车骑大将军、左光禄大夫，仍为尚书。永熙二年九月壬子（533年10月30日），崔孝芬加仪同三司，兼任吏部尚书。魏孝武帝受高欢逼迫，西逃入关中。