成为足利将军家的祈愿所，接受小早川氏和毛利氏的保护和供奉，最盛时期曾有88个塔头，在西日本有末寺高达约3000座。但是，应仁之乱以后，寺势衰退，尽管在小早川隆景时代曾稍微重返荣盛况，但仍流逝于之后的权力者流转变化之中。进入明治时期时曾因法灯而复兴，在1876年（明治9年）曾属于天龙寺派，但在1905年（明治38年）从天龙寺独立，改称为临济宗佛通寺派，成为其本山。
文化财.
广岛县天然记念物.佛通寺罗汉松是广岛县指定自然记念物（1961年11月1日指定）。