，以产生特殊的风味或口感，例如斯蒂尔顿芝士与罗克福干酪上的蓝色纹路便是造成的。用于制造起司的真菌都是无毒的，但起司成熟或贮藏时，可能有其他种类的真菌生长于其上，而产生多种，是生产起司时需考虑的因素。
发酵食品.酿酒酵母常用来制作面包与其他小麦加工食品，许多酵母菌可用来酿酒，米麴菌则可用来发酵大豆，制作酱油、日本酒与味噌，根霉则是制作印尼食品丹贝的重要原料。许多与这些真菌亲缘相当接近的麴菌属真菌会产生对人体有害的毒素，但这些真菌大多是驯化物种，经由育种、人择选出发酵能力佳，又不会产生