蛇的骨骼较为细小及易碎，难以保存，能够成形的完整化石更是并不常见，研究材料显然不足。不过，一些在南美洲及非洲发现的蛇类化石，其骨骼构造与蜥蜴相近，让科学家可以确定及辨认那些经历了一亿年的蛇类。从形态学的基础而言，学界已普遍同意蛇类是系出于蜥蜴类的。从两者分子结构研究所得的结果，更充分地支持这个说法；目前学者假设拥有毒素的蛇类是远古毒蜥蜴类生物的毒素直接继承者（详见蛇毒）。从蛇类化石的研究中，学者认为蛇类是白垩纪时代的洞栖蜥蜴一系演化而成的，例如巨蜥或其它邻近种类。一条早期被发现并被命名为「"Najash