为开山堂，右边为净业堂。弥勒殿供奉弥勒佛与四大天王，而在弥勒佛背后则供有韦驮神像。开山堂里因该寺与郑经与其母董夫人有渊源，而供有延平郡王郑成功神位，此外堂中还供有弘法大师塑像及西天东土历代祖师香位，墙上还挂有历代住持画像并附略传。弘法大师塑像是已废寺的日本时代真言宗台南高野寺的遗物。净业堂里主祀地藏王菩萨和众多信徒的牌位，而干隆年间的知府蒋元枢重修该寺时所立的「重修海会寺图碑」正存放于此堂中。弥勒殿之后便是大雄宝殿，供奉释迦牟尼、普贤菩萨与文殊菩萨，另外还陪祀了多尊菩萨、尊者与十八罗汉。而在此殿中亦存有