冈瑟·冯·海根斯生于今天波兰的卡利什附近的 Skalmierzyce（当时叫Alt-Skalden，属纳粹德国），出生时名字叫做Gunther Gerhard Liebchen。父亲曾为纳粹德国党卫军充当过厨师。1965年至1968年他在民主德国的耶拿大学医学系学习。在大学期间，海根斯开始对共产主义和社会主义产生怀疑，还参加过抗议华约组织军队入侵捷克斯洛伐克的学生示威游行。1969年海根斯在逃往西方途中在捷克斯洛伐克与奥地利边境被捕，然后被关押在民主德国的格拉和哥格布斯堡集中营达两年之久。1970年8月