兵开展大规模整肃，搞得海军人心惶惶，海军菁英们纷纷众叛亲离，1949年发生了几千海军官兵连同几十艘舰船“投向”了中共。桂永清只好厉行军法，不惜株连无辜，来向上峰交差。
1949年以后.第二次国共内战期间的1949年，先有海军重庆号巡洋舰（舰长邓兆祥）投共遭炸沉，复有渡江战役林遵率领第二舰队等大小三十余艘舰艇叛变、永兴舰譁变、长治舰遭水兵夺舰等，陆续自中华民国海军叛变，加入中国共产党（中华人民共和国于同年10月1日成立）。另有美颂军舰自香港叛变遭夺回，载运黄金的崑崙舰长沈彝懋预谋叛变