三庄中每庄增加三名信徒代表，并重新补选管理。当时慈霭法师中风已久，被指定继任的圣岳法师未参加信徒代表大会，导致信徒代表质疑其诚意，而爆发管理冲突。出家众因此在1994年3月11日，控告地方政府伪造文书及企图侵佔寺产，并以上任不久、与此事无涉的高雄县县长余政宪作控告代表。同年3月18日，中华佛寺协会为了高雄栖霞精舍与大觉寺的寺产及管理权纠纷，发动佛教界赴立法院请愿，结果大觉寺管理权确定为出家众所有，高雄县政府败诉，延用五十年的行政命令——信徒认定原则及权利地位，做大幅度修改。1997年，圣岳法师接替慈