于多瑙河基利亚河支流左岸伊兹梅尔。战争爆发前拥有浅水重炮舰5艘、装甲艇22艘、扫雷艇7艘、护卫艇30艘、半滑艇6艘。担负在普鲁特河口至基利亚河口地段防止德军与仆从国罗马尼亚军队强渡多瑙河。苏德战争爆发后，多瑙河区舰队配合南方面军第9集团军第14步兵军在普鲁特河与多瑙河打退了罗马尼亚军队的进攻。由于南方面军的全线东撤，区舰队奉命向敖德萨转移，7月19日全部抵达该地。
1944年4月—1960年.重建后首任司令为谢尔盖·格奥尔基耶维奇·戈尔什科夫。下辖：参加雅西-基什尼奥夫战役、布