椎动物的颅骨化石有松果体孔。这与生理学中例如像七鳃鳗和喙头蜥的现代「活化石」以及一些其他的嵴椎动物所拥有的颅顶眼或所谓的「第三只眼」有关，而在这些动物之中的一部份的颅顶眼具有感光功能。第三只眼的存在代表着演化早期的视觉感受途径。在喙头蜥内的第三只眼结构与角膜、晶状体和视网膜类似，虽然其结构相似度还比较接近章鱼而非嵴椎动物的视网膜。其不对称的整体由偏向左边的「眼」及偏向右边的松果体囊组成。「在含哺乳动物在内的失去颅顶眼的动物，松果囊被保留下来并压缩成松果体的形式。」 不像许多哺乳动物大脑的其余部分，松果体