在日本校长的帮助下，通过勤工俭学在海州郡完成了小学和中学的教育，1910年3月以优异成绩从海东学校毕业。1911年4月，卢基舜考入京城（今首尔）医科专门学校。1915年3月30日，他从京城医学专门学校毕业后，以国费生身份赴日本九州帝国大学医学部学习临床医学。1917年5月，学成回国。
深造与早年生涯.1917年，学成回国的卢基舜受聘成为朝鲜总督府医院助手，1918年4月开始担任朝鲜总督府医院儿科医生并承担教学工作。1929年7月，他再次赴九州帝国大学深造，师从着名生物化学家儿玉