内部的阀门构造也可以防止水倒流而出。硬骨鱼的鳃弓之间没有隔膜，每个鳃弓支撑单独的鳃条，一些种类的鱼还有鳃耙。几乎大部份的原始硬骨鱼都缺少喷水孔，而保有与之相连的假鳃，位于鳃盖基部，大部份又已然退化，没有保留一丝的鳃状构造。海生硬骨鱼也用鳃来排出电解质，同时它们的鳃可能还与其体内液的同渗容摩有关。咸水比体内液稠一些，因此咸水鱼在唿吸时会失去一部份体内的水份。爲了重新获取，它们会喝下大量海水并排除盐分。而淡水因为比体内液浓度低，淡水鱼在唿吸时反而可以吸收到水份。一些原始硬骨鱼同两栖动物一样，幼体拥有