会科学院，历史研究所属之。1978年，李学勤返回历史研究所，任先秦研究室主任。1985年至1988年，任中国社会科学院历史研究所副所长。1991年至1998年，任中国科学院历史研究所所长。1995年12月，李学勤任国家“九五”科技攻关重点项目“夏商周断代工程”首席科学家。1996年6月，“夏商周断代工程”正式启动，同年春，李学勤任“夏商周断代工程”专家组组长。2000年9月，“夏商周断代工程”通过验收，2001年，以其为基础的「十五」重点科技攻关项目「中华文明探源工程」开始部署，该项目首先进行了为期三年