679年当伯爵的政治情势稍微好转时，洛克又回到了英格兰。也是在这个时期，很可能是出于伯爵的鼓励，洛克开始撰写知名的《政府论》一书。本书一度被认为是洛克替后来1688年的光荣革命进行辩护，但后来的学者们却发现在光荣革命之前本书既已成稿。书中洛克批评了托马斯·霍布斯等人的独裁主义政治哲学。虽然洛克是与较具权势的辉格党共事，他所提出的自然权利以及政府理论在当时可说是相当激进而革命性的。然而到了1683年，由于被怀疑涉嫌一件刺杀查理二世国王的阴谋（虽然根本没多少证据能证明他直接参与了谋刺案），洛克逃亡至荷兰。在