嘉赏他。拜他为兖州刺史。他清廉俭朴率下，常睡羊皮，盖布被。转任张掖郡太守，有威名。当时大将军窦宪率兵屯守武威郡，天下州郡不论远近全给他送礼，李恂奉公不阿，被窦宪所奏罢免。后再征拜谒者，使持节领西域副校尉。西域富裕，多珍宝，诸国侍子和督使胡商多次给李恂奴婢、大宛马、金银、香罽之类，李恂一无所受。北匈奴多次阻断西域车师、伊吾，陇沙以西不得通使，李恂悬赏斩杀北匈奴元帅，将其悬首军门。从此道路通畅，恩威并行，保证了西域与汉地的通达。李恂转任武威太守。后因事免官，走着回到乡里，隐居山泽，结草为庐，和诸生织席来