7年福建建立“海峡两岸（福州）农业合作试验区”和“海峡两岸（漳州）农业合作试验区”。至1999年底，福建全省累计批准台商投资企业 5894 家，合同台资金额109.89亿美元；台商实际到资累计近80亿美元。2000年民进党首次担任中华民国的执政党，陈水扁主张四不一没有。2001年，马祖、金门和中华人民共和国福建省的马尾、厦门与之间实现了通商、通航和通邮。后来，陈水扁主张台湾独立和一边一国，使福建和台湾的经贸合作受到一定影响。至2008年底，台商在闽投资项目数 9718项、合同台资 203.11 亿美元、