中尉、中军大都督，随元晔至洛阳。太昌元年（532年）兼尚书左仆射、东南道大行台，追讨尔朱仲远。尔朱仲远亡命南朝梁，樊子鹄收纳他的兵员武器。梁武帝萧衍派遣元树攻打北魏，攻下谯城。樊子鹄攻破元树，包围谯城。樊子鹄被加仪同三司。分遣兵马攻下梁朝苞州、然州、宕州、大涧、蒙县五城，元树孤立无援。樊子鹄派人说服元树，允许他南归，结盟约，谯城归属北魏。元树之兵半数退出谯城，樊子鹄攻打，俘虏了元树和梁朝谯州刺史朱文开。凯旋后，担任吏部尚书，转任尚书右仆射。之后加骠骑大将军、开府仪同三司。青州人耿翔反北魏亡命南梁，梁