姆斯二世而反抗威廉夺位。于是两地发生许多武装反抗，使威廉必须在1689-1690年间征讨两地，发生了许多流血事件（详见后述）。虽然威廉成功平定反抗，但他在北苏格兰与南爱尔兰（都信仰天主教）却留下极为负面的名声。最具代表性的，是1692年在苏格兰高地的格伦科惨案。当地的麦当劳氏族，因为来不及向威廉和玛丽宣誓效忠，在毫无防备之下被威廉的军队屠杀（麦当劳家族招待军队数天的吃住后，突然被痛下杀手）。虽然威廉只下令处死未效忠的氏族领袖（没有交待要屠村），并不清楚事件的细节，但是苏格兰高地的居民认为威廉要负最大的间接责