恒河及布拉马普特拉河水系，分布范围涵盖印度、孟加拉国和尼泊尔，据信现存3500头以上；印度河亚种（印度河豚 "P. g. minor"）仅分布于巴基斯坦的印度河，估计现存约1200–1800头。1970年代以来，这两个亚种被划为各自独立的物种，后根据分子遗传学研究，在1998年被重新归为恆河豚的两个亚种。遗传学分析表明，恒河豚是现代齿鲸中位于演化树基底的早期支系，但已确认的最早恆河豚化石仅有1.2万年历史。A|白鱀豚、亚河豚等其他淡水豚曾被视为恆河豚的近亲，而遗传学研究显示牠们之间的演化关系十分