隶属于北海道旅客铁道（JR北海道）的铁路车站。深川车站是北海道主力干线函馆本线沿线的大站之一，所在地深川市的主车站，也是转乘地方支线留萌本线的分岔点。
车站构造.站务上，深川车站是一站务员配置车站（），设置有绿窗口（），以及自动售票机、自动补票机等设施。在月台配置方面，深川车站设有三座月台共四条乘车线。其中编号六号的乘车线除了是行驶于留萌线上的观光蒸汽列车SL铃兰号（）的停靠月台之外，也是过去深名线（已废线）所使用的月台。