其属名埃希氏菌（"Escherichia"）来源于其发现者特奥多尔·埃舍里希。1885年当埃舍里希尝试找出霍乱病原时，他分离出大肠桿菌，并将其最初命名为"Bacterium coli commune"。
生态.大肠桿菌和其他兼性厌氧性细菌组成了0.1%的肠道微生物，而粪口传染是致病菌株的主要传染途径。它可以在人体外存活一段时间，因此成为环境卫生检测中的微生物指标之一。大肠桿菌是肠桿菌科的一员，经常作爲细菌的模式生物广泛用于科学研究。每个人每天平均从粪便中排出10到10个大肠桿菌