谢里夫总理希望成立一个由军人和文官共同组成的国家安全委员会来决定国家的国防安全事务。穆沙拉夫反对此举，并将陆军中同情这种构想的高级将领统统换掉。谢里夫不满穆沙拉夫的此种行为，并对穆沙拉夫提出警告，穆沙拉夫表示认错。1999年10月12日，穆沙拉夫在斯里兰卡访问期间，谢里夫宣布将穆沙拉夫撤职。穆沙拉夫随即采取相应行动，命令手下的军人将谢里夫和其他所有的文职高级官员逮捕，而谢里夫则命令巴基斯坦的机场拒绝允许穆沙拉夫从斯里兰卡回来的飞机着陆，可是穆沙拉夫的座机强行回国，在只剩下七分钟燃料的情况下安全降落。在公