大利亚及日本。印度尼西亚政府协助其他国家逮捕及起诉与爆炸案相关的激进伊斯兰主义及基地组织成员。于2002年在巴厘岛库塔发生伤亡最惨重的爆炸案。因爆炸案而受他国发布旅游警示则重创了印度尼西亚的旅游业及外商投资前景。
军事.印度尼西亚国民军兵力约30万人，由陆军（TNI–AD）、海军（TNI–AL）及空军（TNI–AU）组成，国防预算于2006年时约为国内生产总值的4%。在1998年苏哈托下台后的改革中，军方在国会中不再有保障席次，但政治上仍有一定影响力。在亚齐及巴布亚省的分离运