皇长子朱常洛为太子，令群臣忧心如焚，朝中的大臣也借此开始党争。直到1601年在皇太后的强迫下，朱常洛才被封为太子，而朱常洵被封为福王，封地为洛城，却迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩，太子朱常洛的地位也因而稳固。明神宗于国本之争对大臣极度不满，采取以不上朝作为报复，仅偶尔批阅奏折，以处理一些重要事件，但如明世宗一样，悉知帝国事务，事无巨细仍出于其之决断。大理寺左评事上疏，称明神宗沉湎于酒、色、财、气，结果被贬为民。明神宗中后期财政困难，因此明神宗派太监为天下矿监和税监