主力几乎全面撤出山西，而在当地扩编的民兵团则化整为零，调整回最低限度的游击战。1942年八路军前方军部被日军偷袭，前总参谋长左权殉国；此后中共中央军委决定仍然把集团军部设置在山西前线。日军在发动对中国共产党抗日根据地大扫荡同时，于1941年将目标转向在太行山区（晋南）的国军，以国民革命军第一战区卫立煌部与第三战区顾祝同部为主要目标，并以此为基础发动了中条山战役。在国民政府与日军两方面的影响下八路军开始遭受物质困乏以及兵源减少陷入艰难，在1943年之前未能再组织起大规模战役，受到党内不同意见的批评，而以游