洁住进青城山普照寺，专心从事写作。1989年起，流沙河将写诗的精力转移到古文字研究，埋首于甲骨文、金文和篆文之中。1991年，何洁与流沙河离婚，并于普照寺出家，法号「圆果居士」。1992年，流沙河与吴茂华结婚。1995年与林文洵、贺星寒在《成都晚报》“四声鹃”专栏发表随笔。2002年，流沙河发表《满江红 贱躯卧疾反省》，表达对石天河入狱一事的愧疚。2005年，流沙河就川人抗战发表评论：“（国民政府）拉壮丁有没有呢?……也有，但是我告诉你，不到万分之一。”“中间也有逃兵，但都是个别的。”