其重要差异之一是，明朝对藏传佛教政策与对西部边疆政策紧密相关，而对汉地佛教政策则于周边关系政策基本无关。此外，部分士大夫以藏传佛教为「番教」，认同程度逊于内地佛教。明朝一些皇帝因喇嘛多擅长某些「法术」，对其有特殊兴趣，并因而导致士大夫针对相关政策的批评。道教起源于本土民间信仰，在明代与儒家士大夫的冲突比较和缓。但明朝君主中信奉道教者多，既影响到国家政治，也影响到士大夫与君主的关系。士大夫在反覆重申儒家原旨的同时，对道教的批评也日趋尖锐。民间宗教以最贴近下层百姓生活的组织形式和内容，满足中下层民众的宗教需求，