1949年至1952年任中国交通大学、北方交通大学校长；1951年至1981年任铁道技术研究所所长、铁道科学研究院院长；1959年在北京十大建筑的建设中，担任人民大会堂结构审查组组长，并为周恩来总理指定为设计方案审定人；1955至1957年主持设计了武汉长江大桥；1966年文革期间，多次受到批斗，其女回忆，茅以升每天上班，进了大门颈上就被戴上「反动学术权威」 或其它什么罪名的黑牌子，姓名上被打上黑叉叉，戴上黑牌子后还要在院内游走一番，任何时候都会被造反派揪住围攻一通。1977年主持设计了重庆石板坡长