当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。
弘光政权.南京是明朝的陪都，在南京明朝设有基本的（南京六部）。崇祯十七年（1644年）北京被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟朱由崧于同年五月初三日推为监国。十二天后，朱由崧即皇帝位，以次年为弘光元年。由于南京兵部尚书史可法瞻前顾后，延误时机，导致弘光政权基本操控在原凤阳总督马士英的手上。弘光政权内部由阉党余孽专权，朝臣间内斗不断，弘光