电子佔有分子轨域，就好像在单独原子内部佔有原子轨域一般。遵守泡利不相容原理，每一个分子轨域只能容纳两个自旋相反的电子，称为「电子偶。电子是按照能量增加的顺序来佔有分子轨域，就如同原子轨域一般。不同的分子轨域有不同的电子机率密度分佈。例如，键结轨域利用分子轨道理论来说明最简单的σ键案例，两个分子轨道是由两个1s原子轨道形成，能量较低的分子轨道称为「成键轨道」，又称为「σ轨道」，相应的键称为「σ键」，能量较高分子轨道称为「反键轨道」，又称为「σ*轨道」，相应的键称为「σ*键」。分子在基态时，构成化学键的电子通常