学界日益关注粪便移植疗法。有些专家更唿吁把本疗法当作治疗艰难梭菌感染的一线疗法。2013年一项随机对照临床研究发现，粪便移植对治疗复发性艰难梭菌感染的病人功效极佳，而且比单纯採用万古霉素治疗更具疗效。目前的研究着眼于利用粪便移植治疗其他消化道疾病，例如结肠炎、便秘、肠易激综合症，以及神经系统疾病如多发性硬化症和帕金森氏症。美国食品及药物管理局自2013年起把人类粪便当作“实验性药物”监管。
定义.粪便微生物移植透过转移健康捐赠者的粪便细菌和天然的抗菌物质到病人身上来达到治病的目的。