制真菌细胞膜的重要组成——麦角固醇的合成，达到医疗目的。它也可以用来对付某些种类的利什曼原虫，因为这种单细胞寄生生物的细胞膜中也含有麦角固醇。除了抗真菌与抗寄生物作用之外，它还有一定的抗细菌功能。在柯达E-6和类富士CR-56沖洗工艺中，咪康唑可取代甲醛，与「去水渍液」等表面活性剂一起应用于彩色反转片沖洗的最后洗净步骤。在富士恒C-41RA快速存取彩色负片制造工艺的配方中，咪康唑是最后洗净步骤的添加剂之一。
适用症.咪康唑可以外用于治疗脚癣（俗称香港脚）、环癣（金钱癣、轮癣）、