当年度12月至隔年1月，分别完成两套《离岛建设条例》草案，与行政院经建会的版本共同对照审议，最终在2000年三读通过。
补助对象.该基金设立初期，补助的对象曾含括所有辖有离岛的县市，连无人岛也包含在内；但到了2005年，行政院经济建设委员会成为离岛建设基金的新主管单位，补助的范围也限定在有常住居民的岛屿。