更名，改为「台湾省政府农林厅林务局嘉义林区管理处森林铁路课」。1999年配合精省作业，台湾省政府农林厅林务局嘉义林区管理处森林铁路课改制为「行政院农业委员会林务局嘉义林区管理处铁路管理课」。2006年林务局办理阿里山森林铁路民间投资经营，遂改由宏都阿里山公司营运。林务局收回阿里山森林铁路营运后委由台湾铁路管理局经营，2014年1月28日「台湾铁路管理局阿里山森林铁路管理处」正式营运。2017年6月15日，行政院核定阿里山森林铁路于2018年7月回归林务局。2018年6月5日，行政院农业委员会发布《行