停运的五天里，在北京至齐齐哈尔段利用同一时刻开行39/40次列车。由哈尔滨铁路局担当车辆和乘务。1998年10月1日，中国铁路实施第二次大提速。40/39次车次变更为K40/K39次，并改到图里河站始发终到。随后因齐齐哈尔至北京的1467/8延长为加格达奇-北京，K40次列车改回齐齐哈尔站始发，并且每周安排一趟从经加格达奇、齐齐哈尔始发进京，每周为4天齐齐哈尔发，1天图里河发，2天停运。2000年10月21日，中国铁路实施第三次大提速，K39/40次列车运行区间为北京至加格达奇/图里河。2004