陷落等因素，县治遂迁往埤头街。后来因为蔡牵势力攻陷新城等事件，将军赛沖阿提议将县治迁回兴隆庄。嘉庆十二年（1807年），嘉庆帝同意赛沖阿的提案，将县治迁回兴隆庄。而后道光五年（1825年）整建旧城，但最后还是于道光廿七年（1847年）确定将县治留在埤头街新城。
行政区划.康熙二十四年（1685年），凤山县下辖里七、庄二、镇一、社十二：康熙三十三年（1694年），凤山县下辖里十、保三、镇一、庄六、社十二：康熙五十一年（1712年），凤山县辖区不变，仅「庄」改「-{庄}