因县内大量种植甘薯，粮食总量增加。明清嬗代之季，兵连祸结，南明隆武政权、郑氏延平政权与清军在连江数番交战，拉锯争夺，县内士民死者无算。此后清廷闽浙总督姚启圣厉行迁界和海禁， 连江沿海居民悉迁内地，田园荒芜5.7万亩，渔业、海运皆受较大影响。 及至清末，宣统三年九月十九日（1911年11月9日）夜，连江县光复会成员攻入县署，知县周之松缴印出署，清廷在连江的统治结束。
中华民国时期.民国时期连江县先后属福建省东路道和第一行政督察区，其中曾3次为省直辖县。 民国肇始中国即出现军阀割据，