科学与技术学院等10个二级学院，另有一所独立学院——浙江海洋大学东海科学技术学院。开设有海洋科学等48个本科专业，海洋科学、水产、船舶与海洋工程等18个涉海硕士学位点。10所学院如下：2005年获得硕士学位授权单位资格。建有浙江省海洋水产研究所、农业部渔业环境及水产品质量检测中心等20余家科研组织，开办浙江省远洋渔业培训中心、中国石化销售公司舟山培训中心等6家培训机构。