别属杭埠河-丰乐河、派河、南淝河-店埠河、柘皋河、白石山河、兆河、裕溪河7大水系，其主要出入河流有9条，分别为合肥市巢湖市、庐江县境内的南淝河、十五里河、派河、柘皋河、双桥河、兆河、白石天河（白石天河后汇引入杭蚌河）、裕溪河等河，以及流经六安市舒城县与合肥市肥西县的杭埠河，其中入湖水量最大的是杭埠河，约占总入湖水量的60％左右。裕溪河是巢湖唯一的出水通道，同时最后经由裕溪口汇入长江。
风景名胜.巢湖风景秀美，沿湖周围名胜古迹众多，1987年8月被安徽省人民政府列入第一批省级风景名胜