大学董事会，实施校长领导制，并规定校长负责综理清华校务，校长由教育部长提请国民政府任命，然而因为政权不稳定，国民政府选派的人选有时与师生产生冲突，校长人事仍然不稳，1930年5月至1931年4月，清华甚至没有校长，学校事务由校务会议处理，直到1931年梅贻琦担任校长，人事才算稳定。1937年，抗日战争爆发，清华、北大与南开在长沙组成国立长沙临时大学，教育部派定蒋梦麟、胡适、梅贻琦、张伯苓、傅斯年等11人组成筹备委员会，三校的校长担任筹备委员会常委，并依照筹备委员会决议处理校务。1938年初，学校由长沙迁