期翻新的列车于1997年1月底投入服务，初期採用深蓝色车门和蓝绿色做主调。不过有乘客联络小组的委员批评「死人蓝」不吉利后，到1998年经翻新的列车转为红色车门和蓝色做主调。所有列车的中期翻新工程于1999年尾完成，并于2000年1月13日由时任九铁主席杨启彦及阿尔斯通香港区代表共同主持竣工典礼。
未被翻新列车.唯一没作改动的，E44的三卡列车因无法併成一组12卡列车而未被翻新，现存放于港铁何东楼车厂内。到2018年1月，Facebook专页「无人之境 Abandoned HK」称收