爱沙尼亚航海博物馆（）是位于爱沙尼亚首都塔林旧城的一座博物馆，展示一些一些船舶收藏品及爱沙尼亚航海的历史。航海博物馆还有两座分馆。博物馆收藏有在二战中实际使用过的军舰。