军退守重庆，彭大雅出任重庆知府。为防御之需，彭大雅竭尽全力拓修重庆城，向北扩至嘉陵江边，向西扩至今临江门、通远门一线，范围大致比李严扩建的江州城扩大了两倍，奠定了此后直至明清重庆古城的大致格局。元、明、清三代，重庆府之称延续，为四川等处行中书省、四川等处承宣布政使司、四川巡抚及四川总督等管辖。
清朝开埠时期.1876年9月13日，英国以“滇案”为借口，迫使清政府签订了中英《烟台条约》，其中规定英国可向重庆派驻领事。1890年3月31日，中英签订《新订烟台条约续增专条》，确定重庆作为