东公方的执事称为关东管领，由上杉氏世袭。此外，还设有探题，如奥州探题、九州探题、羽州探题，并在各令制国设守护，在庄园设置地头，加强对地方的管理。
财政.经济上，室町幕府在各地分散地设立公方御料所和政所御料所，作为其直辖领地，由足利氏的谱代家臣代管，征收年贡。幕府也向各地守护、地头课税。此外，幕府还在交通要道征收关税。在足利义满的时期，幕府开始在京都对高利贷行业征收土仓税，对酿酒行业征收酒屋税。日本与明朝的对外贸易也是室町幕府的重要财政收入来源。中国的元末明初时期，九州和濑户内海