昭将军正式承认拥有丹后一国，不过在比叡山被火攻后，因为匿藏被追击的延暦寺僧人等事而与信长对立。天正6年（1578年），织田家武将明智光秀和长冈藤孝向丹后国侵攻。翌年（1579年），丹后国人相继投向织田一方，丹后守护所的诘城建部山城亦被攻陷，于是逃向但马国的山名氏之下，在途中寄身于中山城，却因为城主沼田幸兵卫是长冈方的内应，于是自杀（在细川家谱中记载，是在丹后平定中病死）。在自杀前把家督让予儿子义定。