教练时期.球员生涯结束后，约翰逊在皇家队开始他的教练生涯，在球队小联盟担任了6年的教练。他担任1A的棒球城皇家总教练。他带领2A的威其塔牧羊人进入季后赛，并获得德州联盟年度最佳教练的荣誉。他升上3A执教奥玛哈皇家，并在获得太平洋岸联盟的第一名。在皇家队8年担任总教练期间他赢得了6个赛季的冠军。约翰逊加入波士顿红袜球团，并担任1A萨拉索塔红袜的总教练。他升上2A，担任东方联盟的特伦顿轰雷总教练，之后他随着红袜转换小联盟所属球队而到了波特兰海狗。他开始担任波塔基特红袜的总教练直到