竞选连任，再加上天候不佳导致其故乡莒光乡有大量滞外选民不及回乡投票，故虽有同党县长陈雪生加持，林惠官仍以118票、不足3%的些微差距三连霸失利，并退出亲民党，立委卸任后，林转任马祖酒厂董事长，2009年重回中国国民党。2009年5月间，在陈雪生、连江县议长陈振清、连江县副议长陈贵忠、连江县议员曹以标、林贻祥、陈建光、张永江等三分之二民意代表支持下，决定争取代表中国国民党参选连江县长，积极布局年底2009年连江县长选举。2009年7月中，林惠官因颈椎钙化，在台北市立联合医院仁爱院区进行颈椎手术，但手术