，较上届减少12席。2005年，陈雪生顺利连任，但台东县长徐庆元放弃连任、傅学鹏则已任期届满，以无党籍参选的亲民党立委徐耀昌亦未当选，亲民党失去两席县长，仅剩离岛的连江县。2006年，宋楚瑜在亲民党背书下以无党籍参选台北市长落败，仅获4%。2008年，国亲联盟取得9席，再加上亲民党原住民立委取得1席，共计10席。2008年底，陈雪生重返中国国民党，亲民党籍地方首长归零。2009年，亲民党背书的立委傅崐萁当选花莲县长，亲民党在立法院减至9席，地方首长回升至一席。2010年，唯一一席以亲民党名义当选的原住民立委