，山东地区唐军皆受到李神通的管制。此时李氏宗亲除李渊诸子以外，唯李神通势力最大、任务最重，从李渊将山东一带军事委由李神通处置，可见他对李神通之信赖。李神通攻伐窦建德，虽兵败遭掳，却以唐帝血亲的关系被待以客礼。武德四年，窦建德失败，李神通被授命为河北道行台尚书左仆射，仍在抚慰山东之重任。事后与秦王李世民讨伐刘黑闼，改迁左武卫大将军。天下平定后，李神通遂少见用。武德九年玄武门之变爆发，虽然未见李神通策划与响应，然而李神通素与李世民相善，事发之前仍与李世民夜饮，并护送李世民返回府邸，应属于支持李世民一派。