，仍然留在翰林院担任编修。民国2年（1913年），马君实获荐任为京师地方审判厅推事，后来担任安徽高等审判厅厅长。民国6年（1917年），许世英担任北京政府交通部部长，马君实获聘为京津铁路段段长。民国11年（1922年），获聘为安徽省财政厅厅长。任内，淮河水灾，马君实提议拨款赈灾，还拍卖了自家的房产，为灾民捐款数千金。民国12年（1923年），调任安徽特派交涉员兼芜湖监督。民国14年（1925年），出任国务院参议，兼任中国佛教协会会长、中国红十字会理事长。马君实信仰佛教，平日穿布衫，吃素食，诵经参禅，