班次以上环港澳码头为终点。同时，海天码头也有部分往来珠海、中山、莲花山及南沙的班次，而虎门及深圳福永线则全部班次皆以海天码头为终点。部分航班会採用北长洲海崃进出香港，并沿港珠澳大桥以南之「青洲水道」往来粤港，大致与港澳高速船相若；而另一部分航班则会下穿青马大桥、途经龙鼓水道及沿港珠澳大桥以北往来粤港，需时相若。