警察（花莲港厅玉里郡郡警察课）直接统治各部落，受各派出所及驻在所管辖。目前卓溪乡的六个村：卓溪、太平、崙山、立山、卓清、古风，大部份都是在这个时期集中迁入的。战后初期曾将卓溪乡分别划入玉里镇、富里乡管辖，1946年才在此地设置花莲县太平乡，当时因与台中县太平乡（今太平区）以及宜兰县太平乡（随后也改名为大同乡）同名，于1950年易名为「卓溪乡」。