当时平城上皇和弟弟嵯峨天皇的政治立场相对立，平城上皇更宣布自己所在的平城京才是国都，而非嵯峨天皇的平安京，因而逼使嵯峨天皇不得不诉诸武力，而在战乱中，嵯峨天皇认为镇守平安京皇宫的神明乃是贺茂大神，因而在弘仁元年（810年）的药子之乱平息之后，将自己的第八皇女－有智子内亲王作为侍奉贺茂大神的斋王，这便是贺茂斋院的开端。
斋院制度.贺茂斋院的制度多仿效自伊势神宫的斋宫制度，历代皆由皇族中的内亲王或女王担任斋王一职。被选为斋院的皇女，先在宫中的初斋院斋戒2年之后，在第三年的4月上旬，