APG 分类法将其合并到禾本目中，2003年经过修订的APG II 分类法延续这种分类，但随着2007年的最新发现，APG网站把本科移入睡莲目。不过 Saarela "et al."认为本科应该和睡莲目并列。2009年APG III分类法正式把它列入睡莲目。
种系发生学.独蕊草科与其睡莲目亲属的关系如下：
内部分类.2008年以前，植物学家曾将独蕊草科现存物种分为两属——排水草属（"Hydatella"）及独蕊草属（"Trithuria"），并以两个特征来