理机制的重建困难重重（大多数主教皈依东仪天主教会，而在1620年与1621年，用来接替他们的东正教主教未获联邦承认），这个阶段最终在瓦迪斯瓦夫四世在位时结束。那时很多东正教贵族都已皈依天主教，而东正教会由组织宗教兄弟会的市民和下层贵族，以及东部的新势力哥萨克阶级控制。基辅都主教彼得·莫吉拉在当地建立了一所有影响力的学院，他也为东正教会的重建和改革做出巨大贡献。 东仪天主教会原本为联邦的鲁塞尼亚人建立，但在其管理方面逐渐转为使用波兰语。自1650年左右起，教会的大多数档案文献都是以波兰语而非鲁塞尼亚语写就