军都县治所在今昌平城区东南45里。王莽建新朝后改昌平县为长昌县、上谷郡为朔调郡；长昌县、军都县属朔调郡。东汉建武十三年（37年），长昌县、军都县改属广阳郡。永元八年（96年）复称昌平县。三国魏时，昌平县、军都县属幽州燕国；西晋时属幽州燕国。十六国后赵时属幽州燕郡。前燕属幽州燕国。前秦属幽州燕国，后燕属幽州燕郡。南北朝北魏时，省昌平入军都，军都县治所移至昌平县城，属幽州燕郡。皇始元年（396），军都县治所迁入军都新城（今东、西新城村以北）。东魏时，复置昌平县，省军都入昌平县，县治所在军都新城，