被国家承认。截至2007年5月，吉尔吉斯斯坦有1650座清真寺，其中1623座是有登记的，还有七个高等伊斯兰教学机构。主要是穆斯林族群是吉尔吉斯族（佔总人口的67％）；乌兹别克族（14.2％）；东干族（回族穆斯林）（1.1％）和维吾尔族（1％）。在苏联加盟共和国时期，许多清真寺和伊斯兰学校被关闭。吉尔吉斯坦独立后，伊兰教信仰恢复，并在国家一体化进程中发挥了重要作用。
基督宗教.基督宗教是吉尔吉斯斯坦第二大的宗教信仰。第一批基督徒最早在七世纪就存在。这些基督徒属于聂斯托里（景教），而