0任总统选举后拜会史明，后者在当时表示不需要特别有所安排，但是建议陈水扁必须做到谨言慎行、用人严谨、研究中国共产党三件事情。2001年10月，其着作《台湾民族主义与台湾独立革命》与《我的故乡，八芝兰—士林》出版。同年11月9日，史明教育基金会于台北市国宾大饭店成立。
反对行动.在2004年，尽管史明从不愿意承认中华民国在台湾的统治权，其生平第一次使用中华民国身分证参与中华民国总统选举，并投票给陈水扁。2005年3月14日，中华人民共和国通过《反分裂国家法》之后，他与国立台湾大学学生