886年台湾建省，将卑南厅升格为台东直隶州，州治设于今花莲瑞穗乡，并于原卑南厅治设州同，花莲港设州判，预计于州下设三个行政区。首任巡抚刘铭传以「辖境太广，则耳目难周；控制太宽，则声气多阻。」建议重划台湾郡县，于水尾设直隶知州，称台东直隶州，原卑南厅旧治设州同一员，花莲港增设州判一员。1888年（光绪十四年）12月7日裁撤原驻扎卑南的台湾府南路抚民理番同知正式设立台东直隶州。后移治今台湾台东县西北卑南乡。属福建台湾省。《台湾舆图》将卑南厅分成三段，从北到南分别是崎莱（木瓜溪以北）、秀姑峦（木瓜溪到网网溪）、卑