部分设置14个专业，并对职工、学生、图书、设备等做了重新安排。 分校后，两地又对一些专业设置进行了调整，两地交大又分别合并了一些学校。西安部分并校工作完成后共形成11个系23个专业，上海部分并校工作完成后共形成6个系19个专业。1959年6月2日，教育部向国务院发去报告，认为交通大学上海部分和西安部分都有较大规模，但是距离较远，不便统一管理，而且两校都已经确立为全国重点学校，故拟将交大上海以及西安两个部分独立成为两个学校，上海部分改称上海交通大学，西安部分改称西安交通大学。原交通大学校长彭康改任西安交通