岩浆活动，形成东西横亘的阴山山脉。地轴以南主要属鄂尔多斯台拗，为一长期沉陷区，沉陷时期在中生代；其西部边缘在中生代发生褶皱，形成贺兰山等。地轴以北主要属内蒙古—大兴安岭褶皱系，以华力西运动为主要旋回，燕山运动使褶皱系再一次受到改造，形成东北—西南走向的大兴安岭，区内出露晚古生代地层，一般未变质或变质轻微。自治区东北部的唿伦盆地、额尔古纳河流域，属额尔古纳褶皱系。内蒙古东部是火山集中分布地区。分为：大兴安岭中段火山群，分布在绰尔河、哈拉哈河之间的熔岩台地上。阿巴嘎火山群，分布在锡林郭勒盟中部熔岩台地上。达