战动总会成立之后，设立了“动员宣传团”，郑季翘任副团长兼宣传队队长。动员宣传团到晋西北十多个县宣传抗日，组织抗日团体，成立各县动员委员会。动员宣传团解散之后，郑季翘历任战动总会组织科科长兼军政干部训练队政治部主任、巡视团（负责崞县、忻县、宁武县、岚县、静乐县、方山县）团长。1938年秋，战动总会派出多个工作团到山西各地配合八路军开辟并扩大抗日根据地。郑季翘被派到晋绥边区任战动总会晋绥边区办事处主任（1939年1月至6月正式任主任）。到晋绥边区后，郑季翘在地委及八路军六支队支持下，领导整顿各县动员委员会，