划为一个门——纤毛门。按照汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出的分类系统则属于囊泡藻界的“纤毛虫门”（Ciliophora）。
细胞结构.
细胞核.与其他大部分真核生物不同,纤毛虫有两种大小不同的核，一种是二倍体的小核，负责基因重组；另一种是多倍体的大核，负责一般细胞调控。
细胞质.食物通过胞吞作用，经过胞口胞咽进入食物泡，通过溶酶体分解使其颗粒变小，能通过膜扩散入细胞质中，残留在食物泡中的物质在胞肛处以胞吐作用排出。大多数纤毛虫也具有一个