幕府直辖领，设长崎奉行所管理。规定所有朱印船统一由长崎出航及归航。1601年徳川家康向安南国大都统阮潢致信，要求保护持有朱印状的日本商船、禁止与朱印船以外的商船交易，「朱印船制度」确立。另外为了排除葡萄牙人对长崎生丝贸易的利益独占，1604年幕府任命京都、堺、长崎的御用商人为丝割符年寄，与葡萄牙人交涉生丝的价格，再批发给日本各地的商人（丝割符制度）。据官方统计，从1604年至1635年的32年间，共有356船次的日本商船得到了海外贸易许可证渡航海外，平均每年有11船次，而不在官方统计的走私船更是不计