会却独树一帜，一直秉承台湾本土主义，并与民进党相结合。在台湾，从日本殖民统治时期到中华民国时期，均有打压当地原有语言的统治方针，但台湾基督长老教会有使用台语传教的传统。同时，长老教会于日治时期到国民党台湾戒严时期也有争取人权和民主的传统，加上发表具台湾人意识的《人权宣言》也曾经与国民党政府产生过冲突。2015年是长老教会抵台宣教150周年，前总统李登辉出席纪念活动时推崇教会引进西方的医疗与教育，积极融入台湾社会，设立台湾第一间西医医院沪尾偕医馆、第一间女子学校淡水女学堂、第一间中学台南长老教中学、第