主，首都东京是日本的公路、铁路、水路及航空总枢纽，以及重要的航空转口港和港口。日本的高速公路收费和征税都较其他国家高，但同时亦在公路维修和保养方面投放不少资源，节能方面也属世界领先。由于日本是个岛屿国家，岛与岛之间有渡轮连接，城市之间也有高速公路和新干线相连，市内自行车、摩托车、汽车等各种交通工具均被大规模应用。日本的车辆靠左行驶。
铁路.日本在2010年的铁路运量达226.7亿人次，为全球第一。东京地铁亦是世界上流量最大的地铁系统。日本的铁路密度高，且基本实现电气化，19