则更不易拦截，虽然误差比巡弋导弹高，但是利用核弹头的有效范围足以弥补这项缺点。一些早期的潜艇必须在水面发射导弹，同时使用危险性较高的液态火箭发动机。从美国研发北极星弹道飞弹之后的现代的弹道飞弹潜艇为了更加隐蔽则更多的是在水下发射弹道导弹，这也称为潜射弹道导弹。潜艇发射飞弹的作业深度通常在水面下50米的深度。弹道飞弹潜艇与飞航导弹潜艇最大的不同，是前者是用于在战略上实施二次核打击。所以，弹道导弹核潜艇更注重如何不被发现，而不是攻击其他舰艇的能力。弹道导弹潜艇的最重要的是不被发现。常见的手段包括全艇