济南始为山东首府，到了嘉靖、万历和天启年间（1521—1627年）济南府成为当时中原第一大都会，1635年，1636年，1638年，1639年，1642年满清五次引兵攻占北直隶和山东承宣布政使司，杀掠无数，尤其是1642年攻陷济南府时，肆意戮掠后撤退，济南府城内外积尸十三万具。满清顺治朝时，山东多次爆发反抗满清统治而后被镇压的起义，这给当时的山东尤其是济南府造成不小的损毁。据说当时白天赤地千里，榛榛莽莽，夜晚手游鬼哭，人迹罕至（超过百万人遇害）。清康熙年间，济南的商业开始缓慢恢复发展。后为山东布政使司的治所