明朝自此开始走向灭亡。神宗在位期间的东林党争也是严重败坏朝纲的事件。由于朝政混乱，部分中下阶官吏在政治上受到排斥，纷纷要求政治改革，并强调道德标准。万历二十一年（1593年）癸巳京察促成东林党的形成，其名称源自顾宪成创办的东林书院。主持京察的孙鑨、李世达和赵南星，利用京察将不符他们标准和不属于东林党的官吏降职解雇。经过多次京察后，引起众多反对党如宣党、崑党、齐党、浙党等兴起并与东林党互相倾轧。自此门户之祸坚固而不可拔，图使朝政空转内耗。明熹宗时阉党专权，东林党受到严重打击，直到明思宗初期才重新被启用。