外他不得不移居到比较安全的阿西西和佩鲁贾。他还攻克了欧斯提亚的渡口。在教宗国内他逐渐重新获得了对重要城堡和城市的控制。他实际上重建了后来15世纪的教宗国。1394年9月16日克勉七世在亚维农逝世，但是9月28日法国的枢机立刻选举了一名新对立教宗：本笃十三世。此后几年里即使博义九世最强的支持者英格兰国王理查二世和德意志国王瓦茨拉夫四世也劝告他与对立教宗协商结束大分裂，但是博义九世拒绝。召开大公会议来结束分裂的唿声也越来越高，但是在博义九世任职期间改革运动没有进展。博义九世统治时期在罗马召开过两次大庆典