NT一样，Windows 9x把用户和配置特定的设定储存在一个大型的、被称为Windows注册表的信息数据库。硬件特定的设定也存于注册表中，且很多设备驱动器都使用注册表来加载配置数据。此前的Windows版本使用如AUTOEXEC.BAT、、、SYSTEM.INI的文件及其它带有.INI后缀的文件来维持配置设定。当Windows日趋复杂并纳入更多的特性时，.INI文件们对当时的FAT文件系统无疑显得笨重至极。对.INI文件的兼容维持直到Windows XP的出现。尽管微软不鼓励使用.INI文件以代替注