路回军马化龙部的根据地金积堡撤退。左军刘松山部等部队继续向金积堡进军，表面上归顺清廷的马化龙代陕回求和不成，又重新反叛。粮尽援绝的马化龙最终于1870年十一月向左宗棠投降，于1871年正月被处死。1871年左宗棠进驻甘肃。1872年四月河州回军头目马占鳌投降，被左宗棠编入清军。1872年十月，清军收复西宁城。白彦虎与陕回残军逃到新疆投靠阿古柏，后来又逃至沙俄并最后死于俄国。1873年九月，甘肃西北部肃州回军首领马文禄在坚守肃州城两年后也接近粮尽，向左宗棠投降。左宗棠在同月处死马文禄，同治陕甘回变就此告终