总部重视，因而有了之后的百团大战。百团大战中，程子华与吕正操指挥冀中部队16个团参战。1942年5月，日军对冀中发动“五一大扫荡”，冀中军区机关转移至北岳区。1943年实行党政一元化领导，聂荣臻任晋察冀中央分局书记、晋察冀军区司令员兼政委，程子华和刘澜涛任副书记兼副政委，肖克任副司令员。1943年8月，聂荣臻、刘澜涛奉命返回延安参加中共七大后，程子华任中共中央晋察冀分局代理书记、晋察冀军区代政治委员，与代司令员萧克领导晋察冀部队巩固并扩大了晋察冀根据地。1944年，萧克去延安看病，程子华又代理军区司令员