国历史上曾有十二个朝代定都于此。南京一名得于明朝，永乐迁都后称应天府为南京。清初，改应天府为江宁府。民国初年，改江宁府为南京府，南京正式成为行政区名。1927年，定名为南京特别市，时为中华民国首都。中华人民共和国成立后，南京市行政区划经过多次调整，随着溧水县、高淳县在1983年划入南京市，南京辖区达到目前规模。
先秦时代.南京猿人头盖骨和相关遗迹表明，距今约60～100万年前南京就有了古人类的活动。6000年前南京就出现了原始村落，在1950年代发掘的北阴阳营遗址年代约为公元前40