年（太建十四年），陈后主即位，再任通直散骑常侍，兼起部尚书。担任中护军，恢复爵位，入朝为度支尚书，兼步兵校尉。加散骑常侍，转任侍中、祠部尚书。后主多次到孙玚家中探望，作诗颂扬他的功劳。担任五兵尚书，兼右军将军。因为年老多次请求致仕，陈后主不许。587年（祯明元年），在官任上去世。享年七十二岁，追赠护军将军，谥桓子。
子女.孙玚有21子。