地政府的布政司署运输科，首长是运输司。工务局成立于1997年7月1日，前身是殖民地政府的布政司署工务科，首长是工务司。环境食物局成立于2000年1月1日，负责当时的环境保护和食物衞生事宜，首长是环境食物局局长。2002年7月1日，成功连任的行政长官董建华，兑现参选时的承诺，改组特区政府架构，成立三司十一局，推行高官问责制。环境运输及工务局是十一个决策局的其中一个，由上述的运输局、工务局及环境食物局内负责环境保护的部门合併而成。2007年，时任行政长官的曾荫权进行决策局重组，环境运输及工务局所统筹的环