人开始以斯宾克斯（スピンクス）为名，在城市制造炸弹袭击事件（目的并非并未伤及人员）向他们所憎恨的已终止进行的“雅典娜计划”的策划者及执行者复仇，为此展开了与日本警视厅（特别是柴崎健次郎）的对战。
音乐.东京残响的系列音乐全部在冰岛录制，由菅野洋子创作，片头曲「Trigger」由菅野洋子作曲、编曲，Galileo Galilei乐团的尾崎雄贵演唱。片尾曲「」也是由菅野洋子作曲、编曲，由Aimer演唱。东京残响原声带 2 -crystalized-于2014年8月22日推出。