王清任所观察的多是行刑后甚至腐烂的尸体，因而也有不少错误。但王清任在解剖学上的认识对中国医学几乎没有产生任何影响，甚至有人批评他“教人于胔骼堆中、杀人场上学医道……东张西望，东集西凑，便可驾圣贤而上”。王清任真正的贡献是对“活血化瘀”法的应用。在《医林改错》中，有关活血化瘀的方剂有二十二例，如五逐瘀汤（血府逐瘀汤、膈下逐瘀汤、少腹逐瘀汤、身痛逐瘀汤、通窍活血汤）、补阳还五汤等，均为活血化瘀的名方，至今仍为临床广泛应用。