保禄二世明确反对同性婚姻。他形容同性婚姻为“一种新的邪恶理念”，严重威胁社会。他也批评变性与心理性移位的人群，禁止他们在教会供职，称他们“精神病态”。
评价.尽管广受欢迎，若望保禄二世也遭到了许多批评。其中有一条批评认为教宗对共产主义的反对态度使得他支持右翼独裁者。若望保禄二世会晤过智利的皮诺切特一类独裁者，事实上教宗曾敦促皮诺切特恢复民主制度，还曾被皮诺切特的随从人员设计与皮诺切特合影。据称，他曾为Pío Laghi枢机作保，有批评指出后者支持了阿根廷的“污秽战争”。若望保禄