委员会，亦延请文澳清水祖师分灵至高雄大港埔祖师庙的负责人蔡进宗为委员。1993年动工，1997年12月21日历时四年八个月终告竣工。落成后新庙亦採坐北朝南，庙宇样式即为现状。
祖师庙与鸾堂的渊源.1895年（光绪21年），时逢乙未战争，澎湖鸾堂始祖「一新社」为躲避兵燹，迁至西文澳的民宅扶鸾宣讲，另于1902年（明治35年）在祖师庙东邻创办「圣真宝殿」。文澳祖师庙受一新社与文澳圣真宝殿的影响，亦于1921年（大正10年）开办鸾堂，即「登岸社礼善堂」。直到民国55年（1966），一新社