回到奥地利。他曾于1979年—1999年间任欧洲议会的议员，代表德国巴伐利亚的拜恩基督教社会联盟。他亦曾是国际泛欧联盟的总裁及马耳他骑士团的成员。晚年长期在德国南部的巴伐利亚州史坦恩堡湖（Lake Starnberg）畔的Pöcking居住，并同时享有奥地利、匈牙利、德国及克罗地亚的公民身份。2011年7月4日，奥托·冯·哈布斯堡于德国的家中逝世，享年98岁。同年7月16日葬在位于奥地利维也纳的家族陵墓，并由维也纳总主教熊伯恩枢机（Christoph Schoenborn）在圣史蒂芬（St.Steph