为了替代本系列，投入了E721系1000番台。截至2018年10月1日，仙台车辆中心2辆编组15列、秋田车辆中心2辆编组2列共计配属34辆。新造车辆部署后的调动如下：
5000番台.在奥羽本线标准轨区间(福岛-新庄，通称:山形线)的普通列车， 作为JR集团第一个在来线标准轨车辆的番台区分。1991年，日本车辆制造新制造了2辆编组12列共24辆。配属在山形车辆中心，编组番号Y-1 - Y-12。与0番台相比主要有以下的不同点。2002年以后，除了将受电弓变更为单臂式以及