军攻打京都伏见城、伊势国长岛城，并进入美浓国大垣城与西军本队会合。在关原战场中，身为主力的秀家与福岛正则队激战，但受到同样曾经是丰臣秀吉养子的小早川秀秋所背叛，形势急转直下；在西军的大谷队覆灭、主将大谷吉继自尽后，秀家曾经一度想回击小早川秀秋部队，但在明石全登的劝阻下撤退。
流放生涯.秀家躲过了东军的追捕，成功逃进伊吹山，在矢野五右卫门家里藏匿。但领地被家康没收，继承秀家领地的正是小早川秀秋。秀家不久再变装潜逃到岛津氏的领地萨摩国牛根乡，于1604年为幕府所获。幸赖岛津家久和前田利