真菌学（，源自希腊文）是研究真菌的学门，探讨真菌的遗传学、生物化学或是分类学，以及真菌对人类的用途等，包括，医药（例如：青霉素），食物（例如：啤酒，葡萄酒，奶酪，可食用菌等），和宗教致幻剂，以及它们的危险，如中毒或感染。专门从事真菌学研究的生物学家被称为真菌学家（）。研究植物病害的学门植物病理学是真菌学的分支领域之一，绝大多数的植物病原体皆是真菌。
概要.在历史上，真菌学是植物学的一个分支，这是因为真菌曾经被归类为植物。现在已知真菌演化上的亲缘关系较接近的是动物而不是植物，直到