京九直通车由北京铁路局北京西客运段（京局西段）担当，採用当时最新型及高质量的25K型客车，并取代25G型客车。当时列车会停靠东莞站（今常平站）约一个小时，乘客须携带所有行李，在该站办理内地出入境手续。而乘客也可以在除常平站以外的中途站上下车，包括广州东、广州、韶关、郴州、长沙、武昌、汉口、信阳、郑州、石家庄等10个车站。京九直通车的首张车票于1997年5月12日售出。实际上，由北京开出并直通香港的列车在1988年9月24日即已出现，但并非图定班次，而是为纪念日本富士电视台成立30周年而开行的非固定列车，