44年），巡按御史郑颙增建东西两庑殿。成化二十年（1484年），知县刘琬在明伦堂后建成尊经阁。正德十四年（1519年），知县郑洛书重建大成殿、养贤堂。清雍正八年（1730年），巡道王澄慧移驻上海，择文庙东南隅建魁星阁。咸丰三年（1853年）九月初四，刘丽川率小刀会起义。九月初七，知县袁祖德引官员士绅于文庙祭孔，小刀会借机乔装进入，杀知县，宣佈建立“大明国”，刘丽川为“大明统理政教诏讨大元帅”，在庙内明伦堂设立行辕，指挥抗击清兵。到咸丰五年（1855年），清兵联合西方军队攻占上海县，作为小刀会总部的文庙也大