之后跟随其他东帝汶独立革命阵线领导人逃往东帝汶山区，并转而担任东帝汶总统职务。在印度尼西亚佔领东帝汶期间，他持续率领东帝汶独立革命阵线成员推动独立运动，并与印度尼西亚佔领部队展开军事交战。1978年，由普拉博沃·苏比安托率领的印度尼西亚陆军特种部队在图里斯凯县发动伏击行动，洛巴托因为子弹击中胃部而死亡。他的遗体随后送至狄力，并且将讯息透过印度尼西亚新闻媒体发布。尼古·洛巴托在今日视同东帝汶国家英雄，之后东帝汶便将国际机场命名为「尼古劳·洛巴托总统国际机场」，狄力部分道路与总统府也使用其名字做为纪念。