960年，建立南通河运学校。1961年10月，更名南通河运技工学校。1964年11月，改为半工半读技术学校。1965年5月，恢复名称南通河运学校。1989年1月，更名江苏省南通航运学校。2000年10月，升格为南通航运职业技术学院。2018年，江苏省人民政府批复更名为江苏航运职业技术学院。2020年5月11日，中华人民共和国教育部同意备案，将南通航运职业技术学院更名为江苏航运职业技术学院。