了十七个学案，大致依据时间先后推移次序和学术流派传承关系。每个学案都有较为固定的结构，拥有案序，传和语录；其中案序为概说该学派之基本情况，诸如该派的主要学术观点，主要代表人物，与其他学派的关系等等，传即是学者传记，语录即是收录该派名言至理并附有评论。钱穆曾指出《明儒学案》不能作爲治明代儒学的最终凭籍。
目录.方正学孝孺、曹月川端、薛敬轩瑄、吴康斋与弼、陈剩夫真晟、周小泉蕙、陈白沙献章、罗一峰伦、蔡虚斋清、王阳明守仁、邹东廓守益、王龙溪畿、罗整庵钦顺、吕泾野、孟云浦化鲤 孟我疆