这是德国的反宗教改革第一个重大胜利。从此直到18世纪中叶，总教区受到统治巴伐利亚的维特尔斯巴赫家族的强烈影响。由于这一时期，总主教也经常领有明斯特和列日这两个采邑主教区，成为德国西北部最有实力的诸侯之一。1795年以后，总教区的版图因地处莱茵河左岸被法国占领，并于1801年正式合併。1803年，《帝国代表重要决议》（Reichsdeputationshauptschluss）世俗化总教区的其余部分，将威斯特伐利亚公国割给黑森-达姆施塔特伯国。科隆在1824年重新成为无世俗政治权力的总教区，直到今日。