「礼官」、「学院」以及「国子监助教」，后二者分别由陈永华以及叶亨担任。其中，礼官为主办全国教育的行政机关；学院为掌握教学与考选的主事官。一扫中国明朝末年的八股取士，实行真正的取才，使得立国不久的台湾也能培养出有真才实学的学者；如中国清朝初年全国性的进士陈梦球以及举人苏峨皆为所培育出的人才。
清治时期.康熙二十四年（1685年）分巡台厦道周昌和台湾知府蒋毓英主持改建孔庙为台湾府学，并改称「先师庙」，俗称「文庙」，此时孔庙除先师庙外，东西设有两庑、北边有启圣祠，南边有櫺星门，之后又增建