计画执行总额主要分配于彰化以南6个县市，尤以台南市被分配金额169.6亿元最多，占总金额21％；四年后台南市政府水利局又指出该市总计已投入253.4亿治水经费治水，遭民众质疑其治水效率。
登革热疫情.面对2015年夏季发生的登革热疫情，赖清德于8月28日在市议会做施政报告时表示他「要负最大责任」。国民党、无党籍议员反映基层缺钱、缺工，里长得自行凑钱买药，却没钱找工人喷药，市府防疫标准作业程序出错；赖清德当时回应说防疫经费充足，但未经规画的喷药恐让蚊子产生抗药性，会检讨改进。议长李全