3500余人迅速发展到14000余人。1946年1月起，任中共吉辽省委副书记、吉辽（东满）军区副司令员、第七纵队司令员。1946年8月任东北民主联军第一纵队司令员。率领部队先后参加四平战役、三下江南战役。1947年5月，改任第一纵队政治委员。在东北1947年夏季战役中，同司令员李天佑指挥第一纵队攻占公主岭等地，随后进攻四平失利。1948年3月，指挥部队再次进攻四平，最终攻占四平。1948年3月，在辽阳地区成立东北野战军第五纵队，万毅任司令员，刘兴元任政治委员，吴瑞林任副司令员，唐凯任副政治委员，下辖第十