使团在马六甲被长官亚戴德（Alv.d,'Ataide）扣留。于是他决心独自前往中国，1552年8月底，他把距离中国广东海岸很近的上川岛（属于台山）作为基地，计划偷渡入境。但是，答应帮助他们偷渡的中国商人反悔，迟迟不来。1552年12月3日晨，沙勿略因疟疾病逝于岛上，年仅46岁，终未达成进入中国大陆的心愿。同年10月6日，利玛窦生于意大利马切拉塔（Macerata）。三十年后，利玛窦成功的将天主教传入中国。耶稣会于1847年至1853年建造在中国的第一座主教座堂时就将其命名为圣方济各沙勿略堂（上海董家渡）