中华全国台湾同胞联谊会、中国社会科学院台湾研究所每年联合主办“海崃两岸关系学术研讨会”，简称“三台会”，截至2018年第27届均未曾停办。台湾方面一直对中国大陆各对台机构有很深的疑虑和担忧。早年，中华民国国家安全局曾指前中国社会科学院台湾研究所所长姜殿铭是中华人民共和国国家安全部第15局局长；但姜殿铭原为新华社记者，后曾任《光明日报》副总编辑，历来属于宣传部门。2000年12月初，中华民国国家安全局副局长在民主进步党立法院党团会议上称，2000年内曾来台湾进行学术交流的中国社会科学院台湾研究所副所长余克