1919年被命名为Nemata。后来，牠们被降级为囊蠕虫中的一纲，最后才被重新分类至线虫动物门。根据WoRMS，，线虫动物主要分为色矛纲与刺嘴纲两大分类，还有少量未能归属的分类单元。这两大分类的组成部分详列如下。
色矛纲.色矛纲（Chromadorea）之下只有色矛亚纲（Chromadoria）一个分类单元，包括下列各目：
胞管肾纲 Secernentea.胞管肾纲之下的纲目计有：
双胃线虫亚纲.双胃线虫亚纲（Diplo