改任四川省轻工业厅副厅长兼政治部主任。1966年文化大革命爆发后，李井泉被打成“西南地区最大的走资本主义道路的当权派”，肖里受到连累。当时四川省轻工业厅院里到处贴有“打倒李井泉！打倒肖里！”的大标语，肖里受到残酷批斗和精神折磨。1967年3月15日，江青在北京对四川省进京的造反派说：“你们还没有把李井泉那个地主老婆关起来？”造反派回到四川后便将肖里关进了秘密监狱。1969年4月23日，肖里在秘密监狱监禁中被迫害致死，年仅52岁。文革结束后，1978年李井泉到四川参加了肖里同志骨灰安放仪式，当天前来参