斯洛伐克和东南欧的过境交通也发挥着重要作用。连接西方主要使用的线路是由奥德河畔法兰克福经波兹南至华沙，其中运营有柏林-华沙快车，这是一列欧城列车，每天在两座主要站点间对开4班。在华沙通往布列斯特（-明斯克-莫斯科）的线路上有两条分支可分别通往立陶宛边境苏瓦乌基（-考纳斯-里加/-维尔纽斯）及乌克兰科韦利（-基辅）。再往南，由西至东的过境路线从科特布斯（过境福斯特）经扎甘、弗罗茨瓦夫、卡托维兹和克拉科夫通往乌克兰边境普热梅希尔，这条线路运行有汉堡-克拉科夫的欧城列车。由德累斯顿经格尔利茨/兹戈热莱茨至弗罗茨瓦