99年7月1日，由于精省业务移拨，本馆改制为「国立台南社会教育馆」，隶属于教育部。2004年9月，金门县纳入辅导范围。2008年3月6日，改隶属于行政院文化建设委员会，并更名为「国立台南生活美学馆」。2012年5月20日，行政院文化建设委员会改制为文化部；同年5月25日，本馆改隶属国立台湾美术馆，成为四级机构。