中间寄主钩虾亚目（端足类）和糠虾目动物，并推测单鳍鳐科的里氏深海鳐（"Bathyraja richardsoni"）捕食薄鳞突吻鳕。大多数小型游泳深海鱼以浮游生物（特别是甲壳类）为食。水母（刺胞动物门）、樽海鞘（被囊动物亚门）在深海相对丰富，而以这些胶状的生物为主食的深海鱼很少，仅限于黑头鱼科、后肛鱼科和小口兔鲑科（后两者属于水珍鱼目）等 。尚不清楚其它鱼是因为它们营养成分低而避免食用，还是因为它们被迅速消化以至于无法从胃的内容物识别。以刺胞动物为主食的深海鱼的口腔和食道被厚厚的结缔组织覆盖，可以保护它