其下落仍是未定论的历史之谜。有称其从地道逃亡，也有别史称其离宫后出家为僧。朱棣入京后，先捕杀齐泰、黄子澄、方孝孺及大批忠于建文帝的官员后，方称皇帝，是为明成祖。当时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为建文帝发丧，谥「孝愍皇帝」，庙号「神宗」，但是不被成祖承认。虽然朱棣宣称在宫中找到建文帝的尸体，并为他举行葬礼，但朱棣对建文帝未死的传言不敢掉以轻心。建文帝年仅2岁的幼子朱文圭被废为庶人，并囚禁于凤阳广安宫。建文帝的三个弟弟原本封为亲王，尚未就藩，朱棣将他们降为郡王；年长的朱允熥和朱允熞先被封至福建漳州