安厅建制。1995年，国务院、中央军委发出《国务院、中央军委关于调整中国人民武装警察部队领导管理体制的决定》，升级为副军级。2017年，根据《关于中国人民武装警察部队改革期间暂时调整适用相关法律规定的决定》，武警内蒙古自治区总队不再接受武警总部、内蒙古自治区人民政府双重领导，改为直接受武警总部领导。