1936年，何廉赴国民政府任职后，方显廷继任经济研所所长。最初的两任所长何廉、方显廷是南开大学经济研究所早期的代表性人物，二人因经济领域的学术贡献与马寅初、刘大钧并称“民国四大经济学家”，因意识形态等原因二人还一度很少进入大陆学术的视野。1946年，陈序经接任南开大学教务长兼经济研究所所长，1948年7月序经赴岭南大学任校长后，经济地理学家鲍觉民任所长。1950年5月，南开大学校务委员会任命哈佛大学博士王赣愚接任南开大学财经学院院长兼任经济研究所所长，直至院系调整、划归中国科学院。1962年，南开大学经济