同治六年（1867年）6月，沈葆桢到福州马尾船政学堂任职。开办法文教学的制造学堂（制造轮船，前学堂）；英文教学的驾驶管轮学堂（驾驶轮船，后学堂）。此时，吕瀚15岁，刚刚毕业于上海英华书院。船政第一次招考，从广东招来学过英语且基础较好的学生，包括叶富、邓世昌、吕瀚等十余人。吕瀚选入船政学堂驾驶专业第一届，同治十年（1871年）吕瀚毕业。同治十三年（1874年）3月，任福建水师海东云舰管带；升都司（正四品），戴蓝翎，加游击衔（从三品）。光绪二年（1876年），任靖远舰管带。光绪四年（1878年）9月任超武舰管