天启元年（1621年），起为光禄寺少卿。改太仆寺少卿，擢都察院右佥都御史，巡抚陕西。天启四年（1624年）春，召拜兵部右侍郎。其冬，魏忠贤秉政，居相再次引疾归。不久，给事中陈序称居相出自赵南星门下，且与杨涟交好，序同官虞廷陛又劾居相力荐李三才，于是被归入东林，削夺官爵。崇祯元年（1629年），起为户部右侍郎，专督鼓铸。不久，改吏部，进左侍郎，以户部尚书总督仓场。因高平知县乔淳牵连下狱，谪戍边疆。崇祯七年（1634年），卒于戍所。
家族.曾祖孙温；祖父孙廷祯；父孙辰。弟孙鼎相