同上海圣约翰大学、上海法学院等队伍一起前往同济。中午，与同济大学学生会师。国民政府派出大批武装马队冲击学生队伍；穆汉祥为掩护同学，被警察用马刀照准脸上一击，当场昏去，马匹从身上踩过。养好伤后，穆汉祥再次积极参加各项斗争。1949年初，穆汉祥前往上海徐家汇一些工厂和棚户区组织三轮工人车协会，发展人民保安队员、开展护厂斗争，配合解放军发动上海战役。4月下旬，穆汉祥在市区主要街道进行情况调查时引起了潜伏在校内的特务注意。4月30日下午，穆汉祥在校外被两个埋伏特务抓进警察局。受到严刑逼供，肋骨被打断，指甲被拔掉