晋牧.伯格里奥完成博士论文回到阿根廷后没多久就被派往有耶稣会背景的柯多巴教区。不久后他被布宜诺艾利斯总主教找去当助手，并在一年后升任他的首席助理。他于1992年5月20日在瓜兰西诺总主教的推荐下获教宗若望保禄二世任命为布宜诺斯艾利斯总教区辅理主教，领衔西班牙奥卡教区主教；并在翌月27日正式晋牧。由于瓜兰西诺总主教身体不适，因此伯格理奥于1997年6月3日被任命为总教区助理主教，以作为直接的继承人；翌年2月28日瓜兰西诺总主教离世，因此伯格里奥助理主教真除为该总教区总主教，并出任阿根廷主教团副主席；他于