1日国铁分割民营化后，尚存的259台DD51型柴油机车被新成立的JR公司继承，其中北海道旅客铁道（JR北海道）25台、东日本旅客铁道（JR东日本）29台、东海旅客铁道（JR东海）4台、西日本旅客铁道（JR西日本）63台、九州旅客铁道（JR九州）1台、日本货物铁道（JR货物）137台。1990年代起，随着各旅客铁道公司的客车列车被逐年削减，加上这些机车的使用寿命已经超过或将届30年，DD51型柴油机车亦难逃被逐步淘汰的命运。1999年，JR九州的唯一一台DD51型柴油机车（1071）报废。2005年1月，