席由泰国高等教育委员会主任兼任。董事会的职能是：制订政策；核准项目，包括预算分配，工作方案和执行活动的建议；任命秘书处执行主任和工作人员；定期审查和评估正在进行的项目等。董事会还设立了一个筹款委员会，负责为AUN的项目和活动筹集资金。AUN秘书处设在泰国朱拉隆功大学内，经费由泰国政府负担。秘书处主要负责计划、组织AUN的项目和活动；协调、监测、评估AUN的项目和活动；提出建议和发展思路，建立筹资机制，使AUN在资金上自给自足，可持续发展；与本地区和其他地区的高等教育机构合作，提升东盟的能力建设。Se