废弃之，撤回在奴儿干的流官驻军，不过之后女真仍奉明朝为主，原设于此处的各卫所及辽东都司仍然存在，至万历年间卫所增加至384个，以对当地实行羁縻统治。明英宗正统年间后，鞑靼兀良哈与建州女真部南迁，并不断侵犯辽东都司。明宪宗成化五年（1469年），明廷修建辽东边墙。16世纪末开始，建州女真酋长努尔哈赤开始兴起，统一女真部，明廷设置的卫所逐渐消亡。明神宗万历四十四年（1616年）努尔哈赤称汗，建国后金。明神宗万历四十七年（1619年）萨尔浒之战后，后金军队破辽东边墙，佔领辽东都司大部土地，明朝控制区一度仅至山海关