（1849年）曾经重修过，而后到了日治时期的昭和三年（1928年）因为本殿受风雨侵蚀，当地居民遂集资重新设计改造本殿。二次大战后，高雄县政府在1977年拨款将旧庙拆毁重建，由于旧蹟不存，所以并未列为古蹟。而在2011年时，华山殿庙方人员表示受到宁靖王託梦，告知他们想回到昔日生活过的地方看看，便筹画「回府视事进香」的行程。该年10月15日，宁靖王神像由延平郡王神像带领下，先后造访五妃庙、郑成功祖庙等与宁靖王颇有渊源的台南庙宇，最后在曾为宁靖王府的大天后宫举办三献礼。