奔尼撒战争期间，基齐库斯相继被雅典和斯巴达所征服。在公元前410年的基齐库斯战役中，雅典海军彻底摧毁了斯巴达的舰队。公元前387年，城市归波斯所有，但是，公元前334年，亚历山大大帝又从波斯手中夺回了基齐库斯。公元前4世纪上半叶，杰出的古希腊数学家和天文学家尤得塞斯从雅典移居至基齐库斯，并且在那里创建了自己的学派。罗马皇帝提庇留曾将基齐库斯并入自己的领土，并且将其改名为赫勒斯庞，此后不久，基齐库斯成为了古代希腊世界最大和最繁荣的城市之一。从公元443年起，这一地区频繁的开始遭受地震的折磨，城市逐渐变的