06年获菲尔兹奖，但拒绝受奖。哈密顿曾于1996年获得奥斯瓦尔德·维布伦几何学奖；2003年获得。他分别于于1999、2003年获选成为美国国家科学院、美国文理科学院院士。他也于2009因开创性贡献获得美国数学学会于2010年3月18日，格里戈里·佩雷尔曼因为证明庞加莱猜想而成为美国克雷数学研究所设立的千禧年大奖的首位得主。但他于2010年7月1日拒绝受奖，他认为哈密顿的贡献更为重要。于2011年6月哈密顿与季米特里奥斯·赫里斯托祖卢共同获得邵逸夫奖，奖金100万美元。