为了在教宗与拉丁帝国的支持者间制造隔阂，米海尔八世决定合并东正教与天主教教会。1274年在第二次里昂会议上签署了两个教会的合并。但是米海尔八世做出的妥协在拜占庭遇到了巨大的反对。他不得不将许多反对合并的人关入监狱。这场争议使得拜占庭的东正教邻居塞尔维亚和保加利亚加入了米海尔八世的敌人的阵营。在米海尔八世的统治期间这并没有造成巨大的威胁。1270年代末米海尔八世利用保加利亚的内战占领了保加利亚部分的色雷斯，甚至短期地将他的女婿伊凡·阿森三世推上保加利亚王位。短期内这个两教合并也在西方达到了其外交目的。