曾于1593年议和并休战；但于1597年（丁酉年）战事再度爆发。后期双方陷入胶着，最后由于丰臣秀吉的病逝，日本军队于1598年全部从朝鲜撤退，而日本占领朝鲜并以之为跳板进攻明朝的行动最终失败。嘉靖、万历年间，戚继光率戚家军于浙、闽、粤沿海诸地抗击来犯倭寇，历十余年，大小八十余战，终于扫平倭寇之患。
清朝.大清帝国和大日本帝国在1894年─1895年间爆发甲午战争，期间日军攻陷旅顺，执行旅顺大屠杀，对城内进行4天3夜的抢劫、屠杀和强奸，超过二万人遇害。最终大清战败，日方胜利，双方