对中调部实行军管。1969年6月13日，中共中央决定将中调部并入中国人民解放军总参谋部情报部，部长熊向晖，副部长罗青长等。1973年3月后，中调部从总参情报部分立出来，恢复原建制，负责人罗青长。1979年1月至1981年4月，曾任北京市公安局局长的冯基平任中调部副部长，负责追查四人帮与康生的问题。1983年7月1日，由时任公安部部长兼中央政法委秘书长刘复之的建议下，以中调部为主体，与公安部的反间谍部门及统战部等部门合并，组成中华人民共和国国家安全部。