。元朝至元十九年（1282年）了行禅师入东山五祖寺，重建祖庭。至治二年（1322年），法式禅师恢复佛事，使一时趋于衰微的五祖寺中兴。至顺二年（1331年）元文宗改东山五祖寺，一直沿用至今。
着名典故.五祖寺中曾经发生过着名的禅宗作偈之事。因五祖弘忍年事已高，急于传付衣法，遂命弟子作偈以呈，以检验他们的修炼水平。此后，弘忍招惠能登堂入室为其宣讲《金刚经》，并传衣钵，定为传人。此时六祖，受命南归。此后禅宗分为南顿北渐。
建筑风格.五祖寺为典型汉传佛教建