于源流区和干流上中游的用水不断增加，塔里木河上游各支流水源日趋减少，喀什噶尔河在1950年代后期终止来水；叶尔羌河在1960年代修建巴楚小海子水库以后，下泄水量锐减；阿克苏河1960年代修建塔里木拦河闸和上游水库以及其他引水工程后，下泄水量也不断减少；和田河上游修建了许多水利工程，除大洪水期下泄水量外，其他时期无水下泄。塔里木河在卡拉下泄的水量，从12亿立方米（1957～1967年）逐步减少到2.7亿立方米（1986～1995年）。下游的下段（阿拉干至台特玛湖）已成一片沙漠，台特玛湖季节性干涸，罗布泊完全干