935年吴清源开始笃信新兴宗教「世界红卍字会」。1944年吴清源皈依玺宇教，同年底声明自棋界引退。1945东京大空袭家宅全毁后随教主流转各地，1946年重返棋界，1948年脱离。
弟子.吴清源正式的弟子共三人，其中林海峰和芮迺伟皆为着名棋手，还有一位是一个日本业余棋手。有很多棋手（中国旅日棋手居多，如王立诚等）曾长期参与吴清源主持的研究会并协助整理出版吴清源着作，吴清源也把他们视为弟子，但没有正式收徒。
新手・新定式.吴清源的成就，不仅有无人能比