AA（β-N-methylamino-L-alanine），BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死从老鼠的神经元。蓝菌的次生代谢产物微囊藻毒素（）有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏，引致肝癌。1996至1999年间，美国俄勒冈健康部门（Oregon Health Division）曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现其中有85种保健食品含有微囊藻毒素。节螺藻本身不产生这些毒物，但养殖环境经常会受到其他蓝菌污染。螺旋藻含有苯