随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，曾分别先后隶属兵库裁判所、兵库县、姬路县、鸟取县，1871年全数被整併到饰磨县内，1876年再次整併后属于兵库县。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「印南郡」，郡役所设于曾根村（位于现在的高砂市）。