1949年中华人民共和国成立，余㵑受聘于上海生物制品研究所。1952年，任上海第二医学院微生物学教研室主任，后兼任基础医学部主任。1956年被定为一级教授。1954年受卫生部委託，主编了全国医学微生物学教学大纲和教材。1960年与其他学者一起研制成功麻疹减毒活疫苗。1971年起，致力于在中国发展免疫学。在他的倡导下，1979年建立上海市免疫学研究所并任所长，翌年该所成为世界卫生组织免疫遗传学合作中心，他任主任。同年，被推举为国际免疫药理学会创始人之一。1981年创办上海《免疫学》杂志。1978年