1491年，他与波西米亚兼匈牙利国王亚盖隆家族的拉迪斯劳斯二世达成协议，如果他没有直系男性后代，则由哈布斯堡家族成员继承其领地。1493年，腓特烈三世去世，马克西米连继位成为皇帝。1494年，他再娶米兰女继承人为妻，将势力渗入意大利。这招致法国国王查理八世率军入侵意大利。马克西米连遂与教皇、西班牙、威尼斯和米兰结成神圣同盟，对抗法国和奥斯曼帝国的同盟。1496年，西班牙女继承人疯女胡安娜与马克西米连之子菲利浦联姻。1516年，二人之子查理登基成为西班牙国王。同年，查理之弟斐迪南迎娶波西米亚兼匈牙利国王路