727年），迁侍讲，不久署户部郎中。广东发生民变，世宗命通政使留保等偕同尹继善赴广东审查布政使官达、按察使方愿瑛受贿情况，情况查明，尹继善署按察使。雍正六年（1728年），授内阁侍读学士，协理江南河务。同年秋，署江苏巡抚。干隆十三年（1748年）协办大学士，干隆十九年（1754年）文华殿大学士兼军机大臣，加太子太保。八任总督，曾任三任两江总督，前后长达三十余年，初任时只有三十八岁，人称唿“小尹”；第四次出任两江总督长达十一年。尹继善尤视江南为故乡，处事公正，不妄杀人，“不侵官，不矫俗，不蓄怨，不通苞苴”