脱离国民党与苏贞昌、谢深山角逐台北县长，虽然落败，但得到15万张选票。2001年与王建煊比较民调时，以些微差距落后，遂礼让王参选台北县长。尔后有意重新竞选立委，原本表示不参与该届立委的林志嘉再度投入立委选战，遭国民党撤销党籍，而是届立委亦未当选。因李登辉与其父交情深厚，所以转投台湾团结联盟，任秘书长。2005年曾获总统陈水扁提名为监察委员候选人，但因立法院搁置人事案未能顺利出任。2007年3月6日，因黄政哲辞职而正式递补台联不分区立法委员，重返立院。2008年为台联唯一转战区域的不分区立委，也形成当