奉遗教迎河城君即位，是为宣祖，是朝鲜王朝第一位以旁系子孙入主的国王。他在位期间，朝鲜终于完成了长达二百年的宗系辩诬，使得明朝将正确的朝鲜宗系写进了《明会典》。（此前，明朝一直有说法认为朝鲜太祖大王李成桂是高丽权臣李仁任的儿子，这一错误说法被写进了《皇明祖训》与《明会典》。至此，宣祖趁明朝改修《明会典》的时机，改正了这一错误，朝鲜史称“宗系辩诬”。）宣祖一朝，功臣同士大夫间的“士祸”已经消弭，但是士大夫间的党争正式爆发，东人党和西人党在士大夫角逐名利的朝廷内形成，之后西人失势，东人又分裂为南人党与北人