生物系统工程学（Biological systems engineering），是生物工程学的一个分支。生物系统工程学可简述为生物系统论、仿生工程与基因工程的整合，涉及医疗诊断、药物筛选、遗传育种与生物制药等产业，包括了转基因生物反应器、分子与细胞生物计算机等技术开发。系统生物工程是系统生物学的工程应用，包括合成生物学。欧美科技权威机构称基因工程、转基因动物与分子生物技术时代已经转向系统生物工程、系统与合成生物学时代。生物系统工程起初为生态系统工程、生物加工等，20世纪90年代未重新定义为生态、器官