生于长州阿武郡河添村（现在的山口县萩市河添），为长州藩士冈村孙七的次男，之后成为佐久间竹之丞养子。加入奇兵队后，随大村益次郎学习西洋兵法。1866年（庆应2年）第二次长州征伐时，担任长州藩军龟山队的大队长，参加芸州口之战。1868年（庆应4年）戊辰战争，佐久间左马太转战于棚仓、二本松、会津，明治政府成立后成为陆军军人，1872年（明治5年）升任陆军大尉，被任命为西海镇台付。1874年（明治7年）2月佐贺之乱平定后，转任熊本镇台参谋长，并参与牡丹社事件，出兵台湾。因事件中强袭石门部落，使牡丹社头目