科研方面取得一定成果。1984年，函馆被定为，并在1986年设立了北海道立工业技术中心，在1988年设立了函馆临空工业园，显示当地政府对科技产业的发展极为重视。
第三产业.第三产业在函馆市经济总量中佔比最大。瑞穗银行是日本三大巨型银行中唯一在函馆设有分行的银行，此外北海道银行、北陆银行、北洋银行、青森银行、陆奥银行等地方银行也在函馆开设有分行。2014年，函馆市的批发销售总额达4081亿日元，零售销售总额达2866亿日元。函馆市内有丸井今井和两家百货商店，其中棒二森屋是发祥于函馆当