由于PC-BSD经过了特殊定制以及txz包管理系统的问题，PC-BSD只能使用KDE系列软件。不过在技术上，手动安装Xfce或GNOME桌面环境也是可行的，使用这些桌面环境并没有丢失一些主要功能。从 9.0开始，PC-BSD支持GNOME2、Xfce、LXDE。最新的PC-BSD 10.0RC2开始支持Gnome 3、Mate（替换了Gnome2）和Cinnamon。。从9.2开始，PC-BSD只支持x86-64架构。
历史.PC-BSD 8.2的软体安装系统与其他的类Uni