与熊本市电的上熊本线三条交通动线的交会点，因此是熊本市区之内非常重要的交通枢纽之一。上熊本车站是鹿儿岛线的沿线车站，与熊本电铁及熊本市电的起点车站，因此在路线与月台的设计上，JR与另外两家单位的作法有所不同。JR採一般车站的设计，配置有与站房相连的侧式月台一座及以地下道相连的岛式月台一座共三条乘车线。熊本电铁与熊本市电则都是使用港湾式（头端式）月台设计，其中熊本电铁将此站定位为无人车站，但熊本市交通局却将此站设为重要车站，除了使用承接自JR九州的旧站房（第二代站房）作为营运据点外，在电车站旁就可看到紧邻