基因亲缘关系分类的APG 分类法认为应分为两个独立的科—无叶莲科和樱井草科，但无法分入任何一个目，只是直接放在单子叶植物分支之下，2003年经过修订的APG II 分类法将两科合并，但仍然没有能归入任何一目。直到2009年，APG III分类法让其自成一目。
种系发生学.无叶莲目与