文调查时，他成为第一位到达莫尔斯比港的西方人，并以其父费尔法克斯·莫尔斯比名字将该港命名为费尔法克斯港（Fairfax Harbour）和莫尔斯比港（Port Moresby）。在该地原有的土着村庄（Hanuabada）的基础上建立城镇，后发展成为巴布亚新几内亚首都。约翰·莫尔斯比也在探寻一条往返澳大利亚与中国间最短的航线，在岛的东端发现了中国海峡。他继续沿着西北海岸进行探索，直到抵达休恩湾。1876年9月29日至1878年3月6日，恩底弥翁号纳入约翰·莫尔斯比的指挥。1878年调离恩底弥翁号前