5年袁世凯称帝，蒋尊簋配合蔡锷发动护国战争，南下浙江举兵讨袁。1917年，他又回到浙江参与护法战争。11 月，浙江宣布自主，他担任浙军总司令，进驻百官。后来他受孙传芳部孟昭月所迫，军事行动未能成功。北洋政府下令褫夺其勋位、勋章及军职。此后他到南方，先被孙中山任命为闽浙宣抚使，后来被任命为广州护法军政府参谋次长（1921年5月）、军政部次长，代理参谋长兼滇、黔、赣联军第一路司令。1923年11月，他任孙中山大本营参谋处主任。1924年2月，他任大本营军需总监。1926年12月，他任浙江省政府委员兼军政长。19