年10月1日正式开始。最早创办的学院是历史与语言学学院，首批学生43人，均为男性，学习的课程为历史学、斯拉夫语言学和哲学与教育学。第二年，物理与数学学院成立。1894年通过的新大学法案正式将这所高等学校承认为大学。同年，法学院成立。20世纪初，医学、农学、林学、神学和经济学等学科也相继创办。1905年，大学被重新命名为“索非亚圣克莱门特奥赫里德大学”。1938年，建校50周年之际，索非亚大学拥有7个学院、52个研究所、42826名全日制学生。第二次世界大战结束后，保加利亚的高等教育体制发生了巨大变化