列车编组.马鞍山线共使用20列列车行驶，列车每8卡为一组，车型分佈如下：
车辆维修.马鞍山线所有列车日常维修厂房是设于新界沙田区大围站与显径站之间（显径站可以望向大围车厂），即港铁现时马鞍山线南面终点站大围站西南面的大围车厂。此车厂每日24小时运作，为马鞍山线的列车提供维修服务。
物业发展.遵从香港铁路（地铁和九铁）一向的发展模式，兴建铁路时会在沿线（特别是车站附近或车站上）发展私人住宅；一来以其利润资助工程费用，二来可增加客源。