城割予金朝。此后的金、元时期，太原城由于地处边疆，遭受战火破坏严重，城市大幅衰落；元朝，太原改冀宁路，直属中书省，设河东山西道肃政廉访司，为元朝御史台直辖的内八道之一。
明清时期.明朝初年，太原被定为九边重镇之一，朱元璋封其三子朱㭎为晋王，并令谢成扩建太原城：谢成在原太原城基础上向东、南、北三面扩展，建成了周围14公里，高约18米的城墙，城外城壕深达十米，城头四角建角楼四座，城楼八座，小楼九十二座，敌台三十二座，成为重要的军事防御地区。晋王朱棢并在城内构建王宫，为明朝各王府规模之首