省「航空、铁道事故调查委员会」派员负责，中华民国的行政院飞航安全委员会（飞安会）、交通部民用航空局（民航局）、华航、美国的波音及奇异（GE），也派人员赴日本协助调查。为了安全考量，虽然尚未确定事故成因，但中华民国民航局已经下令包括华航（仍剩下11架）、华信航空（2架）所拥有的波音737-800型飞机在落地过夜时进行特别检查，同时建议中华民国空军（1架）所拥有的同型行政专机（民间通称空军一号）也一併进行特检，以避免类似的意外情况发生。发生事故的客机受损过度严重，因而没有修复价值（全损报销），华航依照国际惯