极大的迫害，许多人被杀害，遭到酷刑或驱逐到西伯利亚。自1990年以来福音派已经在立陶宛建立了教会。
路德宗.新教基督徒佔立陶宛人口的0.8％，其中有0.56％属于。立陶宛路德宗的历史可以追溯到十六世纪，主要影响德国统治区域立窝尼亚和东普鲁士。自从1945年以来，由于世俗化缘故，路德宗在立陶宛影响已经大不如前。
归正宗（加尔文主义）.成立于1557年，目前属于和的成员。
其他新教教派.自1990年以来各个新教教会在立陶宛建立