在尼德兰，安妮在她的家庭里是在英格兰参加新教礼拜仪式的唯一的王室成员。当她的父亲试图让安妮年幼的女儿接受天主教洗礼时，安妮突然大哭了起来。“罗马天主教是罪恶而危险的”，她在给姊姊的信中说：「他们的仪式–其中大多数是–彻头彻尾的盲目崇拜」。由于詹姆斯对英格兰教会势力的削弱，使得安妮开始疏远父亲和继母。在1687年早时，短短几天内，安妮遭受了多重劫难，先是她自己流产了，后来她的丈夫染上了天花但最终痊愈了，可是他们的两个女儿命中遭劫，被父亲感染而失去了性命。写道：乔治和安妮心中被「（他们两个女儿的死）给压地沉