涉及重金属修饰、基因表达的调控、蛋白质功能的调节以及核糖核酸（RNA）加工。重金属修饰可以在生物系统外发生。组织样本的化学甲基化也是组织染色的方法之一。
生物甲基化.
表观遗传学.表观遗传学的甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化。
胚胎发育.在生殖细胞发育的过程中基因组进行去甲基化，而体细胞中的染色体则保留了亲本甲基化模式。此后，个体的性基因组通过生殖细胞的重新甲基化进行遗传信息的修改和添加。卵母细胞受精后形成合子，它的联合基因组进行