8年，右副都御使朱纨出任浙江巡抚期间，指令福建都指挥金事卢镗、海道副使魏一恭等明军将士进攻双屿。战争期间，王直等人只能逃遁。朱纨命人聚木石筑塞双屿港口，海上贸易停顿，从此一蹶不振。
南明时期.1649年（清顺治六年），南明鲁王朱以海退驻舟山，民众随之逃跑至六横，人口大增。
清朝时期.1656年（顺治十三年），清朝攻陷舟山，宁海大将军伊尔德以「舟山不可守」为理由，撤离岛上士兵和人民。大陆因为自身的利益而牺牲六横岛的发展，情况绵然不断。