当作范例与工具，研究各种基础生物学的现象。由于可以大量培养四膜虫，所以它适于作为生化纯化分析的材料来源。现代的分子生物技术与分子遗传操作法也已经成功地使用在四膜虫上，研究人员可以把DNA转殖入四膜虫细胞中，这些DNA可经由同源重组互换的方式将染色体上的基因剔除（knock-out），或在特定的基因座上将基因置入（knock-in），因此四膜虫也适于借由遗传工程技术来解析基因的功能。近年来，四膜虫大核的基因体（genome）也已经完成定序，所以在进入基因体时代的今日与后基因体时代，生物学家仍可以持续以四膜虫为