的母亲渡边瑞穗与丈夫返回町中学校放出不净猫、烧毁图书馆后遇害；渡边早季与朝比奈觉逃至清净寺取得母亲遗书及国会图书馆筑波分馆终端008号（太阳能型），清净寺随后被攻破焚毁。渡边早季、朝比奈觉、奇狼丸、干先生四人前往东京找寻能杀死伊东守孩子的生化武器（炭疽桿菌），斯奎拉率领伪恶鬼与5只化鼠追踪，四人躲至地道后兵分两路，朝比奈觉、奇狼丸引开斯奎拉，渡边早季、干先生由地下运河至生化研究所，而后干先生被大鬼矶女杀死，渡边早季在生化研究所中找到生化武器，回地表与众人会合。战斗中，朝比奈觉抛出生化武器，由于渡边早