但被萨摩藩佔领的奄美五岛三万二千八百二十八石，则被萨摩藩藩主仍旧作为「琉球国领地」上报江户幕府。最初，萨摩藩仍令奄美五岛的酋长接受琉球的官职。不久之后，为彻底断绝奄美群岛与琉球的关系，萨摩藩于1624年禁止奄美酋长接受琉球的官职，翌年又禁止当地人穿戴琉装。当地士族将琉球王府颁发的辞令书视为神圣之物秘密收藏，因此在1663年，萨摩藩下令将奄美各地的家谱、系图、旧记等书籍集中焚毁。在番奉行所成为了凌驾于三司官之上的特权机构，有时候也成为琉球官员间斗争的工具。例如1667年的北谷惠祖事件、1734年的平敷