次的乘客被发送至阿姆斯特丹。机场的B号航站楼及航空交通管制台在1998年开幕，并在2001年建成了全新的到达航站楼。自1998年1月起，汉莎航空开始提供往返于法兰克福的定期航班。2006年，机场共发送乘客约127万人次，当中75%是前往地中海周边及加那利群岛度假的游客。2006年2月，几架C-130运输机经机场搭载了驻扎在帕德博恩的第20装甲旅的英国士兵及设备前往纽伦堡参加“沙漠之拳（）”军事演习。同年10月10日，设于航站楼对面的帕德博恩机场酒店开幕。长期以来，尤其是自2006年9月以来，机场都在考