史、算术、地理从伊斯兰教学中分离出来，尝试减少伊斯兰教的影响，因此与宗教保守派人士发生冲突。新式伊斯兰学校这些把知识从神学中剥离的去神圣化活动，削弱了传统伊斯兰文化的地位，并试图建立统一的“突厥民族”意识，植入新的泛突厥理论。宗教保守派倾向于归顺于中华民国，多向新疆省政府寻求帮助，而作为中华民国新疆省政府主席的金树仁和盛世才则对新式回部精英们推崇的“维吾尔”意识时而支持，时而怀疑。一方面，盛世才主政期间的亲苏政策加强了新疆地区和“西突厥斯坦”的共同性：盛世才曾经和苏联结盟，并财政支援了一部分到西突厥斯坦