溪因而改称罾门溪。之后因发音相似，又有记做「层门」，后来再变成「曾文溪」。
改道历史.早期的曾文溪改道频仍，没有固定的流路而迫使下游附近村落迁居，日治初期纵贯铁道兴建时亦牵就水文，选择在相对稳定的拔林渡河，造成原先较大的市镇──麻豆摒除在铁路服务范围外。详见纵贯线 (南段)#选线。1930年的日治时期才开始有系统的治理，自纵贯铁路桥以下至河口之间的两岸筑堤以约束水流，才有今日曾文溪的面貌。治水计画整体于1939年大功告成，目前在台19线西港大桥下游北岸尚立有「曾文溪治水工事纪念