列舰为核心的波罗的海舰队（）；该部队的任务是阻止苏联海军离开波罗的海。埃姆登号和莱比锡号是南部集群的核心，基地设在利鲍。舰队只是临时驻扎了一段时间，当苏联舰队留港的情况变得明朗后，德国波罗的海舰队便解散了。9月16日，埃姆登号、莱比锡号以及三艘鱼雷艇在达戈岛附近行动；这些舰只遭到苏联岸基炮台的炮火袭击，但没有受损。由四艘苏联鱼雷艇组成的编队对德国舰群发动的攻击也以失败告终。9月26日至27日，埃姆登号再次对在斯沃贝半岛作战的德国军队提供火炮支援。27日晚些时候，该舰被转移至戈滕哈芬。它于1941年11月被分