女儿和刚诞生的一对双胞胎全都在麻疹流行期间死亡。这是他第二次丧偶，且他全部15个孩子中只有两个倖免于难。马瑟曾帮忙说服伊利胡·耶鲁，要他向纽黑文一所即将新建的学校捐款，这所学校就是后来的耶鲁学院。1728年，他在65岁生日的隔天逝世，遗体被埋在老北教堂旁边的。
塞勒姆审巫案.
审巫案爆发前.1689年，马瑟出版了《难忘的远虑──关于巫术与殖民地》（"Memorable Providences, Relating to Witchcrafts and P