在2002年12月和2003年12月的运行图调整中，柏林-华沙快车的运行时间只有轻微的变化。至2004年12月，往返于柏林－波兹南间的EC48/49次列车停运，但它在2007年12月的运行图调整中又重新开行。自2006年起，柏林-华沙快车不再停靠柏林动物园车站，其西端的始发/终到站改为新落成的柏林中央车站。在2010年12月的运行图调整中，列车每日对开的数量由3班增至4班。通过使用新造的、兼容多电压制式的波兰国家铁路EU44型“骠骑兵”机车担当本务，列车免除了原本需要在边境进行机车换挂的工作，行车时间