1948年两人感情不和而分居。陈垣共有有十一名子女：其中桂辛、博、约之为邓氏所生，仲益、利、让、潜为吴氏所生，善、容、慈、冬为徐氏所生。
弟子.陈垣的学生有姚从吾、黄现璠、郑天挺、方国瑜、蔡尚思、邓广铭、单士元、柴德赓、白寿彝、牟润孙、赵光贤、陈述、启功、史念海、周祖谟、刘乃和、史树青等。
纪念.2002年9月8日，陈垣全身铜像在北京师范大学落成。