义昭和信长的对立开始出现，元龟4年（1573年）3月，迎接率军上洛的信长并示出恭顺姿势。秘密向信长送出义昭对信长抱有逆心的书信。在义昭被追放后的7月，成为山城桂川之西、长冈（西冈）一带（现今长冈京市，向日市附近）的知行，此时改名为长冈藤孝。8月，与池田胜正一同在山城淀城之战（淀城之战）中消灭岩成友通，因此立下功绩，以后以信长的武将身份在畿内各地转战。除了石山合战（高屋城之战）、纪州征伐外、还以山阴方面军总大将明智光秀的与力身份相当活跃（黑井城之战）。天正5年（1577年），与光秀一同攻陷背叛信长的松永久