仁元年（1467年）正月义政承认其家督之位。畠山政长在细川胜元的支持下，与畠山义就、山名宗全等在京都开战，长达十年之久的应仁之乱开始。此后战乱波及到日本全国，后南朝的皇子也参加了战斗。足利义政最初持中立政策，下令停战，但无人理睬。6月将将军旗帜授予细川胜元率领的东军，下令征讨山名宗全率领的西军。足利义视从西军逃出明确表态支持东军。煽动西军有力武将朝仓孝景反叛，于文明三年（1471年）5月21日任命其为越前守护代。文明五年（1473年），细川胜元、山名宗全相继病死，以此契机，义政公于12月19日将将军职让