93年随着新元朗中心落成，位于新元朗中心楼底的地面车站启用。原来位于元朗东巴士总站南端的露天车站亦随之停用并拆卸。旧站现址为元朗（东）巴士总站附近。2010年6月13日起，港铁将此站复名为元朗站，以符合港铁车站一贯命名方式。2018年3月1日，610线月台进行月台加阔工程，所属路线的所有列车全部驶入1号月台，直至2018年7月工程完成。2018年8月10日，615线月台进行月台加阔工程，所属路线的所有列车全部驶入1号月台，直至2018年12月工程完成。