月13日还造成了更为严重的破坏，以至于它于翌日清晨便被拖曳至海肯多夫湾。埃姆登号已有15度的左倾，但船员们设法将舰体密封，阻挡了进水。为了防止沉没，它被拖至浅滩中搁浅，并于1945年4月26日退役。而为了防止它被前进中的盟军俘虏，其船员于5月3日，即二战欧洲战事结束的前几天，用炸药炸毁了舰只。其残骸于接下来的五年中在原地拆解报废。其舰艏饰则被保留了下来，如今陈列于慕尼黑的德意志博物馆内。