且所谓谋反者，必佔据城池，积草屯粮，招军买马，打造盔甲，吾曾有一于此乎？」官府认为辩解有理，将他软禁于一屋，并不用刑，上奏朝廷。王士元自述身世为：他是定王朱慈焕，明甲申之变时，十一岁，崇祯帝把他交给王太监藏匿民间，王太监却把他交给流寇李闯，李闯命一个毛姓将军看守他，后来清兵入关，毛将军带着他出奔到河南种田，流离颠沛。十三岁时，毛将军听说清兵正在缉捕流寇余党，于是抛下他，自己逃亡了。他走到朱元璋故居凤阳，遇到一位姓王的老乡绅，曾任明朝谏官，细询根由，执手悲泣，乃留在王家，作为其养子，改姓「王」，取名「王士