随着时间的推移，“卢比孔”这个名字渐渐从当地地名中消失了。西罗马帝国陷落后以及中世纪最初的几个百年中，拉文纳和里米尼之间的海岸平原被大水淹没过好多次，如同本地区中的很多其他小河一样，卢比孔河的河道改变了好多次。由于这个原因，并且出于当地在中世纪后发展农业的需要，14-15世纪期间当地兴建了很多水利设置。很多河流因此裁弯取直，变成了今天的模样。在此后的几个世纪里，位于拉文纳和里米尼之间亚德里亚海岸的几条河流都被认为是古代的卢比孔河。今天的第9号国道仍然是按照原来古罗马时期的艾米利亚大道在山地和平原间穿行的