紧随在姐姐身后。然而，姐妹间展现的团结并未维持多长时间。玛丽是个虔诚的天主教徒，下决心把新教信仰击个粉碎，她命令每个人都得参加天主教弥撒；曾接受新教教育的伊丽莎白不得不在表面上皈依天主教。玛丽于1554年宣布要与皇帝卡尔五世的儿子狂热的天主教徒西班牙王子费利佩结婚后，民望开始降低。不满情绪迅速波及到全国各地，许多人把伊丽莎白视为反对玛丽宗教政策的焦点人物。1554年1月和2月，怀亚特的叛乱爆发，但旋即被镇压。伊丽莎白被带到法庭，法庭就她在这场叛乱中扮演何种角色对她进行审问，3月18日，她被关入伦敦塔