壳纲物种可分成两大支序：原鳃类（Protobranchia）及Autobranchia，而后者又可再分为翼形类（Pteriomorphia）及异壳类（Heteroconchia）。异壳类然后又再可分成古异齿亚纲（Palaeoheterodonta）及异齿亚纲（Heterodonta）；而异齿亚纲又可再分为始异齿下纲（Archiheterodonta）及真异齿下纲（Euheterodonta）两个支序。为免这些假设的分支把林奈分类愈分愈细微，原鳃类到异壳类的这两级分支继续维持作支序来看待以下分类总览双壳