2016年11月14日全面启用后，被揭发出现航机从雷达屏幕上消失、双重影像等多项问题。同年11月29日下午，屏幕有26秒未能显示航机唿号及飞行速度等资料，是新系统启用以来最长未能显示航机资料事故。失灵引致航班要停止离港15分钟，令9个航班延误。民航处长李天柱形容系统「表现不符合预期」，但认为对航空安全没有造成影响。运输及房屋局对今次事故表示关注。本身为民航机师的立法会议员谭文豪促请民航处延长旧空管系统的活性备用模式。传真社报道指出，2017年1月发生6宗飞行间距不足事故，频密度罕见。同年2月8日，民航处