金、元之际，道教全真派兴起，全真派尊汉钟离、吕洞宾为北五祖之中的两位，因此在“雷祖殿”、“八仙庵”的基础上扩建殿堂，使八仙庵颇具规模。明、清时期，八仙庵逐渐发展成为道教着名的十方丛林，是西北数省道教徒学习、授戒的场所。清朝嘉庆十年（1805年），嘉庆帝敕封八仙宫主祀的全真教北五祖之一的吕洞宾为“燮元赞运警化孚佑帝君”，列入国家祀典，每年春秋二次祭祀，八仙宫的地位开始升格。至清朝同治年间，八仙宫正式确立道教十方丛林体制，成为全真派着名宫观，与周至楼观台、留坝张良庙并称为陕西三大丛林。清朝光绪二十六年