1918年（民国7年），他任参议院议员。同年10月，他任交通部次长兼鉄路总办。翌年，他任川粤汉鉄路督办。同年6月，钱能训内阁因五四运动而辞任，他继曹汝霖后任代理交通总长。同年12月，他被任命为第一次靳云鹏内阁的交通总长。1920年（民国9年）7月直皖战争中，皖系败北，曽毓隽被通缉，先逃入北京东交民巷的日本兵营，旋从日本兵营潜逃至天津租界。1924年（民国13年）11月，段祺瑞临时执政复权，曽毓隽作爲幕僚也一起复权。翌年，其妹曾毓瑞（字花日）被国民军逮捕、拘禁，他本人逃脱。国民政府北伐结束后，曽毓隽被国