战后时期.战后予以重建，1948年举行落成建醮时，其佛祖妈花轿插满鲜花，轰动一时。牛头牌沙茶酱创始人刘来钦在新美街白手起家，其妻子施罔腰曾在生活困顿时，向住家附近的慈荫亭许愿，若度过难关，终生茹素。刘来钦担任慈荫亭主委后，重建此寺。此寺曾被台南市政府列为编号作古蹟，后来因文资法规范不足，庙方全面翻修换新屋顶，被撤销古蹟名列。2005年，此寺地基问题造成土木结构倾斜、砖块剥落，刘来钦提议磋商重建，于同年农历二月拆除。拆除时，文资处为日后作古蹟建材使用而捡回六片门神木板，为潘丽水弟子王妙舜彩绘的四大天