括河马形亚目与反刍亚目）互为姊妹群。而在猪科的类群中，鹿豚属是比较早分支的演化支，猪属则是最晚分支的演化支。猪科约于始新世晚期、渐新世早期与西貒科（分布于美洲）自同一共祖分支，渐新世时猪科可能已演化出若干个亚科，中新世早期已广泛分布于旧世界范围内的欧亚大陆与非洲大陆，至少有、、 与等四个亚科的化石陆续出现，这些类群的型态多样性很高，可能是适应不同的地理环境所致。的化石纪录则最早于在中新世晚期出现，并迅速演化出许多个族，该亚科在演化上非常成功，中新世结束时，Cainochoerinae、Listriodo