马在选前未能整合成功，较高声望的宋楚瑜最后宣佈退出国民党独立参选。这最终导致国民党选民票源分散，宋楚瑜最后以30多万票的差距落选，而连战则惨败。在选票的结果上可看到，国民党是一面倒惨败。传统的国民党支持者全部倒向宋楚瑜，而台湾本土的支持者也全部倒向陈水扁。正如部分学者分析的一样，李登辉的两个图腾，外省的代表以及本省的代表分别被宋楚瑜与陈水扁抢走，连萧竞选总部主委王金平则表示是「弃连保宋」、「弃连保扁」两边弃保效应都发作的结果。无论在马英九执政的台北市，传统执政的花莲县、台东县等都一面倒倒向宋楚瑜。立