25年），日本北朝的足利氏吞併南朝，不少南朝遗臣相继逃亡出海，与日本浪人组成武装，形成倭寇，侵扰中国沿岸地区。另一方面，曾割据江南沿海州县的张士诚和方国珍，自被朱元璋击败后，其部下亡命海上，勾结日本浪人，侵扰山东、浙江、福建等沿海地区。有鉴于苏、松、常、嘉、湖等州是张士诚的旧地，朱元璋因而对以上地区採取歧视性政策，所征田赋较其他地区高出十倍以上，当地百姓不堪其苦，流亡他乡，或作为倭寇向导。此外，闽浙大族亦为了利益私通倭寇。为了防止沿海反叛势力私通倭寇，洪武三年（1370年），明廷“罢太仓黄渡市舶司”；洪