15年11月总统副总统竞选期间，国民党立委蔡正元、王育敏、前立委邱毅指控，陈建仁承认没看过论文，既不知道内容是什么，就挂名为作者，有抄袭与欺骗之嫌。蓝营名嘴黄智贤则质疑陈建仁挂名的论文出现抄袭这种丑事，竟然还高昇中研院副院长，是因为他懂得博得长官喜悦。蔡英文表示，陈建仁的论文这件事情是因为论文的第一作者陈冠宇在处理註释的疏忽，审查单位提出建议请他修改，经过严格的审查，刊登在《Cancer》这个国际知名非常权威的期刊，如果这个案子是涉嫌抄袭，这么知名、权威的国际杂志不会刊登。
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