。崇祯十七年（1644年）二月，朝廷特设汉中巡抚，召高斗枢出任，并让他兼督川北军务，又擢升高斗枢右副都御史，因兵荒马乱任命都没能及时抵达。南明福王称帝，调任高斗枢任湖广巡抚，因道路不通，任命未能到达高斗枢。清兵入关后，高斗枢回乡隐居。南明大学士谢三宾降清，供出反清的名节之士百余人，高斗枢也在其中，但他始终一言不发。晚年闭门不出，生活清贫。1670年，病卒于家。