1998年，菲律宾担任东协区域论坛主席，会议中启动承认朝鲜为成员国的程序，然而朝鲜方面表示文莱、菲律宾等东南亚国家应先与其建立正式关系才会加入。1999年9月，两国外长在纽约联合国大会期间进行了会面，讨论改善双边关系，随后两国于2000年4月在哥伦比亚举行的不结盟运动会议期间进行会谈，双方同意在原则上建立外交关系。2000年7月12日，时菲律宾外交部长和朝鲜驻泰国大使赵仁哲（音译；）在菲律宾马尼拉外交部举行了签署仪式，双方正式建交。菲律宾是与朝鲜建立正式外交关系的最后一个亚洲国家之一，北韩亦于同