曼帝国处理基督教问题不满，尽管当时穆罕穆德二世治下对于基督徒相当宽容，于是部分学者认为其中仍有隐情。普世牧首伊西多罗二世在任时的混乱导致了根纳季乌斯之后的两次复出并领导奥斯曼帝国的基督徒（1463年4月至6月，1464年秋至1465年），随后他退隐至塞雷的施洗者伊望修道院。在着述中度过了余生。1473年，真纳迪乌斯去世。