辞总司令职下野，蔡元培等人一同辞职与蒋前往上海。后任代理国府主席。12月1日，蔡元培在上海大华饭店蒋介石和宋美龄的婚礼上担任主婚人。当年还任中央教育行政委员会常务委员。
创办大学院、推行大学区制.1927年，蔡元培倡议成立中华民国大学院作为全国最高学术教育行政机关，10月任为首任院长。除仿效法国大学院成立中华民国大学院外，在这期间创办了中央研究院，成立国际出版品交换处。11月27日和萧友梅于上海创办国立音乐院（即现上海音乐学院），是中国最早建立的高等音乐院校。Section::