至元十九年（1279年），元军在建阳大开杀戒，建阳县县衙和县儒学被焚毁，建阳理学教育受到重大打击。至元二十六年（1289年），嘉禾县复名建阳县。
明清时期.明代建阳教育等方面有所复苏。教育方面，尽管重新设立县学，但师资力量薄弱。洪武元年（1368年），建宁路复称建宁府，建阳县属建宁府。明朝末期，民变蔓延至建阳，建阳再度成为军事要塞，各方面开始又走向衰落。清代建阳县属延建邵道建宁府。康熙十三年（1674年），耿清忠在福建起兵造反，纵容士兵在建阳县城烧杀抢，建阳县城一半遭到焚毁，经