。未被占领的匈牙利的首都从1536年至1784年是今天的布拉迪斯拉发。布达成为奥斯曼总督的驻地，佩斯则完全失去了重要性，大多数居民也从那里搬走了。从1526年开始奥地利哈布斯堡王朝获得了匈牙利国王的位置，自此匈牙利成为奥地利一部份。哈布斯堡王朝在大土耳其战争后终于战胜了奥斯曼帝国恢复了匈牙利王国。但是布达与佩斯的处境并没有任何变化，统治它们的依然是外族人，而且它们的居民依然必须负很高的税。市内爆发市民暴动，但是被镇压。1723年佩斯成为王国政府的驻地。1838年佩斯发大水，七万人丧生。虽然如此佩斯依然是