且又是双座位，故从1944年开始有100架彗星一二型和三三型被改造成夜间战斗机，改造是把后部的7.7毫米口径防卫机枪改为斜射的九九式机炮去攻击美军B-29轰炸机，除了打轰炸机，在沖绳战役期间也有日军用彗星夜战型在夜晚去偷袭在沖绳岛上的美军，这支部队名叫芙蓉部队。以我方航空母舰的舰上爆击机「彗星」和「彗星一二型甲」以及作爲舰上侦察机的「二式舰上侦察机」三款机种登场，另外还有江草隆繁搭载的幻想机种「彗星（江草队）」，以及2018年伊势号战舰if改装后的「彗星二二型」「彗星一二型(D4Y2)」作为日本8阶航