1988年，潘琦就读于南京大学经济管理系，先后获得学士与硕士学位。1991年毕业于西南财经大学，获博士学位。2008年，当选第十一届全国政协委员，代表中国民主建国会，分入第八组。2011年被证监会处以10年证券市场禁入措施。2014年，南京大学仙林校区匡亚明学院院楼“潘琦楼”落成启用。2019年被广西证监局处以10年市场禁入处罚。