日本所属的巢鸭车站是一个设有岛式月台一座、两条乘车线的地面车站，检票口设置在大冢车站侧。虽然是地面车站，但JR东日本所属的月台区实际上是设置在一个类似地堑构造的区域内，车站南口人行陆桥与的陆桥以立体方式与铁路交叉，月台则设在陆桥的下方。2007年时（平成19年）6月1日，车站北侧建造了一栋与车站本体相连的地上5层车站大楼「atré-vie巢鸭」（），配合此改建计画巢鸭车站也在原本既存的南口与北口之外，增建了一个朝向白山大道方向的新出口，命名为「正面口」，并将原本设在南口方向的主出口改移至正面口处。相关的