成为派系，法利赛人成为众多派系中的一个，也是政党。每个派系都认为自己是真理的垄断者，并禁止不同派系之间的通婚。不同派系的成员仍然这么做了，并彼此辩驳为什么自己是对的，尽管并没有关于这种派系辩驳的重要、可靠的记录。在第二圣殿被毁之后，这些派系分裂遂即结束。拉比们避免使用“法利赛”一词，可能因为它老是被非法利赛人使用，或是因为它包含明显的派系倾向。拉比们宣称对所有犹太人拥有领导地位，并在礼拜中加入birkat haMinim，一种祷告词：“哦，我主赞美你，是你击败了敌人，消灭了他们的骄傲”。这被认为是反对其它派