共分两层，大堂位于地面，月台则位于大堂之上。
大堂.大堂内设有不同类型的商店，例如有便利店、面包糕饼店、物业顾问等，以及不少自助服务设施供乘客享用，包括自动柜员机及自动售卖机。大堂近D出入口亦设有香港邮政邮箱方便乘客在车站内投寄邮件。大堂收费区内亦设有洗手间。
月台.锦上路站设有一个岛式月台，1号月台往屯门方向，2号月台往红磡方向。2号月台路轨旁设有预留月台的平台基座，用以扩建本站成两个岛式月台，容纳拟建之北环线。
利用状况.九广