大陆与香港间部分广九直通车（佛山/广州东 - 红磡）车次、部分中国铁路Z字头车次等，以及除首末站外，仅停靠中途大站，如京九直通车（北京西 - 红磡）及沪九直通车（上海 - 红磡）。 由于直通车不停中途车站，可以省回停车上落客的时间，也省回加速和减速的能源，运作更有效率；如台湾高铁有台北－台中－高雄运行的直通车，以及每站皆停的一般车次，但每站区间票价相同；台铁的直通车则依车种和停靠站而定，如自强号／太鲁阁／普悠玛通常停靠大型车站，而区间车则每站皆停。另外一种高速铁路直通车为欧洲之星，从伦敦行经英吉利海崃隧