六年（1791年），干隆帝为此题写了“祝釐寺”匾额。自此，在一些汉文史料中，称强巴林寺为祝釐寺。历史上，强巴林寺同中国内地王朝的关系密切。自清朝康熙帝开始，强巴林寺主要活佛受到清朝历代皇帝的册封。寺内至今仍存有康熙五十八年五月颁给帕巴拉活佛的铜印。17世纪，强巴林寺的主要建筑曾被白日土司毁坏。1912年5月12日，强巴林寺被彭日升烧毁。但主殿（当时被作为监狱）及两座其他建筑幸存。1917年，在藏军占领昌都之后，该寺获得重建。文化大革命时期，强巴林寺遭到极大破坏。改革开放之后，19