T 4.0中，HPFS被移除。在Windows 2000中，FASTFAT的更新增添了FAT32和通用光碟格式（UDF）的支持。Windows 2000修改了IFS接口以增添单个文件的加密能力。网络共享文件系统和防病毒程序也使用IFS实现。苹果公司自Mac OS X 10.6的Boot Camp中开始包含只读的HFS+驱动程序，以供Windows XP、Windows Vista和Windows 7使用。