选择与近亲结婚，堂表兄弟姐妹间的婚姻不计其数，这使得这个家族成员的基因出现异常，均有下颌不正常地前突，伴有严重的牙齿下坠的基因缺陷，这后来被称为下颚前突症。这病症在历代日本皇室都有出现。日本皇室为了保证家族血统的纯正，有过为过不少的近亲通婚记录。如崇神天皇的母亲伊香色谜命，她先是嫁给孝元天皇，后来又嫁给继子开化天皇。第14代天皇仲哀天皇是开化天皇的玄孙，而皇后气长足姬的父亲则是天皇的堂兄弟息长宿祢王，天皇与皇后之间是叔伯侄女关系。日本首位女天皇推古天皇嫁给了同父异母的哥哥敏达天皇，皇极女天皇先后嫁给从叔