是由院长亲自遴选，时任院长于右任先生则亲力亲为，经常审视弹劾案是否合情理。1947年行宪后，改由间接选举选出的监察委员互选院长，院长亦按照《监察法》所订立的规则，不得干预或指使监察委员的弹劾案，因此院长职权已大为削弱。1992年，第二届国民大会通过《宪法增修条文》，监察院院长改由总统提名。 2020年，成立监察院国家人权委员会，并规定其主任委员由监察院院长兼任。