航空公司交付了第一架波音737-900，由此深航成为第一家购买该款机型的中国航空公司。2007年传出意向购买中国拥有自主知识产权的ARJ21支线飞机，但告吹。深航在李泽源掌舵期间，高速扩张，先是与汉莎航空等企业开办了中国第一家中外合资的货运航空——翡翠航空，又与美国梅莎航空等合资成立了鲲鹏航空；然而子公司经营都不甚理想。再加上公司管理混乱，导致深航由盈转亏。截至2008年12月底，深航全年除税前及除税后净亏损分别7,457万元及3,126万元，而截至2009年12月底的全年除税前及除税后净亏损大幅增