策延续其第二次内阁时期的对南主动作战的政策，段祺瑞亲自到汉口、九江、南京、济南等地督战和疏通人事，以及激励军队前方将士的士气，但是战事却还是不如想象中的顺利。由于冯国璋代理大总统到1918年10月就届满，冯国璋公开发表声明称不栈恋总统职位。9月，大总统选举举行，安福国会选举出徐世昌为总统。徐世昌倡议和平，使段祺瑞不得不和冯国璋约定同时下野。10月10日，总统徐世昌准段祺瑞免职，由钱能训暂行兼代。第二次段祺瑞内阁中的梁启超、汤化龙、林长民三位“研究系”的总长没有进入本届内阁。皖系利用研究系之后将其抛弃