然于行政院、立法院、司法院、考试院及监察院，但总统是虚位元首，行政院院长掌握行政权。实际上政府抑或根据动员戡乱条款之规定採取总统制，仅在严家淦担任总统时才是内阁制，行政院院长蒋经国掌握行政权。直到蒋经国担任总统后才又恢复动员戡乱条款之规定的总统制。宪法增修后，改实行半总统制，又称双首长制。总统掌握所有行政权，并可直接任命的行政院院长。但宪法增修后被指出现总统权力过大的情况，总统不向立法院负责，但行政院却向立法院负责，造成「总统有权无责，阁揆有责无权」的情况。