由于当时“院系调整”规模较大，除院系外人事亦有很大调整，涉及全国几乎所有高等院校，其中一些调整在1949年以后已经开始，所有原教会背景学校于此时停办，院系及人员分拆进入其他大学。严格意义上说燕京大学与其他中国教会学校的历史在1949年正式终止。另外，香港地区的香港校友会则成立中华基督教会燕京书院，以继承及发扬燕京大学之办学精神和传统。学校沿用「因真理，得自由，以服务」为校训。
校园.燕京大学原址即今天的北京大学校园。校园最初的基址是清朝三山五园的附属园林，包括漱春园、弘雅园（墨