种物种的转录组提供了序列参考。，药理学活性的主要种类的植物化学物质如下所述，与包含它们的药用植物的实例。
生物碱.具有生物活性成分的含氮有机化合物。一般具有强烈的效果，许多具有毒性（如麻黄碱等）。许多重要的药物皆是生物碱制品（如茶碱），是现代制药研究的重点。生物硷是一种苦味化学物质，在自然界中非常普遍，并且在许多药用植物中常常有毒。有几类具有不同作用方式的药物，包括娱乐和药物。不同类别的药物包括阿托品，东莨菪硷和莨菪硷（均来自茄科），传统医学小蘗硷（来自植物如小蘗和十大功劳）、