认为应由其子嗣继承皇位，由镰仓幕府调停斡旋下，弘安十年（1287年）后宇多天皇让位给后深草之子伏见天皇，建立「持明院统」。及后正安三年（1301年），后宇多天皇之子后二条天皇，建立龟山天皇子嗣的「大觉寺统」。镰仓末年，后醍醐天皇曾两次发动倒幕，分别为正中元年(1324)的正中之变和元弘3年(1331)的元弘之变，两次都为朝臣吉田定房所洩，在元弘之变中的笠置山・赤坂城之战中，天皇为幕府所掳，流放至隐歧岛，并立持明院统之光严天皇即位，改元正庆，是为北朝第一代天皇。但勤王势力（护良亲王、楠木正成等）仍不放弃，