用润滑剂能降低肛裂的风险 。採取适当的预防措施亦能降低性传染病的传播风险。但相比起其他性行为，安全套较容易在肛交过程中破裂或脱落，因为肛门括约肌相对较为绷紧。若与一名HIV阳性的伴侣发生无实行任何预防措施的性行为，肛交过程的容纳方相对较容易感染人类免疫缺陷病毒（与其他性行为比较之下）。其他病原体和疾病亦可在无採取任何预防措施的肛交中传播，包括人类乳突病毒（HPV，其会增加携带者患上肛门癌的风险）、伤寒、、衣原体感染、隐孢子虫病、大肠桿菌感染、、淋病、甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、单纯疱疹、（HHV-8）