1960年7月5日，青岛观象台移交给山东省科学分院，次年9月因后者撤销而划归青岛市科学技术委员会领导，而业务工作仍受紫金山天文台指导。1962年9月，观象台再次归属紫金山天文台，同时将1958年10月设立的青岛人造卫星观测站并入观象台，观象台因此增加人造卫星观测业务。1966年后的文革期间，观象台圆顶室曾受到损坏，但时任台长孙寿甡仍坚持太阳黑子观测，观测工作基本未受影响。1971年11月，观象台附属的青岛人造卫星观测站撤销。1978年4月22日，中科院决定撤销青岛观象台编制，将房屋、设备移交给中科院海洋