当时马士英、阮大鋮把持朝政，他打算离间二人，因此故意和马士英亲友秘密交谈反间，令对方动心，及后阮大钺计划诛杀东林党人时，马士英持却持相反意见。南京失陷，他到福京谒见隆武帝，得授广州府推官，招降海盗罗明受，因功陞官验封主事、员外郎。清兵攻至天兴，万元吉出镇忠诚；龚棻招募水师五营，监督罗明受、黄志忠六千人前往，到南安时遇上敌军战败，他只身逃出至忠诚。隆武二年（1646年）十月，忠诚援绝城危，万元吉劝他离去谋求后路，他假装答应；数天后对方催促他，他大声说：「走了！」和两名仆人在金门乘坐一艘小船，离岸一丈多