a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，此外在复制酶与刺突蛋白的开放阅读框（ORF）中间有编码（HE）与一辅助蛋白ns2的ORF，且在刺突蛋白与外膜蛋白的ORF间有另一编码辅助蛋白ns12.9的ORF，牛冠状病毒在此区尚有编码另一辅助蛋白ns4.9的ORF，但OC43病毒该区序列发生了缺失而阙如；另外OC43病毒的衣壳蛋白开放阅读框中有Ia与Ib两个较小的ORF，而牛冠状病毒在此处则是具有一个完整的ORF。
演化.刺突蛋白序列的分子钟