意下，雅果达发动了大清洗运动，他和安德烈·维辛斯基紧密合作，组织了第一次莫斯科审判，季诺维也夫、加米涅夫等老布尔什维克被定罪枪决。1936年，雅果达被转任邮电人民委员，叶若夫接替他担任内务人民委员。1937年，雅果达被捕，并被指控为人民公敌、纳粹德国间谍、托洛茨基主义分子和阴谋篡权者，他同其他20人被送上第三次莫斯科审判的法庭之上。1938年，他被定罪枪决，由原下属瓦西里·米哈伊洛维奇·布洛欣执行。2015年4月，俄罗斯联邦最高法院驳回了为雅果达平反的要求。