创立自然之友时，学界泰斗季羡林曾说他“宁愿丢一个历史学家，也要多一个‘自然之友’”。2008年，《南方周末》在选择其作为改革开放30年间1994年度代表人物时，称其为“中国非政府组织的精神源头”。不过同时，梁从诫的某些言论也遭到了一些争议。如他反对在怒江上建坝，就曾引起过争论。他的“敬畏自然”观念也遇到了诸如中国科学院院士何祚庥等的反对。1999年，电视集《人间四月天》放映后，梁从诫对于林徽因与徐志摩的恋爱故事提出了异议，认为是对“历史事实和文化精神的双重歪曲”，并说《人间四月天》一诗是母亲写给当时还未