后又以生病辞职。泰定三年（1326年），邓文原任岭北湖南道肃政廉访使，但因生病而没有赴任。泰定四年（1327年），作行书跋褚遂良《倪宽赞》。天历元年（1328年），邓文原去世，享寿七十一岁。《元史》载至顺四年（1333年），朝廷追赠邓文原为江浙行省参知政事，谥文肃。《新元史》则是至正九年（1349年），邓文原的弟子集贤院大学士冯思温上奏说邓文原经筵旧臣，应该要加以恩礼。于是赠中奉大夫、江浙行省参知政事、护军，追封南阳郡公，谥文肃。原本太常议论应该谥壮康，因冯思温之请，改谥文肃。
轶