改革的初衷只是反对罗马天主教会，而脱离教廷的新教国家成立新的国教，以同样的手段去打压甚至杀害天主教徒。但是这场改革无形中给欧洲带来了自由、宽容的新气息，从最初对不同信仰的包容到后来对不同政见的包容，这场宗教改革促进了欧洲政治、经济等方面的进步。后来的美国独立战争、法国大革命后引申的政教分离，以及自由主义也是受宗教改革的影响。