005年，获日本天皇颁授文化功劳者。2008年，因前述贡献与益川敏英及南部阳一郎共同获得诺贝尔物理学奖。在诺贝尔奖颁奖典礼中，授奖人首次以全程日语朗读颂词，以表达对小林诚的敬意。2015年3月，日本茨城2丁目的中央公园，设置了江崎玲于奈、小林诚、朝永振一郎的铜像，以彰显3位诺贝尔物理学奖得主的功绩。
学术系谱.在日本人的诺贝尔物理学奖系谱中，小林诚的位置在：