白塔寺成为中国佛教协会直属寺院。1961年3月4日，妙应寺白塔被列为第一批全国重点文物保护单位。1962年，国家为白塔装避雷针。1964年国家修理白塔塔身。1962年2月，北京市文物工作队派调查小组调查白塔寺，撰写《白塔寺“四有”调查工作报告》。自中华人民共和国成立后，白塔寺成为中尼两国传统友谊的象征，尼泊尔政要及有关人士来北京时多来该寺参观，这一传统延续至今。1961年至1965年，寺内碑刻、佛像有所损毁。1964年至1965年，北京市民政局将中路殿堂移交中国佛教协会管理。1965年5月，在极“左”路