操作系统拥有许多种内建档案系统。例如Linux拥有非常广泛的内建档案系统，如ext2、ext3、ext4、ReiserFS、Reiser4、GFS、GFS2、OCFS、OCFS2、NILFS与Google档案系统。Linux也支援非原生档案系统，例如XFS、JFS、FAT家族与NTFS。另一方面，Windows能支援的档案系统只有FAT12、FAT16、FAT32、EXFAT与NTFS。NTFS系统是Windows上最可靠与最有效率的档案系统。其他的FAT家族都比NTFS老旧，且对于档案长度与分割磁碟能力