教育司，为台湾拥有海洋领域系所最为完整的大学，并为台湾此领域的最高学府与研究重镇，对台湾航运产业及海洋科技高级人才的培育贡献卓着，台湾相关领域高阶人才多毕业于此，该校专注于海事、航运、海洋法、水产养殖、水产生技、海洋生物、渔业科学、食品科学、造船工程、轮机工程、导航、海洋科学、海洋工程与航海技术及所有海洋相关领域，并代表台湾的最高水准。目前设有海运暨管理学院、生命科学院、工学院、海洋科学与资源学院、电机资讯学院、人文社会学院以及海洋法律与政策学院等7个学院，下设15个学系，11个独立研究所，26个硕士班，1