3年12月，祝圣为天主教南京教区主教（自选自圣）。1998年4月，在中国天主教第六届代表会议上，当选为中国天主教主教团主席、中国天主教爱国会副主席。他还历任江苏省天主教爱国会主任，江苏省天主教教务委员会副主任，全国政协第九届、十届常务委员，第二届中国宗教界和平委员会副主席。2005年4月20日，刘元仁在北京病逝，享年81岁。4月28日，遗体在北京八宝山革命公墓火化，贾庆林、回良玉、刘延东等领导人前来送别。