罗伊参加了牛津大学举行的关于达尔文进化论的辩论，他高举《圣经》，声称“《圣经》就是不容怀疑的真理”，受到观众嘲笑。1863年，詹姆斯·格莱希尔成立了日报天气图公司，与他竞争，有人说菲茨罗伊的预报不准。种种不顺使他患上了抑郁症，1865年4月30日，他在上诺伍德自杀，死后葬于上诺伍德众圣教堂（All Saints' Church）的前院里。