惜球队只停留一季就重返乙组联赛。2000年至2001年球季维拉利尔成为乙组联赛季军而再一次提升至甲组，并在甲组联赛取得第七名的佳绩。在短短数年间，维拉利尔先后购入多名高素质的南美球员，成为西甲一支有实力的球队，2002年至2004年连续三年晋身欧洲足协图图盃决赛，并在2003年及2004年夺得此项殊荣。2004–05年西班牙足球甲级联赛维拉利尔仅次于巴塞隆拿及皇家马德里取得季军的佳绩，并首次获得参加欧洲联赛冠军盃的资格，翌年他们更于欧联击败众多欧洲劲旅杀入四强阶段，可惜不敌英格兰的阿森纳。2007–