国民政府航空委员会命令后回国，任教于成都空军机械学校。1940年调入交通大学重庆分校。1942年重庆分校改为交通大学后，曹鹤荪负责创办航空工程系，并出任代理系主任，使其成为交大历史上最为年轻的系主任。1944年，他受陈庆云主持的中国航空建设协会之托，与丁履德等一同前往美国与加拿大考察航空建设。1945年回国后，他随交大师生迁回上海，并参与组建了临时校务委员会。1949年，出任交通大学教务长、校教授会主席。中华人民共和国成立后，曹鹤荪于1952年被调往哈尔滨军事工程学院任教，并出任科学教育部教务处处长。1