行了一条和自己完全不同的政治路线，自己在党内的权威受到挑战。1964年底的全国工作会议上，毛泽东就四清、五反问题进行批评，双方产生激烈矛盾，这使刘少奇、邓小平与毛泽东的关系开始破裂。同年年底，刘少奇出席第三届全国人民代表大会第一次会议，再次当选为中华人民共和国主席，并担任国防委员会主席。在三年大饥荒期间，中南海曾实行过高级干部自报口粮的制度，当时毛泽东和朱德均报每月13公斤，周恩来为每月12公斤，刘少奇为每月9公斤。刘是中南海所有干部中报数最少者。毛泽东在1962年重提阶级斗争，批判中共党内的“黑暗风”