民国11年），在苏俄支援下，博克多汗国将在外蒙古的北京政府官员全部驱逐。李垣也在外蒙古的地位顿失。1925年（民国14年）他任善后会议会员。7月他任临时参政院参政。翌年9月他任京兆尹兼北京市长。1927年（民国16年）他辞职。1933年2月，满洲国在苏联赤塔新建领事馆，并他任该领事。1935年（民国24年）11月殷汝耕的冀东防共自治委员会（翌月改称冀东防共自治政府）成立，李垣参加，任货物査检所长。1936年冀东防共自治政府与满洲国互访，李垣担任满洲国专使到通县访问，以后李垣的生平不详。