进士。改庶吉士，授编修。成化初年，充经筵讲官，与修《英宗实录》。总裁欲革去景泰帝号，曾建议不可去除帝号。《英宗实录》修成，进侍读，任侍读学士。成化六年（1470年），上疏乞纂修《大明通典》，并续成《宋元纲目》。成化十一年（1475年）任礼部右侍郎。因父丧丁忧去职。守丧结束，起用爲南京吏部右侍郎，改南京礼部左侍郎。成化二十二年（1486年）春，召佐兵部。针对占城王弃国来求援、贵州镇巡官邀功谎奏苗反，两事提出正确意见，而后被重用，任户部兼翰林学士，入内阁。此后为兵部尚书，加太子太保。尹直明敏博学，练习朝章，