今国立台湾交响乐团，当时分三团：管絃乐队、军乐队以及合唱队）首任团长，发展台湾音乐，同时致力于台湾美术的恢复和发展，被称为“台湾交响乐之父”。1949年到马尼拉任菲律宾交响乐团指挥，为中菲文化艺术交流搭起桥梁。1994年82岁高龄时，在福州创办华侨大学福建音乐学院，任董事长兼院长。
争议.1946年战后国民政府在台湾抢米，时任少将的蔡继琨，在1946年3月14日率军队三十余名，并带机关枪数架，分乘卡车数台，包围雾峰农会。拔刀拔枪，强迫该会副会长林士英打开仓库，将存米二千余包