医学院、华中大学、圣约翰大学、沪江大学、燕京大学、之江大学、岭南大学、福建协和大学、华西协和大学等，其中绝大部分都是美国差会背景。天主教会的学校仍以初等教育为主，所办大学在1920年以前仅有上海震旦大学1所，在1920年代增设了2所（天津工商学院和北京辅仁大学）。五卅运动、北伐战争时期民族主义高涨，掀起了了抵制西方教会学校的运动，国民政府成立以后，以金陵大学为首，西方教会学校陆续向中国教育部注册，并不得强行开设宗教课程、强制宗教信仰及礼拜。这些教会学校在1950年朝鲜战争爆发的背景下全部与西方差会脱离了关系