王国由托勒密八世的妻子克丽奥佩脱拉三世和托勒密九世共治，而年轻的托勒密九世在前107年被其母克丽奥佩脱拉三世废黜，克丽奥佩脱拉三世便与托勒密九世的弟弟托勒密十世共治，期间王位几度换替，在前88年托勒密九世第二度登上王位，直至逝世。王位由托勒密十世之子托勒密十一世继承，不久他在亚历山卓的暴动中被杀。这一段宫廷纷争使得王国更加衰弱，沦为罗马实质上的被保护国，而大部分的希腊世界也落到罗马手中。托勒密十一世的继任者是托勒密十二世（吹笛者）。在他统治的时候，罗马已经是埃及事务的裁仲者，并且占领利比亚和赛普勒斯。在前