下铁的丸之内线和副都心线、都营地下铁的新宿线停靠，是转乘站。丸之线线的车站编号是M 09、副都心线是F 13、新宿线是S 02。
车站结构.丸之内线新宿三丁目站与都营新宿线新宿三丁目站有一段距离。经由新宿站、都厅前站、可通往西新宿站。丸之内线上的地下通道「」连接范围广泛，可步行至新宿站。从该地下道可经由前往西武新宿站，接着经由新宿站与都厅前站前往西新宿站。借由副都心线车站甲州街道对向的南北地下道，可前往新宿站南口、高岛屋时代广场。丸之内线与副都心线、丸之内线与新宿线剪票口