在民进党内属海归派，海归派与本土派有利益冲突，再加上提名委员会说他「不具专家学者资格」令他不服，从此他不再参政、不再参加民进党活动。1996年中华民国总统选举，郑自才接受美联社专访时批评，总统李登辉的就职演说内容空洞。2013年4月6日，郑自才在台湾民政府「第53期法理学院研习会」演讲〈中华民国不是一个国家〉。2014年太阳花学运时，郑自才去立法院静坐抗议现场周边看，但没进入立法院议场。2016年中华民国总统副总统及立法委员选举，他主张台湾地位未定论，认为台独运动不能指望蔡英文。2014年9月2日，