王莽时频繁改易地名、官职，又随意改变各族名号及其首领封号，以致边疆动荡，反抗蜂起。王莽改牂柯为同亭。又贬句町王为句町侯。句町王邯怨恨，被牂柯大尹（太守）周钦所杀。于是句町叛乱，州郡镇压不力，益州、越雟、巴、蜀骚动。王莽发益州、凉州兵击之，死者数万人。公孙述在蜀郡称帝，牂柯郡功曹谢暹与当地龙氏、傅氏、尹氏、董氏等豪族保境以拒蜀兵。光武帝发兵平定公孙述后，西南诸郡归附。东汉时牂柯郡辖境不变，唯省都梦一县，领十六县。
魏晋南北朝.蜀汉建兴三年（225年），分牂柯郡南部置兴古郡，治宛温县