校长曾陈穗华于1992年8月31日荣休，由黎李群娣女士接任校长职务。及后于2014年30週年校庆期间，时任校长黎李群娣女士荣休，并由当时于协恩中学任职的梁少仪女士接任校长职务。由于梁少仪校长于2016年9月1日起转往协恩中学担任校长，校长一职改由圣公会圣三一堂中学的林玉琪女士接任。圣公会蔡功谱中学创校时为一所英文中学。但在1998年配合教育署母语教学计划推行而转型为中文中学。该校自2010年起把新学制部分科目改以英文作为教学语言。因应学校发展关系，教育署于1996年将蔡功谱中学纳入为「第一期学校改善计划