参加南京保卫战。25日在太湖西岸夹浦、金村一带和日军第六师团遭遇，激战中郭勋祺被日军机枪射中大腿，仍挣扎着到前线指挥战斗，奉命将防线移交友军后才住进医院。1938年春伤愈出院后，升任国民革命军第五十军军长，配属第三战区，驻防皖南地区。在此期间，郭勋祺同新四军多有合作。1939年12月，蒋介石借贵池战役“作战不力”撤去郭的军职。1940年8月，入陆军大学特五班学习，毕业后任军政部副。当时郭意欲率部直接投奔新四军，被陈毅劝阻，为此郭一度很不理解。1946年，郭勋祺出任26军官总队长、中央训练团团副。1948