十一年（1583年）癸未科第二甲第二十一名进士。除刑部主事，改兵部车驾司主事，升武库司员外，补职方司员外，累官武选司郎中。万历三十年（1602年），以宁夏捷功，加五品京堂衔管事。次年，擢太仆寺少卿。天启五年（1625年），以都察院右佥都御史巡抚顺天。忤魏忠贤，罢归。崇祯初，历官兵部侍郎、兵部尚书。
家族.曾祖父申干，累赠光禄大夫柱国少保兼太子太保户部尚书武英殿大学士；祖父申士章，赠光禄大夫柱国少保兼太子太保户部尚书武英殿大学士；父申时行，曾任光禄大夫柱国少保兼太子太保户部尚书武英殿