教徒地区的伊斯兰教徒逃往伊斯兰教徒地区，而伊斯兰教地区的的印度教徒和钖克教徒则逃往印度教徒地区。这番迁移中不少都是强制迁移，使进行迁移的人们成为难民。短时间内的大规模人口流动引发了大混乱，特别是在旁遮普地区，两教徒之间发生了难以计数的冲突和暴动、屠杀以及报复。据理查德·西蒙兹的研究，即使是最保守的估计，也有至少50万人在冲突中丧生，一千二百万人无家可归。在这时两者之间产生的不信任和憎恶对之后的印巴关系都产生了影响。在加尔各答，由于甘地的努力，屠杀逐渐得到控制。
结果.巴基斯坦在8月