本东京都新宿区。受到祖父与父亲的影响，幼时的水岛昇立志成为医生与科学家。尽管最初的兴趣在物理学，但在接触分子生物学、生物化学之后，他开始考虑专攻生物学。他本来以理学部为升学目标，但在被父亲告知医学部可以研究生物学之后，1985年从毕业的他，选择考进东京医科牙科大学（医牙大）医学部。1991年大学毕业后，水岛昇留校攻读医学研究科。其后，进行免疫学研究的他，决定专注于免疫细胞间的沟通与细胞内部现象。1996年完成博士课程，取得医牙大医学博士学位。
职业生涯.博士班毕业后，在博士后研