绪九年（1883年）中法战争中，《法军侵台始末》记载说金龟头旧砲台与新城砲台是澎湖厅诸砲台中火力最强者，但后来因为弹药库被法国军舰击中而失去作战能力。台湾建省之后，首任巡抚刘铭传加强防务，于光绪十三年（1887年）广建新式砲台，而在澎湖一带则由总兵吴宏洛新建砲台四座，即西屿西台、西屿东台、拱北砲台与金龟头砲台，而在金龟头砲台这里配备了7吋、10吋、12吋口径的阿姆斯特朗大砲各一门。但在1895年3月23日日军从澎湖岛东侧里正角海岸上陆，避开了金龟头、西屿西台、西屿东台的火力攻佔了澎湖厅城，位在城西的金龟