1904年，英国发动第二次侵藏战争，十世帕巴拉派兵赴前线参战，抗击英军。1906年，清朝设立督办川滇边务大臣一职，赵尔丰出任首任大臣。1909年7月，川军自成都启程，于同年11月抵达昌都。1909年11月，督办川滇边务大臣赵尔丰也到达昌都，并安排护送川军入西藏事宜。赵尔丰采用军事手段推行“改土归流”，将昌都的土司及唿图克图的统治权收归清朝朝廷。1910年，赵尔丰先后奏请将察木多改设为昌都府，辖察雅县、恩达县（今属类乌齐）、贡县（今贡觉）、宁静县（今芒康）、科麦县（今左贡）、察隅县。1911年，代理督办川