山城和吉原坊舎在1585年丰臣秀吉发动时一同遭到战火毁坏。1595年，本愿寺在此重新建立了「日高御坊」（现在的），从此周边区域也因为由于此座寺庙的缘故成为而开始繁荣，同时「御坊」也就此成为此地的地名。江户时代后，此地成为纪州藩的领地，19世纪末明治维新后隶属和歌山县，1889年日本实施町村制，在位于现今御坊市市中心靠近日高川河口北岸的区域设立了，同时现在的御坊市辖区其他地方在当时还分属、、、、共五个行政区划。御坊村先在1897年升格为御坊町，而周边的行政区划则是在1954年与御坊町合併为现在的御坊市