后。院前种有榕树，草坪宽广。书院占地二甲余，周围七十丈。结构分为三进，第一进为三川门，第二进的前堂为书院的祭祀空间、第三进的后堂为书院山长居住之所，左右两旁有十四间学舍。依传统礼制，书院祭祀孔子是逾矩。〈新建鹿港文开书院记〉中，邓传安说明文开书院主祀朱熹的原因是为闽中大儒，又写台湾在康熙二十二年（1683年）才始入版图，无本国固有的文化与学术，所以更要仰重寓贤，遂祭祀包沈光文、徐孚远、卢若腾、王忠孝、沈佺期、辜朝荐、郭贞一、及蓝鼎元这八位包含明郑遗老的贤人。祭祀明郑遗老的作法受汉宝德等学者称赞有前卫性。