废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「崎顶」大字，隶属于新竹州竹南郡竹南庄。1940年，竹南庄升格为竹南街。战后竹南街改制为竹南镇，隶属于新竹县，大字亦改制为里。1950年桃、竹、苗分治，竹南镇改隶属于苗栗县。
聚落.本地区发展较早的聚落有青草、北户头、崎顶、清天泉、鹿厨坑、口墙围等，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有山顶、东崎顶等聚落。