当时有五组建筑群，殿堂楼阁十六座，客房斋堂等建筑九十九间，规模宏大。湄洲祖庙惜已于文化大革命期间全毁。1980年代以来，海内外信徒捐资对湄洲祖庙进行重建，台湾信徒捐献为最多，现有建筑基本都是文革后所重建的庙貌，但许多湄洲妈祖金身现存于台湾庙宇，如鹿港天后宫、新竹长和宫、北港朝天宫。
建筑.湄洲祖庙为长323米、宽99米的五进仿宋建筑群，由大牌坊、宫门、钟鼓楼、顺济殿、天后广场、正殿、灵慈殿、妈祖文化园组成，妈祖庙后的岩石上刻有“升天古迹”、“观澜”等石刻，在祖庙山顶有14米高的