上的研究也值得注意。牛顿写作了一些圣经批判的作品，最着名的就是《两处着名圣经讹误的历史变迁》。牛顿还摆放了一座与传说日期公元33年4月3日相符的耶稣·基督受难像。他亦尝试，但未成功地，去寻找《圣经》中隐藏的消息（参看圣经密码）。牛顿可能拒绝了教会的三位一体教义。在少数的观点里，T·C·普菲岑迈尔（T.C. Pfizenmaier）认为他更像是持有东方东正教三位一体观，而不是西方天主教、圣公宗和大部分新教教派的观点。在他的时代里，牛顿（与不少活跃于皇家学会和查理二世宫廷的人士一样）被指是玫瑰十字会的会员。