月28日进行决赛阶段抽签，10月6日至11月24日进行决赛阶段比赛，11月29日由联赛第三名与中甲第13名进行升降级附加赛决定明年中甲联赛的最后一个名额。最终，哈尔滨毅腾在决赛点球击败重庆队，获得2011赛季中乙联赛冠军。两队也携手升级至2012年中国足球甲级联赛。季军福建骏豪在附加赛中点球6-5击败中甲联赛最后一名贵州智诚，也获得升级资格。