这是全宫的主体建筑。殿内供天官、地官、水官神像，又称尧、舜、禹三官大帝。三元殿东、西两侧分别是吕祖殿和鲍姑殿，后面为老君殿，殿前两侧为钟鼓楼。大殿前有石阶和天井，天井周围是客堂、斋堂、祖堂、钵堂。
馆内文物.三元宫有不少珍贵文物，包括清朝政府钦赐的“葆光励学”匾，尚可喜捐赠的大钟，康有为书法真迹及《道藏经》，但均在抗日战争和文化大革命中被毁。现存唐代的观音石刻壁像，清朝同治二年（1863年）的门联，穴位针灸石刻图，三清图及虬龙古井等。
宗教活动.每