队、或者海军省、军令部等地护航相关的佐级军官中抽调，临时任命为参谋。司令部下也并未拥有自己的舰艇及飞机，同样是临时抽调而来。新的护卫船团司令部与原有的航运指挥官制度并存，就有双方共同登舰的例子。日军首先在松号运输船队内设立护卫船团司令部，其后扩大到往西新几内亚运输的竹号运输，以及负责石油运输的等场合。采用了新护航体制的竹一船队在4月17日从上海出发，4月下旬至5月初在运输途中遭到盟军潜艇伏击，伤亡惨重。诸如此类的遇袭事件，使得护卫船团司令部没有自身部队的缺点暴露无疑，迫使日军决定成立成建制的船队护卫部队