他还是一名相当活跃的生化武器巡回演说家，经常独自驾驶飞机从平房飞至各支部，对当地细菌战装备、人员进行检查，并给其麾下数千名的医生、科学家和士兵做出一系列振奋士气的演说，也曾于1940年至1941年亲自驾机飞往中国常德市上空执行散播传染病任务。前陆军军医汤浅谦在战后曾表示：「对我们来说，石井就像神一样。那时候，我们认为他所作的一切，对我们国家赢得战争来说，都是必要的。」1942年8月，石井被撤销「731部队」部队长职务，转任「中国派遣军」第1军军医部长，其原因常为人引用的说法是石井因挥霍公帑与贿赂贪渎而被惩