主体在深南东路地下呈东西向佈置。黄贝岭站2号线与5号线部分是一个地下两层平面双岛式月台车站，总建筑面积为34,500平方米。车站采用同台换乘设计。
站厅.黄贝岭站站厅位于地下一层，中间为收费区，其中车站东部设有便利店、中国银行自动柜员机和自动售货机，北部临近B出口的位置设有卫生间。
站台.黄贝岭站站台属于双岛式站台，可实现同台换乘。地下二层北部为1、2号站台，为2号线赤湾方向、5号线落客站台；南部为3、4号站台，为8号线盐田路方向、5号线赤湾方向站台。由于2