木作雕刻以菊花代替传统的花草人物，外墙为日式清水砖墙。屋顶採西洋压檐墙法，下檐加檐墙栏桿，回廊柱头类似希腊多立克柱式造型，殿前有一六边龟甲造型水池，池中原有一尊着名匠师蒋馨雕琢的李铁拐石像，惜已被盗，目前的石像为庙方仿照之作。观音殿内有铜制天花板、十八罗汉洋式框架壁饰及日式神龛，中西日式齐聚一堂，这种合璧式建筑在1920年代颇为流行，南瑶宫不仅保留了当时的文化，也在建筑上享有地位。
后殿.南瑶宫的后殿又称大雄宝殿，或天公殿，1973年建成，是一座现代钢筋混凝土结构的三层楼建筑，