农代会后，组织上决定留孔原在南昌任江西省总工会组织部部长。南昌起义时，孔原先后在革命委员会、农工委员会的劳工科和政治保卫处工作。不久，随部队南下，离开江西。1927年11月，孔原到上海，任上海沪西区工会组织委员、上海总工会秘书。1929年3月，孔原和钱瑛及另外两人一行四人赴莫斯科学习。孔原先在莫斯科中国共产主义劳动大学学习，后来又被送去学军事。1930年秋，周恩来来到莫斯科，孔原主动要求回国。1930年10月，到武汉从事兵运工作。不久到上海，在中共中央组织部任干事、秘书。1932年初调任江苏省委组织部部