佛教在限制下仍有一定影响力。佛教各派，除了禅宗还算盛行之外，其精神日趋世俗化，宗风也随之衰落。另外如净土宗、律宗、也仅能保持典型。干隆时，曾禁止各地建立新寺院，民间出家为僧者也受限制。士大夫虽喜谈佛学，但只是谈论佛理，没有兴隆佛教的意愿。清朝为笼络内外蒙古、青海、西藏外族，优礼和尊崇藏传佛教（亦称喇嘛教），顺治八年，特于北京建造一大喇嘛庙，度喇嘛一百余人，皆内府诸旗王公属下满州人。雍正帝曾得喇嘛之助继位，之后以其潜邸改建为雍和宫大喇嘛庙，成为北京也是当时中国最大之喇嘛庙。雍正五年，又为蒙古之哲布尊丹巴唿图