与武文勇退往广南。陈文纪非常讨厌陈光耀，联合陈曰结、胡公曜等人，以归仁失守、救援无功为罪名，矫诏武文勇诛杀陈光耀。但武文勇却将诏书拿给陈光耀看，陈光耀因此以清君侧为名回师富春。陈文纪等人归罪于胡公曜，将胡公曜执送陈光耀军中，才得以自保。1801年，阮福映北伐，攻破富春。阮光缵逃往昇龙，陈文纪改名隐居民间。阮福映发现了陈文纪，派人前去邀请他出山，但陈文纪不从。阮福映迫之，陈文纪投香江自杀而死。