长陈峰男表示有意愿也有能力接手营运，然而，交通部高速铁路工程局副局长许俊逸则说，由交通部台湾铁路管理局经营是现阶段规划方向，未来不排除有其他竞争者出现，同年7月10日，交通部正式决定由台湾铁路管理局成立捷运处负责桃园国际机场捷运的营运。2008年，马英九接任中华民国总统后，针对桃园国际机场捷运的营运机构办理重新评估，2009年2月，桃园县政府正式表达经营的意愿，至此已经有台北市政府、台湾铁路管理局、桃园县政府三单位争取。2009年5月8日，交通部高铁局表示，在适法性的考量下，台湾铁路管理局正式出局，并要