次年列入全国重点学科。2000年4月27日，上海医科大学与复旦大学合并。儿科医院改为复旦大学附属，更名为复旦大学附属儿科医院。21世纪初，儿科医院在新生儿、传染病、小儿外科领域的治疗和研究已在中国和国际上颇有影响。2000年，医院还曾成功完成罕见的连体婴儿分离手术。2008年时，儿科医院已经承担了上海全市40%以上儿科诊疗量。2008年2月，儿科医院开始迁至闵行区万源路399号的新院址，7月完成主体搬迁。同时枫林路原址仅保留部分门诊业务，作为医院的分部。两处院址每日收治患者4,700人左右。复旦大学