《文化资产保存法》也规定，该法修正前公告之古蹟，其属传统聚落、古市街、遗址及其他历史文化遗蹟者，由主管机关自该法施行之日（即2005年11月1日）起六个月内依该法规定，完成重新指定、登录及公告程序。2006年5月1日，经行政院文化建设委员会公告，凤鼻头（中坑门）遗址等六处国定古蹟重新指定为国定遗址；同年6月26日，该会公告废止圆山遗址等6处国定古蹟。根据上述规定研判，目前共有国定古蹟103处。
国定古蹟.「第一级古蹟」、「省辖第二级古蹟」和「省定古蹟」现已统称「国定古蹟」。