选后「民主行动联盟」转型成两岸统合学会，多次穿梭两岸之间，推动两岸退休大使、退休将领及学者的制度性互动。2009年两岸统合学会在清华大学、中国社会科学院台湾研究所、2010年在日本的本栖寺、2011年在澳大利亚雪梨的南天寺、2012年在台北，2013年在北京举办过多次会谈。其中《台北会谈》与《北京会谈》更是红蓝绿学者专家第一次在台湾及大陆就政治议题进行面对面的公开对话。
两岸和平共处法时期.张亚中反对用公投的方式处理两岸统独的问题，分别在《新新闻》杂志以五期文章陈述其观点。张亚中认