宣佈清拆柴湾邨13座连同新厦街原有校舍，而当时又被前香港教育署以收生不足为理由对学校下了杀校令，使学校逐渐缩班之下，被迫在1999年8月搬迁到柴湾华厦街9号校舍与当时还未结校的励志会冯瑞璋纪念小学共用同一校舍和继续办学，其间，当时刚刚在柴湾创校的中华传道会刘永生中学由于校舍还没建成，曾借用华厦街9号校舍直到1999年10月。2000年，励志会冯瑞璋纪念小学停办，之后，保良局总理联谊会第一小学全面使用华厦街9号校舍渡过学校最后4年的时光。由于保良局总理联谊会第一小学在柴湾已有39年历史，当时很多家长及学生