间存在纳戈尔诺－卡拉巴赫的领土争议问题，1988年以来一直宣称亚塞拜然西南部的纳戈尔诺-卡拉巴赫（境内大多数居民为信奉基督教的亚美尼亚人）是亚美尼亚领土的一部份，并且支持当地的武装与亚塞拜然政府对抗，支持在1991年宣布独立但为未被普遍承认的国家的阿尔察赫共和国，曾在1990年代双方因此问题在边境发生军事对抗，并于2020年10月再次爆发。亚美尼亚也因为1915年奥斯曼帝国土耳其民族主义者发动的亚美尼亚种族大屠杀的历史认知问题与土耳其之间有外交上和对大屠杀事件承认问题上存在争议，但是近年亚土双方已透过元首互