因为政府的禁书院政策而一度被迫停办。后来江西巡抚凌云翼、潘季训修葺后改祀宋元明诸儒，称“豫章二十四先生祠”。书院在清朝初期恢复了当初的办学规模，招生对象不再局限于南昌府辖地，开始选拔江西各府、州、县、厅学之生员俊秀者入学。康熙五十七年(1718)年，康熙皇帝御书“章水文渊”四字门额赐予书院，其后的雍正帝、干隆帝也对书院予以了充分的重视。江西巡抚陈宏谋与郝硕则从院规与院舍两方面下了较大的功夫。正由于康雍干三位皇帝以及政府的重视，书院在清中叶发展到达顶峰：名师云集、藏书丰厚，成为当时全国闻名遐迩的大型书院之