号种子、队友的数野健太/山田和司，赢得亚军。2016年7月，井上拓斗与金子祐树出战美国羽毛球黄金大奖赛，在男双决赛以0比2（11-21、20-22）不敌赛会头号种子、丹麦的玛蒂亚斯·鲍伊/卡斯腾·摩根森，赢得亚军。同年10月，他与金子祐树出战泰国羽毛球黄金大奖赛，在男双决赛以1比2（21-17、14-21、18-21）不敌赛会2号种子、印尼的贝里·安格里亚万/利安·阿刚·萨普特拉，赢得亚军。2017年2月，井上拓斗与金子祐树出战奥地利羽毛球公开赛，在男双决赛以2比0（21-19、21-17）击败了赛