形变化大，山区雨量多而平原少，年雨量由山区的4000mm向西部沿海的1500mm递减，差异甚大，降雨的时间分布亦极不均匀，每年五月至十月为丰水期，降雨量约占全年的75%，而枯水期则仅占25%，丰枯差异大。浊水溪因含沙量大而得名，最高的含沙量记录，是淡水河的10倍，高屏溪的15倍，旱季缺水，无航运之利。依照环保署所订水质标之水中悬浮固体(砂)应为25ppm（百万分之25），而1996年（民国85年）8月1日贺伯台风侵袭期间，自强大桥测值为67,300ppm，高出标准将近三千倍。
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