、平南铁路经过南山区，其中:的车站有侨城东站（福田区与南山区之交界）、华侨城站、世界之窗站、白石洲站、高新园站、深大站、桃园站、大新站、鲤鱼门站和前海湾站的车站有侨城北站、世界之窗站、红树湾站、科苑站、后海站、登良站、海月站、湾厦站、东角头站、水湾站、海上世界站、蛇口港站和赤湾站的车站有长岭陂站、塘朗站、大学城站、西丽站、留仙洞站、前海湾站、桂湾站、前湾站、前湾公园站、妈湾站、铁路公园站、荔湾站和赤湾站的车站有西丽湖站、西丽站、茶光站、珠光站、龙井站、桃源村站和深云站的车站有深圳湾公园站