月，从成都将军特成额驻兵江卡，捕夹坝，围本肯贼寨，烧贼碉堡。四十七年十二月，擢懋功协副将。五十二年，台湾林爽文为乱，张芝元率屯练降番赴台参战。参赞海兰察等分攻大埔林、中林、大埔尾三庄，张芝元带兵策应。贼据小半天山，将军福康安等由前山进；张芝元与领队大臣普尔普领广东兵及屯练兵另为一路，夜半先登，绕大山夹攻贼军后方。黎明时，各路清军同抵山麓，攀山而上，张芝元先登，斩获无算，并堵贼军去路。未几，林爽文就擒。台湾平，擢建昌镇总兵，图形紫光阁，列前二十功臣。不久，调松潘镇总兵。廓尔喀掠西藏济咙、聂拉木，张芝元率兵破贼