流亡.1989年6月4日六四事件发生后的6月8日，北京市政府解散高自联。6月13日，北京市公安局将他列为21名高自联头头和骨干之一，位列第二位，受到通缉。他在父亲的帮助下从兰州乘坐军机经香港逃离中国大陆开始其漫长的流亡生涯。他与严家其等人共同创立“民主中国阵线”，并担任副主席。离开中国后，他曾在美国哈佛大学和圣拉斐尔市加州多明尼克大学进修。
初次访台.1991年10月15日吾尔开希带着挑战书前往立法院当面向时任民进党立法委员的谢长廷，要求进行一场公开的统独辩论。谢长廷以吾尔开希的