遇害的宫古岛民当作日本国民改葬，将本来位于双溪口河旁的54名琉球民墓改建葬在车城统埔，并立石碑，碑文上刻有「大日本琉球藩民五十四名墓」之大字，以表示琉球属于日本，也是日本人第一块在台湾所立之碑。西乡从道又嘱咐林阿九家族代为管理祭祀，每年给付年金。台湾日治时期的1925年（大正14年），事件生还者之一岛袋龟到台湾发起琉球藩民墓整修运动，并出版《牡丹社遭难民墓碑改修报告书》。翌年该墓开始整修，刻上死难者名单，于1927年完工。1978年9月，沖绳史家又吉盛清到台湾，并于次年分别于日本本土、琉球、台湾三地推动