蓝花瓶、象牙塔等许多珍贵文物。该寺左右迥廊的壁画大约四百平方米，主要为佛本生故事。寺内还珍藏着《甘珠尔》、《丹珠尔》、《宗喀巴大师文集》等佛经及着作三百多部，并有迎请自印度的舍利近百颗，供奉在佛塔内。寺内还有明末清初种植的白旃檀树。信仰藏传佛教的藏族、蒙古族、土族等民族将该寺视为佛教圣地，多来进香朝拜。该寺也是青海省最为知名的花儿盛会区之一。
建筑.据说，瞿昙寺的创建者三罗喇嘛（三丹罗追）选择此地时，罗汉山上有参天的松柏，瞿昙河畔杨柳依依，一股清泉在山间流淌。三罗喇嘛在此放下禅杖歇