他入商务印书馆工作，接替徐珂任第二任《东方杂志》主编。清朝宣统元年（1909年），他当选为江苏咨议局议员，此后奉命赴中国东北考察宪政。1911年辛亥革命爆发。1912年共和党成立，他任共和党执行书记，并任民元国会议员。民国3年（1914年），国会被袁世凯解散，孟森遂退出政界，专心研究学术。民国18年（1929年），他就聘南京中央大学历史系，主讲清史。民国20年（1931年）他被聘为北京大学历史系教授（未曾担任系主任），专门研究明清史，至七七事变为止一直讲授满洲开国史。1938年1月14日，孟森逝世。