约瑟·波拿巴（José Bonaparte）在1991年所叙述。模式种为"C. brachybuccalis"。
化石材料.科玛绘鳄的模式标本标号为MUCPv-202。
分类系统.科玛绘鳄是科玛绘鳄科演化支的名称来源。塞里诺等人的2003研究认为科玛绘鳄与小鸭鳄共同属于这个演化支，但Martinelli以及Andrade等人（2006年）的研究则认为小鸭鳄并不属于科玛绘鳄科。科玛绘鳄似乎较为接近马里利亚鳄。