外族统治期间，埃及文化为基督教、犹太教和伊斯兰教所影响。到4世纪，大部分埃及人改信基督教。535年，统治埃及的罗马皇帝查士丁尼一世下令关闭菲莱的伊西斯神庙，古埃及多神教至此正式消亡。中世纪的埃及为阿拉伯人所统治，埃及人的母语转变为阿拉伯语，发展出埃及阿拉伯语。古埃及的遗迹被视为“蒙昧时代”的遗存，而遭到穆斯林厌恨，从而受到蓄意破坏。大部分损毁行为都发生在13世纪到14世纪期间，这一时期洪灾、饥荒和瘟疫常年发生，一些穆斯林因而认为灾祸要归因于“蒙昧时代”的古埃及遗存，这些遗迹象征着对多神异教的信仰，令安拉