979年3月，任新疆维吾尔自治区农委副主任和新疆维吾尔自治区农林局党组书记等职务。1979年9月至1983年5月，任新疆维吾尔自治区人民政府副主席，主管农牧业。同时任中共新疆维吾尔自治区党委常委。1981年前夕，司马益·牙生诺夫带领中国穆斯林朝拜团到沙特阿拉伯参加为期两周的朝觐。1981年4月，任新疆维吾尔自治区农委主任。1983年5月至1988年1月，任新疆维吾尔自治区政协第五届委员会主席。1988年1月，因年龄原因，从领导岗位上退下。他是第二、三届全国人大代表，政协第五届全国委员会委员。1989年12月