18年4月20日）寅时，大天后宫发生火灾，受损严重。当时重修所需经费台湾府官方难以负荷，遂委由府城三郊主持重建。此次重修并未大幅改变外观结构，但据学者毛绍周的考据，蒋元枢时期大天后宫的正殿是在第二进的位置，可能在此次重修后将之移到第三进的位置。而据《台湾采访册》记载，当时火灾造成「中殿及后殿俱烬，神像、三代牌位荡然无存，住持僧所蓄银钱俱镕化。惟大门一列尚存。」，并提到「凡火灾烧至庙宇而止。此次专焚神像，殊甚诧异」。而对于此段记载，学者蔡相煇认为可能有暗指火苗是从僧房发出，且其原因可能是住持偷抽鸦片或生活不检