各地“开矿榷税”，此举损害了工商业集团利益，且所派税使常搜括钱财作威作福，激起多次民变。叶向高甚为关注矿税问题，他上疏举汉灵帝开西邸卖官获钱的例子以反对矿税，请求罢免激起民变的辽东税使高准。万历二十七年（1599年）叶向高结识了在南京传教的耶稣会士利玛窦。后来他进入内阁后，还曾拨冗两次会见利玛窦。万历三十八年（1610年）利玛窦去世后，叶向高十分悲痛，力主赐葬地给利玛窦神父，为此说道：“姑勿论其他，即其所译《几何原本》一书，即宜钦赐葬地矣”。万历三十二年（1604年）第二次妖书案发生，内阁大臣间的派