森出现安藤氏和据有岩手县南部至青森县东部内陆地区的南部氏对峙的局面。15世纪中期，安藤氏被南部氏攻灭，战争以南部氏的胜利告终。南部氏在15世纪继续扩大势力。但在16世纪后期，南部氏发生分裂。南部氏一族的大浦为信（后改名津轻为信）佔领了津轻地方并兴建弘前城。1590年（天正18年），丰臣秀吉承认津轻为信对津轻地区的支配权。此后青森的大部分地区分属南部氏和津轻氏。江户时代的青森仍然大部分地区分属南部氏的盛冈藩和津轻氏的弘前藩。但东南部的部分地区由和盛冈藩同属南部氏的八户藩支配，中部是弘前藩的支藩黑石藩的