府级设「卫」，一卫大致为5600人，另有千户所（1200人）和百户所（120人）之编制，每百户所设「总旗」二、「小旗」一，其中一总旗为50人、一小旗为10人。各地方的卫所军队，由所属省份的都指挥使司（都司）管辖。明代福建布政司在军事上的佈署，多出于周德兴之擘画。洪武20年（1387年），周德兴奉命来福建，便在沿海设置五个军卫，以及十座守御千户所，并为弥补陆上海防不足之处，又在近海列岛另外设置「水寨」，负责海上巡逻之任务，以「军卫所」和「水寨」建构起陆地与海洋两道防线。关于明代「水寨」，有明一代总计在