于卫生及安全理由，除了机场快线及迪士尼线之外，大部份车站均不设洗手间设施，对乘客不便。现时乘客如有需要，可向职员提出，由港铁职员带领下使用职员洗手间。相反地，前九铁的各个车站在兴建时已包括洗手间设施（不包括︰马场站），所以在2007年讨论两铁合併时，有立法会议员建议港铁在其原来路线的车站加建洗手间。相隔9年，港铁才表示在7个转线车站陆续添置洗手间，争取在2020年前完成。为协助身体不适的乘客，自2015年每逢冬季，港铁于星期一至五的繁忙时间（早上7:30至9:30及下午5:30至7:30）在九龙湾、彩虹