击事件发生后，哈梅内伊谴责袭击事件及袭击者，唿吁全世界一同谴责恐怖活动，但强烈反对动用武力入侵阿富汗。他被引述称「不论作恶者、被害者或发生的地点，对人类的大规模杀害都是大灾难，这种行径应受到谴责」。
以巴冲突.哈梅内伊坚决反对以色列及钖安主义，他在2001年作出了着名的评论：「这个癌肿瘤般的国家（以色列）应当要被切除」，「任何人都不能容忍由一帮来自伦敦、华盛顿和莫斯科的恶棍支配巴勒斯坦人」。在同一场合，他又表示「巴勒斯坦难民应该返回故乡，穆斯林、基督徒及犹太人都可为筹组政府作出决定