使其成为交大历史上最为年轻的系主任。1944年，他受陈庆云主持的中国航空建设协会之托，与丁履德等一同前往美国与加拿大考察航空建设。1945年回国后，他随交大师生迁回上海，并参与组建了临时校务委员会。1949年，出任交通大学教务长、校教授会主席。中华人民共和国成立后，曹鹤荪于1952年被调往哈尔滨军事工程学院任教，并出任科学教育部教务处处长。1960年起任院教务部副部长，1964年出任部长。文化大革命期间，他被打成“执行资产阶级办学路线的反动学术权威总代表”，受到批斗。文革结束后，他于1978年起出任国防