NA引物杂合体（如冈崎片段）的RNA部分的降解的核糖核酸酶。核糖核酸酶H可水解两个相邻RNA碱基之间的3'-磷酸键，但不能水解最后一个RNA核糖核酸与DNA的第一个脱氧核糖核酸之间的磷酸键，因此产生带5'端带一个核糖核酸的DNA链，之后由5'-3'核酸外切酶来切除。细菌、古菌和真核生物都有两类RNase H，称为H1和H2，此外少数细菌还有一类H3。