废新法，不见採纳，又出任南京留守张方平的签书判官。元丰二年（1079年）因受到兄长乌台诗案牵连，贬为筠州监理盐酒税。元丰七年（1084年）移官绩溪（今属安徽）令。元祐元年（1086年）宋哲宗即位，高太皇太后听政，司马光等当国，尽废新法，召苏辙还朝任校书郎，未至都门即任右司谏，同年二月到任，九月擢起居郎，十一月擢中书舍人。后又曾任户部侍郎、翰林学士、吏部尚书、御史中丞、尚书右丞、大中大夫守门下侍郎。此期间所上奏议今存一百五十余篇；反对文彦博等的回河之论，主张“因其旧而修其未完”，主张归还神宗所占西夏领土，