借机夺权，谢雪红被台共开除党籍。1931年6月26日于日警全岛大逮捕中（台湾共产党在此次事件覆灭瓦解），谢雪红再次被捕，以参与左派运动为由判刑13年，在狱中遭受各种酷刑。1940年4月，在关押9年后，谢雪红因肺病保释出狱。1940至1945年，谢与杨克煌共同经营 「三美堂」百货店，并受到日本警察的监视，此时期为谢一生中最沉静的时期。
国民政府治台时期.1945年二战结束，国民政府接管台湾。10月，谢雪红在台中组织「人民协会」与「农民协会」，再次积极投入政治活动，传播「台人治台」的