在东汉时期开始在南阳传播，其在南阳建立的玄妙观，与北京白云观、山西长清观和西安八仙庵一起并称为全国道教四大十方丛林。而佛教何时传入南阳已无法考证，始建于晋元帝永昌元年（322年）的弥陀寺是南阳现存佛寺中最早的建筑。另外，罗马教廷于1844年在靳岗设立的天主教南阳教区，曾长期掌管河南全省的教务，法国人安巴都为首任主教，现存有靳岗天主教堂。中华人民共和国成立后，宗教被视为迷信，宗教寺庙遭到部分破坏，宗教信仰受到限制，但在改革开放后，信仰环境有所改观，根据南阳官方2008年的统计，南阳全市有52万多人信教，其中道