生于日治台湾高雄州高雄郡旗后地区；他的父亲是一位儒学教师，他的母亲是池秋霞（1890年－1917年），他是家中第三出生的男孩。4岁时，母亲在分娩弟弟的过程中因难产过世，弟弟因此被取名为「念慈」，但也在不久后夭折。9岁时，他入当地一间公学校就读，并习得基础日语能力及现代知识；同时，他也开始对美术逐渐产生兴趣，并偶尔为当地寺庙绘制壁画。15岁时，因为私塾教育逐渐被现代教育体系取代，他的父亲决定带着他迁居祖籍地福建泉州。同年，庄五洲顺利进入厦门美术专科学校西画系就读，接受严格的系统式学院美术训练，并在师长等带领影