赛季开始前，上海申鑫引进了上海申花队队长于涛，亚洲外援澳大利亚的迈克尔·马罗内，曾获得巴乙金靴的巴甲射手凯撒等球员增强球队的实力。此外，出于上海海派文化对蓝色的热衷，上海申鑫2013赛季起的主场球衣改成蓝色以强调本土化，并将主场迁回市区，落户浦东源深体育中心体育场。2013赛季，上海申鑫在艰难中坚定前行，踏踏实实走完了回上海的第二个赛季，上海申鑫以联赛第七的成绩，力压同城中超兄弟申花和上港，成为2013赛季中超联赛上海足球版图上的第一名。2013年11月3日，中超第30轮，上海申鑫主场2-1击败天津