和司法界对猎巫运动更加积极。在迫害的巅峰期，很多不懂巫术的女人也遭人诬告罪成而被处火刑。
迫害异见者.启蒙运动之前，科学或一些另类的神学(即基督教中的异端)与天主教常发生冲突，若干科学研究或异见人士被指为异端，甚至遭到迫害。阿拉贡王国神学家米格尔·塞尔韦特参与了新教改革，后期又发展了反对三位一体论，并对加尔文进行激烈的人身攻击。虽然同时被天主教和新教宣布有罪，但最后他是被新教的日内瓦理事会以异端的名义烧死。意大利神父焦尔达诺·布鲁诺布鲁诺相信宇宙有无限个，上帝则是宇宙的灵魂。这种