他也曾在议会被杯葛时带《金刚经》到议会内读诵，此举被揭露后，议员应晓薇质问柯文哲读经心得。柯文哲接话，开始背诵经文，应晓薇也跟着接力「过去心不可得、现在心不可得、未来心不可得」，柯文哲又再接下去，两人在议场上念起经文，互别苗头。最后应晓薇送给柯文哲一本南怀瑾的着作《金刚经说甚么》。
早年生活.1977年（民国66年）以第一名的成绩毕业于新竹中学 ，国立阳明医学院医学系就读1年，1979年重考进入台湾大学医学系。台湾大学医学系毕业后，以全国第一名成绩通过医师国考，取得执业医师资格，并