对院政进行改革，并在1199年源赖朝死后对镰仓幕府持强硬态度，试图将镰仓幕府控制在自己手里。源赖家被废黜后，源千幡被上皇赐名「实朝」，立为镰仓幕府第三代将军，试图扩大朝廷在幕府的影响力。在源实朝担任将军的时期，朝廷和幕府之间的关系十分亲睦。上皇曾提出「宫将军」的构想，也就是让亲王出任将军。但实朝被暗杀后，朝廷和幕府的关系恶化，幕府拒绝了朝廷的「宫将军」构想。承久元年（1219年），内里守护源赖茂率西面武士哗变，最终被镇压。其原因，一说是赖茂试图胁迫上皇让他当上将军，另一说是要求上皇下达讨幕的院宣。包括仁