。
各机制的相对重要性.基于前述各机制的相对重要性，分子演化可以分出三大派观点。天择假说主张自然选择是分子演化的主要力量。此理论同意许多突变是中性的，但认为这些基因的频率主要受其他与之有连锁不平衡的基因上的天择影响，而不是遗传漂变。此假说也认为微弱的天择足以解释密码子偏差（Codon usage bias） 。中性假说强调突变、净化选择（purifying selection）和遗传漂变。木村资生建立的中性理论称大多数的突变是有害的，会快速被天择移除，余下的突变中，大多数则