律政司后，傅瑞宪在1939年2月获委任为香港大学替任校董，后于同年8月至12月再一次出任最高法院暂委额外按察司。在1937年，中日战争爆发，远东战云密佈，到1938年10月，广州沦陷，日军兵临香港深圳河以北，翌年9月，第二次世界大战正式爆发，时任港督罗富国爵士旋即宣佈香港进入战争状态，连串事件使香港局势日益不稳。由于傅瑞宪在港府担任要职，因此他在1940年获准从香港后备防卫队除役。当时港府正在整顿防务，并在1941年4月设立防卫司一职，曾在一战期间因杰出表现而获得军功十字勋章的傅瑞宪遂获挑选出任首任防卫司，