离职，后起用为右佥都御史，宁夏巡抚。之后改为南京大理寺卿。未赴任，改为兵部右侍郎，后改为吏部右侍郎、左侍郎。俺答汗进攻京师时，世宗命王邦瑞总督九门。兵部尚书丁汝夔下狱，命他摄官其事，兼督团营。俺答汗退兵后，他上疏请求罢免十二团营，悉归三大营，以咸宁侯仇鸾统领。王邦瑞改为兵部左侍郎，专督营务。此后担任兵部尚书。因仇鸾诬陷，王邦瑞被罢免。直至仇鸾被诛杀后，世宗重新起用王邦瑞。卒于任，赠太子少保，谥襄毅。