加入升降级制度，分为A、B两级，A级第六名直接降级，由B级第一名递补，A级第五名与B级第二名，採两场赛区制，获胜队伍取得下年度A级参赛资格。伴随着城市联赛在赛制上的变革，企业足球联赛则从2009年起停办。然而，升降级制度与属地主义并未能持续至下一届，2010年的城市联赛参赛队伍回复至县市队伍与大专队伍混合的局面。2010年8月，联发科技宣佈冠名赞助联赛，联赛全名更改为联发科技全国城市足球联赛，比赛赛事并首度在纬来电视网、爱尔达体育台、中华电信HiChannel与手机emome 3G上转播。2014年