1276年，明代以来，大量汉族军民官商移居蒙自，儒家文化也大规模进入蒙自，明清时期就有书院5座，学宫、私塾数十处，先后出文进士32人，翰林6人，武进士8人，封疆大吏4人。有尹氏“三代四翰林”的美誉。明清时期，蒙自是云南与越南贸易的枢纽。1885年，中法战争后，法国取得对越南的保护权，并开放广西龙州和云南蒙自2处通商口岸。1889年8月24日在东门外南湖畔正式成立蒙自海关。此后，云南的大部分进出口商品均在蒙自集散，每天约有5000驮至6000驮货物进出蒙自。出口物资主要是锡和鸦片，进口物资主要是棉织品和烟