期一直作到1935年，而最初学校只有15名学生。学校在这之后先后因为中法战争与乙未战争停办两次，于战后社会稳定下来之后复校，但因为学生数量增加，所以便在1901年兴建新校舍，于1903年完工。1913年，学校改名为台南神学校，后来在1940年因为太平洋战争爆发，日本政府多方干预学校，强迫要由日本人当校长，长老教会不接受，便在当年9月停校，直到战争结束的1948年才复校，并将校名改为今天的「台南神学院」。二次大战后的1952年，台南神学院得到美国金陵基金会的协助，得以扩建校舍建筑，礼拜堂即是在此时所兴