靖十五年（1536年），该寺旧址改为讲武堂。明朝嘉靖二十九年（1550年），锦衣卫都指挥使陆炳又将该寺旧址改成演射所，训练士兵骑射。后来由于演射所金鼓声嚣，影响皇宫安宁，遂把演射所迁至宣武门外的校场。该寺旧址改为演象所，训练皇家礼仪所用大象。明朝崇祯十七年（1644年），李自成率军攻破北京，崇祯帝自缢煤山，明朝覆灭。明朝工部尚书兼东阁大学士范景文在庆寿寺双塔旁边跳井殉节。清朝干隆二十九年（1764年），该寺扩建，寺东北兴建关帝庙，关帝庙旁边建了专奉明朝崇祯年间重修双塔寺碑记的庙宇，碑上记载了寺名