然致函论驳，函首称他为“仁兄”，章宗祥认为“与试者场后申论于例未合，且函首称谓直书‘仁兄’，非对于教员之礼”，将徐谦的试卷“交教务提调，注明事由，不予分数”，后经管学大臣调停，徐谦才取销前函。光绪三十三年（1907年），徐谦毕业，授翰林院编修，旋调充法部参事，主持法律编查馆，参与制订新式法律，曾参与拟订《司法制度改革条例》。光绪三十四年（1908年），任京师地方审判厅厅长，在任一年处理历年积案千余件，后升任京师高等审判厅检察长。宣统二年（1910年4月），徐谦同奉天高等审判厅厅长许世英一起赴美国华盛顿，