入东京的巢鸭监狱。
受审与处决：1946年至1948年.同盟国为审理日本战争罪犯而设置了「远东国际军事法庭」，是为「东京审判」。1946年4月29日，法庭起诉包括松井在内的28名嫌疑人，检方指控松井犯有A级战争罪行「」（通称「甲级战犯」），认为其参与了对其他国家进行侵略战争的阴谋，以及还犯有B级（通称「乙级战犯」）与C级战争罪（通称「丙级战犯」），主张其应对1937年至1938年的南京大屠杀负责，共起诉第1、第27、第29、第31、第32、第35、第36、第54和第55项罪状。在收