::奥运场馆的石棉.由于健康危害问题，石棉在许多国家日本是禁止用作建筑材料的。但在奥运会水球比赛场东京辰巳国际游泳中心的建筑材料中却被发现了石棉成分。
政治争议.
旭日旗.日本政府拒绝在奥林匹克场所禁升旭日旗的行爲被指违反奥林匹克精神，因为该旗在第二次世界大战中被日本帝国军队使用，且目前日本部份种族仇恨组织（例如在特会）也在使用，这都伤害了东亚和东南亚人民的感情。旭日旗经常同纳粹十字记号和美国同盟旗帜相提并论，这与日本帝国军队犯下的战争罪行，以及当代日本