县静冈市绀屋町出生，是家中的次男。父亲近藤壮吉是律师（当时称为「代言人」，后于大正5年病死），而母亲为近藤铃（，东京女子师范毕业、帝国女子医専舎监）则为藩士之后。在出生后成为木村家（母亲的娘家，为原鸟取藩士）的养子，并入籍木村家（因此木村的本籍为鸟取县鸟取市），但仍继续由静冈的近藤家所抚养。在旧制静冈师范学校附属小学校、静冈县立静冈中学校（毕业名次为80人中第39位）毕业后，进入海军兵学校就读并为第41期学生。于入校时名次为120名中第84位，毕业时为118人中107位。同期有草鹿龙之介、大田实、市丸利