湖南市辖区过去在令制国时代属于近江国甲贺郡，过去曾在此发展出甲贺流忍术。17世纪江户时代后分属幕府直属领、旗本、、淀藩、、、膳所藩，而在石部地区过去曾设有属于东海道五十三次的。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、宫津县、吉见县、膳所县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1889年日本实施町村制，现在的湖南市在当时分属、、、共四