大学以及多个国际组织有着密切的交流与合作，并与境外多所大学互派留学生，长期参与中美海洋生物资源合作计划，与联合国粮农组织、亚洲水产学会、国际水生生物资源管理中心等建立了长期友好合作关系。上海海洋大学在水产方面一直同国外同类大学保持交流。主要有韩国的釜山大学和日本的东北大学等，在2004年有交换学生20多人。该校在2002年同澳大利亚塔斯马尼亚大学合作创办了爱恩学院（IEN），但专业并不涉及水产学科，而是热门的IT和经济类专业。