由贸易协定和朝鲜问题以外，两国总统还首次面对面地讨论了收回战时指挥权和撤销美韩联军司令部的事宜。2007年，韩美双方达成协议美军将在2012年4月17日归还韩国战时指挥权。
对日关系.卢武铉执政期间，韩日摩擦不断。两国对日本修改历史教科书、参拜靖国神社、日军慰安妇和独岛纠纷等问题矛盾加剧。2004年7月22日，卢武铉在济州岛开导前来访问的日本首相小泉纯一郎，“历史只有一个，但韩日两国青少年所学到的东西却不同……德国同样是二战战败国，但现在同西欧和东欧国家的关系都得到了恢复……”。卢