活跃在华南战区。太平洋战争爆发后，占守号参与了马来亚战役，主要用作舰队护航及支援登陆任务。1943年12月，占守号划归第一海上护卫队，多次承担登陆舰队护航任务，总体败多胜少。期间，该舰曾和美军战机、潜艇有过多次交火记录。1944年11月25日，占守号在马尼拉湾附近海域执行反潜巡逻任务时遭美军雷击，舰首被炸飞，换装简易舰首后重返战场。战争末期，占守号编入位于本州北部下的第104战队，保卫宗谷海峡，并在北海道迎来战败。1945年8月17日至8月19日期间，占守号分批接回了居住在桦太岛的日本居民。1945年10月