944年2月，裴隆被任命为副总统及陆军部长，掌握军政大权。1945年10月9日，裴隆在军队内部的反对声中被迫辞职，并一度遭到逮捕。随即工会组织了大规模示威活动，10月17日，裴隆被释放，并成立工党（正义党前身）准备参加下届总统选举。出狱后不久他和伊娃·裴隆（即着名的裴隆夫人）结婚。在她的帮助下，裴隆在劳工和妇女团体中获得了更多的支持。
第一任总统 (1946年-1952年).1946年2月24日举行的大选中，他代表工党以56%的得票当选成为阿根廷总统。1946年6月4日，裴隆成