选为清华校长，但是遭到清华师生以反对军阀力量把持校政为由，拒绝乔万选。6月25日，乔万选企图以武力接收清华，清华学生护校纠察队率领学生阻挡，并迫使乔万选签字保证“永不任清华校长”。清华校务暂由校务会议维持，清华进入长达十至十一月的无校长时期，期间主要为叶企孙、冯友兰负责。1931年4月3日，国民政府教育部训令任命吴南轩为校长，16日到校，20日宣誓就职。后因“独揽大权、蔑视教授人格”被教育部质问，于6月请辞并断绝学校资金、暗示武力解决。学生会召开全校学生紧急大会，斥责吴南轩，成立护校委员会。教授会成立校