9月，中共数十名谍报人员被捕，其中包括王石坚。军统在调查过程中终于发现熊向晖等三人的真实身份。但此时，熊向晖人已在美国，胡宗南为求自保极力将此事压下。1948年9月获社会科学硕士学位后回国。1949年11月6日中午，熊向晖在中南海勤政殿遇到张治中、邵力子、刘斐等中国国民党原和谈代表，张治中十分惊讶：“这不是熊老弟么？你也起义了？”周恩来说：“他不是起义，是归队。”张治中说：“我早知道蒋介石在军事上、政治上都远远不是共产党的对手，今天才知道，在情报上他也远远不是共产党的对手。”毛泽东曾称赞熊向晖的地下情报