各界质疑训政的正当性，担忧被事件所影响，于是之后便发生废光绪帝的「己亥立储」事件，遭到各国反对，使慈禧对外国列强不满而仇视洋人，所有新政因此终止。维新党人中，康有为早离开北京，梁启超逃入日本使馆。其他数十人被捕，包括称为「戊戌六君子」的谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康有溥，六人于9月28日被弃市于菜市口法场。刚毅亲自监斩。徐致靖处以终身监禁（庚子之乱后得赦免）；张荫桓则流放新疆。
失败原因.
早期探究.早期的评论认为，戊戌政变的深层原因是满汉之争，慈