西哥国会拒绝，而犹加敦共和国于1846年再度宣佈独立。1847年当地马雅人发动反抗白人与麦士蒂索人的战争（Guerra de Castas）。战争初期，犹加敦共和国政府的情况非常不利，当时犹加敦共和国的领导人愿意以犹加敦的主权换取外国的军事援助，求助于西班牙、英国、和美国但都未能成功。1848年，犹加敦共和国的领导人向墨西哥求援，并且宣佈再度加入墨西哥联邦。