欧阳修、曾公亮、王安石等人的赏识。精明贤能，不畏权贵，极力推行变法，是「熙宁变法」的第二把交椅。神宗熙宁二年（1069年）与司马光展开了辩论，以汉朝的制度沿革，驳倒司马光，取得重大胜利。熙宁七年（1074年），王安石第一次罢相。吕惠卿临危受命，出任参知政事。吕惠卿在推行新法的同时，又与王安石子王雱同修《三经新义》。王安石称：「惠卿之贤，岂特今人，虽前世儒者，未易比也。学先王之道而能用者，独惠卿而已。」但他强迫百姓借贷青苖钱，又借故打击其他改革派官员。熙宁八年（1075年），邓绾等人攻击吕惠卿，吕惠卿罢政