九思获释回乡。
晚年.万历三十七年（1609年），瞿九思冤案得以昭雪，万历三十八年（1610年），瞿九思受抚按推荐，瞿九思被任命翰林待诏。瞿九思力辞不受，朝廷命令当地官府每年必须给瞿九思米六十石作终身俸，资助瞿九思着作，期间有受御史史学迁请求，前往广济龙坪镇创办江汉书院讲学。瞿九思撰《乐章》及《万历武功录》，派次子瞿罕进呈。万历四十五年（1617年）瞿九思逝世，享寿七十一岁。
轶事.
师事李时珍.潘克溥《蕲州志》、《》均有提及瞿九思师