晚年曾先后在金陵、上海、苏州等书院讲学，从事着述。同治十三年四月十三日，冯桂芬病死里第。光绪二年，入祀名宦乡贤祠。
思想.他提出“采西学、制洋器、筹国用、改科擧”的新建议，主张「以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术」，即“中体西用”，为洋务运动的拥护者。着有《校邠庐抗议》（1861年）、《显志堂集》。