也想要韩轨留下，高欢因此赞叹不已，韩轨如愿被留下继续治理。不久后韩轨便以多次军功，累进安德郡公并升为瀛州刺史。在瀛州任间，韩轨因为在州内贪污聚敛被御史弹劾，最后被削除官爵。不久以后再次被复为殷州刺史、安德郡公并晋升为中书令，于武定三年十二月顶替侯景，成为司空。就在不久后的武定四年十一月，因病卧床的高欢对高澄的指导里评价说韩轨比较固执，对他要宽容一些。武定五年正月，侯景叛乱，韩轨被派去和贺拔胜、刘丰等将一同讨伐。短短三个月后韩轨和可朱浑道元互换职位，以韩轨为司徒，可朱浑道元为司空。但是大军一直等到六月才班师回