对迫使斐迪南放弃了将这些国家完全纳入奥地利统治的做法，他在1559年承认这些国家的独立地位。1564年斐迪南一世在维也纳去世，遗体葬于布拉格圣维特大教堂。
家庭.斐迪南在1521年5月25日与匈牙利国王乌拉斯洛二世的女儿安娜·雅盖洛结婚，这桩婚姻使波希米亚与匈牙利两国成为哈布斯堡王朝领地。斐迪南夫妇的子女有：