2016年7月30日，陈肇麒于南华在香港大球场迎战意甲冠军祖云达斯的AET国际挑战盃再次取得入球，最终南华以1–2仅负祖云达斯，赛后陈肇麒兴奋到将球衣抛到看台。2016年10月24日，南华意外以2–4不敌理文流浪全失3分，赛后评论矛头直指南华看守教练列卡度换人调动失当，外借黎耀昌予理文流浪亦是重大失着，主将陈肇麒更在Facebook留下「将军借兵，兵打自己！可笑可笑」12字真言令人怀疑将帅不和。2016年10月25日，南华于官方Facebook发表声明：「经过昨晚赛事，管理层今日开会检讨，会后综合各方意见