孔教（儒教）在印度尼西亚的传播由来已久。在17世纪荷兰等西方国家入侵印尼之前，儒学便随着华人移民来到了印度尼西亚群岛。最初的儒学传统教育主要透过家庭、庙堂以及宗祠的祭祀仪式和文化教育进行。随着社会分化以及民族意识觉醒，印尼华人开始自觉维护华人文化传统，1900年成立了第一个正式的孔教组织——巴达维亚中华会馆，将孔子的学说统称为“孔教”。中华会馆领袖李金福着《华人宗教》一文，肯定宗教是文化的一个组成部分，孔子学说是华人宗教的精髓。1923年，各地孔教会代表在中爪哇梭罗市举办了第一次全国代表大会，大家一致同