遗传学.表观遗传学的甲基化包括DNA甲基化或蛋白质甲基化。
胚胎发育.在生殖细胞发育的过程中基因组进行去甲基化，而体细胞中的染色体则保留了亲本甲基化模式。此后，个体的性基因组通过生殖细胞的重新甲基化进行遗传信息的修改和添加。卵母细胞受精后形成合子，它的联合基因组进行去甲基化和重新甲基化（除了印迹基因）。通过囊胚阶段，胚胎干细胞的甲基化已完成。这种去甲基化/重新甲基化过程被称为“重新编程”。甲基化在没有DNA甲基化转移酶的基因剔除突变中尤为重要，所有生成的胚胎会在囊胚时期死亡。