山门殿，寺门北侧有约10间配房。寺中有两座面南各5间的大殿，前殿是禅堂，后殿是大雄宝殿。《禅堂四禁碑》就嵌砌在前殿禅堂的东山墙下。1949年前，该寺共有大小寺房8O多问，僧约20人，住持为妙机。如今，宝轮寺作为扬州水箱厂的厂房，尚存禅堂大殿5间已作为仓库，上下各两间的方丈楼以作为职工宿舍，其他配房和廊房共19间之中，除6间作为职工食堂外，其余均作职工宿舍。