于马里尼亚诺战役遭受挫败，也终结了瑞士历史上的英勇时代，邦联自此放弃以武力扩张领土。慈运理在瑞士北部州成功进行宗教改革，但却引发各州间的宗教冲突，并于1529年及1531年爆发两次卡珀尔战争（Wars of Kappel）。于1648年欧洲各国签定威斯特伐利亚和约，承认瑞士为一独立国家并确认其为中立国。三十年战争结束后，由于经济困难、贵族垄断政权且滥用特权，而于1653年爆发农民起义。至18世纪，天主教及新教各州的冲突仍然存在，于1656年及1712年分别发生两次维尔梅根战役（Battles of Vi