贞宗在日野富子的授意下作为将军的后见役数度抑止政元的行动。另外，细川京兆家中力主废立的丹波守护代上原元秀的暴死，使得家中对政变持消极态度的家臣佔了上风。这也可能是幕府没有彻底丧失权利的原因。
战诸侯.足利义材被废，被政元流放至越中国，于明应八年（1499年）串通延历寺僧众侵略近江国。政元察觉了义材的阴谋，命令赤泽朝经、波波伯部宗量火烧延历寺，寺内根本中堂、大讲堂、常行堂、法华堂、延命院、四王院、经藏、钟楼以及山上主要伽蓝全部被烧毁。政元乘势击破了畠山政长之子畠山尚顺，尚顺逃亡大和国