此同循道宗牧师发生纠纷。牧师威胁要把他们驱逐出教会，马歇尔的爷爷对此回答，他宁可“冒下地狱的风险也不会（支持）共和党”。这次纠纷导致马歇尔一家迁居至韦恩堡并皈依长老宗教会。马歇尔在韦恩堡念高中，于1869年毕业。父母把15岁的马歇尔送到克劳福兹维尔的瓦伯西学院接受古典教育。父亲希望儿子研习医术或成为牧师，但马歇尔对这两个方向都不感兴趣，进入瓦伯西学院时，他还没想好毕业后要从事什么职业。马歇尔在瓦伯西学院加入菲·伽玛·德尔塔（）兄弟会，参加文学和辩论社团并创立民主党俱乐部。他在校报工作，撰写政治专栏文章为