4年11月，陈水扁在高铁有8个案件正遭监察院调查时，推荐殷琪出任下届监察委员，在野党认为这是“强盗变官兵”。笃信藏传佛教的殷琪推动达赖在2009年访台，达赖基金会表示称殷琪并非主导只是单纯帮忙。 。马英九520就职南下高雄国宴，向高铁申请专车遭到婉拒，八八水灾，慈济也向高铁申请承租专列，但都未获批准；但为了达赖来台，高铁首开先例，加开一班专车载达赖南下，并派遣保全贴身保护达赖。2008年，她与中华民国前总统陈水扁互动良好，关系绵密，被媒体以亲绿人士称之。2009年9月，由于银行团不肯降息，台湾高铁亏损负