时任国家队教练米卢的大名单，参加了韩日世界杯。值得一提的是，他在小组赛第二场对阵巴西的比赛中一记突施冷箭击中门柱，险些改写历史，为中国队世界杯射入首个进球。两年后，他参加了在中国举办的亚洲杯，帮助中国队在家门口赢得亚军。2007年10月18日肇俊哲与郑智、李玮锋及肖战波共同担任国家队队长。但其后不久，他无缘国足美国集训。这是肇俊哲5年来第一次落选国家队。同时，也是因为年龄的原因，肇俊哲至此淡出国家队。2009年肇俊哲曾随辽宁队降级中甲联赛，不过依靠团队的努力成功夺冠最终重返中超。2011年9月，