幼聪颖，记忆力甚好。万历十三年（1585年）中乙酉科福建乡试举人。万历二十年（1592年）壬辰科会试第一（会元），殿试二甲第一（传胪）。授礼部主事，率先举发沈惟敬阴险狡猾，上疏弹劾兵部尚书石星误国，经略使宋应昌扶同欺蔽等罪。又奏请明神宗册立太子，并搭救于孔兼、陈泰来、顾允成等人。不久升为祠祭司郎中，督学两浙，旋即转任金衢兵备道。后升浙江按察使，治兵海上，功绩懋着。宁波人为其建生祠祭祀。升浙江右布政使，寻改左布政使。当时任内浙东旱灾，浙西水灾，洪启睿竭尽全力接济难民，并上疏朝廷，奏请免除浙江的税赋，开仓赈济灾