40年末，舰只驶入旱坞作进一步的改造。它安装了消磁线圈，并在B炮塔顶部设置了直升机起降平台。此后，科隆号一直担当Fl 282直昇机的试验台，直至1942年才结束这项任务。1941年9月，当仍搭载着Fl282型直升机进行试验期间，科隆号也为在里加湾的希乌马岛攻击苏联阵地的德国地面部队提供炮火支援，并炮击了设于的苏联阵地。该舰还加入了由战列舰提尔皮茨号、舍尔将军号、轻巡洋舰纽伦堡号以及若干驱逐舰和鱼雷艇组成的波罗的海舰队，旨在阻止苏联军舰从波罗的海东部逃离。然而，并没有任何苏联军舰尝试这样做。7月13日，苏