裂解成C5a、C5b两部份，C5b则与C6、C7、C8、C9形成所谓膜攻击复合物（membrane-attack complex），在目标细胞的细胞膜上产生孔洞。补体激活过程中还形成许多具有生物活性的补体蛋白片段，起过敏毒素（产生过敏的不良反应）或趋化因子（诱导抗体、巨噬细胞到达感染位置）的作用。补体系统的活化通常只发生在病原体的表面，但人体内仍有一群补体调节因子可以中止活化的连锁反应。防止一旦补体蛋白结合到人体细胞的表面会造成的伤害。
三种途径比较.古典途径与凝集素途径或