5年（天正3年）的长筱之战之后开始瓦解。本能寺之变之后，信浓国呈现上杉景胜、德川家康、北条氏直三强争斗的局面。1590年（天正18年），丰臣秀吉在灭亡北条氏之后将德川家康移封关东，并将直接从属于自己的大名移封信浓。关原之战后，信浓国成为德川氏的领国。在江户时代，信浓国有众多小藩割据且大名频繁交替。城下町松本和门前町善光寺町（相当于现在的长野市）是信浓在江户时代最为繁荣的城市。江户时代的信浓国经济有明显发展，内陆的地理环境使得信浓国荞麦、林业、养蚕等产业发达。但另一方面，百姓的生活水准仍难言富裕，时有一揆发生