、另外也因为拥有丰富的医学知识而受到新政府的高度评价、因此减轻对于他的处罚。（但是负责处理箱馆战争的黑田清隆以「失去这么有为的人材，是国家的损失」为由，主张不要对他进行处罚、但凌云并未接受）
箱馆战争后.箱馆战争之后、凌云回到东京开设医院。虽然新政府开出许多职位邀请他就任、但全被他拒绝，并选择担任一名医生而要将「神之家」的精神加以实践。这家医院相当成功、对于贫穷的家庭也不收任何治疗费、但另一方面，由于只有他一人，所以能处理的事情相当有限。因此也让凌云察觉到需要有个能得到其他医生帮