振羽夫妇随刘少奇从华中根据地前往延安，后进入中央党校一部，后来卷入“托派”案件中，在延安审干和“抢救”运动中被指控为托派，受到审查，吕断然否认了对他的指控，并完成自己的自传，但此次事件也影响了他完成《简明中国通史》的计划。1948年9月任东北行政学院（吉林大学前身）副校长，1950年学校更名为东北人民大学，1951年任校长。1955年5月当选为中国科学院学部委员，匡亚明任校长兼党委第一书记。7月离校，调任中国社会科学院历史研究所研究员、中央民族事务委员会委员。1980年7月17日，因心脏病病逝于北京。