物医学研究和高级医学教育。基础所拥有117名全职教授和副教授，其中包括三位中国科学院院士、三位中国工程院院士、四位专任长江学者教授，以及十位获得国家自然科学基金杰出青年科学家奖。
临床医学院.北京协和医学院临床医学学院又称为北京协和医院，採取「小而精」的培养模式，保持严格的教学水平以及培养高素质的医学生。目前协和医院有研究生600余人。自成立以来，已有超过2,000名学生毕业。目前临床医学八年制的预科在清华大学进行培养与招生。
护理学院.北京协和医学院护理