条列车行走，第一种是行走南宫崎/宫崎至青岛/油津/志方志的柴油动车组列车，另一种是在田吉站直通至宫崎机场站的电联车，这些列车大部分是特急列车。而第一种列车通常称为「日南线列车」，有关另一种列车的资料，请参考条目。另外，本线在早上和晚上都有列车直通至日丰本线的佐土原站。现时，所有普通列车都使用一人控制模式。宫崎至志布志之间的列车大约1至2小时一班、此外还有区间列车运行宫崎/南宫崎至青岛/油津/南郷。除了普通列车，还有快速列车「日南海洋号」运行下行的宫崎至志布志、上行的南郷至宫崎，每日来回一班，「日南海