月13日、三条实美等攘夷派公卿，当孝明天皇参拜神武天皇陵墓下了一道诏书（大和行幸）。大和国的天诛组举兵支持（天诛组之变）。京都政局由支持攘夷的长州藩控制了主导权、在18日萨摩藩与京都守护职的会津藩合作举行政变，使攘夷派公卿失势，长州藩被迫离开京都（八月十八日政变）。幕府大举反击，天诛组遭附近的藩领讨伐而停止活动。长州藩为首的攘夷派离开了京都、志士们继续潜伊。元治元年（1864年）6月在池田屋事件中，攘夷派志士大多数被捕获和杀死。7月被孤立的长州藩以「藩主冤罪向帝申诉」的名义出兵到京都，试图打开新的局面。