后来被称为寺，宦官的意义保存在寺人一词，官署的意义主要保存在九寺当中（后世亦在九寺之外新设一些以寺为名之官署，如元朝有武备寺等）。九卿的官署正式命名为九寺是在南北朝的北齐。汉朝灭亡后，九寺在六朝之际重要性下降，曹魏机密文书处理机关尚书台官员成为实质的宰相，魏晋南北朝时代，尚书台演化的尚书省所属各部（后来的六部）分割了九卿的权力。隋朝统一中国后，将九寺作为六部的辅助机关。唐朝制度沿袭隋制，尚书省六部实权最终确立，九寺权限多有名无实。之后，九寺只是作为一种政权延续的象征，宋、辽、金、元依然设立，明朝削减