逝世的消息传出之后，罗援在个人微博表示了哀悼。吴建民逝世后，军事评论员、前中国人民解放军空军上校戴旭在个人微博上批评吴建民“无知且傲慢无礼，心胸狭隘”，并称“多元时代，应当包容多种声音和观点，但吴却将不同意他观点的人一律归为极端”。极左派大本营乌有之乡在吴建民逝世前两个月曾发文形容其是“软体外交家”（指缺乏强硬态度）、“泛和平主义者”，称其“与周恩来等老一代外交家的能力水平、道德情操相比，相差何止十万八千里！与王毅、傅莹等新一代外交家相比，也不在一个档次上。”