漫画。
内容简介.某天早上，碇真嗣偶然间撞到了围绕着众多谜团的神秘转学生绫波零……纠缠在真嗣、绫波、以及青梅竹马明日香三人之间的情愫将会如何发展？
漫画.负责作画的是林ふみの。《月刊Asuka》（角川书店）从2003年10月号连载至2005年11月号。单行本全6卷。台湾角川书店以《新世纪福音战士 钢铁的Girl Friend 2nd》之名发行中文版。第1至4卷为第一部，游戏的故事到这里就结束了。第5卷为第二部，描绘源堂与碇唯的中学生时代的完全原创的故事