被削籍。崇祯元年（1628年）复起为尚宝司卿，寻丁外艰，庐墓三年。崇祯七年甲戌发生民变，焚掠巨室，独不与而因靖乱，抚按表荐之，起南玺卿。孔炤精通医学、地理、军事。崇祯十一年，官至右佥都御史，巡抚湖广，剿寇九战八捷。因与杨嗣昌不合，以香油坪之败，遂下大理寺狱。后得减罪，仅戍绍兴。不久召入陛见，任河北屯抚。甲申明亡后归隐白鹿山，读书着述。清顺治十二年（1655年）卒，葬枞阳横埠合明山，门人称之为贞述先生。着有《全边略记》、《周易时论》等。其中《全边略记》第十二卷卷末附《大明神势图》。有子方以智，崇祯十三年庚