公元2005年）因为市府用地关系，临水夫人妈神像被迫迁出庙，暂奉屏东民居内，之后暂居哨船街80巷6号的顺天圣母行宫。于民国98年（公元2009年）2月在通山路动工兴建新的临水宫，于同年12月入火安座。
祀神.旗津临水宫主祀临水夫人陈靖姑（顺天圣母），配祀王大太保、杨二太保、医师妈、高元帅、邓元帅、註生娘娘和福德正神