（1644年）甲申之变时，郭都贤一度绝食，但没死，史可法在扬州开府抗清，要封郭都贤，郭都贤不答应。清顺治三年（1646年）出家，入桃江浮邱观为道士，一说为僧。组织了浮邱山“三千道士下洞庭”的抗清活动，即「洞庭举事案」。桂王在肇庆即位，是为永历帝，以兵部尚书一职召郭都贤，而郭都贤已出家。洪承畴降清后，至桃江拜望郭都贤，欲以厚报。洪承畴餽赠金钱给郭都贤，郭都贤不接受，又说要奏请顺治帝，封郭都贤之子为监军，郭都贤又谢绝。都贤把眼睛瞇起，假装自己失明，故作眼病之状。洪承畴讶异问“何时得眼疾？”，郭都贤说：“