参与攻佔大津城，龟井兹矩先是劝降了与他同是西军的竹田城主斋村政广，后在西军战败后，联合斋村政广攻击鸟取城，逼得宫部长熙开城投降，但攻城时採用的烧讨战数大大扰民，在战后引起德川家康不快，由于此法是斋村政广提议，遂由他担下罪责被要求自尽，而龟井兹矩因功加封因幡国高草郡至三万八千石，为鹿野藩初祖。龟井兹矩在经营领地方面颇有手腕，在在气多郡日光池和高草郡湖山池，进行围湖造田，增加农地，并在千代川左岸建设专用灌溉的大井，着手桑、楮等树林育成，政绩颇丰，当地居民留有龟井堤、龟井笠、龟井踊等名称纪念他。而在内政之外，