进攻淮南时，寿昌召集同乡子弟，授以兵法，筑寨自保。同治初年，率师随李鸿章东征，转战苏、松间，由知县晋知府。随潘鼎新攻浙江，克乍浦，代行乍浦同知事务，又随攻克嘉兴，晋为道员。随即进攻湖州，在晟舍镇大战，立功获胜，加按察使衔。同治六年（1867年），率师从刘铭传围剿捻军，在黄安、邓州败敌，捻军向沭阳南撤，寿昌率军冒雨追剿捻军将领任化邦部，并斩化邦于赣榆城下。诏以道员简放，加布政使衔。又战潍县，擒获捻军将领李芸等，朝廷赠“西林巴图鲁”勇号，记名按察使。同治八年（1869年），天津教案爆发，寿昌奉命率领四千人驰