备大将，与蜂须贺正胜、前野长康一起担任退兵的工作。天正元年（1573年），兄长藤吉郎因为讨伐浅井氏灭亡的功劳成为长滨城城主，并改名为与羽柴秀吉。一般认为，小一郎本身也有担任城代，而他也从此时开始也使用了秀长这个正式名字。而这名字应该是取自织田家家臣丹羽长秀的名字，在当时，秀吉不被织田家其他家臣看好，就只有丹羽站在秀吉这一方。数年后，秀长的得力助手藤堂高虎出仕，之后藤堂高虎也侍奉秀长的养嗣子秀保，直到秀保去世。天正2年（1574年），秀吉前往讨伐越前国一向一揆，秀长以兄长秀吉的代理身分出征长岛一向一揆