高宗废除门下侍郎、中书侍郎、尚书左丞、尚书右丞的名目，以尚书左仆射同中书门下平章事、尚书右仆射同中书门下平章事，作为宰相；参知政事作为副相。宋孝宗干道七年（1171年）尚书左仆射改为左丞相，尚书右仆射改为右丞相、丞相兼枢密使成为常例。殿阁大学士，除了北宋原有的观文殿、资政殿、端明殿、龙图阁，新设敷文阁、焕章阁、华文阁、宝谟阁、宝章阁、显文阁。南宋初年，谏院不隶属于中书省门下省两省。礼部尚书不常设，户部侍郎、礼部侍郎各二人。南宋将九寺（太常寺、光禄寺、鸿胪寺、卫尉寺、太仆寺、宗正寺、大理寺、司农寺、太府寺