源的最严格指标，因此是共同祖先的最清晰的指标。使用序列比对方法评估一组序列之间的相似性的重要性存在相当完善的框架。不共享共同祖先的蛋白质不太可能显示统计学上显着的序列相似性，使序列比对成为识别蛋白质家族成员的有力工具。有时候，家族有时被分组成更大的演化支称为蛋白质超家族，基于结构和机械相似性，即使没有可识别的序列同源性。目前，已经定义了超过60,000个蛋白质家族，尽管在“蛋白质家族”定义中的歧义导致不同的研究人员在得到的蛋白质家族总数上有数量的变化。
术语和用法.与许多生