禁止使用滴滴涕。褐鹈鹕与红嘴鹈鹕一同受到《候鸟协定法案》（Migratory Bird Treaty Act）的保护。世界自然保护联盟自1988年起将褐鹈鹕列为无危。现时估计它们的数量约有65万只。2010年墨西哥湾漏油事件威胁着路易斯安那州的褐鹈鹕亚种。