期间摩连奴成功打破巴塞罗那的垄断重夺西甲和创下不少纪录，但由于他与队长卡西利亚斯不和，把后者贬到替补席上，再加上队内的西班牙和葡萄牙球员分化，令球队出现内部分裂。种种因素令摩连奴在马德里的生活并不愉快，2012/13赛季联赛和国王杯分别败给巴塞罗那和马德里竞技，两夺亚军，欧冠盃方面则在四强败给多特蒙德，连续三年止步四强。终于在2013年5月21日，穆里尼奥离开了皇家马德里。
重回切尔西.离开皇家马德里后，切尔西于英国时间2013年6月3日官方网站正式宣布，穆里尼奥与其签下为期4年的