当时，河田末吉与戴运轨一同进行计数器之组合与X射线晶体分析研究，内藤实也在此时自中国战场返日，继续跟随河田末吉进行研究。另外，河田末吉亦与内藤实和林家仁助教共同规划大一普物实验课程之内容。然而，由于1947年二二八事件的发生，在台日籍学者遭当时的台湾省政府全数遣返，河田末吉等人亦在遣返名单之中。该年4月，河田末吉等大批日籍教授被集中于基隆的集中营等待船只接驳，并于10日后在台湾大学数十名师生的送别之下，搭乘经青岛、上海等地返回日本。
晚年.河田末吉受二二八事件影响，于1947年