趋平静的两岸关系转为紧张，台独运动主要的抗争对象遂转化为海崃对岸的中国共产党政权及中国国民党保守派。
现今.2000年中华民国总统选举，主张台湾独立的民主进步党人、前台北市市长陈水扁以39.3%得票率当选中华民国总统，成功实现政党轮替，主张台独、成立仅13年的民进党首次取得执政权，使台独运动进入一个新的里程，虽然他曾公开宣布「四不一没有」，但他其后曾提出许多新的方案，包含一中一台，一边一国，四阶段论等主张法理台湾独立，并主张台湾前途应由台湾人民决定，中国大陆政府强烈反对。200