所管理的幕府直属领先后改由大津裁判所、大津县、度会县管辖；1871年实施废藩置县后，其余原本属于各藩的区域则改隶属龟山县、津县及久居县，直到1872年第一次府县整併后铃鹿郡内的区域才全数划入安浓津县，三个月后安津浓县更名为三重县。同时由于关西铁道及参宫线两条铁路的开通，位于两条铁路交会的龟山也因此开始繁荣。1889年日本实施町村制，原先的龟山城下的地区设立为，同时现在的龟山市辖区在当时还包括其他的、、、、、、、、、共十个行政区划；1908年龟山町先与东侧的槇尾村合併，1954年再与位于现今辖区东半部