汗国原为铁木真次子察合台的封地。初领有西辽旧地，包括天山南、北路与裕勒都斯河和玛纳斯河流域及今日阿姆河、锡尔河之间的中亚河中地区（最强时由阿尔泰山至咸海）。初时建都于阿力麻里附近的虎牙思（固尔札），即今日中华人民共和国新疆霍城县水定镇西北。察合台汗国君主都哇与窝阔台汗国君主海都联合，屡与元朝军队争战，终忽必烈一朝未断，并一度攻占漠北哈拉和林。至公元1304年始与海都子察八儿与元成宗讲和。
清朝时期.清高宗干隆二十二年（1757年）平定准噶尔蒙古后，吉尔吉斯人被清朝统治。向清朝纳贡的