所有因时间不足或其他未能满足化石化的条件而形成的生物残骸，例如：骨块、巢穴或排泄物。常见于数千年前的生物出土物，存在于岩洞或其他遮蔽物。来自中生代的亚化石十分罕见，通常都已高度腐化，所以争议比较大。保持不变的，绝大部分来自于第四纪的沉积物，计有：摇蚊科幼虫的头颅、介形虫的甲壳、硅藻和有孔虫。亚化石相对于化石的重要性在于：亚化石未完全钙化，仍然保存有原来生物的有机物质，使之可以透过放射性碳定年法来检测其年代，又或可从中抽取出DNA、蛋白质或其他生物化合物来测序。