元恒芝奉命带兵征讨，散骑常侍兼尚书常景接收诏令前往宣读旨意慰劳元恒芝。孝昌二年六月丙子（526年7月3日），卫大将军、西道都督元恒芝加号车骑大将军、仪同三司。孝昌三年（527年）正月，北魏由于兵将疲惫，萧宝夤和元恒芝在泾州大败。元恒芝从渭河以北东渡黄河，杨椿派遣使者追赶元恒芝，没能追上。建义元年四月庚子（528年5月17日），仪同三司元恒芝在河阴之变中遇害，朝廷赠予太傅、司徒公，谥号宣穆公。