继续清查政府各项支出报帐，后续多位民代因利用公款上酒店再以假发票报帐而入狱，如颜清标、张清堂等人。2012年起，检方发现国立大学院校的教授申请国科会计划以假发票报帐，估计有一千多位教授涉案，有700位教授及研究人员遭约谈、起诉，被称为大专院校教授涉挪用国科会补助款弊案。2011年5月，立法院通过会计法修正案，将政府首长特别费事件中以假发票报帐的行为除罪化，但没有涵盖民意代表及大学教授。2013年5月，立法院再度通过会计法修正案，将民意代表以假发票报帐行为除罪化，并溯及既往。此修正案随即引发争议，