台南府粮捕海防通判约统管步兵12营、砲兵2营、海军1营，人数达5000人以上。甲午战争末期的1895年3月20日，来自日本广岛混成支队的5500名日本军队登陆澎湖，并于两天后3月22日完全控制澎湖全岛。也因台湾战略重镇澎湖的佔领事实，让几乎确定可攻下台湾的日军于两天后的3月24日签下了割让台湾的马关条约，并随后展开了长达五十年的台湾日治时期。至此，该通判官职也随着清治时期结束而裁撤。然而驻守澎湖；末任的台南府粮捕海防通判陈步梯也因为两天内失守澎湖的严重失责，于1895年6月被闽浙总督边宝泉逮捕审