原定收取12元，比城门隧道贵7元。民间监管公共事业联委会批评新干线收费过高，只顾收回成本，无法疏导狮子山隧道挤塞，恐怕会重演三条海底隧道流量不平均的局面。但到2008年1月中，却有不少报章报导运输及房屋局考虑改为把收费定于任何车辆都只需8元的水平，跟狮子山隧道一致。该建议普遍较受欢迎，认为有助吸引司机使用，分流沙田往九龙的车辆。2008年1月22日，行政会议通过青沙管制区划一收费8元。直到2014年即通车后6年，尖山隧道车流量虽然比通车初期已增长不少，但只及狮子山隧道的一半，平均每天约47000架次。此