阀达成协议，为让督理山东军务的皖系郑士琦阻止直系沿津浦路北上，同意请段祺瑞入主北京，任中华民国执政。孙中山入京后即生病，1925年3月12日病逝于北京。段祺瑞继续主持善后会议，会后成立临时参政院，行使国会职能，其后解散中华民国第一届国会，并正式废除中华民国临时约法。1925年11月冯玉祥策动郭松龄叛奉，郭失败，奉军入关。1926年4月9日冯玉祥驱逐段祺瑞，随即被奉系击败，撤出北京，在南口大战中坚持了3月，后撤回至西北偏僻地区。