背叛后北条氏，及至丰臣秀吉发动小田原征伐时，多贺谷氏亦协助丰臣氏消灭旧主后北条氏。虽然下妻城在整个战国时代未曾被其他势力攻佔，但是由于多贺谷氏在关原之战时属于战败的西军一员，因而被胜者德川氏没收所有领地，下妻城亦随之拆毁。进入江户时代后，水户松平家和等亲藩大名或谱代大名均先后入主，但是始终没有重建下妻城。
概要.城池建于在15世纪中期，分为东西两馆。作为本丸的东馆是二廓的简单结构。随着多贺谷氏的势力逐渐增强，城池范围亦向北边不断伸延，在多贺谷氏第7代的的时期（16世纪末期至17世纪