昌照任国民政府外交部秘书。数月后，钱昌照及黄郛均离开外交部。1929年，钱昌照任国民政府文官处简任秘书，负责处理经济、教育、外交方面文件。1931年（民国20年）6月，任国民政府教育部常务次长。1931年，国立清华大学发生学生与教授抵制中国国民党CC派吴南轩出任校长的风潮，蒋介石表示要严惩为首的学生，派钱昌照赴北平查办。钱昌照经过调查，向蒋介石发出电报说明情况，并且主张吴南轩辞去清华大学校长职务，另寻新人选接替。蒋介石复电同意。钱昌照遂聘翁文灏任清华大学校长，受到清华大学教授与学生欢迎。1931年九一八事变