下令不再问罪于王敦一众官属，又分别以应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，重整各州形势，消除王敦以王氏宗族各领诸州以凌弱帝室的失衡情形。太宁三年闰八月戊子（325年10月18日），司马绍病逝于东堂，年仅二十七岁。葬于武平陵，庙号肃祖。
学术考证.因王敦曾称唿晋明帝为：「黄须鲜卑奴」，黄须为西部鲜卑人常有特征，陈寅恪认为其母出身燕代，此地多有鲜卑人，晋明帝可能因此有鲜卑血统。