开始，《建筑学报》停刊，郑孝燮被停止工作，并受到一些不公正的对待，多年收集的研究资料有不少被毁。1969年，又被下放到河南焦作五七干校。在艰苦的环境下，郑孝燮丝毫没有动摇爱国主义的信念，期待着恢复城市规划工作。1971年至1973年，郑孝燮任中国建筑科学研究院建筑师。1973年至1980年，任中国城市建设研究所顾问。1980年起，历任国家城市建设总局城市规划局、中华人民共和国城乡建设环境保护部城市规划局、中华人民共和国建设部城市规划司技术顾问，中国城市规划设计研究院高级技术顾问，中国城市规划学会理事长，