寺正式立寺之始。道光十二年（1832年）张丙之役，碧云寺惨遭焚燬，神像一度避难番社，于理事后应有重建之举，惜史文缺载。嗣后乙未战争，时当地居民，义不帝日，有林添丁、黄玉麟等人，号召同志，据碧云寺抗日，惜寡不敌众，不仅战败四散，寺宇也被焚毁而荒芜。明治三十七年（1904年）与明治三十九年（1906年）两次大地震，寺庙又遭浩劫，大半倒塌残破。适大仙寺与碧云寺频生庙产之争，纠纷不停，遂由白河庄长林占春出面调解，昭和六年（1931年）分寺拆产，各自独立，另由番社庄长陈按察等人管理。