汗率大军经临洮进占西宁州，并在河州（今临夏县）设置元帅府，当时牧区推行土司制度。这时，在蒙古帝国的支持下，藏传佛教在青海逐渐盛行起来，并建立了许多寺院。元朝时期，青海大部归吐蕃等处宣慰司都元帅府管辖，隶属于宣政院。青海蒙古族在明代由新疆迁来，其首领顾实汗，牧于青海湖周围、柴达木盆地及黄河河曲一带，势颇强盛。17世纪，顾实汗控制青海，对西藏也有强大的影响。清朝政府派员册封顾实汗为遵行文义敏慧顾实汗，使顾实汗在青、藏的统治地位强化。清雍正帝平息顾实之孙和硕亲王罗布藏丹津后，改西宁卫为府，设西宁县、碾伯县和大