尔后的「皇民化运动」，更强迫台湾百姓放弃传统信仰、改信神道教，参拜神社，斋教再度受到打击。
中华民国时期.1945年二次大战结束后，中国正信佛教僧侣陆续来台佈道。1949年国民政府败退，也带来不少中国佛教僧团，台湾佛教界遂由中国佛教会接掌，不少沙门对斋教的信仰形式多所批判，认为神佛不分，斥《五部六册》为伪经，乃附佛外道不足取。迫于时势潮流，斋堂或自主转型成佛堂，不少神职人员菜公、菜姑也选择落发出家。时至今日，斋教传统渐失，并与佛教的界线渐趋模煳，「空门化」现象已十分普遍。Sec