岁的那年，南衮就以一个生员的身份在别试文科乙科的考试中取得了优异的成绩。不久，南衮受到了名臣金铨、申用溉等人的提拔进入了弘文馆工作，并在殿廷考试中取得了第一名的成绩。当时的实权者仁粹大妃相当赏识南衮，但甲子士祸，南衮被流配到了边疆，中宗反正时回到了朝廷。中宗反正后南衮为反正功臣所赏识，被封为嘉善大夫。在后来的十多年里，南衮的仕途几乎是一帆风顺，在出任了大司宪之后，又得到了士林派推崇前辈郑光弼的举荐，当上了知中枢府事。1519年发生的“己卯士祸”南衮和沈贞联合洪景舟驱除以赵光祖为首士林派的势力，后又赶走政