舟与新政府代表西乡隆盛达成协议：以国家为重，一致对外。1868年5月3日，江户不流血和平开城，幕府至此正式瓦解。不过在日本东北地区，以会津藩为首组成的奥羽越列藩同盟，仍然继续反对新政府。由于新政府军掌握军力优势，叛乱于同年11月即被平定。旧幕府海军将领榎本武扬率八艘军舰和幕府残兵至北海道，并在1869年1月建立“虾夷共和国”。同年6月，在新政府军的进攻下，榎本武扬投降。因战争开始的1868年干支为戊辰年，而被称为“戊辰战争”的内战至此结束。
五条御誓文.五条御誓文是日本明治天皇于庆