国政策的新政府相当害怕彦斋会提出攘夷的建议。而且彦斋回到熊本后也被怀疑和二卿事件有关（意图推翻明治政府的事件），然后他又被怀疑是暗杀参议员广泽真臣以及大村益次郎的兇手，于是先被熊本藩逮捕并且送到江户，之后于明治4年12月4日（1872年1月13日在日本桥小传马町遭到斩首。但是前述的暗杀事件和彦斋并无关系，所以一般认为是因为彦斋不遵守明治政府的政策方针，被视为是危险的攘夷论份子而因此被杀，但也有这是熊本藩为了要压制彦斋等勤皇份子而陷害他的说法。彦斋的辞世之歌为其戒名为『应观法性居士』。坟墓在池上本门寺