在九龙和沙田间兴建笔架山隧道隧道取代旧有的烟墩山隧道。除大学站和大埔墟站之间的大埔滘隧道（原来隧道成为南行线，并在其稍南位置加建北行线隧道）外，沿线其他隧道均被夷平以容纳双轨铁路。而同时亦兴建九龙塘站，以便作为连接1979年通车的地下铁路（后称地铁）的转车站。所有的车站均需要重建或迁移，以配合现代化及电气化计划需要。另外，为了筹募资金作电气化双轨工程，九铁亦参考地铁上盖开发的经验，于1979年以「实益拥有权出让」方式，批出何东楼车厂南厂上盖发展权（即银禧花园）。而所有改造工程分段于1982年及1983年完成