战时.内战之始，科晓是南卡罗来纳州第二步兵团的指挥，参与了第一次牛奔河之役。很快就晋升为准将，效力李将军之北维吉尼亚军团麾下的隆史崔特之第一兵团。其后他又参与了半岛会战、北维吉尼亚会战和 马里兰会战。在1862年的弗雷德里克斯堡之役中，科晓率领部下驻守玛莉高地，打退了联邦军的最后两次攻势。盖茨堡之役败北，西部战场更是不断失利，科晓的军旅跟随隆史崔特到达奇克莫加作战，并取得胜利。随后返回维吉尼亚州，参与了莽原之役、史波特斯凡尼亚郡府之役、北安娜之役、冷港之役、雪伦多亚会战等