636年，清朝入侵朝鲜（丙子胡乱），沈器远被任命为留都大将、诸道都元帅，负责防御汉阳都城和南汉山城。后因战败而罢免官职。1640年，再次被起用为护卫大将、南汉山城守御使。1641年，任兵曹判书，判义禁府事。1642年任议政府右议政，翌年任左议政，封青原府院君。1644年，沈器远与权澺、李一元、郑蘅、李之龙、李绻、安五伦、蔡门亨、金硕男、金潗、金屹、申诇等人，阴谋推翻仁祖，拥戴怀恩君李德仁为王。黄瀷、李元老等人向仁祖告发，事败，被逮捕，凌迟处死，家产、土地被没收，赐黄瀷、李元老等人。