韶请求朝廷，将曲阜县城改建在阙里，以保护孔庙（宋真宗将曲阜县城建在少昊陵、寿丘一带，称为仙源县，即今曲阜市书院街道旧县村）。次年七月，开始在阙里建筑新县城。明世宗嘉靖二十五年（1546年）二月十一卯时，孔闻韶去世，享寿六十五岁；由长子孔贞干承袭衍圣公。吏部尚书、谨身殿大学士严嵩为他写墓志铭。