989年10月展开合作，着手展开对台南都会区大众捷运系统的规画，并于隔年7月完成「台南都会区大众捷运系统可行性研究」。交通部运输研究所与国立成功大学所完成的「台南都会区大众捷运系统可行性研究」中，评估台南都会区的内生报酬率偏低，然而基于当时仍于规画中之台湾高铁预计将于2000年通车营运，基于路网连接上的考量，认为台南都会区仍有兴建捷运的需求。在研究阶段中，交通部运输研究所提出四个路网方案、一个长期路网方案，分别为由黄线1及黄线2及绿线所组成，高架段长12.9公里、地下段长17.1公里，全路网30公里长、