蛋白质纯化是指将一种或几种蛋白质从复杂的混合物（通常是细胞、组织或整个器官）中分离的一系列过程。对于表征蛋白质功能、结构和相互作用来说，蛋白质纯化是十分重要的一步。蛋白质纯化过程能够分离混合物的蛋白质和非蛋白质部分，最后将所需蛋白质与所有其他蛋白质分离。将一种蛋白质与其他蛋白质分离通常是蛋白质纯化中最费力的方面。分离步骤通常利用蛋白质大小，物理化学性质，结合亲和力和生物活性的差异。纯化结果可称为蛋白质分离物。
目的.蛋白质纯化可以用于蛋白质制备或者分析。制备性纯化目的是获得相对大量