洪武十七年（1384年），黄河发大水，淹没古灵州城（今吴忠市古城镇），“城凡三徙”，最后于宣德三年（1428年）迁至今灵武市市区，明朱栴称为“今之新城”，即新灵州城。弘治十三年（1500年）九月，复置灵州，直隶陕西布政司，是为灵州直隶州。清朝雍正三年属宁夏府，为不辖县的散州。1913年，灵州改为灵武县。