京师，欲任命他官职。尚书省上奏：“摠主先圣祀事，若加任使，守奉有阙。”金世宗于是授他曲阜县令。孔摠修筑城墙，平反冤狱，颇有政绩，擢升为奉直大夫。金章宗明昌元年（1190年），孔摠卒，享年五十三岁。赠正奉大夫。埋葬在曲阜孔林孔子墓西南侧。子孔元措、孔元綋（孔浈的祖父）。