福音医院、苏州博习医院任职。1932年9月赴英国利物浦专修热带病学，获博士学位。1933年9月回到中国，在苏州博习医院任职。1938年2月后，在昆明国民党政府陆军医院任职。1941年7月后，自设诊所行医。亦曾在瑞丽雷允飞机制造厂职工医院任职。1946年赴印度加尔各答讲学。中华人民共和国成立后在中国人民解放军昆明总医院任职，曾担任副院长。被选为云南省政协第一届委员，第二、三届常务委员会委员，云南省第二、三届人大代表，中华医学会云南分会理事，中国防痨协会云南分会理事。1969年5月12日，孙建毅在文化大革命