莫斯实验室（由罗伯特·奥本海默一手主导）、汉福德区和橡树岭。汉福德和橡树岭的研究所是由私有企业运营的，而洛斯阿拉莫斯实验室由一所公立学校（加州大学）运营。这种由政府出资，私有企业或研究型大学承担科研任务的经营方式，在美国国内的其他地方也大获成功，例如芝加哥大学的核反应堆研究——各项研究的成功最后促成了阿贡国家实验室的建立。战后，美国原子能委员会接管了这些战时临时建立的实验室，并将它们转为永久的实验室，即国家实验室。各个国家实验室都从政府获得了资金和基础设施的保障，能够进行特定领域或是基础科学的研究，特别