年1月29日），北里柴三郎出生肥后国北里村（今熊本县阿苏郡小国町）世代相传的庄园的家中。庆应二年（1866年）北里柴三郎来到熊本，进入田中司马（儒者、医学）的补习班。明治二年（1869年）12月，北里柴三郎进入熊本藩的藩校时习馆，开始刻苦钻研学问和武艺。明治四年（1871年）2月，进入熊本的古城医学所医院就学。兰医康斯坦·盖尔古·爱好者·曼斯菲尔特师事。明治八年（1875年）4月，22岁的北里柴三郎进入东京医学院（1877年改名为东京大学医学部）就读。明治十六年（1883年）4月松尾臣善（第6代日银总裁