应仁之乱中病死的父亲胜元，成为细川家家督，时年八岁。就任丹波、摄津、土佐守护。由于年龄尚幼，暂时受细川分家典厩家当主细川政国的辅佐。文明六年（1474年），细川家与山名家达成和解，结束了应仁之乱。文明十年（1478年）七月，元服，时年十三岁。被赐予足利义政的偏讳，改名政元。文明十四年（1482年），政元与管领畠山政长联合讨伐畠山义就。但政元以河内十七箇所爲代价换回了义就佔领的摄津欠郡后便退回了京都。延德元年（1489年），将军足利义尚在讨伐近江国大名六角高赖途中病逝，政元推举堀越公方足利政知之子香严