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三次人大释法.全国人民代表大会常务委员会曾先后三次对《香港基本法》作出解释，其中发生在董建华任内1999年的第一次释法由特区政府主动提请。社会舆论对人大释法意见不一。泛民主派及法律界人士（主要是大律师公会）批评人大释法破坏法治，损害香港司法独立。而内地官员及亲北京阵营则认同释法有助釐清争议。
辞职.董建华连任以来，政府推出多项政策引发争议。2004年2月，政府把私人参建的原居屋项目红湾半岛以低补地价卖断予发展商新创建集团，事件使政府招来官商勾结的指控