紧密结合的酶，但其他代谢途径可能涉及更难以在细胞外研究的松散相关的复合体。 因此，这些复合体在新陈代谢中的重要性一般尚不清楚。
蛋白质隔室.一些蛋白质复合物含有大的中心腔，与细胞质基质的其余部分分离。 这种封闭隔室的一个例子是蛋白酶体。 这里，一组亚基形成含有降解胞质蛋白的蛋白酶的空心桶。 如果它们与胞质溶胶的其余部分自由混合，这些将是被损害的，因此桶被一组调节蛋白封顶，所述调节蛋白识别具有指导它们降解的信号的蛋白质（一种泛素标签）并将它们进料到蛋白水解腔体中。另一大类蛋白质区