连接远端的伺服器或桥接器并管理。连接使用了SSL，管理指令则用RPC在SSL上传输。
VPN命令行管理实用工具.vpncmd是个自订介面管理工具，用在伺服器、各户端和桥接器上。它可以在所有支援的作业系统上执行。当有使用者无法用Wine执行微软或Linux时，它可以转换到vpncmd来管理VPN。vpncmd也很适合用来执行批量操作，例如在虚拟集线器上创建好几个使用者，或在伺服器上创建好几个虚拟集线器。
架构.SoftEther VPN某些部分的架构有别一般