，1989年辞职，其后他渡过了政治生涯上的低潮。但他的政治对手都低估了他的强韧，使他在1995年再次成为自由党的领导人，并于1996年3月在联邦议员大选中击败基廷，结束工党长达十三年执政，他出任联邦总理大臣；期间除了因国会议事或公务处理之需而居于在坎培拉的总理官邸，否则他住于雪梨的时间居多。1998年大选他差点下台，联盟而微弱差距胜出，但总得票少于工党。2001年9月11日，九一一事件发生的当时，霍华德正在美国华盛顿访问，亲身经历了事件的全程。随后，在2001年大选中，受惠于九一一事件及反恐战争，他质疑工党