院长的蔡英文明显违反当时行政院长苏贞昌的原签指示，「违背职务的情状，相当显着」。蔡英文办公室则表示「监察院刻意曲解并略去后续签呈，诬指蔡英文违背职务「迳予核准」云云，隐藏事实、罗织无辜」。
民事诉讼.2011年12月2012年中华民国总统选举期间，前国民党立法委员邱毅等人，指控蔡英文违反政务官的旋转门条款，不当获取暴利，蔡英文本人否认。时任经建会主委刘忆如和国民党立法委员林益世拿出一份日期标注为「2007年3月31日」的投资说明书，指控蔡英文在行政院副院长任内，就已列名TaiMed