担任副召集人专案总干事。2000年12月12日，魏耀干因为理念与民进党不合，宣布退党自行参选台南县县长，与民进党立委苏焕智同台竞争，自喻「打苏急先锋」；选举结果，苏焕智当选，魏耀干以最低票落选淡出政坛。2006年，魏耀干参加百万人民倒扁运动，担任百万人民倒扁运动总部总干事。2007年，魏耀干被红党提名为不分区立委候选人，未能当选。2011年4月24日，台南市七股溪刘厝大排沿线居民成立「刘厝大排自救会」，推举魏耀干为会长。2011年4月25日，魏耀干否认自己