为县城的位置太靠近内山，县治西移至斗六门，之后进入日治时期后，「云林」自1897年6月后不再作为行政区名，直到民国时期的1950年8月才重新设置云林县，但作为县名由来的云林坪则被划归为今天的南投县竹山镇云林里，使得「云林」不在云林县境内。根据连雅堂台湾通史所云：「云林县始于建省之时，则为抚垦之计尔，先是光绪十三年，划嘉义以北之地，经营新邑，择治于林圯埔（今竹山镇）之云林坪（今竹山镇云林里）。故为云林县。」故可知于光绪十三年，台湾建省时，设云林县，县治则设于林圯埔云林坪。而云林坪之起源有两说，一据连雅