城破，汉人官员为主的东南互保反抗朝廷；清廷便签辛丑条约自保，以维护清王朝延续。同年，马汉的海权论被传入，造成一定影响，重建海军的唿声又起。之后保守派在慈禧默许下推行新政。1902年，萨镇冰提出「复兴海军方法四点」；1907年，始议恢复海军编制，并于陆军部内置海军处；1908年，陆军部大臣右侍郎姚钖光提出「筹海军当议」；1909年，陆军部下设「筹办海军处」；1910年，「筹办海军处」改为「海军部」。此时期清朝海军已下辖有警卫队（见《军机处奏为试办海军警卫队等由》，宣统二年二月二十九日），但属于警戒部队