平将门之乱时，趁机将势力深入畿内，天庆2年（939年）时纯友部下在摄津国须岐駅打败并活抓了备前介藤原子高与播磨介岛田惟干，文元更将藤原子高的鼻子削掉，抢走他的妻子，杀死他的孩子。天庆3年（940年）2月攻下淡路国，8月攻下赞岐国的国府，10月袭击九州的大宰府。朝廷害怕藤原纯友是与平将门合作要推翻朝廷，于天庆3年（940年）1月16日任命为山阳道追捕使，次官为源经基，主典为藤原庆幸和大藏春实。一开始先使用怀柔政策，授与纯友从五位下的官位，并全力讨伐关东地区的平将门。消灭平将门之后，朝廷便对藤原文元下了讨伐