不惯军事化管理，毛振飞便与同仁在任职的桃园航勤私下发起组织工会，成为解严后台湾第一个最强悍、参与人数最多的劳工工会。担任干部的毛振飞马上被桃园航勤高层视为眼中钉，桃园航勤高层转而想「收编」他，但毛振飞拒绝。在执政者眼里，毛振飞亦成为黑名单。1990年，郝柏村担任行政院院长期间，他便被提报为十大恶寇之一。2005年，劳工运动界公认最具公信力的桃园市产业总工会刚成立，便由毛振飞担任理事长，是劳工运动代表性领导人物之一。同年，毛振飞公开帮民主进步党立法委员王拓站台拉票，家族便认为他是叛徒。尔后，他带领参与《劳