荃带领学校骨干南迁，辗转于上海、汉口、湘潭、长沙，终于在贵州福泉开学复课。1944年迁至四川璧山。抗日战争结束后，学校复迁北平，公推王芳荃领衔成立院务维持委员会。此后北京铁路管理学院改转北方交通大学。1958年，王芳荃从北方交通大学退休后回到上海。有子王元化。