首检字也有其侷限性，许多汉字难以归部或确定哪个部件才是部首，这类汉字称为「难检字」，对此许多字词典都会按笔画数设难检字表。另外，部首分类也是使用汉字之文化圈少数的共通点。例如中国大陆的国标码使用汉语拼音排列、日本的JIS使用汉字日文音读排序，台湾的大五码则使用笔划数为主，部首为辅的顺序。在制定Unicode时，由于有些汉字为某地特有，在其他地区可能没有读音；并为了考虑各方都能接受的排列法，最后选择了康熙字典214部首作为Unicode中日韩统一表意文字排序的方式，但中日韩统一表意文字有汉字併合的问题，很