靠大和国的松永久秀，正纯则在大久保忠世的庇护下度过。当父亲重回德川家康麾下时正纯同时成为家康的家臣，其不输父亲的智谋得到家康的重用。庆长5年（1600年）关原之战发生时，跟随家康本队出战，战后奉命看管石田三成。庆长8年（1603年），家康出任征夷大将军，开创幕府，正信更加受到重用。庆长10年（1605年）家康传位给三男德川秀忠，成为大御所隐居，开始了家康与秀忠的二元政治，父亲正信辅佐江户的秀忠，正纯则辅佐骏府的家康。本多正纯的权势也在此时迅速扩大。庆长13年（1608年）受封下野小山藩3万3000石