虽然同情天主教，但他下达了对爱尔兰的经济不利的命令。爱尔兰只许向英国出售羊毛，这对爱尔兰经济的打击非常大。此外爱尔兰不许与英国的殖民地直接进行贸易。1685年詹姆斯二世继位，詹姆斯二世宣布皈依天主教，这导致了国王与国会之间非常大的矛盾。在1688年的“光荣革命”中詹姆斯二世被推翻，他的新教女婿威廉三世上台，詹姆斯逃亡法国。他从那里逃到爱尔兰，希望通过当地的天主教徒的支持重获英国王冠。威廉三世决定对詹姆斯采取军事行动。1690年在波尼战役中他战胜詹姆斯。詹姆斯逃返法国。爱尔兰的天主教徒为此丧失了许多权利。此时