霉素常常会通过口服给药，在万古霉素应用于临床后，一部分接受万古霉素治疗病人肠道内的肠球菌开始出现万古霉素抗性。第一例抗万古霉素肠球菌（VRE）爆发发生在1988年。部分细菌通过表现型的改变获得对糖肽类抗生素的抗药性，也有一部分抗糖肽类抗生素的细菌的基因型发生了改变。例如，抗万古霉素肠球菌中，一类名为"van"的基因控制对万古霉素的抗性。截至2018年，共有七种与万古霉素抗性相关的"van"基因获得报导，分别是"vanA"、"vanB"、"vanC"、"vanD"、"vanE"、"vanF"、"vanG"