他积极配合蒋经国在上海的打虎运动，并多次镇压上海的学生运动和工人运动，酿成了申九惨案等。1948年9月授予中将军衔，11月30日，调任衢州绥靖公署副主任，但他并未就职。1949年2月，任浙江省政府委员，1949年任京沪杭警备总司令部副总司令。同年因国共内战失败，他移居香港。1960年，宣铁吾应蒋经国、陈诚的邀请到台湾，任台北南山工业职业学校常务董事。1964年2月6日在台北市病逝。