授意下复职，并为国王举行傅油礼，三天后却发生由特罗雷协助国王策划与执行的斯德哥尔摩惨案，以异端罪判处82人死刑，受害者包括斯卡拉主教文森斯·韩宁森、斯特兰奈斯主教马提亚·葛瑞格森等多位主张抵制丹麦控制瑞典的人士。1523年，摄政古斯塔夫·埃里克松于瑞典解放战争中成功佔领斯德哥尔摩，成为瑞典国王古斯塔夫一世（瓦萨），国王克里斯蒂安二世被俘，国王瓦萨下令将特罗雷放逐。约翰内斯·马格努斯当选乌普萨拉大主教后，国王写信向教宗克勉七世请求按立马格努斯，然而教宗认为瑞典对古斯塔夫·特罗雷的处置不符合罗马公宗的《教会法