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光绪帝亲政时期.光绪帝亲政后，军机大臣等讨论内外奏章，进呈光绪帝阅览，由军机大臣拟旨，翌日，军机大臣将草稿进呈，由光绪帝审阅之后，朱笔批示处理，并盖上皇帝御玺颁布天下。但遇上重大朝政事务，光绪帝仍会去征求慈禧太后的意见。与同治帝亲政时期不同的是，遇上官员任命权时，必需由慈禧太后定夺。
慈禧太后训政时期.戊戌变法后，慈禧太后宣布训政，军机大臣等讨论内外奏章，进呈慈禧太后阅览，由军机大臣拟旨，翌日，军机大臣将草稿进呈，由慈禧太后审阅之后，再呈交光绪帝朱笔批