公元1021年（一说1031年），巴达霍斯成为了一个小型穆斯林王国——的首都，当时人口约有25,000人。在穆斯林统治期间，该城市被称为"Baṭalyaws"（）。基督教统治者阿方索六世在1086年入侵巴达霍斯，并推翻了摩尔人的统治。除了1067年西非摩洛哥的穆拉比特王朝入侵占领之外，巴达霍斯后来又于1147年遭到了伊斯兰穆瓦希德王朝的军队入侵。巴达霍斯于1230年3月19日被莱昂的阿方索九世占领。不久，阿方索十世在巴达霍斯建立了主教座。公元1336年，在阿方索十一世即位时期，葡萄牙王国阿方索四世的军队