合会亦发起「三不运动」抵制吴茂昆领导的教育部。2018年4月28日，国立大学校院协会发出声明「基于大学自治精神，政府不应干预遴选结果」。4月29日，台北商业大学校长张瑞雄、德明科技大学校长徐守德、中国科技大学校长俞明德、圣约翰科技大学校长艾和昌、东南科技大学校长李清吟、东方设计大学董事长李福登和文藻外语大学校长周守民在网路上发起全民连署要求教育部退出政治干预，一天内得到多于4万签名；在5月4日已超过8万个联署。私立大学校院协进会也发布声明「台大校长遴选争议的负面发展，是大学自治有史以来最黑暗的时刻」。4