第二期鼓岭训练，会后年底又由倪柝声调往云南昆明，带领庆云街基督徒聚会处。1956年，中国各地地方教会大批领袖在肃反运动中被捕。1957年5月，全国性的同工聚会在上海召开，通过由陈恪三和黄得恩起草的文件《持定我们所承认的道》。1950年代，陈恪三作为倪柝声反革命集团成员在云南被捕。后来提前释放。1980年代，晚年的陈恪三在广西南宁与儿女同住，同时与各地信徒保持书面交通。他受香港教会陈则信影响，指责李常受的许多教导和做法是异端，并出于邪灵。他和南昌的黄得恩在大陆带头反李，印发《谈话记录》十四点，影响达到温州