、承恩阁和下塔得到新建和重建。明洪武年间，寺产获得大规模扩充，寺院建筑也进行了扩建。洪武十五年（1382年），朱元璋赐名“阿育王禅寺”，并封为“天下禅宗五山之第五”。万历年间，慈圣皇太后赐寺院舍利铜塔，寺僧在住持传瓶带领下造山门及僧舍百余间，时称中兴。清康熙元年（1662年），寺毁于火，康熙十九年（1680年）重修。光绪至宣统年间，先后重修普同塔院、方丈室、天王殿、大雄宝殿等建筑。
民国以后.中华民国元年（1912年），寺院进一步扩建，1920年重建舍利殿，新建藏经楼，修大悲阁，舍