江户时代结束为止，此地都由所治理；1863年，尊皇攘夷派的武士成立了天诛组，并以此地西南方的五条为根据地，因此高取城一度遭到，但高取藩成功地挡下了天诛组的攻击，也让天诛组在溃败后往南逃入大和国南部山区，最后遭到剿灭。废藩置县后，此地先后隶属高取县、奈良县、堺县、大坂府，最后在1887年重新设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的高取町辖区在当时分属高取村、、三个行政区划；1891年，高取村升格为高取町，1954年再与位于西部的船仓村和位于北部的越智冈村合併为现在的高取町。