郭居静神父，在上海城内建造了一座小教堂。1633年徐光启在北京去世，1641年遗体运回上海，安葬在西郊徐家汇，后来江南代牧区的主要基地就位于其墓地附近。耶稣会会士建造了松江府、苏州府和崇明的教堂；Sambriani神父建造了南京、Shanking扬州和淮安府的教堂。从1644年到1661年，江南传教区享受着和平的时期，但是对于工作，传教士的数目还是太少。1660年教廷成立南京代牧区，交给多明我会的中国会士罗文藻主教负责。在1664年到1671年的迫害时期，有20位耶稣会会士被驱逐到澳门，南怀仁神父后来在北