986年3月，坂和线、纪势本线定期列车亦停止使用EF58型电力机车。退役后的EF58型电力机车除了部分被保存或用于牵引临时列车外，大部分均被拆解。1987年4月，国铁分割民营化之后，61、89、122、150号机车被东日本旅客铁道（JR东日本）、东海旅客铁道（JR东海）及西日本旅客铁道（JR西日本）继承。1988年，JR东海从购入157号机车并恢复其车籍。此后，处于动态保存状态的89、122、157号机车也不时作为EF64、EF65型电力机车的代替车运用，主要牵引12系客车、、24系客车、以及编挂Kay