轮机车拆下来的三轴转向架亦难以承担车体重量，导致转向架铸钢构架容易发生疲劳开裂；其他问题包括冷却水管路泄漏、制动电阻带过热融化、柴油机燃油供给压力过低等等。相比之下，同属通用电气公司产品的传统单机组柴油机车则可靠得多，例如U30C、U33C、U36C型柴油机车都获得了良好的评价。因此，U50C型柴油机车仅仅投入使用几年以后，联合太平洋铁路于1976年将这批机车全部停运报废，并于1978年至1979年间解体处理，以后亦不再购置双机组的柴油机车。