庶吉士，授翰林院编修。不及数日，甲申之变，李自成攻破京师，崇祯帝自尽。何九云本欲以死殉国。侍者以其父尚未营葬为由劝解道：“司空未葬，子道犹亏。”何九云于是勉强南归葬父，然后闭门不出，并为其书斋题匾“东湖闲史”，与二、三遗老结社于山中。自附于龚胜、范蠡之后。清顺治六年（1649年）卒，享寿六十九岁。着有《荷墅存稿》。