（宽永9年）由细川忠利取代加藤氏管治熊本藩。忠利接管熊本城后，立刻下令尽速修复熊本城城池。该修理工程花了超过10年以上才算大功告成。后来，由于熊本地区在江户时代频发地震，所以历代细川氏城主一直重视维修熊本城，避免城池遭受临界损害。 直到废藩置县为止，为细川氏宗家的居城。
明治时代及之后.在幕末时代藩内分为学校党、实学党及敬神党三派。1870年实学党以「战国时代的遗物」向新政府提出拆城建议。但是拆除当天却停止工作。1871年废藩置县，熊本县县厅在城内二丸设置。同年县厅改在花畑邸镇