部分山区都属于中国山地，县内最高峰是位于岛根、广岛两县交界处的，高1,346米。岛根县内缺乏大型平原。县内面积最大的平原东西宽20公里，南北长5公里，是岛根县人口最密集的地区。岛根县东部的宍道湖和中海是潟湖，也是日本少有的连结汽水湖。宍道湖和中海北侧的岛根半岛上有高400米至500米的山地，起到了保护出云平原免受海蚀的作用。岛根县的主要水系有发源自广岛县、在岛根县入海的中国地方最大河川江之川；岛根县流域面积最大的河川。此外岛根县还有、等水系。县内河川大多短小湍急，年均流量大，常有洪灾发生。岛根县的海