农业污水影响，水质受到严重污染。随着香港工业减少，农业式微及重新接驳住宅污水渠，近年屯门河的水质已大有改善，亦常见有大大小小的鱼畅泳，兆康苑及港铁屯门站以南附近甚至可见到有水鸟觅食。虽然如此，屯门河仍然有大量淤泥因重金属含量超标而不能弃置于公海，只能留在河床。屯门河之上建有港铁屯门站和兆康站，是全香港唯一上建有铁路车站的河道。
水质问题.1960至70年代，香港经济迅速发展、人口膨胀，产生的废物也相应增加，但废水收集及处置设施不足，导致大量工商业废水、住宅污水流入水道。19