帝国已无法阻止鄂图曼土耳其在小亚细亚的扩张。1331年3月2日，经历了3年围城战后，奥尔汗一世从拜占庭帝国夺得此城。伊兹尼克得以在鄂图曼帝国扩张期短暂地成为帝国的首都。由于市内的许多建筑、公共设施都已因战乱而破败，鄂图曼人重新利用废墟中的建筑物料建筑清真寺和其他设施。当今君士坦丁堡普世牧首区保留了尼西亚都主教区的建制，目前的尼西亚都主教老君士坦丁自1972年起担任该职位。
鄂图曼时代.由于得到奥斯曼皇室的支持，以及早期帝国大规模建设使需求上升，在15-17世纪，伊兹尼克成为了土耳