斯正教会在19世纪出现在吉尔吉斯斯坦。自1868年以来定居了许多从俄罗斯和乌克兰的欧裔侨民。现今有20％的吉尔吉斯斯坦人口是俄罗斯正教会信徒。
罗马天主教会.吉尔吉斯斯坦天主教信徒约有1000人，主要是透过耶稣会传教士传入。在比什凯克，塔拉斯和贾拉拉巴德有三个天主教堂。
犹太教.现今吉尔吉斯斯坦剩下不到一百名犹太人，主要是布哈拉犹太人，还有一小部分是德裔犹太人。在苏联时代结束之后，大部分吉尔吉斯斯坦犹太人移居到以色列，德国和美国。
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