唸「南无阿弥陀佛」和念佛的净土宗、还有源自净土宗，提倡恶人正机说的净土真宗（一向宗）、提倡踊念佛的融通念佛和时宗。鎌仓时代也是武士从贵族夺取权力的时代。称为禅宗的临济宗和曹洞宗在此时代传入，受到武士的信仰，鎌仓等地出现许多禅寺，大为繁荣，代表的是「鎌仓五山」。旧佛教之间也有批判现状者，特别是从律宗派生的真言律宗等也有革新运动。
南北朝・室町时代.1333年，鎌仓幕府灭亡。南北朝时代～室町时代的政治中心地移到京都。后醍醐天皇的建武新政开始后，五山从鎌仓改为京都本位，京都五山成