地形的关系，水资源却不是非常充足。在1994年至1995年间曾发生约七个月的缺水情形，在市内实施了供水限制。佐世保市位在热带气旋经常通过的地区。
历史.现在的市中心地区在江户时代只是一个渔村，直到明治时代日本海军在此设置佐世保镇守府，成为日本防卫西侧海域的重心，也带动了地区的快速发展。但在第二次世界大战之后，由于日本海军的解体，以及战争期间遭到大量空袭破坏，造成人口快速减少。原先的日本海军基地有部分设施在战后被美国海军第七舰队接收，成为驻日美军的佐世保海军基地。Secti