负荷运转的问题，污水处理效能下降，于是在1989年再次进行改建和增建。到1995年，东厂每天实际处理3万立方米的污水。2002年，东厂日均处理污水2.9万立方米，服务人口80万人。东区污水处理厂旧址在1999年列入上海市优秀历史建筑，其后列入杨浦区文物保护单位。到了2006年前后，上海市污水治理三期工程完工，来自控江路地区的污水改由竹园第二污水处理厂处理，不再流入东厂。彼时，东厂在污水处理系统的角色已经被取代，并基本停止运作。不过，由于污水厂的特殊性质，如果厂内设施在缺乏恰当保护措施下停止运作、处于闲置