天正十年（1582年）6月，信长死于本能寺之变，羽柴秀吉掌握实权，三成作爲秀吉心腹逐渐崭露头角。天正十一年（1583年），在山崎之战中表现活跃。在贱岳之战担当先锋，监视柴田胜家的行动取得功绩。天正十二年（1584年）参加了小牧长久手之战。同年担任近江国蒲生郡的检地奉行。
丰臣政权时期.天正十三年（1585年）7月11日，秀吉就任関白，三成也官拜从五位下治部少辅。同年末，被封为四万石的城主，但实际上水口城自天正13年7月被封与中村一氏，天正18年（1590年）又转封增田长盛，文禄四年