终，1091年，处在西西里最南端的诺托以及阿拉伯人最后的据点马耳他岛被攻占，使得诺曼人完成了对整个西西里的征服。在整个11世纪，地中海地区的穆斯林势力开始不断地衰退。神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世采取了很多压制性的措施，以此来取悦那些害怕伊斯兰势力靠近教宗国的教皇们。这最终导致了西西里穆斯林的起义，而起义反而引发了有组织的抵抗和系统性的报复，标志着伊斯兰教对西西里岛的影响进入了尾声。在霍亨斯陶芬王朝的亨利六世（Henry VI）及其子腓特烈二世统治西西里时期，岛上穆斯林的存在一直是个问题，最终以大部分穆斯林