教团运作的争议.悟觉妙天禅师被批评是违反佛教教义，例如悟觉妙天禅师自称为「南无妙无统天大佛」、高价贩卖商品等；因此，台湾一些佛教人士不认同悟觉妙天禅师，像禅宗法师释圣严曾形容悟觉妙天教团是「黄明亮自创的禅宗」；然而少数宗教界人士仍认可悟觉妙天禅师，、释心道与菩曼仁波切等多位法师也与之交流。
学术论文.Pei-Chen Lo, Ming-Liang Huang, Jung-Cheng Chen, 2015, “Chan Ding for Autism Prevention – H