调德清县，再调平湖县。赓芸为官尽心尽力，百姓称之为神明。嘉庆三年（1798年），朝中有人密疏推荐，仁宗下诏询问巡抚阮元。阮元上奏，称赞赓芸“守洁才优，久协舆论，为浙中第一良吏。”故而引见，升同知任用。
廉吏生涯.不久，李赓芸任处州府同知，调嘉兴府海防同知，署台州府。擢嘉兴府知府。因继母丧事，丁忧去官。守丧期满后，补福建汀州府，调漳州府。当地民风彪悍，常有械斗。赓芸治理有方。不久，升汀漳龙道。嘉庆二十年（1815年），擢福建按察使，署布政使，年余之后实授。
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