刺、血桐、稜果榕、鲁花树等海岸生物，具有这种山丘上有海边植物的现象，于台湾实为少见。加上芝山岩又历经台北淡水湖和沼泽溼地时期，多变的环境使芝山岩有丰富的植物种类。因芝山岩被当地居民视为灵地，树木少遭砍伐，在日治时期纪录了当地有418种不同植物种类，并由早田文藏于1916年在芝山岩首次採集到了台湾特有种「八芝兰竹」。而芝山岩的天然林、蝙蝠洞、石马、石象、石龙、石头公（五鬼弄金狮）及隘门在1933年11月26日被台湾总督府指定为史蹟及天然纪念物。
历史人文.
史前文