父杨震（或作高祖父），祖父杨牧字孟信（杨震长子），父杨统，子杨亮， 孙杨孕，曾孙杨渠，玄孙北平太守杨铉。汉灵帝时杨琦担任侍中。汉灵帝问杨琦：“朕比汉桓帝如何？”杨琦回答：“陛下之于桓帝，就有如舜之于尧。”汉灵帝不高兴，讽刺他说：「你的脖子太硬了，真是杨震的子孙，死了之后一定会再引来大鸟的。」于是让他出任汝南郡太守。汉灵帝去世后，回到中央汉献帝任命他为侍中、卫尉，董卓主导迁都长安，杨琦随行。兴平二年（195年），李傕胁迫献帝，离开宫殿来到自己的大营。待遇很差，朝臣饥苦。献帝请求李傕给左右朝臣米五斛、牛