随后在9月背靠背举行的比利时国际赛的波兰国际赛分别晋级四强和夺下国际赛首座冠军。沉寂一段时间后，林祐贤在2016年7月再次于大奖赛级别的越南大奖赛和中华台北大师赛晋级决赛。
2017年 首次参加世锦赛.2017年，林祐贤在纽西兰黄金大奖赛再次晋级四强，最终败于队友王子维。在8月底，由于在台北市举办的2017年夏季世界大学运动会与2017年世锦赛撞期，部分选手因而放弃世锦赛参赛资格，使林祐贤得以候补资格参加男子单打项目，最终于首轮以1比2（21-18、17-21、13-21）不敌法国