后的历代天皇与将军也持续地敕使来此参拜，其中包括德川家光，在酒见寺的护摩堂内放有历代天皇与德川家的将军们之牌位。在天平年间所建的寺院堂塔，在接下来的几个世纪中遭到至少两次的严重损坏，其中包括在平治之乱（1159年）时遭大火全毁，并在之后奉二条院之敕重建。天正时代间因兵乱（三木合战，1578年）又遭到火焚，整个伽蓝全燬。庆安3年（1650年）时，在当时姬路城城主本多忠政的援助之下，重建了伽蓝。之后江户幕府第三代将军德川家光将酒见寺定为「朱印寺」，此后历代将军皆继续赐状授地。酒见寺可以说自开基将来便一直受到历代