019年底5号线开通后方能开通。改造后的车站最终于2020年7月1日开始运营，相关车票于6月2日在12306上开售。
车站结构.
站房.杭州南站站房建筑面积90000平方米，共计5层。站房由冯·格康，玛格及合伙人建筑师事务所（GMP）和铁道第三勘察设计院共同设计，建筑基座使用灰色花岗岩，白色的墙体以凸显杭州传统建筑文化；站房南北白色墙面设有多面通高的垂直百叶幕墙，以获得更好采光；东西的墙面以铝板幕装饰墙拼而成，形成一幅“湘湖风景图”。车站设有东、西两个进站