与永安百货联合经营，在海洋中心设分店。到1998年，日本总公司认为受到亚洲金融风暴影响，决定结束香港4间分店及及新加坡3间店舖。到2001年4月第3次重回香港，于沙田西田百货开设逾5,000呎旗舰店，同年在尖沙嘴和铜锣湾开设分店。到2013年于铜锣湾利舞台广场开始首间位于海外的Café&Meal MUJI。其后在奥海城、又一城和新都会广场分店引入MUJI Books。到2020年6月，在九龙湾德福广场全港最大的无印良品，佔地24,000平方呎，引入香港首次推出的「食材市集」、「茶米工房」和「刺绣工房」。