无论是在组织管理，还是在教学内容和教学方法上，都具有近代欧美学校的特点，培养了近代中国第一批具有双语能力的外交官、外语教习和翻译。同文馆的新式教育实践促进了教育现代化，为辛丑条约后废除科举、建立新型教育体制提供了宝贵的经验。1898年12月31日京师大学堂正式开学，在李鸿章推荐下，光绪皇帝任命他为京师大学堂首任西学总教习，即北京大学首任校长，授二品顶戴。但一直以来，丁韪良担任北大首位校长的事实却被刻意抹去了。
经历义和团运动.1900年，73岁的丁韪良亲身经历了义和团运动，他目