上桥面垮塌，也停用了一个月。相反，跨湾隧道被认为是安全的，仅6个小时后重开，12小时后地铁也恢复正常运营，使跨湾隧道成为当时旧金山和奥克兰之间仅有的几个交通方式。
行人闯入.在2012年10月和2013年8月，都发生过行人从内河码头站闯入隧道，逼停地铁服务的事故。在2016年12月底，又有一位行人以相同的方式闯入，并在隧道内逗留了一个小时。为了保障地铁的服务，警方一边搜寻他的下落，一边要求地铁以手动模式，低速通过隧道。
设备故障.由于设备开始老化，列车曾几