政府则变成了台湾省行政长官公署，1947年改制成台湾省政府。1948年到1950年，国共内战最激烈期间，台湾政府大部分是指则为台湾省政府；而自1949年起，中华民国政府迁往台湾并后，台湾政府被一些人用作中华民国政府的代名词。自1991年起，中华民国国会立法院在台湾全面改选；1996年起，中华民国总统及副总统在台湾由公民直接选举，认同中华民国政府者认为中华民国政府在台湾因而拥有更强的合法性与正当性，并让台湾从威权转化为落实主权在民精神的真正民主地方，在政治层面落实台湾本土化运动，使中华民国成为真正的民主共和国