再度成为一个采邑主教领地，城市及其市民的政治地位渐渐消失了。
采邑主教复辟及宗教改革时代.阿道夫二世临死前偏偏推荐与他争美因茨的大主教位的迪特尔为其继承人。1477年迪特尔创立了阿道夫二世就已经计划的大学。1517年开始的宗教改革一开始在美因茨进展顺利。1450年约翰内斯·谷登堡发明的活字印刷术使得改革的宣传文普及迅速。美因茨的大主教阿尔布雷希特枢机本人对改革思想不排斥。但最后新教还是无法在美因茨立足。大教堂的议会两次以极小的多数选举了支持天主教的大主教。到1802年为止除驻兵