到了鲁襄公二十九年（西元前544年），杞文公又把国迁到淳于，即现在山东安丘县附近。现在安丘黄旗堡镇西南的杞国古城遗址，是杞都城之一。杞国弱小，又夹在齐、鲁之间，常被侵扰，鲁国就借口杞君“不敬”，多次“伐杞”、“入杞”，侵佔“杞田”。杞国爲求自保，便和晋国结盟。杞国末年，内政不稳，连续出现国君的弟弟弑君自立的情况。西元前506年，杞悼公死，杞隐公即位，但只过了几个月，就被其弟弟所杀，这就是杞僖公。好景不长，杞僖公死后把国君之位传给了儿子杞愍公，在位16年后，于西元前471年又被其弟弟所杀，这就是杞哀公