直至十六世纪，耶稣会重启罗马天主教在华传教事业。1583年，罗马天主教耶稣会传教士利玛窦、罗明坚来到肇庆传教，1601年传教士开始接触北京及沿海地区，其中亦包括台湾。
基督新教.1723年，清雍正禁教。1807年清朝时，英国基督教伦敦佈道会传教士马礼逊来广州传教。1854年英国基督新教公理宗传教士戴德生来华，深入中国内地传教，创立中国内地会，并成为基督新教在中国的最大差会。
伊斯兰教.伊斯兰教于公元七世纪传入中国。伊斯兰教是回族、维吾尔族等10个少数民族群