疑屯门普高的代表性，故此有香港足球总会董事局成员曾反对石硖尾在2009–10年度球季继续以屯门普高名义参加甲组赛事。直至2009年9月9日，足总再次召开董事局会议，终于表决通过石硖尾可以继续以屯门普高作队名参加甲组联赛。虽然球队获准参赛，但总监任炜雄表示被球圈人士阻挠，令队中的新兵如林俊生、门将张健忠及史提芬无法赶及註册，结果球队在首两场均只有14名球员作调动。屯门普高财政出现困难，拖欠球员9月份薪金，2009年10月17日在青衣运动场举行的甲组联赛，因球员士气低落而以 1–9 惨败于和富大埔脚