南使臣自桂林北行。干隆帝又发现广西学政潘曾起不称职，问孙永清，得到曾起性情褊急，未惬士心的答覆。干隆帝责问孙永清为何不弹劾，罚养廉银二年。1790年（干隆五十五年）春，阮惠遣使谢恩，孙永清再次奏闻，干隆帝说奏闻是多余的，令安南使臣入京。孙永清又奏称，太平、南宁、镇安三府与安南接壤，请屯兵防隘，立栅开壕，分隶龙凭、馗纛二营管辖。四月，阮惠遣使假冒自己，入京朝见。孙永清奏闻，得到干隆帝嘉奖。不久病逝，干隆帝赦免其一切生前处分。弟孙籓，后为安徽布政使。子孙尔准，太子少保闽浙总督。