国璋就任代总统，段祺瑞复任国务总理兼陆军总长，北洋系分化为冯国璋直系与段祺瑞皖系。冯主张“和平统一”，段主张废除《临时约法》，取消国会，“武力统一”，派兵讨伐孙中山与西南军阀唐继尧、陆荣廷联合的护法运动，引发第二次府院之争。1917年8月段任命亲信傅良佐为湖南督军，趁机扩张皖系势力。直系前线军官罢兵反战。直皖两系矛盾公开。1918年8月2日直系将领吴佩孚通电罢战北归。8月12日北京安福国会开幕，9月4日国会选举徐世昌为总统，直系冯国璋任期届满，冯段二人相约共同下野，段祺瑞同时辞去总理职务，但是在幕后控制