所需要的同位素是该元素惟一的产物。若生成其他元素的同位素并不是很大的问题，因为我们可以使用化学方法将它们除去。在制备核武器所使用的高纯度钚-239时就需要注意这个问题。将钚-239与钚240或者钚241分离是非常困难的事情。裂变物质钚-239通过铀-238俘获一个中子而得到，但是再俘获一个中子将得到非裂变物质钚-240，更坏的情况是得到钚-241。因此，生产军用钚的铀只能接受辐射比较短的时间，以尽量减少不需要的同位素。
实际使用的分离方法.
扩散.扩散通常