方塞外边界多有警报，嘉靖帝召回何卿，但何卿因病辞退，嘉靖帝大怒，夺其都督职位，命以都指挥使，镇守卢沟桥。当时松潘副总兵李爵被巡抚丘养浩弹劾罢免，嘉靖帝命何卿担任；此时，给事中许天伦称此事是何卿贿赂丘养浩所为；嘉靖帝大怒，令巡按冉崇礼调查。当时战事紧张，翁万达再次举荐何卿，并以何卿此前战功论事。恰逢四川白草番叛乱，副总兵高冈凤被弹劾，兵部再次请求何卿代任，得到批准。他上任后，和巡抚张时彻合计镇压成功，进署都督同知。后因病他再次辞职。嘉靖三十三年，倭寇进犯海上，嘉靖帝要求何卿与沈希仪率部队抵达苏州、松江。嘉