天正13年（1585年）纪州征伐后根来寺灭亡，根来众头目根来大膳逃往伊势成为家康的属下。同年，随着50人被配至成瀬正成耄下，百人组的原型随之产生。此时的铁砲师范为之后牛久藩主山口重政。家康转封关东八州后，根来组佈署于内藤新宿负责甲州路的防守。关原之战也在成瀬正成指挥下于最前线活跃。而当成濑正成成为尾张藩附家老移往犬山城后，成瀬氏仍在根来组保持着一定的影响力。另外，关原之战时根来组有扩充额外一组，由伊奈今成担任组头，于关原之战后废除。当时铁砲技术是一种特殊技术，也有把伊贺、甲贺、根来的铁砲部