2年朝鲜政府解禁天主教后，东学教依然未被解禁。崔时亨数次领导教徒举行为教祖申冤，为东学平反的请愿运动，但都没能成功。1894年1月10日（农历2月15日），东学南接派领导人全琫准带领数千农民在全罗道起义，是为东学农民革命。惊恐的朝鲜封建统治者一方面向清政府告急，请求援兵，另一方面与全琫准议和。双方最终签署《全州和约》。日本在得知朝鲜向清政府求援后借机向朝鲜派兵，推翻闵妃集团，扶植以金弘集为首的亲日内阁，炮轰清朝军舰，引发中日甲午战争。东学革命军北上讨伐日寇，但由于武器装备落后，缺乏正规军事训练在公州败北