当选中国国民党第六届中央执行委员。第二次国共内战期间的1948年（民国37年）2月，出任国民政府顾问。同年5月，被任命为行政院副院长，成为中华民国行宪后第一任行政院副院长，但未实际就任。1949年（民国38年）4月，赴香港，创办《大道》雑志。后来迁居美国加利福尼亚州，担任中国研究中心的顾问。1969年（民国58年）赴台湾，任中华民国总统府资政。 1972年（民国61年）6月25日，顾孟余在台北市病逝。享年85岁。