又任为全权节度使。三年（896年），昭宗出奔华州，河东节度使李克用派王郜和成德节度使王镕给附庸卢龙节度使刘仁恭写信并向其征兵，欲联合定关中，奉昭宗回长安，刘仁恭以契丹正入侵为由推辞。四年（897年）九月，昭宗加王郜宰相衔同中书门下平章事，加检校司空，又进太保。十一月，朱全忠大举进攻淮南节度使杨行密但在清口之战中被击退，便说服镇海军和镇东军节度使钱镠、镇南军节度使钟传、武昌军节度使杜洪、平卢军节度使王师范指称被杨行密攻打，请求昭宗以朱全忠为都统讨伐杨行密，王郜则与护国军节度使王珂、李克用、王镕指称被朱全忠攻打