扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。准部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐（迪化州）、库尔喀喇乌苏、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤（镇西府）等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁将军、领队大臣管理。回部设总理回疆事务参赞大臣（一般为喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔等城。光绪十年（1884年），新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制