萨莫拉诺在国内的科布雷萨尔竞技开始了自己的职业生涯，1988年转战欧洲赛场，加盟了瑞士球队圣加仑（FC St. Gallen）。在瑞士联赛的3个赛季中，伊万·萨莫拉诺在56场比赛中射入了36个进球。1991年萨莫拉诺初次登陆西班牙足球甲级联赛，效力于塞维利亚，萨莫拉诺在59场比赛中总共射入了21个球，随后被球队以500万美元的价格交易去了西班牙豪门皇家马德里。在1992年至1996年的皇马期间，萨莫拉诺赢得过联赛，西班牙国王杯，西班牙超级杯和欧洲超级杯的冠军荣誉。1995年在主教练豪尔赫·巴尔达诺的带领下