以为与董太后同族，再加上要显示自己的权力，遂有废立之意。中平六年（189年），董卓为了立威，废少帝，于九月甲戌日（9月28日）立当时九岁的刘协为皇帝。关东诸侯起兵讨伐董卓时，董卓杀少帝、何太后，火烧都城雒阳，挟刘协迁都长安。初平三年（192年），司徒王允成功诛杀董卓，但不久董卓的部下李傕、郭汜即攻陷长安，杀死大批大臣，再次挟持献帝。后来李郭二人内讧战斗，民不聊生，献帝与一批朝臣于兴平二年（195年）七月逃离长安，途中多次成为李傕、郭汜、张济、杨奉等军阀争夺挟制的目标。
迁至许都.