。在水净化和污水处理领域，因大肠桿菌在粪便中数量极多，故常用为检查水源是否被粪便污染的标志，其测量标准爲大肠菌群指数。此外大肠桿菌多数情况下无害，不会从实验室“逃脱”而伤害人类。利用大肠桿菌作爲粪便污染的指示物也可能产生误导性的结论，因爲其它环境如造纸厂中，大肠桿菌也可大量存在。
致病.然而一般无害的大肠桿菌在以下三种情况下也会导致疾病：大肠桿菌的一个株是具有某些能和其它株区分开的特征的族群。不同的大肠桿菌菌株生活在不同动物中，因此我们可以通过其判断粪便来源于人或者鸟类等