落马洲支线试车时，部分从尖东站开出，以上水为总站的列车，在离开上水站后改经落马洲支线前往落马洲站；现时列车则会行驶红磡至上水各站，再以轮流的方式前往落马洲站或罗湖站。通车初期，东铁线在繁忙和非繁忙时间每小时分别会有6班和5班列车以落马洲站为终点站。因为福田口岸的通关时间所限，本站是港铁每日服务时间最短的车站（不计只在赛马日服务的马场站），也是唯一一个尾班车于午夜前开出的车站。
车站/管制站建筑结构.
楼层.落马洲站与落马洲支线管制站设于同一建筑，楼高4层，佔地