正式任命其担任福建都督，并授陆军中将位。1913年（民国2年）7月二次革命爆发，在革命派的许崇智的压力下，孙道仁于7月19日发表福建省独立宣言。但由于这并非孙道仁的本意，故对革命派的支援并不积极。结果，8月9日取消独立，福建都督之位被废止。北洋军的李厚基作为福建护军使掌握福建军政。孙道仁被北京召还，事实上孙道仁在福建的军事及政务经历终结。1917年（民国6年），孙道仁被任命为黎元洪手下的总统府高等顾问。1923年（民国12年）引退，赴厦门寓居，直至逝世。1932年（民国21年），孙道仁逝世，享年