国行政院长期间，陈长文奉派担任海崃交流基金会于成立后的首任秘书长，并曾以中华民国红十字会秘书长的身份，赴中国大陆参与两岸协商，1990年9月签署「金门协议」。任职期间曾于1991年4月29日会见唐树备，5月3日携同海崃交流基金会访问团全体成员，副秘书长陈荣杰及各处处长，拜会中国国务院台湾事务办公室主任王兆国，双方在北京人民大会堂会面，11月7日副董事长陈长文一行在中南海紫光阁拜会国务院副总理吴学谦。