2006赛季，18岁的邓卓翔进入武汉光谷的一线队名单，并获得了在中超联赛中出场的机会，2006年7月12日，他在武汉光谷主场3比4不敌天津泰达的比赛中下半场替补登场，完成自己的中超首秀。该赛季邓卓翔总共为球队出场10次，都是以替补球员身份登场。2007赛季，邓卓翔开始获得首发机会，2007年5月27日，邓卓翔打进自己的首个中超进球，帮助武汉光谷队主场1比0击败青岛中能。该赛季邓卓翔代表球队出场15次，收获2球。2008赛季，邓卓翔继续为武汉光谷效力开始担任球队主力，但赛季中武汉队因为李玮锋事件退赛