4月1日，国铁在分割民营化下，成为了东日本旅客铁道（JR东日本）车站。翌年1988年（昭和63年）4月11日，JR东日本真冈线由第三部门真冈铁道接管。同时，真冈站的日文读法由「もうか」变为「もおか」。在1996年（平成8年）3月22日，车站内设置了转车盘。翌年1997年（平成9年）3月30日，以蒸气机车为外型的车站大楼落成，并开始使用。同年被选为关东车站百选。在2013年（平成25年）4月28日，SL九六馆开幕。
车站构造.此站是地面车站，设有2面3线的月台。在下馆一方设有