尖锐的批评，主要针对裴注资料庞杂繁芜和体例不纯。刘知几说裴松之“才短力微，不能自达……喜聚异同，不加刊定，恣其击难，坐长烦芜，观其成书表献，自比蜜蜂兼採，但甘苦不分，难以味同萍实矣！”，陈振孙认为裴注“鸠集传记，增广异文。大抵本书固率略，而注又繁芜”。章学诚也说：“裴松之依光于陈寿，非缘附骥，其力不足自存也。”叶适则认为“注之所载，皆寿书之弃余”。近代学人陈寅恪认为，裴注是受到佛教典籍《合本子注》的影响所致。他在《支愍度学说考》一文中说：“中土佛典译出既多，往往同本而异译，于是有编纂‘合本’以资对比者焉。”