干萨王朝成立葡萄牙才再度确保政治上的独立。然而两国都在17世纪之后没落，19世纪早期半个西班牙被拿破崙法国入侵佔领（葡萄牙在这一时期，王室逃到里约热内卢），虽经过西班牙独立战争获得独立，其余波影响到拉丁美洲，殖民地先后独立。此外，20世纪西班牙在西班牙内战后进入弗朗哥独裁体制时期，葡萄牙也在1930年代后进入安东尼奥·德奥利维拉·萨拉查军事独裁体制。独裁持续到1970年代中期。之后随着民主化和经济的发展，两国都在1986年加入当时的欧洲共同体（EC、现欧洲联盟（EU））。此外，如前所述，西班牙西北部的加