五年（409年），刘裕想要北伐南燕，朝中大臣大多反对，惟臧熹、孟昶等数人支持，最终刘裕出兵时臧熹想要随军但不果，改任建威将军、临海太守。临海郡在当时经历过孙恩之乱后破坏严重，臧熹上任后重整法规和秩序，招集流散的居民，召得千多户郡民回来。次年卢循之乱时孙处经海路进攻卢循根据地番禺，水军经过临海郡时得到臧熹支援，军队才得充足物资破敌。后受征为散骑常侍。义熙八年（412年），刘裕出兵进攻荆州刺史刘毅，臧熹也以宁朔将军身分随军。次年，刘裕命朱龄石出兵谯蜀，臧熹以宁朔将军领建平、巴东二郡太守，率兵出中水。时蜀