疾病本身会受到其他因素影响，例如年龄、激素、和环境因素。常见症状有：前述体征和症状表现可能起起伏伏，当再次发作时，称为复发（）。这些体征和症状可帮助使用自体免疫性疾病的生物标记作诊断。常会受到自体免疫性疾病影响的人体部位有几个，包括：血管、其下的结缔组织、关节和肌肉、红血球、皮肤、和内分泌腺（例如甲状腺或胰脏）。这些疾病通常具有自体免疫性疾病特有的病理特征。依据疾病不同的位置，这些特征包括损伤或破坏有异常免疫反应的组织、改变器官的生长或功能。有些疾病只针对特定器官并仅影响某些组织，而另一些则是影响到