止其发展为热带雨林，Crytek希望穹顶可以定义游戏的气氛和故事。游戏的主角是先知，曾出现在《孤岛危机》和《孤岛危机2》的纳米服持有者。他回归《孤岛危机3》是因为Crytek认为他是系列中出场时间最长也是最复杂的人物。在设计他时，制作组参考了电影《第九区》的主角。《孤岛危机》和《孤岛危机：弹头》的人物赛可回归并与主角同行。游戏讲述了先知发现他的前小队成员死亡后尝试自我救赎，并采取报复措施的故事。游戏探讨了“救赎”与“复仇”两个主题。此外故事也探讨了人类与技术之间的关系。游戏制作人麦克·瑞德（）把游戏总结