当时乌桓、鲜卑屡侵犯汉朝边境境，耿国为边疆事宜出谋划策，获光武帝器重。建武二十四年（48年）春，匈奴薁鞬日逐王比自立为唿韩邪单于，来到五原塞，向汉朝臣服称藩，表示愿意为汉朝防卫乌桓、鲜卑，当时公卿都认爲天下刚刚平定，不可答应事，只有耿国建言效法汉宣帝故事。光武帝从其议，遂立其为南单于。从此乌桓、鲜卑远遁，中原得以少有战事。建武二十七年（51年），代替冯勤为大司农。耿国又上言表示应当设置度辽将军、左右校尉，屯兵五原以防止士卒逃亡。后来汉显宗追思耿国的话，按照他的建议设置了度辽将军、左右校尉