厅、10个司、6个局、5个政工机构和离退休干部局。1998年，国务院宣布逐步实施铁路政企分开，明确界定政府管理职能、社会管理职能、企业管理职能。铁道部内设机构精简为16个，即办公厅、9个司、2个局、4个政工机构和离退休干部局。2012年3月10日，国务委员兼国务院秘书长马凯建议国务院将《国务院机构改革和职能转变方案》提交第十二届全国人民代表大会第一次会议审议，该方案提及：（一）组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责；（二）组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责，不再保留铁道部。