天主教巴拉圭军中教长教区（、）是巴拉圭一个罗马天主教军中教长区，直属圣座，负责牧养信奉天主教的巴拉圭军人及其家眷。教长区2004年有四十七个堂区、廿二名司铎、一名修士、一名修女。现任教长为阿达尔韦托·马丁内斯·弗洛里斯。1961年12月20日成立军中代牧区，1986年7月21日被升为教长区。