997年6月和1999年1月成立学生会、家长教师会与校友会。另外，该校自1997年开始推行校本管理，于2006年2月1日成立法团校董会以进一步落实校本管理政策。对于发展方面，东华三院冯黄凤亭中学于1997年推行校本管理制度。后曾于2000年代初获世界卫生组织认可的「香港健康学校奖励计划」金奖现时学校个别班别会以英语教授数学、地理、历史、科学、化学及用普通话教授中文。而在校外的比赛，该校亦获奖无数，例如2012年新界地域中学校际室内赛艇锦标赛中男、女子组团体冠军、2011年及2012年沙田龙舟竞赛少年警讯