剩残缺的东配殿共2楹6间，其中3间建于100多年前，另3间建于200多年前，临街的一间被街道工厂占用，其余被下关区土杂公司租为仓库。1987年，南京市在静海寺遗迹偏西处按明代庙宇风格将其第三次重建，1988年建成，修复了僧房并新建过殿和正殿。工程由东南大学潘谷西主持设计，过殿在前、大院居中、正殿在后，正殿前还设抱殿，占地面积628平方米。由于修建的是仿古建筑，因此称“古静海寺旧址”。1990年，静海寺被辟为《南京条约》史料陈列馆，1992年被列为南京市文物保护单位。1996年11月，为迎接来年的香港回归