蘅于是移驻纳溪，居中调度，与督师王应熊会于泸州，与四川按察使米寿图一同传檄诸路约定期限一并进军。张献忠很害怕，尽屠境内百姓，将金银沉到江中，放火焚烧自己的宫室，火连月不灭，张献忠准备弃成都逃到川北。次年（1646年）正月，樊一蘅遣官入贺在福州称帝的隆武帝朱聿键。五月，隆武帝的使者徐孙彦出使蜀中回来见驾，具列王应熊、樊一蘅、李干德、马象干、米寿图、刘鳞长、王之瑞、万年策、郑逢元、刘泌、范文光、牟道行、田华国、莫宗文、曾英、杨赓、贾登连、谭谊等协力恢复疆土奉扬王命之事。同年春，杨展尽取川南，驻军于嘉定，