李文奇等人捐资盖庙，于该年十二月廿六日（1703年2月11日）开工，次年三月建成（1703年4、5月）。二王庙之由来除了纪念郑经的说法之外，还有纪念郑成功之弟的说法。此外除了永康二王崙有二王庙之外，根据蒋毓英《台湾府志》（1685年）的记载，在府城东安坊也有二王庙。
发展.据《钦定平定台湾纪略》记载，林爽文事件时，闽浙总督常青驻节在后甲关帝厅，而干隆五十二年（1787年）有林爽文势力从南潭、茑松等处前来，清军乃前往「二王宫庙」与之交战。据说为避免二王庙被发现是崇祀郑经，乃在该年