溪峨嵋龙（"O. fuxiensis"）有时会与斧溪自贡龙（"Zigongosaurus fuxiensis"）产生混淆，这两种恐龙虽然有相同的种名，但其实是来自于不同化石材料。峨嵋龙曾被归类于峨嵋龙科、马门溪龙科、盘足龙科。在1972年，杨钟健、赵喜进的马门溪龙研究中，曾提到了马门溪龙科（Mamenchisauridae）。而在2002年，Wilson建立了峨嵋龙科（Omeisauridae）来取代马门溪龙科，并包含峨嵋龙与马门溪龙两属。但科学文献中极少使用峨嵋龙科/马门溪龙科这名词。有研究认为这两个