进是棪天阁，歇山顶，面阔五间，两层间有腰檐和平座，楼下大厅称教忠堂。阁前东侧是监院、西侧是书库。第四进是宣教堂，面阔五间，东西为厨房，堂前是天井，天井前有门一座，门前东西各有七间斋舍。第五进是后楼，面阔九间，中间三个开间上层称景贤阁，下层称全先生祠（祀全祖望），东边三个开间是更衣所，西边三个开间是祭器所。第四进和第五进间是庭院，自南向北沿中轴线依次布置有澂鑑亭（面阔三间，卷棚顶）、半月形莲池、近光亭（即后来的爱莲亭，面阔三间，歇山顶）。庭院东西各有斋舍九间。1800年（清嘉庆五年），两广总督吉庆修缮书院