海事处原隶属经济发展及劳工局，2007年7月1日决策局重组后，后者被划入新成立的运输及房屋局。
大改革.2013年4月19日，南丫岛附近撞船事故调查委员会向香港政府提交相关的调查报告，长达238页。同年4月30日，行政长官梁振英公布南丫岛附近撞船事故调查委员会报告，指出报告详细地分析了撞船成因、船只快速下沉及严重伤亡的原因；以及海事处长期以来处理船只的监管存有严重问题，他表示今届政府定必会严肃对待，汲取教训，作出改进。他表示已经指令了运输及房屋局及海事处採纳报告的内容，及全面执