9年开始，车站货运业务开始由新建成的余姚西站分担，至2001年6月车底停办。2005年车站新建行包房一座。余姚站曾于2009年9月28日起开行动车组列车，为此铁路部门将既有1、2站台改造为高站台；2013年7月1日停止动车组服务。2017年6月起，宁波城铁列车停靠本站。
车站结构.
站房.余姚站目前的站房于1993年投入使用，面积2739平方米。其中候车大厅同时可容纳1500名旅客。主站房旁另设售票室、行车室、行包房等。余姚站城际列车入口位于主站房东侧