南非卡鲁地区的其他恐头兽类相比，冠鳄兽科更为原始。尽管冠鳄兽科较原始、较早出现，牠们已适应杂食性。冠鳄兽科与其他恐头兽的演化关系，目前有两种主要的解释。在1986年，兽孔目首次出现亲缘分支分类法研究，研究人员将冠鳄兽科与其他桓食性恐头兽类，集合为貘头兽下目；而肉食性物种则建立为安蒂欧兽下目。他们认为冠鳄兽科是貘头兽下目的早期原始物种。数年后出现另一理论，认为冠鳄兽科是恐头兽类的最原始物种，远比貘头兽下目与安蒂欧兽下目原始。
生态位.在二叠纪中期（沃德期），冠鳄兽科取代卡色龙类成