为军的方式，不过都属于少数，整体而言，卫所制仍然是最主要的军制。卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水准及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光