对于台湾足球发展规划的改变，联赛更名为「企业足球联赛」，并想借此吸引更多企业赞助资金的投入，最终由富邦金控取得冠名权，又名富邦企业足球联赛。随着时间的变迁，部份球队改名，部份则已退出，部份则随赞助商而更名。到2008年，联赛中真正由企业资助的队伍只有大同足球队与台电足球队。随着全国城市足球联赛在赛制上的更动，中华足协决定本赛事2009年起由全国城市足球联赛取代本赛事。