之后，不少印刷商因印刷出版基督新教书籍而被宗教裁判所所迫害或判处火刑。书籍检查制度在欧洲的不同国家的实施程度，主要随在位君主对罗马教廷的忠诚程度而变。1695年前，书籍以在出版前审查为主；1695年后，改为在出版后审查。《禁书目录》起初是禁内容，后来是禁作者。若作者被定为异端分子，则其所有着作都会被列入禁书。每次颁布《禁书目录》，就意味着要销毁一批书籍。《禁书目录》定期更新。自1559年第1版至1948年最后1版，共发布32版。超过四千多书籍因异端邪说、不道德或政治错误等原因被禁，遭全禁的作者有数十人。