2001赛季，他逐渐成为球队主力并被视为大连队的核心球员。他的远射和精准的任意球经常帮助球队得分。2006年6月28日，大连实德队宣布处于胡兆军队内停赛、停薪、停训的“三停”处罚，但没有宣布处罚的原因。直到2007赛季，胡兆军才重新回归球队。2008赛季结束后，大连队开始年轻化行动，作为球队副队长的胡兆军被挂牌。有报导称胡兆军可能会加盟北京国安，但因其身价过高，北京国安宣布放弃。胡兆军只能到恩师沈祥福带领的广州医药训练。大连队给他开出了400万的身价，这和广州医药的心理价位差距很大，双方谈判破裂。最