崇拜、室内葬等特征，都属印度尼西亚古文化特质。虽《三国志》记载三国时代孙吴曾派军登陆夷洲，《隋书》有隋炀帝派兵攻打流求国的记载，但并无资料可证明这些中国古籍所载地名是今日的台湾。10世纪时，宋朝的汉人开始在澎湖群岛开垦。宋孝宗干道7年（1171年），南宋正式占领澎湖群岛，划属福建路晋江县。1225年，赵汝适所着诸蕃志提到「泉有海岛，曰澎湖群岛，隶晋江县。」，正式确认澎湖群岛为南宋所据。13世纪汉人开始在澎湖群岛定居，但因与原住民族部落的敌对，以及原住民贸易资源对汉人缺乏吸引力，双方少有互动，仅有少数汉族