天正2年（1574）成为近江国爱之郡肥田城主。之后以畿内（京都附近五县）为活动中心。天正6年（1578）荒木村重叛乱。有冈城之战后，赖隆负责处死荒木一族。天正8年（1580）佐久间信盛、信荣父子遭信长流放后，得到和泉国支配权。同时期在和泉的活动记录及与织田信张关系不明。天正10年（1582）信长任命三子信孝进攻四国时，与丹羽长秀、津田信澄。本能寺之变后，信澄立场被丹羽等人认为和光秀亲近而遭杀害，赖隆当时是站在长秀一方。之后跟从信孝等人参加弔祭信长的山崎之战。山崎之战后、羽柴秀吉与柴田胜家、织田信孝对