令公司出现亏损，同时也因服务质素低劣、市场差、更新速度慢而令公司增长得十分慢，博茨瓦纳政府遂把博茨瓦纳航空私营化。尽管在1997至2002年均录得盈利，但政府至2003年为止均无意把公司私营化。博茨瓦纳航空的私有化程序在2000年4月19日政府与世界银行集团属下的国际金融公司（IFC）签订顾问合约开始，IFC成为博茨瓦纳政府的特约顾问。2003年，博茨瓦纳政府尝试把公司私营化，而毛里裘斯航空和南非商务航空则为其策略性合作伙伴，两者共持有博茨瓦纳航空的45%股份，博茨瓦纳政府也持有45%，其余10%则