巴克礼一行人没有轿夫敢前往日军军营的状况下，只能带着请愿书，徒步出发。为了避免遭误击，他与同行者在黑暗提灯前行，并手执英国国旗、唱着诗歌，持续走了几英里，直到举枪的日军喝令他们停止、带回盘查。10月21日清晨，巴克礼一行人抵达日军驻扎的二层行溪畔（今嘉南药理大学对面二行社区一带），会见领军的日本将领乃木希典。乃木得知众人来意后，承诺日军将不流血和平进城。于是巴克礼与随行的台湾人做为前导，带领1000名骑兵和步兵排列成纵队入城，台南市民无一人受害。巴克礼牧师引导日军由台湾府城小南门（别称「镇南门」，建于1