新庄慈祐宫志修和尚推动在新庄庙街上建立此庙，据说是台北盆地最早的关帝庙。庙的建立与当时新庄商业鼎盛有关，因商家以关帝君为膜拜对象。庙又称「新庄关帝庙」。清朝时，新庄有水运与良田之利，从新庄慈祐宫至新庄武圣庙间成为繁华的商圈，被称为「五十六坎」，直到后来新庄港日渐淤塞，被对岸的艋舺取代。道光元年（1821年），此庙再扩建为三进建筑。咸丰三年（1853年），新庄生大规模的漳泉械斗，此庙严重受损，直到同治七年（1868年）扩大修建。1945年进行三年重修工程，但后来国军曾驻扎于此造成损害。今庙址为新庄路340