基地位于市中心，军机在住宅区中进行飞行训练造成噪音、空气污染和危害公共安全已成为宜野湾市的重大问题。2004年8月美海军陆战队CH-53D运输直升机在冲绳国际大学坠毁引起安全问题。事件中3名机组人员受伤，当地区民没有伤亡。1995年9月，3名美军陆战队员强奸了一名12岁的冲绳女孩，而引发了示威抗议。1996年12月，美日两国组成的冲绳问题特别行动委员会（SACO）在最终报告中将普天间基地搬迁到冲绳北部的名护市沿岸 。但这仍然是一个有争议的决定，因为当地有珊瑚礁和海草床，是濒临绝种的儒艮栖息地，受日本和美