沪江大学和东吴大学校友在重庆合办“东吴大学沪江大学联合法商学院”，凌宪扬出任该校的商学院院长，一直任至1945年。抗日战争结束后，凌宪扬于1946年初辞职离开“中央印制厂上海厂”，出任沪江大学校长一职，促成沪江大学复员及重建。1949年初，国共双方进行北平和谈，李宗仁邀请凌宪扬为国民政府代表，遭凌宪扬拒绝。1949年3月，国军全线溃败，中华民国财政部要凌宪扬撤往台湾，任设在台湾的财政部货币发行处处长。凌宪扬征询宋庆龄的意见，最后选择留下。凌宪扬在致朋友的信中说，“只要我对学校还有用，我就会坚守岗位。”他