伯内特代表肯塔基州参加邦联临时国会，并且在其财务委员会任职。接下来他又当选首届和第2届邦联国会参议员，在任时间从1862年2月19日持续到1865年2月18日，在此期间一度在募兵和军事事务委员会任职。3月29日，邦联总统杰佛逊·戴维斯唿吁邦联国会通过征兵法案，该法案要求所有18至35岁、身体健全的白人男性入伍服役3年。这一提议起初很不得民心，但随着军事形势的恶化，两院都很快通过了法案。另一方面，这一举措也导致一些针对戴维斯军事决策的质疑，通常是他最坚定盟友之一的伯内特也不例外。1862年4月19日，伯内