日本建立正式外交关系的国家。两国于1873年建立外交关系之后，才开启近代日本与南美洲国家间的外交往来关系。首批790名日本移民于1899年搭乘“佐仓丸”号轮船移民秘鲁，他们签订了劳工契约，在秘鲁的棉花田、蔗糖农场工作。其中，日侨野内与吉等人还参与了马丘比丘地区铁路的建设。数年后，因为工作负担极大，大多数移民者纷纷离开庄园到利马等城市生活，也有少部分人移民到了环境更加恶劣的玻利维亚，截止到1936年，秘鲁已有日侨23,000人。二战期间，秘鲁国内掀起了反日暴动，秘鲁人攻击日侨的住家、企业，有10名日侨