抗日战争期间，西黄寺遭侵华日军破坏。中华民国时期，西黄寺曾经成为国民党军队的军营及仓库，其间，西黄寺清净化城塔院的慧香阁毁于一次弹药库爆炸。中华民国时期，西黄寺的逹赖喇嘛庙、清净化城塔院分为两寺，分别运作。其中清净化城塔院当时被称作“西黄寺”。释妙舟《蒙藏佛教史》载，“逹赖喇嘛庙。即汇宗梵宇，在安定门外。初为辽萧太后宫殿，工程浩繁。雍正元年正月，喀尔喀哲布尊丹巴唿图克图四十九旗、札萨克七旗、喀尔喀厄鲁特众札萨克汗、王、贝勒、贝子、公、札萨克、台吉、他布囊等合辞奏请，合资凡四千三百两，造三世诸佛像，八