2006年，于陈水扁总统任内，介寿馆正式更名为总统府，正门「介寿馆」门额衔牌亦于同年3月25日更换为「总统府」；后敞厅「中山厅」壁龛摆设的国父孙中山半身铜像与前敞厅大门入口处中央走道的总统蒋中正半身铜像被撤除，原孙中山铜像壁龛位置改放置盆景。2008年马英九上任总统后，仅孙中山铜像回复原位。虽经整修，总统府建筑仍保持庄严和简洁的设计。建筑分为五层楼，主体平面呈现倒「日」字型。正面宽约140公尺、侧面宽约85公尺，中央塔高60公尺，总佔地为2100坪，建筑物的中央塔、角塔、卫塔等大片立面的1:2:3:2: