北行列车会为待避列车而使用1号月台上落客；而南行列车则为使用4号月台。另外，沙田站1号月台旁前沙田货场范围内，曾设有多条路轨供工程车及维修车作停泊的临时轨道工场，原是供货卡停靠上落货之用（因兴建御龙山而迁至该处，直到2008年完工后回迁）。每逢马场站开放，沙田站会成为一个临时转线站，往罗湖或落马洲方向列车的乘客若要前往马场站，必须于沙田站等候途经马场站的列车。而前往火炭站的乘客，则须于沙田站等候途经火炭站的列车。另外在每日服务时间内，部份东铁线列车在此站1号月台清客后，便会暂停服务，返回何东楼车