方营救章太炎未成后，逃亡日本横滨，在那里结识孙中山，并出资帮助他得以前往檀香山。1904年黄宗仰回上海。1914年，黄宗仰离开爱俪园，回到镇江任江天寺首座。1920年，黄宗仰募集巨款，使毁于太平天国战争的南京栖霞寺得以恢复。1921年7月，黄宗仰在栖霞寺圆寂，安葬于栖霞山，年56岁。