可靠的方式。灭菌要在特别的高压锅里完成，是因为肉毒杆菌的芽孢需要116–130 °C的温度才能杀灭。有些罐头就是在高温灭菌的时候煮熟的。从公众健康的角度看，酸度较低（pH > 4.6）的食品必须经过完全灭菌处理，不然就有导致肉毒杆菌中毒的风险。大部分蔬菜、肉类（包括海鲜、禽类）、奶类都必须高压灭菌。酸度够高（pH ≤ 4.6）的食品可以使用一般的沸水水浴（100 °C）消毒，是因为酸度足够抑制肉毒杆菌芽孢。水果、腌菜，以及其他加了酸的食品属于此类。