寺原名妙果院，建于北宋大中祥符元年（1008年），位于温州城墙来福门外。创建者为天台宗妙果文昌法师。文昌为永嘉县人，曾追随慈云遵式、法智大师，是慈云诸多弟子中的佼佼者，之后回到家乡，为妙果第一世。之后，天台宗天授、处谦、继忠、从义、宝印等都曾在此驻锡。绍兴二十八年（1158年），比丘尼员净向妙果寺捐赠大批佛教经典，价值万金。王十朋应叔父宝印法师之邀，写作《妙果院藏记》记录此事。清顺治十五年（1658年），妙果寺毁坏废弃，康熙十四年（1675年）重建。清末以来，寺院凋敝。1951年，寺前千佛塔被拆。