井县福井市，是当地下级武士大森藤辅的第五子，就读小学时迁往东京。
教育.1890年大森房吉毕业于东京帝国大学理学院物理学系，之后在东京大学的研究所攻读气象学和地震学，并且在该校接受来自英国的地震学家（John Milne，以御雇外国人身分来日）指导，直到他于1895年离开日本为止。米尔恩的日本同事在1880年起在东京帝国大学教授地震学，成为世界各大学中第一位地震学教授。
早期职业生涯.关谷清景和大森房吉首次使用东京大学内的仪器清楚纪录了灾难性地震。1896