世是坚定且狂热的天主教徒，铲除异端与迫害异教徒皆在他的统治下达到前所未有的程度。1560年腓力二世组织了神圣同盟，在地中海对抗奥图曼帝国的入侵，于1571年的勒班陀战役取得决定性的胜利。1561年腓力二世将首都迁往马德里。1580年西班牙吞併葡萄牙（伊比利亚联盟），连带接管了葡萄牙的所有海外殖民地。不过腓力二世对于宗教的狂热也在各地遭遇反抗，1568年起信仰新教的尼德兰地区开始反抗西班牙的统治（八十年战争）。英国对于尼德兰叛军的支持触怒了腓力二世，于是腓力二世在1588年派出无敌舰队意图征服英格兰，但是