旗直属于行政院，理论上和省、直辖市同级，但是依照国民政府1931年颁布的《蒙古盟部旗组织法》，部分事项必须与一级地方政府会商办理。也就是说，实行省县、盟旗双轨并行制，特别旗并无法完全掌控所有地方事务。国民政府在中国大陆执政末期，设有阿拉善霍硕特旗（宁夏省）、额济纳旧土尔扈特旗（宁夏省）、土默特旗（绥远省）、伊克明安旗（黑龙江省）四个特别旗。（省份均为当时之划分）