山大君旧第爲行宫，桂林君家爲大内，沈义谦家爲东宫，故领相沈连源家爲宗庙，以附近大小民家爲阙内各司（称时御所）。光海君时期将宗庙和宫殿择要修复。壬辰倭乱之后，汉城又经历了后金军（1636年改称大清）的两次入侵，即丁卯虏乱和丙子胡乱。丙子胡乱中，仁祖以沈器远爲留都大将，逃往南汉山城。后金兵至汉城后，驻扎于慕华馆至南庙一带，后又于兴仁门留屯。皇太极严令无得侵掠城中人民，但后金军队撤离时掠走了大量人口、金银、牲畜。后金将领阿敏（四大贝勒之一）羡慕朝鲜宫殿城阙壮丽，一度不愿返回满洲苦寒之地，被皇太极疑有异图而猜忌