记录器（俗称黑盒子）送飞安会调查，以釐清坠机原因。预计28天内向国际民航组织提出初步报告，最快3个月内釐清事发内容，1年后提出空难调查完整报告。同日更改原时段航班编号为 GE2288 。7月26日，飞机失事现场已经大致清理完毕，国军派兵进驻消毒，澎湖县政府派员前往现场清查受灾户损毁现况，复兴航空也透过湖西乡公所商讨赔偿问题，而西溪村受灾户则陆续回家清理物品。复兴航空澎湖空难週年前夕，马公机场新增设ILS助导航仪降设备，将在6月25日启用，民航局在马公机场配置2套起降设备，符合国际机场标准，让航机起降