犯罪和国际恐怖行动的出现。公安九课在市容很像香港的日本城市「新港市」中执行各种秘密任务。九课因为不顾正当程序的自作主张，强硬行事，往往与政府其他部门起冲突，例如负责外交的公安六课就与公安九课不合。另一方面，公安九课之中的重要人物、全身是义体的机械生化人草薙素子，对于自己的现状一直隐隐感到不满。有一天，公安九课因为一件外国政要的刺杀未遂案而开始追查神秘的骇客「傀儡师」。傀儡师能透过网路入侵人脑，植入虚拟记忆，再利用记忆被窜改的对象来达成目的，此次骇入的是日本外务大臣的口译生化人。公安九课没有成功追查到傀儡