0年代初，蔡建林终于成为上海队和上海申花的主力门将，虽然不时面临偶有出色发挥的贾春华的挑战，但基本是球队首选。1994年，球队从俄罗斯招揽的外援门将库茨惨遭1：6主场负于广州太阳神的经历，蔡建林也成为实际上的唯一选择。但是到了1995年，新的外援门将高佳凭借出色表现，占稳了主力位置，蔡建林直到1996年高佳状态下降才重新成为首选。1997年，申花签下第三位外援门将瓦列里，蔡建林再次成为替补。1998年，32岁的蔡建林正式决定退役，此后曾经担任申花的守门员教练。