。很多大臣认为这场大爆炸是上天对皇帝的警告，纷纷上书，要求熹宗皇帝匡正时弊，重振朝纲。皇帝不得不下了一道罪己诏，表示要痛加省醒，告诫大小臣工「务要竭虑洗心办事，痛加反省」，希望借此能使大明江山长治久安，万事消弭，且下旨发府库万两黄金赈灾。此事后来亦被御笔太监载入明朝正史。
起因假说.对于王恭厂灾变的成因，几百年来一直众说纷纭，有人认为是地震引起的，有人说是火药自爆，亦有认为是由地震、火药及可燃气体静电引爆同时作用者。至于天然气引爆说、陨石坠落说、隐火山地球内核喷发说、甚至外星人入侵