与中国中原地区也有着密切的联系，这使之与中亚独立的突厥国家有着明显的不同。古突厥，也就是中国古代所称的“突厥人”，曾在中国以北的地区建立过强大的突厥汗国。最终突厥汗国分裂为东突厥和西突厥两个汗国，其中西突厥汗国继承了今新疆一带地区，7世纪西突厥汗国被中国唐朝灭亡，新疆再次直接被中国政府统治。此处的东突厥和西突厥与后世的东突厥斯坦与西突厥斯坦没有直接关系。16世纪，东察合台汗国完成了新疆西部及周边地区的伊斯兰化和突厥化，被波斯人称为“蒙兀儿斯坦”，而新疆东部的哈密国一带则曾长期作为羁縻卫所处于中国明朝的控