阳山与李炳南决定将学者发言从报告中略除；2013年8月25日，李炳南说，当初调查案本身与李登辉身世本来就没有直接关系，但显然已对李登辉及其家属构成严重影响，因此他们决定修正，未来官方报告版本将不再包含这些文字。2013年5月28日，戚嘉林说，台湾历经汉族与台湾原住民「四百年融合、四百年血脉」，已内化为血脉同源的中国人，是现状也是现在进行式；台独人士大多是汉族的后代，他们的祖先之所以能来台湾垦殖，实受惠于明郑与清朝等汉族政权；台独论述却将这些汉族政权蔑称为「外来政权」，罔顾台湾社会现实，最终只能自陷于「外