已发现最初的熵理论对催化定向效应熵的贡献是被大大高估了的。
涉及质子供体与受体的催化（酸碱催化）.质子供体与受体，如酸或碱，可以供出或接受质子，以使过渡态发展中电荷达到稳定。这是典型的激活亲核与亲电基团或是稳定离开基团的效应。组氨酸是常见的涉及到酸/碱反应的残基，因为其酸度系数接近于中性且因此可以既可作为质子的受体又可作为质子的供体。许多涉及到酸/碱催化的反应机制会采取基本上变动的酸度系数。这个酸度系数的变动可以通过残基的局部微环境来实现。酸度系数可被环境明显地改变，在一定