分化时间非常晚，导致亲缘关系非常密切，如所罗门群岛海雕（"Haliaeetus sanfordi"）与白腹海雕（"Haliaeetus leucogaster"）的亲缘关系便很近，部分文献认为二者之间的分离可能比更新世中期（约 10 万年前）还要晚。而在植物中，复合种的情形更普遍也更复杂。鸟类是嵴椎动物中演化非常极致的类群，它们在演化上的多变性远胜于哺乳动物。尽管近代以来有越来越进步的分子遗传学提供作为亲缘鉴定与分类的依据，但鸟类的复合种分类问题其实仍存在不少困惑之处，比想像中的更加困难。例如，和复合种