4年的系统发生学分析中，吕君昌和同事将耐梅盖特母龙分类成一种进阶型的偷蛋龙类，并发现牠和葬火龙亲缘关系最近。2010年朗里奇和同事确认耐梅盖特母龙属于偷蛋龙科中，机灵龙亚科（Ingeniinae）的一部分，使牠成为后者中唯一具有显着头冠的物种。另一个偷蛋龙亚科的物种全部都有头冠。机灵龙亚科的物种以较小的体型、短而健壮的前肢、轻微弯曲的指爪、综荐骨所含的嵴椎数目、以及脚部和骨盆的决定性特征为鑑定特色。朗里奇和同事认为耐梅盖特母龙的头冠可能代表着这项特征在偷蛋龙科中演化出来或消失了好几次，或是牠根本不属于机灵龙