鹿儿岛本线、日丰本线和日田彦山线途径小仓，也是北九州市唯一的新干线车站。在小仓车站之外，门司港车站、门司车站、户畑车站、八幡车站、黑崎车站、折尾车站、下曾根车站也是北九州市乘客较多的车站。除了JR的路线之外，北九州市还有筑丰电气铁道线一条私铁路线。北九州高速铁道经营有自小仓车站到企救丘车站的单轨铁路小仓线。小仓线开通于1985年并在1998年延伸至小仓车站，是小仓地区重要的公共交通手段。此外北九州还有门司港怀旧观光线和皿仓山缆车两条主要用于观光的铁路。曾是北九州市内交通重要手段之一，但已在2000年完全废除