（民国15年）冬，王伯群继马君武之后任大夏大学校长。蒋介石发动四·一二政变，成立南京国民政府，王伯群参加该政府，任交通部部长。作为首任交通部长，王伯群成为各项交通事业的奠基人，特别是在电信、航空方面取得显着成果。1931年（民国20年）12月，因为同鸦片秘密贸易相关，王伯群遭到弹劾，被迫辞去交通部长职务。此后，他历任川滇黔视察专员、行政院驻平政务整理委员会委员。抗日战争爆发后，王伯群将大夏大学及复旦大学迁往内地。王伯群帮助教育部进行迁移活动，两大学组成的第一联合大学在江西省庐山（后迁往重庆）、第二联