。2009年，被黑函检举，晋升少将时涉嫌买官，后监察院经监委调查后，认为并无买官情事。但在2月调任陆军委员，军检肃贪专案小组再度将柴惠珍列案，送交军事高等检查署，调查她买官的传闻，调查结果仍是无罪。2010年1月，柴惠珍自军中退役，财团法人资讯工业策进会研究员。2010年11月，被借调至行政院科技顾问组