社会中的不满情绪，但暴力活动仍然没有减少。在印度撤军的时机点双方有过短暂的停火因泰米尔勐虎组织控制地区的势力，趁着斯里兰卡政府在镇压人民解放阵线无暇顾及他们之时，开始剷除敌对的泰米尔组织。直到双方内部稳定后，冲突立刻重启，斯里兰卡政府发动进攻，试图夺回贾夫纳。这个阶段的战争很快被称作第二次伊拉姆战争，特点是空前的残忍。1990年6月11日，泰米尔勐虎组织在东部省屠杀了超过600个斯里兰卡警察，即使他们已经投降。斯里兰卡政府对贾夫纳半岛发布食物与药物的禁运令，并以LTTE为目标，用空军无情地轰炸。LTTE