自淀山湖，全长约113公里，流经市区，江道宽度300～770米不等，平均360米，为不冻河，是上海的水上交通要道和主要城市景观组成部分。吴淞江（俗称苏州河）上海境内长54公里，河道平均宽度45米，原有入海口即今吴淞口，后“黄浦夺淞”，现于外白渡桥以东入黄浦江。上海境内的最大湖泊为淀山湖，面积为62平方公里。此外，由于城市发展，上海市区境内诸多河道已被填埋并修筑道路，最为知名的为公共租界与法租界的界河洋泾浜，即今延安东路。
岛屿.上海的自然岛屿分为海洋岛屿与内河岛屿两大系统。海洋岛屿