邪论》一卷与之争论，唐高祖览对无辞，废佛之事息止。之后反对李仲卿等排佛言论，又着《辩正论》。由于唐朝皇室以老子李耳后裔自居，偏袒道教，法琳遂攻击老子之父为“癃跛下践”，母为“宅上老婢”，野合而生老子。并称李唐宗室非老子李耳后裔，与陇西李氏无关，而是代北拓跋氏后裔。于是触怒唐太宗。被唐太宗下狱，后赦免死罪，改为流放益州为僧。贞观十四年（640）六月初一日行至百牢关菩提寺，患痢疾不救，七月二十三日卒，年六十九。