南地区爆发鼠疫、成为第三次鼠疫大流行的源头，而此前从1772年起，该地区已出现多次小规模疫情。
中国大陆及香港疫情.1856年-1873年间，云南回变，但被清军镇压，与此同时鼠疫开始流行。 1882年，鼠疫传播到广西北海，由前往云南地区平叛的清军带回。1894年，鼠疫传播到了广州和香港等地，导致大流行、造成了香港鼠疫。 1894年3月至6月之间，据不完全统计，广州有约4万人死亡。 1894年5月，香港成为疫区，而据港英政府、《香港历史图说》等记载，香港地区死亡至少2500余人。