5400 万年前才分化成两支，其中一支演化成鲸类，可能始于巴基鲸及其他古鲸亚目近亲，它们渐渐适应水下生活，最后演化成完全水生的鲸类。因此，此学说认为鲸偶蹄类才是有效的单系群分类。反对者的理由是，目前发现最早的河马化石产生于中新世，而鲸类的分化则可上溯至始新世，鲸/河马假说出现了一个 3000 万年缺少河马祖先存在的空白期。一些形态学研究指出石炭兽科是河马的祖先，但却得不到有力支持。
系统发生.根据近年的分子学研究，劳亚兽总目内部可能的演化关系如下（真有蹄类学说）：鲸偶蹄目各主要