，当高雄超过一千例或全国达到一万例，再成立中央流行疫情指挥中心。由行政院副院长张善政担任指挥官。疫情指挥中心推估，登革热疫情将提早从9月底开始进入高峰期。9月22日，安平区同平路一名80多岁的老翁因烧柴驱蚊，造成连栋建筑火灾。9月23日，前台南市长许添财在国会质询疾病管制署长时，称2007年台南市发生5例时，台南市政府就展开全面地防疫作为，此次明显动员过慢。9月28日，台风杜鹃行经台湾岛，受台风影响，登革热疫情一度趋缓，随后再度攀升。10月5号，卫生福利部疾病管制署与美国匹兹堡大学在美国国家科学院院