建立在代谢控制发酵技术的基础上的。目前，代谢控制发酵技术已经用于核苷酸、有机酸和部分抗生素的生产中。20世纪70年代以后，基因工程、细胞工程等生物工程技术的开发，使发酵工程进入了定向育种的阶段。20世纪80年代以来，随着学科之间的渗透和交叉，数学、动力学、化学工程原理和计算机技术开始被用于发酵过程的研究。目前，自动记录和自动控制发酵过程的全部参数已经被应用于生产。