吉」的正确字型为「」（上土下口）。原本为金峯山寺的僧房——吉水院（きっすいいん），明治维新时期因神佛分离（废佛毁释）影响，改为神社。主祭后醍醐天皇，配祀南朝的忠臣楠木正成与吉水院宗信法印。
概要.吉水神社，相传为白凤年间（8世纪后期）由役行者小角所创建的吉水院。南北朝时代，后醍醐天皇出逃到吉野，受到宗信法印的援护，于吉水院建立行宫为暂时的居所。后醍醐天皇驾崩后，后村上天皇制作了后醍醐天皇像，祀奉于吉水院。进入明治时代后，由于用佛教仪式供养天皇一事被以神佛分离观点检讨。明治四