独立大名，其他二家的能岛村上氏是小早川氏、因岛村上氏是毛利氏的家臣。1588年（天正16年）年，丰臣秀吉发布海贼停止令，村上水军停止海贼众的活动。之后，因岛村上氏仍为毛利家的家臣，江户时代成为长州藩的船手组，根据地在周防国三田尻。能岛村上氏从毛利家获得周防大岛，江户时代和因岛村上氏同是长州藩船手组。来岛村上氏在江户时代转封丰后国玖珠郡，完全远离海洋（森藩）。
系图.
能岛村上氏. （村上师清？义胤？）
来岛村上氏.※村上氏→来