予桓玄的事，更令其恐惧。不久，王愉和王绥因自疑而图谋攻袭刘裕，因阴谋泄露而被刘裕诛杀，王谧堂弟王谌当时就劝说王谧到吴国起兵，对他说：「王绥无罪，而义军诛杀他，是在除去时望。堂兄你早有名誉，加上地位如此高，能不危险吗？」王谧因而恐惧出奔。刘裕不久以武陵王司马遵承制总百官事，并上请司马遵派人追还王谧。王谧回去后仍以本官受任，并加班剑二十人。义熙三年十二月戊子日（408年2月5日），王谧去世，享年四十八岁。朝廷追赠侍中、司徒，赐谥号为文恭。