文渊阁全部焚毁。成化十六年下令“南京皇城内宫殿不许重修”，任其圮废。万历《大明会典》亦称“凡南京皇城宫殿倾圯，累朝以来止行护守，不许修饬”。但是此后在成化、正德年间均有修南京皇城的记录，例如成化二十二年十二月“命修南京玄武门城楼”。正德年间，南京兵部尚书乔宇入宫游历，此时南京皇城尚存有太庙、午门五凤楼、文华殿、太孙宫、东宫、兴庆宫、大善殿、九五飞龙殿、望江楼、内花园、西宫、武英殿、棕殿、大庖厨、八宝库、古今经籍库、东华门、西华门等建筑嘉靖十四年四月壬寅，南京端门、奉天门倾圮，明世宗命钦天监择日兴工修复，遭都