量的养猪场排放废水，其污染程度包括下游到上游，都呈现重度污染的黑色，溪水流动缓慢，是台湾三大污染河川最严重的，同时也是全世界重金属污染最严重的河川。下游的稻米和养鱼业依然因溪底沉积的重金属受到污染，陆续传出不少销毁、污染和居民传染病的新闻，包括出海口养殖牡蛎变成绿色，出现「绿牡蛎污染事件」。其污染程度的严重性，甚至由CNN做出专题报导『名闻国际』。2001年6月28日，郝龙斌时任环保署长，于台南召开记者会，明确下达指示动员各相关单位，该年6月底前，要完成台南县、市强制拆除二仁溪沿岸违法熔炼厂的任务。