四旗及四牧群改设察哈尔盟，卓特巴扎普任盟长。1月23日，卓特巴扎普的好友尼冠洲（蒙古名尼玛鄂特索尔）遭日本人策划遇刺身亡。这导致卓特巴扎普被迫更紧密地同日本人合作，并且后来参加了德穆楚克栋鲁普的蒙古军政府。1937年（民国26年）10月，他参加蒙古联盟自治政府，任参议兼察哈尔盟盟长。翌月，他任蒙疆联合委员会总务委员会委员。1938年（民国27年）7月，他任蒙疆联合委员会的总务部部长。1939年（民国28年）9月蒙疆联合自治政府成立，他任政务院院长兼察哈尔盟盟长。翌年3月，他作为蒙古方面代表出席了南京国民