959年析出成立清溪公社，1983年9月撤公社建区，1987年5月撤区建镇，沿革至今。1988年东莞升格为地级市，清溪成为中华人民共和国中为数不多的地级市直辖乡镇。改革开放后该镇“三来一补”企业大量增多，形成日后的工业雏形。1986年间该镇开始大规模的基础设施建设。不久清溪镇经济进入了近30年高速成长期，此期间该镇国民生产总值一般年增长20%以上，「打开山门」不过是近30年的事。2005年，全国政协委员刘家琛提议将清溪镇划入深圳，发展成产业转移和工业后勤基地，使深圳有足够土地空间。因该镇为地级市直辖乡镇