和奥斯曼帝国的入侵弄得焦头烂额，根本没有精力去强制实施对阿尔布雷希特的制裁；结果那些反对势力很快都消亡了。巩固了自己在普鲁士的地位后，阿尔布雷希特希望在帝国政治中扮演一个活跃角色。他加入了新教诸侯们组成的托尔高联盟，该联盟几乎是公开与皇帝查理五世（天主教的狂热支持者）作对。托尔高联盟最后终于进化成直接与皇帝对抗的施马尔卡尔登联盟，与查理五世进行了两次施马尔卡尔登战争；由于缺乏强大的资源，阿尔布雷希特没有在这些军事活动中发挥重要作用。 在普鲁士的国内事务方面，阿尔布雷希特于1544年建立了柯尼斯堡大学