政机关，行使教育部职能，统管全国教育。中华民国建立后，校名改为北京大学校，后又改名为国立北京大学。1916年—1927年，蔡元培任北京大学校长时期，“循思想自由原则、取兼容并包之义”，推行改革，把北大办成以文、理两科为重点的综合性大学，使北京大学成为新文化运动的中心、五四运动的策源地。1937年抗日战争爆发后，北大与清华、南开合并组建国立西南联合大学。日本战败后，北京大学回到北平复校。1952年院系调整后，北京大学聚集了原北大、清华、燕大三校的自然科学、人文学者，奠定了北大文理学科在中国高校中长期领先的地位