则是成为自治邦总理。新政府成立后，李光耀决定释放被林有福政府关在樟宜监狱的亲共政治犯，如林清祥、蒂凡那、方水双等人。他们在出狱后，都表明接受行动党现任中央委员会的领导。1961年5月27日，马来亚首相，东姑阿都拉曼公布想把新加坡、马来亚、文莱、砂拉越和北婆罗洲（沙巴）联合起来组成联邦。这是因为随着新加坡政局不稳定，东姑害怕新加坡有朝一日会被共产党人占据，利用新加坡作为基地对马来亚展开行动，使马来亚之前对抗马来亚共产党成果功亏一篑。人民行动党支持合并，但是党内亲共人士怕合并会对他们不利，所以林清祥