他在位期间，英国国内曾有人策划一场军事政变，试图推翻威尔逊的政府，而蒙巴顿伯爵也牵涉在阴谋之中。
被指控为苏联间谍.有一名叛逃的苏联间谍阿纳托利·戈利岑声称哈罗德·威尔逊为苏联的特务机关克格勃服务，并表示亲美的前英国工党领袖休·盖茨克被克格勃所暗杀，以便安排威尔逊接掌工党。然而，《卫报》的记者和军情五处的历史学家都分别认为戈利岑只是揣测以及认为他只是一个「不可信的阴谋论者」。可是，据军情五处前官员彼得·赖特的传记（抓谍人）所述，在1964年，威尔逊竞选首相时，美国中央情报局的特