子晋也没有再任命。中兴元年（501年），萧衍攻入建康城，萧子晋还穿着侍中的官服。南朝梁天监元年（502年），梁武帝代齐，削除萧子晋的封国，授其辅国将军、高平太守。同年，萧子晋祖母谢氏的墓葬被盗掘，但并未挖至墓室之门。事发后，身为承重孙的萧子晋向礼官何佟之谘询自己该如何做。何佟之认为，谢氏之墓仅被破坏坟土，未及椁，因此不必依照改葬之例服缌，仅哭丧三日即可。梁武帝认为何佟之所议得礼。不久，萧子晋谋反，兄弟一起伏诛。