本部和军事委员会第一部合併为军令部，变成军事委员会军令部。1945年8月，八年抗战结束，军事职权陆续回归行政院军政部。1946年6月，改为国防部参谋本部。
宪政时期.1970年至2001年《国防部组织法》修正前，参谋总长实为中华民国国军实际军令执行者。2001年制定《国防部参谋本部组织条例》后，明定其为国防部部长之军令幕僚、及三军联合作战指挥机构。配合2013年1月1日起施行国防部组织调整，于2012年12月12日制定《国防部参谋本部组织法》，参谋总长降编为二级上将（除非承平时期或