16年2月，北洋政府农商部设立直属的地质调查局。1916年7月，中国自主培养的第一批地质毕业生18人正式进入农商部地质调查局工作。1916年10月，地质调查局更名为地质调查所，实行独立核算。。当时许多着名的地质学家和古生物学家在初期进行调查工作，如戴维森·布莱克。以及章鸿钊、丁文江、翁文灏、李四光等299位地质工作者。抗日战争时期，地质调查所先由北平迁往南京，后由南京经长沙迁往重庆。在这个时期，相继发现或勘察了延长油田、玉门油田，在江西发现了一批钨矿，在滇黔发现了铝土矿，在云南昭通、贵州水城发现了煤矿。