出生于台北松山基督徒家庭，家族与马偕、杨志良有姻亲关系。祖父陈能是四兽山煤矿矿主、父亲陈复礼是日治时代第二任松山区区长，两人在1895年詹振抗日事件时曾向日军讲情，让钖口街得以倖免。1942年，陈拱北自庆应大学医学院毕业之后，隔年就返回台北，进入台北帝国大学医学部，有感于当时公共卫生观念之贫乏，在妻子柯秀贞全力支持下，决定投入预防医学之研究工作。他曾提醒庆应大学同学郭章垣回来台湾后要小心，但郭章垣依然在二二八事件时被处死，其余同业卢炳钦、潘木枝、黄朝生、张七郎等人也遭杀害。1950年代，陈拱北在美援