副局长，开始投入与美国展开智慧财产权谈判，最后成功地将台湾从301条款的制裁名单上移去。1993年2月接任行政院副秘书长，后由连战接任行政院院长。1995年2月25日以第一位台籍、非情治系统出身的法律人身份，担任法务部调查局局长，任内接连破获「周人蔘电玩弊案」、「中正机场二期航站相关工程弊案」、「新偕中建设及其关系企业违法超贷案」、「国际票券公司营业员盗取百亿资金案」等案，也奠定了他日后执行扫除黑金工作的基础。1996年6月自马英九接下法务部部长，旋即开始执行扫除黑金工作，成为台湾历史上民意支持度唯一达