见皇帝，改授侍讲学士，直上书房，担任皇子永琰老师。五十一年，擢礼部侍郎，后调兵部。五十五年（1790年）出任安徽巡抚。五十九年调广东巡抚，不久署任两广总督。次年授左都御史，又授兵部尚书，仍保留广东巡抚之职。嘉庆元年（1796年），授两广总督，兼署广东巡抚。二年调为兵部尚书，又调为吏部和户部尚书，仍留任巡抚。清高宗在嘉庆四年正月去世后，仁宗召朱珪回京，命直南书房，管户部三库，加太子少保，赐第西华门外。不久任用为上书房总师傅，调户部尚书。五年，兼署吏部尚书。后来因事削职。七年，任命为协办大学士，恢复太子