废韦后。张仲之被讯问时，说武三思罪状，直称武三思和韦后通奸。负责参验其事的韦巨源和另一结连韦后的宰相侍中杨再思假装睡觉，不予理睬，与吏部尚书李峤故意将王同皎断为死罪，众以为冤。七月，改吏部尚书。景龙元年（707年）九月，韦巨源为侍中、中书令。奉诏与唐休璟、李怀远、祝钦明、苏瑰等定《垂拱格》及《格后敕》，前后计二十卷，颁下施行。又与太子中允刘知几、同僚纪处讷、中书令杨再思、兵部尚书宗楚客、中书侍郎萧至忠并监修国史。武三思先有实封数千户在贝州，当时遇到大水，刺史宋璟请求免租庸及封丁，韦巨源却以为庄稼虽然被淹