亚纲现存的唯一目，且为所有马陆所属亚纲的基群。毛尾马陆亚纲为所有现存马陆的姊妹群，包括及。2003年，毛马陆目包含了159种有效种及亚种，但是自2010年以来，已陆续发表了至少8个新种。
化石纪录.最早的毛马陆化石发现于黎巴嫩白垩纪早期的一个琥珀之中。 部分科学家将已灭绝的节肋目与併入毛尾马陆亚纲之下，作为毛马陆目的姊妹群。