1940年，汪伪政权在南京成立，伪司法部、政法院设立于此。1945年，日本投降后，国民政府光复南京，南京市政府迁回贡院办公。
1949年至今.1949年4月下旬，解放军攻占南京城，南京市政府溃散。新政权将新的南京市政府设于原考试院旧址内。江南贡院则归新组建的南京市公安医院使用。1952年，医院改名为南京直属医院，1956年，改名南京市中医院。贡院门楼——明远楼作为医院大门使用至1980年代。1982年，江南贡院碑刻被列入第三批江苏省文物保护单位。明远楼列为南京市文物保护单位。1