1937年8月底，随国立中央大学西迁重庆。迟至1939年5月仍未毕业，故得以出席1939年5月11日国立中央大学历史学会成立大会。1940年3月，顾颉刚在成都领衔创办《史学季刊》，陶元珍、陶元甘在发起的74人内。同年9月，陶元甘获聘加入顾颉刚领导的齐鲁大学国学研究所，任《责善半月刊》编辑员。同年11月，被聘为兼任研究员，直到1941年1月13日主动辞职。1940年7月到1941年4月，陶元甘在《史学述林》、《责善半月刊》、《文史教学》上发表了多篇秦汉史论文及札记。1942年9月初，四川省通志馆成立。