推行“政治辅导员制度”，以此为基础，清华一批政治领导人，对近年来包括当下的中国政治现状有着重要影响。他的理念偏向苏联高等教育模式，提出培养出“又红又专”“红色工程师”的模式。由于在上个世纪五十年代初，大陆清华大学进行院系大调整，清华的文科、理科全部并入北京大学等校，清华图书馆内一部分珍贵古籍也要调走，但是蒋南翔上任后，及时制止这一举措，为后来的八十年代清华恢复文史类学科起了作用。1957年6月8日人民日报发表了题为《这是为什么？》社论，在全国吹响了组织力量反击右派分子进攻的号角，这一天便被定为“反右运动