秀、不破光治等人为讨伐越前国蜂起的一向一揆被织田信长派往敦贺城防备。天正3年（1575年），武藤舜秀招降一向一揆方杉津砦的守将堀江景忠，并加入消灭一向一揆的作战，战后因功加封敦贺一郡，并且和羽柴秀吉、明智光秀、稻叶一铁、细川藤孝、万见重元等人攻入加贺国，夺下偏南的能美、江沼两郡。在内政方面，武藤舜秀对新领地发出命令逮捕违乱者恢复治安，并且允许川船众如往进行买卖。天正5年（1577年）时参加纪州征伐、天正6年（1578年）支援羽柴秀吉进攻播磨国的神吉城，在荒木村重背叛后加入织田信忠的军势攻打伊丹城，