为了将这支蒙古族抗日武装掌握在中共手中，乌兰夫等决定，白海风以黄埔一期生的身份，向国民政府军政部自荐重组这支队伍。1936年11月，军政部任命白海风为蒙旗保安总队少将总队长，收容、整顿和重组蒙旗保安总队，将其重组为900余人的以蒙古族青年为主体的部队。乌兰夫、纪松龄、朱实夫、奎璧、李森、孟纯等一大批大革命时期入党的中共党员以及抗战初期入党的赵俊臣、克力更、纪明德、云蔚、云飞杨、齐希古等活跃在这支部队中，使得共产党组织在这支队伍中有着核心影响力。1937年9月，蒙旗保安总队奉命退守固阳。部队改编为蒙旗独立混成