方民族主义反抗事件尚未被完全消灭，所以南疆和阗、北疆阿山都有反抗事件发生，不仅杀死解放军，且攻击县城，已成烽火燎原之势」。在1960年代中苏交恶，苏联重启疆独运动，策动中国新疆军区少将朱龙·塔伊波夫（俄籍）、新疆文化厅厅长孜牙·赛买提（俄籍）叛乱（伊塔事件），率领民族军及家眷移往苏联哈萨克作为煽动中国分离主义的筹码。苏联驻伊宁领事馆向民众大派苏侨证及开放边境，大量民众逃亡到苏联，不少都是「东突厥伊斯兰独立运动」的骨干。苏联又在哈萨克斯坦的塔拉斯、乌兹别克斯坦的撒马尔罕设立训练中心，从逃亡苏联的中国难民中