油机车由铁道部安排转交四方机车车辆厂改进设计和批量生产之后，大连机车车辆厂仍然根据地方厂矿企业的订单需求，按原来的图纸生产过为数不多的东风5型机车。当中某些机车的编号与四方机车车辆厂的产品混杂，例如云南天安化工有限公司的东风5型1068号机车、中国石化胜利油田胜利发电厂的东风5型1090号机车。部分机车则采用独立的编号号段，例如锦西天然气化工有限责任公司的东风5型6001号~6005号机车、中国石油化工股份有限公司胜利油田分公司的东风5型9001号~9003号机车。
第二代（四方机车