驶锦上路至近洲头一段的北环线，而北环线则改为只连接落马洲站，并且加设洲头站接驳东铁落马洲支线。由于高铁最终改以全隧道方式兴建（即「专用通道方案」），北环线的研究亦暂时搁置。
港口铁路线.港口铁路线是一条货运铁路线，连接罗湖和葵涌货柜码头。路线有两个方案：第一是由葵涌的港口铁路货运站开始，经一条连接葵涌和大围的新建隧道，然后取道东铁（现东铁线）大围至罗湖一段前往罗湖。第二是由港口铁路货运站连接附近的西铁（现西铁线），经西铁至锦上路，然后经北环线前往罗湖。铁路发展策略2000中指出