仍有一些零星的对抗日本统治的活动，尤其原住民部族的武力抗争持续将近了20年。乙未战争造成台日两方的大量伤亡。日军计有515人负伤，164人战死。另有数千日军感染霍乱等疾病而死，病死者包含领军的近卫师团陆军中将北白川宫能久亲王、以及近卫师团第二旅团长山根信成少将，不过根据相关考证，日军在伤亡名单上面採取单位互换、战死改为病死、战死隐瞒不报与窜改战死地点等方式来匿报实际作战阵亡人数，根据《靖国神社志》的资料显示，不含病死与意外事故死亡，在台湾战场被抗日军民击毙的日军最高可能达1,436人。而台方死伤人数难以