苗民聚集城下，鹿传霖正率领精锐士卒迎接军饷，听闻都匀警报，迅速返回协助守城，双方相持十余月，援兵断绝而都匀陷落。鹿传霖向云贵总督报告其父死事，其后清军收复都匀，鹿传霖奉父母遗骸归葬，当时鹿传霖年仅二十岁，因此知名。鹿传霖之后以举人身份跟随钦差大臣胜保征讨捻军，授任同知。同治元年（1862年）登壬戌科进士，选庶吉士，散馆改广西兴安县知县。因督剿柳州、雒容土匪之功，获赐孔雀翎，升任桂林府知府。光绪四年（1878年）调廉州。当时李扬才反叛入越南，鹿传霖紧急追捕，将其党羽解散。旋即升任惠潮嘉道，提升为福建按察使