之后首次由保守派执政。在保守派政权时期，美军基地问题被淡化，经济发展成为这一时期沖绳县政的主题。沖绳县的经济也在这一时期取得明显发展，和日本本土的差距有所缩小。1990年，大田昌秀当选沖绳县知事，沖绳县再次由革新派人士执政。1995年，沖绳发生美军强姦12岁少女事件，引发日本舆论哗然，要求美军撤出沖绳的声音再次高涨。1996年，日美两国达成协议，美国同意交还位于宜野湾市中心地区被住宅环绕的普天间飞行场，但将在沖绳县东海岸兴建新的基地取代普天间飞行场，引发沖绳民众不满。同年沖绳县举办要求缩小美军基地规模的。1