后，哈扎拉人分成两派，分别支持和反对拉巴尼政府。在1996年塔利班占领喀布尔之后，哈扎拉人团结一致，和北方联盟联合。但在1998年哈扎拉贾特被塔利班占领，大量哈扎拉人被普什图人为主的塔利班杀害。2001年美国遭到九一一袭击事件之后，因为认为塔利班庇护基地组织，美国出兵阿富汗，瓦解了塔利班在阿富汗的统治。哈扎拉人得到前所未有的权利，包括接受高等教育、参军等。哈扎拉人哈吉·默罕默德·马哈吉吉还参加了2004年的阿富汗总统选举。
语言.哈扎拉人使用哈扎拉吉语，这是一种接近于阿富汗人普遍