大的利根川水系。草津·万座·浅间地域、志贺高原地域与苗场地域有多个火口湖、火山性高原洼地与破火山口的湖沼，及湖沼长年淤积形成的湿原。另外还有等坐落于崃谷的人造湖（水坝湖）。公园内可见火山活动与冰河作用形成的地形。火山活动地形包含成层火山（浅间山）、火山穹丘（）、火山碎屑锥（本白根山、钵山）、寄生火山［侧火山］（小浅间山）、火山口（本白根山涸沼、浅间山），反映地质的地形有奇岩怪石（四阿山的岩）、柱状节理（、幕岩），河川作用地形有瀑布（），冰河作用地形有化石构造土（）、（本白根山镜池）、雪蚀凹地（平标山、谷