杜润生领导的国务院农村发展研究中心。1986年，“中国农村发展研究所”成立，王岐山任所长，由杜润生直接领导。在1980年代的“清除精神污染”及“反资产阶级自由化”运动中，杜润生都未受到大的波及。1989年六四事件发生后，中顾委委员李锐、杜润生、于光远、李昌因反对以开枪方式处理学生运动，在中央顾问委员会同时受到整肃，有人提出将四人清除出中国共产党。1990年8月，中顾委主任陈云批示称，“他们四个人的意见都是在党内的会议上讲的，没有违反组织原则。我们党内过去这样的教训太多了，应该吸取，不应该把四个人开除