在该领域的最广泛使用的工具，特别是史密斯-沃特曼算法（与坦普尔·史密斯共同研发）是许多序列比较方案的基础。1988年，沃特曼和埃里克兰德的发表具有里程碑意义的论文，描述了一项用数学模型进行印迹法作图的工作。这为许多后来的DNA作图和测序项目，特别是人类基因组计划奠定了理论基础。