站并非在敦煌市市区，为尽量避免车站噪音、震动等因素对敦煌市境内众多文物古迹的影响，敦煌站建设在了敦煌机场附近，距离敦煌市市区11公里，距离世界文化遗产莫高窟15公里，距离敦煌机场仅不足2公里。2018年，敦煌线距柳沟站8公里处新建双塔站，该站与兰新铁路第二双线柳沟南站之间新建柳沟南联络线。先期建设的柳沟南下行联络线于2018年9月10日完工，上行联络线工程于2019年上半年进行。为满足动车组160km/h开行条件，敦煌线双塔至敦煌段155公里线路（K6+300~K161+473段）于2018年10月开始