后，所发现的许多原生生物根据是自养还是异养，划分为原生植物与原生动物，分别归入植物界与动物界。而海克尔在1866年增加了原生生物界，即把真核生物分为四界。在20世纪80年代之前，单细胞的原生生物的分类还处于很混乱的阶段，直到DNA测序技术的成熟使系统发生学出现，改变了这一状况，也使人们开始重新谱写真核生物的分类。
2005年国际原生生物学家协会分类.根据系统发生学的研究，根据进化分支上的同源性，2005年的提出了一种在当时被普遍接受的真核生物分类方法，分作六类（supergro