会议讨论建立军政府并推选都督，由于梁善济反对建立新政府，而遭到张树帜威胁，梁躲到副议长杜上化背后。阎锡山提出选姚鸿法为都督，但姚拒绝。会议最终选举了阎锡山任都督，温寿泉任副都督。梁善济出任民政部长。民国二年（1913年），当选民元国会众议院议员。此后和汤化龙等人创立民主党、进步党。民国三年（1914年）国会解散后，他任教育次长，次年离职。后来任宪法研究会党务部长，成为研究系要人。1917年中华民国临时参议院成立时，研究系曾推梁善济任议长，但最终未能成功，议长为王揖唐担任。民国七年（1918年），他任安福国会