开始独立建制。上海部分更名为上海交通大学，西安部分更名为西安交通大学。原交通大学校长彭康改任西安交通大学校长，上海交通大学校长则另由中央委派。1999年上海农学院并入上海交通大学，2005年7月上海第二医科大学并入上海交通大学。2000年4月西安医科大学、陕西财经学院并入西安交通大学。
在台复校.美国交通大学同学会的赵曾珏有鉴于核子科学已由国立清华大学成立的原子能研究所开始发展，但是与核子研究极为相关之电子研究则尚付阙如，力倡在台成立国立交通大学电子研究所。Secti