净妙寺（日语：じょうみょうじ）是位于和歌山县有田市的临济宗妙心寺派佛寺。山号是医王山。本尊为药师如来。位于山腹的寺域，现在存有本堂（药师堂）和多宝塔等等属于中世的建筑物。
歴史.寺传在大同元年（806年）因平城天皇的母亲藤原乙牟漏发愿，由鉴真的弟子唐僧如宝所创建。但是，乙牟漏是在延历9年（790年）去世，如果正如寺传所言，那花了相当多年才兴建完成。天正13年（1585年）受到丰臣秀吉的兵火波及，包含现在残存在山里的药师堂（现在本堂）和多宝塔等建筑全部被烧毁。经历了长期的荒废，在