重组。2018年，有研究人员以刺突蛋白（S）的序列将本种分为两大演化支，其中一支包含血清型I型的猫冠状病毒与犬冠状病毒，另一支则包含所有猪传染性胃肠炎病毒以及血清型II型的猫冠状病毒与犬冠状病毒。甲型冠状病毒1型可能是甲型冠状病毒2型（雪貂冠状病毒与水鼬冠状病毒）的姊妹群。