九直通车每日共开行9对（18班）列车（单数车次往红磡，双数车次往广州东），其中1对通过东莞市常平站。现时红磡至广州东之间单程约需2小时。另外，广九直通车于1993年开行至佛山站的直通车，同时在1995年至2017年一度延长至肇庆站始发。但随着广深港高速铁路香港段的开通以及香港西九龙站的启用，现时已取消往来佛山的直通车。列车在香港段与港铁东铁线共用路轨，而在深圳与广州之间经由广深铁路Ⅲ、Ⅳ线（普速线）运行。
历史.
通车初期.1898年，中英银公司获特许