建筑局庶务课长兼营缮课长、复兴局建筑部庶务课长、复兴局长官官房计画课长、复兴局长官官房文书课长、复兴事务局文书课长、计画课长、庶务课长、兼内务书记官，内务大臣秘书官、内务书记官，大臣官房会计课长。1932年6月，就任秋田县知事。1935年1月，转任关东局司政部长，后任该局总长。1939年1月，任企画院次长，后任该院总裁心得。1940年7月，就任满洲国国务院总务长官，任至1945年8月日本投降。1945年9月，武部六藏遭西伯利亚抑留。1950年7月，作为战犯被中华人民共和国引渡，收容入抚顺战犯管理所。