在当时也没有甚么行动，于是积极参与，先遣杨佺期率五千水军与桓玄作前锋，自己则领二万兵在后，一直沿江东下。桓玄与杨佺期一直东下，至八月到达湓口，新到州的王愉因没作准备而出逃临川但被桓玄偏师所俘。九月辛卯日（9月28日），朝廷加司马道子黄钺，以会稽世子司马元显为征讨都督，以王珣、谢琰讨王恭、司马尚之讨庾楷。至己亥日（10月6日），庾楷于牛渚大败给司马尚之，被逼投奔桓玄。但至乙巳日（10月12日），桓玄在白石大败朝廷军队，并与杨佺期进兵横江，司马尚之退走而司马恢之的水军全军覆没。朝廷军于是分守石头城和建康附近