后来任丞相长史，再转司直，后又迁中书令。此时建安、鄱阳和新都三郡山越人作乱，钟离牧被任命为监军使者，出兵讨平。乱民首领黄乱、常俱等都派出他们的部众为东吴服兵役。钟离牧因功封秦亭侯，官拜越骑校尉。
安定边境.永安六年（263年），曹魏攻灭蜀汉，当时有人认为在吴蜀边境武陵郡的五谿夷族可能会叛乱，钟离牧于是被任命为平魏将军，领武陵太守，到当地镇守。此时曹魏亦派汉葭县长郭纯试守武陵太守，并领涪陵人民入迁陵县境，并驻屯赤沙，用以引诱五谿夷族；部份夷族响应郭纯，更进攻酉阳县，震惊武陵郡。钟离牧