析分子在三维空间内的疏水场、静电场和立体场分布，将这些参数对药物活性回归。目前CoMFA方法和改进的CoMSIA方法已经成为应用最广泛的药物设计基本方法之一。
药动相的构效关系.药物和其他生理活性物质在机体内需要经过吸收、分布、代谢、排泄的过程，药物的这一过程被称作药物动力相，简称药动相。药物在药动相的行为会对药物生理活性产生非常重大的影响，而由药物化学所决定的分子理化性质会对药物在药动相的行为产生极大的影响，因而在药动相的构效关系是构效关系研究的一个重点。影响药物分子在药动相