绝裸子植物的一些类型，尤其是种子蕨，被推测是开花植物的祖先，但之中并没有直接的连续化石证据来表示花朵是如何演化出来的。一些较早的化石，如三叠纪早期的「Sanmiguelia」即被推测是开花植物的祖先之一。依据现在的证据，一些人亦推测开花植物的祖先是由于三叠纪晚期（两亿四千五百万至两亿零两百万年前）的未知裸子植物分歧出来的。早期的大羽羊齿类植物至开花植物间的关系仍然是个谜。被子植物和买麻藤纲之间亲近的关系－依其形态上的证据，因分子上的分析而出现了争议，而使得买麻藤纲被认为更接近其他的裸子植物。现代的基