哺乳动物属马达加斯加独有，如马岛长尾狸猫等。岛上共记载存在超过300种鸟类，其中超过60%（包括四个科，42个属）为特有种。还有一些科和属的爬行动物已在马达加斯加发展出了超过260个物种，其中90%以上属岛上独有（还包括一个完全独有的科）。全世界所有的变色龙种类中，有三分之二在该岛上安家落户，其中包括已知最小的迷你变色龙(与最庞大的国王变色龙)，还有研究人员指出，马达加斯加可能是所有变色龙的发源地。该国的特有鱼类包括两个科，14个属和上百个物种，其中大部分生活在岛上的淡水湖与河流中。虽然对马达加斯加的无嵴椎