直接对皇帝负责。尚书台设尚书令一人，为其主管长官；尚书仆射一人，为尚书令之副；左右丞各一人，为令、仆之佐。尚书令原分四曹，后增至六曹，每曹有尚书一人，侍郎六人。同时，东汉政府还设立三套监察机构，分别是中央的御史台、兼具京官和地方官身份的司隶校尉与地方的州刺史。光武帝同时设立中常侍等宦官职务。一系列的措施大力削弱的三公的权力，尚书则权高位低，同时也为之后的宦官乱政埋下隐忧。汉献帝建安十三年，曹操掌控下的朝政下令废除三公制，恢复汉初旧制，复设丞相，由曹操出任，军国大事一由丞相统任。