内清剿洞庭地区强盗，并将祁阳的土匪治罪，百姓得以安宁。万历二年（1574年），调任直隶溧水县知县，次年试河南道监察御史。时值张居正掌国，傅应祯是其门生，对时事有所思虑，遂上疏陈述重视为君之德、纾解民困、广开言路三件事：奏折呈上后，张居正认为疏中提到王安石，影射自己，于是大怒下旨责问；又因奏中论及到余懋学，将他逮捕下狱，严厉追问他是否有党羽。傅应祯几乎被折磨致死，但什么都没有承认，随后被贬到定海。给事中严用和、御史刘天衢等上疏营救，万历帝均不听。当傅应祯被关进狱中后，给事中徐贞明带着御史李祯、乔巖看望他。