同严宗光（后改名严复）、萨镇冰、叶祖珪、刘步蟾等，前往英国格林威治皇家海军学院深造驾驶专业；先学习理论，后上军舰实习，一年半后毕业。毕业以后，方伯谦先被派到英国犹太拉军舰赴印度洋实习，尔后又经历了全球各大洋的航行。回国后，历任镇西、镇北炮船、威远练船管带。1885年，调管济远快船。1889年，升署北洋海军中军左营副将，委带济远快船。1892年，署海军副将期满，改为实授。甲午战争爆发前夕，方伯谦曾上条陈于李鸿章，建议速添快船，改善装备，使“彼自闻而震慑”。1894年，朝鲜爆发起义，清廷派兵帮助平乱，丁汝昌