许多教堂1941年至1944年在德国佔领爱沙尼亚时被摧毁。苏联解体后，反宗教的法律被废除。
人口统计.不到三分之一的爱沙尼亚人有宗教信仰； 其中大部分是正教会（主要是斯拉夫族裔）或路德宗教派。还有一些少数其他宗教教派：穆斯林，犹太教和佛教。