教堂并依照他们自己的法律过活。10世纪开始，东罗马国力日盛并对穆斯林诸国威胁加剧，穆斯林开始引进突厥人雇佣军。突厥人的宗教政策并不如阿拉伯人宽容，同时什叶派等较为排外的穆斯林宗派势力也开始抬头。双方冲突日益加剧。909年，伊斯兰教什叶派首领在突尼斯以法蒂玛和阿里的后裔自居，自称哈里发，是为法蒂玛王朝（中国史书称“绿衣大食”），建都马赫迪亚（969年迁至开罗）。1009年，西方对穆斯林态度发生了巨变，日后圣地的统治权在十字军出现前反覆在什叶派（开罗）和逊尼派（巴格达）政权之间交替。这一年， 第六任埃及法蒂玛