，这些原子在笛卡尔空间中可能很近（因此，较小的舍入误差可能会累积成不可忽视的力场误差）从扭转空间到笛卡尔空间转换的最佳最快和最精确的数字算法是自然扩展参考系方法。从笛卡尔角到扭转角的反向转换是简单的三角函数，并且没有累积误差的风险。在许多分子建模和计算化学程序中，Z-矩阵用于为分子系统创建输入文件。熟练选择内部坐标可以使结果的解释简单明了。另外，由于Z矩阵包含的分子连接性信息（虽然并不总是包含此信息）可以用于更有根据地猜测初始的黑塞矩阵，一些量子化学计算（比如结构优化）可以因此而加快速度。目前，Z矩阵通