旅客铁道的函馆本线连接函馆和札幌两地，在函馆市内有三个车站，是道南地区的铁路大动脉。函馆车站是函馆铁路交通的中心，现在的函馆车站修建于2003年，是第五代车站。2015年度，函馆车站日均乘客数有3115人。函馆车站和札幌车站之间运行有北斗号和超级北斗号特急列车。在北海道新干线开通之后，江差线改由第三部门企业道南渔火铁道经营。道南渔火铁道线有部分线路位于函馆市境内。函馆市内的有轨电车开业于1913年，由函馆市企业局交通部经营。现在函馆市电共有两条系统。北海道新干线的新函馆北斗车站虽然位于北斗市，但函馆市亦是该