1995年在西北大学任教；1997年至1999年任中国科学院应用数学研究所副研究员； 2000年至今任中国科学院数学与系统科学研究院创新基地副研究员。2003年荣获中国数学会第九届陈省身数学奖。
学术贡献.巩馥洲研究员主要从事随机分析等方面的研究，已在国内外重要学术期刊上发表论文十八篇。自上个世纪九十年代起研究Malliavin分析及环（loop）空间上的随机分析学。率先证明了环空间上加权一阶Sobolev空间的Poincare不等式，解决了L. Gross于1993年提出的猜想；