初，唐国安校长病逝，周诒春继任，任内勤勉，增加设备建筑，扩充留美名额，于1918年1月辞职。此后因受到政局变化以及学生反对，直到1931年校长更迭频繁，史称“清华校长更迭风波”。早期先后有范源濂（美国驻华公使反对）、赵国材（代理）、张煜全（被迫辞职）、罗忠诒（学生拒绝）、严鹤龄（代理）、金邦正（离校赴美）、曹云祥（代理）被任命校长。1924年5月，曹云祥成为正式校长，在任6年中，将清华从中等留美预备学校改办为综合性大学，办学目的也从从派遣留学逐步转为培养本国人才，1925年春成立国学研究院，聘请梁启超、