秦王李世民发动玄武门之变，杀死了太子李建成、齐王李元吉，唐高祖被迫立他为太子。杨恭仁被解除宰相职位，转任右卫大将军、鼓旗将军，领京城以西六十余府。八月，唐高祖传位给唐太宗李世民，唐太宗以杨恭仁为雍州牧（首都最高行政长官），加左光禄大夫，行扬州大都督府长史（扬州大都督是皇子越王李泰，李泰年幼没有上任）。贞观五年（631年），任检校左领军大将军事。以年老请求致仕退休，皇帝给他加勋位至特进。贞观八年（634年），任河北道大使，考察吏治。不久被任为使持节、都督洛怀郑汝四州诸军事、洛州（隋朝和唐高宗以后的东都洛阳