出生在韩国庆尚北道，在朝鲜日治时期迁至哈尔滨。朴文垚在父亲的影响下开始学习围棋，1995年开始接受专业训练，1999年入段成为职业棋手。但是次年其父在北京遇劫身亡。失去生活来源的朴文垚在2001年又落选中国国家少年围棋队，只能依靠着母亲打零工，以及包括曹薰铉在内热心人士的支持，在北京顽强坚持训练。2004年，在曹薰铉的安排下，他被特邀参加三星杯。2005年，朴文垚在第10届LG杯比赛中一举成名，从预选赛一直杀入四强，最后败于陈耀烨。此后，朴文垚入选中国国家青年队，成为新一代棋手中的佼佼者。2007年5月