.1999年，梁卓伟加入港大医学院，任职社会医学院（公共衞生学院前身）助理教授；2004年晋升为公共衞生学院副教授。他33岁时，成爲香港大学最年轻的全职终生教授之一。
沙士时期.2003年沙士爆发，梁卓伟建立了香港大学传染病流行病学研究小组，在其率领下主力研究可直接传播的唿吸道病原体之传播途径实地考察及模型。2005年，梁以武见计划研究员（Takemi Fellow）身份前往哈佛大学；2006年返回香港大学担任教授。2006至2008年期间，担任香港社会医学学院副院长和公共卫