倭马亚清真寺最早是罗马帝国时期的朱庇特神殿，在392年罗马帝国定基督教为国教后改为圣约翰大教堂（纪念施洗约翰），为正教会安提阿牧首区下大马士革主教的主教座堂。叙利亚于7世纪为阿拉伯人征服后，圣约翰大教堂一度仍归基督教徒做礼拜之用。705年，倭马亚王朝的哈里发瓦利德一世接收了这座教堂，将其改为清真寺。瓦利德一世从拜占庭、叙利亚、埃及等地招集工匠，历时十年将清真寺建成。在改造过程中，教堂的长方形布局被保存下来，但其余部分有多少被留用则不得而知。可以肯定的是，倭马亚清真寺有两座尖塔原来是教堂的望楼，第三座光塔