原址增创为二台，北面的仍称“望阙”，南面的恢复了“郁孤”的原名。此后郁孤台屡废屡建。在明洪武年间，郁孤台一度成为行署所在地，先后改建成为“岭北道署”和“察院行署”。正德年间，行署搬至赣州城西，重新修复郁孤台。嘉靖年间再次倒塌后，江西巡抚汪尚宁、巡道游震得在旧址上建亭。清康熙三十九年(1700)，观察刘荫枢、赣令曹炯重建亭。道光十年(1830)，邑人罗诗瑞重修。同治八年(1869)毁于大风，十年重建，保持至今。同治九年(1870)重建。
现况.清同治年间所建郁孤台曾于1959