西南军政长官公署是中华民国国防部在中国西南地区川、康、云、贵、渝四省一市的派出机关，直隶行政院。1949年5月1日成立，驻重庆。1950年3月，随着国军在西昌战役中的失败而溃散。
沿革.1945年，中国抗日战争胜利，还都南京。1946年5月，国民政府军事委员会委员长重庆行营成立，设在林森路“军事委员会”原址（今解放西路重庆日报馆），由原军事委员会成都行辕和陆军总部部分人员合併组成。主任何应钦（未到任），代主任张群，参谋长萧毅肃，副参谋长余中英，秘书长刘寿朋。军事委员会撤销后，国防部