月26日，行政院长翁文灏请辞获准，蒋提名孙科继任；次日，立法院投票，同意孙科为行政院长。12月23日，行政院长孙科正式视事，主持首次内阁会议，发表施政纲领，宣布继续「戡乱」，作战到底，称政府用兵最后目的在争取和平，对内不倚外力支持，对外努力敦睦邦交；中国青年党决定参加孙科新内阁，仍由左舜生任农林部长，林可玑任政务委员。12月25日，中共方面宣布头等战犯名单，第一批43名人，孙科是其中之一。12月28日，行政院新闻局否认孙科派代表晤李济深。1949年1月1日，行政院长孙科发表广播演説，谓此次内战各方均有责