马来群岛确定了现在生物地理学中区分东洋区和澳大拉西亚区的分界线（华莱士线）。他被认为是19世纪动物物种地理分佈的权威专家，有时被称为“生物地理学之父”或“达尔文的挡箭牌”。1858年春天华莱士在马来群岛患病，躺在床上发冷发热，突然想起12年前读过的人口论。马尔萨斯的这本经典提出族群的个体数目快速成长，终将超越自然资源的成长，带来必然的灾难。所以华莱士想到：如果由此角度来思考生物物种的演化与存留，这种自动发生的程序必然会改进种族，因为每一代劣等的必定会被杀死，优秀的会存活，亦即适者存活。这样子动物躯体的每