即位后，封邓晨为房子侯。邓晨喜欢郡守的职位，因此又被授予中山太守。官吏百姓都称赞他，他也一直在冀州官职考核中获得优等。光武十三年（公元37年），邓晨被改封为南变侯。他进朝请奏，又被任命为汝南太守。光武十八年（公元42年），刘秀出行到章陵，征召邓晨担任廷尉。邓晨一路扈从到新野，宴席上，刘秀赏赐他的金银不计其数，又派他回到汝南。邓晨兴建鸿郄陂水利工程，灌溉数千顷良田，汝南土地从而富裕起来，鱼米丰收，恩泽广至许多郡。次年，又被封为西华侯，又征奏朝请。光武二十五年（公元49年），邓晨去世。刘秀亲临送葬。谥号为惠