名极盛。早年为生员。道光二十年（1840年）高中一甲第二名进士（榜眼），授翰林院编修，是林则徐门生。道光二十四年充广西乡试正考官，二十五年教习庶吉士。李鸿章深“服其学问精洽”。咸丰三年（1853年），太平天国于南京建都，冯桂芬奉命在南京附近的苏州组织团练，与太平军对抗，升右中允。咸丰十年（1860年），太平军攻克苏州，冯桂芬逃往上海，继续参加组织由江浙官绅与英、法、美等国领事组成的全防局，1862年以后参与李鸿章的湘军以协助镇压太平天国运动，以英美兵器经验自创淮军。晚年曾先后在金陵、上海、苏州等书院讲学