阁总理大臣（首相）小泉纯一郎访问雅加达时，曾向时任印尼总统梅嘉娃蒂·苏卡诺普特丽提出日本有意与东南亚国家（包括印尼）签订贸易协定。2003年6月，梅嘉娃蒂访问东京，双方就协定进行了进一步的会谈。2004年，谈判因印尼举行总统大选暂时中止，随后由苏西洛·班邦·尤多约诺取代梅嘉娃蒂当选为新任总统，协定的进展于2004年12月继续进行，当时两国同意成立一个研究小组以探讨可行的自由贸易协定，研究成果于2005年5月公布，其并且建议该协定与日本同东南亚国协协议的谈判同时进行。2005年6月2日，尤多约诺和小泉纯一