京都唿吁尊皇攘夷的舆论唿声高涨，反对幕府的激进派人士（勤王、倒幕、志士）展开种种对幕府支持者与政要的暗杀行动（天诛），亦使京都城内强盗闯入商家等的骚乱横行。幕府判断仅凭京都所司代无法抵御，便另设京都守护职，希望重建幕府威信及恢复治安。京都守护职将京都所司代・京都町奉行・京都见廻役置于其下，同时一併管理见廻役配下由幕臣结集而成的京都见廻组，然而仅凭京都所司代、京都町奉行、会津藩士也是人手不足，并无法发挥其效力，于是在京都守护职下另立新选组，以协助负责治安维护。京都守护职在庆应3年10月大政奉还后废止。