类会再依底物、生成物及化学结构来分类。用四位数字可以完整的描述一个酶。例如，己糖激酶（EC 2.7.1.1）是转移酶（EC 2），会将磷酸基团（EC 7）加到六碳糖中，是一个含有醇基的分子（EC 2.7.1）。
结构.酶大都是球蛋白，以单体或聚成复合物对反应进行催化。和其他的蛋白质一样，酶的三维结构是通过多肽链折叠形成的。氨基酸的序列（一级结构）能决定蛋白质的三维结构，进而影响酶的催化活性。尽管结构决定功能是一条具普适性的规则，一种新的酶的活性不能仅仅通过其结构预测。加热时或与化学