1984年到中央音乐学院音乐学系任教。蔡仲德所着的《中国音乐美学史资料注译》，是中国音乐美学史的第一部系统资料集，收集了从先秦至清朝末年2000多年间重要音乐和美学文献。他还出版了多本音乐史专着，获得多个奖项。除了中国音乐美学史之外，蔡仲德还对中国哲学、士的人格以及中国近现代文化都有深入研究，发表了数十篇论文，后结集出版为《艰难的涅槃——论“五四”与中国文化的转型》。2004年2月13日下午4时许，蔡仲德因肺癌病逝于北大医院。蔡仲德之妻是冯友兰之女宗璞。