合体最早在近交系小鼠（inbred mice strains）中发现，在做肿瘤组织移植实验时发现不同小鼠个体间会有排异反应。乔治·斯内尔将移植时引起排异的抗原命名为组织相容性抗原，并指出了H-2复合体就是小鼠的主要组织相容性复合体，这是最早发现的MHC基因座。因其贡献，斯内尔获得了1980年的诺贝尔生理学或医学奖。
进化与物种分布.大多数哺乳动物的MHC变异与人类似，一样具有丰富的多基因性和多态性，不同动物物种的MHC名称如下：
分类.根据基因的位置和功能