第16师团残部退到坎基伯特山中展开游击战。战后统计，第16师团有13778名官兵参加了雷伊泰岛战役，战死13158名，幸存仅620名，师团长牧野四郎中将在1945年8月10日自决。
来自该师团的南京大屠杀的人证.日军该师团老兵东史郎在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）点着了火，汽油一下子燃烧起来。就在这时袋子里发出了一种无法言状的可怕的喊叫声。袋中人用浑身的力气使袋子跳了起来，自己滚动。……手榴弹在水中爆炸了，水面一下子鼓了起来