常情况下，乙酰辅酶A被进一步氧化，而其中的能量以电子的形式被转移给还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸和还原型黄素腺嘌呤二核苷酸或是在三羧酸循环中被固定在鸟苷三磷酸中。然而，若是在β-氧化中生成的乙酰辅酶A量超过了三羧酸循环的处理能力或是因为三羧酸循环中间产物如草酰乙酸的量少而使得循环的效率低下，此时乙酰辅酶A就会被用于生成酮体：以上过程中，乙酰乙酸、丙酮和D-β-羟丁酸合称为酮体，他们被运出肝脏。β-羟-β-甲基戊二酸单酰辅酶A除了在合成酮体中扮演角色外，它也是胆固醇合成的中间产物。