在16世纪时，曾经是九州的主要城市，并与中国、葡萄牙等国家进行贸易往来，引进了欧洲的医学、音乐等知识与文化，是日本最早与西方文化交流的地区之一。最初的地名为大分郡，主要位于现在的市中心南方的「古国府」地区。鎌仓时代起，为担任丰后国守护的大友氏领地，室町时代，大友氏泰建设了府内城，週边开始以城下町的形式发展。战国时代，大友宗麟设立了日本第一个西洋式医院；但在1586年因为岛津家久的攻击而被烧毁，而大友氏也在岛津氏的侵略下逐渐没落，万历朝鲜战争之后，又因为大友义统的作战失误而被改封，丰后国在便被分封为许