遭到香港亲中人士的勐烈抨击。容许郑安国在港台发表相关言论的香港广播处长张敏仪其后被调职日本东京，不少香港人认为这次《香港家书》事件为近因。郑安国本人的工作签证续发在事件后受到延迟，评论猜测与中港两地政府不满意其言论有关。最终他于1999年11月被调回台湾，升任行政院大陆委员会副主任委员。
政党轮替后.2000年5月政党轮替，郑安国出任国民党智库国家政策研究基金会政策委员，于2002年与苏起共同主编《一个中国，各自表述」共识的史实》。之后，郑安国于2004年10月起，担任台北