式宣布谋求连任，并得到了五个常任理事国的支持。他是唯一一位公开表示参加竞选的候选人。2011年6月21日，联合国大会以全体鼓掌的方式通过了潘基文的第二个任期。2012年3月2日，潘基文任命瑞典外交官扬·埃利亚松为联合国副秘书长。 由于利比亚内战和阿拉伯之春，中东问题成为潘基文第二个任期开始的工作重心。整个2012年，潘基文都在关注以巴冲突，特别是的绝食事件，以及加沙地带的居民行动受限的问题。2012年8月30日，潘基文在伊朗举行的不结盟运动首脑会议上，对伊朗领导人有关摧毁以色列，否认犹太人大屠杀历史存在