素固定还有一种方式：它们可能会被封闭在较难分解的有机质（如木头）中。有些菌根真菌能够直接分解这些有机物，释放被封闭的营养元素，并将它们转运给植物。比如在一些贫瘠的森林中，菌根能够直接分解落叶碎屑获取磷及其他营养元素，从而避免了从土壤中获取。一种能够代替刀耕火种的雨林耕作模式，就是借助Inga树根系的菌根来防止磷元素被雨水冲走的。 在一些更复杂的关系中，菌根真菌并不是只积累不易运输的营养元素，它们还能通过将单个植株连接起来形成地下菌丝网络，在植物之间直接运输水、碳以及其他营养物质。一种叫做""的担子菌