首仗，陈肇麒连中三元，加上李康廉及陈文辉各建一功，主场在友赛以5–1轻取中华台北。2012年5月29日，香港队在将军澳运动场晨操，备战周五晚对新加坡的国际友谊赛。然而，陈肇麒在同日晚8时41分，透过社交网页公开确认退出香港队：「早前我已直接与香港队教练摩力克及助教通过电话，向他们解释，我自己因为私人问题需要时间处理，所以想退出香港队。」有传媒指他受到关于他场外生活的报导而影响。不过，不久后他就重返香港队。2012年12月1日，东亚盃外围赛第2圈，香港在旺角大球场迎战关岛，开赛仅2分钟，陈肇麒接应林学曦右路传