53年已决定其为中国科学院历史研究所第二所所长。在他1953年12月1日的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件。第一条：「允许中古史研究所不宗奉马列主义，并不学习政治。」第二条：「请毛公或刘公给一允许证明书，以作挡箭牌。」并说：「其意是，毛公（毛泽东）是政治上的最高当局，刘公（刘少奇）是党的最高负责人。我认为最高当局也应和我有同样看法，应从我之说。否则，就谈不到学术研究。」遂不能就任。仍任教于中山大学。此事于20世纪80年代方公之于世。
反对简体字.陈寅恪生前反对中华人民共