大多数的文献都已遗失。在往后的几个世纪，随着教会的权势日增，教宗有与各国统治者会面或政治亮相的需要而游走欧洲，故在各地拥有宅邸。当他们外交访问或其它事务时，会随身携带一些文件以便处理行政工作，也导致了部分文献的丢失。而最初开始放置这些文献的地方是位于罗马的拉特朗宫，后来则存放在各任教宗的住所。直至11世纪，众多的文件才被分配至至少三个地点存放，分别是拉特朗宫、圣伯多禄大殿和弗拉维安宫，但在11至13世纪间，遗失了很大一部份的文献，有一部份说法是因教廷曾经从罗马迁至法国亚维侬，且前后共有七位教宗在亚维侬教