迁址.1958年，清华大学东墙向东扩展800米，即从现在的清华园南北主干路位置移到现在的与地铁13号线平行的荷清路。在扩展出的校园里盖起了清华大学的中央主楼、东主楼、西主楼、东操场等教学设施。因此，京包铁路的清华园站在此时搬迁至四环路南侧，北京航空航天大学西门外现址。
扩建.为了让游客在2008年北京奥运会期间更方便快捷地前往八达岭长城等景区，自2008年8月6日起，北京市郊铁路S2线开通运营，列车沿途交替停靠清华园、、昌平、、等车站，同时车站站台改建为高站