与苏澳镇，有南澳北溪与南澳南溪两条支流，而以北溪为最主要的支流，两溪于南澳桥下游会合，然后东流入太平洋。南澳溪的源头是宜兰县的三星山，不过亦有大元山与望洋山等源头说。南澳溪流域人口稀少，环境受破坏程度有限，加上南北各有观音海岸自然保护区与乌石鼻海岸自然保留区，自成一个独立的生态系，其中有许多的特有种生物。
水系主要河川.以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道。