有健康的扁鲨群落。国际自然保护联盟因应扁鲨数量的大幅下降及持续存在的威胁，将它们列为处于极危状况。它们也被列在1976年《巴塞隆纳公约》（Barcelona Convention）附录三中。在巴利阿里群岛有三个海洋保护区正在保护它们。于2008年，英格兰及威尔斯海岸对出11公里内实施全面保护扁鲨的政策。英国及比利时曾建议将扁鲨纳入《东北大西洋海洋环境保护公约》（Convention for the Protection of the Marine Environment of the North-Eas