生长于数百至数千公尺深的深海中，其生长环境水压很大，且缺乏生长所需基质，有研究显示生长于深海的几种酵母菌有承受高达20-40 Mpa水压的能力，亦有研究发现焦麴霉可以生长在数百公尺深的贝壳基质上，在10 Mpa的高压上正常萌发、生长与产生孢子。温度、盐度、流动、含氧量、其他物种的竞争以及基质的存在与否都会影响海洋真菌的生长，例如南极因终年低温且缺乏生长所需的基质，海洋真菌的种类亦较少，只有南极白冬孢酵母（"Leucosporidium antarcticum"）与""等少数类群，许多真菌的生长范围受到水