灵帝大怒，用囚车押解卢植回京师。朝廷唯有下诏再重新调动将领：皇甫嵩北上东郡；朱儁则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人「天师」张修则亦在起兵攻打郡县，但未受到灵帝重视。
剿灭余敌.朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，但六月至八月也不能攻克，京师有奏议征朱儁回师，幸而张温上表说情，灵帝才未行。但消息传开，朱儁急迫，进攻赵弘，赵弘被杀，由韩忠代替。朱儁又因兵力不足，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军注意力被