度3000-5000米，气候干旱，为荒漠山地。积22.5万平方公里，占47.7%；平原面积24．65万平方公里，占52.3%；其中戈壁沙漠面积14.3万平方公里，占全州面积的30.3%。全州境内共有大小湖泊69个，总面积2398平方公里。主要湖泊有博斯腾湖、罗布泊、台特玛湖、鲸鱼湖等。位于焉耆盆地东南部的博斯腾湖，东西长55公里，南北宽25公里，湖水高程1048米，水域面积1001平方公里，为全国最大的内陆淡水湖。全州共有大小河流53条，年径流量106亿立方米。按河流的发源地可分为天山水系和东昆仑山水系