支流有马恩河、瓦兹河、奥布河；南部支流有约纳河、厄尔河。通过17世纪-18世纪修建的运河，可以沟通莱茵河的支流默兹河，法国南部主要河流罗讷河的支流索恩河，以及法国第一大河卢瓦尔河，吃水浅的船只可以直接航行到比利时、德国和地中海。上游马恩河和奥布河流域是香槟酒的主要产区。塞纳河流域地势平坦，从巴黎到河口365公里，坡降只有24米，因此水流缓慢，利于航行。整个流域降水量为630-760毫米，平均流量为280立方米/秒，夏季水位低，冬季水位高，和中国的情况相反。上游建有几座水库，调节流量，但主要是为下游城市用