香港政府宣布推行荔枝角湾填海工程，拆除原有泳棚等水上活动设施，以提供新土地增加该地区稀缺的休憩用地。填平后荔枝角大桥不再跨越任何海岸，成为普通陆上行车天桥。1990年代，香港市政局在荔枝角湾填海地兴建荔枝角公园。1999年到2003年，九广西铁（今西铁线）兴建，其中在荔枝角大桥附近范围的荔枝角公园增建新的月台和车站大堂，使美孚站成为连接荃湾线及九广西铁的转车站。由于车站直接建于大桥底下的原有地段，大桥于2000年4月被发现出现了14毫米的上移，而上移幅度在2000年12月曾一度达31毫米，到了2001年