为车站大堂，2楼则为候车月台，设有侧式月台2个，另外中央位置另设有通过线1条，为2面3线的配置，与奥津轻今别站的设计相同，有效长度为10辆。
在来线（道南渔火铁道）.车站为地面车站，但售票大堂则设于行人天桥上，为跨站式站房。设有侧式月台1个、岛式月台2个，合共3面5线的配置。其中侧式月台为1号月台，最近新干线站舍的岛式月台为4、5号月台。
车站週边.木古内町的中心站。
其他.在2002年12月，由于津轻海崃线最低等级之列车「海崃」停驶