恩再度从海岛进攻，驻守会稽的徐州刺史谢琰战死，司马元显于是求领徐州刺史，加侍中、后将军、开府仪同三司、都督扬豫徐兖青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事。同年十二月戊寅日（401年1月2日），有彗星出现在天津，司马元显以此解录尚书事，但又加授尚书令。当时吏部尚书车胤不满司马元显骄傲放纵，于是去见司马道子，请他禁抑司马元显。司马元显知道后就去问司马道子究竟和车胤说了甚么，但司马道子不答。司马元显一直追问，司马道子于是怒道：「你想幽禁我，不让我和朝士见面！」司马元显认为车胤离间其父子，于是暗中派人谴责车胤，车胤吓