若是与本站的东京地下铁千代田线（常磐缓行线直通）实施，尖峰时刻时会开放转乘剪票口因应。东北本线高架桥附近的入口虽可前往JR东日本、东京地下铁双方的站区，但该入口并没有东京地下铁的标志。
JR东日本.JR车站为2面4线岛式月台高架车站，地下有转乘千代田线的转乘剪票口。站内设有指定席售票机、。绿色窗口已在2013年12月14日结束营业。电扶梯分别设于田端站侧与日暮里站侧，电梯则设于日暮里侧。另外也有电扶梯通往千代田线转乘剪票口。过去电车到站时会播放「西日暮里、西日暮里、转乘地