返回建康，留年仅十一岁的刘义真与王镇恶等诸将留守关中。而因朝廷大事向来倚重刘穆之，其死后朝廷亦大为恐惧，刘裕以徐羡之代管留任之事，但平时由刘穆之决定的大事都需要向刘裕请示。朝廷追赠散骑常侍、衞将军、开府仪同三司。后刘裕又上书皇帝称颂刘穆之，于是改赠侍中、司徒，追封南昌县侯。永初元年（420年），刘裕篡晋称帝，又追念刘穆之等人，追封刘穆之为南康郡公，赐谥号文宣。刘裕曾说：「穆之若果没有死，就会助我治理天下。现在可说是『贤人去世了，国家危殆了』。」又说：「穆之死后，人们都轻视我。」可见刘裕对其的思念。