对整个几内亚比索拥有主权，但他们实际控制范围很有限。19世纪，奴隶贸易的衰微令葡萄牙人向内陆找寻新利益。葡萄牙人对内陆的佂服十分缓慢，且遭遇激烈反抗。另外，葡萄牙割了很多土地给法属西非，包括繁荣的Casamance河流域。葡萄牙亦曾为Bolama而和英国争论，经美国总统尤里西斯·格兰特于1870年的介入，最后Bolama归入葡属几内亚。1879年，葡属几内亚从葡属维德角分开，在此之前，葡属几内亚归葡属维德角管理。
葡萄牙殖民地的独立.1961年至1974年。欧洲国家纷纷自愿或被