常见的不良反应包括骨髓抑制、疲倦、脱发、口腔溃疡、食欲不振和腹泻。 
研究用途.由于可以和DNA双螺旋结合，放线菌素除了抑制RNA合成之外，也能够影响DNA复制。不过科学家一般会选择更适合实验室里使用的其它DNA复制抑制剂，如羟基脲。放线菌素和它的荧光衍生物7-氨基放线菌素（7-AAD）在流式细胞术研究和显微镜观察细胞的过程中被用作染色剂。对富含GC的DNA片段的亲和力使得它们特别适合于标记DNA。7-AAD还能与DNA单链结合，因此它还能用于观察细胞凋亡和分辨活细胞与死细胞。