伊指挥第六军团参加第二次法奥战争，攻占埃尔欣根。11月从奥地利约翰大公手中攻占因斯布鲁克。1806年参加耶拿战役，并占领爱尔福特，迫使马格德堡要塞投降。1807年2月8日的艾劳战役中，内伊抵达增援及时挽救了拿破仑的战败，使战斗结束时战平。6月14日的弗里德兰战役中，担任右翼击败俄军。1808年6月6日，内伊被封为埃尔欣根公爵(Duke of Elchingen)。8月被派到西班牙指挥第六军团，赢得了不少小型胜利。1810年在马塞纳元帅手下转战葡萄牙，后因违抗马塞纳被调离指挥。
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