州府5县（晋江、南安、惠安、安溪、同安）1厅（马巷）、兴化府2县（莆田、仙游）、邵武府4县（邵武、光泽、泰宁、建宁）、延平府7县（南平、顺昌、将乐、沙县、永安、尤溪）、汀州府8县（长汀、连城、永定、上杭、武平、宁化、清流、归化）、漳州府7县（龙溪、海澄、漳浦、长泰、平和、南靖、诏安）1厅（云霄）、福宁府5县（霞浦、宁德、福安、福鼎、寿宁）、台湾府4县（台湾、嘉义、彰化、凤山）3厅（淡水、噶玛兰、澎湖）、龙岩州2县（漳平、宁洋）、永春州2县（德化、大田）。清初，福建先后隶于南明的南京弘光政权和福州隆武政权