曾有大弄蝶科(Megathymidae)及缰弄蝶科(Euschemonidae)等次级分类。然而，近年的分子种系发生学研究结果都否定这些分类法。现今的种系发生学研究指出，弄蝶科的演化支是喜蝶科的旁系群，两者于9920万年前分开演化，她们的共同演化支是「粉蝶科+蛱蝶科+灰蝶科+蚬蝶科」演化支的旁系群，然后凤蝶科是整个蝶类演化支——凤蝶总科中的基群。
次级分类.根据Warren et al.(2009)基于他们于2008年的弄蝶科分子研究，再综合形态学和生物学特征而建立出的弄蝶分类系统，