文以生病为理由退役，转业到地方。1951年，吴化文出任浙江省人民政府委员兼交通厅厅长。后来，历任中国人民政治协商会议全国委员会委员、浙江省中国人民政治协商会议委员会副主席。因中华人民共和国成立前的军功，吴化文获得一级解放勋章。1962年初，吴化文因胰腺癌入住上海华东医院，并接受了手术。1962年4月3日，吴化文因胰腺癌病逝，享年59岁。吴化文逝世后，1962年4月7日在杭州市凤山门殡仪馆举行了追悼会，周恩来、陈毅及八大军区均献花圈致哀。
评价.杜说：“吴化文反复无常，表面服从