81年，隋文帝杨坚受周禅让，建立隋朝，樊子盖以仪同官职统领乡兵，后除枞阳太守。589年，隋朝发起平陈之役，樊子盖以功加上开府，改封上蔡县伯，食邑七百户，赐物三千段，粟九千斛。此后历任辰州刺史、嵩州刺史，因母丧去职。不久，起授齐州刺史，固让，不许。其年，转循州总管，许以便宜从事。开皇十八年（598年）入朝觐见皇帝，呈献岭南地图，赐以良马杂物，加统四州，令还任所，遣光禄少卿柳謇之饯于霸上。604年，隋炀帝即位，将樊子盖调回京师，转任武威太守，以善政闻名。大业六年（610年），在江都宫觐见炀帝，炀帝对他说：“