005年12月，任厦门市发展和改革委员会主任、党组书记。2008年4月，郑栅洁离开厦门，任福建省发展和改革委员会副主任、党组副书记（2008年12月明确为正厅级）。2010年5月，任福建省发展和改革委员会党组书记、主任。2015年2月1日，升任福建省人民政府副省长。2015年8月，郑栅洁离开福建，任国家能源局副局长（副部长级）、党组成员，是国家能源局领导班子中首名来自于原国家能源局及原国家电力监管委员会系统之外的副局长。2017年4月，接替李亚飞任中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室副主任。