进入大内家，成为奉行人，但是义长在弘治3年（1557年）被毛利元就进攻而自杀，鑑种以义长的使者身份被送到丰后，因此留着性命，此后归返大友氏。武勇优秀，在重臣小原鑑元发起反乱，连宗麟都要避难的战局中，鑑种在鑑元所守的城池中放火，成功引导己方胜利而立下大功。永禄3年（1560年），讨伐伊予西园寺氏之际，杀死西园寺家臣土居清宗。更立下讨伐秋月文种的大功，因此在永禄元年被赐予2千町，并成为宝满城城督，负责管理、支配九州最高的行政机关大宰府。而且筑起支城岩屋城，被任命为筑前国守护代。永禄4年（1561年），在门司