被判定为死刑，又因他是罗马公民，所以不需要受钉十字架的酷刑，他的刑罚较为轻易。根据古代的传说，他被刽子手带到南城的奥斯第亚门〈Osteia〉离城约二英哩的埃圭赛维〈Aquae Saviae〉刑场斩首。后来的君士坦丁大帝在此处建了一座城外圣保罗大殿（城外圣保禄大殿），作为他殉道的纪念。
遗骨发现.2002年，由梵蒂冈委派的考古学家，在罗马第二大教堂「城外圣保禄大殿」祭坛下发现一个2.2米长的大理石棺，石棺面刻有拉丁文碑文「PAULO APOSTOLO MART」，即殉道者使徒保罗。为