由于日本政府对先岛群岛的的近代化较本土慢，人头税等旧有的制度依旧存在，直到20世纪初才废除。在二次大战后，先岛群岛并没有受到太平洋战争的破坏，但因日本政府在沖绳县的政府组织于美军佔领后失去机能，使得先岛群岛成为无政府状态，岛上居民曾在八重山群岛组织八重山自治会进行实质上的自治，自治会会长为实质上的地区领导人。直到美军进驻先岛群岛恢复政府运作后，自治会才自行解散。根据1952年实施的旧金山和约，先岛群岛也成为美国治理的地区。随着1972年的沖绳回归，先岛群岛再次成为日本的领土，但因为先前美军统治的关系，