教学实验院成立后成为首任院长，并兼任台北公共卫生教学示范中心主任。1962年，台湾省政府改组，黄杰出任主席并邀请许子秋接任台湾省政府卫生处处长职位；他在任内推动霍乱扑灭、小儿麻痺症及日本脑炎控制、家庭计画等计画。1963年，许子秋获京都大学颁发医学博士学位。1965年，许子秋利用其私人人脉未经外交途径进口日本已过期的沙克疫苗，是根据日本制剂标准，而世界卫生组织标准之标定系「自检定合格起两年」，经由卫生处寻求国内七位医药卫生专家的背书，表示过其疫苗是安全且具效力。。1970年，许子秋应联合国世