次年，清军西征，收复迪化一带。光绪三年（1877年），清军消灭阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆全境，持续10余年的新疆叛乱最终结束。光绪七年（1881年），清朝通过交涉收回被俄罗斯侵佔的伊犁。光绪十年（1884年），清廷下旨设立新疆省，废除了干隆以来的伯克制和军府制，实行与内地相同的郡县制。此次动乱大致分为以下几个阶段：
背景.同治初年，因太平天国、捻军等持续多年的内乱及向西方列强赔款，清廷面临严重的财政危机。每年由内地各省拨解新疆的二三百万协饷逐渐缩减，最终断绝。大小伯克官吏