激怒了自负的匈牙利贵族与精英（马札尔人）；南尼德兰的人民也因为自治特权遭受打压而酝酿反抗，最终使约瑟夫的理性政策大打折扣或被推翻禁止。
宗教政策.在宗教方面，约瑟夫阻止教皇干预帝国事务，并强化他母亲的天主教政策，让皇帝主宰了哈布斯堡君主国的天主教事务，国家接管大学并废除书报检查制。因此他建造了数以百计的新教堂，同时减少宗教假日的天数。他认为那些修士在「任何国家都是危险而无用的」，因此承诺要把修士转变为能够生产工作的有用之人。首先他减少一半的修士与修女数；其次关闭了两千一百所修道院与修