当地将军、都统、驻扎大臣的节制。设札萨克的蒙古部落，称为外藩蒙古，札萨克为一旗之行政、军事长官，相当于内属蒙古的总管（旗长）。外藩蒙古的札萨克一般有爵位，大多可以世袭。在新疆的哈密厅、吐鲁番厅，朝廷也册封回部贵族首领为札萨克，视同蒙古之一旗。旗仿满洲八旗制而编成，各旗有旗长，亦即世袭之扎萨克，掌理领内之行政，并以协理台吉为之副，佐理旗务。分世管及公中二种。世管者，各旗王公的首长世世承袭其职者之谓；公中者，不拘爵秩之高下，选出其人，特授敕命之谓。在札萨克的封地内，山川、河流、山林、牧地、田产均归其所有