形虫的祖先在其进化演变之前，真核生物已经开始出现线粒体。在1976年，Jean M. Whatley写道沼泽多核变形虫可能是目前最原始的真核生物。因此，多核变形虫可能是现代真核生物的雏形。而根据共生体学说，共生的内部细菌，可能在后来演变为现代真核细胞的线粒体。这些共生细菌的功能目前仍不清楚，Whatley认为它们可能会提供一个进化的范例，来说明细菌到线粒体这种转变方式。在1982年，琳·马古利斯为缺乏波动足的厌氧变形虫创建了泥生亚纲，多核变形虫属是该纲内的唯一一种属。之后，汤玛斯·卡弗利尔-史密斯加入一