所有列车均会停靠，因此大多经本站换乘。日暮里站与上野站、京成上野站的关系跟高田马场站与新宿站、西武新宿站的关系相似。
京成电铁.京成月台为3面2线，上行月台在一楼（1面1线），大厅在二楼，下行线月台在三楼（2面1线）。站房为跨站式站房。检票口分为北口与南口。另外，京成与JR之间还有中间检票口可供乘客转乘。本站停靠「Skyliner」在内的所有列车。虽然京成本线的终点站是邻站京成上野站，但其位置距离JR、东京地下铁上野站距离较远，要转搭常磐线、山手线、京滨东北线的乘客多在本站转乘