李兰娟主编了教育部全国高等学校医学规划教材《传染病学》。2005年3月兼任中华医学会副会长，为国家重点学科学术带头人、中华人民共和国卫生部传染病重点实验室主任。同年年11月，当选为中国工程院院士。在2019新冠肺炎疫情开端时，李兰娟是第一位提议封锁武汉市的中国专家，曾三次提请武汉市当地政府和国务院。最终使中央政府采纳其建议，并于2020年1月23日实施武汉封城。。2月1日，她和一组来自杭州的医务工作者前往武汉，帮助抗击疫情。此外，在此次疫情期间，李兰娟团队称阿比朵尔、能有效抑制2019新型冠状病毒。