因为忠于建文帝，不愿归顺明成祖，被处决。明神宗为其平反，南明谥忠毅。
生平.始祖自卓岙（卓岙）徙居沧洲。卓士坚之孙，卓伯毅之子。少时聪慧，过目不忘，“美丰姿，善谈论，凡天官、舆地、律历、兵刑诸家，无不博究”。官户科给事中。官至户部侍郎。他曾劝建文帝提早削藩，请改封朱棣到南昌，“燕王雄才大略，酷似先帝，顾其为人，必非久在人下者。且北平天下都会，地方广邈，士马精强。今宜及其未备，徙封南昌，则羽翼既去，变无从生。”建文四年六月，燕王举兵入金陵，是为明成祖。卓敬被捕，成祖责怪他提倡削藩