固关后，真定知府丘茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降。入北京，占领大名府，“布州县伪官，毒掠缙绅”。吴三桂引清兵入关后，随李自成撤出陕西，入湖广。清顺治二年、南明泓光元年（1645年），李自成在九宫山遇害，刘芳亮与田见秀、高一功部会合，投效南明组成忠贞营，坚持抗清。次年（1646年），北围荆州，遭清兵突袭而死。一说南明永历三年（1649年），与刘希尧战死于郴州（今湖南郴县）。