南新宿线」只是普通列车（包含快速、特别快速）的「系统路线名」，在同一区段内运行的特急列车、急行列车、通勤列车与临时列车等皆不称为「湘南新宿线」。新线开通初期每天只开行25对列车，其中宇都宫线、高崎线的直通列车有18对，并有运行东海道、横须贺线方向至新宿站后折返的短途列车，但并无针对东京站与上野站为起点车次的辅助列车。随着乘客量增加而开始增加班次，且因池袋站内轨道配置改良完成，大大提高了增班的能力，在2004年10月16日的时刻表修订中，湘南新宿线开始所有列车直通南北，并大幅提高至每天64对列车。宇都宫线