分为两个阶段：郑成功时期与郑经时期。1661年，郑成功击败荷兰东印度公司，五月佔普罗民遮城，改赤崁地方为东都明京，台湾总地号为「东都」。还实施郡县制度，设置了「一府二县」，承天府、天兴县以及万年县，并以承天府安平镇为京畿。其中，天兴县县治设于佳里兴（今台南市佳里区），而万年县县治则设于二赞行（今台南市仁德区二行里）。此外，明郑还先后设置了思明州、思明县，管辖厦门、金门等岛屿。1662年，郑成功逝世，世子郑经经历政争后掌权，对行政区划进行变革。全面实施并沿用郑成功设置的郡县制度，但稍稍做出变革。保留承天府