，加上内务卿大久保利通被志志雄真实一党暗杀，得知志志雄一党阴谋的剑心决定独自前往京都与志志雄一党对决。剑心在京都得到师傅比古清十郎传授飞天御剑流的最终奥义-「天翔龙闪」与次奥义「九头龙闪」，在决战中打败了志志雄。在剑心回到东京后，雪代巴的亲弟「雪代缘」从中国回到日本，并集合了「六人同志」向剑心展开复仇行动。剑心向众人讲述自己与雪代巴的过去，并与神谷薰约定在决战以后会一起生活。后来在神谷活心流道场的决战中，雪代缘捉走神谷薰并制造神谷薰已死的假象引致剑心意志消沈沦落至「落人群」，最后剑心回复斗志并打败雪代缘。雪