（1559年）四月，擢都察院右副都御史，巡抚陕西。嘉靖四十二年（1563年）三月，加兵部右侍郎，四月，以都察院右都御史兼兵部右侍郎，总督陕西三边军务。嘉靖四十五年（1566年）四月，进南京兵部尚书，改南京户部尚书。隆庆元年（1567年）四月，入京为兵部尚书，加太子少保。俺答封贡议起，宣大总督王崇古、首辅高拱、副辅张居正等皆力主通贡互市，郭干意见相悖，郁郁而病。隆庆五年（1571年）三月十六日致仕。万历九年（1581年）卒。
家族.曾祖郭钦，县主簿；祖父郭源；父郭胜，母张