物内部构造的植物解剖学区分开来。传统的植物分类学所採用的特征极大一部份为植株的外部形态，因而形态学家亦注重个体发生、亲缘关系等议题。传统的植物形态学所研究的对象是传统上被归类于植物的分类群，如微生物、真菌，以及藻类 (含蓝绿藻)、苔藓、维管束植物等绿色植物、植物化石、部份原生生物等。因此形态学的内容通常依较大分类群区分，讲述其外部形态，以及不同类群间形态演化适应的关系。这或多或少涉及了植物分类学范畴，有助于理解分类群间的关系；而与植物生理学相关联的部份常是在其外部构造(即形态)与生理功能之间的关系；