元鼎四年（前113年）复为县，属丹阳郡。新莽时改为宣亭县，东汉恢复原名。东汉建安十六年（211年）孙权自京口徙治于此；次年改名建业，移治今南京市。太康元年（280年），西晋灭吴，复名秣陵县；三年分淮水（今秦淮河）北为建业县，南为秣陵县，还治秦时旧址。东晋义熙九年（413年）移治京邑斗场柏社（今南京市武定桥东南）；元熙元年（419年）又移治小长干巷内扬州府禁防参军（今南京中华门外西侧）。南陈末年，隋灭陈之后，并入江宁县。