头目率众投降，此后中甸正式划归云南省管辖，并且建厅设治、“改土归流”。雍正二年（1724年），清廷下旨将该寺改名为“归化寺”。干隆年间，噶丹松赞林的僧众勐增到上千人，云贵总督庆复上奏，称针对中甸各寺“议将现在喇嘛酌留400名给与度牒，余令还俗，并请裁减青稞口粮。”以便削弱中甸的僧众势力，加强流官的力量。但清廷经过讨论认为，在藏区实行“改土归流”不宜冒进，应延续元朝的“以其俗而柔其人”，在云南藏区实行“土流并存”，并继续康熙帝积极扶持格鲁派（即黄教）的传统。干隆帝乃以信黄教“所以顺人情，安国俗也”，采纳部议