旅检区和口岸办公区组成。旅检区分为A、B两部分，其中珠港旅检楼（A区）总建筑面积16.81万平方米，珠澳旅检楼（B区）总建筑面积约4.29万平方米，两个区域通过架空通廊连接。而在珠海旅检大楼内，另在出、入境区域各设十数间商店，但初期仅有找换店、手信店、肯德基和Starbucks开业，不少设施仍未完成装修。现时亦设有华润万家旗下的VanGO便利店、格力地产楼盘展厅等商店。珠港旅检楼（A区）共有四层（不含办公夹层）：三楼为免税商场；二楼为珠港旅客出境厅，设有20条自助通关通道和6条人工查验通道；一楼为珠港旅