4年，艾尔斯伯格出任负责国际安全事务的助理国防部长约翰·麦克诺顿的特别助理，专注于核武的开发与相关的核武命令与控制系统。艾尔斯伯格在1962年在哈佛大学拿到经济学博士。他的论文研究于决策理论，发现人们在模煳与不确定性下做出的决策较缺乏一致性，即艾尔斯伯格悖论。1964年，艾尔斯伯格进入五角大厦工作。