增设了自然科学特色班及数理资讯特色班各两班（共四班168人）、社会科学特色班一班（共一班42人），特招班男女皆招，以培养全方位人才，但因新政策刚实行下，此届招不足额。自104学年度起，普通班正式男女皆招（男女比为2:1）。台南二中与台南一中、台南女中、家齐高中合称「台南四省中」。学风方面提倡五育并重，于1996年配合成功大学资讯系统，成为当时全省省中第一所连接上台湾学术网路的学校，1997年起担任台湾省高级中学推展资讯教育重点学校。该校亦为台南地区传统的男校（77学年度美术班始招收女生），因此在体育方面