水围站的大堂和月台均为架空设计，全长460米，阔30米，是港铁车站中最长的一个。月台位于最上层，楼顶天花中央部份设有天窗，加上岛形月台两侧均为玻璃幕门，日间阳光能够从多角度直接照射进月台层，显得特别明亮。另外于车站以西设有侧线，可供车务调动之用。此站与朗屏站及锦上路站成为少数採用月台幕门的岛式月台露天车站。
大堂.
商店及自助服务.大堂内设有多个舖位，车站落成初期大部份舖位均位于站内收费区内。到2011年起重组天水围站的商户组合，增加店舖种类，并留意到天水围站