军事威胁，支持巴拿马国内反对派推翻诺列加。恩达拉此时在美国控制下的巴拿马运河区避难，12月20日美国入侵巴拿马，诺列加躲进教廷驻巴拿马大使馆，13天后被迫向大使馆外的美军投降。恩达拉则在21日巴拿马的美军基地克莱顿堡，宣誓就任总统。恩达拉就职后表示捍卫言论自由和民主制度。开始对巴拿马国防军进行改革，清除诺列加的支持者，恢复平民政府的主导地位。1990年6月11日，时年54岁的恩达拉再婚，妻子是22岁的华裔法律系学生安娜·梅·迪亚斯·陈（Ana Mae Diaz Chen）。这场婚姻受到了巴拿马媒体的广泛