用于石化或矿物加工，如加氢脱烷基反应、加氢脱硫反应和裂化反应等。它也可以用作工业辅助物质及能量载体。氢作为能量载体目前已经有了初期应用，如氢动力汽车、核聚变发电技术等。
生物过程.某些类型的无氧代谢反应会产生氢气。会释出氢气的微生物一般以含铁或含镍的氢化酶作为催化剂，进行以下的可逆氧化还原反应：在丙酮酸盐发酵成水的过程中，还原当量（任何在氧化还原反应中可转移单个电子的化学物）转移时会产生氢气。生物体内氢的自然产生和消耗称为氢循环。所有光和生物所进行的光反应都会把水分解成质子