元四朝之“正史”为经，将《资治通鑑续编》、编《宋元资治通鑑》、《续资治通鑑长编》、《资治通鑑后编》等史料重新修订，历时二十年始成；毕沅生前仅初刻《续资治通鑑》一百〇三卷，后因毕家贪污遭籍没而止，书稿散佚，最后由冯集梧买得全稿补刻成二百二十卷。毕沅还亲校宋敏求《长安志》，重刻《三辅黄图》。在陕西又着有《关中金石记》，在河南着《中州金石记》，在湖广总督任聘用严观着《湖北金石诗》，在山东与阮元合着《山左金石志》。另有《灵巖山人文集》传世。据其门下洪亮吉记载，毕沅生平礼贤下士，“爱才尤笃，人有一技之长，必驰币聘