1击败高知大学，历史上首次捧得总理大臣杯冠军，并获得2009年天皇杯的参赛资格。在天皇杯中，永井谦佑在福冈大学参加的3场比赛都有进球，帮助福冈大学在第一轮4比0击败北海道地区联赛冠军北海道电力，第二轮3比2战胜日乙球队水户蜀葵，直到第三轮才以1比6不敌大坂飞脚被淘汰。永井谦佑在大学的毕业论文是《2010年世界杯足球赛进球倾向的研究》。
俱乐部生涯.身为大学生的永井谦佑在2009年和2010年两度作为特别指定球员参加日职联赛。2009年，永井谦佑作为日乙联赛球队福冈黄蜂的特别指定