摩加迪休的主要工业包括了食物与饮料制造，以及简单的纺织业，尤其是棉花去子加工。由于长年的战火早已破坏摩加迪休市的国际机场，因此今日仅有一些私人航空公司会不定期地在市区週遭的小型机场起降。摩加迪休仍然是索马利亚南部最重要的海港，并有道路连接肯亚与埃塞俄比亚等国位于内陆的城市与地区。有点令人意外的是，虽然处于无政府状态，但摩加迪休却因为独特的背景因素而拥有东非地区最进步的电信发展，包括可以透过通讯卫星与国外联系的市区行动电话网路，网际网路供应商，乃至于网路咖啡厅的存在。