台湾总督府接管校务。1937年，台湾总督府修改教育法令，认可私立中学之创设，校名因而改为「私立淡水中学校」。同年，有坂一世校长依照让渡协议之约定，开始兴建「马偕博士纪念图书馆」。1947年，二二八事件爆发，在受难的教育人员中，延平学院（现为台北市私立延平高级中学）及淡江中学所属受难教师、行政人员及学生人数最多。1958年，淡江中学与纯德女中合併，改称为「私立淡江高级中学」。1994年，招收美术班和音乐班。1996年，正式办理综合高中学制，除了普通科（社会组、自然组），并设立应用外语（英语、日