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生态.大肠桿菌和其他兼性厌氧性细菌组成了0.1%的肠道微生物，而粪口传染是致病菌株的主要传染途径。它可以在人体外存活一段时间，因此成为环境卫生检测中的微生物指标之一。大肠桿菌是肠桿菌科的一员，经常作爲细菌的模式生物广泛用于科学研究。每个人每天平均从粪便中排出10到10个大肠桿菌。各种粪便细菌和类似的生活在土壤或植物降解物中的细菌（最常见的是产气肠桿菌，学名"Enterobacter aerogenes"）一起被归爲“大肠桿菌群”（）。大肠桿菌群不形成内孢子，