所完全的男校。学制为六年小学，三年初中和三年高中。高中设纯理组、理工组及文商组。学校于1995年9月加入政府免费教育网，提供小学、初中及高中免费教育。2002年，澳门政府正式批准慈幼中学在保留原有之工科课程下，成为了一所文法中学（三三四学制）。中学部依据英国普通教育文凭（General Certificate of Education）内容编排课程，并以英文为教学语言为学生授课。学校设有机械工场,2电子工场及划则室。隔年会举行一连数日的工科联展，供同学及公众评鑑参观，而近年慈幼中学亦有参加多个校外科技展览