SNARE蛋白的主要作用是介导囊泡融合以及囊泡与靶膜的融合。这尤其介导胞吐作用，但也可以介导囊泡与膜结合区室（如溶体）的融合。研究最深入的SNARE是介导神经元中突触小泡的神经递质释放。这些神经元SNAREs是负责某些细菌产生的肉毒桿菌中毒和破伤风的等神经毒素的标靶。