在酶的催化下扁桃苷有两种分解：麦芽糖酶使之部分分解，生成D-葡萄糖与扁桃腈葡糖苷（CHCH(CN)O·CHO），一种苯乙腈葡糖苷的同分异构体。扁桃酶则可使之分解为苯甲醛、氰化物和两分子葡萄糖。这一反应出现在苦扁桃中，导致苦扁桃中通常含有自由的苯甲醛与氰化物。