1863年左右，他将教会本部迁移至东京。至1868年，日本正教会已有逾一万名信徒。1891年，尼古拉在东京神田建立了教堂，并在那里度过了他的余生。圣尼古拉还将新约全书及其他基督宗教着作翻译为日文。早期的传教活动主要由俄罗斯正教会提供支持。然而随后的日俄战争及十月革命切断了援助，其后教会还被日本政府怀疑为俄罗斯充当间谍基地。日本盟军佔领时期，由于盟军内斯拉夫及希腊后裔东正教信徒的需要，日本正教会有了复苏的迹象，并转为美国正教会管辖。即位在纽约的圣弗拉基米尔神学院毕业的神职人员成为了主教。后来经俄罗斯正