总知机要，出任大行台。天保二年（551年），广陵归附北齐，裴子通出任右将军、广州别驾，前往安抚。天保七年（556年），裴子通的母亲天水赵氏去世，裴子通在母亲坟墓旁边结庐帐，哭泣没有节制，眼睛失明，很快有白鸟在坟树上筑巢。裴子通兄弟八人都以孝悌友爱知名，齐文宣帝高洋诏令表彰裴家家门，同乡人直到唐朝都称他们家为“义门裴氏”。河清二年（563年），裴子通回朝担任大理寺直，加平东将军。天统三年（567年），裴子通升任骠骑大将军、赵州长史。武平初年，裴子通出任中散大夫、十州大使，巡查各地风俗，又转任太中大夫，因为患病