但邦交维持不过两年（1999年-2001年）。由于此次建交是马其顿共和国总理跟中华民国建交，但是马其顿共和国总统不同意。因此，当时的行政院长萧万长到马其顿访问，更见不到马其顿总统。从建交到断交这两年半时间，中华民国派任的驻马其顿大使始终无法呈递交到任国书，因此建交关系名不符实。