朝，驻军牙山。于辽东大高岭一带取得清军为数不多的几场胜利，以功授直隶提督。战后武毅军剩余部队驻扎芦台。聂士成按德国军法操练，并提拔当时的张作霖。1898年，清政府将北洋部队改为武卫军，聂士成所部武毅军马步三十营改制为武卫前军。1900年，义和团运动在山东等地迅速发展，聂士成力主镇压。4月，义和团破坏保定铁路，5月30日，聂奉命保护芦保、京津铁路。义和团烧毁黄村铁路，聂军小队前往阻止，被义和团迎击，伤数十人。之后义和团三千人毁廊坊铁轨，聂士成率军前往，遭义和团袭击，聂军还击杀死义和团五百人。当时掌