乳中的细菌会透过竞争性来排除有害细菌，降低婴儿感染的风险，并产生消除病原性菌株的抗菌化合物。有些乳酸桿菌和双歧桿菌会因为母乳寡糖而促进其成长，可以形成婴儿肠道的健康代谢及免疫机能。
对哺乳女性的益处.研究发现发酵乳桿菌可以改善乳腺炎（哺乳时常出现的疾病），其方式是降低链球菌负荷量，一般认为链球菌是乳腺炎的危险因子及病因。
对婴儿的益处.餵母乳的婴儿受到感染的比例比较低，有可能是因为母乳产生的肠道菌群的调节作用。餵母乳的婴儿，其肠道菌群中乳酸桿菌及双歧桿菌的