杞事与同僚四人下狱。不久后官复原位，进迁员外郎。崇祯五年（1632年），出任荆州府知府。久任后又任长沙兵备副使。当时地方农民起义风起云涌，湖北数郡已被贼兵占领，势头将蔓延至湖南，在临武、蓝山、洞庭湖、湘潭一带又有起义。长沙只有约五百老弱守兵。而邻近的攸县仅有二百守兵，城墙、仓库都坍塌了。高斗枢到任后，立即修筑了四十座飞楼，大量打造守城的武器。当临武、蓝山两地的二百多艘贼船途径衡阳、湘潭顺流而下到达长沙城下时，高斗枢率军与他们相持了十多日，贼兵无机可乘，撤离去了袁州。高斗枢又派兵在后追击，贼兵解兵而去。