9月，他参选自民党总裁，败给桥本龙太郎。1996年11月，小泉纯一郎担任第二次桥本龙太郎内阁厚生大臣。第84任内阁总理大臣小渊惠三在2000年4月病逝，于是森喜朗接任内阁总理大臣，小泉纯一郎就任清和政策研究会会长。
执政时期.森喜朗上任后因为屡屡失言及政策失误受到很多民众反对，不得不提前下台。小泉纯一郎与桥本龙太郎、麻生太郎及龟井静香参加自民党总裁选举，并顺利获得最高票，击败党内政敌桥本龙太郎当选自由民主党总裁。他在2001年4月26日正式就任第87届日本内阁总理大臣，展开其长达5