法确定高雄中学内的武力情况，于是以六零砲砲击校园，但当晚校园中已没有任何学生的武装力量， 仅剩下两千多名避难的来台中国人。3月7日，再调来两门支援，四门迫击砲由高雄火车站屋顶向雄中射击，同时也以要塞砲攻击雄中。最后派出两营步兵攻坚，将躲藏在高雄中学的民兵完全扫除。其结果就是现在雄中红楼东侧的红砖约50公分的坑洞，高雄中学也成为二二八事件当中唯一遭受国府军攻击的学校。
事后政府与学校处置.二二八事件后，中华民国政权未严厉追究参与自卫队的学生，却将自卫队的出现归结为「受了日本奴化教