则，我就与你共谋消灭他。」何无忌听从而与刘裕同返京口，而刘牢之亦因得不到其他幕僚支持而失败自杀。
兴举义兵.桓玄得势后自居高位，又让桓氏子弟担当内外要职，更诛杀一批北府军旧将，有篡位之心。元兴二年（403年），刘裕奉命攻伐叛乱的卢循，在击败卢循后，何无忌偷偷去见刘裕，劝说刘裕在山阴县起兵讨伐桓玄，不过刘裕想等待桓玄正式篡位，而在邻近建康的京口起兵讨伐，故此没有实行何无忌的建议。十二月，桓玄篡位称帝。元兴三年（404年），刘裕与何无忌返回京口，密谋讨伐桓玄，复兴晋室，于是与刘毅、王懿