赴昆明西南联大任校长室秘书。他还将成府小学结余经费通过叶企孙捐赠给吕正操以资抗日。在后方，傅任敢写作了《痛苦的经验》一文，介绍了清华园在敌占期间的境况，发表在于重庆复刊的《清华校友通讯》上。这一文章引起了强烈的反响。1938年，在董必武的指示下，重庆清华中学被创建。傅任敢受梅贻琦之委派担任重庆清华中学校长。在重庆清华中学，傅任敢自1939至1950年，一直担任校长一职，践行了他的教育思想，继承了清华大学的传统。清华大学北平复校后，梅贻琦又托付傅任敢，利用清华大学在长沙的临时校舍，于1946年创办了长沙清