大手印等修行方法，加上挟以政治经济上的势力，在西藏蔚为时尚。僧俗不分的情况明显。此时较无资源的噶当派亦随之衰落。噶当派兼学他宗的僧人宗喀巴，1388年他戴上黄帽，以表示对于佛教戒律的尊重，废除了一切为人诟病的非梵行修法，如欢喜法等。1402年以《菩提道灯论》为蓝本着作格鲁派的哲学指南《菩提道次第广论》，1409年正式开宗立派，即格鲁派。格鲁派使衰败的噶当派寺庙得以起死回生，并将噶当派的三士道等理论、修行方法纳入其中，展现出重经论、崇戒律的特色，所以格鲁派也称新噶当派，也因为戴上黄色帽子，被汉人称为黄教。