1625年开始建造棚仓城，建造城下町，为藩政打好基础。1627年长重加封并移封至白河藩。然后由内藤信照入主，内藤氏第三任藩主弌信移封至骏河国田中藩，取而代之是太田资晴。1728年资晴转封至馆林藩，由小笠原长恭以6万石身份代替。1817年小笠原长昌移封至唐津藩，由井上正甫代替，不久由儿子正春时期取代。之后由松平康爵继任藩主一职，原先的身份是石见国滨田藩6万石藩主，在康英时代，加封2万石。1866年阿部正静以10万石身份入主，他加入了奥羽越列藩同盟，与反幕府势力对抗。1868年棚仓城被攻佔，减封至4万石。1