歌剧、舞剧演出外还可以举办展览、集会等活动。1941年时，工程已临近尾声。然而，苏德战争爆发，工程不得不停工。由于德军逼近莫斯科、列宁格勒，苏联政府将两地一些重要博物馆的展陈疏散至内地，特列季亚科夫画廊、巴甫洛夫斯克宫、埃尔米塔日博物馆、普希金博物馆、沙皇村等地的藏品被运到新西伯利亚歌剧芭蕾舞剧院秘密保存。其中，特列季亚科夫画廊的全部藏品都被运到了这座剧院。此外，国家收藏的安东尼奥·斯特拉迪瓦里、尼古拉·阿玛蒂、等大师制作的珍贵乐器也转移至此。战争期间，剧院演出不多。当时列宁格勒爱乐乐团被疏散至新西伯利亚，