二期所有新支线通车后，共有3条轻铁路线需要重新安排：
天水围支线（第三期发展路线）.第2次的兴建支线则位于天水围新市镇。天水围本来只是一片渔塘，但于1980年代起开发为新市镇。由于人口增长，加上长江实业在天水围发展大型私人屋苑嘉湖山庄，对交通需求亦随之增加。九广轻铁决定于青山公路主线塘坊村站附近的灰沙围，兴建一条新支线通往天水围。除此之外，分别有2条新路线投入服务，包括来往元朗总站（721线，来往天瑞至元朗总站），及来往屯门的722线（天瑞至兆康，后来与612重组成720线）。