改以巨石垒筑以替换原版筑城墙，以防倾塌。万历四十六年，知县吕浚又有将城墙增高了五分之一，并建川廊八十间。万历年间又于西门北侧的箭台上建楼阁供奉关帝，即现存的大境阁。
修补改建.康熙十九年（1680年），暴风雨毁坏大南门城垣，知县史彩进行修补。干隆十八年（1753年），知县李希舜疏浚城濠，使舟楫得以同行。此后，城墙又多次坍塌，但多得到修复。道光元年（1821年），时任上海道台的龚丽正倡议重修城墙，并最终于西门增建箭台一座。道光十九年（1839年）因广东中英摩擦的加剧，又进行了重修。1