晋升上校。后升任空军松山指挥部政战主任。2005年10月，通过考核，任副总统吕秀莲行政专机副驾驶。同年12月，其夫李基祥自复兴航空离职，任职中国四川航空飞行员，中华民国空军以安全考核为由，进行内部调查，武文瑛被调离此职务。2016年5月20日，蔡英文就任中华民国总统。媒体曾报导空军呈送武文瑛，供新任总统圈选，她可能成为首位中华民国空军女性总统府武官。但在稍后媒体报导，因为其夫李基祥曾担任中国四川航空飞行员，虽然他已回到台湾民航局任职，但仍引起争议，总统府圈选首任女武官为陈月芳，松山指挥部基勤队长。