最多的耶稣会传教士採用的方法，主动学习日语、并将教义与日本传统的风土民情结合。由于传教士们的努力不懈，使得日本天主教会快速发展。根据1614年的统计，当时日本有150名神职人员、以及超过65万的平信徒；而天主教信仰也深入日本的统治阶层，如2家公卿与55位大名皆领洗成为天主教徒。
禁教时期.但天主教的蓬勃发展，被当时统领日本的武家政权视为威胁，使天主教在日本一度遭到禁止的命运。天主教的教义与日本传统信仰存有差异（例如一神论思想），而教会的传教活动背后有西方国家支持的政治因素，加上人数