仍不足以应付南竿乡的用电需求以及两岸小三通开放后的观光用电需求，加上南竿发电厂厂区内已多余腹地来进行扩充发电机组，因此2003年9月开始进行珠山发电厂的兴建工程，计画装设4部装置容量3,500瓩的发电机组。2010年，珠山发电厂完工后，主要以南竿机场、福澳港及南竿垃圾焚化厂作为供电区域，并与南竿发电厂一同肩负南竿乡的供电业务。