八年（1999年）9月21日的集集大地震之后，原台中县（今台中市）共有14古蹟遭到损坏，磺溪书院也曾经被外观判定为「有立即性危险」的建物，不过所幸受损情况并不严重，并在民国九十一年（2002年）底修复完成。
近代沿革与影响.台湾日治时期虽然日本大力的在台湾推行日本教育，但是刚开始书院的传统教育并未被中止，但是当时满清弃台割让，即使在书院中学到传统的教育，也无法与当时一般的社会接轨。所以后来经过当地人向日本政府申请，于1899年（明治32年）3月16日获准成立「大肚公学校」（今台中市