首开会试，孙珀龄一举中式，殿试位列二甲，赐进士出身。授工科给事中。历官刑科左右给事中，顺治十一年（1654年），陞礼科都给事中。顺治十三年（1656年）三月，补太仆寺少卿。同年十一月，升鸿胪寺卿。官至通政使司左通政。顺治十四年（1657年），丁酉顺天乡试科场案爆发。孙珀龄为子孙兰茁请託，受到牵连，于次年流徙尚阳堡。直到康熙二年（1663年），朝廷下修工赎罪之令。其弟琰龄倾家荡产，方将其赎回。
家世.曾祖孙光辉，明嘉靖七年（1528年）进士，选翰林院庶吉士，官至南京户部主事；父孙