安特生和美国、奥地利的古生物学家师丹斯基发现的，1927年起进行挖掘。1929年12月2日，中国考古学者裴文中挖掘出第一个完整的头盖骨，而在此时期所发掘出来的头盖骨却在1941年时下落不明，成为历史上的一个谜团。曾有人推测北京猿人头骨在被美军潜艇击沉的阿波丸上，但至今尚未证实。而按照二战时期美国海军陆战队士兵理查德·鲍恩的回忆，1947年他在美军设在秦皇岛的霍尔康姆营地挖掩体时挖出了装在木板箱里的北京人头骨，当时士兵把木板箱当成了机枪垫，战争结束后，北京人头盖骨可能又被埋在了原地。现存唯一真标本是1966年