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有机合成中的应用.三氟化硼是有机合成中常用的路易斯酸，其机理可能是因为生成了离子型中间产物。实际情况中，很有可能以上的离子型中间体以离子对或络合物的形式出现。
使用.三氟化硼具有腐蚀性，可以用含不锈钢、蒙乃尔合金和哈斯特合金的金属材料来处理。但在水存在时，它会腐蚀包括不锈钢在内的钢铁。