拆除并未重建。当时信众将妈祖娘娘的神尊和其它宫内神尊移驾到城隍庙后殿供奉（现今妈祖殿）。 (周钟瑄县令同为「城隍庙和大天后宫」清代官庙刽建者)日军准备发动侵华战争，台湾总督府深怕台湾民众生变，于昭和十一年（1936年），嘉义市尹川添修平执行当时台湾总督府任务而进行众神归天政策，诸多寺庙拆废并设置了济美会统一收归嘉义市各个寺庙庙产，而当时地方士神极力反对下才保留下了三座寺庙，城隍庙、地藏庵 、南门庙。道教的神尊合祀在城隍庙（神庙），佛教的佛像合祀在地藏庵（佛庙），儒教的神祇合祀于南门庙（圣庙），其余副神