在地理上孤立的婆罗洲猩猩与苏门达腊猩猩没有基因交流的证据，研究分析显示婆罗洲猩猩及苏门达腊猩猩约于150-170万年前分化，当时正值婆罗洲及苏门达腊的分裂。这两个物种彼此较为疏远，比黑猩猩及倭黑猩猩更甚。这两个物种以往都被认为只是亚种，直至将牠们的线粒体DNA序列出来才升级为物种。婆罗洲猩猩共有三个亚种：
生理特征.婆罗洲猩猩是续两种大猩猩之后第三重的灵长类，也是现存最大的树栖动物。一项针对野生猩猩的研究发现，雄性体重范围从50-100公斤（110-220磅），平均75公斤（