藏殿因电线短路而被焚毁，火灾未造成人员伤亡。现在，许多护国寺的遗存文物仍在北京各寺庙及博物馆内。比如北京妙应寺内的七佛宝殿的七尊佛像在文化大革命中被毁，现供奉原护国寺的整堂大型楠木三世佛像。又如护国寺护法殿内的班丹扎释木雕坐像于文化大革命初期迁至故宫博物院保存，后迁至北京法源寺毗卢殿后的西配殿，像共三尊，中间者为班丹扎释。班丹扎释（又译“巴勒丹札什”）是明朝宣德年间驻护国寺的西藏高僧。过去传说此像就是姚广孝像，实属误传。
建筑.护国寺建筑坐北朝南，规模很大，殿堂甚多。主要建筑除