发现于2005年，在之后为《格雷罗州植物志》进行的植物学考察中又再次采集到了帝王狸藻。2009年，塞尔吉奥·萨穆迪奥和玛莎·奥尔韦拉在2009年的《"Brittonia"》中正式描述了帝王狸藻。他们最先将其归入彼得·泰勒建立的多菱狸藻组，之后根据分子系统发生学分析才将其归至叶状狸藻组下。