纳入匈奴的版图，成为首个统治新疆的非本地势力。及后汉朝和匈奴不断争夺新疆统治权。汉宣帝神爵二年（前60年），汉朝争夺胜利后在龟兹建立西域都护府，使得今日新疆首次被纳入中国的版图。6世纪后，新疆人种和语言逐渐回鹘化。11世纪后，因为伊斯兰教的传播开始出现穆斯林民族；而11世纪后新疆开始伊斯兰化后，经历过一系列大大小小国家政权统治，18世纪中叶以后分别归属于清朝和中华民国，现在则属于中华人民共和国的新疆维吾尔自治区。
史前时代.考古发现新疆的上古文明可能由塞种人创造，也是媒体中经常提及