湾（摩顿台）总站要腾出空位予多条城巴西隧及机场路线，本线于1998年8月17日起改为循环线，不经摩顿台巴士总站，直至港岛机场路线A11及A12在2001年4月重组后，本线于2001年5月21日起迁回摩顿台，并取消循环线服务。1992年3月1日，配合海怡半岛第一期入伙而投入服务，当时由中巴营办。本线开办时的路线与92相约，并绕经利东邨。由于当时海怡半岛属入伙初期，客量不高，约一小时才开出一班，而且巴士是与590互调运作。及至海怡半岛第二及第三期入伙，本线才逐渐加密班次。99线于1994年11月28日投入服