被押解进京，由土肥实平看守。后白河法皇遣藤原定长为使，希望以释放重衡为条件，换取被平家据有的三神器，但被平宗盛断然拒绝。同年3月，重衡被解往镰仓。源赖朝对平重衡的才器甚为尊重，差妻子北条政子的侍女千手之前伺候重衡。元历二年（1185年）3月，平家在坛之浦为源氏所灭，重衡之妻藤原辅子被俘。同年6月，应南都僧众的强烈要求，平重衡被引渡到南都，于木津川畔斩首。他的首级被号令于般若寺门前示众，尸身则被藤原辅子带往高野山安葬。重衡死后，其妻藤原辅子随建礼门院隐居并出家为尼。而千手之前得知重衡的死讯后亦因思念而死。