肇麒曾为香港队上阵46次、射入34球，入球率为0.74球，榜上高踞第8位，比科特迪瓦的杜奥巴、已退役的阿根廷的巴迪斯图达、克罗地亚一代名将苏加等人还要高，但当中不少入球是在鱼腩级球队如关岛等脚下取得。2015年6月，2018年世界盃亚洲区外围赛展开，由于香港与中国被编入同组，赛事成为焦点。同年香港在小组赛四胜两和一负，其中更两次以0–0守和中国，陈肇麒在两场港中大战也后备上阵。2015年10月13日，香港代表队面对海拔2,400米的高原环境兼寒冷天气，加上突如其来的暴雨在，作客不丹一仗中，苦战至临完场89分