人向陈慧纪请降，他以士兵迎接，同年以接应降军的功劳加侍中、金紫光禄大夫、开府仪同三司、征西将军，增食邑到六千户。。隋朝军队越过长江攻打南陈，清河公杨素率军走过巴崃，陈慧纪派遣南康太守吕忠肃和将领陆伦拒守，结果战败。杨素进据马头，同时隋朝将领韩擒虎及贺若弼也过江据守蒋山，他带领三万将士和一千多艘战船沿江南下打算夺取台城；但在汉口被隋朝秦王杨俊阻截无法前进。陈慧纪听闻吕忠肃战败，就烧掉公安的粮食，假装引兵东下，推举湘州刺史、晋熙王陈叔文为盟主，水军都督周罗睺与郢州刺史荀法尚守卫江夏。建邺被攻陷，隋晋王杨广差