为县政最高决策机构，在县长及副县长之下，设有11个内部单位、7个所属一级机关、9个所属二级机关、54所各级学校。澎湖县县长是澎湖县之行政首长，对外代表该县，负责综理县政，指导监督所辖乡（镇、市）自治，并指挥、监督所属职员及机关。现任澎湖县县长为籍的赖峰伟。澎湖县议会是澎湖县的民意机关，代表澎湖县全体县民立法和监察县政府之施政。县议员由公民直选选出，任期为四年，可连选连任。共有19位县议员，第一选区11席县议员、第二选区3席县议员、第三选区2席县议员、第四选区1席县议员、第五选区1席县议员、第六选区1