年事已高，不会再得子嗣，于是收继了外甥丰臣秀次为螟蛉子，并立为丰臣家家督，还让天皇把秀次封为关白。不料秀吉在五十七岁时，竟又得一子，使秀吉对丰臣秀次开始冷淡，秀吉宣称秀次涉及「谋反」，夺回赐给秀次的权力，逼迫秀次退位并剃发出家，但仍不放心。最后秀吉把秀次赐死，将其妻妾子女三十九人灭族，家臣肃清，或杀或贬。秀吉以为从此秀赖才真正无后顾之忧，还制定了五大老与五奉行，让他们作为顾命大臣，辅佐秀赖。太阁秀吉死后，丰臣秀赖成为丰臣政权第三代家督。五大老以德川家康最具影响力，使丰臣政权内部势力开始有派系分别。不久，