以后，他移居上海，参加《圣经》的翻译工作。直到1861年在上海去世。完成的裨治文文理译本（Bridgman Version）将“God”翻译为“神”而不是“上帝”。一般认为，这个译本比以前的其他译本译笔忠实，切近原文。 1854年5月，随美国驻华公使麦莲从上海进入太平天国辖区考察，回上海后发表《调查报告》，否定太平天国。在上海期间，在翻译圣经之余，他和妻子还创办了上海第一所女校裨文女塾（1850年，在老西门外，后来的裨文女中）。裨治文逝世后，其遗孀裨吉励莎于1864年在北京创办了贝满女塾。