立下之乡城，并交由其次子负责。16世纪末丰臣秀吉接替织田信长取得天下后，此地曾交由石田三成的佐和山城管理，1600年关原之战后，德川四天王之一的井伊直政接手入主并在此建立彦根藩，此后直到江户时代结束，本地都是彦根藩的领地。19世纪末明治维新实施废藩置县后改隶属彦根县，但仅四个月之后的府县整併中彦根县的辖区被併入长滨县，后随着县厅的迁移长滨县又更名为犬上县，不过仅半年后，犬上县又与滋贺县合併。1889年日本实施町村制，现在的甲良町辖区在当时分属和两个行政区划，直到1955年两村才合併为甲良町。