内部事务以及成功的将秘鲁和玻利维亚并为秘鲁-玻利维亚邦联。由于桑塔·克鲁斯宣称其国家为印加帝国的继任者之后，这一举动被邻国感觉影响了地区力量平衡，并且是对在前印加帝国领土上国家的威胁。独立后的玻利维亚经常和周边国家发生战争，因而失去了很多土地，有现今智利北部的安第斯山脉和沿海地区，巴西南部，和巴拉圭北部。特别是在1879年到1883年的硝石战争，玻利维亚丧失其唯一滨海省份，包括重要港口安托法加斯塔，玻国自此成为内陆国家。
20世纪.构成大半人口的土着居住生活仍然恶劣。他们失去了