加日后谈判的筹码。清朝了解到台湾的战略重要，故派钦差大臣兼福建巡抚刘铭传前来督战。经过一番打探后，法军战舰驶入基隆开砲，清军予以还击，西仔反战事正式揭开序幕。战事之初法军击毁沿海多处砲台，并攻佔基隆，取得航行中国沿海所需的煤矿，随后即封锁全台。然而淡水之役，清军将领孙开华击退法军，令战事陷入胶着。之后清法两方在北部山区展开攻防战，清军虽败但仍守住战线，法军则受制于霍乱、伤寒等疾病，损失惨重。最后法军舰队司令孤拔虽率军攻佔澎湖，却于1885年6月11日因疫病死于澎湖马公。1885年6月9日《中法新约》签订