深圳方面却不承认在香港学生普遍用来申请证件的学生手册，而要校方写信证明学生的身份，这使学生家长及学校方面颇感麻烦。以前，深圳学童前往香港就读，主要集中在元朗区的学校，亦包括部份北区的学校。但随着2007年九广东铁落马洲支线的启用及深港西部通道通车，屯门区的学校及更多北区的学校会加入这个市场，而往返两地的学童亦将会愈来愈多。2009年，有学生家长向传媒投诉，指香港的跨境学位不足，有学生被派往大埔区远离铁路的小学。有部份经常来往深港两地的市民并不赞同学生跨境上学，认为他们为边境制造不必要的交通麻烦，使交