担任国家大唿拉尔委员。1996年7月，恩赫巴亚尔出任蒙古人民革命党总书记。1997年6月到2005年，担任蒙古人民革命党主席。2000年7月到2004年6月，担任蒙古国总理。2004年8月到2005年，担任国家大唿拉尔主席。2005年5月，当选为蒙古国总统，同年6月24日就任，任至2009年6月23日。2009年5月24日，他在大选中失败，成为第一位未能连任的蒙古国总统。在担任总统期间，恩赫巴亚尔致力于把蒙古从原社会主义国家转变为自由民主主义国家。美国曾经在其任内向蒙古国提供2亿8500万美元的援助