3月15日，邱显智接任台湾人权促进会会长，三天之后即爆发318太阳花运动，邱显智亦以台权会长身份参与立法院场外的活动、短讲。运动退场后，邱显智担任陈为廷、黄燕茹等人的辩护律师。此外318太阳花运动参与者魏扬因在运动期间参与割蓝委行动称国民党籍新竹市立委吕学樟为「缩头乌龟」而遭吕学樟控告妨碍名誉，邱显智亦担任魏扬的义务辩护律师。
2016年立委选举.2015年2月15日，邱显智宣佈投入2016年第九届立委选举，代表时代力量在新竹市参选，获得清华、交通大学多位学者的公开支持，此外太阳花