后，以「刁控」罪杖责王元仲。事过一年后，王元仲因其他事件牵连，吴居阀回忆起旧事，于是对王元仲从容审问，查出谋杀的实情，将王元仲正法。嘉庆十二年（1806年）充任丁卯科江南乡试分校官。嘉庆十六年（1811年）西北乡发生荒歉，吴居阀募粮赒济，使居民安定。嘉庆十八年（1813年）再度充任癸酉科江南乡试分校官。在任十年，政简刑清，人民最初心存忌惮，之后视吴居阀如父母。嘉庆十九年（1814年）卒于任上，年四十二岁。吴居阀公务之余喜好静坐读书，晋唐书法字帖无不研究，本人书法也名重一时。