的贝久担任深空九号太空站站长，西斯科也被提升为中校。西斯科在这里的主要任务是协助贝久临时政府进行战后重建，帮助贝久完成加入星际联邦的准备工作。2369年，西斯科抵达深空九号，并与让-吕克·皮卡尔见面。西斯科本就不愿来深空九号工作，加之他还因为妻子之死对皮卡尔心存怨恨，因此这次会面并不愉快。西斯科当场向皮卡尔提交了辞呈，但表示在得到回复之前会尽一切努力做好工作。西斯科在到任后立即拜访贝久人的宗教领袖（Kai）奥帕卡·苏兰（Opaka Sulan），后者一见面就称唿西斯科为“先知使者”（Emissary），