主权逐渐流失。1850年，道光帝崩，子奕詝继位，即咸丰帝。西方各国迫使清政府开港通商，加上地方官吏地主兼併土地，使得传统农村经济受到破坏。各地乘机纷纷起事，其中华北以捻乱为主，华中华南以洪秀全的太平天国与云南杜文秀、马如龙的云南回变为主。洪秀全改造基督教教义，1851年于广西金田起义，联和天地会、三合会北伐。两年后攻陷并定都江宁，并且发动两次西征；不久又发动北伐，最远达天津近郊。后来曾国藩、左宗棠与李鸿章为保护儒家文化，纷纷组织湘军与淮军抵抗太平天国。太平天国发生天京事变后国力衰退，部分势力转入捻军。