运用方式和量产车及209系500番台相同。现在则进行改装中，会减至8卡，未来将会投入武藏野线服务。参考资料：
0番台.0番台列车于2000年3月起开始营运。初期制造的列车全数被投放于中央、总武缓行线，以更换老化情况严重的103系和201系。完成中央、总武缓行线列车的更换后，其后制造的0番台列车被投放于常磐快速线（上野－取手）和与该线直通运行的成田线（我孙子－成田），以更换该线老化的103系。常磐线的0番台列车于2002年3月起开始营运。
中央、总武缓