三月，镇平土寇攻围程乡，张家玉前往招降，士淳拜而送焉。清兵入潮州，士淳委蛇观变，阴图恢复。永历帝即位，擢礼部右侍郎，转吏部右侍郎兼翰林院侍读学士，协理詹事府事、经筵讲官，敕使敦促不出，皆在家拜命。庚寅（1651年），广东复陷。壬辰（1652年），大学士郭之奇联络闽广，图谋合力大举，闻士淳与罗万杰、赖其肖、谢元汴等起兵于潮州，遣使以腊诏相通。癸巳（1653年），郝尚久反正，程乡为吴六奇所守，潮广路不通，尚久败，事遂无成。在乡重建松江书院，着有《古今文范》、《三柏轩集》、《燕台近言素逸言》、《质疑十则》、《诗艺