「城内回民二千余人，俱为汉民杀尽」。1864年二月，回军攻陷渭源县城，「屠毒生灵以数万计，满城官员皆死之」。 1869年，清军在灵州杀死了超过五十万回族人，把500多座回民村的全部回民杀死。
胶着.多隆阿死后，清廷任命杨岳斌为陕甘总督接手镇压回军。陕甘地区此时除了战乱更有旱灾，境外接济又不足，当地清军粮饷短缺，多次发生哗变，杨岳斌无法解决问题，遂于1866年请辞，清廷改派左宗棠接任陕甘总督。1866年，回军攻陷靖远县城。有断言以为「“汉人”死者男妇约十万」。1867年四月，回军