月中与韦恩尝试追击塔尔顿的骑兵，但未有成功。7月底摩根的腰患再度复发，又再回到家乡休养。康沃利斯最终在约克镇围城战役向华盛顿投降。
战后.战争结束后，摩根留在腓特烈县务农经商，并开始投资土地。1794年威士忌暴乱，华盛顿任命亨利·李三世指挥联邦军队前往镇压，而李则邀请摩根指挥维珍尼亚州的民兵。美国军队最终未有开火而平息叛乱。此后摩根开始对从政有所兴趣。他在1795年代表联邦党参选维珍尼亚州第一国会选区失败，但在1797年的选举获胜，成为维珍尼亚州的美国众议员。不过摩根没有积极参与众