方面，后醍醐天皇于12月逃往吉野（今奈良县吉野郡吉野町），声称交给足利尊氏的三神器是假的，自己携带真正的三神器，在吉野开设南朝朝廷。
观应扰乱和晚年.1338年（历应元年 / 延元3年），足利尊氏被光明天皇封为征夷大将军，建立室町幕府。翌年后醍醐天皇在吉野驾崩，足利尊氏为后醍醐天皇在京都建立天龙寺。为获得建造寺院的经费，足利尊氏向元朝派遣天龙寺船。在与南朝的战争中幕府处于优势，北畠显家、新田义贞以及楠木正行等南朝名将先后战死。1348年（贞和4年 / 正平3年）攻陷吉野，烧毁了吉野