校在网站宣布，由于东涌情况不明朗，预期区内交通受阻，考虑学生安全，决定延迟开学一天，学生毋须上课。2020年，随着2019冠状病毒病疫情爆发，课程被暂停，学生只能在家中学习。在整个停课期间，所有科目都进行了在线学习，「停课不停学」。在停课期间，该校科学部制作了影片，解释了2019冠状病毒病的详细情况。这疫情妨碍了家长的生计，学校就冻结了下一学年的学费。学校已向旅行社支付或承诺支付超过700,000港元的订金，用于组织游学团，而今年游学团已全部取消。当政府决定向所有海外国家发布红色旅游警告时，旅行社和航空