与文学院下设的经济系联合组建经济学院，社会经济研究委员会除经济领域学术研究外也开始兼顾教学职能。1931年起，南开大学经济研究所快速发展、成果丰硕、研究条件大幅改善。1934年春，国民政府教育部以“经济学院”名称不符合“大学组织法”的规定为由，不予南开大学经济学院备案并要求改组。于是南开大学不得以在对公行文中废除“经济学院”的名称，恢复商学院及各学系，并将原隶属于文学院的经济系改在商学院设置，同时根据教育部设立研究所的有关规定，另行设立“商科研究所经济学部”，即“南开经济研究所”，英文为Nankai Ins