岛式站台和2个侧式站台。此外，预留磁悬浮3台4线，站房建筑面积达到15.6万平方米，无站台柱雨棚面积7.4万平方米，为全国特大铁路客运枢纽站之一。本站办理宁杭客运专线、杭甬客运专线、沪杭高速铁路、杭长客运专线列车到发，并设有杭州轨道交通1号线及4号线的换乘站——火车东站站。杭州东站1-13道为宁杭甬场，设7台13线，站台编号为1至13。上行接入宁杭高铁和艮山门动车所出库线，下行接入杭深线，正线为Ⅶ、Ⅷ道。供宁杭高铁方向列车使用。其中5、6道和9、10道间设有吸污设施；12-13道无法开行上行始发列车。