职公务员后，邓元翰担任机动车辆处长。2001年，他再度外派，至印度新德里担任贸易投资署长，2003年升任驻华大使馆副大使（副馆长）兼公使，任期结束后返英担任外交部亚洲司联合司长。2009年时，邓元翰曾短暂从事部内的本地员工策略审查工作，但旋即改任非洲司辛巴威处长。2010年，升任非洲司长并主管非洲中南部事务。2014年2月，邓元翰接替英国驻安哥拉大使的职务。出使安哥拉期间，他负责掌管英安两国间的谅解备忘录签署进程，引领双方的合作深化。2018年2月离任，交棒给新任大使，返回伦敦之后，于同年10月担任伦敦