不过随着1861年巴尔的摩暴动因联邦政府宣布戒严法而平息之后，州议会于同年4月27日否决了脱离联邦政府的提案。密苏里州以及肯塔基州虽然并未脱离美国联邦政府，但是部分政治人物组成了所谓的独立政府（"secessions"），并且获得了南方邦联的认可。密苏里州州长克雷泵·杰克森（Claiborne F. Jackson）因为支持南方的独立运动，所以在1861年离开了该州首府杰佛逊市，并于娜秀镇（Neosho）组成流亡政府，并宣布脱离联邦；南方邦联则于同年10月30日予以承认。同一时间，美国联邦政府在密苏里召