它们的可能，通常与别种燕鸥混群生活：正在迁徙的燕鸥曾分别于1998年与2000年在八掌溪被发现。目前的监测数据表明，该物种的全球种类总量仍少于50只，在2012年被世界自然保护联盟列入全球最濒危的100个物种。澎湖县野鸟学会2014年6月份在澎湖玄武岩自然保留区的鸡善屿发现黑嘴端凤头燕鸥的行影，也是目前全世界已经确认的第3个繁殖地。2019年5月出没于台湾本岛高屏溪出海口。2020年4月出现于台南市北门急水溪口。
形象.当2000年发现黑嘴端凤头燕鸥在马祖列岛现踪时，曾让马祖