印加城市例如库斯科还保留着印加时代的石工作为墙基。其他印加城市就因为高海拔不适合西班牙人而荒废。
秘鲁总督辖区(1542年–1824年).1542年，西班牙王国宣布成立秘鲁总督区，包含了西班牙在南美洲的大部分殖民地。总督福朗西斯科·托莱多于1572年来到并重组当地。他平定了在比尔卡班巴的原住民残余势力新印加国，并处决了其领袖图帕克·阿马鲁一世。他还通过商业垄断和矿产开採（主要是从波托西的银矿开採）寻求经济发展。他重新採用了印加的劳役制度（mita），动员原住民去开採矿产。这些组织让