服役（原型艇的主桅是方柱型，与量产艇的格架型桅桿不一样；并且飞弹发射箱的位置也比较靠近艇尾）。 由于当初採用铝合金材质，服役已久海鸥级的艇身已经出现无法修补的金属疲劳，舰身寿限问题海蛟大队面临换装压力。目前取代海鸥级的新船为2009年开始服役的光华六号飞弹快艇，已于2011年12月2日完成，全面汰换现有服役逾20年的50吨级、海鸥级飞弹快艇3个中队，原有海鸥级飞弹快艇2个中队共20艘，则于2012年6月28日除役。
匿踪测试.2011年，53号与59号艇参与中科院匿踪测试实验，