县。9个月后，郑成功再攻下热兰遮城，结束了荷兰东印度公司在台湾38年的经营。随后，郑成功改热兰遮城为安平城，做为延平郡王府邸，人称「延平王城」；已改名承天府衙门的原普罗民遮城，则做为全岛公家最高行政机构，俗谓赤崁楼。然而不到半年，郑成功即病逝。其世子郑经自厦门起兵返台，打败了其叔父郑世袭而即位，在1664年废东都，改称东宁。承天府裁废后，赤崁楼便成为储藏火药的场所。
清代时期.1721年，朱一贵起义反清，赤崁楼的铁铸门额被拆去镕铸武器。以后再加上人为的残损，台风飘蚀、地震颠摇，