在任职荷兰通事之汉人何斌的引导下，通过鹿耳门港道，越渡台江内海，首先攻下普罗民遮城。之后，郑氏立刻改普罗民遮城为东都明京，设承天府，并颁佈谕告：「东都明京，开国立家，可为万世不拔基业」，设一府二县。在东都暂住9个月以后，郑成功终于攻下「热兰遮城」，结束了荷兰在台湾38年的统治岁月。荷兰人投降以后，郑成功改热兰遮城为安平镇，做为郑氏府第；已改名为东都承天府的普罗民遮城，则是做为全岛最高行政机构。然而不到半年，郑成功即因病逝世。世子郑经即位之后不久，在1664年废东都。在明京裁废后，赤崁楼便成为储藏火药的场