942年起，甘泗淇任晋绥军区政治部主任，陕甘宁晋绥联防军政治部副主任、主任。分别参与组织晋绥军区秋季攻势作战、春夏季攻势作战和大反攻，并参与组织部队开展大生产运动，组织举办各级教导队，培训大批新干部。
第二次国共内战时期.第二次国共内战时期，甘泗淇任晋绥军区政治部主任、西北野战军政治部主任、中共中央西北局委员。参与组织晋北、大同集宁、吕梁、汾孝等战役。1947年12月，发现西北野战军第一纵队358旅的“诉苦三查”经验并推广全军，进而领导部队开展新式整军运动，提高了解放军部队的政治思