郑主世子郑棕的侍讲，为京北（今北宁省）督同。景兴四十一年（1780年），世子郑棕阴谋夺权，京北镇守遵生侯阮克遵也参与了密谋。吴时任向郑主郑森告发此事。郑森废黜郑棕世子之位，并赐死参与密谋的遵生侯阮克遵、炘忠侯阮芳挺等人。因为这个功绩，吴时任被再次任命为工部侍郎。景兴四十三年（1782年），郑主幕府发生政变，郑棕夺取政权，成为新的郑主。郑棕不能容忍告发自己的人，逮捕并处死了众多相关大臣，因此吴时任弃官逃至太平府隐居。景兴四十七年（1786年），阮惠率西山军北伐，攻灭郑主。随后阮惠将黎昭统帝扶上皇位。此