师登舰撤离至上海，隶属京沪杭警备总司令汤恩伯指挥，并在之后的上海战役中做出了杰出贡献。1949年4月25日，段沄就奉命率87军驻防浙东、舟山时，溪口交警倒戈，蒋中正总统处境甚危，乘「太康」号舰去台湾时，还专门召见军长段澐，亲授机宜，要他坚守象山半岛兼管穿山半岛沿海岛屿的防御，确保舟山基地的安全，段沄随即派兵敉平叛乱。不久，他被调到台湾担任台湾防卫总司令部副总司令。1951年妹夫谢小球、堂兄段徽楷来台。1952年8月段澐被保密局逮捕，罪名是「知匪不报」，被关了一年半。在没有判决书的情况下，于1954年2月