ichard Lydekker）根据双凹型嵴椎、眼眶连接侧颞窝等特征，而将大头鳄归类于稜角鳞鳄科，当时稜角鳞鳄科还包含︰稜角鳞鳄、海氏鳄、"Theriosuchus"、"Petrosuchus"。之后，大头鳄曾多次被归类于其他长口鼻部鳄形类，例如：森林鳄科、海鳄亚目。在1999年，C. A. Brochu等研究人员将大头鳄、索科托鳄、森林鳄科、海鳄亚目统合成一个演化支，是现代鳄目的姊妹分类单元。他们主要根据长口鼻部等类似特征，而将上述物种统合成一个演化支。但在传统分类法中，海鳄亚目被认为是鳄形超目中真鳄