九年（1665年）前后建成，并且早于北极殿（大上帝庙）。陈在正遂据此认为创建于明永历廿五年（1671年）之说有误。
发展.进入清朝之后，开基灵祐宫增建后殿，供奉首任台湾知府蒋毓英之禄位牌。而在康熙三十七年（1698年）时，总镇张玉麒调任来台时遭遇风浪，梦见神明披发跣足自樯而降，后风浪才平静下来，上岸后至该庙祭拜，见神袍犹湿，认为是该庙主神显灵救他便将该庙予以整修，重建后之庙宇格局为「立祠三进，前置三川门以分内外，中建正殿以奉圣神，末设后殿以祀蒋侯，左右护龙围绕以为庙室。凿池沼于中庭