990到2005年，这时期可视为解放神学的理论的成熟期，并且是第二代论述产生并与世界各地与回应挑战的时期。这时期有两个现象产生，第一个是解放神学已深获人心，基督教神学因此注入了一鼓重视实践的清新力量。第二个现象是解放神学在民间的成功不幸地与各地武装革命的政变活动相唿应，纵然多数的解放神学论者都是非暴力的主张者，但他们的言论在教廷的眼中已经是跟武装的革命家站在一起了。这一时期解放神学开始受到梵蒂冈的注目，解放神学的几位领导人被限制发表言论跟着作（包括古铁雷斯在内）。这一个时期的解放神学家也开始跟各种政治主张做