1949年2月，叶飞升任第三野战军第十兵团司令员，参与渡江战役和上海战役。上海战役中，解放军初战不利，叶飞随后建议增调部队，并稳扎稳打，最终解放军取得胜利。8月，叶飞和韦国清统率第十兵团进军福建，攻占福州、平潭岛等地。此后，叶飞兼任福建军区司令员、福建省人民政府副主席。
中华人民共和国时期.中华人民共和国成立后，叶飞指挥厦门战役，取得胜利。之后，中国人民解放军第28军及200艘登陆船约9,000人参与金门战役，因轻敌兼判断失误，登岛解放军在岛上战斗三昼夜，全军覆没，成为叶飞心中遗憾