6世纪之后，越后国也进入战国时代。1507年，守护代长尾为景下克上攻击守护上杉房能，成为越后国最大势力。1538年（天文7年），长尾为景将家督之位让给长子晴景。此后晴景和自己的弟弟景虎（后来的上杉谦信）发生对立，最终以景虎的胜利告终。在上杉谦信和其养子上杉景胜统治期间，上杉氏发展为一大势力，不仅控制了越后、佐渡两国，还攻入了关东地方和北陆地方等地。本能寺之变后，上杉景胜和丰臣氏交好，领有越后、佐渡、庄内三地，是五大老之一。但在1598年（庆长3年），丰臣秀吉移封上杉景胜至会津，终结了上杉氏对越后国约