言将目标对准大顺军，招纳故明遗臣，很快清廷稳定北直隶、山东、山西三省之地，迁都燕京。入关后，顺治皇帝任命他为太子太保、兵部尚书兼都察院右都御史，入内院佐理军务并授秘书院大学士，成为清朝首位汉人大学士。顺治二年（1645年）五月，多铎灭南明弘光政权，多尔衮被胜利冲昏头脑，下“剃发令”，激起强烈反抗。危难之中，多尔衮于闰六月以洪承畴代多铎，授予“招抚江南各省总督军务大学士”，敕赐便宜行事。洪承畴在任期间，竭力缓和满汉的民族矛盾，以绥靖招安为主，但如不归顺，就处死，乃至于杀害大批明室忠臣义士，遭天下唾骂。