发税单系当地惯例，倪但理遂认为维堡对自己有偏见，拒绝维堡主持审判。维堡便不经召开法庭，自行把倪但理撤职并罚款1000盾；倪但理不服判决，遂向巴达维亚当局上诉。双方各有人支持，不停地写信到巴达维亚控诉对方，大员政坛因此分裂成以维堡、史诺克为首的行政派，和以揆一、倪但理为首的教会派，维堡也从此和揆一结怨。最后巴达维亚当局裁决倪但理无罪，不过也取消了牧师的政治权力，才平息争执。1652年爆发郭怀一事件，虽然起事很快就被镇压，但维堡开始认为台湾是烫手山芋，任期届满便想离开台湾。公司同意他的请求，于1654年调任