萨尔瓦多军队赶出国境，因而使战事陷入胶着。7月18日，萨尔瓦多开始在宏都拉斯境内展开小型游击战，以截断宏都拉斯陆军的后援。而萨尔瓦多也向邻国收购战机以重振空军战力，然而却要五天后才能运抵国内。
停火.1969年7月18日晚间，在美国与美洲国家组织施压下，战争以停火协议收场，宏都拉斯军并于当晚21:30停止前进，22:00撤离萨尔瓦多。而萨尔瓦多军则到8月5日才退回国境。1980年10月30日，两国签署盼违11年的和约，以将领土争端交付国际法庭审理。
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