全线通车以后，帐面上就未再有盈余。2007年台湾高速铁路通车开始，年年亏损超过新台币百亿元，2011年台湾铁路客货运营收虽增加了新台币10亿元，但估计亏损也会超过新台币百亿元，首度出现连续四年亏损破百亿元情况，亏损估计已逼近新台币2,000亿元。庞大的退休金支出是台铁连年亏损的主因，其次为营业收入未能提升。
人力缺口.因应营运需求，台铁局人员需轮班，惟现行日夜休三班制每天实际工作12小时轮班作息型态不定，许多新进员工不适应，离职率高，加上退休人数众多，造成台铁局人力严重断层。S