4日，后鸟羽上皇下达了讨伐时任幕府执权北条义时的院宣，并召集畿内、近国的武士讨伐幕府，史称承久之乱。北条义时率军反击，朝廷军大败。二个月后的7月9日，北条义时的儿子北条泰时率19万大军上京，将后鸟羽上皇流放隐歧岛，顺德上皇流放佐渡岛，土御门上皇流放土佐国。后鸟羽上皇的皇子雅成亲王流放但马国、赖仁亲王流放备前国。同时废黜了顺德上皇的儿子仲恭天皇，拥立后鸟羽上皇哥哥守贞亲王的儿子茂仁王为新的天皇，是为后堀河天皇；守贞亲王则以太上天皇的身份执掌院政，是为后高仓院。自此后，幕府开始拥有控制与决定天皇皇位继承的大