，此时两个中国的问题迅速变得激烈起来。陈水扁总统执政时则强化台湾本土主体意识，两个中国的问题也逐渐被一中一台的问题所取代，此时对于大陆的中华人民共和国政权，“反台独”成为主要目标。2008年，马英九总统执政时再度提出了一中各表，重提在台湾仍受争议的九二共识，并认为依据中华民国宪法，两岸并非国与国的关系。中华民国政府又重新公开宣称对大陆地区拥有主权。2012年5月20日，马英九连任就职时，又提出了“一个中华民国，两个地区”的说法。对此中华人民共和国国务院台湾事务办公室表示：“马英九先生阐述的是他一贯的大陆