杨荩诚率领北伐军赴湖北，赵德全任代理都督），张百麟任枢密院院长。但是，在军政府内，张百麟等革命派、赵德全等新军、任可澄等立宪派、刘显世等旧军之间发生激烈的权力斗争。1912年（民国元年）3月，任、刘等人招滇军唐继尧入贵阳，镇压革命派、新军。张幸免于难，赴上海。同年5月，张百麟在上海组织西南协会政治促进会。8月，他加入国民党。1913年（民国2年），二次革命时，张任黄兴的秘书长。1916年（民国5年）7月，任北京政府内务部参事兼高等警察学校副校长。次年7月，离职赴广州，在孙中山组织的护法军政府任司法部长，