统府发言人马纬国表示总统马英九对这件事“深感欣慰”，也肯定外交人员多年努力的成果。然而美国国务院表示，未先被告知要举行升旗典礼，强调美国与台湾没有外交关系，此举不符合美方的外交政策，美国在台协会发表三点正式声明，希望台湾方面确保这类事情不再发生。部分亲中华民国民间人士则对升旗典礼明确表示肯定，并对美国政府反对升旗一事表示抗议，《黄花岗》杂志社经读者建议向白宫网站“我们人民”发起联署要求美国政府改变外交政策。