鲈形目（或旧鲉形目）的杜父鱼亚目，与本亚目相当疏远。反而原本归类于鲈形目的䲗亚目和须鲷科以及鲉形目的飞角鱼亚目才是本亚目的近亲，于是四者一起组成独立的海龙鱼目。
内部分类.本亚目下分5科：
相关类群.海蛾鱼科（Pegasidae）也曾归类于此，目前属于飞角鱼亚目，依然是海龙鱼目的一员。