到60个硷基对的DNA片段，在人类基因组中约出现在1000个以上的位置。某些小卫星序列含有一个核心序列“GGGCAGGAXG”（X表示任何字母），其他大多则是一股皆嘌呤，另一股皆嘧啶。在人体内，约90%的小卫星序列出现在靠近端粒的位置，端粒本身则主要是串联重复（tandem repeat）。