，中华民国亦首次在该国首都卢比安纳举办国庆酒会。2000年8月，斯洛维尼亚经济部长萨国显（Jose Zagozan）抵台访问。2008年1月，世界卫生组织（WHO）执行委员会在瑞士日内瓦举行。中华民国的邦交国提出「要求世界卫生组织与尚未获纳入国际卫生条例2005之国家、地区及领土就国际卫生条例2005之执行建立直接沟通与联系」提案，中华人民共和国则另提出修正案，斯洛维尼亚代表欧盟全体会员国说明对两案皆同意的立场，但若进行投票则将弃权。后中华人民共和国的修正案以25国赞成、3国反对、5国弃权（斯洛维尼