海洋委员会海巡署（简称海巡署）是中华民国（台湾）负责海域及海岸巡防之机关，隶属于海洋委员会，负责巡防海岸、领海、及专属经济海域等，并执行查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡、偷渡等治安事务，为中华民国之第二海军。署内人员编制，主要由警察、军人、海关人员或其他公务人员组成（政风单位除外）。海巡署平常不负责军事任务，惟作战时期可依《国防法》第四条纳入作战序列。
沿革.中华民国政府以往的海上相关事权，分散在国防部（海军总司令部及台湾警备总司令部）、内政部警政署水上警察局、财政部关税总局 、国家安