永安宫居住，而迁何后到宫外琅琊王司马德文的司徒府。何皇后的车驾当时经过太庙，她就命人停下并在太庙前伤心痛哭，一旁的人的大为感动。桓玄听后却怒道：「天下禅代常理，何预何氏女子事耶！」次月，桓玄篡位称帝，降封何皇后为「零陵县君」，并随同安帝及安皇后王神爱迁到寻阳。元兴三年（404年），北府将领刘裕起兵讨伐桓玄，桓玄弃守建康西走，至寻阳后再败予讨伐军，于是带着安帝夫妇及何后又再西退，一直撤到巴陵时就留下王皇后及何后，自己继续挟安帝至江陵。其时桓玄心腹殷仲文乘机叛变，奉二后归顺讨伐军