阁臣们竭力化解才得以倖免。随即便告老还乡，后被起用为巡查长芦等地盐政。冯从吾洁身自好，任内惠利商人，违法乱纪之事均有所收敛。不久，冯从吾返回京师，适逢神宗因军政之事大罢谏官。冯从吾也因而被革职，仍然是因为之前上疏谏言的缘故。冯从吾生性纯朴诚实，有志于濂、洛之学，受业于许孚远。罢官归乡后，闭门谢绝客人来访，拿来古代贤人可以作为人们行为规范的言简意赅的语句，体察考验自己的身心，学问造诣更加精深。在家闲赋了整整二十五年。万历四十八（1620年）明光宗登基。冯从吾被起用为尚宝卿，后晋升为太仆寺少卿，因为兄长去世