立后，彭冲历任中共福建省委秘书长，中共福建省委统战部部长兼中共龙溪地委书记，中共中央华东局统战部副部长。1954年8月，彭冲调任中共江苏省委秘书长。1955年后，历任南京市市长，中共南京市委第一书记，中共江苏省委书记处候补书记、书记。1966年“文化大革命”爆发后，彭冲遭到残酷迫害。1968年3月，彭冲经周恩来亲自点名参加学习班之后，被任命为江苏省革命委员会副主任、中共江苏省委副书记，分管抓生产。其间，他帮助中共江苏省委第一书记、江苏省革委会主任许世友指挥建设了南京长江大桥，许世友任总指挥，彭冲任常务副