安处在机场、港口指挥军宪警防止非法入出境，所谓黑名单就是针对此业务，此业务后转为警察、海关以及移民署执行。另外海岸管制与反走私、反偷渡治安任务，解严后则衍生海岸巡防司令部。1987年7月15日，为时38年的戒严时期正式告终，军管解除，随着台湾实现民主化，中央政府开始减少监控人民，警备总部的重要性开始减低，治安任务开始陆续移交内政部警政署...等警察单位（如：保安警察总队、各县市警察局）、海关、宪兵、调查局。1992年8月1日零时，因应动员戡乱时期终止，裁撤「台湾警备总司令部」，新设海岸巡防司令部。