续三届当选；2009年担任行政院院长，为马英九总统任内任期最长的行政院院长；2011年6月受马英九总统提名，成为第十三任副总统候选人，并于2012年5月20日宣布就职。此外，吴敦义曾担任国民党台北市党部主委、国民党中常委、中央评议委员团主席、秘书长、第一副主席与代理主席等。2016年，吴敦义创办个人智库「台湾新愿景论坛协会」。2017年1月9日宣布参选国民党主席选举，以破14万票在第一轮出线当选。2018年11月24日，成功领导国民党赢得九合一选举，惟于2019年决定不参加2020年总统选举，是自2008年