华民国政府重新把首都定为南京，并为公墓进行大规模修葺，基本按照抗战前的状况重建，逾二千名日军战俘被勒令参与修建；当局搜集空军烈士的遗体，陆续把他们葬于此公墓，并为找不到遗体的空军烈士按家属要求修建衣冠冢。政府在1946年至1948年的3月29日（即革命先烈纪念日）分别安葬了三批烈士（合共超过77人），并举行公祭典礼；部分烈士是在国共内战而非抗战中阵亡，例如为蒋介石心腹戴笠驾驶飞机时意外身亡的飞行员。除了中国军人外，政府也把一些抗战时援助中国的外国航空人员葬至此公墓。
中华人民共和国成