，军区内部长期保持和平。1069年突厥人建立的塞尔柱帝国开始对帝国展开第一次攻势，突厥人打到了以哥念。而在曼齐刻尔特战役后突厥人占领了安纳托利亚大部，以哥念便成为罗姆苏丹国的首都所在地。安纳托利亚最后于1077年被提及，当时的将军即为后来的皇帝尼基弗鲁斯三世。科穆宁王朝时期的皇帝们成功收复该军区西部及北部的领土，但军区从未被重建。
动乱.鉴于从创立的初始军区便直面阿拉伯人，同时又为当时的伊苏利亚王朝的皇帝们立下汗马功劳，安纳托利亚军区一直以来都是最为强大，最富盛名而最为倚重的军