12年，中华民国成立后，北洋大学堂遂改名为北洋大学校，隶属于当时的中华民国教育部，但经费仍由直隶省拨付，学生由官费资助改为自费。1913年，北洋大学校改名为国立北洋大学，督办一职改称校长。由于北洋大学与北京大学地缘、学科相近，1913年、1914年中华民国教育部先后提议“北京大学并入北洋大学”和“北洋大学并入北京大学”均遭到反对，最终提出“北京大学设文、理、法、医四科，北洋大学专设工科而渐加扩充”，仍未获认同。1917年，蔡元培建议教育部令北洋大学改为专办工科，法科逐渐并入北京大学，将北京大学工科移并北洋大