次共有两案，分别由民主进步党前主席游钖堃及中国国民党籍副总统候选人萧万长领衔提出。第5案为「以台湾名义加入联合国」（一般称「入联公投」），第6案为「以务实、有弹性的策略重返联合国及加入其它国际组织」（一般称「返联公投」）。由于两项公投的「领票率皆低于公民投票法所规定的选举人总数的百分之五十门槛」，故皆遭到否决。
结果分析.在本次选举结束以前，《亚洲週刊》总编辑邱立本表示，马萧将会以压倒性票数击败长昌配，还会领先高达两百万票。 2008年3月24日，亚洲创制公投中心分析，入联公