但到224年，萨珊王朝时代政府把拜火教定为国教后，佛教徒受逼害，寺庙被破坏，剩余的寺庙在5世纪又受嚈哒攻击，到7世纪中叶，阿拉伯人征服伊朗，多数伊朗东部地区的寺院被阿拉伯人焚毁，只剩下如巴米扬等一些地区的生存至9世纪。在伊儿汗国早期佛教曾复兴，但到合赞汗时代正式接受伊斯兰教，驱逐佛教僧侣到其他佛教国家。近年来，伊朗人对佛教的兴趣高涨，但国内伊斯兰教独大，严格来说没有真正的佛教徒。