命期间，熊克武在重庆宣布独立，设立讨袁军总司令部，由原蜀军两个团、川军第五师两个旅编成讨袁军，共九千人，编制如下：二次革命失败后，仍恢复原五师编制。1915年3月，袁世凯派陈宦以会办四川军务、四川巡按使的身分控制四川，陈曾率伍祥祯（第四混成旅）、冯玉祥（第十六混成旅）、李炳之（第十三混成旅）三混成旅入川，后三混成旅于四川参加护国战争。
主要派系及所属着名将领.
武备系.尹昌衡、胡景伊、周道刚、刘存厚
国民党系.熊克武、但懋辛