多方面多层次的问题。主要方法是比较DNA序列或蛋白质序列，但是早期方法亦包括血清学的比较研究。通过考察在不同人群中的DNA序列，科学家可以判断的有关种群之间（或群体内部）的亲密关系。基因构成一定的相似性，能让分子人类学家确定不同的人群是否属于同一个单倍群（haplogroup），进而确定是否他们都有一个共同的地理发源地。它允许人类学家追踪迁移的和定居的模式，这提供了帮助洞察到现代人群是如何形成的并且将是如何继续向未来发展的。