南宁高中等七校为“重点办好的中学”。1954年秋，奉上级指令，南宁高中划分为南宁市第二中学和南宁市第三中学。1963年5月，自治区教育厅提出在26所重点中学里选择包括南宁二中在内的9所高完中作为第一批重点办好的学校。
文化大革命时期.1966年6月，学校基本停课。学生纷纷成立红卫兵组织，并组织开展全国大串联活动。1968年8月，南宁市红卫兵两大派组织根据中央实行大联合，学校成立了校革命委员会，学校各项工作逐步开始恢复正常。1968年12月，学校响应毛主席的知识青年上