非与其他省份相同设置省政府，而是设置「行政长官公署」此一特别行政组织，并同时负责南海诸岛的接收工作；但由于长官公署统治政策错误与种种倒行逆施，政治腐败、贪污横行，以及民不聊生之下，导致台湾在1947年2月爆发二二八事件，各地民众群起反抗政府。有鑑于多数台湾住民对以陈仪为首的行政长官公署强烈不满，国民政府在二二八事件平息后废除此机关，改组为台湾省政府。
成立.1943年开罗会议中，同盟国拟在战后将台湾交还中国统治。1944年4月在重庆的国民政府，委由中央设计局设立「台湾调查委员会」，