发挥出色的曼朱基奇，转会费用约为1300万欧元。
2012-13赛季.在2012年7月24日，曼祖基奇打进自己在拜仁的第一个进球，他在79分钟射入第五球，协助俱乐部以6:0大胜中超俱乐部北京国安。同年8月12日，他在对阵应届冠军多特蒙德的比赛中开赛6分钟就打进自己首个在拜仁的官方进球。帮助俱乐部赢得德国超级盃。他在该赛季德甲首轮对阵菲尔特的比赛中打进首个在拜仁的联赛进球，及后在联赛第二轮主场6:1大胜斯图加特的比赛中再打进一球。此外，他在面对前东家沃尔夫斯堡的比赛中打进两球。曼祖