，再署布政使。修筑永定河北岸石堤，保卫京师，卢沟南减水石坝工程浩大，解除永定河水患。光绪二十八年（1902年）四月，升任山东巡抚，并加兵部尚书衔。三十年（1904年）九月，署两江总督兼南洋大臣。三十二年（1906年）七月，调任闽浙总督，未到任。旋又调补两广总督。次年，以年老多病，奏请“回籍就医”。民国十年（1921年）八月二十一，病逝德寿于天津寓所，终年84岁。1904年，周馥就任山东巡抚时期，与其前任袁世凯联名上奏朝庭，要求济南、周村、潍县三地自开商埠，于5月获准。这是中国早期自动开放的通商口岸之一。