源氏因为根据地处于河内石川，近在京畿，被平清盛视为很大的威胁。于是清盛运用策略，引诱义基率领石川源氏的主力出击鸟羽（今京都市伏见区），然后一鼓包围，加以歼灭。当时已经老迈的义基身先士卒，英勇奋战，力竭而死。义基之子源义兼以石川源氏之栋梁的身份参加了源平合战。他的子孙以石川氏的名号绵延于后世。