JR货物.长崎车站的西侧（现今的长崎站新站场）曾属于JR货物，主要作为货柜的转运站，但自1999年起JR货物已不再有固定的货物列车班次行驶至长崎车站，2006年在站内另行设置了长崎线外货运站（，简称为「长崎ORS」），以每日14班次的货车，往返于位于佐贺市的锅岛车站。现在位于车站南侧的过去原本为长崎市的鱼市场，因此JR货物曾经开设专门运送鱼获的银鳞号列车（日文：）和飞鱼号列车（日文：），直接将渔获送至大坂市的和东京都的筑地市场；但在1980年代鲜鱼货物列车逐渐不敌公路货车的竞争，鱼市场也在1990年代