朝康熙二十年（1681年）迁界令撤销后重修。康熙二十二年（1683年）福建总督姚启圣重建钟鼓楼和山门，又把朝天阁改为正殿，后因姚启圣封为太子太保、兵部尚书，所以人们也称正殿「太子太保殿」、「太子公殿」，后简称为「太子殿」。康熙二十三年（1684年）靖海侯施琅增建梳妆楼、朝天阁、佛殿、僧房，按石祖庙又建中殿、观音亭、土地庙等，当时有五组建筑群，殿堂楼阁十六座，客房斋堂等建筑九十九间，规模宏大。湄洲祖庙惜已于文化大革命期间全毁。1980年代以来，海内外信徒捐资对湄洲祖庙进行重建，台湾信徒捐献为最多，现有建筑