教练，球队主场也迁回中国第一个专业足球场虹口足球场（原虹口体育场）。但由于拉扎罗尼与俱乐部和球员没有良好的沟通，他与其它方面矛盾越来越大，造成球队成绩大幅下降，这个赛季也成为了申花建队后的第一个低谷，之前从未跌出联赛三甲的申花最终仅名列第五。赛季结束后，朱琪、区楚良等转会联赛其它球队，也是申花历史上第一次出现队内主力进行国内转会。2000年初申花俱乐部发生资产重组，原申花集团将全部股份转卖给上海的新世界集团、巴士实业、久事、申能集团、国际信托、新高潮和华生化工等业绩显赫的大型国有企业，转让总价高达4亿元