79年，织田信长讨平荒木村重的叛变后，亦起用原长赖担任对村重一族处刑的职务。 1582年，织田信长殁于本能寺之变后，原长赖依循信长旧制仍然臣属于柴田胜家阵营，在贱岳之战时担任佐久间盛政的副将，共同先锋奇袭秀吉军的战阵，在反被丰臣秀吉领军突击后，由于前田利家的退走，引起柴田军总溃，战后原长赖见胜家大势已去，遂接受秀吉的策反，与德山秀现一起成为前田利家的家臣，并在1584年的末森城之战力抗来犯的佐佐成政军时立下战功。 1585年，原长赖被丰臣秀吉引为直属大名，在伊势得到三万石封地，小田原征伐后移封三河，