登条约》签订后，索恩河成为东西法兰克王国的分界线，马孔由此成为一座边境城市，当地的封建领主厄德一世被授予伯爵爵位。13世纪时，马孔伯爵投诚勃艮第，成为勃艮第公国最南端的领土。1477年勃艮第公国灭亡后，马孔成为法兰西王室土地。1564年6月3日至9日，查理九世在时途径马孔。中世纪末期，当地出现了印染工业，城市得到发展，但1602年的洪水对当地造成了严重的破坏。法国大革命后，马孔成为索恩-卢瓦尔省的省会。工业革命期间，马孔成为一个铁路枢纽，当地出现了多个工业部门。二战时期，马孔位于沦陷区和维希法国的交界地带，