王锡符随部队撤至武汉，担任后勤部船舶运输司令部参谋长。日军进攻武汉时，王锡符冒着日军飞机的轰炸，指挥长江各港口调船抢运物资入四川。1939年，王锡符任西安江北兵站统监部参谋处长。后来，担任重庆国民政府交通部专员。1945年抗日战争胜利后，王锡符任第十一战区北平额外中将高参，兼任保定行政督察专员，河北省政府参议员。其间，王锡符不满中国国民党挑起内战，情绪十分消沉。王锡符曾力劝保定保安司令池峰城不要滥杀无辜，从而同池峰城发生矛盾，王锡符乃于1946年11月辞去了保定行政督察专员职务，迁居北平。1947年