讨湖南时，尹崇珂为行营前军马军都指挥使。平定荆湘后，授朗州团练使。干德二年(964年)九月，与潘美、丁德裕克郴州。干德中期，大宋出兵南征岭表，以尹崇珂为行营马步军副部署。克广州，擒刘鋹，即日诏与潘美同为广州知州兼市舶转运等使，录功迁保信军节度。未几，南汉开府乐范、容州都指挥使邓存忠、韶州贼帅周思琼、春恩道都指挥使麦汉琼等佔据五州之地叛乱。尹崇珂前往征讨，宋太祖派遣中使李神祐督战，数月内尽平叛党。干德六年(968年)逝世，终年四十二岁。赠侍中，归葬洛阳。以其子尹昭吉、弟尹崇珪并为西京作坊使，尹昭吉领会