起的较大的革命运动，由杜文秀领导；虽然马德新不认同杜文秀的革命路线，他还是鼓励他的追随者加入这场反叛活动；后来他试图在政府军与叛军间扮演和事老的角色，但政府仍视他为叛乱份子；他于叛乱爆发两年后遭当局处决。
着作.马德新首度将《古兰经》译成汉语，并用阿拉伯语和波斯语写了许多有关伊斯兰教的书籍。他最有名的主题是将伊斯兰教与儒家思想作比较，试图找出共同的理论与神学基础，融合彼此。马德新的着作多为阿拉伯语，由其门生译成的汉语版本被云南穆斯林称为「汉经」。此时，他强烈谴责佛教与道教的元素污染