采石矶将意图暴动之程潜、林祖涵（即林伯渠）国民革命军第六军包围缴械，并在国民革命军第一军刘峙师逮捕中国共产党员。白崇禧在上海直接指挥清共，黄绍竑、李济深同时在广西、广东进行“清党”，处决大批中国共产党分子、中国国民党内部左翼人士，李宗仁表弟李珍凤在国民革命军北伐之前加入中国共产党，清党期间被捕，后枪决于广西桂林。清党使新桂系与中国共产党结下政治仇恨。1927年7月初，武汉汪兆铭派唐生智、张发奎两部共20余万大军东征南京，欲打倒蒋。8月，新桂系成功联合何应钦逼迫蒋下野，南京与武汉两国民政府统一，史称“宁汉