大分子会产生一种称为（Macromolecular crowding）的效应，即当其他大分子的有效浓度被增加，因为它们较小的体积移入。这种拥挤效应会导致细胞质中反应的化学平衡在中的速率和位置发生较大变化 。 特别重要的是它能够通过促进大分子的结合来改变解离常数，例如当多种蛋白质结合在一起形成蛋白质复合体时，或者当与基因组中的靶标结合时
组织.尽管细胞质基质的成分不是通过细胞膜分离成区域，但这些成分并不总是随机混合，并且几种组织层次可以将特定分子定位于细胞质基质内的确定位点。Se