后迁左卫将军。王恭将要讨伐谯国王王尚之的时候，先派遣何澹之、孙无终引兵到句容。桓脩以左卫领振武将军之职，会合辅国将军陶无忌率兵拒守。桓脩亲自带兵来到句容，没多久王恭兵败，孙无终遣人致信桓脩求降。然而，桓脩这边厢胜利凯旋时，响应王恭的杨佺期已率军抵达石头城，当时朝中不及防备，人心惊惶。桓脩便向晋帝解说：「如今朝中除殷、桓之外，就以王恭为首，如今王恭既已破灭，这批专横的将领均惊惶失色。如今皇上若肯降诏重用桓玄，桓玄必定感到喜悦，更能出手制服殷仲堪、杨佺期，令他们一起真心归顺朝廷。」晋帝纳其意见，又以桓脩为龙