国库节省了4万余两的白银。33岁时，他获派为京畿暗行御史，廉查积城、麻田、涟川、朔宁郡等地。他关心百姓疾苦，惩处贪官污吏，深受百姓爱戴，但也因此得罪了朝中权臣。1801年，正祖忽然驾崩。反对派得势后开始残酷镇压南人派，史称“辛酉邪狱”。丁若镛的三哥丁若钟在辛酉邪狱期间被斩首。他的二哥丁若铨则遭到流放。丁若镛也发配到庆尚道长鬐。同年10月，他又因黄嗣永帛书事件而押至汉阳，后再次发配到康津。在流放期间，他近距离接触到了下层社会。他的大部分着作都是在此期间完成，他还创作出了许多反映百姓疾苦的现实主义文学作品。