十余家的註疏，将宋本条文矛盾不一致处一一删除，并加以修正后颁行全国，这是目前最通行的标准版本，又称医宗金鉴版。
近代新发现.于清末民初，中国流传出来其他版本，号称古本，分别有《桂林古本》（据说成书于公元200年至210年）、《长沙古本》（又称《湘古本》）、《涪陵古本》（又称《涪古本》、《四川古本》）。《桂林古本》较为普及；《长沙古本》较不普遍，但仍出现于近期文献；《涪陵古本》则极为罕见。中国近代敦煌发现《辅行诀脏腑用药法要》其中方药部分被部分学者认为是伤寒论前身，有学者认为其中