分税制改革后的税收体系存在多种不公平，如省际间的不公平，如增值税属于中央税种，消费税地方留存仅25%，导致了工业发达的省份和正在发展第三产业的省份的地方财政收入受到制约。另外，最显着的表现在，内外资企业的税负水平严重不公平，外资企业在税收上获得了超国民待遇，不仅整体税负水平偏低且税前扣除标准也较内资企业更为宽松。此外，也造成国内一些企业负税加重，制约了企业的长远发展，特别是使中小型民营企业发展困难。中华人民共和国现行的个人所得税制度是在1994年税制改革的基础上建立的，存在着不利于调节收入分配等诸多问题