参加土地改革、抗美援朝、镇压反革命运动。1950年8月，王昆仑重新加入中国共产党。他虽是中国共产党党员，但根据中共的决定，其中共党籍不公开。1954年，第一届全国人民代表大会召开，王昆仑当选全国人大常委。王昆仑以民革负责人身份参政，1955年底出任北京市副市长，协助彭真分管文化卫生工作。王昆仑担任北京市副市长共达10年，任内在北京市组织开展爱国卫生运动。1950年代后期，北京市卫生面貌一新，获中华人民共和国国务院、中央爱国卫生运动委员会表彰，一度被外国来访人员誉为无蝇城。1957年，在中共发动的整风运动