国家或越南有联系的人、残疾人、华人、老挝人、越南人进行迫害。酷刑处决在全国非常普遍，数千名被指控与前政府有关联的政客或官僚被处决。这一系列血腥事件被称为红色高棉大屠杀，据估计造成了150万至300万柬埔寨人的死亡。外交上，波尔布特采取亲中国政策，站在反苏阵营。这在外交上具有实用性，因为柬埔寨的竞争对手越南与苏联保持一致。1976年12月，为回应上批准的“解决越南与老挝、柬埔寨特殊关系的决议”，波尔布特向红色高棉领导人指示称越南是现在的敌人。
与越南的冲突.柬埔寨与越南因边界争端