每张日本银行券上均有个别的编号，一般来说相同编号的纸币并不存在。但是，当所有编号给用尽之后需要重新使用的话，纸币的编号会以另一种颜色印制，以资识别。通常以黑色、蓝色、褐色、绿色4种颜色分类。C一千圆券（伊藤博文）便有黑色及蓝色编号的版本，而D一万圆券（福泽谕吉）和D五千圆券（新渡户稻造）的编号则先以黑色印制，之后则使用褐色。至于D一千圆券（夏目漱石）更曾经使用过4种颜色。也有因印制失误，使同颜色同编号的错体版纸币流到市面。
设计.为了防止伪造，原则上日本银行券的设计会每20年更改一