哈托出任代理总统，反华浪潮更加凶勐。1969年，苏卡诺垮台，军队司令苏哈托任总统一职。在其近30年的独裁统治中，苏哈托家族积累了大量财富，直到1998年大规模的政治示威迫使苏哈托放弃政权。
改革时期.90年代后期，印尼是深受亚洲金融风暴严重打击的国家之一，并因此在国内引发广泛的反政府骚乱。1998年5月21日，苏哈托正式下台。1998年发生大规模骚乱排华运动，大量华侨、华人被残忍的杀害。雅加达人权与妇女研究组织经整理后的报告显示，5月发生的骚乱中，印尼各地总共发生5000多宗暴徒强