车站软硬体设备老旧.台铁除了少数捷运化路线如沙崙线和六家线，大多数路线为传统铁路型态，部分车站设施严重老旧或缺失，例如仍有为数不少的三等站等级以下并未设有自动验票闸门和升降梯；就连部分大站也因为预算有限，导致硬体设备无法如高铁、捷运等铁路系统齐全，甚至仍有为数不少无人看守之招唿站，造成治安上的隐忧。
列车误点.台铁的车种复杂、列车上下人潮多、又非全线独立路权，因此准点率较高铁或捷运为低。
特级列车停靠站过多.台铁特级列车停靠站多，