遭波及，郭于是结束避难，但因市府宿舍安有机枪，为免瓜田李下，接受建议改住回医院宿舍。3/18凌晨二时许，遭军人抓走。
遇害经过.郭章垣被军人拘捕后，当时宜兰已经宣佈戒严，因此郭章垣之妻只能透过电话寻求援助。透过他表哥的关系(与连震东是同学)，连震东曾试图救过郭章垣，根据家属的说法，。但这些动作都为时已晚，郭章垣在被捉后没多久，就已经要准备送去填海。因为当载人的车子开到头城后，通往海边的桥断了，所以临时载到头城妈祖庙前射杀，隔天被发现陈尸庙前。