曾祖母叶氏祖父陈朝昌，字永盛，号渭川先生，祖母吕氏。父亲陈琮，字怀瑾，号乐芸居士。母林化，麻园林康耕之女。兄陈献文。
思想.陈献章遭逢明朝中叶的乱象，历经王振弄权（1435年）、土木之变（1449年）、明英宗夺门之变复辟（1457年）等社会动乱。一生清贫，都御史邓廷缵曾令番禺县每月给他米一石，陈拒不接受，说自己“有田二顷，耕之足矣”。又有按察使花了巨金买园林豪宅送他，他亦不受。陈献章的入学法门是「以静为主」，「端坐澄心，于静中养出端倪。」献章创立了岭南第一个颇具影响的学