陇海铁路在商丘市境内124.3公里，京九铁路在商丘市境内58.7公里。郑徐客运专线（徐兰客运专线一段）以及商杭客运专线（商丘—阜阳—合肥—芜湖—杭州）也交汇于商丘，使商丘成为一个高铁枢纽城市。，，，，，。
航空.位于商丘市观堂乡的商丘军用机场正在被改造为军民合用机场，属于国内4D级支线民航机场，占地约400亩。机场建成后，将开辟商丘至北京、哈尔滨、大连、上海、广州、西安等多条航线。
水运.沱浍河（沱河与浍河）航运工程已被交通运输部和河南省列入“十一五”