化十六年（1480年），为右副都御史，同年11月赴晋任山西巡抚。成化十九年八月乙丑，户部侍郎李衍、刑部侍郎何乔新巡视边关。成化二十年（1484年）被明廷召回拜为为刑部右侍郎，奉命前往山西赈灾。成化二十一年春正月乙巳，明廷派遣侍郎李贤、何乔新、贾俊去陕西、山西、河南等地赈饥荒之灾。成化二十三年（1487年）八月，孝宗继位，万安、刘吉忌之，外放至南京。孝宗弘治元年（1488年）正月，吏部尚书王恕举荐为刑部尚书，时人以「父子尚书」为美谈。刘吉叫唆御史邹鲁诬陷，弘治四年八月（1491年）辞官归里