朝贵督师袭长沙，萧朝贵中炮牺牲，曾水源与林凤祥等继续攻城。10月，擢伸后副侍卫，仍掌文书。12月。擢土官正将军。参与攻克岳州（今岳阳）。1853年，下湖北武昌，改任东殿簿书。太平天国定都天京（今南京）后，擢职同检点，5月，任东殿左丞相。11月，升天官又正丞相，12月，率太平军攻三汊河，救出扬州守军，赏赐黄袍。1854年3月，升天官正丞相，仍理东王府事。7月，天父下凡，命将天父圣旨、天兄圣旨和天命诏书。攻打高淳东坝败回，收入东王牢狱。1855年因遭杨秀清猜忌而被杀。杨秀清被杀后，曾水源得到平反。墓葬为曾水源墓