法皇封为从五位下、左马头、越后守，人称「旭将军（或朝日将军）」，与源行家一起执掌朝政。他试图恢复在1181年养和饥馑后荒废的京都的繁荣，但失败了。同时由于军队缺乏食粮，发生了抢劫民宅的暴动，使其民心大为下降。此外又因皇位继承问题同法皇发生冲突，最终在法住寺合战中囚禁后白河法皇和后鸟羽天皇，罢免反对自己的公卿并自封征东大将军。次年，盘踞镰仓的源赖朝得知义仲囚禁法皇和天皇的消息后，派源范赖、源义经讨伐义仲。义仲在宇治川战败，逃往向北逃亡。同年在近江国粟津（今滋贺县大津市）同源范赖的部下交战，阵亡。木曾义