革命期间，清朝政府任命的地方官逃离迪化（乌鲁木齐）。一伙由杨增新率领的云南人平定了叛乱，立杨增新为省领导。大总统袁世凯认可杨增新的地位。杨增新也是为数不多的支持袁世凯的称帝企图者。在护国运动中，他清除了同情滇系领导蔡锷的军官们。袁世凯死后，他认可每一个北京政府，保持孤立主义和中立政策，使新疆远离中国其他地区所经历的动荡。回民马福兴和马绍武也是该派系成员，他们在杨增新手下有军政职位。1928年，在认可国民党南京政府后数日，杨增新被军务厅长、外交署长樊耀南刺杀。他由杨增新的门生新疆省公署政务厅厅长甘肃人