他成为了苏联人的战俘。在那里他患上了疟疾，这种疾病的特点是高烧，并且通常发生于战争刚刚结束的战俘营之中。疟疾导致他只能在阴雨的弗里茨·瓦尔特天气中发挥出最好的水平，在战俘营期间，瓦尔特仍然继续“用生命在比赛”，但由于疟疾侵袭而变得虚弱的他只能同匈牙利和斯洛伐克的守兵同场踢球。当后者意识到这是一位德国国家队的队员后，遂将他引荐至战俘营的苏方指挥官朱可夫少校。由于朱可夫也是一位不折不扣的球迷，他便将瓦尔特及胞弟路德维希在战俘整体移送至西伯利亚的古拉格之前留在了身边。两兄弟最终于1945年10月28日回到了凯泽斯