小笠原长巨（1551年—1634年10月20日）是日本战国时代至江户时代初期的武将。信浓国国人领主，后来成为江户幕府旗本（伊那众）。父亲是小笠原信贵。通称孙六、靱负。别名长臣（『宽政重修诸家谱』）。
生平.在天文20年（1551年）出生，家中次男。天正10年（1582年）2月13日，织田氏发动甲州征伐，哥哥信岭向织田信忠降服，此时被当作人质送出。本能寺之变后的同年6月14日，以菅沼藤藏仲介，与信岭一同在骏府城拜谒德川家康。观察丰臣秀吉恩顾的大名兼饭田城城主京极高知的形势，并报告没有