参加乡试，考中承天场举人。嗣德三十年（1877年），黄琨会试中格，参加庭试，考中副榜。初授承天府丞，后升任广平布政使。成泰八年（1896年）四月，升授鸿胪寺卿。九月，改领河静布政使。后改任承天府尹。成泰十一年（1899年），改任广义巡抚。后加总督衔，领顺庆总督。成泰十六年（1904年）二月，改署户部尚书，充机密院大臣。十一月，兼管都察院。成泰十七年（1905年）正月，兼掌刑部印篆。维新元年（1907年）八月，黄琨充辅政大臣。维新二年（1908年）正月，升署协办大学士。维新三年（1909年）正月，实授协办