为她赢得亚洲电影人协会颁赠「最高成就奖」，而《虎度门》则获亚太影展及台湾金马奖最佳女主角奖。因着多年来演出成就，1997年萧芳芳获颁英女皇MBE勋衔及香港艺术家年奖。2000年后萧芳芳受耳患困扰，使身体状况欠佳，因而减少演出专注进修，取得了儿童心理学硕士学位。1998年，她创立了护苗基金，积极宣传「保护儿童免受性侵犯」的讯息。2009年，萧芳芳获得第28届香港电影金像奖颁奖典礼终身成就奖，以表扬其善用天赋的才华为香港电影界作出杰出贡献。2017年12月，接受访问时透露在9月初时，萧芳芳的右眼做了白内