地位的不同，而有所差异。住在重要战略地区的平民经历了日军的折磨，强暴，任意逮捕和处决，以及其他战争罪行。成千上万的印尼人不论男女都被带离印尼到日本的各个佔领区成为强迫劳动者（日语为「劳务者」），用来修筑防御工事、军火制造，在日本的军事项目中被奴役，包括泰缅铁路，许多结果死于虐待和饥饿。在爪哇，400万至1000万的「劳务者」被迫参与日本军事工程。约27万的爪哇工人被送往其他日本佔据的东南亚地区，只有52,000被遣返的，这意味着有80％的死亡率。成千上万的印尼人饿死，作为奴工工作，或者被迫离开家园。后来