微生物天然产物数据库是一个专门收录微生物次生代谢产物化学结构和相关信息的数据库，由中国医学科学院医药生物技术研究所开发。微生物天然产物数据库的前身是协和生技所1980年代开发的微生物数据管理系统，组建该系统的最初目的是用于管理已经提取的微生物次级代谢产物，避免重复的提取分离和生理活性数据。随着管理系统的扩大，容纳的数据越来越多，遂逐渐转变为存储化合物结构数据的微生物天然产物数据库。微生物天然产物数据库收录了15000种化合物的数据，其结构类型涵盖β-内酰胺类化合物、大环内酯类化合物、氨基糖苷类化合物