摧毁了部分海燕、海鸥、鹱等鸟类的巢穴；拉瓦基岛上穴兔会与鸟类争夺地盘与资源，并破坏其巢穴。自2008年起，针对拉瓦基岛与麦基恩岛的非原生物种进行捕捉并移走，2009年11月至12月，科学小组对这两个岛屿进行检查，发现麦基恩岛有海鸟可成功筑新巢，拉瓦基岛的植被与原生物种亦逐渐恢复，濒危物种、等海鸟数量亦有恢复，2011年7月进行第二次检查亦发现生态复原良好。之后，在菲尼克斯群岛保护区的另两个岛屿恩德伯里岛、伯尼岛上，亦找出并非当地原生物种的老鼠，一併进行非原生物种的清除工作。
世界遗产