9月，福州军区并入南京军区，该医院更名为中国人民解放军南京军区福州总医院。2009年7月10日，厦门大学附属东方医院签约仪式在厦门大学举行，南京军区福州总医院成为厦门大学附属东方医院。2016年，在深化国防和军队改革中，由中国人民解放军南京军区转隶无锡联勤保障中心，并更名中国人民解放军福州总医院。2018年11月再次更名为中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院。医院是大型综合性三级甲等医院，也是中华人民共和国卫生部国际紧急救援网络医院，并设有福建省医疗系统首家博士后科研工作站。2016年改革前，医院由院