清治末期至日治初期，大埔尾地区为一街庄，称为「大埔尾庄」，隶属于溪洲堡。该庄北与莿桐巷庄、树仔脚庄、蔴园庄、新庄仔庄为邻，东及东南与竹围仔庄为邻，南边为大北势庄，西边为惠来厝庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「树仔脚区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，树仔脚区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「大埔尾」大字，隶属于台南州斗