盲肠鞭菌属是新美鞭菌门新美鞭菌科真菌的一属。其学名来自拉丁语"caecum"（盲肠）和古希腊语"mykēs"（真菌），指其最初在食草动物的盲肠中发现。相较于其他属的新美编菌科真菌，此属的特色是具有单鞭毛的动孢子(zoospore)与球状假根(rhizoid)的菌体。