毕业后参加工作，被分配到家乡孟津县平乐高中任教。1980年4月加入中国共产党。后进入中共孟津县委工作，开始从政之路。从政后，吉炳轩曾一直在河南省地方任职；历任孟津县朝阳乡党委书记，偃师县委副书记、县长、县委书记。1987年5月，被拔擢为共青团河南省委副书记；两个月后，出任共青团河南省委书记，由县处级干部跃升地市级高官。1990年12月，转任中共河南省委副秘书长、兼省委政策研究室主任；一年后，出任中共新乡市委书记。1993年，42岁的吉炳轩调中央，出任共青团中央书记处书记；两年后，转任中共吉林省委常委