法务省纪录，1998年时在日菲律宾人的人口有245,518，但因在2000年日本开始打击人口贩运而回落至144,871人。日本人与菲律宾人通婚是在日本的所有国际婚姻中最常见。截至2011年3月12日的统计，在日菲律宾人口为305,972人。根据菲律宾中央银行公佈的数字，海外菲律宾工人在1990年-1999年之间从日本汇回超过1亿美元的收入。虽然大多数的菲律宾人在日本是短期的居民，他们因国内疲弱经济到日本谋生，而一些在日菲律宾人则是留学生，和日本人非婚生没居留权或国籍的混血儿。