府主席，刘孟纯被免去新疆省政府秘书长的兼职，但仍为新疆省政府委员，同时还兼任新疆省政府宣传委员会主任。此外，他仍任西北行辕秘书长。刘孟纯对新疆省政府一些不利于新疆和平的政策采取了严厉限制，招致不少人攻击。1947年11月、1948年3月，张治中同刘孟纯、屈武、刘泽荣三人先后两次对新疆及全中国问题进行检讨，决定全力要求蒋介石停止内战。他们商定，若蒋介石不同意，就只好脱离政治逃到国外。他们在新疆问题上认为首先应撤换宋希濂（时任西北军政长官公署参谋长，新疆警备总司令），第二步撤换麦斯武德，消除和三区方面合作的障碍