令下，秘密从土伦运载大批部队至亚历山大港。英国皇家海军立时派遣霍雷肖·纳尔逊少将率军狙击；一连串大小海战随即在地中海爆发，而尼罗河海战正是其中的高潮。在这场海战中，纳尔逊的舰队歼灭了的法国地中海舰队，取得决定性胜利。英国为刺探法军目的地，就从西班牙塔霍河那里，派纳尔逊率领一支分舰队加以追踪，并予以歼灭。英国舰队用了逾两个月的时间追踪法国舰队，其间好几次只和敌军有数小时之距。拿破崙见纳尔逊一直穷追不舍，就把目的地的机密等级升至最高。结果法军成功躲过英国海军的狙击，在攻佔马耳他后顺利登陆埃及。法国陆军既