被授予中国人民解放军海军少将军衔。1991年8月，调任海军潜艇基地司令员。杨继忠在任海军潜艇基地司令员期间，正值核潜艇开始战备值班，杨继忠领导制定了从训练时期转入战备值班时期的规章制度，对核潜艇部队开展了战备等级转进，率某艇完成了第一次战备值班艇赴太平洋远航巡逻的任务。杨继忠还解决了核潜艇部队后勤和修理保障体制从三级保障改为二级保障的问题。为了留住技术骨干，杨继忠向海军建议专业军士长改成专业技术军官，后获上级认可。1992年7月，中共中央总书记、中央军委主席江泽民及其他中央军委首长视察核潜艇部队，时任基