日后攻下彰化，清军北路副将张无咎、署理知县朱澜、游击陈大恩、典史费增运、千总郭云秀、吴建龙均阵亡。彰化城破时，汀州府同知沈飏召集贡生吴升东、廪生杨应选等人，召募乡民攻击陈周全军队。不过该部队之后的南下攻打斗六，并没有获得胜利。3月18日台湾道观察使杨廷理带兵前往斗六，顺利解除斗六的围城危机，随后杨廷理攻下彰化与鹿港两地。陈周全亦在这场战役中被俘，不久即遭清朝处死。当年漳州籍的林爽文起事，泉州人多半协助清军。而陈周全抗清时，反抗军主要是泉州籍，而漳州籍则协助清军镇压。