在当地发生不轨行为，于是他们开始反抗法国占领者。1798年，共同参加第二次反法同盟的俄国和奥斯曼帝国联军利用岛民的反抗心理，开始进攻伊奥尼亚群岛。在岛民的帮助下，联军于1799年3月消灭了法国驻军，完全占领群岛。1800年，奥斯曼帝国批准了岛民自拟的宪法，塞普丁修拉共和国作为奥斯曼帝国的附庸国正式成立。俄国军队实际上成为了群岛的保护者，由于他们和岛民一样信奉东正教，得到了岛民的拥护。1807年，法国和俄国签订《蒂尔西特和约》，根据该条约，俄国放弃对塞普丁修拉共和国的保护，法国重占该群岛，塞普丁修拉共