精锐的海军武力—北洋水师的高级将领大多为该校毕业生。然而福州船政局的建设成果在中法战争时的马江海战遭摧残殆尽，因此洋务运动后期的船舰改为向国外购买为主。由于清廷经费有限，新式海军虽确定编成三支舰队（北洋水师负责山东及以北之黄海、南洋水师负责山东以南及长江以外之东海，广东水师则负责台湾海崃及南海），建军重点便以有防卫京畿需要的北洋水师为优先。在北洋水师全盛期，曾一度被认为世界海军前八强。但清廷在1890年后未能持续更新海军军舰及装备，海军人才在思想与素养也未成熟，导致在甲午战争的惨败。直在19世纪末到清朝