后彭明敏的生活便受到特务的监控。而这段期间中美国密西根大学也有意聘请彭明敏任教，但是因为国民党政府阻挠而无法成行。
海外流亡的岁月.1969年，彭明敏开始计划逃离台湾，传闻在友人（李敖及彭明敏学生）的协助下，于1970年1月逃至瑞典，他的成功出亡鼓舞了江炳兴等人发动泰源事件。(陈唐山则说彭明敏逃离海外一事亦有受到台独联盟的协助，但彭本人并不认可此一说法。)1970年9月，转赴美国密西根大学中国研究中心担任研究员。1972年，彭明敏出任台湾独立建国联盟主席，一年后辞职。1