台南市市长及文化局局长兼任，后改由文化局局长兼任团长，现任为叶泽山。现任艺术总监兼指挥是刘文祥，乐团首席是梁金宁。2007年与高雄市歌仔戏戏班「尚和歌仔戏剧团」合作神话题材新编古装歌仔戏《野仲与游光》高雄市世界首演场和台南市首演场，以民族管絃乐团给歌仔戏伴奏，成为继台北市立国乐团、高雄市国乐团后，第3个给大型舞台歌仔戏公演伴奏的公立专业民乐团，首演现场实况录音选曲已制成音乐光盘。