马宝刚曾在北京体育大学学习7年，1997年在北体大取得体育教学理论与方法专业的硕士学位。他的硕士导师是麻雪田，硕士毕业论文题目是《通过对足球队及足球运动员主客场赛前状态焦虑的研究探讨主场优势》。1996年，马宝刚进入山东鲁能教练组，担任助理教练，辅佐殷铁生。山东鲁能两次派马宝刚以教练兼翻译的身份出国学习。1999年桑特拉奇接手山东鲁能，带队夺得双冠王，马宝刚在队中继续担任助理教练。2001年，出任山东鲁能新任主教练。这一年，马宝刚与鲁能另一位助理教练曲刚跟随殷铁生，与甲B球队长春亚泰签约。殷铁生出任长