舰队始终是独立指挥和独立作战的。 5月28日斯普鲁恩斯率领第16特遣舰队，包括两艘航空母舰：企业号和大黄蜂号、6艘巡洋舰和9艘驱逐舰离开珍珠港，于6月3日与弗莱彻在中途岛东北的预定海域会合，等待与日本联合舰队交战。6月4日黎明，日本航空母舰舰队司令南云忠一下令第一攻击波轰炸中途岛。因为不知道美国舰队在附近，南云为使第二攻击波尽快出动，将原计划对付航空母舰而携带鱼雷的飞机全部改装炸弹。正在此时，侦察机报告发现美国航空母舰，使南云左右为难：第一攻击波即将降落，需要补充油料和炸弹，第二攻击波又需要重新换装鱼雷