内海海汊，为一港口，逐渐热络。另有「右武卫」、「中营」、「营仔庄（沟）」、「海墘营」等地名，皆是军民沿着倒风内海沿岸及茅港尾四週开始扎营落脚与此。下营俗称「海墘营」，为靠海的军营，故得名。此时下营区属天兴县。
清治时期.清治康熙33年（1694）设立「茅港尾堡」，不仅有铺兵送公文，而塘汛、仓厫、渡口、桥樑、陂圳也于茅港尾或邻近地区逐渐建设起来，诸罗知县周钟瑄也于康熙55年建茅港尾公馆。官道也经通于此，使得茅港尾一跃成为府城至诸罗县城南北官道上最大驿站，仅次于台南府城及盐水港