建武二年（495年）正月、北魏南征，萧坦之假节、督徐州征讨军事，指挥防御。魏军包围钟离，萧坦之据守淮水中洲，截断魏军退路，击败北魏。凯旋后加太子中庶子之位，未任受领军将军之号。永泰元年（498年），萧宝卷即位，萧坦之由镇军将军升任侍中、领军将军。永元元年（499年），母亲去世，起复，受号右将军。江祏兄弟图谋拥立萧宝卷的堂兄始安王萧遥光，请求萧坦之协助。萧坦之认为明帝取武帝后人天下已经不能服众，萧遥光再取代萧宝卷只会让天下更乱，拒绝，告发他们的阴谋，以服丧为理由回家。萧坦之的家在东府城之东，扬州刺史驻