R1线与穗莞深城际线(现名为穗深城际线)改为修建相互独立的线路。。
一期.2009年7月，国务院批准东莞市城市轨道交通近期建设规划（2009-2015年）。审批意见同意建设R2线（现轨道交通2号线）一期(石龙站—新城中心站（现西平站）)和二期工程(新城中心站（现西平站）—新东莞站（现虎门火车站）)，共计37.37km。东莞市轨道交通建设工程至此正式进入实质性运作阶段。
兴建二号线.2009年4月13日，位于东莞市石龙镇及茶山镇之间的东莞火车站（原名新石龙火车