1959年10月，英军将船坞交予香港政府，作为民用船坞，船坞遂改为现称，并设立了香港海事处的工场和仓库。1970年代，旧尖沙咀消防局不敷应用，船坞南部的鱼雷厂被拆卸兴建新消防局。而部分用地后来也成为港府安置船民的选址，这些人之后再被送到深水埗羁留中心和民安队管理的漆咸道难民营。1990年代，船坞也成为香港海关海域行动组的驻地。1997年，随着西九龙填海工程，九龙政府船坞对开海面变成陆地，船坞遂停用拆卸，被位于昂船洲的昂船洲政府船坞所取代，现成为港铁西铁线九龙南线柯士甸站的一部份。