战争后，科举的内容一下子就完全显现了与现代世界脱节的窘况，加上西学东渐和学校教育的崛起，科举制度渐渐衰落。1895年，中国在甲午战争中被日本打败，发生在京考会试的举人集体请愿的公车上书事件。康有为、梁启超等举人们的建议之一，便是改革科举，兴办新学。百日维新时，科举内容由八股改为试策论，但在戊戌政变后再次被恢复。1901年，清政府先废除考试用八股文。到了光绪三十一年，即1905年9月2日，经袁世凯奏请，慈禧太后以光绪帝的名义发布上谕明告：「着自丙午科为始，所有乡会试一律停止。各省岁科考试，亦即停止」。自此