药状态反弹，获得2胜4平的不败成绩，最终以10胜10平10负第7名的成绩完成赛季。2009赛季，广药高层提出“保八争六”的目标，但球队的表现依然起伏不定。在赛季中段曾经保持连续7场不败的成绩，一度有望冲击亚冠联赛，但后半段球队频繁传出负面新闻，副队长徐亮一度成为媒体焦点。最后9轮广州队未胜一场，最终只名列第9名，没能完成赛季初定下的目标，唯一的安慰是球队的洪都拉斯前锋拉米雷斯打进17个进球，获得联赛金靴奖。赛季结束后，彭伟国接替沈祥福成为球队代理主教练，并开始进行“本土化”改革，徐亮、卢琳等8名球员被挂