力学性能试验后，0001号机车于1999年12月至2000年5月间，在北京环行铁道进行的货物列车直线脱轨试验、秦沈客运专线通信信号设备、TMIS车载识别系统试验等多项部级科技试验项目中担任了牵引机车。1999年9月和2000年4月，该台机车又分别两次在陇海铁路郑州至天水区间担当了陇海线提速试验的牵引机车，其最高试验速度达到了150公里/小时。
运用.为了尽快满足哈大铁路全线于2001年8月完成电气化改造后对客运电力机车的需求，株洲电力机车厂于2001年开始批量生产韶山9型电力机车，