得重建经费，于2000年中华民国总统大选中支持连战。2001年1月12日，彭百显由于涉及贪污罪名受到南投地检署羁押六十一天，并且被求处有期徒刑二十年，一直到2004年11月下旬才由台湾高等法院判处无罪。2002年6月15日，在当时财经立法促进社会长吴东昇邀请下，彭百显在立法院表示，台湾是一个主权国家，只要做好「有效管理」，不应害怕三通；三通可以使台湾国际化、可以提升台湾的国际地位、可以帮助台湾加入联合国；若台湾害怕三通，将给中华人民共和国政府更多借口认定台湾是中华人民共和国的一省；在三通谈判上，他主张台