由此造成了饥荒和疫病的流行，皇后和天皇亲近的人相继死去，同时又发生了伊势神宫正殿放火，太子患病等一系列变故。所以请来阴阳师占卜，结果是早良亲王的怨灵在作祟，于是又举行了亲王的镇灵仪式。然而，仅过去了两个月，连降两次大雨，城内河流泛滥造成大量人员伤亡，和气清麻吕提出建议，于是在迁都长冈京后仅9年后的794年（延暦13年）迁都平安京。并且789年（延历8年）有关长冈京营造的最终记载在史书中消失，791年（延历10年）史书中出现了平城京宫殿的解体的本应用于长冈京门被用于平安京的记载，实际上延历10年左右就已经在考