十七日（10月13日）于倪塘被处斩。王恭临行刑前仍整理须鬓，神色自若，对监刑的人说：「我闇于信人，所以至此；原其本心，岂不忠于社稷邪！但令百世之下知有王恭耳。」王恭与子弟和党众都被处死。桓玄为王恭立丧庭弔祭。至桓玄执掌朝政时上表为王恭平反，朝廷追赠侍中、太保，赐谥号为忠简。