为西藏驻京总代表，驻南京，负责沟通和国民政府的关系，并筹备成立西藏驻京办事处。1931年，西藏驻京办事处在南京成立，贡觉仲尼任第一任处长。此时他已改用“贡觉仲尼”为汉译名。1931年5月，他作为十三世达赖的代表，和其他5个人参加了国民会议。1931年九一八事变后，他和在南京的其他藏族人士成立了康藏旅京同乡抗日救国会，并率西藏驻京办事处人员参加了康藏同胞抗日大游行。在南京期间，他和西藏驻京办事处其他官员一起加入了中国国民党，并于1931年参加了中国国民党第四次全国代表大会，1935年参加了中国国民党第五次全国