徽巡抚英翰表示考试结束后再办案。
南京协定.农历十月十九日(公历11月22日)，法国驻沪总领事达伯理照会英翰，要求赔偿法国天主教堂损失4000银元。后来法国驻华公使罗淑亚率4艘法国军舰，由上海驶往南京、安庆，并且直接与两江总督马新贻交涉。清廷向总理衙门发去谕告，要求“无论如何变通，总期拿获滋事之人，赔偿所失之物，以便迅速了结，免致彼国借此要挟，丛生枝节”，同时也要求马新贻、英翰两人快速结案。最终，两人和英法方面签署了《南京协定》，内容主要有：
影响.同治九年