使日本罢兵。于是清廷向美国提出抗议。九月十二日，李仙得前往厦门与清廷谈判时，遭到美国水兵逮捕。同年十一月，日军撤离台湾，美方遂以李仙得未带兵为由予以释放。
晚年.李仙得退休后，一直住在日本。1875年，李仙得获日本政府颁授勋二等旭日重光章。1875年末，李仙得辞任外务省顾问。李仙得直到1890年都一直住在日本，曾任大隈重信的私人顾问。1890年3月，李仙得离开日本，担任朝鲜高宗的顾问。1899年9月1日，李仙得在汉城（今首尔）中风去世（一说1899年9月2日中午死于）。