地形而建，呈不规则状，突破了以往都城为方形的城制。内城原本开有13座城门，与外郭城门合称“里十三，外十八”。
布局.南京明城墙的建造被形容为“人穷其谋、地尽其险、天造地设”，体现了“天人合一”、“皇权天授”等思想。由代表朝廷的紫微垣、太微垣以及天市垣规划内城部局，内外城墙又与天体赤道、黄道二十八宿作对应，有朝有廷有市，并非较简单的前朝后市布局。民间传说南京城墙是“宝葫芦”形，有专家研究认为是“非方、非圆的不规则的多角不等边的粽子形”、“呈宫扇形”。最新认为：南京城墙是依照天上南斗星