为自由党领袖，同年12月接任加拿大总理。马丁在2004年加拿大联邦大选中带领自由党取胜，但未能在下议院取得绝对多数，因而组成了少数派政府。马丁上任后，曾有意改善克里蒂安执政时期时就明显降温的加美外交关系，并继续在两国边境控制、难民申诉、防务，特别在阿富汗问题上与美国政府合作，还指派了经验丰富的自由党政客担任驻美大使。然而，2005年2月24日，加拿大外交部长宣布加拿大将不会加入美国的弹道导弹防御系统，同时马丁政府希望美国在其导弹飞越加拿大领空前征询加拿大的同意。当时的民意调查也显示，加拿大人反对参加美国