明成祖之后又亲自五入漠北攻打北元分裂后的鞑靼与瓦剌。明成祖册封瓦剌三王，使与鞑靼对立，等到瓦剌兴盛后又助鞑靼讨伐瓦剌，不使任何一方独大。同时，明成祖撤去大宁都司，将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，但不允许三卫蒙古人南迁到大宁地区驻牧。明成祖还于1406年和1422年对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。扩大明朝东疆，明成祖为安抚东北女真各部，在归附的海西女真（位于松花江上游）与建州女真（位于松花江、牡丹江之间）设置羁縻卫所，并派亦失哈安抚位于黑龙江下游的野人女真。