在恶劣天气（如八号烈风或暴风信号生效时）下深圳湾公路大桥将暂停开放，深圳湾口岸因而暂停服务。如皇岗口岸仍然开放，持有过境车辆封闭道路通行许可证的车辆可改用皇岗口岸。
接驳交通.深圳湾口岸启用当日，港方共有三条专利巴士路线（B2、B3及B3X）及一条专线小巴路线（新界专线小巴618线）于傍晚6时起投入服务，，而深圳方面亦有两条巴士路线投入服务（90及机场8线），并将一条现有巴士路线245线迁往深圳湾口岸。另外，由永东直巴管理有限公司营办，往来香港国际机场至深圳湾口岸的「航天新