叛军和丹麦王军被哈布斯堡皇军打败，但与瑞典和法国的战事一直僵持。因此，斐迪南二世将波希米亚王位让与儿子斐迪南三世，以纾解当地民愤。当斐迪南二世逝世后（1637年），斐迪南三世立即与各国议和，终于在1648年签订威斯特伐利亚和约。三十年战争虽然削弱神圣罗马帝国对内各邦国的控制，使帝国陷入四分五裂的诸侯自立状态；但是，战争期间，奥地利与波西米亚的新教徒都被肃清与「感化」成天主教徒；战后哈布斯堡又强化自身领地的控制力，维持一支五万人的常备军，并在奥地利、波西米亚与西里西亚等地区都建立绝对君主制（专制君权）。因