国政府不满此次访问，并试图影响第一次中华民国总统直接选举结果，而举行飞弹军事演习。双方的一系列举动，使原本转趋平静的两岸关系转为紧张，台独运动主要的抗争对象遂转化为海崃对岸的中国共产党政权及中国国民党保守派。
现今.2000年中华民国总统选举，主张台湾独立的民主进步党人、前台北市市长陈水扁以39.3%得票率当选中华民国总统，成功实现政党轮替，主张台独、成立仅13年的民进党首次取得执政权，使台独运动进入一个新的里程，虽然他曾公开宣布「四不一没有」，但他其后曾提出许多新的方案，包含一中