在干隆十三年（1748年）再修。同治元年五月十一日（1862年6月7日）台湾南部发生大地震，保宁宫遭到重创，当地信众集资重建后，于同治四年（1865年）落成。到了日治时期，保宁宫在大正十七年（1928年）经许禄、李青灰、林在德等人提倡下整修。到了皇民化运动时期，保宁宫也遭到波及，大大帝金身被日本人拿去焚烧，二大帝金身则被藏起来，用朱元帅代替，三大帝金身则被送到关仔岭碧云寺藏起来，战后才迎回洲仔尾。二次大战后，保宁宫于民国卅六年（1946年）因地震遭到严重破坏，因当于聚落没落，无力重建，二年后（194