白质，蛋白质组，或整个蛋白质组的方法很多。 实际上，蛋白质经常被间接地研究，例如，使用计算方法和基因组分析蛋白质。 以下仅举几个例子。
分离技术和电泳.和蛋白质组有关的研究，称作蛋白质组学，最常用在从粹取物中分离蛋白质的方法是二维电泳（2-D Electrophoresis），二维电泳的第一维过程中，蛋白质依其等电点的不同被分离开来，第二维的过程是用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)将蛋白质依分子量的不同加以分离，电泳结束后可将胶片以或考马斯亮蓝染色法的方式染色，