9月，武阳小学遭日军飞机轰炸，被迫关闭，刘大钧辍学。为躲避战火，刘大钧全家离开常州，辗转武汉、广州、香港等地，其间家中还曾和父亲刘介堂失联，直至1938年春，全家才在上海法租界重聚。刘大钧考进上海私立齐鲁小学，毕业后考进上海晓光中学。1941年12月太平洋战争爆发后，日军侵入上海租界，晓光中学解散，刘大钧辍学。全家迁居南京。1944年，在汪精卫政权的国立中央大学学习艺术一年后，刘大钧弃艺从农。1945年抗日战争胜利后，刘大钧被分配至英士大学。不久，回南京考入金陵大学农学院。师从靳自重、王绶、章锡昌等教授