在实施令制国之前属于熊野国，令制国时代后才併入纪伊国，并划入牟娄郡。在江户时代后成为纪州德川家纪州藩及其的领地；19世纪末废藩置县后分别改隶属和歌山县和新宫县，1872年第一次府县整併时改划入度会县，1876年再併入三重县。1889年日本实施町村制，现在的熊野市辖区在当时分属、、、、、、、、、、共11个行政区划，其中木本町北部区域在1897年又分出独立设置为；1954年，位于木本町周边的八个行政区划合併为第一代的熊野市，1955年位于西南部山区的三个行政区划则合併为，神志山村的久生屋地区和金山地区