亚纳于1544年宣称该地区称为Nueva Andalucía（新安达卢西亚）。这座现代化的城镇始于1738年驻扎在那里的葡萄牙军事分遣队的基地。1758年2月4日，军事长官塞巴斯蒂安·维加·卡布拉尔成立了圣保罗镇。这里的堡垒于1764年首次布局，但由于原住民工人的疾病以及无数黑人奴隶的逃脱，堡垒用了18年才完成，马卡帕于1854年升格为城市。2001年12月，来自新西兰的国际游艇运动员彼得·布莱克在马卡帕港的探险家海马船上停泊时被谋杀。此事件让原本只是个默默无闻城市的马卡帕，成为当时的关注焦点。Se