南部，被信长认可领有丹后南半国（加佐郡、与谢郡），于是以宫津城为居城，北半国的中郡、竹野郡、熊野郡依然由旧丹后守护家的一色义定领有(丹后平定)。在朝仓征伐、甲州征伐中与一色义定一同出阵。信长在正月12日送给藤孝的黑印状中提到，在知多半岛取得的鲸肉献给朝廷，而且要分给家臣藤孝。
本能寺之变以后.天正10年（1582年），本能寺之变爆发，藤孝拒绝曾是上司、亲戚、密友的光秀再三邀请，剃髪并以雅号幽斋玄旨自称，以及隐居在田边城，把家督让予忠兴。同样与光秀有很深关系的筒井顺庆亦拒绝参战，