“985工程”。2002年，南开大学深圳金融工程学院成立，诺贝尔经济学奖得主罗伯特·蒙代尔、中国证监会首任主席刘鸿儒任名誉院长。2004年6月2日，南开大学教育基金会成立。11月17日，南开大学与美国马里兰大学签署协议建立北美洲第一家孔子学院——马里兰大学孔子学院。2005年，南开大学下属允公集团被发现共计4亿元资金被违规使用。2006年5月，允公集团挪用资金案件被曝光，饶子和接替侯自新出任南开大学校长。2006年10月，南开大学体育中心竣工并投用。2007年12月24日晚，一辆别克轿车在学生活动中心刮蹭了