从五品，洪武二十九年（1396年）改为主客清吏司。管理土司和诸蕃朝贡接待、赏赐，兼提督会同馆。设郎中一人，员外郎一人，主事一人，弘治五年（1493年），增设主事一人，专管会同馆。清朝顺治元年（1644年），沿置主客清吏司，设郎中三人，满洲一人，蒙古一人，汉族一人；员外郎二人，宗室一人，满洲一人；主事二人，满洲二人，汉族二人。以及笔帖式、经承若干人。另掌管宾礼，进贡芽茶之额，实录、玉牒告成的颁赏。下设赏赐科、四译科、芽茶科、火房，分别办理各项事宜。光绪三十二年（1906年），并入仪制清吏司。