间留下来的日本国籍引爆争议。在宣布放弃日本国籍后，陈全寿正式投入陈水扁政府体育政策的推动。2004年5月，由于2004年中华民国总统选举总统陈水扁竞选连任成功，时任国立台湾体育学院校长的陈全寿因辅选有功而获政治酬庸接任体委会主任委员，是体委会第一位运动员出身的主委；陈全寿虽然曾经让体委会「宜兰帮」（2002年行政院院长游钖堃上任后大力拔擢入体委会的原宜兰县政府执政团队成员）出身的副主任委员朱寿骞留任，但将实际大权交给自己的两个学生：政务副主委黄启煌与主任秘书吴俊哲。2005年2月1日，陈全寿续任体委