返回越南，途经香港及中国广州，注意考察乡村建设和资源开发等事项。其后到达西贡（当时被法国佔领），获法军邀请担任翻译，不久因见法国人对越交涉态度渐趋强硬，因而辞去，暂住嘉定。嗣德十五年（1862年），法国与阮朝政府签订《第一次西贡条约》，阮朝割让边和省、嘉定省、定祥省予法国。曾为法人服务的阮长祚为了避嫌，便于嗣德十六年写陈情表奏呈阮廷，表明自己对国家民族的忠诚。阮长祚又见越南阮朝深受法国的压力，便在嗣德十六年农历二月（1863年3月）至嗣德二十四年九月（1871年10月至11月）期间，先后凡十五次上书给嗣德