承袭其父的管军总管之职，继续统领其部众。至正十七年（1357年）二月初一耿炳文从广德攻长兴州，张士诚守将赵打虎以三千精兵迎战失利，逃往湖州。初三，炳文攻陷长兴，获战船三百多艘。朱元璋改长兴为长安州，在县署内设立永兴翼元帅府，炳文任总兵都元帅。炳文纳儒士温祥卿于幕下，协助策划防守。炳文固守长兴十年，前后历数十战，多次打败张士诚。朱元璋向张士诚全面进攻时，炳文带兵攻克湖州，围平江（苏州）。朱元璋建立明朝后，授镇国上将军兼右率府副使。耿炳文随大军征讨中原，攻克山东沂、峄等州，攻下汴梁，巡视河南，侍从太祖北巡。