部分地区高差较大。贝桑松全境海拔在235至630米之间。
地质.贝桑松老城区地表多被现代河流沉积物覆盖，周边地区则多为巴通期石灰岩，主要断层分布于市区南侧，呈西北-东南走向，与山势走向十字交叉。
水文.杜河自东向西流经贝桑松，该河属于法国五大水系之一的罗讷河水系，水量相对充足并稳定，具备通航条件，部分河段建有平行的运河。贝桑松老城区即位于杜河左岸的一处“Ω”状曲流内侧，该河段平均宽度超过50米，有多处水坝，其瓶颈段开凿有地下水道，可供船只运行。Sect