跟从朱棣抵达北京，次年跟从明成祖北征，升刑部左侍郎。永乐九年，朱棣命其与宋礼同治会通河，又会同徐亨、蒋廷瓒修黄河河道。从此京杭大运河再次联通。永乐十四年，改为礼部左侍郎。两月后，晋升为礼部尚书。永乐十五年，跟从巡北京。永乐十九年，会同给事中葛绍祖任四川巡抚。明仁宗即位后，改为工部尚书。几月后，改为刑部尚书。次年，兼任太子宾客。宣德三年（1428年），患病，明宣宗命太医治疗。不久，免除其入朝参加，而使医生照顾。当时，刑部囤积大量案件，而金纯却与朝廷官员喝酒，被御史弹劾。明宣宗怒，命下锦衣狱。后念金纯为老臣