参与了中共中央和国务院的若干重大政策研究。1993年4月起，任国务院发展研究中心名誉主任。1994年5月起，任中国政策科学研究会会长。他还兼任中国综合开发研究院理事长。2005年3月，首届中国经济学奖颁奖典礼在北京人民大会堂举行，马洪、薛暮桥、刘国光、吴敬琏成为获奖人，但马洪因健康原因未出席颁奖典礼。马洪是中国社会科学院研究生院博士生导师，是中共十二届候补中央委员，中共十三大、中共十四大代表，第七届全国人大常委会委员兼财经委员会副主任委员。2007年10月28日，马洪在北京因帕金森症逝世，享年87岁。