宇相继落成入伙，区内人口不断增加，促使将军澳隧道流量再度上升。2017年起将军澳隧道更超越狮子山隧道，成为香港最繁忙非过海隧道。由于将军澳设有工业邨，每日早晚繁忙时间东西行方向皆会挤塞。2018年2月4日起，驾车人士可以在将军澳隧道的人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式Mastercard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。
改善工程.通车初期，将军澳隧道公路外的回旋处由于需要应付来自三个方向的车辆，导致形成瓶颈，为了应付交通挤塞的问题，