。580年，杨坚担任北周丞相，侯莫陈颖担任昌州刺史，没有赴任。581年、隋朝建立，加上开府，进爵昇平郡公。担任延州刺史。数年后，转任陈州刺史。隋朝征伐南朝陈，侯莫陈颖在秦王杨俊麾下担任行军总管从鲁山道进军。陈朝将军荀法尚、陈纪投降，侯莫陈颖和段文振渡长江安抚。担任饶州刺史，没有赴任，转任瀛州刺史，有善政。在职数年，因秦王杨俊有罪被连坐免官。百姓哭泣相送，为侯莫陈颖立碑彰德。不久，检校汾州事，后任邢州刺史。仁寿年间、吏部尚书牛弘巡察山东，侯莫陈颖政绩第一，被隋文帝杨坚赞赏。当时岭南地方的刺史、县令贪污之人