2012–13年香港足总盃是第 39 届香港足总盃的足球赛事。上届准决赛份子杰志、太阳飞马（上届以「天水围飞马」名义）及横滨FC香港被列为种子球队，首轮将会轮空。
赛制.10 支球队将採取主客制单淘汰赛制每一圈对赛双方需进行首、次两个回合（分别进行主、客各一场赛事），以两回合计总比数胜出者晋级下一圈赛事（设作客入球优惠制度）。首回合赛事于法定时间九十分钟比赛后成和局，将不设加时；若次回合法定时间九十分钟赛事于计算作客入球优惠后仍为和局，将会进行加时上、下半场各十五分钟赛事（加时中作