内最早建立的聚落，是1769年由西班牙人所创立的圣迪亚哥教会（）。圣迭戈县是1850年加州加入联邦时一併成立的县之一。县名来自圣迭戈湾（San Diego Bay）；圣迭戈湾的名称是西班牙探险家塞巴斯提安·维兹凯诺（）在1602年时，以方济会的教士与圣人迪亚哥·德·阿尔卡拉（）命名。除此之外，维兹凯诺也以圣迪亚哥的西班牙文全名「」替自己的旗舰命名。部份行政区于1893年分割给里弗赛德县（Riverside County）；另一部份于1907年分割给因皮里尔县（Imperial County）。S