大选取得胜利，同年3月19日再次就任印度总理。1999年大选中，联合其他政党联盟取得国会多数，他领导的政党联盟成为首个完成任期的非国大党政府。巴基斯坦于1998年5月28日因应印度进行核子试爆后，为使印巴关系正常化，他于1999年由巴士穿越边境访问拉合尔而达到高潮。巴基斯坦总理纳瓦兹·谢里夫在瓦嘎边境与他会面，两位领导人并签署了联合公报，即知名的《拉合尔宣言》。《拉合尔宣言》阐明两国为了实现印巴关系正常化所必须要採取的各项步骤。2004年人民党领导的政党联盟在大选中落败，瓦杰帕伊于5月22日辞去总理