95年陈永兴于花莲县当选第三届立法委员。陈永兴担任立法委员期间，对台湾教育改革、教科书改革以及保存台湾文化、台湾影像都有重大贡献。1998年陈永兴退出民进党，加入新国家连线并于花莲县竞选连任，但是与民进党提名的游盈隆一同落选。之后陈永兴在高雄市市长谢长廷邀请下出任高雄市政府卫生局局长，陈永兴在局长任内曾经因为拒绝关说而被人殴打。1999年陈永兴获得赖和文教基金会颁发第八届赖和奖医疗服务奖。2004年陈永兴加入台湾团结联盟，被列为该党2004年立法委员选举不分区立委名单第一名，但由于具有学生身份而被中央选