他至国立清华大学任教，并在2009年退休后获颁头衔，担任该校历史研究所特聘兼任教授至今。2001年至2003年间，他曾参与中华民国普通高级中学历史课程纲要（以下简称「高中历史课纲」）修定；在该课纲中，台湾史首次被独立成册，成为独立课程，但他也因此遭受政治压力并在不久后退出相关职务。
事件.
九五暂纲争议.为配合九年一贯课程的实施，中华民国教育部开始对其《普通高级中学课程纲要》进行修定。2001年4月，教育部长黄荣村聘请张元担任高中历史课纲专案小组召集人。