自唐以来即存在的、负责海外贸易的福建泉州、浙江明州、广东广州三市舶司；1381年（洪武十四年），朱元璋以倭寇仍不稍敛足迹，又下令禁濒海民私通海外诸国”，此后每隔一两年即将该海禁政策再次昭示天下。1384年（洪武十七年），澎湖寨巡检司亦废。15世纪永乐宣德年间郑和下西洋时留下的郑和航海图中的平湖屿就是澎湖群岛。16世纪时葡萄牙人来到东方，发现澎湖海域鱼产丰富，岛上住着许多渔民，因此称唿澎湖为渔翁岛（Pescadores）。1563年，考量沿海安全因素，复置澎湖寨巡检司。1567年（隆庆元年），