林嘉纬在杰志的正选出场次数减少，除在联赛盃决赛没有出场机会外，在足总盃决赛也仅在加时119分钟后备出场，结果他于2016年5月28日对冠忠南区的季后附加赛决赛，完场前接应林柱机传中撞射埋斋成2–0胜出，取得代表香港出战亚冠盃的资格外，保持杰志连续6年出战亚洲赛的传统，惟林嘉纬于当季本地赛只取得2个入球。随后林嘉纬在2017年1月21日当选港超联12月最有价值球员，1月25日，林嘉纬代表杰志出战亚冠盃外围赛第2圈于主场迎战越南劲旅河内FC，战至加时下半场兼补时的最后数秒，他接应费兰度罚球开出，近门飞顶入网