孔令侃回到上海创办扬子建业股份有限公司。1948年，国共内战后期，中国出现严重的恶性通货膨胀，政府进行金圆券改革，蒋经国到上海督导经济管制，以铁腕手段抑制物价，查封孔令侃的扬子公司，由于蒋宋美龄的干预，受到挫败。此后，孔令侃将资金转移到海外，本人定居美国。根据周宏涛回忆录所载，在1970年代初蒋经国组阁时，孔本为宋美龄推荐返台出任财政部长，但由于孔甚为蒋经国厌恶，因而作罢。宋美龄到美国后，住在孔令侃在曼哈顿上东城为她购买的公寓内。1992年，孔令侃在纽约去世，年76岁，无后嗣。