（101）、保送（118）是联盟最多。1998年12月16日，以自由球员和纽约大都会队签约。1999年，缴出.315的打击率、.423的上垒率、37次盗垒的成绩，在国联冠军赛，大都会队输给勇士队。2000年5月13日被大都会队释出，但7天后马上和西雅图水手队签约，虽然5月才转到美联，但他31次的盗垒仍是美联第4。
2001年－2003年.2001年3月19日，韩德森重回到圣地牙哥教士队，并在当季打破了两项美国职棒纪录并达成生涯里程碑。他打破了贝比·鲁斯生涯保送纪录、泰·柯布的生