北部较平坦，南部陡峭，中央山脉横贯东西；最高山峰高华峰（日本称奈良原岳）海拔362米，位于中部；其他尚有高程320米的神农峰（日本称屏风岳）、258米、242米的山峰若干，及4条主要溪流（龙头溪，位于本岛东北部；双溪，位于本岛北部；西溪，位于本岛西部；小西溪，位于本岛西北部），主要港湾有西部的顺风港和南部的滙鱼湾。此外，钓鱼台列屿实为台湾北部观音山与大屯山的地质延伸。
地质地势.钓鱼台列屿与长崎县的五岛列岛同处于东海大陆棚边缘，构成台湾-宍道褶曲带，其中黄尾屿和同在此褶曲带上的台湾的