弘治五年（1492年）为两广总督，与总兵官毛锐出兵镇压古田僮族，自临桂（今广西桂林）出发，连破七寨，他贼悉就抚。弘治七年（1504年）以功迁南京刑部尚书，不久召为左都御史。弘治十一年（1498年）加太子少保，弘治十三年（1500年）取代白昂为刑部尚书，明孝宗称：“朕知闵珪老成，人才难得，唯兹事过拗。”正德元年（1506年）六月，上疏请求退休，朝廷不许。第二年又上疏求退，获准。正德六年（1511年）十月卒。赠太保，谥庄懿。
着作.着有《闵庄懿公诗集》、《闵珪文集》十卷。