年球季，夺得香港乙组足球联赛冠军，首次升上香港甲组足球联赛作赛。球队升班后以李思明、梁子骏、梁智驹等前东方足球队球员，以及前港脚史提夫等为骨干出战香港甲组足球联赛。在2008–09年球季，淦源于首六场香港甲组足球联赛取得一胜两和成绩，其中包括作客大埔运动场以 0–0 赛和新界地产和富大埔。不过，之后球队表现却每况愈下，2009年4月10日，球队于联赛负于屯门普高后，累积十六连败（包括高级组银牌赛及联赛盃），于联赛榜位列尾二。直到甲组联赛第二十五轮，淦源以 1–6 大败予四海流浪后，正式宣佈护级失败，在甲