晚年孤寂.在这场光荣的胜利之后，扬三世虽然广受国内外的尊敬，但是他无法改变波兰贵族民主制的问题：自由否决制畅行无阻、农民处境每况愈下、贵族派系斗争、中央缺乏常备军。晚年的扬三世健康恶化、病痛交加，他患有痛风、肾结石、高血压、鼻窦炎，以及早年在法国染上的梅毒。而为了治疗这些疾病，他接受高风险和不太成功的水银治疗法，反而导致严峻的肾中毒问题。他努力想把王位传递给自己的儿子，但在贵族们的抵制下失败。1696年6月17日，他突然发生心脏病而逝世，之前所累积的病痛，是导致心脏病的最可能因素