本接管之后，就不断进行现代化工程。此段路线的嵯峨岚山 - 马堀间之双线工程在1989年完成，连接新开通的隧道；而全线亦于1990年完成电力化，及于1996年完成二条 - 花园之间的高架化。而沿线发展亦不断进行之下，JR西日本也于1989年及2000年开设太秦以及圆町两个新站。但迄今为止山阴本线的在单线区域仍然比较多的情况之下，以平均每小时3 - 4班次来说，除了特急列车外，在繁忙时间以外的时间通常只会以30分钟左右一班次来行驶，造成班次不均衡的现象，并不足以满足都会范围逐渐向外发展时，都市交通机能的需要