癌症。1989年，获选为裘槎基金研究员及加拿大Izaak Walton Killam纪念学人，于1991年获得加拿大卡尔加里大学哲学博士衔。1992年就任香港中文大学内科学系讲师，及至1996年升任讲座教授及肠胃及肝科主管。于2007年，成为中大医学院副院长。他于2008年起担任逸夫书院院长直至2010年。1993年获香港内科医学院授予AJS MacFadzean讲师荣衔。在2003年非典型肺炎疫症爆发期间，沈祖尧积极进行抗疫工作，与另外两名香港医学家同被《时代週刊》列为当年的「亚洲英雄」。