路网的恢复运营和中华人民共和国初期的新线建设，编制并参与实施了中华人民共和国铁路科技发展规划。1960年代，该院响应中共中央“向科学进军”的号召，加强科研能力建设，拓展铁路科研领域，开展西南三线建设等技术攻关。文革期间，该院完成了援坦赞铁路、核爆炸、导弹试验等科技攻关及试验任务。中共十一届三中全会后，该院围绕“以科研为中心，加强科研管理，建立科研工作正常秩序”的工作方针，很快建立了科研工作正常秩序，使科研工作获得恢复和发展。1980年代中期，该院开始科技体制改革。通过领导体制和经营机制的改革，调动了