取得了个人在世俱杯比赛上的首粒进球。同一年远藤保仁获选日本年度最佳球员。2009年11月，远藤保仁被亚足联评为亚洲足球先生，成为继三浦知良、井原正巳、中田英寿、小野伸二之后第5名获得该荣誉的日本球员。2010年1月1日，天皇杯决赛大坂飞脚对阵名古屋鲸鱼，远藤保仁在比赛中梅开二度，打入两粒进球和完成一次助攻，帮助球队卫冕天皇杯冠军。2012年6月23日，日职联赛第15轮大坂飞脚对阵札幌冈萨多，远藤保仁第35分钟打入了个人在联赛中的第17个直接任意球进球，刷新了由三浦淳宏保持联赛直接任意球进球数记录