二年（495年）镇守寿春防备北魏，加护军将军。明帝遗诏中说：沈文季可以担任左仆射。永元元年（499年），沈文季转任侍中、尚书左仆射。始安王萧遥光作乱，平定之后，加镇军将军，置府。侍中、仆射如故。他推说自己年老有病，不再参与朝政。十月廿三，和徐孝嗣、侄子沈昭略被萧宝卷召入华林省赐药毒杀。中兴元年（501年），赠侍中、司空，谥号忠宪。