政主持国务会议，国务总理一职被暂时取消。民国十四年（1925年）12月26日，国务总理重设，由许世英担任。在组织内阁时，许世英企图拉中国国民党人士入阁，结果未能获得国民党人士的支持。翌年2月15日，许世英辞任国务总理。5月，段祺瑞被迫下野，许世英随其逃往上海。后来，他因参与组织反对孙传芳的苏浙皖联合会而遭通缉，遂逃往香港。
在国民政府的活动.民国十七年（1928年），南京国民政府成立。10月，许世英获起用为赈务委员会委员长，组织中国全国的社会救济事业。民国二十五年（1936年）2月