.邱良功出生才35天，其父邱志仁就去世了，之后由其母许氏（当时二十八岁）抚养邱树功和邱良功兄弟长大。长大成年之后，邱良功加入军旅，在金门镇水师左营当兵，曾先后随金门镇总兵李芳园、李南馨出洋缉盗，颇受赏识，后被提拔补为外委。嘉庆元年（1796年）从游击魏成名出洋缉盗，追过澎湖青水沟，擒陈明等人，后因功升为把总，不久又为嘉庆帝圈选朱批嘉许。嘉庆六年（1801年），补千总，后调水师提督中军守备，嘉庆八年（1803年）九月再升左营游击，同年十一月闽浙总督玉德保奏邱良功勘胜参将一职，遂于同年十二月迁烽火营参将。