申根国的检查用时也不尽相同。例如在意大利，对欧盟成员国公民、欧洲经济区成员国公民或瑞士公民的检查时间平均为5秒钟，在挪威则需要1分钟左右。对于第三方国家的公民的检查用时则区别更大。例如在希腊，对附件II中所涉及到的国家的公民的检查用时为15秒左右，而在斯洛伐克则平均需要3-5分钟。类似的，在荷兰，对附件I中涉及到的国家的公民的检查用时平均为30-60秒，而在拉脱维亚这一用时大概为2-5分钟。在执行检查时，法律要求检察官保护被检查者的尊严，禁止因其性别、种族或民族、宗教信仰、残疾、年龄或性取向而进行歧视。