文革时期，清河农场有530名在职干警受到不同程度的冲击。1969年，林副主席指示第一号令下达，军代表对清河农场所管人员及其家属进行战备疏散，在短短38天内便将一万三千多人分别疏散到河北、山西等25个省、自治区，造成1969年该农场实有犯人仅2人，无劳动教养人员。1970年，该农场实有犯人降至0人。大多数劳改干警在这一时期也被遣散到北京市周边区县劳动，直到1976年他们才逐步调回农场。文化大革命时期，北京监狱数量大幅下降，至1971年，只保留有北京市监狱、清河农场和北京市延庆监狱。文化大革命结束后，1