从龙六人一同组成“海外几社”，诗词唱和。后来得到南明首辅大臣熊汝霖的赏识荐授，授予郎中的职位。与都督（《鄞县志》里作总兵）陈谦一同被派遣到闽中。陈谦命陈士京为军队的监军。后来不久陈谦被杀，陈士京只好乘船逃逸到海上。郑芝龙久仰陈士京大名，命令其子郑成功与陈士京结交。郑芝龙打算投降清朝，郑成功不听从，陈士京称赞郑成功。鲁王监国朱以海在闽安擢陈士京为兵科给事中，不就升迁为光禄寺卿，奉表粤中。在粤中加都御史衔，陈士京力辞，朱以海想要挽留他不成。朱以海到达舟山时，陈士京留守福建，与郑成功结盟，作为后方基地