石井四郎先后任日军细菌战“大本营”731部队队长，731部队在苏联人、中国人和蒙古人中进行细菌试验，导使3000多人死亡。1950年2月1日苏联政府照会中提议设国际特别法庭要求审批的日本五大细菌战犯，他是其中之一。据中国方面宣称，在日本投降后，他和石井四郎、若松次郎等一批日本细菌战犯受美军雇佣，继续秘密研究与制造细菌武器，最终免受其责但目前仍未有旁证。