中华全国总工会在深圳设香港罢工工人接待站，由中国国民党和中国共产党共同协助罢工运动，并设广九铁路深圳车务科，受理罢工工人免费乘车，还派工人纠察队和装甲车队进驻深圳，封锁当时的英治香港。抗日战争期间，县治曾迁至东莞县石马镇。1941年，日军试图从深圳跨过罗湖桥占领香港，驻港英军遂将桥拆毁，以阻止日军入港。1945年日本投降后，宝安县府由东莞迁回南头。1949年10月19日，中国人民解放军进驻宝安县南头。1950年，港英政府对大陆人员进入香港开始管制，香港深圳边界人员自由往来结束。1953年，宝安县政府考虑到深