十三年，分全台为三府一直隶州十一县三厅，嘉义县属于台南府，县治仍设于嘉义城。西元1895年，甲午战争后，日本与清帝国订立马关条约，将台湾收入日本版图。日本设总督府统治全台，正式施政。自此至二战结束为止，其间名称多次变更。明治三十九年（1906年）嘉义大地震，城垣全毁，仅存东门。次年，日本当局制定都市计画并实施市区改正，重建后之嘉义市，工商业及交通开始发展，明治四十年建设通阿里山之铁道（即阿里山森林铁路）。大正九年（1920年），第八次改革隶台南州嘉义郡之下，开始实施地方自治，嘉义正式成为自治团体的嘉义街