5月9日始建，时为省级自然保护区。2005年，南岳衡山自然保护区成功晋升为国家级自然保护区。2004年，执法人员在南岳区农贸市场查获了已经在湖南境内绝迹了十几年的猴面鹰，猴面鹰正是在衡山被捕捉到的。2013年，一群游客在南岳衡山发现了国家重点保护动物白鹇。2016年，南岳衡山国家级自然保护区管理局的工作人员在监控设备里发现了国家二级重点保护野生动物凤头鹰。衡山植物呈垂直带谱明显，海拔800米以下属亚热带常绿阔叶红壤带，800米以上属矮林、灌丛、草丛黄棕壤带。森林覆盖率达67%，分布多种珍遗植物及珍奇