以南各州仍由南宋管辖，建制仍然保留，淮河以北各州属金朝南京路 (金朝)。绍兴十一年（1161年），金朝海陵王完颜亮出兵伐宋，在今安徽马鞍山采石大战失败。端平元年（1234年），金亡于蒙古帝国。德祐二年（1276年），蒙古人攻占南宋京城杭州。安徽全境归元朝。
元朝.13世纪，蒙古人用了68年时间征服汉地九州。元朝初期，安徽属江淮行省；后划江而治理，长江以南与苏南、浙江、福建同属江浙行省，长江以北与苏北、河南、湖北北部同属河南江北行省。
明朝.洪武元年（136