名取自耶稣会会祖依纳爵·罗耀拉。第一代教堂最早约在1933年前后竣工，在1945年东京大空袭时烧毁。1947年12月2日，教堂开始重建，并在1949年4月17日祝圣启用。1995年至1999年，教堂进行改建，始成今貌。现在该教堂是日本信徒人数最多的天主教堂区之一。