台湾日本关系协会由中华民国外交部主导运作，在台湾与日本关系上担任居间协调、沟通及交涉之角色，主要联系对象为日本政府的日本台湾交流协会。
组织编制.2012年9月3日，外交部相关部门组织调整，亚东关系协会改隶外交部，亚东关系协会职员由外交部亚东太平洋司职员兼任。亚东关系协会分置四组处理台日相关业务，包括：