第9部队发动了大规模的恐袭和海上轰炸，致使日军投降。1945年9月9日，日军指挥官马场正郎在拉央拉央海边向澳大利亚第9部队的指挥官乔治F.伍特少将投降。纳闽恢复了它原来的名字，与其它的海峡殖民地成员一同成为英国军事管制区。1946年7月15日，纳闽成为北婆罗洲的直辖殖民地。1963年9月16日，纳闽成为马来西亚沙巴州的一部分。1984年4月16日，纳闽脱离沙巴，成为联邦直辖区，由联邦政府管辖。