009年9月26日，蔡英文担任党主席的第一次选战，是云林县第二选举区举行的立法委员缺额补选，民主进步党提名的刘建国压倒性地大胜。在其有效领导下，该党连续在2009年各式选举、和2010年初立法委员补选等多次重要选战中取得胜利。2009年9月，在高雄市市长陈菊邀请下，蔡英文与访问台湾的第十四世达赖喇嘛会面。12月，蔡英文计画访问日本，与支持民主进步党的日本政治人物交流，此举引发中华人民共和国外交部强烈反对。2010年1月1日，她在新年致词中正式宣告开始制定在野党的「十年政纲」，并于3月表示「十年政纲」要分