五月十五日，南京守备官员开正阳门投降。五月十九日，宣布从通济门起至大中桥北河为界，此线以东通济、正阳、朝阳、太平、神策、金川等六门之内为清军兵营，居民被驱赶至城西城南居住。明皇城亦在此线以东。五月二十三日，多铎从正阳门入城，居于南京内守备府中。清朝灭南明后，改南京为江宁，将明皇城改为八旗驻防城，是为江宁满城，设置将军及都统二衙门于明故宫中。此后明故宫内残存的宫殿被陆续拆毁，康熙年间，曾取明故宫石料雕件修建普陀山庙宇。由于明故宫已经成为废墟，康熙及干隆二帝南巡驻跸江宁时，均以江宁织造署为行宫。太平天国攻陷