时就将大部分豫州府属及江州万多人的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知其有异心，于是假意答允其请求，但就乘刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，将二人赐死，接着就率军自建康出发讨伐刘毅。刘裕派王镇恶为前锋，沿路声言是刘藩前来去骗倒各戍和民众，直至江陵城外五六里时才被发现，但已赶及在刘毅关闭城门前率兵入城，并在城内作战。城中民众知刘裕在率军前来都十分惊恐，刘毅不敌王镇恶，唯有出逃，并于牛牧寺自杀。刘裕随后来到江陵，诛杀了刘毅亲信郗僧施，消灭了刘毅势力