触到特定的病原、社区中存有某种疾病微生物、或者其他流行病学上的可能。虽说只要努力，通常就可找出感染原，鑑定确实病因是有好处，但是通常成本会很高，如果不需特定的治疗方法、或致病原因明显、或者患者病情不算严重，就不需如此做。对感染性疾病的诊断，都由患者的病史和实际检查开始。更详细的鑑定方法则涉及从患者採检，培养出的传染原。通过显微镜检查微生物的特征，检测病原体产生的物质，以及利用基因型来直接鑑定。其他技术（例如X射线、电脑断层扫描、正子断层照影、或者 核磁共振）则用于因为感染原生长引起的内部异常而产生的图像