校成立并招生办学，隶属公安部边防管理局，由云南省公安边防总队直管。2004年2月，根据公安部边防管理局院校工作会议精神，学校担负的任务从培养部队生长干部调整为士官学历教育和入警大学生、直招士官、专业技术学兵及各类短期培训。2010年11月1日，根据中央编办《关于公安现役部队学校整合并核定编制的批复》（中央编办复字〔2009〕146号）和公安部政治部《关于组建公安边防部队士官学校的批复》（公政治〔2010〕385号）精神，在公安边防部队昆明指挥学校的基础上组建公安边防部队士官学校，由副师级升为正师级，直属