叶宜津、副县长颜纯左与县党部主委郑国忠等五人有意参选第十六届台南县长选举，而第十六届台南市长选举也有立委赖清德、市议员王定宇、前立委唐碧娥、前代理市长卓春英等四人有意参选。在2009年年初，民进党党中央征召李俊毅参选第十六届台南县长、赖清德参选第十六届台南市长。不过台南县长提名却引发了党内严重的反弹及争议。但在2009年6月底，内政部通过了台南县市合併升格案后，原订于2009年12月5日举行的台南县市长选举也因此取消。在2009年三合一选举落幕后不久，台南县长苏焕智、台南市长许添财、前总统府秘书长陈唐山