内战乱平息回国，在蒙多基里省的一个小村定居，并与基督教救济机构世界宣明会展开密切地合作。不过，康克由的行踪和事迹遭到西方记者报导，最终康克由于1999年决定向金边政府投降，随后被拘留。2007年7月31日，康克由被正式指控犯有战争罪、危害人类罪，被联合国与柬埔寨共同组建的柬埔寨法院特别法庭拘留。2008年2月，作为司法程序的一部分，康克由被带到吐斯廉监狱（S-21）犯罪现场，康克由自己此前的行为表示忏悔，请求得到宽恕。2009年，柬埔寨法院特别法庭开庭，康克由被控犯有反人类罪、战争罪、酷刑和谋杀罪。