日军进佔东北，10月冯占海被吉林省临时政府任命为吉林地区警备司令兼第一旅旅长。1932年1月与李杜等组织吉林自卫军（后改吉林抗日义勇军）反抗日军，任副总司令兼右路总指挥，6月任总指挥。1933年1月张学良任命其为第六十三军军长兼第九十一师师长。不久参加热河战役失败，投奔冯玉祥的察哈尔民众抗日同盟军任第四路总指挥。后转投何应钦，1935年晋升国民革命军中将。1938年6月任第八十五军副军长，同年任国民政府军事委员会中将参议。不久因受排挤，率家人先到桂林，获广西省主席黄旭初帮助得到护照赴香港。后再到昆明经营