各出口被日本警察机动队封锁。遭劫客机着陆后，航空自卫队的4架F-15鹰式战斗机从，对函馆机场进行警戒巡逻。一些乘客通过移动电话向朋友通知飞机上的情况，提到部分乘客被蒙住眼睛，双手被绑在背后的情形。而在当天夜晚，机长和副机长在驾驶舱内彻夜交谈。艺人加藤登纪子及其母亲当时亦在飞机上，与加藤同行的歌手通过包裹在报纸内带入飞机洗手间的移动电话向警察告知歹徒的情报，从而协助警察的后续行动。次日凌晨3时42分，日本时任首相村山富市在得知飞机遭劫后发出突击营救的指示，警视厅警备部第六机动队特科中队下属的特殊部队随