日语的「机关区」等同于中文的机务段），于是有此博物馆的成立。1987年4月1日日本国有铁道民营化分割之后，此博物馆由西日本旅客铁道继续管理。因应与大坂的整併后所需的扩建需求，于2015年8月31日封馆改建，并纳入于2016年4月29日重新开馆的京都铁道博物馆之内。
设施.
资料展示馆.此博物馆第一个部份，资料展示馆及入口为旧二条站的站房，此站房建于1904年，为日本目前现存最古老的木造站房，站房为和式风格，并参考了平安神宫的设计。站房落成时也做为京都铁道的