路731号附近，清同治三年（1864年）才在今址重建。干隆年间士林漳州人的信仰中心是供奉开漳圣王的芝山巖惠济宫，后来因为惠济宫离市街较远，嘉庆元年（1796年）业户何锦堂捐地建「芝兰街天后宫」（即慈諴宫），成为士林漳州人的妈祖信仰中心。然而在咸丰年间的漳泉械斗中，芝兰街（旧街）遭到焚燬；日后该庙异地重建，并更名为慈諴宫，成为新街的重要中心。日治时期的慈諴宫有部分空间曾被借作他用，例如在1898年时，慈諴宫东侧一栋曾作为台北辨务署士林支署的办公室；此外在芝兰一堡第一区区长陈景南等人出资下，也曾借用慈諴宫的