，构成了哺乳动物肠道菌落的大部分。有的物种（如"B. fragilis"）是条件致病抗原，会导致腹膜腔的感染。这些物种是通过影响吞噬细胞上诱导包被的抗体或者通过模拟宿主细胞来抑制吞噬作用，使得宿主无法将它们识别为外源物质，从而逃避了先天性免疫的。"金黄色葡萄球菌"可以抑制吞噬细胞对趋化因子的反应能力；而有的物种诸如"结核杆菌"、"化脓葡萄球菌"和"Bacillus anthracis"则可以直接杀灭吞噬细胞来逃避先天性免疫。细菌和真菌也可以通过形成复合生物薄膜来保护自己；最近的研究表明这种生物薄膜是多种