庆起义爆发，凌毅和凌雄洲秘密运送军火接济起义。宣统三年四月（1911 年），广州黄花岗起义爆发，凌毅被推举任金陵九镇代表，举兵响应黄花岗起义。同年，武昌起义爆发后，他参加民军会攻南京的战斗。后他任南京临时参议院议员、民元国会议员。民国二年（1913年）宋教仁遇刺身亡，他曾经提案弹劾袁世凯。二次革命爆发后，他南下跟随孙中山讨伐袁世凯。二次革命失败后，他到日本组织天健学会、国民社。1913年冬，他受孙中山命返回上海开展讨袁活动。这时他任中华革命党皖支部长、中华革命军皖江总司令。民国五年（1916年）袁世凯去世，