005年6月6日施行的最高人民法院《关于新疆生产建设兵团人民法院案件管辖权问题的若干规定》（法释[2005]4号），本院管辖兵团各中级人民法院判决的除死刑（含死缓）案件之外的二审案件，以及辖区内标的在1000万元以上的一审案件，其判决和裁定为新疆维吾尔自治区高级人民法院一级的判决和裁定。农业师中级人民法院行使地州一级中级人民法院的审判权限；垦区人民法院行使县级基层人民法院审判权限。本院业务上受新疆维吾尔自治区高级人民法院的监督指导，同时监督指导所属中级人民法院、基层人民法院的审判工作。本院的党政工作接受兵团