化学反应的类似，特别之处涉及：有机化学中普遍存在同分异构现象，因此为了合成具有某一特定结构的目标分子，需要引入区域选择性、非对映异构选择性和对映异构选择性的概念。用伍德沃德-霍夫曼规则可以判断周环反应能否发生，而马氏规则和扎伊采夫规则则分别可作为亲电加成反应和消除反应的参考规则。 有机反应是药物合成的基础。根据2006年的一份回顾，有机反应中，大约有20%涉及氮和氧原子上的烷基化反应，20%涉及保护基的引入和脱去，11%涉及新碳-碳键的生成，10%涉及官能团的互相转化。
机理