后之妹夫领军元乂，恃宠骄盈。元怿多次惩戒他，元乂告怿谋反，禁元怿门下，左右朝贵都给元怿作证清白。正光元年七月丙子（520年8月3日），元乂与宦官刘腾将灵太后软禁，囚元怿于门下省，诬元怿谋反，当天夜间，元怿被杀死。元乂被杀后，元怿得到平反谥号文献。元怿长子元亶继承爵位。