委员会委员长重庆行营成立，设在林森路“军事委员会”原址（今解放西路重庆日报馆），由原军事委员会成都行辕和陆军总部部分人员合併组成。主任何应钦（未到任），代主任张群，参谋长萧毅肃，副参谋长余中英，秘书长刘寿朋。军事委员会撤销后，国防部成立，重庆行营改为国民政府主席重庆行辕。1947年5、6月间，张群调任行政院长。7月，朱绍良接任主任，萧毅肃仍任参谋长，范诵尧任副参谋长，廖楷陶任秘书长。1948年3月，蒋介石就任总统，重庆行辕改为重庆绥靖公署，萧毅肃升任副主任兼参谋长。1948年下半年，萧毅肃调升国防部副参谋总