在微生物学发展之前，微生物约在许多世纪前就己被人类所察觉。古罗马学者马库斯·瓦罗在他论述农业的书中提到的第一原则，他警告说不应在沼泽附近建立牧场或宅第，因为在空气中存在肉眼看不到的漂浮物，一旦经由口或鼻进入体内将会产生疾病。西元1546年，吉罗拉莫·弗拉卡斯托罗提出，传染病是由可借由直接、间接接触或传播媒介传播的种子体（seedlike entities）所引起。
微生物学的诞生.微生物学的发展，随着显微镜的发明而开启，1665年英国人罗伯特·胡克发明显微镜，并观察到细胞轮廓（