与马修·杰布认为奇坦兰山猪笼草与萨兰加尼猪笼草很可能与汉密吉伊坦山猪笼草之间存在密切的近缘关系，这也是翼状猪笼草组中少数茎为具棱角的（萨兰加尼猪笼草因叶柄翼而形成）。
自然杂交种.汉密吉伊坦山猪笼草的自然杂交种尚未被确认，但汉密吉伊坦山存在部分可能为其与小瓮猪笼草、棉兰老岛猪笼草和盾叶猪笼草的杂交植株。