日出生于台南麻豆，其父郭就为商贾，经营阿片烟馆、豆油制造业、文德号药铺，母李氏，家有四子，郭明昆排行第三。1913年4月入学麻豆公学校，1919年入学台南商业专门学校预备学校，1925年毕业后负笈笈东瀛，入学第二早稻田高等学院文科。1928年4月入学早稻田大学文学部哲学科专攻社会哲学，师承关与三郎、津田左右吉；1931年3月毕业，学位论文为《仪礼丧服考》，随任台南州立第二中学校教职，两年后受津田左右吉邀赴早稻田大学研究所攻读中国社会史，研究汉族社会结构、家族关系，发表〈丧服经传考〉、〈祖父称谓考〉。1934