岛屿灰狐在圣克利门蒂岛对濒危的呆头伯劳造成威胁，美国海军在岛上大量的捕杀岛屿灰狐亦使得牠们数量下降。直至2000年，美国海军就曾使用不同的策略，包括在呆头伯劳繁殖期间捕捉岛屿灰狐、在呆头伯劳的生活范围内安装电网，及使用电震颈环等。在圣克利门蒂岛、圣尼古拉斯岛及圣卡塔林纳岛上被车撞毙的岛屿灰狐亦不少。
保育.于2004年3月，美国将四个亚种分类为受保护的濒危物种，包括圣克鲁兹岛屿灰狐、圣罗莎岛屿灰狐、圣米格尔岛屿灰狐及圣卡塔林纳岛屿灰狐。而世界自然保护联盟仍然将牠们定为「低危」。