纪30年代开始是日本政府赞助的南洋兴发有限公司（）的棉花种植园位置。1942年初，在马诺夸里驻扎有125名军人，其中包括在1942年2月征招的一些平民预备役士兵和后勤部队由于没有直接与日本侵入军接触，于是他们撤回荷属新几内亚内部并对日军发起游击战印度尼西亚建国后曾与荷兰对这一地区主权产生争议，1963年5月1日，联合国将西巴布亚交给印尼管理，1969年正式纳入印尼版图。马诺夸里最初属于西伊里安省，后1973年西伊里安省更名伊里安查亚省，2002年更名西巴布亚省，马诺夸里亦属之。2003年1月，时任印尼总