一般性宗教活动为原则，但加强了政府对清真寺、伊斯兰经学院的管理，希望维持当地伊斯兰教现状，用宗教来协助社会秩序的维持，并防止外来的宗教力量进入影响。
外交.新疆的地理位置使其成为清末以来英国与俄国争夺侵略的对象。民国初年，中国北洋政府因军阀混战而无暇顾及新疆、外蒙古、西藏等边疆地区。外蒙古第八世哲布尊丹巴唿图克图宣佈独立后，外蒙古军攻陷科布多，又出兵曾属清朝科布多参赞大臣管辖的阿尔泰（今阿勒泰地区）。杨增新多次，保全了阿尔泰。民国七年（1918年），裁撤阿尔泰办事长官，设立阿山道，