清避地浔南。永历帝在南宁，擢升为吏部尚书。吴贞毓以主事任吏部侍郎，诋毁晏清。晏清为方端士所重，吴贞毓没有什么作为。永历四年（1650年），吴贞毓为户部尚书，与王化澄一起陷害晏清，晏清辞官；皇帝不许。诏狱兴起，晏清进谏，皇帝不听；于是移病不起，拜表即行。在浔州不久病卒，年七十三岁。