初中部，占地96,301.24平方米，是深圳市高级中学面积最大的校区，为小学、初中、高中十二年一贯制校区，办学规模为高中60个教学班、小学初中54个教学班。现任执行校长龚卫东。
南校区.原为深南中学及初中部，原深南中学是深圳市福田区的一所完全中学，位于福田区农林路28号，创办于1987年，占地23,499.30平方米，办学规模为初中48个教学班。于2010年与深圳市高级中学初中部合并。现任执行校长陈汉城。
北校区.原为深圳市高级中学龙华校区，位于龙华区民繁