往西流，流经莱茵瀑布，然后阿勒河流入莱茵河，使得莱茵河流量增加至每秒1000立方公尺，这段河道称为高莱茵河（Hochrhein）。在它于巴塞尔往北流之前（Rhine knee），这段河道也构成了德国的边界。
德国与法国.在流经巴塞尔之后，莱茵河构成了德国与法国的南部边界界河，然后在靠近卡尔斯鲁厄的莱茵施泰滕（Rheinstetten）进入德国境内。莱茵河有超过1000公里的河道位在德国境内，所以莱茵河也成为德国最长的河流。在德国境内有一些主要的支流注入莱茵河，例如内卡河、摩泽尔