国民革命军总司令，遭李拒绝，双方并就当下激烈的工农运动产生争执。李宗仁返回南京后，全力支持蒋中正反俄清共。4月12日，新桂系联合蒋中正发动清党。李宗仁率领第七军在南京警戒可能左倾之军队，在采石矶将意图暴动之程潜、林祖涵国民革命军第六军包围缴械，并在第一军刘峙第2师逮捕共产党员。白崇禧则在上海直接指挥清共，黄绍竑、李济深同时在广西、广东清党，处决大批中国共产党分子、中国国民党内部左翼人士。7月15日，汪精卫亦开始分共，中国共产党至此在中国转入地下活动。1927年12月起，在新桂系统治湖北期间，剿共尤其残酷。