来另一军阀宣武军节度使朱全忠打败李茂贞，迫使其屠杀宦官并将昭宗交给他，带昭宗回长安。宰相崔胤贬逐多名官员，只留下被认为孤立易制的裴贽和自己一同主政。三年（903年）十二月，裴贽被罢相为左仆射，相位被独孤损取代。朱全忠为准备夺位，杀唐昭宗，立昭宗子为唐哀帝。天祐二年（905年）二月，裴贽议迁庙，迁昭宗与唐顺宗为一室，获准。后以司空致仕。四月，以奉山陵之劳赐裴贽等人一子八品正员官。六月，朱全忠近臣柳璨、李振说服其对唐朝来自士族的高官实施大清洗。第一波清洗导致前宰相裴枢、独孤损、崔远、陆扆等人丧命，裴贽并不在