疾病混淆，通常先用血清学检查或墨影抹片作鑑别诊断。例如梅毒性下疳（Syphilitic chancre）会造成阴茎无痛性溃疡、杜克雷嗜血桿菌（Haemophilus ducreyi）造成的类下疳则会产生较疼痛性的溃疡。为了检查患者癌细胞有否转移，早期医生会使用淋巴管摄影，从足背淋巴管注入造影剂而作评估，却会使患者有极大痛苦。现在则进行胸部X光片，骨盆腔及腹部电脑断层摄影，评估骨盆腔及后腹腔淋巴结肿大的程度。
中医外科学理论.中医外科（疡科）把阴茎癌称为肾岩，又称肾岩翻花、俗称翻