成化弘治年间.王琼，登成化二十年（1484年）二甲进士，授工部主事，之后升工部员外郎、工部郎中，出任治理漕河，卓有成绩。改为户部郎中，历任山东布政使司右参政、河南右布政使。
正德年间.正德元年（1506年），王琼升任都察院右副都御史，总督漕运。次年入朝，担任户部右侍郎。期间调查衡府侵佔民田的事情。正德三年（1508年），升爲吏部左侍郎，后因其在户部任职时边臣借太仓银未偿换等事受到连坐，尚书顾佐夺俸，而王琼改任南京吏部右侍郎。不久再次改为南京户部右侍郎。正德八年，晋升爲户部尚书。其