1月，医院管理局改组，获委任为首任行政总裁，1997年获赐OBE勋衔。1999年9月出任卫生福利局局长。2002年7月1日，特区政府把卫生福利局和食物局合併，成立卫生福利及食物局，杨永强担任其问责局长，于2004年因SARS的不当处理手法而请辞，其职由周一岳接任。2005年获特区政府颁授金紫荆星章（GBS）。
「沙士」疫潮.杨永强卫生福利及食物局局长任期内适逢严重急性唿吸系统综合症（俗称「沙士」）疫潮，但其应对手法备受传媒批评。其中2003年3月14日，本港「沙士」个案数字不断上升