重要的标志是哥特式的大教堂圣彼得和玛丽亚。它的建筑时间共约600年，一直到19世纪才完工。在这座教堂里保存有东方三博士的遗骨。这使得科隆成为一个重要得朝圣地。它们今天被陈放在一个12世纪末或13世纪初造的金盒子里。在文化史中同样重要的是市内的12座罗曼式教堂。这些教堂大多数在二战中受到严重破坏，其修复工作一直到1985年才完工。除此之外科隆内市区还有数座哥特式和巴洛克式教堂。直到1802年为止新教徒不准在科隆市内从事神事，因此科隆市内莱茵河左岸的新教教堂大多数是1802年后转用的，少数是后来新造的。