。后一种想法没有被广泛接受，因爲鞭毛缺乏DNA，在结构之外和原核生物也没有明显相似性。根据马古利斯和(1996)，“生命并不是通过战斗，而是通过协作佔据整个全球的”，而达尔文关于进化由竞争驱动的想法是不完善的。然而也有人(谁?)认爲内共生更像奴隶制而非互利共生。有人认爲过氧化物酶体可能也具有内共生起源，尽管它们缺乏DNA。克里斯汀·德·迪夫认爲它们也许是最早的内共生体，使得细胞能够抵抗地球大气中越来越多的氧气。然而，现在看来它们可能是“从头合成”的，而非具有共生起源。
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