48年，中国共产党因国共内战逐渐领有整个中国大陆，修院被迫解散；同时，多位会士被逮捕或遇害。1949年，主徒会将总会院迁往台湾台北，并在会士郭若石总主教所主持之台北总教区从事福传工作，也到高雄、基隆兴建圣堂。1950年代，该组织更将恆毅中学复校于新北市新庄区，并兴办台湾首份公教刊物《恆毅双月刊》。此后，由于无法在中国大陆进行传教工作，该组织主要以台湾及海外华人教友为服务对象；该组织选派会士先后至印尼和马来西亚创办学校和圣堂，其服务区域遍布台湾、马来西亚、印度尼西亚、新加坡、加拿大、美国等地。1989