和突厥人经常爆发武装叛乱。虽然掌权后的穆斯坦绥尔几度御驾亲征，但仍然无力改变这种状况。除了内乱，与东罗马帝国以及北方新兴强权塞尔柱帝国的战争也给王朝加重了负担，分属什叶派和逊尼派的两国长年不合。拜占庭名将乔治·马尼亚克曾多次重创法蒂玛军，另外在后起的苏丹图赫里勒·贝格、阿尔普·阿尔斯兰的攻势下，法蒂玛军更是被迫退守西奈半岛，丧失了对黎凡特、叶门等地区的控制，这当中以1071年「圣城」耶路撒冷的失守最具代表性，在耶路萨冷陷落后，塞尔柱军对该城的洗劫间接引发了后来的基督教国家的十字军东征。除了与塞尔柱人交战