取多次屠杀以镇压之，史称甲申国难，有名的有扬州十日、嘉定三屠与广州大屠杀等。清廷制定的圈地和投充政策使人民放弃土地，增加更多流民。为此又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。南明延平郡王郑成功1661年取得了荷兰殖民者的据点台湾，并以台湾作为抗清根据地。永历帝死后，新即位的郑经继续使用南明的永历年号，但未再拥立朱氏皇帝或监国。
巩固与盛世.1662年康熙帝幼年即位，在位