林拜会辜严倬云时，有3位网友自发前往台泥大楼表达诉求，被警方粗暴对­待，抢夺手中的国旗，一名女子因此折断手指头。 国民党议员赖素如批警方毁国旗已经公然触法。民进党主席蔡英文痛批警方干预民众人身安全与言论自由，台湾为此付出惨痛代价，马英九应负责。前副总统吕秀莲砲轰，台湾长期努力的人权成为陈云林来台的祭品，要求马总统道歉，警政署长王卓钧下台。。又其后总统府发言人王郁琦发表讲话，声称未要求接待单位撤国旗。
访台首日.11月3日，陈云林与代表团抵达桃园国际机场，中午在台北圆山饭店发表简短谈