::车站结构.
大堂.石门站设有7间商店，包括便利店、面包糕饼店、零食专卖店等。站内亦设有不同银行所提供的自动柜员机。
月台.车站设有两个月台，并以1个岛式月台设计排列，月台最初长4至5卡，南端位置靠近小沥源渠有预留空间，预留空间会于沙中线兴建时扩建，可额外增至8卡列车长度，以应付未来发展，现时扩建工程已经完成。此外，车站南面设有石门侧线，方便列车调动或信号故障时使用。
月台闸门.本站于2016年进行月台闸门安装工程，首先在2号月台