。克拉克视此为加拿大联盟吞併进步保守党，又质疑新成立的保守党能否在全国建立广泛支持以抗衡自由党。他拒绝加入保守党党团，并在其余下的下议员任期内以独立议员身份议政。2004年联邦大选举行之际，克拉克宣布无意竞逐连任下议员。他指保守党党魁哈珀和自由党党魁马田皆为「糟糕的选择」（），但选择马田为两害取其轻；这番言论受到部分保守党党员和保守派媒体勐烈批评。
离开政治.克拉克第二度离开政坛后继续其顾问业务，并出任数间公司和慈善组织的董事局成员。他亦以卡特中心成员身份到巴基斯坦、多明尼加共