日军、伪军的合围下，部队损失惨重，被迫西撤平西，并在撤退途中被伏击，邓华因此请求处分降职。1938年11月，八路军成立冀热察挺进军，肖克任司令员兼政委，邓华任军政委员会委员。1940年3月，邓华被任命为晋察冀军区第五军分区司令员兼政委，期间率部参加百团大战第二阶段的涞灵战役。1941年，任晋察冀军区第四分区司令员兼政治委员和中共地委书记。1944年2月，邓华被任命为晋察冀军区机动旅政委，与旅长黄永胜率部抵达延安，任陕甘宁晋绥联防军教导第2旅政治委员。11月入中共中央党校学习。
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