支线公车路线，并以绿、蓝、棕、橘、黄、红六色分别作为六个干线公车系统的识别颜色，由兴南客运、新营客运两家民营汽车客运公司经营。大台南公车「市区公车」系统，系指以原台南市（省辖市）所辖的六个市辖区（中西区、东区、南区、北区、安平区、安南区）和永康区、仁德区及高雄市茄萣区等人口密集区为服务范围的公共汽车服务，由府城客运、兴南客运及四方客运经营，大部分路线系承袭合併前即已存在的台南市（省辖市）市区汽车客运路线。目前大台南公车的营运路线数为118条：干线公车6条，支线公车76条，市区公车20条，观光公车6条