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分类系统.滇中龙最初在1982年被杨钟健分类于畸齿龙科，但有些人怀疑牠们的分类倾向，并认为滇中龙是个疑名；但滇中龙还是通常被认为是畸齿龙科的一个有效属，直到最近。在2005年，巴雷特与徐星发现滇中龙是不同动物的嵌合体。正模式标本被重新分类于中真鳄类，而副模式标本则被分类于原蜥脚下目，但不确定为何属。为了维持科学文献的一致性，模式标本依旧名为禄丰滇中龙，而副模式标本仍等待者正式的叙述。