会再度改组为台湾青年独立联盟。四年后的1970年，全世界的台湾独立运动团体（日本的台湾青年独立联盟、全美台湾独立联盟、加拿大台湾人权委员会、欧洲台湾独立联盟及台湾自由联盟）共同合组台湾独立联盟，总部设在美国。该盟成立没多久，即发生了举世震惊的黄文雄枪击蒋经国事件，史称刺蒋案。在圣心女子大学和东京大学担任讲师后，他于1976年成为政治学教授，并一直任职至1998年。关于台独运动在日本之活动的梗概，黄昭堂曾经这样表示：1992年，他34年来第一次返回台湾，并于1995年就任台湾独立建国联盟主席。