毒性是剂量限制性毒性，可分别通过服用止吐剂及与维生素B合用来缓解； 但后者可能会显着降低六甲蜜胺/顺铂联合化疗的效果。 骨髓抑制则较轻，一般见于给药后3~4周，停药后1周即可恢复。单胺氧化酶抑制剂（MAOI）与六甲蜜胺合用会引起严重的直立性低血压；西咪替丁则可增加此药的生物半衰期和毒性。六甲蜜胺具有弱致突变性。