光绪三十年（1904年），清政府颁行改革措施，设立农工商部，特聘黄思永和南通状元张骞为顾问。二人共同起草并颁布《奖励公司章程》、《商会简明章程》以及铁路、矿务、商标等部门的相关章程和法规，致力于扶持民族工商业发展，时人有“商部两状元”之誉。又与翁同龢、文廷式等为帝党中坚。民国三年（1914年）卒于上海。
着作.黄氏工书法，“精小楷，唐法晋韵，兼擅其胜，名重当时”。为清状元书家之代表。
筹募昭信票.中日甲午战争后，清廷元气大伤。时任翰林院侍读学士的黄思永参照