希望退伍转业，但其申请为学院领导拒绝。1999年，方永刚随同海军政治学院并入海军大连舰艇学院，后任政治系中国特色社会主义理论教研室教授、硕士研究生导师，2005年获得军事学博士学位。方永刚自1987年开始从事理论研究，对于中国共产党新的理论成果如邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观等，都能及时跟进，拿出研究成果。2006年夏，方永刚在其参与编写的《党的创新理论专题研究》教材中提出：“科学发展观是党的理论创新的新境界。”2006年11月8日，方永刚被查出患有结肠癌，入住大连中国人民解放军第二一