代意义上的第一所学校。圣方济·沙勿略将此教堂作为他前往中国和日本传教之旅的基地。在一次旅行中，1552年，他在中国上川岛去世。1553年，圣方济沙勿略的遗体从上川岛运来该教堂暂时安葬，最终葬在果阿。曾埋葬圣方济·沙勿略的空墓，今天仍然存在。1641年荷兰征服马六甲，教堂归属荷兰归正会，名为圣保罗堂，或"Bovernkerk"，继续作为荷兰人的主要教堂，直到1753年基督堂建成后，圣保罗堂改为世俗用途，成为马六甲防御工事的一部分，堂内用作墓地。英国于1824年占领马六甲，教堂被用作火药库，情况进一步恶化。