内吃污染微生物生长的物质（生物刺激）时有效。例如，美国陆军工程兵部队就成功透过对汽油污染土壤进行堆积风干和通气来对使用的生物修复进行强化。土壤氮素耗尽状态可能会促进某些含氮有机化合物的分解，而能够大量吸收污染物土壤材料可能会因为对微生物有限的的化学物生物利用度而减慢了生物降解的速度。最近的研究进展还成功证实了对介质添加对应的微生物品系能加强原居微生物人口分解污染物的能力。能够实施生物修复功能的微生物叫“生物修复剂”（bioremediators）。然而并不是所有的污染物都能用微生物的生物修复来简单处理。