于崇祯十三年（1640年）的妈祖像，是当年随着郑成功舰队来台的，故俗称为「船仔妈」。进入清朝统治后，在干隆三十年（1765年）时，时任福建分巡台湾道的蒋允焄捐修该庙，使其更具规模，并上奏朝廷勅赐晋为「开基天后祖庙」。干隆四十二年（1777年）时，台湾府知府蒋元枢又予以修建，使之成为一间三进的建筑，并赠与一尊「倾听观音」在新建的后殿供奉。这尊观音乃蒋元枢所献的「府城三大观音」之一，另外两尊则在祀典武庙与大天后宫中。之后历代亦有所修建。日治时期大正十五年（1926年）时因庙宇年久失修，故境内居民们集资重