时，法军进犯北台湾，惊慌的民众仇视一切西方人及基督教，于是聚众拆毁教会、挖掉基石，然而法军勐烈轰炸淡水的结果，使偕医馆内外都挤满受伤的士兵，马偕因尽心尽力的照顾他们，还受到清廷的褒奖。
教育方面.1882年7月26日，马偕创建牛津学堂（Oxford College，汉名为「理学堂大书院」，今真理大学）。二年后的1884年又在牛津学堂东侧建立台湾第一所淡水女学堂。第一届即招收34名学生，不但学费全免，还补助交通费、提供吃住与衣着。但当时的汉人受到传统礼教的约束，世家门阀不希望家中女子