反右运动，王利器遭划定为「右派」。时任人民文学出版社社长严文井替其辩护不果，九三学社亦通知王氏停止组织生活。由是，王氏每天被迫从事八小时的体力劳动，其余时间则属于自己，王氏遂继续潜心整理古籍及文学遗产，嗣后数年分别出版《元明清三代禁毁小说戏曲史料》、《盐铁论校注》等书，又曾分别以笔名「刘明晖」及「廖德明」，发表《文则．文章精义》及《苕溪渔隐丛话》之点校本。及至1966年，文化大革命爆发，王氏专注于学术研究之举，乃为其惹来「走白专道路」、「反动学术权威」等指控。「破四旧」时，王氏遭抄家，所藏宋代以降线装书三万