学家曹国庆认为万历帝患有龋齿、牙周病和氟牙症等多种牙科疾病，颌骨发育不良，面部凹陷而左右两侧不对称。学者樊树志认为神宗疾病缠身。1958年，北京定陵的地宫被打开，万历帝尸骨“背微陀，腿部残疾”。右腿明显比左腿短。吴晗曾怀疑万历帝因身体不好吸鸦片。北洋大将吴佩孚清末少年秀才，从恩师王绍勋参研明史，王提及万历帝怠政三秩，感叹曰：「无为而治兮不必生一神宗三秩」，吴佩孚居然立刻应声对仗：「有明之亡矣莫非杀六君子七贤。」认为天启帝宠信魏珰，滥杀忠良，才是明朝亡国的主因。
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