一年后随即爆发以欲推翻金正日统治的第6军政变事件，金正日直属的护卫司令部在接获情报后成功镇压企图发动的兵变。自此，元应熙所带领的保卫司令部失势。同时，尽管元应熙后来在1998年的最高人民会议选举中成功连任，但他已遭到金正日所冷落。2003年，元应熙因患有肝癌而退休。翌年5月15日去世。