22年(1842年)任嘉义营左哨千总，后陞台湾镇标右营守备，咸丰元年(1851年)再陞台湾北路协中营都司、署镇标左营游击。咸丰3年(1853年)小刀会党徒林恭、李石等起事，攻凤山县城，时曾元福为署南路营参将，坚守火药局抗敌。同年五月下旬，分巡台湾兵备道徐宗干调兵南下，元福长子曾登瀚自募乡勇随军率先破围，官军遂收复凤山。咸丰11年(1861年)曾元福接署台湾镇总兵，乃台湾绿营最高阶将领。同治元年（1862年）戴潮春事件爆发，曾元福先以记名总兵北路协副将的头衔参战，随后接署一品的水师提督，当时福建陆路提督林文