行地下铁新站开发，1996年东京地下铁丸之内线西新宿站诞生。同年，在JR新宿站南口的新宿货物站旧址，以高岛屋新宿店为核心的复合商业设施高岛屋时代广场开幕，加上邻近京王新线初台站的东京歌剧城，形成新的人潮。2000年都营地下铁大江户线开通，新宿内设有都厅前站、新宿西口站、东新宿站，以都厅前站为起点的都内环状地下铁路网完成。2006年东京地下铁副都心线开通，新宿内设新宿三丁目站、东新宿站。2012年，在大江户线与副都心线的转乘站东新宿站，由三菱地所规划、山手线内最大规模的竣工。以2001年歌舞伎町大楼火