关条约》签订的消息传到北京，杭辛斋积极参与维新变法运动，上陈变法图强之策，得到光绪皇帝赏识，两次接受召见，但他无意为官，拒绝了内阁中书的官位，光绪转赠他一枚象牙章，上书“言满天下”四字。
办报先驱.1897年10月26日，维新派严复等人在天津创办《国闻报》，杭辛斋也是参与者之一。接受光绪赐印后仅仅两天，维新运动失败，《国闻报》因报道“戊戌六君子”事迹被查封。杭辛斋隐姓埋名，逃到山东德州一带，暗中接洽义和团势力。1904-1905年，杭辛斋与其连襟彭翼仲在京先后创办《京话日报》和《