计划后来多次变动。2008年3月11日，港府建议以合併方案为核心，对沙中线进行进一步的规划。合併方案和原计划的最大分别是马鞍山线沿上述路线伸延至红磡站后再连接整条西铁线（红磡至屯门），成为贯通乌溪沙至屯门的策略性铁路走廊「屯马线」，而沙中线过海部份改由东铁线向南延伸。沙中线的大围站至红磡站一段原定于2019年完成，但因受红磡站工程问题影响，红磡站扩建部分未能启用，因此马鞍山线于2020年2月14日由大围站延伸服务至启德站，并命名为「屯马线一期」。