点 ，选择共表达将这个超过这个截点的边视作共表达。另一个方法使用费雪变换根据样本量计算每个相关性的标准分数。z-分数于是转换为每一个相关性的p值，之后对p值设定截点。另一些方法置换数据，根据置换后数据集相关性的分布计算z分数。林有一些使用的方法包括根据集聚系数的阈值选择法和随机矩阵理论。p值相关的方法的问题是，p值是常规的0.01或0.05，而非生物学意义。WGCNA是建立和分析加权基因共表达网络的一个框架。WGCNA方法会选择出根据无尺度拓扑的基因共表达网络选择阈值。这种方法会建立出几个阈值的