註生娘娘与福德正神，并有五营与虎爷。后殿则主祀观世音菩萨、释迦佛祖与弥勒佛，此外还供奉有十八罗汉与至圣先师孔子、积庆衍泽公及其夫人的神位。2017年9月后又增奉月老公及文昌帝君
传说.据说楠梓天后宫的妈祖神像与台南大天后宫、北港朝天宫的妈祖是用同一块香木所雕成，故三尊妈祖彼此有「姊妹神」之称。又据说在台湾日治时期大正年间（1920年左右），楠梓天后宫大妈在前往台南大天后宫途中，施法收伏在二层行聚落（今台南仁德二行里）一带作乱的「雄鸡精」，因而使当地居民感念不已。至今二层行清王宫