吉祥航空以上海浦东国际机场、上海虹桥国际机场以及南京禄口国际机场为航线网络中心。截止至2018年8月，已开通120多条国内及周边国家、地区定期航班，通航国内外60余个城市。以下为吉祥航空的常态化定期航班航点列表，不含下属九元航空所经营航点。
境外航点.吉祥航空于2017年成为星空联盟优连伙伴以后，与区域内星空联盟航司开展代码共享和常旅客合作。从2018年夏秋航季起，吉祥航空与全日空航空于部分中日航线开展代码共享，与长荣航空于部分两岸航线开展代码共享。