北京市郊铁路.区内当前运营线路：北京市郊铁路城市副中心线（良乡站）区内远景规划线路：北京市郊铁路京原线（提出计划）
中国铁路.京原铁路通过房山区，6437/6438次列车在房山区设有9站，为上万站到野三坡站。房山区内还有数条货运铁路，其中包括房山铁路和周口店铁路等。
航空.房山区内有1个机场，为良乡机场。目前为军用机场，无客运航班。