兑、理刑管洪、管厂（造船厂），管闸有主事。文官武将及各种官员达270多人；还下辖仓储、造船、卫漕兵丁2万余人。其中规模最大的造船厂位于清江浦。
裁撤.1860年，裁撤南河总督，将漕运总督从淮安府城移驻原南河总督署，15千米外的清江浦。1901年，清朝颁布停漕改折的命令。保留每年从上海海运漕粮一百万石至天津，再改由铁路火车运到北京。 1905年初，由于漕运已停，裁撤漕运总督及各省粮道等官，改置江淮巡抚，驻扎清江浦，同年也被裁撤。　　
明朝时期.明太祖