通过重新布线或通过插头和配线板进行编程；没有单独的程序存储在内存中，就像在现代计算机中一样。例如，ENIAC的重新编程可能需要几天时间。其他研究人员也在开发存储程序计算机，特别是英国国家物理实验室的Pilot ACE，剑桥大学的EDSAC和美国陆军的EDVAC。SSEM和Mark 1的主要区别在于使用威廉姆斯管作为记忆装置，而不是水银延迟线。从1948年8月左右开始，SSEM被深入开发为Mark 1的原型，而这最初的目的是为大学提供更现实的计算设施。1948年10月，英国政府首席科学家在访问曼彻斯特大学