崇祯三年（1630年）中举人，十五年（1642年）赐特用出身，获授兵部职方主事，南明时历任刑部员外郎、临安知府，任内执法公正清廉。永历元年（1647年）孙可望入据云南，丁序琨与雷跃龙、马兆羲、张重任、姜之琏、闪仲侗都被迫接受官职，他担任其行营的户部右侍郎，晋官尚书，到孙可望败亡，他降任侍郎，不久去世。