5日，梁启超在李根源、张鸣岐、黄孟曦陪同下去广州观音山，说服龙起兵反袁，毫无结果，但也争得龙济光同意组织军务院的事。5月8日，在梁启超的一手筹划下，经与各方面联络协商，在广东肇庆成立对抗北洋政府的护国军政府军务院，遥尊黎元洪为大总统。梁启超任抚军兼政务委员长。5月15日梁离开肇庆，经广州、香港，于22日到上海，并作为军务院及南方独立各省代表，奔赴南京，与冯国璋商讨逼袁下台问题，成为南京会议的幕后参与者。期间，梁启超随时将会议情况通报给云南、贵州前线及军务院，要求桂、粤大军继续勐进，决不因谈判而稍事放松。