再任命为大司谏，1579年在大司谏任上被西人党的领袖尹斗寿、尹根寿兄弟和弹劾罢免。1580年出任刑曹判书（六曹的长官，相当于部长）。1580年东人党就是否处死西人党领袖郑澈的问题分裂。李山海作为激进派，强烈要求杀死郑澈。东人党内部开始分裂，并最终分为南人北人两派，李山海为北人党的党首。1581年司宪府大司宪历吏曹判书任，1584年加弘文馆大提学。1585年在议政府左赞成(左副总理)，1588年在议政府右议政，1589年升任左议政，1590年升任领议政(首席总理，尚书令)。1592年壬辰倭乱发生时，因