·查利斯·马什最初建立似鸟龙科时，将似鸟龙科归类于鸟脚亚目，而在五年后归类于角鼻龙下目；在1891年，古斯塔夫·鲍尔（Gustav Baur）将其归类于禽龙下目；在1993年，戴尔·罗素与董枝明则将牠们归类于偷蛋龙下目。之后的许多研究则将似鸟龙科归类于虚骨龙类之内。在1976年，瑞钦·巴思钵（Rinchen Barsbold）认为似鸟龙科与其它兽脚类恐龙相比相当独特，因此将此科分类于个别的似鸟龙下目。似鸟龙下目与似鸟龙科的差异，随者不同研究人员而有不同结果。例如，保罗·塞里诺（Paul Sereno）在