（或者说传统）的GP实现中，程序的指令和数据的值使用树状结构的组织方式，所以那些本来就提供树状组织形式的编程语言最适合与GP，例如Koza使用的Lisp语言。其他形式的GP也被提倡和实现，例如相对简单的适合传统编程语言（例如Fortran、BASIC和C语言）的线性遗传编程。有商业化的GP软件把线性遗传编程和汇编语言结合来获得更好的性能，也有的实现方法直接生成汇编程序。遗传编程所需的计算量非常之大（处理大量候选的计算机程序），以至于在90年代的时候它只能用来解决一些简单的问题。近年来，随着遗传编程技术自