改为崇圣祠，之后孔庙又经过几次修缮。到了干隆十四年（1749年），在巡台御史杨开鼎的倡议下，于该年十月重建孔庙，于干隆十六年（1751年）三月完工，而此次工程中大成殿与两庑的规模倍前，格局被记载在隔年王必昌编纂的《重修台湾县志》所附之府学宫图中。然后到了干隆四十二年（1777年），知府蒋元枢又加以整建，主要是在东大成坊外增建了泮宫坊，大成殿西边增设了府学署，为台南孔庙规模最大的时期，其格局载于《重建台郡各建筑图说》之重建台湾府学图与现存于明伦堂里的台湾府学全图碑上。然而后来孔庙却因为嘉庆与同治年间的地震等因