保护国内建立两个相互独立的行政管理结构。保护国境内被纳粹政府划分为两个地区：波西米亚和摩拉维亚，两个地区则各自建立的更小一级的行政区划系统。而纳粹党则采用划分保护国为四个党支部管辖区的形式，通过将这些党支部安排在周边大区与帝国大区（苏台德帝国大区，拜罗伊特大区，上多瑙大区和下多瑙大区）党支部作为次级党支部的形式对保护国进行政治管理。这套党国分离的行政区划的行政框架一直存在直至保护国覆灭。
计划设立的行政区.纳粹政府公开推行和实施激进的扩张主义，计划进一步扩大已经大大增加的德国领土