政府沟通协调后，交通部高速铁路工程局与地方政府达成「整合有限资源作最有效运用」之共识，决定以「结合新竹捷运红线与台铁内湾支线改善」的方向作为优先推动方案。同一时间，1999年7月，新竹市政府也以「新竹市轻轨运输系统规划及建设执行计画」为名，自行规划新竹市内的轻轨运输系统路网，建议路网採红、绿二线，总长27.2公里、设32站，预估预算约130亿，然而最终因经费问题不了了之。
优先推动方案.2003年2月24日，交通部同意以「结合新竹捷运红线与台铁内湾支线改善」作为新竹都会区大众捷