2018年9月，陈时中超越蒋丙煌，成为卫福部成立以来任期最长的部长。2019年1月14日，行政院院长由赖清德换为苏贞昌，卫福部长陈时中由总统蔡英文续任命。2020年初，因应2019冠状病毒病疫情，于二级开设时兼任任务编组的中央流行疫情指挥中心的指挥官，并于一级开设时续由行政院长苏贞昌任命为指挥官。防疫期间，陈时中获泰国媒体以及日本广播协会专题报导其身为防疫指挥官和台湾超前部署之相关措施，表示「抗疫成功的关键，就是让全体国民心情团结一致」；而日本《每日新闻》报导台湾防疫有成、未让疫情扩大，并表示其时6