挥部接管天安门广场抗议的组织任务时，在绝食第一周期间就筹集了近100万元人民币的北京高校学生自治联合会拒绝将这笔钱移交给天安门广场绝食指挥部。最终，他们将10万元人民币捐给了天安门广场绝食指挥部，其余的则扣留下来。5月下旬，学生们建立了一个名为保卫天安门广场总指挥部的新组织来接管天安门广场。由于学运分子之间的激烈冲突，保卫天安门广场总指挥部很难从北京高校学生自治联合会中获得资金。
腐败指控.不同群体之间的冲突以及学运组织缺乏财务管理产生了外界对他们的腐败指控。学生领袖甚至被怀疑腐败