居民与郑成功军队接触，下达海禁政策及迁界令禁止居民出海，对新安县影响极大，人口减少，田地荒废，新安县一度再次并入东莞县。康熙八年（1669年），新安县界由东莞划回，县治恢复。
近代.道光二十二年（1842年），清政府与英国签《南京条约》割让香港岛予英国，咸丰十年（1860年），签《北京条约》再割让九龙半岛，光绪二十四年（1898年）签《展拓香港界址专条》，英国租借新界99年，从此香港脱离新安县。1899年5月，英军由新界北进占领深圳墟、布吉，遭东莞军民抗击，被迫撤至深圳河以南。光绪