称「东都明京」并设立承天府，大员改称「安平镇」，全岛设立一府二县。郑成功逝世后，世子郑经继任延平王，改东都明京为东宁，仍继续于台南兴水利、课农桑、安抚原住民等等，并由将领陈永华建议于宁南坊兴建孔庙，是为全台首学。现时一些地名可追朔至当时，例如以郑成功部将林凤为名的林凤营、或是左镇等。
清治时期.1684年，清朝派遣施琅攻取台湾，明郑灭亡，改明郑的承天府为台湾府，在首任台湾巡抚刘铭传将省迁往台湾省城（今台中市）之前，台南一直是全台首府。清康熙23年，清廷颁布渡台禁令，仅准漳泉地区