定刘震寰和杨希闵的叛乱中建立战功，1925年8月接替何应钦升为第一团上校团长。1925年10月，他又率部参加第二次东征。1926年2月，教导团扩编为第二师，刘峙被任命为副师长兼参谋长，旋任师长，下辖蒋鼎文、陈继承等团，驻防广州。1926年3月20日“中山舰事件”，蒋介石召集卫戍部队讲话后，刘峙紧跟着宣读了要逮捕的共产党人名单，随即率部扣押了第二师和海军中的所有党代表及共产党员并清洗之，从此受到蒋介石信赖。1926年7月9日，国民革命军誓师北伐，蒋介石就任国民革命军总司令，派何应钦任第一军军长，刘峙任第一军第