通勤铁路线和前往纽约、费城、华盛顿特区的美国国铁东北走廊客运线从波士顿南站发车。南站与北站间相距1.25英里，但是两座车站之间没有直接的铁路连接，只能乘坐地铁前往。乘坐波士顿地铁橙线至后湾站也可换乘美国国铁、、、和通勤铁路。除此以外，可以乘坐菲奇堡线至波特站换乘波士顿地铁红线可至波士顿南站。马萨诸塞湾交通局曾提议修建铁路隧道将波士顿南北站连通，但由于造价过高，马萨诸塞州联邦于2006年5月驳回提议。
无障碍乘车.波士顿北站所有交通设施均为无障碍环境。车站设有电梯供乘客在橙线与绿线