（民国元年），陆军第六镇改组为陆军第6师，张敬尧被任命为陆军第6师第11旅第22团团长。1913年（民国2年）二次革命时，张敬尧在江西省击败革命派军队而立功。不久，升任陆军第6师第11旅旅长兼南昌卫戌司令。1914年（民国3年），任第3混成旅旅长，驻扎河南省。因讨伐白朗有功，9月升任第7师师长。1915年（民国4年）12月25日，护国战争爆发。1916年（民国5年）1月，张敬尧被袁世凯任命为第2路总司令，赴四川省讨伐护国军。起初，张敬尧占领泸州。3月9日，张敬尧等「督兵苦战，卒得克捷」，晋授张敬尧勋