年退兵后，出任会稽内史，任内有人假作大将军符节收捕诸暨县令，纪瞻发觉其中有诈时县令已被捕，于是将其救出，并追问使者，果然查明是诈骗事件。建兴三年（315年），司马睿进位丞相，纪瞻任丞相军谘祭酒。纪曕又追以讨平陈敏之功而封临湘县侯。建兴四年（316年）长安失陷，晋愍帝被俘，至建武二年（318年）晋愍帝被杀的消息传至建康，纪瞻与王导等百官共请司马睿即位，但司马睿仍不答应，更命殿中将军韩绩撤去御座。当时纪瞻就叱责韩绩：「帝坐上应星宿，敢动者斩！」司马睿听后更为之改容。司马睿于同年即位，是为晋元帝，纪瞻拜为侍中