研究委员会委员。1954年杂文集《文学论稿》问世，对官僚主义教条主义进行了批评。同年4月调任人民文学出版社副社长、总编辑，1957年任社长兼党委书记，为出版社的发展扩大作了大量的工作，曾积极参与“反右倾”运动，主持了冯雪峰、聂绀弩等的批判。1959年康生点名批评巴人，指出巴人和蒋介石是同乡，且巴人曾在国民党任职，从而导致巴人作为文学界的代表人物，与史学界的尚钺，经济学界孙冶方开始共同受严重批判，撤销党内外一切职务。被剥夺文学创作权利后，他转向史学研究。于1966年初完成160万字史学专着《印度尼西亚历史