编辑不知情的情况下，自行向纽约州政府注册登记新语丝，建社理事为他与另外两人。原来的新语丝编辑团队愤然退出，另外成立了一个互联网刊物。之后，方舟子开始投入精力运作新语丝社及新语丝网站，发展具有个人特色的网络媒体。1995年，方舟子参与开发文字MUD《侠客行》。2000年，以新语丝为基地，方舟子开始在互联网上进行学术打假。他创立「立此存照」栏目，专门揭露科学界、教育界的学术腐败现象和新闻界各种不实报道。他在引起人们极大关注的同时也引起极大的争议，并招致多起官司。美国《科学》杂志在2001年8月10日曾对