考功司司长陈曼若当面争执，主要是徐道隣提出的政策主张不获同僚支持，故此任内三度递交辞呈，但这三次，考试院院长戴季陶都支持并且慰留他。后来他转任行政院政务处处长。1945年日本二战投降后，他辞去行政院政务处处长职务，在同年11月向重庆北碚法院及国民政府军事委员会告发冯玉祥与张之江，指控二人杀害其父徐树铮，但国民政府军事委员会以已过行凶时刑法规定的杀人罪「追诉期十五年」，未接受他的诉状。他再提出“八年抗战，时效中断”，要继续追诉，但军事委员会和法院再未理会。1946年春，徐道隣转入学术界，出任上海同济大学法