1366年间发生色目军乱，史称亦思巴奚兵乱。与此同时，元朝在察罕帖木儿和李思齐等率领元军反击北方红巾军，1363年北方红巾军最后在安丰之役中败给降元后的张士诚，刘福通战死，韩林儿南下投奔朱元璋，随后被杀。朱元璋统一江南后于1367年下令北伐，他派徐达、常遇春率明军分别攻打山东与河南，并且封锁潼关以防止关中元军进援中原。明军于1368年八月攻陷元大都，元惠宗北逃，史书称此为元朝结束之年。然而元廷仍在上都，往后史书称之为北元。而明廷认为元惠宗顺天明命，谥号为元顺帝。元明之际有士人奉元朝为正朔，对元朝皆有故国