阿塞拜疆－爱沙尼亚关系，是指阿塞拜疆共和国和爱沙尼亚共和国之间的外交关系。两国都曾是俄罗斯帝国和苏联的一部分，阿塞拜疆在塔林设有大使馆，而爱沙尼亚驻阿塞拜疆大使馆位于土耳其安卡拉。两国都是欧洲理事会和欧安组织的正式成员。阿塞拜疆和格鲁吉亚是爱沙尼亚在南高加索地区的盟友，约2,500名阿塞拜疆人居于爱沙尼亚。
政治关系.1996年，爱沙尼亚政府官员第一次访问阿塞拜疆，期间爱沙尼亚外交部长与阿塞拜疆签署联合声明的；2000年，阿塞拜疆国会内设立了阿塞拜疆－爱沙尼亚议会内工作组。爱沙尼亚