朝栋生于彰化县阿罩雾庄（今台中市雾峰区），为林文察长子。出生前一年祖父林定邦与邻近土豪林妈盛发生冲突，遭其手下杀害，不久父亲林文察将林妈盛拖至林定邦墓前报仇雪恨，之后前往自首而进行判决，直到1853年小刀会来台起事后才被召入军中担任勇首，随后赴福建支援太平天国战事，并于1863年回台平定戴潮春事件，最后在1864年年底返回福建支援，而战死于漳州万松关，当时林朝栋14岁。虽然与父亲林文察相处时间有限，但林朝栋和父亲一样，自幼熟读兵书，喜欢练武，有次练武时不小心伤到一只眼睛，只剩一眼能见事物，因而得到「目仔