获皇家寺院最高礼遇，寺僧数十人。作为皇家专用寺院，万寿寺平时不对民众开放，仅在每年佛诞日，从当月初一至十五日开庙半个月，届时北京民众涌入该寺进香。由于正值春夏之交，长河两岸景色如画，北京人到此观赏烟柳，寺外沿河两岸自发形成市场。汉经厂的华严钟（永乐大钟）直到万历三十五年（1607年）才迁至万寿寺。寺院东侧兴建华严钟楼后，内府在钟楼后又建药王殿，并且在其后面建药房，形成了寺院东路建筑。明朝天启年间，卧钟于地。
清朝扩建.清朝初年，顺治帝进北京不足半年，便将敕建万寿寺改为“敕建