亲缘关系较远的近亲，都被归类于杨氏蜥形目。但是，目前还没有杨氏蜥形目的种系发生学研究，牠们可能不是一个单系群，可能是并系群。盔齿龙可能与其他杨氏蜥形目物种是近亲，而离杨氏蜥的关系较远。以下演化树是根据Robert R. Reisz等人在2011年的双孔亚纲研究：在早期爬行动物之中，杨氏蜥算是中型物种，头颅骨略小于7公分，完整身长大约接近现代的砂巨蜥。某些早期研究认为杨氏蜥等早期双孔类爬行动物的头颅骨具有高度可活动性；近年研究显示，杨氏蜥的脑壳、颚骨之间可能没有可活动关节，类似现代喙头蜥的头颅骨。