河马科（学名：）是偶蹄目–凹齿下目的一个演化支，与鲸类互为姊妹群，现仅存 2 属 2 种，即河马与倭河马，都产于撒哈拉以南非洲。河马科的起源尚不明确，但有形态学研究认为其分化自始新世中期出现的石炭兽科。目前发现最早的河马科化石是肯尼亚河马属（"Kenyapotamus"），生活在 1600–800 万年前的中新世。