-氨基转移到磷酸吡哆醛上，生成磷酸吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接着转移它的氮到糖上，形成一个氨基糖。磷酸吡哆醛参与的生化过程还有：磷酸吡哆醛不参与赖氨酸分解代谢中的转氨反应。
磷酸吡哆醛的非典型例子.人们在肝脏中的糖原磷酸化酶上亦发现了磷酸吡哆醛，当胰高血糖素或肾上腺素发出信号时，此酶在糖原分解过程中使糖原降解。然而，此酶没有利用活性的醛基，取而代之的是利用磷酸吡哆醛上的磷酸基团以在反应中起作用。尽管绝大多数依赖磷酸吡哆醛的酶都会通过活性位点上的一个赖氨酸残基与磷酸吡