交通都是依赖旧石垣机场。这个于1943年落成，原只作旧日本军的海军飞行场，1956年起兼任民航用途。虽然位处市中心附近，但面对日益增加的旅客，以及地理条件限制，原有的设备根本已超出负荷。而跑道于1979年经过扩建后，长度亦只有1500米长，只能容许如波音737系列或Dash 8一类的小型飞机起降（且有时不能在全满的情况下起降），1990年及1992年，日空航空和琉球空中通勤获准加入营运后，情况变得更差，就连本来的客运大楼也不敷应用，而要在旁加建临时的出入闸大楼。在高峰时期，每天共有约60班航班在石垣机场起