《西藏王臣记》记载，一日松赞干布来到红山，见六字真言的幻影自山中自然显现，当即沐浴净身，默默祈祷。随后，他又在六字真言放出的光中见到观世音菩萨、度母、马头金刚佛像，乃请人照自然显现的形象，在此处石壁上雕刻出佛及菩萨的像与六字真言。另一种说法认为，千佛崖是吐蕃第六代赞普赤松德赞为纪念吐蕃药师玉托·云登贡布逝世而凿刻。还有一种说法认为，此处摩崖石刻最早是由14世纪的贵族多仁班智达出资雕刻。经过无数岁月的不断雕刻，千佛崖的佛像越来越多。西藏习俗中，若家中有人死去，家人便会聘请画师画一幅唐卡佛像，以替死者积功德