，和双叉树演算法（）。其中，前两者均使用似然函数，并且，若使用得当，理论上可避免长枝吸引。此两种方法均为参数的，表示其依赖一个明确的特征演化模型。其已被证明，对于一些次佳的模型，这些方法亦可以是不一致的。最大简约法的另一个问题为寻找最简约的树是一个NP困难问题。目前唯一可用、有效的解决方法为，给予一个任意的巨大分类群，利用探索方法不保证最简约的树会被重新找到。这些方法使用爬山演算法（）逐渐接近最佳的树。然而，其已被证明可以有次佳解的「树岛」，且分析可以被困在这些（）处。因此，需要复杂的、灵活的探索方法，