在差异化的族群中累积，并等于每人的基因突变（如DNA复制出错）的概率，均等于μ。当中性突变的比例为常数时，族群之间的差异率也为常数。尽管分子时钟的发现早于中性演化理论的提出，但这为提供了理论依据。中性理论与新达尔文主义理论不同，许多分子生物学家和群体遗传学家都为其发展做出了贡献。中性理论并不排斥自然选择的发生。进化生物学家通常将自然选择分为两大类："（purifying selection）",和"正向选择（positive (Darwinian) selection）"；前者会使有害突变消亡，后者