些文章都由方舟子选择及更新，有时还在转载的文章前加上自己的按语，所以网站极具个人特色。方舟子并不讳言新语丝的倾向性，但自认为还算是比较公正，并曾解释说只要符合一定原则的文章一般也会刊出，但宣扬或同情「种族主义、法西斯主义、恐怖主义、沙文主义、民族歧视、性别歧视、宗教迷信、反科学、反理性、反民主、反人道、反人权」的内容都不登。
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