肇坚出任董事局主席兼车务总监督，邓肇坚此后一直担任两职近50年之久。在1937年，抗日战争爆发，有鑑于局势不稳，邓肇坚结束邓天福银号，并专心打理九龙巴士的生意，到1941年日本挥军入侵香港前夕，九巴已开办最少12条路线，业务十分蓬勃。可是不久以后，香港保卫战爆发，邓肇坚亦险在战事期间被枪杀。虽然邓肇坚最后大难不死，但九龙巴士旗下的所有巴士却悉数在日治时期遭日方佔用，巴士公司的业务陷于停顿。香港在1945年重光后，由于九巴巴士在战时多已损毁，剩余的巴士亦被政府征用，以致复业存在困难，而主要股东林氏及谭氏