日本称为北支事件）后，更试图以「精神总动员运动」来强制基督教支持其政策，军国主义、天皇崇拜、神道教结合下的皇民化运动更在太平洋战争后加速推行，教会和传道人受到严密监视，礼拜中必须用日语讲道、唱日本国歌、行「国民礼仪」（遥拜日本皇宫），教会学校师生更被迫到神社参拜，教会所属学校和医院逐一被控制、被接收、或被迫关闭。由于英国、加拿大宣教师在1940年被遣返回国，台湾教会被迫全面「自立」，却无法跳脱台湾总督府的控制。1943年2月25日台湾基督长老教会被迫在彰化成立「总会」，1944年4月29日更和其他教派一起被