现的澎湖原人之生存时代则距今约45万至19万年前。新石器时代（始于纪元前5,000年）以后的史前文化普遍认为属于南岛语系民族。主要的文化有旧石器时代的台东长滨文化、苗栗网形文化、台南左镇人以及新石器时代的大坌坑文化、台北圆山文化、营埔文化、台东卑南文化、台北十三行文化。而马来-玻里尼西亚语族在也于13世纪以前就存在于台湾岛上，这些原住民族分佈于台湾全岛，属于南岛语系。台湾原住民的缺齿、纹身、口琴、卉服、织贝、腰机纺织、、亲族外婚、亲子连名制、年龄分级、老人政治、鸟占、猎首、灵魂崇拜、室内葬等特征，都属印度尼