各支流自东、西部的山地呈羽状向其汇集。赣江自西南的万安县入境，折而向东过县城南面，再向东北流入吉安县，将县境分为河西、河东两部分，境内流程59.1公里，古代因“水流澄澈”而被称为“澄江”。各支流自东南方向起，按顺时针方向依次为右岸的仁善河、仙槎河、珠林江（云亭河）、东沔河、（珠林江支流，又名水槎河）、左岸的蜀水、灉水（牛吼河）、六七河（㴩水支流）、禾水。境内无面积较大的天然湖泊，主要湖泊均为人工水库，包括南车水库（又名白鹭湖）、老营盘水库、洞口水库、缝岭水库、芦源水库等。
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