二次世界大战爆发前，德国和法国的领空关闭，瑞航飞往阿姆斯特丹、巴黎和伦敦的航线被迫停航。当时瑞士航空180名员工中有131人参军。战争期间，一些航线重新开通，如飞往慕尼黑、柏林、罗马和巴塞罗那的航线。1940年，由于对侵略的恐惧，瑞士航空临时将总部迁至提契诺州的马加迪诺。1944年8月，由于瑞士航空一架DC-2在斯图加特被炸毁，瑞士航空不得不暂停运营。1945年7月30日，瑞士航空的商业航空业务宣告恢复。
发展.1947年，股东资本增至2000万瑞士法郎，这使得瑞士航空开通长程