据《大学士穆彰阿等覆奏审拟郭洸侯一案供情折》，可知穆彰阿在反覆讯问后，发现了诸多疑点，如：对于这些疑点，穆彰阿透过先后讯问各个参与者，将其证词交叉比对，并辅以刘韵珂派人到台湾当地，所讯问出的情事，逐渐拼凑出真相，发现是原先负责审理洪协的台湾镇总兵昌伊苏、台湾道熊一本及台湾府仝卜年，因为洪协等人先后供称郭光侯为其同伙，且在昌伊苏带兵剿匪时皆在郭光侯所在村庄附近，郭光侯又始终抗官不出，因此有此错误判断。故穆彰阿最后得出：「以上各情，均经臣等虚衷研鞠，反复推详，郭洸侯之谋逆，全无凭征，未便率行臆断，致滋寃抑