，再任密云县令，丁艰归。四十年起复任山西长治县令。因政绩卓着，万历四十一年（1613年），擢礼部祠祭司主事，歴员外、郎中，升陕西洮岷兵备副使、布政司参政、山西按察使。丁父丧，服阕，复除山西按察使，备兵怀来，寻升布政使、右佥都御史、巡抚宣府，上疏请建魏忠贤生祠。崇祯即位，擢兵部右侍郎，移左侍郎，又署掌京营戎政。崇祯元年（1628年），加兵部尚书，寻以爲魏忠贤建祠事免官，同年五月病故。着有《抚宣奏议》9卷，诗、文各1卷。弟秦士桢，天启二年（1622年）壬戌科进士，官高邮州知州。