为此案很可能非贪污，检调单位调查有问题，并要求法官公正判决。2011年8月30日，台北地方法院宣判安亚专案外交机密款一案，邱义仁、前外交部次长高英茂均无罪。法官于判决书指出：2012年6月，台湾高等法院再审理认定，台湾加入世界贸易组织后，希望世界贸易组织秘书长苏帕清协助中华民国排除中国借机矮化台湾，该外交款项确实运用在中华民国为确保参与国际组织时名称不遭矮化，属公款公用，无贪污事证，仍判两人无罪。邱义仁辩护律师高涌诚痛批，高院再判无罪，凸显特侦组的起诉草率，将在本案无罪定谳后，针对邱义仁遭羁押部分，