西秦更始元年（409年），复国，河州仍领六郡。永康元年（412年），攻佔南凉凉州三河郡，改属河州。后析置西安郡。建弘七年（426年），在兴晋郡境内侨置南安郡，属河州。永弘三年（430年），河州为吐谷浑所攻佔。
北朝.北魏孝文帝太和十六年（492年），改枹罕镇为河州，领三郡：武始郡、洪和郡、临洮郡，治枹罕城。北魏孝明帝时，复置金城郡。至此，河州领四郡，治金城郡大夏县枹罕城。西魏、北周时，分金城郡置枹罕郡，省洪和、临洮二郡。至此，河州领三郡：枹罕郡、金城郡、武始郡，治枹罕郡枹罕县