埃及连同大多数北非国家，支持中华人民共和国取代中华民国的「中国」席位，即《联合国大会2758号决议》。1997年5月，埃及与其他10个国家先后在世界卫生大会全会中，发言反对中华民国以参与世界卫生大会。
签证.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。持中华民国护照的中华民国公民可于抵达时办理落地签证入境，停留最多30天；抵达埃及主要国际港口时，也可申办落地签证。持埃及护照的抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多30天并不得延期。Secti