莱顿（Leyton）注意到了他的潜力，并将他提升为少校，成为星舰上的高级军官。
沃尔夫359战役.西斯科后来在联邦星舰萨拉托加号（USS Saratoga）上担任大副，珍妮弗和杰克也和他一起住在舰上。2366年，一个博格方块突入星际联邦腹地。萨拉托加号和另外39艘星舰在沃尔夫359和博格人交战，结果星际舰队惨败，包括萨拉托加号在内的39艘星舰被击毁。西斯科和杰克成为了少数幸存者，但珍妮弗在战斗中身亡。
调任.沃尔夫359战役后，西斯科被委派至火星的乌托邦造船