仅有的两个行政区划，即金门县与连江县（马祖）。宗座署理由台北总教区总主教兼任。辖有2处堂区，各位于金门与马祖南竿。
沿革.金门、马祖两地原分属厦门教区与福州总教区管辖，国共内战爆发导致1949年两岸分治后，金马两地遂各自与原属的教区分离。为了方便统辖教务，圣座于1968年9月25日成立金门、马祖宗座署理区。首两任宗座署理由中国大陆避战来台的外籍主教担任，后固定由台北总主教兼任宗座署理职务，天主教金门、马祖宗座署理区宗座署理公署亦与台北总主教公署合署办公，实际的教务则由当地副主教主理