粪便微生物移植（），亦被称为粪便移植，是一种医学疗法，透过转移健康捐赠者的粪便细菌到病人身上来达到治病的目的。粪便转移有助恢复肠道菌落的平衡。本疗法可透过灌肠、胃喉或口服胶囊施行。有相当数量的研究证实粪便移植有助治疗受艰难梭菌感染的病人。此类病人的严重程度可以由腹泻到伪膜性结肠炎不等。随着艰难梭菌感染肆虐北美洲和欧洲，医学界日益关注粪便移植疗法。有些专家更唿吁把本疗法当作治疗艰难梭菌感染的一线疗法。2013年一项随机对照临床研究发现，粪便移植对治疗复发性艰难梭菌感染的病人功效极佳，而且比单纯採用万古霉素治疗