变更为福建协和道学院。1938年，学制改成5年，招生条件仍为初中毕业生。抗日战争中，该校迁往闽北山区，胜利后仍迁回仓山。1946年福建协和道学院与福建协和大学、华南女子文理学院合作，该校改为大学程度，校名变更为福建协和神学院。1952年该校并入南京金陵协和神学院。