里不哥和忽必烈争夺汗位的战争中遭到毁灭性的打击。1306年，察合台汗国分裂，喀什成为东部汗国首都，1387年，东部汗国首都北迁伊犁。1392年，喀什被帖木尔帝国侵佔，1432年被收复。1466年后陷入长期战乱，成为杜格拉特氏族属地。1514年后属叶尔羌汗国。1680年，喀什的伊斯兰教白山派领袖阿帕克和卓引导蒙古准噶尔汗噶尔丹进军叶尔羌，叶尔羌汗国成为附属于准噶尔的傀儡政权。策妄阿拉布坦继任准噶尔汗后，将天山以南置于准噶尔汗国的直接统治之下。1757年，清朝平定阿睦尔撒纳，灭准噶尔汗国。定北将军班第