进入上海有线02。2002年因为俱乐部合并，孙吉来到了上海申花，当年联赛就上阵27场，取得两个进球，从此奠定了主力位置。2004年的中超联赛中，孙吉在第19周的赛事主场对天津康师傅，先后于上半场攻入两球，下半场再下一城，取得三个入球，成为他的首个「帽子戏法」。2006年2月，孙吉攻入全场唯一入球帮助球队夺得沪港杯。。2006年10月，孙吉与孙祥得到荷甲三大球会之一的埃因霍温邀请，参与试练。结果，孙祥在翌年的1月被外借至该荷兰球会。而孙吉则在返国后的两个月后被澳洲球会要求加盟。在国家队方面，孙吉于