没多久王恭兵败，孙无终遣人致信桓脩求降。然而，桓脩这边厢胜利凯旋时，响应王恭的杨佺期已率军抵达石头城，当时朝中不及防备，人心惊惶。桓脩便向晋帝解说：「如今朝中除殷、桓之外，就以王恭为首，如今王恭既已破灭，这批专横的将领均惊惶失色。如今皇上若肯降诏重用桓玄，桓玄必定感到喜悦，更能出手制服殷仲堪、杨佺期，令他们一起真心归顺朝廷。」晋帝纳其意见，又以桓脩为龙骧将军、荆州刺史、假节，暂领左卫文武之镇，令刘牢之率领千人护送桓脩，并转任殷仲堪为广州刺史。不过，桓脩尚未出发，桓玄等众却于寻阳会盟，要求朝廷诛杀刘牢