1917年，中国的基督教徒与天主教徒为争取在中国宪法上享有宗教信仰自由的权利，联合创立“信教自由总会”，徐谦任会长。1918年，徐谦发起组织“基督教救国会”，并当选为执行委员。
护法运动.民国五年（1916年），袁世凯病逝后，黎元洪接任大总统。同年9月，徐谦任段祺瑞内阁司法部次长，并负有联络国会内国民党籍议员的秘密任务。民国六年（1917年）7月，孙中山发起护法运动，徐谦于7月南下广州，任护法军政府秘书长。民国七年（1918年）5月，桂系军阀操纵“非常国会”的政学系，迫使孙中山辞去