一举击溃之，加上林文荣等也在砖仔窑击溃起事群众，终于平定事件。事件后，林朝栋建议刘铭传解散起事群众，仅追究带头者的责任。而刘铭传接受其建议，并上报朝廷奖叙林朝栋，使他成为清朝唯一以道员身分受赏黄马褂者。而他的建议也得到彰化二十四庄（今彰化县花坛乡、大村乡等地）的居民感念，并于1895年赠与他「德同再造」的匾额。
西渡大陆.1894年甲午战争期间，林朝栋奉台湾巡抚邵友濂之命率领四营镇守狮球岭砲台，之后又陆续增援两营兵力，然而唐景崧接任巡抚后，又将他调回台中，而以广东来的勇兵代替。