于永禄5年（1562年）与织田信长在清洲城结盟「清洲同盟」。永禄6年（1563年）由于主公家康脱离今川家臣属同盟关系，但先得把三河统一及整顿领内诸多政务，因此家康开始进行一系列的改革，但却也因此引起寺社及三河豪族的不满三河一向一揆中，酒井忠尚等多数酒井氏其中还包括了本多正信及夏目吉信加入一揆军，而忠次则跟随家康平乱。永禄7年（1564年）攻击吉田城立下战功，守将小原镇实撤退，无血开城，战后成为吉田城城主。自此忠次成为旗本先手役和「东三河旗头」统领三河东部的松平家国人（西三河为石川数正）。永禄12年（