为巽他群岛的云豹和亚洲大陆的云豹已有百万年的生殖隔离史，因而将巽他云豹提升为独立物种。早在冰河时期，婆罗洲和苏门答腊的巽他云豹就因为地理原因而分隔开来，长期的演化使得两地的云豹发生了遗传学上的差异，以及头骨和牙齿等细节部位的形态学上的差异，形成了两个亚种：婆罗洲云豹和苏门答腊云豹（"Neofelis diardi diardi"）。
保护等级.2008年国际自然保护联盟基于其种群数量持续下降，而将其状态评估为濒危。