新田义贞亦派军攻打三河国的足利领。1336年1月24日足利军于箱根竹之下之战击败新田义贞，并于同月进入京都，拥立光严上皇即位，后醍醐天皇在足利军抵达前退往比叡山。并集合新田义贞、北畠显家和楠木正成一同于1月30日反攻京都，于千田庄之战大败尊氏，尊氏逃往丹波国篠村的八幡宫，并下令各国援军支援。2月10日，建武军于摄津国大败足利军，尊氏向西逃向播磨国室津，经山阳道逃向九州。建武政府成功控制畿内全境，足利有效统治区域仅余下关东、中国等地，各地源氏武家转向中立。1336年4月13日，足利尊氏在多多良滨之战击败尊皇派