自己随和东京一起毁灭。三人从金刚神界回到新宿后，发现这里已经是核弹破坏后的第30多年。新宿现由当初的黑社会头目小泽统治，Chaos Hero为获得力量选择与恶魔合体，并在复仇后离开队伍。东京现由宣扬Law的弥赛亚教和信奉Chaos的盖亚教分别控制。在涩谷，主人公救下了一名被弥赛亚教视为救世主的女孩，发现她正是Heroine的转世，她还保留有前世对主人公等的记忆。一行陪伴她前往品川的大教堂洗礼，然而途中Law Hero为保护主人公而牺牲。同时一行又碰到了立志成为盖亚教救世主的Chaos Hero。在品川的