率领约二十余人到南安孔庙祭孔，焚烧儒衣，向孔子痛哭发誓，说：「昔为孺子，今为孤臣，向背去留，各行其是，谨谢儒衣，祈先师昭鉴。」，郑成功投笔从戎，且他的誓词相当于公开与郑芝龙划清界线，于是率众出走金门。郑芝龙本以为降清后得保家业，加官晋爵；不料清军征闽主帅博洛背约，将郑芝龙与诸子一同挟往燕京，更出兵攻打郑家故乡闽南南安。郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居，碰上此次劫难，于战乱中自缢身亡；郑成功得知母亲死后，更加坚定抗清决心。同年八月，清军攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清军俘虏，之后绝食不屈