（1624年）春晋户部尚书，武英殿大学士，总裁《国史实录》，史称其“处逆境时，独能不阿，洁身引退。性直坦率，虽位至辅伯而家业肃然”。晚年遭李蕃弹劾，称病辞官，魏忠贤向阉党人士评论国桢：“此老亦邪人，但不作恶，可令善去。”加少师兼太子太师，晋吏部尚书兼建极殿大学士，託病归隐着书。崇祯五年（1632年）卒，赠太傅，谥文肃。
着作.着有《明史概》一百四十二卷、《大政记》三十六卷、《涌幢小品》三十二卷、《皇明纪传》三十卷、《朱文肃遗集》八册，《平涵诗文钞》二册等。《四库全书总目提要》评价：