山山麓的箱馆奉行所搬迁至五稜郭。然而，在庆应2年（1866年），江户幕府在城池建成后仅两年，随着江户开城而灭亡，五稜郭由接管一段短时间后，在箱馆战争中遭到旧幕府军佔领，并且成为其根据地。进入明治时代后，城内除了一栋建筑物外其余全数被拆除，并且改建为大日本帝国陆军的练兵场。其后在1914年改建为五稜郭公园，并且对外开放，自此成为函馆市民的休憩地方和代表函馆的旅游景点之一。五稜郭获日本政府指定为特别史迹，并且作为「五稜郭与箱馆战争的遗构」而入选。与此同时，五稜郭是由文化厅管有的国有财产，由其授权予函馆市，并