多重聚合酶链式反应（, Multiplex PCR）是指利用聚合酶链式反应同时扩增几个不同的DNA序列（就像在一个反应中执行许多单独的聚合酶链式反应一样）。该过程使用多个引物和热循环仪中的温度介导的DNA聚合酶扩增样品中的DNA。必须优化所有引物对的引物设计，以便所有引物对可以在PCR期间在相同的退火温度下工作。1988年，多重PCR首次被作为一种检测肌营养不良蛋白基因缺失的方法出现。它也已与甾族硫酸酯酶基因一起使用。 2008年，多重PCR技术用于分析微卫星和SNP。多重PCR由单一PCR混合物中