MS-MS检测器的分析时间是不到1分钟，而使用UV检测器要超过10分钟。
蛋白质组学/代谢物组学.LC-MS也用于研究蛋白质组学。在蛋白质组学中，人们遇到的也是要在复合混合物体系中检测出某些组分并用某种方法确定其详细结构。用于蛋白质组的自下而上（bottom-up proteomics）的LC-MS方法一般涉及蛋白酶解消化和变性（通常，选用胰蛋白酶进行酶解消化，用尿素将三级结构变性，用碘乙酰胺给半胱氨酸“戴帽”，最后，用LC-MS肽质谱指纹区（peptide mass finger