主圆仁和第5代天台座主圆珍的佛教解释互异，造成日后二派冲突，圆珍派下山入三井寺。之后、留在比叡山的圆仁派称作山门派、入三井寺的圆珍派称作寺门派。
教义.山门派以法华经的圆教为中心，提倡圆・密・禅・戒的四宗兼学，天台寺门宗是加上修验道的圆・密・禅・戒・修验之五法门。以此法门达到「显・密・修验三道鼎立」的目标，以「上求菩提下化衆生」。