府以下设立所谓“要港”，以统筹港务、航运等事宜，并配置鱼雷艇队（）进行警备。同年6月，时军令部长挑选了11个候选地，向时任海军大臣西乡从道提出申请，但遭到了驳回。这最初的11个候选地，分别为：鸟羽（三重县）、女川（宫城县）、宇和岛（爱媛县）、竹敷（长崎县对马）、若松（长崎县五岛列岛）、鹿儿岛（鹿儿岛县）、久慈（鹿儿岛县奄美大岛）、马关（山口县）、岛前（岛根县隐岐群岛）、七尾（石川县）、函馆（北海道）。1893年（明治26年）5月20日施行的镇守府条例修订案中，在镇守府的职能下增加“军港要港的防御”，