十七年（1644年），三月封宁南伯，北京城破，崇祯帝自缢，左良玉尽出己掳掠所藏金银财物，价值二三万金，散给诸将，才稳住军心。弘光帝立，晋升为宁南侯。弘光元年（1645年）李自成的大顺军被清军在西北击败后南下。左良玉为了避战，借机南京崇祯太子案爆发，以「奉太子传国密诏」、「清君侧」为名，传檄讨马士英、阮大鋮，领兵顺江东下。临行之时，下令在武昌屠城。四月初一日，良玉至九江，已是久病之躯。左良玉军在九江被江督袁继咸拒绝进城。左军勾结一些袁军在九江城内放火。袁被迫出城，左邀袁到舟中相见。三日后初四日左病死。后东林党