7年，国家文物局拨专款，对河姆渡遗址进行了第二轮大规模发掘。参与此次发掘的除了浙江省级文物考古机构和宁波、余姚的文物机构外，还有来自杭州、温州、湖州、嘉兴、绍兴、衢州、丽水等省内多个地区的考古工作者。来自中国科学院考古研究所的考古学家杨鸿勋、苏秉琦以及北京大学教授严文明亲抵发掘现场指导发掘。这次发掘共打开探方20个，发掘面积2000平方米，发现大片木构建筑遗迹，墓葬27座，灰坑29个，出土各类文物6197件，进一步丰富了研究者对遗址内涵的认识。
分期与年代.河姆渡遗址的堆积厚度为4