他的实验室致力于从各种细菌中筛选分离杀菌成分。因后来他发现了链霉素和其他抗生素，被称为“土壤之人”。一般认为是瓦克斯曼最早使用“抗生素”这一新名词。
链霉素.1943年10月19日瓦克斯曼实验室成功分离链霉素。是由他的研究生艾伯特·沙茨分离的。瓦克斯曼随即与马约诊所（Mayo Clinic）的医生合作首先将链霉素用于治疗肺结核病人。这是当时的第一个有效治疗肺结核的药物。链霉素的应用大大地减少了死于肺结核的人数。
诺贝尔奖.1952年的诺贝尔生理学或医学奖颁