作中，有多个国名，其意均为“蒙古国”。近代多称“叶尔羌汗国”，中国学术界普遍接受并使用这一名称。欧洲史学家根据其早期统治中心在喀什噶尔，因此称为“喀什噶尔汗国”。波斯人则因其国是由成吉思汗后裔（蒙兀儿人）建立，因此称为蒙兀儿汗国。因为后来很多大城市由吉利吉思人管理，因此叶尔羌汗国有时被称为吉尔吉斯汗国。
历史.14世纪，今新疆南部的突厥化蒙古人大部分皈依伊斯兰教，融入到当地的突厥语系民族，成为现如今维吾尔族的四大族源之一。叶尔羌汗国信奉伊斯兰教，苏非派的势力很大。速檀赛德曾经想