籍官员派驻进入旧政府，替代原英籍官员。内陆地区则多交予当地警员和村长管理，由日方监督。当地的马来人大抵接受日本的统治权，亦有部分土着部族因政府之义务劳动、食品征收、枪枝没收等差别政策主张反抗，包括伊班族、卡扬族、肯亚族、加拉毕族和伦巴旺族等。但日本占领砂拉越后，许多华人自城区迁往内地，避免与日本人打交道。对于华人，日本採取趋于放任的态度，因当地华人大多不关心政事。
第二次世界大战以后.1942年6月，盟军设立Z特种部队以破坏日军于东南亚的军事活动，而盟军大规模性反攻直至1945年才