任教师、教务长和总务长，后来更出任武汉教区秘书长及教区房产管理委员会主任，期间也曾短期赴比利时、香港等相关神学院进修，2000年11月赴广州教区服务至今。2007年十月其母亲病逝。广州教区前任主教林秉良2001年逝世后，甘俊邱于2006年10月获选为主教候选人，在次年一月时就已获得梵蒂冈的认可，十一月北京的中国天主教爱国会才批准广州教区的选举结果。2007年12月4日在广州石室圣心总主教座堂举行隆重的祝圣仪式，自此甘俊邱正式担任广州教区主教。甘俊邱本人在接受外国媒体和香港媒体採访时，多次重申致力改善中梵