圣神由父分出（东正教不认同和子说）、自由意志、神圣预定、称义（释罪）、圣礼/圣事的数目、洗礼（正教会的“全部浸在水里”相对于马丁·路德的“用撒或是淋水”）以及是否要如同正教派的“在洗礼后马上施行圣油礼和圣餐礼/圣体圣事”，圣餐礼变动的意义以及使用未发酵的面包，教会和大公会议的无错误，崇敬，盛宴，对圣者、圣者塑像和遗物的祈祷，斋戒和其他教会的传统。这些分歧使两者在基督教合一运动中无法更加密切联系。某些较现代主义的新教教会对于东正教会则是保持憎恨的态度，因为新教以及宗教改革追求"恢复到最初的教会"，可是东正