苏益格战争期间，基尔和石勒苏益格和荷尔斯泰因其余部分被奥地利帝国和普鲁士王国联盟征服。战后基尔短暂地由奥地利人和普鲁士人共同管理，但1866年的普奥战争导致基尔在1867年被普鲁士吞并。1865年3月24日，普鲁士国王威廉一世将普鲁士的波罗的海舰队基地从但泽迁到基尔。1871年，普鲁士国王威廉一世成为德意志帝国皇帝，他选定基尔和威廉港作为"帝国战争港口"。由于担任德国主要海军基地，基尔的城市规模迅速增长，从1864年的18,770人增加到1910年的20万人。旧的市中心及周边地区大部分被夷平重建。基尔也