改组为智慧财产局及标准检验局。1999年7月，配合精省作业，台湾省政府建设厅、物资处、水利处、台北水源特区管理委员会、矿务局等省属机关归併经济部，经济部设置第二办公室及中部办公室。2002年3月，整併水利处、水资源局及台北水源特区管理委员会，成立「水利署」。2004年7月，能源委员会因业务调整需要，改制成立能源局。12月31日，《经济部公报》发行第36卷第36期并宣布停刊。2010年2月，修正《行政院组织法》，拟将经济部改制为「经济及能源部」。未来经济及能源部主管事项为工商产业、贸易及能源等