博、魏征等人，常与之发生争执。太宗以房玄龄等人在玄武门之变中功高，将萧瑀斥退归家。但不久又复任尚书左仆射，赐实封六百户。与侍中陈叔达在太宗面前争吵，以大不敬免职。一年后，授晋州都督。再一年后授左光禄大夫，兼领御史大夫。贞观六年（632年），罢御史大夫，授特进，行太常卿。九年（635年），复令参预政事。唐太宗对萧瑀在武德年间多次在李渊面前为自己辩护，因赐萧瑀诗曰：“疾风知劲草，板盪识诚臣。勇夫安识义，智者必怀仁”。贞观十七年（643年），与长孙无忌等二十四人图形于凌烟阁。同年晋王李治被立为皇太子，萧瑀拜太