太庙在当时的齐化门（今朝阳门）内，社稷坛在平则门（今阜成门）内，虽然也是设在大内宫城的左右，但离皇城较远。祭祀社稷的活动各朝也不尽相同，分为分祭和合祭两种方式。明朝以前的社稷坛“社”“稷”分开建坛，祭祀行礼也是分开的。南京社稷坛最初也是东西对峙，到明洪武十年（1377年），太祖朱元璋认为“社”“稷”固不可分，故让礼官奏议，合社稷共为一坛。遵照洪武十年以后的制式，北京社稷坛按照社稷合为一坛修建，即是今天人们所见的形制。据明代的史料记载，社稷坛在明代先后有3处：