1206年，成吉思汗统一漠北蒙古，建立大蒙古国。1211年，蒙古军南下进攻金国，四五年后即取得了当时金国控制的内蒙古中部、东部。1227年，蒙古军征服西夏，夺取了今内蒙古西部。元代，内蒙古具有重要的政治、军事地位。1260年，忽必烈在开平（今钖林郭勒盟正蓝旗）登基，将蒙古帝国首都选在开平。迁都燕京后，开平改为上都，成为元代政治中枢之一。元朝皇帝春夏驻上都，秋冬驻大都，元朝政府一些重要部门在上都设有分支机构。皇帝巡幸上都时，上都配备完整的中央机关，主要官员也随皇帝在上都办公。在忽必烈之后，元成宗、元武宗、元文