况说法不一，有学者认为此阶段的京师大学堂只是一所旧式的书院，以经史教育为主。但也有学者查找当时的媒体报道，认为京师大学堂注重西学，并非以经史教育为主，是中国第一所新式大学。1898年京师大学堂设立的藏书楼，是中国近代最早的新型图书馆之一。1900年，义和团运动爆发，京师大学堂遭到破坏。1900年8月3日，清廷下令停办京师大学堂。八国联军进入北京后，京师大学堂再次受到毁损。
重开 （1900－1912年）.1902年1月10日，清政府委任吏部尚书张百熙为管学大臣，“责成经理”京师大学