客场挑战川崎前锋，远藤保仁在比赛第79分钟打入一粒进球，帮助球队最终以4-2的比分战胜对手夺冠。2006年10月，远藤保仁被确诊病毒性感染病毒性肝炎并休战，于2006年12月2日的联赛中复出。2007年11月3日，大坂飞脚在日本联赛杯决赛中击败川崎前锋首次获得联赛杯冠军，远藤保仁在比赛中首发出场。2008年6月底远藤再度被确诊感染病毒性肝炎。10月至11月，在亚冠联赛半决赛和决赛的四场比赛中，远藤保仁四次出场打进三球，帮助大坂飞脚成功捧杯。赛后远藤保仁当选亚足联冠军联赛年度最佳球员并获得亚洲足球