代表权问题，与绝大多数中东及欧洲国家一样，支持中华人民共和国取得「中国」席次。2001年、2005年，中华民国外交部长田弘茂、陈唐山先后访问土耳其。2018年2月3日，台北市长柯文哲率团访问土耳其，成为首个到访该国的台湾县市首长。在抵达第1大城伊斯坦堡后于饭店接受土耳其政要宴请。因为台湾在叙利亚难民问题上给予土耳其很大的协助，因此晚宴上该国执政党国会议员表达感谢，桌上还并列中华民国国旗与土耳其国旗。由于土耳其政府计画在台北市捐赠一座清真寺，相关细节的商谈也是此行出访的重点。4日，参访台湾佛教慈济基金