度辛劳，服药无效，崩逝于紫禁城内，享年五十六岁。谥号孝端皇后。自立后起正位中宫四十二年（1578年-1620年），颇有慈孝的美名。是中国历史上在位时间最久的皇后。关于皇后的葬仪，明神宗传召礼部葬礼查优厚先例办理。在明神宗之前，明朝皇后中只有明太祖孝慈高皇后马氏、明成祖仁孝文皇后徐氏、明世宗孝洁肃皇后陈氏、孝烈皇后方氏这四位死于皇帝之前，而前两位已时代久远。礼部后上表参照明神宗祖父明世宗的孝烈方皇后的葬礼办理，葬入定陵。四月二十二日，礼部上疏，请因大行皇后崩逝，派人向各省发讣告，明神宗不曾理会。四