导人顾顺章、向忠发相继叛变后，邓颖超协助周恩来和中共机关度过了危险；两人又先后辗转到达了江西瑞金。1931年底，周恩来进入瑞金后即出任中共中央的重要职务。邓颖超半年后来到瑞金，就主动淡出了领导层，默默支持周恩来工作。在瑞金期间，邓颖超历任中共中央局秘书长、中共中央政治局秘书、中华苏维埃共和国中央执行委员、中央机关总支书记等职。1934年，她带病随部队参加长征。
抗日战争时期.在到达陕北后，邓颖超又先后出任中央机要科科长、中央白区工作部秘书、中华苏维埃政府西北办事处内政司法部秘书