随即以才能调任福州府侯官县知县，宁德县人为毛协恭立祠、碑于学前街。于侯官县拒绝餽赠、革除耗羡、多有惠政。十六年（1643年）春季，清兵入塞攻略畿辅，福建巡抚张肯堂勤王，毛协恭募兵二千人前往隶属张肯堂。十七年（1644年），勤王军退兵后获举荐入授监察御史，尚未赴任，流寇张献忠部已攻破江西袁州、吉州，转攻赣州以窥探福建；毛协恭对张肯堂进言：「杉关，入闽门户，关固，贼不能越邵武而南。请厚集兵守之。」两个月后，张献忠军转往四川使福建危机暂解，而李自成攻陷京师畿辅西侧地带，崇祯帝下诏勤王，毛协恭与张肯堂再度募