九百六十多万的佣金，军方却任由黑幼明上下其手。1998年10月，第二次辜汪会谈，康宁祥随辜振甫团前往中国。然而到达北京时，中方却临时决定，江泽民不方便见他。最后康宁祥在海基会国际记者会上，发表〈给江泽民先生的建议公开谈话〉，除书面资料外，并由随团的蔡英文当场以英文翻译给国际记者了解。民国90年(2001年)，荣膺第一届国立台北大学杰出校友。
陈水扁政府时期.民国91年(2002年)，出任国防部副部长，2003年出任国家安全会议秘书长，于陈水扁总统时期曾任总统府资政。