者马宗梿之孙，马瑞辰幼子，经学世家。马宗梿、马瑞辰都以治经学着称。马三俊初学陆王心学，又师从方东树，学习程朱理学。他性情沉毅，负侠气，喜饮酒击剑。咸丰元年优贡，举孝廉方正制科。着有《马征君遗集》。太平天国战争爆发后，太平军进取皖南，马宗梿与诸生张勋办团练乡兵抵抗，守桐城。咸丰四年战死在周瑜城。