炎、僵直性嵴椎炎、、皮肌炎和多发性硬化症。过去自体免疫性疾病经常以类固醇治疗，近年随着对疾病及病因的新认识，亦开发出针对不同免疫目标的标靶治疗或生物制剂。
历史.在19世纪后期，人们认为免疫系统不会与自已身体的组织起反应。保罗·埃尔利希在20世纪初提出「恐怖的自体毒性」（horror autotoxicus）的概念。埃尔利希之后修改他的理论并提出自体免疫攻击组织的可能性，但是他相信某些先天的保护机制将阻止自体免疫反应进一步致病。在1904年，这一理论受到挑战，在阵发性冷血红素尿