1847年3月，哈巴安德与花莲治（John Booth French）转往广州，将澳门的学校迁往广州故衣街（1856年停办），这是广州最早的新式学校。次年成立广州中会。1854年嘉约翰到广州后，哈巴安德停止行医，专心从事教育活动（嘉约翰在1859年接办公理会伯驾医生创办的博济医院）。长老会在广州的传教事业一度中断。1860年，哈巴安德重返广州，1862年建立一支会（逢源堂前身），1872年建立二支会（仁济堂前身），1881年建立三支会（中华堂前身）、四支会（双门底福音堂），1891年建立五支会（芳村堂前