1950年，去“国立”二字，改称“南京大学”，梁希任校务委员会主席。中华人民共和国成立后，梁希应周恩来的提名出任中央人民政府林垦部部长，心理学系主任潘菽接任校务委员会主席，1951年7月改行校长制后任校长。1952年，该校在中华人民共和国实施的院系调整中与金陵大学等校有关院系合併调整，成为南京大学、南京工学院、南京农学院、南京师范学院、华东水利学院、华东航空学院、南京林学院、第五军医大学。在这一时期，南京大学进行了小规模的院系调整。1949年，边政系和南京的国立边疆政治学院、东方语言专门学校合并