会覆盖在基岩基底上。生物会分泌酸性物质（多半是）来让岩石分解。像地衣、苔藓和种子植物以及很多化学反应会让早期土壤的化学组成更加的多元化。一旦风化作用及分解作用的产物开始累积，连贯的土体让流体可以在垂直向和横向通过土壤剖面，让固体、液体、气体之间可以进行离子交换。随着时间的演进，土壤层的整体地球化学情形会和一开始基岩的成份越来越不同，其成份会反映在土壤中发生的化学反应。
矿物风化及解体.土壤的形成源自大气中碳酸和生物形成的酸性物质对硅酸盐矿物的化学风化。碳酸透过碳酸化作用于大气及土壤