王三元为中国清朝武官官员，本籍陕西。行伍出身的王三元于1700年（康熙39年）奉旨接替陈国任，于澎湖群岛担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海崃的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。