过程中的合子后生殖隔离有重要的地位。
理论概要.在双套染色体的生物中，每个个体在每个基因座上都有两个等位基因，但通常一次只会有一个等位基因会发生突变。这表示单一基因座很难产生合子后生殖隔离，因为当一个等位基因发生突变，该个体的适应度会下降，于是天择将该突变从族群中移除。举例来说，有个族群中所有个体的基因型都是AA，如果要产生合子后生殖隔离，必须产生一个aa基因型的族群，并且让Aa的适应度低于AA和aa。但是从AA变成aa的途中必须先产生Aa，而因为Aa适应度较低，会马上被天择移除，