。当用户开始进行支付时（访问到pay.12306.cn），中国铁路客户服务中心则会向用户出示一份Verisign签发的有效证书，但这只能保证用户在支付时的安全。2017年12月12日，余票查询页面的域名（kyfw.12306.cn）改为使用DigiCert签发的证书，非强制启用HTTPS的首页仍然使用自签名证书。目前，全站均已使用DigiCert签发的证书。
稳定性.中国铁路客户服务中心网站的稳定性曾广遭诟病，如运行期间多次出现“服务器忙”等提示，甚至几度宕机。中国大陆“乌