沐叡是沐昌祚之子，沐朝弼之孙。万历二十三年（1595年），沐昌祚因病，请求朝廷将黔国公爵位让沐叡继承，明神宗允许沐叡为都督佥事总兵官，镇守云南。万历三十五年（1607年），武定府土酋阿克叛，攻打会城，胁府印而去。万历三十七年（1609年）九月，沐叡和云南巡抚陈用宾被逮下狱，沐昌祚复理镇事。不久沐叡死在狱中。夫人宋氏，其子沐启元。