交通.省道台3线俗称「内山公路」，是台北至屏东的内陆纵贯干道，大致以东南—西北走向转东北东—西南西走向再转东北—西南走向蜿蜒经过上公馆地区，向东可经下公馆前往横山、关西、龙潭等地，向西南可前往北埔、峨眉、三湾、狮潭等地。县道122号又称「南清公路」，是南寮至五峰土场的道路，大致以北北西—南南东走向两度经过上公馆地区东北部，随后转纵向又再度经过上公馆地区东部。由该道路向北可前往竹东市区、国道1号新竹交流道、新竹市区、南寮等地，向南可前往上坪、五峰、土场等地。