原本此地区的主城是位于唐子山山顶的国府城，1602年藤堂高虎位方便发展城市，决定建新城，1604年完成，成为今治藩的政治中心，由于今治在当年以是海上交通要冲，为有效利用此一重点，决定直接将海水引入城旁，也成为此城的特色。1609年，藤堂高虎取得伊势国津城新领地，今治城改由其养子藤堂高吉负责。1635年藤堂高吉改封至伊贺国名张，今治藩改由松平定房负责，松平氏也一直负责今治城直到明治时代。