及军事的长官称为「总督」，正式官衔为「兵部右侍郎兼都察院右都御史，总督某地等处地方，提督军务粮饷」，尊称为「督宪」、「制军」、「制台」等，官阶为正二品，但可通过兼任兵部尚书头衔高配至从一品。有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。此外明清也有河道总督、漕运总督等专管某项政务的总督官职。在明末，有内阁大学士头衔者称为督师；惟督师并非正式官职，亦非有内阁大学士头衔者专属，如王之臣在辽东经略任内仍称为督师，，同样的情形亦发生在督师三边的杨鹤、督师七省的卢象