舍尔出任巴塞尔足球俱乐部主教练，并与俱乐部签订了一份为期两年的合同。在他的治下，巴塞尔连夺2016年和2017年的，以及2017年的瑞士杯冠军。2017年4月，俱乐部管理层宣布将自2017-18赛季起任命新的主教练。2018年6月1日，费舍尔被德国足球乙级联赛俱乐部柏林联盟聘为新任主教练，他的合同一致持续至2020年止。2019年5月27日，他率领柏林联盟成功升入德甲联赛。