月，南也门爆发内乱，他被反对派推翻，流亡北也门。1994年参与也门内战，欲重建南也门，但失败。2011年也门反政府示威中他作为反对派，成为17人被任命为过渡委员会委员之一，参与推翻阿里·阿卜杜拉·萨利赫总统的统治。2015年2月，胡塞运动占领首都萨那，政府崩溃，穆罕默德被推为总统委员会主席，名义上负责领导政府。