其后，关原之战爆发时，忠政奉家康之命留守江户城。战后，由于其父亲元忠的战功，忠政获加封至陆奥10万石。庆长19年、20年（1614年、1615年）先后两次爆发的大坂之役中，忠政均负责留守江户城。元和8年（1622年），最上氏遭到，忠政获加封至最上旧领出羽山形藩22万石，与妹夫主户泽政盛、女婿主等，作为德川氏的谱代大名，负责监视伊达政宗等东北地方大名。宽永5年9月5日（1628年10月2日），忠政在出羽山形（现山形县山形市）死去，享年63岁，由长子继任。