和哥特式建筑为雷根斯堡保留下了这段辉煌的历史。这段时期的一个见证就是多瑙河上的石桥，建造于1135年至1146年，这座中世纪建筑奇蹟成为了后来许多桥梁建筑的范例，也成为越过多瑙河的战略要地。1147年5月，康拉德三世从雷根斯堡发起第二次十字军东征，而腓特烈一世在1189年5月也从这里发起第三次十字军东征。1273年雷根斯堡大教堂开始建造，它与石桥一同成为了雷根斯堡城市的象征。
神圣罗马帝国的自由城市.1207年雷根斯堡被提升为帝国自由城市，1245年又被腓特烈二世皇帝赋予城市自治权