南京国民政府），余晋龢留任北京特别市市长。后来他任华北政务委员会委员。1943年（民国32年）1月，他升为华北政务委员会常务委员、并任该委员会建设总署督办。2月，他任全国筹堵黄河中牟决口委员会主任委员，3月他任全国经济委员会常务委员。日本投降后，他在天津被蒋介石的国民政府逮捕。此后他被收监，在狱中去世，去世时间不详。。