疲劳影响下，最终在决赛以两个4-6败给对手，终止去年汉堡以来的红土33连胜。6月，在法国网球公开赛寻求五连冠的纳达尔，于第四轮赛事中，意外以2-6, 7-6, 4-6, 6-7败给瑞典选手索德灵，而无缘卫冕法网桂冠。同月，纳达尔因伤退出女王盃与温布顿网球锦标赛，而他的宿敌费德勒则在7月5日决赛击败罗迪克夺冠。温布顿网球锦标赛的战果及积分形势确定纳达尔将于2009年7月6日让出保持了46周的世界第一宝座。8月，于加拿大蒙特娄大师赛复出，八强与阿根廷小将德尔波特罗交手，以6-7, 1-6遭到淘汰，卫冕失