1991年筹备成立，于2000年2月25日开放。其公共工程建设曾获得美国工程顾问协会颁发的2001年「美国国家工程杰出奖」首奖。2004年，国立东华大学与海生馆合作成立「海洋科学学院」，并成立海洋生物研究所，採「建制独立、学制合作」，成为台湾第一个学术研究中心与高等教育学府之合作模式。
参观资讯.全年无休。目前一般时段（平常日及週未）、暑假和农历过年的营运时间不一样。
争议事件.
参与中国大陆南极研究.2014年12月