确与硝化螺旋菌有同样的功能，但研究发现，一个建设好的水族箱内却未能侦测出硝酸菌的存在，但硝化螺旋菌则非常丰富。）在水族箱中，硝化菌往往附着在泸材以及底砂上，形成数种菌类共生的菌膜。除了物理过泸使用的白棉及羊毛绒之外，亦有专门用以培养硝化菌的生化棉、陶瓷环等等生化泸材，或提供较佳的水流，或提供较大的附着环境，以培养硝化菌。除了细菌外，水生植物亦能够透过转化氨及硝酸盐，去除水中的氮废物。植物会将水中的氮化物吸收并转化为身体一部分。但时，这个转化只是暂时性的，当枯萎的叶脱落，分解过程中又会将氮废物释放出来