奇欧在往后20年间把相关成员逐一刺杀，并了解众人之首为圣殿骑士团团长罗德里哥·波吉亚（Rodrigo Borgia），目的为推翻美第奇家族以佔领佛罗伦斯，从而遂渐统领意大利。埃奇欧前往威尼斯进行调查后发现波吉亚已获得另外一颗古代遗物「伊甸碎片」，并欲成为教宗以获得教宗十字（伊甸碎片「圣杖」（The Staff））以开启位于罗马西斯廷小堂圣座下之「地窖」（The Vault）。埃奇欧在伯父及刺客组织成员协助下夺得碎片，并于1499年前往罗马刺杀已成为教宗亚历山大六世之波吉亚。二人各以其「伊甸碎片」战斗，波