竞争配偶或生育后代时，这种个体会产生较多后代，因此下一代会有较多这种基因。选择包括自然选择、人工选择和性选择。自然选择源自个体对其周遭有机或无机的自然环境有不同的适应度，性选择源自择偶偏好，有些基因能帮助个体得到异性的青睐，而不见得会帮助个体适应环境。人工选择即育种是人为选殖偏好的特征。各种选择在族群遗传学上的原理是类似的，但对分子演化的影响不尽相同，因为不同功能的基因常有不同的分佈，例如性征的基因常分佈在性染色体上，因此性选择也较常影响性染色体的演化。选择可以作用在基因而非个体的层级，即使降低个体