情况在隔年1994年，大联盟改变各联盟季后赛为三分区冠军加外卡制度后，程度减少许多。
1994年—1996年.1994年到1996年这三年，巨人队的表现并不佳。1994年大联盟罢工，该年的世界大赛也被迫取消，连带也让巨人队当家三垒手麦特·威廉斯，失去打破罗杰·马里斯的单季最多全垒打纪录—罢工发生时仍剩下47场季赛，依照他当时频率完成球季的话，将可以击出超过60支全垒打。1995年和1996年，在多位重要球员受伤和低潮的影响下，巨人队以分区最后一名结束这两个球季。唯一表现耀眼的是贝瑞