盛沺所经营的声宝巨人队申请加入中华职棒但遭拒绝，于是与时任年代集团董事长邱复生一同成立台湾大联盟；支持中华职棒的阵营则推出美孚建设董事长彭诚浩为会长，造成台湾职业棒球组织的分裂。此种状态直至2003年，台湾大联盟与中华职棒合併才告结束。于2017年起将中华队之组队、训练事务交由中华职棒负责。棒协长年与中华职棒恶斗延续不歇，连国际棒总都有耳闻。
争议.然而，棒协与中职长年的不合、恶斗，以及行政成效不彰，从经典赛一连串的争议、亚运征招争议、亚运装备不足、21U球衣问题