羊肚菌含有微量的联氨或其他，但煮食后毒素会被分解，因此羊肚菌不应生食。有报导指煮熟的羊肚菌搭配酒食用时也有造成腹痛的病例。另外，还有报导指生长在喷洒过杀虫剂的苹果园中的羊肚菌可能累积了过量的铅与砷而不宜食用。
混淆.鹿花菌、皱盖钟菌等不属于羊肚菌属、但外形与羊肚菌相似的真菌合称假羊肚菌，与羊肚菌一样多在春天出现。食用假羊肚菌有时并无危害，但有时会造成严重的肠胃症状、肌肉无力甚至死亡，通常在食用过量、生食或连续数天食用时发生。假羊肚菌含有，在人体内会被分解为（MMH），后者可作用于