同学谢聪敏、以及台大政治系主任彭明敏共同讨论国际情势与台湾前途。1964年三人决定发表《台湾人民自救宣言》，主张国会全面改选、台湾前途由人民自决，这份历史文件出自魏廷朝手笔。1964年9月20日三人因此被捕并以叛乱罪嫌起诉。1965年4月8日谢聪敏被判有期徒刑十年，彭明敏和魏­廷朝各判八年有期徒刑。1970年出狱之后，魏廷朝又于1971年因台北花旗银行爆炸案被诬为台独暴力事件，与李敖等一同被捕，判处有期徒刑十年。出狱后又于1979年美丽岛事件遭逮捕。在台湾解严之前，魏廷朝一共坐了十七年三个月又七日的政治牢。