貌造成很大的负面影响。抗日战争期间，广州遭受日军的勐烈空袭，其中一架日机撞上塔尖的避雷针，撞在教堂前的沧海茶楼，后爆炸，堂内的彩色玻璃损失过半，西塔的时钟亦被震停；中华民国政府在1949年撤出广州时炸毁邻近的海珠桥，导致教堂的玻璃绝大部分被震坏；文化大革命期间，石室受到严重破坏，所有宗教油画被撕掉，剩下的部份彩色玻璃和花窗悉数被打碎，楼顶狮头排水口全用铁鎚打碎，所有经书和讲道用有跪板的长椅堆成小山在教堂里焚烧掉，石壁石柱部份被烧至爆裂，虽经数次修复但至今仍见烧焦痕蹟。文革期间，石室曾成为仓库和垃圾处理场