发现于中国辽宁省，生存年代为侏罗纪晚期。正模标本（编号CYGB-0037）是一个骨骼化石，虽然遭到严重挤压，但大致保持完整。化石发现于辽宁省西部的髫髻山组，地质年代相当于1亿6000万年前。模式种是李氏凤凰翼龙（"F. lii"），是在2010年由吕君昌等人所叙述、命名。属名是以邻近的凤凰山为名，种名则是纪念捐出化石的李先生。凤凰翼龙属于喙嘴翼龙科的掘颌龙亚科，近亲有掘颌龙、索德斯龙、抓颌龙。掘颌龙亚科的化石大多发现于侏儸纪晚期的地层，而凤凰翼龙的化石发现于侏儸纪中期的地层如同其他掘颌龙亚科，凤凰翼