渐衰落，但仍保持一定规模。隆庆三年（1569年），历经数百年历史的唐代四级木塔崩塌。明神宗万历七年（1579），地方绅士杨禹臣、党万良等捐资修塔，历时30年建成八棱十三级砖塔，高四十七米，极为壮观。清顺治十一年（1654）因地震塔体倾斜裂缝。顺治十二年、干隆三十四年、光绪十年对法门寺都做过修缮。同治元年法门寺在同治陕甘回变中受到破坏，此后重修，规模缩小了许多。
中华民国时期.中华民国成立后，法门寺驻军不断，寺院建筑大受破坏。由于天灾人祸、民不聊生，华北慈善会准备重修寺塔，以工代赈，