7月，改任辽北军区司令员。在辽沈战役中，参与指挥部队围困长春、攻克沈阳，后参加平津战役。1949年4月，聂鹤亭率部随第四野战军南下，任第四野战军兼华中军区副参谋长，参加渡江战役。
中华人民共和国成立后.1950年9月，任中国人民解放军装甲兵副司令员。但聂鹤亭在处理个人生活问题上屡有失当，又犯有不服从组织分配的错误。罗荣桓曾经亲自找他谈话，批评了他的严重错误。但在评定他的军衔时，罗荣桓还是主张授予他中将军衔。1956年1月25日，聂鹤亭被授予中将军衔，获一级八一勋章、一级独立自由勋章