厅城开始改以砖石建造城墙与四座城楼。光绪元年（1875年）台湾府分设二府，大甲以北设台北府，分淡水厅为淡水县、新竹县与基隆厅，同时竹堑改称新竹，淡水厅城成为新竹县城。十三年（1887年）设立福建台湾省，并分三府，新竹仍属台北府，同时分新竹县南部成立苗栗县。
日治时期.1895年乙未战争中新竹成为抵抗日军接收北台湾的重要据点。战后总督府将福建台湾省的3府1州改为3县（台湾府改为台中县，台东直隶州降级归台南县管辖），原府下辖的县改为县辖的支厅；台北府新竹县因此改为台北县新竹支厅管理