年由一南非病患伤口中分离的菌株。2008年，Marimon等人以基因序列分析显示其为巴西孢子丝菌、球形孢子丝菌和申克氏孢子丝菌组成的演化支之姊妹群，而将其独立为一新种。申克氏孢子丝菌、巴西孢子丝菌、球形孢子丝菌与卢艾里孢子丝菌等本属致病的物种共同组成一单系群，而墨西哥孢子丝菌的致病能力较低，只造成过零星感染个案，其亲缘关系也与前述四种致病菌较远。
环境物种.除了致病真菌外，孢子丝菌属亦有许多生长在土壤与植物材料中、不感染动物的物种，许多物种曾被当作长喙壳菌属物种的。1974年，荷兰