998年出演连续剧《龙堂》。同年，拥有马来西亚国籍的巫启贤，因未申请工作许可在台南某PUB演唱遭检举查获，因而被中华民国政府禁止入境台湾5年，此事引起各方的讨论与关注。移居台湾的巫启贤在2000年开始主持节目，先后有《音乐大亨》、《无敌星期六》（华视）、《快乐星期天》（华视）等。2000年，和恋爱多年的女友彭美君在新加坡结婚，同年生下女儿欢欢。2005年12月，巫启贤在《快乐星期天》节目单元〈艺能歌喉战〉受邀担任评审，但因对余祥铨讲评言词过于毒舌尖酸，导致余祥铨当场情绪崩溃痛哭，并疑似罹患忧