遣其就藩，都不肯赴任。现在知道陛下要迁都，马上就请留守南京。这些请陛下仔细考察他的本意。”朱棣听闻后默然不语，之后起身还宫。居住数日后，朱棣了解了所有事情，于是削汉王的两个护卫营，并安置其到乐安。次年，晋升他为翰林学士，兼任旧职。永乐十九年，改为左春坊大学士，兼任翰林学士。次年，因为辅导太子有失职被连坐，下锦衣卫狱，十天后即得释。
洪熙年间.明仁宗即位后，升杨士奇为礼部侍郎兼华盖殿大学士。当时仁宗在内阁时，蹇义、夏原吉奏事未退，其远望见杨士奇，于是对两人说：“新上任的华盖殿大学士来