后来，正觉寺被转售与清华大学当作教职员工宿舍。1970年代起，占用正觉寺的海淀机械厂（今北京长城锅炉厂）等单位又拆改了寺内的古建筑。到2002年正觉寺复建之前，正觉寺的建筑中仅余山门、文殊亭、4座配殿、26棵古树。1990年代起，正觉寺的保护受到国家文物局、北京市文物局、圆明园等单位的关注。2000年7月，寺内的25位居民被搬迁，拆除了寺院范围内非古建筑1026.42平方米。2001年底，使用正觉寺的长城锅炉厂拆迁。2002年，国家文物局、北京市文物局、中共海淀区委、海淀区人民政府启动了正觉寺的保护、修