尾吉晴担任城主，在1590年后成为石田三成的居城，并在此建立。不过在1600年关原之战石田三成败给德川家康后，本地成为德川四天王之一井伊直政的领地，井伊直政决定废弃已有超过四百年历史的佐和山城，于1603年在佐和山西方约约1.5公里的彦根山开始兴建彦根城，因此佐和山藩也被改设为彦根藩，直到19世纪末江户时代结束，本地一直都是彦根藩的领地，仅在南部有部分区域为江户幕府的直属领，并委由位于滋贺郡大津的负责管理。明治维新后，南部原先的幕府直属领的区域后改隶属大津裁判所及大津县，而原属于彦根藩的区域在187