山天文台与徐家汇天文台正式合并为“上海天文台”，其中畲山天文台的正式名称改为“中国科学院上海天文台畲山工作站”，但仍习称为“畲山天文台”。文化大革命期间，畲山天文台一度占据了畲山天主教堂的大堂。1970年，中国科学院华东分院被撤销，此后畲山天文台改由中国科学院和上海市人民政府共同领导。1984年至1985年，江南造船厂重建了畲山天文台观测室圆顶，该项目由上海建筑设计院和上海机电设计院联合设计。1987年时，畲山天文台周边新建了天文观象台和射电望远镜，其中天文观象台位于畲山天主堂之西，射电望远镜于西畲山顶东部