活佛之外，还有管家梅根登、梅香曲。该寺在智合仓活佛之下设法台、僧官、经头各1人，任期均为3年，负责宗教事务，另外设有众僧管家4人，任期1年，负责寺院的行政事务。瞿昙寺内设有时轮学院。1958年后，瞿昙寺成为青海省获得保留的11座藏传佛教寺院之一。文化大革命期间，瞿昙寺被关闭，直到1980年重新开放。 
1990年代的总体维修.1982年，瞿昙寺被中华人民共和国国务院公布为第三批全国重点文物保护单位之一。1985年，国家文物局派专人组织青海省外的施工队对瞿昙寺瞿昙殿进行落架大修。