在一星期内获超过146万次播放，原作第一卷销售额更达到动画开播前的约十倍。后续集数陆续播出后，互联网上出现诸如“看了第二话和第三话后再看第一话，看出伏笔来了”一类的声音，称赞本作的叙事技巧。撰稿人饭田一史认为，由纪依托于幻想的生存方式看起来就像虚拟现实一般，可能为御宅族生活方式的隐喻。
电影.真人电影版《学园孤岛》于2019年1月25日在日本上映。主要演员为最后的偶像成员。