亮被判处死刑，三哥伟奇被判五年徒刑，让傅伟勋的心灵受到很大的冲击，当时竹中校长辛志平特别安慰他要安心照样好好唸书。1952年夏傅伟勋于竹中毕业，之后考入台湾大学哲学系，受同学刘述先的影响，逐渐关注中国哲学。期间他自修德文，并受其师方东美的哲学及王叔岷的考据学训练，学士论文为《哲学的世界定位──雅斯帕尔斯『哲学』第一卷》。大学毕业后，因考取研究所可以缓训，于是留在台大继续攻读硕士，硕士论文为《雅士培哲学的研究》，并因刘述先的推荐，其硕论又发表于劳思光在香港主编的季刊《自由学人》。1960年傅伟勋于军中退伍