005年，兼任中央保持共产党员先进性教育活动领导小组成员。2008年，兼任中央深入学习实践科学发展观活动试点工作领导小组成员。2009年4月，明确为中央政策研究室常务副主任（正部长级）。任中央政策研究室副主任、常务副主任期间，何毅亭多次陪同胡锦涛、习近平外出调研。2013年9月，任中共中央党校常务副校长。2018年3月，任第十三届全国人民代表大会社会建设委员会主任委员，中共中央党校（国家行政学院）分管日常工作的副校长（副院长）。2020年12月，卸任中央党校（国家行政学院）常务副校（院）长职