丞空缺，李善长暂时管理御史台事务，多次向朱元璋提出建议。洪武十八年（1385年），有人告发李存义父子实为胡惟庸的党羽，朱元璋下诏免死，将他们安置在崇明，但李善长没有表示感谢，朱元璋因而怀恨在心。洪武二十三年（1390年），李善长曾想建造府宅，从信国公汤和处借卫士三百人，汤和悄悄告诉朱元璋他所听到的事。四月，应天府有百姓受株连而被发配到边疆，李善长屡次请求赦免其亲戚丁斌等。朱元璋大怒，将丁斌治罪。丁斌以前在胡惟庸家做事，他供出李存义等过去与胡惟庸互相交往的情况。于是朱元璋下令将李存义父子逮捕审讯，他们的供