改名为「台南寺」的申请。不过此一申请在经过台南县知事转送给台湾总督府之后，总督府方面认为随意更改设寺庙宇名称，恐怕会伤害信徒信仰情感，而予以否决。但在日本曹洞宗僧侣取代临济宗僧侣主持庙务后，大天后宫的香火已经受到了影响。而在提出改名申请的同一年，台湾总督府发布命令禁止台湾寺庙成为日本佛教的分寺，废止了先前日本佛教团体与台湾各庙签下的契约，曹洞宗僧侣遂退出了大天后宫，改由自原本府城三郊改组而成的「三郊组合」来接掌庙务。
日治中期的重兴与糖郊妈事件.由清代府城三郊改组而成的「三郊组