吕军亿伤人后当场被制伏，警方从他带的包内搜出行刺途中购买的中华人民共和国国旗，他扬言要在总统府升起五星红旗。另据其平日网上留言和身上的绝笔书，他自称“死得起”，此次做法是效法中美撞机事件中的中国人民解放军海军航空兵飞行员王伟；还说自己每天都收看中国中央电视台的《新闻联播》，乐见“祖国建设大潮向好”，希望习近平任内能“收回台湾”“祖国之师早日登岛”。
侦办、羁押与审判过程.吕军亿被移送法办后，经台湾台北地方法院检察署讯问后向台湾台北地方法院声请羁押，吕军亿于法院开庭时就其所涉犯之