被称为蛋白质一级结构(Protein primary structure)。 该序列由个体的遗传构成决定。 它规定了沿线性多肽“骨架”的侧链基团的顺序。蛋白具有两种类型的由沿着主链氢键的特定模式定义的局部结构的良好分类，频繁出现的元素组成：α螺旋和β折叠。 它们的数量和排列称为蛋白质二级结构(Protein secondary structure)。