任命段祺瑞为参战督办；西南军阀以恢复国会、停止进兵作为条件取消两广独立后，政府相应，公布对男停战布告，但是却造成北洋系更大的抵触，皖奉联合，威胁冯国璋，冯被迫请段祺瑞再次出任总理。王士珍见自己无用武之地，在1918年2月20日长期告病假，由内务总长钱能训兼任代总理，至3月23日正式辞职。王士珍内阁执政时还颁布了对洪宪帝制罪魁的特赦令。