为党主席宋楚瑜在两岸政策上献策，而亲民党的党章也是出自邵教授之手，并意图角逐2001年台北市南区立法委员席次，但在党内提名机制被刷掉，故此愤而离开亲民党，并重返中国国民党。致力于两岸文化交流，任台湾两岸关系发展协会理事长。2000年9月，受聘北京大学国际关系学院客座教授。2001年，获得美国富布赖特奖。2001年，任哈佛大学费正清东亚研究中心访问学者。2001年12月至2002年5月，任新加坡国立大学东亚所客座高级研究员。
代表着作.邵着作颇丰，代表性的有：