地发生恐怖袭击事件，史称911事件。这一系列的恐怖袭击事件震惊了全世界，后经过调查得出结论，该系列事件为宾·拉登领导的基地组织所为。美国再次要求塔利班政权引渡本·拉登，但遭到拒绝。同年，北约与北方联盟一起发动了阿富汗战争，将塔利班政权推翻。塔利班领导人奥马尔逃入山中，并继续领导塔利班与美军对抗。塔利班多次以奥马尔的名义发表声明。在2004年的一次电话采访中，奥马尔声称塔利班武装将会“像猎杀猪一样猎杀美军”。2006年伊拉克“统一圣战组织”阿布·穆萨布·扎卡维被美军炸死，奥马尔对其表示敬意，称赞他是“殉道者”