以酵素或其他分子作为「硬体」进行读取或修饰。举例来说，作为硬体的限制酶"Fok"I可以搭载一段具有软体功能的GGATG序列脱氧核醣核酸，再以其他的脱氧核醣核酸片段进行输入，并与软硬体复合物产生反应，最后输出另一段脱氧核醣核酸。这种类似图灵机的装置可应用于药物治疗。此外脱氧核醣核酸运算在能源消耗、空间需求以及效率上优于电子电脑，且脱氧核醣核酸运算为具有高度平行（见平行运算）的计算方式。许多其他问题，包括多种抽象机器的模拟、布尔可满足性问题，以及有界形式的旅行推销员问题，皆曾利用脱氧核醣核酸运算做过分析。由于小