为备战台北县县长选举，将陈景峻转任交通部政务次长；28日后，为民进党派系平衡问题，将陈景峻升为行政院秘书长直到2008年再度政党轮替。期间亦兼任福建省主席，为首位担任该职的民进党人。2009年曾想参选台北县县长，亦获得吕秀莲支持，但最终因改制为新北直辖市，取消选举而逐渐淡出。于2009年时应吕秀莲之邀担任她创办的《玉山周报》总主笔。
台北市副市长时期.2016年，周丽芳辞去台北市副市长职位；而后陈景峻经柯建铭推荐，以柯文哲与蔡英文桥樑的角色，接下周丽芳的棒子。2017 年，陈景