车站是名古屋市交通局所属的地下铁系统、名古屋市营地下铁东山线与爱知高速交通所属的磁浮列车路线、东部丘陵线（又暱称为「」，Linimo）之交会车站，也是名古屋市营地下铁的车库（名古屋市交通局藤丘工场）所在地。由两个不同交通系统所共用的藤丘车站拥有高架与地下混合的站体结构。与一般认知磁浮列车大都是以高架路线方式运行的作法不同，藤丘车站内的磁浮列车线月台是位在地底，反之市营地下铁所属的月台则採高架设计。
车站结构.
名古屋市营地下铁.2面2线侧式月台之高架车站