因沿线的大型新市镇相继落成，客量大幅增加，在1990年代逐渐改变为区域铁路，并翻新列车以迎合通勤化的需要，而1997年9月1日起开始冻结票价，直到2010年6月13日方进行加价。一直以来，绝大部份车程的票价比巴士便宜，虽然本地铁路服务亏损严重，不过由于罗湖站的票价甚高，足可弥补前者的亏损。新界东的快速公路网络并不完善，于繁忙时间，狮子山隧道、上水至沙田之间的九号干线；以及窝打老道及公主道一带，时有挤塞，以致东铁线比巴士有明显的时间优势；只有途经城门隧道、大老山隧道、青沙公路等较铁路直接的巴士路线可与东铁