阿古斯汀·德·伊图尔维德征服。莫拉桑此后转入地下活动，参与了中美洲1823年摆脱墨西哥统治的运动。1824年，其叔父狄奥尼西奥·德·埃雷拉建立独立的洪都拉斯共和国，莫拉桑被任命为共和国政府秘书长。成功摆脱墨西哥人之后，洪都拉斯、危地马拉、萨尔瓦多、尼加拉瓜和哥斯达黎加五国代表在危地马拉首都危地马拉城召开会议，议定国体。在会议中，主张联邦制的自由党人压倒了主张单一制的保守党人，决定成立中美洲联邦共和国。1825年，马努埃尔·何塞·阿尔塞在自由党的支持下当选中美洲联邦共和国首任总统，但是不久阿尔塞即倒向