行仿照美国部长制度的「高官问责制」，将原来由公务员体系政务主任出任的司长和局长职位改为由行政长官直接委任。政务司司长统领所有公务员的角色被削，由行政长官统揽大权，问责政策局长直接向董建华负责。前中央政策组顾问练乙铮认为董建华是因为与陈方安生不和，以至中央人民政府不希望政务司司长有太大权力有关。政策推行至今，政务司司长统领各局职能消失，局长间各自为政为人诟病，部份政策局权力划分未如理想，出现权责过重或过轻。政策推行不足三个月，即发生仙股事件，事缘当时的财金官员提议把港交所中股价过低的股份除牌，引发不足一元