。牠们能够在马祖存活，可能的原因是马祖过去为一处军事禁区，进入当地被限制有关。目前马祖将黑嘴端凤头燕鸥订为县鸟，并划设了一燕鸥保护区。在中国大陆和台湾的海岸仍然有发现它们的可能，通常与别种燕鸥混群生活：正在迁徙的燕鸥曾分别于1998年与2000年在八掌溪被发现。目前的监测数据表明，该物种的全球种类总量仍少于50只，在2012年被世界自然保护联盟列入全球最濒危的100个物种。澎湖县野鸟学会2014年6月份在澎湖玄武岩自然保留区的鸡善屿发现黑嘴端凤头燕鸥的行影，也是目前全世界已经确认的第3个繁殖地。2