民解放军第三〇一医院逝世，享年95岁。中央评价马万祺先生为「杰出的社会活动家，着名的爱国人士，澳门工商界知名人士，中国共产党的亲密朋友」。
纪念.去世后，澳门政府于2018年将通往港珠澳大桥澳门边检大楼的道路其中一段（黑沙环至新城A区濠江圆形地）以马氏名字冠名，命名为「马万祺博士大马路」，以兹纪念。在逝世4年后，2018年12月18日，在中国共产党主持的改革开放四十周年大会上表彰为改革开放杰出贡献人员。
爱好创作诗词.1937年已有赋诗《同仇抗敌》，并