中祥符六年（1013年）真宗欲祀太清宫，孙奭又上疏反对，指出明皇之迹不可效，并作《解疑论》。孙奭继承了“夫民，神之主也”的重民轻神的传统，对“劳民事神”的迷信活动进行批判，并建议“抑损虚华，斥远邪佞，罢兴土木”。于是出知密州。二年后，迁左谏议大夫。后任给事中。天禧年间，朱能献《干祐天书》，他复上书力斥其妄。宋仁宗即位，择名儒为侍读，命孙奭担任翰林侍讲学士，每讲至君昏国亡之事，必反复规讽。参与修《真宗实录》。孙奭奉敕与邢昺等校定诸经正义，考正《尚书》、《论语》、《孝经》、《庄子》、《尔雅》等书的谬误，用以补充