，为了区别位于国道20号（甲州街道）有少许偏离正下方的月台，售票窗口、验票口等都在车站名称前面冠以「新线」二字。管理与京王线新宿站同属京王电铁，而车站的广播和闸机的机器和标示等皆以京王为标准，但站内的内装大致与其他都营新宿线的车站类似。京王新线与东京都交通局（都营地下铁）新宿线共用站体和月台，而且互相直通运行。都营地下铁一侧纯粹以「新宿站」标示，而为了与东京都交通局直辖的大江户线车站区别则以「新宿线新宿站」表记。都营的车站编号是S 01、与京王的京王线新宿站共通的KO01。
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