于小脑深部核团。苔藓状纤维直接投射到深部核团，但是也产生了以下通路：苔藓状纤维→颗粒细胞→平行纤维→浦肯野细胞→深部核团。爬行纤维投射到浦肯野细胞，侧枝则直接输出到深部核团。苔藓状纤维和攀爬纤维携带了各自纤维特有的信息；小脑也接受多巴胺、血清素、去甲肾上腺素和乙酰胆碱的输入，可能是用于全局的调节。小脑皮质分为三层。底层是较厚的颗粒细胞层，密布着颗粒细胞，也有中间神经元，主要是，也包括和。中层主要是浦肯野细胞，在这片狭窄的区域里包括浦肯野细胞和放射状胶质细胞。顶层是分子层，包括平摊的浦肯野细胞的树突，