，海上护卫总司令部以及各镇守府等全部置于联合舰队司令长官指挥之下。4月25日，为了进一步明确指挥系统职责，提高效率，设立海军总队司令部，由海军总队司令长官进行领导，其司令部参谋由联合舰队参谋兼任。小泽治三郎海军中将接手海军总队之时，东南方面舰队、西南方面舰队移出海军总队系统，改为大本营直辖。这是因为这两支舰队的时任司令长官草鹿任一海军中将、海军中将均为小泽在海军兵学校的同期生，且均在小泽前任职。按日本海军先任者不会归入后任者指挥的惯例，两支舰队不能继续留在海军总队编制内。