于铁路管理复杂性，第四届全国人大第一次会议决定，将铁道部分离出交通部。1982年中国政府机构改革后，交通部统一领导和归口管理全国水路、公路交通的行政、运输生产和建设工作。1998年3月，第九届全国人大第一次会议批准国务院改革方案，将原由交通部代管的大连、青岛、天津、上海、武汉、广州海事法院划归人民法院系统统一管理，纳入国家司法体系；出租车管理职能下放到地方政府，而汽车出入境运输职责划入交通部管理。1980年2月4日，交通部机关设：办公厅、计划统计局、财务局、基本建设局、外事局、人事局、教育局、科学技术局