由于受到日本的威胁，葡萄牙政府拒绝了盟军的军事援助。1941年12月7日珍珠港事变后太平洋战争爆发，即使葡萄牙并未参战，盟军为了避免日军佔领葡属帝汶威胁其防线侧翼而于同年12月17日将其佔领。随后葡萄牙和英国达成协议归还葡属帝汶，但在葡军接收葡属帝汶前帝汶战役旋即爆发，日军于1942年2月佔领帝汶岛。1945年日本投降后，于9月5日将葡属帝汶统治权交还葡萄牙。
独立.1975年11月28日，东帝汶独立，但在9天之后马上就被印尼入侵并占领，1976年7月成为印尼的一个省——东帝汶（T