溪的溪水清澈，为台湾溪流生态保育最早发源地，1981年即规划有「清水沟溪鱼虾保护区」，成立「清水沟溪鱼虾保育荣生会」，从事保育区河川鱼虾自然生态，沿岸景色优美，沿线横越初乡、秀峰、清水、瑞田四个村落，保育区内蟹、鱼、虾繁生栖息溪中，其中的物种主要有鲐鱼、鲈鳗，其他鱼种尚有石宾、溪哥仔以及台湾苦花鱼等，因为清水沟溪接续到浊水溪，鱼群分布相当广泛，其分佈属于冷水性、杂食性鱼类，如台湾特有种台湾马口鱼、台湾鲫鱼等等，并设有凉亭钓鱼区，提供垂钓、露营、戏水等休憩活动。