甲组球会天水围飞马，并于2月4日对深水埗的联赛取得加盟后的首个入球，最终协助飞马以3–0获胜。在2012/13球季，吴伟超获委任为飞马队长。2012年12月25日，吴伟超与中甲球会天津松江签约两年，并成为球队队长，权健在2016年赛季先后由着名教练卢森贝高及前世界足球先生简拿华路执教后，吴伟超只在足协盃中为权健一队登场，其余时间在预备队中协助年轻球员成长，期间权健在季中有提议续约，但因为续约后可能被外借到其他球会，故吴伟超考虑后还是婉拒对方，结果权健在该季凭较佳对赛成绩取得联赛冠军。2016年12月