时重建原始状态的试图也会导致生态系统的变化。比如在伊萨尔河的支流安培河的研究证明保护被列入受威胁的普通秋沙鸭同时导致欧洲茴鱼数目的减少。同样保护鸬鹚与鱼类数目也息息相关，始终是渔人和鸟类保护者之间的争论之处。1976年人们开始在伊萨尔河三角洲重新放生河狸，从这里河狸向上游进发，有一只河狸甚至直接住在德国博物馆附近。部分伊萨尔河内的鱼受威胁，比如多瑙哲罗鱼和欧洲六须鲶，除这些鱼外主要以鳟鱼和鲈形目鱼类为主，其它鱼有杜父鱼、狗鱼、高体雅罗鱼、拟鲤、江鳕、丁鱼岁等。尤其在下游伊萨尔河拥有典型的多瑙河鱼类，