计划开山深入山地之时，道路所经之处，随时随地招抚当地“番社”，强迫使其接受汉化，胁迫其放弃以武力抗争（出草）来守护领域，若有不服招抚而抵抗者，便以强大武力征服、侵略和摧毁部落，致原住民反弹激烈；其间先后发生诱杀阿美族菁英的大港口事件、与消灭撒奇莱雅族及噶玛兰族的加礼宛战役等屠杀事件，又凌迟处死赴营请降的族长古穆·巴力克（Komod Pazik）、并当众惨杀其夫人伊婕·卡娜萧（Icep Kanasaw），花东二族在抵抗清军的持续入侵中几近灭绝。
废除渡台禁令.沈葆桢认为若要彻底落实「