为正统时没有认定他天皇的名分。直到大正时代，八代国治和武田祐吉根据实证学研究认定他曾经当过天皇，因此大正天皇才在1926年（大正15年）下诏，正式确认其日本第98代天皇的身份。
略历.长庆天皇的早期生平事蹟不明，可能曾被父亲后村上天皇立为东宫，但没有相关的史料证明这一点。1368年（正平23年 / 应安元年）阴历3月，26岁的长庆天皇在摄津国的住吉行宫（今大坂市住吉区）践祚，立弟弟熙成亲王为东宫。长庆天皇即位的时候，南朝的重臣北畠亲房已经病死，南朝失去了强有力的核心，开始急剧衰