起是法然上人在悟道后，开创了日本净土宗。建历二年（1212年）法然上人在京都圆寂，享寿八十岁，文历元年（1234年）其弟子源智上人为了报恩，而在法然上人的往生地兴建寺院，并受四条天皇御赐“华顶山 知恩教院 大谷寺”的寺号。而知恩院历经江户幕府的初代将军德川家康，二代将军德川秀忠，三代将军德川家光的供养加建下，从原有的草庵到最后形成了一个庞大的寺院体系。而知恩院的三门高24公尺，宽50公尺，屋瓦共计使用七万块，是江户幕府二代将军德川秀忠在元和七年（1621年）所兴建，上面高挂着在江户时代宝永七年（1710年）