基因转移也可以经由抗原转移（）、基因重整（）与杂交反应（）等现象观察。病毒能够透过转导作用（）在物种间传递基因。细菌则能够与死亡的细菌合体、经由转形作用（），以及与活细菌进行接合（），而获得新的基因。而新的基因则能够以质体的形式，加入宿主细菌的基因组中。杂交的现象在植物中最显着，此外目前已知还有10种以上的鸟类物种能够杂交。另外在哺乳动物与昆虫中，也有杂交的例子，只是通常杂交后代不具有生殖能力。也是细菌传递抗药性的方式之一，而且有些发现表明是原核生物与真核生物的演化重要机制。由于的存在，使种系发生学更加