奏转任晏清为广东盐法道佥事。弘光元年（1645年），晏清任尚宝司卿；隆武二年（1646年），晏清任太仆寺卿：但都没有赴任。当时江州、黄州已经沦陷至满清。朱由榔即位，擢升他为吏部左侍郎，辞官不至。李成栋破广东，晏清避地浔南。永历帝在南宁，擢升为吏部尚书。吴贞毓以主事任吏部侍郎，诋毁晏清。晏清为方端士所重，吴贞毓没有什么作为。永历四年（1650年），吴贞毓为户部尚书，与王化澄一起陷害晏清，晏清辞官；皇帝不许。诏狱兴起，晏清进谏，皇帝不听；于是移病不起，拜表即行。在浔州不久病卒，年七十三岁。