来自唐的僧人为光在现在市区南侧的建立了纪三井寺。在令制国时代，现在的和歌山市辖区属于纪伊国名草郡、海部郡和那贺郡。16世纪战国时代期间，在纪之川出海口南岸的杂贺崎地区一代的氏族发展出知名的佣兵集团杂贺众，织田信长也曾在此发动杂贺征伐。1585年丰臣秀吉完成后，封给其弟丰臣秀长纪伊国和和泉国的领地，并开始在此兴建和歌山城，此地也因为成为和歌山城的城下町而开始发展；而和歌山成最初是由丰臣秀长的家老担任城代，1596年再由其孙接任。1600年关原之战后，桑山一晴因战功受封至，改由浅野幸长担任纪州藩藩主