生动物包括纤毛虫。古菌也与更大的生物有共生关系。例如海里的古菌生活在海绵的里并与海绵拥有共生关系。
偏利共生.古菌也可以是偏利共生中的获益者，同时寄主既没有获益也没有受害。例如就是在的人体正常肠道菌群中最常见的古菌，这种古菌占了肠道中原核生物的十分之一。在白蚁和人体内，这些产甲烷菌甚至可能是有益的，这些古菌会与其它菌群互相影响并协助消化。古菌的菌落也与不少其它生物表面或附近生活，例如在珊瑚的表面和环绕植物根冠的根际。
在技术与工业中的作用.一些耐热或耐酸碱