读于杭州师范附属小学。后转学入慈北锦堂小学，该小学由旅日巨商吴锦堂在家乡创办。
家庭.远祖为宋朝吏部侍郎黄巨川、明朝南京吏部尚书黄珣。黄秉衡有弟二人。二弟黄枢，曾任定海飞机场场长，曾协助国军撤离大陆，后死于镇压反革命运动。三弟黄光汉，也是中华民国空军高级将领，移居美国加州。黄秉衡有二子，长子黄宁远，次子早逝。
航空烈士公墓.在航空署署长任上，黄秉衡曾建议修建航空烈士公墓，纪念抗日战争中殉国的空军战士。获得当时总理陵园管理委员（即中山陵管理委员会）会批准，就