生瘟疫，海尔蒙特回乡参与救治。瘟疫过后他拒绝了科隆主教和鲁道夫二世的延揽。1609年他在维尔乌德举行盛大婚礼，与富商之女玛格丽特·范·兰斯特结婚，之后隐居于当地进行化学和医学研究。
气体化学研究.海尔蒙特隐居后读到了炼金术士帕拉塞尔苏斯的着作，经常进行炼金术的研究。按照他儿子的记载，1618年隐居在布鲁塞尔北郊小镇Neder-over-Heembeek的他接待了一位深夜来客，客人给了他一些神秘的粉末，他将粉末与八盎司的汞混合加热，得到了同样重的黄金。这坚定了他深入研究炼金术的信心。