院长后，曾再度出任总统府秘书长，并于2006年至2007年间担任民进党主席。在陈水扁执政期间，游钖堃为任职时间最久的行政院长，长达三年整。2014年，接受民进党征召，复出参与新北市市长选举，最终落败于争取连任的中国国民党的朱立伦。2017年，受总统蔡英文委派，率中华民国代表团赴美国参加美国总统川普的就职典礼。自2007年9月卸任党主席后，游钖堃曾低调赋闲12年多未出任任何党公职。2019年，被民进党列入2020年总统及立委选举的不分区立法委员名单，最后成功当选，并于2020年2月1日当选为立法院院长。