责营运，金马地区则由中华民国交通部委託当地政府来经营。
商港.台湾四面环海，在17世纪汉人移民进入、与西方列强东来后，开始有了港口的发展，也是当时台湾对外的唯一交通管道。至1860年，清廷根据中英、中法天津条约开放台南（安平）、沪尾（淡水）、鸡笼（基隆）、旗后（打狗，即高雄）等四座台湾本岛港口作为通商口岸，此举在历史上被称为「台湾开港」，象征台湾朝向现代国际贸易体系之始。进入日治时期后，日本当局选定基隆、高雄两港作为台湾南北的联外港口，除实施现代化的筑港计画外，并建立起完整的港