2009赛季是广州足球队征战中国足球联赛的第42年，也是其征战顶级联赛的第21年，广州医药是该年度的中国足球超级联赛成员，并且是连续第2年参与此项赛事的角逐，该年度的俱乐部主场设于越秀山体育场。俱乐部主教练沈祥福在2009年初参加了中国国家队的主教练竞聘，他的去留问题也引起外界的关注，然而从国家队在2009年的赛程来看，沈祥福应暂时不会离开广州，广州医药的主帅在短时间内也不会有变动。在球员的构造上，广州医药也进行了比较大的调整，马亮、高明、杨朋锋、何塞等球员合同期满后未获续约，而是租借了长春亚泰的崔威、