国实行波旁改革，增加税收，分割秘鲁总督区。新法例触发了图帕克·阿马鲁二世等人的起义，但他们全都被击败。19世纪初期，独立战争在南美洲各地暴发，但秘鲁仍是君主主义者的大本营。因为菁英分子在独立与继续效忠西班牙王室两个选项之间发生分化，秘鲁的独立要到何塞·德·圣马丁和西蒙·玻利瓦尔发起军事行动后才成事。共和国成立初期，各地区军事领袖之间的权力斗争导致政局不稳。随着玻利瓦尔组建拉丁美洲联盟的计划遭遇失败，秘鲁-玻利维亚邦联成立不久后又告瓦解，秘鲁的国家认同也开始建立。从1840到1860年代，在总统拉蒙·卡斯