受到国家公园保护的情况下，此一地区亦被视为重要的生态廊道，负有让两侧野生动植物播迁与交流管道的责任。思源垭口地区的野生物种依类别分述如后：
植物.思源垭口原始林相以壳斗科、樟科两树种最为优势，红桧、台湾扁柏、香楠、锥果栎、乌心石、厚壳桂、青枫、山樱花、水麻、高山倒提壶、火炭母草、台湾何首乌，多属于暖带林植物；公路沿线则有以台湾赤杨为主次生林，分佈两旁之崩塌地，部分地区则为柳杉为主的人工林。林中植物的物种相当丰富，有採集记录的维管束植物就至少有145科440属898种，其中以蔷薇