在一些巴巴里狮后裔中发现了一个独有的粒线体DNA单模标本，故其亚种地位得以确立。这个发现可以帮助在分子层面分辨巴巴里狮。五个样本发现摩洛哥苏丹所饲养的后裔并非源自巴巴里狮。另外一只在新维德县动物园的狮子，根据粒线体DNA的测试结果，发现并非源自撒哈拉以南非洲，故有可能是巴巴里狮的后裔。
亲缘关系.在比较巴巴里狮、穴狮、亚洲狮及其他非洲狮子的头颅骨后，发现巴巴里狮与亚洲狮有相同的特征：非常狭窄的眶后棒。这显示巴巴里狮与非洲北部及亚洲的狮子是近亲。另外，于80年至100年间灭绝的南