是生物的识别、命名和分类，它通常由系统发生学提供丰富的信息，但两者仍然是在方法论和逻辑上不同的学科。
研究方法.系统发生学的研究是通过以下的手段实现：通过这些数据，人们就可以为生物建立一棵系统发生树（演化树），其中描述了各个物种之间可能有的亲缘关系。系统发生学研究的最大困难是，系统发生学的进化过程是不能被直接通过观察和实验被证实的。所以各个方面的证据都要被综合起来分析。由于对这些证据的侧重不同，会经常造成有多个不同的演化树版本，例如原口类动物的几个门究竟是归到蜕皮动物（来自