尤其是1569年一月时的夜袭讨取了色部胜长。但是在孤立无援下，本庄繁长还是接受芦名盛氏的仲介，重新归降谦信，在二月时送出长子本庄显长作为人质。繁长此时在上杉家中的地位一落千丈，直到谦信死去。
御馆之乱.1578年，谦信死后发生御馆之乱，繁长本人加入上杉景胜方与上杉景虎方的鲇川氏交战，另一方面繁长的长子显长与大宝寺义氏加入景虎方，御馆之乱景胜胜利后便废除显长的家督继承权。后来讨伐新发田重家也立下许多功劳。
庄内攻防.1583年，最上义光欲进攻庄内地方因此想谋