用康维尔990型飞机进行红外线天文观测。柯伊伯发现了几个联星并以「柯伊伯号码」编号，如KUI79。1960年代他负责决定阿波罗计画在月球上的登陆地点。
晚年生活.柯伊伯一生大部分的时间都在芝加哥大学。但1960年时他到了亚利桑那大学成立月球与行星实验室（Lunar and Planetary Laboratory）；直到去世前他都是该实验室主任。1973年他与其妻在墨西哥市度假时去世。之后月球与行星实验室其中一栋大楼以其名字命名做为纪念。