方面，主要通过对一些特定细胞器进行染色观察以区别于等非干细胞系。
中性红染色.中性红是液泡特殊的活体染色剂，由于液泡呈酸性，中性红进入液泡后解离出大量阳离子而呈现樱桃红色，以此鉴别出干细胞系。实际操作中，发现中性红染色使用磷酸盐缓冲生理盐水（PBS）比使用Ringer溶液效果好。
间苯三酚染色.间苯三酚反应是确定木质化细胞壁最常用的方法，间苯三酚在酸性环境下与细胞壁中的木质素发生反应显樱桃红色或紫红色。
线粒体染色.健那绿B对线粒体专一