金朝灭亡收复河南，吴渊以国力衰落，力陈不可用兵。因忤旨丞相郑清之，贬为江州（今江西九江）知府。改江、淮、荆、浙、福建、广东都大提点坑冶，抄没人民家财百万计，被劾罢官。升权工部侍郎，太府少卿，加集英殿修撰。以宝章阁直学士知镇江府兼淮东总领、知太平州兼江东转运使，两淮流民涌入太平州境内者达40余万人，吴渊将流民、村落贩盐私贩组织编队予以赈济，命令与本地人不得相犯。官至户部侍郎。转任华文阁学士、知隆兴府、江西安抚使兼转运副使、知江州，进龙图阁学士，改知镇江府。淮东总领任内将，总领湖北、京西等数地财赋、军马、钱粮。