支流比东边多而长，形成了一大型树枝状水系。水量丰富，近河口的年均流量达1.88万立方米/秒。上游的春季融雪、雨水补给，4月为最高水位，6月降水增多，为次高水位，12月为低水位。中游的密苏里河注入，流量增至5800立方米/秒，最高水位在6月。下游的俄亥俄河提供干流57％的水量，流量增至1.34万立方米/秒，4月为最高水位，10月为最低水位。
航运.密西西比河航运价值很大。1811年，“新奥尔良”号汽轮首航密西西比河。当前年运输量在2亿吨以上。除了主流外，可通航的支流约有40