仓氏入主越前国后由朝仓氏的亲族担任亥山城城主；1573年织田信长在一乘谷之战击败朝仓氏时，朝仓义景一度逃至此，但最终也在此遭到杀害。1575年织田信长将本地封给金森长近，金森长近也开始此新建大野城，并重新规划了本地的城下町，此后本地又先后改封给、长谷川秀一、织田秀雄，直到17世纪进入江户时代后，连同整个越前国一起成为德川家康次男结城秀康福井藩的领地，最初结城秀康将此地交给其家臣土屋正明，但1607年结城秀康过世后土屋正明随之殉死，大野改由家臣小栗正高入主。1624年接替结城秀康成为福井藩藩主的长子松