1964年秋，因为在香港出版东南亚古史，被刘少奇斥为没有组织纪律，下令将他调任南开大学副校长。并发狠说“此人以后永远不能担任正职”。“文化大革命”期间受到迫害。1967年，被指控为“里通外国”“特务间谍”。同年2月，因心脏病突发逝世，享年64岁。红卫兵说是畏罪自杀，后解剖尸体。留在中山大学的书籍被当废品卖掉。1979年5月，南开大学为其平反。6月广东省政协为其举行骨灰安放仪式。1989年，1954年至1956年写成的遗着《匈奴史稿》出版。2003年陈序经诞辰100周年，南开大学，中山大学将举行有