乃贡色殿举行了摄政就任仪式。阿旺洛桑赤列绕杰朝拜了十三世达赖，并从驻藏大臣手中接过了摄政银印。光绪十三年（1887年），奏充十三世达赖的正经师。原副经师普觉活佛留任。在任摄政期间，阿旺洛桑赤列绕杰于1888年协助十三世达赖进行了确认八世班禅额尔德尼转世灵童的金瓶掣鉴。1888年，第一次英国侵藏战争中，他积极组织藏军抗击入侵的英军，但损失惨重。驻藏大臣文硕全力支持西藏僧俗抗英，并制定了一系列战略计划，反对清政府政策。他致函称英俄对西藏如此兴味，并非仅为通商，另有永久性的险恶目的。西藏人民捍卫佛门教法，