有母乳样本中可检测的超过100种可操作的中，只有9种菌类是所有样本共有的（链球菌，葡萄球菌，，假单胞菌，，，丙酸桿菌，和慢生根瘤菌科），但个别母体里的母乳细菌群落多半都是稳定的。母乳是婴儿肠道中葡萄球菌、链球菌、乳酸菌、、丙酸桿菌、棒状桿菌和其他相关革兰氏阳性菌的来源。
成份.以前科学界都认为母乳是无菌的，后来才从健康女性身上，以卫生方式採集的母乳中发现了乳桿菌。研究指出母乳中的多个菌类，包括乳桿菌属，葡萄球菌属，肠球菌属和双歧桿菌属的细菌菌株，会透过母乳喂哺传到婴儿体内，因此由母