沿线拆迁问题不再经沙井和松岗等地。报告书亦提到，线路建成后列车通过时会影响沿线用天线看电视的用户，并建议对受影响的电视用户预留有线电视接入条件补偿费。同年9月，东莞至深圳段动工。2012年10月16日，穗莞深城轨广州段规划再度改动，从新塘站通过改造广深铁路III线和IV线的方式延伸至广州东站，广州东站将增建北侧站房，并对站台进行调整，广深铁路沿线的吉山站和石牌站将改造为城际轨道站点，总工期暂定2年，投资估算总额7.8亿元。2012年，穗莞深城轨深圳境内线路方案已基本确定，在深圳预设两个站点：机场东站