这一决定——他意识到《》是在帕特森担任参议员时期通过的，这一提名违反了美国宪法第一条第六款（“”）。所以，在帕特森参议员资格结束后，1793年3月4日，华盛顿重新提名了帕特森。帕特森立即获得了参议院的批准，并赴任。在最高法院任上，他就面临了棘手的威士忌暴乱，一些西宾夕法尼亚的农民因反抗联邦政府在威士忌酒上征税。总统华盛顿派遣民兵组织成功镇压了叛乱，而联邦最高法院也首次解释宪法使用，确定如何在国内暴动中使用军队。在他的职业人生中，帕特森始终视法律优先于政府，这个原则正是他撰写到美国宪法中的。早在180