由昆氏（一译款氏）家族世袭。由其子贡噶宁波发扬广大。着名的“萨迦五祖”（其中前三位并未出家，称为白衣三祖，后两位是僧人，称为红衣二祖）：1244年，萨迦班智达·贡噶坚赞应蒙古皇子阔端邀请赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。后来，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1268～1351年，在元朝政府的支持下以宣政院的名义统治全藏，建立萨迦派政教合一地方政权——萨迦王朝，其寺院及势力波及到康区和安多各地。还传播到廓尔喀（今尼泊尔）、布噜克巴（今不丹）、哲孟雄（今锡金）及