护他，干隆帝下诏也斥责他的私心。同年十二月，清军继续对林爽文军进行围剿，福康安命海兰察带兵追捕林爽文，最终生擒并将其送到京师；清军又生擒凤山天地会领袖庄大田。台湾于是平定，福康安受赐黄腰带、紫缰、金黄辫珊瑚朝珠。干隆帝命令台湾府、嘉义县都为福康安建造生祠、塑像，并再次图形紫光阁。福康安上疏请求征募熟番进行屯田，并陈善后诸事宜，主要有注重军事，稳定治安，整顿吏治，整肃邮政等，干隆帝全部同意。随后授任闽浙总督。干隆五十四年（1789年）正月，因安南阮惠进攻黎城（今河内市），孙士毅军败退，干隆帝又将他调任两广