门入见陈霸先，叩头推辞：「沈恪曾经侍奉萧家，今日不忍看到这样的事，我愿意受死，不会遵奉命令。」陈霸先嘉许他的志向，不再逼他，任用盪主王僧志取代。陈霸先建立南陈，他担任吴兴太守；永定二年（558年）转到会稽郡任职。当时余孝顷隐谋和应王琳，到临川出兵攻打周迪，朝廷任用沈恪为壮武将军，率兵跨过山岭营救周迪；余孝顷得知他来到就退走。永定三年（559年），迁官使持节、通直散骑常侍、智武将军、吴州刺史，顺便就任鄱阳郡，很快追还鄱阳郡职，改行会稽郡事；同年改除散骑常侍、忠武将军、会稽太守。陈蒨继位为陈文帝，进封他监督