992年10月蒙古民族民主党成立后，恩赫赛汗担任该党总委员会委员。1993年彭萨勒玛·奥其尔巴特当选蒙古国总统后，恩赫赛汗辞去了在国家大唿拉尔中的职务。同年7月，被任命为总统秘书处主任，任至1996年8月。1996年3月起，担任蒙古民族民主党和蒙古社会民主党组成的民主联盟（DA）的秘书长。他没有参加1996年国家大唿拉尔选举，在这次选举中，民主联盟获胜。1996年7月19日至1998年4月17日，恩赫赛汗担任蒙古国政府总理。在其辞职后，蒙古民族民主党总委员会和蒙古社会民主党政治委员会达成协议，推举民主联