纽波特的海军战争学院，学习指挥和参谋课程。这段时间，麦克里斯特尔同时完成沙尔瓦瑞金纳大学的国际关系学，获得了理学硕士学位。 1990年6月完成学业后，他被分配到联合特种作战司令部作战处，担任陆军特种作战行动参谋，直到1993年4月。期间，他随部到前线沙特阿拉伯，参加了沙漠盾牌行动和沙漠风暴行动。1993年4月，麦克里斯特尔回到了军旅生涯开始的地方第82空降师第504伞兵团，担任2营营长，1994年11月，中途转到第75游骑兵团2营，担任营长，直到1996年6月，期间还对当时的陆军徒手格斗课程完成了彻底的