在长江轰炸并击沉美军内河砲舰（）一事向美国驻日大使约瑟夫·格鲁道歉，此事使他成为日本右翼军人的刺杀目标。1938年，陆续有少壮派日本海军、陆军军官开始公开苛责少数亲美或反对三国轴心的高级军官为“损害日本的应得利益”，受指责者包括山本五十六、米内光政、井上成美（三人也得到「海军三羽乌」之称）。此时的山本连续不断地收到军国主义者发来的恶意邮件及刺杀威胁，但山本的反应却是消极而平和的。山本写道：日本陆军厌恶于山本不断反对三国轴心的言论，派出宪兵队“保卫”山本，实际上是监视居住。山本为了防备暗杀甚至在家里放了机