司军事单位，通常作为第一线指挥机关。主要分为四大系统，东北、华北、徐州以及华中。大体而言，一个剿总下辖若干兵团、警备司令部、绥靖公署、战区以及绥靖区等，层级大体与军政长官公署平行，但在军事战斗中，指挥层级往往比军政长官公署要高。1937年之前，第一次国共内战期间，国民政府在各地设立一连串军事机关，针对中国共产党领导的各苏区中国工农红军进行围剿，后因西安事变与抗日战争爆发，这些军事机关在抗战期间很多都转为对日军作战单位。抗战开始时，国民革命军的指挥机构是按「总部－战区－集团（兵团，路）－军－师－旅－团」，