宗教异端发挥了极其重要的作用。韩山童等人以红巾裹头，以白莲教、弥勒教为旗帜，自称红巾军。朱元璋曾经加入“小明王”韩林儿的宋国为左副元帅，1364年封吴王，1368年灭元称帝，国号大明，年号洪武。朱元璋以宗教造反起家，深知民间异端的影响。洪武元年，他接受李善长的建议，下诏禁绝民间宗教异端，明教也在禁绝之列。“高帝幸汴，善长复留守，得颛杀生封拜焉。帝还，诏定封建诸王官属国邑及大赏平中原将士功有差。请置司农卿，于河南课耕垦。又请禁淫祀白莲社、明尊教、白云、巫觋、扶鸾、祷圣、书符呪水邪术。诏可。”洪武六年，朱元璋命