南投地名由来，源自平埔族洪雅族支族阿立昆族（Arikun）族语「Ramtau」，即以台语音译为「南投」。《诸罗县志》:「虎尾之北有大武郡山，东为南投山，内社二，溪南为南投，溪北为北投」，故得名「南投」。而北投指今草屯镇（古北投堡）。
史前时期.南投地区在史前时代即有人类活动的踪迹，有发现属于新石器时代中期牛骂头文化遗迹，也有属于新石器时代晚期营埔文化的遗迹七股遗址和顶崁仔遗址，七股遗址位于草屯镇坪顶里，出土有灰黑色夹砂陶片、打磨制斧锄、穿孔石刀，网坠等器物。顶崁仔遗址位于草屯镇中原