司令部大举逮捕党外人士，并进行军事审判，为台湾自二二八事件后规模最大的一场警民冲突事件。美丽岛事件发生后，许多重要党外人士遭到逮捕与审判，其中总指挥施明德原先被以叛乱罪判处死刑。最后在美国国会议员以及各界的压力下，除施明德被判处无期徒刑外，其余皆以有期徒刑论处。此事件对台湾往后的政局发展有着重要影响，台湾民众于美丽岛事件后开始关心台湾政治。之后又陆续发生林宅血案（1980）、陈文成命案（1981）、刘江南命案（1984）撼动国际社会，使国民党政府不断遭受国际舆论的压力以及党外势力的挑战，国民党只好渐