到丹戎巴葛火车总站上车，武吉知马火车站如同停用。然而，这个火车站仍设有站长，驻守在车站内。火车站主要用于南北向列车的错车以及信号控制。每列南下丹戎巴葛的火车车长，都必须向武吉知马站站长手中接过“通行钥匙”，安全确认火车是双向轨道上唯一运行火车。由于新加坡的高度发展，这条铁路对新加坡也带来了许多困扰和威胁。1990年时，新加坡和马来西亚已经就解决主权问题达成了共识，并由当时的新加坡总理李光耀和马来西亚财政部长敦达因于1990年11月27日分别代表两国政府签订了《马来亚铁道公司在新加坡土地发展协议要点》（P