1894年（光绪20年），随其父加入董福祥领导的甘军。义和团之乱中，马麒随甘军参战，其后驻留北京，负责慈禧太后的警卫任务。1906年7月，由旗官升任为花翎衔循化营参将。1911年（宣统3年），辛亥革命爆发，马麒加入马安良领导的「精鋭西军」任帮统，讨伐陕西革命军。途中，宁夏（今银川市）革命军起义，成立宁夏军政府，马麒奉派讨伐宁夏军政府，将其消灭。中华民国成立后的1912年（民国元年）4月，马安良、马麒驻扎兰州，因统治横暴而遭到甘肃省临时参议会纠弹。奉马安良的指示，马麒派人杀害临时参议会议长李镜清，对此