飞控系统完全靠数据处理系统（）主计算机控制。数据处理系统操控轨道器的飞行控制功能和推进器，并在发射时控制外储箱和固体助推器。数据处理系统包含五台通用计算机、两个磁带大容量存储单元，以及监测航天飞机部件的各种传感器。原配通用计算机是-101，采用单独的中央处理器、输入/输出处理器，以及非易失型固态存储器。1991至1993年间，轨道器的通用计算机升级成-101，存储和处理能力更强，并将中央处理器和输入/输出处理器功能并入单个处理器缩小设备体积、减轻重量。四台通用计算机装载航空飞机专用的主航空电子软件系统，能操