末期中日两国展开大规模战争。包含台北市的台湾虽未受直接牵连，却仍因战时影响，所有台北市的经建建设均遭停滞，不但如此，许多台北的台湾河洛人与客家人也不得不皇民化与加入太平洋战争。另外，战时也造成全面性的物资缺乏与人口的流失。这种现象在1944年之后，如盟军空袭台北与市区人口疏散之后，更加明显。这阶段，台北城内包含荣町、京町、文武町、书院町、明石町、旭町的总督府辖主要官署建物均遭程度不一的损坏，而学校、民宅也多有破坏。1945年8月，日本于二次大战战败，依据盟军太平洋总司令麦克阿瑟元帅发佈的《一般命令第一号