表示无意对抗朝廷，不得不带着少量亲兵回到京都。同二年四月大宰府下达了对源为朝及其家臣的禁锢旨意。这时京都正酝酿着激烈的政治斗争，为朝于是跟随父亲为义支持崇德上皇的一方，与拥立后白河天皇一方的平清盛、源义朝作战，史称保元之乱。军议中为朝献策夜袭，遭到藤原赖长反对。7月11日凌晨，后白河天皇方也对上皇方的本营白河北殿展开了夜袭。守卫西门的为朝奋勇抵抗，用他的强弓绝技击退了平清盛、兄义朝的军队。这时候义朝向天皇献策火攻白河北殿，上皇方遂败。战败后为义被处死，为朝隐藏于近江国坂田，被源重贞活捉，根据勅定转交给检