多不清楚的地方，曾经被认为是接合菌门中的成员，但近期的系统分类研究结果显示，他们是多系群，因此现今被分做好几个不同类群。毛霉菌亚门目前包含３个目，61属及325种。这个类群常见的特征包含：多核菌丝体的产生（coenocytic mycelium）、腐体营养（saprotrophic lifestyles）及丝状菌丝（filamentous）。
历史.接合菌纲真菌最开始被分在接合菌门底下，分类方式是依据其形态特征和少量的分子证据。2016年遗传学研究显示接合菌纲的分类是可行的，因