开馆，其馆藏包含了1899年开设在北势街的的台南县物产陈列馆的展品，后因台南县物产陈列馆在1901年9月关闭，其展品全部移至位在御遗迹所的台南博物馆展示。在1922年，因兴建台南神社，台南博物馆迁至幸町一丁目6番地（台南州厅东侧）的「两广会馆」（今国立台湾文学馆旁南门路东侧民宅址）重新开馆。1923年4月，台南博物馆划分为「教育博物馆」及「商品陈列馆」。1927年，新的商品陈列馆成立（今中山路台湾高等法院台南分院址），两广会馆原地成为「台南州立教育博物馆」。1901年（明治34年）台湾日日新报连载有关台