巍出任高雷讨贼军总司令、西路讨贼军第五师师长等职务。1925年孙中山病逝后，林树巍辞去全部职务，赴香港定居。1931年，林树巍曾出任中山县公安局长。抗日战争时期，林树巍居住在香港，后来拒绝了汉奸林柏生的拉拢，秘密返回家乡。抗日战争胜利后，林树巍出任信宜县参议会议长。1949年11月29日，林树巍病逝。
纪念.1995年，林树巍的儿子林纪成在家乡荔枝村捐资兴建了“荔枝桥”和“树巍亭”，并将林树巍的事迹记在“树巍亭”内的四方墙壁上。林纪成还出资为荔枝小学购买两千多册书籍，建立了