五部大论、二十一部印度语注释；学习了哲蚌寺、色拉寺、甘丹寺的哲学教科书，学习了佛教宇宙论，还学习了各种印度及西藏作者撰写的大乘、小乘、阿毗达磨和律等佛经。他长于论辩，在哲蚌寺作为主持人参加了全部辩论竞赛。他还开始在班禅额尔德尼座下负责传授宗喀巴的《菩提道次第广论》、弥勒的《瑜珈师地论》。在西藏学习期间，他每年都大量布施三大寺僧众，共花了一万多两白银。1782年，21岁的贡却丹贝仲美在八世达赖喇嘛座前受比丘戒。1786年藏历新年期间，25岁的贡却丹贝仲美在拉萨参加答辩，获拉然巴格西。由于他学识渊博，故人称