与僻派的党争，金祖淳在党争期间保持中立，并主张两派合流，深受正祖赏识。翌年，金祖淳出使清朝，回国后，逐渐受到提拔。正祖二十四年（1800年）六月二十八日正祖去世，同年七月四日，世子继位，是为纯祖，同年八月二日，大王大妃金氏拔擢金祖淳为兵曹判书，随后历任备边司提调、艺文馆提学、刑曹判书、礼曹判书、吏曹判书、弘文馆大提学、判义禁府事。纯祖二年（1802年）九月六日金祖淳之女、幼学朴钟万之女、幼学申缉之女参加三拣择（三人之女已于正祖二十四年闰四月九日通过再拣择，正祖命礼曹选择良辰吉时进行三拣择，岂知两个月后正祖驾