以不能“以闻政为罪”的主张，决定采取不株连的态度。善耆还致电各省总督和巡抚，嘱咐他们不要大肆镇压，此事遂获得缓和。 中华民国成立后，1912年他参加了国民共进会，后来该会于8月同其他党派组成国民党，他任国民党参议。1915年4月27日，他任福建闽海道尹。其间，1917年7月31日，他署理福建省政务厅长。1920年他去职。此后，他转赴安徽省工作。1921年11月8日，他任安徽省会警察厅长，兼任全省警务处长，任职至1923年3月6日。1921年9月许世英任安徽省省长后，于同年12月26日在安庆组建安徽省