年（500年），魏宣武帝元恪即位，元珍转任武卫将军，当时扬州骚动，将要叛变到南齐，元珍屯兵淮浦，与陈伯之对抗，陈伯之战败，寿春得以保存，元珍因功被赐爵晋阳男，升任平东将军。正始年间，元珍转任卫尉卿、兼任左卫将军，加散骑常侍、光禄勋，又加侍中。元珍曲意侍奉高肇，于是为魏宣武帝宠信亲近。永平元年，高肇命令元珍诬告彭城王元勰北和京兆王元愉勾结，南面召集蛮人贼寇。永平元年九月戊戌（508年10月27日），元勰被召入宫中，晚上，元珍带着毒酒前来，元勰说：“我忠于朝廷，犯了什么罪要被杀！希望见至尊一面，死也没有遗憾。”