但是，朝廷也因此过于依赖江浙地区，忽视了在北方的开发与治理。此外，由于对天气和路线的实际情况不够熟悉，海运在当时尤为艰难。在不利天气和海盗的侵扰下，朝廷平均每年都会损失掉大量的漕运人员、漕运船以及十万余石粮食。
全面衰败.元顺帝时期，南方各大行省都爆发了许多大规模民变，运河漕运随后彻底断绝，而海运的运货量也大大减少。至正二年（1342年），朝廷从江南地区大举搜刮官粮以及贵族和寺庙内的的粮食并将它们全部运往北方，所得的粮食只有二百六十万石。至正十二年（1352年）起，正常的征