市大部分地区属于长冈藩。这一时期，信浓川和阿贺野川下游地区的农业开发得到明显进展，成长为日本一大粮仓地区，加上这一时期日本海航运的发展，新潟成为日本海沿岸规模最大的港口之一。新潟也因其地理位置和重要的贸易地位而成为一大走私贸易据点，为此幕府在1843年（天保14年）将新潟定为幕府直辖领地，设置新潟奉行，加强对新潟的控制。1858年（安政5年）美日修好通商条约签订之后，新潟成为最初对外国开放的开港五港之一，也是开港五港中唯一一个位于日本海沿岸的港口。然而由于戊辰战争的影响，新潟直到1869年才正式开港。18