执出兵时机，姚启圣主张利用冬天的北风，施琅主张利用夏天的南风，导致清军无法顺利出兵。最后康熙帝于十月初六（11月15日）裁定施琅负责前线作战，姚启圣改任后勤作业，才让施琅如愿取得统帅权。十一月初三（12月1日）施琅率领约21000人，军舰238艘前往兴化平海卫训练军队。姚启圣军权旁落后，为避免施琅独得战功，转而和郑氏王朝谈判。但是施琅主战意志坚决，且负责谈判的刘国轩不接受剃发易服，谈判因此破裂。康熙二十二年五月廿三日（1683年6月17日）康熙帝下令施琅尽速进攻，因此爆发六月（阳历7月）的澎湖海战