和始祖鸟（1亿5千万年前）的解剖学对比，孔子鸟明显更“现代”一点。
鸟类的起源和进化.鸟类的起源是个谜。现在一般认为鸟类起源于恐龙，但也有观点认为鸟类是恐龙的近亲。恐龙起源说以在中国发现的带羽毛的恐龙和孔子鸟、以及在德国发现的始祖鸟为根据，但这一说法并没有被普遍接受。孔子鸟的描述者侯连海就坚持认为：从拥有双弓型头骨的杜氏孔子鸟来看，鸟类起源于初龙类，而非恐龙。也就是说，初龙类是鸟类、恐龙、鳄鱼和鳄蜥（Tuatara, 学名：）等的共同祖先。也有人认为，长鳞龙这种动物的羽毛是该种非恐