020年7月，李眉蓁2008年的国立中山大学硕士论文《台湾对中国大陆之贸易分析》，遭揭露整本论文有96%内容抄袭自国立台北大学雷政儒于2000年发表的硕士学位论文《两岸经贸互动与台商投资之演变分析》，另外有4页一字不漏抄袭自童振源2005年5月发表于国立政治大学的文章〈两岸政经互动〉。虽然李眉蓁于2020年7月23日自行宣布放弃该硕士学位，但校方还是于8月决议撤销处分。