羽上皇发起承久之乱向全国发布了讨伐幕府执权北条义时的敕令，很快便被北条泰时和北条时房所率领的幕府军撃败。后鸟羽上皇、顺德上皇被发配到隐岐岛及佐渡岛（土御门上皇并未参与讨幕，本来不是被处分对象，但他却自愿随父亲后鸟羽上皇及弟顺德上皇一同受流配之刑。）。承久三年（1221年）七月九日，仲恭天皇被废黜，在位仅77日，是日本迄今在位时间最短的天皇。后高仓院之皇子后堀河天皇被拥立。天福二年（1234年）五月二十日，仲恭天皇以15歳之龄驾崩。