双双当选，当选后程辞去议席及党职，被廉政公署控拘。同年底补选，民建联候选人钟树根以三万票之差落败予民主派推举的余若薇。由于民建联支持香港基本法第23条立法，党主席曾钰成与立法会议员陈鑑林在七一游行当日声称游行人士「被误导」的印象深入民心。在2003年香港区议会选举中大败，在206个参选人中仅得62人当选。当中东区位于北角的锦屏选区蔡素玉火拚「长毛」梁国雄（蔡素玉最终险胜）、中西区位于西环的观龙选区叶国谦对战何秀兰（叶国谦落败）等，最为激烈。这次选举失利和大败，是民建联创党11年以来至为最惨烈的一次败仗。