团体多年后变得公开与孙为敌。孙之门徒以排满种族主义取代反帝国主义做为现代民族主义之基础，全然将民主等同共和体制，诸如此类。他们处理大多数问题，都是从同盟会敌视梁启超之观点来分析。
第三至九次起义.1905年10月，自日本经西贡往马赛、巴黎。1906年4月，孙出席同盟会在新加坡成立分会。1907年2月，要做为同盟会象征旗帜设计，孙满意青天白日旗，黄兴则想要有中国古风、象征平均地权政策之「井」字旗。根据宋教仁所言，孙态度令黄非常不满：「盖孙文素日不能开诚布公，虚心坦怀待人，作事近于