卢武铉执政时期（2003－2008），两国首脑曾进行互访。但由于日本历史教科书问题、小泉纯一郎参拜靖国神社、殖民统治时期受害者赔偿问题，又使得两国关系迅速转冷到几乎是自70年代以来的低点。日本谋求成为联合国安理会常任理事国进一步加剧了双方的矛盾。在安倍晋三2006年成为首相后，韩日关系改善。自同年起，持日本护照的日本公民可以免签证入境韩国90天，日本也给予了持韩国护照的韩国公民免签证入境90天的待遇。李明博执政时期（2008－2013），韩日关系得到支持。2008年2月，时任日本首相福田康夫在出席李明