溪州乡的水源势必更加短缺，因此溪州乡民拒绝让引水工程在溪州施工（参考资料：环资中心报导）。根据《立报》2011/8/22报导，这个工程主要争议可分为：后经溪州在地作家吴晟、台湾农村阵线等团体、各界民众声援之下。2012年初，当时新就任的国科会主委朱敬一承诺重新检讨园区规划（资料来源）。但引水工程仍持续进行，2012年5月10日，施工厂商于溪州乡东州村一带准备动工的时候，作家吴音宁于怪手前静坐阻挡，随后乡亲并共同静坐表达抗议（资料来源）。经过将近百日的静坐之后，行政院同意从莿仔埤圳埤头段（12.5K处）