为降低农业大县受WTO影响，他推动农业转型，祭出三项措施：重塑北埔老街、内湾老街、湖口老街，辅导传统农村小镇转型为北台湾观光休闲热门景点。辅导农民改植高经济价值农作物。辅导开发具地方特色农副产品，并由政府全力行销，包括新埔柿饼、关西仙草、新丰西瓜、竹北乌鱼子等。2001年，败于国民党时任立委郑永金而卸任县长。2001年1月，林光华及黄月红夫妇、县议员郑美琴三人，被中国工商专科学校控告索贿，因而被新竹检方依贪污治罪条例之收受贿赂罪嫌起诉。2003年经一审宣判无罪，检方不服上诉后，同年台湾高等法院驳回上