主松仓胜家的家臣田中宗夫带人抓走，数百名愤怒的村民聚众放火烧毁了田中的家宅，16岁的天草四郎时贞（教名Jerome）被推举为领袖。10月15日，岛原有马村名叫林兵右卫门的藩吏探悉有村民供奉天主像，破门而入却被在场的村民杀死。随后本地民众开始诛杀藩吏、焚烧寺庙，最终使领内的民众响应了这次一揆之乱。岛原之乱杀害三十万的信士，利用踏绘等大型制度来找出基督教信徒。德川幕府发佈了禁教令，直到明治时代才正式废除。
20世纪以来.基督教团体「敞开的门」估计现今约有100万基督徒面临着专制国家的迫