氨是有毒的，故它们需要大量水份来稀释。大部份陆生的螯肢亚门都不能消耗如此大量的水份，故会将氮转为其他化合物，并以固体形式排出。排泄可以由肾管及马氏管进行。这些管都是从血液中过泸废物，并以固体形态排到后肠。
神经系统.螯肢亚门的神经系统都是基于节肢动物的一对标准神经索，每节的神经索上都有神经节。它们的脑部是神经节的融合，位于口器之后。不过，由于螯肢二门的第一节会消失，所以它们的脑部只包含一对口前神经节，而不像其他昆虫有两对。其他神经节融入至脑部的方式各有不同。鲎的脑部包含了所有头胸部