分为两个独立的建筑区域，分别服务法国和瑞士；在瑞士加入申根协定之前，两个区域之间设有出入境检查站。
铁路.巴塞尔是一个重要的铁路枢纽站。城中有分属瑞士、法国、德国的三个主要火车站——瑞士的巴塞尔瑞士联邦铁路车站、法国的巴塞尔法国国家铁路车站、德国的巴塞尔巴登车站。瑞、法两国的车站其实共站，但由海关区隔。巴登车站则在城市的另一侧。由德国卡尔斯鲁厄前往巴塞尔的高速铁路ICE于2008年完工。法国高速铁路莱茵河-罗讷河线则于2011年12月投用。巴塞尔的本地铁路服务由提供。S