木儿帝国重建此区域，并再次使它伊斯兰学术的中心。什叶派穆斯林在16世纪萨非王朝统治时期传入阿富汗南部。直到米尔维斯·霍塔克在1709年解放了阿富汗人，阿富汗坎大哈的地区往往是什叶派沙法维王朝和逊尼派莫卧儿帝国之间的战场。
艾哈迈德沙·杜兰尼和阿布杜尔·拉赫曼汗.艾哈迈德沙·杜兰尼在1747年成立了阿富汗国家，普什图瓦里为社会的主要司法依据直到十九世纪末。零星的法特瓦（法律意见）及偶尔的圣战被用作伊斯兰意识形态制裁他们的政治对手。伊斯兰教第一次作为一种操作系统，由国王阿布杜尔·拉