记头球为拜仁赢得3比0，以7比0的总比分创造了对手在欧冠历史上的最大比分失利。随后，穆勒又在拜仁以2比1战胜多特蒙德的2013年欧洲冠军联赛决赛中发挥了重要的作用。6月1日，他又在德国杯决赛中射入一记点球，拜仁以3比2战胜斯图加特而捧杯，夺得了历史性的三冠王。穆勒在整个赛季中共射入23球，其中包括联赛13球、德国杯赛1球、欧冠8球和德国超级杯1球，这突破了他本人的单季最高得分记录。
2013-14赛季.穆勒在2013-14赛季前12场热身赛中的7场均取得入球。由于佩普·瓜迪奥拉成为