识到有可能在北理工试验一种新的球员培养模式，于是决定与球队进行长期的合作。2006年，北京理工开始参加乙级联赛冲击职业联赛，在全部30名球员中由8名研究生、22名大学生组成，可以说是中国职业足坛学历最高的球队。同年10月31日，北京理工以点球淘汰天津火车头，取得升上明年中国足球甲级联赛的资格并最终夺得乙级联赛冠军。一支校级业余球队可以打入职业足球联赛，在中国足坛也引起了广泛讨论，由于北京理工的成功令中国足协对乙级联赛进行了改制容许大学球队参加决赛阶段的比赛(但这项规则只在2007-2009年三个赛季实行