恩去世时，三一教已有了数十万信众，他死后，其门徒分成五支，将该教传播开来，在南方各省最为流行，后来也传播到东南亚等地，该教信徒都以林兆恩作为教主加以敬拜。2011年，福建省政府正式承认此一宗教。
教旨.三一教，以「道释归儒，儒归孔子」为教旨。倡导儒释道三教合一，其宗教思想深受王阳明的心学影响。