法，得罪廷臣，因而谪山东盐运司判官。崇祯十一年（1638年）辽东告急，山东守备紧急，因而摄济宁兵备事。崇祯十四年（1641年）迁天津兵备副使。同年十月，擢右佥都御史、任天津巡抚，兼督辽饷。崇祯十五年（1642年）因军功廕一子为锦衣衞。当时其弟冯元飈已任兵部尚书，掌朝廷中枢。冯元飏以年老上疏辞职告归，但崇祯帝多有挽留，待之甚厚。与弟冯元飚并称“二冯”。不久京师城陷，冯元飏从海路撤退，回到家乡。崇祯十七年（1644年）九月秋，卒。