用初期是先通行北行管道，实行单管双程行车，1年后南行管道才开放使用。在港铁南港岛线尚未通车前，隧道是南区居民（由香港仔至赤柱一带）来往港岛北部和两条海底隧道的重要途径，2016年香港仔隧道平均每日行车量达63,646架次，因此跑马地黄泥涌崃天桥和坚拿道天桥经常出现交通挤塞。
历史.在香港仔隧道启用前，车辆如需由黄竹坑来往铜锣湾，便需要途经南风道、深水湾道、黄泥涌崃道以及司徒拔道，路程较为迂回曲折。香港仔隧道于1970年代倡议兴建，配合南区的发展，1979年开始动工，并由金门