天主教一事震惊不已，虔信胡格诺的他对亨利背弃新教失望心痛，因此逐渐疏离了确认为天主教法王亨利四世及其中央朝廷。他把新教事业的热情，转投注在学术研究与香火传承，于同年成立了索穆尔神学院。在他的戮力经营下，此间学院享誉国际，一直到1683年，对信仰不宽容的路易十四下令，将学院强迫关闭。晚年丧失妻儿的打击，让他悲痛不已。他唯一的儿子死于1605年，隔年妻子也过世。唯一让他支撑下去的，是对胡格诺派组织的强化与完善。1618年他被选为法国新教徒代表，参加重要的国政会议。但法王路易十三虔信天主教而对他施与打击。16