叶开始越来越多的新教徒移入。他们不但被容忍，而且受启蒙运动影响的大主教埃默里希·约瑟夫·冯·布赖德巴赫任命新教徒为军官和宫廷官员。在腓特烈·卡尔·约瑟夫·冯·埃尔塔尔的统治期他们也对教育有影响。但他们未获得自己的教堂。直到1802年他们才成立了第一个新教教会。美因茨作为联邦要塞也有普鲁士（新教）士兵驻扎。通过城市和经济的发展新教教会在市内也发展迅速：1849年市内有27633天主教徒和5037新教徒，1901年市内有49408天主教徒和31151新教徒。1930年市内有78500天主教徒和48500新教徒。