十六国之中有十三个是少数民族建立的，他们既秉承了胡族的制度，官制又很大程度受中原影响，基本沿用魏晋官制。刘渊的汉赵、石勒的后赵、慕容盛时期的后燕、冯跋的北燕都设立单于台制度，前秦、前燕、后秦、西秦、南凉、夏国在建立政权前后，统治者均有大单于之名。单于台属官有单于左右辅（汉赵、后燕）、左右贤王（前赵）、单于元辅（后赵）、单于辅相（前秦）、单于四辅（北燕）；部落以都尉统率。中原官制与晋朝相似，最高有丞相、相国、八公（太宰或太师、太傅、太保、大司马、大将军、太尉、司徒、司空），都由重臣担任。最高行政机关是