05年，监察委员廖健男、陈进利、林时机在调查后，共同提起合欢山主峰景观改善工程纠正案，纠正案中认为此次工程未先取得土地使用权同意书与施工许可迳行施工，行为违法且有过度开发、影响生态的可能，要求行政院改善。同年，叶世文升任内政部建筑研究所副所长，并取得国立台湾大学管理学院硕士在职专班高阶公共管理组硕士学位。
内政部营建署署长时期.2008年，马英九当选中华民国总统，刘兆玄出任行政院长，廖了以任内政部长。7月31日，因原任营建署署长林钦荣申请退休，回交通大学任教，叶世文升任营建署署长。