自己失宠，由中书舍人齐映四度代自己上表称病辞职，被罢相，为皇太子李诵左庶子。萧复有名节，不迎合流俗，拜相后严肃方正，数次违逆圣意，故很快被罢相。
拜相后.当时的太子妃是萧复弟（或误作从弟）萧升与其遗孀肃宗女、皇姑郜国公主的女儿。贞元三年（787年）八月，郜国公主被发现行为不谨与多人淫乱，又被弹劾用厌胜（诅咒）之术。此事几乎导致李诵被废，他被迫与萧妃离婚。此事也波及了萧氏家族。德宗仍记恨萧复，以为检校左庶子，于饶州安置。萧复性格孝友，此次因族人连累被贬，仍然处之泰然，不抱怨。四年（7