ction::::主祀神之争议.该庙主祀药王大帝，庙方认为乃神农氏，但《台南市市区史蹟调查报告书》一书认为应为古代名医扁鹊。另外还有其他说法说主神是韩康、孙思邈、韦慈藏、章善俊等。不过《台南市市区史蹟调查报告书》认为因该庙例行祭典是农历四月廿八日，又高士奇《扈从西巡日录》中有写说「药王庙专祀扁鹊」，且若专祀神农应称「药皇庙」而非「药王庙」，故主祀之神应为扁鹊而非神农。
三协境.由南沙宫、金华府及药王庙所共同联防之区域，并以风神庙为主庙，防御区域是在城外五条港之南河港和南势港。