关连使得学校成为被攻击的标的，大量来自选举文宣的指控，重创了中华大学的校誉，学校隔年减少了近四百名学生，新生的报到率也大受影响。这使得学校不得不成立一个招生处因应，专责招生工作。2003年，政府修筑了学校通往市区的茄苳景观大道，并在学校旁边开辟了茄苳交流道，大幅改善中华大学与新竹市区之交通。施工期间，在校舍附近的火药厂旧址挖出数枚大型的炸弹。
增设资讯学院、观光学院：2005－迄今.2005年，中华民国交通部次长张家祝接任中华大学校长，首先改善学校的交通，要求客运加开班次、国道