明代传入福建。主要的传教修会为西班牙的多明我会。新教于1842年传入厦门，数年后建成中国大陆第一座供华人做礼拜的基督教堂新街堂，被称为“中华第一圣堂”，现仍在使用，为福建省文物保护单位。此后，归正会、伦敦会和英国长老会进入厦门，而美国公理会差会、美以美会差会和英国圣公会先后传入福州，并分别从厦门传入福建南部，并从福州传入福建其他大部分地区，成为福建省的几大主流教派。20世纪初闽南的三大教派以及闽北的公理会均加入中华基督教会。传教最为成功者为美以美会（1939年更名卫理公会），总部设于福州仓山天安堂。19