，拒绝皈依英国国教的人，只能从牛津获得文学硕士学位。1642-1649年英国内战期间，大学成为的大本营，但牛津市本身的局势则有利于圆颅党。不过，自18世纪中，牛津大学绝少再参与政治纠纷。
近代史.19世纪中，牛津大学经历“牛津运动”事件（1833-1845年），约翰·亨利·纽曼为主要领袖。而由德国开创的现代大学教育模式，则经一些重要的学者（诸如及马克斯·缪勒）传入牛津。1802年起，大学开始为各学科分拆出荣誉学院。 1853年，自然科学、法律学及现代历史学院创立。1872年