农垦部部长王震邀请，孙渠、蔡旭、彭克明、李竞雄等教授赴牡丹江垦区指导生产，并开展科学试验。文化大革命时期，孙渠在养病之余，仍坚持学习及写作，写出《耕作学原理――关于地力的使用和培养问题》一书的初稿。1974年，孙渠久病之后病情略有好转，便离开北京赴河北省涿县的北京农业大学农场，研究播种绿肥以及复播大豆的用地养地效果。工作两年后，孙渠再度病倒，1975年9月病逝。