农复会主委任上荣退。李登辉任职农复会时，牵涉台共匪谍案。当时沈宗瀚任农复会主委，最后李登辉即由蒋经国指示，透过沈宗瀚出面交保。1980年12月15日，因脑溢血于台湾台北市与世长辞。
家庭.其长子为物理学家沈君山，为“国民党四公子”之一，及次子沈君岳。其妻沈骊英亦是着名农业学家，有小麦品种被命名为“骊英一号”以纪念。