945年9月，因形势发展被派入东北工作。11月,被任为黑龙江省警备三旅十团政委，当时，这团仅有20名干部，他发动群众报名参军，在当地党政机关的帮助下，这个团很快发展到1,400余人。1946年8月，吴沛与团长祝平安带领部队，随三旅旅长廖中苻一起进入逊克县剿匪。1947年2月，在兄弟部队配合与当地民众的支持下，歼灭顽匪刘山东部。在乌云驻守期间，吴沛组织群众和伪保长唐德茂斗争，打击反动势力，他还积极组织选拔农村优秀青年加入革命队伍。（赵国身、刘心堂、戴资明等等）1948年1月吴沛参加黑河土地会议后，被分