形成一个新群体，则这一现象称为奠基者效应，是种群瓶颈的一种特例。有时，新种群中的基因拷贝数甚至可能不及原种群中等位基因的数目，这就使得新群体不可能具备足够的代表性。当新建立的群体很小时，它的奠基者可能对未来种群的遗传组成具有持久的影响。例如，1744年阿米什人迁移至宾夕法尼亚。新殖民地的两个成员带有埃利伟氏症候群的致病基因。现在，这一疾病在阿米什人中远比一般人群中常见。初始种群中的基因频率差异可能导致新旧两个群体在若干代以后出现显着的。受漂变影响，遗传距离可能逐渐增加，两个隔离的种群在基因型和表现型上随