士由DNA鑑定结果确定以上四型DNA相近，可视为同一种。但是网路论坛与学术文献仍众说纷纭，即便DNA鑑定后视为同一种，但是在外观上与东南亚种的盖斑斗鱼仍有部分区别。且与其他斗鱼品种不同只在发情期具有攻击性成为了唯一可进行群养的品种。除上之外还有汐止/南港型、龙潭/大溪型、外岛金门型（与中国的基因相似）。1990年代，由于台湾的环境污染、农药滥用、过度开发以及外来种盖斑斗鱼与台湾斗鱼的杂交，台湾纯种的盖斑斗鱼日渐稀少。行政院农委会于1990年将台湾盖斑斗鱼列入「珍贵稀有保育类野生动物」(Rare va