只排名日本第37位，但是海岸线长度却达4,195公里，佔日本海岸线总长度的12%，高居日本所有一级行政区首位。在日本锁国时期，长崎是日本唯一获得幕府承认的与西洋进行贸易的窗口，因此长崎县的天主教信徒比例较高，天主教会在长崎单独设有天主教长崎总教区。靠近朝鲜半岛和中国大陆的地理位置使得长崎也受到东亚大陆文化的影响较强。长崎新地中华街是日本三大中华街之一。对马则是江户时代时获得幕府承认的和李氏朝鲜进行贸易的据点。长崎县地形多山，人口多集中在沿海的狭小平地，加上多离岛这一特点，使得海运和空运在长崎县交通中有重要地