中央执政权。陈水扁当选总统后，由于国会由国民党佔半数，为了稳定政局，故委任国民党籍的国防部长唐飞为行政院长。后来核四争议爆发，唐飞辞职，由在国会佔小数的民进党组阁，而陈水扁与国民党主席连战会面后，由行政院宣佈停建核四，国民党受到屈辱，引起国民党与亲民党及新党大团结，组成在野联盟。自此，行政院在立法院处处受阻，在野联盟更企图提出总统罢免案。2001年中，与国民党渐行渐远的前主席李登辉不满国民党与亲民党合作，把国民党党内的一些李系人马拉走，组成台湾团结联盟，与民进党合作。使李登辉成为国民党迁台后第一位被开除