工程科学系(英语：Department of Engineering Science)，简称工科系。是综合性大学的一门科系，隶属于原子科学院、工学院或电资学院的学系，涵盖核能工程、材料工程、电机工程、资讯工程、机械工程等系所基础课程的整合性科系。目前台湾拥有工程科学系暨研究所的大学有：而其中除了成功大学工程科学系一开始便称作工程科学系，其余校系皆为后来改名而成，如清大工科系原来为核子工程系，而台大工科系原为造船工程系。工程科学系于世界各地诸多大专院校均有设立。 ex:哈佛大学、麻省理工学院、北京大