。正当拜占庭尤其依赖于威尼斯的海军援助时，一个涉及威尼斯人辱骂帝国皇室成员的事件导致了冲突的爆发。拜占庭报复性地进攻了科孚岛之后，约翰又流放了在君士坦丁堡的威尼斯商人。但这却得到了更进一步的反击，一支由七十二艘船组成的威尼斯舰队洗劫了罗德岛、希俄斯岛、萨摩斯岛和莱斯博斯岛并占领了爱奥尼亚海的凯法利尼亚岛。最终约翰被迫妥协；战争对他来说已成赔本买卖，并且他也不打算挪用陆军军费去为海军建造新舰只。约翰重新承认了1082年的条约。虽然如此，这次窘境却没有被帝国完全遗忘，并且它激励着约翰二世的继任者曼努埃尔一世数年