9年授吴陆军协都统、延吉边务督办、仍驻延吉。清政府根据吴禄贞调查报告， 迫使日方签订《图们江中韩边界条约》，确认延吉为中国领土。吴在延吉时，为奉天同盟会辽东支部主要负责人，清廷已微有所闻，借口经费支绌，于1910年2月，将边务督办公署撤销，改授吴为镶红旗蒙古副都统，随肃王巡视蒙古。吴草成《经蒙条议》数万言，不久，被派赴德、法两国考察军事，11月归国。党人李书城等劝其谋取一巡抚实缺，以利开展革命。同盟会员黄恺元家乃巨富，慨然出银两万两，馈送庆亲王奕劻，以促成其事。庆亲王以巡抚无缺，任其为第六镇统制。