孙诒让、康有为等人的思想也对章太炎具有相当的影响力。
流亡海外.1898年12月4日，避祸流亡到当时为日本统治的台湾台北，主编《台湾日日新报》汉文栏，与日人馆森鸿（袖海）等相往来。次年6月10日由基隆转赴东京。太炎在台论文计有41篇，诗文评、诗16篇，多数刊在《台湾日日新报》，同情康有为、梁启超的变法，抨击慈禧太后为首的清政府，这些论文佔章氏着作份量并不多，却是研究章氏早期思想相当重要的资料，《正疆论》谓「以支那与日本较，则吾亲支那；以日本与满洲较，则吾宁亲