，进副使，督四川学政。廷臣交相上疏，荐举士奇知兵。崇祯十五年（1643年）秋，擢右佥都御史，接替廖大奇，巡抚四川。松潘兵变，聚众数万人，士奇谕以祸福，全部就抚。士奇本为文人，好与诸生谈兵，朝廷以为其通晓兵事，结果临战却以文墨为事，导致军政废弛。女将秦良玉请求分守十三关隘，士奇也置之不理。四川防守堪忧。崇祯十六年十二月，朝议以其不称职，命龙文光代之。崇祯十七年（1644年）四月，北京发生甲申之变，大顺李自成入城，崇祯帝自杀。陈士奇本已卸任，闻讯道：「必报国雠。」于是留驻重庆，抗击张献忠。二十日，城破，