洪奇昌遭新潮流系除名；2016年中华民国总统选举蔡英文当选总统，新潮流系是支持蔡英文的主干，新潮流系开除洪奇昌「等于蔡英文开除九二共识」。
与中国共产党接触.2016年5月28日，《南方快报》披露，2016年3月26日中国人民解放军总政治部联络部副部长辛旗少将证实曾与洪奇昌密谈，「包括我们跟他提出用『法政体系』做一个缓冲的余地，然后再从宪法当中来慢慢解套、为台独解套。他还是很认真的，他当时也听进去了。」2017年5月17日，洪奇昌在《旺报》「就职周年 给小英两岸『考卷』打分数」