线电气化暨瓶颈路段双轨化工程」改善项目之一，由于溪口＝南平间原有之溪口一号、二号隧道为单线隧道且净空不足，施作电气化时将难以维持营运，故须新建符合标准之双轨隧道。溪口隧道已于2013年11月14日清晨切换路线通车（西正线先行通车）。隧道内的轨道採用无道碴版式轨道，可容许电气化列车以时速130km/h高速通过。溪口隧道同样为河底隧道，路线约在原溪口一号、二号隧道东侧约35公尺处平行布设，施工方法以明挖覆盖法为主，部分区段採用钻掘工法。东改新路线自溪口站北方岔出，进入溪口隧道后依序穿越台11丙线、丰田圳