熙23年，清廷颁布渡台禁令，仅准漳泉地区做有限度的移民，至干隆41年后，渡台禁令已形同虚文，于是大量汉移民涌入，台南市亦由原汉混居渐渐成为汉人城市，原住民不是汉化就是迁居他处。干嘉年间，府城三大商业贸易组织「三郊」的兴起、壮大，为台南黄金时期，享有一府二鹿三艋舺之名。1865年，台湾由于天津条约开港，安平港成为清帝国开放国际通商的口岸之一，英商于安平设德记、和记洋行，隔年另开鸡笼、打狗两港，而有正、副港之称。从清治后期起，昔日波光粼粼的台江海岸，因发生大风雨，大量河沙注入台江内海，千里汪洋尽成海埔新生地。