昭和39年（1964年）期间由吉川弘文馆刊行，共66册。黑板胜美编辑，丸山二郎校订。其间，黑板胜美于1936年病倒，1946年逝世。丸山二郎、黑板昌夫、坂本太郎成立国史大系编修会，继续该事业。1964年完成，丸山二郎代表该会接受了朝日文化赏。此后，在平成10年（1998年）和平成14年（2002年）全卷曾两度复刊。平成19年（2007年）8月，全卷的随选列印（OD）版发行。此外，校订担当者一直没有发表的《国史大系书目解题》下卷（吉川弘文馆、平成13年（2001年），也在发行之际初次发表。其目录如