港口、沿岸地区、离岛查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡的司法警察，战时亦可成为第一线精锐之战斗部队。分署本部内人员编制，多由中华民国国军现役军人担任。分署本部设在高雄市茄萣区，与海巡署南部分署合署办公，所辖为海洋委员会海巡署8个分署中最小者，负责东沙岛、南沙群岛。因夜间作战隐蔽需求，所属离岛官兵均穿着黑色的「防卫勤务服」，服装不同于其他海巡单位。