孙晓风分管政治和文化课。1941年冬，孙晓风调到鲁南军区政治部宣传部工作，先任宣传科长，后任宣传部长。抗战胜利后，孙晓风由鲁南军区宣传部长，调任第八旅政治部主任。1947年，山东军区与华中军区合并，成立了华东军区；山东野战军与华中野战军合并，成立华东野战军，孙晓风在第三纵队十师任政治部主任。由于连续行军打仗，劳累过度，肺病复发。后在乐陵治疗休养半年，基本痊愈。鉴于他的身体状况，1948年初分配他到昌潍军区任政治部主任。1949年春，解放军攻占济南，他奉命调到济南，任山东军区政治部秘书长。1949年7月，