大附中改名为金陵中学校。中学开办初期，毕业证书由大学堂校长和附中主任共同签发，首任主任为威尔逊。1917年，校董会调整体制，中学设校长，仍由威尔逊担任，下设教务、斋务两处，并迁回干河沿。西课楼悬匾额“博文约礼”，纪念包文；东课楼悬匾额“教泽宏施”，纪念文怀恩。1921年，金陵大学迁入鼓楼新校区，留下很多理化实验仪器，汇文书院钟楼、东课楼、礼拜堂、口子楼等原建筑群交由金陵中学使用至今。受五四运动影响，1922年-1927年，中国爆发了一场非基督教运动及由此引发的收回教育权运动，使在华基督教势力受到严重挑战