任省长，郑祖荫任省公署秘书，但仅两个月后就随着林森的失势而离任。1927年北伐军占领福建，郑祖荫先到省政务委员会工作，后任省主席公署秘书。1933年福建事变期间暂避南京，事变失败后回福州任国民党福建省党部执行委员。抗日战争时期，1939年9月，郑祖荫在永安县当选为福建省临时参议会参议员，并任议长，任内反对福建省主席陈仪的经济政策，两度敦促林森罢免陈仪，终于导致1941年陈仪调离福建。1941年日军占领福州，郑祖荫迁居永泰县。1943年复任福建省第二届临时参议会议长。1944年病逝于永泰县。