2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子50米蝶泳比赛于9月9日至12日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为3个级别。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：S5级：S6级：S7级：