46年，林巧稚受聘兼任北大医学院妇产科系主任。1948年，林巧稚返回协和医院，并在此工作直至去世。
共和国时期.1953年，林巧稚出席在奥地利召开的世界32个国家参加的世界医学会议，会后访问了苏联。1959年，林巧稚当选首届中国科学院唯一的女学部委员，并被任命为中国医学科学院副院长。1965年，林巧稚主持中华医学会第一届妇产科学术会议。这一期间，她带领学生针对葡萄胎、子宫绒毛膜上皮癌进行了长期的研究。总结协和医院从1948年7月1日到1958年12月底接受的158例滋养细胞肿瘤