琼的家族定居于汾东柳林（今太原市刘家堡）。王琼的伯父名王永寿，曾在天顺年间官至南京工部尚书，父亲王永亨，成化年间任隆庆州知州，始建新第于县城东街。
成化弘治年间.王琼，登成化二十年（1484年）二甲进士，授工部主事，之后升工部员外郎、工部郎中，出任治理漕河，卓有成绩。改为户部郎中，历任山东布政使司右参政、河南右布政使。
正德年间.正德元年（1506年），王琼升任都察院右副都御史，总督漕运。次年入朝，担任户部右侍郎。期间调查衡府侵佔民田的事情。正德三年（15