因行经方向与路线不同而分别于台南火车站公车北站与台南火车站公车南站两站停靠。在台南铁路地下化工程完成并启用后，公车站及邻近之各客运站将会迁入台南车站。
台南转运站.台南转运站是台南市政府规划的市公车及国道客运之转运站，位于台南市北区公园路291号（邻近台南公园、321巷文创聚落），台南市政府规划并以OT模式营运的公车转运站，由鼎汉国际工程顾问有限公司负责营运，于2019年12月25日8时起试营运，2020年1月6日启用。
兴南客运新化站.兴南客运新化站是台南