年，致信紫柏真可，两人在即墨相遇，相谈一晚，从此成为一生至交。1595年（万历23年），因涉入朝廷政争，以私修庙宇之罪入狱，流放广东雷州。紫柏真可在北京奔走，企图为他平反，引起朝野议论，但真可在搭救憨山的过程，陷入第二次妖书案，遭东厂锦衣卫拷打，伤重圆寂，憨山为真可主持火化仪式。憨山德清的全身舍利收藏在韶关曲江曹溪寺（今南华寺）。憨山大师世寿七十八岁高龄，僧腊长达五十九年。 憨山曾自敍年谱《年谱实录》，后来经由钱谦益、吴应宾、陆梦龙等分别根据《年谱实录》撰成了《大明海印憨山大师庐山五乳峰塔铭》