进而发现无论是教材还是课上讲授的内容都是已经和实际脱节甚多的盖伦体系。1599年，范·海尔蒙特拿到了鲁汶大学的医学博士学位，随后开始在欧洲进行壮游。1600-1605年间他在瑞士、意大利、法国和英国游历，仍觉得自己没有接触到什么新的东西。1605年安特卫普发生瘟疫，海尔蒙特回乡参与救治。瘟疫过后他拒绝了科隆主教和鲁道夫二世的延揽。1609年他在维尔乌德举行盛大婚礼，与富商之女玛格丽特·范·兰斯特结婚，之后隐居于当地进行化学和医学研究。
气体化学研究.海尔蒙特隐居后读到了炼金术士