016年5月，中华民国前副总统吕秀莲访问爱沙尼亚。2019年，爱沙尼亚国会友台小组致函世界卫生组织唿吁邀请台湾出席世界卫生大会。2020年1月，台北市长柯文哲访问爱沙尼亚考察观摩e化发展。对爱沙尼亚的政务及领务由驻拉脱维亚台北代表团、商务由驻芬兰台北代表处兼辖、新闻业务由兼辖。
签证.欧洲申根区给予持有载明身分证字号的中华民国护照之中华民国公民可以申根区免签证入境，停留日数与申根区合併计算，每6个月期间内总计可停留90天。爱沙尼亚公民持有欧盟护照者也可以免签证的方式