多早期信徒被官方教会以异端罪名加以迫害，被捕入狱。包括第一任牧师托马斯·古尔德。在该堂建立之前不久， 哈佛大学首任校长亨利·邓斯特,因拒绝为自己的婴儿施行洗礼而被迫辞职。邓斯特在神学上受到约翰·克拉克博士和其他在马萨诸塞受迫害的罗得岛浸会信徒影响。菲利普国王战争期间，约翰·迈尔斯在牧养该州第一个教会斯旺西第一浸礼会之余，来牧养该堂。"1679年，波士顿浸信会信徒在北区的塞勒姆街和斯蒂尔曼街转角建立一个聚会所。...在18世纪初，小教堂被同一地点一座较大的木教堂取代。在塞缪尔·斯蒂尔曼的领导下，该教堂繁荣了4