微生物生态学中和分子技术相关的一个重要问题就是，这些生物以主动（进行正常代谢和繁殖）还是被动（静息休眠）的方式存在。这可以用几种方式来解决：
发展历史.分子生态学开始于1950年代。是随着DNA双螺旋结构的发现，分子水平的群体遗传学研究得以开展，相继出现了同工酶电泳、限制性内切酶酶切技术、分子克隆和DNA测序技术等，使遗传变异研究得以实现, 并可以在群体水平进行检测。分子进化的中性理论的提出，引发了适应性进化和中性进化的争论，推动了群体遗传学和分子进化研究，分子钟假说的提出和谱系