转而进驻瓜达拉哈拉，整顿军队，建立政权，取消印第安人赋税，废除奴隶制，宣布将殖民者非法夺取的土地归还给印第安人公社，以争取印第安人的支持。1811年1月，伊达尔戈率军与西班牙军在瓜达拉哈拉城外交战，兵败被俘，7月31日于奇瓦瓦市牺牲，遗体最后葬于独立纪念柱下。