以被MSConfig修改的文件包括Windows 9x系统的AUTOEXEC.BAT、CONFIG.SYS、WIN.INI和SYSTEM.INI。对于早于Windows Vista的Windows NT系统则有WIN.INI、SYSTEM.INI和BOOT.INI。利用系统设定公用程式可以对Windows设置诊断启动（载入最低数量的驱动程序、电脑程序和相关服务）。
功能.系统设定公用程式的功能因Windows版本不同而有所差异。