划根据整个DNA分子上不同位置的分子标记所在的序列进行连锁定位，来确定各个基因的相对位置和距离，最终做出整个基因组图的方法。基因组作图的常用方法分为遗传作图和物理作图两类。遗传作图（）是通过基因之间连锁交换的频率来确定基因之间的相对距离的作图方法；物理作图（）则是直接用DNA分子标记来标定基因的位置的作图方法。
基因组计划示例.许多生物有基因组计划已经完成或即将完成，包括：