意在协议实质审查前分别由中国国民党以及民主进步党举办16场的公听会，然而包括反黑箱服贸行动联盟、黑色岛国青年阵线、律师赖中强和学者郑秀玲等人则批评公听会流于形式，同时政府对于公民团体与反对学者提出的意见并没有回应或者有所改变。不过中华民国经济部部长张家祝则表示虽然依照第8条的紧急磋商条款，在协议施行后只要认定对产业造成实质性损害便能够暂停进行，但是按照国际惯例签署后的条约在生效前都不应该有所更动。由于执政的中国国民党在立法院113个席次中佔有65席，因此作为主要反对党的民主进步党则多次尝试拖延协议审查。