基斯坦参与国际反恐战争，但是暗中包庇塔利班和其它恐怖组织，阿富汗政府曾于2008年指责巴基斯坦三军情报局介入针对阿富汗总统卡尔扎伊的未遂暗杀行动。
外交.冷战期间，巴美关系密切。此后，巴基斯坦因核试验和政变招致美国制裁。九一一袭击事件后，美国政府经常指责巴基斯坦一方面参加国际反恐战争，另一方面却暗中包庇多个恐怖组织。2009年10月，美推出5年内向巴基斯坦提供75亿美元援助的“克里-卢格法案”。两国建立战略对话机制。总计布什政府曾向巴基斯坦提供共124亿美元援助。奥巴马政府的