日本的胁迫下，袁世凯政府5月9日在回应了日方的最后通牒后将当日定为中国国耻日，史称五九国耻。此后，双方分别准备签约事宜，在条约文字内容上仍有不少折冲，最后于5月25日在北京签署《关于山东省之条约》、《关于南满洲及东部内蒙古之条约》及13件换文，总称《中日民四条约》，与《二十一条》原案比较，中国损失相较于原案已尽可能减小到最低程度。近年来一些新资料表明，条约签订之前袁世凯政府还有另一重压力，当时日本驻华公使日置益向袁世凯面递《二十一条》时曾说：
筹建中华帝国.
君