业余队轻松获得参赛资格。此后拜仁业余队也长期参与了这个级别联赛，直到2008年德丙联赛成立。在大多数赛季位居积分榜中游后，拜仁业余队终于在2004年赢得其30年来的首个地区联赛冠军。但由于球队已处于足协所允许的预备队最高参赛的级别中，拜仁业余队无法升入德乙联赛，只能继续留在地区联赛中。2005年，德国所有俱乐部都将其预备队的“业余队”改为“二队”，拜仁业余队也由此成为了拜仁二队。2008年，德丙联赛成立，地区联赛南北两个赛区的前十名可直接晋级，拜仁二队在该赛季获得南区第8名，得以顺利晋级。2009/10