29年撒玛利亚起义的暴动中被破坏。现存的圣诞教堂于565年由查士丁尼一世下令修建。当波斯帝国于614年入侵时，教堂未受破坏，传説是由于墙上的壁画中，东方三博士穿着波斯人的服饰向婴孩耶稣朝拜，当时的司令沙赫尔巴拉兹看过壁画后，下令不破坏这座教堂。至耶路撒冷王国时代，在拜占庭皇帝协助下，十字军对教堂进行了维修及加建。
现况.现在，圣诞教堂由罗马天主教、希腊东正教及亚美尼亚使徒教会共同管理。教堂的入口于后期改建，变为十分狭窄，人要弯腰才能通过，因此有名为「谦卑之门」。传说这是奥图