多次战败、满洲国军又受到抗日力量袭击，建国忠灵庙祭祀的阵亡军人数量急剧上升，由1942年春的28,917升至1944年秋的40,850人；同时，满洲国政府因战况不利和经济问题而不能组织大规模的祭拜，因此后来的祭拜规模日益减少，参加人数也大减。1945年，苏联向日本宣战，进攻中国东北的关东军，满洲国将近灭亡；为了毁灭证据，日本人烧燬建国神庙，但建国忠灵庙只是宣传工具，不影响满洲国的国体，因此未被毁坏。
结构.建国忠灵庙是一座建筑群，佔地42.98万平方米，建筑方向依据日本伊势神宫的方