弃让他感到不自在的波兰王位，回国即位为法国国王。亨利三世即位前，曾在1572年的圣巴托洛缪惨案中扮演过主要角色，但在1572-1573年统率天主教联军进攻西南方的新教势力时，却未能攻下以拉罗歇尔为首的新教重镇，使得王室声望再度下挫。1574年即位后，法国的宗教战争在他统治时期达到白热化状态。亨利三世一开始采取不偏向任何一方的政策，并提升了许多王权，但很快1575-1576年出现反抗国王专权的「怨言派」（由法国天主教温和派联合胡格诺派，公推国王之弟阿朗松公爵─法兰索瓦为名义领袖，实际主导者为蒙莫朗西家族）