0月25日发生强烈地震，破坏了大教堂的大圆顶，巴西尔二世委託亚美尼亚建筑师、阿尼及阿吉涅大教堂的创造者梯利达特（Trdat）修复圆顶，西面的圆拱及部份大圆顶是他主要的修复部分。大教堂的损毁程度使修复工作持续了六年，大教堂在994年5月13日重开。君士坦丁七世在他的《典仪论》（De Ceremoniis）里记载了帝王及牧首在圣索菲亚大教堂举行典礼仪式的详情。在第四次十字军东征期间，大教堂被拉丁基督徒洗劫及亵渎。据史学家尼基塔斯·蔡尼亚提斯所述，大教堂的一些圣物如耶稣墓碑的一块石头、圣母玛利亚之奶、耶稣裹