基因组.鼠冠状病毒为正链单股RNA病毒，具有外膜，其基因组长约31000nt，除了刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等冠状病毒皆有的四种结构蛋白外，有些鼠冠状病毒的表面还具有（HE），可与宿主细胞表面的唾液酸结合，促进病毒感染，并具有活性，可将受体分解以帮助病毒离开细胞（详见#分类与演化）。另外此病毒还有2a、4、5a与I（或称N2）等四种辅助蛋白（在大鼠涎泪腺炎病毒中的名称为NS2、15k、12.6k与7b；在龙泉罗赛鼠冠状病毒中的名称则为2a、5a、5b