016年NBA选秀。2016年6月23日，周琦在第二轮43顺位被休斯敦火箭队选中。然而据报导，周琦的团队对他的选秀结果感到失望，导致他在里约奥运会和其他赛事中的表现下降。2017年7月6日，周琦与休斯敦火箭队签约。2017年10月21日，火箭对上达拉斯独行侠。周琦迎来常规赛首秀，登场7分钟，攻下3篮板1阻攻。2017年11月2日，周琦职业生涯首次得分。在他的新秀赛季期间，多次被下放至NBA发展联盟的里奥格兰德山谷毒蛇。2018年7月，周琦第二次参加夏季联赛，在四场比赛中分别交出10分5篮板、9分6篮