典肆掠时期，自2003年归国后的尹力立即于当年5月调任卫生部办公厅副主任。抗击非典时尹力是唯一一个以专家身份参加温家宝总理主持召开的专家座谈会的官员，为抗击非典建言献策。2003年10月，任卫生部国际合作司司长，并于2004年1月至2005年5月担任世界卫生组织执行委员会委员并当选执委会副主席。2006年7月，尹力任卫生部办公厅主任。2008年9月，尹力升任卫生部党组成员、副部长，成为当时最年轻的卫生部副部长。2012年2月，任国家食品药品监督管理局党组书记、局长，任职期间妥善化解了企业用工业明胶生产胶囊问