不败的成绩，一度有望冲击亚冠联赛，但后半段球队频繁传出负面新闻，副队长徐亮一度成为媒体焦点。最后9轮广州队未胜一场，最终只名列第9名，没能完成赛季初定下的目标，唯一的安慰是球队的洪都拉斯前锋拉米雷斯打进17个进球，获得联赛金靴奖。赛季结束后，彭伟国接替沈祥福成为球队代理主教练，并开始进行“本土化”改革，徐亮、卢琳等8名球员被挂牌，同时从广东日之泉召回徐威龙、郭子超等年轻球员补充球队阵容。2010年1月1日，广药集团正式退出，俱乐部暂时由广州市足协托管。2月12日，徐亮以280万元的身价转会北京国安，打破了之