佈取消帝制，并于数月后病逝。1916年7月14日，中华民国军务院解散，护国军政府随之解散。
护法军政府.孙中山自1917年起成立中华民国军政府以与北洋政府抗衡，但其主权治权仅及于南方省份，且不受国际承认。1923年孙中山在驱逐陈炯明之后及苏联的支持下，成立了中华民国陆海军大元帅大本营。
国民政府.
广州国民政府.1925年6月14日，中国国民党中央执行委员会政治委员会第十四次会议决议改组大元帅府为国民政府。6月28日，中国国民党中央政