先后讲授中国哲学史、宋明理学、中国哲学问题、朱子哲学等课程。1956年起，任继愈兼任中国科学院哲学研究所研究员，为中华人民共和国培养了第一批副博士研究生。1955至1966年，担任《北京大学学报》人文科学版编辑。1956年，任继愈加入中国共产党，成为了无神论者。1964年，任继愈接受受命组建中国社会科学院世界宗教研究所，并任所长，这是1949年后中国的第一个宗教研究机构。然而不久后文革开始，任继愈被下放到河南信阳干校接受“教育”。由于光线昏暗、劳动过度，任继愈的右眼患了严重的眼疾，左眼视力也受到损害。