南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴到监狱中，所以朝廷内外多畏惧王琼。而大学士杨廷和又不与王琼相争。次年，武宗驾崩，世宗即位。言官交相弹劾王琼，下都察院监狱。王琼攻击杨廷和，致使明世宗更不帮助王琼，而下廷臣杂论。此后判其为「交结近侍」，处死刑，后改为流放庄浪（今甘肃省庄浪县）。王琼自诉年老，改戍绥德（今陕西省绥德县）。
嘉靖年间.大礼议事件后，张璁、桂萼、霍韬总理朝政，因王琼此前与杨廷和有矛盾，于是首先举荐王琼，世宗不纳。嘉靖六年（1527年），边疆有警，桂萼再次请求起用王琼，