殇帝年间多次任宰相。唐中宗年间，他和中宗有权势之妻韦皇后相结，中宗于景龙四年（710年）崩及中宗妹太平公主、侄临淄王李隆基发动政变杀韦后之后，韦巨源也被杀。
家世.韦巨源出自京兆韦氏郧公房，北周大司空、郧国公韦孝宽的玄孙，北周京兆尹韦总的曾孙，韦巨源祖父韦匡伯袭封韦孝宽的爵位郧国公，隋朝时改封舒国公。韦巨源父韦思仁在唐朝年间官居尚衣奉御。
武则天年间.武则天年间，韦巨源累迁司宾少卿，转司府卿、文昌右丞。长寿二年（693年）在文昌左丞（《旧唐书·则天皇后纪》