尔德尼办理西藏善后事宜。福康安上疏陈奏西藏善后十八事，干隆帝下诏批准，这成为了《钦定藏内善后章程》的蓝本。福康安还受命改革达赖、班禅转世制度，确立了金瓶掣签制度。安南国王阮光平逝世，干隆帝顾虑安南将会混乱，命福康安前往广西。福康安母亲在京师病故，可能由于和珅的阻挠，干隆帝命福康安在任守制。福康安途中得病，干隆帝命御医前往探视。福康安上疏说：“安南没有事情，我请求返回京师，为母亲服丧几天。”干隆帝批准，调任四川总督。次年，再改任云贵总督。
平定苗变及病故.干隆六十年（1795年）二三