参谋本部（陆）和军令部（海）的机构。大本营会议由天皇、参谋总长和次长、军令部总长和次长、参谋本部第1部长（负责作战事务）和作战课长、军令部第1部长和作战课长组成；陆军大臣和海军大臣列席会议，但没有发言权。大本营中不包含内阁总理大臣、外务大臣等政府文官（小矶内阁时期，首相曾例外地成为大本营的成员）。大本营政府联络会议负责在大本营和政府之间协调。