宗永历二年（1648年）四月十五，李成栋转投南明，香港地区一度归回南明管辖，同年新安县一带旱灾，人口大减。但永历四年（1650年，清世祖顺治七年）十一月初二，清朝的尚可喜及耿继茂重夺广东，香港地区则继续属广州府新安县管辖。南明永历年间，参将李万荣曾于荃湾北部的城门谷至针山一带建石城抗清，失败后率余部到魔鬼山向驶经鲤鱼门的船只勒索过路钱。
迁界与复界.清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，遂于康熙元年（1662年）下令迁海，沿海居民须向内陆迁徙50里，范围包括大部份香港地区。迁海后