託成大公共工程研究中心利用「透地雷达」（Ground Penetrating Radar，GPR）进行城墙遗址探测。2002年，成大完成「透地雷达技术应用于基隆和平岛古堡旧城墙遗址之探测」报告发现在船舾厂内仍有城墙遗址存在的可能性。2019年，基隆市政府邀请国立清华大学人类学研究所所长臧振华及西班牙考古学者Maria Cruz Berrocal组成的考古团队调查圣萨尔瓦多城和修道院遗址的正确位置，5月开始考古挖掘，先后发现了墓葬、遗骸、空穴及十字架等物。