迁移，但钻地的地钻却突然断裂；而最近一次，也就是改建落成时，庙方原本想为灵穴涂上油彩，但奇怪的是，任何涂漆都难以上色，经掷筊请示，妈祖做了保持灵穴原样原色的指示。而灵穴就在香案前方，为保护灵穴，庙方也装上了强化玻璃。目前庙殿供奉着福建马祖籍登山怪杰李小石攀登珠穆朗玛峰（圣母峰）时，所揹带的妈祖金身圣像。马港天后宫是南竿乡的信仰中心，据说，每次有大灾难之前，都会见到由灵穴飞出一团火球，当地居民说看到火球飞出，就知道妈祖娘娘又出去救海难了。2009年，高达28.8公尺的妈祖巨石像正式于马港天后宫旁揭幕，