在天水郡冀县落门聚被来歙打败。隗纯和周宗降汉，王元逃到蜀地，被公孙述任命为将军。建武十一年（35年）六月，封公孙述之命，王元和环安在武都郡河池、下弁与来歙作战，战败。环安派刺客暗杀了来歙。八月、王元和延岑、吕鲔、公孙恢在广汉郡广汉县・犍为郡资中县迎击岑彭率领的汉军。岑彭奇袭占领了延岑、王元的后方犍为郡武阳。延岑、王元在正面被岑彭副将臧宫在沈水打败。王元在广汉郡平阳乡降汉。王元在汉朝任上蔡县令、东平国相。因垦田不实之罪，投狱而死。