6%为免疫系统缺陷（如常导致复发性的脑膜球菌脑膜炎），5%则是因为脑膜附近区域持续受到感染所致。
病毒性脑膜炎.能引起脑膜炎的病毒包括肠病毒、单纯疱疹II型病毒（以会引起生殖器溃疡的II型病毒较常见，I型较少见）、（导致水痘和带状疱疹的病毒）、腮腺炎病毒、人类免疫缺陷病毒和（LCMV）。为一种慢性且反覆发作的疱疹病毒脑膜炎，一般认为是由第二型单纯疱疹病毒所造成。
真菌性脑膜炎.免疫功能正常者很少发生。风险因子包含使用免疫抑制剂（如在器官移植之后使用）、艾滋