常是由质子和中子组成。与通常的物理概念不同的是，单一的质子在化学领域被认为是H（氕)原子核，也就是说原子核内必然含有质子，但可能不含中子。电子带负电荷，质子带正电荷，个数相同使得电荷平衡，令整个原子呈电中性。当核外电子数与原子核内质子数不相同时，则形成离子。通常认为离子也是原子的一种。
元素.拥有相同质子数的同一类原子被称为“元素”。例如，氢这种元素中所有原子都是只有一粒质子。这个概念换过来说亦可：所有原子核中有六粒质子的原子都是碳，所有原子核中有九十二粒质子的都是铀。元素亦有另