大战期间大部份飞剪飞机都被军队征用，飞航组员以合约方式协助军方飞行。在这个时代中，泛美率先横越西非和中非前往伊朗，又于1942年初首先开办环球航线。1943年1月，美国总统罗斯福搭乘泛美旗下名为「迪西飞剪号」（Dixie Clipper）的波音314由迈阿密飞往英属甘比亚的班珠尔，成为第一位搭乘飞机出国的在任美国总统。而《星舰奇航记》的作者吉恩·罗登贝瑞亦曾经在这段时期担任泛美的飞行员。1947年6月19日，日蚀飞剪号（Clipper Eclipse）于叙利亚坠毁时他也在机上。
战后