三分之一居住在柯尼斯堡。1933年至1938年10月间，城市的犹太人口从3,200人缩减至2,100人。建于1896年的柯尼斯堡新犹太教会堂在水晶之夜后被毁坏，犹太人仅剩500人左右。1942年1月20日万湖会议后，柯尼斯堡的犹太人开始被遣送至、和奥斯威辛集中营等地。
第二次世界大战.1944年，，城市遭受重创，大火燃烧了几天几夜。城市历史中心，特别是阿尔茨塔特、克奈普霍夫和勒贝希特被完全摧毁，位于其间的大教堂、城堡和大学均未能幸免。在苏联红军于1944年10月进入之前，柯尼斯