人民共和国又做出在南京建设长江大桥、贯通京沪铁路线的决定。武汉大桥的设计施工是在苏联专家的帮助下进行的，而南京大桥的设计工作全部由中国完成。毛泽东主席曾询问大桥工程局局长彭敏，是否还要请苏联专家。彭敏回答不需要，让毛泽东主席很满意。1956年5月，铁道部设计总局大桥设计事务所接受设计南京长江大桥的任务，12月完成草测。1957年编成《南京长江大桥设计意见书》，提出燕子矶上游下三山、上元门煤炭港和宝塔桥3个桥址方案。1957年武汉长江大桥建成后，铁道部将大桥设计事务所合并到大桥工程局，1958年初将南京长