在水中甲壳亚门生活在所有的生态环境中。许多物种构成远洋区的浮游生物，其他生活在水底、岩隙、珊瑚礁上或潮汐带。在北冰洋和南极洲的冰层下面也有许多甲壳亚门动物生存，它们构成当地食物链的最下级。在大洋底的沸泉附近也有甲壳亚门动物生活。有些甲壳亚门动物寄生于鱼、其他甲壳亚门动物或甚至于嵴椎动物的体内。
演化.如同其他节肢动物一样，甲壳亚门的演化过程还不很清楚。不清楚的主要原因在于它们的甲壳比较难保存为化石。最早的甲壳亚门动物有可能类似于今天生活在盐水洞穴中的桨足纲，但它们没有留下化