湖列岛被排除在停战区域之外，不安情绪更为增高，台湾与澎湖列岛割让的传说也增加了真实感。清政府将和谈会议上有关辽东半岛与台湾割让之事极力隐瞒，不过，台湾官民由外国人洋行得到情报，和谈会议的内容约略已知。
割让台湾.4月17日，《马关条约》签订，除赔款外，清廷将台湾、澎湖与辽东半岛割让给日本。台湾巡抚唐景崧上书表示，台湾民众不服，其约（马关条约）可废。5月8日，马关条约获清政府批准而正式生效。5月10日，日方擢昇海军中将桦山资纪为大将，并任命为首任台湾总督。18日，桦山总督指挥常备舰队