政府正式为撞船事件道歉并承诺赔偿。12月，联合号船长与日本海上保安厅方面达成和解，海上保安厅将支付新台币一千零五十万元的赔偿金给船长，这是过去双方多次协调的结果，也是「第一阶段」先处理的部分。
影响.此一事件再次引发有关钓鱼台列屿主权的问题，中华民国、中华人民共和国与日本国皆宣称拥有钓鱼岛主权（通常中华人民共和国将中华民国对钓鱼台的主权宣誓虽不作官方表态，但通常暗中予以支持，从而导致日方与台发生冲突时，会一併指责中国大陆政府），而台湾就此事件再次关注护渔问题，将护渔船舰由3艘增