纽约爱乐乐团指挥的传闻，惟并未成真。1966年12月，阿巴多初次指挥柏林爱乐乐团，继而在1989年客席指挥该团。乐团团员在卡拉扬逝世后，票选阿巴多继任首席指挥一职（兼任艺术总监）。任内的阿巴多一秉其路线，大力推广并支持当代音乐，在节目中引入利盖蒂、布莱兹等人的作品。1994年起，执掌萨尔茨堡复活节音乐节。1998年，阿巴多宣布将在约满后（2002年）离任。2000年，他被诊断患有胃癌，必须摘除部分的消化器官以抑制病况。在柏林任期的末期，多次因为健康因素而不得不取消演出行程。