尼亚大学在十七世纪迎来了医学发展的黄金时期，马尔切洛·马尔比基开始利用显微镜进行人体解剖学的教学研究。得益于这些重要的改革，医学研究在这段时期有了巨大的进步。中世纪时期博洛尼亚大学的声誉在整个欧洲传播开来，使其成为了研究学者所向往的学术圣地。像托马斯·贝克特、帕拉塞尔苏斯、雷蒙多·德佩尼亚福特（）、丢勒、圣嘉禄·鲍荣茂、大诗人塔索、哲学家伊拉斯谟、教宗尼各老五世、皮科·德拉·米兰多拉、艺术理论家阿尔贝蒂以及卡洛·哥尔多尼都曾来到博洛尼亚求学。尼古拉·哥白尼也在这里学习教宗法的同时，开始了自己对天文的观察