理吴学谦和中共中央政治局候补委员、原铁道部部长丁关根筹组具备行政和管理职能的政府内台湾工作机构——国务院台湾事务办公室（以下简称“国务院台办”）。1988年9月9日，国务院第21次常务会议决定成立国务院台湾事务办公室，为国务院办事机构，是国务院直属事业单位。1988年10月，在北戴河由吴学谦、丁关根与中央对台工作领导小组办公室副主任李庆洲、中共中央统战部局长耿文清、外交部台湾事务办公室主任唐树备、对外经济贸易部对台办公室（该办公室负责台湾投资贸易）主任安民开会，吴学谦传达了中央关于成立国务院台湾事务