军队围攻首里城期间，毛继祖的府邸遭萨摩足轻众的焚毁。尚宁王被掳往鹿儿岛时，毛继祖同马良弼、金应煦一起被留下镇守首里城。1614年，马良弼致仕，毛继祖继任三司官之职。同年，为国质之事，遣毛继祖出使萨摩藩。1616年归国。1617年，再为王舅，与正议大夫蔡坚（喜友名亲云上）一起出使明朝，要求继续朝贡，但被明朝以「琉球新经残破，财匮人乏」为由拒绝，要求十年之后再进贡。天启二年（1622年）正月二日，赐紫地五色浮织冠；同年四月十九病卒。其长子毛泰运（丰见城亲方盛良），后亦担任三司官之职。其子毛泰时，作为