光绪二十九年(1903年)，良弼在东京出版《参谋要略》，该书研究统筹用兵，是他留学期间的学习成果。同年由日本陆军士官学校步兵科第二期毕业回国，入练兵处，次年升该处军学司监督。光绪三十一年(1905年)3月，补军学司副使，8月袁世凯延揽其为调充陆军第八标统带官。光绪三十二年(1906年)4月，回任军学司副使，并主持保定陆军学堂校务，同年新军在河南彰德举行会操，任北军审判长，其间充任考试陆军游学毕业生襄校官、提调官等职。光绪三十三年(1907年)8月任陆军部军学司司长，兼参议上行走。光绪三十