进行调查并提出建言，对日后的自来水工程有着相当程度的影响。1897年1月，巴尔顿为了台北水道水源地的实地探勘而不慎在新店溪上游罹患疟疾，初时病情尚轻，巴尔顿原打算休假60天并返回英国，但后来又感染赤痢，病情加重而入院。后来巴尔顿返回日本时病情已恶化成肝病，于1899年8月5日下午九点病逝于东京大学医学部附属医院。他生前只完成基隆水道设计案，但是其构想最后由滨野弥四郎所完成。巴尔顿死后被葬于东京的青山灵园。巴尔顿去世后，滨野弥四郎向台湾总督明石元二郎提出在台北水道水源地设置铜像以纪念巴尔顿的功绩，而后