幼名宫松丸，五岁成为辉元养子，直到1595年毛利辉元长子毛利秀就出生后才自立。早年参与文禄·庆长之役。其中在庆长之役最为活跃，代替患病的辉元率领3万大军为右军大将。与加藤清正、黑田长政、锅岛直茂合作包围黄石山城，攻佔后佔领全罗道、忠清道。之后在天安接到黑田长政遭明军突袭的消息，秀元立即救援，成功击退明军（稷山之战）。在冬季秀元准备撤退返回日本时，留在蔚山的实户元续、桂孙六及加藤清正等正输送兵粮、兵器，遭到明军和朝鲜军攻击，秀元立刻返回蔚山救援，成功击退朝鲜军（蔚山城之战）。秀元在1599年与辉元独立成为