黄得功等人亦因为实际拥有兵权而加官晋爵，统领江北地区的军备防务。原南京兵部尚书史可法与复社人士也因此失势；史可法乃自请督师，前往扬州统筹守务，然而高、黄、刘等武将，却各自只为巩固自身势力，与史可法未能配合。马士英后来推荐了在「魏忠贤逆案」中被定罪的阮大鋮任官，使复社人士相当不满，借此攻击马士英为阉党奸佞。两方在政治上争执不下，造成南明朝廷的内、外不和谐，始终无法同心力求明廷的恢复。明亡之后史家因受东林党影响，而将马士英列为奸臣。弘光元年（1645年），镇守武昌的左良玉，发兵沿江而下，要「清君侧」、「