抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始对其进行绞杀。1664年，夔东十三家军抗清失败。首领李来亨全家自焚 。郑成功则坚持在东南沿海地区进行抗清活动。一度攻克过漳泉二府，取得过江东桥大捷、崇武大捷、海澄大捷、泉州大捷、护国岭大捷。永历九年清军重兵南下，郑成功退守厦门金门两地。永历十一年，郑成功被封为延平郡王。同时，郑成功带领水军向舟山群岛进发。永历十三年（1659年），郑成功进入长江，攻佔下瓜洲、镇江、江浦等地，包围南京，清廷震动。之后郑军中清