急工程的，都奏报可以。慈禧太后下诏后宫内部供需皆由内务府负责，户部专掌国家财政收入，这是鹿传霖率先提议的。光绪三十年（1904年）转任吏部尚书。光绪三十二年（1906年）清朝改革官制，鹿传霖罢值军机，专管部事。随即仍任军机大臣，解除吏部事务，以尚书协办大学士。宣统帝即位后，鹿传霖与摄政王载沣一同接受遗诏，加太子少保，晋太子太保。历拜体仁阁、东阁大学士，兼任经筵讲官。宣统二年（1910年）春，病情发作，他四次上奏请求解职，清廷都“温谕慰留”。七月，鹿传霖逝世，时年七十五岁，入祀贤良祠，追赠太保，谥文端。