国成立后的1950年8月，北洋女医院改名为“天津市立妇幼保健院”，并成立小儿科和预防科，成为当时天津市最早的妇幼保健机构。1970年12月，因靠近水阁大街而更名为“天津市水阁医院”，坐落于当时的南开区水阁大街28号。2005年，因海河综合开发改造工程和古文化街地区整体改造，水阁医院暂时搬离原址并落户天拖医院和王顶堤医院。2009年年初，水阁医院新址在天津南开区老城厢北城街正式奠基。2011年，水阁医院新址正式投入使用。
名字.水阁医院之名来源于水阁大街，水阁大街原为连接天津老城里与