该物种的全球种类总量仍少于50只，在2012年被世界自然保护联盟列入全球最濒危的100个物种。澎湖县野鸟学会2014年6月份在澎湖玄武岩自然保留区的鸡善屿发现黑嘴端凤头燕鸥的行影，也是目前全世界已经确认的第3个繁殖地。2019年5月出没于台湾本岛高屏溪出海口。2020年4月出现于台南市北门急水溪口。
形象.当2000年发现黑嘴端凤头燕鸥在马祖列岛现踪时，曾让马祖之名跃上国际舞台，之后马祖当局亦以此作为观光利器，更将黑嘴端凤头燕鸥订为「县鸟」。以观光立县的连江县(马祖)在观光建