苏丹阿拉乌丁二世被亚齐俘虏，最后死于亚齐。1575年，与柔佛同一王族血统的霹雳苏丹国被亚齐攻占，建立傀儡政权。柔佛因为亚齐的威胁与葡萄牙进一步合作，联合抗击亚齐。1586年，柔佛与葡萄牙的关系因为贸易问题而翻脸，柔佛发动水陆大军围攻马六甲。1587年，葡属印度的援军赶到，柔佛军队被击退，首都旧柔佛也被葡军摧毁，出逃的柔佛苏丹也在逃亡期间过世。之后其子在在峇株沙瓦（Batu Sawar）建都。1613年，亚齐再次出兵攻陷柔佛首都峇株沙瓦，苏丹阿拉乌丁·利亚·沙三世和其弟被俘虏到亚齐。1615年，其弟被亚齐