废承天府另建台湾府，分万年州为台湾、凤山二县，隶属台湾府。凤山县治设于埤仔头，高雄市地区遂由万年县辖改归凤山县辖。光绪十三年（1887年），再调整行政区域为三府一直隶州三厅十一县，高雄仍隶属凤山县。光绪廿年（1894年），甲午战争中国战败，翌年签订马关条约，割让台湾、澎湖予日本。
地方建设.清治时期凤山知县最受后人缅怀的，为道光年间的曹谨。曹谨于道光十七年（1837年）上任时，凤山县旱灾频传，次年即大规模开凿水利圳渠，引下淡水溪（高屏溪）水源灌溉农田，为清治时期台湾的三大水利工