方军总部设在新加坡。寺内寿一升为元帅，于1944年5月把总部转移到菲律宾，由于受到同盟国反攻的威胁，再把总部转移到越南的西贡。1945年4月10日，寺内寿一在接到缅甸被同盟国军队收复的消息后患中风，无法在1945年9月12日来向联军最高统帅路易斯·蒙巴顿勋爵投降，令板垣征四郎代表他出席签署投降书。1945年11月30日在西贡亲自向蒙巴登勋爵投降，关押于马来亚半岛的柔佛州。1946年6月12日因脑溢血死于柔佛州令金当时的战犯关押处——英国人的喜京斯别墅，死时67岁。
组建731部队