评指次主权为「假学术」，乃至有分裂中共中央主权推动香港独立之嫌。时事评论员刘锐绍认为争议脱离民情，明显有中方人动员制造事端，庸人自扰。中央政策组首席顾问刘兆佳亲自撰文，形容次主权「用词不当」，但肯定讨论双方「并无分歧」，希望双方终结辩论。论争期间，前中央政策组全职顾问练乙铮、专栏作家陶杰、亚洲週刊资深特派员纪硕鸣、时事评论员黄世泽、香港教育学院校长张炳良等人先后撰文支持沈旭晖使用次主权之学术名词，但也有一国两制研究中心和时事评论员王岸然等不以为然。
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