课时安排半天读汉语，半天读英语。课程有英语、汉语、算术、代数、几何、物理、化学、生理卫生、地理、音乐、美术等。学制为三至四年。这是中国第一所西式学堂。最初招收6名学生读书，分别为：到1841年亚闳（Awing，容闳）复课时，学生有亚胜（Ashing，黄胜）、亚宽（Afan，黄宽）、亚植（Achik，唐廷桂）、亚根（Akan，李根）和亚运（Awan，周运）。
香港时期.第一次鸦片战争以后，马礼逊学堂于1842年11月迁到香港，当时学生已增至十五人，其中五名因年幼，父母不放心迁港，