子盖调回京师，转任武威太守，以善政闻名。大业六年（610年），在江都宫觐见炀帝，炀帝对他说：“富贵不还故乡，真衣绣夜行耳。”下令在他家乡庐江郡召集三千人迎接他回乡拜谒祖坟，宴请父老乡亲，当时的人都以此为荣。回京后，樊子盖授任民部尚书。当时突厥的处罗可汗和高昌王都与朝廷通好，隋炀帝又让樊子盖检校武威太守，与两个蕃国打交道。612年（大业八年），隋炀帝征讨高句丽，在辽东战场上，樊子盖任摄左武卫将军，从长岑道出兵。后因在皇帝身边宿卫而未能出行。进授左光禄大夫，民部尚书如故。同年，隋炀帝回东都洛阳，以子盖为涿郡