昌祚1913年入上海私立浦东中学就读，1917年考入清华学校；1919年毕业后，被保送赴美留学，入麻省理工学院机械系就读，1922年获机械工程学士学位，后转入航空机械工程系；1924年获航空工程硕士学位。回国后在浙江工业专门学校及清华大学任教，曾任杭州市公用局科长。1928年进入航空领域，1933年7月18日任国民政府军事委员会航空署技术处处长，1934年5月任国民政府航空委员会技术处处长。1934年4月1日担任中国航空工程学会会长。1936年3月任空军机械学校校长，1938年3月任航空委员会技术厅副厅