参加南京大屠杀的主要部队之一.第16师团在南京中山门一带大肆烧杀淫掠，多次纵兵冲进“国际安全区”，袭击难民营。
参加太平洋战争.太平洋战争爆发后，第16师团被编入本间雅晴中将的第14军，进攻菲律宾，参加了第一、第二次巴丹半岛攻坚战和镇压菲律宾各岛抗日活动的讨伐战，之后驻屯在菲律宾。1944年移驻雷伊泰岛，10月12日，美军4个师登陆雷伊泰岛，第16师团集中兵力死守塔克罗班机场，不敌失守。日军大本营不停地向雷伊泰岛派遣援军，雷伊泰岛的攻防战持续到了1944