初年，萧仿被召回长安任左散骑常侍。他认为懿宗过于热衷佛教，于二年（862年）四月上表劝止。懿宗予以表扬，却没有听从。十一月，在吏部侍郎任上与同僚郑处诲、吏部员外郎杨俨、户部员外郎崔彦昭等试宏词选人。十二月，以本官权知礼部贡举，曾有过失。又历任礼部侍郎、户部侍郎，六年（865年）在吏部侍郎任上为检校礼部尚书、滑州刺史、御史大夫，充义成军节度、判滑颍观察等使。滑州地处黄河上，常遭水患。萧仿实施一项大工程，移河四里，将黄河改为先前较为平稳的流向，两个月即完工，并画图献给懿宗，此举也得到懿宗的嘉许，因而于七年（86