杂原子是指有机化合物中，除了碳和氢以外的其他原子。一般指在分子骨架（特别是环系）中替换碳的原子。氮、氧、硫、磷、硼、氯、溴、碘等都是常见的杂原子。。若有机化合物中有包括杂原子的环，称为杂环化合物。在描述蛋白质结构时，特别在中，杂原子的栏位（HETATM）是描述不属于生物聚合物的一些小分子中的原子。