于他作品中的人物常常裸体，暴露生殖器，他一度被污为“淫秽创造者”（）。米开朗基罗的作品被臭名昭着的“遮羞布运动”大量破坏，加上了大量的遮羞布。例如，雕塑弥涅耳瓦的基督（位于罗马的神庙遗址圣母堂）的遮羞布一直保留至今。1546年，圣座任命米开朗基罗为梵蒂冈圣伯多禄大殿的建筑师。米开朗基罗要为教堂设计圆顶。工程进行期间，由于米开朗基罗的高龄，有人担心他不能在有生之年完成穹顶。然而，穹顶下部支撑环建成之后，建筑的完成不再是个问题。1564年2月18日，米开朗基罗在罗马去世，享寿八十八岁。这时距离他的89岁生日