母刘氏更获加号会稽王夫人，赐金章紫绶。而当时因为战事频生，国库虚耗枯竭，但司马元显聚敛钱财，比皇室还富有。隆安四年（400年），孙恩再度从海岛进攻，驻守会稽的徐州刺史谢琰战死，司马元显于是求领徐州刺史，加侍中、后将军、开府仪同三司、都督扬豫徐兖青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州诸军事。同年十二月戊寅日（401年1月2日），有彗星出现在天津，司马元显以此解录尚书事，但又加授尚书令。当时吏部尚书车胤不满司马元显骄傲放纵，于是去见司马道子，请他禁抑司马元显。司马元显知道后就去问司马道子究竟和车胤说了甚么，但司马道