府各部成立后，邓玉麟任军务部参谋，在部长孙武到任前，由邓玉麟、张振武负主责。清军进攻阳夏时，义军进行抵抗，邓玉麟出任步兵第七协统领，奉命防守武昌沿长江防线。1912年元旦，中华民国成立。1912年1月，邓玉麟担任陆军第四镇统制，后来改任第四师师长。南北议和后，邓玉麟作为南方九省代表之一驻北京。民国二年（1913年）2月18日，总统府向武昌首义有功人员授勋，邓玉麟获授二等嘉禾章，二等文虎章，领陆军中将衔，并担任总统府高级顾问。民国五年（1916年），袁世凯称帝，准备任命邓玉麟为政府咨议长。邓玉麟未就任