段时，已计划将此区域转给新干线及在来线迁置月台使用。因此，长崎车辆中心的功能于2014年中转至早岐车站旁设立的佐世保车辆中心，以腾出用地施工。上述高架站场已于2020年3月28日（原订2019年末）建成并局部投用，而长崎站亦已整体迁至该站体（而该站场由清水建设、西海、三基联营承建），旧有站场将予以拆卸作其他发展之用，当中旧有站厅将于2022-23年间改建为站前广场。新站场将设有在来线及新干线月台各4个，均为岛式月台。长崎车站为JR九州的直营车站，设有绿色窗口、自动售票机、自动检票口，JR九州发行的智慧卡