鹿耳门的北线尾之外，学者卢嘉兴则认为其意思是指良皇宫旧址所在地（小西门东北边）是北汕到福安坑口的尾部，所以称「北线尾」。
发展.依据干隆元年（1736年）匾额「回天之功」，可知当时庙名已经是「北线尾良皇宫」。该庙在清朝时已与南鲲鯓代天府往来，据说清朝时「南鲲鯓代天府千岁爷」每年都会被迎请到府城，因陆路不方便，所以是经海路从五条港上岸，入小西门后便驻驾在作为行台的良皇宫，为期一个月，期满前则会在府城遶境。后来因为府城信众在南鲲鯓王回銮后仍不舍，良皇宫便供奉了南鲲鯓王。该庙于嘉庆十