并拿到了联盟年度最佳投手的荣誉和入选了全明星赛。这个赛季后他将名字从约翰·保罗改成了他儿时的暱称布夫。随后的两年邦瑟在巨人队小联盟中稳步上升，2003年季末升到了3A的佛列斯诺灰熊。同年的11月14日，他和乔·内森、弗朗西斯科·利瑞安诺一起被送到明尼苏达双城，交换A·J·皮尔津斯基（）。2004年邦瑟从双城2A的新不列巅石猫的起步，随后升上3A的罗彻斯特红翼。2001年之后邦瑟再也没有投出像当年出色的成绩，作为顶级新秀的身份也有所褪色。直到2006年在红翼队开季投出防御率2.01的成绩，他才升上大联