日本投降后，司令部由陆军第十四军重新成立，并在1945年11月1日设总部于新加坡。1947年8月，司令部一度被降格及分拆为马来亚军区（Malaya District）和新加坡军区（Singapore District）两个军区，但司令部没多久就因为马来亚紧急状态而在1950年8月重新成立。1957年8月31日，司令部因为马来亚联合邦独立而正式解散，司令部的职能大致上由英军海外英联邦陆上部队（马来亚）继承。
历任陆军总司令.马来亚司令部的历任陆军总司令包括：