可能的越南部署，康维尔为F-106加装了M61火神机炮。机炮和导弹一样都被隐藏在机腹弹仓内。考虑到部署的机场大多位于寒带且机场条件较差，F-106机上配备有很好的除冰系统，并且安装了拦阻索以减少着陆距离。为了增加航程，F-106特别使用了一种低阻力副油箱。这种副油箱的一大好处是可以在任何速度下挂载而不必一定在高速时抛掉。后来F-106还增加了空中加油系统。
部署与使用.大部分F-106都被部署在美国本土用于防范苏联的轰炸机，尤其是空防最前线的阿拉斯加。也有少量F-106被部署到