罗马帝国时期开始，犹太人就已在现今北马其顿共和国的范围内居住。马其顿地区的犹太人曾遭到十字军的大规模屠杀，但在奥斯曼帝国时期，随着塞法迪犹太人的迁入，犹太人的数量又开始增加。在第二次世界大战中，北马其顿曾被轴心国之一的保加利亚占领，国内的犹太人都被送往集中营。 和巴尔干其他地方一样，由于大屠杀以及许多犹太人移居以色列，现在北马其顿的犹太人社群要比以前小得多，大约只有200人。大部分犹太人居住在首都斯科普里，而且没有运作中的犹太教堂。