爽文败走集集、水沙连（今南投县鱼池乡）等地。1788年2月10日，福康安令人说服当地居民于老衢崎顶（今苗栗县的崎顶一带）生擒林爽文。之后林爽文及诸要犯皆按律例凌迟处死枭首示众，原籍祖坟尽被刨挖，家眷连坐，女性发配边疆为奴，十五岁以下男童被押至北京交内务府阉割充当太监。庄大田由于与泉州籍首领庄钖舍有嫌隙，兵败逃亡时行踪为清军所知，被乌什哈达率领的水师抓获时，已身受重伤，在台湾被处死，函首北京。此事清廷虽派军不足4万，费时一年三个月平乱。然而巧用族群关系，借助闽、粤间之矛盾，并结好原住民，围堵林爽文部众