三十一年（1603年），赴福王喜宴时昏倒，回家后一病不起，赠太子少保，谥文敏。
着作.神宗年间，词馆中以于慎行及冯琦文学为一时之冠。编有《经济类编》百卷，近三百万字。沈云龙编《明代传记丛刊》收入《冯琢庵先生北海集》。又曾撰《宋史纪事本末》以续《通鉴纪事本末》，未完稿而逝。
家族.曾祖父冯裕，曾任按察司副使 赠布政司右布政使；祖父冯惟重，曾任行人 赠兵部主事；父亲冯子履，曾任按察司副使。母宋氏（封安人）。