大规模称为“航道”的军事行动，企图将切尔诺贝利核电站重新佔领和控制。根据行动计划，第一个小队将被派遣对整个变异区进行空中侦察，标绘出各变异点位置的详细布局。此后再利用此地图，把大量部队开进到里面。尽管军方他们已经作充分准备，但行动还是失败了。打头阵的战斗直升机大多数都失去联络。为了收集行动失败的内幕资料，乌克兰的安全部门将派特工到变异区中心进行调查。从这时起，一切都由玩家做主了。在今作作品中，没有了可以加入阵营或对他们反叛而令整个阵营关系改变的设定，主角设定为乌克兰安全部门的特工，游戏开始每个NPC是对