征和测序的重要方法。电离全蛋白的两种主要方法是（ESI）和基质辅助激光解吸/电离（MALDI）。 为了与现有质谱仪的性能和质量范围保持一致，有两种方法用于表征蛋白质。
聚糖分析.质谱法（MS）以其低样品需求和高灵敏度，主要用于糖生物学，用于表征和阐明多糖(glycan)结构。质谱法为高效液相色谱法(HPLC)分析多糖提供了一种补充方法。
太空探险.作为分析的标准方法，质谱仪已经到达其他行星和卫星。 其中两台被海盗号（）带到了火星。 2005年初，卡西尼-惠