成立后，便长期与东南文化基金会租用东南水泥位于高雄市前金区成功一路的东南文化大楼作为办公厅舍；然而，随着东南文化大楼空间逐渐不敷使用，在节省办公室租金的考量下，行政院南部联合服务中心决定兴建自有的办公大楼，获得行政院核定，由行政院南部联合服务中心委託内政部营建署南区工程处代办，投入新台币4.01431亿元新建办公大楼。而在内政部营建署的代办下，由永大正营造负责工程施工，并遴选刘木贤建筑师事务所执行为工程进行设计及监造，并于2015年6月21日动工，后于2018年4月23日竣工，2019年7月1日由原址东