高雄车站后，便扫射车站人群，民众躲入高雄车站地下道也遭军队扫射，造成多人伤亡，之后军队追击逃散各处的民众。这时处理委员会和民众因等待谈判结果而守在高雄市政府礼堂，高雄要塞守备大队陈国儒部包围建筑后，直接丢入手榴弹并开枪扫射人群，高雄市政府礼堂里面的参议员黄赐、律师陈金能、参议员许秋粽、王定石等五、六十人遭到枪杀，躲藏在防空壕的民众被军队丢入手榴弹，民众跳入高雄爱河躲藏也遭军队开枪扫射。3月7日下午，部队在市区展开绥靖、清乡，尔后军队召开多次善后会议，逐户清查户口、收缴武器、抛售粮食、展开救济、调查损失、