（1901年）11月11日民政部警察本署成立，大岛就任首任警视总长。三十五年（1902年）5月25日在斗六厅举行的匪徒归顺仪式上，指示斗六厅长荒贺直顺与警务课长岩元知杀害归顺匪徒265人，史称「归顺会场事变」。三十八年（1905年）8月2日与大岛同为内阁法制局出身的长石冢英藏调离后，成为民政部内抗衡后藤新平的势力领袖。四十年（1907年）4月1日兼任民政部总务局长至四十一年（1908年）7月23日。明治四十一年（1908年）5月30日升任民政部民政长官，同年12月5日兼任铁道部长，四十二年（1909年）