战争期间，马耳他人趁机发动了对迦太基的反叛，并将当地的军事指挥权移交给罗马执政官塞姆普罗尼乌斯。在第二次布匿战争期间，马耳他同样忠于罗马，而罗马给予马耳他「」的头衔作为回报，这意味着免除了对罗马纳贡以及受罗马法管辖的义务。西元117年，身为全盛期的罗马帝国之一部分的马耳他，由哈德良皇帝升格为自治区。 新约圣经《使徒行传》中曾叙述圣保罗在公元一世纪于本岛遭遇船难以及传教的事蹟。拉巴特的地下墓地亦证明早期基督教社群曾在马耳他岛上存在。当西元395年罗马帝国东西分裂时，说希腊语的马耳他，由定都于君士坦丁堡