经营官盐，后因生意需要，举家迁往杭州。父亲毛伟，弃商从儒，纳捐为监生，娶妻沈氏。沈家乃杭州望族，有“杭州甲族，以沈为最”之称。毛伟与沈氏共育四子，第三子夭折，余为长子毛文龙、次子毛仲龙、四子毛云龙。毛文龙九岁时，毛伟病故，其母时年二十六岁，携子依弟沈光祚居住。沈光祚是杭州名宦，万历乙末科进士，历仕开封府推官、山东布政使、顺天府府尹等职，后毛文龙从军，曾得这位母舅提携、推荐。毛文龙幼时，受母家之影响，亦曾接受儒家正统教育“幼从学，习经生业”，但对四书五经始终不感兴趣，而喜读兵法书“耻学举子业，好孙吴兵