血症、心内膜炎、骨关节感染以及因耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）引起的脑膜炎时，通常建议採用静脉注射作为第一线治疗；而投药时，剂量将依患者的血液浓度作调整。万古霉素也是一种治疗严重伪膜性结肠炎的口服药，然而口服时药效将会大为降低。，用来预防和治疗革兰氏阳性菌所造成的感染。传统上，万古霉素被用作「」，用来治疗所有抗生素均无效的严重感染。但由于越来越多的抗万古霉素耐药性病菌的出现，其地位渐渐被利奈唑胺和达托霉素所取代。常见的副作用包含注射至局部时的疼痛、过敏，有时候也可能引发听力问题、低血压或骨髓抑制等