殿即正殿，位于寺院最北，面阔14米，进深7米，共有立柱24柱，北壁东面及东壁原来绘有壁画，如今已无法辨识。卓玛拉康的殿堂内有许多木雕。中庭的庭院檐柱四周及后殿的门樘与梁柱上，均雕有大量精美图案。中庭中央四柱的替木上，雕有一周护法狮子，狮子造型与拉萨大昭寺中央一层中心殿堂内的木狮相似，均为龇牙咧嘴，四肢卷伏，鬃毛倒竖。这些狮子分雄、雌，雄性狮子下身雕有凸出的阴茎。卓玛拉康的中庭庭院檐柱的顶端穿插有月梁，月梁上的木雕是卷草及莲花纹样。檐柱下承接木柱，柱头上的十字形替木、下层垫木上，也雕有如意云头以及圆形