秋转入第二监狱。1943年4月，朱旦华与子毛远新入第四监狱。1943年9月27日，毛泽民被害。1945年2月，朱旦华得知毛泽民被害消息。抗日战争胜利后，经武装暴动，在新疆被关押的共产党人被无条件释放。
南下.1949年，中共在三大战役取得胜利，国军退败至长江以南。中共中央组织干部南下，朱旦华就在其中。时朱旦华在妇联任职。南下前夕，方志纯（方志敏之弟）前去探望朱旦华。方志纯时任中央社会部二室主任兼中央卫戌司令部参谋长。方与朱在新疆时即为同事兼战友。在新疆时，方志纯与前妻娄曼及女儿曾受