为杂学士奉祠。嘉定初年（1208年），黄由出任绍兴府知府，进阶浙东安抚使，嵊县有虎为患，百姓们以讹传讹说老虎变化叵测、踪迹不定。黄由向神祷告，招募人才捕虎，尽除虎患。嘉定三年（1210年），任刑部尚书兼学士院直学士，官至正奉大夫。黄由逝世后，被宋宁宗追赠为少师。葬于邓尉山。