易名为两江优级师范学堂。1906年，李瑞清出任监督，停办初级师范本科，增设公共科（即通识科）、分类科（即专业科），创设中国高等学校第一个图画手工科。1910年，两江优级师范学堂已设有地理历史部、国文外国语部、数学物理化学部、农学博物部等4部。1911年辛亥革命后，两江优级师范学堂停办。
南京高等师范学校与国立东南大学时期（1915‒1927）.1914年7月15日，江苏巡按使韩国钧委任江谦为校长，在两江优级师范学堂原址筹建南京高等师范学校。江谦聘留美学者郭秉文为教务主任、陈容为学监