总堂则得以作为新成区的联合礼拜场所之一得以保留。1966年文化大革命爆发后，圣彼得堂总堂关闭，由上海市胸科医院占用。文革结束后圣彼得堂没有归还教会，并且在1994年在市政改造中被拆除。 1913年，黄兴在上海圣彼得堂受洗。20世纪着名的红色特工董健吾（1891年－1970年）曾经长期以圣彼得堂牧师身份为掩护，从事中共中央特科的秘密情报工作，并开办大同幼稚园，收养中共烈士和领导人的子女。1932年大同幼稚园关闭后，他将毛岸英、毛岸青兄弟带回自己家中抚养。1936年，又曾担任南京国民政府与中共进行联系的