康熙三十年（1691年）增建了崇报祠。三十一年（1692年），柔远驿因受台风袭击而严重受损，福建地方政府随即修复了厢楼、墙垣，并重修了馆内的天妃宫。同年，因琉球贡使人数增加到300人，原驿馆显得狭小难以容纳，琉球方便在大厅西南侧增建了小四间用于贡使居住。嘉庆二年（1797年），琉球使臣上奏请修年久失修的柔远驿，清朝方面便由一些宪台官员捐资重新修复了除土地祠和崇报祠外的柔远驿所有设施。嘉庆九年（1804年）正月初九，馆内天妃宫楼上灯烛失火，并蔓延到全驿，甚至烧死了接贡船水梢蒲户仲村渠，该次火灾造成严重的破坏，