能高郡管辖埔里街、国姓庄及不设街庄的蕃地，郡役所设于埔里街。该郡的命名由来，是因该郡东侧边缘有海拔3300公尺的能高山，西南则离日月潭约有几十公里。1900年代之后，该郡为台湾总督府于台湾中部的原住民统治中心，能高郡警察课在全郡设有18个警察驻在所，并在所内设有蕃童教育所等机关。因为台湾总督府过于介入原住民生活并採取镇压统治方式，该郡于1930年代间曾发生震惊世界的雾社事件。