2001年9月11日，由170家赴日本投资的台湾企业组成「在日台商联谊会」。目前运作的有：日本台湾商会联合总会、东京台湾商会、日本关西台商协会、千叶台湾商会、福冈台湾商工会议所、琉球台湾商工协会等，以及留日台湾同乡会。目前已在日本设立的台资银行有：台湾银行东京支店、兆丰国际商业银行东京支店、彰化商业银行东京支店、第一商业银行东京支店、中国信託商业银行东京支店等。
司法.
犯罪事件.2016年5月，日本海上保安厅在沖绳查获并逮捕6名台湾人涉嫌走私600公斤安