来护儿跟随杨素到浙江攻打高智慧。高智慧沿岸布阵，绵延百里固守。来护儿率数百人敢死队上岸，直接袭撃敌阵，撃破之。高智慧出逃海上，来护儿追撃到泉州。进位大将军、任泉州刺史。高智慧残党盛道延侵犯州境，来护儿进撃大破之。跟从蒲山公李宽大破黟州、歙州的汪文进，进封柱国。603年，任瀛州刺史，赐爵位黄县公，受邑三千户，加上柱国，任右御卫将军。隋炀帝即位，来护儿任右骁卫大将军，受皇帝亲任。610年，炀帝巡幸江都，来护儿跟从，赐织物千段、牛酒。来护儿参先祖之墓，与父老宴会，可谓衣锦还乡。数年后，转任右翊卫大将军。612