权结党」的批评，又反对王钖爵让邹元标辞职。此后，顾宪成推举前大学士王家屏接替王钖爵，王家屏却是支持立太子的，引起明神宗不快，被削籍归里。顾宪成罢官居家，声名日高，朝廷内外交章推荐其复出，神宗置之不理。万历三十六年（1608年），朝廷起用顾宪成在南京光禄寺少卿，但顾宪成力辞不就。万历四十年（1612年）卒于家。
讲学.1583至1586年，顾宪成休假回乡时，曾在学校讲学。1594顾宪成辞职回乡，四弟顾允成亦因批评王钖爵而被贬职，回到无钖。第二年，与内阁对立的无钖进士高攀龙被贬，亦