是经水传染的重要寄生虫，对氯化有耐受性，在含氯浓度1000mg/L的水中，可存活24小时。
基因体.小隐胞子虫的基因体(2004年定序结果)约有10.4Mb，共8条染色体，每条染色体约为1.04-1.5Mb大小，染色体上不具有转座子。它和其他顶端复合生物亚门的生物不同，小隐胞子虫的质体或粒线体上不具有基因。
生活史.小隐胞子虫的胞子期(卵囊期)可以在宿主以外的环境中长时间生存，甚至可以耐受一些常见的消毒手续，例如氯消毒。小隐胞子虫的生活史包括了无性时期