东京市遭受谜样的轰炸；但诡异的是，NERV没有命令EVA出动。这敌人有可能不是使徒，而是别的敌人吗？隔天早晨，美少女转学生雾岛真名转入第三新东京市立第一中学2年A班，尝试快速亲近碇真嗣。惣流·明日香·兰格雷怀疑，真名可能是企图刺探NERV与EVA情报的间谍；然而，真嗣的心被真名率直的行动吸引……
登场角色.主要角色请参阅新世纪福音战士角色列表，本段只介绍原创角色。