读斯沃斯莫尔学院期间，他加入了橄榄球校队。1939年，安芬森于宾州大学获得了有机化学专业的硕士学位。同年，美国的斯堪地纳维亚基金会提供安芬森奖学金，请他在哥本哈根嘉士伯实验室分析复杂的蛋白质，也就是酵素的化学结构。1941年，安芬森在哈佛医学院攻读生物化学专业的博士学位，哈佛医学院同时提供给他奖学金，并且他在1943年顺利获得博士学位。1979年，他戒菸并皈依犹太教。安芬森和第一任妻子有3名子女，而与第二任妻子共同抚养4名继子女。他的论文在1998至1999年间由他的第二任妻子捐献给国立医学图书馆。