日本则承认中华民国。日本在无接收国情况下放弃台湾主权，这在国际法实践中是很不寻常的，但这正是约翰·福斯特·杜勒斯的计画。中华民国就未获邀请一事提出了抗议，而中华人民共和国认为《旧金山和约》违背了盟国于1942年1月1日签署的《联合国宣言》中「不与敌人个别媾和」的限制条款，因而不是全面合法的对日和平条约，始终拒绝承认该条约。随后在1952年4月28日，中华民国与日本终于在台北签订《中日和平条约》(《台北和约》)，但由于中华民国亟需通过和约巩固其中国合法代表地位，在谈判中处于极度劣势，未从条约得到任何实际利