前台北市市长陈水扁以39.3%的得票率当选总统，成为台湾历史上首次的政党轮替。民进党成为中华民国政府的执政党，2004年总统选举，陈水扁总统以50.11%的得票率成功连任，但在民进党8年执政期间，绿营一直未能控制立法院，立法院继续由蓝营控制。2008年立委选举，绿营失利，仅获得27个立委席次。同年总统选举，民进党失去执政权，由中国国民党重新执政。2008年第二次政党轮替后，前总统陈水扁因涉及贪污入狱，部份泛绿政党与社团依旧力挺陈水扁与其涉案的家人与团队，并笃信陈水扁是因为国民党的司法迫害而入狱，而被