笼鱼目所属灯笼鱼科的种类和数量上领先。这些群体广泛分布于全世界海洋中（包括极地海洋），生物量巨大。其中，钻光鱼科圆罩鱼属被认为是嵴椎动物中个体数最多的类群。占据底栖鱼支配地位的是软骨鱼纲的银鲛目和角鲨目，以及鳕形目的鼠尾鳕科、稚鳕科，鼬鱼目鼬鱼科和北梭鱼目海蜥鱼科。除此也观察到较多属于仙女鱼目炉眼鱼科、鳗鲡目鸭嘴鳗科、鲈形目绵鳚科的鱼类。底栖深海鱼的栖息地范围相比水深更受海底地形的影响，因而许多物种也分布在半深海带。中层带、半深海带及更深的区域有1000多种底栖鱼记录在册。