城之时，佔据小谷城，令久政把家督委让予长政。在长政成为当主的时期，自身已经相当年老，所以主要是以军目付的身份在阵。在亮政与六角氏进行攻防战时，一时间前往越前国退避，因为与朝仓氏结成同盟以图再起的关系，在家中採取亲朝仓的立场。天正元年（1573年），在与织田氏的战斗中战败后被虏获，并在信长面前切腹（小谷城之战）。（『信长公记』）嫡子虎千代（后来的赤尾清冬）因为清纲的忠义而被信长赦免。