但晚年却因听信奸吏错判陇西太守邓融入狱，而被免职。汉明帝永平五年（62年），郭丹在家中逝世，终年八十七岁。
生平.郭丹的父亲郭稚，成帝时曾担任庐江太守，清洁廉明。 郭丹七岁时父亲去世，母亲可怜他，卖掉自己的衣服，为他买产业。后到长安拜师求教，很快以博学得到了京师诸儒的敬重。大司马严尤请丹做官，郭丹推说有病不去，新朝皇帝王莽又征他做官，他却与一些儒生逃到北地郡（辖区相当今宁夏、甘肃一带）。淮阳王刘玄更始二年（24年），三公推举有贤能的郭丹，征为谏议大夫，派他去南阳安抚百姓降于朝廷