运河边的港口城市临清建立起公理会在山东的第二处总堂。1900年庚子事变中，两处总堂均被义和团摧毁。此后，临清总堂得到重建，庞庄总堂则迁往德州。1919年，公理会在山东省驻有外国职员26人，有36处布道区，受圣餐信徒1542人（居该省各差会第6名，次于美北长老会、美南浸信会、英国浸礼会、美以美会和圣道公会）。
山西.公理会在山西省的传教工作开始于1881年，来自美国欧柏林大学得冕路德牧师夫妇来到山西省，原计划在省会太原创办第一座总堂，但是由于各差会协约的限制，于是转往太原以南的太谷县