年（西元2000年）再奉保生大帝旨，重建慈济宫并整修龙虎塔；于民国九十三年（岁次甲申）四月十六日破土重建，至民国九十七年（岁次戊子）四月初一日入火安座大吉。民国一百零三年（岁次甲午）十一月初八日，钦奉玉旨举行一朝庆成谢土暨三朝祈安清醮；同月十六日，前往安平港北岸，恭请圣火回驾遶境。
奉祀神明.主祀保生大帝，同祀朱府千岁（郑成功）、曹府千岁（曹谨），陪祀註生娘娘、福德正神，配祀康元帅、赵元帅、虎爷、马使爷、神马；三楼太岁殿奉祀太岁星君，文昌殿奉祀文昌帝君；附设龙虎塔奉祀阿弥陀佛、观音