工学院水利系成爲武汉水利学院（今武汉大学水利水电学院），工学院矿冶系与其他高校相关系科合併成立中南矿冶学院（中南工业大学），工学院土木系与其他高校相关系科合併成立中南土木建筑学院（湖南大学、长沙铁道学院），农学院与其他高校相关系科合併成立华中农学院（华中农业大学），医学院与内迁武汉的上海同济大学医学院合併成立中南同济医学院（同济医科大学）。至此，武汉大学只剩下文理学院。之后，武汉大学逐步恢复和重建了哲学、经济学、法学、外文等学科。2000年，武汉水利电力大学、武汉测绘科技大学、湖北医科大学与武汉大学合并。