国民中学，曾获得九十四年台南市语文竞赛国中学生组国语演说第3名。高中就读国立台南女子高级中学数理资优班，参加校内的青年社（即校刊社），并曾获全国数学科展第一名。
罹患精神疾病.2007年（16岁），高中二年级起林奕含因所罹患的偏头痛、忧郁症到台大精神科就诊。2009年1月（18岁），高三参加学测获得满级分，曾被媒体採访，称为「满级分漂亮宝贝」；但林奕含日后认为当时的报导有夸大不实之处，使她招人闲话。2009年4月，于学测后的推荐甄试中落榜。同年7月，参加大学入学指定科目考试