运作，不受法院的指挥管辖，乃「审检分立原则」之体现。检察体系的最高首长为最高法院检察署检察总长，其具有非常上诉之权。
相关争议.战后的中华民国法律体系常被质疑有所偏颇，如法院体系被质疑为特定政党的禁脔，检调体系也发生过「奉命不上诉」的情事。