1965年12月特赦出狱。廖文毅返台之后，担任曾文水库副主任委员。黄纪男出狱后便到曾文水库工作。日本工程师在台日之间来来往往，常会带些日本的新闻或杂志来台，有些会报导台湾和中国大陆情势的消息。有一次，钟谦顺从谢聪敏处拿到一批有关1970年4月24日蒋经国在美国遇刺的报导资料到曾文水库，黄纪男读后放在抽屉中，竟遭有心人士撬开，拿去密告。1972年6月12日，黄纪男被捕，被判有期徒刑15年，1982年，获减刑出狱，是黄纪男第三度入狱。总计黄纪男从事台湾独立运动，在白色恐怖年代曾三度入狱，服刑长达24年。