革命党人积极参加反袁斗争。1916年4月，浙江宣布独立，王文庆出任浙江省临时参议会议长、省长。后改任政务厅厅长。1917年，他响应孙中山的号召，南下广州护法，任护法国会议员。1918年，他奉命到福建策反侵扰广东边境的浙军，出任援闽浙军副司令。1922年黎元洪任大总统后，王文庆不与黎元洪合作，避居上海。1923年曹锟贿选，王文庆发电声讨。1924年，王文庆随孙中山到上海，继续从事革命。1925年2月3日，王文庆因胃癌在上海福民医院逝世，享年43岁。王文庆逝世后，章太炎起草了《发起开会追悼王文庆通告》，