马鞍山线採用特别的靠右通行，以便南行乘客在大围站转乘东铁线。另一个跨月台转车站是荃湾线和东涌线的荔景站，该站可服务四个方向的跨月台转乘。而北角站亦可提供将军澳线和港岛线之间的转乘，不过两个月台之间的距离较大。2007年两铁合併以前，南昌站同时由东涌线和九广西铁服务。由于票务系统不一，南行东涌线和北行西铁虽然位于同一平面上，但仍受墙壁阻隔。合併后，部分墙壁拆除以便提供跨月台转乘。不过，这个配置并非主要客流方向。多数的乘客皆为西铁线出发前往西九龙和香港岛，或是东涌线前往尖沙咀，大部分乘客仍要途经大堂转乘