碍宿主细胞对其的自噬作用，达到免疫逃避的效果；有些结核杆菌可通过募集并聚合肌动蛋白以逃避泛肽化；而另一些结核杆菌则“丢卒保帅”的策略，主动脱去被泛肽化的细胞壁；这些策略都能使结核杆菌达到从吞噬体中逃离的效果。自噬可以增强一线抗结核药物，例如异烟肼和吡嗪酰胺的作用。
癌症.当调节细胞分化的几种不同途径被干扰时，通常会发生癌症。自噬在癌症中起着重要作用，既可以预防癌症，也可以促进癌症的发展。自噬可通过促进已饥饿或通过自噬降解凋亡介体的肿瘤细胞的存活，促进癌症的发展。自噬在癌症中的作