992年与台湾水泥公司签订「环保协议书」，该制度被中央环保署纳入「公害管制协定范例」，供各地方政府参考。1993年提报设立「无尾港水鸟保护区」，是全国第一个依据《野生动物保育法》设立的保护区。原先中央仅以行政命令规范，为全台十二大溼地之一的「兰阳溪口水鸟保护区」，也于1994年重新调查规划，1996年依《野生动物保育法》提报划设为水鸟保护区。1993年3月连战组阁，李登辉派人征询入游钖堃是否愿意阁担任交通部长，游以政党责任难以釐清、施政理念不同予以婉拒；1996年陈水扁邀请其担任台北市副市长，游以县