任天堂3DS系统软件是任天堂3DS的一套可升级版本固件以及前端软件。经由主机的网络连接下载更新可以令任天堂对其添加或者删除软件以及功能，所有的更新均包含之前更新的所有变更点。
系统菜单.系统菜单是每一台3DS预装的软件。它允许从任天堂官方认证的游戏卡、3DS应用或DSiWare标题中引导和管理游戏。
任天堂3DS系统固件升级发布.3DS可透过主机设定内的系统更新，来新增更多功能、服务或修正错误。日本版首发3DS出厂时的版本编号是「1.1.0 - 0J型」。