Beavis、McGuffog E. Gray及代校长安士棣牧师（）则到赤柱监狱监禁，梁凤岐老师则逃亡至澳门避难。战争期间，校内重要的诸战前校史及校友纪录几乎全数遗失，现时撰写的战前校史的根据主要是众校友的口述历史、以及其保留的诸零碎纪录，也有一批英国国家档案馆藏有的香港殖民地官员书信纪录作佐证。日佔时期，香港教育发展受到严重影响，全港学生人数由1941年的11万8000人跌至1945年的4000人，几乎所有适龄学童失学。英皇书院的日常运作亦被逼停顿。战前香港有诸学校649所，日佔时期只剩下34所。