；地下一层为站厅层；地下二层为5号线月台。
站厅.为方便行人进出，三溪站厅中心南侧被划分为收费区。站厅收费区设有多组3台扶手电梯、1组楼梯和1台专用电梯供乘客来往于站厅及站台。另外，三溪站设有便利店、面包糕饼店、时装店以及洗衣店。亦设有招商银行自动柜员机、自动售卖机以及“好易”自助服务机。
月台.三溪站设有一个岛式月台，位于黄埔大道东地底。本站月台东端设有出段线，通往鱼珠车辆段。在超高峰时段，由于需要投放更多列车来疏导客流，从鱼珠车辆段开出的列车可