权委託你处理。」乃木希典因而辞职，由儿玉源太郎成为第四任台湾总督。
「学习院」院长.由于在旅顺攻打战中日军死伤惨重，因此当时乃木已起自杀请罪之念，并向明治天皇请辞。但明治天皇不许，并任命为学习院院长，负责教导皇孙裕仁（即后来昭和天皇）。乃木希典于学习院院长任内，推行军事式教育，而且对裕仁亦很严格。据说当时明治天皇命乃木希典任院长时曾说过「你为朕失去了两个儿子，现在朕将这班孩子交给你。」
逝世.乃木希典一直任学习院院长。1912年7月30日，明治天皇驾崩；