965年，第一机械部调他担任新成立的武汉热工机械研究所所长兼党委副书记（代理党委书记）。但他的家人无法同行，尽管每月都有假期可以团聚，江泽民夫妻仍被迫保持了长达二十年的分居生活；然而这一职务却也帮助江泽民远离了上海、北京等城市的政治漩涡。1967年，文化大革命开始席卷武汉，红卫兵开始处处攻击他，他也被拉下所长位置，被迫接受批斗和检讨。在停职两年后，他被送往五七干校劳动。1970年，江泽民离开干校返回北京，成为第一机械工业部外事局副局长。当时恰逢冷战时期中苏交恶，罗马尼亚是少数继续与中国保持友好关系的社会