妹群而归类于蚺总科（Booidae），蟒科甚至有时会被归类为蚺科一个亚科，称为蟒亚科（Pythoninae），但是，现在的基因分子研究结果显示，蟒科与美洲闪鳞蛇科（Loxocemidae）才是姐妹群，两者再与闪鳞蛇科（Xenopeltidae）一起组成单系群，即蟒总科（Pythonoidea）。