刘存厚闻讯率部逃跑。2月24日，熊克武电令但懋辛代理四川省省长。3月8日，大元帅孙中山任命熊克武为四川督军。4月7日，但懋辛任四川靖国军第一军司令，此后他命吕超、喻培棣追击刘存厚，刘存厚被驱至陕西汉中。1919年4月27日，北洋政府的长江上游总司令吴光新发出感电，通告川东种鸦片、征烟捐，舆论乃多指责广州政府。孙中山命熊克武查办，熊克武乃任命但懋辛为查烟督办，到川东禁烟。但因禁烟有损唐继尧的利益，唐继尧乃令驻万县的滇军旅长田种谷会同复查。因滇军阻挠，但懋辛被迫辞职并回成都。1919年夏，熊克武部进攻滇