始由阿拉贡国王统治。后来阿拉贡与伊比利亚半岛另一大国卡斯蒂利亚整合成为西班牙，科米诺亦受西班牙统治。<br>1522年，因为奥斯曼帝国的进攻，医院骑士团被逐出了罗德岛，在欧洲居无定所，四处流浪。后来在1530年，教宗克雷芒七世与西班牙国王兼神圣罗马帝国皇帝查理五世允许他们来到马耳他，他们在岛上建立了马耳他主权骑士团。马耳他骑士团将科米诺岛用作狩猎和娱乐场所。骑士们禁止他人在岛上偷猎包括野猪和野兔等的动物，一经定罪，偷猎者可能会判罚在骑士团厨房当三年奴隶。在十六、十七世纪中，科米诺岛成为一个用于监禁或流放犯