帕尼奥拉岛附近海上搁浅，并且很快就断裂，哥伦布最终被逼弃船，改用尼尼亚号为旗舰。有关圣玛利亚号断离的原因，学者归因于其北方的建造者错加铁钉，令到船身受力不正常，未能承担远航任务。
吨位和尺寸.圣玛利亚号的吨位和尺寸并没有留下任何历史记录。因为哥伦布于其《航海日志》中，多次称其为la nao（船），而不是la Carabela或las carabelas（三桅轻快帆船），一般估计其比同航的尼尼亚号和平塔号为大，而且是圆和矮矮胖胖的。山缪尔.艾略特.莫里森（Samuel Eliot M