支持天主教在其领地内的传播。1587年，丰臣秀吉颁佈《伴天连追放令》，定天主教为邪教，禁止天主教的传播。多数大名被迫改信佛教和神道。文禄庆长两战后，在日被抑留朝鲜人多数，改宗吉利支丹。江户时代后，幕府于1613年发佈，将天主教大名有马晴信处死、高山右近流放菲律宾。此后，幕府对天主教徒进行迫害，将他们蔑称为「鬼利死丹」。第五代将军德川纲吉之后，为避纲吉之讳，改称为「切支丹」，蔑称「切死丹」。1637年，九州地区爆发岛原之乱，被幕府镇压。幕府对支持天主教的人士进行搜捕，而天主教徒的活动亦转入地下。