聚合酶与核糖体，可以说非常接近于真核生物中的对应物。尽管古菌中只有一种RNA聚合酶，但其结构与功能与真核生物中最主要的RNA聚合酶Ⅱ非常相似，且其结合到基因启动子上所需的蛋白质组件（通用转录因子）也非常相似。但是，其它的古菌转录因子却与细菌中的相似，转录后修饰也比真核生物中的简单（大部分古菌基因缺少内含子，其内含子主要集中在tRNA和rRNA基因中，少数出现在编码蛋白质的基因中）。目前已有一百五十余个古菌基因组已经完成了测序，另外许多测序工作正在进行中。
基因的转移与交换."沃