分局（当时称北方分局）任秘书长。1941年秋，日军“扫荡”晋察冀北岳地区，姚依林率中共中央晋察冀分局警卫、勤杂、文秘人员突围时，被日军围困在乌王口西北的山沟。姚依林等人坚持七昼夜才脱险。1942年5月，日军在冀中发动规模巨大的“扫荡”，时逢大旱，晋察冀边区进入空前困难时期。姚依林按照中共中央晋察冀分局的指示，组织分局机关种粮种菜。他还利用在清华大学学到的化学知识，指导成立了工业生产小组，制造肥皂、墨水、土炸药。1943年9月，日军“扫荡”冀西山区。姚依林率20余人的手枪队驻五台山一个多月。日军撤退后，他