生物中没有线粒体，却发现具有由线粒体起源的细胞器，如氢化酶体和，因此很可能这些原生生物是在之后才丢失了线粒体。植物和很多藻类拥有细胞器色素体。同样的，这些色素体也有自己的DNA，起源于内共生，这次的内共生体是蓝菌门细菌。色素体又称质体，最常见的就是叶绿体，像蓝菌门细菌一样也有叶绿素，通过光合作用合成有机物（如葡萄糖）。其他色素体参与储存食料。虽然色素体很可能是单起源的，但并非所有含有色素体的细胞也是单起源的，实际就有些真核细胞通过多重内共生或摄入获得色素体。内共生起源也许能适用于细胞核，此前鞭毛也被