连三元（），字子先，直隶广平府永年县人，民籍，明朝政治人物。
生平.隆庆五年（1571年）辛未科三甲第一百九十五名进士。万历二年（1574年）任湖广麻城县知县。曾官常熟县知县。
家族.曾祖父连智；祖父连华；父连钖，母李氏。