不应混淆。Cooley-Tukey算法的"N"与"N"不需互质，可以是任何整数。然而有个缺点是比PFA多出一些乘法，和单位根twiddle factors相乘。相对的，PFA的缺点则是"N"与"N"需互质 (例如"N" 是2次方就不适用)，而且要借由中国剩余定理来进行较复杂的re-indexing。互质因子算法 (PFA)可以和mixed-radix Cooley-Tukey算法相结合，前者将"N" 分解为互质的因数，后者则用在重复质因数上。PFA也与nested Winograd FFT算法密切相关，