1546年起，腓特烈三世皈依路德宗，1557年继承父亲的爵位和领地。1559年，持有普法兹选侯头衔的维特尔斯巴赫家族长支绝嗣，腓特烈三世代表幼支，继承了选侯的职位。1561年腓特烈改信加尔文宗，因此引起了一些路德宗王公的敌视。他支持同属加尔文宗的法国胡格诺派新教徒，也向尼德兰的新教徒提供援助。1563年，腓特烈三世主持制订了加尔文主义的重要探题书《海德堡探题》，从而为加尔文主义奠定了系统化的基础。
家庭.1537年，腓特烈与布兰登堡-库尔姆巴赫的玛丽结婚，两人共有4子4女：