永禄11年（1568年）奉将军足利义昭上洛时，击破三好三人众的军势，扫荡他们在山城国、河内国的领地，迫使三好三人众跟三好康长败逃回阿波国。因此三好三人众跟三好康长、篠原长房等三好方势力遂趁织田信长离开京都回归岐阜城时，在永禄12年（1569年）1月揪合斋藤龙兴及其旧部长井道利，以药师寺贞春为先锋对居住在本圀寺的足利义昭发动攻击。三好军从和泉国登陆后，在1月2日先攻陷家原城，城守雀部治兵卫、寺町左近将监战死，城兵阵亡2百人，三好军获胜后连夜进袭，在3日时接近足利义昭居住的本圀寺。当时留驻在本圀寺的共有明智