吉死后，从朝鲜撤退。之后和加藤清正、福岛正则等人同属武功派，和五奉行之一的石田三成等文治派彼此对立。庆长4年（1599年）、两派间的仲裁者‧前田利家死后，幸长和加藤、福岛等人共同袭击石田三成。庆长5年（1600年）关原之战，隶属于德川家康的东军，和池田辉政等人负责攻略岐阜城。9月15日关原本战当日，在垂井一里冢附近佈阵，防备在南宫山的毛利秀元、长束正家等西军部队。战后，受封纪伊国和歌山藩37万6000石。同年，叙任从四位下‧纪伊守。庆长16年（1611年）、和加藤清正协力促成在二条城家康和丰臣秀赖的会谈