龟种归类于加拉帕戈斯象龟圣克鲁兹岛亚种。
分类.直到2015年，人们依据其在遗传学和形态学资料研究的基础上，才将加拉帕戈斯·唐福斯托象龟重新划分为一个新龟种。 从遗传学角度上分析，唐福斯托象龟与其它龟种不同之处在于其具有12个微卫星位点的等位基因频率，而这种基因特点能将其分布于不同基因簇。 另外，在核苷酸基因上，唐福斯托象龟（"C. donfaustoi"）与加拉帕戈斯象龟圣克里斯托瓦尔岛亚种（"C. chathamensis"）和来自本岛的加拉帕戈斯象龟圣克鲁兹岛亚种（"C. p