，但是民国后由于各地政权林立，为了建军也出现如青岛海校或是东北海军之类独立于“正统”海军的旁支，在中央收编的同时他们并不接受被闽系併吞的结果，在政治折冲下最后以舰队作为分派，第一舰队与第二舰队为闽系海军、第三舰队为东北海军、第四舰队为广东海军，除此之外电雷学校也有附设战斗舰队，各派系的预算与人事彼此不互通，偶尔也有互斗的小型冲突。由于大型舰只大多是清朝时期继承的老旧舰只，小型舰战力不足，部分在战争爆发时就自沉阻塞航道，少数的近代舰只在9月后即遭日本之「支那方面舰队」击溃而全灭，仅存少量炮舰开至四川地区躲