割岛中心的赤鱲角断层，採南北走向，从虎地湾伸展至深湾。大部分地区由较浅层的风化层覆盖。土壤侵蚀在陡峭山坡上颇旺盛，在高地上形成沖沟及突石。
环境变化.兴建新机场时，赤鱲角大部分土地被夷平，剩下东南面过路湾旁的观景山和白沙咀；经过填海圹充约10平方公里后，成为香港国际机场的所在地。另外赤鱲角西南方的榄洲于填海时，与赤鱲角连体。因港珠澳大桥工程，2011年开始在赤鱲角岛的东南面填海，以兴建港珠澳大桥香港连接线，其中包括赤鱲角路及连接港珠澳大桥香港口岸的长堤。工程落成后，港珠澳大桥香