命将用兵”之得失，授秘书正字。文明元年（684年），魏元忠迁殿中侍御史。时扬州有徐敬业作乱，武则天派魏元忠到扬州协助大将军李孝逸作战。魏元忠多次为李孝逸劝谏作战得失，终而平定叛乱。永昌元年（689年）八月，被徐敬真、张嗣明等人诬称曾与徐敬业通谋，周兴、来俊臣判其死刑，但武则天惜其才，以其有平扬、楚功，仅流放岭南。长寿元年（692年）正月，来俊臣告发元忠、同平章事任知古、狄仁杰、裴行本、司农卿裴宣礼、前文昌左丞卢献、洛州剌史李嗣真等七人谋反，被贬为涪陵（今重庆涪陵市）令。元忠前后三被流放，又三被召回。