成为藏匿和保护妇女免遭日寇蹂躏的处所，藏了很多人。有一天，日寇进校搜查，要把无人认领的难民统统抓走。工友严师傅先认一难民男青年为儿子，另一位王师傅又认一难民姑娘为女儿，使他们幸免于难。被救的两人，后来结为夫妇，1960年还来金中寻找恩人。钟楼产权在渡江战役前一直为美国美以美会所有，之后被中华人民共和国政府没收，归金陵中学所有。
保护.1991年，汇文书院钟楼于被国家建设部、国家文物局评为近代优秀建筑。2002年10月，被列为江苏省文物保护单位。2006年，作为金陵大学旧