可能被中国国民党方面的警察怀疑，他请长假离开迪化市，来到焉耆。正逢焉耆农林场在建一个规模较大的苗圃，他便应邀在此当技术员数月，指导苗圃建设。1945年5月，他回到迪化市六道湾苗圃继续任技师，后又任工程师。1945年10月17日到1946年6月6日，张治中率领国民政府代表团同以阿合买提江·哈斯木为首的三区临时革命政府代表团在迪化市和平谈判，签订和平条款。该时期，三区革命对司马益·牙生诺夫产生很大影响。1946年，六道湾苗圃改为农林试验站，司马益·牙生诺夫任站长。1947年7月，司马益·牙生诺夫到伊犁，