电子签证）者，得透过移民署网站，网路申办来台许可，每次得免签证停留14天。以此方式入境时，须持有效护照、出示上列认可国家之有效签证或永久居留证及于移民署申请并列印之许可文件，方得准许入境，惟移民署保有最终审核之权利。2013年5月9日发生菲律宾海巡以机枪射杀一名台湾渔民之广大兴事件，中华民国政府曾一度中止菲律宾国民透过此方式申请来台许可，唯已于同年8月8日起恢复，菲律宾籍人民得再度适用线上免签证查核系统申办来台许可。2018年8月1日至2020年7月31日给予菲律宾完整免签证待遇。