户城斩伤了高家旗本吉良义央，藩主被撤职兼切腹自尽，其后藩士反抗，触发元禄赤穗事件，浅野氏管治赤穗藩自此结束。赤穗事件后，由下野国乌山藩永井直敬代替，石高为3万2千石，五年后移封至信浓国饭山藩。之后备中国西江原藩主森长直被幕府分派到赤穗藩，森氏管治到废藩置县为止。在森氏统治期间，藩政收入出现恶化，需要进行藩政改革，第五代藩主忠洪进行藩政改革，实行节流，开发盐田，种植蜡烛原料栌木，但是未见成效。另外第十代藩主忠德扶植忠贯为藩主，在森家的史书中不视作忠贯为家督。1809年藩主忠德更将盐业由政府专卖。1862年