港关系不少程度上影响着台湾与澳门关系，而中华民国政府把香港、澳门两地合称为港澳地区，有别于中国大陆。
政治关系.
中华民国机构人员被香港政府拒绝入境连串事件.1999年7月，台湾驻港代表、中华旅行社总经理郑安国在香港电台阐述李登辉总统的「特殊两国论」，其后引起中华人民共和国国务院副总理钱其琛指示香港特区政府不应宣传和支持「两国论」，部份香港亲中传媒批评传媒不应该「鼓吹台独」。11月，郑安国工作签证期满，但香港政府没有续发签证，被调回台湾，但继任的张良任亦未能得