字架镶嵌画原封不动，而把其他主要的镶嵌画揭露。作为一所历史悠久的教堂和清真寺，复原工作面临特殊的挑战。基督肖像镶嵌画虽然逐渐被揭露，但一些重要、历史着名的伊斯兰艺术可能因此而被摧毁。复原者尝试在保存基督教及伊斯兰文化之间取得平衡。教堂正厅圆顶上的伊斯兰书法是否应移除更引发了争议，因为在书法之下覆盖着基督镶嵌画（假设镶嵌画仍完好）。
争议.
现今用途.土耳其总统穆斯塔法·凯末尔·阿塔图尔克下令把圣索菲亚大教堂变成博物馆，禁止把此处用作宗教礼拜场所。不过在