结婚，并生下了波旁的亨利——未来的纳瓦拉国王亨利三世与首位波旁王朝法国国王亨利四世；而这次婚姻亦令她获得的称唿。她是公认法国为「结盟宗」（胡格诺派）信徒的精神和政治领袖，也是法国宗教战争的关键人物。
生平.神圣罗马帝国皇帝查理五世曾提议让胡安娜和他的继承人费利佩结婚，以巩固自己在纳瓦拉的统治。1541年在法兰西国王弗朗西斯一世的政治考量下，她被安排同结婚，他是亨利八世前妻克里维斯的安妮的弟弟；但是胡安娜坚持反对这场婚姻，甚至在结婚典礼时被蒙莫朗西公爵强制抬进去参加仪式。在结婚前