月29日，安平事件使共方与美方直接发生军事冲突。1946年9月27日，三方签署协议，关内保留太原、沁县、临汾、邯郸、新乡、泊头6个小组，其余全部撤回北平；关外由8个小组缩减为3个。1946年10月至1947年11月，随着傅作义攻陷张家口、在南京召开国民大会，周恩来于10月飞回延安，军调工作彻底停止。11月22日，各小组的共方人员撤走，变成了二方小组。1947年1月8日，马歇尔返美。1947年1月29日，美国驻华大使馆宣布结束与三人委员会及北平军调部的关系。1月30日国民政府宣布由于美方态度，解散三人小组