进旧城范围内文物保护单位腾退工作的请示》，其中包括大高玄殿的腾退问题，请求国务院支持。但因腾退涉及经费及用地问题，故一直未取得实质进展。2005年夏，北京市文物局向大高玄殿的管理使用单位下发了《责令限期整改通知书》，要求其在一年内整改。2006年3月，文化部、国家文物局、北京市文物局与占用单位协调。2008年1月，国务院有关领导出面召开协调会，约请财政部、北京市人民政府、总参管理保障部服务局、故宫博物馆四方商谈，提出最迟不超过2009年3月腾退的意见。2009年3月，占用单位称腾退面临经费及土地划拨等困难，