加盟共和国时期，苏联为了灌溉棉花田，开凿大型水道引流阿姆河和钖尔河，令流入咸海的水量大幅减少，咸度提高，至廿一世纪，水量共减少九成，令原本是内陆湖的地形景观转变为沙漠。后来，哈萨克斯坦在钖尔河兴建水坝，但都只能改善咸海北部的情况，南部依然无水供应。由于沙漠化，令两国空气中微粒子的含量上升，造成了唿吸道健康恶化的问题。