江户时代后成为纪州藩纪州德川家及其的领地；19世纪末明治维新实施废藩置县后这些区域改隶属和歌山县和新宫县，1872年的第一次府县整併后，才全数划入和歌山县。1879年实施时，正式从牟娄郡分出设置近代的行政区划「东牟娄郡」，并在新宫町（位于现在的新宫市）设置郡役所。