子由一个α链和一个β链组成，两个链都穿过整个细胞膜。在细胞外这个分子有四个区（α1、α2、β1和β2），其中α1和β1组成一个凹坑。第二型人类白细胞抗原比第一型稍大些。只有吞噬性的细胞（比如巨噬细胞、B细胞）的表面有第二型人类白细胞抗原。在巨噬过程中被溶酶体分解的蛋白质的肽被粘在第二型人类白细胞抗原的凹坑里。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。 
第三类MHC分子.与前两型不同的是第三类MHC分子主要属于补体系统，参加不分别