一爌、李继周分别对庙宇进行了重建。进入清朝起，逐渐将元末明初的上海文人秦裕伯奉为城隍，以替代原有的上海县城隍之神。清康熙二十二年（1683年）知县史彩修与住持杨兆麟修建鼓亭两座。雍正十三年（1735年）住持又募集资金重修。干隆十二年（1747年）知县王侹重建被焚毁的寝宫。干隆五十九年（1794）道会葛文英募资修建后楼。嘉庆三年（1798年）修缮大殿。道光十六年（1836）士绅又集资重修了被焚毁的西庑和戏楼。
灾毁与重建.1842年吴淞战役后，英军于6月19日进占上海县城，并以城