所带来之种种新传染病的播散，阿伊努人的人口大量减少。此外，强制性的劳务和被迫分离的家庭，也都对阿伊努人当时的人口造成了影响（Thomason 1999）。
明治时期以后的制度化歧视.1868年，江户幕府的末代将军德川庆喜把国家大政奉还给明治天皇，日本历史上的明治时期正式展开。1869年，明治天皇迁都江户，并将新都改名为东京。同年，在没有任何正式协商的情况下，阿伊努人所居住的「虾夷地」被正式纳入日本的行政范围内，同时易名为「北海道」。次年，现代的户口制度在北海道正式实行，所有的阿伊努