吕秀莲获得近四成的选票，当选中华民国正副总统，成为台湾政治史上首次政党轮替，时任党主席为林义雄。同年前党主席施明德退出民进党。2004年总统选举中，国亲联盟的连战和宋楚瑜受三一九枪击案影响而以微弱差距败选，陈水扁和吕秀莲惊险连任正副总统。2005年县市长选举，民进党大惨败，流失台湾大多数的县市执政权，苏贞昌辞去党主席为败选负责。2006年8月，已经退党的前党主席施明德发动百万人民倒扁运动，要求时任总统的陈水扁下台，陈水扁政府开始摇摇欲坠。同年9月，前党主席林义雄宣布退出民进党。2008年总统