比对当中。其中关于结构比对的部份利用常见方法，如: TMalign, Mustang和 sap。
R-Coffee.该方法为利用二级结构的资讯来比对 RNA 序列。
TM-Coffee.该方法特别针对跨膜蛋白,因此在进行多重序列比对之外,亦针对输入的序列进行膜蛋白二级结构预测 。