学校设立艺术学院，以传授古希腊和古罗马文学、新教理论、科学和哲学为主。宗教改革家让·加尔文在此期间也曾到访任教。由于教学方法的革新，学校吸引了大批欧洲人才前来就学，这使得学校规模迅速扩张。1566年5月30日，让·斯图尔姆文理中学晋升为学术院，随后设立法学院（前身）、医学院、哲学院等学院。1621年8月14日，学校改建为大学，斯特拉斯堡大学正式成立。神圣罗马帝国三十年战争结束后，斯特拉斯堡市管辖权被交给法兰西王国。国王路易十四是坚定的反宗教改革派，他在斯特拉斯堡大学内设立皇家执政官，以促使大学向天主教派转