年辞去了西门子公司的工作。1944年鲁斯卡在柏林工业大学获得大学任教资格，1949年成为柏林自由大学的教授，1959年起也在柏林工业大学任教，直至1971年，教授电子光学基础和电子显微镜技术，发表科学文章超过100篇。1988年，恩斯特·鲁斯卡在柏林逝世，葬于其弟弟赫尔穆特·鲁斯卡在柏林的墓旁。
研究.鲁斯卡是电子显微镜技术的开拓者之一，1931年4月7日，他和马克斯·克诺尔（Max Knoll）成功用磁性镜头制成第一台二级电子光学放大镜，实现了电子显微镜的技术原理，基于磁