圣战者自由战士同入侵军战斗，最终取得胜利。1992年4月阿富汗圣战者游击队推翻了莫斯科支持的阿富汗民主共和国政府，拉巴尼6月28日就任临时总统，12月30日当选阿富汗总统。在1992年至1996年期间，拉巴尼政权实际控制阿富汗中部。1996年，首都喀布尔被阿富汗伊斯兰酋长国攻陷，阿富汗伊斯兰国残余势力撤至阿富汗东北地区，併入北方联盟。1996年以后的拉巴尼政府虽然仅能控制小部分国土，仍然是联合国承认代表阿富汗的政府，直至2001年新的阿富汗过渡政府成立为止。2001年，美国推翻阿富汗伊斯兰酋长国以后