教会对殖民地学术机构的掌控，而为大学的世俗化进行了激烈的争斗。1849年，新一届上加拿大责任政府在一场冗长而激烈的辩论后，投票决定将国王学院改名为多伦多大学，并切断了学校与教会的联系。斯特拉坎早就预见到了这项决定，而在一年前就辞去了校长的职位，并建立了三一学院，一座隶属于英国国教的私立神学院。便是在这时作为多伦多大学非宗派的教学分支而建立的。美国南北战争期间，出于北方对英属北美产生的可能威胁，大学步枪兵团被成立了 - 他们最终在1866年参与了尼亚加拉边境上抵御的战斗。1878年建立的“实践科学学院”是