的新高雄驿于1941年6月22日开始营运，而原本的第二代高雄驿则改称高雄港驿，主要办理货运。当时纵贯线上的客运列车改停新车站，货物列车停旧车站，但潮州线客运列车仍会开到旧车站，后来潮州线客运改使用单辆汽油车行驶后，可在高雄港驿直接调头转向，继续经山下町、田町、旧城等站开至台南第二次世界大战期间，由于整个大高雄被划为「要塞地带」，高雄港驿等重要设施禁止摄影，要发行风景明信片译得先经过审阅后才能发行。而随着战况恶化，台湾的铁路运输也逐渐受到影响，甚至后来到了白天不敢行驶火车的情况。当时由高雄港驿邻近高雄港等