正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织「黑之巢会」蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为复辟德川幕府的统治，率领手下的四天王葵叉丹、弥勒、修罗及罗剎，操纵由古代咒法生出的魔物「魔操机兵」在帝都展开了破坏活动。太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，一场场帝国华击团与黑之巢会间缠绵不止的战斗自此展开。
开发过程.
理念及开发过程.早在1990年，《樱花大战》制作人广井王子就已经开始构思相关游戏概念；在欣赏戏剧《》时，他被舞台的背景及演出阵