毕业前，李贤玉和她的导师参与了中国人民解放军某科研项目。1990年7月，李贤玉硕士毕业后没有像其它同学那样选择留校、留学或是经商，而是成为中国战略导弹部队第二炮兵部队的科研人员。
军旅科研生涯.1991年，以信息技术为核心的精确制导武器在海湾战争的应用，使中国意识到军队信息化的迫切。1992年，中国人民解放军第二炮兵部队开始筹建第一套作战指挥自动化系统，以适应信息化战争的需要。李贤玉成为此项科研项目的一员，负责网络总体构建和实时数据传输两项攻关任务。年仅28岁的她是团队中年纪最小的