继续传教。1801年，朝鲜政府发动辛酉邪狱，开始大规模迫害天主教徒。最初他决定逃回中国，但后来考虑其逃脱会使会使政府加大对朝鲜教徒的镇压力度，于是他决定在汉阳投案自首，期望以此终止对教徒的镇压。最终他被处以绞刑。2014年8月16日，教宗方济各在韩国首尔为包括周文谟神父在内的124位韩国殉道者举行宣福礼。