左右的飞弹快艇，分驻宜兰苏澳、台北淡水、澎湖马公、高雄左营、台南安平、连江东引等基地。海鸥级飞弹快艇因使用铝合金船体，结构疲劳及损害较不容易修复，台湾海崃的环境亦对小型艇不友善，船队很快即出现老化征兆。1999年，海军公布新一代飞弹快艇，即称为光华六号飞弹快艇的研发。光华六号飞弹快艇自2009年起开始交船，一直到2011年底共生产约30艘，汰换海鸥级飞弹快艇。2014年11月1日，由于精粹案裁军计画，海蛟大队遭到裁撤；飞弹快艇部队移编至海军第一三一舰队辖下各战队，与锦江级巡逻舰混合编队执行巡逻任务。