有10个国家重点实验室、国家工程实验室、国家专业实验室和国家工程（技术）研究中心，17个教育部重点实验室和教育部工程研究中心，32个其他省部级重点实验室、工程（技术）研究中心、人文学科和社会科学研究中心、重点智库，以及东南大学建筑研究所、太赫兹研究所、医学影像与精确诊治技术研究中心、学习科学研究中心、空间科学与技术研究院（阿尔法磁谱仪 AMS研究中心）、汽车工程研究院、生命科学研究院、城市工程科学技术研究院、南京通信技术研究院、智能运输系统（ITS）研究中心、现代计算机集成制造系统(CIMS)研究中心、集团