中佐。1898年12月至1901年4月，加藤再次到军舰上服役，先后在防护巡洋舰秋津洲、笠置，以及装甲巡洋舰八云等军舰上担任副舰长。其中因为八云号是在德国建造的，为了接收、领取这艘装甲巡洋舰，加藤第二次动身前往德国。1901年4月起两年间，加藤任军令部副官（时军令部长为伊东祐亨）。期间有大约一年时间加藤又再次担任西乡的副官。加藤深得西乡、伊东两人的宠信，其地位愈发牢固。他经常要负责接待业务往来的访客，以及对政界、商界人士进行应酬；他们经常在单独的房间内进行商谈，从舰队的配置图、到日本以外各国势力的分析