站建于1900年，位于嫩江大桥西侧，于1903年7月通车。当时车站名为“45号小站”，为中东铁路五等站，设有3条到发线和1条货物线。满洲国时期车站新建通往关东军仓库和小松制材所的专用线1条。于1953年实施的一五计划中，车站在西侧新建2条股道以连接北满钢铁工业站，1956年7月升为三等站。1957年4月车站新建东场，于1958年投入使用。随着客货运量的增长，1964年车站升为二等站，1985年11月29日又升为一等站。
车站结构.富拉尔基站目前设有东场（客场）、西场和南场三个站