纽竣工后，深圳东站将成为交通枢纽的一部分，占地13.71万平方米，具体范围位于吉华路和深惠路一带，站房为跨线式，由东、西站房及高架候车厅组成，设有6条有效长度650米的客车到发线、1条货车到发线和4条正线，设旅客基本站台和中间站台各两座，主要为京九线、广茂线及广西、云南方向始发终到的长途旅客列车。
营运.该站于2012年12月21日正式开始营运，首班列车开往天津，但候车厅、停车场等设施施工尚未完成。
旅客列车目的地.目前在深圳东站办理客运业务的只有普速列车