穆斯林的屠杀，清廷担忧回民反叛势力颠覆其统治，于是进行强力镇压，最终平定了西北一带的回民叛乱，招安了回民反叛势力。清末，清朝西北一带的陕西省和甘肃省（包括今天的甘肃省，宁夏回族自治区，青海省部分地区）发生了同治陕甘回变，共导致了至少两千万平民丧生（见同治陕甘回变）。同时，清朝西北一带的回疆也发生叛乱，清廷恐怕沙俄会趁机将势力渗入中国回疆，派左宗棠平乱，最终正式建立新疆省。中华民国时期，孙中山提出五族共和，军阀马家军（马步芳及其家族）在西北地方为第一大军阀。中华人民共和国成立后，在文革期间，伊斯兰教和