次世界大战最后两年，日本在海上航道的保障上投入大量精力。一只隶属于日本的由1艘海军旗舰巡洋舰和14艘驱逐舰组成的执行反潜舰护送任务的舰队将马耳他作为其母港。然而不幸的是，舰队中的一艘桦型驱逐舰“榊号”被奥地利潜艇U-27发射的鱼雷击中，其68名船员于1917年6月11日全部殉难。之后，遇难者被埋葬在马耳他的卡尔卡拉。1964年9月21日，马耳他国（现今马耳他共和国的前身）从英国殖民统治下独立。隔年，日本和马耳他建立正式的外交关系。1989年1月7日，在位超过60年的日本昭和天皇逝世，马耳他外交部长文森