1982年，瞿昙寺被中华人民共和国国务院公布为第三批全国重点文物保护单位之一。1985年，国家文物局派专人组织青海省外的施工队对瞿昙寺瞿昙殿进行落架大修。此后，青海省文化厅文物处组织人员对瞿昙寺文物建筑的病害及残损情况开展调查，自1991年起，多次向国家文物局书面报告及专程汇报。国家文物局领导及专家马自树、罗哲文、宿白、郭旃、傅连兴、晋宏逵等人先后赴瞿昙寺视察。同时，青海省文化厅委托天津大学建筑学系设计瞿昙寺维修总体方案。1995年3月30日，国家文物局在北京召开古建筑专家组专题论证会，瞿昙寺被列为首个项目