使刘源本人的仕途受挫，连整个河南省也遭一股势力大肆攻击。在六四天安门事件后的20年间，河南省几乎没有中央任何利好政策，经济、教育遭打压。
迁职军界.1992年5月，刘源任武警水电指挥部第二政委兼水电指挥部副主任，率部参加长江三峡水利枢纽工程建设，被授予武警少将警衔。离开河南省那天，刘源没有声张，只是去了新乡七里营乡刘庄村告别，许多人还是跑到郑州火车站为他送行。1998年任中国人民武装警察部队副政委。2000年晋升武警中将警衔。2003年任中国人民解放军总后勤部副政委，被授予解放