诚意，如中国大陆对台飞弹部署不断增加，多达一千多枚，又通过《反分裂国家法》以法律条文规定不排除采取“非和平方式”，始终坚持保留“不放弃武力犯台”，所以在2006年世界台湾人大会上姚嘉文曾提出了废除国统会的目标。2006年1月29日（农历大年初一）中午，陈水扁提出了“目前是认真思考废除国统会及国统纲领的适当时机”这一观点。就此民进党籍的立法委员柯建铭表示，1月立法院在审查总预算时，就已通过由在野党提出的“政府非法制化任务小组应停止运作”，因此包括人权小组及国统会都该废除。针对柯建铭的言论，国民党籍的立法院