美清教徒所提倡，主张堂会有独立主权，基督才是会众元首。堂会的主任牧师（Senior Pastor）为教会内最高的决策者，由信徒民主选聘。教会一切内部事务由会众决议，具体制度和礼仪也由会众釐定。很多历史比较新的教会也採用公理制，例如浸会、公理会、神召会、贵格会以及不少独立教会。一些公理制的教会自愿在地区上组成一个无领导和从属之分的联会，以联系该宗派的和分堂。公理制有一个缺点，就是常常做成教会之间的交往和合作愈来愈少，最后甚至会使一些教会脱离其宗派独立，造成宗派主义以及教会分裂。