《本草纲目》改进了中国传统的分类方法，格式比较统一，敍述也比较有条理和精密，例如：把广义的“虫”药扩充到106种，其中昆虫药为73种，分为“卵生”、“化生”和“湿生”三类。对动植物分类学的发展有很大意义。《本草纲目》纠正了前人许多错误之处，如南星与虎掌，本是同一种药物，过去却误认为是两种药物；以前葳蕤、女萎认为是同药，李氏经过鑑别则确认为不同药物；苏颂在《图经本草》将天花、括楼分为两处，其实是同一种植物；前人误认“马精入地变为锁阳”、“草子可以变鱼”，李时珍亦一一予以纠正之。并且在本书中还加入了许多新