武馆。干隆四十二年（1777年），台湾府知府蒋元枢在该庙附近建「鹿耳门公馆」，正室五进，东西各有耳房，并在该年四月立碑为记。之后据《续修台湾县志》嘉庆年间仍有总镇爱新泰重修。
曾文溪改道与大水毁庙.道光三年（1823年）七月，曾文溪改道，自鹿耳门出海，导致鹿耳门港道淤塞难以通行，妈祖庙的香火也因而不再旺盛。而由于鹿耳门周边出现大量新垦地，府城三郊也设立「万益馆」招佃开垦。又为管理近港淤埔地，沿岸设有「三郊鹿耳门界」地碑。道光十一年（1831年）曾文溪洪水氾滥，庙宇也遭水淹，三郊公于