1142年），移州治至枹罕城。贞元二年（1154年）复置枹罕县，为河州治。大定二十七年（1187年），枹罕县改属临洮路。成吉思汗二十一年（1227年），蒙古军攻占河州。元朝至元六年（1269年）省枹罕县入安乡县。明朝洪武四年（1371年），置河州卫。清朝干隆年间，苏四十三反清，是为第一次河煌事变。同治元年（1862年），中国西北地区发生同治陕甘回变。回民、撒拉族等穆斯林与汉民之间相互仇杀，战乱持续十余年，终被清政府镇压。其中，河州莫尼沟阿訇马占鳌起兵反清，即第二次河湟事变。1872年，马占鳌率众归降朝廷