出了两种截然不同的男性向和女性向病因，这些病因已引起极大争议。
生物因素.
遗传因素.Rearing2008年的一项研究比较了112名跨性别女性（包括男性向与女性向），大多数已经接受激素治疗，共有258名顺性别男性对照组。对于雄性激素或睾酮，跨性别女性比顺性别男性更有可能拥有更长类型的受体基因（基因的更长且重复），这降低了其结合睾酮的有效性。雄激素受体（NR3C4）通过与睾酮或二氢睾酮的结合而活化，其在男性第一性征和男性第二性征的形成中起关键作用。该研究表明，