与彰化县之间设置新县时，因县城位在沙连堡林圯埔街（今南投县竹山镇）近郊的九十九崁云林坪上，遂命名为云林县，但日后因第二任台湾巡抚邵友濂认为县城的位置太靠近内山，县治西移至斗六门，1950年8月重新设置云林县，但作为县名由来的云林坪则被划归为今天的南投县竹山镇云林里，使得「云林」不在云林县境内。
史前时期.在汉人移入以前，云林地区原属平埔族洪雅族侦儿干社（一名猫儿干社）、西螺社、他里雾社、猴闷社、斗六社(一名柴里社)、南社等部落的活动领域。
荷西时期.荷西时期