1640年，国家重获独立，一场政变使布拉干萨公爵若昂即位为若昂四世，他把旗帜上的尖顶拱盾稍作改变为圆弧形，也就是「葡萄牙式盾」。这项改变使皇室徽章和国徽分成独立的旗帜。
1667年–1830年.1667年，当阿方索六世的弟弟佩德罗二世取代王位，佩德罗二世改变了国旗上的王冠以适应当前的趋势，他把王冠改成五拱冠。新国旗使用时间并不久，佩德罗二世的儿子若昂五世在1707年即位后随即翻新旗帜。深受强调「豪华显眼」庭院风格的法国国王路易十四和当时法国在欧洲的政治和文化影响，若昂五世把在王冠内