后将军便居住于二条御所，1565年，畿内霸主三好氏家臣松永久秀联合三好三人众围攻二条御所弒杀足利义辉，二条御所被焚毁，史称永禄之变。末代将军足利义昭被织田信长拥立进入京都，名正言顺的继任将军，于京都暂居相国寺，后来织田信长于二条御所旧址上为足利义昭修筑二条城，是一座京都的城中之城，甚为牢固，后来足利义昭与织田信长对立，织田信长放逐足利义昭，持续了235年的室町幕府灭亡。室町第花之御所旧址此时已荒废多年无人问津，花之御所的旧址也淹没在历史的进程中。成为室町幕府足利将军家的辉煌见证。现今的京都花之御所旧址上