世时，元轨和侍中刘齐贤主管陵墓事务。元轨通晓陵葬故事，刘齐贤叹息“非我辈所及也。”元轨派遣国令到封国征收租税，国令请用得税与诸国交易来取利，元轨回答：“汝为国令，当正吾失，反说吾以利耶！”拒而不纳。685年，加司徒，转任襄州刺史、青州刺史。688年、越王李贞兵败，李元轨被作为谋反连座，流放黔州。载于槛车，路经陈仓而死。武则天改李元轨、李绪为虺氏，直至唐中宗复辟称帝的神龙初年，李元轨父子恢复生前爵位，并还复李姓。