这些新种的DNA序列后，他们将这些序列用萤光标记，并使用萤光原位杂交从池水样本中找到新种隐真菌的细胞，这些细胞大致呈卵型，长约3-5微米。后来他们又进一步发现其他淡水、土壤与海水沈积物的样本中都有隐真菌门的成员存在。隐真菌与真菌演化另一个早期的分支微孢子虫的关系尚未有定论，但许多研究显示这两群生物的关系相当接近，许多原本认为是微孢子虫特有的基因，例如从宿主细胞质中抢夺ATP的通道蛋白，意外地在隐真菌基因组中被发现，分析结果显示两者与另一种所知甚少的藻类寄生物Aphelids共同形成一个支序（ARM群，或