称为「微尺度及中尺度气象学」（MMM），研究比小的气象现象，也就是尺度太小，无法在天气图上绘制的气象现象，像是包括小的、短暂的云的相关现象。 微气象学控制大气中最重要的混合及稀释过程。微气象学的重要主题包括土壤、植物、地表水及大气之间因为近地湍流产生的传热及气体交换。量测这些输送程序一般会用到微气象塔（或通量塔）。常常量测或是推导的变数有净电磁辐射、通量、、地表的热储存、对大气层、生物圈及水圈重要的通量。