结识了张荫桓。光绪二十六年（1900年）春，凌福彭的女儿凌叔华出生。同年，庚子事变爆发，凌福彭和梁士诒、关冕钧、陈伯陶、麦鸿钧等人携家眷等共一百多人逃出北京，途中险些被乱民杀害，后避居怀柔县。同年10月，凌福彭回到北京，即被补授天津府知府。因天津被八国联军控制，直到两年后才得以上任。光绪三十一年（1905年），改署保定府知府，次年实授。光绪三十三年（1907年），护理天津道。他还曾代理津海关道，任长芦盐运使。光绪三十四年（1908年），任顺天府府尹。宣统二年（1910年）初，任直隶布政使。凌福彭任天