泊.棉兰老岛主要有十座山脉，其中包括构造复杂的山体和火山。在棉兰老岛西部，一列构造复杂的山脉构成手状的三宝颜半岛。这列山脉的平均高度只达1,200米，海拔较棉兰老岛其他山脉低。另一列、拥有多座火山的山脉则位于拉瑙湖附近，横跨南拉瑙省、布基农省和哥打巴托省。拉瑙湖是菲律宾第二大湖泊，位于棉兰老岛南拉瑙省。
平原.棉兰老岛的平原地带主要位于民答那峨河流域，和阿古桑河谷（位于岛东北部的北阿古桑省和南阿古桑省）。民答那峨河及其支流在棉兰老岛中部形成长约190公里的河谷，其中最窄处