护小笠原长时的支援下藤沢赖亲联合高远赖继再度进攻诹访、武田信玄出兵上伊那郡打败了高远・藤沢联军。天文15年（1546年）武田晴信再次进攻佐久郡、攻陷内山城、活捉大井贞清。天文16年（1547年）、晴信包围了笠原清繁的志贺城。同笠原清繁结盟的关东管领上杉宪政立即派出了援军、被板垣信方，甘利虎泰率领的武田军击败（参见小田井原之战）。武田军在志贺城前摆放了小田井原之战所杀3000敌兵的首级来威吓守军。结果士气低落的志贺城被攻占、笠原清繁战死。落城后男性俘虏被当作奴隶、女人被转卖为妓女。这在当时是相当残酷的处置