官则为知州（郑成功在位时期则为两县知县），于天兴州以及万年州之下，设有「二十四里」。为了安抚原住民族，于原住民居住地区，设置澎湖、北路以及南路等三个安抚司，其主事官为安抚使，形成「一府二州三司」平行的体系。承天府京畿地区又设有东安坊、西定坊、镇北坊以及宁南坊四坊，坊设签首。承天府以及两州的里级行政区则设有总理。签首及总理两职负责的职务如：户籍、迁徙、婚嫁、出生、死亡等基层民事，并规定按时汇呈州府。
政治.在行政上，延平王拥有至高的权力。延平王之下，设有谘议参军又称为幕府，总理国政。