35年10月，郑效峰顺利抵达陕北根据地，之后迅速住院，并在傅连暲与日本医生的两次手术后，通过锯子锯断两根肋骨，最终在心脏旁取出子弹。伤愈后，郑效峰在陕北红军大学学习，毕业后任中央军委后方总政治部保卫科长、巡视员等职。西安事变爆发后，他组织便衣人员，承担周恩来赴西安的保卫工作。抗日战争爆发后，郑效峰先后担任军委一局指导员、三局通讯大队教导员，直接负责包括毛泽东等中共中央的警卫工作。1939年，任总政治部总务科长。1941年，任延安抗日军政大学二大队队长。1942年，调中央党校学习。抗日战争结束后，1945