国际间对食用蓝菌门生物开始关注，因为不论土生和水生的蓝菌生物皆含有神经毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），并可能透过食物链不断累积产生生物放大作用，对人类的损害将逐渐增加。BMAA已证实会对动物产生强烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死老鼠的神经元。香港中文大学唿吁大众停止食用同属蓝菌门的发菜，减轻患上肌萎性侧索硬化症、柏金逊症和老人痴呆症的风险。蓝菌的次生代谢产物有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏，引致肝癌。1996至1999