，参究公案，无不了然”。天启元年（1621年）任礼部尚书，因弹劾大学士方从哲进荐李可灼之红丸案，为权贵所忌。天启二年（1622年）託病辞官。魏忠贤作《三朝要典》，对红丸案进行翻供，认定孙慎行、王之寀、杨涟等人才是祸首，议戍宁夏，不久魏忠贤垮台，得免此祸。崇祯元年（1628年）命以故官协理詹事府事，力辞不就。崇祯八年（1635年）令推为阁臣，入北京不久即病亡。卒赠太子太保，谥文介。
评价.明末思想家刘宗周受孙慎行影响颇深，曾这样评论说：“近看孙淇澳书，觉更严密。谓自幼至老，无一事不合