化发展以及沿岸进行之禽畜饲养活动，使后海湾的水体日益受到生活污水及禽畜废物污染，有见及此，香港政府与广东省政府于1990年宣布把后海湾指定为必须优先合力保护和保育的地点。后海湾内湾纪录于《国际重要湿地名录》之中，湿地极具生态价值。后海湾水域生态系统独一无二，野生生物种类繁多，基于其重要生态价值，后海湾内湾以及米埔一带于1995年被指定为「拉姆萨尔湿地」。到了2000年，香港政府又与广东省政府于「粤港持续发展与环保合作小组」之下成立了「大鹏湾及后海湾（深圳湾）区域环境管理专题小