在文化大革命中，周瘦鹃受到张春桥的点名批判。1968年8月11日（农历七月十八日）投井身亡，年73岁。1973年获苏州有关方面平反并落实政策。当年被抄家没收的二百多个盆景未予实物归还，由有关部门折价补偿，合每盆二元五角人民币。被抄走的字画包括明代画家沈周的一幅中堂，后折价补偿七百元人民币。