中同意新疆维族自治，选举新疆省参议会。在国民政府的诚意之下，新疆独立运动人士放弃原先主张，接受国府条件，推选自己的地方议会，施行地方自治。与中国共产党谈判同时，张治中亦负责谈判统一新疆的工作。1944年到1946年6月，张治中任全权代表多次赴迪化，在苏联领事调停下，与伊宁事变领导人谈判解决新疆问题。1945年9月13日，蒋介石召派张治中赴新疆处理「伊宁事变」，是日张治中由重庆飞抵迪化。9月14日，中国各战区、方面军自是日起开始解决除日军武装，至次年2月13日止缴械基本结束，总计俘虏日军128.3206万