直到1987年马思聪逝世，他再也没能回到中国大陆。1968年5月，根据康生和谢富治“彻底清查”的指示，公安部和北京市公安局成立了“马思聪专案组”。1968年，马思聪被定为“叛国投敌分子”。由于马思聪被作为反动派批斗，1966年11月28日，中央人民广播电台对台湾与东南亚的广播开始曲《思乡曲》被改为《东方红》。1985年获得平反。1987年5月20日在美国因心脏手术未成功而逝世。
归葬广东.2007年，在马思聪逝世20周年，《马思聪全集》即将出版时，马思聪之子马如龙致