基础性研究重大关键项目首席科学家联席会上，获国家科委聘任为“非线性科学”项目首席科学家。1993年3月，应中央研究院院长吴大猷之邀，同胡和生等人作为“第二批大陆杰出科学家”访问台湾。1993年8月，中国科学技术大学校长职务任满离职。1994年2月，当选莫斯科国际高等学校科学院院士。1994年2月20日，复旦大学非线性科学研究中心成立，任该研究中心学术委员会主任。1999年8月19日，任温州大学校长。2006年6月23日，出席新温州大学揭牌庆典，同年卸任温州大学校长，将这7年中温州大学付的140万元薪水全部捐