朱儁初败于波才，波才于是进围皇甫嵩所据的长社，皇甫嵩当时以火攻令波才军惊乱，朱儁就与皇甫嵩及赶至的骑都尉曹操联军进攻，大败波才，杀敌军数万。朱儁就以功进封西乡侯，迁镇贼中郎将。朱儁又与皇甫嵩乘胜追击，在阳翟(今河南省许昌市禹州市)及西华(今河南省周口市西华县西南)击败汝南、陈国两地黄巾余众，平定了三郡的叛乱。随后朱儁就受诏进平南阳的黄巾军。当时南阳太守秦颉杀死南阳黄巾渠帅张曼成，余众就以赵弘为首并据守宛城(今河南省南阳市)。朱儁就与荆州刺史徐璆及秦颉联手围攻赵弘，但两个月都未能攻下，朝廷于是有议徴还朱儁