禅师之徒应祥禅师据说精通堪舆，在枕头山觅得「半壁吊灯火穴」，遂在此结庐作为晚年静养之地，并从大仙巖迎来一尊观音。之后嘉庆十三年（1808年）在该处兴建佛寺，即为「碧云寺」，从此大仙巖遂被称为「旧巖」，碧云寺为「新巖」。嘉庆十四年（1809年），福建水师提督王得禄元配范夫人逝世，为卜墓园于大仙巖初址，乃鸠资将初建佛殿迁移至大雄宝殿现址。嘉庆二十二年（1817年），王得禄献「大发慈悲」横匾。次年（1818年）第四代住持允谦禅师与王得禄募得一千元重修殿宇。嘉庆二十四年（1819年），王得禄立「重兴大仙巖庙碑」