在良心上不能留在他自1682年以来服役的蓝军，也无法就任团长，因为他拒绝背叛他原来的「女房东 (patronne)」。随后该团的军官们被要求回答新国王所设计之「三个问题」，以确保他们的忠诚度。 当主要部队向奥兰治亲王叛离时，菲茨詹姆斯和他父亲正在索尔兹伯里。随后詹姆斯二世在1688年12月被推翻，而菲茨詹姆斯也跟随他的父亲一起流亡，并参与了。在博因河战役中，他率领一次冲锋，但却跌下马来差点死于混战之中。当他父亲在博因河战败出逃法国之后，菲茨詹姆斯留下来与詹姆斯党的一起撤往利默里克。8月2日，身为将领