战事导致了大量由热带疾病造成的损失。1802年的《亚眠和约》暂时中止了战事，多数所得均归还原主，但英国得以保有锡兰和特立尼达岛。1803年战火重燃，拿破仑试图自封锁港口中组织一支大型法西联合舰队以支持入侵英国，但这一计划为皇家海军所挫败，联合舰队亦在特拉法加海战（1805年）中为纳尔逊击溃。这一胜利象征英国海军力量达到顶峰，其海上主导地位在20世纪初期之前都未再次受到挑战。特拉法加海战后，海上军事行动主要集中于摧毁小规模法国舰队，一系列两栖行动则夺回了在《亚眠和约》中归还的诸多领地以及位于印度洋的法国海