纪起，这里成为成吉思汗建立的蒙古帝国的领土。14世纪晚期的1388年，明军在捕鱼儿海（捕鱼儿海又名贝尔湖，不是贝加尔湖）之战中打败北元军队，随即北元后主脱古思帖木儿被也速迭儿刺杀，之后裂解为鞑靼和瓦剌；贝加尔湖直到1620年代之前都属于瓦剌的领土。沙皇俄国的探索队于1628年扩张贝加尔湖一带，为俄国征服西伯利亚的一部份，而库尔巴特·伊凡诺夫则于1643年带领第一支到达贝加尔湖的探险队。清康熙三十六年（1697年）和干隆二十二年（1757年），喀尔喀蒙古和准噶尔汗国先后被清朝征服，清帝国与俄罗斯帝国，