现代刺客组织联络正在使用基因记忆追溯软件「Helix」的玩家，要求进入活跃于工业革命晚期两位英国孪生刺客的记忆，从而比跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）抢先取得位于伦敦的「第一文明」遗物「伊甸碎片」。1868年，英国刺客组织已近灭绝，首都伦敦被圣殿骑士团和黑帮组织「暴徒帮」全面控制。刺客姊弟雅各和伊薇于克劳利各自刺杀了骑士团工业家卢波特·费里斯与科学家大卫·布鲁斯特后前往伦敦，在印籍刺客亨利·葛林安排下按各自的方式解放城市：雅各欲成立帮派「黑鸦帮」对抗暴徒帮和刺杀各骑士团要员；伊薇则欲找寻先