界，与现生动物的关系更为密切，与真菌相似的外型也是趋同演化的结果。与曾被认为是一种酵母菌 ，"Ellobiopsis"曾被认为是一种壶菌，两者现在都归属于SAR超类群。历史上放线菌也曾因可以形成菌丝状的构造而被归为真菌，但很早就被发现属于细菌，不是真核生物。
生态.真菌存在于地球上几乎所有环境中，真菌与细菌同为许多生态系中的分解者，在生物地球化学循环与食物链中扮演重要角色。真菌将有机物分解成二氧化碳释放，使碳元素重新回到食物链中，且作为腐生生物，真菌可将氮元素从有机物中分解释放