其中有6层属于车站范围的公共开放部份，5楼为连接Union Square的出入口及空中花园，U3层为车站与连接圆方的出入口，而G层为机场快线市区预办登机大堂及东涌线大堂，L2层为机场快线大堂及月台，L4层则为东涌线月台。另有2层密闭空间原本用作东部走廊东九龙线预留楼层。
大堂.九龙站共设有3个大堂，包括机场快线市区预办登机服务大堂、机场快线大堂和东涌线大堂。机场快线市区预办登机服务大堂，主要为乘客预先办领登机证及付运行李，无须等候机场登机柜台，不过乘客是必须预缴车资方可使用此服