还可以防止聚集和加速的耦合。尽管肽合成的微波辐射的主要优点，主要的缺点是它可以与半胱氨酸和组氨酸的耦合发生外消旋化。与这些氨基酸的典型偶合反应是在较低温度下比其他18种天然氨基酸进行。有一些肽无法在一般的微波合成或加热中存活。还有一个更严重的副作用是脱水（水的损失），这对某些肽可以是几乎致命伤，像胰多肽（PP）。这种物质就算不使用微波，也会被通过简单的加热产生脱水的副作用。
环肽.环肽是一类由胺基酸（包括蛋白质胺基酸和非蛋白质胺基酸）组成的环状化合物。目前发现的环肽含有2-37