日军将南京做为扶植汉奸傀儡政权的根据地，1940年(民国29年)汪精卫在南京成立「中华民国国民政府」，替日本人统治大前方的沦陷区。1945年(民国34年)8月15日日本投降，中国抗战胜利，不久之后国民政府收复南京。1946年（民国35年）5月5日，中华民国国民政府还都南京。由于不久之后国共内战全面爆发，国府已无充足的财政在这一时期的南京大规模的建设活动，南京不复抗战前的盛况荣景。同年11月，中华民国制宪国民大会在南京的国民大会堂(今人民大会堂)召开。原本宪法草案定国都为南京，但审查会及第一读会决定改