非本地品种、过度捕获等问题，已令到淡水鱼的自然栖息地及水质遭受到不可弥补的破坏，令到水生动物物种及数量大幅度锐减，其中约1800种淡水鱼处于濒危状态，某些物种甚致经已绝种。若一个物种绝种，还会破坏食物链，严重影响生态平衡。近亲繁殖会影响人类后代，这一定律同样适用于鱼类，鱼若近亲繁殖，会造成鱼类小型化。此情况常见于养鱼场。因此，人们需积极关心保护余下饱受威胁的淡水鱼。