及柏文蔚第一军卢慈甫部会合，将倪嗣冲部包围在阜阳城。倪毓棻闻讯后率部驰援，解除了民军对阜阳的包围。中华民国成立后，倪毓棻任职于武卫右军营务处，后又任武卫右军参谋长。民国二年（1913年），永城人黄二诚领导饥民发动起义，攻占了蒙城县并杀害了蒙城县知事韩士英。安徽督军倪嗣冲派时任武卫右军参谋长的倪毓棻赴蒙城追查蒙城县失陷的责任，蒙城县团防局局长李松岩为了推卸自己的责任，诬告陆恩爵的儿子、练勇陆世孝“通匪”。倪毓棻遂处决了陆恩爵、陆世孝。1913年10月至1916年4月，倪毓棻任皖北镇守使。1915年，安