恶劣天气过去时，本线服务往往因工作人员仍在进行抢修而未能恢复正常，往往出现本线车厢和沿线的车站月台和大堂甚至站外逼满乘客的现象。在2012年，东铁线每日平均乘客量为1,022,000人次，当中有240,000人次往来罗湖站，另有60,000人次往来落马洲站，而繁忙时间平均载客率达71%。比起2008年，繁忙时间平均载客率上升了8%。根据港铁向香港立法会提交的文件披露，本线最繁忙时段载客率在2014年和2015年分别为100%及93%，2016年同样为93%（以车厢每平方米站立4人计算），最繁忙路段在