经由人行通道通往忠二路、孝四路、旧站大厅（港西街）等区域，并设有洗手间、计程车招唿站等设施。月台区设于地下一楼，在站区内为半地下化（一楼为配合后站高度，前站方向有一半的高度在地面上，得以设置窗户），月台为两岛四股道之头端式月台。基隆车站也曾是台北都会区少数设有站内调车场的台铁车站之一，但调车场现已拆除，拆除后之腹地为现今车站主体建筑及月台区使用。新站营运初期因二期工程及中山一路拓宽工程尚未完工，通往南站需经由旧站剪票口及临时天桥进入车站。目前南站所有出入口及无障碍设施皆已启用，临时天桥亦于201