宁的大量遗民，清廷则採取以汉治汉的策略，长期以攻台将领担任台湾军事首长。如福建水师一职从1684年至1721年计37年间共历施琅、张旺、吴英、施世骠四任提督，除张旺之外，其他皆是攻台将领，尤其是施琅、施世骠父子共任职达25年之久。在陆路提督方面由万正色、吴英、蓝理皆为攻台将领。
疆域.1662年之前，郑氏的军政中枢都是在中国大陆东南沿海一带的厦门，在攻下台湾和郑成功去世后，明郑政权实际领导人郑经才将政经中心从厦门移往台湾，统治辖域仍包含福建的金、厦两岛。明郑有效统治区域只有今台