二成功当选为日本民主党第13任代表，是他第三次出任党首；同日下午，菅直人在日本参、众两院首相指名选举中分别以123票及313票击败谷垣祯一，当选为日本第94任内阁总理大臣，成为近4年以来第五位的日本首相。2010年9月14日，菅直人成功击败前干事长小泽一郎，当选日本民主党代表，保住首相一职。2011年3月11日，发生东日本大地震，菅直人在福岛核灾问题处理失当，使得支持率急跌，也使民主党在接下来的选举接连败北。2011年6月2日，因东日本大地震、福岛核灾菅直人处理失当，在野党自民党在众议院提出内阁