一开始阿根廷的古生物学家 Andrea B. Arcucci 认为伪兔鳄和兔鳄有相当的亲缘关系，于是便将伪兔鳄归类到伪鳄亚目的兔鳄科（该科后来被归类到兔鳄目下，但在马拉鳄龙被发表后就很少再出现于学术文章中），这也是伪兔鳄的名字由来。2006年，时任阿根廷嵴椎动物比较解剖学和演化实验室（）的地质学家暨古生物学家 Martín D. Ezcurra 在对真腔骨龙属的研究文献中列出了该属与其进亲的演化分支图，以下为局部简略的分支图：2010年，美国哥伦比亚大学的古生物学家 Sterling Nesbitt