到主公的德政，应令各郡县掩埋尸骸来显示伤痛及爱心，追随周文王之仁慈之举。」于是被任为骑都尉。后来绍要出兵于黎阳，镇守延津，琰说:「天子现于许昌，百姓都想支持朝廷，本军不如谨守治境，向天子述职，方便可安定此区。」但绍不听，因此于官渡被挫败，绍死后，其子袁谭和袁尚夺位时争取琰，但琰以病来推辞，因此获罪，被关进监狱，终被阴夔和陈琳营救才免死。
为曹操属下后.袁谭被打败后投靠曹操任冀州牧，征召琰为别驾从事，于宴会上对琰说：「昨日查核户籍，可达三十万之多，冀州可称为大州了！」但琰说:「现