裁判所（由真诚而圣洁的托马斯·德·托尔克马达主持），成为持续几个世纪的宗教迫害的开端。1492年颁布的驱逐犹太居民的命令及其后对犹太教信徒和伊斯兰教徒（摩尔人）的歧视、迫害政策对后来西班牙的经济文化发展造成了损害。由于阿拉贡的费尔南多二世将法军逐出那不勒斯的功绩，教宗亚历山大六世于1496年12月2日宣布他和伊莎贝拉为“天主教双王”。此后他便以“天主教徒费尔南多”的称号着称于世。
评价.费尔南多二世个性冷漠、孤僻，做事迂回多虑、节俭吝啬且苛待下属；但是遇到公共事务时，他颇为公正