曾主张反对脱离联邦，但在遭多数议员反对后让步。他随即委任成立和平委员会（Peace Commission）以解决与联邦（美利坚合众国）的分歧。然而戴维斯并不仅仰望于和平解决，他同时任命毕瑞嘉（P.G.T. Beauregard）将军统率南卡罗莱纳州查尔斯顿一带的联盟国军。联盟国政府于1861年五月迁移至维吉尼亚州里士满市，戴维斯一家人以当地的自宅为美利坚联盟国官邸（今为联盟国纪念馆（Museum of the Confederacy））。戴维斯于1861年11月6日获选为任期六年的美利坚联盟国总统。