十年（1565年），少年从学于外舅王可大，可大以女许之。后来先后游王世贞、方弘静门下。万历二十年（1592年）与何栋如、俞彦等人在乡里共结文社。万历二十五年（1597年）应天乡试举人，万历二十六年（1598年）会试联捷第一名（会元），殿试一甲第三名进士（探花），初时授翰林院编修，历官南京国子监祭酒、吏部左侍郎兼翰林院侍读学士。晚年迁到杏花村，筑遁园隐居。思宗崇祯元年（1628年）卒，葬于江宁云台山。谥文庄。
着作.顾起元精金石之学，工书法。着有《顾氏小史》、《金陵古今图考说略》