会昌五年（845）十月，李商隐结束了守孝，重新回到秘书省。此时，武宗与宰相李德裕富有效率的合作关系已经到了晚期。次年三月，武宗去世，传言他是由于长期服用道士进献的长生丹药而中毒身亡。经过一系列的宫廷斗争，宣宗李忱即位，他反对武宗的大部分政策，尤其厌恶李德裕。因此，几乎整个会昌六年（846），都持续新一轮政治清洗，曾经权倾一时的宰相李德裕及其支持者迅速被排挤出权力中心。在宣宗本人的支持下，以白敏中为首的牛党新势力逐渐占据了政府中的重要位置。这一年，李商隐任秘书省正字。35岁的李商隐终于有了儿子（李衮师）