建筑建于16世纪。从1451年到1807年，此堂曾是天主教威尼斯宗主教区的主教座堂。自圣马尔谷圣殿宗主教座堂成为威尼斯的主教座堂后，圣伯多禄圣殿陷于失修状态。在第一次世界大战期间，该堂曾遭轰炸，通过保护组织的努力，才得以恢复到以前的状态。该建筑现为世界遗产。