宝上任中国国家足球二队主教练后，由于设定了向国家队输送人才、备战1990年亚运会的正式目标，所以人员组成开始趋向于选择年轻球员，以1967年左右出生、有发展潜力的队员为目标，所以高仲勋在1988年被纳入至该球队中，参加中甲联赛。1989年，高仲勋回归延边大学队，并在1990年随队获得中国足球乙级联赛冠军，升级至中国足球甲级B组联赛。高仲勋在延边队的出色表现，使其成为了中国足球史上为数不多的少数民族国脚之一，也被认为是吉林足球的标志性人物。1992年亚洲杯时，他随队夺得季军。1993年，高仲勋随吉林三星队