。1999年九二一地震发生，带来全国重大生命财产的损失，时任总统的李登辉订定当日为全国哀悼日，进行下半旗仪式，为震灾受难者致哀。2001年九一七水灾重创全台（以北台湾最为严重），中华民国总统府下半旗致哀。2009年八八风灾(莫拉克台风)重创南台湾后，总统马英九也率领政府官员与台湾民众一同向罹难灾民致上哀悼之意，尤其是因为走山意外而造成灭村的平埔族部落高雄县甲仙乡小林村，进行下半旗仪式，为受难者致哀。2014年8月5日至8月7日：复兴航空222号班机空难、2014年高雄气爆事故。现时每逢前任