在于质粒的不同。与同属的其他成员一样，这三种杆菌需氧且可产生内孢子。苏云金芽孢杆菌分泌出的由"cry"基因编码的，有杀虫活性的δ-毒素（或被称为杀虫晶体蛋白[ICP]）的蛋白结晶构成了内孢子。Cry蛋白对鳞翅目（如蛾与蝶）、双翅目（如苍蝇、蚊子）和鞘翅目（甲虫）有很大杀伤力。因此，可将苏云金芽孢杆菌发酵生产制成高效生物杀虫剂，或用"cry"基因制成防虫害的转基因产品。
害虫防治.苏云金芽孢杆菌的伴孢晶体蛋白生产出的杀虫剂，由于其窄谱杀虫活性，被广泛认为是环境友好的杀虫剂，对人体