职都在陈元龙之上，陈元龙上疏奏辩：“臣家本来就出自于高姓，族谱明明白白记着。如果说臣要去交结高士奇，为甚么反而是高士奇称臣为叔父？”此后事情得到清白，命其恢复职位，此后累升至侍读学士。康熙四十二年，再升爲詹事府詹事，因父亲生病而乞养归。此后授翰林院掌院学士。康熙五十年，升任吏部侍郎，后授广西巡抚。当时广东歉收，广西米价高，其派遣官员抵达湖南去买米平价。康熙五十四年，修建兴安陡河闸，保护两广地区运输。此后在省城扩养济院，立义学，创育婴堂，建仓贮谷。康熙五十七年，升任工部尚书。康熙六十年，调任礼部尚书。