1日，该教堂在二战末期发生的台北大空袭中遭盟军炸毁，造成在此避难的民众严重伤亡。第二次世界大战结束后，仅以木板在原址旁兴建简易教堂使用。1959年3月，吉朝芳神父就任该堂主任司铎后，即以重建大堂作为首要任务。经过多方奔走，1959年7月5日在郭若石总主教的主礼下，教堂的重建工程正式开工，1961年5月竣工，经时任台北署理主教田耕莘枢机指定爲主教座堂，以始胎无染原罪圣母为主保。同年5月30日，由成世光辅理主教举行落成祝圣大典，隔日由时任教廷驻华公使高理耀蒙席主持首台弥撒圣祭。
弥撒