配合下，沪江大学改为公立大学，接受政府资助。校务委员会成立了处理日常校务的常务会议，余日宣任主任委员，蔡尚思任副主任委员。同时，章靳以接替余日宣担任沪江大学教务长。1952年，在思想改造运动中，沪江大学成立思想改造指挥部，余日宣任总指挥，王零（中共复旦大学党委副书记）任副总指挥。余日宣致信周恩来希望组织沪江大学教授赴北京考察学习，后他们成行，受到周恩来和刘王立明（刘湛恩的遗孀）的接待。
在复旦.1952年，在高等学校院系调整时，余日宣转入复旦大学外文系。本来他将被调任复旦大学图