、上杭、武平、宁化、清流、归化）、漳州府7县（龙溪、海澄、漳浦、长泰、平和、南靖、诏安）1厅（云霄）、福宁府5县（霞浦、宁德、福安、福鼎、寿宁）、台湾府4县（台湾、嘉义、彰化、凤山）3厅（淡水、噶玛兰、澎湖）、龙岩州2县（漳平、宁洋）、永春州2县（德化、大田）。清初，福建先后隶于南明的南京弘光政权和福州隆武政权，并作为郑成功的抗清基地。永历十五年（1661年），郑成功在大陆失势，转而进攻荷兰人占据的台湾，并于永历十六年（1662年）占领台湾。永历十七年（1663年），郑成功控制的金门、厦门易手于清军，清