激烈的领土扩大路线，也加重了家臣的负担，导致神生氏等家臣团离反，更使得家中分裂，江户氏势力急速衰退。天正18年（1590年），由于未参与丰臣秀吉的小田原征伐，秀吉赏赐佐竹义宣常陆54万石，同年12月19日将重通自居城水户城予以追放，重通投靠结城晴朝。庆长3年（1598年）死去。享年43岁。重通之子水户宣通仕于越前国的结城秀康。