向架的表现，京叶线内的一辆103系也同时被改造成直接驱动型车辆。除此以外，E993系首次在列车上试验安装一套或以上的备用机器（主要为车门操作系统和列车控制系统）。控制室方面，E993系的两个控制室也採用了不同的设计。E992-1控制室面积与以往的通勤型列车相若，也使用一般高度的驾驶台，但採用全数位化仪表。而E993-1则加大了控制室的面积和採用较高的驾驶台，同时在两侧各增加一道可推开的车窗。除了车速计外，均採用数位化仪表。两者均安装了E231系列车运行资讯系统（TIMS）的改良版──先进列车运行资讯系统