任。余政宪也曾经担任民进党中常委。陈水扁于2000年当选中华民国总统之后，余政宪在卸任高雄县长以后的2002年出任内政部部长。2004年4月，余政宪的妻子郑贵莲曾被民进党以弱势团体代表身份提名并担任第五届立法委员。2005年，余政宪接任台糖董事长，任内办理多次员工优退，将台糖员工数由原先超过5,000人降低至约4,000人，他并提出民营化的规划，分两阶段让事业部转亏为盈并走向民营化，否则就关闭该事业部。但其贱卖或贱租台糖土地给特定人士的传闻一直不断出现。且台糖每年营收扣除掉当年度土地租售营收后，