设立在番奉行所，由本田亲政（本田伊贺守）出任第一任在番奉行，以监视琉球的行政。九月二十六日（10月23日），又派遣上井里兼、阿多某在琉球重新划分地界，征收税收；翌年三月，检地完毕，制成检地帐七册。十月，又派鹿岛国重、毛利元亲等十四人为竿奉行，前往宫古、八重山检地。琉球的领地被限制为八万九千零八十六石，其中国王的藏入地限定为五万石。奄美五岛（即喜界岛、德之岛、奄美大岛、沖永良部岛和与论岛）被划入岛津氏的藏入地，但仍被当作琉球所属的「三十六岛」绘制在琉球舆图中；萨摩藩在奄美群岛仍旧沿袭琉球的行政区划