寺曾短暂地重开，但在1559年，伊丽莎白一世再次关闭了西敏寺。1579年，伊丽莎白一世重开西敏寺，但规定由王室直接管理，并把建制从修道院改爲法政牧师团。 从此管理西敏寺的人不再是主教，而是主任牧师（dean），而且由国王任命。直到19世纪，西敏寺是除牛津和剑桥以外英国最重要的学术重镇。钦定版圣经旧约的前三分之一和新约的最后二分之一就是在这里被翻译成英文的。
加冕.1066年，哈罗德二世在此加冕，他是第一个在此加冕的国王。同一年的圣诞节，征服者威廉也在此加冕，从此之后一般的英国君