甲联赛球队美因茨宣布武藤嘉纪将在2015年赛季日职联赛第一阶段结束后加盟。2015年8月25日，在德甲联赛开幕战美因茨主场对阵因戈尔施塔特的比赛中，武藤嘉纪在比赛第78分钟替补登场，完成了自己的德甲首秀。8月29日，在德甲联赛第3轮美因茨主场对阵汉诺威96的比赛中，武藤嘉纪梅开二度，帮助美因茨以3：0的比分战胜汉诺威96。10月24日，在德甲联赛第10轮美因茨主场对阵云达不莱梅的比赛中，武藤嘉纪在比赛第89分钟打入1粒进球，但美因茨仍以1：3的比分负于云达不莱梅。10月31日，在德甲联赛第11轮美因茨客