又曾因故被罚俸四次。其中第四次是在干隆三十三年（1768年）七月；由于有吕荣钖假借衍圣公名义弹劾周文楷、又要让自己父亲吕建夏充当孔庙奉祀生一案，孔昭焕因「失察家人书役受贿」，除罚俸外又有「降二级留任」的处罚。干隆三十九年（1774年）五月，吏部据山东巡抚徐绩咨请将孔昭焕开复，高宗却回应「所办甚属非是」；后因高宗「究经办理差务，且其为人尚无大过，较之伊父孔广棨，似觉稍胜」而加恩准予孔昭焕开复。孔昭焕于干隆四十七年（1782年）八月二十八日子时过世，享年四十八岁；由长子孔宪培袭爵。嘉庆元年（1796年）十一