44年12月，日军损失惨重。12月15日，美军在吕宋岛附近的明德罗岛登陆。日军所规划的雷伊泰岛决战丧失战略意义，日军大本营命令在雷伊泰岛守军“自给自足，永久抗战”，第16师团残部退到坎基伯特山中展开游击战。战后统计，第16师团有13778名官兵参加了雷伊泰岛战役，战死13158名，幸存仅620名，师团长牧野四郎中将在1945年8月10日自决。
来自该师团的南京大屠杀的人证.日军该师团老兵东史郎在1937年12月21日的日记中写道：“哭喊着的支那（中国）人被装进邮袋中，西本（日本兵）