芽生菌、新型隐球菌、肺囊虫肺炎以及等就是些常见的病原体。好发于，而则较常见于美国西南方 。真菌性肺炎的病例数在20世纪后期因为人们旅游活动变多以及免疫抑制药物的使用增加而上升。
寄生虫.有许多寄生虫也会感染肺脏，包括弓浆虫、粪小桿线虫、蛔虫，以及疟原虫。这些寄生虫通常经由皮肤接触、食入，或病媒蚊叮咬而进入人体。除了卫氏肺吸虫之外，大部分的寄生虫并不是直接伤害肺脏，而是先影响其他器官之后在直接或间接对肺部造成伤害。有些寄生虫，尤其是属于和的动物，会诱发强烈的嗜酸性球活化反应，而这会导