国三十三年（1944）升任军需署副署长，兼兵役部经理处处长。民国三十四年（1945），吴崧庆受陈诚系将领王东原延揽，转任湖北省财政厅厅长兼湖北省银行董事兼总经理。民国三十六年（1947），受到蒋中正指示吴崧庆回任军职，担任改组后的中华民国国防部联合后勤司令部财务署中将署长。转任此职务除了蒋中正接受，提名则是国防部长白崇禧。此一职务为掌管全中华民国国军的军饷与军费发放业务，除了有高度专业需求外也有其政治意义，而吴崧庆是当时国军主要派系都可以接受的人选。在国共内战末期除了军费业务外，吴崧庆也兼管国库与军