西军战败后，毛利氏的领地遭到德川家康的大幅削减，不但失去原有居城广岛城所在的安艺国，原有八国112万石的领地只剩下周防国及长门国两国29.8万石。1603年毛利氏在决定新的藩厅地点时，选了防府的、山口的和萩的指月山三个地点作为的候选地点，在与江户幕府老中本多正信交涉后，最后选择了临海且最偏远的萩，并于1604年开始在指月山下兴建萩城，1608年完成；此后萩城即成为整个长州藩的政治中心。一直到19世纪中期，长州藩决定开始攘夷，因担心临海的萩城易遭到外国军舰自海上攻击，于1863年将藩厅往南迁移到位于内