9年）考中己未科庄际昌榜进士，与马士英、袁崇焕同年。授顺天府永清县知县。永清地近京师，当地多有在朝太监亲眷，横行乡里。士元到任后，严惩凶徒，毫无顾忌。天启二年（1622年），改知固安县，亦深得民心。不久即因性格刚直，忤逆上级而被降调为南京锦衣卫知事。崇祯改元，李士元被启用为山西司理，负责诉讼。任内刑狱一清。上级知其刚正，派遣出巡，很多冤案被平反。有人获释后感激士元恩德，以进茶为谢礼，内藏黄金。士元察觉后，立即召集乡老及送礼之人，当面指出：“我释汝罪，公也；今以金餽，翻成私矣。且既感我，何污我也？”其人羞