。约翰二世与伊萨克兄弟决裂的真正原因仍未能确知，历史学者尼基塔斯·霍尼亚提斯与约翰·金纳莫斯在他们的着作里也仅是简要地提到伊萨克的野心开始膨胀，渴望有朝一日能继承帝国的宝座是他与约翰二世交恶的主因。1130年，伊萨克在兄长约翰二世离开首都君士坦丁堡与塞尔柱王朝的鲁姆苏丹国作战时，试图在这段时间里趁机推翻约翰二世的政权夺取王位，在阴谋被揭发后，伊萨克只能和他的两个儿子设法逃离君士坦丁堡，并前往达尼什曼德王朝的埃米尔在梅利泰内的宫廷避难。约翰在此后长达六年的时间始终陪伴着父亲四处流亡，期间他们在安那托利亚和黎凡