母亲玛格丽特的主导下，法尔内塞和结婚，在布鲁塞尔举行的婚礼非常华丽盛大；1567年两夫妻回到帕尔马居住，同年生下了长女玛格丽特（两年后又生下长子拉努奇奥）。作为唐卡洛斯王储和唐胡安年龄相近的儿时玩伴（唐胡安比他小两岁），他在婚后进入西班牙政府工作，移居马德里，与卡洛斯和唐胡安保持了终生的友谊。他在马德里待了七年，期间曾经数次到其他地区处理事务。1571年，他也参加了唐胡安指挥、名动全欧的勒班陀海战，指挥其中一艘战舰。在短暂回到义大利的帕尔马经过一段平静生活后，1576年他以副将的身分，再度隶属于尼德兰总