大多属于格底目派。南京最重要的清真寺是净觉寺。南京是基督新教在中国的全国性中心之一，有20多座教堂和50处聚会场所，有金陵神学院和江苏圣经专科学校两所神学学校，基督教社会服务机构爱德基金会以及世界最大的圣经印刷公司爱德印刷公司都在南京。地方教会、真耶稣教会和基督复临安息日会三个教派规模较大，信徒人数分别在1000人至4000人之间。明末的着名意大利传教士利玛窦将天主教传入南京，目前在南京有信徒约3000人、教堂两座，石鼓路天主教堂是天主教南京教区的主教座堂。
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