硕特部首领顾实汗从康区率军队进入卫藏，1642年击败藏巴汗，征服各个贵族领主，将五世达赖尊为整个藏区的宗教领袖。同年秋，江孜、工布等地起而反抗顾实汗，第巴索南群培在顾实汗支持下，将这些反抗镇压，并将不少噶举派寺庙改为格鲁派。当时信奉竹巴噶举派的布鲁克巴（不丹）拒绝按照前例向顾实汗支持的新政权贡米，并在1643年派兵进攻臣服达赖并进贡的哲孟雄（锡金），又入侵西藏门隅。第巴派蒙藏军队从帕克里（今帕里）攻进布鲁克巴，但由于天气炎热，蒙藏军队水土不服，战斗失利。1646年，双方谈判初步达成协议，布鲁克巴恢复岁贡。后