98年，九龙仓集团的拥有人、商人遮打收购了「九龙渡海小轮公司」的船队，并成立「天星小轮有限公司」，接手经营本航线。后来公司引入双层渡海小轮，自此渡轮服务分为一等、二等，在20世纪初，一等舱（上层）收费1毫5分，二等舱（下层）收费1毫。1925年香港海员大罢工期间，这条航线由英国皇家海军接管，因此未受影响。1941年日本佔领香港后，天星小轮公司被「日本佔领地总督部」接管，改称为「香九连络船」，并于1942年初复航。当时日军征用了「金星号」和「午星号」，用以运送战俘，其中「金星号」已于1943年被美军击沉，