长升任少校营长。胡宗南在此役后在度起意希望将孔令晟调入司令部担任随身参谋取代熊向晖，但孔令晟向胡宗南表达在前线任职的企图心后作罢。国共内战期间，孔令晟仍于三十六军缩编的整编三十六师中服役，参予了民国三十六年（1947年）进攻延安的陕北战役，该役突袭榆林市，为榆林围城战，在上盐湾全歼共军王聚财部。虽然陕北战役整编三十六师遭到重创，但孔令晟由胡宗南保荐与协助补习，于民国三十七年（1948年）进入陆军大学正则班就读，民国四十年（1951年）毕业，为陆军大学正则班第22期毕业生。孔令晟毕业后，因蒋中正手谕转