代谢的中间或最后产物，这个词汇是通常指的是小分子。他们有诸如作为燃料、结构、讯号、刺激、抑止酵素（通常作为酵素的辅因子）、防卫或作用在其他有机分子上（如：色素、气味分子或费洛蒙）。在一般成长，发育以及繁殖的阶段，就有初级代谢产物的参与。工业中被大量制造的乙烯，就是初级代谢产物中的一种。而次级代谢产物则不会接参与那些过程，但它们在生理功能上具有重要的意义。它们囊括了抗生素和色素，像是树脂和松烯。放线菌素就是一种次级代谢产物，它们是从一级代谢产物的色胺酸转变而来的，但不是所有的抗生素都会把一级代谢产物当前体来使