元朝攻佔耽罗，剿灭三别抄军。此后，在耽罗设置牧马场，元朝派军驻扎在此。元朝统治耽罗一百余年，岛上的牧胡数量大约有1400人之1700人左右。高丽恭愍王即位之后，奉行叛元政策，将耽罗纳于高丽统治之下，设置万户府，杀害岛上的牧胡。牧胡起兵反抗，恭愍王派遣崔莹率领25000人前往镇压，是为牧胡之乱。