华民国军政府福建都督府成立后，刘通被推举为参事会议参事员，后来任政务院秘书长、副院长及都督府秘书等职务。1913年二次革命失败后，刘通遭到通缉，不久逃往上海。1916年，刘通随方声涛参加征闽靖国军、护法等等活动。1922年10月12日，北伐军攻占福州后，林森出任福建省省长，刘通任福建省高等审判厅厅长，后来任福建省政务厅厅长。福州遭北洋政府军队占领后，刘通到厦门从事反对北洋政府的活动。1923年，追随孙中山，出任广州军政府秘书。1924年1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，刘通被孙中山指定为此次