列车可直接驶进上野站。同年开始建设新桥～上野间的高架旅客线并改建上野站。1906年（明治39年），随着日本铁道国有化，上野站成为国有车站。1909年（明治42年）10月，秋叶原～上野～青森间定为东北本线。同年12月16日，山手线乌森（之后的新桥）～品川～新宿～池袋～田端～上野间的电车开始运转。在此情况下，上野站的乘客持续增加，1917年（大正6年），站内有9栋事务所、10栋仓库、其他商店等共44栋，空间已完全饱和。1923年（大正12年）9月1日，关东大地震造成初代站房倒塌，之后同月23日开设临时站房。