棉兰老穆斯林自治区、哥打巴托市和伊莎贝拉市首先举办了是否同意邦萨摩洛穆斯林自治区。25日开票时以约170万张同意票对约25万4600反对票，通过邦萨摩洛自治区设立公投。2019年2月6日，第二阶段邦萨摩洛周边地区是否愿意加入自治区公投于北拉瑙省、哥打巴托省等地举行。14日，公投开票后，有63座原属于哥打巴托省的村庄愿意加入自治区，也获其原所属城镇同意脱离。北拉瑙省亦有6座村庄愿意加入自治区，但北拉瑙省公投不同意脱离而无法加入。2019年2月23日，莫洛伊斯兰解放阵线主席就任邦萨摩洛过渡管理局临时首席