。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。史册记载：「自玛窦入中国后，其徒来益众」。到了1605年（万历三十三年），北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最着名的，也是后来影响最大的是进士出身的翰林徐光启。1610年（万历三十八年）5月11日利玛窦病逝于北京，享年58岁。赐葬于平则门外的二里沟滕公栅栏。逝世前指定龙华民接任教会中职务。
身后之事.依照明朝的惯例，客死中国的传教士必须迁回澳门神学院墓地安葬。1610年5月利玛窦