元1990年），刘兆汉出任校长，87年（西元1998年）核准成立地球科学学院、资讯电机学院；91年（西元2002年），入选中华民国教育部最初7所重点研究型大学之一。；92年（西元2003年），刘全生出任校长，同年成立客家学院；95年（西元2006年），李罗权出任校长，民国97年（西元2008年）五月，李罗权入阁出掌国科会，遂由副校长蒋伟宁任代理校长并于次年一月真除，民国101年2月，蒋伟宁校长入阁担任教育部部长，由副校长刘振荣代理校长一职。同年6月，改由副校长李诚接掌。迨民国102年（2013年）2月1日，