萨在降级附加赛中失利降入丙1级。随后的破产让比萨队只能参加更低级别的联赛。1996年，比萨队返回丙2级；1999年返回丙1级。直到2007年，球队终于又获得乙级参赛资格。在2006-07赛季，比萨队在丙1联赛最终积分榜上排名第3，在升降附加赛中连胜威尼斯和蒙扎升入乙级。在2007-08赛季，比萨队在乙级联赛最终积分榜上以积71分的成绩排名第6位获得了附加赛的资格，在升甲级的附加赛中，比萨输给了莱切未能成功升级。