3个调车场外还管辖和1985年划入本站管辖的2个车站。1998年7月22日，何家湾站与上海港军工路集装箱装卸公司联合组建铁路集装箱港站军工路港站，以推进港铁联运。1999年11月何家湾直属站整体建制并入杨浦直属站。2005年6月杨浦直属站合并至北郊直属站，2010年北郊直属站并至南翔直属站后本站由后者管理至今。2007年上海铁路局计划在何家湾东侧兴建上海铁路综合维修基地，占用何家湾站部分地块。2009年工程开工后，施工部门拆除了何家湾站编发场11至16道。改造后的何家湾站设有到达场和编发场：其中到