光绪二十四年(1898)受赏内阁中书衔。王棻将主要精力倾注于教书讲学、修撰地方志及着述，以朴学名于世。在方志学理论方面能新旧结合，加以发展，被认为是晚清方志学理论的集大成者。王棻一生中曾先后担任过处州莲城、黄岩九峰、临海正学、温州中山等众多书院的山长。喻长霖、黄方庆、王舟瑶、朱谦、管世骏等均曾受其教诲，蔡元培亦曾求学其门下。王棻的地方志着作颇为丰富，独立主修了《九峰山志》、《黄岩县志》、《青田县志》及 《太平县续志》等， 与人合纂的则有《杭州府志稿》，《永嘉县志》 及 《仙居县志》等。晚年编成《台学统》一百