新增两部250瓩的柴油发电机。1940年6月台湾总督府统制全岛电力事业，同年11月，台湾合同株式会社被台湾电力株式会社所併吞，旗下的澎湖营业所也随之隶属到台湾电力株式会社旗下。1940年11月台湾电力株式会社成立澎湖支店。1943年时澎湖支店应大日本帝国海军要求，将原基隆火力发电所老旧淘汰的一部2,000瓩发电机移装到澎湖支店，而这部机组主为供应帝国海军工作部支需要，而新机组装设的火力发电所告竣后因电源仍有余，因此将原装置容量110瓩的二号柴油发电机组移装到恆春发电所中。这时的澎湖支店进入到营运的全盛时