他处理了右肺部之气胸，移除碎裂的第七根肋骨前端，缝合撕裂之横膈膜，装设导尿管，最后取出卡着手榴弹碎片的脾脏。然而，党卫队首领希姆莱将其私人医师送来。手术也因其当日下午的抵达而告一段落。29日后，党卫队的医师团完全接管了海德里希的治疗。术后治疗包括大剂量的吗啡注射，也谣传处方中含有磺胺，但盖伯哈特于1947年战犯大审中表示并没有。在接连七天中，海德里希出现轻微的发烧及伤口流脓，但情况似乎逐渐好转。突然地，他陷入休克状态，更在第八天上午断气。医师团推论可能是伤口感染所致，也可能是脑或肺部的栓塞要了他的命。