88年，钱永佑担任普通生理学会（Society of General Physiologists）主席。钱永佑也是美国国家科学院神经生物学分会的主席。1994年，钱永佑被选为美国医学学院（United States ）院士。1996年，当选中央研究院院士（第21届）。1997年，当选为美国国家科学院院士。1998年，当选美国文理科学院院士。1999年，当选国际生物物理学会（）会章委员（）。