九年（1396年）改为屯田清吏司。管理设置屯垦，增益军储，抽分征商，伐薪烧炭，和四司工匠工食。设郎中一人，员外郎一人，主事三人。南京工部设郎中一人，主事一人。清朝顺治元年（1644年），沿置屯田清吏司，设郎中五人，满洲四人，汉族一人；主事五人，宗室一人，满洲二人，汉族二人。以及笔帖式、经承若干人。所属有都吏科、准支科、拒科、杂科、匠科。管理检查监督四司匠役，审核海、苇、煤课和本衙门汉官的升补。光绪三十二年（1906年），废除。掌管的事务归于民政部。