入归第五校管理。1992年把圣若瑟教区中学教师联谊会易名为「圣若瑟教区中学教职员联谊会」；而校园内的钻禧台及立德楼也相继落成，在5月24日的圣母进教之佑瞻礼当日举行启用感恩弥撒。1993年2月，圣中管乐团成立。1993学年把第二校初中部迁入校本部上课；天神巷43号新校舍命名为第二、三校，设小学。1996年成立圣中史地学会、圣中救伤队。1999年校本部新教学大楼落成启用；11月4日举行第25届校运会，由候任澳门行政长官何厚铧主礼；12月20日，澳门回归中国，圣若瑟教区中学全体中学师生参加在澳门运动场举行的