能量的守恒。尽管计算机的计算能力发展迅速，但用其模拟阿佛加德罗常数数量级的粒子仍然是不现实的。当今计算机能模拟数百万乃至千万个粒子的体系，要用这有限个粒子反映宏观相的热力学性质，只能借助于周期性边界来实现，使用有限个粒子的体系近似地描述宏观体系。分子动力学模拟中，常使用PBC描述气体、液体、溶液及晶态的行为。
实现.PBC算法主要体现在两部分。其一：对体系内粒子坐标的约束。x_size是一个方向上的元胞边长，则粒子坐标区间为[-0.5*x_size, 0.5x_size)，代码