部尚书侯恂之子，行三。祖父侯执蒲及父辈都是东林党人，均因反对宦官专权而被黜。侯方域师从倪元璐，性格豪迈不羁，文章风采，着名于时，好戏曲，朝宗“身自按谱，不使一字讹误……脱或白雪偶乖，红牙稍越，曲有误，周郎顾，闻声先觉，虽梨园老弟子莫不畏服其神也”。为复社成员。史可法给多尔衮的回信《复多尔衮书》即为方域任职可法幕府时捉刀。崇祯十六年（1643年），镇守武昌的左良玉扬言就食金陵，一时人心惶惶；南京兵部尚书熊明遇以侯恂对左良玉有恩，请侯方域假託父亲的名义致书退之。不料与复社成员有仇的阮大鋮趁机诬陷侯方域与