并不是对散列在整个基因组中的已知或预测基因的序列进行探测，而是对连续区域内存在的已知序列进行密集地探测。这有助于表征已测序但功能却知之甚少的区域。瓦片阵列可用于：辅助转录物组作图、发现DNA/蛋白质相互作用（ChIP-chip和DamID）位点、DNA甲基化（MeDIP-chip）位点、DNA酶敏感（DNase Chip）位点及阵列比较基因组杂交。瓦片阵列除了可以检测之前未鉴定的基因及调控序列，还可能对转录产物进行深度定量。被称为“特征”的瓦片阵列单位中，特异性探针的拷贝数可上数百位（而在传统阵列中仅有少数