造成的环境污染，其目标族群逐渐养成的抗药性，以及农药对于非目标族群的负面影响。过去三十年来，化学家，生化学家，毒理学家，以及IPM专家一起研究从植物衍生的新一代化合物，具有管理害虫的效力和最低程度的环境不良影响。第一代的生物农药包含尼古丁，生物硷，鱼藤酮类，除虫菊类和一些植物油等，在人类历史上已有相当的使用时间。在1690年，烟草的水溶性成份就用于对抗谷类的害虫。除虫菊也是常见的蚊香的主要成份。生物农药的市场佔有率仍然相当有限，在1995年，生物农药佔世界农药总销售量的1.3%。许多因素限制了生物农