琦声称张显耀因「家庭因素」辞职，由林祖嘉出任陆委会特任副主委。刘德勋辞任台港经济文化合作策进会董事长后，由林祖嘉兼任董事长一职，林祖嘉成为第一位担任策进会董事长的台湾现职官员。2016年2月1日至5月20日，担任政务委员、国家发展委员会主任委员及福建省政府主席三职。