部尚书暴昭掌司事。随后，耿炳文率大军抵达，与燕军交战后失利退守。明建文帝临时换将，撤换耿炳文，由李景隆代替。随后，朱棣获得宁王朱权及朵颜三卫，实力大增。而李景隆在率军围困北平后，仍然无法破城，并在郑村坝溃败。燕王因此向明惠帝上书，明惠帝不得不罢免齐泰、黄子澄。建文二年，燕军与中央军在白沟河大战，李景隆再次溃败并逃亡济南，随后再在济南溃败。然而，朱棣却无法攻破山东参政铁铉、都督盛庸的济南城，不得不撤军。明惠帝随后封赏铁铉、盛庸，但却不诛杀李景隆。同年冬，燕军再次进犯济宁，盛庸击败并斩杀燕将张玉，并接连获胜