合併的争论中，曾提出关闭50所至60所大学的教育部部长吴思华，也表示清华大学和新竹教育大学合併后的领域将能互补，进而加强教育功能。与此同时，清华大学校长贺陈弘也曾表示希望两校合併后，新竹教育大学的部分能扮演美国加州大学柏克莱分校的教育学院角色，对加利福尼亚州的翻转教育和创业带来庞大影响。除了扩大清华大学实力外，新竹教育大学部分亦能获得支持，发展科学教育、实验教育及创新教育。教育部还拟订退场专法《高等教育创新转型条例》，再度鼓励大学组成联盟、合併减招、推动转型，计画5年内完成50所大学合併或转型，并在7年