二十九年（1764年）时，台湾知府蒋允焄重修该寺，重建火神庙于寺右，隔年又在寺前新凿半月池「南湖」，为端阳竞舟的地方，而在湖畔又建有南湖书院与半月楼，是当时文人雅集的所在地。干隆五十七年（1792年）时，台湾知府杨廷理又建关帝庙于寺左。光绪初年，台湾道夏献纶又予以整修，并写「梦蝶遗踪」匾，然而此后该寺渐趋荒废。到了日治时期的大正三年（1914年），应地方士绅之请，基隆月眉山灵泉禅寺开山祖善慧上人前来担任该寺住持，且在地方士绅上官薇、石膜记、叶永声及台南三郊组合的许藏春、石学文、苏有志等人的赞助下，对该寺