裁由胡定吾担任，李云宁任远东航空董事长兼总经理。1999年10月新增亚庇航线。2000年，崔涌接任董事长，陈每文为总经理。在中华民国与韩国断航十年后，2002年10月首度包机由远航担任直航。至2003年远航共有员工1000余人。2007年6月，由自华信航空退休的乐大信接任董事长，但同年11月30日突然请辞，由林宝漳继任董事长，陈尚群为总经理。
破产重整.2008年2月14日远东航空爆发财务危机，改列为全额交割股票。5月12日傍晚，远东航空宣布因经营高层掏空事件，欠缺资金导致资金