明光车站之间的明光大桥被国民党军炸毁，铁路交通中断。1950年6月25日，津浦铁路恢复通车。1958年，津浦铁路复线开工。石门山车站的站址由原址向西迁移，至现在的位置。由于铁路不断提速，至1998年，石门山车站只剩下一对483/484次列车往返于蚌埠至南京浦口的慢车停靠。2004年4月1日，本站停办客运业务，又在2年后停办货运业务；2009年6月4日，石门山车站成为上海铁路局下文撤销的车站之一。2010年8月1日，石门山车站的三道、四道、五道铁轨全部拆除。自此，该站不复存在。