432年贾曹杰圆寂，经噶丹寺僧共同商定，邀请克珠杰（一世班禅喇嘛）就任甘丹寺赤巴，根敦朱巴又向克珠杰学习佛法。此后根敦朱巴返回后藏，在绛勤、打纳、日库等处讲经，门徒渐众。1447年，根敦朱巴得到桑主则宗本乃穹吉巴·班觉桑布资助，在桑珠则之旁兴建了扎什伦布寺，寺成即任该寺赤巴。1434年，甘丹寺住持克珠杰圆寂，寺内教务乏人主持，1450年寺僧派人来请根敦朱巴前往继任甘丹寺赤巴，根敦朱巴说：“我不能去，若才建此寺即离去，恐不坚稳”，他推举了克珠杰之弟拔梭·曲结坚赞前往甘丹寺担任了第四任赤巴。根敦朱巴广泛研习