协议机关「七人衆」，由地道行雄、安原武夫等三代目亲信出任。同年12月，三代目山口组新设「若头补佐」职务；菅谷政雄、吉川勇次、山本健一、梶原清晴等人就任首批若头补佐。1964年日本警方设置「暴力取缔对策纲要」，并重新指定10大广域暴力团（多列入了东京的住吉会、日本国粋会、东声会、北星会、川崎的日本义人党等五组织），随后发动首次全国性暴力团的「顶上作战」取缔行动，山口组在这次行动中被列为首要集中取缔对象。1965年，山口组所属共计424团体，总势9450名组员。1966年6月，「山口组坏灭作战」的一连串取缔行