历史.有关石珊瑚目的起源，现时有两个不同的假说。第一个是指古生代不同的四射珊瑚科直接（可能是多系群）演化出不同的石珊瑚目亚目；第二个则指石珊瑚目与四射珊瑚的相似性是源自古生代初期没有骨骼的共同祖先。近年发现古生代的珊瑚化石却拥有石珊瑚目的两个重要特征：霰石骨骼及隔壁的成形，故此增强了石珊瑚目是独自演化的假说。