8日，随中央红军战略转移。1935年6月，萧劲光被撤销处分、恢复党籍，并担任红三军团参谋长。1936年3月，到达陕北后的萧劲光兼任红二十九军军长；1937年2月，任中央军委参谋长。
中日战争时期.1937年8月，参加筹备和出席洛川会议。会后，任八路军后方总留守处主任。1937年12月，担任留守兵团司令员，指挥多次河防战斗，保证了中共中央的治安与防卫工作，并保护与各根据地联系畅通，之后率领留守兵团各部进行大生产运动。1940年，其同王若飞一道为解决晋西事变与阎锡山谈判，促使协定缔结。