六四事件结束后产生的第三代中共领导集体正式接班，李瑞环也在中共十四届一中全会上连任中共中央政治局常委，党内排名由第六上升至第四。六四事件之后在全国的清查运动中，李瑞环和乔石尽可能在自己的职权范围内保护了一些知识分子。有消息说，李瑞环和乔石的所作所为引起江泽民、李鹏和一些保守派元老的强烈不满。保守势力在六四之后要反和平演变，打击异议人士，但李瑞环却要理顺群众情绪，要保护异见分子。 随即，在1993年3月的“两会”上，李瑞环以59岁之年龄，被安排出任一向被视为是“只有退休了的前中共领袖”才会担任的“闲职”——全