立，皆隶属第14联合航空队。1944年7月10日日本海军实施空地分离制度，将航空队分成甲航空队（数字番号）与（地名番号），同日成立台湾海军航空队，基地位在新竹，但于台南设有训练教育队，而台南海军航空队（II）于该年12月1日解散。1944年10月的台湾空战中，台南机场成为重要攻击目标，机场设施方面有一栋机库失火，一栋机库与两栋附属建筑被毁，无线通信设施受创。1945年年初，日方重整台湾部队，第二台南航空队遂因而解散，而后在该年2月5日于台南成立。另外在二次大战期间，日军在新丰郡归仁庄设置机场，但