遍使用的荧光显微镜，是属于落射荧光显微镜(Epi-Fluorescence Microscopes，见右图)，是指激发光的来源和观察的位置(接目镜)，皆位于样品的同方，通过相同的光路。这些显微镜被广泛应用于生物学，并且是更先进的显微镜设计的基础，例如共聚焦显微镜或全内反射萤光显微镜(TIRF)。
光源.荧光显微镜要求强烈的，近乎单色光的照明，这是一些普遍的光源，比如卤素灯泡不能提供的。四种主要类型的光源的使用，包括或带有激发泸片(Excitation Filter)的水银灯，激光，