天佑殿、六部为六政府，设有大学士、尚书、侍郎等，地方改巡抚为节度使、巡按为直指使，军事设前后左右中各营，权将军、制将军、威武将军、果毅将军等，其中权将军地位最高，入北京后规定：文官都受权将军刘宗敏节制，这与明朝显然不同。另外还制定科举改革政策，认为八股文腐败，改采用散文考试，但未及遍行，政权即告灭亡。又让刘宗敏等设立比饷镇抚司，搜刮京城官员大户的财产。规定助饷额为「中堂十万，部院京堂锦衣七万或五万三万，道科吏部五万三万，翰林三万二万一万，部属而下则各以千计」，前明旧臣大多无一倖免，国丈周奎、首辅魏藻