北白莲教教徒起事，侵入四川酉阳境内，孙士毅率兵镇压，屡次获胜，封三等男爵。六月，卒于军中，追赠公爵爵位，谥文靖。其孙孙均袭其伯爵之位。
着作.孙士毅工诗，有《百一山房集》诗赋十二卷存世。
身后.孙士毅与和珅关系友善，病笃之时请求加入旗籍。干隆帝特许之，将孙均抬入汉军正白旗。原计划授予散秩大臣之职，但由于孙均年幼便取消了这个决定。嘉庆十一年（1806年），孙均奏称因疾病残废，请求嘉庆帝将世袭伯爵之位传给堂弟孙玉墀。嘉庆帝下谕：“孙士毅攻克黎城（即昇龙城），皇