受损保护区捐赠物资，资助保育研究及生境修复工作。在2011/2012年度，保育基金拨款达500万港元，资助42个亚洲区10个国家，共27个物种的保育项目，投入的金额、物种及国家均为历来最多。此外海洋公园亦积极进行人工繁殖计划，除了成功繁殖鲨鱼、海狮、海马，及不同品种的水母之外，公园于2000年以人工受孕方法成功令到樽鼻海豚受孕，两条小海豚于2001年顺利出生。香港海洋公园学院于2004年成立，每年为约40,000名学生举办超过35项环绕6个课题的核心课程，让他们深入了解大熊猫及小熊猫、海豚和海狮、鸟