长崎一带有4%的人口为天主教徒，是日本天主教徒比例最高的地方，信徒人口数则仅次于东京总教区。
历史.1846年，圣座为了重启在日本的福传事业，成立「日本宗座代牧区」（）；在此之前，日本的天主教会是由当时天主教会在东亚的发展中心澳门教区管辖。代牧区成立之初，因日本尚未解除，宗座代牧先驻钖于香港，待1858年禁教令解除后，至1863年迁驻横滨，1866年再迁至长崎。1876年，圣座将日本宗座代牧区一分为二，分为日本南纬宗座代牧区（简称南日本代牧区）与日本北纬宗座代牧区（东京总教区前身）