爆发刘自然事件，在捣毁美国大使馆情绪中，李元簇公开审判，并允许被告自行延聘律师辩护，使神秘的军法体系得以向民众公开。1958年，前往波昂大学进修，在1963年获得法学博士学位。1963年返回台湾后，出任《中央日报》社论主笔。1969年，被聘任为国防部法制司司长，开启其政坛生涯。后来，历任国防部顾问兼法规司司长、行政院法规会及诉愿委员会主任委员，并担任国立政治大学专任教授兼法律研究所所长，以及校长，教育部部长、法务部部长等。1978至1984年于法务部期间，推动了审检分立、建立赔偿制度、侦查中选任辩护