987年成为南京大学医学院附属医院。2004年，南京市第三医院（原南京南京铁路中心医院，位于中山北路262号）并入鼓楼医院。2012年，投资11亿元的鼓楼医院南扩工程建成，医院床位增加到2400张，总建筑面积达到30万平方米。新建的门急诊大楼楼顶设直升机停机坪，伤病人员可通过直升机直达急诊抢救。
研究机构.鼓楼医院积聚着许多国内外着名的医疗专家，成立了多个专业研究所和治疗中心。部分研究机构：
保护文物.马林医院旧址建筑为南京市重点保护建筑，位于南京市中山