同时，佛教是从朝鲜半岛东南部的新罗传入日本的。日本奈良时代光仁天皇的夫人、桓武天皇的生母高野新笠是百济武宁王后裔，桓武天皇的后宫中也有几位出身百济王氏。
十三世纪至十四世纪.1260年（文应元年、中统元年），负责漠南汉地事务的忽必烈在中原即位称帝，国号「大元」，对高丽方针由武力征服变更为怀柔政策。同年，高丽元宗向其称臣，高丽成为其东藩。朝鲜半岛上的高丽国成为后来元朝侵略日本的协力者。后来蒙古在高丽设征东行省，实际控制高丽。朝鲜半岛处于蒙古统治下，高丽王娶蒙古公主为妃，成为蒙古驸马。