不久复入朝为司府少卿。当时司府卿侯知一与尹思贞同样严厉，吏员们为之语曰：“不畏侯卿杖，惟畏尹卿笔。”寻加银青光禄大夫。他在自己宅中挖到十二架古戟，不久府门就因升官而加棨戟，当时人们对这件事很奇异。神龙初年（705年），尹思贞为大理卿，时武三思擅权，御史大夫李承嘉附会之。雍州人韦月将上告武三思谋逆，唐中宗大怒，命将其斩首。尹思贞以当月不宜杀人，坚持认为不可行刑，最终韦月将被判杖配流放岭南。武三思令有关部门暗害韦月将，让李承嘉阻止尹思贞进入朝堂，并弹劾思贞，出为青州刺史。他在青州任内，境内有蚕一年四熟，黜陟