帝位予他但难于启齿，于是代为向恭帝暗示，恭帝于是在六月禅让帝位给刘裕，东晋灭亡，刘裕即位为帝，改国号为「宋」，改元永初。刘裕在称帝之后，为了斩草除根，还杀掉了恭帝。此行为可谓刘裕一生中一个污点，因为其行为开启了前朝逊位之主不得善终之先（新朝王莽之于西汉孺子婴、曹魏文帝曹丕之于东汉献帝刘协、西晋武帝司马炎之于曹魏元帝曹奂，都没有加害前朝末主），至此，南朝末主除了陈后主陈叔宝其亡国非遭逢篡位外，全都俱被新立的政权所杀。永初三年（422年），刘裕患病，五月病重时遗命司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦及护军