应用.在基因工程中，IRES可在真核细胞中使一个转录本转译出两条独立的肽链，这能满足仅通过载体中单个转录本使宿主表达两个独立的蛋白质而不是一个融合蛋白的要求。如果需要令两个蛋白分开表达（例如需要一个蛋白进入细胞核中、另一个蛋白在细胞质中表达），又希望只在载体上构建一个转录本，那么可以选择在两个蛋白的编码区（CDS）中间加入一个IRES序列。除此之外，如果两个蛋白融合后融合蛋白没有功能，可以在两个蛋白的编码区中间插入一段编码IRES序列，或将连结肽更换为IRES序列，使两个蛋白分开转译