12年1月1日南京临时政府成立，浙江都督汤寿潜改任临时政府交通总长，蒋尊簋被推举为浙江都督兼民政长。1912年2月，他和章太炎、张骞等人组织统一党。1912年5月袁世凯任中华民国临时大总统后，蒋尊簋遭到排挤。在浙江省内，蒋尊簋所代表的官费留日学生派同国内南京陆师、保定速成等军校毕业生派发生了派系斗争。同年7月，他在国内军校毕业生派的朱瑞逼迫下辞去浙江都督职务，旋即出国考察。1914年1月，蒋尊簋任总统府高等顾问，6月，他任参政院参政、将军府宣威将军兼检阅使总监。1915年，他任两湖检阅使兼保定军校主考。