尿素，陆龟如苏卡达、星龟排尿酸，而部分则排尿液，类似哺乳类。不像哺乳类与鸟类的肾脏，爬行动物的肾脏不能够制造尿液，尿液可以储藏更多的身体废物。这是因为牠们缺乏鸟类与哺乳类所拥有的肾元，称为亨利氏环（Loop of Henle）。因此许多爬行动物使用牠们的结肠与排泄腔来再度吸收水分。有些爬行动物甚至可利用膀胱来取得水分。有些爬行动物的鼻部与舌部具有盐腺，可以储存额外的盐分。
神经系统.爬行动物与两栖类的脑部具有相同的基本部分，但牠们的大脑与小脑稍大。爬行动物的感觉器官多发展良好，除了