事件时，顾祝同主要负责包围新四军及扣押叶挺。1945年9月，日本战败投降，何应钦在签字后举办宴会，顾祝同亦参与宴会，宴会结束后步出礼堂与众将合影，下午和同僚前往谒陵瞻仰国父。12月20日，国民政府任命程潜为军事委员会委员长武汉行营主任，余汉谋为衢州绥靖公署主任，顾祝同为徐州绥靖公署主任，刘峙为郑州绥靖公署主任1946年，顾任陆军总司令，郑州绥靖公署主任，负责指挥进攻山东中共军队，遭遇孟良崮战役大败（顾祝同、汤恩伯、张灵甫、黄百韬、胡琏指挥），精锐之国军整编七十四师被歼。7月9日，顾祝同由沈阳飞往长春