菲律宾大使刘建超表示，香港实行高度自治，中央政府不会要求香港解除对菲律宾的黑色外游警示，尊重及理解特区政府的决定，但是他希望双方尽快回复正常交流。菲律宾总统府发言人陈显达在2013年8月代表总统阿基诺三世会见中港传媒表示「不明白为何港府把菲律宾，与叙利亚等内战国家同列为『黑色外游警示』地区」，但强调决定权在港府。随着港菲政府在2014年4月23日达成解决方案，包括菲律宾政府已採取了一系列保障旅客安全的措施，行政长官梁振英宣布即时解除对菲律宾实施的黑色外游警示，香港保安局于当天17时恢复到事件发生前的黄色