情报调査室等各省厅与情报体系要求情报、各省庁都有义务向国家安全局报告。国家安全保障局长常与合作。本职位由内阁应内阁总理大臣要求进行任免。2014年（平成26年）1月7日，国家安全保障局以67名体制成立。初代局长是曾任外务事务次官、政府代表、的谷内正太郎，同时兼任。局长下辖防卫省与外务省出身、由兼任的2名局次长，以及同省出身的3名审议官。局内分为6班，包含负责综合事务与国家安全保障会议事务的「总括・调整班」、负责美国、欧洲各国、ASEAN等的「政策第1班」、负责东北亚与俄罗斯的「政策第2班」、负责中东