966年，文化大革命开始，学校停止正常教学、招生工作。1969年，根据林彪批准的1号令，同年11月，学校全体师生被疏散到焦枝铁路施工现场劳动近一年，直到1970年7月焦枝铁路通车。1970年6月，中国人民解放军铁道部军事管制委员会向国务院业务组报告，经周恩来总理批准恢复“北方交通大学”校名；同年9月，学校迁往河北省石家庄市，隶属河北省及铁道部双重领导。由于石家庄教育设备不适应，学生均在北京校园上课。文化大革命结束后，1976年10月，学校逐步恢复正常，1977年11月，在国务院批准下，学校由石家庄市迁回北京