应用软件会根据审核标准预载一系列可靠的根证书，但用户仍然可以透过介面自行增删其电脑上所安装并信任的根证书清单。有时候，用户连接某些网站时，会得到来自应用软件（浏览器）的安全警告，但基于实际情况，仍然可能选择信任网站，跳过警告以继续；典型的例子是一般家用路由器，这些家用路由器的设定介面一般是以网页形式在浏览器上执行，如果设定成为「以HTTPS连接」，则其原厂设定所使用的电子证书一般为自签证书，即未经凭证机构数位签章担保，但用户仍然可能选择跳过警告，甚至在浏览器的信任根证书清单增加路由器的自签证书，以便日后再设