吞吐量不足10万人次；而1993年，云航昆明机场拥有7架波音737飞机，吞吐量28万人次；到1997年，云航昆明机场已拥有波音飞机17架，吞吐量达442万人次。1998年完成总周转量3.5亿吨公里，旅客运输量331万人次，货运量7.3万吨。1999年世界园艺博览会在昆明举办。为期184天的世界园艺博览会共接待国内外参观人数950万人次。云南航空当时作为唯一的航空客运合作伙伴，也特别喷绘了世园会彩绘机。
东航改组云南航空及之后发展.2002年10月11日，云南航空与中国东方航空集团