一直未能达成协议，于1992年2月26日交由法院仲裁，政府入禀要求将业权拨归慈善信託基金。香港高等法院原讼法庭在1998年11月26日判定青云观属屯门陶嘉仪祖（又称陶五柳堂）和陶族所有，律政司司长提出上诉，经历长达9年3次诉讼，2000年12月22日香港终审法院裁定青云观土地业权及超逾3亿港元的换地收益归于陶嘉仪祖及陶氏宗族拥有。诉讼缠绕多年，牵涉的费用庞大，单是陶氏一方的律师费已高达4,000万港元。1998年5月10日青云观兼陶嘉仪祖堂三名註册司理陶根池、陶福添和陶鑑筹，向部分祖堂成员借钱与政府打官