初设15部3会1局。1949年1月7日，行政院邀集相关部会首长会商政府机关疏散事宜，决定将各机关核心移至广州，将大部份人员疏散于各地或南京以外各附属机关。。2月5日，行政院在广州办公。3月，整编为八部二会一处。12月9日，行政院在台北举行迁台后首次政务会议，正式在台北办公。2006年，行政院已经扩增为8部、2会、18委员会、3署、1处、2局与2直属机构。2012年起，行政院本部与所属部会机关逐步实施「行政院组织再造」，院本部自该年1月1日起从11室、8组、2会调整为16处、2室、1会。目前行政院