纳戈尔诺-卡拉巴赫地区的宗教基本上为亚美尼亚使徒教会的基督徒，也有少数无神论者。在之前，该地区还有大量的什叶派阿塞拜疆族穆斯林。虽然该地区是有争议地区，但事实上的纳戈尔诺 - 卡拉巴赫大部分地区是由独立的阿尔察赫共和国管理的。