吴耀宗诬告地方教会领导人倪柝声经济犯罪和生活作风等问题，导致1952年倪柝声被捕，以此恐吓不愿加入三自的各处地方教会和其它独立的教派团体。随后制造出倪柝声反革命集团案，上海和其它地方教会的多数骨干被抓，迫使少数人转向三自运动。1954年，中国基督教三自爱国运动委员会正式成立，吴耀宗出任主席。未参加三自运动的基督教活动则陆续被禁止。历任中国基督教三自爱国运动委员会主席，中国人民救济总会副主席，第一届、二届、三届、四届、五届全国人大常委会委员，政协第一届、二届、三届、四届全国委员会常务委员。1966