施行方法.本疗法可透过灌肠、结肠镜、胃喉、十二指肠喉或口服胶囊施行，最简单的做法是收集新鲜粪便，用杵臼或搅拌机打浆再灌肠或用管道输送给病人。然而，搅拌机可能会导致粪便内的微生物暴露于大气之中，令厌氧菌死亡。此外，剧烈搅拌所造成的气雾化会导致环境污染，进而危害医护人员。不同的文献所记载的移植分量由30至100克不等。于6至8小时内完成制备的新鲜粪便被指有助提高细菌的存活率。样本通常会用生理盐水或4%牛奶稀释2至2.5倍。
捐赠者筛选.病患近亲通常最愿意捐赠