辞去一边一国连线台南市召集人及退出一边一国连线，他在台南市议会议长选举仍是投给民进党推举的候选人，但民进党正副议长候选人均由市长赖清德提名（议长候选人赖美惠，副议长候选人郭信良）是不依民主程序。2014年12月30日，民进党籍一边一国连线台南市议员邱莉莉宣布退出一边一国连线，批评一边一国连线在少数政客把持下沦为扩张个人政治势力的工具；她同时批评，这数年来，一边一国连线除了若干关心陈水扁司法人权的活动偶有声援以外，有关台湾独立建国活动的实践并不多见。2014年12月31日，民进党中评会宣布，陈朝来、蔡秋兰