，叶廷珪以无党籍身分卷土重来角逐第三届台南市长选举。竞选期间，叶廷珪亲赴民间下访市民，塑造亲民形象。在选举中以「党员选党员，民众选民众」为号召，最后以62,056票击败杨请的44,001票当选市长。1960年第四届台南市长选举时，中国国民党派出议长辛文炳，由全党动员辅选。最后叶廷珪以59,034票败给辛文炳的64,143票。然而选后国民党被指控在选举中舞弊，包括在南区有管理员发现有人多次持他人身分证入投票所投票，欲上前阻止时竟遭发票员威胁直到被主任监察员发现后制止、西区有管理员将废票列入辛文炳得票等事件