戊戌变法中再刻，戊戌变法失败又遭朝廷降旨毁版。1900年朝廷再次降旨毁版。
学术贡献.梁启超在《清代学术概论》认为此书“使清学正统派之立脚点，根本摇动，一切古书，皆须重新检查估价，此实思想界一大飓风也”。1929年钱穆以《刘向歆父子年谱》一书，由史入经，列举事实，驳斥《新学伪经考》不可通者二十有八端，即有二十八项不能成立的理由，说明康书中见解尽是穿凿、扭曲与附会。钱书一出版即震惊北京学术界。钱穆还宣称康有为此书“亦非自创，而特剽窃之于川人廖平”。廖平本人亦曾经致函康有为加以指责