民进党推选早期的独派宣导者彭明敏参选，但因国民党候选人、当时的总统李登辉对于台湾人选民的强大号召力，加上外在因素如台湾海崃飞弹危机至台湾外海等举动而导致民进党惨败。施明德辞去党主席职务以示为此次选举失败负责。但在地方上，民进党的势力依然强劲。1997年中华民国县市长选举中，民进党赢得了全台12个县市的执政权，首次超过国民党的县市长席次，「绿色执政」下的人口已占全台湾总人口的71.59%，民进党「以地方包围中央」的选举路线于焉产生。1998年的台北、高雄直辖市市长选举中，施政满意度高达七成，被外界甚为看好有机