趁他接状纸时埋伏的人一拥而上，经过一番搏斗刺杀了亚马留，砍下他的头和独臂左手。把守关闸的清朝汛兵目睹全部过程，并未加以阻止。兇手不慌不忙得走过关闸，沿路留下血迹，再将亚马留的头和手带到广州。副官莱特头上挨了一刀，浑身是血疾奔澳门报警。他迎面碰上西班牙公使玛斯，他是案发后第一个见到亚马留尸体的人。从多种原始史料来看，亚马留被杀幕后很可能有两广总督徐广缙的支持与策划，因此引起清朝与葡萄牙帝国关系紧张。
战前交涉.澳门总督遇刺当天（1849年8月22日），澳门葡萄牙人根据法律组成了以主教