8年10月，在重庆举行临时大会，将总会迁至重庆，在大后方重要城市组织分会，并曾在昆明、成都、贵阳、兰州、桂林、重庆等地召开年会。1945年抗日战争胜利，国民政府还都南京，总会也在南京恢复，并曾在南京及台北召开年会。1949年，在第二次国共内战中，中华民国政府撤离南京、上海，总会干事人员未撤走，以致总会全部财产、基金以及档案纪录、会员登记卡等皆散失，会务停顿。对于中国工程师学会在大陆结束的时间，学者钟少华认为“南京解放后，中国工程师学会停止活动”。但《上海科学技术志》（1996年版）却认为结束时间是1