1913年12月22日，他被调到立陶宛维尔纽斯。1917年6月21日，在莫斯科教区的神职人员和平信徒教区会议上，他当选为该教区的行政主教。1917年8月15日，吉洪大主教升为莫斯科都主教。同年11月5日，作为三名候选人之一参选恢复的莫斯科牧首职位，基辅都主教弗拉基米尔宣布吉洪都主教当选为俄罗斯正教会的新牧首。
牧首.在俄国内战期间，牧首被普遍认为是反布尔什维克的，许多东正教教士被新政权逮捕入狱或处死。1918年，吉洪公开谴责对沙皇一家的杀害，抗议布尔什维克对俄罗斯正教会的暴力袭击。