国87年（1998年）6月起，省府改依管辖权责将所辖河川区分成「省管河川」及「县（市）管河川」两大类，计有省管河川24水系，县（市）管河川91水系；另与台北市划分「跨省市河川」（或称「省市共管河川」）3水系，合计全台县市级以上列管河川共118水系。其中淡水河虽列为「跨省市河川」，但因较为重要，随后于同年9月公告为「比照省管河川」。冻省之后，河川主管单位改制为经济部水利署。民国89年（2000年）1月4日，经济部公告将台湾河川改区分为「中央管河川」及「县（市）管河川」。中央管河川即为原有之省管河川改制而成