实际编制等同被支解无存。1943年后第六军编入国民革命军第十一集团军，归昆明行营指挥，主要任务为整训与怒江佈防。1944年，第六军与其上层单位十一集团军一同编入第二次中国远征军，此时的第六军下辖新33师、新39师、预备第2师，在1944年5月投入滇西缅北战役。在一系列强攻战中因为第六军下辖部队多为临时编号，加之折损过重，因此1945年6月军委会决议撤销第六军番号。人员则补充给其他部队编实战力。1945年10月，第六军在重庆重建，由青年军202师、203师、204师、207师组成，军长钟彬。1946年