兼总京卫武学，又三上疏弹劾定西侯蒋惟禄；皇帝认为卢若腾实在耿直得令人讨厌，便把他派往浙江任布政使司左参议，分司宁绍巡海道。崇祯十五年（1642年）卢若腾辞朝赴任，循水路到山东，途中发现宦官田国兴专揽民船、滥用民夫，再度上疏纠田国兴“挠关政、妨漕运、辱朝廷、违明旨、戕民命”等五大罪状，朝廷下旨礼监察明，不许漏纵，结果田国兴被撤调，论罪抵法。卢若腾任职浙江期间，爱民洁己，剔奸除弊，抑制势豪，峻绝馈赠，轻省赎锾，风裁凛凛，并荡平巨寇胡乘龙等，使势豪绝迹。乡里承平，人人赞颂；浙江人建生祠奉祀，称之为“卢菩萨”。