扬州画舫录十八卷》《王荆公诗笺注五十卷》等“镇馆之宝”。地方文献、古代目录学文献以及丛书的收藏已形成特色。古代地方志共收藏有4000余种，近4万册，在中国大陆各大图书馆中处于领先地位。南大图书馆也收藏了80多个国家和地区20多个语种的期刊，尤以物理学、生物学、地学、数学、东方学为特色。中华人民共和国成立以前的中文社会科学书刊也收藏颇多。