98年进入北京城内，改编为武卫军后军，成为一支保卫京城的现代化军队。甘军包括汉族、回族穆斯林，少量撒拉族穆斯林、东乡族穆斯林和保安族穆斯林。兵源主要来源于宁夏河套地区、宁夏西海固地区、甘肃河州地区、甘肃庆阳地区、青海河湟地区。其精锐部队为董福祥（中营）、张俊（左营）、李双良（右营）所辖的约3000人的“董字三营”。甘军在光绪二十六年（1900年）的义和团运动中扮演了重要角色。6月初帮助击退西摩尔远征——从天津派出的意在解东交民巷之围的多国联军后，从6月20日到8月14日，穆斯林军队是攻打东交民巷最凶勐的进攻