2010年，陈思祺接受缝补耳膜手术。2012年3月，驻守于防止罪案科的陈思祺被证实患有末期肺癌，因为其主诊医生转为到上海天坛普华医院驻守，他亦于3月15日转往上述医院留宿接受医疗，病情稳定。陈思祺每日都需要服用镖靶药及接受低剂量的化学疗法注射，及服用中药保健品以保护肝脏及肾，以中西合璧的医疗方法控制病情。由于每日均需要吞服逾百粒药丸及30粒冬虫夏草胶囊，治疗过程影响到其心跳急速、血压飙升，故此他亦需要接受静脉注射及葡萄糖补充，目前终日卧牀。至同年9月，陈思祺经过多次化学疗法后，其癌指数下降，惟癌细胞始终