日益增强导致Ju 88 C损失比例攀升，到诺曼地战役时一次出勤架数只有到8～16架。
不列颠战役.1940年8月，在战事日趋激烈的同时A-1s与A-5s也抵达了操作单位。不列颠空战消耗空军实力甚多，Ju 88虽然速度远快于Do 17轰炸机与He 111轰炸机，且部署的数量是最小的，但它在1940年7月到10月之间还是损失了313架，同一时期Do 17与He 111分别战损了132架，与252架。容克斯有鑑于此开发出一系列修改套件，将单管后卫机枪部位换成双管机枪并安装座舱装甲。在