时张博雅为党主席，秘书长则为前立法委员陈杰儒。2004年，第六届立法委员选举，无盟提名二十六名区域立委候选人、五名全国不分区候选人与一名侨选立委候选人参与选战，但仅于区域立委获得六席。2005任务型国代选举中，反对修宪的无盟也只获得两席；同年县市长与县市议员选举，无盟在全台大多都有提名，但是县市长和县市议员都无人当选，仅当选一位金门县金湖镇镇长李成义。2008年，第七届立法委员选举首次採单一选区两票制，无盟在区域立委共推举5位寻求连任（林炳坤、颜清标、高金素梅、陈进丁、李和顺），而具无盟籍的蔡豪则改