酸结构等生化分子也有所影响。例如某些拥有疏水核心（"hydrophobic core"）的蛋白质，会以疏水轴为中心形成卷曲螺旋（coiled-coil）结构。在水中蛋白质折叠时总是倾向于将疏水基团埋藏在分子内部，将亲水基团暴露在外部的现象。蛋白质溶液系统熵值的增加是疏水作用的主要动力，因此，疏水作用又被称作熵效应。