理双首长为主的三权分立制度：行政权以及外交、军事等涉外事务归大总统与国务总理、立法权归参议院，司法权归法院。经过折冲后，北洋政府採取接近内阁制的双首长制。总统与总理均由参议院选出，总统职务为执行法律、发布命令、统率全国陆海军队、任命官员、外交权、依法宣布戒严、特赦、减刑复权。不过，以上各权利均需经由参议院同意。由总统任命的国务总理则负责实际内政治理及法律副署权。虽然制度设计如此，在此期间有数次对中华民国政府体制造成挑战的事件发生。1912年，担任大总统的袁世凯将总统职权扩大，甚至于1915年短暂宣佈施行帝制