近期的分子种系发生学及对节肢动物的神经系统在胚胎时期的发育研究，显示螯肢亚门与多足纲较为接近。不过，研究结果只是针对现存的节肢动物，若结合已灭绝的动物（如三叶虫），结果可能会重返传统的观点上。
主要亚类.一般认同螯肢亚门包含了蛛形纲、剑尾目及板足鲎目。已灭绝的是板足鲎目下的亚类。海蜘蛛纲传统上分类在螯肢亚门之内，但有些特征显示它们是演化自最古老的节肢动物。不过自19世纪，螯肢亚门演化树内的关系就已经被受争议。2002年综合现今螯肢亚门的RNA特征及现今和已灭绝的螯肢亚门的解剖特