经举行元服仪式，叙正六位上。866年发生应天门之变，当时大纳言伴善男状告左大臣源信，右大臣藤原良相遣基经去逮捕源信。基经认为此事系诬告，将此报告养父良房，使源信免除了嫌疑。869年，基经官拜右大臣。同年养父良房去世。876年，清和天皇让位给阳成天皇。基经以天皇舅父的身份摄政。880年基经拜太政大臣。881年叙从一位。
天皇废立.884年，基经以天皇暴虐为由，废阳成天皇，改立光孝天皇。最初，阳成天皇在皇宫里养马，号「北边院」；继而喜好捕蛙捉蛇、斗犬斗猿；乃至于杀人取乐