在此前与吴三桂交往非常密切，在战争中同吴三桂屡有书信往来。1678年，准噶尔大汗噶尔丹统一天山以北的草原之后，五世达赖册封他为「博硕克图汗」。这一系列同满清敌对势力的来往，致使五世达赖与满清皇帝的关系产生了隔阂。1679年，五世达赖把政务委任给弟子桑结嘉错，自己闭关修炼，专心从事着述。同年，西藏作出征服拉达克的尝试，历经四年，最终失败，但拉达克却成为了西藏的附属国。五世达赖在1682年圆寂。由于其在西藏的影响力非常高，且当时西藏正在同拉达克交战，桑结嘉措为维持西藏政权的稳定，遂以达赖喇嘛闭关不见人为由，