结束后，邦霍夫进而成为一名主教练。他于1988年正式获得教练员证书，并先后执教过几支不同的球队。他曾在1990年代末期担任门兴格拉德巴赫主教练，但球队不幸降入德乙。2002年，在同胞贝尔蒂·福格茨入主苏格兰足球代表队的几个月后，邦霍夫获委任为苏格兰21岁以下足球代表队（苏格兰U21）主教练。他也因此成为该队的首位全职主教练。苏格兰U21最初在邦霍夫的带领下取得了成功，曾在2004年欧洲21岁以下足球锦标赛预选赛中客场战胜德国，并以分组头名晋级淘汰赛阶段。然而在淘汰赛他们却以两回合总比分1比2不敌克罗地亚，无