期，她是国安会谘询委员，为「特殊的国与国关系」理论的主要起草人。2000年陈水扁政府上台后，她以无党籍学者身分担任陆委会主委。2004年，她加入民进党担任不分区立法委员。2006年，她担任苏贞昌内阁的行政院副院长，直到隔年总辞。2008年，民进党因总统选举败选下野，她在党声势低落时当选党主席，是该党首位女性党主席，她带领该党转型并在几场选战中胜出。2010年11月，她参与新北市市长选举，败给中国国民党候选人朱立伦。2012年她代表民进党参选总统选举，是中华民国首位女性总统候选人，但她败给竞选连任的国民党