町幕府的威信日趋低落，对各大名的控制力大不如前，加上在明朝发生了宁波之乱，松浦党再度铤而走险，重操旧业，但与之前不同的是，松浦党和明朝沿海因各不同原因（有政治、也有经济原因）不满政府的人民合流，开放平户城为一自由港，让各国船队进出，赞助日明间的走私贸易（明朝已实施全面海禁，任何贸易皆属非法），对沿海的劫掠行为等等。到了战国时代，当时松浦党当主的松浦隆信征服了肥前国及壹岐国成为了一位大名，特别的是本人有直接参与倭寇行为。其子镇信（法印）在天正十五年（1587年）豊臣秀吉九州征伐战后依旧领有北松浦郡与壹岐国