位的设置上，将台湾、澎湖併入福建省，最高长官设福建分巡台湾厦门道，任命周昌为首任道员；废除原东宁王国的天兴州、万年州，另置「一府三县」：府治称台湾府，属台湾县（约今台南市），台湾县以南设凤山县（约今高雄市、屏东县），以北设诸罗县（约今嘉义县以北，不含今宜兰县、花莲县、台东县），县级以下坊里庄社等行政名称、划分多沿用东宁王国旧制。清廷取消海禁政策，另外颁布渡台禁令：其一，欲渡台者需经官府稽查审核，偷渡者必处严惩、其二，凡渡台者，皆不许携家带眷、其三，不准广东省民渡台。渡台条例虽有此明文，禁令条文亦偶有增减