宛大使愿意向他们提供前往加勒比海岛屿库拉索的目的地签证。同时，日本驻立陶宛领事杉原千亩同意发放过境签证，给这些希望经过日本占领的太平洋逃离的难民。杉原千亩共发放了几千张过境签证，使得经学院的师生得以前往远东。1940年秋天，密尔经学院全校师生经过西伯利亚铁路到达太平洋港口海参崴，然后乘船到达日本敦贺市。1941年3月，经学院在日本神户重新开学。
神户.密尔经学院在神户期间，对于在何时遵守安息日时引发了争议。几个较小的经学院也效法密尔经学院，设法逃离。尽管遇到了困难，经学院的领导