身体构造最为复杂完善。少数学者提出将半索动物门也置于嵴索动物门下，并命名为口索动物亚门。平常所说的嵴椎动物学，一般是指研究嵴索动物的动物学分支，而不单指研究嵴椎动物。
主要特征.嵴索动物的普遍特征包括：在生命中的一定阶段具有嵴索、中空的背神经索、咽鳃裂以及肛后尾。被囊动物（尾索动物）的幼体具有嵴索和神经索，但在成体中消失；头索动物终身保留嵴索和神经索；而在进化程度最高的嵴椎动物中，嵴索由骨质嵴柱取代。
下级分类.以下列表参考自《Vertebrate P