县市合併改制直辖市审议通过，在当时被认为是台南的「双喜临门」；同年10月15日，台江国家公园公告计画12月28日，正式成立。台江国家公园管理处在新行政中心完工前暂设于安平港，2016年1月13日行政中心正式启用 。在台江国家公园成立前，曾规划四草野生动物保护区（1994年11月30日成立）、云嘉南滨海国家风景区等加以管理。后者组织今日尚存，但部份区域转交台江国家公园管理；而2014年6月台湾第9座国家公园澎湖南方四岛国家公园成立后，东吉屿与周边海域将划入该国家公园管理。
荷兰统治