四十三年（1564年），顺天府乡试第十五名。万历五年，登进士第三甲第二十五名。改翰林院庶吉士，授检讨，升翰林院修撰、右中允，充日讲官。历任少詹事兼侍读学士，充正史副总裁，后掌翰林院、升任礼部右侍郎。万历二十六年（1598年）担任礼部左侍郎。次年，后升任礼部尚书，请求罢免四川矿税。因病去世，赠太子少保，谥文恪。
家族.曾祖父余诚，曾任闸官；祖父余信；父亲余恩，曾任府经历。前母褚氏；陆氏。