被处决时，尚宁王派人前往萨摩军中，以私藏的财宝收买萨军的行刑者，山崎二休最终免于一死。尚宁王被俘虏到萨摩藩时，山崎二休请求跟随尚宁王，但却被留在了琉球，守卫首里城。山崎二休于1631年在琉球逝世，临终前写下和歌一首：山崎的后代都成为琉球的士族，如叶氏伊集、石原、内闻等家族就是他的后代。其第三子山崎休意（唐名叶自意，名乘守庸）曾在日本京都学习了三年医术，山崎休意的后代多为琉球的御医。琉球官修史书《球阳》在附卷中收录有山崎二休的事蹟，称赞其对琉球王室的忠诚。