堂现隶属台湾基督长老教会北投教会。
概略.1912年，台湾基督长老教会教友陈近提供教堂现址土地，并由传教士吴威廉（William Gauld）负责设计建造。第二次世界大战时，该教堂曾被当局征作仓库使用；同期，该教堂也曾是台湾神学院教授兼牧教会。1946年，林再添牧师受聘为北投长老教会第一任独立堂会牧师，成为教堂首位正式主持者。1962年左右，教堂开始附设幼稚园。1963年，林再添过世，改由康知礼牧师主持该教会。2012年，北投长老教会合一并历经屋舍整修，由建筑特色许慧聆牧师