小平题词时，邓小平出于对深圳特区发展的期望，决定不单为车站题词，而要给深圳人民题，因此特意少写了个“站”字。深圳火车站由此成为全国继重庆站、天津站等之后又一个由邓小平题写站名的车站，同时也是部分没有“站”字的车站名。1992年1月19日上午，邓小平在深圳经济特区建立12年之后，乘坐专列抵达深圳火车站，展开了邓小平南巡的序幕。2003年，深圳站再次进行了大规模的整治改造工程。在改造之前，火车站内商铺摊位泛滥，仅签有合同的商铺就近百家，旅客的候车面积竟被占用了5000余平方米，严重影响车站秩序和候车环境，治