斗六车站位于云林县斗六市，当地县治中心。为台湾铁路管理局纵贯线的铁路车站。至于高铁云林车站则是位于虎尾镇，两者需公车接驳。
车站构造.平面时代的斗六车站月台配置为1岛式1岸式，2A月台与2B月台分别为东主正线与西主正线。惟因车站行李房设在第1月台且旅客经过剪收票口可直接进出第1月台，故实务上逆行列车多拐停第1月台。改为跨站式站房后已不如此调度。斗六车站现为跨站式车站，购票及服务设施设在2楼大厅，与前后站均有连通。月台设有岛式月台两座。二楼大厅也有无障碍电梯和月台、前后站出入口联