后担任主管空军发展建设的中央航空委员会（简称“航委会”，当时总部位于陪都重庆）驻法国殖民地安南海防办事处主任、航委会人事处长。1944年秋，出任中华民国交通部总务司长。日本投降后，先后任济南区铁路局局长、中华民国国防部联合后勤司令部高级参谋，晋升陆军少将军衔。1949年初，回到蒋中正身边。1949年4月24日下午，陈冒大雨护送蒋方良和蒋经国诸子女乘坐美龄号飞机飞赴台湾。
台湾时期.1949年夏，蒋中正在阳明山组建中国国民党总裁办公室，陈出任组长，负责办公室总务和费用管理收支。