激进改革得到广大民众的拥护，但遭到帮助中宗登上王位的勋旧派的强烈反对，并密谋陷害赵光祖。中宗后宫熙嫔洪氏（勋旧派洪景舟之女）在王宫后山通过涂蜂蜜和虫子咬制造上有“走肖为王”字样的树叶。使中宗相信老天在告诉他赵光祖要谋反。1519年，赵光祖被赐死，史称“己卯士祸”。在随后的50年中，朝鲜王朝朝廷党派纷争，腐败盛行。
中期历史.朝鲜王朝中期党派纷争夺越演越烈，国力削弱，倭寇与后金入侵使国家几尽毁灭。宣祖统治时期，士林派重新掌权但很快分裂成为东人党和西人党两派。东人党又分裂为南人党与北人