来的印欧语系民族逐步被回鹘同化。从1124年至13世纪初，今新疆境内的维吾尔族祖先先后被西辽与乃蛮等政权统治。1209年，高昌回鹘“亦都护”主动要求臣服于成吉思汗的蒙古帝国。同年置达鲁花赤监之。1324年併入察合台汗国，初建都阿力麻里，即今天的新疆霍城县水定镇西北。元代文献中，将回鹘翻译为畏兀儿。1371年，西察合台汗国亡国，西域分裂成许多割据政权。这些割据政权的统治者仍然是察合台蒙古贵族的后裔；出于争权夺利，这些政权之间发生了一系列的战争。在此时期，蒙古贵族为了便于统治当地信奉伊斯兰教、使用突厥语