下野小山藩主、下野宇都宫藩主（第28代宇都宫城主），德川幕府初期的老中。父亲为德川家康的宠臣本多正信。
生涯.永禄8年（1565年）出生，是本多正信的嫡子。当时正信由于三河一向一揆而自德川出走，投靠大和国的松永久秀，正纯则在大久保忠世的庇护下度过。当父亲重回德川家康麾下时正纯同时成为家康的家臣，其不输父亲的智谋得到家康的重用。庆长5年（1600年）关原之战发生时，跟随家康本队出战，战后奉命看管石田三成。庆长8年（1603年），家康出任征夷大将军，开创幕府，正信更加受到重用。