方面可分为东岸码头、西岸码头等2大部分，其中以西岸运量较大；使用类型则分为商用、军用、渔用等3大类。
军港.基隆港东岸与西岸均有军用码头。东岸为东5码头（入口标示为「海军码头」）；东5码头入口对面设有海军威海营区，是中华民国海军一三一舰队部所在地；西岸则为西5—6与9—11B码头，由海军基隆后勤支援指挥部（原海军第三造船厂，简称「海三厂」）、陆军第三地区支援指挥部运输兵群第二营使用。
渔港.大沙湾以北，与和平岛、八尺门邻近的水域为基隆港的渔用码头区