安平古堡城内军火库引发爆炸，是为樟脑战争。战后双方于11月29日签订《樟脑条约》，清方除了必须赔偿费用外，并必须放弃樟脑专卖。此时期亦出现英国探险家及传教士来台探险与传教，留下许多报告。如曾任打狗领事的郇和，留下许多鸟类和哺乳动物记录，先后发现了包括蓝鹇、朱鹂在内的十数种台湾特有鸟种和亚种。1863年来台的英商必麒麟（William Pickering）等人，1866年5月有英国生物学家柯灵乌（Cuthbert Collingwood）来台，从淡水到基隆。约翰·汤姆生于1871年4月来台，与马雅各同