。在2003年非典型肺炎疫症爆发期间，沈祖尧积极进行抗疫工作，与另外两名香港医学家同被《时代週刊》列为当年的「亚洲英雄」。
香港中文大学校长.沈祖尧教授于2010年7月就任校长，而2010年6月（六四事件21週年前夕）时前校长刘遵义以「政治中立」为由，拒绝新民主女神像永久安放中大校园，招致各方（包括中大学生会、师生、员工、香港社会各界）声讨。沈祖尧认为这是中大21年来最大政治风波而校方在这件事上处理不当，1989年他本人在加拿大读博士学位时，亦为在天安门被屠杀的学生痛哭流泪。201