异二聚体组成。 与所有其他光系统的反应中心不同，其中位于叶绿素二聚体上的最开始的光诱导分离的正电荷由两种单体平均分配，在完整的PSII中，电荷主要位于一个叶绿素中心（70-80％）。 因此，P680具有高度氧化性，可以参与水的分解。 光系统II（蓝细菌和绿色植物）由大约20个亚基（取决于生物体）以及其他附属的光捕获蛋白组成。 每个光系统II含有至少99个辅因子：每个单体35个叶绿素a，12个β-胡萝卜素 ，两个脱镁叶绿素 ，两个质体醌 ，两个血红素，一个碳酸氢盐，20个脂质， 簇（包括两个氯离子），一