件真相调查特别委员会召集人王清峰在事件三週年前夕指出，释宪后的真调会为合法的立院调查权行使机构，行政部门三年来皆拒为配合。但王清峰认为，该会虽受行政单位违法妨碍执行公务，仍能得出政府「破案」无理之结论，但本案至今未曾宣佈破案。2007年4月，副总统吕秀莲接受台湾媒体访问时公开指出，三一九事发当天她曾提出，由于自己与总统伤势不重，应于包扎后即召开记者会安定舆情，为国安部门所拒。她同时声称总统府秘书长邱义仁把「三一九记者会开成那样，害陈总统背黑锅」。吕秀莲坚称该案绝无「作假」，但案发后的处理与调查都有疏失。