之一是管理它的成本，如果集群有N个节点，有时可能高达管理N个独立机器的成本。 在某些情况下，这为管理成本较低的共享内存架构提供了一个优势。 由于便于管理，这也使得虚拟机非常流行。
任务调度.当大型多用户集群需要访问大量数据时，任务调度就成为一个挑战。在具有复杂应用环境的异构CPU-GPU集群中，每项作业的性能取决于底层集群的特性。因此，将任务映射到CPU内核和GPU设备有巨大的挑战。 这是一个正在进行的研究领域；结合和扩展MapReduce和Hadoop的算法已经被提出和研究。