世才离开迪化到南京任农林部长后，包尔汉被释放。1946年任新疆省联合政府副主席。1947年5月，被撤销新疆省副主席的职务，改任国民政府政务委员。1948年12月30日，新疆省政府改组，包尔汉任主席。1949年1月任新疆省主席，9月通电脱离中华民国政府。12月27日，由王震、徐立清介绍加入中国共产党。任中共中央新疆分局常委、西北军政委员会委员。1952年之后历任中国伊斯兰教协会主任、全国人大民族委员会副主任委员、全国政协副主席等职。1989年8月27日在北京逝世，享年95岁。