1版（1735年）扩写到了有2,400页的第12版（1766–1768）。同时其理念也在不断进步，例如第1版中鲸被当做鱼，而在第10版中被移到了哺乳纲下。而在这一版中，仿照1753年出版的《植物种志》，他将使用两部分名字的方法引入了动物命名中，而这便是二名法的前身。
命名法.除了将自然界系统地分为动物界、植物界和矿物界外，《自然系统》还为二名法的创立奠定了基础，而二名法现被用于学名命名。他1753年出版的《植物种志》和1758年出版的《自然系统》第10版被认为是命名法的发端。作为命