1942年7月13日搬入阿姆斯特丹的一户住宅内躲藏，与法兰克一家同住。在与法兰克一家同住期间，彼得·范·佩尔斯和安妮·法兰克有过一阵短暂的恋情。1944年8月4日，彼得·范·佩尔斯与其他人遭盖世太保逮捕，送往韦斯特博克中转营 ，9月，被送往奥斯威辛集中营，在那里作苦工，父亲则被送入毒气室。1945年1月，彼得被送往毛特豪森－古森集中营，同年5月病逝于该处，年仅18岁。