嘉太守。回朝后出任光禄卿、秘书监，再外任明威将军、零陵太守。天监十七年（518年），又入朝任官散骑常侍、辅国将军，到普通元年（520年）迁官宗正卿；两年后（522年）转迁都官尚书。普通四年（523年），萧子恪转为吏部尚书，两年后（525年）改任太子詹事。大通二年（528年），他外任宁远将军、吴郡太守，次年（529年）于郡舍去世，虚岁五十二，朝廷下诏赠侍中、中书令，谥号恭。他有兄弟十六人都在南梁当官，其中他和萧子质、萧子显、萧子云、萧子晖都有才能，他曾和亲友说：「文史的事，我的弟弟准备充足，无须我牵挂