厅负责管理征兵时需要用到的“心理测试”，该测试中有一些关于应征人员性取向的问题。服役中的同性恋军人被列为“人格障碍”或“行为障碍”，这可能导致被收治或开除军籍。该项政策已被军事法庭裁定违法，已上诉至韩国大法院。
跨性别权益.韩国大法院裁定年满20岁、单身且无子嗣才可以改变性别。 对于男性到女性的性别重置手术，受术者必须证明他们不存在逃避兵役的问题，即提供服兵役证明或免除兵役证明。2006年6月22日，大法院裁定经过成功性别重置手术的跨性别人士有权利在任何法律文件中使用他们的新性别。