初期，有新罗僧人金大悲居住于寺内。大历年间，洪州一度改名钟陵。大历八年（公元773年），禅宗八祖之尊的释道一住入寺内，在寺内弘法长达15年。唐朝以后，寺院建筑多次毁而又修，同时曾多番更名，如承天寺、能仁寺、永宁寺。清朝顺治年间，寺院更名为佑清寺。嘉庆年间，寺院后殿铸一尊铜制接引佛，高1.6丈，重三万六千斤，因此南昌民谣有说「南昌穷是穷，还有三万六千铜」。但寺中寺及诸铜佛在文革中被毁，僧人被驱出山门，寺院建筑被其他单位与个人佔有。中华民国初年，佑清寺被军阀佔为营房。后国民革命军军队将寺内殿宇划作军