民航局于1957年成立，隶属劳动和交通运输部，1960年加入国际民航组织。根据1996年《民航法》，尼泊尔民用航空局于1998年12月31日正式改制成立，管理尼泊尔的民用航空事务，同时负责签发飞行员执照。尼泊尔民航局根据国际民航组织规定，建立独立的航空事故调查单位负责处理飞安事故，但因多次仅以临时委员会的方式设立而受到批评。