崇洋的学生中受到轻视和孤立。藤野在教授中是最下层的十二级，月薪仅六百元。其他教授每天都坐人力车到校，只有藤野步行上班。1904年的十名教授中，有六人毕业于东京帝国大学，二人有外国留学经历，藤野则属于出身最不好（爱知医学校）的，和他同样出身的田代讲师在职到德国取得了医学学位，因此每月比藤野多领四百元。藤野曾打听留学德国的可能性，后因口语能力不行而放弃。周树人感念藤野的一点，是藤野对学生课堂笔记的认真批改。当时仙台医专没有指定教学用书，学生将老师的课堂讲义抄下以备后用，老师负责通过批改学生课堂笔记来掌握学生