.1999年的卡吉尔边境冲突发生之后，谢里夫与穆沙拉夫的关系出现恶化，双方互相指责对方应为这场入侵行动负责。当民众与媒体公开推测军事接管的可能性时，谢里夫变得越来越不安。1999年10月12日，谢里夫突然下令解除穆沙拉夫陆军参谋长的职务，并任命巴基斯坦三军情报局局长中将接任，但这一决定遭到军方抵制。
政变.谢里夫下令解除穆沙拉夫职务当天，在斯里兰卡参加完其独立日庆典的穆沙拉夫搭乘一班商务客机返回巴基斯坦。谢里夫下令封锁卡拉奇机场以防止客机的降落，并令客机降落在印度或者讷瓦布沙阿，