些奉行沙里亚法规的伊斯兰法庭逐渐成为当地主要的司法系统。后来这些法庭开始提供其它服务，例如教育及医疗。它们也担当地方警察，经费来自当地商人的缴费。伊斯兰法庭除了负责制止劫案及打击毒品交易外，也禁止当地电影院播放被它们认为是色情的电影。索马里人口几乎全是穆斯林，这些措施为伊斯兰法庭取得不少民众的支持。有些伊斯兰法庭开始寻求互相合作，逐渐发展为民兵组织「联合伊斯兰法庭」。
第二次摩加迪沙战斗.经过数星期战斗后，该组织于2006年6月击败美国支持的军阀联盟，攻佔了首都摩加迪沙，到9月已控