1956年到1978年任北京协和医院内科副主任；1978年到1985年任北京协和医院副院长、内科主任。后任北京协和医院名誉院长。曾任中华医学会副会长、内科学会主任委员、《中华心血管病杂志》主编等职。是中华人民共和国最早的博士生导师之一。1956年加入中国共产党。1956年，36岁的方圻接受了为党和国家领导人做医疗保健的任务。自此，他陆续参加了党和国家领导人毛泽东、周恩来、叶剑英、聂荣臻、陈毅等的医疗保健工作。作为中央保健委员会专家组副组长，他多次获中央颁发特殊贡献奖，并多次代表中方医生赴友好国家执行医疗