踵而至，使福州成为新教在中国的重地，从晚清至民国，新教教会在福州创办了许多新式学校和医院，还发展了罗马化的福州话文字（平话字）并在教会学校中推广。中共接管福州后，各新教教会也受到了三自运动巨大的冲击，家庭教会的活动形式则在后来兴盛起来。 伊斯兰教在福州历史上活动则较少。628年建立的福州首座清真寺在后来荒废(原先为佛教寺院后改为清真寺)，直到1474年才得到重建为今天的福州清真寺。由于穆斯林人口很少，福州伊斯兰教在清代是靠外省人穆斯林官员来维持，目前的福州穆斯林也多来自外省。
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