噪音.旧金山纪事报在2010年做了一份调查，指出海底隧道是全地铁系统里噪音最大的部分，达到了100分贝，和一台电钻不相上下。 噪音又因为四周的水泥墙壁，和隧道内弯曲的轨道，而非常尖锐，被形容为“女鬼的声音、尖叫的猫头鹰和《异世奇人》中失控的时光机”。 2015年，地铁方面更换了、润滑了的轨道，有效减少了噪音，也得到了乘客的好评。
海运影响.穿行在湾区的船只，在下锚的时候，可能会损坏阴极保护层的阳离子。由于阳极是从围绕着隧道的壕沟中突出来的，他们更容易受