在邻琵琶湖的今滨建立「今滨城」，后又改名为长滨城，长滨城此后成为羽柴秀吉的居城。直到织田信长死后，长滨城转交给柴田胜家，但羽柴秀吉与柴田胜家之间为争夺权力，又在此发生了贱岳之战，在此获胜的羽柴秀吉借此最终统一了全日本。长滨城后来曾先后属于山内一丰、内藤信成、内藤信正，在江户时代初期，曾一度在此设立，但在1615年内藤信正被移封至摄津国后，长滨城即遭到废除。在江户时代末期，现在的长滨市辖区大部分都属于彦根藩的领地，此外也有少部分区域属于、、山形藩、、纪州藩、丸龟藩、、淀藩、、膳所藩、，其中也有幕府直属