和次子陈震中分别作为民建代表和上海人民团体联合会代表，赴北京出席中国人民政治协商会议第一届全体会议，陈巳生与胡厥文、刘晓、潘汉年、周信芳、梅兰芳等18位上海代表当选为第一届全国政协委员。1949年10月1日，陈巳生、陈震中父子在天安门城楼参加了中华人民共和国开国大典。
共和国时期.中华人民共和国成立后，陈巳生任上海基督教青年会董事长、华东军政委员会委员兼人民监察委员会副主任等职。他是第一届全国政协委员，上海市各界人民代表会议协商委员会第一届常委和第二、三届委员。在抗美援朝运动中