南独立的蔡锷、李根源和中国同盟会会员张文光强力压制了总兵张嘉玉等清朝官吏，成立“滇西军都督府”。赵藩被滇西军都督府任命为迤西巡按使兼摄腾越关道。1913年，赵藩当选为中华民国第一届国会众议员，到北京负责掌握临时议席。后来，他回到云南，力赞并参加其门生蔡锷等发动的反袁护国战争的筹划。1918年7月，任广州护法军政府的交通部长，1920年辞职回滇，任云南省图书馆馆长，此后未再出任公职。晚年致力于文化事业，编纂《云南丛书》等书籍。1927年，赵藩逝世，享年76岁。
着作.赵藩一生