府体制改为中央集权，原属瑞士邦联的米卢斯及瓦尔泰利纳则分别被划入法国及奇萨尔皮纳共和国。法国佔领期间，瑞士改名为赫尔维蒂共和国，但此外来势力所建立的共和国与瑞士各州高度独立的传统相违背。在此期间，瑞士仅是法国的附庸国。法国军队镇压与当地人民反抗引发如下瓦尔登州的「恐怖日」暴动。在俄罗斯及奥地利对法国发动的战争中，瑞士人拒绝以赫尔维蒂共和国的名义为法国军队作战。赫尔维蒂共和国的新政府中主张国家中央集权的中央集权派及恢复旧邦联体制的联邦派也有所纷争，拿破崙于1803年招集双方在巴黎进行调解，各党派无异议通过