他又被任命为关节炎和代谢病生物化学研究所(现为关节炎、糖尿病、消化和肾脏疾病研究所)的实验室主任直到1981年。从1982年直到1995年安芬森过世为止，他都在约翰·霍普金斯大学担任生物物理化学教授。安芬森发表了超过200篇的原创文章，其中大部分为蛋白质的结构与功能之间的关联性，同时他也是核酸压缩这一区域的先驱。1961年，他发表核糖核酸酶可以在变性后重新进行折叠，同时保留酵素的活性，因此他认为所有造成最终构象所需的蛋白质信息都被编码于其胺基酸序列上。他加入了美国国家科学院、丹麦皇家科学院、美国哲学会。