份最初全由民营企业持有，但因台湾高速铁路通车后的财务状况不佳，一度传言即将破产倒闭，遂于2015年实施台湾高铁财务改革方案，先由原始股东减资6成后，再由公营及泛公营企业注资新台币300亿元，使政府掌控股份达到超过6成；此方案实施后，台湾高铁公司实质上成为国有企业，交通部成为该公司最大股东，掌控实质经营，也变相使台湾高速铁路的BOT营运模式提前结束。2016年10月27日，台湾高铁公司于台湾证劵交易所股票上市。此后高铁,债务获得缓解，加上每年获利稳定增长，高铁经营逐渐好转，成为西半部的重要客运工具之一。