邮件通知他是3位候选人之一之后，他认为，台湾学术界「重选举、轻遴选」、以权术运作为职志，无论专业道德，有违台湾福祉，绝非他所期冀；他因此退出，并引用唐朝诗人崔颢的诗〈黄鹤楼〉名句「日暮乡关何处是，烟波江上使人愁」来明志。2016年4月18日，中研院院长翁启惠在立法院教育及文化委员会答询时表示，评议会讨论后的三位院长人选名单，会在一个月内送总统府供圈选，不会因为郭位退出遴选而改变名单。2016年5月1日，延续先前的争议，中研院院士项武忠接受风传媒专访证实，已发起连署35名院士共同致函总统马英九，吁请马英九