头痛（临床试验，5.5%）、恶心、腹泻、腹痛及疲倦等。因为食物中维他命B12需要人体的胃酸才能释放，若长时间的服用可能会造成维生素B12缺乏症。不常见的副作用有：疹、痒、胃肠气胀、便秘、焦虑、忧郁。罕见的副作用：多型性红斑（）、胰腺炎、史蒂芬斯－强森症候群，以及间质性肾炎。
长时间服用.长期使用氢离子帮浦阻断剂的研究很少。然而2017年7月3日由美国华盛顿大学医学院（Washington University School of Medicine）发表在BMJ Open期