瑾知道遭受天下人非议，借用宋朝蔡京召杨时的故事，起用蔡清担任南京国子监祭酒。然而任命刚抵达时，蔡清已经去世。
成就.蔡清为人谦逊、乐善好施，着作颇丰，其作品《易经蒙引》、《四书蒙引》、《虚斋三书》、《虚斋集》收录于《四库全书》。万历年间，追谥文庄，赠礼部右侍郎。他的学生陈琛、王宣、易时中、林同、赵逯、蔡烈均有名望。
家族.有子蔡存畏、蔡存远。