大肆逮捕维新党，博文遂参与救援被捕的黄遵宪，并协助康有为和梁启超逃往日本。1900年，领导日本加入八国联军之役。创立立宪政友会，自任总裁，开日本两党政治的先河。
韩国统监与遇刺.1905年，日本在日俄战争中的日本海海战（对马海峡海战）获胜后，伊藤博文被任命为第一任韩国统监，并于1907年迫使大韩帝国签订第三次日韩协约，将大韩帝国变为日本的保护国。但是伊藤博文本人反对立刻合併大韩帝国，这与许多参与日本对韩政策参与者的想法并不同。1909年，日本政府利用日俄战争中获胜的有利形势