仍坚持进行鸟类研究。1948年，国内政局发生变化，郑作新没有前往台湾岛而是留在了大陆，因为这里是他事业的根基 。1950年郑作新调到北京中国科学院动物标本整理委员会（中科院动物所的前身）工作，并参加中国科学院动物研究机构的筹建。1951年郑作新加入九三学社，担任过九三学社第七届中央委员会委员。在鸟类亚种的分类工作上，郑作新也做出了出色的贡献。1949年以来，郑作新独自发现及与助手合作发现了16个新亚种。其中郑作新等所发现的“峨眉白鹇”最有轰动性（参见白鹇）。郑作新通过对亚种分化的分析，还提出亲缘种在