《时空之轮》中许多敌人直接显示在场景地图上，或是隐藏袭击队伍。接触敌人就会发生战斗，战斗直接在场景地图上展开，而非切换到专门的战斗画面。在战斗中，玩家和敌人可以使用物理或魔法攻击伤害目标，还能使用道具、发动治愈或是保护自身。每名角色和敌人都有一定的生命值；角色遭受成功攻击对会损失生命值，使用药品或魔法则可恢复。玩家角色损失全部HP后将无法战斗；全部玩家角色在战斗中倒下时游戏就会结束，玩家必须从之前存档点重新游戏，不过个别剧情相关战斗允许或强令玩家失败。玩家可以在非战斗时为角色装备武器、防具、头盔，以及带