月25日，台湾渔船东圣吉16号在国际水域作业时遭到日本公务船扣押。日本限26日中午以前收到保证金170万元新台币，否则连人带船拖往日本，一旦人船扣进日本，将判决渔船侵入日本领海，到时就必须付更高额的罚金，引发中华民国政府不满。29日，中华民国总统当选人蔡英文表示“全力捍卫”。
蔡英文时期（2016年5月20日－）.2017年1月1日，日本驻台机构－公益财团法人交流协会更名为公益财团法人日本台湾交流协会。2017年2月24日，日本防卫省发表《2017年中国安全战略报告─不断变化的