站出入口设于新市区，副站名为台南科学园区。本站设计之初，即配合南科太阳能产业，以太阳能作为电力来源，是台铁首例。
营运状况.
临时站时期.因月台工程发包不及，因此县府要求厂商在施作永久月台前，需在台湾灯会期间以钢骨与钢板建造临时月台（无站房）。办理客运时，本站由善化站指派站员售票。北上旅客需购买至善化站；南下旅客需购买至新市站，主要停靠车种为区间车与普快车。
历史.南科车站在台铁捷运化的增设车站中，属于后续计画。但由于台南县政府