Linux和Microsoft Windows的一个主要区别就是Linux是自由软体，而Windows是封闭软件。除此以外，还有下列诸多区别。
系统架构.Linux的原始码级别的可定制性：可满足用户对高性能、高效率或界面等涉及用户体验的方面高度的需求。Windows的封闭特性导致了架构的不透明，普遍被认为是一种混合核心型的作业系统，部分图形界面的程式码处在核心状态运行，因此Windows图形界面的反应速度上要高于GNU/Linux，但也因此使图形界面的错误有可能导致整个系统故障。