台湾铁路管理局组织编制，为局长下置副局长3人、主任秘书及总工程司各1人襄助局长处理局务，并设有企划处、运务处、工务处、机务处、电务处、材料处、行政处、主计室、人事室、政风室、公共关系室、劳安室、员工训练中心等13个编制单位，防护团、、法规小组、营运安全处、专案工程处、资产开发中心、副业营运中心、客服中心等7个任务编组，以及货运服务总所、餐旅服务总所等2个直属机构。
运务处.台铁运务处为台湾铁路管理局主要对外营收单位，其主要执掌为台铁所有客运及货