查局收押侦办，经过三次庭讯，判处无期徒刑。王正谊成为蒋经国上台初掌握实权后的“首办”之人，证据确凿无误，是为台湾反贪历史上轰动一时的“王正谊收受营造厂大额贿款弊案”。此案与当年“毛邦初案”相提并论。王正谊因“弊案”判刑，也有认为是蒋家的内斗，特别是蒋经国和宋美龄之间的权斗，而王是牺牲品。