5年，反对多核变形虫属于原始形态的唿声越来越高，分子分析表明沼泽多核变形虫的祖先很可能拥有线粒体。几年过后，很明显，所有变形虫纲的生物都被确认它们的线粒体已经消失。换句话说，多核变形虫并不是处于早期的原始真核生物，而是已经退化并失去了它们祖先的细胞器的原生生物。因此，多核变形虫属和其他变形虫纲的生物都被再一次分类到了变形虫门，与黏菌同属于变形虫门下的锥足亚门。源真核生物界的概念已经被彻底废弃。