“上帝”来称唿天主，也禁止中国信徒祭拜祖先与孔子。这与当初意大利传教士利玛窦以及其后的传教士在中国传教时所采取的本土化政策截然相反。清政府对此十分不满，认为这样做有违中国敬孔祭祖的传统。康熙帝于1700年批示说：“敬孔敬祖为敬爱先人和先师的表示，并非宗教迷信”。双方争持不下，最后清廷下令必须遵循「利玛窦规矩」传教，不然就不准传教，逐出中国，是为「禁教令」。1722年，雍正帝彻底推行禁教令，使得清朝初年西方基督教在中国传教被终止，到了道光帝时，连钦天监也不任用传教士。不过清朝皇帝对于教禁并没有彻底禁止，嘉