陆续迁入内地。1938年，日军勐攻广州，南京政府以勷勤大学分散播迁为由停办并拆分，工学院并入国立中山大学，师范学院改名为广东省立教育学院，后来又改称广东省立文理学院（华南师范大学前身），林砺儒继续任院长。商学院改为广东省勷勤商学院，陆嗣曾任校长（广东财经大学前身）。
校址变迁.1933年成立校址分散，工学院在增步，商学院和本部在光孝路，而师范学院和附属中学则在越秀书院街和西湖路。几经周折方选定河南石榴岗建筑新校舍，但商学院仍留在光孝路址。共和国后石榴岗因位处港口，具战略意义