年10月陆方济去世，临终前指定颜珰负责教区的事务，1687年，教宗正式任命其为福建宗座代牧。1693年，他在福州长乐发布禁止中国天主教徒祭祖祭孔的禁令，并于次年派人至罗马上呈该令。引发耶稣会的不满以及清朝与罗马教廷的对抗。亦因如此，清廷对传教士不遵守利玛窦规矩而愤怒，康熙推出了不同对待方法︰一是像利玛窦般，取票起誓永不回西方、效忠朝廷；二是离开中国。
语言.颜珰不会说官话，只会说闽语，而且对汉字认识不多。