绩优异，并于1962年指挥了普契尼的歌剧《托斯卡》的演出，新华社还专门发文报导。1963年，郑小瑛回国，在文革期间，她被下放到38军接受“再教育”。改革开放后，她担任中央歌剧团的首席指挥。1989年，她和一些女音乐家组建了爱乐女室内乐团。1994年赴美国讲学。1997年，她受到原厦门市政协主席蔡望怀邀请，到厦门创办一个民营的乐团。1998年9月9日，厦门爱乐乐团在鼓浪屿音乐厅举行成立首演,郑小瑛担任乐团艺术总监、首席指挥。2013年9月30日，为乐团倾注了15年心血的郑小瑛与厦门爱乐乐团的聘用合同到期，