丘光耀入读南方学院马来学系，曾担任学生会副主席，翌年因领导学潮被校方开除，最后和南院董事部对簿公堂，院方不得不和丘庭外和解，接受他回到学院完成第三年课程。1994年，丘光耀顺利毕业，同年获选为马来学系优异生。南方学院毕业后，他以优秀成绩被中国大陆的暨南大学历史系硕士班录取。在留学中国广东期间，担任暨南大学马来西亚同学会会长。1997年考获历史学硕士学位，同年获颁1996年南粤优秀研究生一等奖。2002年，丘光耀获得香港中文大学博士班全额奖学金，负笈香港深造三年，师从知名华侨史学家梁元生。2005年考