科学技术也有很大的发展。医学方面产生许多学派，不同创新的理论与争鸣对元朝医学与后世的医学有较大的影响；北方农业技术在比较落后的基础上有迅速的发展；数学方面在金元之际发展出天元术；天文历算方面修正大明历使其精确；此外，建筑方面也有很大的发展，兴建卢沟桥、金中都、山西大同华严寺等建筑。从靖康之变后到蒙古时期，由于频繁的战争和暴政，加上频繁的自然灾害，导致人民生活贫苦，疾病流行，使得医学十分活跃，被称为新学肇兴。金朝时期发展出刘完素的火热说、张从正的攻邪说与李东垣的脾胃说。由于实践的丰富，不少医家深入研究古代