坐视苗沛霖乱杀平民。苗暗与陈玉成勾结，翁同书又被太平军包围，七月，退守定远，“待援不至，待饷不来”，九年六月文武官绅殉难甚众，同书弃城逃跑。寿州邑绅孙家泰、徐立壮奏苗沛霖跋扈，苗沛霖大怒，咸丰十一年（1861年）五月，苗沛霖发兵攻寿州，清廷饬令同书配合袁甲三共同查办苗沛霖，反复无常的苗沛霖又暗中与钦差大臣胜保勾搭，被困寿州的翁同书只好以“通捻”为由，将徐立壮处死，囚禁孙家泰，却没能减缓苗沛霖的攻势。苗沛霖破城后，又杀孙家泰全家。不久，苗沛霖再次投清。1861年翁同书被召至燕京。同治元年正月初十（1862