到达蓟州，被任命为蓟州东路副总兵，恰逢大雨，胡守仁所率三千浙兵在雨中精神抖擞，巍然不动。万历二年（1574年）在台湾海崃追击林凤、李忠为首的海上武装集团。在九龙山下建造这座“镜仔宫”奉祀妈祖。万历四年（1576年）与福建巡抚庞尚鹏发生冲突，首辅张居正以重言谴责庞尚鹏。万历十年张居正死，被罢官返乡。卒年不详。葬于观海卫城北卫山下。