菌界（或称原核生物界(Monera)）中的古细菌和真细菌独立成细菌域（Bacteria）和古菌域（Archaea）。还有一些学者将古细菌列爲第六个界但不接受三域系统。
早期分类系统.最早已知的对生命形式的分类系统由希腊哲学家亚里士多德所建立。他将动物根据运动方式（空中，陆上或水中）分类。1172年塞维利亚的法官伊本·路世德（ibn Rushd，即阿维罗伊Averroes）将亚里士多德的《论灵魂》（拉丁文"de Anima"）翻译成阿拉伯文并删节。其原始註解已佚，但由斯考特（Mich