有争议时，自拓殖局第一部长调职台湾，22日起任民政长官兼临时糖务局长、土木部长、铁道部长，1915年10月20日，由于与安东贞美总督理念不合而离职。返日后任递信次官，1918年敕选为贵族院议员，民政长官任内正是总督府以武力镇压台湾人最甚的期间，又发生西来庵事件等民众反抗，台湾人受株连者颇多。1923年派任第9任总督，当时宰相山本权兵卫原打算推举山梨半造为台湾总督，然而田健治郎以熟悉台湾事务为由大力推荐内田嘉吉，首相才放弃原先想法。其任内发生压迫台湾议会设置请愿运动，检举台湾议会期成同盟会会员，引起治警事