82年，他因为宠信一位天主教徒，在鲁斯文（ruthven）被某派系的新教贵族（背后有喀尔文派的长老教会支持）挟持而软禁。1583年他从软禁中逃脱，在其他派系的贵族支持下，他把参与挟持的贵族赶出苏格兰，此后，十七岁的詹姆士六世亲政。他努力压制挑战王权的喀尔文派教士势力（虽然国王本人接受喀尔文预选说等神学理论），在贵族议会（当时只有政府的支持者才能参加议会）的支持下，于1584年得到短暂的首胜，把苏格兰长老会所厌恶的主教制强加其上；他在1597年获得最终胜利，确立苏格兰的主教制，宣布政权高于教权，并把王权政府