微镜下外观清晰，可被PAS染色。S100和平滑肌肌动蛋白（SMA）的免疫染色通常为阴性，而细胞角蛋白和上皮膜抗原（EMA）则为阳性。HCCC通常具有复发性染色体易位t(12;22)，涉及基因EWSR1和ATF1。在透明细胞肉瘤中可见相同的易位。组织学鉴别诊断包括粘液表皮样癌（透明细胞变体）、腺泡细胞癌（透明细胞变体）、上皮-肌上皮癌和转移性透明细胞癌。
预后.HCCC通常预后良好。