1937年3月升任副司令。萧山令为军人，但言行举止，温文有礼，秉性忠贞，严以律已，宽以待人，许多同辈与友人乐于与其交往。
南京保卫战.1937年7月7日，卢沟桥事变爆发，自此抗战军兴。8月13日，日军大规模进攻淞沪，企图沿京沪铁路直抵南京。国民政府为求长期抗战，一方面迁都重庆，另一方面调集部署重兵保卫南京。时任宪兵司令谷正伦将军患病前往武汉治疗，因此由萧山令代理宪兵司令兼首都警备司令、防空司令等职，之后又任兼卫戍长官部副长官、首都警察厅厅长，代理南京市市长等职，因为身兼数职，因