也能够设置双层机库，可是运载舰载机总数量比不上苍龙航母和机库面积不足够，初期运载常用舰载机48架和后备10架。后来随着发动激烈战争，加上新型舰载机出现（零战和彗星舰爆与天山舰攻），运载舰载机数量不断减少（中后期为舰载机48架和后备5架）。还有不少问题是烈风舰战和流星万用舰攻与彩云舰侦陆续出现时令日本海军军官感到高昂和期望，唯独三种新型舰载机全备重量超过五千至六千公斤，如果应用在飞鹰级起飞和降落时遇上很大困难，运载三种新型舰载机时，运载数量大大减少，有少数在甲板系留等载运方式才可以解决（预定后期为舰载机40架