清晨，风暴减弱成一个较强烈的四级飓风。飓风北面的高压嵴存在一处弱点，伊莎贝尔因此转向西北偏西。眼墙置换周期完成后，飓风中65公里宽的风眼变得更加清晰，伊莎贝尔也在13号晚上再度达到五级飓风标准。美国国家海洋和大气管理局的一架飓风猎人侦察机飞入飓风中发出投落送，测得的瞬间风速高达每小时375公里，创下了大西洋飓风最强瞬间风速的新纪录。此后不久云顶再度回暖，伊莎贝尔于9月14日清晨又一次减弱成一个较强烈的四级飓风。不过到了当天晚些时候又重新组织并在位于波多黎各圣胡安以北约650公里海域时第三度达到五级飓风强度。