元两代的天文仪器，并增添浑天仪等新铸仪器，鸡笼山此时改称钦天山。永乐迁都到北京后，钦天台逐渐荒废。清军攻陷南京后，康熙七年（1668年）清廷下令将钦天台天文仪器全部运往北京。清康熙二十三年，康熙帝下江南时在鸡笼山顶眺望后湖，题写“旷观”二字。次年，两江总督王新命等人在山顶建造万寿阁和御碑亭（旷观亭），并立碑记录经过。由于万寿阁位于明代北极真武庙后上方，因此又称北极阁。此后鸡笼山上又新添望湖、涵虚、阆风、齐云四楼，干隆年间以“鸡笼云树”列入金陵四十八景。咸丰三年（1853年），北极阁等建筑毁于太平天国战争