袭取大宁，并在会州立军时掌管左军，随即在郑村坝击败李景隆。建文二年（1400年），朱能随军破广昌、蔚州、大同，并在白沟河之战中担任前锋，击败南军平安部。攻打济南时，朱能驻军铧山，率兵从后方袭破南军。十二月，燕军兵败东昌，朱棣身陷重围，张玉战死。朱能与周长等人殊死战斗，保护朱棣突围而出。建文三年（1401年），燕军在夹河失利，大将谭渊战死。这时，朱能率军赶到，击败南军，重振燕军士气。不久，朱能在藁城击败平安，追击至真定，又攻破彰德、定州、西水寨、衡水，生擒指挥贾荣。建文四年（1402年），燕军攻破东阿