升为陆军总长。之后在多米尼加政界层层擢升。1944年，他成为多米尼加元帅。1952年，其兄拉斐尔·特鲁希略·决定让他成为总统。在他统治时间内，权力实际上操控于其兄拉斐尔·特鲁希略之手。当1960年8月3日特鲁希略被美国强迫改组政府时，他被迫辞职，让巴拉格尔接任总统。他在拉斐尔·特鲁希略死后支持其侄拉姆菲斯·特鲁希略，在拉姆菲斯·特鲁希略失势后，埃克托尔·特鲁希略流亡到了美国。2002年10月19日，他在美国迈阿密去世。