5名军人，其中包括在1942年2月征招的一些平民预备役士兵和后勤部队由于没有直接与日本侵入军接触，他们撤回荷属新几内亚内部并对日军发起游击战二战结束后，荷兰人于1945年回到巴布亚地区。
印尼独立后.1945年8月17日印度尼西亚宣布独立，并声称拥有荷属东印度群岛的所有领土，包括荷属新几内亚。荷兰和印尼发生了四年半的武装外交斗争。1949年12月，斗争结束，荷兰承认了印度尼西亚对荷属东印度群岛的主权，但是荷属新几内亚除外。双方无法对该地区达成妥协，同意在一年内继续讨论这个问题。