昌生技公司（今中裕新药）的设立，在卸任后担任该公司董事长，以其家族资金投资宇昌生技；在当选民进党主席后，蔡英文辞去董事长职位，将股份完全转让给润泰集团尹衍樑。在大选中，此事遭中国国民党质疑滥用权力、图利特定人士、贪污，蔡英文认为是诬蔑进而提告。包括陈良博、杨育民及何大一等生技界人士皆被牵连进此案件中，此外，行政院前院长苏贞昌、张俊雄、副院长蔡英文、经济部长何美玥、中研院长翁启惠等也全遭约谈。在选后，特侦组以查无不法签结，民事部分台北地院一审宣判刘忆如应赔偿蔡英文200万元，刘要上诉。宇昌案虽已签结，唯监