各大公会失去来自英美差会的支持，在政治形势变化并失去经济来源以后，迅速加入由中国新政府控制的三自爱国运动。1950年7月28日，吴耀宗等人在周恩来授意之下，联名发表《三自宣言》，要求各地基督徒签名，发起了这一运动。此时，只有一些中国基督徒创立的团体，如耶稣家庭、真耶稣教会和地方教会，认为自己早就实行了“三自”原则，基本未受政局影响，继续扩展。这几个团体虽然亦表示在爱国方面拥护三自原则，参加了1951年4月在北京召开的处理接受美国津贴的基督教团体会议，以及随之开始的控诉运动，但是并不为操纵三自的现代派所容，政