能重建进步保守党在国内的广泛支持。他于2002年8月宣佈辞任党魁，但留任至新党魁就任为止。彼得·麦凯于2003年5月当选新任党魁，而进步保守党和加拿大联盟高层则在往后数个月就合併事宜磋商。麦凯于同年10月16日与哈珀共同宣佈达成协议，将两党合併成新的加拿大保守党。克拉克视此为加拿大联盟吞併进步保守党，又质疑新成立的保守党能否在全国建立广泛支持以抗衡自由党。他拒绝加入保守党党团，并在其余下的下议员任期内以独立议员身份议政。2004年联邦大选举行之际，克拉克宣布无意竞逐连任下议员。他指保守党党魁哈珀和自由党