死后的发展.林兆恩去世时，三一教已有了数十万信众，他死后，其门徒分成五支，将该教传播开来，在南方各省最为流行，后来也传播到东南亚等地，该教信徒都以林兆恩作为教主加以敬拜2011年，福建省莆田市三一教协会正式成立，三一教成为继中华东正教会之后第二个获得中国政府认可的（五大宗教之外的）区域性宗教团体。
祭祀.台湾台北市大安区夏教养圣堂、新竹市香山区南港南华宫主祀之。