农业合作化削弱了农民的生产动力；农村官僚管理与非市场方法扭曲了资源分配，抑制了生产力的提高；追求粮食自给自足阻碍了农村走向分工与互相交换。最重要的是，农业在全国的投资中比重偏低。林毅夫以博弈论分析，认为农业合作化于1958年秋从自愿变成强制，原先的重复博弈变成单次博弈，造成三年困难时期的农业产量下降。