东北实际驻军至民国35年（1946年）春天才撤离。苏军撤离后大部分的东北地区实际上已经被中国共产党所控制，国民政府只能在几个大城市进行接收统治（如哈尔滨、齐齐哈尔、长春、四平、沈阳、锦州）。同年国共内战爆发，两年后共产党全面控制东北，故东北九省及三市的行政区划方案可以说从未成功实施。多仅见于日后中华民国的教科书与宣传中，并沿续使用至1990年代中期。教改后，当前中华民国的教科书也早已弃用，全面改採现行中华人民共和国行政区划，官方也不再发行地图。虽然东北行政区划没有成功实施，但东北地区仍然在民国36年（1