时期初期曾任巡查补；后来，蔡清琳与日本籍酒女密切往来，并因而惹上纠纷，遭其上司或同僚训诫。
北埔事件.1907年，台湾总督佐久间左马太进攻大嵙崁社时欲征集隘勇对付原住民；蔡清琳因曾协助招募脑丁（樟脑採伐工人），趁机游说众隘勇反抗当局，并模仿兴中会等组织创设「复中兴联合会」且自任总裁，又声称清国军队将攻入台湾，因而唿吁众人驱逐日本籍人士。后来，蔡清琳又游说赛夏族总头目赵明政（大打禄）于1907年11月14日夜响应起事。接着，蔡清琳率领群众攻击加礼山、鹅公髻、一百端、长坪头、大窝、大平