6年9月6日，因被媒体揭发仍拥有中华民国国籍，而主动到台北驻日经济文化代表处，递交了放弃中华民国国籍的申请书，12日傍晚接到台北驻日代表处通知，确认她仍保有中华民国国籍。9月13日承认自己仍拥有中华民国国籍，有媒体指出莲舫说「台湾不是个国家」，引起立委管碧玲脸书指责，廖国栋要驻日代表谢长廷向日本抗议，查证后发现莲舫强调日本政府主张「一中原则」，有媒体误翻成莲舫说「台湾不是个国家」。2016年9月15日，以过半的票数当选日本民进党代表（党魁）。2016年9月23日，莲舫开记者会宣布已完成放弃中华民国国