两地开课。9月28日，日军飞机轰炸联大教职员宿舍。1939年10月4日，西南联大各学院集中至新校舍后开学。西南联大时期，毕业生分南开、清华、北大、联大四类学籍，合并前学生拥有原校学籍，合并后招生为联大学籍。同年，南开大学经济研究所在重庆市沙坪坝的重庆南开中学图书馆内恢复成立，在昆明设办事处。1940年，日军攻入越南，西南联大准备前往四川，在叙永暂设分校安置新生及先修生。次年夏，局势稳定后，叙永分校结束。1941年至1945年间，西南联大有数百名学生应征作战翻译、参与中国远征军入缅作战、参加印度远征军