因是希腊共和国境内的马其顿大区的旗帜跟马其顿共和国旧国旗图案相同（背景颜色不同）。现在的国旗呈现了旭日初升，光芒照耀四方的形象，是北马其顿共和国国歌《今天在马其顿之上》 ()中的「自由的新太阳」：1991年至1995年以渥吉纳太阳为图案，但引起了希腊的抗议。由于真正的马其顿人并非斯拉夫人且已消失，作为真正的马其顿人的亚历山大大帝只是希腊的历史，而希腊因此坚称马其顿为其一部分并坚决否认马其顿共和国主权（参见马其顿名称争议），加上希腊封锁马其顿国界并以联合国、欧盟等国际组织会籍向马其顿要挟，马其顿共和国