动计算实验室、嵌入式系统研究中心、中国科大－香港城大联合高等研究中心等研究单位。
上海研究院.上海研究院创建于2004年7月30日，是中国科大在上海浦东创办的一所按普林斯顿高等研究院模式建立的高等研究院。研究院由科技大学、上海南汇区人民政府和上海康桥正阳投资有限公司共同建设。研究院的主要机构有：高等数理研究中心和金融工程研究所。
先进技术研究院.中国科学技术大学先进技术研究院创建于2012年，位于安徽省合肥市，主要科研项目有未来网络、量子科学卫星、量子通讯