嘉唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持于此”。庆宁寺、善因寺是继多伦汇宗寺之后，清廷再度在蒙古地区由国库拨银兴建的大型藏传佛教寺庙。出于对内、外蒙古两位藏传佛教领袖章嘉、哲布尊丹巴的平等对待，庆宁寺、善因寺的构制也基本相同。干隆十一年（1746年），干隆帝赐该寺“智源觉路”匾额。“文化大革命”期间，善因寺破坏严重。1998年7月18日，善因寺的山门大楼遭雷电噼开并发生火灾，因当地消防大队扑救及时，山门大楼得以保存。善因寺被列入当地政府的修复计划中，逐步进行了修复。
建筑.该寺