代末期逐渐转向保守时，他的仕途就连带着遭了秧。1987年，因其在中共中央总书记胡耀邦下台，团派力量被分派到各地。王兆国被外放到福建省担任省长，离开了中央权力核心。
用而不重用.三年后（1990年11月），王兆国被调回北京，出任国台办主任。1992年，中共十四大后，王兆国被安排出任中共中央统战部部长；并在次年3月的全国政协选举中，当选第八届全国政协副主席，重新回到了“党和国家领导人”的位置上来。1998年，王兆国连任了第九届全国政协副主席，排名上升到第三位。2002年11月，在中