民元国会解散后，他回到贵州。1915年至1916年，牟琳在反对袁世凯的云南护国运动中发挥了重要作用。1915年12月25日云南起义爆发前，牟琳秘密潜赴贵州，同黔军将领取得密切联系。这些黔军后来参加了同支持袁世凯的北军的战争。牟琳任黔军参议，随军赴四川，为戴戡出谋划策。1916年8月，在袁世凯死后，民元国会恢复，此后牟琳回到北京，继续担任国会议员。1917年6月，民元国会第二次被解散，牟琳同其他国会议员一起到广州，参加于1917年8月成立的广州非常国会。他还受聘为大元帅府参议。从1917年8月至1922年