筹建于1980年，当时香港大学的物理学研究人员计划进行宇宙粒子的研究，由于这项研究需要尽量减低宇宙射线的干扰，从而提高粒子物理科学实验的精确性，于是便在香港寻找合适的实验场所，在视察全香港的隧道后，研究人员发现正在兴建中的香港仔隧道，因位处于金马伦山及聂高信山的山体内，可利用天然地势作为屏障阻隔外来宇宙射线的干扰，适合兴建实验室，于是便主动接触隧道公司提出在隧道内加建实验室的要求，获隧道公司答应后即展开兴建工作，而设置实验室的费用则由香港大学承担。因为要尽可能阻隔外来宇宙射线，所以实验室内部四周都装上了