又增加了3艘船，最后在1508年末到达马拉巴尔海岸。立刻，他就获悉国王已经授权他取代总督法兰西斯科·德·亚美达的任命。不过，后者拒绝承认他的委任状，并将他投入狱中。在被监禁3个月后，1509年11月，葡萄牙元帅率领庞大舰队来到时，才被释放。法兰西斯科·德·亚美达回国以后，阿尔布克尔克迅速显示出他的能力和果断的性格。从这时起，他一直占据第二任“印度地方总督”的职位，直到去世为止。
在果阿和马六甲的军事行动，1510-1511年.阿尔布克尔克打算支配穆斯林世界，并控制香料贸易网。1