1999年，应圣严法师之邀，赴台访问，并祭拜胡适墓园，撰写《站在胡适之先生墓前》一文。2003年起，因病入住301医院。2004年，由中华民族文化促进会主办，2004（甲申）年9月在北京举行“2004文化高峰论坛”上，许嘉璐、季羡林、任继愈、杨振宁、王蒙五位发起人领衔、七十二名文化人士共同签署的《甲申文化宣言》于会后发布。该宣言强调全球化日益深化的情况下文化多样性共存的必要性以及文化交流的平等权利。2008年1月，季羡林获印度公民荣誉奖之一的莲花装勋章。2009年7月11日上午9时，病逝于301医