成施明德和陈水扁日后的不和。李登辉于是要新任副总统的连战，继续出任行政院院长，被民进党等立委指责违宪。1996年总统选举后，民进党主席施明德以选举失利引咎辞职，改由许信良再次出任民进党主席。李登辉其后召开国家发展会议。会议中，时任总统李登辉以冻结台湾省政府选举，虚级化台湾省政府功能（又称为「冻省」）来与民进党交换行政院长不需要由立法院同意，只由总统任命即可。连战虽然退下火线，但同时招来民选台湾省长宋楚瑜的强烈反弹，为日后宋楚瑜脱党参选种下远因。1997年，国民大会通过第四次增修条文，正式落实国发会的决议