争后再度出任军务局第一课长、军务局军事课长等职。1898年，出羽担任时任海军大臣的山本权兵卫的次官。1900年，出羽由斋藤实推荐，赴英国担任装甲巡洋舰常磐的返航委员长。1900年5月20日，出羽晋升为海军少将，同时叙任常备舰队司令长官；后又任军务局长兼军令部次长。日俄战争爆发时出羽为第三战队司令。其率领着4艘巡洋舰，在第一舰队旗下，与第一战队共同参加了对马海峡海战（日方称为日本海海战）。1905年日本方面编组成第四舰队，出羽担任司令长官一职，指挥了库页岛登陆作战。日俄战争后出羽又先后任第二舰队司令长官、