被认定是公务员，因此遭到以贪污罪起诉；但相同的行为，私立大学教授与研究员，就不会遭到起诉。同样行为，但法律认定不同，引发争议。涉案教授认为，他们以假发票来报帐，是因为国科会经费核销的方式过于繁锁。且，若研究经费皆属公款公用，只是报销方式有问题，根据马英九大水库理论的前例，应判无罪。
可能危害.《新新闻》杂志报导指出，国安体系认为中共利用此案件，有计画有、策略性的聘得对台湾国安有重大影响的知名学者陈锟山，主要就是在检调体系大举侦办大学教授虚报研究费的案件，检调单位的侦办方法，