内因各地海拔相差悬殊而气候迥异。位于红海沿岸的马萨瓦，年平均气温为30℃，年降雨量为200毫米；而内地距马萨瓦仅65千米的阿斯马拉海拔2325米，年平均气温为17℃，年降雨量533毫米。
河流湖泊.厄立特里亚高地有数条河流流过。马雷布河和特克泽河是境内两条最大河流，经由苏丹注入尼罗河支流阿特巴拉河。马雷布河构成高原上的埃塞俄比亚与该国的边界，而特克泽河下游在西部低地构成两国部分边界。