肥城市政府一直试图推广荷斯坦奶牛、杜洛克生猪、雪山草鸡外地优良品种，以取代当地较为低产的本土品种并提高畜牧业产品产量。畜牧业的发展促进了饲料加工生产行业的发展，2016年年末，肥城市饲料生产产值达11亿元。肥城市渔业主要为水产养殖业，养殖鲤鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼等十余种鱼类和日本沼虾、中华绒螯蟹等多种虾蟹。由于肥城市没有较大的天然湖泊，因而水产养殖规模和产量都不大。养殖主要在水库、坑塘和塌陷地进行，其中进行水产养殖的水库有78个，常年养殖面积270公顷；坑塘养殖主要分布在地势较低的肥城市南部诸乡镇，养殖面