包括环孢素（在器官移植时用作免疫抑制剂）、夫西地酸（可用来处理耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的感染 ）与灰黄霉素（可治疗真菌感染）。另外，可以抑制羟甲基戊二酸单醯辅酶A还原酶，继而抑制胆固醇合成的他汀类药物，许多也是由真菌合成的，例如由合成的，以及由土麴霉与平菇合成的。真菌也能生产抑制病毒、癌细胞生长的药物，例如产于云芝的抗癌药物已在欧洲与日本等地作为抗癌药物的使用，产于香菇的香菇多糖也在日本等国被用在癌症治疗中。
传统医学.许多真菌是中医等传统医学使用的药材，中医用来入药的真菌包括姬