大学物理系硕士。1985年，硕士毕业的王恩哥留校任教两年，期间到美国普林斯顿大学交流学习。1987年9月，王恩哥考入北京大学物理系攻读博士，导师是章立源。1990年7月，王恩哥获博士学位，随后受邀到中国科学院物理研究所做博士后。1992年1月，王恩哥前往法国里尔大学表面与界面实验室，成为Guy Allan的博士后。一年后，王恩哥来到美国休斯顿大学做博士后。
回国工作.1995年，正在美国休斯敦大学宇航外延生长中心（SVEC）工作的王恩哥接受中国科学院物理研究所的邀请，加入“百人计划