为中共中央西北局副书记、兼组织部部长；1954年9月，在国务院成立后，出任中华人民共和国劳动部首任部长；于1956年召开的中共八大上，当选中央候补委员。“文化大革命”开始后，马文瑞受到迫害；于1966年12月免职；在中共八届十中全会上，被确定为 “习仲勋、贾拓夫、刘景范反党集团”成员；在贾拓夫死后，成为“习、马、刘反党集团”的头目之一。1977年恢复工作，出任国家计划委员会副主任；1977年底，任中共中央党校副校长。1978年12月，马文瑞回到陕西，出任中共陕西省委第一书记、陕西省军分区第一政治委员