，包括在原本拉丁语的罗马礼弥撒中使用本地语言、合一运动与宗教自由而非仅宽容的原则等举措。反对意见一部分演变成了宗座缺出论，而另外一些人则承认若望保禄的教宗地位，但抱怨他的政策不够保守。
健康问题.若望保禄二世虽然是自1846年庇护九世以来最年轻的教宗，另外，与之前的教宗不同，他喜欢健行、游泳、滑雪等运动。但在经过四分之一个世纪、两次预谋暗杀和癌症的威胁之后，他的健康情况越来越差。1992年，他从大肠移除了一个肿瘤，1994年肩膀脱臼，1996年切除了阑尾。2001年的一个手术证