迁户部右侍郎，请终养归。十一年（1583年）正月起复，再以兵部右侍郎兼都察院右佥都御史巡抚广西，五月，入为刑部右侍郎，寻转左。十一月，升右都御史兼兵部右侍郎、总督两广兼巡抚广西。万历十二年（1584年）至十五年（1587年），以兵部右侍郎、右都御史兼任两广总督。官至南京工部尚书、南京兵部尚书。引疾去。仍起南京工部，力辞，虚位三年以待。卒谥襄惠。《明史》有传。
家族.曾祖吴寅，曾任训导；祖父吴玱，赠南京礼部郎中；父吴世泽，曾任按察司副使。母陈氏（封宜人）。