市的慈济大学规划于苗栗市设立「苗栗校区」，并向教育部申请设校许可。2013年12月，县政府证实慈济大学苗栗分部筹设计画已获审议通过，将先成立环境永续发展学院，预估2013年开始招生。高级中等学校方面共设有国立苗栗高级中学、国立卓兰高级中等学校、国立苑里高级中学、国立竹南高级中学、国立苗栗高级商业职业学校、国立苗栗高级农工职业学校、国立大湖高级农工职业学校、苗栗县立苑里高级中学、苗栗县立兴华高级中学、苗栗县立大同高级中学、苗栗县立三义高级中学、苗栗县私立建台高级中学、苗栗县私立大成高级中学、苗栗县私立君毅