年前的旧石器时代，御岳山有大角鹿栖息，而东山麓的开田高原则是大角鹿的狩猎场。另外，在开田高原西野的柳又遗迹曾挖掘出石器与土器。山顶附近的登山道可见生活在高山地带的星鸦、岩雷鸟、孔雀蛱蝶。其中，岩雷鸟（雷鸟）已被列为日本特别天然纪念物，环境省将其列为红色名录极危物种（绝灭危惧IA类），岐阜县将其列为绝灭危惧I类、长野县则列为绝灭危惧II类。2008年的调査发现栖息地从1981年的50处减少至28处。现在，山中栖息的动物有鼬、野猪、貉、亚洲黑熊、日本猕猴、日本赤狐，以及花雀、桑鸤、绿雉、旋木雀、煤山雀、佛法