元至元十三年（1276年），平江南，海盐县属嘉兴府安抚司，隶江淮行省。翌年三年改属嘉兴路总管府。二十二年改隶江浙等处行中书省江南浙西道。元贞元年（1295年），升海盐县为海盐州，隶属如故。元至正二十六年（1366年）十一月，朱元璋平浙，嘉兴路改为嘉兴府。明洪武元年（1368年），嘉兴府府直隶京畿。翌年海盐州降为县（县等居上）。十四年十一月，海盐县随嘉兴府改隶浙江承宣布政使司。 清顺治二年（1645年）六月定浙，沿袭明制，海盐县属浙江承宣布政使司杭嘉湖道嘉兴府（治嘉兴）。太平军进驻海盐时，曾建立地方政权。