氰酸汞可用在化学合成中．在合成含硫氰酸根及汞离子的化合物时会用到硫氰酸汞。这类化合物包括硫氰酸汞钾（K[Hg(SCN)]）及硫氰酸汞铯（Cs[Hg(SCN)]）。Hg(SCN)离子也可以独立存在．和其他合物反应，形成上述的化合物或是其他类似的产物。用红外光谱学、拉曼光谱学及进行分析时可以找到这些化合物。硫氰酸汞也可以用在有机合成中，和有机化合物进行双分子亲核取代反应（S2反应），用硫氰酸根取代化合物中的卤素。由于硫氰酸根的二端都会和有机化合物反应，所产生的产物会是二种化合物的混合物，其中一种是硫氰酸根中