官部、司门部这四个部门各设郎中、员外郎各二人，惟都官各一人，总部、比部主事各六人，都官、司门主事各四人，均隶属中书省。洪武八年，因事务繁重，增设四科，科设尚书、侍郎、郎中各一人，员外郎二人，主事五人。洪武十三年（1380年），因胡惟庸案，明太祖朱元璋罢黜宰相与中书省，并仿照《周官》六卿之制，直属六部，并各设尚书、侍郎各一名。洪武二十二年，改总部为宪部。洪武二十九年，改分四部为河南、北平、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建十二部，浙江部兼领云南。洪武二十九年，改为十二清吏司。永乐十八年