细菌可能改变咖啡酸代谢产物的形成。
化学性质.咖啡酸易于自动氧化。谷胱甘肽以及硫醇类化合物（例如半胱氨酸，巯基乙酸或甲琉酚）或抗坏血酸对咖啡酸的褐变和消失具有抑制作用，咖啡酸的褐变是由邻二酚被氧化为邻二醌造成的。在酸性条件下用高碘酸钠对咖啡酸进行化学氧化会生成具有呋喃结构的二聚体（2,5-（3'，4'-二羟基苯基）四氢呋喃3,4-二羧酸的异构体）。使用辣根过氧化物酶/过氧化氢的氧化系统能使咖啡酸聚合。
其他用途.咖啡酸也用于蛋白质的基质辅助激光解吸/电离质