极为艰苦，但成就巨大。学校延聘许多优秀学者，在校生达到了1044人，学系从9个发展到15个。厦大学生一方面积极参加抗日救国运动，组织成立“国立厦门大学学生救国服务团”等团体；另一方面勤勉学习，发奋攻读，务期求得真正学问。1940年8月至1941年，国民政府教育部举行首届和第二届全国大学生学业竞试，厦门大学均名列第一，蝉联冠军。国民政府教育部全国通令嘉奖，厦大由此被誉为“南方之强”。1944年春，英国纽卡斯尔大学教授雷立克，美国地质地理学家葛德石，英国皇家学会会员、剑桥大学生物化学教授李约瑟博士等先后