时，凤阳府管辖五州十三县：凤阳县、临淮县、怀远县、定远县、五河县、虹县、寿州（领霍丘县、蒙城县）、泗州（领盱眙县、天长县）、宿州（领灵璧县）、颍州（领颍上县、太和县）、亳州。治所在凤阳县。管辖今安徽省三分之一以上的地区以及苏北的一部分，相当于今蚌埠市、淮南市、宿州市、阜阳市、亳州市、淮北市及滁州市大部。洪武二十六年（1393年），编户七万九千一百七，口四十二万七千三百三。弘治四年（1491年），户九万五千一十，口九十三万一千一百八。万历六年（1578年），户一十一万一千七十，口一百二十万二千三百四十九。