0°C时常加入乙二胺四乙酸（EDTA）作活化剂。过硼酸钠是有机合成中的氧化剂，可将某些取代烷基硼氧化水解为醇，醛氧化为羧酸，炔烃氧化为酮，等等。
结构.过硼酸钠与同为过氧化物的过碳酸钠和过磷酸钠不同，它不是由过氧化氢形成的加合物，而是含有由两个过氧链组成的环状过硼酸根阴离子（BOH），不含BO离子。