禅一行抵达北京，受到中华民国政府代表以及西黄寺、东黄寺、雍和宫僧众欢迎。1927年，九世班禅在福佑寺设立“班禅额尔德尼驻平办事处”，九世班禅还组织修葺西黄寺清净化城塔院，工程于1928年竣工。此后，清净化城塔院一直由班禅额尔德尼驻平办事处派人管理。中华民国时期，东黄寺和西黄寺因年久失修，损毁严重。抗日战争期间，西黄寺遭侵华日军破坏。中华民国时期，西黄寺曾经成为国民党军队的军营及仓库，其间，西黄寺清净化城塔院的慧香阁毁于一次弹药库爆炸。中华民国时期，西黄寺的逹赖喇嘛庙、清净化城塔院分为两寺，分别运作。