因健康问题辞职后，出现宗座从缺，贝尔托内以总务枢机身份担任代理教宗。直到翌月12日进行教宗选举秘密会议选出伯格里奥（方济各）为新任教宗，及同月19日举行的为止。他并且有资格参与这次教宗选举。
荣休.2013年10月15日由伯多禄·帕罗林枢机接替出任圣座国务枢机卿。直到2014年12月20日荣休，及由若望-类斯·托朗枢机接替成为总务枢机。