下午校尝试合併，并获分配天水围32区千禧年校舍作重置之用，但不果。于2011年9月，庄二实施全日制，下午校跟保良局梁周顺琴小学下午校以原有申请第二度合併成功，成为保良局西区妇女福利会冯李佩瑶小学。保良局庄启程第二小学已于2019年9月重置于同属大兴邨内的屯门良才里2号释慧文中学原校舍运作，成为香港第四所使用中学标准校舍的小学；及后，此校将加装升降机，预计2022年完成。
校本课程.主要项目有专题研习、阅读课、德育及公民教育。而科目共有9科，包括中文、英文、数学、常识、音乐、