内蒙古凉城县返回西藏。顺治帝又加封他为「西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛」，并赐金册金印，承认达赖喇嘛藏传佛教领袖地位。康熙帝即位后，每年派官员携带皇帝亲笔信前往西藏，探望达赖喇嘛和班禅喇嘛。
与基督教的接触.葡萄牙耶稣会传教士安东尼奥·德尔·安德拉德与曼努埃尔·马克斯（Manuel Marques）曾于1642年来的古格王国（在今西藏阿里地区），获得古格国王的热情接待。在安德拉德的建议下，耶稣会在1627年派遣和去西藏传教。此二人获得末代藏巴汗丹迥旺波的支持，并在