条约签订之后和横滨、长崎一併开港。箱馆在开港之后本来计划修建类似出岛的和市区隔离的外国人居留地，但最终外国人居住地和市区融为一体，造就了现在函馆具有异国风情的景观。幕府在函馆修建了五稜郭和砲台等防御设施，将函馆作为北方统治的据点。1868年10月，榎本武扬率领的旧幕府军攻占五稜郭。翌年5月，新政府军对旧幕府军的据点箱馆展开总攻并取得胜利，是为箱馆战争。战后幕府设立开拓使，并将虾夷地改名为北海道，箱馆改名为函馆。明治时代的函馆是北海道的玄关，城市迅速发展。1895年，政府在函馆湾进行填海工程，港口和市区的