，任广东军政府军政部陆军司长兼参谋部长。随后，因军功获授陆军中将、文虎章，受任为广东陆军第2师第3旅旅长兼广州水上警察厅厅长。此后，由于龙济光所部入广东，魏邦平不为所容，乃赴北京，授将军府参军。1915年袁世凯称帝，魏邦平回广东，响应云南蔡锷发动的护国战争，配合护国军击败了龙济光的海上部队。1916年，魏邦平被广东督军莫荣新任命为护国第五军总司令，率部赴阳春县剿灭龙济光残部。回到广州后，魏邦平见桂系占据广州，反对孙中山，便上书辞职，并遣散了第五军。时任广东省省长的朱庆澜极力挽留魏邦平，任命魏邦平为广东警