巴布亚省沿海港口较多，大部分规模较小，查亚普拉、萨米、纳比雷、蒂米卡、阿加特斯、马老奇等地的港口是本省主要港口。
航空.2017年2月1日，查亚普拉的仙谷国际机场开通目前本省唯一的国际航班飞往巴布亚新几内亚的芒特哈根，由巴布亚新几内亚航空执飞，每周三班。这标志着继20世纪90年代后，巴布亚新几内亚与西新几内亚之间的直航恢复。在此之前巴布亚新几内亚的旅客前往西新几内亚只能搭乘飞机先到雅加达，再飞回新几内亚岛；或者搭乘飞机到瓦尼莫再乘客车抵达查亚普拉。20世纪80年代末到90年代初