山筑金陵邑，是现南京城区内设治所之始，南京的别称“金陵”由此而来。前210年（秦始皇三十七年），金陵邑改为秣陵县。直至汉末，现南京地区只设县级政区。
六朝时期.东汉末年，割据江东的孙权于211年将治所移到秣陵，在金陵邑旧地筑石头城要塞，次年改秣陵为建业。229年，孙权称帝建立东吴，将都城从武昌迁至有“钟山龙盘，石头虎踞”之称的建业，开启了南京的都城史。西晋灭吴后，282年（太康三年）改建业为建邺，313年（建兴元年）又改建康。西晋灭吴后仅三十六年，就亡于永嘉之乱与五胡乱华。317