16年考入云南讲武堂，1920年毕业，编入滇军第二军独立团（团长杨森）任参谋，并随着滇军攻入四川。因杨森唿应「川人治川」，带着部队整批跳槽到川军，独立团转为川军第一混成旅，萧毅肃转任该旅参谋。1921年，萧转任川军部队连长。1922年初，汤子模唿应熊克武发兵反对杨森统治，其率领的川东边防军第一混成旅自称四川讨贼军；萧毅肃在1923年加入讨贼军，担任连长。1923年6月，萧升任四川讨贼军第2师连长。10月升任营长。1924年，升任建国川军第二军第二旅第1团团长，隔年升任川军第二军第二旅旅长。不过建