「动摇党本」。在国民党内压力下，6月10日，被调任为行政院政务委员。马英九查贿肃贪差点铲掉国民党基业，最后因此被撤换，李登辉私下斥马用批评党来建立个人声望，「国民党差点被他搞垮」。1996年自法务部长转任行政院政务委员。1997年连战内阁饱受白晓燕命案等政治风雨，行政院政务委员马英九5月8日提出“辞官退隐”声明，辞去政务委员，不参选1998年台北市市长选举。辞官后，向政大提出申请教职，政大法学院为此召开临时院务会议通过受理申请，并将申请截止日期延长到五月底，为此，当时政大法学院陈惠馨和许玉秀两位