岭南和闽越还处于原始的部落联盟割据状态，四支最强的百越支系为南越、西瓯、骆越和闽越。秦军第一路在余干（今属江西省）集结，进攻闽越，攻陷后设立了闽中郡。第二路在南野（今江西省赣州市南康区南）扼守，对闽越和南越形成压迫之势。第三路占领了南越的番禺。第四路在九嶷山（今湖南省宁远县南）驻守，第五路在镡城（今湖南省靖州苗族侗族自治县西南）附近的越城岭驻守，准备一起进攻西瓯。与此同时，秦始皇派遣史禄负责运送粮饷，史禄率领士兵在湘水和漓水之间开始修筑灵渠，以其沟通长江和珠江水系，保障秦军的后勤供给。秦军进攻西瓯初时很顺利