皇的即位式，改在太政官厅举行。此后室町时代时的天皇多循此例。文治5年（1189年）又开始重建工作，但在承久之乱中全部烧毁。荒废的大内里尚残存了朱雀门附近的宫墙。此后这里被作为马场使用，在内乱时也曾作为战场，后期部分变为农地，丰臣秀吉在这里建造「聚乐第」。安贞元年（1227年）内里火灾，大内里永远停止了重建。嘉祯元年（1235年），此时大内里已逐渐荒废，因此被唤作「内野」。元弘3年（1331年）光严天皇于里内里之一的土御门东洞院殿（即今日京都御所的雏形）即位，此后以此为皇居，直至迁都东京为