厅.为方便行人进出，收费区设于车站中部区域。站厅收费区内设有四条扶手电梯以及两条楼梯前往月台。由于连接站台与站厅的专用电梯位于站厅一侧的电梯门位于站厅非付费区南侧，乘客使用时需要向车站工作人员求助以便协助使用。现时芳村站内提供不同类型的商店，例如便利店、面包糕饼店、咖啡店以及洗衣店等，部分车站商店会设置在收费区域。此外也有不少自助服务设施供乘客使用，包括自动售卖机、自动照相机、自助充值/售卡机、中国建设银行自动柜员机等。
月台.1号线设有一个岛式月台，位于花地大道地底。另