透过酵素催化的或自发反应产生交叉链接。这样的交叉链接对于产生物理性的稳定结构是很重要的，例如毛发，皮肤和软骨。二硫键的形成是最常见的交叉链接，但异肽键的形成也很常见。蛋白质也可以是人工的交叉链接所使用的小分子的交叉链接剂。在角膜受损的胶原蛋白，也被称为圆锥角膜，可以使用临床的交叉链接处理。
交叉链接剂应用于蛋白质研究.邻近的蛋白质的相互作用可以巧妙地透过使用交叉链接剂进行研究。例如，在一个细胞里，蛋白质A和蛋白质B为相当靠近彼此，而化学交叉链接剂可作为探针，蛋白质交互作用的探针，透