万历十三年，担任南京刑部主事。张居正死后，孙继先相继举荐万历帝召回此前被罢免的官员，包括吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、邹元标及余懋学、赵应元、傅应祯、朱鸿谟、孟一脉、王用汲。又举荐魏学曾、宋纁、张岳、毛纲、胡执礼、王钖爵、贾三近、温纯、曹科、陈有年、朱光宇、赵参鲁等人。因事降级，官至南京吏部主事。
家族.曾祖父孙文显；祖父孙恺；父孙希哲，母张氏。