等各类家养动物，特别是家鸽，进行了类似的分析。第二卷开始主要是理论上的探究。达尔文首先指出了动植物性状的遗传性是确定无疑的事实。他对返祖现象给予了很大的重视，此外还研究了单性遗传和相同的性状在不同代出现的年龄的关系。接着，达尔文研究了不同品种之间相互杂交的过程，讨论了杂交对于良好性状的保留，以及近亲交配的不良结果。随后，达尔文将重点转移到人工选择和物种的变异。他总结了外部自然环境对变异的产生所造成的影响，并用三个章节研究了变异的法则。值得注意的是，在第二十七章中，达尔文引入了他曾经首先向赫胥黎描述过