尤利乌斯·凯撒成为威胁之后趋于保守。公元前49年的罗马内战中，小庞培的兄长——与其父同名的格奈乌斯·庞培以及其他保守派元老随其父一同逃往东方，小庞培则留在罗马照顾其继母。前48年，庞培军队于法萨卢斯战役中战败，庞培被迫逃命，科涅莉亚与小庞培与他在莱斯沃斯岛会合，一同前往埃及。9月29日，小庞培亲眼目睹父亲被杀害。此后，科涅莉亚返回罗马，小庞培则参加阿非利加行省的抵抗势力，与、小加图、兄长格奈乌斯及其他元老，谋划抵抗凯撒及其军队。凯撒在爆发于公元前46年的首场战役——中取胜。前45年，凯撒又在西班牙的