南方政府，段祺瑞提倡「武力统一」，冯国璋则主张「和平统一」，王占元站在冯国璋一边。段祺瑞派讨伐军赴湖南省讨伐南方政府，王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远对此共同进行阻止。结果，段祺瑞征伐湖南的愿望没有实现。自此，李纯、王占元、陈光远3位督军被称为「长江三督」，在国政上的立场受到注目。1919年（民国8年）12月冯国璋病逝，曹锟成为直系的领袖。王占元继续成为曹锟的有力支持者。1920年（民国9年）6月，王占元被任命为两湖巡阅使。7月直皖战争爆发，王占元随即逮捕了皖系的长江上游总司令吴光新，并收服了吴光新