929年策动各派别联合反蒋，以营救李济深。1931年广州国民政府成立，冯祝万任上将参谋团主任。1932年，任行政院西南政务委员会委员。1936年两广事变后，冯祝万迁居澳门。1938年，冯祝万参与成立复兴俱乐部，开展抗日救亡运动。1948年，冯祝万同李济深等人在香港发起成立了中国国民党革命委员会，冯祝万任委员。中华人民共和国成立后，冯祝万迁居北京。1954年，冯祝万逝世。