很快发展到200人。基督书院创办后不久，1894年，北长老会传教士T. W. 贺子夏将一所已经有10多年历史的全日制学校发展成益智书院，校址设于户部街。1899年，长老会文怀恩（）受遣来华继任院长。
三院合并.1900年八国联军之役后，在宁传教士受到了爱国运动的冲击。汇文、基督、益智三书院设于南京，“宗旨虽同，办法互异”，不利于管理及提高质量。1906年，美在中主张合并书院，他认为“孤往则精力分而收效浅，共作则菁华聚而成功多。且祖国教会聚金委办教育事业，当化畛域而屈群策，以最少