建于明郑时期。也有传说该庙原建于康熙三十年（1691年），为古之「中楼仔」，台厦道高拱干建，原为民宅，为祈求合境平安，迎奉圣公爷。《台南州祠庙名鑑》则记载创建于清康熙五十七年（1718年），并提到有与国姓爷庙（延平郡王祠）同时建造的说法。该庙在《重修台湾县志》（1749年）有记载，在「大东门内弥陀寺左」。日治时期因为市区改正，该庙在大正四年（1915年）迁建，新址后来列为东门路一段158号，东荣街口一带。民国77年（1988年）因为拓宽东门路一段156巷，庙地再次被征收，后有地方人士许文正捐地，圣公庙乃