当时的太皇太后为嘉靖帝的祖母邵氏，但慈庆宫尚未建成，邵氏便去世，此后明朝再未出现太皇太后。慈庆宫建成后，嘉靖帝的伯母慈寿太后（明孝宗皇后张氏）首先入居。万历年间，仁圣皇太后（明穆宗皇后陈氏）居住在慈庆宫。崇祯年间，懿安皇后（明熹宗皇后张氏）居住在慈庆宫。崇祯十五年，崇祯帝的太子朱慈烺准备成婚，从东六宫的钟粹宫移出。懿安皇后因此从慈庆宫迁往仁寿宫（清朝宁寿宫的前身），慈庆宫改称“端本宫”，正式定为太子居住的东宫。两年之后，李自成攻占北京，懿安皇后在仁寿宫奉崇祯帝之指令自缢而死。《悫书》载，“端本宫在东华门