回合凭新加盟的外援高美斯在下半场补时阶段入球以1–1逼和应届亚协盃冠军柔佛DT，于2016年9月20日的亚协盃八强次回合作客以 1–2 不敌柔佛DT总比数 2–3 出局。2016年10月31日，南华宣佈落实由狄恩出任主教练，南华于2017年5月4日的足总盃决赛以 1–2 不敌杰志连续三季四大皆空，而球员朱兆基赛后亦当选决赛最有价值球员，2017年5月20日，南华于季后附加赛4强以 1–6 不敌东方龙狮无缘来届亚洲赛。2017年6月5日，南华宣佈由于未能找到班主注资，决定来届退出香港超级联赛并申请降班至香港甲