太保姚启圣迁徙正殿，以此殿作为「寝殿」，但善信皆称此殿为「正殿」。有清雍正帝御笔匾额「神昭海表」，故又称「神昭殿」。当年另有同样的两块匾额，分赐给台湾及厦门的妈祖庙；门殿石柱上还有明代莆田才子戴大宾所写的「齐齐齐齐齐齐齐齐齐齐戒，朝朝朝朝朝朝朝朝朝朝音」对联，颇为趣味，其中的 第二、第四、第七、第十字的“齐”与“朝”字，分别读为“斋”和“潮”，即“斋戒”、“潮音”之意。
神女祠.紧临升天古迹旁，寝殿后方有间小庙，即是祖庙发源地，世界上最早的妈祖庙，名为“神女祠”。在妈祖羽化升天后，