胺凝胶电泳（SDS-PAGE）按分子量大小分离；此外，蛋白质还可以由于所带电荷的不同被等电聚焦电泳分离。
高分子墨点法和探测.
南方墨点法.此方法的命名源自其发明者生物学家Edwin Southern。南方墨点法是探测一个DNA样品中含有特定DNA序列的方法。首先，DNA样品为凝胶电泳所分离；然后，分离的样品通过毛细现象被转移到一张膜上，这一过程被称为“印迹”（blotting）。带有样品的膜就可以用与目标序列互补的标记的DNA标记探针来探测。最初的操作手册大