炎、鼻窦炎、骨髓炎和脓毒病等。金黄色葡萄球菌已经进化出了抵抗免疫系统攻击的特征。在金黄色葡萄球菌的种类中，抗药性金黄色葡萄球菌（超级细菌）很难治疗。
对被白血球释放的活性氧的自卫.金黄色葡萄球菌的金黄色来源于细菌所制造的类胡萝卜素葡萄球菌黄素，这色素可以抵抗身体免疫系统为了杀死病菌而制造的被白血球释放的活性氧。这样金黄色葡萄球菌就可以免于被活性氧杀死。