治疗敏感菌株造成的。由于容易产生耐药性，且杀真菌效果不够强，在严重感染时，通常不会以氟胞嘧啶为唯一的药物，而是与两性霉素B和/或唑类抗真菌剂如氟康唑或伊曲康唑联合使用。念珠菌造成的泌尿道感染等轻微感染则可单用氟胞嘧啶治疗。在一些国家，为期一週以内的缓慢静脉输注是一种治疗选择，可用于治疗危及生命的感染。
药物相互作用.氟胞嘧啶可以增加两性霉素B的抗真菌活性，反之亦然，两者在某些严重感染时可以合併使用。阿糖胞苷则会抑制氟胞嘧啶的抗真菌活性。