十四届、十五届、十六届中央委员，十四届四中全会增选为中央政治局委员，十五届、十六届中央政治局委员，十六届中央政治局常委。
患病与逝世.2006年2月22日，香港《南华早报》报导黄菊于该年1月下旬后，因患上胰腺癌而需入院治疗。全国政协发言人吴建民证实黄菊住院，但并未说明其所患是何疾病。有认为外间报道把胰腺炎误传为胰腺癌。在「失踪」期间，他偶有通过给某些活动「发贺信」。2006年6月5日，黄菊在中国科学院第十三次院士大会和中国工程院第八次院士大会上再次露面，但至11月在上海会见以任志