黄眼草科包括5属约270种，分布在全球热带和亚热带地区，中国只有1属7种。本科植物为一年生或多年生草本植物，叶基生，线形，基部有鞘；花两性，稍两侧对称；花萼和花冠3裂；果实为蒴果，3瓣裂。种子极少。1981年的克朗奎斯特分类法将其列入鸭跖草目，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其分为两科—黄眼草科和阿波波达草科，将生长在南美洲的阿波波达草属植物单独列为一个科，没有放入任何一目中，黄眼草科放到禾本目中。2003年经过修订的APG II 分类法将这两个科仍然合并为一个科。