审查矿业法修正案时质疑民进党立委林淑芬：「妳跟环团站在一起羞辱本党委员是什么意思」。而政大教授陈芳明于其专栏表示因财团支持执政党，邱的发言代表民进党与环团是站在对立面。
水灾失言与出国考察.2009年八八风灾，时任行政院秘书长薛香川因为陪岳父吃饭而下台，民进党立委邱议莹批评：「你还有心情吃大餐，拜託喔，水灾ㄟ」，并说她气到快中风。2018年8月23日，豪雨酿成台湾南部严重水灾，副总统陈建仁亦于8月24日赴金门私人旅游，立法院长苏嘉全也称应邀到日本访问，有网友批评这次怎不见邱议莹出声