电影在上映时都打破了日本最高票房纪录。在1990年代，许多新锐的动画导演也开始受到注目，让动画从单纯的娱乐进入到当代艺术的层次。押井守在1996年推出了获得国际赞誉的哲学科幻作品《攻殻机动队》。今敏执导了获得多项奖座的心理惊悚动画《蓝色恐惧》（）。庵野秀明也在1997年制作了《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》。
2000年代.日本的电影数量继续稳定的成长，其中在2006年有约821部日本电影发行。在这个年代中，由电视剧改编的电影特别受到了欢迎。