九铁公司以未符合成本效益为理由，没有添置新车卡，使轻铁车队在繁忙时间「应接不暇」，受到居民指摘。而不少其他地区的车厢都被调往天水围应付需求，有拖卡的列车减少，车厢更见供不应求及挤迫。
两铁合併.2007年12月2日，九广铁路与香港地铁合併为香港铁路有限公司。轻铁所受的影响相对轻微，只有车站及车厢标志被更换，至于车费、转乘规则等暂时都维持不变，而附例则转为香港铁路（西北铁路）附例（英语：Mass Transit Railway （Northwest Railway） By-Laws）