第三重皇子。母为持明院基家之女、北白河院藤原陈子。承久3年（1221年），承久之乱发生后，因为鎌仓幕府排除参与讨幕的后鸟羽天皇血统继承皇位，在迫使年仅四岁的仲恭天皇退位后，只好将源平合战时为源氏擒获、安德天皇异母兄、后鸟羽天皇的同母弟、正在隐居中的守贞亲王以法皇行院政，立守贞亲王之子、高仓天皇之孙茂仁亲王继位，是为后堀河天皇。贞永元年（1232年）后堀河天皇让位给年仅两岁的儿子是为四条天皇，以上皇身份行院政。院政开始后两年、即天福2年（1234年）体弱多病的后堀河上皇以23岁之龄驾崩。