二次直奉战争中，直系败北，齐燮元立场动揺。奉系的张宗昌南下支援卢永祥，齐燮元和孙传芳组成「江浙联军」进行抵抗。不久，孙传芳受到中央段祺瑞的笼络，而抛弃齐燮元。完全陷于孤立的齐燮元被迫下野，流亡日本。1925年（民国14年）冬，齐燮元在湖北省复出，被吴佩孚任命为十四省讨贼联军副司令。后来，因败于中国国民党的北伐军，齐燮元被迫下野。
亲日政府的活动.1930年（民国19年），阎钖山、冯玉祥挑战蒋介石，齐燮元参加了阎钖山、冯玉祥一边，被任命为江北招抚使。阎、冯败北后，齐燮元逃入天津英