堤内、金崎村是高锅藩领地；纟原、有田是鹿儿岛藩领地；市辖区南部是饫肥藩领地。由于这些领地大多是距藩厅较远的领地或飞地，因此大多都是农村地带，只有城崎是小规模城镇。江户时代的宫崎虽然是平原地形，但却因各藩领地错综的局面而未能形成较大的城镇。1871年废藩置县后，现宫崎县分属美美津县、都城县，现宫崎市在当时是两县交界处。1873年，美美津县和都城县合併为宫崎县，县厅设于宫崎郡上别府村。1876年，宫崎县被併入鹿儿岛县，宫崎县一度降格为宫崎支厅。1883年，宫崎县分县运动取得成功，宫崎县得以恢复，上别府村也再