于附面层控制系统效果显着，使得F-104A尽管重量增大不少，而着陆速度只比早期原型机增大5％。机上还装有自动俯仰控制系统：当飞机接近失速时，系统会令操纵杆产生振动，警告飞行员；如果飞行员无视警告，继续保持原来的飞行状态，该系统会自动推杆，迫使飞机低头以免失速。美国加利福尼亚州哈密尔顿空军基地的第83拦截机中队是第一个装备F-104A的部队，该部于1958年1月26日开始换装F-104A，并于2月20日形成初始作战能力。美国防空司令部所属的第56中队、第337中队、第538中队也相继装备。1958年1