插件，允许PDF文件的手动和自动编辑，同时免费的Enfocus Browser可以使编辑PDF的低级别架构成为可能。
注释.Adobe Acrobat是允许用户给已创建的PDF文件注释、高亮和添加笔记的专有软件的一个案例。作为自由软件可用的（GNU通用公共许可协议许可下）一个UNIX应用是PDFedit。另一个GPL授权的原生UNIX应用是Xournal。Xournal允许以不同的字体和颜色注释，以及用于为文本或段落的快速下划及高亮线条的规则。Xournal还有一个用于方形、矩形和