朝洪武十八年（1385年），济宁府降为济宁州，兖州则升为兖州府。在明代，兖州府驻滋阳县，共辖23县：滋阳、曲阜、宁阳、泗水、汶上、邹县、金乡、鱼台、嘉祥、单县、成武、曹县、定陶、巨野、郓城、寿张、阳谷、东阿、平阴、滕县、峄县、郯城、费县；四州：济宁州、东平州、曹州、沂州，辖区范围基本上相当于今日山东省南部。清代，金乡、鱼台、嘉祥归济宁州；东阿、平阴、东平州归泰安府；曹州、单县、成武、曹县、定陶、巨野、郓城建立曹州府；沂州、郯城、费县建立沂州府；滋阳、曲阜、宁阳、泗水、汶上、邹县、寿张、阳谷、滕县、峄县十