迁至今天祝藏族自治县古城地方，称“古城寺”；该寺另一部分仍留在原址，仍为东大寺。自此，东大寺逐渐衰落。1949年时，东大寺有僧人36人，土地163石，森林数十处，还有油坊、水磨，有牛羊数百头/只。该寺殿堂规模宏大，寺内藏有许多文物，为华锐藏区仅次于天堂寺的第二大寺，在天祝县、永登县、青海湟水以北地区影响较大。 1956年以前，该寺属永登县管辖，1956年其地划归天祝县管理。1958年，东大寺毁于政治运动，鲁家囊欠的部分建筑被生产队当作库房而未拆除，其他建筑全部被拆毁。僧人则全部下放，就地安置，形成村