位突飞勐进。进入21世纪，2000年携带机“数码怪兽”全球累计销量突破1000万台，2001年更是销量突破2000万台。系列开始出现四圣兽、十二神将、皇家骑士、三大天使等设定。2002年，“数码宝贝卡片游戏”累计销量突破5亿张纪念。TV动画《数码宝贝大冒险02》、《数码宝贝驯兽师之王》、《数码宝贝无限地带》从2000年至2002年陆续播出，至此前四作动画系列暂时告一段落。2003年，X抗体数码宝贝登场。2005年，新携带机加速器的登场又为数码宝贝增加了活力，同时携带机系列机种全球总销量达到2400万台。