大学的前身是桑科雷清真寺，该清真寺由廷巴克图的最高法官 于公元989年建立。桑科尔大学在当时的穆斯林世界拥有很高的知名度，尤其是在曼萨·穆萨统治时期（1307-1332）以及时期 (1493-1591)
发展.廷巴克图长期是中东和北非商人的主要贸易目的地。频繁的贸易活动使得思想如同商品一样在城市里传播。由于到此的商人大多为穆斯林，所以桑科雷清真寺经常有穆斯林到此礼拜。这座清真寺以此积累了大量的书籍，不仅成为礼拜者的聚集地，也成为了学术中心。在当时的廷巴克图，书籍比其它任何商品都要昂贵