同年成立了大都会北方铁路，作为一家经营纽约州通勤铁路服务的公营机构，这些属于大都会北方铁路的FL9型机车都采用了新涂装。其中10台机车后来经过翻新后又被转售予，这批机车均采用原始的纽黑文铁路涂装。1980年代末，长岛铁路计划开行由杰斐逊港经纽约市至奥尔巴尼的直通旅客列车，由于列车会进入位于纽约市曼哈顿地底的宾夕法尼亚车站，长岛铁路考虑到进行全线电气化改造的成本高昂，因此决定使用双动力源机车作为牵引动力，以利用宾夕法尼亚车站的第三轨供电电气化铁路。1989年，长岛铁路向大都会北方铁路购置了三台FL9型机车