导入人类乳头瘤病毒疫苗，2013年4月起开始推广施打疫苗。在2013年6月14日的专家会议为止，有三十起注射疫苗后不明原因剧痛的案例，而且有些尚未恢复，其中有些是有身体疼痛、运动障碍等副作用。因为担心施打疫苗后的不良反应，厚生劳动省暂时不建议施打疫苗。东京大学研究人员认为政府此一措施没有科学证据。
台湾.台湾在2018年出现一起因接种人类乳头瘤病毒疫苗后，出现幼儿型多发性关节炎的诉讼案例。后来行政诉讼认为无法证明疫苗与女学生症状无关，因此卫福部应给付「一定金额」的接种受害救济。