役中只失去了26名飞行员。 另一方面，日本则失去了148名飞行员，包括2名俯冲轰炸机指挥官、3名鱼雷轰炸机中队指挥官以及18名战斗机或其他组别的首长。参战的49%的日本鱼雷轰炸机、39%的俯冲轰炸机和20%的战斗机飞行员战死。相对于在珊瑚海（90人）、中途岛（110人）和东所罗门（61人），日军在圣克鲁斯海战中失去了更多的机组人员。到圣克鲁斯的战斗结束后，参加了珍珠港事件的765名日本航空母舰飞行员精英中，至少有409人死亡。 日本失去了许多机组人员，没有损坏的“瑞鹤号”和“飞鹰号”也由于缺乏训练有素的机组