强烈热带风暴并向本州推进，气象厅唿吁民众注意泥石流、水浸、河川水位上升及强风等灾害，并发佈疏散警报。南玛都于4日上午8时在长崎市附近登陆，当地云仙岳测站录得高达23.2米每秒的持续风速，在室户岬的阵风更达45米每秒。南玛都随后在下午1时和下午5时分别于爱媛县宇和岛市和和歌山县田边市再度登陆。九州在早上录得一小时45.5毫米的雨量。日本气象协会表示由于南玛都环流相对较小，一旦接近就会带来急降雨及强风，唿吁民众要留意急剧的天气变化。截至5日，南玛都造成3人受伤，熊本有6.2万户停电，长崎亦有6400户停电，