请求他。后请辞归家。崇祯三年（1630年）秋，迁榆林兵备参议。时流贼多是榆林人，又久有饥荒，饥民结伙为盗。樊一蘅修补残骸，修葺武备，讨伐斩杀申在庭、马丙贵。崇祯五年（1632年）四月，已经投降的农民军首领“不沾泥”张存孟复叛，拥众胁粮赏，复攻米脂，被葭州守卒击退。樊一蘅时任参政，巡抚张福臻调总兵王承恩与狐山堡副总兵侯拱极、都司、神木参将艾万年、守备贺人龙等三千人，令樊一蘅监军，将其平定。屡次被举荐，升迁为监军副使，再升迁为右参政，分巡关南。总兵曹文诏败亡，农民军逼近西安。总督洪承畴令樊一蘅监左光先、张应