学时期，轮机科招生数量不足。为了解决这个问题，1890年（明治23年）10月18日，在兵学校内再次把将校科（兵科）和轮机科分设，对两者采取不同的培养方式。1893年（明治26年）11月29日海军再次在横须贺设立海军机关学校，重新独立办学。日本海军在甲午战争后制定了第一期、第二期海军扩张计划，急需大量扩充轮机人员数量。为此校方在横须贺白滨征收民用土地，建设新校舍。1901年（明治34年）9月1日白滨新校舍落成，总建造费用26万余日元。1923年（大正12年）日本发生关东大地震，机关学校的校舍全部烧毁，