扶山被释放。1939年5月，在第一次新唐抗战中，别廷芳亲率精锐民团武装7000余人，配合国民党军队英勇作战，大破日军，消灭日寇3000多人，生俘120名，收复新野、唐河两县。国民党中央军事委员会授予别廷芳“陆海空军一等奖章”，民团也受到第五战区司令长官李宗仁的明令嘉奖。
病逝及陵墓.1940年2月2日，别廷芳赴洛阳参加军事会议，一战区司令卫立煌欲削弱其兵权，国民党将领汤恩伯又对其进行攻击，他羞愤交加，抱病返回，病情日益加重，医效甚微。3月14日（农历二月六日）子时含恨而逝。别廷芳逝