孙建就常伴随左右。拓跋珪复国后，以叔孙建为外朝大人。后又曾出使后燕，回国后任都水使者，中领军，赐爵安平公，加龙骧将军。后出任并州刺史，但因公事而被免去官爵，派去守衞邺城城园。魏明元帝拓跋嗣即位后，念及叔孙建昔日的功劳，故此任命其为正直将军、相州刺史。神瑞二年（415年），河西饥荒中的胡人刘虎等反叛，将军公孙表讨伐失败，拓跋嗣听从崔宏的建议，假授叔孙建以前的官爵，命其督公孙表再次讨伐刘虎，最终于次年平定刘虎。平定刘虎的同年，东晋刘裕发动北伐战争进攻后秦，王仲德率水军进入黄河，将进攻关中，但正逼近魏佔的滑台