，江户城无血开城。土方率流山残部与幕府军主力会师。之后，土方和立见尚文、秋月登之助于半日内攻破皇军名将有马藤太镇守的宇都宫城（关东七大名城之一，素有难攻不落之名）。但是壬生之战中，土方不幸于乱军中被地面跳弹所伤，转进会津休养了三个月，并在此时兴建了供奉近藤勇的天宁寺。8月会津战争，土方前往庄内藩寻求援军支援，之后在仙台加入了榎本武扬率领的旧幕府海军继续奋战新政府军。与榎本共同出席奥羽越列藩同盟军议、但奥羽越列藩同盟不久即瓦解、同盟藩一一向皇军屈服投降，遂率领新选组残部和桑名藩士乘上大江号、与榎本武扬于1