海岸线多数都未设防。1605年，戈佐岛上的开始动工。接下来的数年内， 建设了来进一步提升海岸线的防御。大团长在位之时，数座开始动工。之后继位的同样也兴建了一系列类似的。最后一个海岸楼塔是1667年在位期间兴建的。摧毁了马耳他不少建筑物，马耳他前首都姆迪纳受灾情况尤为严重。诺曼时期兴建的圣保禄主教座堂严重受损，不久后便被拆除。1697年，建设在圣保禄主教座堂原址的巴洛克式大教堂开始动工。17世纪至18世纪初，骑士团的海军实力达到巅峰。骑士团参与了数次对抗奥斯曼帝国的海战，如和。私掠成为了马耳他经济的重