宗座监牧的费声远主教成为教区首任主教，领署理之衔。花莲教区正式成立。在历任主教及巴黎外方传教会等外籍修会的努力之下，使许多原住民领洗成为教友，更让东台湾成为全台少数天主教徒占人口比例较高的地区之一。1998年5月22日，教宗若望保禄二世任命卑南族的曾建次神父担任花莲教区辅理主教，同年8月29日正式就职，成为第一位原住民族籍的主教。
堂区.花莲教区目前共管辖47个堂区、143个兼管区（非独立堂区）。此外，整个教区另划分为10个总铎区与牧灵区，其中总铎区由区内各堂区的主任司铎之中选