被蒋介石主政的国民政府逮捕，并押解南京受审，监禁于老虎桥监狱，周的朋友、学生纷纷为他开脱求情，俞平伯还给在美国办外交的胡适写了封长信，请求胡适为周说情。1946年11月6日，高等法院判处他14年有期徒刑，1947年12月9日改判10年有期徒刑。洪炎秋《我所认识的周作人》（1967年7月发表）一文写到「理学院仍设景山东街前北京大学理学院原址，文学院因为沙滩红楼被日本宪兵队所佔据，乃在马神庙北大图书馆边新盖三层大楼一座供用；这两个学院在沦陷期间，不但丝毫没有受到破坏，而且多少增加了一些设备，所以周作人胜