“档案系统的加密”有别于整颗硬碟的加密方式，系指在档案系统上面针对个别的档案或目录上面进行加密的动作。在档案系统上面的加密动作可以带来的好处包括以下：
一般具有加密功能的档案系统.不像是密码型的档案系统，或全硬碟的加密方式，一般档案系统具有档案系统层级的加密的，不会把档案系统里的 metadata 加以加密，诸如目录结构、档案名称及大小、时间戳记等等并不在加密的范围里面。这样的结果可能造成一些麻烦，像是 metadata 如果也有必要加以保密的时候。这代表者不管有没有授权，使用