他将自己所有的情感和绝望倾注到作品中，其中最能代表他的情感的角色便是真嗣。该系列的副导演鹤卷和哉透露他是往「真嗣的心境=庵野秀明的心境」这个方向去作的，在剧本会议总是说「真嗣说这样的话太像英雄了吧？庵野秀明并不是那么英雄」之类的。庵野秀明也称：「《新世纪福音战士》是在自己颓废了4年、逃避了4年之后，秉承着唯一的信念『不能逃避！』全心投入的作品。想要让自己的心情表现在作品中。」「真嗣长大的故事就是自己长大的故事。不是以前的庵野秀明而是制作当时的庵野秀明。」碇真嗣被认为是御宅族的代表，他的拒绝以及害怕与别人