他选择里昂是为了避开皇帝的直接军事威胁）。腓特烈二世面临着严峻的形势：教皇的制裁损害了他的声望，在那个人民笃信罗马公教的时代，君主被开除教籍是极其危险的，以前就有不少这方面的例子。更严重的是，德意志诸侯开始与意大利城市联合反对他，这些诸侯一直是困扰每一代皇帝的威胁力量。1246年，图林根公爵亨利在教皇与诸侯支持下当选为敌对国王。在种种困难之下，腓特烈二世在弗萨尔塔战役中被意大利同盟打败，他的儿子被俘。
去世和影响.腓特烈二世一直未能找到反对英诺森四世的可靠同盟。1250年12月，他