真核生物中的甲硫氨酸和原核生物中的"N"-甲酰甲硫氨酸（fMet）。此外，GUG（缬氨酸）或AUA（异亮氨酸）、UUG （亮氨酸）等也用作起始密码子。部分研究还发现了几十种密码子可以用于启动蛋白质合成。
原核生物原理.AUG编码原核生物中的N-甲酰甲硫氨酸（fMet），而携带fMet的tRNA是tRNA^Met.m。只有起始因子IF-2与延长因子EF-Tu能与tRNA^Met.m结合。