锦标赛冠军。同年10月，林丹在世界杯中苦战三局力克队友陈郁，蝉联冠军。在取得了一系列胜利后，林丹力压李宗伟重回世界排名第一。但是，在年底举办的多哈亚运会男单决赛中，林丹再次败于陶菲克，屈居亚军。2007年年初，林丹在马来西亚公开赛的首轮战胜了老对手陶菲克，但在16强中，0-2（14-21、17-21）输给了韩国新星朴成奂。但是林丹很快就赢来了赛季的首个冠军，在韩国公开赛中他2-0（21-13, 21-12）力克队友陈金夺冠。此后他又连续拿下德国公开赛和全英赛的冠军。同年6月，林丹成为中国国家队的主力征战