的中共十六届一中全会上，黄菊任当选中共中央政治局常委（排名第六）。2003年3月17日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第二号中华人民共和国主席令，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，黄菊被任命为国务院副总理，排名第一位。黄菊是中共第十三届中央委员会候补委员，十四届、十五届、十六届中央委员，十四届四中全会增选为中央政治局委员，十五届、十六届中央政治局委员，十六届中央政治局常委。
患病与逝世.2006年2月22日，香港《南华早报》报导黄菊于该年1月下旬后，