申请。虽遭此挫折，井上并没有放弃传道的理念。他决定以医疗勤务的名义计画前往台湾。为此，伊之助开始攻读医学学程，并在九个月后获得医师许可证。随后不久，他终于获得日本政府首肯，于1911年前往台湾进行医疗勤务。刚抵达台湾的井上伊之助，接获的派令是前往新竹竹东山区所在的原住民部落。从事理蕃事务的地方新竹厅政府指派他的首次正式任务则是：「嘱託山地事务，任命树杞林支厅，加拉排台湾原住民医疗所勤务」
医疗服务.1911年前往台湾新竹山地管制区的井上，服务范围包含了泰雅族族人聚集的加拉排