立的初始军区便直面阿拉伯人，同时又为当时的伊苏利亚王朝的皇帝们立下汗马功劳，安纳托利亚军区一直以来都是最为强大，最富盛名而最为倚重的军区。而强大的力量也让这个帝国的皇帝们如坐针毡且寝食难安。669年军区的部队叛乱并胁迫当时的皇帝君士坦丁四世扶立他的兄弟希拉克略和成为共治皇帝；695年该军区的将军列昂提奥斯篡位并赶下查士丁尼二世成为帝国的僭主；而再之后的717年伊苏利亚人利奥废黜狄奥多西三世成为皇帝。因此安纳托利亚军区成为了伊苏利亚皇帝的坚定支持者，而皇帝的圣像破坏政策也在这里被坚决贯彻执行，之后利奥的儿子君