以理研控股为名的企业集团（十五大财阀之一），二战期间曾为日本核研究的研究机构。战后日本盟军佔领时期，理研遭到驻日盟军总司令部（GHQ）解散。1958年（昭和33年），以特殊法人「理化学研究所」之名义重新出发，于2003年（平成15年）10月改组为文部科学省辖下的独立行政法人「独立行政法人理化学研究所」。
学术丑闻.2014年起发生该所研究员小保方晴子的STAP细胞丑闻，导致胚胎学研究者，理化学研究所再生中心副所长笹井芳树自杀。