官广州府知府，在广东任职。为政寛平不苛，爱民如子，百姓感之，迁任之日，乡民千余，拥绕不得行，衆复舆归署。迁湖广衡永兵备副使。唐王时，任户部右侍郎，总督湖南钱法。永明王立，兼督湖南军饷。王驻武冈，任礼部尚书兼东阁大学士，仍领钱法。后从王至肇庆。时朝政决于李元胤，袁彭年、刘湘客、丁时魁、金堡、蒙正发五人附之，揽权结党，人称“五虎”。起恒居其间，无所匡正。桂林破，从王奔南宁。永历帝时，擢拔为太仆卿，不久晋为户部侍郎，又升户部尚书，吏部尚书。永历四年（1650年）二月，孙可望在贵州自称秦王，严起恒与吴贞毓皆竭力反对