日本后，台湾府不再设置。
沿革.康熙廿三年四月十四日（1684年5月27日），康熙帝听从侍郎苏拜会同福建督、抚、提督的上疏，在台湾设一府三县，是清朝在台湾设置郡县的开始。
一府时期.根据首任台湾府知府蒋毓英《台湾府志》（1685年）的记载，台湾府的范围东到咬狗溪大脚山五十里，西至澎湖大洋，水程四更，除水程外广五十里。南至沙马矶头五百三十里，北至鸡笼城二千三百一十五里。而后来高拱干《台湾府志》（1694年）与周元文《重修台湾府志》（1712年）中所记载的疆域