立法会选举，因民望高企在民调下一度大幅领先，而有「吸票机」及「票后」称号。后却因另一张泛民主派名单李柱铭与杨森的组别宣称告急而流失大量选票，导致泛民主派配票失败，最终该名单只得73,844票，余若薇成功出线，但何秀兰则以815票之差败于民建联的蔡素玉。四十五条关注组成员及其他人士于 2006年3月19日组成香港公民党，余若薇出任首任党魁。2012年12月1日，公民党领导层换届，余若薇众望所归出任党主席。
2008年立法会选举.余若薇参与2008年立法会选举于港岛区出选，