林慧君参选台南市长，以「人生最后一场选举」做号召，民进党提名许添财，泛绿分裂的情况下得票12.95%落选。之后，在台联第三任主席黄昆辉的邀请下，钱橙山出任台联秘书长，接替参选高雄市长失利的台联立法委员罗志明；钱林慧君也随钱橙山北上。2008年立法委员选举，钱林慧君接受台联提名参选不分区立委，为台联不分区立委参选人第五名。2008年1月4日下午，钱林慧君到台南地检署递状控告当时公开唿吁选民「拒绝投票给台联」的民主进步党前主席游钖堃、台湾南社社长郑正煜、台湾北社社长张学逸、台湾北社副社长金恆