12月11日在推选委员会中击败杨铁樑、吴光正和李福善等中胜出，获时任国务院总理李鹏任命为香港首任行政长官。2002年2月28日，董建华在无对手的情况下自动当选第二任行政长官，任期原于2007年6月30日届满，惟董建华于2005年3月10日以健康为理由向国务院请辞，于3月12日获接纳。同日，他获政协全国委员会推荐并当选第10届全国政协副主席，连任三届至今。在其行政长官任内，香港爆发多场大规模示威，他的政策亦备受争议及非议，间接导致多位高级官员问责下台。他离任特首后成为全国政协副主席，晋身国家级副职领导人。