军占领后，紫金山一带又成为日军的演习场，大量植被被毁，陵园林木遭到大规模掠夺和盗采，后山林木几乎全部损失，全山林木仅剩战前的五分之一。抗日战争结束后，陵园由于经费拮据，只能少量补种，无力恢复陵园植被。中华人民共和国成立后，陵园重新造林。1950年，刘伯承从云南调给陵园2万棵树苗，1950年代陵园又通过中国驻印度大使袁仲贤从印度购得雪松树种并育苗成功，至1965年园林共培育雪松等树苗600多万株。自1953年至1962年，陵园种植马尾松、黑松、枫香、雪松、杉树等树木440万株，并在紫金山东北麓播种麻栎70