小器官，一个是脑下垂体，另一个是松果体。医学上又称松果体为「萎缩的第三只眼」；韩德尔的理论认为不管是脑下垂体或松果体都没有萎缩：它们至今都还没有演化，但也没有退化，只是处于潜伏状态。他认为，当远古的人们接触了内在世界时，这两个器官提供了途径。它们连接着交感神经，并借由连结中枢神经系统进入内在世界（唤醒脑下垂体与松果体）。当脑下垂体与松果体启动之后，人就能感知到高层世界的存在（如透视）。
圣经.Samael Aun Weor的诺斯底主义着作提出，《启示录》不仅象征性地描述第三只眼，也