西方援助苏联物资通道的安全，英苏入侵伊朗。分别占领伊朗南北部。随后苏联在伊朗北部扶持了亲苏政府。由于伊朗有数千万阿塞拜疆人，巴吉罗夫在那里以“阿塞拜疆的统一者”的身份树立自己的个人崇拜。1944年，在苏联国防委员会马哈奇卡拉会议上，因为苏联政府怀疑库梅克人叛国投敌，建议将他们流放西伯利亚。巴吉罗夫为库梅克人辩护，反对将他们流放。