有TPMT缺乏症的人（占总人口约300分之一）在使用这些药物的时候更容易出现严重甚至致命的骨髓抑制。 对这类病人来说，若有必要则仍可继续使用巯嘌呤治疗，但必须使用一个较低的剂量。
注意事项.抗痛风药别嘌醇能够抑制代谢巯嘌呤的黄嘌呤氧化酶的活性，因此同时使用两药的的患者容易导致巯嘌呤中毒。在这种情况下应该减少巯嘌呤的剂量或停用巯嘌呤。不过最近有研究显示，利用这种药物相互作用在巯嘌呤治疗时适量使用别嘌醇能够显着提高巯嘌呤对炎症性肠病无应答者（即对治疗无反应）的疗效，并且相对于增加糖皮质