负责全国政协的筹备工作，9月30日，林当选为政协全国委员会委员和中央人民政府委员会委员，次日被选为中华人民共和国中央人民政府秘书长。
中华人民共和国时期.1954年，当选为第一届全国人大常委会副委员长。1956年，在中国共产党第八次全国代表大会及八届一中全会上再次当选为中央委员和政治局委员。1960年5月29日，在北京病逝，享年74岁。