幕府第5代将军德川纲吉立其兄纲重之子纲丰（甲府藩主。之后的第6代将军家宣）为养嗣子。纲丰搬入江户城，并将本神社作为家宣的产土神，屋敷地（旧甲府藩邸、现址）开始建造社殿。社殿于宝永3年（1706年）完成，同年迁座。「」的名称在明治初期的神佛分离令禁止「权现」之称后衰退。不过当地居民单敬称为「权现样」。文学作品中亦常出现「根津权现」。随着东京大学的搬迁，门前形成的根津游郭迁往江东区的州崎游郭。
境内.
社殿.社殿是江户幕府第5代将军德川纲吉所建，本殿、币殿