1899年刘坤一返回北京，由于林朝栋和江苏巡抚鹿传霖不合，便辞官返回厦门经营樟脑事业。1902年林朝栋转往上海居住，最后于1904年6月13日去世，享年五十四岁，身后葬在漳州香亭坂。
影响.林朝栋清法战争时优异的战功，让他得到刘铭传的青睐，因而在刘氏主政台湾期间受到重用，除了负责抚垦业务外，也接掌当时台湾最重要的外销品之一—樟脑的管理工作，并统帅当时全台湾最具战力的部队「栋军」，一肩扛起台湾中部的治安与国防工作。而他内渡之后，旗下的栋军十营仍未解散，重新整装投入乙未战争的中部战场，