于早期实行「以夷治夷」，「分其枝，离其势，互合争长仇杀」政策，挑起东北少数民族之间的仇恨。根据史学家曹树基的数据，明朝末年辽东一带总共约有300万人口（不包括女真人），有约250万人入关南迁并且剩下30万辽东土着，有约20多万人于数十年间在袁崇焕和毛文龙等明朝将领率领的军队和后金的战争冲突中丧生。
陕西.崇祯六年（1633年），明朝将领张应昌在陕西镇压农民起义，但不敢与起义军正面作战，又怕镇压不力而受到朝廷的惩罚，于是大量杀害平民，取人头报功：「朝廷勤限平城，而行间杀良民报功，