以山地、丘陵为主，分别占全县面积的69%和15.2%，坝区占14.70%。最高点是东部老圭山主峰，海拔2,601米，最低点为西部巴江出境处，海拔1,500米，县城鹿阜海拔1,668米。石林县境的地势自东向西倾斜，呈三级阶梯分布，东、中、西依次为老圭山、九蟠山、路南坝地区。县内的山脉属云岭余脉，多为南北走向，主要有老圭山、九蟠山、打羊山、大佛山等。山脉主要分布于东部、中部、西北部及西部边界处，受河流切割形成相对高山深谷的地貌。全县按照地貌类型，又可分为东南部西北部山地、巴江盆地（即路南坝）和中部岩溶地区。