并在东京大学大学院工学研究科建筑学攻读硕士课程，于丹下健三研究室学习。就读东京大学时期，黑川纪章设立「株式会社黒川纪章建筑都市设计事务所」。1964年（昭和39年），黑川纪章于东京大学大学院工学系研究科建筑学専攻博士课程退学。黑川纪章与槙文彦、矶崎新、谷口吉生都是丹下健三门生。1959年（昭和34年），与浅田孝、大高正人、槙文彦、菊竹清训、粟津洁、荣久庵宪司、川添登等人提倡建筑理论代谢运动。2007年（平成19年）出马参选4月的东京都知事选举及7月29日参议院选举，但皆未当选。同年10月12日午