1519年）中举，正德十六年（1521年）中进士。历任兵部主事、户部主事、吏部文选司郎中。吏部铨选时因为推荐直言谏官，得罪上司，调任广东佥事，转任岭南分巡道兼督学政。他以廉洁着称。曾奉命采买端溪砚，而自己不留一砚。他弹劾权贵，权贵不敢以私事嘱托，改任浙江参议、山西参议。山西荒年，他力请赈济，出库金，救活饥民。中年即辞官归里。他平生综览博洽，晚年也手不释卷，勤于着述。早年曾写信给王守仁，又与王守仁门徒欧阳德辩论。后来受王廷相影响，反对程朱理学。吴廷翰诗文着述，哲学文学都入较高境界。他的文章以叙事清晰为长，