后，此地区成为分属皇室、公家、幕府及相关人员的领地。1868年江户幕府结束后，先后隶属新成立的京都裁判所和京都府；1889年实施町村制，现在的长冈京市辖区在当时分属、、，1949年这三村合併为长冈町，1972年长冈町改制为市，但因为当时在新潟县已有长冈市，因此改制时同时改使用长冈京市做为新的名称。
交通.辖内有西日本旅客铁道的东海道本线、东海道新干线及坂急电铁的京都本线三条铁路路线皆以南北方向通过辖内，其中东海道新干线未在辖内设有车站，另外两条铁路皆可向北连接京都，往南通往大坂