011年6月任海军政治部主任，2012年晋升海军中将军衔。2013年7月，出任海军副政委。他是中共十七大代表。根据《解放军报》报道，2014年10月22日，完成了亚丁湾护航、马来西亚航空MH370班机失联救援、友好访问任务的中国海军第十七批护航编队长春舰、常州舰回到浙江舟山某军港，中央军委委员、海军司令员吴胜利、海军副政委马发祥等来到码头迎接。
自杀.2014年11月13日，马发祥在北京海军大院东区100号楼15层跳楼自杀身亡。有媒体报道自杀原因可能是抑郁症。据传马发祥在跳楼身亡