累迁郎中。光绪二十三年十二月，升都察院山东道监察御史。光绪二十四年（1898年）正月，因俄罗斯要求中国割让旅顺及大连湾，上疏请联合英国、日本拒俄。杨深秀在上奏中说道：时人均知杨深秀国学根底深厚，却不知他也明了世界局势，均感惊服。同年春，参加保国会活动，结识康有为。夏，戊戌变法开始。与徐致靖先后上疏请更改文体，不採用八股文。被盈廷、礼部尚书许应骙多番阻挠。又上书建议设立译书局、派皇室游历各国、派遣留学生，均被採纳。面试京朝官，每日见20人，试用当中人才，罢免老庸愚不通时务的人，引起不满。同时，他积