事后幕府调查时，调查者在松仓胜家住宅的桶中发现农民的尸体，因为此事而被幕府没收领地并被斩首（通常幕府对大名的处断是较为名誉的切腹，松仓胜家是德川幕府历史中唯一被下令斩首的大名）；此外，当初对天草地区检地时给予过大石数判定而导致居民生活困苦的唐津藩主寺泽广高已死，但其子次任藩主寺泽坚高同样被问罪而被没收天草领地，之后精神异常而自杀。1647年，天草成为幕府的直辖领（天领）。被任命为天草代官的铃木重成一方面劝诫居民改信佛教，一方面致力于复兴当地。但铃木统治天草时，开始怀疑当年寺泽广高检定的石数（农田收入