疗以及慈善机构，例如圣约翰大学和沪江大学。许多全国性基督新教团体机构，都将总部设在上海。在华最大的差会中国内地会虽然在上海并无重要的传教事业，也将总部设在上海。20世纪上半叶，上海又出现不少华人创立的独立团体，影响较大的包括地方教会（基督徒聚会处）、伯特利教会以及灵粮堂。目前上海有可统计信徒21万多人（2011年），开放的基督教堂点164处，其中市区大多为建成多年的老教堂，被列为各级保护文物。上海圣三一堂为中国基督教两会驻地。
安徽.安徽省的基督新教由中国内地会于1869年首先传入