成为新竹县城。十三年（1887年）设立福建台湾省，并分三府，新竹仍属台北府，同时分新竹县南部成立苗栗县。
日治时期.1895年乙未战争中新竹成为抵抗日军接收北台湾的重要据点。战后总督府将福建台湾省的3府1州改为3县（台湾府改为台中县，台东直隶州降级归台南县管辖），原府下辖的县改为县辖的支厅；台北府新竹县因此改为台北县新竹支厅管理，辖区约为今之新竹县市与桃园市南侧、苗栗县北侧。1897年新竹支厅升格为新竹县，并扩大南侧的辖区至今之苗栗县南侧，下辖数个辨务署，其中新竹辨务署的辖区已与今