1967年台北市改制为直辖市。1979年高雄市改制为直辖市，南海诸岛亦交由高雄市代管。1949年，解放军渡过长江，江苏省政府迁往崇明、嵊泗；1950年随着国军撤离嵊泗之后江苏省从中华民国的版图上消失。浙江省政府于1949年迁至大陈群岛，于1955年因大陈岛撤退而废除。而福建省亦因施行战地政务而虚级化，至1992年方恢复省政府建制，但仍为虚级省。1950年云南省政府迁至泰国曼谷后，于1951年5至7月短暂收复四个县份，最后因撤离官兵而废除。海南特区政府则于1950年海南岛战役中全岛被解放军佔领而停止运作。