6月，秦得纯开始兼任山东省政府委员。北伐结束后，因军队彻裁问题冯玉祥发动多度联合地方实力派军人试图推翻蒋中正执政，最终引爆了中原大战，秦德纯在这期间一直担任高阶参谋，民国十八年10月接任讨蒋国民军副参谋长，民国十九年4月部队改编为第二方面军（指挥官鹿钟麟），秦德纯升任参谋长一职。由于国民军在中原大战损失惨重，冯玉祥下野，第二集团军也因此解体，秦得纯短暂离开军职至北平居留。在北平期间，唯一没被南京政府收编的国民军系部队仅剩宋哲元所辖部队，该部队最后向张学良输诚，改编为国民革命军第二十九军，宋哲元为了重整部