然而，仍有部分中学，包括所有国民型华文中学仍在中小学双语教学课程计划（“DLP”）下使用英语教导数理科。。除此之外，马来西亚也有大约60间的华文独立中学，主要由华人赞助维持创办的，如新山宽柔中学与居銮中华中学。独中的运作是由华校董事联合会总会和华校教师会总会（合称董教总）负责，也就是马来西亚华校董事联合会总会。在引进大学预科班制度之前，想要进入政府公立大学的学生，必须完成额外的18个月中学中六教育，并参加马来西亚高等教育文凭考试（“STPM”），相当于英国的高级或普通教育文凭高级程度。1999年，政