后遂在8月7日用电报下令彻查失职人员。军方人员失职的调查定谳很快就处理结束，但文官部分却迟未定案，使得总督桂太郎曾再次发电报催促，表示（明治）天皇亦关注此事，有必要时他亦会回台湾处理等等。8月28日，台湾总督府将惩戒松村雄之进的公文上报拓殖务大臣高岛鞆之助，表示松村雄之进担任云林支厅长有义务要避免军队不分好坏地残杀辖区内的良民，却宣称云林支厅境内无良民，使良民居住的村落遭到烧毁，其本人甚至参加讨伐，令民众反感，负有使反日势力增长之责任，故上奏免其官职并要求缴还勋章与位阶证明书。拓殖务省于8月29日发文给