在西班牙南部上空因过于鲁莽地降低飞行高度而撞上输电线缆，造成当地停电，不过他还是成功将受损的强击机开回无畏号航母。1962年1月，企业号航母展开处女航，麦凯恩的姓氏引起舰长注意，还成为船上其他官兵眼里的名人。1962年6月，他升任上尉，同年10月古巴导弹危机爆发时，企业号协助执行海上封锁任务，麦凯恩在此期间负责在舰上发布警报。1963年11月，他被转回陆地，在彭萨科拉的海军航空兵基本训练指挥部服役9个月。1964年9月，他成为密西西比州梅瑞迪恩海军航空站-7训练中队的飞行教官，这里还有以他爷爷命名的麦凯