月，八国联军进攻通州，王垿护驾西行至西安，升国子监祭酒。1901年冬慈禧太后返京后，王垿赏戴花翎。1903年，他授河南学政兼授翰林院学士，后升任内阁学士兼礼部侍郎，1907年署法部右侍郎兼实录馆副总裁，撰写《光绪实录》。他曾任袁世凯内阁弼德院顾问大臣。辛亥革命之后，1912年他想回家乡莱阳，但因天津兵变，及闻莱阳也有军队哗变，故转而定居青岛。1917年张勋复辟，他曾被任命为弼德院顾问大臣。1933年12月，他在青岛病逝，享年76岁。