于达到150架，以致7月不列颠空战初始期，德国空军轰炸机主力仍是亨克尔111，至1941年容克88才批量出现在轰炸机群中。又因为戈林只关心Ju 88轰炸型的产量多寡，故1940年初进行的Ju 88C重战机开发计画，并没有知会他。不过在1941年苏德战争开始后，各国作战飞机成为了消耗品，容克88的高生产效率优势显现，战争初、中期可及时弥补包括亨克尔111在战场的损耗，因此得到帝国航空部青睐，成为德国空军宝贵资产，在资源调配上获得更高的优先级，月产量飙升。
主要生产次型.Sec