次年（1663年），清军联合荷兰战舰攻打厦门，郑经转往台湾。后来一度在三藩之乱时重佔金门、厦门两岛，一度拥有福建七府。1680年，郑经兵败返台，不久去世。郑经死后，权臣冯钖范发动「东宁之变」，杀世子郑克，立次子郑克塽即位。1683年，清朝以明郑降将施琅为统帅攻打台湾，在澎湖海战击败由刘国轩统帅的郑军主力，郑克塽随即投降，此也象征着「明郑政权」的灭亡。
背景.1644年，明朝首都北京陷落，早在关外建立清朝的满人趁李自成起事等因素，入主北京。因为清朝未立即进取华南，加上兵力不足、