常国会选举他任筹饷督办。同年10月，他一度兼署理广东督军。1918年（民国9月）9月，广州军政府罢免其各职。1923年（民国12年），他任旧桂系的沈鸿英手下的第5军军长，沈鸿英叛离孙文后在开平交战败北。此后，李耀汉率军离开沈鸿英手下，在外流浪，后以故乡新兴县为中心进行武装割据。1943年（民国31年），李耀汉在新兴县逝世。享年66岁。