支持军阀不同以及训练来源差异衍生出多个派系（闽系、青岛系、东北系、电雷系），其中马尾海军学校的闽系因成立历史悠久，加上支持中国国民党因此在抗日战争前始终为最大海军派系，各系间彼此间因争夺中国海军的主导权始终明争暗斗；直到抗日战争日本将中国海军近乎全灭，国民政府得以整顿既有势力。1946年，以「四海一家」为口号的海军军官学校于上海成立。中华民国政府迁台后，海军军官学校迁至高雄市左营区。国防部海军司令部，负责办理海军军事事务的规划、督导及执行。下辖政治作战室、督察室、人事军务处、军事情报处、战备训练处、后勤