国同蒋介石的内战阴谋，争取团结爱国民主人士，受到了周恩来、叶剑英的表扬。1948年，任晋察冀军区军政大学办公室主任。中华人民共和国成立后，薛子正历任北京市人民政府秘书长、副市长，任内学习城市管理经验，投身北京市城市改造和建设工作。后来历任中华人民共和国国家经济委员会副主任、中共中央统战部副部长兼秘书长等职。他是中国共产党第八届中央监察委员会候补委员。文革期间，他对老干部受到政治诬陷和迫害极为愤懑，进行了坚决抵制和斗争。文革结束后，他出任政协全国委员会常务委员、第一副秘书长，政协全国委员会机关党组副书记。