待至2018年至2019年才落成，未能够符合于2014年至2015年启用的承诺，故此当局最终落实以第32区、原订兴建保良局西区妇女福利会冯李佩瑶小学的空地作为医院的选址地点。有区议员批评，受到面积所限，新的选址只能够兴建规模比较小的医院；亦指该地段邻近天瑞邨，担心影响居民健康。2009年，食物及卫生局局长周一岳表示，原来订定于2019年落成的天水围医院预计可以提早4年完成工程，于2015年落成，并且投入服务。然而，由于医院的选址可能含有大理石溶洞，故此需要比较一般施展工程时期为长，用以进行地基工程，因此