汉口败退时，冯国璋下令火烧汉口街市，大火延烧四天四夜，使得汉口旧市区受到严重破坏。1912年，中华民国成立，清帝退位，袁世凯任中华民国临时大总统，冯国璋任总统府军事处处长。同年9月，冯国璋改任直隶都督兼民政长。1913年，冯国璋奉袁世凯之命率军镇压“二次革命”，攻克南京。同年12月，出任江苏都督，坐镇东南。1914年6月，获授将军府宣武上将军。
反对袁世凯称帝.1915年12月，袁世凯称帝，任命他为参谋总长，后来又让他代替段祺瑞兼理征滇总司令，他因不满袁世凯称帝而均托病未上任。1