济各·沙勿略于1545年、1546年和1549年在葡萄牙统治期间，曾到访马六甲几个月。1601年，荷兰王国在马六甲海峡大败葡萄牙舰队，葡萄牙失去东方霸主的地位。1635年，荷兰截断马六甲海峡的贸易后，马六甲可谓成为一座死港。到了1639年，荷兰王国与柔佛结盟，1640年协同柔佛发动水陆大军围攻马六甲，终在1641年的马六甲围城战役中击败葡萄牙并占领马六甲，建立荷属马六甲殖民地。荷兰从1641年至1795年统治马六甲，但对将其发展成地区贸易中心不感兴趣，使得作为治理中心的重要性渐渐被印尼的巴达维亚（雅加达