武宗继位后，迁光禄卿，历任户部左、右侍郎。刘瑾事败后，大臣多因党附而被弹劾，唯独乔宇不被所染。此后拜为南京礼部尚书。后改为南京兵部尚书，参赞机务，期间屡次上疏反对武宗巡游。朱宸濠谋反时候，扬言旦夕之内攻下南京，乔宇在任严谨备战，却依旧谈笑自如，其派遣指挥杨锐镇守安庆，并发现镇守中官刘瑯与朱宸濠私通，于是逮捕刘瑯，并斩杀潜伏的三百余人，悬首级与江上。朱宸濠失去内应，且知道南京有备，不敢向东进攻。在攻打安庆中却屡屡无法攻下，不久兵败。明武宗南巡至南京时，江彬欲矫诏除掉乔宇，被守备太监王伟所发现并从中调护，使乔宇