因蔡英文挨告而「当庭道歉」，但邱毅否认要求记者提出证据。民进党文宣部主任黄重谚随后公开2012年12月21日在台北士林地院的开庭纪录，证实邱毅曾念逐字声明向蔡英文道歉。民进党发言人阮昭雄公开邱毅道歉录音档。其后邱毅于立法院记者会上否认有道歉之事实，并对蔡英文、周玉蔻、陈其迈、黄重谚等人提出破解电信纪录罪、加重诽谤告诉，并要求法院对录音光碟做声纹检定。
指花为蕉.2014年3月太阳花学运发生后，邱毅在中国大陆的官方中国中央电视台《海崃两岸》节目中拿出数张学运时立法院内的照片，指民进党