会直接从油粒体移至乙醛酸循环体加以分解。不同植物分解油粒体的机制有所差异。玉米、油菜和蓖麻等的种子脂酶存在油粒体中，不过前两者在干燥的情况下不存在脂酶，蓖麻干燥下的脂酶也可能和脂质大量分解无关，发芽时仍是以新合成的脂酶分解脂质。棉花种子的脂酶则是在细胞质合成后再送入油粒体中。
混淆.许多植物也以油脂体（oleosome）贮存脂质，油脂体是由粗糙内质网衍生的构造，并非质粒体。与油粒体相比，油脂体可能多用于较长时间的贮存。