主人权之保障与程序正义，其刑罚权发动亦为中华民国之司法权，以及修正军事审判法将军事审判机关从军事机关下改为地区制。在正要卸任的总统李登辉主导下，由国防部长唐飞成编于1999年10月。2012年2月10日，国防部高等军事法院由台北市文山区兴隆路搬迁至桃园县八德市兴丰路868号北部军事院检大楼。2013年8月6日，立法院三读通过修正《军事审判法》第1条、第34条和第237条。现役军人于非战时之期间，若触犯《陆海空军刑法》之凌虐部属罪、以强暴、胁迫、恐吓或其他不正当方法阻挠部属请愿等，以及违犯杀人、妨害性