。生育本能说被认为是恐同症最本质的来源。对于父母，孩子如果是同性恋，这将会打破生物繁衍的链条，成为对本家族继续繁衍的潜在威胁。除了宗教，有种观念认为，人在死后其生命会和谐的在其孩子以及孩子的孩子身体里和谐延续，而同性恋是在破坏着这样一种和谐。一些性学解释道，男同性恋者间的关系通常比女同性恋者间的关系更让人产生强烈的反感。因为恐同症患者认为他们造成心里不舒服。同性恋关系一般被认为是自然的挑战。而对“性别角色越界”的惧怕，是恐同症另一个最主要的来源。研究报告指出大多数恐同症患者对于性别角色有着非常刻板的