病毒学家离开了研究所，加入了澳大利亚国立大学的约翰·柯廷医学研究院。1957年以后所里的全体职员和学生投入了免疫问题的研究， 伯内特则从事自体免疫病和移植物抗宿主反应的研究，对免疫学、免疫检测和癌症的理论研究日益深入。在那时，免疫学随着分子生物学和生物化学的发展变得越来越精密了。伯内特对免疫学前进的方向以及对高技术和复杂实验的日益依赖抱怀疑态度，同事们认为他这种保守的态度是让他决定让全所集中精力研究免疫学的一个重要因素。1940年代伯内特就已经将注意力转向免疫学。1941年他写了一本专着《抗体的产生