连文艺奖」，丰富了本土文学和艺术的内涵；吴三连去世后的1989年，奖项扩增到人文社会科学奖、数理生物科学奖、医学奖、实业奖、社会服务奖等，故更名为「财团法人吴三连奖基金会」。吴三连晚年曾出任国策顾问，1988年12月29日10时15分因心脏衰竭逝于台大医院。身后归葬故里学甲镇头港里淳吉堂墓园。