抗日战争期间，新疆相对独立，是抗战的大后方。盛世才还派军支持了绥远抗战等战役。民国三十三年（1944年）1月，伊宁事变爆发。在苏联政府的支持下，新疆省开始了反对国民政府统治的「三区革命」（「三区」是指当时新疆的伊犁、塔城和阿山三个地区），再度打出「东突厥斯坦」的旗号，并残酷屠杀当地的汉族回族人民。9月，蒋中正将盛世才调到重庆任国民政府林业部长，派吴忠信任新疆省长，并命令回族军阀马步芳派一个军的骑兵驻扎在新疆各地，对东突厥斯坦独立运动的活动进行镇压。民国三十五年（1946年）6月，「三区革命」领导人阿合买提