直至中环填海计划施工，钟楼在2006年11月12日凌晨12时「最后的钟声」12响之后随即关灯，结束48年的服务。钟楼的拆除遭到社会舆论，有意见认为钟楼应该保留。同年12月12日，有十多名示威者走入天星码头地盘企图阻止工人拆除，外面亦有数十名示威者。香港立法会亦为此休会辩论，但工程没有停止。12月15日，有关工程即日向环保署申请噪音许可书获即日批准，并即通宵拆卸钟楼，终于12月16日8时45分遭清拆，由趸船把钟楼上半部份移走。钟楼遗骸亦在一遍保留声中被政府当作建筑废料被打碎并弃置于屯门堆填区。土木工