高速公路广珠段尚未完全建成，因此在大桥西侧设置了临时主线收费站，对过往车辆收取通行费。2005年12月19日，虎门大桥主线收费站撤销，虎门大桥的收费方式由开放式转变为封闭式，使珠江口东岸的广深高速公路、虎岗高速公路、莞深高速公路与西岸的中江高速公路、江鹤高速公路、广澳高速公路、西部沿海高速公路七条高速公路实现联网收费。虎门大桥按汽车类别收取不同的通行费，分为一类、二类、三类、四类和五类共5个收费档次。太平至威远（未跨江）桥段的收费标准分别为人民币10元、15元、20元、30元和35元；太平至南沙（跨江）