马尼拉等东亚和东南亚主要都市，堪称日本南方玄关。那霸市位于沖绳本岛南部的西海岸，市区西侧临东海，其他三侧则为沖绳县其他市町村。那霸市中心地区平坦，但近郊地区则丘陵环绕。那霸郊区的丘陵地区多已开发为建成区，因此都市景观富高低变化，颇为立体。位于那霸东郊的琉球国都城首里地区也位于高约100米的高台上，部分地区可一览那霸市全景。那霸市内有数个断层，旧市区及自首里至天久、安谢一帯和识名一带有琉球石灰岩露出。那霸沿海的河口地区水深较浅，容易进行填海。那霸机场和那霸新港地区的土地都是通过填海获得。沿海地区有众多珊瑚礁。