61赛季拜仁业余队重复了这一结果，冠军则换成慕尼黑1860业余队。1963年，德国联赛系统发生重大改变，该赛季拜仁业余队成绩下滑，错过了晋升新成立的第3级别巴伐利亚业余联赛的机会。他们当时以第七名完成赛事，却发现自己下赛季只能身处新的第4级联赛——巴伐利亚州级联赛。拜仁业余队用了4年时间重返巴伐利亚州顶级联赛，期间每年的成绩逐步上升，并在1966/67赛季获得南区头名，得以晋级回到巴伐利亚联赛。 拜仁业余队在新联赛的开局良好，首个赛季便获得第4，但随后下跌，并于1971年再次降级。 这次拜仁业余队只用了两