以上两个系统理论上均属五台山扎萨克大喇嘛管理，但后来由于章嘉国师地位日隆，以镇海寺为中心的甘肃、青海藏区系统渐获自主，但章嘉国师仍对五台山扎萨克大喇嘛十分尊重并服从领导。具体而言，到清朝后期，西藏达赖喇嘛选派的扎萨克大喇嘛管理的黄衣僧寺院共21所：菩萨顶、罗喉寺、广仁寺、台麓寺、普寿寺、寿宁寺、七佛寺、三泉寺、三塔寺、玉花池、铁瓦寺、涌泉寺、鱼耐庵、南阁庙、普庵寺、宝华寺、圆照寺、集福寺、慈福寺。章嘉活佛管理的黄衣僧寺院共6所：镇海寺和“佛爷五处”（普勒院、集福寺、广化寺、文殊院、慈福寺）。汉族的青衣