到绥德、榆林等地帮助成立农民协会、天足会（奉劝妇女放脚）、姐妹会等。此外，他动员一批党团员前往杨虎城在耀县创办的三民军官学校学习。第三次西安战斗结束后，1926年11月，李子洲奉调到西安，筹建国民军联军驻陕总司令部和国民党陕西省党部。期间与黄平万、魏野畴、吴化之等组成党团地委联席会议，成为中共陕西临时领导机关。1927年1月，国民军联军驻陕总司令部、国民党陕西省党部成立（于右任担任总司令），李子洲担任国民党陕西省党部执行委员兼青年部部长。与此同时，中共陕甘区委成立，李子洲出任组织部长（耿炳光担任书记）。