关节炎的成因仍未清楚，但一直都怀疑是因感染所致，亦可能是由食物敏感或外来生物所造成。支原体、诡谲丹毒丝菌、人类疱疹病毒第四型、B19细小病毒及风疹都是被怀疑而没有佐证的流行病学研究。就如其他自体免疫疾病一样，混淆身份理论指出一种入侵的生物引发免疫反应留下抗体，但这些抗体的独特性却不足够，且开始攻击与入侵生物相似的滑膜，这种现象称为「分子相似」。患有自体免疫疾病的患者本身必须在分辨自身及外来分子的能力上有缺憾。在很多细胞内均有着自身辨认的标记。但是某一些标记却容许类风湿性关节炎发生。约90%的病人都有着H