而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活 ，而废止「三县四厅」，设「二十厅」之行政单位，将原先的台中县分为苗栗、台中、彰化、南投、斗六五厅，南投县就此设立，厅治设于南投街。1909年10月，台湾总督府将原有之二十厅合为十二厅，原斗六厅之林圯埔支厅（草岭庄除外）併入南投厅，下辖埔里社、草鞋墩、集集、林圯埔等四个支厅。1914年4月新设雾社支厅，支厅位置在雾社，处理雾社地区蕃地事务。1920年10月，时任台湾总督田健治郎为提高地方官的权限，废西部十厅，实施「五州二厅」制度，南投厅与台中厅合併