车运行的大部分线路都是铁路设施所有的客运铁道公司的路线，一部分的从JR路线路转为「第三部门铁道」路线的「第二种铁道事业者」所有，因此需要向那些公司支付「线路使用费」运行货车。但是，支付给客运铁道公司的线路使用费根据「防止重复成本」原则规定。另外，随着整备新干线的开通，「并行在来线」区间转换为第三部门铁道，因此无法避免使用费的上升，经常引起问题。货运列车的运行基本上使用本公司的乘务员和机车，但是根据路线的不同，有时也用客运公司的乘务员和机车。另外，反过来JR货物的乘务员和机车运行旅客列车（用JR货物的机关