福康安前往督战，消灭回民数千人，于是攻破石峰堡，擒拿回民首领。随后进封一等嘉勇侯。干隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。
平定林爽文与调任两广.干隆五十二年（1787年），台湾发生林爽文事件，天地会领袖林爽文率军起事，杀台湾知府孙景燧、理番同知长庚、北路协副将赫生额等人。凤山天地会领袖庄大田亦集众起兵响应，台湾大部分落入其控制。清政府命福康安为将军，而以海兰察为参赞大臣，率军讨伐。当时诸罗被长期围困，福建水师提督柴大纪坚守，干隆帝褒奖柴大