总督府正式统治东部，才正式设立台南县台东支厅。1897年6月台东支厅自台南县分出升格为台东厅，并依当初台东直隶州预计划设的三个行政区，于厅下设卑南（今台东县不含池上关山）、水尾（今花莲县寿丰乡以南，以及台东县池上关山）、奇莱（今花莲县寿丰乡以北）等三个辨务署。1898年6月，废辨务署；8月设派出性质的花莲港出张所，辖今花莲县瑞穗乡以北。1900年5月，再划设成广澳（今成功镇、东河乡、长滨乡）、璞石阁（今花莲县玉里镇、富里乡）、卑南（上述地区以外）三出张所。1901年6月卑南出张所辖区切出巴塱卫（今太麻里乡、