中央东北局书记处委派，作为中共中央东北局代表参加了中央文革小组。陈伯达曾建议郑季翘留在北京中央文革小组任专职工作，但被郑季翘婉拒。因郑季翘对中央文革小组的政策不理解，仅参加了两次中央文革小组会议就被中央文革小组除名，后来还被扣上反对中央文革小组的帽子关入牛棚。1968年3月，为落实毛泽东所提出的解放干部政策，经周恩来提名，郑季翘才参加了吉林省“三结合”的领导班子，任吉林省革命委员会副主任（任至1975年2月）。1970年3月，中共吉林省革命委员会核心小组成立，组长王淮湘，郑季翘任小组成员。1971年3月，中