小米5s的CPU调度调校较差，容易发热且耗电快。由于MIUI官方对于小米5s系统更新不重视的情况，一些用户表示极为不满。作为前代手机的小米手机5，适配了基于Android Oreo的MIUI10系统，作为第二批更新的机器，却依然使用了基于Android Nougat的MIUI10系统。甚至有些用户怀疑机器是由ODM代为生产。MIUI官方表示小米5s的超声波指纹模块和小米5s Plus的双摄模块的驱动需要和高通共同解决，因此需要时间讨论解决，同时表示小米5s为小米自行研发的手机，不是ODM代工产品。