普化宫的第一任住持是林永诚，生平不详，与东岳庙的道士是否有师承关系也不详。明朝和清朝，九天普化宫香火鼎盛，民间甚至盛传九天普化宫创建于唐朝，比东岳庙历史还久。中华民国时期，九天普化宫日渐衰败，住持白景春将九天普化宫的大部分房屋出租给小贩、劳工，自己住在东直门内药王庙。1940年代，九天普化宫已经因年久失修而十分破败，道士白贤珍一个人监管九天普化宫、东直门内药王庙、火神庙三座庙，大量无家可归的贫民在九天普化宫居住，九天普化宫已无力举办法事。中华人民共和国成立后，九天普化宫先后被多个单位、民居占用，破坏非常