武五年（1372年）十一月置甘肃卫。二十五年（1392年）罢。洪武七年（1374年），在河州（今甘肃临夏）设西安行都卫指挥使司。二十六年（1393年），陕西行都指挥使司自庄浪徙置于甘州。领十二卫，四守御千户所。距布政司（西安府）二千六百四十五里，属于右军都督府。下设甘州左卫、甘州右卫、甘州中卫、甘州前卫、甘州后卫、陕西甘肃卫、永昌卫、凉州卫、庄浪卫、西宁卫、山丹卫、肃州卫、镇番卫、镇夷千户所、古浪千户所、高台千户所。