让平城上皇复位，时年不到四十歳的平城上皇或许也有点后悔自己退位过早，更有部分藤原式家的官员搬往平城京投向平城上皇，自此，平城京与平安京便各自为政、互相对立，平安京嵯峨天皇所发出的命令，平城京的平城上皇可以撤销，造成朝廷一片混乱。大同五年，平城上皇宣布迁都平城京，意谓平城京才是正统朝廷，逼使嵯峨天皇不得不诉诸武力，并逮捕了前来宣布上皇迁都之意的使者藤原仲成，将仲成处以极刑，并且下诏声称药子之罪状，剥夺她的官位。平城上皇与藤原药子带兵逃往东国（关东地方），却被得到消息的嵯峨天皇派坂上田村麻吕守候，知道大势已