终于1603年11月抵达叶尔羌。在叶尔羌停留一年左右之后，鄂本笃一行于另外一支商队同行，从天山南路东进，经阿克苏到达“Cialis”（即喀喇沙尔，Karashahr，今焉耆），在此地见到了曾在北京见过利玛窦的回教徒。后又经吐鲁番、哈密，于1605年末到达肃州。1607年4月11日，因劳累，鄂本笃病逝于肃州。根据与其同行的亚美尼亚人伊萨克的口述，利玛窦在其着作里对其生平有所介绍。另外鄂本笃本人亦有部分书信留存于世。