毕业于安徽农学院林学系，1989年获日本大坂市立大学生物学博士学位。现任中国生态学学会副理事长及国内外多个学术刊物的副主编或编委。2005年当选为中国科学院院士。2018年1月，当选第十三届全国政协委员。2019年4月23日，中共云南省委聘请方精云出任云南大学校长一职。