大埤天圣宫等皆以清水祖师为主神。另外，深坑集顺庙、东门正德宫、汐止济德宫、松山慈祐宫、桃园市八德三元宫、大庄浩天宫、高雄代天宫、五甲龙成宫、旗津天后宫、五块厝慈圣宫等各地着名庙宇，皆以清水祖师为配祀神。据《台湾省通志》记载，台湾可考的最早清水祖师庙是明郑永历十九年（西元1665年），随延平王郑成功来台的泉州府安溪县军民，自安溪清水巖迎来清水祖师神像、自安溪泰山巖迎来显应祖师神像；漳州府平和县移民自三平寺迎来三平祖师神像。合于四鲲鯓立庙祭拜，为四鲲鯓龙山寺。安溪清水巖网站则指出造于南明永历年间的台南龙