于新疆全省筹画军饷以练兵，但因将军权力有限，建议裁去新疆巡抚、伊犁将军，增设总督兼管巡抚事宜；又提议于北方设置军屯、划分省份、修筑西安至兰州、归化至包头、包头至古城各铁路等，皆未能成行。宣统元年（1909年），长庚外任陕甘总督。三年（1911年），武昌起义爆发，西安等地继而响应。长庚与伊犁将军志锐、陕西巡抚升允等谋划迎宣统帝溥仪西迁，并占据潼关以西为根据地谋求恢复。升允率领甘军反扑，连下十余城，然而清帝却于此时逊位。旨意传至兰州后，长庚只得将总督印交付布政使赵惟熙后回到北京。袁世凯曾希望其担任北洋政府的