额尔德尼召的影响力则相对下降。1803年，额尔德尼召第七代锡哷图丹巴多尔济（Дагва-даржаа）圆寂。1939年，蒙古人民革命党领导人乔巴山下令将额尔德尼召摧毁，此为大镇压的一部分。在大镇压中，蒙古人民共和国数以百计的佛教寺院被摧毁，上万名喇嘛被处决。额尔德尼召仅有三座较小的殿堂以及带有白色佛塔的外墙被保留下来。1947年，额尔德尼召被改为博物馆。据说，在斯大林的压力下，这部分建筑幸免于难。有研究者称，斯大林的压力与美国副总统亨利·阿加德·华莱士的代表于1944年对蒙古人民共和国的访问有关。