练的外科医生执刀只须10分钟，但山中花了1小时才完成手术。一些前辈取山中（Yamanaka）的谐音称他为“邪魔中（Jamanaka）”，意即碍手碍脚。1993年至1996年间，山中在工作。1996年至1999年间，他回国担任特别研究员（PD）并到大坂市立大学药理学教室担任助手。他发现自己大部份时间都在实验室照顾小白鼠，无法进行实际研究工作。长期的挫折使山中出现重性忧郁障碍的病征，也萌生放弃基础研究的想法。山中的妻子建议他成为一名执业医生，但他转而向奈良先端科学技术大学院大学（奈良先端大；NAIST）