它们是独立的科。利用支序分类学及种系发生学的分析，显示巨蛇科是蛇亚目内的分支，或是蛇亚目以外的并系基干类群。巨蛇科长少于1米至超过9米，相信与现今蟒科及蚺科相似，但其颚部结构并不怎么适合吞下大型猎物。巨蛇科的化石多是一些嵴骨碎片，只有几组是相连的骨骼。
分类.除了"Najash rionegrina"外，以下是巨蛇科下的分类。"Najash rionegrina"被包含内此是基于其嵴骨特征，但学者认为巨蛇科只是原始巨口类的一个併系群，与白垩纪的真蛇下目无关。"Najash