门槛的地位，在各地选区高额提名，致使新党在该次选举中遭受创党以来最大的挫败，不仅没有通过5%门槛，在台湾本岛、澎湖没有获得任何席次，仅仅在偏远的金门县产生唯一的一席立委及县长，几乎完全退出国会，退居与台湾吾党同样的第五大党，席次更远逊于时为第四大党的台湾团结联盟。此后各地从政人员逐渐转投其他政党，新党在大部分县市逐渐失去影响力。2000年中华民国总统选举以后，新党的定位也从与国民两党相抗的第三势力转为泛国民党的一份子，在政治诉求上强调泛蓝合作。2001年选举，新党几乎全面败选，党内要求解散的声浪曾一度高