3年前被奥米加兽打垮的家伙又回来了，2003年3月25日，它将大量水母兽通过手机短信发送到现实世界，同时将当年打倒他的太一、大和小时候的照片传播到互联网上。新的被选招的孩子们开始投入进无休止的回收水母兽的行动中，然而行动并未成功，大量的水母兽聚集到了东京湾，并且形成了一只巨大的数码蛋，从那个蛋里孵出来一只超究极体数码兽。因为大辅和小贤不在旁边，V仔兽和虫虫兽无法进化，此时的他们正要从涩谷赶往东京湾。为了不让那只超究极体数码兽破坏城市，太一与大和让亚古兽和加布兽进化成奥米加兽，但是奥米加兽却不是这只神秘数码