思州宣慰使田琛因争地叛乱，互相厮杀。乱事平定后，于当地设置贵州布政使司，揭开改土归流的序幕。明万历二十九年（1601年），播州之役后，以播州宣慰司设遵义、平越二府。遵义府入隶四川，平越府入隶贵州。明代改土归流政策推行并不彻底，真正大规模的推行，是在清朝。雍正三年，发生的长寨事件，云贵总督高其倬于长寨地方仲家族村寨（今贵州贵阳府广顺州）建立营房，遭到攻击。雍正四年，云贵总督鄂尔泰上书，阐述改土归流的必要，开始了改土归流的改革进程。将世袭的土司改为由朝廷科举任免的流官。同年五月，首先平定贵州长寨土司，设立长寨厅