内染色体上同源DNA间进行重组，从而将外源DNA定点整合入标靶细胞基因组上某一确定的位点。对于不同的生物体，所使用的基因打靶的方法也不用。对于小鼠来说，大致的流程如下：修改后的方法还可用于其他哺乳动物，如牛、羊、猪等。基因标的技术还被用于一些植物，特别是小立碗藓的研究。