1946年返回广州，创办南中美术院，并出任广州市立艺术学校校长。然而不久内战爆发，只得停办，避居澳门。1951年6月22日，高剑父于澳门镜湖医院病逝，葬于澳门旧西洋坟场。1961年，迁葬香港粉岭和合石。2007年3月26日，根据高剑父的遗愿，在广州市人民政府、岭南美术馆和广州美术学院的协助下，高剑父的骨灰迁葬广东省广州市银河公墓统战园。
画风.高剑父是岭南画派的创始人之一。他早年师从居廉，学得居氏的“撞水撞粉”的没骨花卉画法。1906年赴日之后，开始学习日本画。期间，深受日本画