国后，彭珮云一直在北京市高校内的中共党务机关工作；历任中共清华大学党总支部书记，中共北京市委组织部学校支部工作科干事，中共北京市委高等学校委员会常委、办公室主任，中共北京市委大学科学工作部大学组组长、市委高等学校工作委员会委员等职。1964年，出任中共北京大学党委副书记。在“文化大革命”中，彭珮云受到迫害，后下放劳动。1975年恢复工作，彭珮云回到北京大学，在政治部宣传组工作；1977年，转任北京化工学院党委常委、革委会副主任；1978年，出任国家科委一局负责人；后又到教育部任职。历任教育部政策研究室主