5年行政院禁烟委员会改隶军事委员会，由委员长兼任禁烟总监。虽说此阶段军事委员会是为了抵抗日军而设置，不过就事实上，至1937年第二次国共合作之前，该委员会最大任务乃是应对第一阶段之国共内战。为此，军事委员会设立了诸多国民政府军事委员会委员长行营、剿匪总司令部、绥靖公署。 
抗日战争（1937年－1945年）.1937年7月7日，卢沟桥事变启动了全面的中国抗日战争。1937年8月11日，国民党中政会第51次会议决议，设立国防最高会议。国防最高会议爲全国国防最高决定机关，以军事委员会