部分教派参加了三自爱国运动。地方教会在加入后又宣布退出三自组织，1956年，其领袖何广涛、张光照作为“反革命分子”被捕。1958年，真耶稣教会一批领袖作为“反革命集团”遭到逮捕。1959年，武汉基督教76处教堂仅保留4座：汉口黄石路荣光堂、救世堂、武昌生命堂、汉阳福音堂，进堂礼拜人数急剧减少。1966年文化大革命开始，上述4座教堂也被关闭。1980年代，基督教徒人数有所增加，汉口黄石路荣光堂和救世堂恢复开放，生命堂无法恢复，遂将武昌民主路277号原基督教青年会会所改为武昌堂，并用作中南神学院。