。约翰·腓特烈成功地抵御了由忠于皇帝的萨克森公爵莫里茨（亦为维丁家族成员）率领的军队对其领地的进攻。但由于施马尔卡尔登联盟在1547年米尔堡战役中被查理五世彻底打败，他终于落到皇帝手里。约翰·腓特烈选侯被查理五世判处死刑。鉴于其妻子西比尔仍然控制着符腾堡，查理五世没有立刻执行死刑，而是开始进行谈判。在同意将领地和选侯头衔都被转交给皇帝宠信的萨克森公爵莫里茨后，约翰·腓特烈被改判为终身监禁。1552年，莫里茨出乎意料的背叛了皇帝，并向皇帝发起进攻。约翰·腓特烈于是被查理五世释放，并得到了魏玛作为领地。