着和谐号动车组逐步实现重联运行，神州号全面退出京津城际特快。2007年8月，五列神州号平均配属给柳州铁路局（后改称南宁铁路局）和武汉铁路局，各局各获分配5台机车和20节车厢，经车辆段检修后投入运营。2007年8月18日起，柳州铁路局开行由神州号担当的南宁－柳州的N725/6次，南宁－桂林N721/2次城际列车，机车和拖车分别配属于南宁机务段（宁局邕段）和南宁车辆段（宁局南段）。2007年8月20日起，武汉铁路局将武昌-南昌的T275/6次列车更换为神州号。目前武局的神州号运行的车次包括：T6784（黄石