上述例子中，两个同分异构体所有的化学键均为共价键，没有任何一个类型的键在其中一个分子中出现而不在另外一个分子中出现。同样，键的数量也是一样的。根据两个分子的结构我们可以推测它们的化学稳定性很可能是相同或相似的。然而，另外一个CHOH的同分异构体－甲基乙基醚（III），却有着截然不同的性质。和上面两个例子不同的是，氧原子并不是连接着一个碳原子和一个氢原子，而是和两个碳原子相连。因为它没有羟基，上面这个化合物并不是一个醇而是一个醚，因此它的化学性质和其他的醚更加相近。另外一个有着不同化学性质的同分异构体