皇家学会可以配备助手，但是被拒绝。繁忙的工作，时常的拖欠薪水，以及和牛顿、惠更斯的争论，使得胡克晚年近乎愤世嫉俗。胡克终身未婚，他的侄女作为女主人，和他一起接待宾客，1687年她的去世使胡克受到很大打击。1700年起胡克双目失明，两腿肿胀，出现类似糖尿病的症状。1703年3月3日在伦敦去世，终年68岁，死后在他房间中发现高达1万英镑的积蓄，相当于当时一个成功的银行家的财产。胡克去世后，葬于圣海伦主教门教堂（St.Helen's, Bishopsgate），19世纪迁葬于伦敦北部，具体墓地已无法知晓。