府将约6万册善本书从北京搬到上海分馆储藏避祸。1937年，日军占领上海，这些善本书被分散藏匿到法租界与英租界中。同年，在日军即将进攻南京前夕，钱存训与家人逃亡到上海，在租界生活，于上海分馆工作。因战争情势危急，为了保存这批善本书，钱存训联络上美国国会图书馆，国会图书馆同意接收上海分馆善本书，但因为海关被日本人所控制，无法运出。1941年，钱存训通过任职在海关的友人，伪造通关文件，成功将这批书籍分批运送到美国。12月5日，最后一批图书离开中国，送往美国，运出的善本书约3万册。在运送成功后不久，发生珍珠港事