权重要的攻击对象。甘丹颇章政权曾在1644年、1648年和1649年三次入侵不丹，但都被击退。另一方面，五世达赖喇嘛试图扩大格鲁派的影响。1650年，觉囊派高僧罗桑丹贝坚赞从蒙古来到西藏学习佛法。在五世达赖的要求下，他改宗格鲁派，并被认定为第一世哲布尊丹巴唿图克图。
与满清朝廷的关系.五世达赖喇嘛统治之时，中国正发生着翻天覆地的变化。满洲人崛起，并不断攻击明朝的东北边疆。皇太极在1636年建立大清，并征服了朝鲜国。不久，达赖喇嘛派遣使者伊拉古克三唿图克图前去满清的首都盛京，表示