雷鸟（雷鸟）已被列为日本特别天然纪念物，环境省将其列为红色名录极危物种（绝灭危惧IA类），岐阜县将其列为绝灭危惧I类、长野县则列为绝灭危惧II类。2008年的调査发现栖息地从1981年的50处减少至28处。现在，山中栖息的动物有鼬、野猪、貉、亚洲黑熊、日本猕猴、日本赤狐，以及花雀、桑鸤、绿雉、旋木雀、煤山雀、佛法僧等鸟类。东南山麓的长野县木曾郡木曾町的「三岳佛法僧繁殖地」已被指定为国家天然纪念物。开田高原是的饲育地，已被列为长野县天然纪念物。鳞翅目夜蛾科的御岳夜蛾（"Apamea ontakensis