华民国宪法增修条文，把当初原为间接选举机构改为直接由总统提名监察院院长、副院长、监察委员，同意权交由国民大会行使之，并将原属于监察院的关于司法院、考试院的人事审核权移到国民大会。2000年4月，第三届国民大会通过中华民国宪法第6次增修条文，因同意权改由立法院行使之，导致位阶与立法院相同的考试院与监察院委员与正副副院长人事同意权、年度预算，皆须经由立法院审核行使之，导致日后各院人事同意权成为立法院执政党与在野党政治斗争的争议之一。2004年底，陈水扁总统提名之监察院正副院长人选与监察委员遭到以中国国民党为