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排泄系统.并不是所有的无嵴椎动物都有排泄器官的。例如扁形动物，它们靠的是位于下表皮向内伸出的表皮突起的排泄细胞完成排泄的。而无嵴椎动物常见的排泄器官则是原肾管和后肾管。
神经系统.无嵴椎动物的神经系统没有嵴椎动物那么复杂多样。从最原始的神经细胞，到神经细胞集合成为神经节，到后来大脑的形成。其形式由弥散的神经网到有序的神经链，到中枢和梯状神经系统的出现，也经历了一个由简单到复杂的过程。感觉器官由刺胞动物的感觉棍（有视觉和重力觉），经过扁形动物头部