“内务府奏销档”中，可查到雍正十二年（1734年）嵩祝寺的修缮（扩建）记录，雍正十二年和康熙五十一年之间相隔二十多年，基本符合清朝皇家建筑的一般维修频率。可见，嵩祝寺始建于康熙五十一年的说法可信。雍正元年（1723年），青海发生罗卜藏丹津叛清事件，雍正帝命清军统帅年羹尧寻访出二世章嘉活佛的转世灵童，将其护送至北京。雍正二年（1724年），该转世灵童移驻嵩祝寺，并举行了坐床典礼，正式成为三世章嘉活佛。三世章嘉进宫同皇子弘历（即日后的干隆帝）一起读书。三世章嘉曾多次作为大活佛及清廷特使，赴漠南蒙古、漠北蒙古