国束装返台，出任中央研究院经济学研究所研究员兼所长，在中央研究院服务时获得人文组评鑑第一名，到2001年卸任。回台后曾受邀参与规划国民年金制度。1997年，开始担任国立台湾大学经济学系合聘教授。获得国科会杰出研究奖。2000年，当选第23届中央研究院院士。出任中央银行理事。2001年，入阁担任行政院政务委员。期间负责七大部会业务，完成审查150多部法案。担任国立台湾大学经济学系兼任教授。2004年，以行政院政务委员兼任行政院经济建设委员会主任委员到2007年。获得美国普渡大学经济学荣誉博士。