素在钙的存在下会结合各种碳水化合物），MBP既不与钙结合也不与这些糖类结合，而是识别并结合硫酸乙酰肝素（heparan sulfate）。MBP的两种晶体结构已被测定。
相互作用.主要碱性蛋白已知可与妊娠相关血浆蛋白A发生蛋白质交互作用。