一时期取代贸易，成为长崎经济的主要产业。1871年，日本政府设立官营，该造船厂在1887年出售给三菱公司之后成长为日本最大造船厂之一，修建了日本首艘铁制蒸汽船「夕颜丸」和首艘大型货客船「常陆丸」。三菱公司还在长崎海域开採海底煤炭，使得长崎成为三菱公司的公司市镇。1920年日本首次人口普查时，长崎的人口达176,534人，是当时九州人口最多城市。由于日本太平洋沿岸地区港口的发展，明治之后长崎港的对外贸易主要局限在中国和东南亚。1923年，长崎和上海之间的「长崎丸」启航。该船更在1930年实现了和铁路直接换