艾滋病危机.疾病预防控制中心对1980年代艾滋病危机的应对措施受到批评，原因是它提出了一些伤害人类免疫缺陷病毒阳性的人群的公共卫生政策，并提供了无效的公共教育。
2001年炭疽袭击.该机构对2001年美国炭疽攻击事件的回应也因与其他公共卫生机构以及与公众的无效沟通而受到批评。
枪支暴力.与CDC资助相关的党派争议领域是研究枪支暴力。 1996年的《》指出：“疾病预防控制中心用于伤害预防和控制的任何资金都不得用于倡导或促进枪枝管制。