960年2月，加入一个以台湾留学生作为主体的台湾独立运动组织「台湾青年社」。该组织先后改组为「台湾青年会」及「台湾青年独立联盟」，他一直担任该组织的核心干部，并遭中国国民党列入黑名单禁止回台长达33年（自1960年至1992年）。1961年，与妻子卢千惠结婚。许世楷与妻子旅居日本多年。1964年，国民党特务渗透青年会，发生陈纯真间谍事件，黄昭堂、许世楷、柳文卿、宗像隆幸等七人被逮捕，此事件导致日后的强制遣返事件。1968年，许世楷参与营救柳文卿事件，该事件起因于柳文卿、许世楷与其他六人均为中国国