有主建物舍利殿得倖免，成为北山文化唯一的建筑遗址，因而被日本政府在战前就列为国宝。昭和25年（1950年），舍利殿因为一名21岁的见习僧人林承贤放火而完全烧毁（金阁寺放火事件），放在殿中供奉的经书、足利义満木像、观音菩萨像等也一同化为灰烬。日本名作家三岛由纪夫的同名小说《金阁寺》与水上勉的《五番町夕雾楼》都是以此事件为背景题材着成。今日我们所看到的舍利殿是昭和30年（1955年）时依照原样重新修复建造的，昭和62年（1987年）全殿外壁的金箔装饰皆全面换新，成为目前的状态。
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