硬化症有保护作用。整体而言，HLA的改变对多发性硬化症贡献了20%至60%的。透过现代的遗传学方法（如全基因组关联分析），科学家已发现其他至少12个HLA基因座以外的基因可能会增加多发性硬化症的罹病率。
感染.科学家曾提出多种微生物可能会诱发多发性硬化症，但没有一种获得证实。早年就移居到世界上的其他地方会改变之后罹患多发性硬化症的风险，针对这种现象的一种解释是移居地可能会有原住居处少见的感染症；其他解释则有卫生假说和盛行假说。卫生假说认为在生命早年暴露于特定的感染源能增强个体的保护