这是首个驻京军队三级甲等医院加入医联体。2005年底至2012年，高小燕大校担任该医院政治委员。2014年11月27日，军方发布消息称，已晋升为少将任职于解放军信息工程大学的高小燕因在担任309医院政委期间涉嫌受贿而被军队检察部门带走。高小燕成为中共十八大以来第一位涉嫌腐败而落马的女将军。2016年1月，在深化国防和军队改革中，该医院原上级单位中国人民解放军总参谋部撤销，该医院转隶中央军委机关事务管理总局，仍称中国人民解放军第三〇九医院。2018年，原陆军总医院、原海军总医院、原第三〇二医院、原