论不能正确的预测分子空间构型。
过渡金属化合物.许多过渡金属化合物的几何构型不能用VSEPR理论解释，可以归结于价层电子中没有孤对电子以及核心的"d"电子与配体的相互作用。 这些化合物的结构可以用VALBOND理论预测，包括金属氢化物和烷基配合物（例如六甲基钨），这个理论的基础是"sd" 杂化轨道和三中心四电子键模型。 晶体场理论是另一个经常可以解释配合物几何构型的理论。
IIA族卤化物.较重碱土金属的三原子卤化物的气相结构（例如：钙、锶、钡的卤化物，MX）