立的浦上村宗与细川高国连结并逼向东播磨时，就治与柳本贤治结盟并与浦上氏对抗，与浦上氏方的依藤氏战斗，但是因为贤治在阵中死去（可能是暗杀）而被浦上氏击败并失去三木城，不过后来大物崩时高国和村宗被消灭而复归。后来亦击退尼子晴久的侵攻，但是被与有马重则结盟的三好长庆压倒，于是与其停战。在晩年压倒依藤氏而确保东播磨的霸权，建立起别所氏的最盛时期。弘治2年（1556年）把家督让给长男安治。永禄6年（1563年）死去。享年62岁。