委员会提供了大量不利于他的证据。祸不单行的是，布鲁克在此期间染上了天花。不过，委员会最后还是宣判，他进行不人道和非法活动的罪名不成立。
镇压叛军.失去皇家海军支持后，布鲁克的地位没有如以往一样稳固。1857年2月，4,000名石隆门地区的客家金矿矿工在首领刘善邦（Liu Shanbang）的领导下，反抗地方官吏和税吏，企图建立一个自治政府。布鲁克险些在叛乱中丧生。他最后依靠婆罗洲公司的蒸汽船和林加的马来士兵，镇压了叛军。数百名叛军逃亡荷属婆罗洲的时候身亡，当中不少人的头颅被追兵砍下