过会津和关原之战败北后上杉家被移封到的米泽。在京都时，与诸大名和公家众的妻女以互通音信和赠答的方式交流，天正18年（1590年）6月，把三种三荷献给当时的准三宫劝修寺晴子和劝修寺晴丰夫妻（『晴丰记』天正18年6月21日条）。根据『妙心寺史』记载，菊姬在妙心寺归依并跟随南化玄兴研修佛法。后来在南化死去之后，由南化的法弟海山元珠继续担任导师。文禄4年（1595年）9月，与景胜一起移往伏见的屋敷居住。直江兼续正室阿船亦移到伏见邸居住。庆长8年（1603年）冬天卧病，翌年（1604年）2月16日在上杉家伏见的屋