和资源经济学会约翰·克劳夫爵士奖。2000年获美国社会科学引文索引的经典引文奖。2009年，美国福坦莫大学授予其荣誉博士。法国、英国诺丁汉大学、香港城市大学、香港科技大学、不列颠哥伦比亚大学及澳门科技大学亦先后授予其荣誉博士学位。2011年获美国芝加哥大学的校友专业成就奖。
奔丧争议与台湾司法追诉.林毅夫对于他曾为台湾军官却在金门前线逃往至中国大陆的经历很低调。2002年5月9日，林毅夫的父亲林火树在台湾宜兰过世。5月29日，台湾民进党籍立委蔡同荣向政府陈情，认为当年叛逃追诉时