溃散，李开芳只好固守山东高唐州。清军分别在连镇和高唐州围困北伐军，两地的北伐军无法联络，坚守多月后，因粮尽而逐渐不支。期间太平天国曾经派了第2支援军，被清军所阻而放弃北上。1855年3月，清将僧格林沁攻下连镇，林凤祥受伤被俘，不久被押到北京菜市口法场凌迟处死。行刑过程中，他双目直视，自始至终未曾发一言。李开芳其后亦兵败被俘及处死，太平天国的北伐以失败告终。