1997年县市长选举，民进党夺下12席县市长。1999年5月，前党主席许信良退出民进党，以无党籍的身份参加2000年中华民国总统选举。2000年总统选举中，民进党提名的陈水扁和吕秀莲获得近四成的选票，当选中华民国正副总统，成为台湾政治史上首次政党轮替，时任党主席为林义雄。同年前党主席施明德退出民进党。2004年总统选举中，国亲联盟的连战和宋楚瑜受三一九枪击案影响而以微弱差距败选，陈水扁和吕秀莲惊险连任正副总统。2005年县市长选举，民进党大惨败，流失台湾大多数的县市执政权，苏贞昌辞去党主席