间谍机关正式命名为「特务机关」，原则上归西伯利亚派遣军司令官统辖,在军参谋长指挥下开展业务，其任务规定为「统帅范围以外的军事外交和收集情报」。1919年秋,日军经过整顿确定以下特务机关,既海参崴、尼科尔斯克、伯力、布拉戈维申斯克、赤塔、伊尔库次克、鄂木斯克、哈尔滨。1922年10月撤军，日本特务机关仅剩在北满的哈尔滨、满洲里和黑河。1932年8月至1936年3月关东军设特务部，参谋长小矶国昭、西尾寿造先后兼部长。 
哈尔滨特务机关.1917年2月西伯利亚出兵前，关东都督府陆军