纷纷发动反清起事，先后建立起几个互不相属的割据政权。这些政权彼此间互相攻伐，新疆处于纷争不己的战乱之中。8月，柯尔克孜族人司迪克虽夺取喀什噶尔的回城疏附，但汉城疏勒却久攻不下，于是派回族封建主金相印赴中亚的浩罕汗国请求支援。1865年初浩罕汗阿力木库尔派帕夏穆罕默德·雅霍甫·伯克（汉文史料称“阿古柏”）率军增援。然而，阿古柏却迅速攻占了喀什噶尔，驱逐了思的克。随后派人到浩罕，迎圣裔布素鲁克到喀什噶尔，建立哲德沙尔汗国。此后两年间，阿古柏又先后攻占南疆各城，吞并了其他几个割据政权。1867年，阿古柏废黜布