天皇行幸至聚乐第。与此同时，玄以亦负责管理治社、管理京都内外区域的民政以及压迫吉利支丹，后来才放宽处理，对基督教採取和平共处的政策。庆长3年（1598年），玄以获秀吉任命为丰臣政权下的五奉行之一。秀吉死后，玄以尽力平息丰臣政权的内部斗争，同时亦反对德川家康发动会津征伐。庆长5年（1600年），石田三成在大坂城举兵后，玄以选择加盟西军，并且联署讨伐家康的弹劾状，与此同时却又暗中通知家康有关三成举兵的消息。其后，玄以称自己是丰臣秀赖的后见人而留在大坂，并且以患病为由未有出阵。玄以的把连番举动，让作为西军一员