1994年3月25日，台北市市政大楼全部工程完工，台北市政府与所属机关进驻办公；而台北市政府旧厦一度闲置，之后改作为台北当代艺术馆馆舍和台北市立建成国民中学校舍使用。2018年10月31日，台北市政府劳动局局长赖香伶在局长室被前台湾中油派遣工李明彦持钢筋攻击，当场头破血流，紧急送往台北市立联合医院治疗。为加强安全，台北市市政大楼从隔日上午10时起，一楼四个大门仍维持开放，其他出入口改为实施门禁管制。
沈葆桢厅牌匾争议.马英九市府时期，台北市市政大楼一楼中庭命名为「沈葆桢厅」和挂