君为一名中医，来自中国广东台山，在第二次世界大战期间移民南非，母亲为南非当地华人熊清云。其父母生育了九男一女，较为有名的有三哥黄万祥（Terrence Soon-Shiong）。黄清兰为其同父异母留在中国的姐姐。黄馨祥曾就读南非国内的金山大学，随后也在加拿大的英属哥伦比亚大学和美国的加州大学洛杉矶分校进修。他在美国创办制药公司，并于2010年出售此公司，成为亿万富翁。黄馨祥曾于两年内向加州圣塔莫尼卡的圣约翰医院（Saint John's Health Center）捐款合共1亿美元。