参看圣经密码）。牛顿可能拒绝了教会的三位一体教义。在少数的观点里，T·C·普菲岑迈尔（T.C. Pfizenmaier）认为他更像是持有东方东正教三位一体观，而不是西方天主教、圣公宗和大部分新教教派的观点。在他的时代里，牛顿（与不少活跃于皇家学会和查理二世宫廷的人士一样）被指是玫瑰十字会的会员。在他的一生中，牛顿写作了比自然科学更多的宗教学着述。他相信一个理性的主观世界（），但他却拒绝莱布尼茨和巴鲁赫·斯宾诺莎深信的万物有生论。因此，有序且动态的（ordered and dynamically in