京师大学堂遵循“中学为体，西学为用”的方针，课程分普通学、专门学。吏部尚书孙家鼐任管理大学堂事务大臣，许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良任西学总教习。9月21日，慈禧太后与守旧派发动戊戌政变，百日维新失败。但是，京师大学堂得以保留。京师大学堂校址设在景山东街和嘉公主府（今北京市沙滩后街，明代时为内廷二十四衙门御马监下设的马神庙，清干隆时在原址上修建公主府）。大学堂这一时期的办学情况说法不一，有学者认为此阶段的京师大学堂只是一所旧式的书院，以经史教育为主。但也有学者查找当时的媒体报道，认为京师大学堂注重西学