一揆后，原属佐佐成政的领地一分为二，切割成加藤清正拥有肥后北半国19万5千石，小西行长则拥有肥后南半国20万石，但小西行长在进行检地时，又遇到天草五人众的抵制（天草国人一揆），最后与加藤清正平定天草国人一揆，彻底掌握肥后。曾在北九州积极抵抗丰臣军的秋月种实在战败后，由筑前、筑后迁调至日向高锅3万石，秋月种实的次子高桥元种因较早投降，移至日向县5万石。过去被岛津氏打败的伊东氏，因伊东祐兵早就成为丰臣秀吉的家臣，并曾参与山崎之战等战役，顺利回归旧领，拥有日向饫肥3万6千石的领地。
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