后，郭水潭于1945年10月出任「三民主义青年团直属台湾区团台南分团北门区队」联合办事处组训股长，吴新荣为主任，林精镠任总务股长。1946年2月出任佳里镇第一届镇民代表会主席。4月与二夫人杨来于移居台北，任一德股份有限公司业务经理。1947年二二八事件爆发时，郭水潭因此时失业在家而未遭牵连。然而在白色恐怖时期，也因同窗好友苏新投共而使郭水潭遭到情治人员监控，日记及许多资料皆不得不焚毁，关于文学的创作也因此中断。1950年吴三连奉派接任台北市长，延聘郭水潭任秘书室事务股长，并参与台北市文献委员会。吴