人所出版的书籍中所使用的术语。2005年，Kevin Chen 和 Lior Pachter定义「总体基因体学」，意指直接研究环境中微生物群落基因体学的应用，而非于实验室中进行单一个体纯化与培养的实验方式。
人类宏基因组.是指与人类共生的全部微生物的基因总和。又被称为“微生物组”或“人类第二基因组”。人类体内的微生物多达1000多种，特别是胃肠道内的微生物最为丰富；因此我们所说的宏基因组在狭义上指的是肠道源基因组。在过去的很多年中，人们对微生物的研究只是限于单一的微生物物种研究