清朝灭南明后，改南京为江宁，将明皇城改为八旗驻防城，是为江宁满城，设置将军及都统二衙门于明故宫中。此后明故宫内残存的宫殿被陆续拆毁，康熙年间，曾取明故宫石料雕件修建普陀山庙宇。由于明故宫已经成为废墟，康熙及干隆二帝南巡驻跸江宁时，均以江宁织造署为行宫。太平天国攻陷南京后，没有使用靠近紫金山的明故宫作为宫殿选址，而是在城中另择新址营建新宫，此间曾从明故宫拆去大量石料和砖瓦。至太平天国灭亡时，明故宫的宫殿和宫墙已基本无存。 中华民国时期，曾计划以明故宫地区为中央行政区，但由于财力和战争的原因，该计划没有全部