提名在云林县参加第三届国民大会代表选举并当选，成为台湾绿党唯一的政治代言人。1997年5月，高孟定退出台湾绿党，并与张荣味搭挡竞选云林县正副县长。1997年5月16日，台湾绿党宣佈将召开中央执评委会联席会议，决议开除高孟定党籍。2001年，获得张荣味推荐的高孟定以无党籍身份参加云林县第5届中华民国立法委员，当选。2004年，高孟定加入民进党。2004年6月，高孟定以个人从政生涯规划为由，宣佈放弃接受民进党征召参加2004年立法委员选举。2004年6月27日，高孟定否认自己是当时中华民国总统陈水扁