北游集》，自此重视和尚语录，撰《语录与顺治宫廷》、《顺治皇帝出家》。陈垣发现《旧五代史》辑本传写脱误，因撰《旧五代史辑本发覆》，曰：“一百五十年来，学者承诵引据，以为薛史真本如此，信奉不疑，而孰料其改窜至于如此。今特着其忌改之例，以发其覆。” 陈垣还曾与胡适论杨守敬《水经注疏》的成书年代，胡适于1948年8月14日写成《跋杨守敬论水经注案的手札两封》，陈垣则认定光绪二十三年丁酉（1897年）四月，当时还没有《水经注疏》。1950年12月8日陈垣在《人民日报》发表文章《美国从来就是我们的敌人》响应三视教育