中央文革小组直接领导。5月初，军代表进驻中央档案馆，领导运动。9月22日，中央档案馆转归中央办公厅领导。1968年1月4日，中央办公厅派中国人民解放军8341部队军代表进驻国家档案局，领导清理阶级队伍和整党。1969年1月，国家档案局全体工作人员被下放江西省进贤县中央办公厅五七干校，从事体力劳动并继续开展运动。1969年5月26日，国家档案局被撤销。1970年1月，中央档案馆改名为中共中央档案馆。在此前后，国家档案局科研所等机构被撤销，东北档案馆遭到肢解，中国历史档案馆、中国第二历史档案馆被划出档案系统