1919年，他被聘为布拉格查理大学文学院古代东方历史学教授。1925年，他率领捷克斯洛伐克考古队到土耳其的屈尔丘发掘，收集到一千多块泥板文书，并发现古亚述殖民地卡内什城址。 1929年，赫罗兹尼参与了东方研究所的创建，并担任副所长。同年成立院刊《东方档案》。1938年至1943年担任所长。1939年，他成为布拉格查理大学校长，但同年由于苏台德区问题，捷克成为了纳粹德国的保护国，大学也关闭了。1944年，他中风了，以致于中断了研究工作。晚年，他还试图破译印度河文字和古希腊迈锡尼文字，但都没有成功。