批判资产阶级唯心主义思想的指示》，形成在各个学术领域的文化批斗，贺诚因对中医的反对态度，被卷入批斗。同年被撤销卫生部副部长职务。1956年，进入中共中央党校学习。1958年被授予中将军衔。4月任军事医学科学院院长。1962年，被授予一级八一勋章、二级独立自由勋章、一级解放勋章。1963年被迫离休。文化大革命期间，1966年8月，邱会作私立专案，亲自部署揪斗贺诚。1968年，批斗升级，以“里通外国”的罪名抄家，但经刘伯承、陈毅、王稼祥等过问，得以保全，贺诚被遣送到太原北郊土堂村。1975年，平反昭雪，出任