3年（1598年）8月，丰臣秀吉死去之际，临终拜託辉元尽力辅佐遗儿丰臣秀赖。
关原之战.庆长5年（1600年），德川家康与石田三成的对立逐渐明朗化。6月家康出兵讨伐上杉景胜，7月，三成自大坂举兵。此时、三成依大谷吉继的规划及安国寺惠琼的说服下，拥立辉元担任总大将。7月17日，辉元将家康居住并处理政务的大坂城西之丸接收，进驻大坂。但9月15日关原本战未亲自出阵，由同族秀元及吉川广家代为出阵。但关原之战三成等西军战败后，9月24日，拒绝立花宗茂及毛利秀元等继续抗战的建议，辉元自大坂