熊、西藏野驴、喜马拉雅蓝羊、鬣羚、斑羚属、羚牛等哺乳动物，以及包括和山蝰等爬行动物。最新的一项研究显示，亚洲豺犬在该园区内变得非常罕见，而干城章嘉生物圈保护区内的亚洲豺犬被认为属于遗传上较稀有的喜马拉雅亚种。目前在园区内共发现约550种鸟类，包括血雉、红胸角雉、鱼鹰、高山兀鹫、胡兀鹫、黑头角雉、绿鸠属、藏雪鸡、雪鸽、棕尾虹雉、翠金鹃、太阳鸟科和鵰等。2016年，园区内发现新的鸟类物种，这种鸟被称为（英文学名为「Zoothera Salimalii」）。
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