所有专业的研究生拥有北京协和医学院学籍以及清华大学学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”、“清华大学”公章。。北京协和医学院自行招生的护理本科专业，只有北京协和医学院学籍，其毕业证书与学位证书盖“北京协和医学院”。北京协和医学院同时也是中国医学科学院，医科院与协和医学院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医学院提供雄厚的师资和技术力量，协和医学院为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有19个研究所（以及2个分所）、5所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学