正式解散。在第五次反法同盟战争（法国对抗英国和奥地利）中，奥地利军队先是于1809年4月20日占领雷根斯堡，法国人三天后进行了炮轰并攻占雷根斯堡，在此役中，拿破仑遭遇了他的唯一一次在战役中的受伤。在拿破仑的压力下，雷根斯堡大主教被迫放弃雷根斯堡给巴伐利亚王国。并入巴伐利亚，意味着雷根斯堡失去了昔日的特殊政治地位，而雷根斯堡的经济在帝国时期早已荒废，城市的自治已无可能，但仍是雷根斯堡县的首府，1838年起是雷根斯堡和上普法尔茨县的首府，1953年起是上普法尔茨行政区和雷根斯堡县的首府和巴伐利亚州的直辖市，