菌没有已知的近亲，最近的类群爲拟桿菌门。绿菌门通常不活动（一个种具有鞭毛），形状爲球状、桿状或者螺旋状。其生存要求无氧环境和光。它们的光合作用利用一种称作绿体的微囊中附在膜上的菌绿素"c"、"d"和"e"吸收光能。它们利用硫化物作爲电子供体，产生单质硫沉积在胞外。这些硫可被进一步氧化生成硫酸盐。由于绿菌门细菌的颜色因菌绿素多显绿色，又被称爲绿硫细菌(green sulfur bacteria)。相应于绿硫细菌，植物的、真核藻类的和蓝藻的光合作用都利用水爲电子供体，而被氧化爲氧气。一种绿硫细菌已经被发