。另外在飞往台中水湳机场、马祖南竿机场等国内少数地区时，则由于当地机场跑道较小，而多搭乘另一架编号「5001」的福克50螺旋桨行政专机。而马英九在2016年飞往太平岛时，则是先搭乘总统专机从台北松山机场飞往屏东机场，之后改搭乘C-130运输机降落在东沙机场上。不过中华民国总统府则将中华民国总统搭乘的飞机统一视为具有主权象征的「空军一号」，且无论飞机机型为波音737、备用机福克50、比奇1900、民航飞机或C-130运输机，在空中亦会有战斗机护航。