于清代《新安县志》。康熙八年复界后，居于广东内陆人士移居莲麻坑。莲麻坑人种稻米务农为生。1898年，英国租借新界，莲麻坑依深圳河一分为二，北面叫长岭村，归华界，南面归英界，但两村人仍可来往。1949年后，香港政府关闭香港边境。及后中国经历大跃进、大饥荒、文革等政治动盪，香港政府扩大边境禁区，并禁止没有禁区通行证的人前往，包括当中的莲麻坑村。莲麻坑村有一条桥连接位于华界的长岭村，方便村民来往耕种（耕作口）。村口亦装上闸门，出入此村要带禁区纸。
日佔时期.莲麻坑的矿山出产铅、锌、黄铁矿