机柜位设于第5层，设有56个登机柜位，有需要时可增至112个。当中大部份登机柜位仍空置，共有3个登记区（N、P、Q），合共24间航空公司在此办理登机手续。乘客可于原有二号客运大楼登机柜位的另一端进入3楼办理登机手续及通过香港海关后，便可前往第一层乘搭旅客捷运系统，前往一号客运大楼东大堂登机，唯前往33-80号闸口的乘客需在东大堂转乘另一捷运路线。3楼的过境巴士设36个旅游车上客位。
旅客离境路线.使用原有二号客运大楼的旅客从机场站或翔天路的落客区进入原有二号客运大楼后