波站在浙江省内首开宁波至南京的假日旅游列车。此后，前往上海、杭州的城际列车相继开通。前往上海的城际列车从2005年起开始使用当时最先进的中国铁路25T型客车，部分被高速公路吸引的客流再度回归铁路。2007年和2008年，宁波站先后开行前往武昌和北京的直达特快列车。2009年，甬台温铁路开通，宁波站从此不再是铁路终端。同时，萧甬铁路完成电气化改造，宁波站开始开行“和谐号”高速列车。
第三次改建.随着中国铁路提速和高速铁路网的建设，2009年，甬台温铁路建成通车，同年，杭甬客运专线开工