1876年他返回斯特拉斯堡大学做物理学教授，1879年任吉森大学物理系主任。1888年他就任维尔茨堡大学物理系主任。1900年，在巴伐利亚政府一再请求下担任慕尼黑大学物理系主任。伦琴有亲属居住在美国爱荷华州，他曾经也打算移民。尽管他已经接受了纽约哥伦比亚大学的合约而且也真的买了跨洋船票，但是第一次世界大战的爆发改变了他的计划，他终于还是留在慕尼黑继续他未完成的事业。1923年，伦琴死于内脏癌症。因为他的研究只持续了不长时间，并且是在这个研究领域中为数不多严格使用铅防护屏的倡导者，因此很难相信他的癌症是源