乐元年（1403年），仍称南京。后明朝政府迁都北京。南京城遂为留都。而应天府下辖的上元县、江宁县亦为倚郭县。两县依旧沿袭以秦淮河为界，分南京城，同城而治的管辖状态。
清代.清朝顺治初年，清军攻占南京，圈占明故宫，以南京城东部置江宁满城。咸丰三年（1853年），太平军攻克江宁城，定都于此，改名天京，筑天王府。同治三年（1864年），湘军攻克天京，随后开始屠城并焚毁天王府。
民国时期.民国十六年（1927年），北伐军攻占南京。其后，设立南京特别市，后成为中