无支链、可溶于水。硫酸软骨素的基本组成单元是N-乙酰半乳糖胺与葡萄糖醛酸，由N-乙酰半乳糖胺通过β-1,4-糖苷键与葡萄糖醛酸通过β-1,3-糖苷键反复交联形成。硫酸软骨素主要分硫酸软骨素A与硫酸软骨素C两种，其区别在于硫酸软骨素A的硫酸基团在N-乙酰半乳糖胺的4位碳上，而硫酸软骨素C的硫酸基团在N-乙酰半乳糖胺的6位碳上。
功能.硫酸软骨素是结缔组织中细胞外基质的主要组成成分之一，能与核心蛋白之间形成共价连接，共同组成蛋白聚糖。体内的硫酸软骨素能为软骨提供抵抗机械压缩的能力。