主要由、、等企业运行。海运和空运是往返长崎县本土和各离岛之间的主要交通方式。壹岐岛和对马岛和九州本土之间的渡轮航线主要开往福冈市。五岛列岛和九州本土之间的渡轮航线则主要开往长崎市。岛原半岛和熊本市之间也有渡轮运行。长崎县内有长崎、对马、福江、壹岐、上五岛、小値贺六个机场。长崎机场位于大村市，开业于1975年，是日本首个海上机场，跑道长3,000米。现在长崎机场有前往东京、伊丹、关西、神户、名古屋、那霸、对马、福江、壹岐机场的定期国内航线和上海、首尔的定期国际航线。2016年，长崎机场的乘客数超过296万