球队外援迪亚高因踢法不适合球队而不获续用，令陈肇麒于2017/18球季重披7号球衣，并获香港飞马委任为球队队长。
宣布退役.2020年6月6日，陈肇麒宣布结束18年职业球员生涯。
国际赛生涯.2004－05年度省港盃中，陈肇麒被黎新祥教练挑选入伍，首次成为大港脚。2005年东亚足球锦标赛预赛，香港对关岛一役中，新扎港脚陈肇麒个人攻入了7球，最终助香港以15–0大胜关岛，不但创出开埠以来国际赛赢波最大比数，同时亦刷新了东亚足球锦标赛新纪录，此后陈肇麒声名大噪