冲突逐渐激化，1891年1月内战终于爆发。埃丝梅拉达号参加了议会军，1月在海军上校（日后海军中将、议会派领袖，战后当选智利总统）的指挥下，与铁甲舰一同前往瓦尔帕莱索，随后继续向北进发至塔拉帕卡大区。2月埃丝梅拉达号在伊基克沿岸炮击依然效忠总统何塞·曼努埃尔·巴尔马塞达的设施。8月，埃丝梅拉达号在中发挥了重要作用，利用其火炮轰炸总统军阵地，加速了总统军的崩溃。1894年3月，智利政府与阿姆斯特朗公司洽谈，商议升级埃丝梅拉达号的锅炉以及火炮等事宜，同时希望根据实战经验进行一些小修改。不过这一计划还没有来得及