国时代期间，有马多次遭到战争破坏，直到丰臣秀吉统一天下之际，于1583年初次来到有马，此后多次造访此地，并持续支援有马的发展，并于1597年在本地进行大规模的整修。此后本地的温泉水源便固定使用至今。江户时代有马成为江户幕府的直辖领地，也因为位于姬路至京都的交通道路（）上而持续繁荣。在当时的温泉番付中，有马温泉被列为当时的最高位西大关。近代小说家谷崎润一郎也曾多次长期居住于有马进行写作，其作品中也曾多次出现有马温泉。