98年多次参与中美二轨对话。2000年参与中、美、日三国高层战略磋商。2001年起多次率团访问美国、印度、韩国、蒙古、朝鲜、古巴、巴西等国。自1990年代起，他还担任全国台湾研究会理事、中国战略与管理研究会理事、中国宗教学会理事。辛旗一直在中国人民解放军总政治部系统任职，曾是总参二部高级研究人员，以国际战略研究学会研究员身份对外活动。在叶选宁任中国人民解放军总政治部联络部部长时，辛旗与沈卫平成为叶选宁倚重的幕僚。1991年，张学良及夫人由台湾至美国探亲。邓小平对此高度重视，中共中央以邓颖超名义发出私人邀