之乱被平定后又任金紫光禄大夫、录尚书事，封平乐伯。后更迁右光禄大夫、开府仪同三司，录尚书事。后来又加领祕书监，给亲兵一百二十人，颇见亲待。咸和三年（328年），历阳内史苏峻率叛军攻陷建康，荀崧与王导等人在叛军入宫时共同守衞晋成帝。不久苏峻强迁成帝到石头城，荀崧亦紧随在成帝身边。次年，讨伐义军屡败叛军，并攻破石头城，成帝亦被迎至建立行台的温峤的船上。当时荀崧已病重，但亦然吃力的步行跟从。后逝世，享年六十七岁。朝廷追赠侍中，谥号为敬。