防卫总司令部负责监督本土防御，但本土所有作战部队都划入北部军、东部军、中部军和西部军四大军区，由陆军省直接统领。防卫总司令部的实际职能只是协调最高军事决策机构大本营与各军区通讯。1942年初，负责防御日本的兵力包括一百架陆军飞行战队战斗机，两百架海军航空队战斗机，其中许多都是过时机型；另有七百挺高射炮，其中陆军五百挺，海军两百挺。驻守本土的陆军飞行战队和海军部队大多只是训练机队，抵抗盟军袭击的能力有限。陆军在组建雷达站期间成立军民观察哨网，针对空袭提前发警报。防空体系的指挥和控制混乱，陆军飞行战队和海军