未获任何球队青睐。张宝树落选后成为自由球员，经过试训加入了圣地牙哥教士队的小联盟系统。2006年，他一度升上了教士队3A，2007年于3A共出赛78场，留下2成62打击率、3支全垒打、34分打点的成绩，2008年多数期间于教士队2A，之后被交易到匹兹堡海盗队。2009年，由于世界棒球经典赛规定只要与母国血缘关系即可代表出赛，所以中国棒球协会邀请效力于海盗3A的张宝树，代表中国队参与经典赛，并且在与中华台北队的比赛中展现守备实力，也于8局下半从曾有大联盟经历的倪福德手中打出一发全垒打，全场共三安打的纪