民共和国成立于北京；10月3日，捷克斯洛伐克社会主义共和国予以承认并改与其建交。中华民国便宣布断交闭馆。当时中华民国尚能有效统治中国大陆部分地区，因此国民政府迁台后双方就无官方关系。1950－1990年代的冷战期间，中华民国在意识形态和制度上均偏向以美国、英国为首的资本主义阵营，复加上以苏联为首的共产集团国家的封闭，使双方几乎没有往来。1971年10月25日，身为共产阵营成员及苏联卫星国之一的捷克斯洛伐克社会主义共和国投票支持中华人民共和国加入联合国。（即中国代表权问题、《联合国大会2758号决议》）