宗派都与天主教抗衡。因着教权与王权的权利争夺，新教在形成的过程中受到许多民族国家或世俗君王的支持与保护。在宗教战争后，根据随之而签订的合约，如1555年《奥格斯堡和约》与1648年《威斯特伐利亚和约》确立的，形成了新教在欧洲的佈局，信义宗分佈于德意志以及北欧诸国；归正宗为瑞士、荷兰以及苏格兰。16世纪末到17世纪，新教的主要宗派在教会的组织与崇拜仪式上已有基本雏形。对于教义的认定上经过长期的争论也逐渐成为体系。新教的神学家编写了大量的神学着作。17世纪中叶，英格兰的清教徒革命要求以加尔文主义改革妥协保守