，擢升为焕章阁直学士。绍熙三年(1192年) 任四川安抚制置使。开禧二年四月，韩佗冑对金国不宣而战，展开北伐军事行动；六月，丘崈被任命为江淮宣抚使，至扬州部属诸将，率领江上正规军分守江淮要害。韩侂胄北伐失败，金兵自涡口进犯淮南，有人劝丘崈弃庐州，退守长江。丘崈坚决反对。不久因北伐失利去职。开禧三年(1207年)，金兵再犯两淮，朝廷以丘崈担任江淮制置使，兼建康府知府、淮南运使。丘崈招集两万边民，组成“雄淮军”，共抗金兵，力保淮西。官至南宋枢密院同知宰辅。不久以病归里。开禧五年(1209年)，去世。谥号忠定