病毒也可能直接从蝙蝠传染给人类，不一定要透过果子狸等这类中间物种。之后的调查显示，大量SARS相关冠状病毒在中国的菊头蝠中传播，这表明致命毒株可能源自这些蝙蝠，再通过果子狸传播到人类身上。但是相关设想存疑，因为在关键基因上（允许病毒接近并感染细胞的蛋白质），人类版病毒和蝙蝠版病毒存在差异。2017年，中国科学院武汉病毒研究所石正丽为首的团队在云南省晋宁县夕阳彝族乡两个洞穴（燕子洞、石头洞）内的菊头蝠种群中发现了含有SARS病毒的全部基因组组分（虽然没有发现单个蝙蝠身上具有和人类SARS病毒一样的完全