曾发生吴淑珍在美国机场遭搜身事件，而且美国政府在统独及两岸问题上也不是全力支持台北，故经常遭绿营人士指责办事不力。而对于蓝营，他由于希望取信于绿营，选择与蓝营减少接触，例如他并无重新办理党员登记。在两岸问题上，他因有公职在身而与蓝营意见时有相左，而当连战（连战以往经常提拔他）在美国访问时他不但未有陪同，而当时陈水扁正过境美国，他无可选择之下只好以公职为重而陪伴在侧。连战更被代去的驻美副代表当众羞辱，事后连战夫人连方瑀因此当众拒收程建人夫人所送的花。而被蓝营人士指为卖友求荣。当时总统陈水扁每当在统独、