和在缅甸作战时期的干部，一同前往台湾训练新兵，在台湾建立新军。
台湾时期.1949年1月21日蒋中正发佈“引退文告”，由副总统李宗仁任代理总统与共产党进行和谈。2月11日，美国麦克阿瑟将军派一名中将特使到台湾，以专机邀请孙立人到东京会谈。同月，青年军第二零一师调台湾受训。1949年9月1日，孙立人正式就职台湾防卫司令，第二零一师10月在金门参加金门战役。11月，蒋中正在国民党中央非常委员会第二分会中提议孙立人再兼东南军政长官公署副长官，国防部亦随之发表新职。1950年3月1