雅辞去卫生署署长一职，回嘉义市参选市长，并成功当选。2000年总统大选中，张博雅表态支持民主进步党候选人陈水扁，故陈当选后力邀她出任内政部部长兼台湾省主席，张则将未做完的市长空缺託付给当时的副市长陈丽贞。2001年嘉义市市长选举，中国国民党参选者为江清馦，民进党参选者为黄正男，「许家班」支持的陈丽贞则以无党籍的名义出征，并邀请陈水扁的「师傅」（带有浓厚独派色彩的国立台湾大学教授李鸿禧）之子李俊俋担任副市长。因陈丽贞与黄正男的支持者高度重叠，时任总统的陈水扁决定「弃黄保陈」，故选举过程中有些冲突，最后陈丽