Y作战，所有船只返回拉包尔和特鲁克。TF16则在返回埃法特加油后，19日启程，26日抵达珍珠港。约克城号也于次日抵港。翔鹤在路途中遭遇风暴，但依然必须全速航行以摆脱美军潜艇的追击，虽然因此而使得舰艏大量进水，几近倾覆，但依旧挣扎着在5月17日回到了日本吴市。瑞鹤在特鲁克短暂停留后也于21日抵达吴市。美军在沿路部署有8艘潜艇作为监视，但这些潜艇都没能取得攻击机会。军令部估计需要两到三个月的时间才能修好翔鹤，并且补充飞机。因此双鹤缺席了山本在中途岛即将上演的大战。7月14日双鹤复归联合舰队，并在此后的美日航母