鳞为数约有23至25排鳞片，腹鳞则有221至245片，身体两侧的鳞片非常粗糙，有强力的抓缘力，能让日本锦蛇轻易攀上垂直的大树。与一般锦蛇相比，日本锦蛇的头部较呈四角形，当牠们感到受威胁时，会从口中释出一股臭味，以助逃逸。日本锦蛇的幼蛇阶段时，外表跟日本蝮（"Gloydius blomhoffii"）颇为相似，时常令人混淆。这大概是日本锦蛇的一种拟态手段，利用外表模仿日本蝮以达到威吓外敌的效果。然而毕竟有方法可以区别二者，日本锦蛇的眼睛呈圆形，而日本蝮的瞳孔则呈直线，状如猫眼。
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