治五年三月创立教部省，确立政教合一，在国家层面设大教院，主祭天之御中主神、高皇产灵神、神皇产灵神和天照大神。在地方上设立中教院、小教院。明治三十一年十一月创设全国神职会。国家神道的制度直到二战后，才在盟军占领当局要求政教分离的指导下被废除。根据日本文化厅在2016年的统计，神道在日本国内约有8千9百万信徒，佔日本居住人口（含外籍居留人口）比例达47.4%，但此数据没有考虑到日本的神佛习合现象（类似华人的三教合一）。有人认为实际上真正虔诚的神道信徒数量并不多，日本五大报之一的《日本经济新闻》则指出很多日本