杂的工业处理程序，比起蔗糖对人体健康带来更多的坏处，包括影响进食者的味觉所导致的体重增加，高果糖浆亦被认为是有某些食品中含有的偏高水银成份的来源，长期摄取会对神经系统造成损害。一些研究认为，高果糖浆里面的葡萄糖跟果糖是分开的、而且果糖量略高于蔗糖，但蔗糖分子则是一个葡萄糖跟一个果糖组成，这样的不同让高果糖浆的健康风险高于蔗糖；也有统计认为，光是以高果糖浆取代蔗糖这件事，会明显提高糖尿病的发病率，也就是说，一个人不用改变饮食及生活习惯，光是用蔗糖来取代高果糖糖浆，就可以减少糖尿病的发病率（或晚几年发病）。