的背景下，联合国安全理事会警觉到NOD有系统地开始发动统治世界的计划，因此G7决定成立全球防卫组织，其内部的专案委员会专门出手制裁NOD的所作所为，这么一来，NOD与GDI便在游戏进行一场现代世界大战。NOD媒体计划了一项阴谋，企图抹黑GDI，迫使联合国对其不信任，而中断对GDI经费的援助。
支线剧情.《终极动员令》因为玩家选择阵营，而会出现不同结局成为它的特色。如果玩家选择全球防卫组织（GDI）阵营，玩家会接受马克·杰米森·谢柏德将军的委託，终极目标就是扫除NOD在欧洲的势力