流亡到王保保（扩廓帖木儿）的控制区太原，并以此为基地，召集各省军阀准备反攻孛罗。与此同时，元惠宗也对孛罗的专权产生不满，遂派人将其刺死，将人头送到太原，召回了爱猷识理达腊并与其和解。至正二十八年（明朝洪武元年）闰七月二十八日（1368年9月10日），明朝军队逼近大都，元惠宗率太子爱猷识理达腊、后妃、臣僚等北走，前往上都，至正二十八年八月二日（1368年9月14日），明太祖的将军徐达攻克大都。此后迈入北元时期。至正二十八年八月四日（1368年9月16日），元惠宗和太子爱猷识理答腊等人到达上都。至正二十