而帝国无视了摩尼教的抗争，大量摩尼教徒被查士丁尼一世处以死刑。此后，摩尼教徒的活动在帝国内部渐趋消失，摩尼教在西方不复存在。摩尼教一词渐渐演变为基督教内部攻击异己的代名词，基督教神学家只要指责对手有摩尼教思想，便足以致其于死地。5世纪产生的亚美尼亚保罗派持二元论观点，盛行于西亚，9世纪末遭到东罗马帝国女皇狄奥多拉的镇压，10世纪在保加利亚得到发展。10-15世纪间，鲍格米勒派受保罗派影响，同样持二元论观点，反对教会剥削。这一教派继续受到教会迫害，思想为法国的阿尔比派所延续。阿尔比派认为宇宙间有善恶二神，