2010年12月，郭文奇调任国家质量监督检验检疫总局食品生产监管司司长，此后历任国家食品药品监督管理局人事司司长、党组成员、食品安全总监兼人事司司长等职。2016年12月起任国家食品药品监督管理局副局长、党组成员兼食品安全总监。2017年5月，经中共中央批准，郭文奇任中共江苏省委常委；同时，中共江苏省委决定其任省委组织部部长。2020年12月，任司法部政治部主任、党组成员。