最初是17世纪由葡萄牙奴隶贸易商人建立的贸易站点，从西非内地收购的奴隶被运到这里集合，等待运往巴西。1721年，圣约翰堡正式成为葡萄牙属地，1788年在这里建设了军事要塞。圣约翰堡所在的维达城曾经是西非最大的奴隶贸易站之一，除葡萄牙外，荷兰、丹麦、英国、法国也在这里建有商站。从16世纪末到19世纪初的300多年间，平均每年有超过2万名的黑人奴隶从这里启程，被运往美洲。19世纪初，随着奴隶贸易成为非法罪行，圣约翰堡逐渐衰落并荒芜，葡萄牙人短期抛弃了该要塞。但1850年代又重返这里，并于1865年重修了要塞