十七年（643年），授高季辅为太子李治的右庶子。高季辅又上疏切谏时政得失，唐太宗特赐钟乳一剂：“进药石之言，故以药石相报。”十八年（644年），加银青光禄大夫，兼吏部侍郎，负责选举官员。唐太宗赐高季辅金背镜一面，以表彰他的清鉴。十九年（645年），唐太宗东征高句丽，派高季辅在定州（今河北保定）辅佐太子李治。二十二年（648年），高季辅迁任中书令，兼检校吏部尚书、监修国史，赐爵蓚县公。二十三年（649年），唐太宗去世，太子李治继位，是为唐高宗。永徽二年（651年），高季辅迁任侍中。永徽三年（652年），兼太子