许财利率众至收费站抗议，经行政院同意，1998年1月1日起本站改为单向北上收费、南下不收费，为中山高速公路唯一一座单向北上收费的收费站，不过南下车道的票亭直至2008年才完成拆除。收费站改为单向收费后部分通勤民众仍感不满，2010年12月，时任立法委员谢国樑与多名基隆市议员唿吁汐止收费站与国道三号的七堵收费站停止收费以减轻基隆居民的负担，又于隔年1月前往交通部抗议，这两座收费站的存废也成为2012年基隆立委选举的议题之一。2000年10月象神台风造成汐止淹水，汐止收费站建筑内部也发生严重积水。2001年