段祺瑞、曹锟命令萧耀南和吴佩孚进军湖南省同南方政府交战。1916年（民国7年）6月，吴和萧拒绝同南方政府作战，并联名通电主张南北和平。1920年（民国9年）7月直皖战争中，萧继续在吴的指挥下同皖系作战，为直系的胜利作出了贡献。此后，萧升任第25师师长，驻郑州，获授陆军中将衔。
湖北督军.1921年（民国10年）7月，湖北督军王占元遭到主张「鄂人治鄂」的湖北省各阶层的反感。萧耀南见势便有取代王占元之意。湖南督军赵恒惕攻撃王占元之时，萧故意不救王占元，王占元被迫下野。同年8月，萧被任命