总统爱德华·贝奈斯组织的流亡政府，担任外交部长。1941年7月18日，扬·马萨里克代表捷克斯洛伐克共和国流亡政府，在伦敦与苏联驻英全权代表伊万·迈斯基签订了《苏维埃社会主义共和国联盟和捷克斯洛伐克共和国协定》（苏捷协定）。1948年2月，捷克斯洛伐克发生政变，捷克斯洛伐克共产党在苏联红军的支持下开始执政。扬·马萨里克在新政府中仍然出任外交部长，是仅有的2名无党派人士之一（另一位是国防部长斯沃博达）。1948年3月10日，人们在扬·马萨里克的住宅窗下发现了他的尸体。他只穿着睡衣，平躺在切宁宫公务员