小种群有着尤为明显的作用 。漂变的强度直接受有效种群大小控制，进而与实际种群大小相关 。与受选择的基因的连锁可以大幅降低一个中性基因的有效种群大小，从而扩大漂变的作用。邻近同源重组位点则可以减弱连锁效应，从而降低漂变的影响。 因此，与重组位点的距离与遗传多样性表现出相关关系，基因密度与非编码DNA区段的多样性也是相关的。 与受选择的基因连锁导致的随机性与抽样误差是不同的，这种效应有时又称为。当等位基因频率很低时，漂变的影响在较大种群中也可能超过选择。例如，不利突变通常被选择迅速清除，然而有利的新突变也极