37年底，任中共中央东南分局（后改称中共中央东南局）青委书记、青年部部长，动员青年参加新四军。1940年，随部队自苏南渡过长江北上后东进，创建苏中抗日根据地。1941年3月任苏中区党委副书记，1945年4月任苏中区党委书记兼新四军苏中军区政委。第二次国共内战时期，1946年6月，陈丕显参加了粟裕指挥的苏中战斗，担负支前任务，为战斗取得“七战七捷”作出了贡献。同年9月，受中共中央华中分局委派，留守领导华中地区的敌后斗争，配合了正面战场的作战。1947年起历任华中野战军第七纵队政委、中共中央华中分局委员兼组