刘永福为第二任大总统。为筹措经费，刘永福曾发行纸币、邮票等。有些学者将刘永福在台南所建的政权称之为「台南共和」（Tainan Republic）或「第二共和」（Second Republic）。此后三个月，台湾民主国和日军发生不少规模不小的血战，例如八卦山之役。但到了10月下旬，刘永福也弃守逃亡，日军佔领台南，结束台湾民主国184天的历史。
日治时期.
初期.台湾民主国瓦解后，日本基本上已控制全台，但各地仍常有抗日事件。早期着名的抗日领袖有简大狮、柯铁虎、林少