式站台各1座，到发线4条（含2条正线），被面积21820平方米的无站台柱雨棚覆盖。其中1号站台通往上海方向，2号站台通往杭州方向。
公共交通.余杭站北广场面积6.6万平方米，西侧设有社会停车场，容量为60辆；站前广场东侧为杭州公共自行车租车点。2019年11月南广场启用后，北广场停车场功能转移至南广场，原址开始地下空间工程。
地铁.杭州地铁1号线途径余杭站，并在此设有余杭高铁站地铁站。车站现设有A口和C口共两个出入口，从C口出站即可直接到达余杭站。地铁余杭