2013年，撤销中华人民共和国卫生部，成立中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会，内设机构包括疾病预防控制局（全国爱国卫生运动委员会办公室）。地方各级爱国卫生运动委员会办公室也相应作出调整。2013年调整后的全国爱国卫生运动委员会由中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会、中华人民共和国国家发展和改革委员会、中华人民共和国住房和城乡建设部、中华人民共和国农业部、中华人民共和国环境保护部、中共中央宣传部、中国人民解放军总后勤部等32个部门组成，全国爱国卫生运动委员会办公室即国家卫生和计划生育委员会疾病预防控