教会还分出了两个自治教会，分别为埃塞俄比亚正教会与之后的厄立特里亚正教会。现任亚历山大教宗为塞奥佐罗斯二世。2019年1月7日儒略历圣诞夜，科普特教会的主降生大教堂（）于开罗东部揭幕，该教堂为埃及乃至全中东最大的教堂，埃及总统塞西和亚历山大教宗塞奥佐罗斯二世一同参加了揭幕仪式。