河岸附近的土质都是由阿苏山的火山灰所构成，成为适合农耕的地区；辖区的东南部和南部属于熊本平原的一部份。西侧面向有明海（岛原湾），但由于泥沙淤积，水深不足，并不适合做为港口，因此没有显着的开发。而市区西北侧的金峰山，由于拥有完整的森林地又邻近市区，被夏目漱石称为「森之都」。由于东部阿苏外轮山一带的降雨在进入地下后，会逐渐往西侧的平原地区移动，使得熊本市拥有丰富的地下水资源，并成为全市的自来水水源，也成为全日本完全依靠地下水供水的城市中，人口最多的一个。也是世界50万人口都市中仅有的可依靠地下水就提供所