光初年得以回京署理工部主事。道光二年，又因承办太庙工程遭诬陷，发配黑龙江。吉林将军富俊曾以书院“教读乏人”，请改发吉林，“专司教读”，朝廷以学习文艺，“必致清语日益生疏，弓马渐形软弱”为由驳回。不久以“捐赎回籍”释归。乡居数十年，以着作自娱。主讲江西白鹿洞书院、安徽庐阳书院等学府。咸丰三年，发贼入舒城、陷庐州，逼进桐城。马瑞辰次子马星曙遇害，幼子马三俊组织乡勇抵御发贼，马瑞辰避身于唐家湾。后为林天九所俘，不降而死。着有《毛诗传通释》32 卷、《崇郑堂诗文集》。