院长的提名案上呈。而伍氏亦以86票赞成、22票反对及4票无效获通过成为考试院副院长。2008年9月，伍锦霖就任考试院副院长一职，同时因院长悬空而成为代理院长。2011年2月，原国民党秘书长金溥聪卸任，准备为马英九在2012年总统选举中辅选，而时任总统府秘书长廖了以则接任金氏的原职。因此，伍锦霖改任总统府秘书长一职，接替离职的廖了以。伍锦霖接任总统府秘书长被视为为马英九「救火」，再度投身辅选组织动员工作。2012年2月，伍锦霖离任总统府秘书长，遗缺由曾永权接任。同年4月，马英九提名伍锦霖回归考试院，回