华东局副书记，主持土改复查工作。 并对组建后的华东野战军（即后第三野战军）负责后援供给。1947年7月下旬，与张云逸等转移到渤海地区，组成华东局工委，以邓子恢为负责人。1948年，华东野战军与中原野战军（即第二野战军）在河南配合作战，6月邓子恢担任中共中央中原局第三书记兼中原军区副政委，主持中原局日常工作，并负责淮海战役的后勤及支前工作。 1949年3月，中原临时人民政府在开封成立，邓子恢担任主席。1949年6月初任新组建的华中局第三书记兼第四野战军、华中军区第二政委，组织土地改革和经济建设，6月中旬，