航行训练，回到日本。太平洋战争爆发后，1942年7月1日，日本方面重新将八云指定为一等巡洋舰（重巡洋舰）。随着战争的进展，舰上原有的203毫米主炮也更换成两座双联装八九式40倍径127毫米高平两用炮，同时增设了一批轻型防空武器。但在战争中八云一直都在濑户内海活动，期间只用作训练用途，并没有实际参加战斗。1945年10月1日，日本方面将八云从军舰列表中除籍。同年12月1日，第二复员省将依然保持可运作的状态八云指定为复员船（日方称为“特别输送舰”），运送滞留在中国的北部地区以及台湾的日本军人、平民回日本。