，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。SEELE经由《死海文书》获悉了相关讯息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场（绝对领域），一般的武器无法消灭它，为阻止使徒毁灭人类而设立Gehirn开发泛用人型决战兵器——人造人Evangelion（简称：EVA），并且建立起要塞都市——，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。
剧情.剧中的2015年，在被称为“”的全球大灾难过去十五年后，14岁的碇真嗣应其关系疏远的父亲