湾独立运动兴起，两岸关系又趋紧张。1991年，民主进步党把台湾独立的主张纳入党纲。1996年，中国大陆向台湾发射飞弹。1999年，李登辉总统发表特殊国与国关系。进入21世纪后，海崃两岸经济关系已相当紧密，但政治关系仍停滞不前。2000年，台湾出现第一次政党轮替。2002年，陈水扁发表一边一国论。2008年，国民党重新执政，两岸在政治上恢复接触。2015年11月，海崃两岸最高领导人马英九、习近平在新加坡会面，被视为两岸关系史上的重大突破。而2016年蔡英文执政以来，蔡不承认九二共识，中共坚持两岸同属一个中国，