核心部分，可容纳3,000人；禁域以灵殿为中心，长68米、宽34米，被认为是建国忠灵庙最神圣的空间，只允许神职人员进入。
保护.满洲国灭亡、日本战败投降后，中国爆发国共内战，长春发生多次激烈的战事，并多次易手，但中国国民党与中国共产党均有保护建国忠灵庙旧址。内战结束后，建国忠灵庙旧址一带被划入军事院校控制区，旧址划归中国人民解放军空军航空大学（当时名为解放军空军第一预科总队）；因此，建国忠灵庙旧址受到保护，没有在大跃进和文化大革命时受到严重的破坏，直至1980年代仍是完好。虽然如此