1606年），南京吏部给事中陈良训、御史孙居相再次上疏弹劾沈。是谓“京察之争”。沈一贯获准致仕回乡后，明廷中党争仍不息止，京察一事也一闹再闹。万历四十五年（1617年），浙党官员掌管京察，打击东林党人。万历四十八年（1620年），移宫案爆发，东林党人杨涟、左光斗等因“护驾有功”，被重新启用。天启三年（1623年），东林党官员主持京察时，又反击，驱逐齐楚浙党人士。
西学东渐.沈一贯是晚明朝廷中接受天主教第一人，对西方传教士在华传教持开明提携态度。1601年，利玛窦由南京北上抵达京