为藏匿逃人而获罪，畏罪自杀。顺治七年（1650年），耿继茂与平南王尚可喜联手攻破广州后，展开「广州大屠杀」。顺治八年（1651年），耿继茂正式承袭其父的靖南王位。他帮助清朝消灭各个南明政权有功，被移封往福建。康熙十年（1671年）去世，其子耿精忠继承王位。