干隆五十二年（1787年）二月，总兵柴大纪克复诸罗，仍以良翼治理县事，并将所俘之人交其处理，问罪处死。经过审查，二百余人中，有三十五人并未参加起事，良翼不忍杀戮无辜，私自将此三十五人释放。同年五月，林爽文率众再围诸罗。良翼拒守至十月，弹尽粮绝，后大将军福康安率兵至而解围。朝廷嘉奖，改诸罗县为嘉义县。干隆五十三年（1788年）因私放三十五人之事，遭到免职，原拟斩监候，行刑定谳之日，嘉义士民忽然全都声称良翼此举是保全无辜，清高宗查其情，释令良翼回籍。次年，入北京庆祝清高宗的寿诞，清高宗下令恩给知州原衔，不久