院大陆委员会主任委员蔡英文，全力阻止民进党天王兼高雄市市长谢长廷进行台海两岸城市交流。2004年4月13日，民进党「立委辅选策略小组」第一次会议，邱义仁说，2004年立法委员选举，民进党要延续2004年总统大选「割喉」策略，「割到断为止」；此言引发国亲联盟反弹，选举结果民进党惨败，邱义仁自此以「割喉邱」着称。2008年间，邱义仁被指控涉入巴纽外交公款侵吞案，于5月5日辞去行政院副院长一职，声明退出民主进步党与政坛。5月6日请辞获zh-cn:准; zh-tw:准;，外交部部长黄志芳、国防部副部