程中有彩绘师薛明勋所绘制的壁画。民国八十五年（1996年）时，蔡荣昌祠更名佳里北极玄天宫，庙额改为「玉敕北极玄天宫」，而在民国八十一年（1992年）成立的「蔡昌荣祠管理委员会」亦改为「北极玄天宫管理委员会」。后来在民国八十八年（1999年）时受到921大地震与1022大地震受创，管委会遂紧急进行支撑工程，同年台南县政府亦欲将北极玄天宫提报为古蹟但未通过。民国九十二年（2003年）5月27日顺利登录为历史建筑后，得到文建会的800万修复经费补助，县政府文化局立即于6月委託曾国恩建筑师事务所进行调查研究及规