云家两次被红卫兵抄家；周恩来私下保护他到中央联络部十八所休息。对于被抄家，陈云却泰然表示“没有关系，让他们抄吧，反正没有多少东西了。”。而此时反抗他的红卫兵力量愈发强大，“彻底批判陈云联络站”在北京师范大学校园内展开誓师大会。自感被排挤的陈云在年底给儿子陈元表示，将把后面的时间用于集中阅读，以准备后面的五年计划。1968年10月，中共八届十二中全会上，谢富治借机攻击陈云的经济政策，陈云被迫做出检讨。1969年4月的中国共产党第九次全国代表大会后，他离开了中共中央政治局，只保留了中央委员的名义。同年10月