陈羽奏请退休，希望让陈宝应担任太守，获允许。绍泰元年（555年），朝廷授他为壮武将军、晋安太守，不久加员外散骑常侍，次年（556年）封侯官县侯，食邑五百户。当时东西山路都有流寇佔据，他从海路到会稽纳贡。557年，南陈建立，他获封持节、散骑常侍、信武将军、闽州刺史，领会稽太守。陈文帝继位，进封他为宣毅将军，又加父亲陈羽为光禄大夫；同时下令宗正将他家族的世系记下并编为宗室，派使者授予他的子女官职爵位。后来陈宝应娶留异的女儿为妻子，侯安都讨伐留异时他派兵协助留异，又资助周迪的兵粮，入侵临川。都督章昭达在东兴、