成蜂窝状的DNA双螺旋制造；二维平面可以被折叠成中空的三维形状，类似于一个箱子。这些可以被编码为对于刺激做出反应，使它们作为分子笼。
模板组装.核酸分子可以吸收其他分子如蛋白质金属纳米离子、量子点（quantum dots）、富勒烯。这使得构建具有多种功能的机械变得易行。用核酸结构的自组来作为附加粒子自组的样板，控制它们的位置，并在一些情况下定位。许多方案使用共价结合的办法，用酰胺或硫醇为官能团的寡核酸链绑定异质粒子。这种共价结合的办法已经被用来把金纳米粒子和链霉亲和素分子固定在D