于1965年成功晋级德甲。
黄金时期（1965年-1979年）.拜仁在德甲的第一个赛季最终排名第三位，同时赢得了德国杯冠军，这也使他们有资格参加1966-67赛季的欧洲优胜者杯。在这届优胜者杯决赛中，拜仁更是凭借弗朗茨·罗特在加时赛第18分钟的入球以1:0战胜格拉斯哥流浪者，赢得俱乐部历史上的首个欧洲赛事冠军。同年拜仁也成功卫冕德国杯冠军，但在联赛仅获第六，整体进步缓慢。于是在1968年，拜仁迎来了南斯拉夫籍主帅布兰科·泽贝茨，他用立足于防守的战术思想取代了球队此前的进攻型打法，并