拉湾东岸、帕西河的入海口，帕西河横贯全城；位于纳沃塔斯市、加洛坎市之南；奎松市之西南；仙范、曼达路永市之西；马卡迪市之西北；巴萨市之北。除了港区（Port Area）地区外，马尼拉每一个市辖区均有教堂，其中有些教堂已成为区内市民的专属礼拜教堂；和马尼拉大都会内众城比邻。菲律宾总统府马拉坎南宫亦位于马尼拉市，发挥着总统办公室和总统官邸的中枢功能。马尼拉市辖16区，仅港区早期非归于本市辖境；市内的帕西河南北两岸各划8个市辖区：帕西河以北的辖区帕西河以南的辖区