1963年5月2日，毛泽东在军委的报告上作了批示：“希望海军各级党委同志们团结起来，以大局为重，焕发精神，努力工作，发扬成绩，纠正缺点错误，同其他军种一样，把海军工作做好。有错误并不要紧，只要改正就好了。”这就是毛泽东的“五二批示”。1963年改军衔为海军中将，出任海军副政委。1966年5月27日，海军党委召开第三届三次会议（简称海军“三三”会议）。8月25日，历时3个多月的海军“三三”会议结束。
文化大革命期间.文革初期，李作鹏受到冲击，不过在林彪的强势干涉下逃过被打倒的命运