冰岛处于中世纪温暖时期，养殖者以毛色及形态来进行繁殖。到了1300年至1900年，由于气候极端，很多马匹及人类死亡，养殖者再不能进行选种培育。于1783年拉基火山爆发，两年间冰岛约有70%的马匹因火山灰中毒及饥饿而死亡。这次爆发历时8个月，几百平方里都被熔岩所覆盖，令很多河流干涸或改道。冰岛马的数量在往后的几百年间慢慢恢复，到了20世纪初，养殖者又可以再次进行选种培育。第一个冰岛马学会是于1904年成立，而第一个品种登记则于1923年展开。 于20世纪前就已经有冰岛马出口至英国，作为矿坑内使用的马，不过