位置的圣·尼古拉教堂也自然影响着哈尔滨市民的日常生活。但在20世纪60年代，中苏关系破裂，大量俄罗斯侨民回国，东正教也在哈尔滨日益衰落。1966年文化大革命爆发，西式风格、沙皇背景的圣·尼古拉教堂自然成为“破四旧”的众矢之的。1966年8月23日，红卫兵开始拆除圣·尼古拉教堂，但因教堂结构的牢固，红卫兵不得不动用各种工具以及消防车、卷扬机，直到8月24日早晨才将教堂彻底拆毁。教堂内的文物也多被毁坏或散失。1967年，哈尔滨新城圣尼古拉教堂最后一任 (第七任) 掌院亚尼基塔•王玉林神父 (中国籍；Ar