和国铁道部，铁道兵工程学院更名为石家庄铁道学院；同年，中国人民解放军后勤学院军事交通学系迁至武汉。1990年起，石家庄铁道学院与西南交通大学、北方交通大学（今北京交通大学）等大专院校在“桥樑与隧道工程”、“工程机械”、“铁道工程”、“固体力学”、“断裂力学”等专业联合培养硕士生。1993年，石家庄铁道学院中专部独立为石家庄铁路工程学校（今石家庄铁路职业技术学院）。1995年，石家庄铁道学院成立董事会。1998年，石家庄铁道学院申报“机械设计与理论硕士班”、“道路与交通工程硕士班”成功，取得独立招收研究生