系与微小的ARMAN古菌不同，ARMAN古菌一般与细胞不会相互影响。
互利共生.所有反刍动物和白蚁的消化道中有其中一种在和原生动物之间的互利共生，它们帮助寄主消化纤维素。在这缺氧的环境中，原生动物利用纤维素获得能量并同时释放产物氢气。大量的氢气会影响原生动物获得能量的效率。当产甲烷菌把氢气经过化学反应变成甲烷后，原生动物会因为能获得更多能量而获益。一些古菌生活在厌氧原生动物里面并利用寄主制造的氢气，这些原生动物包括纤毛虫。古菌也与更大的生物有共生关系。例如海里的古菌生活在海绵的