二次世界大战爆发后，两国于1942年1月28日断交。1945年2月7日，巴拉圭对日本宣战。1951年9月8日，旧金山和约签订，日本与巴拉圭均参与签订了合约，后日本于1951年11月28日批准该和约，两国于1953年1月15日复交。日本是首个与巴拉圭建交的亚洲国家，巴拉圭目前与日本保持密切的经济合作关系。日本是巴最大援助国。在巴有日侨约7000人。2010年1月，巴拉圭外长拉科戈纳塔赴日本东京出席第四届东亚—拉美论坛外长会议并访问日本。2011年3月日本东北部发生特大地震灾害后，巴政府向日提供援助。6月，日本