埤头礼拜堂同时遭抢劫烧毁。尔后，马雅各回台湾府城（今台南市中西区周边）宣教；李庥牧师承接打狗宣道区，并开始计画重整宣教中心旗后医馆及严重毁损的埤头礼拜堂。1869年1月31日，埤头教会重建完工后，他凭着一股热诚与毅力南下，以阿里港为新据点，至当地极端保守的汉人社群中传福音。他与伊莱莎同心协力，在阿里港（1869年）、东港（1870年）、琉球（1870年）、阿猴（1871年）、竹仔脚（位于现屏东县林边乡，1871年）、杜君英庄（1872年）、盐埔（1872年）、加蚋埔（1873年）、楠仔坑（1873年）、