，1560年和瑞士的天主教各省签约，1567年又和新教各省签约，因此收复了日内瓦湖南岸和热克斯镇。公爵在国内则因为本人是虔诚的天主教徒，所以初期大举迫害新教徒，直到1561年被他倾向宽容的夫人说服而给予有限的信仰自由。但他仍大力支持1563年成功的特利腾大公会议，回报是教宗让萨伏依公爵获得领地内主教、圣职的同意权；他也限制了宗教裁判所的过激的行为（和托斯卡纳大公国一样），如同阻止教会法院的肆无忌惮那样。1580年1月31日他的舅舅、葡萄牙国王恩里克一世去世，葡萄牙王国缺少男系血亲的继承人。当时伊曼纽尔努