大多较为短小，降水很快就流入海中，难以利用。因而日本虽然降水量较多，人均可利用水资源却较低。在濑户内海沿岸等气候较干燥降水量较少的地区，居民甚至需要修建储水池以储备旱季用水。根据日本总务省统计局及统计研修所的《2007年统计年鑑》，日本最长的河流是信浓川，长度367公里。信浓川发源自埼玉县、山梨县、长野县三县交界处的甲武信岳南侧，在新潟市注入日本海。日本流域面积最广的河流是利根川，流域面积16,840平方公里。利根川的主流发源于群马县和新潟县交界处的大水上山。在千叶县铫子市和茨城县神栖市之间注入太平洋。