而且经常在路上临时停车，加上减速措施，令全程行车时间不断拉长，令原本由罗湖至红磡需要约40分钟，延长至现时的45分钟，亦原本由落马洲站至红磡需要约42分钟，延长至现时的50分钟。有时更需逾一小时。
上水及罗湖站乘客冲闸问题.位于香港与深圳边境地区的罗湖站及上水站是携带水货过境的乘客（下称「水货客」）每日使用次数最高的车站，有相当数目的水货客更冒检控之虞冲过或跳越闸机以避过支付车资，并且对检控他们之港铁职员施以多种暴力袭击、偶尔更会召集附近的同党进行围殴，导致相关职员需告假逾10天疗