们也很难理解该剧的结局。《每日新闻》写道，在第25集之后，“几乎所有的观众都感到被出卖了……当时评论员在《读卖新闻》发表文章抱怨了《EVA》的结尾，于是一场辩论在日本全国范围内展开了”。大冢英志和同为评论员的宫崎哲弥都指责最终两集就像是自我启发分析（类似洗脑和心理治疗），不过是对御宅族因逃避现实而自闭的一种自我肯定。而东浩纪则认为最终两集是类似后设小说的二重性所表现出的批判和自省，并且认为《EVA》在某种意义上是1980年代日本动画的完成形态。尽管饱受批评，庵野导演还是坚持自己对该片结尾的艺术选择。围绕《E