三至七世纪，印度尼西亚境内出现多小王国和部落，如达鲁曼、诃陵和古泰等。这些古老王国与中国、印度甚至希腊间有贸易往来。在此时期，印度教已传入印度尼西亚某些地区。七至十一世纪，海上商业帝国室利佛逝由于贸易而兴盛，而贸易也带入印度教及佛教；于八至九世纪，阿拉伯人几乎取代了印度的商业势力。马打兰王国于达玛旺沙（Dharmavamsa）在位期间曾对室利佛逝发动战争，而后室利佛逝对马打兰王国发动反击。印度注辇王朝崛起，因贸易上与室利佛逝利益冲突加剧而在11世纪初袭击室利佛逝，使室利佛逝逐步没落，至十三世纪更面临湄南