行的东亚足球锦标赛外围赛，对北韩一战中，陈肇麒在上半场主射12码中楣不入，令香港队失去嬴波机会，结果只能与有日联前锋郑大世领军的北韩一打成0–0。2009年8月27日，在高雄上演的2010东亚盃外围赛最后一战，香港凭陈肇麒个人完成「大四喜」射入4球，协助香港以12–0狂数关岛，凭得失球压倒北韩出线，他亦以5个入球成为预赛神射手。2009年12月12日，香港杀入东亚运动会足球决赛后，急召正在伦敦随热刺试训的陈肇麒，乘搭价值6万元的头等机位返港助阵，他在决赛对日本一役，下半场后备上阵仅两分钟便头槌顶入，协助香港