菲勒在人生的后40年致力于慈善事业，主要是教育和医药领域，而在1897年结束对标准石油的直接管理。他出资成立洛克菲勒研究所资助医学研究，主要贡献包括；成立约翰霍普金斯公共卫生学院、哈佛大学公共卫生学院、北京协和医学院，根除北美钩虫和黄热病，赞助野口英世的梅毒病原体研究，赞助亚历山大·弗莱明的青霉素研究。他也对黑人族群特别关照，斥巨资提升黑人教育。他是虔诚的北浸礼会教友，并支持了很多教会背景的机构。今天的两所美国顶尖大学：芝加哥大学与洛克斐勒大学都是他创办的。现今的纽约市也有许多洛克菲勒家族出资建立的地标