1925年，成为福音医院院长。1927年，南昌起义部队途经长汀时，傅发动当地医务人员为起义部队服务。1929年，红四军攻占长汀县。傅为红军和中共政权培训了大批医务人员。1933年，参加中国工农红军，原福音医院改为中央红色医院，任院长。1934年，随部参加长征。期间，毛泽东、周恩来等领导人身患重病时，都是由他专门医治康复的。1937年1月，傅连暲在延安组建中央苏维埃医院，任院长。1938年9月7日，加入中国共产党。同年冬，任中共中央总卫生处处长。1945年，参加中共七大，后任中共中央军委总卫生部副部长。