6年11月，孙中山大元帅府旧址被国务院列为全国重点文物保护单位。1998年10月19日，广州市政府接收孙中山大元帅府旧址，搬迁保护范围内首期60户居民，并开始筹建孙中山大元帅府纪念馆。1999年—2000年，开始北楼及南楼的整修，期间斥资1500万人民币对原有的六层居民宿舍楼进行搬迁，以复建大元帅府门楼。2001年7月，南楼整修完毕，并举行“百年帅府”复原陈列展览，纪念馆首次向外开放。2001年12月，北楼整修完毕，并举行“孙中山三次在广州建立政权”史料陈列展览，实现第二期开放。2002年，完成旧址大门