其应用与日俱增，并逐渐取代氯气（在水处理过程中被称为游离氯）。NHCl远比游离氯稳定，且不易在水中被浪费。相对比起游离氯，其与有机化合物反应形成有机氯化合物的趋势较小，但依旧存在；这些有机氯化合物包括氯仿和四氯化碳；这些物质在已被确定为致癌物质，美国国家环境保护局从1979年起开始管控饮用水中的这些有机氯化合物的浓度。与此同时，一些不受管制的副产品有可能造成更大的健康风险。以氯胺净水亦可能增加饮用水中铅含量，尤其是对于老旧住宅而言。暴露于此种高铅浓度的条件下，或导致血液中铅含量增加，并可能造成重大健康风