并由于高雄市升为直辖市后，临时市议会建议在高雄市设立高等法院之分院，本院遂于1990年2月1日成立，管辖高雄屏东及澎湖地区地方法院之第二审上诉、抗告案件及该地区属于高等法院管辖之第一审案件，同年5月1日，开始受理案件。1999年9月15日，台湾高雄少年及家事法院成立，该院亦成为本院的辖区法院。为保障澎湖县县民之诉讼权益，本院于2013年4月30日设立澎湖庭（原台湾澎湖地方法院马公简易庭）。