9月16日他在对阵马德里竞技的比赛中进球但球队3–4告负, 下个月他在对西班牙人的比赛中梅开二度但依然没能为球队拿到分数。在帕科·赫梅斯麾下，巴普蒂斯唐在他的首个赛季很快成为球队的常规首选。2012年11月3日，他两度助攻皮蒂帮球队2–1 客场击败马拉加， 在下一个比赛日他打进个人赛季第五球, 球队主场3–2击败塞尔塔。2013年1月,冬季转会窗开启，巴普蒂斯唐与前往诸如利物浦, 曼联, 女王公园巡游者, 利兹联以及布莱顿等球队的传言相联系, 但并未成行。2月14日, 他在经过几周休赛后的第二场比赛