用饭田直景与森本一久设计制造的新武器——龟甲车攻击北门，龟甲车一度遭到守军投掷燃油放火点燃损失惨重，隔天，日军在龟甲车舖上重重牛皮，使得攻势得以顺利进行，晋州城摇摇欲坠，六月廿九日，日军突破晋州城城墙，后藤基次、饭田直景与森本一久当先攻入城中，忠清道兵使黄进奋力守卫东门不幸中弹身亡，晋州府使徐礼元、泗川县监张润战死，倡义使金千镒及其子象干、庆尚道右兵使崔庆会、义军将领高从厚由城南矗石楼投入南江自尽，金海府使李宗仁、巨济县令金俊民等人死于乱军之中。
战后.日军在战后进行屠城，大约六万