郑成功在任职荷兰通事之何斌的引导下，通过鹿耳门港道，越渡台江内海，首先攻下普罗民遮城。之后郑氏将台湾赤崁定为东都明京，于普罗民遮城设承天府衙门，并颁佈谕告：「东都明京，开国立家，可为万世不拔基业」，设一府二县。9个月后，郑成功再攻下热兰遮城，结束了荷兰东印度公司在台湾38年的经营。随后，郑成功改热兰遮城为安平城，做为延平郡王府邸，人称「延平王城」；已改名承天府衙门的原普罗民遮城，则做为全岛公家最高行政机构，俗谓赤崁楼。然而不到半年，郑成功即病逝。其世子郑经自厦门起兵返台，打败了其叔父郑世袭而即位，在16