涉及贪渎案被起诉而辞职。高孟定获得民进党提名参加斗六市长补选，但未当选。2009年8月30日，高孟定出席国民党云林县第二选区立法委员补选候选人张艮辉斗六区竞选总部成立大会，批评民进党「向下沉沦」、提名「一个只想为自己争一口气的人选」刘建国参选、牺牲「博士人才」李应元，所以他对民进党已经没有期待，他不怕被民进党开除党籍，所以他公开支持张艮辉以让云林县「向上提升」。 民进党云林县党部主任委员许根尉反批，高孟定鄙视刘建国的学历，云林县民应该体会「学历不代表能力，云林县要的是为民服务的立委」。