正草案》首度送交立法院审查，并曾于民国79年（1990年）元旦二读；但行政院于该年6月将其撤回。当时的草案重点为：将8部增加为12部,新设或改名重组的有：将委员会数量减为7会，共设：并增设2总署及1总处，分别是：
陈水扁政府时期.民国93年6月制定《中央行政机关组织基准法》后，随即拟定《行政院组织法修正草案》。此版本中央政府部门调整为十三部、四会和五独立机关。重点为：13部中有11个新设或更名重组，共有：4会中新设2会：5独立机关中除将央行、中选会和公平会改