，南开已发展成为一所包括人文社会科学、自然科学、技术科学、生命科学、管理科学及艺术等多学科的综合大学。1990年8月，天津柠檬酸厂并入南开大学新技术实业集团公司。1991年，叶嘉莹应邀在南开大学创办中华古典文化研究所。1994年，外经贸部直属的天津对外贸易学院并入南开大学。1995年，南开大学入选中国首批“211工程”院校。1990年代后期，中国大学合并浪潮中，时任国务院副总理李岚清希望南开大学和天津大学根据“共建、调整、合作、合并”的方针进行合并，教育部和天津市以第十个入围985工程的名额等条件向两校