于1970年成立。起初由香港教区、澳门教区、耶稣会和慈幼会合办（1985年再邀得方济会加入）并于1973年起接受信徒入读。自此，修院由专职培训神职人员，发展成同时为教友提供进修机会的地方。神哲学院的神学部及哲学部先后于1974年至1976年间成为罗马宗座传信大学属校。宗教学部亦于1989年成立，同样地获得宗座传信大学神学院的认可。其后，神学部于1994年取得了宗座传信大学的同意，开始一个为期两年的神学硕士学位课程，因此神学部需从宗座传信大学附属学院的地位提升为该大学的成员学院；最后，公教教育部于1997年终