水训练外，特别任务连亦成立海事反恐怖活动小艇队，定位及规模均比较水上攻击队高，训练内容比较水上攻击队更为广泛。
协助中华人民共和国建立首支两栖特警队.2007年，为了配合香港先后举办2008年夏季奥林匹克运动会马术比赛及2009年东亚运动会，特别任务连特别进一步提升其能力，引入了战术突击防护车等。2008年8月18日，中华人民共和国第一支水陆两栖的特种警察部队──深圳市公安局边防支队海上特勤队正式成立。在深圳市人民政府邀请下，特别任务连派遣了1名人员负责对其进行为期1年的潜水技能方