县市皆设有服务站及专勤队，为民众办理入出国及移民涉外事务相关手续，并在台北松山机场、桃园国际机场、台中国际机场、台南机场、高雄国际机场、花莲机场、台东机场、澎湖机场、基隆港、台北港、台中港、高雄港、花莲港、澎湖马公港、金门水头港、马祖福澳港、马祖白沙港等海关设有入出境旅客证照查验点；亦在海外派设有28个移民工作组，服务海外侨民办理入出境谘询、服务事项。
历史.自草创至设署，最早是由台湾警备总司令部及台湾省政府警务处採取入出分管、军民分管，而且分地办公。初无专责机关，到统合军民入出境