奉旨接替张显贵，于澎湖群岛担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为从二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海崃的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。光绪元年，升任提督。光绪四年，任山东登州镇总兵、同年改福建海坛镇总兵。澎湖县马公市红木埕武圣庙中，供有吴氏含官衔全名的牌位，以及多枚匾额落款出于吴奇勋之题。