83年在贱岳之战中杀死了敌将山路正国，从而取得重要战功，成为贱岳七本枪其中一人，获封3000石。1585年当秀吉就任关白一职的同时，获封从五位下主计头一职。1586年参加九州征伐。统一九州后，1587年（天正15年）取代施政失败的佐佐成政，1588年与小西行长受封新领地，两人各分得半个肥后国，清正获得肥后北半国19万5,000石、入主隈本城、天正19年（1591年）大规模改修熊本城作为居城。。清正在肥后国治绩良好，利用生麦特产品化进行南蛮贸易。除了商业政策外，在治水方面亦获得佳绩。天正17年（1589年）