甲基己烷通常被认为是一种溶剂，所以即使其存在于很多庚烷制品中也不会被认为是有害的杂质，因为庚烷通常被作为溶剂而使用。尽管如此，通过精馏，可将2-甲基己烷和正庚烷分离出来。在烷烃中，支链较多的同分异构体更易点燃和充分燃烧。因此，2-甲基己烷的自燃温度和闪点均比正庚烷低。理论上2-甲基己烷的燃烧会产生更少碳烟，发射出较高频率的辐射；不过由于正庚烷和2-甲基己烷只有一个碳原子排列的区别，两者在燃烧时均产生明亮的黄色火焰。2-甲基己烷的熔点和沸点均比庚烷低。值得一提的是，在大多数碳氢化合物中，直链烃和其具有