7年4月第二次修法时，改依主管机关区分为国定、省（市）定、县（市）定三类，分别由内政部、省（市）政府及县（市）政府审查指定之。2000年1月第三次修法时，配合精省政策而将省（市）定古蹟简化为直辖市定古蹟；并在随后修订的施行细则中将原有省定古蹟「升格」为国定古蹟。随着2010年五都改制及2014年桃园县升格，其辖下之县（市）定古蹟亦随之升格为直辖市定古蹟。由于台湾本岛的城镇发展由台湾府城、彰化鹿港及台北艋舺开始，有一府二鹿三艋舺之谓，所以古蹟众多，其中曾为台湾统治中心的台南和台北两地的古蹟数量均超过百处。