线存在很多重叠，因此惹来乘客不满，要求收费较高的89X特快线改经观塘道，避免使用路面狭窄的牛头角道，以加快行车速度。另外，因本线与89线的行车路线相近，且途经沙田市中心和观塘市中心一带，两区居民经常拿此两线的行车时间作比较。虽然89X线不用途经黄大仙及钻石山，但因途经圆洲角及沙田第一城较为费时，乘客大致认为89线整体上比89X线快。由于本线经营环境变化不大，开办至今再没有作出大改动，只在1990年代中大老山隧道空气质素令人关注，九巴因此尽快为本线改派空调巴士行走；而2000年代，则引入超低地台巴士途经医院