上海，先在南京学习中文，随后派往河南省，在该省传教长达三十年之久。最初几年的驻扎地点包括襄城县、周家口（今周口市）、陈州府（今淮阳县）以及南部的赊旗店（今社旗县）。1900年夏天，中国北方发生排外的义和团暴乱，金纯仁和他的同工被迫逃离赊旗店，辗转逃到汉口，幸免于屠杀。随后他转往烟台。他的逃难经历见于他姐姐金乐婷在1930年出版的《金纯仁传教中国河南记》。义和团暴乱平息后，金纯仁于1902年初被官府护送，回到赊旗店。同年，他和同工包崇德（Robert Powell）二人，成功进入此前一直禁止传教士进入