业已在进行，为避免院务推动出现空窗期，授权三位副院长代理其职务，待选出新院长后最快在一、两周内办理提前交接，然而5月10日总统马英九核准他在3月29日提的辞呈，下一任院长留待即将上任的总统蔡英文圈选。2017年1月，士林地检署依贪污罪起诉。7月，被监察院以涉及8项违失通过弹劾，送交公务员惩戒委员会处理。2019年4月3日，被公惩会以8项违失成立2项记申诫，分别是以浩鼎股东郑秀珍名义和女儿持有浩鼎股票未依法申报，还有中研院和浩鼎的合作案未依利益冲突回避处理原则可能使其直接或间接获利，其余则为事证不足或无违