后参与政事而遭慈禧太后降懿旨罢官，后到山西主讲于令德堂，任令德堂山长。光绪二十六年（1900年）屠仁守因办学成绩突出得授五品卿衔，后因被山西巡抚毓贤弹劾而入陕西，在三原县宏道书院讲学。同年两宫西狩至陕西西安，屠仁守被大学士鹿传霖保荐而获朝廷“特旨授光禄大夫”，下令“交政务处委任”，然终未获任职，此后他一直从事教学活动。光绪二十七年（1901年）屠仁守任陕西大学堂总教习，光绪二十九年十二月（1904年1月），屠仁守因病不再任陕西大学堂总教习，不久即病逝于西安，终年71岁。 
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