长江上游总司令是中华民国北京政府时期设置的军事官职。
沿革.1914年4月，袁世凯在岳州设立长江上游警备总司令部，任命曹锟担任总司令。1916年8月，北洋政府在岳州设立北洋军驻岳州总司令部，吴光新担任总司令，节制北洋陆军第二、三、五、十三等混成旅及陆军第二十师等部。1917年8月，北洋政府任命吴光新为长江上游总司令兼四川查办使，长江上游总司令部设在宜昌，辖北洋陆军第二、十三混成旅，节制驻岳州的陆军第二十师等部。1917年11月，吴光新被解除四川查办使的兼职，于同年12月回到宜昌招募