北京大学农学院任助教。1949年任中国科学院生理生化研究所助理员、助理研究员。20世纪50年代开始，彭加木参加科学院综合考察委员会的工作，十余次进入新疆协助建立科研基地，后筹建中国科学院新疆分院，为新疆的研究起到巨大的推动。1961年任中国科学院上海生物化学研究所副研究员、研究员。1979年兼任中国科学院新疆分院院长。主要从事植物病毒研究及防治工作。
失踪.1980年5月，彭加木率队考察罗布泊，首次成功自北向南纵穿罗布泊干涸湖底。考察队缺水、缺油。6月17日，彭加木不顾个人安危，独