2001年6月，兼任中共南宁市委书记；2003年5月，升任广西自治区委副书记。2006年7月，李纪恒调离家乡广西，任中共云南省委副书记。2011年8月，获提名出任云南省省长，2012年2月，当选云南省省长。2014年10月14日，中共中央决定其代替秦光荣，出任云南省委书记。2016年8月，不再担任中共云南省委书记。2016年8月29日，中共中央决定由其担任中共内蒙古自治区党委书记。2018年2月24日，当选为第十三届全国人大代表。2019年10月26日，调任民政部部长。