eepfin.org的分类法，本目属于真棘鳍类鲈形亚类虾虎鱼系。过去，本目鱼类被归类于鲈形目之中，其中钩头鱼科被放在钩头鱼亚目，而天竺鲷科被放在鲈亚目鲈总科，但分子遗传学的研究显示钩头鱼科与天竺鲷科可组成单系群，而虾虎鱼类又是它们的姐妹群，且传统的鲈形目是个过于庞大的并系群，因此将本目独立出来与虾虎鱼目组成虾虎鱼系。
内部分类.依2017年《硬骨鱼系统分类》（Deepfin第4版），本目包含2科，可归类于2个亚目：虾虎鱼系各科关系如下：