不敌而退至东山。清军登陆两岛后，男女被掳掠一空，最后「堕其城、焚其屋，弃其地而回。」不久明郑又重返金、厦两岛，至1680年（康熙19年；永历34年）明郑投降，金、厦遂为清朝所有。康熙平台后，金门航运地位逐渐为厦门所夺。清代中后期，因生活困难，金门人相率下南洋或东渡日本，成为海外侨民。在民国以前，金门向属同安县。1912年（民国元年），金门、厦门析置思明县，县治设于厦门。1915年（民国4年），金门独立设县。全县辖都六、保十、乡（自然村）一百六十六，金湖地区包括第四都沧湖保的全境及第二都琼山保的中部地区。