以位在上游的大崙溪为主流，发源于中央山脉标高3,293公尺的卑南主山东侧，朝东北东方向流经新溪头、拔六头，于南横公路新武桥与雾鹿溪汇集，转向东南流经初来、新兴，至池上乡万安村附近才改称「卑南溪」。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：