多了一些格斗游戏跨界作品在新的千禧年发售。最富产的2D格斗游戏厂商卡普空和SNK，结合两家的智慧财产权制作出《》。由SNK率先于1999年在自家掌上主机Neo Geo Pocket Color上推出《顶上决战最强战士 SNK VS. CAPCOM。GameSpot评为「大概是古往今来最先发制人的作品」并赞扬为掌机最棒的格斗游戏。卡普空2000年在街机和Dreamcast推出《》，隔年又紧接着发售续作。虽然不若SNK掌机版般成功，《CAPCOM VS. SNK 2 EO》被记录为第一款成功利用网路对战的格斗游