拉侯赛因-阿里·蒙塔泽里批评霍梅尼严刑对待囚犯，因此而被迫辞去德黑兰星期五礼拜领祷者一职，霍梅尼委任哈梅内伊代替他的职务。哈梅内伊曾短暂任职国防部代理部长和伊斯兰革命卫队的主管。作为议会国防委员会的代表，他也曾经上过战场。1981年6月，哈梅内伊在一次记者会里遭到暗杀，一个炸弹被暗藏在录音机里，他被爆炸波及，右手永久失去活动能力。1981年，总统穆罕默德·阿里·拉贾伊被暗杀，哈梅内伊在总统选举以一面倒的票数成功当选伊朗总统，他亦是第一位担任总统的教士。霍梅尼原本不想由教士出任总统，但后来改变了主意。