部中有11个新设或更名重组，共有：4会中新设2会：5独立机关中除将央行、中选会和公平会改制外并增设： 但该版本未完成立法。
马英九政府时期.行政院于民国97年（2008年）7月21日成立行政院组织改造推动小组，由行政院副院长担任该小组召集人。并于民国98年（2009年）4月9日通过《行政院组织法修正草案》拟将部会整併为十三部、九会、二总处、二其他机关及三独立机关。该版本重点为：13部中新设及更名重组6部，分别是：委员会中增设国家发展委员会和海洋委员会。3个独