民主联军的技侦工作陷于困境，情报获得锐减。1947年6月，东北民主联军进攻四平失利，与情报不准有直接关系。之后，曹祥仁与林非、岳军等人建立新的工作方法，不久后便破译了国军的密码，重新掌握了东北国军情报。1948年8月，任东北野战军副参谋长兼第二局局长。辽沈战役期间，东北二局的情报为林彪等东野首长决策提供重要支撑。林彪赞扬说：“二局工作很重要，在这次战争中起了极大的作用。战争之胜利有你们的工作因素，其作用不亚于几个纵队。”1949年3月，任中央军委机要工程学校校长兼党委书记。
共和国时