作为助教辅佐时任17岁以下梯队主帅的。至2010-11赛季，纳格尔斯曼加盟霍芬海姆，并在那里第一次全面负责青训部的培训工作。2012年12月，他又以助教身份跟随临时主教练，进入一线队的教练组。在该赛季的随后的过程中，他又相继辅佐克拉默的继任者和马库斯·吉斯多尔，帮助球队在德甲成功保级。至，纳格尔斯曼放弃了一线队的助理教练一职，转而接任俱乐部19岁以下梯队的主教练。在这里，他得以凭借26岁的年龄成为夺得19岁以下德甲冠军的最年轻主教练。在，纳格尔斯曼也率队夺得了西部/西南部赛区的冠军。与此同时，他还顺