德川联军入侵甲斐，武田家灭亡，土屋长安转而出仕德川家。并负责建造德川家康在甲斐的临时住所，家康在此时发现了大久保长安的才能并加以录用。另一说是透过家康的近臣、也就是旧武田家臣成濑正一的引荐，将善于管理金山的长安介绍到了家康的麾下。就这样，长安成为大久保忠邻的与力，也就在此将姓改成了大久保。天正10年（1582年）6月信长死后，甲斐国成了家康的领土，但此地自武田灭亡后一直混乱不堪，家康命令本多正信与伊奈忠次负责重建甲斐的内政，而实际上是由大久保长安一手完成。大久保长安修复了釜无川及笛吹川的堤防、开发新田，