系统丰富，但由于近岸的过度开发，部分地区生态被破坏。植物有维管束植物共4829种，其中木本植物1400余种，国家一级重点保护野生植物12种、二级重点保护44种，省级重点保护野生植物139种，孑遗植物及特有、珍稀属种较多，如如百山祖冷杉、普陀鹅耳枥、天目铁木等，百年以上古树及名木共21.84万株，其中500年以上国家一级保护古树6149株。共有野生嵴椎动物775种，其中国家一级重点保护野生动物16种、二级重点保护79种。近岸浮游生物共530种，潮间带生物649种；海域鱼类386种，其中国家保护物种5种，中