孙元衡（），字湘南，中国清朝官员，安徽桐城人。
生平.孙元衡爲贡生出身，康熙42年（1703年）任台湾府海防补盗同知。康熙45年(1706)接替病逝于任内的毛殿飏，代理诸罗县知县。康熙四十六年（1707年）改任台湾府台湾县知县。
着作.康熙42年(1703年），孙元衡完成《赤崁集》。