多反对党如宣党、崑党、齐党、浙党等兴起并与东林党互相倾轧。自此门户之祸坚固而不可拔，图使朝政空转内耗。明熹宗时阉党专权，东林党受到严重打击，直到明思宗初期才重新被启用。在对外军事方面，以万历三大征最为显着，分别为平定蒙古哱拜叛变的宁夏之役、抗击日本丰臣政权入侵朝鲜王朝的朝鲜之役，以及平定苗疆土司杨应龙叛变的播州之役，这三场战争几乎同时发生，其性质均不相同。明朝于三战皆胜以巩固明朝边疆、守护朝鲜王朝，但也消耗大量人力物力，成为国库空虚、财政拮据的重要原因之一。粗略统计出这八年间国家的军事开支高达一千一百六