10年（永正7年），足利义稙派遣细川高国、大内义兴攻打近江，被近江国人众击退。此后足利义澄又向丰后国的大友亲治、播磨国的赤松义村发出御内书，寻求复辟的支持。翌年八月十四日（1511年9月6日）义澄与足利义稙、细川高国、大内义兴对峙时在近江国水茎冈山城（滋贺县近江八幡市）死去，享年32岁（满30岁），法名法住院殿旭山道晃。足利义澄死后的第九天，义澄派和义稙派在船冈山爆发决战，最终义稙派胜利，足利义稙将军之位得到了确定。随后双方阵营达成和解，足利义澄的儿子足利义晴和足利义维，分别被被託付给了义澄派的赤松义村