研究具有成千乃至上百万原子数的大型生物系统或材料。全原子分子力学方法具有以下性质：这个方法有几个可能的变体。例如，许多模拟方法曾使用“原子团”模型（此模型将一个甲基基团或亚甲基单元视为单个粒子），而大型蛋白系统则通常使用“珠”模型（此模型将一个氨基酸视为二至四个粒子）进行模拟。
函数形式.下文中的函数（即化学势函数，或称化学力场函数），用于在给定的构象下，对独立能量进行加和，计算分子体系的势能（E）。formula_1其中，共价键和非共价键的贡献由下面的和式求出：