前派往东帝汶工作的印度尼西亚公务员，许多人是在1999年东帝汶独立后离开东帝汶的。印度尼西亚统治期间，东帝汶的穆斯林人口众多，主要为来自印度尼西亚其他地区的马来裔移民组成，也有少数东帝汶居民皈依伊斯兰教，还有一小部分在葡萄牙统治时期居住在东帝汶的阿拉伯穆斯林。阿拉伯穆斯林与东帝汶社会融合良好，但马来族穆斯林有时并非如此融洽，东帝汶只有少数马来穆斯林民族留下。“东帝汶宪法”保障人民的宗教自由，人民受到宗教侵犯或歧视的案件不多。
天主教.东帝汶有90多万（96％）天主教信徒，由葡萄