学经费主要来自官方拨款。津海关道盛宣怀在筹建北洋大学堂时，预估每年需经费银52000两，向清廷提议以开平煤税、漕运税收及电报局收入作为办学经费。光绪帝批准相关经费解交至津海关道库存储，用于北洋大学堂开办经费。1903年，北洋大学堂在西沽复校时，直隶总督袁世凯从直隶省征收的粮租中酌提盈余、专款存储，作为北洋大学堂办学经费，每月拨款。1908年夏季北洋大学堂规模扩张，清廷学部遂增加拨付经费额度。1912年，中华民国成立后，北洋大学堂举办经费由教育部负责，但经费被大幅调减、幅度逾半，导致学校开始常年面临经费不足的