2008年4月29日报道称，有关西藏骚乱事件最早的报道便是来自自由亚洲电台，尽管该电台在西藏没有记者。评论还称，自由亚洲电台的对中国广播充斥反华内容，主要是中国的负面新闻。而2014年《环球时报》的另外一篇报道中也指责，自由亚洲电台维吾尔语广播“宣扬‘仇汉’和‘疆独’思想”、煽动暴力。
中华民国的批评.2017年11月7日，中华民国空军一架由何子雨上尉驾驶的空军编号2040幻象2000-5EI战机在训练时突然失踪。8日，中华民国国防部召开记者会说明情况，自由亚洲电台记者在记者会上提