04年12月当选第6届台联不分区立法委员，2008年中华民国立法委员选举赖幸媛排名台联不分区立委名单第三位，但台联政党票共得三十四万四千八百八十七票，得票率3.53%，并未被分配到席次，赖幸媛连任失利。
陆委会主委.2008年中华民国总统选举后马英九当选总统，在台联「维护国家尊严、照顾全民利益、彰显台湾主体性」等三大前提原则之下，赖幸媛于2008年5月20日起加入刘兆玄内阁，任行政院大陆委员会（陆委会）主任委员，成为刘兆玄内阁的阁员。但因赖幸媛的本土与倒扁背景曾引发蓝绿双方的议论，