也倍受排挤打击，不能团结对敌，这就给了清军以喘息之机。1649－1650年，何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘杀，清军重新佔领湖南、广西；其他刚刚收复的失地也相继丢掉了。不久，李过之子李来亨等农民军将领率部脱离南明政府，转移到巴东荆襄地区组成夔东十三家军，独立抗清。这支部队一直坚持到1664年。综观1645－1651年间，南明军与清军作战中，败多胜少，大批南明的军队先后降清。先后丢失了江苏、安徽、浙江、江西、福建、两广、两湖等等领地，地盘尽失。直到以孙可望为主的大西军加入，再次改变了整个局势。