因配合军事审判法修正，军事案件全数移由司法处理。林毅夫案全案卷证，于2014年1月13日移由金门地方检察署接办，林毅夫继续发布通缉。
案件所涉法律和抚卹金追讨.
所涉法律.中华民国军方强调林毅夫身为驻守金门战地之中华民国国军军官，其1979年阵前叛逃之行为不可原谅，根据《》投敌罪发佈通缉；台湾《大纪元时报》指出该《中华民国陆海空军刑法》中有规定，「投敌者，处死刑。」
抚卹金问题.林毅夫当年「失踪」经搜寻一年无结果后，284师依规定