对等与个人资讯安全等问题上存有疑虑，亦有人质疑电子台胞证将台湾民众“中国公民化”。对此，中华民国行政院大陆委员会于2015年10月1日应立法院邀请提出专题报告时说明：“两岸人员往来系各自核发证件：基于两岸关系特殊性，双方人员往来，向来即非持凭护照出入境，台方是核发大陆地区人民入台证，陆方则核发「台湾居民来往大陆通行证」予台湾民众。入台证标示「中华民国」及国旗，而台湾对于外来人口的境管，也较严格（自2015年3月1日起，所有大陆人士入台都要按捺指纹）。陆方单方作为，不会改变两岸关系定位：台方所主张的两岸关系定