长门市辖区在过去的令制国时代属于长门国大津郡，其范围也大致相同；15世纪大内氏统治此地时曾在此建有，江户时代则属于长州藩，并且曾经因做为捕鲸基地而繁荣。1889年实施町村制后，现在的长门市辖区分属、、、、、、、，共8个行政区划。位于的港口在第二次世界大战结束后，曾作为海外国民引扬归国的主要港口，当年在此自海外返回的日本人多达41万，同时原先滞留在日本的外籍人士，从返回自己国家的人也多达34万。1954年，原属仙崎通村、深川村、俵山村的区域合併为长门市，其他区域则整併为三隅町、和3町；直到2005