学重点也逐渐远离天主教思想。慢慢，一些基督新教提倡者在大学里开始散播自己的思想，大约一个世纪过后，剑桥成为新教分裂活动的中心地。
数学与物理学的发展.从十七世纪牛顿任职期间到十九世纪末，剑桥大学一直偏重于应用数学的教育，特别是数学物理。当时，数学物理为所有学生必修的科目，即便是修读文学士课程的学生。最后，学生们需完成名为“Tripos”的考试来分毕业的等级荣誉。剑桥的数学竞争非常激烈。当中也培养了不少有名的英国科学家，如詹姆斯·克拉克·麦克斯韦、威廉·汤姆森及约翰·斯特拉特。不过，