葡萄牙于印度沿岸其他的佔领飞地，葡萄牙不仅在果阿屯兵，还期许将果阿建设成一处殖民地及海军基地。根据果阿宗教裁判所（1560年–1812年）的命令，许多果阿的本地人都被传教士强迫改信天主教。成千上万的居民为了逃避质问和侵扰，纷纷移居邻近的卡纳塔克邦、门格洛尔和卡尔瓦。16世纪，当其他欧洲列强抵达印度时，大部分葡萄牙的属地被英国和荷兰取得。葡萄牙在印度的属地只剩下沿着印度西海岸少数几个飞地，果阿是其中最大的一个，并且很快成为最重要的海外属地，被赋予与里斯本同样享有的地位特权。葡萄牙殖民当局鼓励葡萄牙人与