来越依赖于特别攻击队。到战争末期，日本海军虽然推出几种如川西紫电改和雷电等优秀的设计，但因为工业能力与资源储量的限制，外加对方针对性的轰炸未能量产化。日本为了弥补数量上的劣势，推出震电歼击机和樱花特别攻击机等极端设计。中岛的橘花攻击机和三菱的秋水得到盟友德国方面的技术援助（大部分通过图纸），但都未能对战局有任何改变。日本海军在整个第二次世界大战中拥有种类最丰富的潜水艇部队。从有人操纵的回天式鱼雷，与式小型特殊潜水艇，中型潜水艇，补给潜水艇（大部分为陆军所用），远距离潜水艇（不少载有飞机），高速潜水艇到可