嘴的长度比较海豚短，而且由于嘴上的脂肪层这个突出完全看不出来。身体粗壮，背鳍呈三角形。背部黑色，从背鳍开始有一块灰色的部分，腹部白色。从嘴边到胸鳍的根部有一条黑道。背鳍、胸鳍和尾鳍以及尾鳍的根部也是黑色的。幼兽的腹部部分也是黑色的。这种现象被称为幼年黑化。港湾鼠海豚很少有患白化症的。背鳍的后部没有凹的部分，而是垂直向下。其根部的宽度约为高度的两倍。胸鳍比较短，端部尖。尾鳍约60厘米宽。上颚每边有22–28颗很短的牙齿，下颚的牙齿数为21–25颗。牙齿呈片状或铲状，后部的牙齿有带有3个丘的咀嚼面。