同三司，加侍中、假节、都督青州诸军事，领青州刺史，自此与苟晞有仇隙。同时怀帝下诏司马越爲丞相，领兖州牧，督兖、豫、司、冀、幽、幷六州。司马越恐清河王司马覃终爲储君，矫诏将他收押金墉城，次年将他杀害。永嘉二年二月（308年），自许昌迁于鄄城。同年，汉国王弥攻入许昌，司马越遣左司马王斌率甲士五千人入卫京都洛阳。鄄城自坏，司马越移屯濮阳，又迁于荥阳。司马越召命田甄等乞活军，但田甄不受命，司马越另派监军刘望讨伐田甄。刘望渡过黄河后河，田甄撤退。李恽和薄盛斩杀田兰，率领部衆投降；田甄、任祉和祁济于是弃军奔到上党。