华兴会起义消息走漏被搜查，黄兴等人受黄吉亭藏匿，胡兰亭前往长沙，协助黄吉亭将黄兴送离长沙。1906年，法国军官欧几罗（）奉孙中山委派查访各地革命组织，1906年6月到达武汉，在日知会举行革命演说，惊动清政府。同年12月初，中国同盟会策动萍浏醴起义，刘静庵等日知会成员策划起义但被举报，刘等九人相继被逮捕，日知会被查封，时称「丙午日知会谋反案」，当时胡兰亭正在日本先后入弘文学院、帝国大学留学，亦被列入清政府拘捕名单中。1909年，清廷解除拘捕令，胡兰亭回国任武昌圣马可堂牧师，常以传教为由探视刘静庵。在此