件期间的交涉协调，证明土肥原贤二的作为战争策画者的犯罪事实。中华民国国防部在民国三十五年成立，负责相关政务的秦德纯转任国防部次长，在部长白崇禧因公外派时代行政务。1948年（民国37年）12月，行政院任命秦德纯为山东省政府主席，兼青岛市长。当时中国人民解放军进军山东。1949年（民国38年）3月，秦才到青岛就职。就职仅8天，他就乘飞机到广州。5月14日，李宗仁发布总统明令；兼任青岛市市长秦德纯呈请辞职，秦德纯准免兼职，任命孙继丁代理青岛市市长。复任国防部次长。同年8月，他到台湾，后任总统府战略顾问。