0世纪后，延暦寺逐渐发展出自己的武装力量，拥有大量的「僧兵」，甚至可以与贵族及武士抗衡，后来也在战国时期中成为一股独立的势力，但由于邻近京都，也因此比叡山曾先后遭受足利义教、细川政元、织田信长的攻击。12世纪末的源平合战期间，也曾在此区域发生粟津之战，源义仲也在此役中阵亡。16世纪战国时代末期，织田信长在1571年后，将此地封给明智光秀，在此建立坂本城，一方面监控延历寺，也借此掌控琵琶湖水域的航运。在丰臣秀吉崛起后，坂本城曾先后交由、浅野长政，1586年丰臣秀吉指示浅野长政在南方更靠近京都的大津新建取代