在工具辅助解谜，就能够得出实际的蛋白质模型。每当结构被变动，一个“分数”会根据折叠的完善程度给出。Foldit用户可以创立加入小组，分享各自的方案。也有小组高分榜。生物制造主要蛋白质结构的方式（蛋白质生物合成）在原理上已经为人类所理解，此即蛋白质DNA测序的方法。而解明肽链是如何折叠成三维的蛋白质结构更为困难；虽然大致的程序已经为人所知，但蛋白质结构预测还是需要大量的运算。Foldit尝试利用人脑天生的三维图形匹配能力。目前该程式出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质；透过分析人类在解这些谜题时的