归葬于灵岩山的东北麓。诏赠太子太保，未加谥号。
身后.嘉庆四年（1799年）朝廷追究镇压白莲教不力，又任内因胡齐仑任意侵贪、克扣军需，私扣二万九千两，馈送给各营将军、督抚花用，其中永保就达六千两，死后被削夺世职，抄没家产。时任江苏巡抚的岳起奉命前往娄东执行抄家事宜，临行前夕，面带微醺，岳夫人规劝道，毕秋帆“即以耽于酒色故，至于家产荡然。今相公触目惊心，方畏戒之不暇，乃复效彼为耶？”岳起听完后果然惊醒。
学术.毕沅本人好学不倦，治学遍及经、史、小学、金石、地