文澳城隍庙为中华民国内政部订定三级古蹟。建筑物历经多次换修，古物所剩虽然无多，目前尚存澎湖地区唯一皇帝御赐匾额「功存捍卫」，及石彫香炉刻有「嘉庆二十四年荔月（1819年）辛怀潘敬献」字样。1885年3月29日（光绪11年2月13日）法军攻打澎湖（清法战争中的澎湖之役），相传城隍爷显灵庇佑澎湖居民，未遭兵燹之灾。同年西历六月，法军与清廷达成〈中法新约〉，法舰撤军离开澎湖之后，巡抚刘铭传奏请城隍爷显灵之功，光绪皇帝分别御赐文澳城隍庙与妈宫城隍庙各一「功存捍卫」匾，匾额篆刻有「光绪御笔之宝」。2016年