毛治国担任交通部长时，推动的改革主要是借新还旧，利用政府的力量让银行团降息，以降低每年必须支付的利息成本。为了安抚银行团对高铁公司的信心，高铁公司的财务中设立了资金专户，一部份现金必须留在专户内用来归还债务，并且代表民股的殷琪辞去台湾高铁董事长，改由欧晋德以公股代表身分经营。除此之外，折旧的计算方式在2009年从直线折旧法改成运量折旧法，来降低每年的折旧成本，如此一来在帐面上可以暂时延缓破产，然而只要特许期一到，所有设备价值仍需归零。
第二阶段：2013-2015.2013年接替