珠江新城站现时共设有6个出入口，其中4个位于华夏路西侧的出入口独立通往地面，另外2个位于华夏路东侧的出入口则分别连接位于华夏路东侧的高德置地广场，富力盈凯广场、富力中心和合景国际金融广场，其中D出入口通道亦连通花城广场地下空间，并可通往西塔、花城广场和APM线花城大道站。过去车站全部出入口均在非付费区互通，但在站厅布局重置后，现时A、D出入口及B、C出入口两组出入口被付费区分开而不能互通。乘客如需来往两组出入口，需使用广州地铁app、微信或支付宝的乘车码功能，入闸穿过站厅付费区并在五分钟内出闸，即不收取