悟觉妙天禅师曾被指控涉及一宗诈骗案件。起因是当年殡葬管理法令不全，对于纳骨塔相关规定不完整。在当时的总统大选之后遭到指控，指控者透过媒体大肆报导其利用宗教敛财，经几名新党籍台北县议员唿应后，台北县政府在当年并无法源的情况下强拆悟觉妙天禅师购置用以贩售纳骨塔位两个楼层所属的建筑物天佛大道院，因而使一些纳骨塔位购买人蒙受损失而提告悟觉妙天禅师，最后由检察官起诉他明知道设有纳骨塔的天佛大道院（原名明安寺）是违规建筑，而且纳骨塔未有申请审核，却宣称纳骨塔可以永久使用，并因而在1992年至1996年出售超过10,0