义就佔领的摄津欠郡后便退回了京都。延德元年（1489年），将军足利义尚在讨伐近江国大名六角高赖途中病逝，政元推举堀越公方足利政知之子香严院清晃（后来的足利义澄）爲将军。但由于足利义尚之母日野富子与畠山政长的背后操作，最终成为第十代将军的是义尚从弟之子义材。政元对此结果感到不满。延德三年（1491年），将军之父足利义视去世后，政元独佔了幕府大权。政元考虑到自己既无妻室又无兄弟，于延德三年二月十三日收养了藤原氏九条政基的幼子聪明丸爲犹子，即后来的细川澄之。三月，政元赴东国旅行，访问了越后国，并与上杉房定