舰队联合组成东北方面舰队。1944年10月，在南方的部分第五舰队籍军舰，参加了俗称“志摩舰队”的第二游击队，一同参加雷伊泰湾海战（莱特湾海战）。12月15日，残余舰艇转入西南方面舰队。1945年2月5日，西南方面舰队解散，所属舰艇全部转入新设立的第十方面舰队。