皇太后维持实权。不足一月，中宗妹太平公主和侄子临淄王李隆基发动政变，杀韦太后、李裹儿。消息传出，韦巨源家人建议其躲避。韦巨源答：“我是大臣，有难岂能不赴？”出门到都街，被乱兵所杀。不久，李隆基拥其父亲，曾为皇帝的相王李旦复辟，即唐睿宗。睿宗追赠韦巨源特进、荆州大都督。太常博士李处直建议谥韦巨源为“昭”。户部员外郎李邕坚决反对，说：“武三思引荐他为宰相，阿韦（即韦后）以他为宗亲。无功受封，无德受禄。他诽谤同族韦安石，却阿附外人宗楚客。谥号‘昭’是不合适的。”后来又上了一篇更长的表文《又驳韦巨源谥议》反对此