特急型式运行。在2006年（平成18年）3月18日，由于进行北海道新干线工程，吉冈海底站停止参观，而「多啦A梦海底列车」也在同年8月27日结束运行。「多啦A梦海底列车」共有6卡编成，由藤子·F·不二雄制作公司特别监修，车厢内包装了不同的多啦A梦角色与法宝，车厢坐位的头套都经特别制造。另外，在4号车厢「多啦A梦车厢」中装修成自由空间，有播放多啦A梦大电影的视频。车内播放则由多啦A梦和大雄进行广播，在2005年（平成17年），由于多啦A梦动画有新阵容，车内广播则由原来的大山羡代（多啦A梦）与小原乃梨子（野比