京通铁路均穿过密云区，北京市郊铁路分别在这两条铁路上开行通密线（终到密云北站）和怀密线（终到古北口站）。从或也可前往密云区。区内有密云穆家峪机场，有前往内蒙古的通用航空航班。
教育科技.北京怀柔科学城东区（密云地块）主要位于密云区部分地区，与北京未来科学城和中关村科学城并称为北京市三大科学城之一。北京市政府明确提出将其打造成“百年科学城”。北京大学医学部将落户怀柔科学城东区。