出为饶州府、苏州府、绍兴府知府，清誉冠海内。升山东副使、迁福建参政、大同巡抚，因病乞休。为官有清誉。石崑玉曾遭应天巡抚李涞陷害，苏州推官袁可立昭雪其冤。
家族.曾祖父石梁；祖父石朝忠；父石承芳。母陈氏；继母廖氏。子石有恒、孙石确，皆进士。