利用皮萨罗和一位合伙人迭戈·德·阿尔马格罗在分赃问题上起的争端，以比尔卡班巴为中心起兵，一度夺回了库斯科城。曼科·卡帕克二世在比尔卡班巴建立新印加王国，并和他的后代死守比尔卡班巴长达36年之久，最后在1572年失守。最后一位萨帕·印卡，图帕克·阿马鲁被西班牙人抓获并处以死刑。也就是在1572年，印加人完全臣服在了西班牙人之下。瘟疫对印加人的摧残是巨大的。西班牙人来临之前，在哥伦比亚地区，天花已经猖獗。得益于高效的印加路网的传播，天花很快在印加人中蔓延开来。短短几年内，有60%-94%的印加人感染天花。天