政府参照苏联专业化的教育模式进行拆分，实施院系改革。交通大学由具有相当规模的理、工、管的多学科大学被拆分成单一的工科大学。大量院系调出。其中理学院中的数学、物理、化学学科被调到复旦大学；化学还支援成立了华东化工学院（现华东理工大学）；土木建筑全部被并入同济大学；管理学院的管理、会计、财务等系并入复旦大学和华东师范大学，部分支援成立了上海财经学院（现上海财经大学）；纺织系分离出去成立了中国纺织大学（现东华大学）；水利系由严恺带去成立华东水利学院（现河海大学）；航空工程系调整到华东航空工程学院（现西北工业大学）