日治时期后期改隶文山郡深坑庄万盛下辖之公馆及顶公馆（今文山区景美次分区万年里）。日治时期私铁台北铁道株式会社兴建万华车站至新店车站的铁道时，即在台北市南缘水道町内，邻近文山郡公馆处设有公馆车站，造成地名公馆向北移动。而西北方不足1公里处的台北帝国大学（今台湾大学）附近亦设有水源地车站。战后台湾铁路管理局买收此线，成为台铁新店线。冷战时期的公馆开始有军事设施进驻，蟾蜍山上设立了中华民国空军作战指挥部所在地「福兴营区」，台大校园南侧也划为驻台美军的台北通讯站（），当作美国空军第327航空师等部队