记录超过4,900种真菌（包括形成地衣的物种）。2006年时，南非估计有大约20万种真菌（不包括寄生于昆虫者）；根据该记录，南非的真菌数量比其植物还要多。
植物.南非的植物多样性特别丰富，拥有超过22,000种不同的高等植物，佔地球上所有已知植物种类约9%。南非最普遍的生物群落是草原，特别是高地草原，当地由不同的禾草、低灌木以及金合欢树等植物所组成，其中主要有及白刺树。往西北方向前进，由于降雨量少，植被变得更稀疏；在炎热干燥的纳马夸兰地区，有几种储水多肉植物，例如芦荟与大戟属植物。