2007年吕君昌等人建立了新的黄河巨龙科（Huangetitanidae）以包含黄河巨龙属。但Mannion等人（2013）发现这个演化支是个多系群。根据Mannion等人（2019）对于白垩纪亚洲蜥脚类的重新检视，黄河巨龙位在多孔椎龙类中接近基础泰坦巨龙类的位置，介于盘足龙科及安第斯龙科之间，系谱树如下所示：