更刺激了寺社的反抗。1181年1月，纪伊的熊野三山势力起事，在伊势、志摩等地和平家交战。（）。1181年闰2月，正在规划新体制及镇压作战的平清盛身染热病，于九条河原口的平盛国宅邸逝世，平家骤失龙首。4月平重衡率领大军东征，于墨俣川大败源行家，史称墨俣川之战。之后平家军一度追击到三河，但因源氏援军抵达，攻势才因而中断。
木曾义仲上洛.1183年4月，平维盛、平通盛受命征剿木曾义仲势力。平家军陆续击破越前、加贺等地，同年5月于加贺、越中国界的俱利伽罗峠与木曾军对峙，但为木曾军所破。