记载该寺住持是明光宗朱常洛的替身僧。清朝初年文人怀应聘在《游西山记》一文中称，当时寺僧曾对他说：万历帝曾驻跸该寺，寺内一直留有“龙座”等物，直到明朝灭亡才被该寺僧人销毁“灭迹”。清朝干隆二十二年（1757年）、道光二十三年（1843年）两度修缮。清朝的礼亲王将该寺作为家庙，清末醇亲王等权贵多次住宿该寺。清朝《日下旧闻考》记载，该寺首任住持是僧录司左觉义法师宗永。后来继任住持的元空、圣安、法安等人皆是高僧，法安还曾任全国佛教领袖。《日下旧闻考》刊载的李东阳《承恩寺记略》如下（原碑已无存）：　　承恩