以联署方式登记参选的宋楚瑜与林瑞雄（简称「瑜雄配」）。其中马英九以时任（第十二任）总统身份竞选连任、吴敦义为时任行政院院长，蔡英文与宋楚瑜则皆以在野党党魁身份参选，苏嘉全时任民主进步党秘书长，林瑞雄则是唯一不具任何政党职务的候选人。此次选举中，两岸关系、经济民生与候选人的个人操守成为竞选期间的主要议题。中华民国中央选举委员会在2012年1月14日21时54分宣布开票结果，马吴配以6,891,139票胜出，当选中华民国第十三任总统、副总统，得票率51.6%；蔡苏配获得6,093,578票次之，得票率45.