播磨一大势力三木城的别所长治也被毛利方策反，因此小寺政职不顾黑田孝高的劝说，同样叛出织田家，但在荒木村重跟别所长治相继遭织田军攻撃灭亡后，小寺政职的御着城也在天正7年（1579年）遭到羽柴秀吉攻击，小寺政职不敌之下开城逃亡，从英贺经由水路逃往毛利领下的备后国鞆之浦。天正12年（1584年）5月在当地病故。