法国的巴黎外方传教会负责管理；当时巴黎外方传教会派遣会士西奥多·奥古斯丁·福尔卡德（同时为第一任日本宗座代牧）从琉球抵达长崎，试图进入日本传教，但因锁国政策而未能成功。至1857年幕府解除锁国后，外籍传教士始在1858年重新被准许进入日本，在长崎、横滨、函馆等开港地从事传教事业。1865年3月17日，长崎的隐匿基督徒来到启用不久的大浦天主堂，并与在此服务的神父接触，使得这些禁教以来仍世代传承信仰的平信徒被世人所知，此事后来被称为「信徒发现」（），被认为是日本天主教史上的一个奇蹟。经过幕末的这些突破后，日