，东、西两汗国内部也内讧不已。西喀喇汗国从11世纪后半期起，已受塞尔柱帝国之挟制。东喀喇汗国的伊不拉音·本·阿赫迈德在位期间（1140年即位），被入侵中亚的耶律大石政权所控制，并废除其汗号，改封“土库曼人之王”，成为了西辽的附庸。13世纪初，因败于蒙古成吉思汗而投奔西辽的乃蛮王子屈出律篡夺了西辽汗位，并于1211年进占喀什噶尔，东喀喇汗国遂亡。翌年，西喀喇汗国为花剌子模王朝的君主阿拉乌丁·摩诃末所灭。
与邻国的关系.喀喇汗国的东部，劲敌是于阗国与高昌回鹘。在喀喇汗国与于阗间曾进行了