司徒彭城王元勰自行板授崔孝芬任行参军，之后崔孝芬出任着作郎，承袭了父亲的爵位泰昌子。尚书令高肇受宠权势极盛，他儿子高植出任青州刺史，请求崔孝芬出任青州司马。崔孝芬之后出任司徒记室参军、司空属、定州大中正，他擅于剖析事理决断事务，很有能干的名声，府主任城王元澄很看重他。熙平年间，元澄上奏土地制度八条，都是崔孝芬参与制定的。崔孝芬在司空府很久，出任龙骧将军、廷尉少卿。孝昌初年，梁武帝萧衍派遣将领裴邃等人进犯淮南。魏孝明帝元诩诏令行台郦道元、都督河间王元琛前往讨伐，军队驻扎在城父，数月不前进。魏孝明帝敕令崔孝