等学校足球选手权大会及高圆宫杯冠军，也因此入选日本U16足球代表队和日本U18足球代表队。
横滨飞翼.1998年，远藤保仁高中毕业后进入了横滨飞翼，在1998年赛季日职联赛揭幕战中，远藤保仁首发出场。在联赛第15轮横滨飞翼对阵鹿岛鹿角的比赛中，远藤打入了个人职业生涯的首个进球。1998年赛季结束后，横滨飞翼宣告破产解散，远藤保仁选择离开球队。
京都不死鸟.1999年1月，远藤保仁加盟京都不死鸟，与三浦知良、朴智星、松井大辅为同期队友。2000年赛季