在当地置耽罗郡，1121年改名济州。1271年，反抗元朝统治的高丽三别抄军侵入耽罗，驱逐耽罗国王，以其作为抗元根据地。1273年，元朝攻灭三别抄的势力，在耽罗设置达鲁花赤。1274年，耽罗成为元朝的直辖地耽罗军民总管府，蒙古人看中此地，用来牧马，是蒙古马与韩国果下马配种的地方。元朝派遣蒙古人来耽罗驻军并牧马，这些蒙古人被高丽人称为“牧胡”。1294年元成宗即位后，在高丽国王的请求下，元朝将耽罗归还高丽，处于元与高丽共治。元朝末期，高丽恭愍王实行叛元政策，驱逐元朝在耽罗的势力。岛上的牧胡三千余人起兵反抗，