喀巴法座的继承人甘丹赤巴即居于此寺。该寺与哲蚌寺、色拉寺合称“拉萨三大寺”，又与哲蚌寺，色拉寺和扎什伦布寺合称格鲁派的「四大寺」。再加上塔尔寺和拉卜楞寺，又被称为格鲁派「六大寺」。
组织.民主改革前，该寺的组织为喇吉、扎仓和康村三级管理组织。喇吉为全寺性组织，康村是基层组织，扎仓介于二者之间。喇吉的总领称“堪布赤巴”。上密院和下密院是地位对等的研习密宗的高级组织，比三大寺内的密宗扎仓层次更高。在上密院和下密院修习的喇嘛可以逐级升为上密院和下密院的堪布，卸任后的堪布称为“堪苏