西部是一片汪洋，称之台江内海，内海西缘沙洲环绕，台江东岸则是平原区，是平埔族新港社的领地。明代中叶。当时已有一些倭寇、海盗，以台南为基地，为祸附近海域，中国东南沿海居民与台湾原住民皆深受其骚扰，明朝廷几次派兵讨伐，与原住民有了接触。闽粤一带陆续有居民因为逃荒、渔业、商业等目的而移居到台南，在一鲲鯓、北线尾沙洲一带逐渐形成聚落。赤崁一带早在荷兰人来到之前就有汉人聚集，明代张燮在《霏云居续集》记载，明朝水师军官赵秉鑑意图谋反，他当时以台湾为根据地，并约在1617年于赤崁首次筑城。后来的西班牙地图标註此地为「汉人