琮经由友人参与中国共产党，并以假名「萧道应」担任台大医学院中国共产党支部书记。实际上，萧道应也在台大工作，并被吸收入组织，郭琇琮组织支部及后来工作委员会之长官，是知名台湾共产党党员蔡孝干。依陈英泰先生之纪录有关地下组织之建立，北市工作委员会系由廖瑞发及郭琇琮等人成立，后交徐懋德负责，郭琇琮则负责发展兰阳支部，台北市工作委员会初由黄石岩、廖瑞发主持，至破获时又转由郭琇琮负责，而陈英泰本人系由郑文峰介绍加入，初期有11个支部，后期发展为29个支部，主要负责人有，委员：郭琇琮、吴思汉，草山支部:邓火生，和尚州支部