世纪阿拉伯人入侵中亚时传入乌兹别克斯坦，伊斯兰教最初在土耳其斯坦南部地区流传，随后逐渐向北扩展。在14世纪，帖木儿建造了许多宗教建筑，包括Bibi-Khanym 清真寺。他也帮艾哈迈德·亚萨维（Ahmed Yesevi）修建了伊斯兰风格的陵墓(麻札)。在苏联统治时代，苏联极大地扭曲了乌兹别克斯坦人民对伊斯兰教的了解，在中亚穆斯林之间制造了相互冲突的伊斯兰思想体系。政府赞助官方的反宗教运动，严厉打击伊斯兰运动。此外，许多穆斯林大量俄罗斯化。许多清真寺被关闭，在史达林统治时期，许多穆斯林成为大规模驱逐的受害者。