极有名望的护军将军周顗和骠骑将军戴渊，令因王敦举兵而不安纷乱的群众安心；而王敦亦曾经和谢鲲说要以周顗为尚书令，戴渊为尚书仆射。然而，王敦最终却因忌惮二人的名声而将二人杀害。谢鲲在从未知王敦有杀周顗的意图下得知周顗的死讯，惊愕不己，如亲人逝世一般。王敦参军王峤因力图谏止王敦杀周顗而被收捕并将处斩，一众士人因畏惧王敦而不敢劝止，而谢鲲出言却劝阻王敦，成功救了王峤。王敦自攻陷建康后，虽然已夺取朝政大权，然而都不肯朝见晋元帝，并将返回武昌。谢鲲此时试图劝王敦朝见晋元帝，但王敦坚决不肯，并于当年返回武昌遥控朝政。