管理辅仁大学的法律学院、管理学院以及社会科学院；此外，耶稣会在辅仁大学校区旁设置辅仁圣博敏神学院，该校曾长期附属于辅仁大学之下，其学历已在2011年获中华民国教育部承认。截至目前为止，耶稣会在台湾的行政组织，称之为财团法人天主教耶稣会，地址是台北市和平东路1段183巷26号。除了辅仁大学之外，耶稣会在台湾各地也开办了新北市徐汇中学与新竹县内思高工两所学校。此外，着名的媒体机关光启社，以及台北市公馆的耕莘文教院亦是耶稣会在台湾的分支机构。
耶稣会与日本.1549年8月15日，