类肥料会被沖至河流中，令湖泊被富营养化。水流及地下水流在氮循环中亦有举足轻重的作用，它们皆为水中生物带来大量氮化物。然而氮化物亦产生一个很严重的问题，当农场把含有硝酸盐的肥料经水道系统排放至墨西哥湾，在密西西比河的出口便会产生一个缺氧的海洋区域。水流在碳循环中负责传送一些已被侵蚀岩石及泥土以被视为一个重要的角色。