纳和纽约洋基队签下了一个六年的合约。很多金莺队的球迷见到球队无法留下他。不少球迷认为金莺的总教练是错误的决定，穆西纳应该继续留队。
纽约洋基.穆西纳在洋基的第一个球季投的很好，获得17胜11败，自责分率3.15。穆西纳在2001年世界大赛第1、5场先发对抗亚利桑那响尾蛇。在2001季后赛，他的自责分率是2.63。2002年，穆西纳投出18胜10败，自责分率4.05。2003年，穆西纳投出17胜8败，自责分率3.40。2004年，当罗杰·克莱门斯、安迪·派提特和大卫·威尔