蒙古族、土族等民族将该寺视为佛教圣地，多来进香朝拜。该寺也是青海省最为知名的花儿盛会区之一。
建筑.据说，瞿昙寺的创建者三罗喇嘛（三丹罗追）选择此地时，罗汉山上有参天的松柏，瞿昙河畔杨柳依依，一股清泉在山间流淌。三罗喇嘛在此放下禅杖歇息，临行时忘记携带禅杖，返回取时，禅杖已经在泉水边扎根生长，后来成了代表高禖的珍珠树。瞿昙寺位于略呈正方形的城堡内，该城堡为土城，名为“新城”。寺院占新城面积的三分之二，占地面积1.5公顷，建筑面积大约有10,000平方米，分为前、中、后三进院落。