当权的图西族也对胡图族进行了种族清洗。1990年图西族成立开始进行颠覆政府的活动，随后两族对立导致了胡图族政府开始操纵卢旺达种族灭绝，上百万名图西族人被杀。根据人权观察分析估计，居住在卢旺达的图西族人，有77%死于1994年的卢旺达大屠杀。图西族的卢旺达爱国阵线最终联合邻国乌干达军队成功夺取政权。然而虽然图西族现在在卢旺达当权，但他们不称自己为图西族。
基因分析.没有针对图西人的mtDNA或母亲血统的同行评审的遗传研究。但是，Fornarino等。 （2009）报告未公开的数据表明