宗我部信亲也参战（户次川之战），但因为军监仙石秀久的错误判断，使得信亲及宿敌十河存保战死。元亲伤心欲绝，从此性情大变，并开始溺爱四子长宗我部盛亲。1588年，元亲将居城迁到大高坂城，之后却困于继承人选择，甚至因为此事件肃清反对派的一门众，如比江山亲兴、吉良亲实，长宗我部家之局势因而每况愈下。1589年，被赐姓羽柴。1590年，参加小田原征伐，率领长宗我部水军攻略后北条氏的下田城。1591年，元亲将居城迁到浦户城。1592年，参加朝鲜征伐。1596年进行检地。1597年，与盛亲一同制定长宗我部元亲百个条。