投放使用的动车组在地下路段试运行。1999年1月19日，线路供电设备完成，巴黎东北入城口的铁道系统被修改以方便E线使用。1月26日，预定投递给E线的新型列车在线上夜间试运行。1999年7月12日，历经7年的施工后，RER E线正式竣工通车，法国总理若斯潘，法铁总裁，大区委员会主席以及多名部长官员为竣工仪式剪彩。两天后，E2分支（谢尔－古奈站）投入使用。8月30日，E4分支（当时仅通到）亦投入使用。该工程原计划62亿法郎，后因地质原因，挖掘土方超量（堪比胡夫金字塔）追加7亿法郎，因巴黎东站附加施工追加