含三名委员，但遭国会否决，总统于是彻底重组委员会来绕开国会限制。为承担新职责，马贡于次月迁居巴拿马运河区。
巴拿马运河区总督.马贡担任总督的主要职责是改善卫生状况，解决黄热病和疟疾经常爆发的问题。起初他觉得这两种疾病不可能是通过蚊子传播，觉得如果真是如此，当地人的感染数量应该会更多。此时学界在人类对疾病的后天免疫机制上缺乏足够了解，《芝加哥论坛报》曾在报导运河区疫情的文章中称由蚊子传播的黄热病犹如怪物般吓人。但到了1906年1月，马贡早已明白蚊子在这些疾病传播中的作用，他通过《纽约