畿方面，以寺庙、神社为中心的反平势力也如火焰般蔓延，平家强力镇压。1180年12月，平重衡烧毁东大寺、兴福寺，更刺激了寺社的反抗。1181年1月，纪伊的熊野三山势力起事，在伊势、志摩等地和平家交战。（）。1181年闰2月，正在规划新体制及镇压作战的平清盛身染热病，于九条河原口的平盛国宅邸逝世，平家骤失龙首。4月平重衡率领大军东征，于墨俣川大败源行家，史称墨俣川之战。之后平家军一度追击到三河，但因源氏援军抵达，攻势才因而中断。
木曾义仲上洛.1183年4月，平维盛、平通盛受命征剿