个贫苦农民家庭，是家中独子。他的家族原本是旧安东金氏中的望族，是新罗敬顺王以及高丽末期、朝鲜王朝初期文臣金士衡（安东金氏翼元公派始祖）的后裔，金九是该氏族的第二十五代人。然而，在朝鲜王朝中期有族人金自点因叛逆罪被处死后，他的家族为躲避株连而逃到海州，隐瞒两班身份当了农民。金九九岁时开始学习韩文和《千字文》。受家族两班历史背景的影响，金九自幼就希望通过读书摆脱农民命运。他经常要求父亲送他去读书，但村里并没有平民子弟的学校。不过，他的父亲最终还是为他请了位先生，并募集本村和邻村平民子弟，设立了一所平民书院。