1587年，丰臣秀吉佔领了长崎，这是日本与外界接触的主要地点。他控制各种贸易团体，并试图管制全部的海外活动。尽管中国拒绝了他拥有的贸易特许权的权利，但是秀吉还是成功的把商业使节送到了现在的马来西亚，菲律宾群岛和泰国。由于一些不良天主教信徒把日本人贩售到欧洲的人口贩卖行迳曝光，天主教被宣布为邪教，传教士在日本的传教活动从此被禁止，这间接导致了发生在九州的切支丹一揆。
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