父亲死讯，发誓复仇，但仍请求停职守丧，朝廷下诏挽留。之后孟群偕同曾国藩等部与太平军激烈水战，收复武昌、汉阳，奔往其父死难之处恸哭收殓。捷报上传，加按察使衔，赐号珠尔杭阿巴图鲁。于是曾国藩进军江西，孟群则率水师抵达九江。咸丰五年（1854年）春，清军在湖口战败，太平军趁势逆长江而上，占领汉阳，武昌震动。孟群回援，与彭玉麟在汉阳败敌，代理湖北按察使，以丁忧理由推辞，朝廷诏称不许。不久，武昌再次被太平军攻占，孟群随胡林翼屯金口，改领陆军。七月，太平军勐攻金口，孟群抵抗失利，陆营溃败。诏以众寡不敌未予追究，命其