武田时代.按《神使御头之日记》记载，在天文10年（1541年）5月，真田氏在内的海野一族于中不敌武田信虎、村上义清和诹访赖重组成的联军，真田氏在内的滋野一族的领地大部份落入村上氏手中，幸隆则跟随海野栋纲投靠上野的上杉宪政，其弟矢泽赖纲则降于村上义清，此事造成日后真田氏和村上氏方对立的远因。然而，仅一个月后，信虎之子武田晴信突然将父亲流放至骏河，同时宪政趁乱攻率兵领攻入信浓，但是却早早与迎击的赖重议和而退兵。天文16年（1547年）8月，宪政打破与武田氏的同盟关系，再次出兵却在小田井