。在所有美国城市中，纽约从国立卫生研究院获得的年度资金数目居第二。主要的生物医学研究机构包括、洛克菲勒大学、、阿尔伯特·爱因斯坦医学院、西奈山医学院和。2011年12月19日，纽约市市长迈克尔·布隆伯格宣布允许康奈尔大学和以色列理工学院斥资20亿美元于罗斯福岛上建设应用科学研究生院，旨在将纽约转变为世界的科技首都。纽约公共图书馆为全美藏书量最大的图书馆系统，服务于曼哈顿、布朗克斯和史泰登岛。下属数家科研图书馆，包括。皇后公共图书馆服务于皇后区，是全美第二大图书馆系统。布鲁克林公共图书馆服务于布鲁克林。