下之战中败北，尊氏迫近京都。但随后楠木正成、北畠显家在京都击破尊氏，尊氏逃往九州岛。翌年足利尊氏在九州站稳了脚跟，得到了光严上皇的院宣，再次迫近京都。楠木正成建议同足利尊氏谈判，同时迁都以疲敌军，但被后醍醐天皇拒绝了。新田义贞、楠木正成一起讨伐尊氏，在凑川之战中战败，正成战死，义贞逃回京都。
南北朝时代.足利军入京后，后醍醐天皇逃往比叡山抵抗。足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出。尊氏让光严上皇开设院政，并由持明院统的光明天皇即位，制定建武式目，开设室町幕府。后醍醐天皇从幽