设置，创办科研机构，倡导平民教育，首行男女同校。他采取“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”的方针，大量引进新人物，不拘一格招聘众家。北大很快即开学术研究、思想自由之风气。他还支持日益兴盛的新文化运动，提倡白话文，赞成文学革命，反对复古主义，倡导以“科学”和“民主”为内容的新思潮。他的努力终使北大成为“五四”时期新文化运动的中心。赴任前，蔡元培的众多友人认为北大校方腐败，如赴任有碍名望。孙中山认为，“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国教育。”