研究所投入防治研究，在收集蚊虫检体时，连日清因此感染登革热，但也让他立志成为蚊虫学家。1945年，连日清在高中夜校毕业，被日军征召入伍。在防疟部队中，协助抗疟顾问採集疟蚊幼虫，在小泉清明发表的论文中，将连日清列名第二作者。同年，日本宣布投降，结束太平洋战争。中华民国政府接收台湾。1946年，接任热带医学研究所所长的学者洪式闾看到小泉清明的论文，鼓励连日清将它改写成中文。但连日清中文不好，最终改写成英文论文发表。因为国共内战，国民政府缺乏经费，热带医学研究所发不出薪水，连日清受经济压力，改考台湾水泥公