院党团将本次修宪案送请司法院大法官解释。最后司法院大法官在2000年总统大选后作成，明确指出第三届国民大会修宪议事程序有明显重大瑕疵，修宪实质内容违反宪政精神的本质，修宪结果自解释公布之日起失效。有说法认为当时的第三届国大代表眼见延长任期落空，加上亲民党的崛起，于是大幅修改增修条文(第六次修宪)，把国民大会虚级化，同时取消宪法原文所规定的司法院大法官的终身职待遇以示报复（中国时报，2000.4.26.，第三版）。