地也有基督教、东正教等，但主要信仰还是伊斯兰教中的逊尼派。西元十世纪伊斯兰教传入，阿拉伯旅行家伊本·法德兰于西元922年遇到一名自称信仰伊斯兰教的巴什基尔人。有一说为由于西元922年伏尔加保加利亚准予伊斯兰教通行，使其渐渐传播到巴什基尔人，据说当时在谢泽地区的古巴什基尔明部落，当地人就表示派人前往保加利亚研究穆罕默德的信仰。另外一说为保加利亚人将当地学生派往巴什基尔而传播之。二十一世纪成立巴什科尔托斯坦共和国共和国后，许多居民继续依然信仰伊斯兰教，参加清真寺，庆祝宗教节日，在2013年，全国有106