成立后，隶属于中国人民解放军总参谋部，负责三军联合指挥，由中国人民解放军总参谋部作战部代管。21世纪初，曾经设有中国人民解放军总参谋部作战部联合作战指挥局，刘玉林曾任副局长。自2013年“行动使命-2013”军事演习起，中共中央总书记、中央军委主席习近平曾经多次来到该指挥中心，审定演习方案。据2014年9月号加拿大《汉和防务评论》月刊披露，中央军委联合作战指挥中心设在中国人民解放军总参谋部作战部（今中央军委联合参谋部作战局）西山指挥所，位于北京市海淀区厢红旗董四墓村西南的金山（又名大昭山）地下数百米