（404年），刘裕起兵击败桓玄，恢复东晋政权，孔靖获任命为新任会稽内史。早前孔靖曾向虞啸父求任征东府司马，为啸父所拒绝，此时啸父恐惧而向已入郡的孔靖请罪，反为孔靖安抚，并让啸父仍留府中度宿，至明早才走，会稽亦和平交接。义熙元年（405年），失守江陵予桓振的司马休之征还建康后转任后将军、会稽内史，但不久御史中丞阮歆之就上奏称虞啸父与司马休之犯禁嬉戏，虞啸父去职，后在家中逝世。