认定陈水扁与吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧等人均涉贪渎，而因陈水扁具总统身份而受中华民国宪法第52条之保障有刑事豁免权，要等其卸任或遭罢免之后才能另外起诉。高检署只起诉吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人，并认为吴淑珍以他人付款消费的发票诈领国务机要费共新台币1480万元以上。2006年11月30日，民进党中评会决议，将因国务机要费案遭起诉的吴淑珍、总统府前副秘书长马永成、总统办公室主任林德训、总统府出纳陈镇慧四名党员处以停权一年六个月的处分。但中评会也作出「相信四人清白」的附带决议：如果四人一审被判决无