正等密谋后，朱一贵以整肃军纪为由，联合集团内的闽籍将领围剿杜君英，导致杜君英兵败赤崁楼下，率众北逃。杜君英率众北逃后，初败走虎尾溪，后至猫儿干（今云林县崙背乡）。最后杜君英和其子又逃回罗汉门（今高雄市内门区），躲藏于山中。康熙六十年九月，清军派陈福寿以不杀为诺，诱降杜君英。杜君英和其子杜会三遂俱出而降于清军。康熙六十年十月，杜君英和其子杜会三被递送北京，其后都被斩首。
杜君英衣冠冢与大和庄义勇公祠.杜君英败后，其旧部有多人逃至番仔厝（今屏东县内埔乡建兴村）附近定居，