，或全局“浓缩的”和转录失活的。 前者（真染色质）轻度包装(lightly packed)，在活跃转录下富含基因。 后者（异染色质）包括基因贫乏区域，例如端粒和着丝粒，但也包括具有正常基因密度但转录沉默的区域。 转录可以通过组蛋白修饰（脱乙酰化和），RNA干扰和/或DNA甲基化来沉默。定义细胞身份的基因表达模式是通过细胞分裂遗传的。 这个过程称为表观遗传调控。 DNA甲基化通过维持甲基化酶的作用可靠地遗传，甲基化酶修饰由复制产生的新生DNA链。 在哺乳动物细胞中，DNA甲基化是转录沉默区域的主要标记。