一共有50座车站：地面站台20座，高架站台15座，地下站台（地铁）15座。其中22座车站在阿拉米达郡，12座在康特拉科斯塔郡，8座在旧金山。6座车站在圣马刁郡，2座车站在圣克拉拉郡，但圣马刁郡和圣克拉拉郡都不是旧金山湾区捷运系统行政区的一部分。贝里埃萨／北圣何塞是最南端的车站，匹兹堡/湾角站是最北端的。根据2020年2月的数据，蒙哥马利街站客流量最高，客流量则最低。
车站.线路一览下表包括当前投入运营的49个捷运车站和一个车站。备注
未来开通的站点.