市市长，是继徐匡迪之后，中国第二位拥有“院士”资格的市长；不久，即被任命为教育部副部长、党组副书记。2003年3月17日，中华人民共和国国家主席胡锦涛发布第二号中华人民共和国主席令，根据中华人民共和国第十届全国人民代表大会第一次会议的决定，周济被任命为教育部部长。2008年，连任教育部部长、党组书记。2009年10月31日，被免除教育部部长职务。2009年11月1日，周济任中国工程院党组副书记。2010年6月11日，任中国工程院院长、党组书记。