迎娶了约翰和玛丽亚的女儿伊莎贝拉二世。1228年，伊莎贝拉在生下他们的儿子康拉德四世的时候去世，这孩子继承了他母亲的王位，尽管他从没到过东方。腓特烈曾违背自己率领第五次十字军的诺言，现在却急于巩固他通过康拉德得到的王位。他还有计划加入阿尔-卡米尔攻击在大马士革的阿尔-穆阿扎姆，并与埃及使节在意大利就结盟事宜进行谈判。但是在他出发前往圣地一再推迟以后，其中包括遭遇了他的舰队中的一次疾病暴发，他于1127年被教宗格列高利九世开除了教籍。而十字军，并非由腓特烈，而是由他的代表（Richard Filangieri