年12月8日香港保卫战爆发，英军为了拖延日军向九龙市区推进，于12月11日出动皇家工兵在隧道内进行爆破，将隧道堵塞，并把路轨破坏。日军佔领香港后出于实际需要，很快便尝试修复隧道，因为隧道损毁严重，要到1942年3月25日才能重开。1945年8月日军战败香港重光后，英军及港府进一步修复隧道，不过因为隧道的结构已经受损，经常出现渗水的情况。另外因地理的问题，两端隧道口都是属上斜的，沙田出口方向的斜度是1:100（10‰），九龙出口方向的斜度是1:150（7‰）。换言之火车无论是从哪一端进入，当驶至隧道中段时