府机关所指定的文化资产包括二处国定古蹟、十四处市定古蹟、十五座历史建筑以及两处文化景观，其中历史最悠久的为凿于荷治时期的红毛井，而为国定古蹟之一的「嘉义旧监狱」则是因为是台湾唯一完整保存的日治时期监狱建筑而获得指定。日本时代所兴建的市定古蹟嘉义西门长老教会礼拜堂为市内唯一指定为古蹟的教堂建筑，隶属于台湾基督长老教会嘉义中会东区。此外同为日本时代的「嘉义郡役所」（旧嘉义市政府）曾一度列为暂定古蹟，但于2010年2月经「嘉义市古蹟历史建筑聚落及文化景观审议委员会」决议不指定为古蹟后，在该年3月由文建会公告撤