子监博士，工部营缮主事，工部员外郎。时奸臣魏忠贤当道，施邦曜不与附和。魏忠贤刁难，不成。迁任屯田郎中，期后迁任漳州知府，善于断案。迁任福建副使、左参政，四川按察使，福建左布政使，有政绩。历仕南京光禄寺正卿，北京光禄寺卿；改任通政使。起用为南京通政使。崇祯十六年十二月，任用为左副都御史。卒赠太子少保，左都御史；谥忠介，清谥忠愍。
逸事.施邦曜早年好王守仁之学，分王氏之书为理学、文章、经济三类研习，“慕义无穷”。“鲁时生者，里同年生也，官庶吉士，殁京师。邦曜手治含敛，以女妻其子