政策即称为理藩政策。该政策的实施，约略始自1683年。是年，清廷于中央机构内设置专司理藩政策的理藩院，并制定发布《理藩院则例》。一般而言，清朝的理藩政策有两大重点，一者为「疆土经理」，二为是「政教布施」。在蒙古的理藩政策方面，清于蒙古各地设置了驻防将军、都统与大臣，严加控驭蒙古各部的活动。除此，则参酌蒙古地区原有政治制度和习惯，于蒙古各地建立了盟旗的地方制度，今中国内蒙古自治区的盟旗划分仍多建立在此基础。西藏的理藩政策法源，来自《理藩部则例》中的《喇嘛事例》和《西藏通制》。政策原则採取高度自治。