（"Aptenodytes"）在约4,000万年前与其他企鹅族群分支之后的200万年，阿德利企鹅属亦开始与其他企鹅出现分支。这以后，直到约距今1,900万年，阿德利企鹅亦分裂出来，而南极企鹅和巴布亚企鹅则在1,400万年前才分裂出来。巴布亚企鹅有两个亚种，分别是巴布亚企鹅指名亚种（"Pygoscelis papua papua" ）和体型较小的巴布亚企鹅南极亚种（"Pygoscelis papua ellsworthii" ）。
特征.雄性的巴布亚企鹅在换毛前最多可重达8.5公