长史、历阳内史。孝武帝因认为王琨忠实，故此让王琨改任自己宠爱的新安王刘子鸾的东中郎长史，加辅国将军。一度转任右卫将军及度支尚书后。又先后外任永嘉王刘子仁的左军府长史及始安王刘子真的征虏府长史，并加辅国将军、广陵太守。泰始元年（465年）转任度支尚书，加光禄大夫。后王琨又曾外任冠军将军、吴郡太守。泰始四年七月初一（468年8月5日）自吴郡还朝任中领军，但次年却因被指在吴郡时动用了三十六万朝舍钱供给予二宫诸王及制作绛袄献作军用物资，被降职为光禄大夫，不过不久就加太常、散骑常侍及金章紫绶。泰豫元年（472年）