改北平行都司为大宁都司，移驻保定。明初年，设蓟辽总督，全称总督蓟辽保定等处军务，兼理粮饷。节制顺天、保定、辽东三巡抚，蓟州、昌平、辽东、保定四镇。正德十年（1515年）设保定巡抚。嘉靖十年（1531年）建二程书院（院址今西大街路北），后改称金台书院。万历三十四年（1606年）在府治西北建上谷书院。四十四年（1616年），在城东南角建清真寺。崇祯十一年，保定总督从蓟辽总督中析出，其独立总督保定、山东、天津、登莱四巡抚之地。
清.康熙八年（1669年）直隶巡抚由正定移驻保定，保