最早可以追溯至南京市黄埔路2号。该地原为中央陆军军官学校校址，中国抗日战争后改为国防部本部所在地。中共建政后，先后为华东军政大学和解放军南京军事学院佔用，现为中国人民解放军东部战区总部机关所在地。中华民国政府迁台后，部址设于台北市博爱特区忠爱营区（日治时代台湾军司令部位址，今台北市中正区博爱路172号），当时在博爱特区另有贵阳大楼、博爱大楼等办公厅舍。此时的国防部各单位长期散驻于台北市内各地办公，工作协调不便，亦不利战时指挥管制。1997年起，由于部分办公处所老旧、空间狭小，国防部开始实施「博爱专案