转录.miRNA基因通常由RNA聚合酶Ⅱ转录，聚合酶常常会结合到DNA序列附近的启动子，并将其编码成前miRNA的发夹环。所得到的转录产物，上有5'端帽及多聚腺苷酸尾并已被剪接。动物的miRNA最初转录为约80个核苷酸的RNA茎环，其会交互形成几百个核苷酸长的miRNA前体，称作pri-miRNA。当在3'UTR(3'非编码区)中发现茎-环前体时，该转录物可以作为pri-miRNA和mRNA。此外，RNA聚合酶Ⅲ也会转录一些miRNA，特别是具有上游Alu元件的、tRNA或哺乳