十三日（1662年12月23日），朱以海病故于金门。《明史》称郑成功因懈怠朱以海，引起朱以海不满，打算前往南澳，遂被郑成功沉入海中杀死。然而，事实上郑成功去世乃先于朱以海。朱以海死后，其世子朱弘桓渡台湾，还得到郑经的庇护，直至明郑覆亡。从宁靖王朱术桂撰勒圹志「皇明监国鲁王圹志」中可知：「大明监国鲁王…栖踪浯岛金门城。…计自鲁而浙而闽而粤，首尾凡十八年，…壬寅十一月十三日中痰而薨。…卜地于金门城东门外之青山，穴坐酉向卯。其地前有巨湖，右有石峰王屡游其地，题『汉影云根』四字于石，卜葬兹地，王顾而乐可知也