后，钱家骏出任动画系主任。1953年起调往上海电影制片厂美术片组，任导演、副总技师。1955年，他与李克弱一同执导了中国首部彩色动画片《乌鸦为什么是黑的》。1956年任动画片《骄傲的将军》的美术总设计。1960年由他担任技术指导的中国首部水墨动画片《小蝌蚪找妈妈》摄制成功。1963年，他又与特伟一同导演了水墨动画片《牧笛》。此外，他的代表作还有《一幅僮锦》、《九色鹿》等。2011年，他因肺部感染在上海第六人民医院逝世。他还培养出了许多动画人才，其中包括阿达、严定宪、戴铁郎、林文肖、胡进庆等。