少部分地区属于幕府的领地。随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，曾分别先后隶属府中裁判所、久美滨县、出石县，1871年全数被整併到丰冈县内，1876年再次整併到兵库县。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「出石郡」，但当时是与气多郡共同设置「出石气多郡役所」，郡役所设于出石町出石地区（位于现在的丰冈市）。