喇嘛与九世班禅矛盾激化，班禅出走汉地，日喀则附近原属班禅额尔德尼的几个宗也归噶厦管理。1951年，噶伦阿沛·阿旺晋美代表噶厦与中华人民共和国中央政府签订《十七条协议》，中国人民解放军进驻西藏。1959年，十四世达赖喇嘛流亡印度。中华人民共和国政府废除噶厦这个机构，筹建西藏自治区，噶伦职位也随之被废除。同年，十四世达赖喇嘛在达兰萨拉设立西藏流亡政府，重新设立噶厦等流亡政府机构。噶厦中设有噶伦职位，相当于内阁部长。