三级结构是由它的原子坐标定义的。这些坐标可参照或一个蛋白质结构域或整个三级结构。许多三级结构可以折叠形成一个四级结构。
蛋白质折叠.若蛋白质的一级结构较为弱，则必须借由分子伴侣（molecular chaperone）来帮助蛋白质折叠。其一级结构的强弱取决于自由能（△G），当它小于零时则会自然发生折叠；当它大于零时则须靠分子伴侣的协助。