包括法律和领事处、政治处、新闻处、经济处、文化处以及行政处，各由一位领事主管其业务。总领事官邸位于柯士甸山道19号耕云草庐。
职能.日本驻香港总领事馆除为日本公民提供办理日本护照、庇护及领事服务外，亦为香港和澳门居民提供日本各类签证及申请日本国籍等的申请及资讯服务。