广学务处襄办编辑教科书。1905年，章鸿钊官费留学日本，入日本京都第三高等学校。毕业后本拟入大学农科，但农科名额有限，乃决定改学地质学。1908年，进入日本东京帝国大学理学部地质系就读，1911年毕业获理学学士学位。1911年9月，在北京参加清朝学部举办的留学生考试，得“格致科进士”。同榜中还有地质学家丁文江。随即应聘为京师大学堂农科的地质学讲师，成为中国人在大学“讲授近代地质学的第一人”。中华民国元年（1912年），章鸿钊任南京临时政府实业部矿政司地质科科长。任内在中华地学会所办的《地学杂志》上