时的泉州有许多阿拉伯商人居住，甚至影响闽南语口头问候语。元朝时，意大利旅行家马可·波罗随着蒙古军队来到中国，曾在泉州居住一段时间，并从这里乘船回国。他在他的游记里对泉州的繁华进行了详细的描述。而天主教罗马教皇也曾派特使孟高维诺前往中国大都(今北京)觐见元成宗，也是从泉州登陆的。元朝时，泉州市舶司改名为泉州市舶提举司。至元十五年（1278年），泉州升为泉州路。明朝洪武初年（1368年），泉州路改为泉州府。洪武七年（1374年），明州、泉州、广州三市舶司同时关闭废弃。永乐元年（1403年），复置太仓黄渡、宁