口岸土地的租金，与港府在西九龙站只收内地政府象征式租金不成比例，引起公众争议。2018年深圳市政府宣布调低深圳湾口岸香港口岸区的租金至象征式1,000元人民币。2019年1月19日，多个网站发表来源为深圳市交通运输委员会（深圳交委）的文章，认为深圳沙河西路与深港西部通道侧接线东行隧道的建成，能解决深圳湾口岸一带的交通挤塞，使到沙河西路上落广深沿江高速公路的车辆，无需经过深圳湾口岸内部，分离深圳市内交通与跨境交通。
行经的公共交通.深圳湾口岸启用当日，港方共有三条专利巴士路线（B