政府规划的公车转运站，位于台南市新化区中山路211号（邻近学校、教会、老街及市集等），经台南市政府补助兴南客运进行改善工程，于2014年2月22日重新启用。
兴南客运玉井站.兴南客运玉井站是台南市政府规划的公车转运站，位于台南市玉井区中正路54号（邻近糖厂、市集等），经台南市政府补助兴南客运进行改善工程，于2014年2月22日重新启用，其维修厂位于三和里（南185乡道上）。
兴南客运佳里站.兴南客运佳里站是台南市政府规划的公车转运站，位于台南市佳里区文化路19