任为正三位，并兼任中宫大夫；在当时只有藤原时平与他拥有“官奏执奏”（又称为「内览」）的特权。醍醐天皇即位后，道真一直晋昇，但对于道真掌权感到威胁的藤原氏开始有所行动，以及中下层贵族中对道真的政治改革感到不安者亦所在多有，于是双方结合谋图对付菅原道真；昌泰2年（899年），道真升任为右大臣并兼任右近卫大将。次年，文章博士三善清行建议道真应该知足退隐享受人生之乐，但不被道真接受。901年，他升任从二位，但却被诬告意图帮助齐世亲王簒夺皇位因而获罪，被眨为大宰权帅，流放至九州太宰府。宇多上皇闻讯意图阻止但未能成