天主教加拉帕戈斯宗座代牧区（、）是厄瓜多尔一个罗马天主教宗座代牧区，直属教廷。1950年5月5日设宗座监牧区，2008年7月15日升为代牧区。代牧区位于太平洋上的加拉帕戈斯群岛，教座位于圣克鲁斯省的圣克里斯托巴尔岛。2010年有教友17,000人（佔辖区总人口75.6%）、九个堂区、十五名司铎。现任宗座代牧为奥莱奥·帕特里奇奥·波尼拉·波尼拉。