卧、软卧及高包的正价票价分别为港币627、825及1039元，收益按比例分账，列车只需百分之六十的上座率九广铁路公司就可达到收支平衡。值得一提的是，尽管京九直通车由原47/48次列车演变而来，但沪九直通车完全是当时新增的列车，与传统意义上的沪广特快49/50次列车并无关系。
K99/100次列车.2001年10月21日：全国铁路实施第四次大提速，车次更改为K99（下行）及K100（上行）。根据国家质检总局、铁道部、公安部、 海关总署四个部委决定，沪九直通列车旅客及其行李物品办理