继续担任中央办公厅主任直到1993年。1993年，开始负责农业和农村工作，出任中共中央农村工作领导小组副组长。
第九届副总理时期.1997年，温家宝在中共十五届一中全会上当选中共中央政治局委员、连任中央书记处书记。1998年在朱镕基任职总理期间，出任主管农业和金融工作的国务院副总理、中央金融工委书记；主管农业、金融、科学技术、防汛救灾、城镇建设等工作。1998年中国水灾，时任副总理的温家宝担任国家防汛抗旱总指挥部总指挥在前线抗灾。2002年11月，在中共第十六届一中全会上，温家宝当