2年初被日军攻陷，1944年9月的中美军收复岛屿南部，并将其作为1945年初盟军反攻菲律宾以及5、6月反攻婆罗洲的中转站。从20世纪80年代开始，该县的采矿及伐木产业大幅增加，并因此常与当地居民发生冲突。此地经济依靠渔业和森林资源，产生的财富却流向雅加达或在当地的外来精英手中。这种情形的发展也加剧了这一地区宗教局势的紧张。传统上基督徒与穆斯林在生活中能和睦共处，但是两个宗教团体之间却在1999年12月爆发冲突，此后宗教问题一直是该地区冲突的主要原因。2003年7月，北哈马黑拉的38个村庄对正在此地开采金