，宁调元辞去总办职务，到广东会见陈其美、安徽会见柏文蔚、江西会见李烈钧、湖南会见谭延闿，秘密商议武力讨袁。民国二年（1913年）2月，宁调元在南昌密电谭延闿等人，指袁世凯破坏共和，望湖南人团结，同各省协筹对付。宋教仁在上海遇刺身亡后，宁调元到上海见孙中山、黄兴，支持武力讨袁。孙中山任命宁调元为秘书长。同年4月，由黄兴派往武汉，策划湖北军队起义。孙中山为反袁世凯，在汉口设总机关“国民党交通部”（分为军事、文书、联络、总务、会计等组），派宁调元、熊越山等人到武汉协助策划反袁起义，即“二次革命”。在汉口成