出任不同侦缉部门的主管，包括刑事情报科情报搜集组、西九龙总区总区重案组及情报组、毒品调查科以及有组织罪案及三合会调查科等等，拥有丰富侦缉经验。在李家超领导有组织罪案及三合会调查科，该科破获了1994年的柳记豪迷魂党案及1998年的马草垄800公斤炸药的张子强案等轰动案件。2002年，李家超被借调至保安局，以研究有关电脑罪行的立法等事宜，回归警务处后领导投诉及内部调查科投诉警察课。翌年，李家超获警务处保送至英国伦敦的深造，回流香港后获晋升为警务处助理处长，出任西九龙总区指挥官。2005年7月，李家超出任刑