寺完工之后，明神宗令内阁首辅张居正撰写了《敕建万寿寺碑文》。万寿寺继承汉经厂制度而建，故为内府的附属机构，比一般皇家寺院更受礼遇。内官监太监张进奉命主持该寺事务。万寿寺建成后，在寺外广源闸下游辟一处下院，作为焚修僧人及游僧的住所，名为紫竹院。到了清朝，此处下院演变为紫竹院行宫。万历七年（1579年），明神宗发布谕旨，宣布万寿寺乃依其旨意兴建。据此，万寿寺僧人获皇家寺院最高礼遇，寺僧数十人。作为皇家专用寺院，万寿寺平时不对民众开放，仅在每年佛诞日，从当月初一至十五日开庙半个月，届时北京民众涌入