年冬，迁台湾。1954年，定居台北市南港区。最初设八个组。后合并为历史、语言和考古三组，由陈寅恪、赵元任、李济三人分任组长。1933年至1934年，曾一度与社会科学研究所合并。1934年增设人类学组。1958年，增设甲骨文研究室。1961年，利用美援兴建傅斯年图书馆，内部设有傅斯年纪念室。1986年6月，设立历史文物陈列馆。1990年，甲骨文研究室改名为文字学组。1997年，语言学部分独立为语言学研究所。2020年10月，台北市文化局将傅斯年图书馆登录为台北市历史建筑。