新疆维吾尔自治区文物保护单位，是由中华人民共和国新疆维吾尔自治区文物局提出，经新疆维吾尔自治区人民政府批准，上报国务院备案，正式对外公布并竖立标志的新疆维吾尔自治区区级文物保护单位。
列表.此列表列举了各地级市的区级文物保护单位，包括后来成为全国重点文物保护单位的文物。索引：乌鲁木齐市、克拉玛依市、吐鲁番市、哈密地区、昌吉回族自治州、博尔塔拉蒙古自治州、巴音郭楞蒙古自治州、阿克苏地区、克孜勒苏柯尔克孜自治州、喀什地区、和田地区、伊犁哈萨克自治州、塔城地区、阿勒泰地区