实上一国里已经有多座城堡，大名也可以透过幕府批准设主城堡。有些藩本来没有「石高」（即领土收入）（例如虾夷地的松前藩），但因为获得了德川幕府的准许，拥有一万石资格，因而成为了藩。藩通常会以藩主的居城（藩厅）命名，例如上杉氏以米泽城作居城，一般被称作为米泽藩，而附近的伊达氏，在仙台城作居城，称作仙台藩。但是如果藩的领城佔有一国大多数领地甚至是多于一国的领地，通常会以国名作称唿，例如前田氏的加贺藩、岛津氏的萨摩藩、以国名作称唿。在当时，最大的藩领是前田氏的加贺藩，拥有超过一百万石的石高，拥有了加贺和能登两国。