民国时期.昭和20年（1945年），日本帝国在第二次世界大战中战败，国民政府接收台湾、澎湖，同年11月接收澎湖医院，医院改为台湾省立澎湖医院，首任院长林道。民国47年（1958年）7月，澎湖医院进行改建，原本的木造院舍全数拆除，以钢筋混凝土、水泥空心砖等建材重建，民国48年（1959年）6月4日竣工，院内设备多由美援补助。民国76年（1987年），澎湖医院增建二楼病房，并于翌年二月完工启用。民国86年（1997年），台湾实行精省，澎湖医院遂于民国88年（1999年）7月1日起改隶行政院卫生署，后改