互直通运转。东急的车站编号为TY03，东京地下铁为H 01。本站是东急电铁的站长所在站，管理「中目黑站管内」代官山站 - 学艺大学站间各站。东京地下铁方面，则属于霞关站务管区六本木地域的被管理站。
车站结构.是有两个岛式月台的高架车站，总计有四条轨道通过。外侧的1及4号线属于东急东横线，而内侧的2及3号线属于日比谷线。车站的管理由东急电铁负责，所以在日比谷线的站名标志上，仍标有东急的符号。剪票口分别在面对山手通的高架下，以及祐天寺侧，共两处。开业当时仅有山手通的剪票口