十九世纪后期。长崎的产业也在这一时期开始近代化。1861年，长崎首个钢铁工厂竣工。1870年代初期，长崎不仅铺设了和上海之间的海底电缆，还开始了至东京的邮政及电信服务。1886年，停靠在长崎的北洋水师舰上军人未获许可登陆长崎，并和日本警察发生冲突，是为长崎事件，最终以双方各自妥协收场。1889年，长崎正式设市，成为日本首批设市的城市之一。成立之初的长崎市面积有7平方公里，人口有54,502人。十九世纪末期的长崎市集中了海关等重要机构，是中央政府在九州的据点城市之一。但另一方面，由于横滨港、神户港、门司港