专用港、苏澳港、台北港、福澳港、白沙港及花莲机场之旅客入出境、货物进出口通关事宜，肩负关税稽征、查缉走私及代征监管等任务，以充裕国库税收、维护国家安全。关本部设于基隆市仁爱区港西街6号海港大楼，地处基隆港西岸1号码头边；另在新北市、基隆市、桃园市、花莲县、宜兰县及连江县分设五堵分关、八里分关、桃园分关、花莲分关、花莲分关马祖派出课、花莲分关苏澳派出课，独立办理各该地区之前揭各项业务。