抗日战争期间，李仲公任国民政府内政部禁烟委员会主任。李仲公全家先后迁武汉、重庆。陈独秀出狱后，逃难到重庆，曾寄居在李仲公的禁烟委员会主任公署。1940年6月3日，国民政府规定该日为“禁烟纪念日”，在重庆举行了全国禁烟会议，行政院副院长孔祥熙、内政部长周钟岳、禁烟委员会委员及各省市代表40多人与会。蒋介石为此次禁烟会议发出训词。会上，李仲公报告了6年来禁烟情况。会议通过了30多件提案及此后的禁烟计划。李仲公、程维嘉合着《烟禁问题》由正中书局出版。在重庆，李仲公同陆军大学校长杨杰交厚，和郭沫若、王若飞常接