1976年发现的至今为止港湾鼠海豚体内最高的浓度达260。海中噪声的不断加强对港湾鼠海豚也造成危害。由于港湾鼠海豚是生活在海岸附近的鲸，因此船引擎的声音对它们的定位有很大的干扰。
饲养.由于港湾鼠海豚比较小因此一些水族馆和动物园曾经试图来饲养港湾鼠海豚。但是由于港湾鼠海豚对环境的要求高，而且比较容易生病因此它们不适合于饲养。大多数饲养的港湾鼠海豚在数周内就死了。因此今天港湾鼠海豚几乎只有在科研机构里才有饲养，此外只有因为受伤或者偶尔被捕的动物被饲养。1862年在伦敦和186