负责海上巡逻之任务，以「军卫所」和「水寨」建构起陆地与海洋两道防线。关于明代「水寨」，有明一代总计在福建设有五座水寨，明清史书多载作「五寨」或「五水寨」，若照地理位置由北至南分佈，分别是福宁州「烽火门水寨」、福州府「小埕水寨」、兴化府「南日水寨」、泉州府「浯屿水寨」以及漳州府「铜山水寨」。
游兵.「游兵」并非明代水师部队的正式名称，其泛指在特定海域中执行往来巡逻以及机动战备任务的船队代称。「游兵」一词源自兵法上的概念，此种部队型态最迟不会于嘉靖中期，明代水师便有游兵出现，渐成常