内为首的政变军人投降，维埃拉流亡葡萄牙。5月11日萨尼亚以全国人民代表大会议长的身份，被军政府领导人马内任命为代理总统，萨尼亚于5月14日宣誓就职。在1999年12月和2000年1月举行的总统选举中，虽然得到马内为首的军人的支持，但是萨尼亚还是败给了昆巴·雅拉。2003年9月，几内亚比绍军队总参谋长科雷亚·塞亚布拉发动政变，下令逮捕当时的总统昆巴·雅拉，并自任临时总统。塞亚布拉不久辞去总统职务，任命无党派人士恩里克·罗萨为过渡总统。2005年7月的总统选举中，萨尼亚作为几内亚和佛得角非洲独立党候选人，但