4个研究所，1966年又增设外国语研究所。1967年起中国文学研究所和历史研究所招收博士班，把历史研究所的硕士班分为一般史学、近代史、中国艺术史三组。全力协助发展校务，安定师生生活，布置读书研究环境，校内混乱情势，顿时为之一清。据台湾作家、文学评论家杨照所言，沈刚伯教授会在上西洋史时，借机教授在当时言论自由受到箝制下仍为禁忌的国共内战史。例如黑版上写波希战争但其实讲授的是徐蚌会战，被杨照誉为台大的「人格典型」。沈刚伯教授晚年致力于国史及中国文化之阐发，并对中西上古学术思想作比较研究，解析入微，见地新