（Lobsang Gyatso）管辖整个西藏，噶玛噶举派便失去了在西藏的所有政治影响力。获胜的格鲁派为了巩固它的政治权力，便在政治上重要的中心地区，主要在后藏，压制噶玛噶举派。27所噶玛巴寺院以及20所夏玛巴寺院被强制转换为格鲁寺院。只有噶玛巴的驻锡地楚布寺、夏玛巴的主要寺院杨巴千以及很少的几个其他寺院允许继续修习噶玛噶举传承。
第十八世纪.在十八世纪早期，第七世嘉察仁波切昆秋欧泽（Konchog Ozer ，1699-1765年）、第八世大司徒确吉穹乃（Chokyi Jungne