不逊贬为复州刺史，五年（689年）七月内史张光辅为洛阳令张嗣明、罪臣徐敬真诬告下狱，复职入为洛州司马。天授二年（691年）九月，被任命为地官（户部）侍郎、同凤阁（中书省）鸾台（门下省）平章事（宰相），开始了短暂的第一次宰相生涯。长寿元年（693年）正月，武承嗣勾结来俊臣等酷吏诬陷狄仁杰等谋反，将他们逮捕下狱，狄仁杰等深知酷吏严刑拷打成性，宁为陛下赐死，也不愿死于酷吏手中，为保全性命，权宜之计立刻招罪曰：“反是实！”仁杰拆下被褥帛书冤，置棉衣中，请狱吏转告家人去其棉，得其冤状。其子狄光远持书上告朝廷，来