命朱以海驻守台州。1645年南京、杭州都被清军攻下后，郑遵谦、张国维等迎朱以海于绍兴，听取方逢年建议，7月宣布监国。1646年，拜方逢年为相，年号并以「监国鲁元年」行之，不奉唐王朱聿键的隆武年号，不惜以高官厚爵收买人心，「时远近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣自称都御史、侍郎，三品以下不计。而江湖游手之徒，假造符玺，贩鬻官爵，偃卧丘园而云联师齐楚，保守妻子而云聚兵千万。」。因此朱聿键与朱以海屡起冲突而无法合作，浙江与福建相继为清兵攻破，朱以海逃亡舟山，并且与张名振、张煌言、郑成功合力抗清