ion::::各县市详细投票结果.（注：得票数较高者使用红色字体标出，数字为2008年3月28日中选会修正后之数字。）
全国性公民投票.第5案、第6案全国性公民投票与本次总统选举同日举行。本次共有两案，分别由民主进步党前主席游钖堃及中国国民党籍副总统候选人萧万长领衔提出。第5案为「以台湾名义加入联合国」（一般称「入联公投」），第6案为「以务实、有弹性的策略重返联合国及加入其它国际组织」（一般称「返联公投」）。由于两项公投的「领票率皆低于公民投票法所规定的选举人总数的百分之五十门槛