命费扬古、马哈思出击噶尔丹残部，清兵进抵狼居胥山，擒获噶尔丹之子。噶尔丹势穷力蹙，潜至哈密劫掠粮草不成，不久服毒自尽（此说法目前尚有争议）。康熙帝三征噶尔丹，不仅完全控制了喀尔喀蒙古，而且彻底粉碎了噶尔丹的威胁。
平定西藏.策妄阿拉布坦继位后，起初与清军合力夹攻噶尔丹。噶尔丹死后，策妄阿拉布坦与清廷维持表面的和平，同时出兵南下回部，将吐鲁番、喀喇沙尔、叶尔羌、喀什噶尔等城置于直接统治之下，与清军控制下的哈密对峙。康熙五十五年（1716年），策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵六千，昼伏夜