分进行研究，分离并分析了茶碱、咖啡因和可可碱等，进一步阐明了这些化合物和尿酸都是一个杂环化合物的衍生物。这个化合物便是嘌呤，是由一个嘧啶环和一个咪唑环杂合的杂环化合物，是重要的代谢物之一。
糖类和蛋白质研究.1883年他接受巴登苯胺苏打厂（巴斯夫股份公司的前身）的邀请，前往担任其实验室负责人。期间他开始了对糖类的研究。1880年以前，人们已经测出葡萄糖的化学式是CHO，并通过葡萄糖可以发生银镜反应和裴林反应推测葡萄糖中存在醛基。费歇尔结合前人的成就和自己对肼类的研究进行了大量的实验