共和国导致大学关闭，托马斯克于是回到学校中教授宗教。战争结束后，他获得了第二个博士学位。1949年10月13日晋牧，并被时任教宗庇护十二世任命为奥洛穆茨总教区辅理主教。1965年至1977年间担任布拉格总教区宗座署理。1977年6月27日，被时任教宗保禄六世册封为司铎级枢机和布拉格总教区正权总主教。直到1991年6月1日荣休，由米洛斯拉夫·弗尔克接替担任布拉格总教区总主教。于1992年4月8日，托马塞克在捷克斯洛伐克布拉格去世，享年93岁。