长翼蝠体内，1B型则出现在南长翼蝠体内。此病毒与长翼蝠冠状病毒HKU8的关系较为接近。
基因组.长翼蝠冠状病毒1型的基因组约长28400nt，编码冠状病毒皆有的复制酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，另外在刺突蛋白与外膜蛋白的基因间有一开放阅读框ORF3编码一辅助蛋白。其基因顺序为1ab-S-ORF3-E-M-N。此病毒虽与同在长翼蝠中发现的长翼蝠冠状病毒HKU8关系接近，但不具有后者在衣壳蛋白序列下游的另一开放阅读框ORF