不过，着眼于南蛮贸易的实际利益，并未大规模地迫害该教。因此天主教仍在暗地里布道传教，受洗成为吉利支丹的日本人也不会被公家强迫还俗。不过，文禄5年（1596年）10月发生西班牙船舰「圣菲利浦号」漂流至土佐国的，丰臣秀吉再度于12月8日颁布禁教令。另外，继耶稣会后进入日本传教的方济各会非常活跃，不理会禁教令继续佈教，故京都奉行石田三成下令逮捕京都内的方济各会的传教士与基督徒，并予以处刑。这些方济各会信徒都追随西班牙阿尔坎塔拉出身的神父伯多禄·包蒂斯塔（Pedro Bautista），故被称作「阿尔坎塔拉派」。于