起事领袖的莫那·鲁道饮弹自尽，参与行动的各部落几遭灭族，数百位族人集体自缢，余生者则被日方强制迁至川中岛（今南投县仁爱乡西北端的清流部落）集中居住与管理。该事件爆发震惊日本政府与国际社会，除了使台湾总督府的理蕃政策遭到重大挑战，并造成时任总督石冢英藏、总务长官人见次郎等高层官员引咎去职。
战后时期.战后初期该县仍属台中县辖。1950年10月，台湾地区实施地方自治，政府调整全省行政区，南投自台中县划出单独设南投县，并于是年10月21日设立南投县政府，县治设于南投镇，此为南投县