牧野康重以15,000石米入主小诸城成为初代小诸藩主，一直到明治时代都由牧野一氏世代子孙担任小诸城主。在古道街道这里属于中山道、甲州街道以及北国街道交汇的重要所在。由于物资交流的盛行，所以这里是个以典型商业都市而繁华的地方。进入明治时代之后小诸更是批发商聚集之处，成为县内、外重要的商业发展之地以及文化振兴交流之处。昭和29年4月1日（1954年）由于北佐久郡小诸町、三冈村、南大井村、北大井村、大里村、川边村的一町五村合併而改为市制，成为今天的小诸市。
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