庙中较特殊的规划。旗山孔子庙有两座櫺星门、大成门、大成殿、东西庑、崇圣祠等建筑，但无万仞宫墙与泮池的设计。自旗山市区的山脚往旗山孔子庙须经由500阶的阶梯前往，至第一平台，进入第一座櫺星门，设有五开牌坊，门採七开间，门楣横书「道贯古今」，为中华民国总统蒋经国篆书，左右两侧的门牌，以石板封饰并刻有旗山孔子庙之建庙历史。通过第一座櫺星门后进入大进阶，左右侧各有一条阶梯进入第二平台及孔子庙主体建筑。主体建筑遵循宋朝建筑样式而建，以黄色琉璃瓦、朱红樑柱，以及白玉栏栅衬饰，包含櫺星门、大成门、大成殿、东西庑、崇圣