她亦是皇帝查理五世及斐迪南一世、丹麦、挪威和瑞典王后奥地利的伊莎贝拉、匈牙利和波希米亚王后奥地利的玛丽及葡萄牙皇后奥地利的凯瑟琳的姊姊。埃莉诺年轻时，她的亲戚想将她许配给仍然为威尔斯亲王的亨利（即后来英格兰国王的亨利八世），为两人订婚。其后因为父亲亨利七世逝世，亨利八世继承王位，决定迎娶其兄长亚瑟·都铎的遗孀、埃莉诺的小姨阿拉贡的凯瑟琳。这时埃莉诺的亲戚又想将她许配给法国国王路易十二或他的后继人法兰索瓦一世，又或是波兰国王齐格蒙特一世，但是都没有成事。1510年，她又再被安排为洛林公爵安托万的未婚妻选择