先爲师。十五岁做《定志论》，与同乡耿定向关系甚密，曾于白鹿、濂溪、岳麓、石鼓等书院讲学。嘉靖四十三年（1564年），瞿九思十九岁，与石氏结婚。隔年（1565年），师从耿定向攻读《春秋》。
遭受诬陷.万历元年（1573年），瞿九思乡试中举。瞿九思在家乡居住了两年。万历三年（1575年），黄梅县令张维翰违反制度苛刻繁重的捐税，被气愤的百姓们围殴，张维翰认爲是瞿九思煽动百姓，便以倡乱罪逮捕他。巡按御史向程弹劾张维翰是因为自身的作为激起民变，吏部尚书张瀚庇护张维翰，咬定瞿九思聚众截围拥殴