藤要求说明，并对斋藤发表的言论表示遗憾及严正抗议。不过，部分在现场听讲的台湾社会相关领域的意见领袖，私下赞扬斋藤正树对台湾主权定位的观点正确。斋藤正树已声明那是他的个人言论，不代表日本政府的立场。美国退休外交官谭慎格则认为台湾地位未定也是如英国、澳洲与加拿大等旧金山和约签署国的看法。
请辞.2009年底，斋藤正树提出请辞，继任人选传出是日本前驻以色列代表今井正。立法院外交委员会召委周守训确认这项人事案应该属实。正式定案会在2009年12月7日、于东京都召开的交流协会理事会上决定。不