长死后，门主显如与掌权的丰臣秀吉关系良好，1591年由秀吉捐地，重建成现在的京都本愿寺（即西本愿寺）。石山本愿寺的原址则由秀吉建造大坂城。
有关一向宗和一向一揆.一向宗（净土真宗的别称）因其教义和修行方式简单易懂〔只需口唸『南无阿弥陀佛』便可借着佛的愿力，直达西方极乐世界〕，掳获了大批中下阶层民众的信奉。一向宗提倡「恶人正机说」，主张恶人才最需要佛的接引，让许多低阶武士、盗贼、海盗也成为忠实信徒。其领导人异于其他的佛教比丘，娶妻生子--而门主的世袭制度使得门主的神圣权威性代代提高，