和其他偶蹄目相对疏远。这一点从鲸与河马都可以利用超声波在水中分辨敌友和在水中育儿（交配，产子和哺乳），以及阴嚢藏于腹腔内可以看出。形态学及古生物学对鲸类与其他哺乳动物的关系亦于 1990 年代后出现很大变化。一些化石发现（如罗德侯鲸）显示鲸类并非从中爪兽目衍生或与其是近亲。很多学者支持成立鲸偶蹄目的分支，但也有部分学者反对鲸类与河马共祖的说法，认为三个亚目的传统偶蹄目仍然是一个有效的分支，而四个亚目的鲸偶蹄类（即修正后的偶蹄目）则可能是一个大目或总目。鲸/河马学说认为鲸类与河马类在 6000 万年前