每位达赖喇嘛圆寂后，西藏高僧们都会寻访转世灵童，并举行坐床等系列仪式，。但经历第十一世班禅额尔德尼争议后，丹增嘉措逝世后的问题受到关注。而早在2007年，他便表示如果女性更有表现机会的话，并不排除下一世达赖喇嘛可能以「身分」转世。而在9月1日，中国国家宗教事务局提出的《藏传佛教活佛转世管理办法》施行，规范活佛转世必须经过政府的许可。对此，他曾表示担心中国政府採操纵所有转世灵童的做法，来选择符合政治目的的继任者。2011年9月24日，其就转世问题发表声明，表示在到了第一世达赖喇嘛年龄时，将谘询各宗派的大喇