命为代理人进行从海路入侵爪哇的准备工作。由于他工作杰出，被明托任命为参谋，并随明托航渡爪哇。1811年8月6日，英国远征军安全登陆爪哇，经过与荷兰、法国军队短期激战占领该岛。明托对他的成功倍加称赞，同年9月宣布他为爪哇的代理总督。在英国占领了原本属于荷兰的苏门答腊岛后，他很快被提升为苏门答腊总督。不久明托前往加尔各答，年仅30岁的莱佛士不仅负起管理爪哇而且担负起管理数百万居民的群岛殖民地的任务。统治期间，莱佛士尝试实行一定程度的自治，废除奴隶贸易，恢复了一些当地古迹，并以新的土地租赁系统，取代过去荷兰人