总指挥部。发布兵役法，规定20-22岁公民要应征入伍，服役三年，在目前总动员时期，23-44岁公民也要入伍。东突厥斯坦共和国并设有参谋本部，参谋总长是拉合木江。设有军政部，详细分工不详。与国民政府交战的游击队（民族军）：阿巴索夫游击队（阿不都克里木·阿巴索夫）、阿山游击队（乌斯满·巴图尔）、达列力汗游击队（达列力汗·苏古尔巴也夫）、巩哈游击队（法提哈.穆苏里莫夫）、蒲犁游击队（伊斯哈克伯克·穆努诺夫，约3千人）、吉木乃热马赞游击队（热马赞）、吉木乃游击队（毛拉·伊斯拉姆·伊斯马伊尔，约1千人）、马伊