被解散。1890年随林朝栋前去兴建台北城城墙。之后因应抚垦事业的需要，栋军规模快速扩充，至1892年胡传巡阅全台军队时，已有十营之多，为台湾中部规模最大的军团，其中大多数驻扎在山区堡垒中，以防原住民突然袭击部队。1894年年底甲午战争期间，台湾巡抚邵友濂为防范日军攻台，命林朝栋率领四营栋军驻守狮球岭砲台，但隔年唐景崧接任巡抚，以同乡征召来的广勇代替林朝栋率领部队，栋军随林朝栋返回中部。不久马关条约中清朝将台湾与澎湖割给日本，在全台士绅支持下台湾民主国成立。林朝栋先送妻儿至厦门安顿，准备在无后顾之忧下