国铁189系电联车改用本系列车行走。在2003年开始东海道本线的湘南Liner也使用此系列车，连每日1往返的篠之井线松本车站~信越本线长野车站间的快速列车也使用此系列车行走。期间也因为行走「超级『梓』号」列车的E351系故障而代走，但因为E257系不是摆式列车，转弯速度比E351系慢，所以在这些状况，车程会被拖延。在2007年，松本车辆管理中心拥有9节编组16组与2节附属编组5组，共计154节在服役中。全检作业由长野综合车辆中心负责。JR为配合2007年放映的NHK大河剧《风林火山》把M116编成的