举国震动，清政府挪用本年退还赔款弥补军费，导致清华学堂经费断绝，原定正式开学仪式取消，校方将仅余三千存款分发学生使之回家，11月9日起，学堂停课。
中华民国时期.
清华学校时期.辛亥革命后，清宣统帝退位，中华民国正式建立。1912年5月1日，清华学堂重新开课，返校学生仅360人，10月改名为“清华学校”。不久，游美学务处被裁撤，清华转为隶属外交部。10月，唐国安呈文外交部，将清华学堂改名“清华学校”。监督唐国安自然成为清华学校第一任校长，原教务长周诒春任副校长