花瓶屿（北方三岛）附近海域划为「海洋国家公园」。2005年8月10日，中华民国总统陈水扁巡视彭佳屿，为岛上「海疆屏障」纪念碑主持揭碑仪式，成为首位登上彭佳屿的中华民国总统。2012年9月7日，总统马英九巡视彭佳屿，除宣慰岛上官兵，并与驻扎于东沙及南沙的海巡署部队视讯连线。2016年4月9日，总统马英九巡视彭佳屿，为彭佳屿气象站的「和平东海、国疆永固」纪念碑主持揭碑仪式。
名称来源.据日本仙台藩人林子平所撰写的《三国通览图说》之《琉球国全图》中显示，彭佳屿当时被称作彭佳山