组为伊犁专区参议会，同时，1946年，主张新疆留在中国版图的共产主义者掌握了领导权，取代了原先掌权、主张疆独的伊斯兰教宗教上层人士和泛突厥主义者；苏联也对“三区”方面停止公开支持，后来又撤走了在“三区”的大批苏联人员。后期是随着第二次国共内战全面爆发，国民政府在新疆省也实行反苏反共策略，原来参加联合政府的“三区”方面人员在1947年撤回，随后在1948年成立了新疆保卫和平民主同盟，直到1949年新疆易帜，“三区”方面与中共中央建立直接联络并合流。
名称.中华民国政府称伊宁事变或伊宁