中央医院迁址广州（今广东省人民医院），钟南山由此定居广州。1949年入岭南大学附小（现中山大学附小），升入今广州华南师大附中。1955年考入北京医学院（今北京大学医学部），1960年毕业。1959年8月在第一届全国运动会的北京市集训队的一次测试，400米跨栏跑出54.2秒（手动计时，比当时中国纪录更快），但正式选拔时不在状态，未能出赛。1960年北京市运动会男子十项全能亚军。1960年毕业至1971年被分配留校讲授放射生物化学，这11年间没当医生。1964-1966年知青下乡，到山东乳山搞“四清运动