和国成立后王恩茂曾长期担任新疆维吾尔自治区党委书记（1952—1966, 1981—1985）。1993年3月，王恩茂离开全国政协领导岗位。2001年4月12日10时45分在北京逝世，享年88岁。2001年4月18日，王恩茂同志遗体在北京八宝山革命公墓火化。李鹏、胡锦涛、张万年、温家宝、曾庆红、乔石、宋平、刘华清、邹家华、王光英、布赫、铁木尔•达瓦买提、司马义艾买提、王忠禹、韩杼滨、阿沛·阿旺晋美、宋健、李贵鲜、陈俊生、朱光亚、赵南起、白立忱、经叔平、罗豪才和廖汉生、马文瑞、杨白冰、王汉斌、洪学