上游为文秀坑溪，发源于贡寮区美丰里南草山东侧山谷，先向南南东流经鸡母岭、土地公岭、双板桥、外文秀坑后改称石碇溪，续转东迂回流经丹里、内寮、过溪仔、尖山脚、过港，最终于船澳渔港南侧注入东海。尖山脚溪河口北方约1公里处有澳底渔港，为北部滨海公路新北市、宜兰市间的中途要站。