在明治时期（1867年-1912年）又变得流行起来。在二十世纪初，也就是昭和年间早期，水琴窟这个名字几乎被大家所遗忘，东京农业大学平山胜藏教授在1959年的报告中指出，在日本他只能找到两座水琴窟，且都已经被泥土埋起来坏掉不能用了。不过1982年一位朝日新闻的记者写了一篇有关水琴窟的报导，而且向大家募集相关的情报，这使得更多水琴窟被发现，而且在朝日新闻中也出现大量相关文章。不久之后，1985年NHK播放了一个有关水琴窟的电视节目，让水琴窟再次的流行了起来。
声音.水琴窟发出的声音