现今「马吉安主义」一词，常会指一些反犹主义的教会。另一方面，马吉安并不称基督徒为取代论的「新以色列」，亦从未曾引用《希伯来圣经》来支持自己的观点。但是，马吉安从未曾显示他是一个反犹太主义者，他只是反对犹太人的经典而已。在一些《圣经》的古拉丁抄本中，保罗书信的序言（并非内文，只有数行简介的文字）相信是由马吉安或是他的门人所写的。据称，在最先有序言的富尔达抄本及其他其后的抄本中，该序言是由马吉安主义者所写的。相反，其他早期的拉丁福音书抄本亦有反马吉安主义的序言。另外，相信马吉安对其跟随者施以严厉的道德要