良反应则与腰椎穿刺相似，包括头痛、背痛等。另外，用药的病童的身高成长有可能会较正常儿童缓慢，目前的证据并不足以判断停药之后nusinersen造成的生长迟缓是否会复原。与其他的反义寡核苷酸类药物相似，nusinersen可能会影响肾功能，并可能会造成凝血功能异常。其他反义核苷酸类药物的试验中，受试者曾发生严重程度不一的肾功能异常，最严重的案例是可能致命的。临床试验中使用nusinersen的受试者有33 %的尿蛋白异常上升。针对年纪较大的晚发性患者的试验中则有69 %的受试者发生尿蛋白异常，因此在开始治