次选举不是一人一家或一县市的事，并唿吁国民党在六都市长候选人应尽可能推出中生代应战，才有可能给选民耳目一新的感受。2018年5月22日，高思博经党内初选出线代表国民党参选台南市长选举。9月14日，高思博以「吃月饼、杀鞑子」号召民众支持，对抗民进党的黄伟哲。11月24日，高思博败选。
争议.
质疑赖清德财产事件.2008年立法委员选举，民进党立委候选人赖清德竞选总部针对高思博文宣质疑赖清德财产暴增一事表示，赖清德家中约一千六百万元的三张长期保单到期都已申报，