会造成的损伤则包括肛门括约肌撕裂、可致死的乙状结肠和直肠穿孔。不断地进行侵入式肛交可能会使肛门括约肌松弛，继使当事人出现直肠脱垂或排遗能力减弱（此一情况一般称为大便失禁）的情况。虽然直肠脱垂的情况相对较为罕见，但其常见于男性，且目前成因仍是不明。凯格尔运动已被应用于加强肛门括约肌和整体盆底功能，并可能有助于预防或治疗大便失禁。大多数肛门癌患者曾感染人类乳突病毒，但肛交本身并不会引致肛门癌的发展：感染人类乳突病毒才是增加携带者患上肛门癌的风险因子。其一般经由无採取任何预防措施的肛交传播。肛门癌是十分罕