阁臣王家屏次日再上一本，自请罢官。最后明神宗竟三十年不上朝，只在万历四十三年（1615年）勉强到金銮殿上亮了一次相，许多朝臣都没见过皇帝一面，导致国力衰退。但是万历帝在万历二十八年（1600年）以前很有作为，他直接进行“万历三大征”军事指挥，明朝人瞿九思在《万历武功录》中评价说：“唐宋以来一大伟绩”，由此可见万历帝并非对朝政懈怠。学者常认为是由于国本之争，神宗被群臣所迫，不能立自己爱子朱常洵为储君，连选择太子的皇帝权力也失去，因而以这种方式向朝臣们示威、抗议。史学家曹国庆认为万历帝患有龋齿、牙周病和氟牙