幕府将军足利义政的安排，他被送到京都天龙寺的香严院出家，并于文明十九年（1487年）六月到达香严院，法号清晃。长享三年（1489年）3月，担任幕府将军的从弟足利义尚死去，义政失去了后继者。翌年足利义政也死去，室町幕府将军之位空虚。清晃被幕府选为义政的犹子，并成为将军候选人之一。清晃虽有管领细川政元的支持，但足利义视的儿子义材却在义政的遗孀日野富子的推举下成为第10代将军。延德2年（1490年）4月27日，日野富子决定将自己曾经居住过的小川御所让给了清晃居住。足利义视认为日野富子准备将清晃立为将军的继承人