年又从祖父马克西米利安一世那里继承到哈布斯堡奥地利，同年他被选为神圣罗马皇帝，即为卡尔五世。1556年卡洛斯一世将神圣罗马皇帝让位给弟弟斐迪南一世、西班牙帝国则交给他的儿子腓力二世，西班牙哈布斯堡王朝开始。1554年腓力二世迎取了英格兰与爱尔兰女王玛丽一世，不过1558年玛丽一世的死去使得腓力二世丧失争取英格兰王位的权力。腓力二世是坚定且狂热的天主教徒，铲除异端与迫害异教徒皆在他的统治下达到前所未有的程度。1560年腓力二世组织了神圣同盟，在地中海对抗奥图曼帝国的入侵，于1571年的勒班陀战役取得决定性