员时，因找其姊夫担任驾驶，违反《公职人员利益冲突回避法》等法，遭行政院停职并移送监察院，2009年3月17日，监院廉政委员会认定刘孔中确实违反《利益冲突回避法》，决议裁罚一百万元。刘得知后表示，监察院并非裁罚机关，应是移交公惩会决定。2019年，中央研究院发函，只要是台湾地区人民在中国大陆地区担任大学专任教师者，自8月起不得担任中央研究院兼任研究人员。刘孔中因赴中国人民大学任教，「被请辞」中央研究院兼任研究员。刘孔中现受聘新加坡管理大学集中国人民大学法学院，中国人民大学以「中国人民大学『千人计画』学者」