犯的旗尉赶忙催促上路，顺昌破口大骂：“你不知道世间有不怕死的男子汉么？回去告诉魏忠贤，我就是以前的吏部郎周顺昌！”魏忠贤自恨之，而魏忠贤的义子倪文焕，也趁机弹劾周顺昌与魏大中家通婚，并且诬告周贪污鉅款，周顺昌于是被革职，但是魏忠贤仍未息怒。应天巡抚周起元罢官，周顺昌曾作文送他，文章有斥责魏忠贤阉党之语。天启六年魏忠贤假苏杭织造太监李实诬攀，将顺昌下锦衣卫镇抚司诏狱。逮捕时激起苏州人民反感，由于周顺昌平日有德于民，上万民众上街争夺周顺昌，两名东厂锦衣卫被当众打死，后来五位民众出面顶罪，避免苏州居民被官府法