0万元的铁路与车务控制中心间传输线路工程合约因承建商西门子公司未能按进度进行，九铁公司被揭发不但没有索偿，反而要额外付款1亿元予承建商延续工程，以期不致拖延通车。
车底机件裂缝问题.2005年12月21日，东铁一列南行列车驶至火炭站时，车底的空气压缩器支架松脱，九铁公司其后检查全列车的116个压缩器，共发现9个压缩器支架出现裂纹，但无向政府汇报。九铁公司于事件在2006年1月曝光后已为所有压缩器加上尼龙索带及U形托架承托以防止松脱。但其后再发现有80个车底部件有裂纹经过初步调查之后