有，任何利用到最佳标准的方法均面临相同的问题，且没有简单的解决方法。
批评.最大简约法曾被断言其最主要的问题，尤其在古生物学，是其假设两物种要在相同位置共享相同核甘酸的唯一方法为此两者需有血缘关系。这宣告简约法假设所有相似性均为同源（其他解释则为荒谬的，如主张两物种也许没有血缘关系）。但显然并非如此： 当以特征的任何型式为基础来估计亲缘关系时，简约法是利用寻找最佳亲缘关系树来测试相似性的同源性。举例来说，鸟和蝙蝠拥有翅膀，而鳄鱼和人类则无。若这是唯一可用的数据，最大简约法会倾