大地区，并且围困了萨拉戈萨。塞维利亚各穆斯林小邦的埃米尔为抵挡阿方索六世的攻势，不惜引狼入室，向摩洛哥的阿尔摩拉维王朝求援。1084年，阿尔摩拉维王朝的大军在阿尔迪王朝的埃米尔穆塔米德请求下侵入西班牙。阿方索六世开始遭到一系列惨败，尤其以1086年在萨拉卡战役中损失最为惨重。他被迫放弃巴伦西亚，但仍得以保存其它征服的地区。可是在1108年，阿尔摩拉维王朝的军队再次打败了阿方索六世，并且在战斗中杀死了他唯一的儿子和继承人桑乔。在阿方索六世统治时期，他让着名的西班牙统帅罗德里戈·迪亚斯·德·比亚尔（即熙德）