82年）6月，信长在本能寺之变中死去，明智光秀希望得到右近和清秀的帮助，不过右近返回高槻并投向羽柴秀吉。在不久后的山崎之战中担任先锋，与清秀和池田恒兴一同奋战，令光秀败北。在清洲会议中，战功得到承认而加增领地。在本能寺之变后，安土城被烧毁，于是把安土的神学院（）转移至高槻。在贱岳之战中，守备岩崎山，受到柴田胜家的外甥佐久间盛政勐攻，清秀战死，右近则撤退至羽柴秀长的阵中。此后，有小牧长久手之战寄和四国征伐等战事中参战。继承父亲友照政策的右近，破坏领内的神社佛阁，并迫害神官和僧侣，因此令畿内的高槻周边古神社