自小喜爱踢足球，最欣赏的球员为英格兰的碧咸，于13岁参加《可口可乐暑期足球计划》，不过由于身为前广州着名球员的父亲要求很高，初时都不看好吴伟超可以成功，在两年后，他经父亲介绍代表沙田参加劲量盃，至8强时才被香港体育学院淘汰，结果吴伟超的表现得到体院教练陈融章赏识，被获得邀请进入体院接受训练。
球会生涯.直到在1997年，香港体育学院足球部解散后，吴伟超获安排到劲旅甲组的快译通当学徒球员，在1998年，快译通安排吴伟超与文剑虹，两名刚提升到甲组的年轻球员，到英格兰球会哈特斯菲尔德及修