除石榴根皮，新增101品目，共计300品目。通则部分新增中药基准方200方及其组成，新增「毒剧中药一览表」。呈色法由63%降为7%，薄层层析法由55%增为87%，高效液相层析法之比例从第一版中华中药典的18%，提升至35%。薄层层析法检验中使用毒性较大之苯、三氯甲烷、四氯化碳等也渐渐以毒性较小之溶媒替代。编入中药中重金属、农药残留、黄麴毒素及微生物等异常物质限量，俾利查阅。