峰让吉倡议设立「国民科学研究所」，构想获得涩泽荣一的支持并开始研议。1915年，第36届帝国议会决议成立理化学研究所。1917年（大正6年），由日本皇室及政府补助经费，加上民间的捐款，财团法人理化学研究所正式于现今东京都文京区本驹込设立，由伏见宫贞爱亲王担任总裁、菊池大麓出任所长。铃木梅太郎、寺田寅彦、中谷宇吉郎、长冈半太郎、嵯峨根辽吉、池田菊苗、本多光太郎、汤川秀树、朝永振一郎、仁科芳雄、菊池正士知名科学家皆在此参与研究。在第二次世界大战前曾经形成以理研控股为名的企业集团（十五大财阀之一）