:::2002年以后.2002年，主办单位将每两年举办一届的全国青少年发明创造比赛和科学讨论会和同为每两年举办一届的全国青少年生物与环境科学实践活动合二为一，成为现时的全国青少年科技创新大赛。
争议.在2020年5、6月，有人在知乎匿名爆料全国青少年科技大赛造假的讨论。亦有媒体进行追踪报道。7月12日，丁香园发布相关报道，引发公众关注。其中多个获奖作品引发公众质疑。
陈灵石研究争议.昆明市小学生陈灵石因《C10orf67在结直肠癌发生发展中的功能与机制