不过，不久以后，这几个基督徒团体就在1950年代的几次政治运动中成为受打击的主要对象。1952年4月10日，（三反五反运动中）倪柝声在东北被秘密逮捕关押。直到4年后的1956年（肃反运动中），才与在那一年1月29日被捕的同工汪佩真、李渊如、张愚之、蓝志一等人一同在上海，被作为“倪柝声反革命集团”公开控诉。倪柝声被捕以后，“1954年底，上海聚会处正式表示，要改变倪柝声参加三自的决定，退出三自。” 1956年，上海聚会处经过改组，由唐守临、任钟祥以及左弗如负责。他们和北京教会的负责人阎迦勒宣布再次革除