任台湾巡抚刘铭传完成基隆至台南的选线规划，并开始兴建。但因财政问题，续任的邵友濂暂停计画，仅完成基隆－台北、台北－新竹两线。1896年，日本开始统治台湾之后，立即将纵贯铁路的兴建列为首要的施政计画。于1899年(明治32年)分别由南北两端同时兴工，后藤新平成立台湾总督府铁道部、并亲自担任部长，由铁道技师长谷川谨介规划纵贯铁路，将清代旧线计画进行九成以上的大幅度修正，外加南部的新建路段，长达两百五十二哩的纵贯线铁路终于在1908年于中部接轨，全线通车营运。为此，台湾总督府在同年10月24日，由日本皇室闲院