小处、石帆、祯埠、南岸4个车站，2016年1月1日起又开始接管原由青田车站管辖的芝溪、船寮、良岸3个车站。目前运输部下辖车务单位为温州站、温州西站、青田东站、丽水经营部、缙云站、永康站和武义站。
机辆部.金温公司机务备有东风4B型柴油机车、东风4D型柴油机车等机车，并留有金温铁道特色涂装。设温州机务段（金温温段），并在金华南站设有车间。共配属47台柴油机车其中东风4D有18台新车同时对现有东风4B进行翻新。目前金温铁路全线机车交路由金温公司垄断，同时由于国铁的机车配属在沪昆线上的金