耿九畴之子。景泰五年（1454年）中进士。改庶吉士，授户科给事中，改工科。天顺元年（1457年），改裕检讨。后因父亲耿九畴被石亨陷害，耿裕也被贬为泗州判官。父亲死后，又补为定州知州。成化元年（1465年），召复检讨，历任国子司业、祭酒。后又任吏部左侍郎、吏部右侍郎。后又调至南京礼部，再转南京兵部参赞机务。弘治元年（1488年），拜为礼部尚书。弘治九年（1496年）病故，葬于平定东关重兴坡。死后追赠太保，谥文恪。着有《耿裕集》。