河南岸地区）出生，并在那里长大，他是家里9个孩子中的第4个。哈佛的父亲是一个屠户和酒馆老板，外祖父是当地的一名市议员，曾经和剧作家莎士比亚的父亲在市政厅共事。1625年，一场瘟疫夺去了哈佛的父亲和4个兄弟姐妹后，母亲改嫁。他于1627年被父母送去伊曼纽尔学院（如今剑桥大学的一个学院）学习，1631年毕业后又深造，于1635年取得硕士，随后被按立为牧师。1636年，哈佛与他大学同学的妹妹结婚，第二年飘洋过海于11月来到美洲新英格兰地区的查尔斯顿、即今天的马萨诸塞州波士顿地区，在该镇的教会任职助理牧师和教导