子遗传学等研究显示，实际上，鲟形目比多鳍鱼目更接近新鳍亚纲，因而多鳍鱼目与其它类鳗鱼的近亲被独立为腕鳍鱼纲。
内部分类.本纲包含两个目，如下：
种系发生学.依照2017年《硬骨鱼支序分类法》，本纲与其它硬骨鱼的演化关系如下：