车采用6辆A型车编组，设计最高速度80公里每小时。2号线发车间隔在工作日早高峰期间为2分30秒，在晚高峰期间为3分36秒。
3号线.3号线是南北走向的过江主干线，2015年4月建成。线路北起林场站，由隧道下穿长江，南至江宁区秣周东路站，全长44.87公里，设车站29座，全程用时约72分钟。线路行经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，在主城的走向与1号线大致平行。3号线在泰冯路站与S8号线换乘，在南京站与1号线换乘，在大行宫站与2号线换乘，在南京南站与1号线、S1号