1992年，改隶台湾省政府教育厅，更名为台湾省立凤凰谷鸟园。1996年，改隶台湾省政府文化处。1999年，因精省，而改隶行政院文化建设委员会，更名「国立凤凰谷鸟园」。9月21日台湾发生921地震，凤凰谷鸟园因受损严重而关园修复。2000年，改隶中华民国教育部。2001年，再次因桃芝台风受创。2006年，因六九水灾休园，10月1日重新对外开放。2013年1月1日，併入国立自然科学博物馆组织，更名为「国立自然科学博物馆凤凰谷鸟园生态园区」，隶属于自然科学教育园区管理中心生态教育科。