伐高句丽，高丽王高元派遣使者来乞求投降。来护儿上表请求继续进攻，以成功在望，不肯奉诏返回。长史崔君肃力争奉旨班师，说：“要是跟从元帅违抗皇帝的诏命，必定被人上奏皇帝，我们都得获罪。”诸将恐惧，都要求返回。来护儿才接受诏命班师。隋炀帝末年，崔君肃历任州刺史、兵部侍郎等职。当时各地农民起义爆发，炀帝在江都被杀。武德二年（619年）崔君肃被窦建德部将所俘。崔君肃博学有才干，被窦建德所重。闰二月，窦建德任命隋朝的黄门侍郎裴矩为左仆射，兵部侍郎崔君肃为侍中，少府令何稠为工部尚书，右司郎中柳调为左丞，虞世南为黄门侍