李过率军北上攻府谷，刘芳亮率军西攻庆阳。崇祯十七年（1644年），李自成西安建国，大封功臣，刘芳亮封磁侯。随后，李自成发动灭明战争，亲率大顺军直取京师。南路刘芳亮率左营及陈永福、刘忠迂回进攻京师。刘芳亮率军东进阳城，越过太行山，东出固关后，真定知府丘茂华、游击谢素福出降，大学士李建泰在保定投降。入北京，占领大名府，“布州县伪官，毒掠缙绅”。吴三桂引清兵入关后，随李自成撤出陕西，入湖广。清顺治二年、南明泓光元年（1645年），李自成在九宫山遇害，刘芳亮与田见秀、高一功部会合，投效南明组成忠贞营，坚持抗