处下的公共卫生研究所、家庭计画研究所与妇幼卫生研究所。1999年精省后，台湾省政府卫生处与所属机关、医院均併入行政院卫生署。2001年7月12日，为整合健康业务推动事宜，行政院卫生署上述单位合併成立「行政院卫生署国民健康局」。2013年6月19日，总统令，制定公布《卫生福利部国民健康署组织法》。7月23日，《卫生福利部国民健康署组织法》施行，行政院卫生署国民健康局改组为「卫生福利部国民健康署」。