岛屿也成为一座荒岛。另外过去南小岛由于盛产各种蛇类因此又被称作「大蛇岛」，甚至由于蛇只数量过多反而造成岛屿上的鸟类绝迹。植物方面，据1950至60年代琉球大学所进行的调查显示，钓鱼岛主岛上主要分6种植物群落，而主岛和南小岛合计有89科235种蕨类植物和种子植物，然而岛屿缺乏农业价值。1971年4月1日，琉球大学调査团在南小岛发现12只常居、且被列为濒危物种的短尾信天翁，2002年也有研究报告指有短尾信天翁将南小岛视为繁殖地。