以被利用来抑制背景表达。大肠杆菌表达载体的例子有pGEX系列载体，使用谷胱甘肽巯基转移酶（GST）组成融合蛋白，由Tac启动子调控表达。还有使用T7启动子的pET系列载体。在大肠杆菌中同时表达两个不同的载体是可以实现的，但是两个载体需要有不同的复制起点和抗性标记，否则两者无法稳定共存。很多常用的大肠杆菌载体使用的是ColE1复制原点，这些载体彼此之间就是不兼容的。如果想要在同一个细胞内再表达一个载体，就需要选择一个具有不同复制原点的载体，例如基因p15A复制原点的pACYC系列载体。或者，也可以通过