一事已不可拖延，神宗才立其为皇太子。而长久以来的国本之争引发出了两次妖书案，这些案件即是朝廷大臣内闹的缩影，可说是东林党争。
女真崛起.此时东北女真族兴起，成为日后明朝的隐患。万历四十六年（1618年）四月十三日，女真酋长努尔哈赤自称“覆育列国英明汗”，凑“七大恨”，以掀起叛乱，并僭称国号为后金。四十六年四月，女真兵克抚顺，杀死辽东总兵官张承胤，朝野震惊。为了应付女真，把努尔哈赤「务期歼灭，以奠封疆」，自万历四十六年九月起，朝廷先后三次下令除了畿内八府及贵州以外，加派全国田赋九