始要向股东收取缴纳保证金时，日本发生经济萧条，只有收到7万股的部分，而后勉强增加到15万股，但最后仍由于资金不足无法开工，于是在后藤新平等人主导下，总督府决定还是由官方兴建纵贯线。而在此一时期，日方开始针对北基段铁路进行改良，而由于日方认为清朝的狮球岭隧道一带坡度太大，遂更改路线，并于明治廿九年（1896年）5月开挖竹仔藔隧道。该工程由陆军临时台湾铁道队队长山根武亮担任监督，实际工程则交由有马组与大仓组分别从南北两端开挖，于明治卅一年（1898年）2月2日完工，2月13日于隧道北口举行开通仪式，另外虽然