武学和开学宫教授经书，令到河东郡有大量儒家学者。后来韩遂和马超在关中举兵反抗曹操，弘农郡和冯翊郡多个县邑都响应，但河东郡虽然邻接，人民却无异心。曹操率军与叛军对抗时，军粮就完全依靠河东郡供应，到战胜后还余下二十多万斛，曹操因而称赞杜畿，增秩中二千石。曹操征伐据守汉中的张鲁时，杜畿又派五千人运输，虽然要到战争前线，但他们为了不负杜畿所託，没有一人逃亡。魏国建立后任命杜畿为尚书。杜畿管治河东共十六年。
入朝任职.曹操死后，曹丕继任魏王，赐爵关内侯，征召为尚书。曹丕称帝后再进封杜畿为