战争结束后，林肯逐步继承家族生意，也开始拓展自己的商业业务。1765年英国国会通过《印花税法令》，在殖民地引起政治争议。林肯的父亲倾向保守一方，主张殖民者被动接受英国征税，逐渐在政坛失势；相比之下，林肯本人却日渐倾向激进一方，主张反抗《印花税法》及《汤森法案》。他在1770年代表兴咸镇向波士顿商会写信，支持波士顿杯葛英国货品。1772年林肯加入殖民地议会，并在同年陞任民兵中校。随着英国与殖民地关系不断恶化，林肯在1774年初出任兴咸镇的通讯委员会主席，再在秋季入选麻省自治议会下议院，协助组织民兵及收藏火药