的幕府直辖领先后被划入府中裁判所、久美滨县，1871年第一次府县整併中又被併入新设立的丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中，丰冈县被废除，熊野郡被改划入京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「熊野郡」，郡役所设于久美滨村（位于现在的京丹后市）。