4年，蒋中正主持黄埔军校筹建，陈果夫在上海代其处理军用品採购、人才招揽等工作。1925年，蒋经国前往广州，在黄埔军校与蒋中正讨论计画出国前往莫斯科留学，之后获得蒋中正同意。尽管蒋中正一开始并不希望送自己的儿子前往苏联，后来与陈果夫讨论。对此，陈果夫弟弟陈立夫在1996年接受採访，声称蒋中正接受的背后原因是中国国民党当时并无法确认能够获得苏联支持。1926年陈到广州，当选为国民党第二届中央监察委员，并任中央组织部代部长。1927年4月初，与国民党内右派吴敬恒、张静江等提出弹劾共产党案，为之后的清党准备。1