学界的声名大振。1794年，费希特成为耶拿大学教授，主持康德哲学讲座，并完善他的哲学体系。此后他陆续发表了《全部知识学的基础》（）《自然法权基础》（）《知识学原理下的道德学体系》（）等。1798年，在他担任《哲学杂志》责任编辑的时候，收到了一篇宗教怀疑论的来稿，虽然费希特不赞同作者观点，但由于他坚持出版自由，还是将此文发表。这篇文章后来被别有用心的人利用来攻击费希特是个无神论者，迫使他离开耶拿迁居柏林。1806年，第四次反法同盟结成，对法战争爆发，费希特担负起宣扬爱国主义的任务。1807年，他回到法军占