总督府禁止制造耕地白糖，原设备移转至战力化工厂，台北制糖所宣布废止，厂房设施也逐日拆毁。但台北制糖所在十九年（1944年）年初仍有榨糖作业。二十年（1945年）台北大空袭时，盟军以制糖所的高耸烟囱为轰炸目标，却误中同样具有烟囱的中央汤（位于今环河南路与和平西路口圆环）。
光复后.
台湾糖业公司.1946年6月1日，台北制糖所由中华民国政府接管，隶属台湾糖业公司第二分区。1947年，台糖设立万华仓库，成为统管台糖物料运输与进出口的重要转运节点，包括现今之3栋糖仓