大学获得法学博士学位，他舅父提供给他一个在波兰波罗的海边上的弗伦堡的神父位置。1506年哥白尼回到波兰，担任他舅父的医生和秘书。1512年他舅父去世，他将主要精力放在教士的责任和医学研究上，同时利用工作之余时间研究天文学。在弗伦堡30年间，他建了一个小天文台，后来被称为“哥白尼塔”，自17世纪以来被人们作为天文学的圣地保存下来。但是从当时人的记载和哥白尼本人的着作来看，他很少进行天文观测，他主要通过前人的观测结果，进行哲学思考与数学计算，逐渐形成了自己的天文学体系。
父系.哥白尼父