从水中捞起，与总兵曹天琦等六人被押解到广州。在狱中他绝食五日但不死。佟养甲要他写悔过书，他便把写在朱氏园的三首诗抄给了他。永历元年（1647年）九月二十八日，佟养甲下令将其在广州四牌楼“寸磔于市”。临刑前陈邦彦写下《狱中五日不食临命歌》：与张家玉、陈子壮并称南明三忠。谥忠愍，《明史》有传。
着作.着有《雪声堂集》等。
家族.陈邦彦育有四子一女，女已出嫁。其余三子，陈馨尹死于离乱，陈和尹、陈虞尹被清人杀害。长子陈恭尹，因清兵突袭时已离开顺德，躲藏在增城湛