肥料污染土壤，而削弱其生产力；过量施肥导致害虫爆发；对病原体有利的养分易导致疾病；自然农法生产的蔬菜和水果的味道比化学农业更好。该中心导入了琉球大学的比嘉照夫教授所开发的EM菌（Effective Microorganisms），为酵母菌、乳酸菌、光合菌等多种细菌的共生群。他们将其广泛运用在育苗用土、基肥、灌溉用水等处。另外，他们也有提供自然农法研修，比起大仁农场的一年或两年，自然农法中心为八个月，分为蔬菜、水稻、育种三个课程。
种子.冈田茂吉与分支的自然农法，有留种子自种、植