匪的威胁时，人们开始期望日军进城维护秩序；在众人议论中，达飞声与另两位洋商自愿前往日军阵地传递讯息。此后，他开始随日军採访，纪录乙未战争的情况；但遭批评立场过于转向日本（但他曾批评部分调至台湾南部的军队及日籍苦力素质不佳）。 当日军全面控制台湾后，他即在淡水开始经商贸易。1897年，他被美国总统格罗弗·克里夫兰任命为美国在台湾本岛的领事代理；任职期间，他写下了许多关于台湾事务的专题着作。有感英文文献中缺乏对台湾本岛历史的完整论述，他耗费多年进行调查，参阅来自许多语言的资料，并在1903年发表《台湾的过去与现