基因污染（）指对原生物种基因库非预期或不受控制的基因流动。
指称.长期以来，保护生物学以及自然保护提倡者用基因污染这一术语来形容从家养的、野生的、非本土的或入侵物种到野生本土物种的基因流动。这一术语之后被用来形容从基因工程（GE）物种或转基因生物（GMO）到非GE/GM生物的基因流动。
基因工程.环境学家杰里米·里夫金（Jeremy Rifkin）于1998年写了一本名为《生物技术的世纪》的书，“基因污染”这一术语因此而为大家熟知。人为使两个基因不同的物种