，累升参将。与太平军征战多年，功勋卓着，以战功赐号干勇巴图鲁，擢总兵，加提督衔。多隆阿督师前往陕西后，石清吉统领五千人在庐州留守。同治二年（1863年），太平军、捻军联合袭扰豫、楚之交，石清吉前往湖北救援，在孝感、黄冈屯兵。同治三年（1864年）九月，陈得才、马融和合并进攻蕲水，围困清军副都统富森保于关口。石清吉率军驰援，天下大雾，敌人数万云集。石清吉进至药山，敌军渡河，抄其后路，重重包围，石清吉自辰时血战至午时，身被九创，殒于战阵。副将江星南、谷明发，游击曾占彪、段会元皆战死。事闻，朝廷下诏按照提督阵亡例