都督贺拔岳率领军队讨伐关西叛军，裴子通以本官出任贺拔岳参军事，很快出任步兵校尉，加号镇远将军，行台尔朱天光又引荐裴子通担任大司马记室参军。魏军返回后，裴子通出任辅国将军、谏议大夫，因为父亲去世而离职，后出任右将军、正平郡太守、正平郡都督。大丞相高欢巡查函谷关，裴子通前往拜谒，受到高欢的优待，高欢命令裴子通作为使者监察各军营，又总知机要，出任大行台。天保二年（551年），广陵归附北齐，裴子通出任右将军、广州别驾，前往安抚。天保七年（556年），裴子通的母亲天水赵氏去世，裴子通在母亲坟墓旁边结庐帐，哭泣没有节制