一世逝世。翌年，埃莉诺以太后身份离开法国前往布鲁塞尔，并于1555年10月见证查理五世的退位仪式，并一同离开到西班牙定居。其后埃莉诺与妹妹奥地利的玛丽住在哈兰迪利亚德拉韦拉并不时探望住在修道院中的查理五世。1558年，埃莉诺终于在28年后与女儿玛丽亚在巴达霍斯相见，但是在回程时埃莉诺逝世。