小分为两类。一类是念珠大小的头骨，最初在19世纪中叶被发现；另一种是具有真人头骨大小的头骨，在19世纪末期发现。其中后者在最近时期十分受人关注，认为所有的这些头骨都是于欧洲伪造的。在19世纪末，伪造的印第安古董在交易市场上十分猖獗，以至于在1886年史密森尼学会的考古学家威廉·亨利·霍尔姆斯在《科学》上发表了题为《The Trade in Spurious Mexican Antiquities》的文章来抨击这一现象。虽然博物馆在早期曾经零散地获得了一些水晶头骨，然而馆藏水晶头骨大多都源于古董商欧仁·博班。