相连，长度总计40.3公里，沿线有结构物94处，支线16条，分线34条，灌溉北港溪以北46,000甲土地，并另有虹吸工暗渠和乌山头北干线相通。
南干线与北干线.水源自乌山头水库流出后，分为北干线与南干线。北干线自乌山头北行，跨急水溪、八掌溪、朴子溪到北港溪南岸，灌溉北港溪以南至乌山头贮水库间的56,000甲土地，长度总计47.5公里，构造物171处，支线22条，分线31条；南干线自乌山头南行，向南跨越官田溪、曾文溪至茄拔附近，至台南市善化区连接南干支线，灌溉乌山头以南约42,000