卡进行人工充值服务，站内也有相关充值机器。2017年12月27日起，站内部分闸机支持支付宝扫码与银联闪付/云闪付进行结算。2018年3月28日起，杭州地铁全部闸机支持上述支付方式。为配合长三角一体化建设，杭州地铁已经与上海地铁、宁波轨道交通、温州轨道交通、合肥轨道交通、南京地铁官方客户端乘车二维码实现互联互通。从2020年5月12日起，杭州地铁完成全国交通一卡通互联互通改造，乘客可使用全国所有交通联合卡在杭州地铁直接刷卡过闸。
优惠措施.已开通电子钱包的杭州市民卡、杭州通卡