满月之夜的钻石偷盗事件，怪盗基德摆脱了警察的包围网，华丽地逃走了。江户川柯南在独自追捕基德时，遭遇了石川五右卫门的袭击。柯南方才明白是鲁邦三世假扮基德犯案，而这次的对手将是鲁邦三世。鲁邦三世之后将目标转向“幻之秘宝”樱桃蓝宝石。收到鲁邦三世预告函的目暮十三等人，迎来了鲁邦三世潜入搜查官钱形幸一，他们开始合力抓捕鲁邦三世。鲁邦三世则在宝石顺利得手后，听从峰不二子的要求，将宝石交给了神秘男子亚伦·史密西。他的目的到底是什么？与此同时，来到日本的还有超人气海外偶像艾米力欧·巴瑞帝。但艾米力欧收到了死亡恐吓