首领阿禄古父子身亡。经此一役，多数採观望态度的原住民皆靠向日本。6月1日起日军分三路扫荡牡丹社、高士佛社、射不力社等原住民，沿途只有小规模抵抗，原住民人撤入山中，日军佔领村落后焚烧村屋并撤回社寮营地。7月1日，牡丹社等终于投降。之后日军移营龟山（今车城乡国立海洋生物博物馆附近）长期驻扎，却因气候与卫生因素饱受疟疾等热带疾病之苦，据日方纪录，参与行动的日军与随军人员5,990人共回报了1万6,409件的患病纪录，呈现出平均1人患病2.7次的惨况，而561名的病死者更达实际战死者的数十倍之多。Secti