建大楼期间曾出现经费不足（预算15000元），蔡元培为此分别致信青岛市市长沈鸿烈、胶济铁路局局长葛敬恩、山东省政府主席韩复榘，请其筹措建筑经费并解决建设用地。青岛市政府最终将水族馆东侧保留公地无偿拨给研究所作为办公地点，建筑费用则由中华海产生物学会、青岛市政府、中央研究院、山东省政府、山东大学、胶济铁路局、北平研究院共同拨付。 1936年8月12日，青岛海滨生物研究所办公楼举行开工典礼。12月25日工程即将完工时，各捐款单位及相关学术团体代表共同拟订了研究所章程，推举沈鸿烈等15人为董事，并推举候选理事