动物的废弃物会自然清除，若是一些废弃物可能会造成损害的情形，可以使用，例如养殖鲑鱼时同时养殖贝类，鲑鱼的排泄物即为贝类的食物来源。海水养殖有许多不同的方式，有鳍鱼类的网罩可以悬挂在外海，网箱则较常用在较受保护的水域，也可以放在涨潮时海水会流进的池塘中，海虾养殖会在有连接外海的浅水池中养殖。挂在水中的绳索可以生长藻类，牡蛎和贻贝。牡蛎则是在托盘上或是网状管上饲养。海参是在海底养殖。缅因州有海螯虾的圈养育种计划，作法是将幼体放置在海中，因此使海螯虾的收获量增加。人类食用的藻类超过145种，包括红藻、绿藻、褐藻等