氏消灭大内氏后，一度成为毛利氏与大友氏争夺的区域，16世纪末丰臣秀吉完成九州征伐后，此地被封给其家臣毛利胜信，但此后本地的政治中心也转至位于西侧的小仓城。1600年关原之战后，毛利胜信因加入西军战败而被德川家康流放，本地一度成为细川藤孝之子细川忠兴小仓藩的领地，此后又因为细川氏改封至熊本藩，此地改成为的领地直到19世纪江户时代结束。1869年明治维新后，本地先后隶属日田县、小仓县，直到1876年的第二次府县整併中才隶属福冈县。1889年实施町村制，现在的门司区在当时分属文字关村、柳浦村、东乡村、松江