日战争时，倭寇主要攻击范围为当时臣服于元朝的高丽。由于先前臣服于元军的高丽军，在忽必烈两次进攻日本的军事行动中，侵略日本，因此前期倭寇对于朝鲜沿海进行含有报复式的海盗行为。朝鲜史取对马岛、壹岐岛、平户岛三地之名，称为「三岛倭寇」（以平户藩松浦家为核心）。元史和新元史中都有倭寇骚扰元朝杭州的记载。后来日本进入南北朝的分裂状态，倭寇的活动也由于政府管制力减弱而加剧。由于前期倭寇对于日本与明朝、高丽贸易造成破坏，初成立的明朝政府对日本南朝发出讨伐倭寇的要求，随后敕封讨寇有功的南朝征西将军宫怀良亲王「日本国王」