有效族群大小成比例。而遗传多样性比起普查得到的种群规模远小得多，由此产生了"遗传差异的悖论（paradox of variation）"。高水平的遗传多样性是支持中性演化理论的几个初始论点之一，因此这一悖论也成为了反对中性演化理论最有力的论断之一。太田朋子强调了的突变，尤其是损害较小的突变之重要性。近中性变异的种群变迁在本质上与中性突变的相同，除非N表示自然选择的有效族群大小，选择系数的决定值大小大于1/N。N的值因而会影响多少突变被视为中性而多少突变被视为有害。大量的统计模式测试过中性演化理论与实