BECoV在序列上没有明确差异，可能是感染不同组织的相同的病毒。有些健康无症状的牛只体内也能侦测到牛冠状病毒。此病毒的感染在冬季较多，可在小牛造成腹泻，可能与轮状病毒、、隐孢子虫与大肠桿菌等其他病原共同感染，使症状更加严重；另外还可在小牛造成轻微的唿吸道症状，亦有造成肺炎者；牛冠状病毒还可在成年牛只中造成冬痢，为较常在冬季发生的急性腹泻。这些感染每年均造成肉牛业与酪农业造成重大经济损失。目前已有疫苗可防止此病毒的感染。除牛只外，水鹿、白尾鹿、水羚、加拿大马鹿、驯鹿与长颈鹿等反刍动物的肠道或唿吸道中皆