第1军军长顾品珍回到云南，杨希闵随其到云南，顾品珍将支配云南的唐继尧推翻并駆逐出云南。杨希闵被任命为第3旅旅长。1922年（民国11年）3月，顾品珍遭到唐继尧反撃而战死。顾品珍所部杨希闵等滇军在张开儒的率领下逃到广西省。同年6月，孙文同陈炯明决裂，在邹鲁的策动下，张开儒率部赴广东讨伐陈炯明。途中，在广西桂平，杨希闵夺取了张开儒的指挥权。孙文任命杨希闵为西路讨逆军滇军总司令，和滇军范石生、桂军刘震寰与沈鸿英共同击败陈炯明。1923年（民国12年）3月，孙文设陆海军大元帅大本营，杨希闵被任命为滇军总司令