4年2月，小保方晴子主导的STAP细胞论文因相关数据造假等多项问题遭到撤销且被处分，作为小保方导师的笹井也被追究责任。8月5日，笹井芳树在神户市尖端医疗中心内上吊自杀，并于确认身亡。笹井之死震撼全世界，美国、欧洲各国、韩国与中国的媒体皆有大幅报导。《自然》主编在声明中表示，笹井的自杀「是科学界的一起惨痛悲剧，研究者社群的一个巨大损失」，悼文也在《自然》官方部落格刊登。在日本，多位重量级科学家与政府要员－－理化学研究所理事长野依良治、理研中心主任竹市雅俊、京都大学教授山中伸弥、山梨大学教授、（JST）