秩序遣返行动，保证船民能够平安返到越南，令到在港船民开始回落，不过仍有部分船民仍抱有期望而拒绝回国，以致船民收到遣返通知时引起不满情绪和反抗，甚至发起游行抗议和骚乱。其中着名的是白石羁留中心，曾经在1994年和1996年两度发生大型骚乱，规模仅次于由香港警务处管理下的「石岗羁留中心」1991年严重骚乱，共造成24人死亡的事件。虽然如此，但遣返行动仍然顺利进行，大部分羁留中心都陆续关闭并恢复原有的惩教用途，而「助理署长（越南船民事务）」职务到1997年撤销。1998年，西贡万宜羁留中心正式关闭，标志惩教署的越