噶尔翼龙科的演化支定义，包含：准噶尔翼龙、湖翼龙、惊恐翼龙的最近共同祖先，与其最近共同祖先的所有后代。克尔纳当时列出六个共有衍征：相当小的眼眶、眼眶位于投颅骨的相当高位置、眼眶下方有一个洞孔、口鼻部上方有高嵴冠，嵴冠从鼻孔前方开始隆起，在眼眶后方结束、上颌骨向两侧与后方延伸、颌部前段缺乏牙齿、上颌的最大型牙齿位于颌部后段、牙齿基部呈宽椭圆形。克尔纳也指出，准噶尔翼龙以外的物种，化石都相当破碎，所以各属都确定具有的特征只有最后一个。都迷科翼龙、枪颌翼龙也曾被归类于准噶尔翼龙科，牠们都是中型翼龙类，牙齿适合咬