个赛季的德甲参赛名单中位列第三号门将。他在该赛季曾两次入选替补阵容，其余时间则主要代表二队参加德国足球高级联赛。随着克里斯托弗·海默罗特的离队，诺伊尔得以在自己的第二个职业赛季中晋升为球队二号门将。2006年8月19日，在2006-07赛季第二轮客场对阵亚琛的比赛中，由于主力门将弗朗克·罗斯特因伤离场，诺伊尔遂替补登场完成了德甲首秀。此后，罗斯特开始在主教练麾下失宠，并在冬歇期离开了沙尔克04。而诺伊尔尽管只有20岁，却得到了斯洛姆卡的信任，并成为德甲迄今为止最年轻的主力门将。诺伊尔在该赛季中共有19场比赛