阵营，升任天策卫指挥使。其做事有谋且沉着冷静，深受徐达器重。后攻破泰州，守卫海陵。海陵是张士诚部队进入安徽的必经之地，其整训军队，提高防御。后击败张部队的袭击，并攻下通州，升任大都督府副使。后随徐达北伐，攻破元大都，后带领三万部队镇守燕山。当时扩廓占领居庸关窥视北平，徐达则对部下说“北平有孙兴祖，不用担忧。”于是率领大部队进攻太原。洪武三年，后跟随徐达北征，激战身亡。朱元璋悼念他，封其燕山侯，谥忠愍，配享通州常遇春祠。此后，中书省因汪兴祖俸禄事入奏，朱元璋听到兴祖，感事伤情，于是命令给孙兴祖家以月俸禄。