卡（Edward Seidensticker）曾在书中描述宽永寺的在战争遭受破坏的过程。在戊辰战争中，拥护天皇的军队佔领大部分的东京及江户城后，虽然大部分的德川军队纷纷投降，但是有一支驻守在上野的军队仍然打算抵抗到底。这支军队大约有2,000人，由彰义队（德川幕府组成的军队）的成员所组成。他们挟持宽永寺的住持，这可能导致长州藩及萨摩藩的军队没有立刻攻击宽永寺的原因。最后的战斗从1868年7月4日上午展开，在激烈的战斗后，长州藩及萨摩藩的军队从南边的黑门（靠近现在上野公园的入口）攻破彰义队的防守。大部