中华民国驻日本大使是中华民国派驻日本最高层级的外交官，该职也包括1972年两国断交后至今所派驻的中华民国驻日本代表。
沿革.中华民国建国后，继承满清继续与日本维持外交关系，1938年至1952年间曾因中日战争而断绝，该战争期间日本扶持的满洲国及汪精卫政权亦曾指派驻日大使。1952年4月28日签署《中日和约》结束战争状态后恢复。1972年9月，日本与中华人民共和国建交、并同时依一个中国政策与在台湾的中华民国政府断交，两国改为互派名义上不具外交官身分的驻地代表，直至今日。在2012