明朝洪武十八年（1385年），海寇猖蹶，明太祖派人在惠州境内的平海建造城池，抵御盗寇，此城一直保留到现在，目前为广东省历史文化名城。清朝末年，孙中山曾两次在惠州发动起义。1900年，发生义和团运动，孙中山决定乘机发动起义，在台北建立起义指挥中心，命郑士良等人于三洲田（今属深圳盐田）于10月6日发动惠州起义，起义军曾一度发展至2万人，按孙中山指示直取厦门，后因军械粮草不继，于11月1日宣告失败。1907年6月2日，同盟会成员邓子瑜委派陈纯、孙隐等人，在距离惠州20里发动七女湖起义（今惠城区汝湖镇），以