。1903年9月，早田进入东京帝国大学植物系研究所，跟随松村任三（1856年-1928年）研究，并被指定其研究题目为台湾植物相（早田, 1931a）。1904年9月17日，他被指定为东京帝国大学理学院植物园的助理。1905年5月（31岁），被台湾总督府短期聘任，鑑定总督府植物学者所採的标本。这个工作成为其日后对台湾植物相的研究的动力。1907年9月，早田提出了四篇文章，获得了理学博士的学位（山田, 1934），这四篇文章是：《台湾菊科植物》（早田, 1904a）、 《日本的大戟科及黄杨科植物》（