所有资料完全仰赖观察人工饲养的个体而得，也许和野生个体会有存在差异。倭河马在 3-5 岁时达到性成熟，目前最年轻产子的纪录发生在瑞士一头 3 岁 3 个月大的母倭河马上。雌性倭河马的动情週期为 35.5 日，每次持续 24 至 48 小时。倭河马为单配偶制(河马则是一夫多妻制)，然而尚不清楚配偶关系可以持续的时间长度。交尾可能发生于陆上或是水中，可以持续 1-4 小时。在人工饲育的环境下，全年每个月都能够产下幼崽。妊娠期持续 190-210 天，每胎产1只，偶尔产出双胞胎。初生的雌性倭河马宝宝体重约