究水准最高。神户大学创建于1949年，系由神户经济大学、姬路高等学校、神户工业专门学校和兵库师范学校等学校合併创建。现在的神户大学已经发展为拥有11个学院，超过16,000人学生和3,000人教职员的大型综合性大学。在科研成果方面，神户大学是日本除了旧帝国大学之外最顶尖的大学之一。2012年诺贝尔医学或生理学奖得主山中伸弥就毕业于神户大学。神户大学的研究团队也在希格斯玻色子的研究中做出了重要贡献。神户的私立大学中则是以创立于1919年的甲南大学规模最大。除了这两所大学之外，神户规模较大的大学还有兵库县立大学