院史语所，主要以中国史专家居多。2月25日，课纲委员周婉窈在南方电子报上，透露教育部预备更改高中历史课纲（98课纲），更换课纲修订委员，并施压委员通过王晓波提出的修正方案。周婉窈因此宣布退出专案小组。2月26日，民进党立法委员针对此事提出质询，行政院长吴敦义承诺台湾史和中国史的比重不会改变，台湾史维持独立成册，不会改变。9月18日，中国统一联盟等民间社团，在教育部外发起游行，主张将历史教科书中分离主义（台湾独立运动）的内容删除，以中华民族观点重新编写。
教育部长蒋伟宁时期.Se