连横是改写江日昇《台湾外记》所记「此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。」改成「然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我。」，而且在康熙皇帝（1661年即位）前，中国历朝政府从未将台湾本岛纳入领土版图。该文以往在国立编译馆独编教科书时期曾收录于国民中学国文课本里，后来因政治环境转变及与史实不符，现已不再收录。多年来《台湾通史》的序被编入台湾高中国文教材。2017年10月29日，教育部课审大会审议推荐选文时认为《台湾通史序》内容涉及歧视原住民族，决议换成《鹿港乘桴记》