粒的自噬性降解。细胞自噬机制在先天免疫中发挥重要作用。结核桿菌等细胞内的病原体被靶向降解，当中的细胞机制和调控机制与靶向线粒体降解的机制相同 。这是内共生学说的进一步证据。尽管某些细菌会阻止吞噬体成熟为降解的细胞器，称为，但是这个过程通常会导致由侵入性微生物带来的破坏。
感染.水疱性口炎病毒是由自噬体从胞质溶胶中吸收并转移到内体中，并且在那里通过检测单链核糖核酸。在类铎受体被激活后，细胞内信号级联反应就会开始，导致干扰素和其他抗病毒细胞因子的诱导。部分病毒和细菌破坏了自噬途径，以促