基甘油酮磷酸还原酶主要参与甘油磷脂和醚酯（ether lipid）的代谢过程。这种酶也能作用于烷基甘油酮3-磷酸和烷基甘油3-磷酸。对啮齿类动物肝脏细胞的研究表明，这种酶大约有三分之二位于细胞的过氧化物酶体，其余位于微粒体。酰基甘油酮磷酸还原酶仅能在高离子强度的溶液中、在NADPH存在下由洗涤剂溶解。