示而正式编成，名义上隶属国防部，实际上直接由李本人指挥、命令。该机构存在的7年间均由其亲信陆军中将担任总司令，与陆军特务部队并列为韩军两支主要的政治干预力量。1953年6月18日，作为韩战战俘营警卫任务执行单位的宪兵总司令部经李承晚授意而大举释放了釜山、光州、论山及牙山等地囚禁的数万名反共战俘，借此向美军为首的联合国军与朝、中两军间的停战和谈表达韩方反对立场，因而引发美国等国指责。宪兵总司令部在事后由陆军参谋总长白善烨上将纳入陆军管理范围，并借由对美协商，使宪兵能获得美方装备支援。1960年10月10日，