危机造成的「三亨利之战」开打时，该联盟才在吉斯公爵的主导下重新成立。虽然联盟的正式创立时间为1576年，但在1568年，吉斯家族的领袖──洛林的枢机就暗中成立联盟的前身组织，而教宗西斯笃五世、西班牙的腓力二世及耶稣会都站在天主教联盟的一方，最终使法国宗教战争成为西欧近代史上一次规模空前的大战。纳瓦拉的亨利于1593年改宗天主教（改宗使亨利被广泛地承认为法王），并与1595年收编联盟的核心势力，这才最终宣告该联盟的结束。