。1637年10月，岛原的天草四郎时贞率领人民，包围富冈城，爆发岛原之乱。之后幕府军连同九州众大名，攻克原城。江户幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并屠杀天主教徒。此后倖存的教徒成为地下教徒（地下天主教）。寛永十年（公元1633年）江户幕府採取锁国政策后、颁布了「禁教令」。基督教徒被迫更改信仰以及被流放到外国。后来江户幕府为了阻止外国传教，决意与信仰天主教的西班牙及葡萄牙断交。
明治维新后.1868年，明治维新后，政府重新允许基督教传播，但明治宪法规定大日本帝国