吉善随即上书弹劾，干隆帝命侍郎杨嗣璟参与审问查实。干隆帝认为喀尔吉善知事而不即刻弹劾，遂以失察撤职，后恢复官职。之后他又弹劾河东盐政白起图贪婪，查实。干隆七年，调任安徽巡抚。干隆八年，调任山东巡抚，期间上疏请求赈灾，并整理山东矿采。干隆十一年，升任闽浙总督，派兵征讨台湾变乱。干隆十五年，加兵部尚书衔。干隆十七年，因年老辞职，干隆帝温诏慰留。干隆十九年，加太子太保。干隆二十二年，生病不久去世。赐祭葬，谥庄恪。