治七年（1650年）贡生，时年十七岁。授江西萍乡县知县，迁山西大宁县知县，升山东沂州知州，复坐事降补无锡县知县。因为打击海盗有成效，被授任福建按察使。为清廷收复郑成功所占厦门、金门等地。于1682年2月1日－1689年8月8日期间，奉旨接替金光祖担任广东广西总督。后遭到弹劾降职。后随康熙帝征讨噶尔丹，康熙三十六年卒。吴兴祚留下许多着作，包括《宋元声律选》、《史迁句解》、《粤东舆图》等。