海流在东北地方交汇，带来充分的浮游生物，令东北地方海域渔藏丰富，是世界三大渔场之一。然而，对渔业资源的过度捕捞导致日本一些地区的渔获量减少。此外，沿岸工业都市的污水排放导致日本一些海域存在赤潮问题。
气候.在柯本气候分类法中，北海道、东北地方属温带大陆性湿润气候；本州、四国、九州、琉球群岛属副热带湿润气候。由于日本纵贯的纬度颇大，南北气温差异十分显着；而连绵不断的山峰纵贯日本列岛中央，使得太平洋沿岸地区和日本海沿岸地区气候差异也很大。因日本地处中纬度大陆东岸，日本气候明显受到季候风