军总司令陈镇湘上将等3位副执行长及13个工作小组，积极推动救灾重建事宜。国防部并协助地方政府执行灾后抢救工作，国军紧急动员投入大量兵力执行救灾、灾后重建任务以及灾民收容安置，以及协助灾区清理、组合屋建构及危楼拆除等工作。国军不分昼夜投入苗栗、台中、南投、彰化、云林及嘉义等地救灾，尤其是中部地区动员投入兵力与物力最多。总计国军共投入46万人次协助灾区重建工作，堪称国军近年最大规模的救灾行动。许多县市政府亦在地震过后纷纷宣布当日停班停课，包括：而国际救援组织与中央政府连系后，也亲自来台投入救灾。9月23