抗日战争爆发后，丁超五随国军撤至重庆，1938年秋辞去政界职务，离开重庆，到昆明闲居。当时，中国国民党中央设立中央赈济会。丁超五受该会委托，回家乡邵武，创办赈济十四厂（造纸厂），任董事长。1941年，福建省发生严重的粮荒，福建籍中国国民党中央委员秦望山、刘通、何公敢等人回福建赈济灾民，丁超五应邀赴南平主持赈务。
民联与民革.抗日战争后期，丁超五先后三度赴重庆参加中国国民党中央的会议，和中国共产党领导人董必武、王若飞等人有了接触，并和民主人士谭平山、朱蕴山、柳亚子、邓初民等人交换政见