尔机场和杜塞尔多夫机场则为柏林航空枢纽机场。目前德国的内河年货运量在2亿吨以上，约占全国货运总量的1/4。其中莱茵河承担约2/3的水路运量，被称为「欧洲黄金水道」。基尔运河它是世界上运量最大的人工水道之一，方便波罗的海与北海间的航运。德国的主要港口有汉堡、不来梅哈芬、威廉港、吕贝克和罗斯托克。其中汉堡港，是欧洲第三大、世界第九大港口，有“德国通向世界的门户”之称。2012年落成的威廉港集装箱港区是德国唯一的天然深水良港，水深达18米，与汉堡港作为传统的通商口岸形成良好的互补。
能