典法，御史中尉李彪即将纠劾他。刚巧遇元干于尚书下舍，因而屏退左右向元干告诫他有风闻殿下不法，即欲起弹劾，恐损孝文帝委託之意旨，若元干肯改变以往陋习，他可不言，但若不悛改便很快会事发。而元干悠然不以为意，李彪乃上表弹劾他。孝文帝知道后忿惋，下诏元干与北海王元详，俱随太子诣行在所。既至，元详单独得朝见孝文帝，元干却不蒙引接。孝文帝密令左右观察元干面色，知道他并无忧悔，乃亲自数其过错，杖打一百，免去所有官职，以王位还府第。太和二十三年（499年）薨，终年三十一岁。给东园祕器、敛服十五称，赗帛三千匹，谥「灵王」