整合周围的数个村级行政区，升格成为村山市）的主车站，但1954年村山市设置后车站并未随之改名，直到1999年时，才配合山形新干线新庄延伸段的通车，在搬迁入新设的车站建筑同时改名为村山车站。
车站结构.侧式月台1面1线与岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站。设有跨站式站房。