公布两岸四地百强大学排名，清大名列第四；如不计学校规模（总量）指标，清大办学绩效居百强之首。陈校长任内执行「迈向顶尖大学计画」（教育部「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」，俗称「五年五百亿计画」），获得教育部考评审议委员会高度肯定。2010年1月中央研究院刘兆汉副院长在陈校长卸任惜别茶会中指出：「2006年刚推动五年五百亿计画，当大家正倍感压力地等待成绩出现时，清华早在陈校长的领导下，做好完善准备并稳健地出发。」陈校长任内创设相当多新制度及创举：成立「校务发展谘询委员会」，引领清华长远发展方向。将秘