，特古西加尔巴倾向于建立独立的中美洲共和国，但附近的科马亚瓜市长却主张与墨西哥合并。两个城市因此交兵，莫拉桑作为一名志愿者参加了特古西加尔巴的自卫军队，很快成为一名领导者。虽然特古西加尔巴等城市奋勇抵抗，但是中美洲还是于1822年被墨西哥统治者阿古斯汀·德·伊图尔维德征服。莫拉桑此后转入地下活动，参与了中美洲1823年摆脱墨西哥统治的运动。1824年，其叔父狄奥尼西奥·德·埃雷拉建立独立的洪都拉斯共和国，莫拉桑被任命为共和国政府秘书长。成功摆脱墨西哥人之后，洪都拉斯、危地马拉、萨尔瓦多、尼加拉瓜和哥斯达