他的偏讳，改名为「长政」，并与六角家嫁过来的平井夫人离婚。永禄3年（1560年）4月，六角家获知长政的背离，浅井家与六角家的战争就此展开。为了重新压制与逼迫浅井家臣属，六角义贤下令大将蒲生贤秀攻夺浅井氏的属城肥田城，六角义贤则从观音寺城发兵攻打包围佐和山城。浅井长政为了夺回失去的领土，委任勐将矶野员昌为先锋，出兵南近江在野良田合战中利用奇袭，长政则亲率一万兵以寡击众大破六角义贤多两倍有余的两万五千大军，浅井长政统率初战得到首胜。浅井家的地位借由此战奠定了在北近江的地位，亦同时向六角家警告浅井家已经独立，