进与世隔绝的军队大院，使钱学森在“文革”期间避免受到冲击，得到保护。1965年，国防部五院脱离军队系统，改名为第七机械工业部，简称「七机部」，钱学森是七机部的副部长。1966年8月至9月间，各地发生红卫兵破四旧抄家风潮，当时在中国科学技术大学的华罗庚等着名学者都少不了有人贴大字报，红卫兵开始到中关村的高级科学家家里去抄家，钱学森得以幸免。1967年1月，发生「七机部夺权事件」，发起夺权的「九一六」组织领导人是叶挺的儿子叶正光于1967年1月23日晚上把部长王秉璋、钱学森和其他四个副部长召集到部长