人权促进会执行委员之职，接受了陈水扁的邀请担任总统府国策顾问。陈水扁后来并请黄文雄担任外交部无任所大使、总统府人权谘询小组委员，继续为台湾及其他各国的人权运动奋斗。但是黄文雄发现，陈水扁政府没有积极推动人权政策，导致一些人权法案被「卡」在立法院；尤其是行政院与内政部提出「全民指纹建档」一案，明显侵犯民众隐私权，甚至在无形之中预设全体台湾人民都是「预谋犯罪者」，加深了黄文雄对陈水扁政府的不满。2005年5月24日，黄文雄与台湾人权促进会、中国人权协会等人权团体合组拒按指纹524行动联盟，公开反对全民指纹建档。