批评台大，部份医界人士对柯文哲进行连署声援。2012年6月，柯文哲等医界人士组成陈水扁民间医疗小组，并由柯文哲担任召集人，该小组判定陈水扁身体状况不佳并发起连署，希望法务部能让扁保外就医。2017年9月30日，由于柯文哲在TVBS《少康战情室》接受赵少康专访时称「他（陈水扁）一开始是装的，后来变成真的病」，因而被陈水扁民间医疗小组免除召集人一职，而且此番言论遭到民众检举。2018年6月，台北市卫生局依违反《医师法》裁罚柯文哲2万元罚锾。2013年5月1日，柯文哲收到法务部调查局台北市调查处公函，将他