清令就地正法，并奏闻干隆帝。干隆帝认为穿墙逃狱与劫狱不同，说明犯人只希望苟活，而就地正法就太过了。安南阮惠率西山军攻打昇龙（今越南河内市），驱逐其国王黎维祁。黎维祈逃窜山中，其陪臣阮辉宿护送王太后阮氏玉素、王后阮氏玉端、太子黎维诠逃入龙州，孙永清与两广总督孙士毅同时奏闻此事。孙士毅出兵安南，孙永清则驻守南宁负责粮饷的输送，在太平府设军需局，以福建延建邵道陆有仁、桂林知府查淳董治其事。1789年，黎维祈复国，孙永清送其亲族回安南，并奉命赐绸、缎、布及白金四百。因筹办粮饷之功，赏戴孔雀翎。孙士毅兵败逃归