丁启睿斩王辑等为首者六人，功升任右布政使，随巡抚孙传庭镇压农民起义军。崇祯十一年（1638年）冬，升任右佥都御史，代孙传庭巡抚陕西。崇祯十三年（1640年），杨嗣昌荐为兵部右侍郎，代郑崇俭总督陕西三边军务。次年升兵部尚书。崇祯十四年（1641年），李自成数次围攻开封，丁启睿督催左良玉、虎大威、杨德政、方国安、傅宗龙等人率兵解围。后左良玉逃走，其他各军阵脚大乱。九月，李自成军在马家口决开黄河，水灌开封，开封失陷。丁启睿与杨文岳逃奔汝宁，明军一路死伤无数，傅宗龙战死，启睿的敕书、尚方宝剑等全部丢夫。崇祯大怒