一方面行背外侧路线（英语：'），经由基底板进入外胚层；另一方面行腹内侧路线（英语：'），穿过中胚叶节与神经管中间。不过视网膜上皮的黑色素细胞是其中的例外，它们并非由神经嵴产生，而是在神经管外囊生成的视杯产生。色素细胞的前驱细胞称为色素胚或色素母细胞（英语：""）。色素胚的多能性，可以使它发展成各种类型的色素细胞。目前已知授精后第3天的斑马鱼胚胎中，就已经能够发现黑色素细胞、黄色素细胞与彩虹色素细胞。突变种的研究证明了一些转录因子，如、与，都是控制色素细胞分化的重要转录因子。如果这些蛋白质被破坏，色素细胞