研究发现，东铁线扶手细菌抗药性基因最高，透过深圳过境乘客不断转乘而散播社区抗药菌至全港。马鞍山线（现为屯马线一期）检测出的耐药性细菌含量亦几乎与东铁线相同。
载客量饱和问题.由于东铁线早期车厢设计非常狭窄，导致大围站、沙田站和粉岭站成为前往九龙方向的人流瓶颈位「重灾区」，而此情况于大老山隧道巴士线投入服务后才显着改善。2014年立法会文件披露东铁线最繁忙路段载客率和客量，若以每平方米四人站立密度计算，得出100%饱和的载客率，现时客量达5.87万人次。
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