厦以作为两校拒绝合并提议后的妥协。2000年1月，数学家陈省身定居南开大学校园中由校方为其修建的别墅宁园。8月，南开大学泰达学院正式成立。同年12月25日，南开大学入围“985工程”。2002年，南开大学深圳金融工程学院成立，诺贝尔经济学奖得主罗伯特·蒙代尔、中国证监会首任主席刘鸿儒任名誉院长。2004年6月2日，南开大学教育基金会成立。11月17日，南开大学与美国马里兰大学签署协议建立北美洲第一家孔子学院——马里兰大学孔子学院。2005年，南开大学下属允公集团被发现共计4亿元资金被违规使用。2006年