分类被受争议：一些认为应为鳄科之下的一个亚科；也有指应为一个独立的科，并与鳄科同属鳄总科。
分类.马氏鳄亚科是一个颇为多样性的群组。当中的"Mekosuchus inexpectatus"，估计为本亚科最后一个存活的物种，要到全新世时才于新喀里多尼亚灭绝。科学家估计这个物种还是一个树栖的物种。至于中新世早期的物种" camfieldensis"估计与今日马来长吻鳄的型态相像。另一种在新西兰的中新世沉积层发现的化石，至今仍未被描述。马氏鳄物种则幸运地可透过「跳岛」（）的形式扩散其分佈