教会全体牧师中选出，但教堂的会籍则开放给所有事奉基督为主的教友。政府原本答应在油麻地九龙医院后面预留一幅庞大土地供九龙佑宁堂建立永久会址，但最终以官涌现址作交换，于1930年5月28日举行奠基，教堂及牧师住宅于1931年4月10日落成启用。第二次世界大战日治时期教堂暂停活动，教堂建筑物受到严重破坏，所有家具及设备被搜劫一空，学校礼堂的屋顶被拆除，而教堂礼堂被改为马槽。战后教堂重修，在购置家具时于一间二手店找回两张靠背长椅，教堂于1947年10月19日重开。教堂逐渐扩建，1955年两层的主日学院落成，