合，事实上不与其他超家族发生重组的超家族是很难找到的。当结构域之间发生重组时，其从N端到C端的顺序往往是保守的。此外，在自然界可以找到的结构域组合比理论上可能出现的情况要少得多，或许是自然选择的结果。
蛋白质超家族的例子.碱性磷酸酶超家族- 具有相似的αβα三明治结构，催化机理也有相似之处。珠蛋白超家族 - 相似的八次α螺旋结构。免疫球蛋白超家族 - 相似的反平行β折叠结构，在识别、结合、黏附功能上具有重要性。PA蛋白酶超家族 - 具有相似的类胰凝乳蛋白酶双β桶状结构