五十余个古菌基因组已经完成了测序，另外许多测序工作正在进行中。
基因的转移与交换."沃氏富盐菌"一种极端嗜盐古菌，可在两个细胞的细胞质之间形成桥梁，可能用于DNA的任意方向的转移。当嗜热的古菌和在DNA突变源，例如紫外线、博来霉素和丝裂霉素的暴露下，不同种类的古菌会出现不同的变化。硫化叶菌的基因变化不会因为其他物理突变源，如酸碱值和温度，这说明了古菌的进化是来自于DNA的损伤，这也说明了紫外线导致的细胞进化促使染色体在硫化叶菌之间交换。重组的几率级别比没有经过紫外线照射的古菌多