国共内战失利，中华民国国军部队由中国大陆开始转进撤退到台湾。中华民国政府迁到台湾，两岸交流中断后，台南机场在民航方面仍保有台湾地区的航线，而在军事方面除了有中华民国空军使用外，亦曾为驻台美军的空军基地之一。中华民国空军第一轰炸大队于1952年时从台中水湳机场移驻台南机场，改配置F-84雷霆喷射式战斗机，后来该部队历经装备更替与更名，为今天的空军第一战术战斗机联队。主要配置的战斗机为国造IDF经国号轻型战斗机。
政府机关.台南机场驻有内政部空中勤务总队第三大队第一中队 ，主要