新作中不仅带出了前作主角群成人之后身心上的改变，同时也大幅增加魔法知识范围和角色数量。且新作中还添加了政治、心理战等更加深沉的元素，延续前作的信念，带给观众完全不同风格的魔法少女动画。「闇之书事件」（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。在此当中，出现了新发现的太古遗产「圣遗晶石」（），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器「共鸣拓发者」（）。为了迅速对应日后被称为