战火，明朝重建并改称“玛瑙山居”，清朝修葺并改称“抱朴道院”，此名沿用至今。自明清时期至今历经多次重建和重修。过去，葛岭抱朴院与黄龙洞、玉皇山合称西湖三大道院。文革期间，抱朴道院被园林部门占用。1982年由道教界收回管理。1983年，抱朴道院被定为道教全国重点宫观。2001年6月起，杭州市道教协会主持修复抱朴道院的殿堂及神像。2003年1月11日，抱朴道院修复竣工，举办了神像开光仪式，正式重新对外开放。抱朴道院现为杭州道教协会所在。2011年西湖成功申遗，抱朴道院与道教文化列入西湖文化景观世界遗产名录。