死了起事的格鲁派僧人，其余的格鲁派僧侣只好逃往北方。彭措南杰因此平定了动乱，使前藏大部分地区也臣服于藏巴汗。现代藏学一般将这年定为藏巴汗取代帕竹政权统治西藏地区的开始。这也是西藏历史上「藏巴汗政权」的开端，首都在三竹节（今日喀则）。1621年，噶玛丹迥旺波继任藏巴汗，他也是末代藏巴汗。1634年，四世班禅与五世达赖邀请蒙古和硕特部汗王图鲁拜唬（即后来的顾实汗）入藏。1641年，顾实汗发兵攻打藏巴汗，包围了日喀则的藏巴汗府邸。1642年，丹迥旺波兵败被俘，不久遇害。顾实汗继续西进，降服了后藏地区，并亲自驻