官还需召集两位汉人头家及两位司法评议会的议员，每个星期开会两次，以便减少汉人和荷兰人之间的冲突。大员当局考量赤崁缺乏坚固的据点，以致于遭受攻击时，人们只得逃入马厩避难。决定在赤崁新盖一座堡垒来加强防卫，并取名为普罗民遮城（意为省城，今台南市中西区的赤崁楼）。