出身福建书香世家。林兆恩祖父林富为弘治年间进士，曾大理评事、广西参政、兵部侍郎等官，与王守仁过往甚密。父亲林万仞受林富荫恩太学生，叔父林万潮和兄林兆金亦为进士为官，可谓出身官宦世家。年轻时被认为有才能，但18-28岁间，三次乡试都未中颇受挫折，开始对科举厌恶，一度隐身山林拒绝举业。
中年：建立三教合一思想与社团.他在三十岁开始，开始对儒道释三家思想作了探求，四处拜访有道人物，走访寺庙，并阅读各家经典，其中包括结识了道士卓晚春，成为挚友，彼此谈论道理，当时莆田人称为「卓狂林颠」，