接获和谈通知，6月16日由李士卑斯代理舰队司令一职，前往鸡笼交换俘虏，并于6月21日撤离鸡笼，8月4日完全撤离澎湖。1885年（光绪11年），台湾建省，澎湖改隶于台湾省。
日本.1895年3月，在日清战争和谈期间，日军发动澎湖之役，于1895年3月23日派军登陆澎湖本岛，3月25日攻下澎湖。并设置「澎湖列岛行政厅」。澎湖遂成为日本在台湾最早统治的地区。1895年4月，依据《马关条约》第二条之三「澎湖群岛，即英国格林尼次东经百十九度起至百二十度止、北纬二十三度起至二十四度之间