群的平衡。怀孕会改变阴道菌群，也会减少菌种的多样性。
疾病预防.健康的阴道菌群可以维持酸性环境（< 4.5），预防细菌性阴道病、念珠菌症等疾病，这种酸性环境不利于常见的致病原，像是阴道加德诺菌。在健康阴道菌群中，乳桿菌也佔据了生态位，不然会被其他的致病原所佔据。细菌性阴道病和阴道中出现及有关，也和构成健康阴道微生物群的乳桿菌种类减少有关。
研究.目前研究发现阴道存在乳酸桿菌为主的菌群，和性传染疾病发生率较低有关。