京参加登基大典。二人坚决拒绝向皇太极行三跪九叩之礼，这使皇太极非常愤怒。这最终导致1636年腊月初二日，派济尔哈朗守盛京（今沈阳），阿济格、阿巴泰守辽河入海口以遏明军，皇太极亲自率领清军十二万入侵朝鲜。仁祖得知清军攻打的消息，派人将宫眷、神主、王族迁往江华岛，自己则退往南汉山城。崇德二年（1637年）正月初一，皇太极趁江面结冰之际渡江攻汉阳，沈器远弃城退驻光陵。此时多铎部也已攻破平壤，与皇太极会师。一月三十日仁祖与王世子李溰率侍从五十余人，穿青衣亲自出城。朝鲜仁祖出城时，英俄尔岱和马福塔已率军在城外迎接。仁