惠战胜了清军。在阮惠击退清军进攻之后，吴时任认为清朝强大，担心清朝起倾国之兵前来征讨，因此建议阮惠主动向清朝求和。阮惠听从了他的意见，命令吴时任、潘辉益起草对清朝的外交文书，成功使西山朝与清朝达成和解。以此功绩，吴时任成为兵部尚书，封晴派侯（）。光中五年（1792年），吴时任兼任国史署总裁，翌年以侍中大学士正使的身份出使清朝，报告阮惠之丧，请求册封阮光缵为新的安南国王。景盛五年（1797年），吴时任奉命为国史监修，整理刊行吴时仕的《越史标按》。次年（1798年），奉命修筑北城文庙（今河内文庙），