业而来的过度捕捞问题十分严峻。身处极低水温的深海鱼类通常生长缓慢，此倾向底栖鱼中的中大型种类显着。深海鱼雌雄间的接触繁殖机会受限也是个问题，滥捕的速度超过资源再生速度时，在最坏的情况下会引起物种濒临灭绝。2006年，因西北大西洋鳕鱼种类迅速减少，联合国粮食及农业组织唿吁渔业国妥善管理鱼类资源。
深海鱼的演化和谱系.目前尚不清楚鱼类何时开始进出深海。深海是一个非常稳定的环境，至少真骨类发生辐射演化的中生代白垩纪之前，鱼类已成为深海住民。言及古生代石炭纪晚期（约3亿年前）地层中出土的盲