以冠军身份升班，重返德国地区足球联赛(南)。重返德国地区足球联赛(南)后，球队多数在中至下游位置徘徊，甚至有数个球季是接近降班边缘。到了2005年，球队队名像德甲及德乙的预备组队伍一样，由业余队更改为二队(II)，从此称为1860慕尼黑II。基于德丙在2008年成立，德国地区足球联赛下降为第四级别联赛，与此同时，亦失去多支高水准队伍。在2008-09球季，球队逃出了中下游行列，以第六名完成该季赛事。到了2012-13球季，球队更夺得新成立的德国地区足球联赛(巴伐利亚)冠军。而赛制上，地区联赛冠军便有