希周不和，便借机弹劾他庇护下属。朱希周无奈，称病乞休，家居三十年，虽然屡获推荐，终于不得复用。嘉靖三十六年（1557年）卒，赠太子太保。按例，词臣出身者谥“文”，但与朱希周父亲朱文云名字冲突。朱希周临终时特意嘱咐诸子，如果蒙朝廷赐谥，请勿犯家讳。于是朝廷避免“文”字，特谥恭靖。
家族.朱希周籍贯崑山，后迁吴县，高祖朱吉官至户科给事中。父朱文云官至按察副使。母王氏（封孺人）。