者在妥善治疗之下通常可以完全康复；然而有些重症疟疾的病程进展较为快速，患者可能会在数小时或数天内死亡。最严重的病例即使在良好的治疗与照顾之下，死亡率仍能高达20％。长期影响方面，有文献记载感染过重症疟疾的儿童可能会发育迟缓；非重症性的慢性感染也可能导致免疫缺陷，减弱患者对沙门氏菌和EB病毒的抵抗力。疟疾造成的贫血会对于孩童快速发育的中枢神经造成不良影响，另外病原体也会直接伤害脑疟疾患者的脑部，有些脑疟疾患者在痊癒后仍有神经和认知缺陷、和癫痫等后遗症。临床试验表明服用防疟药能改善认知能力和学习成绩。S