管理权纠纷，发动佛教界赴立法院请愿，结果大觉寺管理权确定为出家众所有，高雄县政府败诉，延用五十年的行政命令——信徒认定原则及权利地位，做大幅度修改。1997年，圣岳法师接替慈蔼法师担任住持，让寺貌焕然一新，任内先后完成大觉寺天王殿、罗汉殿、圆觉殿、大雄宝殿及二十诸天，但他在2012年便圆寂，俗年58岁。
祭祀.巖庙时期，辖有范围含盖大社乡、仁武乡、楠梓区的十三个联庄组织，同其他巖庙以观音普度阴灵的信仰特性，与庄众的神庙成对，构成阴阳具备的宗教网。寺院时期，前殿供奉本师释迦牟