始，最初的剧本被废弃了，剧情开始明显地偏离原有的故事。使徒的数量从原来设定的28个锐减至17个，编剧们也开始修改故事的结局。因为东京地区会在1996年1月3日早上八点这一与平常不同的时间播出，所以制作团队有意把第十四集前半部分做成总集篇，后半部分决定对绫波零进行描写。从第16集开始，剧情发生了巨大的变化，开始聚焦于角色并抛弃了关于叙述个人角色救赎的大叙事。这种转变与导演庵野秀明的朋友借给他一本精神疾病相关的书，使得他对心理学产生了兴趣有关。当时第十六话的剧本已经完成，鹤卷和哉在制作时提出在使徒与真嗣的接触中