担心病情曝光后不能再执行任务，试图隐瞒自己的状况，但意识到如果自己以当前状态进入太空将会酿成致命危险。他此前居住于维珍尼亚海滩，这时已经搬到德克萨斯州休斯敦居住。一次在休斯敦讲课时，谢泼德突然头晕发作，靠人搀扶才勉强走下讲台，于是他向时任飞行任务主任迪克·斯雷顿坦白了自己的病情，请航空航天局医生为自己诊治。1963年，医生诊断谢泼德患上了美尼尔氏综合症，其内耳压力过高导致半规管过度敏感，引发头晕、方向感变差和恶心的症状。医生对这一疾病束手无策，只能给他服用利尿剂排出内耳积聚的液体，还为他开出促进血液循环