和熊廷弼对辽东防务的争论中，叶向高作为王化贞的坐师，对其颇为维护，助长了两人的不合。天启四年（1624年）魏党之势日盛，开始大肆迫害东林党人。魏党王绍徽编制了《东林点将录》，叶向高因是朝中清流的代表，被列为东林党首魁，附比于“及时雨”。六月，杨涟上疏弹劾魏忠贤，叶向高认为魏忠贤不易除，仍应以调和为主。叶向高的外甥、御史林汝翥鞭笞魏忠贤的手下，魏忠贤闻知大怒，准备逮捕林汝翥。林汝翥事先得知，逃到遵化，魏忠贤遂派人围住首辅叶向高的宅院大肆搜捕，派很多宦官围住叶向高府邸鼓噪，“中官围阁臣第，二百年来所无”，叶