个联邦特区（新瓜地马拉，今瓜地马拉市）组成 。（巴拿马当时为玻利瓦尔所创之哥伦比亚共和国的一部份，而贝里斯当时为英国殖民地）。在1830年代，首府为克萨尔特南戈的第六个邦洛斯阿尔托斯加入了联邦，洛斯阿尔托斯的领土包括今日的瓜地马拉西部高原和墨西哥南部的恰帕斯州。自中美洲从西班牙帝国独立不久后，其中有些地区于1821年併入了墨西哥第一帝国。接着中美洲于1823年组成了联邦共和国。从1838年到1840年，联邦陷入了内战，由保守派对抗自由派，最后支持分离主义的自由派获胜。经历了许多的流血冲突后，联邦由于不同