于猎杀假说就主要有以下的质疑：
气候转变假说.于19世纪末及20世纪初，科学家第一次发现曾出现冰河时期及间冰期，且与某些动物的兴衰有关，于是结论出更新世冰河时期的完结就是灭绝事件的原兇。不过有指这么多次的冰河时期，为何只有末次冰期与灭绝事件有关？一些证据更指这套假说不能适用于澳洲，因灭绝事件发生时期（4-5万年前）的气候是与现今的差不多，而且澳洲的巨型动物群也完全适应干旱的气候。另外，证据显示所有的灭绝事件都是在很短的时间内发生，恰巧正好是人类到达澳洲。同位素分析发现一些存留下