Windows版本（如9x）缺少文件系统安全机制，譬如文件权限。再者，若用户使用16位DOS驱动程序，Windows可能变得不稳定。在Windows 9x系列中就频繁发生硬盘错误。
用户界面.用户可通过命令行界面（CLI）或图形用户界面（GUI）来控制一个基于Windows 9x的系统。对于桌面系统，默认模式通常为GUI，而MS-DOS Windows则使用CLI。Windows 9x的GUI运行在一个基于DOS的层。不同于加载到内核空间的Windows NT GDI，身为