亚共产党用警察恐怖统治来控制人口并镇压民族主义运动。许多作家、艺术家、科学家和政治家被处死或流放。另外，1944年，大约200000名Hamshenis（居住在俄罗斯、格鲁吉亚和土耳其黑海沿岸的亚美尼亚逊尼派穆斯林）被从格鲁吉亚流放到哈萨克斯坦和乌兹别克斯坦。更大规模的流放发生在1948年，58000名支持达什纳克的亚美尼亚民族主义者和希腊人被迫迁徙至哈萨克斯坦。
二战时期.亚美尼亚在二战卫国战争中没有像大部分苏联西部地区那样遭受破坏。纳粹从未抵达过南高加索，虽然他们意图那样做