，是指染色体上的固定位置，例如某个基因的所在。而基因座上的DNA序列可能有许多不同的变化，各种变化形式称为等位基因（allele）。基因座在基因组中的排列位置称为基因图谱（genetic map），基因作图（Gene mapping）则是测定基因座与特定性状关系的过程。二倍体与多倍体细胞的某些染色体上，在同一基因座上有相同的等位基因，这类细胞称为纯合子/同型合子（homozygous）。若是相同基因座上含有不同的等位基因，则称作杂合子/异型合子（heterozygous）。
命名