治的菲律宾（小吕宋）设立领事馆，但多次被拒。当1890年代末西班牙最终同意清廷设立领事馆时，美西战争爆发，西班牙战败，菲律宾改由美国统治。1899年（光绪二十五年），清廷与美国交涉设领事宜，获得同意，于是成立“大清领事署”，并任命原菲律宾华人领袖甲必丹陈谦善之子陈纲为首任驻岷总领事。
附：驻马尼拉总领事（1912年－1946年）.中华民国成立后原“大清领事署”改为“中华民国驻马尼拉总领事馆”，直至1946年总领事馆升为公使馆而建立正式外交关系。
驻菲律宾共和