1900年出生于今屏东县东港镇，8岁时入东港公学校就读，公学校毕业后，考进台南长老教会学校（今长荣中学），在中学时受到日本人歧视，使郭国基产生民族意识。大正六年（1917年），郭国基在18岁时前往日本，先后就读东京青山学院（今青山学院大学）中学部、明治大学预科（先修班），后至明治大学政治系就学。大正九年（1920年）1月，台湾留学生于东京组织「新民会」，当时就读明治大学的郭国基与同校同学彭华英等16人参与其中，同年6月14日，郭国基带头发动留日学生拒绝台湾总督府行之有年的「始政宴」，以抗议日本殖民政