，但由于政府财政上的困难，交通部高速铁路工程局办理「民间机构参与兴建暨营运台南都会区大众捷运系统优先办理路线可行性研究」，经行政院核示应优先考量高铁站与台铁站间最佳的衔接方式后，高速铁路工程局提出兴建「沙崙线」的构想，并进行初步设计，之后全案转由交通部铁路改建工程局东部工程处负责后续工程。沙崙线原定2009年竣工，并计画配合2008年台湾博览会（后未举办）提前完工。但因为二仁溪整治计画的关系，于2010年竣工，并移转给台铁经营。2011年1月2日正式通车后，台铁辟驶经中洲直达台南的区间车，距离约18km