《中土大战II》的故事线索为善与恶的较量。好人一边是以葛罗芬戴尔为主角的精灵族，格洛芬德被设定为抵御一场计划好的对瑞文戴尔精灵避难所的攻击。在矮人族和其他军队的帮助下，精灵们试图消灭索伦以及他的军队以恢复中土世界的和平。在邪恶那一方，索伦通过索伦之口和戒灵召集其它小妖精。索伦带着他的军队，向北方推进，企图去消灭北方剩下的军队。