年（1382年），朝廷明令设立道教管理机构：“府设道纪司，置都记、副都记各一员；州设道正司，置道正一员；县设道会司，置道会一员。”南阳府道纪司常设在玄妙观，由玄妙观方丈兼任都记。明朝崇奉道教，玄妙观也获得重修，先后经洪武四年增建、正统二年扩建、嘉靖与万历年间增修，成为河南西南部知名的道教中心。当时，南阳玄妙观为北京白云观的属院，玄妙观住持由北京白云观指派。清朝康熙年间，为了避清圣祖玄烨的名讳，玄妙观更名为“元妙观”。清朝干隆、咸丰年间等时期多次增葺。雍正八年（1730年），玄妙观建斗姥阁，清朝皇帝颁