李光耀和当时的马来西亚联邦政府在种族权利分配上意见不合，李光耀主张以“马来西亚人的马来西亚”的民族平等方式，反对“马来人至上”的保护政策。人民行动党与执政马来民族统一机构（巫统）的政治较量更在1964年7月及9月两次引发新加坡种族骚乱。最后，首相东姑阿都拉曼以避免局势恶化为由，在1965年8月7日下令将新加坡州自马来西亚联邦中除名。于是，8月9日，以巫统为首的执政联盟在马来西亚国会紧急修宪并通过，解除新加坡与马来西亚的关系，使其被迫成为独立的主权国家。新加坡被迫脱离马来西亚联邦（1965年8月9日）