两者无法稳定共存。很多常用的大肠杆菌载体使用的是ColE1复制原点，这些载体彼此之间就是不兼容的。如果想要在同一个细胞内再表达一个载体，就需要选择一个具有不同复制原点的载体，例如基因p15A复制原点的pACYC系列载体。或者，也可以通过表达一个串联了多顺反子的载体来表达一个以上的蛋白。
酵母.具有二硫键和糖基化修饰的蛋白质在酵母中相对比较容易表达。一种常用于表达蛋白的酵母是毕赤氏酵母（"Pichia pastoris"）。在这种酵母中常用的是pPIC系列载体，载体上的AOX1启动子