皇家航空接受首架A319，随后更多的A320系列飞机陆续投入交付，以取代老旧的波音757。同年5月，飞行常客奖励计划「皇家天空」正式启动。2004年汶莱皇家航空终止了低利润的台北航线，并在同年10月31日因为高油价关系终止了古晋和加尔各答航线，之后开通了悉尼航线。2008年1月26日终止了有长达24年历史的达尔文航线，同时并终止了夏尔迦航线，而吉达航线改为直飞航线。汶莱皇家航空欲租借一架波音777以扩充其长途航线业务，首架波音777-200在2007年4月带着汶莱皇家航空的涂装出厂，却未能成功交付给汶莱皇家