临汉人的垦伐，猎场渐失，只得选择远离故土，集体迁徙至丘陵、内山等区域居住，而未随同胞迁移的平埔族人，只得依附汉人，或与其通婚，于是文化及语言也渐趋汉化。19世纪中叶以后（约莫道光皇帝末期、咸丰皇帝在位时期），清帝国内地接连面对鸦片战争、英法联军、太平天国之乱等问题，朝廷应付内忧外患业已自顾不暇，难以付诸心力经营东南一隅的台湾，直到同治十年（1871年），日本帝国进犯台湾爆发牡丹社事件之后，朝廷重臣因恭亲王奕䜣、李鸿章、左宗棠带起一场「海防与塞防之争」的朝廷议论，嗣后才有沈葆桢主导南洋海防，并远赴台湾经办