邨巴经常爆满，因此客源不俗，主要集中于荃威花园来往荃湾站和富华街，但因为本线是循环线的关系，路线较容易脱班，令荃湾站和富华街分站经常企满等待的乘客，虽然已有较疏车的路线39A作分流，但部分乘客也会改乘30和30X返回荃威花园。虽然本线途经荃景花园和荃湾中心等屋苑，但是这些分站的客量较少，主要原因是这区已有班次较频密和车资较便宜的小巴往返荃湾站，除非中途因为小巴客满才一定需要选择巴士，乘搭39M的乘客主要是可享用半价优惠的长者及小童，以及可享有$0.5车资回赠的城门隧道路线转车客，但自从连续转乘优惠取消后