世界大战中，该区域的边界再次变化。德军占领该地区时，大部分南斯拉夫马其顿和一部分爱琴马其顿被移交给保加利亚管理。在保加利亚治理东希腊马其顿期间，大约100,000名来自该地区的保加利亚难民重返故里，也许有同样多的希腊人被驱逐或逃离至希腊。西爱琴马其顿被意大利占领，与西南斯拉夫马其顿并入意大利占领的阿尔巴尼亚。希腊马其顿的其余部分（包括所有的海岸）被纳粹德国占领。纳粹大屠杀中最严重的罪行之一就发生在这里，塞萨洛尼基的60,000名犹太人被驱逐到波兰集中营，只有几千人存活。1944年，红军进军巴尔干半岛，迫