岛为「伊里安岛」（），至2002年开始才称为巴布亚岛（）。19世纪受欧洲国家殖民侵略，国界大致上沿用昔日德、荷佔领地一分为二：位于东经141度以东的，属于巴布亚纽几内亚，由1975年开始脱离澳大利亚成为独立的国家；位于东经141度以西的，属于印尼的巴布亚省和西巴布亚省。这部份一直都有分离活动，要求从印尼独立。
语源学.在与西方接触之前，"巴布亚"这个名字曾被用来指代岛屿的一部分。其词源尚不清楚；一种理论指出，它源于（蒂多雷苏丹国使用的语言），该语言控制了该岛沿海地区的部分地区。