兵回部，占领叶尔羌汗国，把广大维吾尔族地区置于其统治之下。1688年噶尔丹突然率兵越过杭爱山，大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部南迁。1690年6月，噶尔丹又向漠南喀尔喀蒙古进攻，俘掠人口，抢劫牲畜。
衰弱.1690年同年，康熙帝决计亲征，组织左右两路大军分别出古北口和喜峰口。8月1日，双方大战于乌兰布通（今内蒙古克什克腾旗境内）。清军大败噶尔丹军，噶尔丹乘夜向北溃逃。噶尔丹战败后因原根据地为策妄阿拉布坦占据，不得不滞留科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起，不断骚扰边