光禄勋。后又出任安南将军、湘州刺史。不久朝廷升他为征南将军，但卞敦辞让。咸和二年（327年），苏峻联合祖约起兵叛乱，平南将军温峤等领兵救援建康，但卞敦则拥兵不下，而且不给军粮，仅仅派督护荀璲领数百人跟随大军。当时朝野对这没有人不责怪和叹息，征西大将军陶侃更十分忿恨。咸和四年（329年），苏峻之乱平定，陶侃便上奏卞敦「阻军观望，不赴国难，无大臣之节」，并请卞敦收付廷尉。丞相王导以祸乱之后应该多寛赦为由，让卞敦转任安南将军、广州刺史，但卞敦因病不上任。后来被征任光禄大夫，领少府。卞敦因为没有出兵讨伐苏峻