于三司官之上的特权机构，有时候也成为琉球官员间斗争的工具。例如1667年的北谷惠祖事件、1734年的平敷屋友寄事件和1858年牧志恩河事件，都有在番奉行所的插足。祝女等宗教势力被萨摩藩打压。在尚丰王时期，祝女给国王授予神号的传统被禁止。1636年，尚丰王对萨摩藩的外交称谓从「琉球国中山王尚丰」降格为「琉球国司尚丰公」，直到1712年才被同意恢复「中山王」称号。琉球也不得不奉行江户幕府的锁国政策、对吉利支丹（基督徒）的镇压政策以及对南蛮船的驱逐政策。江户幕府并不希望萨摩藩吞併琉球。对于萨摩藩成功征服琉