出任陆军总长。1913年7月，段祺瑞代理国务总理，组成段祺瑞临时内阁，调兵镇压二次革命；12月陆军总长一职由周自齐接任。此后又署理湖北都督兼领河南都督，镇压白朗起义。1914年2月，袁世凯段祺瑞召回北京述职，其湖北都督由段芝贵、河南都督在4月由田文烈接任；1914年5月，袁世凯增设海陆军大元帅统率办事处，试图收回由陆军部主控的军权，段祺瑞担任陆军总长；段祺瑞因不满这个调任，在陆军总长一职任内主要业务都由亲信徐树铮定夺；1914年，日本军队占领青岛，段主张对日本决一死战。1914年后，袁世凯与段祺