入觐议事，留用爲兵部右侍郎。宪宗即位，受学士钱溥连累，贬爲浙江左参政。成化元年正月，因广西大藤峡（广西桂平市西北约8公里的黔江下游）瑶、壮各族动乱，兵部尚书王竑力荐韩雍为左佥都御史，赞理军务，与赵辅等率军十六万前往镇压，多所杀伐。五月，义军杀泷水主簿陈衍。十一月，官军长驱至大藤峡口，义军近七千人被杀，擒杀义军首领侯大苟，改地名为断藤峡，韩雍任两广总督，驻梧州。最终因下属及同僚攻讦致仕。两广人念其功绩，立祠祭祀。家居五年后卒，年五十七。正德年间，追谥襄毅。着有《襄毅文集》。