为冷却柴油机的加压封闭循环高温冷却水系统（12个散热器单节），以及冷却增压空气、机油、静液压传动油的低温冷却水系统（32个散热器单节）。散热器下方设有静液压变速箱、后转向架牵引电动机通风机、空气压缩机等，柴油机自由端通过传动轴与静液压变速箱相连，并通过尼龙绳传动轴带动后转向架牵引电动机通风机。冷却室左右两侧侧壁各设有六个通风百叶窗口。辅助室内取消了东风4D型机车上配备的预热锅炉，代之以一台50千瓦的里卡多6105型辅助柴油发电机组，额定输出电压为400伏特50赫兹三相交流电，它既可以独立运转也可和主柴油机同