与太子中允刘知几、同僚纪处讷、中书令杨再思、兵部尚书宗楚客、中书侍郎萧至忠并监修国史。武三思先有实封数千户在贝州，当时遇到大水，刺史宋璟请求免租庸及封丁，韦巨源却以为庄稼虽然被淹没，还有蚕桑业可输租税，于是河朔户口颇多流散。武三思构陷神龙政变功臣敬晖、桓彦范等，大理卿裴谈判其处斩、抄家，大理丞李朝隐忤旨，中宗令贬李朝隐于岭南恶处，韦巨源和中书令李峤奏称李朝隐素有清正之名，断狱也得当，一旦远贬岭南，天下会怀疑其罪。中宗意解后，即出李朝隐为闻喜令。二年（708年）二月，传言韦后衣笥裙上有五色云，是吉兆，韦巨源请