海南特别行政区管辖之东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛及南沙群岛等南海诸岛屿（目前中华民国仅有效控制东沙群岛全境与南沙之太平岛及中洲礁）则于1990年后划归高雄市旗津区代管至今。
地方.中华民国政府在1949年12月迁台前，共设置了西藏地方及蒙古地方两个地方。虽然名义上领有西藏及蒙古（即外蒙古），但中华民国自建国后从未完全控制两地：西藏一直由噶厦实际统治，中央政府仅能有限施行主权，以行政院辖下之蒙藏委员会为对口部会，并在西藏首府拉萨设置驻藏办事处，以处长为驻藏最高长官；1949年7月底，