世中至晚期因南美洲的孤立而出现，早年的研究观点认为南蹄目和非洲兽总目的关系最近。然而在近年的种系发生学蛋白质组研究显示南蹄目和奇蹄目互为姊妹群。至于其他有蹄类的位置则不明。重脚目、索齿兽目及其他相关类群都被认为是近蹄类（包括其他非洲兽总目）的亲属，踝节目故此不再被认为是全部有蹄动物的祖先。在有蹄动物中，只有劳亚兽总目下的奇蹄目、南蹄目和鲸偶蹄目是源自踝节目。现代有蹄类物种的演化树如下：