环保团体反对，指兴建高架桥时将会严重破坏塱原湿地的生境及地貌，使香港的自然环境蒙受损失。即使九铁公司承诺工程完工后会尽量回复原来面貌，但环保署长罗乐秉并不认同，并且拒绝发出环境许可证。九铁公司不服，向环评上诉委员会上诉，但最终被驳回。最后九铁公司採纳科大教授方案，改以地底隧道（隧道钻挖机，辅以冻土技术）形式穿过塱原湿地。虽然此方案有兴建成本上升、回报率下降及完工日期押后等等缺点，却仍获大多数人所接受及支持，认为是平衡生态与基建需要的可持续发展方案。
古洞站.虽然支线沿途暂时不设