冲突依然持续发生。据估计，这一系列针对难民营的军事行动共造成了约20万人死亡。作为军事战略的一部分，卡加梅支持了两支萨伊境内具争议性的反抗军，并和乌干达政府合作，两国政府共同支持的反抗势力于第一次刚果战争（1996年至1997年）取得胜利，并扶植洛朗-德西雷·卡比拉成为新任总统，取代独裁者蒙博托·塞塞·塞科，萨伊也将国号更名为刚果民主共和国。1998年，由于卡比拉所领导的刚果民主共和国政府将卢旺达和乌干达的武装部队驱逐出境，针对卡比拉而发动的第二次刚果战争随之爆发，卡比拉于2001年遭暗杀身亡，其儿子约瑟夫