东帝汶的外交活动便增加了起来。2002年5月20日，东帝汶正式宣布独立，独立当天便与日本建立了正式的外交关系，与此同时，时任日本外务副大臣的杉浦正健也出席了东帝汶的独立庆祝活动。独立仅三个月后，沙纳纳·古斯芒便访问日本，成为独立后第一位访问日本的东帝汶总统。两国建交当天，日本便在帝力设立了驻印度尼西亚大使馆兼馆，2004年1月，该馆正式升格为日本驻东帝汶大使馆。另外，东帝汶在东京也设有驻日大使馆。2011年，日本311大地震后，东帝汶派出100人帮助日方清除灾区的废墟。
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