浦口校区位于长江北岸的浦口区，面积2800亩，背靠龙王山，面临南京高新技术开发区，和江南市中心的鼓楼校区相距18公里。由于交通不便等原因，当时曾经一直存在是否继续建设的争论。2009年浦口校区成为金陵学院校园。南京大学仙林校区位于南京东北部栖霞区仙林大学城仙林大道九乡河路以东一带。仙林校区和鼓楼校区相距18公里，南京地铁二号线在栖霞设有南大仙林校区站。南大2006年正式筹建仙林校区，地址位于仙林大道163号；根据校方计划，仙林校区将成为学校主校区；仙林校区一期于2009年建成，全校大部分本科生在当年9月