日，吉新鹏参与北京奥运会火炬接力，担任最后一棒传递者，而没有随队参与当时正在进行的汤姆斯盃及优霸盃。2008年10月，李永波欲将吉新鹏调至二队担任主教练，但吉新鹏认为自己暂时不想做教练，想静下心把一些事情处理完再做选择，而离开中国国家队，二队主教练也改由陈郁接任。林丹在自传提及此事时，说明最后事件调查结果是吉新鹏在当晚曾与家人谈到此事，并被不知情的媒体得知，导致一件小事被闹大，而吉新鹏最后也因为失去队员信任而选择离去。离开国家队后，吉新鹏回到厦门任职市体育局运动项目管理中心副主任。