一般是指“由不同的分子进行作用”的因子（即分子间作用）。与“由相同分子产生作用”的顺式作用元件相对应。转录调节中，反式作用因子一般来说是包含基因的DNA序列。此基因编码蛋白质（也可能是microRNA或其他可扩散分子），可以直接或间接识别或者结合顺式作用元件核心序列，对其进行调控。