新兼任广惠镇守使。12月，调任广东第2混成旅旅长。1917年（民国6年）11月，被任命为广东督军。1918年（民国7年）8月，陆荣廷掌握主导权后，改组广州军政府，莫荣新兼任陆军部长。1920年（民国9年）10月，被孙文支持的陈炯明击败后，莫荣新下野并逃往上海，化名“高崇民”潜伏。1922年2月25日，获北京政府授为将军府腾威将军。1928年（民国17年）秋，回到家乡桂平并引退。1930年（民国19年）3月30日，莫荣新在桂平病逝。享年78岁（满76歳）。