“赤巴”（意为“法台”、“座主”）管理制，第一任到第十三任赤巴（吉·吉饶僧格、德朗巴·班丹桑布、根堆培、哲西帕巴、班钦·桑杰嘉措、贡觉嘉措、贡觉央培、甲央谢巴）圆寂之后，由拉萨下密院向赛菊巴寺委派赤巴，任期三年，直到1959年。民主改革前，赛菊巴寺有谿卡3个（旺丹格多谿卡、俄布谿卡、大热谿卡），土地300余亩、喇嘛85人。文化大革命中，该寺被毁灭。1987年，国家拨款开始重建该寺，新建大殿1座，高二层，面阔6米，进深9.1米，面积54.6平方米，有方柱6根。该寺恢复开展正常的佛事活动。21世纪初，该寺僧