能代号上增设了8座单联装及6座双联九六式25毫米高射机炮。经过改装，能代号上25毫米炮的数量增加至32管。
在菲律宾的战斗.1944年3月28日，能代号的改装全部完成。1944年4月5日,能代号和第四舰队的爱宕号重巡洋舰，高雄号重巡洋舰，鸟海号重巡洋舰及第五舰队的妙高号重巡洋舰，羽黑号重巡洋舰，春雨号驱逐舰启程前往达沃市和林加群岛。这支巡洋舰舰队被美国海军和的发现，不过前者发射的六枚鱼雷均未命中，后者没有发动攻击。1944年4月7日，美国海军在达沃湾发现这支舰队正在驶离海湾，不过潜