三个组织分享共同的法院及议会，但各自有独立的理事会及高级公署。1967年，由于法国政府对于新成立的两个公署有所猜忌，促使了合併条约的出现，将三个组织的行政机构合併为一；合併后的委员会及理事会亦即现今欧盟委员会及欧盟理事会的前身。 2009年的里斯本条约提升了欧洲议会的权力，将一般立法程序（即原来的共同决定程序）的适用范围扩大至绝大多数的议题。另外，条约增设了常任的欧洲理事会主席及对外关系暨安全政策高级代表两个职位。在欧盟理事会的投票方式上则採用了双重多数决来代替过往复杂的投票方式。Section