。返回京都后，于堀河天皇朝康和六年，令子内亲王29岁，搬出宫中前往自己的新邸—二条堀川邸居住，此后被称为二条内亲王。
二条皇后.一年之后，令子内亲王30岁，但弟弟堀河天皇却以29岁的英年突然崩御，遗下唯一的4岁皇子—宗仁亲王，宗仁亲王继父帝堀河天皇之后，成为第74代天皇—鸟羽天皇，但因年幼，而以白河上皇之命，于鸟羽天皇朝嘉承二年，由令子内亲王以鸟羽天皇姑母之身分再度入内，并且皇后宫宣下，成为鸟羽天皇之准母，以便照拂。原本，令子内亲王入宫后的名号，应该和在她之前的同母姊—媞子内亲