占领大高玄殿十个多月，大高玄殿的建筑和陈设文物遭严重破坏及掠夺，大批雕像、法器、经卷被法军抢走。《辛丑条约》签订之后，慈禧太后和光绪帝准备回北京，清廷急令吏部尚书张百熙修复北京的道路，内务府大臣世续等人趁机提出，大高玄殿是皇家道观，应当修复，可交与张百熙和京城道路工程一并修复。此提议获得允准，光绪二十七年（1901年），清廷令张百熙等主持修复大高玄殿。张百熙派员考察了大高玄殿后，预计两个月内完成修复，但因经费困难，直到光绪二十九年一月（1903年）才草率竣工。过了几年，大高玄殿建筑便险情频发，部分殿宇发