检讨过去军事、政治、经济何以失败的总因，作为今后军事与复兴大业之依据，乃于台北召开东南区军事会议，与会者包括东南区陆海空三军将领与各党政要员，陈诚任会议主席。该会历时七日，会中一项重要决议，乃正式确定组织「东南军政长官公署」，统一指挥辖区内军事政治，确立台湾为复兴基地，将嵊泗列岛、舟山群岛、福州、厦门及台湾组成一个攻守整体。7月18日，经行政院会议通过，落实设置「东南军政长官公署」，再经中国国民党中央非常委员会追认。8月15日，东南军政长官公署成立，新任长官陈诚就职，由台湾省政府（今行政院厅舍所在地）迁