再次被任命为荷属东印度总督，而英国人为怕他赴任后再次与英国东印度公司竞争，便屡屡阻碍他的起航。1625年，他结了婚。两年后，聪明的科恩利用移民名义偕同妻子与孩子隐姓埋名地抵达东印度。并于9月30日上任。在他抵达巴达维亚之后，英国放弃佔领巴达维亚，而在万丹建立起他们自己的总部。而在1628、1629两年的总督任期内，马打兰苏丹国两度围攻巴达维亚。然而皆因其军事技术不敌荷兰人和粮食接应不济等问题而从没攻下过该城。1629年9月21日，科恩骤逝于巴达维亚，享年43岁。