谘询委员会时曾受政府收编的争议。2007年起，星岛日报、苹果日报等推测他担任副局长或政治助理唿声甚高，称其「政治能量极高，与各种不同政见的人士皆保持良好关系」，并称其获包括行政长官曾荫权与民主派等不同人士的认同，2008年，据报他与龚耀辉、王兼扬、李律仁等曾被招揽成为香港政府副局长和政治助理，然均没有接受任命。沈旭晖访问中多次称暂无意从政，除非能促进社会科学，和专业挂钩推动国际视野，但在2010年「第四代自问自答」访问中道「要是有一天，我们这类学术背景的人能把国际关系、比较政治的基本框架带进社会和政府，