2月中旬，日军进攻南昌，周庆祥率团至江西修水阻敌进攻，部队损失严重，又率部至湖南湘潭整训。1939年9月，周庆祥又率众参加长沙反击战。1940年7月，任第三师师长，转战湘赣一带。1941年9月、12月两次参加长沙保卫战。1943年1月，参加第三次长沙保卫战胜利结束后，获青天白日勋章。1944年5月下旬至8月上旬，周庆祥率第三师参加了长衡会战。6月18日，长沙失守，日军乘胜进攻衡阳。周庆祥师所在的第十军展开衡阳保卫战。8月16日，日军冲进衡阳，城陷。周庆祥被俘后约20馀日，脱逃出走至广西，收编散兵