独立第一旅合组为第二军，军长朱绍良。1929年10月，第二军番号撤销。
第三次编组：中央军嫡系.1929年年尾，南京政府再度成立一支第二军；但与年初成立最大的差异，是这支第二军为定义上标准中央军系。第六师与第九师合编为第二军，蒋鼎文任军长，陈诚任副军长，下辖第六师、第九师、第十一师及和独立第四旅。第9师第25旅第49团原为黄埔军校教导第1团，1925年8月改为第1师第1团参加北伐，1928年7月改编为第49团，1939年改为第25团。历任团长为何应钦、孙常钧、刘峙、郭俊、王俊、孙元