蓝鳍金枪鱼种数量自1970年代以来下降了九成。因此，蓝鳍金枪鱼已经被加州蒙特利湾海洋馆的海产监视计划列为「避免食用」。因数量剧减，故在IUCN红色名录内列为濒危物种。世界野生动物基金会更表示，若不改变现时的捕捉速度，地中海的将会在2012年绝种，而唿吁饮食业停止供应蓝鳍吞拿鱼，但部分集团仍未有理会。例如日本三菱集团便被指责，不断在地中海捞捕，囤积居奇以牟取暴利，令北方蓝鳍金枪鱼面临更为严峻的生存前景。而现行虽有保育措施，如国际大西洋吞拿鱼保护委员会宣布削减蓝鳍吞拿鱼的捕捞量至2011年的二万吨以下，并缩