了「大正兇变」的东京改名为「樱京」，在人们的努力下慢慢复甦。在拥有美丽樱花景色，以及御神木「千本樱」的樱京里，出现了不少古怪现象和恶事横行。初音未来等人组成的「神凭特殊樱小队」就去消灭这些威胁樱京的奇怪现象和魑魅魍魉。
漫画版.漫画版以《》（千本樱 -大正百年帝都樱京-）为题，由石见翔子作画，原作为创作的小说《》。于2016年10月21日发售的《YOUNG GANGAN》2016年21号开始连载。
舞台剧.《千本樱》亦被改编成第10部「niconico音乐剧