三域观点.当卡尔·乌斯第一次提出三域系统理论的时候，他相信真细菌域、古菌域，和真核生物域三者同时出现，且在系统发生树中互为姊妹群。但后来许多证据显示古菌和真核生物间的关系比其他细菌更相近。这些证据包含这两域的生物都可使用胆固醇和蛋白酶体等复杂分子。这在大部分的细菌中是没有的，只有新壁总域中才会拥有。种种证据显示，真细菌域和古菌域在演化树应为同一个演化支。因此假说认为自最后共同祖先（LUCA）之后，后代可以分为两大演化支，即新壁总域和真细菌域。
系统发生树观点.