予了足利高氏，将他改名为「尊氏」。足利尊氏自己本人在建武政权中没有担任要职，但却将足利家的执事高师直、其弟高师泰等大量家臣安插到朝廷里。天皇对足利尊氏敬而远之，因此足利尊氏对朝廷保持着一定距离。1333年（元弘3年），后醍醐天皇将义良亲王（后来的后村上天皇）任命为陆奥太守、北畠显家任命为镇守府大将军，驻扎陆奥；成良亲王为上野太守，由足利尊氏、足利直义拥戴，驻守镰仓。当时在灭亡镰仓幕府的战争中立下大功的征夷大将军护良亲王，被足利尊氏视为眼中钉。次年（建武元年），在尊氏的谗言下，后醍醐天皇下令逮捕了护良亲王