初期，港后地区为一街庄，称为「港后庄」，隶属于西螺堡。该庄北隔浊水溪与潭墘庄、九块厝庄、内新厝庄为界，东与新庄仔庄、永定厝庄为邻，南边及西边隔溪流与大义崙庄、油车庄、大庄为界。。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「新社区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，新社区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「港后」大字，隶属于台南州虎尾郡二