足利义政再建了指东庵。安土桃山时代，1568年因丹波国柳本氏兵乱烧失，织田信长命令天龙寺的策彦周良再建。江戸时代的寛永年间和元禄年间遭遇2次洪水而荒废，原本是枯山水的庭园，在江户时期长了许多青苔，不久也有河流流入，成为一个大的地理因素。后因明治维新的神佛分离令，废佛毁释，境内再次荒废，直至1878年再兴。1969年再建西来堂。原本1928年任何人都能来参观的西来寺，在1977年终止一般的参观，改为预约制。以读经和写经等宗教形式为参加条件。