常发挥作用，另外一些酶则要在和辅助因子结合后才能显示出活性。辅助因子可以是无机物（如金属离子、铁硫簇），也可以是有机物（比如和血基质）。有机辅助因子如果在反应中会与酶分离则爲辅酶，如果与酶紧密结合则爲辅基。有机的辅基可能与酶发生共价结合（丙酮酸羧化酶与生物素之间即发生共价结合）。即是一类含有辅助因子的酶。显示，碳酸酐酶的肽链环绕在一个锌离子（值得注意的是，锌离子亦是活性位点的一部分）周围，并与这个锌离子结合在一起这些与酶紧密结合的离子或分子通常位于活性位点之中，并且能够参与催化反应。例如，黄素以及血红素