国内一流的医学模拟教育中心（MSC）和自主学习中心以及国内知名、省内一流的江苏省医药动物实验基地，建有江苏省唯一的省级卫生政策智库健康江苏研究院以及省内唯一的转化医学研究机构江苏省转化医学研究院。
轶事.据华中理工大学原校长朱九思回忆，八十年代末有南京工学院与南京医学院合并成立东南大学的计划，但是最终并未能实施。2000年前后，有关部门曾希望将南京医科大学并入南京大学，但这一动议遭到南京大学的拒绝，南京大学校长蒋树声公开宣布坚决“反对一杯牛奶半杯水的合并”。2010年，南京医科大