被乙酰胆碱酯酶降解，从而持续刺激神经细胞，这或许是造成其毒性的原因之一。毒蕈碱易溶于水，最有可能的方式离开血液的方式是通过肾脏从尿液排出。
应用.作为蕈毒硷型乙醯胆硷受体的激动剂，毒蕈碱用于治疗青光眼，术后肠梗阻，先天性巨结肠，尿潴留和口干症。毒蕈碱对副交感神经刺激很大，哮喘，慢性阻塞性肺病、胃及十二指肠溃疡患者忌用。此外，胃肠道或泌尿道梗阻患者也不宜服用，因为它会加重梗阻，使胃肠压力升高并可能导致穿孔。毒蕈碱治疗疾病的应用还处于起步阶段。毒蕈碱强烈刺激肠蠕动以及胰腺、肝脏、和肠粘膜