站共有两层，地面为天河路、天河体育中心等，地下一层为站厅；地下二层为APM线月台。
站厅.体育中心南站站厅的的付费区设于站厅北侧，付费区内设有一部扶手电梯以及楼梯连接站厅与站台。站厅设有多部售票机以及客服中心。同时设有一台中国银行的自动柜员机供乘客使用；与APM线除首末站等沿线车站一样，本站没有设置商店。
月台.本站设有一个岛式月台，位于天河体育中心西南侧地底。
出入口.本站目前仅设有一个A出入口，在地下一层的出入口通道处连通