属官监运，正九品。洪武十四年，罢黜。明成祖朱棣打败明惠帝之后，因永乐迁都，设置漕运总兵官，命平江伯陈瑄治理漕运。宣德年间，明宣宗派遣侍郎、都御史、少卿等官监督漕运。景泰二年，因漕运不断，明景帝命副都御史王竑为首任漕运总督，兼巡抚淮安府、扬州府、庐州府、凤阳府四府；徐州、和州、滁州三州，治理淮河。成化八年，分设立巡抚、总漕各一员。次年，恢复旧制。正德十三年，又分设；三年后又恢复旧制。嘉靖三十六年，因抵御倭寇进犯，增设提督军务巡抚凤阳都御史。嘉靖四十年，合併，改为总督漕运兼提督军务。万历七年，加兼管河道。