福建水师提督和福建陆路提督率清军4000人征台，先后收回诸罗县城、凤山县旧城，不久即于4月23日再被庄大田攻佔，双方形成拉锯战。调并浙江、广东清军一万多人亲自渡台，随后又增加七千人，双方对峙在台湾府城。
抗清后期.后来清廷又派陕甘总督大学士福康安、参赞大臣海兰察共率绿营八千人于12月10日（阴历11月2日）自泉州人控制的鹿港登台，上岸后再招团练六千，总兵力一万四千，与林爽文三万兵力对峙，双方战于八卦山。福康安先后收彰化、诸罗。林爽文败走集集、水沙连（今南投县鱼池乡）等地。1788年