令安纳金杀尽绝地神殿内的所有绝地武士，并前往穆斯塔法星剿灭独立联邦的首脑。拥有复制人大军直接指挥权的达斯·西迪厄斯向整个星系内的复制人士兵下达了预先安排好的66号密令，命令他们将进攻矛头指向统领他们的绝地指挥官。遍布星系的无数绝地武士因而被杀，仅剩下尤达大师和欧比旺生还。安纳金率领克隆士兵进入绝地神殿，在那里他们杀害了所有绝地武士以及幼徒，随后他告诉帕德梅绝地武士想要篡夺共和国的统治。安纳金其后抵达木斯塔法，将独立联邦的首脑们斩尽杀绝。与此同时，参议员贝奥·欧嘉纳在前往共和国参议院的途中救下了尤达和欧比