日军占领期间，日军的秘密8604部队（731部队的支队）曾经在今中山大学医学院（原中山医科大学）进行对囚犯进行细菌试验。1945年8月15日，日军投降，8月16日，国军进入广州，广州光复。
国共内战与中共上台.1947年复为行政院院辖市。1949年2月，中国人民解放军逼近长江，国民政府南迁广州。10月14日，解放军陈赓部击败了守卫广州的中华民国国军，占领该城。此后广州为中华人民共和国中央人民政府直辖市、广东省人民政府驻地。因对中共政权存有顾虑，故不少教育机构开始迁往香港，