面向清政府告急，请求援兵，另一方面与全琫准议和。双方最终签署《全州和约》。日本在得知朝鲜向清政府求援后借机向朝鲜派兵，推翻闵妃集团，扶植以金弘集为首的亲日内阁，炮轰清朝军舰，引发中日甲午战争。东学革命军北上讨伐日寇，但由于武器装备落后，缺乏正规军事训练在公州败北。全琫准在退却途中因叛徒出卖被逮捕，后被处死。崔时亨亦遭到追官府追杀。1898年1月16日（农历1897年12月24日），崔时亨将教主之位传给大弟子孙秉熙，是为义庵圣师。同年，崔时亨因叛徒出卖被处死。
显道时期.崔时亨殉教后