消息，转而和其他正副队长及几名席官赶到双殛台试着阻止蓝染，但未能成功阻止对方，只能亲眼目睹蓝染等人被基力安级大虚救走，叛逃至虚圈的场面。尸魂界拯救事件告一段落后，山本暂时接替被蓝染杀害的中央四十六室，全权负责瀞灵廷内的重要决策。涅茧利有鑑于和灭却师石田雨龙交战的经验，遂向山本提出谏言，以防范山本没能杀死的犹哈巴赫会在将来影响魂魄平衡；却因为当时的山本认为涅茧利过于杞人忧天，没能採纳前者的谏言而不了了之。
破面篇.为了调查破面接连袭击现世的异常迹象，山本命令十番队队长 日番谷冬狮