不同地区也有不同的神祇，也有几个地区共同崇拜一个神，同时一个地区还可能崇拜多个神，至今考证的古埃及的神多达上千个。这种多神崇拜起源于原始社会的图腾崇拜，在埃及统一之前的各个小国家里，人们都崇拜各自不同的神。随着美尼斯统一埃及全境，国王（新王国时期开始称为法老）开始推行各自出身地的神，使其称为主神，由全埃及共同崇拜。在古王国时期主神是鹰神荷鲁斯，后来改为太阳神拉，中王国时期则主要崇拜阿蒙，新王国时期拉和阿蒙相结合，形成主神阿蒙拉。在国家统一崇拜主神的同时，各个地方（诺姆，相当于省）仍然崇拜原来地方的神。参见埃