教以台湾民间信仰和道教、佛教为主，另外传统的斋教（龙华教、先天道、金幢教）至今仍源远流传。其他较少信众的宗教有基督新教、天主教、一贯道、法轮功等，西拉雅族原住民则有阿立祖祖灵崇拜。也使得台南被誉为「众神之都」。另外，藏传佛教于战后传入台湾，使台南出现禅宗佛寺改皈西藏密宗的例子（详见重庆寺），1980年代后更因信仰快速发展而于台南山区出现大型寺院，如噶玛噶居寺、大圆满庙等。台南市设有伊斯兰教清真寺一处，信众主要为外籍移工。而神道教在日治时期被定为国教，台湾第一座神社即为延平郡王祠所改成的「开山神社」，