大陆委员会在《稳定与互惠─中华民国对「九九」澳门情势的立场》一文中指出，中华民国政府对葡萄牙政府结束在澳门的统治表示欣慰，“但对于澳门回到中国大陆专制政权手中，我们则感到遗憾。”
法律制定.2016年及2020年两度当选总统的蔡英文曾于1994年至1995年担任《港澳条例》起草研究小组召集人。
难民法相关.2019年6月，反对逃犯条例修订草案运动爆发。中华民国朝野各方对参与运动的香港人持正面态度（参见：对反对逃犯条例修订草案运动的国际反应#中华民国）。同年