003年，为了精简指挥层次，解放军海军撤销了基地一级指挥机构。撤销了海军航空兵部，把海军航空兵交由军区空军统一指挥，但保留了海军航空兵这个名称。2003年4月2日，北海舰队361远征61号潜艇在训练中因事故沉没，70名官兵遇难。事后，时任海军司令员石云生海军上将和时任海军政治委员的杨怀庆海军上将被免职。2008年12月26日，南海舰队派出舰艇编队赴亚丁湾打击索马里海盗。此为中国海军首次向海外投送兵力。2009年4月23日，中国海军在青岛举行中国人民解放军海军建军60六十周年阅兵式，并邀请14国21艘