01年底，陈水扁政府以海外民运人士已不再是「中国内部的反共力量」为由，决定停止资助《北京之春》。2003年1月27日，《华夏经纬网》报导：2002年9月，《北京之春》经理薛伟在台北告诉《自由时报》记者，国防部军事情报局拨给《北京之春》的活动经费多达新台币二亿元，《北京之春》每年必须向军情局提交250件情报；另外，美国国家民主基金会官方网站承认，该会长期拨款资助《北京之春》在编辑、排版、印刷、发行等方面的全部支出。2004年5月28日，《北美世界日报》刊登一则发自台北的电讯，称国防部军事情报局大前年在