2000年7月17日，平日早上增设特别班次，由朗屏邨开出，同时由天水围市中心开出的班次不会途经元朗市。2004年2月24日，九巴重组269C线，分拆出3条常规路线，仍维持全线空调巴士服务。268C及269C线最终成功把来往东九龙至元朗市及天水围新市镇的乘客分流，在2004年8月15日，两线进一步提升至每天全日服务，正式取代69C线。2005年10月3日，269C线平日早上增设特别班次，由天水围天恩邨单向前往观塘码头，途经天水围北。2008年2月24日，269C线在天水围市中心的总站，迁往