部侍郎、同中书门下平章事，寻改中书侍郎、集贤殿大学士。王行瑜斩朱玫，平定京城，迁门下侍郎、监修国史。从驾还京，驻跸在岐阳，进阶特进兼吏部尚书，领诸道盐铁转运使。车驾还宫，进位左仆射，赐“持危启运保乂功臣”，食邑四千户，食实封二百户，赐铁券，恕十死罪，赐天兴县庄园、善和里宅第各一区，兼领京畿营田使。唐僖宗驾崩，充山陵使。僖宗祔庙，孔纬准故事，不入朝。唐昭宗遣中使召赴延英殿，令孔纬依旧处理政事，进加司空。以国子监被盗火焚毁，令孔纬修葺，仍兼领国子祭酒。蔡州贼秦宗权伏诛，进阶开府仪同三司，进位司徒，封鲁国公。