国接管台湾，吴鸿麒亲予欢迎国民政府接收，而台湾省行政长官公署与台湾高等法院亦皆请吴鸿麒任职，吴遂选择任职法院。由此于1945年11月至隔年6年先任台北地方法院民事庭推事（法官），嗣调高等法院。1947年二二八事件爆发，3月13日，吴鸿麒在高等法院处理公文期间，遭两名穿着便服的无名人士强行带走，院长拦阻无效，即报台湾警备总部参谋长柯远芬予调查，柯复答并无是事，自此不知所踪。吴夫人杨治得知后，曾找吴之好友、时任台北市长游弥坚寻求帮助，惟遭拒。3月16日，台北南港桥发现八具尸体，经辨认，其中五具为高等法