部具对生三角卵形小苞片2枚，萼片绿色，长披针形，长1.2－2.2厘米，宽3－5毫米，先端尖，边缘荚膜质，基部具附属物，长3－6毫米，边缘不齐；上侧花瓣一般均为深紫色，两侧和下侧花瓣均为三色且具紫条纹，两侧花瓣内面基部被密须毛，下方花距较细，长5－8毫米；子房无毛，花柱短，基部膝曲明显，柱头球状膨大，先端具较大柱头孔。蒴果椭球形，无毛，长8－12毫米。染色体2"n"=20、26、42或46。花期4－7月，果期5－8月。
文化.三色堇为冰岛原产花卉，定为国花。三色菫也是波兰的国花。