8月，任陆军第56师师长。1993年8月，出任南疆军区副司令员。1997年7月，升任南疆军区司令员。1999年，任陕西省军区司令员。2000年10月至2007年12月，任新疆军区司令员。1995年晋升少将军衔，2001年晋升中将军衔。邱衍汉是中国共产党第十六届中央委员会候补委员。2007年10月递补为中国共产党第十六届中央委员会委员。2008年，当选第十一届全国政协常务委员，代表特别邀请人士，分入第五十五组。并担任人口资源环境委员会专委。