（驻港代表或大使）郑安国在1999年代表中华民国政府解释两国论，港台关系受到影响。2011年7月15日，经中华民国政府（台湾当局）与香港特别行政区政府密集磋商达成协议后，中华民国（台湾）驻港机构对外名称由「中华旅行社」更名为「台北经济文化办事处」。中华民国行政院依《香港澳门关系条例》，核准香港和澳门政府到台湾设立办事机构。香港特别行政区政府于2011年12月在台湾成立「香港经济贸易文化办事处」，为台港两地民众提供服务。2018年6月13日，公布制定《大陆委员会组织法》。同年7月2日摘去「行政院」前衔