许是斐迪南二世本人的意愿，瓦伦斯坦被指控叛国并被其下属刺杀了。1635年布拉格和约的签署标志着斐迪南二世的权力达到了顶峰。由于瑞典筋疲力尽和萨克森选侯约翰·乔治一世的驯服，斐迪南二世几乎快要在整个帝国实现他的目的。但是迄今为止一直站在幕后的决定性力量法国的公开介入打碎了这一梦想。斐迪南二世于1637年去世，他的儿子和继承人斐迪南三世将承担三十年战争的真正后果。
家庭.1600年，斐迪南与自己的表姐、巴伐利亚的玛丽亚·安娜结婚，两人共有3子3女：玛丽亚·安娜于1616年去世。