部分时间在奥地利度过，偶尔旅行，1864年到过中东地区。1861年3月7日，英国事实上的财政大臣威廉·格莱斯顿在下院言语攻击法兰西斯科。德比勋爵和诺曼比侯爵康斯坦丁·菲普斯证明对法兰西斯科的攻击是完全错误的。1875年11月20日，法兰西斯科在维也纳去世，他的庞大产业大多留给了他的本家侄孙、后来的奥地利-埃斯特大公弗朗茨·斐迪南。他的遗体葬于维也纳嘉布遣会教堂。摩德纳公爵的头衔自此以后被两个家族持有，一是奥地利-埃斯特家族，二是法兰西斯科五世的姪女婿巴伐利亚国王路德维希三世及其后代。