入虽然平息了喀土穆的形势，但是由于他带来了更加强硬的伊斯兰教政策，导致苏丹政府和基督教的南部地区多年的和平岌岌可危。1983年，尼迈里宣布在全国推行沙里亚法，并不顾亚的斯亚贝巴协定，解散了南部的自治政府，导致苏丹内战再起。1985年，当尼迈里出访美国的时候，其国防部长发动了一次不流血政变，将其推翻。此后尼迈里流亡埃及。1999年，尼迈里回到苏丹，并参加了次年的总统大选，获得了9.6%的选票。