在捕食上它们没有特殊的偏好，捕食鱼、虾和甲壳类动物。在饲养小企鹅期间，除了猎物严重匮乏的福克兰群岛附近，成年企鹅的捕食会非常规律的每天进行一次，在白天进行，一般潜水不超过50米，少数情况下，也偶尔达到100米的深度。在冬季，它们会扩大捕食范围，向北可达到巴西海域。
保护状况.据统计，麦哲伦企鹅的总数量在180万对，主要分布在智利、阿根廷和福克兰群岛三处，其中福克兰群岛附近约10万对，阿根廷有90万对，智利有80万对，它们的生存面临多种威胁，目前在世界自然保护联盟濒危物种红色名录中，