被认为是世界上最完整的北半球温带生态系统（虽然这一区域大部分是山地而非温带，并且国家公园周围的国家森林也并不是完整无缺）。
植物群.公园内原生有超过1700种树木和其它维管植物，另外有约170种被认为属于外来物种。其中记录了8种松柏类植物，所有树林面积中有80%是黑松林。其他针叶林如、、和白皮松都在整个公园内发现了零散的小树林。截止2007年，白皮松受到了一种真菌引起的威胁，不过这一情况基本局限于森林的北部和西部。与蒙大拿州西北部几乎全部都这种真菌侵扰的情况相比，黄石只有约7%的白