。污水从棚屋直接排放到棚屋下方海中，潮水一般可将污物沖走，不会造成明显的问题。可是，近期因兴建大澳游乐场及毗连的公共直升机坪，填海土地将石仔埗村围封，导致积聚的污物淤泥，难被正常的水流沖走。当区区议员指出，早在10年前已建议政府兴建污水收集系统，但渠务署发言人声称接连棚屋的木制栈道不能承受污水渠组件之负荷，而建造海面公共污水渠亦不可行，故唯有将现有的陆地公共污水渠系统，尽量延伸至接近棚屋的政府土地上，该工程预计于2018年完工。至于环境保护署发言人则唿吁棚屋居民尽量使用公用厕所设施，以减低污染问题。