中央大学经历了复杂的分割变迁，在1949年更名为国立南京大学，隔年迳称南京大学。1952年中国大陆高校院系调整时，南京大学文、理学院与金陵大学文、理学院相併并搬迁到金大鼓楼校址，成为新南京大学；以工学院为主体在原中央大学四牌楼本部组建南京工学院（后易名东南大学）；农学院与金大农学院合併成立南京农学院，校址最初设在原中大丁家桥二部，后迁往城外。师范学院与金大相关科系合併成立南京师范学院，设于金陵女子文理学院旧址；医学院独立为第五军医大学，初设校于中大丁家桥二部旧址；航空系、水利系、森林系分别与多所大学相关科系