图书馆，为该馆“四大镇馆之宝之一”（其余三者为《永乐大典》、《敦煌遗书》和《四库全书》）。《金藏》是收录了唐朝玄奘法师从印度取回的佛经的稀世孤本，为无价之宝。
元朝.蒙元的统治者崇尚藏传佛教，但对汉传佛教也采取保护政策。佛教中的禅宗、律宗等继续流传、发展，寺院林立，僧尼众多，中央和地方设有严密的僧官制度，加以监督，颁行了《勅修百丈清规》，雕印了着名的普宁寺版的大藏经。
明朝.至明代，禅净双修、三教合一的潮流下，着名的明末四大高僧（紫柏真可、莲池祩宏、憨山德