诉讼，穆宗均下诏同意。隆庆三年（1569年），魏时亮升任太仆寺少卿。起初，徐阶、高拱互相攻击，魏时亮与朝廷大臣攻讦高拱，使其去职。不久，高拱再次入阁，考核言官，排斥异己；魏时亮和陈瓒、张木贾当时已经担任京卿，仍然遭到贬职。万历十二年，因丘木舜、余懋学等人举荐，魏时亮出任南京大理寺丞。万历十三年，担任左通政。次年，担任太仆寺卿、光禄寺卿、都察院左佥都御史，协理院事。升任右副都御史，负责京营戍卫，他陈述了安良攘奸等十四事。不久请求根据水利、义气、生养、赋役、清狱、清除盗贼、善导民俗等七件事考察郡守、县令