东印度群岛实行的军政，印尼也在1945年8月17日宣布独立；随后荷兰人回到印尼，掀起了印尼独立战争的序幕。独立战争期间，伊斯兰联盟党在1947年第三次成立，一方面支持社会党党魁阿米尔·谢里夫丁领导的内阁，一方面又参加在日佔时期成立，在印尼独立后重组的马斯友美党。当时伊斯兰联盟党的领袖除了佐克罗阿米诺托的儿子——安瓦尔和哈索诺，还包括阿鲁吉·卡塔维纳塔。印尼在1945年实行议会内阁制，至1955年举行第一次立法机构选举，伊斯兰联盟党在这次大选赢得2.9%选票，获得8个国会议席。之后苏哈托在1965年九三〇