收容所待了一年，于1947年自欧洲返回日本，定居于神奈川县藤泽市。由于日本外务省诬陷其与犹太人有金钱交易，而将他免职。杉原自此过着困苦生活，其么子亦在回国后不久因白血病去世。
以色列政府报恩.昭和四十三年（1968年），以色列驻日本大使馆通报寻求杉原千亩，并且与曾经接受他帮助的犹太人见面。昭和六十年（1985年），以色列政府颁发国际义人予杉原千亩，以表扬他的行为，使他的污名获得平反。当时以色列政府邀请他前往以色列领奖，但杉原千亩因病重无法远行，遂由其妻与子代为前往以色列受奖。1