时嘉庆帝在热河狩猎，卢荫溥「夜半闻报」，即「面进机宜」，回京后，在军机处「夙夜勤劳」、「赞襄机务」，调遣各地清军镇河南，镇压李文成动乱。嘉庆二十三年（1818年），擢礼部尚书兼国史馆总裁，旋调兵部尚书兼署刑部尚书，加太子少保衔。同年秋，授户部尚书兼吏部尚书。嘉庆二十五年（1820年），嘉庆崩于热河避暑山庄，卢荫溥偕托津，戴均元撰写遗诏，旋遭大学士曹振镛密奏道光帝，指军机拟遗诏犯了「重大错误」，错撰清高宗的出生地点。道光帝大怒，严惩托津、戴均元降四级留任，逐出军机处；卢荫溥降五级留任，仍在军机大臣上行走，