能带来的误解，请调高雄。又，当时五都直辖市长首次列席行政院院会，仅赖清德因无配置专属座车与司机，而自行以计程车及步行方式入场。赖清德任内主张删除所谓「民代工程配合款」陋习，而与吴健保及曾顺良等多位议员爆发严重冲突，使台南市议会陷入僵局。不过此举获得国民党执政的马英九政府赞同，名嘴李涛夫妇也都支持赖当时的作为。2012年《天下杂志》幸福城市调查的县市长满意度部分，赖清德身为台南市长，排名全国第1。惟虽受市民及传媒评比为「五星级」市长，但因市府人事更迭频繁、府会关系不睦，议会在野阵营认为其陷入「领导危机