004年至2008年採集的中华菊头蝠样本，其中HKU3-7与HKU3-8来自广东的个体，其他则来自香港的个体，香港的8个毒株彼此序列非常接近（相似度99.9%），和广东的毒株相似度则为98.5%，这10个新病毒株与2005年发表的3个病毒株共同组成一个演化支。除HKU3-8外的9个病毒株的ORF8皆与果子狸SARS病毒、HKU3-1、3-2与3-3一样是一个完整的长开放阅读框，HKU3-8在此处则有一段长26nt的缺失（在人类SARS病毒29nt缺失的附近），将ORF8分为3个较小的开放阅读框。HKU3