19年）4月22日，军医学舍废校，同时开始着手建立直属海军大臣的新学校。同年8月4日，海军医学校成立。同年12月28日，校址转到芝山内御成门内。1889年（明治22年）4月22日，改为海军军医学校，隶属海军中央卫生会议。1891年（明治24年）校址迁往芝公园一带。1894年（明治27年）废校，学生全部转入海军大学校。因为医学的特殊性，军医学校并入海军大学校后，难以对医科生的学习课目和进度进行管理，因此1897年（明治30年）5月时任医务局长向西乡进行争取，希望重开军医学校。同年11月4日，海军大学校的医