用来治疗真菌病与利什曼病。能够治疗的真菌病为、芽生菌病、念珠菌症、及隐球菌病等。针对特定感染症，给药时可以併用氟胞嘧啶。常见的副作用为用药后头痛、发烧或发冷，引发肾功能衰竭；也可能出现过敏症状，例如过敏性休克。而其他严重的副作用包含低钾血症和心肌炎等。怀孕女性使用两性霉素B算是相对安全。本品另有一种脂质配方，其副作用的风险比较低。两性霉素B为药物，药理机制为结合至真菌细胞膜特有之麦角固醇，干扰真菌的细胞膜。1955年，从中分离出了两性霉素B，并在1958年时将其纳为医药用途。本品名列于世界卫生组织基本药