机构改革，李荣融被任命为新成立的国家发展计划委员会副主任；第二年，再次担任国家经贸委副主任，并兼任党组副书记；2001年2月，在盛华仁退休后，晋升国家经贸委主任。2003年3月，第十届全国人大第一次会议通过决议，在国务院设立国有企业监督机构——国有资产监督管理委员会，李荣融出任首任负责人。2010年8月，到龄退休；同年10月，在第十一届全国政协常委会第十一次会议上，被增补为全国政协委员、经济委员会副主任。2019年12月21日，李荣融病逝，享年75岁。