调驻百色，陆荣廷意图令马晓军不能接近广东与粤军勾结。
投奔国民党.1921年5月，孙中山在广州就任非常大总统。北洋政府方面的广西都督陆荣廷分三路进攻广东。广东派密使赴广西作内应，随后反攻广西。粤军进攻广西时，陆荣廷部的刘震寰、沈鸿英在梧州怀集倒戈，马晓军也在百色响应。陆荣廷被迫下野。广西被孙中山占领，马晓军被任命为广西田南道十三属警备司令，手下军队扩编为大营，内分两位统领：白崇禧任第一统领，黄绍竑任第二统领。夏威、韦云淞等人任营长。马晓军部队扩编尚未完成，1922年，粤军总司令陈炯