趣至关重要。它的发现与1941年经由穆德委员会的报告传至美国，就是这份重要的报告激起了曼哈顿计划的设立及以后原子弹研发工作。他亦需要为英国小组聘用他的同胞克劳斯·富赫斯一事负责，因为富赫斯于1950年被揭发是苏联间谍，而佩尔斯亦因此备受怀疑。英国杂志《旁观者》于1999年声称鲁道夫·佩尔斯是一名代号为“Perls”的苏联间谍，此报导被佩尔斯的家族大力谴责。
曼哈顿计划.1943年8月签署了魁北克协定，其后佩尔斯加入了位于美国的曼哈顿计划。佩尔斯是英国小组的一员，同组的还包括他为计划