主要由书院创院院长、举人江呈辉向本地仕绅募集而来，少部分由官府在光绪17年开始收税支应，并于光绪19年由基隆通判章瑞坦拨给公帑9500两。院舍落成之年，即逢台湾被清割于日，以致于开课不久，书院遂停办。原属文庙建制的诸神孔子、仓颉夫子、太上老君也只好移奉庆安宫。崇基书院又经梁纯夫复建。 基隆市仁爱区书院里虽不是崇基书院的院址，书院里里名却是为纪念「崇基书院」而得名。第二三之二执照明定作为田产纳税划拨的崇基书院经费来源：