联合将纤维素转缓成糖类，然后糖类再经由发酵变成乙醇。此外微生物也是产生各种生物能源的来源，其中包括甲烷和氢气。工业规模的生殖解构效率需要具有更高生产率和更低成本的酵素，用总体基因体学的方法在分析复杂的微生物群落可以有效的筛选适合应用在生物燃料生产工业上的酶，如糖苷水解酶的酶。此外，在了解这些酵素的功能与控制酵素时都会需要有关总体基因体学的知识。宏基因组学的方法可以对汇聚性的微生物系统做比较性的统计，如生物气体发酵菌趋同微生物系统、或植食性昆虫如切叶蚁的等。
环境整治.总体基因体学的