学分析亦显示它们是较鹰形目及隼形目古老的分支，但较新大陆秃鹫迟分支出来。"Eremopezus"有时会被认为是蛇鹫的早期亲属，但由于只发现零碎的化石，所以不能确定。与蛇鹫有关最古老的化石要算是"Pelargopappus"，其下的两个物种是属于渐新世及中新世的，但却是在法国发现。"Pelargopappus"的化石很像鹰形目的脚，这有可能就是科内的原始特征。不过，"Pelargopappus"却不被认同是蛇鹫的祖先。蛇鹫之所谓秘书鸟，是因其冠像以往秘书把羽毛笔放在耳上的姿态。另一说法是指英文「秘书」一词