司透过商船运输，也造就台湾有两大对外的港口，如：基隆港、高雄港。且由于台湾岛四面环海，渔港数量多达231处渔港，其中本岛有155处（占三分之二），离岛76处（占三分之一）。
国际商港.台湾岛的国际商港、国内商港的管理业务，由交通部航港局负责管理商港（分为国际商港、国内商港）所管辖。交通部以国营之台湾港务公司经营各商港，并划定各港务分公司辖区；离岛方面，交通部委託金门县政府、连江县政府成立港务处，管理县内国内商港。目前有4座国际商港、4座国际商港辅助港口、5座国内商港。Se