直接化石证据。始祖鸟发现于1861年的德国南部，是第一个被发现的「有羽毛恐龙」。这个标本出土于索伦霍芬石灰岩矿床，这个地层因为挖出了许多状态极良好的化石而着名。始祖鸟是个过渡化石，明显具有爬虫类与鸟类的中间特征。而就在两年前，查尔斯·达尔文发表了《物种起源》一书，始祖鸟的发现使得演化论与创造论的争论更为激烈。这种早期鸟类非常像恐龙，至少有一个标本，因为周围没有明确的羽毛痕迹，而被误认为是美颌龙。90年代以来，发现了更多的有羽毛恐龙，为恐龙与鸟类的关系提供了更多的证据。大部分的新标本被发现于中国辽宁省