929年由戴棣龄担任校长，将医科期限由四年改为五年，增加一年为医院临床实习，药科由三年增加为四年。1933年（民国22年）迁往南京，指定前陆军第三军医院院舍（简称北校）与前江苏省立工业学校为校址（简称南校），低年级在南校上课，高年级在北校上课，由国民政府军事委员会军医设计监理委员会主任委员刘瑞恆兼任校长，将所有教职员撤职力图整顿但引发学潮，因此停课两周并处分学生代表于陆军官校禁闭一周以平息学潮。1936年（民国25年）因毕业之人员分发至陆海空军，故更名为军医学校。1937年（民国26年）校长由国民政府军