政见不同，辞职迁居上海，开办“端木恺律师事务所”。民国38年（1949年）4月，端木恺携全家迁居台湾。此后任总统府国策顾问。1969年至1983年，任台湾东吴大学校长。1983年，改任台湾东吴大学董事长。1976年至1986年，历任中国国民党第十一、第十二届中央委员会评议委员晚年，端木恺联络居住在海外的当涂县同乡，于1979年5月以清朝干隆十五年《当涂县志》作为蓝本，经过历时8个月的断句、标点、补正，最终出版。端木恺为该书题签。另据1947年8月4日龙榆生“陈璧君手抄“双照楼诗词藁”云：丁亥夏