第二辅因子为8-羟-7,8-二甲基-5-脱氮核黄素（8-hydroxy-7,8-didemethyl-5-deazariboflavin，8-HDF）。FAD本身即有酵素活性，第二辅因子则可在低光状态下加速反应进行。被光活化的光裂合酶会将FADH的电子，转移给胸腺嘧啶二聚体来裂解二聚体。除了第二辅因子之外，光裂合酶也可根据序列相似性分为两种，第一种主要在革兰氏阴性菌、阳性菌、嗜盐古菌、真菌，和植物体内。Proteins containing this domain also include "Arabi