较大的清真寺被称为“海义”（罕以）寺，下辖数座到十多座清真寺（“梢麻”）。各个门宦设置有互相独立的道堂，作为本门宦阿訇的进修之所，如板桥道堂、鸿乐府道堂。清朝同治陕甘回变，在哲合忍耶第五代教长马化龙的带领下，回族军队对宁夏府（今银川）、吴忠堡（今吴忠）、灵州（今灵武）的汉族官员和民众进行了多次屠杀，如1869年9月的灵州屠城，马化龙的回军在灵州再次屠杀汉民十余万人，而汉民的财产及妇女被回军据为己有，州府衙门、汉族祠堂、书院、佛寺、道观全部被毁。民国时期，回族出现一批宗教改革者，倡导宗教现代化和学习汉语，