敬宣及高雅之攻击王恭，击败王恭军队，后王恭被捕遭处死。王恭死后，刘牢之就都督兖、青、幽、并、徐、扬州之晋陵诸军事、青兖二州刺史，代王恭镇守京口。刘牢之作为一个小将领，一朝登上如此高位，未得人心，于是树立腹心徐谦之以强化自己力量。而当时从荆州来响应王恭的杨佺期和桓玄并未退兵，在石头城上表求诛刘牢之，刘牢之于是自京口领北府军入援建康，行军至新亭时杨、桓二人畏惧退守蔡州，刘牢之亦受诏退兵京口。最终事件在殷仲堪、杨佺期及桓玄皆受命返回所镇州府而得以解决。
孙恩之乱.隆安三年（399年），孙