大埔的巴士线取缔9号线，同年缩短至上水，同年10月改编为5号线，来往尖沙咀至上水，1943年缩短为旺角至荃湾，及加开3班长途班次往来上水。1946年，来往元朗及尖沙咀码头的3号线投入服务，每日固定班次7班。1947年10月改称16号线，并且缩短至佐敦道码头。16号线于1967年6月25日暂时停驶，直至同年7月25日重投服务，1970年2月15日配合元朗（东）巴士总站启用，总站迁往元朗东。1973年7月16日，九巴路线进行大规模重组，16号线于当天改称50号线。到了1978年5月16日，配合屯门公路通车，