国产轴承起初也经常因品质不良而发生过热的问题。此外，虽然EF58型电力机车是客运机车，却因重油短缺而没有安装为旅客列车供暖的蒸汽锅炉，因此在冬季牵引列车时仍需要加挂燃煤的。
改造.初期型机车投入运用初期，首先配属和，主要担当东海道本线的旅客列车牵引任务。但由于机车质量太差因而频繁发生各种故障或事故，运输省一度需要发出暂停生产和暂停使用该型机车的命令，甚至铁路工会也组织乘务罢驶行动以示抗议。随着生产进度的推移，机车品质也逐步得以改善。从1948年3月起至1949年9月，初期型机车陆续