尚在美国，到任之前由傅斯年代理。傅斯年在重庆时曾发表声明，称“为保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北京大学的教职员，但学生经过甄别和补习，可以接受”。傅斯年赴北平接收北大，坚决辞退在傀儡政府所办北京大学任职的教员。这一阶段，北京大学的校舍得到扩张，还延聘王竹泉、钱思亮、杨钟健、袁翰青、季羡林、马坚、庄圻泰等知名学者任教。1946年10月10日，北京大学在第四院大礼堂举办复员北平开学典礼。复员后，北京大学新设医、工、农三个学院，总共有6个学院、33个学系、2个专修科。后来，学校又设立文科、理科、法科、医学研究所