是中央以及各级地方政府依然存在，只是必须接受司令部的指挥。1945年（昭和20年）11月3日，司令部对在日外国侨民发表国民待遇相关声明。在盟军佔领下，居留日本的外国侨民之法律地位大略可分为四种：一是同盟国之佔领军及侨民，二是瑞士等中立国侨民，第三是德国、义大利等轴心国侨民，第四为朝鲜、满洲国、琉球等日本前殖民地侨民。其中同盟国之佔领军及侨民属可享有粮食配给上的特权以及广泛的治外法权；其余中立国侨民虽也有粮食配给上的特权，但是必须服从日本政府的管辖；轴心国侨民则更是没有任何的优惠仅能得到部份的救济与