经阁地基长18.65米，宽14.4米，占地268.56平方米。分上下两层，各五开间，下层面阔18米，深13.45米，高5米，建筑面积为242.1平方米；上层面阔13.8米，深9.25米，高7.5米，建筑面积为127.65平方米。重檐歇山顶，双层飞檐，四垂斗栱，四周建有回廊。
崇圣祠.崇圣祠是奉祀孔子父母的场所，位于大成殿以北，尊经阁东侧，清雍正五年（1727年）建，干隆、同治年间重修。殿前原有大门，与庑房组成一封闭院落，现已无存。1991年，正殿得到修复，用于展出“崇明民俗”陈列。