ection::::分类.长鳞龙的头颅骨特征亦同样很难去鑑定，使牠被多次分类于蜥形纲的不同演化支。在1970年，Sharov最初基于长鳞龙的下颌孔及眶前孔，认为牠是属于伪鳄亚目。在2000年，Jones等人2000年在研究长鳞龙的叉骨后，指出牠其实是主龙类。乔治·奥利舍夫斯基（George Olshevsky）支持长鳞龙是主龙类，甚至是种早期的恐龙。不过在2001年，大卫·安文与麦可·班顿提出不能借由诊断长鳞龙的头部洞孔来确定其分类，因为这些洞孔可能在化石化的过程中损坏。他们同意Sharov指长鳞龙有颌缘