林碧炤担任总统府秘书长。2016年5月20日，林碧炤正式就任第33任总统府秘书长。2016年10月20日，林碧炤辞职获准，由总统府副秘书长刘建忻代理，而是国民党终身党员的林，其党权获该党考纪委员会即时恢复；直到2017年5月17日，由原国安会秘书长吴钊燮正式接任。
两国论相关论述.林碧炤在「两国论」公布后曾表示「一个中国、各自表述」及国统纲领与「特殊国与国关系」有连贯性，而且是动态的「操作性概念」，以提供两岸发展一个弹性的空间。2000年3月初中华民国总统大选期间，林碧炤表