郊礼完毕后进位兼太保。大顺元年（890年）夏，幽州李彦威、汴州朱全忠请求讨伐太原李克用。宰相张濬奏请自率禁军招讨。昭宗迟疑未决，问于孔纬。孔纬以讨之为便（孔纬语记载在〈张濬传〉）。秋季，张濬军大败而还。张濬罢相贬官，孔纬连坐贬为检校太保、江陵尹、荆南节度使、观察使。尚未离宫，再贬均州刺史。孔纬、张濬私下派人求援于汴州，朱全忠上章论救。孔纬行至商州，有诏听其所便，就闲居在华州。干宁二年（895年）五月，王行瑜、李茂贞、韩建三镇攻入京师，杀宰相韦昭度、李谿。昭宗以大臣朋党、外交方镇，想起用骨鲠正直之人，