赛季已经成为球队的绝对主力，上场时间居全队第一位，并因其长距离传球的功力而承担球队大部分前场定位球的主罚。但2005年的一次膝盖受伤却成为黄志毅职业生涯的转折点。此后几个赛季黄志毅的膝盖旧患复发频繁，严重影响他在球场的发挥。他甚至缺席了广州医药在2008赛季的所有比赛，直到2009年5月15日，黄志毅在广州队主场1比1战平山东鲁能的比赛中替补出场，完成自己的中超首秀。2009赛季结束后，黄志毅因伤病被挂牌。2009年赛季结束后，广州队投资方撤出并且面临因曾打假球的严厉处罚，对队内的多名球员进行了调整