中华民国教育部承认。截至目前为止，耶稣会在台湾的行政组织，称之为财团法人天主教耶稣会，地址是台北市和平东路1段183巷26号。除了辅仁大学之外，耶稣会在台湾各地也开办了新北市徐汇中学与新竹县内思高工两所学校。此外，着名的媒体机关光启社，以及台北市公馆的耕莘文教院亦是耶稣会在台湾的分支机构。
耶稣会与日本.1549年8月15日，耶稣会创始人之一方济各·沙勿略在一位日本朋友弥次郎的引介之下，携同两位耶稣会士（岛来斯神父、斐迪南修士）经麻六甲海峡，辗转抵达弥次郎的家乡－日本南部九