公学译书院院长张元济入馆，业务由印刷转到出版，逐渐开启全盛时代。1905年与日本书商合股，成立股份有限公司，出版物遍及社会科学，自然科学，应用技术，文学艺术，儿童读物，语文和专科工具书，发行杂志，印行珍本善本古籍。 中华民国时期，出版有大型古籍如《四部丛刊》、《续古逸丛书》、《续藏》、《道藏》、《百衲本二十四史》、《宋人画册》、《石渠宝镒》、《宋柘淳化阁帖》等。出版有《万有文库》丛书以及《辞源》、《学生字典》、《教育大辞书》等辞书。中华人民共和国成立前后，商务印书馆1954年迁往北京，其在香港、台湾