少海怡半岛居民经常投诉99线服务差劣，所以运输署在1995年9月1日中的第二次削减中巴路线予城巴的时候，99线亦在削减之列，由开办至被削予另一巴士公司间，只有10个月时间，成为中巴的新路线之中最快被削予另一巴士公司的路线。城巴接办以后，路线延长至西湾河码头并改为平日早上至黄昏时间行走，亦提升至全空调服务，后因应居民需求，从1995年11月5日开始，假日亦提供早上至黄昏服务。但为方便更多乘客，于1996年2月起往西湾河方向改经轩尼诗道及怡和街，而后为配合耀东邨及兴东邨入伙，又于1996年4月9日起改经耀兴