日战争期间，在晋西北、陕甘宁、豫东、皖北等地与贺龙、彭雪枫等领导的八路军、新四军密切配合，协同作战。他曾两次访问延安，受到毛泽东、周恩来、朱德等领导热情欢迎接待。中国抗日战争胜利后，任东北行辕参谋长，但因双目突然失明未能就职。接任后，何柱国应邀参加熊式辉举办的宴会，次日双眼不适，第三天双目失明，在重庆医治无效。1946年春，经蒋介石批准，何柱国赴美国治疗。美国眼科专家会诊认定为食物中毒，破坏了视神经，已无法治疗。1947年春，何柱国携妻子和孩子回国，在杭州定居。1949年5月，中国人民解放军占领杭州