后，目睹清朝陆军在汉阳残酷镇压军民后，林建章被激怒，遂唿应上海的革命派，举行起义。林建章乘「南深」号舰艇，同清朝军队作战。中华民国成立后的1913年（民国2年）1月，他被授予海军中校衔。8月升任海军上校。1917年（民国6年）8月，他被任命为巡洋舰「海容」号的舰长。
西伯利亚干涉.在俄国爆发十月革命以后，协约国对新生的苏维埃俄国宣战，同为协约国一员的北洋政府紧跟队形并决定派遣海军战舰到西伯利亚参战。1918年（民国7年）8月，林建章率「海容」号抵达海参崴，设立中国驻沿海州海军代