车站改扩建工程开工，包括重建站房和扩建站场，以及新建设站房和铁路股道下5条下穿通道（站垂1路－4路和金榜路）以联系南北广场以及周边交通，工程设计概算总额达11.96亿元。2013年厦深铁路通车后，厦门站于2014年3月1日起停办客运业务，普速列车移至厦门高崎站始发，动车组列车则改至厦门北站始发。厦门站南站房、南广场于2015年2月4日投入使用，部分列车恢复至厦门站始发。北站房于2016年1月24日启用。2019年7月10日起，为配合厦门客车整备所即将整体搬迁至厦门北站，厦门站始发终到的普速列车均改在厦门