含量较高的UTR通常长度较GC含量较低者长。3'-UTR的序列可能会影响mRNA的稳定度。（ARE）即为一例，ARE长50-150个核苷酸，且常包含重复的AUUUA序列，可介导mRNA的降解。（IRE）则在5'-UTR与3'-UTR中皆有，其结构为一茎环，可与（IBP）结合，对mRNA的影响则端视IRE的位置而定：当IRE位于5'-UTR时，IBP的结合会抑制转译的起始；当IRE位于3'-UTR时，IBP的结合则会避免mRNA被降解，增加其稳定性。