猪形亚目曾被分为古齿兽下目、弯齿兽下目和猪下目，其中弯齿兽下目是基于河马建立的，收纳了河马科与史前的石炭兽科等，然而DNA测序表明河马及其古代亲系更接近鲸类和反刍亚目，因此这 3 个下目的分类是无效的。
系统发生.猪形亚目是全撰类的分支，与鲸反刍类互为姊妹群，与偶蹄目其他演化支的分化关系如下：
下级分类.河马科曾被归类于此，但现已和鲸豚类一起归为鲸河马亚目（Whippomorpha），其与反刍亚目的亲缘关系更近。