靠近京都的大津新建取代坂本城，此后大津城又先后封给增田长盛、、京极高次。1600年关原之战爆发前，京极高次站在德川家康一方而首当其冲让大津城，但也因此分散了西军的兵力，间接的帮助德川家康在关原之战中取胜。战后德川家康改在较南方的濑田川河口新建并设立膳所藩；而原先大津城的所在地由于为京都与琵琶湖水上交通的枢纽，在江户时代成为幕府直属的天领，并成为东海道五十三次其中的。而南部的膳所藩由于紧邻京都，又位于琵琶湖以水运连接京都、大坂的入口，在江户时代都是由谱代大名负责此地，曾先后交由户田一西、本多康俊、负责