门下省纳言，他仍在凉州主持军务。又平定逆贼贺拔威，请功时转授第六弟杨威为骑都尉。武德三年（620年），改任侍中。武德六年（623年）四月，唐高祖召他回长安为中书令、吏部尚书，不久又回凉州主持军务。武德九年（626年）六月，唐高祖次子秦王李世民发动玄武门之变，杀死了太子李建成、齐王李元吉，唐高祖被迫立他为太子。杨恭仁被解除宰相职位，转任右卫大将军、鼓旗将军，领京城以西六十余府。八月，唐高祖传位给唐太宗李世民，唐太宗以杨恭仁为雍州牧（首都最高行政长官），加左光禄大夫，行扬州大都督府长史（扬州大都督是皇子