1995年11月1日，最后一批海地移民离开了关塔那摩。从2002年开始，即在针对九一一袭击事件发动的反恐战争之后的几个月，该基地的一小部分被用来拘留数百名，分别被关押在，，和现已关闭的。美国军方被指未经正式检控程序就指控其中一些被拘留者与基地组织或塔利班有联系。在关于在基地被监禁者享有基本权利的诉讼中，美国最高法院裁定被拘留者已「被监禁在美国行使专属管辖权和控制权的领土内。」因此，被拘留者享有美国宪法第五修正案规定的正当法律程序的基本权利。此后，美国地方法院裁定「日内瓦公约适用于塔利班被拘留者，但不适用