40kB，因为一个磁盘控制器上的微小硬件改动，使其可存16个磁区。（用户可以自行在旧的控制器上应用这个改变。）在DOS 3.3推出后，用户除了需使用旧软件之外不再使用Apple DOS 3.2。非Apple DOS 3.2不可的软件相当罕见，因为Apple DOS3.3并不是在结构上的更改－除了每一轨的磁区。一个叫做MUFFIN的程序被与Apple DOS 3.3一起提供以使用户可以将Apple DOS 3.2的文件拷贝到DOS 3.3的磁盘。在Apple DOS 3.x的磁盘上，第0、1轨与大部份的