学院建院时的四位科学领导者（正副院长中的自然科学家，竺可桢、李四光、吴有训、童第周），都曾任教或就读于南京大学。中央研究院和中国科学院等的许多研究院所机构都是由南京大学教授或毕业生建立的，这些先驱者包括王琎、竺可桢、周仁、杨杏佛、钱崇澍、赵承嘏、陈桢、王家楫、罗宗洛、严济慈、王应睐、周国城（Kuo-Chen Chou、生物物理学家）、庄长恭、吴学周、魏喦寿、周鸿经、凌纯声、郭廷以、邢慕寰等人。中国科学院期刊刊登的科学史学家李佩珊的一篇中国现代科学史的文章中，列出了877位在现代史上对中国科学有较大贡献的科学