由此站起往大垣、名古屋方向为JR东海管辖，往草津、京都方向为JR西日本管辖。此站是JR西日本与JR东海的共同使用站，在来线构内为JR西日本管辖，新干线构内为JR东海管辖。另外JR西日本的东海道本线此站－京都站间与北陆本线此站－长滨站间合称的爱称设定为「琵琶湖线」，採用一体化运行系统。另外此站在北陆本线不使用导览上「琵琶湖线」。JR米原站的为▲610147。而国铁时代管辖之时使用▲530134。
车站构造.新干线车站的管辖是属JR东海，在来线与车站出入口管辖则是属JR西日本。唯一