长江南岸的芜湖县在明朝发展成新兴的经济中心。崇祯八年（1635年）李自成部攻陷凤阳，掘明朝皇室的祖坟，焚毁朱元璋曾经出家的“皇觉寺”。
清朝.顺治二年（1645年），清军攻占南京，将南直隶改为江南省，最初设一位江南布政使司（驻江宁府），以及三巡抚(江南巡抚、凤庐巡抚和操江巡抚)。根据康熙年间的《大清会典》，布政使为一省之长。因此江南布政使的到任，可以认为江南省成立。顺治十八年，江南布政使分为左、右两位，分驻江宁府、苏州府。右布政使辖宁、镇、苏、松、常，左布政使辖余下地方。然这两