本公国仍然掌握在皇室手中。1196年菲利普成为新任公爵，但在他的这段统治时期不断与韦尔夫家族争夺罗马人民的国王与神圣帝国皇帝的继承权。菲利普1198年3月曾经被选为罗马人民的国王，并于同年9月8日于亚堔被加冕为王。但同时菲利普的敌人亦推举韦尔夫家族狮子亨利的次子不伦瑞克的奥托为敌对国王，称奥托四世。教宗英诺森三世曾经支持奥托，之后又反而支持菲利普。结果菲利普于1209年10月遇刺身亡，奥托才被正式确立为国王和士瓦本公爵，霍亨斯陶芬王朝对士瓦本的统治暂时中断。但奥托四世与教皇英诺森三世的冲突并未结束，