争前夕，史语所将部分档案携至南京，后迁到台湾。史语所未运部分名义上归北京大学文科研究所，1952年移交故宫档案馆。卖出八千麻袋后，历史博物馆仍存有部分档案，1922年5月12日，北京大学校方呈公函于教育部，请求接管这批档案。经校长蔡元培斡旋，教育次长陈垣代表教育总长黄炎培（未到职）办理，北大接管一批档案，共62箱1502麻袋（历史博物馆仍保存了一小部分）。北京大学研究所国学门部分教职员专门成立“清内阁大库档案整理委员会”（后改为“明清史料整理会”），经3年多努力，至1924年，共整理523000多件和6