到21.4%的选票，为民进党历次得票最低的一次，党主席施明德也因此辞职。
组成建国会.1996年4月，彭明敏退出民进党，组成建国会并自任会长，喊出「台湾要建国，不能寄望民进党」。1998年9月18日，建立新国家阵线改组为新国家连线，彭明敏出任新国家连线荣誉会长。1998年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，彭明敏支持新国家连线提名之立法委员候选人与台北市议员候选人。
出任总统府资政.2000年5月，彭明敏出任总统府资政。
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