和石川直经等丹后国人众的反击而导致朝经自杀，但是长经成功的逃亡了。之后又成为了政元另一位养子澄元的家臣。8月澄元进京的时候交战担任先锋立下了武功。同年9月奉澄元的命令侵攻大和，击破筒井顺贤、十市远治、越智家教等大和国人衆，占领了大和。翌永正5年（1508年）、主君・澄元与细川高国争夺细川家的家督之际，6月大内义兴拥立足利义稙上洛，赶走了11代将军・足利义澄和澄元追放而成功复归了将军役职，高国成为了细川家当主并就任管领。长经所属的义澄派包括澄元、畠山义英、古市澄胤与义稙派的高国、畠山尚顺在河内国交战，战败