中遭到了严重的破坏。1632年瑞典人的入侵，以及1647年马克西米利安一世对乌尔姆条约的违背，都使得巴伐利亚的土地饱受法国人和瑞典人的蹂躏。在主持了某种程度上的修复后，选帝侯于1651年在英戈尔施塔特逝世，留下了一个空前强盛的公国。三十年战争中得到的上普法尔茨使巴伐利亚各个领地更为紧凑；选帝侯的地位大大增强了巴伐利亚的影响力，公国成为神圣罗马帝国数十年内最强大的纯种德意志邦国。这使得公国得以在欧洲政治内部冲突中扮演一个举足轻重的角色，而这在过去的四百年中都未曾有过。
君主专制时期.