。 2016–17赛季，乔纳森·艾萨克场均出场26.2分钟，能得到12分、7.8个篮板、1.1次助攻、1.5次阻攻，投篮命中率高达51%，三分球命中率为35%，场均篮板数排名大西洋沿岸联盟（ACC）所有新秀第一位。2017年3月17日，在NCAA一级男子篮球锦标赛佛罗里达州立大学对上的比赛中，艾萨克攻下了17分、10篮板、5助攻、3阻攻以及2抄截的数据。2016–17赛季，艾萨克入选大西洋海岸联盟最佳新秀阵容和凯尔·梅西全美大一最佳阵容。 2017年3月25日，乔纳森·艾萨克宣布参加2017年NBA