癒后，到监狱探望行弒他的刺客。二人私下谈话片刻，但对话内容至今没有公开。不过，有人在阿加的住处找到一张「我要杀死十字军首领」的字条。谋杀的动机仍然众说纷纭：有人，如义大利国会的调查委员会，认为是苏联派人来谋杀他，目的是为了保持《华沙公约》国家（特别是波兰，若望·保禄二世正是波兰人）的稳定，由不满若望保禄二世担任教宗的人士策划。最后，由于没有任何证据，最后唯有以阿加只是想恐吓教宗定案。2006年3月2日，意大利议会下属负责调查冷战机密的委员会认定，前苏联操纵谋刺若望保禄二世，并向媒体公布了其最终调查报