配合陈水扁政府整饬国内基层金融政策，中国农民银行承受屏东县枋寮区渔会、屏东县万丹乡农会、高雄县鸟松乡农会、高雄县六龟乡农会及高雄县内门乡农会等五家农渔会信用部及信用分部。2004年1月底，中国农民银行在全台湾共计有107家国内分行，实收资本额已经达新台币150亿元。2005年12月21日，陈水扁总统明令废止《中国农民银行条例》。2006年5月1日，配合陈水扁政府金融改革政策，中国农民银行和合作金库银行以2.45比1的换股比例进行换股合併，中国农民银行为消灭银行，合作金库银行为存续银行并更名为「合