功能逐渐弱化。2000年政党轮替后，国统会几乎停止运作。
废除争议.2000年陈水扁总统在就职演说中曾以“中华人民共和国无意武力犯台”为前提，提及“没有废除国统纲领与国统会的问题”的原则（“四不一没有”原则之一）。泛绿认为中国大陆并无和平解决两岸问题诚意，如中国大陆对台飞弹部署不断增加，多达一千多枚，又通过《反分裂国家法》以法律条文规定不排除采取“非和平方式”，始终坚持保留“不放弃武力犯台”，所以在2006年世界台湾人大会上姚嘉文曾提出了废除国统会的目标。2006年1月29日（