治时期期间受台湾道制约的台湾地区最高军事首长。万国本最着名的战功，通常为与台湾原住民对抗；如大庄事件。1895年5月，基于中日马关条约，万国本奉令内渡回中国，是清朝正式任命的最后一任台湾镇总兵。内渡回中国后，万国本被派任中国南澳总兵，后因被都察院御史裴维侒参奏「万国本前任台湾总兵时，知中日和议已成，台湾为海外之地无人过问，辄敢焚毁藩署，将库藏盘运一空，并纵令兵丁四出劫掠，遇有赀财之户，肆意抢夺，致有惨杀百姓情事。台民衔之剌骨，唿吁无门。」而遭撤职。