官军的追兵便已赶到，情势急转直下。9月3日，官军组织兵力发起反攻，击退了鹿儿岛周围的萨军先锋。次日，萨军敢死队试图夜袭官军司令部，被三好重臣少将指挥的第二旅团全部歼灭。至9月6日，官军已完全压制鹿儿岛内的所有抵抗，并包围了萨军司令部所在地城山。位于鹿儿岛市中心以东，属于南九州丘陵地形的一部分。其海拔约108米，土质主要为火山灰。山上树木茂密，地形起伏复杂。南北朝时期，丰国豪族上山氏曾在此构筑上山城，故此得名。此后，上山氏移居至樱岛，萨摩藩藩主岛津氏继承了上山城。1602年（庆长7年）岛津忠恒修建鹿儿岛城