反应器内的温度、养分浓度、pH值和气体溶解度(尤其是关于氧气的有氧发酵)等变因皆会影响生物体的生长和生产力。垢会损害生物反应器的整体效率，尤其是系统中热量的交换。因此为了避免垢的产生，生物反应器的设计必须易于清理，内表面通常由不锈钢制成，以便清洗和消毒；典型生物反应器则会在批次间清洗，或以特殊设计减少连续操作中结垢的可能性。系统热传导的好坏会间接或直接影响整体反应，因此生物反应器的热传导能力是设计的一个重要部分；小导管可利用冷却夹套来冷却，但较大的导管就可能需要线圈或外部热交换器。Sectio