的非告诉乃论之罪案件，于分案后由台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心（最高法院检察署特别侦查组前身）检察官陈瑞仁侦办。由于事涉国家元首，各国媒体均曾报导。国务机要费案引发检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查与起诉。在中华民国首长特别费事件中，包括马英九等七千多名政务首长皆遭到调查与起诉，但皆获判无罪。
事件经过.2006年6月22日，「台湾红」公司负责人李慧芬向亲民党立法委员邱毅爆料，指她在台北君悦大饭店住宿收到的新台币300万元的统一发票被她的堂姐李碧君拿去转交吴淑珍核销国