昌任吉林省政府委员。此后，他兼任吉林省建设厅厅长，1931年（民国20年）辞职。同年，九一八事变爆发，他加入熙洽组织的吉林省政府，任财政厅厅长兼永衡官银号会办兼烟酒事务局局长。翌年，满洲国正式成立，孙其昌任财政部次长。1933年（大同2年）6月，任黑龙江省省长。翌年龙江省成立，任该省省长。1935年（康德2年）1月，任满洲国财政部大臣。1937年（康德年）5月，他改任民政部大臣，同年7月他任民政部改组民生部之后的民生部大臣。1940年（康德7年）5月，孙其昌被降职为参议府参议。其原因是他对满洲国的经济政