在世界杯亚洲10强赛中打入5球，超过三浦知良（4球）成为单届亚洲10强赛进球最多日本球员。2015年11月17日，本田圭佑在世界杯预选赛与柬埔寨的比赛中进球，成为日本足球史上首位世预赛连续5场比赛进球的球员。本田圭佑缺战了2016年3月24日日本与阿富汗的比赛，不过在之后与叙利亚的比赛中进球，连续6场世预赛比赛获得进球。9月1日，本田圭佑在世预赛与阿联酋的比赛中再次进球，持续刷新世预赛连场进球纪录。10月11日与澳洲的比赛，本田时隔4年再次出任单箭头，助攻原口元气得分。2015年9月3日至2016年