保护区完全重合，是中华人民共和国境内唯一的一个县级特别行政区。四川省汶川卧龙特别行政区的辖区与四川卧龙国家级自然保护区完全重合，并与国家林业局卧龙自然保护区管理局合署办公。
管理机构.四川省卧龙国家级自然保护区管理机构，是四川省人民政府派出机构，由四川省林业和草原局代管。四川卧龙国家级自然保护区管理局，简称卧龙管理局，是国家林业和草原局直属事业单位，由四川省林业和草原局代管。卧龙管理机构与卧龙管理局实行一个机构两块牌子管理体制。卧龙保护区管理局与卧龙特区管理局合署办公。