胡汉民主持国民政府，钮永建为国民政府秘书长，蒋中正为国民革命军总司令，吴稚晖为总司令部政治部主任。政府各部门设有：财政部部长（古应芬，钱新之代）、外交部部长（伍朝枢）、民政部部长（薛笃弼）、司法部部长（王宠惠）、大学院院长（蔡元培）。政府辖区包括沪、苏、浙、闽、两广与皖之一部等，开始宁汉分裂。7月15日汪精卫武汉政府宣布反共，与南京政府合流。8月，武汉的中国国民党与国民政府执行分共清党，蒋中正在汪兆铭要求下辞去总司令之后，才宣布合作。同月，南京成立特别委员会，并改组国民政府。12月，国民政府发佈讨伐广东令。