收汛，一年总计驻留澎湖五个月左右。汛守期结束之后，原澎湖游兵返回母港基地有二，一为泉州府厦门岛的中左所，二即漳州府海澄县的月港，但此二港在何时成为澎湖游兵迁返的主要基地，因史料阙如，不得而知。游兵的指挥官为把总（名色把总），把总一般坐镇妈宫澳（约今马公港，近澎湖天后宫），该处为天然良港，终年便于停泊船只。其他地方则由哨兵汛守，初期因驻兵兵力较多，哨营可分作前、后、左、右四哨，大半时间应仅有两哨，即左哨和右哨，勤务如下表：
兵船.根据邓钟校正的《筹海图编》中，言及明代福建主要的船