细胞通过炎症信号通路，诱导组织细胞内出现内质网应激及线粒体损伤等，继而诱发保护性自噬反应，以包裹损伤的细胞器，限制损伤信号的扩散。败血症时，肝细胞代谢状态会出现改变，肝细胞通过自噬来分解胞内有机物，并且产生小分子，以维持代谢需要，而分解的产物（例如糖类、脂类及氨基酸等）又可有负反馈的作用，减弱自噬作用的程度。由于一氧化碳能够增强肺部组织的自噬水平，所以有学者发表了了关于吸入低浓度一氧化碳，以治疗败血症引致的肺部损伤的报道。
结核病.自噬参与到宿主细胞清除胞内致病菌的免疫应答中。结核