第三届全国政协委员。1961年，当选为第二届全国道协会长。1965年1月，任第四届全国政协委员。1966年，文化大革命爆发，全国道协中止运作。1967年12月，写下《身后遗嘱》。1969年，其亲近弟子胡海牙被下放劳改。5月25日，陈撄宁因肺癌在北京医院病逝，享年88岁。
思想.陈撄宁认为道教的学术研究随着时代的变化,将会逐渐发展、自新，并长远流传。陈撄宁还提出了仙学的观念，认为仙学是一门特殊的科学，有方法可实验，有系统可以研究，有历史可以考证。《史记·封禅书》记载“黄帝且战