一千次才能产生足够抵抗力，无法全面应用。恶性疟原虫蛋白质的多态性造成疫苗开发相当困难，至今仍然尚未开发出可上市的疟疾疫苗。疟疾疫苗的候选抗原来自于疟原虫生活史的各阶段，包含疟原虫的配子体、受精卵，以及蚊子中肠里的卵动子。疫苗可以促使个体对这些抗原产生抗体，当蚊子吸取人血时，血液中的抗体可以阻断疟原虫在蚊子体内的生活史。另一类疫苗则是针对血液其产生的抗原，可惜目前皆成效不彰。例如1990年代，由于疟疾盛行，在各地区密集测试，然而效果并不理想。还有一类疫苗是针对前红血球时期，此类疫苗抗原目前以研究最深入