有未锁定的部份被认为是弹性地块模式，该海沟因此被认为吸收了许多菲律宾碰撞带和欧亚大陆板块之间的能量（Kreemer et al., 2001; Galgana et al., 2007）。
可能海啸威胁.2007年12月5日国立中央大学水文与海洋科学研究所吴祚任教授指出，马尼拉海沟可能是引发海啸的高危险区域，如有规模8.0以上地震在此地发生，台湾西南部沿海和广东、香港、越南等地将会受到海啸威胁。2011年3月11日日本发生规模9.0的大地震引发大海啸后，马尼拉海沟再度受到台湾学界和