最终经费仍不足以将计划中之修院完全建成，而只能完成原先计划中的四合院设计的3分之1。在人手方面，刚恆毅总主教起先希望华南总修院由道明会（当时负责在福建省的几个教区）管理，但遭到拒绝；最后总修院被委托由爱尔兰耶稣会管理，所以日后的六名院长均为爱尔兰籍耶稣会士。耶稣会之后在主持华南总修院的三十四年间，没有要求当中的修生转入耶稣会，亦没有派遣修生到华南总修院攻读。
生活经费.各在华南总修院的修生的生活费用均由派出之教区及修会承担，而教廷传信部亦会给予各教区及教区拨款及津贴。自1949