下的川军第1师第4团团长，同护国军作战，很快升任第3师第5旅旅长。1916年（民国5年）5月，陈宧倒向护国军方面并发表四川独立宣言，王陵基转而投靠支持袁世凯的川军周骏部，进攻陈宧。同年6月，袁世凯逝世，后盾尽失的周骏、王陵基下野。后来，王陵基出任山东省的烟台镇守使。尽管他四处活动希望取得北京政府中央要职，但未果。1921年（民国10年）2月，王陵基到重庆投靠川军第2军军长杨森，被任命为该军参谋长。随后，他作为杨森手下的川军指挥官参与作战，翌年杨森败北而暂时逃到湖北省，王陵基则留在四川。1923年（民国1