堂再于1936年因政府另一次收地而迁至现址，成立建堂委员会，展开筹建工作。由吴建中先生负责新堂设计，採用中国建筑物的形式。六月动工，11月21日由莫寿增会督主持奠基礼。1937年夏，建成现有建筑，7月4日启用。并于1938年8月31日晚上举行祝圣礼，由何明华、莫寿增会督主持开幕。
日佔时期.1941年至1945年香港日治时期，圣三一堂停止运作，被日军改作拘留所，教堂的设备，可搬动的，或存于教友家中，或存于老人院内，至战后恢复。堂中杂草丛生，窗门破毁。附近房舍，或受战火摧残，或被日军