赛季一直受伤病困扰，费德勒重新夺回了世界排名第二的排名。随后，他参加了罗马大师赛，在那里，他击败了亚历山大·兹维列夫直落三盘，但在第三轮中败给多米尼克·蒂姆。随后退出法国网球公开赛，打破了连续65次参加大满贯赛事的纪录，最近一次退赛可以追溯到2000年澳大利亚网球公开赛。2016年温布顿网球锦标赛复出7月6日，在落后两盘的情况下，倒追三盘击败马林·契利奇闯进温网八强，追平吉米·康诺尔斯的空前十一次温网半决赛和84场比赛获胜的记录。但却又在半决赛败给米洛斯·拉奥历，无缘第11次进入决赛。7月26日，费德勒