小组运作期间，黄秀政中途退出，由吕春盛取代。11月25日，郑瑞城发函公告，98课纲暂缓一年实施，改称99课纲。国文、历史两科，沿用95暂纲的内容，正式修改及实施的时间将另外公告。
教育部长吴清基时期.2010年初，教育部长吴清基改组专案小组。吕春盛教授和林桂玲教师解聘，此外增聘九位委员，汪荣祖、林满红、陈永发、黄克武、许雪姬、张胜彦、陈正国、杨国赐、张晓英，增聘委员多数出身中研院史语所，主要以中国史专家居多。2月25日，课纲委员周婉窈在南方电子报上，透露教育部预备更改高中历史课