、海牛目和蹄兔目曾被认为是有蹄类的分支或近亲，但遗传学研究证实，这几类动物属于大西洋真兽高目下的非洲兽总目，与有蹄类的亲缘关系相当疏远。因此，以奇蹄目和鲸偶蹄目为代表的有蹄类又称为“真有蹄类”（Euungulata），而长鼻目、海牛目及蹄兔目则合称为“准有蹄类”或“近蹄类”。
系统发生.奇蹄目及鲸偶蹄目为有蹄类的主要支系，二者最先于古新世晚期至始新世早期（即约 5400 万年前）出现，在多个大洲中急速散佈成多个物种并平行演化。尽管鲸豚类动物并无有蹄类最普遍的形态特征，但研究显示