JR北海道的经营版图有直接接触的，是经营区域位于本州北部的JR东日本。两家铁路公司是以位于青森县的中小国车站为界，在路线经营上是合作很密切的伙伴。在北海道新干线通车后，与JR东日本所属的东北新干线互相驶入对方的路线中，共同与世界上排名前几的黄金空中航线「东京──札幌」航线作竞争。经营区域内以山地居多的JR北海道，对于能适应恶劣路型在既有轨道上提升车速的摆式列车投入很多。2006年3月，在与铁道总合技术研究所（JR总研）和川崎重工业的合作下，推出了新型的混合式车体倾斜系统，结合被动式的自然倾斜机构与主动式