鲁王的浙江朝廷陷入混乱状态，继而向隆武政权发起进攻。朱聿键于10月6日在汀州（福建西部）被俘，即刻处死。他的养子国姓爷郑成功则随他的船队逃往泉州。11月，江西剩余的忠明抵抗中心崩溃，整个江西降清。1646年末，广州出现了两个新的大明皇帝：一个是年号为绍武的朱聿键之弟唐王朱聿，另一个为年号为永历的桂王朱由榔。由于朝服不够，此后绍武政权所任命的官员不得不向本地伶人购买戏袍。两支南明政权彼此残杀，直到1647年1月20日，李成栋率领的一支小规模清兵组成的先头部队开进广州，处死了朱聿，迫使永历朝廷逃往广西南