06年，喀喇汗国依靠来自于伊斯兰地区的支援军队征服了于阗。1041年，喀喇汗国分裂成东西两部。1134年，西辽征服塔里木盆地。1218年，西辽被蒙古灭亡，元初属察合台汗国领地，后设宣慰使元帅府，改名五端城。察合台汗国灭亡后，属叶尔羌汗国。1680年，准噶尔汗国控制了于阗。1757年，清朝灭准噶尔汗国，干隆二十四年（公元1759年），设和阗办事大臣，受叶尔羌办事大臣节制。20世纪80年代，考古学者王炳华等人在尼雅遗址进行考古工作，发掘出大量文物，为西域故国历史研究揭开新一页。
地理