芽大多可以作为芽菜食用，例如豆芽、苜蓿芽、小麦草、萝卜芽等。在发芽时，原先储存在种子内的蛋白质、脂质、淀粉等转换成较小的氨基酸、脂肪酸、和各种醣类，因此种芽的营养成份通常比种子更高。然而，因为种子发芽的高温高溼环境也适合许多微生物，因此芽菜类常较容易被大肠桿菌等有害病菌污染，例如。