刻引起国民党政府特务的注意，在黄妮娜返台后，黄顺兴彰化及台北的住家即遭到侵入搜索，并且在黄妮娜向境管局提出出境申请后，即遭到扣留，被迫在1000W强光前不分昼夜轮流讯问70多小时，要求黄妮娜承认去中国是受到黄顺兴的任务指示。连黄顺兴也被警总副总司令阮成章中将等人疲劳轰炸，要求黄顺兴承认派黄妮娜前往中国大陆。最后黄妮娜在海外台湾留学生抗议下被判刑三年。1985年，黄顺兴利用到美国探亲的机会赴中国大陆。1986年在北京定居，任中国农业科学院顾问。1986年10月9日，中共中央总书记胡耀邦会见从台湾来大陆定居