战结束后，监狱办公室成立以管理所有在马来亚联合邦的监狱。1948年的马来亚紧急状态导致了囚犯人数增加，从而造成监狱过度拥挤。直到1949年年底，这些监狱才开始稳定下来。1953年，犯罪法案（Criminal Justice Bill）获得通过，废除使用九尾鞭，取而代之的则是进行“苦役”改造。继1957年独立日，第一位监狱局长任职。 1963年，马来西亚形成，沙巴和砂拉越的监狱都归入监狱局的管辖范围内。