二次革命失败后，再往日本，入陆军士官学校中国学生队第十期，1915年毕业。1916年回中国，继续反袁活动，随居正在山东潍县举兵讨袁。后来应唐继尧的邀请来到云南，任云南讲武堂教育长。1923年，王柏龄应召赴广州，任大本营高级参谋。1924年初，王柏龄被孙中山任命为黄埔军校筹备委员会委员，参与创建黄埔军校。1924年3月，任黄埔军校入学试验委员。同年6月，任黄埔军校教授部主任。1924年，黄埔军校学生成立中国国民党党军两团，王柏龄任第二团团长（一团团长为何应钦)。1925年2月，调任黄埔军校参谋长，7月代理黄