沙洲之间的鹿耳门可能仅是隶属于北线尾底下的小地名，为渔夫捕鱼暂时停留之处，且为汉人进行走私的地方。清康熙年间，鹿耳门正式设港，与福建厦门对渡，当时大型商船从鹿耳门港道南招进入鹿耳门港，小型船从北招进入鹿耳门港，之后经台防厅稽查，再搭小船经台江内海到大井头（康熙年间）、镇渡头（雍正年间）。又因为易守难攻，港门仅容两艘船只，水底下有铁板沙，且又因为是唯一正口之故，所以成为船只进入台江内海的重要门户，故设有重兵，于康熙五十六年（1717年）修建两座砲台，移驻水师300人，并有战船5艘，雍正八年（1730年）又