其居官吏部十四年，非常多优秀官吏均由其推荐。升太常寺少卿，提督四夷馆。大同有战事时，其命经略黄花镇守边疆并卓有成绩。
正德年间.正德初年，升任光禄寺卿。正德三年（1508年），进户部右侍郎，提督仓场，改吏部侍郎。吏部尚书张綵依附刘瑾，孙交屡次规切。张綵大怒，于是调其为南京吏部侍郎。刘瑾事败，武宗召其回京师担任户部尚书。当时各地征讨流寇，调度烦急、以及粮食歉收，均有孙交负责协调处理。当时各地饥荒，武宗却将太平仓赐倖臣裴德，孙交力劝。此后云南镇守中官张伦请求开採银矿、南京织造中官吴经奏