十字门水域曾发生海战，其内之沉船存在着重大的历史价值。不过由于各样因素，至今仍未进行考古打捞。除此之外，澳门因是广东海上丝绸之路的港口和东西方国际贸易的中继港，十字门对明代广东海上丝绸之路的高度发展起了积极作用。由于十字门所在曾是葡属航道，荷兰、英国与葡萄牙亦曾在此澳门水域上进行争夺。对研究中国历史和中西方交流史方面，十字门都有其历史研究价值。