行在来线问题.由于新干线建设与营运经费庞大，且新干线通车后，大部份客源将从在来线移转至新干线，为减轻JR的经营负担，又兼顾在来线沿线居民乘车与货物列车行驶的需求，与整备新干线并行的在来线，原则上会从JR集团中分离营运，由地方政府与企业等合资成立的第三部门铁道公司接管经营。因此JR所发售的套票，如JR Pass、青春18等，大多无法在这些第三部门铁道路线使用，或仅可在有限的条件下使用在这些路线上。