2003年2月16日，他当选塞浦路斯共和国总统，2月28日宣誓就职，任期5年。在2004年4月南北塞浦路斯就关于塞浦路斯统一的「安南方案」举行公投前，帕帕佐普洛斯唿吁人民投反对票，结果方案被希腊裔人否决。他在2008年大选中被劳动人民进步党的季米特里斯·赫里斯托菲亚斯击败。塔索斯·帕帕佐普洛斯于2008年12月12日因肺癌在尼科西亚病逝，终年74岁。在逝世週年前一日、亦即2009年12月11日，被人发现其坟墓遭盗墓贼挖掘，遗体被盗走不见 。