预聘屠寄为通志局总纂。同年10月，成立了黑龙江舆图局兼通志局。 屠寄于1900年离开黑龙江。辛亥革命前夕，屠寄回到常州，与中国同盟会会员、长子屠宽及朱溥恩等人组织常州的革命力量，担任武阳教育会会长、武阳农会会长，并发动常州府中学堂学生参与革命活动。辛亥革命爆发后，屠寄参与光复常州。常州光复后，屠寄被公推为武进县民政长，任内整饬地方赋税，禁烟，禁赌，兴办学校，革除陋习。1913年，袁世凯的北京政府任命其为武进县知事，但屠寄拒绝，并辞职归家，专门从事蒙古史研究。1917年，应蔡元培邀请，到北京担任国史馆