末年担任醴泉县县令，李渊发兵进入关中后，崔民干向李渊献出醴泉县投降，被任命为丞相府主簿。武德元年六月甲戌朔（618年6月28日），李渊在接受禅让建立唐朝后将崔民干升任黄门侍郎。武德元年十月庚辰（618年11月1日），唐高祖李渊诏令以右翊卫大将军、淮安王李神通为山东道安抚大使，山东各路军队都受到节度；以黄门侍郎崔民干为安抚副使。武德二年（619年）闰二月，李神通在聊城进攻宇文化及，宇文化及因军中粮食耗尽，请求投降，李神通不接受。崔民干劝说李神通接受宇文化及的投降，李神通说：“士兵们长期暴露在外，如今敌人谋