41年夏决定要将犹太人「灭绝」，而实际工作就交由希姆莱的党卫队负责。1941年夏德军发动巴巴罗萨作战入侵苏联，开启苏德战争，党卫队的别动队跟随德意志国防军进攻，将所到之地的犹太人全部抓获，大量屠杀。1941年8月希姆莱召见波兰的奥斯威辛集中营营长鲁道夫·霍斯到柏林，命令他准备灭绝欧洲犹太人，并改建集中营为毒气室，从此之后纳粹德国开始改装集中营为灭绝营，以贝尔泽克集中营、索比波集中营和特雷布林卡集中营3个灭绝营规模最大。当时成为盖世太保的犹太人课科长的艾希曼则安排将抓获的犹太人押上列车，直送往集中营处死。