苻健兄长之子，不过苻健的两个兄长都因后赵君主石虎猜疑苻氏而遇害。永和六年（350年），苻健接掌苻洪部众后称晋朝官爵，并与晋廷联络，以苻菁为扬武将军，准备进攻关中。不久苻健正式出兵关中，并于盟津分七千兵让苻菁走河东地区经轵关渡过黄河，自己则领军渡过黄河并经潼关直取长安。苻健在分别时更手执苻菁的手说：「若果事情不成功，你死在河北，我死在河南，不再相见。」意谓背水一战，必须成功。随着据守关中的杜洪派往抵抗苻健大军的将领张先于潼关战败，渭北的氐、羌酋长都向苻健投降，苻菁所过的郡县都向其归降。及后苻菁在渭北生擒张先，