赶走荷兰人之后，为了反清之需要，实施「兵农合一」政策，派遣郑军分赴各地屯垦，侵害到原住民族的活动空间，导致郑氏政权和大肚王国数次武装冲突。其中1670年大肚王国辖下的沙辘社抵抗郑氏侵略，遭郑氏政权将领刘国轩强力进攻，屠杀至仅剩六人，几乎灭族，史称沙辘社之役。
台湾的清朝统治时期.1731年（雍正九年），清朝官吏对原住民指派劳役过多，引起原住民群起反抗，发生大甲西社番乱（大甲西社抗清事件），清军利用岸里社「以番制番」，翌年被镇压下来，各族人陆续逃离原居地，迁往埔里（南投县北部）一