元年（666年），与李绩等同征高丽，连败高丽军于新城、扶余，经两年奋战，终于平定高丽。薛仁贵在胜利后被派镇守平壤，指挥高丽境内的常驻唐军。咸亨元年（670年），薛仁贵率唐军十万征讨吐蕃，但由于副将郭待封私自行事，仁贵部被吐蕃军四十万所围，唐军大败，战后薛仁贵被撤职。不久高丽叛乱，薛仁贵再次被启用，但不久后又因罪被流放。直到开耀元年（681年），六十八岁的薛仁贵才因大赦回朝，率军抗击突厥。突厥听说领军的是薛仁贵，吓得四散而逃，唐军大获全胜。永淳二年（683年）病死，年七十。