纲中仅一个科的目。1980年代，Sibley和Monroe根据DNA分析的结果对当时的传统鸟类分类作出重大调整。在鸟类DNA分类系统中，将传统分类系统中独立存在的潜鸟目、䴙䴘目、隼形目、鸥形目以及鸻形目合并到一个巨大的鹳形目名下，一度形成了一个堪与雀形目比肩的大目，但后来又发现这并非一个单系群，之前的目又被独立出去，到了2014年，只剩一个鹳科。
系统发生学.本目是水鸟类的演化支之一，为鲣鸟目及鹈形目的旁系群，与其它水鸟类的演化关系如下：
进化.鹳科动物