线最优先兴建；若考量竹竹苗均衡发展，则红线次于绿线，而红线预估经费则调整为126.08亿元。然而竹竹苗轻轨计画于2010年1月遭交通部以自偿率不足为由退回。
直通竹北市区规划时期.竹竹苗轻轨遭行政院退回后，2012年新竹市市长许明财在与新竹县政府会谈中，提出商请县府同意市府担任新竹地区轻轨计画规划主办单位，其后向中央提出了《新竹地区轻轨系统建设计画申请书》，再度将轻轨范围缩回新竹县市，并以提高自偿率为目标来规划路线。2013年12月，许明财拟订新竹市PRT BOT试办计画，自新庄车