由于秘鲁水獭很稀有，在秘鲁、智利及阿根廷都受到保护。牠们以往被大量猎杀，目的是其毛皮或阻碍渔获，在阿根廷及福克兰群岛大部份地方都看不见牠们的踪影。现时野外的数目未明，而保护甚么栖息地也不明。秘鲁水獭于1976年列为《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录一的物种，在美国被列为濒危。