5年（1562年）被上杉谦信攻击的神保长职向义纲请求仲介并调停成功等，开始在外交活动上活跃。同年接受正亲町天皇的敕许而再度兴建能登一宫，自身亦通过朝廷和幕府来寄进7千疋钱。
永禄九年的政变.但是反抗以义纲为中心的大名专制支配的长续连、游佐续光、八代俊盛等重臣在永禄9年（1566年）发动政变并把义续・义纲父子追放（永禄九年之政变）。因此义纲等人逃往有亲戚关系的六角氏领地近江坂本。以夺回能登为目标的义纲等人在六角氏的支援以及与上杉谦信和神保长职等人的合作，在永禄11年（1568年）