两毗邻细胞间平贴的内质网，部分物质可经由这些通道通过，但这并不被认为是原生质丝的最主要运输方式。在连丝微管周围可观测到电子密集物质。这些物质会聚集成轮辐状构造，将原生质丝分成较小的孔道。这些构造可能由肌球蛋白和肌动蛋白构成。肌球蛋白和肌动蛋白是构成细胞骨架的物质，这可能也是原生质丝控制物质运输的机制之一。
运输.原生质丝可以让蛋白质（包括转录因子）、小干扰RNA、mRNA和病毒的基因组在细胞内流通。其中一个病毒的运动蛋白例子是MP-30。MP-30可结合病毒的基因组，并且将病毒