政后实施高校院系调整，大量有宗教背景的高等院校被併入其他院校甚至停办。在广州的岭南大学于1952年被併入中山大学，但岭南机构在香港的办学历史并没有因此停止，更于1954年设立高中部。1963年，岭南中学增设英文部，与学校的中文部并行教育。虽然广州的岭南大学被併入中山大学，但原广州岭南大学的一些重要人物，例如李应林，及其他在中国大陆被兼併的基督教大学，都有一些曾受高等教育的知识分子来到香港，在香港创立了崇基学院，它此后为香港中文大学成立初期三所成员书院之一。1964年，岭南大学香港同学会创办了岭南同学