请求除大逆之罪外，全部免去连坐之罪。朱元璋于是命令他与御史中丞刘基等裁定律令，颁示朝中内外。
明朝建国后.朱元璋称帝后，追封自己祖先及册立后妃、太子、诸王，都由李善长担任大礼使。朱元璋设置东宫官属，以李善长兼太子少师，授为银青荣禄大夫、上柱国，参与决定国家大政，其他仍然如故。不久，率礼官制定郊社宗庙之礼。李善长请求按照元朝制度，由皇太子兼任中书令，但未被朱元璋批准。朱元璋巡视开封时，由李善长留守，一切事情李善长都可以不经请示灵活处理。不久，李善长上奏确定六部官制，商议官民丧服及朝贺