界大战爆发，这使他们的归途变得异常艰难。1914年10月，玻尔与妻子玛格丽特动身前往英格兰。1916年7月，在接受哥本哈根大学特意为他设立的理论物理学教授职位后，玻尔回到丹麦。虽然他的讲师职位被同时撤消，但他仍需继续向医学生讲授物理。当时的丹麦国王克里斯蒂安十世按照传统公开会见了正在履新的玻尔。在会见过程中，国王将玻尔误认为其胞弟，而玻尔则直言不讳地进行澄清。这并不符合与王室成员公开会谈时的规矩，所以当时的气氛因而略显尴尬。
理论物理研究所.1917年4月，玻尔开始积极筹备组建理论