绍谟离任后，陈祖康接任“沪二区”站长。在站长任内，陈祖康通过担任日本特务机关嘱托的老同学王丙镛发展了秘密团体“浙东学会”，该学会表面为日军服务，实际是军统沪二区的秘密抗日组织，陈祖康从该组织获得了大批日军情报。此外，陈祖康还从汪精卫政权高官陈公博处获得了美国所需的日军剩余海军舰只位置情报，从而帮美军飞机摧毁了日本海军舰队。1940年至1944年连续五年，陈祖康领导的“沪二区”年终考绩列军统局公布的各情报单位之首。其间，陈祖康率部和冯公度、叶恭绰等人抢救了毛公鼎，确保其不被日军夺去。抗日战争胜利前夕，陈祖康暗