回归前夕，学生人数增至约三千人，而澳门本地学生的比重亦由创校时的39%增至80%。原属东亚大学的理工学院则独立为公立的澳门理工学院，而东亚大学的研究院和公开学院则合併为东亚公开学院（今澳门城市大学），以私营模式运作。1995年，首届硕士生毕业，同年中国银行澳门分行开始发行1995年版澳门币，其中50元纸币的正面图案为澳门大学远景。1997年，大学首位博士生毕业，葡萄牙共和国总统沈拜奥于同年到访澳门大学。1999年澳门回归后进一步优化校园，并推动设置一系列新课程、调低学费及提供奖学金和财政支援。2002年