二年（399年），攻佔后燕东燕郡（前身为西晋末分濮阳郡所置的东燕国）。不久，即改东燕郡复置东郡，治白马县滑台城（今河南省滑县东南），领东燕（旧名燕）、白马、凉城等县。天兴四年（401年），置兖州（治滑台城），东郡属之。晋安帝义熙十二年（416年），破北魏军队于凉城，进而克滑台，遂取东郡。至此，东郡领三县：东燕、白马、凉城。宋少帝永初三年（422年），滑台被北魏攻克，东郡复入北魏，后又收复。宋文帝元嘉四年（427年），滑台再次被北魏攻克，东郡遂入北魏。北魏孝文帝太和十八年（494年），东郡改属司州；废