交互作用的药物包括用在抗逆转录病毒药物的蛋白酶抑制剂、酮康唑、以及伊曲康唑。另外，第五型磷酸二酯酶抑制剂不可与季戊四醇四硝酸酯或硝酸甘油等硝酸盐类血管扩张剂併用，因併用时可能引发严重的低血压，甚至可能造成生命危险。
代表药物.西地那非（）是首个被发现的第五型磷酸二酯酶抑制剂，其他的衍生药物包括有自然生成或合成的的第五型磷酸二酯酶抑制剂。上列药物虽然均偏好抑制第五型磷酸二酯酶，但并非绝对专一，尤其在高剂量时亦可能抑制其他酵素的作用。举例来说，西地那非也会抑制与，对于第六型磷酸二酯