套索结的核苷酸分支点或剪接调控因子的结合位点上来作出修改。另外，借由影响剪接调控因子在细胞的正常表现，或是在试管反应中控制调控因子的相对浓度，甚至是剪接体的相对浓度都能达成对 mRNA 剪接干扰的目的。
剪接误差.内含子或外显子的突变可以阻碍剪接及从而影响蛋白质合成。一般的误差包括：