989年到1992年，任文化部中外合资企业东方艺术大厦有限公司董事兼副总经理。1992年6月到2000年4月，在中国美术馆历任副馆长、党委书记。2000年4月到2005年9月，历任文化部计划财务司司长、人事司司长。2005年9月到2007年7月，任中国国家博物馆馆长、党委副书记。2007年7月到2009年2月，任中国国家博物馆馆长、党委书记。2009年2月到2017年12月，任中国国家博物馆馆长、党委副书记。吕章申2008年当选第十一届全国政协委员，代表文化艺术界，分入第二十六组。并担任提案委员会专委。