比锡分裂后萨克森和图林根分道扬镳。德累斯顿成为萨克森首都。在施马尔卡尔登战争中韦廷王朝中拥有选帝侯权利的恩斯特系加入施马尔卡尔登联盟战败，因此1547年选帝侯权利落入同一王朝中阿尔布雷希特系手中，虽然这两个系都是路德派的。在三十年战争中萨克森站在神圣罗马帝国皇帝的一边进攻波希米亚。受皇帝命萨克森占领了卢萨蒂亚，并把它抵押作为战争费用的补偿。此后萨克森中立，最后当它觉得它的中立因为皇帝军劫掠卢萨蒂亚被侵犯后倒向新教一派。在布赖滕费尔德战役中萨克森军和瑞典军队一起首次击败皇帝军。1635年在一个特殊和约中萨