为被授予神父之职，并且正式宣誓成为修士。但在之后的日子里他并未认真投身神职工作，反而将僧院制度作为了他批判教会统治中的主要抨击目标。在他从事神职工作后不久，就得到了一个离开修道院的机会。基于他精湛的拉丁语水平和闻名的作家身分，他被邀请担任康布雷地区主教卑尔根亲王亨利（Henry of Bergen）的秘书。1495年，在主教许可下，伊拉斯谟前往巴黎大学攻读神学博士学位，学习传统的经院哲学。当时的巴黎虽仍是传授苏格拉底思想学说的中心，但同时已被义大利的文艺复兴思想所影响。读博士时期(1495-1499)的