于该活动在执行层面过于偏激跟草率，台湾总督府在昭和十四年（1939年）重新申明目的与反对部分地方政府的「全废」目标，两年后（1941年）更下令停止寺庙整理运动，并请专家进行旧惯信仰改善与寺庙整理成果等的调查。而在台南州方面，据台北帝国大学土俗人种学讲师宫本延人的调查，有194座庙宇被毁，419座被移作他用，为全台各州厅中最惨烈的地区。而在同一时期，掌管大天后宫的三郊组合因为内部的派系冲突等问题，终于在昭和十五年（1940年）12月25日的协议后召开临时总会，而三郊组合临时总会决议将三郊产业，移交给台南州