登癸未科进士，授祁州知州，调钧州知州。后升任南京刑部主事，升刑部员外郎。嘉靖十二年（1533年）任广东按察司佥事、提调学校，后署按察使事。嘉靖十六年（1537年）任四川布政司左参议。嘉靖二十一年（1542年）任山东按察副使。御史叶经以试录忤旨，潘恩连坐下诏狱，后贬为广东河源典史。此后嘉靖三十二年（1553年）任云南按察使、江西右布政使。嘉靖三十三年（1554年）任浙江左布政使。嘉靖三十五年（1556年）改都察院右副都御史、巡抚河南，弹劾徽王朱载埨贪虐。嘉靖三十六年（1557年）入京任刑部右侍郎，改工部左侍郎