膜间隙蛋白之间存在着相互作用。
分类.线粒体膜间隙蛋白质的转运机制与线粒体其他部分的蛋白质的转运相比有其特殊性。依据转运机制等不同可以将其线粒体膜间隙蛋白质为3类：
功能.线粒体膜间隙蛋白质主要为各种激酶，功能是将核苷磷酸化。此外，这某些膜间隙蛋白质也参与细胞凋亡的过程：细胞凋亡时，线粒体外膜通透性增加，使某些可溶性线粒体膜间隙蛋白质释放到细胞质基质中，进一步破坏细胞结构。在这些致死性线粒体膜间隙蛋白质中，如细胞色素"c"等蛋白质能够激活半胱天冬酶（ca