食用而增加真菌自身的适应度。许多真菌的次级代谢物被用来当作药物，详见#人类利用一节的说明。
致病机制.有些真菌能感染动植物而造成疾病，不过许多动植物已演化出抵抗真菌感染的机制，对此真菌也出现加以反制的方法，例如增加基因重组与DNA修复以修补被宿主免疫机制破坏的DNA。玉米黑穗菌是一种植物病原菌，在玉米造成黑穗菌病，不过植物已演化出对抗真菌感染的机制。当感染发生时，植物会迅速产生，即在真菌感染的部位产生大量自由基，而黑穗菌可以启动由基因介导的抗氧化的机制加以抵抗，此抵抗机制可保护