一个军事顾问团（Army Advisory Group）负责运送中国军队到台湾，及遣返战前的驻台日军回国。战后在台湾办公的美军顾问团团员以「美军联络组」（American Liaison Group）自称，与中华民国国民政府多次发生不快。后来由于台湾省行政长官公署行政长官陈仪的抱怨，促使魏德迈将美军联络组的职务严格限制于遣送日军的纯粹军事任务。在1946年4月1日，美军联络组完成遣送在台日军的任务，撤离台湾。
编制改组.1946年3月19日美国撤销“驻华美军司令部”，在南京市黄埔路4