内部而到达胚珠，在一些例子中花柱也负责执行孢子体自交不亲和性，可阻止花粉管完全生长。花柱可能具有引导花粉管抵达胚珠的作用，具体方法可能是透过花粉管与花柱通道的黏着。
花柱长度变异现象.某些植物同一物种的花柱长度存在变异。例如小花风毛菊的花柱及其柱头分叉长度会随着海拔的升高显着增长；欧洲千里光的花柱长度可分为长柱型和短柱型。花柱长度的变异可能与花大小、花粉体积、花粉管生长速率、花粉败育比率等有关，更长的花柱可能更有利于传粉和繁殖。