细菌感染学说曾在这一领域长时间佔居主导地位，但于2003年在华盛顿大学由李博士（Dr Lee）和理查德·伯杰（Richard Berger）教授带领的研究显示细菌感染并不重要。该研究发现，三分之一正常男性或患者前列腺都有类近的细菌数量。这一观点得到了西北大学泌尿外科主任和教授安东尼·谢弗博士（Dr Anthony Schaeffer）赞同，在2003年的泌尿外科杂志中，他指出「这些数据表明，细菌在慢性骨盆疼痛综合症的病情发展中并不扮演一个显着角色 。」；并在一年后与他的同事发表他的研究，显示抗生素对慢性前