009年，陈晓君正式入选中国国家花泳队，随即代表国家在广东佛山举行的第八届亚洲游泳锦标赛中，于单人技术自选项目比赛以87.400分得亚军。2010年，陈晓君与队友参加广州亚运会花样游泳比赛的集体及自由组合比赛，夺得两面金牌。2012年，陈晓君代表中国出战英国伦敦举行的奥林匹克运动会水上芭蕾比赛团体项目赛事。2014年9月，陈晓君与队友参加韩国仁川举行的2014年亚洲运动会韵律泳比赛，在集体项目及自由组合项目夺得两面金牌。