反映其硬件设计差异而进行的微小调整之外，新任天堂3DS系列的系统软件与原始3DS相同，提供Nintendo Network进行多人在线游戏，Nintendo eShop下载和购买游戏，StreetPass和SpotPass。网页浏览器更新可以支持播放HTML5视频。在日本发售的机型中，默认情况下网页内容过滤器处于激活状态，可通过注册信用卡禁用该功能，以防止儿童访问不适合的网站。
兼容性.与之前的型号一样，新任天堂3DS系列仍支持任天堂3DS和任天堂DS（不包括使用GBA插槽的任天堂D