败给に0-屋敷伸之有获得优胜。1998年度，第11期竜王戦中获得第4组优胜（决胜的对手是深浦康市）。在本战（决胜锦标赛）中胜过铃木大介（第3组第2名）、南芳一（第1组优胜）、屋敷伸之（第1组第3名），尔后，更是在挑战者决定战三番胜负中，于1败后连胜羽生善治(第1组第2名)2场，第一次挑战头衔。在与谷川浩司竜王的七番胜负中使用井シ系统，直落四打败竜王、第一次获得头衔（1998年11月18日）。「将棋世界」杂志的封面印了这样的一段文字:「藤井シ系统，席卷将棋界」。另外，在这年度以43胜的成绩跃升全棋士胜场数