清仁宗嘉庆五年（1800年），知县吴兆麟于凤山县新城凤仪书院旁另建新城隍庙，而原凤山县城隍庙因位于旧城，遂更名为凤邑旧城城隍庙。凤邑旧城城隍庙建造完成后，儒学吴策勋于清干隆五十八年（1793年）重修，职员陈大奎于清文宗咸丰六年（1856年）重修。台湾日治时期结束后，内惟李天辉、左营谢耀麟等又于1946年重修。1962年，由地方善信谢耀麟等人捐资重建，终于在1969年竣工。最近一次大整修于2018年，11月7日开始迁移至临时行宫，历经1年10个月整修完毕，神明移驾回正殿，2020年4月18日举行入火安座。