硷基的周围产生许多接触点，让其他蛋白质得以「读取」这些脱氧核醣核酸序列。多数的硷基交互作用发生在大凹槽，也就是最容易从外界接触硷基的部位。
脱氧核醣核酸修饰酵素.
核酸酶与连接酶.核酸酶是一种可经由催化磷酸双酯键的水解，而将脱氧核醣核酸链切断的酵素。其中一种称为外切酶，可水解位于脱氧核醣核酸长链末端的核苷酸；另一种则是内切酶，作用于脱氧核醣核酸两个端点之间的位置。在分子生物学领域中使用频率最高的核酸酶为限制内切酶，可切割特定的脱氧核醣核酸序列。例如左图中的Ec