尼亚航空公司与荷兰皇家航空和法航实行代码共享，乘客可飞往格拉斯哥、雅典、苏黎世、伯明翰、曼彻斯特、马德里、柏林、法兰克福、巴塞罗那、罗马、哥本哈根、斯德哥尔摩等欧洲城市，同时公司自营的飞往罗马、哥本哈根、斯德哥尔摩航班停航。东亚、东南亚方面，有飞往广州、曼谷、河内的航班。肯尼亚航空公司同时与中国东方航空、中国南方航空、越南航空和大韩航空等航空公司代码共享，经营飞往广州的航线，未来计画开辟浦东航线、胡志明市与首尔等地的航线。
机队.截至2017年10月，肯尼亚航空公司机队如下：波