陆军参谋长胡斯尼·扎伊姆领导的军事政变推翻。扎伊姆宣称叙利亚还未准备好建立自由民主制，于是下令取缔了所有政党。在扎伊姆当权期间，才获自由不久的阿弗拉克再次被捕，被关押在臭名昭着的马扎监狱中。扎伊姆的统治没有持续太久，于1949年8月被推翻，民选总统哈希姆·阿塔西取而代之。阿塔西组织成立了一个民族团结政府，重获自由的阿弗拉克被任命为教育部长，这是他担任的第一个也是唯一一个政府公职，他一直任职到同年12月。阿塔西的这次总统任期同样没有持续很长时间，在1951年又一场由阿迪卜·施舍克利领导的军事政变推翻了民选政府