併，改制为直辖市一案通过，于民主进步党「台南市长党内民意调查」顺利出线，确定代表该党出征2010年改制后大台南市长选举，赖清德旋即宣布投入第一届台南直辖市长党内初选。竞选期间，有民众在赖清德竞选总部前抗议赖清德曾经帮性侵嫌犯申请国赔。对手阵营国民党郭添财以此大作文章，赖总部因此提告，最后郭添财承认引用错误资料，向赖清德致歉，赖也撤回告诉，双方和解。2010年11月27日，赖以61万9897票、60.41%的得票率成功当选改制直辖市后的第一届台南市市长。其上任伊始，妻吴玫如原在台电台南区营业处上班