获赐予远州100贯文的领地。元龟3年（1572年）12月爆发的三方原之战中，清长亦有参战，然而德川军却大败于武田信玄，清长本人亦受伤，同族和郎党共数十人战死。天正8年（1580年），清长获家康赐予远州马伏冢城和鎌田乡。天正10年（1582年）6月，织田信长在本能寺之变中死去，在家康期间，清长以小荷駄奉行身份担任殿军之职，却不幸被盗贼以铁砲击伤。同年，清长获赐予骏河，同时获得骏河先锋25名骑兵。在天正12年（1584年）爆发的小牧、长久手之战中，清长亦有参战。战事结束后，他作为使者与丰臣秀吉会面，并且