严格的植物病原体，在农业上也是一个头疼的问题，它可以造成栽培蘑菇的细菌性斑点病。能够造成栽培蘑菇疾病的还有。
作为生防试剂.二十世纪八十年代中期始，假单胞菌属中的某些物种就开始被用来抑制作物致病菌的生长或定殖。这种应用通常称作生物防治。荧光假单胞菌和"的菌株（如CHAO或Pf-5）的生物防治特性是目前研究最为透彻的，尽管人们目前还不十分清楚荧光假单胞菌促进植物生长的过程是如何实现的。这其中可能的方式有：假单胞菌促进了宿主植物的系统抗性，使得植物能够更好地抵抗病原体；打败其他的土壤（