，花色素苷多数集中在外层的细胞，例如上皮和外周叶肉细胞。花色素苷在大自然最常存在的形式为矢车菊素、翠雀花素、、、和的糖苷。在碳固定过程中生成的碳氢化合物，有大约2%最终转化成植物色素（例如花色素苷）。不是所有的陆生植物都含有花色素苷。在石竹目植物（包括仙人掌，甜菜和苋菜），花色素苷被甜菜根素所取代。有趣的是，花色素苷和甜菜根素从来都不会在同一种植物身上共存。由于它们与别不同的外观和厨艺价值，农业上有时会刻意育种花青素苷含量高的植物，例如血橙和甜椒。
花朵.花青素苷广泛存在于不同