某程度而言，一田二主虽增加台湾土地利用，但产生了民众之间土地所有权与永佃权纠纷、与集体拓垦的汉人无视平埔族地主原有所有权而併吞土地等等社会问题。清朝官方对一田二主制并不反对，官方在乎的只是承认业主是否按期纳税，并无视民众之间的纠纷，台湾日治时期，台湾总督府为改变一田二主之情形，在1898年进行土地调查，但并未完全解决，但其中的部分问题甚至到20世纪中期，才经由国民政府的公地放领与三七五减租彻底解决。