线、多摩湖线的2间公司3条路线停靠，是转乘站。中央本线包括此站的路段，运行系统上採用「中央线」。运行形态的详细参见该条目。特急「超级梓」「梓」「甲斐路」全数通过此站，早上、深夜有「成田特快」停靠。西武铁道的2条路线双方都以此站为起点。国分寺线的车站编号是SK01、多摩湖线是ST01。
车站构造.JR东日本和西武共用一座跨站式站房。车站大楼「国分寺celeo」和位于地面层，连接车站两边的非付费区通道均设有两家公司的剪票口和售票机，付费区西侧设有换乘专用剪票口。另外站内亦设有绿