瓦解后，与旧幕臣们一起转战到磐城方面，最后在仙台与新选组的上司・土方岁三再会。在虾夷共和国中，主要担任箱馆市中的巡逻工作。箱馆战争中，由于土方战死，在弁天台场的新选组队士们让相马成为队长，并让他在投降书状中署名，新选组的历史也就此拉下终幕。然后依据高松凌云的书简记载，相马就任队长是在明治2年（1869年）5月15日。
明治以后.明治3年（1870年）10月10日，因为涉嫌暗杀伊东甲子太郎，被流放到伊豆新岛。并寄身于大工栋梁・植村甚兵卫那边，之后利用那里开设私塾。并与甚兵卫的次女