战胜后还余下二十多万斛，曹操因而称赞杜畿，增秩中二千石。曹操征伐据守汉中的张鲁时，杜畿又派五千人运输，虽然要到战争前线，但他们为了不负杜畿所託，没有一人逃亡。魏国建立后任命杜畿为尚书。杜畿管治河东共十六年。
入朝任职.曹操死后，曹丕继任魏王，赐爵关内侯，征召为尚书。曹丕称帝后再进封杜畿为丰乐亭侯，食邑一百户，守司隶校尉。黄初三年（222年），曹丕南征东吴，任命杜畿为尚书仆射，总管留守事务。七月，冀州出现蝗灾，杜畿奉命开仓救济。后来曹丕到许昌时，杜畿都总管留守事务。后来同尚书郎诸葛诞