被批判而免职，由黄克诚代任。1959年9月，庐山会议上，因支持彭德怀主张，黄克诚被罢免总参谋长职位，由国务院副总理兼公安部长罗瑞卿出任军委秘书长兼总参谋长；次月杨勇兼任副总参谋长，而邓华、王震、许世友的职位撤销。1961年和1962年，副总参谋长陈赓、李克农相继去世。随后中央军委于1962年和1963年分别调任李天佑、王新亭担任副总参谋长。1965年，杨成武担任中国人民解放军第一副总参谋长。同年底，因罗瑞卿事件，罗瑞卿被免去总参谋长职位，改由杨成武代理。1955年八总部时期，总参谋部下辖作战部、情报部、