，扶持两统迭立中的持明院统光明天皇即位。大觉寺统的后醍醐天皇把持着日本皇室的三神器逃到吉野山中，坚持自己才是正统，足利尊氏则在京都建立室町幕府，于是出现京都（北朝）和吉野（南朝）两个对立的朝廷。南北朝的征战持续将近60年，1392年，足利义满逼南朝的后龟山天皇让位，由室町幕府拥立的北朝后小松天皇成为天皇，也终止长达57年的南北朝时期。1401年，室町幕府第三任将军足利义满为了经济利益和抗衡天皇而向明朝朝贡，大明皇帝遂封其为「日本国王」，但幕府于7年后与明朝断交。室町幕府末期（1467年）发生应仁之乱，标