，拥有像兽脚亚目恐龙长尾巴的始祖鸟是与它们有所分别的。嘉克斯·高斯特（Jacques Gauthier）后来将扇尾亚纲转为一个分支，即比始祖鸟较为接近现存鸟类的分支，如鱼鸟及黄昏鸟目。他继而定义鸟类尾巴为比股骨短的尾巴，尾综骨呈铧状及由少于6节的尾巴嵴骨融合在一起，且比活动部份为短。他进一步将鸟类的冠群、鱼鸟、黄昏鸟目及神翼鸟分类到扇尾亚纲中。新鸟亚纲（）最初被建议用来取代扇尾亚纲。不过，高斯特却认为新鸟亚纲只是扇尾亚纲的次异名。另外，一些学者却将扇尾亚纲看为一个较为限制的分支，当中以黄昏鸟、鱼鸟及