乱中皆视为战略要地修筑山城固守。天正10年（1582年）6月羽柴秀吉与明智光秀在此展开争夺天下的山崎之战，因当时战局而出现占领此山者便可获胜的状况。日语也从此出现『决定天下的天王山』（天下分け目の天王山）此语，常借以比喻运动与游戏的重要比赛。于山崎之战获胜的秀吉，同年于此建筑山崎城（宝积寺城、又称宝寺城），至隔年移至大坂城为止将此作为本据地。幕末禁门之变中，长州藩于此展开对京都御所的攻击，在失败后以真木和泉为首的十七人也于此自裁。4年后的鸟羽伏见之战中，旧幕府军分散布阵于男山山麓的桥本（京都