在1939年，普菲茨纳与玛丽·施托尔举行了他的第二次婚礼。他不那么引人注目的70岁诞辰纪念的仪式远低于10年前。1942年普菲茨纳和他的妻子在纽伦堡附近爆炸逃过一劫，但他们在旅途中的卧铺车厢被完全摧毁。1943年他在慕尼黑的住所被炸弹击中，他搬到了维也纳。在1939年后，他的女儿艾格尼丝自杀和他次儿子彼得在1944年阵亡于苏联。普菲茨纳在1945年逃至加米施-帕滕基兴的一个难民营避难。第二年，他搬进了慕尼黑-拉梅斯道夫疗养院。 1948年，他在反德势力“去纳粹化”逆流中在慕尼黑法庭被归为“不受法律保护”