光绪26年）被送往湖北武昌姑丈冯启钧家寄养，并于教会学校读书，直到1905年（光绪31年）以官费留学日本，入学习。其间，由宋教仁介绍加入中国同盟会。1911年（宣统3年），辛亥革命爆发，许崇清休学归国，参加辛亥革命。翌年，回到日本复学。中学毕业后，入东京帝国大学文学部，毕业后入研究院继续研究。许崇清最初专攻哲学，后转向社会学，进而对教育哲学产生兴趣。留日十五年，他对自然科学、哲学和教育学都做了广泛的研究，更掌握了日、英、德语，把爱因斯坦的狭义相对论介绍到中国。他亦自称接触马克思主义的时间比中国共产党的缔造者