王朝陷入王位继承争夺，郑成功许多留在金门的将领纷纷向清国投降，沈光文在当年农历7月，带家眷买船要到福州时，遭遇台风被带到台湾。沈光文到台湾后短暂住在府城街上，不久就移至目加熘湾，也就是现在的善化居住晚年沈光文组织「东吟诗社」，定居于目加熘湾社（今台南市善化区）时，对当地原住民做出了一些医疗、文教方面的贡献。
身后.清康熙二十七年七月十三日（1688年8月8日），沈光文病逝，葬于目加熘湾社（今善化区坐驾里）。沈光文以及随郑军入台的儒士，例如王忠孝、辜朝荐、郭贞一、李茂春、许吉燝等