宝瑄加入汪康年、唐才常组织的中国国会（又名“中国议会”），并任该会的干事。1901年3月24日，上海绅商在张园开会，抵制俄国侵略中国。孙宝瑄与会并发表演说，后来他被《中外日报》误报道为集会主持人。中华民国初年，他任宁波海关监督。他和章太炎、谭嗣同、梁启超、汪康年、夏曾佑、严复、张元济等人为好友。他在日记中说，其家藏书不下两万卷，“凡经史子集着名之书几备”，他“频年坐拥书城”。他曾经称自己是“余昔尝有从容廊庙端委垂绅之志，今则惟知一丘一壑，萧条方外而已。”1924年，孙宝瑄逝世，享年50岁。