元年（1567年）改巡按山西。当时俺答汗攻陷石州，将士捕七十七人，这些人当斩。而宋纁通过讯问后，释放其中一半多人。隆庆四年（1570年）升任顺天府府丞，之后以右佥都御史巡抚保定诸府，期间核对兵卒并淘汰多余的部队，节省开支。万历初年（1573年）因与张居正不合，称病辞职，后张居正去世，朝廷官员纷举荐。他因此恢复官职，担任保定巡抚，成功赈灾获鹿县的饥荒。之后升任南京户部右侍郎。万历十二年（1574年）后召为北京户部左侍郎，改督仓场。万历十四年（1576年）升任户部尚书，当时明朝国运开始衰退，他力主减少山