统选举中，萧为曹锟当选进行了各种工作。曹锟贿选当选大总统后，和吴佩孚渐生矛盾。萧从中调停。曹锟当选大总统后，萧继续任两湖巡閲使，并被授予上将军、勋一位。1924年（民国13年）2月，他兼任湖北省长。
混战中死亡.同年9月，第二次直奉战争爆发，萧耀南自然站在直系一方参战。冯玉祥的北京政变（首都革命）使直系败北，萧迎接了逃到湖北省的吴佩孚。萧见国内情势发生变化，遂同段祺瑞接近，不再打算积极支持吴佩孚。吴佩孚本想东山再起，但迫于压力而下野。1925年（民国14年）7月奉系同南方的势力