款游戏是1999年发售在Game Boy Color平台上的《生化尖兵：精锐部队》（）。之后，他们又参与开发了像任天堂64平台上的《山嵴赛车64》、任天堂GameCube上的《塞尔达传说 时之笛》复刻版等作品；他们也独立制作了《马里奥对大金刚》系列、任天堂DS上的《银河战士 Prime 猎人》的作品。任天堂软件技术有限公司的联合创办人克劳德·科迈尔和斯科特·K·津村分别于2002年和2006年退休离开公司。之后任天堂从京都本社和其他子公司抽调人手加入任天堂软件技术有限公司，比如山城重喜（现任公司主席）、