府发布第二次台湾教育令，废除蕃人公学校名称，改用一般公学校名称，例如蚊蟀蕃人公学校改为蚊蟀公学校。自此，蕃人公学校于教育体制中消失。1941年后，更将所有公学校改名国民学校。不过，北部某些蕃童教育所则仍独树一格的存在。台湾总督府于原住民教育上，投入较清朝更多的心力。原因虽不免是为了统治治理上的方便，但比起消极的驱逐与设置隘线，长期来看是有效率得多；但主要也是因为清朝对于原住民的统治仅局限于平埔族，而未涉及高山族原住民。也因此，日治时期的原住民日语普及率比汉语高很多。1945年中华民国统治台湾后的一段时间