兵第一一七师于1996年改为直属武警总部的机动师。1998年后，坦克第六师与高炮旅分别改编为装甲师和防空旅，直升机大队扩编为陆航团。原属第六十四集团军的步兵第一九〇师改属第三十九集团军建制。2003年，一九〇师改编为机步第一九〇旅。2016年深化国防和军队改革前，陆军第三十九集团军下辖：机械化步兵第一一六师、机械化步兵第一一五旅、机械化步兵第一九〇旅、机械化步兵第二〇二旅、摩托化步兵第二〇三旅、装甲第三旅、炮兵旅、防空旅、陆军航空兵第九旅，以及集团军直属的特种作战团等。2017年改革中，原摩托化步兵第二