大臣、尚可喜七子尚之隆为额驸，尚之信子孙至雍正年间还有在朝为官之人，尚氏后裔大多生活在今辽宁地区。王辅臣在官方记载为病死，《广阳杂记》中则为自杀。祖泽清虽为元勋祖大寿之子，然因“甘心从逆”，与其子祖良梗皆处凌迟。其他参与叛乱之旧部，及副将以上，悉令进京；参将以下，其家属则大多被发配守边。清廷通过平三藩稳固了自身的统治，除台湾郑经势力仍奉明为正朔之外，余皆一统于清朝版图之内。此役，清廷除了充分使用满洲旗兵外，也大量使用以汉人组成的绿营兵为主力来对应兵源与战力的不足。至此，清朝彻底废除藩镇制度、并废除参与作