沈富雄在民进党内提出反对意见，批评施明德的作法与理念。在沈富雄当选立委后，陈水扁的正义连线与谢长廷所属福利国连线，都曾争取沈富雄参加，他当时没有加入任何一边，但之后仍然选择加入正义连线。1997年，沈富雄担任正义连线会长。1998年，陈水扁在台北市长选举中败选，当时沈富雄认为民进党台独党纲影响选情，曾主张废除，引起党内讨论。陈水扁之后争取党内提名为总统候选人，沈富雄大力为陈水扁竞选，主张废除限制陈水扁参选的四年条款，攻击许信良与其所属的美丽岛系成员。陈水扁最终通过初选，击败许信良，代表民进党参选20