到2000年政府更迭，巴特巴亚尔担任政府办公厅（Government Affairs Directorate）主任。在2000年国家大唿拉尔选举中，作为蒙古民族进步党候选人，巴特巴亚尔在后杭爱省第2选区失利。在2004年国家大唿拉尔选举中，他作为“祖国－民主联盟”候选人在后杭爱省第2选区赢得选举。2004年9月至2006年1月，担任蒙古国建筑和城市建设部部长。在2008年国家大唿拉尔选举，他作为民主党（DP）的候选人在新设的拥有三个席位的后杭爱省第1选区获胜。