令“着即开缺，回籍养疴”，袁临别前将北京私宅赠与段祺瑞。段祺瑞则在同年12月回任陆军第六镇统制。1910年5月25日，清廷以段祺瑞督办北洋陆军学务有功，赏头品顶戴。12月18日加侍郎衔，外放任江北提督，驻江苏淮安清江浦，负责本地治安。1911年武昌起义爆发后，清朝政府重新启用袁世凯，袁世凯将段祺瑞召回北京，10月25日段升任清军第二军军统；第二军随后开拔南下与第一军（军统冯国璋）一同清剿革命党，清廷增封段祺瑞为湖广总督。由于袁世凯与革命党间持续进行谈判，南下清军并未尽全力扫除武汉当地之敌；待11月1