鲁克之间发生了事故，前部弹药库意外爆炸，4名乘员丧生，前部粮食储存舱进水。八云边走边修，两周后抵达母港。1939年11月20日，八云完成了其最后一次远洋航行训练，回到日本。太平洋战争爆发后，1942年7月1日，日本方面重新将八云指定为一等巡洋舰（重巡洋舰）。随着战争的进展，舰上原有的203毫米主炮也更换成两座双联装八九式40倍径127毫米高平两用炮，同时增设了一批轻型防空武器。但在战争中八云一直都在濑户内海活动，期间只用作训练用途，并没有实际参加战斗。1945年10月1日，日本方面将八云从军舰列表