方为昌平线站台，东侧13号线站台上空为13号线换向天桥暨换乘通道。两线均采用侧式站台设计，昌平线西侧站台宽7米，东侧站台宽5.2米；13号线西侧站台宽4.8米，东侧站台宽4.5米。为了避免影响13号线运营，13号线站台采用了悬挑结构。由于车站东侧是京张高铁(原京包铁路)，出站口均设在西侧，因此，13号线东直门方向站台须经过二层天桥跨过13号线路轨经西直门方向一侧站台后经站厅进出站。
外观.西二旗站外形顶部用的膜结构覆盖，外立面采用PTFE索膜结构，模仿手风琴状起伏褶皱的外观效果。