的指示物也可能产生误导性的结论，因爲其它环境如造纸厂中，大肠桿菌也可大量存在。
致病.然而一般无害的大肠桿菌在以下三种情况下也会导致疾病：大肠桿菌的一个株是具有某些能和其它株区分开的特征的族群。不同的大肠桿菌菌株生活在不同动物中，因此我们可以通过其判断粪便来源于人或者鸟类等。通过突变，新的大肠桿菌菌株不断出现，其中一些可能对宿主动物造成损害。尽管对于大多数健康成年人，这样的菌株可能只引起一场腹泻，或者根本没有症状，但对于幼儿、大病初癒的人或者进行某些药物治疗的人来説，陌生的菌