参选2000年中华民国总统选举，但许多新党公职人员却退党支持脱离国民党参选的宋楚瑜，李敖更不断抛出「许信良、李敖」配、「李庆华、陈文茜」配等组合议题，引发新一波的内闹。最终连全委会召集人李庆华都宣布辞去召集人、退党支持宋楚瑜。2000年3月宋楚瑜成立了亲民党，许多新党、国民党籍立委转为亲民党，新党在2000年4月以后正式退居国会第四大党，在大部分县市逐渐失去影响力。
泛蓝政党（2000－）.2000年中华民国总统选举以后，新党的定位从与国、民两党相抗的第三势力转为泛蓝的一员。200