996年初，转会至新组建的厦门足球俱乐部征战乙级联赛，但球队在决赛第二阶段点球负于深圳金鹏，未能升入甲B。沈奕于赛季结束后退役。
退役后.退役后沈奕曾担任天津华翼足球学校校长，培养出过许多优秀的青少年球员，如曾经入选过国少队的刘伟国、王健等。
家庭.沈奕的叔叔是天津足坛名宿，60、70年代的国脚沈福儒，曾经于1976－1977年、1988－1990年和1993年三次担任天津队主教练。1996年沈福儒受邀执教厦门队，便将沈奕带到厦门。