即现今文京区），是前萨摩藩士暨大藏官僚有岛武的儿子。后来移籍横滨，四岁开始入读横滨英和学校，这段时期的体验与他日后创作的童话《一串葡萄》（）有着莫大的关连。有岛武郎在十岁时入读学习院预备科，19岁就以全科合格成绩毕业，其后升读札幌农业学校。当时的教授新渡户稻造问有岛武郎最喜欢的是什么学科，有岛回答是「文学」与「历史」，引来新渡户的一番大笑。在学期间，深受内村鑑三及的影响，并因此于1901年开始信奉基督教。在札幌农业学校毕业后，有岛往服兵役，渡过军队生活后便到美国留学。他在美国就读哈佛大学期间，深深受到以