1312年），邓文原入朝任国子司业。邓文原建议改革学校之政。由于当权者守旧所以和邓文原意见不合，邓文原便借病辞职。后来邓文原出任江浙行省主考官，为避免考生们还有守旧的思想，于是书写朱熹《贡举私议》，将其贴于考场门前。
断案如神.延祐四年（1317年），邓文原升任翰林待制。延祐五年（1318年），邓文原出任佥江南浙西道肃政廉访司事。平江有位僧人与该平江府判官理熙有恩怨，僧人贿赂其弟子控告理熙贪赃，理熙被迫认罪，邓文原巡察时，重新审问得知真相，于是将诬告的人与那位僧人施以杖刑并将理熙释