。民国98年，林聪明卸任国立云林科技大学校长职务后，转赴主管国家最高教育政策的教育部任职，先后担常务次长、政务次长职务，102年1月自教育部政务次长退休。
就任南华大学校长.民国102年1月，林聪明获佛光山释星云法师指聘为南华大学校长，上任后以「南华希望工程---把每个学生带上来」为愿景，提出大计画，包含24个具体行动方案，以达成「强化学生学用合一」、「提升就业竞争力」，及提升学生「国际移动能力」之目标，期许能发展出具有创新特色的竞争力。