因病离职，首长便请哈姆勒特到当地接替该职位。由于首长开出的薪酬颇吸引，而哈姆勒特本人具游历精神，他接受了这份工作，却对当地的黄热病疫情一无所知，甫抵埗即遭到隔离检疫，被迫在一艘单桅纵帆船上逗留了整个月；赴任不足两年后，哈姆勒特虽没罹患致命的黄热病，却染上疟疾和种种风土病，在1882年下半年被迫返回英国。带病回国后，哈姆勒特的健康状况一直欠佳，别人建议他移居到一个气候温暖和较干燥的地方，以便休养。哈姆勒特到盖伊医院出席的毒物学讲座，医学界的友人们劝他离开英格兰，迁至北大西洋群岛马德拉、美国加州或者澳洲昆士