菌等因素在遗传易感个体上的组合所引起。它会导致慢性发炎疾病，其中身体的免疫系统可能针对肠胃道的微生物抗原进行攻击。虽然克隆氏症是一种免疫相关疾病，但它不会以自体免疫疾病的形式表现（免疫系统不被身体本身所触发）。确切的潜在性免疫问题尚未明确；然而它可能是免疫缺陷的状态。整体风险中约有一半和超过70个的基因相关。吸菸者罹患克隆氏症的机率是没吸菸者的两倍。它也时常发生于肠胃炎后。诊断是基于许多发现结果包括：组织切片和肠壁外观、医学影像和疾病描述。可以呈现其他的类似病症包含：肠躁症和贝赛特氏症。目前并无任何药物治