改编为第二方面军（指挥官鹿钟麟），秦德纯升任参谋长一职。由于国民军在中原大战损失惨重，冯玉祥下野，第二集团军也因此解体，秦得纯短暂离开军职至北平居留。在北平期间，唯一没被南京政府收编的国民军系部队仅剩宋哲元所辖部队，该部队最后向张学良输诚，改编为国民革命军第二十九军，宋哲元为了重整部队，找上秦德纯担任二十九军参谋长。秦德纯回任后，不久就因自称心力憔悴而不愿续任，后先改任军总参议，后调任二十九军副军长。二十九军因长城抗战之故调往西北，并在喜峰口战役以击退日军的战功声名大噪，秦德纯因此役战功获颁青天白日勋章