惨痛代价，马英九应负责。前副总统吕秀莲砲轰，台湾长期努力的人权成为陈云林来台的祭品，要求马总统道歉，警政署长王卓钧下台。。又其后总统府发言人王郁琦发表讲话，声称未要求接待单位撤国旗。
访台首日.11月3日，陈云林与代表团抵达桃园国际机场，中午在台北圆山饭店发表简短谈话。抗议人士也在桃园机场到圆山饭店之间发动数起抗议活动。西藏独立运动人士从陈云林座车自桃园机场驶上国道开始，就紧跟飞驰的陈云林车队，藏独人士高举「雪山狮子旗」，在车队旁沿路挥舞高喊「西藏独立」，一路跟随到圆山饭店。