为了抗拒这新教倾向，所以把他送往巴黎的利西厄学院。然而，在1559年他的父亲去世之后，他的一家正式改信新教的胡格诺派。莫尔奈于1565年在德国海德堡大学学习法律和法理，之后一年在帕多瓦大学修读希伯来语及德语。于1567年的法国宗教战争期间，他加入了孔代亲王波旁路易一世的军队。不过后来他堕马负伤，令他无法在军中积极参与。从1571年开始，他作为新教胡格诺派之宣教辩护士，活跃于法国宗教战争中，以一篇宣教专文而渐有名气。撰文的同时，他也接受胡格诺派领袖──海军上将科利尼指派的秘密任务，出使荷兰与力抗西班牙