联赛球队青年联盟队正式向广州队以200万人民币的转会费求购卢琳，但最终双方谈判破裂，卢琳继续留在广州队。2007年，卢琳以主力球员身份帮助广州医药队升入中超联赛。2008年6月28日，卢琳在主场迎战青岛中能的比赛中打进自己的首个中超联赛进球。2009赛季，卢琳的状态低迷，逐渐沦为球队替补球员。2009年9月22日，有球迷爆出卢琳在训练场和队友徐亮发生内讧，卢琳面部被徐亮踹伤，广州医药俱乐部证实此事，并采用低调处理的方式解决这一事件。赛季结束后，卢琳被广州医药队挂牌。2010年1月2日，卢琳前往塞