朕比汉桓帝如何？”杨琦回答：“陛下之于桓帝，就有如舜之于尧。”汉灵帝不高兴，讽刺他说：「你的脖子太硬了，真是杨震的子孙，死了之后一定会再引来大鸟的。」于是让他出任汝南郡太守。汉灵帝去世后，回到中央汉献帝任命他为侍中、卫尉，董卓主导迁都长安，杨琦随行。兴平二年（195年），李傕胁迫献帝，离开宫殿来到自己的大营。待遇很差，朝臣饥苦。献帝请求李傕给左右朝臣米五斛、牛骨五具。李傕只给他们臭不可食的腐牛骨。献帝大怒，杨琦上封事奉献帝，请求皇帝忍耐李傕，献帝采纳。杨琦、钟繇一起劝说李傕部曲将军宋晔、杨昂反叛李傕