长薛香川则表示巡防舰维持钓鱼台12海浬外执勤政策不变。中华民国总统马英九在此事件亦被受批评，指责事件发生多日，仍未发表意见和採取行动，统治能力不足，其后总统府就事件发表四项声明。事件中，日本事务会执行长蔡明耀因「误判事件」而自请处分，中华民国前总统陈水扁在外交部体制、亚太司之外设立的日本事务会亦被裁撤。此外，驻日代表许世楷被指责在「联合号」海钓船撞击沉没事件中被质疑拥有日本居留权，不能有效传达政府立场和争取台湾权益，加上许世楷不满部份国民党籍立委的言论，认为有谩骂成份，于是取消赴立法院外交及国防委员