资料表明，秦岭细鳞鲑可被视为细鳞鲑属的一个有效种（而不仅仅为细鳞鲑亚种）；其分布范围不仅限于秦岭：韩国等国外学者将韩国的细鳞鲑种群也归入了秦岭细鳞鲑。此鱼为中国国家重点保护野生动物名录鱼纲15种野生鱼类中，唯一于1949年以后命名的珍稀鱼类；它与樱花钩吻鲑及川陕哲罗鲑类似，是冰川期来自北方、孑遗于东亚暖温带而演化形成的鲑科鱼类物种。