2年6月间，林南生即因王建益将其主张行政中心垫付预算廿六亿多元删减八亿，改成删减五千多万元而通过廿五亿六千万预算而愤而退席，双方公开决裂。成为林南生日后违纪参选市长的导火线之一。1993年第十二届台南市长选举中，党内初选第一的林南生因不满国民党提名施治明而自行参选。于11月3日遭到国民党开除党籍，最后败给争取连任的施治明。选后林南生重回国民党，1997年第十三届台南市长选举中，林南生与陈荣盛加入国民党市长初选，最后在提名僵局下。国民党准许两人报备参选，直到选前不到10天才宣布重点支持林南生，一度引起