长崎在8月初时拥有4个7厘米高射砲砲台和探照灯防空砲台。长崎北方有一个英联邦战俘营，其中有些人当时正在煤坑中工作，直到他们回到地面才发现长崎遭到轰炸。
原子弹轰炸.保罗·蒂贝茨上校负责指挥第二次核攻击的作战计划，首要目标是小仓市。后来为了避开从8月10日开始为期5天的恶劣天气，任务提前2天执行。当时第2枚原子弹已经运送至天宁岛。B-29博克斯卡号（Bockscar）于8月9日早上装载胖子原子弹起飞，驾驶者为查理·W·斯维尼少校。空袭长崎的战术与广岛市原子弹爆炸时所採用的战术相同