不同结局成为它的特色。如果玩家选择全球防卫组织（GDI）阵营，玩家会接受马克·杰米森·谢柏德将军的委託，终极目标就是扫除NOD在欧洲的势力，玩家除了完成任务之外，还要保护当地居民和科学家的生命与安全，避免他们遭受NOD部队的袭击。玩家会在下列国家如波兰、德国、奥地利、捷克、希腊等等地方进行任务，最后，会来到波士尼亚的塞拉耶佛，那里是NOD的大本营，领导人凯恩也在那边。玩家可以决定使用离子加农砲或是武力攻击摧毁NOD神殿（结局动画不同）。如果由NOD兄弟会进行单人任务，玩家一开始会接受兄弟会襄理塞特的委託