蹲点开展“四清”，仅留李质忠一人在机关主持日常工作，“后楼”暂由彭真代管。“文化大革命”爆发，“后楼”随即撤销。“文化大革命”前，中办的机构设置是：机要室、秘书室、直属各组、特别会计室、警卫局、机要局、机要交通局、人事处、国家档案局、中直管理局、中央档案馆。
文革时期.1966年5月，中共中央政治局扩大会议对彭真、罗瑞卿、陆定一、杨尚昆所谓“阴谋反党集团”立案，此即“彭、罗、陆、杨事件”。其中杨尚昆的罪名是“私录毛主席谈话”，即窃听器事件。1966年5月，中办副主任田家英自杀身