农业是获取比较基因组学的好处的领域。识别有利基因的基因座是为优化产量，成本效益，质量和抗病性而优化的作物的关键步骤。例如，对517个水稻地方品种进行的一个全基因组关联研究揭示了与几种农艺性状相关的80个基因座，如谷物重量，直链淀粉含量，和耐旱性。许多基因座以前没有表征。这种方法不仅功能强大，而且速度也快。识别与农艺性状相关的基因座的先前方法需要几代仔细监测亲本菌株的繁殖，而这耗时的努力在比较基因组研究就不需要了。
医学.医学领域也受益于比较基因组学研究。由于基因组方法的问题，特别