万生的研究以数学史为主，并且是台湾首位以数学社会史取向进行研究的学者。洪万生对台湾数学教育的推动相当重视，并且是相关刊物《HPM通讯》与网路博物馆「台湾数学博物馆」的负责人 。
个人生活.洪万生的第一任妻子是台湾女权运动者彭婉如，两人育有一子。1996年彭婉如遭杀害后，洪万生投身妇女运动，并担任彭婉如基金会首任董事长。1999年，洪万生与同样推动妇运的林芳玫结婚。