太子改革及大化革新后，使得日本借由律令制逐渐发展为中央集权的天皇体制，直到694年持统天皇将住所从飞鸟浄御原宫迁至藤原京后，飞鸟才逐渐远离作为日本政治中心的历史。17世纪江户时代后，此地成为的领地直到19世纪末，明治维新后，曾先后隶属高取县、奈良县、堺县、大坂府，最后在1887年重新恢复设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的明日香村辖区在当时分属、、三个行政区划，其中坂合村位于现在明日香村的西部，高市村位于东南部，飞鸟村位于北部，这三个村在1956年合併为现在的明日香村。