国通令灭佛，琉璃寺因而被毁，琉璃佛像不知所终。咸通二年，洪州观察使严表请旨重建琉璃寺。因重建时逢延庆节，故名「延庆寺」。广明年间（公元880年），寺庙再次焚毁于黄巢起义。光启二年（公元886年），王师甫于旧址上重建。由此直至清朝，历代都屡作修葺。陈弘绪曾为寺作《过延庆寺晤成中上人》，诗云：「十年不过城东寺，重构香台历几秋。乱后禅灯依约在，老来筇杖委蛇游。榴花作雨胭脂冷，竹影连云翡翠浮。话到无生诸累尽，只难消遣邵平愁。」