蓉昆高速铁路在成都东站接入成都铁路枢纽，连接成渝客运专线、西成客运专线、成贵客运专线；在自贡东站与川南城际铁路内自泸段相交；在新宜宾站后与成贵客运专线相交，并建有双向联络线，除成都经乐山往昆明方向需在宜宾东站立折换向外，其余方向皆可直接跨线运行；线路在昆明南站接入昆明铁路枢纽，连接沪昆客运专线、南昆客运专线、昆玉河铁路。