类思、安文思、南怀仁四位传教士投入刑部监狱。经过轮番审讯，1665年1月初，刑部作出初次判决，判首犯汤若望革职、绞监候，其他三人为从犯，有官职者革职，俱杖责四十、充发远方。1665年4月中旬再次审判时，杨光先再次上书声称汤若望管理的钦天监为几年前入葬的荣亲王选择葬期、山向“俱犯杀忌”。由此鳌拜更加重了刑罚，判处汤若望和七位钦天监华人官员杜如预、杨宏量、李祖白、宋可成、宋发、朱光显、刘有泰凌迟处死。康熙四年三月一日（1665年4月15日），北京发生大地震，群臣请旨大赦。三月二日释放囚犯1200多人，但四位传教