，逮捕马敭等人入诏狱，而慰留王琼。花马池有警报，兵部尚书王宪请发兵。王琼称花马池的防备森严，敌寇无法攻入，大军派遣后敌人恐怕会先退走，只会徒劳耗费国库。王宪却派遣六千人，部队在抵达彰德时，果然敌寇已经离去。嘉靖十一年（1532年）秋，王琼卒于任内。赠太师，谥恭襄。同年，彭泽也先去世。正德、嘉靖年间，彭泽、王琼均是有才略的人，相互攻击中伤不止，亦相互晋升罢免。但王琼为人险忮，公论均对其有差别。但是其在兵部多有战功，而其在三边的功劳，人们都将其与杨一清相比较。
着作.王琼曾主编《漕