，海峡殖民地由英国殖民地部直接管辖，成为英国皇家殖民地。
英殖民地部直辖时期.1867年4月1日，英国政府殖民地部正式接管海崃殖民地，并将其划入直辖殖民地（Crown Colony）之列，总督驻守于新加坡。与此同时，印度洋上的圣诞岛和科科斯群岛划归海崃殖民地管辖。在此同时，海崃殖民地总督兼任英国驻马来亚和汶莱这两个英保护国的高级专员。1874年，随着《邦咯条约》的签订，天定和附近岛屿被纳入殖民地的范围。1906年10月30日，北婆罗洲沙巴的纳闽港也划归海崃殖民地。在太平洋战争期