茨茅斯在转会中止后被英超联赛委员会勒令退回100万英镑。2010年4月25日，贝戈维奇在斯托克城对阵切尔西的比赛第35分钟替补受伤的索伦森出场，第一次为斯托克城出场。5月1日，贝戈维奇第一次为斯托克城先发出场，并力保大门不失，帮助斯托克城0比0战平埃弗顿。他在2009/10赛季英超联赛最后两轮和富勒姆以及曼联的比赛中继续获得首发机会。2010/11赛季，贝戈维奇获得球队的1号球衣。2010年8月，据称他拒绝在联赛杯对阵谢斯伯利的比赛中出场，但贝戈维奇否认他拒绝为球队出场的传言。这个赛季贝戈维奇在对阵