后一条天皇崩，与母亲威子中宫、姊姊章子内亲王迁居鹰司殿。九月，威子中宫崩，与章子内亲王迁居上东门院处。永承六年（1051年），上东门院让馨子内亲王成为东宫妃。延久元年（1069年）七月，立为中宫。延久三年（1071年），居弘徽、登花两殿。延久五年（1073年），后三条天皇薙发，馨子内亲王为尼。承保元年（1074年），改称皇后。因居住西院，称「西院皇后」。宽治七年（1093年）九月，崩，年六十五。