至641年，埃及被阿拉伯人建立的穆斯林帝国所攻克。当他们击败了在埃及的拜占庭军队，阿拉伯人带来了逊尼派穆斯林。868年，伊本·图伦割据埃及自立，建立了独立于阿拉伯帝国的图伦王朝。图伦王朝立国三十余年后于905年被剿灭。之后，什叶派穆斯林在北非建立法蒂玛王朝并于969年攻陷埃及，定都于开罗，埃及从此永久脱离阿拉伯帝国版图。1171年法蒂玛王朝的大将萨拉丁在近卫军支持下发动政变，推翻法蒂玛王朝末代哈里发阿迪德，建立阿尤布王朝。13世纪中叶，随着蒙古西征军的席卷中东，阿尤布王朝被蒙古人打垮。在约1250年马木