，皇家学会授予戴维奖章给拜尔以肯定他的靛蓝合成贡献。1884年，他被选为美国文理科学院的外籍荣誉会员。1905年，为了感谢拜尔的有机染料及氢化芳香族化合物研究对于有机化学和化工行业的巨大进步，他荣获了诺贝尔化学奖。作为在全球众所周知的科学家，拜尔继续在有机化学领域贡献直到他逝世为止。约翰·弗雷德里克·威廉·阿道夫·拜尔通常被简称为阿道夫·拜尔直到他的50岁生日，他被提高到了世袭贵族的地位，因此改名为约翰·弗雷德里克·威廉·阿道夫·冯·拜尔，简称为阿道夫·冯·拜尔。