与堀越公方政知对立，政知侧近的澁川义镜进谗，令扇谷持朝被怀疑谋叛，而且三浦时高、大森氏赖、实赖父子、千叶实胤等扇谷家重臣下野，令事态恶化，两者的对立持续了数年但情况未有改善，于是道灌代替扇谷持朝向幕府辩解以求修复关系而上洛。文正元年（1466年），关东管领山内房显（宪忠之弟）死去。由前年起上杉方在武藏五十子（现今埼玉县本庄市）筑城，与古河公方侧对峙。五十子阵建成以后，两军对峙了18年。山内家由越后上杉家过继而来的养子上杉显定继承。应仁元年（1467年），京都爆发应仁之乱。同年，道灌的父亲道真长年仕奉