教育政策也从两性教育延伸转化成为性别平等教育，将「多元性别」知识融入性教育课程。2011年起，以真爱联盟、下一代幸福联盟、台湾全国妈妈护家护儿联盟等团体号召家长抵制包含性别光谱、多元性别内容的教材，认为不当性教育教材将混淆儿童性别认同。随着台湾社会对台湾同性婚姻展开广泛的讨论，反同团体除了反对同性婚姻外，更一致认为2004年起实施的《性别平等教育法》后，导致年轻一代绝部分对多元性别族群採取包容态度，并改变到他们的价值观。然而法律界与性别学界多认为，性平教育的目标是要学习尊重差异、避免霸凌，从未有教育及鼓吹青