卫生工学」课程的教师，签定了从1887年5月26日至1890年5月25日共三年的教职契约，其月薪有350圆，相当于当时的薪资。而在1887年6月到1894年12月期间，他还前往日本各地进行水道卫生工程的相关调查与工程设计，此外他在青森、秋田调查时结识了后藤新平，成为他日后来台的因缘之一。1896年由于内务部卫生局局长后藤新平的推荐，台湾总督桂太郎延聘巴尔顿来台担任卫生工程顾问技师，在台湾各地从事卫生调查及水道建设之调查工作；滨野弥四郎亦被聘为卫生工程技师，负责协助巴尔顿。两人在1896年7月26日抵台，