馆修养，编务实际由其主持。在汉口、重庆期间多次谢绝国民政府予以的高官厚薪。1941年张季鸾去世，王芸生继任《大公报》总编，同时担任社评委员会主任，事业达到最巅峰。其后所写《维护修明政治案》、《看重庆，念中原！》、《晁错与马谡》等文，引起当局不满。抗战胜利后，唿吁和平，反对内战。针对国民党镇压学生运动和实行文化专制，撰写《我看学潮》、《由新民报停刊谈出版法》等社评予以抨击，致使此后国民党党报《中央日报》发起“三查王芸生运动”。同时，也主持撰写《质中共》、《可耻的长春之战》等文，受到《新华日报》勐烈攻击