马里内战爆发，当地极为混乱不稳，中国驻索马里大使馆也被波及：大使馆四周不断响起枪声，曾有子弹打进使馆内部、炮弹打中经济商务参赞处的建筑物；此外，中国驻索马里大使馆多次被人行劫，有中国派驻的人员遭到打伤。因此，中华人民共和国派驻索马里的外交人员、医疗人员和技术员在同年1月5日撤离；中索两国之间关系没有因此而断裂，而中国驻索马里大使馆的事务则改由中国驻肯尼亚大使馆办理。2014年下半年，由于索马里的政局和经济环境有所好转，中华人民共和国在进行安全评估后重开驻当地大使馆；有西方国家认为，此举旨在扩大中国在索马