昌起义爆发，居正加入湖北军政府，辅佐都督黎元洪组织政府。12月，居正作为湖北代表，参加了在南京召开的各省都督府代表联合会会议。
反袁世凯的活动.1912年（民国元年）1月，孙文就任临时大总统，居正就任内务次长（代理内务总长）。袁世凯继任临时大总统后，居正辞任。其后，参加宋教仁领导的国民党的活动。1913年（民国2年）3月，宋教仁被暗杀，居正回到孙文手下，参加二次革命。居正任上海吴淞炮台总司令，战败流亡日本。流亡日本后的1914年（民国3年）6月，居正加入孙文组织的中华革命党，任