唐玄宗的离宫庭园为概念，在彦根城中兴建了玄宫园。园内的凤翔台可从下往上眺望彦根城，是藩主招待贵宾之处（现已成为日式茶道的茶室）。幕府末年，1850年，井伊氏第14代中有名的大老井伊直弼成为彦根城的末期藩主之一。其子井伊直宪即彦根城最后一代藩主，日本废藩置县之后，井伊氏与彦根城的关系依然相当紧密，1953年担任彦根市市长的井伊直爱就是井伊氏的直系血亲。
近代.1873年明治时期颁布了废城令，彦根城由于年久失修而被列入了清单，在1878年，当时的内阁总理大臣，大隈重信将彦根城从废城