历任高陵、昭应、万年三县尉，授太子校书郎。迁为右拾遗、右补阙，与宰相常衮关系不错，常衮贬官，姚南仲贬为海盐县令。浙江东西道观察使韩滉辟姚南仲为推官，奏请朝廷任命姚南仲为殿中侍御史、内供奉，充支使。历左司兵部员外，转郎中。唐德宗时官至御史中丞、给事中、同州刺史、陕虢观察使。任郑滑节度使时，与监军宦官薛盈珍不谐，薛盈珍得德宗宠信，欲夺节度使姚南仲军政，姚南仲不从。薛盈珍不断向德宗诬毁姚南仲，德宗怀疑姚南仲。贞元十六年（800年），薛盈珍又遣小吏程务盈乘驿赴长安诬奏姚南仲之罪。姚南仲牙将曹文洽亦往长安，杀死程务盈