沙崙线开通后，大幅减少高铁站至市中心的旅行时间（公路约需40－50分钟），亦为自1992年南回线开通以来，台铁再次新筑路线。也是台铁现行营运中位置最南的支线。
运行形态.以台南市为中心，由纵贯线车站始发，经由台南至沙崙间开行区间车，列车时刻均配合高铁北上开车时间。目前共有4种运行方式；行驶列车多经过台南＝沙崙区间，使得单向平均每30分钟即有一班。而在2017年4月27日善化车站第二月台落成前，每日有8班列车在善化折返时，不办理客运（载客区间仅至南科）。