贩毒集团之间的矛盾升级，哥伦比亚的毒品战爆发。1985年11月6日4月19日运动的游击队攻入波哥大的司法部。在此后政府军与游击队激战和重占司法部的过程中数百人丧生。数日后，11月13日鲁伊斯火山爆发，山顶的积雪融化导致拉古尼拉河泛滥，小城阿尔梅罗被泥石流覆盖，两万五千人丧生，数千人逃往波哥大。
1990年后.1990年代里波哥大时常遭到贩毒集团的恐怖袭击，他们在百货商场，甚至国家安全组织总部设炸弹，造成数百人丧生。哥伦比亚政府因此加强毒品取缔。2000年波哥大开始建造新世纪公车