爆发后，衣笠隶属于日本南洋部队（指挥官为第四舰队司令长官井上成美，旗舰鹿岛号）下的第六战队（指挥官为五藤存知海军少将，第一小队青叶、加古，第二小队衣笠、古鹰），参加了关岛、等一系列战役。1942年5月上旬，日军为了从海路攻下新几内亚莫尔兹比港而发起了MO作战，第六战队也被编入到所谓“MO攻略部队”（进攻莫尔兹比港的登陆部队及掩护舰队）中，参加了本次作战。第六战队的四艘重巡与驱逐舰一同担任轻型航母祥凤的护卫，但祥凤依旧在美军舰载机的集中攻击下沉没。第六战队为了躲避美军的继续空袭而向北退避，离开了祥凤的沉没地