使用有毒性成分的生质柴油时，可能会有争议，例如非食品级的蓖麻油可能含有蓖麻毒素，如果燃烧不完全，可能导致安全性隐忧。因此在台湾採用98:2的低混合比。生质柴油另一个环保优势，是其可降低引擎废气排放。生物柴油几乎「没有含硫化物」，排放的废气自然也没有硫化物。研究显示如果用20%生质柴油的比例混合的话，柴油引擎NOx排放会增加2%，但微粒排放会降低15%，碳氢化合物排放会降低30%，一氧化碳的排放会降低20%，硫氧化合物的排放量会降低20%如果生质柴油的来源是「回锅油」，可以减少餐厅换油成本，减少油炸用