文化大革命期间，被诬陷成共产党的「叛徒」，被投入这座他亲自主持修建的秦城监狱关押了9年。1979年7月，他担任中华人民共和国国务院副秘书长，后改任中共北京市委书记兼政法委员会书记。随后担任中顾委委员，不久去世。
轶事.冯基平是秦城监狱工程负责人之一。故他后来曾经说：「我要是知道我建的这座监狱是关押我自己的话、我一定会把它建得更好一些。」