达尔文主义在分子演化的重要性。此理论的一个变形是近中性理论，认为大多数突变接近中性，但不是完全中性，因此随机漂变和天择都强烈影响分子演化。突变假说则强调突变在分子机制上的特定偏向。第一位提出现代突变论的是末冈登（Naboru Sueoka），他主张GC含量的差异不是天择的影响，而是GC突变压力的结果。
基因体的演化.基因体的各种特征，包括其大小、序列特征、染色体数目与结构、基因在基因体中的分佈等等，都是分子演化的重要主题。
基因体大小.基因体的大小取决