日后，港铁全境（不含机场快线）已经换上同一格式的票种，但由于在尖沙咀站及尖东站的转线闸机不会被拆除，故此在该站转乘需持两张单程票（车费较于九龙塘转乘昂贵）。
两铁合併问题.
站名重复.有类似情况的旺角站，九广东铁旺角站则被易名为东铁线旺角东站。
学生票价.除轻铁外，九广铁路于合併前并没有提供学生特惠票价，相反地铁则有提供，然而两铁合併后，原九铁路线最初基于营运初期的旧三个票务系统尚未赶及完全磨合，因此仍没有提供相关特惠票价，引