纲这一分类类群就不再使用了。顶复门是一个多样化的群体，包括球虫、簇虫、梨形虫、、疟原虫等。有许多传染病的病原体属于这个门，例如：顶复门的学名Apicomplexa来源于拉丁文单词"apex"（顶端）和 "complexus"（复合）：特指在顶复门的生命週期还在孢子阶段时在细胞内的一组细胞器。
分类.本分类取材于Perkins et al. (2000)。尽管由于被确认为甲藻的姐妹群而不再属于顶复门，但其余分类仍然有参考价值。兹详列如下：