新站至新安站之间一段续建段的站点设置也曾出现混淆，官方公佈一度有两种说法：一种说法指1号线大新和新安间设「鲤鱼门站」，和5号线与11号线的「前海湾站」换乘，1号线车站名称可能再作调整；另一种说法则指1号线分别设「前海湾站」和「鲤鱼门站」，其中前海湾站和5号线、11号线换乘。深圳市规划局在2008年4月公佈的站点命名方案证实后者说法为正确。
线路再度更名.2013年1月，网络上曝出深圳地铁集团内部文件，指地铁三期工程会把线路名称全部更改回数字，更指多数市民赞成采用更便于记忆的数字命名方