曾加价至80元，此举曾被市民投诉。在佔中期间，有些途径旺角及中西区的路线调高车费超过50%。另外，由于大部份红色公共小巴司机均为自僱人士，收入跟载乘客人次有关，如车上乘客不多，一般红色公共小巴都会停车等客，拖延不少时间。同时，红色公共小巴路线多数由黑社会社团以商会或有限公司的名义控制，一般司机如欲参与行走某些路线，都需要先缴付一笔为数不少的入线费及每月缴付一笔站头保护费，受欢迎的路线往往动辄需要数十万元的入线费；此外，司机往往会受到黑帮势力苛索更多的保护费，但是因为害怕遭黑帮人士报复而不敢报警求助，问题