管理，巴伐利亚于1507年分成了4个二级行政区: 慕尼黑、布格豪森、兰茨胡特和施特劳宾。三十年战争后，安贝格成为了第五个二级行政区。1802年，首相蒙特格拉斯撤销了这些行政区。1805年，就在升格为王国前夕，蒂罗尔州和福拉尔贝格州内的一些飞地也重新回到巴伐利亚的统治当中。
特权.作为选帝侯，巴伐利亚选帝侯是帝国议会中选侯会议的成员，同时也是神圣罗马帝国名义上的大司膳；他还在1657-1658，1740-1742，1745，1790和1792年保有萨克森选帝侯未能履职的帝国总管称号。