布率札萨克图汗部、已故车臣汗之弟纳木扎尔率车臣汗部举族南迁，逃入清朝边界。八月，察珲多尔济与噶尔丹激战于土拉河，察珲多尔济大败，也率部逃往内蒙古苏尼特地界。准噶尔不断侵扰喀尔喀蒙古和漠南蒙古，对清朝的统治构成威胁。1690年六月，噶尔丹进至内蒙古克什克腾旗，逼近京师。七月，康熙帝御驾亲征，八月一日，清兵与准噶尔军在乌兰布通之战大败噶尔丹。1695年五月，噶尔丹再次出征漠北，抵达克鲁伦河流域。1696年初，清兵三路北上，出击噶尔丹。五月，康熙帝进抵克鲁伦河，两军在昭莫多大战，准兵大败，噶尔丹仅率数骑逃走。