帝夫妇仍于6月11日举行婚礼（牧首本人缺席）。他们一起统治到1050年佐伊去世为止。君士坦丁九世即位后马上驱逐了米海尔四世的所有亲信。新皇帝面临着一系列问题，首先是封建贵族和军队的叛乱。由于受到情妇玛丽亚·斯科莱琳娜的谗言影响，君士坦丁九世解除了在意大利的拜占庭将领乔治·马尼亚克的职务，导致后者发动兵变（1042年），造成一场严重危机。马尼亚克宣布自己为皇帝并率军侵入巴尔干，但在与皇帝的军队战斗中伤重身亡，从而结束了这场叛乱。后来在1047年又发生了一场更严重的叛乱：君士坦丁九世的侄子、亚得里亚堡总督利