不舍的干隆，又将他复用为编修，而后让他成为四库全书的总编纂官。纪昀反对理学，《阅微草堂笔记》和《四库全书总目提要》中有相当深刻的反映。历任兵部侍郎、礼部尚书、左都御史。干隆五十七年（1792年），北京附近发生水灾与饥荒，灾民涌入京师，纪昀急忙上书皇帝，取漕运万石米粮，提早数个月大赈灾民，终于使民众得救。清仁宗嘉庆元年（1796年），任兵部尚书，移任左都御史。次年，又迁任礼部尚书。嘉庆十年（1805年），任协办大学士、加太子少保。同年在京师病卒，享寿八十岁。生前自撰輓联：“浮沉宦海如鸥鸟，生死书丛似蠹鱼。