与醇反应生成烷基高氯酸盐，这是对震动极其敏感的炸药。 在路易斯酸存在下，它可用于通过亲电芳香取代将基团引入芳香环。 
应用.高氯酰氟在有机化学中用作温和的氟化剂。 它是第一种工业上的亲电氟化剂，自20世纪60年代起用于生产氟化类固醇。 在氯化铝存在下，它也被用作芳族化合物的亲电子高氯化试剂。研究了高氯酰氟作为高性能液体火箭燃料氧化剂的用途。 与五氟化氯和五氟化溴相比，它具有明显更低的比冲 ，但不会腐蚀容器。 不需要低温储存。 火箭燃料化学家John Drury Clark在他的