克·布格拉汗皈依伊斯兰教，喀什地区逐渐伊斯兰化。960年，伊斯兰教成为喀喇汗王朝国教。之后，喀喇汗与信仰佛教的于阗进行了长期的宗教战争，一度惨败。但是在圣战的号召下，终于在1006年，喀喇汗国依靠来自于伊斯兰地区的支援军队征服了于阗。1017年，契丹辽朝军队西征，引起喀喇汗国内乱，1041年，分裂成东西两部，喀什成为东喀喇汗国首都。1134年，东喀喇汗国被西辽征服，成为其附庸。1215年，屈出律篡夺西辽皇位，迁都喀什。1218年，被成吉思汗灭亡。1225年，为中亚察合台汗国的陪都，在阿里不哥和忽必烈