唐纳德·莱本森（）在网站的影评栏目中表示，《怀疑论者莉萨》和《巴特出卖灵魂》（）都属于《辛普森一家》当中最出色的剧集。他还指出，《怀疑论者莉萨》毫无说教，也并不特别有趣，但其中的内容却非常有力，意指节目结尾的圣经启示文学主题。2007年7月26日发行的《自然》期刊刊登文章，将本集列入“《辛普森一家》十大科学瞬间”。2003年，盐湖城某圣公会主日学班级以《怀疑论者莉萨》为工具，激发班上14岁学童对有关天使的信仰，以及科学和信仰的并列展开讨论，还将节目和《箴言》14章第15节对比。英国的法明顿信托用《怀疑论