纪由阿拉伯商旅建立，成为重要的印度洋商港。该地的耕种盛行大量流通着如咖啡之类的农产品，主要出口商品是象牙、椰子等。1415年，郑和的船队到访蒙巴萨。1498年，达伽马成为第一个到达的欧洲人，2年后葡萄牙人在此建成耶稣堡。1638年成为葡萄牙殖民地。1837年被桑给巴尔吞併。在桑给巴尔成为英国保护国后成为英属桑给巴尔的一部分。1887年起成为英属东非首都。1896年兴建乌干达铁路以蒙巴萨为起点直达乌干达。1963年12月12日併入肯尼亚，跟随肯尼亚一起脱离英国独立。2002年11月