由香港法院审判。但是内地口岸区刑事案件，由于将移交予深圳市福田区管辖，将改由深圳市中级人民法院或福田区人民法院审判。
其他国家.有意见指其他国家实行一地两检无须主场方放弃刑事管辖权，质疑让出大范围司法管辖权之必要。以美国在加拿大之预先清关协定为例，美方人员没有刑事调查、拘捕权力，即使搜身亦须有加拿大人员在场监察。英法海底隧道、新加坡与马来西亚之铁路运输皆採用「出发地预检模式」。根据欧洲之星，主场方可要求对方召回执法人员，执法人员仅限执行清关及检疫法律，不会全面引入他方法律。法国警察