1946年2月，29岁的洪子瑜跟随严家淦带领的国民政府人员接管台湾，在数个公营事业工作后，转至台中县后里乡月眉糖厂出任基层副管理师与厂长室秘书，协助厂长处理业务，母亲鲁曼珍和家人也住入台湾糖业公司宿舍。不过1950年2月26日，负责厂区安全的内政部警政署保安警察第二总队进入月眉糖厂招待所，指称员工参与非法赌博，洪子瑜因而当场逮捕。与此同时，台湾糖业公司总经理沈镇南被指控与中国共产党有所联系。洪子瑜因生性爽朗、个性耿直且经常评论时局，被情治单位视为思想亲近中国共产党而不忠于政府。也因为得罪公营事业情报单位