煤山自缢。皇帝驾崩的消息传到南方后，钱谦益谋划推举皇室疏宗潞王朱常淓继位为帝。但福王朱由崧最终继位，马士英出任内阁首辅。钱谦益惧祸，遂阿附马士英，并推荐蔡奕琛、祁逢吉、唐世济、邹之麟、陶崇道、郭昭封等人。马士英遂任命钱谦益任礼部尚书、协理詹事府并担任经筵讲官。钱谦益到南京后，首先上疏言严内治、定庙算、振纲纪、恤人才四件事，不久加封太子太保。后钱谦益更上疏推举被认为是阉党的阮大铖，阮因此而入主兵部。时论非之。对关于弘光帝的秽迹的传闻，钱谦益日后曾专门批驳称：“一年天子小朝廷，遗恨虚传覆典刑。岂有庭花歌后阁