克罗地亚航空于1989年8月20日以萨格勒布航空之名成立，使用一架赛斯纳402替UPS运输货物。在克罗地亚的首次民主选举后，萨格勒布航空于1990年7月23日更名为克罗地亚航空。1991年克罗地亚航空与亚德里亚航空达成协议，租用一架麦道MD-82营运萨格勒布至斯普利特的国内航线。由于克罗地亚独立战争和空域关闭，克罗地亚航空被迫停止营运。复航后，克罗地亚航空从汉莎航空取得3架波音737及成为国际航空运输协会的成员，并于1992年4月5日开办首条国际航线从萨格勒布飞往法兰克福。1993年，克罗地亚航空再引