原满洲国政府的一些宿舍作为校舍，十分分散。它下设文、理、法、医、农、工6个学院，23个系，1个专修科。由于东北战局的恶化，国立长春大学校长黄如今于1948年策划迁校北平而未果，学校最终解体。其文、理、法三个学院后来并入中国共产党领导的东北大学（今东北师范大学）；医学院分离出来，后并入解放军军医大学（今吉林大学白求恩医学部）；农学院并入沈阳农学院（今沈阳农业大学）；工学院并入沈阳工学院（今东北大学）。1987年，经国家教委批准，原吉林科技大学、长春职业大学（联合大学）、吉林机电高等专科学校、长春外国语