骨不是独自的部分、第五跖骨不是成钩状，而将肯亚蜥归类于始鳄目。根据类似的体型、身体比例，肯亚蜥的最近亲被认为是水生始鳄目坦噶蜥、霍瓦蜥，两者的化石分别发现于坦尚尼亚、马达加斯加。但是，研究人员提出肯亚蜥的尾巴没有高度特化成是何在水中活动，这点不同于其他坦噶蜥科物种。在当时，始鳄目的范围包含比纤肢龙还原始的双孔亚纲物种，目前已少被科学研究使用。在1982年，加拿大古生物学家菲力·柯尔（Philip J. Currie）重新研究坦噶蜥、以及其与其他始鳄目的分类与演化关系。菲力·柯尔提出肯亚蜥的五个自衍征。背