选为中央研究院院士，2008年1月当选为美国语言学会荣誉会士。2009年获颁总统科学奖，为该奖项开办以来，第二位社会科学领域获奖者。
学术成就.李壬癸对台湾的南岛语言进行全方位的研究，使台湾成为国际南岛语言学研究重镇之一，与夏威夷大学和澳洲国立大学齐名。李壬癸的研究也发现台湾南岛语言的歧异度最大，且保留最多古语特征，因此目前学界公认台湾最有可能为南岛民族的起源地。此外，李壬癸在釐清语言之间的亲疏远近关系之后，绘制出首张「台湾南岛民族迁移图」，并首次为现存的15种台湾南岛语言制订