具有明代的禅宗特色。隐元着有《黄檗清规》，对当时日本禅宗各寺庙的戒条影响甚鉅，后曹洞宗在宗门改革中，就以《黄檗清规》作为重要参考。隐元的禅法在上流社会大兴，以后水尾法皇为首的贵族与公卿、以幕府要人为首的实力军人们，以及仕绅名流相继皈依黄檗宗。在江户幕府的保护下，黄檗宗得到了各地大名的支持。隐元隆琦的再传弟子铁眼道光又致力于社会公益和民间教化，其势力逐渐壮大。1874年，明治维新的教部省将“禅宗”定为临济、曹洞二宗，强制下令将“黄檗宗”更名为“临济宗黄檗派”，后黄檗宗从临济宗中独立出来。