游戏过分着重于各自隔绝的神殿或洞穴关卡，游戏网站Thunderbolt Games的编辑就形容《萨尔达传说 时之笛》是个「磨人心志又冗赘」、「沉闷地漫行于土牢」的游戏。《萨尔达传说 时之笛》的声效亦多获赞许，IGN就将游戏中近藤浩治的作品与着名美国极简主义作曲家菲利普·格拉斯相提并论。评论认为游戏应用立体声和大量运用氛围声效，令玩家易于投入游戏世界之中。部分评论者投诉游戏使用了陈旧过时的音讯样本，但也有相反意见认为这是「复古」之举，值得欣赏。Game Revolution形容本作的声效「于任天堂来说算得