11月举校迁回南京复校。此时，中大已设理、医、法、师范、工、文、农七个学院，横向的意义上拥有全国最多的科系；而纵向的意义上，中大自幼稚园、小学、中学、大学至研究院，可谓一应俱全，自成体系。1937年，中国抗日战争爆发，11月，中大西迁重庆沙坪坝，在重庆大学出借的松林坡建造校舍复学，后又在柏溪建造供一年级新生使用的新校区。医学院迁成都华西坝，借用华西大学校舍。抗战时期，在国民政府以「一寸山河一寸血，十万青年十万军」的号召下，中大和渝大投笔从戎的学生占在校生的三分之一。当时，李承晚领导的大韩民国临时政府便暂