2012年11月1日晚20点48分，医治无效在北京协和医院去世。按照陈祖德生前遗愿，不搞遗体告别仪式，不开追悼会，骨灰撒入故乡上海的黄浦江。
家庭.祖父陈济成为中国首倡幼儿教育的教育家，汉奸，曾任汪伪政权驻伪满大使。外祖父陈端志是着名历史学家。陈祖德的父亲陈一冰，1937年沪江大学政治系本科毕业。在美国哥伦比亚大学获得硕士学位。1965年为上海三林中学语文教师。据陈祖德所着《超越自我》一书中写到陈一冰是因为胃癌在文革后自然死亡。陈祖德在1980年代初期罹患胃癌也有家族遗传倾