新干线列车名称一样，秋田新干线的列车名称也是利用首轮公众招募，后将结果交给JR内部讨论的形式来决定。最终由公开招募中的首名「小町」获选（第二、三名分别是「」和「田泽」）。名称由来是出身自秋田县汤泽町的平安时代早期着名女和歌诗人小野小町。2013年，E6系自3月16日起投入营运，逐渐取代E3系0番台列车。为了在汰换列车期间区别使用原有E3系和E6系的班次，JR东日本将使用E6系营运的班次命名为「超级小町」号，但仅属过度性的名称（其后部分「小町」号班次也使用E6系营运）。由于E3系于2014年春季退出秋田新