大堂；地下一层为4号线月台层。10号线地上一层为出入口；地下一层为站厅层；地下二层为设备层（仅乘直梯可见）；地下三层为10号线月台层。
利用状况.本站是福田口岸联检大楼配套设施。由于可以在此站通关前往香港落马洲支线管制站换乘东铁线。因此会有不少两地乘客利用本站前往香港各区或乘坐地铁前往深圳各区。同时车站附近亦有不少住宅区，因此周边居民亦会选择本站乘坐地铁前往深圳各区。本站由于邻近香港新界北部，每当学生上课日，在香港学校就读的深圳学童为本站的主要客流。另外，由于来往落马洲支