密传教，发展烧炭工杨秀清、萧朝贵、矿工秦日纲等人入教。1847年，洪秀全再到广西，当地的拜上帝会已略有规模。1848年初当地的地主团练捉了冯云山送到官府治罪，罪名是结盟聚众。拜上帝会信众筹钱贿赂地方官员，救出冯云山。此后拜上帝会继续发展。1851年金田起义后，洪秀全封冯云山为前导副军师、后军主将，后加封南王。冯云山制订了太平天国初期的官制、礼制和军制，又创造了一套独特历法，在太平天国内使用。1852年5月24日太平军路经全州时，守城清军遥见敌军中的黄轿，便开炮攻击，竟命中，冯云山受重伤，太平军愤而攻