36年11月，河田末吉成为第二任台北帝国大学物理学讲座教授，并领导太田赖常与内藤实、伊藤贡二位助手在台湾的玉山与阿里山等高山地区的高山营林所，利用探空气球收集中子数据以进行宇宙射线研究，并持续接受以仁科芳雄为首的原子核小组以及帝国学士院等单位的补助。二战结束后，河田末吉等日籍学者被台大物理系首任系主任戴运轨留任续聘，并协助重组荒胜文策等人制作、曾完成世界第二次人工撞击原子核实验的考克饶夫－瓦耳顿型加速器，完成了中华民国暨战后全亚洲首次人工撞击原子核实验。1947年，河田末吉受二二八事件影响而被国民政府遣返日