山本愿寺提供补给，毛利家麾下的村上水军在村上元吉的率领下于天正四年7月13日在第一次木津川口之战中大破织田水军，成功保证了石山本愿寺补给线的安全，使得石山方面得以长期和织田包围军展开消耗战。然而相对的在北陆方面，上杉军于当年11月开始对能登畠山家的主城七尾城的包围并不顺利，再加上大本营越后受到了关东的北条家的进攻，上杉军不得不于天正五年（1577年）3月撤回越后。天正5年，信长决意要铲除本愿寺的强力盟友杂贺众，随即于当年2月展开了纪州征伐。这次的军事行动重创杂贺众，使他们不得不暂时在形式上对信长宣告臣属