年（1644年）建成了大殿、韦驮殿、两廊。后来由于年久失修而毁灭。民国元年（1912年），僧人步真主持重修该寺，先后建了山门、天王殿、配殿、钟鼓楼、禅堂、念佛堂、两廊、比丘坛。民国八年（1930年），最终建成了大雄宝殿。至此该寺形成了如今的规模。文化大革命期间，1970年代，慈恩寺内入驻了若干工厂。1983年，慈恩寺被定为汉族地区佛教全国重点寺院。1985年，被列为沈阳市文物保护单位，1988年被列为辽宁省文物保护单位。2009年，沈阳市十四届人大常委会第十一次会议审议通过《沈阳历史文化名城保护条例