王琳立萧庄为帝，任用何之元为中书侍郎，适逢齐文宣帝驾崩，令他前往拜祭，到寿春时王琳败亡，齐主就以为他就任扬州别驾，管理寿春。陈军北伐取得淮南，湘州刺史始兴王陈叔陵遣派功曹史柳咸送信征召他。何之元最初和陈朝有嫌隙，收到书信后大为惶恐，但看书看到「孔璋无罪，左车见用」，他仰天叹道：「书本这样说，怎会欺骗我？」于是随同柳咸到湘州。太建八年（576年），任职中卫府功曹参军事，迁转谘议参军。陈叔陵被杀，何之元断绝人事，专心着述，认为梁朝从武皇到敬帝，兴亡命运和盛衰迹象能够引以为戒，定下褒贬，将南齐永元元年到王琳遇获的