因为辛亥革命才在1912年回国。1915年参加德法勤工俭学（Work-Study programm）项目，直到1916年袁世凯去世，回国担任北大校长一职。1923年1月，因为愤慨于当时教育总长彭允彝提案逮捕财政总长罗文干的不称职无耻，辞职又去漫游欧洲。1924年11月至1926年2月，蔡元培到德国求学，专攻民族学。1926年2月回国，参加中国国民党主持的国民革命军北伐。1927年3月28日，蔡元培在上海主持召开中国国民党中央监察委员会会议，与吴稚晖、张静江、李石曾提出发动“护党救国”运动