96年初开始才重新掌握组阁权。2009年，时任首相麻生太郎宣布提前举行众议院选举，结果自民党大败，民主党大胜。然而，由于民主党在执政后迟迟未能兑现竞选承诺，因此在执政仅仅三年多后的大选即惨败下台，自民党再次成为执政党，党总裁安倍晋三取代落败的民主党代表野田佳彦成为首相，执政至2020年9月16日，由自民党第26任总裁菅义伟接任。虽然所有内阁总理大臣均需由天皇任命，但是宪法已经规定无论任何人在选举中胜出，天皇都必须予以任命。目前自民党与公明党组成执政联盟，主要在野党包括立宪民主党、国民民主党、共产党、日本维新