湾铁路在被日军佔领接收后，虽然1895年5月21日公布的〈台湾总督府假条例〉已经在递信部下设有「铁道课」，但实际上铁路最初是由军方的「台湾铁道线区司令部」所管理。后来几经更动，民政局通信部临时铁道挂在1897年4月1日接管临时台湾铁道队的业务，掌管基隆到新竹的铁路营运。而在这段期间，日本政府已经有打算要从新竹往南继续兴建纵贯线，而虽然当时的日本已有不少民营铁道企业，但军方基于国防角度主张铁道国有政策，不过由于财政因素，故改行民营方案，希望借由民间资本来完成铁路兴建。此外由于当时日本官方铁道技术人员多被民