被囊动物亚门（学名：），旧称尾索动物亚门（），是嵴索动物门的一个亚门。本纲动物嵴索和背神经管仅存于幼体尾部，成体退化消失。身体表面披有一层棕褐色植物性纤维质的囊包，里面再有一层外套膜包裹。全部是海洋动物。常见种类有各种海鞘和住囊虫，营自由生活或固着生活。有些种类有世代交替现象。
分类.被囊动物与有头类（包括盲鳗、七鳃鳗和有下颌的嵴椎动物）的相关，比较与诸如文昌鱼、棘皮动物、半索动物（hemichordates）、异涡虫（Xenoturbella）或其他无嵴椎动物的相关更密切。包