病毒.已知多种真菌病毒可感染棕垫炭豆菌。巨型双核糖核酸病毒科的RnMBV1病毒（该科唯一一种病毒）、唿肠孤病毒科的真菌唿肠孤病毒三型（Mycoreovirus 3、MyRV3）的感染会抑制本种真菌菌丝体生长，进而降低其对植物的致病性，故此二病毒有用于生物防治的潜力。Quadriviridae科的RnQV1病毒（该科唯一一种病毒）、数种分体病毒科的真菌病毒与至少一种整体病毒科的病毒亦可感染本真菌，但不造成明显症状。