年大清国政府于台设立而真正具有汉人传统的的书院，则是台南崇文书院。1683年-1895年，大清国于台湾设立了数十所书院，这些书院多是官办或官民合办。这情形与当时大清国学院全由私办的情形不太相同。当时台湾，除了儒学、义学、书院之外，还有由私人筹办的小型书房。这些以八股文为主的教育体系，与现代的教育体系尚有一段距离。值得一提的是，清治时期负责台湾教育体系的台湾府儒学教授与台湾府儒学训导隶属于台湾道与台湾府，为台湾清治时期的最高教育体系地方官员，该官职主要从事台湾府境内之教育行政部分，该两职品等虽不高，但