绕迥火猴年（1056年）修建了上热振寺和寝殿，藏历火鸡年（1057年）修建了上层二柱式楼殿。热振寺建成后，将阿底峡的遗骨供奉在热振寺的银塔内。阿底峡为藏传佛教后弘期的重要人物，是藏传佛教噶当派的始祖。噶当派便以热振寺为根本道场而形成。热振寺专门传习噶当派，为噶当派的第一座寺庙。寺名“热振”的意思是“根除一切烦恼，持续到超脱轮回三界为止。”其中，“热”指根治一切烦恼的法门，“振”特指持续到超脱轮回三界。15世纪格鲁派兴起之后，原属噶当派的寺院逐渐都成了格鲁派的寺院。热振寺也改宗格鲁派，属色拉寺结巴扎仓