日出后，小智和小刚回到关都地方，在往纯白镇及尼比市的分叉路口，两人握手及互相祝福对方后正式告别。小智和比卡超终于看见纯白镇，他们跑进返回纯白镇前的最后一段路，神奥之旅正式划上句号。
特别篇.之后小智前往合众地区旅行（详见《神奇宝贝超级愿望》）。与此同时，小光决定前往丰缘地区，展开新的旅程。此时尼比道馆亦面临被逼关闭的危机，小刚和他的弟弟次郎努力化解，终于成功挽救道馆，次郎亦正式成为道馆馆主。
主题曲.
插曲.由《神奇宝贝超世代