谍局和联邦安全局管理局任各种领导职务。1998年10月，开始担任俄联邦安全局副局长兼经济安全局局长，1999年8月9日升任局长。自2008年起，帕特鲁舍夫担任俄罗斯联邦安全会议秘书。
制裁.在2014年俄罗斯合併克里米亚后，欧洲联盟将帕特鲁舍夫列入制裁名单中。2018年4月，美国对20多名俄罗斯官员实行制裁措施，帕特鲁舍夫名列其中