返国述职，向加拿大长老教会报告北台湾教势，获美国底特律马偕夫人为纪念安息不久的马偕船长慨赠美金3000元。马偕返台后将此奉献建造医馆命名为偕医馆。1880年马偕创建台湾北部第一所西医院沪尾偕医馆落成。1880年本医院前身为北部台湾基督长老教会的马偕牧师在沪尾（现今新北市淡水区）为进行医疗传道所设立的沪尾偕医馆。
日治时期.1900年4月25日偕医馆取得日本政府执业许可。1901年6月2日马偕因喉癌病逝淡水，偕医馆暂时停诊。当时协助马偕牧师从事医疗工作的医生有林格(Dr.L.E. R