亲政后，起用蔡京，恢复新法，但蔡京奸险不堪，与宦官童贯等勾结，立「元祐党人碑」，将司马光等309人定为奸党，碑上有名者及其子孙永远不得为官，皇家子女亦不得与名单上诸臣后代通婚；结果忠良尽去，国事不堪闻问，加速北宋覆亡。
影响.余英时说：“党争是宋代士大夫政治文化中一个重要的构成部分。”，又说“在熙宁变法以前，皇帝是超越于党争之上的；但在神宗与王安石‘共定国是’以后，皇帝事实上已与以宰相为首的执政派联成一党，不复具有超越的地位。”。