庆长14年（1609年），德川家康任命有马晴信晓谕土番纳贡。元和2年（1616年），德川家康任命长崎代官村山等安征服台湾，等安以次子村山秋安率领2、3千人征台，为规模最大的一次，但因遭遇风灾无功而返。寛永18年（1641年），锁国制度完成，交流渐次减少。明治28年（1895年），大清帝国在甲午战争中战败，将台湾割让给日本，台湾正式纳入日本版图。
清治时期.1684年，清朝于台湾设台湾道、台湾府等行政区划或地方政府。因清朝採行锁国政策，台湾本来与日荷西英等外国的频繁贸易，也相同中断，