多样性和居群遗传结构进行了研究，发现巧家五针松遗传多样性极低。两个亚居群落(半阴坡亚居群与半阳坡亚居群)遗传分化程度不高。巧家五针松极低的遗传多样性可能是由于它在演化过程中遭受过严重的灾害，造成基因的瓶颈效应，丧失其大部分遗传变异。以及的演化过程中由于遗传漂变及自交衰退等现象，导致遗传多样性的进一步减少。另外，阔叶树种对其生存的压迫以及人类的干扰也是导致巧家五针松遗传多样性降低的因素之一。