945年抗战胜利后，黄元秀即退役返回杭州, 积极着手于重整杭州，并邀杜时霞居士及佛教信徒共同出资重修灵隐寺的大雄宝殿。。后改建为涌金茶室, 现变身为青年艺术家天地。1961年10月10日，在浙江省人民政府隆重纪念孙中山先生和辛亥革命五十周年时，浙江省省长江华向黄元秀先生颁发了“辛亥革命老人”的证书。1964年，黄元秀于杭州逝世。