除关本部外另设小港分关、旗津分关、高雄机场分关、嘉南分关等分别就近办理辖区业务，掌理涵括金门、澎湖及台南、高雄科学工业园区等通关业务。 其业务包括海运、空运客货进出口、查缉、保税、加工出口区、科学工业园区、自由贸易港区、邮包、物流等项。 1863年（同治2年）12月，清廷在高雄旗后设立高雄支关，此为本关初创，亦为高雄港初设海关，迄今已逾百年。
建筑.财务署高雄税关本部大楼，为日治时期台南关原址，为一栋二楼混泥土造楼房，由池田好治承揽施工，于1936年8月1日建造完成，座落于高