河南府洛阳县（今河南省洛阳市）人，明朝政治人物，官至户部尚书。
生平.正德十六年（1521年）辛巳科进士，授山东章丘县知县。嘉靖四年（1525年），入为兵科给事中，弹劾杨一清、张璁、桂萼。世宗慰留杨一清，戒谕张璁、桂萼。继而同官王准、陆粲因弹劾张璁、桂萼下吏部谪边，未加罪于孙应奎。不久，孙应奎弹劾吏部尚书方献夫。升户科左给事中，终于因再次弹劾张璁而下诏狱，之后释放回职。嘉靖十一年（1532年），被贬高平县县丞。累升至湖广按察使司副使，督采大木，因事连坐被捕，随即获释。历官右副都