1950年代后期，侯志被视为“特务嫌疑”而免职。文化大革命爆发后，1967年，患有白内障的侯志赴北京治病，住在胞妹侯慧真家中，随即被逮捕，押入中央三办（康生办公室），后被关进秦城监狱。侯志的亲属数十人也受到株连。1978年初，中共中央组织部部长胡耀邦得知侯志被关押在秦城监狱，当即将她解救出来。出狱当天，胡耀邦亲自迎接侯志，并将她送上去沈阳的火车。侯志出狱后，从补发的生活费里拿出5000元缴了党费。1982年1月27日，侯志在沈阳病逝。追悼会由中共辽宁省委书记李涛主持，中共沈阳市委书记吴铁鸣致悼词