埃拉后，她便开始发烧。1568年10月3日，伊丽莎白在流产后因身体状况恶化而不幸去世。因为她没有成为未来国王的生母，所以被埋葬在埃斯科里亚尔修道院皇家纳骨堂婴儿万神殿中，没有与腓力二世和其他女王埋葬在一起。在伊丽莎白去世后，凯瑟琳·德·美第奇打算将玛格丽特许配给腓力二世，然而腓力二世拒绝了这个请求。