政局不安，总统库瓦斯因与军事强人欧威多将军涉及暗杀案而被迫宣佈辞职流亡巴西。巴拉圭政府依宪法由国会议长冈萨雷斯继任总统。他的任期经巴拉圭最高法院裁定至2003年8月，并筹组由红、蓝及国家组合党组成之联合政府。2000年8月巴举行副总统补选，由反对党真正激进自由党（蓝党）候选人佛朗哥（Julio Cesar Franco）当选。上任总统尼卡诺尔·杜阿尔特·弗鲁托斯于2003年当选，属红党，上任后致力于政经改革，微有收效。2008年4月，费尔南多·卢戈在大选胜出，成为新任总统，并邀请自己的亲生姐姐担任第