于他违反龟山社中的社中盟约书，遭到伙伴们的追究，于是他为了负责而在小曾根邸切腹自杀，享年29岁。虽有一说是这个命令由龙马所下，但当时龙马为了萨长同盟的缔结而前往京都，人并不在长崎，因此长次郎的切腹很可能是龙马不在时，由社中队士作出的决定。在龙马之妻的阿龙之后的回忆录『千里驹后日谭』（せんりのこまごじつのはなし）中，她表示龙马于听到长次郎的死讯后，悲痛地说出「只要自己在的话就不会让你死了」的话，对他的死感到相当难过。葬礼由社中的人举办并埋在位于皓台寺墓地内的高岛秋帆（幕末期砲术家）的坟墓附近。现在则被