府辖下设置採合议制的军事委员会，将军事委员缩减为26名，并以李烈钧爲委员长；不过此两阶段委员会，在以滇、桂、赣、粤等地方割据军阀力量为主的军政府组织下，委员会并无任何实权。1924年7月，在历经粤军叛变及一连串军事整合失败后，孙中山将军事力量寄望中国国民党创立兴起的黄埔军校。军事委员会改组，正式作爲中国国民党中央执行委员会属下最高军事决策机关，负责东征北伐事宜。而由中央政治会议委派的军事委员分别是许崇智、杨希闵、刘震寰、谭延闿、樊钟秀、胡汉民、廖仲恺、蒋介石与伍朝枢等9人，除此还委由苏俄军官高和罗夫爲顾