使对《海瑞罢官》的批判带上更为浓重的政治色彩。史学界、文艺界、哲学界等社会科学领域开始进行全面的“揭盖子”。由毛泽东指示、各方对《海瑞罢官》的批判，为中国的文化大革命掀开了序幕。吴晗在文化大革命中被认为反毛泽东路线，遭到批斗。1968年3月经康生、谢富治批准被捕入狱。1969年3月18日，妻子袁震被迫害致死。1969年10月11日早晨，在狱中死去，死因不明。骨灰至今下落不明。1976年9月23日，养女吴小彦在精神病院自杀。
争议.吴晗在1950及60年代批斗其他知识份子时，