水逐步受到污染。有机污染较重，已属富营养湖泊。尽管星云湖—抚仙湖出流改道工程竣工后，星云湖水质得到一定改善，但截止2009年，星云湖水质仍属劣Ⅴ类。
生物资源.星云湖有浮游藻类6门68属，浮游动物59钟，鱼类20钟，包括大头鲤、星云白鱼等珍稀土着鱼类。水产丰富，已成为云南省银鱼主要生产基地之一。由于湖湾浅滩鱼类产卵场地被围垦，导致土着鱼类锐减，光唇鱼、中华鳑鲏、细须鲶等已绝迹，大头鲤也面临灭绝的危险。
旅游业.星云湖沿岸景点众多，原江川八景中的“海门垂钓