影《星际大战二部曲：复制人全面进攻》和《星际大战三部曲：西斯大帝的复仇》才真正开始被描述，而详细经过则在系列动画作品《星际大战：复制人之战》中交代。除此之外，其他具体的故事和事件目前都包含在一系列小说、漫画和电子游戏中。战争起源自上千个太阳系脱离银河共和国，并组建独立联邦威胁到共和国统治。首次战役则是绝地及其率领的共和国克隆人军为营救被杜库伯爵俘虏的欧比旺·克诺比、安纳金·天行者和帕德美·艾米达拉与独立联邦的机器人军队在基欧诺西斯展开的战斗。战争迅速蔓延到整个星系并逐步逼近共和国的首府所在地科洛桑。