长时间的交互作用，形成部分的蛋白质复合体，负责携带另一个蛋白质，例如从细胞质至细胞核，或反之，如核孔核转运蛋白的情形；或借由短暂的交互作用修饰另一个蛋白质，例如负责将磷酸盐转移到目标蛋白上的蛋白激酶。蛋白质经修饰后也可能改变其蛋白质交互作用，例如有些SH2结构域的蛋白质只与其他被胺基酸酪胺酸磷酸化的蛋白质结合，布罗莫结构域则专门辨别乙醯离胺酸。蛋白质交互作用广泛参与了生物化学、量子化学、分子动力学、讯息传递等代谢或遗传学／表观遗传学图论。事实上，它是所有活体细胞中整个交互作用组学系统的核心。近来，蛋白质