参加了2016年澳大利亚网球公开赛，仅在第三轮与格里戈尔·季米特洛夫交手丢了一盘，到半决赛却还是以四盘输给了最终的冠军诺瓦克·德约科维奇。他败给诺瓦克·德约科维奇后的第二天，费德勒遭受膝伤，在二月初他接受了关节镜手术修复撕裂的半月板，三月错过了在比赛鹿特丹公开赛和杜拜网球锦标赛在2月和印第安维尔斯大师赛。他原计划返回迈阿密大师赛。由于肠胃炎，他不得不退出迈阿密大师赛。复出蒙地卡罗大师赛打败吉列尔莫·加西亚·洛佩斯和罗伯托·包蒂斯塔·阿古特在四分之一决赛中三盘败给若-威尔弗里德·特松加。随后宣布，他将进入马德