2004年7月16日卷入先科案，在报章上披露一名廉政公署保护证人的身分，违反《证人保护条例》条例，事后香港廉政公署大举搜查多间香港报馆，消息哄动一时。周燕玲后来离开任职10多年的《南华早报》，转职做家庭主妇，并在案件中担任特赦证人，在法庭披露大律师艾勤贤是一宗新闻的消息来源，艾勤贤最终被判入狱。她在法庭上承认，廉署当日为她录取口供时，曾表明所有《南华早报》编辑部职员及记者均获赦免起诉，条件是她与另一名採访先科案的女同事要向廉署提供免责口供。虽然协助廉署调查的记者不止周燕玲一人，但经调查后，只有周同意