龙的建立可追溯至1831年的"Ornithocephalus müensteri"，但汪迈尔建立喙嘴翼龙时未包含这个种，因此明氏喙嘴翼龙当时不被认为是模式种。在1888年，由于国际动物命名委员会明文规定生物的学名不能使用拉丁字母以外的字母；于是理查德·莱德克（Richard Lydekker）将为明氏喙嘴翼龙的属名，从"R. müensteri"修改为为"R. muensteri"。在第二次世界大战期间，明氏喙嘴翼龙的模式标本遗失。如果原始的模式标本遗失、或保存状态差，应选出另一个标本作为新模标本。