能来自于趋同进化。由于密码子简并的缘故，蛋白质的氨基酸序列一般比核酸序列更具有同源性。由于某些氨基酸的性质较为相似（在大小、电荷、疏水性等方面），发生在它们之间的保守突变往往对蛋白质的功能仅具有中性的影响。基本上，蛋白质序列中最保守的区段就是它们的结合活性位点和催化活性位点，因为这些区域发生的突变往往会对蛋白质功能产生负面的影响，从而不会在进化中流传下来。然而，用序列相似性来推断同源性也有诸多不足。首先，相似的结构也可以来自于相似性较低的序列；其次，在漫长的进化过程中，相关序列之间的相似性也可能会降到无