五年级时，与台南一中日本学生打架将对方打成重伤而遭学校退学处分，肄业于台南州立台南第二中学校（由于国民政府的调换，今为台南一中）。遭退学后，其父亲送他至日本关东中学校完成中学学业后习医，就读日本齿科专门学校（今），取得牙医师与外科医师资格。毕业后，加入关东军成为军医至哈尔滨服务。1945年，日本投降，结束第二次世界大战。黄温恭返回台湾在家乡开业，成为路竹乡当时第一位也是唯一的一位牙医。黄温恭之妻杨清莲毕业于长荣女中，当时在小学任教。两人婚后生下一子二女。黄温恭返台目睹台湾经济的恶化，与幼时玩伴陈廷祥的叔