英改建东宁天妃宫可能是在施琅于康熙廿三年八月奏请加封天妃之时进行，遂主动将功劳转给施琅；又或是因为东宁天妃宫是施琅接受郑克塽投降之处，并在此立「平台纪略碑」之故。
清代发展与嘉庆大火.康熙二十三年（1683年），因施琅的奏请，康熙帝晋封天妃为天后，并要礼部派员来台祭祀，天妃宫因而变为天后宫。康熙五十九年（1720年），翰林海宝、徐葆光出使琉球归来，为感谢妈祖保佑而上奏，使得天后宫被纳入春秋祀典，自此改称「大天后宫」，民间又有俗称为「大妈祖庙」。康熙六十年（1721年）发生朱一贵事件