在人群中的演化速率要低于甲型流感病毒（低2-3倍，但高于丙型流感病毒的演化速率）。尽管如此，乙型流感病毒依然可在世界范围内造成巨大伤亡，尤其是对青少年和儿童。乙型流感病毒的基因序列含有14,548个核苷酸，分为8个单链RNA片段。依据其表面糖蛋白血球凝集素的抗原特性，流行的乙型流感病毒有两个分支：B/Yamagata/16/88-型病毒，以及 B/Victoria/2/87-型病毒。