理由，他重回北京，任段祺瑞的参谋部总长。段祺瑞的皖系和冯国璋的直系就针对南方政府（护法军政府）究竟实行「武力统一」（皖系主张）还是「和平统一」（直系主张）起了纷争。11月15日段辞任国务总理，在冯国璋的支持下，30日王士珍署理内阁总理。此后，皖系结合奉系卷土重来，王士珍内阁被打倒。1918年（民国7年）2月20日，王称病辞任。
晩年生活.1920年（民国9年）12月，王士珍任苏皖赣三省巡閲使，翌年1月初辞任。1922年（民国12年）1月，他被将军府授予“德威将军”。1925年（民