敏处拿到一批有关1970年4月24日蒋经国在美国遇刺的报导资料到曾文水库，黄纪男读后放在抽屉中，竟遭有心人士撬开，拿去密告。1972年6月12日，黄纪男被捕，被判有期徒刑15年，1982年，获减刑出狱，是黄纪男第三度入狱。总计黄纪男从事台湾独立运动，在白色恐怖年代曾三度入狱，服刑长达24年。民进党成立后，黄纪男以高龄担任民进党第一、二、三届的仲裁委员­，并且在陈水扁当选总统后出任总统府国策顾问，2003年5月过世。