会首次会议于2006年6月19日至30日召开。一年之后，理事会通过了指导工作和设立其程序与机制的“体制建设一揽子计划”。
争议.2006年美国以让人权记录不佳的国家成为成员国为由，拒绝加入理事会。经常受到美国及其他西方国家指责人权状况恶劣的中华人民共和国则长期当选联合国人权理事会成员国。2018年联合国人权理事会改选，菲律宾、厄立特里亚（Eritrea）等人权记录不佳国家顺利当选，引发人权组织譁然。6月19日，美国常驻联合国代表妮基·黑利与美国国务卿迈克·蓬佩奥在新闻发布会上指