不见容于保守的基督教教会团体。1996年7月31日，她离开台湾基督长老教会新竹大专学生中心。1996年8月4日，她就任同光教会第一任驻堂牧师。1998年6月，她因为在牧会工作上面临瓶颈，离开同光同志长老教会。离开同光同志长老教会之后，她辗转前往台湾基督长老教会七星中会暖暖教会、台湾基督长老教会彰化中会中山教会牧会。2006年，她在台湾基督长老教会台中中会吉峰教会牧会。2007年2月，她离开吉峰教会。2008年年初，她与台湾教会公报社联系，希望该社代印出版一本自传《背着十字架的女牧师：杨雅惠牧师的信仰