94年迁入火炭九铁公司大楼3楼铁路部办公室（后改称东铁部；而在2004年通车的马鞍山铁路控制中心亦设于此）；及后，再于2003年在锦上路站侧西铁大楼5楼西铁部西铁行车科内设立西铁线专用车务中心。1997年，香港地铁将位于九龙湾车厂的车务控制室搬迁至青衣站现址，此项事务包括在机场快线工程计划之中。与此同时，地铁公司亦在当时刚完工的地铁大厦（今称港铁总部大楼）15楼车务部内，设立一个后备车务控制中心（目前已不能使用）。
合併.2007年两铁合併时，港铁计划将锦田八乡车务控制中心（负