入云端的高塔追击。在这关键时刻，象征伊苏的双子女神却连同黑真珠失去了踪影，六神官们集结了骑士与魔道师的精锐力量组成女神搜索队，前往地面艾斯塔利亚探寻女神的踪影，故事就此展开。此代故事依优妮卡、雨果、托尔三位主角分为三段不同剧情，其中托尔的剧情为伊苏系列正史。