是疏水的。但是，离子帮浦和离子通道在通常非极性的跨膜片段中也包含许多带电和极性残基。使用疏水性分析预测跨膜螺旋，可以依次预测蛋白质的“跨膜拓扑”。即预测其哪些部分突出进入细胞，哪些部分突出以及蛋白链穿过膜的次数。
例子.四跨膜蛋白具有4个保守的跨膜结构域。