年冬，李准奉张之洞委派，前往湖北赈捐，受其赏识，被保以知府补用。1898年，实任广东钱局提调，次年兼任海防善后局提调和广东省厘金局总办。1902年，李准为两广总督岑春煊赏识，由文入武，任广东巡防营统领，兼巡各江水师，镇压洪全福起事，捕获巨盗林瓜泗。因此于光绪二十九年（1903年），被授予南澳镇总兵一职，赏头品顶戴和“果勇巴图鲁”称号。光绪三十一年（1905年）四月十五日，光绪皇帝及慈禧太后召见李准，升任广东水师提督。李在广东水师提督任内，先后率舰巡查东沙群岛和西沙群岛，再次宣示了中国对该两处群岛的主权，