，苏贞昌出任民进党立法委员选举竞选总干事，并于10月12日担任年底立法委员选举「改革进步助选团」总团长，带领民进党因应选举。立法委员选举结果，民主进步党获得八十九席立委席次，虽与前次立委选举相比，席次、得票率皆略有增长，但结果仍不如选前党内的预期，时任民进党主席的陈水扁遂辞去主席一职。2004年12月31日，苏贞昌宣布参加民进党第十一届主席补选。2005年1月30日，在只有一人登记参选的情况下，苏贞昌即以99.71%的得票率当选民主进步党主席，并于2月15日就任。党主席任内，举行「三二六百万人大游行」活