吞吐量为4934.90万人次，货邮吞吐量121.85万吨；旅客吞吐量位居中国内地第五，货邮吞吐量位居第四。盐田港、赤湾港、蛇口港是深圳的海运港口，截至2014年底，深圳共有港口泊位159个，万吨级及集装箱泊位分别达67个和46个。蛇口邮轮中心、福永码头是深圳的客运港口。蛇口邮轮中心于2016年10月31日启用，承担原蛇口客运码头的所有客货运业务。蛇口邮轮中心隶属于招商局集团旗下招商蛇口，是招商蛇口太子湾国际邮轮母港的核心组成部分，目前开通有往返珠海九洲、澳门外港/凼仔、香港机场、香港港澳等客运渡轮航