两部长期属于不同的布政使管辖。江北地区的淮安府、扬州府、徐州府，通州直隶州、海州直隶州以及位于江南的江宁府（南京），属于江宁布政使辖区，而镇江府、常州府、苏州府、松江府和太仓州属于江苏布政使辖区。江苏巡抚驻扎苏州，两江总督驻扎江宁（南京），而漕运总督和南河总督又驻扎在淮安府府城内和府城西北的清江浦（1860年以后南河总督裁撤，漕运总督迁入清江浦南河总督衙门）。
设立.清朝光绪三十年（1904年），晚清状元、学者张謇等人最先提出在淮海地区设省，主张在“以徐州为众星之月，东到海州，西至