主导该校的发展方向，领导和管理权逐步发生转移。20世纪30年代是齐鲁大学的全盛时期，老舍、钱穆、顾颉刚、栾调甫、马彦祥、吴金鼎、胡厚宣等一些学术名家先后在此执教。学校的医科的实力最强，有“南湘雅、北齐鲁”之称。当时的齐鲁大学号称“华北第一学府”，和燕京大学并称“南齐北燕”。1938年至1945年抗日战争期间，因济南沦陷，齐鲁大学被迫迁往位于四川成都华西坝的华西协合大学校址，与华西协合大学，中央大学医学院，金陵大学，金陵女子文理学院及燕京大学联合办学，直到1945年10月回迁复课。1941年太平洋战争