接站厅与月台间的楼梯设有两个轮椅升降机（楼梯同时在缓冲平台分开）以方便使用轮椅之人士使用。本站设有一台中国银行的自动柜员机以及一台自动贩卖机供乘客使用；与APM线沿线车站一样，海心沙站没有设置商店。
月台.海心沙站设有一个岛式月台，位于海心沙岛西侧地底。
出入口.现时，海心沙站仅设有A出入口方便乘客进出车站，该出入口位于海心沙亚运公园西北侧，近花城广场南部。
接驳交通.海心沙站周边设海心沙公园巴士车站，方便乘客转乘巴士前往珠江新