二年（1400年）出生。早年就读梅峰书院。官云南知县。擅长山水画，兼得南北宋遗风。与戴进同时期，“自戴文进以下一人而已。”宣德年间至北京，入画院。成化四年（1468年），日本画僧雪舟随使团来到中国，曾向李在学习破墨与设色等法。因遭到妒忌，遂辞归。《西游记》作者吴承恩对李在的画技叹为观止，写了长诗《二郎搜山图歌》。
卒年争议.据李在后代族谱《李氏世系通考》确认以及郭味蕖《宋元明清书画家年表》依孙俍工之说，将李在的卒年定在宣德六年（1431年）。这与李在于成化二十三年（1487年）