期间，她由中华民国国家安全局丁渝洲提拨研究经费，参与「特殊的国与国关系」解决方案的起草，是研究报告的主笔人。随着李登辉採用该研究成果，公开提出「特殊的国与国关系」理论后，导致1999年海崃两岸关系陷入紧张。这段历史曾让马英九在出席竞选活动时要求说明，中国共产党也借此指控她是「分裂中国的始作俑者」。
步入政坛.
陆委会主委.2000年，民主进步党候选人陈水扁当选总统，并在5月20日执政。这是该党首次执政，对内需要扩展民意支持、巩固政权基础，对外则要稳定海崃两岸关