缺少部分骨骼，如、及肋骨，且和其他鳗一样缺乏有鱼鳞、腹鳍或鱼鳔。口部一般较大，其中部分甚至可以吞噬下比自身更大的猎物。牠们的肌分节（myomeres）呈V字型而不是其他鱼类的W字型，且侧线不具备开孔，而是由一组管道代替。宽咽鱼科与囊鳃鳗科的部分物种具有生物发光的能力。囊鳃鳗目与其他鳗鱼一样都有幼体型态，然而囊鳃鳗目的幼体具有明显的特征：月尾鳗科幼体为近圆形的侧扁型、宽咽鱼科幼体的下颚有明显延长、囊鳃鳗科与宽咽鱼科幼体于肠道末端有明显的深色斑点。囊鳃鳗亚目中目前已确认的三个科均具有两性异形。Sec