2002年，球队改名为Associação Chapecoense Kindermann/Mastervet。随后在2006年，他们改回了现在的名字。2014年，他们重新回到了巴甲联赛。2016年8月至11月，他们参与南美球会盃先后击败古亚巴、独立队、青年体育会及圣罗伦素历史性闯入南美盃决赛。2016年11月28日，发生拉米亚航空2933号班机空难，沙佩科恩斯足球俱乐部乘坐的飞机飞机坠落在麦德林附近的山上，机上仅有6人生还，事后球队将队征上增加了一大一小两颗星星，大星代表着南美俱乐部杯的冠军，小