势力退回到漠南蒙古境内。皇太极即位后，决定在南下入关之前解决蒙古这个后背隐患，以避免重蹈金朝的覆辙。为消弱林丹汗的势力，皇太极对蒙古各部采取联姻、劝诱、征讨一系列软硬兼施的策略。而且由于林丹汗后期在西藏红教喇嘛沙尔巴唿图克图的影响下皈依红教，引起信奉黄教的蒙古众多部的不满，使得这些部落开始疏远林丹汗。同时，在后金军的优势武力打击下，漠南蒙古各部逐渐瓦解。林丹汗虽组织力量抵抗，但其下属已逐渐离心离德，纷纷向后金投降。3月皇太极决定亲自对林丹汗进行最后一次决定性的征讨战。在后金大军压境之下，林丹汗撤退到漠北