南头一带发生饥民抢米暴动，众多乡绅请求在当地建县。因此明朝政府于万历元年从东莞县划出56里、7608户，共33,791人，成立新安县，县治设在南头。自此由明神宗万历元年（1573年）起，到清宣宗道光21年（1841年）成为英国殖民地为止，元朗地区一直属广州府新安县管辖，此前清初为对付郑成功而实施的海禁和迁界政策一度使元朗变得荒凉。古时疍家在元朗山贝河上游，大旗岭一棵大树旁边建一小庙，以祭祀天后；这就是今天十八乡大旗岭大树下天后庙的起源。由于该庙居于一棵方圆数百尺、浓荫蔽日的大树之下，故得此名，古时疍家渔