名列第五。赛季结束后，朱琪、区楚良等转会联赛其它球队，也是申花历史上第一次出现队内主力进行国内转会。2000年初申花俱乐部发生资产重组，原申花集团将全部股份转卖给上海的新世界集团、巴士实业、久事、申能集团、国际信托、新高潮和华生化工等业绩显赫的大型国有企业，转让总价高达4亿元，一举收回了之前6年的投资金额。而且新的申花足球俱乐部股份有限公司保留了“申花”的名字，成为中国足坛第一个从原赞助商名称固定为俱乐部名称的品牌，同时原董事长郁知非被任命为总经理，继续负责俱乐部经营。2000赛季申花队请来了前南斯拉夫