平条约，并成立过渡政府，着手准备1999年举行的新选举。11月27日，人民力量组织发起要求维埃拉辞职的运动，全数69个代表均支持。1999年5月6日，战事出现突破性发展，维埃拉的军队于翌日突然宣佈投降 他在葡萄牙大使馆寻求避难， 及于同年6月被放逐葡萄牙。5月12日，前总理成为PAIGC代主席。 维埃拉于同年9月被逐出PAIGC。
回归.军政府领袖金巴·也拉（Kumba Yalá ）在2003年9月倒台后，维埃拉在2005年4月7日重返几内亚比索，当天他乘直升机抵达比索足球场时