源自拥有两个鞭毛的真核异养生物（heterotrophic）。亦有想法认为有孔虫界与古虫界有与其他组别相比，在分支称为（Cabozoa）中有较深的关系。
历史上其分类的演化.历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从五界系统（Five-kingdom system）替代动植物生物的二分法（dichotomy）成为主流后，有孔虫界被当为原生生物界。接着，卡尔·乌斯（Carl Woese）刊出其三域系统。因为无核生物界（或称为原核界，Monera）是并系群，分类