里人募捐出资，庶民色彩更形浓厚。民国48年（1959年）祖师庙三度重建，民国54年（1963年）里人叶顺鸿等再劝捐重修，民国75年（1986年）遭逢韦恩台风侵袭，庙舍漏水严重，里人陈明廷、林财达与林永安等筹组重建委员会，亦延请文澳清水祖师分灵至高雄大港埔祖师庙的负责人蔡进宗为委员。1993年动工，1997年12月21日历时四年八个月终告竣工。落成后新庙亦採坐北朝南，庙宇样式即为现状。
祖师庙与鸾堂的渊源.1895年（光绪21年），时逢乙未战争，澎湖鸾堂始祖「一新社」为躲避兵燹，