元年（1621年），辽阳沦陷，鹿善继因有才干，改任兵部职方司主事。大学士孙承宗掌管兵部事务，对他推心相待，很信任他。每到关门去检阅时，必让善继跟随。出关领兵时，又命其为赞画。善继穿着布衣，骑瘦马，出入于亭障当中，召集将士来加以慰问，并开拓四百里边疆，收复城池堡垒数十座。承宗以大学士督师边关期间，鹿善继累进员外郎、郎中，都在承宗幕府。承宗解除兵权后，善继亦罢归。赋闲在家四年。崇祯元年（1628年）起任为尚宝卿、又迁太常寺少卿兼管光禄寺丞事。任官未满三年，再次告归田里。
殉国.崇祯九年