蔡政则改任赏勋司。永历十六年，明昭宗驾崩于昆明，郑成功亦于同年薨殂于安平城。郑成功之弟郑袭以保护「大将军印」为由，欲谋王位；再加上王世子郑经与先王不合，以及黄昭、萧拱宸、曹文龙与蔡云等人的唆使之下，郑世袭被拥立为「东都主」，拒兵反对世子继位。蔡政此时居于承天，以「大义」严厉斥责，并侍奉先王遗留的翼善冠与衮龙袍至思明，呈献世子，并请世子继嗣王位。1663年，蔡政以协理刑官之职出使日本，交涉取回前户官郑泰所寄存之鉅银以作为军需使用，但日方要求蔡政与郑泰之弟郑鸣骏双方应提出充分证据而继续保管存银。取回存银失败