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建筑物.五稜郭内建有奉行所厅舍、和近习等的、厩舍和临时地牢等26座建筑物。建筑材料来自津经、南部和出羽国等，瓦则是来自能登国和越后国等地，钉和叠蓆则是来自江户，换言之五稜郭是结集了各地的材料而建成的。为了节省经费，建筑材料在能代等地预先加工，其后才运往函馆组装。
奉行所.奉行所建于郭内的中心部份，东西长度为97米、南北为59米、建筑面积大约为2,685平方米。部份位置建有两层，由佔全体约4份3的西边役所部分和东南面的奉行役宅组成。另外，在役所部分中，分