是不直接涉及到生命正常生长、发育或繁殖的有机化合物。不像初级代谢产物，缺少次级代谢产物不会导致立即死亡，但是在长期看来，有可能损伤生物的存活率、配对成功率或繁殖力，也可能一点也没有明显的改变。特定的次级代谢产物常常只出现在特定的一个类群中作为这些物种的共有衍征。次级代谢产物在植物防被食防卫方面起着重要的作用。人类利用次级代谢产物作为药物、调味品或消遣类药物。细菌利用抗生素来和周围的细菌合作和沟通，常常次级代谢都发生在细菌成长期之后的固定期（stationary phase），而人类使用提炼出来的抗生素做药物