念。此后在女骇客「南希・李」的协助下，忍者杀手向着杀害其家人的「黑暗忍者」以及背后的邪恶忍者组织「总会屋」展开复仇，决心杀尽不断来袭的总会屋忍者、以及总会屋的首领「老元・宽」。
第二部 杀伐都市京都.总会屋终于瓦解，此时来自于京都的忍者组织「罪罚影业」突然袭击并佔领了新埼玉，整座都市顿时陷入火海。现在藤木户健二明白了过去导致妻儿丧命的那场忍者动乱，其爆发的元凶就是罪罚影业。为了剷除该组织，藤木户潜入组织的根据地京都，途中结识了私家侦探「高木・甘多」。由于之前在与老元・宽的对决中消