唐景龙年间（707年~710年），当时塔院并不在寺内而是与寺门相对，但依旧是荐福寺的一部分。景龙四年三月三日，被认为是十一面观音化身的泗州僧伽大师，驻荐福寺圆寂时，世寿八十三岁。中宗即令于荐福寺起塔漆身。荐福寺与大慈恩寺一起在皇家的庇护下走向兴盛。唐武宗会昌毁佛时，荐福寺为少数被敕令保留的佛寺之一，由盛至衰。唐末的的兵火战乱中，荐福寺屡遭破坏，寺院毁废，只有小雁塔得以保存。从北宋哲宗元祐年间的文字记录来看，这时荐福寺已迁入塔院内，与小雁塔成为整体。明代开始了荐福寺的中兴，曾有五次大规模的整修，基本上