官解释併案不违宪；拉法叶案、力霸案、新瑞都案等也都是后案併前案，因此并非特例。2008年12月30日，认定陈水扁涉及重罪，且有逃亡及勾串证人、湮灭证据之虞，裁定收押，全案正式进入审判程序。2009年9月11日，重判陈水扁无期徒刑，禠夺公权终身；吴淑珍也判处无期徒刑，全案还可以上诉。
遭到恐吓.扁案审理期间，承审的法官承受莫大压力，却换来不同立场的严厉批判，因为住宅都遭到独派包围抗议过，网路上也有人留言恐吓下达追杀令，甚至遭到跟拍，人身安全受到威胁，警方出动特勤人员陪同上下班