罗的海国家里首家利用欧盟航空市场开放政策的航空公司。同年10月，波罗的海航空启用公司新标志，使用至今。2005年，首次实现全年旅客运输量突破100万人次。2006年12月，波罗的海航空引进首架波音737-300飞机。2007年7月份起，波罗的海航空在波罗的海国家航空业界率先推出网上办理登机手续的服务，使用这项服务的客户在短短三个月后就达到1万人次。同年，首次实现全年旅客运输量突破200万人次。2008年，两架波音757-200ER长途客机和三架波音737-300加盟波罗的海航空机队。2008年3月10日