行台原位于福建台湾承宣布政使司衙门西侧，现座落植物园内的建筑系七开间三进式，呈纵长形「田」字形平面配置的官署建筑，方位座东朝西略偏北。三进的建筑空间分别由横向的「头门」、「仪门」及「大堂」所构成，头门与仪门间以纵向的厢房连接，仪门与大堂间则由左右两侧廊道相连，双双形成封闭的四合院。屋嵴曲线平缓，有短小的燕尾翘嵴，室内空间因採用高大柱列而显得十分庄严。墙面是以一层丁一层顺的唭哩岸石砌造而成，并有许多以细石、泥土、碎砖填补的空隙，屋顶舍筒瓦、滴水，使用普通的板瓦。适逢财政拮据，整体建材并不精致，但予人肃穆而