，南居益“未出都门，辄痛心切齿，毅然以必诛红夷为己任”，集结一万名士兵与两百艘船，包括运兵船、炮船与火船。天启四年（1624年）二月，南居益亲自乘船到金门，下令渡海出击收复澎湖。福建总兵俞咨皋、守备王梦熊，率领兵船至澎湖，登陆白沙岛，与荷军接战。但荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。是年九月，总兵俞咨皁统率三军与荷军苦战七个月，炸毁红毛城，终于收复澎湖，荷将高文律（Kobenloet）等十二人被捕。天启五年（1625年）升任工部右侍郎，总督河道，因被魏忠贤、黄承昊等人劾奏而被罢官。崇祯元