1945年9月，阎红彦任晋冀鲁豫野战军第三纵队副司令员，参加邯郸战役。11月，改任第三纵队副政委兼政治部主任，参加出击陇海路、定陶、鲁西南诸战役。1947年4月，参与豫北战役，歼灭国军第二快速纵队。随后协同友军攻取汤阴，生擒孙殿英。同年7月，参加进军大别山，率部队率先抢渡淮河，到达大别山北麓，半个月攻占宛西地区9个县城及大片地区。1948年参加郑州战役、淮海战役等战斗，全歼国军黄维兵团。1949年2月，出任第二野战军第三兵团副政委兼政治部主任。1949年4月参加渡江战役；11月攻占重庆，阎红彦任重庆军管会