受诬陷.万历元年（1573年），瞿九思乡试中举。瞿九思在家乡居住了两年。万历三年（1575年），黄梅县令张维翰违反制度苛刻繁重的捐税，被气愤的百姓们围殴，张维翰认爲是瞿九思煽动百姓，便以倡乱罪逮捕他。巡按御史向程弹劾张维翰是因为自身的作为激起民变，吏部尚书张瀚庇护张维翰，咬定瞿九思聚众截围拥殴，明神宗判断瞿九思有罪，而向程姑息纵恶，颠倒是非，暂且不追究。万历四年（1576年），瞿九思被囚禁于武昌监狱。十三岁的瞿九思长子瞿甲，上书数千字爲父伸冤，次子瞿罕也上书朝廷，万历六年（1578年），瞿九思刑期满