修改部分包括将所有「中国」改为「中国大陆」、「荷西治台」改为「荷西入台」、日本统治时期增加「殖民」两字等。2014年1月29日，台南市市长赖清德宣布台南市拒用教育部的最新课纲。2014年2月5日，民进党中常会决议，民进党执政的6个县市（高雄市、台南市、宜兰县、云林县、嘉义县、屏东县）将不会配合教育部这次片面黑箱通过的历史课纲调整，杯葛教育部违背事实以大中国观看世界，去台湾化。2014年2月6日，中华民国教育部部长蒋伟宁受访时表示，课纲调整合宪、合法、合程序。课纲调整后，由教科书出版公司自行编辑教