乱于太宁二年（324年）平定后，袁瓌又任镇南将军卞敦的军司，但不久就自行辞职，并寓游于会稽。及至咸和三年（328年）时苏峻起兵攻陷建康，袁瓌就与会稽太守王舒等人起兵讨伐苏峻。次年讨伐军成功平定苏峻部众，袁瓌亦以功封长合乡侯，并受征为散骑常侍。后来曾迁任大司农，接着又转任国子祭酒，加散骑常侍。其时袁瓌见东晋朝廷经历过王敦及苏峻两次叛乱，礼教不兴，于是上秦建议朝廷提供儒者土地和屋舍，让其收取学生，并赐博士僚属官位，以图推广儒学。朝廷终应允他所求，并重新开始了儒学在江南的发展。袁瓌后以年老为由辞官，不久就去世