氏阴性菌不能被染色（通常染作红色以对比）。它们细胞壁中含有较大量的肽聚糖，但经常缺乏革兰氏阴性菌所拥有的第二层膜和脂多糖层。革兰氏阳性菌包含细菌中的一个大门——厚壁菌门（Firmicutes），包括一些着名的属，如芽孢桿菌("Bacillus")、李斯特菌（"Listeria"）、葡萄球菌（"Staphylococcus"）、链球菌（"Streptococcus"）、肠球菌（"Enterococcus"）和梭菌（"Clostridium"）。此外厚壁菌门还包括了柔膜菌纲（Mollicutes），如支原体