期在1944年伊宁事变爆发后，由苏联支持并直接插手，领导权控制在伊斯兰教上层人士手中，还成立了“东突厥斯坦共和国临时政府”。中期通过1945年至1946年与中国国民党方面的国民政府和谈，在1946年成立了由“三区”方面、新疆“七区”（国民政府统治区）、国民政府这三个方面人士联合组成的新疆省联合政府，“东突厥斯坦共和国临时政府”则被解散，改组为伊犁专区参议会，同时1946年共产主义者掌握了革命的领导权，取代了原先掌权的伊斯兰教宗教上层人士，苏联也对“三区”方面停止公开支持，后来又撤走了在“三区”的大批苏联人员