较于六年前，成长4.1倍，而高品质的期刊论文则成长6.5倍，达215篇。近三年的论文平均被引用次数达3.44次，居台湾7所医学大学之首。但2018出现危机，台北医学大学论文数量于Q1超越中国医大，达几近一倍，似有研究量能的下降与危机。2013年荣获土耳其中东科技大学URAP世界大学排名第441名，在医药领域排名201名，在台湾的大学中排名第4；在农业与环境科学领域排名335名，在台湾的大学中排名第4；在生命科学领域排名271名，在台湾的大学中排名第4。2014年荣获第二期迈向顶尖大学计画之顶尖研究中