入了由Sunrise Interactive制作的DC游戏《Sunrise英雄谭》中登场的《机甲世纪G Breaker》。另外，故事上也追加了不下接《α外传》，在本作直接完结的剧情。即使与PS版共通的剧情上也作出了若干变更。系统上则加入了在《超级机器人大战64》中正式採用的合体攻撃，也加入了中断战斗动画功能。另外，战斗版面也变成可以回转的3D版面。难易度方面，由于PS版难度太低（甚至被揶揄「一击就能击破最终首领」），因此重新设计难易度，结果虽然没有《α外传》般困难，但在平衡度上也作出了相当的向上调整。