果亚亲王所管辖保护。由于留居当地的葡人家庭不断增长，更与当地粤人通婚；加上再有欧洲人选择此地落脚，展开与中国经济、宗教及文化的交流，很快形成小型社区。1623年，葡萄牙政府委任马士加路也为首任澳门总督管理。16至17世纪澳门成为日本（长崎）、琉球、菲律宾、摩鹿加群岛等国的东南亚贸易中心，在葡萄牙没落和日本锁国影响后，其贸易港地位开始有所下降。而在其后的几百年内，澳门一直是世界与中国和近邻进行交流的根据地，即使是西班牙帝国主导时期也没有改变。传统说法指，1580年葡萄牙王位继承战争爆发，西班牙将领阿尔瓦公