东突厥斯坦伊斯兰共和国国旗（，Šärqiy Türkistan milliy bayriqi），也被称为『蓝旗』（，Kök bayraq），由东突厥斯坦伊斯兰共和国政府于1933年11月12日通过。1944年建立的东突厥斯坦共和国使用的旗帜是绿底白色星月旗，与之有所不同。现今是东突厥斯坦独立运动的象征。该国旗与土耳其国旗相似。主要图案是一个星月和五角星，代表伊斯兰信仰；国旗的底色蓝色代表了天空，隐喻与古突厥（字面意义为『天突厥』或『蓝突厥』）之间的联系。