。飓风破坏了甘蔗、蔬菜和柑橘类作物，风暴过后还出现了柑桔溃疡病蔓延。由于农作物损失惨重，美国农业部宣布布劳沃德县、柯里尔县、迈阿密-戴德县和门罗县为灾区，受灾农民可以申请低息应急贷款。佛罗里达州东部海岸线之前曾因飓风丹尼斯和飓风弗洛伊德出现中等程度的海滩侵蚀，这次艾琳的到来更是雪上加霜。部分民房的地基因侵蚀而暴露出来，其中一些已无法居住。海滩侵蚀的损失共计达到2100万美元（1999年美元，相当于年的美元）。许多海滩此后直到有更多沙子补充或是梯道重建后才再度开放。强烈的海浪和北风导致印第安河泻湖的许多船坞