书分128门，每门先列理论，后收集大量处方，是部临床实用性很强的综合性医书。该书大量引用了中国医学典籍，包括阐述医学理论的《素问》，和《千金方》、《圣恵方》、《古今医鉴》、《万病回春》等历代本草、方书，此外还引用了《乡药集成方》、《简易避瘟法》、《医方类聚》、《郑北窗方》、《本朝经验方》、《本国退思翁所制方》等多种朝鲜本国医书。《医林撮要》中收录有涉及明代中朝医学交流的史料，如“中朝质问方”、“中朝传习方”等方剂。