包含磷鳄、与其最近亲索科托鳄。近年研究多认为磷鳄亚科是暂时性有效的分类单元，因为目前这两个属的化石材料、特征研究有限。磷鳄的最近亲是索科托鳄，两者的地理分布、与其他森林鳄科的演化关系，显示该地区可能曾经存在一个森林鳄科小型演化支，从白垩纪末期存活到始新世，在白垩纪-第三纪灭绝事件存活下来。
种系发生学.磷鳄是种原始森林鳄科，常被归类于森林鳄科的原始位置。埃瑞克·比弗托在1978年发表的分类研究，根据磷鳄的许多原始特征，而将牠们归类于森林鳄科的原始位置，但当时并没有经过详细的种系