后，张云逸到福建向当地红军游击队传达了中共中央关于南方游击区域保存革命战略支点及各部队改编后坚持共产党的领导等指示，和福建省政府谈判该省各地游击队改编并北上集中的问题，在福州设立了新四军办事处，并亲率福建的各游击队北上到达皖南。 1939年5月，任新四军江北指挥部指挥、前委书记，并组建了新四军第5支队。11月，任中共中央中原局委员。1940年11月，任中共中央华中局委员。12月，和徐海东等指挥部队对侵华日军进行反扫荡。1941年，皖南事变后，张云逸任新四军副军长兼第2师师长、第2师军政委员会书记。1942