，人类利用真菌来制造、保存食物，或用作其他用途。在许多国家与都是重要产业。因为许多真菌可以生产有生物活性的天然产物与抗生素，许多真菌已被开发、或正被开发以大量生产抗生素、维他命、抗癌药物或降低胆固醇的药物。近期随着在真菌进行基因工程的技术发展，使真菌的代谢工程应用成为可能。例如基因修饰后的酵母菌可以用来大量生产许多药物，且因为酵母菌在培养箱中生长迅速，使生产药物的效率比从原本的来源提炼还要高。
药用.
当代药用.许多真菌产生的代谢物可以作为药物。最着名的例子便