总统兼团练使，统领义勇军。唐景崧驻守台北，丘逢甲奉命驻兵南崁策应。5月29日，日军登台，进佔基隆，守军不敌。6月4日，总统唐景崧率先弃职，乘德商轮船逃往厦门。丘逢甲隔天闻讯后，见局势不可为，遂弃义勇军生死于不顾，携家眷逃往广东嘉应州。离台前有诗：「宰相有权能割地，孤臣无力可回天；扁舟去作鸱夷子，回首河山意黯然。」丘逢甲死后十余年，此诗方由其子丘念台公布，传颂一时，但仍无法改变其临危脱逃之恶名。丘逢甲内渡大陆后，先后主讲潮州韩山书院、潮阳东山书院、澄海景韩书院，并与三弟树甲共同成立岭东同文学堂。