于前上颌骨，约30颗位于上颌骨，而75颗位于齿骨，是目前兽脚亚目中最多的。牠们的牙齿属于异型齿，拥有两种不同形式牙齿。上颌前段的牙齿宽广，横剖面呈现D形状，而后段的牙齿呈现刀状；整体而言，上颌的牙齿比下颌的牙齿还大。并非似鹈鹕龙的所有牙齿都呈锯齿状，而且齿冠与齿根之间的部位狭窄。目前仅知另一种似鸟龙类拥有牙齿，似鸟身女妖龙，但牙齿数量远少于似鹈鹕龙，而且仅存于下颌。Perez-Moreno等人，将似鹈鹕龙的众多牙齿，以及牙齿之间缺乏空隙的特征，认为是切割与撕裂食物的适应演化，极类似喙状嘴的切割边缘，同时