四川省政府成立大会召开，卢师谛未出席。1929年8月，中国国民党四川省党务指导委员会改组，卢师谛续任委员，但依旧未到职。1929年，卢师谛在上海向蒋介石写信，劝蒋介石执行孙中山的“联俄、容共、扶助农工”主张，但经杨庶堪等劝告，信未发出。同年，卢师谛随喇嘛及刘居士修密宗。1930年4月7日，卢师谛任国民政府军事参议院参议。1930年12月23日，卢师谛病逝于上海。享年45岁。他的墓在南京，现在江苏省农业科学院内。