任国民军总参议，指导国民军同奉军作战。后来，李烈钧对谢持、邹鲁等西山会议派的反共路线表示支持。1927年（民国16年）4月，蒋中正在南京成立国民政府，李烈钧支持并参加，任国民政府常务委员兼军事委员会常务委员。同年8月，蒋中正一度下野，北京政府方面的孙传芳趁机偷袭南京，李烈钧坐镇南京，联络指挥国民政府方面的诸军击败了孙传芳。李烈钧还参加了宁汉战争。1927年9月宁汉合流，中国国民党宁、汉、沪各方在一致赞同清党反共的基础上取得统一，组织了中央特别委员会，由三方各派六人参加，李烈钧是宁方代表之一。1928