临辛苦的适应新操作系统，并为新系统寻找驱动及第三方软体的尴尬，为此将抛弃他们可能获得的技术支持和常年累积的使用习惯。毕竟一款没有多数驱动软体和应用软体支持的操作系统很难普及。因此，它的市场占有率或保持市场主导位置的活动都是极富争议性的。不过目前一部分Linux系统选择试图兼容Windows的软体并因此开发了相仿的技术，更甚至有组织试图用C语言编写与Windows XP完全兼容的非Windows系统，但是这些技术对于普通用户还是有太高的难度。
对中文的支援.早期IBM PC个人电脑并