《南齐书》在体例上“本（檀）超、（江）淹之旧而小変之”；萧子显多取材自前史家檀超和江淹奉诏修未成的齐史体例。还参考了熊襄的《齐典》、沈约的《齐纪》、吴均的《齐春秋》和江淹着的《齐史》十志等等。后人也曾增补此书，陈述撰《补南齐书艺文志》4卷，清人万斯同《历代史表》中有〈齐诸王世表〉1卷、《齐将相大臣年表》1卷、《齐方镇年表》1卷。由于萧子显是萧道成之孙，对南齐政权有所庇护，但《南齐书》还是保留了较多原始资料。