由于流亡古巴军无法守住古巴流亡政府打算飞往的机场，因此这个流亡政府无法发出他们的“求援”。对肯尼迪来说，这样他也就无法下令让美国海军陆战队介入；因此不顾中央情报局的反对，下令中止这次行动。对于被俘虏的流亡分子，古巴政府取消了他们的公民身份，并以此为人质向美国政府索取了6,200万比索的药品与婴儿食品。这也是美国政府历史上第一次支付战争赔款。
长期后果.，尤其在拉丁美洲的左翼独立力量，对古巴产生好感。猪湾事件是美国首次在拉丁美洲试图推翻敌对政府的失败行动，这给其它许多革命运动带