有什么益处？旧档案虽在，也当销毁，怎么还来追问？”《郑和出使水程》应当包括大量原始资料，如皇帝敕书、郑和船队的编制、名单、航海日志，帐目等。大批郑和档案究竟有没有被刘大夏销毁，至今仍然是个谜。大批郑和档案失踪，给郑和研究带来很大的困难和限制。中国科学院海洋研究所研究员郑一钧认为，“迟至万历末年兵部仍存有郑和下西洋的档案”，他认为刘大夏烧毁或藏匿郑和档案之说不足信，郑和档案可能在明末李自成攻打北京或清兵攻占北京城时亡失于战火。