奏不得张居正，告病退职。万历十二年（1584年），起用任稽勋郎中，历任考功、文选。“除目下，中外皆服”。迁太常寺少卿，以右佥都御史任江西巡抚。张居正死后后，经孙继先举荐，恢复官职，累迁吏部右侍郎，后改任兵部，又改回吏部。万历二十一年（1593年），诏拜吏部尚书。次年致仕。万历二十六年（1598年）正月卒，享年六十八岁。四月，诏任其为南京右都御史，但陈有年已经逝世。朝廷追封太子太保，谥恭介。
评价.“风节高天下”——摘自《明史·陈有年传》