月面基地的石棺中苏醒，然后与SEELE成员交谈，他对真嗣似乎已经有所了解。在第二部《福音战士新剧场版：破》，当真嗣试图拯救绫波零而触发第三次冲击时，薰驾驶EVA Mark.06赶来并中止了第三次冲击。真嗣由于触发第三次冲击而被封印，在第三部电影《福音战士新剧场版：Q》中，封印十四年之后真嗣被唤醒。在NERV等待的薰首次与真嗣想见，并被碇源堂命令与真嗣一起驾驶EVA第13号机。薰主动向孤独无助的真嗣搭话，并教他弹钢琴，伴随着反复的钢琴联弹练习，两人建立了信任关系。之后，薰告知真嗣十四年间的变化，向他展示满目疮