后当发现了更多此类型的基因后，为分别就以「刺猬」为基本去进行命名。当中有两种先被发现的刺猬因子 － （Desert Hedgehog，DHH）以及（Indian Hedgehog，IHH）就是以两种现实存在的刺猬去进行命名。而及后发现的「音猬因子」则是以世嘉一套相当有名的电玩主角刺猬索尼克（Sonic the Hedgehog，即「音速小子」或「超音鼠」）而进行命名。
研究.果蝇的刺猬因子在上世纪的90年代早期被克隆。除果蝇外，也有在其他非嵴椎动物中克隆这类基因，如水蛭和海胆。