在香港社会服务联会的惠施网WiseGiving 亦能找到该协会的财政状况。近年香港两栖及爬虫协会因在「环境及自然保育基金」资助下，聘请受薪全职的活动主任来执行被资助的计划。该协会上载的财务报表和年报让公众参考
争议和批评.拉布期间，梁国雄议员在2013年5月8日的香港立法会上曾这样说：「在渔护署资助的团体中，有一个名叫香港两栖及爬虫协会，这机构没有甚么不对之处，只有一点除外。对于它提倡通过接收、暂养和领养这3个程序，令被遗弃的两栖及爬行动物找到新的家庭，我并不反对，但当中有两点