理主教为。长崎是日本天主教早期的发展中心，丰臣政权与江户时代禁教时仍然有信徒秘密保持信仰，被后世称为「隐匿的基督徒」；至1865年再度为外界所知，史称「」。时至今日，长崎一带有4%的人口为天主教徒，是日本天主教徒比例最高的地方，信徒人口数则仅次于东京总教区。
历史.1846年，圣座为了重启在日本的福传事业，成立「日本宗座代牧区」（）；在此之前，日本的天主教会是由当时天主教会在东亚的发展中心澳门教区管辖。代牧区成立之初，因日本尚未解除，宗座代牧先驻钖于香港，待1858年禁教令解除