988年10月发起「全岛行军」，进行全岛演讲、游行活动，卷起一场旋云；1990年1月3日，黄华又因倡导台湾独立与提出「台湾建国时间表」，被检察官以《惩治叛乱条例》预备叛乱罪嫌提起公诉而入狱，引发社会反弹与民众声援。1990年中华民国总统选举期间，民主进步党发起「1990年台湾总统民选运动」，提名黄华、吴哲朗为「台湾正副总统候选人」，以讽刺从未全面改选的第一届国民大会票选中华民国总统的行为。1991年，由于《惩治叛乱条例》的废止与《中华民国刑法》第一百条的修正，黄华出狱，总共黄华在狱中的时间长达二十三