寻补赣州知府。五年，擢吉南赣宁道。六年，擢布政使，命驻防饶州。七年，江西巡抚文俊罢官，擢耆龄为巡抚。九年九月，调广东巡抚。太平军翟明开自南雄攻江西安远，耆龄遣兵越境解围。十一年，太平军攻入福建，陷武平，耆龄分兵收复。同治元年，督军入福建增援浙江，擢闽浙总督。攻克处州、缙云、奉化。二年，再攻汤溪、永康、武义、龙游、兰谿等县，及金华府城，浙东略定。调福州将军。不久逝世，谥恪慎。