化合物中产生。然后，对这种抑制剂与酶形成的抑制剂—酶复合物进行测试并获得酶的结构，以显示分子如何与活性位点结合，从而可以对抑制剂进行修改以优化其与酶的结合。重复该测试和改进，直到产生足够有效的抑制剂。使用计算机预测酶抑制剂亲和力的方法也正在开发中，例如分子对接和分子力学。
应用.酶抑制剂存在于自然界中，并且还作为药理学和生物化学的一部分设计和生产。 天然毒物通常是酶抑制剂，其已经进化以保护植物或动物免受捕食者的侵害。 这些天然毒素包括一些已知的毒性最强的化合物。 人工抑制剂通常用作