团体两年多的抗争，1991年，十三行遗址被中华民国内政部指定为国家二级古蹟，保存范围长约144公尺、宽约22公尺、总面积为3,161.9平方公尺；但事实上保留的部份只佔整个遗址的九分之一左右，其余大部分的遗址都在兴建八里污水处理厂时破坏。1995年，行政院会议决议，在污水处理厂旁拨地成立「十三行遗址文物陈列馆」。1998年，陈列馆更名为「十三行博物馆」，同时也开始博物馆的兴建工程。2003年，十三行博物馆正式完工并开馆。
十三行文化.由于十三行遗址在台湾史前史中的重要地位，考古学者