分裂时则伴随着拟核的分离和重新分布，产生的每个线粒体至少含有一个拟核。线粒体拟核的分裂与线粒体本身的分裂不一定是同步的, 具有物种差异性。在人类的体细胞中, 线粒体拟核的分裂与线粒体分裂不是同步的（即拟核可以在线粒体未分裂的情况下进行分裂；同样地, 在细胞边缘也观察到线粒体分裂而拟核不分裂的情况）。而在多头绒泡菌中，两者则是同步进行的。线粒体拟核可通过蛋白质复合物锚定至细胞骨架，从而可利用分裂过程中线粒体膜的分离，将拟核分配到两个子线粒体中。
作用.线粒体中的mtDNA和蛋白质被