07年11月至2012年7月期间调任财经事务及库务局常任秘书长（库务），过去多年协助财政司司长曾俊华制订财政预算案。2012年7月因家事休假大半年，2013年6月借调到竞争事务委员会出任秘书长，到了2014年4月2日担任运输及房屋局常任秘书长（房屋）兼房屋署署长至2019年退休。2015年7月，九龙城区公共屋邨启晴邨爆出食水含铅超标事件，房屋署署长应耀康回应传媒提问承建商名字时，竟然以怕读错承建商名字为借口拒绝透露名字，引起舆论哗然。7月14日下午，应耀康一度以记性不好为借口企图为自己开脱，到了晚上才透