在增广文科考试中再次中榜，升为文学之职，但不久因受到陷害而被降职。1636年后金入侵朝鲜，他率弟子数百人赴江华岛准备参加抗战。途中，他听说江华岛陷落，朝鲜与后金议和后，愤而驾船改去济州岛。途中，他见甫吉岛风景秀美，决定在那里定居，并建乐书斋。1638年，仁祖以他战后未去朝见为由，又把他流放到盈德一年。1652年（孝宗3年），尹善道受命出任礼曹参议之职，但因西人党中伤再度辞职。1657年，他被恢复中枢府佥知事的官职。次年在任同副承旨时，他因书院撤废问题与西人党宋时烈等人激烈冲突而遭弹劾。1660年孝宗死后