地有如莲花座上的护法祥云，所以命名为「法云禅寺」，也有许多人称「法云寺」。由觉力禅师担任开山住持，妙果禅师为副住持，开山后续建禅堂、讲堂、功德堂、研究院、维摩院、华严院、长寿院、仁济院等。觉力禅师任内，协助派下的妙清法师创立了圆通禅寺、妙本法师姐妹创建毘卢禅寺，又与弟子真常法师、妙吉法师等组织弘扬净土法门的阿弥陀佛会总会，发行《亚光新报》，形成了四大法脉之一的法云寺派。1927年，寺身因白蚁蛀蚀一度拆除重建。1935年4月21日关刀山地震，苗栗的狮头山劝化堂、开善寺、辅天宫、南庄永昌宫、三湾五谷