宍道褶曲带。大根岛与东北侧的江岛都是约为19万年前形成由玄武岩岩浆构成的小型盾状火山，由于玄武岩岩浆的黏性低，整座岛屿的地势平缓，全岛最高处为位于中心处的火山渣锥－大冢山，高度仅42.2公尺，也成为全日本高度最低的火山。也因此在大根岛地下有许多熔岩管，目前有两个可供参观的熔岩管洞穴，分别名为“幽鬼洞”（大根岛熔岩隧道）和“龙溪洞”（大根岛第二熔岩隧道）。其中“幽鬼洞”限学术目的才能进入，“龙溪洞”则可在预约后由岛根县自然观察指导员的带领下进入参观。