帝国的附庸国正式成立。俄国军队实际上成为了群岛的保护者，由于他们和岛民一样信奉东正教，得到了岛民的拥护。1807年，法国和俄国签订《蒂尔西特和约》，根据该条约，俄国放弃对塞普丁修拉共和国的保护，法国重占该群岛，塞普丁修拉共和国宣告灭亡。1809年后，英国开始进攻该群岛，1814年完全占领之，建立了一个英国的保护国——伊奥尼亚群岛合众国。1865年，伊奥尼亚最终并入希腊。