瑚礁形成的洞穴内，比如色彩鲜艳的鹦嘴鱼、琪蝶鱼、雀鲷、蝴蝶鱼。其他在珊瑚礁中生存的鱼类包括石斑鱼、笛鲷、石鲈、隆头鱼等等。至今在珊瑚礁一共发现了4000多种鱼。他们能够以海带为食。许多其他生物也以珊瑚礁为家，其中包括海绵、腔肠动物、蠕虫、甲壳动物、软体动物、棘皮动物、尾索动物、海龟、海蛇等。除人外哺乳动物很少在珊瑚礁活动。偶尔到珊瑚礁的海豚是最主要的到来的哺乳动物。所有这些动物有的直接吃珊瑚，其他的吃藻类、水草等。它们构成一个复杂的食物网。一些无嵴椎动物生活在珊瑚礁的岩石基础内部。有些能够钻入石灰岩