清军收抚阿尔泰乌梁海。同时，辉特部台吉阿睦尔撒纳被准噶尔汗达瓦齐击败，率部投奔清朝。干隆皇帝认为消灭准噶尔时机已到。二十年（1755年），清军分两路出征准噶尔，进佔伊犁，俘获达瓦齐，准噶尔汗国灭亡。不久，定边左副将军阿睦尔撒纳发动叛乱，伊犁失陷，定北将军班第自尽。二十一年（1756年），干隆皇帝再度调集大军平叛，收复伊犁。二十三年（1758年），阿睦尔撒纳逃奔俄罗斯，不久染天花病死。次年，清军剿除了阿睦尔撒纳残部及“玛哈沁”，天山北路底定。干隆三十六年（1771年），土尔扈特汗渥巴钖由俄罗斯迁徙至伊犁，