上海广慈医院治疗。10月10日病情好转。11月16日病情忽然又恶化，乃入怡和医院，过后改入上海同济大学附属医院治疗。1954年1月3日上午9时35分病逝于上海同济大学附属医院，享年75岁。据病理解剖初步报告，最终死因是横行结肠上有溃疡并穿孔。并患初期癌瘤。余云岫遗言将遗体交医学院作病理解剖。1月6日上午奠祭，下午火葬。
着作.1908年，余云岫留学日本就读大坂医科大学习医时期。编写并出版了《普通物理讲义》。另外在1910年又出版了《物理学教科书》。二本书都由上海开明书店出版。