此后，在秀吉的权威之下，讨伐、在常陆南部割据的配下的国人众（被称为「南方三十三馆」，包括鹿行两郡的、、、及等土豪）等，以强化领主权力。在收到所领的朱印状后，马上谋求支配常陆国全域。把居城从太田城移到水户城，而当时的水户城城主是没有参加小田原征伐的江户重通。因为自身正在上洛途中，由父亲义重攻略水户城。同年12月20日，义重攻陷水户城。同月22日，进攻佔据府中（现今石冈市）的大掾清干，令大掾氏灭亡（清干在天正18年4月，因为领国有事而未能前往小田原参战，秀吉得知后，发出允许的书状，不过被无视）。翌年（15