投票后，孙科以1295票比1438票败给了桂系军人所拥护的李宗仁。不久，选举中当选总统的蒋介石于同年5月20日在南京总统府宣誓就职，不过蒋介石任期未满一年则因中国内战因素被迫放弃职位。因为国共内战与中华人民共和国建国等因素，该次选举不但是中华民国于全中国唯一一次举行的总统大选，也是中国大陆唯一一次的多候选人国家元首民主选举。
中华民国政府组建.1948年5月，立法院集会，选举孙科为立法院院长；监察院集会，选举于右任为监察院院长。中华民国新任总统蒋中正召集行政院，任命翁文灏为院长