参与领导创立、巩固、发展运（河）西抗日根据地。他在根据地建设中致力于开展民主民生运动。运动中，他的《继续贯彻大胆放手的领导方法》一文，影响了整个冀鲁豫边区。到抗日战争后期，运西根据地辖有18个县，是冀鲁豫边区的12个专区中最大的专区。运西的濮县、范县、观城县被称为 “钢铁濮范观，边区小延安”。
第二次国共内战.第二次国共内战时期，万里任冀鲁豫党委第二、第七地委书记兼军分区政治委员，冀鲁豫区党委委员、秘书长，第二野战区第五兵团南下干部支队参谋长。内战前半期，万里领导冀鲁豫区的第二、第