“温举”（家族子侄继承）的方式传承。类乌齐寺的法台自噶斯·桑吉温开始，到2000年代的寺主丁增江措（为中国佛教协会西藏分会常务理事），已传承了二十三代。至第十二代法台时，类乌齐寺形成了活佛转世系统，主要活佛系统有吉仲活佛、帕确活佛（旧译“庞球活佛”）、夏仲活佛这三大活佛系统。此外还有一个小的活佛系统。类乌齐寺在藏区的政教地位受到中国中央王朝的重视。据传，元朝泰定帝在位时，太后玛卡赴藏区朝圣，途经类乌齐寺时，将自己一半财产供养该寺。明朝洪武年间，朱元璋封类乌齐寺第三任法台曲吉·杰哇坚赞为国师，并赐以封册、