应天意。但也有学者如石万寿则认为郑军子弟多来自妈祖信仰广布的东南沿海，郑军不可能无奉祀妈祖。而学者张耘书则认为即使玄天上帝与妈祖皆具有海神性质，但玄天上帝同时也有国家（明朝）守护神的地位，故明郑时期官方较为重视玄天上帝。而就近年来的研究，有学者认为台南大天后宫早在施琅入台之前便已变成，是为「东宁天妃庙」
清领时期.由于万正色、施琅等将领利用妈祖信仰助长军威，并将平台灭郑之功绩归于妈祖显灵，奏请将妈祖册封为天后，而后清朝政府来台处理民变时也多借助妈祖神明之名来镇压民众，在清朝官方刻意