并交与在府厅县之城垒军库及官业，概让日本。6月5日，桦山将舰上的临时总督府迁至基隆的税关（海关衙门）内（现今的复兴馆）。6月14日，筹划将清朝时期台湾省巡抚衙门(原址位于今台北市中山堂左侧，现已拆除)改为台湾总督府。6月17日，在数百名文武官员、英国德国领事及台湾士绅80余名观礼下，举行始政大典。另一方面，台南绅民听闻台北城陷，呈「民主总统」官印予刘永福，惟他仍以「帮办」自称，期间，桦山与刘永福留下着名的桦山资纪与刘永福往来书函；〈桦山资纪劝降书〉与〈刘永福致桦山资纪之覆书〉。1896年（明治2