徙封始平王司马玮为楚王，改南郡为楚国。晋惠帝元康二年（291年），复为南郡。东晋时，省石首县，松滋县改属安丰郡，鄀县改属襄阳郡，襄阳郡之临沮县改属南郡。宋文帝元嘉十八年（441年），旌阳县併入枝江县。宋孝武帝孝建元年（454年），州陵、监利二县改属巴陵郡。此时，南郡仅余江陵、华容、当阳、临沮、编、枝江六县。梁元帝承圣三年（554年），西魏攻陷江陵，次年立萧詧为傀儡皇帝，后梁仅据有荆州一州。
隋唐.隋文帝开皇七年（587年），灭后梁，废南郡，其地属荆州，置江陵总管。隋炀帝大业三年