后教育部取消甄审考试，改临时大学补习班为临时大学，以收容尚未毕业的在校学生。「伪中央大学」的学生分至南京临时大学、上海临时大学。1946年6月，教育部撤消临时大学，应届毕业生发给毕业证书授予学位，在校学生则按原学校院系与地区，分发至中央大学、安徽大学、交通大学、江苏医学院、浙江大学等校继续就读。抗战胜利后，中央大学于1946年迁回南京。经与金陵大学协商，汪精卫政权所办的中大校址和图书杂志归金陵大学，仪器设备和档案由中央大学接收。