在克莱蒙特会议演讲中，号召基督教徒前去征讨东方的异教徒，夺回圣地耶路撒冷，从而引发了十字军东征。1099年，第一次十字军东征获得耶路撒冷控制权，并建立耶路撒冷王国，拉丁礼宗主教区也同时被设立。当时宗主教区下设四个总教区和数个教区。可是于1187年，埃及穆斯林阿尤布王朝苏丹萨拉丁又重新佔领了耶路撒冷，宗主教教座搬到阿卡。1291年，教座迁往塞浦路斯。1295年，耶路撒冷宗主教区被降为领衔教区，教座改设在罗马城外圣老楞佐圣殿。1342年，时任教宗克勉六世正式承认方济各会会士为圣地保管人。1847年7月2