主要为农业植被和落叶阔叶林，山地、丘陵主要为针叶林、灌木和草地。2006年，专家在云蒙山发现了30余种稀有树种和不知名树种，包括血箭、楷树、模树等，其中一颗青檀树龄近千年。根据1980年的调查，肥城市709种动物，分属29纲。水生无嵴椎动物60种；节肢动物210种，以昆虫居多；两栖动物5种；爬行动物19种、鸟类35种、哺乳动物320种。根据1908年出版的肥城县风物志记载，当时肥城县境内有狐狸、貉、狼等野生哺乳动物，而现在肥城市境内的大型哺乳动物以人工饲养的为主。昆虫中有许多农林害虫，也有大量农林害虫的