南被孙中山嘱咐在香港发展地下组织，用以筹款支援西南边境以及黄花岗之起义。1911年，邓荫南在新安县（今宝安）一带组织民军响应武昌起义，任新安民军监督、开平民团总长。1912年底，邓荫南被任命为稽勋局名誉审议。邓荫南之后又参与过讨伐袁世凯、护法运动、驱逐莫荣新等等军事行动。1917年，邓荫南被任命为海陆军大元帅府参议。同年9月，邓荫南就任陆海军大元帅府军事委员会委员。1921年，邓荫南出任中华民国总统府参议、内政部农务局局长、东莞县县长、开平县县长。1922年6月，陈炯明发动政变，邓荫南曾举兵开平声援，又再次