98赛季，随着彭伟国和胡志军等实力派球员离队，以及没有二队造成青黄不接，还有部分垄断国企介入足坛，使俱乐部的竞争处于下风，球队最终以最后一名降入甲B联赛，而俱乐部则主动要求警方介入调查温俊武等部分球员的涉嫌赌球行为，成为当时的一大新闻。该年与广州松日的同城德比，裁判共向双方球员出示5红9黄，创造了中国职业足球至今在单场比赛出现红黄牌最多的记录。1999年，太阳神集团与广州市体委续签5年合约，但志在重返顶级联赛的广州太阳神队只能名列甲B第八名。2000年俱乐部投入超过2000万元，一名号称“塔瓦雷斯老师”