罗斯的支持下拥立八世哲布尊丹巴为“博格多汗”，宣佈外蒙古独立。末任库伦办事大臣三多等清朝官员被遣送出境。中华民国时期仍沿袭清代所置二十旗。1915年，外蒙古取消独立，改为自治，北洋政府置库伦都护使，驻扎库伦办事。1919年外蒙古撤销自治，北洋政府以徐树铮为西北筹边使兼西北边防总司令。1928年，国民政府设置蒙古地方，将土谢图汗部划为汗阿林盟。直至1946年，汗阿林盟在法理上仍为中华民国领土。
职官.每旗设札萨克协理台吉、管旗章京、副章京各一人。诸旗共设佐领五十七人：中旗