阿扎尔自治共和国国旗制定于2004年7月20日。这面国旗的左上角为格鲁吉亚国旗，其余部分是蓝色和白色条纹，共有七条。蓝色代表黑海，白色代表纯洁。在2000年6月至2004年7月之间，曾使用另一设计的国旗。旧版国旗为蓝底，左上有七颗七角星。阿查拉苏维埃社会主义自治共和国国旗则使用于1921年至1950年和1978年至1991年期间，设计是在格鲁吉亚苏维埃社会主义共和国国旗左上角的下部增加乔治亚文 （AASSR，是阿扎尔苏维埃社会主义自治共和国的简称）。