六年（1626年）授福建龙巖县县令，崇祯元年（1628年）授海澄县令，清廉自守，“吏事精敏，下不能欺”，龙岩人立生祠，树“余侯遗爱碑”，碑文：“相时以动，不弗人情，斯何等识力哉！……救荒发粟，施济众，真恺悌君子，民之父母也。”崇祯四年（1631年）授御史，七上弹劾首辅周延儒，下狱后继续纠劾。崇祯七年，出任湖广巡按，后为巡抚，镇压农民军，熊文灿上疏弹劾应桂“破坏抚局”，受杨嗣昌诋诬，被逮下狱。崇祯十六年，潼关失守，起为兵部右侍郎，出代孙传庭总督陕西军务，发帑金五万，行至山西，徘徊不前，被革职，由陕西巡