军分区启程前往北平以西的平西抗日根据地。1940年7月到8月初，抵达八路军平西挺进军司令部，为所属医院巡诊。1940年8月6日到8月中旬，赴晋察冀边区的唐县葛公村，在晋察冀军区白求恩卫生学校及附属医院任外科医生及外科教员。1940年9月20日，参加百团大战，率一支医疗队到晋察冀军区第四军分区南线抢救伤员。1940年10月，回到葛公村的驻地。巴苏华奉命去延安。1941年初，晋察冀军区白求恩卫生学校附属医院扩建，更名为白求恩国际和平医院，柯棣华被任命为第一任院长。1940年8月，柯棣华患绦虫病，1941