到后来上皇却催促希望朝廷迁都平城京，以便自己掌权。嵯峨天皇在忍无可忍的情况下，在810年九月十日剥夺药子的官位，药子与平城上皇随即想逃往东国，却受到坂上田村麻吕的军队阻挡，只好失意的回到平城京。之后上皇剃发出家，药子服毒自杀，其兄藤原仲成也被杀，史称「药子之变」。因为药子之变的关系，原本被立为嵯峨天皇皇太子、即平城天皇第三皇子高岳亲王被废太子，改由桓武天皇第三皇子大伴皇子为太子。平城天皇的两位皇妃朝原内亲王与大宅内亲王，也在812年时辞去皇妃的位子。平城天皇于824年过世，由于他住在平城京，故被称为平城