，因在清军面前处于不利地位，乃赴山东省烟台同各地民军合作。
北京政府初期的活动.中华民国成立后的1912年（民国元年）10月，商震任山东第2混成旅旅长。翌年5月，任北京政府陆军部顾问，被召还北京，因被怀疑参与二次革命，而遭京畿军政执法处处长陆建章逮捕。随后，通过和陆建章有姻亲关系的冯玉祥游说，商震被释放。1914年（民国三年）2月，商震被陆建章任命为河南省仓库总办。同年，陆建章赴陕西省镇压白朗镇压，商震随行，被任命为陕北卫戌司令部参谋长。翌年3月，升任陕西省第1旅旅长兼陕北卫戌