奏劾巡抚钱钺、总兵官焦俊等罪，改按察京畿，历任山西按察使。正德四年（1509年），升都察院右佥都御史，巡抚延绥。并参与平定安化王朱寘鐇谋反。正德六年（1511年），与总兵官马昂督军战，平定亦不剌寇乱。同年秋，入为户部右侍郎，总督仓场。改刑部左侍郎。宁王朱宸濠意图恢复护卫，黄珂坚持阻挡。正德九年（1514年），升任南京右都御史，拜南京工部尚书，之后致仕。卒赠太子少保，谥简肃。