航厦营运，美加、纽澳、日本与两岸航线则是在第二航厦营运。此外，华航及其子公司华信航空在高雄和台北松山和台南机场也都有营运航班，华信航空并将基地设在台中。华航在未包含子公司华信航空及台湾虎航的情况下，每日提供大约250个航班。直到2000年代中期，台湾主权问题对于中华民国的航空公司可否飞航特定国家有一定的影响，使得华航的航线网路受到限制。由于中华民国籍航空并无直飞中国大陆的航权，因此华航曾以香港做为转接目的地；至2008年起，华航开始经营直飞中国大陆的定期包机，并在该年12月开始改为两岸定期航班。Se