十四年（1616年），建州卫首领努尔哈赤叛明朝称汗建立后金。潘宗颜见辽东边备松懈，于是数次上书陈述辽东边备不足之处，朝廷却无接纳。只派他到辽东督办军饷，任监军，后升为开原兵备佥事。万历四十七年（1619年），明朝以杨镐为辽东经略，并且集结全国军队讨伐后金。潘宗颜向杨镐进谏北路军主将马林平庸，建议改换别人。可惜杨镐没有采纳，只派潘宗颜以参将身份协助马林。北路军出三岔儿堡，到稗子峪立营。夜间传来西路军杜松战败。马林下令北路军停止前进，驻尚间崖，依山结阵，命令潘宗颜和原西路军辎重营龚念遂等各率万人分屯裴芬