天福、陈水扁、李逸洋三人各八个月徒刑，三人入狱服刑。在陈水扁等人服刑期间，民进党成立，吴淑珍竞选立法委员获胜。1987年2月，陈水扁出狱担任吴淑珍的特别助理。
后续.此案被一部分人解读为普通诽谤刑事案件，同时被另一部分人解读为文字狱政治迫害事件。2007年6月22日，陈水扁说“我就是为了蓬莱岛案，我办杂志去批评，所以阿扁就是那时候，没有新闻自由（入狱），我是一个受害者。”2003年，宋楚瑜指控陈水扁没有资格在美国领取人权奖，因为陈水扁是诽谤他人而入狱，并不是为人权奋斗而入狱