慈云寺至迟建于明朝万历二十年（1592年）。康熙十四年（1675年），顺治帝所封的“大觉普济能仁玉琳琇国师”在此圆寂。雍正十一年（1733年），雍正帝下令由淮关监督年希尧督建慈云寺，干隆四年（1739年）建成。“慈云禅寺”占地25亩，有山门殿、天王殿、大雄宝殿、藏经殿、国师殿五重殿宇，其中国师殿为慈云寺独有。干隆帝南巡时曾多次游览该寺。咸丰十年（1860年），捻军攻打清江浦时，慈云寺毁于兵火。1882年重修。1918年，重修的大雄宝殿再度毁于战火。1949年以后，住持大禅被赶出寺庙。慈云寺先后被花纱布公司