北魏还特为鲜卑本族或其他民族（汉人除外）设置领民酋长来管理该族，地位只次于州刺史。又延续十六国政区，设有管理州境内其他民族的护军。其地位等同郡守，至457年废除。还有镇戍制，于重要的军事要地设镇。镇由镇将管理，下置戍，由戍主管理。其中又以巩固首都平城的六镇，自孝文帝迁都后势微。六镇民变后，北朝的镇戍专管军事，不再具政区性质。
行政区划.下表为北魏永安二年（529年）的行政区。