南溪及三栈北溪两条支流，流域位于花莲县北部之太鲁阁国家公园东南侧，行政区域为新城乡，面积约佔太鲁阁国家公园的十分之一。以三栈南溪为主流，发源于海拔3,101公尺帕托鲁山，向东流经水源村、佳民村、景美村，到三栈社区、南三栈后，与三栈北溪汇流，继续向东流经北回线及台9线后，以东南方向注入太平洋。