5世纪，基督教改革者扬·胡斯发起的基督教运动，成为欧洲宗教改革的前驱者。天主教会在1415年康士坦斯大公会议（Council of Constance）中，宣判这个教派为异端。1414年，扬·胡斯遭到逮捕。在1415年康士坦斯大公会议中，扬·胡斯被认定是异端，遭火刑处死。胡斯派信徒与天主教会之间爆发胡斯战争。2010年，新教基督徒佔捷克人口的1％，其中有0.5％属于，0.4％属于，其余0.1％属于。历史上与捷克有联系摩拉维亚弟兄会也有少数信徒。
佛教.在2001年的人口普查中，