同年底在台北市南区当选为立法委员。任内强力监督于1990年上任的郝柏村内阁，其间并揭露质询郝柏村紊乱体制、每月在行政院召集参谋总长至军团司令等高级将领开军事会议（却刻意排除文人国防部长陈履安），破坏军政军令分立，侵犯总统的统帅权。叶菊兰于2000年政党轮替后入阁担任交通部长，行政院长是曾任参谋总长与国防部长的唐飞。叶菊兰在张俊雄与游钖堃内阁担任客家委员会主委时，郝龙斌是环保署署长。叶菊兰之后陆续成为行政院副院长、任务型国民大会议长、总统府秘书长，都是第一位出任这些职务的女性。