跟随署长蒋廷黼与联合国善后救济总署（简称「联总」）协调在中国的战后重建和救济工作。然而，李卓敏及其部下合共六名行总高层在1947年8月被密告贪污渎职，罪状包括私吞救济物资和敲诈行总运输承办商等；其中李卓敏更被指生活穷奢极侈，他除了从敌产管理处领得前属于汪精卫的上海私邸作为官邸，府上仆役更多达18人，其中两人由行总支薪，另外府上的两部医院用冷藏器，也是由行总提供。未几，李卓敏再被指控任人为亲，当中包括于1946年初派员30人出访美国时，把挂名为分署专员的胞妹李卓衣安插其中，此后一直未有返国；其后行总于1946