留了地方作为该馆第二期的发展用途，现时作为停车场之用。第二期建筑物面积为8,000平方米，预计耗资2亿港元，正等待政府批准拨款。 而馆方正计划增设的永久展览包括「镜花缘」、「环保廊」及「安全健康科学廊」。「镜花缘」曾在2002年展出，参照清朝着名小说《镜花缘》，以镜及光学为主题。「环保廊」由香港赛马会赞助，介绍环保知识，展品包括模拟的水族馆。「安全健康科学廊」则是由职业安全健康局协助设立，介绍职业安全常识。唯扩建工程一直未能成事。到2014年4月，总馆长薛雯透露，有五个展厅已列入更新计划，原有生命科学厅