涯中曾经历多次教宗选举秘密会议，虽有强大的法国支持，但依玻里多二世在6次选举中皆与教宗宝座无缘。
死亡及遗产.依玻里多二世于1572年患上严重的疾病，同年12月2日下午逝世。遗体在安葬，圣堂在他的别墅附近。现今位于摩德纳的公爵宫中保有超过2,000多封依玻里多二世生前的书信及200余本帐本。英国学者玛莉·霍林斯沃斯（Mary Hollingsworth）根据这些资料完成着作《枢机的帽子：金钱，野心和波吉亚王子在王室的日常生活》（"）。
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