土方率领额兵队直扑松前城（福山城），未几应声陷落。同时、榎本武扬率领海军掩护、但开阳号军舰却在江差沖遇上暴风雨而触礁沈没。12月15日榎本为招待各国领事返回五稜郭，并举办亚洲第一次记名选举。开票结果，由通晓国际公法的榎本武扬担任总裁，并公告列强，成立虾夷共和国继续对抗新政府军。土方就任陆军奉行并（陆军副司令，中将缺）、兼箱馆市中取缔（警察总长）及陆海军裁判局长（陆海军宪兵总监）。先有近代东洋海战史首见之接舷作战，也就是着名的宫古湾海战，土方以回天一舰突入新政府军泊地，强袭官军旗舰甲铁，但因甲铁拥有新兵器