国元年（1912年）9月，任北京政府海军部参事。旋授海军少将衔。民国2年（1913年）8月，任第一舰队司令。民国5年（1916年），孙中山发表了恢复《中华民国临时约法》的宣言之后，林葆怿等人宣布海军独立，通电参加护法。民国6年（1917年）6月，大总统黎元洪解散国会，孙中山于上海推动护法运动。同年7月，林葆怿借舰队学习鱼雷的名义，率海圻舰等15艘军舰开赴广东参加护法。同年8月，任广州军政府海军总司令。民国7年（1918年）2月26日，任广州军政府海军总长。同年4月，非常国会通过了军政府改组案，实行“七总裁制