进入了肥后国最有名的地方学习儒家思想，更成为了驻校寄宿生。明治维新后，井上毅到日本法务省工作，并被派到德国和法国留学。回国后，他成了大久保利通的门徒，并伴随他到北京和清朝在牡丹社事件方面谈判。在大久保利通遇刺后，他跟从伊藤博文和岩仓具视工作，并成了元老院的一员。
官僚生活.在1875年，井上毅利用他在欧洲的所见所闻和外语能力，以及岩仓具视的支持，从普鲁士和比利时两国的宪法中抽取精华，并翻译成《帝国宪法》这巨作。岩仓具视更鼓励他帮忙起草新日本宪法。他又参与皇室典范及教育敕语的制定