地义和拳、大刀会等一律改称“民团”，允许朱红灯所部义和拳建旗帜，皆署“毓”字。自此，山东义和团声势愈张。外国认为毓贤镇压不力，视其为纵容义和团的“罪魁祸首”，美国驻华公使康格要求清政府撤换毓贤，清政府因此撤换毓贤，改派袁世凯任山东巡抚。毓贤在京向端王载漪、庄王载勋、大学士刚毅等力荐拳民可用，获准面见慈禧太后，1900年被重新起用为山西巡抚。任山西巡抚时，毓贤排外更加激烈，唆使义和团焚烧教堂及屠杀教民，对拳民首领款若上宾。之后对传教士假称兵力不足，未能在各县对其保护，设计命全省教士集中到省城太原一室之内。