淡水国小前身为淡水国语传习所，设立于1896年（明治29年）9月7日，校址初设街东义应宫。1898年（明治31年）10月1日，改制为沪尾公学校。同年，迁移至现址。1911年（明治44年），改名为淡水公学校。1941年（昭和16年）4月1日，全台公学校、小学校改制为国民学校，本校为避免与原淡水寻常高等小学校（战后废校，原址今为新北市立淡水国民中学）同名，改称为淡水东国民学校。1945年（民国34年）第二次世界大战日本战败后，国民政府接收台湾。1946年9月，本校改称为台北县淡水镇淡水国民学校。