府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、川越县、山上县、宫川县、宫津县、吉见县、膳所县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「甲贺郡」，并在水口村（位于现在的甲贺市）设置郡役所。