默克索引》亦在附录中记载了不少的命名反应。在二十世纪的有机化学发展期间，化学家普遍接受将应用层面大的人工合成的化学反应以发现者来命名。在多数情况下，这些名字可帮助记忆和便于进行交流。然而有部分命名反应与其发现者不相符，例子包括伯奇还原反应、Pummerer重排反应等等。虽然有以化学的反应机理或整体的转变作为准则的系统性方法（例如有针对整体的转变而设立的IUPAC命名法），但却有冗赘或不够独特的缺点，因此人名来命名仍属于最有效的交流方式。