于晶圆上元件的位置和连接有更多的控制权，而不像可编程逻辑器件途径，只能选择使用其中部分硬件资源，从而造成部分资源被浪费。专用集成电路的面积、功耗、时序特性通常可以得到更好的优化。然而，专用集成电路的设计会更加复杂，并且需要专门的工艺制造部门（或者外包给晶圆代工厂）才能将GDSII文件制造成电路。一旦专用集成电路芯片制造完成，就不能像可编程逻辑器件那样对电路的逻辑功能进行重新配置。对于单个产品，在专用集成电路上实现集成电路的经济、时间成本都比可编程逻辑器件高，因此在早期的设计与调试过程中，常用可编程逻辑器件，