真道等新的道教教派。最后全国形成了真大道教、正一道和全真教三足鼎立的局面。
元朝.成吉思汗信奉萨满教，崇拜“长生天”。元朝皇室祭祖、祭太庙或皇帝驾幸上都时，都由萨满教主持祭祀。成吉思汗和他的继承者对各种宗教采取兼容并蓄的政策。忽必烈时期藏传佛教取代了萨满教在宫廷里的地位。八思巴被奉为国师，曾向忽必烈及其王后、王子等多人灌顶。但底层蒙古人社会仍然大多信奉萨满教。其他民族则信奉伊斯兰教、佛教、道教及基督教等。元朝僧人有免税免役特权，致使一些不法之徒投机为僧，甚至干预诉讼，横行乡里，