。除不洁器具导致的感染外，操作不当还可能引起肠穿孔、过量液体吸收而引起的心力衰竭、电解质失衡等。
医学用途.灌肠的主要医学用途有：直到20世纪，有些地方（例如美国）灌肠是很常见的程序，被用来治疗发热。另外产妇临盆之前用其引发分娩并防止分娩过程中的粪便感染，不过现在因为优点不明显而且不舒服已不常用。
使用方法.现在多数灌肠剂是一次性用途的瓶装，上端带有管状开口；有些是带肛管的一次性袋装。因为消毒的困难，可重复使用的灌肠用具现在主要限于个人自用。除作为对高