汉三和部下经过策划，马汉三亲自指挥，将居住在北平铁狮子胡同的两位到北平视察的日本天皇特使枪杀于锣鼓巷附近。日本当局随后展开大搜捕，接连破获了马汉三在北平、张家口等地的地下特务组织，逮捕许多地下人员。马汉三遭到日本当局通缉，逃到张家口、绥远地区，后独自逃往香港。马汉三在北平的寓所及在绥远的家先后遭到查抄。马汉三前妻朱凤珍被逮捕后关押一年多，受尽酷刑，两岁的女儿夭折。马汉三的叔父马德明由于不明局势，背着红薯到北平马汉三寓所探望马汉三，遭日军逮捕后拷打而死。民国三十年（1941年）初，马汉三出任军统局五原办事