犍为郡、牂柯郡所辖的部分县也位于今云南境内。三国时蜀汉建兴三年（225年）诸葛亮平定南中诸郡后，将云南地区改设为7郡61县。到南朝梁末，萧梁王朝终止了宁州刺史的派遣，云南境内实由爨氏等地方氏族统治，郡县大多已废弛。此后北周在建德六年（577年）征服云南。隋唐时期，中原王朝在云南设置了多个总管府、都督府，下分众多羁縻州。南诏到大理国前期，云南划分为10赕、6节度和2都督，大理国后期改置为8府4郡4镇，此外管辖有37个主要部族。元宪宗蒙哥征服云南后，在至元十年（1274年）设置“云南等处行中书省”，下辖若干县、