（民国32年）10月，调任军事委员会特派驻华北委员，获授陆军上将。翌年3月，任驻华北军务长官。1945年（民国34年）4月，任军事委员会参谋总长。翌月，任军令部部长。抗日战争胜利后，胡毓坤被蒋介石的国民政府逮捕。1946年（民国35年）5月24日，以汉奸罪在南京被判处死刑，6月25日在南京被处决，享年52岁。