中研院院长翁启惠在立法院教育及文化委员会答询时表示，评议会讨论后的三位院长人选名单，会在一个月内送总统府供圈选，不会因为郭位退出遴选而改变名单。2016年5月1日，延续先前的争议，中研院院士项武忠接受风传媒专访证实，已发起连署35名院士共同致函总统马英九，吁请马英九退回院长候选人名单。项武忠说，中研院评议会有一半评议员皆为非院士的所长级人员，存在各种利益纠葛，让中研院的运作变得太政治化。2016年5月12日，总统府致函中研院与3位候选人，表示「贵院此次依评议委员会会议规则相关规定遴选新任院长之过程，于法