后，牧首驻地又迁回圣索非亚大教堂。1453年拜占庭被奥斯曼帝国征服，圣索非亚大教堂也被强行改为清真寺。从那时至今，君士坦丁堡牧首的驻地是位于法纳尔的圣乔治座堂（“白光塔”）。
君士坦丁堡牧首的特殊权限.由于君士坦丁堡正教会对芬兰正教会和爱沙尼亚使徒派正教会（均为自治教会）有管辖权，君士坦丁堡牧首拥有按立这两个教会的大主教的权力。另外，加拿大乌克兰正教会及美国乌克兰正教会也于20世纪末加入了君士坦丁堡教会内。