加入原由阿公店辨务署所属的嘉祥内里，和原由阿缑辨务署所属的港西上里的弥浓、龙肚、新威、月眉和旗尾地区。1901年11月，因办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事务上的欠缺灵活，而废止「三县四厅」，设「二十厅」之行政单位，划分台南县为嘉义、盐水港、台南、蕃薯藔、凤山、阿猴等六厅。1904年4月，港西上里的中坛一带自阿缑厅划入蕃薯藔厅。1906年2月，山杉林支厅迁至阿里关庄甲仙埔，并改称为「阿里关支厅」。1907年12月，关支厅的沟坪区划入蕃薯藔厅直辖。明治42年（1909年）1