但孔子像已经迁入，所以此处只好继续供奉孔子。明朝洪武初年，定都南京，元大都改为北平府，元朝的国子监改为北平府学，报恩寺作为大兴县学。明朝永乐元年（1403年），北平府升为顺天府，北平府学又改为国子监，同时撤销了大兴县学、宛平县学，将大兴县学所在之处改为顺天府学。《光绪顺天府志》记载，顺天府学的西部为学宫和孔庙，东部为文丞相祠，再往东为文昌祠。顺天府学门前的东、西两侧建有育贤坊。如今，顺天府学尚存孔圣殿、明伦堂遗址、魁星阁遗迹等等，1984年定为北京市文物保护单位。顺天府学的旧址，现为北京市东城区府学胡同小学