建功毕业于日本东北帝国大学（今东北大学）并于1929年取得理学博士学位。他是第一个获得日本理学博士的中国人，也是在日本取得这一荣誉的第一个外国人。1919—1920年任浙江甲种工业学校(浙江大学工学院前身)教师。1921年任教于国立武昌高等师范学校（武汉大学前身)。1929—1952年任浙江大学教授，曾任数学系主任多年。期间于1946年2月到4月，陈建功曾以国立台湾大学教务长身分代理校长一职。1955年，陈建功当选中国科学院院士。
家庭.陈建功之子陈翰馥是控制论专家，亦为中国科学