抗日战争结束后，在中国的反内战运动中，燕树棠是《国立西南联合大学全体教授为11月25日地方军政当局侵害集会自由事件抗议书》的八名起草委员之一。同年，一二·一惨案发生后，燕树棠为国立西南联合大学法律委员会委员之一，对前云南省警备司令关麟征、国军第五军军长邱清泉等涉案人员提起诉讼。1949年后，燕树棠在武汉大学法律系编译室、武汉大学图书馆工作，并且兼任湖北省政协委员、湖北省政协政治学习小组副组长、中国对外文化协会武汉分会理事、中国政法学会理事会理事等职。在中共领导的历次政治运动中，燕树棠多次遭到打击迫害。最