用作消毒，或治疗白点病等疾病。0.3ppm的亚甲蓝溶液可以防止水霉菌的发生。1ppm的亚甲蓝溶液用于一般体外虫的防治。2ppm的亚甲蓝溶液用于体外虫的治疗。
疟疾.亚甲蓝的发明人保罗·埃尔利希在1891年就发现它会对疟原虫染色，因此推断其有可能治疗疟疾。 太平洋战争中，日军与美军都使用亚甲蓝作为抗疟药。但因为其暂时性副作用--服药者会出现尿液与巩膜（即眼白）变蓝色或绿色（低剂量时）--不受士兵们喜欢而在战后淡出舞台。近来研究证实了亚甲蓝抗疟的确切性，特别是其廉价性。