包裹各种酶的蛋白质外壳制成。 这些隔室通常约100-200纳米，由互锁蛋白制成。 一个众所周知的例子是，它包含碳固定中涉及的酶，如RuBisCO。
生物分子缩合物.非膜结合的细胞器可以形成为生物分子缩合物，其通过高分子的聚集，寡聚化或聚合而产生，以驱动细胞质或细胞核的胶体相分离。
细胞骨架筛分.虽然细胞骨架不是细胞质基质的一部分，但是这种细丝网络的存在限制了细胞中大颗粒的扩散。 例如，在一些研究中，大于约25纳米（相当于为核糖体大小）的示踪粒子被排除在细胞