进呈自鸣钟、《圣经》、《坤舆万国全图》、大西洋琴等方物，得明神宗信任。同年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京。但中国的朝廷根本没有注意到，利玛窦长住北京的目的是为了传播天主教。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以中文写成的《二十五言》等，得到不少中国知识分子的尊重。史册记载：「自玛窦入中国后，其徒来益众」。到了1605年（万历三十三年），北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最着名的，也是后来影响最大的是进士出身的