见识到一支纪律严明、给养充足，领导有方、作战有素、富有默契的军队。1557年倭寇首领王直被捕后，余党由舟山群岛南迁，为祸福建和广东。1562年6月，戚继光率军援救福建以抵御倭寇，多次战胜后返回浙江。12月，倭寇援兵大量抵达，攻陷福建各地，包括平海卫城和兴化府城。倭寇之乱以来，这是第一次连府城也沦陷，远近震动。次年初，戚继光获任命为副总兵，负责福建北部沿海防务；谭纶获任命为巡抚，提督福建军务。二人齐心协力，重挫倭寇，在5月时收复平海和兴化，并摧毁倭寇在福建沿海最后的基地。1563年，戚继光升任为都督同知，