9月的江浙战争中率闽厦海军舰队和海军陆战队参加了淞沪浏河战役，并取得胜利，同年9月北洋政府任命其为中华民国海军副总司令、海军中将并胜威将军称号，10月段祺瑞上台后，杨树庄出任中华民国海军总司令一职。北伐战争时，杨树庄于1927年3月14日率领海军归附国民革命军，电令各军舰易帜，并帮助北伐军攻取南京。同年4月四一二事件爆发，杨树庄应令主持海军的清党工作，解散了共产党组织的“新海军社”，但同时又将新海军社名单付诸一炬。4月18日，蒋介石另立南京国民政府，杨通电拥护，并出任国民政府委员、海军总司令兼福建省政府