西北隅以社学改建，而沿用旧名，重建书院，但万历七年(1579)，宰相张居正下令拆毁天下书院，应天书院遂废。清干隆十三年(1748年)知府陈钖格又重修应天府书院，但为时不久，书院又废。
教学.
概况.宋真宗大中祥符二年(1009)，范仲淹慕戚同文之名，从山东淄州(今淄博)求学于南都学舍。当时书院由戚舜宾主理，办学时奉以「制为学规，课试讲肄，莫不有法；宁亲休沐，莫不有时；曲尽人情，人尤乐从。」应天府书院当时的执教者多是戚同文的再传弟子，均为书院的名师，授以儒家经典