南宋干道七年（西元1171年），被称为毗舍耶人的菲律宾人到达澎湖，强行收割岛上作物，攻击澎湖居民。泉州知府汪大猷于是派兵赶走毗舍耶人，并遣兵戍守澎湖，并造屋两百间，以防止毗舍耶人的再次侵扰。
元朝.澎湖群岛在元朝统治时曾设置澎湖寨巡检司，或称澎湖巡检司，设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及元史、新元史，考定：「蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准备。该地方区划隶属于元帝国福建泉州府，主官为澎湖寨巡检