年阴历2月将邸宅迁到了三条坊门万里小路的新邸。其间义诠着手整备诉讼制度，缩小了评定众、引付众的规模，试图扩大将军的亲政权（御前沙汰）。在同园城寺和南禅寺的争端中，义诠派今川贞世（了俊）管领园城寺，并毁弃了逢坂关。1366年斯波氏失权，细川赖之成为管领（贞治之变）。1367年阴历11月，义诠将自己和侧室纪良子所生的幼子足利义满託付给了细川赖之，翌月病死，享年38岁。死前的两天，足利义诠大量喷出鼻血，这在三条公忠的日记《后愚昧记》中有记载。根据足利义诠的遗言，遗体被埋葬在了观林寺（今善入山宝筐院）五轮石塔（