以岷江为长江之发源，这是受到《尚书·禹贡》的误导。大陆郦学专家陈桥驿甚至认为郦道元并没有到过三崃，实是参考袁山松的《宜都记》。《水经注》喜引奇文，有时并不加以考订，清人全祖望称其“过于嗜奇，称繁引博”，凌扬藻也说“但嗜奇博，读者眩焉”，卷一还包括印度河和恒河的上源在内，也存在不少错误，明代杨慎称其“泛引佛经怪诞之说，几数千言，亦赘已”，周婴亦提出过批评：“皆蹑法显之行踪，想恒流之洄洑，其间水陆未辨，道里难明，所计差池，厥类亦众。”，黄宗羲亦称“开章河水二字注以数千言，援引释氏无稽，于事实何当，已失作者之意”