瓜笄霉带有小孢子囊（sporangiola）的孢子囊柄直立、透明且无分枝，顶端膨大长出棒状囊泡，从囊泡中产生二分枝状，亦呈棍棒状的二级囊泡。小型孢子囊为不开裂的，呈椭球状，颜色为棕色至深棕色，具有明显的纵向条纹，尺寸为12-20μm x 6-12μm。孢子囊呈球状，含有多枚孢子，最初的颜色为白色至黄色，成熟时呈浅棕色至深棕色，尺寸为40-160μm。来自孢子囊的孢子囊柄呈椭圆形至宽椭圆形，颜色为棕色至深棕色，具有细小透明极性附属物的不透明条纹，尺寸为16-20 µm x 8-12 µm。