1949年之后，国共对峙，使金马地区成为台湾、福建两地之折冲要角，其中还出现过古宁头战役（1949年）及八二三砲战（1958年）的小型战役。金马地区一方面要面对大陆的统战攻势，另一方面又有战地政务的限制，金马地区也要设法避免被边缘化。2001年，福建省的马尾、厦门与马祖、金门之间实现了通商、通航和通邮，让金马离岛快速与世界接轨，金门人可以运用对岸福建省的资源，促使相关产业升级，而发展出新的营运模式。
军事.1949年后，中国大陆在包括福建在内的东南沿海佈署可随时候命攻击台湾本土的飞