研院名号抨击旺中购併案，质疑该研究单位的正当性。蔡正元要求翁启惠节制黄国昌的言论，并扬言：「黄国昌若继续这样，明年中研院法律所预算砍一半。」针对此事件，相关团体抨击蔡正元不应以删除预算为要胁打压学术与言论自由，台湾学术界并发起连署，向时任国民党主席马英九以及行政院长陈冲抗议，要求承诺反对并约束以政治力打压公共言论空间的行为。
旺中案走路工事件.《中国时报》2012年7月27日，在2版以4分之3的版面报导7月25日有上百位以各种方式遮掩脸部的学生，出现在NCC大楼前抗议购併案，现