4月1日，国铁分割民营化后该台机车被东日本旅客铁道继承，并配属于高崎运转所（今高崎车辆中心）。EF55-1号机车完成复原后，主要担当上越线高崎至水上间开行的“EL&SL奥利根号”和“EF55奥利根号”临时快速列车的牵引任务，在通常情况下并会以EF64型电力机车（1001）担任补机，机车上亦安装了ATS-P型列车自动停车装置。2006年3月25日至4月3日期间，为纪念位于东京千代田区神田须田町的交通博物馆闭馆，将EF55-1号机车特别展示于博物馆侧的旧万世桥车站。同年12月2日，这台机车牵引“EF55型诞