用三菱制牵引系统的现代化列车专属定修厂（大修仍由九龙湾车厂担当）。车厂内设有8个维修车坑及14条泊位轨道，为列车提供定修及停泊空间，并设有试车线。另外，厂内亦设港铁员工康体中心，供港铁职员作消闲联谊之用。2008年至2011年，柴湾车厂为所有港铁市区线现代化列车进行多用途空间改造工程。
小蚝湾车厂.小蚝湾车厂是东涌线、机场快线和迪士尼线的车厂，位于大屿山东北部的小蚝湾填海地，机场快线和东涌线主线北侧，行政上属于离岛区，但亦接近荃湾区。该车厂由梁柏涛建筑师楼设计，承建商是瑞安建业