香港出任英国驻港商务专员，两年后于1940年1月以商务参赞衔调返英国驻上海总领事馆署任商务秘书（一等），并于同年7月获得实任。当时正值第二次世界大战，他的其中一项任务是调查纳粹德国在华的经济活动，并设法切断纳粹德国在华的经济供给。及至1941年12月太平洋战争爆发后，上海租界落入日军手上，胡阶森与家人一度遭日军拘禁，但随后因其外交人员身份获遣返到非洲一处中立地点，这使他得以在1943年6月前赴重庆，跟随迁到当地的英国驻华大使馆工作。1945年8月二战结束后，他返回上海复任原职，至1947年10月以五等外交事