生物有机化学与生物无机化学一般是相对的，不过在某些方面，如在研究金属酶和辅因子时，两者亦有很大的重叠。生物有机化学是生命科学的一个分支，是用化学手段处理生物学过程的学科。
与有机合成的竞争.目前生物有机化学的发展，与经典的有机合成方法竞争越来越多，许多有机化合物（原料）可由生物催化剂合成。这亦带起了一个新的催化方法，称为“黑盒催化”，以代替从前将酶从分开的溶液中带进反应的方法。起始材料则称为基材。在工业生产中日益重要的今天，可以通过选择有针对性的酶，而获取更佳对映体纯度，一个对