。后为策应陕西护国运动，乔装成商贩徒步回陕。民国五年（1916年）袁世凯死后，加入皖系的陈树藩任陕西督军兼省长。井勿幕对此深表不满，便前往北京联络革命志士进行反陈树藩的斗争。
护法运动与身亡.民国六年（1917年）3月出任关中道尹，同年8月离职，闲居西安。12月，陕西的国民党革命派胡景翼、曹世英等人响应孙中山号召，加入护法战争，次年（1918年）1月成立陕西靖国军，胡景翼任右翼总司令，曹世英为任左翼总司令。8月，于右任就任陕西靖国军总司令，将靖国军整编为六路，分道进攻陈树藩