初立时，丘逢甲大力推动恢复本来的姓氏，于是广东、福建一带很多丘姓族人，尤其是与丘逢甲同属一个方言群的客家人恢复「丘」姓，但仍有不少丘姓族人继续保留「邱」。1891年至1898年康有为在广州授徒讲学，力图以教育兴国，鼓吹变法，培养出了梁启超、陈千秋、麦孟华、徐勤等一批政治家和学者。他们后来都成为戊戌变法的骨干人物。丘逢甲于1896年6月首次到万木草堂，其时草堂已被清廷取缔，屋宇也早也归还丘家。丘逢甲在此先后拜见了广东巡抚许仙屏、翰林院编修刘葆贞、菊坡精舍山长梁诗五等。这也是丘逢甲第一次到广州，在邱氏书