佛堂内供奉持金刚，并派人赴南京请求明朝朝廷护持。洪武二十六年（1393年），明太祖朱元璋赐名“瞿昙寺”，并任命三丹罗追为西宁僧纲司都纲。明朝初年的四位皇帝（明太祖、明成祖、明仁宗、明宣宗）先后下了7道敕谕，派太监率工匠历时36年修建完成瞿昙寺。其中，明朝永乐年间，明成祖下令扩建瞿昙寺，并且用行政命令扩大了该寺上层僧人的宗教首领地位及经济特权。明仁宗、明宣宗进一步扩大了该寺的政治经济特权。明朝宣德二年（1427年），仿北京紫禁城太和殿的瞿昙寺隆国殿完工，瞿昙寺的规制更加宏伟。明朝初年，朝廷封瞿昙寺创寺僧人