建交。中华人民共和国于1992年在爱沙尼亚设立大使馆，并在翌年遣使到该国；爱沙尼亚于1997年在华设大使馆，在2002年首度向中国派驻大使。第十四世达赖喇嘛曾于1991年到访爱沙尼亚。2011年8月，达赖再次访问爱沙尼亚，并与爱沙尼亚总统托马斯·亨德里克·伊尔韦斯非正式会面；中国外交部召见爱沙尼亚驻华大使，要求他就达赖访问当地给予解释。中华人民共和国政府又对此表示抗议，批评爱沙尼亚接受达赖访问是干涉中国内政，损害了两国关系；其后，中华人民共和国拒绝向参与接待达赖喇嘛的爱沙尼亚学者和官员发放签证。20