分成两项路基桥樑复建工程，十八重溪桥、陈有兰溪桥、笔石桥先于2003年12月动工，松泉桥、神和桥与爱玉桥则于2004年3月动工，工程全採用长跨径箱型钢梁。2006年10月26日，台21线十八重溪桥～爱玉桥等六座桥樑全线通车。由于丰丘明隧道南端路段，受到土石流及边坡坍塌，造成台21线中断，故公路总局于2006年间办理规划「台21线丰丘明隧道改建桥梁工程」。2007年1月9日公告，为配合玉长公路通车，台18线有15公里路段併入台30线。2007年6月，为配合高铁嘉义站的启用，公路总局将阿里山公路起点西迁，总