皇帝查理五世手中得到马耳他岛作为新的基地并经受了土耳其人又一轮围攻，直到拿破仑时期被法军占领驱逐。条顿骑士团于十字军后主要从事于在东欧等地的拓张，与当地民族如波兰人、罗斯人爆发了一系列冲突，后分裂，其东部于15世纪坦能堡会战后被击溃，西部则于16世纪改宗，成为了普鲁士王国的源头。医院骑士团和条顿骑士团先后再次重建，但已成为纯粹世俗的普通组织直到今日。现在的马耳他骑士团是一个欧洲规模较大的慈善机构。