号线车站为地下双层三跨车站，岛式站台设计，车站工程结构全长235.8米，主体建筑面积10828平方米。16号线车站为地下双层车站，岛式站台设计，站台宽14米。两线站厅间通过换乘厅相连接，实现换乘。7号线达官营站附属风道结构及湾子站－达官营站区间下穿莲花河，其中风道宽10米，高13米，为北京地铁建设中最大的穿越河道的断面。为防止施工中渗水，施工方对河道进行了防渗材料的铺衬。
站厅及换乘.达官营站7号线站厅呈东西向布置，位于地下一层，付费区布置在站厅北部。建设中的16号线站厅呈南北