处于一种动盪不安的局势中，最后也仅完成对洛杉矶公羊队的主客场双杀，拿下仅有的2胜，以2胜14负结束球季；2017年休赛期期间四分卫卡佩尼克离开，但也在这期间找来上季担任亚特兰大猎鹰队进攻组教练的Kyle Shanahan担任新球季的主帅，期盼能将帮助亚特兰大猎鹰队打进超级碗的经验能够帮助49人队，完成重建的工作，重返荣耀。
现今.2017年赛季，49人队开局相当不顺，尤其四分卫的表现更是惨担，导致前11场比赛就输掉10场，而49人队也在第10场打完也作了交易决定，向爱国者队换来替补