和国实际管辖范围内的地方政府很快被重组。马洛洛斯的国会通过的一项重要法令之一是通过提供国家贷款来平衡菲律宾共和国的大额开支。在1898年6月12日《菲律宾独立宣言》发表后，菲律宾革命军更名为菲律宾共和军。随后，1898年9月28日，阿奎纳多任命安东尼奥·卢纳为作战助理。与此同时，革命者在马洛洛斯设立了菲律宾的第一所军事学校。共和国在内政方面着手于建立各级地方政权，将教会土地收归国有，租给农民耕种；外交上争取各国的外交承认，采购军火。由于美西和约规定菲律宾被割让给美国，菲律宾共和国政府亦积极反对美国参议院