明，且还有更多种生活在海洋中的真菌可能尚未被发现。许多海洋真菌难以在实验室中培养，但可透过分析海水样本中存在的rDNA序列以推知生活在海中的真菌种类。不同的海洋栖地适合不同海洋真菌的生长，海洋真菌较少悬浮于海水中，多寄生于动植物，或在动植物的残骸上行腐生生长。海洋真菌所生产的次级代谢物在工业与医疗上可能有很大的应用潜力，已有相关的抗癌药物正在开发中，还有一种的子囊菌"Ascochyta salicorniae"生长在海藻上，其生产的一种次级代谢物可能有治疗疟疾的功效
种类与分布.