站也记述在1964年（昭和39年）废止的（荒尾市电）荒尾站。
车站构造.车站是一座地面车站，设有2面4线的岛式月台和多条留置线。各月台之间设有跨线桥连接。此站是直营车站，设有绿色窗口、。在绿色窗口发售的车票中，为了区别东海旅客铁道（JR东海）东海道本线（美浓赤坂线）荒尾站，此站会印上「」。而在此站经自动售票机发售的车票中，普通入场票会印上「」。
旧・市电荒尾站.在JR荒尾站东北方，近大牟田一方平交道的路上曾经设有荒尾市电荒尾站（开设时为市电荒尾站）。