位圣徒的圣髑重新安葬在新教堂内，查士丁尼和他的家人的陵墓修建在教堂北翼的底部。在700多年内，圣使徒教堂是君士坦丁堡的第二大教堂，仅次于圣索菲亚大教堂。但是圣索菲亚大教堂位于城市最古老的部分，而圣使徒教堂位于大大扩展后的帝国首都的中心部分，主干道梅塞大道上，因此是城内最热闹的教堂。大多数皇帝、许多牧首和主教都埋葬在这座教堂内，在数百年间，他们的遗体受到信徒的尊敬。据该教堂所称，最珍贵的圣髑是圣徒安德烈、路加和提摩太的头骨，此外还有金口若望和其他教父、圣人和殉道者的遗物。该教堂还拥有一部分“鞭打柱”