后何应钦向蒋介石建议把刘峙调洛阳任第一战区副司令长官兼新兵督练公署主任。不久又调宜昌任湘鄂川黔边区绥靖公署主任。后武汉陷落，宜昌吃紧。蒋介石派陈诚兼任第六战区司令长官，驻恩施。1939年刘峙调任重庆卫戍总司令。任不久派出高级参谋，与川军邓锡侯、潘文华、刘文辉结为拜把兄弟，并派川军李根固为重庆警备司令。刘自己兼任重庆防空司令，组织工程处，构筑对空防御工事，大挖防空洞。后来又在綦江、涪陵分设卫戍分区司令。1941年6月，日军对重庆发动大空袭，发生隧道惨案，身兼防空司令的刘峙受压被撤去防空司令职务，交中央审讯，由