鱼都无法适应这低温的溪流环境，故鱼类种类较少。经调查北坑溪鱼类计有短吻红斑吻虾虎、台湾铲颔鱼等两种淡水鱼类，及拉氏清溪蟹等淡水蟹一种。北坑溪与大安溪汇流口调查到台湾铲颔鱼、台湾间爬岩鳅、台湾石宾等三种淡水鱼类。大安溪梅园段调查到台湾间爬岩鳅、台湾石宾、粗首鱲等三种淡水鱼类。
昆虫类.武陵地区共记录到111种蝶类，观雾地区记录到鳞翅目蝶类8科96种、蛾类17科121种、鞘翅目14科93种。合计武陵、观雾蝶类有170种，包括特有种台湾宽尾凤蝶。在雪见地区，发现16目之昆虫种类，佔全