鱼类之嵴椎骨、软骨或其他骨骼构造，亦无明显之头部，所以不是鱼类，文昌鱼分类上属于嵴索动物门之头索动物亚门，鱼类则属于嵴椎动物亚门。
分类.本目的分类，不同的作者有不同的见解。文昌鱼目之下原来只有鳃口科一个科，包括文昌鱼属及偏文昌鱼属两个属。但由于文昌鱼属及偏文昌鱼属两者在解剖结构上显着不同，所以现时被划分成为两个不同的科，而偏文昌鱼属又再细分为两个属。现时最常见的分类如下：