估计，约15800种已知的海水鱼中至少有2000种是深海鱼，包括生活在海床附近的底栖深海鱼与远离海床的游泳深海鱼，两者所含物种数大致相同。底栖深海鱼与游泳深海鱼的生活方式与系统分类完全不同， 在研究深海鱼的演化与生态时应区分对待。由于光合植物（海草、海藻和浮游植物）无法在太阳光达不到的深海生存，浅海的动植物成为深海食物链的基础。未在浅水中消耗的生物遗骸和排泄物化为海洋雪并沉降，最后在深海中积聚。这些下沉的有机物被磷虾和水母等漂浮的深海生物所消耗，沉积在深海底后，成为底栖生物（如贝类、海参和海星）的能量来