政府执政后，新台湾国策智库已完成阶段性任务，「在本土政权执政下将逐步实现新台湾国家愿景」，新台湾国策智库于本月31日起暂停运作。2016年9月1日，辜宽敏宣布将新台湾国策智库捐赠凯达格兰基金会。新台湾国策智库纳入凯达格兰基金会旗下之后，前总统陈水扁之子陈致中接任新台湾国策智库执行长。2016年11月，《财讯双週刊》称，上海台湾研究所常务副所长倪永杰与新台湾国策智库「有长期的合作关系」。2018年1月，新台湾国策智库发布民调，蔡英文施政满意度只有3成、不满意度51.1%，行政院院长赖清德施政满