EDC常在伯胺制备酰氨时作为羧基活化剂。EDC还可用于活化磷酸基团。这种碳二亚胺通常用于肽的合成；蛋白质和核酸的交联以及制备免疫偶联物。EDC常与N-羟基丁二酰亚胺（NHS）或磺化－NHS搭配使用从而增加偶联反应的效率。有机化学中，EDC还常与4-二甲氨基吡啶（DMAP）搭配使用作为羧酸和醇的酯化试剂。
制备.EDC为商业可售试剂，可通过乙基异氰酸酯和"N","N"-二甲基丙烷-1,3-二胺反应得脲，而后继续脱水制得：