人群在新宿站东口广场召开誓师大会后，再次冲入车站。他们拆下列车坐席纵火，焚烧车站南口，又不停向停车中的列车和信号机等车站设施投掷石块。凑热闹者逐渐增加至2万人，数倍于示威者，骚乱扩大，车站遭破坏。连接新宿站的国铁等交通瘫痪，约150万乘客受影响，包括通勤、通学人群。日本政府于次日10月22日0时15分决定对参与者适用骚扰罪，逮捕743人。列车服务直至上午10时方至重开。一年后的1969年亦有新左翼学生数百人冲入车站进行破坏行动。
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