关系与文化学系教授谢若兰等泛绿学者的质疑，总统府紧急提出在总统府底下设立「原住民族转型正义委员会」以化解冲突。施正锋批评，在总统府底下设立原住民族转型正义委员会，虽然位阶很崇高，但就像总统府人权谘询委员会一样没有调查权，是空的。2016年8月1日原住民族日，蔡英文代表政府向原住民族道歉，并宣布将设置「总统府原住民族历史正义与转型正义委员会」，亲自担任召集人，与原住民族各族代表共同追求历史正义。2016年12月1日，总统府公布原住民族历史正义与转型正义委员会各族代表推举结果，各族代表仅剩卑南族代表尚未