被指涉入「台湾独立联盟案」（是施明德和一群台籍青年组成的组织，与海外的台独联盟不同）被捕，同案共有三十余人，大部分为陆军官校学生和大学生，施明德的两个兄长，诗人画家施明正及国防医学院学生施明雄皆被捕。羁押长达11个月后，于1964年，以首谋叛乱罪遭判处无期徒刑，褫夺公权终身。在侦讯中惨遭刑求，全部牙齿被打至脱落，造成施明德22岁后就全口假牙。由于政府认为施明德属于危险份子，始终不准施明德担任外役，却因此使施明德有时间倾心研究哲学、史学、国际法、语言学和日文。在1970年代中华民国外交处境恶劣，1971年