2019年1月14日，李孟谚接任行政院秘书长一职。
争议.
通过龙崎掩埋场水土保持许可执照.2018年12月20日，代理台南市长期间通过龙崎掩埋场水土保持施工许可给欧欣公司，引发各界哗然。李孟谚表示，监察院、农委会已先后指正市府，应依法核发许可，市府不能以未达民意当理由不发水保施工许可；环保团体则提告李孟谚涉嫌图利厂商。2018年12月25日，第3届台南市长黄伟哲宣誓就职，首批公文要求经济部工业局停止展延龙崎欧欣掩埋场的开发案。