造寺政家的居城，有所忌惮而未实施。1602年（庆长7年），在锅岛家的大名身份获得德川幕府承认后，锅岛直茂对城堡正式进行改造。1611年（庆长16年）长男胜茂执掌时改造完成。内堀宽达80米，4重5层的天守阁参考了小仓城的设计。而锅岛氏原本的居城莲池城在一国一城令下被拆卸。佐贺城经历过多次火灾，特别是1726年（享保11年），本丸之内包括天守的大部份建筑物烧毁。1728年，在二之丸建造了御殿，此后藩政中心改在二之丸。1835年（天保6年）二之丸遭遇大火，再次重修本丸，政务的处理也移至本丸，而天守在享保大火后