1959年1月，新馆正式开放。1959年4月1日，中国人民邮政为此发行纪念邮票1套2枚以及首日封1枚。《人民画报》1959年第4期刊登有关报道。大跃进期间，中央自然博物馆筹备处下放北京市，隶属北京市文化局。1962年，该馆正式定名为北京自然博物馆，杨钟健任馆长。1975年，该馆划归北京市科技局领导。1979年，发起筹备成立中国自然科学博物馆协会。1980年，创办《北京自然博物馆研究报告》、《大自然》科普杂志。1982年，编辑出版《生物史图说》大型图册。1984年，北京自然博物馆生态研究室在北京市大兴县南