物沖积形成囊状潟湖，水深2～6公尺，平均水深约3公尺。湾域的北侧分布有海茄苳这类红树林植物，加上水位变化稳定、营养盐充足，形成湿地生态系。生物的物种也包括了植物、水鸟、招潮蟹、弹涂鱼、鱼虾贝类等。湾域出海口南边的南平沙洲沙嘴附近设有青洲游憩设施，周围种有麻黄防风林。台湾日治时期之前，大鹏湾区有渔民在此从事牡蛎养殖业，日治时代末期，日本海军航空队在湾区建立水上机场及潜艇基地，战后，空军接收成立空军幼校，牡蛎养殖工作遭到禁止。空军幼校结束后，湾区的牡蛎养殖慢慢回复，但因为潮流口淤浅和未做好规画工作，造成潟湖