吴文元（），字善长，福建建宁府瓯宁县人，明朝政治人物。
生平.福建乡试第八十九名。成化二年（1466年）丙戌科进士。官浙江按察副使，曾议海道便宜十事，切中时弊。升河南按察使。工诗文。
家族.曾祖父吴子安。祖父吴仲铭。父亲吴智，曾任国子助教。