48年）进入陆军大学正则班就读，民国四十年（1951年）毕业，为陆军大学正则班第22期毕业生。孔令晟毕业后，因蒋中正手谕转入中华民国海军陆战队，成为陆战队司令部下属少校参谋。随后快速升任陆战队司令部中校参谋处长。在民国五四十二年（1953年）参与东山岛战役，战役中孔令晟为最后一批撤退者，并救回肩负断后任务却因连络不良而未及时撤退的中华民国陆军第45师135团（团长袁国征）。东山岛战役后孔令晟在民国四十三年（1954年）7月编入由实践学舍开办的党政军联合作战研究班第二期，民国四十四年（1955年）3月结训