于是大军平定车师返回。永平十八年（75年）秋，汉章帝即位。十一月，当时戊己校尉耿恭被匈奴困于疏勒，拜耿秉为征西将军屯兵酒泉，再令遣酒泉太守段彭前去救援。
燕然勒功.建初元年（76年），为度辽将军，在官七年，与南匈奴关系融洽。建初七年（82年），担任执金吾，汉章帝出行，掌管宿卫。章和二年（88年）七月，南单于休兰尸逐侯鞮单于请兵，与执金吾耿秉、度辽将军邓鸿及西河、云中、五原、朔方、上郡太守一同北伐。当时窦太后临朝，将单于的上书出示给耿秉看，耿秉上奏称“以夷伐夷，国家之利”，表