紫色，长4.5至6毫米；上唇为宽卵形，顶端为圆形，长约为上萼片的2倍；下唇为四方形，中部2深裂，裂片为卵状长圆形；喉凸为2个浅囊；距为细筒状，基部为圆锥形，顶端为钝形，与下唇呈直角或锐角。雄蕊花丝为线形，弯曲，长约0.6毫米；2药室汇合。雌蕊子房为球形。花柱粗短；柱头下唇为半圆形，无上唇。其花期为8月至9月。长梗狸藻的蒴果为球形，长约2毫米，果皮为膜质，室背开裂。种子近球形，长0.25至0.3毫米。其表面存在网状突起，网格近等径。其果期为9月至10月。