经国组阁，高玉树以「协助十大建设」为由在蒋经国内阁中出任交通部部长。但实际上是明升暗降，从此高玉树失去民意基础。国民党政府便顺理成章派遣国民党籍张丰绪接任台北市长。而高曾回忆则认为蒋经国「对我这个党外的部长是有戒心的，不像他父亲那么看得起我」，蒋经国安排费骅当行政院秘书长，「他信任费骅远在我之上。」。当台铁万华到华山的路段由于平交道过多要进行改善时，高玉树主张採铁路高架化，并写信给蒋经国院长，最后却仍改採地下化。事后由费骅的儿子费宗澄美国公司的招牌接下工程设计赚钱。高玉树任内曾规划将高速公路延伸到屏东，