庐山、金陵（今江苏省南京市）来到浙江省，到明州天童寺求法。1687年，经法雨寺前任主持明益普荣的推荐，他出任法雨寺主持，开始修复法雨寺。1689年，康熙帝南巡，舟山总兵黄大来护驾，康熙帝赏赐黄金千两用以建立寺院。1699年，康熙帝再度南巡，当时别庵性统在杭州，康熙帝召见了他，之后康熙帝拨给他“江南黄瓦”12万，黄金千两，把镇海寺改名“法雨禅寺”，还赐给寺院“御笔”。1702年，法雨寺后期完工，别庵性统为了歌颂康熙帝的功德，给他建了“万寿御碑亭”（又名天章阁）。1717年，别庵性统圆寂，世寿57岁，僧腊45载