花鹿多有记载，到了台湾荷西殖民时期时，因为鹿皮的需求很大，受到人类大量的滥捕，几濒临绝种。在日本殖民统治时期，景美、木栅、乌来一带仍见有族群式的鹿群沿水源而栖。到1969年之后，由于栖息地受到破坏与人类的大肆捕猎，台湾梅花鹿渐渐减少。目前所见者皆为在垦丁国家公园的复育计画中由人工饲养的。
现状.目前确认为纯种族群的母群是来自于台北市立动物园，台北市立动物园曾赠送梅花鹿予金门农畜所，故全台湾纯种梅花鹿饲养的地方目前有台北市立动物园以及金门，但已经没有任何的完全纯种台湾梅花鹿。至于