二年（1899年）1月改新车车站为正式车站。新车~新竹间暂时以每天往返一班台车来营运，后改为每日往返三班。
第三代站房.明治三十五年（1902年）总督府实施市区改正，开始拓宽道路并拆除淡水厅城的城墙与城楼。新开辟的驿前大道（今中正路）成为往后新竹市区的中心。2月1日纵贯铁路大湖口（今湖口）~新竹段改良完成后恢复通车，同时废除新车车站。6月14日建造木造的第三代站房于现址，屋顶以文化瓦铺成。
第四代站房.
日治时期.明治四十一年（190