馆后正式动工兴建，2003年4月24日正式开馆，2010年改名新北市立十三行博物馆。目前，博物馆主要常设有十三行文化的展览，并定期推出八里原住民文化等非常设展。
建筑.
奖项.十三行博物馆由台湾建筑师孙德鸿设计，2002年获台湾建筑奖首奖，2003年获远东建筑奖杰出奖，2014年获国家建筑奖金奖之文化教育及公共建筑类金狮奖。
特色.博物馆分别由三栋建筑组成象征为山与海及特别设计成倾斜不正的八角塔象征毁坏的遗迹与无法还原的历史真相，