原住民则因为「乏银费用」等因素，而被迫典卖、放弃祖先土地。而在光绪年间，新化南里又分成内新化南里与外新化南里，左镇地区属于外新化南里（隶属台南府安平县）。1895年台湾被割让给日本后，左镇地区被规划隶属于台南县凤山支厅管辖，但仅止于规划，实际属于台湾民主国的势力范围，后来改隶属台南民政支部安平出张所。明治廿九年（1896年）恢复县制后隶属台南县，此时在外新化南里左镇庄设有台南县民政部管辖事务委员取扱事务所，管辖石仔崎、菜寮、左镇、木岗、内庄仔、九层林、刺桐脚、隙仔口、潭顶、崙顶、港仔墘等