地铁两铁合併成为港铁公司，广深港高速铁路香港段的统筹事务亦转交由港铁负责。2008年1月2日，港铁展开首两项招标，包括一条26公里长的路轨隧道及西九龙总站的初步设计，并且研究于西九龙总站上盖发展地标式摩天大楼的可行性。同年4月22日，行政会议批准港铁对广深港高速铁路香港段进行进一步的规划及设计。路线走向採取「专用通道方案」的中线方案，而西九龙总站亦计划延伸至西九文化区的地底，方便乘客可以直到达该处。如果以上述的方式兴建，西九龙总站将会可以容纳14座月台（10座为长月台，4座为短月台）。行政会议同时批