目增加至七百三十多种。清朝孙星衍将《神农本草经》考订辑复，成为现在通行本。《神农本草经》为中国现存较早的药物学重要文献，本书把药分为三品：认为无毒的称上品为君，毒性小的称中品为臣，毒性剧烈的称下品为佐使。
成书问题.《汉书·艺文志》登载了「《神农黄帝食禁》七卷」与「《神农》二十篇」两种文献，前者归属于「经方家」，后者则为「农家」，东汉的班固解释「《神农》二十篇」为六国时期诸子担心诸侯荒怠农事，故託言是神农所作，成书于西汉之前的「《神农》二十篇」并不是登载各种草石功效的《神农本草经