中央集权，撤除「录尚书事」职衔，并分割州、郡以削弱藩镇势力，并开始以中书舍人戴法兴、巢尚之等人处理中枢机要事务，形成后代所谓「寒人掌机要」的政治局面，孝武帝的集权化统治也被史书称为「主威独运，官置百司，权不外假」。孝武帝同时重用江东寒门沈庆之与伧荒北人柳元景，依照两人的功绩，先后提拔为三公，开启吴兴沈氏与河东柳氏攀升为南朝高门的起始之路，并开创南朝寒门、寒人以军功升为三公的先例。孝武帝另外也对门阀制度进行一定程度的整顿，给予世族制度新的生机。除了拔用上述的沈、柳为三公之高门，更提拔孤寒衰微的袁粲为员外散