岁时父亲去世，从此在祖父的悉心训育下成长。1905年入读加茂小学、1912年升读福山中学，在学校的庭院池塘里，饲养了两条山椒鱼，此后完成了其处女作《山椒鱼》。自中学三年级起立志成为画家，毕业后三个月期间，到奈良、京都写生旅行，后携同这些素描写生画拜师于桥本关雪，惜被拒还乡。此后，井伏鳟二受其兄劝勉转文学方向并入读早稻田大学。与青木南八交好后，一同进读文学部法文系。此时，曾拜访于岩野泡鸣和谷崎精二。1921年，因恐惧片上伸教授的同性骚扰行为而休学。大约半年后，在办好复学手续后不久，因遭片上教授的反对再度退学