疟疾的确切诊断必须仰赖镜检或特定抗原。显微镜镜检是最常用的筛检方式，光是2010年，全球就筛检了约1.65亿片血液抹片。然而镜检有两大缺点：首先，许多偏乡并没有筛检器材；其次，镜检的准确率极度依赖检验者的技术以及病人血液中疟原虫的数量。血液抹片镜检的敏感度大约在75－90％之间，最低可能到50％。市面上的快速筛检商品的精准度通常较直接镜检高，但其敏感度及精密度与制造厂商相关，且变动幅度极大。部分地区的快速筛检法必须能分辨出恶性疟，因为其治疗策略和其他种疟疾不同；此外，快速筛检法无法检测血液中寄生虫数量。