奉祀旧三大帝即为番仔寮应元宫二大帝。相传学甲慈济宫旧三大帝与应元宫二大帝同时送往一家佛具店剃面整饰，学甲慈济宫主事人员见店内司傅为神像于水桶内退神洗涤时，应元宫神像因水面浮力反弹至桶外，误为神蹟显示，遂与店内商量，私下与应元宫神像交换，迎回慈济宫祀奉。二战后，及1957年番仔寮应元宫丁酉科谢恩祈安三朝清醮时，应元宫皆曾派出神轿迎请学甲慈济宫旧三大帝神像前往鑑醮。
特殊的分灵庙宇.学甲慈济宫的分灵庙宇随着学甲人的迁徙拓垦足迹，遍佈台湾岛上，其中最特殊的乃是分灵至中国福建晋江的宝泉庵，