与乳牛肝菌科、须腹菌科与Truncocolumellacae等类群的亲缘关系较为接近，与的研究结果吻合。有研究将本科与这三科共同归属于乳牛肝菌亚目（Suillineae）。2003年，一篇分子种系发生学研究分析本科类群的亲缘关系，结果显示本科可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，不过分布于俄罗斯西伯利亚东部的""可能是本科最基部的类群，在演化树上分支时间比色钉菇属和铆钉菇属两大类群分支的时间还早。
生态.铆钉菇科大致可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，皆与松科树木形成，其中前者多与松