穗地区仍无任何汉人拓垦的记载。牡丹社事件发生后，清政府为加对台湾东部的主权行使，由总理船政大臣沈葆桢来台办理防务，推动「开山抚番」的军民屯垦政策，分北、中、南三路向东台湾开辟道路。1875年（光绪元年）正月，中路统领台湾镇总兵吴光亮率部筑路，由林杞埔社寮经大水窟、坑头扺达璞石阁，再往北筑路至水尾（今瑞穗乡瑞美村），此乃本乡有汉人开辟之始。其后屯垦的军民安顿下来，逐渐形成汉人聚落。在清领时期的20年间，清政府的开山抚番政策导致多次的原住民抗清事件。在本乡发生的重大冲突有1877年（光绪3年）的奇密社事