任吏部员外郎，兼内史舍人。隋炀帝即位，冯慈明因母丧去职。左迁伊吾镇副，转任交阯郡丞。大业九年（613年）召还入朝，拜尚书兵曹郎，加位朝请大夫。大业十三年（617年），摄江都郡丞事。李密逼近东都洛阳，隋炀帝派冯慈明到东都，冯慈明集瀍洛之兵追击李密。在鄢陵被李密部下崔枢抓获。李密之前听说冯慈明之名，让冯慈明坐下，深表敬意。李密对冯慈明说：“隋朝气数已尽，冯公可否和我共建大业？”冯慈明说：“你家历侍先朝，兼备荣华富贵，但不恪守世家门第，和杨玄感造反，侥幸逃脱。今天还想造反。王莽、董卓、王敦、桓玄一旦诛灭，罪及祖宗