政调会长代理。2006年自民党总裁选举，甘利反对自己派阀领袖山崎拓参选，一早就表示支持安倍晋三，并担任安倍的选举对策事务局长。在第一次安倍内阁担任经济产业大臣，就任当天就表示日本方面之前对俄罗斯命令停建石油天然气开发计划「萨哈林2号」反应过激，同时和中国有关东海天然气田的争议应通过谈判实现共同开发。2007年，安倍突然辞职，八大派阀联手包围麻生太郎，推荐福田康夫，甘利不顾山崎派支持福田的方针，声明在自民党总裁选举支持处于劣势的麻生，还因此申请退出山崎派，但没有被受理。福田顺利当选后，甘利留任经产相。