968年底，中国科学院仅在北京的171位高级研究人员中，便有131位先后被列为打倒和审查对象。文革期间，全院被迫害致死者达229名。除被立案审查或打倒外，包括中国科学院人员在内的中国大批科技人员及科技干部被下放到五七干校劳动。1969年9月20日，毛泽东思想宣传队进驻中国科学院，1969年11月29日撤出。1970年7月1日，中国科学院革命委员会与国家科学技术委员会军事管制委员会合并，组成新的中国科学院革命委员会，对外活动时仍用中国科学技术协会的名义。1972年7月，中国共产党中国科学院核心小组成立，中