当局以出门医治罹患急症的名义骗出诊所，随后押送台北调查局秘密监狱里。石钖勋在狱中罹患心脏病，高血压、气喘等多种疾病。其夫人曾四处请託，甚至去找文协时期和他对立的蔡培火，一度被蔡培火奚落说：「你以为我不知道他们以前都骂我『臭培火』。」不过蔡培火最后仍基于基督徒的立场，还是帮他争取到保外就医。1968年底获保外就医后，石钖勋从此远离故乡，避居高雄疗养身体。1978到1979年间，当王灯岸与彰化友人（包括从台北回彰化参选国大代表的姚嘉文等）希望为石钖勋做八十大寿前夕，仍受到国民党政府的阻挠与施压。据石钖勋