参上行走、游美学务处总办，主持选拔庚款留美学生，并创办了游美学务处肄业馆（后改名为清华学堂，即清华大学前身）。1911年4月清华学堂正式开学，周自齐任监督（校长）。1911年11月丁忧期满，由清华学堂监督补原官外务部署左丞，12月迁度支部任副大臣（袁世凯内阁财政次长），仍任游美学务处总办兼清华学堂监督至1912年4月初。1912年3月改任山东都督，1913年1月兼山东民政长。1913年8月任中国银行总裁，9月任交通部总长，12月兼陆军部总长。1914年5月任财政总长兼盐务署督办。1915年4月任农商总长