在清兵大举进攻时曾写信向罗马天主教教廷请求教宗及欧洲各国派兵支援（此信尚保存在梵蒂冈）。清朝时，康熙仍然重用意大利传教士。但后来欧洲其他天主教各派系之间，对中国传统祭祖敬孔习俗的争论，削弱了利玛窦等人本已取得的成功。多为西班牙籍的道明会传教士，为了在中国排挤意大利人居多的耶稣会传教士，向教宗申诉并取得教宗敕令，宣称利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先，违背了天主教教义。教宗克勉十一世派特使铎罗到中国晋见康熙帝，态度骄横，和康熙争辩。康熙认为“天下没有不忠不孝的神仙”，也说了「众西洋人自今以后，若不遵利玛窦规矩