三十四年（1555年），任山西布政使司右参政，升陕西左布政使。嘉靖三十六年（1557年），王廷升任都察院右副都御史。嘉靖三十九年，转任南京户部右侍郎，总督粮储。后改任南京刑部侍郎，未上任而改任户部右侍郎兼左佥都御史，总督漕运，巡抚凤阳诸府。当时，倭寇未平，王廷提议在长江南北分别设立专门的总兵，后成为定制。转户部左侍郎，升南京礼部尚书，后召为左都御史。
去职.隆庆初年，因反对监察御史齐康为高拱弹劾徐阶、逮捕给事中张齐受贿，被高拱所忌恨，被斥为民。
晚年