前中国国民党立法委员蔡正元说，洪奇昌既是民进党创党党员、也是新潮流系大老，陈水扁总统任内曾派洪奇昌担任海崃交流基金会董事长，因此洪奇昌比民进党其他人更了解中国大陆情势；但洪奇昌的柔性立场显然不合新潮流系当权派的胃口，因此洪奇昌遭新潮流系除名；2016年中华民国总统选举蔡英文当选总统，新潮流系是支持蔡英文的主干，新潮流系开除洪奇昌「等于蔡英文开除九二共识」。
与中国共产党接触.2016年5月28日，《南方快报》披露，2016年3月26日中国人民解放军总政治部联络部副部长辛旗少将证实曾