行政治谈判，先后与摩洛苏丹及马京达瑙的苏丹签订吉兰姆-白茨条约。按照条约规定，美国人不进入菲律宾的南方，区内事务由摩洛人自治管理。1903年，美国宣布《菲律宾土地法》。土地法宣称，菲律宾南方未被美军占领的土地属于非法土地。土地法还规定，菲律宾北方的天主教徒迁移进入南部者，政府允许其占有土地16公顷，而南部原有穆斯林每户土地最多也不得超过8公顷。 1904年，美国政府取消与穆斯林达成的条约。1919年，菲律宾土地法进一步规定，北方天主教徒可以在南部获得免费的24公顷土地。
併入菲律