内战尾声临近，拉科塔族的威胁逐渐浮现，雷诺德对五大湖地区的知识和经验就变得比指挥防守哈珀斯费里更为重要。1864年4月，他返回五大湖，成为测绘工作和灯塔建设的主管工程师，此后再也没有返回战场。就在战争正式结束前，雷诺兹于1865年3月13日因立功表现晋升准将。
战后经历.内战结束后，工兵队开始对美国的河流和港口进行改善。雷诺兹监督了阿肯色河、密西西比河与密苏里河的疏浚和通航改善工作。他还为多个港口的疏浚和建设项目出谋划策，包括水牛城港，密歇根州贝林县新布法罗（）的避难港，宾夕法尼亚