受中央的指挥管辖，往往以选择信仰天主教来显示自己的独立自主。1551年，山口领主大内义隆和丰后领主大友义镇都宣布天主教传教自由。因此，此后几十年间，日本皈依天主教的人数直线上升，九州和京都与东京一带奉教的人最多，总共达三十万。当时的罗马宗座视察员，意大利耶稣会士范礼安神父，是日本初期教会传教工作计划的最主要负责人。可惜，好景不常，来自欧洲的水手，水兵和传教士之间的意见不合、目的不同，又加上16世纪末叶，日本德川幕府诸将军极欲统一日本，对不服从中央的诸侯大加讨伐，那些倾向或选择天主教的诸侯和他们的臣民