迁往昂船洲海军基地，然后再移交予驻港部队使用，添马舰地皮因此空置。香港政府最初建议拍卖地皮以发展商业楼宇，惟1997年的亚洲金融风暴导致地价大跌，香港政府遂于1998年收回地皮。另一方面，为了解决政府总部及立法会面对的办公室短缺问题，香港政府于同年起研究在添马舰兴建新政府总部的可能性，最终在2002年4月30日正式提交建议，预计耗资64亿港元兴建。然而，2003年香港政府财政出现赤字，又遇上严重急性唿吸系统综合症打击香港经济等不明朗的因素所影响，香港政府于同年5月26日宣佈搁置工程。 2005年年中