事务次官、政府代表、的谷内正太郎，同时兼任。局长下辖防卫省与外务省出身、由兼任的2名局次长，以及同省出身的3名审议官。局内分为6班，包含负责综合事务与国家安全保障会议事务的「总括・调整班」、负责美国、欧洲各国、ASEAN等的「政策第1班」、负责东北亚与俄罗斯的「政策第2班」、负责中东、非洲、中南美的「政策第3班」、负责防卫计画大纲与国家安全保障战略等中长期安全保障政策的「战略企划班」、负责机密情报相关省厅等政府内联系的「情报班」。由于与内阁情报调査室合作密切，通常情报班的班长多由警察厅出身的内阁情报调査室成