39年升任中将，并出任马公要港部司令。1941年，高桥出任第三舰队司令。当时第三舰队属于支那地区舰队的一部分，主要负责驻地台湾附近海域。1942年初，第三舰队分拆为东部队和中央部队，东部队负责进攻西里伯斯岛的万鸦老、肯达里及望加钖，并支援日军在班达海的两栖攻击行动，而中央部队则负责进攻荷属婆罗洲。在爪哇岛战役时，高桥伊望担任舰队总指挥，支援登陆作战。旗下有多个部队，分别是「直接支援部队」（由西村祥治少将指挥）、「第二驱逐战队」（由田中赖三少将指挥）、「第一基地战队」及「第二基地战队」（由栗田健男少将