长、行政院主计总处主计长、行政院人事行政总处人事长与部分部会副首长；4月28日公布交通部部长、行政院海岸巡防署署长、国军退除役官兵辅导委员会主任委员、行政院原子能委员会主任委员与内政部部长，主要部会首长底定。其中，教育部部长原本决定由国立台湾大学副校长陈良基出任，但由于考量推动十二年国民教育，决定由台中市副市长潘文忠出任，陈良基任教育部政务次长。国立台湾大学法学院教授叶俊荣曾一度婉拒担任内政部部长，最后仍同意出任。2016年5月4日，准行政院长林全发布第六波阁员名单。至此部长级名单皆已公布，副部长级名单