苏丹穆罕默德三世之子的母亲据说是一位特拉比松公主。科穆宁家族的一个分支，科穆宁·杜卡斯家族的米海尔一世于1204年建立了伊庇鲁斯专制国，伊庇鲁斯专制国在1479年被奥斯曼帝国所灭。科穆宁·杜卡斯家族的海伦·杜卡伊娜·科穆宁娜，嫁给了的雅典公爵，使得雅典公爵也具有了科穆宁家族的血统。安德洛尼卡一世统治期间，科穆宁家族内的背叛了安德洛尼卡，1184年他使得塞浦路斯独立并自称皇帝。伊萨克在塞浦路斯的统治持续到1191年，在第三次十字军东征期间英格兰国王理查一世夺取了塞浦路斯。第四次十字军东征后拉斯卡利