，担任科学技术厅长官。在1998年金融危机时，当小渊惠三邀请前首相宫泽喜一出任大藏大臣时，被宫泽指名要求谷垣担任其次官，出任少数有阁僚经验者出任次官的事例。其在经济政策出色的表现，令他及后获得提升。
财务大臣.2000年因支持加藤纮一对森喜朗内阁的倒阁运动而在自民党被投闲置散。直至2001年小泉纯一郎就任首相后，才再度获以重任，出任财务大臣达3年之久，大大增加其知名度。在2005年，当宏池会会长引退后，成为支持宏池会最高顾问加藤纮一派的领袖，成为谷垣派。在2006年9月小泉引退后的