后，他与俄罗斯人一起来到了俄罗斯帝国的首都圣彼得堡，谒见了叶卡捷琳娜二世女皇。在滞留九年之后，他于1792年乘船回到了日本的根室。江户幕府的老中松平定信计划利用光太夫来与俄罗斯交涉，但失势。此后在江户被赐予屋敷，同桂川甫周、大槻玄泽等人交流，致力发展兰学。桂川甫周听取了他漂流俄罗斯的经历，写下了《北槎闻略》。