官爵仍为太傅、舞阳侯。朝廷加他九钖，仍然辞而不受。夺权之后司马懿借口生病连皇帝曹芳都不去朝见，遇到国事，皇帝曹芳反而要去司马懿宅邸亲自询问司马懿。嘉平二年（250年），皇帝曹芳下诏在曹魏首都洛阳设立司马懿的家庙。
王凌之乱.嘉平三年（251年）太尉王凌与外甥兖州刺史令狐愚密谋废立，迎曹操子曹彪登帝位。阴谋洩漏，司马懿夷王凌、令狐愚三族，并赐死57岁的曹彪，为史载寿春三叛之一。之后司马懿把曹魏宗室迁至邺监视，不准他们结交他人。
身后追赠.嘉平三年（251