10月起边防军由苏联保卫边界委员会（俄语：Комитет по охране государственной границы СССР）和边防军联合司令部统辖。 1991年12月底俄罗斯联邦独立后，苏联边防军的大部分机关、院校和部队被编入新组建的俄罗斯边防军。其他各加盟共和国独立后，继承了境内的边防军。但是，塔吉克斯坦与亚美尼亚的边防军继续属于俄罗斯边防军建制，由俄罗斯边防军担任这两个国家的边界守卫任务。
组织结构.1991年，苏联边防军有23万多人，守卫苏联67000公里的