海道本地流出，直接令北海道的生产力及劳动力大大降低。为了阻止这个恶劣现象的持续，北海道政府了解到本土必须发展农业以外的其它高等教育。虽然打算新增教学内容，但仍受限于资金，此后终于在1897年，日本动用从甲午战争击败清朝军队所取得的大笔赔偿金，设立京都帝国大学，随后更将帝国大学的规模延展到日本各地，包括北海道。最终于1907年9月，札幌农学校被改为东北帝国大学的分科大学（农科大学）。其后到1918年，北海道帝国大学正式设立，「东北帝国大学农科大学」（即前札幌农学校）亦移交北海道帝国大学所管理；1919年2