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故事主线.《毁灭战士II》的故事紧接着前作展开，玩家扮演的战士于前作中在火卫一进行了殊死搏斗，并且摧毁了火卫二和整个地狱后回到地球，发现自己沦为了外星人侵略的受害者。本作中玩家被再次带到了一个无名的火星空间内（该处在《毁灭战士》小说内被称为「Flynn Taggart」），并再次需要杀出血路逃离这个地狱。玩家将会在全三维的关卡中穿行（不包括两个秘密关卡），在途中玩家会知道所有地球劫后余生的人们都被收押在一个时空传送带中，玩家必须带领他们冲出禁锢。