去巴勒斯坦朝圣，而他的父亲于1375年去世时享年56岁，因此他不能成行。1375年，父亲斯特凡二世逝世，从1375年到1392年，斯特凡三世与弟弟弗里德里希和约翰二世一起在巴伐利亚公国统治。1392年，因为他拒绝资助他的兄弟在意大利远征，三兄弟将巴伐利亚公国分开成三国独立的公国，弗里德里希统治巴伐利亚-兰茨胡特、约翰二世统治新的巴伐利亚-慕尼黑，而斯特凡三世统治新的巴伐利亚-因戈尔施塔特，但是他不久就将其视为劣势，因为被其余两个公国合围着。因此，约翰二世统治巴伐利亚-慕尼黑仅三年直到1395年，然后在两