宫古群岛、八重山群岛则与日本文化有很大差异，其使用的土器与当时台湾原住民的土器相似，这说明当时的琉球南部与台湾存有文化联系。
中国史籍、日本史籍、琉球史籍与现代考究及推测.琉球群岛的历史悠长。早在成书于公元7世纪前期的中国史籍《隋书》中，便有专门的「流求传」，但是关于其中记载的「流求国」与后世的琉球国究竟有何关联，目前尚无确切定论。此外在三国志里面也有孙权派人至「夷州」的记载，而也有部分人士认为夷州是琉球，但也有人主张是台湾，莫衷一是。一般认为，古代的琉球有两种；即小琉球（沖绳