娶明朝将领王壮猷之女王华姜。康熙五年秋天，屈大均至代州西八里柏林寺瞻拜唐晋王祠，晋王即李克用、李存勗父子。康熙六年八月，屈大均自代州东门经易州、涿州入北京。康熙七年八月，携家自代州出发，次年八月抵达番禺故里。康熙九年，移家东莞，是年正月，王华姜病逝。康熙十二年（1673年），平西王吴三桂在昆明起兵，屈大均赴广西，向吴三桂上书谈论兵事，被委任广西按察司副使，监督孙延龄军。不久知吴只想划江称王，遂托病辞去。康熙二十二年（1683年）郑克塽降清，屈大均由南京携家归番禺，终不复出，着述讲学，移志于对广东文献、方