民主，以及改善菲美关系而活动。于1950年，阿奎纳多被总统埃尔皮迪奥·基里诺任命为国务会议成员。1953年，他获得菲律宾大学名誉法学博士学位。1957年投资创办埃米利奥·阿奎纳多大学（Emilio Aguinaldo College），校址设在马尼拉。1964年2月6日，他因冠状动脉栓塞在奎松退伍军人纪念医院死亡，终年94岁。死后，故乡甲米地省卡维特鎭为其建，将他葬在此处。于1964年8月4日，第4166号共和法令将7月4日菲律宾独立日改称菲律宾共和国日。