间却流传着其实是戈东诺夫派人暗杀小皇子的谣言，且玛丽亚和她的兄弟们都支持这个流言。此外，她们也支持在乌格里奇当地发生的暴动，包括一场对戈东诺夫位于乌格里奇的旧宅（戈东诺夫还只是波雅尔时居住的地方）的攻击行动。接着她们就被叫到莫斯科去，并且在那被指控为「过失犯」。结果导致玛丽亚被迫接受剃发礼，出家成为修女，并被流放到一处偏远的修道院。而她的兄弟们则被关押起来。1604年，有传闻指出玛丽亚和冒充为她儿子的伪德米特里会面，且因此被戈东诺夫叫去问话，但她否认有见过伪德米特里，并在问话结束后被送回修道院。1605