在早年兴建深圳地铁的计划当中，包括本铁路在内三条深圳既有国铁铁路，将会改建成深圳地铁辖下电气化双轨通勤铁路，但最后没有实现。随着布吉站重建为深圳东站并于2012年12月21日启用后，平南铁路将削减长途客运的功能。随着前海湾填海区（在平南铁路月亮湾大道段西侧）发展为前海深港现代服务业合作区，铁路限制了两边地区的连接，例如从东滨路、月亮湾大道的路口进入前海深港现代服务业合作区，需经过平南铁路的平交道；广深沿江高速在月亮湾大道的立交亦因月亮湾大道西边紧邻平南铁路而受到限制。因此，市政府通过深圳市地铁集团