逃到东方.1939年，纳粹德国和苏联从西面和东面同时入侵波兰，密尔地处共产党苏联统治区，意味着经学院不能留在密尔。许多在外国出生的学生离开，但经学院的大部分搬迁到立陶宛，那里虽然已被苏联占领，但尚未苏维埃化。经学院首先重建于维尔纽斯，然后在凯代尼艾。几个月后，立陶宛被苏联吞并，经学院的未来再次堪忧。经学院临时分为四个部分，第一部分由哈伊姆拉比担任院长，耶奇兹克尔·利文斯坦（Yechezkel Levenstein）拉比担任指导者，搬迁到Krakinova；其余三个部分去了三个