涉入党务、台联背离原本理想，而遭开除党籍；为了声援遭开除党籍的廖本烟及黄宗源，尹质疑台联党中央引进红衫军以及未按党纲处理开除党籍案，与台北市立委黄适卓共同声援。之后，尹与台联云林县党部主委等一百零一位云林党员公开宣布退党。尹与黄退出台联之后的一週内，台联民代陆续退党，形成台联创党以来最大规模的退党潮。退出台联之后，尹变成无党籍。2007年11月15日上午，民主进步党立法院党团总召集人柯建铭、干事长王拓与书记长王幸男共同迎接廖本烟、黄宗源、尹伶瑛与黄适卓加入党团；尹在该场记者会中说，她与参选云林县第二选举