水巖请来了当时名家廖石成、郭塔分建前后殿。而龙柱更具有古风，一柱一龙，龙首自底部跃起，龙身向下，更显威勐。石雕的部分，由张火广造，火广卒于任内，其子张木成续雕，多为《封神榜》之人物，技巧高妙。木雕则由黄龟理、剪黏由陈天乞展现其不凡技艺。祖师庙的对联、书法亦皆出于一时名士、名书法家之手。这使清水巖不但成为淡水的信仰中心，更成为汇集淡水宗教艺术的殿堂。2004年檀越黄文雄还愿，赠献一顶以20两黄金打造，镶有红宝石与蓝宝石，价值新台币40余万元的五佛帽给「镇殿祖」，而后黄文雄夫人又打造了一顶给「蓬莱老祖」