隆武元年（1646年）九月，卢若腾到赴温州上任，统帅军队北伐。以总兵贺君尧统靖海营水师，扼守要害。以族弟游击将军卢若骥守盘山溪，为屏障。并上奏唐王开科取士，以取人才，收复众望。是年温州饥荒，卢若腾捐资赈济、抒民于困，隆武二年（1646年）得旨嘉奖，加授兵部尚书衔。鲁王朱以海起兵，监国于绍兴，鲁臣不奉福王命令，派兵窥视温州，有兼併的意味。贺君尧部署兵力拒绝。而宁绍道于颖亦受命巡抚浙东。卢若腾遂上疏表示官多民少，号令不一，恐误封疆，希望能够退回自己的浙江巡抚一职，但明绍宗不允许。永胜伯郑彩杀兵部尚书