酿清酒处所不可出现纳豆，其他发酵食品可能也有类似情况，制程需多加留意。纳豆菌属于弱酸性，会阻碍乳酸菌制造的乳酸。在技术上已经开发出气味较弱的纳豆，但由于使用了活发性较低的纳豆菌种，容易造成其他细菌的增殖空间。此外，纳豆菌的天敌是会寄生在细菌上的噬菌体病毒，在噬菌体开始作用后会降低纳豆菌的活动力，并可能造成其他细菌开始繁殖，因此应避免食用超过保存期限的纳豆。
食用方式.传统上先将纳豆加上酱油或日式芥末（一般在百货所卖的盒装纳豆，使用的是日式淡酱油还有黄芥末），搅拌至丝状物出现，置