1年（明治34年）5月27日就航，和本州铁路相互连接后有非常多旅客和货物经由此站。不久之后，1911年（明治44年）10月起下关-小森江间启用货车，货车直接通过联络船进行本州和九州间运行，本站改为旅客客运站。1914年（大正3年）第二代站舍完成。后关门隧道启用，站名更改为现名门司港站。并一直沿用至2012年。第二次世界大战期间，1945年（昭和20年）3月5日遭到美军轰炸，车站内3名死亡。21世纪进行站舍复原工事时在站舍发现残存的弹药痕迹。2012年，为恢复开业之初模样对车站进行了大规模施工，并