，直到1949年1月20日卸下代校长职交棒给傅斯年。不过因傅斯年引进美式医学教育与杜意见相左，两人意见不合一再浮现且冲突不断。1950年5月13日起台大医院爆发白色恐怖事件，院内第三内科主任许强、眼科主任胡鑫麟和皮肤泌尿科胡宝珍、耳鼻咽喉科苏友鹏、郭琇琮、朱耀珈及谢涌镜等多位杜聪明学生遭被捕。其中，许强、郭琇琮、朱耀珈及谢涌镜遭枪决，其余则被判10年以上徒刑。这些青年医师全部都是杜先生台北帝大医学部的学生。1950年12月20日，傅斯年校长因病去世，由钱思亮于1951年2月接任台大校长，因为与其意