代末期，织田信长在1581年平地此地后，随着能登国成为前田氏的领地，1584年当丰臣秀吉与德川家康之间发生小牧、长久手之战时，分别支持两方的前田利家与佐佐成政也同时在此地的发生末森城之战，战后也一度随着能登国成为前田利家次子前田利政的领地。17世纪江户时代后大部分区域都成为前田氏加贺藩的领地，在17世纪初期，前田氏的亲戚也曾在能登半岛包括羽咋郡内领有领地，不过由于土方氏的领地散佈在日本各地，随着土方氏多次增加领地并迁移阵屋位置，藩名也多次变更，因此羽咋郡内属于土方氏的这些领地先后属于、石崎藩、、，直到1