将扩廓帖木儿（王保保）驻守甘肃定西，此外元廷还领有东北地区与云南行中书省地区。
上都沦陷.明太祖为了驱逐位于蒙古的元廷势力，採取兵分二路，各个击破的方式，此即第一次北伐。至正二十八年八月初四日（1368年9月16日），元惠宗到达上都。至正二十九年六月十三日（1369年7月16日），明军逼近上都，元惠宗撤离上都，当天到达应昌。六月十七日（1369年7月20日），明将常遇春攻克上都。
应昌失陷.元惠宗在上都和应昌那里曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明军击败。