后于1933年苏联中央执行委员会主席团和苏联人民委员会颁布了《关于铁路沿线法院和铁路运输检察院从各加盟共和国司法人民委员部系统中划归苏联最高法院和苏联检察院系统的决议》，苏联检察院下属运输检察处，后又改组为运输总检察院。1931年1月30日，苏联中央执行委员会、苏联人民委员会颁布《关于组建苏联水运人民委员部》的法案，相关机构与单位从交通人民委员部系统中分离出去。中央公路汽车运输管理局从交通人民委员部分离出去，改组为苏联公路和汽车运输管理总局，直属于苏联人民委员会。从此，交通人民委员部实际上只管理铁路工作