元朝政府设置永昌路。明朝建立后，改编为永昌卫。清雍正3年，改编为永昌县至今。
古骊靬县.兰州大学历史系教授陈正义、关亨于1990年代研究发现祁连山脚者来寨（今永昌县焦家庄乡骊靬村）的「者来寨人」，貌似欧洲人，为古罗马第一军团失踪之谜的假设发生地。另外，当地亦是吐谷浑的后裔在亡国后的聚居地。
行政区划.下辖9个镇、1个乡：