TLS/SSL连接。其亦原生支援使用S/MIME作签署或加密用。用户可透过关闭某些功能以提升安全，如禁止载入远端图像及禁用JavaScript；另外亦可透过附加元件来加入额外的安全性功能，例如Enigmail可以利用PGP签署、加密或解密邮件。法国军队使用Thunderbird之时亦为其安全性作出贡献，以使其达至NATO通讯的要求。
历史.电子邮件的收发原属于Mozilla Application Suite中的一项功能，后来则如Phoenix般作独立的实验性分支，却未能如