当时大同镇守太监陈公忌恨郭登，两人屡有抗争。明景帝知道后，派遣右监丞马庆取代陈公，郭登得知后更加感奋。当时，也先欲佔领大同为根据地，所以屡次进犯，但每次进攻均得败。天顺二年，郭登以老疾乞休，举石彪自代，后不予批准。之后其弹劾沈固废事，而荐尚书杨宁、布政使年富，之后请年富取代沈固，镇守大同。次年，郭登被召还，言官弹劾其勾结陈汝言获召回，经询问为实当论斩，英宗宽恕，降都督佥事，立功甘肃。明宪宗即位后，下诏恢复伯爵，充任甘肃总兵官。后因朱永举荐，召回掌管中军都督府事，并总督神机营。成化四年，复设十二团营，命郭登与