架天桥形式穿越塱原。但这个计划遭到各环保团体强烈反对，指兴建高架桥时将会严重破坏塱原的生境及地貌。即使九铁提议工程完工后会尽量回复原来面貌，但环保团体认为这无补于事。有关计划亦于2000年被环保署否决。最终九铁经过一段时间考虑、研究及评估后，决定改以地底隧道形式穿过塱原。虽然此方案会引致整条支线的兴建成本上升、回报率下降及完工日期押后，但仍获大多数人所接受及支持。