主教的领导下成为神圣罗马帝国的思想中心。1164年大主教莱纳尔德·冯·达瑟尔将东方三博士的遗骨从米兰移到科隆，使得科隆成为一个重要得朝圣地。在中世纪中期科隆是德国最大的城市，科隆的城墙多次扩展。1225年建成的城墙有16个城门，比当时同时由腓力二世建造的巴黎城墙还要大。从12世纪开始科隆与耶路撒冷、君士坦丁堡和罗马市一起被并称为圣城，它当时的正式拉丁语名称为（上帝授予的神圣的科隆，罗马教廷忠实的女儿）。当时市民决定建造一座绝无仅有的大教堂来存放圣迹。1248年科隆大教堂奠基。1259年科隆获得了物品待售