港中文大学成立，新亚书院与联合书院、崇基学院同为成员学院之一，新亚研究所随新亚书院成为香港中文大学之一员，并受中文大学经费补助，同时4名负责导师获授予中大讲师职位，继续负责所务。在最初的中大显径邨现址建校方案，新亚研究所设于现时的显径邨显贵楼位置；但在马料水建校方案中，已经没有为研究所预留专用房舍。香港中文大学先后于1966及1967年开设研究院及中国文化研究所（研究院中国文/史/哲研究学部由此包办），新亚研究所因而在1970年停招研究生，改为招聘研究助理学习员。而自唐君毅1968年出任所长后，新亚研究