台北印尼经济贸易代表处于2012年签署《摩罗泰岛共同开发计画谅解备忘录》，透过「指导委员会」对印尼北摩鹿加省摩罗泰岛（距台湾约2,600公里）进行整体产业开发，包括渔产加工业、造船业、交通业、旅馆业以及观光业。摩罗泰地方建设局表示此一经济特区之开发会为摩罗泰岛带来十万名的劳力以及数千亿印尼盾的收入。印尼总统尤多约诺于2014年7月2日批准「摩罗泰岛经济特区」开发案，提升两国在经贸、观光、农业、渔业等领域的合作。
农业合作.自1996年起，两国每年轮流主办农业部部长级会议。两国于