7月除去副教授一职。也于2014年8月兼任国立清华大学历史学研究所教授。同时也在2010年3月担任过明代学会秘书长两年，2012年3月开始担任理书长。
争议.
博士学位论文抄袭争议.2010年文化大学教授卢建荣出书《抄袭的知识社会学：民国以来史学界最大的集体舞弊疑云》，指控邱仲麟的博士学位论文抄袭作家李敖的文章。李敖曾表示，他支持卢建荣。2013年，邱仲麟提告卢建荣，经台湾高等法院民事判决102年度上字第464号上诉驳回，即卢建荣无罪之判决。高等法院改判卢