6年12月，香港政府取回合约后，工程暂停。香港回归后，香港政府将其重新分配成3份，分别于1997年7月及1998年1月重新展开隧道工程。工程几经波折后，于2001年12月落成。由于海底存有很多基础建设，例如海底电缆及原有的排污渠等，因此再次进行钻挖及爆破前，必须进行精确的磡探，以避免造成灾难性的破坏。另外，隧道挖掘工程期间遇到了软石带，需要额外的技术以巩固该段隧道。
工程项目.第一期工程包括：
第二期工程.第二期工程分为甲乙两期，甲于2009年展开，预