男足主教练的年维泗会亲自请出王后军给国家队队员上战术课。1993年12月，上海成立了中国第一家完全脱离政府体育系统的职业足球俱乐部上海申花，但是已经担任了近十年上海队主教练的王后军却出人意料的没有被选聘为申花主帅，而是由另一位长期在外地执教的上海人徐根宝担任。1995年，新成立的上海浦东足球俱乐部邀请王后军担任总教练，他率队夺得了乙级联赛的冠军杀入甲B联赛，但是次年联赛过程中由于健康原因离任。
逝世与纪念.2012年11月21日，王后军因尿毒症和糖尿病引发的肾、肺功能衰竭，