消毒剂、清洁剂和其他化学合成物通过河流运输进入海洋。这些物质在海洋表面膜和海洋沉积物——特别是在河口泥中聚集，这些污染物所导致的后果其实在很大程度上仍未知因为其涉及的污染物质数量众多并且目前缺乏这些污染物质的生物效应信息。重金属主要是铜、铅、汞、镉和锌，这些重金属会在海洋无嵴椎动物积累然后通过生物链往上层生物传递。农业地区的肥料渗漏是一些地区主要的污染源，未经处理的污水排放也有相似的影响。这些污染源中所含的过多的养分除了会造成土地的富营养化外，因为养分通常是海洋系统的限制因素，所以这些过多的养分也会