谈判使者石星、沈惟敬与小西行长合谋欺瞒蒙混中日双方，使得明朝在册封秀吉为日本国王时态度轻慢。9月，明朝赐封的使者抵达日本，丰臣秀吉因朝鲜王子不前来答谢而顿感大怒，拒绝受封，下令驱逐明朝使节，并将小西行长治罪，再次发兵攻打朝鲜。1598年7月，丰臣秀吉在伏见城过世，日方于当年逐渐撤出朝鲜结束战争。1600年，封地在关东地方的大名德川家康取得关原之战的胜利，基本上获得全国军、政上的优势。1603年，家康被任命为征夷大将军，开创江户幕府。1615年，德川家康在大坂之役中完全消灭丰臣氏的势力，实现了日本的统一，