5年），清军伐明，穆尔祜跟从贝勒多铎率领偏师攻入宁远、锦州以缀明师，抵达大凌河，击杀明将刘应选，追明军奔至松山，获取马二百匹，克台一，并有军功。崇德元年（1636年），封为辅国公。崇德七年（1642年）十月，与其兄杜尔祜同得罪，被削爵，废黜宗室资格。顺治元年（1644年），跟从多铎南征，大破李自成的军队于潼关。顺治二年（1645年），连拔两营。大顺军侵犯我噶布什贤兵，被穆尔祜击败。穆尔祜又设置埋伏于山隘，大顺军自山上来袭，穆尔祜击退敌军因而在其后恢复宗室资格，封为三等镇国将军，顺治三年（1646年），进