仍破口大骂，民军大怒："你贪念一个官位，让天下人剃发留辫，我当给你植发！"于是民军噼开孙之獬头颅，插入数根头发，缝上双唇，将其肢解，其家眷亦有多人同时被杀。《清史稿》及《淄川县志》皆有传。孙之獬惨死之事上报后，朝廷命下吏部商议抚恤办法。侍郎陈名夏、金之俊建议为之獬复官、赐恤，而侍郎马光辉及启心郎宁古里认为之獬已经削籍，不应予以抚恤。两种意见一同上奏，清廷最终採纳后者，孙之獬身后一无所获。孙之獬墓在大庄孙家林，墓前有卧碑，上刻「清钦命招抚江西提督军务兵部尚书兼都察院右副都御史翰林院侍读学士前礼部左侍郎