环礁一带进行的核爆实验将方圆几百里内的岛屿均夷为平地，试图消灭一只即将上岸的庞然大物。1999年，隶属负责探索古老生物的秘密组织「君主计划」（）的日裔科学家芹泽猪四郎与助手薇薇安·葛拉罕，到菲律宾调查一座发生地陷的採矿场，于地下勘验时找到一组巨大古老生物化石，并发现化石旁边寄生着两个具有放射性的巨型细胞；一个处于休眠状态，另一个已经破壳释出某种幼兽并逃入太平洋。幼兽顺着洋流游到日本雀路罗市（）核电站地底结茧生长，获取核辐射作为食物。但牠从地底入侵过程时造成核洩漏，导致身在核电站中的美国核工程师乔·布洛迪察觉