十有八年，岁在癸酉秋七月，重修妙应寺白塔，朕手书般若波罗蜜多心经一卷及藏文尊胜咒并大藏真经全部七百廿四函，以为塔之镇。”1978年大修白塔时发现了这批文物。干隆四十一年（1776年），干隆帝敕令修缮妙应寺，重点修缮殿堂，完工后干隆帝将“御制满、汉、蒙古、西蕃合璧大藏全咒十套，西蕃首楞严经一份，维摩诘所说大乘经全部”赐给寺僧。嘉庆二十一年（1816年），再次修缮白塔。妙应寺经清朝三代修缮，只有意珠心境殿和七佛宝殿中间“工”字形的殿基是明朝的，其余殿堂建筑可能都是清朝更新的。清朝妙应寺为藏传佛教格鲁派寺院，