以过半的票数当选日本民进党代表（党魁）。2016年9月23日，莲舫开记者会宣布已完成放弃中华民国国籍。2016年10月14日，日本法务大臣金田胜年召开记者会表示，无法受理莲舫的国籍放弃之证明文件。2017年7月18日，莲舫因双重国籍问题而被日本媒体记者採访时表达谢罪之意，并公开其户籍誊本，表示自2016年9月6日向中华民国政府申请放弃国籍，9月13日获得中华民国内政部发给的「丧失国籍许可证书」，但日本政府驳回其申请，遂依户籍法向区公所提出选择日本籍申请。2017年7月27日，莲舫召开记者会，