当氧气有所限制时，植物及真菌一般都是使用乙醇发酵：所释放而保存在ATP中的能量约为每摩尔180kJ。厌氧细菌及古细菌会使用其他的发酵路径，如丙酸发酵、丁酸发酵、溶剂发酵、混合酸发酵、、、或甲烷生成。有些厌氧细菌会生成危害较高等次生物（包括人类）的毒素，如或肉毒桿菌素。