之后前往日本并在萩从事养蚕事业，1904年复出，并于日俄战争时出任日军翻译，随军回国，并组织一进会、维新会与爱国团体辅安会对抗。在日本与韩国签定乙巳五条约后，宋秉畯主张大韩帝国出让外交权给日本，之后在李完用的邀请下入阁，并且于1907年海牙密使事件中要求高宗退位、支持签署丁未七条约。纯宗即位后，宋秉畯出任内部大臣与农工部大臣，后出任一进会总裁；之后前往日本，游说成立日韩联邦，并向当时的日本首相桂太郎提出一亿日圆出卖朝鲜的构想。伊藤博文遇刺后，与李容九等一进会成员联署「要求韩日联邦声明书」，向纯宗、韩国统