对美洲原住民的细菌战只有一次，是在法国－印第安人战争后期，约1763年的庞蒂亚克战争中，是由英国指挥官杰弗里·阿默斯特曾想将有天花病毒的毯子送给印地安人。可是不确定后来是否真的让印地安人感染天花。中国抗日战争（1937-1945）期间，日本军队的731部队为从事生物战细菌战研究而对成千上万的人进行人体实验，其中大多数是中国人。在军事战役中，日本军队对中国军人和平民也使用过细菌武器，造成霍乱、炭疽病、鼠疫等疾病流行，使大约40万中国平民丧生。已知可被用于战争的疾病包括炭疽病、埃博拉、马尔堡病毒、鼠疫、