祖先时，面临很大的困难。支序分类学不再强调这点，而着重在分析哪些类群是比较接近的姊妹群。过渡化石的功能不再是作为两种生物的共同祖先，而是用来代表该共同祖先的形态特征。在少数情况下，有些生物的化石够完整，所以可以确认哪些类群是其他类群的祖先，例如某些海洋浮游生物。
化石纪录的不完整.化石纪录并不完整，不是所有的过渡生物都会出现在化石纪录中。这是因为生物只在非常特别的情况下会变成化石，而且只有非常小比例的化石会被人找到。由化石定义的生物物种数量不到已知的现存生物的5%，这表示我们经由化