超强运行图自2020年3月24日起实行，在工作日早晚高峰时段采用大、中、小三大交路套跑区间车的模式：
南延工程.昌平线南延已全面进场施工，线路从西二旗站驶出，设置清河站、小营西路站、上清桥站、学清路站、六道口站、学院桥站、西土城站和蓟门桥站，全长12.6km，设8座车站。预计2022年年底开通运营，清河站预计2021年开通运营。远期可能会从蓟门桥站南延至国家图书馆站，并与9号线贯通。但是由于9号线将计划北延至西二旗，并有可能与昌平线贯通运营或换乘，因此9号线即可为13号线分流，