，及山阴的南条元续也交相侵攻。天正10年（1582年）4月，羽柴秀吉进攻毛利氏忠臣、享誉勇名的清水宗治守备的备中高松城（备中高松城之战）。辉元与叔父元春、隆景共同率领4万军驰援，与秀吉对峙。同年6月2日，京都发生本能寺之变。秀吉早一步获得情报，知道明智光秀谋反及信长横死的讯息，开始展开与毛利氏的和睦交涉，透过毛利氏的外交僧安国寺惠琼的奔走下达成协议，备中高松城开城、城主清水宗治切腹。正式开启毛利氏与织丰政权的和平协议路线。
丰臣政权时代.辉元在柴田胜家与秀吉的争夺战中保持中立。