伊贺国领内多为东大寺等寺社持有的庄园。镰仓时代，伊贺一带的守护先后由大内氏、山内氏、千叶氏担任。镰仓幕府末期，在伊贺一带活动的恶党演化成了后来的伊贺忍者。日本战国时代中，1581年爆发了，织田氏的军队入侵，吞并了伊贺。伊贺国的忍者不得不逃亡他国，为各地的大名工作。进入江户时代后，伊贺国的原领主因在大坂冬之阵中涉嫌通敌而被改易，一部分领地划入了的津藩。
行政区划.伊贺国的国厅位于今三重县伊贺市坂之下一带，按古代的行政区划，在阿拜郡境内，遗迹在2009年获日本政府指定为史迹，国分寺和国