第一次妖书案，牵连阁臣张位等人，俱贬。三十一年十一月，又出现《续懮危竑议》一书，再一次严厉批评郑贵妃、首辅沈一贯、阁臣朱赓等，此即第二次妖书案，帝敕厂卫搜查，万化受太子常洛之託，果断结案，拒绝牵连无辜的大臣，把罪过推给一个诈骗犯皦生光，保全了东林党郭正域等大臣，但美中不足，禅宗大师紫柏真可被东厂锦衣卫酷刑虐死。除了东林党人之外，万化还在各种政治斗争中，拯救了驸马杨元春、兴安典史姜士昌、御史曹学程等。还买下《鬼子母揭钵图》献给太子常洛，以其中鬼子母神愁苦悲哀的形象，劝谏太子即位以后，不要像神宗这样，责