朝再次将其改为清真寺。1242年，十字军的圣殿骑士团将其焚毁。 1300年的阿拉伯编年史证实，大清真寺显然已被修复，是“一个精美的清真寺” 1335年，维罗纳的旅行者詹姆斯记载，清真寺曾经是“基督徒的教堂，但现在是撒拉森人的清真寺”。 二十年后，伊本·白图泰来访，并指出，在清真寺的中间是一个“甜水箱”1641年，大清真寺重建叫拜楼，此后清真寺大院保持不变，直至1927年耶利哥地震。清真寺的圆顶和尖塔被毁，1935年重建。