新干线、东海道本线、北陆本线至1987年（昭和62年）3月31日为止皆为日本国有铁道（国铁）路线，同年4月1日国铁分割民营化分割为JR东海部分与JR西日本部分。此站是JR西日本与JR东海的公司，东海道本线由此站起往大垣、名古屋方向为JR东海管辖，往草津、京都方向为JR西日本管辖。此站是JR西日本与JR东海的共同使用站，在来线构内为JR西日本管辖，新干线构内为JR东海管辖。另外JR西日本的东海道本线此站－京都站间与北陆本线此站－长滨站间合称的爱称设定为「琵琶湖线」，採用一体化运行系统。另外此站在北陆本线不使用