04年6月2日，南开大学教育基金会成立。11月17日，南开大学与美国马里兰大学签署协议建立北美洲第一家孔子学院——马里兰大学孔子学院。2005年，南开大学下属允公集团被发现共计4亿元资金被违规使用。2006年5月，允公集团挪用资金案件被曝光，饶子和接替侯自新出任南开大学校长。2006年10月，南开大学体育中心竣工并投用。2007年12月24日晚，一辆别克轿车在学生活动中心刮蹭了一名骑自行车的学生并要求学生道歉，爆发冲突，被称为“别克门事件”。2009年，学校理念与深圳市政府愿望、想法无法融合，导致双方的合作