康熙十七年（1678年），又在孤山上重建瀛海寺。中华民国时期，因有土匪在孤山盘踞，江川县府于1931年3月10日，将孤山所有建筑尽行烧毁。1950年原民国时期的华宁县维新镇（今江川伏家营）镇长金绍云聚众暴动，曾在孤山据险固守。1979年7月，孤山被中国医学科学院生物研究所征用作为猿猴养殖场。1987年11月，与生物研究所协商，达成协议，归还江川。1989年投资修建辟为旅游景点。江川县先后投入700余万元，先行绿化，继之修建亭、台、楼、阁、水榭，成为今貌。1993年10月，建成了从小马沟至孤山的海底电缆工程。