海军的旗帜和早期帝国军旗分别开来，因为它们都是以条顿骑士团十字架为标志。现在的德国海军用国旗是以1848年国民议会舰队所用旗帜为蓝本，其延续了法兰克福议会的民主传统。德国海军现用国旗于1956年5月25日由德国总统下令使用，其必须使用于德国海军的所有战舰及其船载小艇上。同样德国所有的沿海军事基地也使用该旗。但海军的民用辅助艇，补给点和联邦海军的军营则还是使用联邦政府专用国旗。
垂挂式国旗.除了最常用的横式旗之外，在德国很多公共场所的建筑还会使用垂挂式国旗（）。很多乡镇政府大楼外