，吴大琨遭国民党特务绑架，先后被关押在上饶茅家岭监狱、上饶集中营三年半。在狱中，他同冯雪峰、郭敬唐、王闻识、计惜音、叶亦辛、杨良瓒等文化人被单独关押，获狱友称为“集中营七君子”。他们七人还曾合作帮助其中计惜音等三人越狱成功。冯雪峰获保外就医后，联系吴觉农以吴大琨“叔父”的名义保释其出狱。1942年，任暨南大学、东吴大学讲师、副教授。在东吴大学任教期间，他于1944年接待了来访的李约瑟。1944年东吴大学解散，美军邀请吴大琨任军事顾问。在征得中共党组织负责人邵荃麟同意后，吴大琨乃为美军第14航空队做情报工