洪武十一年（1378年），奉诏出征辽东，因病回南京。次年去世，追封海国公，谥襄毅。与吴良的肖像一同列于功臣庙。其子吴忠继承靖海侯。洪武二十三年（1390年）由于胡惟庸案被牵连（吴祯被指认为胡惟庸同党），削爵。吴祯墓在今江苏省南京市。吴祯女为朱元璋子湘王朱柏王妃。