宋教仁遇刺身亡后，在国会提出弹劾案，并参与湖北改进团、参谋团，此后遭袁世凯通缉，乃流亡日本，继续参与讨袁活动。1914年，彭养光在日本参加中华革命党，曾主持长崎的党务。1915年，奉孙中山之命回到中国，在武昌成立中华革命党分部。1917年，南下参加孙中山在广州开展的护法运动，作为国会众议员出席广州国会非常会议。1921年后，彭养光曾赴鄂西游说南军各部联合反对湖北督军王占元。1923年因反对曹锟贿选而遭逮捕。获释后，任孙中山大元帅府军事特派员，后随孙中山赴北京。1925年，任段祺瑞政府临时参政院参政。