孙于1947年恢复其韩国户籍并成为不少韩国马拉松选手的教练，他执教的健将包括：此外，孙基祯于1948年伦敦奥运开幕典礼担任持旗手，此届是大韩民国首届参加奥运会。1963年起，孙担任了韩国田径联盟主席，并于1966年担任了曼谷亚运会选手团团长。1988年汉城奥运会，时任韩国体育协会会长的孙基祯担任火炬手，将火炬带进开幕仪式会场。孙基祯于2000年受慢性肾功能衰竭和肺炎等疾病困扰，2002年11月15日凌晨0时40分在三星汉城医院病逝，终年90岁。孙基祯曾获韩国政府颁发国民勋章，逝世后被追颁体育勋章青龙