障册封大典的正常进行，尚宁王遣毛继祖率一千余人前往北山，防御倭寇。1609年，萨摩藩侵略琉球之际，三司官马良弼奉命前往北山，被萨摩军队逮捕。毛继祖被任命为代理三司官，同郑迵（谢名亲方利山）一起镇守那霸港；他也参与了于亲见世举行的和谈。在萨摩军队围攻首里城期间，毛继祖的府邸遭萨摩足轻众的焚毁。尚宁王被掳往鹿儿岛时，毛继祖同马良弼、金应煦一起被留下镇守首里城。1614年，马良弼致仕，毛继祖继任三司官之职。同年，为国质之事，遣毛继祖出使萨摩藩。1616年归国。1617年，再为王舅，与正议大夫蔡坚（喜友名亲