将彭簪古，并罢免都司左良玉等四人，兵变始定。哗变改变辽东部队的驻守布局：祖大寿仍镇守锦州；何可刚升任都督佥事，代替解任后的朱梅，宁远、锦州合镇；赵率教则转移至山海关；而袁崇焕亲自镇守宁远。因为毕自肃已死，袁崇焕上奏请撤消辽东巡抚职位，并罢免登莱巡抚孙国桢、取消该巡抚职位，崇祯皇帝均批准。此外，袁崇焕又抚慰哈剌慎三十六家，稳定边疆安定。崇祯二年，明思宗加封其为太子太保，并赏赐蟒衣、银币。
诛杀毛文龙.崇祯二年（1629年）袁崇焕与内阁辅臣钱龙钖谈到平辽事宜时，提及其欲除去毛文龙。