法战争（清法战争）时，澎湖一度被法军攻占，同年6月中法在天津签订《中法新约》后法军撤离，澎湖重新纳入清朝。1886年筹建清政府妈宫城，为清朝在台湾最后建造的一座城墙式防御型古城。
日治时期.1894年日清战争和谈期间，日军发动澎湖之役，于1895年3月23日派军登陆澎湖本岛，3月25日攻下澎湖。并设置「澎湖列岛行政厅」。澎湖遂成为日本在台湾最早统治的地区。1895年4月，《马关条约》签订，依第二条之三「澎湖群岛，即英国格林尼次东经百十九度起至百二十度止、北纬二十三度起至二十四度