身边的权贵就陷害黄琬、陈蕃、侍御史刁韪等人结交朋党。于是陈蕃官职被免，黄琬、刁韪遭到禁锢。黄琬一直被禁锢到光和末年（184年），太尉杨赐上书荐黄琬有拨乱之才，于是征为议郎，并提拔为青州刺史和侍中。中平初年（184年），为右扶风，征拜为将作大匠、少府、太仆。官拜豫州牧时，境内盗贼猖獗，黄琬将其征讨平定，于是声威大震。政绩显扬天下，于是被封关内侯。
董卓之乱.到了董卓当权朝廷之时，黄琬以名臣被征为司徒，迁太仆，封阳泉乡侯。董卓欲迁都长安，但遭到黄琬与司徒杨彪的反对。黄琬驳斥董卓：“