教育大学、京都府立大学、等。1994年，京都市成立了京都大学中心（现改名为），其目的是促进各大学之间的合作，加盟大学的学生可听讲其他加盟学校的科目并取得学分。众多的大学使得京都的科研事业也颇为发达，京都大学的桂校区已成为京都市的一大科研中心。也有众多学会的总部设在京都，如日本人文地理学会等。京都的大学也颇为重视国际学术交流。2018年，有9,233名留学生在京都市内的大学学习。京都美国大学联盟（Kyoto Consortium for Japanese Studies、）于1989年在京都市内设立，加盟