温度时，可以达到最高的特异性。这样在起初的几个循环中，特异性扩增序列可以相对非特异性序列多扩增若干倍，从而减轻非特异性扩增对结果的干扰。这种方法可用于省去多次试验最佳黏合温度的工作。此外，递减PCR还可与简併引物（）结合使用，用来推出一段已知肽链的氨基酸序列所对应的DNA硷基序列。