选举后，陈水扁结合立法院与国民大会的民进党同志成立正义连线，以议会问政及公共政策为主，很快就成为民进党内最大的派系。1997年，沈富雄担任正义连线会长。1999年，正义连线曾主张废除民进党台独党纲的「建立主权独立自主的台湾共和国」字样，确立中华民国是台湾。新潮流系大老林浊水则坚持在〈台湾前途决议文〉加入「固然依目前宪法称为中华民国，但与中华人民共和国互不隶属，既是历史事实，也是现实状态」。因此正义连线的主张在民进党内并未得到一致认同。2006年7月23日，立法委员王幸男在民进党第12届第1次全国