瓦町车站内与琴平线交会合流。但相对的志度线的轨道设于车站东侧道路上，无法与另外两条路线相连，是採用线路终点常见的港湾式月台设计，设有两条乘车线（4、5号线）。尖峰时刻以外的志度线列车仅使用4号线。志度线可透过二楼的联络通道来往琴平线、长尾线，通道上设有电动步道。花园侧设有有效长度可停靠6辆编组与4辆编组的留置线。本站站名标原先採用独自设计，直至瓦町FLAG开幕时改採与其他车站相同的站名标设计。剪票口分别位于车站大楼二楼，以及志度线月台端地面的「志度线口」。两个剪票口都可前往所有路线月台。剪票口虽有自