尔衮和顺治帝的信任，顺治十二年（1655年）受封为通政使，晋一品，封赠三代。
康熙历狱.顺治皇帝死后，小皇帝康熙登基。辅政大臣鳌拜反对西洋学说，康熙三年（1664年）发生“历狱”，汤若望被判凌迟死刑。康熙四年（1665年），京师地震，免死羁狱，获孝庄太皇太后特旨释放。
逝世.康熙五年七月十五（1666年8月15日）病故。康熙八年（1669年），康熙给汤若望平反。
遗迹.他在北京古观象台观测天象并编撰历书的工作室、在天主教北京南堂的