1999年3月4日至2003年10月1日，任司法院秘书长。2003年9月18日，任第七届司法院大法官。此后，杨仁寿出任公务员惩戒委员会委员长。2007年8月30日，司法院发布新闻稿称，最高法院院长吴启宾将于2007年9月12日届龄退休，中华民国总统陈水扁任命杨仁寿为最高法院院长。2012年1月13日，中华民国总统马英九发布命令，核准最高法院院长杨仁寿退职。2012年2月16日，杨仁寿正式退休。
批判与评论.针对2013年九月政争之际，杨仁寿表示：此外，针对中国国民党关说检方