派了将领冯该进攻历阳。司马休之原本固守城池，但在其兄司马尚之兵败后就率五百兵出城作战，终也不能取胜。司马休之于是携同子姪北逃南燕。
返回晋廷.元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐桓玄，并攻下建康，司马休之当时在南燕也卷入刘敬宣、高雅之的流产政变而要南奔，于是干脆南归东晋。时承制的大将军司马遵以他为监荆益梁宁秦雍六州诸军事、领荆州刺史。同年晋军一度收复荆州治所江陵（今湖北江陵），但不久即为桓振攻陷，直至次年才再被收复。不过司马休之到江陵后不久，桓振又率军来袭，司马休之不敌而北逃