身亡后，掌握军队的金树仁当日随即出兵讨伐樊耀南并逮捕杀之，同年11月17日，国民政府正式任命金树仁为新疆省主席。金树仁管理新疆期间，政府官员多用汉人及其亲信，施政及管理上也一反杨增新的怀柔作风，处处对穆斯林实施严格的控管，尤其是开征「屠畜税」以及禁止麦加朝觐，最受穆斯林的强烈反抗。此外，金树仁亦实施改土归流，废止了哈密自清朝以来即施行的土司制度，终于引起穆斯林的反抗。1931年，哈密地区的穆斯林首先起兵反抗，并推举和加尼牙孜为领导，史称哈密暴动。同时在马仲英的介入下，吐鲁番与和阗也相继发生穆斯林的反