1947年返回中国，任北平研究院史学研究所研究员。国共内战结束后，冯家昇任教于中国科学院考古研究所，担任研究员。1950年，参加九三学社。1952年，调中央民族学院研究部，任教授。1959年春，第二届全国人大民族委员会组织新疆少数民族社会调查组，由刘格平、冯家昇分别担任正副组长，赶赴新疆，指导当地各少数民族编写历史和方志工作，并亲自参与撰写维吾尔族历史。同年5月，根据中国科学院和苏联科学院的合作计划，他参加了苏联科学院民族学研究所组织的中亚调查队，到了乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦、哈萨克斯坦、