遗址也进行了发掘，基本厘清了寺院中轴线以东的格局。2006年6月，宁波天宁寺被列入第六批全国重点文物保护单位。保护范围包含了西塔及已发掘回填和推测的寺院遗址主体部分，府桥街、法院巷、中山西路和海曙中心小学教学楼合围的区域为建设控制地带。2012年宁波轨道交通1号线西门口站至鼓楼站区间盾构施工时，采用特殊减震工艺，避免了对寺塔的破坏。