在正式开放投票当天早上约七时，该投票系统即遭到黑客以每秒100万次点击进行攻击，系统全日瘫痪。有报道说在技术人员抢修系统时发现证据证明黑客来自中国大陆，但也有报道说系统早已已封锁外地IP进入系统，故相信攻击来自本地。事件引起了部分国际媒体关注，当中包括路透社以及英国广播公司。系统遭入侵后，投票改由人手运作及以纸张投票，职员亦开放全港各区的投票站予市民投票，并将投票日延长至3月24日。后来有达2.3万香港市民亲自前往各投票站改以实体投票，而部分票站至深夜仍有近百人人龙排队等候投票。香港大学于24日投票第二