后在日本支持下多次袭击北洋驻军，1921年2月3日，恩琴的部队攻破库伦，扶持博克多汗复位，重建大蒙古国。博克多汗册封恩琴为和硕亲王，然而此时期的博克多汗没有实权，大蒙古国实际上由恩琴率领的俄国白军控制。在其5个月的统治下，他以高压手段镇压其反对者，尤其是苏共支持者，屠杀了大量犹太人和一些中国商人。恩琴自称成吉思汗转世，并被十三世达赖喇嘛土登嘉措认定为大黑天的转世。他还提出泛蒙古主义，主张使博克多汗重建蒙古帝国。1921年7月，他着手袭击俄国和外蒙古的边疆，尤其是蒙古人民党控制的恰克图，但不久又失陷被红军佔领