并启动馆舍整建工程。为整建而请爆破艺术家蔡国强炸毁台湾美术馆的行动爆破艺术（1998年举办之〈不破不立〉艺术展）更堪称任内经典。在教学生涯方面，倪再沁迟至1995年方获得静宜大学教职，由高雄市迁往台中市。2000年十月卸任国立台湾美术馆馆长后，先赴佛光大学艺术学研究所任教。2001年转任东海大学美术系主任暨研究所所长，2004年任文学院院长，2007年出任创意设计暨艺术学院院长。艺术创作方面，倪再沁80年代后期从南台湾出发，为90年代以来台湾文艺界之巨擘，先后担任诸多重要职务及获得多次荣誉奖励。