2013年底止，博物馆当年的参观人数达到545万9000人次。
起源.梵蒂冈博物馆的起源可以追溯到500年前购买的一座大理石雕像。这座名为拉奥孔与儿子们的雕像于1506年1月14日在圣母大殿附近的一个葡萄园里发掘出来。教宗儒略二世派朱利亚诺·达·桑迦洛（）和米开朗琪罗去查看发掘成果。在他们的推荐下，教宗当机立断从葡萄园主那里买下了雕像。在发掘出雕像整一个月后，教宗就在梵蒂冈向公众展示。梵蒂冈博物馆于2006年10月庆祝建馆500周年之际，馆方向公众开放梵蒂冈山丘上公墓的发掘