荷兰人离开台湾为止，大肚王国都维持半独立状态。大肚王国归顺荷兰，但从未归顺明郑王朝。1661年明郑政权统治台湾后实施「兵农合一」政策，派遣郑军分赴各地屯垦，侵害到原住民族的活动空间，导致明郑王朝和大肚王国发生数次武装冲突。1683年明郑王朝灭亡后，清康熙61年（1722年）出任巡台御史的黄叔璥在他的《台海使槎录》一书中，有这样的记载：「大肚山形，远望如百雉高城，昔有番长名大眉。」虽然寥寥数语，却说明17世纪的台湾中部确实有一个「超部落」的王国。清雍正9年（1731年），清廷官吏对原住民指派劳役过多，引起