兰后，米科瓦伊奇克参与了华沙的防御，战败之后他逃到匈牙利，不久被捕入狱，但很快就逃出，通过南斯拉夫和意大利到了巴黎。11月底前到法国后，他立即被邀请加入波兰流亡政府，担任波兰全国委员会副主席。1941年流亡政府迁往伦敦，他被任命为内政部长，成为瓦迪斯瓦夫·西科尔斯基总理的副手。1943年7月西科尔斯基在飞机失事中丧生后，米科瓦伊奇克被任命为新流亡政府总理。1945年苏军进入波兰，爱德华·奥索布卡-莫拉夫斯基成为民族团结临时政府总理(Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej -