大量的的大学把演化生物学正式作为一个系。在美国，由于分子生物学与细胞生物学的快速发展，很多大学把原有的生物系拆分或合并为"分子与细胞"-类型的生物系与"生态与演化"-类型的生物系。早期的演化生物学主要依赖形态，包括比较解剖学、胚胎学、分类学等方式。生态学透过观察比较不用性状的适应度，也是重要的研究方法。古生物学的学科分支也经常出现在地球科学、地质学系。在1900年代再次发现孟德尔的研究后，遗传学成为演化生物学的核心工具之一。包括托马斯·亨特·摩尔根遗传学实验来研究演化，并让果蝇成为重要的模式生物。后