元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所，系由理化实业研究所、社会科学研究所、历史语言研究所、地质调查所、观象台与自然历史博物馆演展而来。抗战期间中央研究院曾西迁昆明、桂林、四川李庄等地，抗战胜利后方复还京、沪。1948年3月26日，中央研究院院士选出，共81人。9月23日，第一次院士会议举行，中研院之体制始告完成。
在台复院.1954年，经朱家骅院长多方奔走，在台湾台北南港现址营建院区。「植物研究所」在台复所。1955年，成立「近代史研究所」及「民族研究所」筹备处。