人怀疑他们建立秘密组织，图谋不轨，而教宗起初利用它组织针对新教徒的恐怖活动和对远东传教，后来似乎担心其壮大威胁自己而开始打压。18世纪耶稣会在许多国家受到迫害，1773年在西班牙和法国的影响下，教宗克莱孟十四世解散了耶稣会；仅于不承认教宗统治的俄罗斯和普鲁士尚可继续活动。直至1814年教宗庇护七世才重新认可耶稣会。