治生涯很晚才开始。在2004年至2005年间，她转而担任中华民国总统府国策顾问。由于中华人民共和国没有预料到民主进步党在2004年还能执政，国务院台湾事务办公室系统受到严厉批判，迫使他们重新评估蔡英文等民主进步党内每个「斗争与谈判的对手」。同年的立法委员选举，她接受民主进步党提名为政党不分区立法委员第六名候选人。12月11日，当选民主进步党籍不分区立法委员。2005年2月11日，正式就任民主进步党不分区立法委员，除了加入立法院财政委员会，还担任民主进步党立法院党团副总召集人。2005年初，陈水扁准备接受