山委派查访各地革命组织，1906年6月到达武汉，在日知会举行革命演说，惊动清政府。同年12月初，中国同盟会策动萍浏醴起义，刘静庵等日知会成员策划起义但被举报，刘等九人相继被逮捕，日知会被查封，时称「丙午日知会谋反案」，当时胡兰亭正在日本先后入弘文学院、帝国大学留学，亦被列入清政府拘捕名单中。1909年，清廷解除拘捕令，胡兰亭回国任武昌圣马可堂牧师，常以传教为由探视刘静庵。在此时期，胡撰写出版了《狱中信徒》一书，又公开拍摄了狱中虐待革命志士的照片。1911年，胡兰亭调任汉口圣道书院监学、院长。同年6月，刘