各方面的需求与民意重新检核了淡海轻轨的线型与场、站设置。在绿山线部分，交通部高速铁路工程局在综合规画中将其分为「捷运红树林站至国泰桥（绿I）」、「国泰桥至淡海新市镇（绿II）」及、「淡海新市镇（绿III）」等3个路段进行探讨。其中绿I路段就淡海轻轨红树林站的设置提出了将红树林站设于台北捷运淡水线轨道上方的A案及设于淡水线红树林站机车停车场上方的B案，在就建造费用、工程困难度的评比下最后决定採B案；绿II路段就规画路线提出了行经芝投公路的A案及不行经芝投公路的B案，在就建造费用、工程困难度、建物拆迁、都市