创办上海急症外科医院。1958年9月，列编为“中国人民解放军第二军医大学第二附属医院”。1959年10月，迁入凤阳路415号同济医院旧址，对外称上海同济医院。1966年9月，经上海市批准对外称“上海长征医院”。1969年10月，随第二军医大学调驻陕西省西安市。1975年7月迁回上海原址。2017年更名中国人民解放军海军军医大学第二附属医院。截至2010年代，医院设有业务科室47个，临床科室35个，辅诊科室12个，临床教研室20个，拥有硕士授权学科33个，博士授权学科28个，并且是临床博士后流动站。医院有