兴业公司派员到岛上探查磷矿。1938年8月9日，日本派遣军舰到岛上建立石碑记载日本人开发经过。10月30日，日本派遣士兵和劳工登陆。12月7日，有更多日本人登陆。1939年4月，日军佔领太平岛，将其取名为「长岛」，纳入日治台湾高雄州高雄市辖下的新南群岛所管理。期间日本曾在岛上驻扎过陆战队、气象情报队、通信派遣队和侦察机部队。1944年，日本在岛上建立了潜艇基地。
20世纪后期.1945年二次大战后，先由台湾省行政长官公署接收管辖南海诸岛。12月12日，中华民国政府设立「