回了希腊七岛共和国，该岛虽然名义上作为奥斯曼帝国的附庸国，但实际上受俄军保护。乌沙科夫清除了科孚岛和整个伊奥尼亚群岛的法军。稍后他的舰队封锁了法军在意大利的基地，尤其是热那亚和安科纳，并成功地袭击了那不勒斯和罗马。俄罗斯帝国皇帝保罗一世鉴于他身为医院骑士团大团长的地位，命令乌沙科夫向马尔他进发，此时的马尔他落入法国人手中而英国舰队却坐视不救。英国海军中将纳尔逊无法忍受他将要遵从乌沙科夫指挥的事实（乌沙科夫在海军军衔上高于纳尔逊，乌沙科夫是Full Admiral），反而建议俄国舰队应该被派遣去埃及。