82趟原在杭州东站到发的列车、以及4趟原先停靠杭州站的列车。过渡期间的萧山站主站房自北向南分别为出站口、售票厅、北方候车厅、动车组候车厅、贵宾室、消防通道、南方候车厅；站场设有5座站台，与站房间分别通过一座进站天桥、一座进站地道及一座出站地道连接。杭州东站新站房于2013年7月1日启用后，杭州南站随即进入闭关改造阶段。南站站房及相关工程于2014年11月正式开建，并计划在2017年6月完工。2018年，由于杭州铁路枢纽规划变动，计划将既有城站的部分始发普速列车搬迁至本站始发，因此车站再次进行了小规模