约翰二世·梅加斯·科穆宁（，拉丁化：Iōannēs II Megas Komnēnos，约1262年－1297年8月16日），是特拉比松帝国的皇帝（1280年－1284年，1285年－1297年8月16日在位）。他是曼努埃尔一世和的第三个儿子。1280年，其兄乔治因密谋杀人而被囚禁，因此家中最年长的弟弟继位为新的皇帝，是为约翰二世。1284年曾一度被推翻，而身为格鲁吉亚皇后的姊姊狄奥多拉继位。幸运的是，翌年狄奥多拉被迫退位。因此约翰得以再次登上皇位。1297年8月16日，约翰二世逝世，其子阿历克塞二世成