顿骑士团再次败北，包括总团长在内的全部指挥官阵亡，从此一蹶不振。1466年结束战争的《第二次托伦和约》（Thorn）规定，骑士团除赔款600万格罗申外，还要将普鲁士一分为二，西普鲁士併入波兰王国，东普鲁士仍由骑士团统治，要对波兰国王称臣，成为波兰的附庸国。1512年，来自勃兰登堡霍亨索伦家族的阿尔布雷希特被选为条顿骑士团总团长，他是勃兰登堡选帝侯的近亲。在马丁·路德的影响下，1525年他宣布改信路德宗，从而切断了与骑士团名义宗主罗马教廷的联系，随后宣布解散骑士团，骑士团领地改为普鲁士公国，阿尔布雷希