运研所任内辅导当时未合法经营国道客运的游览车业者合法化成立统联客运。2005年，张家祝获聘为中华大学校长。成立观光学院，延揽前观光局长苏成田掌观光学院。2008年辞去校长，任中国钢铁公司董事长。2013年，时任中华航空董事长的张家祝被延揽进入江宜桦内阁，接替施颜祥成为第三十任中华民国经济部部长。张家祝说明在两岸签署服贸协议后，台湾国内生产毛额（GDP）最多增加0.034%，即1.34亿美元(约新台币40亿元)。但因另外编列新台币900多亿元预算，贴补受影响产业，遭人质疑弊大于利。复加上该协议目标