随即降下甘霖，不久戴军撤退，林日成亦退回四块厝庄。隔年1月，台湾水师提督吴鸿源率领3000名清军增援，并进驻盐水。
清军反攻.1863年3月19日，吴鸿源发动勐攻，直攻到嘉义城外，与城内守将汤得陞里外夹击，击退围城多日的陈弄军。6月，吴鸿源因不肯遵守指令发动攻击，被洪毓琛免职，由曾元福接替，但六月洪毓琛亦死于任内，清军与戴军又陷入胶着之中。8月，丁曰健接任台湾兵备道，并由沪尾（今新北市淡水区）登陆，重新佈置新的作战方针。他命台湾镇守参将关镇国由五汊港（今台中港前身）进攻