988年8月1日，西安站由一等站升为特等站。1990年车站东配楼售票厅和办公楼竣工交付使用标志着西安站改造工程全面结束。当年西安站站内共有股道22条，其中正线和到发线12条，车站站前广场面积35000平方米。2007年4月18日，西安站开行4对前往宝鸡站的和谐号动车组列车，使得陕西省成为当时中国西部地区唯一开行“和谐号”的省份。为配合郑西高铁开通，西安站于2009年6月新建6号站台，于同年年底完工。2010年2月6日，西安站首次开行高速动车组列车，但在2011年1月11日，由于西安北站部分启用，郑西高铁