禄位牌及修庙者叶履仲的禄位牌，另祀中坛元帅、天医真人、聚宝真君、日与月神。台南府城，此庙与台湾首庙天坛、及开基玉皇宫供奉太阳星君。农历三月十九早上，崇祯帝殉国之日，当地人以祭拜太阳星君之名，在户外露天摆设香案，在太阳升起之时朝东方祭拜。他们准备暗示明代国姓的九块猪形糕点、暗指洪武到崇祯的十六位皇帝的十六块羊形糕饼，各点朱色一枚，称为「九猪十六羊」，并于祭拜后食用，平常不使用这类糕饼。有反清复明意涵的此祭仪已逐渐式微，成功大学兼任副教授何培夫在2015年表示三官庙虽供奉太阳星君，但庙方当时已不明白其文化内