西山军的擒杀，阮文仁逃走。同年阮福映在龙川（今金瓯省）起兵抗击西山军，阮文仁与杨公澄一起在沙沥举兵响应。次年晋升为该奇。1782年，西山军攻佔嘉定，阮文仁随阮福映逃往富国岛。不久阮福映便收复了嘉定，晋升阮文仁为右算军。1783年，阮福映再次战败，逃往暹罗。阮文仁与杨公澄率领水军，准备前往追随阮福映；但途中遇到了从暹罗回国的阮秦、黎尚，杨公澄、阮秦、黎尚于是一起佔据了龙川，对抗西山军。阮文仁则前往暹罗首都曼谷通报阮福映。但他归国的时候杨公澄已被西山军所杀。阮文仁又前往扛坎岛，跟随黄进景建造兵船。178