该届中华民国总统选举也是首次开放公民直接选举。当时林义雄发表了参选声明《执政，是民进党的责任》和着作《希望有一天──充满喜乐的台湾》，认为当前中华民国民众最大的问题在于国家认同。而除了林义雄外还包括有国立台湾大学教授彭明敏、前桃园县县长许信良、台北县县长尤清等担任候选人，不过在第一轮干部评鑑与党员初选中，曾离开台湾一阵子的林义雄仅排行第三位。之后由获得高票的彭明敏和许信良而进入第二轮投票，最后透过开放各县市民众投票的方式推举彭明敏代表民主进步党参选中华民国总统。之后林义雄则积极参与民主进步党党内决策工作