伦敦睡梦中辞世，享寿八十四岁。于西敏寺举行国葬，成为史上第一个获得国葬的自然科学家。 1970年代，对牛顿头发的化学分析显示其中水银含量比正常值超出50多倍，最可能的解释是他从事炼金术所致。汞中毒可能解释牛顿晚年的一些怪异行径。牛顿之墓位于西敏寺中殿，墓地上方耸立着一尊牛顿的雕像，其石像倚坐在一堆书籍上。身边有两位天使，还有一个巨大的地球造型以纪念他在科学上的功绩。英格兰诗人亚历山大·蒲柏为牛顿写下了以下这段墓志铭:
世界观.牛顿反对将宇宙解释为一部纯粹的机器，譬如一座大