后到9月1日才改编至大西洋分遣舰队。在大西洋分遣舰队期间，敦克尔克号担任舰队旗舰，由海军中将指挥。11月29日起，敦克尔克号在布雷斯特干坞进行定期维护，所有工程直到1939年2月27日才结束。结束维护后，敦克尔克号被改编至，该舰队是为了因应纳粹德国在苏台德区问题上强硬手段而建立的。同年3月，敦克尔克号的姊妹舰史特拉斯堡号也加入袭击部队；2艘敦克尔克级战列舰一同组成第一线总队（1st Division of the Line），两舰随后分配到总队条纹迷彩，并分别涂佈在各舰烟囱上。此时，配置在袭击部队下的舰艇有