统上，鲣鸟目动物被包含在鹈形目中，后来则被划入“水鸟类”的一个并系群。一些所谓的共同特征，像全脚蹼和外露的喉囊，现在已经知道这属于趋同演化，而且鹈鹕显然与鹳的亲缘关系更近，而不是鲣鸟。因此，鲣鸟和军舰鸟，以及一些史前时代的“亲戚”，渐渐被分离出来，成为鲣鸟目，有时也称为“Phalacrocoraciformes”。
现存物种.蛇鹈有四个现存的物种，它们都属于蛇鹈（Anhinga）属，但在旧大陆它们往往被归类在一起作为东方蛇鹈（A. melanogaster）的亚种。它们可以和更加不