每一股各有一个5'磷酸基末端与一个3'羟基末端。此结构经dicer作用而得，dicer这种酶将较长的双股RNA或小发夹RNA（small hairpin RNA）切成siRNA。此外，siRNA也可经由多种不同转染（transfection）技术导入细胞内，并对特定基因产生具专一性的基因敲落（knockdown）效果。本质上，任何已知序列的基因都可以、也因此是经过适当剪裁而具有序列互补性的siRNA的作用对象。这使siRNA成为研究基因功能与药物目标的一项重要工具。