加过日常的宗教活动，尽管巴斯德信仰上帝，一般说，他的观点更接近自由思想家而不是天主教，他表现更多地是灵性的而不是宗教的。巴斯德也反对将科学和宗教混在一起。
对巴斯德的指控.1995年，在巴斯德逝世百年纪念之际，美国普林斯顿大学科学史教授出版了《巴斯德的隐秘科学》（The Private Science of Louis Pasteur）一书。书中声称，巴斯德这位“最完美无缺的科学家”有欺骗行为，巴斯德的实验记录有的不符合他公开的说法，并且他还从事了违反医学伦理的试验。《纽约时报》立