也常见于深山、海边的绝壁等处。后者带有神道的自然崇拜成分。也有的祠建于曾发生泥石流等自然灾害的地方，也可以提示人此地易发生同类自然灾害。也有一些祠设置于神社境内，由神社管理。私有土地上的祠在财产继承时，作为“庭内神祠”，其所占土地与附属设施免课遗产税。