阮大铖商议，主张立福王朱由崧，并致书史可法称论伦理、论次序都应当拥立福王。史可法告诉他们朱由崧的七个缺点，但马士英联合了操江提督诚意伯刘孔昭、镇将刘泽清、刘良佐、高杰、黄得功等人，发兵护送朱由崧到仪真，史可法不得已，只好前去迎接。五月初一，朱由崧拜谒孝陵、奉先殿，出居于内守备府。群臣入内朝见，朱由崧羞惭想要躲避。史可法劝他不必躲避，应该正式接受。朝拜结束，商议战守之事。史可法说应该穿上素服驻扎郊外，调发军队北伐，向天下百姓表示必定报仇之意。朱由崧答应。五月初三，朱由崧监国于南京，在诚意伯刘孔昭的干预下，