站大楼旁的1号线，而需要交换列车等情况时则使用2号线。车站大楼位于站区东侧，是一个JR北海道委託子公司（）代为经营的，并设有绿窗口（营业时间6时30分～16时35分）。至于货运用的月台则位于车站大楼南侧，车站南侧、根室本线西侧则是JA十胜清水町的仓库，本线东侧是清水工厂，车站北侧原本还设有通往清水制糖工厂的专用铁路之分岔点，但该专用线已在1986年（昭和61年）11月废线。