堡进行进一步修复， 监督者是罗伯特·汉密尔顿。1560年后者报告称这座城堡扩大了两倍并可以驻扎500名士兵。 宗教改革之后的1561年9月这里驻扎有60名法军。 1565年8月在反抗玛丽一世统治的暴动中，玛丽一世下令加固这座城堡。 随着几场战役，苏格兰议会在1567年12月宣佈废弃此城堡， 邓巴和这座城堡因此完全被毁。1568年9月其留下的一些石块被搬走修造利斯的码头。