和开放边界的增加，在公共卫生问题上的合作变得越来越重要。 公共卫生专家此前曾讨论过建立欧洲疾病控制中心的想法，但2003年SARS爆发和SARS跨国家迅速蔓延证实了在欧盟范围内建立公共卫生机构的紧迫性。 ECDC是在创纪录的时间内为欧盟机构设立的：欧洲联盟委员会于2003年7月提出了立法草案； 到2004年春季，已通过（EC）851/2004法规，该中心于2005年5月投入运营。 中心任务开始后不久就证实了其使命的相关性，当时H5N1禽流感到达欧盟附近地区导致人们担心该疾病可能会适应或变异为人类流行性感冒的