新秀等级的格林维尔太空人开始教练生涯。当年球队以41胜26负的成绩获得阿帕拉契联盟冠军，博加尔被评为年度最佳教练。次年他升上1A的勒辛顿传说，并带领球队取得82胜57败的联盟最佳成绩，他也被选为南大西洋联盟年度最佳教练。2006年博加尔开始执教克里夫兰印地安人2A的艾克隆航空，他率领球队取得了87胜55败的成绩，获得东方联盟冠军。博加尔也获得了当年的东方联盟年度最佳教练的荣誉，并被选入全明星未来之星赛教练组。他还被美国棒球杂志选为2006年东方联盟最佳教练新秀。2007年博加尔再次被选入全明星未来之星赛