清政府赔偿出资重修了损毁严重的西什库教堂建筑，形成了目前西什库教堂的建筑群。在1958年的“献堂献庙”运动中，西什库教堂被上缴国家，教堂收藏的教会藏书，包括中、日、梵、德、英、法、荷、意、西班牙、波兰、希腊、拉丁、希伯来、佛兰芒、叙利亚、马来、大宛、藏、满、蒙等语种的“摇篮本”早期印刷图书和和一批稀见文献，被运出教堂移交北京图书馆收藏；西什库教堂所拥有的出厂号为670、有着16.6米长低音管的法国产Cavaillecoll牌管风琴是北京最大和最好的一座管风琴，于1965年以保护名义被中央音乐学院移走，后