990年8月，贾治邦调回家乡，出任中共陕西省延安地委副书记、行署专员。1993年5月起，历任中共陕西省委常委、陕西省副省长；省委副书记，代省长、省长。2004年10月，中共中央决定调贾治邦入京，出任民政部常务副部长（享受正部长级待遇）；后又兼任国家减灾委员会副主任。2005年12月，被任命为国家林业局局长；次年5月起，又兼任国家森林防火指挥部总指挥。2007年6月5日，世界自然基金会授予贾治邦“自然保护杰出领导奖”，以表彰国家林业局多年来在自然保护工作中的努力和成就。2012年3月，退休。