002年，摩洛哥占据无人的佩雷希尔岛（Perejil）。2003年5月16日，在卡萨布兰卡的一系列针对平民的炸弹袭击中，造成33名平民死亡，100多人受伤，随后对伊斯兰反政府者的镇压，受到了人权人士的批评。2004年6月，美国总统布什赞扬了摩洛哥在反恐战争中的努力，确定摩洛哥为其主要的非北约盟国之一，同一年稍晚时，摩洛哥与美国以及其主要贸易伙伴欧盟签订了自由贸易协定。2005年，支持西撒哈拉独立的示威和骚乱在摩洛哥控制的阿尤恩地区爆发，虽然有军队和警察的增援，但至今仍未能控制住抗议活动，而包含来自于