都因而获利。后又改任平西将军、荆州刺史临川王刘义庆的平西中兵参军、河东太守。元嘉十六年（439年），衡阳王刘义季以安西将军接替义庆任荆州刺史，申恬改任安西中兵参军。后又获召为太子屯骑校尉，后因母丧离职。元嘉二十一年（444年）十月，以申恬督冀州青州之济南乐安太原三郡诸军事、扬烈将军、冀州刺史。次年加济南太守。后北魏南侵，申恬领兵截击但战败，遂被征召还建康。元嘉二十七年（450年），申恬又获授通直常侍；同年朝廷发动北伐，但为北魏大军反攻，申恬受命领兵支援东阳，并与庞秀之一同守城。当时萧斌加派青州别驾解荣之