清朝道光二十四年），美国外交官顾盛和两广总督爱新觉罗耆英在普济禅院签订不平等条约《中美望厦条约》（又称《中美五口贸易章程》），以强迫中国开放通商港口，扩大美国领事的裁判权。1944年，禅院于当时的签署地方立一亭碑以作纪念。抗日战争期间，岭南画派大师高剑父曾寓居在普济禅院，根据澳门学者邓骏捷所着《澳门古籍藏书》，院内收藏了不少名家书画及文物，当中包括高剑父及其弟子关山月的书画作品。此外，院内收藏了明末清初高僧金堡的《澹归和尚丹霞日记》手稿，该稿是清初岭南佛教的珍贵文献，具有珍贵的史料价值，是院内的「镇寺之