DP端口且回应多于查询产生的数据量时，服务器可以使用标记TC（，截短）位元的短封包回应。客户端此时应使用TCP端口重试，并增加后续查询的填充量。该协议的第一、第二版采用X25519算法（Curve25519）进行密钥交换，算法进行签名，以及使用XSalsa20-Poly1305或XChaCha20-Poly1305算法认证加密。
基于公钥的客户端认证.DNSCrypt协议也可以用于访问控制与审计，方法是仅接受一组预先定义的公钥。这可在商用DNS服务中辨识客户而不必依赖于其IP地