指定了14所副部级大学，分别是北京大学、清华大学、中国人民大学、北京师范大学、北京理工大学、北京航空航天大学、中国农业大学、北京医科大学（2000年4月3日时，与北京大学合并）、中国科学技术大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、西北工业大学。2000年，增加7所，分别是浙江大学、南开大学、天津大学、南京大学、武汉大学、四川大学、中山大学。2003年12月，又增列11所，分别是吉林大学、中南大学、厦门大学、大连理工大学、山东大学、同济大学、西北农林科技大学、华中科技大学、东南大学