好的张宗逊的“反教条主义”说法，彭为此不高兴，于是毛泽东说“萧克这个人在历史上一贯不正派。”于是萧被错误受彭德怀、黄克诚等人批判为「反党」，并被解除职务。次年改任农垦部副部长，期间主持制定了《国营农场工作条例》、《国营农场领导管理体制的决定》等法规。文化大革命期间，遭受迫害并下放到江西五七干校进行劳改。1972年1月起历任中国人民解放军军政大学校长。1977年，改任国防部副部长兼军事学院院长、第一政治委员等职。1980年9月，增补为第五届全国政协副主席。1982年，当选为中央顾问委员会常务委员。1989