曲吻部上具有相似性，可能是倖存至最后的双冠龙科。巴菲陶特也于1989年支持这项亲缘理论。1990年，查理格和米尔纳反驳重爪龙与棘龙科的关联性，因为没发现两者化石间足够的相似处。但后来他们于1997年认同了重爪龙科和棘龙科的关联性，但不认同将前者作为后者的异名，鉴于重爪龙的化石较完整，比破碎的棘龙更适合当作科的模式属，而且也没发现彼此有足够显着的相似性。2004年，霍茨和同事将重爪龙科列为棘龙科的异名。1990年代的发现为重爪龙的亲缘关系提供了更进一步的线索。1996年，一个来自摩洛哥的吻部化石被归入棘龙