国国民党第二次全国代表大会在广州召开，通过《弹劾西山会议决议案》，邵元沖受书面警告处分。同年3月，西山会议派在上海另行召开“中国国民党第二次全国代表大会”，成立中央执行委员会，邵元沖被推选为中央执行委员会委员。1926年（民国15年）5月，邵元沖应蒋中正邀请重返广州，出任中国国民党中央青年部部长。
杭州市市长.1927年初，国民革命军在北伐中攻克浙江后，邵元沖被任命为浙江省政治分会委员兼杭州市政厅厅长（后改称市长）。在杭州市长任内，邵元沖制定了《杭州市暂行条例》，仿照广州市建置