于清朝顺治二年（1645年）在正黄旗校场北地址募化创建。没有寺名，故以察罕喇嘛创建而称为“察罕喇嘛庙”。康熙五十二年（1713年），康熙帝赐无量寿佛二尊，供奉大殿。中华人民共和国成立后，黑寺仍留有部分喇嘛看管黑寺院落及部分土地、财产。后来，由于实行土地改革，国家没收了黑寺拥有的土地、财产。文化大革命期间，黑寺被马甸村革命委员会征用为饲养处，一直用至1978年。在此期间，黑寺被多次破坏，先后被拆除了山门、天王殿、后殿及其他一些殿宇和大多数房屋。据黑寺附近的老居民回忆称：“在文革期间，由马甸村委书记单世杰牵