安装在舰艉的鱼雷管亦是如此。其舰艛也遭部分削减，以减轻舰只过度横摇的倾向；而则被更轻便的单杆桅所取代。此外，舰只的烟囱也得到加长。德皇巴巴罗萨号的现代化工程于1907年10月1日完成并重新投入使用。与此同时，最新式的德国级战列舰正在逐步投入使用；连同不伦瑞克级舰只一起，它们提供了足够的现代化战列舰以建立两个完整的分舰队。因此，活动舰队在2月16日正式更名为公海舰队。德皇巴巴罗萨号回到它在第一分舰队中的位置，并在第二年参加了定期常规的支队、分舰队以及舰队的演习和巡航，全年都未发生事故。1908年的夏季巡航是在