太子手敕回到北京。次日（6月6日），清朝摄政王多尔衮率领清军抵达北京。吴三桂希望立朱慈烺为明帝，但被摄政王多尔衮拒绝。吴三桂愤而挟持朱慈烺到山西，之后朱慈烺身故于陕西宁家湾。另有说法认为朱慈烺为李自成的大顺军所杀。此外，尚有人认为弘光元年（1645年）太子案中的朱慈烺是真的。南明弘光年间追封为献愍太子，鲁王监国元年谥为悼皇帝。
家庭.
妻.朱慈烺之太子妃为宁浤之女宁妃，十九岁死。