，后来屡试不中，遂在太学潜心读书十年，深受国子监祭酒李时勉赏识，于正统十年（1445年）举会试第一，继而殿试第一，三元及第，在明代只有被朱棣除名的黄观（黄观为连中三元）和他有此殊荣。商辂及第后，除翰林院修撰，与刘俨等十人进学东阁。土木之变后，郕王监国，以陈循、高谷举荐，进入内阁参赞机务。徐珵曾建议迁都，商辂则力阻。同年冬，进翰林院侍读。
景泰、天顺年间.景泰元年（1450年）遣迎明英宗于居庸关，晋升学士。景泰三年（1452年）锦衣卫指挥使卢忠举告太监阮浪、内使王瑶意图扶植英宗复位，