1521年），葡萄牙佛朗机人入侵南头城，爆发屯门海战。万历元年（1573年），于南头设立县治，取名新安，喻意「革新鼎安、转危为安」，治所南头，辖今深圳和香港，最高时期派参将管辖。清康熙元年（1662年），为了防止沿海居民与郑成功军队接触，下达海禁政策及迁界令禁止居民出海，对新安县影响极大，人口减少，田地荒废，新安县一度再次并入东莞县。康熙八年（1669年），新安县界由东莞划回，县治恢复。
鸦片战争至特区成立前.道光八年（1842年），清政府与英国签《南京条约》割让香港岛予英国，咸丰