因克斯的带领下，球队先后止步于1989年欧洲联盟杯、1990年和1991年欧洲冠军盃的半决赛，分别淘汰他们的那不勒斯、AC米兰和贝尔格莱德红星都赢得了当届赛事的冠军——其中米兰需要战至加时赛才凭借作客入球淘汰拜仁，而红星则是依靠奥根塔勒不幸在最后时刻的乌龙球才得以晋级。除了官方的欧洲足联赛事，德国也在此期间实现了统一，于是在1990年11月，拜仁作为西部卫冕冠军参加了纪念性质的单场，于客场以0比1不敌东德冠军德累斯顿迪纳摩。
1990年代.在1990年至1996年的过渡时期，拜仁仅