匈奴与汉朝又反复争夺。戊已校尉随之几经撤回、恢复。东汉安帝延光二年（123年），西域长史班勇率兵五百出屯柳中（今鄯善县鲁克沁），攻克车师。延光三年（124年），复置戊已校尉。魏晋时期，为了躲避中国内地战乱，众多内地的汉族人口移往高昌，与当地土着融合。北凉王族沮渠氏（属于卢水胡人）消灭了车师国，450年建立了汉化的高昌国。高昌国后被柔然压迫而衰弱，其后在北方游牧民族（柔然、高车、突厥）之影响下变成了阚、张、马、麴四氏王。晋朝，车师前国归晋，晋朝戊已校尉仍设在高昌。西晋灭亡后，凉州（今甘肃武威）建立了前凉。