首项大型足球赛事冠军后，香港政府推行《凤凰计划》以改革香港足球，女子足球亦被列进计划之中。于2012年，香港足球总会正式接办香港女子足球联赛，重新组织一个具规模的女子联赛。复办的首届赛事，共有 10 支球队参赛，其中以卜公与公民两队的实力最强。结果，公民赢得复办后首届女子联赛冠军，亚军为卜公，季军为车路士足球学校 (香港)。其后公民女足更于2013至17年缔造联赛五连霸纪录，直至杰志荣获2017–18球季冠军。从2018–19球季开始，香港女子足球联赛分成甲、乙组进行，每组最多 8 队，故联赛改以双