部中央有较深的等解剖特征而被归入亚河豚科，外形特征介于亚马逊河豚与拉普拉塔河豚之间，且支序分析结果显示其亲缘关系应该与前者较为接近。亚河豚超科（Inioidea）现生的类群仅分布于南美洲，梅赫林亚河豚为继（亦生存于中新世晚期）之后，发现于北美洲的第二个亚河豚科类群，亚河豚超科传统上被认为起源于南美洲，但这两种北美洲的亚河豚科与部分化石的出土，表示此超科也可能是起源于北美洲。2015年，亚河豚科的一个新属""被发表，亦为中新世晚期的类群，其化石出土于巴拿马的加勒比海沿岸的海相沈积，因此可能也是海生类群。支