萧干元，江西万安人，明朝政治人物、同进士出身。
生平.弘治十二年（1499年），登己未科进士，授监察御史。正德间，八党乱政，萧干元与十三道御史陆崑、薄彦徽、葛浩、贡安甫、王蕃、王弘、史良佐、李熙、任诺、姚学礼、张鸣凤、蒋钦、曹闵、黄昭道等联名上疏请求罢免太监马永成、魏彬、刘瑾、传兴、罗祥、谷大用等人。后被罢免逮捕。