1926年，当选中国国民党第二届中央执行委员，后曾任国民政府立法院立法委员、总统府国策顾问等职。1927年，蒋介石发动清党后，黄复生不与蒋介石合作。此后，黄复生由中国国民党中央执行委员降到委员，又降为国民政府委员。1936年，因中风而半身不遂。中华民国总统府成立后，1948年被特聘为总统府国策顾问。1946年，病重的黄复生在重庆成立「辛亥革命同志联谊会」，以维护孙中山的三民主义，反对内战，实现和平。该会会员将近百人。1948年10月1日，黄复生病逝，终年66岁。「辛亥革命同志联谊会」随之瓦解。