典和波兰成为共主邦联。但是齐格蒙特继续住在波兰首都克拉科夫并试图从那里统治瑞典。4年后瑞典反叛，反叛者的领导人是南曼兰公爵和齐格蒙特的叔叔新教徒卡尔。反叛者指责齐格蒙特违背他过去的允诺，偷偷在瑞典促进反宗教改革，限制瑞典的独立。齐格蒙特带领数千雇佣兵在卡尔马登陆瑞典捍卫他的王权。一开始他获得一些胜利，但是1598年9约25日在斯坦格布罗战役中他战败，被迫撤离瑞典。瑞典帝国议会宣布废除齐格蒙特的王位。齐格蒙特的新教徒叔叔和反叛首领卡尔首先被任命为帝国大总管，1604年登基瑞典王位为卡尔九世。齐格蒙特从未正