植物基因组学国家重点实验室由中国科学院主管，中国科学院微生物研究所与中国科学院遗传与发育生物学研究所共建，于2003年经中华人民共和国科技部批准正式成立。位于北京市朝阳区北辰西路中国科学院微生物研究所与中国科学院遗传与发育生物学研究所内。实验室以植物为材料，以新基因的克隆及功能研究为主要研究内容，推动生物技术的进步。现任主任方荣祥院士，学术委员会主任李家洋院士。现包括21个研究小组。
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