西两个指挥官的指挥下，1876年设置东海，西海两个镇守府。东海镇守府先行临时设立在横滨（西海镇守府尚未设立，尔后设府于长崎），1884年转移到横须贺，更名为横须贺镇守府。由于1886年海军条例制定，日本沿岸的海面划分为五个海军区，各海军区设立镇守府和军港。除了横须贺，1889年的吴镇守府和佐世保镇守府，1901年的舞鹤镇守府等相继设立。但是，最初预定在室兰的设立计划，最终于1903年取消。清廷割让辽东半岛后，1905年日本海军于旅顺设立旅顺口镇守府（1906年改称为旅顺镇守府，1914年改制）。舞鹤