除与社会、先驱的执政联盟，恢复单独执政。桥本政权失败的经济政策，导致第18回参院选大败，失去参议院过半优势，桥本内阁宣布总辞，小渕惠三领导的小渕内阁成立。为了稳定政权，平成11年採纳小泽一郎率领的自由党政策，组成自自连立。10月，再与公明党组成自自公连立政权。平成12年，自由党退出执政联盟，自由党分裂出的保守党加入执政，合组自公保连立政权。此时开始与公明党进行选举合作。小渕病倒后，森喜朗继任，森内阁成立。但是，森喜朗的频频失言与KSD事件等丑闻，让内阁支持率低迷，爆发。之后，森内阁被迫总辞，山崎拓、加藤