本公园除了有亚洲黑熊与日本髭羚等大型哺乳类，还有山猪、日本猕猴、狐、獾、貉、兔、貂、白鼬、毛吻鼩鼹、鼩鼱等哺乳类另外还有及日本睡鼠等特别天然纪念物栖息。鸟类有濒危物种的金雕与熊鹰，近危物种的苍鹰等稀少勐禽类等，以及森林性鸟类猫头鹰、星鸦、松鸦、大斑啄木鸟、、欧亚鷽、蓝尾鸲、戴菊、山雀属等。候鸟则有大杜鹃、喜马拉雅中杜鹃、棕腹杜鹃、白腹琉璃、黄眉黄鹟、冠羽柳莺等夏鸟，以及白腹鸫、斑点鸫、黄连雀、朱连雀、田鹀等冬鸟。谷川区域的一之仓泽岩场是烟腹毛脚燕繁殖地，同时还可见到与白腰雨燕。昆虫类有、日本红眼蝶