亦留下了大破坏的痕迹。15年后，14岁的少年碇真嗣被三年未见面的父亲碇源堂召来第3新东京市，等待接驳时，眼前的山间突然出现被称为「使徒」的巨大神祕生物，联合国军队正与其展开激烈交战。真嗣受到波及陷入危机，前来接迎的葛城美里将他救出，并载着他来到特务机关NERV本部。真嗣和父亲久别重逢，却马上被父亲带往参观巨大人型兵器「终极泛用人型决战兵器 人造人福音战士」（简称EVA）的初号机，更被冷酷地要求驾驶初号机与使徒对抗。虽然真嗣採取反抗态度，但在看到要替补他的女性驾驶员绫波零的伤势后，终于否定了逃避念头，决意出击