宦谱》的记载，他自幼颖慧，充满爱敬，且智勇过人。在木增的儿子中，木懿最受钟爱。1624年，木增退隐到芝山，木懿嗣位，并被明朝封为丽江知府。木懿每天早晨都要去木增的卧房，请教重要问题的对策。1636年（崇祯九年），番人咇哩叛乱，劫掠云南各地。木懿渡长江北上，击退咇哩，使其不敢再犯丽江边境。阿永年欲当蒗蕖州知州，未果，便暗杀政敌。木懿奉命前去讨伐，杀阿永年。崇祯帝大喜，令将蒗蕖州划归丽江管辖。1639年（崇祯十二年），封中宪大夫，加云南布政使司右参政衔；其父木增则加四川布政使衔。明朝批准在昆明为木懿