战争期间，纪凤台为俄国牺牲很大，日本当局曾缺席“判他死刑”，并且“没收他在满洲和关东省的全部财产”。纪凤台除了积极投身于公众和慈善事业，还因他为信仰东正教所做的贡献而获得了一枚奖章。他还曾赞助修建海参崴波克罗夫斯基公园内的教堂和东方研究所（现为远东国立技术大学）。纪凤台死后，其亲属请求按照东正教仪式进行祭祷，但遭到俄国东正教会拒绝，理由是“纪凤台始终是忠于孔夫子的”。1910年，纪凤台在俄国圣彼得堡逝世。1910年1月12日，纪凤台的遗体从俄国圣彼得堡运回中国哈尔滨安葬。
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