P, ddGTP, ddCTP, ddTTP（4种双脱氧核糖核苷酸）荧光标记不同，计算机可以自动根据颜色判断该位置上碱基究竟是A，T，G，C中的哪一个。
高级方法和de novo测序法.
霰弹枪定序法.霰弹枪定序法（Shotgun sequencing，又称鸟枪法）是一种广泛使用的为较长DNA测序的方法。它比传统的定序法快速，但精确度较差。霰弹枪定序法曾经使用于塞雷拉基因组（Celera Genomics）公司所主持的人类基因组计划。