而遭逮捕。4月25日，原本预计与近藤一起处刑，但在近藤的请求下，与一起被逮捕的野村利三郎一同被饶过一命，并交给笠间藩软禁。但相马之后脱逃并参加彰义队，并投入春日左卫门的支配下。在彰义队瓦解后，与旧幕臣们一起转战到磐城方面，最后在仙台与新选组的上司・土方岁三再会。在虾夷共和国中，主要担任箱馆市中的巡逻工作。箱馆战争中，由于土方战死，在弁天台场的新选组队士们让相马成为队长，并让他在投降书状中署名，新选组的历史也就此拉下终幕。然后依据高松凌云的书简记载，相马就任队长是在明治2年（1869年）5月15日。