林良桐被捕，同年6月16日，沈镇南被捕，一直至6月22日为止，台糖都不停地传出有人被逮捕的迹象。台湾省保安司令部以「为叛徒供给资产未遂」的罪名，将其判处死刑，沈镇南本人多次撰写自白书来表示自己毫不知情，也从未与匪有任何联络，沈镇南夫人由于与时任台湾省主席陈诚之夫人熟识，故请託陈诚协助，然陈诚却表示爱莫能助。1950年9月18日，根据《惩治叛乱条例》，判处沈镇南及人事室主任林良桐死刑，沈的罪名是「为叛徒供给资产未遂」，林良桐是「意图以非法之方法颠覆政府，而着手实行」，由于审判採一审制，沈镇南两人毫无上诉机