广州铁路集团（今中国铁路广州局集团有限公司）并开始在广深线运营，30节车厢组合成两组车底，担当每天四对的广深城际准高速列车，使用东风11型柴油机车牵引。至2000年10月21日，中国铁路实施第四次大提速后，25C型客车用作运行来往香港和佛山、肇庆之间的直通车，以替代旧有的25B型软座车。2002年间曾调拨一组25C车底担当长沙 - 武昌间的T101/102次列车，但由于25C型客车的注水方式与其他客车不同，于是又再使用25Z型客车替换。2004年起，其中一组仍然用于肇九直通车，另外一组用于开行韶关—广州—深