从解剖及基因的观点上一直争议着有蹄类之间的近亲关系。分子遗传学研究指有蹄类与勐兽类（包含食肉目、鳞甲目等）最亲近，而非近蹄类。一些学者基于分子及 DNA 分析将假有蹄类与非洲猬目组成了非洲兽总目。这显示牠们并不接近其他有蹄类。南美洲已灭绝的有蹄类（南蹄目）是于古新世中至晚期因南美洲的孤立而出现，早年的研究观点认为南蹄目和非洲兽总目的关系最近。然而在近年的种系发生学蛋白质组研究显示南蹄目和奇蹄目互为姊妹群。至于其他有蹄类的位置则不明。重脚目、索齿兽目及其他相关类群都被认为是近蹄类（包括其他非洲兽总目）