占庭帝国皇帝查士丁尼二世同意下，马龙尼派得以任命一位自己的宗主教，首任宗主教是若望·马龙。
穆斯林统治.之后，马龙尼礼教会因为叙利亚穆斯林征服，而开始了阿拉伯的统治。而这样也使该教会与拜占庭帝国的关系更改进。因此，拜占庭皇帝君士坦丁四世甚至直接提供了在宗教、政治和军事方面的支持，给马龙尼礼教会。新联盟很快互相协调了两军，以毁灭性袭击，消灭了穆斯林在这地区的势力。而这军事行动解救了在中东地区的基督教徒。同一时间，有些马龙尼礼信徒搬迁到黎巴嫩山，并形成几个社区，被称为马拉达（英语：