晚年喜写梅，于清康熙十五年元月二十日戌时去世，年七十六。
着作.着有《罪惟录》、《国寿录》、《鲁春秋》、《东山国语》、《班汉史沦》、《续西厢》等。
争议.有证据显示查继佐是《明史》案检举者。道光以后人陈康祺于《郎潜纪闻》中推断查继佐应负主要责任，实在是违背“虎兕出于柙，龟玉毁于椟”，则守土者不得推诿其过的原理。清初谷应泰《明史纪事本末》对其记载则略为平恕公允。当事人陆圻的女儿陆莘行则提到其父等三人曾向学官自首。《范氏记私史事》一书提到周亮工劝另一位当事人范