沙尼亚外交部长与阿塞拜疆签署联合声明的；2000年，阿塞拜疆国会内设立了阿塞拜疆－爱沙尼亚议会内工作组。爱沙尼亚支持阿塞拜疆加入欧洲理事会，支持阿塞拜疆融入欧洲－大西洋结构。2009年，爱沙尼亚总统托马斯·亨德里克·伊尔韦斯访问阿塞拜疆；2010年，阿塞拜疆总统伊利哈姆·海德尔·奥格雷·阿利耶夫访问爱沙尼亚。爱沙尼亚支持通过谈判解决纳戈尔诺-卡拉巴赫地区问题，而爱沙尼亚前外交部长曾表示纳戈尔诺-卡拉巴赫是阿塞拜疆“不可分割”的部分。阿塞拜疆正考虑向爱沙尼亚旅客提供免签证待遇，又希望与该国发展高层政治对话，而