一条通往大屿山的行车道可供使用为止，驾车人士驶经收费广场进入大屿山时，可直接驶过收费亭而毋须停车缴费，来回方向过路费会在车辆离开大屿山时于市区方向之收费亭一次过征收。由于部份驾驶者不熟习有关安排而于收费亭停车，酿成多宗意外，后来当局将西行（往大屿山／香港国际机场方向）的五个收费亭拆除；至于经马湾收费站，东行（往市区／新界方向）不须缴费，西行（往马湾方向）则须缴付上述收费的两倍。随着2018年港珠澳大桥启用，2017年8月20日凌晨零时起，青屿干线恢复双向收费。原有被拆除之收费亭亦于同年12月底前重置。。