腿因而落下残疾。2002年6月，阿哈加里在哈马丹演讲时批评一些当时的伊朗伊斯兰惯例违背了伊斯兰教的意识形态，并唿吁伊朗人不要盲目跟从宗教领袖，被伊朗政府以叛教罪及亵渎罪起诉，2002年11月被判处死刑。后来在国内强大的声援抗议活动的压力下，最高领袖阿里·哈梅内伊介入要求重审，最高法院在2003年2月撤回死刑判决，发还地方法院重审。经过地方法院再次判处死刑又被最高法院撤回后，最后转为五年有期徒刑，可扣除已被囚禁的两年，另外刑满后剥夺社会权利五年，2004年7月获得保释。2003年获Jan Karski道德勇气