期间，这栋建筑物成为美军轰炸台湾的主要目标物之一。虽然日方将总督府百般伪装及防范，最后还是在1945年战争末期的台北大空袭中遭到美军击中，导致正面部分结构被炸毁。二战后，中华民国政府接收台湾，1946年各界为庆祝甫领导对日抗战胜利的时任国民政府主席蒋中正六十大寿，捐款修复此建筑，直至1948年底才修复，并更名为「介寿馆」，但与原始设计有所不同。该馆常与蒋中正肖像搭配，成为新台币正反两面之图像。台湾省政府于1947年成立后，该建筑在台北市都市计画图被标示为「省府大厦」，但省政府的实际办公厅舍为原台北市