菌体对寄主生物本身和其他益菌无害，例如肠道菌群，可减少机会性感染。噬菌体治疗有着较高的治疗指数，也就是即使注射高于治疗的剂量，噬菌体治疗仍可有较低副作用。由于噬菌体可在身体内自行复制，因此所需剂量也会较少。这种特异性有一个缺点：一个噬菌体只在符合特定菌株时才会杀死细菌。故此，通常以混合噬菌体以增加成功机会。另外，有时由康复病人提取的样本带有合适的噬菌体，可以用于治疗其他感染相同菌株的病人噬菌体治疗现时主要用于无法以传统抗生素治疗的细菌感染，尤其于俄罗斯和格鲁吉亚。波兰弗罗茨瓦夫亦设有一个噬菌体治疗单