亭被打成“右派”，受到不公正待遇。文革中又遭到迫害。粉碎“四人帮”后，马松亭冤案获平反，马松亭重新参加各种社会活动。1992年1月16日，马松亭在北京病逝，享年97岁。1992年1月18日，中国伊斯兰教协会为马松亭举行殡礼，由中国伊斯兰教协会副会长安士伟主持，全国政协副主席程思远及全国人大常委会、中共中央统战部、国家民族事务委员会、国务院宗教局、中国伊斯兰教协会等部门的负责人出席。