酸代谢主要在肝脏与肾脏，因此长期摄入顺丁烯二酸可能造成肝肾损害；此外，粒线体之柠檬酸循环中，某些酵素亦可能受到于顺丁烯二酸影响，动物实验中，会导致狗的肾小管损伤，产生不可逆的伤害。动物试验中，伤害程度与剂量、摄入时间成正比。对人体是否会造成伤害，因缺少人体试验，目前不清楚，但动物实验中证实，顺丁烯二酸极可能对人体细胞具有毒性。。