在婉拒陶孟和的邀约后，选择受聘南开大学商科教授并向南开大学校长张伯苓提议设立一个独立不隶属于任何学科的研究机构，得到张伯苓的支持。1927年，何廉基于“建立适应中国特点经济学”，成立了南开大学社会经济研究委员会（南开大学经济研究所的前身）。1931年任南开大学经济学院院长并兼任经济研究所所长。在这段期间，他一方面编制了南开经济指数，成为日后研究中国当时经济状况的绝佳数据；另一方面，他亦翻译了大量经济学着作，使西方经济学引入中国。后来在国民政府中历任行政院政务处长、农本局总经理、农产调整委员会主任、经济部