2019年8月12日4时41分，卢永根因病在广州逝世，享年89岁。
成就.卢永根在水稻遗传资源、水稻半矮生性、雄性不育性、杂种不育性与亲和性等方面的遗传研究中取得许多成果，特别是水稻特异亲和基因的观点，以及应用特异亲和基因克服籼粳亚种间不育性的设想，是栽培稻杂种不育性和亲和性的重要理论。卢永根在华南农业大学学习、工作多年，特别是在1983至1995年担任华农校长的13年间，大力建设校园、积极推进改革，大胆提拔人才，为华南农业大学的发展作出了巨大的贡献。卢永根生活节约朴素，晚