09/EEC号指令，对小鼠进行的实验也受该指令约束。该法令的附录A曾在2004年进行过修改。该法令规定了实验小鼠的笼舍最小面积、高度等标准。
免疫缺陷小鼠.免疫缺陷小鼠分为裸鼠和SCID小鼠两大类，必须生活在无菌环境下。裸鼠是指胸腺先天发育不良的小鼠，体内几乎没有T细胞，因此只有很低的免疫力，而SCID小鼠患有严重复合型免疫缺乏症，体内既没有B细胞，也没有T细胞，免疫力完全丧失。免疫缺陷小鼠笼舍、饮水和食物都必须灭菌。
品系.实验小鼠的品系按遗传背景可以分