坏细菌膜，干扰细菌代谢或直接作用于胞浆成份。当然，在许多情况下确切的杀菌机制不详。与许多传统的抗生素不同，抗微生物肽似乎是以杀菌为主而非抑菌。
免疫.除了直接杀死细菌，抗微生物肽也有一些免疫调节功能，可参与清除感染，包括能够改变宿主基因的表达，作为类趋化因子或诱导趋化因子的产生，抑制内毒素诱导的炎性细胞因子产生，促进伤口愈合, 调制树突状细胞的反应和调节免疫细胞的适应性免疫反应。动物模型实验表明，宿主抗微生物肽，不仅可以清除感染还能预防感染。
治疗潜力.这