御岳山的高山植物被称为珍贵的「御神草」，生长于山顶的因此大量消失。明治时代，知名植物学者与分别在1887年（明治20年）7月与1889年（明治22年）登顶採集高山植物。1933年（昭和8年），植物学者中野治房前往御岳山进行植物生态调査。御岳山在林木线以上的高山带有、、、、、牛皮杜鹃、笃斯越橘（黑豆木）、越橘（苔桃）、、、、偃松、、深山榛木（ミヤマハンノキ）等植物与（岩桔梗）、多花繁缕（岩爪草）、、、、驹草（奇妙荷包牡丹）、鹿蹄草叶白珠（白玉木）、、高山龙胆（当药龙胆）、伏毛银莲花（白山一花）、、、、