。隐真菌门与微孢子虫等真菌基群的物种大多寄生于其他生物的细胞中，隐真菌门的物种可寄生卵菌、藻类、变形虫或其他真菌，其模式属便是寄生于芽枝霉门的细胞内。微孢子虫则是行绝对寄生的微生物，其本身细胞结构与基因体都经过相当程度的退化，连粒线体亦失去功能，完全仰赖昆虫、甲壳类、嵴椎动物等其他动物宿主为生，从宿主细胞中获取ATP。微孢子虫也有可能感染人类，造成。有些真菌可以感染人类，造成严重的疾病，有些感染若没有受到妥善治疗甚至可能致命。真菌感染造成的疾病包括、念珠菌症、、隐球菌病、组织胞浆菌病、与等，免疫缺陷的病