海仅余金门群岛（全境属福建省金门县）、马祖列岛（原分属福建省长乐县、罗源县、连江县，1956年后全境划归连江县管辖）及乌坵屿（原属福建省莆田县，1954年后交由金门县代管）等岛屿仍由中华民国政府所实控。今日的中华民国仅实际管辖福建省及台湾省两个省份。福建省政府由于辖区自1956年后长期施行战地政务，省政府组织早已虚级化；台湾省政府早期实际负责地方自治工作、综理全省事务，省主席具有实权，后更于1994年选出首任民选省长。然而，由于台湾省与中华民国实际管辖区域长期高度重叠，中华民国政府为精简事务运作，于1998