期，妙应寺是很正规的藏传佛教格鲁派寺院，僧众来自满蒙地区，坚持早晚功课。1906年，喇嘛印务处奏请将1900年被焚毁的弘仁寺的喇嘛拨移妙应寺居住，但不知此请是否获得了落实。1936年北平寺庙调查登记中，妙应寺常住僧人16人，庙务由同福寺札萨克喇嘛兼管，慈佑寺副达喇嘛也常住妙应寺，帮助办理一切事务。此前妙应寺僧众多学习满文佛经，从1936年以后一律改为藏文佛经。1946年再次调查登记时，寺庙住僧未减，得木奇为章褚钵，有札萨克1人（拉喜丹巴，为同福寺札萨克喇嘛，兼管妙应寺），格斯贵2人（巴丹、双喜，均为慈佑寺格