日军驻扎的二层行溪畔（今嘉南药理大学对面二行社区一带），会见领军的日本将领乃木希典。乃木得知众人来意后，承诺日军将不流血和平进城。于是巴克礼与随行的台湾人做为前导，带领1000名骑兵和步兵排列成纵队入城，台南市民无一人受害。巴克礼牧师引导日军由台湾府城小南门（别称「镇南门」，建于1725年，定型于1776年，是通往凤山及高雄的要道，于1917年被拆除，所在地相当于今台南大学附小，开山路与树林街二段交会处附近）入城，使得日军不流血和平入城，此举保全了五万台南府城人免受日军屠戮。1897年，巴克礼和宋忠坚因