1年辛亥革命爆发，马晓军当即归国参加革命，任南京留守府参谋兼学生军队长。南北议和之后，马晓军回到广西，担任混成旅参谋。1913年二次革命失败后，马晓军流亡日本，入日本陆军士官学校中国学生队第十期步兵科。1915年毕业后返回北京，在陆军第十师见习。同年，奉蔡锷之命返回广西。途经南京时，遭袁世凯的手下发现并扣留数日，脱险之后回到广西。马晓军与广西当局矛盾重重，但为事业发展，只好迁就广西当局。1917年，马晓军在广西督军府任中校参谋。
创办模范营.此时，马晓军向广西督军陈炳焜建议创办陆军