日本留学之际，发生了“宋教仁案”，遂于1913年“二次革命”期间参加军事策反活动。1913年秋，与王孝缜、黄恺元、刘建藩逃亡日本，未经考试获准东京早稻田大学政治经济科学习，其夫人陈坤立亦入东京青山女子实践学校学习。1913年12月，何遂接到陕西都督陈树藩的邀请返国，任陕西都督府教导营营长，后任教导团团长。1915 年春，何遂应黎元洪之邀返回北京，任陆军大学第四期正则班上校战术教官，时任陆军大学校长胡龙骧。云南发起护国战争后，何遂潜赴山西大同，策动晋北镇守使孔庚通电反袁世凯，何遂还替孔庚起草了电文。后