子与遗传学研究都表明啮齿动物是单系群。而支持啮齿类为多系群的证据被认为是源自长枝吸引（long branch attraction）的现象。豪猪类动物于渐新世早期出现于南美洲，这里此前的陆地哺乳动物只有后兽下纲、贫齿总目、南蹄目。豪猪类是从非洲横渡大西洋到达南美洲的。同一类型的迁徙还发生在灵长目中，这些都发生于南北美洲生物大迁徙之前。不过这些说法至今尚存争议。
分类.以下的分类是根据Marivaux等人对早期啮齿类化石进行的支序分类学分析而来的。他们的研究支持豪猪亚目假说，并表