死去后，曹改任直隷督军，率3个混成旅。萧任其手下第3混成旅旅长。1917年（民国6年），段祺瑞、曹锟命令萧耀南和吴佩孚进军湖南省同南方政府交战。1916年（民国7年）6月，吴和萧拒绝同南方政府作战，并联名通电主张南北和平。1920年（民国9年）7月直皖战争中，萧继续在吴的指挥下同皖系作战，为直系的胜利作出了贡献。此后，萧升任第25师师长，驻郑州，获授陆军中将衔。
湖北督军.1921年（民国10年）7月，湖北督军王占元遭到主张「鄂人治鄂」的湖北省各阶层的反感。萧耀南见势便有取代王