和人类活动，内蒙古的湖泊受到威胁。农牧交错区主要的人为因素是灌溉用水，而牧区的主要原因是煤炭开采用水。据研究，自1987年至2010年间内蒙古湖泊总面积减少30.3%，面积超过1平方公里的湖泊数量减少了34%，唿伦湖等湖泊面积萎缩，奈曼西湖等湖泊干涸，居延海干涸导致绿洲面积缩减、变为风沙源头。通过实施引水（如引海拉尔河水补唿伦湖），一些湖泊的面积得以部分恢复。内蒙古地下水总量230多亿立方米。水资源82％在东部，西部地区缺水。
行政区划.全区现辖9个地级市、3个盟，下设23个市