水入河，并随着安平旧港重新打通，水质已改善许多。市境也有多座水库分布，由于水资源丰沛，供应台湾40%用水，也促成市境内发展高需水量的农业及高科技电子业。较着名的水库与湖泊包括乌山头水库、南化水库、虎头埤等。嘉义县境内曾文水库大霸出水口往台南，并流经曾文溪流域。
气候.台南市全境位于北回归线之南，属副热带季风气候与热带气候的过渡带，依照国际通用的柯本气候分类法台南属于副热带气候，高雄则为热带，全年温和少雨、日照充足；全年平均气温24.1℃，最冷月（1月）17.4℃，最热月（7月）