清军攻取伊犁后，西征的清军主力撤回内地，西部防卫空虚，阿睦尔撒纳野心逐渐显露。到干隆二十四年（1759年），清军灭其残部，天山北路底定。
平定大小和卓之乱.1757年，居住在天山南路的回部贵族大小和卓发动反清叛乱。1762年，干隆帝在新疆地区设立伊犁将军，统辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆。自1762年起，清朝中央陆续派遣大量的军队进驻新疆。永驻新疆的军民携带家眷，主要是来自河北、东北地区的满族、达斡尔等民族。
青藏地区的战事.青藏地区在清朝初年不属清朝政权