40余卷，约占全书篇幅的三分之一。第二部分是根据这些理论推算得到的天文表，称为“节次六目”，分别为日躔、恒星、月离、日月交合、五纬星、五星凌犯。由于当时哥白尼体系在理论上、实测上都还不很成功，所以崇祯历书采用的是第谷的宇宙体系（这是介于哥白尼的日心体系和托勒密的地心体系之间的一种调和性体系），但书中对哥白尼的学说做了介绍并大量引用其在《天体运行论》中的章节，还认为哥白尼是欧洲历史上最伟大的四个天文学家之一。
历法.崇祯历书时宪历历法的排定方法简述如下：首先介绍一个概念：