当时的放射虫遭到大规模的灭绝。在古新世早期，放射虫在南极区相当繁盛，这可能因为寒冷的气候。接近46%的硅藻物种，继续存活到上古新世。这显示白垩纪末的硅藻灭绝程度并不严重，层度仅到种的程度。自从1930年代以来，科学家已着手研究白垩纪与古近纪交接时的有孔虫门（Foraminifera）灭绝状况。自从撞击事件可能造成白垩纪末灭绝事件的理论出现后，更多科学家研究白垩纪－古近纪界线时的有孔虫门灭绝状况。但科学界对此的意见分为两派，一派认为有孔虫门主要因为这次灭绝事件而影响，另一派认为在白垩纪与古近纪交接时期，