由于两岸关系紧张，所有来往中国内地和台湾的旅客必须在两岸以外的地点转机，而碍于国泰的英资背景，国泰无法开办往来中国内地的航线。因此当时只有中资背景的港龙提供独家台湾经香港转至中国内地的两岸航机服务，因此港龙主要发展其内地航线业务。1998年7月，在赤鱲角新香港国际机场启用前，港龙航空客机成为最后一班降落启德机场的定期航班；而1999年5月，港龙由上海到港的航班，则成为首班降落香港国际机场第二条跑道的定期航班。2000年3月，港龙航空所有航线均转为定期航班服务；同年7月，港龙航空扩展其业务，开办货运航班，