水路引旗山溪水，增设越域排洪道，将百年以上频率洪水排放于二仁溪，并实施集水区养猪废养；更新计画目前已接近完成，2005年底恢复蓄水，2006年6月重新启用，并在每年六月到九月汛期时实施「排空防淤」措施。
浮力式太阳能发电站.经济部水利署南区水资源局为配合蔡英文政府推动之2025年非核家园政策，针对所辖坝堰库容区架设浮力式太阳能发电系统之规划。阿公店水库由于库容区位处平原，呈浅碟形，水位变化不大，又设有两座排洪设备，排放功能不易受影响，因此首座浮力式太阳能发电系统便选定阿公店水库施作