福州见福建巡抚商周祚，希望与中国贸易。商周祚私下答应雷约生，只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易，但双方一直无法取得共识。1624年南居益上任福建巡抚后，打算硬逼荷兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战、雷约生多次请辞，荷兰东印度公司派马丁努斯·宋克来接应，而明朝从四千人增兵到一万人。经李旦介入协调以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和砲台，转进至不属于中国版图的台湾岛，明朝亦不干涉荷兰对台湾的佔领。李旦之所以积极介入，原因之一是为了解除荷兰人佔据澎湖后，不准中国商船到马尼拉贸易的困