可以减少特定基因的表达或者阻碍其它RNA上进行的过程。吗啉基寡核苷酸(MO)可以在32细胞阶段后注入胚胎内的某个细胞，使得这一细胞所分裂出的细胞都出现在某个基因上的表达减弱；不过，大分子可以任意透膜通行早期胚胎（小于32细胞）中的细胞中，进行扩散。使用吗啉基的指南描述了合理控制策略。吗啉基常以500pL剂量直接通过显微注射注入1～2细胞阶段的斑马鱼胚胎中，使之可以与多数细胞融合。斑马鱼基因敲除的难点在于：基因组在完成辐鳍鱼和肉鳍鱼的分化之后的基因复制中，由于同源基因互补，同源基因中其中之一很难不被表达。