丰臣秀吉发动侵略朝鲜的战争。来岛通总隶属于福岛正则的第五番队，参加了进攻忠清道的陆上战役。由于朝鲜水军十分活跃，通总被改编入水军，参加海上的战役。1597年秀吉第二次侵略朝鲜时，通总率600名陆军参与了南原城攻防战，此后再度率水军骚扰全罗道沿岸地区。在鸣梁海战中，来岛通总充当藤堂高虎部的先锋，突入鸣梁海崃；但朝鲜军李舜臣设下了埋伏，借退潮之机袭击日军。来岛通总受到朝鲜板屋船的袭击，被击毙，成为日本在万历朝鲜战争中唯一一位阵亡的大名。次子来岛长亲继承家督之位。进入江户时代后，长亲成为丰后国森藩的第一代藩主