。不同物种的发光器构造差异甚大，可以为简单的构造，但也能与人眼一样复杂：例如萤火鱿的发光器就包含了水晶体、快门、泸色器、反射器等构造。生物发光的来源有许多种，包括在消化时所产生的化学物质、组织中特化的粒线体（）或是共生细菌。发光器的型态与排列时常是深海鱼物种辨认的重要依据。这些发光器多半用来吸引猎物或是形成来躲避掠食者的攻击。