勃兰登堡又参加了冬季巡航，然后在威廉港的船坞进行定期保养。1902年遵循了单独、部队和舰队训练的常规模式，并展开了一次穿越英吉利海峡、前往挪威和苏格兰的重大巡航。在8月和9月的舰队演习结束后，勃兰登堡号于10月23日退役。其船员被转移至新近入役的战列舰策林根号，后者也接替了勃兰登堡号在第一分舰队的位置。20世纪初，四艘勃兰登堡级舰只都被送至的旱坞进行大型重建，其中勃兰登堡号的现代化工期是1903年至1904年。在现代化改造的过程中，艉部增设了一座带有的第二司令塔。勃兰登堡号及其姊妹舰的锅炉以更新的样式取