启二年（886年）三月，陈敬瑄对高仁厚起了疑心，欲除去他。高仁厚也不再和陈敬瑄通信。恰在此时，被任为遂州刺史的郑君雄攻占汉州，进军成都。陈敬瑄派部将李顺之予以防御，李顺之将郑君雄败杀。陈敬瑄借机调动维州、茂州的羌兵攻打高仁厚。羌兵击败高仁厚，将其斩杀。唐昭宗继位后，讨伐陈敬瑄，于干宁年间（894年 - 898年）追赠高仁厚为司徒。
后世影响.明朝崇祯十二年（1639年），湖广佥事、监郧、襄诸军张克俭辅佐大学士督师杨嗣昌，忧新降士卒作乱，但杨嗣昌不以为意，说：“昔高仁厚六日降贼百万，