49年10月初，叶剑英和陈赓指挥广东战役，14日攻占广州。随后，任广东省人民政府主席兼广州市市长。1949年底至1953年，他领导了华南地区的剿匪斗争、经济建设以及广州的市政建设等各项重大工作，取得了显着成效。1950年1月，任广州南方大学校长，为南方高等教育作出重要贡献。1950年9月，兼任广东省人民政府财经委员会主任。1950年春开始，他在领导广东省的土地改革中，注意保护华侨和民族工商业者的利益。他还曾兼任华南垦殖局局长，亲自领导开拓了橡胶和热带作物的生产事业。1951年5月，任华南军区司令员。19