和林彪的决裂，李作鹏很快被冷落，被毛泽东点名批评并将自己和林彪的矛盾的实质层次不断提升。1971年中，毛泽东南巡要求军队各部的效忠表态，与林彪公开摊牌。其中机密的内容被李作鹏透露给林彪。之后发生九一三事件，中共官方宣称林彪夺权未遂后驾机外逃并在蒙古温都尔汗机毁人亡。李作鹏因传达周恩来指示造成误解而在林彪出走之后被指责为同党。9月24日被监禁。1973年8月，中共中央决定：开除李作鹏的党籍，撤销其党内外一切职务。
晚年.1980年，中华人民共和国最高人民法院特别法庭对包括李作鹏在