辖区缩小。西晋末年，大量流民南渡。东晋朝廷为了安抚侨民及侨姓世族，以原籍州郡县名寄治别处，而无实地，此即侨州郡县。等到安定后实施土断，使其州郡领有实地，户籍和赋役与一般州郡县相同。东晋政区随其疆域的变化而有增减。由于外族入侵与晋军北伐，北疆时常变动；四川先后出现成汉、谯蜀等国；东南疆域大致固定。晋元帝时期，石勒入侵，北疆只剩淮南江陵一带。成汉佔据四川，于347年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州