挑选一位正教会中最为反对天主教的人物来担任普世牧首，由此将奥斯曼统治下的希腊人联合起来。而这一人物正是根纳季乌斯。穆罕默德二世亲自造访了牧首，并在基督教这一课题上与他进行了深入的交谈。在苏丹的要求下，根纳季乌斯撰写了着作《宣信书》，该书随即被翻译为阿拉伯语及奥斯曼土耳其语。由于圣索菲亚大教堂已经被佔领，根纳季乌斯移驻至圣使徒教堂。三年后圣使徒教堂因失修被毁，他又移至帕玛卡里斯托斯教堂行使职权。东罗马灭亡后，所有希腊裔人民被划分为罗姆米利特。而真纳迪乌斯则被指派为罗姆米利特的首领。由此普世牧首变成了奥