战争结束后，谢尔比迁居肯塔基州，到自己通过服役而获得的土地上定居，并参与了肯塔基州从弗吉尼亚州的县发展成独立州的历史进程。他的英雄气概使他深受新州居民爱戴，选举人于1792年以全体一致的投票结果选举他担任该州首任州长。他巩固了肯塔基州的防御，对抗美洲原住民的袭击，并且组建了第一届政府。他还利用热内事件说服华盛顿政府同西班牙达成协议，允许通过密西西比河进行自由贸易。首个州长任期结束后，谢尔比离开了公众视野，但又因1812年战争即将爆发而回到政坛。肯塔基人期望谢尔比再度参选州长，并在预期的冲突中领导大家