共同的合作领域加强关系。两名大使亦讨论了建立双边合作联合委员会的需要性，以确保各个合作领域能够使两国人民受益。
经济关系.根据2013年的统计，有超过300名菲律宾人在南苏丹工作。2012年1月13日，菲律宾海外就业署以南苏丹琼莱州的族裔暴力升级为由，禁止菲律宾工人往南苏丹就业。两个月后的3月22日，随着南苏丹局势的改善，菲方取消了相关禁令 。2013年12月24日，该署因南苏丹内战爆发而恢复对菲律宾劳工去南苏丹工作的禁令。2015年10月21日，该署根据外交部的建议放宽禁令，