十一年（1532年），朱纨陞任江西布政司右参议。迁四川按察司副使，整饬威茂兵备。嘉靖十五年（1536年），平定深沟诸贼，获得朝廷赏赐。随即遭遇母丧，陞贵州左参政，未就任。嘉靖二十年（1541年），补山东左参政。历陞云南按察使、山东右布政使、广东左布政使。谈迁称其：“朱纨十年中丞，田不亩辟，家徒壁立。”嘉靖二十五年，朱纨以右副都御史巡抚南赣，二十六年七月，改任浙闽提督。因其处死海盗李光头等九十六人，朱纨在捷报中宣称道：“生擒佛郎机国王三名，一名倭王。”，御史陈九德弹劾其擅杀，“举措乖方，专杀启衅”，又弹劾