1931年，中国国民党部分人士成立西南政府，邓文翚到广州任河南中部救国军司令，到河南从事反对蒋介石活动。失败后回到上海。1937年抗日战争爆发后，日军攻占上海，邓文翚携家回到家乡峡江居住。1941年，一度被汪精卫政权聘为高级参议。1942年，应新四军之邀赴苏北，奉新四军之命联络南京、上海一带的汪精卫政权军队抗日，但没有成功。 1948年，应李济深、章伯钧邀请，到香港商讨倒蒋事宜。后来回南昌组织“第七军区司令部”、“戒严司令部”，自任司令。中国人民解放军占领南昌后，武装被解散。邓文翚历任中南行政委