1年），杨嗣昌病死。崇祯想起黄道周的“清操力学，尚策励”，赦其罪，并复官。道周告病回家，专心着书。明亡后，任南明礼部尚书，“严冷方刚，不偕流俗”，杨廷麟曾力荐他充讲官兼直经筵。弘光帝亡后，至福建福州。隆武帝封武英殿大学士兼吏部、兵部尚书。但兵权落入郑芝龙手中，时清廷颁布剃发令，江南人民求救于南明隆武朝廷，芝龙养兵自重，不发一兵一卒。黄道周只得返乡筹兵筹粮。隆武元年（1645年），九月十九日道周募众数千人，马仅十余匹，另有一月粮，出仙霞关，与清兵抗击。施琅曾一度与他前往，不久却径自返回福建。夫人蔡氏叹