巡长江防务。崇祯十七年（1644年）三月，李自成破北京，其母陈氏绝食而死。不久，清兵入关，堂弟左懋泰投降。弘光帝在南京即位，左懋第任兵部右侍郎兼右佥都御史，又以陈洪范、马绍愉为副使，前往北京，通好议和。十月初，揩二副使及随从百余人至北京张家湾，住进鸿胪寺。懋第在鸿胪寺陈设太牢，率随员北面哭祭三日。十月二十七日多尔衮释放左懋第南归。左等走出永定门，冯诠（另有一说陈洪范）劝多尔衮不要「放虎归山」，十一月十四日多尔衮遣百骑在沧州追回，被扣留在北京太医院，墙上遍布荆棘，自言：“生为明臣，死为明鬼，我志也。”