由于众太子大多年幼，无法参与政事，嘉靖十五年（1536年）将文华殿仍改为皇帝便殿，后来作为每年春秋仲月的经筵之所，文华殿建筑随之由绿琉璃瓦顶改为黄琉璃瓦顶。嘉靖十七年（1538年），在文华殿后添建圣济殿。明朝设“文华殿大学士”一职，辅导太子读书。明朝殿试阅卷工作也在文华殿进行。明朝末年，李自成攻入紫禁城后，文华殿建筑大多被毁。1683年（清康熙二十二年）才开始重建，当时明朝兴建的武英殿尚存，所以“一切规橅殆依明制为之”，以武英殿作为重建文华殿的蓝本。清干隆年间，在文华殿北面的圣济殿的遗址上新建了文渊