伊西多·拉比在卜平楼发现核磁共振。翌年1月25日，在哥伦比亚大学担任教授的诺贝尔物理学奖得主恩里科·费米得悉德国科学家成功分离铀原子核的消息后，在卜平楼的地牢成功复制有关实验，亦因此促成建造原子弹的曼哈顿计划，但其后为避免德军轰炸卜平楼，而将计划迁至芝加哥大学进行。1940年，哥伦比亚大学的科学家利用卜平楼的回旋加速器为纯铀样品的亚原子粒子加速，并确定其可裂变的形式。他们亦发现铀-235比较常见的铀品种更容易分解。除此以外，调频广播和激光亦是在卜平楼发明。第二次世界大战期间，卜平楼亦曾进行铀分离实验和重水生