主要以头足类为食，例如及。纵使牠们会被捕捉底栖鱼为主的渔具捕获，但从其胃中的猎物（都是移动快速的物种）来判断，小鳍睡鲨应该是很活跃的掠食者。而这也解释了为何在捕捉深海底栖于时很少能捕捉到牠们。
威胁.小鳍睡鲨有时会在东大西洋的延绳捕鱼或底拖网中发现，但由于没有经济价值，多半会直接弃回海中。小鳍睡鲨可能和其他的睡鲨一样是生长缓慢的物种，且由于分布区域小，渔业活动可能会对牠们族群的数量造成威胁。
保育现况.虽然并没有针对小鳍睡鲨的特别保育措施，但是地中海渔