在马赫坡岩窟被发现，日本人将其遗骸送交台北帝国大学考古人类学系当成研究标本。后来就一直存放在大学的储藏室内。直至1973年（民国六十二年）才被人发现确定，并将其遗骨迎回雾社安葬，当时的总统蒋中正还为其陵园牌楼题字「碧血英风」。同时将莫那·鲁道的牌位入祀忠烈祠。较引人争议的地方在于因雾社事件而被入祀忠烈祠的还有花冈一郎，但是在同一时间自杀的花冈二郎却没有同样获得入祀忠烈祠的待遇。这使得花冈二郎的亲属感到不可思议的地方。当年花冈俩并不是为抗日而死，但是花冈一郎却能入祀忠烈祠，而以相同原因及同一时间自尽的