经周恩来推荐，他就任东北抗日联军总司令。后来李杜曾计划经新疆去苏联，然后转赴东北，但受到盛世才的阻止而未成行。1937年七七事变后，李杜赴重庆，以东北抗日联军总司令的身份同东北抗日联军继续联络，并为该军筹款。1942年，蒋介石当局以东北抗日联军系中国共产党组织为名，派特务封闭了设在重庆的东北抗日联军总司令部，取缔了李杜的职务。李杜对此十分愤怒，经常同《新华日报》的负责人来往，并多次同周恩来、董必武、叶剑英等会见。1946年，第二次国共内战中，李杜被以年迈为由强迫退出军籍，断绝薪金，李杜一家陷入穷困，靠变