胆管癌的发展可分为以下几个阶段：早期的增生和化生、接着异生、最后发展成肿瘤，这个过程和结肠癌的发展相似。慢性发炎和胆管阻塞会造成胆汁流动受阻，这可能也会促进胆管癌发展。在组织学上，胆管癌的细胞可能以未分化型、分化型、或过渡型出现，它们通常由活化的纤维结缔组织或包围，纤维化组织的存在使得分化型癌细胞和正常上皮细胞不易分辨。角蛋白、和粘蛋白染色或许能帮助诊断，但目前没有专门的免疫组织化学染色能区分恶性和良性的胆道组织。
诊断.胆管癌的确切病程必须由病理检查来判定，意即必须进行组织切