体免疫性疾病，免疫缺陷病毒和恶性肿瘤，可从病理过程的基础知识中获益。例如，分析基因表达的系统变异可以将这些模式与针对免疫功能重要的特定疾病和基因网络相关联。传统上，研究免疫系统的科学家不得不在个别的基础上搜索抗原，并确定可以刺激免疫反应的这些抗原（“表位”）的蛋白质序列。 该方法要求将抗原从整个细胞中分离，消化成较小的片段，并针对T细胞和B细胞进行测试以观察T细胞和B细胞反应。这些经典方法只能将该系统视为静态的，并且需要大量的时间和劳动。免疫学通过其将整个免疫系统看作是动态模型的能力，使得这种方法更