意见不合，乃回江西组建军队。1912年1月中华民国临时政府在南京成立，孙中山任临时大总统，任命邓文翚为革命军参议、十四旅旅长，兼江西革命军司令，驻南京。后所部遣散，邓文翚到庐山闲居。1913年，袁世凯任中华民国大总统，同年7月江西都督李烈钧在湖口起义，二次革命爆发，邓文翚任湖口警备司令。二次革命失败后，李烈钧逃到日本，帮孙中山组建中华革命党。1914年7月8日，中华革命党在日本东京成立，邓文翚任江西分会长。1917年，孙中山在广州成立护法军政府，邓文翚任粤军参议。1919年9月，任驻粤赣军总指挥。192