，士元日夜操劳，呕心沥血。回京复命之时，当地人依依不舍，送出十余里。士元重返京师，升任户部员外郎，转郎中。其时官员结党严重，有人劝士元加入某党，可保仕途无虞，被其断然拒绝。崇祯四年（1631年），士元出任河南汝宁知府，任内律己奉公，爱民如子。次年，因丁忧返乡。由于为官清廉，无钱为亲人出丧。士元悲伤不已，竟因此病卒。年五十一岁。《金乡县志》有传。