卿士大夫南迁江东（衣冠南渡），是为东晋。东晋定都建康，既是全国首都，也是扬州的治所。其后由于不断设立新的州（如江州、南徐州、东扬州等），扬州的辖地逐渐缩小，但东晋和南朝时，建康一直是扬州的治所，也是首都。而今天的扬州市在东晋、南北朝和隋朝统一全国前仍为广陵郡，历属徐州、南兖州、东广州、吴州等，起初属南朝，侯景之乱以后所有江北地区归属北朝，广陵郡也随之归属北朝。整个六朝时期，除了孙吴外的其他漫长时期，今天的扬州市并不属于当时的“扬州”辖区。
隋唐时期的扬州.隋文帝开皇九年（589年）