东军总司令山田乙三大将签署命令：将「100部队」及各支队统统消灭，各该部队人员撤退到朝鲜，「100部队」成员仓促地焚毁营地和机密文件，并往南方逃亡，但有部份成员仍被苏军俘获，由此「100部队」秘密从事的细菌战才被公诸于世。战后，苏联召开「滨海州军管区战争犯罪军事审判」（又名「哈巴罗夫斯克审判」、「伯力审判」）审判数名「100部队」成员，并分别处以十多年不等之有期徒刑（见下节）。另外，「100部队」离开满洲后，在当地留下了大量的致命菌，还放出大量染有病菌的动物，因此不仅大量当地农民之牲畜受害，还从1946