利秀元（毛利元就四男穗井田元清长子）作为辉元的养子继承毛利家，自己则接受秀俊为养子继承小早川家。因为毛利秀就的出生，毛利辉元令毛利秀元独立成为大名，在周防吉敷郡、长门两国及安艺国佐伯郡获得20万石领地，建立长府藩。庆长四年（1599年）毛利秀就成为丰臣秀赖近侍，并由秀赖作为乌帽子亲元服，赐丰臣姓，受领偏讳取「秀」字及曾祖父毛利元就的名讳取「就」一字而名秀就。庆长5年（1600年），关原之战后德川家康将毛利辉元改易至周防、长门两国，而毛利氏家督可以继续存续，改易后石高大减封为37万石。其后辉元剃发出家