虚构的祭祀场面壮观，并且特地从东京邀请了两名日本专业鼓手击鼓，陆川甚至被指责为“汉奸”。对此，他解释自己反映出了日本文化中能够让个人变得疯狂去“做出一些非常可怕的事情”的元素。在影片叙事和时间逻辑、以及内容上，也引来批评和质疑之声。北京电影学院教授崔卫平认为，《南京！南京！》前言不搭后语、叙事逻辑混乱，对于入侵者和汉奸的处理上也只不过是“给罪恶华丽转身，给为人不齿者披上人性外衣”。同一时期的大陆部分严肃媒体编辑，如《南方周末》编辑长平和《凤凰周刊》主笔黄章晋也对该影片抱有负面评价。凯特·缪尔在《泰晤