院长是两院院士吴阶平。2016年9月，董晨教授担任医学院院长。清华医学院下设基础医学系、临床医学院、生物医学工程系和公共健康研究中心，附属医院有清华大学华信医院、清华大学玉泉医院、北京清华长庚医院，教学医院则有协和医院、解放军总医院（301医院）、北京医院、中日友好医院、北京积水潭医院、北京神经外科研究所（天坛医院神经外科）。2016年12月，成立临床医学院。
组织结构.
生物医学工程系.生物医学工程系，在1979年创办的电机系生物医学工程专业基础上成立