63年10月1日出任首任总统。1966年1月15日在一场军事政变中被推翻下台。1967年5月30日，东尼日利亚军事长官楚克沃梅卡·奥杜梅古·奥朱古(Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu)陆军中校宣布该地区脱离尼日利亚并宣布成立比亚法拉共和国，比夫拉内战爆发(1967-1970)。阿齐基韦首先支持他的伊博族人，在1968年周游各国，争取其他非洲国家承认比夫拉并给予支持。但在1969年转而支持联邦政府，遭到批评。此后，成为反对执政党的领导人之一。1972年到1976年阿齐基韦担任拉各斯