8年5月21日，蔡英文任命王拓接任民进党秘书长。直到在2009年卸任为止，王拓在任内不支领薪水，推动开源节流，使民进党中央党部顺利偿还约新台币1亿5千多万元的债务，避免走入债务协商的窘境。卸下职务后，王拓积极协助民进党在基隆的党务推动，为基隆市长候选人林右昌及立法委员候选人蔡适应助选。2016年8月9日，王拓因心肌梗塞病逝于台北市士林区新光医院，享寿72岁。王拓与其妻育有一子一女。2016年9月6日，王拓公祭典礼，其子王醒之从总统蔡英文手中接下王拓褒扬令，总统褒扬令全文为：
争