抗争之下发生了乙未战争。其一行人一路南下，行经基隆、台北、新竹、彰化等地，途中因战事和卫生不适应等因素，许多人已战死或病倒。北白川宫能久亲王在10月18日抵达后壁安溪寮时，已有轻微感冒和发烧，之后在10月20日抵达湾里（善化），在10月21日抵达大目降（新化），并在10月22日被担架抬着从大东门进入台南城，居住在安海街的张绍芬宅邸，并在此与分别自布袋、枋寮登陆台湾的伏见宫贞爱亲王、乃木希典会合见面。在日军进入台南市区后，庄雅桥街豪商吴汝祥之邸「宜秋山馆」作为近卫师团司令部，而北白川宫能久亲王在隔日10月23