1680年准噶尔击败南疆的叶尔羌汗国，统一天山南北。1757年，准噶尔汗国被清朝灭亡，新疆一带再次由中国中原政权统治。最初清朝官员仍以“西域”称唿该地区，并将天山以北的准噶尔盆地一带称唿为“准噶尔旧疆”、“准疆”、“准部”等，而将天山以南称为“回疆”、“回部”等；同时开始以“西域新疆”或“新疆”来指代今新疆的西部和南部地区，但此时的“新疆”并不是一个专有地名，清政府在云贵地区的一些新占地区也被称为“新疆”，而且它并不包括属陕甘总督管辖的今新疆东部地区，维吾尔族则一般称其生活的南疆为“六城”（，Altisha