大部分宗教相当宽容，并通常对多个宗教同时予以资助。自7世纪起，许多蒙古人受到聂斯脱里派教会（或东方教会，中国称“景教”）传教而改信基督教，甚至一些部落的主要宗教也成为了基督教。在成吉思汗时期，成吉思汗的儿子迎娶了一些克烈部的基督教徒做妻子，在成吉思汗孙子蒙哥统治时期，基督教成为了起主要影响的宗教。聂斯脱里派基督教的习俗与西方有所不同，因此欧洲人常因其对耶稣本质的认识而视其为异端。但是，欧洲人中也流行着有关祭司王约翰的传说，认为在东方有一个信奉基督教的领袖，会帮助他们进行十字军东征。传说的一个版本将约翰的