宋明帝泰始元年（465年）-30岁宋明帝刘彧即位，起初想要让褚渊加领太子屯骑校尉，但褚渊不接受，因此，便任命褚渊为侍中、知东宫事，后转吏部尚书之职。而后明帝欲让他加领太子右卫率，褚渊辞谢不受。泰始二年（466年）-31岁褚渊随着司徒建安王刘休仁统率大军抵抗奉晋安王刘子勋为帝的联军，史称「义嘉之难」。休仁屯兵鹊尾，并派褚渊到军中并给了他决定包括将帅以下人员勋赏的权力。同年子勋政权覆灭，褚渊被加骁骑将军。不过，原本见联军土崩瓦解后，欲向刘宋朝廷上表请降的徐州刺史薛安都，却因宋明帝受降的强硬姿态