6个行政村近1.4万村民按规划分批迁移，其中郭塱村除保留位于现中心湖内的郭氏宗祠、练溪村除保留11栋建筑建设广州大学城博物馆（后改名岭南印象园）以外被全部拆除。拆迁后，小谷围岛仅保留南亭村、北亭村、穗石村、贝岗村部分区域，大部分村民于2003年5月迁往新造镇谷围新邨内。2003年1月21日，时任广东省委书记张德江到小谷围岛对广州大学城规划和建设进行实地考察，提出“建成全国一流大学城”和“2004年9月开学招生”的建设目标。1月28日，广州市政府正式成立了由时任市委书记林树森、时任市长张广宁担任正副指挥的