既没有搜寻美国航舰进行攻击，也没有进一步对瓦胡岛上的重要战略目标进行补充轰炸，山本在事后深表遗憾。南云当时对美军航舰的位置毫无头绪，而且担心在搜寻美军航舰的过程中他自己的航舰反倒会被美军抢先发现并攻击。此外，他的航空队也缺乏攻击港口设施、干船坞和混凝土储油罐的适当装备，而摧毁这些建筑对美军的打击不下于击沉战列舰。研究发现，位在珍珠港的大型军事储油槽当时若被攻击，美国军方将不得不决定将太平洋舰队退回西岸防守。况且，当日的头两次攻击后，美军会从最初的混乱中反应过来发动反击以及会使宝贵的航空母舰受到损失的担心增加