2007年2月，行政院文建会委託欣陆工程顾问公司规划保留现存院区的替代方案，其中一案为保存现址90%面积。经台北市政府捷运工程局审议后认为不可行否决此案，採用原有方案保留现址41%，于3月2日函覆行政院。3月8日，青年乐生联盟成员、学生与院民至行政院长苏贞昌官邸前静坐抗议，要求行政院出面暂缓台北县政府的拆迁行动，并重审文建会替代案。警方依违反《集会游行法》强制驱离。3月11日，乐生院民和声援的群众在行政院长苏贞昌官邸以「六步一跪」方式绕行，企求行政院公开审议90%乐生保留方案。声援的群众和学生有150人左右