与秀吉合作的信长次男织田信雄联合信长的盟友德川家康反对秀吉，羽柴军便与两人展开史称小牧·长久手之战的战事。此战之初拥有兵力优势的羽柴军直扑德川领地，但途中却遭到德川军伏击，有“鬼武藏”之称的大将森长可与池田恆兴二人，被德川四天王的井伊直政所率领的重装精锐赤备骑马队所讨杀，秀吉其后撤兵，改为攻击美浓的织田信雄，信雄投降，迫使双方谈和，德川军与羽柴军达成和战协议。1585年，秀吉派遣其弟秀长、与毛利元就三男小早川隆景等将领攻打刚统一四国的长宗我部氏，落后的四国与羽柴军实力差距过大惨败归降并减封至只剩土佐一国