1916年10月，旧桂系陆荣廷率桂军进占广州，龙济光战败撤往琼崖，邓本殷部改编为广东省省长朱庆澜所率省长亲军，负责地方治安及剿匪。但因不是旧桂系的嫡系部队，邓本殷部受旧桂系排斥。不久，北洋政府军队从福建进攻广东，孙中山乃同旧桂系协商，旧桂系答应交给陈炯明20个营的警卫军（约五千人）组建援闽粤军。1918年1月，陈炯明任援闽粤军总司令，将该军编成5个支队、1个预备队、1个游击队，邓本殷部2个营编入第四支队（该支队辖3个营），邓本殷任第四支队司令。1918年6月，援闽粤军进攻闽南，邓本殷部与罗绍雄支队共