发了北约国家和南斯拉夫联盟之间的科索沃战争（1999年3月-6月）。战争结束后，科索沃转由北约和俄罗斯的维和部队所管辖。2000年，米洛舍维奇政权倒塌，温和派领导人科什图尼察上台。南斯拉夫联盟随即重新加入联合国。米洛舍维奇于2001年被引渡到位于荷兰海牙的联合国前南斯拉夫问题国际刑事法庭接受审理，2006年去世。2002年2月，塞黑两国决定废除“南斯拉夫”的名称，把南斯拉夫联盟改成一个更为松散的联邦，接近于邦联的国家联盟。2003年2月4日，国家名称正式改为“塞尔维亚与蒙特内哥罗”，新宪法同时生效。