生物多样性，仍有待学界进一步的研究。桃园在地民间团体认为，应将桃园观新藻礁生态系野生动物保护区依《文化资产保存法》划设为保护等级更高的自然保留区。但桃园县政府花费新台币920万元请台湾湿地学会调查，建议「明智利用」划设为野生动物保护区。后经行政院农业委员会林务局审议通过划设为分区经营管理的野生动物保护区，核心区禁止改变或破坏原有自然状态，未经许可禁止进入，民众进入缓冲区必须提出申请，每日承载量限制200人。
第三天然气接收站兴建案争议.2017年，台湾中油计画在观新藻礁北边的大