新建立的外蒙古实行政教合一，且融合了清朝和欧洲的政治体系，博克多汗是最高统治者，年号“共戴”，拥有自己的军队、议会和内阁。外交方面，在1912年至1915年间，博克多汗国努力在国际上争取认可。俄国不完全支持独立，但也反对中国收回主权。1915年，《中俄蒙协约》签订，这表明中华民国对外蒙古拥有了宗主权，但是俄国人也得到了各种殖民特权。由此，博克多汗国从“独立国家”转为“自治”，但是中国无法在蒙古驻军、移民，博克多汗仍是外蒙古的最高统治者。1917年，俄国爆发革命，一年后俄国内战爆发，改变了蒙古的政治格局。