在建文帝下落之谜的公案上，钱谦益非常感兴趣。他坚定认为记载建文帝出逃事略的《致身录》和《从亡随笔》是伪书。但与此同时，钱谦益认为建文帝并未在靖难之役中自焚身亡，而提出了“文皇帝至心事”与“让皇帝之至德”。“文皇帝之心事”是主张明成祖明知建文帝未死，派出胡濙、郑和虚张声势、舍近求远地搜寻，恰恰是为了“迂其词以宽之”、“广其途以安之”，以姚广孝一言而释放建文帝的主录僧、罪过远朝方孝孺等人的溥洽，更是为了“慰借少帝之心”，让他安心终老。“让皇帝之至德”则认为建文帝在从南京出逃以后，明明可以“凭仗祖德，依倚民怀”