时，擅自将孙逸仙的化名中山焦与孙文嫁接在一起变成「孙中山」。同年与黄兴同学等，共组华兴会。1904年春与杨守仁等在上海组织「爱国协会」，作为华兴会的外围组织。11月，万福华谋刺广西巡抚王之春被捕，旋即华兴会在余庆里机关遭破坏，与张继等十余人被捕，后在蔡锷等人营救下出狱。1905年赴日本东京法政大学速成科留学。同时他于东京正则学校习英语。章回顾过去，认为自己“才短力脆”​​，连累了同事，感到内疚，一改革命救国为求学救国，乃发愤力学。同年8月，同盟会在日本东京成立，但章坚决不加入同盟会，后来亦未加入其他