征祥遭参议院弹劾而辞职，赵秉钧代理国务总理。9月，正式继任国务总理（同时兼任内务总长）。在上台之初，赵秉钧作出了同国民党的融和姿态，故组阁比较顺利。但此后他逐渐摆出同国民党对决的姿态。1913年（民国2年），国民党在选举中获胜。同年3月，国民党领袖宋教仁在上海遇刺身亡。其后由于暗杀内情泄漏，赵秉钧被指秘密策划了暗杀宋教仁的计划，遭到舆论抨击，故同年7月辞去国务总理职务。此后，赵秉钧历任步军统领兼管京师巡警、北京警备地域司令官。12月，被任命为直隷都督（翌年2月兼任直隶省民政长）。