部仍驻钦廉地区，任钦廉绥靖处处长。1923年12月，任中央直辖第二军中将军长。1924年6月，改任建国粤军第四军军长。孙中山去世之后，黄明堂辞去军职，在广州闲居。1938年，黄明堂回到钦县，组织义勇军参加抗日战争。1938年11月29日，黄明堂在钦县大寺病逝。1939年，国民政府在大寺为其修建黄明堂墓。