博览会是第一次成功邀请日本漫画家到来。2003年日本博览会的展览厅面积增加至约10,000平方米。而该年的博览会更提供游戏王和神奇宝贝比赛。于2004年，大会亦成功获得吉卜力工作室提供当时仍未上映的霍尔的移动城堡的部份片段。当年的日本博览会亦提供如刺身、寿司等日本料理。2005年，日本博览会因大量参观者导致的保安问题而取消。因此，博览会于2006年被移至维勒班特中面积较大的维勒班特展览公园（）。在2007年，日本博览会的会场面积大大地提升至超过65000平方米，令到展览厅仍然有很多空位供放置更多展览品。