于台湾镇的台湾水师协设有中、左、右三营，掌管全台湾海防，连守港兵士共约有两千名，内地按班拨戍，饷有定额。以同治之后的编制而论，设置总部于安平汛的台湾水师共有约五六十艘战船，且掌管砲台十数座。另外，该协主管为副将，所辖各营设有参将、游击等军事将领，按清制属绿营系统。台湾水师协所属兵士，由于大部分来自中国福建，清朝政府为防其在台生根，特规定该职务三年一换，另外，尚规定兵勇必须只身来台且不得携带妻及父母。。