并将慧聚寺子院改建为「十方贤者讲寺」。南宋时由「良拱法师」复建「大佛阁」，名为「神运大雄氏殿」。明朝洪武十三年（1380）大雅法师将华藏寺由马鞍山南麓移建西山之巅。万历二十二年（1594年）寂默法师重建山门、天王殿。三十二年（1604年）寂默法师改凌霄塔为七层。清朝康熙时，康熙帝曾四度巡幸昆山慧聚寺，并题诗留念。咸丰十年（1860年）英法联军，慧聚寺毁于兵火，独留凌霄塔。1934年，重建凌霄七层宝塔。1937年，中日战争八一三事变后，塔遭日军轰炸，而后山被日军所佔。1945年，日本二战投降，僧人