孙到清华制造仪器设备，直至抗战开始才转至协和医学院工作。吴有训回国后一年多时间内曾转任多家大学老师，叶企孙以比自己的薪水还高的薪水将他聘请过来。另仅有初中文凭，由熊庆来提携的华罗庚，也是在叶企孙的支持下进入清华，从助理员做起担任教职，后更被叶保送到英国剑桥大学深造。
抗日战争至中共建国前.抗日战争爆发后，叶企孙本来负责协助清华资产转移至西南联大，但由于日军迅速占领了北平，他只好跟学生熊大缜逃到天津租界，协助学校人员转移到重庆。熊大缜是叶企孙的得意学生，叶原来打算保送他到德国留学