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战后生活及逝世.1946年，庄孟侯受台南庶民信用组合组合长樱井奇（樱井齐）委託接办该机构，于稍后成为台南市第三信用合作社首任理事主席，并自此结束行医生涯。1947年二二八事件爆发后，庄孟侯于同年3月11日被以内乱罪逮捕并羁押，又于10月25日获准交保。出狱后，庄孟侯曾兼任华南银行台南分行经理，后又任财团法人私立台南救济院董事。1948年2月7日，法院宣判庄孟侯无罪。1949年9月8日，庄孟侯病逝。此外，庄孟侯喜爱汉诗与书法，并是南社及桐侣吟社成员之一。