一个确认的始祖鸟物种，就是印石板始祖鸟（"A. lithographica"），但牠的分类历史却极度的混乱。各个标本有很多不同的名字，大部份都是单纯的拼写错误。原先印石板始祖鸟只是指由汪迈尔所于1960年发表的羽毛标本。有建议将此种名由此羽毛官方的转移至伦敦标本。国际动物命名法规曾尝试压制就首先的骨骼标本过多的不同名称，这是由于汪迈尔与其反对者的激烈辩论所致。再者，始祖鸟化石被称为翼龙亦被禁止。标本之间的关系是一个问题。很多后来发现的标本被命名为新的种。柏林标本被称为古鸟（"Archaeornis si