五世达赖邀请蒙古和硕特部汗王图鲁拜唬（即后来的固始汗）入藏。1641年，固始汗发兵攻打藏巴汗，包围日喀则的藏巴汗府邸，攻灭藏巴汗，建立甘丹颇章政权。
甘丹颇章.攻灭藏巴汗后，固始汗继续西进，降服后藏地区，并驻守日喀则，命其长子达延汗驻守拉萨，分兵控制西藏各地，成为实际统治西藏的汗王和格鲁派的护教法王，被清朝顺治皇帝封为“遵行文义敏慧顾实汗”。固始汗将八个儿子留在青海。五世达赖喇嘛与和硕特蒙古联合统治西藏的时期被称为“甘丹颇章”时期。
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