后来随着教徒对戒律、教义见解的差异，两大部派又再度分化，大约持续到西元一世纪前后，佛教中慢慢形成大乘佛教为止，此即所谓的「枝末分裂」。大众部先后发展成为一说部、说出世部、鸡胤部、多闻部、说假部、制多山部、西山住部和北山住部等。上座部则分裂出说一切有部、雪山部、犊子部、法上部、贤胄部、正量部、密林山部、化地部、法藏部、饮光部、经量部和赤铜鍱部等。
孔雀帝国阿育王时期.公元前三世纪孔雀王朝的阿育王初信佛教时，北传记载他曾将数以万计的分那婆陀那国的拜偶像外道屠杀，导致误杀了自己敬重的佛教