和卖国，主张革命，反驳梁启超“革命可以召瓜分”等论点。因为《洞庭波》的革命言论，宁调元遭两江总督端方缉捕，逃往日本任《民报》干事。1906年12月4日，萍浏醴起义爆发，宁调元奉东京中国同盟会本部之命回中国。抵达中国上海之后，和陈其美、秋瑾等人商定策动长江流域会党响应。宁调元到醴陵时，起义已经失败，又未能找到起义领袖龚春台，便从株洲搭乘民船抵达岳州（今岳阳），在岳州被清军水师营逮捕，押至长沙，此后遭监禁三年。在监狱内，宁调元提议重建中国同盟会湖南支部。光绪三十三年（1907年）春，托刘谦、李隆建联络在湖南