孝武帝当时十分信任王恭以及王珣、殷仲堪、郗恢等人，但当时王国宝附和并讨好司马道子，却与王珣等人不和。孝武帝于是担心日后二者的仇隙会产生事端，就让王恭、郗恢等人出外作外藩，以州府武力作外援，屏衞王珣等人。王恭于是在太元十五年（390年）获授命为都督兖青冀幽并徐及扬州之晋陵诸军事、前将军、兖青二州刺史、假节镇京口。
痛心朝事.太元二十一年（396年），孝武帝去世，晋安帝继位，司马道子执掌朝政。当时司马道子宠王国宝，机要朝权都交给王国宝，故此引起王恭大大不满，常直言指斥，而司马道子亦深深