升回朝，赐牛羊猪三牲。第二年春，因为辽东屡次失事，明宪宗派汪直同定西侯蒋琬、刑部尚书林聪等去巡视。时逢余子俊弹劾陈钺，陈钺怀疑是马文升的意图，更加紧排挤马文升。汪直奏告马文升行事乖僻，禁止边民买卖农具，致使边民叛乱。明宪宗于是将马文升捕入诏狱，贬去戍守重庆卫。成化十九年（1483年），汪直倒台，马文升恢复官职。第二年被起用为左副都御史巡抚辽东。马文升是第三次到辽东，辽东军民听说他要来了都欢欣鼓舞。马文升来后进一步约束宦官，总兵不得随意克扣，人们更加高兴。成化二十一年（1485年），马文升晋职为右都御史，