舰队几乎全被击沉或俘虏。此后，马耳他骑士团国进入鼎盛时期，帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。骑士团一直控制马耳他超过二百年，直至1798年。当时法国大革命后成立的共和国政府，与英国为敌，法国决定派遣大军远征埃及，以干扰英国与海外最大殖民地印度的连系，当时远征军的统帅是后来成为法国皇帝的拿破崙。当大军出发往埃及途中，途经马耳他附近，拿破崙下令夺取战略地位重要的马耳他。他先派人要求进港进行补给。当船只安全进入瓦莱塔港后，拿破崙的战舰将炮口转向他们的招待者。马耳他骑士团团长以骑士团不会与信仰天主教