着名的是他画的浮游生物和水母的画，这些图画生动地体现了生物世界的美。不论是在他的学术着作还是在他的科普着作中他都画有优美的插图。他的图画对20世纪初的艺术也有影响。新艺术运动就是从他的一些插图中获得启发形成的。海克尔在耶拿的住宅和那里的一个他资助的博物馆的建筑也体现出了他的艺术天才。海克尔非常勤劳。仅使用英国的“挑战号”的数据他描写了3500多个放射虫的种。他的这份报告共三卷，2750页，包括140个非常细腻的放射虫的图像。尤其是他的第一位夫人逝世后他往往每天工作18小时。