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初期建设.湾区捷运于1964年6月19日动工，由当时的美国总统林登·约翰逊，在康特拉科斯塔县的康科德及核桃溪之间的测试轨处进行动工仪式。整体工程包括了建造3个在奥克兰繁华的市中心、3个（后增加至4个）在旧金山车水马龙的市场街、4个旧金山郊区地下、以及3个在伯克利的半地下的地铁站，还有于奥克兰及旧金山之间、旧金山湾海底、长达的海湾隧道和穿越的隧道，以及整个系统的保养设施。这庞大的工作量一度令人望而却步。捷运建造时，为了保证独立路权，使用了高速路之间的隔离带，和许多既有的铁