据清光绪《崇明县志》之学宫图，学宫坐北朝南，大致分东、西、中三路布局，东为儒学，西为瀛洲书院，中路是孔庙。孔庙的棂星门外还有万仞宫墙，东西牌坊、文昌宫及魁星阁等，中轴线上的孔庙建筑群，共五重建筑，中轴线自南至北依次为万仞宫墙（影壁）、棂星门、登云桥、泮池、戟门、大成殿。棂星门后为泮池，登云桥飞架正中，左右各为官厅。泮池以北为戟门，左有名宦祠，右有乡贤祠，戟门后经过甬道即至大成殿，两侧各有廊庑。大成殿后，西为尊经阁，东为崇圣宫和崇圣祠，各为封闭院落。目前除影壁、崇圣宫外，其余建筑基本保存完整。东路的儒