又于2004年为取得中西区区议会主席席位，支持委任议员胡楚南争取副主席，违反了民主党不支持委任议员竞逐主席及副主席的决定。甘乃威其后在党内压力下公开道歉及辞去区议会主席之位，并受党内纪律聆讯，名声再度蒙污。甘乃威于2007年获香港特别行政区政府颁发荣誉勋章（MH），表扬他在过去十多年对中西区的重要贡献，但泛民部份议员却认为是政府分化泛民之举，因为很多年资比他深的泛民立法会议员也拒绝接受此勋章。在2008年香港立法会选举中，在杨森排第二的情况下，以甘乃威为首的民主党参选名单在香港岛选区取得39,808