八八水灾救灾不力挨骂觉得委曲，最后还说：「哼！好人没好报！」，此言一出即引发非议。府方证实确有此事，并表示若因此让灾民不舒服，马英九愿表示道歉。
被质疑牵线达欣台电土地开发.2011年11月9日，《壹週刊》爆料，马以南居中安排达欣工程副董事长王人治与台电董事长陈贵明进行政商餐叙，王人治在席中表示，台电未来若有土地要合建开发，盼优先考虑达欣。週刊直指马以南行径与扁家贪腐模式无异。
被指控替马英九整合黑帮势力.2011年11月，前立委周五六指控马英九因总统大选