致病真菌也是微生物。对人类致病的真菌的研究称为医用真菌学（medical mycology），对植物致病的真菌和其他生物的研究被称为植物病理学。
假丝酵母属.假丝酵母属的菌种是重要的人体病源，已确知会造成免疫缺陷的宿主（如接受器官移植者、AIDS患者、癌症患者）的机会性感染。感染难以治疗且可能非常严重：30~40%的系统性感染会造成死亡。白色念珠菌和其他数种在医学上重要的假丝酵母属菌种的基因体已完成定序，使假丝酵母属的比较和的研究变得可行。这些研究助于发展敏感性诊断策略和新的抗真菌