1年（正德十六年），葡萄牙人强行驶入香港，企图前往广州贸易，曾在屯门附与明朝水师激烈交锋。明军于向葡萄牙海军开战，史称屯门海战，战役持续40日，葡军陷入苦战，最终狼狈返回马六甲。翌年4月，葡军再派出由六艘军舰组成的舰队企图重新佔领屯门，8月两军在大奚山茜草湾附近对峙。此战从茜草湾海面一直打到哨州海面，最后明军大获全胜。葡萄牙在香港挫败后将目光转向了澳门。1550年代，广东海上巡逻划分三路，之后明代海防文献经常提到屯门、大澳、东涌，另外加上佛门堂共设立4个巡防前哨站，都位于通往南头半岛航线上；由于澳门到广