胆汁流动受阻，这可能也会促进胆管癌发展。在组织学上，胆管癌的细胞可能以未分化型、分化型、或过渡型出现，它们通常由活化的纤维结缔组织或包围，纤维化组织的存在使得分化型癌细胞和正常上皮细胞不易分辨。角蛋白、和粘蛋白染色或许能帮助诊断，但目前没有专门的免疫组织化学染色能区分恶性和良性的胆道组织。
诊断.胆管癌的确切病程必须由病理检查来判定，意即必须进行组织切片或检验手术以取得肿瘤组织。阻塞性黄疸的病人可能疑似患有胆管癌，其中原发性硬化性胆管炎是造成胆管癌的高风险因子，但它本身的症状和