朱全忠为准备夺位，杀唐昭宗，立昭宗子为唐哀帝。天祐二年（905年）二月，裴贽议迁庙，迁昭宗与唐顺宗为一室，获准。后以司空致仕。四月，以奉山陵之劳赐裴贽等人一子八品正员官。六月，朱全忠近臣柳璨、李振说服其对唐朝来自士族的高官实施大清洗。第一波清洗导致前宰相裴枢、独孤损、崔远、陆扆等人丧命，裴贽并不在目标内；但同月不久，他以特进、守司空致仕、上柱国、河东县开国公、食邑二千户的身份被贬为青州司户参军，裴贽甥卫尉少卿敬沼受累获罪贬徐州萧县尉。太子宾客柳逊因与裴贽为刎颈之交，被以本官致仕。当月，裴贽等百余人被赐死。