作伙伴，而斯特凡与俄罗斯建立共主邦联的计划也因他的骤死而失去了一切意义；斯特凡在1586年12月12日于格罗德诺旧城堡逝世。（他的尸检也是东欧的第一次尸检；巴托里原先下葬于格罗德诺。）斯特凡的逝世引发了为期一年的空位危机。神圣罗马帝国皇帝的兄弟马克西米连大公当选国王，但遭到瑞典的齐格蒙特三世的竞争，最终齐格蒙特三世在贝奇纳击败马克西米连，继承波兰王位。根据现在的颂词，斯特凡·巴托里的功绩大过以往的君主，只有维陶塔斯才能与之相比。
后嗣.他一生没有留下合法的子嗣，因此外西凡尼亚亲