布坦归附噶尔丹。噶尔丹在达赖喇嘛以及和硕特首领鄂齐尔图车臣汗的支持下，登上了准噶尔首领之位。1684年，策妄阿拉布坦奉噶尔丹之命西征哈萨克，1688年，策妄阿拉布坦之弟索诺布阿喇布坦为噶尔丹所杀，他担心自身安全，第二年初率领5000部众逃出，逃至博尔塔拉河游牧，并击败了噶尔丹亲率的2000追兵。1690年，噶尔丹出兵蒙古喀尔喀部﹐策妄阿拉布坦乘发兵劫掠噶尔丹领地，夺取噶尔丹控制下的吐鲁番、库车等城市，及撒克里、乌兰固木等地。此后与康熙皇帝东西夹击，噶尔丹困守科布多。1696年噶尔丹兵败，翌年去世。达