帝欲废长立幼的国本之争问题，引发第二次妖书案，真可与东林党人沈鲤友好，且真可的俗家弟子沈令誉，也和郭正域友好，于是真可受牵连，遭东厂、锦衣卫拷打，遍体鳞伤，几存一息，经刑部审讯后定罪。真可深深感慨：「世法如此，久住为何？」，于十二月十七日辰时，沐浴端坐，数称毗卢遮那佛而逝。弟子依照其遗言，将他的遗体安放在北京城西郊的慈慧寺。万历三十二年京城大水，弟子将他的遗体移至径山寂照庵，后又因塔进水，移至开山，全身舍利经十三年不坏。万历四十四年十一月十九日，由憨山德清举行荼毗火化仪式，将他的骨灰舍利供奉于浙江余杭径