位不久，母亲及她的勃兰登堡外戚就向一些牵涉谋杀埃里克五世的贵族进行审讯及处分。在不公平的审讯下，一些贵族被流放及充公财产，教皇甚至对他们进行绝罚。其后，埃里克六世遭到几个流亡在外的贵族的挑战，这些贵族得到挪威国王埃里克·马格努松及他的的继承人及弟弟哈康五世的支持，在石勒苏益格公爵瓦尔德马四世和隆德大主教格兰德的参加下，袭击丹麦沿岸。埃里克六世打败瓦尔德马四世，并于1294年将格兰德囚禁起来。1297年，罗马教皇因此宣布剥夺他的教籍，直至1303年他与教皇卜尼法斯八世和解。埃里克六世在位末期，灾难不断而来