住院期间，他仍然关心着延边的医疗事业。6月7日，卢基舜病情恶化因脑淤血病逝。按照他的生前遗嘱，他的弟子为其做了病理解刨，并将脏器捐献给学校病理学研究室。1958年6月8日，延边州成立了治丧委员会，时任吉林省副省长、延边州州委书记兼州长、延边大学校长朱德海任委员长。6月9日下午3时，延边大学医学院为卢基舜博士举行了遗体告别仪式。朱德海亲自致悼词。告别仪式结束后，卢基舜被安葬在延边大学北山。
家庭.卢基舜早年在故乡黄海道与朴氏（朝鲜人）结婚，有两女儿。后来与日本人冈岛十四子再婚，