2年9月27日，安倍晋三再次出任自民党总裁后，任命原总务大臣菅义伟为自由民主党代理干事长，主管选举事务。2012年12月26日，随着安倍晋三再次成为首相，被任命为内阁官房长官。2016年7月7日，以1290日成为在任时间最长的内阁官房长官，超越福田康夫。2017年8月3日，成为第4次安倍内阁成员之一，留任内阁官房长官。 2019年4月1日，发表新年号「令和」，因而知名度上昇，被媒体称为「令和大叔」。2020年8月28日，安倍晋三因溃疡性结肠炎复发，宣布9月将请辞总理总裁（日本内阁总理大臣