日于罗马奎里纳莱宫离世，终年81岁。离世后，他生前戴上的渔人权戒和教宗印信被销毁。遗体同日送回梵蒂冈并在下午于圣伯多禄大殿的至圣圣事小堂安放2日。11月13日，保禄三世葬在圣伯多禄大殿1个由米高安哲罗设计的陵墓。
枢机选举人.保禄三世史无前例地将枢机团人数增至54人，而选举秘密会议的长度令很多居于外地的枢机都可以参与选举。故此最高峰时总共有51位枢机选举人参与。不过，有2位枢机和数位枢机分别在选举进行期间离世和生病。故此，只有44人参加最后1轮投票。根据查尔斯·德洛林-盖斯枢机