山、白石两村，泥土石头皆白如玉且润泽，便以山取名。1994年1月琼山撤县设市。2002年10月大海口地区行政区划调整，琼山撤市设区并入海口，2003年1月1日琼山区正式挂牌。2013年府城行政区划调整，撤消府城镇设立府城、滨江、和凤翔三个街道办事处。
地理.琼山地处海南岛北部海口市，跨南渡江下游东西两岸。东北与美兰区毗邻，西接龙华区，南连文昌市和定安县。东经110.11～110.41，北纬19.32～20.05。
气候.属热带海洋性气候。夏季则高