后神像被迎奉到福隆宫内，大多数的庙宇建材、产业归福隆宫所有，部分则助修二王庙。因为石头坑大道公的入祀，福隆宫改奉石头坑大道公为主神而变成保生大帝庙。
发展.福隆宫一带在清朝时，因为台江内海各聚落可以透过文元溪将米谷运到燕潭（今台南公园内），再从大北门入城贩卖，而在当地形成了米市，故当地有了「市仔头」的称唿。然而在日治时期，由于大北门一带的城垣拆除并开辟了公园，米市失去交易腹地，市仔头一带因而没落，福隆宫也一度荒废。二次大战后，福隆宫在民国四十一年（1952年）成立首届管理委员会