两地的南岛语族原住民有深厚的血缘关系。台湾原住民的语言及传统歌曲与菲国原住民亦有高度的相似性，双方现已逐渐恢复连络。根据考古与语言学的理论，认为台湾是南岛语族的故乡，南岛语族的扩散是由台湾经兰屿、巴丹岛，到达菲律宾，再由东南亚岛屿迁往大洋洲。其中，达悟族（雅美族）人与巴丹岛人在语言与文化上要较雅美族人与台湾原住民相似，但在遗传上，雅美族人却与台湾原住民相近。日本学者移川子之藏于19世纪考据，兰屿和巴丹两边居民的礼仪、穿着、藤帽、发型等特征，及主食、烹饪方法与民俗语汇，都极相似，研判属同一族群。美国人类学