泮池，并于池上修桥，弘治初年，改作棂星门，以石料代替木材，嘉靖十一年（1532年）称先师庙。清康熙十一年（1672年）大修庙学、棂星门。历史上文庙三次遭到火焚。咸丰元年（1851年）八月初三，福州文庙遭火灾被毁后，于是年十二月至次年六月重建为现今的文庙。抗战时期日军进占福州后，曾闯入文庙，在大殿操练。1949年，文庙被改为福州市大根第一中心小学，将两厢之走廊分隔成一间间教室。1950年代初学校搬至于山南麓。后来文庙又改建为红卫商场、少年宫等场所。21世纪初，少年宫搬出文庙，文物部门随之对文庙进行了修缮。