他成长于四子王旗乌兰花镇。文化大革命中，他的父亲被打成内人党成员，无辜而死。1974年8月，四子王旗第一中学毕业的郭树清到内蒙古四子王旗红格尔公社阿日点力素大队插队劳动。1978年，考入南开大学哲学系学习；1982年，进入中国社科院研究生院，攻读科学社会主义专业硕士学位；毕业后，留在社科院从事学术研究工作，同时在职读中国社会科学院研究生院比较社会主义体制专业博士研究生，导师为苏绍智。在此期间，郭树清曾于1986年间，借调国务院经济体制改革方案设计办公室工作；于1986年7月赴牛津大学圣安东学院作访问研究