在经济上日本对台採殖民掠夺式经济，在台湾设立糖厂压榨蔗农，使得辛苦的农夫宛如日本制糖会社的农奴，以此逐渐孕育出台湾共产党及台湾农民组合等团体，也是日后反日最主要的组织。日占初期日本军队以屠杀手段回应台湾住民连续不断的武力抗日运动，如大嵙崁大烧杀、云林大屠杀、雾社事件、西来庵事件、萧垄事件屠村等，近年随着遗迹陆续出土，使得这些屠杀事件得以公诸于世，如:新化发现三千枯骨，焦吧哖屠村遗骨出土、云林莿桐发现千人冢、澎湖的千人冢、阿公店大烧杀尸骸出土，衣物黑色焦痕清晰可见，萧垄事件走番仔反遗骨安放于佳里港安宫将军