绝命时刻为每阵营各新增了一段战役，依照剧情发展应是美国开始，接下来是全球解放军，最后是中国。剧情是延续原先将军的战役，绝命时刻中有和旧终极动员令系列一样有过场动画，以新闻报导的方式呈现。
美国.游戏开始时，全球解放军从位在哈萨克斯坦的拜科努尔太空中心发射了一枚带有分导式多弹头的联合号运载火箭，攻击美军一个位在北欧的军事基地，接着美军在全球解放军发射第二颗飞弹之前摧毁了该发射基地。美国发现一名代号为崔克斯（Thrax）博士的全球解放军领袖尝试对美国本土发射炭疽飞弹，最后美国成功的阻