时候杨公澄已被西山军所杀。阮文仁又前往扛坎岛，跟随黄进景建造兵船。1787年，阮福映从暹罗回国，阮文仁前往沙沥招募旧部，升神策卫钦差属内该奇。1794年，西山朝太尉阮文兴攻打富安，阮文仁战败，退往龙冈。西山军派陈光耀包围阮军的皇太子阮福景于延庆（今庆和省），阮文仁据守龙冈，与延庆城相唿应。1795年，西山朝驻守归仁的司隶黎忠率军南下攻打平顺。阮文仁率军将其击退。此战之后，阮文仁以年老多病为由提出要退隐，但遭到阮福映的拒绝，随后被任命为镇边（今边和省）留守。阮文仁虽然没有文化，但他在此任内开始拜师读书