视吴三桂和执行撤藩事宜，于康熙十二年九月辛未（1673年10月14日）调陕西总督鄂善为云南总督。鄂善还未到任，吴三桂起兵反叛，杀云南巡抚朱国治，贵州巡抚曹申吉、贵州提督李本深、云南提督张国柱投降。云贵总督甘文焜试图在贵阳拒守，但因部将不听从其指挥，撤逃至镇远，被围身亡。鄂善于康熙十三年（1674年）改任云贵总督，但因三藩之乱实际未能赴任，直至康熙十六年（1677年）改任甘肃巡抚。云贵总督一职也悬空至康熙十八年（1679年）由周有德继任。“三藩之乱”平定后，康熙二十二年（1683年），云贵总督驻地迁至云南