是由松散腺体和发达肌肉组成的前胃（喙鲸无此部位），之前是主胃和幽门，两部份都有腺体以助消化。肠和胃相邻，只能依组织来区分肠和胃的差异。肝脏很大，且与胆囊分开。鲸类的肾是长而扁平的。鲸类的血液浓度远低于海水的浓度，需要肾脏来排泄盐份，因此鲸类可直接饮用海水。
眼.鲸类的双眼在头部两侧，不是在头部前方。只有有点状喙的物种（例如海豚）才有良好的双眼视觉，可以往前及往下观看。鲸类的泪腺会分泌油脂性的泪水，能保护眼睛，避免海水进入。水晶体几乎是球形的，可在深海中光线最小时进行聚焦。S