绪三十一年（1905年），天妃灵慈宫复建三间大殿。1950年，天妃宫附近居住的市民将天妃宫中的神像拆毁，天妃宫随之彻底废除，大部分建筑被改为他用。1994年，天津市文化局将天妃宫遗址作为文物登记点，当时的编号为河东区1-A1。1987年，天津市文物局对河东区文物进行文物普查时对天妃宫遗址记录在案。天妃灵慈宫和天后宫相应作为天津海运和内河漕运的交会点和天津市原生点的标志在1998年12月至1999年1月期间经过天津文化遗产保护中心的考古发掘，发掘出了元代建筑基址和明、清时期天妃宫的大殿基址，还出土了大量元、明