铁16号线二期（原海淀山后线）工程环境影响报告书简本已包括万泉河桥站。
建设.万泉河桥地铁站于2014年9月6日开工，同年12月7日转入车站主体导洞施工。车站导洞于2016年3月15日顺利下穿万泉河桥，并于同年4月7日成功下穿万泉河及其辅路跨河桥。2017年3月，西苑站至本站区间双线隧道实现洞通，该区间成为16号线南段首个贯通区间。