任内，主持行政法院搬迁三次。当时行政法院的法官来源复杂，许多是由行政官、统计长、典狱长、参事、行政秘书调任而来，王甲乙逢法官出缺时，积极延揽司法院的副厅长、高等法院的庭长接任，以改善最高法院的法官构成。他还破除了论资排辈的陈规，以能力选任庭长，陈瑞堂、陈计男、曾华松等人均被他任为庭长。他还参与研拟修订行政诉讼制度。1981年3月，王甲乙当选中国国民党第十二届候补中央委员。1987年5月7日，王甲乙任司法院秘书长（新任院长为林洋港）。任内完成了《司法人员人事条例》，以推进法院自治化；1992年至1993年