段元妃聪明有决断，她看到慕容垂的皇太子慕容宝缺乏能力，建议慕容垂另立有才能的皇子为皇太子，像辽西王慕容农和高阳王慕容隆，又建议慕容垂将他奸诈的儿子赵王慕容麟处死，但慕容垂拒绝，并怒骂段元妃心怀叵测。段元妃向妹妹段季妃诉苦，并表示将来后燕能指望的人是慕容德。消息走漏，从此段元妃与慕容宝、慕容麟结下深仇。建兴十一年（396年）四月初十，慕容垂去世，五月廿三，慕容宝派慕容麟逼段元妃自杀，扬言段皇后如果不死，慕容宝就将诛杀段氏家族。段元妃怒骂慕容宝逼杀继母，肯定也不能保守社稷，然后自杀。开始，慕容宝拒绝