1945年5月，纳粹德国投降后，大使馆由英国迁回捷克斯洛伐克（第三共和）。1949年10月5日，与中华民国断交，至今邦交未曾恢复。1950－1990年代东西方阵营的「冷战」期间，中华民国在意识形态和制度上均偏向以美国为首的资本主义阵营，复加上以苏联为首的共产集团国家的封闭，导致从中华民国政府迁台后几乎没有官方往来。1971年10月25日，身为共产阵营成员及苏联卫星国之一的捷克斯洛伐克社会主义共和国支持中华人民共和国取得联合国的「中国席位」（即中国代表权问题、《联合国大会2758号决议》）。