汉以后，有关乌孙的史料相当缺少。东汉的明帝、章帝年间，乌孙国仍然由大小昆弥分治，国势衰弱，《汉书·西域传》：「两昆弥皆弱」。公元五世纪以前，乌孙国与中原政权仍然保持联系。乌孙曾经向曹魏政权进贡，「无岁不奉朝贡」。乌孙国国势久衰，先后遭到鲜卑首领檀石槐于147年－约167年间及拓跋首领郁律于318年等多次重创。乌孙可能并未因此南迁葱岭（帕米尔高原），而是避居天山山中。魏晋南北朝初年，原小昆弥境内出现了一个新的国家──悦般，西边大昆弥所统治的地方则仍为乌孙国。及至北魏一统北方，乌孙都有向中原政权进贡