乡民尊称为「清水二祖师」）、三平祖师、天上圣母、註生娘娘、福德正神、中坛元帅、虎爷等神祇。
简史.明郑永历十九年（西元1665年），随郑延平王来台的泉州府安溪县军民，自安溪清水巖迎来清水祖师神像、自安溪泰山巖迎来显应祖师神像；漳州府平和县移民自三平寺迎来「三平祖师」神像。合于四鲲鯓立庙祭拜，皆是虔诚奉祀。历经1801年、1862年、1876年、1913年、1948年等多次重建与扩建，如今庙貌辉煌。本庙虽名为龙山寺，但为主奉清水祖师的庙宇。并非如其他龙山寺是主祀观音菩萨。