历史考据，研究台湾人基因，如从胃幽门桿菌显示高山原住民为南岛语族祖先；高于一般亚洲人及传统汉人的僵直性嵴椎炎基因，为源自荷兰的西北欧血统；而比例不低的鼻咽癌患者则来自中国大陆东南沿海的百越祖先。
其他.陈耀昌也研究台湾史，如台南四草大众庙供奉的镇海大元帅，也就是协助清朝弭平朱一贵事件的水师将领陈酉，不过他考证说：「但庙宇建于1700年，朱一贵1722年才发动民变，反推回去建庙时他10岁，根本不合理。」他指出以地理位置来看，四草与郑成功抵台的汕尾古战场相近，祭祀击败荷兰人的陈泽将军才