返回诺福克。2001年9月11日，美国遭受九一一恐怖袭击。企业号闻讯后即时调头，立即赶往巴基斯坦100哩外海，恢复南方守望行动，为第一艘抵达该处的美国军舰。9月16日企业号为卡尔文森号接替，旋即调往北阿拉伯海待战。10月6日美国持久自由行动开始，阿富汗战争爆发。企业号开始昼夜派飞机轰炸塔利班据点，甲板飞行作业更曾持续36小时。25日企业号为罗斯福号接替，途经苏达湾，在11月10日返抵诺福克，预备进入船坞维修。12月7日，总统小布殊在珍珠港事件60周年纪念日，到企业号发表演说，并展望美国发动的反恐战争前景