并含有断层，对施工构成很高的风险，尤其有机会影响附近楼宇的结构安全；同时，车站位处百多米深地底，营运和技术上均存在风险（例如遇事故疏散乘客需5分钟）。所以九铁于2004年9月提交的最终方案拟稿中取消在慈云山设站的建议，改为兴建地面自动轻便运输系统，连接钻石山站和慈云山南部的慈乐邨。由于慈云山地区位于山坡上，而自动轻便运输系统有坡度不得超过7%的限制，车站只能设于慈乐邨，令服务范围较小。此外，亦有居民担心系统的施工和运作会带来景观和环境（尤其是噪音）的影响。因此，运输及房屋局在2007年7月发表的合併方案