小学版本校舍同样分为早期及后期设计，其分别在于后期版本校舍礼堂下方的活动室窗户较大，而礼堂窗户则略为缩小；另外，24班版本的小学千禧校舍礼堂，亦较30班的缩短一个窗户的长度。在地基设计方面，中、小学千禧校舍的参考设计分别为138支及112支撞击式工字桩，数目与第二代灵活式校舍相若。但是，地基设计亦可以按照实际地质状况而改变。按照就千禧校舍面世而修订的《香港规划标准与准则》第3章，此等中、小学校舍一般面积为6,950及6,200平方米。至于建设费用方面，每座小学及中学千禧校舍，分别为9,000万及1亿