白皮松受到了一种真菌引起的威胁，不过这一情况基本局限于森林的北部和西部。与蒙大拿州西北部几乎全部都这种真菌侵扰的情况相比，黄石只有约7%的白皮松受到影响。和柳树是这里最常见的落叶植物。从20世纪初园内的杨树林有大幅度的减少，但最近已经有所恢复，俄勒冈州立大学的科学家认为这是因为狼群的重新引入改变了加拿大马鹿的生活习惯。公园内已经确定有数十种开花植物，其中大部分在5月至9月间绽放。其中的是目前仅在黄石地区发现的一种开花植物。通常与其关系较为密切的物种都生存在更温暖的地区，这也让这儿的沙马鞭草更成了一个