谄事韦后，不久被召回重任国子祭酒。景龙三年（709年）八月，中宗想亲自在长安城南郊祭祀天地，祝钦明和时任国子司业的郭山恽为希旨奉承韦后，引用解释了《礼记·祭统》的一段文字，称应由韦后充亚献。中宗起初质疑，并咨询礼官们的意见。百官多曲意阿附祝钦明之说，而太常博士唐绍、蒋钦绪和国子司业兼修文馆学士褚无量及太常博士彭景直都表示不同意，认为这仅适用于祭宗庙的场合。时任宰相尚书右仆射的苏瑰也认为这很不妥，在中宗面前反驳得祝钦明感到羞愧。中宗让宰相左仆射韦巨源裁决，韦巨源支持祝钦明的说法，中宗虽为苏瑰所悟，仍然从祝钦明