起成为校园民主化运动先驱。颜万进先后担任过国家政策研究中心研究员、林浊水国会办公室主任、民进党中国事务部主任、民进党政策会副执行长，在民进党内属于新潮流系。2000年民进党执政后，任海基会副秘书长。2005年苏贞昌担任党主席时，曾任民进党副秘书长、内政部政务次长等职。颜万进于其民进党中国事务部主任任内，在1998年2月举办「中国政策大辩论」。在该会中，民进党主席许信良强调「大胆西进」，但未受到党内菁英的支持。2000年总统大选，颜万进曾参与撰写陈水扁总统两岸政策白皮书，并担任陈水扁总统竞选总部战