期间，规划并筹办一系列科技与人文对话论坛，筹办第一次全国人文社会科学会议。2000年出任行政院政务委员全职负责921震灾灾后重建工作，2001年7月底以行政院九二一震灾灾后重建推动委员会执行长身分担任桃芝风灾中部第五作战区救灾指挥官。2002年转赴教育部，在教改措施万箭齐发下接下部长一职，全方位办理与因应所谓十年教改、九年一贯课程与大学多元入学议题，并唿应社会及学习者需求作大幅调整补强；除此之外，与大学直接相关者，则为规划推动七所研究型大学与迈向世界一流大学计画（后来是12所），推动一般大学校务评鑑，规