天主教会一样，在礼拜仪式中使用马其顿语。原来的教区于1924年关闭。2001年，罗马教廷重新建立了马其顿希腊礼天主教会。现今，北马其顿天主教会的信徒大约有11,266人。北马其顿也有一些新教徒。19世纪晚期到20世纪早期，美国传教士曾在斯特鲁米察-佩特里奇一带的村庄传佈循道宗。此外，也有少数人信仰浸礼宗。北马其顿北部的属于塞尔维亚正教会。若以塞族人口计算，大约有36,000人。
伊斯兰教.伊斯兰教在北马其顿的重要影响自14-15世纪奥斯曼帝国的侵略开始。许多土耳其人在马其顿