院四周有外、中、内三道夯土围墙（中、外围墙已毁）。内围墙之内即今乃宁曲德寺，东西宽170米，南北长384米，占地面积65280平方米。建筑有围墙、佛堂、佛塔、吉察扎仓、欧子扎仓、曲康扎仓、丁吉扎仓、额古厦扎仓、那布扎仓等等。（2）宗喀巴时期建筑：在宗喀巴时期，乃宁曲德寺新建一批建筑。在西围墙中部地段新建一座佛殿及一座扎仓。在吐蕃时期兴建的佛殿以南，有一座色拉扎仓，也建于宗喀巴时期，是拉萨色拉寺设于该寺的一个扎仓。（3）19世纪建筑：在西围墙中部地段，有扎仓7座、佛殿1座，为拉萨下密院堪布雄奴伟所建。