但随着广深铁路历次提速，停靠石牌站的旅客列车数量越来越少，至2000年代初，每天仅余下一对旅客慢车停靠。2004年，随着广深铁路最后一对慢车8443/8444次于2003年停运，石牌站再无旅客列车停靠。
未来发展.新规划的穗莞深城际轨道（现名为穗深城际轨道）拟于石牌设站，石牌站的客运业务可能「复活」，2017年11月石牌站新客运站房已经施工完毕。