迈克尔随后在1999年当选第一大臣，但任内除了曾被威胁面临不信任动议，又盛传他的所属政党、其他党派以至内阁成员正在密谋反对他，结果迈克尔仅任职一年多后便宣告辞职。他辞职后，摩根第三度出选工党提名人，并终于在2000年正式出任第一部长。随后他在2001年英国大选中退出下议院。摩根上任后，其施政方针被形容为有意偏离工党的既定政策，这点在为公共服务引入选择的议题上尤为明显。评论员又指出，摩根未能提供充足完善的公共服务，例如在医疗方面，威尔斯地区的医院轮候时间就要比英格兰地区长得多。在2002年11月，他在