励波斯教会更多地与聂斯多里主义保持一致。但波斯教会在几十年内聂斯脱里主义，也加深了波斯教会与的隔阂。公元486年，尼西比斯总主教公开接受了聂斯脱里主义的宗师作为精神权威。公元489年，美索不达米亚的因为教导聂斯脱里主义被东罗马帝国皇帝芝诺封闭，搬回尼西比斯回复原来的尼西比斯学院，导致了一波聂斯脱里教会向波斯的移民。公元497至502年的波斯牧首巴拜重申并扩大了教会对狄奥多若的尊敬，巩固了聂斯脱里主义。