《中州金石记》，在湖广总督任聘用严观着《湖北金石诗》，在山东与阮元合着《山左金石志》。另有《灵巖山人文集》传世。据其门下洪亮吉记载，毕沅生平礼贤下士，“爱才尤笃，人有一技之长，必驰币聘请，唯恐其不来，来则厚资给之。”，着名学者章学诚、孙星衍、汪中、段玉裁等皆入幕门下。如孙星衍、武亿等人均受邀参与。清代显宦待士之优厚，以毕沅为最。干隆五十三年，毕沅任河南巡抚时，由周震荣推荐章学诚开始编写《史籍考》。毕沅也致力于古迹调查和保护。任陕西巡抚期间，对州府内重要名胜古迹进行了绘图与记录，编撰成《关中胜迹图志》