1998年赛季的9支前JFL球队，加入了J2。另外7支球队、因横滨水手和横滨飞翼合併而另创的横滨FC及1998赛季地区联赛总冠军横河电机则留在新JFL，成为第三级联赛。参加第一个赛季9支球队包括：日本电装、本田、Jatco FC、国士馆大学足球队、水户蜀葵、大冢制药FC、索尼仙台、横滨FC和横河电机。其后参赛球队数量由9支增加至12支，2001年达到16支。在2002年有18支球队，但2003年回复至16支，并在2006年重新增加至18支。由于高崎艺术退出，2012赛季只有17支球队作赛。大部份