入朝担任中书侍郎。父亲萧顺之去世后，萧懿去职丁忧，仍授宁朔将军。隆昌元年正月庚戌（494年1月26日），萧懿起为持节、都督梁南北秦沙四州诸军事、西戎校尉、梁南秦二州刺史，进号冠军将军，出镇汉中。同年，萧懿服阕，袭封临湘县开国侯。建武二年（495年），北魏梁州刺史元英与秦州刺史刘藻合兵进攻汉中，乘胜长驱，进逼南郑。四月，萧懿击退北魏军队，解汉中之围，以功进号征虏将军，增封食邑三百户。建武三年五月己巳（496年6月3日），萧懿迁任督益宁二州诸军事、益州刺史。建武四年（497年），萧懿入朝，担任太子右卫率