了精简指挥层次，解放军海军撤销了基地一级指挥机构。撤销了海军航空兵部，把海军航空兵交由军区空军统一指挥，但保留了海军航空兵这个名称。2003年4月16日，北海舰队361号潜艇在训练中因事故沉没，70名官兵遇难。事后，海军司令员石云生和海军政治委员的杨怀庆被免职。
走向远洋.2008年12月26日，南海舰队派出舰艇编队赴亚丁湾打击索马里海盗（中国人民解放军海军索马里护航行动）。截止到2020年9月，中国海军已派出了36批护航编队。2009年4月23日，中国海军在青岛举行中国人