营各商港，并划定各港务分公司辖区；离岛方面，交通部委託金门县政府、连江县政府成立港务处，管理县内国内商港。目前有4座国际商港、4座国际商港辅助港口、5座国内商港。
工业专用港.中华民国(台澎金马)的工业专用港的管理业务，由经济部工业局负责管理。工业专用港共有2座营运中、1座兴建中。
国内渔港.台湾港口的管理业务，由行政院农业委员会渔业署负责管理渔港。渔港则有9座第一类渔港、216座第二类渔港。