外，EF63型电力机车先后在1968年和1978年两次为日本皇室御召列车担任补机。1964年5月至6月期间，EF63 8、9号机车及EF62 17号机车重联牵引上行方向的御召列车。1978年10月期间，御召列车由原宿开往长野，并有EF62 11号机车担当高崎至长野间的牵引任务，并在碓冰岭区段使用EF63 11、13号机车担任补机。1975年10月28日，信越本线碓冰岭区段发生严重的回送机车脱轨颠覆事故。当日清晨，由两台EF63型电力机车牵引两台EF62型电力机车组成的单5462次机车回送列车（EF62