右卫将军、监典书事、领左右，很快转任卫将军、车骑大将军、左光禄大夫。永安二年（529年），元颢在南梁的帮助下进攻北魏，北魏以元祉出任使持节、右军大都督，领兵抵抗元颢。五月丁丑（529年6月18日），元祉出任骠骑大将军、仪同三司、仍侍卫、领尝食典御，改封平原郡王，增加食邑一千户。永安二年十一月戊寅朔二十一日戊戌（530年1月5日），元祉在值班宿卫宫廷时突然发病去世，虚岁五十一，朝廷赠予使持节、太保、司徒公、都督冀定瀛沧四州诸军事、冀州刺史、王如故，谥号武昭，永安三年二月丁未朔十四日庚申（530年3月28日）葬