委员会的「整体重建计划」，于2003年决定清拆重建黄竹坑邨，并于2007年9月28日关闭。大部分住户被安排迁往重建完成的石排湾邨。在屋邨清拆前的空置期间，香港警察于2007年12月借用此邨进行反恐演习。无线电视于2008年6月底借用此邨拍摄剧集《烈火雄心3》中的火警及爆炸场面。黄竹坑邨（1-8座）的原址是港铁南港岛线的车厂及车厂上盖项目港岛南岸；而旁边的10座原址则建成港铁南港岛线黄竹坑站，规划中的南港岛线（西段）的转线站亦将在此处。