后期，在土佐国的长宗我部元亲积极统一四国时，石川氏已被弱化并变为名目上的领主，金子元宅成为实际支配者。元亲通过元宅，与石川氏连结，确立在当地的覇权。不久后，羽柴秀吉为了统一全国，开始四国征伐。天正13年（1585年），秀吉配下的小早川隆景率领毛利军渡过濑户内海，并在新居登陆，元宅与配下武将迎撃（天正之阵），并在野国市原的战斗中战死。元宅的弟弟元春守备的金子城亦被攻陷，约3百3十年的伊予金子氏在新居郡的历史终结，而元春则在此后出家。元和4年（1618年），元春在曾是金子氏居馆的一角建立慈眼寺，以此为凭弔历