县政最高决策机构，在县长及副县长之下，设有14个内部单位、7个所属一级机关、20个所属二级机关、174所各级学校。南投县县长是南投县政府之行政首长，负责综理县政，并指挥、监督所属职员及机构。现任南投县长林明溱为中国国民党籍第17届南投县县长。南投县议会是南投县的最高民意机关，代表南投县全体县民立法和监察县政府之施政。县议员由公民直选选出，任期为四年，可连选连任。共有37位县议员，第一选区10席县议员、第二选区8席县议员、第三选区4席县议员、第四选区5席县议员、第五选区7席县议员、第六选区1席县议员、