。李舜臣也非常讨厌元均。在李舜臣的《乱中日记》里，曾评论道：「在天地之间，像元均这样恶劣的人实在是非常少有的。」在丁酉再乱的时候，元均向朝鲜朝廷进谗，导致李舜臣被免职。元均则成为了三道水军统制使，总揽朝鲜水军的指挥大权。在漆川梁海战中，元均受到日军藤堂高虎部的袭击，大败战死。（一说还活着）死后，赠左赞成（从一品），追封原陵君 授孝忠仗义迪毅协力 宣武功臣。