部门共有37个部会，分为8部、2会、2局、1处、3署、21委员会，以及受行政院督导之独立机关中央银行与国立故宫博物院。註：粗体为已经升格、更名重组，斜体为改隶或降格，删除线为已经裁撤
立法过程.
李登辉政府时期.民国77年（1988年）10月，将《行政院组织法修正草案》首度送交立法院审查，并曾于民国79年（1990年）元旦二读；但行政院于该年6月将其撤回。当时的草案重点为：将8部增加为12部,新设或改名重组的有：将委员会数量减为7会，共设：