2010年2月，在安徽九方投入巨资，马晓磊最终选择从深圳红钻加盟安徽九方。同年赛季结束后，安徽九方宣布退出中甲联赛。2011年1月，天津润宇隆宣布购入安徽九方的中甲资格，一批包括马晓磊在内的原安徽九方队员加入天津润宇隆。2月底马晓磊被球队租借到立陶宛球队苏杜瓦。2011年6月，马晓磊结束租借回国在球员二次转会时加盟了乙级联赛球队重庆队。2014年，马晓磊加盟中乙球队梅州客家。2015年，他转会到中超球队长春亚泰。2016年，马晓磊加盟中乙球队深圳人人。