鸣寺在宣德、成化、弘治年间经过多次扩建，成为南京金陵城内第二大寺。清朝康熙皇帝和干隆皇帝南巡经过鸡鸣寺时，分别题字“鸡鸣古寺”和“古鸡鸣寺”。咸丰年间，鸡鸣寺毁于兵火，同治年间重修，规模缩减。光绪年间建豁蒙楼，民国初期建景阳楼。1958年，鸡鸣寺被改为比丘尼道场。1973年大部分建筑毁于大火，1981年由南京市人民政府拨款重修。
建筑景观.鸡鸣寺内现有大雄宝殿、观音楼、韦驮殿、志公墓、藏经楼、念佛堂和药师佛塔等主要建筑。药师佛塔是1991年新建的七层八面佛塔，高44.8米。塔内