埕北极殿据说创建于清康熙廿三年（1684年），而盐埕地区过去靠台江内海，居民多务农或晒盐，信奉玄天上帝者众多。干隆四十三年（1778年），台湾府知府蒋元枢曾重修。而因为靠海关系，秋季大雨时易淹水且有海水倒灌，居民乃在道光四年（1824年）请福德正神镇守盐埕溪尾（现加盖为利南街）。后来因当地繁荣，北极殿在道光三十年（1850年）改建为大庙。日本时代，该庙在明治四十五年（1912年）4月被充作安平公学校盐埕分校的临时校舍，校舍撤废后于大正十年（1912年）又充作盐埕派出所的办公室。在大正十三年（1924年）