气象站依照中央气象局三等气象站之编制，设有主任一人，职员四人，作业方式採16小时轮班。
观测项目.
地面气象观测.恆春气象站利用地面气象自动测报系统，每日定时实施气压、气温、风向、风速、湿度、云、天气现象、降水、 日射、日照、能见度、蒸发量、地温等气象要素观测，其中除了云、天气现象、蒸发量及地温为人工观测外，其他项目均採自动化观测， 并经由局内网路系统，将蒐集资料及每小时电码传送回气象局局本部，以供天气预报及分析之需要，同时透过查询工作站方式统计气候资料。