肄业馆改名清华学堂后，隶属关系未变。1912年5月23日，北洋政府外交部、教育部撤销游美学务处，同期北洋政府教育总长范源濂提议清华归外交部，不再隶属教育部。1928年6月，南京国民政府进入北京后，宣布接管清华，更名“国立清华大学”，几经磋商后由中华民国大学院会同国民政府外交部共同管理，聘任董事会管理学校。1929年4月，董事会宣布集体辞职，后召开全体学生大会和教授会议，最终报批南京国民政府，清华仅隶属教育部。1949年1月10日，北平军管会文化接管委员会宣布接管清华大学，6月，隶属华北高等教育委员会