94年（光绪20年）中日之间因朝鲜产生冲突，甲午战争一触即发，清廷为借重宝箴军事才能，授直隶布政使，召入京城陛见，商讨兵略，提出「固畿辅」、「择军将」、「严津防」、「简军实」、「筹急款」等《兵事十六条》。宝箴见光绪帝为战事宵衣旰食，心力憔悴，奏请皇帝读康熙帝的《御纂周易折中》，以期在大变之中稳定心智。1895年（光绪21年）派驻天津监督湘军粮运，可专折奏事。宝箴透过两江总督刘坤一保荐户部候补员外郎毛庆蕃协办粮台事务，扫弊清迂，绩效卓着，刘坤一赞叹：「管理粮运的官员少有比得上的。」清廷战败后，李鸿章与日本