义共和国人民委员会第289号决议，巴什基尔国立医学研究所成立。起初，该医学研究所只有普通医学院一个院系，后来创建了儿科系、预防医学学院（后更名为预防医学和微生物学系）、口腔医学系、药学院等院系。1995年6月23日，根据俄罗斯联邦委员会第953号和俄罗斯联邦卫生部第209号的命令，巴什基尔国立医学研究所更名为巴什基尔国立医科大学。2010年10月12日，乌法医学院合并入巴什基尔州立医科大学。2017年，巴什基尔州立医科大学迎来了85周年校庆。
校园环境.建筑的总面积超过15.2万平