以5万石入藩，资晴后来成为了大坂城代而被藩废。1740年资晴之子资俊再度立藩。6年后被移封至远州国挂川藩。之后松平武元再次成为馆林藩主，1836年第三代藩主松平齐厚被移封至石见国滨田藩。入替的是棚仓藩主井上正春。1845年移封至远州国滨松藩。之后由出羽国山形藩6万石的秋元志朝入主，由秋元氏管治后，藩政管理相当成功。由于与长州藩有婚姻关系，因此亦成为倒幕先锋。1864年经历禁门之变后，藩主被迫退位，由礼朝继承。1868年新政府管治下藩主成为了藩知事，1871年废藩置县后成为了馆林县，曾成为栃木县领地范围，