7年，祖拜尔前往开罗要求担任达尔富尔总督，但是遭到逮捕。戈登击败了祖拜尔之子，结束了商人统治这片区域。之后马赫迪起义并没有蔓延到南部非穆斯林区域。1889年，赤道省终结。英国和埃及共同统治苏丹南方。由于种族、宗教、文化等差异，英国原本希望统合苏丹南方和乌干达，但是1947年的朱巴会议决定统合苏丹南、北方。
苏丹共和国.自从苏丹独立之后，南苏丹地区受到苏丹二次内战的影响。
第一次苏丹内战.1955年苏丹南、北方冲突，第一次苏丹内战爆发。1972年在阿迪斯阿贝