1932年3月，柯尔克孜叛乱，1933年2月，金树仁电令马绍武为喀什区行政长兼任南疆剿匪司令。23日那天，整个喀什城所有的建筑为庆祝这一事件都悬挂了中华民国国旗，衙门口还鸣放了礼炮。此时，和田爆发了穆罕默德·伊敏及贾尼卜·贝伊的叛乱，建立了和阗伊斯兰王国。3月中旬，马绍武在南疆只能控制喀什新旧城、巴楚和莎车。疆独势力4月下旬包围了莎车新城，马绍武派遣3位代表于27日抵莎车，和平撤退。因马占仓的暗助，使莎车新城仍未失守。马绍武征集800余名吉尔吉斯（柯尔克孜）士兵，配给长枪大炮，起用被囚禁