世界大战末期，盟军密集空袭大日本帝国全境，高雄市作为当时南进政策之基地，吉井百货也惨遭战火波及，但建物结构并未受创，于二次大战结束后，由高雄出身的省议员黄尧接手，改名为高雄百货继续营运一段时间，但后来不敌吴耀庭在附近开设的大新百货公司，歇业后建物转卖给华南银行，1994年遭拆除。
逸闻.大新百货创办人吴耀庭自述他之所以会创办大新百货，是因为他17岁时到吉井百货三楼，想要购买镜子给母亲当礼物而询问价钱时，遭到女店员打量并冷笑一声，深感受辱，遂刺激他要创立一间服务态度更好的百货公司。