一次流行音乐会及其他全国巡回公演全部暂停，留下一个无法完成的遗憾。1989年6月24日，由于间质性肺炎导致唿吸衰竭病逝，享年52岁，戒名「兹唱院美空日和清大姊」。一个月后的7月22日，在青山举办告别式，超过四万两千人前来瞻仰。由王贞治宣读悼辞，北岛三郎、森昌子、小林幸子、森进一等歌手合唱其最终作品《川流不息》。其遗体葬于横滨市港南区的横滨市营日野公墓。
纪念.美空云雀一生共录制1500首歌曲、原创曲517首。1990年，位于福岛县磐城市海边盐屋埼灯塔（）附近的云雀遗像石