二年（1906年）初，他受中国同盟会派遣回国到四川策动起义，事机败露。四川总督锡良当面责令康宝忠的父亲交出康宝忠，后来幸亏锡良调离四川，康宝忠才免入狱。他回到日本后，随章太炎学习国学，入早稻田大学经济科。光绪三十二年十月十七日（1906年12月2日） ，黄兴主持在东京神田锦辉馆举办《民报》创刊一周年庆祝大会，孙中山在康宝忠、景梅九的陪同下进入会场并且发表了演讲。宣统元年（1909年）康宝忠从日本回国，参加了清廷举行的留学生考试，中举人，授七品京官，分到邮传部，历任大清银行学堂教习、监学、代理教务长。宣统