林党南方的力量几乎未被触动，这也是日后崇祯登基后东林党反扑的力量来源。明思宗继位后，对东林党的迫害才告停止，东林党在崇祯初年暂时抬头，但明思宗又说：“朕御极之初，撤还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通。”在斩杀袁崇焕后，东林党的声势又告衰落。皇帝最后只能信任宦官，阉党势力复起。东林诸君子大都知直不知曲，对个人声名之看重甚于国家利益，争意气而不争是非，君臣之间尤喜意气用事，明神宗则因为立储一事与大臣反复较量，号称国本之争，最终虽屈服于众意，竟置宗庙社稷于不顾，深居