朝初期清政府为对付明朝遗臣郑成功在台湾的郑氏王朝，遂于康熙元年（1662年）推出迁海令，下令从山东省至广东省沿海的所有居民内迁50里。及至康熙八年（1669年），方允许复界。此段期间大屿山住民锐减，后来迁回之村落包括石壁、大澳、螺杯澳、东西涌、梅窝。及至嘉庆时期，塘福、二澳、沙螺湾亦增添村落。清政府为防御海盗及洋人的侵犯，在分流、石狮山、东涌建造炮台，在英国租借新界前，由广州府新安县大鹏协右营驻防。1683年英国东印度公司船只卡罗利那（Carolina）从葡属澳门航行至大屿山，在这里停泊2个月，成为首艘来香