第五世热振活佛担任西藏摄政时，扎塘寺进行了全面修缮。主殿二、三层全部拆除重修，主殿一层的个别柱子也进行了更换。1940年代，西藏噶厦派官员岗巴东波到扎囊一带调查寺庙的运作，整顿纪律，将有家有子的僧人赶出了寺院。1950年代西藏民主改革后，扎塘寺成为扎囊县人民政府的所在地。在“文化大革命”中，扎塘寺的附属建筑被全部拆除；主殿也仅存底层，并被长期用作扎囊县的粮食仓库。直到1984年夏，主殿底层仍然是中共扎囊县委的粮食仓库。1995年初，粮食已从主殿的中心佛堂内清理出来，主殿底层进入维修阶段。1995年以后，