也参与了反法战争，在1805年的第三次反法同盟战争中被法国打败，被迫割让部份伊斯特里亚、达尔马提亚予法，拿破崙再将这些併入其从属国意大利王国，引入法国法律进行改革，取消了贵族特权、纳税平等、促进教育，这段期间里，克罗地亚经济高度繁荣。1809年，第五次反法同盟战争爆发，奥军再度战败，拿破崙取得整个伊斯特拉、萨瓦河右岸到乌纳河之间的克罗地亚地区，设置了伊利里亚省控制其领土，用于封锁中欧透过亚得里亚海和英国之间的联系。1813年，法军已江河日下，奥军重新佔领了伊利里亚省，在维也纳会议后再併回奥地利，后者便建立了