。在垂直方向上，分子气体位于厚度大约在50–75秒差距的狭窄的银河盘面中层，比同属于ISM的温暖的原子云（Z=130-400pc）和热的zh-hans:电离; zh-hant:游离;气体（Z=1000pc）薄许多。在zh-hans:电离; zh-hant:游离;气体的空间分布中，电离氢区的分布是一个例外。电离氢区是在分子云中被年轻的大质量恆星强烈辐射激发所形成的热离子气泡，在垂直方向上分布的厚度与分子气体相近。 分子气体的在大尺度上的分布是平滑的，但小尺度上的分布极不规则，大多集中于