治部门，扫荡了反对派平川派，还进一步解散了控制湄公河三角洲部分地区的高台教和和好教的军队。在南越各省整肃潜伏于国内的共产党党人，约有5万人被处死，7.5万人被非法禁锢，其中也包括许多无辜的乡民。
政府对佛教徒的政策.在越南人口的宗教构成中，佛教徒约占人口的70%到90%。许多历史学家认为，作为一名天主教徒，吴廷琰的政策明显继续偏向在越南占人口少数的天主教徒，而歧视占人口多数的佛教徒。政府被认为在公用设施、军人晋升、土地安置、商业利益和减免税收方面都偏向天主教徒。吴廷琰还曾经对一位高