后在成都设四川承宣布政使司。明太祖封第十一子朱椿为蜀王，成都城市中心的子城被拆毁，新建蜀王府城，今人称其为“皇城”。天启元年（1621年），奢崇明趁明朝与后金作战之机反明，杀巡抚徐可求，史称奢安之乱。十月进围成都，达102天。崇祯十七年（1644年），张献忠率军攻入成都，自立为帝，国号大西，称成都为西京，随后张献忠在蜀地屠蜀，而成都也被屠城并遭到较大破坏，直到满洲八旗攻入四川。清顺治三年（1646年），成都全城被张献忠焚毁于战火之中，在随后的近十年间南明军与清军一直在四川一带攻城略地，导致断绝人烟，后来