学家卡尔·根格包尔（Karl Gegenbaur）、美国古动物学家爱德华·德林克·科普曾提出美颌龙、始祖鸟有类似处。 在1868年初，汤玛斯·亨利·赫胥黎参考前述假设，比较美颌龙、始祖鸟的标本，赫胥黎发现两者的差异只有手臂比例、有无羽毛，而推论美颌龙与始祖鸟是近亲，而原始鸟类也与恐龙有亲缘关系。而在1896年，奥塞内尔·查利斯·马什确认这些美颌龙化石属于恐龙。在1978年，约翰·奥斯特伦姆（John Ostrom）详细的重新描述这个物种，令美颌龙成为当时最知名的小型兽脚亚目。德国标本目前在德国慕尼黑的巴伐利