红三十一军奉张国焘之命，放弃根据地开始长征。6月，红四方面军与红一方面军会师于四川懋功。两军会师后，均进行了整编，红三十一军的各级主官亦有调整：军长孙玉清、政治委员周纯全、参谋长李聚奎、政治部主任王新亭，辖第九十一师：师长余家寿（后徐深吉代）、政治委员桂干生；第九十三师：师长柴洪儒、政治委员叶成焕。毛儿盖会议后，红三十一军跟随左路军北上，军长余天云（后王树声兼任）、政治委员詹才芳、参谋长李聚奎、政治部主任朱良才。10月5日，张国焘另立中国共产党中央，红三十一军再次南下。1936年6月，红二军团和红六军团