在奄美大岛和屋久岛之后，居第三位。岛上地形较平坦，最高点仅282米，与相邻的屋久岛1936米形成鲜明对比。
历史.有人认为这里是三国志中的澶洲，另一说是魏志倭人传中的侏儒国。种子岛过去在7世纪时，受到了大和朝廷的影响，设置了多祢国司（岛司）。到了中世纪时，被纳入岛津庄，成为岛津庄的属地。14世纪管理种子岛的岛津家家臣种子岛氏成为领主；直到16世纪末，第16代岛主种子岛久时因故被移封，成为岛津家的直属领。1889年后，岛上实施町村制，设立了北种子村、中种子村和南种子村，在多次改制后，