为葡萄牙的殖民地，安汶城建于1575年。葡萄牙殖民者在1609年遭荷兰人驱逐。1623年时，10名英国人、9名日本人和1名葡萄牙人在安汶被荷兰殖民者指控叛国罪并将之处决，另有4名英国人和2名日本人被赦免。被处决的20人于1623年3月9日遭斩首，称为安汶大屠杀。事件导致英国人在安汶的定居点被摧毁。1902年12月22日，荷属新几内亚宗座监牧在安汶成立，1961年1月3日变为现在的天主教安汶教区。安汶岛是荷兰一个重要的海军基地，1942年被日军占领，1945年印度尼西亚共和国宣布独立，日本陆军武装解除