谘文谢恩，其他责任一概不予追究，此事件也不例外，不料却间接导致琉球国的灭亡。琉球国虽为清朝的朝贡国，却又同时向日本萨摩藩朝贡，处于「两属」地位。日本废藩置县后，萨摩藩被废，改置鹿儿岛县，琉球因为两属地位而暂时未被日本吞併。日本官员伊地知贞馨、大山纲良、桦山资纪等得知宫古岛民遇害事件后就积极建议日本出兵台湾。1872年3月，日本派遣外务卿副岛种臣以「中国派遣特命全权大臣」的身分前往中国，针对宫古岛人遇害事件试探清廷的态度。清朝总理衙门大臣吏部尚书毛昶熙及户部尚书董恂主张遇害之宫古岛人皆已接受中国之抚卹及遣返处