高进低出，候车室为二层，到二楼候车室旅客由大厅乘自动扶梯进入，上车由天桥到中间站台。底层为进入基本站台上车旅客使用。站房西侧为售票厅，东侧为行包房。2006年5月29日，衢州新站建成通车，首班停靠的列车为至的5086次列车。2007年9月29日，由光宇集团、常山县政府和上海铁路局投资建设的衢常铁路通车。
改造.2013年至2014年，为配合沪昆高铁衢州站（现衢州高速场）的建设，衢州站进行了一场改造。衢州火车站建设了新的天桥取代原来的天桥。旧天桥长65米，宽5米，跨一、二站台。而