60种为此流域特有 由于对部分流域的情况尚未清楚，流域内可能有更多物种。 2013年，有调查在马扎鲁尼河上游发现了36–39种鱼类（因生物分类学而异），其中有13–25%为未命名物种。 最少有24种鱼类为马扎鲁尼河特有。水位较高时，布朗库河（属于亚马逊流域）的上游和埃塞奎博河的上游相连， 一定程度上允许了水生动物在两个流域之间来往。