这引起了人们对于微软将会对Linux OS发布和初始化他们产品的媒体厂商收取专利费的担忧（参见下面的FAT授权协议）。尽管最初的裁定不利于微软公司，但是微软仍然取得了胜利并且得到了专利授权。由于微软公司已经宣布不再开发基于MS-DOS作业系统Windows Me的后续版本，所以不再有可能会有新版的FAT。对于大多数用途来说，为Windows NT系列开发的NTFS档案系统从效率、性能、安全性及可靠性来说都优于FAT；它的主要缺点是小容量档案所占的额外空间以及除了基于NT的Windows作业系统之外的很少