巢鹏飞出身于中国超级足球联赛球会大连实德青年军，曾经入选中国国家青年足球队。2005年，巢鹏飞以借将身份来港，加盟香港甲组足球联赛球队公民。2007年，巢鹏飞转会加盟愉园。2009年夏天，因愉园放弃绝大部分原有球员，改组「青春班」，巢鹏飞遂「上山」加盟南华。由于在南华效力一季，大部分时间都屈居后备，巢鹏飞表示希望有较多的上阵机会，故加盟另一支香港甲组足球联赛球队晨曦。2011年夏天，巢鹏飞转投流浪。2011年冬季，杰志为增加兵源调动应付联赛及2011年亚协盃，向流浪借用巢鹏飞至季尾。2012-13年度球季