全无法影响西藏的政局。虽然帕竹的第悉称号一直保持到甘丹颇章政权建立的时候（1642年），但是，从仁蚌巴专权开始算起，一直到后来1565年藏巴王朝建立为止，西藏史书通常将这段时期称之为「仁蚌巴统治时期」。仁蚌巴以后藏的三竹节（日喀则）为统治中心，信奉噶举派，反对格鲁派。1479年，仁蚌巴在拉萨建立一个噶举派的寺院，却数度被其他格鲁派寺院的寺僧所拆毁。仁蚌巴后来决定派兵讨伐，遂先后佔领拉萨等地，并从1498年开始禁止格鲁派「三大寺」的僧人参加「传昭大法会」。之后的20余年，传昭大法会因此都由拉萨附近的噶举派