48年11月13日，获聘为行政院顾问。11月26日，携带家眷自南京飞往广州，留在京、沪两地的大量书籍无法带走，数十万张卡片则交由潘序伦保存。1949年以后，王云五到台湾，曾任中华民国行政院设计委员会（即光复大陆委员会）委员兼政制组召集人、国策顾问、考试院副院长、行政院副院长。1958年3月10日，总统府临时行政改革委员会成立，王云五担任主任委员。1958年7月14日，再度担任行政院副院长，曾在任内短暂代理行政院院长（1963年7月1日 - 9月16日）。1964年，任台湾商务印书馆董事长。