本房，大学士掌管票拟，深受信任。顺治十年，设置内三院汉大学士，各二人。顺治十五年（1658年），内三院更名为内阁，另外设置翰林院官职，以大学士分别兼任。设置中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁大学士，诸大学士仍兼任尚书。顺治十八年，恢复三院旧制。康熙九年（1670年），仍另外设置翰林院，改三院为内阁，设置满、汉大学士四人。康熙十六年，设立南书房，将内阁的某些职能移归内廷，实施高度集权。雍正八年（1730年），雍正帝因为对西北用兵，诏令在隆宗门内设立军机房，随后军机房改称为办理军机处，并规定诸大臣