叶飞趁机逃脱。南阳事件后，刚成立不久的闽浙边临时省委宣告分裂，闽东红军独立师两个支队损失100余人，这对闽东红军游击队而言是个极其重大的打击。
抗日战争时期.1937年年底，闽东红军游击队与国民政府达成协议。1938年初，遵照新四军军部的命令，闽东红军改编为新四军第三支队第六团，叶飞任团长，全团共1300余人。2月下旬，叶飞随第三支队开赴皖南抗日前线。1939年5月，为发展江南，同时也为规避国军干扰，第六团改称江南人民抗日义勇军第2路东进，叶飞化名叶琛，任江南人民抗日义勇军副总指挥