十三世国王在1913年至1930年用作夏宫的地方，最早是由桑坦德市议会送给西班牙王室的财产。建校之初的首任校长是历史学者拉蒙·梅嫩德斯·皮达尔，1934年至1936年的第二任校长是物理学者布拉斯·卡夫雷拉·费利佩。1933年至1936年夏，该校主要开设西班牙语及西班牙文学课程，面向外国学生。同时也开设医学研究生阶段课程。1936年内战爆发后，该校的教学活动随即中止。直到1945年11月，佛朗哥政府才通过政令官方承认了该大学，并命名为梅嫩德斯·佩拉约国际大学。1949年夏，学校在巴塞罗纳伯爵胡安·德·波旁