其思想与中国共产党的北京当局思想相牴触，但他的着作2004年后曾在中国大陆大量出版。不过，2014年，《苹果日报》报导国家新闻出版广电总局下达通知，要求将余英时的着作全部下架，并称有关部门把出余英时作品的多家出版社领导召到北京“训话”。10月15日，《环球时报》报道称多家书店店员表示书店并没有接到下架的通知。
台湾政治.余英时曾在一专访报导中表示，台湾数十年来最大的变化便是走上民主自由的架构，能每人投一票来选举谁当总统，很了不得，这些对人权的关注，都是大陆没有的。Section