放勋章。并担任首届国防委员会委员，此后连任两届。1956年6月，出席海军首次党代会，提出“以空、潜、快为主，以潜艇为重点”的方针。9月，出席中共八大，并当选为中央委员会委员。1958年9月，在福建前线指挥了海军协同陆、空军炮击金门。1962年起，受到林彪的打击排挤。1965年3月，萧劲光仍任第三届全国人大常委会委员。8月，中国人民解放军海军进行了八六海战，击沉国民党偷登部队的章江舰和剑门舰。同年11月，击沉国民党海军临淮号护卫舰、击伤山海号猎港舰（乌坵海战或崇武以东海战）。1967年1月，遭到错误批判，