上完了中学。巴希尔很小的时候就参加了苏丹军队，并在埃及开罗的西奈军事学院受训。1966年毕业后他在军队中提拔得很快，成为了一名伞兵。后来，巴希尔参加了埃及军队1973年与以色列的战争。他的母语是苏丹阿拉伯语。当巴希尔回到苏丹后，他被委任处理消灭南苏丹的苏丹人民解放军的军事事务。他在1980年代升为将军。
总统.巴希尔于1989年6月30日领导了一场军事政变，推翻了民选总统和总理萨迪克·马赫迪。巴希尔立即宣布取缔一切政党，控制媒体，解散议会。他本人担任救国革命指挥委员会（一个新