时与黄嘴鸭被认为是同种，都属于"A. flavirostris"，但随着更多研究发表，分类学家渐认为两者是不同物种，该学名只用于黄嘴鸭，斑头鸭则独立成新的物种。粒线体DNA序列显示鸭属其他物种中，与斑头鸭、黄嘴鸭亲缘关系最接近的，是与两者外型差异很大的绿翅鸭。斑头鸭有以下两个亚种：