务漫画《真实世界没有花朵》的故事就是属于原剧本的一部分。然而《骇客任务》两部续集的原剧本完全被改写，上映电影续集的故事剧本是在《骇客任务》第一部上映后，以相似的思路但不同的故事结构重写而成。另外，在剧情的方面，骇客任务被认为与士郎正宗所画的漫画《攻壳机动队》有思想上的密切关联。