1938至39年，德国和波兰下辖的波美拉尼亚省都扩大。波森-西普鲁士省和勃兰登堡两个县并入德属波美拉尼亚；马佐维亚（波兰语译作马佐夫舍）和大波兰数个县加入波属波美拉尼亚，其首府由托伦迁到比得哥什。
二次大战及以后.1939年，纳粹德国声称拥有但泽主权，又以德国与东普鲁士被波兰走廊分隔为由，指出要解决交通问题，因而引发与波兰争议。德国在9月1日以这些问题为借口入侵波兰，激起第二次世界大战。纳粹党在德国当政时，波美拉尼亚是支持反抗纳粹势力的基地。着名德国神学家迪特里希·潘霍