光谱来定量测定。完全形成的目标结构可用非变性凝胶电泳检验，将会得到关于核酸合成物形态大小的信息。电泳迁移率变动分析可以评估一个结构是否包含所有的所需链。荧光标记和荧光共振能量转移（FRET）有时用一表示合成物结构的特性。核酸结构可以直接用原子力显微镜看到，这很适合延伸的二维结构，但对三维结构没有多大用处，因为显微镜尖端会与脆弱的核酸结构相互作用；因此透射电子显微镜和低温电子显微镜常用以观察三维结构。延伸的三维晶格用X光晶体学分析。
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