次的填海亦是一个间接影响水质的因素：填海工程将海岸线修直，造成一些海水流量不大的死位，海港的收窄也减弱了潮水的沖刷能力，这些均造成维多利亚港上一度积聚垃圾及臭味。根据水质测试证实海水中的大肠桿菌含菌量偏高，氧含量偏低，容易令鱼类及其他海洋生物窒息。有香港立法会议员更提出，若维多利亚港再继续填海工程，将来必定会变成维多利亚渠了。香港政府于是推行策划性污水收集及处理系统，又推出「净化海港计划」（原名「策略性污水排放计划」、「策略性排污计划」或「海港污水处理计划」）以处理水质下降之问题。据香港环境保护署监察所