派到福州工作的负责人张超，兼任福建省保安处谍报股股长，因与福建省政府主席陈仪有矛盾，遭陈仪借故杀害。此后军统福建工作分为闽北、闽南两站，陈祖康被戴笠任命为闽北站站长。1938年10月，陈祖康出任军统闽北站站长。此时，福州邮电检查所检到台湾军总司令牛岛满自香港寄给福建省政府主席陈仪的一封劝降信。陈祖康接报后，将此信拍照密呈中国国民党中央，随后将信交给陈仪。陈仪接信后并未报告中央。不久中央来电查问，陈仪接电后忙将日本籍夫人送往长沙以表示忠心。因为陈祖康将信密呈中央，所以陈祖康和陈仪的矛盾加深。此前，陈仪由于