卓溪位于台湾东部，为秀姑峦溪的支流，流域分佈于花莲县南部，包括玉里镇西南部及卓溪乡东部。主流发源于标高2,157公尺的玉里山东南侧，向东南流至卓溪附近，转向东偏北流经中正、卓溪桥、玉兴桥，随后注入秀姑峦溪。