括竺可桢、李四光等着名科学家在内的一百多人共同发起组织了“中国科学工作者协会”。1946年5月，潘菽和许德珩、涂长望等在重庆创立九三学社。1949年8月国立中央大学改名国立南京大学，潘菽任国立南京大学心理系教授兼系主任。1949年11月出任国立南京大学校务委员会主席。1951年7月“校务委员会主席”改为“校长”，潘菽任南京大学首任校长，至1957年6月。1955年6月，潘菽当选为中国科学院生物学部委员。同年任中国心理学会理事长。1957年，南京大学心理学系迁往北京，与中国科学院心理研究室合作