分支分类法研究，发现内乌肯鳄与以下物种属于相同演化支：山东鳄、四川鳄、"Zosuchus"、以及一种发现于美国科罗拉多州的未命名鳄类。这个原鳄亚目演化支，接近原始中真鳄类，这些原始中真鳄类生存于南方各大陆。内乌肯鳄的近亲多位于亚洲，研究人员推论牠们曾在白垩纪早期发生迁徙。
古生物学与古生态学.内乌肯鳄与许多动物生存于相同环境，包含：恐蛇、科玛绘鳄、"Cynodontosaurus"、诺托鳄、一种未命名鳄类、阿贝力龙科、西北阿根廷龙科的速龙、阿瓦拉慈龙、博妮塔龙、以及鸟类的内肯乌鸟与