成为首位美国籍的日裔诺贝尔奖得主及日本第3位诺贝尔奖暨沃尔夫奖双料得主。此外，南部阳一郎还曾获得罗伯特·奥本海默奖、美国国家科学奖章（1982年）、马克斯·普朗克奖章（1985年）和日本文化勋章（1978年）。
同行评价.超对称创始人之一布鲁诺·朱米诺曾评价道：「他总是比我们超前10年，所以我曾试图理解他的工作，以便能对一个10年之后将会兴盛的新领域有所贡献。可是，与我的期望相反，我费了10年的工夫才理解他的工作。」2008年诺贝尔物理学奖得主之一、京都大学名誉教授益川敏英