12年，斐迪南二世强行兼併上纳瓦拉地区，因此王室只得在庇里牛斯山以北、下纳瓦拉继续统治。1516年斐迪南二世驾崩，胡安企图出兵恢复领土，于是召集在贝阿尔恩的军队；这些人来自王国本来各个地区，不过总数不及千人。不过这个战争最后以失败收场，由于有间谍向西斯内罗斯主教洩漏情报，军队在庇里牛斯山被彻底击败。不久，因为这次战役的失败，以及外交交涉无果，胡安在同年6月14日在贝阿尔恩病逝。在死前，胡安仍试图要求他的妻子派出使者到卡斯提尔，要求将王国及领土归还。尔后，由于纳瓦拉大部分领土被亚拉冈佔据，他无法如愿葬在原