类恐龙，加上出现亲缘分支分类法等新的研究方法，更进一步支持了这个理论。恐龙与鸟类的关系，吸引了许多人对于恐龙产生兴趣，尤其是兽脚亚目的种系发生学。今日对于兽脚亚目种系发生学的了解比先前更为深入。
单系群.恐龙最初被认为是个单系群，具有共同的祖先。但哈利·丝利（Harry Seeley）不同意这个说法，于是根据骨盆的形态将恐龙分为两个目，蜥臀目（Saurischia）与鸟臀目（Ornithischia），共同属于主龙下纲（Archosauria，现改为主龙类），两个目的成员之间没