清复明大业一时大好。后因郑成功中清军缓兵之计，兵败南京城，郑军乃退离长江出海南下；张煌言军队孤立无援，益遭清廷援军攻击，一路败退、突围，撤回浙东。隔年清廷实施迁界令，断绝抗清各势力的联系与生计。郑成功于东南沿海多年征战也始终未有进一步发展，乃决定东进台湾，以为据点；对此张煌言曾修书劝阻郑成功，他认为如果郑军进入台湾，则金、厦将不保，而复兴大业与人心亦将断绝。但最后郑成功仍一意孤行，将目标转为台湾。后永历朝覆亡，郑成功入台后亦无力回师闽南；张煌言只得纠集民间各反对力量，继续于浙东沿海一带进行抗清行动。