多个自然保护区的所在地。为了保护秦岭山区的生态，该线在选线时，特意避开了秦岭山区集中、连片、且等级较高的自然保护区、水源保护区等敏感区，以深埋隧道及高架桥梁形式，分别穿越天华山及朱鹮国家自然保护区，最大限度保持秦岭原生态，可解决金丝猴、大熊猫等秦岭珍稀野生动物的过路问题。该线在秦岭山区的桥隧比例达到93%。列车沿线还专门设立了朱鹮保护网，总长度达32公里，这是全球首次在高铁建设中针对鸟类保护安装特制的大规模防护网。其高度、颜色等均遵循朱鹮的习性，既可以防止朱鹮靠近铁路，又以其柔软的质地确保即使朱鹮撞到防护网