门传习噶当派，为噶当派的第一座寺庙。寺名“热振”的意思是“根除一切烦恼，持续到超脱轮回三界为止。”其中，“热”指根治一切烦恼的法门，“振”特指持续到超脱轮回三界。15世纪格鲁派兴起之后，原属噶当派的寺院逐渐都成了格鲁派的寺院。热振寺也改宗格鲁派，属色拉寺结巴扎仓。1840年，僧人钦则旺布记录藏传佛教各派主要圣迹的《卫藏道场胜迹志》中所载的第一个寺院便是“佛的阿兰若降热振寺”，可见该寺地位之高。1865年，清朝嘉庆帝将热振寺赐予了热振唿图克图。热振寺第五世热振活佛热振·图旦绛白益西丹巴坚赞在中华民国时