大小和卓西逃后，干隆皇帝下令改革维吾尔人原有的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄，并实行回避。通过有限度的“改土归流”，伯克阶层由世袭贵族转变为清朝的地方官吏。在军事方面，于回部各城设驻札大臣，领八旗、绿营兵镇守，各城大臣以总理回疆事务参赞大臣为首。干隆二十七年（1762年），置伊犁将军统辖新疆各地，以领兵追击大小和卓的领侍卫内大臣明瑞补授。“军府制”逐渐确立。早在霍集占起兵之时，干隆皇帝已命兆惠清查回部各城户口，调查准噶尔统治时期的历年贡赋。兆惠领兵南下后，舒赫德负责办理