所绘的「十界劝请大曼荼罗」为本尊，或以本门之释迦及本化之四菩萨相为本尊。
分类.在曼荼罗中的佛菩萨，若以禅坐的慈容外形出现，称为寂静尊（正法轮身）；若以外形威勐恐怖的明王相出现，称为忿怒尊（教令轮身）。无上瑜伽又有一种明王与明妃相抱，称为「本尊双运」，或欢喜佛，代表了慈悲与智慧的合一。