在职期间，陈廷肃主持疏浚永定河，开採榴堡铁矿，雇佣广治饥民，以工代赈。嗣德二十一年（1868年），嗣德帝派陈廷肃前往英属香港考察，学习先进技术，回国后升任河内巡抚。次年（1869年），转任商办山西军务，充宣光军次赞理，与山兴宣总督阮伯仪以及清朝将领冯子才一起，围剿盘踞在保胜、老街一带的黑旗军刘永福。嗣德二十三年（1870年），陈廷肃改任兴化巡抚，充兴化军次赞理，后因病回休，仍担任营田使。嗣德二十六年（1873年），安业率军袭击河内，海阳、南定、宁平相继失守，是为北圻变故。陈廷肃被任命为河宁总督，与河