2006年日本职业足球联赛为第十四届举行的日本职业足球联赛，由2006年3月4日开始，至2006年12月2日结束。浦和红钻于12月2日最后一轮联赛击败大坂飞脚后成为这一年的冠军，这是浦和红钻首个联赛冠军。
升班.这一年从日本职业足球乙级联赛升班的有：
降班.这一年将会直接降至日本职业足球乙级联赛的有：福冈黄蜂将会和乙级第三名的神户胜利船以主客制附加赛的方式争夺余下的甲级联赛席位。附加赛结果：两回合打和1-1，但神户胜利船凭作客入球优惠升班，而福