5,000人激增至20,000人，建筑物开始不敷应用，教学地方亦严重不足。1592年，考虑到以上问题，加上日本传教团总务长已在澳门累积了一定财富，耶稣会决意展开一项大规模的建筑工程，以建立一所真正的神学院。1593年2月27日，澳门议事会从来自日本的丝绸贸易收入中拨出200両银子捐给耶稣会，剩下的费用则由澳门市民捐赠。工程的承建商莫利喇（Inácio P. Moreira）从中国大陆泉州僱用泥水匠，在原为山石嶙峋的山腰上（现大三巴牌坊、石梯及其东面至大炮台山一带地方）开山辟石、挖土平整土地以及建造护土墙和沟