微生物学会理事长一职，卸任后成为终身名誉理事。1994年起担任清华大学的兼职教授一职。1995年当选为中国科学院院士。2011年8月15日，李季伦与中国农业大学教授陶益寿、林培、祖康祺、助理研究员田向荣和前京农公司副总经理杨智泉共同署名，举报了原中国农业大学校长石元春的学术腐败，引发了众多中国大陆媒体的报道。然而，中华人民共和国科技部组成的调查组经调查后认为该举报没有任何依据，是一次“违背事实的炒作”。
荣誉.1986年，李季伦荣获北京市优秀教育工作者称号。同年获得全国五一劳动