当年新设了工程力学专业，马兴瑞因数理化成绩优秀而被选入工程力学班。1982年7月，他考入天津大学力学系一般力学专业攻读硕士研究生。他的硕士导师是陈予恕，后来当选中国工程院院士。1985年3月到1988年3月，在哈尔滨工业大学飞行动力学研究室一般力学专业读博士研究生。他在的博士导师黄文虎那时刚刚卸任哈尔滨工业大学校长，后来成为中国工程院院士。1988年1月加入中国共产党。1988年3月获博士学位后，留校任教。
哈工大时期.在哈工大，历任空间科学与技术系副主任，航天工程与力学系副主任、