含有许多粒线体。许多成株兰花有一些较粗、分岔较少的根，即为有利菌丝进入的构造，菌丝通常从根毛的尖端进入植物，进入后使根毛形状扭曲。通常真菌进入兰花后，它们的共生关系会一直持续，不过有研究表明在干旱等极端环境下兰花可以替换与其共生的真菌。菌丝穿透兰花细胞壁后会形成称为菌丝团（pelotons）的卷曲状构造，菌丝团是兰菌根不同于其他种菌根的特有构造，不同菌丝团的大小与包裹紧密程度均可能有差异，菌丝团最后会被分解，形成兰花细胞中黄色至棕色的块状构造，成为植物的养分来源。菌丝团分解的过程亦是当前的研究热点，有研