IN-EI动画、日昇动画、Studio Pierrot等公司的长期外包伙伴。动画监督杉井仪三郎曾经表示，由于京都的作画品质甚高，甚至有制作公司为了等待京都有空档而调整动画的制作时间表。
股份公司化后.1999年，京都动画成为股份有限公司。2000年，京都动画将旗下大坂工作室独立成为关系企业，命名为「Animation Do」，主要承包SHIN-EI动画的《我们这一家》、《哈雷小子》等动画影集，以及母公司京都动画委託的外包业务。其后京都动画开始专注于独立制作动画，并于2004