内容形成一系列明确解释的企图变得复杂化。特别是受《米德拉什》、《光明篇》和其他《创世记》中的卡巴拉文本的影响，这些概念被重组的同时又保持了与原有神话内容的联系性，形成了一个新世纪福音战士系列特有的新的神话体系。例如作品中使徒的命名大多源于宗教圣经中登场的天使，名字和性质都有相关的情况也有。副导演鹤卷和哉说对宗教概念的形象参考，其目的只是为了使该作品看起来更加“有趣和充满异国情调”，并否认了在剧中使用基督教的形象符号存在有“基督教的含义”。然而据庵野导演所言：“当这些符号混合在一起时，第一次出现了某种相互关系