任理藩院主事的果亲王允礼、国师章嘉唿图克图到惠远寺经办七世达赖返回西藏事宜。七世达赖临行前，要求将惠远寺交其继续管理，获得清朝允许。此后，七世达赖留下堪布1人，喇嘛、扎巴70余人在该寺，清朝政府每年支付白银七百七十两，供该寺的香火供奉费，该费一直支付至中华民国末期。道光十八年（1838年），十一世达赖生于惠远寺附近的下村，后来在护送下自惠远寺启程赴拉萨，惠远寺因此更加名声远播。清廷还赐予惠远寺“九龙九狮”尊号，其中“九龙”代表中国中央王朝，“九狮”代表西藏噶厦。至今惠远寺大殿一楼外侧仍绘有“九龙九狮”图案。