兵败，投水未死，孙可望劝说他与大西军“联明抗清”。畏知说：“果尔，当从我三事：一不得仍用伪西年号，二不得杀人，三不得焚庐舍，淫妇女。”孙可望悉数遵从。顺治六年（1649年）二月，孙可望派遣杨畏知户部龚彝赴广东肇庆，四月初六日到达肇庆，献上黄金三十两、琥珀四只、马四匹，并请封秦王，由于金堡、袁彭年反对，永历帝不允。孙可望责备杨畏知无能，杨畏知将头冠向孙可望砸去，遂被杀。