第二次世界大战结束后，中美合作所撤销，美方人员回国，白公馆才又恢复为看守所。并且军统将西南的军统集中营，息烽监狱、望龙门看守所、渣滓洞看守所合并，成立了白公馆看守所，后称“国防部保密局看守所”。国民政府将渣滓洞、白公馆等设为监牢，关押异见人士及政治犯，被批评是白色恐怖。原地下贮藏室改为地牢，原防空洞改为刑讯室，住房改为牢房。1965年，原国民党军统西南区总务处处长沈醉向国家文化部文物局局长李长路谈了当年该处使用情况：送到“白公馆”、“渣滓洞”的革命志士，都是在城内经过审讯的，到了“白公馆”、“渣滓洞