侵台湾，章高元随刘铭传渡海守卫台湾。当时法军已占至基隆，他誓死请战，率部“乘夜蹈入法兵垒，短兵肉搏，锋利不可当，法兵多死”。在西仔反淡水之役中，章高元率部取得大捷。战后，他因功升简署澎湖镇总兵，赏换“年昌阿巴图鲁”勇号。1885年（光绪十一年）奉旨接替张家宾担任台湾镇总兵。他奉上级命令开辟台湾的山区，“筚路蓝缕，颇奏肤功”。1887年，他转任山东登州镇总兵。1892年秋，他率嵩武军两营与广武军两营共四营军队约2000人驻防胶澳。在胶澳驻防期间，他主持修建了胶澳镇守衙门、兵营、军火库、炮台、前海栈桥码头、