1999年6月，吕恒礼调任中国人民解放军海军指挥学院副政委。2000年7月获授少将军衔。2000年上半年参加中共中央党校部队分部干部培训班学习。2000年下半年参与并领导了中国人民解放军海军指挥学院海军战时思想政治工作软件系统的研制开发，获得中国人民解放军海军领导的肯定。后来吕恒礼从副政委任上到龄退役。