各派系对大汗的继承人存在争论，一度形成了危机。后来在西征领导人拔都的支持下，蒙哥继承汗位，大汗之位于是由窝阔台家族转移至拖雷家族。作为对拔都的报答，蒙哥允许拔都建立的钦察汗国保持相对独立的地位。蒙哥1258年亲征南宋但失利，1259年卒于四川，其弟忽必烈和阿里不哥分别于1260年集会自称为大汗。随后身在中原汉地的忽必烈与留守蒙古本土的阿里不哥开始展开了为期四年的内战，最终忽必烈胜利，并于1271年在中原正式建立元朝。然而，由于忽必烈的自行即位及“行汉法”主张，引起蒙古大多数宗派的强烈不满，拒绝承认忽必烈