合制形式进行。在每组对决中，种子排名较高的球队会于次回合主场出击。
种子排名.16 队晋身到淘汰赛球队会根据他们于第二圈成绩来进行种子排名。各小组首名球队列为第 1–8 号种子，各小组最佳次名球队列为第 9–16 号种子。而瓜达拉哈拉及圣路易斯会根据2009年南美自由盃成绩，分别列为第 13 及 14 号种子。
十六强.十六强首回合于4月27日进行，次回合于5月6日进行。"球队 1" 为排名较高的种子队，会于次回合主场出战。
半准决