但修正条文施行后，陈水扁总统第一次提名之检察总长被提名人谢文定检察官即被立法院否决（2006年4月11日），也引发了修正案并未防止「政治干预司法」，只是从「行政干预」改成「立法干预」而已的争议。2007年1月18日，高雄高分检检察长陈聪明在民进党与亲民党力挺、国民党开放投票的情况下，获得立法院过半数同意，成为首位由总统提名，经立法院同意后任命的检察总长，开始检察总长需民意机关同意任命的时代。
职掌.检察总长实际上即为最高检察署首长，除原首长职务内容外，检察总长最特别的即是其有提