二个标本比较完整，但翼展只有约20吋，只有部分骨头硬化，因此不是个成年个体。粗喙翼手龙曾经多次改归类于独立属，"Pachyrhamphus"、"Brachytrachelus"，但已有其他动物优先使用这些名称。在1961年，约翰·瓦格纳将其建立为新属，模式种是粗喙掘颌翼龙（"Scaphognathus crassirostris"），属名意为「船形的颌部」，意指牠们的钝口鼻部。
叙述.目前已发现三个掘颌翼龙的标本，都发现于巴伐利亚州的索伦霍芬地层，地质年代属于侏儸纪晚期的启莫里阶。