类法将本科列入卫矛目，包括52属约400种，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法分出一些属放在心翼果科中，而将其余的茶茱萸科没有放入任何一目，直接列在II类真菊分支下，2003年经过修订的APG II 分类法又从这个科中分出一个金檀木科，放入冬青目，将其余的茶茱萸科转移到I类真菊分支之下。