复三万石到二十三万石。，根据赏典禄增封2万石。1871年废藩置县，成为了彦根县，最终成为滋贺县的一部份。1884年井伊家以伯爵的身份成为华族。
支藩.彦根藩曾经在1714年至1734年期间拥有一个支藩名为彦根新田藩。藩主是井伊直兴十四男直定。其后直定因继承彦根藩而被废藩。