4年当选连任。2006年12月11日，吕学樟脱离亲民党，重回中国国民党。2008年1月12日，以60.62%的得票率连任新竹市选区立法委员，较竞争者郑宏辉多出22.5%的得票率；2012年连任该选区立法委员。不过2015年于国民党预选中败给昔日对手郑正钤。
争议事件.新闻资料：吕学樟到新竹新光三越专柜买了5万8000元的衣服，其中5万元以礼券支付，另8000元付现。柜姐开8000元发票给他，吕学樟质问为何不是5万8000元？柜姐解释礼券在购买时已开了发票，吕学樟不满，怒甩发票离