源的菌丝体，尚不能进行有性生殖，两个同源菌丝体进行融合并形成一个双核菌丝体后才能进行有性生殖，并产生子实体（例如蕈类）。菌丝体的大小可以小到肉眼难以观察，也可以十分庞大。真菌透过菌丝体来从环境吸收水分与矿物质，也透过胞外消化吸收有机养分。首先菌丝释放酶到周围的基质中，将多醣、多肽等生物聚合物分解成单体，这些小分子养分随后透过或主动运输进入菌丝体中。菌丝体可将生物残渣分解，在水域与陆域生态系中都扮演着重要的角色，它们将有机的碳源分解，并在生长的过程中将其以二氧化碳的形式释放到大气中，完成碳循环。菌根真