长期以来既相互排斥、针锋相对，又互相影响、互相渗透，导致了“佛中有苯”、“苯中有佛”的局面。除神学宗教外，民间宗教至今依然在民间特别是边远地区具有一定的影响，但民间宗教相对缺少系统理论、没有专门活动场所及职业宗教者集团。除此之外，西藏还有伊斯兰教和天主教。区内清真寺4座，伊斯兰教信众约3000多人；天主教堂1座，教民700多人。