至1997年，邱晓华在美国斯坦福大学亚太研究中心当高级访问学者。回国后，1998年进入北京师范大学攻读研究生。2001年获经济学硕士学位。2001年至2003年继续在北京师范大学攻读博士，2003年获经济学博士学位。1998年8月，到安徽省担任安徽省人民政府省长助理，挂职锻炼一年。1999年9月，回到国家统计局任副局长、党组成员。2003年7月升任国家统计局党组副书记。根据中国共产党中央委员会2005年11月7日中委〔2005〕255号通知，中央批准：邱晓华任中共国家统计局党组书记；免去李德水的国家统计