役前，中共用三年时间基本解决了东北地区土匪问题。9月5日，中共中央东北局社会部发布第15号匪情通报，要求各地继续清剿残匪。11月辽沈战役结束时，东北人民解放军已攻占东北全境。标志中华民国政府对东北的管辖彻底结束。1949年1月15日，黑龙江省、合江省、嫩江省联合召开剿匪会议，建立统一的剿匪指挥机关，近一步清剿残匪。