幸存。《元史》卷五十一《五行二》记载，“元至正二十八年八月甲寅，大都大圣寿万安寺灾。是日未时，雷雨中有火自空而下，其殿嵴东鳌鱼口火焰出，佛身上亦火起。帝闻之泣下，亟命百官救护，唯东西二影堂神主及宝玩器物得免，余皆焚毁。”
明清.明朝宣德八年（1433年），明宣宗敕命维修了白塔，并立了一通小石碑，碑文曰“宣德八年重新修造碑”，此碑至今仍存寺中。天顺元年（1457年），经宛平县人郭福奏请朝廷，由司役监太监廖秀出资，重建寺庙，成化四年（1468年）建成。建成后ؾ朝廷赐额“妙应寺”，并立有