两栖类的科在这次灭绝事件中灭亡，或是受到打击。原因是两栖类可在水中生存，或者在沉积物、土壤、树木中筑穴、或是在岩层中的洞存活。
非主龙类的爬行动物.在白垩纪﹣古近纪灭绝事件中，非主龙类的爬行动物有龟鳖目、鳞龙超目（包含现今的蛇、蜥蜴、蚓蜥）存活下来，此外还有半水生的离龙目（属于原始的主龙形下纲，消失于中新世）也倖存过这次灭绝事件。有超过80%的白垩纪乌龟，存活过这次事件。在白垩纪末，总计有六个乌龟的科，都存活到古近纪，并存活至现今。现存的鳞龙类包含：喙头蜥目、有鳞目。在中生代早