台北以及香港的定期国际航班。在波照间机场于2008年11月起停止定期航班后，新石垣机场成为日本仍有定期班机起降的最南端机场。在机场的国内线及国际线正门，所用的名称并不是称为「新石垣机场」，而是「南方之岛石垣机场」（）；当中「」（Pai-nu）是採用八重山语，而非日语读音「」（Nanpō）。
背景.一直以来，石垣岛的对外交通都是依赖旧石垣机场。这个于1943年落成，原只作旧日本军的海军飞行场，1956年起兼任民航用途。虽然位处市中心附近，但面对日益增加的旅客，以及地理条件限制，原