中国社会科学院考古研究所山东工作队和济宁地区文化局进行了试掘，1976年～1978年先后进行了6次发掘，发掘总面积10180平方米，发现了墓葬899座、房址14座、灰坑423座，出土了大量石器、骨器、陶器等。发掘结果表明，王因遗址以北辛文化（晚期）和大汶口文化（早期）遗存为主，是中国最大的史前墓地之一。