核心主要为花岗岩体，上面覆盖的岩层多为泥盆纪硬砂岩和石炭纪灰岩。南岭各山体主要是东北西南走向，但就南岭总体而言，南岭山脉属于东西走向的山地。南岭的地势不高，最高峰是越城岭的猫儿山，海拔2142米。其他主要的山峰有：萌渚岭的马塘顶（海拔1787米）、都庞岭韭菜岭（海拔2009米），瑶山的石坑崆（海拔1902米）。
气候与水文.南岭对南北气流的运行有一定的阻碍作用，因而岭南与岭北的水热状况有一定的差异，但北方的寒潮可以通过南岭山地的低谷和垭口进入岭南，因此岭南地区冬天时有寒潮入侵。