后的六年里（1982-1988年），王岐山一直都在中央农村政策研究部门充当幕僚的角色；历任中共中央农村政策研究室正局级研究员，国务院农村发展研究中心联络室主任，全国农村改革试验区办公室主任、发展研究所所长等职。并于1986年9月出席以经济改革为主题的莫干山会议。1988年，王岐山开始获得重用，先是被任命为中国农业信托投资公司总经理；一年后，转任中国人民建设银行副行长；1993年6月，出任中国人民银行副行长；1994年，出任中国建设银行行长、党组书记。在此期间，王岐山推动建行和摩根士丹利合作，成立了中国第