此页介绍使用分子的数据挖掘。由于分子可由分子图表示，这与图形挖掘和结构化数据挖掘密切相关。主要问题是如何在区分数据实例时表示分子。其中一种方法是化学相似性度量，这在化学信息学领域具有悠久的传统。计算化学相似性的典型方法是使用化学指纹，但这会导致丢失有关分子拓扑的基础信息。挖掘分子图直接避免了这个问题。反向QSAR问题也适用于矢量映射问题。