恢复了丛林方丈制度，惟因法师受请为南华禅寺方丈。1999年，现任传正大和尚应两序大众邀请复返南华，接任住持。2000年，南华禅寺曹溪佛学院正式开学。2002年，南华寺举行建寺1500周年的盛大庆典。2009年，由南华禅寺方丈传正大和尚前往印度、尼泊尔蓝毗尼Lumbinī中华寺迎请释迦牟尼舍利、阿罗汉舍利、佛殊胜七宝珍品。2014年，万佛宝塔是「大南华」建设的一项重点工程，欲迎请释迦牟尼舍利所建造，于2014年8月27日奠基开工。传正大和尚称，万佛宝塔预计将在三至四年内建成，共十三层，高一