11月29日，关召开记者招待会，声言军队“有开枪的自由”，命令学生复课。12月1日，一二一事件发生，关被迫引咎辞职。1947年，关麟征接替蒋介石出任中央陆军军官学校校长。1948年1月，关麟征调任中华民国陆军副总司令。1949年8月，中华民国代总统李宗仁任命关麟征为陆军总司令，并晋升陆军二级上将。
国共内战后在香港.同年11月，关见陈诚在台湾受到蒋介石重用，决意隐退，移居香港，次年被正式免去总司令职务。关麟征虽与陈诚不睦，但素与其陕西同乡、陈诚土木系中得力干将胡琏友善，并不因此