认为需要有威望的人代为镇守边地，于二月癸卯（493年3月25日）改任萧子懋为持节、都督雍、梁、南秦、北秦四州、郢州之竟陵、司州之随郡军事、征北将军、雍州刺史，给鼓吹一部，解除第八子随郡王萧子隆的雍州都督之职。武帝下敕教萧子懋守边之略，并将萧子懋先前请求的杜预亲手所定《左传》及《古今善言》赐给他。萧子懋曾将茶米分给属官。永明十一年（493年），皇孙萧昭业登基，萧子懋即本号为征北大将军。萧子懋见新帝年幼，时事艰难，图谋自全，打造兵器，并想胁迫驻军雍州治所襄阳的征虏将军陈显达做自己的将帅，却被陈显达密信向