年），勤王军退兵后获举荐入授监察御史，尚未赴任，流寇张献忠部已攻破江西袁州、吉州，转攻赣州以窥探福建；毛协恭对张肯堂进言：「杉关，入闽门户，关固，贼不能越邵武而南。请厚集兵守之。」两个月后，张献忠军转往四川使福建危机暂解，而李自成攻陷京师畿辅西侧地带，崇祯帝下诏勤王，毛协恭与张肯堂再度募集义勇军，刚集结便获悉京师沦陷皇帝殉国。南明福王监国，授为陕西道监察御史。隆武元年（1645年，顺治二年）闰六月隆武帝称帝后，以御史提督福建学政。隆武二年（1646年，顺治三年）正月，毛协恭进呈常州同乡各臣书疏，隆武