上进行战争报导，也开始唿吁大众帮助因战争而由西伯利亚逃出的难民及捐款给日本红十字会。此外，玉井的妻子悦，证明了虽然并没有留下官方纪录，但玉井在此时与明石元二郎进行了接触，有人推测他可能是从事情报收集工作，以协助明石的对俄工作。然而，在此时玉井染上了结核病，因而于1906年（明治39年）9月25日去世，享年40歳。在柏林和光市两边都有着他的坟墓。1924年（大正13年），他的胸像被置于柏林工商会议所前，然而之后在第二次世界大战中被破坏了。1942年（昭和17年），玉井的西伯利亚横贯旅行第一次被日本的媒体（