这在后来引发争议。2007年3月28日，蔡英文因不满国光石化开发案卡在环境影响评估审查，要求简化环境影响评估的流程。而在4月底，她则是主持国家永续发展会议，在该次会议上便有许多成员热烈提案讨论。在这期间，她还与台湾着名研究机构中央研究院、及国家生技医疗产业策进会合作，协助起草《生技新药产业发展条例》。而作为行政院消费者保护委员会主任委员，其施政满意度则是维持在第一名。根据一份遭洩密的2006年美国外交电报中指出，蔡英文以技术官僚身分奠定「坚定的谈判者」、「聪明的内行人」以及「经济历练令人惊艳」的名声