院总部设在圣路易斯，且分为东部、北部和东南部三个分部。东部分部法庭位于圣路易斯市中心的，这里也是整个密苏里东部联邦地区法院的主办公地点。法庭管辖的县包括克劳福德县、登特县、富兰克林县、加斯科内德县、杰弗逊县, 林肯县、玛丽县、费尔普斯县、圣查尔斯县、圣弗朗索瓦县、圣路易斯县、沃伦县、华盛顿县和单独的密苏里市。北部分部法庭位于汉尼拔，但是除非开庭，否则办公室通常无人办公。法庭管辖的县有亚代尔县、奥德雷恩县、沙里顿县、克拉克县、诺克斯县、刘易斯县、林县、梅肯县、马里昂县、门罗县、蒙哥马利县、密苏里州、罗尔斯