咸丰元年（1851年）服阙，署理湖州府。旋调杭州府，迁江苏按察使、布政使，在任时官声不佳，常收贿赂，也时常在衙门饮酒、狎妓，有时甚至到青楼住宿，并在青楼批阅公文，时人称有苏东坡「冷泉亭判事」之风。发贼之乱时，因屡破敌军升为浙江巡抚，上司就是时任两江总督的何桂清，王有龄告诫何桂清勿弃城潜逃：「事棘时危，身为大臣，万目睽睽，视以动止。一举足则人心瓦解矣。」李秀成围攻杭州，城内无粮，亦无援军，有龄死守杭州两个月，城破时自尽殉难，李秀成感佩他的忠义，用好的棺木装殓其遗体送还清兵，一说厚葬。清朝追赠光禄大夫，