中最为有力的说法是起源于广泛分佈于沖绳各地的黄槿树（）。在与那国语中词首的y浊化为d，因此黄槿在与那国岛上叫做，而该岛也因黄槿丛生而叫做。1985年在与那国岛週围的海底发现了大型的切割过的石块建筑遗迹，该岛也因此遗迹而闻名。与那国岛近来也以日剧《小孤岛大医生》（）的拍摄地闻名，片中的虚构岛屿「志木那岛」就以与那国岛为背景进行拍摄。
历史.在14世纪时岛上已与沖绳本岛有贸易往来，1510年，琉球王国尚真王在位期间被纳入琉球国版图之内，1879年改属沖绳县。二次战后的1945年