生在某些器官（例如桥本氏甲状腺炎），或者在不同地方的特定组织（例如古巴斯捷氏症候群导致肺和肾脏的基底膜受到影响）。关于自体免疫疾病如何产生的理论很多。下面列出一些常见的看法。
诊断.要将一种疾病视为自体免疫性疾病，需要符合"维特斯基""法则"（维特斯基及其同事于1957年首次提出，并于1994年修改过）：早期自体免疫性疾病的症状通常与常见疾病完全相同，包括：疲劳、发烧、不适、关节痛、和出疹。由于症状因受影响的身体部位、致病因素、和不同个人而异，因此难以正确诊断。通常，诊断要从调