1645年，设闽浙总督。1647年，设福建布政使司、福建巡抚。1885年，福建巡抚改为台湾巡抚，闽浙总督兼管福建巡抚事。
行政区划.清朝下辖十府、二直隶州，共计二厅、五十八县：
台湾道.1684年设台厦道，1727年改为台湾道，1885年台湾道改隶福建台湾省。