跋云及陇西王源贺等人亦支持立拓跋宏，献文只好在皇兴五年（471年）禅让帝位予太子，是为孝文帝，自己则成为太上皇。高允随后又改任中书监、加散骑常侍。因着支持立孝文帝的功勋，获进爵咸阳公，加镇东将军。不久，高允改任使持节、散骑常侍、征西将军、怀州刺史。至太和二年（478年），高允再求退休，上了十多次奏章仍不获准许，就报称患病返乡，朝廷却在那年征召高允，敕命州郡送高允回朝。高允回去后获授镇军大将军，领中书监，并得到「乘车入殿，朝贺不拜」的礼遇。后迁尚书、散骑常侍，太和十年（486年）又获加光禄大夫、金章紫绶，