性的，但认为这些基因的频率主要受其他与之有连锁不平衡的基因上的天择影响，而不是遗传漂变。此假说也认为微弱的天择足以解释密码子偏差（Codon usage bias） 。中性假说强调突变、净化选择（purifying selection）和遗传漂变。木村资生建立的中性理论称大多数的突变是有害的，会快速被天择移除，余下的突变中，大多数则是中性的（意即不影响适应度），只有非常少数会提高适应度。这些佔多数的中性突变是受遗传漂变影响，并解释核苷酸多态性和物种差异。这个理论很快地得到杰克·L·金恩（Jack L.