演化.历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从五界系统（Five-kingdom system）替代动植物生物的二分法（dichotomy）成为主流后，有孔虫界被当为原生生物界。接着，卡尔·乌斯（Carl Woese）刊出其三域系统。因为无核生物界（或称为原核界，Monera）是并系群，分类学者把注意力转移在真核生物领域及原生生物（Protista）的固有并系群上。经过大量讨论后，现在讨论仍然持续，有孔虫界被归类为有效的单系群分类。