晋哀帝该继承谁的问题而有很多讨论，孔严就以「顺本居正，亲亲不可夺」，建议继承生父晋成帝。最终一众儒者都议为孔严的议论最好，最终用他的建议。孔严后获授扬州大中正，但他不上任，故被有关部们奏免，哀帝下诏让他以侯领尚书。其时哀帝弟东海王司马奕请求获得海盐及钱塘二县以水牛牵船过埭之税收，哀帝最初答应但在孔严劝谏下转为拒绝。孔严又建议哀帝减省赏赐耗费以及厨膳开支，任内对哀帝多有匡益。晋废帝在位期间，孔严任吴兴太守，秩中二千石。孔严在位甚得人和，当时余杭县有妇人因该年敛收而卖亲子以养浩丈夫的侄儿；武康县有两兄弟