王愉都督而感到不满，在向司马道子请求收回四郡不果后大怒，于是鼓动王恭起兵。同年王恭就以讨伐司马尚之兄弟及王愉之名起兵，并联结了荆州刺史殷仲堪、广州刺史桓玄等一同起兵。当时王愉刚刚才到江州，而殷仲堪自荆州所派为前锋的桓玄和杨佺期已至，王愉因无备而出走临川郡，但被桓玄别军所俘。后来王恭败死，桓玄与殷仲堪及杨佺期于寻阳结盟，抗拒朝廷任命。桓玄在寻阳更被推为盟主，王愉就负责设置坛所，但其实王愉对此感到羞耻。不久桓玄等人接受朝廷安抚，各回藩镇。元兴元年（400年），桓玄击败了司马元显，将司马道子父子的势力消灭