思齐、郑芝龙率众登陆笨港，并引三千移民入垦，为汉人大规模移垦台湾之始祖。早年笨港港道迂回，易于回避官兵，成为先民入垦台湾渡口之一。康熙三十三年（1694年）树璧和尚自湄洲，奉请妈祖赴台传香，笨港始建「笨港天妃庙」，即今「北港朝天宫」。不久灵气远播，至道光年即有诗人赞称「北港灵祠冠阖台。」商业上，笨港因依畔笨港溪而兴起，康熙年诸罗县志即记称：「笨港街、台属街市，此为最大」，干隆年府志更记称：「笨港街、俗称小台湾。」，除此之外也有「一府二笨」、「一府二笨三鹿港」之说。满清治台，民变不断，多次波及「笨