发送量逐年上升，到1990年发展至每天开行25趟旅客列车，发送旅客2.2万人次。但至1980年代末，深圳站的规模已不能适应粤港间旅客快速增长的需要。
重建.1988年初，经铁道部批准，决定在原位置进行扩建改造，深圳市委书记、市长李灏亲自担任新火车站建设领导小组组长。深圳新客站工程自1988年11月10日动土施工，东主楼站屋1990年6月26日动工。这次是把车站几乎全部爆破拆除，工程进行时旅客乘车出站全部暂移到西边的和平路一带。1991年10月12日，投资2.2亿元人民币的深圳新客站