冢遭清兵破坏，遂兴造百座疑冢来掩护真冢。而在台湾清治时期之初，庄民仅敢暗中祭祀宁靖王，直到康熙年间的凤山县知县宋永清公然亲访宁靖王墓并写诗弔念，才转而公开祭祀宁靖王并有建庙之议。目前确切的建庙年代已不可考，而当前可见最早的文献是干隆三年（1738年）举人陈辉的诗作，而后在干隆廿九年（1764年）出版的《重修凤山县志》也已将宁靖王庙收录进去。《路竹乡志》中推测，该庙应在雍正到干隆初年期间建造，且时间应该在五妃庙兴建的干隆十一年（1746年）之前或相近时期。不过在庙中的〈重修华山殿碑记〉中，则记载该庙开基于