院迁至四川成都城南的华西坝，和几所教会大学一起，借用华西协和大学的校园。直到1946年才返回南京。留校的魏特琳，利用校园，保护了大批中国妇女免遭日军暴行。国民政府迁台后，在香港金陵女子大学作为13所国民政府迁台前存在的基督教教会大学之一，被并入香港崇基学院，后者于1963年，加入成为香港中文大学。1951年，私立金陵女子文理学院和私立金陵大学被合併为公立金陵大学，1952年院系调整时金陵大学被撤销，原金陵女子文理学院和国立中央大学1949年改名而来的南京大学的师范学院合组为南京师范学院（1984年改