设多功能厕所。新宿侧设有转辙器。
副都心线.岛式月台1面2线地下车站。站体位于明治通下方新宿三丁目交差点至新宿四丁目交差点附近。由于车站建在既有的丸之内线与都营新宿线之间，构造复杂，花费7年才完工。与明治神宫前站及涩谷站相同，大厅层与部分月台层採取挑高设计。东新宿侧设有拖上线，东急东横线、横滨高速铁道港未来线方向全日皆有以本站为起讫点的班次。副都心线开业时的班表设定早晨有本站始发往涩谷、平日早晨尖峰时刻有涩谷至本站的回送列车，在2013年3月16日与东横线、港未来线