济宗和曹洞宗在此时代传入，受到武士的信仰，鎌仓等地出现许多禅寺，大为繁荣，代表的是「鎌仓五山」。旧佛教之间也有批判现状者，特别是从律宗派生的真言律宗等也有革新运动。
南北朝・室町时代.1333年，鎌仓幕府灭亡。南北朝时代～室町时代的政治中心地移到京都。后醍醐天皇的建武新政开始后，五山从鎌仓改为京都本位，京都五山成立。足利尊氏在京都成立武家政权后，临济宗受幕府保护。室町时代初期，南禅寺的禅宗和旧佛教势力的延历寺的天台宗对立，成为幕府初期的政治问题。因为室町幕府的归依，梦窓疎石和弟