行政中心，萨尔瓦多也因此成为巴西的第一个首都，直到1763年若昂五世才将首都移至里约热内卢 。1808年1月28日，巴西摄政王若昂六世在颁布皇家特许状，宣布向友好国家开放港口，终止商业垄断并开放巴西对外贸易经济。1821年，巴伊亚领地开始寻求从葡萄牙联合王国独立，甚至当巴西帝国于1822年9月7日宣布独立之后仍继续与葡萄牙军队作战，直到葡军于1823年7月2日投降。7月2日因此成为巴伊亚独立日，并被列为州定假日之一。独立后巴伊亚领地改称，范围大致与领地时期相同。1827年佩德罗一世为了惩罚支持运动，将该