5个主要城市总部经济发展能力评价报告”中，南京位居全国第七。南京本地的知名企业有熊猫电子、扬子石化、金陵石化、途牛旅游网、苏果超市、南京牌香烟、江南光电、苏宁电器、苏宁易购、苏宁环球、雨润、跃进汽车、太平洋建设、五星电器、宏图三胞、苏美达、焦点科技（中国制造网），在南京设有地区总部或工厂的知名外企、台企包括台积电、爱立信、LG化学、西门子、等。国内重要科技企业，如华为、中兴、小米、阿里巴巴、腾讯等，也在南京设有地区总部或研究中心。
第三产业.2016年，南京市实现消费品零售总额50