"真菌修复"具体是指在生物修复中使用真菌的菌丝体。在生态系统中真菌的主要角色之一是分解作用，这是由菌丝体执行。菌丝体分泌和酸分解木质素和纤维素，这些是植物纤维的两个主要组成部分。这些由碳和氢的长链，在结构上类似的许多有机污染物组成的有机化合物。使用真菌修复的关键是针对特定污染物确定合适的真菌种类。据报道某些菌株已经成功地降低了神经毒素VX和沙林毒气。真菌过滤是一个类似的过程，用真菌菌丝体在土壤里的水中过滤有毒的废物和微生物。