为他们倾向罗马。公元424年，波斯教会宣布独立于拜占庭教会和所有其他教会，以避免有关效忠外国势力的指控。 随着，琐罗亚斯德教统治阶级鼓励波斯教会更多地与聂斯多里主义保持一致。但波斯教会在几十年内聂斯脱里主义，也加深了波斯教会与的隔阂。公元486年，尼西比斯总主教公开接受了聂斯脱里主义的宗师作为精神权威。公元489年，美索不达米亚的因为教导聂斯脱里主义被东罗马帝国皇帝芝诺封闭，搬回尼西比斯回复原来的尼西比斯学院，导致了一波聂斯脱里教会向波斯的移民。公元497至502年的波斯牧首巴拜重申并扩大了教会对狄奥多