市再次组织编制《深圳市客运轨道交通网络总体规划》，经评审纳入了《深圳市城市总体规划(1996-2010)》。全市远景客运轨道交通网络由9条线路组成，其中3条为既有的通勤铁路线，6条为待建的地铁和轻轨线，总里程约270km。3条铁路为广深铁路、平南铁路和平盐铁路，改造为可开行通勤列车。这一规划确定了深圳地铁网络的基本框架。
工程暂停和重新启动.1995年12月，国务院办公厅发布了《》，暂停审批除北京、上海、广州外其他城市的轨道交通项目。深圳地铁工程一度陷入停顿。1996年，以香港回归