蔡锷继续担任云南省都督。1912年（民国元年）1月27日，蔡锷成为统一共和党总干事。同年8月，脱离统一共和党。1913年（民国2年）5月29日，蔡锷成为梁启超领导的进步党的名誉理事兼湖南支部长，不久便辞任。但是，此后蔡和梁的关系极为密切。同年7月，二次革命爆发，蔡锷支持袁世凯。但是，袁世凯害怕各地方势力坐大，乃将各地方都督召到北京，进行笼络并监视。同年10月，蔡锷入北京，唐继尧继任云南都督。1913年（民国2年）10月，蔡锷出任陆军部编译处副总裁。11月5日，任行政会议议员。1914年（民国3年）5