特区」开发案，提升两国在经贸、观光、农业、渔业等领域的合作。
农业合作.自1996年起，两国每年轮流主办农业部部长级会议。两国于2010年签署《一乡一特产合作协议》，透过台湾驻印尼农业技术团进行推广，在西爪哇省、中爪哇省、东爪哇省以及峇里省从事推广事业，协助当地农民进行产业振兴。2016年5月12日，驻印尼台北经济贸易代表处与驻台北印尼经济贸易代表处在台北签署了农业合作协定，强化农业合作伙伴关系，双方将基于平等互惠原则，致力粮食作物、园艺、畜牧及坡地作物改良、共同投资等合作