上天主堂，轰炸当天聚集参加圣母升天节庆祝弥撒的神父与信徒们，由于爆炸所伴随的热线、以及随之而来塌陷崩解的瓦砾，所有人当场死亡。在长崎医科大学里，看病及住院的病患与医护人员们，大部份都当场死亡。在长崎市内收容战俘的设施中，据说也造成了联军士兵（主要是英军与荷军）大量的伤亡。当时为台湾日治时期的台湾，也有许多在长崎居住的留学生、医师、家属因原子弹轰炸造成死伤，王文其、陈新赐等台湾倖存者直到2012年才拿到日本政府的补偿金。截至2020年，长崎原爆死难者总计人数为18万5982人。
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