金华南站目前接发金温新双线的列车，金温货线的部分列车亦在本站进行技术停车。而在金华南站办理客运业务的列车大部分为金温新双线与杭长客运专线直通运行的列车，其中经过金华、沿杭长高铁西进的所有列车在本站和金华站均办理客运业务。2017年2月28日开始，受到金华站站改停办普速列车客运业务的影响，金华南站开始办理部分经由金温铁路的普速旅客列车的客运业务。目前在金华南站停靠的旅客列车终到站分布如下，普速列车以斜体表示：
始发列车.2016年9月郑徐客运专线开通前夕，经过金华车务段、金华当