到塞尔柱突厥那里，他本人随即被流放到。在1143年约翰死后的继位斗争中，他支持他的较年长的侄子，与他同名的伊萨克·科穆宁，而不是后来成功继位的较年轻的侄子曼努埃尔。 1150年，疾病发作使伊萨克变得虚弱，曼努埃尔一世逼迫他退出公共生活。随后他潜心在色雷斯西部的贝拉（Bera，今）建造，他死后就葬在这里。伊萨克还因好学而闻名，可能创作了一些学术、诗歌作品。他还参与了君士坦丁堡的科拉教堂的重建，他的在那里留存至今。他的幼子安德洛尼卡·科穆宁后篡夺了曼努埃尔一世之子阿莱克修斯二世的皇位，成为科穆宁王朝的最后一