本以为降清后得保家业，加官晋爵；不料清军征闽主帅博洛背约，将郑芝龙与诸子一同挟往燕京，更出兵攻打郑家故乡闽南南安。郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居，碰上此次劫难，于战乱中自缢身亡；郑成功得知母亲死后，更加坚定抗清决心。同年八月，清军攻克浦城、霞浦；隆武帝出奔江西，在汀州遭清军俘虏，之后绝食不屈而亡。南明帝系旋由桂王朱由榔继承，明年改元永历。
东南抗清.
起兵抗清.隆武政权灭亡，郑成功避走金门，然后开始于沿海各地招兵买马、收编郑芝龙的旧部，更在南澳募