英国与德国签署了慕尼黑协定，迫使捷克斯洛伐克割让了苏台德地区。1939年3月15日，德国在彻底被占领的捷克斯洛伐克创建了波希米亚和摩拉维亚保护国，并解散了原本捷克斯洛伐克的军队。在这时，雅努塞克也在布拉格查理大学修完了他的课程，并在6月23日获得了自然科学的博士学位（RNDr）。对于德国的举动，大量的捷克斯洛伐克军队和空军官兵逃亡至波兰或法国。1939年11月15日，捷克斯洛伐克帮助雅努塞克穿过斯洛伐克。之后他先后转移至匈牙利、南斯拉夫、希腊和法属叙利亚的贝鲁特，最终抵达法国。Section::