2016年7月20日凌晨，乌云官网突然被关闭，仅显示一张“乌云及相关服务升级公告”的图片，并附言 “与其听信谣言，不如相信乌云”。据外界推测可能是内部整顿。《财新网》援引消息人士称，包括创始人方小顿在内的乌云网数名团队成员7月19日被警方带走。但前乌云合伙人杨蔚辟谣称是谣言，并表示“谣言止于智者”。7月19日晚，新浪微博大V“互联网那些事”爆料称乌云网被连锅端，高层全部被警方拷走。截至2020年8月18日，该网站依旧展示升级公告，无法访问。
漏洞披露.
酷6网.