些河流全部向西汇入钖尔河，然后流入咸海。阿克苏河流经此处时，形成了深的，要前往保护区南边只能从狭窄的人行桥上跨越崃谷而过。
地质.古生代石灰岩、白云石和碳质凝灰岩是保护区内最主要的组成成分。一层厚厚的黄土堆积在高原和山脚下，但二叠纪时代的硅质岩浆组成的床岩在此区却很少出现。
植物相与植披.阿克苏-热巴格雷自然保护区内目前共发现1312种维管束植物，其中一些大型的植物种类包括黄芪、顶冰花属、葱属、薹草属、棘豆属等。此区有44种珍稀植物被列入国际自然保护联盟濒