局改为南方局，由周恩来、博古、叶剑英、黄文杰四人组成。1938年冬发现患肺病。经过一段时间的治疗，1939年春抵达重庆。1939年8月2日在重庆病逝，终年仅37岁。
纪念.黄文杰逝世后，周恩来、董必武、邓颖超亲自送葬至墓地。《新华日报》登载了叶剑英《悼黄文杰同志的死》一文，称黄文杰“是我们党的骆驼！”中华人民共和国民政部于1983年批准黄文杰为革命烈士。1984年6月，中共重庆市委、人民政府按党中央指示，将黄文杰的骨灰移葬红岩公墓。