站北边部分及东区通道（连接市民广场及市民中心站）在营运初期没有开放，其中东区通道已于2017年开放使用。
列车.福田站于2015年12月30日开通后，初期安排途经深圳北站至广州南站沿线车站的高铁，其中部分特快班次只停深圳北站和广州南站，来往广州南站及该站最快只需42-43分钟。从开通当日到2016年1月9日，每天有11对动车组列车开行；从2016年1月10日起，列车开行对数将增加至23对。2016年5月15日起，由长沙南站至深圳北站的G6023/8次及G6015/8次，延长运行