将日野江城清拆，1624年新的城池已妆经建设完毕，作为成立时的领主的板仓氏的分封是4万石,不过，在总石垣与天守并排建了49栋橹。在由火山灰和熔岩流变成的土地进行修缮工程被认为是困难的，这也成为了引起领地人民的武装起义的一个原因。松仓重政的暴政间接引起了岛原之乱，最终德川幕府将松仓氏的领地没收。1638年，高力清房接替领地，此外松平氏和户田氏曾成为领主。明治以后被废城处分，建筑物等被撤去。本丸被更变为田地，在三丸建设了一所学校。现在复兴了城堡的本丸、橹以及长墙，成为城址公园。