上近四十年的荷兰统治时期。荷兰司令官高文律与参与谈判的高级商务员等人在厦门谈判事件中遇袭被捕后，即被被解送北京，明熹宗并『祭告郊庙，御门受俘，刑高文律等于西市，传首各边，以昭示天下』。明朝虽经由此战占领了澎湖，然而战争过后，明朝政府并没有重新设置澎湖寨巡检司的官署。