在1946年7月13日到1948年7月13日这两年的期间，担任京都大学理学部部长。之后在1949年1月，荒胜文策成为新成立的日本学术会议会员。
晚年.荒胜文策在1950年（昭和25年）时自京都大学退休，并于退休后参与创设私立的甲南大学，1951年4月成为其首任校长。他以「人物育成的教育、个性尊重的教育与自育主义教育」的理念总结创立者的办学精神。针对理工学部，他则以「加强自然科学的理论基础，融合纯科学和应用科学，培育具有创造力，能应对随时代变化产生的新科技发展的人才」作为教育方针。