到东京都丰岛区东部的巢鸭监狱。1948年12月23日零时10分30秒，绞刑执行。尸体被送到横滨的久保山火葬场火化。其后部分骨灰被甲级战犯小矶国昭的辩护律师、久保山兴禅寺住持和尚及火葬场场长偷运到热海市的伊豆山兴亚观音并隐藏。1960年8月，其骨灰被移到爱知县西尾市三根山的山顶并树起墓碑，与另外6名甲级战犯同葬于殉国七士庙。1978年，东条英机与其他甲级战犯一起被供奉在靖国神社。由于日本的战争罪行大多是由东条英机授权的，对于在亚洲战争死亡的千万平民、被虐待的上万盟军战俘、以及研究使用生化武器等情况，他被认