6年，更名为陆军军医学堂，并于1908年开始招收药科学生（期班代号P1），创立中国药学教育先河。1912年中华民国建国，改为陆军军医学校，由李学瀛（M1）主持校务。1928年（民国17年）国民革命军北伐结束，学校改隶国民政府军政部，经张仲山、郝子华、杨懋因故未能到任校长，后由医科科长林鸿代理校长。1929年由戴棣龄担任校长，将医科期限由四年改为五年，增加一年为医院临床实习，药科由三年增加为四年。1933年（民国22年）迁往南京，指定前陆军第三军医院院舍（简称北校）与前江苏省立工业学校为校址（简称南校），