出任中央研究院历史语言研究所所长，直到2000年5月20日接任国立故宫博物院院长为止，于担任故宫院长期间仍继续兼任中研院的研究员。2004年5月20日，出任中华民国教育部长。担任中央研究院历史语言研究所所长这段期间，于1995年到1998年间兼任国立编译馆（当时负责编印全国的中小学教科书）「国民中学认识台湾（社会篇）教科书编审委员会」主任委员，负责主编和总订正「认识台湾（社会篇）」课程的教科书，部分人士对这本教科书的某些观点不赞同，引起不小的风波（这套教材用于1997学年至2001学年间进入国中就读者，