后查理二世重返英国，詹姆斯随同他一起回到英国。虽然他在王位继承的顺序上居第一位，但当时他真的继承王位的可能不大，因为查理当时还是一个年轻人，还有生下继承人的可能。1660年9月，詹姆斯与查理最重要大臣——克拉伦登的女儿安妮·海德结婚。詹姆斯被任命为海军大臣，在第二次英荷战争和第三次英荷战争中他是英国皇家海军最高指挥官，虽然他作战勇敢负责，但英军仍在两次英荷战争中落居下风，草草收场。1664年荷兰殖民地新阿姆斯特丹被攻克后被改名为纽约（新约克），作为对他的成果的纪念。他也是从事奴隶贸易的皇家非洲公司的首领