内战。王室开始住在法国，后来是意大利。随后夫妻两人分居，维多利亚·欧亨尼亚回到了英国伦敦。1938年，全家聚集在罗马，胡安的长子胡安·卡洛斯王子在马尔他宫受洗， 由梵蒂冈国务枢机卿欧金尼奥·派契利进行（代替将去的庇护十一世，他自己几个月后也成爲了庇护十二世）。1939年二战爆发，英国政府要求她离开；她遂住在了瑞士。她在洛桑外买了个名叫Vieille Fontaine的城堡（现在被一个瑞士金融机构拥有）。1941年1月15日，阿方索感到他的死期将至，将他对西班牙王冠的权利转移至他的儿子，巴塞罗那伯