别行政区政府成立后，政府部门架构大致承袭英治时期，只是名称有所变动，主要是将原「布政司署」改称为「政府总部」；「决策科」改称为「决策局」、「资源科」改称为「资源局」。其时共有13个决策局及2个资源局，决策局分别为政制事务局、教育统筹局、规划环境地政局、运输局、工务局、衞生福利局、民政事务局、房屋局、 保安局、工商局、文康广播局、经济局及财经事务局；两个资源局分别为公务员事务局及库务局。其后部份部门曾被整合，当中较重要的是1998年成立新的决策局资讯科技及广播局及解散文康广播局；和2000年成立的环境食物局，