为适应不同情况，可交替使用直线、正常基线或群岛基线或各条规定的任何方法以确定基线。依《中华民国领海及邻接区法》第四条规定，中华民国领海基线之划定，采用以直线基线为原则，正常基线为例外之混合基线法。
金门和马祖的处理.中华人民共和国政府在1996年5月15日时，就已将金门和马祖两个岛屿划入其领海基线的内侧，但并无公布台湾的领海基线。中华民国政府则是在1999年12月31日以《中华民国第一批领海基线、领海及邻接区外界线》公告其领海基线，不包括金门和马祖。2009年时任行政院长吴敦义