北帝大医专1944毕业，是澎湖小儿科名医，叔父陈克孝第一名考入台大医科，1959毕业于美克利夫兰担任外科医师。陈佩琪毕业于马公高中，第一年考上国立台湾大学森林系，因立志当医生而于第二年重考上台大医学系，是马公高中第一位考上台大医学系的女生。她与学长柯文哲经相亲于1991年结婚，育有一子二女，长子被诊断出有亚斯伯格症候群。柯文哲说小儿科医师需要特别的爱心和耐心，不只面对小病人，还要处理家长的问题和情绪。柯文哲感谢贤能、聪慧、充满战斗力的陈佩琪对他而言「是空气和水，不可或缺！」并开玩笑地说「房子的事