将特兰西瓦尼亚和匈牙利东部割让给斐迪南（1551年）；但由于奥斯曼帝国的压力，斐迪南并不能进行有效统治。1554年斐迪南曾派遣使者到伊斯坦布尔去，希望和苏莱曼一世苏丹商讨缔结一份边界条约。1556年9月12日，查理五世宣布让位于斐迪南，后者遂成为神圣罗马帝国皇帝（一般认为到1558年查理五世去世后才是斐迪南的正式在位时期）。可能是迫于大臣与诸侯的压力，查理五世排除了他的儿子谨慎者腓力成为皇帝的可能，这就永远阻止了奥地利-西班牙的合併或者成为共主邦联，因为奥地利和神圣罗马帝国的皇位由斐迪南的后代继承。