，终于保住书院。历知浮梁、南昌，以廉惠着称。万历四十年（1612年）受命湖广御史。不久，清兵攻破辽阳，改任通州参政。天启三年（1623年）召入为太仆少卿。兵科给事中朱童蒙诋毁道学为伪学，又上疏弹劾朱童蒙，朱童蒙被贬出京，外迁苏州。翌年，任右佥都御史，巡抚苏松十府，是时大水氾滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许。时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”终于得罪魏忠贤。朱童蒙后依附阉党，魏忠贤遂矫旨将起元削职为民，