西元1666年，入口题有「全台首学」。此额题字者不明，但已成为台南市、甚至台湾象征之一。每年9月28日举行释奠典礼，历来都由台湾省政府主席担任正献官，今则改由台南市长。台南孔庙大成殿中悬挂有清代自康熙帝、雍正帝、干隆帝、嘉庆帝、道光帝、咸丰帝、同治帝乃至光绪帝等清帝御匾。除日治时期有中断外，战后中华民国总统如蒋中正、严家淦、蒋经国、李登辉、陈水扁、马英九亦相继赠匾，见证台湾历史与政权转移，颇负盛名。台北市孔庙位于台北市大同区大龙峒，与大龙峒保安宫为邻，由于台湾日治时期后，废弃了台北城内原有的文庙