全港学校要在2009年前成立法团校董会，陈日君不但强烈反对，更控告政府，声称如果在与政府的诉讼中败诉，教区会放弃部分学校主办权。陈日君说：「讲穿了，也就是政府要办学团体权力下放给个别校董会，自己却揽集大权，直接管制每间学校。」2006年1月初两位教师先后自杀后，陈日君指事件和教育改革有关，促请政府立即停止教育改革。2011年，对于教区司法覆核《校本条例》被香港终审法院驳回，陈日君为表达遗憾，进行了三天禁食抗议，期间他只曾领圣体及饮水。
世贸争议.2005年12月在世贸示威期间，