介于古典和流行之间的跨界作品而增设「最佳跨界音乐专辑奖」，并为鼓励客语及原住民语音乐而将「最佳方言男演唱人」和「最佳方言女演唱人」两个奖项改为「最佳台语男演唱人」、「最佳台语女演唱人」、「最佳客语演唱人」和「最佳原住民语演唱人」四个奖项。2005年第16届金曲奖将流行类演唱专辑奖和新人奖分别按语言划分为国语、台语、客语和原住民语四个奖项；但新人奖因参选作品较少，隔年第17届金曲奖便重新合併成单一奖项。2007年（第18届）起将传统暨艺术音乐类与流行音乐类奖项分开举办颁奖典礼，并增设「评审团奖」以奖励未能入围