澳门历史档案馆主要收藏市政厅、民政厅、敎育暨青年司、财政司、总督办公室、海军、澳门扶轮社、圣心慈善堂等档案，还有澳门政府葡文档案、西方古籍、图片和相片等具历史价值之资料。另外，澳门历史档案馆存有1500多件微缩片，微缩片乃1714年～1885年间明朝、清朝政府与澳葡政府往来的中文信函及民间通信。