甚么政绩，并且名声不佳，因此没通过厦门人大的等额选举所需的50%选票，而被调到宁德。1988年，调任中共福建省宁德地区地委书记、宁德军分区党委第一书记，期间惩治官员腐败四百余人，并重点查办福鼎县林增团、宁德地区侨联副主席郑锡煊等腐败要案。1989年六四事件期间，习近平下令阻止试图进入宁德的温州学生搞串连。1990年，升任中共福州市委书记、市人大常委会主任，并兼任闽江职业大学（今闽江学院）校长。在其任内兴建长乐国际机场、建造福州至厦门公路、开发马尾新港区、引进外资企业600多家，其中台资企业佔五成。