设于台北县新店镇（今新北市新店区）。1973年3月5日，行政院秘书处《台(六十二)档字第一八八一号令》通报行政院各机关，「各机关大陆运台旧档案及在台已失时效案卷、文牍，移送国史馆珍藏」。2002年1月1日，台湾省文献委员会改隶国史馆，更名为国史馆台湾文献馆。2006年11月10日，交通部搬离台湾总督府交通局递信部旧址，改由国史馆使用。2007年11月，国史馆加入中华民国博物馆学会甲种会员。2010年4月29日，国史馆本部迁入台湾总督府交通局递信部旧址。2010年10月10日，国史馆「总统