总司令郑为元下令，以郭廷亮有英文专长，准备聘用他为英文教师为由，将他移送到绿岛。之后被指派担任绿指部的后勤组工作，再改为图书馆管理员，将他长期软禁。在这期间，国防部长期照顾其家属。7月14日，李鸿被释放。1988年1月13日，蒋经国病逝。同年五月，李登辉继任中华民国总统后，下令解除孙立人的软禁，恢复其自由。1990年，孙立人在台中寓所病逝。在孙立人被解除软禁之后，其旧日部属开始奔走，希望恢复其名誉。1991年，孙立人兵变案的关键证人郭廷亮，在获得假释以后，在桃园县中坜的火车上坠落而死亡，死因极为离奇