天气.由于常年面对着来自太平洋的西风和海浪，胡安·德·富卡海峡的水面状况和天气较之内陆更为封闭的水体来说恶劣得多，时常会出现小规模的航运事故。
渡船.在美国华盛顿州的安吉利斯港和加拿大不列颠哥伦比亚的维多利亚之间，每天都有数班跨越国境的车辆渡轮。
边界争端.胡安·德·富卡海峡内的部分水域仍然属于美加两国的边界争端领域。尽管美国和加拿大政府均同意依照等距原则处理边界问题，但是不列颠哥伦比亚行省则坚持胡安·德·富卡海峡的海底最低点才应