巡抚闵鹗元被严厉斥责，基田则被褫顶戴，又因陈奏不实，革职逮问，遣戍伊犂。仅隔数月，朝廷即准许其赎罪，任南河同知。干隆五十六年（1791年），仍授淮徐道。干隆五十九年（1794年），因力守丰汛曲家庄堤防，得到高宗特诏褒奖。擢江苏按察使，调山东，仍兼理黄河、运河事务。嘉庆元年（1796年），南河丰汛河溢，康基田前往治理，迁布政使。次年春擢江苏巡抚。秋季，黄和在砀山杨家坝决口，康基田奉命驰往巡视，山东曹县黄和亦决口，又前往堵筑。授河东河道总督，调南河总督。嘉庆三年（1797年），因曹县河工不力被褫顶戴花翎。不