户幕府拙劣的应对，使得各藩志士（以萨摩藩、水户藩、长州藩为首）十分气愤，再加上水户学、国学的思想昂扬，尊王攘夷、支持朝廷、推翻幕府的倒幕理论于焉而生。借由复兴朝廷来推动日本国内的改革，是当时各藩志士的想法。以此理论行动并结成联盟的主要人物有萨摩藩的西乡隆盛、大久保利通、小松带刀，长州藩的木户孝允（桂小五郎）、广泽真臣，还有朝臣的岩仓具视等。他们计划武力讨幕，逼迫德川庆喜交出实权。倒幕势力借由王政复古、大政奉还等政治口号及谈判，将江户幕府的实权剥离；愤怒的德川庆喜发动对明治新政府的战争「鸟羽伏见之战」