16年4月15日，获任命为林全内阁的经济部部长，于5月20日就任。任职期间，为蔡英文政府非核家园、绿色能源等政策辩护，投注心力。2016年9月6日，接受宝岛联播网主持人郑弘仪专访时说，自己政治色彩偏泛绿但未加入任何政党，以往公职选举投票时只投票给民主进步党候选人，2012年及2016年总统选举时皆投票给蔡英文，立法委员选举时仅曾投给民进党、台湾团结联盟及无党籍候选人，还曾在行政院政务委员吴政忠卸任台湾同乡会会长以后接任会长，并非深绿人士所称「老蓝男」。2017年8月15日，因台湾中油操作失误造成全台