理党员重登记，黄辉珍与李登辉的关系仍十分密切；2002年游钖堃内阁组阁过程中，当时中华民国总统陈水扁在亲李登辉人士建议下起用黄辉珍。 2003年5月，SARS事件袭击全台之际，高雄市长庚医院也传出疑似SARS病情，南台湾风声鹤唳，民众大为恐慌。据《自由时报》报导，5月19日，当时的行政院长游钖堃指定政务委员黄辉珍负责南部七县市抗疫工作的总协调，「兼跨行政院登革热防治委员会召集人黄辉珍昨日在行政院临时院会报告说，政府除了全力抗SARS外，对于去年在南部地区爆发的登革热，仍然要保持高度警戒，防治工作不可有丝