职为大理寺卿，跟过去一样掌管军机处。后来升职为工部侍郎，并担任总理各国事务衙门大臣，并历任兵部侍郎与吏部侍郎等职，最后被任命为军机大臣。光绪二十年（1894年）正月，加封为太子少保。
甲午战争.光绪二十年（1894年），当时在甲午战争前夕，整个朝廷都在争论要和还是要战，主和派枢臣孙毓汶被弹劾罢免之后，由翁同龢接任，翁同龢是主战派，与主和派的徐用仪在讨论政事时起了冲突，徐用仪被赶出枢廷，并解除所有官职。光绪二十四年（1898年）戊戌政变后，慈禧太后再度亲政，徐用仪复职，并推荐太常寺卿