2006年陈文村校长任内，合併材料科学中心、奈米与微系统科技中心成为奈微与材料科技中心，成立生物医学科技研发中心（2007年）、人文社会研究中心（2007年）、基础科学研究中心（2008年）。此外，1997年行政院国家科学委员会在清华校园中，设有国家理论科学研究中心，分为数学组与理论物理组，与校内、外学者互动频繁；清华为鼓励研究成果转为产业价值，1999年成立创新育成中心，绩效优异。清华为给学生先入学、了解志趣后再选系之机会，在陈文村校长任内，推行各学院院招生，强调跨院系教育、大一不分系，于2006年先