元龟元年（1570），受到朝仓义景的攻击时，元纲被松永久秀说服协助织田信长往京都方向撤退。朝仓一族败后出仕织田家，成为信长部下矶野员昌的部将、后仕于津田信澄。天正7年（1579年）代官职务遭到罢免，自此不再受到信长优厚待遇。信长死后出仕秀吉，担任伊势安浓郡及近江高岛郡内的藏入地代官一职。之后也有出阵小田原征伐，认功受封朽木谷2万石。庆长5年（1600）关原之战同大谷吉继一样投向西军一方，但在小早川秀秋倒戈后，与小川祐忠、赤座直保及脇坂安治一同倒向东军。战后，被以事前没有表明站在东军一方为理由减封