三个较大的海蚀柱位于三仙台岛上，最高约80公尺高。岛上北端的滨台有许多壶穴，直径最大者达5公尺，深4公尺，东北岸有一隧道型海蚀门（合欢洞），长58公尺，宽约3公尺，高约3至4公尺，沿着集块岩的节理，贯穿小岛的东北部，为通往小岛南岸的捷径，另外岛上随处可见林投（由拱桥通往凉亭的步道沿途几乎都是林投）、台湾海枣、白水木和滨刀豆等滨海植物。汉人与当地阿美族人，各自对三仙台有其传说。相传「八仙」中的李铁拐、吕洞宾、何仙姑曾于岛上停憩，在山上留下三仙足印，故名三仙台。阿美族人则流传着三仙台藏有守护神「及发乌安」