的登革热疫情在9月之后对台南市的观光业带来负面影响，重要景点如赤崁楼、安平古堡及亿载金城，游客一度减少二至五成，观光区的住宿旅馆住房率明显降低。西门町跳蚤市场因被认定为登革热孳生源头，在7月休市之后，于10月彻底拆除。2016年4月22日，国家卫生研究院在行政院统合指挥下，分别在台南、高雄设立「国家蚊媒传染病防治研究中心」。。