石窟庵最早在统一新罗（668～935年）时期，由跨越景德王与惠恭王时期的宰相金大城（700－774年）于景德王10年（西元751年）开始建造；惠恭王10年（西元774年）竣工完成，建成之初叫做「石佛寺」。根据《三国遗事》记载，金大城爲了现世的父母而建造佛国寺，又爲了前世的父母建造石窟庵。朝鲜王朝（1392～1897年）时期以儒教治国，儒家思想取代佛教成为国家统治理念，朝鲜佛教发展遭受打压，石窟庵因而逐渐荒废。1909年，一名邮差偶然发现石窟庵，当时毁坏情况已十分严重。在朝鲜日治时期（1910～1945年