也在此时期对玛雅城邦展开侵略。9世纪，玛雅文明的中部地区突然出现集体性的政治崩溃，是为古典期衰落，引发连年内乱，大量城市陷入废弃，人口开始北移。到后古典期（1000年至1520年），来自墨西哥腹地的托尔特克人征服了玛雅地区北部的尤卡坦半岛，建立起强大的奇琴伊察城邦，后又有好战的玛雅潘和建立霸权统治，好战之风导致战乱频仍，玛雅文化趋于衰败。16世纪，西班牙殖民帝国征服中部美洲，逐步征服玛雅各邦，1697年，最后一个玛雅城邦陷落，玛雅文明就此灭亡。在玛雅文明兴盛的古典期，各城邦的领袖称为“圣主”（k'uhu