第二次世界大战期间.1939年，第二次世界大战爆发，严重影响学校的运作。香港政府征用了校舍作为军事监狱，后来改为医院。修士在街道对面建立了临时教室，早上继续教学，下午则到医院提供协助。1941年圣诞节，香港沦陷。日军接管了校舍，驱逐修士，将校舍变为仓库。当时香港食物短缺，港日政府鼓励市民离开香港，一些修士因此于战时避居越南。学校创办人兼首任校长艾玛修士于1945年在越南去世。1946年，战事结束，加斯恩修士 (, OBE) 开始筹划重开学校，并很快地录取了600多位学生。香港政府及英军却于1949