年少知名，个性刚直，有当官的才能，因为家世早就到达清要显达的官位，历任太子舍人、太子洗马、太子中舍人、陈顼司空府从事中郎、廷尉卿。太建元年（569年），南陈东部水灾，百姓饥饿疲惫，朝廷任命沈君高为贞威将军、吴县县令，很快就除授太子中庶子、尚书吏部郎、卫尉卿。之后他外任宣远将军、长沙王陈叔坚的长史、南海太守，行广州事。朝廷打算将他的女儿嫁给长沙王为王妃，但他推辞了，于是再次担任卫尉卿。太建八年（576年），诏授沈君高为持节、都督广等十八州诸军事、宁远将军、平越中郎将、广州刺史。岭南俚人、僚人世代互相伐，他