表波波龙的化石详细研究，并波波龙改归类于兽脚亚目的肉食龙下目。科尔伯特的后肢骨头中空、嵴椎形状复杂，因此不可能是原始主龙类。但是，科尔伯特发现波波龙的肠骨不同于其他主龙类，他将波波龙归类于独自的波波龙科，而不是当时恐龙的任何一科。此外，科尔伯特将发现于霍华德县的一个肠骨，也编入于纤细波波龙；这个肠骨出土于Dockum群地层。在1977年，彼得·加尔东提出三叠纪晚期蜥臀目的研究，将波波龙改归类于槽齿目的伪鳄亚目。加尔东发现M. G. Mehl命名波波龙时所选定的正模标本，并不是股骨末端，而是癒合的耻骨末端