子种系发生学及对节肢动物的神经系统在胚胎时期的发育研究，显示螯肢亚门与多足纲较为接近。不过，研究结果只是针对现存的节肢动物，若结合已灭绝的动物（如三叶虫），结果可能会重返传统的观点上。
主要亚类.一般认同螯肢亚门包含了蛛形纲、剑尾目及板足鲎目。已灭绝的是板足鲎目下的亚类。海蜘蛛纲传统上分类在螯肢亚门之内，但有些特征显示它们是演化自最古老的节肢动物。不过自19世纪，螯肢亚门演化树内的关系就已经被受争议。2002年综合现今螯肢亚门的RNA特征及现今和已灭绝的螯肢亚门的解剖特征后，为