。民国45年（1956年）担任林献堂公祭副主委，并与林献堂夫人及两子护送其遗体回台中雾峰安葬。民国51年（1962年）获聘为总统府国策顾问，之后便渐渐退出政坛，并着手撰写回忆录（着有《杨肇嘉回忆录》）。退休后，居于清水六然居（1937年落成），杨氏取《菜根谭》古训：「自处毅然、处人蔼然、有事崭然、无事澄然、得意冷然、失意泰然」为居所命名，并自号六然居士。杨肇嘉于民国65年（1976年）病逝，享寿85岁。