长崎线自长崎车站往南延伸至长崎港内，让乘客可以直接进入长崎港转乘前往中国上海；同年长崎车站也导入准特急列车，在当时自长崎利用铁路前往东京的时间缩短至约21小时。1942年九州和本州之间的关门铁路隧道完成，同时开始营运可直接从东京驶至长崎车站的特急列车富士号列车，但仅一年后，富士号列车即调整营运范围，仅从东京行驶至博多，但每天仍有一班普通列车可直接从长崎往返东京。1945年4月因遭受美军空袭，车站月台及当时停靠的列车遭到炸弹炸毁，车站建筑也连带部分损毁；同年8月长崎又遭到原子弹攻击，使得剩余的车站建筑全部