改名为乙丑丸，隶属长州藩海军局，龟山社中也纳入海军总督高杉晋作指挥之下。六月十七日，乙丑丸砲击田之浦，龙马与高杉晋作一同参战（也有一说是观战）。六月十八日，龙马便协助高杉枹击门司、田之浦幕府军。六月二十日，龙马与高杉晋作会谈。战况时好时坏。七月二十日，德川家茂在大坂城因脚气病去世，幕府决定撤退。八月二十一日，幕府因将军去世而下达停止讨伐长州之命令。十月二十八日，龟山社中因萨摩藩之担保，购买帆船（大极丸）。虽然企图借开发虾夷地资源获利，但因无人支援而挫败，无法付钱购买帆船。十一月下旬，龙马企划与九州诸藩交好之