洲中急速散佈成多个物种并平行演化。尽管鲸豚类动物并无有蹄类最普遍的形态特征，但研究显示牠们是由早期的偶蹄目演化而来，与其他偶蹄目（如牛及河马）有直接关系，因此偶蹄目也常被表述为鲸偶蹄目，以显示偶蹄类与鲸类的同源关系。蹄兔目、海牛目及长鼻目并称为近蹄类。管齿目和象鼩目曾被认为属于有蹄类，并有牙齿及基因证据支持。象鼩目及管齿目最近连同近蹄类被称为假有蹄类。基因研究显示这些动物并非奇蹄目及偶蹄目的近亲，相反，牠们的近亲却是非洲猬目。假有蹄类与非洲猬目组合成非洲兽总目。有蹄类的化石纪录有中爪兽目、踝节目