平地社和山地社，这些区域包括了今日的里港乡、屏东市、万丹乡、新园乡、林边乡、乃至车城、恆春一带，都在今日屏东县内。郑成功曾尝试攻打恆春半岛山区一带之原住民但未果。
清治时期.1684年四月设立台湾府，隶属于福建省，并将明郑时期承天府、天兴州、万年州改为诸罗、台湾、凤山三县。今屏东隶属之。今日屏东县地与嘉南平原隔了一条宽广的高屏溪（清朝时称为「下淡水溪」），交通相对不方便，且被视为瘴疠之地，因此早日鲜有汉人定居。郁永河在西元1697年来到台湾，曾写下「诸罗、凤山无民，所隶皆土着番