年，胡宗南再赴澎湖任澎湖防卫司令。1959年，胡宗南退役，复任总统府战略顾问。1962年2月14日病逝，年65岁。1962年6月，先总统蒋中正亲临胡宗南将军灵堂致祭，最后将之葬于阳明书屋境内中兴路旁。郝柏村提到：「抗战期间，胡将军驻节西北重镇西安，彭孟缉将军时任西安砲兵旅长，要见他得依例先登记候约。但到台湾后，彭将军任参谋总长，胡将军任陆军澎湖防卫司令部司令官，彭总长到澎湖视察时，胡将军都亲迎机场，对这位老部下兼新长官，执新部下之礼甚恭，彭总长连声说不敢当。两位对军中伦理和阶级服从，都立下完美的榜样。」