郑之功绩归于妈祖显灵，奏请将妈祖册封为天后，而后清朝政府来台处理民变时也多借助妈祖神明之名来镇压民众，在清朝官方刻意推广下，妈祖信仰完全取代明郑时期玄天上帝(北极星)信仰而在台湾得以蓬勃发展。而约在嘉庆年间，妈祖信仰的主力逐渐从朝廷、官军转为民间，例如台湾府城的重要妈祖庙（大天后宫、海安宫、温陵妈庙等等）多由府城三郊管理，此外清朝晚期形成的府城迎（北港）妈祖活动，串联起北港到台南沿途多座重要妈祖庙，也使得妈祖信仰更为繁盛。
日治时期.日治时期初期妈祖楼天后宫曾被挪作台南警察署派出所