原住民与女子护理学校给女性原住民，提供技职教育训练。1960年，她为台北的流浪少年设立少年之家；并为原住民在花莲市、台东关山、台东市、屏东新埤、南投埔里等地打造马利亚产院，提供原住民妇女可以安心生产的场所；同年由于乌脚病疫情严重，她也联系王金河医师与谢纬医师，在台南北门乡成立北门免费诊所(怜悯之门)，由孙理莲资助诊所营运的资金，王金河与谢纬为患者义诊，开始近25年的医疗服务，孙理莲、王金河及谢纬也因此被称为台湾早期乌脚病医疗的「铁三角」。除乌脚病医疗服务外，孙理莲也依王金河请託，赞助病患的「手工艺工场」