日暂停，当时舰队接待了来自丹麦和瑞典的军舰，然后又于9月3－9日在基尔接待了一个俄国分舰队。演习于9月8日恢复，并多持续了五天。1906年9月26日，此时已晋升为海军大将的克斯特从德皇威廉二世号降下自己的旗帜，结束了它作为舰队旗舰的任期；新式战列舰德国号取代了它的角色。德皇威廉二世号继而被分配至第一分舰队担任副司令旗舰，受海军少将马克斯·罗尔曼指挥。12月8－16日，舰只参加了一次平安无事的冬季巡航，去往卡特加特海峡和斯卡格拉克海峡。1907年第一季度遵循了往年的训练模式，而在2月16日，舰队正式重组为