NL63病毒又渐分成两大演化支，但两演化支间又因感染同一宿主而多次发生重组。不过2009年，有研究发现蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒与229E病毒的亲缘关系，比后者与NL63病毒的关系更为接近，两者可能在距今约200多年前才由共同祖先分支；2010年有研究人员在美国体内发现了一种新型冠状病毒Appalachian Ridge CoV（ARCoV.2），此病毒与人类冠状病毒NL63亲缘关系接近，分子钟分析显示两病毒可能在距今563—822年前由共同祖先分支，NL63病毒并可在三色蝠肺中复制增殖。这些研究显示NL63病