塞古罗港就发现了巴西。于是从1534年开始，就有移民从欧州来到巴西。巴伊亚第一个省长Tomé de Souza建立了萨尔瓦多，它成为巴西的第一个首都，也是政治、管理、宗教中心。同时Tomé de Souza开始贩卖非洲奴隶，开发甘蔗生产。17世纪，荷兰和法国侵掠巴伊亚，1624年荷兰占领萨尔瓦多，但一年以后就解放了。1822年，巴西宣布独立，但巴伊亚在1823年7月2日之前仍被葡萄牙占领，所以巴伊亚是加入巴西联邦的最后一州。甚至到今天，7月2日仍是巴伊亚的独立节。由于巴伊亚人要求更多的自主权，因此有了几