程初步设计审查会上，再经调整后的广珠城轨设计方案获得初步确定。新方案中广珠城轨在原线路上作了大幅调整，南段线路（江门以南）选择了“南蓢方案”，铁路从中山翠亨进入珠海，沿港湾大道东侧再进入凤凰山隧道，出隧道后转入珠海明珠路、港昌路、昌盛路，终点到达珠海市香洲区拱北街道的珠海站。2005年12月18日，广珠城际轨道交通工程正式全线动工。线路建设采用高架的形式，桥梁段占全线的92.25％。2010年9月20日，负责施工的中铁三局线桥公司已经完成了主线广州南站——珠海金鼎段的铺轨工程；而支线小榄至新会段的铺