源赖朝留守鎌仓。他指派北条时政任京都守护与朝廷交涉，争取在全国各地设守护和地头，以掌握地方军及政权。建久三年（1192年）源赖朝出任征夷大将军。此后在朝廷之下建立半独立的鎌仓幕府。建久十年（1199年）源赖朝死后，源赖家继任成为鎌仓幕府第二代将军。建仁三年（1203年）北条时政杀死源赖家岳父比企能员一家及赖家的长子源一幡，废黜了源赖家将军之职，流放他到伊豆修禅寺(静冈县伊豆市)中幽禁。北条时政立赖家之弟、年仅十二岁的源实朝为鎌仓幕府第三代将军，自为幕府政所别当（幕府最高行政机关的首长），开始称为鎌仓幕