胡瑗、黄百家都批评荀子的性恶说，程颐认为圣人之道失传于荀子，「一句性恶，大本已失」。朱熹更几乎否认荀子是儒家，指责「荀卿全是申、韩」。自南宋后期起，儒者开始提出废除荀子从祀孔庙，如熊鉌、宋濂、胡居仁等。荀子地位也因其弟子李斯焚书而受连累，唐代陆龟蒙、宋代苏轼都因李斯而怪责荀子。1530年，荀子终于罢祀于孔庙。明末及清代，一些反理学的学者比较欣赏荀子。明代归有光、李贽都重视荀子，清代考据学兴起，重视礼学，荀子传经有功，地位得以提升，如汪中、凌廷堪都赞扬荀子；严可均和姚谌建议荀子重新从祀孔庙，指出六经传世乃荀子