1949年3月，毛远耀奉中共中央命令从辽宁旅大率干部大队进关南下，到达天津。9月，毛远耀等到达湖南，他先后任长沙市副市长、衡阳军管会副主任、中共衡阳市委书记、衡阳市人民政府市长及中共湘南区党委常委。中华人民共和国建国后，毛远耀先后被分配到辽宁省、湖南省、湖北省等地方工作。1953年，毛远耀担任湖南省工业厅厅长，同时兼任中共湖南省委委员。1954年秋季，毛远耀担任国家轻工业部办公厅主任。后来，毛远耀又先后任青岛橡胶二厂厂长、国家化工部办公厅主任、部党组成员。1957年9月，毛远耀出任武汉测量