又被人推荐起复为南京兵部尚书，改任工部尚书。后因病归家，明亡后隐居不仕。熊明遇在万历年间已与耶稣会人士庞迪我（Didacus de Pantoja, 1571-1618）、阳玛诺（Emmanuel Diaz, 1574-1659）、毕方济接触，并与徐光启往来。对于西方科学有颇爲深入的了解。在福建佥事任内，他曾向方孔炤与方以智父子前展现他所接触的西学。方氏父子与熊明遇曾一同登临游览太姥山并大谈西学，可说是明末清初西学东渐的代表人物之一。其着作《格致草》和《则草》，是两部介绍西学的重要着作，于万历末年刊刻的