礁支持着多种多样的生物，其中包括有许多易危和濒危物种，还有一些是大堡礁的特有种。
环境威胁.气候变化、污染、棘冠海星和渔业是对大堡礁生态系统健康危害最大的因素。其它的威胁还有海运事故、油外泄和热带气旋。是一种发生在骨状珊瑚上的由原生动物珊瑚盐泡纤毛虫（"Halofolliculina corallasia"）引起的疾病，可以感染31种珊瑚。根据一项美国国家科学院的研究，自从1985年来，大堡礁已经因为上述危害因素损失了超过一半的珊瑚礁，其中三分之二的损失是发生在1998年以后。一份2