伍锦霖负责主理中南部的选举组织工作。
马英九政府时期.由于伍锦霖办事能力高，加上其深谙台湾俚语，令他能应对基层事务自如，因此深获马英九欣赏和重用。伍锦霖于2008年6月卸任党职后，随即获时任总统马英九提名为考试院副院长。伍氏在立法院审查考试院副院长人事提名案时，认为民主进步党部分立委的质疑不公道，指出两人虽然在伍泽元潜逃后仍有联络，但两人的个性、行事风格和价值观都不同，并批评该等立委将其兄长的事扯到他身上并不恰当。翌月，原定的考试院院长候选人张俊彦因审查风波决定退出提名，令院长职位