1900年的庚子事变中受到毁灭性的打击，但是在20世纪初经历了较大的发展，成为英美教堂和传教士集中的城市之一，兴办了燕京大学等众多的教育、医疗设施；同时，北京也成为新兴的华人自立教会（例如史家胡同基督徒会堂）的重要基地。在中华人民共和国建立之后，由于中国共产党政府所提倡的三自运动以及对无神论的广为宣传，使得基督新教在北京的发展几经波折。现在基督新教在北京有逐渐恢复发展，基督徒也逐渐成长，并且在家庭教会中聚会的基督徒人数明显超过在登记教堂聚会的信徒人数。
上海.上海的基督新教于184