22年日本于南洋厅的统治经过15年之后，虽然南洋群岛各地都有民间所设立的神社，南洋厅所在的柯罗却一个神社也没有。因此南洋厅在内务部长堂本贞一的提倡下于柯罗岛设立了南洋群岛总镇守神社，成为了纪元二千六百年记念事业的一环。
设立.1937年进行了神社选址，最终确定在柯罗町郊外的恩格米德（Ngermid）高地建立神社。1938年1月开始为期两年的施工。本殿的建筑风格以神明造与大鸟造形式为基调，为了适应南洋群岛的气候，木材取自南洋群岛各地。石材部分则是在整地之际正好挖掘出大量品质良好的花