早年.顺治十四年（1657年，丁酉鸡年）沈福宗生于江苏省江宁府（今南京），读书后没有参加科举活动。他在结识当时在江南传教的比利时耶稣会士柏应理后，从其学习拉丁文。康熙二十年（1681年），柏应理奉召向罗马教廷陈述康熙皇帝对「仪礼问题」（Question des rites）的立场。离华之前，他约定与时年二十五岁的沈福宗和五十岁的吴历等中国人同往欧洲。吴历可能因体弱多病而未能成行。
欧洲之行.
葡萄牙与罗马.沈福宗一行于1681年12