入侵的事件中几乎灭绝，倖存的族人藏身在阿美族之中。同时，协助清军的七脚川社一举成为奇莱平原最大部落，直至七脚川事件后才式微。
战前形势.牡丹社事件后，清廷认知到经营「后山」（今花莲、台东一带）的重要性。为巩固后山防御，钦差大臣沈葆桢提出「开山」及「抚番」的双轨经营策略。在行政上设置南、中两路理番同知，并在后山设立分官职，佈署军队，以昭示清朝在后山的实际管辖权。同时设置招垦局，招募汉人进入后山开垦。「开山抚番」的政策侵犯原住民的生活领域，最后导致原住民抗清。