人于大员建立热兰遮城（今安平古堡），作为全岛统治区统治中心。当时族群主要分为：欧洲统治者、属于南岛语系的原住民、以及荷人招募而赴台的汉移民，主要作为劳动力来源。1642年建成的曾振旸墓是台湾现存最早的汉人墓，即为荷治时期的汉移民。荷人亦向赤崁方面的原住民购地，兴建普罗民遮城（今赤崁楼）并规画市街，现在中西区的民权路即是当时规划的干道，往后台南市即承袭此脉胳发展，然而今日市境内荷治遗迹已所剩无几。
明郑时期.1661年，郑成功自鹿耳门水道进入台江内海，以取得「反清复明」的基地为由