有关当局于是召开遗址探勘讨论会，决议依《文化资产保存法》相关规定，办理石桥遗址考古抢救计画。随后，遗址受滞洪池工程影响部分于2006年10月委託国立台湾大学考古队进行抢救发掘。抢救发掘面积约15,000平方公尺，出土考古遗物有多种陶器、石器、铁器、骨器、玻璃及多种动植物生态遗留 等，还有200多具人骨、墓葬，及许多灰坑与水井等。该遗址出土遗物经初步推测分属大湖文化及茑松文化茑松类型；其中，大湖文化的遗留较少，但有不少具特色之黑陶，茑松文化分布较广，遗留也较丰富，主要以红色陶器为代表。大多墓葬普遍朝北