于通州区的站点为通州站。北京市郊铁路城市副中心线于2017年末通车，通车后从北京站到通州约20分钟，2019年6月20日延至乔庄东站。
地铁.地铁八通线、6号线、7号线、亦庄线经过北京市通州区。2017年，经过通州的7号线东延、17号线开工建设。平谷线朝阳段、通州段力争2021年3月底陆续实现开工建设。通州还规划有主要服务本区的地铁M101-M104线。计划“十四五”期间，M101线建成通车，开工建设M102线、M103线和M104线。远期规划的线路有S6线、R1、R1支