大臣充总督常驻地方，带兵部尚书或兵部侍郎、都御史衔。督抚同在一区的，则总督为巡抚上官。自督抚设，三司地位大降，形同属吏。清沿明制，仍设府、州、县。又有厅的设置，与州平级，也有直隶厅与散厅之分，长官称同知。分巡道、分守道只保留名义上的区别，道的长官改称道员，不再隶属于按察使，成为府之上的一级地方，形成省、道、府（直隶州、直隶厅）、县（散州、散厅）的四级地方体制。后期也有专门办理某项事务的道员，如海关道、巡警道等，与作为一级地方的道不同。巡抚成为一省的主官，唯直隶不设巡抚（雍正时河南一度专设总督，不设巡抚）