大学文学院代理院长兼任《文哲月刊》首席主编、清华大学研究生院文哲导师、国民政府行政院驻北平政务整理委员会参议。1937年（民国26年）抗日战争爆发后，张东荪决定留在北平，任燕京大学哲学系主任兼任国防参议会参议员。1938年（民国27年）6月，他任国民参政会参政员（后来他继续任第二届国民参政会参政员）。1941年（民国30年），中国国家社会党和统一建国同志会改组为中国民主政团同盟，他任中央常务委员（后兼任秘书长）。他在日本占领的北平（当时已经被傀儡政府改称北京），在燕京大学和中国大学任教。他主张国共合作，