酶均具有一个共同的特征，即金属离子通过一个不稳定的配合位点与蛋白质结合。 与所有酶一样，活性位点的形状是至关重要的。 金属离子通常被定位于形状适合基底的口袋中。 金属离子催化在有机化学中难以实现的反应。
碳酸酐酶.在水溶液中，二氧化碳形成碳酸在没有催化剂的情况下该反应非常慢，但是在氢氧根离子的存在下该反应非常快几乎可以立即进行类似的反应。碳酸酐酶中活性位点的结构从许多晶体结构中是众所周知的。它由由三个组氨酸单元的三个咪唑氮原子配位的锌离子组成。 第四配位位点被水分子占据。