成立于1947年，首批飞机是4架哈维兰鸽8座飞机。1952年，苏丹航空引进7架28座的道格拉斯DC-3。这些飞机在飞往亚丁、阿斯马拉、贝鲁特、开罗、吉达等地的国际航线上服务。1959年，苏丹航空加入国际航空运输协会。后来，苏丹航空成为非洲最早引进福克F27的航空公司。1970年代，苏丹航空开始引进波音707和波音737；1980年代引进福克F50；1990年代引进空中客车A310。2007年，苏丹政府对苏丹航空进行私有化改革。改革之后，政府仅持有苏丹航空30%的股份。新的投资者正在加强苏丹航空的预订