崎事件，最终以双方各自妥协收场。1889年，长崎正式设市，成为日本首批设市的城市之一。成立之初的长崎市面积有7平方公里，人口有54,502人。十九世纪末期的长崎市集中了海关等重要机构，是中央政府在九州的据点城市之一。但另一方面，由于横滨港、神户港、门司港的发展，长崎港的贸易地位迅速下降。明治末期时长崎港佔全日本贸易额的比重已只有约1%。造船产业在这一时期取代贸易，成为长崎经济的主要产业。1871年，日本政府设立官营，该造船厂在1887年出售给三菱公司之后成长为日本最大造船厂之一，修建了日本首艘铁制蒸汽船