被拆毁，着作被禁。出口王仁三郎于1942年被保释出狱，但活动全部停滞。1945年日本投降之后镇压令解除，重新活跃。1980年，大本教内部发生分裂，最终分裂为大本本部、大本信徒联合会以及爱善苑三个团体。大本教以京都府绫部市梅松苑（大本教发祥地）和龟冈市天恩乡（即龟山城，大本教的布教中心）为二大圣地。以出口直的《大本神谕》和出口王仁三郎的《灵界物语》为二大教典。目前在日本国内有教徒10万至50万人左右，日本国外有5000至10000人左右。
大本教的领袖.大本教的最高领袖为教主