为长途运输使用，因此并无列车只行驶于海崃线区间内，2016年3月26日北海道新干线通车起，仅由新干线提供旅客列车服务，各种在来线定期旅客列车均停驶。以往所有行驶于海崃线的列车，始发车站均从自、或更远的车站发车。此外，由于海崃线所有列车均不停靠，若要转乘津轻线往时需在换车。海崃线内曾经设有另外三个车站，当中两个为一般乘客无法上下车的车站：与。这两个车站原本是青函海底隧道的避难设施，后来转为兼作参观隧道之用，因此除了参观隧道的旅客之外，一般旅客无法在此上下车；此外，由于北海道新干线开始施工，转为施工器材堆放