1997年底，林毅夫发表〈关键在于战略目标的转移──评中共中央14届三中全会的决议〉，提到国企改革不彰、中央政府财政收入比重偏低、贪腐严重等……问题，后来都出现在中国总理朱镕基的政策中。因此，就有媒体称林毅夫是朱镕基的智囊。林毅夫主张中国应继续实施比较优势发展战略，利用较低成本引入先进技术，快速积累资本，再实现产业升级。他也认为国有企业改革是继续保持经济高速发展的关键，改革国有企业才能够给民营经济提供更公平的竞争环境。林毅夫一直以来都对中国经济保持乐观，认为中国能够在2030年左右成为世界最大经济体。