改曲阜县为仙源县，任命孔圣佑为太常寺奉礼郎，后任大理寺评事。天禧五年（1021年），朝廷任命他以光禄寺丞知仙源县事，袭封文宣公，为第十二代文宣公。改为赞善大夫。宋仁宗天圣十年（1032年），孔圣佑在太子中允任上去世。享年三十五岁去世，没有子嗣，他的堂弟孔宗愿袭位。