双鞭毛生物是其真核细胞具有两个鞭毛的一种生物，是真核生物的两大类群之一。
特征酶.双鞭毛生物的另一个共有特征为有两个基因融合在一起：胸苷酸合成酶和二氢叶酸还原酶融合成一个有两个功能的蛋白质。这些基因在单鞭毛生物中是被分别转译的。
分类.一些研究猜测单鞭毛生物（有一个鞭毛的真核细胞）是后鞭毛生物（动物、真菌和其他相关类型）和变形虫的祖先，而双鞭毛生物则为泛植物（植物和其近亲）、古虫界、有孔虫界和囊泡藻界等生物的祖先。汤玛斯·卡弗利尔-史密斯亦猜测无根虫(Ap