究所西迁至昆明东郊的凤凰山，抗战结束后天文研究所迁回南京时在凤凰山留下一个工作站成为了云南天文台的前身。1949年后，紫金山天文台曾成立中国科学院紫金山天文台、地球物理所上海联合工作站，接管法国天主教耶稣会的徐家汇观象台和畲山观象台（后独立为中国科学院上海天文台）。相继于50年代成立的天津纬度站、北京授时台则在1962年发展为国家天文台的前身北京天文台。紫金山天文台主办的《天文学报》等刊物亦在1966年至1974年期间停刊。紫金山天文台在文革后才得到逐步恢复。由于80年代末起，南京夜间光污染严重，紫