21世纪仍是博物馆的主要建筑物之一。1923年，日本发生关东大地震，当时的总馆和2号馆、3号馆均遭到严重损坏，无法使用。此后的十余年间，博物馆的展出只在表庆馆一处进行。新建总馆于1932年开工，1938年落成使用。这就是现存的东京国立博物馆总馆（重要文化财）。新建总馆落成后不久的1940年，便举办了纪念“皇纪2600年”的“正仓院御物特别展览”。这是首次将正仓院宝物（当时称“正仓院御物”）向大众公开，盛况空前，短短20天内参观人数达到40万之多。。
二战之后.1947年5月，在