“文革”结束后，任继愈得以回到北京，世界宗教研究所逐渐恢复原有的建制。1979年，任继愈成立了中国无神论学会，并担任理事长。1980年开始，任继愈提出了“儒家宗教说”，与当时思想界公认的“中国无宗教”的看法相左。1978年起，任继愈开始招收宗教学硕士生、博士生，1985年起与北大合作培养宗教学本科生。1999年，任继愈当选为国际欧亚科学院院士。曾经担任过的职位有中国宗教学会会长、中国无神论学会理事长、中国西藏佛教研究会会长、中国哲学史学会会长、社会科学基金宗教组召集人、中国社会科学院世界宗教研究所名誉