长1600米的双线行车隧道，城门则作为沪宁高速公路进入南京城的入口。由于历经战火和隧道施工的影响，中山门墙体的塌陷、渗水现象越来越严重。2003年，作为南京明城墙申报世界文化遗产的准备工作，南京市政府对中山门进行了整修。整修工程清除了墙体内的约3000立方米填土，减轻自重约5000吨，并浇筑钢筋混凝土空箱置于城墙内部以起到支撑和连接的作用。并将已经严重倾斜的部分城墙拆除重砌。中山门内有南京博物院。门外原有宽阔的护城河一直向南延伸。因沪宁高速公路建设及沿湖房地产开发，原来的水面大大缩小，并被命名为“月牙湖