受各原因影响而停止建造并解体，伊406到伊417的建造计画也直接取消，最后只有三艘伊四百型服役。由于伊四百型没能完成计画的数量，因此使用原本的伊九型为基础开发出伊十三型潜舰（），伊十三型一样设有起重机、机库与弹射器，但只能运载两架晴岚，并对应重量增设防雷鼓包，与原本的伊九型比续航力增加但速度与隐蔽性都降低。该级本计画打造4艘，但最后只完成伊号第十三潜舰与伊号第十四潜舰两艘，剩余的伊15与伊1都没完成战争就结束了。尽管如此，日本仍在战终前建造完成共47艘各型航空潜舰。伊13在1945年执行晴岚运送任务时