巨保罗龙被命名时，研究人员提出种系发生学分析，将巨保罗龙归类于鸭嘴龙科的赖氏龙亚科，其最近亲是威拉弗龙，化石同样被发现于墨西哥。巨保罗龙、威拉弗龙形成一个小型演化支，生存于北美洲南部；赖氏龙、冠龙、亚冠龙、扇冠大天鹅龙则形成一个大型演化支，生存于东亚、北美洲北部，是前者的姊妹演化支。以下演化树来自于宽尾赖氏龙被命名为巨保罗龙的研究：