一职，不久改称川边都督，不过改名并非重点，对于被派到川边，形同发配，尹昌衡十分郁闷。同年11月，他病休，到北京疗养。1914年（民国3年）1月，川边都督一职被废止。此后的2月2日，赵尔丰之兄赵尔巽密结胡景伊进行谋划，尹昌衡被以杀害赵尔丰之罪逮捕，被判处有期徒刑9年，其地位和名誉被剥夺，监禁于南京。袁世凯死后，1916年（民国5年）6月，尹昌衡获得特赦而被释放，其地位和名誉获得恢复。此后，尹昌衡任直系的江苏督军李纯的顾问。1920年（民国9年），他与孙文（孙中山）联合，在四川省和云南省活动。1921年（民