中心为中华民国总统紧急及战时最高指挥中心，俗称圆山指挥所，指挥所内设有可供总统专属的生活设施及内阁官员及中央政府各机关进驻的办公室，备有发电机、储水系统，并可承受2千磅传统炸药、2万吨的核爆炸与电磁脉冲攻击。国家政军指挥中心前临国防部总部，与国军联合作战指挥中心（衡山指挥所）毗邻通连。
历史.国家政军指挥中心原先是国防部陆军总司令部的废弃指挥所，并充当行政院院长及各部会首长于战时的指挥中心，后在国家安全会议指示下，耗费3年时间、投入新台币1亿元经费，于2008年整建为国家政军指