红磡（九龙）」改为「香港红磡」，至于水牌会由「九龙」改为「香港红磡」。2019年11月19日和20日，受香港反对逃犯条例修订草案示威影响，当天的京九直通车暂停了香港段的服务。2020年1月28日，香港政府鑑于COVID-19疫情扩散，宣佈包括香港红磡站在内的若干个跨境口岸，将于同月30日凌晨零时起暂停服务。京九直通车将于1月30日起停运，原定于1月30日抵达香港的Z97次列车缩短至广州东站。2020年6月25日至7月24日，广深铁路股份有限公司利用因受新冠肺炎影响而闲置的部分京九直通车车底（编组