众群情激愤，便拥末任巡抚唐景崧成立台湾民主国并任大总统，将钦差行台改为「筹防局」做军务之用。日治时期前期，筹防局被充作台湾总督府厅舍，历任七任总督。大正8年（1919年），台湾总督府（今中华民国总统府）新厦完工启用后，旧厅舍便成了临时性展览聚会场所。昭和6年（1931年）10月，以纪念裕仁天皇登基为由，决定在旧台湾总督府厅舍前广场兴建台北公会堂（今中山堂）。在经过多方考量下，将部分布政使司衙门及钦差行台建筑移入圆山动物园（台北市立儿童育乐中心昨日世界旧址）、净土宗台北别院（今善导寺）及台北植物园内保存，