作为一个精神障碍有以下几个原因。最近的跨性别的大脑结构的医学研究表明，一些跨性别的物理脑结构类似激素治疗，甚至在他们想要的性别。此外，最近的研究表明性别不安的更可能的原因从遗传的原因（如克氏症候群），生母在妊娠期间暴露于过量类激素化学物质（如类固醇、环境荷尔蒙），以及其他心理和行为的原因所引起的。
诊断.
ICD-10.根据《国际疾病与相关健康问题统计分类》第十版（1993），列出与性别认同有关的几种疾病：
DSM-4.根据《精神疾病