不同的生物系统内（例如细菌和酵母）都能自我复制，则会需要额外的元件，如多个不同的复制起点，而这样的载体称为穿梭载体。
表达元件.表达载体必须包括基因表达所需要的表达元件，这包括启动子、正确的翻译起始序列（例如核糖体结合位点、起始密码子、终止密码子）、终止子。原核生物和真核生物的蛋白质合成机理有所不同，所以特定的表达载体必须具有和其宿主细胞兼容的表达元件。例如，原核表达载体在其翻译起始位点会有可以结合核糖体的Shine-Dalgarno序列，而真核表达载体则会在对应的位置包含Koza