环境样品中发现，如废水或土壤中。该纲的致病菌有奈氏球菌目(Neisseriales)的中一些细菌（可导致淋病和脑膜炎）和伯克氏菌属("Burkholderia")。在海洋中很少能发现β-变形菌。γ-变形菌包括一些医学上和科学研究中很重要的类群，如肠桿菌科(Enterobacteraceae)、弧菌科(Vibrionaceae)和假单胞菌科(Pseudomonadaceae)。很多重要的病原菌属于这个纲，如沙门氏菌属("Salmonella")（肠炎和伤寒）、耶尔辛氏菌属("Yersinia")（鼠疫）