论》也有不少错误，例如在〈九虫候〉中称：“蛲虫在人肠内，变化多端，发动亦能为癣，而癣内实有虫也。”事实上蛲虫跟癣症是两回事。〈九虫候〉又称“肺虫，状如蚕。”又“肺虫令人咳嗽。”“蛔虫，贯心则杀人。”，实属不确。《诸病源候论》有时也涉及迷信，以为女子不孕是风水影响，“妇人无子者，其事有三也。一者坟墓不祀，二者夫妇年命相克，三者夫病妇疹，皆使无子。”。《诸病源候论》多缺佚，王焘所撰《外台秘要》40卷中共引用《诸病源候论》370候，对《诸病源候论》条文的辑佚有很大帮助。后世学者认为《诸病源候论》最大的缺陷就是