，由于协议内容不当，限制权宜轮直航（过去两岸为了规避统独问题延伸的法律问题，因此海运直航全部採用权宜轮），使得多数台资船舶无法航行至中国大陆、而非两岸资本船舶则全部被排除直航，故台湾离海运转运中心又更远了。在空运中心方面，马英九当选总统后，计画将台北松山机场打造成东北亚的区域转运枢纽，但《经济日报》曾经以社论指出马英九继续发展松山机场是错误政策，因为这不会增加多少方便性，但会分散邻近的桃园机场的航班、客源及建设经费（桃园机场是台湾唯一有机会发展成国际转运中心的机场），弱化桃园机场的服务能力，让台湾离航空