行系统，木津车站 - 长尾车站区间由柴联车运行。另外，当时在木津站 - 长尾站区间的柴联车列车和关西本线龟山车站 - 奈良车站区间的列车为共通2辆编成运行。JR东西线开业后，两条线路实施了一体的运行形态，实施了直通福知山线（JR宝冢线）宝冢方向及东海道本线、山阳本线（JR神户线）神户方向的直通运行。除了普通和快速以外，早晚还有区间快速运行。全列车均为7辆编成运行。2010年3月12日之前均在京田边车站进行车辆的增解结，京田边车站 - 同志社前车站、木津车站间为4辆编成运行。207系的量产车为4辆编成