成行。义熙八年（412年），檀祗转任右衞将军，又以辅国将军外任宣城内史，又随即以本辅国将军转督江北淮南军郡事、青州刺史、广陵相。后更获进号征虏将军。义熙十年（414年），反对刘裕专政而叛晋的晋室疏宗司马国璠兄弟在北徐州州界聚众，并带着所得的数百人偷偷渡过淮河，乘夜间天色阴暗成功率百多人潜入广陵城中，并大唿要直取官署。檀祗闻讯惊起，正要出门迎敌，但因中箭受伤被逼退还。檀祗于是下令打五更鼓声，骗对方快要天亮而逼走他们，司马国璠等人听到鼓声果然中计，檀祗部众在他们逃散间追击，共杀了百多人，但檀祗还是被降号建武将军