肥校本部建立中国科学技术大学研究生院。中国科学技术大学研究生院（北京）在2000年改名为中国科学院研究生院，划归中国科学院直属，现为中国科学院大学。目前，中国科学技术大学研究生院位于安徽省合肥市，在苏州和上海两地还设有两个研究院。研究生院院长由校长侯建国兼任。另外设有中国科学技术大学研究生院科学岛分院，负责中国科学院合肥物质科学研究院的研究生教育工作。
学位授予.中国科学技术大学研究生院共有18个一级学科博士学位授权点，98个博士点，133个硕士点以及MBA、MPA、工程硕士3