代末期，到南北朝时代，僧侣开始对神道说反动，相反的，倡导神是本地，佛是假姿的神本佛迹说的伊势神道与唯一神道也出现了，江戸时代时，朱子学的理论使得两派统合，而诞生出垂加神道。这些是神祇信仰的主流派的教义，也是确立神道教义的贡献。不过，思考神佛习合自体在明治时代的神佛分离后衰弱，也使得近现代的日本人的精神构造受到影响。