该寺为“青龙寺”，该塔遂被称为“青龙塔”，亦被称为“青龙雁塔”。嘉庆三年（1798年），吉云禅寺塔遭受火灾。咸丰十年（1860年）时，吉云禅寺塔在兵乱中再次受损，以至于木质构件大部分损毁，木梯也几乎全部腐朽，塔心木下坠，仅余砖木塔身和铁制塔刹。中华人民共和国成立后，1956年，吉云禅寺塔遭受台风侵袭，塔刹被吹倒。1962年，吉云禅寺塔被列为上海市文物保护单位，1982年被重新公布为上海市文物保护单位。1991年10月，吉云禅寺塔的塔身在勘察测定中被发现朝北偏东44°方向倾斜2°50′。上海市文物管理委员