要求辞去军职，转而治理黄河。蒋介石劝他：“先把东北军事问题解决了，约需两年，再去治理黄河吧!”何柱国乃接受任命，担任东北行营副主任兼参谋长、东北护路军总司令。1945年10月，何柱国获胜利勋章，中国抗日战争期间，在晋西北、陕甘宁、豫东、皖北等地与贺龙、彭雪枫等领导的八路军、新四军密切配合，协同作战。他曾两次访问延安，受到毛泽东、周恩来、朱德等领导热情欢迎接待。中国抗日战争胜利后，任东北行辕参谋长，但因双目突然失明未能就职。接任后，何柱国应邀参加熊式辉举办的宴会，次日双眼不适，第三天双目失明，在重庆医治无