泽民提拔进京，以“特别助理”身份出任中共中央政策研究室政治组组长。1998年4月，任中央政策研究室副主任。最后于2002年11月晋升为中央政策研究室主任，当选为第十六届中共中央委员。作为主要策划者，王沪宁直接参与、起草了江泽民“三个代表”重要思想、胡锦涛“科学发展观”以及习近平“新时代中国特色社会主义思想”等重大政治理论与思想，辅佐了三代总书记，是中共高层的重要理论智囊。2007年10月22日，在中共十七届一中全会上，52岁的王沪宁当选中共中央书记处书记，成为党和国家领导人。他是继邓力群之后，又一位