至2010年3月22日间，阿里山林业铁路以OT模式转由宏都阿里山公司接手经营。2010年3月23日，林务局终止委外经营契约，阿里山林业铁路由林务局收回自管。2013年4月20日，阿里山林业铁路与黑部崃谷铁道缔结为姊妹铁路。2013年5月1日起，台湾铁路管理局协助林务局营运该铁路，惟其产权仍归属林务局。2014年1月27日，阿里山林业铁路竹崎至奋起湖段复驶。历经多年频繁天灾及载客率持续下降等问题。
委外民营时期.2006年6月19日，行政院农业委员会林务局和宏都阿里山公司签订《民