、艾伯伦和迷雾村度过了一段时间的和平，巴伦王国则由塞西尔和妻子罗莎治理。然而17年后，第二个月亮再次出现，并且比第一次更靠近蓝星，不变的水晶开始散发淡淡的光芒。但是人们不知道这些事件背后的含义。前作中的大多数角色都回归游戏，《最终幻想IV》中一些非玩家角色也成为了玩家角色，此外还有一些新出现的角色。这些新角色包括：塞尔多亚，塞西尔和罗莎的儿子，巴伦的王子；“蒙面男”，穿着紫袍的流浪剑士，似乎很熟悉塞西尔之前的冒险；“谜之女”，可以召唤幻兽的反派角色，为了寻找水晶攻击了王国；“黑衣男”，有强大黑魔法能力，