心，应拟大辟，以息乱阶。」为罪名将他处死，并以谋反罪，决议将其一家凌迟，上奏康熙帝，康熙认为凌迟太残忍，改为斩立决，儿孙全部斩首。李力远则辩称：根本不知道自己家的家教老师是明朝皇子，自己曾当过县令，深受清朝的大恩，退万步言，就算是自己不顾念恩情，也害怕刑罚，如果遇到叛变头目一定会报告官府，更何况是如果要藏匿犯人，怎么可能公然让他留在家中，而不将他藏匿于深山野岭呢？如此可见，他是无辜的。朝廷认为李力远不可能不知情，但是从轻发落，将其一家「流放三千里」，发配到伯都讷。另外与朱三太子案有关的一百多人等，一律流放