了赤鱲角岛上的文物，英皇御准香港赛马会拨款资助香港考古学会在岛上考古调查及发掘。行动于1990年展开，历时16个月。首要任务就在该岛上进行全面性调查，纪录旧坟墓和旧建筑物，并且找出原来的耕作模式。考古人员在深湾村、虎地湾及虾螺湾等多处考古遗址出土很多新石器时代中期至青铜器时代的陶器。在赤鱲角亚妈湾一座约于1833年建成的天后庙于1990年被拆件，迁至东涌黄龙坑重组。另外，岛上独有的卢文氏树蛙也在兴建机场前被送往南丫岛栖息。
开幕.新机场原定在1998年4月启用，不过，由于公共交通未