法院随西安铁路局的撤销而被撤销，下辖的西安铁路运输法院、安康铁路运输法院、宝鸡铁路运输法院划归郑州铁路运输中级法院管理。1987年，宝鸡铁路运输法院改为法庭。2006年9月9日，西安铁路运输中级法院再次挂牌成立。2012年1月20日，在西安市举行了陕西省铁路法院、检察院移交属地管理协议签字仪式。陕西省成为中华人民共和国首个同时完成了铁路法院、检察院的移交工作的省。此前，西安铁路运输中级法院的中共党建工作、经费保障、人事及劳资均由中共西安铁路局党委、西安铁路局负责。此后改为陕西省负责。