阔台时，阔端到吐蕃，当地萨迦派僧人投降，到忽必烈时，八思巴成为帝师，可汗忽必烈和皇后察必受戒，藏传佛教流行，但只限于上层贵族，下层民众仍然信仰萨满教，元朝喇嘛势力极大，但元灭亡后，藏传佛教势力消退。16世纪，俺答汗远征裕固族，中途遇到一群吐蕃商人和藏传佛教喇嘛，俺答汗提出若对方投降，便可在此传教。后出于军事需要，他的从孙切尽黄台吉首先接受，俺答汗和三世达赖喇嘛在1578年于仰华寺会面，邀请派人到蒙古传教，此后藏传佛教风靡全蒙古，蒙古人唯藏传佛教喇嘛之言是听。哲布尊丹巴唿图克图令喀尔喀举部内附，博克多汗日