大臣福康安有深交。廓尔喀侵扰后藏，将军福康安往剿匪，干隆帝命和琳督办前藏以东台站乌拉等事。再下命与鄂辉更番照料粮饷，擢升为工部尚书。和琳上疏陈贼酋拉特纳巴都尔悔罪状，朝廷下诏令福康安受降，偕和琳共同妥筹措善后。未几，授职镶白旗汉军都统。又命和琳偕同孙士毅、惠龄覈办察木多以西销算事，仍旧处理西藏事务。干隆五十八年（1793年），予云骑尉世职。干隆五十九年（1794年），授四川总督一职。干隆六十年（1795年），贵州苗石柳邓叛乱，扰正大、嗅脑、松桃，湖南苗吴半生、石三保响应其乱事，围攻永绥，干隆帝命