统治下独立之后，便宣称西撒哈拉地区的主权。1957年，伊夫尼战争期间，摩洛哥解放军几乎占领了西属撒哈拉以北的伊夫尼领土。西班牙人从附近的加那利群岛派出一支伞兵团，击退了袭击。在法国人的帮助下，西班牙很快重新建立了对伊夫尼地区的统治。1973年，波利萨里奥阵线成立，该阵线的游击队迅速发展，到1975年初，西班牙失去了对大部分领土的有效控制。1975年冬天，西班牙的独裁者佛朗哥去世。在与摩洛哥和毛里塔尼亚谈判签署《马德里协定》之后，西班牙对西撒哈拉的统治正式结束。