废水排放到城门河，禁止沙田区居民饲养禽畜，亦把区内所有乡村的污水，排放到沙田污水处理厂进行处理。政府亦把沙田泸水厂的明矾淤泥收集，加以处理，及把经污水处理厂处理的污水排放到维多利亚港。近年，政府亦在文礼阁附近兴建了一条约250米长的人工河堤，及挖掘由香港体育学院至文礼阁的一段城门河河床，以减轻该处的污染及异味情况。城门河发出臭味，是因为河道在过去被有机物（禽畜废物、住宅污水）污染，污染物沉积在河床上并分解，造成水中氧气减少。虽然城门河近年的污染问题已大为改善，但原生河床底泥中的微生物，在缺氧情况下分解有机物