施琅于康熙廿三年八月奏请加封天妃之时进行，遂主动将功劳转给施琅；又或是因为东宁天妃宫是施琅接受郑克塽投降之处，并在此立「平台纪略碑」之故。
清代发展与嘉庆大火.康熙二十三年（1683年），因施琅的奏请，康熙帝晋封天妃为天后，并要礼部派员来台祭祀，天妃宫因而变为天后宫。康熙五十九年（1720年），翰林海宝、徐葆光出使琉球归来，为感谢妈祖保佑而上奏，使得天后宫被纳入春秋祀典，自此改称「大天后宫」，民间又有俗称为「大妈祖庙」。康熙六十年（1721年）发生朱一贵事件，有说法认为朱一贵攻陷台