广州时期.1913年，孙中山发动二次革命，但遭到失败。此后，革命党人纷纷逃往日本。1915年10月，孙中山与宋庆龄在日本结婚时，朱卓文曾经协助筹办婚礼。朱卓文还曾任中华革命军广东全权筹备委员。1917年，孙中山在广州成立护法军政府。自此，孙中山以广州为基地，继续开展革命活动。在广州期间，朱卓文历任大元帅府航空局局长、广东兵工厂厂长、中央直辖讨贼军司令、香山县县长、广东省审计局局长等职务。1920年11月29日，孙中山再次南下广州整顿军政，建立航空局，任命朱卓文为航空局局长，