1914年（民国三年）2月，商震被陆建章任命为河南省仓库总办。同年，陆建章赴陕西省镇压白朗镇压，商震随行，被任命为陕北卫戌司令部参谋长。翌年3月，升任陕西省第1旅旅长兼陕北卫戌司令。1916年（民国五年）6月，护国战争中，袁世凯方面的陆建章失势，商震投山西督军阎钖山，被任命为团长。
在晋系中崛起.1917年（民国六年）7月，商震因参与镇压张勋复辟有功，升任晋军第4混成旅旅长。同时期，段祺瑞实行援湘（讨伐湖南），商震奉派前往，全旅覆灭。回到山西后，商震任兵工厂主管，表现优秀，为晋军