裳开始担任福州基督教青年会会长。
中华民国创建.宣统三年（1911年），黄乃裳担任英华、福音、培元三校教务长。2月，在福州主办《左海公道报》。福州光复前夕的3月18日晚，他将学生集合于自己家中编为炸弹队。3月19日福州光复，同孙道仁一起率桥南社党部入城安民并组织临时军政府，黄乃裳任政务院副院长兼交通司司长。为解决临时政府的财政困境，他以个人名义电请南洋华侨捐款。
辞去公职.在任上，黄乃裳致力于振兴教育和实业，积极吸引侨商投资。因劳累过度，1912年以病辞职