总统陈水扁访问印尼。2006年10月，印尼前总统哈比比预定抵台出席「亚太商工总会40週年庆祝大会暨21届大会」，但在中华人民共和国的施压下取消行程。2013年5月9日，在广大兴28号事件中，虽然中华民国与印尼没有正式的外交关系，但印尼官方支持中华民国政府向国际法庭申诉。2020年4月14日，对于2019冠状病毒病疫情在全球扩散，中华民国外交部宣布第2波国际援助行动，其中捐赠160万片口罩给印尼在内的8个新南向政策国家。
代表机构.1971年6月1日，印尼于中华民国首都设