欧洲冠军联赛的小组赛阶段抽签在8月30日举行，拜仁被抽中与巴伦西亚、里尔和鲍里索夫同组。
九月.9月2日对阵斯图加特的德甲是九月的首场比赛，拜仁以6比1大胜。入球分别来自穆勒、托尼·克罗斯、路易斯·古斯塔沃、曼朱基齐和巴斯蒂安·施魏因斯泰格。其中穆勒梅开二度，zh-hans:马丁·哈尼克;zh-hk:马田·夏历;zh-tw:马丁·哈尼克;则射入斯图加特的唯一入球。拜仁以两连胜继续排名积分榜首。面对美因茨05的比赛在9月15日进行，拜仁以3比1获胜。曼祖基奇、施魏因斯泰格和克