朝廷沿用旧制保留卫所制度。但为了削弱华南沿海居民与郑成功等抗清势力的联系，朝廷先后于顺治十三年（1656年）与顺治十八年（1661年）颁布了禁海令与迁界令 ，致使康熙三年（1664年）碣石镇总兵苏利抵制朝廷强迫居民内迁政策，举兵叛乱，但不久后便被平南王尚可喜剿灭，而碣石卫城也随之败废。后朝廷思虑碣石为广东东西分洋界点，作为惠州府、潮州府的门户，其海防地位居重，战略地位无可替代，遂于康熙八年（1669年）又派遣总兵一员重置碣石卫，复建碣石卫城。到雍正七年（1729年）朝廷因卫城规模扩大军民杂处难以节制，设立惠