98 SE的核心部分比Windows 98多出支援影音流媒体的接收能力以及5.1声道的支援。
市场反应.由于Windows 98是一个16位和32位的混合操作系统以及基于Windows 9x内核，它运行中仍然容易出现问题，例如蓝屏死机发生机率过高。Windows 98被人批评为没有足够的革新，第二版被批评不能在第一版的基础上自由升级，但这仅限于OEM版的98SE，只要是98SE正式销售版，依然可以从98第一版上进行直接升级。Windows 98的后续产品是Windows M