12日，蒋特派西北行辕主任张治中为西北军政长官公署军政长官，冯治安、刘汝明、杜聿明为徐州剿匪总司令部副总司令。下半年，中国国民党在军事、政治及经济上遭受严重打击。
新疆亲共.1944年，在苏联指使下，新疆发生“三区革命”，东突厥斯坦共和国成立。张治中奉国民政府之令前往新疆谈判，在谈判中，张治中同意新疆维族自治，选举新疆省参议会。在国民政府的诚意之下，新疆独立运动人士放弃原先主张，接受国府条件，推选自己的地方议会，施行地方自治。与中国共产党谈判同时，张治中亦负责谈判统一新疆的工作