国政府为了解决中央与地方行政区的过度重叠而通过了省虚级化（冻省）。1999年，李登辉总统接受德国之声採访时提出了特殊的国与国关系，表示中华民国（R.O.C.）与中华人民共和国（P.R.C.）在实际上为两个对等的国家。两岸关系更加紧张。1999年9月21日南投地区发生芮氏规模达7.3的大地震，此为20世纪下半叶台湾伤亡损失最大的天灾，被称作「九二一大地震」，后定此日为「国家防灾日」。21世纪伊始，2000年3月18日，由民主进步党提名的陈水扁、吕秀莲当选第10任正副总统，写下首次政党轮替的新页。于2001