治入关后，以驻防八旗留守盛京。康熙至干隆年间，东北地区逐渐形成三个相当于行省的将军辖区：盛京、吉林、黑龙江。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。副都统下有总管统领各旗。在汉人聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。居于黑龙江、嫩江中上游的巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、锡伯等族，编入八旗，由布特哈总管、唿伦贝尔总管管辖。黑龙江、乌苏里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。1858年，清俄签订不平等条约《瑷珲条约》，清国被迫割让黑龙江以北国