宫前国小就读，又因二次世界大战动盪，再度回到台湾并于屏东中学完成中学的学业。父亲洪约白先生一生行医救人，洪启仁跟随父亲的脚步，于1949年考上国立台湾大学医学系。之后于林天祐教授的栽培下，致力于心脏外科的手术与研究。1963年至1965年间至美国哥伦比亚大学医学研究中心研究，跟随韩福瑞（George Humphreys）教授及玛姆（James Malm）教授学习，进一步汲取美国心脏外科的技术，对其个人及台湾心脏外科的发展影响深远。1973年至1992年任职国立台湾大学医学院外科教授，此期间积极深耕心