除了日常用具外，十三行遗址也出土很多玛瑙珠、玻璃手镯、玻璃耳玦、玻璃珠，以及其他质料的珠子。现址还发现金饰、鎏金青铜碗、银管饰物、金刀柄、铜碗、银铃、金币等罕见遗物。由于这些器物或者来自台湾其他的族群、或者来自南洋、或者来自早期中国移民，因此可能是与外界贸易交换所得来的。由此推断，十三行在当时是台湾岛内外重要交易地点，与外地的联系相当频繁。
墓葬相关人骨及器物.十三行遗址还出土了大批和墓葬相关的人骨及器物。依出土的姿势与方向，人骨的姿式可分为九大类型，而其中最值得讨论的便是屈肢葬。