年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，郡内各地曾先后分属兵库县、生野县、赤穗县、尼崎县、安志县管辖，直到1871年才全数整併为姬路县的辖区，1876年再次整併到兵库县内。1879年实施，赤穗郡正式的成为近代的行政区划，郡役所设于加里屋町（位于现在的赤穗市）。