9年左右发生的瘟疫，可能摧毁了那里的许多基督徒社群，以及丝绸之路的经济优势几乎完全掌握在穆斯林手中。此外，西班牙驻帖木尔帝国的大使克拉维约于1404年在撒马尔罕提到了景教基督徒、叙利亚东方正统教会基督徒，亚美尼亚基督徒和希腊基督徒。然而，在帖木尔的孙子乌鲁伯格（1409-1449）统治期间，基督徒因被迫害而完全消失于乌兹别科斯坦。基督宗教在1867年俄罗斯征服之后重新回到了这个地区，那时在大城市建了东正教会的教堂，为俄罗斯裔和欧裔的居民和军官提供宗教服务。现在乌兹别克斯坦大多数基督徒都是属于正教会的俄罗斯裔