李自成攻入北京，北京沦陷，崇祯皇帝自尽。明安宗立于南京，擢宸荃西道监察御史。在苏松兵备佥事任上，南京沦陷，安宗被俘，苏松所属各镇先后失守。沈宸荃同江上佥事冯元，迎鲁王朱以海监国于绍兴。擢右佥都御史督师，进兵部左侍郎兼副都御史。南明永历元年（清顺治四年，1647年），宸荃克复福州所属各县，欲挥师攻福州，遭郑彩阻。永历二年（清顺治五年，1648年），进南明东阁大学士兼兵部尚书，加太子太保。永历三年（清顺治六年，1649年），清军克闽，宸荃迁师舟山。永历五年（清顺治八年，1651年），清军集大兵分三路