02年，任重庆市委常委、万州区委书记。2007年，升任重庆市副市长、重庆市政府党组成员。2008年起，任重庆市政府党组副书记。2011年起，兼任重庆行政学院院长。2013年4月，马正其调任国家工商行政管理总局党组成员、副局长。2018年1月，当选第十三届全国政协委员。2018年3月，任新组建的国家市场监督管理总局副局长。2019年5月，国务院免去马正其的国家市场监督管理总局副局长职务。
遭举报事件.2013年7月29日，《新快报》记者刘虎通过其在新浪微博实名认证的账号实名举报国家工