哥斯达黎加的其它两个国际机场中只有位于瓜纳卡斯特省的利韦利亚机场有重要航空公司飞行。目前胡安·圣玛丽亚国际机场年吞吐量为410万旅客，是继巴拿马的托库门机场后中美洲第二繁忙的机场。大型飞机可以在机场的主跑道上起飞降落，目前空中客车A330、A340和波音747和767的客机和货机在这里均有起降。1999年空展的时候一架协和飞机也曾经在这里降落。机场的主要航空公司是塔卡国际航空及其国内航空分公司。机场上还有一个小停机厅，里面有在哥斯达黎加进行试验的飞机，比如高空飞机。哥斯达黎加政府向所有旅客征收26美