母弟，其父查理五世的私生子奥地利的唐胡安被任命为同盟舰队司令。1571年8月14日，被教宗祝福的神圣同盟舰队旗帜到达了那不勒斯王国（当时受西班牙国王统治），在当地的圣嘉勒圣殿，旗帜被隆重地授予给唐胡安。7月至8月间，同盟舰队陆续抵达事先约定的舰队集结地墨西拿，唐胡安于8月23日抵达该地。9月10日，同盟舰队经作战会议决定出发寻找敌舰。16日同盟舰队出发，横越亚得里亚海后沿着海岸缓慢航行。尽管天气恶劣，但同盟舰队继续向南。在此期间舰队中的部分西班牙士兵和威尼斯军人曾发生严重冲突。同时，土耳其舰队也被派出行