军撤出长江，另有大量海军官兵因与中央政府长期不和，而脱离中华民国海军加入中国人民解放军海军。1949年5月，海军总司令部撤退到台湾，6月起，行政院命令海军开始执行关闭政策，封锁中国领海。1950年中华民国政府撤往台北后，海军舰队在多次海战失利下也分别由舟山群岛、海南岛撤退，以集中主力防卫台湾。1948年至1949年中华民国政府所辖舰队及各辖舰单位如下（各军区除外）：
台湾时期.1950年2月，中华民国政府将关闭政策下的封锁海域扩大至中国大陆的全部沿海地带，封锁台湾海崃长达三十年