央政府总预算编制作业手册》之年度《用途别预算科目分类定义及计列标准表》（例如：2006年1月适用之《民国九十五年度用途别预算科目分类定义及计列标准表》）与中华民国行政院主计处审核编制的《支出标准及审核作业手册》。2006年11月，中华民国台北市市长马英九因特别费支出争议，遭台湾检察机构侦讯并起诉。对此，台北市政府主计单位仅称有一名承办科员余文涉有「行政疏忽」。而判决余文有罪的作法也打击司法系统的公信力。
遵循.特别费是中华民国政府会计相当特殊的费用科目，其法源依据涉及多项会计法