开始被拆除，2004年7月《新京报》曾就于谦祠等旧京古迹的现状做出详细报道，并由此引发关于危房改造和旧城保护的大讨论，但《新京报》因此受到北京市文物局的强烈抨击，该局局长指责《新京报》的报道是不负责任的恶意炒做，并调动北京人民广播电台、北京电视台、《北京青年报》《北京晨报》等官方背景的媒体对《新京报》进行了不点名的批评，迫于外界压力，新京报不久即将所有相关报道从网站上撤下。目前于谦祠尚未被拆除，但其前景令人担忧。有文化学者指出即便于谦祠能够幸免于拆除的命运，这种破坏文物建筑周边环境的盆景式保护也是不可取的。