立医局委员会委员，1911年起出任西环公立医局董事会主席，嗣后又兼任华人公立医局委员会副主席。在西环公立医局董事会主席任内，曹善允对港岛西区的医疗服务作出重要贡献。在1915年，西区爆发天花疫潮，为免疫潮蔓延，曹善允即推动种痘运动，敦促港府尽早为华人接种牛痘。期间，他暂时放下家庭和工作，协助政府全力唿吁民众种痘，又挨家挨户向民众解释种痘的重要性，一时之间，接种人数高达36万人。为防患未然，曹善允在1916年第二度参与主持种痘工作，疫潮方暂告熄灭。香港此后二十年，天花患者数量持续下降，与曹善允推动的种痘运动不