南翔站的站厅位于高架站房的二层。站厅设有东西两个非付费区与两个出入口相连，非付费区内设有售票、充值和服务台。付费区位于站厅中部。
站台.南翔站的站台位于高架三层。设有一座侧式站台和一座岛式站台。侧式站台位于最北侧，供往花桥、嘉定新城方向列车使用；岛式站台位于南侧，其中3号站台供11号线往迪士尼方向列车使用。
车站出口.南翔站设有两个出入口，均位于站房南侧。注： 设有无障碍电梯
接驳交通.
公交.562、