后来通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。内厂设置于武宗时期，首领为宦官刘瑾，刘瑾伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。
六部.明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书、侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以礼部（主管教育，负责领导儒家学术，以及祭