未有定论。
污染水质.蓝菌和藻类皆会产生有腥臭味的“藻华”（又称水华）现象，最大危害是令饮用水源受到威胁，毒素影响人类健康。亦会盖住池水令鱼类缺氧死亡。
螺旋藻、螺旋菌.螺旋藻同属于蓝菌门，最初是由非洲乍得居民当作食物，虽然现时也是一种流行的商业保健食品，但螺旋藻的健康及治疗效用一直备受质疑。很多赞成的主张都是着重螺旋藻包含的个别养份，如γ-亚麻酸（GLA）、不同的抗氧化剂等，而不是着重直接食用螺旋藻。螺旋藻含有的所有营养如维生素，全部均可以在一般正常食物