麻豆社做杀鸡儆猴。目加熘湾社遭攻击后麻豆社求和。1635年9月开始，麻豆社遭遇天花袭击，损失约200名至300名战士。11月普特曼斯联合新港、萧壠社发起麻豆社之役，麻豆社26人死亡、遭放火烧为灰烬。麻豆社向荷方表示归顺，12月双方签订《麻豆协约》。荷兰人为经营当地的蔴荳社原住民，曾在麻豆设「教会大学」。于1637年4月兴建学校及建筑教员住宅。到1638年2月，除35呎教会场和181呎校舍外，还有教员舍数间。当时信基督教者已达二千人。
郑氏到清治时期.1661年4月，郑成功登陆