河道总督张鹏翮推荐，授江南山阳县知县，参与河工。迁海州直隶州知州、擢江宁府知府。陈鹏年为官清廉，被民众称为陈青天。四十四年（1705年）被两江总督阿山弹劾，但由于南京市民的抗议和商店罢市而平安无事。康熙四十五年自江宁入馆纂《御选宋金元明四朝诗选》，认识顾嗣立，日后交往甚密。康熙六十年（1721年）任河道总督，六十一年（1722年）兼任漕运总督。雍正元年正月“朔有五日”卒于武陟河道总督任上。着有《道荣堂文集》。卒谥恪勤，入祀河南、江宁名宦祠。《清史稿》有传。