顺治五年（1648年）十二月，多尔衮召孔有德、耿仲明、尚可喜从辽东入燕京。顺治六年（1649年）改封靖南王，与吴三桂、尚可喜合称清初三藩，清刑部查获耿仲明属下魏国贤私自收匿逃人，十一月二十七日，在南下征广州途中，畏罪自缢于江西吉安，其子耿继茂袭靖南王，移镇福建。