999年时参与921大地震救灾中华民国政府调租民间车辆工程重机械行动救灾有功，获颁军种奖章乙座。李铭藤在2006年担任国防部后备司令部参谋长时晋升中将，再升任国防部后备司令部副司令，于后备司令部「上将」司令降编「中将」替换时期，在2008年6月1日接替余连发上将司令而代理司令有四个月时间，稳定了军心，再于2008年9月30日交任于陈良濬中将司令。2008年进修毕业于国立台湾大学政治系硕士班，硕士论文为：「中华民国战争动员体制之政经分析,1912-2008」。李铭藤于2010年国防部后备司令部副司令职