张江校区东门外设有轨道交通13号线中科路站。在校园东北角，开设有上海张江海科，与会议中心共用建筑。
徐汇校区.徐汇校区地处徐家汇商圈附近，乘坐轨道交通7号线、9号线至肇家浜路站，步行10分钟左右可达。校区所有教学、办公设施均在上海市徐汇区岳阳路319号中国科学院上海分院园区内的8号楼，该处为中科院上海药物研究所的原址。
过渡校区.过渡校区的地址为海科路100号，为上海科技大学向中国科学院上海高等研究院租借，与主校区相通。过渡校区内曾按大学需求分设行政楼