于五奉行中另外两名弹劾家康的前田玄以和增田长盛为家康内应，前者保留原有领地，后者则被没收领地。立花宗茂要求毛利辉元在大坂反击，但辉元最终离大坂城而去。德川家康在辉元离开后进入大坂城。其中三名有重要影响力的人物被捕：石田三成在伊吹山被田中吉政队所捕、小西行长在较早前向农民自首后被竹中重门队所捕获，还有逃到京都的安国寺惠琼同样被奥平信昌拘捕。三人在10月1日（儒略历11月6日）六条河原被斩首示众。随即，三人的头颅在三条河原地区巡游示众。9月27日家康进入大坂城后，指派井伊直政、本多忠胜、榊原康政、本多正