立宪派实现和解，发表《哀告全川叔伯兄弟书》，以阻止端方入成都。周善培令朋友吴壁华劝说赵尔丰让位，后来又亲自在立宪派和赵尔丰间调停。赵尔丰最终交权。新任四川都督蒲殿俊却未能控制局面，不到一星期，成都便发生兵变。周善培和母亲于当天夜间逃离成都。第二天，尹昌衡出任四川都督，罗纶任副都督。赵尔丰被杀之后，周善培成为重点捕杀对象，保路同志军多次赴其寓所进行搜捕，并在四川省各处张贴通缉令。周善培在乡间的朋友处躲藏。直到1912年成都、重庆的军政府合并，民政长张培爵商请同志军郭书池部护送周善培离开四川。抵达上海后