热带季风气候，年平均气温19.6℃，夏季平均28℃，降水量1392.5毫米，蒸发量1413.7毫米。岛上分布玉兰、龙眼、荔枝等经济阔叶林。南台岛的绿地率为35.79%，人均绿地率为108.47㎡/人，人均公共绿地为35㎡。南台岛东侧的三江口是重要的湿地、滩涂保护区，且为鸟类重要的繁殖地，但遭到周边的工程建设与部分村民的破坏。此外，南台岛上的橘园洲、尤溪洲等地由于房地产开发，填埋大片湿地滩涂，鸟类明显减少。岛上东片区内河由于自身来水量小、河网水动力缺乏、水流运动规律复杂、自净能力差、污染物无法及时地排