所有通勤铁路列车在工作日期间在此站停靠，而在周末时刻表相对固定时，所有列车都会停靠。2012年1月，马萨诸塞湾交通局提出想要恢复第二条轨道，以便所有列车停靠。肯尼迪博物馆/马萨诸塞大学站是规划中的一个车站。城市环项目是马萨诸塞湾交通局提议的一个巴士快速交通系统（BRT），旨在将现有辐状地铁线连在一起，减小市中心车站的换乘压力。最近的规划中，肯尼迪博物馆站将为快捷公交提供换乘。然而由于资金短缺，城市环项目被搁置。2012年至2013年期间，为应对周边日益严峻的犯罪问题，车站在原有12个摄像头的基础上，