6月沃克自行选举宣称为总统并获美国承认，但此举却激怒了两派并引起邻国的强烈干涉，最终在宏都拉斯和其他中美洲国家的联合下，在1857年成功将沃克赶出了尼加拉瓜，沃克于1860年在宏都拉斯被处死。驱逐沃克势力后，保守党和自由党达成和解，并协调以格拉纳达和莱昂之间的马拿瓜作为首都，其后保守党执政达30年。1893年后，转由何塞·桑托斯·塞拉亚领导的自由党取得执政，次年塞拉亚结束了与英国在大西洋沿岸的长期争端，重新将蚊子海岸併入至尼加拉瓜。然而这段时间军事独裁与革命层出不穷，美国曾介入干预，最终于1912年军事