侯把持国政建立第一个武家政权，在往后的源平合战中，源义仲被位以「朝日将军」，惟不久后就被源义经所杀。
鎌仓时代.在十一世纪早期，受将军保护的大名控制了日本的内政事务。其中清和源氏和伊势平氏为两个最有势力的家族，为了控制已经衰弱的京都朝廷，两家争斗不断。在1160到底部1185年间，伊势平氏控制了局面。平清盛殁后，平氏最终在坛之浦之战败于源氏，政权瓦解。源頼朝消灭奥州藤原氏后，从京都贵族和中央政府中取得政权受册封为征夷大将军。在镰仓建立了日本史上第一个以幕府将军为首的封建武家政权鎌仓