巢崑源，字鸣则，南直隶常州府武进县人，明朝官员。赐特用进士出身。崇祯六年中举人，任吏部司务厅司务，十三年以乙榜举人赐特用，十五年登进士。历官九江总督监军佥事、转饶南参议、九江参议。