四足动物进化的早期阶段，内部鳃系统就已经完全消失了。
软骨鱼.鲨鱼和新鳐目通常有五个鳃裂，直接与体外联通，一些更原始的鲨鱼则有六到七对。相邻的鳃裂由软骨鳃弓上长出的页装隔膜分割开来。单独的鳃薄片位于隔膜两侧，鳃弓基部可能也支撑着鳃耙，用以过泸水。喷水孔位于第一对鳃裂的后部，它们还有假鳃。 喷水孔可能与高等嵴椎动物的耳孔是同源的。大部份鲨鱼依靠“冲撞换气”，即通过不断迅速游动强迫水从腮部流过。一些底栖或者游速缓慢的软骨鱼，例如新鳐目的一些鱼类，有更大的喷水孔，它们通过喷水孔来