1998年依分子学研究而建立的被子植物APG分类法将本科列为独立的科，并在随后的2003年APG II、2009年APG III与2016年APG IV中获得确认。现在已知川苔草科（）是现存植物中与本科关系最密切的旁系群，其次为胡桐科（），然后才是泽茶科（）与藤黄科 。本科大致上可分为3族：