2014年，吕学樟借考察中央研究院之机会，对参与太阳花运动的副研究员黄国昌实行政治检查，引发网路广泛讨论。外界质疑，司委会考察中研院是针对黄国昌个人，而其为太阳花运动成员并参与决策；同时，外界亦担忧此行为会造成中研院寒蝉效应。吕学樟表示，黄国昌虽已违反行政中立原则，「但他只是个副研究员，没那么伟大」，中研院是直属总统府单位，研究员却频频向总统呛声，非常不得宜，所以不是只针对他个人。
新竹米粉事件.2013年初上下游揭露市面上9成米粉，大量使用玉米淀粉，含米量不到一半，卫生福利部食品