1403年（应永10年），被任命为丰前守护。自此至16世纪中期，北九州一带被划入大内氏的势力范围。1551年（天文20年），大内氏遭到家臣陶晴贤谋反，实权被陶晴贤所夺。此后大友义镇趁机攻入曾是大内氏领地的丰前和筑前地区，成为九州最大的势力。1587年（天正15年），丰臣秀吉在平定九州之后将小仓六万石封给毛利胜信。关原之战之后，细川忠兴成为新的北九州一带的统治者。他在1602年（庆长7年）修筑小仓城，开启了小仓城下町的历史。1632年（寛永9年），小仓藩第二代藩主细川忠利被转封到熊本，小笠原忠真成为新的小仓