亦种类繁多，包括超过230种蝴蝶、110种蜻蜓，当中也有香港独有的品种。至于水生动物方面，香港水域拥有最少150种具有渔业价值的海洋生物，而由于香港地理位置关系，主要品种属热带，但海流及季候风亦会带来温带品种。香港水域最为常见的鱼类是鲱鱼类（'）、黄花鱼（'）和鲷鱼（'）等。另外，东部水域由于不受以西北的珠江水流影响，珊瑚以及甲壳类物种较多，全港水域共有84个石珊瑚（'）品种。海洋哺乳类动物则以定居于香港的中华白海豚及江豚最为知名，一年四季都能在香港水域见到其踪影。据渔护署统计，香港及珠江口水域至少有1