初期以1944年伊宁事变爆发为开始标志，由苏联并直接插手，形成了苏联领导的、由泛突厥主义者、泛伊斯兰主义者和共产主义者组成的反国民政府的“大杂烩”，领导权控制在伊斯兰教上层人士手中，还成立了“东突厥斯坦共和国临时政府”。中期通过1945年至1946年与国民政府和谈，在1946年成立了由“三区”方面、新疆“七区”（国民政府统治区）、国民政府这三个方面人士联合组成的新疆省联合政府，“东突厥斯坦共和国临时政府”则被解散，改组为伊犁专区参议会，同时，1946年，主张新疆留在中国版图的共产主义者掌握了领导权，取代了原