都城建康，刘道规于是派了王镇之与檀道济及到彦之率军东下，入援建康。当时王镇之自以没有做将帅的经验而推辞，但道规不听。镇之走到去寻阳时遇到后秦派往支持卢循的将领苟林，被他击败。王镇之因此败而白衣领职，不久才恢复原职，后来还因参与讨伐而封华容县五等男。后又历廷尉及修整穆章皇后何法倪山陵的将作大匠。后再转御史中丞，任内秉正不挠，百官都怕被他弹劾。王镇之后来又出任使持节、都督交广二州诸军事、建威将军、平越中郎将、广州刺史。当政的刘裕对王镇之相当有期望，认为他一定可以治理好岭南地区。镇之任内不受俸禄，也没有为自己