别由中华民国交通部航港局负责管理商港（分为国际商港、国内商港），中华民国经济部工业局负责管理工业专用港，行政院农业委员会渔业署负责管理渔港。军港则由中华民国海军管理，称为「海军基地」，惟陆军后勤指挥部亦有部分单位进驻以利后勤补给。商港均为公营，主要由台湾港务公司负责营运，金马地区则由中华民国交通部委託当地政府来经营。
商港.台湾四面环海，在17世纪汉人移民进入、与西方列强东来后，开始有了港口的发展，也是当时台湾对外的唯一交通管道。至1860年，清廷根据中英、中法天津条约开放台南（安