1919年前后，随着台东线花莲至璞石阁路段启用，扫叭隧道也开始通车。因隧道两端引道坡度超过千分之20不利列车行驶，再加上隧道内部漏水老化问题无法解决，当局决定在台东线拓宽时新建自强一号与自强二号隧道取而代之。后来，因自强隧道工程进度延迟，台湾铁路管理局花莲管理处决定利用扫叭隧道进行降道工程并铺设轨距1,067mm轨道供列车行驶暂用。1984年12月28日，路线切换完成，扫叭隧道随之废弃至今。