却在翌年被移封至常陆，而佐竹氏的佐竹义宣则转封至秋田，成为久保田藩首任藩主。然而，由于佐竹氏原本是领有54万石的大名，是安东氏的约10倍，因此凑城对于佐竹氏来说太过细小，能够扩建的部分亦不多。最终义宣在庆长9年（1604年），移师至于久保田神明山新建的久保田城，并且废弃凑城。元和6年（1620年），在城址的5遴址建成。由于凑城原本是平城，在城池被废弃后信残余的土地成为当地居民的屋敷，建立土崎凑在江户时代繁荣的基础。
交通.沿JR奥羽本线于土崎站下车，徒步约3分钟便可到达于凑城遗址兴