家臣的奔走下得以摆脱嫌疑。
关原之战及幕府藩主.在丰臣秀吉病死后，细川忠兴开始与德川家康接近，并将三男忠利送往江户城成为人质，因此除丹后12万石的领地外，又被德川家康加封于丰后国杵筑城6万石。曾与丰臣家的武断派诸侯（加藤清正、福岛正则、加藤嘉明、浅野幸长、池田辉政、黑田长政等人）一同参与袭击石田三成的计画。关原之战前夕，在石田三成拘捕诸侯家人人质的行动下，正室玉子宁死不屈而由家臣协助杀害自己，使得细川忠兴心无挂念参与了东军。在战役中细川忠兴抵挡石田三成部属岛左近的部队，战后被家康分