败革命派的熊克武。9月，任重庆镇守使，第4师的番号改为第2师。1915年（民国4年），任川南清乡总司令，驻泸州。同年12月，护国战争爆发，刘存厚支持护国军。1916年（民国5年）1月31日，自称护国川军总司令，发布讨伐袁世凯宣言。他支援了进攻四川省的蔡锷护国军第1军，最终使四川将军陈宧宣布独立。同年6月袁世凯死后，刘存厚再度就任川军第2师师长。8月，经四川督军蔡锷推荐，刘存厚任川军第1军军长。9月，蔡锷因病离职，滇军的罗佩金任四川督军，黔军的戴戡任四川省长。以后，刘存厚为夺取四川省的统治权而同这两人