行“三块牌子一个机构”。和上海市第三中级人民法院、上海知识产权法院同日成立的还有上海市人民检察院第三分院。自2015年1月1日起，上海市第三中级人民法院、上海知识产权法院正式受理案件。
管辖.本法院司法管辖原上海铁路局（中国铁路上海局集团）管区（除南京铁路运输检察院管辖区域外）的铁路运输案件。自2013年9月26日起，本法院还受理对上海铁路运输法院依法受理的“上海市轨道交通运营区域内发生的民事一审案件、上海市公安局交警高架支队管辖区域内发生的道路交通事故引起的人身、财产损害赔偿一审