也置之不理。四川防守堪忧。崇祯十六年十二月，朝议以其不称职，命龙文光代之。崇祯十七年（1644年）四月，北京发生甲申之变，大顺李自成入城，崇祯帝自杀。陈士奇本已卸任，闻讯道：「必报国雠。」于是留驻重庆，抗击张献忠。二十日，城破，陈士奇与副使陈、知府王行俭、知县王钖均被执。士奇大骂。敌兵将其缚于教场，方要处决，忽然雷雨大作，咫尺不见。张献忠仰天道：「我杀人，何与天事！」用大砲向天轰击。不久，天气转晴，于是继续行刑。士奇骂不绝口而死。《明史》有传。
身后.重庆曾有祭祀陈士奇、王行俭