首尔地铁公社仅对1号线、2号线、3号线、4号线进行运营。
5号线运营归属权问题.由于5号线即将开通运营，故曾引起了放大的争论，在1993年11月开始举办了听证会，直至1994年3月，才正式允许独立组建的首尔特别市都市铁道公社对5号线进行管理。
开通.1995年11月15日5号线往十里-上一洞段开通，一山线则在1996年12月30日开通。1997年，7号线长岩-建大入口段开通，8号线蚕室-牡丹段开通。然而1997年亚洲金融风暴的爆发，使得韩国政府开始依赖国际