学院则专门培养赴安南、东南半岛以及朝鲜半岛的传教士。1723年，中国礼仪之争激烈化，清朝雍正皇帝即位后颁佈禁教措施，下令：严惩不愿放弃信奉天主教的中国人；限西洋传教士在半年内离境并逐往澳门；充公及关闭全国300多座教堂，将300多传教士逐往广州后遣返欧洲。中方又命令澳门拆毁当地的华人教堂「唐人庙」，将潜逃到澳门的中国教徒交还，以及必须全数送回遣到澳门的传教士回欧洲。中方的举动让澳门全城上下大为紧张，为免中国当局关闭关闸大门切断物资供应，圣若瑟修院提议澳葡当局提前储存米粮，让圣若瑟修院一度充作一座用以储存