选人蔡英文任命的「政权交接小组」召集人之一，后亦被蔡英文总统聘任为行政院长、进行组阁；林内阁定位为「财经内阁」、「改革内阁」，力拚台湾经济发展、产业升级。2017年9月4日，行政院证实林全以完成阶段性任务为由请辞行政院长获准，7日内阁总辞，8日由赖清德内阁接替林全内阁。
组阁过程.2016年1月16日，蔡英文当选总统之后，即开始进行组阁行动。关于行政院长的人选曾有央行总裁彭淮南、前财政部长及主计长林全、亲民党主席宋楚瑜等传闻。时任总统马英九曾希望蔡英文让新内阁于2月1日提前上任