3年明郑灭亡，经施琅力陈，次年（1684年）4月正式设立台湾府，隶属于福建省，并将明郑时期承天府、天兴州、万年州的行政区域略加调整，改为诸罗县、台湾县、凤山县三县。而诸罗县承继了原天兴州的善化里、新化里、永定里、开化里等四里。诸罗县得名于平埔原住民洪雅族的诸罗山社（Tirosen），诸罗知县署设于开化里佳里兴（今台南市佳里区境内），辖区东至大龟佛山，西至大海，南至新港溪与台湾县交界，北至鸡笼城。1704年（康熙43年），县治自佳里兴迁移诸罗山，即今嘉义市。1721年4月爆发朱一贵事件，事件平息后