南车站由鹿儿岛分社管辖。曾经在延冈方向设有折返列车班次。在2018年3月17日时间表修正后，只有上行2班，下行1班。此站是在宫崎县最东和最北方的车站。
车站构造.车站是一座地面车站，设有1面1线的单式月台和1面2线的岛式月台，合共设有2面3线的月台。。各月台之间设有跨线桥连接。车站为无人车站，没有设置车站大楼。在2003年（平成15年）曾设有车站大楼，以及木造厕所。另外，车站内设有简单的进站广播。
使用状况.以下为近年1日平均乘车人次Sec