并没有按照冶金实验室原先设计的只在一个圆周上铺设1500个导热管，而是在角落有添加了504个导热管。科学家原先认为这是过度施工，但费米却发现正是由于这一点，反应堆才达到原先设计的功率水平以及钚合成效率。1944年，罗伯特·奥本海默说服费米加入他在洛斯阿拉莫斯领导执行的Y计划。这一年的9月，费米被委任为实验室的副主任，负责核物理及理论物理相关事宜。他还负责管理F部。F部下辖4个分支部门：F-1负责研制爱德华·泰勒设计的“超级”核弹；F-2负责维护“热水锅炉”反应堆；F-3由负责进行实验；F-4由安德森负责