98年，东侧别馆尽燬，仅存离屋，即今存古蹟。2002年，台大城乡所、「同安文化森林促进会」结合「城南水岸文化协会」发起保护老树与纪州庵的行动，保存过程中城乡所学生，时为公部门与民众沟通桥樑，大部分时间与社区民众共同合作，协助拟定保存行动方针，致使台北市政府于2004年宣布纪州庵为市定古蹟。从最早「同安文化森林促进会」乃至于后来的「台北城南水岸文化协会」，许多社区居民主动于假日举家出动关心社区议题。2005年邀请余光中、王文兴等文学界重量级的作家来到社区，参与「音乐与文学相遇在纪州庵」之活动，开启纪州