唐宣宗大中十一年（857年）八月，以翰林学士、朝散大夫、中书舍人、赐紫金鱼袋权知河南尹事，然后又被召回任兵部侍郎。唐懿宗咸通二年（861年）八月，判度支。
拜相.四年（863年）闰六月，曹确被授同中书门下平章事，为实质宰相，加中书侍郎、监修国史。曹确精通儒学，处事谨重，遵守法度。五年（864年）五月，兼工部尚书。八年（867年）三月，唐懿宗想任自己最喜欢的乐工李可及为威卫将军，曹确谏：“太宗定文武官六百四十三员，对房玄龄说‘朕以待天下贤士，工商杂流，应该厚给钱财，不可假以官职，与贤