岸清华大学交流合作备忘录」，交往日益热络；2009年陈文村校长再次率团访问北京清华，签定「两岸清华大学学术交流与合作备忘录」暨「两岸清华大学教师与学生交流协议」，除加强两校之师生、学术交流外，并各自提拨基金，支持两岸清华共同研究计画之进行；次年北京清华顾秉林校长率团回访新竹清华，两岸清华交流与合作更加密切。2002年，入选中华民国教育部最初7所重点研究型大学之一。2006年以来，在教育部推出的「发展国际一流大学及顶尖研究中心计画」及「迈向顶尖大学计画」清华获选为重点补助的学校，正稳健地迈向世界一流学