会在细胞核内与其他蛋白质组合成U6 snRNP，而其他snRNA则会先被运输到细胞质中，在细胞质中与其他蛋白质组成snRNPs，之后这些在细胞质中组成的snRNP会以次单位的型态进入细胞核内。而剪接作用便是在细胞核内完成。早期snRNA的发现是在自体免疫病患者血液中的自体免疫抗体所识别的物质中找出的。而实验上依着这个特性，研究人员可以以自体免疫抗体将剪接体复合物从细胞萃取液中分离出来。