己在俄亥俄州偷的车到了洛杉矶三个月后，曼森再次因触犯了联邦法律而被控告。在精神学评估后，他被判五年缓刑。由于没有出现在随后的在洛杉矶的关于一个相同的控告的听证会，他在1956年3月在印第安纳波利斯再度被拘捕。缓刑被撤销，最后他被判处3年徒刑，关押在终端岛联邦教化所。曼森入狱期间，罗莎莉生下了他们的孩子，小查尔斯·曼森。入狱的第一年中，曼森时常得到妻子和母亲的探望——她们那时住在一起。1957年3月，妻子不再来探望，他妈妈告诉他说罗莎莉和另外一个男人住在一起了。在离他预定的假释听证会不到两周时，曼森偷了一