洋大学、北京大学等学校开始谋求从北平大学体系脱离并独立建校。1929年3月31日，北平大学第二工学院遭受火灾，学校的教学大楼、图书室及水力研究室、材料试验室、地质标本室、矿石陈列室、图画讲室等均被焚毁，起火原因未能查明。灾情发生后，时任院长茅以升争取到庚子赔款进行修缮， 北洋大学各地的校友也进行了多次援助。1929年8月，北平大学第二工学院正式从国立北平大学和大学区体制中脱离并独立，但此时学校专办工科，不合综合性大学建制，因此暂定校名为国立北洋工学院。国民政府教育部出面组织了以原北洋大学校友王宠惠、陈立夫