任外长职务，70岁的钱其琛依然在朱镕基政府中，留任国务院副总理（排名第二位），并依然主导中华人民共和国外交及其他相关事务，亦主理港澳与涉台事务。1998年4月，兼任全国人民代表大会澳门特别行政区筹备委员会主任委员。2000年至2005年，还曾出任北京大学国际关系学院院长。2003年3月，75岁的钱其琛从领导岗位上退下来；后担任北京大学国际关系学院名誉院长。钱其琛退下来后着有回忆录《外交十记》，回忆了自己的外交生涯，这是退休国家领导人写回忆录的第一人，南京大学历史系一位学者说：「中国政治人物很少有公开写回