1935年，中华基督教会加入合办，校名变更为福建协和道学院。1938年，学制改成5年，招生条件仍为初中毕业生。抗日战争中，该校迁往闽北山区，胜利后仍迁回仓山。1946年福建协和道学院与福建协和大学、华南女子文理学院合作，该校改为大学程度，校名变更为福建协和神学院。1952年该校并入南京金陵协和神学院。1983年福建省基督教两会创办福建神学院。1988年福建神学院迁到乐群路新址。2007年1月25日，福建省民族与宗教事务厅经研究《关于福建神学院搬迁新址的报告》，同意福建神学院在福州市仓山区盖山镇黎升村征地