元祐元年（1086年），宋哲宗即位，高太皇太后垂帘听政，回朝任礼部郎中、中书舍人、翰林学士，元祐四年（1089年）拜龙图阁学士，曾出知杭州、颍州等，官至礼部尚书。绍圣元年（1094年），被哲宗贬谪至惠州；四年（1097年），再贬至儋州（海南岛）。元符三年（1100年），宋徽宗即位，向太后垂帘听政，下诏让苏轼北还。建中靖国元年（1101年），夏天因冷饮过度，下痢不止，又误服黄芪，结果病情恶化，“齿间出血如蚯蚓者无数”，七月二十八日于常州孙氏馆病卒，享年六十四岁。由弟苏辙归葬于郏县小峨眉山。南宋宋孝