内车站绝大部分为地下形式，其他地区车站则有部份高架。纽约地铁的特色在于同路线上会有三至四条轨道，快车（Express Service）行驶于中间轨道，左右两侧留给慢车（Local Service）使用。快车原则上只停转乘站及终点站，慢车每站皆停。BMT牙买加线于尖峰时刻时，部份路线会採取隔站停靠的方式行驶两列。（IRT百老汇－第七大道线2005年5月27日前也采用隔站停靠。）每逢深夜时分需要进行维修保养时，亦可局部封闭路轨之余无需停止服务，使纽约地铁成为全世界少数24小时全年无休的大众运输系统之一。（24