参出任广西大学教授。芦沟桥事变爆发，桂系李宗仁、白崇禧与蒋介石合作抗战，但仍然成立了广西建设研究会，以维护广西的地方利益，千家驹兼任广西建设研究会经济研究部副主任，并在此期间与中共的周恩来有过一次交谈。后来，广西大学改为国立，称“国立广西大学”，由马君武任校长。马君武在一次广西省扩大会议上公开指称：“千家驹是共产党员”。后经广西省省长黄旭初排解，才平息了这场风波。 1941年，千家驹在太平洋战争爆发前流亡香港，以卖文为生。日军占领香港后，千家驹遇险，幸获中共地下组织营救，方得脱险，经广州湾回到广西桂林。