莲地区设立了奇莱办务署，然而奇莱办务署于1898年6月即废止，并于同年10月设立花莲港出张所，此为「花莲港」名称之始。于1901年11月，花莲港出张所废止，改设置花莲港支厅。于1909年10月，台湾原有之二十厅改制为十二厅之际，台东厅下的花莲港支厅和璞石阁支厅合併成立花莲港厅，亦至此脱离台东成为独立的行政区。
行政区划.
1920年后 (支厅-街庄区).1920年（大正9年）9月1日，原花莲港厅直辖及四支厅改为花莲支厅、玉里支厅、研海支厅。原凤林支厅併入花莲