十平方公里范围内发现了十余座面积几万平方米到十几万平方米范围内的同时期小城遗址，印证了石峁遗址的中心地位。中国先秦史学会副会长沈长云结合《史记索隐》和《汉书·地理志》的记载，认为石峁遗址是属黄帝部族的地区。而另一些学者则认为，该遗址的年代过于接近传说中的夏朝，应当为五帝末期的遗址。而曾任石峁城址考古队队长的孙周勇则撰文表示，在没有获得内证性材料支持的情况下，不应对遗址作出考古之外的解释。
消失假说.有学者参考内蒙古鄂尔多斯的朱开沟遗址，认为石峁遗址和朱开沟遗址同属朱开沟文化，早期为