1年5月，在西藏工作25年之后，48岁的杨晓渡回到上海，任上海市人民政府副市长兼上海市文物管理委员会主任（1998年9月到2001年7月，在中共中央党校研究生院在职研究生班法学理论专业学习）。2006年10月，任中共上海市委常委、统战部部长，上海市社会主义学院院长、党组书记。2012年5月，任中共上海市委常委、市纪委书记。2012年11月14日，当选中国共产党第十八届中央纪律检查委员会委员。
中央纪委和国家监委.2013年10月，任进驻国土资源部巡视的中共中央纪律检查委员会第三