确定性、以及可持续发展等的议题，都为生态经济学的分析和评估带来指引。生态经济学家对主流经济学的基本做法例如成本效益分析，以及到底经济学的价值观判断可以跟学术研究分离到甚么程度等，抱着质疑的态度。生态经济学认为经济学无可避免是规范性的学问，而非实证主义（经验主义）的。尝试结合时间和公义问题的位置分析（），就被提出作为另一个选择。生态经济学包括对社会的新陈代谢作研究，亦即是对能源和资源进入及离开经济体系的流动作研究。这个学术次领域亦被称为生物物理经济学、生物经济学或热经济，同时亦跟一门名为工业共生的应用科学