有的伯克官制进行改革，“勘酌定议，官仍各存其名，各司其职。添裁陞降，定以品级，奏请赏给顶翎。各按地方大小繁简，酌给养廉，禁其横征。颁给钤印，专其职守。”使大小伯克由世袭贵族转变为地方官吏。其特点是：在天山以北的伊犁，清廷也任命了伯克管理维吾尔移民塔兰奇事务。
废止及后续影响.同治新疆回乱和阿古柏入侵摧毁了伯克制的社会基础。光绪十年（1884年），新疆建省，废除了伯克制，仅保留级别较高的阿奇木伯克、伊沙噶伯克头衔。被裁撤的伯克充当了汉地“乡绅”的角色，有人仍在州、县衙门做书吏等