经国下令组成专案小组，调查此事件，并约见孙智燊。孙智燊返回美国。1993年，陈维昭担任台湾大学校长，台大组成调查小组，对台大哲学系事件展开调查。1995年，因为警总等单位拒绝提供资料，台湾大学校务会议移请监察院进行调查。孙智燊曾短暂返回台湾，在冯沪祥的协助下，召开记者会，对于台大哲学系事件作出回应。之后又回到美国。