小于等电点时蛋白质的总电荷是正的，大于等电点时是负的。因此使用等电聚焦的技术可以在聚丙烯酰胺凝胶里根据蛋白质不同的等电点把它们分离开来。等电聚焦也是双向凝胶电泳的第一步。
计算.使用该分子的酸度系数可以计算一个只带一个胺基和一个羧基的氨基酸的等电点。