1622年），奢安之乱，安邦彦军队进围贵阳。至十二月，王三善三路进兵，以二万人破敌十万，解贵阳之围。后率军直捣大方，敌方安位偕母奢社辉逃离，安邦彦逃往织金。三善屯大方日久食尽，不得已而退师，遂于天启四年（1624年）正月，尽焚大方退军，被安邦彦追击，中军参将王建中、副总兵秦民屏战死。王三善被诈降的陈其愚故意冲击落马，欲自杀却被被俘，最后遇害。同知梁思泰、主事田景猷等四十余人皆死 。崇祯初年，赐王三善兵部尚书，世廕锦衣卫佥事。崇祯九年，赠太子少保。着《周易象注》、《四书解》、《醉石轩诗集》，皆佚。