之后，清廷获知日军已登陆台湾，且与台湾原住民之政权斯卡罗王国发生激战，因此改授沈葆桢为钦差大臣，称“钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣”，将福建所有总兵、道尹归其节制，江苏、广东沿海各口轮船准其调遣，以便与日本及各国按约交涉。沈葆桢受命后，便与福州将军文煜、闽浙总督兼署福建巡抚李鹤年联合上奏，提出联外交、储利器、储人才、通消息等四项要求，清廷均予以嘉许，并命迅速办理。6月，沈葆桢与福建布政使潘霨一同至台。沈葆桢以军备刻不容缓，台南市府城为根本之地，遂于安平兴建砲台，置放西洋巨砲以为防御（即亿载金城），