开始在海上劫掠郑氏船只，甚至摧毁了郑军在沙埕的港口，切断郑氏从浙江获得丝的管道。后来更与清军联手攻打郑氏，将郑军逼离中国沿海，并于事后重佔鸡笼。然而在清朝厉行海禁下，东印度公司在基隆的营运几乎无利可图，花费却很庞大，最后于1668年撤出。至于大员长官揆一则被追究战败责任，流放至班达群岛，直到1674年获荷兰国王威廉三世赦免，才恢复自由回到荷兰。1675年他出版《被遗误的台湾》一书为自己辩护。
评价.
开启汉文化.郑成功领有台湾之后，建立了台湾第一个汉人政权