崔村至昆明湖的渠道外，还包括了对原一期工程建设的渠道进行维修改善工作。总指挥部下设南段、北段两个分指挥部；昆明湖至玉渊潭段开工后，又新设昆玉段分指挥部。二期工程于1965年10月10日正式开工，参加建设施工的为北京市的6万名农民工，及参加义务劳动的中国人民解放军官兵、中央及北京市机关单位职工、北京院校师生。1965年11月中旬，昆玉段正式开工，其主要土方工程由解放军驻京部队的3000名士兵及5000名机关职工进行建设。沿引水渠各水闸等建筑物则由农民工施工。1966年4月，京密引水渠大体完工，并进行了试通水试