年（1021年）寺院朝向由朝西改为朝南，庆历年间修葺舍利殿，新建上塔。南宋建炎年间及淳熙二年（1175年），舍利塔曾被迎至皇宫供奉，宋高宗、宋孝宗先后赐阿育王寺“佛顶光明之塔”匾及“妙胜之殿”匾。干通四年（1168年）及淳熙十四年（1187年），日本僧人荣西曾至阿育王寺等佛寺参学，回国后创立日本临济宗。嘉定年间定“禅院五山十刹”，阿育王寺被列为“五山”之第五山。淳祐年间，法堂、舍利殿和轩舍再次得到扩建。
元代至清代.元世祖至元十三年（1276年），舍利被迎入大都宫中供奉，数月后复还