此后首席导演庵野秀明转向真人电影。1999年，泽村武伺因漏税问题辞任社长，由山贺博之补上。
新世纪 & 次世代.步入新世纪，推出的第一部作品《FLCL》(鹤卷和哉导演)。山贺博之时隔十数年再次导演作品《魔力女管家》《阿倍野桥魔法商店街》。2004年，推出20周年纪念作品《飞越巅峰2》《这丑陋又美丽的世界》。2006年，庵野秀明成立khara工作室制作《福音战士新剧场版》，鹤卷和哉、摩砂雪等一批人员移籍khara。2007年，终于制作出次世代作品《天元突破 红莲螺巖》