岛氏一族在本地只剩下朽木氏得以继续存续发展，17世纪进入江户时代后，朽木氏成为幕府的交代寄合旗本，得以继续领有位于高岛郡中部的朽木领地直到江户时代结束。除朽木领外，在高岛郡的南部还有的大沟藩，藩厅设于胜野地区的；此外，郡内还有部分地区分属、敦贺藩、膳所藩、、小滨藩、、加贺藩、淀藩、、福知山藩和幕府直属领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，1871年实施废藩置县后，原先属于各藩的区域改隶属郡山县、小滨县