丰边军的支援下，钟颖率川军进入拉萨。刚回到西藏不久的达赖喇嘛逃往英属印度，驻藏大臣联豫向朝廷奏报，清政府遂于2月25日宣布剥夺十三世达赖喇嘛的名号。赵尔丰请求乘胜平定西藏全土，并建议在藏区推行革教易俗政策，由于担心其举措过激，清政府没有允许。赵尔丰改土归流，移内地民众实边推动垦务，废除土司制度和寺庙特权，发展藏区农牧业、手工业、交通邮电业和文化教育事业。钟颖军与赵尔丰军会师于查木多（昌都），后迅速推进到工部（今林芝专区首府八一镇附近），对整个工部和波密地区（昌都、林芝地区）进行改土归流，消灭了长期威胁丹