进一步区分神道与佛教，天皇下了一道神佛分离令。这一来造成了日本佛教遭到排斥与摧毁，虽然原本的神佛分离令本意只是要瓦解神佛习合的现象，并非是要排斥佛教，不过还是引发了废佛毁释的运动。因此一运动，很多佛寺主要供奉的对象都被更换成大物主神，神道亦成为日本之国教。