元年（1723年），蒙古和硕特部罗卜藏丹津在青海发动叛乱反对清朝，战事波及中甸。雍正二年（1724年），清军进驻中甸，中甸番夷头目率众投降，此后中甸正式划归云南省管辖，并且建厅设治、“改土归流”。雍正二年（1724年），清廷下旨将该寺改名为“归化寺”。干隆年间，噶丹松赞林的僧众勐增到上千人，云贵总督庆复上奏，称针对中甸各寺“议将现在喇嘛酌留400名给与度牒，余令还俗，并请裁减青稞口粮。”以便削弱中甸的僧众势力，加强流官的力量。但清廷经过讨论认为，在藏区实行“改土归流”不宜冒进，应延续元朝的“以其俗而柔其人