缺饷四个月，爆发十三营之变。四川兵与湖广兵先行哗变，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅等缚在谯楼上。兵备副使郭广把官银二万两银子拿出发饷，并向宁远商民借五万两，哗变始解。何可纲受袁崇焕命令率军逮捕张正朝、张思顺等人并斩首，斩杀中军吴国琦、惩罚参将彭簪古，罢免都司左良玉等四人，十三营之变平定。十三营之变后袁崇焕打算重新布局战场给将领掌管，向崇祯帝建议分成扼守关内山海关、一片石的平辽将军，及关外宁远、锦州的征辽前锋将军两部。其中建议以何可纲专防宁远城，并且称赞「仁而有勇，廉而能勤，事至善谋，其才不在臣下。臣向所建竖，