一个手术证实若望保禄二世患有帕金森氏症，梵蒂冈方面在2003年证实此事。他有说话的困难，另外听力也有障碍。与他会面的人说，虽然教宗身体不太好，但他在心理上是健康的。
任内对立教宗.在若望保禄二世在位期间，世界上主要存在以下几位对立教宗：
去世.2005年3月31日，教宗出现“尿道感染引起的高热”，但没有立即送院，显然是出于他本人希望在梵蒂冈辞世的愿望。当日晚些时候，梵蒂冈有消息宣称若望保禄二世被罗马公教会施以病人傅油圣事（旧称终傅圣事），这是自1981年的