有阿合奇县的托什干谷地、阿图什市的上阿图什谷地、阿克陶县的苏巴什谷地和木吉谷地等。这些平原、盆地和谷地一般在海拔1200～3500米之间，为自治州主要的农牧业区。克孜勒苏柯尔克孜自治州境内沟壑交错、河流纵横，由东北向西南分布有托什干河、博古孜河、恰克玛克河、克孜勒苏河、盖孜河、库山河、叶尔羌河七大水系。自治州南部还有艾格孜牙、且木干、铁列克、克孜勒治业克等大小河流100余条。这些河流大都为内陆河。克孜勒苏柯尔克孜自治州共有天然湖泊18处、35个，其中淡水湖多集中于阿克陶县的布伦口、苏巴什一带，最大的为布