涌线通车，成为第一条延伸到大屿山的铁路，首两星期营运时间为7时正至20时正。1998年7月6日，即香港国际机场启用当日，机场快线通车，成为香港第一条来回机场至市区的铁路，当时由机场往返中环商业区只需23分钟。为配合九广西铁的兴建，东涌线于深水埗加设南昌站，该车站由九广铁路公司兴建，由地铁和九铁共同管理，并于2003年12月16日启用。2005年6月1日开始，欣澳站启用，以准备迪士尼线于当年8月启用。机场快线及东涌线的全程行车时间分别修定为25及29分钟。东涌线和机场快线通车初期设7列车卡，东涌线