1月在地中海，甘迺迪号和飞弹巡洋舰贝卡纳号（USS Belknap CG-26）相撞，造成了一定的损伤。1989年，两架从甘迺迪号上起飞F-14雄猫式战斗机在地中海的钖德拉湾击落两架利比亚的苏制米格-23战斗机，被称为第二次钖德拉湾事件。1991年海湾战争，甘迺迪号进驻红海并派出飞机轰炸伊拉克。期间甘迺迪号的舰载机曾出动2895架次，总共向伊拉克投下35,000吨弹药。波斯湾战争后，甘迺迪号进驻波斯湾并派出战斗机执行在伊拉克南部的禁航命令。2007年3月22日，甘迺迪号退役，现在已被封存在费城的军舰