改革运动就逐渐转移至瑞士的另一个城市日内瓦。虽然慈运理已殒命，不过他的学说在东瑞士甚至奥地利，仍具有相当的影响力。慈运理所留下的神学思想、礼仪还有教会制度，至今仍影响着许多新教教会，如重洗派。
加尔文.约翰·加尔文生于法国巴黎的瓦兹，在巴黎大学研究神学三年，后又学习法律，成为一位律师。1536年，他出版《基督教要义》一书，随即到瑞士的日内瓦。但他的改革教会提案未被接纳，且被驱逐出境。经数年潜心研究，1541年他再返日内瓦，得到欢迎，并治理当地教会二十三年，日内瓦被称为「新教的罗马」