台风侵袭影响，预先埋设于海平面下方700公尺深的管线遭暴涨的知本溪所夹带之土石掩埋。工程部分海底管线修复后便持续进行，最终于2011年10月正式完工开始试营运作业。经济部水利署于工程结束后将研发中心移交经济部技术处，经济部技术处再将研发中心委由工业技术研究院与石资中心来进行深层海水应用的先期技术研发工作，研发中心也在此时正式改名为「经济部东部深层海水创新研发中心」。2012年3月，试营运结束，深层海水研发中心启用；然而，同年5月，又发生海底管线无法正常抽取深层海水之状况。而为了不让实验项目中断或毁损