缉拿「主谋份子」。12月16日，任命彭孟缉、李友邦，杨肇嘉、李翼中、游弥坚、朱文伯、刘兼善、杜聪明、陈启清、李连春、华清吉、林日高、陈尚文、陈天顺、陈清汾、颜钦贤、邹清之为台湾省政府委员；任命彭孟缉兼副司令。中华民国政府于1949年迁往台湾后，革命实践研究院军官训练团于1950年成立，彭孟缉任主任，此后并成立高级班及石牌班等训练机构。1952年，彭孟缉担任阳明山革命实践研究院主任。
参谋总长.1954年，擢升为副参谋总长。8月，参谋总长桂永清病故，蒋中正以副参谋总长彭孟缉接代理