台风的破坏而坍塌，无法继续使用，被迫拆除。其后数年间，信徒们在原地搭建了一个临时建筑做礼拜。1866年5月24日，举行了盛大的新教堂奠基仪式，1869年建成。1875年，坎特伯雷大主教将上海圣三一堂升格为圣公会远东上海地区的主教座堂，同时座堂也是全球普世圣公宗的一员。上海圣三一座堂是一座以英国侨民为主要会众的英语座堂，英国圣公会在上海另外设立了一座面向华人教友的圣保罗堂，后期位于闸北华界的严家阁路（今芷江中路）。至于上海和江苏省其他的圣公会教堂，全部都是由美国圣公会所设立。虽然上海在传统上属于江苏省辖境