，梁启超系支持袁世凯的蔡锷同孙文系反袁的李根源之间发生意见对立。1912年（民国元年）8月，李根源辞去云南军政府内的职务。
同孙文的对立.1913年（民国2年）二次革命中，李根源作为革命派进行活动。7月，李根源拥立袁世凯的政敌岑春煊在广东打倒袁世凯成立大元帅府。然而，由于粤军内部的叛乱，该计划以失败告终。同年9月，李根源流亡日本，入早稻田大学学习政治经济学。翌年8月，力图打倒袁世凯的团体欧事研究会在东京成立。1915年（民国4年）12月护国战争爆发，1916年4月李根源随岑春煊