抵达陕北，进入中国人民抗日军政大学学习。
抗日战争.抗日战争时期，程启文随同郑位三，从延安来到红安七里坪寻找坚持南方游击战争的红二十八军，帮助整编训练为新四军第四支队，他任支队政治部总务科科长。行前毛泽东接见了郑位三、肖望东、张体学和程启文。1938年程启文随四支队开赴皖中抗日，担任第四支队先遣支队司令员（汪道涵任副司令员）。1939年2月，新四军组建五支队，他改任五支队特务营教导员。为扩大影响，五支队和“忠义救国军”产生摩擦，年底他率领第五支队吞并此部队。此事招致国军忌恨，1