试管里会同时存在没有结合PITC和有结合PITC的氨基酸序列，这会导致我们将第一管有PITC-氨基酸的物质分离后，继续在第二个试管里加入PITC，则此时第二个试管里会含有少量的PITC-氨基酸(1)和多量的PITC-氨基酸(2)。这时候我们可以利用联用质谱法(Tandem mass spectrometry )等技术来分析，若分析后发现量多者为PITC-氨基酸(2)，量少者则为PITC-氨基酸(1)，因此我们就解决了反应不完全的问题。而另外一个问题也随之衍生，一旦我们不停地重复此步骤，得到氨基酸的序列时，一