中华人民共和国成立后，1950年秋，他被任命为山东军区陆军第100师政委。该师三个团，驻扎在崂山、海阳，主要任务是保卫这一带海防。1952年7月，他被任命为华东军区司令部办公厅主任。1955年，被授予大校军衔，同时被授予中华人民共和国八一奖章、二级独立自由勋章和二级解放勋章。1955年，国务院成立了石油工业部，旨在加速发展中国的石油工业。1956年8月，孙晓风由部队转为地方，奉命到石油部办公厅任副主任。1960年4月，他由石油部办公厅调到生产技术司任司长。1961年2月，石油部党组决定成立松辽石油加工会战