为万物唯心，心外无物。对于理学家批判陆九渊的学说像禅宗，海瑞亦予以反驳，详细辨明了心学与禅宗的区别。对于明朝心学的代表人物王守仁，海瑞称其为“多才多艺的圣人”，对王守仁的“良知”、“慎独”思想亦多发明。
批判理学.海瑞大力批判程朱理学，曾说朱熹虽然读书很多，但所学“支离破碎”，后人师从朱熹，就更不如了。明朝科举的八股文考试以程朱理学为标准，海瑞因此很晚才中举，还是靠策论写得太好，博得考官同情。而两次会试都落第了。
知行合一.海瑞在行动上亦反对程颐所提出的“