2003年任中国人民解放军总后勤部副政委，被授予解放军中将军衔。2005年任中国人民解放军军事科学院政治委员。2009年晋升上将军衔。2010年12月，出任中国人民解放军总后勤部政治委员。在担任中国人民解放军总后勤部政治委员期间，刘源和总后勤部部长廖锡龙等人以总后勤部党委的名义举报总后勤部副部长谷俊山的贪腐问题。谷俊山声称自己后面有人（徐才厚）。徐才厚也向刘源表示：“刘源你告谷俊山，还没准谷俊山把你整倒了呢？”刘源、廖锡龙等人未受胁迫，坚持再次上报谷俊山的问题。2011年12月25日至28日，中国共产党