6年11月3日，台湾高等法院检察署书记官长张文政宣佈国务机要费案侦查终结。检方认定：陈水扁与吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人均涉贪渎；涉及的6宗秘密外交案中，只有2宗是实案，其余1宗为虚构，3宗无关秘密外交费用。因陈水扁当时具有总统身份，而受《中华民国宪法》第52条之保障——有刑事豁免权，要等其卸任或遭罢免之后才能另外起诉。高检署只起诉吴淑珍、马永成、林德训、陈镇慧四人，并认定吴淑珍以他人付款消费的发票诈领国务机要费共新台币1480万元。
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