1月，新政府接办震旦大学，杨士达接替耶稣会神父同时出任教务长和医学院院长两个职务。1952年高等院校院系调整后，又出任新组建的上海第二医学院副院长。1951年6月14日，华东军政委员会在震旦大学召开座谈会，杨士达表态要求政府逮捕、驱逐教廷驻南京公使黎培里，而遭到教会绝罚的处分。同年9月16日，上海市抗美援朝天主教支会成立，杨士达任副主任。1956年他出席全国政协会议时，发起筹建中国天主教爱国会。1957年，中国天主教爱国会成立时，杨士达以教友身份担任第一副主席，名列主教、神父之前。