穆努诺夫在苏联红军支援下，攻占精河。中线的民族军推进至玛纳斯河。南线在蒲犁、拜城、阿克苏、温宿等地展开战斗。在该时期，苏联红军的人员和武器装备随意进出苏新边界，新疆形势极度紧张。经过和平谈判，1946年6月18日，国民政府发布政令，改组新疆省政府，张治中兼任新疆省主席，阿合买提江、包尔汉任副主席。1946年6月22日，和谈协议签字，波利诺夫奉命连夜返回苏联，刚从南疆返回的伊斯哈克伯克·穆努诺夫接任民族军总指挥。