他会见了孙中山，在其推荐下出任中华民国政府顾问。1914年，因为教团的巨额债务问题而被迫退位，此后隐居大连。在太平洋战争中，他出任近衞文麿内阁参议。战后患上膀胱癌，直到1947年才被允许回国，次年病逝于大分县别府市。大谷光瑞和斯文·赫定、阿尔伯特·冯·勒柯克等人同为英国皇家地理学会成员，其藏品在中亚研究中具有很高的史料价值。