标志着结构生物学研究的开始，高分辨率的酶三维结构使得对于酶在分子水平上的工作机制的了解成为可能。1980年代，托马斯·切赫和悉尼·奥尔特曼分别从四膜虫的rRNA前体的加工研究和细菌的核糖核酸酶P复合物的研究中都发现RNA本身具有自我催化作用，并提出了核酶的概念。这是第一次发现蛋白质以外的具有催化活性的生物分子。1989年，其二人也因此获得诺贝尔化学奖。
命名规则.酶的命名是衍生自其受质或是要催化的化学反应，在字尾会加上"-ase"。例如乳糖酶、醇脱氢酶及DNA聚合酶。但有些化