反对协定失败，言辞尖刻，导致与华盛顿永久决裂，俩人长期友谊就此告终。国家最初的两个主要政党因辩论杰伊协定日渐分化。反对华盛顿政府政策的，包括许多前反联邦主义者，冠名“共和党人”，合倂民主共和党。支持政府政策的冠名“联邦党人”，在汉密尔顿的领导下组成联邦党。1793年，当杰佛逊离职时，麦迪逊成为民主共和党的实际领袖。1796年总统大选降至，麦迪逊说服杰佛逊竞选。麦迪逊也为杰佛逊竞选做铺垫，在各州争取支持，希望能确保杰佛逊胜利。尽管麦迪逊出力不少，联邦党人约翰·亚当斯以微弱优势胜出，在选票上击败杰佛逊。麦迪