府，“东突厥斯坦共和国临时政府”则被解散，改组为伊犁专区参议会，同时1946年共产主义者掌握了革命的领导权，取代了原先掌权的伊斯兰教宗教上层人士，苏联也对“三区”方面停止公开支持，后来又撤走了在“三区”的大批苏联人员。后期是随着第二次国共内战全面爆发，国民政府在新疆省也实行反苏反共策略，原来参加联合政府的“三区”方面人员在1947年撤回，随后在1948年成立了新疆保卫和平民主同盟，直到1949年“新疆和平解放”，“三区”方面与中国共产党方面首次建立直接联络并合流。
争议.对于此次事