无嵴椎动物这个名字并没有分类学上的意义，就是说它不是界门纲目科属种中的任何一级（相反，嵴椎动物却是嵴索动物中的一个亚门）。无嵴椎动物是一个有歧义的概念。问题出在嵴索动物两个亚门：头索动物和尾索动物的归类上。在日常生活中人们认为，无嵴椎动物是相对于嵴椎动物而言，嵴椎动物外的动物都属于无嵴椎动物。这有一个问题：嵴椎动物是嵴索动物一个亚门，嵴索动物另外两个亚门是：头索动物和尾索动物。这意味着头索动物和尾索动物都会被归入无嵴椎动物。这也有遗传学方面的证据，头索，尾索和无嵴椎动物都只有一段Hox基因。而嵴椎动物