位除外）。海巡署平常不负责军事任务，惟作战时期可依《国防法》第四条纳入作战序列。
沿革.中华民国政府以往的海上相关事权，分散在国防部（海军总司令部及台湾警备总司令部）、内政部警政署水上警察局、财政部关税总局 、国家安全局、行政院农业委员会等单位，各单位透过海岸巡防司令部及其前身台湾警备总司令部主导的行政院治安会报协调工作及情资，但仍因事权不一造成许多困扰，故在1999年提出海岸巡防专责机构的构想。2000年1月28日，行政院整合国防部海岸巡防司令部、内政部警政署水上警察局及财政