协议订明港铁公司须于2007年12月2日以77.9亿元收购九铁公司多项物业及与其物业管理附属公司，另须支付42.5亿元，作为取得服务经营权和收购九铁公司某些短期铁路资产（例如物料和备用品）的费用。九铁于2018年8月与港铁签订补充租赁协议，将广深港高速铁路香港段亦租予港铁营运（包括已纳入深圳市域内的西九龙站内地口岸区），为期10年，相关协议内容亦于同月23日连同通车安排公佈。
合併后的状况.两铁合併后，九广铁路公司成为一家资产持有公司，而《九广铁路公司条例》的条文仍然有效。