曾经五次重修，方成现今之规模。
名称.庙宇初建时主要供奉天后娘娘，古名为天后宫（天妃庙）。到清雍正元年(1723年)扩建后，更名为慈护宫。由于庙内供奉了观音菩萨与关圣帝君，而匾额却只有「天后」、「天妃」字样，遂有改名之议，直到清嘉庆年间，香山县县令许乃来按西岳华山庙的先例，手书门额「莲峰庙」三字，从此天后宫改成了莲峰庙。名为「莲峰」是对其位置的描述，今望厦山原名为莲峰山，庙宇依河而立，有莲香四溢，因而得名。到光绪年间庙宇大修时，才将此三字做成了匾额，高悬于庙门之上。干隆年间又重修，