重建砖牌坊，并新建了右司斋厅。康熙三十八年（1699年）拓建山门，增制甬道、游步道以及“于街”。当时，庙中有仪门、月台（戏台）、正殿、偏殿、楼台堂阁总计96间，庙旁还设有府城隍庙，供奉钱塘县、仁和县城隍。干隆十六年（1751年）及二十年（1755年），清高宗均派人来进香；干隆二十七年（1762年），高宗第三次南巡亲自来此拈香，并御笔“福庇南黎”匾额。干隆五十三年（1788年）庙宇重修。嘉庆二十三年（1818年）毁于大火，后由道士化缘得以重建。庙最初有15房住持，后减至11房，每年左右各一房轮流主持殿事一个月