10月23日，历经千辛万苦的日军总算得以武力控制台湾。28日，北白川宫能久亲王病殁，30日棺木从安平运回日本。
第四阶段尾声.桦山总督接获南进军司令高岛中将的报告后，于10月26日经海路进入台南。当时日军认为除蕃地之外，仅有恆春及台东地方尚未归属，而浊水溪以南虽仍有残余义军，但已无大型反抗力量，未来的勘勦行动以第二师团及后备兵即以足够，遂由总督下令近卫师团凯旋归国。11月13日至22日间，近卫师团分批由打狗港出发返回日本。在此期间，日本首任台湾总督桦山资纪于11月18日向京都大