马英九的8年总统任期中，亦有六任院长，除吴敦义曾任高雄市市长及立法委员外，刘兆玄、陈沖、江宜桦、毛治国、张善政等人大多为学者或官员出身，吴敦义之后于2012年当选为副总统，张善政为首任无党籍院长。2016年第三次政党轮替，民进党第二次执政，现任总统蔡英文的任期中，总共有三任院长，包括无党籍的林全、民进党籍的赖清德及第二次担任阁揆的现任院长苏贞昌，赖清德之后于2020年当选为副总统。