国王恩里克三世，自此波旁家族入主了这个王国。虽然此时的纳瓦拉的疆域只是全盛时期的一小半，但足以成为日后波旁家族争夺法国王位的重要基地。亨利·德·波旁跟随信奉喀尔文派新教的结盟宗，母亲过世后，他继位为纳瓦拉国王，由于他同时为法国贵族的身分，就成为了法国新教的领袖，而波旁家族的其他分支和主导法国政坛的吉斯家族信奉旧教，亨利无可避免地被卷入了残酷的法国宗教战争。亨利为求自保，数次宣布改宗旧教，但私底下依旧保持自己对结盟宗的忠诚。宗教战争不但造成大量法国平民伤亡，也间接导致了瓦卢瓦-昂古莱姆家族的人丁凋零。