并不愿意，斐迪南还是在1689年迎娶了巴伐利亚选侯斐迪南·玛丽亚的女儿维奥兰特。尽管他的妻子热爱音乐，也爱她的丈夫，这段婚姻仍然是不幸的并且没有子嗣。科西莫大公想得到一个孙子的愿望彻底成空，并且在1737年吉安·加斯托内死后，托斯卡纳的统治权被传给了神圣罗马帝国的皇帝、玛丽娅·特蕾西娅的丈夫弗朗茨，也标志着独立的托斯卡纳时期的终结。像他的叔叔和兄弟一样，斐迪南也完全是一个音乐家。1698至1708年间克里斯托福里为斐迪南制作了几台钢琴。格奥尔格·弗里德里希·亨德尔和亚历山德罗·斯卡拉蒂都在美第奇家族的乡