堂以北、图书馆以西，总面积5117平方公尺，共有四排。第一排为教室，第二、三排为学生宿舍，第四排为食堂和厨房。三院为中等科男学生的主要活动场所，所以也叫“中等科”。1925年清华改办大学部之后，三院成为文艺活动的场所。1926年11月，清华第一个中国共产党党支部在三院教室诞生。抗战期间，三院第二至四排遭日军破坏。清华复员以后，拆除三院的后几排建筑，但保留第一排经修缮后留作纪念。1980年代为了新建新图书馆逸夫馆，三院第一排建筑也予以拆除。
三院遗址纪念物.中国共产党成立95周年