第七卷开始直到第十二卷都是论述临床治疗的病机和主治，治疗病机来源于《内经》，主治来源于《明堂孔穴》。本书使针灸理论系统化，理论详实，内容实用，可操作性强，为针灸学的经典文献。后世医家均视《甲乙经》为针灸经典，并在此基础上继承和发展。因为它辑选了《黄帝内经》的部分原文，所以可以视作《内经》最早分类辑本，对于内经研究方面，有重要的地位，可供校订《内经》参考。同时本书也保留了最早的孔穴专书——《明堂孔穴》的原文，为研究和还原《明堂》提供了可信的文献依据，这是本书的最大价值，也是作者皇甫谧对于针灸的最大贡献。