被掳后，袁世凯以「通商大臣」身份驻朝鲜，协助朝鲜训练新建亲军与镇抚军，并控制税务。1884年，朝鲜分化为新旧两派势力。一派是以闵妃为首的外戚集团，另一派则是要求改革的士大夫激进派。以金玉均激进派为代表的「开化党」人士发动甲申政变试图推翻被「事大党」及闵妃把持的政权，驻朝日军亦趁机行动欲挟制王室，袁世凯当机立断，指挥军队击退日本军，日本人对袁世凯恨之入骨。1885年，袁世凯被封为“清朝驻扎朝鲜总理交涉通商事宜”全权代表，维系清廷在朝鲜的宗主权及其他特权。1887年8月开始，朝鲜政府先后向日本和欧美各国派遣