把乏燃料进行深地质处置贵一倍左右。每产生1千瓦时的电力，分离钚然后处理废料将花费1.98-2.14日元；不经再处理而直接处置乏燃料只花费1-1.35日元。2004年7月，日本报纸报道日本政府估算了处置放射性核废料的成本。直接处置乏燃料需要55-79亿美元，是再处理成本的1/4到1/3(247亿美元)。