南高来郡（）是位于日本长崎县的郡，已于2006年3月30日因辖内所有町村合併为南岛原市而废除。过去的范围还包含现在云仙市、岛原市和南岛原市。
历史.过去属于高来郡，在明治时代高来郡被分割为两郡，其中位于岛原半岛的部分属于南高来郡，其余地方属于北高来郡。