稜齿龙科、稜齿龙有接近亲缘关系，但因为奇异龙健壮的体型、独特的后肢、以及长的头颅骨，而被认为与其他稜齿龙科有所区别。在1974年，彼得·加尔东（Peter Galton）根据奇异龙的后肢结构以及重体型、或适合奔跑的体型（根据他的研究），提出奇异龙应归于禽龙科。这个论点并未採用，而莫里斯强烈地反对加尔东的分类。加尔东所提出的禽龙科范围并非天然演化支，而是复系群，所以并不被现代亲缘分支分类法所採用。奇异龙经常被归类于个别的奇异龙科（Thescelosauridae）或奇异龙亚科（Thescelosaurin