欲往埔里，途经此处在贩仔间歇息，换鞋成墩」的地名由来传说，但上述三种传说因为郑成功并未离开台南，且干隆廿三年（1758年）时的古文书已出现「草鞋墩」这个地名，所以均非正解。1920年时简化名为「草屯」，是为草屯庄。1938年草屯庄升格为草屯街，属台中州南投郡。战后初为台中县南投区草屯镇，1950年后改为南投县草屯镇至今。
史前时代.草屯地区在史前时代即有人类活动的踪迹，有发现属于新石器时代中期牛骂头文化的平林遗址(约在今平林里附近)，也有属于新石器时代晚期营埔文化的