进入熊本藩的藩校时习馆，开始刻苦钻研学问和武艺。明治四年（1871年）2月，进入熊本的古城医学所医院就学。兰医康斯坦·盖尔古·爱好者·曼斯菲尔特师事。明治八年（1875年）4月，22岁的北里柴三郎进入东京医学院（1877年改名为东京大学医学部）就读。明治十六年（1883年）4月松尾臣善（第6代日银总裁）与长女·后宫结婚。7月从东京大学医学部毕业[12]（预科3年，本科5年的课程7年半结束）。11月内务省卫生局任职。明治十八年（1885年）11月，留学德国。
研究生涯.明治十九年