任侍中，依然担任将军。祯明三年（589年），隋朝军队渡江，陈方泰与忠武将军、南豫州刺史樊勐及左卫将军蒋元逊率领水军在白下截断隋军江路。隋朝朝廷派行军元帅、长史高颎领导船舰逆流阻挡，樊勐和蒋元逊都投降，陈方泰的部属都走散了，就弃船逃走。台城失陷，他和陈后主入关，到大业年间出任掖县县令。