CD59会阻止补体成分C9聚集到上述复合体上，从而阻止膜攻击复合物（MAC）的形成。同时，细胞也会收到信号，通过胞吞作用摄入CD59-CD9复合物。能影响GPI基团的突变会引起红细胞膜上的CD59分子和衰变加速因子（CD55）数量减少，可引发阵发性夜间血红素尿症。部分病毒，例如HIV、巨细胞病毒、牛痘病毒能够通过将宿主细胞的CD59整合到自己的包膜上来逃避补体系统的攻击。