属会稽郡。东汉建安五年（200年）始筑县城，为浙东古县城之一。据《太平寰宇记》所载：唐初“余姚之境东包明州，西辖上虞，为越州巨镇”，一度升为姚州（唐武德四年（621年）置，武德七年废）。宋为“望县”，“东南最名邑”。元元贞元年（1295年）改为余姚州。明洪武二年（1369年）废州复县。1949年5月23日，中共接管政权。中华人民共和国建立后，境域多次变动，最大一次是1954年，大古塘以北棉区划归慈谿县，慈谿县西部稻区、山区划归余姚县。境内明代所建筑的三山所城则成为新的慈谿县县城所在。1985年7月2