进眼睛，会导致角膜溃疡，流入内耳则会有失聪之虞，而不慎吞食则会灼伤食道。此外不能与肥皂等阴离子表面活性剂混合使用。
应用.由于氯己定难溶于水，故一般与酸反应，制成可溶的盐以增加在水的溶解度。常用的盐类有：醋酸盐（醋酸氯己定）、盐酸盐（盐酸氯己定）、柠檬酸盐（柠檬酸氯己定）、葡萄糖酸盐（葡萄糖酸氯己定）。醋酸氯己定可用于手术前洗手，手术部分术前准备。葡萄糖酸氯己定则可用于漱口。