联铁路已经有194台2TE116型机车，其中165台配属于斯维尔德洛夫斯克铁路局。然而，由于2TE116型机车在还没有经过全面试验及运用考核的情况下就投入批量生产及使用，导致机车的缺陷在运用过程初期中逐渐暴露出来，为机务部门带来了不少麻烦；尤其柴油引擎的曲轴及主轴承可靠性较差，根据苏联铁道部门的统计，在1972年至1976年生产的2TE116型机车之中，在运行40万公里后有超过30%的柴油机曲轴出现问题，远高于同时期11Д45、10Д100型柴油引擎的曲轴故障率（约5%）。为此，科洛姆纳工厂和伏罗希洛夫格勒