利亚公国之间持续数百年的争斗。在多年经济衰退的情况下，1492年雷根斯堡失去了帝国自由城市的特殊地位，城市内部也继续着不安定的状况，马克西米利安一世在1500年进行了干预，并强加给雷根斯堡一部新的城市法律，而雷根斯堡利用马克西米利安一世1519年去世到查理五世加冕之间的权力真空期，在一次大屠杀中，焚毁了雷根斯堡的犹太人区，驱逐了当时德国最大的一座犹太人居住区。1542年，在教区与城市议会的斗争中，雷根斯堡改为一座新教城市，人民希望借此摆脱天主教主教和皇帝，但是同主教之间的冲突并没有因此而减少。1633年雷根