各藩重新加强海上防御措施，建立如等组织，成为后来日本海军的早期砥柱。在成立全新的明治政府后则继承这些海军操练所与海军伝习所外加其他相关人员和装备。1870年（明治3年），陆海军正式分离。1872年（明治5年），海军省在川村纯义与胜海舟的指导下在东京都筑地区建立。1876年（明治9年）创立海军兵学校。1893年（明治26年）成立军令部。由于萨摩藩在西南战争中失去的影响力，早期的明治政府把陆军的发展重于海军。1903年（明治36年），在成立参谋本部后，通过了两名海军大臣西乡从道和山本权兵卫的主张，开始对舰队