同为耶稣会会士兴建的圣保禄学院的天主之母教堂（现大三巴牌坊遗址前身），因此当地人惯称之为「三巴仔」或「小三巴」。此外，圣若瑟修院成立之初是同为耶稣会创办的圣保禄学院的分院，专门用以培训往赴中国内地传教的传教士，而圣保禄学院则专门培养赴安南、东南半岛以及朝鲜半岛的传教士。1723年，中国礼仪之争激烈化，清朝雍正皇帝即位后颁佈禁教措施，下令：严惩不愿放弃信奉天主教的中国人；限西洋传教士在半年内离境并逐往澳门；充公及关闭全国300多座教堂，将300多传教士逐往广州后遣返欧洲。中方又命令澳门拆毁当地的华人教堂「