亲去世，承元4年（1210年）11月根据后鸟羽上皇的意向，土御门天皇让位给皇太弟守成亲王。建历元年（1211年）12月，源在子出家。承久3年（1221年）承久之乱，后鸟羽、土御门两位上皇流配。土御门上皇在承久之乱前一年和源通亲孙女源通子生下邦仁王（后后嵯峨天皇），在子于土御门殿养育邦仁王。承久之乱，在子家庭没落，生活艰苦。仁治3年（1242年），四条天皇崩，邦仁王践祚。后半生艰苦的源在子在晩年亲孙继承皇位。正嘉元年七月初五日（1257年8月15日），源在子八十七岁去世。