不同的人群中差异很大，某种疾病在一个人群中很罕见，在另一个人群中可能就很常见了，尤其是遗传性疾病和传染病更是如此。比如遗传病囊肿性纤维化，这种病在亚洲的大部分地区非常罕见，但是在欧洲或者在欧洲人的后裔身上这种疾病就比较普遍了。在某些人数较少的群体中，奠基者效应可以导致一些在世界范围内非常罕见的疾病在这些非常小的群体中流行。很多传染性疾病在一些特定地区流行，但在这些地区之外非常罕见。其他的一些疾病，例如一些非常稀少的癌症，分布范围没有明显的规律，只是很罕见。关于罕见病的其他分类标准部分建立在被研究人群的基础上