位于归仁的国立阳明交通大学光电学院。还有长荣大学、真理大学（麻豆校区）、康宁大学、中信金融管理学院、崑山科技大学、嘉南药理大学、国立台南大学、台南应用科技大学、国立台南艺术大学、远东科技大学、中华医事科技大学、南台科技大学、国立台南护理专科学校、敏惠医护管理专科学校共18所大专院校。其他公立教育机构计有高级中学及职业学校52所、国民中学58所、国民小学209所。而台南一中、台南女中、台南二中、家齐高中四所高中则俗称为「台南四省中」。另有南科管理局成立之南科实中，其与新营高中（第一）大湾高中（第二）为原台南县