风不再，博洛尼亚仅在意甲维持了三季，于1990–91年球季以垫底成绩降班意乙。两年后再次降班意丙。这次花了两年才赢得意丙冠军升班意乙，再夺得意乙冠军，于1996年连续两年夺冠升班重返意甲。博洛尼亚在意甲站稳中游位置，更在1998年两回合累计3–0击败波兰的罗切霍茹夫赢得图图盃而取得欧洲足协盃的入场券。好景不常，博洛尼亚在2004–05年球季与zh-hans:帕尔玛; zh-hk:帕尔马;进行留级附加赛，两回合累计1–2落败而再度降班。虽然博洛尼亚在降班后失去多员勐将，仍被视为可以立即争取升