管领畠山政长联合讨伐畠山义就。但政元以河内十七箇所爲代价换回了义就佔领的摄津欠郡后便退回了京都。延德元年（1489年），将军足利义尚在讨伐近江国大名六角高赖途中病逝，政元推举堀越公方足利政知之子香严院清晃（后来的足利义澄）爲将军。但由于足利义尚之母日野富子与畠山政长的背后操作，最终成为第十代将军的是义尚从弟之子义材。政元对此结果感到不满。延德三年（1491年），将军之父足利义视去世后，政元独佔了幕府大权。政元考虑到自己既无妻室又无兄弟，于延德三年二月十三日收养了藤原氏九条政基的幼子聪明丸爲犹子，即后