006年11月20日实行女性专用车厢制度，是JR东日本继埼京线、中央线快速及常磐缓行线后，第四条实施女性专用车厢制度的路线。中央·总武缓行线的女性专用车厢制度只适用于西行（往三鹰方向）列车：所有自早上7时20分（日本时间，UTC+9）至9时20分由锦纟町站开出的班次自列车起点站至御茶之水站均设有女性专用车厢。至于东行列车及西行中央本线路段均不设女性专用车厢。至于总武缓行线与东西线直通的列车，均按东西线的安排而设有女性专用车厢制度。东西线初期全线实施女性车厢制度，现时则缩短为西船桥站至大手町站。