琉球处分以后，琉球国被日本兼併，成为沖绳县。大正时代，沖绳县希望根据近代社格制度建立县社。这个请求在1923年获得许可，并于1925年完成。沖绳神社建在首里城之内，以首里城正殿为拜殿，原正殿里侧的御内原（，王妃的住所）为本殿。祭祀的神为舜天王、尚圆王、尚敬王、尚泰王以及源为朝。沖绳神社于1945年沖绳岛战役之中被美军炮火击毁。战后，沖绳神社所在的首里城成为琉球大学的校址。1960年，有人要求琉球大学归还土地以重建神社，遭到拒绝。于是在弁岳的旁边重建了该神社。1973年，沖绳神社取得了宗教法人资格。