南都大寺院之监视和门前町（奈良町・奈良北町）之支配。也称作南都町奉行。老中之支配下，但在京都所司代指挥下执行职务，主要任务是春日大社之警卫和神事。定员1～2名。役高1000石、役料700俵。配下有与力7骑和同心30人、牢番1人。奉行所设置在现在的奈良女子大学校地内。
堺奉行.统治堺及和泉、河内两国之天领。定员1名。役高1000石、役料现米600石。配下有与力10骑和同心50人。
佐渡奉行.负责佐渡金山之支配。定员1名。役高1000石、役料1500俵10