密密麻麻的高架铁路网已经遍佈曼哈顿的上空，但高架铁的缺点日益明显，即过时、吵闹，又有碍市容，逐渐导致民怨。1900年，纽约的第一家地铁公司成立。1904年10月27日，第一条地铁南北干线正式通车，起自位于百老汇的市政府站，北至大中央车站，再沿42街西至时报广场，之后又往北至百老汇大道及145街的终点站。之后纽约地铁的路线又沿着这条干线扩建、延伸，直至今日的规模。
PATH.纽新航港局过哈德逊河捷运（，简称PATH）是连结曼哈顿、泽西市及霍伯肯的一个大众交通运输系统，穿过哈德逊河下，