005年，方滨兴被遴选为中国工程院院士。2006年至今，任国家计算机网络与信息安全管理中心名誉主任。2007年12月至2013年8月，任北京邮电大学校长。2008年1月，方滨兴当选为第十一届全国人大代表。2011年11月，方滨兴高票当选北京海淀区北邮选区的基层人大代表。2012年，任中国科学院信息工程研究所客座研究员、博士生导师。2012年至2013年，任中国科学院信息工程研究所学术委员会主任。2013年6月27日，方滨兴在北京邮电大学本科毕业生典礼上讲话，宣布自己因身体健康原因不再