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明清：大一统帝国的南方中心.元至正十一年，红巾军起义爆发。1356年，原为濠州红巾军郭子兴部的明太祖朱元璋攻占集庆，改集庆为“应天府”，以此为基地。他採纳谋士朱升「高筑墙，广积粮，缓称王」的建议，先后消灭陈友谅、方国珍、张士诚等势力。1368年正月，朱元璋在应天称帝，建立明朝，定都于此。当年，明军北伐攻入大都。建都之后，朱元璋动用了巨大人力，建成全长96华里、世界最长，也是中国最高的城墙，有将近三分之二的城墙保留至今；因而明代南京城面积达到南唐金陵城的三倍（约42平方公里）：