用的稳定同位素示踪剂只涉及相对轻的同位素，因为这些同位素很容易分离开来。放射性同位素示踪剂则使用可发生放射性衰变的同位素。
稳定同位素标记.最常见的稳定同位素是H、C和N，这些同位素可以进一步用于合成核磁共振溶剂、氨基酸、核酸、脂类、代谢物和细胞生长介质。 使用稳定同位素产生的化合物，要么是由同位素标记的百分比来确定（如，30%标记为13C的葡萄糖即是一种混合物，其中30%的葡萄糖分子被13-碳标记，70%的分子的碳则符合自然的碳同位素比率），要么是在化合物上的特定原子上做标记（比