类来将这类多样的哺乳动物归纳在近蹄类中，但在解决其系谱问题时却就缺乏严谨。他暗示蹄兔目可能与奇蹄目有关。早期的学者基于其齿列认为蹄兔目最接近犀牛，另外一些证据显示蹄兔目有可能是奇蹄目的亲属，而非其他的近蹄类。故此，近蹄类之间有可能并不怎么接近。其后的基因技术及支序分类学发现，近蹄类是一个可信的分支，是最古老从有胎盘哺乳动物（真兽下纲）分化的一系。牠们与奇蹄目的关系却没有得到证实，虽然牠们的形态很像有蹄类，分子研究却显示牠们是属于非洲兽总目。其他非洲兽总目的成员有非洲猬目、象鼩目及管齿目。在近蹄类的五