他因为刚直遭免官，再任命为漳州推官，平反当地狱事陞为兵部武库司主事。吴国琦学识广博，精通经术，写下关于时务的《渡江九策》，到弘光年间和朱芾煌、刘若宜、徐天麟、姜一学、周祚新、张印中、吴亮明、潘自得、王健、贺燕征、黄衷赤、张大赓、张延祚、姚孙棐、金邦柱、黄泰来、黄钟斗、李长似、张拱端、徐肇森、荆廷实、许士健、刘星耀、陈璧、董念陛在兵部任职，转任车驾郎中；晚年的他精于诗歌，有《水香阁集》等书传世，儿子吴弘安则是顺治九年的进士。