形态的做法，现今认为并不可靠及不予接纳。鸡形目与水禽属于鸡雁小纲，但麝雉却不是。就骨骼特征的支序分类学研究发现麝雉应属于叫鹤科，较为疏远蕉鹃及杜鹃科。不过，杜鹃科是对趾的，蕉鹃是半对趾的，而麝雉则是不等式足的（三趾向前，一趾向后）。1990年的鸟类DNA分类系统根据DNA-DNA杂交认为麝雉很有可能是杜鹃科的基底。1994年的粒线体DNA细胞色素b研究与鸟类DNA分类系统有相同的结果。后来于1999年基于6组粒线体DNA及1组细胞核DNA序列的研究则指麝雉应属于蕉鹃。2003年基于利用了较长粒线体DN