日本，造成了第一次的分裂。隔年，黄兴与孙中山因为革命旗帜问题而产生纠葛。宋教仁则对同盟会中许多事感到心寒，萌生退意，向孙中山请辞庶务干事长一职。宋教仁在日记里写到他对孙中山与同盟会的不满，并且有另谋发展之心。1911年宋教仁和谭人凤在上海成立了同盟会中部总会。同盟会的第三次重大分裂，是因光复会的陶成章、章太炎等人指控孙中山挪用会款的贪腐事件、私下接受日本政府政治献金6,000元与日本商人政治献金10,000元。孙文收款后只留2,000元作《民报》经费，陶成章怀疑孙中山暗中捣鬼，遂指称河口起义所用军费