视为反动分子、资产阶级、反动学术权威，受到广泛的批判和迫害，甚至被贬低为“臭老九”。中国的科研事业也因此受到重大冲击，仅在青海省的核基地内，截止1971年9月就有四千多名职工受到迫害和审查、310多人伤残、40多名职工自尽、5人遭到枪决。1968年，“两弹一星元勋”姚桐斌被毒打致死、“两弹一星元勋”赵九章自杀身亡。 截止1968年底，中国科学院在北京的171位高级研究人员中就有131位被打倒，全国范围内共有229人被迫害致死。在「文革」的最初阶段，毛泽东与他「最亲密的战友」、唯一的中共中央副主席林彪成功