充实了世俗化课程，在师资力量方面逐步增加了中国教职员的比重，在教学目标方面开始逐渐关注中国社会，例如参与到山东当地的农村建设，在行政管理方面教会系统不再主导该校的发展方向，领导和管理权逐步发生转移。20世纪30年代是齐鲁大学的全盛时期，老舍、钱穆、顾颉刚、栾调甫、马彦祥、吴金鼎、胡厚宣等一些学术名家先后在此执教。学校的医科的实力最强，有“南湘雅、北齐鲁”之称。当时的齐鲁大学号称“华北第一学府”，和燕京大学并称“南齐北燕”。1938年至1945年抗日战争期间，因济南沦陷，齐鲁大学被迫迁往位于四川成都华