，杨鸣章因肝硬化导致肝衰竭，入住山顶嘉诺撒医院治疗，及至2019年1月2日晚上，有消息传出杨鸣章已处于弥留状态，惟遭时任香港教区副主教蔡惠民否认。2019年1月3日，他因肝衰竭去世。香港教区暂由辅理主教夏志诚管辖。杨鸣章离世前任明爱专上学院及明爱白英奇专业学校校董会主席，遗愿是希望该院校能升格成为大学。同年1月11日，教区于坚道圣母无原罪主教座堂为杨鸣章举行出殡逾越圣祭，由陈日君枢机、汤汉枢机、夏志诚主教等主礼；香港政府高层，包括特首林郑月娥、三名司长在内等多位高官出席。仪式后，杨鸣章灵柩移送跑马地