太人偷渡前往罗马尼亚，但是未能成功。待贝京返回华沙后，德国已经开始入侵波兰，贝京于战争爆发三天后和一些犹太社团领袖逃往波兰东北部维尔诺以躲避战祸。然而不久苏联亦入侵波兰东部，维尔诺于1939年10月28日被苏军占领。1940年9月20日，贝京被苏联内务人民委员会逮捕并被关进监狱，随后被以“英帝国主义间谍”的罪名判处八年有期徒刑，于1941年1月1日被送往俄罗斯北部的伯朝拉劳改营。1941年7月，苏德战争爆发，根据苏联政府和波兰流亡政府签订的,苏联逐步释放了被关押的波兰战俘和平民。贝京于1942年被释放