依新令设置了大本营，这次设置的大本营一直存在到太平洋战争结束后的1945年9月13日。太平洋战争末期，曾经计划将大本营转移到长野市松代町的地下掩体中，称为「」；但工作尚未完成，战争就结束了。
组织机构.大本营下辖的机构大部分是参谋本部（陆）和军令部（海）的机构。大本营会议由天皇、参谋总长和次长、军令部总长和次长、参谋本部第1部长（负责作战事务）和作战课长、军令部第1部长和作战课长组成；陆军大臣和海军大臣列席会议，但没有发言权。大本营中不包含内阁总理大臣、外务大臣等政府文官（小矶内阁