告诫部下：“工作中最应特别注意的是对‘奸匪’的缉捕”，“对‘奸党’之部队，绝无联络运用之余地，始终应站在敌对地位”，“如‘奸匪’问题不能解决，则吾人责任，尚异常艰巨””军统同时对日本和共产党份子进行情报蒐集和暗杀，如：1940年8月13日，中共少将陈昭礼（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的军统特勤人员处决。
第二次国共内战期间.1946年戴笠乘坐飞机失事死后，军统局进行改组：其公开特务武装部分与军委会军令部第二厅合併为国防部第二厅，由郑介民任厅长；1946年8月，