长官由原蒙古领主担任并凭证世袭。
清朝.1618年（明神宗万历四十六年）后金首领努尔哈赤起兵反明。1635年努尔哈赤死后其子皇太极亲率大军，征蒙古察哈尔部，于崇德元年（1636年）改国号“大清”，并最终消灭南明，成为统治全中国的清朝（大清帝国）。其间塞外的蒙古诸部有的与清朝统治者联盟、联姻，如科尔沁部；有的则被清朝征服，如喀尔喀部、和硕特部、卫拉特部、察哈尔部、准噶尔部。最终当时整个东亚地区的蒙古部落隶属于清朝的治下。清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古