001年来自希腊的李亮神父在台湾建立台湾正教会团体，并在2003年登记为法人团体。君士坦丁堡牧首于1997年已在香港成立了香港及东南亚都主教区（香港圣路加主教座堂），台湾基督东正教会的教务归属于都主教统辖权内。现任负责人为希腊籍李亮神父。目前位于新北市新店区溪园路389之12号4楼。
俄罗斯莫斯科宗主教区在台建立教会.2004年，俄罗斯正教会的传道士神学生来台湾就学并支持台湾正教徒们的信仰。其中爱西里尔神父和王西满读经员2012年时被任命正式重建台湾基督正教会。2016年5月13日