同抗击清军。到同治七年（1868年），董福祥自封为陕甘自卫总团大元帅，手下号称三十万，控制区域南及延安，北达伊克昭盟，东起绥德，西至环县、固原。
归降清廷.1868年冬，原在陕西境内活动的捻军进入山西，清朝政府遂命令尾追其而来的湘军北上攻打董福祥。董率部围攻绥德数次均失败，被迫转入防御。1869年，湘军将领刘松山任陕西各部清军总指挥，以一点开花，中心突破的战法直接突破董的外围防线，大胜董军于瓦窑堡。2月，清廷俘获其父亲董世猷，董福祥乞降，全军投降清军，所部改编为董字三营，立即投入对