市市长的朱镕基确定整治苏州河工程作为市府的实事工程。1996年，经过数年的勘测、调研，上海市人民政府成立苏州河环境综合整治小组，确定“以水为中心、全面规划、远近结合、突出重点、分步实施”的方针。1997年，苏州和环境整治一期工程正式实施，河岸周围的黄浦、虹口、静安、闸北四区拆迁沿河码头，并布置沿河绿化，先行构造样板地段。1998年，市政府将沿河72家直接排污单位的排污口进行封堵，同时在上游兴建6条支流通往吴淞江的闸门。至2000年，苏州河的黑臭污染情况开始扭转。一期工程完成后，苏州河的恶臭状况在2002