七岁时曾一度就读重庆寺私塾。八岁时就入台南第一公学校就读，公学校下课后至天坛私塾读汉文。明治四十四年（1911年）毕业。公学校毕业后，由于距投考台湾总督府医学校报考年龄还有两年，韩石泉一度考入台南厅财政课担任「给仕」（杂役），业余时间仍勤奋自学，后于大正二年（1913年）考取台湾总督府医学校的公费生，4月北上入台湾总督府医学校。二年级时父亲病危，返家处理各项事务约一个月，1916年2月21日父亲病逝。丧事完毕后方回校补考，但其成绩仍保持名列前茅。韩石泉在三年级出任学寮组长，因为不满学校卖店小使（工友