GP腰带，3月14日高山善广击败MUTA成为第39代三冠王者，8月30日举办出道25周年的比赛，当天与同期的船木诚胜搭档，进行与蝶野正洋、铃木实的双打比赛。同年，由于三泽光晴选手于比赛中不幸往生，9月27日武藤再度踏上NOAH的擂台，与全日四天王之一的小桥建太选手进行初次对决，之后10月12日在蝶野正洋出道25周年的比赛中，与同为三勇士的蝶野正洋以及四天王的小桥建太集结对抗第三世代的选手。2010年4月5日，由于膝伤的手术，武藤全日本入团后，首次进行长期的休养，在9月10日重返擂台，并于20日发表减重计