承认中华民国。然而以色列仍保留了驻台北以色列经济文化办事处（ISECO）。在2006年，以色列与台湾之间的双边贸易额有十三亿美金。在这个时间点，台湾大约有150名犹太人，比1971年中华民国在联合国还有外交代表时的数字稍低。2002年时，台南县仁德乡（今台南市仁德区）的保安建了一座「台湾HOLOCAUST和平纪念馆」，以纪念在德国犹太人大屠杀中罹难的犹太人，并介绍诸多以色列文物历史。该博物馆由卓枝安牧师创立，他是一位关注（该思想被大多数基督徒与犹太教徒认为是基督宗教的一种形式）的台湾牧师，在日本完成