都燕京南迁，太极宫遂告荒废。1224年，全真教第五任掌教丘处机西游会见成吉思汗后返国，获授权掌管天下出家人，并入住太极宫，自此全真教入主观中。
长春宫时期.1227年，蒙古以丘处机字号「长春真人」，改太极宫名为「长春宫」。丘处机命弟子王志瑾主领重建，观宫焕然一新。自此至元末，长春宫是全真教权力中心，掌教驻栖之地，皇家重要醮事多在观中举行。同年，丘处机在长春宫东侧东宝玄堂仙去，第六任掌教尹志平为安葬丘处机，遂改建长春宫东部建筑物为白云观，观内修建处顺堂供奉丘处机仙骨。元末长春