吕配当选，此爲大大拉开了两岸关系的空间。此时协会对「一中政策」的讨论，认爲：一、中华民国若是主权独立的国家就不能导向「一中」；二、「宪法一中」是开历史的倒车；三、接受「一中」主张无助于挽救经济衰退。协会此时期也时常拜会政府官员，例如陈水扁、杜正胜、吴钊燮等等。协会会员也受政府延揽，进入体制，使得台湾教授协会在此时期中，与政府关系较为密切。但进入政府执政团队的会员，无法再如以往参与会内事务，加上许多成员对于陈水扁政府的高度期待，甚至认爲协会已达成阶段性任务，须重新摸索定位。但在2006年后，协会会员对本土