十七年三月十九日，李自成农民军入京，明亡。当时，方拱干同多数大臣被关押，“以美婢四名贿赂贼将罗姓”，得以逃脱南归。顺治九年，以江督马国柱推荐，起补弘文院学士，不久升任詹事府少詹事。顺治十四年（1657年），以“南闱科场案”获罪，其五子方章钺因与主考官方犹“联宗”而中举人，皇帝令刑部将方章钺“速拿来京，严行详审”，后与章钺发配宁古塔，顺治十八年，因家属认修京师前门城楼工程，依《大清会典事例》得以赎罪，十月赦还，将别之际，在壁上题下〈书茅屋壁〉一诗，“莫言万里无人境，兀兀三年认作家。”。康熙元年（1662年