绪七年（1881年）五月，又因本生母去世，丁忧离职。光绪十年（1884年），吴元炳入觐，命察山东河工、海防，同年七月二十八日（1884年9月17日）授漕运总督。光绪十一年（1885年）二月，补授安徽巡抚。光绪十二年五月甲寅（1886年）卒。河南巡抚倪文蔚疏陈元炳战功，请求在汝宁建立专祠。
着作.吴元炳曾纂修《固始吴氏一线谱》四卷。