元朝政府设宣政院（原称总制院），封萨迦派高僧八思巴为国师，开中央政府册封任命藏地僧官之先河。明朝，中央设僧录司，藏地设番纲司，册封法王、王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲及喇嘛等官职；且多有在地方卫所、土司府中出任高官，甚至土司者也不乏其数。清朝时，设唿图克图、都纲、札萨克、达喇嘛、掌印喇嘛等官职，大致可分类为驻京喇嘛、唐古特喇嘛、番喇嘛、蒙古喇嘛、满洲喇嘛、内监喇嘛、汉喇嘛；后设噶伦制（三俗一僧大臣制），以僧爲首；又改为摄政制，摄政官“第司”、“第巴”或“司琼”，由中央任命僧人担任。灵童转世制