于杭州，葬于杭州城外的方井。1666年，何大化因教案牵连，由福州被传往北京讯问。1667年，与多位耶稣会会士被驱逐到广州，任广州驻地会长。1669年至1672年，任耶稣会中国副省区会长。1672年，耶稣会获清廷平反，再度返回原驻地福州。1677年，何大化于福州逝世，葬于福州城外十字山。