寺五监制仍有相当差别：三省合署办公，两尚书仆射分兼中书门下两省台长，故名为三省实为一省，至建炎正式合并；六部多由原有的令外机构合并重组而成，故而改制后多兼理本应由寺监管理的庶事杂务，而规模变得空前庞大；寺监事权为六部所侵，导致除大理寺外皆不治京外之事，故建炎时一度全部裁并入六部，绍兴后虽有所复置，但也不复九寺五监之设，如以太常寺兼管宗正寺事、光禄寺并入鸿胪寺、太仆卫尉两寺与少府都水两监自此罢置不复。中央监察机构主要有御史台和谏院。御史台专管监察，其长官称御史中丞，副长官称侍御史知杂事，主管纠察百官，肃正