佛经被焚、僧人被迫还俗或杀害，这使得藏传佛教在往后的百年间陷入了黑暗期。在这个百年间，佛教僧团在西藏绝迹，教理散失，但是佛教咒语与密法仍然留传在西藏民间，因此莲华生的地位逐渐提高。寂护与莲华生传入西藏的密法，因传承断绝，现今已不可知其原貌。但因他们与开元三大士约在同时，因此他们传入的有可能是胎藏界与金刚界传承。直至西元970年左右，佛教在西藏开始复兴。为了弥补先前的损毁，于是西藏民间再次前往印度学习佛典或迎请高僧入藏。这个时期的代表人物以仁钦桑布译师、阿底崃尊者、卓弥译师、玛尔巴译师为主。在仁钦桑布之前