时代后期，日本私有的庄园大量出现后，国家统治者为强调自己的统治权，公方一词被大量使用。然而在朝廷权力被严重削弱的镰仓时代之后，由于庄园、公领一圆支配的实现，拥有土地统治权的本所（寺社、公家）与武家等也以公方的名义自居。1283年，镰仓幕府的将军为了与执权北条氏的得宗家、御内人、御内御领势力对抗，皇族将军被称为「公方」，御家人被称为「公方人人」，关东御领被称作「公方御领」。到了南北朝时代，创立室町幕府的足利尊氏接受了朝廷授予的「公方」称号。这件事在伊势贞丈的《贞丈杂记》中有记载。伊势贞丈是江户时代的旗