因组成（分型）、以及生长环境，会让菌落有其特殊的大小、颜色、形状、和组成。为帮助识别病原体，会有其他成分添加到培养皿中。培养皿中可能含有只允许某些细菌生长的物质，或因为某些特定细菌的生长而改变颜色的物质。此类的培养方式常见于临床鑑定用。培养也可用来鑑定病毒：在这种情况下，培养基是在培养物中生长的细胞，病毒可以感染这些细胞，然后改变，或杀死细胞。在做病毒鑑定时，因病毒生长而死亡的细胞区域，被称为""。真核生物也可培养，是用来鑑定这类特定病原体的方法。在缺乏合适的培养皿技术的情况下，某些微生物需要在活体动物