1年在果阿晋升为司铎，以语言及写作方面的能力见长，从事与各传教地通讯的工作。1563年（31岁）在肥前横濑浦（今长崎县西海市）登陆，开始在日本从事传教工作。学习了日语后，1564年从平户前往京都。1565年1月31日抵达京都，但是对于将军足利义辉与室町幕府威信的旁落感到失望。在混乱的战国时代艰困的在京都、近畿地区负责传教的工作。1569年弗罗伊斯与上洛的天下新霸主织田信长在建筑中的二条城初次见面。织田信长对既存的佛教反感，从火烧比叡山等事可以得知，但是信长对于南蛮事物很感兴趣。弗罗伊斯得到织田信长的