共产党党员以个人名义加入中国国民党，与中国国民党建立革命统一战线的方针。此后，中国国民党和中国共产党开展第一次国共合作，掀起国民大革命。但国共两党的关系也存在问题。清党发生前，国民党内曾先后发生过排斥共产党的事件。1924年6月，国民党中央监察委员张继、谢持、邓泽如等人提出《弹劾共产党案》，引发国民党一届二中全会通过训令对他们进行惩戒。1925年起，各地成立孙文主义学会。1925年11月，国民党内部分保守人士召开反共的西山会议，形成西山会议派，与广州国民党中央对峙。1926年3月发生的中山舰事件也引起了国民