在小肠肠上皮细胞的带虫空泡内。免疫缺陷患者（如艾滋病病人）经常患有此类并发症，同时，由于免疫功能的不完善，寄生虫还可能会进入病人的肝、肺、胰和胆囊等器官，造成更为严重的病理反应。隐胞子虫病是一种水源性疾病（waterborne disease），病原体在水中以卵囊（oocyte）形式存在并得以传播，对自然水中环境有较好的耐受性，因此饮用不洁净的水成为该病的主要患病原因。
历史.隐孢子虫病最早发现于家鼠身上（Edward E Tyzzer, 1907）之后被证实为许多动物腹泻的主要原