堂门便建立了海关，现时仍存有古税关的遗址。到了明朝中叶，广东沿海有三路巡海备倭官军。其中的中路「自东莞县南头城，出佛堂门、十字门、冷水角诸海澳」，佛堂门显然属于中路的防御范围。天启二年(1622年)，有荷兰东印度公司军舰闯入佛堂门，经九龙海（维多利亚港）直逼南头城(今深圳)。当时的新安县知县陶学修率领军民将荷兰人击退。本地佛堂门大庙主奉天后，是香港最古老的天后庙。