等签定交换学生协议，在当时教育界引起 "为什么开南可以，台、清、交却不行" 的讨论声音。同时, 开南大学的学生人数也在三年内，由四千多人倍增到八千多人, 不仅成功升格大学，在教育部的新兴大学评鑑中也与台中亚洲大学并列为优等生。2006年，黄政哲卷入台湾高铁台南车站桥下联外道路第一标工程弊案。2006年10月27日，台联中执会决议将黄政哲停权，全案移送中评会处理。2006年11月22日，台南地检署侦查终结，以行贿、背信、诈欺等罪嫌对黄政哲提起公诉，该案一审即判决无罪。但2006年12月1日，台联召开中评会