抵制它们的贵族。地盘最大的是伯尔尼。查理五世的管理改革使得许多城市引入了汉萨同盟，这些汉萨同盟由城市贵族和大商人组成，它们渐渐地排挤掉了过去的市民集会。
没落.1648年的威斯特伐利亚和约规定将阿尔萨斯的帝国城市的管理权交付法国，1681年法国将整个阿尔萨斯完全并入它的版图。并入法国的帝国城市的自由权越来越小，1789年法国大革命中它们完全丧失了它们的特权。留在神圣罗马帝国的51个帝国自由城市中有45个在1803年通过帝国议会的最后一次决议被其附近的领主们吞并。到1806年