联也对持不同政见者以及被指控为"阶级敌人"的人民展开大规模的逮捕。于是立陶宛境内的文化、宗教、政治组织被迫解散。经济的恶化也让立陶宛人的生活水准渐渐下降。一年之后，就在起义发生的前一个礼拜，苏联将多达17,000名立陶宛人，其中大部分是知识分子，流放到西伯利亚，许多人因为当地非人的生活环境而死亡(参见六月流放)。这是起义发生的重要原因之一。这些惨剧也让德军对苏联的进攻取得某些正当性。立陶宛人开始组织起他们的武装团体，并躲进森林中，等待时机发动起义。立陶宛武装团体，(LAF)，于1940年秋天成立，其目标