06年2月27日，陈水扁终止《国统纲领》。2006年9月9日，民进党政府爆发多起弊案（高捷案等），已退党多年的民进党前主席施明德发起百万人民倒扁运动，但此运动因各种因素，在执政民进党「挺扁」及于同年结束。2007年，兴建逾6年的连接台北至高雄左营的台湾高铁通车，为台湾南北提供两小时生活圈，往返台北和高雄只需两小时。2007年7月19日，陈水扁总统向联合国秘书长潘基文致函，正式以「台湾」的名义申请加入联合国，遭退件。
马英九政府（2008年－2016年）.2008年1月12日