对一个中国原则的严重挑衅”，“与李登辉的‘两国论’如出一辙”，“必将对两岸关系造成严重的破坏，影响亚太地区的稳定与和平。”中国大陆民间认为这样将会带来台湾海崃两岸之间的紧张关系。行政院大陆委员会解释称一边一国论与陈水扁2000年总统就职演说时提出的“四不一没有”并不矛盾。2009年1月，民进党前立委林浊水在其着作《历史剧场：痛苦执政八年》表示，「陈水扁总统喊一边一国的原因，是他担任总统以来向中国做出许多让步，但中国以恶意回应；不过，一边一国论其实让中国面对现实，替台湾争取一定的谈判空间，如果能利用此机会