下在建康（今南京）即位，即晋元帝，史称东晋。东晋与先前三国时期的东吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。此外，东晋又仿蜀汉称东汉为中汉，称西晋为中朝；又东晋统治地区大部分在江东，古称江左，因此以江左代指东晋。因江东被晋人视为东方，因而司马睿之后的晋朝被刘宋称作东晋。同时北方有多个游牧民族建立政权并连年征战，史称五胡十六国时期。东晋虽然是司马氏政权的延续，但司马氏在政治上威望不高，朝廷由世族大家把持，最先的一个乃出身琅琊王氏的王导，其后又有陈郡谢氏的谢安、谢玄等等。而世家大族中的代表者有南下的王、谢、袁