时，这时活动机组会重新操纵飞机。埃及航空将活动机组的正机师称为总机长。当时巡航机组计划在飞行数小时后接班，但后备副机长于起飞后20分钟进入驾驶舱，要求接班。总机长最初对此表示抗议，但后来接受了这一请求。
经过.这班波音767-366ER客机（註册编号：SU-GAP）在甘迺迪国际机场起飞往开罗后30分钟，从雷达上消失，并与控制塔失去联络。飞机由原定的飞行高度急降至16,000呎，再爬升至24,000呎，最后就一直急降至坠落在大西洋海上，整个过程只有36秒。航机载有14名机组人