年的苦行，终于大悟。壬辰倭乱时期，朝鲜宣祖任命休静为八道都总摄，号召全国僧人起来反抗日本侵略军。休静年迈，将此重任托付给了惟政。他作为义兵中僧兵的指挥官，作战十分英勇，在收复平壤城、开城和汉城的战役中建立了殊勋。丁酉再乱之后，朝鲜试图与新掌权的德川家康建立关系，但出于国家颜面的考虑，朝鲜并未派遣官方使团，而是派在日本知名度较高的惟政作为民间代表前往日本。1604年，惟政以「探贼使」的身份出使日本，翌年在伏见城会见了德川家康，并成功説服后者释放了战争中的数千名朝鲜人俘虏，使后来朝日恢复邦交成为可能。