攻陷北平，在广东过暑假的林乘火车往长沙就读暂借长沙韭菜园圣经学校的长沙临时联合大学。1938年冬，林自广东返校，经过香港、越南入昆明。1939年，年仅20岁毕业于西迁昆明的西南联大（清华大学并入）取得工学学士。本考入清华研究院电子工程学部电讯组任之恭教授准备攻读硕士，但因为战争无法与父亲联系，失去经济支持后被迫选择成为交通部电政局电话技术员。据同窗回忆，当时是全班最年少者，爱好篮球，学习不甚刻苦。抗战期间在云南保山等地检修电话线路确保战时通讯。任电政局技术员时亦晚上自修。1943年，结识昆明