部、校刊《三叶虫》编辑部、校广播站。学生会每年皆进行干部竞选。该校亦有以年段为单位的家长委员会。1980年代，福州三中曾有40馀个兴趣小组，如湖滨文社、数学爱好者协会、航模、舰模、无线电、电子计算机、武术队、合唱团等。至2013年，校内共计有三十三个学生社团，其中包括：湖滨文社、天文社、模拟联合国社、无戒动漫社、话剧社、英语角、篮球社、羽毛球社、街舞社、魔术社、雅言社、LIVING VOICE乐队、Tick-tock乐队、Loading乐队、纯木空间吉他社、棋社、魔方社、推理社、现代视觉研究会、PASSE