限制是学费不能多于资助额的三分之二，否则不会获得资助。当时只有五所「爱国学校」、五所国际学校，以及恆生商学院提交申请。恆生商学院及另外一所国际学校并未获教育署批准加入。由于初期计划未能吸引资助学校参加，教育署多次修改直资计划的条款。至1998年，《中学教学语言指引》硬性规定学生英语能力未能达标的学校，不能继续以英语授课；直资计划则作出特别优待，直资学校可以自由选择教学语言而无须向当局证明语言能力，同时容许直资学校加入统一派位机制。不过，尽管政府推出各项优待措施，依然没有受资助学校的青睐。在2001年，政