补中央委员。1987年5月7日，王甲乙任司法院秘书长（新任院长为林洋港）。任内完成了《司法人员人事条例》，以推进法院自治化；1992年至1993年间，《大法官会议法》更名为《大法官审理案件法》，释字第261号结束了“万年国会”，经王甲乙坚持，设立了宪法法庭，降低了声请大法官释宪的门槛。1988年7月，当选中国国民党第十三届中央委员。1993年2月15日，王甲乙任最高法院院长。任内，已故最高法院庭长陈纲的家属转卖最高法院宿舍，王甲乙乃代表最高法院向台北地检署指控。另外，他还参与讨论修改《选罢法》以解决