1991年3月25日因肺衰竭在香港病逝，享寿64岁。她最后一次见面是参与亚洲电视的开心主流派做嘉宾。邓碧云的骨灰安葬于钻石山坟场「兴仁堂」。其家人为纪念邓碧云，以其名义捐款予香港的慈善机构，多家中心以其命名，包括保良局邓碧云纪念幼稚园和仁济医院位于石硖尾一间长者中心。而横跨油塘、长龙田、时称咸田的碧云道亦以她命名。