穆斯林势力开始不断地衰退。神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世采取了很多压制性的措施，以此来取悦那些害怕伊斯兰势力靠近教宗国的教皇们。这最终导致了西西里穆斯林的起义，而起义反而引发了有组织的抵抗和系统性的报复，标志着伊斯兰教对西西里岛的影响进入了尾声。在霍亨斯陶芬王朝的亨利六世（Henry VI）及其子腓特烈二世统治西西里时期，岛上穆斯林的存在一直是个问题，最终以大部分穆斯林皈依天主教，或者在起义中被消耗掉的方式逐渐解决。对西西里剩余穆斯林的消灭在1240年代完成，其中的最后一批被驱逐至意大利本土的卢切拉。S