陶侃此时派将领吴寄率兵援救，周顗才得以保命，后追随豫州刺史阎鼎，却不愿随阎鼎奉秦王司马邺入关坐镇，遂投奔在豫章作平乱后援的王敦，并被留下。及后司马睿召周顗为扬威将军、兖州刺史。但周顗到建康后被司马睿留下来，不派到兖州，再任命他为军谘祭酒，后转左长史。建武元年（317年），长安被刘曜攻陷，晋愍帝被俘，司马睿统摄政事，周顗任吏部尚书，但及后因门生伤人而被免官。大兴元年（318年），司马睿在接到晋愍帝的死讯后继位为帝，是为晋元帝。周顗改拜太子少傅，复任吏部尚书。后升任尚书左仆射。及后又代替戴渊任护军将军。