病因.肺炎链球菌可以在5－10%的健康成人及20－40%孩童的鼻咽内发现。在某一些环境，尤其是一些经常与人接触的地方（如医院或军营），可以发现更多的数量。牠利用表面黏着素与上皮细胞的相互作用，紧贴在鼻咽细胞上。如细菌进入如耳咽管或鼻窦等地方，这种定植的情况会转变为感染，造成如中耳炎或鼻窦炎。若将肺炎链球菌吸入肺部而不能清理，加上病毒感染或吸烟引发的纤毛痲痺，就会造成肺炎。一旦肺炎链球菌进入一些很难发现的地方，牠就会活性化补体蛋白质，刺激细胞激素的生成及吸引白血球（尤其是嗜中性白血球）