层三分钟后，探测器速度减慢至每秒496公尺。防热盾脱离探测器后，8.4公尺宽的聚酯减速伞展开，此时距离地表8.8公里。减速伞让探测器速度减缓至每秒85公尺后，地面雷达开始侦测地表，寻找最佳的登陆地点。火星极地着陆者号预计在20:15:00 UTC登陆在南极高原。通讯系统预计在20:39:00 UTC与地球连接。然而美国太空总署一直无法跟探测器取得联络。
通讯失败.1999年12月3日14:39:00 UTC，火星极地着陆者号最后一次遥测数据传抵地球，当时探测器正结束巡航阶段，准备进入