作战的第三部（op-3）特别组成一个领导小组与一个工作小组，分别研究不同的舰体构型组合与战斗系统修改，升级的方案从小规模修改到大规模更动。经过通盘考量作战能力、成本与技术风险后，海上系统司令部于1989年正式提出伯克Flight IIA方案。从平克尼号驱逐舰(USS Pinckney DDG-91)开始，原本位于烟囱两侧船舷甲板的Mk 32型水面船舰鱼雷管便移至机库顶部垂直发射器的两侧 ，以拉近与鱼雷库之间的距离，解决了早期伯克Flight 2A不易进行鱼雷再装填的问题。此外，从平可尼号到班布里奇号（U