于2002年从沈阳铁路局接手了一批东方红3型机车，机车车号根据铁煤集团铁路运输部编制更改为2001～2008，用于牵引调兵山矿区铁路的煤炭列车和通勤列车，至2010年代初退役报废。漯阜铁路公司于2000年代初引入了东方红3型0065号机车，曾经用于牵引由界首至阜阳的6071/6072次、由沈丘至郑州的4741/2次两对旅客列车，同样于2010年代初停运报废。中国水利水电第十一工程局有限公司亦购置了东方红3型0200、0210号机车，曾经运用于服务三门峡大坝的三大铁路专用线，两台机车直到2015年才先后退役。