底物的特异性会有较大不同，酶促反应的机理大多是保守的。具有催化活性的氨基酸残基一般也以相同的顺序出现在蛋白质序列中。在PA蛋白酶超家族中，即使各个家族间催化三联体的氨基酸残基已经相差甚远，但它们采用的催化机理都是相似的——与蛋白质、多肽或氨基酸发生共价亲核反应。但是，仅仅是机理的相似性无法证明同源性，因为一些相似的催化机理是由不同的超家族多次独立地，以趋同进化的方式得到的结果；在同一超家族内也会存在一系列不同（或许在化学意义上类似）的催化机理。
进化意义.蛋白质超家族代表了我们现在