玄亦弃城西逃。刘裕于三月壬戌日（3月31日）获王谧等人推举为使持节、都督扬兖豫青冀幽并八州诸军事、镇军将军，徐州刺史。不久，刘裕奉武陵王司马遵承制总百官行事。刘裕在进建康城后派诸将追击桓玄，终于当年六月诛杀了桓玄，并让在江陵（今湖北江陵）的晋安帝复位。然而，桓氏势力仍在荆州盘据，并反攻江陵，直至义熙元年（405年）才再收复江陵，驱逐当地桓氏势力，并自江陵迎晋安帝回建康，不久刘裕就还镇丹徒。义熙二年（406年），刘裕因功受封为豫章郡公。义熙四年正月（408年），因上年年末扬州刺史、录尚书事王谧