.治疗由肺炎链球菌疾病大多会使用β内醯胺类抗生素。于1960年代，差不多所有肺炎链球菌的菌株都对青霉素敏感，但由那时开始，尤其是在高抗生素使用率的地方，对抗生素的抵抗有上升的趋势。对青霉素有抗药性的菌株在不同程度上亦对红霉素、大环内酯、盐酸克林霉素及喹诺酮有所抵抗。而肺炎链球菌只有对万古霉素敏感，因它的剂量及入侵组织的问题，而不太适合使用。所以抗药性测试需要定期进行，以配合抗体治疗，但是对抗药性测试的临床效果却有着争议。现是只有少数临床证据指青霉素配合大环内酯类抗生素能产生增幅效用。更先进的β内醯胺类