京黎元洪总统解除段祺瑞的总理职务。会议谈论推翻黎元洪。5月26日安徽省长倪嗣冲率先通电称不承认罢免段祺瑞，宣布安徽独立。之后陆续有七省宣布独立，脱离中央。黎元洪被迫请张勋入京调解。张勋带领三千军队进京。7月1日张勋在北京拥清废帝溥仪复辟。史称张勋复辟。段祺瑞乘机誓师讨逆，打败张勋，7月中旬，重新掌握中央政权。段氏标榜“共和再造”，废约法、毁国会，对外投靠日本，对内笼络督军团支持他的武力统一政策，挑起内战，企图消灭孙中山为首的护法势力。1918年秋，直、皖两系矛盾加剧，督军团组织分化，无形中趋于瓦解。