师范大学学习期间，齐振杞参加了一二·九运动。1937年抗日战争爆发后，21岁的齐振杞投笔从戎，任陆军第十二军司令部上校秘书，与诗人臧克家等人从事抗日宣传工作。此后，齐振杞随军在河南、安徽、湖北等地抗日前线活动。1942年夏，齐振杞来到重庆，结识了画家徐悲鸿。其在战地的画作使徐悲鸿十分惊奇，“觉其才思洋溢，勇气逾人”，评其作品“充满战争气氛，现实反映，非闭户造车者可比”。徐悲鸿当即将其留下，向重庆各界推荐齐振杞及其画作。1943年，中央文教基金董事会董事长朱家骅签下聘书，聘请齐振杞为徐悲鸿担任院长的中国美术