379年遭罗马皇帝迪奥多西一世迫害，随后在保加利亚帝国成立后，迫害情况略为减缓，但后来又因为宗教因素遭到保加利亚教会驱逐。鄂图曼帝国在1396年征服保加利亚帝国，逐渐出现具相当规模的犹太人社区。一直到第二次世界大战期间，因为保加利亚同意了德国要求，并与轴心国达成军事同盟，犹太人不仅遭受法律与税务等制度上的歧视，更惨遭迫害。根据2011年人口调查，现今的犹太人多数前往以色列地区，只剩下约略一千人左右还留在保加利亚。。根据2011年人口调查显示，保加利亚的无神论者占总人口的3.7%。另外，无从得知信仰者占2