改新后，派遣至东国的国司避开武藏国造的根据地大宫而选择府中作为武藏国国府。国府推测在大国魂神社附近（依据挖掘调査，神社东隣为的一部分）。武藏国的国分寺位于现在国分寺市内，距离国府约2公里。
中世.鎌仓幕府时代，本市为重要据点，鎌仓街道通过市内。此地也是新田义贞与鎌仓幕府军的战场（1333年分倍河原之战）。
近世.江户时代，此地为甲州街道繁荣的宿场町，周边农地大部分为天领。明治时代是北多摩郡郡役所所在地。大正时代以后，多条铁道的开通与军事设施（府中基地）进驻