马尼拉海沟（）是位在菲律宾西方南海的海沟，最深处约5,400公尺。而南海的平均深度约1,500公尺。马尼拉海沟是中国中沙群岛与菲律宾群岛的自然地理分界。
地质状态.马尼拉海沟是由隐没带造成，欧亚板块在此没入菲律宾活动带之下。马尼拉海沟周围发生过许多地震，而板块运动更使菲律宾吕宋岛西侧的火山弧中的火山受到抬升，其中包括皮纳图博火山。巽他板块（欧亚大陆板块一部份）没入吕宋火山岛弧之下，产生了几乎正南北走向的海沟。这条海沟北起台湾碰撞带，南至民都洛地体（苏禄－巴拉望地块和吕宋岛西