正式成立。但是，直到2009年，印尼才在塔那那利佛开放使馆，而马达加斯加驻日本大使馆也兼辖印尼事务。马达加斯加曾经计划在2018年在雅加达开设大使馆，但至2020年，驻印尼大使馆仍未开馆。2003年，婆罗浮屠远征船队访问了马达加斯加，从印度尼西亚驶往加纳的阿克拉。这艘船是从婆罗浮屠小组重建的，重演航程显示了印度尼西亚与非洲（特别是东非和马达加斯加）之间古老的贸易联系，航运路线是从印度尼西亚海域经过塞舌尔，马达加斯加和南非到达加纳。这也是为了证明印度尼西亚古老的水手和定居者如何到达马达加斯加。Sect