建于1909年，每日压榨甘蔗量为3,200公吨。1967年7月，台糖实行大厂制，改为嘉义总厂，辖大林糖厂、蒜头糖厂。1972年更名为南靖糖厂，改隶属新营总厂。南靖糖厂酒精工场于1976年9月迁併新营副产加工厂。北港糖厂制糖工场于2005年7月1日停闭，北港糖厂特殊糖业务及原隶属北港糖厂的大林工场改隶南靖糖厂。
现况.南靖糖厂制糖工场自2008/2009年期起停压，原料甘蔗拨运善化糖厂压榨，南靖原料课于2008年6月1日改隶善化糖厂。现在的南靖糖厂厂区，由台湾糖业公司嘉义区处与善化糖