1947年与郭琇琮、谢涌镜、萧道应、许强、邱林渊等参加中国共产党台北市工作委员会，成为地下党员。1949年6月辞第一内科主任行政职，仍任台大教职。1950年5月13日台大医院发生第三内科主任许强、眼科主任胡鑫麟、耳鼻咽喉科苏友鹏、皮肤泌尿科胡宝珍4位医师被捕的白色恐怖事件，翁教授当时刚好不在院内而没有被捕，在傅斯年校长和杜聪明院长劝说下，选择「自新」，1955年离开台大，自行开业。