，1159年，发生平治之乱，源氏实力虽遭遇很大削弱，但在东国仍拥有强大实力，国家内部因为割据有源平二氏及奥州藤原氏等势力，加上各界不满架空朝廷的太政大臣平清盛专横擅政而内战频仍。经过长期的源平合战，平氏被赶出京都，将朝廷迁往福原京，之后于1185年在坛之浦之战中彻底覆灭。
幕府时代.1192年，武家首领源赖朝被封为征夷大将军，建立镰仓幕府，并展开幕府统治，开始日本600多年的幕府时代。源赖朝过世后，其妻子的娘家北条氏实力扩大，开始操纵、暗杀或废立之后的继位者，幕府大权旁落执权的北条