史.麦克唐纳天文台是1939年使用美国金融家威廉·麦克唐纳去世时捐赠的80万美元遗产所建立的，建立之初曾引发巨大的争议。1939年5月5日，2.1米口径的奥托·斯特鲁维望远镜在洛克山上开始启用，是当时世界上第二大的光学望远镜。麦克唐纳天文台早期曾由芝加哥大学管辖，1960年代管理权移交给德克萨斯大学奥斯汀分校。1968年2.7米口径的哈兰·史密斯望远镜投入使用。1996年，在不远处福尔基斯山上建造的9.2米口径霍比-埃伯利望远镜也开始启用，主要用于光谱的观测研究。