月至1946年7月再度来华，任美国新闻署驻华分署主任。1946年返回哈佛大学任教。1955年在福特基金会支持下主持成立东亚问题研究中心。该研究中心后来还获得洛克菲勒和卡内基基金会的资助，并于1961年更名为东亚研究中心，后于2007年更名为「费正清东亚研究中心」以资纪念。在他直接或间接主持研究中心的几十年里，哈佛大学东亚研究中心成为美国东亚问题研究的学术重镇，其本人也成为美国中国研究学界的领袖人物。1949年，中华人民共和国建国后，费正清对中国共产党执政将来会遇到的问题作出预测，指出它们将来会遇到三