经济损失无法估计，失业率升上至8.7%的历史新高。及至6月23日，世界卫生组织始将香港从「发生本地传染地区」的名单中剔除。由于政府处理抗疫时多处失当及反应缓慢，引致市民强烈不满。2004年7月，立法会沙士调查委员会公布调查报告，时任衞生福利及食物局局长杨永强被批评「向公众传达的讯息混乱不清……使公众以为他在试图淡化疫情的严重性」，两日后杨永强宣佈「为体现政治问责」宣佈呈辞。
基本法第二十三条.同年年中，香港政府就香港基本法第二十三条关于国家安全问题立法时，因为条例字眼及执行准则含煳