花学运期间，萧旭岑在友人安排之下以个人身份与学运领导人之一的黄国昌见面，试图了解学生想法。2015年11月7日，随同中华民国总统马英九赴新加坡出席「两岸领导人会面」(马习会)，为代表团七位团员之一(中华民国与会团员为总统府秘书长曾永权、国安会秘书长高华柱、陆委会主委夏立言、总统府副秘书长萧旭岑、国安会谘询委员邱坤玄、陆委会副主委吴美红)。媒体报导指称，中华民国总统府副秘书长萧旭岑负责统整总统府、国安会和陆委会，商定称谓和定位等政治操作的把关与协调，扮演「马习会小组执行长」的角色。2016年2月18日