合併为「圣若瑟教区中学行政中心」。翌年的夜间部增设葡萄牙文、电脑、普通话、英文等课程；修订多个规章，包括《校务规章》、《教务规章》、《体育规章》等。1990年度夜间部增设中四、中五文商科课程；成立「圣若瑟教区中学教师联谊会」。1991年年初，教宗若望保禄二世发出该校建校钻禧週年贺词；另一方面，位于天神巷43号新校舍落成，3月19日由林家骏主教祝圣启用，原南湾街第二、三校迁入上课。同年9月将英文部迁入归第五校管理。1992年把圣若瑟教区中学教师联谊会易名为「圣若瑟教区中学教职员联谊会」；位于校本部的钻禧台