迄清而不废。明朝，以六部尚书、都察院都御史、大理寺卿、通政使为“大九卿”；太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、詹事、翰林学士、鸿胪寺卿、国子监祭酒、上林苑卿、尚宝司卿为“小九卿”。清朝，九卿泛指六部尚书之外的独立官署的长官，但没有明确的范围；另称宗人府府丞、詹事、太常寺卿、太仆寺卿、光禄寺卿、鸿胪寺卿、国子监祭酒、顺天府府尹、左右春坊庶子为“小九卿”。《日下旧闻考·官署》：“其同班序产，翰林七品有小九卿六品之上，宫坊六品在小九卿五品之上，宫坊五品在大九卿五品之上，讲读学士在大九卿四品之上。”