有65％是新教徒，巴塔克人也是新教信仰的族群之一。印度尼西亚华人也是新教族群，华裔基督徒分佈在整个印度尼西亚，大部分集中在主要城市地区。在2000年，印尼大约有35％的华人是新教基督徒。印度尼西亚目前有3个新教基督徒佔多数省份：西巴布亚省、巴布亚省和北苏拉威西省；分别佔总人口的60％，68％和64％。
罗马天主教.天主教在葡萄牙到达印度尼西亚做香料生意期间传入印尼。截至2006年，印度尼西亚人口中有3％是天主教基督徒，天主教信徒主要居住在西加里曼丹省，巴布亚省和东努沙登加拉省。东努