第三讲座教授，后历任评议员、文学部长、大学图书馆馆长、校长等职务。1945年2月，成为日本人文科学与民族生态学研究顶尖学术机构京都大学人文科学研究所的所长，1946年3月被授予京都帝国大学名誉教授。
学术研究.羽田亨与他的老师内藤湖南、桑原隲藏一起构建了京都大学东亚史研究的黄金期，形成了在世界史学界享有盛誉的「东洋史学京都学派」。羽田亨尤其精通元蒙塞外史、西域中亚史与敦煌学、中西交通史，而西域史与敦煌学的研究更是其学术事业的顶峰，对日本西域史学得建立有着重要贡献作用。在「东洋史学京