脏出现问题造成肾衰竭，需要接受腹膜透析洗肾。接受弟弟徐政明的活体捐肾，移植手术成功。2005年，媒体报导中华职棒签赌疑云，徐生明也遭波及。在球季结束后，徐生明遭到解职，徐生明坚持自身清白，拒绝接受任何后续的酬庸行政职位。2007年，获聘出任中华民国棒球协会的亚运、奥运棒球选训召集人。2008年，复出中华职棒，接任兴农牛队总教练。2010年，带领兴农牛在上半球季封王，但在台湾大赛中败给兄弟象，成为年度亚军。在2010年球季结束后，兴农牛球团的经营策略改变，决定不再使用洋将，徐生明卸下总教练一职。