兵入侵中国东北。盛京将军增祺派马忠骏同俄军进行和谈。马忠骏来到俄军占领的旅顺，同俄军驻旅顺要塞司令、海军中将阿列克塞耶夫进行交涉，最终达成俄军停止进攻、中方维持地方秩序的协议。1902年，马忠骏奉命收编辽河地区的土匪冯德麟等人，因办差有功，被盛京将军增祺奏保“以府仍分省补用”。1907年，他“因办理交涉措置裕如，以道员留奉天补用”。1911年，东三省总督赵尔巽任命他为吉林屯垦局局长。后改任吉林官运局（次年即1912年改为吉林榷运局）局长。中华民国成立后，1914年，他到黑龙江省，任镇安右将军督理黑龙