雄于九龙被逮捕，被控以战争罪行，于军事法庭审讯。他被判有罪，刑罚是死刑。可是，他上诉推翻了判决，因为他是加拿大公民，不能以敌军的战争罪行起诉他。1947年4月，井上加奈雄以刑事罪行叛国罪受审，法庭判他有罪，刑罚是死刑。1947年8月27日，他在香港赤柱监狱执行绞刑，遗言是「万岁！」。
综观.纵然日本裔加拿大人于二战期间普遍对国家忠诚，井上加奈雄却是极少数的反面例子。加拿大史上只有两人因战争罪行受审，井上加奈雄是第一个，而第二个是2010年认罪的奥马尔·卡德尔。