守教职工成立清华大学保管委员会保护学校。1939年春，日军野战医院152病院进驻清华园。占领期间，以各系馆为伤病住房，以图书馆为治疗室、手术室，以体育馆为马厩，以新南院为妓馆，杀害留守教职工。
国立清华大学复员时期.1945年日本投降后，学校开始修缮清华园。次年联大结束，三校复员。清华在战争伤痕下努力恢复发展，1946年2月，部分系所勉强于北平清华园重新复课。5月4日，西南联大结束，学生依志愿分发，入清华者932人，入北大者644人，入南开者65人。三校于昆明立碑纪念八年之艰苦合作