抗战爆发后，上医先后迁至云南昆明白龙潭、重庆歌乐山。1944年，接办重庆中央医院（今西南医院）为附属医院。1946年5月至8月，师生分三批迁回上海。
中华人民共和国建国初期.1949年秋，奉中央人民政府教育部指示，上海私立暨南大学新闻系并入复旦大学新闻系；1950年9月，复旦大学生物系海洋组并入山东大学；1951年，复旦大学土木工程系并入交通大学，教育系并入新成立的华东师范大学。1952年，复旦大学列名第一批进行院系调整的高等院校。1952年8月至9月底，浙江大学、交通大学