将都城迁到山城国境内的长冈京，很快又再度迁入平安京（即现代的京都）。平安时代后期，大和国成为以源满仲的次子为家祖的根据地。日本南北朝时代的吉野朝廷（南朝）的根据地吉野也位于大和国境内。从镰仓时代到室町时代，都没有设置大和国的守护，大和国实际上由兴福寺统治。安土桃山时代时，大和国境内的土地均大多由寺社控制。这些寺社具有一定军事实力，在当地有很高发言权，因此当时大和国又称为“神国”。丰臣政权时代，丰臣秀吉的弟弟丰臣秀长在大和国境内通过检地、刀狩等手段弱化了当地寺社的势力。进入江户时代以后，德川幕府曾