府受清政府压力，迫令二人离境，于五年内不准入境。杨衢云经新加坡，前往南非约翰尼斯堡，之后再转往日本，并辗转在各地发展兴中会。1900年1月，杨衢云辞去兴中会会长一职，改由孙中山担任。同年从日本到香港，发动惠州起义。失败后杨衢云于年底返回香港，于中环结志街52号设私塾辅仁文社教授英文以养妻儿。1901年1月10日，杨衢云于结志街52号2楼寓所（其私塾）内被清廷派出之刺客陈林开枪刺杀并于翌日（1月11日）失救逝世，享年40岁。谢缵泰为杨衢云安排下葬于跑马地香港坟场，并为杨衢云设计墓碑，碑上没留名字，只刻有编