天主教、新教和东正教的分歧也很大。东正教一直也强调自己完全保留了初期教会的传统，而天主教一直也认为教宗是所有教会的最高领导，新教则强调要回到《圣经》为基础。更明显的分歧是在神职人员应否独身、神职人员的制度如何、《次经》的地位、圣礼的问题、政教关系、圣母及圣徒的敬礼（新教则认为这是『崇拜』圣人圣女）等等问题，三教也无法有一个共识。除神学上的分歧，历史是另一个不能忽略的问题。东正教11世纪和天主教分裂以后，一直也不承认罗马教宗的权威，并认为天主教远离了初期教会的传统；而新教和天主教在宗教改革之后一直存在冲突