市在1880年代被选为日本海军的四大军港之一，从一个渔村迅速发展为军港都市，在甲午战争时扮演了重要角色。1898年，长崎和佐世保两地都开通了铁路。1930年代后，随着日本国内战争气氛日益高涨，长崎县内产业也日益军事化，重工业地位更加提升。1942年，武藏号战舰在长崎市竣工。太平洋战争后期，长崎县也开始遭到空袭。1945年6月28日至29日，美军对佐世保市进行，超过1,200人遇难。同年8月9日，美军在长崎市的浦上地区投下原子弹，造成73,884人遇难。长崎县在二战之后一度被盟军佔领，并进行了实施普选制度