在琉球群岛发现的最早人类遗骸是那霸市的山下洞人，其生活的年代是三万二千年以前。而1967年在沖绳岛具志头村（今八重濑町）发现的港川人遗骨距今一万八千年历史，与日本列岛的旧石器时代人骨很相似。在如今的沖绳县境内至今尚未发现石器时代的痕迹，但在鹿儿岛县奄美群岛则有发现细石器。后来沖绳群岛和奄美群岛出现了日本列岛弥生时代的土器以及当时的贝轮等贝制品，说明日本文化在当时传入了琉球北部。宫古群岛、八重山群岛则与日本文化有很大差异，其使用的土器与当时台湾原住民的土器相似，这说明当时的琉球南部与台湾存有文化联系。