在细胞生物学中，单细胞分析（）是在单一细胞层级上的基因体学（genomics）、转录体学（transcriptomics）、蛋白质体学（proteomics）与代谢体学（metabolomics）的研究。因为原核与真核细胞的族群皆有异质性，所以分析单一细胞可能发现研究整个细胞族群时无法观测的机制。 萤光激发的细胞分选（FACS）之类的科技可将被选取的单一细胞从复杂的样本中精确地分离出来，而高通量的单一细胞分割的科技可以同时执行数百或数千个单一未分选的细胞的分子分析，这对分析基因型相同的细胞群中总转录本（tr