洲与北美洲通过巴拿马地峡连接到一起，导致南美洲的有袋类动物几乎灭绝。巴拿马地峡的形成对地球的气候有很大影响，原来沿赤道的大洋暖流被切断，大西洋开始变冷，大西洋和北冰洋的水温降低。非洲板块与欧洲板块的碰撞使地中海开始形成。古地中海消失。海面的降低使亚洲和阿拉斯加之间形成了一条地峡。在地中海、印度和中国有上新世的海底岩石暴露，其它地方上新世的海底岩石一般在海岸附近可以找到。
植物.上新世气候的变化对植物带来的变化很大，全世界热带种类减少，落叶森林扩展，北方被松柏林和冻土地带