教视为竞争对手而加以打压，更受到罗马帝国打击。罗马皇帝戴克里先对这种从敌国波斯传来的宗教产生警觉，怀疑摩尼教的渗入可能有波斯的推动。因此，戴克里先下诏命令非洲总督镇压摩尼教，焚烧书籍，抄家，信徒被火刑或是处以强制苦役。因摩尼教教义也突显耶稣的地位，罗马帝国官员不能清楚地区分摩尼教和基督教。君士坦丁于313年颁布米兰敕令，承认基督教为合法宗教，摩尼教在这一时期也得到宽容而有所发展。基督教教父圣奥古斯丁早年是摩尼教信徒，曾经信仰摩尼教达九年之久。这段期间他一面过着污秽的世俗生活，一面希望摩尼教选民能为自己