二次大战后，原先的椭圆圆环规划仍在，但可能因需要拆迁民房、财源问题以及小西门当时失去文化资产地位等因素，该都市计画未执行下去，而是打算拓宽逢甲路（今西门路一段）改善交通。民国57年（1968年），已有报导台南市市长林钖山默许将小西门迁往五妃庙。后来国立成功大学校长罗云平在民国58年（1969年）争取，小西门遂在次年（1970年）于成大全权负责下迁至成大光复校区。为了安置小西门，成大拆除了部分残存的小东门段城垣。而在重组时因方向问题产生争议，有要维持原本朝西的方向、或是配合迁到东边的关系将城门整个转向的意见