素的使用改变了在肠道内原本的菌丛生态。具体来说，由于抗生素杀灭了肠道内的某些细菌，令另一些细菌比原来的肠道环境内更容易滋长。其中尤以梭状芽孢桿菌（）最为明显。梭状芽孢桿菌感染症状之一即是伪膜性结肠炎。
治疗.在香港，一般会处方甲硝唑(Metronidazole)，或口服或静脉注射，以消灭肠道中的致病桿菌。事实上，甲硝唑亦是轻微至中度梭状芽孢桿菌感染的第一度防线。另外，亦有建议病人应该积极培养肠道中的益菌（例如：EC12），以平衡肠道内的生态，避免过度依赖抗生素。Sectio