原航行于台湾苏澳与花莲间的「丽娜轮」计画于2014年第四季起开始经营花莲至石垣的客货运服务，但计划未能实现。目前丽星、公主、歌诗达等邮轮公司提供季节性非定期旅游航线，自基隆或高雄开往沖绳地区，旅客可在石垣岛登岸观光半日。航空部分，2010年起开始有花莲机场到石垣机场间的旅行社包机航线。2013年新石垣机场启用后，复兴航空、中华航空先后开设直飞班机往返桃园机场和新石垣机场，飞行时间约一小时。2016年起香港快运航空开设直飞班机往返香港国际机场和新石垣机场。