由于琉球是萨摩藩的附属国，在番奉行所事实上起到了监视和干涉琉球内政的作用。琉球历史上着名的、北谷惠祖事件、平敷屋友寄事件以及牧志恩河事件，都有在番奉行所插足。明治维新后，萨摩藩遭到废藩置县的处置，改为鹿儿岛县。1872年，日本明治政府宣佈改琉球国为琉球藩，在番奉行所亦改为外务省、内务省出张所。1879年，日本吞併琉球、设置沖绳县后，原在番奉行所之地曾作为临时县厅，直到1920年才搬到今日那霸市的泉崎现址。在番奉行所留有文献《御假屋守日记》，是研究萨琉关系的重要史料。