奥朗则布处死不肯改信伊斯兰教的钖克教第九代祖师得格·巴哈都尔。1679年，奥朗则布恢复对非穆斯林征收吉兹亚税。他将印度教徒逐出政府，并大举拆毁印度教庙宇与神像。这些政策导致帝国境内的非穆斯林与政府的矛盾突然尖锐起来，并很快演变成武装斗争。坚持自己信仰的锡克人和拉其普特人成为莫卧儿帝国公开的敌人；奥朗则布虽然多次打败他们，却无法彻底消灭其反抗力量。最危险的国内敌人是新兴的马拉地人国家，它后来发展出可与莫卧儿帝国匹敌的军事能力。另一方面，由于奥朗则布力图消灭他的政治对手，莫卧儿帝国的疆域在他在位时扩张到最大