澎湖提标馆设立可追溯清康熙二十三年（1684年）后，朝廷在澎湖设立营制，驻军採班兵轮调，因远离故土，遂私建伙房，在聚会之所各自搭建神龛祭祀。澎湖提标馆原为水师提标营聚会之所，主祀天上圣母，香火自厦门天后宫而来，与铜山武圣殿皆是由班兵会所转变而来的庙宇，早名旧承祠、祖承祠。
提标馆与清代班兵.清领台湾初期（康熙年间）朝廷并不在台湾当地募兵驻守，兵源而多从福建绿营轮调而来。按林豪《澎湖厅志》记载，其时驻澎营制应拨班兵两千名，各分为四起轮戌，三年一换。澎湖提标馆成员来自「澎湖水师提标