属北路安抚司。1683年（清康熙二十二年）隶属于福建省台湾府诸罗县。1723年（雍正元年）增设彰化县，该县隶属之。至1759年（干隆二十四年）正式设县丞，此为南投县有政教之始。1887年（光绪十三年）福建、台湾分治，台湾改制为台湾省，这时的南投行政区属台湾府台湾县（县治在今台中市南区），县丞驻南投堡。同时云林县衙设在竹山，管辖云林县。1894年（光绪二十年）甲午战争清廷战败，遂于第二年（1895年）将台、澎割让日本。1895年划入台中县，1901年独立为南投厅，1920年改为台中州南投郡、竹山郡、新高郡