盟分支机构的权力，使得波斯尼亚和黑塞哥维那共盟形同独立运作的政党。1980年代晚期，斯洛博丹·米洛舍维奇成为塞尔维亚共产主义者联盟的领袖，他在塞尔维亚推行民族主义，使得南斯拉夫内部民族冲突加剧。终于在1990年代导致南斯拉夫各民族的冲突及南斯拉夫社会主义联邦共和国瓦解。1990年12月，波斯尼亚和黑塞哥维那共产主义者联盟瓦解，后于1992年重建为波斯尼亚和黑塞哥维那社会民主党。