车站结构.红旗南路站为三层车站。站厅位于地下一层，设有地铁客服中心，可为乘客提供人工购票、地铁储值卡的发售充值、失物招领等服务。另外，站厅内还设有自动售票机、验票机、自动取款机等自助服务设施。3号线站台位于地下二层，为岛式站台，6号线站台位于地下三层，为岛式站台，所有站台均设有全高式屏蔽门。3号线站台东部与6号线站台中部设有楼梯连接，可进行双向垂直换乘，也可利用地下一层进行站厅换乘。
车站出口.红旗南路站共设4个出口（其中B口暂不开放），各出口及周围设施如下