屈大均幼时随入赘邵家的父亲居住在南海县西场（即今之广州荔湾区西场），初名邵龙，又名邵隆，字骚余，号非池。十岁时随父亲归原籍番禺，恢复屈姓，更名大均。早年受业于陈邦彦门下，补南海生员。顺治三年（1646年）清军攻陷广州，四年（1647年）屈大均参加陈邦彦、陈子壮、张家玉等起兵抵抗，同年失败，陈邦彦被执，磔以死，大均收陈等人之骨骸。后受父命，至肇庆，向永历帝呈《中兴六大典书》，授以中秘书，因父殁急归。顺治七年（1650年）清兵再围广州，为躲避追捕，屈大均在番禺圆岗乡金瓯山（又名雷峰山）海云寺（今已废）剃发