被污蔑为“间谍”或“特务”，只有钱学森等少部分人因为周恩来于1966年特别列出的一份名单而受到保护。 截止1968年底，中国科学院在北京的171位高级研究人员中就有131位被打倒，全国范围内共有229人被迫害致死。数学家熊庆来1969年被迫害致死，华罗庚被抄家3次、研究手稿散失，陈景润不堪造反派的侮辱曾跳楼自杀未遂。其他着名知识分子如老舍、傅雷、熊十力、田汉、翦伯赞、吴晗等也因受迫害身亡。1978年起，邓小平主导了对学术界、思想界的拨乱反正，中共中央为姚桐斌、赵九章等在文革期间受迫害的“两弹一星”元