新竹科学园区的一部分。最早的成立构想是在1988年，1996年依《财团法人国家卫生研究院设置条例》正式成立。创立基金来自政府捐助，每年运作的主要经费亦来自政府（卫生福利部）。该院主要研究的对象是医学、药物、卫生或其他生命科学领域，以及相关的技术，例如疫苗研发。除了研究以外，也提供一些研究资源，例如细胞库、全民健保资料库和每年整合型医药卫生研究计画经费之补助，或是进行医学专科人才的训练。研究院附设了一座cGMP生物制剂厂，负责疫苗研究及疫苗研究成果与产业界大量生产的衔接。
历史.