国宝乱政，于是有意起兵杀死王国宝。但当时王珣阻止，称王国宝罪恶未彰，现在起事兵大失人心，认为应该等待王国宝罪恶之事传遍天下，人心皆恶时才顺应人心诛杀他，这就无往不利。当时王恭亦顾虑作为王国宝党羽的豫州刺史庾楷，于是打消念头。隆安元年（397年），王珣任尚书令。王恭在当年就因获荆州刺史殷仲堪支持，上表陈列王国宝罪状，起兵讨伐他。当时王珣虽任尚书令，但因孝武帝突然被杀，未及写遗诏以王珣为顾命大臣，故王珣已失势，只是因偱行事，不发一言。当时司马道子问王珣是否知道王恭和殷仲堪起兵，王珣亦称他未有参与朝政，故不会知道