记事物难以求证，又多奇怪神异之处，故司马迁写《史记》时也认为：“至《禹本纪》，《山经》所有怪物，余不敢言之也。”。明人胡应麟见其书「无论其事及其文，与典谟、《禹贡》迥不类也」，「怪诞之词，圣人所不道」，不相信其为地理书，而谓之为「古今语怪之祖」。清人修四库全书，在《四库全书总目提要》中认为「书中序述山水，多参以神怪」，「案以耳目所及，百不一真」，「核实定名，实则小说之最古耳。」将《山海经》归为子部小说类。当代学者研究《山海经》趋向多元，不仅视《山海经》为文学想像的神话，亦重视其包含有上古信史的一面。