重的淤积也让南化水库的容量大为下降，2009年11月，南水局进行测量时，南化水库的有效蓄水容量约为1亿立方公尺，已减为原先设计容量的63%，可显见淤积已严重影响水库蓄水功能。因此，为确保南化水库运转顺畅并蓄清排浑，延长水库寿命及基于永续利用之原则，行政院于2010年通过「曾文南化乌山头水库治理及稳定南部地区供水特别条例」，希望透过集水区保育、新水源开发、水库清淤及库区设施新建等多面向策略，来维持既有水库功能及稳定南部地区水资源供应。经特别条例工作小组审议后，确定由水利署南区水资源局负责南化水库增设防洪防