漕运中断，淮盐引地（扬子四岸）尽失。不久1855年黄河改道，京杭大运河山东段河道淤塞，为了避开战火，南方的粮盐改道上海经过海运运送到北京。因此上海取代扬州成为中国新的粮盐集散地。原有的扬州钱庄投资资本，在战火影响下，转向上海等比较有安全保障的通商口岸以及租界。扬州的娱乐服务业更加一蹶不振。太平天国运动结束以后，部分官员曾经打算重开漕运，无奈京杭大运河山东段河道淤塞严重，无法通航。1908年沪宁铁路和1912年津浦铁路修通，彻底结束了京杭运河的历史使命，也彻底结束了扬州经济在中国的优势地位，扬州因此而衰败