海防重镇。唐玄宗开元二十四年（736年），朝廷在南头城附近海边，设置了一个军事要地屯门镇，隶属于安南都护府，指挥所在南头城内。
明.洪武二十七年时，在南头城基础上修建了东莞守御千户所城。万历元年（1573年），又从东莞县分析出新安县，县治设在南头城。
清.清初，东莞守御千户所改为新安营。康熙年间，迁界令颁布。整个南头城以及三分之二新安县居民被迫迁离，南头城只余下一面城墙，余下的屋砖都用来建立界墙。康熙五年（1666年）时，因为人太少，新安县荒废，并跟东莞县