维吾尔族和马占仓统领的回族军队，突厥族穆斯林也因不满金树仁而起义。2月，喀什驻军师长金树智暴病身亡，金树仁电令马绍武为喀什区行政长兼任南疆“剿匪司令”。23日，喀什城所有的建筑为庆祝马绍武上任而悬挂了南京国民政府的旗帜，衙门口还鸣放了礼炮。和田爆发穆罕默德·伊敏、贾尼卜伯克联合发动的叛乱，穆罕默德·伊敏还建立了分裂主义政权“和田伊斯兰教国”。马绍武派金绳武率部前往镇压，却全军覆没，而团长杨庆明率部在巴楚县与铁木尔、马占仓联军大战一月有余后也因伤亡惨重而败退。出于恐慌，马绍武派两位维族贵族到和田与叛乱武装谈判