修会传教.17世纪，以方济会会士为主的天主教传教士开始陆续进入科普特。1630年，一个嘉布遣会的会所在开罗成立了，紧接着在1675年，耶稣会也进驻了。在这些修会的影响下移位亚历山大科普特正教会的主教耶路撒冷的亚塔纳修于1741年改宗天主教，并获教宗本笃十四世任命为宗座代牧，管理极为少数的由科普特礼改宗的天主教徒。虽然最后亚塔纳修回归了亚历山大科普特正教会，但是从他开始建立的天主教会圣统制还是由他人传承下去。
设立宗主教.1824年教廷一度设立了一个科普特礼宗主教的职衔，但仅存于纸