士丁尼二世成为帝国的僭主；而再之后的717年伊苏利亚人利奥废黜狄奥多西三世成为皇帝。因此安纳托利亚军区成为了伊苏利亚皇帝的坚定支持者，而皇帝的圣像破坏政策也在这里被坚决贯彻执行，之后利奥的儿子君士坦丁五世也在此处设立避难所，组织力量打击当时的篡位者阿尔塔巴斯多斯。而安纳托利亚军区将军们的篡位之路和当地的动乱并未就此停息，803年“突厥人”谋权失败后，他的后任，“亚美尼亚人”利奥五世则在813年在当地军队的帮助下篡位成功。当地还在820年爆发了为期三年之久的之乱。而在10世纪时期该军区就从叛乱派系中淡出，