病中，蛋白质不正常折叠和聚集现象也被普遍发现是致病原因，例如阿兹海默症、帕金森氏症、肌萎缩性嵴髓侧索硬化症（ALS）、亨丁顿舞蹈症、家族性淀粉样物多发性神经病变（FAP）；除此之外，在非神经疾病的第二型糖尿病中也有被发现。蛋白质聚集的过程可以用成核-聚合反应（Nucleation-dependent polymerization）来解释:
朊毒体疾病.朊毒体蛋白导致的疾病统称为传染性海绵状脑病，且在许多哺乳动物均有发现，目前无法治愈。哺乳动物的朊毒体疾病主要有羊搔痒症、牛脑海