合併后与原高雄市左营区孔子庙形成闹双胞的现象，因此目前每年举行的祭孔大典改成两庙轮流举办。
沿革.旗山孔子庙的前身为台湾日治时期兴建的旗山神社，日本二战投降，国民政府接管台湾后，神社建筑遭到破坏。直到1983年由时任高雄县县长蔡明耀推动之下，将旗山神社改建为高雄县孔子庙，历经两年施工其于1985年完工启用。2010年高雄市县市合併后，使得合併后的高雄市拥有原高雄市设立的左营孔子庙，以及原高雄县的旗山孔子庙，为此合併后的高雄市政府将每年都会举办的祭孔大典改成两边轮流举办，以解决孔