.模式种东方吉祥鸟（"J. orientalis"）是于2002年被描述的。季强等人认为吉祥鸟比始祖鸟或神州鸟更能飞翔。牠们的演化树显示吉祥鸟形成了一个短尾鸟类的分支，但不包括始祖鸟及神州鸟。2006年，周忠和与张福成认为吉祥鸟与神州鸟都是热河鸟的异名，即吉祥鸟不可能较神州鸟进化。但是这个主张似乎有着一些问题，尤其是未处理吉祥鸟与热河鸟的不同之处。
种系发生学.吉祥鸟是真鸟翼类的基群，短尾鸟类则是其旁系群，依2014年勒菲弗等人的研究成果，其关系如下：