伏湛教学不止。和平原百姓一起吃粗食，俸禄全赈济故乡，来客人一百余家。门下督建议伏湛起兵割据，伏湛认为他行为惑众，于是诛杀门下督，将其枭首，郡内安定。
光武时期.刘秀即位为光武帝，以伏湛名臣声望，聘任他为尚书，主管恢复旧制。大司徒邓禹西征进言光武帝伏湛堪任宰相，于是光武帝任命伏湛以司直兼行大司徒事。光武帝亲征，常以伏湛担任留守，总摄群司。建武三年（27年）三月，邓禹辞任大司徒，伏湛继任，封阳都侯。赤眉军投降后，光武帝亲征渔阳郡彭宠。伏湛反对皇帝离开洛阳远征渔阳，认为浪费人力物力，