（1913年）参加二次革命，讨伐袁世凯，失败后避居日本。民国四年（1915年）再赴云南参加护国战争，并任熊克武部参谋长及敌前总指挥，转战于四川泸州、徐府（宜宾）一带。后为策应陕西护国运动，乔装成商贩徒步回陕。民国五年（1916年）袁世凯死后，加入皖系的陈树藩任陕西督军兼省长。井勿幕对此深表不满，便前往北京联络革命志士进行反陈树藩的斗争。
护法运动与身亡.民国六年（1917年）3月出任关中道尹，同年8月离职，闲居西安。12月，陕西的国民党革命派胡景翼、曹世英等人响应孙中山