幕派掌握了新政府的实权，并宣布大将军德川庆喜为朝敌。庆应4年1月6日，德川庆喜放弃大坂城，由海路逃往江户。失去指挥官的幕府军随即溃散。
江户开城.1月31日，朝廷发布讨伐德川庆喜的命令。2月3日，剥夺了庆喜的官职；9日，由西乡隆盛担任总参谋的东征军以萨摩、长州等藩兵为主力，相继从京都出发。3月12－13日，东征军诸路接近江户，决定3月15日发起总攻。幕府主战派要求决一死战，但幕府重臣胜海舟看到了民心向背的严重形势，与萨长军统帅西乡隆盛谈判成功，劝说德川庆喜投降。4月21日，新政