战争爆发后，他加入，并成为石墙杰克森将军的下属。他在中获挑选为美利坚联盟国临时国会代表，其后在1861年以民主党党籍身份当选为维吉尼亚州第十国会选区代表议员，任期自1862年到1864年。战争结束后，博特勒在1876年被任命为百週年委员会成员；不久又获美国总统切斯特·艾伦·阿瑟提名担任美国国际贸易委员会委员，并得司法部长聘用在司法部担任赦免文员。1892年5月8日博特勒于西维吉尼亚州杰佛逊县逝世，与妻子海伦·斯托克顿·博特勒葬于谢泼兹敦榆树公墓（）。