朱舜水虽然不是明朝命官，仍然在华南奔走抗清，后逃奔安南国（今越南）。1657年，暂居安南的朱舜水想返华抗清，被人举荐做官，进见安南国国王，但朱舜水誓死不肯向国王跪拜，被羁押达五十多天，终于放他回国。朱舜水爲了反清的资金来往贸易与华南、日本、越南，用以支持南明鲁王朱以海和台湾的郑成功，还参加了永历13年（1659年）7月的南京攻略战。南京攻略战失败之后，朱舜水作爲郑成功的使者向实行锁国政策的日本求援，万治二年（1659年）冬来到日本长崎。万治三年（1660年）在筑后国（今福冈县南部）柳川藩学者安东省菴的帮