也没有找到高效的给药途径。反义RNA的起效与RNA干涉（RNAi）有关。只有真核生物具有RNA干涉过程。反义RNA和相应的mRNA形成双链RNA片段爲RNA干涉过程的第一步。随后，能将上述的双链RNA切成小段。这些小段的反义RNA链紧接着会与RNA诱导沉默复合体（RISC）结合，之后，后者便会与小段上的mRNA链连接，并将之降解。一些转基因植物因能表达反义RNA，RNA干涉途径处于激活状态。因爲反义RNA的表达，RNA干涉会导致不同程度的基因沉默。比较着名的例子有番茄以及两种耐的番木瓜。长顺式反义R