这些微生物，抑制有害菌，都可用作生物防治以减少病虫害。许多真菌可抑制螨、杂草、线虫或其他有害于作物的真菌生长，在生物防治上产生了许多应用。如、黑殭菌、、与等皆可抑制害虫生长而用作生物农药。"Neotyphodium"、等内生真菌生长在植物体内，可以合成生物硷以避免植物受到草食动物啃食，这种特性也被人利用在放牧场等草地的栽培中，经由植物配种选择分泌物只对昆虫有毒性，而对家畜无害真菌。
真菌修复.真菌修复是生物修复的一种，意指以真菌来降解环境中的污染物。已知某些真菌可以将杀虫剂、除草剂