圳段则以长5.3公里的隧道（主要以隧道钻挖机建造，其次为明挖回填）为主，末端0.8公里为地面及架空路段。线路起于西端望牛墩望洪路站，止于深圳光明区科学城东站，设站31个，分别是：望洪路站、道滘站、道滘东站、人民医院站、汽车总站、滨江体育馆站、莞太路站、鸿福路站（本站为与东莞轨道交通2号线的转车站，同时设有联络线接驳2号线）、新源路站、东城南站、水濂山站、大岭山北站、大岭山站、大岭山东站、松山湖站、大朗西站、大朗站、湿地公园站、黄江北站、黄牛埔站、黄江中心站、黄江南站、科学城东站、中山大学站（中山大学深圳校区