主要可以分成两大项。一是免疫系统防卫上的缺陷，在这部分发生缺损，将无法产生适应免疫反应上的疾病（如慢性肉芽肿 chronic granulomatous disease）和自体免疫反应（autoimmunity），也就是免疫系统攻击自己的抗原（比方说红斑性狼疮systemic lupus erythematosus、关节炎rheumatoid arthritis或重症性无力症 myasthenia gravis等疾病）。另一个则是因为其他免疫系统发生病变，包括引起各式的过敏反应，例如对于无害分子化合物的产生