苏联红军从维尔纽斯撤到郊外，将这座城市交给立陶宛军队。10月29日，在市中心举行了一个隆重的仪式加以庆祝。不久以后，立陶宛开始了从考纳斯迁都到维尔纽斯的进程。不过，在迁都完成之前，1940年6月，整个立陶宛被苏联占领，成立了一个共产党政府——立陶宛苏维埃社会主义共和国，首府设在维尔纽斯。有4万名居民遭到内务人民委员会（NKVD）的逮捕，被流放到苏联远东地区的集中营。苏联摧毁了城市的工业，斯大林将整个Elektrit无线电厂和一部分工人迁移到白俄罗斯的明斯克，并改名为维亚切斯拉夫·莫洛托夫无线电厂。194