基阳离子产生非理想性的产物。事实上，使用刺激性氟化氢可能会降低一些肽的产率。
Fmoc保护基团.在最终裂解情况下，无水氟化氢降解蛋白质的效果产生一个新的α氨基保护基团，Fmoc则是一个较温和的脱去保护方式。此方法是利用硷，通常哌啶（20-50％）在DMF中，以除去Fmoc基团，以暴露α氨基与进入的活化氨基酸反应。较不同于Boc的酸，在脱去保护时用的α氨基，FMOC SPPS则使用硷，进而接触胺的是中性的。因此，肽树脂中并不需要中合反应，除了缺乏肽之间静电排斥可以导致增加的聚集。因