市长选举中，国民党提名的刘立群以六成一的票数击败新党的曹原彰。在2000年中华民国总统大选中，脱离国民党参选的前台湾省长宋楚瑜在马祖地区的得票率高达七成三，其次国民党连战也有二成四的支持率，当选总统的民进党陈水扁则仅得不足两个百分点。而在2001年中华民国县市长选举中，代表亲民党参选的陈雪生，以五成六的得票率，击败国民党提名寻求连任的刘立群，连江县也首度出现了政党轮替。在2004年中华民国总统大选中，连战在连江县取得了九成四的票数，而陈水扁的得票率则是百分之六。在2005年中华民国国民大会代表选举中