后，波密与拉萨矛盾日深。1927年，藏军第七代本率兵进入达兴，为旺钦顿堆所杀，双方正式开战。1928年，噶厦派出五路藏兵进攻波密，旺钦顿堆逃往英属印度，被英国人软禁。其后英人声称旺钦顿堆中暑死亡。1932年，噶厦政府完全控制波密地区。波密平定后，因色拉寺、倾多寺、松宗寺有战功，噶厦准许其建立波密宗、倾多宗、波堆宗，并各自委派宗本管理，直至1959年波密建县，即波密县。