大交通部负责执行管理水路运输与安全的法案与规范。
运河.圣劳伦斯水道一度是世界上最大的内陆水域航行系统。加拿大的主要运河是在圣劳伦斯河与五大湖，其他则是次要运河。
港口.国家港口委员会管理对象有哈利法克斯、圣约翰斯、诗古提米（Chicoutimi）、三河市、邱吉尔（Churchill）与温哥华。交通部负责监督全加拿大超过300座港口。
商船.2007年年底为止，加拿大商船队共有173艘船只（1000吨以上），总吨位2,129