受洋务派领袖盛宣怀赏识，出任邮传部主事。民国时期，为北洋政府财政要人。任职于中华民国财政部，先后担任财政部公债司科长，库藏司司长，币制局参事、主事。曾担任汉口中国银行行长。终任印制局局长。有“小财神”之称。在中华民国财政部库藏司司长任上，曾协助曹汝霖向外国借款以筹军费，如曹曾向日本借款三千万日元（又称“西原借款”）。为使借款汇兑方便，曹在北京设立汇业银行，是中国历史上第一家由中国、日本合办的合资银行，李祖恩即担任该银行的经理。逝世后，于民国三十二年（1943年）六月三日，葬于上海市法华乡霍必兰路