参加抗清活动，也曾助郑成功北伐；南明灭亡后，他不愿降清，遂东渡日本。于日本和水户藩藩主德川光圀（水户黄门）接触，其遗臣性格与儒家思想，让德川光圀深感未有异族统治且天皇万世一系的「小中华日本」方是中华思想的正统继承者，遂奋发编纂《大日本史》以扬正统，导致尊王攘夷思想之催生。朱舜水更对水户学拥有不可磨灭之影响。
生平.崇祯17年（1644年）甲申之变，明朝被李自成推翻，随即清兵入关，又攻杀李自成。朱舜水虽然不是明朝命官，仍然在华南奔走抗清，后逃奔安南国（今越南）。1657年，暂居安南的