入明智光秀一方，于明智光秀战败后随之一同灭亡。1600年关原之战后，京极高知领有整个丹后国，但在1622年京极高知过世后，将丹后国划为三分，交给三位儿子分别成立、和峰山藩；此后现在京丹波市的南部区域属于峰山藩，北部属于宫津藩，西部属于幕府直辖领，设有久美滨代官所。在江户时代结束后，这些区域曾先后分属府中裁判所、久美滨县、峰山县、宫津县，直到1871年全数被整併到丰冈县，1876年第二次府县整併中，丰冈县被废除，原属丹后国的区域包括现在的京丹后市辖区被改划入京都府。1889年实施町村制，现在的京丹后市