院通过了用国费在台湾建立神社的建议案。1897年9月，台湾总督乃木希典设置了「故北白川宫殿下神殿建设取调委员会」，以调查台湾神社的建设地点，在调查台南、基隆和台北三地后，最后选定在台北圆山设立台湾神社。至于在台南，则是由市民关善次郎作为代表向台南县知事矶贝静藏提出保存御遗迹，故由台南县知事矶贝静藏和混成第三旅团长高井敬义于1899年11月向总督府提出了「御遗迹所保存工事」。1900年3月，矶贝静藏委託技师河野市次郎和技手明田藤吉修缮北白川宫亲王的「御寝室」以尽量保持旧貌地修缮，并增设瑞篱和拜殿、手水屋、敷石