孝孺妻子郑氏与子方中宪、方中愈上吊自杀，两个女儿亦跳入秦淮河自尽。方孝孺的宗族亲友前后受诛者达数百人，受牵连者达数千人，其门人中以身殉者有卢原质、郑公智、林嘉猷，史称“诛十族”。
身后.永乐二十二年，明成祖朱棣驾崩后，长子明仁宗朱高炽继位。同年11月，朱高炽宽待齐泰、黄子澄、方孝孺等建文忠臣族人，并赦免之。齐、黄二人各有一子被找到并赦免。方孝孺未找到子嗣，找到了其堂兄方孝复，并赦免方孝复。万历十三年三月，释放因方孝孺连坐的戍边后裔，其分别流放到浙、赣、闽、粤、蜀等地的人数有一千