噶尔丹南征青海和硕特，东征喀尔喀蒙古。而沙俄为在远东寻找出海口，向东移民侵略黑龙江上游。康熙帝先是于雅克萨战役击败俄军，与其划定边疆；之后率军三征噶尔丹，协助喀尔喀蒙古收复其领土。喀尔喀蒙古其后在多伦会盟后併入清朝，外蒙古地区正式归清朝所有。1727年雍正帝与帝俄签订恰克图条约，确立塞北疆界。1717年准噶尔汗国新可汗策妄阿拉布坦入侵青藏地区，灭和硕特汗国，并且佔领拉萨。清军多次被准军击败，最后于1720年由胤禵率军驱除成功，协助第七世达赖喇嘛入藏，以拉藏汗旧臣管理藏区，这是清朝经营青海、西藏地区之始。