长选举中，民进党提名海外独派人士、美国普渡大学地球物理学博士陈唐山参选，对上国民党提名的省议员黄秀孟，时任总统李登辉更亲上火线，发出如果黄氏不能当选「我就切腹自杀」的诉求为黄氏背书。最后陈唐山仍以五成四的选票击败黄秀孟，台南县开启绿色执政。在1997年中华民国县市长选举中，陈唐山以十五万七千多票的优势击败时任蓝委洪玉钦，连任县长。陈水扁于2000年当选总统后，一度想延揽陈唐山为国科会主委，但因代理县长一事上摆不平而作罢，2001年陈氏任满转选立委，2001年中华民国县市长选举则由民进党提名的苏焕智以三万七千