是摄政近卫基实的长子，母亲是“谋反人”藤原信赖的妹妹。近卫基通之父为其祖父藤原忠通的活到成年的儿子中的长子，故近卫基通是藤原氏摄关家的嫡流继承人。永万2年（1166年）基通之父基实在他年仅6岁时去世。翌年，朝廷敕封其嫡母、当朝权臣平清盛年仅11岁的女儿平盛子为准三后以及皇太子宪仁亲王（即日后的高仓天皇）的准母。从此，基通在以平氏政权为后盾的嫡母平盛子的监护下生活。然而，因其父过早去世，基通十分年幼，本该由近卫基通继承的嫡流遭到叔父松殿基房的觊觎。最终朝廷认命松殿基房为摄政，但摄关家庞大的庄园由基通的嫡母