都无人理会他，王导与王敦则为他建立威望，建立起在南方较安定地方的一个朝廷。王导主掌政策事务，而王敦则掌握军事力量，对东晋建立有极大的贡献，当时的人更称「王与马，共天下」可见王氏的地位和影响力。但东晋朝廷建立后，司马睿希望减弱琅琊王氏的影响力，于是提拔刘隗、刁协等其他士族人士，用以制衡王氏势力。司马睿亦忌惮掌握军事大权的王敦，亦疏远了曾经极力扶持自己的王导。同时，王敦亦渐见专擅，如自行选置属下州郡官员，自行加任割据险处的何钦为将军，更意图安插亲信任州刺史。这些事都让司马睿感到厌恶，而王敦亦对司马睿的过河拆