度假区的需求，帕格尼尼号自1993年5月23日起将运行区间变更为多特蒙德－威尼斯，其中多特蒙德至维罗纳之间的经由及时刻均维持不变。自1995年5月28日起，原EC12/13次帕格尼尼号重新调整为米兰始发及终到，并沿用列奥纳多·达芬奇号的名称，而意大利国家铁路则在维罗纳－慕尼黑区间新增开行一对欧城列车，车次使用EC88/89次，帕格尼尼号的名称遂被保留至后者。五年后，自2000年5月28日起，德国铁路运营的EC12/13次再次调整运行线路为多特蒙德－维罗纳，并与意大利国家铁路在米兰－慕尼黑间增开的新EC8