寺庙在战火中被毁。金朝初年，海慧禅师将寺庙恢复，但在金朝末年时该寺庙被蒙古军队摧毁，并于窝阔台二年至窝阔台七年完成了重建。元代大德年间、龙泉禅寺还曾得到重修。明初时，龙泉禅寺再次毁于战火。永乐年间，龙泉禅寺所在的周边山区被分封给了护国公张辅，而张辅的弟弟张輗让自己的孙女悟兴担任龙泉禅寺的主持，随后悟兴重修了寺庙。明代正德年间，龙泉禅寺也有重修，并留下了记事碑。在这次重修中，僧人们将原来镶嵌在山崖上，但却大幅残损的文殊普贤万菩萨法会图取了下来，并安置在万佛堂中。最后一次史料所载的维修记录是在明代万历十七年（1