东晋建立后，虞潭先后任屯骑校尉、右衞将军及宗正卿。王敦之乱于永昌元年（322年）爆发，大将军王敦率兵进攻建康，并攻入石头城，虞潭与王导等六人率兵三道进攻石头城但失败。王敦事后掌握朝政，并回武昌遥控朝政。太宁二年（324年）虞潭因病而回乡。但同年王敦派王含等人进攻建康以图篡位，支持王敦的沈充亦拒绝朝廷招降而起兵响应王敦。虞潭知道后，便从家乡余姚招集宗族和郡中士族起义兵讨伐沈充。晋明帝于是任命虞潭为冠军将军，领会稽内史。不久王含和沈充等人都兵败被杀，王敦之乱被平定，虞潭于是罢兵。后先后迁任尚书和右衞将军，加