为始祖，于志宁表示了异议。太宗想要功臣的子孙世袭刺史之职，于志宁表示反对。太宗都听从于志宁的意见。640年，兼太子詹事，教导皇太子李承干，多次进谏，但李承干不听。643年，李承干被废，东宫属官都被问罪，只有于志宁受到表彰。晋王李治被立为皇太子，于志宁再任太子左庶子。太宗去世，唐高宗李治继位，于志宁任侍中。650年，加光禄大夫之位，进封燕国公。651年，监修国史，与李勣一起主编了《本草并图》五十四篇。李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反，高宗命令即时处斩李弘泰，于志宁说“春季不宜执行刑罚