1965年成立西藏自治区。达赖喇嘛带领部分噶厦成员逃往隆子宗，最后驻留印度北部的达兰萨拉，建立西藏流亡政府。西藏流亡政府所设噶厦为其最高行政机关，由一位首席噶伦和不超过七位的噶伦组成。
管辖区域.清代噶厦的管辖区域并不包括今西藏自治区的全部。清干隆后期，噶厦管辖前藏、后藏和阿里的大部分宗、谿卡，以及布噜克巴（今不丹）、哲孟雄（锡金）的小部份地区。西藏东北的霍尔三十九族隶属于夷情章京、当雄的达木蒙古由驻藏大臣衙门直辖。后藏日喀则周边的十几个宗及藏内各地的班禅游牧由班禅额尔德尼商上管辖