后，中国共产党同中国国民党结成抗日民族统一战线，两党达成协议，取消陕甘宁省苏维埃政府，成立陕甘宁边区政府。马锡五任陕甘宁边区庆环分区副专员。1939年秋，陕甘宁边区驱逐了庆阳县城的国民政府方面官员。庆环分区机关遂自曲子县城迁至庆阳县城，并改称陇东分区，马文瑞任中共陇东地委书记，马锡五任陇东分区专员。任内，他于1941年组织将定边、盐池县所产食盐运出，打破了中国国民党对陕甘宁边区的“经济封锁”，获陕甘宁边区政府表彰，表彰书中提到，马锡五领导的运盐工作任内，马锡五还抓好了陇东分区的公粮缴纳，并经常深入到庆阳