5年之前，拜仁慕尼黑二队被称为拜仁慕尼黑业余队。拜仁业余队在1956年首次参加巴伐利亚州顶级联赛——巴伐利亚业余联赛，他们是在赢得的冠军后实现晋级的。 升级后的首个赛季拜仁业余队位列积分榜中游，1957/58赛季更是以2分之差不敌同城对手瓦克慕尼黑而屈居亚军。1960/61赛季拜仁业余队重复了这一结果，冠军则换成慕尼黑1860业余队。1963年，德国联赛系统发生重大改变，该赛季拜仁业余队成绩下滑，错过了晋升新成立的第3级别巴伐利亚业余联赛的机会。他们当时以第七名完成赛事，却发现自己下赛季只能身处新的第4级联