种说法是约翰被其军中因不满于其进攻安条克同宗的拉丁裔士兵密谋刺杀，并且他们希望他亲西方的儿子曼努埃尔·科穆宁继承皇位。然而这一猜想在第一手史料里没有明显的证据。约翰生前最后一件大事便是指定他的小儿子曼努埃尔为自己的继承人。约翰选择曼努埃尔而非其兄长伊萨克·科穆宁有两条有记载的证据：伊萨克的脾气易怒，并且曼努埃尔的胆识已经在尼克萨尔战役中显现了出来。另一个证据据称是源自AIMA预言的选择，它预言约翰的继承人名字的首字母应该是“M"。约翰二世的挚友约翰·阿克苏赫，尽管有记载他苦劝垂死的皇帝，伊萨克·科穆宁才是更