三一九枪击事件」，为中华民国政府迁台以来首次国家元首遭枪击事件，翌日，陈水扁及吕秀莲当选连任第11任正副总统。2005年6月立法院预算审核通过新十大建设。2006年8月12日起，针对陈水扁总统任内爆发的政治丑闻，由前民主进步党主席施明德于台湾发起「百万人民倒扁运动」，要求陈水扁总统负起政治责任下台，又称「红衫军运动」。2008年3月22日，由中国国民党提名的马英九、萧万长在第12任正副总统选举中胜出当选，是谓台湾民主政治第二次政党轮替。2009年8月，莫拉克台风侵袭台湾而发生严重水灾，使中南部与东部蒙受