挥官约翰·A·达尔格伦临危受命。亚伯拉罕·林肯总统很看重达尔格伦，是海军工厂的常客。着名的美国海军装甲舰莫尼特号与南部邦联的弗吉尼亚号发生历史性的一战后，在海军工厂进行了维修。策划林肯暗杀案的阴谋家们在被捕后被带到了海军工厂。杀害林肯总统的凶手，约翰·威尔克斯·布斯的尸体在停泊在海军工厂的低舷战舰蒙托克号上进行了检查和辨认。
第一次世界大战.内战结束后，海军工厂继续作为技术进步的标志而存在。1886年，海军工厂被指定为美国海军的军械制造中心，所有的海军军械都由工厂提供。1893年1月