，省府调其为万县县长，卢起勋在到职后三个月内抢建梁山机场供B29飞机起降，颇受蒋赞扬。同年八月日军投降，次年又调巴县县长，除了协助中央政府迁都南京，并办理白市驿水利工程。民国36年冬天省府准允辞职，归途当天大雨滂沱，军警民数千人相送之。民国37年6月应江苏省长王懋功之邀担任吴江县县长，次年国民党战事告急，4月21日接获警察局长电报，共军已经渡江，卢起勋开始遣散文职人员，并集中武力于吴江要塞地带。5月3日杭州失守、嘉兴告急，始率保警部队撤退与省府集结于吴淞，并获江苏省主席丁治磐慰勉撤退有据，交接部队后，与妻儿