琉球馆处置相关事务的旧例，交由鹿儿岛县负责琉球藩官员交给琉球王府，用意在于向琉球王府证明已达成惩罚及报复之任务和宣告琉球地位形同日本之藩国。而《北京专约》中抚恤银之支付对象被称为「日本国属民」，而日本政府又将出兵报复宫古岛遇害事件称为「保民义举」，让「琉球人」等同「日本国属民」，将条文诠释为中国已承诺琉球属于日本领土。头骨先被葬于那霸若狭「上之毛」。至1898年3月，又移葬至波之上护国寺。另一方面，明治天皇密令大山纲良，以日本王政维新的名义，要求琉球遣使赴东京庆贺，明治天皇接见琉球国尚泰王派遣之使臣尚健