十三领导爆发反清回变。最终镇压后，干隆帝宣布哲合忍耶派为邪教，并令“永禁回民不得立新教”。鸦片战争后，清廷对中国西北各省疏于管理，哲合忍耶派信徒最终爆发西北各省大规模的同治回变，大量汉族、满族平民遭到了回回叛乱分子残酷的屠杀。并且与俄罗斯帝国合谋，通过伊犁危机让出外西北以换取沙俄资助。包括哲合忍耶派信徒在内的大量回回军民也因清朝的镇压而丧生。国民政府时期，哲合忍耶派也是反对国民政府的主要力量。在1930年代已拥有超过八万军队，是传统门宦中唯一可与马家军分庭抗礼者。在1948年板桥支系教主马腾霭与堂表兄弟沙沟