和CG阶段，最后就是摄影。团队在每个步骤会阶段性地进行剪辑。进入动画制作阶段后，团队大量使用3DCG动画，例如部份的EVA初号机画面及使徒等，并运用最新的数位技术将CG动画和传统手绘动画（赛璐珞动画）结合。在3DCG动画的制作中，所有对象物都会准备好对立体建模。用于CG的建模除了外型以外，也有制作名为「armature」（骨架）的内部骨骼，另外因为3D模型的各个角度都不能出现破绽，制作团队会在完成后透过旋转对其进行各方面的确认。制作CG的过程中，团队重拍了许多部分，像是第6使徒的尖钻和电车，后者是连构图都做