领导层在会上感到被天主教徒出卖，于是参与由萨克森选帝侯莫里茨发动的战争。于是，查理带领来自荷兰和西班牙的军队入侵德意志，希望能恢复帝国统治。1547年，查理的军队在重要的米尔贝格战役击败新教徒，令施马尔卡尔登同盟崩溃。1555年，查理与新教邦国签署《奥格斯堡和约》，并根据他的「统治者的宗教乃人民的宗教」（拉丁语："）原则，重建德意志地区之稳定，但并不受西班牙和意大利宗教人士的欢迎。查理对德意志的政策，令西班牙成为神圣罗马帝国内天主教和哈布斯堡王朝的保护者。这样的先例，在七十年后令西班牙参与战争，并结束其在欧