工程是由唿和浩特市人民政府投资800多万元人民币兴建，依据历史文献、照片、资料，并结合遗址考古发掘成果开展复原设计。该工程于2006年3月动工，工程项目包括围墙复原、二进院大殿复原、三进院大殿复原、6座东西配殿复原、古井厅复原等等。复原之后的慈灯寺依照藏传佛教仪轨布置各殿，到2006年7月竣工时，寺内共塑有13尊佛像。据内蒙古自治区文物局人士介绍，复原之后的慈灯寺是内蒙古自治区首个在原址复原的古建筑群。
建筑.“金刚座舍利宝塔”用砖砌石料镶边包角，通高16.5米，形制和北京的真觉寺