国治大为震怒，当场逮捕了倪用宾等五名秀才。后来被逮捕的十一名主犯中，有倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐介、叶琪等人，其中并没有金圣叹。四月二十七日，金圣叹、丁子伟二人才被逮捕，金圣叹高唿先帝，被甩二十巴掌。吏部员外郎顾予咸在家乡居住，亦受牵连，禁系大牢六十三天，“时当盛暑，流汗积项成膏，腐肉满于铁索，其苦有不忍言者”。朱国治将哭庙文的起草人金圣叹作为首犯拘捕，冠以「摇动人心倡乱，殊于国法」之罪，最后倪用宾、沈玥、顾伟业、张韩、来献琪、丁观生、朱时若、朱章培、周江、徐玠、叶