包含进来的新几内亚一般被归属于大洋洲美拉尼西亚群岛。马来群岛地理上是世界上最多活火山的地区之一。构造抬升产生了高山，最高者有沙巴的京那巴鲁山（海拔4,095.2米）；如果计入新几内亚，则是巴布亚的查亚峰（海拔4,884米）最高。群岛地处赤道之上，属于热带气候。
生物地理.华莱士以「马来群岛」一词作为其记录当地研究的重要着作的名称。他注意到似乎有一条隐形的界线将亚洲和澳洲的动植物分开。为纪念他的发现，科学界将划分这两区的界线称为华莱士线。冰河时期的分界线由婆罗洲和苏拉威西岛之间的