琉球船舶旗出海的琉球船只经常被各国的海岸巡防队和海军误认为是国籍不明的船只而进行抓捕和攻击，引起很大麻烦。1967年，美国和日本政府签订协议，在日本国旗上增加写有英日双文琉球字样的三角形白旗，以作为新的琉球船舶旗。1972年美国将琉球交给日本，重设沖绳县，琉球船舶旗被废除，改挂日本国旗。