90年代，钱德拉X射线天文台的研制工作一直在进行。1992年，为了削减预算，不得不对其进行重新设计，主镜数目由12个减为4个，终端设备也减掉2台，轨道改为椭圆形，最远距离达到地月距离的三分之一，这样做目的是避开地球辐射带的影响，但一旦发生故障，将无法用航天飞机对其进行维修。此天文卫星的制造耗资15.5亿美元，原名为「先进X射线天文设备」（），1998年，为纪念美籍印度裔天体物理家钱德拉塞卡而更名。1999年7月23日，钱德拉X射线天文台由哥伦比亚号航天飞机搭载升空，运行在一条椭圆轨道上，近地点为1万公里