长44.87千米，设29座车站。3号线下穿长江，连接南京站、南京南站、林场站3座铁路车站，可与1号线、2号线、S1号线、S8号线等多条地铁线路换乘。2010年12月18日开工，2015年4月1日试运营（正式通车）。4号线，一期工程东起仙林湖站，西至龙江站，横穿主城和仙林新市区，一期工程线路全长33.75公里，设车站18座。2011年12月27日，一期工程试验段开工，2012年12月全线动工，于2017年1月18日试运营（正式通车）。S3号线（即宁和城际），一期工程东起位于雨花台区的南京南站，经大胜关