945年抗日战争胜利后，马叙伦投身爱国民主运动。1945年12月30日，他和王绍鏊、许广平、周建人、赵朴初等人在上海发起成立中国民主促进会，他当选常务理事。1946年5月5日，在中国共产党地下组织的支持下，中国民主促进会和上海53家人民团体组成了上海人民团体联合会，他任该联合会的常务理事。1946年6月23日，他参加上海人民和平请愿团，到南京唿吁和平。请愿团抵达南京下关时，团员们遭到中国国民党特务和暴徒的殴打，马叙伦身受重伤，此为下关惨案。事件发生后，在南京的中共代表团的周恩来、董必武、邓颖超等人连夜到医院