觐元于光绪八年（1882年）所刻的《禁书总目》中曾记述此书，干隆时期军机处奏准全毁书目中亦列有一本名为《扬州十日录》的书，然而在清朝咸丰年间的史书《小腆纪年》却有引用《扬州十日记》：「臣鼒曰，予读王氏《扬州十日记》，言可法抑万里长城之黄得功而用狼子野心之高杰，至谓坏东南之天下者，史道邻也。此盖书生率意妄语，无足论也」，且清代史学家计六奇亦有记载清兵在扬州的屠杀。时人对《扬州十日记》一书的部分内容和有关数据有所质疑。区志坚认为有清一代满汉种族冲突为一个重要问题，明末清初不少明遗民及南明抗清人士，多高举华夷