年，由于莫拉克风灾重创台湾，协会也针对风灾议题，协助莫拉克风灾募款，执行「台东县八八水灾社区主体性建构暨公民种子培育计划」，并透过莫拉克台风赈灾专案对灾民进行口述历史的访谈、协助出版「八八水灾口述史』新书暨纪录片等等。协会亦积极支持民主进步党候选人蔡英文，透过成立「学术界支持蔡英文后援会」，支持蔡英文投入2012年总统大选。蔡英文于2011年8月23日参访台湾教授协会。
蔡英文政府任内.2016年政党再度轮替后，协会依旧扮演监督的角色，希望给立场相近的蔡英文总统一定的支持，做为