部队会在2006年3月开始回国，但之后又坚称任何撤离计画都要视伊拉克在2006年底之前是否能组建新政府、改变局势而定。最后伊拉克联合政府于5月创设了，而小泉内阁之后也宣布会在7月宣布任务终结之前，尽早展开撤兵作业。6月20日，小泉纯一郎首相于下午在首相官邸举行的记者会中正式宣佈将分批撤回伊拉克的陆上自卫队，但也建议将空降后勤支援单位从南部的萨玛沃迁到巴格达去代替地面部队。而时任防卫厅长官额贺福志郎也于该日向驻伊部队发出撤退令，同时对于自卫队派伊两年内没有队员伤亡表示欣慰。6月25日，第一批为数600