出生于江户。内村自幼显露其语言天分，自11岁便开始学习英语。1877年，内村进入札幌农学校（即今北海道大学），日本一间以英文为主要授课语言的学校。在内村进入该校就学前，威廉·史密斯·克拉克，一个毕业于安默斯特学院的外籍讲师，一直向日本政府申请成立札幌农学校。而他最初成立札幌农学校的主要用途是传授农业科技。克拉克是一个致力于通过圣经班传受基督教领袖的基督教传教士。他的所有学生都发誓成为「耶稣的公约的信徒」，他们也答应自己继续学习圣经，用最大的努力履行在他们的生活里。克拉克在创校一年后回到美国。由于内村鑑三