轨分离，车站和高铁主线以空桥相连结。本站地理位置也是服务北台南地区及云林海线地区民众的高铁站，在前瞻基础建设计画中，台湾糖业铁路蔗埕线将延伸至本站，使本站成为嘉义第二座双铁共站之车站（第一座为台铁纵贯线与森铁线共站之嘉义车站，目前仍为共构，未来嘉义市区铁路高架化计画后将改为高架与平面交会车站单纯共站转乘）。
车站构造.高铁嘉义站为高架车站，侧式月台两座，总楼地板面积28,560平方公尺
历史.
台湾糖业铁路蔗埕线高铁嘉义站.计画