并于抵港后受到了英雄式的夹道欢迎。之后他成为合恩分会的董事，建立公司新的营运政策。1624年10月3日，科恩再次被任命为荷属东印度总督，而英国人为怕他赴任后再次与英国东印度公司竞争，便屡屡阻碍他的起航。1625年，他结了婚。两年后，聪明的科恩利用移民名义偕同妻子与孩子隐姓埋名地抵达东印度。并于9月30日上任。在他抵达巴达维亚之后，英国放弃佔领巴达维亚，而在万丹建立起他们自己的总部。而在1628、1629两年的总督任期内，马打兰苏丹国两度围攻巴达维亚。然而皆因其军事技术不敌荷兰人和粮食接应不济等问