初的藩主是德川家康四男武田信吉。1602年由家康五男松平忠辉管治。相隔一年由小笠原吉次，然后是土井利胜，在土井管治23年，获幕府重视，加封至11万4千石。其后利胜转藩至古河藩，由石川忠总继任。经过多次领地调整后，直到江户时代中后期才由堀田氏管领。在堀田正睦时代鼓励学习兰学。招揽医师佐藤泰然来到佐仓藩开办顺天堂。在培里来临日本后，处理外国事务，直到井伊直弼就任大老是被他罢免。
历任藩主.
武田（德川）家.亲藩 4万石
松平家.亲藩