台湾军事在历史上除少部分时间之外，大都以防卫为主，也与历来统治台湾政权：台湾荷西统治时期、郑氏王朝、台湾清领时期、台湾日治时期、台湾战后时期（中华民国）息息相关。
元明之澎湖.17世纪之前的元明两朝设巡检、彭湖游于澎湖群岛，开启了以军事力量控制台湾的历史。设于澎湖的巡检称为澎湖寨巡检司，也称澎湖巡检司，设治时间以1281年（元世祖至元十八年）的考证最为早，也就是根据一般史书及元史、新元史，考定：「蒙元世祖远征日本因风失败，迂回台湾，道经澎湖设治澎湖，企图进取台湾，作为征日本之准