院于1999年升级为岭南大学后，本线缩短至屯门市中心。2001年配合本线的副线（46A）投入服务而不再驶经景峰径。2009年10月2日起增设特别班次由岭南大学往屯门市中心，服务时间为星期一至五早上7时至10时，每15分钟一班，以配合叠茵庭来往屯门市中心的非法邨巴服务于10月1日起取消。该特别班次经营至2010年6月1日，阳光巴士开办叠茵庭居民巴士服务线后停办。2011年10月29日，46线往屯门市中心方向原设于屯贵路富泰邨美泰楼外之分站予以取消，由附近的回旋处分站取代。46线自开办以来，一直