自然教育中心主馆仿四合院形式建筑，由东南西北四条走廊连接，中央为天井花园，除办公室及询问处佔用一角外，其余为三个独立展览馆：主馆后方为贝壳形建筑的「贝壳馆」，由国际狮子会303区、蚬壳有限公司和环境及自然保育基金赞助，于1998年6月10日由规划环境地政局局长梁宝荣主持揭幕启用。馆内展出约5,000枚贝壳，全面及有系统地展出香港及外地的贝壳，并特别介绍贝壳的价值、其在生物学上的重要性、分类及存护，还有香港石灰窰的历史及发展。邻近「热带果园」的「昆虫馆」于1997年1月11日由渔农处处长李熙瑜博士主