的陆航（）和1539陆军航空军基地队（）取代了第3大队驻厚木的单位，以进行设施修缮。10月之后，厚木基地开始恢复了少量的战机出勤，（）的P-61战斗机和49战机大队的P-38闪电战机从厚木出动，执行关东的防空任务。1946年2月中旬后，49战机大队改驻北海道的，418中队在6月移至沖绳，1539基地队则在同年12月31日起迁到羽田飞行场。在盟军佔领日本期间，座间基地过多的人员开始住进厚木飞行场，基地内的设施直到韩战爆发后才再度开始翻新，以容纳逐渐增加的战机出动架次。（美国海军建设营）在1950年进驻厚木