和国各社会主义共和国共盟分支机构的权力，使得马其顿共盟形同独立运作的政党。1980年代晚期，斯洛博丹·米洛舍维奇成为塞尔维亚共产主义者联盟的领袖，他在塞尔维亚推行民族主义，使得南斯拉夫内部民族冲突加剧。终于在1990年代导致南斯拉夫各民族的冲突及南斯拉夫解体。1991年4月20日，马其顿共产主义者联盟改名为“马其顿共产主义者联盟－民主变革党”。1991年4月20日，该党召开第十一次代表大会，决定改组为马其顿社会民主联盟。1992年，原马共盟的少数党员另外建立马其顿共产主义者联盟－自由运动。