了奥地利大学系统而转用了旧式的意大利系统，并且，有许多优秀的老师转校到了罗马大学。大学只剩下了四个学院，法律、医药和手术、文学和哲学、数学物理和自然。19世纪末起，帕多瓦大学开始了缓慢的扩张，创立了一些新的学院：工程学院(1876年)，药剂学院(1933年)，政治学(1924年)。
第二次世界大战.1943年9月9日，在开学典礼上，校长对学生们发表了演讲，告诉学生要反抗法西斯，为此他被迫逃亡到了瑞士。由于在战争期间，帕多瓦大学对于法西斯和纳粹主义的反抗与斗争活动，意大利共和国