依附于国民政府的各派系军阀实力尚存形成的地方割据、中国共产党势力建立的革命根据地以及1931年中国东北沦陷下，建立的伪满州国等政权，国民政府命令不能于全国完全通行。同时还有未控制的西藏，日本统治下的台湾，事实独立的外蒙古，英国统治下的香港、葡萄牙统治下的澳门等领土都不能有效统治。1945年日本投降。同时，各国的租界亦交还，而香港重新由英国统治，外蒙古则在苏联支持下独立。第二次世界大战结束后，国民政府接管台湾和澎湖，中华民国政府方面称唿为台湾光复，但也有观点认为日本在《旧金山和约》签订前继续持有台湾主