立刻将王幸男的家属捕入台湾警备总司令部保安处开始侦讯，并准备以「贩毒」或「匪谍案」查办，以胁迫王幸男回台；故王幸男于1977年返台，入境后被捕。据前民进党主席施明德所述，王幸男被捕后向情治人员下跪哭求饶恕，随后并喝滚水，假装自杀、真求生，并全盘供出台湾独立建国联盟的机密换取免死，王幸男则反驳此指控。 随后王幸男于1977年1月28日遭处无期徒刑，囚禁于绿岛。1990年5月5日，王幸男获得假释。1992年王幸男开始协助台湾独立建国联盟成员与黑名单成员返台，并且于1993年陈唐山参选台南县长时出任其竞选总