皇通报了藤原成亲谋反一事。治承四年（1180年）5月，以仁王与源赖政联合天下源氏，举兵反对平家。重衡被平清盛派往镇压。治承四年12月（1181年1月），重衡率军攻打支持以仁王的南都诸寺，与僧众交战，烧毁了园城寺、兴福寺、般若寺。这次事件后来被称作「南都烧讨」，被当作平家最大的恶行之一，平重衡也因此被南都的僧众刻骨仇视。治承五年（1181年）3月，源行家趁平清盛逝世之际攻打平家。在墨俣川之战中，平重衡率领平家武士大败源氏，杀死卿公义圆，暂时阻挡了源氏的进攻。寿永二年（1183年）5月，平家在俱利伽