奈良市的高等教育学校包括奈良女子大学、奈良教育大学、奈良县立大学、奈良大学、、奈良佐保短期大学、奈良文化女子短期大学，其中奈良教育大学的前身可以追溯至19世纪末成立的，奈良师范学校在1905年将女子部分出独立设置，后来也成为现在的奈良女子大学。此外近畿大学农学部设在市内的奈良校区。