月淅川县人民政府逮捕了香严寺方丈释富祥和释慧宿、释恩波、释能富、释妙谛等僧侣，香严寺佛事活动停止。1958年香严寺上下两禅院的大部分碑刻被搬走，用于水利建设。古钟被砸毁，钟、鼓楼被扒掉，大量古树被伐用作炼铁材料。1959年至1965年因为兴建丹江口水库，淹没区的淅川县第二初级中学、仓房小学、宋湾高中分校及仓房高中，先后迁入上寺。韦驮殿与过厅之间新建—座教学楼。1966年中国共产党发动的文化大革命致使香严寺内外的大部分古塔、碑刻、佛像及古建筑惨遭破坏，大雄宝殿内的壁画被石灰浆涂盖，钟楼以及百余通石