99年十一月，吴主光应香港平安福音堂的邀请，从加拿大回流返港，出任九龙城平安福音堂（即现今尖沙咀平安福音堂）长老传道。同时，吴牧师亦与香港海外神学院校友创办整全训练神学院，成为该神学院之第一任院长。2008年底，吴主光因年近七十而退休，辞去尖沙咀平安福音堂传道人职位，只答应做深水埗和尖沙咀平安福音堂长老并顾问；同时亦辞去整全训练神学院之院长职位，只专心任教神学和写作属灵书籍。其间，也曾在卫道神学研究院任客席教授，主要讲授「佈道学」与「教会增长」。2017年6月10日下午1点10分，吴主光在香港沙田威