3年起，他开始担任该中心研究部门癌症和遗传学项目负责人；2013年，他被任命为研究部门（SKI）主任并于2014年正式上任。1990年至2013年间，他还在霍华德·休斯医学研究所担任研究员。他也是2005年新成立的巴塞罗那学术顾问。在2015年加泰隆尼亚议会选举前一周，马萨格和其他12名科学家签署联合声明，支持加泰罗尼亚从西班牙独立。在此之前，他曾谴责过西班牙政府对待本国科研的冷漠态度，以及在科研管理方面的漏洞。
科研成果.马萨格的早期主要成果是发现了转化生长因子-β（TG