立了巡抚制度以外还有土司制度。沐英的沐氏家族不仅掌握了很大的兵权，在政治上和经济上也具有举足轻重的地位。甲申之变以后，云南当地土司蠢蠢欲动，1645年九月，武定土司吾必奎趁机发动叛乱。吾必奎叛乱已经平息后王弄土司沙源的儿子沙定洲继续发动叛乱。沐氏家族的沐天波发兵镇压。到了1647年大西军的入滇，粉碎了沙定洲的叛乱 。
评价.沙定洲的叛乱被粉碎了，同时增进了云南同各省休戚相关的联系。
外部链接.第一节 云南沙定洲之乱 - 南明史 沙定洲