遂发生对立。内闹中，杜君英集团发生闽、粤分裂，原杜君英集团的闽籍将领选择了地缘认同，倒戈投向同为闽籍的朱一贵。至此，整个起事集团遂分裂为使用泉漳片的闽籍垦民和使用潮汕片的粤籍垦民二股势力，而形成闽、粤对立。其后，杜君英战败，并率残部败走猫儿干（今云林县崙背乡），并于其后降于清军。
地方自保.在朱一贵、杜君英相争之际，下淡水溪即有十三大庄、六十四小庄，包含了闽籍汀州府和粤籍镇平、平远、程乡三县未附众起事的客籍垦民，因惧遭战火波及，遂集结以自保。共推李直三为大总理，并联合凤山八社的平埔