1973年成立工业技术研究院，并于1978年由方贤齐担任第二届院长。工业技术研究院与美国无线电公司（）合作引进技术，发展新兴的产业。1980年，工研院又分割出联华电子与台湾光罩公司，前者由方贤齐担任第一任的董事长，是台湾电子产业的开端。方贤齐也协助李国鼎建立财团法人资讯工业策进会，并担任副董事长一职。1987年11月，资策会分割出成立宏慧资讯公司（现与前瞻科技公司合併为宏瞻资讯公司），也由方贤齐担任董事长一职。从工研院退休之后，方贤齐受聘为美台电讯公司（今朗讯科技）董事长。方贤齐晚年居美国纽约市附近