助下，莫拉赞于1832年收复了萨尔瓦多。1834年，中美洲联邦首都从危地马拉城迁至萨尔瓦多首府圣萨尔瓦多。在新的总统选举中，何塞·德·巴列获胜，但在就任前病死，因此莫拉赞继续担任总统。他的严厉统治开始导致人民不满。1836年至1837年，危地马拉发生霍乱，保守派通过教会向印第安人散布“自由派有意通过霍乱来灭绝印第安人、夺取其土地”的谣言，引发了危地马拉的暴乱。1838年，由拉斐尔·卡雷拉（Rafael Carrera）领导的危地马拉印第安人军队击败了政府军，莫拉赞逃到萨尔瓦多。