不甘心受其控制，即位后立志除患，初期虽于891年驱逐杨复恭，却屡屡受祸，公元900年更被神策军左中尉刘季述废黜幽禁另立皇太子李为帝，次年才为宰相崔胤所救而复位。同年因崔胤召宣武军节度使朱全忠诛杀宦官，右神策军护军中尉韩全诲又将昭宗劫持到盟友凤翔节度使李茂贞处，朱全忠遂围攻李茂贞。公元903年，李茂贞被迫求和交出昭宗并屠戮宦官。朱全忠纵兵杀宦官数百人于内侍省，对于在外充当监军的宦官，诏所在藩镇捕杀之，仅留地位低微的幼小宦官三十人，作宫内酒扫之用。唐宦官之祸至此终结，然而唐朝也走到了灭亡的尽头。