1991年，海关总税务司署改制为财政部关税总局，「海关总税务司」职位正式走入历史。
行政.总税务司以“通令”作为行政形式，统管中国境内的所有海关，各海关设税务司一人，向总税务司汇报。总税务司的工作语言为英语。总税务司机构初期为英国人掌控，辛亥革命后美国、德国、法国和日本官员也逐渐进入。1929年后，中国本土官员开始进入总税务司上层领导职位。