馆舍新建完成将迁至清大校本部，而原为竹教大的清大南大校区则规划转型为「清华创意与大学脐带园区」。2017年5月19日，合校后转任清大校长特别谘议的陈惠邦被检调查出于「竹师文教基金会」董事长任内，侵占校内用于发放奖学金的公款217万元。2013年起与上海市、温州市、宁州市的教育机构签订5案学术交流与培训计画，又趁机侵吞67万余元公款，台湾新竹地方法院依公益侵占与公务侵占罪判处陈惠邦2年徒刑，缓刑2年，条件是向公库缴纳350万元。清大表示，待收到正式判决后，将召开教评会，再决议陈惠邦是否停聘、解聘或不续聘。