因国立编译馆併入中华民国教育部国家教育研究院，奖项名称亦随之调整。然而2012年6月此奖项废止，以「国家教育研究院优良漫画奖」名义颁发过的奖项只有一届。此奖之特色为奖励创作者与出版者，依照参选作品出版与否区分成甲乙两类：甲类参选作品为前一年首次出版单行本漫画，奖励对象包括编写、绘图者及出版者；乙类参选作品为未出版发行且无营利贩售单行本漫画，奖励对象为编写、绘图者。