非洲赤道地区的疾病混为一谈（如：其他的病毒性出血热、疟疾、伤寒、志贺桿菌病、立克次体病（尤其是斑疹伤寒、霍乱、革兰氏阴性菌败血症）及诸如及出血性肠道炎等的莱姆病）。除此，钩端螺旋体病、恙虫病、鼠疫、Q型流感、念珠菌病、组织胞浆菌病、、器官利甚曼病、出血性天花、麻疹和急性重症型病毒性肝炎亦位列鑑别诊断的名单上。有机会与伊波拉出血热混淆的有：、溶血性尿毒综合症、蛇咬中毒、凝血因子缺乏症/血小板疾病、、遗传性出血性血管扩张症、川崎氏病，以及华法林中毒。
病情监控.目前尚未有针对性的伊波拉