935年，经民国实业部举荐，兼任中国酒精厂总工程师。期间魏喦寿曾试验用甘薯生产酒精，成为中国可再生能源生产研究的先例。魏喦寿并筛选酵母品种，采用良种纯种酵母发酵，大大提高了发酵效率。1937年至1945年，魏喦寿担任中华民国国家资源委员会酒精工业总工程师。魏喦寿主持在在四川省和云南省创建了内江、泸州、昆明酒精厂。当时正值抗日战争时期，条件非常艰难，但这三个酒精厂在魏喦寿领导下仍连续出产酒精，保障了战争时期稀缺的能源。1945年，抗日战争胜利以后，魏喦寿奉命赴台湾接管日本台北帝国大学（今国立台湾大学）