九年（公元204年），令狐邵暂时前往到武安毛城。曹操攻破邺城后围困毛城。城破后令狐邵等十多人被抓，令狐邵理应处斩。曹操看见令狐邵觉得他衣冠与常人不同，便让人叫来问话，由于曹操认识令狐邵的父亲，于是令狐邵被释放，令狐邵被任命为署军谋掾。仍历宰守，后担任丞相主簿，出任弘农太守。令狐邵廉洁清白，妻子和孩子也很少被安排来探望；对人宽厚，待下属也无忌讳。当时弘农郡没有人懂经学。于是令狐邵询问下属们，有打算求学的就派他们赴河东向乐详学经，后回本郡任教。此举让弘农文风大盛。黄初初，令狐邵被任命为羽林郎，后来迁任虎贲中