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卸任县长后.苏焕智于卸任台南县长后，于2011年曾短期前往美国加州柏克莱大学东亚研究院担任访问学者。2012年2月，苏焕智宣布参选民进党主席，在5月的选举中以21.02%得票率、第二高票落选。2012年8月，新境界文教基金会成立22个政策研议小组，其中「地方自治组」由苏焕智担任召集人。2013年7月25日，苏焕智在民进党中国事务委员会「对中政策扩大会议」（华山会议）为〈台湾前途决议文〉辩护，认为民进党并未追求「法理台独」，并且认为台湾目前在法理与实质上都已经是一个