01年12月，北楼整修完毕，并举行“孙中山三次在广州建立政权”史料陈列展览，实现第二期开放。2002年，完成旧址大门楼复原工程，并搬迁第二期保护范围内70户居民。2006年5月1日，孙中山大元帅府纪念馆正式对外开放。2010年8月，广州市当局为迎接亚运会，清拆了元帅府周围的危楼和大门口前的江湾桥引桥，新建大元帅府广场，并对纪念馆进行了修整和维护。10月20日，大元帅府重新开放，免费入场。2012年，广州市规划部门决定收回大元帅府附近一幅已出让的地皮，用于建设6300平方米的孙中山纪念场馆，作为大元帅