打败并活抓了备前介藤原子高与播磨介岛田惟干，文元更将藤原子高的鼻子削掉，抢走他的妻子，杀死他的孩子。天庆3年（940年）2月攻下淡路国，8月攻下赞岐国的国府，10月袭击九州的大宰府。朝廷害怕藤原纯友是与平将门合作要推翻朝廷，于天庆3年（940年）1月16日任命为山阳道追捕使，次官为源经基，主典为藤原庆幸和大藏春实。一开始先使用怀柔政策，授与纯友从五位下的官位，并全力讨伐关东地区的平将门。消灭平将门之后，朝廷便对藤原文元下了讨伐令。天庆4年（941年）2月，纯友军的干部藤原恆利向朝廷军投降，朝廷军攻破了纯