吴甡下令黄得功和刘良佐从黄州渡江，协同商毅围剿张献忠。八月，武昌失守，以“故延师期，以致楚省不守，根本震邻”罪，令锦衣卫把吴甡逮捕入京，被革职查办，交法司议罪。南京兵部尚书史可法得知此事，驰书援救，帝不允。十一月，被遣戍云南金齿（今云南保山）。途中得知李自成破北京事，肝胆俱摧。崇祯十七年（1644年）五月福王建弘光，下旨赦还。卒于康熙九年（1670年），《明史》评价：“抑时势实难，非命世才，固罔知攸济也。”有《柴菴疏集》20卷，清代被列为禁书。