1926年投奔广州国民政府。1927年任南京国民政府教育行政委员会秘书、大学院秘书，1928年4月至年底任中央研究院天文研究所秘书代所长，1929年初被委派为中国驻法国公使至1931年，回国后被行院委任为教育部长至1932年6月被改任监察院委，在任中与蔡元培一同以倡议争取拨款的方式与实地考察选址继续推动紫金山天文台的建立，1930年代初成为该台特约研究员；1941年该台南迁至昆明，任通信研究员至1942年。高鲁在1942年因车祸受重伤，休养期间停止一切职务，康复后任闽浙监察使，于1943年元旦在福州纪念