副总理李鹏，水利部部长钱正英分任总指挥和副总指挥。1977年3月，成立国务院抗旱领导小组，负责协调相关部门的抗旱工作。1988年8月11日《国务院关于非常设机构设置问题的通知》（国发〔1988〕56号）将国家防汛总指挥部列为国务院非常设机构，总指挥田纪云、顾问钱正英，具体工作由水利部承担，原国务院抗旱领导小组并入该指挥部。1988年11月7日《国务院办公厅关于国务院已撤三十八个非常设机构的通知》（国办函〔1988〕81号）将国务院抗旱领导小组列为已撤销的国务院非常设机构。1979年6月2日，国务院抗