与张博雅被陈水扁提名为考试院正副院长。结果姚嘉文在不被看好的情况之下惊险过关，张博雅的任命案在民进党与台联部分立委跑票下被立法院否决。张博雅自此与民进党决裂。2002年底，张博雅参选高雄市市长，结果仅获得一万余票而惨败。2004年6月15日，无党团结联盟成立，张博雅出任无党团结联盟第一任主席，后由澎湖县立委林炳坤接任无党团结联盟第二任主席。2005年县市长选举，嘉义市长陈丽贞获得民进党提名寻求连任嘉义市长。张博雅当初曾支持陈丽贞，然而12月投票日前几天指控民进党立委蔡启芳公开扬言「消灭许家班」，