什叶派、深受苏菲主义影响的拜克塔什派穆斯林约有20万人口，多住在南部地区。东正教徒也住在南部地区，长期以来该地的拜占庭东正教的势力极大。1922年阿尔巴尼亚正教会宣布自立，礼仪主要使用阿尔巴尼亚语，少许使用希腊语，总部设在地拉那，领袖的头衔是“地拉那和都拉斯都主教，全阿尔巴尼亚大主教”。天主教徒大多数居住在北部地区。阿尔巴尼亚全国共有7个天主教区、121所教堂、90位非修会神父、30多位方济各会神父。1945年，在霍查政府的主持下，阿尔巴尼亚开始进行全面社会改革，各种宗教的影响和作用被加以限制。当年，大