本藩自石川家后历经六度改易，依次由小笠原家、户田松平家、越前松平家、堀田家、水野家和户田松平家入主，皆以松本城为居城。1727年（享保十二年）本丸御殿失火烧毁，并未重建，此后以二之丸作为藩政中心。
明治维新以后.1871年（明治四年）日本政府宣布「废藩置县」，城郭收归国有，多数的天守加以拍卖以充实国库，而购得天守者多将之拆除后回收建材转售出去。次年（1872年）松本城拍卖，市川量造以二百三十五元四十钱购得（当时的公务员初任月薪为四元），但市川以「失去天守的松本，也就失去了骨气」