散馆授编修，参与纂修《四库全书》，迁国子监司业。清代国子监仍在元、明时太学旧址，未立辟雍，邹炳泰援引古制，上疏请求建立。干隆四十八年（1783年），高宗下诏增建辟雍，两年多后，方举行“临雍礼”。邹炳泰随后破格提拔为国子监祭酒。累迁内阁学士，历任山东、江西学政。嘉庆四年（1799年），授礼部侍郎，调仓场，剔除积弊。之后数度沉浮。嘉庆十年（1805年），擢左都御史，迁兵部尚书，兼署工部，并管理户部三库。嘉庆十一年（1806年），兼管顺天府尹事。嘉庆十二年（1807年），调吏部。嘉庆十四年（1809年），加太子少