迁回安庆，直到清末。
机构设置.无固定的机构设置，也不设官员。 衙门内一切保管及办理文牍等事务，皆聘用书吏、承差办理，有时也调用侯补佐杂官员及武辩临时充任。据《清会典》记载，巡抚衙门内有书吏人员30名。这种情形直到清末。光绪33年（1907年）七月，巡抚冯煦奏准在巡抚衙门内设幕职，佐理文牍，分科治事。具体设置为：秘书1人，助理秘书2人，参事7人，各科精简者则1人兼两科，其繁者酌设助理1人。缮写文牍，稽核卷宗诸事，另设书记员若干人。还设有一个会议厅，按日分级会见各级官吏，商议