组织架构.海军本部（，忠清南道鸡龙市），由海军参谋总长指挥。
舰队及战团.韩国海军最高指挥单位为海军本部，其下的海军作战司令部辖有舰队司令部（；）、海军陆战队司令部和第6航空战团司令部，海军总部设在忠清南道鸡龙市，主要基地除釜山海军作战基地和镇海海军基地外，尚有东海、仁川、金山、木浦、蔚山、浦项以及济州等基地。舰队司令部设在镇海基地，管辖三大舰队，在和平时期同时为韩美联合军司令部下的「海军构成军司令部」（；，），战争时期则是「韩美联合海军构成军副司令部」