肚坑起源于大埔滘自然护理区内的长沥尾，经稔坳及九肚山以北，在大埔公路处被覆盖，并在大埔公路东侧急泻而下，即东铁线大学站以南西侧的小瀑布，溪水流过东铁线路轨桥下方后再下泻至一个集水坑，并从沙田凯悦酒店西侧的行人路开始进入暗渠，最终在水警北分区基地一带流入沙田海。除此以外，另有一条发源于九肚山南坡，流经沙田山庄和怡翠花园以北山坡，穿过落路下村后在骏景路处成爲暗渠，并在沙田马场一带注入沙田海的山涧，被称爲九肚南坑（原称狗肚南坑），与九肚坑并没有水流交集。