程中，将军巴海派兵护送，并拨给驿车驿马和饮食。纳兰性德延聘兆骞教其弟揆叙读书。吴兆骞后因细故与顾贞观有嫌隙，明珠将他延入书房，上书“顾梁汾为吴汉槎屈膝处”几字，不由大恸，声泪俱下。后游燕京，住在徐干学家，因不适气候，以疾死于京师旅舍，临终时，最怀念宁古塔的松蘑。纳兰性德为他料理后事，出资送灵柩回吴江，时年五十四岁。沈德潜在《清诗别裁集》中评论说:“诗歌悲壮，令读者如相遇于丁零绝塞之间。……倘以老杜之沉郁顿挫出之，必更有高一格者。”《四库全书总目》则说︰“兆骞诗天赋特高，风骨遒上。”着有《秋笳集》。