只得同意福王按时就藩。由于党争渐烈，所提的建议又不被神宗采纳，叶向高深感自己已无能为力，在推荐了方从哲和吴道南之后，他便多次上疏坚决请求辞官，神宗却又多次不允，叶向高只得勉力支撑局面，一直到万历四十二年（1614年）神宗才下令晋叶向高少师兼太子太师，致仕。闲居在家的叶向高对日本抱有高度的警惕。万历四十四年（1616年）他写信推荐老友沈有容，之后几年一直表现出对日本想占领台湾的担忧。
复起到再次辞官.明光宗泰昌元年（1620年）家居六年后的叶向高被召重入内阁，尚未动身，光宗病死，