他大型坚尾龙类恐龙，例如异特龙科与暴龙科，已经有病状方面的研究时，玛君龙是第一个被研究病状的阿贝力龙超科恐龙。玛君龙的头颅骨上没有发现任何伤口，而暴龙科的面部常出现伤口。其中一个玛君龙标本的足部掌骨，发现了明显的骨折与痊癒痕迹。玛君龙的大部分病状位在嵴椎上。例如一个幼年个体的一个背椎下侧有外生骨瘤。这个骨瘤可能导因于软骨内骨化或韧带硬化成骨头，但不确定骨化的原因。维生素A过高症（Hypervitaminosis A）与骨刺被排除于原因之外，骨瘤也被视为不太可能。在另一个标本的尾椎神经棘上也发现了一个赘生