安政六年（1859年）3月29日、正式成为天然理心流的入门弟子。文久3年2月，岁三随着近藤道馆的师兄弟一起参加幕府上京都的浪士组召募。
新选组副长.文久3年（1863年）八月十八日政变后，他与近藤勇所参加的壬生浪士组因功赐名为新选组。近藤勇原本与芹泽鸭、新见锦共同领导，但芹泽与新见二人在京都经常酒醉闹事，甚至勒索，后新见锦切腹、近藤派并肃正了芹泽和其党羽、自此近藤勇终于得以一伸报国之志，而土方则就任副长，负责京都的治安警护维持。新选组的权力集中在局长，出谋划策则由副长土方承担。