月15日，大韩民国正式成立。在一次他指挥的训练中，有两个士兵在训练中意外中暑死亡，由于难辞其咎，朴正熙不得不辞去连长的职务。之后，南朝鲜劳动党的人开始接近他，经常找他一起喝酒。国军内部起诉南朝鲜劳动党分子时，朴正熙也被当做赤色分子一起抓了起来，多亏白善烨将军相救才使他免于一死。但由于他与南劳党走得太近，最终还是被军队除名。经过一个多月的牢狱之苦后，朴正熙于1949年初被任命为陆军本部战斗情报课课长。由于他被误认为共党成员被捕，加之他的三哥朴相熙在大邱10月事件中被警察开枪打死，他的母亲受到很大打击。同年