历四十年（1612年）沐昌祚称病解任，沐启元开始担任都督佥事总兵官，实权依然掌握在沐昌祚手中。天启二年（1622年），贵州安邦彦叛乱，朝廷命沐昌祚、沐启元出征，两人惧怕，多有推诿。天启四年（1624年）十二月，沐昌祚死后，天启五年三月丁卯（1625年4月25日）沐启元嗣其祖父黔国公爵位。沐启元轻狂不法，纵容家奴残害百姓，巡按余瑊按律逮捕犯法家奴。沐启元居然调集兵马，用火炮对准巡按公署。崇祯元年六月己亥（1628年7月10日）其母宋氏害怕儿子为家族惹祸，下毒将沐启元毒死，他年仅一周岁的儿子沐天波继承黔国公爵位