处才开始进行整修，一度拟作为「府城工艺博物馆」，最后决定回归最初商业用途。2013年1月，林百货修复完成。修复完成后于6月30日到8月31日举办林百货回顾展，开放民众参观（仅週三到週日10:00－17:00，场内人数控制在600人以下）。随后由台南市政府文化局委外经营，经评选后由高青开发（台南企业关系企业，FOCUS百货之业主）得标，并开始装修。而后在2013年12月5日，高青开发挑选当初林百货开幕的日子重新在顶楼旗桿升上店旗，象征林百货的重生。最后在2014年6月14日，林百货沿用原名再度开幕，由高青