。重组显示涉及视觉的区域佔接近脑部的三分一。其他的区域则是关于听觉及肌肉控制。头颅骨成象亦发现内耳的结构。这个结构与现今鸟类的内耳结构较爬虫类的更为相似。这些特征综合起来指始祖鸟有飞行所需的敏锐听觉、平衡、空间感及调控能力。始祖鸟在讨论有关鸟类起源及演化上仍然佔有重要的地位。一些科学家视牠为半攀树动物，这是因鸟类是由树上居住的动物演化而来的观念（即奥塞内尔·查利斯·马什（O.C. Marsh）所建议的「飞行是因树木倒下演化而来」的假说）。其他科学家则视始祖鸟为在地上快跑的动物，是因认为鸟类是由奔跑演化成