长期主持西北地区党、政、军全面工作。他组织了西北地区城市接管、剿匪反霸、土地改革、镇反和“三反”“五反”及抗美援朝等工作，并妥当地解决了复杂的民族宗教问题。1952年9月，为了即将施行的第一个五年计划，中央要撤销六大行政区，调高岗、饶漱石、邓子恢、邓小平、习仲勋等地方军政第一要员进京，史称“五马进京”。习仲勋调任中共中央宣传部部长兼政务院文化教育委员会副主任、党组书记，主持制定“整顿提高、重点发展、提高质量、稳步前进”的16字方针。1953年9月后，习仲勋先后担任中央人民政府政务院秘书长、国务院秘书长。