蝙蝠啃咬的果实而沾染伊波拉病毒。猪只、狗只等家畜也有机会携带病原体。前者被证实有能力将病毒传染给非人类的灵长动物，但后者却并无此说且甚少出现病症。病毒绝少直接在天然宿主与人类群体间散播，而是通过首批患者的体液传染给其他人。病毒最常从患者的血液、粪便与呕吐物，通过鼻腔、口腔或伤口进入被感染者的体内。只有重症病人的唾液及大体积的唿吸道分泌物（如飞沫）具传染性，不慎触摸则有机会染病。接触到受病毒污染的医疗器具（特别是针管）亦可致病，故照顾伊波拉病人的医护人员为高危人士，特别是他们未有正确穿着保护衣物或没有妥善处