异功能方面的研究，而使其学术地位充满争议性。李嗣涔为国立台湾大学电机系教授，先后成为台大星舰学院科幻社、台大特异功能社、台大赛斯思想研究社的指导老师。在台大校务行政方面，其于1996年到2002年间担任国立台湾大学教务长，2005年6月10通过中华民国教育部遴选，6月22日就任国立台湾大学校长。于2013年6月21日任期届满后卸任。2012年11月15日台大84周年校庆，李嗣涔在会场中期许创校百年前台大能出现本土诺贝尔奖得主，会场外请警察进入校园，与反迫迁绍兴南村的声援学生以及绍兴南村居民对峙，