水扁政府的行政院长，但谢长廷和苏贞昌由于受到陈水扁家族贪腐案的影响而败给了国民党提名的马英九和萧万长，民进党再度成为在野党。选后谢长廷辞去代理党主席为败选负责，后由蔡英文接任党主席。同年，前党主席许信良重返民进党。2012年，民进党提名时任党主席的蔡英文和苏嘉全参加2012年中华民国总统选举，但败给了国民党的马英九和吴敦义，蔡英文因此而辞去党主席。2014年九合一选举，民进党夺下13席县市长。2016年总统选举，蔡英文和陈建仁当选中华民国正副总统，同时民进党首次在立法院取得过半席次，苏嘉全和蔡其