本线已经在通学繁忙时间设有妇女专用车厢。二次大战后，也曾于1947年5月5日至1973年8月31日设置妇女儿童专用车厢。日本警视厅曾对首都圈内各铁路路线所发生的车厢内非礼案件（日本称为「痴汉行为」）进行统计，发现发生在中央线快速的非礼案件宗数仅次于埼京线排行第二。有鑑于此，JR东日本于2005年9月5日在中央线快速系统开始实施女性专用车厢制度，是继埼京线后第二条实行此制度的JR东日本路线。在平日早上繁忙时间（7时30分－9时30分）的上行快速和通勤特快列车，往东京方向的第一节车厢（1号车厢）被指定为女性