企郊几番踌躇，最终投降，干城亦免屠城。崇祯十七年（1644年），李自成在西安称王、建国号大顺，以牛金星为天佑殿大学士，设六政府尚书，宋企郊为吏政府尚书。宋企郊跟随自成，出谋划策，李自成攻占北京，宋企郊乘马跟从，颇受倚重，遴选明朝遗臣，分为三等任用。吴三桂引清军入关后，李自成战败西撤，宋企郊随行。永昌二年（1645年），李自成由陕西撤向湖广时，宋企郊离伍脱逃，不知所终。崇祯十七年（1644年）十二月，南京弘光朝廷刑部尚书解从龙奉旨为投降李自成诸臣定罪，分为六等。宋企郊为十一名“一等应磔者”之一。