自然原因受到破坏，例如于2007年建成的中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室大楼（中联办大楼）破坏了东望洋灯塔的景观，至今灯塔仍然受到东望洋山周边的超高楼工程的威胁，此外，2016年卢家大屋外墙遭受毁坏、2017年妈阁庙火灾和圣奥斯定教堂因失修塌顶、西望洋山景观保育危机，以及大三巴和大炮台等景点因庞大的旅客量而对周边环境造成破坏和加速世遗景点的老化，反映了澳门政府在世遗保护工作上的缺失。
历史价值概要.澳门历史城区是中国境内现存最古老、规模最大、保存最完整和最集中的东西方风格共存