9日凌晨1点12分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。2008年5月17日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰于2010年9月12日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。中华民国政府通过总统颁佈褒扬令给予褒扬，褒扬令原文为：
信仰.柏杨是基督徒。他1942年在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的