合后的武汉大学在科技领域表现出较高的水准，近期科研成果有“低空无人机”，“北斗卫星导航系统”，“超级杂交水稻”等。2008年5月20日，马英九接任中华民国总统后，两岸关系持续改善，武汉大学也积极与台湾一流大学往来，其中有签订姐妹校合约的有台湾大学、政治大学、新竹清华大学、成功大学、中央大学、彰化师范大学等。2013年，武汉大学举行120年校庆。2016年9月10日，武汉大学爆破拆除了外号“变形金刚”的工学部第一教学楼。该楼为尚未与武汉大学合并之前的武汉水利电力大学于2000年修建，造价约1亿人民