公司设在印尼的总部存放，部分甚至因空间不足被销毁，行政院原住民族委员会因而举办「历史机遇─17世纪荷兰东印度公司巴达维亚档案重现台湾」特展。台湾与印尼间的贸易因属同宗主国是非常盛行，当时双方主要贸易物资以砂糖、鹿皮、鹿肉、鹿茸、籐、白米、香料、胡椒、琥珀、麻布、棉花、鸦片、钖、铅、蚕丝、丝绸、陶瓷、黄金、银两、人参等。荷兰人来台之初就从爪哇大量引进与民生相关的食用或观赏植物（含原产印尼与自欧美等地先引入印尼者），如番荔枝（释迦）、莲雾、芒果、番石榴、豌豆、甘蓝、怀香、樱桃番茄（小果番茄）、含羞草、仙