用：移除受损和异常的蛋白质，防止其堆积；或是用于移除酶及不再需要的调控蛋白，来调节细胞内的各个过程。最后，降解成的氨基酸可再次被用于蛋白质合成。 
溶酶体及蛋白酶体.细胞内的蛋白质降解通常以两种形式实现：在溶酶体中水解，或是通过泛素依赖途径来将不需要蛋白置于蛋白酶体中降解。溶酶体中含有等大量的蛋白酶，溶酶体自噬途径通常是个非选择性的过程，但在受饥饿胁迫下，它会选择性地降解带有氨基酸序列 KFERQ 或类似序列的蛋白质。泛素介导的酶解过程则是有选择性的，细胞不需要的蛋白质会被标记上