万大军北伐匈奴，占领河套地区，即九原郡，并且移民建长城。为了防范匈奴入侵，在前214年至前213年间，兴建由九原通往咸阳西北云扬（今陕西淳化）的「直道」；连接燕、赵与秦长城，完成西起临洮、东至辽东的万里长城。而南方以讨伐百越为主，当时百越族在浙江南部有东瓯国、福建有闽越国、广东与越南有古南越国、广西有西瓯国与雒越。秦灭六国期间，降伏东瓯、闽越以设置郡县。统一全国后，派兵讨伐南越西瓯，即秦攻百越之战。他先后派屠睢（前221年）、任嚣与赵佗（前214年）南征。并且命史禄于湘江和珠江建立灵渠，以便运粮给南征军。平