主义思想彻底变革并发现了一些新的生物。这次活动中比较突出的是对生理机能进行了实验和认真观察的安德雷亚斯·维萨里和威廉·哈维以及开始对生物进行分类和化石记录的博物学家卡尔·林奈和蒲丰，同时还对有机体的发展和行为进行研究，显微镜展示了之前从未看到的世界并为细胞学说打下基础。自然神学的重要性不断增长，在一定程度上回应了机械论学说的兴起，鼓励了博物学的发展（虽然它也巩固了）。从18世纪到19世纪，植物学及动物学等生物科学逐渐形成专门的学科。拉瓦锡和其它物理学家开始通过物理和化学方法将有生物的世界和无生命的世界连