黄高启配合法军，击退了河内省境内的黑旗军和义军。随后黄高启升授谅山省巡抚，配合法国军队镇压境内义军。同庆元年（1886年），黄高启升任兴安省巡抚，极力镇压境内勤王义军，并因此获赠金佩星，并担任海阳、兴安、北宁三省剿抚使。同庆二年（1887年），升署海安总督，并授北斗佩星。同庆三年（1888年），黄高启充钦差大臣一职，率领大军，对阮善述、谢现据守的海阳省萩林一带展开围攻。成泰元年（1889年），黄高启攻陷萩林，阮善述逃亡中国。阮春杰、提侨、梁三奇等周围的义军势力投降。三月，黄高启因功加太子少保衔。十一