不同在予明确加授台湾清领区军权，而道署仍设于台南。另外，台湾清治时期的这阶段，与稍早相同，台湾西部仍为福建省所管辖，主官皆为外地轮调。1791年，万钟杰任职期间，福建分巡台湾兵备道再度升格为按察使衔分巡台湾兵备道。福建分巡台湾兵备道就职位等级来说，属道员之正四品文官。
历任.以下为历任福建分巡台湾兵备道姓名及上任日期等资料。