祖忽必烈封萨迦派法王八思巴为国师，授与玉印，统领吐蕃（西藏）。于是，萨迦派在当时成为隶属于宣政院的吐蕃政治与宗教领袖。虽然往后由于元朝的衰败，萨迦的政治势力也逐次渐缩，但至现今，萨迦王室在藏人的心目中仍有皇族的象征。到了永乐五年（西元1407年），明成祖册封噶举派「噶玛噶举」第五世法王德行谢巴为「大宝法王」。噶举派势力逐渐抬头，而「大宝法王」这个封号，至今也一直被「噶玛噶举」历代法王所专用。然而，此时格鲁派在宗喀巴的领导之下，声势也发展迅速，并不断扩展。至顺治九年（西元1652年），清世祖册封格鲁派