年段祥兴驾崩，传位给他的儿子段兴智。隔年蒙古再次攻打大理，最终相国高泰祥战败被杀，段兴智逃至鄯阐，蒙古大将兀良哈台攻下鄯阐，并生擒段兴智，灭了大理国，蒙哥为表示自己的仁慈及安抚遗民，封段兴智为世袭总管。大理国虽然灭亡，但直到1257年忽必烈成立云南等处行中书省为止，段氏仍然是大理故地的统治者，到段俊时段氏更垄断云南行省平章政事一职。在元末时，段氏大理总管与元梁王冲突升高，甚至在1343年发生战争。后在明兴之时谋求独立，但遭到蓝玉、沐英的进攻而化为泡影。
政治制度.大理国政治