幕府和荷兰的关系更加紧张。1858年（安政5年）安政条约签订之后，长崎成为开港五港之一，但这也象征长崎的贸易垄断地位的终结。开港之后的长崎在市区南郊兴建了外国人居留地，以便隔离外国人和日本人。外国人居留地聚集了众多教堂、领事馆和西洋式住宅，大浦天主堂和哥拉巴园等长崎代表性的欧式建筑均修建于十九世纪后期。长崎的产业也在这一时期开始近代化。1861年，长崎首个钢铁工厂竣工。1870年代初期，长崎不仅铺设了和上海之间的海底电缆，还开始了至东京的邮政及电信服务。1886年，停靠在长崎的北洋水师舰上军人未获许可登陆长