貌最彻底改变的当属清道光三年（1823年）的嘉南大水患。此次大水山洪挟带大量土石泥沙沖入台江及倒风两大内海，不但使曾文溪改道、盐水溪南移，更将内海及滨海口全部填成陆地─北从盐水港、下营茅港尾、蔴荳港到西港、安定港口、永康洲子尾以西全部陆化。今日安南区至北门地区六区大部分土地均属之，也是「盐分地带」名称之来源。整体地形呈现东高西低，但无明显的地势起伏。东侧的阿里山山脉于本市境内分岔出数条余脉，影响本市东部的山丘地形发展，主脉则沿南化区与高雄市甲仙区的交界向南延伸，但因境内非位于主峰群区域，故缺少高耸的山峰