朱元璋改吉安路置，治庐陵县（今江西吉安市）。辖境相当今江西省吉水、万安两县间赣江流域及安福、永新等县地。属江西省。清代吉安府仍为江西省行政区。据《清史稿》记载：吉安府「冲，繁，疲，难」，隶吉赣南宁道。顺治初因之。干隆八年，析永新西北境、安福西境，置莲花厅。领县九：庐陵县、泰和县、吉水县、永丰县、安福县、龙泉县、万安县、永新县、永宁县、莲花厅。1912年，中华民国废吉安府。