情越闹越大，最后惊动朝廷中的辅政大臣鳌拜等人。当时康熙帝年幼尚未亲政，鳌拜责令刑部满官罗多等到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人士。吴之荣对南浔富人朱佑明怀恨在心，诬告「朱氏原稿」即朱佑明本人。庄允诚被逮捕上京，后来不堪虐待死于狱中，庄廷鑨被掘墓开棺焚骨。康熙二年（1663年）凡作序者、校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死，刻字工汤达甫、印刷工李祥甫，书店老板王云蛟、陆德儒惨遭屠戮。庄廷鑨之弟庄廷钺也被凌迟处死，全族获罪；李令皙及其子李礽焘等4人、朱佑明及其子朱念绍、朱彦绍、朱克绍和侄子朱绎先后被斩首，妻子徐氏