平进程的第三方促进者，马来西亚也通过维和行动支持菲律宾抵抗与阿布沙耶夫，摩洛伊斯兰解放阵线对棉兰老岛的叛乱。2014年3月27日，菲律宾政府宣布与摩洛伊斯兰解放阵线签署一项历史性和平协议，即（CAB）。在马来西亚的推动下，该协议将建立一个自治的邦萨摩洛政治实体，其规模大于当前棉兰老岛的穆斯林自治区。马来西亚政府也继续与摩洛伊斯兰解放阵线（MILF）和摩洛民族解放阵线（MNLF）积极参与和平进程，主持并促进（作为第三方）与菲律宾政府进行的和平会谈。2013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部