利松麻巴族、勒达克族、多麻巴族、羊巴族、依戎伙尔族、伙尔族、彭他麻族、伙尔拉赛族、上刚噶鲁族、下刚噶鲁族、琼布拉克鲁族、噶鲁族、色尔札族、上多尔树族、下多尔树族、三札族、三纳拉巴族、朴族。雍正九年，共有4889户。各族内设千户、百户，不足百户者设百长，由兵部颁给执照。干隆末年，三十九族设总千户1人，百户13人，百长53人。后增至百户16人，百长61人。理藩院设司员夷情章京一人，管理三十九族的马赋、刑名之务，隶属于驻藏大臣。三十九族土司为：琼布噶鲁、琼布巴尔查、琼布纳克鲁、勒纳伙尔、色里琼扎尼查尔、色里琼