西南-东北方向，沿团岛二路伸展。车站采用地下两层（局部三层）岛式站台方案，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，主体结构采用三层两跨框架结构。设2个出入口、2组风亭、2个消防出入口。
车站周边.团岛站坐落于台西半岛内，向西距离黄海胶州湾最短直线距离800米，向南距离团岛湾最短直线距离430米，西南方向距离团岛的最短直线距离约为1.5千米。作为市南规划的航运商务中心，交通方面，向北距离青岛轮渡客运站约1.2千米，向西距离胶州湾隧道出入口匝道约170和430米，东北距离胶州湾隧道