再次败于陶菲克，屈居亚军。2007年年初，林丹在马来西亚公开赛的首轮战胜了老对手陶菲克，但在16强中，0-2（14-21、17-21）输给了韩国新星朴成奂。但是林丹很快就赢来了赛季的首个冠军，在韩国公开赛中他2-0（21-13, 21-12）力克队友陈金夺冠。此后他又连续拿下德国公开赛和全英赛的冠军。同年6月，林丹成为中国国家队的主力征战在苏格兰格拉斯哥举办的苏迪曼杯，中国队在决赛中3-0横扫老对手印度尼西亚蝉联冠军。随后，他又在中国大师赛上拿下马来西亚的李宗伟称冠。同年8月，林丹2-0（21-11、2