驻守在上野的军队仍然打算抵抗到底。这支军队大约有2,000人，由彰义队（德川幕府组成的军队）的成员所组成。他们挟持宽永寺的住持，这可能导致长州藩及萨摩藩的军队没有立刻攻击宽永寺的原因。最后的战斗从1868年7月4日上午展开，在激烈的战斗后，长州藩及萨摩藩的军队从南边的黑门（靠近现在上野公园的入口）攻破彰义队的防守。大部分的守军（大约300名）在战斗中丧生。而宽永寺也在大砲的攻击下与数千栋房屋被火焚毁，只有清水观音堂、东照宫、五重塔及大佛殿未遭受波及。宽永寺的住持则化妆逃走，并搭船离开东京。大部份德川