酚和儿茶素，这些聚酚化合物可产生化感作用，对铜绿微囊藻的生长产生抑制。
毒素.铜绿微囊藻可以产生神经毒素脂多糖与。微囊藻素是一些环状的合称，由衍生物和等非蛋白胺基酸组成，可强烈抑制第一型与第二型蛋白质磷酸酶，对动植物都有毒性，对肝脏的毒性很强，也和有关。
经济重要性.由于在理想的环境下铜绿微囊藻可以持续产生对肝有害的微囊藻素，其为饮用水污染的来源之一，且这种毒素对热的抗性高，甚至以活性碳吸附、加入氯或臭氧消毒也无法完全消除。对经济的影响包括为了减轻毒素需要