了站改工程，新建南站屋、4号站台和西南北连接天桥。站改由昆山地方政府投资1.05亿元，铁路部门投资0.45亿元。南站房于2009年12月28日建成后，北站屋的客运功能随即废弃，但保留行包业务至今。2019年7月10日起，昆山站新增两趟始发列车：原由苏州站始发终到的T236/237、T238/235次列车和K1149/1148、K1150/1147次列车延伸至本站。
车站结构.
站房.昆山站站房朝向南面，总面积为10205平方米，为玻璃钢架结构。站房共有二层