城设立军部。到民国34年（1945年）战争结束时，新四军攻佔了清江浦（淮阴），作为苏皖边区政府的首府。
全面内战.战后，国民政府从重庆还都南京，而中共控制了部分苏北地区。11月30日，在淮安成立苏皖边区政府。不久，国民政府与立足东北与华北的中国共产党爆发战争。民国35年（1946年）7月，国军为保卫首都南京侧翼安全，向苏中和苏北的新四军驻地发动进攻。中共将领粟裕发起苏中战役，与国军激战到12月底，国军佔领了苏北全部城镇，赶走了苏北的新四军政权。民国37年（1948年）11月辽西会战