10日、12月1日的多次调图中增加了苏锡常等停靠站以吸引中间客流。在实际运行中，沪宁动车组列车共有直达、交错停和大站停三种运行方案。2009年4月1日，实施新的列车运行图后，D401至D450次改为D5401至D5450次。2010年7月1日沪宁城际铁路开通后，上海铁路局管内D5401次至D5450次共25对动车组列车全部停运，由沪宁城际动车组列车取代，此后偶尔在节假日期间使用卧铺动车组套跑实现加开。D5401/D5402次在其他列车停运后曾被调整为南京站—上海虹桥站，但也于2012年3月20日停运