随着上水区不断发展，为应付日益增加的教友人数，旧圣堂遂于1988年12月4日清拆重建，由李国熹及伍耀伟两位着名工程师合作设计。新圣堂于1990年10月落成。1999年，由于圣堂后围墙被雨水侵蚀破坏，经堂区教友募捐后重新修建，并于2000年主保瞻礼，由汤汉副主教祝圣。