太清三年（549年），萧会理尚未到达建康时，建康已被侯景攻陷。侯景派遣前任临江太守董绍先拿梁武帝的手敕召见萧会理，萧会理的僚佐都劝他距绝董绍先。萧会理没有听劝，前往建康。太清三年六月丙戌（549年7月12日），出任司空。七月庚午（8月25日），兼任尚书令。萧会理虽身在侯景的手中，却与西乡侯萧劝等暗中布置腹心，结交壮士，伺机匡复。大宝元年（550年），范阳人前江都令祖皓斩杀南兖州刺史董绍先，据广陵起兵反抗侯景，以萧会理为内应。祖皓兵败后，萧会理被免官，但仍以白衣领尚书令。这年冬天，侯景前往晋熙，萧会理与柳