尼尔氏综合症，其内耳压力过高导致半规管过度敏感，引发头晕、方向感变差和恶心的症状。医生对这一疾病束手无策，只能给他服用利尿剂排出内耳积聚的液体，还为他开出促进血液循环的药物。美尼尔氏综合症患者有20%可以自愈，而谢泼德在服药后未见好转。医生还发现他患有青光眼和甲状腺结节，因此决定他的身体状况不适宜继续飞行，无限期暂停他的飞行资格。双子座计划的首次载人任务双子座3号也改由维吉尔·格里森和约翰·杨执行。1964年1月17日，谢泼德在休斯敦接受手术切除了20%的甲状腺。1963年11月，谢泼德获任命成为航空航天