政局混乱，罗斯托克大学于1437年在教会的压力下，服从巴塞尔宗教会议（Konzil von Basel）的禁令迁往格赖夫斯瓦尔德。此禁令于1440年撤销，而大学直到1443年才迁回罗斯托克，1487年至1488年（一说至1492年）大学又曾迁往汉萨城市吕贝克。十六世纪，人文主义和路德学说传入罗斯托克大学。随罗斯托克市之后，大学于1542年接受新教。十七世纪，约阿希姆·容吉乌斯（Joachim Jungius）于1622年在罗斯托克大学创办了德国第一所自然科学研究学会。而后的三十年战争使奉行路德新教的