其任免须经达赖或摄政审批。上密院在“文化大革命”中遭到严重破坏，中共十一届三中全会以后获人民政府拨款修复。2000年代，上密院有僧人60多名，修习密宗教法。
建筑.上密院位于拉萨小昭寺旁边，占地面积约2万平方米，其范围包括小昭寺前左、右两侧的两层楼房，以及东侧由拉萨二中占用的习经场。