因与法国进行准战争（两国海军不宣而战），约翰·亚当斯所领导的联邦党加强并增募海陆两军，同时开征新税，从事战争准备，并在1798年制订了客籍法和惩治叛乱法。杰佛逊将此法解读为攻击他所属的政党，甚于对付危险外敌。他与麦迪逊为重新集结支持者，匿名着作肯塔基及弗吉尼亚决议案，主张宪法所建立者仅为各州与联邦政府之间的协定，联邦政府无权行使宪法无明文规定之事项，而各州对联邦政府各项僭权之举可视为无效。此提案为美国史上首次对论之陈述，该论述开日后拒行联邦法规与介入论之先河。杰佛逊与纽约的阿龙·伯尔紧密合作，重新集结其