邢其毅原籍贵阳市，其父邢端为清末官员、实业家。1911年生于天津，1933年毕业于北京辅仁大学，1936年获美国伊利诺大学博士学位（导师是美国有机化学家罗杰·亚当斯），后赴德国慕尼黑在化学家维兰德的实验室进行博士后的研究工作。1937年回国后任中央研究院化学研究所研究员、华中军医大学教授、北京大学教授、辅仁大学教授。中华人民共和国成立后任北京大学化学系教授、中国科学院院士。曾参与研制人工合成牛胰岛素。
轶事.邢其毅热爱有机合成化学，不但十分欣赏有机合成化学家罗伯特·伯恩斯·伍