林嘉美年事已高，1916年来此的钟爱华医生（Nelson Bell，1894年－1973年）接任院长之职。1937年－1939年，抗日战争初期，淮阴一度成为江苏省的临时省会，因此日军飞机常来此轰炸，仁慈医院的美国标志使其成为大批和平居民的避难所。太平洋战争爆发后，1942年4月，院长钟爱华等美籍人员被迫回国，仁慈医院更名为淮阴医院，中国医生曹济生主持医院工作。钟爱华回国后，1970年代曾任美国总统对华事务顾问。1943年，他在淮出生长大的次女钟路得（Ruth McCue Bell，1920年—）与葛培理