当选为全国人大代表、政协委员，及甘肃省文联、美术家协会主席等职。1959年到1962年筹建兰州艺术学院，并担任院长。1963年到1965年主持加固莫高窟崖壁、栈道加固工程。
文革时期.随着文化大革命的开始，常书鸿和妻子李承仙被批判，据称曾在批判大会上被殴打。后被打为“反革命”分子、走资派，开除党籍、开除公职，留所（敦煌文物研究所）监督劳动。1969年3月因遭遇车祸赴兰州治病。据称回敦煌后主要进行喂猪等劳动。据称是1970年，周恩来应到中国访问的英籍作家韩素音的要求，