，世宗下诏逮问。御史以实情上陈，减罪去官归里。穆宗即位，起为南阳府知府，升湖广按察使司副使，分巡襄阳。辽王遭“异谋”之诬，学谟为其申辩，又被弹劾回籍。神宗即位，再起湖广按察使，升副都御史，巡抚郧阳。不久，入京为刑部侍郎。万历八年（1580年）升礼部尚书，万历十一年（1583年）加太子少保，同年致仕归乡，于演武场（今嘉定体育场址）西南建归有园。万历二十一年末（1594年）卒。