黄高启少年时代便以文章出名。嗣德二十一年（1868年），黄高启参加戊辰科乡试，考中乂安场举人。嗣德二十八年（1875年），任礼部行走。次年（1876年），充礼部兼兵部司务。嗣德三十三年（1880年），补授河内省怀德府教授。嗣德三十四年（1881年），代理寿昌知县。次年（1882年），实授寿昌知县。嗣德三十六年（1883年），升补河内按察使。当时法国派兵侵略北圻，中国黑旗军受邀与越南义军抵抗法军。但不久后，越南与法国签署条约，成为殖民地，黑旗军被阮朝下令驱逐。黄高启配合法军，击退了河内省境内的黑旗军和义军。随