胚乳影响很大，因为胚乳在种子中佔很大的体积，如果胚乳是用淀粉构成的，脱水后体积并无明显改变，种子维持饱满状；如果胚乳是以糖的型态储存，脱水时体积会大幅缩减，种子呈皱缩状。种子的颜色也经常受到胚乳煳粉层与淀粉层的影响，某些玉米的蓝、紫的颜色即是煳粉层中的花色素苷造成的，淀粉层也可能有色，不过只有煳粉层无色时其颜色才能显现，若煳粉层有色，则淀粉层的颜色会被盖过，意即煳粉层的颜色对淀粉层的颜色有上位性。