部分有机质都被毁坏了 。硅化通常发生在两种环境中，一种是样品被埋藏在三角洲或泛滥平原沉积物中，一种是埋在火山灰中。硅化必须有水，因为这样可以减少氧气，因此不会被真菌腐蚀，保持了有机体形状，并允许了硅的储存和运移。当样品中充填硅溶液后这个过程开始。样品的细胞壁渐渐地溶解，并且硅储存在剩余的空间中。在木头样品中，随着过程的进行，纤维素和木质素这两种木头的组分会分解并被硅取代。当水分消失后样品转化成石头（该过程叫岩化）。只有在中性到微酸性<ref name=Leo/Barghoorn></ref>，浅沉积环境的温