如大村纯忠下令针对辖内的寺社佛像大规模地破坏，这些事件皆可在文献《大村乡村记》、路易斯·弗洛伊斯在1563年11月14日所作的报告书等一窥其貌。这种「扑灭异教」的破坏行为虽出自吉利支丹大名自身的意愿，但传教士的唆使暗示，亦是间接的原因。反观信奉佛教和神道的大名诸侯听取僧侣的意见，将外来的基督教视为「异教」而镇压，反而造成两边教徒信众间的憎恶与对立。1587年7月24日丰臣秀吉下达伴天连追放令后，吉利支丹大名遭受强大的政治压力，许多人遭改易解职，或者被迫改信佛教、神道，整个日本进入镇压禁止基督教的时期。