福建西山、云谷山绝顶相望，一起学习，被誉为“朱门领袖”、“闽学干城”。朱熹将女儿许配给蔡西山之子，结成姻亲。庆元二年（1196年），韩侂冑专权，打击理学党徒，朱学被称为伪学，蔡元定谪居道州（今属湖南）。临行前师徒在建阳坝桥饮酒话别，二年后，客死舂陵。其子蔡沉扶柩千里，葬归建阳崇泰里后山陈布村翠岚之源，朱熹亲往致祭，祭文曰：“呜唿季通，而至此耶。精诣之识，卓绝之才，不可屈之志，不可穷之辩，不复可得而见矣。”。着有《律吕新书》、《皇极经世指要》、《八阵图说》、《脉经》等书。