务期间，他治好了当时荷属东印度总督，因此获得注目。西博尔德已设法在很短的时间内学会了荷兰语和马来语，并非常专注于自己的工作。他似乎是派往日本的理想人选。在这个过渡时期，日本仍然是一个与世隔绝的未知力量。贸易只允许通过出岛——长崎海湾的一个小小的人造岛上的荷兰贸易站进行。
日本经历.1823年西博尔德抵达出岛负责蒐集日本列岛上的信息，社会和政治结构以及调查扩大现有贸易的可能性。外国人都不准离开贸易站，但作为一个医生，他另有机会。西博尔德治愈了一个有影响力的地方官员，他获准在贸易站以外