道光十五年（1835年）改为斗六门县丞。同治元年（1862年）九月，斗六门为戴潮春所攻陷，戴潮春旋将根据地由四张犁转移到此处，直至同治二年年末才由清军夺回。光绪十三年（1887年）设台湾三府增至云林县、苗栗二县，云林县治虽在林圯埔 ( 今南投县竹山镇)，但每年雨期浊水、清水两溪氾滥，致使交通时常中断，而且县址过于偏东甚为不便，遂于光绪十九年（1893年）迁至斗六。
日治时期.1895年4月（清光绪二十一年三月，日本明治二十八年四月），清朝和日本签订《马关条约》，将台湾割让