台湾之瞿公真人信仰起源说法有二。一说清同治五年（1866年）刘铭传率领淮军攻击捻军时，军中爆发瘟疫，后得瞿真人託梦开药方治癒，从此刘分香供奉于军中；另一说则是湘军相信瞿公真人能保佑伤兵早日康复，刘铭传为稳定军心，特别将神像供奉于巡抚衙门内，让士兵膜拜。清光绪十三年（1887年）于台北府城北门外建庙，庙址邻近清代机械局。日治时期因台北城墙拆除之故，此庙迁到大稻埕得胜街（今天水街），明治三十一年（1898年）以板桥林家林祖寿之名重建（传说林家曾因祈神顺利得子，真人亦因此被地方视为送子神），此庙即今大稻埕瞿公