染过重症疟疾的儿童可能会发育迟缓；非重症性的慢性感染也可能导致免疫缺陷，减弱患者对沙门氏菌和EB病毒的抵抗力。疟疾造成的贫血会对于孩童快速发育的中枢神经造成不良影响，另外病原体也会直接伤害脑疟疾患者的脑部，有些脑疟疾患者在痊癒后仍有神经和认知缺陷、和癫痫等后遗症。临床试验表明服用防疟药能改善认知能力和学习成绩。
流行病学.世卫组织估计2010年全球有2.19亿个疟疾病例，导致66万人死亡，不过另有估计全球重症疟疾病例有3.5到5.5亿，死亡124万人，高于1990年的100万人