年，澳葡政府在收到葡王指令后随即查封圣保禄学院和圣若瑟修院，逮捕了共24名耶稣会士并将他们监禁在葡萄牙，在押解途中，圣若瑟修院修院院长因悲愤难抑加上身体虚弱而中途逝世。耶稣会在澳门拥有的财产被交予澳门主教处理，部分家具和服装被拍卖。圣保禄学院则先交给澳门市政厅管理，后来被用作军官宿舍和兵营，学院里的设备和物品被分配给市政厅和国王财产处，部分无法搬走的物件则被弃置在校舍里，为驻军部队所佔为己用，亦有一些珍贵书籍和历史文献被破坏或抢掠。
遣使会管理时期.耶稣会被驱逐后，圣若瑟修院一度沦