800公尺以上的地区则有常绿的麻栎属、古南科灌木丛和矮生竹的丛林。3500公尺以上地区还有禾本科、和苔藓植物。加勒比海沿海低地有生长茂密芦苇的沼泽，海岸则有红树科丛林。总计有32个陆地生物群落和314种类型的生态系统，其中一个是仅存在厄瓜多、哥伦比亚和委内瑞拉境内安地斯山上的特殊「」生态系，哥伦比亚佔了其中最大的比例，约50％。目前哥伦比亚境内有12个州级自然保护区、38个国家公园，佔全国面积9％，但每年全国约有280000公顷的森林被砍伐，也有16个州进行非法採矿，对国家生态保育，已经造成严重的破坏。