花莲港厅、台东厅两厅施行街庄制，改支厅为郡、改区为庄。终战当时，五州三厅之下辖11市51郡2支厅，全郡、支厅之下辖67街264庄。第二次世界大战期间日本佔领南沙群岛并更名为「新南群岛」，1939年（昭和十四年）3月划归高雄州高雄市管辖。战后广泛流传的谬误，多称此应为历史上第一次将东沙群岛、西沙群岛和南沙群岛纳入行政体系。但是，根据昭和14年（1939年）3月30日之台湾总督府令第31号和台湾总督府告示第122号，新南群岛定义之范围为北纬7度以北、北纬12度以南、东经111度30分