级开始成为各地新的统治者。长崎地区实力最强的武士团在坛之浦之战是平家水军的主力。鎌仓时代时，武藤氏出任肥前国守护一职，但并未控制肥前国全境。1274年（文永11年）和1281年（弘安4年），蒙古和高丽军队曾袭击对马、壹岐、鹰岛等岛屿。肥前国在鎌仓时代至室町时代时长期处于群雄割据状态，加上靠近朝鲜半岛和中国的地理位置，因此成为倭寇的温床。1419年（应永26年），李氏朝鲜曾派兵攻打对马的倭寇根据地（应永外寇）。
日本战国时代.日本战国时代时，长崎地区主要大名有岛原半岛的、彼杵地方的、