首任妻子是上海时的邻居、曾就读之江大学的裘锦秋，两人拍拖一两年便结婚。1964年，邱德根结识富商陆运涛，并计划合作发展电影；裘锦秋及陆运涛等出访台湾时发生飞机失事身亡，后来邱德根娶裘锦秋之妹裘锦兰续弦。为纪念裘锦秋，邱德根斥资建裘锦秋英文书院（后改名裘锦秋中学）、锦秋桥和锦秋园等。2020年，邱德根家族持有的荔园游乐花园有限公司入禀控告美荔农庄有限公司，指该公司未经批准下于其位于美孚九华径的土地经营烧烤场。
名下马匹.邱德根、裘锦兰夫妇是香港赛马会会员，曾先后拥有马匹「人来风」、