期末年，神木村隶属台湾府云林县的「界外番地」之一。日治时期，1901年（明治卅四年），改为隶属于南投厅集集支厅管辖；1920年（大正九年）改隶属于台中州新高郡集集庄管下的番地。国民政府接收台湾后，1946年4月，神木村尚未设立，包括在同富村之内，隶属于台中县信义乡管辖；1950年10月行政区域调整，新设南投县，神木村自同富村分离，并改隶为南投县所属，称为南投县信义乡神木村至今。神木村历经1996年贺伯台风、2001年桃芝台风、2004年的七二水灾，一直到2009年的八八水灾，每每台风及豪雨都造成当地灾情