与山兴宣总督阮伯仪以及清朝将领冯子才一起，围剿盘踞在保胜、老街一带的黑旗军刘永福。嗣德二十三年（1870年），陈廷肃改任兴化巡抚，充兴化军次赞理，后因病回休，仍担任营田使。嗣德二十六年（1873年），安业率军袭击河内，海阳、南定、宁平相继失守，是为北圻变故。陈廷肃被任命为河宁总督，与河内巡抚阮仲合、按察使张嘉会一起前往河内，向法军将领安邺议和，想要收回失陷城池，重新改定通商条约。但他们一行人刚至河内次日，黑旗军兵逼河内，安业作战阵亡。法军因此要求先退兵，后交城议约。这遭到陈廷肃、阮仲合等人的严词拒绝，坚