后康熙帝欲修《明史》，再次想起黄宗羲，曾邀黄赴京主持史局。全祖望《梨洲先生神道碑文》：“宗羲不入史局，而史局大事必咨之，其所辩论，史局常依之资笔削焉。”尽管如此，黄晚年并未拒绝与清朝官员的私人交往，不干涉子弟门人参与科举考试，在文章中也采用了顺治、康熙等清朝年号，对于康熙也偶有赞美之辞。同为抗清志士的吕留良等人，甚至一度怀疑黄已经变节，但黄宗羲的妥协使得其作品得以避开清朝文字狱，流传后世。黄坚守了终身不仕，死时没用棺木，只在身下放了块青石板，表达了肉身“速朽”的意愿，追思了其晚年以个人品质换明朝文化的流