积习难改，地方十分吏治败坏，民怨四起，最终仍导致康熙60年（1721年）杜君英、朱一贵等叛乱起事的发生。这一时期台湾虽归属清廷，但对台湾治理有实质影响力的是施琅及其家族，施琅家族不仅接手并垄断前东宁王国之贸易市场，更挟有军功之威望支配鹿港（今彰化县鹿港镇）地区，引渡不少泉州移民来台发展。
雍正时期.雍正帝在1723年即位之后，励精图治，大力整饬康熙朝后期的弊病，连带影响对台湾治理的态度，其中以蓝鼎元的献策对雍正皇帝的治台方略颇具影响。蓝鼎元为漳州人士，朱一贵事件爆发时，随族兄蓝