经济部、主管土石流灾的农委会、和主管陆上交通事故的交通部等相关部会首长均无权指挥全国陆海空军。救灾是否是国军的主要责任或军队的救灾设备是否比专职机关优良也因此成为讨论议题，但军队是政府唯一可以在短时间动员大量人员、器具的单位。因此而有民国99年国防部与内政部共同订定《国军协助灾害防救办法》，规范国军单位需接受地方首长指挥，协助救灾，而毋需总统直接下令动员。
政治影响.2009年9月7日下午在救灾一个月举行之记者会中，台湾最高行政机关首长－中华民国行政院长刘兆玄宣佈于9月10日起辞职