博特失望愤慨之余，在1664年1月3日攻击澎湖岛上的郑军，并在1月10日放火烧毁寺院及附近的房舍。据此，澎湖妈祖宫曾在1664年被毁。博特在其航海记中亦附有澎湖港图，其中的寺院也在今天后宫的位置上。
清领时期.1683年（康熙22年）福建水师提督施琅率军攻台，在澎湖击败由刘国轩率领的明郑海军主力，明郑随后便即投降。施琅将胜利归因于妈祖庇佑，并奏请康熙皇帝敕封其为「护国庇民妙灵昭应仁慈天后」。清廷在1684年（康熙23年）准奏，并且派礼部雅虎专程来澎湖致祭，将妈祖封为天后，并改