俱乐部停赛停训停薪、永不启用，另一名前国门虞伟亮又因状态原因被下放预备队，因此在申花俱乐部和主教练吴金贵的大力提拔下，训练刻苦努力的周亚君成了申花队06赛季后半程的绝对主力，并以自己的表现帮助球队在联赛后12轮取得7胜5平保持不败。2007年，申花与联城合并，并获得了包括王大雷、张晨在内的多名门将，周亚君返回预备队。2008年，他转会至河南建业。2016年1月，深圳佳兆业官方宣佈周亚君加盟球队