工程规划期间，锦州南站于2011年开始改造，由中铁九局承建，新站房于2012年11月开始投入使用。2017年，锦州南站公路客运枢纽主体工程竣工。
现状.锦州南站现由沈阳铁路局锦州车务段管辖，车站等级为二等站。目前，锦州南站是秦沈客运专线客流最高和停靠车次最多的中间站。