年，中国大陆植物病理学家裘维蕃认为比起「真菌界」，採用与「动物界」和「植物界」相对等的「菌物界」更为理想，并将真菌画为菌物界底下的一个门，因此「菌物」一词指涉的为广义真菌。台湾的吴声华博士则认为现今的「真菌界」指的为狭义真菌。2009年，Liu等人提出菌物总界的概念，含括真菌界与核形虫等生物，组成了单系性的分类元。
特征.在分子系统发生学问世以前，分类学家一般认为真菌属于植物，这是因为真菌与植物有许多共同特征，例如两者皆不会移动，大致的形态与栖地也相当类似，真菌与植物都生长在土壤中