陆军的检疫工作，他的能力得到了儿玉源太郎的认可，后来后者前往台湾就任总督后，将其提拔为民政长官，并在台湾留下了不俗的政绩，直接改善了台湾的基础设施面貌，提升了台湾的经济实力并改善了民生。在满洲乃至日本本土基建上都留有卓有成效的政绩，后藤同样对满洲，尤其是新京（长春)的市政规划给出了重要的指导意见。后藤也被视为日本近代城市规划之父。一直到晚年，后藤新平还经常对身边人讲：国立台湾博物馆入口大厅右边一龛位原置放其铜雕像，目前已移除改放于顶楼展览厅与儿玉源太郎铜像一起展示。
与孙中山之关