三世·约瑟夫用来改革教育系统的预算被用来资助医院骑士团；政府宣传最狭隘的教权主义，并最终导致巴伐利亚主教叙任权回到了教皇手上。在法国大革命前夕，巴伐利亚的社会状况甚至倒退回到中世纪的水平。
法国大革命与拿破仑时期.1792年法国大革命爆发，革命军占领了普法尔茨；1795年，法国人在让·维克多·莫罗的带领下入侵巴伐利亚，并一路进军到慕尼黑，受到被长期镇压的自由主义者的欢迎，同时革命军开始围攻因戈尔施塔特。选帝侯卡尔·泰奥多尔没有进行任何抵抗，就逃到了萨克森，留下了一个摄政议会。179