50多公里，最初南起山东梁山安山西南，北至临清。后将会通河以南至徐州一段的济州河以及泗水也称为会通河。运河上共有三十一个水闸。明朝初年，会通河三分之一的河段因淤塞无法通航。明成祖永乐九年（1411年），明成祖下令工部尚书宋礼疏通会通河。后来南段再次淤塞。隆庆、万历年间，运河南段河道迁至昭阳湖以东，昭阳湖以西的旧南段河道废弃。清朝时会通河又被称为山东运河。清朝末年，会通河仅剩济宁以南尚可通航。