车体上的原有的橘色涂装因早年的不锈钢烤漆技术不佳，所以採用贴纸黏贴的方式替代；然而贴纸经过长期的日照、风吹雨淋下，产生斑驳、脱落、褪色的现象，与台湾车辆自行打造的PP2000系列车厢进行混合编组时，因颜色上的差异，整辆列车显得参差不齐，十分难看，被不少铁道迷戏称是「丐帮列车」。台铁为维护PP车形象，争取新台币500多万元的预算，为336辆的PP1000系列车厢外观涂装进行重新烤漆作业。2009年底先针对2辆进行烤漆更新测试之后，由于试办成效良好。所以自2010年起，PP1000系列车厢分批进入高雄机厂进