大贼鸥会在夜间捕食这些海燕，这种独特的行为引起了关注。群岛的地理位置导致当地的生态多样性相对匮乏。岛上种类最多的动物是蝇类，其次则是甲壳虫，种类分别达到了200种和140种。因为岛上没有蜜蜂，所以植物的授粉通常是由蝇类完成的。敦恩岛上拥有一种罕见的象鼻虫，学名Ceutorhynchus insularis。圣基尔达只有不到一百种蝴蝶和飞蛾，相比外赫布里底群岛的367种而言数量少了很多。小红蛱蝶和优红蛱蝶这两种迁徙类蝴蝶是群岛最常见的蝴蝶品种。
羊群.圣基尔达岛上生活着独特的索艾