归纳起来，基本上主要有如下四大假说：
「撒都该派」说.各种用来确定古代文献年代的方法显示，这些书卷是在公元前3世纪至公元1世纪抄成或撰写的，正好是所谓「第二圣殿期」。有些学者认为这些书卷是耶路撒冷圣殿在公元70年遭受毁灭之前，耶路撒冷圣殿的犹太人（撒都该人）把它们藏在洞里。可是却认为，这个看法与书卷本身的内容并不一致。许多书卷所反映的观点和习俗，都与耶路撒冷主导圣殿宗教权威的撒都该人看法大相径庭，因为古卷甚至严厉批判耶路撒冷圣殿的腐败。撒都该人看来不大可能把这样的书卷收藏起来。