改穿西服时，森有礼答以千年前日本人也一度改穿中国服饰，而两百年前中国人也改穿满洲服饰，当时满人强迫汉人变革时，也引起了“贵国人民的忌嫌”。1885年，日本首位内阁大臣伊藤博文建立内阁幕僚，森有礼是伊藤博文的故交和校友（伊藤博文也曾在英国的伦敦大学学院留学），受伊藤博文邀请出任内阁文部大臣（首任文部大臣），从而发动日本国内的重大教育改革。1886年3月，日本文部在森有礼领导下废止原来施行的《教育令》，新颁布《学校令》和《帝国大学令》。1886年4月，文部又陆续颁布《师范学校令》、《小学校令》等教育改革