且因雨水流进，被浸泡过的堂内墙壁都发霉了，因此另须室内粉刷费。直到2009年初，仍在为修缮粉刷经费募款。至于这段时间，原本在主堂（台语堂）礼拜之会友（多为年长者）改到台大校友会馆4楼礼拜，但因系租场地，倘同一时段被其他团体租走，会友必须另改到附近的经济部标准检验局礼拜。2009年4月5日，教会外体清理整理完成，礼拜堂屋顶修缮完成。由于济南教会近年空间不敷使用，遂决定将日本时代所兴建的主日学教室（市定古蹟）予以修缮，并在牧师馆原址兴建宣教中心。邀请着名建筑师张哲夫设计、监造，福住建设公司营造，由于古蹟园区