对此论点产生质疑，认为神龙翼龙科缺乏剪嘴鸥的演化特征，生活方式类似陆生的鹳鸟。
系统发生学.神龙翼龙科由于长形无齿的喙，而被归类为无齿翼龙属的近亲。其他人则主张神龙翼龙科更接近于有齿的梳颌翼龙科。目前广泛认同神龙翼龙科接近于妖精翼龙属和古神翼龙属
分类.以下分类是根据David Unwin在2006年的研究，除非另有说明。