1989年，由于北投关渡平原重划开发，农禅寺所在地被纳入「关渡平原保护区」，可能面临拆迁的命运。然而，农禅寺的拆迁问题一直在宗教及地方人士大力奔走之下，并感念法鼓山早年开山筚路蓝缕之历史过程，为传承市民对于北投农禅寺之集体记忆，促请保留。因此，台北市政府于2004年7月19日公告登录农禅寺开山时期所建之二层农舍与慈悲门等二处建筑物为本市历史建筑，并建议划设为「保存区」，自此也免于拆迁之命运。2010年5月，举行农禅寺新建水月道场动土典礼。2012年12月，水月道场正式落成启用。Section:::