立成功大学工程科学系就读。但是学习1年后，发现对于工程科学系没有兴趣的他决定办理休学，重新投入考试，而进入辅仁大学哲学系就读。1968年时，大学二年级的郑南榕转学到国立台湾大学哲学系就读。郑南榕本来希望能成为哲学家或哲学系教授，但在殷海光被禁止教书、李敖和邱延亮遭到逮捕、《自由中国》被查禁等事件发生后，使得郑南榕放弃该想法。在就读台大哲学系时，郑南榕阅读胡适、殷海光、李敖等自由派思想家的着作，大学二年级时更每週拜访当时遭软禁监视的殷海光。郑南榕当时关心思想问题，主要研读逻辑、并对古典自由主义有所研究。