变化机制赋予某些优点，但是它也具有缺点：丝氨酸蛋白酶抑制剂易受到突变的影响，所述突变可导致丝氨酸蛋白酶抑制剂病例如蛋白质错误折叠（Proteopathy）和形成无活性的长链聚合物。丝氨酸蛋白酶抑制剂聚合不仅减少活性抑制剂的量，而且导致聚合物的积聚，引起细胞死亡和器官衰竭。虽然大多数丝氨酸蛋白酶抑制剂控制蛋白酶解级联，但一些具有丝氨酸蛋白酶抑制剂结构的蛋白质并不是酶抑制剂，而是执行多样化的功能，例如（例如蛋白-），运输例如激素载体蛋白（甲状腺素结合球蛋白，）和分子伴侣（）。术语“丝氨酸蛋白酶抑制剂”也被用