死后不久，云昭训生下一个儿子杨俨，杨勇随即让云昭训主持太子宫，后来云昭训又生下两个儿子杨裕、杨筠。独孤皇后认定是杨勇与云昭训合谋害死嫡妻，不但责备杨勇与妖姬云昭训淫乐，而害死嫡妻元氏，又派人去暗察。晋王杨广知道母亲对兄长有不满，便假装自己没有姬妾，且只和萧妃厮守。于是独孤皇后更讨厌杨勇，并对杨广的德行大加称赞。独孤皇后每次抱怨云氏专宠、感叹元氏夭亡时，杨广也跟着痛心疾首，让皇后更加喜爱次子，有意废太子而立次子为太子。杨勇为此感到害怕，却又没有办法；隋文帝知道他内心不安，便派杨素去观察他，结果杨素却故意激怒杨