得了艾丽丝岛奖章。1995年，杨振宁、李政道、丁肇中及李远哲四位诺贝尔奖得主（前三位获得诺贝尔物理学奖，李远哲获得诺贝尔化学奖，是获得该奖项的第一位台湾公民）在台湾发起创立吴健雄学术基金会。该基金会自1998年起每年会举办吴健雄科学营。1999年，东南大学报请中共中央及中华人民共和国国务院批准，在校园内建造吴健雄纪念馆。纪念馆于2002年落成，设计方案由袁家骝先生亲自选定。纪念馆收藏了袁家骝等人捐献的吴健雄生前所获奖章、奖状及手稿等等遗物。中华民国物理学会自2003年起开始向女性会员颁发吴健雄奖学金。