由维保带领的大员议会改由教会命教士。1651年10月9日佩德尔、克鲁夫牧师、商务员阿尔分再次见面巴城特使，请他制止维保长官和斯诺克对传教士工作的干预。1654年佩德尔以驻台最高阶军官的身份，代表军方参加台湾最高权力机构，成为大员议会五人议员之一，与台湾长官、服长官和两名上席商务员共同治理台湾。1654年9月7日，到笨港调查中国人违规使用补兽机捉鹿的案件；1655年4月19日佩德尔奉派到淡水和基隆巡视，5月20日和原住民北部主管的易普仁(T Iperen)同船回到大员。1655年南部村社作乱杀人，计划派谢