弗朗茨一世的哈布斯堡王朝只能统治帝国剩下的领土奥地利。德意志地区内只有奥地利、普鲁士、丹麦控制的荷尔斯泰因和瑞典的波美拉尼亚地区未加入邦联，而且不计算併入法国的莱茵河西岸和艾尔福特。根据条约，邦联平常由一个宪法权力的组织管理，但邦联各邦国都拥有独立的主权。 邦联亦是一个军事同盟：各邦国有义务向拿破崙提供一定数量的军队助战。作为回报，统治这些邦国的王公将被给予较高地位：巴登、黑森、克莱韦和伯尔升为大公国，而符腾堡和巴伐利亚则升为王国。其他邦国亦可以与其他前神圣罗马帝国的邦国合併而得到扩展。1806