与金子祐树合作打进男双决赛，最终以0比2（16-21、17-21）不敌香港组合，屈居亚军。2013年3月，井上拓斗出战罗马尼亚羽毛球国际赛，在男单决赛以2比1（10-21、21-17、21-15）击败了法国的卢卡斯·科维，夺得其首个国际赛冠军；而与金子祐树的男双决赛以2比0（21-10、21-10）击败了法国的昆廷·文森特/塞巴斯蒂安·文森特，再次夺得冠军亦是本赛的双冠王。同年3月，他与金子祐树出战波兰羽毛球公开赛，在男双准决赛以0比2（18-21、15-21）不敌赛会3号种子、波兰的亚当·克瓦林纳/普