80年（天正8年），大村纯忠将长崎奉献给耶稣会。然而在1587年（天正15年），丰臣秀吉在平定九州之后发布伴天连追放令，驱逐天主教传教士，并在翌年将长崎作为直辖领地。在长崎成为直辖领地初期，当局对天主教的管制并不严格，甚至还有新教堂兴建。但在1597年（庆长元年），当局下令处死长崎的26名天主教信徒。1612年（庆长17年）之后，德川家康更发布禁教令，长崎的教堂全部被毁。1622年（元和8年）更发生55名天主教徒被公开处死的事件。同一时期，长崎的人口持续增加，城市规模也从最初的6町增加到23町。江户时代