人工环境将野生鱼苗养大出售，也令能长大至有繁殖能力的成鱼数量减少。各地的沿岸发展和污染也令赤点石斑赖以为生的生境受破坏。
保护.世界自然保护联盟（IUCN）于2003年列为「濒危」。在香港，并没有法律上的保护，但政府亦建立人工鱼礁来增加赤点石斑鱼产卵和栖息的地方,而作为禁捕区的鹤咀海岸保护区也提供保护，近年因数量下降而评估为「极危」。