1951年10月至1957年5月，兼任云南大学校长；1953年8月至1954年10月，兼任西南政法学院院长。1954年由于严重的心衰，又加上胆结石复发，已经无法承担繁重工作，中央决定周保中从1954年8月起在北京治病休养。此前，周恩来于1954年5月到北京医院看望周保中，叮嘱他安心养病，建议他康复后“要抢救和整理东北抗日联军文史资料”“写一写抗日联军的历史”。从1954年下半年开始，周保中支撑病体，以顽强的毅力和干劲整理和写作东北抗日联军历史，先后回忆、撰写了：在医院和家中，经常接待来访，有的是党史和新闻