良承袭了父亲的职位。1894年，甲午战争爆发，清廷谕董福祥率甘军开赴北京保卫京师，马安良乃奉命增募了回军马队十个营随同董福祥前往北京。1895年，河湟地区爆发回民起义，董福祥甘军奉清廷之命回甘肃镇压起义。马安良在此次作战中有功，准授花翎副将总兵衔，赏穿黄马褂，升巴里坤总兵（未到任）。1898年戊戌变法时，董福祥奉命率甘军再次赴北京，马安良为“ 维持地方” 奏准留在甘肃，未参加1900年甘军抗击八国联军的作战。慈禧太后、光绪帝逃到西安以后，马安良率部前往护驾。签订《辛丑条约》后，董福祥撤职回籍，马安良部奉