之后亦常射入重要的入球，包括2007年足总盃中射入追平南华2–2的一球，和于2007－08年度球季开锣日射入一球，协助杰志以2–1击败南华。2007－08年度球季，陈肇麒成为杰志队长，带领球队进入联赛盃及高级组银牌决赛，可惜两战皆北。在联赛盃决赛中，身为杰志队长及表现不俗的陈肇麒被暂代领队朱志光在50分钟换离场，最后杰志惨负南华2–4。赛后一众杰志球迷在旺角大球场大唿「朱志光落台」，陈肇麒更在网上讨论区表示对此调动非常不满，此亦为陈肇麒季后离队的导火线。2008年4月，身为队长的陈肇麒在操练中与队友王振鹏争