执政时，1917年7月，孙中山在广州发起护法运动，海军总长程璧光率永丰舰所在的第一舰队九艘军舰在上海起义，开赴广州，成为孙中山所掌握的少数军队之一。
孙中山蒙难.1922年第二次护法战争期间，蒋介石回到广州工作，发现粤军总司令陈炯明有叛意，向孙中山示警，孙没有接受，蒋一怒辞职，又回到溪口。6月16日，陈炯明与孙中山意见不合，其部下围攻孙中山设在广州之总统府，蓄意杀害他。孙中山与宋庆龄乔装医师与清洁妇拟分二路逃出总统府至约定地点会合后再赴永丰舰。宋庆龄因孕妇身形明显无法赴约，孙中山只