海军总司令、海军大将埃里希·雷德尔曾于5月17日登舰视察。埃姆登号于6月8日返抵斯维内明德，并在那里恢复了培训职责。
波罗的海行动.从11月7日至1941年2月15日，埃姆登号在旱坞进行保养维护。9月，它被分配至以新入役的提尔皮茨号战列舰为核心的波罗的海舰队（）；该部队的任务是阻止苏联海军离开波罗的海。埃姆登号和莱比锡号是南部集群的核心，基地设在利鲍。舰队只是临时驻扎了一段时间，当苏联舰队留港的情况变得明朗后，德国波罗的海舰队便解散了。9月16日，埃姆登号、莱比锡号以及三艘鱼雷艇在