被迫与信奉苯教的白利土司结盟。白利土司出兵攻打格鲁派的据点理塘，夺取了康区的众多地区，这给予了固始汗出兵的口实。1642年，固始汗出兵日喀则，杀死丹迥旺波，灭藏巴汗政权。受藏巴汗庇护的噶举派领袖第十世噶玛巴逃亡康区。随后，固始汗率兵征服了藏巴汗统治的整个卫藏。同年，25岁的五世达赖喇嘛正式坐床，获得众多僧侣的支持。固始汗面见了五世达赖，将卫藏所得赋税全部贡献给达赖喇嘛。作为回报，五世达赖授予他「大国师」的头衔，一说是青海的东科活佛所赠。
建立甘丹颇章政权.西藏的教派纷争以格鲁派的胜