底，耶稣会的艾儒略将天主教传入福州，但福州天主教在1720年至1842年的禁教时期被迫转入暗地发展，直至1846年恢复。1949年以前，教会神职人员以西班牙人为主。1950年代中国共产党推行三自运动，福州的外籍天主教神职人员被驱逐，天主教会分裂成地上和地下教会，这种局面维持至今。官方数据显示福州的基督新教信徒超过20万。基督新教在1847年由美国基督教公理会（美部会）传入福州，美以美会和英国圣公会也接踵而至，使福州成为新教在中国的重地，从晚清至民国，新教教会在福州创办了许多新式学校和医院，还发展了罗马化