十四年，入朝为御史大夫。十月，南蛮与吐蕃合兵入文川、方维、邛郲。德宗促崔宁进镇，遂罢宁西川节度，改兼京畿观察使、灵州大都督、单于镇北大都护、朔方节度使、鄜坊丹延州都团练观察等使。后德宗遭奉天之难，崔宁随驾而至，德宗很感动，慰劳崔宁，崔宁退下后便说德宗是为卢杞所误，因而触怒卢杞。卢杞使人作伪证诬告崔宁勾结朱泚，同时朱泚为离间德宗君臣也下诏以崔宁为中书令，拜为宰相。德宗使二力士缢杀崔宁。