海军工厂再也没有在造船方面作出重要贡献。阿纳科斯河水域太浅，大型船舶无法驶入，从海军工厂驶入公海也被认为过于困难。于是，海军工厂迎来了自身角色的重大转变，这个新角色延续了一个多世纪：军火制造和技术开发。海军工厂拥有美国最早的蒸汽机之一，从事船锚、链条和蒸汽机的生产，供应给战时的船舶使用。
南北战争.美国内战中，海军工厂又一次成为华盛顿保卫战的重要参与者。工厂的富兰克林·布坎南指挥官辞去军职，加入南部邦联，指挥官约翰·A·达尔格伦临危受命。亚伯拉罕·林肯总统很看重达尔格伦，是海军工厂的