守护御花园门有功，由朝廷下赐「新撰组」一名。文久三年(1863年)9月16日(一说18日)，芹泽一派被试卫馆派暗杀成功，新撰组因而再度改变成为近藤勇主导的中央集权体制。元治元年（1864年）6月，熊本藩宫部鼎藏同志之一古高俊太郎遭新撰组捕获，受不了土方岁三严刑的古高俊太郎透露了长州藩企图火烧中川宫邸，以及绑架天皇至长州藩之计画。担心宫部鼎藏得知后会提早行动的新撰组分头搜索京都，并于旅馆池田屋找到正在商议行动的宫部一派，近藤勇、沖田总司、永仓新八、藤堂平助首先冲进去厮杀，以十人歼灭池田屋里面尊王攘夷派人士