到阻扰后，华信航空也逐渐交出长程航线并接手华航的区域航线及国内航线，自此开始转型为经营区域性短程国际航线及台湾本岛、离岛航线为主的航空公司，并拓展其飞航服务至东南亚、关岛等地区。华信航空在2002年6月29日的台港航权谈判中，获得台湾方面经营高雄往来香港航班的权利，成为继中华航空及长荣航空后第三家经营台港航线的台湾航空公司。2003年两岸直航台商包机成行后，华信航空皆有执行每次的春节包机行动，为两岸直航作出贡献。2007年初，因受到台湾高速铁路冲击，在多次申请要求下，交通部民用航空局同意华信航空从5月起