后的EMU200型电联车更改形式为EMU1200型，并将原有的形式与车号在重新编码后消灭。而到了2002年底，第一批EMU1200型电联车便已开始陆续出厂，并在2003年开始进行一连串的测试之后，并且分批开始营运，一直到了2004年时已全数30辆继续在纵贯线上服务。惟近年因车况不佳，目前仅行驶167次（彰化=潮州）及168次（枋寮=彰化），且偶尔会以推拉式自强号替驶。
外观及车体设计.EMU1200型在改造时将驾驶室大规模的变更，将原有车头尾端的贯通门风挡以及驾驶窗上方的车头终点显示