康拉德三世从雷根斯堡发起第二次十字军东征，而腓特烈一世在1189年5月也从这里发起第三次十字军东征。1273年雷根斯堡大教堂开始建造，它与石桥一同成为了雷根斯堡城市的象征。
神圣罗马帝国的自由城市.1207年雷根斯堡被提升为帝国自由城市，1245年又被腓特烈二世皇帝赋予城市自治权，由此也开始了雷根斯堡市民与主教和巴伐利亚公国之间持续数百年的争斗。在多年经济衰退的情况下，1492年雷根斯堡失去了帝国自由城市的特殊地位，城市内部也继续着不安定的状况，马克西米利安一世在1500年进行了干