迷惑或疏离了许多的爱好者，并催生了讨论和争议。这些批评在很大程度上是针对最后两集缺乏故事情节。观众对于结尾的观点褒贬不一，大致分为两类：一类认为剧情“深刻”，另一类则认为剧情“表面意义大于实际意义”。该剧的美国配音演员承认，他们也很难理解该剧的结局。《每日新闻》写道，在第25集之后，“几乎所有的观众都感到被出卖了……当时评论员在《读卖新闻》发表文章抱怨了《EVA》的结尾，于是一场辩论在日本全国范围内展开了”。大冢英志和同为评论员的宫崎哲弥都指责最终两集就像是自我启发分析（类似洗脑和心理治疗），不过是对御宅族