之后因为缺乏宣扬伊斯兰教的伊玛目人才，当地维持伊斯兰信仰的穆斯林人数并不多，而台湾首座清真寺也在之后成为祭祀郭子仪的鹿港保安宫。
二战后外省裔伊斯兰.伊斯兰教于台湾真正大有进展是1949年国共内战后，随着当时中华民国国防部部长白崇禧与军事将领马步芳等知名伊斯兰教徒人士来台定居的2,0000名穆斯林教众，主要来自云南、宁夏、新疆、甘肃等穆斯林分布的省分。这些大都是军人、公务员、教员的穆斯林，主要居住地点分为台北市与高雄市。另外，1954年也有一批自滇缅边区游击部队撤退来台或自行移