武十三年（1380年），胡惟庸案之后，明太祖朱元璋罢中书省，分中书省之权归于六部，六部尚书均进秩为正二品。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。
建文年间.洪武三十一年闰五月，明惠帝即位。次年改年号为建文。建文四年六月，燕王朱棣通过靖难之役登基，为明成祖，废除建文年号，复称洪武三十五年，翌年改元永乐。明惠帝在登基后不久，即重新选拔六部官员，其中大多数为靖难之役前主张削藩或阵亡、或在燕王朱棣攻佔南京应天府后拒绝合作自杀或不屈而亡者，其中包括礼部尚书陈廸，兵部尚书齐泰、铁铉，刑部尚书暴昭