甲斐国、信浓国后，经营领国。此时，大久保长安亦受到提拔，因为长安在忠邻之下发挥干练的才能，于是向长安赐予大久保姓（此前姓）。天正14年（1586年），在家康上洛后，叙任从五位下治部少辅，并受下赐丰臣氏。在家康移封关东地方后，拜领武藏国羽生2万石。文禄2年（1593年），成为家康的嫡男秀忠的付家老。文禄3年（1594年），在父亲忠世死去后，继任家督和遗领相模国小田原6万5千石（后来成为初代藩主）。庆长5年（1600年），在关原之战时，跟随率领东军主力的秀忠，向中山道进军，不过在途中，因为主张攻撃在信浓