为客货运三等站。肥东站在2008年4月18日合宁铁路通车首天因车站设备没有到位而未启用，后于5月1日正式启用。2012年车站在合肥南环线建设期间规模增加至2台6线，其中中间4条为正线。当时车站每日接发95对列车，其中有29趟列车办理客运业务。因应商杭客运专线建设，肥东站自2017年4月16日起暂停办理客运业务，从而展开站房等相关设施的改造工程。在改建过程中，施工单位拆除原有的两座侧式站台、部分到发线及车站货场并新建两座岛式站台。道岔施工于2019年12月11日完成，所有改造工程则于2020年3月底完工，