府属下的营运小组负责管理及营运，採用简易车站模式，进站后前方即为兼备候车室功能的射水市服务中心主体，前端设有售票窗口及自动售票机，开放式闸口设于右侧，进站后可沿楼梯或升降机前往行人天桥，再转至各月台或北口。至于站外的南、北站车站广场，也设有24小时地下行人隧道连接。设有侧式月台及岛式月台各1个，共提供2面3线的配置。在JR时期，中间的2号月台主要是供普通列车避车，以让出上、下主线让特急列车通过；爱之风富山铁道接手后，避车的次数大减，大部份列车都能于1号或3号月台乘降，2号月台现时只剩下上、下行各1班列车