多可以建立6支舰队，每个地方舰队需要任命一名“统率力”较高的海员担任提督。地方舰队可以执行警戒、委任、攻击城市等命令，也可以进港待命。通常版游戏中建立地方舰队需要相应海域的霸者之证，但在PK版中取消这一设定。船可以在造船厂中进行买卖。游戏中的船大多为帆船，此外还有少数桨船与桨帆并用船。此外，不同海域、不同城市的造船厂会提供不同的船只（如战列舰只能在北海买到，而中国帆船和日本铁甲舰只能在东亚买到）。在造船厂中亦可以对船只进行改装，如在船只中建造某一特定舱室，或加装水兵室、武装炮台、装甲以提升船只在海战