隔年（200年？）逝世。为平息神之怒，神功皇后建立斋宫，并于天皇去世后隔月入斋宫为神主，命中臣乌贼津使主为审神者。这期间她遣使入熊袭使其臣服，亲自征讨不服朝廷的羽白熊鹫，并歼灭土蜘蛛的田油津媛，大致稳住国内局势。
三韩征讨.斋戒完皇后回宫，便亲自祭神以图西征。为验神灵之语，她以海水洗发，结果头发分成两边。皇后因此结发为髻，扮成男子相貌，并对诸臣宣告征讨之令，准备亲征新罗。当年九月，皇后召集兵士进行操练。为表达遵从神旨，皇后亲自向大三轮神社献上刀矛，并要求大军严守军纪不畏战。