。公司于受猖獗的海盗和部落争斗影响的北婆罗洲恢复和平，为北婆罗洲的经济增长奠定了基础。公司亦废除了奴隶制，并为居民提供运输，卫生和教育。即使中国移民被引入，短期内北婆罗洲人口仍未超过10万。通过当地人和移民，拓荒、种植业、伐木业的共同努力，种植烟草和橡胶的园丘开始快速发展。
英国的保护国.1888年，北婆罗洲成为英国的保护国，但其管治仍然完全在北婆罗洲特许公司的手中，英国只保留控制北婆罗洲的对外关系。从1890年到1905年，英国政府将其殖民地纳闽置于北婆罗洲的管治下。