记兼军分区政委。1952年11月调新疆工作，任中共中央新疆分局常、兼统战部长。1955年，新疆维吾尔族自治区成立后，吕剑人出任自治区党委书记处书记、兼监委书记，自治区第一届政协副主席、党组第二书记；1961年，升任自治区党委常务书记，主持日常工作。“文化大革命”中受冲击，被诬为“反革命修正主义分子”、“走资派”、“叛徒”、“刘少奇、彭德怀、高岗、习仲勋在新疆的代理人、黑干将”等，遭受残酷迫害和打击，隔离关押达8年之久。1978年5月恢复工作后，被抽调到中共中央党校学习；并在中共十一届三中全会上，当选中央纪律