方济会共同对欧洲中世纪早期建立的神职阶层发起了革命性的挑战。阿奎那的这一转变令其家族感到不悦；在去罗马的路途中，阿奎那被他的几个兄弟逮住、押送回圣齐奥瓦尼城堡，并在那里监禁了一两年，以迫使他放弃自己的志向。根据最早有关阿奎那的传记的记载，他的家人甚至安排娼妓去诱惑他，但他不为所动。在教宗依诺增爵四世的干预下，最后其家庭还是妥协了。十七岁时，他终于穿上了多明我会会服。他的师长看出阿奎那在神学上天赋秉异，1244年便送他去科隆的多明我神学院，师从大阿尔伯特学习哲学和神学。1245年，他跟随大阿尔伯特去巴黎大