现在，坪洲码头由港九小轮投得往返中环专营权，此外再加新世界第一渡轮经营横水渡（Inter Islands）服务。港九小轮经营的坪洲渡轮服务，分为快船和大船两种。大船的即为慢船，船舱有冷气及室外设有货位。快船不能载货。坪洲往返中环的收款系可用八达通或自行投币，不设柜位找续，但有职员提供兑换辅币服务。横水渡可用八达通。码头候船区设有饮料自动售卖机。现行香港法例规定，在码头范围内禁止吸烟。