在槟城和梳邦起飞的飞机只采用ATR飞机，并终止波音737-800和737-400的飞行。2011年9月16日，飞萤航空终止新山市-古晋航班。而其他波音737的航班，均在2011年10月转移给马来西亚航空。2012年12月18日，马航购买36架ATR 72-600用于子公司使用。其中20架飞机交给飞萤航空。截止2017年8月，飞萤航空机队全数由ATR 72组成。
机队.飞萤航空拥有以下客机。平均机龄为10.4年