正常的细胞集落中挑选的iPS细胞的基因表达模式和胚胎干细胞基本相似，但亦存在一定差异。分析表明，一些基因的表达情况在iPS细胞中和胚胎干细胞中存在持久性的差异。
历史.1950年代，英国发育生物学家约翰·格登的一系列实验表明，将蟾蜍成体细胞的细胞核移入去除细胞核的卵细胞后，这个重组的细胞可以发育爲一个完整的蟾蜍个体。这一发现否定了此前一度流行的一个学说：细胞在分化的过程中会不断丢弃不需要的遗传物质。约翰·格登的实验证明动物成体细胞仍然拥有全套基因组，有发育成完整个体的潜力。iP