战结束后，梅汝璈奉国民政府派遣，于1946年到1948年代表中国出任远东国际军事法庭法官，参与审判日本战争罪犯。在两年半开庭的过程中，梅汝璈在“法官席位之争”、“起草判决书”、“坚决死刑处罚”等问题上维护了中国的立场。 1948年底，梅汝璈拒绝了中华民国政府任命的司法行政部部长之职，避居香港，他在香港同当时新华通讯社香港分社时任社长乔冠华取得了联系。 1949年3月，梅汝璈被中华民国代总统李宗仁提名为第一届司法院大法官。但因1950年未随中华民国政府迁往台湾，故未经监察院同意任命便已经被中华民国政府通缉