同源异形域。Hox基因的特色之一，是其排列顺序与其作用顺序、作用位置相关，例如位在较靠近3'端（DNA的其中一端）的基因，作用的位置较靠近头部。而且动物界中的成员，皆拥有类似的Hox基因排列方式、产物与作用方式。Hox基因对于动物型态的影响，能使演化生物学研究得到关于型态转变的线索。
调控型态的方式.各种生物的Hox基因之表现方式类似，靠近3'端的基因会表现于动物的身体前部，靠近5'端则表现于身体的后部。除了这种规律之外，Hox基因又会因为一些原因，而在不同状态下有不同的表现。