不久，黄毓成被云南都督唐继尧任命为云南省水利总裁，任职两年。1915年5月，经云南省议会议长李增做媒，黄毓成同已去世的诗人朱筱园的二女朱玉芝结婚，在新建的圆通街156号黄毓成宅举行了新式婚礼，唐继尧为其证婚。1915年袁世凯称帝，云南举行起义，发动护国战争讨伐袁世凯，黄毓成任护国军挺进军司令，率部参加了在滇桂边境抵抗龙觐光部的战争。1916年2月，挺进军扩编为护国第四军，黄毓成任军长，杨杰任参谋长兼第一纵队司令。1918年至1922年，黄毓成历任滇军驻川师长、司令部参赞等职务。后辞职闲居上海。1937年