基本依照此章程行事。1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行。其重申、补充旧有章程，整顿和完善西藏地方吏治。
英国势力进入西藏.英国指责藏军在隆吐山设卡是越界戍守，与清廷交涉无果后于1888年（光绪十四年）发动隆吐山战役驱逐藏军。1890年3月17日，中英二国在印度的加尔各答签订《中英藏印条约》，中方代表是驻藏帮办大臣升泰，英方代表是印度总督。通过这个条约，清廷承认钖金为英国的保护国，西藏由此失去藩篱，再无险可固；此外，条约划定藏钖边界，承认岗巴宗