历任社会处干事、副处长，城建处处长、办公室主任、综合处处长，市政府研究室副主任。之后，他调任北京市人民政府副秘书长。后返回市政府研究室工作，出任研究室主任、党组书记。之后，沈宝昌被任命为北京市发展计划委员会党组书记、主任。2003年，他被任命为中共北京大兴区委书记。2008年1月，他改任北京市政协副主席。2014年12月他被选为北京市社会科学界联合会主席。2016年1月，沈宝昌卸任北京市政协副主席。