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分类.
以「根」为依据.树可分爲有根树和无根树两类。「根」是呈现出的是演化树中所有个体最接近当代的源头。因此，有根树呈现出了演化的方向，也就是从根往叶演化。右图即是一个有根树，表示了三域系统(Woese 1998)。另一方面，无根树则顾名思义是没有包含「根」的演化树。即便个体之间的差异在演化树中没有改变，无根树因为不呈现起源，因此无法呈现出演化的方向，每条线段的两个演化方向都有可能。
以「分支」为依据.如前所述，