本已经开通的路段再次被封闭。4月12日，那须盐原站到福岛站之路段重新开放起，之后铁路陆续开通，4月29日全线重新开放，但是从盛冈站到那须盐原站的路段减速运行。该措施一直实施到9月23日，减速运行取消，速度回归到震灾前水平。JR东日本所辖在来线方面，气仙沼线、大船渡线、仙石线、山田线、常磐线、石卷线及八户线的总计7线区23站被海啸破坏，约有60公里长的铁路轨道被水流冲刷破坏导致无法使用或被水流冲走。2012年间，气仙沼线与大船渡线部份路段改建为BRT，分别于2012年与2013年改由代行巴士恢复通行，20