剩下的船只按照预定计划将第35师团运送至新几内亚，但这一请求被日本军部大本营拒绝了，由前文所述，此次运输行动至哈马黑拉岛就终止了。竹一船队的失败，也导致了大本营对绝对国防圈计划的修改。得知“第一吉田丸”被击沉的大本营，在5月2日将绝对国防圈前沿基地的萨米和比亚克岛由绝对确保地区名单中划除，降级为地区。由于此后接连遭受的损失，大本营海军部认为很难将护送运输延伸到曼诺瓦里，5月9日决定将曼诺瓦里以及盖尔文克湾一带也降级为持久战地区。在新几内亚方面新的绝对防卫战外围撤退到索龙至哈马黑拉岛间连线的后方。这意味着