2004年，简钖堦退出民进党。2005年8月6日，简钖堦说，台湾统独意识形态已将台湾人民区隔，统独议题早已成为「妖魔式」的对话，统独问题不能再交给政治人物或专家去谈，透过民间的对话才能了解真正问题核心所在。2006年7月15日，简钖堦、吴乃德、纪万生、张富忠、范云、吴介民、黄长玲、吴叡人、李丁赞、林国明、徐斯俭、陈明祺、郭宏治、陶仪芬与黄洛斐共同发起亲绿学者715声明〈民主政治和台湾认同的道德危机：我们对总统、执政党和台湾公民的唿吁〉，唿吁总统陈水扁辞职下台。2006年9月，时任台湾促进和平文教基金