亚抗拒宗教改革，未曾改宗新教，而至今仍然坚持信仰罗马天主教。大约由550年至788年，阿芝诺芬家族统治巴伐利亚公国，直至最后一位公爵被查理大帝罢黜为止。在接着的400年有很多家族统治公国，很少家族能传至第三代。而那些公爵中最后亦是最重要的一位，就是韦尔夫王朝的狮子亨利，亦是慕尼黑的建城者。当狮子亨利被他侄子腓特烈一世罢免萨克森与巴伐利亚公爵的名衔之后，在1180年，巴伐利亚被给予维特尔斯巴赫家族作为封地，从此巴伐利亚由1180年直至1918年都是在维特尔斯巴赫家族统治下。1255年巴伐利亚第一次分裂