菇科过去与其他伞菌一起被归入伞菌目中，但孢子形状等许多显微特征都显示其与牛肝菌目有关，分子种系发生学的研究结果证实了此项理论，发现铆钉菇科应归属牛肝菌目，而本科的蕈褶是趋同演化的结果，与伞菌目类群的蕈褶无关。分子证据显示在牛肝菌目中，本科与乳牛肝菌科、须腹菌科与Truncocolumellacae等类群的亲缘关系较为接近，与的研究结果吻合。有研究将本科与这三科共同归属于乳牛肝菌亚目（Suillineae）。2003年，一篇分子种系发生学研究分析本科类群的亲缘关系，结果显示本科可分为色钉菇属与铆钉菇属两大