地铁线没有完全按照罗盘方位修建，因此地铁标注为“出城”（Outbound）和“入城”（Inbound）方向。入城方向列车向市中心换乘站行驶，出城方向由这些交通枢纽驶出。地铁绿线向西方向有四条支线：B支线（波士顿学院/Boston College）、C支线（克利夫兰环岛/Cleveland Circle）、D支线（河滨/Riverside）和E支线（希思街/Heath Street）。曾经的通往，这五条线从北向南依次按字母表顺序标号。E支线曾经更长，一直延伸到森林山站。地铁红线在波士顿南部有两条支线，