干隆帝深以为然。干隆四十六年（1781年）八月，福康安又调任四川总督、兼署成都将军，负责镇压“啯匪”。次年，福康安奏蜀中“啯匪”已经完全平定，并陈述善后事宜。于是提升为御前大臣，加太子太保，次年命来京署工部尚书。干隆四十九年（1784年）三月，再提升为兵部尚书、总管内务府大臣。干隆四十九年（1784年），甘肃回民田五等人起事，福康安担任参赞大臣，跟从阿桂前往平定。随即出任陕甘总督。军队到达隆德，田五之徒马文熹出降。清军进攻双岘，回民迎战，阿桂令海兰察设伏，福康安前往督战，消灭回民数千人，于是攻破石峰堡，擒拿