港及澳门各设有代表机构——大陆委员会香港办事处、大陆委员会澳门办事处。
沿革.1987年11月，中华民国政府开放民众赴中国大陆探亲，以及1997年香港主权移交和1999年澳门治权移交，两岸民间往来日趋密切。1988年8月，行政院以任务编组方式成立「行政院大陆工作会报」，协调各主管机关处理有关两岸事务。1990年4月，行政院特别拟订《行政院大陆委员会组织条例》（草案）。1991年1月，《行政院大陆委员会组织条例》经立法院三读通过，1月28日公布施行、成立「行政院大陆委员会