此后邦联与罗马教皇和天主教国家取得联系，多次击败英格兰军队。1643，英格兰与爱尔兰签署停战协定。1646年双方缔结合约，爱尔兰同意为英格兰国王查理一世筹款和派军队支援。1649年8月15日，奥利弗·克伦威尔率军在爱尔兰都柏林登陆，先后攻佔德罗赫达和韦克斯福德。1652年5月，爱尔兰全境被英格兰佔领。此次起义导致爱尔兰将近一半的人口损失，战后三分之二的爱尔兰土地落入英格兰军官和英格兰封建主手中。