到任不久，太平军便进攻长沙，因久攻不克而转赴湖北，附近地区民众反抗清廷的事件增加。惠征奉命亲自督率地方水师巡船，镇压民众反抗，安徽巡抚蒋文庆对惠征的年终考语为：“识见通明，办事详审，近委督率巡船，缉拿土匪，不遗余力。”咸丰二年十二月，太平军攻克湖北武汉三镇，随后顺长江而下，江西九江及安徽均告急。清廷任命两江总督陆建瀛为钦差大臣，督率三千兵丁，增防江西及安徽，但在湖北武穴老鼠峡遭太平军击败，陆建瀛仅率两艘船、17人逃往南京。途经芜湖时，陆建瀛召福山镇总兵陈胜元、安徽宁池太广道惠征商议，决定让惠征赴梁山办理