台湾的家人团聚。到台湾后，他重新回到军队中服役，历任连长、教官、炮兵少校营长、陆军总部人事署上校参谋。从1973年开始，周书府历任台湾警备总部干训少将主任、警备总司令办公室主任、绿岛指挥部指挥官；直到1979年2月，他才从军情特务退役。。根据《柏杨回忆录》，周书府担任绿岛指挥部指挥官时对政治犯十分严苛残酷，曾派卫兵以枪托围殴政治犯汪廷瑚致死。1980年，周书府已年近花甲，有不少亲属都在军界效力，兄长周书庠是基隆港驻军司令，姐夫的哥哥杨继光是陆军中将副司令。他另有100多位亲属在党、政、商、教育等界