将粗毛猪笼草恢复为一个独立的物种，理由是粗毛猪笼草区别于刚毛猪笼草的特征，即抱茎且下延的叶片基部和特殊的毛被。因原生地存在着这两个类群的中间型，所以也有学者认为粗毛猪笼草与刚毛猪笼草是同一个物种的两个极端变种。马修·杰布和马丁·奇克认为粗毛猪笼草与菲律宾巴拉望特有的菲律宾猪笼草之间也存在着较密切的近缘关系。在食虫植物数据库中，分类学家简·斯洛尔将粗毛猪笼草列为刚毛猪笼草的同物异名。