庄士敦因其于中国任职殖民地官员期间研治中国自然史的学术贡献，获选英国皇家学会院士。 同年9月，庄士敦回港，复任驻华商务总监助理及登记官。 1846年6月，庄士敦再获委任为香港议政局官守议员，以顶替获任命成为加拿大纽芬兰省省督前，正在休假的时任香港辅政司卜鲁斯。 1852年9月25日，驻华商务总监助理及登记官一职遭裁撤，庄士敦获发补偿津贴， 后于1853年返回英格兰退休。
晚年.庄士敦归英后，曾先后定居沙福郡及伦敦，并曾获委任沙福郡太平绅士。 1856年9月30日，庄士敦于伦敦汉诺威