曾一度再次分裂（孙中山因未经众议收受日本政府资助，导致光复会退出。孙中山与汪兆铭、胡汉民等于南洋另组中国同盟会南洋总支部；黄兴则继续支持孙中山），但在革命中仍起极为重要的作用。1906年2月，日知会在武昌召开成立大会，由刘静庵主持。到会的还有孙武、张难先、何季达、冯牧民等百余人。后来日知会成爲同盟会湖北分会机关。1906年起，陈去病等人在江南先后组织成立黄社、神交社、匡社等文学团体，1909年又组织成立南社，通过文学创作传播新思想。1907年7月，部分同盟会会员在东京主张在长江流域发动革命。刘揆