门底下，分类方式是依据其形态特征和少量的分子证据。2016年遗传学研究显示接合菌纲的分类是可行的，因此捕虫霉亚门（Zoopagomycota）、 虫霉亚门（Entomophthoromycota） 、 梳霉亚门（Kickxellomycotina）以及毛霉亚门（Mucoromycotina）。研究也将这些类群划为双核亚界（ Dikarya）的姊妹群，但也没有做更进一步的研究，因此他们确切的分类地位仍然是未知。由于这些真菌难以收集和培养，因此现阶段的分类只能依据少数成功被收集和作分子研究的物种做有限的研究。