干达局势混乱，15岁的科尼辍学加入反对派，开始战争生涯。
圣主抵抗军.初期，科尼的组织命名为“联合神圣救世军”（United Holy Salvation Army），随即开始绑架平民儿童加入战争，男孩被迫成为娃娃兵，女孩则沦为军妓和性奴。科尼经常在绑架他们后杀掉他们的家人和邻居。据统计，自1986年以来，被科尼强行征募的儿童约为66,000人。1992年，该组织更名为圣主抵抗军。科尼更神格化个人形象，煽动仇恨。多年来，该组织频繁袭击平民，造成至少数万人丧生，200万人无家可