与尖沙咀站转乘.尖东站设有行人隧道系统连接周边地区及荃湾线尖沙咀站。但由于两铁合併前九广铁路公司与香港政府有协议，要将连接两个站的行人隧道开放予不乘车的公众使用，不得划为收费区，因此分隔两站的闸机不会被拆除。使用八达通或港铁都会票者于30分钟内在此两站转线，会被视作一程车程，因此如从其他车站到达该站并由尖沙咀站返回尖东站者则会按港铁的「车票发出条件」被征收原站出入超过20分钟的费用（残疾人士或长者除外）。而从该站出发超过150分钟则会被收取相等于当时港铁最高车费作为附加费。