学院于2003年创立后，陈进出任院长。2004年，他被聘为长江学者。此外，他还曾任上海硅知识产权交易中心首席执行官、上海交通大学汉芯科技有限公司总裁、上海交大创奇科技有限公司总经理等职。2006年因汉芯造假被揭发，上海交通大学撤销了陈进的所有职务，教育部、国家发展改革委员会等部委也追缴了其各项科研经费。同时，他不再担任上海新奥通讯科技有限公司（由原汉芯科技有限公司更名而来）、上海硅智芯片技术研究所有限公司的法定代表人，但仍担任两家公司董事。
汉芯造假案.2006年1月17日，陈