2013年升上MotoGP组别。因为凯西·斯通纳于2012年宣布退休离开世界摩托车锦标赛，本田厂队出现空缺，车队经理相中马奎斯的天份，签下马奎斯。在加入后，马奎斯马上展现其惊人的天赋与才能，在初升上MotoGP组别的第一年，赛季最后以4分之差击败荷黑·洛伦佐，以菜鸟之姿（新秀、rookie）夺得2013年世界摩托车锦标赛世界冠军，并以20岁又63天的年纪，成为MotoGP史上最年轻的世界冠军，打破于1982年设下的21岁又258天纪录。该年马奎斯也因拿下最多杆位获得了杆位王奖项，赢得安全车赞助商提供的B