在联邦陆军少将乔治·B·麦克莱伦优势兵力攻势下被迫撤退。他在七松之役中受了一道重伤，于是被罗伯特·E·李取代了北弗吉尼亚军团的指挥权。约翰斯通伤愈出院后1863年被授予西部战区的指挥权。在1864年亚特兰大会战中他指挥田纳西军团对阵联邦军少将威廉·特库姆塞·舍曼。在内战的最后尾声时，约翰斯通还被授权指挥在卡罗莱纳会战中残余的军队。联邦军上将尤利西斯·格兰特和谢尔曼均在内战后认可了他在战争中的表现，并且最终成为约翰斯通的朋友。在战后约翰斯通投身经营铁路行业和保险业，并作为弗吉尼亚州民主党众议员参政，只