宋博州博平（今山东茌平）人，后迁居须城（今山东东平）。幼年师从王彻，学习五经。王彻死后，其门人数百。孙奭精通经术，有问经的人，都为他们解析微旨，众人惊服，年轻时在家乡讲授诸经。端拱二年（989年）九经及第，授莒县（今山东莒县）主簿，升迁为大理评事、国子监直讲。宋太宗亲临国子监，召孙奭讲《尚书·说命》，讲到“事不师古，以克永世，匪说攸闻”时，引经讽劝。太宗褒赏，赐五品服。宋真宗时任诸王府侍读，再擢拔为工部郎中、龙图阁待制。贬至河阳知县。孙奭生性方直，守道自处。据事理，陈己见，深得皇帝器重，也为时人所敬佩。