17台用于牵引高速货物列车的500番台货运机车（F型），以及139台客货运通用的1000番台机车（PF型）。在国铁时代，EF65型电力机车被广泛运用于东海道本线、山阳本线、东北本线（黑矶以南）等主要干线，担当货物列车和旅客列车的牵引任务，尤其是东京往九州方向的卧铺特急列车。国铁分割民营化后，EF65型电力机车分别由JR东日本、JR东海、JR西日本、JR货物继承。自1990年代以来，由于越来越多的卧铺旅客列车停运，EF65型电力机车的运用范围也不断缩小。2008年3月，来往东京和大坂的“”卧铺急行列车停运