则以“9”开头；宝安的公共大巴以“6”开头，中巴则以“7”开头。其中，单数、双数路线全数为深圳公交集团经营的路线。1996年，公司启用公交非接触式IC卡系统。
2000年代.2005年，公司引入香港九龙巴士控股有限公司（今载通国际）等数家投资者，深圳巴士集团股份有限公司正式成立。巴士集团开始以特许经营者身份经营深圳市公共巴士业务。至此，巴士集团拥有营运车辆3503辆，其中公共大巴2487辆，中巴480辆，出租汽车450辆，旅游巴士86辆，拥有124条公交线路，是当时深圳市最大的