月1日车站由济南铁路局划归上海铁路局管辖，次年路局对车站设施进行改造。2004年4月18日，车站因距离和两个大站距离较近，导致客流持续偏低而停运客运业务，只办理货运业务。2009年暑运期间，车站曾短暂恢复客运业务，常州-北京K162次、上海-长春K516次、镇江-北京1478次列车临时增加萧县停靠点，暑运结束后车站继续停办客运业务。2014年开始，萧县地方政府开始和中国铁路总公司商讨恢复萧县站客运业务的事宜，后确定将对车站进行改造后重办客运业务。车站改造于2019年9月完工，2019年12月30日恢