。车站大楼是一座木造建筑物。该大楼在1923年启用时已经存在，车站大楼没有经过翻，为肥萨橙铁道最古老的车站大楼。由于此站为温泉观光胜地车站，因此设有大型候车室。车站职员除了处理车站业务外，也会成为日奈久温泉街的观光询问业务。车站月台设有2面3线的混合式月台。在鹿儿岛本线时代，部分优等列车和于此站折返的数班列车会使用旧2号月台。但是，在2004年成为肥萨橙铁道后，旧2号月台停止使用，该月台设有出发信号机。而实际上车站只剩下2面2线的单式月台（与佐敷站和折口站同样）。厕所位于闸内和闸外。在国铁、JR九州