同年3月，袁世凯就任临时大总统，唐绍仪出任国务总理，王正廷出任工商部次长。但同年6月，唐绍仪被迫辞职，王正廷退居上海。此后，王正廷出任中华基督教青年会全国协会总干事。1913年（民国2年），王正廷作为国民党党员当选第一届国会参议院议员、副议长。3月，宋教仁遇刺身亡，王正廷从事反袁世凯的活动，但随着二次革命失败，王正廷逃往中国南方。
北京政府的外交活动.袁世凯死后，孙文（孙中山）发动护法运动，获得王正廷支持。民国6年（1917年）8月，王正廷担任广州非常国会副议长。9月，护法军政府