川藏大道，切断了邮路，并阻滞了驻藏军队粮饷的运送。对西藏噶厦政府来说，他对康区的控制严重影响了川藏茶叶贸易，他又持反佛教的立场，威胁了噶厦政府，噶厦政府因此亟欲剿灭他。清朝扫平太平天国以及四川的农民起义之后，在同治二年三月（1863年）命驻藏大臣同四川总督调兵会剿波日·工布朗结。同治四年（1865年），藏军首先在金沙江向波日·工布朗结发动进攻，其他各路清军随后纷纷赶到，波日·工布朗结遭到围攻。同治四年七月，藏军包围波日寨。波日·工布朗结率部抵抗，弹尽粮绝，乃点燃波日寨，在火中死亡。