指出抗日战争时期应精诚团结，不应分裂。到重庆后，胡庶华又告诉陈立夫西北工学院的学生大部分愿回去。胡庶华不愿再兼任西北工学院职务。陈立夫乃派赖琏任西北工学院院长，赖琏、曾养甫赴广元将出走的学生劝回。1939年8月，西北联合大学改组后，胡庶华被任命为国立西北大学校长，后又兼任三民主义青年团中央监察委员。此后，胡庶华和陈立夫发生矛盾，陈立夫在视察西北大学对学生发表讲话时，暗讽胡庶华的办学。在校内，因胡庶华和张北海均为教育部派至该校的，张北海代表教育部加强了对该校的控制并压制进步势力，故有人以为胡庶华也负有同样