吉嘉木苏主持南寺事务数十年，南寺的发展达到鼎盛，但后期南寺开始转向衰败。桑吉嘉木苏对南寺的发展贡献很大，主持新建了大经堂，扩建并修缮了六世达赖仓央嘉措的灵塔大殿“黄楼庙”，派许多僧人赴西藏学经。他主持迎请并接待九世班禅。他应十三世达赖之命，在格鲁派祖师宗喀巴的忌辰设五供祈愿法会（又称燃灯节，阴历十月二十五日举行），并且规定每日念诵十三世达赖的《宗喀巴千供仪规》。他在南寺的医药僧院内设立“事部”（佛教密乘四序部之一）。他常为僧人授戒，传授密法，讲解教义。桑吉嘉木苏还主持了南寺第六世葛根（第六世达克布活佛）