年中华民国抗日战争期间，先后从属于上海市大道政府、上海市行政督办公署和上海特别市政府，南汇县政府随之易名为「南汇县政务署」和「南江特别区公署」。1944年，汪精卫政府恢复南汇县政府之名。
1949年后.1949年5月16日，中国人民解放军占领南汇，划归苏南行政区松江专区专员公署管辖。1958年11月，中华人民共和国国务院决定，将南汇县划归上海市管辖。2001年撤县设区。2009年5月6日，上海市人民政府举行例行新闻发布会，通报称：国务院批复同意同意撤消南汇区，将其行政区域并入浦东新区