多英格兰教会奉行的圣礼与天主教无异，而其内部支持长老制的势力也未曾被肃清。结果詹姆士和其子查理一世试图在苏格兰推行宗教联合时遇到了重重阻力，宗教政策甚至成爲1639年至1651年三国之战的导火索之一。1639年至1640年的主教战争确立苏格兰教会实行长老制，及教权独立于政权。获胜的誓约派（Covenanters）──即长老制支持者──也因而控制苏格兰政权。1642年开打时苏格兰原先保持中立，但誓约派领袖如第一代阿盖尔侯爵担忧保王党一旦获胜将会影响英格兰与苏格兰的自由贸易，以及查理将趁机迫使苏格兰教会改行主