而和外生菌根在功能和参与形成菌根的真菌种类上都十分相像。它和外生菌根的区别在于，浆果鹃类菌根的部分菌丝会穿透植物根部细胞，成为内外生菌根。
水晶兰类菌根(Monotropoid mycorrhiza).该种菌根出现于杜鹃花目的水晶兰科，以及兰科的几个属内。这些植物是异养或的，它们从真菌处获取碳。因此该菌根关系并不是互利共生的。
兰科菌根.所有的兰科植物在生活史的某些阶段都会成为行菌异营，并与真菌形成兰科菌根。这些真菌的菌丝会穿透植物根部细胞，形成称为菌丝团