行查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡、偷渡等治安事务，为中华民国之第二海军。署内人员编制，主要由警察、军人、海关人员或其他公务人员组成（政风单位除外）。海巡署平常不负责军事任务，惟作战时期可依《国防法》第四条纳入作战序列。
沿革.中华民国政府以往的海上相关事权，分散在国防部（海军总司令部及台湾警备总司令部）、内政部警政署水上警察局、财政部关税总局 、国家安全局、行政院农业委员会等单位，各单位透过海岸巡防司令部及其前身台湾警备总司令部主导的行政院治安会报协调工作及情资，但仍因事权不一造成许