存以人民解放军代表的身份参加，担任了以林伯渠为首的《政协组织法》草案整理委员会委员、华南代表组副组长。中央鉴于古大存现任东北人民政府交通部部长，拟任中央人民政府交通部副部长、党组书记，部长由党外人士章伯钧担任。但因为古大存是广东党早期的党员，红十一军与东江纵队开创者，在广东有影响，中共中央华南分局提出调古大存起回广东工作。1949年10月19日，中央人民政府第二次会议通过了叶剑英任广东省人民政府主席，方方、古大存、李章达为副主席的决定。1949年12月3日下午古大存到达广州，任广东省人民政府副主席兼省政