双亲分别为籍贯安徽及广东惠州，同于1949年到港。段崇智本人小学至中学均就读圣若瑟英文小学及圣若瑟英文中学，预科则转至皇仁书院；后因认同博雅教育的模式较为适合自己，继而远赴美国升学。于1969年入读美国肯塔基州伯里亚学院化学系，翌年转至宾夕凡尼亚州斯沃斯莫尔学院化学系，最后一年回到伯里亚学院以化学系学士(BA, Chemistry)在1972年毕业。学士毕业后，前往纽约州洛克菲勒大学攻读博士学位，由细胞生物及免疫学家 Zanvil A. Cohn, MD 作指导教授；1977年，正式毕业于洛克菲勒大学，取得