派和以金日成为领导的游击队派就朝鲜共产党北部分局是否应改为北朝鲜共产党而争吵不休，吴琪燮因而被冠上「民族主义分子」和「托洛茨基主义左倾分子」之名。随后，他又被苏联派攻击为「反苏分子」。虽然如此，由于吴琪燮在党内有一定的地位，故他在1946年时反被选为北朝鲜劳动党中央委员。但在同年11月，他和郑达铉再被批为「否定领导」、「将资本主义用在社会主义」、「反党分子」和「自由主义者」。1956年，尽管吴琪燮再求成为党的中央委员，又被委任为粮政买卖部长，但随着最高领导人金日成势力巩固下来，国内派面临分裂，吴琪燮一方