也可以促进癌症的发展。自噬可通过促进已饥饿或通过自噬降解凋亡介体的肿瘤细胞的存活，促进癌症的发展。自噬在癌症中的作用已得到高度研究和审查，目前已知自噬既是肿瘤抑制因子，又是肿瘤细胞存活的因素，然而根据几种模型，自噬更可能被用作抑癌剂。在自噬的后期阶段使用氯喹等抑制剂，会增加被抗肿瘤药杀死的癌细胞数量。但是对于自噬作用和癌症的因果关系，以目前的研究结果显示，尚未明了，有可能是自噬基因的突变造成癌症，也可能为癌症使得自是基因的突变，或甚至互为因果关系，还有待后续研究。。
柏金