04年时一度达到二万多人，不少为官费留学。革命思想在留学生中广为散播，主张革命学生成立各种团体，发行刊物鼓吹民主革命。当中章太炎、邹容、陈天华等在日本非常活跃。后来不少留学生归国，成为国内革命组织骨干。1901年，忽有东西各报传闻清廷欲将广东省割让予法国，广东籍留日学生遂请冯斯栾、郑贯一、李自重、王宠惠、冯自由、梁仲猷诸人发起「广东独立协会」，主张广东省向满清政府宣告独立。1902年，章炳麟、秦力山、冯自由、朱菱溪、马君武、王家驹、陈犹龙、周宏业、李彬四、王私诚等在日本发起召开纪念南明灭亡二百四十二周年