可攻下台湾的日军于两天后的3月24日签下了割让台湾的马关条约，并随后展开了长达五十年的台湾日治时期。至此，该通判官职也随着清治时期结束而裁撤。然而驻守澎湖；末任的台南府粮捕海防通判陈步梯也因为两天内失守澎湖的严重失责，于1895年6月被闽浙总督边宝泉逮捕审明为斩监候。不过在秋决前，狱中候斩之陈步梯以「未有兵柄」理由，遭减刑下刑部议。