在2006年格鲁吉亚退出国防部长理事会，原因是格鲁吉亚计划加入北约，而不可能同时参与这二个军事组织。，不过格鲁吉亚仍是独立国家联合体的成员国，一直到2008年南奥塞梯战争后，才在2009年8月退出独立国家联合体。2007年3月时俄罗斯联邦外交部长伊戈尔·伊万诺夫表示对于独立国家联合体是否可以发挥功效的疑虑，强调欧亚经济共同体会成为更有能力的组织。在格鲁吉亚退出后，乌兹别克斯坦、塔吉克斯坦及土库曼斯坦的领导人，因各自国家的议题及对俄罗斯的不同意，也没有参加2009年10月的独立国家联合体会议。由于克里米亚危