肯尼迪遇刺案进行调查。众议院调查暗杀专门委员会于1979年公布了一份调查报告，批评了联邦调查局、沃伦报告以及其他部门的表现。该调查报告同时还批评了联邦调查局不愿意彻查遇刺案相关阴谋可能性的做法。
晚年生活和死亡.总统杜鲁门、约翰·肯尼迪和林登·约翰逊均考虑过要将胡佛撤职，可是都因为觉得此举的政治成本或许会难以承担而作罢。胡佛在国会中一直都得到了有力的支持。1972年，胡佛因高血压逝世，联邦调查局的指挥权转到副局长克莱德·托尔森手中。不久之后，理查德·尼克松总统任命，一位没有联邦