依据形态将真菌分为接合菌门（Zygomycetes）、子囊菌门(Ascomycetes)、及担子菌门(Basidiomycetes)，然而许多传统上因为形态简单被视为接合菌的真菌因为分子证据而被移入子囊菌（如青霉菌、黑霉菌）；分子证据也显示接合菌是一个旁系群。2007年，戴维·希贝特（David Hibbett）将接合菌门分为4个亚门：毛霉亚门、梳霉亚门、虫霉亚门和捕虫霉亚门，2011年坷·霍夫曼（Käthe Hoffmann）又增加了一个孢霉亚门。2014年虫霉亚门升为虫霉门。2016年，Joseph