甘宁边区参议会参议长、议长。1939年6月,高岗担任了八路军留守兵团的政委。1940年9月，任中共陕甘宁边区中央局书记。1941年5月，高岗任中共西北中央局书记，兼任西北局统战部部长、民族学院院长，负责西北地区党务，并具体负责陕甘宁边区政府和民众大生产运动。1943年，高岗兼任陕甘宁晋绥联防军副政治委员、代政治委员。1945年6月，高岗当选中央政治局委员。
第二次国共内战时期.1945年10月下旬，高岗和张闻天等一起乘坐美国调停小组的飞机，从延安飞往东北。11月，任北满军区司令，