（1851年），改授乐平（今乐平市）知县。当地民风剽悍，仁元教之以礼让。对熟习兵器者，仁元指出：“民不畏死，然后可以致死。今天下多事，正此辈效顺之时也。”于是招纳乡勇六百人，日加训练，周边土匪畏惧，气焰有所收敛。乐平与鄱阳县相邻，仁元的政绩也与鄱阳县令沈衍庆齐名。咸丰三年（1853年），太平军攻南昌，沈衍庆率兵助剿，由李仁元统摄鄱阳事务。不久，衍庆为防御太平军来攻，返回鄱阳。衍庆念及仁元的父母妻儿都在乐平，劝其离开。仁元说：“贼旦夕且至，临敌易令，是谓我不丈夫也。”于是二人商议，协同防守。当时正值雨季，