委派，留守领导华中地区的敌后斗争，配合了正面战场的作战。1947年起历任华中野战军第七纵队政委、中共中央华中分局委员兼组织部副部长、中共中央华中分局驻苏中区代表、新四军华中南线后勤司令部政委、中共华中工委书记、新四军华中指挥部政委。1948年3月兼任华东野战军第四兵团（又称苏北兵团）政委、苏北军区政委。
中华人民共和国成立后.1949年4月，经过渡江战役南下后，陈丕显任苏南区党委书记，后兼任苏南军区政委，华东军政委员会委员。为在新解放区建立人民政权，开展土地改革，剿匪反霸，医治战争