与正线，两侧四线为盐通高速铁路到发线。站台采用混合柱设计，站房上方部分与站房立面合设一体化大跨度无站台柱雨棚，两端延伸部分则为钢结构有站台柱雨棚。
接驳交通.
轨道交通.南通西站地下一层、二层为建设中的南通轨道交通1号线南通西站站。轨道南通西站站呈东西方向布置，与铁路形成十字形交叉。该站为地下二层岛式月台车站，宽21.7米、长213.2米、站台宽13米，与南通西站地下一层下沉广场无缝衔接。该线计划在2022年左右建成投入运营。
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