十七年（1894年），中日甲午战争爆发，57岁的永仓也表示要志愿参加拔刀队，但是被婉拒；永仓便笑说「如果和前新选组队士联手，那些萨摩的看来就没面子啦！」大正四年（1915年）1月5日，在北海道小樽市渡过晚年的杉村义卫病死，享年76岁。永仓晚年时喜欢看电影，曾跟孙子说「近藤、沖田都年纪轻轻就死去，我反而活下来，有幸见到这般文明的奇景」，同时，还曾留下看完电影时遇到地痞无赖骚扰，却被永仓以气势即加以喝退的逸闻。