过去，本科根据花萼、花筒、雌蕊的心皮数目，子房位置、果实类型分为四个亚科：绣线菊亚科、蔷薇亚科、苹果亚科（Maloideae）、桃亚科。而依据基因分子分析的研究，则可分为仙女木亚科、蔷薇亚科与桃亚科三个亚科。其中，苹果亚科及绣线菊亚科都被并入桃亚科成为其异名。按照种子库信息网（GRIN）与被子植物分类学网（APWeb）分类，本科可分爲约十多个族：