。在学期间，曾于1997年上，获得学生「风险评估专业最佳论文」奖项（毒理学）。学成归国，任教于国立台湾大学公共卫生学院。吴焜裕与毒物专家林杰樑医师长期合作，在许多公共卫生、食品安全议题上提出专业意见，曾参与瘦肉精美牛事件、塑化剂事件、毒淀粉事件、富味乡油品事件，以及馊水油事件等。2014年，吴焜裕过度劳累而罹患眼疾，因此配戴专用的泸色镜片。2015年，吴焜裕被列为民主进步党首席全国不分区立法委员，代表食安、卫生专业。2016年5月3日，吴焜裕说，2012年马英九政府接受国际食品法