卿任军参谋长。同年6月，红1军团成立，朱云卿任军团参谋长。12月，蒋介石组织国民革命军进行围剿，朱云卿亲自率红三军团、红一军团组织龙冈战斗，活捉师长张辉瓒，及下九千余人，取得第一次反围剿战役的胜利。1931年1月，苏区中央局和中央革命军事委员会成立。项英为代书记和军委主席，毛泽东、朱德为副主席，朱云卿为中革军委总参谋部代部长。然而同年，在备战得第二次反围剿战役时，朱云卿身患重病，被国民党特务在医院暗杀。