翼鸟的分类并未明确。虽然它们有时被分类到反鸟亚纲中或是反鸟亚纲下的特有类，但它们有可能是反鸟亚纲的基群，原羽鸟的后裔。其祖征非常完整，而独有衍征则较接近现代。现时将长翼鸟分类到自己的长翼鸟目及长翼鸟科中。但其准确关系及近亲也都未明，而朝阳长翼鸟的系统发生学位置也不明。后来发现的长嘴鸟似乎与它们比较接近，可能同属一个分支。