91年禁掉所有政党，并于1994年进行选举。几内亚比索首轮总统选举在1994年7月3日进行，维埃拉虽然以46.2%的得票率领先其余7名候选人，但因得不到法定最低得票率，故要在8月7日进行第二轮投票。在第二轮投票中，他的得票率为52.02%，击败穆罕默德·雅拉·恩巴洛，顺利当选为几内亚比绍的首任民选总统，并于9月29日宣誓就任。
内战.1998年5月，维埃拉以438票赞成、8票反对、4票弃权当选为PAIGC的主席。同年6月8日，维埃拉解除了军官晏苏曼·马尼，引致马尼的支持者发动叛