该庄编入「北港溪区」，隶属于南投厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，北港溪区仍隶属于南投厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「北港溪」大字，隶属于台中州新高郡国姓庄。战后国姓庄改制为国姓乡，隶属于台中县，大字亦改制为村。1950年10月，中、彰、投分治，国姓乡改隶属南投县。
聚落.本地区发展较早的聚落为水长流，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有老庄、公馆、叶厝、瓦窑、福旗巷、大旗尾、旗洞巷、大草堀