令蔡善继为加强管理颁布《制澳十则》。1646年，澳葡政府发兵300人、携大炮数门前来助战，一时使南明收复了不少失地。为了感谢传教士，1648年永历帝家族皆入教，同时宫中受洗的还有嫔妃50人，大员40人，太监无数。其嫡母王太后、妻子王皇后、太子朱慈炫都洗礼，但永历帝本人并未受洗。1648年10月再陷危机，永历帝再次派人赴澳门求援，但澳葡当局仅以火枪百枝相助，显得微不足道。
葡属澳门.清军平定广东后除废除守澳官外大致沿习明朝对澳措施，1685年清朝于广州漳州宁波云台山设立海关将