斯逝世后，按条约法国从苏格兰撤军，并承认伊丽莎白女王在英格兰的统治权。仍居法国，十八岁的玛丽拒绝批准这个条约。
重返苏格兰.此后不久，这位年轻的寡妇就回到了苏格兰，于1561年8月19日回到了利斯。此时的玛丽才仅仅十八岁。苏格兰宗教改革使得人民之间矛盾重重，玛丽的私生兄弟，第一代默瑞伯爵詹姆士·斯图亚特，是新教派系的首领。玛丽，作为一个虔诚的罗马天主教徒，却遭到了许多臣民和她父亲表妹英格兰女王伊丽莎白一世以及新教邻国君主的猜疑。但是，使天主教派失望的是，玛丽并没有急于从事天主教