上二层为站厅；地上三层为5号线站台层；地上二层与地上三层之间的夹层为车站设备区。
站厅.滘口站站厅设于地上二层，站厅收费区范围设有3台扶手电梯、1组楼梯和1台专用电梯供乘客来往于站厅及月台层。滘口站在靠近B出入口旁设有一间便利店，另外还设有自动售卡/充值机以及“好易”自助服务等。另外，本站的公共洗手间位于站厅层付费区内。
月台.本站设有一个岛式月台，位于广州滘口客运站西南侧上空。两个月台的列车均前往文冲方向，并不设落客专用月台及站后调头路轨，乘客可