当波斯人控制埃克巴坦那后，许多米底王国的支系或附庸认为自己的处境发生了变化，并且对波斯发动战争。 这迫使居鲁士二世与中亚的巴克特里亚和游牧的塞迦人作战。 在这些战争中，居鲁士大帝在中亚建立了数个驻军城镇，包括。关于前547年至前539年之间的波斯与巴比伦的关系，历史上并无记录，但在导致前540－前539年的战争和之前，这两个帝国之间的敌对状态可能持续了数年。在前539年10月，居鲁士二世在击败巴比伦尼亚人，然后在没有战斗的情况下佔领了西帕尔，最后在10月12日占领了巴比伦城，俘虏了巴比伦尼亚国王那波尼德