制局面，原警卫连迅速被调往高树基地，全连接受个别侦讯。同时成立前进指挥所，动员万余当地原住民、警察、海军陆战队两栖侦搜大队搜山搜海，并将悬赏奖金从5万提高到20万，于2月23日先后逮捕郑金河等人。国防部军法局原计画将五人集中绿岛管训，但时任中华民国总统蒋中正亲笔以红字批示，如此重大叛乱案，岂可以集中绿岛管训了事，要求枪决。同年5月判决，警卫则有7人遭记过惩处。郑金河、陈良、詹天增、谢东荣、江炳兴等5人判处死刑，5月30日枪决。郑正成则因其他5人都说他是被他们所绑架而判刑15年6个月。本来还应该牵连到该监狱一