厌氧消化系统最后的输出是水，其起源既有从被处理过的原始废物的水分含量，还有是从在消化系统的微生物反应产生的水分。这种水可以是在沼渣的脱水处理被释放出来的，或者可以是在沼渣隐含分离出来的。厌氧消化设施排出的废水将通常具有升高的生化需氧量（BOD）和化学需氧量（COD）水平。流出物的反应活性的这些测量指示污染的能力。一些这种材料被称为“硬化学需氧量”，这意味着它不能被厌氧菌获取以转换成沼气。如果污水被直接放入水道，它会造成通过引起水体富营养化的负面影响。因此，通常需要进一步处理废水。这种处理通常是一个氧化阶