间的生物共生关系，是驱动演化的力量。她认为遗传变异的存在，是源自细菌、病毒以及真核细胞之间的讯息转移。此理论可解释人类基因组中部分DNA序列的来源。因为人类基因组计画的研究发现，人体内藏有许多可能是细菌或病毒入侵时嵌入人类基因组中的DNA。这种现象类似于寄生，可能是人类与其他生物的遗传物质发生变化的原因之一。近年来马古利斯持续强调共生与合作在生物演化上的重要性，并认为所有生物之间存在共生现象。同时更与英国生物学家詹姆斯·洛夫洛克合作阐述盖亚假说。但这些理论并未为主流科学界所完全接受。此外，盖亚假说的许多