初期路网皆由BMTC一同规划，但是因为所需经费庞大，因此先行核定兴建淡水线、新店线、中和线、南港线、板桥线和木栅线等初期路网路线。在2000年初期路网大致完工后，二期路网工程开始进行，包括新庄线、芦洲线、内湖线、南港线东延段、土城线延伸顶埔段、信义线和松山线等。2008年12月25日南港线东延段南港站通车。 2009年7月4日内湖线完工，原木栅线在营运超过13年后自中山国中站连接内湖线延伸至南港展览馆站，并且全面更新为庞巴迪运输系统，全线称作木栅内湖线。同年10月8日该线名称重新命名为文湖线（文山内