长此时已经可以说是必胜无疑。随着时间推移，5月时波多野家的主城八上城陷；8月时，赤井家的主城黒井城也宣告陷落。已经被越发孤立的有冈城城主荒木村重不得不于9月逃亡，10月，有冈城也被织田军拿下。尽管别所长治依然坚持和织田军作战，但到了10月，随着备前的宇喜多直家背叛毛利转而支持织田方面，三木城的补给也被完全切断（三木合战）。接着，在天正八年（1580年）1月，三木城最终被攻陷，别所长治自杀身亡。闰3月，本愿寺法主显如宣布让出石山本愿寺，与信长成功讲和。由此，持续了十年之久的石山合战终于宣告结束。随着石山本