1982年，在内蒙古师范大学政教系脱产进修。毕业后，回到伊克昭盟，历任组织部组织科科长，伊金霍洛旗党委副书记、旗长，党委书记；1991年11月，出任共青团内蒙古自治区委副书记；半年后，晋升共青团内蒙古自治区委书记、兼任自治区青联主席；1993年，当选共青团中央书记处书记。此后，巴音朝鲁在团中央工作八年，历经李克强、周强两任团中央负责人，官至团中央书记处常务书记、全国青联主席、全国少工委主任。
地方历练.2001年4月，46岁的巴音朝鲁离开团中央，调任浙江省人民政府副省长，2003年