系列后期生产的车后进入山形新干线。前期生产车则报废。3月15日以后，秋田新干线全部为E6系电车担当运行，超级小町号取消。另外，服务于山形新干线的E3系列车（包括0/1000/2000番台共15列编组）预定于2014年春天起更改车身涂装，新涂装设计由奥山清行负责。最后一列旧涂装编组（L63）于2016年10月29日结束其最终运行。2020年3月3日，JR东日本公布将为山形新干线引入本型列车之后继车款，并命名为E8系，首列新列车预计于2022年9月落成、并于2024年春天投入服务，预计于2026年春季全