共和国成立后.由于航空烈士公墓无人管理，到了1956年已出现杂草丛生的荒芜景象，但公墓尚算原好。文化大革命前夕的1964年，毛泽东在文学作品中暗示要拆毁古代人物的坟墓，掀开「拆墓运动」的序幕；到了文革爆发的1966年，政治正确思潮大行其道，效忠中国国民党的烈士被认为是敌人。因此，红卫兵根据「凡是敌人拥护的我们要反对」的指示，在1966年8月把航空烈士公墓彻底摧毁；是次破坏的严重程度比侵华日军当年的破坏更高，所有骸骨失散，公墓最终剩下空穴，只有老牌坊尚存。文革结束后的1985年正值抗战胜利40周年，