对向式座位配置的车厢则因要迁就对向式座位而採用一大两小共三块的设计——小的两块安装在两边；大的一块安装在中间。但车厢连接端的车窗、车头的第一个车窗及绿色车厢和6门车厢的车窗则因大小不同而沿用单块密封式车窗设计。而车窗玻璃的涂料和209系的比较，除了阻隔红外线的能力较强，也有阻隔紫外线的能力（900番台除外，因900番台的车窗玻璃沿用209系的组件），涂料的颜色也有所不同（209系：灰色，E231系：绿色）。透过减少红外线透入车厢内，令日间的车厢温度不会大幅度上升，也就减少对电力的需求。而减少紫外线透入车厢内