曾经撰文反驳邱显智对朝野协商的批评，指出「朝野协商不是魔鬼交易」。2015年6月28日，邱显智在时代力量政见发表会上提出「告别王柯体制，废除党团协商」的主张，批评党团协商掏空了国会辩论精神，认为过去党团协商之所以可以挡下一些争议法案，是高度仰赖立法院长王金平的裁量权、而非制度的完善。7月18日，柯建铭公开回应邱显智对党团协商的质疑，指出「要参选的人，对立院游戏规则，应该彻底了解」，表示如果不靠协商，事事依靠表决，马政府的所有政策都可能被强行通过。邱显智则以「柯总召，这就是你的游戏规则？」一文回应，以会计