国立台湾大学人类学博物馆收藏承接自台北帝国大学时代「土俗人种学讲座」标本室的收藏，创设于1928年，包含民族学与考古学标本，原本位于洞洞馆，在洞洞馆拆除后迁移至台大校史馆。 
历史.人类学博物馆前身为人类学系标本室，更前身为日治时期的台北帝国大学文政学部土俗人种学讲座之标本室，二战后改名为民族学研究室，归在台大文学院史学系。1949年，台大成立考古人类学系，此馆又改名为考古人类学标本室，沿用30几年后，1983年因系更名而跟着改名为人类学系标本室。原先人类学系标本室位于洞洞馆人类系