教堂是由上校设计。为了削减成本，如同当时许多建筑一样，使用了印度犯人劳动。1856年3月4日，加尔各答主教丹尼尔威尔逊为其奠基，1861年10月1日举行了第一次礼拜。1862年1月25日祝圣。1869年，由加尔各答教区转给纳闽和砂拉越教区。1870年，会吏长将其祝圣为联合教区的主教座堂。1942年，新加坡陷落于日本之前不久，座堂曾用作战地医院。2004年，新加坡国立大学在其庭院进行了考古挖掘。1973年7月6日，圣安德烈座堂被列为新加坡国家古迹（national monument）。