自身完全隔离于生活环境之外，部分器官（如肺、肠和尿道）需要与外界环境进行频繁的物质交换，因此这些器官有其他的机械防御机制。例如，咳嗽和打喷嚏可以排出唿吸道中的病原体和刺激原；流泪和排尿可以将病原体排出体外；唿吸系统和尿道所分泌的粘液可以黏附和包裹入侵的微生物。化学屏障也可以保护生物体免受感染。皮肤和唿吸道能够分泌抗微生物肽，如β-防御素。而唾液、眼泪和奶水中含有的一些酶，如溶菌酶和，也具有抗菌作用。在生殖系统中，初潮之后的阴道酸性分泌物，以及精液中含有的防御素和锌，都可杀死病原体。另一个化学屏障的例子存