来西亚建立外交关系，同时承认马来西亚主权。随着马来西亚国名的变更，巫统的政治联盟伙伴也即时更名至马来西亚华人公会和马来西亚印度人国民大会。东马的一些政党特别是砂拉越也加入了“联盟”以参与选举。
马来西亚与新加坡.1963年新加坡州选举，“联盟”决定以新加坡联盟党的名义挑战李光耀领导执政的人民行动党。巫统党人为了新加坡联盟党在新加坡活跃参与州选，指控新加坡马来人在华人主宰的人民行动党政府之中，被当成二等公民。但是最后巫统支持的马来候选人全都输给了人民行动党候选人。巫统总秘书赛嘉法