997到1999年，他到国立清华大学协助设立国科会的国家理论科学研究中心（NCTS），并且担任数学组主任。从2002年八月开始他专任清华大学数学系教授，并且再度担任NCTS数学组主任（从2002年4月到2003年7月）。从2002年8月起，他也是中央研究院数学研究所的合聘研究员。自2006年起担任国家理论科学研究中心主任。
家庭.于靖与妻育有1子。
荣誉.2012年7月5日，于靖当选为中央研究院数理科学组院士，被台大数学系学生誉为“台湾欧拉”。2015