（Photolithography），利用光罩控制反应光化学反应进行合成. 喷墨合成技术因合成时只需输入座标与核酸序列, 不需前置成本, 所以应用弹性高, 主要合成探针长度为60-mer以上, 且因反应体积大更可合成至300-mer用于合成生物学用途.光刻法由于制程、光罩成本、光照反应效率等因素，这种方法做出的探针长度约在25-mer以下,因探针短所以同一个基因需要多个探针对应，以避免误判。喷墨合成技术使用厂商有 Agilent, 光刻法使用厂商主要有 Affymetrix、Roche NimbleGen