争爆发后不久，日军占领上海。当时，陈荩民和妻子阎振玉分任上海育青中学的董事长、校长。他们克复困难，将学校迁至浙江天台。1939年，陈枣民任英士大学教授，后来兼任该校教务长及工学院院长。。国民政府行政院于1942年12月将浙江省立英士大学工学院改建为国立北洋工学院，陈荩民为代理院长。1943年起，历任北洋工学院院长、北洋大学理学院院长、国立北洋大学北平部主任。其间，他支持学生开展反蒋、反美的活动，营救被捕学生，拒绝联合国善后救济总署的救济。中国人民解放军攻占天津前夕，陈荩民反对迁校将学校迁往台湾，并与18位教