湿地后，已有预留的地底车站－古洞站。此站的建设，是因应香港特区政府于2003年公佈的研究，指出古洞北及粉岭北共689公顷的土地适合作新发展区。由于古洞很有可能成为新市镇，故九铁公司在计划及兴建落马洲支线时预留位置给将来兴建古洞站之用。古洞站亦有可能成为北环线的转乘站，现已落实兴建；东铁线乘客可以转乘北环线前往新界西。
落马洲站.落马洲支线的总站──落马洲站是一个楼高4层，佔地约9公顷的车站大楼。大堂里设有购物区、免税店等方便乘客。由于车站大楼同时为香港入境事务处的出入境检查之用，所