晋江李姓、1668年南安蔡姓及晋江王姓、1671年晋江林姓分批入垦现今琉球乡各地。郑成功治理台湾期间，阿猴社一带属于万年县管辖，后来又改为隶属万年州。当时郑成功曾派兵开垦到瑯峤（今恆春）一带，并将这些区域分为八个平地社和山地社，这些区域包括了今日的里港乡、屏东市、万丹乡、新园乡、林边乡、乃至车城、恆春一带，都在今日屏东县内。郑成功曾尝试攻打恆春半岛山区一带之原住民但未果。
清治时期.1684年四月设立台湾府，隶属于福建省，并将明郑时期承天府、天兴州、万年州改为诸罗、台湾、凤山三