5月18日，行政院宣布内阁人事名单，蔡丁贵由研考会副主委转任行政院环境保护署副署长。
参与社会运动.
任台湾教授协会会长时期.2007年7月15日，与台湾教授协会和908台湾国运动昨举办解严纪念活动，在中正纪念堂（台湾民主纪念馆）前演出行动剧，并拉起布条唿吁移除蒋介石铜像，落实心灵解严。台教会会长蔡丁贵说：「台湾除政治解严，心灵也要解严。」2008年10月25日，绝食抗议「公投法不公」并表示：台湾人一定要觉醒，不但要修公投法护民权，也唿吁民众下周一同向中国