如同大部分其他的兽脚类恐龙，高棘龙的头颅骨长、低矮、狭窄。眶前孔相当大，约佔头部的1/4长、2/3高度，可减轻头部的重量。上颌骨两侧与鼻骨上侧的表面，并不像南方巨兽龙与鲨齿龙那样多起伏。鼻骨上有长而低矮的稜嵴，从鼻孔开始，沿者口鼻部的两侧，直到眼睛处的泪骨。所有异特龙超科的头部都具有这种稜嵴。不像异特龙，高棘龙的眼睛前方的泪骨并没有角冠。牠们的泪骨与眶后骨癒合，在眼睛上方形成一个厚眉嵴，这点与鲨齿龙科、没有亲缘关系的阿贝力龙科相同。上颌两侧各有19颗锯齿状、弯曲的牙齿，但下颌的牙齿数量未明。高棘龙的牙齿比