併祭祀历代天皇之灵。平安时代开始，以佛教形式祭祀宫中历代天皇的「黒户」仪式也随之停止。随着神祇官升格为神祇省，明治4年（1871年）9月迁座至宫中，与贤所合称「皇庙」。明治11年开始合祀皇妃、皇族之灵。天皇・皇族之灵会于死后1年，合祀于皇灵殿。毎年春分之日、秋分之日会举行春季、秋季的皇灵祭。
神殿.祭祀天神地祇。明治时代再兴的神祇官（神祇省）创建了附属神殿，祭祀天神地祇及律令制中神祇官八神殿的八神。明治5年，神祇省的祭祀移至宫中，八神殿迁座宫中，八神与天神地祇合祀并改称神殿