许多生存在相同黑暗条件下的穴居动物眼睛退化。深海鱼的不同之处在于：有少量的光射入深海，一些物种会游入较浅水域，存在许多发光生物。逾1000米深的半深海带是个没有光线到达的黑暗世界，这个区域中许多深海鱼的眼睛小而凹陷。裸鼬鱼科成员的眼睛埋入皮肤中，而炉眼鱼科成员仅具有板状视网膜，它们仍然残留有检测光的能力，比起退化更适合将其视为特化。有研究认为，细小的锥形眼更适合捕获半深海带稀疏闪烁的生物发光。据说相比普通眼睛，这些鱼类的眼睛空间分辨率更好，适合捕获20至30米远的生物发光。对于游泳能力较弱的深海鱼而言，