已经基本绘制出了人类肠道宏基因组的图谱，这将对科学家研究肠道微生物与人类健康的关系提供有力的帮助。
宏基因组.微生物在人体的食物消化、机体免疫等方面发挥着重要作用。在大多数情况下，微生物通过群落而非单一个体来发挥这些重要功能。水体、土壤、肠道和很多的人工生物环境（如废水处理、、堆肥、沼气池，等等）都具有很复杂的微生物群落，这些微生物相互作用、共同协作，一起完成复杂的代谢功能。环境样品中的微生物组成的群落构成了一个巨大而复杂的基因库，在这个基因库中既包含代表不同微生物身份的系统发育