对于流失在中国民间的敦煌文献，有一部分后来被收藏者转卖给了日本藏家，也有部分归南京国立中央图书馆，但更多的已难以查找。王圆箓藏匿起来的写本，除了卖给斯坦因一部分以外，其他的也都在1911年和1912年卖给了日本的探险家吉川小一郎和橘瑞超。1914年，俄罗斯佛学家奥尔登堡对已经搬空的藏经洞进行了挖掘，又获得了一万多件文物碎片，目前藏于俄罗斯科学院东方学研究所。近代，除了藏经洞文物受到瓜分，敦煌壁画和塑像也蒙受了损失。伯希和与1923年到来的哈佛大学先后利用胶布粘取了大批有价值壁画，有时甚至只揭取壁画中的一