末端侵入另一段双股DNA，并搜寻同源区段。当找到同源区段时，就会使被侵入的脱氧核糖核酸生成D环，然后其中一端断裂。这时就会有两段脱氧核糖核酸各自有一条断裂的末端，此末端将会靠近另一段脱氧核糖核酸。DNA连接酶（DNA ligase）再将两条断裂的脱氧核糖核酸黏合，产生霍利迪交叉。然后受到RuvA与RuvB蛋白的影响产生branch migration，最后完成脱氧核糖核酸的重组。