（1385年），郭桓案发，由于涉案人员甚多，太祖将六部左右侍郎以下官员皆处死，各省官吏死于狱中达数万人以上。洪武二十三年（1390年），李善长的家奴卢仲谦告发李善长与胡惟庸往来勾结，以「狐疑观望怀两端，大逆不道」见诛，接续又诛杀陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵庸三名侯爵，株连被杀的功臣及其家属共计达三万余人，连「浙东四先生」（刘基、宋濂、章溢、叶琛）亦不能免，并颁布《昭示奸党录》。洪武二十六年（1393年），蓝玉被锦衣卫指挥蒋瓛密告谋反，史称“蓝玉案”。此案牵连到十三侯、二伯，连坐族诛达一万五千人，明朝建国功臣