10月1日（明治31年）奉准设立，同年12月22日在旧盐馆（现长裕行）创办设校，编制二班。1926年（昭和元年）因校地狭隘，迁徙至现址。1927年女学生独立到北港女子公学校（今北辰国小）；1939年学区变更，再办男女共学，编制24班。1941年，因应皇民化运动，总督府推动日台共学，校名改称南阳国民学校，编制30班。1945年，日本二战战败，国民政府接管台湾。12月28日，时任日本校长卸任，龚百川接任光复后第一任校长，当时编制29班。1946年改称台南县北港镇第一国民学校。1947年改称北港镇南阳国民学校。1