担任国家大唿拉尔主席。2005年5月，当选为蒙古国总统，同年6月24日就任，任至2009年6月23日。2009年5月24日，他在大选中失败，成为第一位未能连任的蒙古国总统。在担任总统期间，恩赫巴亚尔致力于把蒙古从原社会主义国家转变为自由民主主义国家。美国曾经在其任内向蒙古国提供2亿8500万美元的援助。2010年，蒙古人民革命党恢复原党名蒙古人民党。该党前主席恩赫巴亚尔在2011年另起炉灶，注册成立了新的“蒙古人民革命党”，而且当选该党主席。2012年4月13日，因涉嫌腐败问题，恩赫巴亚尔在乌兰