后官至刑部右侍郎。严嵩倒台后，御史郑洛弹劾鄢懋卿与大理寺卿万寀朋党为奸，免职处分，既而先后发落戍边。《明史》将其列入《奸臣传》。
事迹.鄢懋卿同年王忬，累官蓟辽总督，被严嵩罗织罪名，下狱论斩。鄢懋卿亦参与其中。后来王忬平反，子王世懋累官江西巡抚。此时，鄢懋卿已遣戍回籍，世懋与其绝不来往。鄢懋卿因此向人指责世懋「薄于世谊」。世懋大怒，致书江西缙绅，细数鄢懋卿之罪恶。
戏曲.京剧剧目《五彩舆》就是描写海瑞与鄢懋卿斗智的故事。