013年3月26日，南投地检署针对李朝卿涉嫌收取灾修工程回扣，依贪污罪嫌起诉李朝卿及其妻舅简瑞祺与前后任工务处长曾仁隆，移送南投地方法院。3月27日，南投地院裁定李朝卿新台币二千万元、简瑞祺一千万元、陈国进一百万元交保。在与马英九和吴敦义关系密切的林益世、李朝卿与赖素如陆续因收贿涉贪遭司法单位收押后，网友讥讽国民党是「北素如、中朝卿、南益世，牵手污台湾」。李朝卿交保后即向中华民国内政部申请复职，对此内政部长李鸿源表示基于无罪推定倾向让其复职，然而引发前反贪腐红衫军运动总指挥施明德不满，声明若李朝卿复