第一届增额国民大会代表选举，翁金珠为不让彰化县选举缺席，遂赶办登记、第三度参加各类选战，以七万八千二百五十三票当选，成为彰化县第一席当选民意代表的民主进步党党员。后来，又当选立法委员。2001年当选第14届彰化县县长，于2005年寻求连任时败给时任国民党立法委员卓伯源。之后在前民主进步党主席林义雄强力推荐与劝进下参选2006年民主进步党主席补选。2007年由行政院长张俊雄延揽入阁担任行政院文化建设委员会主委。曾任民进党不分区立委、教育文化专业代表。卸任县长后，她和刘峰松及女儿在员林市以「唐‧吉诃德传