年（1637年）以原官分守上湖南道，驻守永州府。当时湖广临武县、蓝山县的瑶族叛军进攻永州府道州，蔡官治组织防御，大败。崇祯十一年（1638年），叛军又来进攻，永道守备沈至绪计划将敌人在险要处予以围歼，蔡官治却故意不发援军，结果沈至绪孤军战死。沈至绪之女沈云英率军抢回父尸，并向上级控诉蔡官治玩忽职守，还威胁要进京告御状。崇祯帝撤去蔡官治的差事，命曾樱接任湖南道，但因为蔡官治的东林背景，实际上并没有受到什么处罚。
巡抚陕西.崇祯十五年（1642年），蔡官治又叙功升都察院右佥都御史，巡抚