1967年4月14日，宣布遇罗克所写《出身论》是大毒草。1967年7月20日，七·二〇事件发生。国务院总理周恩来开始向毛泽东进言解决“王力、关锋、戚本禹”的问题。8月，王力、关锋被隔离审查。1968年1月14日，戚本禹被中央宣布“请假检讨”，被送到秦城监狱。1980年7月14日被北京市公安局依法逮捕。1983年11月2日北京市中级人民法院以反革命宣传煽动罪、诬告陷害罪、聚众打砸抢罪判处有期徒刑18年，剥夺政治权利4年。1986年出狱后在上海图书馆收藏部当图书管理员，至1990年代初退休。育有二子一女