区设置有乌斯藏、朵甘二都司（但国际上对明朝是否实际统治了西藏存在较大的争议，请参详明朝治藏历史），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，不过这些属于羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。
巡抚制度.明朝实行一省分置都、布、按三司的制度，原为防止地方权力集中，不过在实际使用中体现出一定的不便。所以到宣德以后，开始派部（六部）、院（都察院）大臣以总督和巡抚的名义督抚地方行政，景泰朝之后基本成为各省常制，凌驾于“三司”之上成为一省甚至跨省的最高长官。还有同时兼任巡抚与总督的情况