司令部的废弃指挥所，并充当行政院院长及各部会首长于战时的指挥中心，后在国家安全会议指示下，耗费3年时间、投入新台币1亿元经费，于2008年整建为国家政军指挥中心，供平时政军兵推及战时中央政府各机关进驻使用。随着国家政军指挥中心启用，原先设置在国军联合作战指挥中心的「战争资源协调中心」也移到此处，而国防部部长及军政副部长战时也改驻于国家政军指挥中心，国军联合作战指挥中心由参谋总长驻掌，受令于三军统帅与部长指挥。
设施.国家政军指挥中心内部设有12人座、战时用于召开国家安全会议的会