绎任命他为持节、信威将军、武州刺史，不久迁官宣毅将军，领镇蛮护军、武陵内史，封枝江县侯，食邑一千户。萧绎下令他伴随王僧辩东讨侯景，在巴陵遇上侯景攻打，但数十日攻不下而逃遁，杜崱因此获加侍中、左卫将军，进爵为枝江县公，增食邑五百户，仍然随着僧辩追击侯景到石头城，两军于横岭争持。战事开始，侯景亲自带领精兵作战；杜崱从岭后横截，令侯景大败，东奔晋陵，杜崱佔据石头城。先前侯景立萧栋为帝，后废黜，囚禁萧栋兄弟三人于密室。这时萧栋兄弟逃出，遇到杜崱，杜崱为他们去除镣铐。侯景平定后，加散骑常侍、持节、都督江州诸军事、江州