不久，再升内阁学士兼礼部侍郎。康熙初年，任弘文院学士。康熙九年（1670年），华善出任甘肃巡抚，上疏请求免去逃荒额赋。时逢西和、礼县爆发大型瘟疫，华善开府库赈灾，并以临近春耕为由，令买耕牛以耕种，然而部议却以违例为由问责，但康熙帝宽免了华善。后来，王辅臣反清，率军攻打兰州，游击董正己响应王辅臣，布政使成额投降，华善与按察使伊图退走永昌，上疏请求以代理提督张勇便宜行事。华善与张勇、王进宝、陈福、孙思克等分路进兵，收复兰州。华善与张勇督兵赴临洮，派部将收复河、洮二州，又督兵攻克巩昌，同时王进宝也攻克兰州，康