清康熙三十六年（1697年）和干隆二十二年（1757年），喀尔喀蒙古和准噶尔汗国先后被清朝征服，清帝国与俄罗斯帝国，最终瓜分了蒙古区域。康熙二十八年（1689年）跟俄国签订的《尼布楚条约》中，曾属于蒙古的贝加尔湖以东地区被康熙皇帝最终承认属于俄国；清雍正五年（1727年）的《布连斯奇条约》和《恰克图条约》，亦划定贝加尔湖地区归俄罗斯帝国所有。1908年6月30日，在湖西北方800公里处发生了通古斯大爆炸，部分影响了湖附近的森林。1919年冬，俄国内战期间，白军领导人高尔察克从鄂木斯克与托木斯克撤退，