12月1日转为予备役，返回母港进行整修及改造。于1940年 中国抗日战争期间，主要在华南沿岸一带作战，并参与日军入侵法属印度支那战役。大东亚战争爆发后，与同属第3水雷战队的「白云」号及「丛云」号一同参与南方侵略作战。于1941年12月13日参与婆罗洲攻略作战，为登陆美里的部队提供掩护而向金兰湾军事基地进发。「东云」号在12月15日到达美里附近，离开船团单独行动后下落不明。然而，于同月17日上午9时左右，日本登陆战船团收到不明来历的报告表示「正与敌军战机交战」，在中午12时左右曾观察到美里附近海面出现