以3条轴线布局，东轴线上有孔塾、崇圣门、崇圣祠、圣泽楼等建筑，崇圣门前偏西为报功祠，报功祠前为恩官祠，南北为水池。中轴线上依次有孔庙大门、大成门、甬道及佾台（侧为东、西两庑，东庑祀中兴祖孔仁玉、孔传，西庑祀南渡祖孔端友），院内植古柏，最后是大成殿，重檐歇山顶，面阔五间，通面阔16.6米；进深五间，通进深16.5米。西轴线上有五支祠、袭封祠、六代公爵祠、思鲁阁（门通大成殿）等建筑。西轴线稍西为世袭博士署（后称奉祀官府，通称孔府）。