II合并的科有：黄花绒叶草科、菝葜木科、黑三棱科、杜香果科、异裂果科、裸木科、方枝树科、喙萼花科、梅花草科、杜茎山科、紫金牛科、假轮叶科、寄奴花科、多香木科、智利木科、假茱萸科、参棕科及番茱萸科等。此外，APG III也承认了19个新的科：刺藤科、青皮木科、粟麦草科、南商陆科、小鸡草科、土人参科、回欢草科、裂药树科、胡桐科、南线梅科、非杨柳科、十齿花科、醉蝶花科、簇花草科、帽蕊草科、管花木科、母草科及土蔓兜科等。（还有首次提到眠树科，但已并入盔瓣花科。）和APG II相比，APG III被子植物之中