他们都是带有鞭毛的单细胞生物。有纤维素壁，营养细胞有两根等长鞭毛，叶绿体杯状，叶绿体前端或侧面有一红色眼点，细胞核位于细胞中央。衣藻属在夜间进行无性生殖，繁殖几代后才行有性生殖。衣藻通常被分子生物学视为一种标准的模式生物，被长期、反覆的作为研究材料，研究核酸和蛋白质等生物大分子的功能、形态结构特征及其重要性和规律性。因为衣藻体内有离子通道，其可以直接被光线产生光敏反应，比如ChR2（channelrhodopsin）。衣藻属是绿藻门单细胞的成员。