多原本使用白话字的人士不能够接受TLPA。1998年，教育部将TLPA正式订为「台湾闽南语音标系统」及「台湾客家语音标系统」，坊间一般仍称之为TLPA。另曾有出版社在教科书中採用TLPA，但加上部分修改，称为「TLPA改良式」。同年，由余伯泉主导的通用拼音发表；白话字派支持者为了反对TLPA，争取官方认可白话字，而与通用派合作。在此时期，台语通用拼音分为两式，甲式即白话字，乙式则是余伯泉所发展的拼音。后来随着通用拼音在华语及客家话顺利取得官方地位，通用派遂废弃甲式、只推动乙式，通用派与白话字派分道扬镳。