941年12月，香港开始进入日占时期，其父郑铁如拒绝与日本合作，被日军囚禁。郑儒永母亲带领全家人逃难至广西桂林，随后又先后转至贵州贵阳和四川重庆。在抗日战争结束后，郑儒永考上了当时被称为“广州最好的女子学院”真光女子中学，最终保送至岭南大学农学院（今华南农业大学植保系），后于1953年毕业。毕业同年，郑儒永开始在中国科学院真菌植病研究室工作，师从戴芳澜教授。1956年起，开始在中国科学院应用真菌学研究所担任研究实习员兼真菌研究室业务秘书一职。1958年12月，中国科学院应用真菌学研究所与北京微生物研究室