书一等奖、国家民委民族政策研究优秀成果奖。1992年，中国国务院表彰马曜为“为发展我国高等教育作出突出贡献”的专家。 享受政府特殊津贴。1996年，《马曜学术论着自选集》出版。2006年2月6日，马曜先生逝世，享年96岁。2008年，云南人民出版社出版《马曜文集》，该文集共6卷，225万字，是民族学、历史学及云南学术史研究中的一部重要文献。