省—府—县”三级制。在东北地区，为满洲八旗制、汉人“省—府—县”三级制与渔猎部落的“姓长制”并行。在藩部地区则因俗而治，并根据中央集权统治的需要加以改革：蒙古实行“旗盟制”、“札萨克制”；西藏实行“宗谿制”，新疆回部实行伯克制。全国分为内地十八省、五个驻防将军辖区、两个办事大臣辖区共二十五个一级行政区域和内蒙古等旗、盟。 清末，在列强蚕食鲸吞的形势下，边疆各地依靠旧有的行政体制已无法维持有效的统治。光绪年间，新疆、奉天、吉林、黑龙江相继建省，实行与内地相同的行政体制。蒙古、西藏也有建省之议，但在清朝灭亡