真书院始创于1950年，为基督教香港崇真会深水埗堂所兴办。当时名为「崇真英文书院」。原校坐落于深水埗大埔道58号，初为一所非牟利私立中学，其后于1978年，转为全津贴中学。1980年代以后，鑑于市区人口老化及深水埗区中学学位过剩，校方遂应教育局建议，迁校屯门。由1992年9月开始，学校分两年将学校迁入屯门大兴邨新校舍，而旧校中学部之运作亦于1994年结束。崇真书院在2003年成为首间获世界卫生组织颁发的金奖健康学校。2010年，崇真书院曾一度爆发上唿吸道感染潮。学校内有二十名学生及一名职员受到感染。20