合作研究，同时未经许可将部分人类遗传资源信息从网上传递出中国境外。
列入美国实体清单.2020年7月，新疆丝路华大基因科技与北京六合华大基因科技，因被指控“涉嫌强制採集维族人与其他穆斯林少数民族基因作研究，以打压维族人”，被美国商务部列入实体清单。对于公司旗下两家公司被列入实体清单，华大集团表示不解和遗憾。
与Illumina的诉讼争议.华大基因与Illumina最初为供应关系（Illumina为华大基因供应商）。2005年随着第二代测序技术出现，Illu