利·爱德华多维奇·谢尔久科夫的命令，2010年7月22日，临时指挥官为新军区命名。因此，南部军区指挥官是北高加索军区前指挥官亚历山大·加尔金中将，尼古拉·佩雷斯莱金少将担任该军区的参谋长。加尔金后来被任命为地区指挥官后不久被提升为上将。南部军区还在亚美尼亚设有两个俄罗斯军事基地：久姆里的，以及位于首都埃里温，由亚美尼亚和俄罗斯当局共同控制的军民两用的第3624空军基地。2014年4月，克里米亚和塞瓦斯托波尔在乌克兰克里米亚危机爆发后被纳入南部军区的控制。克里米亚（作为克里米亚自治共和国）和塞瓦斯托波