席改选登记结束，由蔡同荣、辜宽敏及蔡英文竞选。4月24日，民主进步党党部正式废除排蓝民调。5月13日，蔡同荣宣佈退出党主席改选，并宣佈支持辜宽敏。5月18日，蔡英文于民进党主席选举中一共获得73865票，击败了对手辜宽敏（48882票），以及宣佈退选的蔡同荣（6530票），成为民进党第12届党主席，并且是民进党史上第一位党员直选选出的女性党主席。
第二次在野时期.2008年5月21日，蔡英文就任第12届党主席；同年8月15日，陈水扁、其妻吴淑珍陷洗钱风暴，宣布退党，而蔡英文开始处理