韦昭度洒泪而别。大顺二年（891年）无功而返。罢为东都留守。后起用任中书令，封岐国公。时侍中兼中书令王行瑜擅权，要求担任尚书令；韦昭度密奏：“太宗以尚书令执政，遂登大位，自是不以授人臣。惟郭子仪以大功拜尚书令，终身避让。行瑜安可轻议！”于是帝命李磎（一作李谿）为相，崔昭纬告诉王行瑜说他没能升官是韦昭度作梗。昭宗干宁二年（895年），王行瑜以韦昭度伐蜀无功，与李茂贞及镇国节度使韩建攻入长安，抗表请杀宰相韦昭度、李谿以谢天下。帝不准。王行瑜派人于都亭驿杀昭度。追赠太尉。着有《续皇王宝运录》。