易与中国番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl China virus）混淆，后者同为菜豆金色花叶病毒属的病毒。有别于典型菜豆金色花叶病毒属的病毒基因组包含DNA-A与DNA-B两个线型单股DNA，中国番茄黄化曲叶病毒仅有DNA-A，2734nt，另外还有一卫星DNA「DNAβ」，DNAβ与此病毒造成的症状有关，有研究仅以DNA-A感染植物，发现虽可成功感染，但并不造成症状，只有在同时以DNAβ感染时才会造成叶卷曲的典型症状。与同属的番茄曲叶病毒（Tomato leaf curl virus）相