16年11月1日，与国立新竹教育大学正式合併。清华现为台湾联合大学系统成员。该校校区内有北京清华二校门的等比例缩小复制品，象征两校之间渊源深厚、一脉相承，前清华校长刘兆玄于2010年在北京清华演讲时所述，两岸「一笔写不出两个清华」。现双方合作提供MOOC课程、学术访问制度及双联学位课程，并与厦门市三方共建「清华海崃研究院」，促进两岸学术及文化交流。在美国的清华校友会亦同时为北京清华与台湾清华之校友服务。在2020年，国立清华大学在世界大学学术排名中为401-500名之间。在2021年，国立清华大学在QS