“新疆”来指代今新疆的西部和南部地区，但此时的“新疆”并不是一个专有地名，清政府在云贵地区的一些新占地区也被称为“新疆”，而且它并不包括属陕甘总督管辖的今新疆东部地区，维吾尔族则一般称其生活的南疆为“六城”（，Altishahr）。到干隆年间后期，尤其是嘉庆年间以后，“新疆”越来越多的被用作固定地名，开始与内地各省相提并论，且今新疆东部也被纳入“新疆”的范围。左宗棠率军驱除入侵新疆的阿古柏后，新疆在1884年正式建省，“西域”逐渐被寓意“故土新归”的“新疆”取代。
“东突厥斯坦”的诞