人中的第60名获理学学士毕业，被授予海军少尉军衔。随后与罗莎琳·史密斯结婚。
服役.1948年卡特转入潜艇部队，先去康乃狄克州的潜艇学校学习半年，然后到太平洋舰队常规潜艇「鲳鱼号」服役。1949年晋升军衔。此后一年多，他随舰在太平洋海域执勤，并多次到达盟国港口。1951年，调入梭鱼号潜舰 (SSK-1)，取得了潜艇舰长资格，担任过副舰长。1952年10月16日，卡特调入美国第一批核动力潜艇的研究工作，在华盛顿特区美国原子能委员会的Naval Reactors Branch工作了