中遗漏的士林派再度查找处理，掀起了全国的恐怖气氛。燕山君的种种悖离传统的做法让朝臣们感到恐慌，终于在1506年九月决定举事。
经过.九月初一，吏曹判书柳顺汀、知中枢府事朴元宗、副司勇成希颜等人发动政变，组织军队扑杀外戚慎守勤和任士洪；随后包围昌德宫，驱散宫中卫队后迫使燕山君退位，并以慈顺大妃（成宗王后，晋城大君生母）名义命令燕山君交出国王印玺。燕山君先是百般抵赖，但最后不得不于九月初二清晨交出玉玺。政变发起者随即赴晋城大君李怿（燕山君同父异母之弟）私宅，将其迎入景福宫，