革命派。中华民国成立后，他继续学习军事，于1912年（民国元年）入清河第一军官预备学校。1914年，他入保定陆军军官学校步兵科第2期。1916年5月毕业，入浙江陆军。1926年，他被任命为国民革命军第二十六军第二师参谋长，参加北伐。1927年，他驻军上海，参与解除中国共产党领导的工人纠察队的武装。1932年，淞沪抗战爆发，祝绍周任中央军校総队长兼第5军参谋长，参加同日军的作战。1933年长城抗战期间，他任保定警备司令兼新兵训练处处长。同年春，他任洛阳中央军官分校主任，同年10月兼任第四路军总指挥部参谋长