，生成的终产物是丙酮酸。丙酮酸通过线粒体外膜上的通道蛋白，再通过线粒体内膜上的丙酮酸转位酶进入线粒体基质。之后，丙酮酸经丙酮酸脱氢酶复合体氧化，转化爲可进入柠檬酸循环的乙酰辅酶A，这一过程称爲丙酮酸氧化。柠檬酸循环发生于线粒体基质中，但也有一部分会于线粒体内膜或嵴膜上发生。原核生物的柠檬酸循环则发生于细胞质基质中。柠檬酸循环产生的还原辅酶会在氧化磷酸化过程中与氧气反应，产生的能量会部分转移到ATP中。
概述.柠檬酸循环是一个关键的代谢途径，它统一了碳水化合物、脂肪和蛋白质的代谢。