任委员兼任。
历任首长.
副署长.2018年4月28日组织调整前，海巡署编制人员的最高阶职务分别为：海岸巡防总局总局长（军职，中将）、海洋巡防总局总局长（警职，警监一阶）；在组织调整后，已无总局编制，虽未明文规定，但「副署长两人：一人为军职、一人为警职」成为人事任用惯例，副署长职务也变成内部晋升的顶点。
组织编制.
署本部.
派出单位.巡防区指挥部，负责海巡队、岸巡队及查缉队之勤务统