之后刘邦起义反抗秦朝，加入刘邦阵营。刘邦在沛县城外起义，被推为沛公后，封在侧的樊哙为舍人。一开始与刘邦起兵时，多担任护卫，与刘邦一同攻击胡陵、方与，但返还守住丰县与沛县，破泗水守将薛西。在东驱逐司马枿（拼音：bò，注音：ㄅㄛˋ），展现强大的武力和力，连续斩首十五人，因此受封一国之大夫。刘邦出征皆与樊哙一同。在濮阳攻打章邯军时，樊哙再展现暴风似的战斗力，斩首二十三人，并且率先登入濮阳城。又破李由军、杨熊军，因立下诸多战功而封贤成君。再转战宛陵、长社、辕、阳城、宛城等地。挥军至郦时，又留下斩首二十四人，俘虏