1980年，天主教澳门教区把青洲河边马路拨归圣若瑟教区中学并新建校舍，在教育司註册立案为第六校；翌年2月16日校本部迁入第六校办公。1981年3月21日，校舍举行揭幕祝圣仪式由澳门护督江树培上校剪綵、高秉常主教揭幕扬及祝圣，出席观礼的有澳门华人领袖何贤、着名大律师宋玉生等200多人，极一时之盛。随着校本部的落成及迁入，圣若瑟教区中学进行第四次改编，在校本部设师范、高中理组、中四、中五、中六文商组。1982学年起，初三迁入上课。1983学年在校本部复办英文部。1986学年，高秉常主教谕令圣若瑟教区中