重庆时，朱雷章兼任国防最高委员会党政工作考核团团员。1939年，先后两度受国民政府特命，巡视四川省各地，巡视中通过微服私访，收集民众呈递的书状，秉公处理了一批贪污腐败、违法失职案件。1940年，又被派赴云南、贵州巡视大后方建设、交通、民政等。他冒险巡视滇缅公路，到达缅甸的腊戍。自昆明回重庆途中，经过曲靖附近山区时，搭乘的军用货车坠入山沟，朱雷章自车窗飞出，胸部遭受重伤。1941年5月，朱雷章的父亲在苏州逝世，朱雷章即自重庆回上海，因旅途劳顿，胸部的伤转为肋膜炎并发肺炎。太平洋战争爆发后，朱雷章离职在上海闲