主和谐共生共存或互不侵犯，常见于热带地区发源之病毒、某些昆虫、猿、猴或其他物种，由于两方在平衡中共同演化，通常宿主已具备相当程度之抵抗力，同时这些微生物也演化出更有力的致病能力，但当这些微生物由长期共同演化的物种传染至其他毫无抵抗能力之物种时，可能会产生疾病，却对原先共存之物种不造成实质影响，尤其当转移的物种之间基因表现相似度越高，生物体内的辨识能力也较相似，此时受感染的机会也会大幅提升。换句话说，对于新接触微生物的物种若因此染病，则这个微生物对新的宿主而言是一种病原，对于原先共存之物种，这种微生物不造成疾