后，在北宋盛极一时。这时候出现了四大书院的说法。到了南宋更盛，各延大儒主持，成为理学书院。元代时书院制度更为兴盛，专讲程朱之学，并供祀两宋理学家。明初书院转衰，直到王阳明出，书院再度兴盛。随后书院因批评时政，遭当道之忌，明世宗、张居正皆曾毁书院；尤其是东林书院事件，魏忠贤尽毁天下书院，书院乃大没落。清初对书院加以监管，至雍正十一年（1733年），才改採鼓励态度，正式明令各省建书院，书院渐兴；惟不分官立私立，皆受政府监督，不复宋元时的讲学自由。直到庚子后新政，庚子诏令将全国书院改制为新式学堂，书院制度瓦解。