招收第一届八年制的“医学药学实验班”学生，2013年改为招收“医学实验班”，旨在培养具有创新能力和科研能力的新一代医师科学家，而北京协和医学院主要培养优秀的临床医生，两者是不同的两个实体。简而言之，北京协和医学院临床医学博士（八年制）的预科阶段在清华大学生命科学学院，学成者将同时获得清华大学和北京协和医学院的文凭。北京协和医学院以独立代码招收护理学专业的学生。
组织结构.北京协和医学院拥有19个研究所（和五个子研究所）、6家附属医院、7个学院和5个协和分院。协和医学院设有2个国家