把国防部的军事机密文件交给已卸任的邱义仁，依违反《国家机密保护法》起诉蔡明宪与邱义仁。蔡明宪在法庭上表示，在邱义仁卸任前，鐽震案报告就已经提出，依规定提交给行政院正、副院长以及立法院长，邱义仁当时仍担任行政院副院长，非在卸任后才交付。2015年8月，台湾高等法院法官认为邱义仁当时记错了，判决两人无罪。高检署上诉后，2015年11月，最高法院驳回上诉，无罪定谳。
王立强案.2020年1月9日，国民党义务副秘书长蔡正元与大陆商人孙天群指称，指使王立强炮制共谍案的是邱义仁。对此，民进党立