实际上该舰完工时候已无可供搭载的舰载机。完工后虽然此舰编入第一航空战队，却一直待在吴港等待舰载机部队，最后就在毫无舰载机的情形下作为重量物资输送船，进行对菲律宾方面的运补。1944年12月17日，云龙号在时雨号、桧号护卫下自吴港出发，舰上搭载MXY-7樱花特别攻击机和陆军滑空步兵第一联队向雷伊泰岛出发，于12月19日于宫古岛西北海域在恶劣天候下航行时，遭到美国潜舰「红鱼号」（USS Redfish, SS-395）袭击，一枚鱼雷命中右舷舰桥下方，导致第一与第二锅炉舱进水，前半部的电源切断。虽然火灾暂时受到