管1806年废除了皇帝，丹麦国王以荷尔斯泰因公爵的身份继续统治基尔。1848年，石勒苏益格和荷尔斯泰因反对丹麦，基尔成为石勒苏益格-荷尔斯泰因首都，直到1852年丹麦取胜。1864年第二次石勒苏益格战争期间，基尔和石勒苏益格和荷尔斯泰因其余部分被奥地利帝国和普鲁士王国联盟征服。战后基尔短暂地由奥地利人和普鲁士人共同管理，但1866年的普奥战争导致基尔在1867年被普鲁士吞并。1865年3月24日，普鲁士国王威廉一世将普鲁士的波罗的海舰队基地从但泽迁到基尔。1871年，普鲁士国王威廉一世成为德意志帝国皇帝