先多被归入衣原体属("Chlamydia")，随着分子生物学发展，目前根据系统发育树分爲四个科。衣原体门细菌比一般细菌小，有的比病毒小。衣原体门被归类为革兰氏阴性菌，具有类似于其他革兰氏阴性菌的外膜和内膜；最开始，科学界普遍认为衣原体门的细胞壁不含肽聚醣，然而最近已有研究显示其细胞壁上的确有肽聚醣存在，并成功辨认出几种蛋白质。