到了2000年，香港政府又与广东省政府于「粤港持续发展与环保合作小组」之下成立了「大鹏湾及后海湾（深圳湾）区域环境管理专题小组」，以加强合作，保护后海湾和大鹏湾的水环境。而为提升水质，两地政府又制订《后海湾（深圳湾）水污染控制联合实施方案》，载明了两地政府分阶段推行的污染控制措施，主要透过拓建和优化污水基础设施，减少污水排入后海湾，并定期回顾方案以评价成效和制订所需之增补措施。目前排入后海湾的污染量已经削减，2000年代中期以后，后海湾及入湾河道水质正持续改善。过去由