后期，南开大学已发展成为一所包括人文社会科学、自然科学、技术科学、生命科学、管理科学及艺术等多学科的综合大学。1990年8月29日，隶属天津市一轻局的柠檬酸厂全建制调整给南开大学新技术实业集团公司，成为天津市第一家划拨给高校的工业企业。1991年，叶嘉莹应邀在南开大学成立中华古典文化研究所并任所长。1994年，外经贸部直属的天津对外贸易学院并入南开大学，参与组建南开大学商学院。1995年，南开大学入选中国首批“211工程”院校。同年，侯自新接替母国光出任南开大学校长。1997年7月，在南开园被日军炸毁6