选国民党中央委员。1949年，在广州就任国防部部本部次长（同副部长）、代理国防部长，后被派任中央各部会疏散委员会主任委员，主持国民政府往台湾的撤退输运事务，并升陆军二级上将。
台湾时期.1949年12月31日，随中华民国政府撤往台湾，刘咏尧同顾祝同将军一道，从成都机场搭乘最后一架飞机离开，经海南岛到达台湾。刘就任国防部代理部长兼全国人事部部长期间，负责安排所有的部队人员和辎重安然撤退。他最终没能说服次子刘纬武一同离开，并给小儿子留下一长串人名：蒋中正念其将政府机关人员迁台有功劳