原副主任黄小江事后因渎职被判处有期徒刑三年。黄小江收取了阿里木·买买提等赠送的现金、金器、玉器，随后将22件文物提供给了阿里木。虽经追讨，至2004年仍有9件国家一级文物和1件国家二级文物流失国外。2002年9月30日，博物馆再次被盗。出土自楼兰古城、尼雅遗址的白玉斧、青玉斧、系红绢带龙纹铜镜、铜镜袋等6件文物被盗，其中5件（一说4件）是国家一级文物。博物馆窗户外的铁条仅有指头粗，各种现代防盗设施闲置。小商小贩可以随时随意进出博物馆。博物馆也没有向聘用的值班人员配发警棍、强光手电筒。这次盗窃案一直没有破案。