台北市公共汽车管理处购料舞弊案及南京东路市民住宅舞弊案，被停职。1963年12月经判决无罪后复职，1964年卸任。卸任后创办台湾绿藻工业公司并担任董事长。其子黄书玮曾任增额国民大会代表、增额立法委员。其外甥女为素人画家谢招治。1967年，雕塑家蒲添生将其制作的铜雕名作「骏马」送给黄启瑞；但于1977年，又将「骏马」借回参考，一直未将其归还黄启瑞，但始终记挂在心。2014年11月，蒲添生之子蒲浩明、蒲浩志将「骏马」交还黄启瑞之子黄书玮。