埃默里疫苗中心使全球领先的艾滋病疫苗研究机构，由九所国立卫生研究所和佐治亚科研联盟资助。这两个中心是全球最大的学术疫苗科学家组之一，目前在努力开发有效的艾滋病疫苗。埃默里科学家丹尼斯·里奥塔等发现了恩曲他滨，一种治疗艾滋病的逆转录酶抑制剂。这个药物被世界卫生组织定为最重要的抗病毒药物之一，并被列入世界卫生组织基本药物标准清单。埃默里大学是全球领先的埃博拉出血热治疗和研究机构。在2014年埃博拉爆发过程里大学是成功治疗被输出的人员的三座机构之一。美国卫生及公共服务部任命埃默里大学为国家埃博拉训练和教育中心