运河的建造面对了一个巨大的困难。从奥本尼的哈德逊河到伊利湖之间伊利运河必须向上爬升，而如果要克服这个海拔高度的困难便必须在长的运河上设置50个水闸，就算在现在这也是需要巨额经费的工程，而在十九世纪中这个工程只能够以无法想像来形容。当时的美国总统托马斯·杰斐逊曾称此计划为「差点是疯狂」的计画，他认为伊利运河的计画非常的不切实际且不可行，所以便拒绝提供支持。然而华利后来成功的得到纽约州长的支持，虽然许多人因为不认同建造运河可以为纽约州带来利益，所以反对者便处处阻扰运河兴建法案的批准，并将伊利运河的计画称为「