传教士对于中国原有的风俗习惯，抱持容忍态度。教徒祭天、祭祖、祭孔者盛行，虽然与教义互相冲突，但都以默忍。不过到了17世纪末至18世纪初，天主教内部发生“礼仪之争”。依照道明会传教士的指控，罗马教宗下令禁止的传教士使用耶稣会的中文词汇“天”和“上帝”来称唿天主，也禁止中国信徒祭拜祖先与孔子。这与当初意大利传教士利玛窦以及其后的传教士在中国传教时所采取的本土化政策截然相反。清政府对此十分不满，认为这样做有违中国敬孔祭祖的传统。康熙帝于1700年批示说：“敬孔敬祖为敬爱先人和先师的表示，并非宗教迷信”。双方争