方追捕的新教传教士到此避难，作了他们的属灵导师，是苏格兰宗教改革运动的领袖。魏沙特死后，其领导的团体失去了灵魂人物，一致通过推举诺克斯为牧师 。由于圣安德鲁斯城堡为新教运动者佔领，迫使教廷及国王连手派兵反攻，苏格兰女王玛丽一世年仅6岁，她的母亲玛丽·德·吉斯王后 (1515 -1560)连合法国，1547年7月攻陷圣安德鲁斯堡，诺克斯被抓至法国的船上当划船奴，受尽虐待约19个月。1549年4月, 逃到英格兰的诺克斯在英格兰教会工作，信奉新教的英国国王爱德华六世在位时，诺克斯曾经担任宫廷中的宣教师。