斯科特1808年的州长竞选成效显着，最终以大幅优势战胜约翰·艾伦和格林·克莱。上任后不久，他因州长官邸的台阶太滑摔倒，导致此后都需要拐杖才能走动，而且更加依赖此前任命为州务卿的布莱索。斯科特在州内事务上经常同州议会发生磨擦，但他任内的关注重点还是美国同大不列颠之间日趋紧张的局势，以及最终爆发的1812年战争。斯科特决定任命不是州内公民的威廉·亨利·哈里森出任肯塔基民兵加衔少将，此举可能有违州宪法，但却依然得到州内居民认可。任期届满后，斯科特返回坎恩伍德大宅，此后身体状况急剧恶化，最终于1813年10月22日