时琉球人漂流台湾，遭台湾原住民出草杀害的事件屡见不鲜，通常的处理方式是清廷依例救助及保护，琉球则于事后发谘文谢恩，其他责任一概不予追究，此事件也不例外，不料却间接导致琉球国的灭亡。琉球国虽为清朝的朝贡国，却又同时向日本萨摩藩朝贡，处于「两属」地位。日本废藩置县后，萨摩藩被废，改置鹿儿岛县，琉球因为两属地位而暂时未被日本吞併。日本官员伊地知贞馨、大山纲良、桦山资纪等得知宫古岛民遇害事件后就积极建议日本出兵台湾。1872年3月，日本派遣外务卿副岛种臣以「中国派遣特命全权大臣」的身分前往中国，针对宫古岛人遇害事件