:回族说.经一些学者考证，海瑞是回族人，如回族历史学者白寿彝主编的《回族人物志》就曾将海瑞收录其中。认为海瑞是回族的主要依据有二：一是海瑞五世祖海答儿的名字具有穆斯林的特征；二是明宣宗时期，曾有海姓军官在海瑞故里修建礼拜寺，回族学者认为这个礼拜寺就是清真寺。
汉族说.海南大学人文传播学院院长闫广林主编的《海南历史文化》认为海瑞属于汉族。一者海瑞无直系后代，其旁系后裔经专家实地调查，发现都不是回族人；二者海瑞任知县时曾发文买猪多头，用于文庙祭祀活动；三者他上疏称嘉靖帝为“万物之主”