1949年3月10号由卢布尔雅那市议会成立，本来位于中央区，在1951年迁至现址。2008年，动物园宣布将进行一个全面翻新计画，预计于2016年完工。园方在2009年引入新一批松鼠猴、羊驼和小熊猫，并开始兴建海狮围栏。截至2013年，动物园拥有三只加州海狮。2010年，园内两只东北虎都因为年老而过世。自1996年起，园方从卡尔斯鲁厄动物园接收了一公一母两只狮子，雄狮在2011年进行一场骨科手术后逝世，雌狮则在2013年死于癌症。园方在2011年既兴建了新的围栏，以供四头浣熊居住，也接收了两只猞猁。另