清朝御赐匾额为“格丹勒措哇”（意为宗喀巴的信徒），朝廷还发给250名僧人的供奉，并赐藏文版大藏经《甘珠尔》及《丹珠尔》。自此，石门寺重兴，僧众曾发展至800人，一度该寺喇嘛获得各种格西学位者达80多名，其中仅拉然巴格西便达20余人。最知名的僧人是在拉卜楞寺获得多然巴学位的华锐·罗桑饶布萨，为十三世达赖的副经师，着有《华锐饶布萨文集》一部，1991年由中国藏学出版社出版。清朝同治五年（1866年），反清起事的河州回民领袖马占鳌率部进入河西，攻占天祝县，石门寺局部遭到破坏。清朝干隆后至中华人民共和国