大学加入中国国民党，宣传孙中山的政见，组织学生开展反军阀的活动。1925年，为筹备北伐，遵照中国国民党中央的指示，王漱芳和东南大学及华东地区其他高校的地下中国国民党党员从上海乘船赴广东。王漱芳被安排到国民革命军第一军司令部任机要秘书，当时第一军军长何应钦也是贵州人，王漱芳的哥哥王庆芳是何应钦的老同学，再加上王漱芳到任后办事才能突出，故王漱芳受到何应钦及第一军其他领导的赏识。第一军被编为北伐东路军后，王漱芳升任东路军的第一军总指挥部秘书长。1927年，东路军胜利开入浙江，王漱芳兼任中国国民党浙江省党部