属新几内亚全境范围的选举于1959年，而1961年4月5日巴布亚议会开始运作，预备于10年之内完成独立。1961年12月1日，荷兰认同其议会所选择的国歌以及订定晨星为新的国旗。1961年12月18日，印度尼西亚入侵西巴布亚。印尼与荷兰军队冲突过后，联合国于1963年5月将西巴布亚主权移交给印度尼西亚。在一场被印尼军方控制的颇具争议的公民投票之后，西巴布亚于1969年正式加入印尼版图。