和同时期启用的颈城大野站一样，设有木制站舍1座，开业至今仍然使用。站舍内设有旧票务处、旧站务室及候车大堂。由于很早期已经是无人站，现时旧票务处及旧站务室均没有实际用途，售票窗口亦已被木板围封。而车站和月台并不是位处同一水平，需利用数级梯级连接。设有侧式月台2个，由本站南下一直至南小谷站的超过25公里路段，列车均无法进行交换（虽然平岩站设有保线用侧线，但上下行列车不能在同一时间于月台上停靠）。两边路轨均採用Y型转辙器。而在靠近站舍的月台外侧向颈城大野方向，亦跟平岩站一样，设有保线用侧线及车库1个，长度约为