湾清治末期至日治前期，横科地区为一街庄，称为「横科庄」，隶属于石碇堡。该庄北隔基隆河与社后庄为邻，东北与樟树湾庄为邻，东与白匏湖庄为邻，南边为什三份庄、南港大坑庄，西南边为南港旧庄，西北边为三重埔庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于基隆厅，编入第十五区。1905年（明治三十八年）7月，第十四区、第十五区、第十六区、第十九区合併为「水返脚区」。1920年（大正九年），该庄改制为「横科」大字，隶属于台北州七星郡汐止街，大字下有「横科」、「南港子」、「东势坑」小字名。战后汐止街改制为汐止镇