盟鼓动（学生运动）而被退学。同年10月，进入每日新闻社接任编辑。1893年，加入“东京人类学会”，师从东京大学人类学教授坪井正五郎（1863~1913）。1894年12月，与鸟居龙藏创办“人类学讲习会”。1895年11月，伊能嘉矩以陆军省雇员身分来到台湾，任职于总督府民政局。到台湾后，他随即与田代安定（1857~1928）组织「台湾人类学会」，开始学习闽南语、泰雅语，进而调查原住民各族语言。1897年11月，伊能嘉矩抵达兰屿，与鸟居龙藏相遇。将台湾原住民分成8类（泰雅、阿美、布农、邹、赛夏、排湾、卑