936年1月，辗转抵达陕北，历任中共中央政治局秘书长、中共中央组织部地方干部科科长。抗日战争爆发后，1937年冬，涂振农、钟平、陈少敏等10人奉命一道赴江西南昌，组建新四军军部并设新四军南昌办事处，涂振农任办事处处长。中共中央政治局决定由项英、曾山、陈毅、方方、涂振农组成中共中央东南分局，涂振农任中共中央东南分局委员兼组织部长。1938年10月，涂振农奉派赴广东，任中共广东省委委员兼宣传部长，负责中共粤北特委、中共赣粤边特委的工作。1941年3月，任中共南方工作委员会委员兼宣传部长。1942年6月6