光绪29年）至1905年（光绪31年），陆荣廷参与镇压广西省发生的大规模会党起义。 1904年（光绪30年）冬，两广总督岑春煊任命其为广西边防军「荣字营」统领，手下有约4千人的部队。这成为日后桂军的核心部队。1907年（光绪33年）12月，陆荣廷和龙济光镇压孙文发动的镇南关起义。陆荣廷因军功而获赏给“捷勇巴图鲁”名号，后升任右江镇总兵（后调任左江镇总兵）。 1909年（宣统元年），升任广西边防督办。 1911年（宣统3年）6月，广西提督龙济光调往广东任职，陆荣廷接任广西提督。
治