令长官，父亲伊东祐典。伊东祐亨初名金次郎，后改名四郎右卫门，又改名四郎，最后改为祐亨。号碧海。军人家庭，祖先为饫肥藩主伊东氏之名门出身，家徽庵木瓜。自幼对海军感兴趣，在江川英龙的学校学炮兵，后入胜海舟的神户海军操练所与坂本龙马、陆奥宗光共同学航海。萨英战争时从军。参加过戊辰战争。明治维新后加入政府海军，1871年(明治4年)任海军大尉，1877年任日进号舰长辅。1882年任海军大佐，先后任、扶桑、等铁甲舰舰长。1885年任横须贺造船所长兼横须贺镇守府次长、同年任建造中浪速号防护巡洋舰回航委员长。该舰