和已经建成通车的南京地铁S3号线共用。这两座铁路长江大桥是芜湖以下长江干流上仅有的铁路过江通道，从南通、泰州、扬州发往上海及浙江的列车均须绕道南京。南京还建成了南京应天大街长江隧道（原名南京长江隧道）、南京定淮门长江隧道（原名南京长江扬子江隧道）、南京地铁3号线过江隧道、南京地铁10号线过江隧道。在建的南京长江五桥预计于2020年开通。
市内交通.
轨道交通.南京市2005年9月3日开通南京地铁首条线路，是中国大陆第五个建成地铁系统的城市。至2018年5月，南