期间，郭勋祺同新四军多有合作。1939年12月，蒋介石借贵池战役“作战不力”撤去郭的军职。1940年8月，入陆军大学特五班学习，毕业后任军政部副。当时郭意欲率部直接投奔新四军，被陈毅劝阻，为此郭一度很不理解。1946年，郭勋祺出任26军官总队长、中央训练团团副。1948年，担任第十五绥靖区副司令，驻防襄阳地区。1948年7月，中原解放军发起襄樊战役。由于绥靖区司令康泽不听郭勋祺建议，将兵力重点部署在襄阳南门，导致解放军从兵力空虚的西门攻入城内，康泽、郭勋祺等都被俘虏。刘伯承闻讯，特电将其护送河南宝丰中原