太阁秀吉面前帮秀次说话，但因家臣石田三成离间秀吉与秀次的父子关系，再加上秀次并不是亲生的儿子，让秀吉起了杀意，派石田三成等人将关白及丰臣政权家督之位收回，命丰臣秀次离开丰臣家前往高野山，不久丰臣秀次于高野山被杀害，家族也被诛族。宁宁为此十分痛心，与家臣石田三成的关系也因丰臣秀次事件而疏远。虽然秀吉妻妾成群且非常宠爱浅井长政长女淀殿，但是依然没因此动摇宁宁的地位；秀吉非常明白宁宁是贤慧的良妻，众妻室当中只有她能稳定后方，所以秀吉也不吝给予宁宁应得的地位与权力，也留下了成为北政所的宁宁与关白秀吉在诸大名面前