州立大学取得经济学硕士，并于1978年在俄亥俄州立大学取得经济学博士学位。在此期间 ，他受聘为台大经济系的副教授，并于1975年开始进入中央银行任职，历任央行业务局副局长、外汇局副局长、业务局局长；1988年，邱正雄在央行担任业务局长时，被华南商银聘为总经理，而后又升任为央行副总裁兼经济研究处处长，1990年后成为央行的专职副总裁。
财政部长.1996年6月，李登辉就任首届民选总统还不到一个月时，时任央行副总裁的邱正雄被任命为连战内阁的财政部长；一年后，亚洲金融危机爆发，台湾也同时