突然忧郁症病发、死于途中。郑其仁葬之于水边后，只身乘船至台湾府城报官，台湾知府杨廷理听闻后随即召集乡勇从事防御事宜。干隆五十三年（1788年），郑其仁与杨廷理共同征服南部，郑其仁为前驱。最后遭遇敌袭，遭到馘首，时年三十四岁。后来清政府谥号忠勇，配祀北京昭忠祠。
墓葬.郑其仁墓位于今台湾台南市永康区洲仔尾一带，其墓址一说原是郑成功墓址，一说是郑克墓址。过去传说当地曾有白马精出没，会在晚上出现破坏田里庄稼或器物。当地居民暗中跟踪，发现白马精消失在一座大墓附近，而这座墓就是郑其仁之墓，