人民委员会对他施以各种“非人酷刑”。 1941年7月10日，在蒙古人民革命党建党日，阿玛尔被宣判死刑。与阿玛尔同被逮捕并送往苏联处决的，还有当时的蒙古人民共和国国家元首、蒙古人民革命党创党元老道格松。阿玛尔在生命的最后一段时期，在狱中遇到了将其清洗的鲁布桑沙拉布，这时鲁布桑沙拉布已成为其狱友。
镇压机构及死亡人数.在大镇压期间，两个特殊机构凌驾于一切党纪、国法以及蒙古党、政、军机关之上，一是“非常委员会”，作为最高军事法院；一是“特别委员会”，作为最高法院。到1939年4月，这两个