，林肯没有选择弃守城池，保留军队实力，而是坚守查尔斯顿。结果，克林顿陆路及海路优势下，在1780年3月展开查尔斯顿围城战，并在5月迫使林肯率领超过5,000人向英军投降。这也是大陆军自独立战争以来损失最为严重的一场败仗。林肯在被俘后不久获得假释，回到费城覆命，并要求大陆议会召开听证会审讯。虽然林肯获得斯凯勒、盖茨以及一众卡莱罗纳议员支持，但该听证会从未召开。林肯其后回到家乡休养，并在1780年11月获得战俘交换（对象为英军砲兵军官威廉·菲腊斯），然后留在麻省征召民兵。这段时间，林肯曾率兵协助罗尚博伯爵防