。大理寺观政。初任河南洛阳县知县。天启二年（1622年），擢礼科给事中。杨涟劾魏忠贤二十四重罪，奇瑜亦抗疏力诋。天启六年（1626年），出为陕西副使。累擢至右佥都御史，巡抚延绥；崇祯五年，讨斩辖区内盗魁，略尽，威名着关、陕。崇祯七年，三月，南京右都御史唐世济言：“流寇有四：一乱民、一驿卒、一饥黎、一难氓；宜分别剿抚。”崇祯命陈奇瑜执行。崇祯七年（1634年）二月，陈奇瑜任五省总督，剿山西、陕西、河南、湖广、四川境内流贼，四个月内陈奇瑜组织打了二十三仗，全部获胜。崇祯七年（1634年）六月，陈奇瑜与卢象昇