04年底，翁明志再度被民进党征召参选第六届立法委员选举，但也只得到一千余票，落选。2007年，翁明志出任行政院政务顾问。2009年，翁明志出任国立金门大学企管系兼任讲师。2014年，翁明志出任金门酒厂专任董事。2015年，翁明志出任民进党总统候选人蔡英文「金门县小英之友会」顾问。2016年11月1日，翁明志出任福建省政府秘书长。2017年1月11日，出任金门青年公共事务协会辅导员。2017年1月17日出任行政院金马联合服务中心执行长。