地形的发育可能与冰川侵蚀造成冰斗有关，以及在八通关山屋遗址东侧有出现沖积的层理，可能是由冰水堆积造成。
地质.八通关位置恰为庐山层与玉山主峰层（佳阳层）之接壤地带，在地质上属于第三纪轻度变质岩区，以往都被地质学界称为新高层，经李春生对古第三纪地层的划分，玉山主峰层得以出现，在何春荪所着《台湾地质概论》中，则是将玉山主峰层纳入佳阳层底部，因此有些文献记载上会採用佳阳层来取代。八通关汇集郡大溪断层、荖浓溪断层、陈有兰溪断层，呈辐射状延伸，王文能推测认为有一条向东倾斜之高角度断层经过，这