校主管者称为“主理”，教会派遣美籍女传教士担任此职。在卢公明之后，三任主理为唐意雅、宋蔼之、岑崇淑。1894年增设保福山女书院，其性质属于中等学校。1918年改名文山女子学校，分设小学、初中二部。在1927年，校内发生“收回教育权”运动。随后该校移交中华基督教会闽中协会管理，由中国人任校长。校长先后为黄文玉、孙淑贞、王秀贞。三位校长都曾留学美国。其中，黄氏与王氏都曾是文山女中的学生。也在1927年，小学部迁出，中学部改名私立文山女子中学。日本侵华时，该校曾经内迁至永泰，复迁邵武。日军败退之后，即在1945年