荐了在「魏忠贤逆案」中被定罪的阮大鋮任官，使复社人士相当不满，借此攻击马士英为阉党奸佞。两方在政治上争执不下，造成南明朝廷的内、外不和谐，始终无法同心力求明廷的恢复。明亡之后史家因受东林党影响，而将马士英列为奸臣。弘光元年（1645年），镇守武昌的左良玉，发兵沿江而下，要「清君侧」、「除马阮」。马士英提出：「宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手」。命史可法从泗州移兵抵燕子矶，以防左良玉。左良玉兵败后，史可法移师扬州，在清军攻击下失守，史可法壮烈殉国，南京政权被灭。弘光帝被虏，马士英逃至浙江，投靠总兵方