别为鲤科、虾虎鱼科、慈鲷科、脂鲤科、骨甲鲶科、平鳍鳅科、鮨科、隆头鱼科和鲉科。另一方面，也有64个左右的科为单型，只包含单一个物种。预计所有现存物种的最终数量将至少会有32500个。直至目前爲止，鱼的分类还有很多种说法，不同分类单元的级别互有出入。除盲鳗类和七鳃鳗类外，其它鱼类通常分爲硬骨鱼和软骨鱼。软骨鱼中包括鲨、鳐等，其它属于硬骨鱼（其中绝大多数爲辐鳍鱼，此外有和陆生嵴椎动物关系更近的腔棘鱼和肺鱼）。至今发现的最古老的鱼种是耳材村海口鱼（"Haikouichthys ercaicunensis"