平阳府战事失败，且大学士夏言厌恶，而逮捕下诏狱，此后落职归乡。嘉靖二十九年（1550年）京师被蒙古围困，礼部尚书徐阶为当时聂豹任华亭知县时所取之士，遂为之讼冤，言其才可大用。明世宗立即召为右佥都御史，巡抚顺天。未赴任，升任兵部右侍郎，后转兵部左侍郎。仇鸾请调宣府、大同士兵入卫，聂豹则反对，称两镇部队宜镇守各自，宣府、大同安定后，京师自然安定。仇鸾大怒。嘉靖三十一年（1552年）召翁万达为兵部尚书，未任即卒，于是以聂豹代任，其奏防秋事宜，并请增筑京师外城，皆报批准。次年，蒙古入侵山西，击溃总兵官李涞部队，