时曾进行整修，但在昭和十六年（1941年）时，台南州知事一番濑佳雄（）宣布解散原三郊与洋行买办合组的「台南三郊组合」，併入「台南商工会议所」，并拍卖包含水仙宫在内的三郊产业，不过水仙宫与大天后宫因为总督府官员宫本延人及其他官员介入而暂缓处理。然而在第二次世界大战时，水仙宫被盟军轰炸，导致中、后殿毁损。后来在中后殿盖了防空洞，而水仙宫只剩下三川门殿。而原祀奉于正殿内的五尊水仙尊王镇殿金身，在水仙宫正殿拆除后，据传金身被移往同属三郊管理之大天后宫寄祀。民国四十三年（1954年），由郭炳辉发起在仅剩的三川门殿