全国的统治权，日本进入战国时代，花之御所也为战火焚毁，之后，足利义政开始剥削百姓募集金钱新建了东山第并迁居该邸，抛弃了花之御所。之后的历代室町幕府将军小规模的重建了花之御所的部分建筑，但已无法重建至原先的规模，幕府将军亦再无固定的居住地。十三代将军足利义辉于1559年在守护大名斯波氏位于京都二条的宅邸旧址上建设二条御所，此后将军便居住于二条御所，1565年，畿内霸主三好氏家臣松永久秀联合三好三人众围攻二条御所弒杀足利义辉，二条御所被焚毁，史称永禄之变。末代将军足利义昭被织田信长拥立进入京都，名正言顺的继