中央政府将正式立项研究，并交由铁道部统筹，并已正式将这条铁路定名为广深港高速铁路；随后中央正式与香港特区政府达成协议，决定由铁道部牵头成立专家小组，研究建设区域快线高速铁路。2002年2月，在「协作会议」的框架下，由香港特区政府环境运输及工务局及国家铁道部共同组成的广深港高速铁路规划小组正式成立，意味着《铁路发展策略2000》所订的“区域快线”已成为规划的“广深港高速铁路香港段”，规划小组主要针对铁路必要性、功能、定线、过境位置、铁路技术、以及经济效益进行前期研究。第一阶段研究的议题包括广深港高速铁