同时为方便资源管理，虽然将军澳地域上是新界东，但其距离与以新界东医院联网为龙头医院的威尔斯亲王医院甚远，因此一如其他将军澳公立部门如警区等，併入阰邻的东九龙与观塘基督教联合医院及将军澳区内另一所医院灵实医院组成九龙东医院联网，并非市民以为的将军澳医院位于九龙。将军澳医院由唐谋士建筑设计事务所负责设计，是医院管理局首间採用三角形病房设计的医院。该设计为于病房中央设有一个开放式工作间，方便医护人员观察病人情况，亦能有效运用病房空间。医院内设有真空导管输送系统，方便传递化验样本及文件。现时将军澳医院设有360