动而拒绝合并献议。印尼和菲律宾反对合并。印尼总统苏卡诺对北婆罗洲地区有野心，同时认为马来西亚的成立是英国帝国主义的表现。1963年1月20日，苏卡诺开始对马来西亚展开“对抗”。菲律宾政府认为沙巴是属于苏禄管辖，因此应该是菲律宾的领土。菲律宾总统费迪南德·马科斯后来承认沙巴是马国的。但是印尼的对抗活动到1966年8月苏卡诺被推翻后才结束。英国1956年主张在远东部署核武对抗共产势力，1958年决定在新加坡秘密兴建核武库，1962年送原子弹到新加坡，次年投掷训练。军事评论员黄东认为，60年代印尼总统苏卡