车站之间运行有北斗号和超级北斗号特急列车。在北海道新干线开通之后，江差线改由第三部门企业道南渔火铁道经营。道南渔火铁道线有部分线路位于函馆市境内。函馆市内的有轨电车开业于1913年，由函馆市企业局交通部经营。现在函馆市电共有两条系统。北海道新干线的新函馆北斗车站虽然位于北斗市，但函馆市亦是该车站主要服务地区，函馆车站和新函馆北斗车站之间有在来线直通列车运行。连接函馆山的山麓和山顶，是前往函馆山山顶的主要交通手段之一。函馆市内的巴士在2003年之前由函馆市交通局运营，现在则由运营。函馆市内有一条高速公路。