一种处理方式是核嬗变。欧洲核子研究组织（CERN）已经证明锝-99的嬗变可行。用中子流轰击金属锝-99生成短寿命产物锝-100（半衰期为16秒），后者经过β衰变变成钌-100（稳定同位素）。这个方法对锝-99靶的纯度要求很高。如果靶中有微量锕系元素，比如镅或者锔，它们会在中子的轰击下裂变，生成具有高放射性的裂变产物。该方法还可能生成钌-106（半衰期为374天）。它的存在会延长分离钌-100之前所需要的冷却时间。从乏燃料中分离锝-99是个漫长过程。在再处理工艺中，它出现在铀和钚回收后的高放射性废液中。经