机场逐渐被城市建成区包围。2003年，军地双方启动了空军南京机场迁建前期工作。2006年1月，确定了新机场场址。2009年1月，国务院、中央军委正式批复同意迁建空军南京机场。2012年8月，空军南京新机场建设工程开工。2015年7月，空军南京新机场南京马鞍国际机场建成运行，根据军地双方协议，新机场建成后，南京大校场机场大部分土地将移交给南京市人民政府。2015年7月30日凌晨，南京大校场机场正式关闭。
未来发展.2012年，南京市规划局编制了《南京红花-机场跑道两侧地区概念规划》，