1979年4月推翻阿敏政府。穆塞韦尼被任命为卢莱政府的国防国务部长，成为当年最年轻的部长。他在国家拯救阵线时期所招揽的数千名士兵被编入政府军队，仍然效忠穆塞韦尼，但他们后来在第二次奥博特时期的政变，扮演重要角色。1979年6月卢莱在内斗后下台，戈弗雷·比奈萨获选为全国解放阵线的新主席。比奈萨采用与卢莱相似的方法巩固权力。11月，穆塞韦尼从国防部长调任区域合作部长，比奈萨执掌国防部。1980年5月，比奈萨在试图把国家军队参谋长奥伊特·奥乔克撤职后被软禁。实际上这是保罗·穆万加、穆塞韦尼、奥乔克和蒂托·奥凯