出生于紫禁城景仁宫内，是顺治帝的第三子，生母为孝康章皇后佟佳氏。其父亲顺治帝在位十八年之中没有册立过皇太子。顺治十八年正月初六（1661年2月4日）顺治帝早逝，时年仅23岁。两年后，康熙二年（1663年）康熙帝的生母孝康章皇后佟佳氏亦病逝。顺治帝染上天花第3天时，接受汤若望的建议，因年幼的玄烨曾得过天花具有免疫力，也因从天花疾病幸存下来而被获选立为皇太子，1661年2月4日，福临急召礼部侍郎王熙和原内阁学士麻勒吉，以口述遗诏的形式成立。顺治十八年正月初七（1661年2月5日）玄烨登基时，只有八岁，次年正