权还建有苏中、苏南两个抗日根据地。战后，中央政府从重庆市还都南京市，而中国共产党一度控制部分苏北地区，以淮阴县为苏皖边区政府所在地。不久，国民政府与已经在东北与华北立足的共产党之间爆发第二次国共内战，共产党撤退。其中1948年底在徐州附近一带进行的淮海战役导致中华民国国军的败退。1949年4月，中国人民解放军渡过长江，攻占南京。
中华人民共和国.中华人民共和国成立之初，全省分属苏南行政区、苏北行政区和南京直辖市。到1950年时，三个行政区政府机构皆属华东军政委员会。1952年1