马昱每接见他都不停流泪，如此令桓温恐惧，居然不能说一句话。司马昱的哥哥武陵王司马晞有军事才干，被桓温所忌。废立不久，桓温就诬陷司马晞谋反将其免官，及后更逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依律法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作详细议论。桓温再次上奏求诛司马晞，言词十分严厉急切，司马昱于是手诏给桓温，写道：「若果晋室国祚长久，那么你就应该依从早前的诏命从事；如晋室大势已去，那你就让我退位让贤吧。」桓温看后流汗色变，不敢再逼