从福州市迁治金门县。民国四十五年（1956年）7月，因为金马地区实施战地政务，福建省政府虚级化并迁至台湾省台北县新店镇（今新北市新店区）办公。民国八十一年（1992年）11月7日金马地区战地政务终止，福建省政府于民国八十五年（1996年）1月15日迁回金门县办公，但省政府维持原精简化之编制。2017年1月3日（民国106年），行政院订定之《行政院金马联合服务中心设置要点》生效。2017年2月18日，行政院金马联合服务中心挂牌，并由省主席兼任中心主任，省政府秘书长兼任执行长。2018年6月28日（民国10