州政府或教会掌控，而是由董事会对学校各类事务进行商议表决。 第一学期马里昂军事学院共招收了79名学生。1889年，阿拉巴马州政府对马里昂军事学院予以正式承认并颁发了许可状。1906年，墨菲退休，其长子霍普森·欧文·墨菲接任校长。1912年，墨菲病逝于佛罗里达州的迈阿密市。
家庭.J·T·墨菲与其妻子劳拉·欧文共育有四个孩子，依次为朱莉亚、霍普森、玛丽、沃尔特。霍普森和沃尔特后来分别成为了马里昂军事学院的第二任和第三任校长。其中霍普森在任期间扩大学校规模、邀请威廉·塔夫脱担任校董、设