升格为热带低气压，联合台风警报中心报告指，热带低气压当时位于菲律宾马尼拉东南约520公里。但由于该热带低气压接近陆地，风力减慢，日本气象厅把它降格为低压区，联合台风警报中心亦暂时为它作最后报告。于2009年6月15日及6月16日，该低压区横跨菲律宾，为菲律宾带来恶劣天气。横跨菲律宾后，进入中国南海，其后，再度增强，联合台风警报中心再度把它升格为热带低气压，并更名为03W。2009年6月18日，热带低气压继续增强，并被升格为热带风暴，被命名为莲花。当时，热带风暴莲花集结于东沙以南约260公里，移动缓慢。。