分别是白神山地、屋久岛、知床半岛和小笠原群岛。白神山地横跨东北地方的青森县和秋田县，拥有世界最大的山毛榉原生林。屋久岛位于鹿儿岛县南部，岛上有珍稀的绳文杉，其历史超过6,000年，有「神木」之称。知床半岛位于北海道东部，亦是许多珍稀动植物的生息之地。小笠原群岛因其远离大陆，岛上生态系统独特，更有「东洋的加拉帕戈斯群岛」之称。
土地利用.日本地形多山，使得日本可居住地面积比例较其他地狭人稠的国家相比要小很多。日本的可居住地面积仅有121,343.23平方公里，只佔国土总面积的32.1