78年时台湾府知府蒋元枢曾重修该庙。台湾日治时期1915年，因该寺划入台南厅舍新建范围内而被征收，信徒遂购地于近傍并于1916年10月新建。然而在1943年时遭到盟军轰炸波及，战后再次重建。重庆寺在1969年时皈依西藏密宗贡噶上师，改为弘扬密宗噶举派（白教），亦改为供奉「大悲胜海红观音菩萨」与其护法「大威力主马头明王菩萨」。除此之外，该寺还供奉有月下老人，以及来自昔日位于祀典武庙西北边、毁于日治时期的「南星殿」中的祀神－西岳大帝及陪祀的速报司、功德司、牛头马面将军。
建筑特色