那里撤出现役以进行现代化改造。1913年1月22日，该舰重新入役，并接替了即将进行改造的美因茨号在侦察部队中的位置。这次役期仅持续至6月19日，然后柯尼斯堡号再于基尔作预备役闲置。退役前，它还曾于4月1日至18日被临时调往教练分舰队。1914年初，国家海军办公室决定将柯尼斯堡号派往德属东非，在那里它将取代原本的基地舰——老旧的小巡洋舰。1914年4月1日，海军中校接任柯尼斯堡号舰长。该舰于4月25日离开基尔至威廉港经停，并于三天后前往德属东非进行为期两年部署。在进入苏伊士运河前，它曾分别在西班牙和意大利