中共中央总书记后，又兼任中央机构编制委员会委员，“胡锦涛总书记办公室”主任等职务。据媒体报道，令计划在中央决策中扮演重要角色，具体细致到安排胡锦涛何时收看《新闻联播》。2007年9月，中共中央宣布，任命令计划接替王刚出任中共中央办公厅主任；并于中共十七届一中全会上，出任中共中央书记处书记。2012年9月，接替杜青林，兼任中共中央统战部部长，不再兼任中共中央办公厅主任职务；并于11月中共十八大连任中央委员，但不再担任中央书记处书记。次年3月召开的第十二届全国政协第一次会议上，当选全国政协副主席（排位第二）。