993年，她被免去中共河北省委常委、兼石家庄市委书记职务，仅担任河北省副省长。1994年，李海峰再次进京，出任国务院侨务办公室副主任、党组成员，一直任至2007年；其间，2001年9月至11月，在中央党校省部级干部进修班学习。2007年4月27日，国务院公布官员任免名单，李海峰接替退休的陈玉杰，出任国务院侨务办公室主任、党组书记。2013年3月，李海峰出任第十二届全国政协副主席。