古籍尚有其他关于印尼群岛的记载。义净回国后，尚有不少旅行家到访印尼群岛，并描述其状况；中国当时和印尼一直和睦共处（元兵入侵除外）。1293年，元世祖忽必烈出兵爪哇，惩罚当地国王，不过爪哇却壮大起来，建立满者伯夷帝国。马来群岛诸帝国和中国都有贸易往来。郑和下西洋时曾到访马来半岛、苏门答腊和爪哇，并令中国在当地的影响扩大，对华人移民当地亦有推进作用。华人在荷属东印度时期大举迁入印尼群岛，以应付当地劳工需求。他们多是闽粤人士，在婆罗洲西部、苏门答腊和爪哇北岸定居。
从建交到断交.