学校长就任前之遴选争议，遴委会应于三个月内作成决议确实处理；若未于所定期限内确实处理遴选争议，经学校校务会议代表三分之一以上提案，出席代表二分之一以上同意后解散。学校必须在解散后的两个月内重组遴委会。
反对教育部介入者.全国教育产业总工会认为，此举严重戕害高教自主，也伤害了中华民国努力了几十年的民主机制。全国教师工会总联合会亦发起「三不运动」抵制吴茂昆领导的教育部。2018年4月28日，国立大学校院协会发出声明「基于大学自治精神，政府不应干预遴选结果」。4月29日，台北商业大学