以后日本饮食文化的变化及海外农产品的输入，日本的农林水产业在20世纪开始出现农田与人工林的闲置，渔业资源减少等问题。自1970年代以来，相较于其他国家森林面积的持续萎缩，日本的森林覆盖率一直保持在三分之二上下。2012年，日本的森林面积达253,203平方千米。由于日本列岛位处数个板块的的交界和环太平洋火山带之上，火山活动十分活跃，日本在历史上曾多次发生地震和海啸等灾难。20世纪以来，在日本造成重大损失的大地震有1923年导致超过10万人死亡的关东大地震、1995年的坂神淡路大地震和2011年引发海啸和