关系一般是互利共生的，但偶尔是弱致病性的。
发现.人们至少在19世纪中期就已经知道了真菌能与植物根部形成连接，但是早期的发现者仅仅记录了这一现象，却并没有进一步研究这两种生物的关系。该共生现象最早在1879-1882年由弗朗齐歇克·卡缅斯基进行了描述，后来对其进行了进一步研究，并在1885年提出了菌根的概念。
菌根的产生.从距今约4亿年前的莱尼埃燧石层中出土的植物化石中就已经出现了菌根。菌根广泛存在于已发现的92%的植物科中（80%的植物种），其中丛枝