有诉讼。2020年3月，Illumina在其总部所在地美国加利福尼亚北区联邦地区法院提起诉讼，并于同年6月获得胜诉，华大基因被要求停止在美国销售MPS测序和CoolMPS化学测序技术的基因测序仪。
疑与解放军合作.2021年，路透社报道，华大基因同解放军疑有密切联系，包括与解放军的超级电脑专家共同分析由唿吸道病源到脑部研究等多个项目。自2019年冠状病毒病爆发以来，华大在全球各地销售数以千万计试剂，美国安全部官员曾警告当地的研究中心不要採用中国的试剂，认为中国可能借此收集外国人的基