开山王庙时期，庙里已经在祭祀郑成功。
奉旨建祠（1875年）.清同治十三年（1874年）因牡丹社事件，清廷派福建船政钦差大臣沈葆桢来台。沈葆桢来台后，接受台湾府进士杨士芳、台湾道道员夏献纶与台湾知府周懋琦等人的禀请，与闽浙总督李鹤年、福建巡抚王凯泰与福建将军文煜等人一同上疏追谥郑成功、建立专祠与编入祀典中。光绪元年正月初十日（1875年2月15日），朝廷准奏，下诏曰：朝廷批准后，工程在同年三月动工，秋八月完工。此兴建工程由台湾府知府周懋琦为总监，崇文书院山长陈谟为董事，台湾府士神吴