发生学研究分析本科类群的亲缘关系，结果显示本科可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，不过分布于俄罗斯西伯利亚东部的""可能是本科最基部的类群，在演化树上分支时间比色钉菇属和铆钉菇属两大类群分支的时间还早。
生态.铆钉菇科大致可分为色钉菇属与铆钉菇属两大类群，皆与松科树木形成，其中前者多与松属植物，后者多与云杉属、落叶松属、黄杉属或等松科其他类群的植物共生，可能分别与植物发生共演化。本科物种与树木形成的外菌根传统上被认为是互利共生，但有研究发现本科蕈类的子实体经常与其他种蕈类一起出现，本