南京羁押于宪兵司令部看守所。1935年9月，黄文杰被判处15年徒刑，关押于南京郊外中央军人监狱。1937年9月八路军南京办事处保释黄文杰出狱。黄文杰留在八路军南京办事处做组织工作。1937年12月中旬，南京办事处改为八路军武汉办事处。王明、周恩来、董必武、叶剑英、邓颖超、黄文杰组成中共长江局，黄文杰先后担任长江局组织部副部长、秘书长。1937年12月27日，任长江局驻两广特派员。 1938年9月中共洛川会议，长江局改为南方局，由周恩来、博古、叶剑英、黄文杰四人组成。1938年冬发现患肺病。经过一段时