，总统行使统帅权，直接经由参谋总长指挥军队，依循军政、军令二元体制。然而国防体制与权责法制化仍嫌不足，所以在2000年制定《国防法》与修改《国防部组织法》，参考法国第五共和模式，总统决定国家安全有关之国防大政方针，或为因应国防重大紧急情势，得召开国家安全会议。总统行使统帅权指挥军队，直接责成国防部部长，由部长命令参谋总长指挥执行之。另外，废止不合时宜的《特级上将授任条例》；并于2001年修正《国防部参谋本部组织法》全文为《国防部参谋本部组织条例》，参谋本部依国防部命令指挥军队，参谋总长不再是总统之幕僚长