得麦克阿瑟奖，在1988年成为美国国家科学院的院士，在1992年获得了列文虎克奖章（微生物学的最高荣誉），在1995年获得美国国家科学院，并且在2000年，他是美国国家科学奖章的获得者。在2003年，他由于“发现生命的第三个域”而获得瑞典皇家科学院的克拉福德奖。在2006年，他被任命为英国皇家学会的外国会员。许多微生物物种是以他的名字被命名，例如，"Pyrococcus woesei", "Methanobrevibacter woesei",和"Conexibacter woesei",。