学校与东京开成学校合併成日本第一所现代大学：东京大学，小石川植物园从此正式成为东京大学的附属植物园，之后并成为日本现代植物学研究及人才培育最重要的摇篮。
与台湾之关系.小石川植物园历任园长中，西元 1924 年上任的第三任园长早田文藏博士和台湾植物研究的关系最为密切，早田自1911至1921年共出版了10卷的《台湾植物图谱》，由其纪录的台湾植物多达二千三百多种，其中一千多种为新发现的植物，包括1906年描述的台湾杉（"Taiwania cryptomerioides"）。早田因研究