国科学院软件研究所成立于1985年3月，前身是中国科学院计算技术研究所的软件研究室；1995年原中国科学院计算中心计算机应用部分并入软件所；2003年1月，软件园区综合管理服务中心整建制划归软件所管理；2012年7月，信息安全国家重点实验室划归中国科学院信息工程研究所。
科研成果.建所以后，特别是进入中国科学院知识创新试点工程以后，软件所在计算机科学和软件领域获院、部级以上成果奖23项（全部为第一完成单位），其中包括国家自然科学奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项；国家科技进步奖二