被日军驻韩司令长谷川好道下令逮捕。光武九年（1905年）11月17日，日本强迫大韩帝国政府签订《日韩保护协约》（即《乙巳保护条约》），将韩国变为事实上的殖民地。崔益铉悲愤欲绝，立刻上了一道《请讨五贼疏》，要求高宗皇帝向国内外宣布乙巳条约无效，并处断李完用、朴齐纯等对日缔约的“乙巳五贼”。后来他多次遭到日本的迫害，两度被监禁，但仍不屈不挠，并决定亲自出面领导义兵运动，与各地义兵形成唿应，共拒日本侵略者。光武十年（1906年）6月4日，73岁高龄的崔益铉与林秉瓒、林乐等80多人一道在全罗南道泰仁郡的武城书