军政治部主任、副政委、政委；1968年7月广州军区政治部主任兼广东省革命委员会副主任；1970年4月湖南省革命委员会副主任兼任广州军区副政委兼湖南省军区第一政委、1970年11月任中共湖南省委书记（时湖南省委第一书记为华国锋）。1972年10月因涉嫌九一三事件而被中共中央政治局停止其省委书记职务。。1973年3月调任兰州军区副政委（任期1973年7月－1979年2月）。湖南省委于1982年发出23号文件，认为卜占亚在湖南工作期间有错误，但不是参与反革命阴谋活动的问题，经中央批准同意撤销中央1973年12号文