对二人的人生和事业都造成严重的麻烦。季基被逐出莫斯科，成为列宁格勒的导演。从此开始，他与演员鲍里斯·巴博奇金成为长期合作伙伴和挚友。此时处于大清洗时期，许多俄罗斯的知识分子受到清洗和镇压的威胁。1937年，季基被控告“从事反苏活动”而遭到逮捕，流放到了西伯利亚的古拉格进行劳动改造。1941年获释，但不准回到列宁格勒和莫斯科，在西伯利亚城市鄂木斯克工作了数年。季基在1944年的苏联文宣电影《》中扮演主角米哈伊尔·库图佐夫。当时处于二战的苏德战争时期，斯大林对季基塑造的这个形象非常满意，赞赏他才华横溢的演出