厦门大学台湾研究所（厦门大学台湾研究院前身）邀请参加研讨会，返回台湾后公开表示，「民进党是选举党，选票就是答案，再现实不过」，所以在台湾海崃两岸关系问题上「民进党强扮黑脸是误国误民」。1998年8月1日，在邱义仁到民进党中央党部参加新旧主席交接典礼时，建国广场开宣传车到现场向邱义仁与主张大胆西进的前主席许信良表示抗议，抗议布条上写着「贺邱义仁去中国没死」九字。1999年1月3日，民间全民电视公司举办「跨世纪国家走向系列辩论会」，沈富雄与郭正亮说修正台独党纲是民进党诚实面对自己的作法，林浊水与邱义仁反对修