部主席及主教练因为犹太人的身份而被迫离开德国，队内的许多球员也遭到清除。拜仁被嘲讽为“犹太人的俱乐部”，其半职业化的模式也遭到制裁，球员不得不再次成为全业余运动员。在接下来的几年中，拜仁已无法继续参与全国冠军的竞争，在当地联赛中也仅仅排名中游。第二次世界大战结束后，德国的顶级联赛被分为5个区域进行，拜仁成为其中南部高级联赛中的一员。战后的新开端非常困难，拜仁从1945年至1963年共聘用和解雇了13位主教练，但球队的成绩始终未见起色。1954-55赛季，拜仁不幸降级，但仅仅在一个赛季以后，球队便重返南部