入总统办公室后即签署林全接任行政院院长的任命令。
内政.蔡英文视台湾为一个民主国家，她批评美国联邦政府自1979年后不公平地将台湾定义为政治实体，导致台湾内部有「不同的中国观」。她于2016年8月1日原住民族日针对日治时期的皇民化运动政策，以及战后中华民国的方针，代表政府向台湾原住民族道歉。行政院在同年8月31日成立不当党产处理委员会，调查并没收中国国民党的部分党产。2018年5月31日，中华民国促进转型正义委员会挂牌成立。蔡英文政府早前也成立国家年金改革委员会，重新讨论军公教的年