迁入大量康区藏人和钖金北部人，随着朗达玛政权的崩溃，不丹正式称爲独立部落。12世纪后，藏传佛教逐渐执掌权力，实行政教合一。13世纪以后，西藏腹地的喇嘛陆续来到不丹传教和统治，并将西藏的宗区划制度，照搬到不丹设立宗区划制度（如汉地的县），拉巴噶举派、宁玛派、格鲁派也在境内传播，各佛教派别及其政治力量相互角逐。1616年，西藏的竺巴噶举派夏仲·阿旺朗杰喇嘛进入不丹，利用地利人和，先后五次打败格鲁派（“五喇嘛之战”），统一不丹，自立为竺克“夏仲”仁波切喇嘛（Shabdrung Rinpochhe Lama