然而绿线全线评估自偿率为负，益本比低于1，不具经济效益，因此短期内并不建议兴建。2003年12月捷运局再委託顾问公司办理后续细节设计的《高雄都会区大众运输系统工程计画长期路网规划作业》专案，并于2005年2月交通部审定。该专案中，评估右昌居民向南去左营市区较符合居民习惯，且可连结正在兴建的高铁左营站。因此绿线右昌段改线并独立成一线，绿线北端改为终于红线后劲站。而该专案纳入了新计划的凤山线，凤山线南侧亦进入五甲地区；该专案认为凤山线行驶的保泰路与绿线行驶的五甲路平行且过近，因此绿线于瑞隆东路以南的站点均删