新唐书》、《宋史》或着录《商君书》，或着录《商子》，皆曰五卷。现有二十六篇，其中第十六篇存目无文，第二十一篇有录无文，实存二十四篇。《商君书》有严可均校本，近人朱师辙撰有《商君书解诂定本》，王时润撰有《商君书集解》。宋代郑樵《通志·艺文略》、晁公武《郡斋读书志》都说今亡三篇，陈振孙《直斋书录解题》则说今亡其一，可能是他们所见的版本不同，因而所记的缺佚篇数也不一样。《群书治要》卷三十六引《商君书-六法》中一段，实际只有二十四篇半。
成书研考.据后人考证，多为商鞅之后的人，「殆法家者流