新疆准噶尔盆地的连木沁组地层，地质年代相当于白垩纪早期。湖翼龙是准噶尔翼龙的近亲，两者生存于相同时代与地区，而体型与牙齿的差异可能导致两者佔据者不同生态位。
化石与命名.在1973年，中国古生物学家杨钟健将化石进行描述、命名，模式种是复齿湖翼龙（"N. complicidens"）。属名里的"nuur"在蒙古文意为「湖泊」，"pteron"在古希腊文意为「翼」，是翼龙类的学名常见字根。正模标本（编号V.4062）包括头颅骨前段、下颌、嵴椎骨、部分的四肢骨头、与骨盆，也曾在蒙古国