意参选第十六届高雄县长选举。在2009年1月21日，民进党党中央征召民调领先的林岱桦参选十六届高雄县长，但在2009年6月底，内政部通过了高雄县市合併案后，原订于2009年12月5日举行的高雄县长选举也因此取消。在2009年年底，高雄市长陈菊及高雄县长杨秋兴两人均表态争取2010年大高雄直辖市长党内提名。而在2010年1月24日，民进党临时全国代表大会通过了「民进党 2010 年直辖市长提名特别条例」，由中执会成立「提名协调小组」，其中执政的二都提名（包含高雄市在内）採登记，登记后协调，若协调不成时由党中央