山大学生物系在柴山地区的调查观察，共记录有5种两栖类、24种爬虫类、106种鸟类、8种哺乳动物、50种蝶类及21种蜗牛。
哺乳类动物.柴山地区的野生哺乳类动物以台湾猕猴最有名，分散在柴山的各处树林中，因为柴山登山人口众多，常和台湾猕猴造成人猴冲突事件，唯台湾猕猴乃柴山原生野生动物，见食则取乃本性，部分民众不明就理，时常以弹弓、登山杖等器具攻击台湾猕猴致伤甚至死亡，目前于各大修憩区(盘榕、雅座等)仍可见到弹弓与BB枪等制猴器具以及使用民众。柴山仍有民众使用捕兽夹、毒诱饵等，诱使野生