，河北省立法商学院解散，大部分学生转入南开大学相关科系入读。6月27日，《华北高等教育委员会关于南开、北大、清华、北洋、师大等校院系调整的决定》公布，决定取消南开大学哲教系、北京大学教育系和清华大学法律系、人类学系。1949年底，南开大学的教育系并入北京师范大学。1951年，南开大学在木斋图书馆原址上重建了图书馆，卢木斋先生的后人遵其遗愿再度捐资。1952年春，三反五反期间，起初南开大学作为高等院校校内比较平静。化工系的一位副教授曾坦白曾私拿药品回家使用并愿意赔偿，掀起了南开大学校内三反五反运动的高潮，