庙尚祀有神农大帝、仓颉先师、大魁星君、文昌帝君、至圣先师、中坛元帅、福德正神等神祇，且颇多咸丰、光绪年间的对联，所祀之妈祖、千里眼、顺风耳等神像，大多来自唐山，雕精砌巧，匠心独具，系宜兰县难见之佳作。每年旧历三月天后宝诞头城庆元宫会邀集彰化南瑶宫、关渡宫、新港奉天宫、北港朝天宫等着名庙宇所奉之妈祖神像共会庙中，同享香火。1947年二二八事件爆发，庆元宫庙埕前右方，当时曾经处死并掩埋被国民政府杀害的罹难者：省立宜兰医院院长兼二二八事件处理委员会宜兰分会主任委员郭章垣、宜兰农业学校代理校长苏耀邦、台湾银