中华书局舒新城邀请写了《精神病与心理卫生》一书，并于1949年初由中华书局出版，此外，童书业也发表过许多其他有关精神病的文章。1949年8月，由杨向奎引荐出任山东大学历史系教授兼文学研究所研究员，同年9月抵达青岛，与杨向奎、黄云眉、张维华、郑鹤声、王仲荦、赵俪生、陈同燮同校任教，被称作“八马同槽”，此后先后担任山东大学历史系副主任，山东省科学委员会委员等职务。思想改造运动期间，童书业九次思想批判无法通过，后撰写了《〈古史辨派〉的阶级本质》与顾颉刚划清界限，前后发表于山东大学校报上的自我批判文章达六十多篇