《豫防宦寺流弊疏》而遭贬为六部主事候补，遂以母病为由请准回乡。回乡后，受两广总督张之洞邀请，任广东肇庆端溪书院主讲，遂于光绪十三年（1887年）到达广东，次年到达肇庆。光绪十五年（1889年），朱一新移任广州广雅书院山长。光绪十六年（1890年），康有为移居广州后，朱一新与其有过学术讨论。朱一新在学术上主张汉、宋兼并。光绪二十年朱一新去世。其遗着于光绪二十二年（1896年）秋由其胞弟朱怀新主持编纂刻印，成分订16册之《拙盦丛稿》。光绪二十三年十二月，广东学政恽彦彬奏请将朱一新宣付史馆立传，并赏卿衔。