后，杨再思借钱回到玄武县。杨再思累迁天官员外郎，历任左右肃政台御史大夫。
武周时代.694年七月十八，杨再思任鸾台侍郎（鸾台即唐朝的门下省）、同凤阁鸾台平章事，成为宰相之一。697年，在契丹可汗孙万荣叛乱期间，后突厥汗国可汗默啜当时和武则天的武周王朝时盟时叛，就是说他和武周联盟对抗契丹的条件是归还突厥逃到中原的人口和财物粮食。杨再思、姚璹强调继续与突厥联盟的必要性。武则天接受杨再思、姚璹的意见认为契丹未平，继续交好突厥，突厥日益强大。699年八月十九，杨再思罢相，为左台大夫