第二十一旅政委、山东纵队第五支队政治部副主任、支队政治部组织科科长、五旅政治部副主任等职。这期间，他参加了胶东5个月反投降战役及多次反扫荡作战。1943年9月，李耀文调任鲁中军区四分区副政委，同时兼任莒沂安地区工委书记。1944年春，沂山地委成立。霍士廉任书记，李耀文任副书记、代理地委书记。次年6月，率部参加进攻汪精卫政权张步云部，协同主力歼灭五千余人。1945年8月，山东军区组织野战兵团，李耀文担任警备第四旅政委，参加山东八路军反攻作战。同年12月，担任鲁中军区第九师政委。
第