总统钟亚瑟以来，出任拉美洲国家元首的第二位亚裔人士。在他就任期间，其功绩主要包括稳定秘鲁前任总统阿兰·加西亚领导下动荡的秘鲁经济和平息内乱；他的领导也挨批过于专制，因而受到不少人的争议。藤森任职后期，被指涉及多宗政治贪污丑闻。自他的丑闻被揭发后，于2000年大选后逃到日本定居，只以传真递交请辞信。秘鲁政府要求日本政府引渡藤森回秘鲁受审。日本政府以他拥有日本国籍为由，拒绝引渡要求。至2005年11月7日，藤森于智利被捕，秘鲁政府于翌年1月3日要求智利政府引渡藤森。2007年9月21日，智利最高法院终审判决