在公元六世纪。从那时起的很长一段时间里，巴库都与波斯保持着联系。
中世纪.中世纪早期的巴库同现在一样，经济依赖于盐业，为阿普歇伦半岛地区的经济中心。自公元八世纪以来，希尔凡的波斯领主希尔万沙王朝统治巴库，但常受到北方可萨人和罗斯人的攻击。阿赫希坦一世在巴库建立海军，于1170年驱逐了罗斯人；并在1191年一场大地震摧毁了希尔凡王朝首都沙马基后，迁都于巴库。1501年，伊朗的萨法维王朝伊斯玛仪一世攻下巴库，而消灭了希尔凡王朝。当时的城堡被数道坚固的城墙围绕，受到一面环海而另一面是壕