后，阿塞拜疆成为了萨非王朝主要的防御及军事据点。在1514年至1603年间，奥斯曼反覆侵佔大不里士及周边地区。虽然在沙阿阿巴斯的努力下，萨非王朝一度收复这个地区，但是奥斯曼人在18世纪再度佔领阿塞拜疆及伊朗西部地区，直至纳迪尔沙把他们驱逐出去。在阿富汗卡里姆汗统治初期，阿扎汗在阿塞拜疆发动叛乱，霍伊的库尔德人及其他部族领袖各自统治着不同的地区。到卡扎尔王朝出现后，阿塞拜疆成为了王位继承人的居所。1828年土库曼恰伊条约的签订使伊朗北面边界与俄罗斯接壤。1905年后，阿塞拜疆的代表在伊朗立宪革命当中的表现活跃