当面劝赵紫阳不要当总书记。赵紫阳原本没有当总书记的意愿，更愿意在总理职位上继续经济改革，但左派的活动引起赵紫阳警觉。最终邓小平在党内的政治较量中占据上风，赵紫阳成功代理总书记，邓力群败阵。而由于他在胡耀邦下台中扮演了罗列罪状的角色，以及他在1987年中共十三大上，积极坚持左倾主张，致使党内对他评价极差。在中央委员差额选举中落选，紧接着，又在中顾委常委选举中落选。对于连续败选结果，邓力群在回忆录中说对他有刺激。1990年以后，邓力群任中央党史工作领导小组副组长，组建当代中国研究所，主持编撰《当代中国》丛书