，明治39年（1906年），在旧藩的长冈町升格为长冈市之际，牧野忠笃希望能够就任长冈市市长，刚开始得到旧藩武士的反对而僵持不下，在长冈町的有志之士积极的推动下同意任职一年期限的约定，他于同年4月1日就任长冈市第一任市长。在这种情况下，牧野忠笃迎请在内务省工作的河岛良温担任副市长。在他任职市长期间，他将市政重点放在长冈市的未来规划并投注在教育、东山区的油田的开发、长冈高等工业学校上（现在的新潟大学工学部）。牧野忠笃在辞去市长职务后继续担任贵族院议员，并担任帝国农会会长、大日本蚕丝会会长、引领日本生丝业