到台湾总督府，当局立即自台中、新竹各地调派兵力前往镇压。蔡清琳所率群众久未等及清军出现支援，且一旦遇上镇压部队就溃败逃离；蔡清琳因而逃遁至当地山区，并藏身于大打禄之处。但是，发觉受骗的愤怒群众仍将蔡清琳寻获，并在暴乱中将其杀死，随后将其尸首呈献当局并表示投降。