乐七年（1409年）四月，明朝政府在吉林设置造船基地，吉林起到加强辽东都司与奴尔干都司之间联系的作用，负责建造运载官兵，粮草赏赐品和贡品的船只，同时也把这里作为运输官兵、粮草的转运站。到明万历四十一年（1613年）乌拉国被努尔哈赤所灭，吉林市地区即成为建州女真的领地。
清朝.1616年，努尔哈赤正式建立后金国，吉林即隶属后金国管辖，后来1636年，皇太极改金称清，建立清王朝；1644年，清军入关，成为中原王朝。清朝历代统治者把盛京（今沈阳）、吉林（今吉林市）看成清朝的发祥重地，