被击败，退回广西。孙中山遂从上海返回广州，于1921年4月改组军政府为正式政府，召开非常国会，就任非常大总统。6月，桂系为夺回对广东的控制权，发动了第二次粤桂战争，却再次败于粤军。二度战败导致了桂系实力弱化，进而分裂。以保定军校毕业的青壮派军官李宗仁和白崇禧为首的部队在随后的广西内战中逐步崛起，并击败了清朝时代的旧军头陆荣廷、沈鸿英，再次统一广西，成为广西军阀的新领袖，被称为新桂系。另一方面，1922年，孙中山在第二次粤桂战争胜利后，要求陈炯明北伐，陈不从，被免职。然而，在北方，直奉战争后，黎元洪再次就