国务机要费案，是发生在2006年台湾的一宗政府弊案，案件涉及中华民国总统陈水扁、第一夫人吴淑珍与前中华民国总统府副秘书长马永成等人。这宗与中华民国总统国务机要费预算支出相关的非告诉乃论之罪案件，于分案后由台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心（最高法院检察署特别侦查组前身）检察官陈瑞仁侦办。由于事涉国家元首，各国媒体均曾报导。国务机要费案引发检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查与起诉。在中华民国首长特别费事件中，包括马英九等七千多名政务首长皆遭到调查与起诉，但皆获判无罪。
事件经