与菲律宾北部海域的海藻相似性较高，与台湾南部的海藻则略有差异。由于海藻调查的范围大多侷限在东沙岛周围，对于面积广阔的内环礁、外环礁和礁台区的海藻相所知仍很少，推估东沙环礁的海藻相可能比目前所知丰富甚多。目前可知的珊瑚有300种、海藻120种。动物方面，除珊瑚外，另有甲壳类动物、棘皮动物、软体动物等无嵴椎动物，以及鱼类。根据调查，珊瑚礁鱼类超过500种，其中数种极为罕见。因珊瑚覆盖率较好，因而常可见到大型无嵴椎动物。礁台表面地形十分平坦，偶而有些大型礁块突起，大多数是以珊瑚碎屑和活珊瑚群体所构成；表面有大