抗塞尔柱突厥人的战争中表现卓越亦或是其它原因，所以1143年他被临终的约翰二世选为继承人，而不是他的脾气易怒的兄长伊萨克·科穆宁。1143年4月8日约翰二世去世后，曼努埃尔被军队拥立为皇帝。然而曼努埃尔的继位并非四平八稳，他的父亲死在了远离君士坦丁堡的奇里乞亚荒野，他认为应该尽快返回首都。但他仍然要处理好他父亲的葬礼，还要按照传统在他父亲去世的地方组织建立一座修道院。他立即派父亲的挚友，大统领在他之前前往首都去逮捕他最危险的潜在竞争对手——他的兄长伊萨克，因为伊萨克正居住在大皇宫并且可以立即掌控皇帝登基的礼