连锁的基因座，与人类的免疫系统功能密切相关。其中部分基因编码细胞表面抗原，成为每个人的细胞不可混淆的“特征”，是免疫系统区分自身和异体物质的基础。HLA基因高度多态化，存在许多不同的等位基因， 从而细致调控后天免疫系统。属于第一类MHC的HLA（HLA-A, HLA-B, HLA-C）可提供细胞内肽的状况。例如，一个细胞被病毒感染，HLA将病毒的碎片转移到细胞表面，这样免疫系统可以识别受感染细胞并将其摧毁。这些肽段是蛋白酶体降解蛋白后的产物。这些肽通常为小聚合物，由大约9个氨基酸组成。被第一类MHC分子