两次。同时也因为神佛分离令的影响，寺庙的领地大大的缩小，空出来的部份约20万坪寺领成为现在的芝公园。寺内原本祭祀德川家康寿像的「安国殿」，由于神佛分离令的关系，因此脱离增上寺改名为芝东照宫。明治8年（1875年），增上寺被列为净土宗的大本山，加上有伊藤博文等新的信徒加入，开始了增上寺的复兴建设。大正时代将被烧毁的大殿重建，其他被摧毁的堂宇也开始着手整备与复建。不过到了昭和20年（1945年）因受到太平洋战争的影响，增上寺一带遭受到空袭，所有的复兴重建都在一瞬间被摧毁。战争结束后的昭和27年（1952