上密院，藏语称居堆扎仓，位于西藏自治区拉萨市内的小昭寺旁边，为上部地区的密教传承之所，属藏传佛教格鲁派密院最高学府之一。
历史.上密院始建于1485年（藏历第八绕迥之木索年）。此年，由于拉萨河上游发生洪水，危及拉萨，后来密宗法师杰·贡嘎顿珠到吉曲河边念经祈祷，次日洪水便下降，使拉萨躲过了水灾。当时，帕竹王朝（创建者为大司徒·绛曲坚赞）的萨温·达隆巴为奖赏杰·贡嘎顿珠的治水之功，乃向其颁发封文执照，并且将小昭寺封赐其作修行之所。因杰·贡嘎顿珠原在拉萨河上游的卫堆穷木达的塞哇垄山洞中（