1937年上海八一三事变发生后，沪江大学校园被日军占领，作为兵营及军用机场辅助设施。幸好此前刘湛恩在上海市中心园明园路真光大楼内创办了城中区商学院，成为沪江大学的栖身之处。樊正康主持校务之后，反对沪江大学放弃独立地位，反对卖出杨树浦校园。他同之江大学、东吴大学、圣约翰大学等校校长及中华基督教教育协会总干事缪秋笙等人商议，临时成立了“基督教大学上海协会”，同时催讨被日军占领的沪江大学校园，同日本交涉沪江大学复校事宜。日军最终同意撤出沪江大学校园并赔偿损失，但不准沪江大学复校。樊正康只好将沪江大学校园内的物品运