由于康乃馨革命的影响，葡萄牙政府宣布放弃所有海外葡属殖民地，其中包含东帝汶。但当东帝汶的葡萄牙驻军撤出之后，印尼的军政府在未得到葡萄牙同意下趁势派兵、强行侵占东帝汶；由于受到葡萄牙文化的深远影响，信奉天主教的东帝汶人对以伊斯兰教为主的及印尼军人政权的独裁统治产生了强烈的反抗意识，进而爆发了长达24年的独立斗争，直至1998年苏哈托倒台；东帝汶于1999年通过独立公投，并于2002年正式独立、同时加入联合国。但因印尼的反对和新加坡的担忧，东帝汶在当时无法直接加入东盟，只能继续寻找邻国协助以符合相关条件与要