县又与滋贺县合併，虽然与滋贺县的县厅所在地大津相比，彦根位于整个新县的中央位置，但在中央政府认为本地的民风过于保守，因而决定将新县的县厅设于西部的大津，合併后新县也就因此继续使用滋贺县做为县名，自此彦根也失去成为县厅所在地的机会。1889年日本实施町村制，在原本彦根城周边的区域设置，而现在的彦根市辖区在当时还分属、、、、、、、、、、、、、14个行政区划；1937年彦根町与同样位于北部的北青柳村、松原村（1891年自北青柳村中分出设立）、福满村、青波村、千本村合併为彦根市，也是滋贺县内第二个设立的市级行政