它们是真菌，但结构和分子证据导致它们被重新分类为不等鞭毛门，与自养褐藻和硅藻有关。与真菌不同，卵菌纲通常具有纤维素和葡聚醣的细胞壁而不是几丁质的，尽管一些属（如绵霉属(Achlya)和水霉属（Saprolegnia））的细胞壁上也含有几丁质。 细胞壁中纤维素的比例不超过4至20％，远低于葡聚醣的比例 。 卵菌细胞壁还含有氨基酸羟脯胺酸，其在真菌细胞壁中未发现。
黏菌.网柄细胞状黏菌（dictyostelids）是另一组以前被归类于真菌。 它们是粘菌，以单细胞阿米巴虫的形式养活，但在