04C被北越地面防空炮火击落。另外有两架因夜间在空中相撞而坠毁。1965年9月20日夜间，由史密斯上尉（Philip W. Smith）所驾驶的一架F-104C在东京湾执行米格机战斗空中巡逻时，因为导航系统故障而偏离航向，最后迷航至海南岛上空被解放军海航的歼六击落，此架飞机成为全世界第一架在空战中被击落的F-104。1965年12月479联队即调回美国本土。1966年3月，其中一个中队又重返南越，并隶属美国第七航空军之下。美军F-104C共执行3506架次的对地任务，累积1706个飞行时数。