尔登网球锦标赛却在首轮中被淘汰出局（第一轮败于克罗地亚球员马里奥·安契奇）。他在1998年到2002年这段期间，总共打进十个ATP单打决赛，夺得六个冠军和四个亚军（年终世界排名第六位）。另外在这段期间的双打赛事，打进六个决赛，他与白俄罗斯球员马克斯·米尔内搭挡，夺得鹿特丹和莫斯科两站巡回赛冠军和印第安威尔斯大师赛亚军，另外也曾与约纳斯·比约克曼搭挡，夺得鹿特丹一站巡回赛冠军。
2003-2006年：成绩突破与巅峰时期.2003年，费德勒在他的生涯摘下第一座大满贯男子单打锦标（