划于2016年6月17日晚上10点35分搭乘东航MU2454航班从北京首都国际机场出发前往武汉天河机场，出席次日上午武汉大学承办的中小企业领军人才培训班开班仪式并授课。由于航班晚点约两小时，抵达武汉已经是凌晨3时许。凌晨4时17分，其所乘鄂AA9S01号别克商务车在从天河机场驶往武汉大学住地途中在二环线梨园地下通道南出口发生事故，车辆在地下通道由北向南行驶到南出口处时撞击路中隔离花坛。事后据媒体报道，事发地处于隔开车道的两段水泥墩之间，用10余米的伸缩铁栅栏连接，吴建民等人乘坐的车辆正是撞到了铁栅栏后，又撞