，昌国县被并入定海县，隶属于明州府。明代海上贸易屡屡受到海禁兴废的影响，同时也受到倭寇活动的干扰。1523年（明嘉靖二年），日本使者宗设谦道和宋素卿在宁波互相斗杀，并攻定海城，是为宁波之乱。这一事件直接导致明州市舶司被废，倭患愈演愈烈。嘉靖年间，浙江海盗王直等与倭寇串通，使得定海倭患日趋严重，沿海多地遭到劫掠。俞大猷、卢镗、戚继光等名将曾先后在镇海抗击倭寇，王直最终被歼灭。在此期间，卢镗于招宝山巅建威远城，今存。宝陀禅寺由普陀山迁至招宝山，寺院几经兴废，延续至今。1687年（清康熙二十六年），定海县更名