当时台湾自主与反日势力并没有因为战争落败而完全平息，并提出客家人是以「保家」重于「卫国」的台湾民间反抗说法，在后续的20年间的日人统治下，陆续出现抗日行动。但当时主要的抗日活动多以「克服台湾，效忠清廷」为口号，代表是并称为「抗日三勐」的简大狮、林少猫及柯铁虎。其中柯铁虎以「奉清国之命，打倒暴虐日本」为口号，与朋友自称「十七大王」，在云林一带盘据。
后期抗日活动.1902年，汉族抗日运动稍歇，直到1907年11月发生北埔事件，武装抗日才进入第3期。这段5年的停歇时间，一方面是源自儿玉