红军分裂，何长工随红四方面军南下。在张国焘另立中央后，何长工参与对毛泽东的攻击，被张国焘封为“政治局候补委员”“组织部部长”。其后担任甘肃省苏维埃政府主席。1937年1月，进入抗日军政大学学习。
抗日战争与第二次国共内战时期.抗日战争爆发后，何长工任两延（延长、延川）河防司令员兼政委。1939年，任中国人民抗日军政大学第一分校校长，率三千部队东渡黄河，前往晋东南敌后办学。其后，调任抗大总校教育长。1943年，返回陕北，担任抗日军政大学副校长，重点培养军事干部，并进行整风和大生产运动