都宫城之战和会津战争，斋藤一在会津战争期间离队。土方岁三与部份队员跟随其他拥护幕府的军队退到北海道，成立虾夷共和国及参与箱馆战争。明治二年（1869年）五月，土方与明治政府军作战时中弹身亡，相马主计接任，与余下的新选组队员投降，不久虾夷共和国也随着总统榎本武扬的投降而灭亡。
大众形象的变化.明治初期，受到成王败寇观念、以及新政府中掌权的萨长派人士的偏见影响，新撰组被视为反抗政府的朝敌贼军一员，评价很低。由于在官方史学持否定观点，再加上残存的新撰队士为免于报复，大多改名换姓生活，因此