长河流，位列信浓川、利根川之后；流域面积为14,330平方公里，仅次于利根川，是日本流域面积第二大河流。石狩川在过去曾是一条极易氾滥的河流。在明治时期，为了解决水患问题，日本政府对石狩川进行截弯取直，使得石狩川的长度缩短了约100公里。除了石狩川之外，天盐川、十胜川、钏路川等河流亦是北海道的一级水系中长度较长、流域面积较大的河流。北海道亦是日本湖泊较多的地区，日本面积前20大湖泊中有9个位于北海道。北海道的湖泊大致可分为两种类型。一是火山口湖，以阿寒湖、摩周湖、屈斜路湖、支笏湖、洞爷湖等湖泊为代表。另一