分子人类学（英语：Molecular Anthropology）是人类学的分支，是在人类基因组等研究基础上发展形成的一门新兴交叉学科，利用分子水平的遗传信息来分析人类起源、当代和古代人类群体的演化以及古代社会文化结构等多方面多层次的问题。主要方法是比较DNA序列或蛋白质序列，但是早期方法亦包括血清学的比较研究。通过考察在不同人群中的DNA序列，科学家可以判断的有关种群之间（或群体内部）的亲密关系。基因构成一定的相似性，能让分子人类学家确定不同的人群是否属于同一个单倍群（haplogroup），进而确定是