扩及青州、徐州、兖州和豫州各地。23年，绿林军拥戴的更始皇帝刘玄攻入长安，灭王莽新朝。赤眉军先是愿意降于更始，但双方随即开战。
立皇帝及败亡.25年，赤眉军兵分两路，由樊崇和徐宣分别率领进攻关中，因笃信城阳景王一神，拥立其后裔刘盆子为帝，徐宣任丞相，而樊崇因为不识字，任御史大夫。更始军内部也产生内争，将领王匡投奔赤眉军，随即赤眉军攻入长安，初设刘玄为长沙王，后因猜忌被赤眉所杀。赤眉军入长安时，经大肆抢掠，致当地残破不堪，只能抛弃长安，走前泄愤，焚烧长安。后继续向西流浪，四处找寻