由于栖地破坏和外来种引入，造成台湾部分原生物种负面影响，有些甚至濒临灭绝或已灭绝。如：福寿螺、美国螯虾、澳洲淡水龙虾、吴郭鱼与非洲大蜗牛这五个外来种引进后，因欠缺天敌的制衡下，过度繁殖，导致台湾原生的田螺、螯虾和鲫鱼大为减少；17世纪时曾经满山遍野的台湾梅花鹿，因长期过度捕猎大量鹿皮外销日本等地，以致于目前野生的梅花鹿已经濒临灭绝。为保护自然风景及野生动植物，中华民国内政部营建署自1982年起已公告成立9座国家公园。另为保护野生动植物栖息地，自1986年起也陆续公告22个自然保留区及20个野生动物保护区