藤原教通和皇室对抗即是最有名的例子之一；藤原氏势力一度庞大到足以使皇权旁落。
没落.在保元之乱后，藤原氏的势力明显衰弱；不过藤原氏分支五摄家的成员依然轮流继承藤氏长者的身分；期间除了丰臣秀吉之外，关白的职位依然由藤原氏把持。直到明治时期的1871年，九条道孝才正式放弃藤氏长者的头衔。