本列表中的物种包括台湾特有种及台湾特有变种，地域上的分布包括台湾本岛、离岛(绿岛、兰屿、澎湖)
蕨类植物.
石松科.Lycopodiaceae
观音座莲科.Marattiaceae
膜蕨科.Hymenophyllaceae
蚌壳蕨科.Dicksoniaceae
瘤足蕨科.Plagiogyriaeae
水龙骨科.Polypodiace