建立的体系，史称第一政党体系。1793年，英法两国爆发战争，杰佛逊强烈支持法国，而汉弥尔顿与华盛顿在缔结杰伊条约后则支持英国，杰佛逊于是辞职隐退蒙地沙罗，后于1796年参选总统落败，其后又获选为美国副总统。因与法国进行准战争（两国海军不宣而战），约翰·亚当斯所领导的联邦党加强并增募海陆两军，同时开征新税，从事战争准备，并在1798年制订了客籍法和惩治叛乱法。杰佛逊将此法解读为攻击他所属的政党，甚于对付危险外敌。他与麦迪逊为重新集结支持者，匿名着作肯塔基及弗吉尼亚决议案，主张宪法所建立者仅为各州与联邦政府