28胜21负。不过赵治勋在1999年本因坊赛以2-4意外败给赵善津，以31胜21负的成绩结束1999年赛季。他在2000年失去所有的头衔，落入无冠状态。
第25届名人战.他在2000年的第25届名人战中败给依田纪基。这次决赛是在荷兰阿姆斯特丹举行，当时有一位荷兰记者问他为何如此深爱围棋，但赵治勋却回答说他恨围棋！，因为它会让他感到紧绷及疲惫。赵治勋在这一年只有获得NEC杯这一个冠军，以29胜29负的成绩结束赛季。赵治勋在2001年卫冕NEC杯冠军，并获得天元头衔及34届早碁赛冠