申请后，7月2日正式撤销此论文。同年秋天，理研经过调查，否决了小保方论文的结论，并主张其研究成果有故意造假之嫌。2015年11月2日，早稻田大学宣布取消她的博士学位。
STAP细胞事件.小保方晴子于2014年1月30日发表在《自然》的STAP细胞的论文，引来了加州大学戴维斯分校教授等美国学者的质疑，他们声称论文中有2张照片疑似造假。现阶段，小保方论文中的实验方法，也无法被其他学者成功重现。2月下旬，理化学研究所（理研；RIKEN）为此组成了独立调查团，早稻田大学也对小保方的博士论