亚派，与棘鳍亚派各类的关系如下：
内部分类.本类包含4个目，可归类于2个系及2个亚系，如下：各目演化关系如下：
相似类群.以下各目曾依其形态而被归类为副棘鳍鱼，但随着遗传分子学的研究，显示它们更接近棘鳍类而被移除：