圣马太学校也会随之拆除，并于2008年9月1日正式全面结束营办，并併入秀茂坪校继续办学，而所有未毕业学生均转往新校就学。于2008年7月12日下午，是路德会圣马太学校最后开放日。下午4时，学校开放给公众人士参观，大量旧生回到学校。学校的6楼更展出大量文物给大家参观。约下午6时，路德会圣马太学校历史性的响起最后一次钟声，标志着路德会圣马太学校39年的历史任务正式结束。