为镇西镇台（熊本镇台）司令长官并且前往熊本赴任。因为这些经验、在11月发佈征兵令时，让他因此受到批评（传说桐野对新制军队，以「农民兵」的名称来加以轻视、也有人认为他就是因为这样而在西南战争时对敌军太过大意）。同年7月、桐野前往北海道视察（桦山爱辅『父、桦山资纪』）、在回来后提出有在札幌设置镇台的必要。这也成为以后设置屯田兵的源头。明治6年（1873年）4月、转任陆军裁判所的所长。同年10月、因为明治六年的政变（俗称征韩论），让西乡隆盛因此下野、他也随即提出辞呈回乡。
西南战争.明治