调任北京，任国防科工委（总装备部）科技委常任委员、顾问，国家超导专家委员会顾问。1999年，获中共中央、国务院、中央军委授予“两弹一星”功勋奖章。2014年1月10日，和化学物理学家张存浩同获中国国家最高科学技术奖。2017年7月，中央军委主席习近平签署命令，授予程开甲等10位同志“八一勋章”。2017年7月28日，中央军委颁授“八一勋章”和授予荣誉称号仪式在北京八一大楼举行，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平向程开甲等10位“八一勋章”获得者颁授勋章和证书。这是“八一勋章”首次颁授。程开