分拆为日本北纬宗座代牧区（东京总教区前身）和日本南纬宗座代牧区（长崎总教区前身），接下来在1888年、1891年也分别分拆出日本中部宗座代牧区（大坂总教区前身）与函馆宗座代牧区（仙台教区前身），日后再不断扩张至现今的16个教区。而1889年颁布的《大日本帝国宪法》中，明确规范宗教信仰的自由，也确保日本天主教会的事业不受政治力量的干扰。1891年6月15日，日本建立圣统制，象征日本天主教会从传教区体制转为教务状态渐上轨道的教区制。1960年3月28日，教宗若望二十三世任命时任东京总主教土井辰雄为枢机，成为日本