肤下层形成一个孢囊，进入繁殖阶段，发展为游动孢子囊。游动孢子囊会生产更多的游离孢子，不断感染寄主的皮肤，或释放到周边的水生环境。
菌型.蛙壶菌有时会出现与传统游离孢子或孢子囊不同的菌型。例如，在2003年欧洲热浪，莱桑池蛙未被壶菌病大量杀死前，就有一种球状、单细胞及只有80-120微米大的蛙壶菌。于当时并不知道它们是甚么，到后来才确定是蛙壶菌。它们也是有包在囊中的游离孢子，可以嵌入在休眠孢子中、腐生的或寄生的，并且在一些条件下非病原性的。当热浪开始时，蛙壶菌变成了现时会引起疾病的游