萨赫勒南部为南苏丹和刚果河盆地。萨赫勒沙漠大部分为岩漠，沙漠（被沙丘覆盖的大片地带）只占一小部分。数千年前人类便生活在萨赫勒沙漠的边缘。在上一个冰河时期，撒哈拉沙漠比今日要湿润许多。超过30,000幅岩刻在此被发现，其中近一半在阿尔及利亚东南部的阿杰尔高原，描绘了河流中的动物，例如鳄鱼等。此外还发现了包括非洲猎龙、约巴龙和豪勇龙在内的恐龙化石。在公元前1600年之后，地球轴心的转移导致气温上升和降雨减少，撒哈拉由此发展至今日模样，无大面积的植被地带，除了尼罗河河谷、小部分的绿洲以及北部高地的地中海植被。