命尚书张百熙充任管学大臣，管理大学堂事。光绪二十九年（1903年），改学务大臣。光绪三十一年（1905年），始设学部，置尚书，侍郎，左、右丞，参议，各一人；五司郎中各一人，员外郎十有二人，主事十有五人，视学官无定额。定正五品。派司员暂充。明年，命大学士张之洞领部事。宣统元年（1909年），改视学官为差，增郎中五人、员外郎四人、主事三人。宣统三年（1911年），改尚书为大臣，侍郎为副大臣。
编制.学部设学务大臣、副大臣，各一人。左、右丞，左、右参议，各一人。参事厅参事四人。司务厅司务