连接Mo离子的MCD分子的构象也没有发生明显的变化。在空气中，Mo-CODH处于氧化态，此时Mo离子为+VI价，位于Mo离子与MCD的两个配位硫原子所形成平面垂直方向上的氧配基O与Mo离子之间形成双键连接；而与Mo离子配位的另一个氧配基O则有可能与之形成单键或双键。 与氧化态的结构相比，还原态中Cu-Mo距离和Mo-O距离都有所延长。结合CO时，活性位点很可能是处于非常短暂的中间态，难以捕捉，因此研究者利用异腈基团与活性位点结合的结构来模拟中间态。由研究结果推测CO应该连接在Cu离子上而不直接与Mo连接。