在剩余的18轮联赛和2场法国杯的比赛中都获得了首发出场机会，累积出场时间也达到了1830分钟。可惜好景不长，在昌子源就要继续在欧洲梦想的时候却在新赛季开始前遭遇了重伤。他因此缺席了本赛季前5轮的比赛。联赛第七轮，球队盼来了昌子源回归，图卢兹在主场迎战昂热的比赛中，昌子源首发登场，并在半场结束后被卡尔文·阿米安换下。那场比赛，图卢兹不幸2球告负，球队在最后时刻连续丢球。昌子源在那之后再次陷入伤病困扰，自2019年9月25日后他一直高挂免战牌，而图卢茨的成绩也跌落到了降级区。日本代表选手法甲图卢兹后