先创立水师，购置铁甲舰，准备日后以一化三，择要分佈。每年从海关预算4百万元，分解南北二洋。后沈葆桢以4百万分建两军太分散为理由，提出全数解北洋。1885年中法战争时，南洋水师曾经派5舰赴台支援，在海上遇上法舰9艘，南洋舰队中3舰退避入港，另外2舰避入石浦湾后被击沉，之后南洋水师一度长期停止兴建及购买新舰。甲午战争后北洋水师覆没，南洋水师部份舰艇调防北洋。至1909年，南北两洋水师合併，成立巡洋舰队及巡江舰队。