组科目侧重人文、社会、经济，理组科目则重化学、物理、自然方面。英文部高中则採取选科形式。分别在生物／物理、化学／经济、高等数学／会计／葡萄牙语三个部份各选一课，并必修普通课。圣若瑟教区中学第五校中学部每年大学升学率约为97%，升学地点主要是澳门、台湾、香港、中国大陆和国外。
学生会.学生会肩负起学生与校方沟通的桥樑角色 ，在校内组织各类学生活动。