于清朝中叶，年份已不可考，而最近一次重建是位于清朝光绪十七年（1891年）。关帝庙的位置原为深水埗海旁，庙后有小丘，前临大海，有不少卸货码头。当地人便兴建这座主祀关帝的庙宇，祈求保祐贸易的忠诚。庙外建有一座「玉仙亭」，本来可以欣赏海景。然而时移势易，因为填海源故，关帝庙已经变成位置于九龙西内陆。
重修.关帝庙日久失修，前廊门柱倾侧，而横樑又被白蚁侵蚀，加上瓦顶漏水，对结构有潜在危险。2010年华人庙宇委员会斥资600万港元进行复修工程，除修复有危险的结构部分外，门楣图案採用传统双龙