长崎市，由于一些水兵和日本平民和警察发生冲突，长崎事件爆发，北洋水兵5人死亡、44人受伤、5人失踪。琅威理认为此时北洋海军实力远胜对手，力请对日本开战，但李鸿章拒绝了他的要求，以外交模式解决。1887年3月，琅威理接受李鸿章的派遣，到英国和德国接收“致远”、“经远”、“靖远”、“来远”四艘巡洋舰。他以“靖远”为旗舰，升提督旗指挥，直至抵达厦门与丁汝昌会合。1888年12月17日，清政府组建北洋舰队，以丁汝昌为提督，林泰曾为左翼总兵，刘步蟾为右翼总兵，琅威理则担任副统领。此期间琅威理一直希望全面控制舰队，