新疆生产建设兵团指挥部的前身是新疆生产建设兵团的内卫部队。1984年，根据中华人民共和国国务院要求，新疆生产建设兵团的内卫部队改编为“中国人民武装警察部队新疆维吾尔自治区总队生产建设兵团支队”，继续隶属新疆生产建设兵团。1988年，经国务院批准，中华人民共和国农业部和中华人民共和国公安部将中国人民武装警察部队新疆维吾尔自治区总队生产建设兵团支队调整为“中国人民武装警察部队新疆维吾尔自治区总队生产建设兵团指挥所”，继续隶属新疆生产建设兵团。经国务院、中央军委同意，1996年4月17日，根据国函〔1996〕