妻子一同上京。天正16年（1588年），秀吉以在立花山之战等曾经反抗其为由，没收两远藤氏约2万石的领地，将庆隆减封至小原7,500石，胤基则减至犬地5,500石。天正18年（1590年），胤基与庆隆率领900人参战小田原征伐，并且他们也参战了秀吉远征会津一役文禄元年（1592年），在万历朝鲜之役中，胤基与庆隆均在织田秀信旗下效力，在釜山、梁山市、蔚山和镇守城一带作战，在朝鲜半岛战斗达两年才返回日本。其后，胤基在长门国国分寺病死（现山口县下关市长府宫的内町），由远藤胤直（胤基之弟远藤胤重之子）继承家督