介石特任吴忠信为总统府秘书长，原任吴鼎昌准免本职。1949年3月3日，到溪口3月10日，蒋介石送吴忠信「赴杭州」后随蒋介石败走台湾，任总统府资政。1950年，任中国国民党中央评议委员。1953年，任中国国民党中央纪律委员会主任委员。吴忠信曾获颁一等景星勋章、二等采玉大勋章。
逝世.1959年（民国48年）12月16日，吴忠信在台北病逝。享年76岁（满75歳）。　
着作.吴忠信自1926年起写日记，从无间断，至1959年10月28日病泻加剧时始停，然犹逐