院化学研究所没有搬到台湾，1949年末中国科学院成立后，他做了中研院化学所改成的中国科学院有机化学研究所（在上海，1970年改名中国科学院上海有机化学研究所）第1任所长。1954年当选第1届全国人民代表大会代表、常务委员会委员。1955年当选中国科学院数理化学部学部委员（院士），出任中国科学院数理化学部副主任。1956年作为中国国务院科学规划委员会委员，参与制定《1956-1967年科学技术发展规划纲要》等中央科学计划文件。1959年当选第2届全国人大代表。1962年2月25日因病在岗上