甲，以保护舰体和内藏的舰载机。卓越级航母将飞行甲板作为强力甲板的概念，是近代航母的原型。这也迫使航空母舰的吨位急速攀升，从1922年兰利号航空母舰的13,000吨，到现在尼米兹级核动力航空母舰的100,000吨。
装甲甲板.在航空母舰取代战列舰成为舰队主力后，出现了是否需要再飞行甲板上增加一层装甲的问题。在飞行甲板上增加一层装甲可以让机库中的飞机有多一层保护，然而这使得航空母舰的机库体积减少，无法将飞机悬挂在机库顶（高度不足），并减少机库的飞机容量。英国皇家海军光辉级航空母舰即