008年1月31日，第六届立法委员任期。2007年，黄适卓质疑台湾团结联盟党内有红衫军涉入、路线不和而遭开除党籍的廖本烟及黄宗源，与另一名立委尹伶瑛宣佈退出台联、加入民主进步党立法院党团运作。黄适卓曾于2008年立委选举争取在台北市第五选举区代表泛绿参选，但与段宜康协调后以民调决定进退，民调结果由段宜康获胜；段宜康依协议代表泛绿出马，与中国国民党立委林郁方竞争。2011年，黄适卓受民进党征召，在桃园县第四选举区参选第八届立法委员选举。竞选立委期间，黄适卓与助理指竞选对手杨丽环的助理收贿被起诉，一