1846年2月21日，因父亲仁孝天皇逝世而即位。与父亲一样爱好学问，继承其遗志继续创立公家学问所学习院。早年生活潦倒，常常只能用稀酒和豆制品。曾经有大名奉上腌鱼，他吃完后还留下鱼骨翌日用以泡饭。1853年，自从美国水师提督（海军将领）伯里率领黑船驶入江户湾，江户幕府被迫与美国缔结《神奈川条约》而打开锁国时期的日本国门以来，他对于幕府持有发言力，以及江户幕府大老井伊直弼独断与各国订下条约表示不信任，一时之间还表示意图要让位。孝明天皇对攘夷的意愿相当激烈，曾经质问大将军德川家茂这位征夷大将军究竟何时才愿意征