鳃口科是头索纲文昌鱼目之下一个已不再使用的分类，现时被分为两个不同的科，即文昌鱼科和偏文昌鱼科。两个科的分别在于：偏文昌鱼科在身体的右侧有生殖腺。
分类.传统上，鳃口科分作以下两个属：现在的分类把各个属升格成为一个科。不过，WoRMS不承认偏文昌鱼科，认为只是文昌鱼科的同义词，所以在「科」的层次来说，文昌鱼科跟鳃口科等同；但 WoRMS 依然承认科以下大多数的属分类。