04年赛季中，李毅男却突然遭到俱乐部封杀，次年转会至上海申花，表现较为出色。不过2006年后，他受到伤病困扰，而申花又引进了国脚李玮锋，李毅男逐渐失去队中位置。2007年申花与联城合并后，队内中后卫竞争愈加激烈，最终他在2008年初以170万元身价加盟武汉光谷。不料武汉于2008年中途退赛，被取消了注册资格，李毅男与其他数十名球员一起被挂牌，不过最终却由于武汉俱乐部180万元的开价而未能完成转会。由于他也并未像其他一些武汉籍球员一样加入新成立的乙级队湖北绿茵，因此陷入无球可踢的境地，只能等待二次转会。