更在三个车站停车位置严重偏差，需要由车长以人手调整列车停车位置，乘客才能上落。虽然现代化列车 (M-Train) 和韩制列车 (K-Train) 偶尔亦会出现停车位置有偏差的情况，但是这款列车在投入服务初期，其停车位置偏差情况尤其严重（事实上东铁线的中期翻新列车同样有此问题，但由于该线全站均没有月台安全门，不影响上落）。根据港铁知情人士透露，直至报章报道刊出当日，港铁仍然未能解决列车停车位置偏差的问题。香港理工大学机械工程学系工程师卢觉强认为停车位置偏差是由于列车的控制程式未能配合月台讯号所致，严重的偏