制。但自2006年9月起，行政院主计处及总统府开始对国务机要费订定相关规定，要求国务机要费及特别费全部都需要单据列报，回归相关的主计法规之规定。费用审核权和其他机关一样，是由其内部的主计部门，即总统府会计室所负责，而决算后的审计与稽察才是属于监察院审计部的权责。
运用.国务机要费支准则与《国务机要经费支用程序作业规定》与《总统府执行国务机要经费作业规定》两法规相关，金额约为数千万不等，2000年－2005年间，因执政党民进党沿用原本两法之单据核销方式，遭反对党与媒体质疑总统府事