服务与创新组、综合馆务组、特藏组等6组及南大分馆与人社分馆等2分馆为二级单位。现任馆长为林文源，副馆长为萧菊贞。
馆舍现况.国立清华大学图书馆设有1所总馆及人社、数学、物理、南大等4所分馆。该馆的总馆几经迁移，目前设于坐落于国立清华大学校本部北校区的学习资源中心后栋，总楼地板面积约20,293平方公尺。人社分馆的前身于1985年9月设立，初为人文社会学院之所属，于1992年改隶国立清华大学图书馆、正式成为人社分馆；馆址位于国立清华大学校本部北校区的人文社会学馆A区1、2楼内，楼地板