负起水灾的政治责任而宣布请辞并带领内阁总辞。随后，总统马英九于2009年9月7日任命时任立法委员的吴敦义出任行政院院长，时任桃园县县长朱立伦出任行政院副院长（副院长职2010年5月17日由陈冲接任），所有阁员并于2009年9月10日宣誓就职。内阁成员以执政党中国国民党的党员为主。
内阁人事异动.以交接时间排列:民间团体向政府反映全国约有60万余户民众，因健保卡糟锁卡无法使用健保卡就医，希望政府积极主动了解其因且协助。吴揆于99年9月2日行政院第3211次会议上请卫生署尽速