1254年，蒙古大汗忽必烈派兵攻取鄯阐城。1276年（元至元十三年），蒙元设立云南行中书省，为全国13行省之一，首府也由大理移至中庆（昆明），自此昆明成为云南的政治中心。
明清.1381年（明洪武十四年），明太祖朱元璋派傅友德、蓝玉、沐英率30万大军征伐云南，消灭了蒙古梁王政权，次年改中庆路为云南府，并筑砖城，周长九里三分（约合今4443米），高二丈九尺二寸（约合今9米），设六门。此后，沐英负责镇守云南。在明代，陆续有大批他地汉族向云南移民，改变了云南的人口结构。 南明永历帝一度