2017年12月3日起，驾车人士可以在海底隧道的人手收费亭，以八达通或本地发行的非接触式信用卡（包括Visa payWave、感应式Mastercard及银联闪付）拍卡缴付隧道费。
接驳交通.红隧九龙入口位于港铁红磡站旁，由于东铁线暂未能直接过海，不少新界东部的居民会先乘搭东铁线到红磡站，再前往红隧收费广场的巴士站再转乘过海巴士，特别在早上上班时间，过海隧道巴士站经常挤满乘客，排队上车的人龙有时更长至连接港铁红磡站的天桥。为此巴士公司会为部分路线于繁忙时间安排空车由过海隧道巴士站开