万部方向（下行方向）直至鹫之巢（）为止的函馆本线，配置有北海道地区比较少见的全复线路线。除了函馆本线之外，1927年至1945年之间森车站原本还是渡岛海岸铁道与函馆本线的交会车站，但该铁路公司已于1945年收归国有时废线，由新通车的函馆本线森 -渡岛砂原之间路段（也就是砂原支线）取而代之。在森车站的车站内有家名为「阿部商店」、历史超过百年的车站便当业者，以其出品的乌贼饭（，是北海道渡岛地方的地方菜色）在日本全国拥有高度的知名度。
车站构造.岛式月台与侧式月台组成的2面3线地