后的1978年，三中再次被确定福建省首批“办好的”重点中学的地位。1966年6月，文化大革命开始。学校停课，校行政领导和共产党、共青团组织瘫痪，工作组进驻学校。同年8月，三中成立红卫兵组织，学生投入破四旧之运动，不少老师被抄家，一些教师与校领导被关入牛棚。1967年一月风暴后，校内武斗。次年工宣队进驻福州三中，成立校革命委员会，1969年，首批学生赴闽北插队落户。此后，乃复课闹革命，举办学习班，“清理阶级队伍”。文革结束后，学校才恢复正常运转。至1986年，该校班级数达40个，学生近二千，教职工逾二