蛋白会分别与一个loxP位点的前13bp和后13bp区域结合，形成一个二聚体；这个二聚体又会和另一个loxP位点上的二聚体结合成一个四聚体。Lox位点是有方向性的，而两个由四聚体连接的位点在方向上是平行的。Cre蛋白将把两个位点的DNA双链都切开，而DNA连接酶将快速将其重新连接。重组的结果取决于LoxP位点的定向，对同一条染色体臂上的两个位点，反向的情况将会导致目标序列的倒位，而同向的情况将导致其被直接删除；如果两个位点位于两条不同的染色体上，则可能引发染色体易位。Lox变体可用于两个质粒的连接。Se