谷丙转氨酶与天冬氨酸氨基转移酶的上升、血凝力失常（多伴随着弥散性血管内凝血）、白细胞减少症与的先后出现，均为诊断伊波拉出血热的非针对性指标。针对性测试方面，若病人血液样本被验出含有病毒、病毒的核糖核酸或蛋白质、相关抗体的话，即被确诊感染伊波拉病毒。细胞培养病毒测试法、聚合酶链式反应病毒核糖核酸测试法、酶联免疫吸附试验病毒蛋白测试法于早期病患者及尸体身上较为有效，而抗体测试法则适用于后期病人或痊癒者。丝状病毒（包括伊波拉病毒）因具有独特虫状构造而容易透过电子显微镜辨认，惟此无法进一步鑑定具体种类。疾病爆发