自成投降，而被慈谿人所不容，被当地人投水溺毙，王玉藻及冯元飈均为其门生，项煜在慈谿遇害时，王玉藻却置之不问，有人质疑其不顾师生情谊，王玉藻却回道：「吾岂能为向雄之待钟会哉！夫君臣之与师友，果孰重？」听到的人无不对其肃然起敬。南京城破，鲁王监国，王玉藻与沈宸荃起兵响应，晋御史，仍行使知县职权。又招募义勇，自请防守钱塘江。于是以兵科都给事中往军前效力。时驻兵江上者，有方国安、王之仁、孙嘉绩、熊汝霖、章正宸、郑道谦、钱肃乐、沈光文、陈潜夫、黄宗羲，均各自为战，无人敢先进军，且不分发王玉藻部军饷。王玉藻只得还朝。