可以划分为七个群岛：色雷斯海群岛、东爱琴群岛、北部的斯波拉泽斯群岛、基克拉泽斯群岛、萨罗尼克群岛（又称「阿尔戈－萨罗尼克群岛」）、多德卡尼斯群岛和克里特岛。爱琴海的很多岛屿或岛链实际上是陆地上山脉的延伸。一条岛链延伸到了希俄斯岛，另一条经埃维亚岛延伸至萨摩斯岛，还有一条从伯罗奔尼撒半岛经克里特岛至罗德岛，正是这条岛链将爱琴海和地中海分开。许多岛屿具有良港，不过在古代，航行于爱琴海并不是很安全。许多岛屿是火山岛，有大理石和铁矿。克里特岛是海中最大的一个岛屿，面积8000多平方公里，东西狭长，是爱琴海南部的屏障