侯奥托三世与妻子波希米亚的鲍日娜的第四子。1267年，父亲奥托三世逝世，奥托六世与兄长约翰三世、奥托五世、堂兄弟奥托四世及亨利一世共治。1286年，奥托六世逊位，加入圣殿骑士团。后来，他又成为熙笃会修士。1279年，奥托六世娶了罗马人民的国王鲁道夫一世的女儿黑德维希，两人的婚礼于维也纳举行，两人并没有子嗣。