质生物合成虽然与真核生物的很相似，但是它们有所不同。除了通过核糖体翻译合的成蛋白质外，亦存在非核糖体合而由NRPS酶催化合成的（nonribosomal peptide,NRP)，常为微生物合成的毒素。
氨基酸合成.将氨基酸聚合就可以得到蛋白质。氨基酸合成是一系列的生物化学过程（代谢途径）将从葡萄糖等建立氨基酸。并非所有氨基酸都可以生物合成，例如成人的全部20中氨基酸中，就有8种（数目有争议）氨基酸是人体无法自身合成的，需要从食物中摄取，为必需氨基酸。氨基酸会被运送至转运RNA