6年毕业后，随即在同年7月加入香港政府政务职系，于2007年4月获晋升为首长级乙一级政务官，于2010年4月晋升为首长级甲级政务官。冯程淑仪曾经任职于不同决策局及政府部门，包括包括前运输科、前政务总署、前铨敍科（后改称公务员事务科）、前教育统筹科、前布政司办公室、政府新闻处、前贸易署、民政事务局、前工商及科技局及政府资讯科技总监办公室。香港主权移交前，她曾经兼任同时布政司陈方安生及财政司曾荫权的新闻秘书。2002年，被借调到数码港管理公司担任数码港统筹专员。冯程淑仪被香港传媒形容为前香港行政长官曾荫权