控布希有反天主教倾向。同时也是因为他错误的批评了右派宗教人士。麦凯恩还被批评曾经称唿那些俘虏他的越南人为「gooks」（对亚裔人士的贬称），最初麦凯恩坚持使用这一词是正确的，在遭遇沉重批评后，麦凯恩才终于愿意对此道歉。由于道歉的迟缓，这起事件也激起了亚裔美国人的愤怒。麦凯恩之后仍赢得了几个州的初选（麻萨诸塞州、罗德岛州、康乃迪克州和佛蒙特州），但最后仍无法与布希相较量。
2004年总统选举.麦凯恩在2004年美国总统选举里公开支持布什。自从2001年911袭击事件以来，他经常赞美布