在《约翰福音》中，从来没有直接写出作者就是耶稣所爱的门徒，或是使徒约翰本人。因此，有学者认为，福音书作者的年代应该晚于十二使徒，可能与使徒约翰是不同的人。从文章风格来看，传统上认为，《约翰福音》与《约翰一书》的作者应该是同一个人，而《约翰二书》与《约翰三书》之间的关系较紧密，两个作品的作者也可能是是同一个人。但是这四篇作品是否出自同一个作者之手，则仍然有所争议，如该撒利亚的优西比乌就主张《启示录》、《约翰二书》与《约翰三书》的作者为约翰长老，非使徒约翰。