1990年任研究员。何新的职称评定都属于破格，期间被新华社、人民日报、光明日报做过新闻报道。1991年经过邓小平、李先念、王任重等领导人安排，将何新工作转调进全国政协。2003年，因公开批评政府总理朱镕基的家族贪腐和其他政策问题而被全国政协主席李瑞环免职于政协内待岗。2008年后，再度出任第十一届全国政协委员。2013年连任第十二届全国政协委员，仍然为专职委员。
矢吹晋谈话录事件.1990年12月11日，《人民日报》以一版转二、三版的编排方式，发表了当时还在中国社会科学