6岁女儿卡娣雅·萨基菲（Khadijeh Saqafi）。所有文献都指他们的婚姻和睦美满，卡娣雅·萨基菲在2009年逝世。他们育有七名儿女，其中两名不幸夭折。他的女儿全部嫁予商人或教士的家人，两名儿子投入宗教事业里。长子穆斯塔法在与父亲流亡期间在伊拉克纳杰夫逝世，霍梅尼的支持者谣传他被萨瓦克（伊朗王国的特工）所杀。他的另一名儿子艾哈迈德·霍梅尼（Ahmad Khomeini）在1995年以49岁之龄逝世，谣传指他被伊斯兰政权杀害。霍梅尼的女儿当中或许以扎赫拉·穆斯塔法维（Zahra Mostafavi）最着