飞安会于第一时间立即组成先遣小组前往马公机场，除集结民航局、复兴航空公司外并依照国际调查惯例，召集飞机制造商与发动机制造国的法国航空事故调查处(BEA)、ATR(飞机制造公司)、（TSB）及普惠公司等单位代表来台，参与飞安事故调查。7月24日中华民国国防部派出专机，将伤者送回台湾本岛医院治疗，清晨，中华民国国军及行政院海岸巡防署官兵开始搜救与清理现场任务，捡拾罹难者散碎的遗体及遗物、证件，场面悲悽。6时20分，时任中华民国交通部部长叶匡时与交通部民用航空局局长沈启，会同飞安调查委员会委员、检察官、书记