84年，直到阿卜杜拉赫曼一世将基督教部分买下。原有结构被拆除，并在原址上建立了现在的科尔多瓦大清真寺。在复国运动中，科尔多瓦于1236年重新成为基督教统治地区，大清真寺随即被改建成罗马式天主教堂，16世纪又进一步加建了文艺复兴式的大教堂和中殿。阿卜杜拉赫曼一世建造清真寺的目的之一，是将它作为王宫的一部分，并以他的妻子命名（科尔多瓦大清真寺最初叫做Aljama Mosque）。一般来讲，清真寺的礼拜堂都朝向圣城麦加，这样，信徒祈祷朝拜时就可以面向麦加方向。事实上，麦加在科尔多瓦清真寺的东南方，但这里的礼拜