它也被用于整个的现代蛇鹈属。该科与鲣鸟目的其它科，如鸬鹚科（鸬鹚属、和）和鲣鸟科（鲣鸟属、阿波特鲣鸟属和）关系密切。鸬鹚和蛇鹈的身体和腿部骨骼极为相似，它们可能属于旁系群。实际上，几块蛇鹈化石最初就被认定为鸬鹚（见下文）。一些早期的作者将蛇鹈作为蛇鹈亚科（Anhinginae）包含在鸬鹚科中，但现在通常认为这是过度统合了。然而，由于这与化石证据非常吻合，一些人将蛇鹈与鸬鹚统合在一个鸬鹚总科（Phalacrocoracoidea）中。鲣鸟也通过其特征行为而被归为一类，这与解剖学和核酸序列数据所显示的系