殿在内的许多宫殿被烧毁。上皇下令向全国征收重建宫殿的费用，但镰仓幕府辖下的东国地头皆拒绝向朝廷朝贡。这使朝廷和幕府的关系急剧恶化。承久3年（1221年）5月14日，后鸟羽上皇下达了讨伐时任幕府执权北条义时的院宣，并召集畿内、近国的武士讨伐幕府，史称承久之乱。北条义时率军反击，朝廷军大败。二个月后的7月9日，北条义时的儿子泰时率19万大军上京，将后鸟羽上皇流放隐歧岛，顺德上皇流放佐渡岛，土御门上皇流放土佐国。后鸟羽上皇的皇子雅成亲王流放但马国、赖仁亲王流放备前国。同时废黜了顺德上皇的儿子仲恭天皇，拥立后鸟