但各交通工具的承运人仍有权对乘客进行安全检查。申根成员国有权在公共政策和内部安全受到威胁时临时恢复与其它申根国之间的边境管制。当一些预见性的活动可能会带来潜在的风险时，所涉及的国家必须提前通知欧洲委员会并与其它成员国进行商讨。2010年4月，由于本笃十六世访问马耳他，该国执行了临时的边境管制。在搭乘航空器来往于申根国之间或者申根国国内时，部分航空公司会要求乘客在换取登机牌或者是登机时出示身份证明（例如身份证或护照等），这种身份检查并非官方的边境管制，而是用于建立乘客档案。还有一些往返于申根国之间的航