三十八年（1773年），再增置领队大臣二人。干隆四十八年（1783年）五月，裁乌鲁木齐参赞大臣、领队大臣，置乌鲁木齐都统、副都统各一人。以原任参赞大臣索诺穆策凌为都统。同时，改乌鲁木齐同知为迪化州知州。乌鲁木齐都统统辖乌鲁木齐（迪化州）及吐鲁番厅、哈密厅、巴里坤、古城、库尔喀喇乌苏等地驻防官军。其下有协领六人，佐领、防御、骁骑校各二十四人。吐鲁番领队大臣、哈密办事大臣、巴里坤领队大臣、古城领队大臣、库尔喀喇乌苏领队大臣归其节制。光绪八年（1882年）筹建新疆省，次年裁撤乌鲁木齐都统等各处大臣。