班牙人侵佔菲律宾后，将其改造成石城，作为基地使用。后来它又成了囚禁和处决重要政治犯之地。二战时，又被日军佔领，从而遭到美军炮轰。如今成为菲律宾的一道历史最为悠久的古迹景点。圣地亚哥古堡是取名自耶稣十二门徒之一，西庇太的儿子雅各（）。雅各也是西班牙的主保圣人。
苏禄国防御工事.在西班牙入侵之前，吕宋岛处在苏禄王朝的统治下，马尼拉也不存在。1571年，当地人用木制栅栏围成城寨，作为防御工事和皇城使用，用以低于敌人和海寇。1574年，来自潮州的林凤海盗团伙攻打此地，城寨遭到毁坏。