赛嘉措（1496年－1566年）创立，他常驻土丹根培寺。《卫藏道场胜迹》记载：贡嘎曲德寺“营建精美绝伦。大殿后堂的净香室中供有班钦·迦耶多罗的颅盖骨，颅内有极为殊胜的释迦像。”该寺内还有事续、行续、瑜伽续、无上瑜伽续的四十五种修法会供曼荼罗。文化大革命时期，该寺被当作仓库使用，所以保存完好，损失较小。21世纪初，贡嘎曲德寺有僧人约60多人。2012年，该寺35名僧人被评为西藏自治区爱国守法先进僧尼。
建筑.贡嘎曲德寺现存主要建筑包括大经堂、僧舍。大经堂，高二层，平面