兰艺术家和印度教学者W.O.J. Nieuwenkamp提出一套理论，认为婆罗浮屠起初是一朵漂浮在湖中的莲花。莲花是佛教艺术中随处可见的形象，经常作为佛陀的宝座和舍利塔的塔基。婆罗浮屠整座建筑似乎呈现一朵莲花的形象，其中的佛像似乎代表着大乘佛教中的《妙法莲华经》。塔顶的三层圆台似乎象征着莲花瓣。然而很多考古学家认为建筑周围的自然环境表明这里不存在湖泊。另一方面地质学家根据发现的粘土沉积物认为Nieuwenkamp的观点可能成立。2000年一项地层学、沉积物和花粉样本的研究表明婆罗浮屠附近曾经有过湖泊，然