例》，将管理局主席及行政总裁职位分拆，以加强政府对九铁公司的管治，并于同年12月委任田北辰为九铁公司主席，而杨启彦只留任行政总裁。
西门子事件.九广西铁一份耗资2亿8,700万元的铁路与车务控制中心间传输线路工程合约因承建商西门子公司未能按进度进行，九铁公司被揭发不但没有索偿，反而要额外付款1亿元予承建商延续工程，以期不致拖延通车。
车底机件裂缝问题.2005年12月21日，东铁一列南行列车驶至火炭站时，车底的空气压缩器支架松脱，九铁公司其后检查全列车的1