治政府购买石墙号的消息，令榎本武扬感到深深的危机，因此在箱馆军议上面计划夺取石墙号。之后宫古湾海战爆发，榎本武扬等人认为开发出能贯穿铁甲舰装甲的砲弹，就能反败为胜。不过，那个砲弹的威力还未尝试虾夷共和国军队就已经战败了。1869年3月25日爆发的宫古湾海战，配备着加特林机枪的石墙号成功击退由新选组残余人员带领的虾夷共和国军舰的夜袭，之后石墙号参与了入侵北海道，并且在箱馆湾海战与各类不同的军舰交战过。在宫古湾海战后，石墙号停泊在青森待命，同年4月9日在新政府军登陆同时从箱馆湾出击。并参与箱馆湾海战一直