同时，更始帝派遣西屏大将军申屠建、丞相司直李松、赵萌攻打常安，邓晔、于匡开武关，迎入申屠建的大军，于是联合进军常安。常安攻克，王莽被杀，新朝灭亡。此后，邓晔被更始帝任命为复汉将军、于匡吧更始帝任命为辅汉将军。建武二年（26年）正月，邓晔、于匡投降汉光武帝刘秀。光武帝复二人官爵。建武三年（27年）四月，汉军冯异在右扶风上林苑击破延岑，延岑败走，冯异派遣邓晔、于匡从析县迎击追击延岑。邓晔、于匡大胜，延岑部将苏臣以下八千余人归降。建武四年（28年）春，邓晔、于匡在右将军邓禹指挥下，于南阳郡邓县、武当县再