率领动植物研究所辗转迁移阳朔、重庆北碚等地。1946年，伍献文随单位至上海。1947年兼任江苏医学院寄生虫学教授。1948年当选为中央研究院院士。1949年上海战役前夕，由于对国民党的统治不抱有幻想，他与动物研究所全体职工拒绝了将研究所迁往台湾的提议。北平解放后，他前往北平出席中华全国第一次自然科学工作者代表大会筹备会议。中华人民共和国成立后，1950年，任中国科学院水生生物研究所副所长兼太湖淡水生物研究室主任。他领导鱼类分类组科技人员走访中国各地的水域，并采集鱼类标本，着重对占中国淡水鱼类一半的鲤科鱼