年9月24日，陈芳明到国立台湾文学馆演讲，遭遇蒋为文等人抗议。蒋为文发言质疑陈芳明「政治变色龙」、「消费台湾意识」、「充当中华民国独尊华语文学的打手」、「不配当台湾文化所所长」，陈芳明则继续演讲、不予回应。
台语教学主张.2008年4月17日，总统当选人马英九拜会台独色彩浓厚的政大台文所所长陈芳明，两人就台语推广、本土化、转型正义等议题交换意见。马英九表示，陈芳明对本土化和转型正义的看法和他「不谋而合」，他对台语推广的想法更让他印象深刻。由于马英九过去请益的对象，都是蓝营大老，而陈