于1170年驱逐了罗斯人；并在1191年一场大地震摧毁了希尔凡王朝首都沙马基后，迁都于巴库。1501年，伊朗的萨法维王朝伊斯玛仪一世攻下巴库，而消灭了希尔凡王朝。当时的城堡被数道坚固的城墙围绕，受到一面环海而另一面是壕沟的保护。1514年鄂图曼帝国于查尔迪兰战役后取得巴库；但在1540年巴库再被萨非王朝军队夺回。1603年萨非王朝的阿巴斯一世下令摧毁该城堡。
近代.在18世纪，巴库为巴库汗国都城。之后与俄罗斯帝国一直有着战争的关系。于1723年6月26日，经过长时间的围困和炮击，巴