54年，沙俄着手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯地区都落入了沙俄的手里(马、冯，2000，157-159页)。沙俄的统治，引发不少反抗，但亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，由于当时清朝统治者对中国西北回民的压逼而导致大规模的陕甘回乱，使陕甘宁地区的回民北迁至中亚的楚河沿岸，成为今日东干人的祖先。1916年沙俄对反抗运动的镇压，使不少吉尔吉斯人从中亚迁徙至当时新成立的中华民国。
苏联时期