念馆），于2002年建成。纪念馆收藏有吴健雄的所有奖章、奖状等纪念物，由袁家骝教授捐赠，以及吴健雄生前用过的的一些办公用品等。现为校史纪念馆和学术会议报告厅使用。
丁家桥校区.丁家桥校区位于鼓楼区丁家桥，占地176亩，是东南大学医学院、公共卫生学院和东南大学附属中大医院等院系所在地。原为南京铁道医学院校园，历史上曾为中央大学丁家桥二部的一部分。
九龙湖校区.2006年夏季起，东南大学主教学区迁至九龙湖校区，由此掀开东南大学发展史上崭新的一页。九龙湖校区坐