后国划为三分，熊野郡在当时随之成为领地。但之后随着宫津藩的多次改易，熊野郡也多次在宫津藩领地及幕府直辖领地之间变动，最终整个熊野郡都成为幕府直辖领，并在此设有久美滨代官所统管此地区周边的幕府直辖领。明治维新后，此地的幕府直辖领先后被划入府中裁判所、久美滨县，1871年第一次府县整併中又被併入新设立的丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中，丰冈县被废除，熊野郡被改划入京都府。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「熊野郡」，郡役所设于久美滨村（位于现在的京丹后市）。