在这些探险结束后，他身体越来越差，几乎无法再进行田野调查活动。他的主要精力转向了学术研究和出版编辑。1883年，艾伦和威廉·布鲁斯特、一起创办了美国鸟类学会。艾伦由于身体原因，没有出席学会的成立仪式，但被推选为首任主席。他也成为了学会第一份学术期刊——《海雀》的第一任总编辑。1885年，他成为纽约自然史博物馆鸟类和哺乳动物展览的策展人，之后成为了鸟类分馆的首任馆长。1886年，他成为纽约奥杜邦学会的一员。他也是美国科学促进会和美国哲学会的会员。
艾伦法则.艾伦将许多动物比较观察