列为一科，有的分类学家将旱霸王科（"Simmondsiaceae"）归入黄杨科。克朗奎斯特分类法将黄杨科列入大戟目。2003年修订的APG II 分类法确定黄杨科为真双子叶植物分支中一个独立的科，是真双子叶分支中比较原始早期分化出的一支，不属于任何一目，但建议可以和双颊果科合并，AP网建议和双颊果科合并成立一个黄杨目。