988年病逝，享寿70岁。
史蹟.昭和五年（1930年），为了推行卫生医疗和西医，日本医师松浦保成立「朴子公医院」，为一栋日洋混合的桧木两层楼建筑。然而到1930年代末，清木屋一度被侵占当作青年旅舍使用。1945年台湾光复后，国民政府将该建筑改制为朴子镇卫生所，由黄清木医师担任卫生所第一任主任。后来政府于他处新建卫生所，将原址变卖，黄清木便独资将建筑买下，开设「清木外科诊所」，作为诊所间住宅。黄清木医师逝世后，诊所遭到闲置。2015年，长孙黄崇哲与孙媳萧秀霜，受到朴子日新医院保