官南云忠一中将和参谋长草鹿龙之介少将任第三舰队指挥官。第三舰队予定为空母六只（翔鹤、瑞鹤、瑞凤和飞鹰、隼鹰、龙骧２组）和战舰2只、巡洋舰4只、长良为旗舰的驱逐舰16只共计29只的大舰队。菲律宾海海战时失去旗舰大凤跟大量舰上机飞行员，其后练成的航空机亦于台湾空战中消耗，雷伊泰湾海战时基本没有舰上机，作为诱敌舰队而参加。雷伊泰湾海战后、残存的空母集合至第1航空战队，附属联合舰队(后编入第二舰队)，第4航空战队的航空战舰伊势・日向编入第二舰队，第三舰队废止。其后、第4航空战队完成了。