各有各的问题：退化假说无法解释为何连最小的依赖寄生生存的细胞生物都一点也不像病毒，而细胞起源假说则不能解释病毒爲何呈现现在的结构。共同进化学说，或称病毒先出现学说，则与病毒的定义矛盾，因为病毒必须依赖宿主细胞存活。 但是病毒肇源久远，可追溯到生命进化分出三域以前。这项发现使现在的病毒学家不得不对这三种经典假说进行反思和重新审视。
结构.病毒粒子，亦称爲「病毒体」（viron），由化学本质爲DNA或RNA的基因和包裹着基因的蛋白质外壳构成。这个外壳叫做「衣壳」（capsid），由许多