关部门建议保留南豆芽清真寺。经北京市及东城区有关部门批准，在南豆芽清真寺原址南移25米、东移20米处，重建南豆芽清真寺。重建费用由东城区人民政府拨款。2003年，南豆芽清真寺重建完工。重建后的南豆芽清真寺位于豆瓣胡同4号，朝阳门内大街以北200米，和北京东二环相距100米。该寺规模有所扩大，大门改设在西面，面阔增为三间。
建筑.重建后的南豆芽清真寺坐东朝西，大门前是南北方向的豆瓣胡同。大门左侧有穆斯林餐馆，右侧有牛羊肉门市部。大门上方挂有黑色“清真寺”匾额。进入大门，过道左侧为传达