亦是中华民国全国医疗体系中最重要的防疫机构。另外，台北市政府为了使原有的各处市立医院之医疗资源能有效整合，遂自2005年元旦起将过去市内各医疗单位整併成为台北市立联合医院，并分设七大院区，院本部则设于大同区中兴院区。台北市的医疗资源十分丰沛，依台北市政府卫生局统计，2015年底台北市计有37家医院、3,452家诊所，较2014年底分别减少1家（-2.6%）、增加40家（1.2%），其中西医诊所1,607家、牙医诊所1,343家及中医诊所502家；其中医学中心共有8座，为全台各县市之冠，各行政区每万人医疗