旨命其统军入京，毓贤却不想出发，暗地里唆使山西民众唿吁朝廷让他留下，朝廷不允，再发旨催促。1900年7月，毓贤不得已才上路，而上路前还告诉义和团民：「教民罪大，焚杀任汝为之，勿任地方官阻止也。」当时，联军已破京师，毓贤在路上遇到逃亡的太后与皇帝。清廷与八国联军议和时，联军指毓贤为罪魁祸首。1900年9月26日，毓贤被革职，发放新疆。毓贤至兰州，住八旗会馆，当时将要过年，当时护理陕甘总督李廷箫宴请毓贤吃饭。1901年2月13日，清廷下令加重对「首祸诸臣」之惩处：毓贤即行正法。李廷箫接旨，持告毓贤，毓贤说，「死