球季结束后更首次入选香港足球明星选举最佳11人，惟他在球季后在未获杰志同意下参加小型球赛，导致右脚小腿骨折需要休息两个月，令他因此无法参加巴克莱亚洲锦标赛及世界盃外围赛，同时被杰志褫夺副队长职位，2012年4月，他协助杰志捧走联赛盃冠军，更在4月19日对公民前获颁联赛的3月最有价值球员，总结2011/12球季，林嘉纬协助杰志夺得联赛，联赛盃及足总盃三料冠军，更获得亚协盃资格，2012/13年球季前，林嘉纬于对英超球会阿仙奴的赛马会慈善信託基金挑战盃，交出1个助攻，最终协助杰志以2–2赛和对手，当季季中获