有利的政局，在自邸周围驻扎了同盟守护大名的士兵，并包围皇宫和花之御所，要求义政放逐政长和胜元等人。义政拒绝放逐胜元，但以众大名不得插手为条件，准许义就攻撃政长。正月18日、政长在自邸放火，率兵在上御灵神社（京都市上京区）佈阵。义就把后土御门天皇和后花园上皇送到室町亭避难。上御灵神社被竹林包围、西方有小河流过、南方为相国寺堀的位置。义就得到斯波义廉、山名政丰、朝仓孝景的支援，由释迦堂出兵攻撃政长。战斗持续至傍晚，政长于夜半向神社放火，并逃走到胜元邸。御灵之战表面上是畠山氏的内斗，其实是宗全排除细川派的