以必须进行公开招标，而引来民间厂商的兴趣。对于这种情况，盐光文教基金会与文史工作者联合声明反对营利导向的民间业者涉入盐博馆的经营。最后盐博馆的经营权仍然进行了公开招标，由盐光基金会取得两年的经营权。而在这两年期间，盐光基金会协助提供许多盐业资料给文史工作者、研究生及学者，所做的相关研究也对地方政府建立盐业相关遗址历史建筑或古蹟鑑定有所助益，但仍然由于入不敷出而在经营一年后亏损上千万元。最后盐光基金会只好维持最基本的运作，直到经营期限2006年12月为止。另一方面，由于原本要将盐博馆转交海生馆的计画亦