还是前总统夫人曾文惠聆赏音乐演奏会的亲近乐友。2002年，高慈美被发现肺部有肿瘤，因年事已高，医生不建议开刀，家人也没向她透露病情。她直到身体愈来愈虚弱，也不曾抱怨，在进食前仍祷告，但因会忘却自己祷告过否，所以常在一餐中前后祷告多次。2004年，在仁爱医院去世。
身后.高慈美有一台琴键为象牙材质的山叶演奏一号琴，当时价格在相当于2006年的新台币一百万。2006年10月，经由清大教授萧嫣嫣牵线，高慈美媳妇郭月如以十四万元代价将此三十年老钢琴卖给国立清华大学园内的苏格猫底二手书咖