发动两次英荷战争，结果因为战局不利，得失参半；国内政局反而卷入外国势力的斗争，深受法、荷的操控与干扰。1678年，反天主教的激进派议会，利用“天主教阴谋”酿成的政治大风暴，展开对天主教徒的强力迫害，并试图彻底架空王权。1679年，查理二世签署国会制定的“人权保护法”，以后政治人物即使身处风暴，仍有一定的人权保障。1681年后查理掌握主动，打败政敌并大幅提升王权，重建了其父的绝对君主制（专制王权）。1685年查理二世去世。他为了顺应民心，长期保持英国国教的信仰；但他生前一向同情天主教，临死前就皈依了天主教