取得2017年亚冠盃参赛资格。2016年7月，东方因球队管理层出现变动及财政问题宣佈放弃参加2017年亚洲盃赛赛事，南区一度取得2017年亚冠盃参赛资格，最终得而复失。2016年3月15日，冠忠南区赞助香港FIFA足球游戏玩家Ronnie Yau到新加坡参加FIFA第二季度地区决赛。2016–17球季，南区以36分夺得港超联季军，缔造球会自2012年首度参加本地顶级联赛的最佳成绩。2017–18球季，南区以26分夺得港超联第五名，主场香港仔运动场于2017年8月受到台风损毁主看台，南区部份主场赛事需要改