982年，琳·马古利斯为缺乏波动足的厌氧变形虫创建了泥生亚纲，多核变形虫属是该纲内的唯一一种属。之后，汤玛斯·卡弗利尔-史密斯加入一些其他无线粒体的原始变形虫，并创建了变形虫纲。再之后变线虫纲与其他缺乏线粒体的生物鞭毛虫类和微孢子虫一同又被归类于新的源真核生物界。在1988年，多核变形虫的原始形态又再一次被怀疑，Joe I. Griffin的研究表明沼泽多核变形虫确实拥有不成熟的基础鞭毛，它可以进行简单的有丝分裂，Griffin表明多核变形虫既不是真核细胞生物的原始形态，也没有和其他变形虫类存在很大的不