4年朝鲜对日本和谈期间，李亿祺随李舜臣参加第二次唐项浦海战。李舜臣被元均等政敌指控为妨碍和谈，罢免了官职。此间，李亿祺曾多次为李舜臣说情。1597年丁酉再乱时，李亿祺跟随元均，率朝鲜水军前往巨济岛，试图攻打当地的日本水军。但途中在漆川梁遭遇日本水军的伏击，大败，李亿祺投水而死。谥号毅愍，追赠兵曹判书、完兴君。1600年，与李舜臣同被祀于忠愍祠。为纪念李亿祺，大韩民国海军张保皐级潜艇的第九艘被命名为「李亿祺号」。