军与海军拥有各自的空中武力部队。
海军.明治政府继承了江户时代以来等组织的一些海军操练所与海军伝习所外加其他相关人员和装备。1870年（明治3年），陆海军正式分离。1872年（明治5年），海军省在川村纯义与胜海舟的指导下在东京都筑地区建立。1876年（明治9年）创立了海军兵学校。1893年（明治26年）成立了军令部。由于萨摩藩在西南战争中失去的影响力，早期的明治政府把陆军的发展重于海军。1903年（明治36年），在成立了参谋本部后，通过了两名海军大臣西乡从道和山本权兵卫的主张，开始