赫卡忒也是女巫的守护神，她曾帮助自己的女祭司美狄亚获取伊阿宋的爱情，并指导她配制使科尔喀斯凶龙昏睡的魔药。另外一说，赫卡忒就是美狄亚（或喀耳刻，二者皆为女巫）的母亲，她们的高强魔法都是来自于她的传授。自从欧里庇得斯写了悲剧《美狄亚》之后，赫卡忒便经常与黑魔法联系在一起。在中世纪和近代的欧洲，人们视赫卡忒为女巫和妖魔鬼怪的庇护者（莎士比亚在《麦克白》中引用了这一点），并将她称为“女巫皇后（Queen of Witches）”。赫卡忒在冥府的侍从是复仇三女神—厄里倪厄斯（Erinnyes）、恩浦萨（Empusa