15年（1546年），道三重返京都，并且还俗，专注于医学。道三曾经先后替将军足利义藤（足利义辉）、细川晴元、三好长庆和松永久秀等武将诊症，名声鹊起，并且在京都建立一间称为启迪院的医学校。按《云阵夜话》记载，永禄9年（1566年），毛利元就进攻出云月山富田城的尼子义久时在阵中病倒，道三曾经前往诊症。天正2年（1574年），道三写成《》，并且在同年获正亲町天皇接见，替其诊症的同时献上此书，正亲町天皇便命僧人替他写序，并且赐道三翠竹院的称号。织田信长在上洛后，道三亦替其诊症，并且获赏赐名香。道三的作品除了