到1562年时尼子家臣服于毛利元就，才以毛利家的胜利告终。后来元就之孙毛利辉元在1584年臣服丰臣秀吉，成为毛利家与丰臣家各派家臣担任奉行共管，并成为后来侵略朝鲜时的主要资金来源。后于1600年毛利辉元在关原之战失败，被德川家康大幅减封，石见银山被江户幕府纳为直辖领，派驻银山奉行管理，在1602年时仍有高达4～5千贯的产值，但此后产量逐渐下降。明治维新后，石见银山曾交由民间经营，但效能不彰，最终于1943年完全封山。银山在1969年时成为日本国指定史迹，为使石见银山进一步註册世界遗产，当地居民组成了