，一群希腊商人抵达冈多科罗一带，在白尼罗河西岸建立朱巴镇。他们和朱巴当地的原住民结好，在朱巴建立日后成为商业区的贸易城镇。希腊人盖的这些屋子成为银行、旅馆和领事官邸，也是少数存留到1940年代的建筑物。1899年至1956年间，朱巴由英国和埃及共管，英国在1942年曾有过将乌干达北部和南苏丹合併的提案，但之后没有实行，反而是在1947年的上将南苏丹和北苏丹统合为一个行政区。1955年，叛军在南苏丹城市托里特发动叛变，第一次苏丹内战爆发。内战一直打到1972年才结束，但1983年内战再度爆发，朱巴成为政府