拒绝。气愤之下，金时敏当着兵曹判书的面，将自己的军帽脱下并扔在地上践踏，辞职归乡了。1583年，女真酋长尼汤介侵犯朝鲜（尼汤介之乱），金时敏追随郑彦信，击退了女真的进攻。此后，金时敏重新踏上了仕途。1591年，被任命为晋州判官。1592年，日本丰臣秀吉侵略朝鲜。金时敏在上司晋州牧使死后，被推举为代理牧使。他以全罗道的晋州城为中心，对日军入侵之后的混乱局面进行了收拾。在谷城、镇海等地击破日军，俘虏日将平小太。其战功受到了朝鲜朝廷的确认，正式升任晋州牧使。同年10月，日军细川忠兴率2万军队勐攻晋州城