三十年壬寅升右庶子，掌司经局。是年，李贽遇难，同年十月，黄辉请辞归里。万历三十九（1611年），升少詹事兼侍读学士，万历四十年（1612年），卒于官。葬南充县东十五里。
文学.黄辉以诗和书法闻名。他的诗清新轻俊，与公安派的主将陶望龄齐名。他与公安派主力袁宏道同一学馆，其诗文理论也相唿应，不但主张为文应抒发当时代个人的真性情，反对「文必秦汉、诗必盛唐」说法，也极力驳斥王世贞、李攀龙之全然模仿古文的文坛主流。有《贻春堂集》、《铁菴诗选》。