顺治十六年（1659年）由某居士捐资修葺。清朝康熙十年（1671年），礼部尚书龚鼎孳主持重修。龚鼎孳撰碑记称，寺院殿宇“规模宏丽，表表杰出。”长安寺旧日以奇花和名树而闻名，山门前的汉白玉台阶两侧，现存古玉兰、紫薇等花木。寺院的后院内，有两株据传种植于元朝的白皮松，被誉为“松树大仙”。 中华人民共和国成立初，自1950年代末起，长安寺为北京军区部队使用。文化大革命期间，长安寺被毁坏，各殿佛像及法器荡然无存，寺内还住进了居民。文化大革命结束后，占用长安寺的各单位及居民开始陆续迁出，但仍有部分居民一直居住