荒废松弛、西北少数民族时时伺机入侵。马文升严格考查将校，贬退三十余个贪婪懦弱的军官，奸人对他十分怨恨，夜间持弓伺其门旁，有的写谤书射入东长安门内。明孝宗知道后，诏锦衣卫缉捕，给马文升二十二个骑士，保卫他进出。马文升请求退休，明孝宗下诏慰留不许。鞑靼小王子率数万骑兵在大同塞外游牧，气势汹汹。马文升因病休假，明孝宗派宦官带太医去探视，借此问计。马文升说小王子被别的部落才打败不久，没有什么作为，请暗地做些防备，而在外则虚张声势地威慑之，那么小王子必定会离去。按计实行，果然如此。马文升的继母去世，明孝宗下诏起用