台北府、原台湾府改称台南府，失去全台唯一政治中心的地位；光绪11年，台湾建省，省治初设今台中一带，稍后改于台北，台南由全岛中心成为区域中心。
台湾民主国时期.1895年4月，《马关条约》签订，台湾、澎湖割予日本。5月，台湾巡抚唐景崧发布「台湾民主国独立宣言」，共和国政体的台湾民主国在台北成立。6月，义勇军在台南拥立原大将军刘永福为第二任大总统，以台南为都，设总统府于大天后宫。学者将刘永福在台南所建的政权称之为「台南共和」（Tainan Republic）或「第二共和」（Second