聘主办厦门《福建日日新闻》，因美国吞并菲律宾后严格限制闽人移民菲律宾，黄乃裳在报纸中抨击了美国政府，导致报纸被罚停刊，复刊后更名为《福建日报》。光绪三十二年（1906年）6月，黄乃裳在新加坡会见了孙中山并加入同盟会，此后他在国内外各地宣传革命，抨击康梁的保皇说。光绪三十三年（1907年）参与策划了潮州黄冈起义，同年回到故乡闽清创办教育和实业。
君主立宪改革.宣统元年（1909年），清政府开始推行立宪，福建成立了福建省咨议局，黄乃裳被推举为常驻议员，他也是当时咨议局议员中唯一一位