十一年（1922年）开辟台南运河而拆除。囝仔宫社北极殿则据说是在日治时期因为开辟马路而拆除。由于增祀了保生大帝与玄天上帝，命名遂改成灵济殿。此外安平水仙宫的水仙禹王也在水仙宫被拆除后供奉于此。
祀神.正殿神龛内：伍府大恩主公、保生大帝、伍府二恩主正殿神龛前：玄天上帝（分为大帝、二帝、三帝、四帝、五帝）神龛前案桌：无量寿佛（玄天上帝）、吏部天官薛府大帝、蚋府三元帅、方府大帝、伍府三恩主、苏府二千岁、泉州何府千岁、曾府大帝、傅府大帝、胡府大帝、胡府千岁、黄府元帅等拜殿案桌：