正面战场外，中国共产党在广东组建敌后抗日根据地，组织敌后群众开展游击战。（参见东江纵队）
国共内战.民国35年（1946年）开始爆发第二次国共内战，国民政府节节败退。随着1949年10月广东战役结束，广东省大陆地区被解放军攻佔，国军于万山群岛等沿海岛屿集中兵力。民国39年（1950年）5月25日，解放军展开对万山群岛的攻击，强行抢滩登陆，史称万山群岛海战。战事初期国军报捷，击沉解放军桂山号等军舰，但随着解放军不断增援，国军兵力不继。8月7日，国军撤守最后防线蚊尾洲岛，至此广东全省为