系列各染料则主要根据其激发光的最大波长（nm）命名。
产品比较.Alexa系列染料通过化学合成方法在香豆素、氧杂蒽(如荧光素和罗丹明)、青色素等染料中引入磺酸酯基团，使得Alexa染料呈负电性和亲水性，让Alexa具有更好的光学稳定性、发光强度以及pH的适应性。美国生命技术公司收购分子探针公司后拥有相关专利。第三方机构曾比较AlexaFluor647和Cy5(它们具有类似的波长)对DNA染色的情况，发现Cy5的颜色更为明亮，但是光学稳定性不及Alexa 647。另有研究则发现A