86年，教职员工逃亡至康斯坦茨。1698年随着大同盟战争结束，弗莱堡根据莱斯维克条约交还予哈布斯堡王朝。大学也随之回到了弗莱堡市。
改革时期.1698年，奥地利重新占领前奥地利地区，弗莱堡作为前奥地利首府。弗莱堡大学建校初期为天主教信仰的一个堡垒。这在开始时引发了人文主义思潮的兴起，但因新兴学科的出现，仅允许天主教徒入校便成为了科学研究的障碍。1620年，罗马天主教会因为推动反宗教改革，不确定弗莱堡大学的信仰问题，而将两个院系的行政权收归由教廷直辖。奥地利大公玛丽亚·特蕾西亚则着手