洲冠军联赛处子秀则是在2009年3月10日拜仁以7比1战胜里斯本竞技的比赛中，于第72分钟替换巴斯蒂安·施魏因斯泰格出场并射入最后1球，帮助球队以两回合总比分12比1晋级。
拜仁慕尼黑.穆勒在2009年2月连同其二队队友霍尔格·巴德施图伯签署了他们的第一份职业合同，该合同为期两年，从2009-10赛季起生效。他原本准备通过租借或转会的方式以谋求更多的一线队出场机会，但当范加尔就任主教练后，这两位球员从赛季开始之初便成为了拜仁一线队的固定成员。在最初的几场比赛中，穆勒主要是作为替补登