胡汉民联名通电，反对袁世凯的善后大借款。6月，袁罢免了柏、李、胡三位都督，并派军队南进。7月，柏发表了反袁派都督各省独立宣言，举兵反袁。二次革命爆发。此后，反袁派败北，柏流亡日本。1914年（民国3年）他加入中华革命党。1915年（民国4年）12月护国战争爆发，柏文蔚到南洋为护国军募集资金。1916年（民国5年）2月29日他归国，到上海。1916年10月8日再授陆军中将并加上将衔。
护法战争后.1918年（民国7年）10月，孙文发动护法战争，柏文蔚支持，被任命为靖国军川颚联军前