地方检察署针对佔领立法院案、佔领行政院案、路过台北市政府警察局中正第一分局案，共起诉119人。同年5月，还有39名抗议者因为参与佔领行政院，被指控违法入侵。此外，江宜桦内阁还另外起诉126名参与行政院行动的抗议者。到了2016年5月20日，新任总统蔡英文任命的行政院院长林全，选择放弃告诉乃论的刑事指控，也是林全内阁首个政治决策。同年6月，台湾台北地方法院开始传唤21名抗议者出庭，首先是被指控犯有多项罪名的陈为廷、黄国昌和林飞帆等人。最后台湾台北地方检察署依照煽动罪、妨害公务等多项罪名，起诉要角黄国昌、林