治明治三十四年）11月，全台设置二十厅，该庄隶属于盐水港厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「番子寮」大字，隶属于台南州嘉义郡水上庄。战后水上庄改制为水上乡，隶属于台南县，大字亦改制为村。1950年云、嘉、南分治，水上乡改隶属于嘉义县。
聚落.本地区发展较早的聚落为下菜园、溪洲仔、番仔藔、红毛藔、石仔硄（石仔缸）、半月中、槟榔树下等，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚