幼聪慧好学。天启七年（1627年）中举人，崇祯四年（1631年）中进士。任河南林县知县，崇祯六年（1633年），调安阳县知县。政绩卓着，两处邑人皆为其建立生祠。此后升礼部祠祭司主事，迁本部郎中。崇祯十二年（1639年）调河南分巡道兼右参议，整饬彰德、卫辉、怀庆三府。当时局势混乱，盗贼蜂起，崇祯十三年（1640年）巩焴申请去职，先侨寓西安，次年返回原籍。崇祯十五年（1642年）复起，任河南巡抚，未赴任。崇祯十六年（1643年）又补授河南布政使司参政，未及赴任，李自成大军已包围西安。城陷之后，巩焴逃到山