完工后，台电公司将其转交由马祖战地政务委员会来负责督导管理。同年12月，马祖战地政务委员会向台电公司申请借调两名技术人员来到南竿发电厂担任厂长及副厂长，负责发电厂的营运、运转与维护工作。1974年，南竿发电厂扩建厂房一栋。1975年，由于时任总统的蒋中正离世，马祖战地政务委员会为纪念，因此将南竿发电厂改名为志清发电厂。同年开始规划扩建南竿志清发电厂，台电公司派员设计、监造并在1976年6月赠送一部德国曼海姆能源装置容量500瓩的旧柴油发电机至志清发电厂协助安装完工发电。1980年3月，台电公司应马祖战地