祖朱元璋因元崇明知州何允孚率众归附，御书“东海瀛州”赠之。洪武二年（1369年），因地坍户减，降崇明州为崇明县，仍隶扬州路。并置县署，以胡兴福为首任知县。洪武八年（1375年），改隶苏州府。永乐十八年（1420年），县城南为海潮所迫，坍于水，知县高居正、王瑛及指挥江麟在原县城以北10里的姚刘沙秦家符新建县城，城墙方圆仍九里许。宣德年间（1426至1435年），明廷批准巡抚周忱奏请，规定崇明以四山封疆，即狼山以南，宝山以北，西起福山，东迄畲山，其水面皆为崇明境域，境内新涨沙洲一律归属崇明。弘治十年（1497年