等领导的三·一八运动，遭到段祺瑞政府通缉。1926年底，潘祖诒回到福州，担任《福建民国日报》的主笔。后因其文章惹怒蒋介石，又遭蒋介石通缉，遂逃至浙江杭州，自1928年至1937年在杭州居住。其间高梦旦委托他替商务印书馆翻译外文科学文献，其译作有的收入《万有文库》中。抗日战争期间，潘祖诒来到重庆任职，后赴昆明。1940年，潘祖诒到广州广东省立文理学院任教务长。1942年潘祖诒转任中山大学师范学院哲学教授。潘祖诒于1946年病逝。他是周易研究专家，曾经着有多本易学研究专着。