日本与外界完全隔绝，处在封闭中达两百年之久。这期间，虽然没有神父，但长崎一带仍有一个教友核心团体残存下来，他们保持信德，世代相传。
耶稣会东亚5大学「全球领导力」课程.2008年开始，东亚4所耶稣会顶尖大学－日本上智大学、韩国西江大学、菲律宾马尼拉雅典耀大学、台湾辅仁大学联合开办「全球领导力课程」（），课程目标透过小组讨论，培养现代社会的未来全球领导人。2012年，印尼圣那塔达玛大学加入，课程改称「东亚5大学」。2013年，美国马凯特大学受邀参观。
迫害