晚年时，孙峻升任武卫都尉，并任侍中。曾向孙权推荐诸葛恪。孙权临死前孙峻受遗诏与诸葛恪、滕胤共同辅政，领武卫将军，封都乡侯。
诛杀诸葛恪.孙权死后，诸葛恪专权。建兴二年春（253年），诸葛恪不听劝谏，劳师动众征调大军二十万出兵攻打曹魏，逐渐失去民心。诸葛恪围攻合肥新城但久攻不下，军中爆发疾病，很多将士病倒，将领报告但诸葛恪认为是谎报，不予理会。曹魏趁势进兵，诸葛恪才撤军，但吴军已伤亡惨重，上下怨声载道。诸葛恪出征归来后，将先前选曹奏准任命的各衙署长官全部罢免，重新挑选。又更换宫廷守卫