勒密九世被母亲克利奥帕特拉三世所逼而被迫退位，从此关于塞勒涅的历史资料开始模煳不清。她可能在当年改嫁给了新任国王即二哥托勒密十世，成为他的第一任妻子，他们可能有一个儿子，即托勒密十一世。但是4年后（前103年），塞勒涅像她姐姐一样被母亲赶出了埃及，逃亡叙利亚。
在叙利亚.逃亡叙利亚的当年（前103年）或者次年（前102年），塞勒涅嫁给了塞琉古国王安条克八世，成为他的第二任妻子和王后，但两人没有留下后代。前97年或前96年，安条克八世被暗杀，塞勒涅王后于前96年改嫁给小叔子安条克九世