文献指无板纲乃并系群。过往当生物分类学纯綷以形态学为分类准则之时，无板纲物种曾被以为跟海参同类，这一点可在1987年之前的分类中看见。从1987年起，无板纲得到确认为软体动物门​一个独立的纲。当时的无板纲由两个群组成，分别为：这两个群最初以为只是并系群，但近年的分子数据支持两个群是单系群的论说。而从分子数据及化石的分析，无板纲很大可能是从多板纲演化，只是后来这些「板」都退化了。后来沟腹亚纲和尾腔亚纲都升格至纲级。现时本纲包括六个科、15个属、约150个物种，分别如下：