六年（1662年），永历帝父子及眷属25人在昆明被吴三桂用弓弦缢死，同年，李定国闻讯后发病死于缅甸勐腊，但是缅甸果敢地区尚留明朝残余军队，尚未被清军肃清。
明郑王朝.永历被害后，全国较大规模的抗清活动就只有夔东十三家军与在台湾的明郑两支了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始对其进行绞杀。1664年，夔东十三家军抗清失败。首领李来亨全家自焚 。郑成功则坚持在东南沿海地区进行抗清活动。一度攻克过漳泉二