数社运团体仍然保持对抗新潮流系；社运界要了解，民进党并非唯一的选择与依靠。2004年4月13日，民进党中常会通过2004年立法委员选举党内初选时程，新潮流系召开政协会议初步决定推荐4至5人参选全国不分区立法委员。2005年12月，原新潮流系成员翁金珠接受林义雄的託付，宣佈参选民进党主席；新潮流系总召集人段宜康以「翁金珠未与新潮流报备即自行参选」为由，自认督导不周而辞去总召，由洪奇昌代理总召。之后，由赖清德继任新潮流系总召。
名义上的解散.2006年7月23日，立法委员王幸男