呋喃唑酮口服吸收率低，通过血液循环主要停留在肠道内。但该药物对肝、肾刺激大、易充血及发生体内糖代谢及神经病变作用，并可在体内残留。罗玉双等人（2006）报道了多次口灌呋喃唑酮在草鱼体内的消除与残留研究，发现呋喃唑酮在草鱼体内主要分布在肾脏和肝脏，药物在血浆、肌肉、肝脏、肾脏中消除时间分别为72小时、15天、20天、20天。
副作用.过量使用呋喃唑酮可能会导致胃肠道反应（如恶心、呕吐、厌食、腹泻，一般反应较轻）；溶血性贫血、皮疹、药热等过敏反应；多发性神经炎；新生儿和G-6-PH缺