律宾在世界卫生大会全会中，对于「邀请台湾以参与世界卫生大会」的提案表决，投下弃权票。菲律宾卫生部长原订2006年12月3日抵台参加「全球卫生领袖论坛」，并见证签署《台菲卫生合作了解备忘录》仪式。但中华人民共和国获悉后全力向菲律宾总统府施压成功，总统亚罗育令其取消访台行程。台湾与菲律宾对于巴士海崃的经济海域划分尚未协商，因此常发生菲律宾军队扣押甚至枪杀台湾渔民的事件，引发双方外交上的冲突。2013年5月9日，台湾屏东县琉球乡籍渔船在巴士海崃上遭菲国公务船用机枪扫射，造成船长之父中弹丧命，引起双边关系紧张