政治科学，开始进行激进的泛非政治运动。大学时期，他创立了大学生非洲革命阵线（），并领导学生代表团前往葡属莫桑比克境内的莫桑比克解放阵线控制区。在当地，穆塞韦尼接受武装游击训练。在左派历史学家沃尔特·罗德尼（）的教导下，他完成了一篇学士论文，内容是探讨弗朗茨·法农暴力革命理论在后殖民主义时期于非洲的可行性。1970年，穆塞韦尼加入乌干达总统米尔顿·奥博特的军事情报机关。当阿敏将军在1971年1月发动军事政变、夺权后，穆塞韦尼与包含奥博特总统在内的人流亡到坦桑尼亚。
推翻阿敏（197