郑成功一向治军严苛，害怕自己一旦再犯错就会送命，于是便与副将苏明商议，决定向清朝投降，献出海澄县城。海澄是郑成功多年来投注了相当多人力、物力建造起来的坚固堡垒，黄梧的投降无疑给了郑成功一大打击。起兵后的十多年，郑成功的据地仍然只以金门、厦门等闽南沿海岛屿为主。但郑成功完全控制了海权，一方面深入内陆广设商业据点“山五商”，开辟货源以和外国人贸易、走私来累积资金；一方面以此募兵（包含日本人、南岛人、白人、黑人等外籍佣兵）及进口盔甲、铳砲、刀剑等武器来筹备军力、军备；又以内陆的商业据点为基，发展反清复明的情报