科研区，面积近800亩。北园东边的部分是金陵大学旧址，2006年列为第六批全国重点文物保护单位。北园内金陵苑一带为中华传统风格建筑群，其中的北大楼已经成为南京大学的标志性建筑。由于鼓楼校区的空间局限，1993年启用了浦口校区。浦口校区位于长江北岸的浦口区，面积2800亩，背靠龙王山，面临南京高新技术开发区，和江南市中心的鼓楼校区相距18公里。由于交通不便等原因，当时曾经一直存在是否继续建设的争论。2009年浦口校区成为金陵学院校园。南京大学仙林校区位于南京东北部栖霞区仙林大学城仙林大道九乡河路以东一