尔纽斯的航线，稍后还会开办由塔林至圣彼得堡以及塔林至明斯克的航线爱沙尼亚航空公司与北欧航空具有很强的联系，经常飞行北欧航空位于哥本哈根、奥斯陆和斯德哥尔摩的枢纽。爱沙尼亚航空拥有良好的联系网络，参加北欧航空的EuroBonus飞行奖励计划，此外还与北欧航空共享统筹的时间表和共享机场贵宾休息室等等，亦共享其他产品和服务。北欧航空是星空联盟的成员，但由于运营商有不同，所以爱沙尼亚航空并不属于星空联盟或任何其他航空联盟。北欧航空拥有爱沙尼亚航空49%的股权、爱沙尼亚政府拥有爱沙尼亚航空34%的股权，而