自体免疫疾病的患者本身必须在分辨自身及外来分子的能力上有缺憾。在很多细胞内均有着自身辨认的标记。但是某一些标记却容许类风湿性关节炎发生。约90%的病人都有着HLA-DR4/DR19标记，而对照中只有40%带有此标记。因此在理论上，类风湿性关节炎的发生会受基因遗传及一些感染事件来引发免疫反应。一旦引发免疫反应，会使滑膜发炎。早期及中期发炎的分子媒介包括有肿瘤坏死因子α（TNF-α）、介白质-1、介白质-6、介白质-8及介白质-15、转化生长因子-β、纤维母细胞生长因子及血小板源生长因子。现代药理学的治疗都