不断扩张至现今的16个教区。而1889年颁布的《大日本帝国宪法》中，明确规范宗教信仰的自由，也确保日本天主教会的事业不受政治力量的干扰。1891年6月15日，日本建立圣统制，象征日本天主教会从传教区体制转为教务状态渐上轨道的教区制。1960年3月28日，教宗若望二十三世任命时任东京总主教土井辰雄为枢机，成为日本第一位担任枢机者。
现况.截至2018年底的统计，日本的天主教会共设有3个教省、16个教区（包括3个总教区）以及777个堂区，并设有一个主教团做为教会最高领导机构。日本信仰天