立场及言论，引起部分建制派人士不满，因此他多次受到亲中共传媒如《文汇报》、《大公报》、《香港商报》的点名抨击，评论称他身为官方香港电台节目主持，在某些事中，例如早前的「刘晓波获诺贝尔和平奖」、「毒奶受害者代表赵连海」等，他在节目中批评内地政府及制度，立场反共。吴亦常在报章撰文批评特区政府。不过与其他泛民主派传媒人相比，吴的立场尚算温和。
争议事件.
宗教言论.2009年1月9日，吴志森主持的电台节目，讨论是否把「同性同居者」列入家庭的定义，期间有自称「维护传统