高铁财改.在李登辉和陈水扁时代形成的高铁财务问题，马政府任内透过台湾高铁财务改革成功解决，之后由蔡英文政府收割。
第一次任期.马英九政府的政策，初期以振兴国内经济、改善两岸关系为方针。内政方面，推行「爱台十二建设」，实施扩大内需方案，并积极推动行政区重划与合併。两岸关系方面，以举行江陈会谈、签订ECFA等方式以加强两岸合作；对于两岸的政治地位，不同于李登辉时代以来的「特殊国与国关系」，改为主张「一个中国各自表述」，并且认同所谓的九二共识。外交政策上，不同