邻国马来西亚常在水源、领土、种族、宗教、教育有争执：例如马来西亚向新加坡供水的价格问题、白礁主权争议（2008年5月23日经国际法院裁决，白礁主权属于新加坡）、新加坡填海工程和新马长堤大桥修建、2002年新加坡的一所政府学校决定开除一名坚持戴头巾上学的穆斯林女学生后，许多马来西亚人就曾到新加坡驻马来西亚大使馆前示威抗议。新加坡电影跑吧！孩子提及到马来西亚和新加坡复杂的外交关系。在李光耀逝世期间，马来西亚前首相马哈迪·莫哈末在其部落格发表了主题为“光耀与我”的文章。他对李光耀的逝世表示悲伤及哀悼。他说