击败中国国民党籍候选人曾永权而当选，并于12月20日就任，结束国民党在屏东县长期执政的局面。县长任内，积极推销屏东的农产品，使「黑珍珠」莲雾远近驰名，有「屏东的黑珍珠」之称；屏东县政府的行政效率也获省政府考察连续三十九个月第一名。1993年，苏贞昌竞选连任，与国民党籍参选人、时任省政府交通处处长的伍泽元竞选，最终以一万两千票的差距落选。1993年11月22日，苏贞昌受民进党主席施明德之邀，北上担任民进党中央党部秘书长兼发言人。秘书长任内，苏贞昌与副秘书长邱义仁合作，办理首次党籍总检查，并顺利举行第一