52年接连发生「毛邦初事件」与「杜长城案」，蒋经国对毛人凤恨之入骨，杜长城与胡凌影等人被枪决。蒋经国开始进行情报改组，建立现代谍报体制。
情报局时代.1955年保密局改组为不再肃谍与保安的情报局，隶属国防部。毛人凤仍为首任中华民国国防部情报局首任局长，官拜上将，基本上已无实权。
任内病逝.1956年12月11日情报局长任内因心脏病病逝。毛人凤葬于今新北市汐止区昊天岭，其墓园约百坪，称为昊天。毛人凤墓旁有“陆军上将毛君人凤墓表”，墓志铭则为“忠勤永念”。该墓