诊断患有淋巴癌，接受了为期三个月的化疗。治疗开始时，他辞去了贸工部长的职位，即使他仍然是副总理。李化疗成功，癌症也已缓解了。1998年，李被委任为新加坡金融管理局局长，2001年被委任为财政部长（）。1999年11月，世界客属第15届恳亲大会在马来西亚吉隆坡成功举办，李光耀、李显龙以及马来西亚首相马哈迪·莫哈末出席闭幕式并致辞。为缓解因为降低企业税和个人税而税收入下降，以及其他因素如伊拉克战争以及SARS的爆发，而导致的不断增长的预算赤字，2003年8月29日，李显龙提议将消费税（，简称GST）