进转型正义委员会共4个二级机关，以及飞航安全调查委员会和不当党产处理委员会共2个三级机关为「独立机关」。依照《》第三条第二款之规定，独立机关系指「依据法律独立行使职权，自主运作，除法律另有规定外，不受其他机关指挥监督之合议制机关」；各独立机关首长皆採取任期制，不随内阁改组而有所变动。
法源依据.规范中央行政机关整体架构的法律，除了《中华民国宪法》之外，主要是以《》和《》作为准则，并以《》规范各机关的员额总数。依照现行《行政院组织法》第三、第四、第五条的规定，行政院设有内政、外交