清光绪十年），中法战争后，清朝廷再度重视台湾，次年，台湾建省，1887年（光绪十三年）8月台湾省正式运作。首任巡抚刘铭传以「辖境太广，则耳目难周；控制太宽，则声气多阻。」建议重划台湾郡县，于水尾设直隶知州，称台东直隶州，原卑南厅旧治设州同一员，花莲港增设州判一员。1888年（光绪十四年）12月7日裁撤原驻扎卑南的台湾府南路抚民理番同知正式设立台东直隶州。后移治今台湾台东县西北卑南乡。属福建台湾省。1895年（光绪二十一年）台湾根据《马关条约》割让给日本后，台湾总督府将台东州降格成与西部县等同的出张所，由台南