地的黄河河防。1939年冬，陈回中央军委参谋部任部长，兼延安卫戍司令。1940年春，调为抗日军政大学第三分校校长。1941年秋，调任中央军委情报部第三室副主任，参加整风运动。1943年后，陈入中共中央党校学习。1945年，陈任冀热辽军区副司令员，前往东北，参与指挥古北口保卫战。1947年5月，任冀察热辽军区副司令员，同年冬任东满（吉林）军区副司令员，次年夏出任辽宁军区司令员，组织地方部队配合辽沈战役。辽沈战役之后，陈任东北军区参谋长。1949年5月，陈被任命为江西军区司令员。
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