物种的基因渗入开放授粉的种子中。由于与欧洲野苹果、海棠的大量基因交换，现在的苹果与海棠的联系更为紧密，而不是与形态学相似的新疆野苹果。在没有现代杂交的品种中，后者的作用占主导。
基因组.2010年，意大利一家财团宣布，他们与华盛顿州立大学的园艺基因组学家合作，对的完整基因组进行了测序。它有大约57,000个基因，是迄今为止研究的植物基因组中数量最多的，比人类的基因数（大约30,000个）还多。对苹果基因组的新理解将有助于科学家识别那些有助于抵抗疾病、干旱的，或有其他理想特性的基因和基