按北直隶。嘉靖三十年（1551年）巡按湖广，平定苗民起义。嘉靖三十三年（1554年）巡按浙江，严嵩党人赵文华指示胡宗宪疏劾张经「糜饷殃民，畏贼失机」，后张经被斩于西市，胡宗宪则连升三级，成为右佥都御史。嘉靖三十五年（1556年）宗宪多次出战，东南沿海倭寇患稍定。时倭寇为患南方沿岸，宗宪聘用徐渭以定计谋，主要拉拢倭寇的头目，设计杀死诱捕徐海、陈东、麻叶等治罪。还招抚了汪直，但朝廷将汪直杀死，造成倭寇失控。三十九年（1560年）明世宗论擒获汪直之功，以“宗宪矢心为国，殚竭忠谋，劳绩殊常，宜加显擢，以示激励。