达成妥协，于是幕府于12月撤回征长大军。但长州内部又发生政变，以高杉晋作为首的改革派（即所谓“正义派”）发动功山寺起义，重新主导了藩政，并将藩论统一为“武备恭顺”（表面与幕府妥协，实则积极备战）。1865年1月，西乡返回萨摩向藩主父子报告情况，并由小松带刀做媒，娶家老座书役・岩山直温的次女为正妻。此后幕府以再次征长作为威胁，对长州提出苛刻的政治条件，但西乡、大久保等人不希望幕府权力继续扩大，于是暗中运作朝廷下诏，不但对幕府给予长州的条款提出异议，还要求将军上京商议。5月，西乡再次返回鹿儿岛，被任命为大番