但大难不死的迪奥也悄悄地埋伏在船上。在迪奥的突袭下，受了致命伤的乔纳森不得不与迪奥同归于尽，而救了一个婴儿的艾琳娜则藏身在铁制的棺材中逃过一劫。虽然乔纳森已经逝世，但孕育于艾琳娜体内的新生命，以及艾琳娜在船上所救下的婴儿都继承了乔纳森的高洁精神，展开了新的故事。
衍生作品.
剧场版动画.《JoJo的奇妙冒险 幻影血脉》（ジョジョの奇妙な冒険 ファントムブラッド）于2007年2月17日公开上映，制作人马是星尘斗士OVA的制作群。内容改编了本作的内容，但删减了部