年春，任普防巡阅使。1915年，复代将军职务。护国战争期间，庾恩旸任云南军政府军政厅长兼宪兵司令官，后又兼警卫军总司令官。1916年袁世凯逝世后，任云南督军署参谋长兼第三师师长，授勋三位、陆军中将。1917年，任卫戍第三区总司令官，1917年7月，张勋复辟，云南力图起兵，庾恩旸为云南靖国第三军总司令官兼联军总司令部参赞。1918年2月18日，庾恩旸在贵州毕节遇刺身亡。同年7月4日，葬于鸣凤山。唐继尧撰写《庾泽普军长墓表》。赠陆军上将。孙中山题「应为雄鬼」四字于其墓表。
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