林知渊被任命为海军政治部主任兼海军党代表。1927年4月9日，林国赓在厦门公开逮捕中国共产党领导人。次日，林国赓“下令实行全市特别戒严，禁止集会游行。”1928年3月，中国国民党海军特别党部成立，海军总司令杨树庄任海军特别党部主任委员，林国赓、陈季良、曾以鼎、陈绍宽、李世甲等“闽系海军”将领任海军特别党部监委、执委。1927年8月，林国赓任国民革命军北伐军漳厦海军警备司令部司令。1927年12月，南京国民政府海军总司令部分开福州、厦门防务，分别设海军宁福警备司令部、海军漳厦警备司令部，林国赓任南京国民政府海