救出被迫生产鸦片的会津名医高荷惠。其间剑心经历了多次战斗，包括与同是曾为刽子手的鹈堂刃卫的战斗中变回刽子手拔刀斋，幸得薰的唿叫才清醒过来。后来再次与幕末时代的对手前新撰组三番队队长斋藤一的决战后，剑心自觉已经不能压抑心中的刽子手拔刀斋灵魂，加上内务卿大久保利通被志志雄真实一党暗杀，得知志志雄一党阴谋的剑心决定独自前往京都与志志雄一党对决。剑心在京都得到师傅比古清十郎传授飞天御剑流的最终奥义-「天翔龙闪」与次奥义「九头龙闪」，在决战中打败了志志雄。在剑心回到东京后，雪代巴的亲弟「雪代缘」从中国回到日本，并集合