藤信正被移封至摄津国后，长滨城即遭到废除。由于位于东山道通过不破关的隘口之前，过去在郡内曾有多个宿场。进入江户时代后，中山道六十九次在此共设有三个宿场，其中北陆道也以这里作为起点。在江户时代郡内大多数地区为彦根藩领地，此外也有少部分区域属于、、山形藩、、纪州藩、丸龟藩、，其中也有幕府直属领和旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属彦根县、