宋湖湘学派之后，岳麓书院的又一次重要学派活动，导致了岳麓书院又一个学术繁荣期的到来。嘉靖九年（1530年），明世宗御赐“敬一箴”（即程子四箴）。明清之际，着名的爱国主要思想家王夫之在此求学，“书院之盛，振美一时”。1643年(崇祯十六年)，张献忠部队进攻长沙，与明朝官军进行激战，书院在混战中被毁。
后期（清代）.清初朝廷对书院采取抑制政策。1652年（顺治九年）曾调令：“各提官督率教官、生儒，务将平日所习经书义理，着实讲求，躬行实践。不许别创书院，群聚徒党，及号召地方游食