驱赶入蜀，又征调蜀兵，捷春认为四川即将失守，与杨嗣昌力争。杨嗣昌发捷春守重庆，要求捷春放弃大宁、大昌以诱敌，捷春却畏贼深入，所以派了茂选、覃思岱去防守，茂、覃素来不和。思岱进谗言，诱使捷春杀了茂选，茂选手下军士纷纷逃散，于是流寇深入，而后官军连战皆失利，涪江、绵州皆陷。崇祯十三年（1640年），捷春遭到嗣昌弹劾，朝廷派廖大亨来监军，把邵捷春收狱，捷春为官清正严明，对百姓颇有德政，故百姓一度组织起来，不让朝廷拘捕捷春，蜀王朱至澍也赶紧上书向崇祯帝求情，但崇祯不理会，崇祯十四年（1641年），邵捷春在监狱中