主要经营来自南丫岛与香港岛之间的客运服务。港九小轮成立于1998年6月，由多家船务公司及船厂公司合组而成，包括：财利船厂、港洋船务、联合船务、翠华船务、裕发海事工程、大基海事工程及罗衍莹等。
航线.港九小轮最先投入服务的航线为香港仔至南丫岛榕树湾及中环至南丫岛北角村航线，其后适逢油麻地小轮放弃经营中环至荃湾/青衣航线及政府收回油麻地小轮航线专营权并以牌照形式重新公开竞投，港九小轮大举投资使致急速发展业务。然而，面对乘客量锐减及地铁等交通工具之竞争，港九小轮先后放弃经营中环至荃湾／青