于其子曾经在骏河当人质的德川家康。永禄3年（1560年）5月，家康跟随今川义元攻打尾张，清长则负责将军粮运送至尾张的。永禄5年（1562年），义元战死后，清长跟随独立的家康前往清洲城缔结清洲同盟。其后，清长在西三河平定战和永禄6年（1563年）的三河一向一揆镇压战中先后立下军功，然而他在政治上的贡献比军事上更胜一筹，他在平定一向一揆后保护佛像和典籍，努力避免这些古物失传，又将寺社改回原状等措施款为人称道。翌年，清长凭其功绩获任命为冈崎奉行。永禄8年（1565年），清长与本多重次、天野康景一同获任命为三河