消灭了河西的割据势力，委派尹奉为敦煌太守。西晋时敦煌出现了索靖、索袭、宋纤、氾腾等一批名儒。前凉以这里地处大漠之中，而置沙州，后来成为西凉国都。东晋前凉时将敦煌、晋昌、高昌三郡和西域都护、戊巳校尉、玉门大护军三营合设沙州；前秦二年（366年）始开凿莫高窟；隆安四年（400年）李暠建西凉国，初都敦煌。北魏初（439年）置敦煌镇，526年置瓜州，敦煌为治所。汉魏之际多战乱，但敦煌经济日渐繁荣，中原文化传播，佛教东渐，成为五凉文化中心。北周初置沙州，564年为鸣沙县，属敦煌郡，因鸣沙山得名。隋朝初废郡