1950年到1964年，石双琪历任中共涞源县委书记、中共保定地委组织部部长、中共新城（今高碑店市）县委书记、中共涿县县委第二书记、中共易县县委第一书记。在涞源县任职期间，他组织群众上山找矿，先后发现了铁、锰、铅、金、银、铜、石棉等矿藏，促进了山区致富，涞源县获评为全省模范县，石双琪则连续两年被评为模范县委书记。在涿县任职期间，石双琪患重病，不停吐血，但仍然坚持工作，最终中共保定地委做出决定，命其住院治疗。在易县任职期间，1963年当地发生了特大洪灾，他率30多位干部赴重灾区救灾，冒险强渡北、中、南三条易水河