负责巡防各港口、沿岸地区、离岛查缉走私货物和毒品、犯罪逃亡的司法警察，战时亦可成为第一线精锐之战斗部队。分署人员编制，多为中华民国国军现役军人。前身为以原东部地区海岸巡防司令部改制而成的行政院海岸巡防署海岸巡防总局东部地区巡防局，分署本部设在台东县台东市，执法范围为横跨花莲、台东两县，北起大浊水溪，南迄塔瓦溪及绿岛、兰屿等两离岛，海岸线全长373.3公里。2018年4月28日改制。