和元老的徐世昌就职总统后下令停战，于是战事终止。之后段祺瑞强迫徐世昌取消吴佩孚职务。此战护法军虽然大胜北洋军阀一时﹐但由于没有专属自己的武装力量﹐终因南北军阀妥协而告失败。
护法停止.1917年底，陆荣廷、唐继尧、莫荣新等联同唐绍仪召开「中华民国护法各省联合会」，1918年1月，西南军阀于军政府之外正式另组「中华民国护法各省联合会」另设立一权力中心，以岑春煊为议和总代表，主张承认冯国璋的北洋政府法统，组成联合政府。加紧谋求与北洋军阀妥协。唐继尧将滇军改组为靖国军，利用"靖国军"之