原四川省国安人员卜列平等人到天网寻人事务所与黄琦发生冲突，黄琦被打伤。这一事件引发极大反响，随后中国当局查封了天网网站。4月15日，在一家美国网络服务提供商的帮助下，天网网站重新开张。由于以后天网在时政与公共评论中的声音越来越尖锐，2000年6月3日即六四事件十一周年纪念日的前一天，黄琦被警察逮捕。在被捕近三年后，2003年5月9日，成都市中级人民法院以煽动颠覆国家政权罪，判处黄琦有期徒刑5年。黄琦被捕后，引起世界广泛关注，美国政府及数百家国际组织抗议中国大陆对黄琦的迫害。中国国内民间对司法裁定有巨大的争议