先后于1993年及2008年分别获得中山大学及香港理工大学颁授荣誉博士学位，南京紫金山天文台于1993年把编号3388的小行星，以曾宪梓命名。曾宪梓曾患上肾衰竭，1998年在中国中山大学附属第一医院进行换肾手术，第一次移植排斥强烈，生命曾危在旦夕；胡锦涛等中央领导人要求广东省全力以赴，第二次终于换肾成功。2008年，他以74岁高龄坐着轮椅当北京2008年奥运会香港区火炬接力火炬手。2018年4月16日，曾宪梓因健康问题卸任董事局主席及执行董事，同年11月26日获中共中央表彰为「100名改革开放杰