，蕃薯寮厅因而与恆春厅一起被併入阿缑厅，支厅名亦更改为甲仙埔支厅。日治时按规画设置了甲仙聚落，因此市街的整齐性异于传统汉人村镇。大正四年（1915年）噍吧哖（今玉井）发生抗日事件，殖民政府进行大规模搜捕行动，抗日志士因而退至南庄（今南化区）、甲仙埔一带山区。7月8日起，他们分别袭击日警阿里关、小林、蚊仔只、河表湖、大邱园及十张犁等日警驻在所，其间并攻击甲仙埔支厅，先后杀死日警三十余人，史称「甲仙埔事件」。其后又在礁吧哖地区爆发多起冲突，但在日警不断增援的情况下，最终功败垂成。此役后续被捕