皇族也惨遭清廷和民变武装的屠杀。明末清初发生的自然灾害和疾病（尤其是鼠疫）亦造成了人口的大量下降。中国学者曹树基曾论明末人口锐减的主要因素有三，分别为自然灾害、鼠疫大流行及社会动乱。有亲历其境的外国人对部分屠杀事件作了记录，例如扬州十日、屠川和郑成功在福建东部沿海的屠杀洗劫行为有西方传教士的第三方文献记载，甚至庚寅之劫的目击者有耶稣会士和荷兰使臣等。在军事上，清朝以投降明军为先导，数次大屠杀多是由李成栋等降将带领。由于中国内地许多城池颇为坚固，攻城时更重用汉军中的砲兵，康熙以前共179名八旗汉军