金门固守福建东南海口，取「固若金汤，雄镇海门」之意，而由浯洲改名为金门。嘉靖三十九年（1560年）三月二十三日倭寇从料罗登岸，二十六日劫肆西仓、西洪、林兜、湖前诸乡社，死者数百人；二十八日复有倭艘自石壁兜登岸，再劫平林、阳翟等十七都诸乡，最后攻陷官澳巡检司城，「纵火屠城，自夜至旦，刀斧挺击，积尸与城埒，城外亦纵横二里许，妇女相携投于海者无数」，整个金门东半岛，几被洗劫一空，金门守御千户所城守军无人驰援，为金门最惨重的倭寇掠劫。明朝末年，郑芝龙称雄闽台海域，以金门、厦门为基地，树旗招兵，后接受明朝招抚