控制，万历对于日军攻打朝鲜、女真入侵和梃击案都有迅速的反应，如万历二十四年，干清坤宁两宫大火，神宗下罪己诏书，表示虽然忽略一般朝政庶务，但还是关心国家大事，而处理政事的主要方法多是在九重宫阙下通过谕旨的形式向下面传递，并透过一定的方式控制朝局。此外矿税之弊，即神宗在位期间的赋税措施，一般被是认为万历中年后弊政的一部分，万历摆脱张居正的束缚之后，开始通过向各地征收矿税银的方式，增加内库的内帑，大多数学者认为这是一项弊政，也有许多的反对意见，认为矿税也有相当的好处，如矿税入内帑后大多用于国家救灾，饷军救急等