遭到相当严重的摧残，居民也很少迁回，访查之下舆论表示希望将县治迁到埤头（今凤山区）街。福康安的〈奏为查看南路情形并抵郡城日期奏折〉也建议将凤山县治迁往埤头街，并调整营汛，之后干隆帝在朝议上同意将县治迁移。干隆六十年，当地人士陈周全与陈光爱兴兵，虽为理番同知朱慧昌平定，但嘉庆十年（1805年），自封「镇海威武王」的海盗蔡牵、吴淮泗又攻陷埤头街县城。将军赛沖阿在事件之后上奏，认为新城形势不如旧城，建议将县治迁回。嘉庆十二年（1807年），嘉庆帝同意赛沖阿的提案，将县治迁回兴隆庄。到了嘉庆十五年（1810年）