剥离出来，成为美国第一所非派系神学院。（1807年，长老宗建立普林斯顿神学院。）在最初的一百年间，哈佛神学院与美国一位论派保持着非官方联系。然而，学院与之后的公理会派系联合基督教会保持着历史联系。
哈佛神学院与一神普救派.启蒙时代的理性与自由意识于整个十八世纪弥漫在公理会当中，使其与更加保守加尔文主义关系紧张。霍利斯神学教授（Hollis Professor of Divinity）David Tappan于1803年离世，哈佛校长约瑟夫·维拉德（Joseph Willar