，1913年7月，他指挥南部的几个省叛变反对袁世凯，称为「二次革命」。叛变后来被袁世凯成功镇压，孙中山及其他发动者逃亡日本。1914年孙中山在日本组建中华革命党。孙吸取之前的教训，严格控制组织总部和支部，并享有各级组织的人事任免权。这成为后来的国民党和国民政府的民主集中制的雏形。1916年，孙回到上海。1913年，中华民国第一届国会提出《中华民国宪法草案》（又称天坛宪草）。1914年袁世凯将国会解散，于5月1日公布《中华民国约法》（袁记约法）。二次革命之后，袁世凯并没有立即打击国会占多数议席的国民党