长官梁振英的提名，林郑月娥获得国务院任命为香港特别行政区政府第六任政务司司长，于2012年7月1日就任。2012年9月27日，林郑在一午餐会指，担心若果公职人员不懂应付申诉专员公署、廉政公署等监察压力，政府行政能力将受阻碍。2014年起代表香港特别行政区政府进行政改谘询，并与律政司司长袁国强、政制及内地事务局局长谭志源合称「政改三人组」。在2016年7月1日，时为政务司司长林郑月娥获特区政府颁授最高荣誉的大紫荆勋章，政府表扬她尽心竭力为香港服务35年，表现卓越，尤其于出任政务司司长期间，成绩斐然。