进行中的蛋白质合成，提供错误的氨基酸，使得合成出的蛋白无法行使应有的功能，有些异常的蛋白还会插入细胞膜，影响细胞膜的通透性，从而加速氨基糖苷类物质进入细菌体内的进程。一些革兰氏阴性菌会产生氨基糖苷钝化酶，这种酶可以催化氨基糖苷类药物特定位置的氨基或者羟基乙酰化、磷酰化或者链接上核酸，这种变化会使氨基糖苷类药物失活。对氨基糖苷类药物的结构改造常常围绕这些易被钝化的位置进行，降低这些位置的反应活性。
不良反应.氨基糖苷类药物因其严重的不良反应而闻名，而诸多不良反应中最为着名的，是严