司机关双全衔为「台湾警备总司令部、台湾军管区司令部」。1977年，国防部实施「靖安一号」专案，宪兵司令部纳编原警备总部北、中、南三个警备营为宪兵第239、240、241营。1991年，动员戡乱时期终止，时任国防部部长陈履安反对时任台湾警备总司令周仲南上将之提议，周仲南提议将警总改制为参考以色列编制的「安全防卫司令部」。国防部借周仲南出国考察之际，在1992年8月1日发佈命令，将警总改制为海岸巡防司令部（简称「海巡部」），全衔为「台湾军管区司令部暨海岸巡防司令部」。1992年，全衔删除「台湾」两字。