获得闽浙督标右营千总职务，王得禄见到闽浙至山东沿海一带海盗大肆作乱，主动弃陆军，加入水师（当时海盗肆虐，多数军人不愿意从事水师），改调督标水师千总，随后与李长庚将军与金门镇魏成消灭各处海盗。清仁宗嘉庆十一年（1806年）五月海盗蔡牵进攻于鹿耳门（今台南市安平港），蔡牵当时自称「镇海威武王」，打着反清复明的口号进攻台湾，在此战中王得禄大获全胜击沉十一艘贼船，掳获十艘贼船，又夺得当时蔡牵的正大光明印。八月，嘉庆帝降旨：「王得禄着赏加总兵衔」，12月时升为福宁镇（浙江、福建交界）总兵。隔年六月又被调为南澳镇（