云南设立分校。1946年中国抗日战争胜利后，于上海江湾在上海市立医院及抗战时期之日本军医院为校址，占地150万平方公尺，与陆军卫生勤务训练所及军医预备团合併复校。1947年6月1日更名为国防医学院，由联勤总部军医署署长林可胜将军担任院长，张建将军及卢致德将军任副院长，下设医学系、牙医学系、药学系、护理学系、生物型态学系、生物物理学系、生物化学系、医学生物形态学系、物理医学系、内科学系、外科学系、社会医学系、卫生勤务学系、医事技术学系等十四个系，官佐、学员、学生、士兵共计8194员。另为重视军医学校之传统