三届台北市长选举，对上国民党全力支持的台北市议长黄启瑞，在开票过程中更出现多次停电引人起疑情况，最后黄以17多万领先高的11多万票。结束后高的竞选办事处贴出「君子不计成败，公道自在人心」、「宁可光荣的失败，不求不光荣的胜利」标语。选后高玉树担任台中驻台美军顾问。有感于选风败坏并未参与1960年台北市长选举，黄启瑞连任后市长任期也由三年改成四年。1960年高玉树与李万居、雷震筹组中国民主党，于雷震案发生前后被控侵佔罪。
再任台北市长.1964年高玉树以无党籍身份参选台北市长选