学院首届本科班开学，学生由回民学院阿拉伯语专修班转来，入学时直接升入三年级。1957年12月26日，中国伊斯兰教经学院首届本科班毕业，26名毕业生中的陈广元、马忠杰、马云福、杨宗山、李华英等人后来成为中国伊斯兰教界领袖。1958年3月1日，经国务院总理周恩来批准建设的中国伊斯兰教经学院教学楼和学生宿舍楼竣工，师生迁入新校舍。“文革”期间，中国伊斯兰教经学院停办。根据中发〔1980〕22号文件关于恢复各地宗教院校的指示，1980年7月中国伊协决定“尽快恢复中国伊斯兰教经学院”，同年12月开办第一期在职阿訇