号线车站位于清华东路（东西向）同双清路（西南－东北走向）、王庄路（南北向）、京包铁路（南北向、未来的京张城际铁路）交汇处，双清路道口北侧，13号线车站位于铁路西侧，与铁路平行呈南北走向，15号线车站位于铁路东侧，呈东西走向。由于车站位于清华大学与北京林业大学之间，2013年11月车站命名公示为“清华东站”一名引发了林大师生的不满，并在网上引发了争论。林大师生认为车站距林业大学更近，车站应该叫做“北京林业大学站”。
结构.13号线建设时并没有建设此站，仅预留了加站条件，计划实施为