日改任上海市政府督察处第二督察区主任督察长，同年12月1日转任第六督察区主任督察员，任至1945年2月12日退休。抗日战争胜利后，据薛耕莘回忆称，程子卿在斜徐路华美烟草公司拿干薪，另外在淞沪警备司令部挂“上校督察”职，非正式军官，未拿薪水。中华人民共和国成立后，程子卿留在上海，因为历史问题受到人民政府审查。程子卿认为自己可能被逮捕，于是向宋庆龄寻求帮助。经宋庆龄向有关部门进行说明，程子卿未被捕，一直在家闲居，生活不错。1961年9月27日，程子卿在上海建国中路家中病逝，享年79岁。