月19日，胶东特委组建胶东军政委员会和山东人民抗日救国军第三军司令部，吕志恒任军政委员会副主席。1938年2月12日，理琪率部攻打牟平县城，吕志恒与第三军第二大队留守崔家口。理琪在雷神庙战斗中阵亡，吕志恒任第3军总指挥、胶东军政委员会主席，率部攻克福山县城，创立了蓬黄掖抗日根据地。1938年8月，胶东特委改为胶东区委，吕志恒任区委常委、区委组织部部长。1939年9月，吕志恒被中共胶东区党员代表会议选为中国共产党第七次全国代表大会代表，随山东代表团于1940年10月到延安。吕志恒在延安先后进入延安马列