物馆发生火灾，三个展览厅受到损坏。受损的16世纪天花板由马德里塔乌赫尔公司负责修复。他们主要采用了传统修复工艺，并辅以计算机辅助设计技术实现了修复工作。翻修中的地基挖掘工作带来了有意思的发现：宫殿边墙和塔楼遗址可以追溯到迦太基时期。工作人员还发现了罗马帝国鱼酱工厂的遗址，和格拉纳达王国早期宫殿遗址。因此，这里的地下本身就可以当作一个考古学博物馆。现在，游客可以从透明地板窥探这些古文明遗迹。博物馆最终于2003年10月17日开放，西班牙国王和王后出席了博物馆开幕式。格鲁克曼团队因此获得了2005年