葡人最早于1556年在今天的Pante Macassar附近登陆，并有一群道明会传教士建立了Lifau镇。1613年，荷兰人控制了帝汶岛的西部。在接下来的三个世纪中，荷兰人渐渐掌控大部分的马来群岛，除了葡萄牙掌握的帝汶岛东半部。葡萄牙人引进了玉米作为粮食作物，以及咖啡作为商业出口作物。葡萄牙人引进了罗马天主教、拉丁字母书写系统、印刷机和学校制度到东帝汶。二战期间由于受到日本的威胁，葡萄牙政府拒绝了盟军的军事援助。1941年12月7日珍珠港事变后太平洋战争爆发，即使葡萄牙并未参战，盟军为了避免日军