1949年9月，中国人民解放军攻占苏州市，王东年被任命为苏州市市长。1952年11月，被调往国家统计局工作。1955年5月，任外贸部技术合作局副局长、局长。1958年12月，调任国家科委国际合作局局长。1964年4月，任全国科技协会书记处书记。文化大革命期间，王东年受到迫害，1971年2月去世。