值观一致的倾向，并在公开场合多次强调要「深化两岸交流」，流露中国民族主义思维。此外更有民调显示，相当程度民众认为马英九对于台湾前途的的立场是倾向统一，遂逐渐引起民间不安甚至反感。
刘兆玄内阁.2008年底，政府决定举债发行振兴经济消费券，短期虽然获得肯定，但是最终反而造成自2000年以来的经济负成长；之后内阁阁员的一连串不当发言与危机处置不当，使得政府支持度大跌，最终刘内阁于2009年9月10日总辞。
吴敦义内阁.吴敦义内阁接任之后，因为院长吴敦义本身的争