与布政司的辖属关系不一，有的巡抚辖有有一个到两个布政司，如正统年间的山西河南巡抚。有的是一个布政司上面有数个巡抚，如北直隶有顺天巡抚（驻遵化）、保定巡抚（驻真定，今河北正定）、宣府巡抚（驻宣府镇，今河北宣化，一度兼领山西大同府）三巡抚；南直隶有两巡抚：应天巡抚（驻苏州府，今江苏苏州）、凤阳巡抚（驻淮安府，今江苏淮安市淮安区）。有的巡抚管辖布政司与布政司之间的交界处，如南赣韶汀巡抚就跨越江西、广东、福建三个布政司。督师于明末时设立，职位在总督之上，是明代最大的地方官，但并不是正式职位，而是一个称唿，如卢象升曾