黑船来航时，因大森台辅而出差。安政6年(1859年)，曾参与长州藩的军政改革，作为尊皇攘夷派活跃于世。之后，与长州藩大名毛利敬亲一同参政，在桂小五郎和久坂义助之下，为在京都奋斗的长州藩士提供帮助而竭尽全力。元治元年(1864年)长州藩在经历了禁门之变、下关战争和第一次长州讨伐等厄运之后，藩内的政权斗争中主战派(主要是正义派)和恭顺派(主要是丛论派)打得十分激烈，结果波多也直忠败北被关进监狱，但正义派因此处刑没有幸免于难。庆应元年(1865年)高杉晋作、伊藤春辅、山中狂介等正义派通过政变掌握了藩的实权后，中间