之后，逐渐被较为强大的班图人所占领，俾格米人逐渐成为当地弱势族群或迁移他处。
班图人时期.班图人（）是撒哈拉以南、非洲中部、东部至非洲南部超过400个族裔的统称。班图人到赤道几内亚登陆时，便以体型与文明优势打败身材矮小的俾格米人族群。
衰弱.随着《托德西利亚斯条约》签订，非洲不少地区开始沦为葡萄牙和西班牙的殖民地，当地原住民成了最大的受害者，并成为奴隶，导致家破人亡。1494年条约生效后，原住民统治赤道几内亚的时代到此告一段落，展开被殖民的新时代。Se