年9月15日，日本奥委会在东京召开的东亚奥林匹克委员会第一届理事会上提出举办东亚运动会的构想。翌年1月1日，日本奥委会设立「日本奥委会体育奖（）」；奥委会官方会刊《奥林匹克》于同年2月14日正式创刊。2000年8月28日，日本奥委会决定由大坂申办第29届奥运主办权，但最终不敌北京。2001年及2003年，大坂及青森分别成功主办第三届东亚运、第五届亚冬运。2006年8月31日，日本奥委会决定由东京申办第31届奥运主办权，但最终由里约热内卢夺取。由于日本政府对财团法人制度进行改革，日本奥委会于2011年4月