，与墨索里尼产生意见分歧。1940年10月底，一心想在希特勒面前显示实力的墨索里尼悍然下令入侵希腊。在顽强的希腊军队的节节抵抗下，意大利军队糟糕表现使得巴多格里奥在1940年12月4日辞去了总参谋长职务，不愿意再为墨索里尼的行动负责。总参谋长一职由乌戈·卡瓦莱罗取代。1943年7月24日，意大利屡遭挫折后，盟军入侵西西里，在法西斯大议会上巴多格里奥对墨索里尼投了反对票，他提出的退出战争和盟国求和的建议得到了与会者的广泛的支持。第二天墨索里尼被维克托·伊曼纽尔三世国王解除政府职务并逮捕。巴多格里奥反对墨索