世纪土耳其人统治期间，拆毁了部分的铅制屋顶以制作弹药。大土耳其战争（1683－1699）后，斯图代尼察修道院遭受洗劫，遗失许多珍贵文物。19世纪初时修道院遭受严重破坏，部分建筑损毁。斯图代尼察修道院在1846年时进行了非专业的修建，当时修复者使用新的灰泥覆盖了原有的湿壁画，修道院的圣幛被更改为巴洛克风格，其与修道院的拜占庭式建筑风格不符，这样的情况在约100年后获得改善。1951年进行专业的修复，将之前在1846年时覆盖的灰泥移除，显露出原本的湿壁画。同时，也发现了圣萨瓦当年在教堂的题词。斯图代尼察