Kagura)被人控制举办了拳皇大赛，大赛完结后，八神庵因大蛇力量首次暴走，在无意识下重创了自己的队员。大蛇(Orochi)逐渐重生，最终由草薙京、八神庵、神乐千鹤三位三神器的后代成功合力封印了大蛇，大蛇篇故事至此暂告一段落。《拳皇'99》至《拳皇2001》为“音巢篇(N.E.S.T.S.篇)”（ネスツ编），主角为被组织NESTS改造而失去了所有记忆的K'（K Dash），这个神秘组织不断进行人体改造实验及捕获了草薙京进行生化克隆人实验。主角K'为了追寻自己的过去，决定背叛组织并参加组织举办的拳皇大赛