还朝，以左佥都御史出巡河南、湖广、陕西阅实户口。正德二年（1507年），拜南京兵部尚书，参赞机务。张文冕在刘瑾面前诬告何鑑，被连坐免职罚米。刘瑾被诛后，正德六年，召为刑部尚书，恰逢当时四川、京畿、江西等地纷纷有民变。兵部尚书王敞不能治理，武帝命洪钟、陈金、马中钖督师分讨，同年罢免王敞，改命何鑑替任。何鑑上任后，选将练兵，录民间武士，令乡聚悉树栅浚沟，团结相救。各地民变陆续平定。加封太子少保。何鑑虽然尽职兵事，但明武宗好弄兵，肆意调整边军于大内团操，重用江彬等人。何鑑终因言官弹劾致仕。九年后去世。