学校于92学年度再次提出于93学年度正式改名为「国立屏东商业大学」，却遭「技职校院变更审议委员会」以「优先考虑与邻近学校整併升格改名」为由再度否决改名案。93学年度下学期曾接到教育部来文，希望在校务会议中通过国立屏东商业技术学院、国立屏东教育大学、国立屏东科技大学三校合併，于94学年度合併为「国立屏东大学」；但该案仅在国立屏东科技大学校务会议中获通过，其他两校均否决。该校在追求国际化及为提昇教育品质，近年来积极从事业务流程之整合及优质化，2000年通过ISO9001国际品保认证，成为全国第一所通过ISO