伤亡外，因为三国人民间的仇恨，彼此私刑与杀害战俘与平民之事时有所闻，希特勒还在战争前一週向德军高级将领声称将派遣亲卫队进入波兰，「毫不怜悯地杀死波兰的男女老幼」。开战后，波兰军民对其境内的德裔平民进行迫害与屠杀，其中最着名的一个事件为9月3日发生的「血腥星期日」，一共有数百至数千名德国平民遭波兰人杀害，此事还蔓延至德国国内，成为头条新闻，后来德苏两国军队也大量屠杀了波兰战俘与平民（无论是正规军或是政治部队），例如在波兰战役全期中执行的「坦能堡行动」里，约20,000名波兰平民被德国亲卫队的「别动队」于760