约瑟普·布罗兹·铁托恢复与日本的外交关系，南斯拉夫成爲最早与日本恢复外交关系的国家。两国于1959年签署了通商条约，在南斯拉夫解体前一直保持良好的关系。 
现代.1991年南斯拉夫解体时，日本中止了与南斯拉夫的经济合作，但在科索沃战争结束后的2000年恢复。2003年，日本向塞尔维亚提供无偿资金援助，向贝尔格莱德赠送了93辆公共汽车。2004年，驻大坂塞尔维亚与蒙特内哥罗名誉总领事馆设立。2011年东日本大震灾中，塞尔维亚政府表示支持，并透过塞尔维亚红十字会捐赠了5000万第纳尔（