会大学虽然已经在1951年脱离了与西方差会的关系，在此次的高校院系调整中仍然全部被撤销，并被拆分成许多部分，并入其他院校，原有校址一般新建与原有学校没有任何继承关系的高校。圣约翰大学在万航渡路的校址交给新成立的华东政法学院，其文、理学院大部分分别并入华东师范大学和复旦大学。沪江大学在军工路的校址改办上海机器制造学校（今上海理工大学），文理学院和商学院分别主要并入复旦大学和上海财经学院（今上海财经大学）。圣约翰大学和震旦大学的医学院合并成立上海第二医学院（后改名为上海第二医科大学，设在重庆南路的震旦大学原址，