5月八国联军登陆后，他于6月13日正式署理顺天府尹，这是他官宦生涯的一个转折点。庚子五大臣被杀后，端郡王载漪指十五位大臣是汉奸，奏请立即处死，名单中他列名最后。在李鸿章回奏后，慈禧太后将奏折留中。他得知后认为署理顺天府尹吃力不讨好，请调，7月12日署理太仆寺正卿的王培佑回任，而他则署理太仆寺正卿，7月21日八国联军攻陷北京。历任顺天府尹、漕运总督、河南巡抚、江苏巡抚、四川总督、湖广总督，宣统元年（1909年）任直隶总督兼北洋大臣。曾反对废除科举。宣统三年（1911年）10月武昌起义时，力主袁世凯出兵剿杀