寺门、礼拜殿等建筑拆除，修筑了灰色的花墙，以遮挡街南的民居。当时政府以拓修新路为名，派出数百名便衣暴徒，将清真寺寺门、礼拜殿等建筑拆毁。1913年位于寺北的正门被拆除后，清真普宁寺改在寺南辟建了新的大门，新大门坐北朝南，位于东安福胡同中段北侧。中华人民共和国时期，该寺早已不再使用，沦为民居。到2009年之前，该寺仍有遗迹，主要包括：南部的大门遗迹，为一拱雕刻着缠枝花卉的石券；大门遗迹以北的院子里有一座大殿；大殿北面正对新华门处即前文所述的干隆帝御制《清真普宁寺碑》，2009年之前已运走存历代帝王庙。