地方的刺史、县令贪污之人很多，少数民族经常叛乱。隋朝于是派遣清廉的地方官收拾人心，于是召回侯莫陈颖。数日后，侯莫陈颖进位大将军，被派遣担任桂州总管十七州诸军事。到任后，侯莫陈颖大施恩惠、讲求信义，百姓、少数民族都高兴归附、溪洞的越族归顺的越来越多。604年，隋炀帝即位，因其兄梁国公侯莫陈芮犯罪受到连坐，被流放边疆。朝廷怕侯莫陈颖心怀不安，于是把他召还长安。数年后，担任恒山郡太守。同年、岭南、福建越族多不服从隋朝，隋炀帝知道侯莫陈颖以前在桂州广布善政，安定南方，命他为南海郡太守。四年后，侯莫陈颖在官任上去