21年，忠通之父忠实触怒白河法皇，因而白河法皇将原属忠实的关白、藤氏长者转授忠通。1122年，进从一位，拜左大臣。1123年，崇德天皇即位，忠通任摄政。1128年，拜太政大臣。忠实偏爱次子赖长，与忠通不合。1150年忠实希望让赖长担任内览，忠通则向鸟羽法皇表示反对，此举令忠实大感愤怒，认为忠通「不孝」，派人至忠通家中，夺取朱器台盘（藤氏长者的信物），授予赖长。其时忠通正欲为嫡子基实举行加冠礼，因氏长者的地位被夺而中止；而后嫡子基实元服礼、次子基房着袴礼，都只有少数公卿与会。在近卫天皇在位期间，赖长（时任