与都市发展局下成立捷运工程处，专司相关规画与建设工作之推动，在其推动下，台南都会区大众捷运系统之环境影响评估于1998年6月16日审定。1999年，在中华民国实施精省政策后，台湾省政府原先负责的省辖都会区大众捷运系统规画业务随即于同年7月1日转由交通部高速铁路工程局负责；交通部高速铁路工程局遂根据台湾省政府的研究成果，提出由红线、蓝线、绿线及科学园区延伸线等三主线、一延伸线所组成之捷运路网，设47站、1座主要维修机厂及2座维修机厂、2座驻车厂，总长度72.3公里，其中高架段长45.6公里、地下段长26.7公