013年3月起，菲律宾驻肯尼亚领事馆南苏丹事务，在这之前是由菲律宾驻埃及开罗领事馆兼辖。
历史.南苏丹宣布独立后不久，菲律宾便于2011年7月9日正式承认南苏丹为主权独立的国家。2013年3月13日，时驻肯尼亚菲律宾大使小多明戈·路森纳里欧（Domingo Lucenario Jr.）和南苏丹大使 Majok Guandong Thiep 在联合国内罗毕办事处签署联合公报，两国正式建交。路森纳里欧在一份声明中表示，菲律宾和南苏丹正式建立关系后将是互惠互利的，因为两国可以在各个共同的