于花莲与台东两县之间的崙天山南侧，但整个水系的最远源流则为其最长支流乐乐溪 (拉库拉库溪) 的支流马霍拉斯溪，发源于中央山脉的马博拉斯山东侧。秀姑峦溪上游原为向东流，因受阻于海岸山脉，转而沿花东纵谷向北流，汇集各支流后在瑞穗乡往东，经过海岸山脉后，进入太平洋，是台湾唯一一条切过海岸山脉的溪流。秀姑峦溪整个水系全长则约104公里，主流则约81.15公里，流域面积广达1790.46平方公里，平均坡度为1:34。可算是台湾东部第一大河川，也是形成花东纵谷沖积扇的主要河流。主要支流有富源溪、红叶溪、丰坪溪、卓溪