展示台湾的原生动物与栖息环境，展场模拟动物原生栖地的生态环境。知名动物有台湾梅花鹿、台湾黑熊、台湾猕猴、山羌、台湾野猪、白鼻心、欧亚水獭、台湾长鬃山羊等，以高比例的台湾特有种与亚洲种着称，其中不乏几近绝迹的珍贵品种，如云豹(非台湾原生种)、蓝腹鷴、台湾穿山甲等。曾展示于台湾乡土动物区的动物包括：狐蝠、草鸮、食蟹獴。现阶段展示于台湾乡土动物区的动物包括：山羌、梅花鹿、水鹿、台湾野猪、蓝腹鹇、白鼻心、竹鸡、八哥、云豹、石虎、黑熊、水獭、台湾长鬃山羊、台湾猕猴、鼬獾、穿山甲。