再次决堤，边宝泉又疏请撤销保案。同年，迁户科给事中。光绪三年，出为陕西督粮道，再迁陕西布政使。九年，擢陕西巡抚。十一年，调河南巡抚，十三年，因病解任。在清末杨乃武与小白菜一案中，时任户科给事中的边宝泉，曾对此案向皇帝上奏折表异议。二十年，起复为闽浙总督。清制旧设船政大臣，后改以闽浙总督兼任。边宝泉特疏请恢复旧制，上言造船、购料、请教师、筹经费四事。二十一年，兼署福州将军。二十四年，卒于任上，赠太子少保。