，拥立新天皇，新天皇光明天皇策封他为征夷大将军，建室町幕府，是为北朝。而后醍醐天皇退位后持着天皇象征的三神器退往大和的吉野（今奈良县），是为南朝，至此南北朝终于形成，史书还称为“一天二帝南北京”。南朝在支持他的武家势力的帮助下持续与北朝作战，并利用足利尊氏与足利直义的矛盾，一度在观应扰乱中得势，北朝的光严上皇光明天皇直仁亲王都被掳走。经过多次攻防后，南朝的势力衰退，最终南朝的天皇把三神器交给北朝的天皇，结束南北朝时代。观应扰乱之后，公家朝廷的实力弱化，在室町幕府的帮助之下继续维持，室町政权的统治者则作为