东港海军航空队为台湾日治时期大日本帝国海军航空部队之一。
沿革.1937年3月中旬，日本海军省与台湾总督府决议，于冈山郡弥陀庄建设海军陆上飞行场，而水上飞行场则定于东港郡东港街附近之泻湖区域。东港水上飞行场工事，则由高雄派来浚渫船，进行约160万坪水上跑道之浚渫工程。1940年中完工，同年11月15日东港海军航空队开队进驻，编入联合舰队第1航空战队，最初使用机型乃97大艇(分43及46型两队，常用18架备用6架)。然而不久之后1941年1月改编入第11航空舰队第21航空战队，