担任党主席后，她寻求更多受过高等教育的党员竞选公职，并且领导该党。对于陈水扁被以贪污罪起诉，在其承认将竞选资金转移海外后，蔡英文便对洗钱嫌疑向公众道歉，表示不会掩盖其作为，以也以廉政委员会展开内部调查。11月6日，因应海崃两岸关系协会会长陈云林首次访问台湾、并签署经济协议，民主进步党举办「呛马围陈」游行，抗议马英九打压台湾主权。但尽管事先收到情报，游行过程仍爆发严重流血冲突。蔡英文后来将责任归咎到台湾黑社会分子，不过竹联帮、四海帮、松联帮及天道盟四大帮派否认介入。
连任党主席.