旺曲杰布掌权后，色拉寺麦扎仓以土多陇巴（mThu-stobs-lung-pa）为首的僧众庇护了旺曲杰布的政敌罗桑赤烈南杰。1858年，罗桑赤烈南杰被当时的摄政阿旺益西楚臣坚赞任命为基巧堪布。但旺曲杰布掌权后不久便将其免职。1863年9月23日，叛乱者自色拉寺逃到该寺后山，并带走了罗桑赤烈南杰。罗桑赤烈南杰在途中从马上摔下。9月30日，其尸体在山中被发现。旺曲杰布派军队围剿叛乱者，杀死了67人，并逮捕土多陇巴。色拉寺也被迫交出武器，背弃了叛乱者，并向旺曲杰布表示效忠。清廷要求西藏方面自己审理该案，但该案久拖不