速进入活细胞中与DNA结合，但是MSDS和其他文献认为DAPI没有毒性。有研究表明，大剂量的DAPI可以导致小鼠中毒死亡,LD= 基质 37.3 mg/kg。
潜在的诱变性.DAPI被视为一种致癌物。尽管DAPI没有显现出对大肠桿菌的诱变性，在机器制造商提供的信息上，DAPI被认为是一种DNA诱变剂。由于DAPI可以掺入DNA螺旋中，它很可能具有底层的DNA诱变性，在使用过程中应注意配制、使用与抛弃的处理程序。
替代.类似于DAPI技术，赫斯特染色是一种