总部对森林部队的军事、政治、后勤工作实施统一领导，国家林业主管部门负责其业务工作。武警森林部队的森林防火业务工作，实行中央与地方双重领导。部队执行跨省级行政区森林防火、灭火任务时，由国家林业局统一指挥；部队执行所在省级行政区森林防火、灭火任务时，由当地人民政府统一指挥，国家林业局局长兼任武警森林指挥部第一政治委员。2018年3月，第十三届全国人民代表大会第一次会议审议国务院机构改革方案，其中提到，森林部队将转隶新成立的应急管理部，不再属于武警。2018年9月，中国人民武装警察部队森林部队正式退出现役，移