期间，约翰三世受他来自波兰的天主教王后影响，对宗教改革的态度相对保守。他甚至曾认真考虑过让瑞典重返天主教。不过此事以瑞典方面与教廷方面无法达成一致告终。1593年，瑞典在乌普萨拉召开了一次宗教会议。在这次会议上，瑞典正式接受信义宗的信条、宣布信义宗为国教，并禁止加尔文主义、天主教，以及慈运理的神学，宣告瑞典与天主教会的彻底决裂。三十年战争中，信仰新教的瑞典在国王古斯塔夫二世带领下加入新教联盟，对抗以哈布斯堡王朝为首的天主教同盟。
宗教自由的实现.加入宗教改革、改宗信义宗后，