河南副使、陕西副使、分守河南道按察使、河南布政使、应天府尹，工部侍郎、兵部左侍郎等职。甲申之变，明朝灭亡，刘余祐附李自成，满清入关后，又降清，仍授原官。顺治五年（1648年）任兵部尚书，次年加太子太保。顺治八年，改任刑部尚书，加少保。顺治九年，官至户部尚书；顺治十年（1653年）因受贿被革职杖徒，永不叙用，不久卒。
着作.有《燕香斋文集》4卷、《诗集》6卷。
家族.刘余祐娶涿州冯盛明长女为妻。