父亲是新教牧师阿德尔伯特·纳托普，母亲是埃米莉·凯勒。从1871年起，纳托普在柏林、波恩和斯特拉斯堡学习音乐、历史、古典文学和哲学。1876年纳托普在斯特拉斯堡完成了他的论文，师从哲学家恩斯特·拉斯，并于1881年在新康德主义者赫尔曼·科恩完成了他的任教资格论文。在1885年，他成为马堡大学助理教授，并在1893年成为哲学和教育学的正教授，直至他1922年退休都在此任职。在1923年24月的冬季学期，纳托普与马丁·海德格尔开展了密切的交流。这时海德格尔已经来到马尔堡，纳托普很早就读过他关于邓斯·司各脱的作品