宝昌县因为两个回汉儿童的口角后引发回汉对立，双方互有伤亡，后被当地组织香把会残杀回民4000多人。1846年，杜文秀代表回民赴北京伸冤控诉无果。1855年，又发生汉族矿工与回族矿工的冲突，云南巡抚密令各地“聚团杀回”，云南各地的回民蜂涌反抗。杜文秀以清政府官吏贪污滥杀为由，于云南蒙化（今巍山）一地号召回民反抗清朝政权，提出“兴汉”“锄满”“除奸”也联合当地汉族及其他民族的民众参与该反清斗争。起事后，他攻陷大理等云南50座城市，几乎占据云南全省，与佔据昆明的马如龙遥遥相对；不久，建立政权，自任总统兵马大元