超过60种的菌已被认为是医学相关的病原菌种。对人类，许多造成感染，如外耳炎、皮肤病变、及溃疡的菌种已被发现。其他物种对商业上的微生物发酵非常重要。例如，相较于一般制酒法，清酒的制造过程还需要经过一步将淀粉分解为简单糖类的程序。相较于一般常用来制酒的酵母属，它可以分解结构较复杂的淀粉（酵母属仅能分解简单醣类，如葡萄糖）。因此，日本的清酒就需要将稻米经过米麴菌的处理。该属的成员也可以应用于医学上以治疗疾病。黑麴霉最大的应用为制造柠檬酸，世界上99%的柠檬酸产量都是从它而来，每年约可生产140万吨的柠