送至京城。以功进兵部右侍郎，继续担任巡抚。不久，代迁提督两广军务。两广总督任内的万历元年（1573年），东莞县的南部被分拆为新安县，范围包括今天的香港及深圳。万历三年（1576年）召为南京户部尚书。万历六年（1579年）致仕归乡。很久以后，又起为南京刑部尚书。万历二十年（1592年）卒。《明史》有传。
其他.殷正茂有军事才干，但生性贪婪，镇压古田壮族韦银豹、黄朝勐之乱时，首辅高拱说：「吾捐百万金予正茂，纵干没者半，然事可立办。」张居正死后，御史张应诏称刑部尚书殷正茂以二座金盘种植