成为日本最早期第三部门机构之一。二战及美国军事管治日本期间，佐渡汽船曾经停运，直至1949年12月获准恢复营运为止。1968年，佐渡汽船在大坂首度上市，及后随大坂证交所与东京证交所于2013年合併，改于东京上市。1977年，佐渡汽船开始引进水翼船「おけさ」号，开展其高速船服务。2009年内，此公司辖下各部门改组为直属子公司，但营业部门子公司后来再被撤销。2013年3月23日起，佐渡汽船两津港-新潟港航线开通Suica支付系统。
服务航线.<div class="