特别是较年轻的一辈，包括户田忠太夫、藤田东湖、安岛带刀等人物、对全领土进行检地以及停止定府制（藩主留守江户城）。幕末时期，先后有樱田门外之变及天狗党之乱。樱田门外之变是藩士在外门埋伏，暗杀井伊直弼的事件。天狗党之乱是由水户藩士藤田小四郎发起，他们在筑波山起兵，最后被幕府及水户藩派兵围剿，主要起兵将领的尸首在水户城暴晒。第十五代将军庆喜（齐昭三男）是来自水户藩。废藩置县后，成为了水户县，经过合併后，成为茨城县的一部份。
藩校.弘道馆是江户时代末期最大的藩校，位于水户城三丸之内