其早期统治中心在喀什噶尔，因此称为“喀什噶尔汗国”。波斯人则因其国是由成吉思汗后裔（蒙兀儿人）建立，因此称为蒙兀儿汗国。因为后来很多大城市由吉利吉思人管理，因此叶尔羌汗国有时被称为吉尔吉斯汗国。
历史.14世纪，今新疆南部的突厥化蒙古人大部分皈依伊斯兰教，融入到当地的突厥语系民族，成为现如今维吾尔族的四大族源之一。叶尔羌汗国信奉伊斯兰教，苏非派的势力很大。速檀赛德曾经想成为一位德尔维希（即托钵僧），投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。黑山派和白