城仍维持莿竹城。后来干隆帝派工部侍郎德成到台湾，与福康安、福建巡抚徐嗣曾一同筹画台湾筑城的计画。在德成、福康安于在干隆五十三年五月（1788年6月）的联名上奏中，提到当时凤山县城遭到相当严重的摧残，居民也很少迁回，访查之下舆论表示希望将县治迁到埤头（今凤山区）街。福康安的〈奏为查看南路情形并抵郡城日期奏折〉也建议将凤山县治迁往埤头街，并调整营汛，之后干隆帝在朝议上同意将县治迁移。干隆六十年，当地人士陈周全与陈光爱兴兵，虽为理番同知朱慧昌平定，但嘉庆十年（1805年），自封「镇海威武王」的海盗蔡牵、吴淮泗