又担任德意志帝国海军装备最新、战斗力最强的公海舰队第三舰队司令。1916年1月，莱因哈特·舍尔晋升为上将并受任为公海舰队总司令。同年5月31日-6月1日，莱因哈特·舍尔率领公海舰队参与了历史上最大海战之一的日德兰战役。此战后，莱因哈特·舍尔加入针对协约国的无限制潜艇战。1918年8月，莱因哈特·舍尔出任海战指挥部长兼海军总参谋长，而弗朗茨·冯·希佩尔上将接替其在公海舰队的职务。两人曾计划对英国舰队发起最后攻势，但因厌战的水兵发动威廉港暴动而作罢。舍尔在第一次世界大战结束后退役。1919年，莱因哈特·