无性繁殖循环可以一直持续下去。如果外部环境发生变化，隐孢子虫会转化为第二型分裂体（type 2 meront），这时候分裂体会形成大配子母细胞（macro-gametocytes）和小配子母细胞（micro-gametocyte），二者结合形成双倍体合子。这是有性繁殖阶段，合子再进行孢子生殖，形成含有大量单倍体孢子的卵囊，随粪便排出宿主体外。隐孢子虫的卵囊对外界环境有较好的耐受性，在8摄氏度的淡水和海水中可以存活1年以上，在零下20度的低温环境下亦可存活。然而臭氧和过氧化氢可以有效杀灭卵囊，零下70