它只搭载观赏日出的游客上下山，其时刻表亦配合日出时间而调整运行时间（后来曾于中午时段开行云海列车）。1986年1月25日，阿里山林业铁路与大井川铁道举行姐妹铁路缔结仪式。2008年6月19日至2010年3月22日间，阿里山林业铁路以OT模式转由宏都阿里山公司接手经营。2010年3月23日，林务局终止委外经营契约，阿里山林业铁路由林务局收回自管。2013年4月20日，阿里山林业铁路与黑部崃谷铁道缔结为姊妹铁路。2013年5月1日起，台湾铁路管理局协助林务局营运该铁路，惟其产权仍归属林务局。2014年1