住院部，需要藏医人才，强巴卓嘎和贡嘎被一起调回了拉萨的西藏自治区藏医院任职。刚回藏医院时，强巴卓嘎被安排在信诊邮药室（俗称“寄药组”），接待国内外患者。两年后，强巴院长将她调到藏西科。1987年，被派到北京人民医院进修六个月。回到拉萨后，又在西藏自治区人民医院进修两年多，学习西医急救治疗、操作技术。此后，强巴卓嘎从事藏西医结合，主攻心血管疾病。2002年起，强巴卓嘎在西藏自治区藏医院担任硕士生导师。强巴卓嘎每天都看门诊。她是西藏自治区藏医院综合内科主任，学科带头人，中国西藏藏医药学会研究员、副教授。