始寻求官方往来。日本后阳成天皇文禄2年（1593年），丰臣秀吉派遣使者谕令高山国纳贡，但是因使者找不到可以传递文书给高山国的人而无功而返。日本进入江户时代（1603年至1867年）以后，日台开始有官方往来。日本庆长14年（1609年），德川家康任命有马晴信晓谕台湾原住民纳贡，原住民不予理睬。元和2年（1616年），德川家康任命长崎代官村山等安征服台湾，等安以次子村山秋安率领2、3千人征台，但因遭遇风灾无功而返。宽永5年（1628年），荷兰驻台湾的荷兰东印度公司与日本商人因贸易纠纷而发生「滨田弥兵卫事件」