长安任侍御史、刑部员外郎，后因母丧去职，期满后迁吏部任职。唐德宗贞元二年（786年），德宗诏令选择十个中央官员分任长安、洛阳地区的地方官，郑珣瑜检校本官吏部员外郎兼奉先（地近长安）令。次年五月，任为饶州刺史，后又回长安任谏议大夫，七年（791年）八月以给事中为中书舍人，八年（792年）十月，监外官考。共经四次升迁为吏部侍郎。十一年（795年）三月，受任为河南、淮南水陆转运使，又任河南尹（即洛阳地区长官），尚未赴任，正逢唐德宗生日，按习惯，河南尹应该献马为寿礼。郑珣瑜手下的小吏请求挑选一匹马上献，郑珣瑜拒