长、国防部国会连络处处长。2000年陈水扁经选举担任总统后，余连发获得赏识，升任中将并担任中华民国总统府侍卫长，后调升宪兵司令、国防部军事情报局局长。2005年6月1日晋升上将，担任后备司令部末任上将编阶司令。2008年6月1日任期届满，由时任总统马英九调任总统府战略顾问 ；2011年2月1日届满64岁退伍，卸下总统府战略顾问，结束军旅生涯 。2006年，台北地方法院审理总统府前副秘书长陈哲男司法黄牛及炒股案，发现余连发与陈哲男共同涉及烨隆、烨联及联钢重工等三家公司内线交易案，要求检方侦查。经国防部