中将担任司令，下辖2个空骑旅、1个特战旅、航空训练指挥部、特战训练中心。
精进时期.2006年（民国95年）3月1日，因应国军精进案，航空特战司令部改制为陆军航空特战指挥部。2006年（民国95年）陆军101两栖侦察营由陆军司令部直属部队改纳编至陆军航空特战指挥部，直属之营级单位「陆军航空特战指挥部两栖侦察营」，也和其高空特勤队之军官士官干部做交流、轮调等，以互相了解其单位属性。2007年（民国96年）1月1日，陆军航空特战指挥部所属特战第八六二旅改制为陆军特种作战指挥部，