座囊菌亚纲（学名：Dothideomycetidae）是子囊菌门座囊菌纲下的亚纲，共包含座囊菌目（Dothideales）、多腔菌目（Myriangiales）、煤炱目（Capnodiales）三个目。本亚纲真菌的子囊之间缺乏侧丝（paraphysis）、拟侧丝（pseudoparaphysis）或类侧丝（paraphysoid）。