东京临海高速铁道相互直通运转，「JR月台可看见其他公司车辆进站」。2006年（平成18年）3月18日起，JR东日本与东武铁道的特急列车相互直通运转（）。2006年（平成18年）7月31日起，本站限定的Suica广告服务（Suipo）启用。最初上越新干线的起点计画在新宿站，规划从此通至大宫站。另外，过去中央新干线起点站也曾考虑设在本站。南口大厅的车站便当店原则上在每週六日举行迷你车站便当大会。因气候因素造成铁路调度异常时，电视节目常选择在新宿站南口进行报导。