此时日本人已熟知这一地区，因为这里从20世纪30年代开始是日本政府赞助的南洋兴发有限公司（）的棉花种植园位置。1942年初，在马诺夸里驻扎有125名军人，其中包括在1942年2月征招的一些平民预备役士兵和后勤部队由于没有直接与日本侵入军接触，他们撤回荷属新几内亚内部并对日军发起游击战二战结束后，荷兰人于1945年回到巴布亚地区。
印尼独立后.1945年8月17日印度尼西亚宣布独立，并声称拥有荷属东印度群岛的所有领土，包括荷属新几内亚。荷兰和印尼发生了四年半的武装外交斗争。194