七年（1729年），清廷要求遣返罗卜藏丹津未果后，再度出兵征讨准噶尔。雍正九年（1731年），因西陲战事需要，改川陕总督为陕甘总督，另单设四川总督。雍正十三年（1735年），因准噶尔战事结束，复设川陕总督，裁撤四川总督。干隆十三年（1748年），大金川之战期间，川陕总督再次分设为四川、陕甘总督。干隆二十四年（1759年），清军平定阿睦尔撒纳，准噶尔汗国就此灭国，清朝将新疆正式纳入版图之内。陕甘总督杨应琚以“西陲平定，幅员广大，陕西甘肃非一总督所能兼理”为由，奏请陕西、四川总督合并为川陕总督，另设单独