类的APG分类法将其直接放到被子植物分支之下，但因其演化地位不明而没有分入任何一个目。自2001年起，史蒂文斯（Stevens）将其单独列为金粟兰目。但2003年APG II分类法继续对其地位保留。2007年，摩尔（Moore）等人的研究发现木兰类植物很可能是金粟兰科最亲近的姐妹群，但金粟兰科远在木兰类植物分化之前就已经和它们分离，而且形态上也有一定的差异。于是，2009年的APG III分类法将金粟兰科列为木兰类的旁系群，单独成立金粟兰目。
种系发生学.金粟兰目和其它被子