直不甚稳定，迄今为止有许多种已被移到了其他的科下。究其原因，主要是水豚及其亲缘动物的臼齿在不同种之间差异太大。例如曾经根据不同的臼齿划出过四属七种不同生物，但后来确信它们只是不同年龄段的"Cardiatherium paranense"而已。水豚的种加词"hydrochaeris"和属名一样，都是来自希腊语ὕδωρ（"hydor" ：水）和χοίρος（"choiros"：猪）。
描述.水豚的身体看似笨重，呈桶状，其口鼻较钝，耳目偏上。身体上部皮毛为红褐色，下部呈黄褐色。与其他