民尚书、吴兴郡太守，祖父孔臶官至太子舍人、尚书三公郎，父亲孔稚孙官至南梁宁远枝江公主簿、无钖令。孔奂早孤，由叔父孔虔孙抚养。自幼好学，善写文章，经史百家，无不通读。南梁时州举秀才，射策高第。在梁武帝时官至扬州主簿、镇西湘东王外兵参军、尚书仪曹侍郎。侯景之乱中，被侯景部将侯子鉴俘获，朝士多卑屈，只有他傲然自若。令其掌书记，士民多被侯景拘逼掠夺，赖孔奂从中保全性命。乱平之后，王僧辩为扬州刺史，孔奂为扬州治中从事史。大乱之后，重新草创，宪章故事、仪注体式、书翰表笺，皆出于孔奂之手。梁敬帝时，陈霸先辅政，授其为