期间，「天后宫」有重建过一次，立有「重兴天后宫碑记」。根据碑文上的捐款资料，可知捐款者有官员与郊商，又以「三郊公局」出资最多。三郊参与此次重修，进而接手管理庙务，将所辖的浮覆地划为祭祀公业（妈祖婆地），并立有「鹿耳门圣母庙界」的香田界碑同治十年（1871年），鹿耳门妈祖庙毁于洪水，但在庙毁之前庙中神像已被抢救出来，祭祀在同为府城三郊管理的水仙宫与海安宫。据说大水来时，信徒们已将大小神像抢救出庙，唯独妈祖神像因神明指示不能移动，一动则庙倒庄毁，但在水淹至神坛时，庙公林赞与信徒林砚、林白等人决定将妈