廷兰、礼部主事万建昆谪戍典史，是为“第一次妖书案”。吕坤对官场黑暗深为不满，称病退休。万历四十六年（1618年）病逝于家，之前将其未刊行的手稿焚烧。卒葬宁陵县东南。天启元年（1621年），追赠为刑部尚书。
学术思想.吕坤反对朱熹的理气二分说，厌恶理学家中虚伪、迂腐、浅薄的末流，希望越过理学、佛学、道家、法家以回归先秦的儒学，甚至肯定「我只是我」，以个人体验发挥儒学。他夸大了禅学对理学的影响，以为程颢和王阳明「皆自惮悟入」。他在哲学上坚持气一元论，认为：“天地万物只是一气聚散