，而另一种武器——导弹则成为了潜艇发展的另一个方向，其中潜射弹道导弹发展较早和成熟。V-II导弹成为了德国人理想潜艇的利器，二战后期德国人曾开始研究将潜艇安装上导弹，而这个研究项目的资料也随着战争的发展而成为了美国人的战利品。弹道导弹潜艇是冷战“相互保证毁灭”思想的重要工具。旨在当我方遭受到敌方毁灭性的核打击，陆射弹道飞弹和空基战略轰炸机等核武器投射力量已经被毁灭之后，弹道导弹潜艇作为隐蔽的核攻击力量给与敌方毁灭性的打击，这被称作“第二击”。自从二战时德国试验潜艇发射V型导弹的试验资料英国、美国、苏