末期的1945年（昭和20年），同盟国军于1月登陆菲律宾吕宋岛，2月登陆硫磺岛，4月登陆冲绳，日本本土迫在眉睫，遂于同年6月19日组建第50军。组建完成后立即编入第11方面军战斗序列，部署在青森以应对与同盟国军的本土决战，未参加作战，日本军就已经无条件投降。