时代末期至平安时代初期时，信浓国的国府从上田市搬迁到松本市地区。市内的、、等古刹的历史均可追溯自飞鸟时代至奈良时代。松本市内的修筑于鎌仓时代初期。南北朝时期，一族的成为松本的统治者，并在井川兴建城郭。松本城的前身深志城也是由小笠原氏家臣岛立氏修筑。战国时代，小笠原氏本来是信浓守护。但在甲斐国武田信玄攻击信浓之后，小笠原长时被逐出信浓，松本一带成为武田氏领地。1582年（天正10年）武田氏灭亡之后，小笠原氏恢复了原本的领地。小笠原长时之子小笠原贞庆在德川家康的帮助下夺回深志城，并将其改名为松本城。15