三十一年（1603年）的举人，四十一年（1613年）成进士，获授庶吉士，改任检讨，转编修，主持会试取录不少名士。之后他改官詹事府詹事，天启年间陞为南京吏部侍郎，上疏指斥魏忠贤专权并恳辞归田，奏章呈上后被削籍，他也归家杜门着书。崇祯年间朝廷起用萧命官为礼部右侍郎，声望隆重，得崇祯帝眷顾，但他突然患病去世，得赐祭葬。他胸无城府，喜欢提拔士子，在州县时不曾中伤他人，吉水的状元刘同升就是他的弟子，人说：「萧君不只位居台阁，更是名臣。」