后，补为廪生，屡考举人不中，惠潮嘉道李璋煜见到他文章后，称赞为“不世之才”，聘为幕僚，1854年，太平军攻打潮州城，丁日昌以廪贡生治乡团，数却潮州寇。咸丰六年以军功选琼州府府学训导。咸丰九年任江西万安县知县、后任庐陵知县，发逆入，罢免。1861年为曾国藩幕僚，1862年5月被派往广东督办釐金和军火，复官。江苏巡抚李鸿章治军上海，主机器局，同治二年积勋同知衔，升任直隶州知州，同治四年擢江苏苏松太道道员，帮李鸿章办理外交事务，后调两淮盐运使。同治六年（1867年）升江苏布政使，同治六年到同治九年为江苏巡抚，