%的已知蛋白质结构是通过核磁共振(NMR)技术来测定的。该技术还可用于测定蛋白质的二级结构。蛋白质二级结构的组成可以通过圆二色性测定。振动光谱法也可用于表征肽，多肽和蛋白质的构象 。已成为研究不能用其他方法研究的柔性肽和蛋白质的结构的有价值的方法。低温电子显微镜(Cryo-electron microscopy)是近年来兴起的一种获得低分辨率（低于5埃）蛋白质结构的方法，该方法最大的优点是适用于大型蛋白质复合物（如病毒外壳蛋白、核糖体和类淀粉蛋白纤维）的结构测定；并且在一些情况下也可获得较高分辨率的结构，如