间结识杨东明 (万历进士)，吕坤长子吕知畏并娶东明长女为妻。万历十五年（1587年）升任山东济南道参政。万历十七年（1589年）迁按察使，万历十九年（1591年）升陕西右布政使，隔年以都察院右佥都御史、巡抚山西。万历二十二年（1594年），吕坤升左佥都御史，次年升刑部右侍郎，不久转左。万历二十五年（1597年）上《忧危疏》劝明神宗励精图治：“自万历十年以来，无岁不灾，催科如故。……今国家之财用耗竭可知矣。数年以来，寿宫之费几百万，织造之费几百万，宁夏之变几百万，黄河之溃几百万，今大工、采木费，又各几百万