刀会起义和太平军东征当中遭受损坏，后来又得到全面重修，并在汇龙潭边建造了魁星阁。民国年间，嘉定孔庙长期被米厂占用，建筑结构被损坏。抗日战争时期，嘉定孔庙在日军轰炸中严重损毁，大成殿及东西两庑的门窗被震坏。1958年，嘉定县从江苏省划归上海市，当年经上海市人民委员会批准，嘉定孔庙得以修缮，这次修缮工程由上海市民用建筑设计院工程师乔舒祺负责修复设计。该工程于1959年开工，1963年整体完工，工程包括修复三坊、棂星门、大成门及两旁祠宇、东西庑、大成殿、明伦堂、当湖书院等，此外还在明伦堂西墙建造了碑刻。文化大革命