之后他于慕尼黑大学拜师于路德维希·阿道夫·蒂莫特乌斯·拉德尔科菲和理查德·赫特维希继续他的研究。1893年至1897年，他就职于爪哇的茂物植物园，之后成为了慕尼黑大学植物研究所的一名助理。1894年，他成为了第二个成功登顶黑山的欧洲人，并首次采集到了圆盾猪笼草（）的标本。1894年1月30日至2月13日间，他5次登顶。1898年起，约翰内斯·戈特弗里德·哈利尔就职于汉堡的植物博物馆。1903年至1904年，他参加了对印度、锡兰和马来群岛的科学考察。他发表了大量关于荷属东印度群岛植物的论文，其中包括婆罗洲植物