需要在经停站进行海关、边防检查。如果某个包含经停的直飞航班经停某航空公司的枢纽机场，并且前后航段航程、客流量差异较大，则还可能出现更换飞机型号的情况，例如曾经杭州——北京——法兰克福的中国国际航空965/966号班机在某些时候会使用空中客车A320或波音737级别的窄体客机服务国内航段，而使用波音777级别的宽体客机服务国际航段。