草原，破坏生态价值高的湿地、河谷及森林。而下游同样会受影响，原本会流至下游的沉积物在有水力发电站后会大幅减少，这是因为发电机组所排出的水中含有的沉淀物非常少，使下游河床被沖刷，又失去沉淀物的补充，导致水土流失，最终下游的原有地貌会逐渐被侵蚀，河堤、三角洲会受影响，肥沃的沖积土减少。阻碍水中生物迁徙，阻碍其繁殖，部份物种可能因而绝种，减少了物种多样性。水库会使水温上升，因而导致鱼群数量及种类减少。而且这些破坏是永久性、不能逆转的。
能源依赖水流.水力发电虽然不需燃料，但需要水