已经得罪，何遵再与同僚林大辂、蒋山卿上疏请求罢南巡，并称江彬怙权倡乱，请求黄巩无罪宽恕。明武宗大怒，下何遵入诏狱，廷杖四十。因创口甚大，肢体俱裂，两天后就去世，时年三十四岁。兵部员外郎陆震、兵部主事刘校、大理寺评事林公黼、行人司副余廷瓒、行人詹轼、刘㮣、孟阳、李绍贤、李惠、王翰、刘平甫、李翰臣，刑部照磨刘珏等十余人同死于廷杖。崇祯十七年（1644年），福王朝廷追谥忠节。