隆帝乘机于干隆二十年（1755年）派其为引导，以定北将军班第率军平定准噶尔，攻下伊犁。而后阿睦尔撒纳想要成为新一代准噶尔之主，由于没有获得干隆帝支持而叛变。干隆帝派兆惠西征，阿睦尔撒纳战败逃亡哈萨克汗国，后因为哈萨克汗归降于干隆，又逃亡帝俄，干隆以《尼布楚条约》规定之中俄引渡逃人的条款要求俄方引渡，而阿睦尔撒纳本人已于干隆二十二年（1757年）出天花病死在托波尔斯克附近的库杜斯克酒厂。随着阿睦尔撒纳的死去，天山北路遂告平定，准噶尔亡，其族在干隆的屠杀令下惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小