记、国家主席的江泽民为中国科大四十周年校庆题词“面向二十一世纪，建设一流大学，培育一流人才”，时任中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长的李鹏题词“庆祝中国科学技术大学四十周年，为国家科教事业做出新贡献”；此外，原全国人大常委会委员长乔石，原国务委员张劲夫，当时的全国人大常委会副委员长周光召、彭珮云、吴阶平以及全国政协副主席钱伟长、李贵鲜、朱光亚，中科院院长路甬祥、教育部部长陈至立、安徽省委书记回良玉等题词或致信祝贺。9月份，学校举办了各类纪念庆祝活动以及一系列的报告会和研讨会。当时还属于学校管理的北京研