代官所负责管理此区域週边的天领及旗本领地。在江户时代末期的1863年，部分尊皇攘夷派的武士在堺成立天诛组，一度做为根据地，但仅20天就因进攻高取城失败而溃败往南逃入南部山区，最后遭到剿灭。明治维新后，新政府在1870年以原五条代官所为基础新设立五条县，县厅延续使用五条代官所的阵屋设于此地，但仅两年后，五条县即被废除併入奈良县，但此后随着立次府县整併曾先后被併入堺县、大坂府，直到1887年重新恢复设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的五条市辖区在当时分属、、、、、、、、、