遭受迫害，被指控为“特务”，从1966年4月份便被隔离在中国科学院大气物理研究所的一间小屋内，刘克武被指派为监督叶笃正改造的工作人员，其间对叶笃正多有照顾。后来叶笃正被放出来，此后又进了一次“特务学习班”。1968年10月，中国科学院大气物理研究所所长赵九章自杀身亡，叶笃正闻讯后抱着刘克武痛哭。刘克武回忆说：“因为他们斗他们的话，实在是受不了。精神已经到了将近崩溃的这么一个边缘，非常难过的就大哭起来抱着我说我不想活了，说赵所长也死了，这国家也没前途了，我还活着有什么意思啊。”叶笃正回忆道：叶笃正见不到