斑蝶来说，迁徙时较依靠触须上的生物钟。对于软体动物在视网膜的基底部对于嵴椎动物在视交叉上核和松果体（pineal gland，epiphysis cerebri）中。松果体分泌褪黑激素（N-乙酰-5-甲氧基色胺）。鱼，两栖类动物，爬行类动物和很多鸟类动物中松果体是对光敏感的，除此之外它还控制了除褪黑激素昼夜产生节律外的其他节律，如体温和进食。从中可得知，松果体比视交叉上核更早掌管着生物节律。
哺乳类动物.哺乳类动物中松果体和视交叉上核共同控制了节律，但还有很多其他证据表明，