政府上台后的「南北平衡」和「本土化」等政策方兴未艾，因而逐渐产生了在台北以外地区另建分馆的政策，进而确定了故宫分院的计画。2001年7月，故宫提出中、南部分院建设计画，选址时共收到14个政府机关共20件申请。2002年10月，13人组成的委员会选出苗栗县后龙镇、台中市西屯区、云林县斗南镇、嘉义县太保市、台南县玉井乡、高雄县桥头乡、高雄市鼓山区及左营区等8个地点，该年底向行政院提报3个优选及2个次优地点，其中3个优选为高雄左营、嘉义太保及台中西屯。2003年1月3日，行政院正式选定以嘉义县太保市为故宫分院