。王恭听后也想起兵，在得到殷仲堪及广州刺史桓玄的支持并被二人推为盟主后就正式起兵。司马道子在其世子司马元显建议之下决心讨伐王恭，于是命王珣为前将军、都督琅邪水陆军事、假节。面对桓玄大败司马尚之军，王珣守建康北郊以防备桓玄。同年王恭起事被平定。王珣于是上还符节，并获加授散骑常侍。隆安三年四月乙未日（399年5月30日），王珣获加授衞将军。隆安四年（400年），王珣以疾病解职，同年五月丙寅日（6月24日）去世，享年五十二岁。朝廷追赠车骑将军、开府，谥号为献穆。桓玄辅政时改赠司徒。