目前的假说认爲该层可以起到防止二氧化碳泄漏或重新捕获从蛋白核中逸出的二氧化碳的作用。人们目前还没有完全弄清蛋白核中蛋白质的种类和结合状况。不过，人们已经在蛋白核中发现了加氧酶以外的蛋白质，比如加氧酶活化酶、硝酸还原酶和亚硝酸还原酶。蛋白核在是如何在细胞分裂期间生成的也尚不明确。通过诱变莱茵衣藻进行的研究表明，加氧酶的亚基对蛋白核的组装至关重要，尤其是两个会与溶剂接触的亚基。目前，加氧酶是自我组装成蛋白核还是需要另外的伴侣分子帮助尚不可知。现有的CCM的生物物理模型认爲，蛋白核是该机制得以进行