洛邑为首都安定了姬姓，光武帝以洛阳为首都兴隆了汉朝，这是天之所启，神之所安。大业既定，岂能妄加迁动，辜负了四海之期望？”当时人人都畏惧董卓一暴怒，黄琬必定被杀害，于是都劝谏黄琬。黄琬对他们说：“昔日白公胜作乱于楚国，屈庐冒着利刃向前；崔杼杀齐庄公于齐国，晏婴不畏惧他的盟誓。我即使无德，但真心钦慕古人之气节。”董卓警戒他是名门望族，不敢加害他，于是黄琬被罢免官职。后来与杨彪同拜光禄大夫，及迁到西都长安，转司隶校尉，并与司徒王允共同密谋诛杀董卓。最终李傕、郭汜攻破长安，黄琬被收捕入狱，并死于狱中，时年五十二岁。