队仓惶撤退，损失达到三万余人，这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。伏尔泰形容1565年的大围攻，“没有甚么战役比起马耳他大围攻更有名”。过大围攻后，骑士团决定增强马耳他的防御力，特别是内港地带。骑士团修筑了新城瓦莱塔，以当时骑士团团长让·德·瓦莱特的名字命名。骑士团亦沿海岸线修筑了不少了望塔。骑士团在岛上完成了很多建筑及文化项目。1571年，鄂图曼再次起兵，企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨，还没到马耳他，在海上就遇上了以基督教国家组成，由西班牙王国的无敌舰队为主力的神圣同盟舰队于勒班陀