超系支持袁世凯的蔡锷同孙文系反袁的李根源之间发生意见对立。1912年（民国元年）8月，李根源辞去云南军政府内的职务。
同孙文的对立.1913年（民国2年）二次革命中，李根源作为革命派进行活动。7月，李根源拥立袁世凯的政敌岑春煊在广东打倒袁世凯成立大元帅府。然而，由于粤军内部的叛乱，该计划以失败告终。同年9月，李根源流亡日本，入早稻田大学学习政治经济学。翌年8月，力图打倒袁世凯的团体欧事研究会在东京成立。1915年（民国4年）12月护国战争爆发，1916年4月李根源随岑春煊归国。