日本之间良好的商贸和外交关系持续了约六十年，直到1630年的一系列政治丑闻导致了幕府与这个王国的关系开始紧张。宋当王（泰：，英：Songtham）死后，巴萨通王（泰：，英：Prasat Thong）通过政变取得王位，这个政变的一部分即为杀害日本人町首领山田长政，因为他也在朝廷有重要影响并担任王室的日本人侍卫的首领。担心来自日本人町的报复，巴萨通王下令烧毁阿育陀耶日本人町，并将其内的很多居民驱逐或杀害。很多日本人逃到了柬埔寨，一些年以后，他们中的一些人被国王特许返回大城王国。幕府将军认为巴萨通王并非王位正统继