大约80万年前，大屯火山群开始爆发，形成较高的火山地形；地形的变动使古淡水河因此转而偏北，流入台湾海崃；由于河川的转向，林口沖积扇便停止发展。大屯山火山群的活动持续进行着，台北地区也一直维持着丘陵的地形，直到大约40万年前，位于林口与台北之间的断层(山脚断层)陷落，使林口抬升为台地，而台北则开始陷落形成盆地；除此之外，观音火山也开始喷发，促使古淡水河南岸的地形上升，由于台北陷落成为盆地，再加上观音火山喷发所造成的地形改变，台北盆地成为较低处，所以邻近的基隆河与大汉溪均转向注入淡水河，形成庞大的淡水河流域。