居地，有大量长翼蝠、南长翼蝠等蝙蝠品种居住。矿场内的通道和邻近地区在1994年被列为具特殊科学价值地点（SSSI）。然而，莲麻坑生态正面对多个危机，包括东部走廊计划、防洪工程、外来物种薇甘菊侵害、非法捕猎野生动物等。虽然政府建议将莲麻坑部分地区划为郊野公园范围加强保育，但受到当地原居民强烈反对。
古蹟文物.莲麻坑位处边境禁区，除了深圳乌石鼓石矿场在香港的配套设施（于1980年启用，1997年废除）外，数十年来均没有重大发展，反而保留了不少珍贵历史建筑。莲麻坑约有200幢房屋为具