应急工程交付使用后，编组站工程继续施工。运营部门为扩大运输能力的需要，要求小杨村机务段尽快形成洗修能力。随后车站边运营一边施工，于1987年继续交付地区通讯及站修所，年末外包正线、编组站Ⅲ场、塔桥站及车辆段房屋等已达到交验要求。芜湖东站在2016年淮南铁路电气化时进行了进一步的改造，包括修建湾里便线工程、站场信号改造、I场、IV场、VI场电气化改造等工程。其中，湾里便线于2016年8月30日开通；I场、II场、III场信号工程于2016年9月开通；Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ场信号改造则于2016年11月11日完成，