清兵随即俘获了绍武帝，绍武自缢。永历帝即位后，一直听到谣言说隆武帝化妆隐居不出，上尊号「上皇思文皇帝」，遣间谍打听隆武帝消息，传言隆武帝潜至安溪县妙峯为僧，或称在汀州府单骑逃出，藏于乡民蒋氏家中。逮清兵离开以后，前往大帽山出家。永历五年曾遣侍郎王命璇探访，又不得，永历十一年乃确信隆武帝已死，立庙号「绍宗」，谥号「配天至道弘毅肃穆思文烈武敏仁广孝襄皇帝」。
陵墓.隆武帝死后百姓敛葬于福州罗汉岭，一说葬于汀州。