败后，遭黎元洪悬赏通缉、缺席审判，熊秉坤流亡日本。1914年，熊秉坤参加中华革命党。同年秋，熊秉坤回到湖北，被孙中山任命为讨袁鄂军司令。护法运动爆发后，熊秉坤出任广州大元帅府参军、高级副官、代参军长等职。后来，熊秉坤在回到武汉进行策反活动时，正逢二七大罢工，《张国焘回忆录》称，当时武汉的中国共产党的最后一次会议因会议地点被吴佩孚方面发现，乃临时改在熊秉坤家召开。中国国民党成立后，熊秉坤任军事委员会委员。1928年4月，熊秉坤任湖北省政府委员。1929年6月，熊秉坤被推为湖北代表，参加孙中山灵柩安葬南