鹿角翼龙的脚部骨头被叙述成类似南翼龙（发现于稍年轻的岩层），但鹿角翼龙的踝部拥有球形关节，胫骨末端的前后侧都有刺状突。在1975年，阿根廷古生物学家约瑟·波拿巴（José Bonaparte）、Teresa Sánchez将这些化石进行叙述、命名，模式种是"P. globosus"。属名里的"Puntanos"是圣路易省的旧名，是以原住民Puntano族为名；种名在拉丁文意为「球形的」，意指胫骨下端的形状。在1978年，约瑟·波拿巴将鹿角翼龙归类于南方翼龙科。同年，彼得·沃尔赫费尔（Peter We