门户，关固，贼不能越邵武而南。请厚集兵守之。」两个月后，张献忠军转往四川使福建危机暂解，而李自成攻陷京师畿辅西侧地带，崇祯帝下诏勤王，毛协恭与张肯堂再度募集义勇军，刚集结便获悉京师沦陷皇帝殉国。南明福王监国，授为陕西道监察御史。隆武元年（1645年，顺治二年）闰六月隆武帝称帝后，以御史提督福建学政。隆武二年（1646年，顺治三年）正月，毛协恭进呈常州同乡各臣书疏，隆武帝读完感到悲痛，说：「江南士绅，无人不洒涕思明，枕戈待举。朕必亲提黄钺，张皇六师，以慰臣民之望。大小文武，当时时刻励尔志，毋狃偏安！」