李绍鸿晚年仍活跃于公开场合，又坚持作息规律和注意健康。2014年1月6日，李绍鸿突然不适入院，延至1月9日清晨约5时许在玛嘉烈医院因急性脑溢血逝世，终年80岁。时任食物及卫生局局长高永文医生和卫生署署长陈汉仪医生在其逝世当日即时发表声明致以轸悼，而香港行政长官梁振英随后也在1月14日在个人网志上发表悼文，致以悼念。李绍鸿身后在2014年1月15日在香港殡仪馆设灵，晚上举行守夜祈祷礼，高永文、香港中文大学校长沈祖尧、医院管理局主席梁智仁与行政总裁梁栢贤、劳工及福利局局长张建宗和香港大学医学院院长梁卓伟等