奴奴干县（印尼语：Kabupaten Nunukan）是印度尼西亚北加里曼丹省的一个县，位于加里曼丹岛东北部，县治在奴奴干。奴奴干县与马来西亚的沙巴和砂拉越接壤，所辖的石巴迪岛因历史归属原因尚未正式划定边界，是世界为数不多的跨国岛屿，县治位于奴奴干岛上。
行政区划.奴奴干县下分为9个区（kecamatan）：