为宁夏选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1949年国共内战末期，彭德怀率领的中国人民解放军第一野战军占领兰州。9月1日，马鸿逵应蒋介石电召飞赴重庆参加军事会议，将宁夏军政交其子，代理宁夏省政府主席兼宁夏兵团司令官马敦静负责。9月2日，蒋介石在重庆接见甘肃省政府主席马鸿逵、四川省政府主席王陵基及川鄂绥靖公署副主席兼第十六兵团司令孙元良等。之后，9月底马鸿逵弃银川赴重庆追随中华民国政府。10月13日离重庆到台湾，马鸿逵即受到国防部次长郭寄峤及马步芳父子的指控，要他对西北败