西北的安仁村（今梅塘东北）为县治新址，并由阮以临主持开工营建，因建城处“平衍高阜”，史称“大埔城”，但终未建成。万历十四年（1586年）县治迁于黄坑都厚屿村洪阳城垣。
明清.明嘉靖四十三年（1564年）三月，两万倭寇犯境，总兵俞大猷统领六万官兵于水神山沟（今军埠镇）重创之。万历十年洋乌、水两都划归潮阳，时普宁县仅有黄坑一都。明崇祯十六年（1643年）十二月，普宁城郊村寨为朱晚等一众所占，时任普宁知县朱统鎙率兵出战，终战死，官兵退入城固守。顺治五年（1648） 清首任知县周一元到