府正式公开承认其为第十四世达赖喇嘛，国民政府则批准免于「金瓶掣签」同意任职。1940年2月22日，其举行坐床典礼，继位成为第十四世达赖喇嘛，并由热振·图旦绛白益西丹巴坚赞、达扎·阿旺松绕图多旦巴杰增先后出任西藏摄政。1950年11月17日，随着中国人民解放军在昌都战役中击败藏军，丹增嘉措提前亲政，执掌西藏的政教大权，并派代表与中央政府谈判，达成了和平解放西藏办法的协议（又称“十七条协议”）。他接触马克思主义后成为共产主义者，并在中共担任职务改革西藏制度。在1954年至1959年间，他担任第一届、第二届全