1935年9月中旬，潘汉年与陈云向中共驻共产国际代表王明汇报了遵义会议情况。1935年10月20日，共产国际批准张闻天为中共中央临时总负责人。博古为人廉正持平，当时三渡赤水中，中层军官对大规模迂回作战不满，林彪因此写信给张闻天，要求撤下毛泽东，换上彭德怀。博古从中做工作，将事情平息下去。8月，中央红军与张国焘红四方面军较量时，毛泽东与张国焘处处相争时，博古始终站在毛泽东一边；9月初，双方的争议已经不可调和时，博古还救出险些死于内斗的叶剑英。10月，中央红军到达陕北吴起镇之后，博古兼任中华苏维埃共和国中央