立法会议员都质疑港铁是以水浸为借口，隐瞒工程早已延误的消息。2013年立法会议员实地视察西九总站时，港铁绝口不提石层状况及地质复杂的问题，反而不断重申2015年定能完工；2014年3月底水浸，港铁也没有第一时间告知政府及立法会。铁路事宜小组委员会副主席陈恒镔认为此时港铁以水浸为借口公佈工程延误消息是为了迫使立法会之后再向工程增加拨款。
具体过程.2013年4月17日：港铁与工程合约承建商进行工作访谈，分析进度及追回工程进度的可行措施，承建商当时预计西九龙总站竣工日期将为2016年6