。此后，干隆皇帝令额敏和卓留驻叶尔羌办事。叶尔羌伯克鄂对与额敏和卓不协，联合喀什噶尔伯克噶岱默特、和阗伯克阿什默特诬告额敏和卓纵容属下虐待叶尔羌百姓，遭到干隆皇帝的斥责。二十七年（1762年），额敏和卓派遣叶尔羌噶匝纳齐伯克萨里赴巴达克山索取大和卓波罗尼都尸首及子女。三十年（1765年），额敏和卓及二子苏赉璊、茂萨赴乌什协助平乱。三十二年（1767年），额敏和卓赴京师朝觐，干隆皇帝命为御前行走，在北京居住五年。三十七年（1772年）正月，干隆皇帝召见额敏和卓询问回部事宜，额敏和卓参奏喀什噶尔阿奇木伯克噶