纷弹劾其党羽，王琼首当其中，于是命致仕归乡，此后世宗又遣慰谕。恰逢西番大掠临洮，王琼率领部队讨伐若笼、板尔诸族，平定叛乱。此后录功，加太子太保。其在边疆多年治理，西陲益靖。甘肃百姓苦于土鲁番侵犯，担心王琼离去，纷纷乞求守臣上奏留下他。于是巡抚唐泽、巡按胡明善上奏阐明其功劳，世宗下优诏嘉奖。当时，世宗厌恶杨廷和，怀疑朝廷大臣都是其党羽，于是连用桂萼、方献夫在吏部任职。方献夫离去后，世宗却不欲授予他人，所以此职位久无人赴任。嘉靖十年冬，世宗派遣行人召王琼担任吏部尚书。南京监察御史马敭等十人上奏诋毁王琼为先朝遗奸