府决定郡役所位于佳里之后，考量「民心融和」，故另取北门作为郡名，又佳里之名1920年当时才订名，不若北门历史悠久。
后续发展.1945年3月重庆国民政府通过之台湾接管计划纲要地方政制中，将北门郡改称为北门县，为该地方政制的30个县之一，县治设于佳里（今台南市佳里区）。1945年10月，因台湾省行政长官公署认为该政制不符实际，因此「台湾接管计划地方政制」并未实施，仅将州厅－郡－街、庄各级行政区改称县－区－镇、乡，北门郡改称北门区。1950年北门区废止，所辖乡镇直接隶属台南县管