显现出平家军已经积弱不振，于是反抗平氏的声浪也越来越大。富士川战后平氏的败绩让宗教势力，尤其是之前协助以仁王举兵的兴福寺开始蠢蠢欲动。而在亲贵坚决反对迁都的压力下，同年11月平清盛又将国都迁回京都。12月，由平重衡率领的大军开往南都奈良并纵火焚城（南都烧讨），随之又命平知盛率兵至近江国和美浓国镇压源氏一族的反抗势力。平氏的一连串行动确实压制了国都週边的反平家势力，然而火烧南都也使平清盛蒙上佛教之敌的污名。
终局.翌年，养和元年（1181年），来自平家势力大本营——西日本伊予国的