937年8月，参加筹备和出席洛川会议。会后，任八路军后方总留守处主任。1937年12月，担任留守兵团司令员，指挥多次河防战斗，保证了中共中央的治安与防卫工作，并保护与各根据地联系畅通，之后率领留守兵团各部进行大生产运动。1940年，其同王若飞一道为解决晋西事变与阎锡山谈判，促使协定缔结。1942年9月15日，萧劲光任陕甘宁晋绥联防军副司令员。1945年4月23日至6月11日，出席中国共产党第七次全国代表大会，当选为中央候补委员。
第二次国共内战时期.1945年10月，萧劲光奔赴东北