学分类可分为以下主要几类：按形态分类则可分为5类：
繁殖.菇类通常行孢子生殖；孢子萌发后，其产生的菌丝是有横隔壁的单核菌丝。正、负交配型的单核菌丝相遇后，经接合成为双核菌丝，然后才发育成为菇类的子实体。子实体由菌伞和菌柄所组成。菌伞的腹面具有菌褶，成熟时经减数分裂可产生孢子。
应用.许多菇类具有医疗价值，如灵芝、云芝、桑黄、茯苓及冬虫夏草等。药用真菌如灵芝、樟芝等多富含多醣体及三萜类化合物；在传统医学的观点，认为有解毒、活血、增强免疫力、消炎、