函馆市辖区内还有函馆新外环状道路和函馆新道两条高规格道路。自函馆出发，有前往札幌等地的高速巴士运行。函馆机场开业于1961年，是北海道第二个机场。在经过三次延长工程之后，现在函馆机场跑道全长达3000米。现在函馆机场运行有前往羽田、成田、 伊丹、中部、新千岁、奥尻、丘珠机场的国内线航班，以及前往桃园、天津、 西安、杭州、仁川的国际线航班。2015年，函馆机场乘客数达177万人。函馆港是北海道第一个近代港湾。现在函馆港运行有定期国际货柜航线，是道南地区的据点港口，并兼具观光港功能。2015年，函馆港入港船舶超