知识分子抵制，也激怒了下层民众（参见江阴守城檄文）。剃发令颁佈后嘉定群情激愤，远近乡兵竞相围攻李成栋船队。船只及所掠财物悉数焚毁，斩杀清官兵84名。十五日，李成栋去太仓求援。十七日，明都察院观政黄淳耀及弟黄渊耀，与前左通政侯峒曾及子侯演、侯洁，上海举人张锡眉，国子生朱长，秀才马元调、龚用圆等倡议守城。七月初三，李成栋汇同太仓清兵攻城，日夜炮轰。城中矢石俱尽。初四大雨滂沱，守城士民，渐不能支。清兵趁机急攻，破东门涌入城内。辰时，李成栋入城下令鸣炮屠城。小街僻巷，无不穷搜。每遇一人，大唿献宝，献若不多，连砍