早期的作者将蛇鹈作为蛇鹈亚科（Anhinginae）包含在鸬鹚科中，但现在通常认为这是过度统合了。然而，由于这与化石证据非常吻合，一些人将蛇鹈与鸬鹚统合在一个鸬鹚总科（Phalacrocoracoidea）中。鲣鸟也通过其特征行为而被归为一类，这与解剖学和核酸序列数据所显示的系统发生树一致。而蛇鹈所缺少的展示行为，有很多与塘鹅一致，也有几种与鸬鹚一致，这些都是，而军舰鸟、鹲和鹈鹕却没有。蛇鹈展示时用舌骨来拉伸，这一点与鸬鹚相似，但与其它鸟类不同。配偶的指向性展示是否是蛇鹈和鸬鹚的另一个共有衍征（该衍征再