诸藩当中，以萨摩藩和长州藩最具政治上的影响力高喊高举「攘夷」大旗，两藩对于「开国」的幕府不满，与朝廷联手逼迫幕府转向「攘夷」，继而不惜主动挑起与西洋诸国的事端。萨摩与幕府对长州作战，种下传统武士的不满加深日后武力讨伐幕府的种子。1866年1月21日，在坂本龙马的中介下，萨摩藩与长州藩缔结同盟，决定在倒幕上合作。1867年11月9日，幕府将军德川庆喜眼见萨长同盟的威胁，决定先行上奏明治天皇，提出大政奉还，翌日获得敕许，将260年来由德川幕府掌握的政权交还天皇，并创设以德川家为中心的新政府，德川家将作为政治中枢