舱（LANTIRN）担负全天候对地攻击任务。新增加的夜间作战能力让批次40/42获得夜间战隼的暱称。改良的部分包含增强与加长的起落架以配合LANTIRN吊舱，提升性能的雷达系统和GPS接收器。从2002年开始，这个批次能够使用新一代的对地武器，包括联合直接攻击弹药（JDAM）、JSOW、WCND以及增强版的EGBU-27炸弹。共计有5个国家採用615架批次40/42。
批次50/52（F-16CJ/DJ）.第一架批次50/52于1991年递交，这一批飞机配备改良版GPS接受器／惯性