航空科学馆的困扰，因此交通部高速铁路工程局最后决定以距离前站较近、且位于机场旅馆边缘，但佔用用地较小、绕过而不穿越桃园国际机场航空科学馆、可採用明挖覆盖工法兴建的方案一建设过境旅馆站，并于2006年提送增设A4及A14a两站的环境影响差异分析报告予行政院环境保护署审查，于同年6月15日经第151次环评审查委员会通过、7月27日备查，确认了过境旅馆站的新增。原先被称为过境旅馆站的A14a站，则于2007年12月12日动工，2008年9月22日定名为机场旅馆站，并于2017年3月2日随桃园机场捷运的通车完工