，发电厂重建工程完工后改称为「清流发电厂」。1990年6月，欧菲莉台风（Ofelia）让原清水第二发电所的厂房再度浮出溪床之上，因此如今仍可在木瓜溪右岸溪床上看到清水第二发电所的遗迹。
现今.1995年4月8日，木瓜溪沿岸发生山崩，同年5月1日至5月15日期间更受到连日大雨影响，造成大量落石崩坍，清流发电厂的压力钢管被落石击毁，主变压器散热器亦被落石击毁，受损严重，嗣后台电东部发电处随即进行防护及抢修工作，于1996年3月8日修复完成重新发电。2001年5月台电公司因应政府组