另一方面也有不同的配置方式：将本丸机能放在二之丸或三之丸，本丸只设有天守或橹等防御设施，不设置能供日常生活用的建筑等精简型式。或者因为面积狭小，只持有战时能作为诘丸的机能等。
本丸的御成御殿.作为特殊用，例如江户时代的大坂城或名古屋城、淀城、宇都宫城等，设置本丸中的御殿在作为将军御成之际的住宿所时，城主会在本丸以外的曲轮另外设置御殿供生活起居已及处理政务。在大坂城的状况，因城主为江户的德川将军家，一般大坂城代以及部下集中在西之丸或二之丸。名古屋城或淀城则是主要作为将军上洛时的住所，