一时期在北海道所设置的县还有札幌县和根室县；1886年1月26日日本政府为统一管理整个北海道的发展建设，决定废除位于北海道的三个县改设置，原有的组织则改为函馆支厅。
概况.函馆县由原本的开拓使函馆支厅改制而成，县厅设于原渡岛国龟田郡的函馆区（现在的函馆市）。其辖区包括原渡岛国、后志国的久远郡、奥尻郡、太橹郡、濑棚郡、寿都郡、岛牧郡、歌弃郡、矶谷郡和胆振国的山越郡，也就是现在的渡岛综合振兴局、桧山振兴局和后志综合振兴局的西南部区域。以地理上来看，函馆县的辖区位于整个渡岛半岛的区域