关押期间受到了刑讯逼供，“在长达数月的讯问中，警察殴打他，连续多天不允许他睡觉，并给他服用一种药物，使他的眼睛和耳朵流血”。他的妻子珍尕告诉记者：“如果不是听他的声音，我根本认不出他。”其辩护律师浦志强因而向法庭申请“审查控方证据”，但法庭没有理会。而人权观察指出，嘎玛桑珠案件可作为中国政府对待酷刑姿态的检验。