，日清战争爆发，田中纲常参战。1895年3月，日军发动澎湖之役，于1895年3月23日派军登陆澎湖本岛，3月25日攻下澎湖。并设置「澎湖列岛行政厅」。澎湖遂成为日本在台湾最早统治的地区。田中纲常出任首任澎湖列岛行政厅长官。1895年5月13日，出任台北县知事。1896年，出任勅选贵族院议员。1903年3月25日逝世。在枋寮乡有主祭田中纲常的枋寮东龙宫。