1592年，在丰臣秀吉进军备中高松城前，高原次利被封为男木岛、女木岛、直岛的领主，领600石，此后直岛地区靠着海运业和制盐业而繁荣。但在江户时代1671年时成为幕府的天领，由仓敷代官所负责管理，直岛城后来亦因大火而毁灭。在江户时代末期，直岛先后交由高松藩、土佐藩管理，在废藩置县后，亦曾先后隶属仓敷县（现已合併为冈山县）、丸龟县，最后随着丸龟县一同併入香川县。1917年三菱财阀在此设置直岛制鍊所（后转移给），在此生产铜，并成为岛上的主要产业。1960年代后，岛上开始朝观光产业发展，设立露营场。19