院选派卢永根到北京农业大学参加为期两年的全国作物遗传选种进修班。当时中国正大力倡导学习苏联，这个进修班也主要教授苏联伊万·弗拉基米洛维奇·米丘林的遗传学观点，对美国托马斯·亨特·摩尔根的遗传学观点持批判态度。但当时，北京大学研究杂交玉米的李竞雄教授和研究植物多倍体鲍文奎教授却反对米丘林的遗传学说，支持摩尔根的遗传学说。鲍文奎的观点给卢永根留下了深刻印象，卢永根一番查验，发现苏联相关论文确实经不起推敲，也对米丘林的遗传学观点产生怀疑。1958年，反右运动中卢永根这些观点成为他的重大政治问题，被处以留党察看一年