会民主党的左派秘密成立捷克斯洛伐克共产党。1922年获释出狱后，萨波托斯基被选为共产党总书记。1925年入选国会议员，得以参加公开斗争。1929年至1939年，他一直担任红色职工会总书记。在1929年开始的资本主义世界经济大危机时期，他多次成功领导总罢工。1939年，英法政府通过慕尼黑协定，将捷克斯洛伐克卖给了希特勒。萨波托斯基在此期间领导共产党地下工作，组织人民进行斗争。最终不幸被捕，在萨克森豪森集中营囚禁了5年，直到1945年苏联红军解放捷克斯洛伐克全境。解放后，萨波托斯基积极参加捷克斯洛伐