师便驻扎在皖南贵池一带与日军对峙。至1940年底，第40师基本都是在皖南一带与日军作战。1940年12月，40师换防至后方皖南泾县一带。1941年1月参加“皖南事变”。后参加了皖南作战、浙赣会战、粤赣边区作战、赣西追击作战。1938年12月财政部长孔祥熙于湖南长沙重新组建了盐务总局缉私总队，孙立人任总队长，辖6个大队。驻防贵州，在滇黔边区担任剿匪工作，另外有一部分部队用于保护盐场。后孙立人又升任财政部缉私处副处长，并且继续任盐务缉私总队总队长。财政部缉私总团在1940年11月又恢复了过去税警总团的番号。