。咸丰二年（1852年），大考二等，擢升为侍讲。不久，擢湖北学政，在数月之间，连升侍讲学士、光禄寺卿。咸丰二年十二月（1853年），太平军势如破竹，进攻武昌。冯培元偕同守城。城破后，培元投井自尽。咸丰三年正月，太平军弃城而去，清军向荣部入城，方为其收敛。文宗破格抚恤武昌殉难文武官员，赠冯培元侍郎，建立专祠祭祀，并授骑都尉世职，谥文介，并赐两子学瀚、学沣举人。