时间上仅有很短时间的重叠，而且就时间和空间上的重叠来讲，目前也没有证据说明关押、刑讯政治犯和中共党员与中美合作所有关系。国民政府在撤守到台湾前，实施了对部分被关押的中共政治犯的集体处决，这被中共称为“中美合作所大屠杀”。而事实上关押政治犯的地方，是白公馆和渣滓洞等地。所以，中美合作所背负了本不该承受的集中营恶名。这使得在1949年后，很多中国大陆人对中美合作所的主观印象倾向负面。沈瑜总结台海两岸与美国对中美所历史的扭曲，表示美国从70年代起才开始对它的学术研究，如费正清等人，不重视它对二战的贡献，而