2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子50米背泳比赛于9月10日至16日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为5个级别。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：S1级：S2级：S3级：S4级：S5级：