拒行联邦法规与介入论之先河。杰佛逊与纽约的阿龙·伯尔紧密合作，重新集结其政党，特别为对付新税开征而投入1800年美国总统选举。联邦党反击杰佛逊为自然神论者、无神论者，称他为基督徒之敌。杰佛逊与伯尔在选举人团中，票数并列第一，须由时为联邦党所控制的美国众议院决断选举结果。经冗长辩论后，汉弥尔顿在众议院中说服了同党议员。他认为，选举过程中的流言将腐蚀新生的美国政府；而就政治面而言，杰佛逊不会造成伤害。众议院后于1801年2月17日决议，推举杰佛逊为总统，伯尔为副总统。
总统：18