在跑完电泳，最小的分子几乎到达氧化极之后，可以对凝胶里的分子染色，这样才能看到分子。可以用溴化乙锭，银或考马斯亮蓝染色。也可以用其他方法看到凝胶里分离后的混合物组成。如果分析物的分子在紫外线下会发光，就可以在紫外线下拍出凝胶的照片。如果要分离的分子有放射性原子，凝胶可以用同位素示踪剂记录，记录方法同上面所述。如果一开始有很多个混合物一个接一个注入相邻的「井」〈wells〉，跑出来的结果会是一条一条平行的轨迹〈lane〉。根据不同分子的数量，每一条轨迹都有一条或以上，明显的亮带（band），表示原本混合