信免除了嫌疑。869年，基经官拜右大臣。同年养父良房去世。876年，清和天皇让位给阳成天皇。基经以天皇舅父的身份摄政。880年基经拜太政大臣。881年叙从一位。
天皇废立.884年，基经以天皇暴虐为由，废阳成天皇，改立光孝天皇。最初，阳成天皇在皇宫里养马，号「北边院」；继而喜好捕蛙捉蛇、斗犬斗猿；乃至于杀人取乐。为此，基经计画废立天皇。开始时，基经心中的继任人选是仁明天皇时被废的太子恒贞亲王，然而恒贞亲王并未首肯；最后以谦虚宽大为由，决定立时康亲王。（时康亲王之母藤原泽