亚公爵依然保留选侯席位，但普法尔茨选侯的地位和权利低于其余七位，在八位选侯中居于末位。至此维特尔斯巴赫家族的长幼两系都跻身选侯行列，双方不再构成潜在威胁。在哈布斯堡家族掌权时，选帝侯常能左右未来继承人的去留，甚至干涉王权。如宗教改革时，马丁·路德遭到教廷迫害出逃，所有的诸侯国皆因震慑于教宗的命令，不敢收留马丁路德。最后是哈布斯堡家族的几名选帝侯公然欢迎马丁路德，并让他藏身于萨克森选帝侯的领地，保护了马丁路德，即是一例。1685年，普法尔茨-西默尔恩支系绝嗣，普法尔茨-诺依堡支系继承选侯，由于后者信奉