季开始之初便成为了拜仁一线队的固定成员。在最初的几场比赛中，穆勒主要是作为替补登场，2009年9月12日，他在对阵多特蒙德的比赛中射入2球，帮助球队以5比1取胜。三天后，他又在3比0战胜海法马卡比的欧冠比赛中射入2球，并被评为9月德甲最佳球员，赢得了与他姓氏相同的前拜仁传奇前锋盖德·穆勒的嘉许。在与海法马卡比的比赛之后，穆勒几乎每场比赛都出现在首发阵容中，至赛季前半程结束前只缺席过一场比赛，即2009年11月3日在欧冠比赛对阵波尔多时遭到禁赛，因为他在双方首回合的较量中被红牌罚下。2010年2月，穆勒与