办公室到行政院长办公室，皆在其中担任要职，参与包括：九二一重建、「总统府经济发展谘询会议」（简称经发会）、「总统府政府改造会议」、「挑战2008国家发展重点计画」、「行政院国家资产经营管理委员会」、「行政院观光推动委员会」等相关重要政策之规画与执行。于行政院院长办公室时期，并曾参与2004年亚太经济合作组织财政部长会议、2005年（WSIS），并陪同游出访美国、多明尼加、宏都拉斯、以及尼加拉瓜、日本等多个国家。此外，较少为人知的是林右昌在民进党在执政初期担任权力协调平台「府院党团协调会报」（俗称九人小组）的