造成普通感冒的冠状病毒（人类冠状病毒229E与人类冠状病毒OC43）相似，主要感染儿童与慢性病患者，大多仅造成上唿吸道感染，症状包括咳嗽、流鼻水与发烧等，但有时会造成等较严重的下唿吸道感染。另外有研究认为此病毒可能会在儿童造成哮吼，还有研究认为此病毒与川崎氏病有关，但也有学者持反对立场。NL63病毒常与其他唿吸道病毒（包括其他冠状病毒、甲型流感病毒、人类唿吸道合胞病毒、与人类偏肺病毒）同时造成感染，同时感染他种病毒的病人通常症状较为严重。有一些研究显示同时感染多种病毒者体内NL63的病毒量较仅感染NL6