（除大、小南山）一带主要是低平的台地、阶地、平原和海滩。西丽水库区至沙河入海口是一条狭长的谷地，呈台地和冲积平原地貌。南山区地面坡度和缓，海岸线长而平直，泥滩宽广且扩展较快。
历史.在南山发现的月亮湾新石器时期遗址，证明早在新石器时代已经有先民在此繁衍生息。遗址位于月亮湾青青世界下面的荔枝园，占地3.6万平方米。出土的文物主要包括一批陶片和一只制作精细的石锛。据专家考证，遗址属6000多年前新石器时代中晚期，为“山岗遗址”。南山区屋背岭商代遗址，则是岭南地区目前发现最大的商时期