日本军国主义的没落，马来半岛与印度尼西亚联盟的想法开被认为是不合时宜的，从此以后再也没有被提出。然而有一部分的残留日本兵坚持相信，他们在道德上有义务协助马印脱离殖民地的统治，自愿留下对抗殖民地政府，印尼部份的残留日本兵参加过印尼的独立战争，后来被埋葬在雅加达卡利巴达国家英雄公墓； 马来亚部份的残留日本兵加入马来亚人民抗日军，后来受到莱特的处决，另一部份参加马来亚共产党隐藏在马泰边境，最后也被遣返回日本。印度尼西亚在宣佈印度尼西亚独立宣言后，又经过了1945年至1949年的独立战争，最终于1949年透过圆