有万古霉素抗药性的菌株目前也逐渐增多。针对β-内酰胺类抗生素严重过敏的患者，医生也会考虑在必要时使用万古霉素进行治疗。糖肽类抗生素万古霉素和都具有肾毒性，其中万古霉素的肾毒性相对较强。糖肽类抗生素的肾毒性具体机制尚不明确，一种假说认为糖肽类抗生素会从血液中渗透进入肾小管近曲小管，造成堆积。在通常情况下，糖肽类抗生素不会造成肾脏不可逆的损伤。
抗病毒活性.部分半合成的糖肽类抗生素具有对部分冠状病毒和逆转录病毒的抗病毒活性。其中，一些半合成的糖肽类抗生素能阻止艾滋病病毒（HIV）与