在分子生物学中，简单重复序列间多态性(Inter-Simple Sequence Repeat, ISSR)具有两种含义：一是DNA分子由于核苷酸序列中的不同而产生的的一种可以用来相互区别的性质；二是一种实验技术，利用这种性质来比较不同的DNA分子在多态性上的差异。
原理.在基因组中存在着大量的重复序列，根据其重复的程度可分为简单重复序列、中度重复序列和高度重复序列。简单重复序列(Simple Sequence Repeat，SSR)在真核生物基因组中广泛存在，一般是以1-6bp组