担任督抚的人选，吏部尚书郑三俊遂推荐了钱谦益。后来崇祯帝在召对刑部尚书徐石麒时，称赞“钱某博通今古，学贯天人”并数次询问近况。崇祯十七年（顺治元年，1644年），崇祯帝终于任命钱谦益总督浙江和南直隶并控扼海道，与史可法、马士英形成鼎足而立之势，但因甲申之变的发生而不果。三月十九日，李自成攻破北京，崇祯帝在煤山自缢。皇帝驾崩的消息传到南方后，钱谦益谋划推举皇室疏宗潞王朱常淓继位为帝。但福王朱由崧最终继位，马士英出任内阁首辅。钱谦益惧祸，遂阿附马士英，并推荐蔡奕琛、祁逢吉、唐世济、邹之麟、陶崇道、郭昭封