链的第二个入口。它很特别，因为它是唯一一个既属于三羧酸循环、又属于电子传递链的酶。复合体II包含四个蛋白质亚基，一个附着的黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）辅因子，铁硫簇，和一个不参与将电子转移到辅酶Q、但被认为在降低氧化物活性上起重要作用的血红素基团。它将琥珀酸氧化为延胡索酸，将泛醌还原。该反应释放的能量比氧化NADH少，因此复合体II不运输质子穿过膜，不会影响质子梯度。一些真核生物，如寄生虫猪蛔虫，有类似复合体II的延胡索酸还原酶（甲基萘醌:延胡索酸氧化还原酶，又称QFR），但功能相反，其氧化泛醌而还原延