因得罪首辅温体仁而下狱。崇祯九年（1636年）李自成攻陷开封，以按兵不救之罪入狱。十五年（1642年）三月，李自成军在河南东部连克十余城，四月二十四日起第三次围攻开封。明廷起用侯恂为兵部侍郎，负责山东、河南、湖北军务，侯恂发帑五十万犒赏左良玉，陕西总督孙传庭增援河南，左良玉与李自成会战于朱仙镇，李自成部于战前挖堀战壕，左良玉大败，退至襄阳，史称“朱仙镇之战”；九月十五日黄河决口，十六日洪水入城，第三次开封之战结束。明亡后，归家隐居。