2005年4月当选中华医学会第23任会长。
SARS时期.从2003年初，广东等地开始zh-hans:暴发;zh-hant:爆发不明原因肺炎的时候起，钟南山就在密切注视着疫情的发展情况。2003年2月，钟南山否定了卫生部直属事业单位中国疾病预防控制中心关于“典型衣原体是非典型肺炎病因”的观点，为广东卫生行政部门及时制定救治方案提供了决策论据。2003年2月11日，钟南山在广东省卫生厅召开的新闻发布会上称：“市民到公众场所进行正常的活动是不会受到感染的，所以广大市民在日常