1648年抵台，被派驻于台南麻豆社，兼管大武壠社、哆啰嘓社及诸罗山一带的宣教事务。至1661年4月25日返巴达维亚城短暂述职为止，亨布鲁克共于麻豆社传教达14年之久。
围城.1661年3月30日，因攻击中国金陵不成的明郑领导人郑成功，决定攻取仍为荷兰东印度公司殖民地的台湾作为新的抗清根据地，他亲率士卒25000人、战船数百艘，自金门料罗湾出发，次日抵澎湖。除了留兵力3000驻守澎湖后，并于4月30日抵台江门户：鹿耳门，并利用涨潮出敌不意地在鹿耳门及禾寮港登陆。以优势兵力包围荷军防守