1958年4月又进入首相府，任总务副长官，但随即于6月辞任。除了政府公职外，退休后的上村还曾在数个公共团体或民间团体中活动，于1957年8月成为半官方组织「中日合作策进委员会」（又名日华协力委员会）的发起人之一，负责增进日本与台湾的中华民国政府间在政治、经济、文化等领域上的双边交流，后来亦昇为该会的日方干事长。1960年4月起，上村出任国营法人——日本道路公团的副总裁，1962年3月－1966年5月间升上总裁，任内还代表日本出席「亚洲人民反共联盟会议」、充任日方观察员。上村历任过的其他职务尚包括日本汽车