1662年6月，永历帝朱由榔在云南遇害后，张煌言一度上书朱以海，要求朱以海「争取闽海勋镇，速正大号，以求正统」，但因郑成功和郑经不支持而未成。郑成功死后，朱以海一度无人服侍，壬寅年十一月十三日（1662年12月23日），朱以海病故于金门。《明史》称郑成功因懈怠朱以海，引起朱以海不满，打算前往南澳，遂被郑成功沉入海中杀死。然而，事实上郑成功去世乃先于朱以海。朱以海死后，其世子朱弘桓渡台湾，还得到郑经的庇护，直至明郑覆亡。从宁靖王朱术桂撰勒圹志「皇明监国鲁王圹志」中可知：「大明监国鲁王…栖踪浯岛金门