3年（宋徽宗政和三年），升润州为镇江府，镇江名称始于此时。北宋末年靖康之难发生后，金兵攻陷扬州，大量中原人口逃难南渡到镇江。同时，镇江作为江防前线，驻屯的军队在四万人以上，其中在黄天荡大败金兀术的韩世忠、梁红玉夫妇所率领的淮军即有八千人。元朝征服南宋后，调遣大批较为信任的色目人到江南各地，以弹压汉人。当时镇江的13504名居民中，回回、蒙古、女真、也里可温、契丹、畏吾儿、河西7个民族有2422人。他们多数信奉伊斯兰教，自成坊巷，集中居住；也有一部分信奉景教（基督教聂斯脱利派）。明代镇江府属南直隶