进行分类的数据库，例如GO将PDB中的数据按基因进行了分类。这些资料和数据一般是世界各地的结构生物学家经由X射线晶体学或NMR光谱学实验所得，并释放到公有领域供公众免费使用。
历史.PDB的历史可以追溯到1971年，当时布鲁克黑文国家实验室的Walter Hamilton决定在Brookhaven建立这个数据库。1973年Hamilton去世后，Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月，以色列魏茨曼科学研究学院的Joel Sussman被任命为PDB负责人。在1998年1