结合，并开启转录作用。第二种则与专门修饰组织蛋白的酵素结合于启动子上，使脱氧核醣核酸模板与聚合酶发生接触的难度改变。由于目标脱氧核醣核酸可能散佈在生物体中的整个基因组中，因此改变一种转录因子的活性可能会影响许多基因的运作。这些转录因子也因此经常成为信号传递过程中的作用目标，也就是作为细胞反映环境改变，或是进行分化和发育时的媒介。具专一性的转录因子会与脱氧核醣核酸发生交互作用，使脱氧核醣核酸硷基的周围产生许多接触点，让其他蛋白质得以「读取」这些脱氧核醣核酸序列。多数的硷基交互作用发生在大凹槽，也就是最容易