立台湾历史博物馆筹备处主任时，博物馆筹设工作已经做了11年。2006年9月1日，吕理政退休，行政院文化建设委员会主任秘书王寿来兼国立台湾历史博物馆筹备处代理主任。2006年12月1日，吕理政王寿来在行政院文化建设委员会副主任委员吴锦发监交下，交棒给吴密察。2008年10月1日，在行政院文化建设委员会时任副主任委员张誉腾监交下，从国立台湾历史博物馆副馆长代理馆长郭碧娥手中接第2任馆长。2016年1月16日，吕理政届龄退休，由王长华接任第3任馆长。