0月7日科斯图尼察正式宣誓就任总统。之后米洛塞维奇被海牙国际战争罪行法庭列为战犯，被控在克罗地亚、波斯尼亚及科索沃三场战争中犯下66项罪行，南斯拉夫宪法法院当时宣布，因南斯拉夫法律禁止引渡本国公民到国外受审而冻结任何引渡米洛舍维奇的事项，时任南斯拉夫联盟共和国总统的科斯图尼察也拒绝批准引渡米洛舍维奇。2001年4月1日南斯拉夫联盟共和国内的塞尔维亚总理佐兰·金吉奇指挥警察，在一场短暂的对峙之后逮捕米洛舍维奇，以国内法对其控罪。2001年6月，南斯拉夫宣布可以把本国公民送交国际战争罪法庭送交海牙国际法庭，