梦想前进的小智与小光后小刚开始思考自己的未来，而在返回双叶镇的航程中，因火箭队的缘故使船上的宠物小精灵被多脚水母攻击而中毒命危，在小刚的努力下化解危机。这件事让小刚找到方向，他决定成为神奇宝贝医生。神奥之旅随着神奥联盟结束而接近尾声，小智及小刚曾邀请小光一同前往关都地方，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与比卡超及小刚乘船返回关都地方。翌日日出后，小智和小刚回到关都地方，在往纯白镇及尼比市的分叉路口，两人握手及互相祝福对方后正式告别。小智和比卡超终于看见纯白