与2008年香港先生黄文迪结婚。2014年3月24日，通过微博宣布已怀孕两个月。同年8月14日，诞下8.8磅儿子黄柏翘（Anton）。2019年3月9日，与前夫在Instagram上宣布已于2018年离婚，并会共同抚养儿子。由于拍摄《爱·回家之开心速递》，被传与同剧拍档张景淳拍拖，惟双方并没有承认此事。
轶事.2019年10月，吕慧仪因没按时吃饭而在家中晕倒，还不慎撞伤手，当时全靠5岁儿子黄柏翘（蟹籽）把她叫醒。2020年4月，吕慧仪被指在娱乐新闻台採访期间指责记者