期间，屡次发动和参与中原大战、蒋桂战争等国民党内战，亦苦心经营广西。抗日战争时，动员广西将士抗日，指挥多次大战，在台儿庄会战中名震一时。1948年中华民国行宪，经国民大会当选中华民国副总统。于1949年1月代行总统职权。1949年11月20日，当中华民国政府自陪都重庆再度西撤至成都，代总统李没有跟他们在一起；相反，李乘机到香港宣布会入医院治疗胃病，并将军政大权交由时任行政院长阎钖山全权处理。蒋介石复出接替李之出缺，开始带领中国国民党对抗共产主义。李在香港守侯两週，之后和家人一道出走美国。李并未赴台，19