程弊案终结，伍泽元被控于任台湾省政府住都局长时涉嫌以浮编工程预算方式图利特定厂商达新台币十四亿元，被依「经办公用工程共同舞弊罪」、「违背职务收受贿赂罪」起诉，求处十五年徒刑、褫夺公权七年。同年12月，伍泽元竞选立委连任失败，随即以立委出国考察为由潜逃至中国大陆。2002年被台湾高等法院发布通缉，2003年起被行政院列为台湾十大通缉要犯。