子晋在内的高、武诸孙六十余人被召至永福省。明帝命令太医煮椒二斛，待椒熟后全部赐死。因萧子恪及时赶回，萧子晋等人得以挽回性命。永元元年（499年），萧子晋迁侍中，后转任左民尚书。因为堂妹出葬没有接受任命，被有司奏劾，皇帝将奏章留中，萧子晋也没有再任命。中兴元年（501年），萧衍攻入建康城，萧子晋还穿着侍中的官服。南朝梁天监元年（502年），梁武帝代齐，削除萧子晋的封国，授其辅国将军、高平太守。同年，萧子晋祖母谢氏的墓葬被盗掘，但并未挖至墓室之门。事发后，身为承重孙的萧子晋向礼官何佟之谘询自己该如何做。