洪水所淹没的风险也大大低于同县的其他地区。根据计算，百年一遇洪水只会影响位于圣胡安 - 卡皮斯特拉诺内、圣胡安溪下游约0.8公里（0.5英里）宽的区域，并仅影响阿罗约特拉布科约0.32公里（0.2英里）宽的区域，主要原因是其河床有着大量壕沟。然而，美国陆军工兵部队认为圣胡安 - 卡皮斯特拉诺区内的许多堤坝不足以应对百年一遇洪水，并预计该种洪水将会造成1.49亿美元的财产损失。
生态.圣胡安溪流域的上下部份本来皆有着丰富的河岸湿地及其他种类的栖息地，而在1950年都市化未实行之前，下