种透明的胶状固体，其基本成分爲水、蛋白质、脂质、核酸和少量的无机盐。好氧细菌的与有氧唿吸的酶即分佈在细胞质基质中。与真核细胞不同，细菌的细胞质基质是不能流动的。在细胞质基质中，存在着质粒以及核糖体。
核糖体.核糖体爲细菌唯一的细胞器，乃细菌合成蛋白质的场所。核糖体由RNA（核糖核酸）和蛋白质构成，其中，前者约佔60%，后者约佔40%。蛋白质会随着核糖体在mRNA上的移动而被逐渐合成。与真核生物不同，由两个沉淀系数分别爲50S和30S的两个核糖体亚基组成的细菌核糖体的沉淀系数爲70S