哈尔滨兽医研究所领导中心和一部分研究工作（家畜寄生虫病、家畜真菌病、兽医卫生、药学、抗菌素等）由哈尔滨市迁至兰州市，同时与中国农业科学院西北畜牧兽医研究所的兽医部分、中国农业科学院中兽医研究所合并，组成中国农业科学院兽医研究所。1970年，研究所下放给甘肃省，同时改称甘肃省兽医研究所，属甘肃省农林局领导。1978年，中国农业科学院收回兽医研究所，恢复建制，同时改称中国农业科学院兰州兽医研究所。2006年，加挂“中国动物卫生与流行病学中心兰州分中心”牌子。2019年，发生布鲁氏菌抗体阳性事件。