在1943年，该大学开始决定将分散在市内各处建筑中的院校统一迁移到一处新的综合校区，新的大学城(Ciudad Universitaria)将位于城南圣安格儿区(San Ángel)。首先奠基的是科学学院，大学城的第一幢建筑。1952年11月20日墨西哥总统米格尔·阿莱曼·巴尔德斯（Miguel Alemán Valdés）出席了奠基典礼，同日大学奥运体育场破土动工。1957年，成立了旨在管理和组织研究生培育的博士学位委员会。1966年在考试规章上又产生了一次规模较大的学生罢课活动，学生们闯入校长办公