小段与香山坑庄为界。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「双溪」大字，隶属于新竹州竹东郡宝山庄，大字下有「双溪」、「大崎」、「水尾沟」小字名。战后宝山庄改制为宝山区，隶属于新竹市，大字亦改制为里。1950年桃、竹、苗分治，宝山区自新竹市划出为宝山乡，双溪里改为双溪村。由于邻近竹科且为宝山乡治，人口大量增长。2009年初，