为中共中央政治局常委，2003年起担任国务院副总理、党组副书记。黄菊在媒体面前语调和缓，露面不多。他最后一次出现在国际场合是在2005年在瑞士达沃斯举行的世界经济论坛年会上。2007年6月2日2时03分，黄菊于任内病逝，享年69岁，成为继1992年李先念在全国政协主席任内病逝后又一位在任期内去世的最高级别领导人。当日，新华社发布中国共产党中央委员会、中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会、中华人民共和国国务院、中国人民政治协商会议全国委员会讣告，称其为“中国共产党的优秀党员、久经考验的忠诚的共产主义战