清华第一个中国共产党党支部在三院教室诞生。抗战期间，三院第二至四排遭日军破坏。清华复员以后，拆除三院的后几排建筑，但保留第一排经修缮后留作纪念。1980年代为了新建新图书馆逸夫馆，三院第一排建筑也予以拆除。
三院遗址纪念物.中国共产党成立95周年时，清华大学校史馆田芊教授提议设立三院遗址纪念物，以纪念清华党组织早期历史。2016年9月，校史馆向清华校党委正式报送了《关于设立清华党组织成立纪念物的请示》，9月28日，清华校党委常委会同意此建议。12月30日上午，纪念物正式落成。纪