第二次世界大战爆发后，石智益获调派到新成立的经济战务厅（Economic Warfare Office）工作，1941年出任署理知识主任（Intellectual Officer），同年复升任为经济战务厅总监。在1941年12月，石智益一度被借调到马来亚殖民地政府工作，从而避过在同月爆发的香港保卫战。但随着马来半岛在1942年初也陷入日军管治后，他成功撤离当地，且被转派往英政府经济战务部（Ministry of Economic Warfare）的远东代表团任职。不久以后，石智益在1942年5月奉命抵达