单司机室、外走廊布置的车架承载式车体，制动装置使用捷克标准的DAKO DK-GP型空气制动机。机车装用一台ČKD公司的K6S 230DR型柴油机，这是一款四冲程、6气缸、直列式、涡轮增压的中速柴油机，气缸内径为230毫米，活塞冲程为260毫米。柴油机的UIC标定功率为1200马力，但考虑到适应热带气候的使用要求，将柴油机装车功率降低至1000马力使用。与ČKD公司在同时期制造的调车柴油机车一样，D12E型柴油机车采用简单可靠的直—直流电传动装置。该型机车的其中一个特点采用中央电子调节器，它基本集中了柴油机车