到了2009–10球季，屯门普高因赞助商撤资出现财政困难，拖欠球员9月份薪金，2009年10月17日在青衣运动场举行的甲组联赛以 1–9 惨败于和富大埔脚下。由于未能在2009年11月27日下午5时前，为球员购买有效期至球季结束的劳工保险之证明，被香港足球总会取消参赛资格。
球队近况.2011–12年，开季时曾经以较佳得失球排于首位，最后亦以 18 战 11 胜 4 和 3 负得 37 分成绩，获得香港丙组(甲)足球联赛亚军。其后在丙组总决赛，虽然以 0–1 败于冠军东方，仍能凭