上海与章炳麟、蒋智由、叶瀚等发起成立中国教育学会，并担任会长。同年秋创办爱国女学，组建爱国学社接收南洋公学退学的学生。由于爱国学社从事革命活动，1903年，引发清政府，下令侦讯。蔡元培辗转青岛，后前往日本留学，因为中国学生遭受无理压迫，愤而伴送被放逐的吴稚晖等归国。1904年2月，创办《俄事警闻》（后改名《警钟日报》），提倡民权，倡导革命。1904年11月，蔡元培与陶成章、魏兰、龚宝铨等在上海发起建立光复会，蔡元培为会长，陶成章任副会长，并密谋武装起义。次年加入同盟会，借学校和报纸培植革命力量。孙中山委