成为决策科的主要官员之一。在任期间，他同时为中英联合联络小组的一员，负责与中方磋商香港主权交接有关的事宜。在1989年6月六四事件发生后，香港市民对中国政府产生恐惧，而负责主权移交事务的屈珩，曾于同年8月发表题为《收拾残局》的讲话，唿吁公众积极为起草《基本法》表达他们的意见，以确保最终内容能掌握在港人自己的手中。他更向中国政府要求延迟于1990年发布《基本法》之计划，并唿吁中方不要在主权移交后在香港驻扎解放军。然则，此举引起中方的反弹，新华社在三日后评论其讲话为「公然干涉基本法起草工作」，并指他们公然对基本