发现当时就已是空棺了。二次大战后，于1959年（民国48年）重修，之后在1977年（民国66年）修建墓前道路与宁靖王庙，后来在1983年（民国72年）又再次三度整修而成今貌。1988年2月，内政部公告明宁靖王墓为三级古蹟。1997年5月，《文化资产保存法》修法后，取消古蹟三级分制。宁靖王墓成为县定古蹟。2010年12月，高雄县市合併升格后，成为直辖市定古蹟。