外，在发生重大铁路事故时，JR总研会和国土交通省运输安全委员会（原航空、铁道事故调查委员会）联手调查事故原因。JR总研的现任会长是正田英介，理事长则由垂水尚志担任。资金方面则依靠JR集团7家分公司（东日本旅客铁道、东海旅客铁道、西日本旅客铁道、北海道旅客铁道、四国旅客铁道、九州旅客铁道、日本货物铁道）的投资。