出任校党委书记，晋升副部级官员；五年后，2011年9月，转任复旦大学校党委书记，任职期间，朱之文发现并解决了学校存在的许多历史遗留问题，受到全校师生的普遍赞誉。为解决学校办学空间不足的问题，他推进了枫林校区和江湾校区改扩建工程；2013年，当选第十二届全国人民代表大会上海地区代表 。2016年1月，朱之文出任教育部副部长，是当时唯一非京高校出身的教育部领导。2019年12月当选中国教育学会新任会长。