1000、2000番台），编号分别为U007～U009，三列新车的外观，内饰、ATC等设备都与U006之前的列车有差异。其中U005在2016年时因熊本地震出轨受损严重，而决定报废不再修复。
构造.如同上述，800系是以JR西日本所拥有的新干线700系E编组为基础所开发的新车，因此在马达控制等方面全与700系E编组雷同，都是动力分散式设计。然而，由于九州地区多山地，为了应付达35‰的最大纵坡度，原本以700系E编组6M2T为一编组基本配置的设定方式，在800系上改为6M