Military Hospital）用来治疗南方伤兵和北方战俘，而学校后方则被用作阵亡军人之墓地，这段历史导致各种与南北战争相关的灵异故事在马里恩军事学院广为流传，校园也成为了阿拉巴马州知名的闹鬼之地。1871年，前邦联军官、阿拉巴马大学教务长J·T·墨菲出任第6任校长。他对霍华德学院进行了改革，将课堂改成小班授课以注重学生个人能力的培养，他还对学校进行军事化改造，令学生在校园统一着灰色校服，并提高学生的纪律性。进入1880年代，随着学校的财政状况逐渐获得改善，校董事会便萌生了将校园搬迁到城市里的想法