，调入中央工作，任中共中央副秘书长、兼中组部副部长，协助中央秘书长兼中组部部长邓小平的工作；1956年1月起，还兼任中央财政贸易工作部部长；1960年调任东北工作，任中共中央东北局第三书记。
文革.文化大革命开始后，马明方受到了林彪、康生、以及“四人帮”的残酷迫害。1967年，以所谓“新疆马明方叛徒集团”头目，被押解到北京，并长期秘密关押。1974年8月13日，被迫害致死，终年69岁。
身后.1975年7月31日，中共中央办公厅曾下发文件称：“毛主席、党中