勘覆，后归罪于参将李经，事情方解，万镗升任兵部侍郎，后升南京刑部尚书、南京吏部尚书，之后召为刑部尚书，嘉靖三十年，代替李默为吏部尚书。万镗为严嵩所举荐，此后凡事均委随严嵩，又颇为擅长贪污贿赂之策。抚治郧阳都御史缺位，万镗举荐通政使赵文华。恰逢给事中朱伯辰弹劾赵文华，赵文华则检举万镗实为排挤。世宗大怒，遂将朱伯辰与万镗一同罢免，久之去世。隆庆初年，恢复官职，赠太子太保。