进水中就会判定为滑出赛道，这作是第一款能够潜进水底行驶的玛利欧赛车系列。玩家可以自由组装赛车的「车架」「轮胎」「滑翔翼」三种部位，自定义出自己喜欢的赛车并参加竞赛。还有切换到第一人称做出如同《玛利欧赛车Wii》一样的方式，以倾斜3DS主机控制左右来模拟方向盘操作的「驾驶视点模式」等新的系统。而且，网路通讯可以和国内外的玩家进行最多8人的连线对战了，除此之外也有扩充许多其他通讯上的要素。另外，从《玛利欧赛车 Advance》以来这作又重新开始在赛道中放置金币，同时也继承了《玛利欧赛车Wii》的跳跃特技（按R键