3日至2000年5月20日。五院院长及内阁成员之中，除少数无党籍者外，绝大部分成员皆为中国国民党党员。该时期内发生两岸恢复交流、二月政争、郑南榕自焚身亡、野百合学运、结束动员戡乱、国会全面改选、两次辜汪会谈、总统直选等攸关国家前途的重大事件，李登辉与连战为中华民国史上第一位由公民直选之总统、副总统，彻底实现国家的民主化；之后接续执政的陈水扁政府，则实现台湾历史与中华民国历史上首次的政党轮替。在李登辉政府就任的行政院院长，包含前任蒋经国政府末期的俞国华内阁及李焕内阁、郝柏村内阁、连战内阁、萧万长内阁等