渐的分成主流及非主流两派，非主流派者而后组织了新国民党连线，也就是以后的新党。1990年代初期的台湾较为弥漫着走向两岸和解的风气，国民党也尝试与中共改善关系；但由于中共还是加大力度打压台湾的国际空间，李登辉也打破限制多次出访外国，特别是1995年访问美国，因此两岸的和解气氛只是昙花一现。国民党主流派主导此时的国民党政策：国民党的反日反台独立场大幅淡化。李登辉在总统任内也发表一些亲日言论，和民进党合作推动修宪后，国民党开始不再把台独视为叛乱行为，也开始正视国民党在威权时代所犯下的错误，譬如为二二八事件