四年（1565年），胡宗宪遭到弹劾而下狱后，卢镗被当作胡宗宪的同党，以抗倭督师不力、作战失利等八个罪名被逮捕下狱。后被赦免归家。万历五年（1577年）病逝于家中，年七十三。子卢相，官至处州佥事，亦为抗倭将领。
纪念.今浙江丽水市有一条街以卢镗的名字命名。