能寺之变，家臣丰臣秀吉成为实质的后继者。秀吉大概继承信长的路线，使敌对的根来寺、高野山屈服。之后将有力寺社转移到大坂城的城下町，派遣弟・丰臣秀长到僧兵拥有强大影响力的大和，透过刀狩・总无事令，解除寺院的武装，强化寺社的统制。寺院统制和武装解除也被之后的江户幕府继承。
江户时代.徳川家康在丰臣秀吉死后掌握权势，制定寺院诸法度、设置寺社奉行，管理佛教。每个人都必需登录在某个寺院的寺请制度确立后，实质的终止了布教活动。当时最大的佛教势力净土真宗本愿寺东西分裂，结果造成势力的弱体化。日莲宗