密克罗尼西亚翠鸟的亚种之一，所以其拉丁学名使用"Todiramphus miyakoensis"来进行命名。在山阶鸟类研究所对其标本进行DNA序列分析后，确认琉球翠鸟和密克罗尼西亚翠鸟存在极大的亲缘关系。而IUCN（世界自然保护联盟）则认为该物种为密克罗尼西亚翠鸟的亚种，所以将其从IUCN红色名录中除名。唯一已知的琉球翠鸟的标本标签指出其于1887年2月5日被采集于琉球群岛的宫古岛，推测可能是雄性。但其发现地点仍然存疑，其可能仅是指出了该种群的局部分布，可能在他岛仍有可能分布。但根据其近亲关岛密克罗尼西