75年首次根据绵羊的瘤胃中发现的运动细胞所描述。尽管这些细胞最初被认为是鞭毛虫，现在已经证明它们是与核心壶菌有亲缘关系的真菌。在此之前，人们只知道瘤胃的微生物群落由细菌和原虫组成。自发现之后，已经从50多种食草动物——包括反刍动物、非反刍哺乳动物和食草爬行动物——的消化道中分离出这类真菌。
繁殖和生长.新美鞭菌门真菌通过游动孢子在反刍动物的胃中繁殖。游动孢子具有基体，但缺乏多数壶菌所具有的无鞭毛中心体。已知新美鞭菌门真菌还能利用基因水平转移制造木聚糖酶（其基因来自细菌）及各种葡聚糖