院迁往台湾时天文研究所并未随之迁往台湾。1992年时，中央研究院评议会通过中央研究院院士林家翘的建议，决议成立天文及天文物理研究所。1993年正式成立天文及天文物理研究所筹备处；2010年6月1日改制成为正式研究所。中央研究院天文及天文物理研究所现位于台北市国立台湾大学总校区内的天文数学馆内，并在夏威夷设有办事处。2004年曾在国立清华大学校内设高等理论天文物理研究中心(已搬迁)。
现况.中央研究院天文及天文物理研究所之研究领域包括 行星科学、恆星形成、星际与拱星介质、高能天文物理