公路联络之外，以湾区捷运和加州火车 (Caltrain) 最为重要。湾区捷运由半岛的密尔布瑞向北穿过旧金山市区，经海底隧道进入东湾各城镇，覆盖沿途的4个县，并计画延伸至圣塔克拉拉；加州火车则是南湾与旧金山半岛之间通勤族的唯一选择。此外，湾区还有着发达的通勤铁路系统，除了上文的加州火车，还有美铁营运的、东湾沿岸的首府走廊号 ("Capitol Corridor")来往圣荷西和沙加缅度，以及列治文出发往圣华金县的线 ("San Joaquin")；圣荷西则有来往中谷地区史塔克顿等地的阿尔塔蒙特走廊特快 (Alt