甫生即死，三子朱常洵虽已被李自成所杀，但他的长子朱由崧仍健在的情况下，按照兄终弟及的顺序，第一人选为福王朱由崧；而钱谦益等东林党人由于之前的「国本之争」事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名拥立神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。但最终福王朱由崧在卢九德的帮助下，获得了南京政权主要武装力量江北四镇高杰、黄得功、刘良佐和刘泽清，以及中都凤阳总督马士英的支持，成为最终的胜利者。五月初三，朱由崧监国于南京，五月十五