官兵不足百人，掌管火器营的镇国公奕灏随即调来驻在景运门外箭亭、正预备赴河南省滑县围剿天理教震卦门李文成部的火器营官兵上千人赶到隆宗门，将天理教徒打散。九月十六日全天，清军在紫禁城内搜捕。九月十七日天亮前，步军统领衙门派番役赴顺天府大兴县黄村宋家庄（今属丰台区）捉拿了林清。嘉庆帝从热河返京途中，得知事件已经平定，于九月十九日返抵皇宫。九月二十三日，嘉庆帝亲自审问了林清以及太监刘金、刘得财等人，下令处死林清等人，立即执行。嘉庆帝在《遇变罪己诏》中称此为“汉唐宋明未有之事”；礼亲王昭梿说：“洪荒以来，有此事乎？”