玛丽亚·特蕾莎在维也纳奥古斯丁教堂嫁给巴伐利亚摄政亲王柳特波德的长子路德维希，即后来的巴伐利亚末代国王路德维希三世。他们婚姻和谐，有13个子女：从她母亲这边论，玛丽亚·特蕾莎是西班牙国王阿方索十二世的王后玛丽亚·克里斯蒂娜同母异父的姐姐，还是奥匈帝国皇储妃史蒂芬妮、拿破仑亲王妃克莱门汀和奥尔良公爵夫人玛丽亚·多萝西娅的表姐。