朱惠良则转而与许信良搭档竞选总统，李敖更不断抛出「许信良、李敖」配、「李庆华、陈文茜」配等组合议题，引发新一波的内闹。最终连全委会召集人李庆华都宣布辞去召集人、退党支持宋楚瑜，李敖也表态支持宋。国民党最终败选失去政权，而宋楚瑜在2000年3月主导成立了亲民党，新党立即流失了一部分的支持基础。许多新党、国民党籍立委转为亲民党，新党在2000年4月以后正式退居国会第四大党。2000年10月，因核四问题，朝野关系趋于紧张，新党力倡泛国民党整合，首次提出泛蓝的概念，国民党、亲民党、新党以及部分无党籍人士结为在野