击败美国着名球员安德烈·阿加西，拿下首座年终赛冠军，并且结束对后者三连败而取得首胜。另外在迈阿密大师赛双打赛事，他与白俄罗斯球员马克斯·米尔内合作进入决赛后，以7–5、6–3直落二盘夺得冠军，罗马大师赛决赛，以5–7、2–6、6–7败给西班牙球员费利克斯·曼蒂利亚，在该年一共闯入九个ATP单打决赛获得七个单打冠军，包括两个500系列赛冠军（杜拜、维也纳）。2004年，费德勒是迈向巅峰的一年，不但心理素质越加稳定，且技术层面也趋于成熟。当年他第一次一年内摘下三座大满贯男子单打锦标（澳网、温网、美网）。