处理速度过慢、跨县市无法读取资料。新系统塞车造成民众须等待一到两小时，比旧系统还缓慢。时任内政部长的李鸿源承诺在2月10日前修复户政系统的承诺跳票，并爆出硬体商环安达公司指控软体商资拓宏宇未经平行测试，系统草草上路的秘辛。2014年2月25日，总统马英九与行政院长江宜桦建议内政部长李鸿源改任政务委员，李鸿源表示若不能担任内政部长，宁可返校授课，婉拒此建议。行政院于同月26日正式宣佈李鸿源去职内政部部长，由行政院秘书长陈威仁接任。