在义昭举兵之后，藤贤还是跟随他了。结果城池被织田军包围，因而投降。义昭被从京都追放之际，获得了信长的许可，而担任近江国坂本城主。天正9年（1581年）的京都御马揃中以旧公方衆的身份参加，但是并没有与被流放到中国地方的足利义昭一起行动。天正10年（1582年）本能寺之变后投奔丰臣秀吉。天正18年（1590年）在京都死去，享年74岁。嫡子元贤后来出仕了加贺前田家。