干被废，东宫属官都被问罪，只有于志宁受到表彰。晋王李治被立为皇太子，于志宁再任太子左庶子。太宗去世，唐高宗李治继位，于志宁任侍中。650年，加光禄大夫之位，进封燕国公。651年，监修国史，与李勣一起主编了《本草并图》五十四篇。李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反，高宗命令即时处斩李弘泰，于志宁说“春季不宜执行刑罚，待秋分之后再行刑”，高宗听从了。衡山公主下嫁长孙诠，于志宁上书反对，衡山公主没有为太宗守满三年孝，因此认为当年办喜事不合适，高宗同意了。于志宁任尚书左仆射、同中书门下三品，652年，兼太子少师。