加费拉拉-佛罗伦萨会议，在那里他也是亚历山大里亚牧首Philotheus的代表。在同样是联合主义者的牧首梅特罗法内斯二世死后，他被选举为新牧首。格里高利尽最大努力使僧侣、教会高层和普通民众同意在费拉拉-佛罗伦萨达成的协议，结果却是徒劳。他遭到乔治·斯诃拉里奥斯和约翰·尤金尼科斯的反对，他们写了很多反对这场会议的文章。主要的反联合派教士拒绝在他们的教堂中为皇帝祈祷。1450年教会圈里的紧张达到一定程度，以致格里高利离开他的岗位，并于1451年8月到达了罗马。 教宗尼古拉斯五世友善地接待他，在财务上援助他。