年6月底围攻陕西省城西安。同年回民马占鳌、马桂源、马文禄等各自在甘肃（省境包括今宁夏、西宁市）境内起兵，哲合忍耶派教主马化龙也在金积堡（在今宁夏吴忠市境内）起兵。1862年五月，清廷命令多隆阿督办陕西军务，可是多隆阿的部队在途中被太平军所阻，清廷于是另派胜保带兵入陕。胜保被回军击败，却谎报战胜，清廷只好再命多隆阿进兵陕西。多隆阿于十一月抵达潼关后，胜保就被清廷解职及逮捕回北京审讯，由多隆阿负责在陕西与回军作战。1863年二月，多隆阿攻佔回军在同州的两个重要据点羗白镇和王阁村，九月攻佔苏家沟和渭城湾，杀死敌军