戊酸途径的替代途径产生类异戊二烯。甲羟戊酸途径和MEP途径的目的产物是相同的，IPP和DMAPP，然而将乙酰-CoA转化为IPP的酶促反应完全不同。在高等植物中，MEP途径在质体中运作，而甲羟戊酸途径在胞质溶胶中运作。含有MEP途径的细菌的实例包括诸如大肠杆菌和结核分枝杆菌的病原体。