基因下游调控的基因改变时，会使个体产生变异，例如果蝇的平衡桿（halteres）与蝴蝶后翅的差别，就是源于两者的Ubx基因受到的不同调控而产生。在演化的过程中，蜻蜓的Ubx下游基因调控阶层（regulatory hierachy）与原始祖先较为相似，而鳞翅目（如蝴蝶）与双翅目（如果蝇），则改变了一些对下游基因的调控方式。蜻蜓、蝴蝶与果蝇的调控阶层比较如下表，红色字表示受到活化的基因，灰色字表示此类昆虫并不活化此基因：除了调控方式的差异之外，当Hox基因本身改变，个体发育也会受到影响，例如Ubx基因发生变