向蒋中正汇报孙立人与民主派人士如胡适、雷震等人的交往状况。同时蒋经国还批准了特务机关得以任意逮捕民众并且对囚犯实施酷刑，这使得当时台湾社会因为秘密警察的种种作为而使得人权长期遭到侵犯。蒋经国召开军事法庭并且指控孙立人涉嫌和美国中央情报局密谋政变，孙立人兵变案爆发，其部属郭廷亮遭情治系统逮捕，控诉为匪谍，并牵连孙立人。这使得蒋中正下令软禁因为缅甸战役而大受欢迎的孙立人，并且一直持续到蒋经国逝世为止才结束。
救国团主任.1951年7月，蒋经国担任中国国民党中央改造委员，进入党内决策