岛的主权权利透过1802年亚眠条约的签订而得到英法等国的承认，但骑士团却从未被允许回到该岛。1815年，马耳他正式成为英国属地。其后骑士团于1834年在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。今天，马耳他骑士团在联合国享有永久观察员的地位(类似国际红十字会），它的总部设在罗马马耳他宫。
各分支的演变.宗教革命后，以德意志为首的新教国家的医院骑士团从骑士团总部独立出去（比如英国），但仍然保持圣若望（或译为圣约翰）骑士团的称号。英国的圣约翰骑士团