由化石及使用工具显示直立人约在150万至3.5万年前生活于印度尼西亚群岛，称之为爪哇猿人。智人约于4.5万年前进入该地区。于2011年在邻国东帝汶发现遗迹，推测在4.2万年前当地居民及有高超的航海技术；由于发现捕捉及食用大量深海鱼如鲔鱼，可能具备跨海至澳大利亚或其他岛屿的技术。南岛民族约于西元前2000年移入印度尼西亚，构成现代多数印度尼西亚人，且遍布于群岛，侷限了美拉尼西亚人分布范围，美拉尼西亚人仅分布在印度尼西亚东部。最早于西元前八世纪具备理想的农业环境及掌握水田种稻，促使村庄、城镇、及小型王国于西