45年4月和5月间制定出炸弹的目标清单。为了能够针对原子弹所造成的损害进行准确的评估，这些被规画为可能的轰炸城镇被要求过去不曾遭到美军战略轰炸。最后委员会选出18个日本城市作为原子弹的轰炸目标，其中依照顺序由上到下分别有京都市、广岛市、横滨市、小仓市和新潟市等地。但是由于美国战争部长亨利·刘易斯·史汀生过去渡蜜月时曾拜访京都当地，并且知道此地对于日本文化和历史上的意义，在其强烈坚持下京都从轰炸名单中遭到去除。5月后继任成为美国总统的哈瑞·S·杜鲁门批准组建临时委员会（Interim Committee）