，转为较为无害的尿素或尿酸，前者会通过肾随尿液排出。尿素循环的不足发生在某些遗传性疾病（遗传性代谢缺陷），并且发生在肝功能衰竭。肝功能衰竭的结果是含氮废物，主要是氨的积累，从而导致肝性脑病。
反应.尿素循环包含五个反应：2个在线粒体中，3个在细胞质中。循环转换两个氨基（分别来自氨和天冬胺酸）和一个来自HCO的碳原子，消耗四个“高能”磷酸键（3ATP水解成2ADP和1AMP），产生相对无毒的代谢产物尿素经尿排出体外。鸟氨酸是这些碳和氮原子的载体。因此，尿素循环的总方程式为：