9年4月被纳瓦兹·谢里夫总理任命为陆军参谋长兼参联会主席。1999年10月发动政变囚禁谢里夫，自任首席执行官。2001年6月20日穆宣誓出任巴基斯坦总统。2008年8月18日宣布辞去巴基斯坦总统职务。
政变上台.当时民选的纳瓦兹·谢里夫总理希望成立一个由军人和文官共同组成的国家安全委员会来决定国家的国防安全事务。穆沙拉夫反对此举，并将陆军中同情这种构想的高级将领统统换掉。谢里夫不满穆沙拉夫的此种行为，并对穆沙拉夫提出警告，穆沙拉夫表示认错。1999年10月12日，穆沙拉夫在斯里