3系列车只会以「小町」号和「那须野」号（）的名义行驶，故E3系车身上原本有「」和「JR Akita Shinkansen」的字样。但实际上E3系列车除了行走秋田新干线外，有时候会跟E2系、E5系列车併结，成为往来盛冈的「疾风」号（）、「山彦」号（）和「那须野」号列车。后来当E3系被安排在更多的东北新干线「山彦」号和「那须野」号班次上服务时，JR东日本将部分E3系的秋田新干线标识移除。1995年（日本平成7年）制造的首列量产先行试制车辆1997年通车时的量产车辆，出厂初期每列由5节车厢组成。量产车与原