998年，第二阶段则在1998年至2000年间。在首阶段中，朝鲜劳动党农业委员会委员长徐宽熙和一个集体农场的管理委员长黄今淑成为第一批为迫害的对象，二人先前也为金日成的重臣。然而，在这场的清洗中，二人却分别被冠上「美帝国主义间谍」和「窃取国家财产罪」而在平壤公开处死。随后，社会安全省宣称「我们是因徐宽熙而死」，又批判黄今淑为复辟地主阶级的代表人物。在公开处决徐宽熙和黄今淑后，李哲和蔡文德等人开始以搜括韩战的间谍为名掀起了一场大规模的清洗。这次，他们主要的针对目标是那些在户籍上没有记录的老人。在严刑下，不