权之争立愈演愈烈，乃至杀害鲁监国所遣使者总兵陈谦，引起郑芝龙的不满。顺治三年（1646年）六月，浙江大旱，钱塘江水浅，不及马腹，清军趁势攻取浙东，张国维兵败身亡，马士英、阮大铖等计划劫持朱以海降清。鲁王随即逃亡海上，后走石浦，依附张名振，至普陀山。郑芝龙之侄郑彩迎鲁王到福建。顺治六年（1649年）九月，张名振、阮进等袭杀隆武政权将领肃虏伯黄斌卿，十月迎鲁王至舟山群岛，以参将府为行宫。顺治六年（1649年）清军攻占舟山，张名振、张苍水奉鲁王航于海上，朱以海随张煌言等至厦门依靠郑成功，不久移驻金门。取消监国