义朝等击败崇德上皇突袭的军队，崇德上皇被流放到赞岐，支持他的武家源为义等被斩首。乱后后白河天皇尽力强化政权，推行保元新制和庄园整理等。保元三年（1158年）八月十一日后白河天皇让位给守仁亲王（二条天皇）开始院政。以后的二条天皇、六条天皇、高仓天皇、安德天皇与后鸟羽天皇5代都由后白河上皇院政所操控。
平治之乱.平清盛因保元之乱而赢得后白河天皇的信赖，于是升任播磨守及大宰大贰。然而此后清盛与信西（藤原通宪）联手扩张其权力的企图让藤原信赖与源义朝大为不满，两人于是举兵对抗之。这就是发