军抵达长江以北，惠帝下诏在各地征兵。方孝孺称：“情形已经非常紧急了。宜派遣人答应割地，以拖延时间，东南各地的募兵才能汇集起来。燕军不善于水战，在长江上决战，胜负还尚未定。”惠帝于是派遣堂姑庆成郡主到燕军劝说，朱棣不听，惠帝于是派遣水军集合。然而，水师大将陈瑄却将战舰投降燕军，使其得以渡过长江。同年六月，惠帝非常忧愁恐惧，有人劝其转移到其他地方，再图复兴。而方孝孺则力请坚守南京应天府，以待援军。即使事有不济，也会为社稷而死。然而，李景隆开金川门让燕军入城，后惠帝在宫内自焚而死（一说他由地道逃亡，从此失去踪迹）