燃料的安全性。液氢的储存和运输都很困难，并且很容易爆炸。这些问题严重影响氢燃料发动机的使用。直到现在，使用氢燃料发动机的飞机大多还停留在原型机阶段。
核动力喷气发动机.利用核爆炸或者受控核聚变加速工质推进的发动机。它的特点是无论推力还是比冲都非常大。缺点是体积庞大且难以控制，而且还有很多技术难点尚未解决。目前还没有实用的产品出现。核动力发动机可採进气式设计（如）或者火箭式猎户座计划。如果使用核裂变能作为推进能量的来源，这种发动机就会造成很严重的核辐射污染，因此不太适用于在大气层