设置宣政院，从事藏学及蒙古学研究的台湾吕秋文博士认为这使得藏族地区纳入了元朝的管辖之下，西藏在此时期纳入了中国版图。《剑桥中国史》认为元朝中央集权的程度有限，设立宣政院并不意味西藏政府从属于中央政府。宣政院与管理南宋领土的机构无隶属关系，政治实权由萨迦派喇嘛掌握，例如宣政院院使与八思巴亲戚发生纠纷时，元朝就派军处决了院使。教授表示，西藏是对蒙古帝国称臣，多数时间由元朝管辖，他认为最重要的证据是明修官方的元史并没有把西藏列入元朝疆域，认为中国学者找不出「西藏是中国整体的一部分」的证据，因为中国出版物对