在50年后被新巴比伦帝国征服，出于对巴比伦入侵的担心，法老们重建了城市并加强了它的防御工事，而这体现在在法老阿普里伊所修建的宫殿中。公元前539年新巴比伦帝国被波斯阿契美尼德王朝征服，在波斯统治中，城市的建筑得到了保留和修复，而孟菲斯也成了征服埃及的总督的行政中心。一个波斯得防卫部队驻扎在城市中，可能位于城市的北墙，阿普里伊的豪华宫殿附近。弗林德斯·皮特里所进行的发掘显示那个区域还有一个军械库。在一个半世纪中，孟菲斯都是埃及总督的治所，并正式成了阿契美尼德人所建立的广大帝国的商业中心。由当时在位的法