002年东吉屿居民曾一度争取改归台南市管辖，但当时遭澎湖县府反对，全案无下文。1968年，澎湖县成立澎湖县立望安国民中学时，一併设立将军分部、七美分部与「东吉分部」，当时东吉岛上约有一千多人。1987年4月15日，台湾航空公司从高雄小港机场飞往澎湖望安机场的六六一次班机因操纵器故障，而迫降于望安国中东吉分部，人员全数倖存。随着产业结构改变，东吉人口逐渐外移，岛民多迁居于澎湖马公或台南安平，至1991年望安国中东吉分部因已无学生而废校。2014年，中华民国内政部公告成立澎湖南方四岛国家公园，海管处将原