前秦天王苻坚遭后秦皇帝姚苌杀害，关中大乱。其时王镇恶才十二岁，一度在崤山、渑池一带流徙，及后更跟着他的叔父王曜流亡到荆州。王镇恶在当地阅读兵法，谈论军国大事，显得甚具治国之才，且能果断处事。义熙五年（409年），刘裕北伐南燕，有人向刘裕举荐当时任临澧令的王镇恶，刘裕于是派人召见他。王镇恶到后和刘裕谈话，刘裕便对其甚为欣赏，更让他留宿。并对左右说：「镇恶，是王勐的孙儿，正所谓将门有将呀。」立刻就任命他为青州治中从事，行参中军太尉军事，署前部贼曹。次年（410年）灭南燕后随刘裕南返建康（今江苏南京市）抵抗卢