后来在永正3年（1506年）重建。大永2年7月和10月（1522年7月和10月），和宗长先后到访雾山城。永禄（1558年 - 1570年）后期，织田信长进攻，北畠氏便将根据地移师至另一要地。雾山城则由城代防守。永禄12年5月（1569年5月），木造城主木造具政背叛北畠本家，并且在同年8月让信长进入木造城。其后，北畠和织田的战斗从阿坂城及其支城高城，延伸至船江城，并且在8月28日（1569年10月8日）蔓燃至大河内城，大河内城之战爆发，在历时约50日的攻城战后，最终织田氏让信长之子织田信雄成为北畠具房的养子等