营运澳洲航空的路线。7月1日，澳亚航空的机队併入澳洲航空机队。澳亚航空的飞机很快涂上澳洲航空的涂装，负责国内航线和横塔斯曼海航线。飞机仍然由澳亚航空拥有，以履行湿租协议，在此协议下，澳亚航空负责部份日本和菲律宾航班，包括每天两班往成田国际机场和尼诺伊·阿基诺国际机场。澳亚航空于2007年8月正式终止运作。
航线.澳亚航空营运定期航班往以下目的地（至2006年6月）：停止营运前就先取消台湾航线
机队.至2006年4月，澳亚航空拥有5架波音767-338ER