刘植藩为总参谋长，但懋辛为副总参谋长。8月8日，但懋辛赴永川督战，此后不断取胜。但黄兴、李烈钧讨袁失败。四川都督胡景伊电告袁世凯求援，袁世凯派滇、黔、陕、甘、鄂五省军队会剿熊克武。熊克武率讨袁军退出重庆，第5师解散。1914年8月，但懋辛、李根源、陈炯明、李烈钧、熊克武、程潜等100余人在东京成立欧事研究会。1915年2月，四川的革命党人在上海开会，但懋辛与会。9月初，熊克武自海外回到上海，邀但懋辛赴南洋为倒袁进行准备。但懋辛在启程前获悉袁世凯已命各省于年底前召集代表会议，投票赞成君主立宪。他们乃取消赴