总统一职，由袁世凯继任。为防止袁世凯扩权，临时参议院制定《中华民国临时约法》以为规范。不久袁世凯将民国首都迁往北京，南京府改制为江宁县。北洋军阀混战期间，江宁县（南京）曾为军阀孙传芳的大本营，成为号令华东诸省的中心。民国十五年（1926年）冬，国民革命军北伐击败孙传芳部队。民国十六年（1927年）3月24日，北伐军节节胜利，但进入南京后，发生影响深远的南京事件，成为国共分裂的重要前奏之一；不久后上海就发生四一二事件。民国十六年（1927年）4月18日，国民政府在南京成立，定南京市为首都，成立南京市政