004年10月13日它离开诺福克再赴波斯湾，2005年3月19日离开。2004年它获得美国大西洋舰队战备最良好的舰只的荣誉，从2003年至2005年它连续三年获得作战效率奖赏。2005年飓风卡特里娜在美国东海岸造成巨大损失后，杜鲁门号于9月1日开赴墨西哥湾海岸，成为美国海军营救任务的旗舰。在从事营救任务五星期后它于2005年10月回到母港。2006年1月杜鲁门号按计划进入船坞，它获得多个系统改良、预防性维护以及在制造时就已经出现的小的焊接错误。2006年12月杜鲁门号离开诺福克海军船厂，进入训练