话的关系，跟闽南语中的泉州话、漳州话与台湾话的关系很相似。福州语为马祖话之源头，但马祖话又不完全等同于中国大陆的福州语。
马祖话在马祖列岛中的差异.在马祖，福州语是当地居民的母语，马祖话与对岸的长乐话最为接近，与福州市区通行的福州话可以互通，但仍有被福州人听出有不同口音的例子。在马祖列岛，亦有不同口音，如长乐口音、连江口音、福清口音等，此为马祖列岛中的马祖话在口音上的差异。另外亦有词汇上的差异，比如「等一下」马祖话中普遍作「等下」（），于南竿津沙居民有表达作「且慢」（）者。Se