。每组首名及次名均晋级十六强淘汰赛，第三名则转战欧洲足协盃三十二强淘汰赛继续参与欧洲赛事。如在小组中两队得分相同则顺次序根据以下准则定出胜方：
淘汰赛.
十六强.十六强抽签仪式在2008年12月19日于瑞士尼翁的欧洲足协总会内举行。十六强首回合赛事于2009年2月24日／25日进行，次回合赛事于2009年3月10日／11日进行。
半准决赛.半准决赛抽签仪式在2009年3月20日于瑞士尼翁的欧洲足协总会内举行。半准决赛首回合赛事于2