主体工程上报中央政府，而将西部通道深圳侧接线工程、甚至口岸的生活服务区，留给市政府部门自行批核，有不合国家法规之嫌。另外又有市民质疑工程的环评报告。《深圳特区报》记者同时访问市政府法律顾问室主任胡建农，胡认为两者合法合规。2015年深圳市审计局发表审计报告，批评深圳方建设单位：深港西部通道工程建设办公室多项问题，例如部分项目超支、部分项目没有公开招标、以及违规支付与工程无关的费用等。而在深港西部通道香港段落成不久，香港政府揭发外判工程顾问所提供的图则出现问题，偏差达3.75米。西部通道落成多年后，香