末年，郑芝龙称雄闽台海域，以金门、厦门为基地，树旗招兵，后接受明朝招抚。1633年，郑芝龙与海盗刘香、荷兰东印度公司联军在金门料罗湾爆发海战，史称崇祯明荷海战，郑军胜。1645年，（清顺治2年）郑芝龙降清后，先派其弟郑鸿逵屯金门。不久，金、厦为拥护鲁王朱以海的郑联、郑彩兄弟所据。 南明郑成功于1646年在烈屿吴山会文武群臣，并派林习山驻守烈屿，以此做为「反清复明」根据地之一。1650年（顺治7年；南明永历4年），郑成功驱逐郑氏兄弟，金厦成为其抗清前线之一；不久，明郑中枢又重返金、厦两岛。至康熙平台后，金