建了雅加达城，并改名为「巴达维亚」 (Batavia，荷兰的罗马名。原本他是想取名为新合恩New Hoorn，但没有如愿)，以作为荷属东印度公司在东南亚的统治中心。1622年，他为独佔肉豆蔻 (Mace)的香料贸易，来到摩鹿加群岛的肉豆蔻产地---班达群岛，以平息当地岛上的土着暴动。此暴动来自于荷兰人相当不谅解班达岛土着违反之前只能与荷兰贸易的协定，而持续与英国人交易。在这场征剿中，科恩下令屠杀班达岛居民一万五千多人，而没被杀死的也被送到了其他殖民地区充当奴工，其中有一部分后来被送到澎湖和台湾本岛筑城，