车站楼层.车站为地下二层车站，岛式站台布置，采用明挖法施工。开工时北运河西站至郝家府站区间的盾构隧道已经施工完毕，为了建设车站破除了部分盾构管片。
车站艺术.北运河东站的站厅层及站台层顶部设有象征钱塘江的浅青色装饰带。站厅内设有罗列北京市部分画家作品的壁画《名家一猜》，将名家作品的代表性局部错落展示在京城建筑剪影的背景之中，对应的印章则排列在象征京杭运河的水韵纹样之中；乘客可以通过观察作品局部的艺术特点，并查找名家印章，从而猜出作者，实现了文化传播