阵苏黎世的附加赛以入围欧洲冠军联赛正赛。在新赛季的首场比赛前，尤普·海因克斯成为球队的新任主教练。在小组赛A组中，海因克斯的球队先后战胜了同组的比利亚雷亚尔、曼彻斯特城和那不勒斯，以小组头名的身份晋级淘汰赛。在首轮淘汰赛的首回合比赛，球队客场0:1不敌巴塞尔，却在次回合主场以7比0横扫对手。四分之一决赛，球队又以主、客场两个2比0淘汰马赛，于半决赛面对皇家马德里。因双方在各自主场均以相同比分获胜，拜仁最终凭借点球大战以6比4战胜皇家马德里，顺利晋级决赛。然而在这场比赛中，三名防守球员大卫·阿拉巴、霍尔格·巴