通典》首度提出四十郡说；近人谭其骧依据考证结果初次提出四十六郡说，后来改为四十八郡说，成为目前较为流行的说法。然而在2002年里耶古城考古出土的竹简中，发现了洞庭郡和苍梧郡二郡记载。2008年岳麓书院根据自海外抢救回来的2098枚珍贵秦汉竹简中，发现了州陵郡、清河郡等几个新郡的记载。秦代封泥「巫黔囗邸」、「巫黔右工」的出土，使得黔中郡的郡名成了争议问题。近人后晓荣依据史料及最新考古资料，提出五十四郡说，成为目前较新的说法。
县级行政区.秦朝县的数目，清末学者杨守敬提出概数当在「八九