Gauliga Mitte联赛，因为二战的战火燃烧到了耶拿。
战后和东德时期.战争一结束，同盟军占领德国，德国所有的协会包括体育足球俱乐部都被禁止活动。耶拿在1946年6月得以从建，成立了「恩斯特·阿贝体育俱乐部」，就像许多其他东德俱乐部，球队的队名被改变成一些富有革命性的名字，分别包括「SG Stadion 耶拿」（1948年10月）、「SG 卡尔蔡斯耶拿」（1949年3月）、「BSG Mechanik 耶拿」（1951年1月）、「BSG Motor 耶拿」（1951年5月）和「