1944年（民国33年）他任军事代表团团长，再度访问欧美各国。1945年5月，他当选中国国民党第6届中央执行委员。
反对国共内战.抗日战争结束后，杨杰反感国共内战，和蒋介石逐渐疏远。1945年，他和谭平山等人组织三民主义同志联合会。此后他任国民政府战略顾问委员会、行宪国民大会代表。1948年他任中国国民党革命委员会（民革）中央执行委员。此后，他和滇系原领导人龙云以香港为据点活动，推动了云南省政府主席卢汉投共。1949年（民国38年）6月，他应邀担任中国人民政治协商会议第