人体微生物计画，这计画一开始最主要的目的是调查是否有人体微生物的存在、了解人体微生物的变化与人类健康的关系、并开发新的技术和生物资讯的工具，以支持这些目标。
生化燃料.生物燃料是来自生物质转化的燃料，如玉米秸秆，柳枝稷，和其他生物质转化成纤维素乙醇，此过程依赖于细菌联合将纤维素转缓成糖类，然后糖类再经由发酵变成乙醇。此外微生物也是产生各种生物能源的来源，其中包括甲烷和氢气。工业规模的生殖解构效率需要具有更高生产率和更低成本的酵素，用总体基因体学的方法在分析复杂的微生物群落可以有效的