系统首个设有闸内洗手间的车站。
月台.欣澳站是继宝琳站后，出入口、出入闸机和月台均设在同一层的车站。欣澳站亦是前地铁系统中，少数使用道碴道床（而非混凝土道床）的车站之一，3号月台除外。（另一个是杏花邨站）欣澳站设有一个岛式月台及一个侧式月台，2号月台为侧式月台，供东涌线往香港方向的列车使用。本站唯一出口就设在此月台旁。1号及3号月台则共用同一个岛式月台，1号月台为东涌线往东涌方向的列车使用，3号月台为迪士尼线往迪士尼方向的列车使用，该月台主要为东涌线乘客转乘迪士尼线列车