藻属被同一作者转为刚毛藻属（"Cladophora"）下的一个亚属，所以随后毬藻的学名也被改为"Cladophora aegagropila"（也做"Cl. sauteri"）。但，2002年的DNA研究又将球藻属恢复为一个独立的属,因为球藻属植物的细胞中含有几丁质，而纲毛藻属植物没有。故毬藻的学名又恢复为"Aegagropila linnaei"。而最近日本的DNA研究发现了新的亚种，立山毬藻（），但尚未正式发表，故学名尚未确定。
日语.在日语中，毬藻被称作マリモ（汉字：