1998年开始修路，再次重建了白瀑寺。重建之后的白瀑寺成为佛教活动的场所，但迟迟未能取得政府颁发的宗教活动场所证书。2013年8月10日，门头沟区民政局召开2013年年中工作分析会，会上提出“加快推进曹各庄天主教、清真寺新教堂建设工程，积极协调妙峰山恢复道教活动场所以及白瀑寺等寺庙遗址恢复宗教场所工作。”
建筑.如今的白瀑寺依山梯次建有山门、天王殿、两序寮房、钟楼、鼓楼、客堂、法物流通处、大雄宝殿。辽代古塔“圆正法师塔”位于大雄宝殿右侧，新建的药师塔位于大雄宝殿左侧，其两侧前建有伽