，迁入新系馆，清华学堂大部分教室用作绘图或自习教室。1990年代末，清华校教务处迁入东半部，成为全校学生返校注册的必到之处；校研究生部迁入西半部，从此结束了清华学堂用作教室的历史。2001年，清华学堂作为“清华大学早期建筑”的一部分被列为全国重点文物保护单位，序号5-476。2010年11月13日凌晨1点左右，清华学堂修缮工地起火，过火面积约800平方米，44辆消防车、308名消防官兵出动，于3时15分扑灭，无人员伤亡。清华学堂东侧屋顶烧毁严重，内部木质结构有超过三分之一彻底焚毁。 8月份开始修