早，久秀后来在三好家中位处高位，长赖的功劳亦不少。天文18年（1549年），长庆上洛并且负责防卫管领细川晴元和第13代将军足利义辉等室町幕府人物身处的京都，却强夺公家的领地作为自己的知行。天文19年（1550年）11月至翌年2月，三好氏进犯由近江的六角定赖保护并且身处中尾城的义辉，是为，后来在7月14日，晴元率领和等丹波众发动，试图重返京都，但是长赖和其兄久秀一同将晴元军击败。天文22年（1553年）9月，长赖与兄长一同出征丹波，包围晴元势力的波多野晴通守卫的，但是在元成和政胜攻下由丹波守护代内藤国