当地倖存的专业医疗工作者之一，并开始投入伤患救治工作。在诊治过程中，他发现许多病患因为无法理解的原因纷纷死亡；在这过程中，他观察到因核爆炸而引起的种种人体反应。往后，肥田舜太郎致力于诊治被爆者直至退休为止，持续向美国当局争取补偿，并积极唿吁废除一切核武器。因不满驻日盟军总司令禁止辐射病的相关研究，他曾加入日本共产党；同时，他也因持续接触诊治被爆者而遭美军逮捕数次。1949年，他在赤色清洗中遭所任职的国立医院解除职务。1955年，他前往埼玉县行田市开设诊所，并代表日本共产党当选市议员。他曾多次接受