庙祭祀事务。至元十三年（1276年），被朝廷任命为承事郎。灭南宋后，南宗孔洙让爵，元世祖同意，但是没有封爵衍圣公。至元二十二年（1285年），为奉训大夫、单州防御使。由他的儿子孔思诚为曲阜县尹。至元二十八年（1291年），孔治为奉直大夫，知密州事。元成宗元贞元年（1295年），孔治入大都朝见，元成宗命他为中议大夫，袭封衍圣公。大德十一年（1307年）十二月十五，孔治去世，享年七十二岁，葬在孔林孔子墓西侧。