改土归流政策推行并不彻底，真正大规模的推行，是在清朝。雍正三年，发生的长寨事件，云贵总督高其倬于长寨地方仲家族村寨（今贵州贵阳府广顺州）建立营房，遭到攻击。雍正四年，云贵总督鄂尔泰上书，阐述改土归流的必要，开始了改土归流的改革进程。将世袭的土司改为由朝廷科举任免的流官。同年五月，首先平定贵州长寨土司，设立长寨厅(今贵州长顺)。为了推行改土归流的政策，清朝发动了对少数民族的多次战争，但是土司制度直到清朝结束也没有完全消失。民国时期宁夏、青海一带的马步芳武装归顺国民政府，但对于其辖地仍然完全自治。抗日期间，