南明灭亡后吴三桂在云南拥兵自重，终于康熙十二年 (1673年) 联同靖南王耿精忠、平南王尚之信起兵作反，史称三藩之乱。康熙二十年 (1681年)，清兵攻下昆明，吴三桂孙吴世璠兵败自缢，三藩之乱至此平定。云南之后亦由清廷直接管治。1816年受到印尼坦博拉火山爆发的影响，北半球天气出现严重反常，云南全省严重饥荒。是云南近代有记载以来规模最大、最严重的一次饥荒。据云南《邓川县志》记载，嘉庆二十一年(1816年)“是岁大饥，路死枕籍”。面临灾荒，有些饥民被迫卖儿卖女以求活命，昆明诗人李于阳在《卖儿叹》中写道：“