中心、接待部、摄录部、编辑部、办公室等十部门，成立学术委员会。1986年，成立的榆林窟文物保管所，由敦煌研究院代管。1994年8月，成立敦煌石窟文物保护研究陈列中心。1994年12月，敦煌遗书研究所更名为敦煌文献研究所。2017年，敦煌研究院被中国博物馆协会评为第三批国家一级博物馆。
文物修复.敦煌研究院历时十四年，修复西藏三大重点文物布达拉宫、萨迦寺、罗布林卡壁画保护修复工程，以及阿里古格遗址和日喀则夏鲁寺壁画保护修复项目，累计达到8800余平米。