回到香港报考英联邦奖学金计划以为报读英国剑桥大学建筑学博士学位及从事环保教育工作铺路。在1991年毕业后雪菲尔大学教授建筑学。留英授课之际与其妻结婚且育有两名儿子。他在1994年起英国麻省理工学院当研究员，又在新加坡国立大学教书。于1999年才开始在香港中文大学授课。吴恩融于1999年加入香港中文大学。有见山区学童上学困难，吴教授于2005年发起了建桥计划，联同香港中文大学及其他大学的学生和一众专业人士在中国甘肃省成功建成首座「无止桥」。其后他于2007年成立无止桥慈善基金，并担任创会主席直至2013年