然而在关原之战取得胜利的家康决定惩处真田昌幸及信繁。原先命令他们切腹自尽，惟因长男信之与本多忠胜还有井伊直政向家康求情，忠胜直言道：「若主公不答应饶他们真田父子不死，我忠胜将不惜与主公一战」，12月德川家康免除两人死罪，改将两人流放到纪伊国高野山附近的九度山，命令终生不得离开，随行家臣共16人。幽禁期间，发明了真田纽贩卖餬口，大受民众欢迎。昌幸生前仍然希望德川家赦免他，但是苦等不到赦免而在1611年于失意中病逝，享年65岁。抑郁而终的昌幸，外加德川家蓄意恶整的态度，使得信繁后来死命逃脱投奔丰臣家留下伏笔。