江户派逐渐佔据优势，而大久保等人也接受了这一主张。1868年，日本政府宣布将江户改名为东京，江户城改作为皇居使用，实质迁都东京。但为缓和迁都后公家及京都地区的强烈不满，明治新政权使用「奠都」而非「迁都」一词，在名义上实行东西两京制。1868年9月3日，东京府正式成立。同年和东京府接壤的近郊农村地区设立了。东京府最初的管辖地区仅相当于江户的町人地，而佔江户面积约60%的武家地在当时几乎是荒废状态。对此新政府在决定将武家屋敷开垦为桑田或茶田以换取外汇（但这些农田大多因收成欠佳而在后来改为农场），并将部分规模较大