「元年元日吾当行矣，汝等识字者用耳闻经，不识字者用心念佛，务禅定智慧务济物普心，即此是佛慎弗他求，汝等勉之。」除夕夜时，忽现将亡之态，身边弟子问：「师父午夜要走吗？」法师说：「元旦中午了吗？」弟子说：「午夜。」法师说：「还没，日间中午才走。」果然，明神宗万历元年（1573年）的元旦，羊山再次绽放五彩毫光，到了正午时分，明龙法师向大众辞别坐化圆寂。七日后火化荼毘炉中放光如太阳，达官贵人与会大众见光圣境顶礼法师曰：「佛耶佛耶！愿以此光普照下土。」火化后烧出非常多舍利子，由督府兴建舍利塔供奉。