二十六年（1900年），任军机章京、吏部文选等司总办。次年，改广东惠潮嘉道，处理潮普选锋营清办潮嘉匪务。光绪三十一年，任山西冀宁道、总办全省洋务局督办学务处。光绪三十二年，任山西按察使、山西按察使。光绪三十三年，任山西布政使。宣统元年（1909年），授山西巡抚。民国元年（1912年），任北洋政府全国水利局副总裁。清亡后，丁宝铨与废帝溥仪一直有联系，以为郑孝胥“自任甚重”。民国八年（1919年）卒，溥仪赐谥恪敏，由郑孝胥曾奉旨撰写墓志铭。