48年第一届国民大会召开，国民政府改组为中华民国政府，蒋中正当选为行宪后的第一任中华民国总统。但在内战的战场上经过辽沈战役、平津战役、淮海战役，国军兵力大大消耗，中共佔领的解放区逐渐扩大。1949年4月，淮海战役打响了，解放军发动渡江战役，佔领首都南京总统府。10月1日，中华人民共和国中央人民政府主席毛泽东在北京宣佈中华人民共和国中央人民政府成立。中华民国中央政府和中国国民党中央党部旋即于12月10日迁往台北。
政府迁台.国共内战后，中华民国政府搬迁到台湾，以台北市为中华民国首都，