共产党与苏联策动暴力排外，对教堂、学校以至外籍人士展开攻击、焚烧、抢劫的行动。金陵大学副校长文怀恩（Dr. John Elias Williams）遇害身亡，贝德士被一群士兵拘捕。获释后，贝德士与妻儿撤往日本，风潮平息后返回金陵大学。1935年，获美国耶鲁大学博士学位。1935年，返回金陵大学历史系。1937年，抗战爆发，贝德士以副校长名义负责留守金大校产。南京沦陷前后，参与发起和组织南京安全区国际委员会（后改为南京国际救济委员会），并担任最后一届主席。1950年，被迫离开中国。