基因组的大部分都由重复DNA构成。大部分的生物体常常携带除位于染色体之外的遗传物质，在有的情况下，例如对致病微生物的基因组测序，“基因组”就包括了位于质粒的额外的遗传物质。在这种情况下，“基因组”描述的是所有基因以及有潜在功能的非编码DNA。在真核生物例如植物、原生生物和动物中，基因组含有特指位于染色体DNA上的信息的意思。所以，即使这些生物含有叶绿体或者线粒体，它们有自己的DNA，但这些DNA所携带的信息不被包括在基因组中，事实上，有时我们说线粒体含有自己的基因组，即“线粒体基因组”，而在叶绿体中