间的共表达网络（即节点为模块的网络）。 神经科学应用加权基因共表达网络分析，分析微阵列数据、单细胞RNA测序数据、DNA甲基化数据、miRNA数据、肽计数、人类微生物组计划数据（16S rRNA基因序列）的基因组数据。其他的应用包括：脑影像数据，如功能性磁共振成像数据。
R软件包.加权基因共表达网络分析的R软件包提供了加权网络分析所有功能（模块建立、节点基因选择、模块保存统计、差异网络分析、网络统计）的函数。可以通过CRAN下载加权基因共表达网络分析包。