面部动作由纯手工完成。海恩将军的面部特征与姿势由哈克特打底稿。动画师不愿在电影中使用任何真实照片，因而全部背景皆采用数字绘景。含有数字角色的动画镜头一共有1,327个。电影有141,196帧，帧渲染平均耗时90分钟。到制作结束时，史克威尔一共生成了15TB的图片数据。制作耗时超过四年，据估计相当于约200人120年的工作量。以全英语拍摄《灵魂深处》的决定很早就已做出。原案由坂口博信编写，名为《盖亚》。剧本由和编写。电影由榊原干典共同导演，会田纯和克里斯·李二人担任制片人。李将首个长篇写实动画电影《灵魂