任谈判人员的蔡英文斡旋。2016年8月蔡清祥获蔡英文政府拔擢为首位检察官出身的调查局长，任内曾研拟《国家保防工作法草案》，被外界批评人二室复活，事后遭行政院打回票；任内指挥监督侦查中共间谍嫌犯周泓旭案与王炳忠案。2018年7月出任赖清德内阁的法务部部长；为继廖正豪后，第二位调查局长出任法务部长。同年8月批准死囚李宏基执行死刑，是蔡政府时期首例执行死刑。2020年4月1日，批准死囚翁仁贤执行死刑。