30年代初，浦口站有货物仓库12座，总面积6.7万平方米。至30年代中期，全站有6个作业区、57股站线。抗日战争时期，车站曾遭到日军轰炸两次，其中车站大楼损坏最为严重。1954年，车站的港务处和旗下的轮船改由南京市交通部门管理。1958年“大跃进”开始后，浦口站新建简易驼峰调车场和上行到达场，增加股道，规模为二级三场，车辆编解作业能力提高。简易编组站的建成满足了铁路轮渡增加渡轮后和津浦铁路建成双线后增长的运输需求，也使车站成为了设施完整的、兼营客货运的编组站。1961年4月，车站上行至东葛站区间