此法于同年12月21日施行，第22条规定施行期限至2000年12月31日。2000年11月24日，立法院三读通过《台湾省政府功能业务与组织调整暂行条例》第12、22条修正条文，第22条规定施行期限延至2005年12月31日。2006年10月20日，中华民国内政部公告，《台湾省政府功能业务与组织调整暂行条例》于2005年12月31日当然废止。目前台湾省政府、台湾省谘议会与福建省政府已实质上裁撤，仅依照宪法增修条文保留机关名号及其主席、谘议长之职称。