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营运及标示问题.
站名不统一.虽然新北市新巴士并非完全属于双北市一般公车体系，但部分乘客仍会借由新巴士路线与一般公车路线互相转乘，在部分双北市辖行政区经常可看见新巴士路线的停靠站名与新北市公车、台北市市区公车或公路客运不同的状况。此状况是从台北县时期即已经发生，这部分目前仍尚未统一。
新编号尚未完全使用.在新北市新巴士制度实施后，除了新店区、乌来区及石碇区少部分因行经保护区仅限当地居民搭乘的路线之外，所有路线皆有赋予F开头的编号