保存在RNA上，因此复制过程通常发生在细胞质中。根据复制方式的不同，RNA病毒可以分为4个不同的组别（见分类一节）。RNA病毒的极性（即病毒RNA能否直接用于蛋白质合成）以及RNA是单链还是双链，很大程度上决定了它的复制机制。RNA病毒是用它们自己的RNA复制酶来对基因组进行复制。
反转录病毒.反转录病毒基因组的复制是采用反转录的方式来完成的，即利用RNA模板来合成DNA。遗传物质为RNA的反转录病毒以DNA为中间物来复制其基因组，而遗传物质为DNA的反转录病毒则以RNA为中间物来