08年6月28日，“瓮安骚乱”事件发生；石宗源率队到达瓮安县调研；并在7月3日召开情况汇报会上公开承认，事件的背后有着更深层次的原因，更批评地方官员不作为。2010年8月，石宗源逾龄退休，并于8月28日，被十一届全国人大常委会任命为全国人民代表大会教育科学文化卫生委员会副主任委员。2013年3月14日，当选第十二届全国人大常委会委员、兼财政经济委员会副主任委员。2013年3月28日，病逝北京，享年66岁。