方法院合议庭的三名成员─庭长兼审判长吴秋宏、受命法官纪凯峰与陪席法官林孟皇一审判处林益世有期徒刑7年4个月，褫夺公权5年，併科罚金新台币1580万元。其余被告，包括林益世妻子彭爱佳、母亲沈若兰及两个舅父，则全部获判无罪；法官以大篇幅解释为何他们认为以实质影响力说来论，林益世并不算贪污。此判决结果与之前的判例比较，显然缺乏逻辑一致性及公平性，引发各界譁然，舆论并批判司法对有国民党特别优待的嫌疑，法界也批判法官遇到贪污案就任意造法。也有律师在自由时报上评论，认为特侦组在调查起诉上放水，也是纵放林益世的共犯。