出马化龙私藏的大批洋枪（清军其后从堡内搜出匿藏一千二百余支俄制枪械）和私藏有僭越旗帜为名，处死马化龙，并杀死他的亲属及部众约二千人，其他投降回民则被分开押往不同地点安置。
河州.1871年左宗棠进驻甘肃。陕西回军残部从金积堡逃到河州，后来再逃到西宁。1872年四月河州回军头目马占鳌投降，被左宗棠编入清军。
西宁.左宗棠下一目标是盘据西宁的马桂源、马本源兄弟。1872年十月，清军收复西宁城。1873年二月，马桂源、马本源被俘，后被处死。以白彦虎为首的残余回军