大战开始后，德国停止了所有足球活动。一战结束后的几年中，拜仁慕尼黑获得了几个区域性的赛事冠军。1926年，球队夺得了历史上第一个南德冠军，两年后，他们再次复制了这一成就。1932年，拜仁首次在国家级赛事中登顶，当时的教练理查德·科恩率队以2:0击败法兰克福而获得了德国足球冠军。随着纳粹主义在1930年代的抬头，使得拜仁慕尼黑的发展戛然而止。俱乐部主席及主教练因为犹太人的身份而被迫离开德国，队内的许多球员也遭到清除。拜仁被嘲讽为“犹太人的俱乐部”，其半职业化的模式也遭到制裁，球员不得不再次成为全业余运