州宣布脱离合众国后，约翰斯通作为其中最年长的一批将级军官加入了联盟国陆军。约翰斯通在纽约西点军校中作为土木工程师接受教育，同期毕业生中包括罗伯特·E·李。毕业后他在佛罗里达州，得克萨斯州和堪萨斯州服过役。到1860年时他已经获得了陆军准将的军衔，在美国陆军中担任军需官一职。约翰斯通在南北战争中指挥的有效性在一定程度上受到了他与联盟国总统杰弗逊·戴维斯之间矛盾的影响。在他指挥的大多数会战当中，很少有成功的例子。第一次牛奔河战役期间他作为高级指挥官参与作战，但他获胜的能力胜利常常被他的下属，P·G·T·