判放逐，荻生一家也被迫从江户搬迁至其母的故乡上总国长柄郡本纳村（今：茂原市）。在13年的本纳村生活中，荻生徂徕自学了汉学、日本学及佛学，学问突飞勐进。元禄五年（1692），幕府赦免了徂徕之父的罪过，徂徕一家得以返回江户。回到江户后，徂徕在芝增上寺附近开办私塾。相传当时十分贫困的徂徕，受到了附近豆腐店老板的大力帮助。徂徕发迹后，为了报答恩情，每月会拿出一部分俸禄赠予豆腐店老板。赤穗事件中豆腐店不幸被浪人烧毁，徂徕便出资重建了被浪人烧毁的豆腐店，因此留下了“徂徕豆腐”的逸闻。元禄九年（1696），将军纲吉的