取代萨迦政权，共传十三代法王。至1618年被藏巴汗创建的噶玛政权推翻，统治西藏264年），雅桑噶举自此衰落。格鲁派兴起后，在帕竹和雅桑两个地方势力的争斗中，格鲁派偏袒帕竹，排斥雅桑。雅桑地方势力衰落后，雅桑噶举的教法随之逐步失传。雅桑寺原来的主寺是布达拉宫的译仓（资料室），后奉林家族的拉章为寺。文化大革命时被毁，成为废墟，仅存若干破墙及个别殿堂。该寺收藏的《雅桑噶寺史》，是研究该寺乃至雅桑噶举、西藏的历史的重要资料。后来，该寺获得恢复重建。2012年，乃东县亚桑寺管理委员会被评为西藏自治区先进寺庙管