1608年，犹太城墙由于社群膨胀和波西米亚犹太人的流入而进行过拓宽。1572年，国王齐格蒙特·奥古斯特死后无嗣，波兰王位于是迅速地于各个他国王室间易手。这也导致了克拉科夫重要性的下降。加之瑞典人的侵略和腺鼠疫的爆发，两万市民因此死亡。1596年，瑞典裔瓦萨家族的齐格蒙特三世将波兰-立陶宛联邦的首都从克拉科夫迁至华沙。1790年代中期，波兰-立陶宛联邦已两遭普鲁士、奥地利和俄罗斯瓜分。1791年，神圣罗马帝国皇帝约瑟夫二世将卡齐米日并入克拉科夫，前者成为了后者的一个区。富有的犹太人家庭开始迁出该城。但囿于