撤销后，犯人于1946年底迁回（一说为1947年4月），渣滓洞被合併至白公馆看守所，称看守所附设渣滓洞分所，但暂时废弃。1947年12月，渣滓洞重新关押犯人，称重庆行辕二处第二看守所，人称渣滓洞看守所。关押的人员主要是1947年“六一大逮捕”中抓捕的教育、新闻界人士，“小民革”地下武装案被捕人员，上下川东三次武装起义被俘、被捕人员，《挺进报》事件被捕人员，民革川东、川康分会成员等，最多时关押过三百多人。江竹筠、许建业、余祖胜等曾在此关押过。 渣滓洞看守所分内外两院，院门外有一口钟，据现今渣滓洞的游客