也来到果阿，殖民政府重视传教工作并为受洗教徒提供物质奖励，因而这些所谓基督徒中产生了大量，有些甚至还信奉原来的宗教。判定的所谓“”也从葡萄牙本土迁移到果阿，这些人有许多是和一些假意改信的犹太人，因此并不受天主教徒欢迎。圣徒方济·沙勿略在1545年写信给若昂三世，要求建立果阿宗教裁判所，这也是印度天主教的一大败笔。在1557年果阿成为了独立的总教区，附属柯枝、马六甲-柔佛两大教区，而整个东方也都处于果亚总教区管辖之下，管辖权一直扩展到澳门、日本。圣多默基督徒的最后一任当地总主教死于1597年，当时这些信众