史前.最晚在六万七千年前的旧石器时代中晚期，已经有人类在菲律宾羣岛聚居。科学家于2007年、2011年和2015年在吕宋岛北部的发现了一系列古人类化石，其中最早的样品的年代为6.7万年前。学者认为，这些化石属于一个古人类物种吕宋人。尼格利陀人是早期的定居者，但是他们在菲律宾出现的时间还没有确切定论。至约公元前1000年，菲律宾定居者可以分为四个较为明显的种族。中国史籍中所提及的吕宋、苏禄、麻逸、古麻剌朗等国皆于今日菲律宾国内。在菲律宾当地，考古发掘甚至发现有日期在3世