在总统任内陆续推动六次修宪，万年国会在1991年宣告退职，并在1996年举行首次正副总统公民直选。2000年3月18日总统大选，由民进党提名的陈水扁及吕秀莲当选中华民国第10任正、副总统，是台湾第一次中央政府和平政党轮替。2004年，陈水扁及吕秀莲在总统大选再度当选连任，泛蓝阵营就陈水扁当选的合法性提出质疑，但经验票无误。2005年，任务型国大通过宪法修正案，规定国会选举改採单一选区两票制，这有利于两党政治的形成，并废除国大採单一国会制，立法院成为唯一的国会。2008年1月12日，国民党在立委选举中取