州藩一方的军队为官军并授予皇家军旗，使幕府军成为“朝敌”。淀藩和津藩为此脱离了旧幕府军阵营。德川庆喜于6日抛弃军队逃离大坂城，乘军舰由海路逃向江户。至此，鸟羽伏见之战以幕府完败告终。新政府于7日对德川庆喜发出讨伐令，于10日对以德川庆喜、松平容保（会津藩主，原京都守护职）、（主，原京都所司代）为首的幕府内阁的27名朝敌处以剥夺官职、没收京都藩邸等惩罚，次日又针对各藩命令军队上京，之后于21日由外国事务总督向各国代表要求停止向德川方提供武器军舰供给、兵力输送、派遣军事顾问等援助。接受此要求的各国于25日宣