年撤销曾文郡役所，改曾文区署，麻豆街改为「麻豆镇」。1950年「台南县麻豆镇」成立，陈西湖即出任第一任麻豆镇长。1951年，实施地方自治，首任民选镇长由张拔当选。白色恐怖时期，麻豆镇发生政治案件麻豆案，包括镇长谢瑞仁在内共3人判处死刑、9人判处无期徒刑、6人判刑15年有期徒刑、7人判12年有期徒刑、5人判10年有期徒刑、6人判1年有期徒刑。1956年，麻豆水堀头遗址「龙喉」及「凤池」出土，地方上展开大规模挖掘，造成地方轰动。据吴新荣《震瀛採访录》记载，当时为南鲲鯓代天府五王爷指示该地为「龙喉穴」