DNA,SMP-DNA)错配和剪辑翻转(base flipping)等。
RNA二级结构预测.生物信息学的其中一种应用是使用预测的RNA二级结构来搜寻用作RNA功能形式而非编码的基因组。举例来说，小分子RNA有着由小内环中断的长茎环结构。计算可能的RNA二级结构可以用动态规划方法，但是它不能侦测出伪结或是其他硷基对没有全面网罗的情况较通用的方法有随机上下文无关语法。Mfold是一个使用动态规划的网站。在很多RNA分子，二级结构对RNA正常功能非常重要，有时甚至于较序列重要。这可