黑色，能突显样品的细微面貌，观察未染色样品时，如活细胞，可利用相位差(Phase)功能。另外还有微分干涉差(differential interference contrast，DIC)功能，都常搭配在光学显微镜上。依光源的不同，还有萤光显微镜、共聚焦显微镜等类别。2014年10月8日，诺贝尔化学奖颁给了艾力克·贝琪格 (Eric Betzig)，W·E·莫尔纳尔 (William Moerner)和斯特凡·W·赫尔 (Stefan Hell)，奖励其发展超分辨萤光显微镜 (Super-Resolv