宣称其始于萨珊波斯帝国的教会，于424年由于接受了聂斯托里学说而独立于其他教会之外。该学说是由428-431年间担任君士坦丁堡牧首的聂斯托里创立的，被罗马帝国宣佈为异端，因此，在西方这一教派以「聂斯托利教派」而闻名。在波斯时代的宗教迫害之后，东方教会在哈里发时代得以繁荣，建立了遍布亚洲的教区。在蒙古帝国的扩张式发展之后，东方教会在14世纪陷入衰败，最终被限制在在其核心地带——现在的伊拉克、叙利亚东北部、土耳其东南部、伊朗西北部和印度马拉巴尔海岸。16世纪，不同王朝之间的争斗使东方教会陷入分裂，形成了两个