6年，成立“南普陀寺管理处”，尔后在寺庙临时主持人妙湛法师的努力下逐步恢复寺院。直至1989年恢复推举方丈的制度，并于次年撤销“南普陀寺管理委员会”，成立以方丈、堂主、监院等组成的“寺务管理委员会”。
宗派.南普陀寺历史上属于临济宗喝云派裔，民国13年（1924年）由住持转逢和尚改为十方丛林迎纳各方高僧大德，并于次年开办闽南佛学院。民国17年（1928年），当时的方丈太虚和尚赴欧美讲学，成为中国首个赴欧美宣传佛教的和尚。弘一法师曾在1928年至1942年期间多次驻南普陀寺协助闽南佛