658号废止大本营只能在战时设置的规定，另颁大本营令（昭和12年军令第1号）规定大本营在发生事变时也可以设置。11月20日，随即依新令设置了大本营，这次设置的大本营一直存在到太平洋战争结束后的1945年9月13日。太平洋战争末期，曾经计划将大本营转移到长野市松代町的地下掩体中，称为「松代大本营」；但工作尚未完成，战争就结束了。大本营下辖的机构大部分是参谋本部（陆军）和军令部（海军）的机构。大本营会议由天皇、参谋总长和次长、军令部总长和次长、参谋本部第1部长（负责作战事务）和作战课长、军令部第1部长和作战