进入中共在内蒙古自治区的基层党务部门工作；1983年10月，出任共青团唿伦贝尔盟委书记；一年后，晋升为共青团内蒙古自治区委副书记；1986年5月，任共青团内蒙古自治区委书记。1989年11月，巴特尔被派赴日本东京研修中心，学习经济管理。回国后，曾在北京市朝阳区政府挂职，任区长助理。一年后，回到内蒙古的巴特尔即被任命为中共内蒙古自治区乌海市委副书记；两年后晋升为市委书记并出任市长。在乌海市工作七年后，巴特尔于1999年被提升为中共内蒙古自治区党委常委、自治区纪委书记；三年后，升任自治区党委副书记、兼纪