马头郡，中国东晋时设置的郡。
建置沿革.晋安帝义熙元年（405年）以淮南郡故当涂县地置马头郡，属扬州。郡治马头城（今安徽省怀远县东南），即汉代当涂县故城，东晋侨立当涂县于江南，而故县废为马头城。领虞县（侨寄今安徽怀远县南淮河东岸马城镇）、零县（侨寄今安徽怀远县一带）、济阳县（侨寄今安徽怀远县一带）3个侨县。义熙八年（412年）实行土断，马头郡改属豫州。