王树翰被任命为东三省保安司令部秘书长。同年7月19日，东北临时保安委员会成立，王树翰为17位委员之一。同年7月1日，张学良派王树翰等四人入山海关赴北平，同蒋介石、冯玉祥、李宗仁等人商谈东北易帜问题。同年12月28日，张学良将12月29日东北易帜事宜电呈国民政府，国民政府于12月28日举行会议，批准东北政务委员会名单，张学良任主任委员，王树翰为15位委员之一。同年12月下旬，东三省道路委员会成立，于珍任执行委员长，王树翰为11位委员之一。同年12月29日，东北易帜。此后，南京国民政府任命张学良为东北边防军司令