埃吉尔号被编入波罗的海预备役总队（），从最初至9月29日都为精简船员状态。在11月9日才首次进行了前往威廉港的训练巡航。1898年曾进行过多次炮术训练。在秋季演习中，埃吉尔号加入并担任临时成立的第二分舰队的旗舰。该部队由第三总队（埃吉尔号、奥丁号、哈根号）、第四总队（伏里施乔夫号、贝奥武夫号、海姆达尔号）、第二侦察集群（、、D3号）以及第二鱼雷艇区舰队所共同组成，受海军少将指挥。12月，埃吉尔号又与奥丁号一起展开了前往哥本哈根的训练巡航。从1899年4月底至5月31日，由于战列舰奥尔登堡号突发故障，