捕下廷尉，士大夫大多都尝试拯救但不果，马日磾向王允劝说：「蔡邕是旷世逸才，并且熟知两汉的事，应该让他继续修史，以为一代大典。而且蔡邕一向以忠孝着名，而现在他没有犯甚么罪名，这样诛杀会令人民失望。」但王允却辩驳：「当日汉武帝没有杀司马迁，令他写了毁谤的书（史记）并流传后世。现在东汉衰落，四处都有征战，不可以让佞臣在幼主（汉献帝）身边写史书。不但无益于皇帝的圣德，更令我们等人遭到他的非议。」马日磾亦向人称王允杀蔡邕断绝史书写作是灭掉国纪、废弃国典，并认为他不会在位太久。同年，原董卓部将李傕等人攻陷长安，杀死