群岛及其资源的主权移交给拿破崙（其中包括罗马天主教会在马尔他的众多财产），以换取丰厚的经济赔偿。在一週之内，拿破崙完成对舰队的补给；为了维持法国对马尔他的控制，他留下将军率领4,000人留守瓦莱塔。6月19日，舰队离开马尔他，沿着克里特岛的方向，驶向亚历山大港当拿破崙驶向马尔他时，英国皇家海军在超过一年后重新进入地中海。对英国海军部的来说，法国预备攻打地中海沿岸的报告是个不小的警告。他随即命令驻塔霍河的地中海舰队指挥官，约翰·杰维斯中将，派一支分舰队调查法军动向。杰维斯于是决定将三艘战列舰和三艘巡防舰，