财政部开放民间设立银行后第一家开始营业的银行，主要投资股东为环球水泥、统一企业、台南纺织、坤庆投资、太子建设等台南帮相关企业。万通银行股票于1995年5月18日在中华民国证券柜台买卖中心上柜，也是第一家上柜的新银行；接着又于1997年5月23日与大安商业银行同时成为第一批在台湾证券交易所股票上市的新银行。1999年下半年，万通银行逐渐在40处营运单位架起Intranet，且各营运单位进一步导入Microsoft Outlook收发电子邮件。2003年，万通银行以新台币195.7亿元售给中国信託金