隐居身延山。在那里，日莲全心投入撰写他对《法华经》的理解与观点，写信解答弟子们的提问，并且还致力培养后继的人才。在这期间，迫害的矛头逐渐转向他门下的弟子，三名农民弟子甚至于1279年因坚持信仰而殉教。这些弟子在面临迫害时，信心仍坚定不移，让日莲确信，圆寂后自己的教义将被后世保存并实践。至此为止，日莲一直为个别信徒绘制「御本尊」，以作为他们唱念「南无妙法莲华经」时的对象，但在「热原法难」发生后，他绘制了一幅以全世界人类的幸福为祈念目标的大御本尊。三年后日莲圆寂。
着作.其着作有四