幼承家学，十四岁完成儒家经典教育，后专攻医学，遍读医宗典籍，并随父应诊，打下了坚实的中医理论基础。十八岁起独立坐诊。二十岁进入入江苏省立医政学院（即今南京医科大学）深造，掌握了西方现代医学的知识，成为中西医兼通的人才。耿鉴庭于文史方面也涉猎颇广，在训诂学、目录学、金石学、文物考古学以及昆曲等领域亦造诣颇深。此外，他致力于扬州文献、文物的搜集和保护，对医药文献、文物的保存整理也做出了重要贡献。