8种，鱼类3科6种，鸟类34科104种，植物27科105种。另外，内政部营建署在《国家重要溼地》有不同的数据统计，高美溼地目前有记录的鸟种共34科135种，其中保育鸟类有9种，蟹类有7科30种。
植物.调查期间，林惠真教授发现水笔仔落入在云林莞草生长地带，水笔仔是原本没有生长在高美溼地，但人为刻意栽植下，从高美溼地周遭的潮溪内，逐渐向外散布，导致云林莞草生存空间受到水笔仔冲击，仅保留清水大排尚存一整片水笔仔供教学之用。高美溼地拥有云林莞草、大安水蓑衣两种稀有植物，与台湾碎米荠、