与近邻修好并大力农牧业，使敦煌恢复了一派繁华的景象，莫高窟的开始了一个以大洞窟开凿为主的时代。北宋景祐三年（1036年）敦煌为西夏占领，统治敦煌达191年。元灭西夏后，于至元十四年（1277年）复设沙州。1280年升为沙州路总管府，隶属甘肃行中书省。明朝永乐三年（1405年）改为沙州卫，后增设罕东左卫。嘉靖七年（1528年）因叶尔羌汗国攻击，关闭嘉峪关，从此瓜州、沙州成为叶尔羌汗国领土。清朝雍正元年（1723年）设沙州所，旋升为沙州卫。雍正四年（1726年），从甘肃56州县移民2400多户到沙州屯垦