氢键的合成并在催化反应中扮演通用碱基的角色。（ε-氨基(NH)与从α-碳开始的第五个碳原子相连；α-碳是与羧基 (C=OOH) 相连的碳原子。）赖氨酸的ε-氨基的甲基化是一种通常的翻译后修饰，形成一甲基，二甲基和三甲基赖氨酸。三甲基赖氨酸会发生在钙调蛋白中。另外，赖氨酸残基还能进行乙酰化和泛素化等 修饰。胶原蛋白中含有的羟基赖氨酸是由赖氨酸经羟基化而来。内质网或高尔基体中，羟基赖氨酸残基的"O"-糖基化可用来标记特定蛋白从细胞中的分泌。赖氨酸能以L-或D-的立体异构两种形式存在。但只有L-型存在于