特派邓钖侯为国民政府重庆行辕副主任。然而，随着第二次国共内战的推进，蒋介石要求包括四川在内的后方供应兵员、粮食等。邓钖侯对战时四川的资源消耗不满，同蒋介石逐渐对立。1948年（民国三十七年）3月，邓钖侯辞去四川省政府主席职务。此后，邓钖侯、刘文辉、潘文华开始联合反对蒋介石的活动。1949年（民国三十八年）12月11日，他们通电起义，投向中国共产党方面。中华人民共和国时期，邓钖侯历任西南军政委员会副主席、四川省人民委员会副省长、国防委员会委员、全国人民代表大会代表、中国国民党革命委员会中央委员会委员。