6月，袁世凯派陆建章接替张凤翙任陕西都督。其后陆建章以西北大学乃“反袁的机关”为由，于1914年冬逮捕校长钱鸿钧，又于1915年春开学不久撤销西北大学。为此，马步云逃亡上海两年有余，其间翻译了日本经济学家津村秀松的《国民经济学》。1917年7月1日张勋复辟。陕西警备军统领郭坚准备率部经山西讨逆，邀请马步云、宋向辰、樊灵山、杨介等人任随军参赞。此后讨逆军在山西、陕西军阀的合力围击下失败，宋向辰、樊灵山死难，郭坚逃回陕西，马步云、杨介被扣压。后来马步云获释，逃亡上海。1917年9月，陕西响应广州护法军政府号