）的越权行为多次进行指责，双方矛盾激化。大总统黎元洪支持孙洪伊，此事遂成为府院之争的一环。最终，11月19日经过徐世昌调停，同年11月20日孙洪伊与徐树铮同时被罢免。同年11月，孙洪伊参加宪政商榷会。1917年1月14日，孙洪伊在北京的住宅遭到步军统领江朝宗派兵搜查，孙洪伊随即离开北京南下。1917年（民国6年）1月，孙洪伊逃往南京托庇于冯国璋。
南方政府的活动.1917年9月，孙文发动护法运动，孙洪伊参加护法军政府，被任命为内务部长。同年11月，被孙中山任命为驻沪全权代表，常驻上