通车一年后，收费增至$5，维持至今。城隧自通车以来，一直都是往返沙田区收费最便宜的行车隧道。城隧通车前，九巴已营运数条路线来往沙田至荃湾等地，但须绕经狮隧、龙翔道及呈祥道。新隧道通车后，九巴随即开办（秦石至荃湾码头，已取消）、（秦石至荔景(南)）、（禾輋至葵盛(东)）和（禾輋至荃湾码头），来往大埔富善至荃湾码头的改道，并取消途经狮隧的和。运输署起初禁止新界的士和红色小巴使用城隧的做法惹来业界不满，司机们曾透过慢驶游行和强行闯关等方法抗议。商讨多时后，当局终愿意放宽新界的士的禁令，但却遭到市区的士团体