号线车站在南京南站地下按南北向布置，与国铁南京南站同时建设，长度为411.1米、宽度为48.9米，为地下两层双岛车站，总建筑面积52966 平方米，其中主体建筑面积为47864 平方米。1号线和3号线车站地下一层为站厅层，地下二层为站台层，1号线和3号线在地下二层同台换乘：1号线往与3号线往林场站方向、和1号线往与3号线往方向各使用一个岛式站台
S1号线、S3号线.S1号线和S3号线车站在南京南站北广场地下按东西向布置，地下一层为站厅层，地下二层为站台层，为一岛两侧式站台。