万历四十一年进士晏日启之弟，明思宗崇祯年间，晏日曙任苏州同知，因事罢官。后来被湖广按察使曾樱推荐，担任永州知府。永历帝在肇庆即位，任兵部右侍郎。永历元年（1647年）三月，晋升礼部右侍郎兼东阁大学士，入值掌管礼部事务。永历二年（1648年）十月，督师袁州府、吉安府，在路上去世。