分时间都是在法兰西度过的，而苏格兰则由摄政统治。1558年，她嫁给了表弟法兰西王储弗朗索瓦。1559年，弗朗索瓦登上法兰西王位，是为弗朗索瓦二世，玛丽也一度成为法兰西王后，直至丈夫在1560年12月去世。玛丽在寡居后返回苏格兰，于1561年8月19日抵达利斯。四年后，她嫁给了她的另一个表弟达恩利勋爵亨利·斯图亚特，但两人婚姻并不美满。1567年2月，一场爆炸摧毁了达恩利的住所，而死于谋杀的达恩利则在花园里被发现。第四代博思韦尔伯爵詹姆斯·赫本通常被认为精心策划了达恩利的死，但他于1567年4月获判无罪，