（1010年）累进从三位，位列公卿，时年14岁。宽弘8年（1011年）一条天皇驾崩，三条天皇继位，以教通外甥敦成亲王为储君，教通叙正三位，又任姐彰子的中宫权大夫。三条天皇在位的长和年间，教通继续担任由中宫晋封皇太后的姐姐彰子的皇太后宫大夫。同母次姐藤原妍子为三条天皇中宫，但妍子只生下一女祯子内亲王，未育有皇子。长和2年，直任权中纳言。长和4年，叙正二位。长和5年，与藤原道长无法协调的三条天皇因眼疾被迫退位，条件是立自己的长子敦明亲王为储君。三条天皇退位后，教通的外甥的登基，是为后一条天皇。其后，敦明亲王