三尖杉属一同併入三尖杉科（），同科的还有台湾粗榧、日本榧树等，1931年，另一日本学者工藤祐舜观察雌株毬果后认为它不应放在三尖杉科而应成立新科穗花杉科或是作为红豆杉科的亚科或族，所以与另一日本植物学家山本由松一同建议成立穗花杉科，然而，另一日本植物学家小泉源一认为这是完全不必要的，他认为穗花杉属与三尖杉属仍有联系，因此主张将红豆杉科与三尖杉科置于同一科内，将两者降至亚科的地位。现今，三尖杉属、穗花杉属与红豆杉科之间的关系，还尚未完全釐清，因此植物分类上有许多分歧，例如《台湾植物志》将粗榧科（三尖杉科）穗