权就任行政长官后，林郑月娥被调回香港，于2006年3月起出任民政事务局常任秘书长，2006年9月晋升为首长级甲一级政务官。2007年7月，她由公务员转为问责官员，出任香港特别行政区政府新成立的发展局局长，任内处理了多宗争议事件，包括重置皇后码头、马头围道唐楼倒塌事件及市区重建、及处理新界村屋僭建事件等，其中于2007年亲自到中环皇后码头与本土行动成员面对面讨论保育的问题。2012年6月12日，林郑指出新界原居民之丁权，不能无限期维持下去，建议2047年后停止丁屋政策，以2029年为划界线，之后出生之新界