航天工业部内设机构为办公厅、行政司、综合计划司、财务司、劳动工资司、教育司、外事司、质量技术司、民品司、基本建设局、物资局、科研生产局、预研局、老干部管理局。1988年4月，根据七届全国人大一次会议通过的《国务院机构改革方案》，决定将航天工业部、航空工业部的职责整合，组建中华人民共和国航空航天工业部，仍为国务院组成部门。航空航天工业部机关设办公厅、17个司和直属机关党委。1993年3月，根据八届全国人大一次会议通过的《国务院机构改革方案》，决定撤销航空航天工业部，实行航天工业政企分开，分别组建中国航