在1941年被召回军中，担任指挥官。他任内出现了一连串灾难，先是1941年12月8日其空军遭到重创，而后日本又入侵了菲律宾。很快，麦克阿瑟的军队被迫撤至巴丹并防守到了1942年5月。1942年3月，麦克阿瑟协其家眷和部下登上PT艇，从附近的科雷希多岛撤往澳大利亚，并在澳洲获任盟军最高司令。抵达后，麦克阿瑟发表了演讲，当中他发誓“我一定会返回菲律宾”。在太平洋打拼两年后，他实现了这一诺言，也因其防守菲律宾的功劳而获荣誉勋章。1945年9月2日，他在东京湾正式接受了日本投降，并监督了同盟国在1945年-1951