县议会是连江县的最高立法机关，代表连江县全体县民执行立法和监察县政府之施政。县议员由全县公民直选选出，任期为四年，可连选连任。县议会设有9位县议员席次，第一选区（南竿乡）5席县议员、第二选区（北竿乡）2席县议员、第三选区（莒光乡）1席县议员、第四选区（东引乡）1席县议员，议长、副议长由县议员互选产生。连江县政府在台湾设有「连江县政府驻台办事处」，位于台北市中正区和平西路二段72号，处理县级在台事务。马祖地区之民、刑事诉讼和审理由福建连江地方检察署与福建连江地方法院管辖，上诉法院为福建高等法院金门分院