鸥级飞弹快艇「海军快速突击艇大队自强中队」在左营成军，同年11月16日与原鱼雷快艇大队併编为海蛟大队。海蛟大队全盛期曾下辖六个中队、50艘左右的飞弹快艇，分驻宜兰苏澳、台北淡水、澎湖马公、高雄左营、台南安平、连江东引等基地。海鸥级飞弹快艇因使用铝合金船体，结构疲劳及损害较不容易修复，台湾海崃的环境亦对小型艇不友善，船队很快即出现老化征兆。1999年，海军公布新一代飞弹快艇，即称为光华六号飞弹快艇的研发。光华六号飞弹快艇自2009年起开始交船，一直到2011年底共生产约30艘，汰换海鸥级飞弹快艇。