编辑干部都解除公职，并将《赤旗报》取缔。7月，以违反《团体等规正令》为由对9名日共干部发出逮捕令。此后日共转入地下活动，不少人逃亡到中华人民共和国，组建北京机关。9月，日本内阁决定解除报道机关、官公厅、教育机关以及大企业中共产主义雇员的职务。共产党和工人党情报局严厉批判日共实践的和平革命理论。此后日共分裂为以德田球一为首的所感派和以宫本显治为首的国际派。而在同年6月25日爆发的朝鲜战争，也给予驻日盟军总司令部“共产主义威胁论”以口实。