败的政府、宦官对抗，形成激烈的流血党争，种下明朝灭亡的内部因子。另外一部份的明朝流亡者、海盗、商人与士人，以日本为重要根据地，进行活动，连带将日本的经学进一步推展，例如孔子、孟子、王阳明皆被各粝与幕府所尊崇、朱舜水以《春秋》为核心的尊王攘夷思想，影响了水户学的政治论调，进而在明治维新引起了重大的思想浪潮。
清朝经学.清代初期受到明朝灭亡的影响，士人开始思考王阳明路线的弊病，另一方面因为明朝及清朝皆实施文字狱、编纂《四库全书》、《明史》等思想控制手段，经学中较不介入政治的的实学与考据