二年（前1年）正月，护军都尉孙建就任执金吾，六月、孙建就任右将军，元始二年（2年）就任左将军兼光禄勋。元始年间，支援乌孙国昆弥，西域都护孙建袭杀乌孙国反叛昆弥的卑爰疐。元始五年（5年）闰月，孙建任强奴将军（「强弩将军」）被评价「折冲之威」，封成武侯。居摄年间，王莽尽杀游侠、豪杰之士，没有逮捕西河漕中叔。王莽知道漕中叔和孙建亲近，怀疑孙建藏匿，于是诘问孙建。孙建说「人称臣下与漕中叔交好，于是众臣将罪责推脱与我」，王莽于是没有追究孙建。居摄二年（7年）九月，东郡太守翟义起兵打倒王莽，轻车将军成武侯孙建被任命