王普被倪嗣冲任命为安武军第三路统领，自此二人的关系开始密切。王普成了倪嗣冲统治安徽的支柱之一。王普为报答倪嗣冲，亲口向妻子倪道蕴保证永不纳妾。 1918年1月，倪嗣冲将自己统领的安武军改为陆军的编制，编成5个混成旅，王普任第三混成旅旅长。1920年直皖战争爆发，皖系失败，第一混成旅旅长兼皖南镇守使马联甲接任安徽督军，马联甲的第一混成旅调赴蚌埠，王普接任皖南镇守使，率第三混成旅驻守芜湖，负责防卫皖南。王普出任皖南镇守使之后，同江苏督军齐燮元形成联盟。1924年江浙战争爆发后，马联甲命令王普率部自皖南进