秀吉的四国征伐，得以讨回旧领赞岐十河3万石。但仅是担任仙石氏的与力大名，此时名为「十河孙六郎」，至于三好本宗家的继承权以及阿波国的领有均不被承认。天正14年（1587年）的九州征伐之际，由于军监仙石秀久错误的作战计划，使十河存保不幸在户次川之战中遭岛津家久部队击毙，享年33。