日设立。主旨在于提升理论科学的研究，主要划分为数学组及理论物理组。2004年，国家理论科学研究中心在台北市国立台湾大学设立北区中心，整合中央研究院与国立台湾大学等北区学术单位重镇研究资源；在位于台南市的国立成功大学设立南区中心，整合国立成功大学与国立中山大学等台湾南部学术资源。后来，于中外学者建议下，于2015年1月1日重组。
组织.
数学组.自 2015年1月1日起，数学组行政工作集中至位于台北市的国立台湾大学天文数学大楼二楼。主任为国立台湾大学数学系教