2007年两铁合併以前，南昌站同时由东涌线和九广西铁服务。由于票务系统不一，南行东涌线和北行西铁虽然位于同一平面上，但仍受墙壁阻隔。合併后，部分墙壁拆除以便提供跨月台转乘。不过，这个配置并非主要客流方向。多数的乘客皆为西铁线出发前往西九龙和香港岛，或是东涌线前往尖沙咀，大部分乘客仍要途经大堂转乘。九龙南线通车时，东铁线和西铁线都以红磡站为总站，并提供跨月台转乘。沙中线全线通车后预定改为垂直转乘。另外，沙中线当中的会展站也预定成为东铁线与将军澳线的转乘站，很可能会採用跨月台转乘。乘客可以在东涌线欣澳站