国託管后再进行公民投票独立，并且与谢雪红等人发生激辩。黄纪男更于2月28日参与创办战后台湾岛外的第一个台湾独立运动组织「台湾再解放联盟」，并担任秘书长。同年4月，受廖文毅之命，与陈梧桐一起到日本活动，拜会国会议员仓石忠雄、首相芦田均、国会议员藤山爱一郎、美国合众社远东支社社长霍尔布莱特（Earnest Horbright）、麦克阿瑟、国会议员尾崎行雄、朝日新闻社社长绪方竹尾和在日台湾人。其中，藤山与尾崎相当支持台湾独立。1948年底，黄纪男才回香港。后廖文毅前往日本东京，黄纪男转回台湾密谋台湾独立运动。