战争结束后，新奉铁道的归属悬而未决；直到1907年4月，清政府才以166万日圆，加上吉长铁路必须采用日款的代价，赎回了新奉铁路，并在同年改造为标准轨距，而辽河大桥的改造工程则在次年完成。
入沈阳城问题.日俄战争后，双方签订《朴茨茅斯和约》，东清铁路长春-旅顺路段改名为南满铁路并由日本控制；京奉铁路如果要进入奉天城，则必须经过南满铁路附近。经数年谈判，1909年9月4日，中日两国签署《东三省交涉五案条款》，清廷向日本让渡南满铁路大石桥-营口支线的所有权，以换取日方同意京奉铁路下穿南满