衰落也体现在罗斯托克的历史中。1484年教宗因诺森八世在一则教谕中宣布圣雅各比教堂为天主教机构，此举受到一些罗斯托克人抗议，引起从1486年持续到1491年的教堂争端，什未林的公爵以此为由处罚城市，抬高捐税，从市民中征兵充实梅克伦堡军队。1487年拉策堡主教将罗斯托克革出教会，大学因而迁往吕贝克，次年教宗又允许大学返回罗斯托克。1520年左右，马丁·路德的宗教改革学说传入罗斯托克，改革相对迅速的得以实施。1531年，市议会决定将路德学说应用在宗教活动中。1565年城市和公爵之间又产生纠纷，其后果影响深