、源平相争，政权被权贵门阀把持；有些天皇甚至负气禅让，自称上皇，在江湖之中实施院政；或者剃发出家，自称法皇，在伽蓝之中掌控大权。12世纪以后，日本进入数世纪的武家政权（军事政权）时代，政府被幕府将军或者僭称公卿的武家阶层掌控，包括了平氏政权、镰仓幕府、室町幕府、织丰政权与江户幕府。天皇的政治权力及存在作用被架空长达千年。至1867年明治天皇登基后，江户幕府迫于时局而行将政权交还朝廷，武家统治时代结束，天皇重新掌握政治权力。在明治天皇与伊藤博文等元老的主导下，日本引进欧陆国家的二元制君主立宪制、并在189