.酶的命名是衍生自其受质或是要催化的化学反应，在字尾会加上"-ase"。例如乳糖酶、醇脱氢酶及DNA聚合酶。但有些化学反应可以由几种不同的酶催化，这些酶称为同工酶，而上述的命名法无法处理同工酶的情形。国际生物化学与分子生物学联盟提出了酶的，也就是EC编号。每一个酶用一个四位数的数字表示，前面再加上"EC"。第一位数字是酶依酶促反应的机制来分类。依照第一位数字，可以分为以下六类：上述分类会再依底物、生成物及化学结构来分类。用四位数字可以完整的描述一个酶。例如，己糖激酶（EC 2.7.1.1）是转