中宗昏惑，与左卫将军同中书门下三品宗楚客、吏部尚书同平章事郑愔、谏议大夫赵延禧等传播妖言祥瑞，秘密引导韦后效法武则天。同年，罢侍中。与杨再思、李峤唯诺自全，无所匡正。三年（709年）二月，韦巨源、杨再思分别被任为左、右仆射，并加同中书门下三品。又拜尚书令、同中书门下三品，仍旧监修国史。八月，中宗将祭祀长安南郊，国子祭酒祝钦明和国子司业郭山恽为奉承韦后，提议韦后为亚献，而太常博士唐绍、蒋钦绪、国子司业盐官褚无量则反对。韦巨源详定仪注，希旨认可祝钦明所议，于是韦后为亚献。祝钦明起初建议中宗有权势的女儿安乐公