遂在此设立大学。讽刺的是威廉王子的敌人腓力二世也名列于建校许可上，这是由于他当时仍是法理上的荷兰伯爵。传说威廉王子当时给莱顿市民两个选择，一者是免税，一者是大学；市民认为免税令可被撤销，大学却能延续百年，故选择了后者。在创校后的一个半世纪间，尤斯图斯·利普修斯、约瑟夫·尤斯图斯·斯卡利杰（Joseph Justus Scaliger）、弗朗西斯库斯·霍马勒斯（Franciscus Gomarus）、胡果·格老秀斯、雅各布斯·阿民念、丹尼尔·海因修斯（Daniel Heinsius）与 格哈德·约翰·福修