张凤九生于新疆迪化（今乌鲁木齐）的一个富裕的大户人家。父亲张福兴经商。张凤九早年考入新疆法政学校。在校期间，因组织反清秘密团体，并剪去辫子，学校勒令其退学。1911年辛亥革命爆发后，张凤九等人策划在迪化举行起义，遭清朝新疆巡抚袁大化追捕，张凤九徒步入嘉峪关，至开封，在中国同盟会主办的《自由报》任主笔。1912年，张凤九当选为中华民国第一届国会众议院候补议员。1912年3月，袁世凯就任临时大总统，任命表弟张镇芳为河南都督。《自由报》发表《诘问张镇芳》、《痛斥张镇芳之荒谬绝伦》等文，张镇芳多次勒令该报停刊