东科寺第四世东科活佛多居嘉措，应寺院以及华锐莫科、加室、朵仓等部落邀请，来到该寺任寺主，大规模扩建该寺，修建了大经堂等建筑。明朝末年，噶玛噶举派寺院衰落，格鲁派证空高僧丹玛次成嘉措在此地兴建了若干禅房，率弟子学修，称为“禅林”，此即天堂寺的前身。清朝顺治四年（1647年），格鲁派第四世东科活佛多居嘉措，将禅林改为闻思学院，号称“天堂寺”。顺治九年（1652年），五世达赖赴北京途中，经过金强川的该寺时，为该寺赐名为“却典堂扎西达吉琅”（意为“宝塔滩吉祥振兴洲”），汉语音译为“朝天堂”寺，后来演变为“天堂寺