别位处于大学道近大学正门位置，及位处于银影路近大学南闸入口旁位置。正门位置（下称「正门」）巴士站于1991年7月16日启用；南闸入口旁位置（下称「南闸」）巴士站于2012年8月6日启用。为因应三三四新学制，科大展开校园扩建计划，而分流科大学生及教职员前往九龙或西贡等地方。现时「正门」为前往新界（「南闸」除外）的路线停靠，「南闸」则停靠前往九龙的路线（因需要顾及大埔仔村一带的乘客，原先计划使用两巴士站的目的地跟现时对调）。为区别两站，九巴作出相应识别。「南闸」巴士站命名为「香港科技大学（南）（H.K.U.S