日空的国内线实行航班编号共享的亚洲天网航空（SNJ；现空之子航空），亦同时迁往第2客运大楼，使到在两座客运大楼内同时出现了3个系列的航空公司。伴随着第2客运大楼的启用，东京国际机场在2005年4月1日调高了航班机票的「旅客设施使用费」（机场税）100日圆。这项措施生效后，对使用这个作为国内线枢纽优越地位的机场的批评相继出现。因为这是日本首次对国内线征收旅客施设使用费（中部国际机场亦于同日开始征收）。
填海工程展开.本来的客运大楼是比现今的更靠近陆地，位于现在B跑道南端的附近，3