别调任江宁及安徽。康熙四十四年，任太仆寺卿。康熙四十五年，因未察觉湖南乱兵劫掠，被夺官。不久，复授顺天府尹。康熙四十八年，授左副都御史，兼管府尹事。康熙四十九年，迁户部右侍郎，总督仓场。康熙五十四年（1715年），担任漕运总督。全名为「总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道」，为漕运事务的高级官员，是年57岁。施世纶任漕督时已经体弱多病，终于康熙六十一年（1722年）五月病故，终年64岁。施世纶墓位于福建省惠安县黄塘镇许田村。