来西亚的贸易关系则由位于印度尼西亚耶加达的香港驻雅加达经济贸易办事处和吉隆坡的香港贸易发展局管理。马来西亚于香港的领事馆位于湾仔区，于1971年7月2日开始投入运作。因当时香港政府由英国管制，而该领事馆在当时和其他英联邦国家称为专员署。在香港于1997年回归中国后，专员署便更名为总领事馆，最后一位专员职称也改为总领事。
经济关系.2010年，马来西亚成为香港的第十大贸易伙伴，贸易总额从2009年的872亿增加到1,105亿港元，并在后来逐步增加，到了2013年交易额为146.5