府并设立特别市（即直辖市），先后设置南京、上海、北平、天津、青岛、武汉（后改名为汉口）、广州（后降为省辖市，抗战胜利后再升格）、西京（后降为省辖市，抗战胜利后改称西安并再升格）、重庆（抗战时期设置）等9个特别市。此外，东北政务委员会自设兴安屯垦区，西南政务委员会曾一度设立琼崖特别区，马仲英则一度自设河西省，惟除了琼崖特别区系获国民政府报准外，均为地方私设省级政区。
宪政时期.1945年对日抗战胜利后，中华民国政府将原东北三省根据满洲国时期的行政区划改置成东北九省，增设辽北、安东、合