公众人物的宗教信仰宣传会误导大众。但方舟子也主张宗教信徒应享有信仰自由的权利。
对基督教的批判.方舟子对基督教的批判尤为深入、持久，在新语丝网站上专门设立了“批判基督教专辑”。90年代中期，方舟子写了《错误百出的圣经》，列举了《圣经》中近百处自相矛盾的错误，此文随后引起基督徒专门成立网站予以驳斥。此后，方舟子从历史的角度否认耶稣的真实性，从教义的角度批判基督教的野蛮、邪恶。”方舟子认为《圣经》是一本“血淋淋、赤裸裸地诲淫诲盗的书”，耶和华是“杀人魔王”。同时，他认为基督教是西方