开始扎营落脚与此。下营俗称「海墘营」，为靠海的军营，故得名。此时下营区属天兴县。
清治时期.清治康熙33年（1694）设立「茅港尾堡」，不仅有铺兵送公文，而塘汛、仓厫、渡口、桥樑、陂圳也于茅港尾或邻近地区逐渐建设起来，诸罗知县周钟瑄也于康熙55年建茅港尾公馆。官道也经通于此，使得茅港尾一跃成为府城至诸罗县城南北官道上最大驿站，仅次于台南府城及盐水港。商人云集，热闹繁华，曾被以「小扬州」来形容。此时下营仍归茅港尾管辖。18世纪中，八掌溪、急水溪，相继改道，挟带大量土石泥沙沖入倒风内海