朱武献出任公务人员保障暨培训委员会政务副主任委员，转为政务职公务人员。2000年5月20日陈水扁政府上任，朱武献历任行政院人事行政局局长、总统府国策顾问、铨叙部部长。在铨叙部部长任内，他兼任公务人员退休抚卹基金管理委员会主任委员。2008年，马英九政府上任，朱武献被特侦组以「涉嫌贪污」展开侦查。特侦组表示，是接获检举，指称朱武献涉嫌利用操盘退抚基金机会收受退佣，涉嫌贪污。后来司法无罪，还其清白。2011年2月24日，朱武献与苏进强担任国家展望文教基金会中国研究中心共同召集人。2015年，朱武