兵后，返回总督辕门，半途有人拦路喊冤，刺客张汶祥（本名张文祥，被清朝刑部改为「张汶祥」，如同孙文被清廷改为孙汶）趁隙以匕首刺伤马新贻，马新贻延至翌日不治身亡。张汶祥刺杀成功之后束手就擒，在狱中透露，下手行刺的主因是马「不仁不义」，但实情则矢口不说，指名曾国藩和刑部尚书郑敦谨来审理，才愿供出实情。案发前，江苏巡抚丁日昌子丁慧衡于秦淮河畔为了争夺妓女，与马新贻幕府之官争风喫醋起冲突，后来马新贻下令逮捕丁慧衡。丁日昌出于湘军系统，有指是他为了报复马新贻拘捕其子而策划暗杀。也有一说为马新贻本身并非湘军系统，慈禧