祚随后也大力上疏攻击，吏部内讧不息，而李戴却无法阻挡。御史左宗郢、李培于是弹劾李戴没有表率，李戴也因此借病乞求归乡。神宗挽留，并降赵邦清三级，并批准邓光祚、侯执归乡，此时方才平息。
妖书案与辞职.万历三十一年（1603年），第二次妖书案爆发，锦衣卫官王之桢等人与同僚周嘉庆有仇，称妖书是周嘉庆所写，神宗将周嘉庆逮入诏狱。周嘉庆是李戴的外甥，在会审时，李戴借此回避。神宗听到后感到厌恶，恰好时任吏部考功司员外郎的王士骐（王世贞之子）牵连此案事发，下吏部商议。神宗指责李戴不能节制下属，李戴