索人与羌族等，曾分别在此地建立月氏、乌孙、楼兰、龟兹等国家。在汉朝时，此地属于匈奴的势力范围。在匈奴势微后，铁勒与柔然势力先后进入此地，在唐朝时，回鹘人建立回鹘汗国，成为维吾尔族名的起源，包括昭武九姓等胡人，由新疆移居中国。在蒙古帝国时，被归类为回回或畏兀儿，为色目人。元、明、清时代，被中国归类为回回或回族。在中华民国建立后，被认为是中国五大民族之一，归属为回族。1934年，中华民国新疆省政府发布政府令，决定统一使用“维吾尔”作为汉文规范称谓，寓意为维护你我团结，据说首次准确表达了“Uyghur”名称的本意