开来，第二维的过程是用十二烷基硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)将蛋白质依分子量的不同加以分离，电泳结束后可将胶片以或考马斯亮蓝染色法的方式染色，让蛋白质显现出来。凝胶上的斑点是已经迁移到特定位置的蛋白质。
质谱法.质谱法是研究蛋白质组的关键方法之一。 一些重要的质谱方法包括LTQ轨道阱质谱，MALDI（基质辅助激光解吸/电离）和ESI（电喷雾电离）。
色谱法.液相色谱法是蛋白质组研究中的重要工具。它可以根据它们对基质的亲和力非常敏感地分离不同种