后，蒋介石闻知「常德失守，余程万兔脱」，下令将其送交军法审判，要将他枪决。但在孙连仲、王耀武出面求情之下判刑两年，被囚四个月之后就释放，旋命为国军第七十四军中将副军长。
第二次国共内战.后调升第二十六军军长。1949年12月，与李弥将军被投共的云南省主席卢汉逮捕，后来在自己率领的二十六军及李弥的第八军围攻昆明救援下才获释余程万被卢汉扣留时附和起义，并向第二十六军广播，劝官兵不可妄动，听候命令；但副军长彭佐熙断定余程万被迫而为，遂接受政府命令就任第二十六军军长，第九十三师师长叶植楠为