研究显示此次爆发的病毒亚型为HIV-1之B亚型及B’亚型，传染来源判断为缅甸。1990年，从泰国遣返回云南的妓女群体中中发现了CRF01_AE亚型。1995年在云南省德宏州首次报道C亚型毒株。1999年，福建省发现中国大陆已知最早的HIV-2感染者：一名西非回国居民被边检检出HIV-2，其在海外以及回国后在国内均有冶游史。2018年，湖南省出现中国大陆首次非输入性HIV-2传播病例报告，共2人确诊。HIV的基因具有高度变异性，能依据时空适应差异产生许多亚型，在中国发现的HIV-1亚型现已经包括B、B’、