生于北京。因弟弟患血友病，方圻立志长大学医。1938年，方圻考入燕京大学医预系，与吴蔚然、张金哲等人是同班同学。此后又先后在北平协和医学院、上海圣约翰大学医学院、成都华西大学医学院学习，1946年毕业，获医学博士学位。毕业后，1946年到1948年在天津中央医院内科工作。1948年开始在北京协和医院内科工作，历任住院医师、主治医师、副教授、内科教授；1956年到1978年任北京协和医院内科副主任；1978年到1985年任北京协和医院副院长、内科主任。后任北京协和医院名誉院长。曾任中华医学会副会长、内科学会主