管理站。
车站结构.是有两个岛式月台的高架车站，总计有四条轨道通过。外侧的1及4号线属于东急东横线，而内侧的2及3号线属于日比谷线。车站的管理由东急电铁负责，所以在日比谷线的站名标志上，仍标有东急的符号。剪票口分别在面对山手通的高架下，以及祐天寺侧，共两处。开业当时仅有山手通的剪票口，直到中目黑站改良工城后才增加祐天寺站侧的剪票口。由于有两处剪票口，原来的剪票口称为「正面出口」，祐天寺站侧的剪票口称为「南出口」。厕所在1楼付费区内大厅。
月台配置.