45分甫步入上海车站（老北站，现上海铁路博物馆），即遭预伏杀手狙击，腰部中弹，子弹射入其右肋，斜入腹部，兇手开枪后逃逸。宋教仁疼痛难忍，趴倒在一张椅子上，用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：「吾痛甚，殆将不起……」，当时在火车站送行的黄兴、于右任、廖仲恺等将宋教仁送往沪宁铁路医院急救。在医院中他向于右任留下遗嘱：他并授意黄兴代拟电报给袁世凯，讲述自己的中弹经过和革命生涯，电报原文如下：手术后，情况没有好转，大小便中出血严重；3月21日下午，宋教仁再次被送进手术室。3月22日凌晨4时48分，不治身亡