钟麟任国民军前敌总司令（后任东路总司令）。4月段祺瑞与奉系的密约曝光，9日鹿驱逐段祺瑞，释放曹锟。同月国民军在北京战斗失利后从北京撤退到南口，鹿钟麟、张之江和西路总司令宋哲元同直、鲁（山东省的张宗昌部）、奉联军抗衡。8月14日他们放弃南口，撤往绥远、包头方向（参见南口大战）。在冯玉祥访问苏联不在国内，其他北方各派均为敌人的恶劣环境中，张、鹿、宋的运筹帷幄使国民军得以存续。此后冯玉祥归国，9月17日五原誓师，冯玉祥任国民联军总司令，加入中国国民党的北伐，鹿钟麟任总参谋长。鹿钟麟奉冯的命令访问苏联，会见