联络其他立宪派成立了共和党，协助袁世凯巩固政权，随后又以共和党为基础，联合梁启超的民主党于10月间成立了拥袁的进步党，以对抗国民党。1913年3月宋教仁案后，张謇以“调停者”身份向黄兴等人游说，极力主张“法律解决”，坚决反对南方革命势力讨袁，及至“二次革命” 爆发，张謇将战争责任推到革命派身上，而且声明拥袁反孙的政治立场。1913年至1914年任北洋政府工商总长兼农林总长、农商总长，1914年兼任全国水利局总裁。后因目睹列强入侵，国事日非，毅然弃官，全力投入实业教育救国之路。1918年10月23