车在型号上增加字母“K”作为标识，例如ER9K、ER9PK、ER9MK型电力动车组。这些列车的车体结构和电气设备仍维持不变，而内部装饰则进行了大幅改造，以金属和塑料材料取代原本的木质结构。
EM9.2001年至2003年间，莫斯科铁路局的六组ER9型电力动车组在拉脱维亚的陶格夫匹尔斯机车修理厂（ДЛРЗ）进行了大修，列车的车体结构和电气设备仍维持不变，而主要对内部装饰进行翻新。其中EM9-001～EM9-004号列车仍采用原本带有圆弧过渡的流线型旧头型，而EM9-005～EM9-0