蓝阵营强力批判，同时也导致抵制预算审查。立法委员周钖玮质疑，加註「台湾」字眼将引发意识形态对立，同时势必会让对岸视为是一种不友善的举动；立法委员冯沪祥批评说，此举无异不顾台湾安危，将害死台湾；并唿吁在野联盟应群起抗议，并以行动否决此案。以美国为基地的台湾独立运动团体「正绿社」的陈姓顾问更抨击，此举非但不是走向台湾独立，反而是走回20世纪初期「殖民地护照」的老路；他还质问，如果此举如此重要，长年在外的外交使节持有的外交护照是否应该更早完成更换。外交部长简又新说明，护照加註台湾字样主要是为了让国人在海外旅游时方