台湾地区实施地方自治，政府调整全省行政区，南投自台中县划出单独设南投县，并于是年10月21日设立南投县政府，此为南投县之诞生。县治设于南投镇（今南投市）。1957年7月1日，台湾省政府迁至南投县南投市营盘口设置中兴新村至2018年7月1日省政府实质上解散为止，南投成为当时台湾省省会所在地。
南投县行政区划演变.自清代设立南投县丞起，先后属彰化县及台湾县下，处理南投地区行政。而后日治初期划分的1895年「台湾民政支部」及1896年「台中县」时期，南投直隶于支部、县之下，于18