乐生疗养院保存计画」已经获行政院核定，预定保留41.6%的院区，并与新庄机厂共构。不过「青年乐生联盟」等组织与部份专业人士仍反对此方案，要求採用行政院文化建设委员会保留90%院区的方案。他们认为文建会方案较能保障弱势权益，而且不会延误新庄线通车时程。台北县政府则于2008年12月3日依照行政院核定的保存计画，强制拆除部份院区并架设施工围篱。而时任台北市政府捷运工程局北区工程处处长吴沛轸表示，新庄机厂的用地如果能够尽快取得，新庄线捷运可于2014年全线通车。时任台北市市长郝龙斌于芦洲支线通车时，强调新庄捷