编扩制为十二营，称十二团营，分别为：每团营其下再各自分辖五军营（步军）、三千营（宝纛令旗仪仗）、神机营（火器枪炮马队）。世宗时又罢团营，复三大营旧制。在京各卫军，俱分隶三营，分之为三十营，合之为三大营。
上直二十六卫亲军.直隶诸卫亲军初建时原本只有十二卫，分别为：建文四年燕王朱棣发动靖难之变篡位成功，本年改称洪武三十五年，擢升下列北平燕王三护卫为亲军：永乐四年再擢升原北平都指挥使司七卫为亲军：宣德八年设以下四卫，掌随驾护卫：以上二十六卫俱称亲军都指挥使司，不属五军都督