会又策划在苏州创办一所大学。1900年春，孙乐文回美国筹备。不久，中国发生义和团事件，宫巷书院因而停办。年底，孙乐文返回苏州 ，他以宫巷书院为基础，在天赐庄博习书院旧址，于1901年3月，创建了东吴大学，并出任首任校长。1911年，孙乐文在上海逝世。今苏州大学内有为纪念他而命名的建筑的——孙堂。