1952年末，中长铁路全部移交中国政府，重建哈尔滨铁路管理局，同时新组建的林口铁路分局划归齐局。抗美援朝战争中，齐局累计共派出2600多名职工赴朝支援。
1958年后.1958年1月1日，东北各铁路局布局重大调整。新成立牡丹江铁路管理局。齐局的林口铁路分局，以及佳木斯铁路分局的牡佳线东佳木斯站—勃利站区段移交牡局。东佳木斯站以北的佳木斯铁路分局所辖线路、绥化铁路分局全部及齐北线北安—依安站间线路划归哈局。哈局安达站以西至满洲里的滨洲线划归齐局。白城铁路分局划归齐局，齐局与锦州铁路