成了职业生涯的首秀，但最终FC东京以0：1的比分不敌广岛三箭。在2013年赛季中，武藤嘉纪在日职联赛出场1次，打入0球。2014年，武藤嘉纪正式加盟FC东京。在教练马西莫·菲卡登蒂的重用下，出场33次打入13球，平了新秀单赛季的进球纪录，比榜首的大久保嘉人少2球，也是射手榜前五里面最年轻的，当之无愧的入选日职联赛赛季最佳阵容。2015年英超豪门切尔西传出有意武藤的消息，BBC也证实了相关的报道。据称切尔西给他开出的年薪高达300万欧元，相比当时FC东京给武藤提供的24万欧元的年薪，无疑是让人心动的。