期间曾和鲁迅有过交道。1928年春任湖北教育厅厅长，7月任国立武汉大学筹备委员会主任委员，8月任代理校长。与李四光一起选定珞珈山为新校址。这一决定使武汉大学成为中国最美丽的大学之一。1929年3月辞去湖北省教育厅厅长及武汉大学代理校长职。1930年夏任中央大学教授、北京大学理学院院长。刘树杞虽长期从事大学行政工作，他的学术成就也同样另人称道。刘树杞在哥伦比亚大学的博士论文“从铬酸盐废液中电解再生铬酸的连续方法”，在生产应用后颇受欢迎。解决了困挠美国化工业长达二十年的问题。直到四十年代，还有人引用这篇文章