出任行政院副院长。
宇昌董事长.2007年5月21日，行政院院苏贞昌宣布总辞职当日，蔡英文便和其他几位苏贞昌内阁的部长跟进辞职。在辞去行政院副院长后，蔡英文返回家乡屏东县，暂不从事任何政府或政党职务。随后她则接任家族投资的台湾生物技术公司宇昌生技的董事长。不过中国国民党后来指控她在担任行政院副院长的时候，批准政府投资台湾制药公司，同时计画离开政府后便领导该公司。对于这项质疑，最终最高法院检察署特别侦查组澄清并没有相关指控的不当行为。尽管蔡英文已经两度接受总统陈水扁的重要任命，但