被捕下狱，在审讯期间表明自己是被日本胁迫合作，因此在数月后被总统特赦释放。
菲律宾独立.于1946年7月4日，菲律宾独立。阿奎纳多晚年多爲发扬菲律宾民族主义和民主，以及改善菲美关系而活动。于1950年，阿奎纳多被总统埃尔皮迪奥·基里诺任命为国务会议成员。1953年，他获得菲律宾大学名誉法学博士学位。1957年投资创办埃米利奥·阿奎纳多大学（Emilio Aguinaldo College），校址设在马尼拉。1964年2月6日，他因冠状动脉栓塞在奎松退伍军人纪念医院死