向通州区的延长线，于2003年12月27日开通。这两条线是在1999年和2000年年底开工的。2002年至2008年，北京计划投入638亿元建设地铁。为了实现2015年建成总长561公里的19条线路的目标，北京将会投入总计达2000亿元的资金。5号线在2007年10月7日通车运营。这条线路的建设始于2000年9月25日。在5号线开通当天，地铁票价从3元至5元不等降至单一票价2元，且可以随意换乘任何线路。低票价使得北京地铁在2007年亏损6亿元。北京市政府通过补贴地铁运营公司的方法填补亏损，以鼓励市民