相，且短期内仍判度支，十月，授兼集贤殿学士，十一月以尚书兼工部尚书，十二月才罢免判度支一职。宣宗余年，他维持相位，十二年（858年）二月，监修国史，当月趁崔慎由因请求立皇太子而为宣宗所恶之机陷害之，使其被出为东川节度使。十三年（859年）三月，罢相，守吏部尚书。宣宗本欲以户部侍郎判度支杜胜为宰相，但在萧邺罢相后，杜胜被宦官诋毁而不得志。
唐宣宗身后.八月，唐宣宗崩，萧邺以中书侍郎兼礼部尚书平章事摄中书令奉册拥立皇长子继位为唐懿宗。九月，以门下侍郎兼兵部尚书平章事摄太尉，奉册上懿宗亡