该官邸结搆复杂。内设、罗马教廷各机构、众多小圣堂、梵蒂冈博物馆、梵蒂冈图书馆等。在这1000多个房间中，最着名是绘有米开朗基罗壁画《最后的审判》和《创世纪》的西斯汀小堂，以及拉斐尔房间等。其他教宗宅邸尚有拉特朗宫、以及罗马城外东南30公里处的冈道尔夫堡教宗别墅。梵蒂冈宫在15世纪取代了拉特朗宫，但后来它曾一度被奎里纳尔宫抢了风头，但奎里纳尔宫在义大利统一后成为义大利国家元首的官邸。
现状.现任教宗方济各就任后并没有入住宗座宫，而是选择居住在圣玛尔大之家。