干隆五十九年（1794年）调任安徽省合肥县知县。干隆六十年（1795年），白莲教首领刘之协进入湖北省，吴甸华奉檄驰赴湖北省樊城率军镇压，但刘之协已离开，仅捕获4名白莲教头目，合肥县知县吴甸华因此遭弹劾去职。嘉庆十三年（1808年），奉旨准捐复任安徽省黟县知县。黟县士民多信风水，为求风水宝地经常停棺不葬，此风俗已延续百余年，贫者抛尸荒野，富者停棺山谷。吴甸华亲自劝谕，并且责成各乡镇捐田置义冢，无力者资助银两，无主尸体由官府安葬，全县共葬32000余棺（光绪《重修安徽通志》记为26000余棺）。嘉庆十三年（