便于识别，采用分色装帧，经部绿色，史部红色，子部月白色（或浅蓝色），集部灰黑色。四部颜色的确定，依春夏秋冬四季而定。《四库全书总目》因为是全书纲领，采用代表中央的黄色。干隆四十九年（1784年）四套书陆续完成，全书共抄7部。第一部存于北京紫禁城皇宫文渊阁，第二部存于奉天故宫（今沈阳）文溯阁，第三部存于京郊圆明园文源阁，第四部存于承德避暑山庄文津阁，合称“内廷四阁”（或称“北四阁”），「只准大臣官员、翰林等阅览」。后又以江浙地区为人文渊薮，文风鼎盛，就再钞的正本三部，分别存在镇江金山寺建文宗阁，扬州大观堂