于1990年12月1日正式成立，标志着香港公营医疗的发展踏入新的阶段。新成立的医管局继续由钟士元出任主席，而医管局的日常运作则由执行总监、发展处长和秘书长以外界称之为「三头马车」的模式领导。经过港府公开招聘，执行总监一职由伊利沙伯医院内科顾问医生和主管杨永强出任，发展处长由澳洲悉尼西南区卫生处管理支援及资讯服务总监彭秀文出任，而湛保庶则成功过渡到医管局出任秘书长，三人都是以合约形式聘任。医管局成立后，湛保庶与其他医管局高层逐一与当时的医院事务署和15家补助机构签署合併协议，成功于一年内接管36家医院和合