白色念珠菌亦可造成全身性的感染，侵入血液、心脏、眼、骨骼等部位，其中最常见者为念珠菌血症（Candidemia），为常见的医疗照顾相关感染，在美国每年约有46000例，患者多为原本就患有其他重大疾病者，高风险者包括装置静脉导管的患者、住院期间长的患者、加护病房的患者、施用广效型抗生素的患者、烧烫伤患者、接受全静脉营养治疗者与嗜中性白血球低下者。全身性念珠菌症通常是以血液样本培养进行诊断，多数患者最初治疗的推荐用药为，感染的菌株种类与抗药性确认后则改为氟康唑，部分患者也会以氟康唑为起始用药。成功将血液中的