齐物论释》等。其中《国故论衡》为近代学术史上有数之巨制，开辟了汉语言文字学、经学、文学、及哲学心理学的现代化研究的先河。1909年又编有《教育今语杂志》，撰写若干白话述学着作，以普及学术。
讲理学与救学弊.1911年10月发生辛亥革命，11月15日回到中国上海，向黄兴提出“革命军兴，革命党消”的劝告。并在槟榔屿《光华日报》连载发表政论《诛政党》。1912年2月任南京临时政府枢密顾问。1912年冬任袁世凯政府东三省筹边使。1913年4月从长春返回上海。6月与汤国梨结婚。6月，针对孔教