，脱轨加上转向架脱落，因此得用切割的方式移出车体，加上事故现场受豪雨及地形影响，隧道内空间狭窄，出事地点偏僻，大型机具无法进入隧道，只能用千斤顶和人力施工，增加抢修困难。台铁先派出柴电机车，将未出轨的车厢拖离，2013年9月1日将四个车厢分别拖到枋野、加禄站停放，尚有第五和第六车厢卡在隧道内。9月2日清晨三时，受困在隧道内的两节车厢经过抢修后顺利拖出，在经过轨道修复以及试运行后，第一班开行列车为10时25分由新左营开往台东的229次自强号列车；随后在11时02分，由台东开往高雄的306次自强号也从台东站发出