外考察工作。在西南部，他探究古普韦布洛人的遗迹和建筑。和他一起从事这项工作的包括着名艺术家乔治亚·欧姬芙。莫利为前哥伦布时代建筑中独特的圣菲风格的定义作出重大贡献。1908年，莫利完成哈佛大学文学硕士学位。
间谍活动.第一次世界大战时期，莫利收集和报告德国人员在该地区的活动情况，这些消息是美国政府最关心的。根据最新调查，莫利是美国海军情报局安排在该地区的几个以科学研究为伪装的职员之一。他们的任务是收集墨西哥和中美洲地区支持德国反对美国的证据，并寻找德国秘密潜艇基地（后被证实并不