91年（至元二十八年）8月19日，元朝批准设立上海县，县治在今天上海市中心原南市区（今属黄浦区），隶属于松江府，这是上海建县的开始。
明代上海.明代，上海地区沿吴淞江故道分属松江府与苏州府。松江府所辖的上海地区起初设有华亭县和上海县，后来于嘉靖、万历年间，增设了青浦县。苏州府所辖的上海地区则设有嘉定县及崇明县。明永乐年间（15世纪初），为了解决吴淞江长期淤积、通航不畅的问题，政府主持进行了一项称为“黄浦夺淞”的大型水利工程，即拓宽黄浦江和吴淞江的下游，原来吴淞江的下游成为黄浦江