然而清帝却于此时逊位。旨意传至兰州后，长庚只得将总督印交付布政使赵惟熙后回到北京。袁世凯曾希望其担任北洋政府的边省将军，但长庚没有接受。民国三年（1914年），长庚病卒，逊清朝廷追谥恭厚，北洋政府也派专员吊唁。长庚独子赵欣余，字培元。孙女诵琴嫁端亲王载漪之孙毓运。