玄机居于咸宜观时，多与名士交流，往来酬唱。后来因为情感纠葛，笞杀女婢绿翘，因而被捕下狱，由京兆尹温璋负责审讯，被判处死刑。于秋后被绑赴长安东市刑场斩首示众，卒年二十八岁，《三水小牍》就曾记载此事。鱼玄机的生平，是近年女性文学与社会的研究重要题目之一。清朝民间出版品中多以鱼元机出现，是为避讳清圣祖康熙爱新觉罗·玄烨，如黄丕烈提宋刻本《唐女郎鱼玄机诗》、陆昶《历朝名媛诗词》。
作品.在古籍史料中，找寻不到文人与鱼玄机的的交往纪录，诗集中亦找不到当时文人与其交往的诗作，然恐怕与她犯下