江户幕府时代，自政府得到海外贸易特许的船只。之所以称为朱印船，是因为这些船只都有来自幕府签发的「朱印状」（海外渡航许可証）。朱印状是一种类似许可证的证件，上面详细记载贸易核可项目与核发日期等资料。
背景.明朝在1371年开始实施海禁，对外採纳贡制度，只有朝贡国的船只才能合法停靠中国港口。1404年明朝与日本间的勘合贸易开始，是属于朝贡贸易的型态，1523年发生宁波之乱，1549年后明朝与日本贸易断绝。日朝贸易则是在1510年三浦之乱后中断，仅能委託对马藩进行贸易。此时由于琉球国是明