号线站台位于地面，与国铁上海南站股道平行。上海南站站为3号线的终点站，列车到站后需进行清客，待列车在前方折返线完成折返后再进行上客。
车站出口.上海南站采取1、3号线统一编号的方式，其中1-3号口位于3号线站厅，4-6号口位于1号线站厅，7号口位于1、3号线换乘通道（未来15号线站厅）中。