926年（民国15年）1月，任云南省内务司长（后改组，转任云南省民政司长）兼赈务处总办。1927年（民国16年）2月，唐継尧被龙云、胡若愚、李选廷、张汝骥四位镇守使发动兵变推翻。周钟岳获四位镇守使起用，担任云南省务委员会常务委员兼代理内务厅长。此后，龙云、胡若愚之间发生冲突，为使昆明免经战斗，周钟岳从中调停。此后，周钟岳一度引退。
国民政府时代的活动、晩年.1930年（民国19年），云南通志馆筹备设立，周钟岳任筹备主任。翌年，云南通志馆成立，周钟岳任通志馆馆长。任内，周钟岳领导