留在南京的军事学院的部分人员和系科与中国人民解放军总高级步兵学校合并，继续沿用军事学院番号，担负中级指挥干部培训，廖汉生中将调走后，由张震中将接任院长。军事学院于1969年奉命停办，文化大革命后期又组建南京高级步兵学校，延续至今演变为今天位于南京市浦口区龙盘的的中国人民解放军陆军指挥学院南京校区，系人民解放军陆军负责中级指挥员培训的主要院校。军事学院海军系早在1960年就分建为海军学院，第一任院长为方强中将，延续至今成为位于南京市半山园的中国人民解放军海军指挥学院，为中国人民解放军海军最高军事学府。