又是中外交往的纽带，不久马家成为上海的名门望族。马相伯在徐州传教期间，未经教会同意，用大哥马建勋的捐款救济灾民，违反耶稣会会规，被要求回到上海反省。马建勋率兵至耶稣会交涉，要求放人。1872年（同治十一年），马相伯任徐汇公学校长兼任耶稣会编撰。马相伯强调国学（经史子集），不少学生参加科举考试考取秀才，因而与耶稣会的培养目标发生冲突。1875年被调往天文台。1876年（光绪二年），马相伯被耶稣会调往南京，任耶稣会编撰，翻译外国着作，马相伯因以往翻译的《数理大全》未能出版，对会长高若天不满，于8月15日退出