提供弹性入学招生方式，甚至研拟修法，让科学班学生不必考学测，以资格考成绩直接申请大学基础科学相关科系，以避免学生为准备升学考而中断研究。媒体则常以「免试升大学」此一未定政策作为标语吸引目光。2011年3月，第一届科学班学生即将升上高三之际，教育部长吴清基公开表明，为免科学班变质成为「变相升学班」，反对让科学班学生直升大学。教育部就科学班另设升学管道一事邀集学者研议，也未获得共识。同年9月正式公布，由于已来不及修法，首届科学班学生仅得循一般途径进入大学。教育部将观察三年试办成果，再评估是否修改大学法。