番红通常具有如右图的化学结构(有时被描述为二甲基番红)。同时也有三甲基番红，其在下环的邻位有多加一个甲基。这两个化合物在生物染色应用的表现基本上是相同的，所以大部分番红的制造商并无法区分这两者。商业用番红的配制经常会包含这两种类型的混合。番红也在分析化学中被用作氧化还原指示剂。番红是个在一分子中含有两个氮原子的化合物，其为对称的2,8-二甲基-3,7-二氨基吩嗪。可以借由连接一分子氧化的对位-二氨和两分子的一级氨取得；这是透过对位-氨基偶氮与一级氨的浓缩以及对位-亚硝基二烷基苯胺和二级硷基，例如二