肯尼亚的地理差异很大，肯尼亚有靠印度洋的海岸线，其中包括的沼泽，肯尼亚也有广阔的平原及众多的丘陵。中肯尼亚和西肯尼亚的地理特征有肯亚大裂谷、肯亚最高的肯尼亚山及位在肯亚及乌干达边界的埃尔贡山。西肯尼亚的是东非雨林的遗迹。的大小比卡卡梅加森林大很多，是东非最大的复合林。非洲最高的乞力马扎罗山也在肯尼亚。
地质学.西肯尼亚有三分之二的地区是上新世-更新世的火山岩，沈积在前寒武纪的基岩上。肯尼亚的东南角是由二叠纪至的沈积物组成，在蒙巴萨地区的海岸也有一块是侏罗纪时代的沉积物。