狱实行军管，犯人编号改成4位，其中头两位为年份，后两位为关入监狱的顺序。如戚本禹为6821，王力为6822，关锋为6823，他们即分别为1968年入监的第21、22、23个犯人。这种4位编号法一直沿用至今。秦城监狱建立之初，关押过原中国国民党战犯（如沈醉、王陵基、曾扩情、徐远举、廖宗泽、王靖宇、孔庆桂等）及满洲国战犯。与此同时，犯有严重错误的中国共产党党内及党外高级干部也被关押于此。早期关押的犯人有高岗、饶漱石反党集团案及饶漱石、潘汉年、扬帆反革命集团案的主犯饶漱石、潘汉年、扬帆，胡风反革命集团案主犯胡