时仍然扮演李连阵营和宋楚瑜沟通的窗口，但是林丰正与宋楚瑜的省府团队也渐行渐远，终至决裂 。在内政部长任内，发生过几件重大刑事案件，如白晓燕命案、桃园县长刘邦友官邸血案及彭婉如命案。由于治安败坏，使得五万多人走上台北街头抗议。林丰正因而为此下台。同时也促成连战内阁改组 。
交通部长任内.1998年林丰正接替因为大园空难下台的蔡兆阳，任内曾积极的促成与台湾高铁公司的BOT案签约。但是，由于当年交通部对高铁运量评估约每天18万人次，至2007年开始营运后，实际运量只有8万人次。如此运量评