秀吉与毛利家议和后，从备中国高松城急速返回畿内，6月13日，与明智军战于山崎（山崎之战）。此时，秀长和黑田孝高一同守备天王山。同天，明智光秀战败自尽而死（一说为土民所杀）。同年，秀长任从五位下美浓守。天正11年（1583年）秀吉和柴田胜家战于贱岳（贱岳之战），而秀长也参战。就在两军对峙的当口，织田信孝举兵。在秀吉压制信孝后，敌将佐久间盛政突袭中川清秀的阵营，中川奋战而死。不过，最后秀吉军胜利。史料「老人杂话」提到，据说因为清秀战死的责任，秀长被秀吉叱责。可是也有说秀吉的行动小心谨慎的缘故，叫善于守备的秀