（1669年），南怀仁撰写《历法不得已辨》，逐条驳斥杨光先、吴明炫在历法推算方面的错误。针对中国传统的观象占候、堪舆占卜等观念，这一年他还撰着了《妄推吉凶之辨》、《妄占辨》和《妄择辨》。1672年南怀仁曾设计一个用蒸汽作为动力来源的车，给当时中国的康熙帝，是一个65公分长的玩具车，无法载人或司机，不确定设计的车辆后来是否制作成功，这可能是最早设计的汽车。南怀仁在1688年逝世于北京，康熙追赠工部右侍郎，谥为勤敏，与利玛窦、汤若望埋在同一个墓园，现在位于阜成门外的滕公栅栏马尾沟教堂。《清史稿》有传。