称自己患风痹，未能董理。至此清廷发现杨光先无法胜任，复用南怀仁以非官方身分治理历法。次年，南怀仁疏劾杨光先、吴明烜在历法推算上的种种舛误，经众臣检验，证实南怀仁所言皆应验，杨光先所言皆不应验，清廷决定康熙九年历採用南怀仁之推算。南怀仁复指控杨光先当年依附鳌拜，援引吴明烜诬告汤若望谋叛，致使李祖白等无辜被戮。结果杨光先被判决处斩，康熙帝以其年老赦免之，罢官还乡，死于途中。