更在法国大革命后予以镇压。叶卡捷琳娜将宣扬基督教作为反奥斯曼政策的一部分，大力保护、扶植土耳其治下的基督徒。叶卡捷琳娜对天主教并不友好（见1769年2月23日政令），因为波兰人大多是天主教徒，而她决意瓜分波兰。然而，1773年期间，她治下的俄国却为耶稣会提供了避难所。
伊斯兰教.叶卡捷琳娜治下对伊斯兰教徒采取了多种政策。1762至1773年间，穆斯林禁止拥有东正教农奴，此外还有经济措施迫使穆斯林皈依东正教。叶卡捷琳娜承诺，只要穆斯林皈依东正教，就可以拥有更多不限信仰的农奴，罪犯