程和古文化街地区整体改造，水阁医院暂时搬离原址并落户天拖医院和王顶堤医院。2009年年初，水阁医院新址在天津南开区老城厢北城街正式奠基。2011年，水阁医院新址正式投入使用。
名字.水阁医院之名来源于水阁大街，水阁大街原为连接天津老城里与海河的重要通道。由于天津老城里没有河渠，也没有甜水井，当时居民每日须出东门到海河去挑水或用独轮车运水。1763年，在大街的中段建造了一座过街楼阁，名“观音阁”，因这是在运水道路上建造的“阁”，俗称为“水阁”，而该街就被约定俗成地统称“水阁大街”了。