屯门第46区即望后石附近兴建的巴士转乘站、巴士车厂及停泊处（原订的收费设施拆除），后再连接在蝴蝶湾附近的龙门路及龙富路。技术上可以在隧道并设铁路，但是政府表示先以道路规划优先。值得一提的是，屯门－赤鱲角隧道底部设有共同沟，是继1991年兴建的香港科技大学后，相隔29年后再有香港建筑工程採纳共同沟概念。在2007年的早期设计中，连接路的隧道南面出入口和收费广场是设于大磨刀，因为当时未有预计有港珠澳大桥香港口岸人工岛。
工程.屯门至赤鱲角连接路工程相当庞大复杂，包括在海底进