数学学科水平也在这一时期得到了迅速提高，举办了全省高中数学教学研讨会，在省内取得了领先地位，至今依然是桐城中学的优势学科。
文化大革命时期.1966年文化大革命爆发，桐城中学改名为“桐城县五七中学”，校长史耀民被撤职。校园内的大字报一时间铺天盖地，一些教师被揪斗，其中一名校医不堪忍受屈辱吞砒霜自杀。学生开始分成两派，搞起了武斗，学校基础设施被大规模破坏，数名学生因武斗致死，受伤者不计其数。1968年文化大革命进入“斗、批、改”阶段，学校成立了革命委员会，由教师张云高担任主任，校园逐