在1954年，正南龟首次被归类于独自的正南龟科（Eunotosauridae）。之后正南龟科被逐渐少使用到。在1969年，正南龟被归类于无孔亚纲的大鼻龙亚目（Captorhinomorpha），但大鼻龙亚目现在被拆散、不被使用，原所属物种多被归类于真爬行动物演化支。在2000年，正南龟被归类于副爬行动物演化支，不再被认为与杯龙目、现代乌龟有接近亲缘关系。在2008年的一个种系发生学研究，提出正南龟是米勒古蜥的姐妹分类单元，而将正南龟改归类于米勒古蜥科。近年数个研究根据基因、种系发生学证据，提出乌龟可能