质酶具有广泛的应用，其中一些已经被工业实现。这包括将几丁质生物转化为有用的产品（例如肥料），生产不过敏，无毒，可生物相容和可生物降解的材料（已经生产出具有这些质量的隐形眼镜，人造皮肤和缝合线）以及增强的杀虫剂和杀菌剂。几丁质酶未来可能应用包括作为食品添加剂以延长保质期，哮喘和慢性鼻窦炎的治疗剂，抗真菌药物，抗肿瘤药物以及蛋白质工程中所使用的一般成分。