自治法于2001年开始施行，第二级行政区成为地方自治权力的实体，系因中央政府认为为民众提供服务为下级政府，非上级机构，省政府仅代表中央政府监督县及市政府，如此规定因县及市地少人薄，能够减少分离主义并脱离共和国。村级行政区与居民日常生活关系最为密切。亚齐特区、雅加达、日惹特区、巴布亚省及西巴布亚省在立法及地方自治上较其他省份有更大的权限，如亚齐有制定独立法规之权限，曾于2003年制定伊斯兰教法；日惹为印度尼西亚独立战争的根据地，日惹苏丹于战争中表现积极，因而未废除日惹王国，而改制为日惹特别行政区。巴布亚过