超俊逃往武汉。此后，马超俊从事抗战中的民衆及社会组织工作。1938年春，马超俊任中国儿童救济总会理事长、全国慰劳总会副会长。4月，任中国国民党中央社会部副部长。1940年（民国29年），调任中国国民党中央组织部副部长。1942年（民国30年），在重庆和吴铁城等人共同创办南洋华侨总会。1943年，马超俊就任该会理事长。1945年（民国34年）5月，当选中国国民党第六届中央执行委员。抗日战争结束后，马超俊复任南京市市长，办理接收事务。1946年（民国35年）12月，任中国国民党中央农工部部长。同时他还兼任中