同治元年（1861年）以联境组织为基础在坊之外，又分成城内东、西、南、北、中五段，城外南、北二段与小西门内外等区域。清康熙廿三年（1684年）左右，虽大致沿用明郑的里，但广储、保大、归仁已经分成了广储东里、广储西里、保大东里、保大西里、归仁南里、归仁北里。康熙三十三年（1694年）诸罗县底下在今台南市范围内有新旧咯庄、大奎壁庄、下茄苳庄、井水港庄出现。而在康熙年间，在里之下于台湾县又划分为「图」、诸罗县划分为「保」。康熙五十七年（1718年）左右，台湾县底下设大目降庄，诸罗县开化里分成赤山保、茅港尾保