才发起北伐希望先建功勋，然后领受九钖并进图篡位。但因第三次北伐遭前燕及前秦击败，声名和实力都减弱，图谋不成。寿春被桓温攻下后，参军郗超知道桓温的心意，于是建议废立之计而加强桓温声威。桓温亦早有此谋，于是在当年便废晋废帝司马奕为东海王，改立司马昱为帝，即晋简文帝，自己以大司马专权。
多所废徙.桓温随后就因厌恶殷氏和庾氏强盛，又忌惮时任太宰的武陵王司马晞的军事才干，于是先上奏弹劾司马晞「聚纳轻剽，苞藏亡命」，并诬司马晞将成叛乱祸根，成功将司马晞及其子司马综免官。及后又派弟弟桓祕逼迫新蔡