行政业务受国务院和自治区人民政府的双重领导。兵团部驻乌鲁木齐市；分支机构遍及除克孜勒苏以外的新疆全境，主要靠近“两周一线”（塔克拉玛干与库姆塔格两大沙漠和中国西北边境线），垂直管理多个县级市，拥有健全的行政、审判、检察、军事机关。兵团辖区分布有37个民族（2002），主要民族为汉族、维吾尔族、哈萨克族、回族和蒙古族。兵团的一级单位为“师”，师下设“团”或“农场”；现有14个师、174个农牧团场。兵团总人口260.72万人，占新疆人口的12%。2012年，兵团GDP总量1,197.21亿元（189.66亿