立法院席次由87席变为89席，增加两席，却使台联席次减少一席而未达成目标。陈水扁承认败选而请辞民进党主席职务，由立法院总召柯建铭暂时代理，2005年1月27日由辞去原任总统府秘书长官职的苏贞昌顺利当选出任。在2004年，民进党支持修宪改变立委选举制度，沈富雄、林浊水皆撰文批判。他们所持的理据为立委减半以后，至少有十数席势将由国民党夺得，例如花东和离岛等国民党佔优势的选区，民进党未选就将输掉十数席，在起跑点上便已落后。加上国民党强大的派系动员能力，在不少的小选区中会较民进党有优势。立委败选后，总统府与民进党