卑南山横亘于纵谷之中。新武吕溪沖积扇地势高达265－335公尺之间，台东纵谷南段约二大河川秀姑峦溪与卑南溪在本乡形成谷中分水。
水文.池上乡位于花东纵谷南段卑南溪、秀姑峦溪两大水系之分水地带。卑南溪全长84公里，属于中央管河川，上游为新武吕溪，发源于中央山脉之关山主峰东坡。卑南溪自乡境西北角流入，为本乡与西邻关山镇的界河。卑南溪在本乡境内汇集来自东侧海岸山脉的万安溪、泥水溪、嘉武溪等支流后离开乡境。秀姑峦溪水系河长104公里，亦属于中央管河川，最远源流为乐乐溪。本名河长