到了1571年，西班牙人击败了当地的汶莱贵族并成功佔据马尼拉；汶莱曾调遣大批部队并有意夺回该城，但由于种种原因而未能实行。1578年，西班牙佔据了苏禄并于4月攻克汶莱，随后要求苏丹停止其在菲律宾的，而转为让基督教传教活动活跃于其王国境内。后来由于当地爆发霍乱与痢疾，西班牙人因此损失惨重并开始安排撤离行动。在疫情好转的72天后，西班牙人决定放弃汶莱并于1578年6月26日返回驻地马尼拉。这一系列的短期破坏对汶莱影响甚微，而苏禄也因此得以在不久后恢复到独立自主的状态。可是，汶莱却从此丧失了在吕宋的主导权，而整个