3个警务机构，分别为联邦警察局、拜仁州地方警察机场分局和慕尼黑机场有限公司安全保卫部。警务基地位于机场北大街6号，部署于此的警力需要经过专门的作战技能培训，具备例如应对飞机劫持等突发事件的预案。拜仁警用直升机中队（）也设于慕尼黑机场，并配备有5架欧直EC135直升机，该中队计划在2015年转场至施莱斯海姆机场。
消防.机场共有两个消防队及32辆消防车，每个消防队都分别位于两条起降跑道附近。在不受恶劣气候条件的影响下，这个部署可使他们能够在最多3分钟之内抵达停机坪、滑行道和起降跑道的