49年3月，时任行政院院长何应钦因行政院所在的萨家湾，距离长江较近，位于解放军大炮射程之内，于是将行政院迁到了励志社。1949年以后，解放军占用这座建筑。大体保持原样。1992年，国民政府行政院旧址被列为南京市文物保护单位，2001年7月列为全国重点文物保护单位。大楼后侧还有花园式别墅，为昔日孙科官邸。