于良好的天文学基础，马丁·倍海姆受若昂二世邀请，进入一个由犹太天文学家亚伯拉罕·扎库托为首的航海学委员会。在一次委员会的辩论会上，他向葡萄牙人第一次介绍了由犹太数学家、天文学家勒维·本·盖尔森设计的十字杆，这一利用几何学来计算距离的工具曾被北欧、希腊、古罗马、阿拉伯和中国的航海家普遍使用，用做在航海时测量距离。马丁·倍海姆在1485-1486年间参加了由迪奥戈·康所率领的西非探险船队，这支船队后来一直航行到了刚果和安哥拉附近，并经亚速尔群岛返回。目前尚无法得知马丁·倍海姆随这支船队走了多远，一种说法是他