十三年（1679年），郑氏复佔金门，并以此作爲对大陆进行军事行动的前进基地。永历三十四年（1680年）清军二度攻佔金门，明郑投降，金、厦遂为清朝所有。 永历三十七年（1683年）清军攻佔台湾后实施复界，因迁界离开的居民陆续返回原籍。清代时为防倭寇，立塞置汛。
中华民国大陆时期.民国元年（1912年）4月18日厦门军政府参事会派代表向福建都督府请愿获准，厦门与金门一同从同安县独立为「思明县」，但该年9月18日思明县便升格为「思明府」，直到民国2年（1913年）3月30日又废府改回「思