代先后，除了日本以外的教会都会延后一天至2月6日才作出纪念，日本的教会则获教廷的特别批准，能够在2月5日对三木进行纪念。三木死后曝尸达80日后，在得到关白的批准后运往了菲律宾等地，后来由带回日本，并且安置于位于现在兵库县宝冢市仁川高台的，另外部分圣髑则在庆长15年（1610年）运往了澳门，后来于1963年由澳门教区将其运返长崎，马尼拉的圣依纳爵教会也在同年将其手腕的遗骨和遗物运返长崎，并且安置于日本二十六圣人纪念馆内。2019年11月24日，教宗方济各在访问日本期间于长崎西坂发表的演说中特别称赞了三木的牺牲