太湖流域，都划归同一个行政区管辖。明太祖定凤阳为中都，一度考虑迁都于此，后来放弃这个计划，只建成陵墓和一部分城墙。明代在安徽境内共设有7个府，其中4个位于长江以南：徽州府、宁国府、太平府、池州府；2个位于长江北岸：安庆府、庐州府；而整个淮河流域只有凤阳府一府。长江南岸的芜湖县在明朝发展成新兴的经济中心。崇祯八年（1635年）李自成部攻陷凤阳，掘明朝皇室的祖坟，焚毁朱元璋曾经出家的“皇觉寺”。
清朝.顺治二年（1645年），清军攻占南京，将南直隶改为江南省，最初设一位江南布政使司