为第一届全国人大常委会委员、全国人大预算委员会副主任委员。1956年任国务院财贸办公室副主任。1958年任中华人民共和国商业部部长、党组书记。1960年任国家建委副主任、党组副书记。1961年任国家计委常务副主任、党组副书记。1965年，程子华调任西南三线建设委员会常务副主任、西南局书记处书记。在文化大革命中，程子华与西南局领导一起受迫害，被关押。在此期间，程子华写出《关于西南三线建设的情况总结》。1972年，程子华被解除关押，但又遭迫害。1973年被“解放”回家。1975年，到中央读书班学习，写出了《