后更有不信奉圣公宗的港督，例如信奉天主教的彭定康。圣公会神职人员如邝广杰、邝保罗等逐渐与中华人民共和国政府接触。香港主权移交后两年起，香港圣公会属普世圣公宗之一员，行政上是一个独立自治的教省，和英国政府及圣公会也再没有关连。此后，香港圣公会与中华人民共和国政府的关系变地越来越密切，2007年接任的现任大主教邝保罗更担任了中国人民政治协商会议全国委员会委员，是香港基督教界唯一一个两会委员。并在多项引发香港基督教届广泛信仰争议的议题上支持中华人民共和国政府和中华人民共和国香港特别行政区政府。Sectio