主能够嫁给信仰新教的威廉亲王，让不列颠人民喜出望外。在婚后，玛丽把意志与爱情毫无保留地献给了表哥兼丈夫威廉，但威廉却因为经常忙于战事或沉迷于狩猎而对她稍嫌冷淡，夫妻两人直到后来才成为互相恩爱的伴侣。玛丽在婚后几个月便怀孕了。可惜的是，她的丈夫因当时正在布雷达处理公务，没能给予她足够的关怀，使她遭遇了流产。她似乎也因为流产而健康受损，从此失去了健全的生产能力，导致婴儿多次在产后夭折：她在1678年中期、1679年早期和1680年早期，都受流产影响而未保住胎儿。夫妻俩最终没有得到一个健康成长的子女，是玛丽婚姻中