制动系统方面，DDA40X型柴油机车设有空气制动和电阻制动，这两套制动系统可同时配合使用。空气制动系统采用（WABCO）的26-L型空气制动机，具有自动制动、单独制动、重联控制等功能。在电阻制动工况时，牵引电动机变为他励直流发电机工作，每两台牵引电动机并联连接，分为四组与制动电阻串联连接。为了扩大电阻制动的应用范围，DDA40X型柴油机车设有加馈电阻制动，使其可在低速时维持接近最大制动力，直到速度低于约6英里/小时后才失去效用。除此之外，DDA40X型柴油机车亦是第一款具备全功率自负荷试验功能的柴油机车，