了预留港珠澳大桥的落脚点，牺牲了两处重要的蝴蝶栖息地。沙螺湾和鲎壳湾有一带状土地未有划入郊野公园范围，明显地是预留土地兴建车道。在大屿山发展概念计划中亦可见到计划兴建道路连接深屈至东涌（经沙螺湾和鲎壳湾）。在网络论坛上，亦有人指出公园扩建部份未包括东涌河和黄龙坑两大河流和溪涧。宪报中提到「建议中的郊野公园大部分地方都是高山及高地幽谷，有不少天然林木和未受污染的溪流。山区中茂密的次生林地、高地树林及淡水生境均具有高度的自然保育价值」。但现时的建议中似乎只侧重于山地的保护，而忽略了淡水生境。但有人指出东涌河