在跨领域研究上特别擅长。各研究所底下有数个大致上独立运作的学系和研究组。各由系主任领导，为终身职，在自己的系上有近乎决对的权力，可自行决定雇用和经费使用，研究任何他感兴趣的科学问题。在系主任退休时，该系结束运作。
影响.中央研究院的制度设计参考马克斯·普朗克学会，将研究领域区分为数理科学组、生命科学组和人文社会科学组三个领域。