骑士团位于法国圣殿塔的总部，莫莱託部下到地下密室藏好其管有之人类以前「第一文明」（First Civilization）遗物「伊甸之剑」（Sword of Eden）和一部法典后被捕和处死。此时现代刺客组织接触玩家，表示Abstergo 欲重组第一文明基因组从而实行一项目的不明的「凤凰计画」（Phoenix Project），因此侵占了玩家神经细胞搜索基因记忆资料，寻找古今拥有大量第一文明成员基因的圣者。为阻止Abstergo ，现代刺客希望玩家能加入组织并抢先进入活跃于18世纪末法国大革命时期、曾接触一名