1996年，升任所长；在此期间，丁薛祥还获得上海复旦大学管理学院行政管理专业理学硕士（在职研究生）。
从政经历.1999年，37岁的丁薛祥弃学从政，出任上海市科学技术委员会副主任。此后，他一直在上海市党政机关任职，2001年任闸北区委副书记、代区长、区长，2004年任上海市委组织部副部长、上海市人事局局长。2006年11月，任中共上海市委副秘书长兼市委办公厅主任，掌管市委直属机关机要。2007年5月，45岁的丁薛祥任上海市委常委、秘书长，晋升副部级，成为时任上海市委书记习近平的