首家获发希腊独立民航营运牌照的航空公司。1994年被Vasilakis集团收购后，爱琴海空运购买了里尔喷射机执行雅典出发的商务航班。1999年5月底，航空公司正式提供定期客运服务，同时正名为爱琴海航空。爱琴海航空首班商业航班，是由雅典往伊拉克利翁，克里特往塞萨洛尼基，由两架全新的BAe 146飞行。在1999年爱琴海航空，收购了希腊航空。2001年3月，爱琴海航空和克罗努斯航空合併。2005年开始，与德国汉莎航空合伙，提供Miles & More飞行常客计划以及航班代码共享计划。2006年3月，航空公司