2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子100米蛙泳比赛于9月8日至15日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为10个级别。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：SB4级：SB5级：SB6级：SB7级：SB8级：SB9级：SB11级：SB12级：SB13级：SB14级：