EC」起头，接着以四个号码来表示，这些号码代表逐步更细致的为酶作出分类。就如三肽胺基 蛋白酶的编号为EC3.4.11.4，当中的「EC3」是指水解酶（即以水来将分子分解的酶）；「EC3.4」是那些与肽键产生作用的水解酶；「EC3.4.11」是单指那些从多胜肽中分开胺基末端的水解酶；「EC3.4.11.4」则是从三肽中分开胺基末端的水解酶。严格来说，EC编号并非指定不同种类的酶，而是指定催化作用。如不同的酶（在不同的生物中）催化同一的各应，它们均会编有同一的编号。