018年，随着苑里镇长两届任期届满，杜文卿返回故乡通霄镇参选镇长，最后以仅3%的小幅差距落败，继立委落选后再尝败绩。
争议.杜文卿曾咆哮海关小职员，为的是其入关携带超量香菸，不满被要求补税，还因他口出脏话而被媒体披漏，甚至连同卢博基、郭荣宗、张花冠、李镇楠、陈朝龙等六位民进党立委借由此事连番上场砲轰关税总局因而引发争议。，之后杜文卿遭判刑三个月。
外部连结.