向内地支付17.2亿港元「土地开发费」，因此有泛民议员要求港府向中国大陆收取高铁西九龙站「土地开发费」。因应2018年9月4日西九龙内地口岸区租予中国大陆，深圳国土局将于2019年7月1日起将深圳湾口岸下调至每年1000元人民币的象征式租金。为兴建深圳地铁13号线深圳湾口岸站，口岸前方的公交车站在2019年10月21日向西移至科苑南路东侧的临时公交车站，而原公交车站将临时封闭以兴建地铁站。
港方口岸区.全国人大常委会授权香港特别行政区自深圳湾口岸启用之日起，对该口岸所设港方口岸