豪斯登堡号列车也开始营运。在1996年时，年入园人数曾经达到425万，但收入仍然不如建园时的预期目标，为偿还建园时所借贷的债务，最初的长崎荷兰村在2001年结束营业并将土地卖出，但一直到2003年时，建园之初的2,289亿日圆债务仍无法偿还，因此申请破产保护。破产后，豪斯登堡仍在重整基金的支持下维持营运，但营运状况仍然处于亏损状态。2010年4月，豪斯登堡决定100%减资，由日本旅游业者接手经营权，并获得九州当地企业九州电力、、、JR九州和西日本铁道的共同出资，并由H.I.S.的CEO兼任豪斯登堡的