胞发展成为成熟的免疫细胞时，在胸腺内有逆向选择机制，来防止自我反应性T细胞的形成。某些感染，例如空肠弯曲菌，具有与我们自己的自我分子相似（但不相同）的抗原。在这种情况下，对"空肠弯曲菌"的正常免疫反应会导致产生抗体，这些抗体也会与神经轴突周围的髓鞘神经节苷脂（即格林－巴利综合征）发生较小程度的反应。对自体免疫性疾病的病理生理学的重要理解，是利用全基因组关联分析，这种分析已辨识出自体免疫性疾病之间的遗传关联程度。另一方面，自体免疫是存在自我免疫反应（例如，自体抗体，自我反应性T细胞），但不一定会因此产生损