爆发后，受委任接管景文技术学院。2004年，应邀担任319枪击案真相调查委员会委员。2005年，中华民国任务型国代选举中，获张亚中等150人联盟提名并当选，但未就职即退出该联盟，放弃代表资格。2008年4月21日，候任行政院长刘兆玄公佈出任马英九就任总统后的法务部部长，并在2008年5月20日宣誓就职。就任后的首件人事案即是驳回前任部长施茂林的回任退休案，王清峰只表示「不宜、不妥」而未表示其他理由。但人事行政局与铨叙部皆随后表示，回任公务员属于施茂林法律上权益，最后施茂林以台北地检署检察长身分办