ion::::巴拿马.1903年下半年，战争部长鲁特宣布退休的决定。部分媒体猜测马贡会跟随鲁特一起辞职，回归执业律师工作，但实际情况并非如此。1904年6月，总统西奥多·罗斯福任命马贡出任地峡运河委员会首席法律顾问，该委员会当时的工作项目便是日后的巴拿马运河。马贡直接向委员会主席约翰·格兰姆斯·沃克（）汇报，但始终没有成为委员会成员。罗斯福总统称赞马贡在战争部工作期间表现出色，而且很受尊重，足以出任委员会首席法律顾问。为委员会工作期间，马贡的办公室和住址仍然是在首都哥伦比亚特区。1905年3月29日，