才23岁，亦没有和晋穆帝留下子嗣。穆帝堂兄晋哀帝司马丕随后即位，尊何皇后为穆皇后，让她住在永安宫。何法倪在宫中生活到元兴二年（403年）桓玄将要篡位时，桓玄在十一月强迁晋安帝到永安宫居住，而迁何后到宫外琅琊王司马德文的司徒府。何皇后的车驾当时经过太庙，她就命人停下并在太庙前伤心痛哭，一旁的人的大为感动。桓玄听后却怒道：「天下禅代常理，何预何氏女子事耶！」次月，桓玄篡位称帝，降封何皇后为「零陵县君」，并随同安帝及安皇后王神爱迁到寻阳。元兴三年（404年），北府将领刘裕起兵讨伐桓玄，桓玄弃守建康西走，至