舟山气温持续上升，高温频率日趋增加，在2013年夏季中国南方热浪中更是录得了42.3℃的极端高温，但通常情况下夏季仍然比内陆凉爽不少。空气质量方面，受海洋影响，舟山的空气质量极佳，不仅远远优于浙江省其他地区，在全国也常年稳居地级市前三。但2010年后灰霾日数仍有增多趋势，在2013年中东部严重雾霾事件中也曾一度「爆表」（AQI超过500），不过近几年雾霾又有所缓和。
主要海岛.舟山市辖境由数以千计的岛屿组成，自北而南为马鞍列岛、嵊泗列岛、崎岖列岛、川湖列岛、浪岗山列岛、火山列岛