对大屠杀有不同意见，但仅有很少数的人完全否认暴行的存在。数十年来，一些日本记者及学者（如洞富雄及本多胜一）在批驳修正主义者的历史研究方面做出了巨大努力。然而，由于日本否认南京大屠杀的举动往往被中国认为是其在变相否认二战时期犯下的罪行，因此这类争论往往激起中国对日本的反感，并造成日本与其中国关系紧张。包括在内的否定主义者言论，引发了极大的争议，并在国际媒体（主要是中国及韩国）产生反响，同时影响了日本及邻国的关系。日本历史教科书对南京历史事件的描写，也对中日关系造成了负面影响。
遇难人数