之后原本在饭田市供奉的寺庙也改名为「元善光寺」，至今依旧存在。在中世纪以后，善光寺的信徒越来越多，于鎌仓时代时有许多模仿善光寺本尊的佛像出现，纷纷在各地以「善光寺」或是「新善光寺」为名建立庙宇。日本战国时代善光寺平（长野盆地的古称）是武田信玄与上杉谦信互相竞争的主要战场，寺庙因为饱受战乱的摧残而荒废。在那之后出现许多寺庙宝物各地迁移的传说。有人认为当时善光寺因为战祸而烧毁，武田信玄将其本尊移到甲府，并且于现在的甲府市建立「甲斐善光寺」供奉。另有一说，上杉谦信为了保护善光寺的本尊与宝物，将本尊与宝物供