詹事府詹事，任“南书房行走”差使。康熙二十八年（1689年）左都御史郭琇疏劾士奇“欺君灭法，背公行私，其罪之可诛者四也。”副都御史许三礼又疏劾徐干学与高士奇“植党营私，表里为姦，招摇纳贿”，解职归里。康熙三十三年，复召入宫修书，仍直南书房，官礼部侍郎。能诗，善书法，精鉴赏，通医道，为人诙谐幽默，所藏书画甚富。士奇一直是康熙的宠臣，康熙自言“得士奇，始知学问门径。初见士奇得古人诗文，一览即知其时代，心以为异，未几，朕亦能之。士奇无战阵功，而朕待之厚，以其裨朕学问者大也。”着有《春秋地名考》、《左传