自己公家的花押样式改为武家样式。然而上杉氏陷入了同武田氏和北条氏两面作战的泥潭，无法平定关东，近卫前久最终于永禄5年（1562年）8月失意地回到京都。
与关白二条晴良、将军足利义昭的对立.永禄8年（1565年）发生永禄之变，将军足利义辉被三好三人众和松永久秀杀害。足利义辉的正室是近卫前久的姐姐，为了保护姐姐，前久同意推戴足利义荣为新任征夷大将军。然而永禄11年（1568年）织田信长奉义辉的弟弟足利义昭上洛。由于「永禄之变」之后前久推戴义荣，而且义昭怀疑前久参与此事。再加上前任关白