他航空公司转入2号航站楼运行，海航集团独立运营1号航站楼。1号航站楼楼层分布
2号航站楼.2号航站楼于1999年9月20日开始试运行，同年11月1日全面投入使用，主要承担天合联盟成员（除中华航空）及其子公司国内、国际航线，海航集团航空公司国内、国际航线及其他航空公司航班业务，中国南方航空及厦门航空的国内、国际航线在转场至大兴机场前也曾长期在2号航站楼办理航班业务。航站楼内国际出发区域设有天合联盟和海南航空开设的专属贵宾室。1、2号航站楼之间由通道连接并设置自动步道。2号航站