破，卢若腾率亲兵、家人巷战，背中三箭，遇靖海营水师救出，遂借由水路返回福建，并上疏弹劾自己。卢若腾回故乡后，和傅象晋屯兵望山，号召起义，图谋夺取陷于清的武安县，然而望山起义终因粮饷不继而兵败。
永历朝.桂王朱由榔于肇庆即位，改元永历，卢若腾上表祝贺。刚好这时候郑成功设立思明州，延揽明朝遗老，卢若腾便前往投靠。郑成功以上宾待之，任何军国大事，也时常询问其意见。永历十七年（1663年）金门、厦门相继沦陷，卢若腾奔走南澳。永历十八年（1664年）东渡台湾，途经澎湖，旧病复发，遂寓居澎湖。