伊斯堡于1999-2000赛季的表现则不尽如人意；当丰克尔的球队跌落积分榜末席，他于2000年3月24日离任。]2000年9月19日，丰克尔接掌了当时排名尚处于降级区的德甲球队汉莎罗斯托克。在他的管理下，罗斯托克在当季德甲提前三轮保级成功。至2001-02赛季，其胞弟亦被聘为球队的助理教练，但在经历了前半程的低迷表现后，两兄弟于2001年12月1日双双遭到解雇。2002年2月14日，丰克尔出任德甲球队科隆的主教练。尽管战绩良好（主场保持不败），他却无法阻止科隆历史上第二次降入德乙。但他仍能够率队在2