在天全、芦山等地阻击红四方面军南下。
抗日战争与第二次国共内战期间.1937年，模范师改编为一四四师，郭继续任师长。抗战爆发后，一四四师编入国民革命军第二十三军（军长潘文华）序列，出川抗战。11月，率领部队到达南京近郊，参加南京保卫战。25日在太湖西岸夹浦、金村一带和日军第六师团遭遇，激战中郭勋祺被日军机枪射中大腿，仍挣扎着到前线指挥战斗，奉命将防线移交友军后才住进医院。1938年春伤愈出院后，升任国民革命军第五十军军长，配属第三战区，驻防皖南地区。在此期间，郭勋祺同新四军多有合作