子实体外，有时连营养菌丝也是双核的状态。担子菌门的子实层会形成一种称为扣子体的微观结构，与子囊菌门的钩状结构类似，可以控制细胞核分裂后两个子细胞核的分佈，维持菌丝异质双核的状态。担子菌的子实体会特化出担子，担子中的两个细胞核融合之后进行减数分裂，会产生担孢子。最为人所知的担子菌便是菇类，不过担子菌也能以其他形态存在。接合菌门的真菌在两个体的单倍体菌丝融合后，会形成一个特化的孢子囊，孢子囊会进一步特化行成厚壁的，对环境的抗性很大，当环境有利真菌生长时接合孢子便会萌发，进行减数分裂以产生单倍体的子细胞，并生