150座活火山，包括于19世纪毁灭性爆发的喀拉喀托火山及坦博拉火山，而多巴超级火山于7万年前曾经爆发，为历史上最大规模的爆发之一，并造成全球性灾难。近期地震灾难如2004年印度洋大地震即在北苏门答腊造成约167,736丧生及2006年5月爪哇地震等。但火山灰肥沃土壤对于农业有相当贡献，并支持爪哇岛及峇厘岛高密度的人口。
气候.印度尼西亚地处赤道周边，大部分属热带雨林气候，由于季风而降水有季节变化，平地年雨量介于1,780–3,175毫米，山区最多可达6,100毫米，山区以苏门答腊、