军政府成立后，形成南北对峙局面。段祺瑞废除《临时约法》，自立国会，提出「武力统一」的口号。段祺瑞为实现武力统一计划，积极派兵向南进攻。在护法军成立前，即派心腹傅良佐为湖南督军，将调北洋第八、第二十师大肆开入湖南引起各界强烈不满。9月18日，零陵镇守使刘建藩与驻衡阳的湘军旅长林修梅联衔通电，宣告湖南自主。10月1日，蒋中正向孙中山提出「滇粤两军对于闽浙单独作战之计画书」主张护法军应在湖南採守势，而把主力作战转集中于闽、浙沿海一带，尔后再伺机北伐。10月6日，护法军组成护法军湘军指挥部，推举程潜为总司令。