地质要求比较严格，通常仅在有机质含量较低的粗中砂和中砂中大量出现。幼体运动能力弱，营浮游生活；成体在沙质的浅海中营半穴居生活，身体埋入砂中，仅前端外露，用于进行唿吸和滤食水体中的硅藻。夜间较为活跃，在海水中短暂游泳。
分布状况.中国青岛（"Branchiostoma belcheri tsingtauense"）、厦门（"Branchiostoma belcheri xiameng"）是文昌鱼的两个主要栖息地。此外，整个东南亚沿海均有发现文昌鱼。在美国加利福尼亚州和佛罗里达州也有分