就已经是索马利亚内陆地区与外界联络的要道。来自波斯或阿拉伯半岛的伊斯兰教（回教）教徒在约十世纪时来到附近地区开始殖民，由于他们相对上的经济优势，再加上长年与当地人的通婚，建立了一个稳定的混血文明，经常被通称为东非城邦文明。其主要组成人口，是因所使用的斯瓦希里语（Swahili）而被称为斯瓦希里人的亚非混血族群。在这一系列的城邦之中，摩加迪休与週遭的几个城市位于地理上最北端。关于「摩加迪休」这名称的由来有两种主要的说法，其中一种认为它是索马利版本的阿拉伯语「Maqad shah」，意指「（波斯）国王的帝国