核桿菌感染肺泡，结核桿菌可侵入肺泡并在其巨噬细胞的核内体中复制。巨噬细胞辨认结核桿菌为异己并尝试以吞噬作用清除。在此过程中，结核桿菌被巨噬细胞包裹并暂时储存于吞噬体中，即一种膜连型囊泡。之后吞噬体与溶酶体结合，形成吞噬溶酶体。在吞噬溶酶体中细胞尝试使用活性氧类及酸来杀死细菌，但结核桿菌有一层蜡状的厚层构成的囊状结构，以此保护其自身免于毒性物质的侵害。因此结核桿菌可以在巨噬细胞里复制并最终杀死巨噬细胞。临床结核病(clinical tuberculosis)中，一般感染后5年内发病者，为原发性结核病(pr