时至1990年代，由于《香港机场核心计划》推展，北大屿山公路及填海工程，令阴澳原本的面貌改变了很多，木材曾经被集中搬迁至海湾一角。现在大部分浮木已经消失，只余下岸边的一些，以及两个浮木码头。然而阴澳的鹿颈村仍然保持乡村风貌。2000年由于兴建香港迪士尼乐园度假区，此处再次面对转变，在阴澳打水湾的填海土地上兴建港铁欣澳站。随即欣澳站落成，阴澳成为了游人前往香港迪士尼乐园度假区之必经之地，城市规划委员会于2005年11月18日公佈的《大屿山东北部分区计划大纲》草图中，显示香港政府有意将毗邻欣澳站未有决定用途