使得台证所被迫在台北市区各地分散办公。2005年台北101（台北国际金融大楼）完工后，台证所部分办公室迁入台北101的3楼、9至12楼，但仍保有原台北市南海路办公室。2008年2月，台证所与中华电信共同签署备忘录，台证所委由中华电信利用台北县板桥市（今新北市板桥区）原中华电信土地兴建新电脑中心。台证所除了提供加权指数之外，2016年12月起与英国金融时报指数合作编制「台湾指数系列」，计有台湾50指数、台湾中型100指数、台湾资讯科技指数、台湾发达指数、台湾高股息指数等可供参考。为了因应国际上金融交易