主要分布于日本地域，包括北海道、本州、四国、九州、大隅群岛、国后岛等，是日本本土的特有种。
栖息与习性.日本锦蛇多于平原、山地、森林、草原、水边或农地中生活，擅长攀爬树木，然而多于地面上行动。牠们既能攀上树木，又能出没于地底及下水道，活跃范围相当广泛。牠们之所以会遁入下水道中，目的是为了追捕鼠类，有时更会因此而随老鼠窜进民居。其摄食对象主要以鸟类、鸟蛋及小型的哺乳动物为主，幼蛇也会进食两栖动物及其它爬虫动物。然而日本锦蛇亦有不少天敌，包括乌鸦、金雕、猪及貉，幼蛇则常被野猫及四线