自己兼任西班牙有势力的卡拉特拉瓦骑士团大团长，该组织与教会有密切关系。1486年，费尔南多二世颁布瓜达卢普敕令，该敕令禁止了加泰罗尼亚地区的农奴制，并将领主的司法权收归国王。
天主教徒费尔南多.阿拉贡的费尔南多二世是真正热情的天主教徒，他不遗余力地推行亲天主教的政策。1480年，费尔南多夫妇在卡斯蒂利亚建立了审判异端的宗教裁判所（由真诚而圣洁的托马斯·德·托尔克马达主持），成为持续几个世纪的宗教迫害的开端。1492年颁布的驱逐犹太居民的命令及其后对犹太教信徒和伊斯兰教徒（摩尔人）的