推出加长型的737-900。由于舱门排布与737-800相似，波音737-900的载客量限制在两舱布局177座以内或全经济舱189座以内；737-900的最大起飞重量及燃料容量也与737-800相同，这使得B737-900难以与空中客车A321竞争。阿拉斯加航空于1997年成为737-900型的首发用户，并于2001年5月15日接收首架。
737-900ER.波音737-900ER是在737-900的基础上改进而来的延程型号，航程与载客量都有所提高，计划中曾被称为737-900X。