战结束后，埃里希·梅尔克回到了德国。在苏联占领区内，他与苏方合作。并担任了德国统一社会党的中央委员会中的警察、司法委员。1949年德意志民主共和国成立后，在成立的东德国家安全部（德语简称史塔西）任要职。1957年第一任国家安全部长威廉·蔡塞尔被瓦尔特·乌布利希免职，埃里希·梅尔克继任了该职位。在他掌管史塔西期间，正式员工的人数由最初的14,000人，发展到了1989年时期的91,000人，而与其该组织有眼线关系的则多达173,000人。在他任职期间，签署了对试图翻越柏林墙逃往西柏林的越境逃亡者格杀勿论的