医院，设内、外科，此即「澎湖岛病院」雏形，为澎湖第一座西式医院。澎湖岛病院亦开办公医制度，于澎湖十三澳、包括偏远区域皆派遣一名公医进驻。当时澎湖岛病院除了提供医疗服务之外，也肩负起对民众进行卫生宣导的任务。明治31年（1898年），澎湖岛病院改隶台湾总督府，转称府立澎湖医院。明治30年（1897年），当时澎湖进驻大量日本军队，同时也带来不少经营特种行业的日本娼妓或艺妓。为了防止性病传播，澎湖厅特地设立「驱梅院」，提供各种健康检查。明治34年（1901年），澎湖厅方为预防妈宫传染病扩散，于妈宫城外的火