而金门港（下分3个港区）与马祖港（下分5个码头区）透过小三通模式，与中国大陆直接通航，并进行非正式贸易活动，福建当地台商也多循此途径往来台湾与大陆两地。
工业港.目前有3座工业专用港：云林县麦寮乡沿海由台塑公司所设立之麦寮工业港，主要负责台塑六轻工业区之原料成品进出口。花莲县秀林乡和平村的和平工业港，则由台湾水泥公司兴建营运，负责台湾东部砂石外运和台泥公司原料成品的进出口任务。观塘工业专用港则由台湾中油公司兴建营运。
军港.台湾的军港建设起始于日治