第十五届人大常委会第八次会议决定，任命缪瑞林为南京市人民政府副市长、代市长。2014年1月16日，在南京市十五届人大二次会议中当选南京市人民政府市长，成为当时“最年轻的副省级城市政府一把手”。同年3月，被江苏省第十二届人大常委会第八次会议补选为第十二届全国人民代表大会代表。2018年1月17日，不再担任中共南京市委副书记、南京市人民政府市长、江北新区管委会主任职务，由蓝绍敏接任。同年1月31日，再次当选江苏省人民政府副省长，由于这一职务跟缪氏出任南京市市长前的职务相同，有媒体在其落马后调侃称：从副省长任