1939年，他成为东亚同文书院讲师，因而前往上海。到达上海后，他曾被中华民国女特务郑苹如暗杀，未遂，内阁决定让他回国。回国后他坚持要和蒋介石直接交涉，军部视之为问题，1940年让他加入满州阿城砲兵连队，于干部候补生考査中过关，升为陆军中尉。于太平洋战争期间，近卫文隆与贞明皇后外甥女、本愿寺管长事务代理大谷光明之女正子结婚。1945年，满州发生战争，文隆在战争中受伤，被格乌辖下的施密尔舒俘虏，成为了西伯利亚滞留者，曾换过十五个收容所。在拘留期间，苏联军官曾希望他加入苏联军队，但被他一口拒绝。1955年