厦航客机是仅次于其控股公司中国南方航空公司第二架在台湾着陆的中国大陆的航空公司客机，也是当日最早返回到达大陆的航空公司。2006年，厦门航空作为第二次台商春节包机新增厦门航点的唯一运营航空公司执行了厦门—台北、厦门—高雄航线的包机任务。同年，与台湾立荣航空等公司合作开展名为“华东一条龙”的华东地区台商经厦门、金门往返台湾各城市的空海空联运。2008年12月15日，两岸实现真正直航，同时实现常态包机。厦门航空公司成为厦门、福州和杭州航点的运营航空公司，同时是厦门和福州航点的唯一运营者，执行的航线包括厦