云南新军举行起义，宋联奎到山区躲避，受到村民保护，后来被护送到缅甸新街（八莫），经过华侨李遐养、林振宗等人协助，经槟榔屿、新加坡、香港九龙到达上海。1912年5月，他应陕西都督张凤翙邀请，回到陕西西安，任陕西都督府顾问。1913年冬，他被代理陕西民政长高增爵荐为陕中道观察使。1914年1月，由北京政府任命护理陕西民政长，他虽然极力托辞但终未获准。同年3月，改署理陕西民政长。同年5月，各省民政长改称巡按使，他遂改任陕西巡按使，任职至7月中旬。期间，白朗军进入陕西，陕西都督张凤翙和宋联奎奉命镇压。同年6月，袁世