大放突然转为反右运动（把先前提出意见的部分知识分子划为右派，并予以处分），不过萧光琰没有被划为右派。1958年，萧光琰供职的催化过程研究室计划迁到甘肃兰州，但他要求留在科研条件较好的大连，得到研究所同意，不过这个想法又违背了当时社会的主流价值观。在大跃进期间的“拔白旗，插红旗”运动，萧光琰再次面临批判，人们质疑他的回国动机、工作态度、生活习惯，攻击他“苛刻”、“养尊处优”、“挂羊头卖狗肉”、“贪婪”、“学阀”、“奸商”，四处涌现这些内容的大字报；到了新春的时候，人们在新年晚会上演出侮辱萧光琰的，把他描绘