更名为「高雄－潮州铁路捷运化建设计划」，将屏东至潮州段纳入台铁捷运化范围，以密集列车班次接驳旅客至新左营车站转乘台湾高铁。初步计画是除高架车站及铁路桥外，沿线採立体交叉，新建陆桥、地下道及封闭平交道的方式进行，达到消除平交道的目的，2006年时任行政院院长苏贞昌认为路线高低差太大，改为全线高架化的方式消除平叉路段。整体计划完成后，西部干线北上列车始发站将改由潮州站发车，原计画预计西元2011年完工。但因遇到西元2008年物价上涨，与细设顾问合约纠纷，决定呈报第二次修正计画，并将修正原有完工期程与经费