通二年正月甲戌（521年1月28日），入朝担任侍中、镇右将军。萧综的母亲吴氏本是齐废帝萧宝卷的宫人，在萧宝卷被杀死后得幸于萧衍，立为淑媛，七个月后生下萧综，宫中多疑，但萧衍却不疑。吴淑媛失宠后，将此事告诉了儿子。萧综知道后，秘立齐朝七庙，又微服拜谒齐明帝陵。然而，萧综无法确信自己是萧宝卷的儿子。在听说滴血验亲一事后，遂暗地发掘萧宝卷的墓葬，取出遗骨，割破手臂，将血滴到遗骨上，血渗入了骨骸。后又秘密杀死自己在西州所生刚满月的次子，取其骨验之。自此，萧综相信自己确为萧宝卷的遗腹子。普通四年三月壬寅（52