945年二次世界大战结束后，因进行军队国家化，逐步废除政工制度。1949年国共战争失败，国民党政府迁台后，鑑于在中国大陆的败退、共产党渗透军队导致将领倒戈，认为是其中主要原因之一，即废除政工，造成军队失去中心思想。蒋介石遂将政工组织，交由留学苏联的儿子蒋经国重新规划，以建立中央政府直接控制的监军系统。1950年，成立政工干部学校（今国防大学政治作战学院），将「国防部政工局」调整为「国防部政治部」，1951年更名为「总政治部」，1963年8月改名为「总政治作战部」，平行军事系统。鑑于两岸情势，2000年由