琉独立后，国会曾经选出日裔帛琉人中村国雄为第一任总统。1994年11月2日，日本和帛琉建立正式外交关系，并于1999年互设大使馆。
经贸往来.日本是帛琉第二大援助国，也是帛琉金枪鱼和鲭鱼的主要出口市场。日本渔船曾经在帛琉近海拥有捕鲸权，2010年6月以后不再捕鲸。沟通帛琉最大城科罗尔与最大岛巴贝图阿普岛之间的科罗尔－巴贝图阿普大桥由日本鹿岛建设于2002年兴建完成，取代了原由韩国建设公司SOCIO建造于1978年、倒塌于1996年的旧大桥。
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