南遣舰队与第十三航空舰队于1945年（昭和20年）2月移至新设的第十方面舰队、3月第四南遣舰队解队、菲律宾战同时编入的第一航空舰队亦于5月移管至联合舰队、最终归南西方面舰队指挥的只有第三南遣舰队。1945年（昭和20年）5月29日小泽治三郎中将就任联合舰队司令长官，同期生的大川内南西方面舰队司令长官为先任顺位，基于先任者不归后任者指挥的日本海军惯例，不属小泽指挥系统而是大本营直辖部队。马尼拉守备队不从陆军的方针、独自实行马尼拉市街战而失败。终战时失去了宿雾和棉兰老岛等主要据点、陷入坏灭状态。