站之间的北回线全线通车，所一同启用的车站之一。
营运状况.南澳是台铁旗下的三等站之一，除每站皆停的区间车班次全停之外，包括区间快车、复兴号、莒光号与自强号等较高等级的列车，都是採部分班次停靠的方式营运。至于等级最高、车速最快的普悠玛号则仅有顺行228、逆行229次停靠。太鲁阁号则完全不停靠。由于隔邻的武塔是一个连站房都没有设置的无人车站，因此南澳与武塔两站的「铁路之旅 - 小站巡礼纪念章」戳章，都是保管于南澳车站之内以供旅客盖戳留念。