岸研究台湾问题的学术界人士有广泛交流，也和台湾蓝绿阵营人士均有广泛接触。2013年，余克礼届龄退休，卸任中国社会科学院台湾研究所所长职务，仍任研究员。
中国国安部身份争议.余克礼被认为有中国国安部背景。2000年12月初，台湾国安局副局长韩坤在立法院作证时指出，余克礼与曾至台湾做研究的学者吴国桢皆为中国高级情治人员，余克礼身为国安部第15局副局长。引发台湾舆论哗然。在此之前，台湾国安局还曾指中国社会科学院台湾研究所所长姜殿铭是“国安部”第15局局长。余克礼否认具备中国国安部官方职务