394年，吴哥再度被阿瑜陀耶王攻破。高棉王博涅亚认为吴哥城无法防御，于1431年迁都金边，自此高棉帝国时代结束。
现代研究.吴哥文明的的衰落至今仍是个谜，其原因众说纷纭。一种说法认为，在15世纪30年代时，高棉帝国由于中世纪温暖时期结束，气候由夏季降雨稳定型态转为厄尔尼诺现象与干旱频繁的气候型态，以往为了支持吴哥王城的庞大人口，高棉人大举砍伐森林、开垦农田，导致水土流失，使得长年戮力建设的洞里萨水资源管理系统淤积，在干旱季节无法有效供应农田用水；遇到干旱时状况更加严重，使农作物