认为苏峻有强兵，而且接近建康，易有失误，应该深思熟虑，不可仓卒。但庾亮不听，最终决定要实行。卞壸知道这次此举必定失败，更向时任平南将军的温峤表示担心。司马任台亦劝卞壸准备良马作不时之需，但卞壸拒绝，打算与国家共存亡。不久庾亮正式征召苏峻，苏峻于是联合祖约以讨庾亮为名起兵。卞壸便复任尚书令、右将军、领右卫将军。次年，苏峻进军到东陵口，卞壸再被任命为都督大桁(京师朱雀桥)东诸军事、假节，加领军将军、给事中。卞壸后率领郭默和赵胤等在西陵与苏峻军大战，但战败。卞壸于是撤退，并归还符节谢罪。及后苏峻攻青溪，卞壸又