45年战争结束，南京是中国东部沦陷区汪精卫政权的首都。汪精卫政府将其江苏省政府迁往吴县；1944年，还曾经在江苏北部以徐州为中心建立淮海省。抗战期间，新四军主力进入苏北，控制部分农村地区，建立苏北抗日根据地，部设于盐城县。中共政权还建有苏中、苏南两个抗日根据地。战后，中央政府从重庆市还都南京市，而中国共产党一度控制部分苏北地区，以淮阴县为苏皖边区政府所在地。不久，国民政府与已经在东北与华北立足的共产党之间爆发第二次国共内战，共产党撤退。其中1948年底在徐州附近一带进行的淮海战役导致中华民国国军的败退。