天正14年（1590年）、秀吉对同样的违反了「惣无事令」的北条氏政・北条氏直父子下达了讨伐令，并动员了日本各地大名共23万兵力参战（小田原征伐）。此战最后以小田原城开城，后北条氏灭亡而结束。在此期间，东北的伊达政宗和最上义光等大名亦对秀吉表示臣服(奥州仕置)，至此丰臣政权在名义上统一了日本。虽然在名义上统一日本，但在其后仍然发生了葛西大崎一揆暴动、南部氏内乱、九户政实之乱等小规模战争。为了镇压暴乱，秀吉命蒲生氏乡・石田三成等家臣率领了6万大军前往奥州进行讨伐。至此，自应仁之乱起持续100多年的混乱局