贤在1949年流亡至桃园十三份地区，又在当年8月组织瓦解且当地遭清乡后逃亡苑里镇，辗转于大安溪中上游寻找安身地点；他曾在三义乡鲤鱼潭帮人烧炭，也曾在台中县后里乡土城村及位在大安溪出海口附近的永安村帮人养鸭；最后，他在1953年于台中县大里乡被特务逮捕。
处决.1954年3月，简国贤被以《惩治叛乱条例》第二条第一项判处死刑，并预定于同年4月10日执行。宣告判刑后，简国贤仍持续读书习惯；当时，他曾表示：「能在死前多用功一点，多了解真理一点，比白白的死更有价值。人应该知道生的意义