忠清朝的穆斯林军队“甘军”，在义和团运动期间阻击外国军队。军中有像马安良、马福禄、马福祥等众所周知的将军。在云南，有记录写道，清朝军队仅仅屠杀叛乱的穆斯林，不伤害没有参加起义的穆斯林。
中华民国.1911年，清王朝被推翻，孙中山建立起中华民国，并执行了“五族共和”的政策。这使得各民族之间的关系得到极大改善。清王朝的终结也标志着中外的交往会更加频繁。这使得中国和中东伊斯兰国家的穆斯林接触机会增多。有一个叫克劳德·皮克斯的传教士，在1923至1934年间找到了834个去朝觐过的回族