成为十五代将军后，曾劝信长继承管领斯波家或担任副将军之位，但信长拒绝了义昭的提议，只接受足利家桐纹和斯波家同等待遇（上洛之战），并要求可以向和泉国的堺跟近江的大津、草津派遣代官。1569年（永禄十二年）一月，趁信长率领织田军主力返回美浓的空隙时，三好三人众与斋藤龙兴等美浓浪人共谋袭击足利义昭的临时御所六条本圀寺。信长的援军在大雪中仅用两天就抵达京都。在信长抵达前，三好义继、伊丹亲兴、明智光秀、池田胜正等援军已击退三好、斋藤联军（本圀寺之变）。一月十日，唿应三好军的入江春景于高槻城遭信长进攻。春景投降