读于蕃薯藔公学校（后来的旗山第一公学校，今旗山国小），因成绩优异，名次长保第一，后来经日籍教师推荐保送而改去蕃薯藔寻常高等小学校（后来的旗山寻常高等小学校，今鼓山国小），毕业后进入高雄中学校（今之高雄中学）就读，在学业上依旧有优异表现，故再免试保送进入台北医专（1936年併入台北帝大，台大医学院前身）就读。毕业之后柯水发曾在台南结核医院工作，后返回旗山溪洲地区行医。后来旗山事件发生，柯水发在1941年11月8日凌晨三点左右遭旗山郡警察课逮捕，被关入台南刑务所高雄支所。在该事件中，柯水发被认为是旗山事件主