学民意研究计划的民意调查指首任特首董建华的民望不断创新低点。特首办高级特别助理路祥安曾会见郑耀宗和副校长，要求港大停止发布对特首施政不利的消息。就此，郑耀宗向民意研究计划主任钟庭耀施压，威胁会「阴干」（逐渐收紧）他们的经费。钟庭耀其后公开事件，引起干预学术自由的争议。最终郑耀宗及副校长黄绍伦在公众压力下辞去校长及副校长职务，成为第一位在舆论压力下辞职的港大校长。
改革.郑耀宗打破过去终身聘任制（俗称「铁饭碗」）的做法，所有新入职教员均改为合约制，需要定期根据学术表现续约。批评者认为