2月28日昆明南站启用首日，该站于当日10时开行往贵阳北、南宁、玉溪站方向的动车组列车，三班首发列车分别是开往贵阳北的G4136次、开往南宁的D4208次以及开往玉溪的D9109次。2017年9月4日，南昆客运专线昆明南至昆明段开通运营，昆明南站与昆明站间首次实现动车组列车的连接。
车站设计.车站按16台30线规模设计。沪昆客专列车布置在城市一侧，按9条到发线、9个站台面设计；渝昆、昆玉铁路列车布置在车站中间，按7条到发线、7个站台面设计；环滇列车按4条到发线、4个站台面设计；