酸盐引起中毒）。磷酸铵镁结石的成因是有一些细菌在尿液中繁殖，并分解尿素作为养份，结果产生氨（ammonia），并使尿液呈硷性（平常尿液多为弱酸性，pH值6-7之间）。能分解尿素的细菌中，最常见的是变形桿菌（Proteus mirabilis），其他尚有克列勃菌（Klebsiella）、、Providencia等属的细菌。尿液中的氨会使小便发出氨水一般的臭味，而结石体积较大呈鹿角形。
风险因子.因为水分摄取量不足而引起身体脱水是肾结石形成的头号风险因子。摄取过量的动物蛋白、钠、精