朝廷大权悉数落入其父道长手中。宽弘3年（1006年），教通元服，与其兄藤原赖通一样直叙正五位。教通同时被允许升殿，准许穿用禁色，任侍从。随后历任右兵卫佐、右近卫少将、右近卫中将等职。宽弘5年（1008年）、宽弘6年（1009年），姐姐一条天皇的中宫藤原彰子生下皇子敦成亲王、敦良亲王。以强势的外祖父藤原道长为后盾，超越其皇兄第一皇子敦康亲王封储君位在望。身为中宫同母弟，教通于宽弘7年（1010年）累进从三位，位列公卿，时年14岁。宽弘8年（1011年）一条天皇驾崩，三条天皇继位，以教通外甥敦成亲王为储君，