1959年10月20日，中央军委发出通知，决定在军委常委之下设立一个办公会议。文化大革命初期，1967年8月17日，根据中共中央、中央军委的决定，成立了由吴法宪（副总参谋长兼空军司令员）、叶群（林彪办公室主任）、邱会作（副总参谋长兼总后勤部部长）、张秀川（海军副政委）组成的军委办事组，由吴法宪负责。军委办事组实际取代了中央军委常委和办公会议。
第二次设立.1971年九一三事件发生。1971年10月3日，中共中央决定撤销军委办事组，成立新的中央军委办公会议。由军委副主席叶剑英主持