七昼夜焚烧殆尽。该寺喇嘛被全部驱逐。改革开放后，1990年代，当地民众唿吁修复被毁的靖远寺。1990年，靖远寺被新疆维吾尔自治区人民政府公布为第三批新疆维吾尔自治区文物保护单位。1995年、1996年，国家文物局拨款维修。2006年，靖远寺被中华人民共和国国务院公布为第六批全国重点文物保护单位。靖远寺由于年久失修，部分建筑的地基下沉、彩绘剥落、墙体坍塌。2011年，国家文物保护规划论证专家组论证了靖远寺保护规划。国家文物局随后审批了靖远寺保护规划并立项，下拨专项资金开展抢救性保护修缮工程。工程分为三期。