在演化生物学发展之初，由于微生物缺乏显着的外形特征和明确的物种概念，微生物学并没有被包括在演化生物学的范畴。然而，随着微生物生理学和微生物基因组学快速发展，和微生物本身具有繁殖周期短的特性，演化生物学家们开始大量地利用微生物来研究演化。同样的原因也驱使了病毒演化生物学的进步，特别是噬菌体。分子生物学和电脑技术成熟后，复杂的分子演化、序列比对、族群遗传模型和演化树计算让演化生物学飞快进步。
学科分支.演化生物学是生物学的一个基本学科，并且与其它的生物学科均有交集。有些在组织层面（