峙中，苏军虽然也开枪回击，不过没有造成日军人员伤亡。第一艘被击沉的炮舰上的苏联海军被迫游到黑龙江北侧的苏联领土。当日军用机枪向正在游泳的苏联海军扫射时，又造成苏联方面许多人员伤亡。在这一事件中约有37名苏军被杀。苏联被迫放弃干岔子岛，后来该岛被大日本帝国陆军收复。
后续.6月29日，日本驻苏联大使重光葵与苏联外交事务委员马克西姆·马克西莫维奇·李维诺夫会面，双方就干岔子岛事件进行交涉。苏联方面坚称，根据1860年清朝与沙俄帝国签署的北京条约，黑龙江上的岛屿均属于沙俄及其继承国苏