泽尼特足球俱乐部被重新注册为一个独立的市属职业足球俱乐部。在俄超成立的第一年（1992年）降级之后，1996年泽尼特重回俄超的争冠行列，至今保持着优秀的表现。他们获得了1999年俄罗斯杯的冠军，2001年联赛第三名，2002年闯进杯赛决赛并且获得俄罗斯足球超级联赛第三名，并且在2003年赢得了俄罗斯联赛杯。2005年12月，俄罗斯天然气工业股份公司（简称Gazprom）控股了俱乐部。 交易是由圣彼得堡市长瓦莲京娜·马特维延科宣布的。Gazprom买下了俱乐部大部分的股权并且投资超过一亿美元用来进行球员交