4年7月，国立中央研究院自然历史博物馆改为国立中央研究院动植物研究所，任所长。1937年抗战爆发，率中央研究院动植物研究所辗转西迁。1944年5月，中研院动植物研究所分建为动物研究所和植物研究所，任中央研究院动物研究所所长。1950年，筹建中国科学院水生生物研究所，任所长。1959年起兼任中国科学院武汉分院（中南分院）副院长。1966年文革开始后，王家楫遭批判斗辱抄家。1969年「毛泽东军工宣队」怀疑王家楫为国民党军统、中统特务系统骨干，将其毒打至昏厥，军代表怕承担责任，才把他放出牢房，监外候审。