998年6月22日重新开放，时任临时市政局图书馆委员会主席甘乃威和临时市政局议员李国强于同年7月18日出席开幕典礼。
移交予康文署管理.该图书馆在2000年以前都是由香港市政局管理，但由于香港特别行政区政府于该年解散市政局与区域市政局，并把原本由该两局负责管辖的所有公共图书馆全部交给新成立的康乐及文化事务署（康文署）接管，所以慈云山公共图书馆自此以后便改由康文署负责管理。
扩建图书馆馆内面积.由于该馆的所在地慈云山中心为位置方便以及人流众多的商场，所以其使