前5000 – 6000年已有人聚居。在15世纪，该区由艾美拉印第安人控制，其后被印加人佔领，成为供给印加帝国农产品的重要基地。现代的阿雷基帕城建立于1540年8月15日，由西班牙殖民者法兰西斯克·皮泽洛的特使负责。一年后，西班牙的查理五世授予城市资格及纹章(沿用至今)。西班牙殖民时期，在秘鲁副王区中该地的西班牙人聚居比例最高，众多的遗迹及建筑具有浓厚西班牙风格，并发展出麦士蒂索人(混血儿)族群。但1940年代起，来自秘鲁各地的人大量涌入，改变了该市的人口和文化特征。在殖民时期及共和初期，该市相对较为自