迁湖北按察使。咸丰八年（1858年），迁布政使。时胡林翼任巡抚，百废具举，对遵殿非常倚重。咸丰九年（1859年），遵殿升任福建巡抚，未到任，即调浙江巡抚。
战殁.咸丰十年（1860年）二月，太平军由独松关逼杭州，湖南遣萧翰庆、李元度两军来援，翰庆战死，元度道阻不得前。太平军壁城南山上，下临城中。遵殿求援兵于江南，未至，兵少，实不能出杭州城外战。浙西初经寇乱，人不知兵，议战议守，纷纭不定。会久雨，遵殿徒步泥淖中，守浃旬，城陷，仰药死，妻女同殉，诏予优恤。寻以御史高延祜奏劾遵殿不能御贼