以北洋正统派首领自居，依附日本军阀，日本支持的皖系军阀首领段祺瑞在控制国家财经命脉支柱的交通系和安福俱乐部拥戴下出任国务院国务总理，旧国会亦恢复。不久，黎元洪与段祺瑞在国务院秘书长人选上发生争执，请出北洋军阀元老徐世昌出面协调。其后因中国是否因第一次世界大战向德国宣战，发生府院之争。日本表示支持皖系、交通系的段祺瑞，英、美等支持研究系、直系的黎元洪、冯国璋。段祺瑞主张参战，而黎元洪及国会有所保留。段祺瑞下令手下十几个督军组成「督军团」开到北京施压，要黎元洪在对德宣战书盖印，为了平息风波黎元洪勉强同意