2束，无针簇状结晶 (天南星科植物普遍有)，种子具perisperm(自珠心组织发育，能提供种子养份的二倍体组织，天南星科植物绝不具此)，珠孔具毛，具特殊的精油细胞等等之解剖学特征；分子分类学的研究里，菖蒲科植物是所有的其他单子叶植物之姊妹群，亦即其与天南星科植物的亲缘关系并不算很近。
形态.多年生草本植物，根茎细长、具气味 (根茎有特化的精油细胞)。花序单一顶生，着生于叶状的花莛 (scape，或作花葶)腋侧，花莛被认为是花梗或及佛焰苞，具二束分离的维管束。后来再生的枝条由