择性物质运输，并且由于它与核膜相连，它提供了细胞核和细胞质之间的物质运输通道。在细胞中，内质网在生产、加工和运输物质居于中心地位。内质网膜是细胞膜以及细胞内大部分细胞器跨膜蛋白质和脂质的生产部位，包括内质网本身、高尔基体、溶酶体、胞内体、线粒体、过氧化物酶体和分泌性囊泡。此外，几乎所有分泌蛋白和需要在高尔基体、溶酶体等细胞器内发挥作用的蛋白质最初都要先运输到内质网腔中。因此，内质网腔内部发现的许多蛋白质可能只是暂时存在于此的，随后就会被转运至其他细胞器或细胞外。然而，其他一些蛋白质则一直停留在腔内，被称