会中一部分传教士的反对，黄乃裳和英华校长武林吉等人力挺在英华、福音、培元三校传授英文和科学，并与二弟黄乃英等人参与授课。
投身科举.在教会期间，黄乃裳有感于教会中缺乏有重大社会影响力的文人学士和上流社会人才，因此他决定走上传统的科举道路，通过科举仕途来扩大基督教的影响。光绪三年（1877年），黄乃裳以第二名中了秀才。光绪甲申年（1884年），黄乃裳父亲病故。光绪二十年（1894年），黄乃裳以第三十名中举人。
百日维新前后.光绪二十年（1894年），中日甲午