睹居住在建昌（今南城县）的益王朱慈炱作威作福、穷奢极欲的种种行为，义愤填膺，上疏朝廷，列数朱在建昌“擅增兵甲”，“擅增民词，批行郡县，骗害良民”等恶行。结果，反被朱慈炱诬谄为离间亲藩。黄端伯于愤怒中弃官为僧，避居庐山。崇祯十七年（1644年），闯王李自成陷北京，崇祯帝自缢。镇守山海关的辽东总兵吴三桂引清兵入关，福王朱由崧即于南京称帝，黄端伯面北働哭，盼为国效力。经礼部尚书姜曰广推荐，授为正六品礼部仪制司主事、礼部仪制司郎中。弘光元年（1645年）五月，南京失守，朱由崧逃逸，礼部尚书钱谦益及忻城伯赵之