98年台湾省政府功能业务与组织调整实施后改为直隶中央之交通部管辖。1970年代之后铁路电气化自负成本与人事退抚制度等累积的庞大债务，加上台湾交通运输方式改变等因素影响，台铁局于1990年之后的营运状况已经处于严重亏损，至2000年已经累积负债至将近新台币千亿元。2000年后，台铁便规划与民营化（惟进度缓慢），进行将西部干线改造为区域铁路型态的「捷运化」计画，以西部主要都会地带路线渐次增设仅由区间车停靠的简易车站的方式来增加营运效能。除此之外，台铁局于2000年代初外购倾斜式列车行驶东部干线，加强其在东台