关系可追溯于清朝宣统元年，1909年12月6日，在首都巴拿马城设立大清驻巴拿马共和国总领事馆，后于1910年1月16日建立领事级外交关系，并派驻总领事。1912年2月12日，中华民国继承清朝与巴拿马的外交关系。1921年12月，中华民国派驻巴拿马公使。1922年1月20日，总领事馆升格为中华民国驻巴拿马共和国公使馆。1954年5月1日，升格为大使馆，并派驻大使；1972年10月16日，在巴拿马第二大城设立中华民国驻箇朗领事馆，1989年6月19日，升格为总领事馆，后于2009年7月关闭。1933