“文化大革命”中，翁独健遭受迫害，在五七干校打扫厕所。1971年回到北京，主持“二十四史”中的《元史》点校工作。中共十一届三中全会后，翁独健任中国社会科学院民族研究所副所长兼社会历史研究室主任，兼任全国政协三、四、五、六届委员。1986年5月28日因心脏病突发病逝。
成就和着作.翁独健以蒙元史研究工作着名。主要着作有《斡脱杂考》、《蒙古时代的法典编纂》、《元典章译语集释》等，主编有《蒙古族简史》。他还曾参与编纂《中国历史小丛书》、《辞海》民族分册、《中国历史地图集》、《中国大百科