因为队中矛盾、队伍年轻等种种原因，取得了当时的俱乐部历史最差成绩，老帅徐根宝也于赛季中期黯然下课，由少壮派教练吴金贵接任。这一年申花除了球场上战绩不佳外，场外也遭遇了前所未有的挑战，同城上海中远在超大型国企的雄厚资金支持下，聚集了包括范志毅、成耀东、申思、祁宏、朱琪等在内的一大批原申花的球星，对申花近10年来在上海足坛的绝对统治地位发起了挑战，互相争抢球迷与球市。甚至连着名的申花球迷组织“蓝魔”都面对新成立的中远球迷“海神”的竞争。
登顶末代甲A.2003赛季是申花俱乐部历史上