。4月1日，江户开城，大鸟率领传习队撤出江户，经本所、市川，抵达小山、宇都宫与今市、、会津等地，与、土方岁三等抵抗分子会合，转战各地。8月21日，爆发，传习队遭受新政府军沉重打击，几乎全军覆没，残部撤退到仙台。大鸟部在仙台与榎本武扬部会合，一同渡海前往虾夷地，大鸟随后在虾夷共和国任步兵奉行。箱馆战争期间大鸟率军且战且退，但新政府军紧追不放，连番战斗后，明治2年（1869年）5月18日大鸟率部于五稜郭投降，大鸟本人则被押送至东京，关入军务局纠问所（）的监牢。
明治政府时期.明治5年（