由于罗耀拉军事背景的关系，他规定修会的成员必须对教廷与修会绝对服从。1540年，教宗保禄三世认可耶稣会是天主教的一个正式修会。此后，这个修会发展很快，不久就在多个国家活动。但在1759年，葡萄牙驱逐耶稣会，1762年，法国国会取缔耶稣会，1767年西班牙驱逐耶稣会，三国君主唿吁教宗取缔耶稣会，被教宗克勉十三世抵制。1772年，下一任教宗克勉十四世宣布取缔耶稣会。1814年，教宗庇护七世又予恢复。
教育.基督教人文主义思想对耶稣会士产生了深远影响，这体现在其系统教育与学习计划中。