出210名会员组成大会，任期三年。设会长一名，副会长二名。总会下设七部，六个常设委员会、运营审议会及八个临时（特别）委员会，并另有事务局。总会是日本学术会议的最高决策机构，通常一年的春秋两季各会召开一次会议。各部为机构的核心，按照日本综合大学的七个学部（文、法、经、理、工、农、医）设立。常设委员会分为六个，针对以下事项进行审议研究：
功能.日本学术会议具有审议功能和研究联络功能。另外，政府亦可向日本学术会议提出谘询要求，日本学术会议则需提出审议报告，也可主动地针对问题提出报告。