国海军接收日本降舰数十艘，美国也赠与登陆舰20余艘、护卫舰数艘，使得海军得以重建。1945年12月，撤销海军总司令部，同时将军政部海军处扩大为海军署，由军政部部长陈诚兼任署长。1946年7月1日海军署撤销，改编为中华民国海军总司令部，隶属中华民国国防部，陈诚以参谋总长名义挂名海军总司令。1946年10月16日，国民政府正式发表中国驻英国军事代表团团长桂永清中将为海军副总司令，代理总司令职。第二次国共内战于1949年接近尾声时，部份海军撤出长江，另有大量海军官兵因与中央政府长期不和，而脱离中华民国海军加入