陈水扁在台北市长选举中当选，因而辞任立委转任市长。在任四年台北市长期间，陈水扁的政绩丰硕，包括促进社会政策革新、改善交通、取缔违规状况、拆卸违例建筑、扫荡特种行业等，并承接当时的台北捷运乱局，令首条路线在任内通车。此外，台湾首个以BOT模式发展的项目台北101，亦是在陈水扁任内促成。陈水扁任内亦一改公务员的官僚风气，曾突击检查市政府内各办公室以警戒失职的下属，自此改变了旧有「政府为衙门」的观念，公共行政服务变得亲民。1998年，陈水扁以高达8成的市民满意度争取连任，但最后以45.91%的得票率连任失败，由马