养父家境宽裕，1901年，杨肇嘉得以进入牛骂头公学校就读。1908年（明治41年）赴日本东京市黑田高等小学校就读，隔年再转入东京京华商业学校。1917年（大正6年）杨澄若任牛骂头区长，一切实务均由杨肇嘉代理。1920年（大正9年）地方制度改制，杨肇嘉任清水街长，向当局争取海线铁路经清水、沙鹿之建筑计划。
投身台湾民族运动.杨氏投身台湾民族运动，主要是受蔡惠如影响。1925年（大正14年）杨氏不顾总督府之压迫，代表台湾议会设置请愿运动赴东京请愿。1926年，入早稻田大学攻读政治经