愤然离京去津，并指根据《临时约法》，总统无权撤销总理职务，因而段祺瑞不承认免职令，并命令属下各省督军宣佈独立。拥段的督军在各地宣佈独立。黎元洪急电召安请督军团团长张勋入京调解，段祺瑞欲利用张勋对付黎元洪而支持入京。却引致张勋在1917年7月1日为溥仪复辟，黎元洪迫于张勋的压力，要伍廷芳签署解散国会的命令，伍廷芳辞职拒绝，黎元洪任命江朝宗代理总理，签署解散国会，随后卸任。国会亦被解散，是为「张勋复辟」。「张勋复辟」最后被段祺瑞的讨逆军所镇压，黎元洪引咎辞职，7月6日总统之职由英美支持扶植的直系军阀冯国