隆省、安江省及河仙省，越法关系紧张，阮长祚又随即奉命回国。嗣德二十一年（（1868年），阮长祚再度阮朝之命赴法，但因病而未成行。嗣德二十四年（1871年），再次奉命率越南留学生赴法，但因风湿加剧而最终无法参与，并于该年11月22日去世，享年四十三岁。启定十年（1925年），阮廷追赠阮长祚为翰林院直学士，谥温穆。
评价.阮长祚生活的时代，其祖国越南深受法国的军事压力，但他设方想法寻求国家强起来，对此，学者陈荆和亦加以肯定：「阮长祚于法领之印度支那，对如何拯救面临帝国主义侵略濒临灭