963年，吴廷琰得知有将领要发动政变，便任命林文发为第七步兵师，驻扎在首都西贡周围。但叛乱者採取了拖延策略，在吴廷琰被杀之前，任命文书仍无法到达。虽然林文发忠于吴廷琰，他仍然继续被任命为第七步兵师指挥官。1964年1月阮庆发动政变后，林文发被任命为第三军指挥官，并一度担任内政部长直到1964年9月被解除职务为止。9月13日，他与发动反对阮庆的未遂政变。最初未通过战斗便佔领了首都，但阮庆逃脱了，后来在美国的支持下挫败了政变。在接下来的军事审判中，对其指控被放弃。1965年2月，他与范玉草联手再度发起政变。