曾被整合，当中较重要的是1998年成立新的决策局资讯科技及广播局及解散文康广播局；和2000年成立的环境食物局，规划环境地政局改名为规划地政局及将市政总署及区域市政总署解散，并以新成立的康乐及文化事务署和食物环境衞生署取代。2002年7月1日，时任行政长官董建华实施主要官员问责制，决策局首长弃用以公务员晋升的方式，改用政治任命，局长须承担政治风险；而则原局长改称常任秘书长，维持公务员擢升的原则。决策局因此被彻底重组，重新设立11个决策局，外界将之与三位司长合称「三司十一局」。当时的十一局包括公务员事务局