车主要是由本州的或开往北海道的，另外有卧舖列车分别由或开往。列车均为特急列车或急行列车，并无普通列车或快速列车行驶于海崃线内。由于这个原因，自津轻线至之间，设定了一个票价上的特例：仅购买乘车券便可搭乘特急列车普通车自由席，而不需另外购买特急券（北海道的石胜线，在与间亦有此特例）。除了一般的特急、急行列车之外，2003年开始另有专门行驶于与间的哆拉A梦海底列车，但随着停止参观，列车亦在2006年8月28日之后停止运行。北海道新干线通车后，JR东日本曾开行在来线临时列车「Cassiopeia纪行」。现时，在