恢复大学部，目前设有理学、工学、原子科学、人文社会、生命科学、电机资讯、科技管理、教育、艺术、台北政经学院TSE等11个学院，共26个一般学系、10个学士班、23个独立研究所、17个研究中心。至于位于北京的国立清华大学则由中华人民共和国政府接管，更名为清华大学。在学术研究上，清华自29国130所（2011年4月）增加至49国319所（2020年4月）大学保持校际合作关系，各国交换学生、外籍生、华语学习的互动热络。而国立清华大学也与国内的国立阳明交通大学及国立中央大学、国立政治大学三校共同组成台湾联合大学