，万历二年（1574年）调任山东布政司右参议，万历四年（1576年）升为陕西按察司副使，万历五年（1577年）因被陕西巡抚董世彦参劾而罢官归里。万历十九年三月二十四日（1591年4月17日）去世，享年六十六岁。
藏书.沈启原父亲沈谧官至湖广参议，沈启原也历署好缺，沈家因此聚敛了巨额财富，有仆人数千，为江南屈指可数的巨室。沈氏父子都爱好藏书，沈谧建万书楼，藏书三间；沈启原继续扩充父亲的藏书规模，建造了新的藏书楼，并将藏书整理成《存石草堂书目》10卷。又与门生焦竑在明人黄省曾所辑《谢灵