卓溪乡在日本时代，为花莲港厅玉里郡直辖的台湾原住民蕃地。卓溪乡的布农族原住民大约在18世纪中期来到卓溪乡（中央山脉东侧）发展、定居。日治中期对原住民採取「集团移住」政策，于1933年将八通关古道沿线的大分、他鲁那束社的族人迁到山下的卓溪乡居住，由日本警察（花莲港厅玉里郡郡警察课）直接统治各部落，受各派出所及驻在所管辖。目前卓溪乡的六个村：卓溪、太平、崙山、立山、卓清、古风，大部份都是在这个时期集中迁入的。战后初期曾将卓溪乡分别划入玉里镇、富里乡管辖，1946年才在此地设置花莲县太平乡，当时因与台中县