清楚乔瓦尼是出生在1474年还是1476年，他曾长期被认为是亚历山大和瓦诺莎的长子。但现代历史学家，基本赞同他最有可能在1476年出生，比他的兄弟切萨雷·波吉亚年轻。乔瓦尼于他的同父异母兄长佩德罗·路易斯·德·波吉亚死后继承了甘迪亚公爵的名号与领土，以及塞萨公爵、那不勒斯治安官、圣彼得总督等称号。
家庭.在兄长佩德罗死后，乔瓦尼迎娶了他的未婚妻，伊莎贝拉女王的姪女为妻，婚后他们育有两个孩子，分别是:
死亡.1497年6月14日，乔瓦尼的尸体在台伯河被发现，