汗之后，哈扎拉人没有像其他民族一样强烈抵抗，而是自己内部各派互相争斗。最终受到伊朗支持的教会武装战胜了世俗武装，取得了哈扎拉贾特的控制权。在苏军撤退之后，哈扎拉人分成两派，分别支持和反对拉巴尼政府。在1996年塔利班占领喀布尔之后，哈扎拉人团结一致，和北方联盟联合。但在1998年哈扎拉贾特被塔利班占领，大量哈扎拉人被普什图人为主的塔利班杀害。2001年美国遭到九一一袭击事件之后，因为认为塔利班庇护基地组织，美国出兵阿富汗，瓦解了塔利班在阿富汗的统治。哈扎拉人得到前所未有的权利，包括接受高等教育、参军等。哈