000年前起，破火山口东部开始喷火，形成摩周岳火山。同时期，破火山口中央（湖底）也形成火山穹丘的神婆岛。
透明度.摩周湖在20世纪前半世纪曾经是世界透明度最高的湖泊，摩周湖在1930年的调查中，能见深度曾达41.6公尺，超越了贝加尔湖在1911年的40.5公尺，成为当时湖泊能见深度最深的世界纪录，这样的能见度一直维持到1946年；但自1950年代起，摩周湖的透明度开始下降，1952年（昭和27年）7月的调査为29公尺，之后维持在20公尺上下。2015年8月底的国立环境研究所调查为1