组织特色为绝对的中央集权，也就是身为总督府主官的台湾总督，总揽行政、立法、司法、军事等大权，形成总督专制的政体。
沿革.台湾总督府成立初，设民政、陆军、海军三局。民政局下置内务、殖产、财务、学务四部。在乙未战争期间，曾短暂命高岛鞆之助为副总督一职，他也是50年日治时期唯一的副总督。1896年，陆海军两局合併为军务局。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。经历1898年、1901年、1919年三次修订总督府官制后，就成形不再变更。而不管怎样变动，约略来说，若不包含地区性的行