大的宗教少数派是俄罗斯正教会。自土库曼斯坦独立以来，伊斯兰教的复兴得到了严格的控制。在苏联时代，只有四座清真寺在运作。土库曼族，乌兹别克族，哈萨克族，俾路支族和普什图族主要是逊尼派穆斯林。什叶派穆斯林许多是波斯人、阿塞拜疆人或居住在和伊朗边界城市土库曼巴希的库德族。1995年的人口普查显示，俄罗斯族人口几乎佔人口的7％，但之后大举移回俄罗斯和其他地方，使俄罗斯族比例大幅度下降。大多数俄罗斯族和亚美尼亚人是东正教基督徒。土库曼斯坦有13个俄罗斯东正教教堂，其中3个在阿什哈巴德。土库曼斯坦俄罗斯东正教会