年退休后接受太鲁阁国家公园、玉山国家公园、雪霸国家公园及林务局等单位委託进行古道调查与研究，最着名的就是位于玉山国家公园内的八通关古道调查。其成果对台湾原住民族史与高山古蹟及生态研究，具有深远影响。1999年5月1日获得台湾省文献委员会(后改为国史馆台湾文献馆)第一届「杰出台湾文献奖」杰出文献工作奖。2010年，国立东华大学原住民民族学院为表彰杨南郡的研究对台湾原住民与相关学界之贡献，授予其社会科学名誉博士之学位，这也是东华大学创校以来首次颁授之名誉博士学位。东华大学也在同日举行以其为名之「杨南郡先