一届民选的直辖市长选举则在1994年年底举行。当时国民党对提名参选的人选非常不稳定，亦曾传出是前台北县县长林丰正。最后李登辉总统选择了时任官派市长的黄大洲。民主进步党方面，谢长廷及陈水扁参与市长提名初选，最后陈水扁得到民进党的提名。而新党则派出立法委员赵少康参选。竞争期间，国民党与新党互相攻击。最后，情治单位传出「弃黄保赵」耳语，亦在中国国民党分裂之下，陈水扁以四成余的选票而当选台北市改制直辖市后第一任民选市长。在1998年直辖市长选举中，当时执政四年的陈水扁寻求连任，而国民党则提名前法务部部长马英九参