了获取更多的领土，所以召入一色式部氏进京和细川氏当主细川辉经共同仕任足利义辉。天文二十一年（1552年）一色藤长受到足利义辉的赐封，担任従五位下式部少辅。足利义辉在永禄之变被杀害后，一色藤长协助足利义昭从兴福寺逃脱。元龟四年（1573年）足利义昭被织田信长从京都追放后，跟随足利义昭的一色藤长在备后鞆投靠了细川藤孝。后担任细川家笔头，从此没有参战记载。
异说.传闻一色藤长在庆长五年（1600年）的关原之战参加西军，最后战死沙场。