蒋介石的秘密命令，逮捕并活埋了石友三。1941年（民国30年）1月，升任第39集团军副总司令。同年5月，兼任新编第8军军长。其后，历任第39集团军总司令、冀察战区总司令、第11战区副司令长官。抗日战争结束后的1945年（民国34年）10月30日，在邯郸战役期间，高树勋率领新编第八军、河北民军1万多人于阵前在磁县马头镇宣布投向中国共产党方面。中共中央对此加以赞扬，不久毛泽东还发动了“高树勋运动”，以促使国民党军队起义、投诚、接受改编。1945年11月10日，高树勋部改编成的民主建国军成立，高树勋被任命为民