定程度上受到了他与联盟国总统杰弗逊·戴维斯之间矛盾的影响。在他指挥的大多数会战当中，很少有成功的例子。第一次牛奔河战役期间他作为高级指挥官参与作战，但他获胜的能力胜利常常被他的下属，P·G·T·博雷加德的光彩所掩盖。1862年约翰斯通指挥了保卫里士满的半岛会战，但是在联邦陆军少将乔治·B·麦克莱伦优势兵力攻势下被迫撤退。他在七松之役中受了一道重伤，于是被罗伯特·E·李取代了北弗吉尼亚军团的指挥权。约翰斯通伤愈出院后1863年被授予西部战区的指挥权。在1864年亚特兰大会战中他指挥田纳西军团对阵联邦军少将