辆除籍后被回送至九州，为JR九州的ED76型电力机车提供后备零部件。截至2014年2月，JR北海道仍然拥有9台ED79型电力机车，用于牵引“北斗星号”、“仙后座号”、“黄昏特快号”卧铺特急列车，以及“玫瑰号”夜行急行列车。2016年3月，由于北海道新干线的开通，海崃线升压为25000伏特，JR北海道的ED79已无运用，并全数遭解体，该公司因此完全没有现役的电力机车，目前0番台仅存报废后转卖给JR货物当器官车放置于五稜郭机关区的ED79-5。
JR货物.ED79型50番台电力机