水扁参与市长提名初选，最后陈水扁得到民进党的提名。而新党则派出立法委员赵少康参选。竞争期间，国民党与新党互相攻击。最后，情治单位传出「弃黄保赵」耳语，亦在中国国民党分裂之下，陈水扁以四成余的选票而当选台北市改制直辖市后第一任民选市长。在1998年直辖市长选举中，当时执政四年的陈水扁寻求连任，而国民党则提名前法务部部长马英九参选，而新党则推出王建煊参选。结果，马英九以七万余票之差击败陈水扁。对于陈水扁的落选，除了是因为新党票源回流至超人气的马英九下以外，还是因陈水扁当市长时改革过于强势，包括国民党政治人物