馆移转给财团法人经营。在国铁分割民营化后，此馆的产权由东日本旅客铁道（JR东日本）继承，但仍委託交通文化振兴财团经营。由于展览品增多空间不敷需求且建筑老旧，因此在2006年5月14日闭馆，结束其70年的历史。其功能由2007年10月14日开馆、位于埼玉县埼玉市的铁道博物馆继承。原馆舍基地在2009年8月20日动工拆除，由JR东日本兴建「JR神田万世桥大楼」，于2013年1月完工启用；而原万世桥站存余的高架站体，经过整修后成为观光商业设施「mAAch ecute 神田万世桥」（），于2013年9月14日开