根据分子钟研究，普通喜鹊应该是于200万年前的格拉斯期（Gelasian）演化成独立分支。假设的扩张度为每100万年1.6%点突变，非常适合雀形目，但混种及一些标本增加了偏差度。在美国德克萨斯州兰德尔县发现的左跗跖骨化石，可能属于200-100万年前的更新世早期埃尔广登阶（Irvingtonian）。这个化石具有黑嘴喜鹊的独有特征，故推断黑嘴喜鹊及黄嘴喜鹊是源自同一祖先。此发现将普通喜鹊分支出来的时间提早到500-450万年前的上新世早期，追溯至内华达山脉上昇而造成的基因流阻隔。在第四纪冰期前残余的基因流有