蕃势力退出西域。1122年，西州回鹘降服于西辽。1218年，成吉思汗擒杀西辽乃蛮王子。1215年，蒙哥登大汗位，于今吉木萨尔设别失八里行省，元朝为察合台汗国封地。后为卫拉特蒙古游牧区。1677年，噶尔丹进兵南疆，破黑山宗，尽捕元裔诸汗。清朝前期为准噶尔汗国统治。干隆二十四年（1759年）平定准噶尔之后，设置喀喇沙尔办事大臣，辖焉耆、库尔勒、布古尔，天山南路的卡墙（今且末县）、卡克里克（今若羌县）隶属于阗办事大臣管辖。17世纪初迁到伏尔加河下游的土尔扈特部在1771年回迁归顺清朝，干隆帝安置土尔扈特部于巴