位相对更长，由13-17个氨基酸组成，而非经典主要组织相容性复合体则呈现非多肽类的抗原表位，例如糖脂。
交叉反应.抗原表位有时候会发生交叉反应，这一特点通过抗独特型抗体的调控，被免疫系统所利用。这一理论最初是由诺贝尔奖获得者尼尔斯·杰尼所提出的。如果抗体和某个抗原的表位结合，这一互补区会变成抗原表位被另一个抗体所捕获。如果第二个抗体是一个IgM类型的抗体，则这一结合会提升免疫系统的响应；而如果第二个抗体是IgG类型的抗体，则这一结合会降低免疫系统的响应。
抗