文化大革命爆发后，1968年，在许世友支持下，南京军区召开大规模批斗“倒许乱军夺权”分子、推行“多中心”学习班。其中在南京军区后勤部学习班批斗郭化若。林彪倒台、邓小平复出并主持中央军委工作后，1973年郭化若获彻底平反，平反后复出，调到北京任中国人民解放军军事科学院副院长，从1973年12月任至1982年。1985年离休。1995年11月，91岁的郭化若病重在北京入院，他还时时在病床上翻阅书卷，最后，他默念着母亲教他的《木兰辞》，安静地逝世。毛泽东评价郭化若：“古有孙子，今有郭子。”周恩来评价郭化若：