20年成立之「学术研究会议」，其后为因应新的研究体制，乃改组为日本学术会议。其会员由成员直接选举产生，属于，直属于内阁总理大臣，被定位为特别机构。昭和23年（1948年）选出第一届会员210名，并于翌年1月开始运作。1956年，日本学士院法公布，乃将日本学士院独立分离，隶属于文部大臣。1983年，修订日本学术会议法，将会员直选的制度，改由学术研究团体推荐产生。
组织.从日本约820万名科学家与2000名的连携会员中，选出210名会员组成大会，任期三年。设会长一名，副会长二名。总会下