被清拆，原址后来建成乐华天主教小学（乐华天主教小学前身则为牛头角天主教小学，这校都是玛利诺会创办）。庇护十二学校部份教职员转往玛利诺会其他学校，但大部份都转到天主教香港教区神父刘玉亭神父在荃湾新开办的柴湾角天主教小学。2009年柴湾角天主教小学上午校迁往深井并改名深井天主教小学继续由天主教香港教区办学。柴湾角天主教小学下午校仍然留于荃湾原址继续办学同时实施全日制。因为这段渊源，深井天主教小学校友会接受柴湾角天主教小学上午校和庇护十二学校两校同学的校友身份。亦因这段渊源，深井天主教小学和柴湾角天主教小学历