期间，凤阳守陵太监石应诏索贿不得，用墩锁之法折磨之，朱聿键病苦几殆。后凤阳巡抚路振飞入高墙见之，向崇祯帝上疏，陈高墙监吏凌虐宗室之状，请加恩于宗室。乃下旨杀石应诏。崇祯十四年（1641年），李自成攻陷南阳，杀死朱聿鏼。崇祯十七年（1644年），李自成攻陷北京，即甲申之变，崇祯帝自缢，南京诸臣拥从洛阳逃出的「福王」朱由崧为帝，在南京即位，改年号弘光，实行大赦。在广昌伯刘良佐奏请下，囚于凤阳的朱聿键也被释，并改封为「南阳王」。南京礼部请恢复「唐王」故爵，朱由崧不允，并令朱聿键迁至广西