药物的毒性，如马钱子含有番木鳖硷，成年人摄入30mg便可以致死，经过炮制可以减少其中士的宁碱的含量。另外一些药物含有刺激性成分，或者有特殊臭味，会造成服用者不适，降低患者服药的意愿，通过炮制可以减少这些刺激性成分和臭味的含量，例如五灵脂的来源为动物的粪便，有很大的臭味，经过醋制可以极大地减少这种臭味。许多药物的炮制方法是民间经验的总结，其通过炮制减低毒性刺激性的机理尚不得而知，如常用中药半夏含有刺激性物质，若生用会使人口唇麻木刺痛，仅有用矾水煮制之后才能够消除这种刺激性，但这种刺激性物质究竟是什么，