蛋白。包膜内部含有病毒的RNA基因组及其他病毒蛋白质，以保护其RNA。流感病毒的RNA一般为单股，但也有发现过双股的案例。一般流感病毒内有7至8条反义单股RNA，每条RNA含有一至二个基因。举例来说，甲型流感病毒的八条RNA上含有11个基因，分别为：血球凝集素（HA）、神经氨酸酶（NA）、核蛋白（NP）、、、、NS2、PA、PB1、PB1-F2和PB2。病毒颗粒表面上有血球凝集素（HA）及神经胺酸酶（NA）两种大型蛋白。血球凝集素属于凝集素的一种，可以协助病毒与宿主细胞结合，使病毒的基因能顺利进入细胞。