在选择所交易的温室气体上，第一阶段仅涉及对气候变化影响最大的二氧化碳的排放权的交易，而不是全部包括《京都议定书》提出的六种温室气体。在选择所覆盖的产业方面，欧盟要求第一阶段只包括能源产业、内燃机功率在20MW 以上的企业、石油冶炼业、钢铁行业、水泥行业、玻璃行业、陶瓷以及造纸业等，并设置了被纳入体系的企业的门槛；这样，欧盟排放交易体系大约覆盖1150O 家企业，其二氧化碳排量占欧盟的50%。而其他温室气体和产业将在第二阶段后逐渐加入。
第二阶段（2008-2012年）.设定为200