前进一路与创业二路交汇处。站名取自位于车站东北处的灵芝公园。
车站结构.灵芝站是一个岛式月台车站。
出入口.灵芝站共设四个出入口，其中D2出口为预留口。
未来规划.建设中的深圳地铁12号线将会在本站与5号线换乘，预计相关线路于2022年启用。由于5号线建设时即有预留，因此两者将采用十字换乘形式。