存建筑有门厅、正殿和后殿等，其中正殿面阔五间，宽21.8米，进深14.15米；后殿尚存明弘治年间的《旌功祠碑记》、嘉靖二十年（1541年）《旌功祠重修碑》等碑。
纪念与保护.1961年4月，浙江省人民委员会公布于谦墓为浙江省重点文物保护单位。1981年4月，浙江省人民政府重新公布为省级文物保护单位。1998年，于谦墓和于谦祠均得到了整修。2006年，于谦墓被列为全国重点文物保护单位。2007年，杭州社会各界人士在于谦墓纪念于谦蒙难550周年。