毒活跃于GUI模式中并锁住自身的文件，那么它通常可在DOS模式中通过删除病毒文件被安全去除。同样的，损坏的注册表文件、系统文件或启动文件都可用命令行来恢复。在命令提示符中键入可从DOS模式中启动Windows 95及Windows 98。但Windows 2000中的恢复控制台（Recovery Console）也扮演着类似的角色。由于DOS没有多任务处理机制，基于DOS的Windows版本（如9x）缺少文件系统安全机制，譬如文件权限。再者，若用户使用16位DOS驱动程序，Windows可能变得不稳