病毒HKU1的基因组约长30000nt，其GC含量仅32%，是冠状病毒中GC比最低者。其基因组编码冠状病毒皆有的复制酶（1a/1b）和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白，此外还有（HE）与ORF4和ORF8两个开放阅读框编码辅助蛋白，其基因顺序为1ab-HE-S-ORF4-E-M-N-ORF8，其中ORF8的开放阅读框位于衣壳蛋白的开放阅读框之内。
感染.冠状病毒感染细胞之前，其刺突蛋白一般需被宿主细胞的蛋白酶切割，使其介导病毒外膜和细胞膜融