建于1895年，当时称为警视厅监狱鸭支署，1897年改称为巢鸭监狱。1922年再度改称为巢鸭刑务所，专用以关押政治犯之用，1937年改名为巢鸭拘置所。第二次世界大战结束前，有不少共产党人士与政治犯被关在巢鸭监狱，例如佐尔格就曾被关押于此。1945年日本投降，进入盟军佔领时期，巢鸭监狱被驻日盟军总司令部（GHQ）征用，转为关押东京军事法庭列名的战犯，如东条英机等人伏法前皆被关押于此。巢鸭监狱亦是甲级战犯的绞刑执行场所。1958年盟军结束征用巢鸭监狱，改称为东京拘置所。1970年，狱中已不再有战犯被关押