花学运.2014年3月17日，太阳花学运发生，服贸协定与货贸协定因而延期。学运落幕后，5月马接受日本《读卖新闻》采访时表示，亚太经合会邀请主体非国家，而是经济体，与会代表为经济体领袖，是领导人会面不错的时机与场合。对此，国台办回应不需要借助国际场合。自由时报在2015年初评论，学运是马习会未能举行的关键之一。
张显耀共谍案.2014年8月，马英九政府宣称行政院大陆委员会特任副主委张显耀因「家庭因素」请辞。但张显耀却发表声明称自己并未请辞，而是被金溥聪逼退。最后马政府定调，直指张显