汉莎城际航空共设有定期航班飞往德国国内的15个目的地和欧洲的60个目的地。德国国内航点包括：柏林、不来梅、科隆/波恩、德累斯顿、杜塞尔多夫、法兰克福、腓特烈港、汉堡、汉诺威、莱比锡/哈雷、慕尼黑、明斯特/奥斯纳布吕克、纽伦堡、帕德博恩/利普施塔特和斯图加特。欧洲国际航点包括：阿姆斯特丹、巴塞罗那、巴里、巴塞尔/米卢斯、巴斯蒂亚、贝尔格莱德、卑尔根、毕尔巴鄂、伯明翰、波尔多、布鲁塞尔、布达佩斯、卡利亚里、克卢日-纳波卡、哥本哈根、顿涅茨克、佛罗伦萨、格但斯克、日内瓦、哥德堡、赫尔辛基、因弗内斯、卡托维