车在1997-1999年间进行翻新延命工程，并配合东铁未来发展，九铁公司同步由负责列车翻新的阿尔斯通公司引进TBL 2半移动闭塞讯号系统，于1999年启用，并同步于牵引九广通列车的Re465机车上安装（而AWS虽然保留，但仅供旧式柴油机车及国铁担当的城际直通车使用）。此系统早期并不具备ATO功能，直到2002年才加上，并沿用至今。（除了在2006年九铁车底裂痕事故仍在调查时，为保障安全，曾经短暂暂停使用ATO，改以手动行车（即使用CM Mode），直到加固列车机件后才恢复使用。）随着沙田至中环线第二期工