接管清华大学，工作繁忙，已来不及对《朱元璋传》进行改动，大致按1948年修改稿的样子，1949年4月由上海三联书店出版。吴晗后来着手重新研究彭莹玉的历史。在钱谦益《牧斋初学集》：“当时克复徽、杭，杀妖彭、项奴儿诸盗魁，扼楚贼方张之势”，柯劭忞《新元史》、赵汸《山东存稿》、江西《瑞州府志》等史籍中发现了彭莹玉在杭州战死的重要史科，时间是元至正十二年（1352）七月。吴晗写道：“这样看来，他并没有逃避，一直革命到底，斗争到底，是为革命而牺牲的英雄人物。”1950年吴晗发表了一篇题为《我克服了“超阶级”观点》的文