们可以在显微镜下被直接观察，也可以将血液样品用Giemsa染色后进行观察。
锥虫与免疫系统的关系.一些锥虫能成功逃避人体的免疫系统的抵抗，原因是锥虫有一层蛋白多糖外壳，其组分（糖）经常变换，逃避了免疫细胞的识别。而其蛋白质通过反式剪接高度可变。这些特征在布氏锥虫、"T. congolense"、伊氏锥虫及马疫锥虫中被发现。另一些种如克氏锥虫，则藏身于宿主细胞中，逃过免疫系统的追击。
治疗.锥虫进入人体后，会随血液流动到身体各处。若锥虫侵入大脑，将会引起昏睡