海地方教会继续兴旺。这时，她开始倾向于王明道激烈反对三自运动的立场，由于地方教会内许多人非常敬重汪佩真，她的态度也影响到全国各地的地方教会，原来已经参加三自的各地地方教会纷纷退出。1956年1月29日，在肃反运动中，汪佩真在上海弟弟家中，和李渊如、张愚之、蓝志一等同工在同一天晚上被捕，被打成“倪柝声反革命集团”，遭到疲劳性的审问，最后以反革命罪被判处十五年徒刑，下监关进提篮桥监狱。1971年刑满释放，当时已经中风不省人事，由于仍是文革期间，亲友迫于压力无力接待，于是安排去青浦劳改农场，同年在那里去世。