海巡署而引起不少争议，例如：依自我成见而全面恢复因科技进步而几近无效，被废除的纯人力守望勤务、计画购置适合作战但不适合执法救难用的军舰作为未来海巡用船、大幅度将以往依「因地制宜」设置的岸巡基层单位改成以类似国军五大作战区「平均分布」的方式调整、不断将中华民国海军军官以调入海巡，佔高阶职缺、坚持未来的海巡单位设置如国军不透明的督察室，而否决设置一般行政机关有的政风室等等，皆为显例。另外李仲威处处要求海巡与海军结合的作法，包含要求商规的海巡舰艇必须到军规的海军船厂维修保养、过渡强调「平、战转换」及与海军的联