兵工厂奉命搬迁至重庆，由于宜昌被日军占领，巩县兵工厂未能全部移走。1948年，留在辰溪的部分工厂奉命迁到湖南株洲董家塅筹建新厂。随着第二次国共内战国军的失利，1949年5月19日，奉当时中华民国国防部联合勤务总司令部的命令，迁往武汉2000余名员工迁往海南岛榆林建厂，1950年3月榆林厂又迁往台湾高雄，并入第六十兵工厂。