中三元，成为状元，时年45岁。随后阮秉谦历任莫朝的吏部左侍郎、东阁大学士、吏部尚书等官职，封程国公。由于他是状元，因此民间称他为程状元（）。1542年，由于上书弹劾朝廷官员的贪污腐败行为而被压制，愤而辞官归隐。阮秉谦在自己的家乡开办学校，教授儒学。冯克宽（外交官）、梁有庆（Lương Hữu Khánh）、阮屿（Nguyễn Dữ，《传奇漫录》的作者）都是阮秉谦的学生。在南北朝动盪的年代，阮秉谦成为了各路势力的拉拢目标。随着莫朝在内战中的垮台，阮主和郑主分别控制了越南的南北部，郑检和阮潢在争权夺利中