苏联併吞爱沙尼亚而中止。自1991年从苏联独立以来，目前没有在对方首都互设具大使馆性质的代表机构。对爱沙尼亚的相关事务由驻拉脱维亚台北代表团。
政治.
外交.1937年12月21日，爱沙尼亚与中华民国建立公使级的外交关系。1940年8月6日，因苏联吞併爱沙尼亚而中止。1991年11月8日，中华民国外交部次长章孝严访问爱沙尼亚，与对外经济关系部长签署互设贸易代表团协定及经济合作备忘录。1995年6月，中华民国经济部长江丙坤率团赴瑞士参加蒙太纳论坛，期