后续麻豆社一再骚扰新港社时，荷兰人却未採取行动保护他们的盟友，使得新港社不得不另寻靠山。新港社转而向日本人寻求友谊和保护。1627年7月，新港社的长老理加等共16名代表在日本人滨田弥兵卫的带领下出访日本，向幕府将军德川家光呈送土地主权。当台湾长官彼得·纳茨从日本回返，新港社、目加熘湾社、麻豆社和萧壠社的头人们纷至热兰遮城，要求东印度公司向他们纳贡，被纳茨拒绝。随着日本採取锁国政策，新港人失去日本人的后援，只能回头依赖荷兰人，如传教士干治士所描述：「新港村到现在为止都是依靠荷兰人来保护，不然的话，他们连一