2003年推出专辑《思念总在潘安邦》，重新灌录了新版〈外婆的澎湖湾〉，并且在国父纪念馆举办了25年歌唱生涯第一次在台湾的个人演唱会。演唱会前潘安邦接受访问时表示：「如果万一怎么样，砰的话，那更好，人不是刚好要走在对的地方吗？」2004年，潘安邦与音乐人韩贤光合作推出包含新歌与翻唱的复出专辑《美好时光》。2005年潘安邦在「民歌30」演唱会演唱一曲〈外婆的澎湖湾〉。2007年于新加坡接受电台访问时突然主动脉剥离复发，紧急就医进行主动脉心血管手术。手术后潘很快又回到舞台，病后一个月如期举办在新加坡的「校园民