在苫席上，头枕着土，不忍心杀他。太子听说齐王李祐在齐州（今山东济南）谋反，对纥干承基说：“东宫西墙，距大内正好二十步左右，谋划大事，岂是齐王所能比的！”而李祐谋反的事，牵连到纥干承基，纥干承基因此被关押在大理寺的狱中，按罪当处死。贞观十七年（643年）四月初一，纥干承基上书告发太子谋反。唐太宗任命纥干承基为祐川府折冲都尉，封爵平棘县公。永徽之初，改授广州番禺府折冲都尉，显庆元年（656年）九月十七日终于广州番禺里私第，年53岁。