悉尼奥运会预选赛大名单。2002年11月，远藤保仁首度入选日本国家足球队。11月20日，远藤保仁在麒麟挑战杯对阵阿根廷的比赛中首次代表国家队替补登场。2003年6月，远藤保仁参加2003年联合会杯并在三场比赛中全部首发出战。8月20日，在日本与尼日利亚的比赛中，远藤保仁取得个人在国家队中的首粒进球，帮助球队3比0获胜。2004年7月，远藤保仁随队参加2004年亚洲杯并夺冠。2006年，远藤保仁入选2006年世界杯日本队大名单，但没能获得出场机会。德国世界杯后从已退役的队友中田英寿手中接过国家