宇文深在北魏永安初年担任秘书郎，被尔朱荣所信任，受封厉武将军、车骑府主簿，永安三年（530年），担任子都督，领宿卫兵。高欢攻入洛阳，宇文深跟随北魏孝武帝逃到长安，并被封为长乐县伯。大统元年（535年）担任丞相宇文泰的主簿，不久改任尚书直事郎中。曾参与河桥之战。大统六年（540年），参与讨伐白额稽胡。不久爵位升为侯爵。又历任通直散骑常侍、使持节、大都督、东雍州刺史等官职。555年，受封车骑大将军、仪同三司、散骑常侍。北周建立后，升任吏部中大夫。不久爵位升为安化县公。此后宇文深历任骠骑大将军、豳州刺史、京兆尹