台湾与印度尼西亚关系史是指台湾有信史以来至今与印尼双方在历史上不同阶段的关系。两者曾于近现代两度由相同国家统治管辖：荷兰帝国（1624－62）与大日本帝国（1942－45）。随着1949年中华民国政府迁往台湾后，实际上与其国家外交关系重叠。
遗传学研究.血液学者林妈利的研究指台湾原住民的祖先是在1.5万年前冰河时期结束之前，从东南亚岛屿（菲律宾、印尼）等地迁徙至台湾，90%以上的闽南人与客家人族群有古代百越族血统，越族（分布于中国东南沿海及今越南北部）不是纯北方汉人的后代，反倒与东