例》的授权，促进转型正义委员会是行政院下面设立的二级独立机关，负责规划和推动有关还原历史真相、开放政治档案、清除威权象征、保存「不义遗址」、平复司法不公、促进社会和解、不当党产的处理及应用、其他转型正义事项等需执行的任务。因此促进转型正义委员会比照其他二级机关，并与不当党产处理委员会各自独立运行。而在成立后的2年内，促进转型正义委员会应该向行政院院长提出任务总结报告，未能在2年内完成时，则可以报请行政院院长延长，每次以1年为限。在组织架构部分，促进转型正义委员会属于委员会制机关，设有跨党派的9人委员会。