曾向董建华建议撤换被指向港大施压的行政长官高级特别助理路祥安，可是董建华拒绝，并公开支持路祥安，使港大民调风波被进一步闹大。在事件中，陈方安生被建制派人士称作「港英余孽」。
提早退休.2000年9月，陈方安生被当时的中华人民共和国国务院副总理钱其琛「邀请」上北京述职，被要求「更好地」支持董建华。很多人都认为，陈方安生述职是被钱其琛召见「问话」和「训话」，陈方安生向钱其琛解释香港公务员制度运作，尤其是公务员具公职身份时对政治中立的原则。述职后不久，陈方安生宣佈以私人理由，提早在2