绍兴迎奉鲁王朱以海为监国，由于不知朱术雅生死下落，于是由朱术桂袭封长阳王。之后郑鸿逵拥立唐王为隆武帝，朱术桂奉表庆贺，而隆武帝也承认他为长阳王。不久朱术桂得知兄长仍在世，上疏归还王爵称号，隆武帝亦改封他为宁靖王，前往方国安军中担任督军。清军渡过钱塘江后，朱术桂逃亡，途中与监国朱以海会合，后来被郑彩迎接到厦门。这时隆武帝已死，崇祯皇帝堂弟桂王朱由榔被拥立为永历帝，朱术桂前往朝谒，永历帝命他留在郑鸿逵军中监军。永历二年春（1648年）又命朱术桂同时督郑成功之师。后来南明势力逐渐崩溃，只有郑成功保持较大力