A工作人员还曾被指控对乘客进行虐待、性骚扰，有意侵犯隐私或偷窃财物等。在调查确认员工未妥善筛查托运行李中的爆炸物后，TSA解雇了28名特工，并暂停了其他15名特工的工作。还有指责指TSA在与机场安全无关的事件上花费资金、在招聘中浪费金钱以及存在利益冲突。TSA也被指控在2009年美国总统就职典礼观看区表现不佳，有数千持票人因过度拥挤而未能进场，而那些在检查站前抵达的人则完全避开了筛查。2013年，数十名TSA工作人员因在匹兹堡国际机场非法赌博而被解雇或停职，以及8名TSA工作人员因涉嫌在达拉