父藤原师辅为村上天皇朝的“天历之治”的主导者，贡献很大。伊尹之妹藤原安子为村上天皇中宫，生下东宫宪平亲王、为平亲王、守平亲王三位皇子。天庆四年（941年）叙爵从五位下。天历、天德年间任藏人，历任伊予守、美浓介等地方官。天德4年（960年），伊尹之父藤原师辅薨，伊尹时年36岁，官位从四位上藏人头兼左近卫中将，诸弟更在其之下，时关白为伯父藤原实赖。应和4年（964年），妹安子中宫亦崩。一家一门迎来衰退的危机。然而村上天皇让安子所生的东宫宪平亲王继位的想法很坚定，故在朝中最有权势的两位亲人死后，伊尹还是于