人们吹毛求疵课以重罚，人们因此畏惧且鄙视他。次年（693年）八月，他被弹劾有罪，流放振州，朝野都为此欢欣鼓舞。不久他被赦免，被召回任监察御史。
唐中宗年间.神龙元年（705年），武则天被政变推翻，她曾登基为帝的儿子李显复辟，即唐中宗。唐中宗年间，崔元综任尚书左丞，唐睿宗景云二年（711年）六月，任蒲州都督，不久因老病而致仕。退休后，他学习道家的炼金术，以求延年益寿。他活到九十余岁，但卒年不详。
轶闻.《定命录》有两则崔元综的故事：1.崔元综曾任益州参军