年间神户曾由山名氏统治之外，神户进入约200年的赤松氏统治时期。1591年，结束战国乱世实现日本统一大业的丰臣秀吉在神户郊外的有马温泉举办有马大茶会。在江户时代，神户的主要市区仍然在兵库津一带。当时的兵库津是自西日本前往北海道的的重要据点港口，同时也是西国街道重要的宿场町。
开港至二战期间的神户.在江户幕府末期，日本在欧美的压力之下被迫打开国门。1858年，幕府与美英法俄荷五国签订安政五国条约，条约规定开放五个港口为通商港口。列强虽本慾选择已有一定规模的兵库津作为关西地区的开放港口