期间接替那彦成担任两广总督。嘉庆十三年（1808年）八月，英国兵舰驶进黄埔，吴熊光以英人志在贸易，不愿轻率用兵。英船到十月始陆续离开，朝廷不满吴熊光在此事件表现软弱，把他递职，一度遣他戍伊犁，召还后授兵部武选司主事，熊光以生病为理由请求退休。道光八年（1828年）加四品卿衔。道光十三年（1833年）在家中去世，享年84岁。
着作.熊光晚年着《伊江别录》、《春明补录》、《葑溪笔录》三书，记录所闻名臣言行。