刘裕征刘毅时以诸葛长民守留府事，但诸葛长民见刘毅败死，自己亦深感不安，更意图作乱，刘裕回建康时故意拖慢进度，让等待迎接他的诸葛长民及其他官员接连几日都等不到刘裕。刘裕却乘轻舟快快进城，进入了官邸东府。诸葛长民知道刘裕突然回来了，于是拜访，刘裕暗中命壮士丁旿埋伏，故意和诸葛长民闲话家常，乘诸葛长民警觉性下降时命丁旿将其杀死，接着又诛杀了长民弟诸葛黎民等人。刘裕接着就加镇西将军、豫州刺史，接掌诸葛长民的原职。清除京口武将中的异己势力之后，刘裕在412年底发动晋灭谯蜀之战，隔年（413年）西征主将朱龄石成功灭谯