除了客运业务外，在1991年前日本货物铁道（JR货物）原本在上山温泉车站是有货运专用站，但该业务目前早已停办、货运站也已不复存在。
车站zh-tw:构造;zh-hk:结构;zh-cn:构造;.上山温泉是一个配置有一座侧式月台（1号线）与一座岛式月台（2、3号线）的地面车站，各月台间是以跨线天桥连络。站务方面，上山温泉是由所代为营运的业务委託车站，由负责管理。但在2015年业务委託化之前，上山温泉原为直营车站且本身曾是羽前中山、茂吉纪念馆前等邻近小站的管理车站。