度使王行瑜调兵准备迎战，禁军望风溃逃，李、王兵临京城长安。宰相杜让能原本反对昭宗讨伐凤翔，昭宗不听，还专任他计划调度此战。李、王迫使昭宗赐死杜让能。昭宗也被迫召回徐彦若，同意李茂贞兼领凤翔和山南西道。徐彦若则改任御史大夫。后复拜御史中丞，改兵部侍郎。干宁元年（894年）七月，另一宰相郑綮致仕，徐彦若再度以同中书门下平章事拜相，还被任为中书侍郎、吏部尚书。累兼左仆射、监修国史。干宁二年（895年）五月，李茂贞、王行瑜再犯长安，杀宰相韦昭度和李磎，昭宗离京逃入秦岭中。徐彦若和其他宰相王抟、崔昭纬、崔胤等随驾