NA后，RNA聚合酶II就会将原病毒的DNA转录成之后和病毒颗粒包装在一起的RNA。因此，突变可以在这些步骤中发生。反转录酶在将RNA变成DNA时有很高的错误率，不像其他的DNA聚合酶，他没有校正的功能。这种较高的错误率相对于有校正的复制过程，可以促进突变的累积。一般市面上由购买到的反转录酶，说在AMV中有每17000个硷基就有一个是突变的，而在M-MLV中每30000个硷基就有一个是突变的。除了创造单核甘酸的基因多样性外，反转录酶也在一些步骤或并且做出人造的反义RNA转录产物。这种“模板的切换”被推