989年1月24日，美国东部时间上午七点十六分，邦迪在佛罗里达州瑞艾芙德监狱的电椅上执行死刑。在执行死刑的过程中，数百位民众（包括20名非值勤中的警务人员）在监狱对面的牧场上唱歌、狂欢、燃放烟火，还在装载遗体的白色礼车驶出监狱时大声欢唿。邦迪的遗体在盖恩斯维尔火化。按照他的遗嘱，骨灰撒在华盛顿州喀斯开山脉的保密地点。