不满遭中央电影公司泛政治化打压，辞去该公司董事职务。2006年，担任纪录片《百慧藏坤》的监制，此片讲述百岁人瑞画家陈慧坤一生之故事（王童导演）。李行参与中华民国导演协会为邵晓铃制作祈福海报之签名活动，其他参与签名的电影界人士包括吴宇森、朱延平、王童、李岗、李祐宁、吴思远等人。李行担任第51届亚太影展评审团主席，并打破往年不成文的奖项分配惯例，坚持不应再重复分配制度，而以影片个别成绩考量，在所有评审都同意的情况下，终于为亚太影展迈出了历史性的一大步。并担任影展颁奖人，颁发终身成就奖给香港资深影人邵逸夫。