，为县内流域面积最广的河川。旗山溪又名楠梓仙溪，亦发源于玉山主峰，流贯于玉山山脉与阿里山山脉之间，全长约117公里，流域面积约823平方公里，均略逊于荖浓溪。阿公店旧称浊水溪，发源于燕巢乡乌山岭西侧，干流长度38公里，流域面积137平方公里，分佈于冈山镇、燕巢乡、阿莲乡、路竹乡、永安乡及弥陀乡，主要支流为潭底洋排水。上游河段在小岗山以东被筑坝而形成阿公店水库，近年来因淤泥堆积严重，调洪蓄水功能大减，每到雨季，中下游的冈山地区及沿海地带常因排水不及而淹水。二仁溪旧名为二层行溪，发源于本县内门乡山猪湖，