进党于台北县当选第二届立法委员，在立法院以强烈的肢体语言屡次挑战行政院长郝柏村。1993年2月1日，陈婉真宣誓就任立法委员；但几天后，她宣布要做一名称职、全职的立法委员，因此辞去台湾建国运动组织所有职务，并与台湾建国运动组织划清界线。1993年，中国国民党立法院党团强行通过「国安三法」，民进党立法院党团佔据立法院议场主席台阻挡国安三法通过，在一阵混乱中，陈婉真以一个红色垃圾桶盖住立法院副院长王金平的头，王金平事后都没有计较此事。1994年5月29日，台湾爆发反核电大游行，陈婉真的宣传车也参与相关抗议