前缀、后缀及数字来无歧义的识别整个结构。由于已知的化合物已有上千万种，若全部都严格的使用系统式命名，会非常的麻烦。系统式命名一般都是针对较简单的化合物，而不是复杂的分子。若要使用系统式命名，需要知道其结构，以及母结构的名称。母结构包括没有取代基的烃、杂环化合物以及单一官能基的衍生物等。对有机化合家而言，非系统式命名比较简单，也不会造成歧义。非系统式命名的名称上不会看出分子的结构。非系统式命名常应用在复杂的分子，其中许多是自然界的产物。例如麦角酸二乙醯胺（Lysergic acid diethylamid