院西京分院三校师生先后返回天津西沽参加复校。10月22日，北洋大学正式复校开学，茅以升任校长，设有理、工两院：理学院设有数学、物理、化学、地质等系；工学院设土木、水利、采矿冶金、建筑、化工、机械、电机、航空、纺织等系。1946年，时任北洋大学理学院院长陈荩民赴京接收北平临时大学补习班第五分班并改组为国立北洋大学北平部。1947年5月，教育部要求北洋大学北平部迁往天津遭反对。8月，该部被北京大学接收。复校期间，北洋大学发生了多次学潮。1946年底，沈崇案引发全国学生抗议，北洋大学和南开大学学生组织了大规模游行