云观的处顺堂，在堂内安葬丘处机。元朝末年，长春宫殿宇倾圯。明朝初年，重建白云观，重修工程改以处顺堂为整个宫观的中心。清朝初年，在白云观方丈王常月的主持下，白云观进行了大规模重修，基本奠定了如今白云观的规模。清朝顺治十三年（1656年），顺治帝命全真道龙门派律宗第七代方丈王常月律师“主讲白云观，赐紫衣凡三次，登坛说戒，度弟子千余人。”（见《白云观志：昆阳王真人道行碑》）康熙帝曾经召见自称神仙的王文卿，赐匾额、对联，并且召见谢万成、王家营等道士，令他们在西苑炼丹。雍正帝曾召白云观道士贾士芳进宫为自己看病