941年9月任横须贺镇守府司令长官。10月，嶋田繁太郎出任东条英机内阁的海军大臣。年底，日本海军偷袭珍珠港，发动太平洋战争。嶋田繁太郎因其坚定支持东条英机的立场，被日本海军界讥讽为“东条的副官”。美军发动楚克岛空袭后，1944年2月21日嶋田繁太郎接替永野修身出任日本军令部总长，统领日本海军。在1944年7月塞班岛战役失败后，东条内阁总辞职，嶋田繁太郎卸任，野村直邦出任海军大臣。本月，嶋田繁太郎成为美国《时代》杂志封面人物。8月初，辞去军令部总长，任军事参议官。1945年1月转预备役。二战结束后，嶋田繁