一祭典最早应可追溯至清代雍正、干隆年间，到了道光年间应已有基本的雏形。谒祖祭典原为乡镇区域内的庙会，于1977年后逐步提升规模。2008年原台南县政府公告「学甲上白礁暨刈香」为「台南县县定文化资产」。
南巡.台南市安南区原为台江内海，经泥沙淤积逐渐形成陆地，拓垦先民多自曾文溪北岸迁徙移居，逐渐形成所谓「台江十六寮」的区域。而许多拓垦者便来自学甲地区，并自慈济宫分灵、分火前往奉祀，建立角头庙宇，逐步扩张成为以保生大帝为祭祀主神的联庄祭祀组织。当地百姓追怀原乡祖庙，于每年保生大帝诞辰后