帝元徽初年，王蕴再当上给事黄门侍郎，后转东阳太守。但他未到郡就任就遇上桂阳王刘休范进犯京城。当时叛军进攻朱雀门，右衞将军王道隆兵败被杀，王蕴亦力战受重伤跌在河渠里，幸得人救起。同年叛军被平定，王蕴转任侍中。然而在乱时开东府门迎叛军的抚军长史褚澄却转为吴郡太守，司徒左长史萧惠明说：“褚澄开城纳贼，为大郡太守，王蕴被甲死战，弃而不收，赏罚如此，何忧不乱！”时主朝政的褚澄兄褚渊感惭愧，遂用王蕴为宁朔将军、湘州刺史。王蕴轻躁薄行，当时沈攸之为荆州刺史，王蕴和他交好。时以「四贵」之一掌握朝政的权臣萧道成是沈攸之政