义上，圣吉尔斯大教堂作为主教座堂，只是在17世纪两个很短的阶段（1635年至1638年和1661年至1689年），当时主教制得到王室支持，曾在苏格兰教会短暂地占据优势。在苏格兰宗教改革以前，爱丁堡没有主教座堂，因为爱丁堡属于圣安德鲁教区，主教座堂设在圣安德鲁斯。改教以后的大部分时间，苏格兰教会没有主教、教区以及主教座堂。因此，名称中的“Cathedral”并没有实际意义。它是苏格兰教会在爱丁堡老城的堂会，每个主日举行五场礼拜。
历史.正如其名称所示，这座教堂原是供奉爱丁堡的主保圣人