.1937年，在赣闽活动的中共游击部队与国军进行谈判，并获得成功。1938年3月1日，邓子恢与张鼎丞、谭震林率领的闽西南红军改编为新四军二支队，并任新四军政治部副主任兼民运部长，部队北上。1939年，邓陪同新四军军长叶挺处理高敬亭问题，此后新四军离开大别山，部队进入江北地区。。1939年5月5日，邓子恢任新四军江北指挥部政治部主任。1939年7月1日，新四军第四支队分编成第四、第五支队，邓子恢直接指导第五支队。1939年12月初，增补邓子恢为中原局委员。1940年3月，邓子恢亲自指挥了半塔集保卫战。