余启元（），字伯贞，直隶徽州府婺源县人，民籍，明朝政治人物、进士出身。
生平.应天府乡试第七十五名，会试第五十九名，万历二年（1574年）登甲戌科进士第三甲第一百二十八名。曾祖父余炅；祖父余垠；父余纯质。母宋氏。