冲平台；地下三层为5号线站台层。
站厅.鱼珠站站厅为一个偏心十字型的共用站厅，5号线站厅为东西向，13号线站厅为南北向，均位于地下一层。站厅层设有售票机、自动售卡/充值机、客务中心等设施，以及洗衣店、面包糕饼店、招商银行自动柜员机、自动售卖机以及好易自助服务机等商店和自助服务设施，同时在靠近C出入口通道旁，设有羊城通客户服务中心。现时为了客流组织的需要以及方便乘客进出，十字型站厅的中部和南北两端被划分为在站厅层互不相通的三个付费区。各付费区内均设有扶手电梯以及楼梯供乘客来往