代码签名也可以被击破。用户可能被诱骗而运行无签名乃至拒绝被验证的代码，并且系统只能尽可能保持私钥的安全性。同样重要的是，代码签名不会保护最终用户免受软件作者的恶意行为或无意破坏，而只是确认软件未被作者以外的人修改。
实现.IBM的Lotus Notes自第一版开始有一个PKI的代码签名，并且客户端和服务器软件都有“执行控制列表”来控制指定用户对数据、环境和文件系统的访问级别。个别设计元素（栓脚本、动作、代理等活动项目）始终使用编者的ID文件来签名，其中包括编者和域的公钥。核心模