1988年11月16日，爱沙尼亚最高苏维埃通过了关于共和国享有独立于苏联的主权的声明，1989年1月通过了将爱沙尼亚语定为官方语言的法令，同年2月24日恢复了第一共和国时期的蓝黑白三色国旗，8月和11月通过了新的选举法。1989年8月23日，爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛发起了「波罗的海之路」人链，纪念三国同在二战中被苏联非法佔领，追求恢复独立。
第二次独立.1990年2月24日，爱沙尼亚公民经选举产生了成员为464人（包括1940年后被流放的爱沙尼亚人代表35人）组成的爱沙尼亚国会。