同时引来魏帝近臣势力的猜忌，加深司马派与皇帝派的矛盾。司马师这次成功击退吴军，使吴国专权的诸葛恪回国后被杀，吴国从而陷入十年内乱和紧接的东吴孙皓暴政时期。254年，司马师杀中书令李丰、太常夏侯玄、光禄大夫张缉等人，至此曹氏亲族、夏侯氏亲族和支持他们的玄学家基本被肃清。司马师猜疑曹芳而废之，提出立曹氏宗亲中年长的曹据为帝，最终在郭太后建议下立曹髦为帝。曹髦登位后曾拜司马师为相国，司马师辞让。255年，镇东将军毌丘俭及扬州刺史文钦起兵反司马师，是为寿春三叛之二。司马师亲自成功镇压叛乱，但文钦之子文鸯带兵