在乂安进行充分休整之后，在除夕和春节期间对清军发动总攻。清军毫无防备，大败，孙士毅率残部逃回清朝境内。黎昭统帝也令人接皇太后阮氏玉素和自己的元子黎维诠，从镇南关逃入清朝境内，被安置在南宁。后黎朝遗臣黎维、丁迓衡、丁令胤等人也陆陆续续逃到南宁跟随。皇弟黎维祗保护皇妃阮氏金准备投奔清朝，但道路不通，于是在宣光纠集遗臣反抗西山军，黎维祗兵败被俘杀。阮氏金则流落民间。孙士毅战败的消息传到了京师，干隆帝大怒，罢免了孙士毅两广总督之职，以福康安代之；同时征孙士毅到京师待罪。干隆帝命福康安提督九省兵马，准备再次征讨