格隆等人将噶尔丹尸骸火化。随后，丹济拉携噶尔丹之女钟齐海及噶尔丹的骨灰，打算逃奔清朝。但策妄阿拉布坦派来的追兵将钟齐海和噶尔丹骨灰劫走。次年（1698年），策妄阿拉布坦将噶尔丹骨灰献出；康熙四十年，又送回钟齐海。议政王大臣奏议：“（噶尔丹骸骨）……应照吴三桂粉骨扬灰例，擣为细末，抛散通衢。”康熙皇帝命令侍读学士喇钖带噶尔丹骸骨“置京城外，悬挂示众。”
文学作品中的形象.噶尔丹也是金庸武侠小说《鹿鼎记》中的一个人物。在该小说中，葛尔丹是主人公韦小宝以及喇嘛桑结的结义兄弟。