民进党地方选举失败。2006年，终止国家统一纲领，将中正机场更名桃园机场。同年，陈政府传出多起贪污弊案，引发倒扁运动。陈积极与中华人民共和国政府争夺邦交国，执政末期不惜採取金援外交政策。2008年入联公投案失败。2008年和2012年由国民党候选人马英九当选总统，并都在立法院获多数席次。上台伊始，发生联合号海钓船事件，与日本产生外交冲突。次年，台风莫拉克造成水灾。在任期间推动经济成长，增进与各国的经济合作，改善两岸关系，并签订经济合作协议。2014年，预备与对岸签署服务贸易协议引发部分民众疑虑与抗议，支