当选中华民国增额立法委员，并成为民进党党团干事长。1990年2月1日正式上任。陈水扁在担任立法委员期间，受民众和各党派国会助理肯定为增额立委问政绩效第一名。1990年到1991年，在参加立法院国防委员会期间，主持编撰《国防组织法》草案，期间结识李天羽等国军高阶将领，并揭露多起军购弊案，其中包括备受关注的拉法叶军购案。期间更与行政院长郝柏村口角，场面十分经典。1991年，担任立委期间并以国防委员会委员身份，有意与中国人民解放军举办座谈会。于7月21日到7月26日参访北京，并在北京的中国人民革命军事