行的媒体法有效地防止灾难，现时草拟的法案是非法的」。改革派及反对派经常批评他的「绝对立法权」。部分议会成员表示愤慨，又扬言会辞职。2002年，他裁定人工干细胞研究在只制造人体部分器官的情况下在伊朗是合法和允许的。哈梅内伊在同年介入对大学教授哈希姆·阿哈加里的死刑判决，阿哈加里指出穆斯林应重新解读伊斯兰，而不应盲目追从领袖，因而被判死刑。哈梅内伊要求法院重审，后来阿哈加里被改判有期徒刑。2007年7月，哈梅内伊批评伊朗的女权激进分子及《消除对妇女一切形式歧视公约》。他在女权激进分子德拉瑞姆·阿里（