激酶(α-GAL)可以将棉子糖水解为蔗糖与半乳糖，这在工业生产中可被用来提高甜菜的产蔗糖量。人体消化道没有这种酶，因而无法水解利用棉子糖。棉子糖进入人体结肠后，被产气菌酵解利用，产生肠气。这也是吃豆类（富含棉子糖）会有肠气的原因。棉子糖可由棉籽饼磨粉水解或甜菜糖蜜制得。棉子糖作为一种低聚糖，可服用以调节肠道菌群。