08年获得参加首届德丙的资格，并一直保持在第3级别联赛（德国所允许预备队晋升的最高级别）之中。德丙建立之前，拜仁二队从1994年至2008年都在参加当时的第3级别联赛——地区联赛南区的比赛。每个赛季拜仁二队都至少能获得联赛中游位置，并曾在2004年赢得过冠军。
纵览.拜仁二队建立的主旨是为拜仁青年队的球员在进入一线队前提供实际赛事的平台。球员构成主要是年龄介乎于18至23岁间富潜力的年轻球员，搭配少数富有比赛经验的一线队员或老队员以提供经验。拜仁二队曾多次参加德国杯，甚至曾有过