力优势及拥有正规军之日军而言则出乎意料之外。有些台湾人如台北城辜显荣选择和日军合作，或帮日军开路（例如：台北李春生因所居台北城动盪混乱引日军入城。头份镇林建庸守备向日军献出新竹城，帮日军开路攻打彰化市。）清除台湾反抗力量。另一方面不少地方仕绅如客家烈士吴汤兴，选择和日军作战。10月21日，日军攻入台南，10月23日日军控制全台湾，战事持续总时间约5个月。惟直至同年11月18日，台湾总督桦山资纪向京都大本营报告：「全岛悉予平定」之后，台湾各地方的武装小冲突仍此起彼落，与日后长达21年的武装抗日起义运动。