7月14日举办宝像升额大典，妈祖头部重新与金身接上，而由于祀典台南大天后宫志记载妈祖神像原为金面，后被香火燻黑，故庙方有意恢复妈祖原貌。而后虽历经争议，但恢复成金面妈祖。神像修复完成后，于民国九十五年（2006年）2月17日举行重光陞座典礼，由时任总统陈水扁主持，担任正献官。同年（2006年），大天后宫分灵到日本横滨妈祖庙，规格仿镇殿金面妈祖。民国百年（2011年）时，大天后宫举办多场活动，包括原台南县市合併后的第一次「府城迎妈祖」，将原有遶境规模扩张到原台南县，另外还有北港妈南下「大天后宫会香·南都巡