5年，地方人民政府依法划定了巴丹吉林庙的保护范围及建设控制地带。2006年，巴丹吉林庙被列为内蒙古自治区文物保护单位， 2007年树立保护标志。 2013年，被列为第七批全国重点文物保护单位。巴丹吉林庙的建筑风格十分独特，反映了沙漠建筑的特点，是阿拉善右旗境内原有建筑唯一保存较为完整的寺庙。2012年，该庙建筑面积300多平方米，有喇嘛8人；该庙的经殿为四角形角楼，平面呈曲尺形，重楼歇山顶，庙室分上下两层，呈楼阁式，此外还有经塔1座。