利用分子动力学的方法可以模拟蛋白质的折叠和结合过程。通过分布式计算，如Folding@Home计划，为分子动力学模拟注入了活力。小的α螺旋蛋白结构域，如的头部和HIV辅助蛋白已经成功地在计算机中（"in silico"）被模拟。将标准的分子动力学和量子力学计算相结合的混合方法已经被用于探索视紫红质分子的电子态。
蛋白质含量检测.蛋白质含量检测，通常是检测样本里的含氮量比例。但是，凯氏分析与杜马斯方法，分辨不出蛋白质与三聚氰胺的差异。一份纯瘦肉的鸡胸肉以凯氏分析，可以测得数值约3