慕尼黑－罗森海姆铁路在慕尼黑总站至慕尼黑东站之间是与共线运行。随后线路向东伸展，在与慕尼黑－米尔多夫铁路分离。在来到慕尼黑-特鲁德林根车站之前，它还会与单线的交汇。这条线路主要供货运列车使用，以便在慕尼黑市内绕过运行。慕尼黑-特鲁德林根车站则提供与慕尼黑地铁2号线的连接，后者可通往方向。慕尼黑东站至格拉芬之间是与慕尼黑城铁轨道共线运行，从这里可进一步延伸至埃贝尔斯贝尔格。在格拉芬车站则设有岔道连接至现已废弃的。慕尼黑－罗森海姆铁路在来到罗森海姆车站后，其编号中的951号及950号便会分离，其中前者