会定罪并判处火刑。加尔文认为应该处死塞尔维特，但火刑太残忍，应该用人道的方式处决，主张改为用剑斩杀。然而此种杀害反对分子的事件，仍在日后使神学家卡斯特留对加尔文产生激烈批判。
晚年.加尔文向其他国家传播新教教义，他的观念深深影响荷兰、苏格兰和英格兰。他还从事政治活动，邀请一些法国王室成员和贵族加入法国的结盟宗（加尔文派）。之后法国发生宗教战争，他延揽大批欧洲新教难民到日内瓦，使日内瓦成为归正宗的国际中心，号称「新教的罗马」，加尔文是「新教的教皇」。加尔文对新教的发展有相当重要的贡献