正十二年（1734年），法渊寺创建。智珠寺则可能建于干隆二十六年（1761年）至干隆三十九年（1774年）间。法渊寺和智珠寺建立后，同嵩祝寺形成了三寺并列的盛况。清朝历位皇帝多次赐予嵩祝寺佛像、金碗、手珠、玉如意、法衣以及各种宝物。比如1819年，嘉庆帝将佛像、手珠及法衣等赐予该寺的四世章嘉。1900年8月16日起，八国联军在北京城内公开劫掠三日。其间，嵩祝寺遭八国联军公开抢劫，受到严重损失。寺内的佛像、器物损失了数万件。其中包括“镀金八尺大悲菩萨一尊，一尺菩萨三尊，大小镀金铜佛三千余尊，铜佛五万余