该校有17名学生正在哈尔滨医科大学学习，还有一些学生则被派往四川大学学习。2017年到2018年，巴什基尔国立医科大学先后派出访问团，到吉林大学、哈尔滨医科大学、北京大学人民医院等地进行了交流。巴什基尔国立医科大学学术委员会还授予哈尔滨医科大学校长杨宝峰“名誉教授”称号。2018年11月8日，哈尔滨医科大学也授予巴什基尔国立医科大学校长瓦连京·巴甫洛夫（）“名誉教授”称号。