，却被刘旻辄持不可。诸朝臣亦皆畏直，幸其在南。成化二十二年要求推荐兵部左、右侍郎，吏部尹旻列何琮等八人。诏用何琮，而尹直以万安、彭华及李孜省力荐，中旨召还。与李孜省合作陷害尹旻父子得罪，又构罢江西巡抚闵珪，引起与论喧然不平。孝宗即位，给事中宋琮及御史许斌上报尹直自初为侍郎以至入阁，夤缘攀附，皆取中旨。孝宗于是薄其为人，令其致仕。弘治九年，尹直上表贺万寿，并以太子年当出合，上《承华箴》，引先朝少保黄淮事，冀召对。帝却之。正德年间卒，谥文和。《明史》有传。