年，爱德华·德林克·科普提出这颗牙齿不是鱼类，而是肉食性恐龙。之后古生物学界普遍认为牠们是恐龙。在1955年，Halsey Wilkinson Miller提出两凿齿龙是种沧龙科动物。在1990年，拉弗·莫纳儿（Ralph Molnar）提出两凿齿龙是暴龙超科伤龙的异名。两凿齿龙目前普遍被认为是疑名。在2006年，大卫·威显穆沛（David Weishampel）提出两凿齿龙是坚尾龙类的分类不明属。