结核菌已有抗药性，组织上多次安排许宝騄休养，但均被他谢绝。许宝騄一人领导着3个讨论班（平稳过程、马氏过程、数理统计），率年轻人从事科研工作。1960年代中期，许宝騄对组合数学兴趣浓厚，1966年初，许宝騄与段学复教授联合主持了组合数学讨论班，但由于“文化大革命”爆发而被迫中断。文革开始许宝騄与他的同事都遭大巨大的折磨，他的学生张尧庭表示，文革中期，许宝騄老师仍在研究组合数学中的问题，有一个工人师傅说:「许宝騄整天在床上画0与1，不知道是干什么?」，许宝騄的老师 Jerzy Neyman，在看到钟开莱翻译