大部分伤亡都是在追击的过程中造成的。不过，这一情形在博因河战役中并未发生，因为詹姆斯党的骑兵发起了有力的反击，阻挡了追击的威廉派部队。詹姆斯党的士气在撤退后大受打击，很多步兵都在战役结束后逃走。威廉派在两日后胜利开入都柏林。詹姆斯党军队退守香农河河畔的利默里克。战败后，詹姆斯不但不在都柏林停留，还抛弃军队，直接与卫队奔往邓坎嫩（Duncannon），再乘船逃亡法国。詹姆斯的行径激怒了他的支持者。余下的詹姆斯党在领袖逃亡后，继续作战了一年，直到1690年10月签订利默里克条约（Treaty of Lime