中国基督教教会及团体彻底拥护共同纲领，在政府的领导下，反对帝国主义、封建主义及官僚资本主义，为建设一个独立、民主、和平、统一和富强的新中国而奋斗”。在一些教会领袖看来，“在政府领导下”完全违背了教会以基督为元首 的基本原则。比如，1954年12月1日，王明道在“顺从人呢？顺从神呢？”一文中说“第一，我们应当顺服神，第二，我们在不违背神的命令的范围内，也应当顺服人的一切制度和权柄。但如果人的制度和权柄与神的命令相抵触，那样，我们便只有不顺从人，只顺从神了。”他又明确说明在哪些事情上是不能顺从人的：“基督徒应当