光绪元年（1875年），因杨乃武与小白菜案遭削职。光绪四年，起复，帮办新疆军事。数迁至漕运总督。光绪十年，中法战争爆发，法军进攻福建，清廷命左宗棠为钦差大臣主军务，杨昌濬帮办。闽浙总督何璟以不谙兵事，自请解职，遂命杨昌濬代为闽浙总督，任内曾侦查台湾巡抚刘铭传与台湾兵备道刘璈互劾案。光绪十四年，任陕甘总督。因督战不力，部下以枪械资敌，遂酿成湟中河州、狄道大乱，罢官。光绪二十三年，卒。