日，宣布参选民主进步党主席，但最终并未参加选举。2006年，民进党立委萧美琴有意草拟及游说《同性婚姻法》的法律制定案，遭蔡等23名立委提出反对连署，阻挡《同性婚姻法》一读。2016年5月9日，蔡启芳卸任立委之后，在嘉义市政府后方开设蔡启芳做唛固小吃店，并担任老板。但约在2017年即歇业。2017年5月25日，其子蔡易余于政论节目新闻挖挖哇披露，在得知其很疼爱的一个外甥实为同性恋者后，转而支持同性婚姻。2020年7月11日，因肺阻塞末期，于当天早上8点在台大医院进行肺部移植手术，其子现任嘉义县