图的结构，沿着每一条线都能走到它们与其他线条分离的地方。这些分离的节点代表一个假定存在的祖先（而非实体），这些假定存在的祖先会拥有其末端分类元所拥有的特性，能够暗示进化的过程。虽然传统上这些分支图依照生物的外形特征绘制，不过近年来科学界也在使用DNA和RNA序列数据、生成分支图。