工作受赶工影响变得零碎，部分全被破坏，难助重塑宋元全区面貌，最理想是保留6井再研保育方案。公共专业联盟召集人黎广德批评港铁做法离谱，政府应接管港铁之考古工作，并容许民间专家参与，以提高透明度。2017年6月，港铁提交宋皇台站最新设计方案，并且在古物谘询委员会讨论。港铁建议在车站顶设混凝土井槽，作为原址重置宋元古井及晚清水槽。在车站大堂的部分地方假天花范围改为透明玻璃，让公众仰视观赏。大堂内亦会设置展柜供展示文物。不过不少委员认为港铁无心设计，认为不能表达昔日历史，欠缺特色。
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