建筑”而被打入“牛棚”，接受批斗和再教育。1971年，畲畯南被调回设计院。1975年，畲畯南参加中国建筑师代表团访问阿尔及利亚，接着又承担加蓬卫生中心设计任务。1976年，广东省委派畲畯南赴北京参加毛泽东纪念堂设计。1978年，畲畯南主持设计选址的中国驻西德大使馆。1986年，畲畯南获全国五一劳动模范、广州市设计院名誉院长称号。1989年，畲畯南第一批获得中国建筑设计大师称号。1997年，畲畯南当选中国工程院土木、水利与建筑工程学部院士。1998年7月29日16时，畲畯南因病医治无效于广州逝世，享年82岁。