皇元年二月甲子（581年3月4日），元晖出任都官尚书，兼领太仆。元晖奏请决引杜阳河水灌三畤原，数千顷贫瘠的盐碱地得到灌溉，百姓深受其益。次年，元晖转任左武候将军，仍兼任太仆卿，又很快转任兵部尚书，监督漕运河渠的修建。没多久，元晖因事被定罪免官，很快被授任魏州刺史，很有仁政，在任数年，因病离职。一年多以后在京城去世，虚岁六十。隋文帝叹息哀悼了很久，敕令鸿胪监护元晖丧事，谥号元。