地质龄估计只有几千万年，坑壁边缘界限清晰，内壁坡平滑。据信早期曾为碗状形，后月球勘测轨道飞行器的数据显示，坑内造型呈现被截断的扁平倒锥形，底部填满来自静海的熔岩，形成一层厚厚的玄武岩地表。沿陨坑四周覆盖着一层最初撞击时溅发的喷出物，这层喷发物具有较高的反照率，使它显得十分明亮。林奈陨石坑是月食期间曾记录到温度产生异常的撞击坑之一，其原因是这些陨石坑年龄较短，表面尚没有时间形成覆盖岩石以提供隔热效果的表岩屑层。1866年经验丰富的月球观测者和制图师约翰·弗里德里希·朱利叶斯·施密特提出了一个惊人的断言：