国殖民政府重返马来半岛，在马来半岛建立军事管制区。1946年，英国将海峡殖民地（不包括新加坡）、马来联邦、马来属邦整合成马来亚联邦（Malayan Union），而柔佛租借予英国的新加坡成为英国直属管辖的殖民地。马来亚联邦遭到马来族的反对，并促使了拿督翁惹化在新山皇宫建立巫统。1948年，马来亚联邦解散，而以马来亚联合邦（Federation of Malaya）取而代之。
马来西亚时期.1957年8月31日，马来亚联合邦自英国独立，柔佛成为其中一个州属。 1963年9月16日