358年奉道安命，前往荆州探问竺法汰疾病，而于荆州破斥道恒「心无义」见解。年二十四即登讲席，引庄子之见来说明佛教之实相义理，使迷惑者晓然领解。361年随道安入王屋山，数年内几经流离，于366年止于湖北襄阳，在此驻钖十二年。建元十四年（378年）秦将苻丕攻襄阳，道安为太守朱序所拘，不能离去，遂分散徒众各随所之。慧远奉道安命，至江南弘教，住荆州上明寺，时年45岁。
住持东林寺.慧远辞别道安，原欲南向访问同学慧永，以践昔日罗浮山共住之约。因慧永栖止庐山西林寺，遂亦居止庐山。慧远初住