，在他死后神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世承认蒙泰基奥侯爵的儿子切萨雷·埃斯特是公国的合法继承人，阿方索·埃斯特是阿方索一世·埃斯特的私生子。由于这项继承权不被教宗接受，又因费拉拉公国本来就是教宗国的封地，教宗克莱门特八世遂下令威胁将切萨雷逐出教会并派兵进驻法恩扎，切萨雷最后放弃对费拉拉的统治权，费拉拉公国覆亡，至此回归教宗国，但切萨雷仍保留着对摩德纳和雷焦的统治权。
参与多次战争.曼托瓦公国的贡扎加家族于1627年绝嗣，隔年曼托瓦爵位继承战争爆发，摩德纳公国帮助西班牙哈布斯堡王朝，并从