失机论治，廷臣视楚为戒途，无敢赴者。三月，由史可法力荐，任右佥都御史，巡抚湖广。
弘光隆武年间.弘光元年（1645年、顺治二年）明将左良玉从武昌起兵反叛南明进攻南京，何腾蛟拒绝加入，进入湖南，聚集过去手下的僚属堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷、周大启、吴晋锡等，招兵买马。何腾蛟给湖南地方官员写信道：“新上为南阳故人，鱼水之合，吾辈皆有缘也。”六月，清军进入南京，弘光朝覆灭。五月李自成战死后，大顺军余部四散。在清军两路追击下，遂投何腾蛟，联合抗清。大顺军另一支李赤心（李过）、高一功部