2003年，成立民办公助性质的清华大学附属初级中学。2004年，清华大学附属中学终止同47中的共建，撤销清华附中分校。2009年，成立清华大学附属中学国际部。2010年，与朝阳区教委合作创办“清华大学附属中学朝阳学校”。2010年，与昌平区教委合作创办“清华大学附属中学昌平学校”。2011年，“清华大学附属初级中学”更名为“清华大学附属实验学校”。2012年，与海淀区教委合作，承办北京市永丰中学，更名为“清华大学附属中学永丰学校”。2012年，与海淀区教委合作，承办北京市上地中