在澳大利亚流行的急救药“Stop Itch”和“Stop Itch Plus”中的主要成分。木瓜蛋白酶在准备细胞培养液（cell culture）的第一步中被用于分离细胞。用酶处理小组织块10分钟后，就可以将连接细胞的细胞外基质打断；然后再用蛋白酶抑制剂来停止反应，防止木瓜蛋白酶进一步裂解细胞本身；最后用将组织块打散为单细胞悬浮液。木瓜蛋白酶被用于多种伤口清理（debridement）的准备中，可用于清除伤口上的死亡组织。它也是一些牙膏或薄荷类糖的成份之一，有助于牙齿亮白。因为这些产品中的木瓜蛋