各国为主，时代上则从史前时代到第二次世界大战结束时为止。其中，日本地区的藏品中，针对阿伊努人的美术和琉球的美术设立了独立的展示室。东洋美术以日本、中国以及朝鲜半岛的美术为基础，也包括埃及、印度、东南亚（越南、泰国、高棉等）、中近东地区（美索不达米亚等）、中亚等地区的美术品。此外，南太平洋诸岛的民族美术、西洋近代的陶瓷和玻璃制品也有所收藏，但通常不对外展示。博物馆除了收藏属于美术品范畴的物品外，也收藏了大量历史资料、图书、照片资料等。其中有代表性的有：长崎奉行所基督教徒相关资料、江户幕府制作地图（道中图）