当时满意度近八成的陈水扁寻求连任，国民党则提名前法务部长马英九参选，而新党也推出王建煊参选。最后由于泛蓝整合成功，马英九以五成一的得票率击败陈水扁。在2000年中华民国总统大选中，陈水扁在台北市获得五十九万票，脱党参选的前台湾省长宋楚瑜获得六十三万票，而连战则获得三十四万票。在2002年中华民国直辖市市长暨市议员选举时，国亲两党正式结为国亲联盟，联合推荐马英九代表泛蓝竞选连任；而民进党方面，此时已经进行党政同步，由时任总统陈水扁兼任民进党主席，民进党中央推出行政院秘书长、前驻美副代表及台北县立委的李应元