型募捐运动，筹得建寺大部份款项。第一期于1999年底落成，包括「万佛塔」、「藏经楼」和一所设备完善的「菩提护理安老院」。第二期工程于2002年初展开，全寺重建工程在2003年初完峻。于2003年3月21日举行「西方寺重建落成开光庆典」，主礼贵宾包括董赵洪娉夫人、梁爱诗女士、觉光法师、谭耀宗先生、饶宗颐教授、潘宗光教授等。第三期扩建西方寺(香港菩提学会)于2011年向城规会申请更改位于菩提护理安老院后一幅农地之土地用途，由绿化地带改为政府、机构或社区地带以兴建为数两万个骨灰龛的龛场作为第三期扩建。