司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红毛番碑。
荷兰佔领与澎湖海战(1624).1622年时，由于与葡萄牙人争夺澳门的军事攻击行动失败，荷兰舰队最后抵达了澎湖，并且在马公风柜尾蛇头山顶设立了基地，即马公风柜尾荷兰城堡。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，受奴役工作的1500个工人其中1300人死亡。1623年11月，福建巡抚南居益设计邀澎湖岛上荷兰人到厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机袭击