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功能.SynGAP1是一个具有多种功能的复杂蛋白质，可能由复杂的亚型以进行短时调节。其有记录的功能包含NMDA受体介导的突触可塑性和AMPA受体通过制止向上游信号传导通路插入膜的机制。 SynGAP1也与Unc51协同作用于轴突形成中。SynGAP1是通过抑制Ras信号传递影响MAP激酶信号途径来影响上述过程。选择性剪接和多转录起点位表现出相反的作用，从而体现了c和n端多功能蛋白质结构域的重要性。 例如，SynGAP1的α1端变体的表达会增加突触强度，而α2c端变体的表达会减少