担任教育委员会召集委员。此外，由于陈景峻视民进党前立委卢修一为师，因而一度加入新潮流系，而后转向正义连线。2007年，陈水扁政府为备战台北县县长选举，将陈景峻转任交通部政务次长；28日后，为民进党派系平衡问题，将陈景峻升为行政院秘书长直到2008年再度政党轮替。期间亦兼任福建省主席，为首位担任该职的民进党人。2009年曾想参选台北县县长，亦获得吕秀莲支持，但最终因改制为新北直辖市，取消选举而逐渐淡出。于2009年时应吕秀莲之邀担任她创办的《玉山周报》总主笔。
台北市副市长时期.