统候选人的麦金莱政治主张与霍巴特类似，同时考虑到新泽西州将是接下来大选中的关键州，麦金莱与自己的亲信，后来担任联邦参议员的马克·汉纳决定让大会选择提名霍巴特竞选副总统。成为副总统候选人后，他和自己的竞选搭档一样进行前门廊竞选活动，竞选期间大部分时间都待在纽约的办公室。两人之后在11月的大选中成功胜出。身为副总统的霍巴特成为麦金莱的亲密顾问，在首都也很受欢迎，他的机智和幽默感都对总统有所助益。1899年中期，麦金莱希望战争部长拉塞尔·A·阿尔杰（）辞职，但双方的沟通上出现了问题，霍巴特于是邀请阿尔杰到自己