司马伦失败后，晋惠帝复位，王敦迁任散骑常侍、左卫将军、大鸿胪、侍中。永嘉元年（307年），司徒王衍推荐他做青州刺史，拜广武将军。不久又征命王敦为中书监，王敦将襄城公主的侍婢都分发给将士，又向人分发金银财宝给部众后才回到洛阳。此时在荥阳遥控政权的太傅司马越来朝，王敦认为他此行一定时有诛杀处罚，后司马越果然收捕中书令缪播等十余人，并处死。司马越任命王敦为扬州刺史；潘滔认为让王敦到外偏远地会令他肆意妄为，成为无法制约的地方豪强。但司马越不听。
助建东晋.王敦到扬州后与堂弟王导一起辅助