晋升为香港历史上首任女性卫生署署长，直至2003年8月，她在香港政府服务长达25年。1997年获得英国伦敦皇家内科医学院公共卫生学院士。
世界卫生组织.陈冯富珍于2003年获得前世界卫生组织总干事李钟郁提拔，辞去卫生署署长和医疗辅助队总监，在瑞士日内瓦担任世界卫生组织助理总干事。
2006年总干事选举.由于原总干事李钟郁突然去世，于2006年11月6日－9日举行总干事补选，是次补选有来自世界各地合共11人竞逐这个职位。按照世卫组织总干事选举日程的安排，