在旧教堂基础中被发现的圣像被供奉在小圣堂内。亚美尼亚人曾试图夺取圣泉的所有权，但奥斯曼帝国的数道敕令确保了希腊族裔对泉水的持有。圣堂由土耳其守卫看守，他们对朝圣者收取一种税，用以维护监狱。之后，圣堂又转到了君士坦丁堡普世牧首区的管辖之下。1821年，奥斯曼禁卫军摧毁了该建筑。1833年，普世牧首君士坦提乌斯一世获得敕令，得以重建教堂，1835年，教堂重新开放。在1955年9月6日的伊斯坦布尔大屠杀期间，泉水诞神女修道院遭到由土耳其政府支持的狂热穆斯林群众的攻击。在攻势中，安放在教堂外的众普世牧首棺椁被打