岛顺遂，赤城号很快地在1939年2月19日结束派遣返国。但从1939年3月27日至1940年4月2日，赤城号多次开赴中国华南沿海提供掩护，直到1940年11月15日再度编入特务舰入坞整修。经过短暂的整修以及换装，赤城号在1941年9月起停泊在九州的有明海，她的舰载机队则和其他第一航空舰队的战机一同在鹿儿岛实施严格的训练，增加偷袭珍珠港的成功率。在1941年底，加贺号编入第一航空战队，同时赤城号成为第一航空舰队旗舰；原本在1941年9月12日裁示的「昭和17年度海军战时编制」中，第一航空战队将由最新式