立党五十二年以来，第一次在参议院成为第二大党，首次失去参议院的控制权，给了安倍内阁很大打击，即使是之后8月27日安倍进行内阁改组，仍有多名阁员因丑闻及失言辞职，也无法挽回日益下滑的支持度。9月12日，突然宣佈因罹患溃疡性结肠炎辞去首相一职。9月25日，福田康夫组阁，翌日正式离任。之后因调养身体暂停政治活动，一年后重返日本政坛。2009年8月30日，自民党在众议院选举大败，失去政权及第一大党地位，但他成功连任众议员，之后并无参加党总裁选举。2010年10月31日，在率领多名的国会议员参访团搭乘台北松山