氏的专权，亲政后不设立关白。改以汉学家菅原道真为右大臣，基经之子藤原时平为左大臣共同执政。以图恢复天皇权力。而在宇多天皇之后，藤原氏向继位的醍醐天皇诬告菅原道真策画谋反，醍醐天皇乃贬菅原道真为九州太宰府权帅，迫其离开朝廷。朝政又落到了藤原氏手中。而醍醐天皇与村上天皇在藤原忠平死后不设关白之职，力图整顿律令制度。但其努力却不能挽回律令制度瓦解的颓势。到了969年，藤原实赖以天皇病弱，又自任关白，排除异己。此后摄政与关白成为常设官职。更加深了藤原氏不可动摇的独裁体制。
藤原氏的高峰与