隆五年，以老病告归，干隆六年（1741年），三月二十二日卒于家。杨超曾为其撰写墓志铭。《清史稿》有传。
着作.惠士奇通经学，撰有《易说》、《礼说》、《春秋说》、《琴笛理数考》。
后代.惠士奇有子七名，以惠栋最为知名。