辅酶在酶促反应发生后化学结构会发生改变。因此，可以将看作一类普遍存在的特殊底物。许多酶都有与之匹配的辅酶，2015年已知大约1000种酶使用NADH作爲辅酶。辅酶通常能不断再生，浓度能始终维持在一个恆定不变的水平上。举例来说，NADPH能通过磷酸戊糖途径再生，S-腺苷甲硫氨酸能通过甲硫氨酸腺苷转移酶催化的反应生成。持续不断的再生意味着总量不多的辅酶也能以很快的速度消耗。举例来说，人类每天会更新重量与自身体重相等的ATP。
热力学.与其他催化剂一样，酶并不改变反应的平衡常数，