当时英格兰与爱尔兰的君主、信仰新教的爱德华六世将其位阶降级为一般的牧区教堂（parish church），并将教堂的部分建筑移作法院使用。1549年时，爱德华六世命令圣派屈克教堂的墙壁全都需要重新粉刷，并在上面抄写圣经的内容章节。1553年时信奉天主教的玛莉继承爱尔兰的王位，力主恢复圣派屈克作为一天主教大教堂的地位，1555年时一纸来自她与其夫君腓力的特许状恢复了大教堂的特权，建物结构的修复也开始，而都柏林的第一个「公共时钟」则是在1560年时，被安置在圣派屈克尖塔（St. Patrick's Steepl