年秋，日军占领浙江杭州、嘉兴、湖州地区，祝更生率百余人建立抗日游击队，开浙江游击队抗日的先声。1938年2月，又调至诸暨县，历任县警察局长、江东区区长、枫桥区区长、磺山区区长、诸暨县县长等职。1939年3月，在接待赴前线视察抗日工作的中共中央军委副主席周恩来，随后与中共党员杨思溢、顾春林及中共金肖支队密切合作。
第二次国共内战.1947年，经舅父曹靖华介绍，与中共上海局负责人张执一秘密联系，决定在浙江诸暨县发动武装起事，后因祝更生被免去诸暨县县长职务，迫使搁浅。1948年秋，祝更生