南部建立了自己的政权。随着1870年前后中亚的浩罕汗国、布哈拉汗国先后成为俄国附庸，阿古柏为维持自己的统治，先后签订《俄国-喀什噶尔条约》及《英国-喀什噶尔条约》。俄国通过条约获得清朝不肯满足之通商及治外法权等权利，与俄国竞争中亚地区的英国亦透过土耳其-印度通道对阿古柏提供支持，换取通商等权利。是时，英俄在中亚开展大博弈，英国意欲以喀什噶尔为自己的保护国，以阻塞俄国的扩张，俄国猜忌阿古柏与英国交好，先行占领伊犁。俄国西伯利亚总督府向伊犁将军荣全提议帮忙“收复”伊犁，遭荣全拒绝后，俄国仍然于1871年5月以“