卅八年农历五月），经马步芳暗示，青海省政府秘书长高文远在青海集合部属400人，组成青海代表团，以马元海为团长，携3500匹军马自西宁赴兰州，祝贺马步芳出任西北军政长官公署长官。1949年8月，马元海、马元祥（原马步芳手下第八十二军少将高参）集合部分兰州战役中溃败的马步芳残部，准备经柴达木盆地赴新疆逃往国外。1949年10月25日，经共和县人民政府劝降，马元海、马元祥在切吉草原率残部投降。1951年1月19日（农历腊月十二日），马元海在西宁东关的私宅“敦庆公”内病逝，享年63岁。