877年），福建省泉州府安溪县人士黄朝渡海来台，奉请安溪清水巖之清水祖师，至埔顶庄（今日新竹市东区）开垦，遂建庙奉祀，以求去除水旱各灾，风调雨顺。2011年，埔顶慈云庵纪念安座一百廿五年，举办「庆成福醮法会」。市长许明财、立委吕学樟、新竹市议会议长谢文进、议员林智坚等人到慈云庵参拜，许明财称清水祖师神威显赫，庇佑埔顶庄发展快速前进，是本地信仰中心；议长谢文进则称，慈云庵清水祖师多年来保佑新竹市东区民众，东区更是出了不少贤达人士，林智坚议员就是最好的例子。2016年埔顶慈云庵捐献庙前戏台土地180坪土