长的父亲是本庄房长。1542年，越后守护上杉定实欲收伊达晴宗之子伊达实元作为养子，房长与同族的色部氏极力反对，因此与支持派的中条藤资对立。受到伊达家支援的中条藤资便对本庄房长进行攻击，房长听从弟弟小川长资与同族的鲇川清长之建议逃往出羽国庄内地方的盟友大宝寺氏（武藤氏）处。但这却是小川长资的陷阱，他趁机夺走了房长的居城，房长听到此消息后悲愤交加，不久病死。之后本庄氏的家臣团就推拥尚年幼的繁长继承家督，但此时实权却落入小川长资手中。年纪还不大的繁长被周遭的人誉为「幼少时期个性就刚强勇勐」。155