承认卡斯特罗建立的临时政府，两国关系良好；但是，古巴政府其后进行改革，这些改革对美国在古巴的利益构成一定影响，而古巴政府在冷战下倾向与苏联，令美国对古巴政府产生不满。美国在1960年停止向古巴提供任何经济援助、取消古巴对美国的食糖出口份额、开始对古巴实施禁运，在1961年1月断绝与古巴的外交关系；此后，美国和古巴之间先后爆发猪湾事件和古巴导弹危机。在1962年后的近半个世纪，美国与古巴的双边关系一直欠佳，两国之间时有争执；美国把古巴列为支持恐怖主义国家之一，而时任古巴共产党第一书记的菲德尔·卡斯特罗亦被称为