造后的广深准高速铁路正式开通，首批5台东风11型机车均配属广州铁路集团广州机务段运用，担当牵引25Z型准高速旅客列车投入商业运行，初期每日开行2对广州东—深圳的准高速列车（准高1/2次、准高3/4次）。1995年3月28日起，东风11型机车并开始牵引广九直通车，全程运行时间从原来的2小时40分缩短到1小时59分。及后，所有牵引广深、广九直通车的此型机车，曾改配深圳机务段；而在深圳机务段于2007年撤销后，所有此等机车恢复配属广段。1995年6月，基于广深准高速铁路提速改造的成功经验上，为即将实施的中国铁路