巡台湾兵备道，原则上受从二品之福建台湾巡抚制约，实际行政权也为福建台湾布政使所承袭。也因为台湾省与台湾道管辖区域重叠，也造成了军政皆双首长制的窘困尴尬。而首任台湾巡抚安徽人刘铭传，与同时期就任台湾道的湖南人刘璈，因争权造成许多纷争，1889年，台湾道道员刘璈因西仔反战役立功且主导兴建台北城，但最后因案充军黑龙江。