平方公里的湖泊有47个。西藏湖泊类型多样，几乎包含了中国湖泊的所有特征；区属湖泊中，淡水湖少，咸水湖多，初步查明的各类盐湖大约有251个，总面积约8000平方公里，盐湖的周围多有丰饶的牧场，也是多种珍贵野生动物经常成群结队出没之地。西藏最为着名的湖泊有纳木错、羊卓雍错、玛旁雍错、班公湖、巴松错、森里错等。2011年唯一国家科技进步特等奖的荣誉授予了《青藏高原地质理论创新与找矿重大突破》项目，该项目组织专家大范围调查了青藏高原矿产，补齐了以往的空白，首次发现念青唐古拉、冈底斯、班公湖-怒江三大巨型成矿带，