签订租税条约及在2012年7月3日签订海关互助协定。
文化关系.2001年1月，日本开始派遣赴南非。其后，日本和南非亦在2003年8月28日签订科学技术协力协定，及在2011年6月2日签订技术协力协定。南非比勒陀利亚大学和开普敦设有日语学校。