来西亚华侨，家族于当地经营木园，家境富裕，曾于新加坡修读医科。陈的父亲经历日佔、英殖时期，厌倦高压统治，战后接触到马来亚共产党。陈父怀抱建设新中国的理想，响应中共号召回乡建设祖国（一说于中共建国后遇上排华事件而回流中国），属于最早一批「爱国青年」，于长沙医学院修业，其间生活艰苦，后来到沈阳一带服务，再到青海工业厅待了三四年，成为地质考察队驻医，居于塔尔寺。之后申请调回广东，回乡寻根（另有说法指陈云根父亲因毛泽东发起反右运动，被流放农村）。陈云根的外祖父在乡下开织布厂，据称曾资助孙中山发动革命。1957年