为单位的演化，天择直接作用在跳跃子本身，而非带有跳跃子的个体。跳跃子对基因体的演化有重大影响。
基因内容和分佈.不同物种带有不同数量的基因，以不同的模式散布在其基因体内。有些物种，如大多数细菌、"Drosophila"属果蝇、拟南芥的基因体特别紧凑，非编码DNA较少。相较之下，哺乳动物和玉米的基因体则有大量的重复序列、较长的内含子以及非编码DNA。基因的内容和分佈会改变其突变率，而影响该基因以及整个物种的演化。带有较长内含子会使编码序列之间的距离增加，而使基因比较容易发生重组，包括