原南部喜玛拉雅山脉的东南端及新几内亚岛在一些地质学定义上并不归于东南亚。新几内亚岛位于印澳板块，生物相属于澳新界，地质上常将其归于大洋洲。青藏高原常被视为中亚的一部分，喜玛拉雅山脉则成为中亚和南亚的分界。如果不包括上述两区域，马来西亚位于婆罗洲的京那巴鲁山将是东南亚最高峰。但在政治地理分区，常会将印尼所属的新几内亚岛西半部（西巴布亚省 及巴布亚省）视为亚洲的一部份，如此查亚峰等三座山峰将超越京那巴鲁山；若再将缅甸位于青藏高原的领土视为东南亚的一部份，则开加博峰才是最高峰。