而其后之动员戡乱时期临时条款对司法院相关规定无任何改动，但原本民选之监察院则不再改选。故自1948年至1991年任命之院长、副院长均由1948年选出之第一届监察委员行使同意权。1991年宪法增修条文通过后由于监察院改为非民选机关，院长、副院长同意权改由国民大会行使。1997年以前院长、副院长并非由大法官兼任，任期亦与大法官不同。
宪法增修后.中华民国宪法增修条文于1997年第四次增修后院长、副院长须由大法官兼任，其任期不受保障，不同于其他大法官。于1999年2月1日后任命之司法院正副