大自然特定的生态系统，将不同种类的鱼、无嵴椎动物、植物养在一起，并调节水质，设计修饰成天然环境。生态型的水族箱是最复杂的水族箱，知名的公众水族箱都是以生态型水族箱作展览。
咸水水族箱的物种选择.除了上述的水族箱种类外，还有饲养珊瑚礁的咸水水族箱，这类水族箱模拟热带海洋温水带的复杂珊瑚生态系统，珊瑚水族箱重点是无嵴椎动物的多样性，只会有限度饲养细小的鱼类。饲养海葵、珊瑚、活礁、软体动物、甲壳动物的技术于1980年代开始发展。珊瑚水族箱被视为最难以打理的水族箱，需要很多专业知识及特制的