可能会有相容性问题。即便用来提供非核心的函式库也可能会有问题。一方面来说Autopackage提供了多数系统都可安装的档案，但另一方面来说，它也可能会与已安装的软体包有相依性的冲突。Autopackage也可以作为与发行版原有的软体包管理系统（例如RPM或是deb）互补的一个工具。不像这些格式，Autopackage检查相依性的方法是，直接检查对应的档案是否存在，而不是从资料库中查询。这简化了Autopackage的设计，因为其不需要跟踪所有提供的软体包。那些使用Autopackage的软体包也必须