正元年（1723年）才恢复宁静。
事件后续.朱一贵和直到九月投降清军的杜君英俱于十月押解北京。朱一贵被捕时面对平乱之福建水师提督施世骠（施琅之子，施世纶之弟）、清国官员蓝廷珍，犹昂然自立，自称孤家，并以反满的言论痛斥清吏道：我复兴大明，怎么可以说是造反？反而你们堂堂汉人，却在清廷做官，才真的是造反。1722年（康熙六十一年）2月22日，朱一贵、李勇、吴外、陈印、张阿山等人遭凌迟处死，亲属一同罹难。而事变起时，原任台厦道梁文煊、同知王礼、知县吴观域、朱夔因弃台而逃，均遭清廷押回台湾处