御原宫包括一座大极殿和多位官员用行政办公室，建筑格局上还有整套的复杂的下水道系统。此外考古学家还发掘出了一些很不寻常的石制建筑（其中一座被认为代表了佛教的须弥山）。在宫殿的外围是一座半城市的京城区域（"京"），之后发展为京城的「京职」机构所在地。万叶集中对天武天皇于672年迁都进行描述的诗句写到：2004年，飞鸟净御原宫遗址的大型高床式遗迹为奈良县立橿原考古学研究所发掘，具判断为飞鸟净御原宫的正殿，由此也得知宫殿的范围为南北走向800米，东西走向500米。