日获颁中华民国总统科学奖，为台湾学术界最高荣誉。2014年2月18日，吴茂昆率领研究团队新发现超导材料「铁硒化合物」的超导机制。2018年4月16日，行政院记者会宣布由吴茂昆出任教育部长。4月19日交接上任，在宣佈上任开始，由于被怀疑是因为「卡管」的政治任务而上任，所以蓝营立委就一直针对他的争议连番攻击，包括在东华大学校长任内在海外成立公司的争议等。5月24日，国民党立委柯志恩在委员会质询，揭发吴茂昆在2005年，担任行政院国家科学委员会主委期间未申报就参与在中国杭州举行的国际学术高峰会，当时吴