速度较慢且不支持分区缩放。一些专门的工具包如Clonezilla则能支持大部分主流的文件系统，并对这些类型的分区进行逐文件的克隆。
克隆后的程序.对于某些作业系统，两部位于同一网络上的电脑不可以使用同一个名称，例如：对于Windows NT及其继后的版本来说，保安认证（Security Identifier，SID）在相同的Active Directory里是不可以一样的。一个及格的硬盘克隆程式，应该要在进行克隆及还原时更改此值。此外，对于一些对硬体变更比较敏感的作业系统，例如Wi