并自海洲至福宁建造长垒，分兵把守。阮知方战败，从福宁屯退往耐轩屯和莲池屯。嗣德十三年（1860年），阮知方奉命前往南圻抵抗法军，并推荐潘清简和阮伯仪管理广南事务。嗣德十四年（1861年），法军进攻嘉定。越军战败，阮知方在抵抗中受伤，退守边和，其弟赞理阮惟和赞襄尊室峙阵亡。廷议降阮知方为参知，送往平顺治疗。同年十一月，边和省失守，廷臣上奏，称阮知方为朝廷重臣，深谙行阵，廷臣“无出其右者”，请求开复职衔，令往边和抗敌。于是，阮知方开复为兵部尚书，前往边和。路过广南时，阮知方和省臣陶致、阮轩商议增修沱㶞屯。