晋升为中将及人民武力部部长。翌年，再升为上将及党中央委员会中央委员。1992年，被委用为人民军总参谋部保卫局长。1994年7月，授予大将之位，又担任金日成治葬委员会委员。1995年12月，元应熙被任命为民武力部保卫司令部司令。一年后随即爆发以欲推翻金正日统治的第6军政变事件，金正日直属的护卫司令部在接获情报后成功镇压企图发动的兵变。自此，元应熙所带领的保卫司令部失势。同时，尽管元应熙后来在1998年的最高人民会议选举中成功连任，但他已遭到金正日所冷落。2003年，元应熙因患有肝癌而退休。翌年5月15日去