鑑中，彭百显也获得「预算审查表现」第一名与「专业素养」的第一名，与许添财都是民进党内的财经智囊。在陈定南参选台湾省省长与彭明敏参选总统时，彭百显也是重要的辅选干部。1997年彭百显未受民进党提名参选南投县长，便退党参选南投县长，击败中国国民党提名的许惠祐与民进党提名的林宗男。1998年，彭百显出任新国家连线召集人。1999年的921大地震中，南投县受创严重，彭百显开始进行救灾工作；为了获得重建经费，于2000年中华民国总统大选中支持连战。2001年1月12日，彭百显由于涉及贪污罪名受到南投地检署羁押六十