10月，日本战机的航路无数次经过国立武汉大学珞珈山校园上空却从未对其进行轰炸。10月25日汉口被日军占领，26日武昌弃守，27日汉阳失守，历经数月的武汉会战以中方战败告终，武汉沦陷，日军将国立武汉大学校园辟为其中原司令部。1939年，郭沫若应历史系吴其昌教授的邀请到内迁四川乐山的武大作讲演，宣传抗战。而日军从日本引来樱花树苗在武大珞珈山校园栽植，武大从此和樱花结缘。1940年代，为躲避战乱内迁中国西南地区的四所国立大学暨国立西南联合大学（云南昆明）、国立中央大学（四川重庆）、国立浙江大学（贵州遵义）