供奉三元大帝，改鲍姑祠为配殿。清朝康熙三十九年（1700年），广州发生旱灾，罗浮山冲虚观住持杜阳栋来到广州祈雨，后留任三元宫住持。其在任期间，重修和扩建三元宫，面积达8000平方米，又购地600多亩，被尊称为三元宫的开山祖师。中华民国时期，曾把越秀山列为军事禁区，到三元宫参拜者锐减。陈济棠主政广东期间，提倡释、道，兴盛了三元宫。中华人民共和国成立后，1965年9月广州市政府批准，以三元宫内钟鼓楼为界，把前半部分场地改作文化娱乐场所，后半部分仍归宫内道士使用。文化大革命期间，全部宫殿被霸占，神