2012年3月31日，穆兄会背景的自由与正义党推举海拉特·沙特尔为总统候选人，不过沙特尔的资格在4月14日被选举委员会认定无效，因为他刚于2011年3月获释，这违背了选举法规定的六年前获释的人才有资格参选的内容。后来穆尔西成为该党候选人参加2012年埃及总统选举。在第一轮选举中穆尔西获得24.78%的得票率，与获得23.66%得票率的前总理沙菲克进入第二轮对决。当地时间6月24日16点，埃及最高总统选举委员会主席苏尔坦公布穆尔西以51.73%的支持率（1323万票）击败48.24%得票率（1234.7万