后挂靠在国家经委、国家计委属下，最初注册资本150万元人民币，主要经营国内航空客货运输业务，运营基地分别在北京首都国际机场和天津滨海国际机场。到1996年，新华航拥有5架波音737一300客机及60名员工，总资产有6.78亿元人民币。1999年按照中共中央办公厅、国务院办公厅（中办发[1998]27号）关于政企脱钩的通知要求，并经中共中央办公厅、国务院办公厅（中办发[1999]1号）批准，新华航空公司成为神华集团全资直属公司。至2001年重组前夕，新华航开通由京津始发飞往中国内地50多个城市的共80多条航线