庆长3年（1598年）、上杉氏被转封陆奥国会津120万石时，信能也随之离开了饭山，随后被任命为防范伊达氏的要冲陆奥宫代城城主，同时与安田能元、大石纲元并称会津三奉行。此时信能的知行高（含其家臣）约为8400石，依然列家臣团的第十五位。庆长5年（1600年）会津征伐时与本庄繁长一同负责守备陆奥福岛城。随后在松川之战中与繁长、须田长义一道击退了进犯福岛城的伊达政宗大军。然而与信能等人的活跃相对的是，关原之战中石田三成率领的西军最终战败。庆长6年（1601年）、上杉氏被减封到出羽国米泽30万石，信能也随