府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。1949年3月9日，蒋经国劝吴国桢“不辞市长职”。3月18日，《上海晚邮报》报导，上海市长吴国桢坚决请辞。4月，吴国桢因目睹京沪杭警备司令汤恩伯“吃空额”、“盗卖军用汽油”等行为而对上海前景失去信心，并身患疟疾，只得向蒋中正提出辞职。蒋中正准假一个月，吴国桢乃于4月17日携家属至台湾。5月1日，行政院第五十七次会议议决：准上海市长吴国桢辞职，任命陈良为上海市长。一个月后，解放军攻占上海，吴遂定居台湾。
台湾时期.蒋下野后，吴国桢随蒋四