县木曾郡木曾町的「三岳佛法僧繁殖地」已被指定为国家天然纪念物。开田高原是的饲育地，已被列为长野县天然纪念物。鳞翅目夜蛾科的御岳夜蛾（"Apamea ontakensis" Sugi）是仅生活在御岳山高山地带的高山蛾。而只栖息在本州山岳地带的鳞翅目尺蛾科内城尺蛾（"Dysstroma truncata fusconebulosa" Inoue）已确认在岐阜县内仅栖息在御岳山。
植物.江户时代末期，御岳山的高山植物被称为珍贵的「御神草」，生长于山顶的因此大量消失。明治时代，知