佛教为主，并曾经同时流行萨满教、拜火教（琐罗亚斯德教）、摩尼教和景教（古代基督宗教的聂斯脱里派）。伊斯兰教从十世纪因喀喇汗国征服传入该地区以后，逐渐成为当地的主要宗教。十六世纪后传入吐鲁番、哈密地区。天主教和基督新教在近代传入新疆。现在新疆的宗教以伊斯兰教为主，少数人口信仰佛教、基督新教、天主教、东正教、道教和萨满教等。维吾尔族、哈萨克族、回族、柯尔克孜族、塔塔尔族、乌孜别克族、东乡族、撒拉族和保安族全民信仰伊斯兰教逊尼派，而塔吉克族和艾努人则全民信仰伊斯兰教什叶派。现在新疆的佛教主要为藏传佛教，信徒由