杯赛亚军身份参加2006-07赛季欧洲联盟杯。尽管表现不错，但他们未能从分组赛中突围。法兰克福在2006-07赛季德甲再度以第14名完赛，并闯入了德国足协杯的半决赛。2007-08赛季则以第9名完赛，使之成为丰克尔在执教生涯中最成功的排位。由于在2008-09赛季下半程的表现不佳，丰克尔于赛季末受到了媒体的广泛批评，而球迷也在主场比赛中发出将其解雇的唿声，丰克尔遂向俱乐部申请提前终止原本应于2010年6月30日届满的合同。俱乐部同意了他的请求。凭借五个完整的赛季任期，芬克尔与并列成为法兰克福队史上任教时间最