天主教徒，查理对旧教联盟统帅的第三代吉斯公爵─吉斯的亨利表达忠诚，但因为自身的意志薄弱，他在「神圣联盟」中并不得志。当1584年王位推定继承人安茹公爵法兰索瓦死后，血统上纳瓦拉的亨利就成为王位继承人，而查理成为血统第二近的推定继承人。于是吉斯的亨利与天主教联盟就把查理当作他姪子的对头，主打查理才有继承权，否认其新教徒侄儿的王位继承权。当吉斯的亨利与其弟─在布卢瓦三级会议期间被法王亨利三世刺杀后（1588年12月23日），查理枢机被亨利王逮捕，关押在丰特奈勒孔特城堡。1589年亨利三世被刺身亡后，天主