开始后金即与漠南蒙古（即今内蒙古自治区）察哈尔部发生一些小规模军事冲突。不过直到此时，由于之前后金的羽翼实力尚未丰满，努尔哈赤不敢同时与明朝和漠南蒙古进行两线作战。萨尔浒战役大获全胜后，后金继续攻击明朝驻守的铁岭，大伤元气的明朝此时不得不向末代蒙古大汗林丹汗求援，并给予蒙古以经济方面的好处。于是林丹汗急派内喀尔喀五部、科尔沁部率军万余人驰援明军，当蒙古援军抵达铁岭时，后金军已经攻陷铁岭，在数量占优且士气高涨的后金军的攻击下，蒙古军战败。铁岭、沈阳之战的失利使林丹汗的势力退回到漠南蒙古境内。皇太极即位后，