数学和天文学出现了倒退，明朝年间失传的宋元两代的数学知识经过清代学者梅谷成等人重新发现并加以研究；另外，明朝初期也立令殊死学习天文学的民人，放宽禁令后有学者编写了一部天文着作，可是无人问津、不被重视且「未曾用之」，以至到了后期朝廷在天文方面要依赖传教士利玛窦。《四库全书》对西方科学书籍作出较高的评价：「欧罗巴人天文推算之密，工匠制作之巧，实逾前古。其议论夸诈迁怪，亦为异端之尤。国朝节取其技能而禁传其学术，具存深意」，也将西方宗教与西方科学作了区分，强调“「节取其技能」”，《四库全书》的作者们明白传教士的