红磡—上海（Z99/Z100次）的直通车则隔日开行。直通车的旅客在始发站办理出境手续后即可乘坐列车直达目的地才办理当地入境手续，中途无需下车。广九直通车车票在港铁的城际直通车网站上发售，但需在指定取票点取票，亦可在广州东站或香港红磡站现场购买；京九、沪九直通车仅能在北京西站、上海站或香港红磡站现场购买。
国际联运.目前中国开行的国际联运列车有前往蒙古的乌兰巴托、俄罗斯的莫斯科、伯力和海参崴、朝鲜的平壤、哈萨克斯坦的阿拉木图和努尔-苏丹、越南的河内等地的列车，旅客在边境口岸办理出境手