牠们并非季节性繁殖的，而是机会主义者。雌鸟每次会生2－3只蛋。雄鸟及雌鸟会轮流孵蛋，而不孵蛋的则会负责监检。由于蓝脚鲣鸟没有孵卵斑，牠们会用脚来保温。雏鸟初期不能控制体温，要到一个月大才可以。牠们会每隔五天产一颗蛋。蓝脚鲣鸟是两种会哺育多于一只雏鸟的鲣鸟之一。这是由于雄鸟适合潜入浅水中，经常提供食物予雏鸟。雏鸟会吃成年口中的反刍物。若父母没有足够的食物，牠们只会餵最大的雏鸟，以确保最高的生存率。牠们最初会保卫2－3个巢穴，直至生蛋前几星期才选择适合的。孵化期为41－45天。牠们会在黑熔岩的凹陷处筑巢。雌