组织管理中共党员党籍、入党、筹建学校及培养干部。尽管拥有大量权力去组建政党团队和后备力量，但他却没有利用它去建造自己的帝国。1938年3月，同于若木结婚，婚后经常将一些孤烈士遗孤带到家中吃饭辅导。4月30日，任中共中央青年工作委员会书记。9月，陈云在抗日军政大学作《论干部政策》的讲演，系统性阐述陈云对组织工作的见解。11月20日，日军轰炸延安时，陈云被埋在窑洞里，但因发现及时得以脱险。12月，短期兼任中央党校校长一职。1940年10月，中共中央成立中央救济委员会，负责救济被捕同志。救济委员会内部工作由陈云