属于西班牙帝国而非葡萄牙帝国。由于其孤立的地理位置，且路途中所遇到的强大土着战士，如、、、及，使得仅有偶尔到访的探险队与耶稣会传教士至此。1708年，在米纳斯吉拉斯爆发，殖民政府支持的埃姆博阿巴人获胜，保利斯塔人则向西移动至马托格罗索，并于1719年在库亚巴发现黄金，造成一股淘金潮。1761年首府迁至维拉贝拉，1820年首府迁回库亚巴。1822年成为帝国的省份。淘金热过后，马托格罗索又成为偏远之地，以农渔为生。1864年爆发巴拉圭战争，战后巴拉圭割让土地予巴西及阿根廷，使马托格罗索州的土地面积增加。20世纪