化大革命期间，1969年12月孙清云入中国人民解放军服役。转业地方后，先后在《中国青年报》报社、中共黑龙江省委办公厅、中共山东省委办公厅、国务院办公厅任职，曾是原国务院副总理姜春云秘书。1998年，姜春云不再担任国务院领导职务；当年12月，孙清云调陕西省工作，任中共西安市委常委、副市长。2000年10月，任中共西安市委副书记。2002年2月，任中共西安市委副书记，西安市人民政府代市长、党组书记。2002年4月，任中共西安市委副书记，西安市人民政府市长、党组书记。2006年7月，任中共陕西省委常委、中共西