ED60型电力机车投入运用初期，1～3号机车首先配属于甲府机关区并投入中央本线运用，后来亦曾经配属北松本电车区（后来的松本运转所北松本支所）并投入大纟线运用；4～5号机车配属作并机关区，投入仙山线运用；6～8号机车配属凤电车区（后来的龙华机关区），投入坂和线运用。当黑部川第四发电所的建设完成后，在大纟线运用的1～3号机车亦改作他用。1号机车仍然配属松本运转所北松本支所，在大纟线担当货物列车的牵引任务。2～3号机车于1962年转移至甲府机关区，并于1965年4月再转属八王子机关区。同年夏季，这两台机车被转