时三军缺乏粮食，米价很贵，仲文私卖军粮，被免职。次年恢复官爵，率兵驻屯马邑以防御突厥。数旬而罢。 晋王杨广看中了于仲文的将领之才，命他监督晋王军府事。突厥入侵，杨广为元帅，以于仲文统领前军，大破突厥。仁寿年间，杨广被立为太子，于仲文成为太子右卫率。隋炀帝即位，为右翊卫大将军，掌管文武官员人选事。跟随隋炀帝西征吐谷浑，进位光禄大夫，很受皇帝信任。大业八年（612年），炀帝东征高句丽，于仲文率一军征战乐浪道。在乌骨城（辽宁凤城边门镇），于仲文故意将数千赢弱的驴马牲畜放在大军后面，引诱高句丽守军出城抢夺，