问题.日本欲将有遭核污染之用品输台，导致反核食品进口抗争事件。另外更敏感的是海域、空域之敌我识别问题，尤以在钓鱼台列屿、与那国岛、八重山群岛最严重（其中最为严重的就是钓鱼台列屿，中华民国强烈且严厉主张此列屿为中华民国固有领土）。凡中华民国之船只（无论是渔船、海洋研究船（如海研号、达观号）、学术研究用动力船或帆船等）、航空机（包含客机、无人机、气象研究机（即「追风计画」）皆在内）等进入此范围，即遭日方警告。因此爆发超过数十次的外交争议，历任中华民国驻日代表皆对此向日本历任内阁或议员抗议，但日方皆不理不睬。此