大限度地降低对于藏羚羊等野生动物的原有生活环境的影响，青藏铁路全线共设置野生动物通道33处，沿线路方向累计宽度近60公里。沿线还设有大量的桥梁、低路堤及家畜通道可供野生动物通行。路基附近进行了草皮移植。中国政府表示青藏铁路开通后，更多的西藏居民可以烧煤作燃料，而保护了当地的树木。
环境.由于青藏线的列车入藏后全程封闭供氧，旅客不可能打开车窗，所以旅客乱扔垃圾的问题不会出现。青藏铁路沿线各个站台都有垃圾站，所有垃圾一概运到格尔木处理。每辆载客车卡设有污水收集缸，到达车站后才以污水