果羊水或母体血清中α-胎儿蛋白超过正常范围，需考虑胎儿发育异常；诸如：神经管缺损，先天性肾病变，肠道闭锁、死胎、胎儿窘迫……等。也就是说，α-胎儿蛋白虽是一项非特异指标，但对于产前评估胎儿健康状态甚具临床价值，也是帮助检查胎儿异常之一项筛检工具。许多肝病皆可能伴随α-胎儿蛋白之升高，因此可作为临床参考。例如80%~90%的肝细胞癌病人，其血液中α-胎儿蛋白有升高之现象，故在肝病甚为流行的区域(如台湾)，利用α-胎儿蛋白及超声波作为高危险群病人筛检方式，成效不错。再如肝硬化病人当中有些合併有α-胎儿蛋白之