电子显微镜下观察染病水鼬的粪便，发现冠状病毒颗粒，显示此疾病为冠状病毒感染造成，即水鼬冠状病毒。
基因组.水鼬冠状病毒（MCoV）的基因组约长28900nt，除冠状病毒皆有的复制酶和刺突蛋白（S）、膜蛋白（M）、外膜蛋白（E）与衣壳蛋白（N）等四种结构蛋白外，此病毒在刺突蛋白与外膜蛋白的基因有一开放阅读框，编码一辅助蛋白3c，另外在基因组的最3端（衣壳蛋白基因的下游）还有三个开放阅读框，编码7a、3x与7b等三个辅助蛋白。序列分析显示甲型冠状病毒属中，水鼬冠状病毒与雪貂冠状病毒