又归属于晋朝。吴交阯郡吏吕兴起事反抗吴国统治，引发「交阯之乱」，董元受霍弋派遣与爨谷、马融、杨稷、毛炅等人率军前往交阯支援叛吴的吕兴，安抚了交阯等三郡。宝鼎三年（268年，晋泰始四年），吴国派刘俊等引兵来讨伐，董元随时任交阯太守的杨稷数次击败吴军，后又与毛炅一起攻击吴军驻地合浦，在古城大败吴军，吴将刘俊、修则战死。此战取胜后，九真、郁林两郡也归附晋国，董元被任命为九真太守。建衡三年（271年，晋泰始七年），吴将虞汜、陶璜等再次率大军前来，董元随杨稷等人在分水大败陶璜军，杀死其两员将领。不久后，董元被陶璜