央航空公司总经理陈卓林、副总经理查夷平、营业组主任邓士章，及中国航空(中航)高层指示飞行员将飞机飞往中国共产党控制的大陆地区，而非国民党控制的台湾，历史称此为「两航事件」。自此，中华民国所辖的央航及中航正式宣告步入历史。1949年12月5日，中央人民政府政务院印发通知，决定继续保留中国航空公司、中央航空公司，由军委民航局管理领导。1952年5月7日，国务院、中央军委发出《关于整编民航的决定》，将中国航空公司、中央航空公司整合组建中国人民航空公司，但该航空公司于1953年6月9日与军委民航局合并。