弘治初年，晋升爲刑部员外郎，历任固原兵备副使、陕西按察司副使。九年后，升福建按察使、浙江左布政使。正德初年，以都察院右副都御史巡抚河南，迁刑部右侍郎。陕西游击徐谦讦攻御史李高，徐谦为刘瑾余党，欲诬陷李高；陶琰调查后上书，刘瑾大怒，借其他事情逮捕陶琰入诏狱，禠其职，又罚米四百石输边。刘瑾被诛后，起用为左副都御史，总督漕运兼巡抚淮、扬诸府。正德六年（1511年），转为南京刑部侍郎。次年，刘七率众侵犯江南，王浩八又入衢州。陶琰担任右都御史，巡视浙江。此后平定叛乱，并赈灾飓风灾害。此后又命总督漕运，连续上疏