军队总参谋部几乎屠杀殆尽、另有大量政府官员和军队人员被杀害。直至1979年初，柬埔寨大约有200万人因疾病、过度劳动、营养不良、杀戮等原因丧生，占当时约八百万人口的四分之一，被历史学家称为「红色高棉大屠杀」。对外关系上，由于柬埔寨与越南的宿怨，而越南在中苏交恶中支持苏联，波尔布特奉行反苏联、亲中国的外交政策。1978年12月，越南全面入侵柬埔寨，由于民众对红色高棉政权的不满，越南很快就占领了大部分地区，1979年1月民主柬埔寨覆灭，越南扶植韩桑林建立柬埔寨人民共和国政权。波尔布特等领导人撤退到泰柬边境的