，原新潮流系成员翁金珠接受林义雄的託付，宣佈参选民进党主席；原新潮流系总召段宜康以「翁金珠未与新潮流报备即自行参选」为由，自认督导不周，辞去新潮流系总召，由洪奇昌代理总召。之后，由赖清德继任新潮流系总召。2005年12月15日，林义雄罕见地召开两场记者会，发表一封给民进党全体党员的公开信与一封给陈水扁的公开信，明确建议总统府高层不宜参选民进党主席。2005年12月16日，林义雄发声明稿唿吁民进党全体党员：曾经担任总统、副总统、行政院长，甚至有意参加2008年总统选举的人，都不适合担任新的民进党主席。