收费区内设有四条扶手电梯及两组楼梯往返月台。连接站台与站厅的专用电梯位于站厅一侧的电梯门设于站厅南侧的非付费区，乘客使用时需要向车站工作人员求助以便协助使用。三元里站设有便利店、面包糕饼店、糖果店以及洗衣店。此外本站亦设有自动售卖机、自动照相机、中国建设银行自动柜员机、“好易”自助服务机等自助服务设施。
月台.三元里站设有一个岛式月台，位于广园西路东侧地底。另外，本站北面设有一条存车线。该条存车线用于停放备用车，并在晚高峰期间向南开出疏导客流。本站曾经作为2号线北面终点站，