曾受匪训为匪工作为由，触犯《惩治叛乱条例》第二条第一项唯一死刑之叛乱罪，提起公诉。案经台湾警备总司令部军事法庭审理结果，以柏杨于侦查中坦承犯行，已具悔悟之意，且其犯罪情节尚非重大等，依法减刑，于1969年8月11日判处有期徒刑12年。。当时旅美学人孙观汉、刘述先，甚至美国舆论界，都大力救援柏杨，但救援无效。1969年倪明华提出离婚要求，柏杨在狱中绝食21天。柏杨被移送绿岛，1975年因蒋中正逝世减刑至八年。原于1976年3月6日刑满出狱，但却遭国家安全局核定，由台湾警备总司令部移送绿岛指挥部任「看管雇员