远而辞职的教授请回学校，同年8月，束星北回到浙江大学任物理系副教授。1937年，他晋升为教授。1937年7月7日，七七事变爆发，日军全面侵华，8月13日，淞沪会战开始，日军开始轰炸杭州。从9月起，浙江大学开始了长达历时两年半的西迁之路，经天目山、浙江建德、江西吉安、泰和、广西宜山，最后于1940年2月到达贵州遵义市、湄潭。1940年3月束星北父亲病逝，他回家乡奔丧，同年6月回到湄潭。1941年夏束星北母亲又去世，他又回去奔丧，1942年5月回到湄潭。1944年4月，束星北受聘于重庆国民政府军令部