南港院区，展品包括该所典藏之台湾南岛民族文物、台湾考古出土文物、汉族民俗与宗教文物、环太平洋地区国家之文物，及源自于历史语言研究所的中国西南少数民族文物等。
特色.该馆展示的「排湾族佳平旧社zingrur头目家屋祖灵柱」及「阿美族太巴塱部落Kakitaan祖屋雕刻」，均为中华民国文化部指定之国宝。惟该馆系研究机构附设之博物馆，人力有限，开放时间较少，2021年时开放时间为每週三、五、六。