子叶植物97种、单子叶植物28种。禾本科有19种最多，菊科17种次之，再其次是豆科15种，大戟科8种、锦葵科7种，其他各科种类均未及10种。
地质.花屿的地质组成与澎湖群岛其他岛屿相当不同。澎湖群岛的地质大多由基性的玄武岩质的火成岩所构成，但仅有花屿由安山岩质与酸性流纹岩火成岩所构成。大约于9000万年前到5000万年前形成，为澎湖群岛最古老的岛屿。从地质年代上来看，澎湖群岛的地质主要是由更新世火山作用造成，可以从岩层构成年代分为数个地质层，由新至老分别为海滨堆积层、湖西层群、