招生。2006年，药物及健康应用研究所成立。同年，澳门科技大学的拥有权转予澳门科技大学基金会。2010年，澳门科技大学成立十周年，国际小行星中心和国际小行星命名委员会批准国际编号为200003号的小行星，正式命名为“澳科大星”。2010年，太空科学研究所成立。2011年1月，中药质量研究国家重点实验室（澳门科技大学）由中华人民共和国科学技术部批准正式成立。2013年1月23日，学校突然宣布上调学费，引起澳门社会各界质疑。（请参见澳门科技大学学费风波）于2月1日校监廖泽云在接受媒体採访回应