三子相继上疏后，他和严嵩的关系已经无法调和，更是触怒圣上，内忧外患，连续数月“卧不贴席”。直到嘉靖三十八年五月初三，因一品考满九年，徐阶本官被改为吏部尚书，重新执掌吏部。嘉靖三十九年（1560年），世宗加恩于诸臣，徐阶加太子太师。两个月后，春坊中允郭希颜所上《安储之疏》被嘉靖采纳，但是国本之争越发严重。冬天的时候，因为滦河事变而被抓住把柄的王忬被严嵩稍加挑拨便被害死，后徐阶以秦桧杀岳飞来比喻这一事件。随后在复书王舆龄时提到现在大家都老了但是问题依旧没有解决，不根除在政府内部的祸患，仅仅一直在那里修剪枝叶