一位辞职的部长是经济部长宗才怡，任命48日后因受不住立法院的强大质询而请辞。行政院秘书长李应元后来亦因参选台北市长而辞职。在2002年11月，发生渔农会信用部风波，游钖堃因此三次向陈水扁辞职，后来对行政院作出小幅改组。2003年末，新党籍的环保署长郝龙斌因对公投的理念不合而请辞。游内阁在陈水扁连任后进行大规模改组，行政院副院长由叶菊兰继任等。由于2004年的立法委员选举未能完成国会过半的目标，故未能于2005年依惯例请辞后续任。游内阁振兴经济有成。上任时，台湾一方面遭受2001全球网路泡沫化影响，