父郑希远徙居钱塘，后又流寓平江。郑元祐幼年右臂受伤，遂以左手写字，能左手作楷书，世称一绝，自号尚左生。至正十七年（1357年）被任命为平江路儒学教授，升迁为江浙儒学提举，学者称遂昌先生。其集以侨吴名，卒于惠宗至正二十四年。着有《遂昌杂录》一卷。曾题跋于赵孟頫《临韩干相马图卷》、王羲之《感怀帖》。