开始定居于香港。2001年11月，孙治平在儿子孙国雄等亲属陪同下，在中华人民共和国成立后首次踏足中国大陆地区，游览了北京、上海、南京、广州等地。于11月25日，到祖父孙中山故乡广东省中山市翠亨村探亲祭祖，逗留三天。2005年4月6日，孙治平在香港柴湾东区尤德夫人那打素医院病逝，享寿91岁。4月14日，孙治平于香港殡仪馆举殡，除了香港知名人士、中山市与翠亨村代表外，中华民国的政界高层人士连战、江丙坤、马英九、陈水扁，中华民国外交部驻港机构中华旅行社均有派代表出席。孙治平遗体最后葬在美国夏威夷坟场。