林代表宾夕法尼亚参与第二届大陆议会，但列星顿和康科德战役的消息传抵费城后，密夫林便决定辞职从军。他与其他费城商人重组了商团民兵，然后加入大陆军麾下。密夫林的军旅生涯遇有多番波折。起初，密夫林深获华盛顿器重，并出任大陆军军需官，负责后勤事宜。密夫林也以准将身份参与了长岛会战，为撤回曼哈顿岛的大陆军殿后。1776年底，大陆军因接连战败而岌岌可危，密夫林又受命赶回费城，说服商团民兵继续为大陆军作战。结果这批士兵协助华盛顿在特伦顿战役、阿孙平克溪战役及普林斯顿战役取胜。1777年，密夫林获大陆议会任命为少将