其他文科、理科多併入北京大学、工学院併入清华大学。燕京大学校址“燕园”校舍由北京大学接收。
传承.国民政府迁台后，燕京大学校董会联合其他十三所基督教大学在香港成立崇基学院，崇基学院随后被併入香港中文大学。燕京大学校园在中华人民共和国成立之后由中共政府接管，燕京大学就此终结，1952年全国高校院系调整，北大迁入燕大的校址。由于当时“院系调整”规模较大，除院系外人事亦有很大调整，涉及全国几乎所有高等院校，其中一些调整在1949年以后已经开始，所有原教会背景学校于此时停办，院系及人员