辅酶B的完整化学名称为7-巯基庚酰苏氨酸磷酸酯(7-mercaptoheptanoylthreoninephosphate)。分子中含有一个巯基，是其最主要进行反应的位置。辅酶B与2-甲基巯基乙烷磺酸(甲基-辅酶M，缩写成)反应，在产甲烷作用中释放出甲烷：这种转换的催化酵素为甲基辅酶M还原酶，它含有辅因子F430作为辅基。一种相关转换，利用到HS-CoB及HS-CoM两者，由延胡索酸还原酶催化，将延胡索酸还原成琥珀酸：