2010年2月担任国立政治大学台史所客座助理教授。2010年9月-2011年2月担任国立清华大学人文社会学院客座助理教授，并受美国在台协会高雄美国资料中心（American Corner）邀请演讲「我在哈佛的日子」。2011年1月，香港市民支援爱国民主运动联合会主席司徒华逝世，王丹向香港特区政府申请入境悼念司徒华，甚至主动作出「不见记者、不搞公开活动、不开记者会、不在香港过夜」的「四不」承诺，但仍遭港府拒绝入境。香港保安局局长李少光曾说：「哀悼华叔不一定来香港」。因此，王丹遂称，香港「一国两制」已死