数据库比对，以调查可能在基因组中有相关纪录的路径及其相关功能。开发者表示，KEGG是生物系统的「电脑表达形式」（computer representation）。KEGG将生物系统的零件与线路综合为一，具体而言，其所整合的是基因与蛋白质的遗传部件、小分子及化学反应的化学部件、以及分子互动与反应网络的线路图。此概念于KEGG的数据库之下，系统、基因组学、化学、健康资讯的分类下得以实现。