二伊玛目派和宰德派在伊朗某些地区盛行。在此期间，伊朗的什叶派兴盛于库法、巴格达还有后来的纳杰夫和希拉。什叶派是塔巴里斯坦、库姆、卡尚、阿瓦吉和萨卜泽瓦尔的主要教派。在许多其他地区，什叶派和逊尼派的居民混居在一起。10世纪和11世纪，法蒂玛王朝派遣伊斯玛仪派传教士到伊朗以及其他穆斯林地区。伊斯玛仪派分为两个派别，在伊朗建立了自己的根据地，哈桑·沙巴于公元1090年占领了阿剌模忒堡。尼扎瑞斯（Nizaris）派长期使用这个堡垒，直到1256年蒙古人将其摧毁。蒙古入侵和阿拔斯王朝沦陷后，逊尼派等级制度摇摇