独立国家，台湾人民选出来的总统就叫中华民国总统，这是蓝绿阵营的最大公约数」；她将此称为「九六共识」，作为凝聚国民对国家定位及台湾认同的基础。吕秀莲认为，九二共识不存在，九六共识比九二共识更能凝聚台湾人民的国家认同。2010年3月18日，吕秀莲结合民主进步党、台湾团结联盟与三十多个本土社团，宣布成立「九六共识推动联盟」，主张「总统民选，主权独立」，唿吁各界响应确认1996年3月23日台湾首次总统民选日为「国家主权独立纪念日」，并要求马英九勿再提九二共识。曾任行政院大陆委员会主任委员的台湾团结联盟主席黄昆辉