康熙帝即位后，鳌拜、索尼、遏必隆、苏克沙哈等四大顾命大臣执政，颇重视杨光先的意见，交由礼、吏二部会审。康熙四年（1665年），议政王等定谳，判决汤若望处决（后在孝庄皇太后斡旋下未执行），南怀仁流放；钦天监中与传教士合作的中国官员如李祖白等亦处死，史称“康熙历狱。”历狱后，杨光先被任命为钦天监监副，但他自知天文学学识远远不足，于是上疏请辞。结果清廷非但驳回他的辞呈，反将其提升为钦天监监正。杨光先屡辞不获，只得将自己的着作编辑整理为《不得已》一书，以旧说制约汤若望。接着引荐吴明烜为钦天监监副，由其负责推算，