自捐和募款，将慈云佛堂二次改建，改以钢筋水泥及红砖建造二楼式斋堂。楼板採用工字樑的工法设计，在当时可以说是相当先进的工法。同时外观配合闽式特有的骑楼设计，建造红砖拱廊。慈云佛堂整体建筑结构，大致在这个时期确定下来而延续到今天。1931年（昭和6年）蒋渭水因为感染伤寒病逝台北病院，其德配陈甜年仅卅二岁，选择在慈云佛堂，长伴青灯古佛渡过余生。1942年（昭和17年），信徒大会共同决议之后，将慈云佛堂更名为慈云寺，由普谦法师（俗名张坤艮）担任首任住持。
民国时期.1958年（民国