直属站管辖，现仅办理货运、不办理客运业务，是三等站。兴卫村站建于1981年。1986年南京至南京东区间进行第三线工程，施工人员分别分头从南京站和南京东站修筑通往本站的线路，分别于1988年8月和1988年12月投入使用。1990年在兴卫村站出岔的南京城北环线投入使用。2017年尧化门货场建设期间，施工人员对兴卫村站东咽喉道岔进行改造，以减少货场取送列车过站时切割京沪下行线带来的影响。