在1540年巴库再被萨非王朝军队夺回。1603年萨非王朝的阿巴斯一世下令摧毁该城堡。
近代.在18世纪，巴库为巴库汗国都城。之后与俄罗斯帝国一直有着战争的关系。于1723年6月26日，经过长时间的围困和炮击，巴库向俄罗斯投降；萨非王朝丧失了高加索区的领土。根据彼得大帝的旨意，城市指挥官Baryatyanski王子留下两团士兵（2,382人）驻军巴库。但1730年，伊郎的纳迪尔沙王又取得优势而收复巴库。十八世纪末，沙俄决心优先征服整个高加索地区；但阿迦·穆罕默德·汗卡扎尔于1795年