物品办理出入境手续程序，由原来的东莞常平口岸办理改为在列车运行在广州东站至深圳站区间途中办理出入境手续。广州东站海关、天河出入境边防检查站以及天河出入境检验检疫局等出入境查验单位人员会在广州东站或深圳站上车，在广深线运行途中为旅客办理手续。列车不再停靠东莞站，出入境旅客无需下车即可办理有关手续，节约了近一个多小时的时间。2003年10月2日，北京西站的出入境联检厅启用，乘客只需在始发站及终到站办理出入境手续，列车运行时间进一步减少。列车实行封闭运行管理，来往京港的旅客不能再于中途站上下车。2005年