政府禁止所有的教堂和清真寺。独立以来宗教成为了人们的自由选择。虽然总统纳扎尔巴耶夫信仰伊斯兰教，但他也多次强调哈萨克斯坦是世俗国家，不提倡激进的宗教主张。伊斯兰教为哈萨克最大宗教，第二大宗教则为正教会，经过数十年，独立后则以宗教表现出个人身分认同。宗教行为自由以及完全的宗教自由使宗教活动增加，数百座清真寺、教堂及其他宗教建筑于数年间建成，宗教相关组织于1990年为670个，至今则达4,170个。无教派穆斯林为哈萨克穆斯林的主要教派，其他则信仰逊尼派的哈乃斐派，信仰者包括哈萨克族（约佔60%的人口）