924年（民国13年）12月，江西督理蔡成勋被迫下野，方本仁暂署江西督办。1925年（民国14年）1月，方本仁被正式任命为江西督办。同年11月，任孙传芳五省联军赣军总司令。1926年（民国15年）3月，被吴佩孚罢免。此后，方本仁逃往中国国民党控制的广东省，被任命为江西宣抚使兼第11军军长。1927年（民国16年）6月，任太原政务委员会委员。1929年（民国18年）3月，在中国国民党三届一中全会上，获补选为中央政治会议委员，同年5月任湖北省政府民政厅厅长兼代理省政府主席。1930年（民国19年），任国军编