亚和黑塞哥维那塞尔维亚共和国的军队参与波斯尼亚战争。2003年起该军队与合并。2006年6月6日，该军队完全与波斯尼亚和黑塞哥维那武装力量合并，并受波斯尼亚与黑塞哥维那国防部统一指挥。2005年曾与境内的波斯尼亚、克罗地亚武装一同参加美国领导的伊拉克作战任务。