日军自承25人战死、20人受伤，但亲临者认为当时基地受创严重，损失远大过此数字。新竹海军航空队则在1944年1月1日解散，未完训的飞行员移编给其它飞行队继续训练，会导致部队撤编，实际毁损成果应超过日军自承损失。成功打击新竹基地，可说是1939年10月汉口大空袭以来最成功的一次空军行动。因为海军战力匮乏，日本本土紧急调派飞行第246战队（配发二式单座战斗机）与飞行司令部侦查机中队赴台，后续由独立飞行第23中队换防；十四航空军在1943年秋以后开始利用江西省前线机场威胁日本海上交通线甚至是台湾、海南岛、菲律