国立清华大学先与国立北京大学、南开大学合组为国立长沙临时大学、1938年再度南迁组成国立西南联合大学，在前任图书馆主任朱自清主事下，原国立清华大学图书馆亦先后与两校图书馆合组为国立长江临时大学图书馆及国立西南联合大学图书馆。直至1945年日本投降、第二次世界大战结束，国立清华大学1946年于北京复校，始复设国立清华大学图书馆。其时，图书馆亦对校园文化产生影响，国立清华大学学生间形成了「挖矿」的流行语，为赴图书馆钻研学术的代称。随中华民国政府迁台，1955年，国立清华大学校长梅贻琦在台湾主持在台复校之初即