馆于台北宾馆举办「中日和约生效60週年纪念特展暨座谈会」，中华民国总统马英九出席并提出「东海和平倡议」。2013年4月10日，第17次台日渔业会谈于台北宾馆举行，由日本交流协会会长大桥光夫与亚东关系协会会长廖了以签署《台日渔业协议》，试图在不触及钓鱼台列屿主权争议下解决台日双方渔民周边渔业范围议题。2006年2月20日，《台湾苹果日报》揭发，第二届总统府青年工作团团员陈男、团员李女于2005年10月私下拜託总统府第三局管理科杨科长协助，未提出申请就带着婚纱业者闯入台北宾馆拍摄婚纱照，亦未遭宪兵三三二营驻