第41天时请辞获准，成为任期最短的教育部长（7月，监察院以吴在东华校长任内的学术争议通过弹劾并移送公惩会）。6月初，台大学生、台大校方与校长当选人分别委请律师向行政院提出行政诉愿。反对教育部介入的知名人士包括教育部前部长曾志朗、台北市长柯文哲、作家龙应台、曾任《新新闻》社长的王健壮、作家张大春、吴敦义、前行政院政务委员高思博等人。2019年8月1日，教育部公布修正「国立大学校长遴选委员会组织及运作办法」，明订校务会议有权解散大学校长遴委会的权力。此一修法被外界称为「管中闵条款」，新版办法规定，国立大