芽枝霉门是真菌中的一门，生存于土壤及淡水之中，且绝大部份为腐生。芽枝霉门有一纲、一目、五科。其中的三科中，有些物种为病原体，会感染水熊虫、水蚤、线虫、多种水生以半水生的植物，以及孑孓等生物。芽枝霉门原本归于壶菌门之中，但2006年对DNA序列的研究将其和其旁系群－新美鞭菌门提昇为门。