不晓得其化学结构，例如生物化学家吴宪， 称其为磷-24-钨酸，化学式为3HO.PO 24WO.59HO，(PWOH).29HO，其中钨、磷和氧的数量有误，但比例是正确的，一直到1970年代还有论文用到此不正确的化学式。在组织学中磷钨酸常用在细胞样本的染色，常和苏木精一称使用，称为。磷钨酸会和结缔组织中的纤维蛋白、胶原蛋白及纤维结合，形成不同的颜色。磷钨酸是电子致密的物质，在电子下是不透明的。在透射电子显微镜中，可以用磷钨酸来针对病毒、神经、多糖及其他生物组织进行负染色。
结构