列车达到43对，其中短途高铁数量30.5对，长途高铁数量12.5对。不过该站始发的所有长途旅客列车在途径深圳北站时，均不办理上、下客客运业务。另外，该站也会于同日起开行往惠州南站方向的城际动车组列车，每天早、晚上下班时间各安排一趟列车对开。同时开行往深圳坪山站方向的城际动车组列车，每天开行2对。2017年8月18日，为配合佛山西站开通运营，原该站始发的G6520次及G6532次，运行区间延长至佛山西。2018年9月23日，为配合广深港高铁香港段开通，福田站进行车次优化调整。受广深港高铁发车频次和福田