至元二十六年（1289年）正月，忽必烈下诏将150万元、米四万斤、盐五万斤用作开河经费，征集了三万民工，开始开凿山东须城（今山东东平）安民山到临清的运河会通河；六月时完工。会通河全长二百五十里，建闸三十一处，与运河相通。至元二十九年（1292年）通惠河在郭守敬的主持下开修，至元三十年（1293年）完工。通惠河全长一百六十里（82千米），东连白河（通州至直沽），南接北运河（直沽至临清），此外还与会通河、扬州运河和江南运河相接。从大都到浙江杭州的南北大运河自此再度恢复全线通航。
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