学的基础而言，学界已普遍同意蛇类是系出于蜥蜴类的。从两者分子结构研究所得的结果，更充分地支持这个说法；目前学者假设拥有毒素的蛇类是远古毒蜥蜴类生物的毒素直接继承者（详见蛇毒）。从蛇类化石的研究中，学者认为蛇类是白垩纪时代的洞栖蜥蜴一系演化而成的，例如巨蜥或其它邻近种类。一条早期被发现并被命名为「"Najash rionegrina"」的蛇类化石，相信是以双足活动的洞栖性生物，牠的身体已经拥有荐骨，而且其生活习性完全是陆行性的。一种被认为与上述化石相似的现存生物，是位于东南亚婆罗洲的拟毒蜥，不过这种巨蜥是