4年底，王拓加入新潮流系。2005年，民进党征召王拓参选基隆市长，登记参选后，为统合泛绿势力，改为支持台湾团结联盟提名的陈建铭参选，但陈建铭最终仍败给国民党候选人许财利。在第二次张俊雄内阁时，王拓担任行政院文化建设委员会主任委员。民进党在2008年中华民国总统选举失败，再度成为在野党，由蔡英文接任主席。2008年5月21日，蔡英文任命王拓接任民进党秘书长。直到在2009年卸任为止，王拓在任内不支领薪水，推动开源节流，使民进党中央党部顺利偿还约新台币1亿5千多万元的债务，避免走入债务协商的窘境。卸下职务后