明太祖朱元璋御碑被推倒，断成两截。 1983年，广州海运局将神庙保护范围的土地全部移交给广州市文化局，重修动工典礼在1986年年初举行。1989年，全木结构的大殿与洪武碑亭落成，此后礼亭、廊庑、后殿、碑匾等修复、重建工作也陆续完成。 2006年，瑞典仿古商船哥德堡号重走海上丝绸之路，最后的终点站就是广州的南海神庙。
建筑.南海神庙坐北向南，占地3万平方米，是明代建筑风格。其主体建筑沿中轴线从南到北依次为头门、仪门、礼亭、大殿、昭灵宫共五进，一进高于一进，其他附属建筑均以五进