四年（1878年），陈大生、李安邦、苏添港等又再次发起重修。日治时期，护庇宫在大正三年（1914年）整修过一次。而后在大正十四年（1925年），盐水街长陈宗能倡议前往湄洲进香，众人附和，遂派陈却、李海龙二人奉开基三妈出发，事后又迎回一尊妈祖神像。皇民化运动时期，为避免庙中神像被「诸神昇天」而火化，陈宗能将宫中神像请出，分寄于民宅中，另外购置类似神像作为替代品。而神像虽倖免于难，但 护庇宫被改成谷仓。二次大战后，信众于民国四十七年（1958年）11月组织重建 护庇宫委员会，次年（1959年）3月动工，