1995年车站重建站房，新建票房、行李房、候车室等设施，于1996年6月10日竣工，面积1300平方米。符离集站客运于2006年4月1日被上海铁路局以提高运输效率为由停办，同时驻站派出所撤销，导致当地符离集烧鸡生产企业生意大减。2006年5月车站至京沪铁路林场站区间线路实现电气化。2008年原徐州铁路分局划归上海铁路局管辖，符离集不再为局界站。2009年开工、2014年12月10日开通客运的宿淮铁路即以符离集站为起点，但该站仍未恢复客运。2018年建成符夹线车站至闸河站区间复线。2020年开工的