干隆二十四年（1759年），清军平定大小和卓之乱，置参赞大臣办理喀什噶尔事务，受伊犁将军节制。首任参赞大臣为海明，驻徕宁城（喀什噶尔满城）。干隆二十八年（1763年），以参赞大臣纳世通总理回疆南八城事务。干隆三十年（1765年），乌什办事大臣素诚被杀，以永贵为总理回疆事务参赞大臣，移驻乌什。喀什噶尔改设办事大臣。干隆五十二年（1787年），仍移参赞大臣驻喀什噶尔。嘉庆二年（1797年），设英吉沙尔领队大臣，管辖原属喀什噶尔的英吉沙尔地方。道光七年（1827年）喀什噶尔参赞大臣移驻恢武城（今疏勒县）。道光十一