祝钦明生年不详，是雍州始平县人。他的父亲祝綝就是名儒生，写了很多对诸子百家学说提出质疑的书；祝綝的学生张后胤官居显要后，在朝推荐祝綝仕官，诏祝綝对策中高第，但祝綝最高只当到无极县尉。祝钦明少年即熟习《五经》，又学习历史和百家学说。唐高宗年间，祝钦明中明经，拜为东台典仪。在高宗永淳（682年 - 683年）之后、武周天授（690年 - 692年）之间，他又考中英才杰出、《六经》等科，拜着作郎，负责记录皇帝的行为。曾任国子博士，久视元年（700年）在太子詹事任上时，武则天因礼官不甚详明，特诏祝钦明及博士韦叔