猷识理达腊即位后北逃至漠北和林。明将冯胜夺取了甘肃地区。然而元将扩廓帖木儿仍然在漠北多次与明将徐达等人作战。1378年四月，元昭宗去世，继位的元天元帝继续和明朝对抗，屡次侵犯明境。1387年，明朝发动第五次北伐，经过多次战争，1387年10月，纳哈出投降蓝玉，明朝占领东北地区。镇守云南的元朝梁王把匝剌瓦尔密，在元廷退回草原后仍然继续效忠。1371年明太祖派汤和等人领兵平定据有四川的明玉珍。1381年12月，明军攻入云南，1382年梁王逃离昆明并自杀，随后明军攻克大理。1388年元天元帝被阿里不哥后裔也速迭尔