球队受训，1997年长春亚泰成立二队后，他前往试训并成功留队。 2001年，他进入长春亚泰一线队名单，开始职业足球生涯。2002年开始，他成为球队主力，并帮助球队获得2003赛季甲B联赛冠军（该赛季取消升降级）。在2004年冬训的例行体检中王万鹏发现有心脏病，虽然5月26日在北京手术成功，并在当年年底康复归队，但也失去球队主力的位置。 2005赛季，他仅得到2次出场机会，跟随球队获得中甲联赛亚军，升级到中超联赛。2006赛季，他依然是球队的替补球员，不过在8月27日长春亚泰3比0击败深圳金威的比赛中，他头球