着要向每个中国人惩罚一两白银。对此申报发表社论说“中国不能保护使臣致惨遭毙……曲诚在我……不得谓外人过于要挟也。”赔款的总值按当时银价，约为3亿330万美元。这笔赔款金额过于庞大，后来在美国国务卿海约翰和美国驻华公使柔克义、中国驻美公使梁诚、美国传教士明恩溥、美伊利诺伊大学校长詹姆斯的交涉下，美国退还了部分赔款；应付赔款2444万，美国将当时尚未付足的1078万从1909年1月起退还帮助中国建立海外留学教育系统。最初称为「清华学堂」，为留美预备学校，即后来清华大学的基础。其他收款各国也都陆续模仿这一模式进行