3号线二期的工可报告中，车站数目仍然维持在23站，没有增设任何车站。广州地铁方面亦从未对此作出任何回应。同时在上述环评公示中显示，13号线分别与1号线、3号线、6号线相交，但分别另设花城广场北站和农林下路站，均无法与1、3号线体育西路站和5、6号线区庄站换乘；而与同期规划建设的10号线则在中山一立交地底相交，两线均没有在此处设站，同样也无法换乘。因此13号线在市中心与1、3、6、10号线等多条重要线路相交但都未设置换乘。同时在规划中13号线将与3号线共同构成广州地铁“十字快线”骨架，两者是否能便捷换乘，