州与四国之间的海称为濑户内海，当中散佈多个海岛。日本国内的主要海崃则有北海道和本州之间的津轻海峡、本州和九州之间的关门海峡以及本州与四国之间的明石海崃、鸣门海峡等，另外，还有日本北海道和俄罗斯库页岛之间的宗谷海峡、日、韩之间的对马海崃。面积较大的海湾有东京湾、三河湾和大坂湾。日本的领海面积达约43万平方公里，超过日本的国土面积。日本的海岸线长度居世界第六位。日本海岸线的曲折程度受地形的影响，各地区海岸线都有鲜明的特点。日本海沿岸地区的海岸线较为平直，长度也较短。岩手县一带的三陆海岸和长崎县的海岸属于溺湾