鳍中有一个中轴骨，在前鳍的基部上有明显的肌肉组织与分开的两片腹鳍，和之后两栖动物和四足类动物的演化有直接的关联性。肉鳍鱼总纲之下包括腔棘鱼纲（Coelacanthimorpha）和肺鱼四足大纲（Dipnotetrapodomorpha），后者又分为肺鱼纲和四足形上纲，四足形上纲包括了现在陆地上所有的嵴椎动物。
种系发生学.硬骨鱼高纲之下各纲的演化关系如下：