教区主教牛会卿担任监牧。1961年3月21日，台南市、台南县、澎湖县被划出嘉义监牧区，成立台南教区。1962年4月16日，嘉义监牧区升格为嘉义教区，牛会卿成为嘉义教区首任主教，领署理之衔。嘉义教区历任的七位主教中，有五位主教于日后被派往台北总教区或高雄教区担任主教，使得嘉义教区有「总主教摇篮」的称号，但也导致嘉义教区常常处于教座出缺的状态。嘉义教区也是圣言会在台湾的大本营。
堂区.嘉义教区共管辖33个堂区、19个兼管区（非独立堂区），整个教区另划分为七个总铎区，每个总铎区由区内