伯利亚回国。1912年1月，孙中山组织南京临时政府。第三天就任命蔡元培作教育部长。2月，南京临时参议院表决确定南京为临时政府地点，选举袁世凯为中华民国第二任临时大总统，孙中山派专使迎接袁世凯来南京就任，蔡元培任“迎袁专使”，另有欢迎员八人，包括魏宸组、刘冠雄、钮永建、宋教仁、曾昭文、黄恺元、王正廷、汪精卫和唐绍仪一同前往北京。27日，蔡元培抵达北京与袁世凯会面，次日袁世凯开茶话会，表达南下愿望。29日夜，驻扎北京曹锟所部陆军第三镇发生兵变，肆意开枪放炮，沿途挨户抢劫，金银点十室九空，蔡元培等人驻地也遭抢劫，