到各国。贝尔纳·珀蒂让神父后来鼓励长崎的隐匿基督徒公开他们既有的信仰，未料这使当地的基督徒付出了惨重代价，因为当年的日本仍不允许国民信仰基督宗教：据统计在那以后大约有3,400名基督徒被捕，其中的36名基督徒被处决。
现状.在大政奉还后，新上台的明治新政府最初仍然坚持对国民信仰基督宗教的禁止，直到1873年（明治六年），在欧美各国的压力下，日本才宣布解除对基督宗教的严格禁止，但对基督宗教的限制与系统性歧视一直存在，教会与日本政府的关系也往往相当紧张，特别是二战时期上智大学学生拒绝参