夏鼐在中央博物院筹备处担任专门委员之职。1943年至1949年，夏鼐在中央研究院历史语言研究所任担任副研究员、研究员。1949年秋季至1950年9月，夏鼐在位于杭州的浙江大学担任教授。中华人民共和国建国后，夏鼐历任中国科学院考古研究所（即后来的中国社会科学院考古研究所）副所长、所长、名誉所长。夏鼐也是中国科学院哲学社会科学部委员，国务院学位委员会委员，国家文物委员会主任委员。1966年，文化大革命开始，夏鼐被考古研究所中战斗小组要求进行自我检查，随后遭游街批斗，在牛棚中强制劳动学习。1970年被下放