复了大教堂的特权，建物结构的修复也开始，而都柏林的第一个「公共时钟」则是在1560年时，被安置在圣派屈克尖塔（St. Patrick's Steeple）上。1559年，信奉新教的新女王伊莉莎白继位，又将圣派屈克大教堂自宗教信仰的光谱上，由天主教拉往新教那头。她上任后的第一年，颁佈公祷书（Book of Common Prayer）成为圣公会统一的祈祷用书，而圣派屈克大教堂也脱离不了这样的影响。
雨格诺教派的客居.在16世纪到17世纪之间，法国的新教信仰者——雨格诺派（Hugu