收复失地运动后，1238年，第一任巴伦西亚主教将清真寺祝圣为天主堂，根据海梅一世的命令，供奉圣母。当时墙上还有古兰经铭文。1262年，主教将其拆除，兴建新的教堂。该主教座堂主要为加泰罗尼亚哥特式风格，但是也包含了罗曼式、法国哥特式、文艺复兴、巴洛克和新古典主义元素。堂内有许多15世纪绘画，有些是当地艺术家的作品，还有一些是罗马艺术家的作品，由出生于巴伦西亚的教宗亚历山大六世（当时还是枢机）赠送，他请求将巴伦西亚主教的级别提升为都主教。该主教座堂保存着一个被认为是圣杯的容器，可能生产自公元前4世纪到公