台湾中西部，属于中央管河川，为云林县与嘉义县的界河。流域面积则有645.21平方公里，遍及云林县十个乡镇，分别为斗六市、斗南镇、虎尾镇、土库镇、大埤乡、元长乡、北港镇、口湖乡、水林乡、古坑乡；还有嘉义县六个乡镇：溪口乡、新港乡、六脚乡、东石乡、大林镇、梅山乡。主流河长约82.00公里，为全国第十长河流，全溪蜿蜒漫长，雨、旱季水位高低明显。
历史.在完稿于清康熙三十八年至四十三年（1699-1704年）的《康熙台湾舆图》上，今北港溪并未标出名称，其上游仅绘出石龟溪、三叠溪两条主要支流