孙渡的军事指挥权被剥夺，转任热河省政府主席。当时，中国人民解放军在东北占优势，热河省政府只是名义上存在，故孙渡没有实权。1949年（民国38年）12月初，孙渡被任命为西南军政长官公署副长官，回到云南。12月9日，云南省政府主席卢汉发表起义宣言投向中国共产党，孙渡逃亡昆明郊外隐居。1952年，孙渡被人民政府逮捕。1963年4月9日，孙渡在第四次特赦中获得特赦释放，此后任中国人民政治协商会议云南省委员会第二届、三届委员。1967年4月，孙渡在昆明病逝。享年70岁（满69歳）。