。参谋机制上，在1907年即仿照西制成立参谋部门军咨处，隶属陆军部之下。为把军事管理和军事指挥分开，1911年决定把它升格为独立于陆军部外的军咨府。
海军.清朝视水师为陆军之辅。加之满洲以骑射为本，故不善水战。入关初期，在对抗郑成功等海上抗清势力时，往往力不从心。1636年皇太极征满洲瓦尔喀部，即开始造战船。1651年顺治帝令沿江沿海各省循明制，各设水师，此为清朝水师之始。内河防务以长江为主体，沿岸各设水师。海防上，清朝为封锁明郑的经济力量，实施海禁。即使在平定明郑后，仍受海禁影响