患病，苻生在苻健宫室侍疾，而当时任太尉的平昌公苻菁则以为苻健已死，直接领兵入宫，打算杀死苻生自立。但到东掖门时，苻健知道宫中发生事变，自登端门，陈兵自衞。当时苻菁部众见苻健未死，于是惊惧溃散，苻健于是拿下苻菁，将他杀死。不久，苻健以太师鱼遵、丞相雷弱儿、太傅毛贵、司空王堕、尚书令梁楞、尚书左仆射梁安、尚书右仆射段纯及吏部尚书辛牢等为辅政大臣。但又告诉太子：「六夷酋帅及掌权的大臣，若果不遵从你的命令，那就立即除去他们。」。六月乙酉日（7月10日），苻健病逝，享年三十九岁。苻健死后谥为明皇帝，庙号称世宗，后改谥