帝汶独立，但有思考过给予其特殊自治地位。1998年后期，时任澳大利亚总理的约翰·霍华德表示会在十年之内支持东帝汶举行独立公投。国际舆论开始施压印尼对于东帝汶问题举行自决。为了不要让东帝汶在国际间看起来像是印尼的殖民地，哈比比做出了一个惊人的决定－在东帝汶举办东帝汶独立公投。印尼武装部队（ABRI）反对这个决定。1999年8月30日，东帝汶在公开公正的情形下举行独立公投，支持独立的票数获得压倒性的胜利。然而，在印尼撤军的过程中产生了1999年东帝汶危机，许多人在此暴乱中丧生。哈比比倾向请联合国维和部队