会猎杀幼羊，牧羊业则要求杀绝牠们。牠们的栖息地被数以万计的野山羊所破坏，导致了其他物种的灭绝。已知一种寄生虫"Acutifrons caracarensis"与瓜达卢长腿兀鹰一同灭绝。目前共发现了约35个瓜达卢长腿兀鹰的标本。这些标本分别存放在芝加哥、华盛顿及伦敦。