口主要是基督徒，宗派大都属于路德宗和正教会。在苏联的无神论政策下，“大多数家庭的宗教传统链条被打破”。第二次世界大战前，爱沙尼亚约有80％的新教基督徒 ；属于路德宗。在2001年至2011年的人口普查中，正教会信仰人数超越了路德宗，成为该国最大的基督宗教教派。然而，路德宗仍然是爱沙尼亚人中最受欢迎的宗教教派（11％是路德教派），正教会主要由的斯拉夫族裔（约佔45％）所信奉。根据塔尔图大学指出，不信教的爱沙尼亚人不一定是无神论者，新异教主义、佛教徒和印度教徒宣称自己是“不信教”的人。Section::