吉亚交给他的敌人，而是请求将波吉亚遣返西班牙，并予以礼遇。而其弟乔弗雷·波吉亚则成为西班牙与那不勒斯王国封臣，最终获儒略二世许可。同时，确认了教宗对意大利地区问题的仲裁权，并确立威尼斯、法国、西班牙和教皇国四势力瓜分意大利的局面。同时，他出资赞助未来的耶稣会创建人依纳爵·罗耀拉就学。1504年，与法国签订，确立双方在庇里牛斯和意大利的势力划分。1504年4月贡萨洛在那不勒斯修筑贡萨洛堡（后世称为大统帅堡），此堡直至1512年建成，但当时身在西班牙的贡萨洛没有看到。1504年11月26日，伊莎贝拉一世去世