融进了单人游戏中：主角各项能力须透过完成主线记忆或于合作任务中取得「同步点数」（Sync point）逐渐换取，部分能力设有冷却时间而不能连续使用。
剧情.紧接前作《刺客教条IV：黑旗》 ，跨国制药公司Abstergo（现代圣殿骑士团）旗下部门Abstergo Entertainment 开发了名为「Helix」之云端软件，让使用者能不需要借助基因记忆追溯机器「Animus」而能直接进入前人之记忆。作为一名Helix 使用者之一的玩家进入圣殿骑士团最后一任大团长兼「圣者」（Sa