国内部由于白山派和黑山派的对立与斗争，1680年，白山派的阿帕克和卓联合北方邻国准噶尔汗国的首领噶尔丹攻灭叶尔羌。一部分维吾尔人被噶尔丹迁至伊犁，为准噶尔人种田，被称为塔兰奇（种粮食人）。18世纪初，大清帝国消灭准噶尔汗国，并趁势吞并了天山南麓原叶尔羌汗国的领土。1755年，准噶尔统治时期被囚禁于伊犁的波罗尼都和霍集占（即大小和卓）被清军释放，派往回部（新疆天山以南地区）管理维吾尔人。其后大小和卓率兵反抗清廷的征服，终因寡不敌众、军力差距等原因失败，于1759年出逃，被巴达克山头人处死，尸首移交清廷。1