006年8月，科尼再次和卢顿续约三年，并当选为球队的新队长。但由于膝伤复发，他在10月份再次接受手术 ，直到后半赛季才复出。2007-08赛季，卢顿因被要求债务重组而被监管。为了解决球队的财政困难，卢顿在2008年1月以35万英镑的价格将科尼卖给英格兰足球冠军联赛球队科尔切斯特联，这个价格也创下科尔切斯特联的球会纪录。
离开卢顿后.虽然科尔切斯特联主教练对科尼寄以厚望，但科尼仍然无法帮助球队在当赛季保级，科尔切斯特联以联赛最后一名的成绩降入甲级联赛。虽然在2008-09赛季他被任命