01年至2007年6月，他还领导了纳戈尔诺-卡拉巴赫安全局， 当他辞职以参加时顺利当选纳戈尔诺卡拉巴赫共和国总统。巴科·萨哈扬以独立身份参加竞选，以85％的选票赢得了选举。 由于他在安全部门的工作经历，选民主要转向巴科·萨哈扬。 他保证以科索沃共和国的国际承认作为一个独立国家的例子，寻求阿尔察赫完全独立。这将为国际社会普遍承认接受阿尔察赫共和国的主权铺平道路。总统选举他连任第二个五年任期，然后在间接第三次连任总统，任期三年。巴科·萨哈扬已婚，有两个孩子。他的名字有时被译为“ Bako Sahakia