国国民党中央非常委员会第二分会（辖东南区）成立，增加台湾省主席陈诚原有的东南区党、政、军、财大权。东南军政长官公署在整建中国大陆撤台军队（为当时台湾省防卫司令孙立人整编）与指挥东南区战事（金门战役与舟山登步岛之役）上，更反映作用。1949年12月7日，行政院迁台搬入介寿馆后，东南军政长官公署与行政院角色及功能日益融合。1950年3月1日，蒋中正宣佈复行视事，并发表文告，说明进退出处，一惟国民之公意是从，当此危急存亡之日，受全体军民同胞责望之切，已无推诿责任之可能，乃决定复职，继续为反共复国而奋斗。蒋于复