如果郑军进入台湾，则金、厦将不保，而复兴大业与人心亦将断绝。但最后郑成功仍一意孤行，将目标转为台湾。后永历朝覆亡，郑成功入台后亦无力回师闽南；张煌言只得纠集民间各反对力量，继续于浙东沿海一带进行抗清行动。及至永历十七年（1662年），鲁王朱以海病死于金门，张煌言终于认为复明无望，将军队解散，躲避至浙江象山附近的小岛隐居，之后仍为清军侦知。。清人利用降清旧部乔装成僧人，乘其随从籴米之时，劫船入岛执之。张煌言被捕后，神色自若，拒绝清廷的招降，在省城杭州被处斩决，临刑前，赋《绝命诗》一首：“坐而受刃”，同