朝廷就由刘裕为首，至义熙四年（408年）接替去世的王谧领扬州刺史、录尚书事时完全掌握朝权。安帝即位后，先有王恭两度举兵，荆州各地亦陷入割据状态，朝廷影响力量在司马道子父子主政时一度仅及三吴。内乱不休的晋廷因而无力守衞北方领土，至隆安三年（399年），后秦佔领洛阳及河南地区，南燕则佔领山东半岛，建都广固城。东晋再次丧失了淮水以北的大部分领土。接着发生的孙恩卢循之乱以及桓玄篡位事件，亦让东晋未能有暇收复失地，蜀地甚至在讨伐桓玄期间由谯纵建立的谯蜀控制。刘裕主政之下，东晋于义熙五年（409年）出兵进攻南燕，并