传播媒介昆虫生态学、乙型脑炎病毒特性等方面的研究，基本弄清了中国乙型脑炎的流行规律、传播途径及特点。黄祯祥1949年在中国首先开始了乙型脑炎疫苗的研制工作。经过多年研究，黄祯祥和研究团队最终研制出乙型脑炎疫苗，并获得1978年全国科学大会奖，1988年卫生部科技进步一等奖。黄祯祥还对麻疹疫苗研制，病毒免疫治疗肿瘤等研究作出过突出贡献。
着作.黄祯祥着有《常见病毒病实验技术》、《病毒性肝炎研究进展》、《医学病毒学总论》、《医学病毒学基础及实验技术》等。