二尊院（にそんいん）是位在日本京都府京都市右京区嵯峨野的天台宗寺院。山号「小仓山」。正式名称是小仓山二尊教院华台寺。本尊释迦如来・阿弥陀如来、嵯峨天皇勅愿、开基（创立者）为圆仁。二尊院之名是因为本尊「发遣之释迦」和「来迎之阿弥陀」的两如来像。进入总门，被称作「红叶之马场｣的参道是有名的红叶名所。此外，境内有据传是百人一首藤原定家的时雨亭迹。