断裂。由于阿里山车站损毁，1999年至2000年间，终点站曾暂时再改回沼平车站。经数年重建后，新站体已经于2007年9月13日开放使用。眠月线于2008年完成部分路线重建，却又毁于2009年八八水灾。
八八水灾.全线定期列车因八八水灾而停驶。2010年6月19日祝山线及神木线复驶，2012年12月23日阿里山线嘉义-竹崎区间复驶。。阿里山线竹崎-奋起湖区间，于2011年8月30日樟脑寮23K桥梁完工后修复，2014年1月27日举行通车典礼；奋起湖-屏遮那区间因为严重崩塌，採用新