档案来达到调控系统组态之目的，它们分别是CONFIG.SYS及AUTOEXEC.BAT，IO.SYS会检视CONFIG.SYS以载入指定的硬体驱动程式，而COMMAND.COM则自动执行AUTOEXEC.BAT所载的批次指令。MS-DOS一般使用命令行界面来接受用户的指令，不过在后期的MS-DOS版本中，DOS程序也可以通过调用相应的DOS中断来进入图形模式，即DOS下的图形界面程序。早先版本的MS-DOS为FAT12与FAT16，事实上也因为MS-DOS的流行，造成日后磁碟格式受到档案配置表影响相