于其它南方汉语言，与北方官话更为接近，但巴蜀汉族从遗传学上来看属于典型的南方汉族。而且从Y染色体单倍群、线粒体单倍群来看，巴蜀汉族中北方汉族血统低于操吴语的上海汉族、浙江汉族、江苏汉族以及同样操西南官话的湖北汉族、云南汉族；巴蜀人中的北方汉族混合比例与湖湘人、江右民系较为接近。另外，当与其它南方汉族进行比较时，巴蜀汉族人群的Y染色体单倍组分布频率与其它中国南方汉族人群的差异仍具有统计学意义。