东华录》、《扬州十日记》等书，不满于满清的外族统治，奠定了贯穿其一生的华夷观念，并在后来与《春秋》的夷狄观以及西方的现代民族主义观点相结合，形成具有其个人特色的民族主义观。光绪十七年（1891年）章遵从父亲章睿（古文经学家）遗命入杭州诂经精舍，师从俞樾、谭献等。早年关注经、子之学，初步确立对“今、古文”界线的认识。着有《膏兰室札记》、《春秋左传读》等。1894年清日甲午战争之后，章太炎曾捐款予维新派强学会，与康南海、梁启超通信。又到上海任《时务报》主笔。但终因学术意见之争，发生与麦孟华等人「拳殴」之事件。