夏之交，燕大师生开始分批回到北平复校。1952年，中国大陆实行院系调整，燕京大学被拆分，学校民族学系、社会学系、语文系（民族语文系）、历史系并入中央民族学院（今中央民族大学），法学院并入北京政法学院（今中国政法大学），经济学系并入中央财经学院（今中央财经大学），其他文科、理科多併入北京大学、工学院併入清华大学。燕京大学校址“燕园”校舍由北京大学接收。
传承.国民政府迁台后，燕京大学校董会联合其他十三所基督教大学在香港成立崇基学院，崇基学院随后被併入香港中文大学。燕京大学校园