在庆长12年（1607年）因为在关原之战受到的伤（还有恶性肿瘤）而在江户死去，享年28岁。法号是性高院殿宪莹玄伯大居士。因为忠吉没有嗣子（在庆长2年（1597年）所生的唯一儿子梅贞大童子在出生后16日后死去），清洲藩由弟弟五郎太（德川义直）继承。而兄长秀忠对他的死去感到非常悲伤。