为了避免超出漫画进度，动画绝大部分内容是採用原创情节，但编写都由小太刀右京负责监修，借以维持故事完整度、人物描写以及发展，并称每集剧情都会交由原作者岸本齐史进行审核。
各篇章剧情.通常，每个篇章的名称都是基于电视动画的官方Twitter帐户上宣传的主题或Aniplex发布的DVD-BOX合辑进行命名。
忍者学校入学篇.《忍者学校入学篇》（）作为博人传开篇，作为跟主线剧情有关的原创情节，主要讲述漩涡博人进入忍者学校就读，与同期伙伴共同接受忍者教育和训练的过程，