过改变周围环境条件，如pH或可利用的铁元素，来与食物中的病原体细菌竞争。这种竞争一定程度上抑制这些病原体的生长，降低了病原体引起疾病的可能性。由于抗生素能够非特异性地抑制细菌的生长，却不影响真菌；因此，口服抗生素可能导致真菌增生，而引发一些疾病，如阴道念珠菌症（由酵母感染所引起）。对于儿童的肠胃感染和细菌性肠胃炎、炎症性肠病、泌尿道感染及的初步研究表明，摄入消化道益生菌，如未经高温消毒的酸奶中所含的乳酸菌，有助于恢复消化道菌群的健康平衡。
先天性免疫.成功突破表层屏障进入到生物体内