本书纪·神功皇后纪》中，直接引用了《魏志倭人传》中关于卑弥唿的相关记载。然而自江户时代起，就有对于卑弥唿是否真为神功皇后的议论。按照此一学说，邪马台国必然位于之后大和王权所建立的畿内地区。反驳意见认为，神功皇后之子应神天皇与其母一同祀于奉祀八幡神的宇佐神宫（大分县宇佐市），这与大和王权所在地相距过远（但亦有意见指出神功·应神时期大和王权和朝鲜半岛的来往增加，因而于来往航路的濑户内海沿岸设立奉祀神功皇后·应神的八幡宫并无不合理之处）。总之《日本书纪》上的相关记载，现在多被认为是作者为了将大和王权和卑弥唿连