被使用在高通量测序资料的分析上（例如基因组霰弹枪定序，或者RNA转录体测序）。这一类的测序技术会产生大量的测序片段（read，复数reads），而这些片段的长度依照不同的技术，短为数十，长可至上万个硷基对（前者如Illumina的定序平台，后者如的或奈米孔洞测序）。而序列组装旨在合併这些短片段来重建原本的分子序列。我们可将序列组装想像成从大量片段的文字中拼凑出一整篇文章的过程：被测序的分子就是那篇文章，而测序片段就是那段文章中，随机切取出来的句子。其中一种重建出这段文章的方式，就是找到句子中重叠的部分，