的关系更加错综复杂。1996年，伊斯兰抵抗运动（即哈马斯）对以色列发动数次自杀式袭击，此后巴解指责约旦窝藏哈马斯人员；1997年，约旦收留哈马斯领导人之一的马尔祖克，马尔祖克随后声明支持约旦河两岸联合，这使得巴勒斯坦民族权力机构颇为不满。1999年，阿卜杜拉二世将哈马斯驻安曼的办公场所关闭并把五名哈马斯领导人驱逐出境，但在2001年7月，约旦又接纳了一些哈马斯领导人。约旦长期参与巴以问题四方会谈，2005年的四方会谈上，在埃及和约旦的斡旋下，巴以双方达成停火协议。