以后允许僧侣娶妻食肉的传统也被带入朝鲜半岛。1910年，日本正式吞併大韩帝国，开始殖民统治，于1911年发佈《寺刹令》（），实行明治维新后的日本佛教运作和管理方式，由日本驻韩总督任命寺院的住持。一些亲日僧侣也效仿日本佛教的做法，允许娶妻食肉，后来成立的圆佛教、太古宗就延续了这一新传统。1920年，《寺刹令》经过修订，允许日本政府直接监管朝鲜半岛31个主要佛寺，管理机构总部设在皇阁寺（现为曹溪寺）。直至二战结束，日本殖民当局还将许多朝鲜半岛佛教艺术品运往日本国内，至今南韩和日本仍就它们的返还问题保持着谈判