中午12点，胡安达到风力时速110公里的第2波强度高峰。之后的6小时里，气旋略有减弱，于10月31日晚以风速每小时100公里强度从佛罗里达州彭萨科拉以西不远处登陆。袭击佛罗里达州后，风暴转向北上并在陆地上空逐渐减弱。经过阿拉巴马州后，胡安于11月1日在田纳西州上空转变成温带气旋，美国国家飓风中心于当天下午18点停止追踪其残余环流。风暴残留整体而言继续保留北上趋势，经过俄亥俄河后最终进入加拿大。胡安的残留能量还在田纳西河流域催生出闭塞低气压，令该区域的雨量进一步增多。11月3日，风暴残留被逐渐逼近的冷锋吸收。