上位笼内表面腺体的大小和毛被的发达程度将其与暗色猪笼草进行了对比。此外，法萨猪笼草的笼盖比暗色猪笼草的更接近圆形。
其他.可依照其较宽的唇及笼盖的下表面无附属物，将宽唇猪笼草与暗色猪笼草相区别。暗色猪笼草同时也与产于苏拉威西的艾玛猪笼草及广布于苏拉威西、新几内亚和马鲁古群岛的大猪笼草间存在着密切的近缘关系。
自然杂交种.由于暗色猪笼草广布于婆罗洲，因此其与许多猪笼草物种形成了自然杂交种。但这些自然杂交种大多继承了暗色猪笼草附生的特点，因此常较难以发现它们。