太子，同时，立三子朱常洵为福王、五子朱常浩为瑞王、六子朱常润为惠王、七子朱常瀛为桂王。太子朱常洛以仁厚着称，朝野皆认为其将来可为明君。但常洛的地位不稳固，郑贵妃时时刻刻想要为朱常洵争夺储君之位，引发了两次妖书案，牵连众多大臣。而后，甚至有郑贵妃手下的两名宦官指使刺客，欲以木梃刺杀朱常洛，是为梃击案，神宗为了不牵连郑贵妃，将该刺客、宦官等三人全部杀死。朱常洛被立为太子后，就移居慈庆宫，从此与其母王恭妃被隔绝不得相见。万历三十四年（1606年），朱常洛的妾侍王氏生下皇长孙朱由校（日后的明熹宗），神宗为表庆祝