者认为盾皮鱼属软骨鱼类，所以将其置于软骨鱼纲下，作为一个亚纲。也有将其置于鱼纲（Pisces）下。更多的是将盾皮鱼纲直接置于嵴椎动物亚门或是有颌下门（Gnathostomata）之下。
灭绝.一般认为，盾皮鱼类是在与新进化出的硬骨鱼类和软骨鱼类的竞争中衰弱并灭绝的。也有认为是环境变化所致。和非鸟恐龙一样，盾皮鱼在泥盆纪末的全部灭绝也有诸如小行星撞击等说法。