。目前双方政府均在对方首都与重要城市互设代表机构及分处。
代表机构.1972年12月1日，中华民国成立亚东关系协会与日本以民间团体名义设立的财团法人交流协会共同签署《互设驻外办事处协议书》。根据此协议，中华民国于日本东京设立具大使馆性质的台北驻日经济文化代表处（日文：。原亚东关系协会驻日本代表处，于1992年5月20日更名），并于、、、、设立具领事馆性质的办事处；日本则于台北、设立同等性质的事务所。此协议承诺相互保护各自的权益，发给签证、推动经贸、学术、科技、文化及体育交流等业务。