使用道碴道床（而非混凝土道床）的车站之一，3号月台除外。（另一个是杏花邨站）欣澳站设有一个岛式月台及一个侧式月台，2号月台为侧式月台，供东涌线往香港方向的列车使用。本站唯一出口就设在此月台旁。1号及3号月台则共用同一个岛式月台，1号月台为东涌线往东涌方向的列车使用，3号月台为迪士尼线往迪士尼方向的列车使用，该月台主要为东涌线乘客转乘迪士尼线列车前往香港迪士尼乐园度假区之用。而位于欣澳站中央位置设有2个后备岛式月台，该月台名为欣澳应急月台（前称阴澳应急月台），只作东涌线及机场快线在紧急事故时疏散乘