隶属高取县、奈良县、堺县、大坂府，最后在1887年重新恢复设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的明日香村辖区在当时分属、、三个行政区划，其中坂合村位于现在明日香村的西部，高市村位于东南部，飞鸟村位于北部，这三个村在1956年合併为现在的明日香村。
交通.辖内的铁路交通仅有近畿日本铁道的吉野线通过辖区西部，并设有飞鸟车站；客运则以明日香村委託营运的，并区分为以供观光客自火车站接驳至各观光景点又称为「红龟」的周游巴士，以及以供居民使用往返各聚落主要入口又称