下辖哈东军分区（即原第一军分区）、哈南军分区（即原第二军分区）。原第三军分区一部调归山东解放军第七师，另一部划归嫩江军区；原第四军分区划归第三五九旅；原第五军分区升格成牡丹江军区。1946年12月，松江军区部分部队组建为独立第二师，师长温玉成，政治委员张池明，政治部主任李道之，该师直属东北民主联军总部。1947年1月至3月，独立第二师参加了三下江南作战。1947年4月，松江军区部分部队组建独立第四师，师长王奎先，政治委员栗在山，政治部主任齐渭川，该师也直属东北民主联军总部。1947年5月，嫩江军区第四军分区