言应当立皇孙为嫡系，此为建文帝确立之始。二十六年（1393年）二月，外孙单庆以府军前卫千户牵连蓝玉案被杀，女儿良玉被刺面后发配浆糨房为奴，户部尚书赵勉为刘三吾女婿，因事连坐而死，刘三吾免职隐退。次年九月又被命为大学士。洪武三十年（1398年），主持丁丑科会试，后发榜，宋琮为第一，上榜者没有一个出自北方。于是诸位考生认为刘三吾为南方人，照顾其乡亲。朱元璋得知后大怒，命张信等人阅卷。后张信说刘三吾判卷无错属实。朱元璋更怒，杀张信等诸阅卷官，并将刘三吾发配戍边。后明太祖亲自主持殿试，再选六十一名进士，都为北方人。