兄陈玄晖同中癸丑科进士，任崑山县知县。天启四年（1624年），起为永平府推官。次年，升兵部职方司主事，得罪魏忠贤，夺职。崇祯初，起为武库司主事，补职方司，崇祯十年（1637年）以右副都御史巡抚顺天。次年，清兵进犯墻子岭，陈祖苞闻讯发兵驰救不及，兵部尚书杨嗣昌坚持追究，祖苞下狱，饮鸩自杀。思宗怒其逃过刑罚，禁锢其子翰林院编修陈之遴，永不敍用。