不老之药的术士侯生、卢生炼药未果，据说后来更散佈许多对始皇不利、甚至毁谤的言论，始皇大怒、下令逮捕严办。涉案者在审理时则向外指控毁谤始皇言论的来源，前后指控出四百六十余人；秦始皇在盛怒中下令，将涉案者四百六十余名坑杀在咸阳。《史记·秦始皇本纪》记载，扶苏向始皇进谏「诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安」；始皇闻谏大怒，后将扶苏贬至北方上郡（蒙恬驻军所在）担任监军。“坑儒”一词出处是西汉孔安国（孔子十二世孙）《〈尚书〉序》（这篇序有人怀疑是魏晋时期儒生郑沖伪造。）：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑