编制.马来西亚武装部队是由最高元首所委任的总司令所领导，总司令的军阶为上将，他通过摩下的各司令部（JPP；Jawatankuasa Panglima-panglima）指挥和管理武装部队的运作。目前马来西亚武装部队的总司令是丹斯里阿芬迪上将（；）。
武装部队司令部.武装部队司令部（MK ATM；Markas Angkatan Tentera Malaysia）是由军阶为中将的将领所领导，他负责拟定草案、监督军事任务和协调三支部队的运作并直接向总司令进行报