揭发杨启彦将九铁公司变为「独立王国」（如在未经招标下批出国际都会发展项目），加上落马洲支线设计不符环保要求被驳回事件，使政府立意整顿九铁公司的管理及营运。2001年12月，政府委任田北辰出任九广铁路公司主席，杨启彦则只留任行政总裁。田北辰与杨启彦同在拔萃男书院毕业，田北辰是其师弟。在西门子事件记者会上，杨启彦指田北辰是其好朋友，但被田北辰当面回应：「希望你不介意，我们不是好好的朋友」，令场面十分尴尬。田北辰亦曾在立法会会议上，批评杨启彦及其他九铁管理层「有傲气」。2003年，政府不与杨启彦续约，杨启彦只余下