据月山富田城，吉川兴经阵前倒戈，再度加入尼子方，成为大内方溃败的原因之一，也打坏与姻亲毛利家的关系。内政上也起用外样大塩右卫门尉压制叔父吉川经世、老臣森脇祐有，引起家臣不满，因而在1547年被毛利元就趁虚而入，联合吉川经世迫得吉川兴经退位，改由元就次子吉川元春继承吉川家。吉川兴经被迫隐居后，有关他将叛逃再起的传言不断，他本人虽致信毛利家辩解，但早有将他肃清意图的毛利元就并不採信，1550年9月时命令熊谷信直跟天野隆重攻击兴经的隐居地，将他与儿子千法师双双杀害。