中船内奉有传说为跟随唐高祖李渊讨隋建唐的开国功臣（相传其名讳为李大亮、池梦彪、吴孝宽、朱叔裕、范承业，其中已知仅有李王于新唐书、旧唐书之中有其列传与史料记载）等五王神像及中军府神像，被渔民迎接后而建草寮供奉。后因神蹟显赫广布流传，被当地信徒倡议建庙，于明朝永历十六年（1662年）初期创建落成，而称为「南鲲鯓庙」，又称为「开基庙」，风水上称为「浮水金狮活穴」。后因南鲲鯓沙汕淹没冲毁，居民信众决定迁徙，再重建神庙。改择于北门地区槺榔山建庙，该地据传于风水学上称为「虎穴」。
奉祀神明与祭