兰将安平、打狗税关移交给日本后，因正式官员尚未到任，遂由野村材二兼任安平税关长与打狗税关长直到隔年（1896年）渡边丰到任为止。1897年5月28日野村材二一度奉命返回日本东京，10月19日回台担任淡水港修筑委员，隔年（1898年）11月28日任台湾总督府事务官，叙高等官二等。1899年1月4日卸职，奉命返回日本，1月12日官位叙正五位。