.设有秘书处、参军处、法制局、审计局、会计司、庶务司、内政部、财政部、军政部、建设部、外交部、海军部、参谋部和大理院。
政府领导人.中华民国陆海军大元帅大本营的最高领导人是中国国民党总理孙中山。孙中山实行党国体制，一党制的中国国民党统领政府。1924年中国国民党在广州举行中国国民党第一次全国代表大会，其后成立黄埔军校，组建国民党领导的国民革命军，以党统领军队。
办公地点.中华民国陆海军大元帅大本营的办公地点，位于广州市海珠区纺织路东沙街，也是今大元帅