点科研项目“中国社会主义经济运行”课题。陈元较早认识到金融的重要，其主持的西城区金融区规划成为如今的金融街的蓝图。1987年中国共产党第十三次全国代表大会实行差额选举，陈元落选党代表。1988年至1998年，任中国人民银行副行长。1989年，兼任中国人民银行党组成员；1995年，升任中国人民银行党组副书记。在中国人民银行任职期间，陈元开创了中国现代化金融支付系统——CNAPS的建设，并促成了中国内地同香港之间的金融合作。1998年，陈元调任国家开发银行行长、党组书记。同年，改任国家开发银行行长、党委