882年，崇真会开始向沙巴派遣传教士。移民也是基督教传播的一个重要因素。中国的义和团起义后，从中国来的移民人数有所增加，特别是实力雄厚的中国卫理公会。1936年，信徒较少的玛多玛叙利亚东方正统教会(Mar Thoma Syrian Church)从印度喀拉拉邦海岸迁移到大马，在此建立教堂。在砂拉越，白人拉惹（Rajah Brooke）于1847年开始支持英国圣公会，后来也接纳了天主教徒。 1928年，澳大利亚的婆罗洲宣教教会开始用有限的资源开展宣教工作，成就了今天马来西亚最大的本土教堂 - 婆罗洲基督教堂）