反应的平清盛立即派四男平知盛领军征讨之，最后败逃的以仁王和源赖政两人都被诛杀。平清盛更进一步地将目标指向帮助以仁王对抗平氏的园城寺（三井寺），他派五男平重衡率领大军准备剷除园城寺。同时平清盛也将各寺院组成的宗教势力，尤其是与园城寺同属天台宗的比叡山延历寺视为潜在的危险，加以拥护法皇的亲贵也在蠢蠢欲动，为了维持平氏政权的长治久安，平清盛于是在承治4年（1180年）6月强行将国都迁往平氏的据点，邻近当时国际贸易港大轮田泊的福原（在今神户附近）。然而以仁王讨伐平氏的令旨仍然在全国各地广为传播。同年8月，被