。虽然李应元得到李登辉和陈水扁前后两任总统的加持，但因为起步过晚，仅能勉强稳住泛绿基本盘。而马英九温和的形象却吸引了不少中间与浅绿选民，最后马英九获得了八十七万票，大胜李应元的四十八万票，并且在台北市十二个行政区全数获胜。在2004年中华民国总统大选中，连战在台北市以五成七的得票率领先。在2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举中，国民党提名郝龙斌，民进党提名谢长廷，台联提名周玉蔻，此外亲民党主席宋楚瑜、时任无党籍立委李敖与抗议天王柯赐海也以无党籍身份参选。在竞选过程中，民调普遍看好郝龙斌，而谢长廷及宋