随即被邀加入香港田径代表队，并成为主力培训的短跑选手。2005年，他在两个月内接连赢得十运会200米季军及第一届亚洲室内运动会60米金牌，在本地赛事又赢得屈臣氏田径之王锦标赛总冠军，及多次刷新200米香港纪录。2012年，邓亦峻伙拍吴家锋、黎振浩、徐志豪和何文乐代表香港出战英国伦敦举行的奥林匹克运动会田径比赛男子4×100公尺接力赛事，担任第一棒。香港4x100接力队于初赛以38秒61「包尾」而回，未能打破香港纪录，惟港队四子仍对表现大感满意。邓亦峻赛后表示：「看过第一组的比赛后，已知晋身决赛的机会较微