然而，渐渐他对摩尼教教义有所怀疑，因为摩尼教教义中大量关于宇宙论的神话并不符合当时的科学知识。奥古斯丁企图与摩尼教主教福斯图斯深入探讨教义，但并未得到满意答案。383年，奥古斯丁前往罗马教书，在那里他对摩尼教教义产生疑惑。他不相信摩尼教的宇宙起源论，认为上帝不可能创造恶，因此无法解决恶的起源问题，同时也无力反驳摩尼教徒对圣经提出的批评。次年，奥古斯丁聆听了米兰主教安波罗修的讲道后对天主教产生好感。386年，奥古斯丁改宗基督教并于次年领受洗礼，395年升任希波主教。从此他勐烈攻击教内其他宗派以及摩尼教，成为基