靖公署合并为华北剿匪总司令部（傅作义任总司令），陈继承任第一副总司令，1948年他下令调动军警，冲突造成学生死伤的七五事件，后在傅作义的要求下被调离。1948年10月30日，他任南京卫戍总司令部总司令。1948年11月14日，蒋介石特任陈继承为战略顾问委员会委员。1949年1月21日，蒋介石下野后，他先后随中华民国政府迁往广州、重庆，后来迁居香港。
台湾生活.1950年5月，陈继承奉召来到台湾，仍任总统府战略顾问委员会委员等职务。1952年10月，他退役，此后任台湾招商局顾问、