（1487年） 明宪宗赐香严寺新名“显通禅寺”，同时赐如意为香严寺住持。万历二十八年（1600年）夏末暴雨泛滥，丹江和淅水同时暴涨，将下寺山门、鼓楼、殿堂、屋宇淹没，四大天王、韦驮及十八罗汉佛像也随之消失。崇祯十七年（1644年）12月李自成、张献忠率军经淅川李官桥镇，意图围攻襄阳。军队驻扎在顺阳川，香严寺僧侣见势而逃，上寺禅院被义军烧毁。康熙三年（1664年） 宕山远禅师率众僧在上寺建大雄宝殿三楹、释伽牟尼像一尊（高三丈三尺）、韦驮神像一尊（一丈六尺），为木刻金饰。
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