治维新后.进入官界后，着力治理财政。1873年、被司法卿江藤新平以尾去泽铜山的贪污事件为由被追究，辞职。之后一度进入实业界，开创纺织业・铁道事业等。后复归政界，历任外务卿、外务大臣、农商务大臣、内务大臣、大藏大臣。明治40年成为侯爵，和日本邮船、三井财阀、藤田组有密切联系，在财界也有强有力的发言权。最后成为三井财阀的最高顾问，被讥为“三井的掌柜”。
逸事.很多人误会井上馨是吉田松阴开设的松下村塾学习，其实他没有在松下村塾读书而是在长州藩校明伦馆学习。不过井上馨受到松下村塾的学