后鞭毛生物（如及）的鞭毛已经退化掉了。其中，蜷丝动物仍然保留着，由肌动蛋白所构成，实心、丰满且单一个的鞭毛（相对地，核形虫的则较有弹性、尖细且分叉，真菌的假根与菌丝则有许多分叉）。领鞭毛虫与动物界中最原始的类群（即海绵），这些生物会聚集在一起，形成围绕着纤毛或鞭毛的泸食口器；这被认为是由其最近的共同后鞭毛生物祖先所遗留下来的。