e蛋白将把两个位点的DNA双链都切开，而DNA连接酶将快速将其重新连接。重组的结果取决于LoxP位点的定向，对同一条染色体臂上的两个位点，反向的情况将会导致目标序列的倒位，而同向的情况将导致其被直接删除；如果两个位点位于两条不同的染色体上，则可能引发染色体易位。Lox变体可用于两个质粒的连接。
Cre 重组酶.Cre蛋白（最初由“导致重组（Cause recombination）”命名，也有文献是“环化重组酶（Cyclization recombinase）”）由4个亚基组成，全蛋