运动成立伊始就与中国共产党发生了密切关系。阿思根不顾东蒙古当局内部右派势力反对，积极与中共西满分局、西满军区合作，在白城子的东北民主联军嫩南军区设立常驻联络站。1月25日与西满军区司令员吕正操、西满分局书记兼军区政委李富春、政治部主任张平化等在辽源(今双辽市)就西满与东蒙古的军政工作达成协议，史称《吕阿协定》，主要内容是：这一协定使东蒙古人民自治军成为中国共产党领导下的民族革命武装。1946年4月3日的“四三会议”后，内蒙古东部与西部的民族自治运动力量合并（实际上是被中共所掌控），东蒙自治政府解散，东