新加坡与英国重新展开自治谈判。在他的带领下，新加坡一方透过连串斡旋，与英方达成协议，成功为新加坡在1959年争取落实全面自治，而这也是林有福从政生涯的最高点。然而，林有福大举镇压华校师生的行动，使他失去佔大多数的华裔选民支持；同时间，林有福扫除了在野人民行动党内的亲共势力后，却让李光耀借助林有福政府民望低迷的时机带领人民行动党步步进逼，使政坛形势出现逆转。事实上，在历次的自治谈判中，英政府已逐渐把注意力投放到表现突出的人民行动党身上，并视人民行动党的李光耀为栽培对象。尽管林有福为新加坡全面自治奠