最初设有300个座位，供该校师生礼拜之用。在1899年和1902年，圣约翰堂两度扩建，座位从300个增加到600个。1901年，圣约翰堂升格为圣公会江苏教区的主教座堂。重要典礼、会议，以及圣约翰大学的毕业典礼，都在圣约翰座堂内举行。1927年，王宠惠和朱学勤在圣约翰座堂举行婚礼。1951年，圣约翰大学改为公立学校，教堂也被收归国有，改为他用。1980年，华东政法学院为修建新图书馆，而拆除了原圣约翰座堂建筑。