司并增置了二个万户府。至元二十八年，行泉府司被撤销，万户府的数量被削减为两个，朱清、张瑄为首脑。至元三十年，朝廷又增立了一个万户府并提调了香莎糯米的征运。大德七年（1303年），朱清和张瑄因“叛逆”罪而被杀害，三个万户府随后被合并为海道都漕运万户府，于平江府（今江苏苏州）开司署事。在万户府下又按地区分设了七个千户所。至元二十五年，与海运有关的北方接运系统在直沽河西务（今天津武清）设立了都漕运使司用于管理南方的货物和所属仓库的公务，在元大都设立了京畿都漕运使司用于将都漕运使司收到的货物运往大都的各个仓库。