城5万7千石的封地，后于关原之战时，由西军改投东军，因而在元和3年（1617年）获得将军德川秀忠颁发所领安堵的朱印状。3代藩主伊东祐久在宽永13年（1636年）分给担任旗本的弟弟伊东祐丰3千石领地，4代藩主伊东祐由在明暦3年（1657年）同样给予担任旗本的弟弟祐春3千石领地，饫肥藩的石高因此降至5万1千石。饫肥藩由于领内耕地稀少，地势为山林和海滨包围，加上气候温暖湿润，所以杉木、桧木品质优良，林业十分发达，时至今日仍有留有「饫肥杉」的美名，10代藩主伊东祐钟着手藩政改革时，确立了名为「杉方部一法」的