设有大使馆，在达沃市设有总领事馆。两国的人民有着悠久的文化和政治关系历史。马来西亚与菲律宾都是东南亚国家联盟的创始成员，两国民族都是马来－波利尼西亚语族，而且都是重要的贸易伙伴。两国参加了位于两国之间的苏禄海的共同保护与安全措施，马来西亚也协助维持棉兰老岛的和平努力。1963年，菲律宾在苏禄苏丹国的要求下企图闹上国际法庭夺回东部沙巴州的尝试失败后，马菲两国因沙巴争端断绝外交关系，直到签署《马尼拉协定》后，1966年两国才复交。1968年因为菲律宾国会通过了一项对有争议的沙巴地区的主权要求，两国再度断交。