，因而受到不少人的争议。藤森任职后期，被指涉及多宗政治贪污丑闻。自他的丑闻被揭发后，于2000年大选后逃到日本定居，只以传真递交请辞信。秘鲁政府要求日本政府引渡藤森回秘鲁受审。日本政府以他拥有日本国籍为由，拒绝引渡要求。至2005年11月7日，藤森于智利被捕，秘鲁政府于翌年1月3日要求智利政府引渡藤森。2007年9月21日，智利最高法院终审判决，同意秘鲁政府引渡藤森的要求。服刑至2017年获得总统特赦，但秘鲁最高法院在2018年10月取消了特赦。
出生地点争议.根据秘鲁政府官方