何塞·巴里奥努埃沃在内政大臣任期内对巴斯克民族主义者采取了严厉和暴力的政策。直到1994年12月16日，两名警察找到巴尔塔萨·加尔松，向他透露了何塞·巴里奥努埃沃和其他高级官员与反恐怖主义解放团的联系。反恐怖主义解放团是1980年代初成立的一个反对巴斯克恐怖组织埃塔的民间组织。何塞·巴里奥努埃沃作为内政部领导人，涉嫌参与并秘密组织对埃塔的暴力行动。根据警察的证词，何塞·巴里奥努埃沃等前内务部高官在1996年初受到审判，罪名是涉嫌资助和指挥二十多起对埃塔的谋杀案。1996年1月24日，他的罪名成立，被判处