祺瑞政府任司法总长兼教育总长等职。1922年至1926年间，先后有两年四个月的时间担任国立北京农业大学校长。他曾在《晨报》刊登《征聘农业专家特告》，公开纳贤，延聘国内外“怀抱伟略，幸以本校为理想试验之地”的农业专家到校执教。1925年时教育总长王九龄没有到职，章于4月14日接受北洋政府任命成为司法总长兼教育总长，支持当时被任命为北京女子师范大学校长的杨荫榆压制反对其校务施政的学界浪潮。风波中鲁迅曾带领学界与其多次交锋，扰攘到8月章强令关停北京女子师大，鲁迅便一纸诉状控告至平政院请求免去章的公职。到后