王垿是光绪十五年（1889年）己丑科进士，同年五月，改翰林院庶吉士。光绪十六年四月，散馆，授翰林院检讨，后升任詹事府，右春坊右赞善。1894年，他在大考翰詹时中第二名，故一年后转左春坊左赞善，后升右春坊中允、翰林院侍讲学士。1900年7月，八国联军进攻通州，王垿护驾西行至西安，升国子监祭酒。1901年冬慈禧太后返京后，王垿赏戴花翎。1903年，他授河南学政兼授翰林院学士，后升任内阁学士兼礼部侍郎，1907年署法部右侍郎兼实录馆副总裁，撰写《光绪实录》。他曾任袁世凯内阁弼德院顾问大臣。辛亥革命之后，1912