4月2日，白专机离开台湾，返回南京；临行前指示台湾各军政机关，务必将这次「图谋叛乱之首要分子依法严惩」。白巡按台湾，会见台湾省行政长官陈仪等人，并向民众广播，声明中央政府军事行动已暂告一段落，将以和平宽大的方针处理此事。期间，白拯救不少台湾士绅，如瑞芳李家李建兴兄弟等。白报告中，严批陈仪，建议处分柯远芬，嘉奖彭孟缉。4月7日，国防部长白在中枢纪念周报告台湾事变之起因，并提出善后措施：政治上将台湾行政长官公署改为省政府，并增加省府委员人数，于省府各厅、处、局增设副职，经济上将专卖局撤销，改为烟酒公卖局