川家康支持创立教团，脱离显如三子、第12代门主准如主持的原本愿寺教团，另建新教团，但教如仍坚持自己是本愿寺正宗继承者、本愿寺第12代法主。由于新建寺院位于本愿寺派本山东侧，当地人习惯称之为「东寺」（），久之通称为东本愿寺。东本愿寺在江户时期曾四次遭到火灾焚毁，现在寺院主体建筑为明治时期重建。日本统治台湾时代，大谷派曾到台湾布教，并曾在现今的台北市万华区建立东本愿寺。在满洲国时期，日本福昌公司在长春市修建了新京东本愿寺作为下院，被列入长春市保护建筑列表，保存完好，闲置中。1996年至2016年，东本愿