于河北岸的本波山“灰白土”山岩下，南寺位于河南岸的平坝之上。萨迦寺是藏传佛教萨迦派的主寺，在中国青海省、甘肃省、四川省、云南省、不丹、尼泊尔等地有分寺150座，僧侣一万多人。萨迦王朝时期，此处曾是西藏的政治、军事、文化中心，出现了萨迦班钦贡噶坚赞、八思巴等许多要人。萨迦寺在中国历史、西藏历史、藏传佛教史上地位十分重要。该寺收藏的宗教、历史、建筑、雕塑等方面文物极其丰富，被誉为“第二敦煌”。1073年（北宋熙宁六年），吐蕃贵族昆氏家族的后裔昆·贡却杰布（1034年－1102年）发现本波山南侧的山坡上，