得到山本山城和伊香郡所领的安堵，担任羽柴秀吉之与力，更招募了渡边勘兵卫、藤堂高虎等浅井家旧臣，天正3年（1575年）与秀吉一起镇压越前一向一揆。后来却与秀吉为了竹生岛一带的寺领界限划分产生强烈争执，最后阿闭贞征之子贞大透过信长侧近菅屋长赖申诉，经仲裁后织田信长还是将竹生岛交由秀吉管辖。天正五年(1577年)，羽柴秀吉受命出征播磨，阿闭贞征父子未随行，改列近江众，成为织田信长的旗本，参与对越前一向宗的战事，负责越前木芽城守备工作。这期间有剿灭本愿寺势力的纪录。天正十年(1582年)，本能寺之变后，阿闭