赛第二阶段第14轮对阵浦和红钻的比赛中首发出场，完成了个人在联赛的500场联赛出场。12月21日，远藤保仁入选联赛年度最佳阵容，这是远藤自2003年加盟球队以来第12次入选联赛最佳阵容。2016年10月29日，远藤保仁在日职联赛第二阶段第16轮对阵新潟天鹅的比赛中取得了个人在联赛的100个进球。2017年4月30日，在日职联赛第二阶段第9轮大坂飞脚客场挑战横滨水手的比赛中，远藤保仁进入替补名单且没有获得登场机会，这是远藤保仁自1998年4月以来首次在联赛比赛中未能出场。远藤保仁在本赛季超越老门将