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轨道布置.巴黎蒙帕纳斯站共有三个站厅，均为地面尽头式车站。其中1号和2号站厅位于车站中央部分，负责接发所有TGV、Transilien及部分TER线路；3号站厅位于车站西侧，距离主站房约300米，主要负责Ouigo、Intercités及部分TER线路。
1号和2号站厅（1-2）.1号站厅负责法兰西岛大区列车，2号站厅负责长途列车。由于1号站厅和2号站厅位于同一位置，因此有时又合称1-2站厅（）。乘坐法兰西岛大区列车N线的乘客需经过闸机，而自2017年