根将自己的水稻育种研究拓展到了细胞生物学层面，进行了水稻诱导胞核雄性不育突变体的细胞学研究，得出明显的染色体畸变与胞核雄性不育性有着密切的关系的结论。在美国期间，卢永根在美国的亲人几次试图说服他留下，但卢永根都拒绝了。1983年5月，卢永根晋升华南农学院教授；1983年11月，担任华南农学院院长。1993年11月，卢永根当选中国科学院院士。退休后，卢永根对水稻研究依旧热情不减，不顾年迈多次亲自前往野外搜集野生水稻资源。2015年5月，卢永根和哥哥将故乡花都的两间祖屋，以他们父母的名义捐给了当地的罗洞小学