1991年4月30日，总统李登辉宣布动员戡乱时期终止。该军事组织于1992年8月1日零时改制为海岸巡防司令部和军管区司令部。
台湾戒严时期.1949年，因第二次国共内战战败，中华民国政府播迁来台。1949年5月19日时任台湾省政府主席兼台湾省警备总司令陈诚发佈台湾省戒严令实施全面戒严，警总以军事机关取代中华民国警察及中华民国国家安全局，以军事作战任务编组担任治安以及情治任务，戒严地区实施军管，以军法为治理基础，实施违警罚法，虽然戒严后期，随着社会稳定，直接移送军法案例较少，但「和