。明治三十四年（1901年）十一月，在新推动的「废县置厅」政策下，楠梓仙溪东里改隶属于蕃薯寮厅杉林支厅。明治三十九年（1906年），杉林支厅厅治移至甲仙地区，并更名为阿里关支厅。明治四十二年（1909年）十月，全台20个厅整併为12个厅，蕃薯寮厅因而与恆春厅一起被併入阿缑厅，支厅名亦更改为甲仙埔支厅。日治时按规画设置了甲仙聚落，因此市街的整齐性异于传统汉人村镇。大正四年（1915年）噍吧哖（今玉井）发生抗日事件，殖民政府进行大规模搜捕行动，抗日志士因而退至南庄（今南化区）、甲仙埔一带山区