期间治绩颇可取，故推举李暠为敦煌太守及甯朔将军，李暠遂向段业请命，获授安西将军、敦煌太守，领护西胡校尉。后来北凉右衞将军索嗣向段业中伤李暠，让其改以自己担当敦煌太守。索嗣率五百骑到敦煌外二十里时才通告李暠去迎接自己，李暠闻讯惊讶疑惑，一度想顺从出迎，但在张邈及宋繇劝阻下改为派兵抵抗，索嗣兵败退还张掖。李暠昔日与索嗣十分友好，但知道他在段业面前中伤他并夺去其官位后就相当痛恨他，遂上陈索嗣罪状。在沮渠男成的劝说下，段业就将索嗣杀了，并派使者向李暠陈谢，又分划出凉兴郡，进李暠为持节，都督凉兴以西诸军事、镇西将军，