1月6日，博物馆于哈尔滨市冰雪节阿城主题日重新开馆。2006年9月，金上京历史博物馆中新建的晁楣艺术馆开馆。2007年6月，另一座“馆中馆”粘氏石器馆开馆。2012年，阿城金太祖陵划归金上京历史博物馆管理。2013年5月，金上京历史博物馆获评第二批国家三级博物馆。
展览.金上京历史博物馆设九个展厅，地上五个，地下四个。2005年改造后，九个展厅是：序言、女真崛起、金上京的辉煌、金源文化与金源人物、完颜后裔、金上京与金中都、金源絮余、金源遗风——女真族与满族、金源宝鉴——金代铜镜。晁