为了将势力扩展到肥后国，义鑑与肥后名门菊池氏达成约定，令其胞弟重治继承菊池家督，改名为菊池义武；但成为肥后国守护大名的义武，却联合九州北部的大内氏及肥后南部的相良氏等势力，与大友本家对立。义武最初兵败，但趁义鑑死于家中内乱（即发生于1550年的「二阶崩之变」）之机，又夺回领地。二阶崩之变后，义武血缘上的姪儿大友义镇继承大友家督，计诱义武返回丰后；途中，大友军将义武围困，迫其自裁，菊池家系亦随着义武的死去而断绝。作为一位领主，菊池义武的评价不佳，留下傲慢、枉杀犯颜上谏的忠臣等负面事迹。