于基督复临安息日会等较晚传入的教派在这一时期的传播速度较快。1941年太平洋战争爆发后，英、美传教士作为敌国侨民，未离境者均被日军拘捕关押。基督教总体发展趋缓，仅少数中国自立教会仍有发展，如芜湖新建立的基督徒聚会处和耶稣家庭。1949年，安徽省基督教有21个教派，信徒42625人，教堂634 处。其中，在安徽省工作范围最广的是内地会和中华基督教会，分别占安徽省面积的四分之一和五分之一。宣道会和卫理公会的人数在600多人 。
1949年到1979年.自1950年到1953年