行政事务，也由参赞大臣办理，重大事宜须上奏伊犁将军。南八城的其他驻扎大臣（叶尔羌办事大臣、和阗办事大臣、阿克苏办事大臣、乌什办事大臣、库车办事大臣、喀喇沙尔办事大臣、英吉沙尔领队大臣），均受喀什噶尔参赞大臣节制。东路的哈密办事大臣、吐鲁番领队大臣则由乌鲁木齐都统节制。