黎元洪领导的政党民社成立，朱瑞为发起人之一，参加该组织。不久，朱瑞明确表态支持袁世凯。4月，中华民国临时政府迁至北京。同月，朱回到浙江省。5月，民社同其他政治团体合并为共和党，朱瑞参加。当时，浙江省的军人同曾留学日本的学生组成的集团，与江南陆师、保定速成学校毕业生组成的集团间发生对立。朱瑞被后一集团拥立，当时的浙江都督蒋尊簋（留学日本学生）被迫辞职。7月23日，朱瑞被袁世凯正式任命为浙江都督。1913年（民国2年）二次革命中，朱瑞发表中立宣言，既不协助革命派，又不积极讨伐。由此，受到袁世凯猜疑，以后