被废止，政府改设函馆县、札幌县、根室县三个县来管理北海道。但由于北海道人口分佈不均，这一体制效率不彰。1886年，政府决定废除三县，改设。然而大量士族在明治维新的过程中失业，造成极大社会问题，旧藩士在新政下生活困苦，演变成西南战争。日本后来有出兵台湾之议。1871年10月，一艘琉球国船只于台风后漂流至台湾东南部，其中54名登岛乘客被原住民出草杀害，史称八瑶湾事件。由于当时琉球国同时向清朝和日本朝贡，而清廷表示将事件交由日本处理，日本因而在1874年5月攻打台湾南部排湾族部落，是为「牡丹社事件」。