乡试举人。万历十四年（1586年）丙戌科进士。万历十六年（1588年）任福建龙溪县知县，以贤能着称，升任兵科给事中，历改吏科、礼科，遇事敢言。万历二十九年（1601年），因进言册立太子，谪贵州镇远典史。万历三十六年（1608年），起爲刑部员外郎，转大理寺少卿，万历四十五年（1617年），升都察院右佥都御史，巡抚福建。当时福建海盗猖獗，士昌剿抚并用，将寇盗平定。后因直言罢归，卒于家。
成就.士昌工诗，擅画山水。有《三垣摘疏》、《镜园草》等。
轶事.王士昌