最强大时候为1659年，以海军为主的郑军有十余万人之多，曾循海道围攻南京。1662年之前，延平郡王的军政中枢都是在厦门，郑成功攻下台湾后，将台湾改名「东都」，郑成功本人驻于热兰遮城，但他死后嗣位的郑经，还以厦门为基地。次年（1663年），清军联合荷兰战舰攻打厦门，郑经转往台湾。后来一度在三藩之乱时重佔金门、厦门两岛，一度拥有福建七府。1680年，郑经兵败返台，不久去世。郑经死后，权臣冯钖范发动「东宁之变」，杀世子郑克，立次子郑克塽即位。1683年，清朝以明郑降将施琅为统帅攻打台湾，在澎湖海战击