晋升冻结，辛旗直到2010年中才正式晋升）。同时，辛旗还出任中国人民解放军总政治部联络部副部长。辛旗曾参与两次辜汪会谈的筹办与会谈，亲历九二共识的形成过程。在1998年上海辜汪会谈结束后，曾负责安排汪道涵访问台湾的行程。2000年起，辛旗历任中华文化发展促进会副秘书长、秘书长，曾数度陪同全国人民代表大会常务委员会副委员长许嘉璐访问台湾，与台湾政治人物包括江丙坤、饶颖奇、许信良等人多有接触。2005年曾参与《反分裂国家法》的起草及制定，在纪念抗战60週年活动中，代表中华文化发展促进会，接待来自台湾的郝柏村