1年黎圣宗征服占城以后，越南边境再度向南扩张。1623年，后黎朝朝廷的权臣郑松逝世。其子郑梉嗣位后，要求阮福源向他朝贡，遭到拒绝。三年之后，郑梉率御林军南下讨伐阮氏，标志着郑阮纷争的开始，这场内战持续了接近五十年。在郑阮内战期间，耶稣会传教士亚历山大·德·罗德来到阮氏朝廷的所在地富春进行传教（1640年），并建立了教堂。但六年之后，阮福澜像郑梉一样，意识到天主教可能对自己的统治产生威胁，取缔了天主教。罗德被控以死罪，最后被判处流放。罗德虽然被驱逐出国，但越南的天主教依然在秘密传播。1673年，清朝发