以前的诹访湖水质非常好，江户时代该湖曾放养来自琵琶湖和河口湖的蚬，也有人在此从事渔业活动。但在二战后日本高度经济成长期，该湖在农田化学肥料的营养盐和生活污水的影响下出现了富营养化，最终变成了富营养湖。该湖环境曾在20世纪70至80年代出现显着恶化，当时摇蚊和导致水华的微囊藻在此湖大规模爆发，湖面变成绿色，漂浮着泡沫和恶臭。水质恶化的原因有很多，其中一个重要原因是该湖虽有30多条流入河流，但流出河流只有1条，再加上其流域面积广，各条流入河流的污染物质便很容易积留在此。当地政府后来进行了流域下水道开发项目，该