河的上游均保存有中更新世玄武岩流与火山口，1951年在于田县境昆仑山中的卡尔达西火山群的一号火山曾爆发，并伴有火山泥石流。东部昆仑山第四纪以来上升了2800余米，其相关沉积物在柴达木盆地中的埋藏深度达2800米。昆仑山的新构造运动具间歇性，叶尔羌河、喀拉喀什河、尼雅河均形成4～5级阶地；各河出山口形成4～5级叠置的洪积扇。
气候.崑崙山北坡属暖温带塔里木荒漠和柴达木荒漠，降水量小；随着海拔的增高，暖温带荒漠过渡为高山荒漠，降水量随之增加。雪线在海拔5600米至5900米，雪线以上为