脉再加上本身已经成为林派重要人物，且又获得第12届云林县县长廖泉裕支持，使苏在竞选中击败了民主进步党推荐的廖大林博士、同派系脱党参选的张荣味而当选。在其县长任内，苏文雄争取经费，建设地方，如辟建云林科技工业区、丝织专业区、云林离岛式工业区，并推动国立台湾大学在国军「虎尾营区」设云林分校，协调国防部释出约85甲土地，即今虎尾高铁特定区。1999年6月25日，苏文雄因食道静脉大量出血，紧急由嘉义华济医院转院至台大医院住院。台大医院当时表示，苏是B型肝炎病毒带原者，且有多年肝硬化病史，并合併食道静脉曲张。