仁由于身世与工作因素，较能体会台商立场与台湾经济的需要，因此在通航等议题上较为弹性。从陈水扁时代到蔡英文时代，吴乃仁迄今共三次担任民进党中央党部秘书长，最近一次任期自2010年5月20日至12月20日。同日，民进党正式确定五都选举的台北市长候选人为苏贞昌，以及台中市长候选人为苏嘉全。苏嘉全台中市长的选举落败后，于2010年12月20日再次回任民进党中央党部秘书长，2011年2月23日任新境界文教基金会执行长。2012年中华民国总统选举，吴乃仁担任蔡英文竞选总部总干事，却在蔡英文败选后跑路不见人影。