999年2月，在肯尼亚被土耳其军事情报局特工逮捕。1999年奥贾兰在土耳其国家安全法庭的审判庭上“做了忏悔，对在15年内战中丧生的5000名军人表示哀悼，称库工党的出现是一个错误，表示愿意与当局合作，结束库工党为时15年的斗争”。土耳其当局将其拘禁在伊姆拉勒岛上，以叛国罪判处死刑。由于土耳其为了入欧而废除了死刑，2002年10月3日，土耳其国家安全法院将他的死刑判决改为无期徒刑，进行终身监禁。2012年下半年埃尔多安政权通过在狱中的奥贾兰进行斡旋，促使库尔德斯坦工人党游击队撤往伊拉克库尔德斯坦。