与父亲团聚。1913年，自北京新开路小学毕业，升入正志中学，两年后转入北京四中。1917年，王昆仑自北京四中毕业，考入北京大学预科（官费），学业期满之后，1918年升入北京大学中文系。同年，被北京大学一年级全体同学选举为一年级学生会主席。1919年五四运动爆发，身为北京大学一年级学生会主席的王昆仑率学生上街参加了天安门广场的抗议，并带头参加火烧赵家楼。父亲宣布与王昆仑脱离父子关系。母亲则因早年曾受秋瑾影响，故支持王昆仑。王昆仑自北京大学中文系转入哲学系。1920年，王昆仑学习西方哲学各派别，关心新文化运