为公民卫队的民兵组织，巴克纳成为队长。他担任这一职务直到卫队于1860年合并到肯塔基州国民警卫队第二团时止。同年他还成为肯塔基州督察长。
南北战争.1861年，肯塔基州州长比利亚·麦高芬（）任命巴克纳担任民兵指挥官，并把他提升至少将军衔，还给予他修改州内民兵法律的权力。南北战争爆发后，肯塔基州在支持北方联邦还是南方邦联上左右为难，州议会支持联邦，而州长则支持邦联，这种矛盾令该州宣布在战争中保持中立。巴克纳组建成了61个连来捍卫肯塔基州的中立立场。掌握民兵控制权的州委员会认为部队