于1999年球季J联赛加入乙级部，因此球队须要参加护级战，但护级战中连续败给神户胜利船以及福冈黄蜂，球队被降级到J-2作赛，球队在长期状况下累积赤字达27亿日圆。
降回乙级.降回乙级后，球队希望可以在一年内升回J1，邀请前日本国家足球队教练冈田武史出任领队。但球队最终只能以第五名完成球季。2000年野野村芳和、大森健二等人加盟球队，向京都不死鸟借用播户龙二。当年与降级到J2的浦和红钻争夺冠军，两队之间的对战成为了大战，最终札幌冈萨多成功夺得J2的冠军，与亚军浦和红钻同时升级到J1。