初并没有黄檗宗这个称谓。隐元本人自认为自己是临济宗的僧人，以临济正宗的僧人自居。其宗风、清规等都是模仿明朝时期临济宗的规矩，但又与日本的临济宗不同，因而自成一派。隐元所着的《黄檗清规》，对当时日本禅宗各派宗统、规矩的修正有着很大的影响。特别是卍山道白在曹洞宗的宗门改革中，就以这本书作为重要的参考资料。隐元在日本的影响力很大，以后水尾法皇为首的皇族、以幕府要人为首的各地大名，以及大量的商人相继皈依黄檗宗。隐元担任万福寺住持3年后，于宽文四年（1664年）9月将住持之位让给了弟子木庵性瑫，自己退隐到了松