月7日、诞生，为筑前国战国大名秋月种实的长子。天正14年（1586年）、和父亲一同对抗丰臣秀吉的九州征讨军，战败后也一同降伏于丰臣氏。这时，父亲剃发谢罪并宣布隐居，种长也继承家督之位成为秋月氏当主。但是不久之后，秀吉命令秋月氏转封到俸禄仅3万石的日向国高锅城。在丰臣政权下，曾参与征讨朝鲜的天正20年（1592年）的文禄之役、庆长2年（1597年）的庆长之役，庆长3年（1598年）的蔚山之战还曾立下战功。庆长5年（1600年）关原之战，隶属于西军负责守备大垣城；在西军瓦解后的9月17日，接受了东军的游