种痘所（日语：しゅとうしょ）是日本为天花预防及治疗之目的所设立的医疗机关。特别是1858年所开设的「玉池种痘所」（东京大学医学部发祥地）是比较有名的种痘所。
历史.日本最初的种痘所、是1849年7月20日由德国医生在长崎所开设。之后、由佐贺藩主锅岛直正将痘苗送给江户佐贺藩医及京都日野鼎哉。再由这个痘苗分苗出去、于关东、东北、关西各地开设种痘所。