香港主权移交后，林郑月娥续任库务局副局长（职位等同高官问责制2002年实施后的副秘书长），并于1999年1月晋升为首长级乙一级政务官。其后在2000年8月出任社会福利署署长，任内推行社福机构一笔过拨款（），取代实报实销制，减低社工薪酬支出；曾经因应经济衰退及通缩而调低《综合社会保障援助计划》援助金额。2003年11月任房屋及规划地政局常任秘书长（规划及地政），在中环填海诉讼时，透过街头派小册子争取民意。2004年9月，她主动申请调任香港驻伦敦经济贸易办事处处长，以陪伴在英国读书的次子林约希。曾荫权就