在1949年之前就已经不知所踪。
保护.中华人民共和国成立前，该塔沉降严重。自地面至残顶高度仅为42米，基座的下半部有1.35米为淤土所湮埋。1964年，万部华严经塔被公布为内蒙古自治区级第一批重点文物保护单位。1978年，中华人民共和国国家文物局拨款对塔进行了修缮，1987年该修复工程正式完成，塔也基本恢复了初建时的原貌，原毁坏的塔刹已经得到修复，塔身的高度恢复至56米。1982年，中华人民共和国国务院将万部华严经塔公布为第二批全国重点文物保护单位。2014年10月30日，有记者发