被迫离开，希腊东正教神职人员得以重返。1192年，萨拉丁同意让2名罗马天主教神父和2名助祭返回伯利恒。不过，由于欧洲朝圣者大为减少，该城丧失了朝圣贸易。在1229年－1244年之间，根据一项条约，伯利恒又曾短暂地处于十字军的控制之下。1250年，由于拜巴尔一世的掌权，对基督教的宽容结束了，神职人员离开该市。1263年，伯利恒的城墙被拆除。在下一个世纪，罗马天主教神职人员再度返回该市，在圣诞教堂的隔壁建立起自己的修道院。希腊东正教会获得管理圣诞教堂的权利，并同罗马天主教会和亚美尼亚正教会共同获得管理圣诞洞穴的