期间双方围绕着相关河流的控制权而发生了多次战斗。北军（联邦军）的水上战略，乃是根据温菲尔德·斯科特将军的建议，以海军在南方沿海以及密西西比河流域对南方邦联进行封锁。据此北军在战争初期就着手组建内河舰队。其作战意图，乃沿密西西比河南下，控制住密西西比河和俄亥俄河，把邦联军（南军）赶向东部；同时通过田纳西河以及坎伯兰河，以达到控制肯塔基州全境和田纳西州大部的目的。南军也针锋相对地组建了新奥尔良中队，陆续拥有两艘浮动炮台，三艘铁甲舰和一批木质撞击舰；因舰艇实力处于弱势，南军舰队通常都是协助固守重点区域。然而北军赶