时，深圳北站为广深港高速铁路南面的一个主要车站，承担部分广深高速动车组和京广高铁跨线列车的始发作业。广深港高铁全线贯通后，深圳北站每日大约有110班列车经深圳北站前往西九龙站。深圳市的铁路客运亦将形成“两主三辅”格局，其中深圳北站、深圳站为主要客运站，深圳东站、福田站、深圳坪山站为辅助客运站；而既有平南铁路深圳西站将逐步取消办理客运服务并拆除，同时将深圳西站的客运职能转移至同线的西丽站。深圳北站原为中国铁路广州局集团有限公司深圳站管辖的车站。现为广州局集团直管车站，共辖有广深港高铁沿线福田站、光明城站、