家族后裔，其家世代信奉五斗米道，孙恩叔父孙泰因拜杜子恭为师学习方术而吸引庶人乃至士族人士相信，更因而获当权的会稽王司马道子任命为官员。隆安二年（398年），王恭叛乱，孙泰以为东晋快要覆亡，故此煽动百姓，招集信众，并获很多三吴地区人民响应。事件遭到会稽内史谢輶揭发，孙泰因而遭司马道子处死。孙恩及后逃到海上，召集到百多人，于是等待机会复仇。隆安三年（399年），会稽世子司马元显下令三吴各郡，公卿以下被转为荫客的官奴都移置建康，称作「乐属」以补充朝廷兵员。然而此举却令各郡士庶都十分不满。孙恩看准当时人心不稳，