财政、司法总长两职之外，基本沿用王士珍内阁的阁员。段祺瑞内阁此次执政的政策延续其第二次内阁时期的对南主动作战的政策，段祺瑞亲自到汉口、九江、南京、济南等地督战和疏通人事，以及激励军队前方将士的士气，但是战事却还是不如想象中的顺利。由于冯国璋代理大总统到1918年10月就届满，冯国璋公开发表声明称不栈恋总统职位。9月，大总统选举举行，安福国会选举出徐世昌为总统。徐世昌倡议和平，使段祺瑞不得不和冯国璋约定同时下野。10月10日，总统徐世昌准段祺瑞免职，由钱能训暂行兼代。第二次段祺瑞内阁中的梁启超、汤