开合肥时，众多科大教师、学生去火车站送行，当局派人把管用汽车秘密送到安徽北部的蚌埠乘火车，以避免事端。管惟炎后由中华民国行政院国家科学委员会延揽入台，任国立清华大学物理系教授。2001年回上海探亲，造访科大。在前往上海的途中因为拒绝提供学运人士名单被国安在蚌埠勒令立即离开中国大陆。2003年3月20日，在台湾台中市因车祸去世。2002年，管惟炎教授接受当时国立清华大学出版社社长李雅明教授的采访。采访记录由何淑铃整理后成书，即《管惟炎口述历史回忆录》，由国立清华大学出版社于2004年出版，国立清华大学