塔里木盆地统治一段时间，但藏传佛教在塔里木盆地的影响仍不及汉传佛教。直到大蒙古国（元）时代，由于蒙古人崇敬喇嘛，藏传佛教才在新疆得到发展，但汉文佛典被翻译为回鹘文的数量仍最多，大约81部41种佛经。其次才是从藏文翻译过来的佛经，至少有16部。兴起于锡尔河三角洲的乌古斯人阿弗剌昔牙卜家族后裔的喀喇汗国统治者萨图克在934年改信伊斯兰教，伊斯兰教才在塔里木盆地西部得到了发展，但是在高昌回鹘与哈密仍信奉佛教；塔里木盆地境内一直到14世纪末才完成全盘伊斯兰化。此时距怛罗斯战役已有700年，而唐朝也于907年灭亡