因玄天上帝是北方之神，而北方在五行中属水色黑，因而庙中柱子是黑色而非常见的红色。正殿中有大明宁靖王朱术桂在永历二十三年（1669年）所敬献之「威灵赫奕」匾，是全台历史最悠久的古匾，日治时期结束时一度差点遭日本人带走。此外庙中尚有道光年间府城的大盐商吴尚新（台南公会堂前身─吴园创建者）远至姑苏铸造的古钟（今已耗损停用），以及府城名匠潘丽水的彩绘。