陵时司马休之已败逃襄阳（今湖北襄阳市），王镇恶就与蒯恩率兵追击。司马休之等人因襄阳守将李应之不肯开城而改奔后秦，王镇恶亦一直追击，一直追到晋秦边界亦追不上，唯有撤军。后调游击将军。
北伐后秦.义熙十二年（416年），刘裕出兵北伐后秦。王镇恶改任谘议参军，行龙骧将军，与冠军将军檀道济领前锋进攻许昌、洛阳。刘穆之对王镇恶说：「太尉这次把讨伐秦国的重大责任，交付给你，盼望你努力。」王镇恶说：「不克咸阳，誓不复济江而还也！」王镇恶和檀道济自进入后秦国境后战无不胜，城池大多望风迎降，终连