统苏卡诺声称汶莱起义是民众反对马来西亚的确凿证据，并决定进攻砂拉越。最初印尼派遣武装志愿军进入砂拉越，后来则直接派军干涉。1962至1966年，砂拉越成为马印对抗的最前线。除了砂共产党以外，砂拉越人民多数不支持马印两国之间的对峙。数以千计的砂共成员进入加里曼丹接受印尼共产党的培训。砂印对抗期间，约由10,000至150,000人组成的英国军队驻扎在砂拉越，此外亦有澳大利亚和纽西兰部队驻扎于砂拉越。苏哈托成为印尼总统后，马来西亚和印尼重启谈判。1966年8月11日，马印冲突结束。1967年，双方签署了新协议：