东民变群起，于志宁辞官回乡。617年，唐公李渊起兵入关中，于志宁与长孙无忌在长春宫迎候，李渊任于志宁为银青光禄大夫、秦王李世民属下渭北道行军元帅府记室。转任天策府从事中郎、文学馆学士。629年，任中书侍郎。后加散骑常侍、太子左庶子，封黎阳县公。唐朝立七庙的讨论中，群臣请以西凉武昭王李暠为始祖，于志宁表示了异议。太宗想要功臣的子孙世袭刺史之职，于志宁表示反对。太宗都听从于志宁的意见。640年，兼太子詹事，教导皇太子李承干，多次进谏，但李承干不听。643年，李承干被废，东宫属官都