主要为ToxinA、B(TcdA、B)，借由将尿苷二磷酸葡萄糖 (UDP-glucose)的葡萄糖转移至Rho small GTPase(醣基化)使其失活，这将导致：以上带来的结果使肠道上皮细胞大量死亡、上皮紧密连接被破坏，使肠道通透性增加并导致腹泻。
疾病与症状.艰难梭菌可定植于人体肠道而不出现症状，因为肠道正常菌丛可压制其生长，但当使用大量广谱抗生素(如头孢菌素)，会杀死正常菌丛，使艰难梭菌大量增生并产生毒素，导致腹泻、恶心、发烧，甚至导致伪膜性结肠炎及毒性巨结肠症(T