由于位于福冈市闹区，药院车站全站皆採与地面道路交通立体化交叉的方式设置，在这里大致呈南北走向的西铁天神大牟田线与呈东西走向的地下铁七隈线是以接近十字交叉的方式在此交会，其中西铁部分是位于二楼的高架车站，七隈线的月台与路线则位于地下。西铁部分设置有两座侧式月台两条乘车线，福冈市地下铁则为一座岛式月台两条乘车线的配置。
车站结构.
西日本铁道天神大牟田线.对向式月台2面2线的高架车站。营业列车全部停车。
福冈市地下铁七隈线.岛式月台1面