嘉隆在庆长之役中没有出阵，在庆长2年（1597年）把家督之位让予儿子九鬼守隆后隐居。
后期.庆长5年（1600年），在关原之战中加入西军，守隆则加入东军。这是嘉隆为了存续九鬼家的战略，不论哪边战败都能保着家名。嘉隆在守隆跟随德川家康前往会津征伐其间，与堀内氏善等人夺取守备薄弱的鸟羽城，但是西军在9月15日的决战中坏灭，于是放弃鸟羽城而逃亡到答志岛。守隆与德川家康会面并请求家康饶过父亲一命，家康考虑守隆的功绩后答应，但是在守隆的急使把这个消息传到嘉隆前，担心九鬼家会被清除的家臣