类T细胞可以被专门的抗原呈递细胞激活，而每一类T细胞都能够处理不同类型的毒素和病原体，最终启动的免疫反应类型也与抗原呈递细胞识别抗原时的环境相关。
外来抗原.树突状细胞可以吞噬外来的病原体（比如细菌、寄生虫）或者毒素，之后根据趋化因子的信号迁移到富含T细胞的淋巴结内。在迁移过程中，树突状细胞会失去吞噬其他病原体的能力，同时获得与T细胞相互作用的能力。树突状细胞会利用水解酶将吞入的病原体分解成碎片分子，也即是抗原。在淋巴结内，树突状细胞会把这些“异己”抗原和主要组织相容性复合物-II