署于1859年落成，是香港最早建成的6所警署之一，也是现今唯一保存下来的。当年香港割让予英国后，赤柱治安甚差，更是海盗出没的黑点，港府早在1840年代派遣军警驻守当地。1859年，赤柱警署落成，负起维持当地治安的责任。当时兴建费用为402英镑16先令又两便士。由于当时警署的角色是香港岛最南端的前哨站，驻港英军也经常与警队联合使用该建筑物。香港日治时期，日军曾征用旧赤柱警署为赤柱区分区总部，并于该建筑中加建殓房。香港重光后，该建筑恢复回警署之用。1974年，警署迁出该建筑，遂先后被南区政务处分处、社会福利