在1938年11月回任助理律政司后，傅瑞宪在1939年2月获委任为香港大学替任校董，后于同年8月至12月再一次出任最高法院暂委额外按察司。在1937年，中日战争爆发，远东战云密佈，到1938年10月，广州沦陷，日军兵临香港深圳河以北，翌年9月，第二次世界大战正式爆发，时任港督罗富国爵士旋即宣佈香港进入战争状态，连串事件使香港局势日益不稳。由于傅瑞宪在港府担任要职，因此他在1940年获准从香港后备防卫队除役。当时港府正在整顿防务，并在1941年4月设立防卫司一职，曾在一战期间因杰出表现而获得军功十字勋章的