担任台南守备队司令、第2师团长。10月14日任第3任台湾总督（1896年10月14日－1898年2月）。乃木的任务是确保台湾的治安稳定，而其妻子静子与母亲寿子同行。乃木希典担任第3任台湾总督期间，制定了三段警备制，确立了「以台制台」策略。然任内发生高野孟矩事件，导致「大日本帝国宪法是否适用于台湾」的争议。1896年12月，爆发陆军少尉结城亨与其部下21人于花莲新城遭到太鲁阁族歼灭，史称新城事件。另外，在他担任总督期间在主要都市设置意见箱，以听取台湾人用投书方式表露心声。1897年春，乃木希典利用回国