十分反对日军侵华的行为（九一八事变），而美国当时亦宣布不承认日军的行动，即史汀生主义。1940年，富兰克林·德拉诺·罗斯福命他重返战争部。他是曼哈顿计划的领导人格罗夫斯将军的直属上司。1945年在选择对日原子弹轰炸目标时，由于史汀生曾与妻子去京都渡蜜月，他深知京都的历史和文化价值，而力排众议令京都免于受原爆毁灭。他使得摩根索计画不能实现。