牛奔河战役期间他作为高级指挥官参与作战，但他获胜的能力胜利常常被他的下属，P·G·T·博雷加德的光彩所掩盖。1862年约翰斯通指挥了保卫里士满的半岛会战，但是在联邦陆军少将乔治·B·麦克莱伦优势兵力攻势下被迫撤退。他在七松之役中受了一道重伤，于是被罗伯特·E·李取代了北弗吉尼亚军团的指挥权。约翰斯通伤愈出院后1863年被授予西部战区的指挥权。在1864年亚特兰大会战中他指挥田纳西军团对阵联邦军少将威廉·特库姆塞·舍曼。在内战的最后尾声时，约翰斯通还被授权指挥在卡罗莱纳会战中残余的军队。联邦军上将尤利西斯