多瑙艾辛根东侧汇流，沿施瓦本山、弗兰克侏罗山南翼和巴伐利亚高原北缘流向东北，至雷根斯堡后转为向东南方流，后进入奥地利境内，经波希米亚林山及维也纳盆地后达匈牙利门。上游河段的坡度较大，水位季节变化显着，夏季水位较高，冬季较低，本河段有支流雷根河、伊萨尔河、因河等河流注入，因河的流量较干流高，水量也大幅增加，支流的水源主要来自冰雪融水，以春末夏初水位最高。雷根斯堡附近流量为420立方公尺/秒，至维也纳达1900立方米/秒。
中游段.中游段为匈牙利门至铁门崃谷，长900余公里，河面较宽，