子科举人。崇祯十三年（1640年）登庚辰科进士。授兵部武库清吏司主事。当时，督师杨嗣昌以「河北山东俱若旱魃」，上疏明思宗刊布华严经祈福，求雨杀蝗，卢若腾上疏参杨嗣昌“怪诞”。皇帝认为“一个新进小臣，何以妄加诋毁国之重臣？”下旨严责其为沽名钓誉之辈，然而，舆论却一边倒的支持卢若腾。不久，卢若腾迁本部郎中兼总京卫武学，又三上疏弹劾定西侯蒋惟禄；皇帝认为卢若腾实在耿直得令人讨厌，便把他派往浙江任布政使司左参议，分司宁绍巡海道。崇祯十五年（1642年）卢若腾辞朝赴任，循水路到山东，途中发现宦官田国兴专揽民船、滥