为一循环；固相多肽上游离的N端和N端被保护的单一胺基酸单元偶合，然后这个单元会被脱去保护，再度露出新的N端使反应接续下去。这项技术的优点在于每个反应后沖洗循环的能力和去除带有和树脂共价结合之尚未合成完多肽的溶剂的能力。其中最重要的考虑因素是每个步骤的收率，如果每个步骤收率都不高，那最后总体反应收率就会变得极差，也因此每个胺基酸必须要加超过量(二到十倍)，才能优化整体反应的产量。两种较常用的固相多肽合成为Fmoc和Boc。固相多肽合成与核醣体的蛋白质合成不同，方向是由C端往N端合成，而N端的胺基酸单体就