登陆台南，包围荷兰东印度公司部队于热兰遮城，并击退巴达维亚援军，其间林凤屡建战功。由于围城期间军粮不足，郑成功分派各镇去汛地屯垦。林凤所部分汛于曾文溪迤北地区，含中社、龟仔港、大菁埔等地（旧属嘉义赤山堡）。众官兵将险恶荒僻之地开辟为良田，至今台南市六甲区仍有「林凤营」之地名，即可说明后人感念其屯田恩德。1662年，林凤改任统领水师署总兵官都督佥事。1662年，林凤升任右虎卫镇。同年7月，荷兰军队提督波尔特率舰12艘攻佔鸡笼（今基隆市），并图谋联合清军再度侵佔台湾。1663年，郑经命统领亲军勇卫挂征讨