为厅治，至明治42年（1909年）10月蕃薯藔厅併入阿缑厅。其间当地居民嫌「蕃薯藔」之名不雅，曾陈情要求将蕃薯藔街复名「太平街」，唯未成案。大正9年（1920年）地方制度改正时，终依「旗尾山」之名而改称为「旗山」至今。民国三十五年（1946年），由旗山街改为高雄县旗山镇。2010年12月25日直辖市五都升格，旗山镇改制为旗山区。
行政区划.旗山区行政区域共21个里，分别是：太平里、大德里、湄洲里、竹峰里、瑞吉里、永和里、三协里、圆富里、中正里、大林里、上洲里、鲲洲里、大山