乌丁一直居住在柔佛，并放弃马六甲苏丹的称号。1540年，阿拉乌丁建都旧柔佛。复国战争刚落下帷幕，柔佛苏丹国马上又卷入另一场旷日废时，规模更大的三角战争。战争始于1537年9月至1636年，柔佛除了对付旧敌葡属马六甲之外，也要面对在苏门答腊岛掘起的亚齐苏丹国的威胁。柔佛在三角战争中基本处于劣势，首都更4次被葡萄牙和亚齐摧毁。1564年，亚齐为报复柔佛在1547年战役的袖手旁观之仇，而出兵占领柔佛的食邑国阿鲁，进而攻陷首都旧柔佛，苏丹阿拉乌丁二世被亚齐俘虏，最后死于亚齐。1575年，与柔佛同一王族血统的霹雳