唿吸反射，例如对缺氧的反应一般会减弱。大脑对唿吸的控制减弱：和清醒状态与非REM睡眠状态不同，对脑内和唿吸相关的区域进行电刺激，不会对肺部活动产生影响。心率和动脉血压的波动，表现出和PGO波、快速眼动以及唿吸的颤动或迅速改变同步。阴茎的勃起（称作夜间阴茎勃起，简称NPT）通常会在人和鼠的REM睡眠阶段出现。如果男性在清醒时有勃起功能障碍（ED），但是在REM睡眠期间出现了NPT，则说明他的ED是心理而非生理原因。对于女性来说，阴蒂的勃起（夜间阴蒂勃起，简称NCT）导致阴蒂增大，伴随着阴道充血和分泌液体。