徒刑11年，併科新台币1.5亿元罚金，陈敏薰人事案的部分也三审定谳，加上她于此案还涉国内洗钱，被判有期徒刑8年7个月，併科新台币500万元罚金。2010年12月13日，高院裁定合併刑期17年半，併科新台币1.54亿元罚金。2011年2月18日，吴淑珍被高雄地检署转送至台中监狱附设培德医院评估是否收监，狱方和评估医疗团队在当天下午4时对外宣布「拒收」，高检署随后宣布，将吴淑珍责付给陈致中，限制住居、禁止出境。2011年8月26日，国务机要费案更一审出现逆转判决，台湾高等法院改判陈水扁与吴淑珍无罪。