，平帝追谥孔子为“褒成宣尼公”。自此，孔庙愈受重视。东汉建武五年（29年），光武帝过阙里，命祭孔子。明帝、章帝、安帝均曾到曲阜祭祀。永兴元年（153年），桓帝下诏重修孔庙，任命孔和为守庙官，并立碑以记。后汉末年，天下大乱，“百祀堕坏”，孔庙颓败。魏晋南北朝时期，社会动荡，虽然玄学兴起，佛教盛行，孔子的尊崇地位却未受到太大影响。魏文帝“令鲁郡修起旧庙”，并安置吏卒百户守卫；又在庙外广修屋宇，以居学者。西晋末造，“五胡乱华”，“庙貌荒残”。东魏孝静帝兴和元年（539年），大力维修孔庙，首次为孔子及弟子塑像。