此遭受政治损失。不同于社会党的立场与1990年根据世界卫生组织的规范，将同性恋移除精神疾病范畴的措举。古特雷斯曾于1995年提到他不喜欢同性恋。在外交政策上，1999年，古特雷斯寻求联合国介入东帝汶独立事务，东帝汶为葡萄牙前殖民地，其在1999年东帝汶独立公投，宣布独立后受到印尼军队侵犯与破坏。同年，古特雷斯完成12年来就澳门问题葡萄牙与中国的谈判，以总理身份出席澳门政权交接仪式。2001年，因社会党在地方选举中失利，古特雷斯辞去总理职务。葡萄牙总统若热·桑帕约解散国会，重新召开选举。2002年