，官府也无法约束，尤其是对基督教徒的迫害。其党羽在店仔口横行，基督教信徒稍有不顺其意便会遭到殴打，甚至烧毁房舍。有吉贝耍人温旺，据说即是被吴志高一伙挖掉眼珠而失明。长老教会在白水溪建有教会，吴志高以该教会会影响他祖坟风水为由，多次派人破坏。在当地传教的甘为霖牧师认为，吴志高是担心教会会影响到他对原住民的控制，还有损及他们躲入山区避开官府围剿之党羽的安全，才以风水为由阻扰教会传教。据说吴志高曾以要讨论风水问题为由，希望能与甘为霖牧师会面，但甘为霖以工作忙碌为由婉拒，并表示要谈事情请到嘉义城找德马太医生或他本人