修长，有针状牙齿；每个上颌骨有8颗牙齿。大部分翼龙类的上颌的下缘有大幅弯曲，而枪颌翼龙的上颌的下缘笔直。上颌的牙齿排列至嘴部后方，越后方牙齿越小，牙齿的间隔大。枪颌翼龙具有矢状头冠，上有沟槽、凹处。研究人员根据亲缘分支分类法分析，将枪颌翼龙归类于准噶尔翼龙科，并提出枪颌翼龙是准噶尔翼龙的姐妹分类单元。古生物学家Brian Andres提出枪颌翼龙是准噶尔翼龙的次异名。