1037年后朱雀天皇即位后，祯子内亲王立为中宫，其时能信兼任中宫大夫。不久赖通进养女嫄子为中宫，祯子内亲王改立为皇后，能信亦改兼任皇后宫大夫。1045年前后，后朱雀天皇病重，欲让为给太子亲仁亲王，召关白赖通商讨身后事。天皇欲在太子即位后，立第二皇子尊仁亲王为储君，赖通则敷衍其事。赖通退出后，能信故意对病榻前的天皇说：「陛下想要把第二宫託付给哪为高僧？」天皇回道：「这是什么话！我想要把他立为东宫，只是与关白商量后，他认为这事不急，所以还没行动。」能信回道：「圣虑已然，宜早决定，不可过今日也。」于是当天尊仁