oplasma属和Ferroplasma属）具有一个细胞壁。在大多数古细菌的壁由表面层蛋白质组成，形成一个S层。一个S层是蛋白质分子的刚性阵列覆盖了细胞的外侧（如同锁子甲）。该层提供化学和物理保护，并能防止大分子接触细胞膜。与细菌不同，古菌的细胞壁缺少肽聚糖。古菌鞭毛操作类似细菌鞭毛，它们的长梗是由在座部的旋转马达驱动。然而，古菌鞭毛在组成和发育上有着明显的不同。这两种类型的鞭毛是从不同的祖先进化而来的。细菌鞭毛与III型分泌系统共享一个共同的祖先，但是，古菌鞭毛似乎已经从细菌IV型菌的性菌毛进化而来。