个反密码子结合结构域（与tRNA上的反密码子作用的区域，来保证胺基酸结合到正确的tRNA分子上）。一些胺酰tRNA合成酶还具有RNA结合结构域和“编辑”结构域，负责将不正确连接的胺酰tRNA重新打开。同一类型中所有的胺酰tRNA合成酶的催化结构域都是同源的，但两个类型（类型I和II）之间却没有同源关系。类型I的胺酰tRNA合成酶普遍具有Rossmann折叠和反平行的β折叠结构，而类型II的酶则具有不同的由反平行的β折叠所形成的结构。
进化.同一专一性中多数胺酰tRNA合成酶在进