警报中心报告指，热带低气压当时位于菲律宾马尼拉东南约520公里。但由于该热带低气压接近陆地，风力减弱，日本气象厅把它降格为低压区，联合台风警报中心亦为它作出最后报告。于2009年6月15日及6月16日，该低压区横跨菲律宾，为菲律宾带来恶劣天气。横跨菲律宾后，进入中国南海，其后再度增强，于六月十七日在香港东南偏南约520公里的南海北部上增强为热带低气压,并被命名为莲花。莲花移动缓慢，翌日增强为热带风暴。莲花于六月十九日开始向偏北移动，横过南海，当晚增强为强烈热带风暴。它于六月二十日日间向东北偏北移动，黄昏