调元到上海见孙中山、黄兴，支持武力讨袁。孙中山任命宁调元为秘书长。同年4月，由黄兴派往武汉，策划湖北军队起义。孙中山为反袁世凯，在汉口设总机关“国民党交通部”（分为军事、文书、联络、总务、会计等组），派宁调元、熊越山等人到武汉协助策划反袁起义，即“二次革命”。在汉口成立公民讨贼团，该团在汉口发动军队，并且在襄阳、宜昌、岳口、新堤设机关。6月23日晚，国民党交通部下达命令，预定6月25日在武昌南湖集结之后攻打首义门，宣布独立，相机北伐。在宜昌的公民讨贼团也接到通知，约定6月25日晚一起举义。但是黎元洪6月