定，取决于船只的种类、大小和搭载货物的类型。对于集装箱船，通行费用取决于船只装载20呎标准集装箱的能力。根据2016年4月1日生效的规定，通行费用从每箱74美元到90美元不等（取决于船只搭载集装箱的数量）。一艘巴拿马极限型船只可以搭载4400个20呎标准集装箱。排水量超过30, 000吨的客轮，根据旅客铺位数缴纳通行费用。从2016年4月1日后，每个铺位需缴纳的费用为111美元（未使用的铺位）或138美元（使用中的铺位）。从2007年开始，这项费用使得这类船只需缴纳的总费用大大提高。排水量小于30,