667年6月20日当选罗马主教（教宗），同年6月26日即位至1669年12月9日为止。他在两年任期内没有值得注意的成就。在圣座与荷兰天主教神学家康留斯·詹森争执期间，法国教会拒绝谴责詹森。在亚琛的战争中，克勉九世担任斡旋人，周旋在法国、西班牙、英国和荷兰之间。他于1669年逝世。