建安十一年（206年），昌豨反叛，曹操派于禁讨伐，但没有击破。曹操便派夏侯渊前去相助，合力将乱事平定，降服十多屯，昌豨投降。夏侯渊回师后，被拜为典军校尉。后来，济南、乐安的黄巾军徐和、司马俱等攻城，杀死城中长吏，夏侯渊便与臧霸和吕虔率领泰山、齐、平原三郡的士兵讨伐他们，大破敌军，斩杀徐和，平定各县，没收食谷分与军士。
五出平叛.建安十四年（209年），夏侯渊被任为行领军。后曹操征伐孙权回师，夏侯渊被派去督领诸将攻击庐江叛军雷绪，将其击溃。建安十六年（211年）正月，