又请神宗亟图更始、兴修百业，但是神宗只是称赞却并没有採用他的意见。(优诏答之，而不能用)。后来又再三力救因兵部考选军政而被削职的言官。神宗俱不采纳。不久，改陈于陛为文渊阁大学士，而以甘肃破贼功，加太子少保。是时内阁辅臣计四人：赵志皋、张位、沈一贯、陈于陛，为同年进士，遇事虽无掣肘，但因神宗一再拒谏，上下隔绝，政事久废。陈于陛为此忧形于色，终日叹息不已。万历二十四年十二月十三日（1597年）卒于官，年五十二。赠太子少保，谥文宪。《明史》有传。
着作.有