新教改革之后，哥本哈根大学得以重建，并从天主教大学转变为新教大学。在1675至1788年之间，哥本哈根大学引进了学位考试制度。这种制度最先应用于神学院，之后向其他学院推广。截至1788年，所有专业的学生都必须要参加学位考试来获取学位证书。在1807年英国和丹麦的交战中，英国的舰队炮轰哥本哈根城。哥本哈根大学的很多古老建筑在这次战役中被毁。1836年，新的大学主楼落成。哥本哈根大学的很多附属机构，包括图书馆、动物学博物馆、地质博物馆、植物园和温室等都是在这段时间内建立起来的。六大学院之一的技术学院也诞生于