江苏省宜兴县陆平村的书香门第，潘菽6岁时开始在父亲潘仲六开办的蒙馆里读《四书》、《五经》。后始逢清朝末年废科举办学堂，潘菽以优异成绩考取了常州江苏省立第五中学插班3年级。1917年（中华民国六年），潘菽中学毕业，跳过两年预科，直接考取了大学本科，就读于北京大学哲学系。在北京大学学习期间，潘菽接触了中国知识界对华夏传统文化的反思，深受「德先生」]]和「赛先生」的感召。1919年五四运动中，潘菽参加了抗议北洋政府外交失败的游行示威，是被军警逮捕的三十二名学生之一。后经蔡元培、朱家骅等营救获释。1920年（民