自14世纪开始的黑死病，与鼠疫相同，皆是由一种称为鼠疫桿菌的细菌所造成。这些细菌是寄生于跳蚤身上，并借由黑鼠（"Rattus rattus"）等动物来传播。也有研究认为病源可能来自亚洲的小沙鼠。第二次鼠疫大流行时，9座城市中有7座透过人类身上衣物的跳蚤与头蝨传播。不过由于其他疾病也有可能产生淋巴腺肿，因此也有人提出其他不同的观点。第二次鼠疫大流行期间，黑死病之后，同样的疾病多次侵袭欧洲等地，造成的死亡情形与严重程度各不相同，主要疫情包括1629-1631年的意大利鼠疫、1647-1652年的、1656-