基地成立后，舞鹤镇守府于1901年设立了拥有旱坞的船只修复设施。在1903年新增了造船的器材与设施后，舞鹤海军工厂正式成立。额外的旱坞于1904年以及1914年完工。1914年完工的3号旱坞为当时全日本最大。1923年日本签订华盛顿海军条约后，海军省内部出现了关闭此设施的声浪，而直到1936年为止舞鹤海军工厂大体上成了后备设施。此后，舞鹤海军工厂重新开张、扩建，并开始为军方生产船只、飞机与其他武器。其专攻驱逐舰大小以下的舰艇。
战后.第二次世界大战结束后，舞鹤海军工厂由私人