在大量的重构图中(请看最上面的一幅)，孔子鸟的手显得更原始。实际上"掌骨 (Metacarpalia)" II 和 III在近腕骨处和"月骨"融合为腕掌骨（"Carpometacarpus"）。现代的鸟类，其手的融合更进一步，只有第一只手指能活动:即拇指，上有小翼羽，作用是飞行时控制气流。以目前的资料来看，孔子鸟和始祖鸟都没有小翼羽。这个身体构造直到一个例外（小盗龙），才在高等鸟类中如"Eoalulavis"（拉丁语：早期小翼羽鸟）出现。孔子鸟的上肢终于一个膨大的胸部突起，上有一椭圆的孔。但目前这个