遂辞职不出仕。万历二年（1574年），明神宗起用严清为山西巡抚。不久，万历三年，改为贵州巡抚，历任南京、北京大理寺卿。万历五年，任刑部右侍郎，同年改吏部右侍郎、吏部左侍郎，万历六年，担任刑部尚书。当时张居正当政，各部尚书只有严清不攀附他。张居正死后，冯保家被抄，查到官员餽赠礼物的账本，上面唯独没有严清名字，因此深得明神宗器重。恰逢吏部尚书梁梦龙被罢免，即以严清接替。他在任内对官员考察、任免亲力亲为，没有官员侥幸升职。大臣们知道他廉洁简朴，都不敢找他请托办事。六个月后，他因病休息，明神宗之后仍多次询问内阁