王镇恶出生于五月五日（6月11日），当时认为这是恶月，并不吉祥，本来想要把他出继给别人，可是他的祖父王勐却说：「这个小孩不是平常人，从前孟尝君生于恶月，后来却能当齐国宰相。这个小孩子也将会兴旺王家。」于是把他取名为镇恶。太元十年（385年），前秦天王苻坚遭后秦皇帝姚苌杀害，关中大乱。其时王镇恶才十二岁，一度在崤山、渑池一带流徙，及后更跟着他的叔父王曜流亡到荆州。王镇恶在当地阅读兵法，谈论军国大事，显得甚具治国之才，且能果断处事。义熙五年（409年），刘裕北伐南燕，有人向刘裕举荐当时任临澧令的王镇恶，