979年，重返普陀山并被公推为全山代理方丈，复兴普陀山观音道场，倡修《普陀洛迦山志》，开筑南海观音铜像（1997年）、筹建中国首家佛教医院——普济医院、创建普陀山佛学院、普陀山佛教文化研究所及《普陀山佛教》杂志、《正法研究》学术年刊等。1984年起还东渡美国、日本、菲律宾、新加坡和香港台湾等地传法。妙善法师深谙佛法，一生志在慈济育人，弘法兴教，而自奉甚薄，为一代高僧。妙善于2000年2月26日示寂于普陀山，世寿92岁，僧、腊戒各六十八夏。