担任国立音乐院国乐系与金陵女子大学音乐系教授，亦曾在担任礼乐馆编纂、乐典组主任等职。1945年抗战结束后随国立音乐院前往南京，此时接到哈佛大学去教授中国音乐史的邀请，但认为“脱离了中国音乐的实际环境就无法研究中国音乐的历史和现状”而拒绝。1949年中华人民共和国成立后，杨荫浏进入中央音乐学院担任教授，后来历任音乐研究所副所长、所长，与吕骥、李元庆并称音乐研究所的“三驾马车”。此外也担任过中国音乐家协会常务理事。1950年暑假和表妹曹安和一起到无钖给阿炳录下了名曲《二泉映月》。 文化大革命爆发后被下放到干校。