拥立南康王萧宝融，以萧憺为冠军将军、西中郎咨议参军，调任相国从事中郎，和南平王萧伟一起留守根据地襄阳。和帝登基后，萧憺任给事黄门侍郎。当时忠于东昏侯的巴东太守萧惠训的儿子萧璝等人进攻荆州，和帝的朝廷十分恐惧，萧伟派萧憺带雍州（即襄阳）将士去增援。萧憺命令韦爱写信给萧璝等人使对方投降。是年（501年）冬，萧衍攻下建业，次年春，和帝离开江陵，下诏任命萧憺为使持节、都督荆、湘、益、宁、南秦、北秦六州诸军事、平西将军、荆州刺史，但未就任。天监元年（502年），加授安西将军，都督、刺史照旧。封始兴郡王，食邑二千户