，400系列车绿色车厢的1人单独排列座位的座位号码编号为C。普通车厢对号座席车辆（第12-15号车厢）和自由座席车辆（第16、17号车厢）座位的座席间距不同，前者为JR东日本的新干线普通车厢的标准座席间距980mm，后者被认为是从座定员确保的观点与485系等同样的910mm。在座椅颜色方面，当初绿色车厢采用紫色系，普通车厢指定席採用茶色系，自由席则为青色系。在1999年山形新干线E3系投入营运的时候，实施了列车座位的改造与前述的车身涂装颜色的变更。
列车编组.属于本系列的各