。弘治三年（1490年），迁南京右佥都御史。八年（1495年），升右副都御史，总理南京粮储事务，不久，巡抚贵州。次年，入京任大理寺卿，奉诏与刑部裁定条例，颁行天下。弘治十三年（1500年），王轼拜为南京户部尚书。不久，任左副都御史，总督贵州军务，镇压苗族女土司米鲁起事，大胜还朝。孝宗大喜，赏赐有加，加封太子少保。后改南京兵部尚书，参与机务。王轼屡次请求致仕，均不被批准。武宗登极后，因病再次请归。朝廷下诏，加太子太保，荣誉归里。正德元年（1506年）卒。朝廷追赠太保，谥襄简。《明史》有传。