前总统马可斯宣布菲律宾的《军事管制法》，向南方大举用兵，展开杀戮，南方穆斯林组成摩洛民族解放阵线，宣布南方独立，受到政府多次武力镇压。菲南四省1987年举行公投，获政府确认建立「棉兰老穆斯林自治区」，但因多项承诺未有落实，引发区内青年加入更激进的摩洛伊斯兰解放阵线或阿布萨耶夫等组织，冲突不绝。1996年菲律宾政府与民族解放阵线谈判停火，但双方冲动并未停止，阿布沙耶夫转到岛屿的丛林中展开游击战，袭击政府军和绑架旅游者，申明独立主张。现时在棉兰老一带，不少家庭负重债、幼童失学，亦因贫困而未敢求医，生活窘迫。