吉又根据他的洗礼名「Antaô」而赐与「等安」之名，之后命他改用此名。丰臣秀吉去世之后，外町（御免地称作「内町」，在这之外的地便称为「外町」）也仍为担任代官的村山等安所支配。此外村山等安与天主教道明会的往来也相当密切，他的其中弗朗西斯科等安被任命为道明会长崎教区的司祭。庆长八年（1603年），由于和葡萄牙人的生丝贸易发生纠纷，长崎奉行寺泽广高撤换。庆长九年（1604年）的正月，村山等安与耶稣会的陆若汉（）神父一同谒见在伏见的德川家康，请求追认由他继续担任长崎代官一职之事。在这之后，村山等安扩大了