菌种的生长调节变化。因此可以了解到，菌-肠—脑轴线是双向的生理调控管道，和发育及身心健康息息相关。在过去近20年的研究中，科学家已清楚地注意到肠道菌相对人体重要性，且在临床上证实，在破坏菌—肠—脑轴线的平衡时，会诱导自体免疫系统对神经系统的攻击，导致多发性硬化症。这是一种脱髓鞘性神经病变，患者脑或嵴髓中的神经细胞表面的绝缘物质受到破坏，造成神经系统的讯息传递受损，导致一系列可能发生的症状，影响患者的运动功能、心智能力、甚至精神状态的损伤。另外，在分析自闭症儿童的肠道菌相中，也发现其粪便中的菌相与健康儿童