版图后设立了台厦道，与厦门共署，并同时隶属于当时的福建省。道为清朝行政区划之一，其地位在省与府之间，而总管厦门与台湾的台厦道道署设于厦门。1684年（康熙23年），台厦道辖下设一府三县：台湾岛与澎湖群岛属台湾府，新港溪（今盐水溪）以北为诸罗县，新港溪至二仁溪之间为台湾县，二仁溪以南为凤山县1723年（雍正元年），台厦道更名为台湾道，下辖一府四县一厅：将诸罗县之虎尾溪以北增设彰化县，另设淡水同知兼巡北路。1727年（雍正5年）台湾道正式与厦门分离，并将道署移署于台南。台湾道设一府四县二厅，包括新成立的