有的土木建筑，碑刻石铭遭到极大破坏。嘉靖十九年(1540年)立草庐碑。万历二十年（1529年），中宪大夫，都察院协院事左佥都御史李祯重修祠，并立《重修碑记》，碑阴刻有诸葛亮画像，为现存最早之诸葛亮画像。
中华民国.民国21年，蒋中正到访隆中，举行祭祀仪式，并拔款维修古迹，新建中正亭、中正堂，重修荷花池、铜鼓台等，并立碑。
中华人民共和国.于1954年、1957年、1980年、1985年对祠、三顾堂、野云庵、三义殿进行维修，为明代碑刻加修碑亭。1965年，董