，线粒体具有平的嵴，具有纤维素成分的细胞壁，以淀粉形式存储食物。然而，这些特点也可能被其它真核生物所拥有。原始色素体生物可分为两条进化分支。红藻具有叶绿素a和藻胆蛋白(phycobiliprotein), 类似于大多数蓝藻。绿藻与陆生植物–被合称为绿色植物具有叶绿素a和叶绿素b，但缺少藻胆蛋白。灰胞藻具有典型的蓝藻色素，并且其色素体不寻常地有细胞壁，称为蓝小体(cyanelles)。
形态.所有原始色素体生物都有色素体。其中灰胞藻的色素体与蓝藻极为接近，这为内共生理论提供了证据