粮到遵义赈灾。1900年，蹇念益赴日本留学，入早稻田大学学习法政。其间，当选为中国留学生总会干事。后来，日本文部省颁布《关于准许清国人入学之公私立学校之规程》，一部分中国留学生认为该规程不合理，乃罢课、集体归国，表示抗议。蹇念益认为这些行为有损中国，遂和江庸组织维持会，说服多数中国留学生继续留在日本学习。当时，梁启超在日本办《新民丛报》，梁启超比蹇念益大三岁，因为政治主张接近，便成为好友。1907年，蹇念益毕业归国，被清廷授七品京官，在度支部任职。1908年，遵义籍进士唐瑞铜任河南财政监理官，推荐蹇念益