在佛教中，瑜伽师这个名词最早出现在《大毘婆沙论》中，为上座部中的一个小流派。佛教研究者认为它可能是瑜伽行唯识学派与佛教密宗的前身。
历史.瑜伽师最早是指修行瑜伽的禅观行者，即瑜伽士。在释迦牟尼时代，僧团中就已经出现重视禅修、头陀行的禅者。在汉传佛教中，称为禅师。在说一切有部中，于罽宾、健陀罗地区出现的譬喻师，其特色就是重视经教与禅修，将禅观实践总结为五十五观。但在此同时，也出现一群重视自己禅修体验，超过经教的修行者，被称为瑜伽师。印顺法师认为，瑜伽师最早也出于罽宾、健陀罗地区