北伐定都南京，并且在1931年制定的《中华民国训政时期约法》第五条中明文规定国都设立在南京市，确立南京市的首都地位。1937年7月抗日战争全面爆发，同年11月21日国民政府宣布将所有中央政府机构由南京市迁往重庆市。而军事作战中心则是先迁往武汉市，并且在武汉会战爆发后再迁往重庆市。抗战胜利后国民政府发布「还都令」，宣布1946年5月5日「凯旋南京」。国共内战中，中华民国首都因战局而多次迁移，最终于1949年12月迁至台北市。
主要城市.中华民国建立初期将原有的「府」改制为县，当时曾有