命爆发，王占元奉命镇压革命派。因立下军功，获授陆军上将衔。1914年（民国3年）3月，兼任豫南剿匪总司令，参与讨伐白朗。4月，任湖北军务帮办。1915年（民国4年），王占元支持袁世凯称帝，10月获授壮威将军。12月，袁世凯称帝，王占元获封一等侯。同月，护国战争爆发，王占元被任命为襄武将军督理湖北军务。袁世凯1916年（民国5年）6月逝世后，7月王占元被任命为湖北督军兼民政长。府院之争中，王占元支持国务总理段祺瑞，和其他省的督军共同要求解散国会，给大总统黎元洪带来压力。后来，冯国璋领导的直系同段祺瑞领导的