吴一元，山东省曹州府范县（今山东省莘县）人，明末清初政治人物。
生平.明崇祯四年（1631年）进士，任陕西庄浪道参议。明亡后仕清。顺治二年（1645年），担任山西布政使司参议、河东道。顺治三年，任陕西按察使司副使、固原兵备道。顺治五年，任浙江布政使司参政，兼按察使司佥事、温处道。顺治八年，任四川按察使。顺治九年，任四川右布政使。有兄吴一化，弟吴一脉，子吴开世。