元15世纪末时，基多王国成为印加帝国的政治、经济和文化中心，是仅次于首都库斯科的第二大城市，印加帝国最后一任国王阿塔瓦尔帕的宫殿亦兴建于基多，但今日这座宫殿已成为厄瓜多尔的总统府。1526年西班牙殖民者入侵，1534年完全占领。当时驻守基多的印加将军卢米尼亚维把城市彻底摧毁。今天的基多市是由西班牙在印加帝国的废墟建立起来的。1809年西班牙第一份于南美洲签订的独立宣言厄瓜多尔独立宣言就是在基多的圣阿古斯丁修道院进行，但直至1830年厄瓜多尔才正式独立，后来定基多为首都。1978年被联合国教育、科学及文化组织