测到2种次要代谢产物，N-去甲基化代谢物M-I（<1%母体化合物）和N-乙酰化代谢产物M-II（<6%，母体化合物）。M-I为活性代谢产物，对DPP-4的抑制活性与母体化合物相似；M-II对DPP-4或其他DPP相关酶均不具有抑制活性。体外数据显示，CYP2D6和CYP3A4参与阿格列汀有限的代谢作用。阿格列汀主要以(R)-异构体（>99%）形式存在，在体内少量转化为(S)-异构体或不发生转化。在25mg剂量水平，未检测到(S)-异构体。