清廷有大功，却仅授以提督，受总督佟养甲节制，内心不快。陈子壮之妾张玉乔被李成栋纳为内宠，常思反清复明，不久自刎死。李成栋养子李元胤劝他反清，袁彭年知成栋不快，“稍稍以辞色挑之”。
反清.顺治五年（永历二年，1648年）初，南昌金声桓、王得仁举事反清，李成栋本身亦对清廷不满，于同年四月在广州发动兵变反正，归附南明永历政权，封广昌侯，又授惠国公。李成栋反正后，颇能尊重南明朝廷。李成栋集结洞蛮土着，号百万人。先后三次进攻江西赣州，永历二年七月，李成栋率兵三万第一次出南雄，攻赣州，救援