头顶亦为黑色。喙部黄色而先端三分之一为黑色，最尖端部分为白色，因此有黑嘴端凤头燕鸥的名称。尾羽开叉而似燕尾。黑嘴端凤头燕鸥与大凤头燕鸥、 白嘴端燕鸥（"T. sandvicensis"） 和 小凤头燕鸥（"T. bengalensis"）有密切关系。大凤头燕鸥则比之更大，背与翅膀颜色较深，喙全部黄色。与白嘴端燕鸥的差别只是喙部的颜色与之相反 （前端黑色，余为黄色）小凤头燕鸥的体型介于比中华凤头燕鸥略大，体羽颜色更深，喙部为鲜亮的橙红色。
保护.本种为一极危物种，在1999年（至少一