朝皇帝平起平坐。1685年，他攻占安集延，臣服吉尔吉斯。1686年，噶尔丹借喀尔喀蒙古诸部内乱之机插手其内部事务。1687年，与扎萨克图汗部等结盟，出兵攻打土谢图汗部。1688年，土谢图汗杀扎萨克图汗和噶尔丹之弟多尔吉扎布。噶尔丹遂在俄国支持下发兵蒙古高原。至8月30日，噶尔丹已占领喀尔喀全境，土谢图汗和哲布尊丹巴率喀尔喀全族南下寻求清朝保护。但此时南疆穆斯林叛乱，噶尔丹不得已回军。不待噶尔丹回军，留守本土的僧格之子策妄阿拉布坦已经平定了叛乱，但是他的才干引起了噶尔丹的猜忌，噶尔丹甚至暗杀了其弟索诺布阿