另外在兴建过程中所产出约100万立方公尺的弃渣，也将会运至台东县大武乡的大武渔港南侧进行人工养滩，借此保护海岸及公路安全。2015年12月，屏东县狮子乡草埔社区的居民前往草埔森永隧道工区进行抗争，居民表示，隧道施工时所排放出来泥浆污水，严重污染当地枫港溪的溪水，连带影响到下游的灌溉用水及民生用水，因此要求施工单位改善。南区工程处高南二段段长蔡明君表示，由于，隧道开挖面的地质属于灰色硬页岩，并且，隧道开挖时产生大量涌水（南口工区约每分钟5吨，竖井工区约每分钟12吨，北口工区约每分钟10吨）再加上隧道断面开