也有一部分什叶派信众。新疆帕米尔高原东部塔什库尔干地区的3万塔吉克族信仰什叶派的伊斯玛仪派。新疆莎车有数百名十二伊玛目派的突厥语穆斯林，自称是“克什米尔人”，但中国政府把他们划为维吾尔族。此外，新疆西部的艾努人（人口3万多）也信奉什叶派，艾努人的母语为艾努语（伊朗语系与突厥语系的混合语），他们属于中国未识别的少数民族之一，但也被中国政府划分为维吾尔族。中国穆斯林中什叶派信众很少，但什叶派的教义，如对阿里和法蒂玛的崇拜，已经渗透到了中国回族的逊尼派以及苏菲派团体之中。