中国科学院南京分院（Nanjing Branch of Chinese Academy of science）是中国科学院的派出机构，于1978年11月正式成立，主要任务是联络和协调中科院在江苏省的研究单位，建设各单位领导干部队伍和江苏、江西两省的院地合作工作。
历史沿革.1950年4月，中国科学院在南京设立华东办事处南京分处。1951年2月，中国科学院将华东办事处南京分处改为中国科学院南京办事处。1954年2月，中科院将上海、南京两办事处合并为华东办事处，7月设立华东办事处南