但陈金水拒绝投靠蒋渭川，表示自己是身为中华民国空军军人，受託担任站长就不能违背职责，并强调要让他们看看「跟他们不一样的台湾人魂」。曾与时任空军指挥部总务组组长的陈金水共事的李碧锵，表示陈金水当时是台湾人当中，唯一飞行500小时以上的空军英雄，将他与吴振武并列。
竞选国大.1947年，陈金水回新竹参加第一届国民大会台湾省代表选举，与苏绍文将军角逐新竹的国大名额。两人选战时，有贿选的传闻，以及陈金水被指控在争夺客运所有权时滥用职权而落选。落败后他仍在空军服役，历任防空司令部总务科长