，波士尼亚人与阿尔巴尼亚人信仰伊斯兰教，黑山人、塞尔维亚人及马其顿人信仰东正教。除了上述三种主要宗教外，南国还存在着约40多种宗教团体，如犹太教、旧公教会、耶稣基督后期圣徒教会、国际奎师那知觉协会以及其他东方宗教，新教则有着耶和华见证会、福音教会、基督复临安息日会和循道宗等教派与组织。南联邦立国后，尽管宪法有保障了政教分离、每位国民拥有宗教信仰自由，但由于宗教与民族意识联系至深，对南共提倡的「民族团结」与忠诚于国家的理念构成威胁（另外二战期间天主教教会曾和纳粹与克罗埃西亚法西斯组织乌斯塔莎有不同程度的合