庆五年（1571年），联捷进士，授吉安府推官。任内在诸生中特别赏识邹元标。后担任南京监察御史，邹元标、吴中行等人被治罪，他上疏请救，言语触怒张居正，被贬为平民。朱鸿谟回到家中，闭门讲学。万历十四年（1586年），经孙继先举荐，以原官起用，出任河南道监察御史，巡按江西。上奏减免因水灾造成减产的赋税，请求减去饶州磁器，奏章没有被上报给皇帝。又上疏推荐因谏议被削去官职的人，违背了圣旨，被停发俸禄。万历十七年，提拔为光禄少卿。万历十九年（1591年），任大理寺少卿。万历二十年，任右佥都御史，提督操江。万历二十一