矢墙分隔，使U2月台层以上分成南北两部分，乘客需到达U1大堂层来往两部分。此外，亦有位于南部分的G、U3和U6层，形成青衣站共六层的结构。本站是唯一不提供市区预办登机的机场快线市区车站。负责管理港铁所有重型铁路线运作（即荃湾线、观塘线、港岛线、将军澳线、东铁线、西铁线、屯马线一期、迪士尼线、南港岛线、途经本站的东涌线及机场快线）的超级车务控制中心（Super Operations Control Centre）及机场铁路分段维修中心办公室设于青衣站U5层及U2层南面部分。