交.两国存在着法理上的领土争议。实际被塔吉克控制的帕米尔高原，由中华民国声索主权，戈尔诺—巴达赫尚自治州大部分都涵盖其中。2010年4月27日，将帕米尔高原以东1,158平方公里土地划归中华人民共和国。
签证.两国公民皆须申请签证方可入境对方国家。持有中华民国护照的中华民国公民可以在首都的杜尚别国际机场办理落地签证入境塔吉克，停留最多45天。亦可事先上网申请电子签证，单次入出境、停留最多45天。持有的抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多3