元6世纪，原居于阿尔金山一带的突厥民族兴起，建立突厥汗国并征服塔里木盆地，说突厥语的突厥民族进入塔里木盆地。公元9世纪，原居住于蒙古高原的回鹘人被黠嘎斯人击败，被迫撤出蒙古高原。战败的回鹘人征服了塔里木盆地的吐火罗诸国并大量移居此地，吐火罗人逐渐被回鹘人同化，改说突厥语族的回鹘语，而新疆东部的吐火罗语大约在此时灭亡。大约同时，喀喇汗国建立。喀喇汗国信奉伊斯兰教，此时的突厥语引入了大量的阿拉伯语和波斯语借词，并改用阿拉伯—波斯字母书写，形成了超方言的书面语──哈卡尼亚语，1004年，喀喇汗国攻灭了于阗国，不久