大队由中国共产党党员曾生领导，在1941年日军进攻香港时，港九大队从200人扩展到超过6,000位成员。在英军撤退后，港九大队队员获取被英军摒弃的武器，并在新界及九龙建立基地，同时在西贡墟建立地下联络系统。而第三个和第五个分支在蔡国梁之下，被派遣到香港和九龙，由队长黄冠芳和副队长刘黑仔带领，统领香港及九龙的抗日武装斗争，并让中国获取日本对华南、台湾和东南亚的战略机密。港九大队属下有短枪队和几个区中队，队员竭力攻击强盗和日军，保障农作物及人命安全。港九大队亦帮助破坏日本在香港的军事据点，和促进了在中国人、英国