计划以1999年的纽约为情节设定，因此由坂口编写的原《最终幻想VII》脚本和最终成品完全不同。野村哲也回忆称坂口“想要做类似侦探小说的东西”。故事第一部分和“热血”角色“侦探乔”有关，他在追寻在米德加制造爆炸的主角，而爆炸当时已经发展为故事。最终剧本由野岛一成和北濑佳范依照坂口和野村的故事编写。加藤正人后来加入项目并编写了三个游戏场景。但是，一些工作人员同时还参与《时空之轮》，当此项目重要到需要北濑等设计师的协助时，《最终幻想VII》的开发中断。一些最初给《最终幻想VII》创意最终在《时空之轮》中实现。