104S，装备第、10、12、21、22、23等6个飞行联队。土耳其空军也于1974年10月订购40架F-104S。1979年3月，全部245架F-104S生产完毕，这是最后一批生产的F-104。F-104S是整个系列当中唯一能够发射AIM-7半主动雷达导引空对空飞弹，进行超视距作战的机型。主要使用国家是义大利。目前已经全部退役。
F-104S-ASA.1984年12月，一项针对F-104S武器系统项目正式展开，并名为F-104S-ASA，目的是延长F-104S的服役寿命。主要