随后阿莱克修斯就把十字军送到了安纳托利亚。1097年，十字军组织了并迫使尼西亚的突厥人向阿莱克修斯投降，随后十字军在的胜利使得帝国完全收复了黑海海峡对面的安纳托利亚西北角与安纳托利亚西部的部分地区。同时阿莱克修斯手下的海军将领在1097年至1099年在希俄斯、罗得岛、士麦那、以弗所、和非拉铁非恢复了帝国的统治，这些成功归功于长公主安娜·科穆宁娜提出的计策。但在拉丁裔历史学家的眼中这是阿莱克修斯对十字军的背叛与欺骗。1099年一支十艘船组成的拜占庭舰队协助十字军攻打了与的黎波里等城市，但十字军认为1年之前在塔