李肇星出生于中华民国山东胶县（后划为山东省胶南县，现为青岛市黄岛区）。就读北京大学西语系期间，曾与后来成为朝鲜内阁副总理的姜钖柱为同一宿舍的室友。1964年大学毕业后，李肇星被选派到北京外国语学院进修；毕业后，就进入中国人民外交学会任职。不久，因“文化大革命”他被下放到山西、江西等地的干校、农场进行劳动。1969年，在广东经历了牛田洋风灾。1970年复职后，李肇星被派赴驻中华人民共和国驻肯尼亚大使馆工作。七年后回国，出任中华人民共和国外交部新闻司科员、副处长；1983年，出任驻莱索托王国大使馆一秘。此时，