日本国脚冈野雅行，与球队阵中的首席射手安杜解约。及后飞马接连晋级联赛盃以及足总盃决赛，惟分别被对手康宏晨曦及新界地产和富大埔击败，铩羽而归。2009–10年度，飞马于参赛次季除获得联赛亚军外，于足总盃决赛中，凭着李康廉及伊达各建一功，以 2–1 击败公民，夺得冠军，并且取得来季参与亚洲足协盃的参赛资格。赛后，南华体育会足主罗杰承宣佈，天水围飞马门将叶鸿辉与后衞刘念溢转投南华。同时，门将李瀚灏已从大埔转会加盟天水围飞马。此外，于首季曾经投效的日籍前锋中村祐人和愉园前锋高梵相告加盟天水围飞马。2020-