部从金积堡逃到河州，后来再逃到西宁。1872年四月河州回军头目马占鳌投降，被左宗棠编入清军。
西宁.左宗棠下一目标是盘据西宁的马桂源、马本源兄弟。1872年十月，清军收复西宁城。1873年二月，马桂源、马本源被俘，后被处死。以白彦虎为首的残余回军被迫退出青海。白彦虎逃到新疆投靠阿古柏，后来又逃至沙俄并最后死于俄国。
肃州.1873年九月，甘肃西北部肃州回军首领马文禄在坚守肃州城两年后也接近粮尽，向左宗棠投降。肃州城曾经有三万余人，经历回军杀害精壮、掳掠妇女