澎湖游兵约每年来澎两次，分春汛期与冬（秋）汛期。春汛期以农历清明前十日，从原福建水寨启航澎湖，三个月后返回水寨；冬汛期则从农历霜降前十日离开水寨，两个月后收汛，一年总计驻留澎湖五个月左右。汛守期结束之后，原澎湖游兵返回母港基地有二，一为泉州府厦门岛的中左所，二即漳州府海澄县的月港，但此二港在何时成为澎湖游兵迁返的主要基地，因史料阙如，不得而知。游兵的指挥官为把总（名色把总），把总一般坐镇妈宫澳（约今马公港，近澎湖天后宫），该处为天然良港，终年便于停泊船只。其他地方则由哨兵汛守，初期因驻兵兵力较多，哨营