2009年1月动工。同年7月，造价估算结果指出工程经费需新台币58.49亿余元，但分配的博物馆工程预算为30亿元，两者差距达28.49亿余元。故宫通知APA公司修正设计让工程造价在30亿元以内，但APA并未应允。APA最终于11月宣布退出设计案，并向士林地方法院递状控告故宫，要求支付工程设计费4,000万元，南院计画再次延宕。2009年1月，行政院同意将故宫南院的软体建置计画併入筹建计画内，增编经费新台币8.3亿余元，全案经费达到79.3亿元。故宫南院的设计及监造作业也在3月确定由台湾的宗迈建筑师事务所