尉侯瑱派使者招降樊毅，樊毅率子弟、部曲归顺陈朝。561年（天嘉二年），受位通直散骑常侍，随侯瑱攻打巴州、湘州，累进武州刺史。569年（太建元年），转任丰州刺史，封高昌县侯。入朝为左卫将军。573年（太建五年）、陈军北伐，樊毅率兵攻下广陵楚子城。在颍口击破北齐军，在沧陵击破北齐援军。575年（太建七年）攻下潼州、下邳、高栅六城。吕梁之战陈军战败，樊毅为大都督，进平北将军，率兵渡淮水，面对清口筑城，与北周军对峙。连绵之雨使城墙毁坏，樊毅全军撤退。转任中领军。579年（太建十一年），北周梁士彦率兵包围寿阳，樊毅为