海德为自己的名字，并加入中国共产党，任陕甘宁边区卫生部顾问。中国抗日战争期间，马海德参与筹建八路军医院。1940年与延安鲁艺女学员周苏菲结婚。从1942年开始，马调白求恩国际和平医院工作，兼任中共高级领导人的保健医生。1943年，在延安与周苏菲得子周幼马。中华人民共和国成立后，马提出加入中华人民共和国国籍，在周恩来的支持下，马成为第一个获得中华人民共和国国籍的外籍人士。此后，马海德将工作的重点放在性病和麻风病的预防和治疗方面。1954年在北京成立“中央皮肤性病研究所”（后改称中国医学科学院皮肤病研究