扬石鼓书院。明朝末年，书院再次毁于兵火。
后期（清代）.清世祖顺治十四年（1657年），偏沅巡抚袁廓宇上奏清廷，申请重建石鼓书院，衡阳县知县余天溥具体负责修复工程。这一时期，书院科举化，石鼓书院成为传授举业、培养科举人才的基地。康熙七年(1668年)，知府张奇勋扩建书院。康熙二十八年（1689年），知府崔鸣再次扩建。咸丰三年（1853年）9月至咸丰四年（1854年）正月，曾国藩、彭玉麟在衡州创建湘军水师，驻石鼓书院。光绪二十八年（1902年），石鼓书院改为衡阳官立中学堂。光绪三十