庙宇兴建期间，信徒们请来时任中国国民党台东县委员会主任委员的萧焕复为庙题名，当时萧焕复考量到大陈义胞多以捕鱼为业，加上居民以祭祀来祈求出海平安、满载而归，因此便将原本的娘娘庙改名为海神庙，之后再致赠匾额一副以资纪念。然而，1970年中华民国空军将在海岸山脉末端与猴子山之间兴建大型空军基地，称为空军志航基地，当时的海神庙座落位置首当其冲，因此富冈新村又再次搬迁到富冈渔港上方的台阶地上，后来空军也协助村民重新新建海神庙，使得海神庙成为全台唯一由空军兴建的庙宇，并且由于是空军兴建，其庙宇建筑的全盘功能性更为周