在祖父的严厉督促下熟读四书五经。1885年，前往东京游学。1887年，以公费推广生资格进入岩手师范学校就读。1889年2月11日（日本建国纪念日：纪元节），日本宪法设立，与菊池房松、鹈饲悦弥、里见朝佑结盟鼓动（学生运动）而被退学。同年10月，进入每日新闻社接任编辑。1893年，加入“东京人类学会”，师从东京大学人类学教授坪井正五郎（1863~1913）。1894年12月，与鸟居龙藏创办“人类学讲习会”。1895年11月，伊能嘉矩以陆军省雇员身分来到台湾，任职于总督府民政局。到台湾后，他随即与田代安定