加Windows特效类文件到Java运行环境（JRE），并通过Visual J++运行这些类文件，微软不再绑定Java运行环境到Windows操作系统。Apple的Mac OS X一般默认绑定Java运行环境， 而且许多Linux发行版也绑定一些兼容的自由软件包GNU Classpath。一些Java软件被桌面计算机广泛应用，比如NetBeans和Eclipse integrated development environments，文件共享程序如LimeWire和Vuze. Java还被应用于线性代数