物对应的嗜极古菌生产的酶经常被用于分子结构的研究。相较于酵素领域的应用，古菌本身在生物科技上的应用就比较少了。产甲烷的古菌是进行厌氧消化，产生生物气体的微生物群体的一部份，是污水处理中重要的一环。在矿石处理中，嗜酸古菌可以用来从矿物中萃取包括金、钴及铜等金属。古菌也是一些潜在有效抗细菌药的来源，已经分析了其中几种的古菌素，一般认为有几百种，特别是由及所产生的。这些古菌素的结构和从细菌产生的抗细菌药不同，所以可能有新的作用方式。此外它们可以创建新的，可以用在古菌分子生物学中。