埗码头巴士总站保留至1999年3月7日后关闭，以深水埗码头巴士总站为终点站的巴士线迁至深水埗（东京街）巴士总站为终点站，直至南昌站启用前一个月，12A、18、914更迁至南昌站巴士总站。而原有深水埗码头巴士总站的地皮建成了富昌邨，富昌邨对出的位置是港铁西铁线及东涌线的南昌站，但西九龙走廊西行线出口天桥则被废弃。此站剩余的外坑便是现时南昌邨分站，只有线往深水埗（钦州街）巴士总站方向途经。而同样途经此处的286X线并不设站。
历来此总站的所有路线.下述路线的总站以调迁/停办当日为准