内海被蚊佳半岛及萧壠半岛隔开。早在荷兰人所绘的地图中，有标示出笨港、魍港、倒风、台江等较大的内海及外海沙洲。明郑时期开始有规模地开发。因规定不可侵占平埔族社土地，当时移民为避开平埔族社，多经海路进入倒风内海的海岸港口，沿八掌溪或急水溪深入内地开垦。清治时期倒风内海的海汊港分佈密集，比较着名的有盐水港、铁线桥港、茅港尾港和麻豆港等拥有港口机能的市街聚落。船只载运五谷、糖、菁（染布原料）等货品从事商业贸易。1711年至1730年为全盛期，港口甚至达20个。其中的铁线桥港、盐水港、茅港尾港、麻豆港，不仅贸易兴