后来于1934年关闭，并将展品移师至新口岸空军飞机库（大约位于今金丽华酒店），另还加入标本等展品后继续对外展示，可惜在1945年第二次世界大战期间飞机库被美国空军空袭轰炸，展品也被全数摧毁。澳门的博物馆发展也因而停止。直到1958年，孙中山原配夫人卢慕贞位于文第士街的居所被改为澳门国父纪念馆后，博物馆在澳门的发展才得以恢复，也同时标志着非公营博物馆的开始；而公营博物馆的复兴则要等到1960年贾梅士博物院（即今东方基金会会址）的启用。但在往后的30年，博物馆在澳门的发展就一直处于缓滞状态——至1990年前