到高级教士强烈的抵抗，甚至有四百位教士带着他们的「妻子」（情妇）移居非洲并皈依伊斯兰教，但这些反抗都在女王的强力支持及搭配宗教裁判所而失败了，西班牙天主教会在雷厉风行地整顿后，成为欧洲最圣洁、最贴近基督的属灵国度。为了达到收复失地运动的最终胜利，他强迫格拉纳达地区的摩尔人改信天主教，并在当地于1499年展开西班牙宗教法庭的审理。由此而激起了1499年－1500年间的摩尔人叛乱；叛乱镇压之后，大多数的摩尔人受洗为天主教徒。这些摩尔人基督徒很多只是表面上的天主教徒，私下继续坚持自己的信仰，终在1609年菲利普三