商务、投资交流平台，以及与印尼商工总会（KADIN）等机构建立正式沟通管道。此外，双边也举办「台湾印尼经济合作会议」，至2015年已举办20届。
贸易.中华民国对外贸易发展协会（外贸协会）于印尼首都设立雅加达台湾贸易中心。经济部国际贸易局也在雅加达设立驻印尼代表处经济组。国际贸易局将印尼列为重点拓销市场，从2010年第2季开始委託外贸协会执行「台湾国际品牌整合行销传播及产业广宣专案」，以各种密集的B2C（business to customer）即零售活动介绍台湾的IT产品。