第四次十字军东征时，被毁于对该城市的洗劫之中。稍后不久，帕德嫩神庙被改成一座基督教（罗马帝国时代）的教堂来使用。在拜占庭时代，它又变成帕提诺丝·玛利亚（Parthenos Maria，即处女玛利亚）的教堂，或称为圣母（Theotokos）的教堂。在拉丁帝国时期，它又成为罗马天主教会的圣母教堂，历时250年之久，从神庙转变成教堂之中，也导致了一些改建行为—移去内殿的柱子、部份墙壁以及在最东端增加了教堂东端的半圆室，无可避免的，部份的彫刻就此被移除与失散，原本刻划的神像，有些可能以再诠释的方式，融入基督教的