博洛见面，郑鸿逵劝说郑芝龙退往海上，郑芝龙不接受。郑鸿逵只好率军前往金门，同时避免郑成功遭郑芝龙挟持，郑鸿逵暗中将他放走。
继续反清.永历元年（1647年）和郑成功一起围攻泉州，但是清援军抵达，只得放弃围城，郑鸿逵返回白沙（在安海镇）。明年，前往佔领揭阳。永历五年（1651年）郑成功前往广州救援永历帝，郑鸿逵返回厦门防守，遭遇清提督马得功攻陷厦门，郑鸿逵率军阻截马得功后路。马得功以郑鸿逵母亲的性命要胁，因此郑鸿逵放走马得功。郑成功得知消息，严厉责备他，郑鸿逵于是隐居在白沙。