南朝齐时，改宋宁郡为永宁郡，宋兴郡为安兴郡；分遂宁郡为东遂宁、西遂宁二郡；析置齐乐、齐基二郡；省晋熙、南汉中、武都三侨郡；侨置西宕渠、扶风、南安四郡；改越嶲、沈黎二郡为獠郡；置东宕渠、甘松、始平三獠郡；置北部都尉。建元二年（480年），巴郡改属巴州。永明元年（483年），省巴州，巴郡还属益州。建武三年（496年），置齐开、齐通二左郡。至齐末，益州领二十实土郡：蜀郡、汶山郡、犍为郡、东江阳郡、晋原郡、梓潼郡、广汉郡、西遂宁郡、东遂宁郡、巴郡、新城郡、齐乐郡、齐基郡、东宕渠獠郡、越嶲獠郡、沈黎獠郡、甘松