安司令部军法处接受时间侦讯、威胁与利诱，当中指控、逮捕、侦讯、移送、审判等流程都由保安警察第二总队执行。由于遭到长时间的招供与刑罚，再想到过去有月眉糖厂员工被保安警察灌水致死、及家中仍有年幼子女，使得情绪杂乱的洪子瑜以潦草字迹写下自白书，承认立场倾向左派、且受到他人利用成立组织。不过洪子瑜在往后8次侦讯与军事法庭审讯中全数翻供，强调自白书是因刑求导致精神错乱，依照侦讯者指示、诱骗、恐吓而虚构的内容。洪子瑜对于军事法庭法官的审问与罪状予以否认，也凭借法律专业仔细写下多篇抗告书，为了避免中途遭到其他人士掉包