数超过3000人，教师有800多人。1966年，随着文化大革命的开始，学校也无可避免地受到影响，毕业生分配被推迟到次年，本科生和研究生的录取被停止，学校则停课（1967年，部分年级曾复课）。
合肥时期.1970年，学校迁至安徽省合肥市，并开始了“第二次创业”。
迁至合肥（1970年-1977年）.在文化大革命的严重冲击下，以及战备疏散的要求，尽管受到师生的一致反对，中科大还是于1969年12月被迫搬出北京。搬迁处曾三易其址（初为河南南阳，后改安徽安庆）