卫兵，清置掌印守备，雍正年间改设总镇，首脑为头司把总、千总等。中华民国开始设置县长、科长、科员；县辖行政机构设区长、乡长、村长等。这里的知县、县长均为全县的最高行政官职。军事上设民团总团，由县长兼任团长。1933年，中国共产党曾在在武夷山成立短暂的苏维埃政府，与中华民国崇安县政府并存至1935年1月(中华民国24年1月)。现在武夷山市是中华人民共国的一个县级行政区，常设核心政治机构有中国共产党武夷山市委员会(简称“市委”)、武夷山市人民政府、武夷山市人民代表大会常务委员会和武夷山市政治协商会议常务委