重外孙。父耿綗，山西乐平（今昔阳县）人。任河南卢氏教谕，永乐元年（1403年）卒于任上，于是便在当地落户。永乐二十二年（1424年）登甲辰科三甲进士。为政清廉，生活节俭，公务之余，只是焚香读书，廉洁之名，妇孺皆知。宣德六年（1431年）授礼科给事中。正统初，任盐运司同知，因母丧去职，民众数千人依依不舍。正统十年（1445年）正月，起用为都转运使。天顺元年（1457年）六月，御史张鹏上疏弹劾石亨、曹吉祥。石亨等反诬张鹏等是受耿九畴指使，耿九畴遂被一并下狱。谪江西右布政使，接着，又调四川。次年，礼部缺尚