加冕为法兰西国王，将自己的亲信贵族拔擢为权贵高门，譬如把国家大权委于王室总管蒙莫朗西家族和吉斯家族之手，再用儿时玩伴圣安德烈元帅加以制衡。亨利二世即位后继续进行其父与神圣罗马帝国皇帝查理五世的斗争。亨利二世是一个顽固的天主教徒，法国国内的结盟宗新教徒遭到他无情的迫害。他在1547年于巴黎高等法院中特设了一个被称为“火焰法庭”的机构来审判新教异端。1555年又因为亲信洛林的枢机怂恿成功，亨利下诏各地的官员应对那些被教会判为异端的人进行惩罚，无须审查也不须上诉。此命令因高等法院之抗议而拖到1559年方才