县的小镇，成长于东京多摩。妹尾1977年自立命馆大学文学院毕业，并于1979年于大坂大学取得硕士学位。硕士毕业后，妹尾原本在大坂大学继续攻读博士，却在1983年退学，远赴中国陕西师范大学留学，师事中国历史学家史念海。取得博士资格后，妹尾先后历任北海道教育大学钏路分校、筑波大学等校助理教授，并曾任陕西师范大学客座教授与哈佛大学研究员。