任国家计委长期规划和产业政策司产业结构处处长，期间曾以访问学者身份到美国薛顿贺尔大学工商学院参与研究及教学工作（1992年1月至1993年1月）。回国后，刘鹤担任国家计委政策研究室副主任。翌年调任长期规划和产业政策司副司长。在1994年7月，他再远赴美国，在哈佛大学约翰·F·甘迺迪政府学院国际金融和贸易专业修读公共管理硕士，并在1995年6月取得学位。1998年，刘鹤调至国家计划委员会下属的国家信息中心，担任正局级常务副主任，兼中国经济信息网公司董事长。2001年，他进入国务院，任国务院信息化工作办公室