皇回到京都，任命北畠显家为陆奥守，辅佐义良亲王镇守东北地区，亲房也去了陆奥。足利尊氏发动叛乱，南北朝开始，亲房提出“东国经营”，延元三年（北朝历应元年，1338年）前往关东地区，北畠亲房转战关东各地。兴国四年（北朝康永元年，1342年），北畠亲房被迫回归吉野，跟随后村上天皇。正平6年（1351年）11月，准后。正平九年（北朝文和三年，1354年）病殁于贺名生，享年六十二岁。明治41年（1908年）9月9日，赠正一位。