于1147年遭到了伊斯兰穆瓦希德王朝的军队入侵。巴达霍斯于1230年3月19日被莱昂的阿方索九世占领。不久，阿方索十世在巴达霍斯建立了主教座。公元1336年，在阿方索十一世即位时期，葡萄牙王国阿方索四世的军队占领了巴达霍斯。然而不久之后，包括桑卢卡尔-德巴拉梅达第二领主在内的卡斯蒂利亚-莱昂军队从阿方索四世手下收回了巴达霍斯。1369年，恩里克二世国王授予巴达霍斯领土于巴尔卡罗塔的领主桑切斯-巴达霍斯家族。1485年，主教弗雷·贝多（Fray Pedro de Silva）在巴达霍斯建立了第一所医院