结构.eIF1A的结构采用了与大肠杆菌IF1相同的折叠类型，即β桶的OB折叠（β barrel oligomer-binding fold）。这种折叠类型出现在很多参与翻译的蛋白质中。eIF1A和IF1结构上的相似性提示两者分别在真核和原核翻译起始中有着相同的作用。