向西北方向穿越下加利福尼亚半岛的过程中缓慢减弱，于9月4日消散。风暴残留的湿气之后进入了美国西南部。这场飓风对墨西哥西海岸许多地区构成威胁，当地政府为此紧急疏散了数以万计的居民。狂风吹倒了墨西哥西部沿海地区的许多树木，暴雨还引发了泥石流。约翰对下加利福尼亚半岛构成中等程度破坏，超过200套房屋和数千间较为单薄的棚屋被毁。该国共有5人丧生，遭受的经济损失达到6.63亿墨西哥比索（2006年墨西哥比索，相当于2006年的6080万美元和年的美元）。风暴的残留湿气给美国西南部带去了倾盆大雨，缓解了德克萨斯州北