皇太子，8月李渊退位，李世民即皇帝位，吴黑闼以功授右勋卫中郎将，进封新乡县开国公。不久迁任左卫中郎将。贞观二年（628年），吴黑闼被授持节宕州(今甘肃省宕昌县)诸军事、宕州刺史，贞观六年（632年），除右武卫将军，十年（636年），加授云麾将军。贞观十八年(644年) ，唐太宗开始征讨高句丽，吴黑闼在辽东道大总管李世勣手下任辽东道右一军总管。唐高宗永徽元年(650年)，高宗即位后，吴黑闼被授使持节十一州诸军事、茂州(今四川茂县)都督，永徽三年(652年)，迁任使持节八州诸军事、洪州(今江西南昌)