，倭寇（日本海盗）活动渐盛，福建沿海受害严重。1557年和1558年，省府福州曾两次被倭寇攻陷。 隆武元年六月廿八日（1645年7月19日），泉州南安人郑芝龙拥立唐王朱聿键在福州（福京天兴府）登基，年号隆武。隆武二年八月十日（1646年10月6日）隆武帝被清军俘虏。此后，郑成功（国姓爷）先后以厦门和台湾为基地继续抵抗清军大约40年之久。
清朝.清朝在福建省增设了福宁府、台湾府和龙岩州、永春州。共设10个府、2个直隶州和63个县、5个厅：福州府10县（闽县、侯官、福清、长乐、永福