源于牛尾岭（与沙头角河几乎是同一发源点），一说为莲塘河，发源于梧桐山（梧桐山属于中国大陆深圳市境内）；由东北向西南流入深圳湾，出伶仃洋，全长37公里，流域面积为312.5平方公里，河道平均比降1.1%，水系分布呈扇形；其中深圳一侧占六成，主要包括深圳市龙岗区的布吉镇、横岗镇、平湖镇和罗湖区，香港一侧占四成，主要是香港的渔农区。主要支流有深圳一侧的布吉河、福田河、、新洲河及香港一侧的梧桐河和平原河。
气候.深圳河流域属南亚热带季风海洋性气候，雨量丰沛而集中。4至10月份为汛期，其中4