新教宗儒略二世的允许下将他逮捕，而切萨雷在罗马涅的领地都被儒略二世给据为己有。儒略二世之前为了当选教宗，向切萨雷和波吉亚家族许下了一大堆诺言，之后却全部反悔。1504年切萨雷·波吉亚被流放到西班牙。两年后，他从西班牙的监狱里逃脱，后来再与他的妹夫、纳瓦拉（Navarre）的国王胡安三世联盟，成为纳瓦拉国王手下的军人。1507年于比亚纳（Viana），他在一次替国王攻击反叛者的战斗中，中了敌人的圈套而阵亡，年仅三十一岁。
遗体.切萨雷·波吉亚最初埋葬在胡安三世下令建造的大理石坟墓