新加坡华侨回到了中国参加了抗日战争。有些华侨商人则出钱支援抗日战争所需的武器及物质。但日本于1942年佔领了新加坡，日本宪兵队（Kempeitai）调查并且逮捕了许多参与支援抗日活动的新加坡华侨。为消除对日本的仇恨并且使民衆感到恐惧，日本宪兵队进行了肃清大屠杀，屠杀了许多新加坡华侨。在这期间仍有许多秘密地下抗日组织，例如林谋盛所领导的136部队（Force 136）。
1945年之后.战后期间，新加坡仍处于动荡时期，50及60年代(1964年7月和9月)时常爆发华人及马来人的种族冲