纪末转与毛利氏合作的吉见正赖在引退后即居住于此至过世。1600年由于毛利氏家主毛利辉元在关原之战以担任总大将与德川家康对立，在西军战败后，毛利氏的领地遭到德川家康的大幅削减，不但失去原有居城广岛城所在的安艺国，原有八国112万石的领地只剩下周防国及长门国两国29.8万石。1603年毛利氏在决定新的藩厅地点时，选了防府的、山口的和萩的指月山三个地点作为的候选地点，在与江户幕府老中本多正信交涉后，最后选择了临海且最偏远的萩，并于1604年开始在指月山下兴建萩城，1608年完成；此后萩城即成为整个长州藩的