一直到8世纪末日本天皇将首都迁至平安京后，天皇才开始较少来到吉野；但同时期开始，结合了山岳信仰的修验道开始兴盛，吉野也聚集了大量的信徒及修练者。在14世纪初期，后醍醐天皇在延元之乱后携带三神器逃至此地，并在此重新建立朝廷，成为南朝，与室町幕府所拥立的北朝对抗，使得日本进入南北朝时代，吉野也因此曾短暂成为南朝的首都。江户时代后，成为幕府直属的天领，并在1795年起由五条代官所负责管理。19世纪末明治维新后，曾先后隶属奈良县、五条县、堺县、大坂府，直到1887年重新恢复设立奈良县后才再次隶属奈良县。