但建省行政工作至1887年才完成，正式名称则为福建台湾省，首任台湾巡抚（西元1887年更名为福建台湾巡抚）为刘铭传。台湾省下设三府（台北府、台湾府、台南府），以及1直隶州（台东直隶州）。三府下总辖11县（宜兰县、淡水县、新竹县、苗栗县、台中县、彰化县、云林县、诸罗县、安平县、凤山县、恆春县），4厅（基隆厅、南雅厅、埔里社厅、澎湖厅）。1894年，大清与日本发生甲午战争，翌年大清战败，于4月17日签订《马关条约》，把台湾及澎湖割让给日本，成为日本的「外地」。初期，丘逢甲倡议的台湾民主国曾短暂成立，