港进入外国水域或公海时被要求挂上船旗，而战舰即使在港内停泊时也须在日出升船旗，日落时降船旗。在作战中战舰往往会同时在桅杆上悬挂几面船旗，因为传统上认为降下船旗代表投降。一些国家的船旗和国旗完全相同，例如加拿大和中国。然而另外一些国家单独制定船旗，例如英国和日本，并且大多数北欧国家使用燕尾旗帜。大部分国家的民船旗和政府船旗没有区别，但英国例外：红色船旗作为民用旗，白色船旗作为海军旗，蓝色船旗为政府所属非军用船只使用。
舰艏旗.军舰和部分国家的船只另需悬挂舰艏旗（），通常与国旗图案