甲基丙二酸单酰辅酶A （或简称甲基丙二酰辅酶A）是由辅酶A与甲基丙二酸通过硫酯键结合的重要代谢中间产物，参与许多生物合成与分解反应。
生物合成及转换.丙酰辅酶A由丙酰辅酶A羧化酶羧化为甲基丙二酰辅酶A（以生物素(维生素B)为辅酶）。甲基丙二酰辅酶A再通过甲基丙二酸单酰辅酶A变位酶异构化为琥珀酰辅酶A（以维生素B为辅酶），以这种方式进入三羧酸循环。 即: