个单型目古根菌目（Archaeorhizomycetales）、一个单型科古根菌科（Archaeorhizomycetaceae）与一个单型属古根菌属（"Archaeorhizomyces"），目前只有两种物种被发表。古根菌纲下的物种广泛分佈于全球，除南极洲外在各大洲皆有分布，生长于土壤中植物根部的附近。
词源.古根菌纲的学名Archaeorhizomycetes源自于希腊文的（arkhaio，意为古老，指古根菌纲在子囊菌门的演化树中，属于相对较早分支的演化支）与（rhiza，意为