离互相难以照应，内部又发生叛变而节节败退。1661年清军攻入云南，逃亡缅甸的永历帝最后被吴三桂杀死，史称“咒水之难）”，南明亡。此时只剩下台湾的明郑（郑成功势力）和缅甸果敢的明军，清朝基本占领明朝全部领地。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、广东与福建等地，史称三藩。多尔衮在入关后的政策让汉人十分不满，例如剃发易服政策使江南汉人极力反抗，明朝官员左懋第言“我头可断、发不可断，我早办一死矣。”，最后清军采取多次屠杀以镇压之，史称甲申国难，有名的有扬州十日、嘉定三屠与广州大屠