同年8月，任广州军政府海军总司令。民国7年（1918年）2月26日，任广州军政府海军总长。同年4月，非常国会通过了军政府改组案，实行“七总裁制”，林葆怿任军政府七总裁之一。民国8年（1919年）4月，林葆怿同广东督军领衔发出了“军人不干政”通电，促进了南北议和。同年7月，林葆怿和北京政府海军部代表协商海军统一，但会谈未能取得成果。民国9年（1920年）12月，北京政府方面派员劝说林葆怿率舰队回到北方，但遭驻广州的各舰的反对，林葆怿遂弃职出走。民国10年（1921年）1月，广州军政府将林葆怿免职。此后，林