自东向西分别是栖霞山、南象山、幕府山；钟山中支，包括东郊的紫金山（即钟山）及其在市区的延伸，海拔448.9米的主峰头陀岭是南京最高点；钟山南支，处于南郊的江宁，自东向西分别是汤山、方山、牛首山等。此外，溧水和高淳境内还分布有茅山山脉的余脉。在长江以北，六合区北部有东平山、冶山，东南部有灵岩山，浦口区分布着老山山脉。长江从江宁铜井进入南京境内，向北流至下关后折向东，在龙潭流出进入镇江，在南京境内长约95千米。江中较大的沙洲有八卦洲、江心洲等等。长江南京段在下关设有水位站，测得历年平均低水位为2.98米，汛