次参加区议会选举，当时25岁的她首次于九龙城区议会土瓜湾北（G13）选区参与直选并胜出，并成为当时香港最年轻的女性区议员，连任至今。2003年区议会选举，李慧琼在土瓜湾北（G13）选区成功连任。她在2004年加入民主建港协进联盟（民建联），并随曾钰成名单排名第三参选2004年立法会选举九龙西地区直选，结果未能晋身立法会。2006年，李慧琼获香港特别行政区政府委任为中央政策组非全职顾问。2007年区议会选举，李慧琼在土瓜湾北（G13）选区第三度当选。2008年，由于港岛区的民建联前主席马力