正式恢复独立，国名为东帝汶民主共和国，成为国际公认的一个独立国家。2006年4月下旬，新国家领导人上台后造成国内局势紧张，法治接近崩溃。在东帝汶政府的请求下，以澳大利亚为首的国际维和部队（ISF）于5月下旬进驻东帝汶。8月，联合国安理会设立联合国东帝汶综合特派团（UNMIT），其中包括有超过1,600名警察。东帝汶局势随之恢复稳定，2007年4月和6月的总统选举及议会选举基本上和平进行。2008年2月，反对派对总统和总理进行了一次不成功的攻击。反对派头目在袭击中丧生，大多数叛军于2008年4月投降。自此