皖南行政公署简称皖南行署，是中华民国大陆时期安徽省政府的地方派出机关。
历史.民国26年（1937年），中国抗日战争爆发之后，安徽省沿长江重城芜湖、安庆（于1938年6月）相继失守。1938年1月安徽省政府迁至六安县；6月27日后迁立煌县。由于安徽省政府对皖南各县指挥不便，因此开始有设立皖南行署之议。民国27年（1938年）4月16日，皖南行政公署在休宁县屯溪镇（今黄山市屯溪区）正式成立。辖长江以南第六、七、八督察区，计22县。皖南行政公署秉承安徽省政府主席的命令，在所辖区域内执行