民党虽然夺回原由新党执政的外岛金门县，但长期执政的花莲县则由无党籍人士傅崐萁胜出。在得票率方面，呈现了「蓝消绿长」，民进党创下县市长选举四十五．三二％的得票率历史新高。在选前被认为是指标战区的宜兰县、新竹县、嘉义县及花莲县中，民进党的林聪贤拿下宜兰县、张花冠赢得嘉义县，无党籍人士傅崐萁在花莲县大胜，而国民党只有在新竹县由邱镜淳胜出。在国民党胜选的县市中，得票数普遍较上一届衰退，甚至在蓝营「铁票区」台东县，国民党候选人黄健庭仅赢民进党候选人刘櫂豪几千票，而在澎湖县，寻求连任的王干发也以不足六百票之差险胜民进党