就可以用与目标序列互补的标记的DNA标记探针来探测。最初的操作手册大都采用放射性标记，但现在非放射性标记已开始被采用。自从PCR技术被用于检测特定DNA序列后，Southern印迹法在实验室中的应用大为减少。但此方法依然有着其他一些应用，如用于测量转基因鼠的转基因拷贝数，以及用于构建基因敲除的胚胎干细胞系。
北方墨点法.北方墨点法被用于研究特定类别的RNA分子的表达模式（丰度和大小）。与南方墨点法相似，RNA样品为凝胶电泳按大小分离；然后转移到膜上，并用与目标序列互补的标记的探针来