士筰发表数篇论文，系统的阐述了风暴潮的概念、理论和数值预报的力学模型，建立了「超浅海风暴潮理论」。冯士筰将研究成果撰写成《风暴潮导论》一书，为世界上第一部关于风暴潮的理论专着，1982年获全国优秀科技图书一等奖。20年代80年代，冯士筰作为访问学者到美国交流学习，就浅海动力学问题开始研究“拉格朗日余流”相关课题。1984年建立海洋动力学实验室，并向本科生、研究生、博士生开设浅海动力学课程。后冯士筰和合作者在前人研究成果的基础上提出了一种拉格朗日余流和长期物质输运的理论模型，导出了一个新的长期物质输运方程