苑之战中被西魏柱国独孤信所擒，成为其属下，被赐姓为独孤氏，居于京兆。父独孤楷在隋朝官至开府仪同三司、骠骑大将军、并益原三州大总管、汝阳郡开国公。死后谥号为恭。独孤卿云的兄弟独孤凌云、独孤平云、独孤滕云、独孤彦云皆知名当世。唐高宗显庆三年（658年），吐蕃大论禄东赞因吐谷浑内附唐朝，派兵攻打，在吐谷浑大臣素和贵的背叛和出卖下，吐谷浑国破，国王慕容诺曷钵与王后弘化公主逃奔到凉州，向唐朝求救。唐朝派凉州都督郑仁泰为青海道行军大总管，率将军独孤卿云等屯兵凉、鄯，左武候大将军苏定方为安集大使，帮助吐谷浑平乱。