西班牙之后试图利用西班牙宗教裁判所在精神层面把全国统一在天主教之下。1502年，西班牙的穆斯林被迫在接受洗礼皈依基督教和离开西班牙之间作选择。他们还试图通过联姻和欧洲其他列强联合，以达到制衡法国和统一伊比利半岛的目的。伊莎贝尔死后把所有称号给了女儿胡安娜。胡安娜的丈夫菲利普一世在伊莎贝尔死后和斐迪南反目，但在内战爆发前病死。菲利普一世的儿子卡洛斯成为西班牙王位的继承人，其治下的西班牙帝国达到空前的强大。伊莎贝尔被安葬在格拉纳达的王家教堂。
子女.伊莎贝尔和斐迪南育有五个子女