亲和性两大类。其中，前者的自交不亲和性由产生花粉的孢子体亲本的S位点基因决定，而后者的自交不亲和性则由花粉（配子体）本身决定。而另外一些特殊机制鲜有相应研究，研究结果也很少。
配子体自交不亲和性.这种自交不亲和性的机制较爲常见，茄科、蔷薇科、罂粟科植物均採用此种机制。
RNA酶途径.科学家于1989年在茄科植物中首先发现这种途径。在该机制中，触发自交不亲和性后，花粉管在生长到花柱的三分之一以上之后，生长速度会急剧下降直至停止。其原因可能是雌蕊的S型RNA酶