车巴伐利亚号则是自1969年9月28日起在慕尼黑总站至苏黎世间开行，后于1977年停办。此后还有四对全欧快车班次在结束它们营运后，大多被转化为城际列车或欧城列车继续重开。截至2019年，共有下列路线的长途运输服务在慕尼黑总站到发：此外，还有许多夜间列车路线在慕尼黑总站办客，其中大部分是在这里始发及终到。较为特别的是往返于慕尼黑和阿姆斯特丹之间的夜车，这条路线在冬季会延长至因斯布鲁克、从慕尼黑至汉堡以及从慕尼黑至柏林，其中后两条路线会在慕尼黑东站加挂装载汽车的平车运行。还有一条路线是从慕尼黑至巴黎，这