南山随父母籍贯为福建省厦门市，然而钟南山从未成长或工作于福建。钟南山10岁前举家住在贵州贵阳，10岁起定居广州，钟南山与其父母三人的事业都在广州。
早年学习.1936年10月20日，钟南山生于南京市第一区中央医院，现今是南京市玄武区的中国人民解放军东部战区总医院。南京中央医院是曾经是他的父亲任职于儿科医生的地方，因医院在钟山之南，取名钟南山。抗日战争时其父调任贵阳中央医院（今贵阳市第二人民医院）任院长，由此钟南山在1938年9月—1946年7月的童年成长于贵州贵阳，他在一次专访提到