由于圣母昆仲会于上海营运的学校是由耶稣会创立，故学校的主保圣人与办学团体属于不同修会。
学校与方济会.在修士来港初期，由于暂时未找到落脚处，所以在曾于方济会在九龙塘拥有的物业暂时栖身，直至七十年代左才告离开，因此学校亦被传曾于九龙塘拥有物业之说，但实非真确。方济会主要成员后来迁至渣甸山轩德荪道，继续繁体中文版本的圣经翻译工作（即思高圣经学会），至今，九龙塘窝打老道133号仍为方济会之物业。
学校设施.圣芳济书院佔地3300平方公尺，由四座围成一起的校舍——