684年（康熙23年）清廷准奏，此后主流信仰改为祭拜妈祖，透过宗教传播方式让台湾居民转移认同感接受大清政权。此后又因干隆、嘉庆的禁教政策，使得东亚很长一段时间没再出现传教士。1865年6月16日（同治四年）英国长老会的马雅各医生抵台，1872年3月7日（同治十一年）加拿大长老会的牧师马偕牧师抵台。此时期的传教工作初期常受到汉人暴力反抗，不时发生破坏教堂以及杀害教徒的事件，直到樟脑战争后传教士才有相对安全的环境，并且传教工作逐渐走向政教分离（如公开反对英国当局的鸦片贸易），传教语言主要使用白话闽南语，信仰核心