917年，华南圭任留学生出国考试总考官。1918年起，担任北京政府交通部铁路技术委员会总工程师。1920年到1922年，任京汉铁路总工程师，后来于1924年到1928年再度担任该职务。1913年起，华南圭帮詹天佑创建及主持中华工程师学会。1919年詹天佑逝世后，华南圭继续主持该学会，曾任副会长、总干事、会务主任，一直到该会于1931年和其他学会合并为中国工程师学会。1928年7月到1929年9月，华南圭担任北平特别市工务局局长。其间，华南圭制定了《玉泉源流之状况及整理大纲计划书》、《北平河道整理计划