战争时期，以无党派人士，当选国民参政会参政员，立意提倡教育改进。1938年长沙大火，明德校舍被毁，他将明德中学迁湘乡，他投身教育终生，培养学生成为各行领袖，包括中国国民党政要陈果夫、蒋廷黻、易君左、黄少谷；中共领导任弼时、周怀求、林蔚；科教名流周谷城、胡庶华、刘永济、刘佛年、欧阳予倩、杨伯竣、胡立恂等都出其门下。胡元倓为人谦虚，生活清苦，因操劳过度，病患血管硬化。1940年11月24日，因脑溢血及疟疾，病逝于重庆歌乐山寓所。1948年，归葬长沙岳麓山。着有《耐庵言志》诗集4卷。