（今南京医科大学）。1952年合组为金陵协和神学院，并迁至南京上海路大锏银巷17号原金陵女子神学院旧址。1979年1月1日，金陵协和神学院基督徒教员成立南京大学宗教研究所，这是在中国国立大学里成立的第一个宗教专门研究机构。金陵协和神学院院长丁光训任南京大学宗教研究所所长。1980年2月，三自爱国教会常委扩大会议决定南京金陵神学院复校。1981年2月，在全国率先复课（与南京大学宗教研究所施行两块牌子、一套班子，直至1990年代中期），招收了文革后第一批神学生。现在仍是惟一面向各地，并招收研究生的神学院。