达赖喇嘛担心一旦自己圆寂，“中央政府将按照《办法》在中国境内确定达赖喇嘛的转世灵童”，所以匆忙操弄“在世转世”。
中国大陆以外.和中华民国行政院大陆委员会认为国家宗教事务局的职责被是将宗教维持在国家控制之下西藏流亡政府（藏人行政中央）宗教文化部与一些藏传佛教的领袖就《办法》发表了联合声明，称这一规章“前后矛盾、逻辑混乱”，乃至“毫无道理、缺乏依据”，是压迫西藏人民的工具。其认为颁布《办法》的目的“是为了削弱和矮化藏传佛教”。2012年7月13日，藏人行政中央驻德里办事处成立