强敏感度。一般来说，MSP和其相关方法被认为是检测单个位点甲基化敏感度最高的方法，可达到检测出低至0.1%的甲基化比例。MethyLight是基于MSP的技术，能进行定量测定。该方法使用甲基化特异性引物和甲基化特异性荧光报告探针。如果需要区分相关CpG位点，引物或探针则可以低非甲基化特异性的。还有学者使用改良的MSP法分析DNA片段—— 溶解曲线分析法（Mc-MSP）。这种方法同时扩增原序列和亚硫酸盐处理后的序列，通过对不同峰值的比较得到定量关系。将mc-MSP和定量PCR结合则可以对低水平的甲基化