殿、万岁殿、禅僧殿、大经堂和多杰羌殿共八座佛殿，其中万岁殿和多杰羌殿拥有丰富的雕像与壁画，在佛教艺术与流传上有重大意义。
万岁殿.建于1427年，康熙年间重修，是妙因寺现存最早建筑。坐北朝南，面开三间、进深三间，有副阶周匝，重檐歇山顶。现主供佛像为三世佛，原并供有明太祖画像以及「当今皇帝万岁万万岁」之牌位，故称为万岁殿。大殿东、西、北三面有壁画相连，北壁靠近后门西侧为千手千眼观世音菩萨，东侧为千手千钵文殊菩萨画像，东西壁绘有五尊菩萨装的密教尊神，而接近大殿入口的南边绘有四臂大黑天，