·雷德尔以及哈维·马丁内斯在夏季转会至拜仁慕尼黑。其中哈维·马丁内斯的转会费价值4000万欧元，创造了德甲历史上的最高转会费。离开拜仁的则有宇佐美贵史、布雷诺、鲁文·扎特尔迈尔、伊维卡·奥利奇和达尼耶尔·普拉尼奇，此外有汉斯-约尔格·布特退役，以及尼尔斯·彼得森被租借至云达不来梅。布特在7月1日被任命为拜仁慕尼黑青年队的负责人，但他却在8月7日离开这一岗位。在8月9日成为新的继任者。7月2日，俱乐部宣布马蒂亚斯·萨默尔取代担当体育总监，尤普·海因克斯相信2012-13赛季的阵容比前一个赛季的阵容更为强大。