京大同会的对峙，虚云出滇至沪。接着，赴南京晋见孙中山，议定修改佛教会会章诸事宜。同年4月，因政府更迭，在见过孙中山之后，又前往北京去见袁世凯。在上海改组中国佛教会，成立中华佛教总会。1920年重兴昆明西山华亭寺，改名云栖寺。历任福建鼓山涌泉寺、广东曲江南华寺、广东韶州云门寺诸大寺住持。
融合汉藏.1913年（民国二年），西藏有些王公活佛受到英国及印度政府煽动，不肯承认民国政府，袁世凯乃下令云南都督蔡锷准备出兵西藏。为避免生灵涂炭，蔡锷乃託请虚云老和尚冒险深入藏区，商请在西藏德高望重