官方佔用，但迎妈祖的活动仍有举办，后来才因故中断。二次大战后，海头社在1947年重新发起迎妈祖活动，日期仍在农历三月二十日，但「香山」改设于安平海边。次年海头社广济宫在元宵节后邀请六角头社庙宇执事商议，再次举行，1949年改由港仔尾社灵济殿举办。但之后因戒严，1950年并未举办且迎妈祖活动再次中断。1961年安平六社再次举行迎妈祖活动，这次改由囝仔宫社妙寿宫主办，同时安平居民有了重建天后宫的提议。而在1981年以后，安平迎妈祖活动逐渐形成在寅、午、戌年举行的惯例，此外因为三鲲鯓（渔光里）改隶安平区，「香山」