庆长元年（1596年），接待了明朝讲和的使者。同年被任命为京都奉行。奉秀吉之命镇压天主教。三成阳奉阴违尽量放过天主教徒，同时进言秀吉不要妄杀天主教信徒。庆长二年（1597年），庆长之役中在日本国内担任后方支援。庆长三年（1598年），秀吉打算将小早川秀秋的领地筑后国，筑前国下赐三成，被三成婉拒。筑后，筑前被划为藏入地，三成被任命为代官。原本予定庆长四年（1599年）和福岛正则，増田长盛一起再次出征朝鲜。然而随着庆长三年（1598年）8月秀吉去世计划取消，代而进行安排远征军归国的工作。Section