往戍守凉州。由于伤太重不醒人事，不久苏醒，于是前往戍地。艾穆是张居正的同乡，张居正对人称：“从前严嵩都没有被同乡攻击，我却不如严嵩。”万历九年（1581年），全面考核官吏，又将艾穆、沈思孝置于考察名册上。等到张居正病故，言官争相推荐艾穆，起用为户部员外郎。之后改任四川佥事，逐渐升至太仆寺少卿。万历十一年（1583年），任光禄寺少卿。万历十七年（1589年），任南京鸿胪寺卿。万历十八年，任太仆寺少卿。万历十九年（1591年）秋，提拔为都察院右佥都御史、巡抚四川。前任崇阳知县周应中、宾州知州叶春及行义过人，