向和女性向的跨性别女性的大脑功能和反应都像顺性别女性一样，与顺性别男性不同，或者介于两者之间。同样的，像Rametti这样的研究发现，无论性取向如何，跨性别男性都有类似男性的白质形态（甚至在使用激素之前）。关于遗传因素，Hare的一项研究报告说，跨性别女性的雄激素受体基因比顺性别男性长，这种结合睾酮的效果较差，可能会阻止大脑完全男性化（产前雄激素的暴露和敏感性或缺乏，是一种经常被引用来解释观察到的脑结构差异的理论）。Bentz的一项研究发现，跨性别男性的CYP17等位基因分佈与顺性别男性一样，与顺性别女