大学颁发的国际杰出服务奖、华盛顿大学的理学博士荣誉学位、及英国女皇颁授的CBE荣衔。2000年，获香港特别行政区政府颁授金紫荆星章。2001年，获法国总统颁授骑士勋章「Chevalier de la Légion d'Honneur」。2008年，获香港浸会大学颁授荣誉人文学博士学位。2010年，获澳门科技大学颁授荣誉博士学位。2011年，获澳门大学颁授荣誉社会科学博士学位。1988年9月出任香港科技大学创校校长后，吴家玮担任过香港政府工业及科技发展局和生物科技研究院监管委员会的成员，并被深圳市政府委任