院物理治疗师的妻子负责，使后来两家的交情相当深厚。陈水扁当选总统后，黄有机会担任总统医疗团召集人。另于2002年SARS事件时，黄接任专责医院国军松山医院总指挥，可见陈水扁对黄的倚重。陈水扁卸任后，黄芳彦因卷入SOGO礼券案、SOGO经营权案及扁家海外洗钱案等多项弊案，于2008年11月秘密前往美国，行踪成谜；特侦组在其新光医院办公室及住所内搜出新台币1000万元现金并扣押。黄原列扁家洗钱案证人，但因其赴美后特侦组多次传唤未到，2009年3月3日改列被告，3月18日发布通缉，时效25年至2034年。