亚有50名定居者、马诺夸里有258名定居者。荷兰殖民当局在塔纳默拉成立了用以关押政治犯。
第二次世界大战.1942年，西新几内亚北部沿海及附近岛屿被日本占领。1944年，麦克阿瑟领导的部队从巴布亚新几内亚发起了分为四个阶段的新几内亚战役以解放巴布亚。二战结束后，荷兰人于1945年回到巴布亚。
印尼独立后.1945年8月17日印度尼西亚宣布独立，并声称拥有荷属东印度群岛的所有领土，包括荷属新几内亚。荷兰和印尼发生了四年半的武装外交斗争。1949年1