夏同善与刑部分管浙江司刑狱林文忠将案卷送至军机大臣兼总理各国事务衙门大臣翁同龢手里，认为疑点重重，上呈同治帝，同治皇帝认为事件不可思议，并面报两宫太后，随即下旨刑部，令浙江巡抚杨昌濬重新审讯，并遣监察御史王昕私访民间，得知爱仁堂并无卖砒霜。可惜杨昌濬为保面子和曾参审官员的乌纱帽，竟依仗左宗棠拥兵边疆之势，复以「通姦谋命」上奏。杨昌濬曾令嘉兴知府许瑶光审问。许瑶光不动刑，叫杨乃武及秀姑照实说，于是犯人尽翻前供，当堂唿冤。审两个多月后，许瑶光不敢定案上复，未能讯结。同治帝委浙江学政胡瑞澜为钦差大臣，重审