蚵间的旅外乡亲出资出力重建新屋福兴宫时，意见不一，造成信徒分裂，而另建此庙。据外传信徒分裂原因之一，是过去村长选举时所造成的恩怨。两庙信徒的政治派系并不同，昭灵宫总干事兼总务许满村曾言，该庙事务不少都是许姓，早年都是党外运动许家班的支持者，他自己也对国民党党工在渔会体系的作为有怨言。另一分裂原因，是当时以掷筊决定是否迁庙时，掷筊结果支持原地重建的相关人员反悔，造成信徒集资兴建新庙。新庙的建立消耗新台币六千万元以上，而旧庙的重建亦花一亿余元，费用皆出自仅有二、三百户的蚵间村及在外地创业的村民。昭灵宫举行建