会怀疑其罪。中宗意解后，即出李朝隐为闻喜令。二年（708年）二月，传言韦后衣笥裙上有五色云，是吉兆，韦巨源请公布天下，中宗从之，并大赦。当时星坠如雷、野雉同叫之类的凶兆，韦巨源却不说，又见中宗昏惑，与左卫将军同中书门下三品宗楚客、吏部尚书同平章事郑愔、谏议大夫赵延禧等传播妖言祥瑞，秘密引导韦后效法武则天。同年，罢侍中。与杨再思、李峤唯诺自全，无所匡正。三年（709年）二月，韦巨源、杨再思分别被任为左、右仆射，并加同中书门下三品。又拜尚书令、同中书门下三品，仍旧监修国史。八月，中宗将祭祀长安南郊，国子祭酒