02年10月李国章提出香港中文大学与香港科技大学合併的构思所引起的风波，事件引起两校不少学生及教职员均反对，同时李国章也备受批评。
教院风波.2007年1月25日，香港教育学院校董会以10票反对、3票支持、3票弃权，否决与校长莫礼时（Paul Morris）续约。莫礼时表示，校董会主席梁国辉在2006年6月曾经对他表示，由于他不支持教院与中大合併，将会不获续约。梁国辉则表示莫礼时误解了他。了解教院内情的知情人士透露，这一次否决续约的决定，令人联想到是教统局局长李国章运用的影响力