1645年），清军佔领归州。雍正六年（1728年），升归州为直隶州，直隶于湖北省；夷陵州长阳县改属归州；裁施州卫为恩施县，属归州。至此，归州领四县：兴山、巴东、长阳、恩施。雍正十三年（1735年），降归州直隶州为散州，属宜昌府；兴山、巴东、长阳三县改属宜昌府；恩施县改属施南府。1912年，改归州为归县，直隶于湖北省。1914年，改归县为秭归县。