处失败，军调部解散，赖祖烈乘飞机撤回延安。1947年3月胡宗南攻陷延安，赖祖烈奉命押送物资和中央档案文件撤职山西省临县的中共中央后方委员会驻地，任中央后委办公室主任。1948年中共中央进驻西柏坡，赖祖烈任中央工委副秘书长。中华人民共和国成立后，担任中共中央办公厅特别会计室主任兼周恩来财政秘书、政务院参事、政务院专家招待事务管理局局长等。1958年至1960年9月，汪东兴调任江西省副省长，赖祖烈任中央警卫局局长，并把警卫局机构改称为中南海管理局。。汪东兴调回北京后，赖祖烈提出自己是管财务的，对警卫业务不熟悉，