翻韦后的临淄郡王李隆基献首级以求自保，被贬为濠州司马，再迁益州长史。又与太平公主结为朋党。与魏知古、崔湜、陆象先、徐坚等撰《姓族系录》二百卷。先天二年（713年）七月三日，与太平公主“谋废太子”，唐玄宗发动先天之变，诛杀太平公主党羽，怀贞畏罪自尽。唐玄宗下令戮其尸，改其姓为“毒氏”。窦怀贞生前待族人甚厚，常把薪俸分给他们，因此死后被抄家时，发现家无余财。