尔喀蒙古收复其领土。喀尔喀蒙古其后併入清朝，外蒙古地区正式归清朝所有。
甘丹颇章政权成立，五世达赖喇嘛统治西藏（1642-1705）.1642年，固始汗攻占西藏，建立和硕特汗国，将西藏交给藏传佛教格鲁派的五世达赖喇嘛管理，史称甘丹颇章政权。1653年4月，清朝政府正式授予五世达赖喇嘛金印、金册，承认他在西藏政治宗教上的地位。三藩之乱时，康熙帝与吴三桂都争取五世达赖喇嘛的支持，达赖则保持中立。康熙帝致信达赖，希望西藏与蒙古军攻云南，为达赖拒绝。1676年康熙十五年，受五世达赖推荐，