03年（明治三十六年）6月，该庄编入「元长区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，元长区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制并雅化为「鹿寮」大字，隶属于台南州北港郡元长庄。战后元长庄改制为元长乡，隶属于台南县，大字亦改制为村。1950年10月，云、嘉、南分治，元长乡改隶属云林县。
聚落.本地区发展较早的聚落有埤藔、鹿藔、瓦磘藔等，在日治期初期的官方地图上已有记载。此外，本地区尚有廍子聚落。