国务总理段祺瑞提参战案，而国会拒绝合作。段不断对国会施压，国会则改组内阁，暂缓讨论参战问题，最终大总统黎元洪在国会要求下解除段祺瑞的职务。当时的国会真正起到监督政府、制约行政权的作用，并非“橡皮图章”、“表决机器”。段祺瑞愤然离京去津，并且指根据《中华民国临时约法》，总统无权撤销总理职务，不承认黎的免职令，后被国共史学家描述为府院之争。宪法同时保障司法独立，规定独立、公开审判的司法原则。1913年国民党理事长宋教仁被杀案中，地方检察厅可以公开传讯国务总理赵秉钧；又如1925年10月京师地方监察厅派检察官