淀殿与宁宁不合的说法都不是事实；事实上淀殿与宁宁关系不错，两人相安无事，淀殿也很敬重宁宁。
晚年.庆长三年八月十八日(1598年9月18日)其夫君太阁秀吉公病逝，享寿六十一岁。由于北政所并没有儿子，因此丰臣家的政权便旁落到继承人秀赖的母亲淀殿身上。之后北政所在大坂城西之院剃发，称为高台院。庆长四年(1599年)在德川家康的帮助下，在京都三本木的宅邸隐居。她与德川家康颇有交情，在关原之战时，也据传是她劝告福岛正则、加藤清正、小早川秀秋投靠东军，但实际上，北政所不仅参加