每一个基因都有独立的一个染色体， 因此基因之间都没有遗传连锁，这让天择的效率大为提高。染色体数目的演化对物种形成可能有举足轻重的影响，因为不同的染色体数目会造成生殖隔离。人类2号染色体是融合自两条黑猩猩的染色体，仍带有位在中间的端粒以及第二个残留的着丝粒。植物中常出现多倍体，特别是异源多倍体（allopolyploidy），造成杂交后代和任一亲代产生生殖隔离，于是在一个世代内形成同域种化。点灰蝶属蝴蝶的染色体数目差异极大，从10对到134对都有，该属也是种化频率最高的支系之一。