次年参修《大清一统志》。干隆六年，撰《外藩书》，干隆帝赞道：“齐召南之博学，一至是乎！”干隆十二年，充《续文献通考》副总裁。又曾前往山东、江苏、安徽、福建、云南等地进行勘查。干隆二十六年（1761年）完成《水道提纲》28卷。干隆三十二年，其族兄齐周华因文字狱贾祸被凌迟处死，召南遭受牵连，革职归乡。不久病卒，葬于天台县街头镇花坑。
着作.着有《宝纶堂集古录》、《宝纶堂文钞诗钞》、《齐太史移居集》、《琼台集》、《历代帝王年表》、《后汉公卿表》等。另有《水道提纲》是最重要的作品。