的七股湿地与台北的淡水河河口等少数区域。此外最南端的恆春半岛，至今仍存有热带季风林与珊瑚礁。由于人类在平地开发，大型野生动物大多仅能分佈在山区或较稀少的低海拔森林中。由于栖地破坏和外来种引入，造成台湾部分原生物种负面影响，有些甚至濒临灭绝或已灭绝。如：福寿螺、美国螯虾、澳洲淡水龙虾、吴郭鱼与非洲大蜗牛这五个外来种引进后，因欠缺天敌的制衡下，过度繁殖，导致台湾原生的田螺、螯虾和鲫鱼大为减少；17世纪时曾经满山遍野的台湾梅花鹿，因长期过度捕猎大量鹿皮外销日本等地，以致于目前野生的梅花鹿已经濒临灭绝。为保护自