山轮」驶抵神户港。尽管顺利逃离台湾，但史明从神户登陆上岸不久，就遭巡逻的日本警察逮捕，并被日本政府以「非法入境」罪名拘留数月。由于被日本政府拘留，就意味着有可能会被遣返回台湾，招致中国国民党的杀身之祸，这导致他预藏剃刀准备自杀。不过从1952年起，台湾警备总司令部以「叛乱第一司令」的罪名，向海内外全面通缉史明，要求日本引渡其返回台湾，这也是他第一次被中国国民党政府通缉；这反而让日本政府认定其是政治犯，并基于人道理由提供政治庇护，于同年11月被日本政府释放，而能够在日本长期居留，展开长达41年的通缉流亡生活。