0世纪五代闽国时期福州成为闾山派的中心，道教大为兴盛。到了清朝道教被朝廷抑制，但福州的道教与民间宗教相渗透，仍广为流行至今，民间信仰的神灵种类繁多，许多社区和村庄都有自己独特的地方神，有人估计福州各地的神灵多达上百种，其中还包括了福州典型的榕树崇拜，如照天君。 佛教在福州的地位也十分重要，它在魏晋之际传入福州，唐代福州出现了百丈怀海、黄蘗希运这样的禅宗高僧。福州佛教在宋代大为兴盛，但明末一度衰落，清代又复兴，并由福州向日本和东南亚传播。福州涌泉寺、西禅寺在东南亚都有廨院，日本黄檗宗则起源于福清黄檗山万福