任新界西立法会议员，最终连任成功。李卓人在第二届立法会（2000至2004年度）的表现获立法会议员天主教监察组评为满意，因为他在民生立场上，一直照顾基层及劳工的权益，而在政治上，亦一直支持民主政制发展，反对《香港基本法》第23条的立法。2004年香港立法会选举，他成功连任新界西直选立法会议员。在2005-2006年度，李卓人获立法会议员天主教监察组嘉许，他只有1次缺席记录，发言37次，提出了1项动议和1次修正案，监察组认为他于属议事积极的议员，监察组亦满意他在考勤方面的表现。2007年，李卓人