“五四”运动后，更多新思潮涌入清华，促进了清华学生的觉醒。1926年3月13日，举行纪念孙中山逝世周年大会，李大钊、陈毅来校演讲。3月18日，北京民众为反日本入侵游行请愿，遭段祺瑞政府打压，清华学生韦杰三牺牲，是为三·一八惨案。1927年6月，国学大师王国维忧愤国事，于北京昆明湖自杀，震惊全国。梁启超亦因病离校就医。同月教务长张彭春遭反对势力攻击而辞职，校园爆发「挽张去恶」风潮，学生游行要求改造清华。
国民政府时期.1928年，南京国民政府取代北洋政府掌控北京后，任命孙科为清华校长