1963年马来亚、新加坡、沙巴和砂拉越组成了马来西亚联邦，这迫使马来亚航空更名为“马来西亚航空”，同时马来西亚航空亦接管了婆罗洲航空。 1965年新加坡宣布独立，又使公司更名为“马来西亚-新加坡航空”。公司在接下来的数年急速扩张，并订购了首架波音客机波音707，随后亦订购了波音737。在1972年，新加坡与马来西亚政府间的合作破裂，这使公司一分为二，分为了以新加坡樟宜机场作为基地的“新加坡航空”，和以吉隆坡国际机场作为基地的“马来西亚航空系统”。 自此两家公司各自发展。1987年，马来西亚航空系统改名为