松散的故事线相比，这个系列的故事线较强。戴维斯指在系列3，每集的连贯性强，观众如不集集观看，会看不懂其结局。事实上，这系列共有两条故事线﹕保依脸对博士表示「你并不孤单」以及无处不在的萨森克先生。这两条故事线的答案终在《乌托邦》和《鼓声》这两集揭开﹕同为时间领主的法师以萨克森的名义当上英国首相，并展开其统治宇宙的阴谋。戴维斯在2003年时曾表示不会将法师这经典角色带回新版的《异世奇人》剧集里，但他后来承认这是谎言，又直言非常喜欢这反派。故此，当系列3落实以后他就决定重现法师这角。让法师出任首相一职也是戴钟斯的