妻蒋碧玉与其任职于图书馆管理员的妹妹戴芷芳在学校宿舍被捕，却不见钟浩东身影。9月2日晚间，保密局特务再到基隆中学校长宿舍，宣称要全力搜捕钟浩东。9月8日，蓝明谷晓得东窗事发后，向钟里志、王荆树等相关成员传达了撤退指示，并与其妻张阿冬逃往高雄县冈山镇（今高雄市冈山区）老家。隔日清晨，大批军警包围基隆中学，共逮捕4名教师、3名职员和2名学生，南台行亦受到波及。戴传李被捕两週后，钟浩东也被逮捕归案。蓝明谷首先藏身妹夫杨再仁家，而后他又到美浓尖山与基隆中学数学老师钟理志、李旺辉碰头，暂时躲在钟家后山。同年12月