排挤，使佺期愤愤不平，很想干大番大事以实现其志向。
屡败前秦.杨佺期最初入仕将帅府署，曾在成固守戍，击败前秦将领潘勐，更收降了他的部众。后拜广威将军、河南太守，驻屯洛阳。任内又领兵助平阳太守张元熙击退前秦将领窦冲。及后从湖城进攻潼关，屡战屡胜，斩获数千人并纳降九百多家人，让他们迁居洛阳，因而进号龙骧将军。后来杨佺期因病而改任新野太守，领建威司马。又迁堂邑太守，督石头军事。因病离任后，获荆州刺史殷仲堪招揽，成为其司马。
响应王恭.隆安元年（397年），南郡公