，香港飞马宣布与南华达成协议，陈肇麒将会加盟香港飞马，签约2年半并，穿起初出道时的18号球衣。陈肇麒亦有在个人Facebook撰文感谢南华8年来的栽培，又谓对离队是百感交集，希望以个人经验帮助年轻有活力的香港飞马成长，更加感谢一路不离不弃的球迷支持，不过南华在是次转会附带陈肇麒季内任何赛事都不能倒戈对南华的条款。2017年2月13日，陈肇麒于香港飞马作客标准灏天的菁英盃8强首次为球队上阵，双方在法定时间赛和0–0，最终需要互射12码定胜负，结果香港飞马以总比数4–3晋级。2017年2月20日，在季内任何赛事