有表明站在东军一方为理由减封9550石，仍保有大名职权。元和2年（1616）剃发出家，法号牧斋。不久于朽木谷去世，享年84。元纲死后领地被宣纲、友刚、植纲三子分割，因此而失去大名资格，被降为旗本（6,300余石）。之后三子稙纲受到第三代将军德川家光的信赖而成为大名(福知山藩)，子孙重新得势。