港有开往鹿儿岛港的客运航线。石垣港的可以航线则以沖绳县内各岛之间的航线为主，并有中国大陆、台湾的邮轮停靠。各离岛之间的航线是当地民众重要的生活出行方式。沖绳县内有那霸、新石垣、宫古、久米岛、与那国、多良间、南大东、粟国、北大东、庆良间、波照间、伊江岛、下地岛共13个机场。那霸机场竣工于1933年，是国际机场，设有国内线、国际线和LCC三个客运航厦和货运航厦，运行有前往日本各主要都市和沖绳主要离岛的日本国内航线，以及前往韩国、中国大陆、香港、台湾、泰国10个城市的国际航线。2016年，那霸机场的旅客数超过1,