郑成功三度率军北伐，一度从海路突袭围困清江宁府（原明朝南京），然最终遭清军击退。郑氏集团仅得凭借海战优势固守厦门、金门两岛，并遭到清朝实行海禁封锁。永历十三年（1659），曾任荷兰通事的何斌向郑成功建议攻取台湾，驱逐驻扎在大员（今台南市境内）的荷兰东印度公司驻军，解决粮食问题并建立反清复明基地，郑成功接受、并随即禁止商船与荷兰人继续贸易。1661年，郑成功率军约2万5千人自金门料罗横渡台湾海崃，先后率军围攻普罗民遮城（十日围城）、热兰遮城，翌年击败荷属东印度公司的部队，以台湾西南隅为基地建立起明郑政权。