亦于1979年被清拆，部份教职员转往玛利诺会其他学校，大部份则迁到荃湾的柴湾角天主教小学继续教学，不过办学权则由玛利诺神父会转交天主教香港教区。2009年柴湾角天主教小学上午校又迁往深井并改名深井天主教小学。庇护十二学校原址现已成为另外一所名为乐华天主教小学的学校，该校由原位于牛头角上村三座旁的牛头角天主教小学于2000年搬往乐华邨续办的。而牛头角天主教小学和庇护十二学校同是由玛利诺诺会所创办。故此可以说，原由玛利诺会开办的庇护十二学校原址结果仍由玛利诺会开办的学校继续使用，成为一段小小香港掌故。