通四年（523年），萧子恪转为吏部尚书，两年后（525年）改任太子詹事。大通二年（528年），他外任宁远将军、吴郡太守，次年（529年）于郡舍去世，虚岁五十二，朝廷下诏赠侍中、中书令，谥号恭。他有兄弟十六人都在南梁当官，其中他和萧子质、萧子显、萧子云、萧子晖都有才能，他曾和亲友说：「文史的事，我的弟弟准备充足，无须我牵挂，只求节俭奉公，并无犯错就可以了。」他亦曾涉猎文学，但很快丢下了，因此没有留下文集。
墓葬.萧子恪下葬于大通三年（529年）八月。墓葬位于今江苏省南京市栖霞