沟椎龙曾经被归类于不同演化支。最初被归类于个别的沟椎龙科（Bothriospondylidae），而大部分书籍则归类于腕龙科。由于沟椎龙的化石稀少、被侵蚀过，缺乏可供鑑定的共有衍征，无法确定是否属于腕龙科、或是新蜥脚类。在马达加斯加的嵴椎标本，则可能是真蜥脚类的基础物种，不属于新蜥脚类。