，尚宁王派毛继祖与毛凤仪（池城亲方安赖）、金应煦（摩文仁亲云上安恒）围攻其宅。平叛后，因功升紫冠。1602年，毛继祖奉命为王舅，与长史蔡朝信一起赴中国朝贡，同时庆祝明朝册立东宫、并送还漂流到琉球的人口。翌年继领其父盛章的丰见城总地头职。1606年，夏子阳、王士桢率册封船队到达琉球，册封尚宁王。当时倭寇猖獗，骚扰琉球沿岸。为保障册封大典的正常进行，尚宁王遣毛继祖率一千余人前往北山，防御倭寇。1609年，萨摩藩侵略琉球之际，三司官马良弼奉命前往北山，被萨摩军队逮捕。毛继祖被任命为代理三司官，同郑迵（谢名