壶菌纲（学名：）是真菌下的一纲。它们可以分佈在土壤、淡水及咸水河口中。它们是原始的真菌，最初是在英国的瑞尼燧石中发现。最年它们的分类重新编排，排除了Neocallimastigomycota及Monoblepharidomycetes及将它们分别提升为门及其姊妹纲。又将拟油壶菌属及"Hypochytrium"分类在其下。壶菌纲是壶菌门下的主要纲，会造成如水蚤属及两栖类等生物的寄生性感染，