地区南端的杜布罗夫尼克（Dubrovnik）地区被波士尼亚赫塞哥维纳的出海口涅姆()给隔开成为飞地。克罗地亚北部和东北部属于多瑙河中游平原，有平原及丘陵，多瑙河流经国家的最东端。这个地区的主要河流有萨瓦河及德拉瓦河，都是多瑙河的支流。由于地形复杂，各地气候也不尽相同。沿海地区为地中海型气候，山区有高原气候特征，北部内陆地区有温带大陆性气候特征。