克斯董座认为实际上最多可生产6800架，但是由于铝原料与熟练技工的短缺让预估下降到4199架，最后因为生产过程不断的延迟：到1939年12月为止只有交付27架的Ju 88 A-1。Ju 88在容克的生产体系中：主要生产线是由德绍厂负责，最后组装是在贝恩堡进行，容克斯位于阿舍斯莱本的工厂则生产机壳，机翼方面则在哈尔伯施塔特厂生产，机尾和发动机壳则是在利奥波德馆生产·但是为了能快速补充前线Ju 88的战损开始要求位于布兰登堡与哈维尔的阿拉多厂，位于卡塞尔的亨舍尔厂，位于维斯马的与厂，位于奥拉宁堡的亨克尔厂，