中，包括气候极端的环境如沙漠、深海以及受辐射污染的地区 ，有些种类对辐射的抗性极强，某些地衣甚至可以抵挡高强度的宇宙射线与紫外线，在人造卫星上的研究站存活。大多数真菌生长在陆地上，但有些真菌生活史的部分或全部阶段生长于水中，例如造成全球两生类数量下降的蛙壶菌，壶菌门的真菌会产生在水中游动的以寻找两生类作为宿主。还有一些真菌生活在海洋中。目前被生物分类学家们正式记录与描述的真菌种类约为12万种，但人们对于世界真菌多样性的了解仍相当有限。一项2017年的研究估计真菌种类应该介于220万至380万之间。历史上