亚州与多位南方军官成为朋友，这其中最知名的就是弗吉尼亚州的路易斯·亚米斯德。内战爆发后，亚米斯德与其他南方军官离开加州前去加入南方邦联陆军，而汉考克则继续效忠北方联邦。
内战.
加入波多马克军团.汉考克回到东部，为迅速膨胀的北军承担军需工作，并且很快就于1861年9月23日晋升为准将，得以指挥波多马克军团的一个步兵旅，其所在师则由威廉·F·“鲍尔迪”·史密斯（）统领。1862年半岛战役期间，他因在威廉斯堡之战中领军发动了关键性的反击战而赢得绰号“卓绝”（），军