作燊与家人饱受迫害，被同济大学红卫兵指控为国际间谍、反动学术权威等，多次被批斗，其上海安亭路故居，曾被上百名同济大学红卫兵作为“反面教材”参观。1968年“清理阶级队伍”，黄和妻子被隔离审查近一年，释放后身患重病。1975年病逝，享年60岁。1978年邓小平复出后，同济大学校方向黄作燊家属道歉。1980年后，同济大学多次发表有关黄作燊的纪念文章，包括陈从周着《怀念建筑家黄作燊教授》（1982），罗小未着《怀念黄作燊》（2003）。
评价.黄作燊虽然对西方现代建筑理解很深，但他一向认