增新在1912年和军政府议和，逐渐取得全疆控制，并拥护中华民国大总统袁世凯。革命党人或被杀死，或回到内地。同年底在沙俄的阴谋策划和鼓动支持下喀尔喀蒙古宣布独立（详见外蒙古独立）。1912年库伦叛乱分子攻陷科布多后，又攻佔蒙古地区与新疆省之间的阿尔泰，被杨增新派军击败。1919年，中华民国北洋政府下令将阿尔泰并入新疆省，设立阿山道，即今之阿勒泰地区。1928年6月，黄埔陆军军官学校校长兼国民革命军总司令蒋中正所领导的国民革命军北伐胜利，中华民国国民政府设置「中华民国新疆省」，7月1日杨增新自行就任新疆省政府