穆斯林将军和汉人一同反抗蒙古人。有些穆斯林团体的名字在中文中的意思是“兵营”（Barracks）亦或是“谢谢”（Thanks）。部分回族穆斯林声称这是因为他们在推翻蒙古人起到了重要的作用，所以那些受到协助的汉族人起了这样的名字。1368年，朱元璋建立明朝，为实现他的野心，就派大将徐达带领军队向元大都进发。最后一位元朝皇帝逃到北方的上都。后来，元大都被改名为北平（即今天的北京）。
明朝.明朝时期，穆斯林仍然在中国活跃，其首都应天府是伊斯兰学术的中心地区，。明朝经历了海港穆斯林人口