洗的医生案件中，乔巴山也被列为「克里姆林宫医生谋杀苏维埃领导人」的受害者之一，直到赫鲁晓夫上台之后才为这些御医平反。蒙古人普遍相信，斯大林被乔巴山顽固的民族主义和蒙古独立思想激怒，下令将他害死；克里姆林宫医生出于政治投机的动机将乔巴山毒死了。中华民国蒙藏委员会则认为，乔巴山是因为反对苏联压榨蒙古人利益，低价收购羊毛而被斯大林下令毒死的。苏联政府以隆重的军礼将乔巴山的遗体送回蒙古，葬于Altan Ulgii国家公墓。中国共产党于1952年1月27日发去致哀电文：“中国共产党中央委员会唁电蒙古人民革命党中央