正酣，左宗棠闻之怒不可遏，连夜拜发两折，加急送往朝廷。朝廷接折得知袁保恆私掌军权，急下圣旨痛斥袁保恆，命其不得再轻率行事。左宗棠遂将袁保恆旧部人马打散，派往各军。又密保祝垲代袁保恆行西征粮台总办和西安制造局总办二职。袁保恆正式退出左军幕僚，后官至刑部侍郎。光绪四年（1878年），逝世。谥文诚。