性恋。贝克德尔的性取向和不符合传统规范的性别是她作品核心的重要组成部分。“我作品的秘密颠覆性目标是表明女性，而不仅仅是女同性恋者，都是普通人。”2004年2月，贝克德尔与她的女友Amy Rubin结婚，并在旧金山举行了民事仪式。然而，当时该市提供的所有同性婚姻证明随后被加利福尼亚州最高法院驳回。贝克德尔和Rubin在2006年分手。贝克德尔后来与画家Holly Rae Taylor住在一起，她们于2015年7月结婚。她住在佛蒙特州。