均月存量约6、7百亿元的公款存在富邦银行、更甚者，举凡台北市政府存放于富邦银行低于60亿元的帐目，台北市政府同意富邦银行不必支付利息。此举亦遭非议指台北市政府放任市产缩水。民主进步党连续在2004年、2008年与2012年中华民国总统选举中提出质疑马英九涉嫌卖市产图利私人财团的金融合併案。台北地检署在检察长邢泰钊指示下，针对马英九所涉富邦併北银案已经启动侦办，马英九出访回国后，传唤马到案说明。蔡明忠否认捐1500万元政治献金给马英九，但民进党举「98年瞩金重诉字第一号《》」等案的审判笔录，显示蔡明忠