山发生的巨兽袭击过去五年，哥吉拉与各种「泰坦巨兽」也被世人所知，负责探索且控制这些巨兽的组织「君主」（）也面临民众及美国政府施压，要求他们公佈巨兽信息及纳入军方管辖。隶属组织的古生态学家艾玛·罗素在旧金山失去儿子安德鲁后离婚，独自养大女儿麦蒂森，母女俩在中国云南的组织基地目睹一只称作摩斯拉的幼虫从卵中孵化，艾玛启用一部能发出各种频率以控制巨兽行动的「奥卡装置」（），使失控的摩斯拉平静下来。但基地很快遭受由艾伦·乔纳为首的生态恐怖团体袭击，抢走奥卡装置并劫走艾玛和麦蒂森，摩斯拉则逃往附近瀑布中结茧。两位君