他就任津浦路北段总办。1912年（民国元年）7月起，朱启钤历任北京政府陆征祥内阁、赵秉钧内阁交通总长。1913年7月3日，国务总理赵秉钧因为宋教仁遇剌事件下台，朱启钤以内务总长之顺位代理国务总理，代理两天后把位子交给新国务总理熊希龄。在政治上他属于梁士诒领导的政治派系交通系。9月，任熊希龄内阁内务总长，兼任京都市政督办等职务。1915年（民国四年）袁世凯称帝，朱启钤为主要策划人之一。他决定支持袁世凯称帝，9月成为「登基大典筹备处」处长。朱启钤爱好建筑和交通，负责重建北京市很多重要建筑物，包括天安门广场