日本方面聘用约翰·英格尔斯（）海军上校，开始筹备海军大学校的创办工作。1888年（明治21年）7月16日，有关方面发布勅令第55号，规定了学校的官制等事项。同年8月28日在东京筑地的海军兵学校旧校馆开校办学（海军兵学校则搬迁至广岛）。初代校长由局长井上良馨兼任，同年11月26日开始授课。1893年（明治26年）11月29日，新修订的海军大学校条例规定新设军医科。1894年（明治27年）3月31日原海军医学校废止，同年4月1日共8名学生以海军大学校军医科学生的身份展开学业。但是因为医学的特殊性，合并后