重点实验室在元素有机化学研究所及化学系金属有机化学研究组基础上组建，是中国首批国家重点实验室。1986年6月，在陈省身、杨振宁的共同提议下，南开大学数学研究所理论物理研究室开始筹建。1987年，南开大学经济研究所研究世界经济方向的研究室单独成立南开大学国际经济研究所。到1980年代中后期，南开大学已发展成为一所包括人文社会科学、自然科学、技术科学、生命科学、管理科学及艺术等多学科的综合大学。1990年8月29日，隶属天津市一轻局的柠檬酸厂全建制调整给南开大学新技术实业集团公司，成为天津市第一家划拨给高校