传。在2008年经花莲市长蔡启塔及与那国町长外间守吉的积极推动下，复兴航空一度开设花莲至与那国岛之间的包机航线。2012年4月29日，台湾水上摩托车协会在花莲市及与那国岛缔结姊妹市三十周年期间，与花莲县花莲市公所合办庆祝活动，由中华民国移民署官员在花莲港设立临时出境检查站验证后，耗费五小时在太平洋航行一百五十公里，于下午三时抵达与那国岛。
与中华民国(台湾)之间的防空识别区问题.当美军将琉球行政权归还日本时，以与那国岛上空的东经123度线划设台湾和日本的防空识别线，并沿用至今。