八强战两回合2比3不敌北区第二名青海森科，无缘升级。2013年3月22日，昆明锐龙将主场迁移到大理市，并将俱乐部名字改为昆明锐龙足球俱乐部大理锐龙队。 5月14日，球队接受大理当地旅游协会的冠名，将队名改为大理旅游锐龙队。 5月22日，大理锐龙在2013年中国足协杯第三轮比赛中客场3比2爆冷击败中超球队上海申花，成为首支在足协杯战胜顶级联赛球队的中乙球队。2014年初，为整合云南足球资源，昆明锐龙与丽江嘉云昊合并，组建新的丽江嘉云昊足球俱乐部，昆明锐龙足球俱乐部不复存在。