到1995年41岁时成为证管会最年轻的主任委员，在证管会工作长达17年。1996年5月20日台湾首任民选总统李登辉就职，台湾股市不仅未如预期上演庆祝行情，反而大跌162点，遭人借「护盘不力」向总统进谗言，于1996年9月5日无预警遭撤换，降调为中华民国财政部参事兼财团法人证券暨期货市场发展基金会董事长。1998年5月25日改调中华民国行政院参事兼秘书室主任，又于1999年1月7日升任中华民国行政院参事兼第四组组长，掌管金融业务。2002年2月8日，陈水扁政府拔擢陈树担任财政部常务次长，低调扮演着