564年1月到1566年5月，玛格丽特和她的王兄查理一起完成了对王国的巡视之旅。当玛格丽特回到巴黎的时候，她和年轻的第三代吉斯公爵亨利一世·德·洛林产生了爱情，他们甚至考虑到了婚姻。但他们之间的婚姻是无法为当时的法国皇室所接受，因为吉斯家族是坚定的天主教成员，同时也是反对法国结盟宗的中坚势力，而当时的统治家族则看重天主教和结盟宗的政治平衡。亨利·德·洛林的宫廷职位被暂时取消，不久之后便被迫和皇太后的教女卡特琳·德·克莱夫结婚。1565年玛格丽特和葡萄牙王储塞巴斯蒂昂的联姻计划告吹；而在她姐姐伊丽莎白