克林号等离开埃尼威托克，再次前往空袭小笠原群岛；而另外三支分队则往空袭菲律宾。8月31日至9月3日，富兰克林号等舰空袭小笠原群岛，最后在9月4日返抵塞班岛补给。翌日第四分队又再离开塞班岛，并在9月6日与其他分队一同空袭帛琉，再在9月9日至10日空袭民都洛及萨兰加尼湾。由于美军在连番空袭都未有发现大量日军目标，海尔赛下令舰队在12日改为攻击米沙鄢群岛等地。随后贝里琉战役在9月15日爆发，富兰克林号的第四分队被派往当地支援海军陆战队，而第一分队则前往支援登陆莫罗泰岛的美军。其他航母分队则继续在外海巡弋。9月