盃16强作客菲律宾球会塞列斯。2016年5月18日，菁英盃决赛，谢家强补时扳平，1比1打和。十二码阶段，艾华，罗晓聪，摩拉先后射失，对方只有郑礼骞射失，输二比四，总比数输三比五给香港飞马。2016年5月21日，港超联季后附加赛，对冠忠南区，南区凭陆志豪及苏沙先后建功，领先两球，下半场南华靠赖恩格菲斯十二码追近一球，但最终输一比二，无缘下季亚洲赛事，南华成绩五大皆空只拿下社区盃冠军及菁英盃亚军，渡过一个失败的球季。
2016–17球季.2016年5月24日，南华于亚协盃16强作客菲律