杨宽仍担任重建后的上海博物馆馆长，兼任上海市文物管理委员会秘书长。1953年1月，兼任复旦大学历史系教授，主讲“春秋战国史”与“先秦史料学”，1959年调任上海社会科学院历史所副所长，1970年又调回复旦大学历史系工作。期间经历一系列的政治风波，如镇压反革命运动、三反五反运动、1954年“胡适思想批判”运动、1955年“肃清胡风反革命集团”运动、1957年反右运动、1963年四清运动等。文化大革命开始后，杨宽因先前对姚文元批判吴晗的观点提出过意见，一开始就成为了批斗的对象，被关入“牛棚”改造、下五七干校劳动