三分之一部分属于阿尔巴尼亚，其余部分则属于黑山，阿尔巴尼亚的斯库台湖与黑山共同管辖。斯库台湖是东南欧之中最大的湖泊。而阿尔巴尼亚东南部的奥赫里德湖与马其顿共和国共同管辖，奥赫里德湖是世界上最古老的湖泊之一。位于马其顿和希腊边界三角洲的Prespa湖是巴尔干半岛海跋最高的湖泊，其海跋为。阿尔巴尼亚有一个密集的河流网络，大约有152条河流和溪流，形成了从东向西流向亚得里亚海的至少8条大型河流，当中包括了Drin，Vjosë，Shkumbin，Osum，Mat、Erzen、Fan and Seman这8条河流。