统九年（1444年），御赐匾额“华林寺”，遂改此名，一直沿用至今。明正德年间（1506年-1521年），并入附近的罗汉院、越山庵，后又增建了御书阁、环峰亭、绝学楼、胜会亭等建筑物，华林寺规模增大。以越王山为斧扆，其范围几乎占山南的全部。名士王应山、谢肇淛等曾游览至华林寺。
清朝.清朝顺治初年（1644年）华林寺有过修葺，康熙七年（1668年）再次修缮。雍正年间，寺渐倾圮，寺僧亦已散讫，法堂遂改为普济堂。干隆十九年（1754年）刊本《福州府志》记载：“西廊有转轮经藏，今圮。东