王永吉少敏而好学，善于思考。天启五年（1625年）进士，任大田、仁和二县知县，为官清廉，因忤执政左官，量移饶州府推官，迁户部郎中。崇祯十五年（1642年），擢升为都察院右佥都御史巡抚山东，誉满京华。知兵事，官至蓟辽总督。李自成陷北京前夕，崇祯急调王永吉、辽东总兵吴三桂、昌平总兵唐通及山东总兵刘泽清等率兵入京勤王。明亡后降清。
清时期.顺治二年（1645年），经宋权推荐任大理寺卿。顺治四年（1647年）任工部侍郎，顺治八年（1651年）任户部侍郎。顺治十年（1653年）升兵部尚书。次