时深不及1公尺，其出口处之宽度仅20公尺左右。湖底多为淤泥及有机残屑所覆盖，但水急之处仍为砂砾石所组成之底质。东沙环礁水深0.6-17公尺，但以5公尺以下者为多，环礁近于圆形，半经约10公里，环礁内水域约300平方公里。东沙岛地处热带北部，属热带季风气候，冬季受东北季风、夏季受西南季风影响。每年4至11月偶有台风来袭，但以8、9月最多，除台风来袭外一般风浪均属微弱。雨量以夏季及秋季较多，冬季较少。东沙海域表层水温约在21~30℃之间，春季为26℃、夏季为30℃、秋季为28℃、冬季则为24℃左右，