田三成的旧领的佐和山城，石高18万石，叙任从四位下，当时家康的重臣包括直政、大久保忠隣、本多正信、榊原康政、本多忠胜・及平岩亲吉等6人。后来积极去除石田三成的政治风格，准备以彦根城取代原有的佐和山城。庆长7年，1602年2月1日，因为关原之战旧伤口破伤风复发的关系，早年病逝。法名为祥寿院殿清凉泰安大居士。墓所于滋贺县彦根市祥寿山清凉寺。逝世后，井伊氏开始直政没有实行的建造彦根城，因而同时间有佐和山藩和彦根藩同时存在。他有两名儿子。长男直胜因为多病体弱的关系，被分封至安中藩，而次男直孝则继承了家督。德