革命军在北伐中攻克浙江后，邵元沖被任命为浙江省政治分会委员兼杭州市政厅厅长（后改称市长）。在杭州市长任内，邵元沖制定了《杭州市暂行条例》，仿照广州市建置进行改造，还颁布八项便民兴革（调查户口、兴办自来水、增加菜场、设游民习艺所发展贫民教育、修理道路、浚理西湖改进西湖风景），设置杭州市参事会等，对杭州市的总体规划和民主政治建设均有贡献。后因涉嫌挪用公款，在任5个月便于1927年10月20日下台。
回归中枢.1928年初，邵元沖任广州政治分会秘书长。4月邵元沖到上海创办《建国》周刊，后