主进步党首次在立法院取得绝对多数。5月20日，蔡英文宣誓就职，中华民国达成第三次政党轮替。蔡英文是中华民国历史上首位女性国家元首。2016年12月2日蔡英文打电话给川普祝贺其当选美国总统，引发了争议。圣多美普林西比、巴拿马、多明尼加、布吉纳法索相继与中华民国断交。2016年12月6日《劳动基准法》修正案在立法院三读通过。但週休二日新制实施后，引发争议，劳动部再次修改部分条文，并2018年1月10日三读通过。执政期间接连发生华航二次罢工和长荣一次罢工2019年5月17日，立法院通过《司法院释字第七四八