汉早已与何矛盾甚深,暗中支持逐何斗争,提供了何贩买鸦片武器,中饱私囊的材料。马曜将大量何绍周犯罪事实揭露、并要求驱逐何绍周。后来蒋介石被迫不得不于1949年2月调走何绍周,并宣布撤销云南省警备司令部。1950年，任中共云南省委民族工作党组成员，建议景颇族等八个有原始公社残余的民族发展经济文化。后来马曜又受命筹建云南第一所专门培养少数民族人才的学校：云南民族学院。1951年，任云南民委副秘书长，处理民族事务。负责筹建云南民族大学前身云南民族学院的行政工作。1951年8月1日，云南民族学院成立。