总部位于日本东京都港区虎之门。商船三井、日本邮船、并称为日本三大海运公司，以纯利润及市价总值计算居日本第一位，而销售额则仅次于日本邮船。商船三井的主要源流有二，分别是成立于1884年的大坂商船和1942年的三井船舶，分属日本的两大财团住友财阀和三井财阀。1964年，大坂商船与三井船舶合并为大坂商船三井船舶株式会社，开创了日本跨财阀大公司合并的先例。1999年4月，大坂商船三井船舶与当时日本排名第四位的海运公司Navix Line合并，改名为商船三井。商船三井由大坂商船及三井物产各取了两个字来命名