线任务，通常是要求玩家收集某项物品或捕捉某只宝可梦，捕捉传说中的宝可梦也是游戏的另一项目标，游戏最重要的支线任务则为阻止反派角色岩浆团与海洋团的阴谋，这两个邪恶团体企图利用传说宝可梦的能力来改变丰缘地区的气候，在《精灵宝可梦 红宝石》中，熔岩队企图利用固拉多使海洋枯竭、增加陆地的面积；在《精灵宝可梦 蓝宝石》中则是海洋队企图利用固拉多的宿敌盖欧卡的能力来使海洋扩大。在玩家前往第一道馆的途中，即会在橙华森林遭遇反派组织，加以打倒后即可救出德朋公司的研究员并夺回被抢走的物品。而在打完第三道馆后，玩家来到釜炎