代结束之际，明石郡全境皆属于的领地。随着1868年幕府的结束及接着实施的废藩置县政策，曾一度隶属明石县，1871年被整併到饰磨县内，1876年再次整併后属于兵库县。1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「明石郡」，郡役所设于明石（位于现在的明石市）。