保11年（1840年）3月24日，赖宁就任。博学多才的赖宁，精通书画、音乐、能乐和茶道等。在藩政方面，赖宁设置产物会所，奖励各产业人士，又奖赏学问之人，并且开发新田和经营直属于藩的桑园等，逐步改革藩政。然而，由于藩内爆发百姓一揆，藩政并不稳定。及后，幕末政局开始不稳，赖宁便向幕府呈上有关美日关系的文书。另外，赖宁与越前福井藩主松平春岳、萨摩鹿儿岛藩主岛津齐彬和伊势津藩主等大名均有交情。此外，赖宁有感日本军备落后，在等人的协助下，将藩的军备改为西洋武器，并且在领内进行训练，并且广招他文人和武士，对藩的文武