中华医学会，并任第一届会长。1926年，受北伐战争冲击，颜福庆离开湘雅医学院。1946年湘雅医学院重建教学楼，命名为“福庆楼”，以纪念颜福庆的贡献。1926年，北伐军入据湖南，发动驱赶传教士运动，并一并把颜赶出了湖南省。1927年，颜福庆受聘任北京协和医学院副院长。1927年10月，被任命为新成立的第四中山大学医学院（1928年改称国立中央大学医学院，1932年改为国立上海医学院，今并入复旦大学）第一任院长。1928年6月，颜福庆向协和医学院辞职，赴上海吴淞就任。7月，创建吴淞卫生公所。他接办中国红十字