97年11月，伊能嘉矩抵达兰屿，与鸟居龙藏相遇。将台湾原住民分成8类（泰雅、阿美、布农、邹、赛夏、排湾、卑南、平埔），打破以往在清政府抚番时所做生番、熟番的划分。1898年4月，伊能嘉矩任“蕃政研究”调查员，发表《台湾土番开发状况》。1900年，临时台湾旧惯调查会成立，任命伊能嘉矩为干事。1904年4月，伊能嘉矩以《台湾蕃政志》向东京大学申请博士学位，但在1907年遭撤回。1906年，伊能嘉矩辞去一切职务，回到故乡远野后，专心进行文献编纂的工作，期间发表《岩手县史》。1909年，伊能嘉矩完成《大日本地名