1897年5月，另一份《台湾日报》在总督桂太郎的授意下创刊，同年7月也成为台湾总督府公报，桂太郎原有意大力扶植，给予优渥津贴，不料却在创刊前离职，结果补助经费从原来商量好的年津25000圆降至400圆，还远低于《台湾新报》的4800圆。差别待遇加上萨长派系问题，《台湾日报》开始抨击总督府，与亲总督府的《台湾新报》反目成仇，展开激烈笔战，甚至街头斗殴。1898年4月，第四任台湾总督儿玉源太郎上任后出面调停，协助日人守屋善兵卫收购两报，在隔月合併为《台湾日日新报》，台湾日治时期第一大报就此诞生。《台湾日