王爷听信了阿旺多尔济在念诅咒经的传言，将阿旺多尔济逮捕囚禁。虽然有人照料阿旺多尔济的饮食，但因阿旺多尔济年事已高，不堪忍受监狱中的饥寒，最终于1780年在监狱中打坐示寂。阿旺多尔济圆寂后，王爷下令不许寻找其转世灵童，但后来还是寻访到其转世灵童，即伦都布达尔吉，但未能坐床便病逝。
着作.阿旺多尔济的着作有六世达赖传记《妙音天界琵琶音》。土观·却吉尼玛曾说阿旺多尔济有多种作品，但因遭王爷查禁，其着述大多散失。南寺（广宗寺）曾供奉过阿旺多尔济的银质灵塔，外形是尊胜塔，塔门有尊胜佛母像