军抵鹿耳门后，安平一地有郭步青率千余人、颜平率八百余人反朱一贵，导致朱一贵作战连连失利。朱一贵躲入府城，不敢再出。朱一贵之后两度派遣杨来、翁飞虎等人反攻安平。时有西港人，引导蓝廷珍军五千五百人兵发西港。6月23日清军攻下府城，朱一贵亦向北退走，先退大穆降（今台南市新化区），再走湾里溪、下茄苳（台南市后壁区），最后于闰6月5日仅余千余人进入沟尾庄（今嘉义县太保市）。漳州人王仁和密谋杨旭、杨雄，联合六庄乡丁设计擒朱一贵等解赴清军。大明永和至此结束。清军自抵鹿耳门至击溃朱一贵，约仅半个月；自朱一贵称王直到沟尾