表民进党出马角逐2014年云林县长选举，最终以五万余票之差击败张丽善高票当选云林县县长。2018年云林县长选举，因受到菜价高涨及滞销的情况影响，以近五万票之差败给了卷土重来的对手张丽善，是继2001年基隆市市长连任失利后再度无缘连任。卸任后在云林县虎尾镇成立正直办公室，提供法律谘询、民生服务与弱势关怀。2019年2月25日，行政院宣布提名李进勇为中央选举委员会主任委员，将函送立法院审查；2月27日，李进勇为回应中立性的疑虑向民进党申请註销党籍，同日民进党核准在其任职期间暂予註销党籍。李进勇是中选会改