子呈球形或呈丝状，直径约80-120nm，有囊膜。甲型流感病毒结构分三层，最外层为双层类脂囊膜；中间层为基质蛋白M1，形成一个球形的蛋白壳；内部为核衣壳，呈螺旋对称，其中包含核蛋白、两种多聚酶蛋白和病毒基因组单链RNA。病毒表面有三种蛋白突起，分别为血球凝集素（H），其作用就像一把钥匙，帮助病毒打开宿主细胞的大门；神经氨酸酶（N）能够破坏细胞的受体，使病毒在宿主体内自由传播。而甲型流感病毒亚型的分类命名即以此两种命名。人们目前已经发现了18种血球凝集素（H1到H18），以及11种神经氨酸甘酶（N1到N11）