，策划在北京创办民间航空学校，但因张勋复辟发生而未能实现。1917年9月，孙中山发动护法运动，在广州成立护法军政府，马超俊参加，从事劳工运动的组织工作。他先后参与创办了南洋烟草公司职工同志会、粤侨工界联合会、广东机器工人维持会等工会组织。在旧桂系及陈炯明的纷争下，马超俊领导工会组织坚决支持孙中山。后被孙中山委任为广东东路第二路游击司令。1923年4月16日，得到孙中山委任担任从沈鸿英治理下收回的广东兵工厂副厂长兼总务处长。在同年6月陈炯明反孙时，曾派遣林虎试图接管该兵工厂，因厂长朱和中潜逃，在马超俊指挥