军徐玄守中州，并悬赏奖励夺取敌船者。蔡谟又领兵分处沿岸各地，并设烽火三十多处，以作防备。及后又向朝廷追请原本答允郗鉴所上表有功勋的部下的奖赏，认为他们都有多年功勋，历经百战，而且朝廷亦已答允，不能因为郗鉴死去就不给。
入朝辅政.建元元年（344年）晋穆帝即位，蔡谟被征召为左光禄大夫、开府仪同三司。永和二年（346年）领司徒，录尚书六条事，与会稽王司马昱共同辅政。次年扬州刺史殷浩因父丧离职，蔡谟加任扬州刺史。
拒受司徒.永和四年（348年），蔡谟获迁任侍中、