由于西贡方面的要求，海军部分仍由法军管理，直到1955年8月20日为止才移交给越方处理，该日也因此在南越成为海军纪念日，当时海军共辖有2,000名人员和22艘舰艇。同年10月26日，随着吴廷琰领导的共和国政权建立而更名，而新海军的援助方也从法国变成了美军顾问团（）。
沿岸部队.越南民主共和国（北越）于1956年开始经由海路将人员和武器渗透到越南共和国境内。为了反制这种活动，1960年4月创设了商船部队（；），由的戎克船和民间渔船组成，以巡逻北纬17度南北越交界处（）附近的水域。之后