，天文研究所派出的职员辞职，双方共管名存实亡。1949年，中华人民共和国政府接管南京的天文研究所后，改名紫金山天文台，紫金山天文台在1950年联系云南大学，恢复对凤凰山天文台分支机构的共管，10月更名昆明天文工作站。1958年，主任王士魁被划为“资产阶级右派分子”，紫金山天文台停发其津贴，由中国科学院云南分院指派管理人员赴天文台工作，至此昆明天文工作站与云南大学脱离关系。1958年9月，昆明工作站改称中国科学院紫金山天文台昆明工作站。1972年，中国科学院决定，昆明工作站扩建为天文台，成立中国科学院云南天文