苏格兰教会，以打下未来合併两国的基础。不过两国教会虽然均实行主教制（苏格兰教会在1597年被迫改行主教制），但教义上却完全不同；苏格兰教会信奉加尔文主义，并认爲很多英格兰教会奉行的圣礼与天主教无异，而其内部支持长老制的势力也未曾被肃清。结果詹姆士和其子查理一世试图在苏格兰推行宗教联合时遇到了重重阻力，宗教政策甚至成爲1639年至1651年三国之战的导火索之一。1639年至1640年的主教战争确立苏格兰教会实行长老制，及教权独立于政权。获胜的誓约派（Covenanters）──即长老制支持者──也因而控制苏