李存义曾暗通胡惟庸。李存义、李佑父子最后承认是奉了李善长的指使。赐李善长自尽，妻子送入妓院，每天接客两名。家属七十余人，尽行处斩。李善长的长子李祺因娶临安公主的缘故，得以免死，流徙江浦。不久，朱元璋又策划陆仲亨的家奴告发吉安侯陆仲亨、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、江南侯陆聚、宜春侯黄彬、豫章侯胡美、荥阳侯郑遇春等，一併押赴刑场处斩。洪武二十六年（1393年），凉国公蓝玉被凌迟处死，屠灭三族。牵连被杀一万五千多人。史称「蓝玉案」。洪武二十六年（1393年）九月初十日，朱元璋已诛十余万人，发布《赦蓝