将其纯化出来，然而，要把目标蛋白和细胞中大量其他的蛋白质分离并不容易。所以插入基因的阅读框内一般会包含一个蛋白质标签以便于后续纯化。常用的标签包括组氨酸标签、谷胱甘肽硫转移酶等。有的蛋白质标签还具有增加融合蛋白水溶性的作用。其他常用的融合蛋白元件还有绿色荧光蛋白这样的报告基因，可用于检验克隆是否成功，也可以在显微镜下进一步研究融合蛋白在细胞中的表达情况。
其他.表达载体通常是通过转化或转染的方式进入宿主细胞的。有的表达载体可能会需要一些元件来帮助它整合进宿主的基因组中，例如转化植物