最后郑经胜出，人称郑经克台。万年县于1664年在郑经的统治下更名为万年州。永历35年（1681年），郑经病逝，权臣冯钖范发动兵变，杀监国世子郑克臧，立自己的女婿郑克塽继位，是为东宁之变。
清治时期.康熙22年（1683年），清水师提督施琅征讨明郑，郑克塽降清，台湾入清朝疆域，翌年4月设台湾府，隶属福建省，其下分设3县，改天兴州为诸罗县，分万年州为台湾、凤山2县。打狗地近台南，且腹地有渔、盐、糖、米之利，故有「南路米由打狗贩运」之说，使打狗在渔港机能外，又具有地区性商港的功能。清