寺成为噶玛噶举派红帽系的主寺。历史上，该寺因先后与地方首领仁蚌巴·顿月多吉和藏巴汗的檀越关系而香火兴旺。第十世夏玛巴活佛却珠嘉措，勾结廓尔喀侵入后藏日喀则，抢夺扎什伦布寺。后来，清廷发兵击败廓尔喀，却珠嘉措于1791年畏罪自杀于阳布城（今尼泊尔首都加德满都的古称）。翌年，干隆帝下令查抄羊八井寺，禁止噶玛噶举派红帽系活佛夏玛巴转世，将羊八井寺赐给格鲁派活佛济咙唿图克图，130位噶玛噶举派红帽系寺僧被分拨至拉萨三大寺改宗格鲁派。羊八井寺自1490年兴建，至1791年，其间陆续增修并扩建，形成了规模宏大的