建筑老旧及展览空间不足，在创立一百三十周年纪念时重修本馆并兴建新馆，借此把本来露天的展品都改放在室内，2002年7月13日再重开。
争议.2006年起，日本因受到美国的压力，终于删除游就馆部分展示板上对美国批评的内容。硫磺岛战役「美军遭受极大伤亡」之后的「美军统帅部遭到国民谴责，甚至产生了议和时机」被删除，改为明确记录沖绳岛战役日美双方战死人数：「美军死伤66000人」、「沖绳县居民死亡人数超过10万人」。有关美国总统小罗斯福「只有以禁运来逼迫日本，强迫日本开战，于是美国经济