战争发生，英国军队佔领舟山时，在浙江省定海开设第一家中国宣教医院。后来被称为"仁济医馆，英文则称为山东路医馆"（请参考：上海交通大学医学院附属仁济医院）。太平天国动乱期间，宣教医疗进展中断，直到1865年，宣教医院和医学院开始设立，属于永久性质的机构。东华医院在香港成立，大清皇家海关总税务司（1912年后改称中国海关总税务司）附设的医疗服务及其珍贵的医疗记录在由此开始。由于当地中国人不相信西医，以及不相信外科手术，海关医疗服务的医生通常治疗的是外国患者。万巴德爵士（生1844年，卒1922年）曾在福建省厦