方便乘客进出，站厅北侧大部分地方被划分为收费区。站厅收费区内设置多组扶手电梯以及楼梯可供乘客来往4号线以及5号线的月台，同时亦设有1台贯通三层的专用电梯。另外，车陂南站在站厅层设有便利店、洗衣店、面包糕饼店、时装店等，部分车站商店设置在收费区范围，羊城通客户服务中心则设于站厅非收费区中部。同时本站还设有自动照相机以及“好易”自助服务机等设施。
月台以及换乘.本站两条线路各自设置一个岛式月台，其中5号线月台设于黄埔大道东地底，4号线月台则设于车陂路地底。两线月台组成一个倒「T」字