多年后，1988年刘仲藜调入财政部，任副部长、兼国务院企业管理指导委员会副主任；1990年出任国务院副秘书长、兼机关党组副书记。1992年9月，刘仲藜进入李鹏“内阁”，出任财政部长；并曾与1994年至1998年间，兼任国家税务总局局长。1998年3月，朱镕基出任国务院总理后，刘仲藜被任命为国务院经济体制改革办公室主任。2000年12月，已经超过正部级干部任职年龄界限的刘仲藜，又被宣布出任刚刚组建的全国社会保障基金理事会的首任理事长。2003年3月，当选为第十届全国政协常委、经济委员会主任，并于2008年