建筑受损严重。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，东黄寺遭劫。光绪二十一年（1895年），十三世达赖亲政。光绪二十九年（1903年），英国派兵占领后藏岗巴宗，随后以荣赫鹏（Francis E.Younghusband）为正帅，率军侵入亚东、帕里一线，占领西藏领土，屠杀当地藏民。第二次英藏战争由此爆发。当时，以十三世达赖为首的西藏噶厦同清朝驻藏大臣有泰间关系紧张。达赖力主抗击英军，并请清廷调集中国内地军队，资助军饷。而新到任的驻藏大臣有泰反对西藏军民抗英，拒绝达赖所提的援助要求，斥达赖“执拗无理