6和1867两度前来与他团聚，但由于当地每当夏季就会开始流行霍乱和黄热病，巴克纳两次都把她们送回了肯塔基州。1868年，三年限制期满，巴克纳返回肯塔基州并成为《路易斯维尔信使日报》（）主编。与大部分前邦联官员一样，他向联邦国会呈请恢复自己由联邦宪法第十四条修正案保障的公民权利。他通过诉讼收回了原有的大部分财产，还依靠精明的生意头脑重新获得了自己的大部分财富。1874年1月5日，巴克纳的夫人在受肺结核折磨5年后撒手人寰。巴克纳继续在路易斯维尔生活，直到1877年再与女儿莉莉一起回到曼福德维尔的家族庄园