三年（1853年）春，太平军纵横于长江下游，刑部侍郎吕贤基奉命赴安徽筹办团练，并奏请朱麟祺同行帮办。三月，朱麟祺到达安徽，纳降淮河以北捻军数百人为部下。八月，太平军再陷安庆，吕贤基退守舒城、桐城一带。麟祺献计扼守白沙岭，以逸待劳，不被採纳。九月，太平军石达开部攻破桐城，麟祺率军救援，赶赴舒城，吕贤基派总兵恒兴共同出战。不久，追剿敌军前锋至北峡关，与敌主力万余人遭遇，恒兴逃遁，麟祺及所部数百人战死。其事上闻，朝廷降诏抚恤，设立专祠祭祀，并赐世袭云骑尉。同治六年（1867年），奉旨谥武毅。