在他的父亲去世后，玻尔成为了尼尔斯·玻尔研究所主任，并担任该职位至1970年。之后，他仍继续在那里工作，直到1992年退休。自1957年创建时，玻尔就是其运营委员会的成员，并自1975年至1981年担任其主任。除了获得诺贝尔奖以外，玻尔还获得了丹尼·海涅曼数学物理奖（1960年），（1969年），（1970年），（1972年），（1974年）以及奥勒·勒默尔奖章（1976年）。玻尔和莫特森之后继续合作，编着了两卷本专着《原子核结构》（"Nuclear Structure"）。第一卷《单粒子运动》（"Sing