部增设「蕃族科」，负责调查原住民旧惯，原先的调查员则归类为「法制科」，专职于调查汉人旧惯。第一部并将研究成果出版，如：《台湾私法》、《清国行政法》等；而「蕃族科」出版有《蕃族调查报告书》、《番族惯习调查报告书》、《台湾番族惯习研究》三套各八册，另外还有森丑之助《台湾蕃族图谱》二卷、《台湾蕃族志》一卷。今天，这些资料对台湾人来说可以说是相当重要的文化遗产。《台湾私法》、《清国行政法》迄今仍为学者研究清国法律、行政制度的参考书，而《台湾蕃族惯习研究》更是台湾最早的综合性人类学研究。而第二部专事于「与农工商经