区系也颇丰富，但大型动物不多，象、虎、犀牛、野牛、貘及猿都属于亚洲种。区系动物在巽他陆棚岛屿的分布不均匀，标志着这些岛屿在不同地质时期的联接或分离。澳大利亚的区系动物，袋鼠在新几内亚有被发现，其他有袋类分布越过莎湖陆棚远达帝汶和西里伯斯岛，两岛之间的某些岛屿则有风土种如矮水牛以及小巽他群岛的科莫多岛（Komodo Island，弗洛里斯岛〔Flores〕附近）上的巨蜥。群岛也许拥有全世界最丰富的昆虫和鸟类，它们分布范围更广泛，特别引人注目的是大螯甲虫、巨蝶、羽色绚丽的极乐鸟、俊美的孔雀雉和斑斓的美冠鹦鹉。