兵把守的熊本镇台，只留少数部队突袭小仓等地，而没有选择避实击虚，分兵北上占领九州全境以图大局的长远方案。但西乡严重低估了熊本守军的防御准备和抵抗意志，导致大量精锐武士在包围消耗战中损失殆尽。为平定叛乱，官军兵分两路，山县有朋中将率军南下解熊本镇台之围，黑田清隆中将则带领别动队途径长崎从九州西面的登陆，攻占了八代，随即切断了萨军的联络通信和后勤补给，并对包围熊本城的萨军形成两面夹击之势。4月23日，萨军从熊本城撤退，官军从此取得了战略主动权。1877年5月至8月间，人吉、大口、宫崎、都城等战略重镇相继落入官军