金鱼藻科1998年被AGP独立分出，2003年被APG II列为真双子叶植物分支的旁系群），睡莲目只剩两科：在1998年APG分类法及2003年APG II分类法，被子植物种系发生学组（APG）根据遗传学资料，将睡莲科直接置于被子植物之下，并建议将莼菜科与睡莲科合并。2007年以来的研究发现，原先被归类为禾本目的独蕊草科是睡莲科及莼菜科的近亲，并拥有形态学及胚胎学证据的支持。另外，虽然睡莲科及莼菜科之间的差异很小，但依然可以明确将两者区分，因而在2009年的APG III分类法之中，两者继续分开