2007年1月26日，进兴医院获高雄市政府卫生局核发营业执照，林进兴卸任院长，该院骨科医师方朝兴担任院长。2007年5月6日，林进兴在民进党立委初选中获胜，代表民进党参选高雄市第三选区（三民东区）立委。2007年7月12日，民进党临时中评会因健保费案投票决议「林进兴停权一年半」，林进兴确定无法代表民进党参选立委，由隶属新潮流系的同选区另一名参选人李昆泽递补；林进兴扬言，将以无党籍身分参选到底。2007年8月30日，民进党中执会以不记名投票，17票赞成、0票反对、3票弃权，决议征召李昆泽为高雄市第三选