藤森」这个名称来自鎌仓时代就存在的藤森神社，车站名因此也採用「藤森」这个名称。此外，为了与京坂本线的藤森站做区别，冠上「JR」的名称。
车站构造.侧式月台2面2线的地面车站。有切土型的桥上站房。本站受宇治站管理，由JR西日本交通服务代理经营车站业务，是一个业务委託车站。
使用情况.根据京都府统计书资料，1日的平均上车人次如下表。
车站周边.虽然本站叫作JR藤森，但离京坂本线的藤森站有段距离，事实上离墨染站还比较近。