爬虫类.常见的有的蝎虎、斯文豪氏攀木蜥蜴、台湾草蜥、长尾南蜥、台湾滑蜥，而保育类则有台湾草蜥、蓬莱草蜥、台湾滑蜥、眼镜蛇、雨伞节、龟壳花。
蝶类.在柴山可以发现包括有琉璃小灰蝶、黄裳凤蝶、红纹凤蝶、玉带凤蝶、绿斑凤蝶、小紫斑蝶、黄带枯叶蝶等共五十余种不同的蝶类。在过去，柴山有大量的蝴蝶幼虫食草及蜜源植物马兜铃，但由于近年来登山民众滥採马兜铃，导致柴山地区蝴蝶数量锐减。2005年时的柴山祭主角，保育人士以黄裳凤蝶与蔓藤马兜铃为柴山代言物种，以突显柴山物种危