廷臣商量拥立新君，攻入京城的木曾义仲想拥立以仁王的王子北陆宫为新帝，但基通不接受，与木曾义仲相争，最终北陆宫没有入选，而选立安德天皇的异母弟后鸟羽天皇。基通的反对令握有武士集团的木曾义仲不满，他凭着逼退平家的功劳，停了基通的摄政一职，代以松殿基房的儿子松殿师家为摄政。后来，木曾义仲败于源赖朝，失去支持的松殿师家也就被罢官，基通复任。但是当时的人都觉得基通应该被罢黜。源赖朝最初替基通说话，上奏法皇认为基通当初为了法皇而与姻亲平家断绝关系，其心可昭，支持基通任摄政。但不久后赖朝改变主意，屡次奏请法皇任与赖朝