皮卡丘进入球中以免受伤害，而受伤的皮卡丘看到小智保护自己的背影，决定成为小智的伙伴。就在此时，传说的宝可梦凤王飞过现出彩虹的天空，留下一根彩虹羽毛给小智。小智在旅途中听见炎帝出没的传闻，虽然他败在炎帝压倒性的力量之下，但也结识了两位训练师诚子和宗次。小智从宗次口中得知凤王创造三个宝可梦的传说，并得知彩虹羽毛是彩虹勇者的象征，三人便以寻找凤王为目标，往天青山前进，而幻之宝可梦玛夏多也偷偷跟着小智。在旅途中的某个夜里，水君出现在诚子面前。小智在雨中捡到被训练师克罗斯抛弃的小火龙，并因此与认为唯有强大的宝