轻轨运输系统所建成的路线，台南县政府则构思与其进行连接建置大众捷运系统，最终两县市于2004年10月25日召开的「台南县市交通改善小组第四次会议」中决定以两者为基础进行整合，将其建设为台南捷运的优先路线。然而，台南县政府认为，此路线的东段并未衔接高铁台南站，未能服务该县高密度的人口与产业集中地区，因此，于2006年委外针对优先路线进行重新评估，一併进行整体路网的修正。台南县政府以修改台南都会区轻轨运输系统自交通部所规画的蓝线、绿线、红线方式，规画一由绿线、红线、蓝线、橘线及棕线等五线所组成的建议路网