两岸自发形成市场。汉经厂的华严钟（永乐大钟）直到万历三十五年（1607年）才迁至万寿寺。寺院东侧兴建华严钟楼后，内府在钟楼后又建药王殿，并且在其后面建药房，形成了寺院东路建筑。明朝天启年间，卧钟于地。
清朝扩建.清朝初年，顺治帝进北京不足半年，便将敕建万寿寺改为“敕建护国万寿寺”，落款为“大清顺治二年岁次乙酉季夏立”。万寿寺自此成为清朝皇家寺院。清朝万寿寺由高僧主持。顺治十六年二月（1659年）某夜，万寿寺火灾，大部分建筑被烧毁。但寺院东路尚存僧舍等建筑，僧人在此焚修。