后于尼崎及西宫度过童年时期。小松左京的哥哥在京都大学专攻冶金工学，后来担任三洋电机的技术人员、战争爆发后借由研读科学书籍来教授小松左京科学知识。他也告诉小松左京轰炸广岛的新型炸弹为原子弹。他在少年时代因为身体虚弱，对于体育没有兴趣，但热中于歌、漫画及电影。小松左京也在大坂盛行的文乐中学习古典艺术相关知识。他在1943年进入第一神户中学校就读，并曾加入柔道部（战争结束后，柔道遭到禁止，于是转入橄榄球）。小松左京在第二次世界大战结束时才14岁，无法加入军队。他感觉自己背负存活下来的责任，成为将来创作科幻