就立即去信福州知府要他妥善处理对耶稣会士的判决，并回访耶稣会士，以向社会暗示耶稣会与高层官员的联系。福建教案期间是艾儒略传教和出版事业的低潮，他在曾樱和蒋德璟的保护下，被迫躲藏于泉州府和兴化府，也曾前往漳州府。在泉州期间，他先后发现了四块古十字架以及景教碑，成为研究泉州历史和基督教传教史的重要材料。
教案之后.（1639年——1649年）1639年起，福建反天主教的气氛开始缓解，教会和教堂得到恢复，农历七月十四日，在教案之后艾儒略首次在福州教堂做公开的弥撒。1641年——1