关渡与基隆河会合，沿途形成华江桥下、关渡、竹围等沙洲地。淡水红树林位新北市淡水区竹围，是淡水河与基隆河交汇的出海口处。淡水河竹围河段是淡水及咸水交汇处，于河滩上长了许多的水笔仔，也就是俗称的红树林植物，而这些植物伴随着带来了许多沼泽生态系，例如招潮蟹、弹涂鱼及水鸟等，是世界分佈最广的水笔仔纯林，也是台湾北部最重要的水鸟与红树林保护区。
挖子尾自然保留区.挖子尾自然保留区位于新北市八里区，位在淡水河口左岸，水笔仔拦截淡水河挟带之大量泥沙及有机物，形成一片沼泽地，为典型之河口生态系。