小段的反义RNA链紧接着会与RNA诱导沉默复合体（RISC）结合，之后，后者便会与小段上的mRNA链连接，并将之降解。一些转基因植物因能表达反义RNA，RNA干涉途径处于激活状态。因爲反义RNA的表达，RNA干涉会导致不同程度的基因沉默。比较着名的例子有番茄以及两种耐的番木瓜。长顺式反义RNA的转录在哺乳动物中十分常见。尽管一些上述的反义RNA的功能已被阐明，比如Zeb2/Sipl反义RNA，但目前尚未发现这类RNA的一般功能。Zeb2/Sipl这一反义RNA在DNA上的对应区域爲与编码Zeb2 mRN