年（1860年），士林地方文人将芝山岩列为「芝兰八景」（芝山独峙、兰港双桥、竹林石室、石壁渔舟、番井沸泉、猿洞桃花、磺溪吼雨、屯上积雪）之一。山脚下有1825年设立的西门（芝山岩隘门），门额上题有「芝山岩」，而清代举人潘永清于1873年在天然巨石上题「洞天福地」四字，福与蝠字同音，亦指芝山岩蝙蝠洞。
日治时期.
学堂设立及六氏先生事件.芝山巖也是与台湾日治时期教育有重大相关的地点，被视为台湾教育界的灵地、本岛人教育的发祥地。台湾总督府于1895年6月26日在芝