圀的父亲是水户德川家初代当主以及水户藩的初代藩主德川赖房，母亲是侧室谷久子（谷氏），祖父是江户幕府第一代征夷大将军德川家康。实际上，赖房一生都没有立正室，久子生下赖房的长子松平赖重又生下他，是身份较高的侧室。同母的兄长是松平赖重，同母姐姐是清泰院大姬（前田光高室），同母弟是松平赖利。
出生.宽永五年六月初十日（1628年7月11日）德川光圀出生于水户城下栅町，家臣三木之次的屋敷。在「桃源遗事」中记载，赖房命令三木夫妻让久子流产，但是三木夫妇违背命令，秘密的让久子生下孩子。光圀的母亲