到期后，吴伟超到中超球会杭州绿城试训，初时绿城因为考虑到他是自由身身份和香港球员，所以决定引进吴伟超，但随后由于中国足协把香港球员定性为亚援身份，于是绿城为此和中国足协进行交涉，希望吴伟超能像数个赛季前一样以内援的身份註册，但中国足协答覆是吴伟超只能作为亚援踢中超，尽管如此，杭州绿城还是跟吴伟超签订合同加盟。直到2009年5月，中国足协放宽外援政策，重新允许香港球员能于国内联赛以内援身份註册，只有代表球会征战洲际赛事才算外援。在2010年年底，随着杭州绿城获得亚冠盃资格，身为香港球员的吴伟超代表绿城征战亚冠