当时内官尚亨籍纮家，至发现敝衣数件。宪宗得知后感叹，赐钞万贯表彰，并夺奇涧等三人爵。改为河南巡抚，再调宣府巡抚。蒙古小王子达延汗率领数万骑兵骚扰大同，并长驱直入顺圣川，掠夺宣府境内。秦纮与总兵官周玉阻挡获胜，进为左佥都御史。不久召还理院事，迁户部右侍郎。万安挤压尹旻并诬陷其为旻党，被降为广西右参政，又升福建左布政使。
弘治朝.弘治元年（1488年），因王恕举荐，升左副都御史，总督漕运。次年，进右都御史，总督两广军务，并评定当地瑶族民变。因劾总兵官安远侯柳景贪污，连坐入狱，被罢免。几