码化采用ZPW-2000A型设备，既有交流50HZ轨道区段更换为97型25HZ轨道电路并增设扼流变压器，安装及调试联锁道岔852组，敷设各类型电缆996公里等事项，于2006年6月12日完工。2006年6月25日，车站正线实现电气化，同日车站迎来首列由上海西站发出的电力21034次货物列车。2007年车站站场边缘安装围墙，以确保行车安全。
车站结构.南京东站为三级五场特等路网性编组站，分别为到达场、调车场、编发场和2座出发场，正线外包。车站设有通往南京东机务段和南京东车辆段的专用线