用或会改变其他药物的吸收和生物利用度。再者，水飞蓟素可抑制细胞色素P450酶，故水飞蓟素很可能和大多数药物存在药物相互作用。在晚期前列腺癌病人进行的第一期临床研究指出，每日高达13克剂量的水飞蓟素耐受性良好。最常见的副作用为无征状的肝功能异常，例如胆红素和谷丙转氨酶升高。动物模型之中未曾侦测出任何的胚胎毒性。
医学用途.考科蓝于2007年的系统综述指出，基于18个临床研究和1088名酒精性及/或病毒性肝炎（乙型、丙形）病人的数据，利用水飞蓟来治疗这些病人的好处值得商榷，而且缺乏