统宗教外，日本还有为数众多的新兴宗教，如创价学会、幸福科学、大本教等。一些新兴宗教对日本社会产生较大影响，如公明党便是创价学会的关联政党，与自民党同为日本执政党。另外，有些新兴宗教团体因本教派的行为招致日本公众普遍反感，如曾制造东京地铁沙林毒气事件的奥姆真理教就被日本人普遍视为邪教。
其他.一些日本人由于日本历史的原因，或是科学的发展，而反对宗教，认为是迷信；另有些日本人则对宗教持中立态度，一生中也信奉过多种宗教。