尚书令李崇和广阳王元渊北征，元天穆作为太尉掾奉命慰劳各路军队。经过秀荣郡时，尔朱荣见到元天穆法令整齐，有将帅的气质，深相结交，约为兄弟。不久，尔朱荣请求任命元天穆为行台，朝廷不同意，改授任元天穆别将，命令他前赴秀荣。当时，北部边镇纷扰混乱，各地纷纷起兵，六镇荡然无存，不再有捍卫北魏边境的作用，只有尔朱荣在要道上履行职责，招集逃散流亡的人。元天穆因为是尔朱荣的心腹，出任西北道行台、征虏将军、并州刺史。元天穆后跟随尔朱荣镇压六镇起义，得胜后封聊城县开国伯，加号安北将军，其余官职如故，又代理抚军将军，兼任尚书行台