誓遵从党团会议的决定，库克拒绝因而退党，加入新南威尔斯第12任首相乔治·里德领导的自由贸易党。在1894－99年，库克在乔治·里德的新南威尔斯政府担任部长。1901年澳洲联邦选举是澳洲议会首届选举，约瑟夫·库克代表自由贸易党在帕拉马塔选区（范围包括利斯戈）参选成功。乔治·里德在1904年当上澳洲总理后，因为要把部长的职位分给中立人士，所以没有再邀请库克出任部长。乔治·里德在1908年卸任自由贸易党党魁后，库克赞成自由贸易党与前澳洲总理艾尔弗雷德·迪金领导的保护贸易党合併成联邦自由党，与澳洲工党对立。