选首届高雄县长选举，一度遭到省府下令撤职水利会长，并送法院查办。被余登发视为吴国桢为报拍桌之仇之举。最后余氏获判无罪，在选举方面则并未当选。仍保留国大代表的身份。
高雄县长任内.1954年第二届高雄县长选举，余登发因支持白派的陈新安。最终并未参选。1960年县长选举，余登发获得陈新安支持，当选高雄县长。任内开源节流，删除国民党高雄县党部之补助款以建设学校教室，在在获得好评。1963年，台湾省政府以「八卦寮地目变更案」、「万金松丁坝工程案」为由将其强迫停职，并被以渎职罪判处有