公厅、总政治部、总后勤部、总装备部、第二炮兵（2014年3月后第二炮兵不再归总直属队军事法院管辖）、军委直属院校等大单位及其下属单位，总直属队第二军事法院管辖总参谋部及其下属单位。
2016年1月至今.2016年1月，在深化国防和军队改革中，组建中央军事委员会政法委员会，同时按照“调整军事司法体制，按区域设置军事法院、军事检察院”的精神开始军事法院、军事检察院改革。2016年6月29日，中华人民共和国最高人民法院官方网站发布《关于重新编制发布军事法院代字的通知》（法〔2016〕14