不久徐达收复洪都，朱元璋又命邓愈辅佐朱文正镇守。次年，陈友谅率领六十万军队进攻洪都。邓愈分守抚州门，正当要冲。陈友谅亲自指挥部队进攻，城墙损坏达三十余丈，邓愈且筑且战。陈军进攻日益勐烈，邓愈军衣不解带，昼夜防守达三月之久。朱元璋率军来援，与陈友谅展开鄱阳湖之战，击毙陈友谅，城围得以解除。至正二十四年，朱元璋命邓愈率军进攻江西。邓克明之弟邓志清率军二万占据永丰，邓愈将其击败，擒获其大帅五十余人。又随常遇春平定沙坑、麻岭诸寨，进兵攻取吉安，包围赣州，五个月后将其攻克。邓愈晋升为江西行省右丞。邓愈为人简练而稳