与其他部分由矿井改建而成的地下实验室相比，锦屏极深地下暗物质实验室的交通更为方便，研究人员与科研设备可乘车进入，不必靠电梯升降。2014年8月1日，清华大学与雅砻江流域水电开发有限公司签署共同建设锦屏地下实验室二期的合作协议；二期建设完成后，实验室总容积将从4000立方米扩容至12万立方米。2019年7月20日，位于实验室二期的“极深地下极低辐射本底前沿物理实验设施”启动建设。