中华基督教会汉中堂），苏州宫巷堂（乐群社会堂）、苏州圣约翰堂和使徒堂（思杜堂），但是亦新建了一批大型教堂，如苏州狮山堂。南京是在1949年以前西方传教士超过100人的少数中国城市之一，也是今天中国基督新教的全国性中心之一。历史上美北长老会、基督会、来复会均以南京为基地，再传入安徽省。差会在此开设金陵大学、金陵女子大学和金陵神学院，后者是目前中国唯一的全国性神学院。爱德印刷公司和基督新教社会服务机构爱德基金会也都设在南京。
山东.新教于1860年底由美南浸信会首先传入该省的烟台。