罕默德·纳吉布拉政权彻底垮台，阿富汗从此陷入分裂至今。圣战者不同的派系间持续杀戮，造成军阀割据，内部冲突产生各种圣战者游击队的派别。最严重的冲突在1994年喀布尔发生，约一万人在教派冲突中被杀。推翻了苏联扶植的阿富汗民主共和国的圣战者们，建立了阿富汗伊斯兰国，但是内部矛盾持续，纷争不断。与此同时，发源于阿富汗坎大哈地区的伊斯兰原教旨主义运动组织-塔利班，于1994年兴起，逐渐发展具有政治与宗教武力的团体，最终在1996年攻陷喀布尔获取政权，得以佔领90%的国土，1997年10月改国名为“阿富汗伊斯兰酋长