暦寺僧众并不同意织田信长提出的条件交换，坚持继续帮助浅井、朝仓联军。因此织田信长就在25日开始包围比叡山，织田军在山麓的香取屋敷安排平手汎秀、长谷川丹后守、山田胜盛、不破光治、丸毛长照、浅井政贞、丹羽氏胜进入、新构筑的穴太砦安排簗田广正、河尻秀隆、佐佐成政、冢本小大膳、明智光秀、苗木久兵卫、村井贞胜、佐久间信盛、进藤贤盛、后藤高治、多贺常则、梶原平次、永井雅乐助、种田助之丞、佐藤秀方、中条家忠等16名将领入驻。田中一带由柴田胜家、氏家卜全、安藤守就、稻叶一铁布阵、唐崎砦由佐治信方、津田太郎左卫门入驻，织