三年（687年）四月，他又任纳言。载初元年（689年）十二月，在洛阳定居的武太后命裴居道留守长安，次年一月，裴居道被任为太子少傅，依旧同凤阁鸾台三品。在任宰相期间，他又历任太子少保，武太后还封他为翼国公。同年春（690年），武太后在夺取睿宗皇位、建立武周新朝之前处决了一批官员和唐朝宗室。裴居道被酷吏构陷，也被下狱而死。裴居道为内史时，奉敕与夏官尚书同凤阁鸾台三品岑长倩、凤阁侍郎同凤阁鸾台平章事韦方质、删定官袁智弘、咸阳尉王守慎等删武德以后至于垂拱年间的诏敕为新格，即《垂拱留司格》六卷，删定《散颁格》