建武六年（30年）夏，隗嚣反叛光武帝，駆逐讨伐蜀（成家）帝公孙述进入陇右的耿弇率领的汉军，行巡和王元乘势攻打三辅。行巡在冯异率领的汉军面前败北，三辅进攻以失败告终。建武七年（31年），隗嚣加入公孙述的阵营，被封为朔宁王。建武八年（32年）春，东汉来歙奇袭攻下天水郡略阳，行巡奉隗嚣之命守番须口，防备他汉军的进攻，隗嚣包围攻击略阳，数月略阳都没有陷落，光武帝亲征，隗嚣败走。王遵降汉，隗嚣军很多降汉。隗嚣逃到陇西郡西城。王元入蜀求得5千余人援军前来救援。行巡、周宗也一起参与救援隗嚣。与汉军激战之后，行巡救