标签上经常有标註“仅外用”，并且一般仅用于消毒。使用碘酊时，不可同时使用红药水，否则会产生剧毒的碘化汞。碘酒为酒精溶液，刺激性强，只能用于完整皮肤消毒（不能用于破皮伤口）和用于消毒血液培养瓶，而且对芽孢无效。碘酊并非一种较好的碘补充剂。爲了补充身体中的碘或治疗碘缺乏症，应该使用较低毒性的碘盐，这样人体才可以轻易将这些摄入的碘转化爲甲状腺激素。但是，使用碘酒消毒的水源具有相当于日常推荐补给量30倍的碘浓度，而外用的碘酊或卢戈氏碘液也可以导致部分碘被生物吸收并使用。