占领中原之后，明朝的支持者们并没有被彻底消灭。他们或是流亡海外，或转入地下活动，形成天地会、洪门等反清复明的秘密结社组织。
康熙时期.
削平三藩.1662年，年仅八岁的康熙帝即位，康熙初年，西南的三藩云南吴三桂、广东尚可喜、福建耿精忠为朝廷的最大割据势力，威胁中央集权在华南地区的权威。康熙十二年（1672年），康熙帝下令撤藩。平西王吴三桂举兵反清，靖南王耿精忠、平南王尚之信先后响应。起兵初期，吴三桂旧部纷纷倒戈反清，经过八年的战争，康熙帝最终平定了三藩之乱。