及后印尼国会以贪污控罪弹劾瓦希德。印尼人民协商会议授权梅加瓦蒂接下瓦希德余下的任期，至2004年大选爲止。 梅加瓦蒂曾在‘亚非法律协商组织’第42届年会上说，虽然很多亚非国家取得了独立，但是仍然面临很多的难题，尤其是面临国内的冲突或者分离问题。她唿吁亚洲和非洲的国家加强合作，面对国际种种制裁和限制的挑战，处理好各自国内的问题，重新崛起。梅加瓦蒂在其任内实现了总统全民直选，总统不再由印尼人民协商会议选出。2004年印度尼西亚总统选举秩序受欧美和国际组织的大批观察员表示充分肯定。但梅加瓦蒂在是次大选