外交部命其回台湾述职。潘君密认为这是台湾政府对其发表文章进行追究，乃携家赴纽约。在同中华人民共和国使馆取得联系后，潘君密同台湾政府断绝关系，回归大陆，成为首个响应叶剑英“九条倡议”回归大陆的台湾外交官。潘君密获得中华人民共和国驻联合国代表团欢迎。大使陈楚安排其在联合国人口基金会总部工作。国军高级将领宋希濂定居美国后，在宋希濂领导下，潘君密帮助筹组纽约中国和平统一促进会，出版《潮流》月刊。离开联合国后，潘君密专任香港大公报自由撰稿人。1993年，潘君密出任全国政协委员，2002年成为全国政协文史专员。