下台负责」为由请辞，由民进党台南县立委陈唐山接任。时任客委会主委的叶菊兰升任为行政院副院长，立委罗文嘉则任客委会主委。陈其迈则接任行政院发言人。林佳龙则出任新闻局长。另外，四大天王之一的苏贞昌被升为总统府秘书长。而高雄市长谢长廷任期未过半，但他的子弟兵卓荣泰则升任总统府副秘书长。在选后，绿军士气及支持度高涨，民调及舆论风向显示台湾当时应有明显过半民众认为蓝军以「非常不理性」的态度来对待民进党政府、并制造谣言污蔑泛绿；故绿军期待在年底的立法委员选举中，以民意支持而连任的执政者身份，来夺得「国会过半」的目标