家第2代。父亲是伊势津藩初代藩主藤堂高虎。
生平.在庆长6年（1602年）出生，家中嫡男。高虎在此前一直没有儿子，于是迎丹羽长秀的儿子高吉为养嗣子。在高虎46岁时，终于等到儿子高次出生。宽永7年（1630年），因为高虎病死而继承家督。高吉在宽永9年（1632年）从伊予今治转封至伊势，不过在宽永13年（1636年），因为高次命令而转封至伊贺名张，成为名张藤堂家。宽永9年（1632年），修复江户城二之丸。宽永14年（1637年）7月开始，卷入生驹骚动。宽永16年（1639年），修复