因另外编列新台币900多亿元预算，贴补受影响产业，遭人质疑弊大于利。复加上该协议目标为促使两岸经济整合，被指为促统。在台湾引起反弹，甚至引发大规模流血抗议运动，至今仍遭到杯葛，未获立法院通过。僵局未解。2014年8月7日，因高雄气爆事故，民进党立委陈其迈要求经济部负起责任，又受到国民党高层阻扰经济部处理石化管线，引起张家祝因两党斗争心灰意冷，遂生辞意。他的请辞使行政院决定无条件支持高雄十六亿的重建预算。张家祝以书面请辞经济部长一职，并在声明中感慨台湾政治环境恶劣，在野人士杯葛、瘫痪各项政务，「国家前途极