中华民国政府迁往台湾后，司法院也随之迁至台北，于原台湾日治时期的台湾总督府高等法院办公厅舍，与最高法院及台湾台北地方法院合署办公；1980年7月1日，中央政府实施「检审分隶」，将原隶属于司法行政部的高等法院以下各级法院改隶于司法院，而司法行政部改制为「法务部」，仍隶属行政院，以此釐清司法权与行政权的分际，司法院至此方得监管各级法院。1990年代，《中华民国宪法》历经数次增修，司法院的组织及职权也有所变动：司法院于1999年7月间召开「全国司法改革会议」，并于7月26日公布会议结论及改革的具体时间表，