运站设立香港国际机场城市候机楼，可以为前往香港机场登机的旅客提供购票、预办登机、行李托运、接送服务。旅客预办登机手续后，可在客运站搭乘前往莲花山客运港的大巴，乘坐高速客船直达香港国际机场附近的海天客运码头。由广州东站往东站汽车客运站还需通过一段下穿广深铁路轨道的隧道才能到达。