总部搞后勤运输。后兼任东北铁路总局局长。1948年，吕正操任东北军区兼东北野战军副司令员，东北军区副司令员等职。曾任东北人民政府铁道部部长，东北铁路管理总局局长。1949年，任军委铁道兵团副司令员。
中华人民共和国成立后.中华人民共和国成立后，1955年，吕正操被授予中国人民解放军上将军衔，获颁“一级独立自由勋章”、“一级解放勋章”，是57位“开国上将”之一；1956年，在中共八大上，他当选为中央委员。吕正操曾长期担任铁道部副部长职务；1958年起任代理部长、兼解放军总参谋部军事交