昌参选，但由于尤清任内褒贬不一，因此苏贞昌的选情并不乐观。在选前一日，尤清的门生兼幕僚因贪污被捕，苏贞昌选情告急。但当晚，本有意问鼎县长却因癌症而礼让苏贞昌的立委卢修一，为苏贞昌下跪求票，令许多县民大为感动，也让苏贞昌一举击败国民党候选人谢深山与脱党的林志嘉。苏贞昌在2001年中华民国县市长选举中竞选连任时，面对泛蓝整合提出的候选人王建煊，苏贞昌以四年扎实政绩稳住泛绿基本盘，顺利获得连任，却仅险胜五万多票，显示泛蓝在台北县仍有强大实力。在2004年中华民国总统大选中，连战在台北县以五成三的得票率领先。