教廷将其一分为三，巴耆贤继续担任蒙古中境代牧区宗座代牧。在此期间，传教区又购买了大片土地，建立了平定堡（今沽源县城）和玫瑰营子（今察右前旗）等传教中心，吸引了大批汉族农民加入天主教会。1895年1月4日，巴耆贤主教在西营子去世，终年70岁。继任者为方济众主教。