庆帝圈选朱批嘉许。嘉庆六年（1801年），补千总，后调水师提督中军守备，嘉庆八年（1803年）九月再升左营游击，同年十一月闽浙总督玉德保奏邱良功勘胜参将一职，遂于同年十二月迁烽火营参将。嘉庆十年（1805年）正月，署闽安协副将，二月陪同署金门镇总兵许松年渡台会剿海盗蔡牵，后署台湾水师协副将。嘉庆十一年（1806年）正月，蔡牵复出现于鹿耳门西边，邱良功遂与副将张见陞、王得标合力追击，以火攻歼其众于洲仔尾，后转由北汕尾与提督李长庚夹攻蔡牵，但因涨潮而让其遁走，但事后仍因有立功于该年七月加副将衔，赏戴花翎。嘉