太平洋学术会议，会议中他和 Saint Ignatius' College, Riverview 天文台台长观测到发生于1923年9月1日，摧毁东京和横滨并造成14万人死亡，190万人无家可归的关东大地震主震的震波。地震发生后，大森房吉于9月4日在墨尔本搭船返回日本。但在船上时他被诊断出罹患脑肿瘤，回到日本后不久进入东京大学附设医院，于11月8日逝世，享年55岁。逝世前数日获颁瑞宝章。