受第二炮兵政治部及中国人民解放军军事法院的领导。2015年1月14日以前，中国人民解放军军事法院院长刘季幸由此前的正军级晋升为副大军区级。2016年1月改革之前，中国人民解放军军事法院对应的大单位军事法院共有13个：海军、空军、第二炮兵、沈阳军区、北京军区、兰州军区、济南军区、南京军区、广州军区、成都军区、武警部队、总直属队、总直属队第二军事法院。其中，总直属队军事法院管辖军委办公厅、总政治部、总后勤部、总装备部、第二炮兵（2014年3月后第二炮兵不再归总直属队军事法院管辖）、军委直属院校等大单位及其下