可以透过抑制自噬过程的方式，而在宿主体内持续性复制存活。例如编码的外膜蛋白、反式激活因子及负性因子调控蛋白Nef等。淋球菌可以抑制自噬流，增强淋球菌在巨噬细胞中的存活能力，也可以阻碍自噬小体成熟及自噬小体与溶酶体的融合过程，以逃避自噬介导的杀伤作用。砂眼衣原体抑制细胞内溶酶体酶的活性，阻碍晚期自噬小体与自噬小体与溶酶体的融合过程，导致自噬的完整性受到抑制，降低自噬的抗感染作用。除此之外，高危型HPV调节细胞内小分子核糖核酸的水平，影响自噬过程。例如miR-224-3p的高表达减少FIP200（参与自噬小体形