金不足，建筑质量不高，经堂四壁出现裂缝，地基下陷。琼毛·多旦旺秀乃筹集资金，于2000年建成了一座钢筋混凝土结构的四层阁楼式大经堂，经堂各大殿内供奉了许多佛像、唐卡、间唐、苯教经典。琼毛·多旦旺秀还先后自筹资金57万元，在琼毛寺及共和县东嘎寺、同仁县、贵德县当车等地兴建了21座佛塔、500多个转经轮。同时，他还在琼毛寺内新建了三个扎仓，即外明扎仓、内明扎仓、密修扎仓，传承苯教大小五明，学僧达100多人。