备役受征召任台湾军司令官，1944年晋升陆军大将，12月30日被任命为第19任台湾总督，当台湾军扩张为第十方面军时，兼任第十方面军司令官。日本战败，安藤利吉代表第十方面军司令官和驻军向盟军投降。之后被列为战犯，1946年（昭和21年）4月19日于受审在押上海监狱期间，服氰化钾自尽。
台湾总督.曾任记者的伊藤金次郎在其着作记述，安藤利吉在未就任总督之前曾以台湾军司令官身分在1944年4月悄悄邀请台北的有力日人到糖业联合会馆聚会，聚会上他表示无法给予台湾同胞绝对的信任，且似乎暗示这是由