藩到任后，洛阳发生了一起大劫案。有人诬陷是牙将令狐运所为，杜亚信以为真，刑讯逼供迫其认罪。李藩知道令狐运无辜，为他辩护，但他的说辞不被接受，于是辞职。后来真正的劫犯宋瞿昙被捕，李藩更知名了。
徐泗濠继承危机.后来，徐泗濠节度使张建封辟李藩为从事，冯宿、韩愈等皆为其同僚。李藩谦让，未常论细微。十六年（800年）或更早时，张建封染病，下属濠州刺史杜兼企图接替，未经张建封下令就赶到军部徐州。李藩正在探病，哭着斥责了他，称张建封病危之际，杜兼应该在本州守御，如果杜兼不立即返回濠州，就上奏朝