到四川省南溪县李庄（今四川省宜宾市翠屏区辖）。在战争期间，同济大学继续发展，达到最鼎盛时期。学校迁至江西赣州时，医学院院长德国人柏德辞职。皮肤科专家宁誉接任院长，他是同济历史上第一位担任医学院院长职务的中国人。在李庄时期的国立同济大学，校本部设在李庄的禹王宫。工学院在东岳庙，工学院原有机械、电机、土木、测量四系和一个造船组。1945年，造船组改为造船系。从此，工学院就有了五个系，各系学制不一，测量系为四年；土木系为五年，1942年起改为四年；机械、电机、造船三系均为五年。工学院迁到李庄时只剩二十