兆辉继续做副导，并且于1996年起独立执导了几部电影如《追凶20年》、《週末狂人》、《爱与诚》。此前他一共当了6年副导演。其第一部执导的作品是于1996年开始拍摄的电影《追凶20年》。而庄文强则从电视台辞职，前往电影公司专职写剧本。直到2000年，陈木胜导演请庄文强为其写剧本，促成了电影《愿望树》之中麦兆辉与庄文强的真正合作。2002年，参与编剧、执导的《无间道》获得巨大成功，成为当时香港青壮派的代表性导演之一。2008年，麦兆辉与庄文强共同执导电影《大搜查》，开启与庄文强（人称「麦庄」）共同编剧、执导