后来拜莲花生为师，成为密法大师）的修行洞。到21世纪初，修复后的色吾寺占地面积已达到3393平方米。21世纪初，该寺有僧人68名、尼姑4人。寺内收藏16件文物，包括证士曲尼囊单从伏藏谷挖出的莲花生主尊金铜3像、噶玛巴的鞋、空行母益西措杰的喜金刚橛、莲花生的9股金刚杵和5股黑石右旋海螺、莲花生在石头上留下的右手指印。该寺西南立有一座俱德堆宝塔。传说此塔是自印度运来的，塔内装藏莲花生在石头上留下的左手指印。该寺北面的南棕山上有3个禅房以及修行洞。2012年，色吾寺僧人仁增被评为西藏自治区爱国守法先进僧尼