芳的军警发现，随即遭逮捕入狱。后来，经颜惠庆、胡适等人保释，金家凤出狱并回苏州养病。1927年，李大钊被张作霖杀害。中国国民党清党后，陈独秀不再担任中共中央领导人，金家凤同中共党组织失去联系。金家凤遂携妻子毛一鸣赴南京找蔡元培，蔡元培任命金家凤担任国民政府教育部的图书馆主任。后来，金家凤参加了由汪精卫等发起的反蒋活动。
在抗日战争中.1937年抗日战争爆发后，金家凤先后赴长沙、重庆。1939年，金家凤在重庆见到中共地下情报员傅大庆。通过傅大庆，金家凤同中共党组织重新建立了联系。