年）将澎湖收入版图之后所建，亦有康熙36年（1697年）起建的说法。武圣庙最初设于妈宫澳协镇署西侧校场（今澎湖防卫司令部东侧），光绪元年（1875年）澎湖水师协副将吴奇勋迁建至红木埕（今北辰市场一带），即为今址。
红木埕.根据伊能嘉矩的《台湾踏查日记》中纪录，红木埕为「红毛城」的讹音。明朝天启二年（1622年），荷兰东印度公司寻求远东贸易据点攻佔葡萄牙人盘据的澳门未果，雷尔生（Cornelis Reijersen）率舰队就近佔领澎湖群岛。天启四年（1624年）荷军撤离澎湖转往台湾之