季国米遭受伤病困扰，使得斯坦科维奇又获得了更多上场时间且表现不俗，在联赛中出场31次攻入5球，欧洲冠军联赛1/8决赛第二回合客场对阵曼联，斯坦科维奇多脚远射几乎攻破范德萨的大门，只可惜球队仍以0:2失利。2009-10赛季，斯坦科维奇在8月29日的米兰德比中攻入了第四个进球，最终国际米兰4:0大破同城死敌AC米兰。球队5:0击败热那亚的比赛，斯坦科维奇打入了一记54米的超级远射，成为其经典进球之一。该赛季国际米兰夺得了欧洲冠军联赛冠军、意甲冠军和意大利杯冠军，成为意大利足球历史上首个三冠王。2010