必需经过刑部的覆核。斩立决者刑部批准即时处斩，斩监候就会到三法司再行审议，然而并非所有情况都经刑部，例如王阳明平定宁王之乱时，明廷赐其「便宜行事」，可直接处决大逆不道之人。其次，王命旗牌创始明朝中叶，开始可以不经刑部处决犯人。此外，因明朝大臣与士大夫视尚方宝剑为一种荣耀，朝廷也乐于赐与，发放的尚方宝剑之多，甚至连朝廷也没有统计数量，但很少有人以尚方宝剑名义直接处决他人，如崇祯年间袁崇焕以其尚方宝剑，斩杀与自己不睦的东江总兵毛文龙，但其实文龙自己也有一把尚方宝剑。而崇祯帝对此事耿耿于怀，最后也成为袁崇焕被凌迟