孙当选为“大元帅”。1918年5月，非常国会通过改组，以七总裁取代大元帅，孙中山在护法军政府内实际上被架空，于是辞职离去。
非常大总统.1920年中，陈炯明成功驱逐广州之桂系及滇系，孙中山回粤。然而广州护法军政府与在北京的北洋政府相比，并未得到国际的承认。为了表示北洋政府不代表全中国的政府，他决定让非常国会在广州选举一个大总统，来与在北京被安福国会选举的大总统徐世昌抗衡。1921年4月4日，孙中山邀请在穗的非常国会议员并对他们表示，假如他们不尽快选举一个大总统的话，他就离去