有一个掌性中心。此种平面结构，被认为是抑制拓扑异构酶最重要的因素。
键结.喜树硷和拓扑异构酶以及DNA键结形成一复合体(共价复合物)，进而稳定了DNA以及拓朴异构酶。此种键结方式能预防DNA的再连结，进而使DNA损坏且进入细胞凋亡。喜树硷利用氢键和酵素以及DNA做键结，其中喜树硷最重要的结构部分是在E环，E环利用三个不同的位置和酵素形成交互作用，在位置20的羟基形成氢键并键结酵素里的第533号天门冬氨酸(Asp533)。喜树硷最关键的构造在于它的掌性碳，掌性碳是S并非R