下，欲进行底下相关庙宇的重修便面临了经费问题，但是大天后宫仍在同治四年（1865年）由三郊进行重修，四年后（1869年）郑谦光等人再次募款重修。不过由于郊商的力量在洋商势力进驻等因素下仍逐渐衰退，开始出现有人伺机窃占庙产的情况，光绪年间的台湾县知县沈受谦所立的「天后宫庙庭禁筑草寮碑记」便是为了严禁民众在大天后宫庙庭私筑草寮佔地而发佈的告示。而在此碑竖立十年之后，台湾就因为马关条约而被割让给日本，进入了日治时期。
曹洞宗的进驻与退出.台湾被割让之后，台湾方面成立了台湾民主国对抗来