逝世后的2006年国立历史博物馆举行林玉山百岁纪念展。2015年5月7日，由国立台湾美术馆收藏的林玉山《莲池》被文化部文化资产局登录为中华民国国宝，成为台湾近代化画家首件国宝级作品。成为台湾第一件创作于20世纪、被指定为国宝的画作，也是继2009年黄土水的浅浮雕《水牛群像》被指定为国宝之后，第2件被指定为国宝的近现代艺术品。