举孝廉方正。父马复恒，辅佐丁汝昌治理海军。光绪二十八年（1902年），马君实中举人。光绪二十九年（1903年），中式癸卯科三甲进士。同年闰五月，改翰林院庶吉士。散馆授翰林院检讨。光绪三十三年（1907年），马君实进士馆法政大学毕业，授翰林院检讨，充国史馆协修官、编书处协修官、法律馆纂修官。曾经被选派到日本考察政治，回到中国后写出《考察纪实》数十万字出版。因为和慈禧太后政见不同，故未受到重用，仍然留在翰林院担任编修。民国2年（1913年），马君实获荐任为京师地方审判厅推事，后来担任安徽高等审判厅厅长。