市长的谢长廷多次公开批评，甚至闹场，台湾团结联盟为了泛绿的团结，开除了周玉蔻台湾团结联盟的党籍。2008年，周玉蔻对时任总统陈水扁与代表民主进步党参选总统的谢长廷多次批评，并公开挺马，政治立场也转向支持国民党。2012年中华民国总统选举后，重新向中国国民党申请恢复党籍。2014年，因不满兼任中国国民党党主席的总统马英九提名连胜文参选台北市长，多次与国民党槓上，2014年底，中国国民党开除了周玉蔻党籍。
争议.因在媒体爆料而官司缠身，截止到2017年10月，周玉蔻作为被告正在被