5年，清军攻占扬州和南京，俘虏南明弘光帝，随即将南直隶改为江南省。康熙六年（1667年），江南左、右布政使改名为安徽布政使、江苏布政使。干隆年间，王安国提出南直隶已经分为安徽布政使和江苏布政使，后被采纳，江南省分为安徽省和江苏省正式列入大清会典，史称“江南分省”。清代，江苏省下辖江宁府（今南京市）、苏州府、淮安府、扬州府、镇江府、常州府、松江府（今上海市）、徐州府以及海州直隶州（今连云港市）、通州直隶州（今南通市），其范围大致与现在相同。江苏巡抚驻扎在苏州，安徽巡抚驻扎在安庆，在南京则设有节制江苏、安徽