主权，唾弃卖台权贵」、「救失业，反对无能政府」、以及「护弱势，反对一中市场」，由协会前会长蔡丁贵带领「独立、建国、挺扁」大队。2012年总统马英九上任第二任期的前夕，民进党、台湾团结联盟以及本土社团于5月19日以及5月20日马英九总统连任就职日发动呛马踹共大游行，游行的诉求是反对马英九倾中卖台政策、反对油电双涨、反对瘦肉精美牛等，台湾教授协会亦参与此次游行。宪政问题上，协会于2013年7月27日举行「反黑箱协议要生存权利」全民大会，认爲「两岸服务贸易协议」贸然地与中国完成签署，引发诸多行业批判，甚至质疑