后在校舍插满由青天白日旗形成的旗海，在香港的台湾团体也于每年双十节在珠海书院礼堂举行庆祝国庆典礼，直至该校于1992年迁入在荃湾的校舍。
学位改在香港註册.二零零零年起，珠海书院继续向前发展，成立委员会，由于香港主权移交至中华人民共和国，以及台湾陈水扁政府上台执政，书院难以再获得中华民国教育部的支持，于是决定按香港法例要求向香港学术评审局寻求学术评审，以期开办香港认可的本地学位课程。二零零四年五月，珠海书院通过了香港学术评审局对七个学位课程的评审，同年七月根据《专上学院条例》以