以纟鱼川静冈构造线为界，可以分为东侧的西颈城山地和西侧的飞驒山脉两个山区。飞驒山脉在日本海岸形成了亲不知·子不知断崖，地势险要。新潟县最高峰，标高2,766米的也是飞驒山脉的山峰。日本最长河流信浓川在新潟市入海。新潟县内其他主要河流还有、等。新潟县有佐渡岛和粟岛两个主要岛屿。佐渡岛面积854.53平方公里，是日本面积第六大岛（若包含未实际控制的南千岛群岛的话则是第八大岛）。佐渡岛的外形类似字母「S」，北部是大佐渡山地，南部是小佐渡山地，两者之间是国中平原。岛上的加茂湖是新潟县面积最大的湖泊。粟岛面积9.1