过往中华民国在澳最高级官员为中华民国外交部驻澳门特派员，办事处称「中华民国外交部驻澳门特派员公署」，后更名为「中华民国外交部驻澳门专员公署」，此职向外交部部长及广东省政府主席双重负责，在1940年代末期被视为中国政府驻澳最高级官员。自1967年一二·三事件，国民政府机构不能以官方名义于澳门出现，于是关闭了公署，直到1989年才以「台北经济文化中心」名义重新运作。2011年7月4日，台北经济文化中心改名为「台北经济文化办事处」。
组织.目前澳门事务处下设三组Sect