王敦以诛刘隗为名，并宣告他多条罪状，自武昌（今湖北鄂州）举兵东下攻向建康，元帝于是召回戴渊和刘隗入卫建康。刘隗入建康时，百官于道上迎接，刘隗潇洒发言，意气自若。朝见元帝时更与刁协上奏请求诛杀王氏，但元帝最终不许，令刘隗始有惧色。后王敦逼近建康，刘隗奉命守金城，准备抵抗王敦。及后石头城守将周札开门迎王敦军入城，元帝于是命刘隗、刁协、王导等进攻石头城，但都被王敦击败，最终建康被攻陷。刘隗兵败后，与刁协一同入宫，元帝执二人的手，流着泪劝他们出走避祸，并派人马护送二人。刘隗于是带领妻子及亲信数百人，投奔后赵石勒。