速回防京师，共负责在查浦抵御卢循军。卢循撤离建康后，蒯恩又与王仲德等人追击，并在南陵击破留守的卢循将范崇民；义熙七年（411年）又随刘藩等军追击卢循党羽徐道覆，最终徐道覆于始兴郡兵败被杀。及后蒯恩升任龙骧将军、兰陵太守。义煕八年（412年），刘裕西征荆州刺史刘毅，并命蒯恩与王镇恶率百艘战船担当前锋先攻江陵，并诈称是刘藩的部队。他们一直进军至豫章口就改以陆路准备攻城，由蒯恩率兵在前，王镇恶在后，直至城外五六里时才被识破，但还是能攻进城内与刘毅军决战，并最终击败刘毅。战后蒯恩因功以本官加任太尉长兼行参军。义