马尔他主权骑士团国旗是耶路撒冷、罗得岛及马尔他圣若翰主权军事医院骑士团（或称马尔他骑士团、马尔他主权骑士团）的实体所用“国家”旗帜。根据约瑟波赛（意大利语："Giuseppe Bosio"）所撰写的骑士团史一书中纪录，1130年教宗诺森二世颁布教令，参与战争的宗教组织均需佩有白色十字的红色盾牌，教宗亚历山大四世后来下令1259名获准参战的骑士穿上拥有白色十字的红披风，自此之后白色十字渐成为骑士团的正式符号。因此，该旗亦被称为圣若翰旗。
样式.马尔他骑士团国旗为红色长方形中内含一白色