他积极推经美国的演化理论研究和教育。1983年，他和Walter M. Fitch共同创办分子演化领域的重要杂志"Molecular Biology and Evolution"；1993年创立
研究领域.根井正利长期从事群体遗传学与分子演化的理论研究。他的研究成果丰硕，对该中性理论的完善和分子生物学序列数据的统计分析作出了里程碑式的重要贡献，推进演化理论的研究。他和他的学生们在分析分子演化数据时，发展了许多统计学方法，开创了在分子生物水平的演化研究的新局面。在演化理论中，他提出