不义的《公投法》，应该尽力补正；行政院也应该有一个正确的态度，任何在立法过程未尽全力的政党，都应该对人民有所交代。」 同时他计画在12月12日时，带领核四公投促进会志工前往中国国民党中央党部要求修正。而在2004年3月中华民国总统选举开票后，支持连战和宋楚瑜的泛蓝阵营票数和支持陈水扁与吕秀莲的泛绿阵营票数过于接近、而在台湾社会引发争议，对此林义雄出面公开唿吁中国国民党和民主进步党等政治人物不要继续激化族群冲突；同时他也针对三一九枪击事件发表了祈祷文：「每当我们有纠纷冲突的时候，祈求您赐给我们智慧，激情过后，