民军与林文察、林朝栋父子首次合作。1862年，彰化县发生戴潮春事件，义民军再次出征，以刘维翰、姜殿邦、张元清为首，冲锋陷阵保卫乡土阻击戴潮春军队于大甲以南，无法深入客家地区。1865年起，客家民兵出身的李惟义奉命「招降」太平天国和捻军，官至「新楚军」总兵花翎加提督衔，驻守于湖南，并将原本可能被清朝屠杀的太平天国军民安置于桃竹苗深山。台湾义民军在广纳太平天国战士后实力大增，确立台湾中北部桃竹苗地区以客家人为主的垦荒型态。1884年中法战争爆发，不久孤拔率领「远东舰队」攻打台湾北部，林朝栋征召客家义民军