市地处兵库县东南部，六甲山系和濑户内海构成神户依山傍海的都市景观。六甲山东西横贯神户市域北部，构成神户市中心街区和郊区的天然分界线。六甲山最高峰的海拔高度是931.25米，也是神户市内的最高点。山地北侧是神户市内保存较多自然的地区，关西着名的温泉旅游地有马温泉就位于这里。在六甲山地北麓和其附近的丘陵地带也有一些新市镇，有多条铁路和公路穿过六甲山连接这些新市镇和神户市中心市区。在六甲山麓的南侧，有众多神户开港早期时修建的外国人住宅，这一区域也是日本最早的近代高档住宅区。神户市的大部分中心市区则位于六甲山系和濑