军政府声称图西族企图再次奴役胡图族人，对图西族采取了种族灭绝的政策。战争持续了两年，1992年，政府军和卢旺达爱国阵线在坦桑尼亚的阿鲁沙签订了停火协议。
大屠杀.1994年4月6日，一辆飞机在首都基加利上空失事，机上人员包括哈比亚利马纳总统和邻国布隆迪总统西普里安·恩塔里亚米拉全部遇难。接下来的两个月内，军队和各军事组织在种族屠杀中杀害了近80万的图西族和胡图族平民。爱国阵线再次攻入，7月占领了卢旺达北部。10月，卢旺达爱国阵线宣布停火协议，此一事件终告段落，在此事件中，联合国及西