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驻日工作.驻日代表任内，庄铭耀促成中华民国和日本断交后中止的大坂航线于1998年4月复航，同年5月获得日本国会一致通过出入国管理修正法，承认中华民国护照有效并取消断交后对赴日台湾人发行「渡航证明书」取代签证之做法方式，并恢复对台湾旅客的72小时过境免签证，1999年9月日本政府并进一步放宽对台湾观光客赴日多次签证之规定。除此之外，庄铭耀透过自己与日本自卫队间之人脉，邀请日方退役将领到台湾访问，指导水雷作战，是双方断交之后罕见的高