回的报告中称秀吉有入侵朝鲜的企图，这与副使金诚一的判断完全相反。这种截然相反的观点可能是朋党斗争导致的，因为金诚一属于对立阵营东人党。黄允吉的判断没有被当时掌权的东人党接受，因此在后来日本的入侵中朝鲜几乎是毫无防备的。1591年，黄允吉带着两把日本的鸟铳从对马岛返回朝鲜，将鸟铳献给朝廷。朝廷原本计划研究鸟铳并将其实用化，但没过多久壬辰倭乱爆发，这个计划没有实施。此后，黄允吉被任命为兵曹判书。他在中立功，被录为。又因在壬辰倭乱中的功劳，录为第一等。他的墓位于今日京畿道高阳市。