使廓尔喀向清朝五年朝贡一次。驱逐廓尔喀军队之后，清廷以完善西藏行政为由，订立治理西藏的多项章程，要求以“金瓶掣签”认定达赖喇嘛、班禅喇嘛和其他唿图克图的转世。 《藏内善后章程》二十九条，大大加强驻藏大臣的权力。1793年，上述章程的部分条款汇编成《钦定藏内善后章程》，并翻译成藏文，详细规定西藏的宗教事务、外事、军事、行政和司法权力，达赖、班禅转世程序，地方政权的组织结构，并正式划分西藏和青海、四川、新疆等省份的边界。此后西藏的政务基本依照此章程行事。1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊