和石碑等施设上会有记载神代文字、做法事的时候也会有用到。甚至一些神社会在售卖的护身符上使用。过去的忍者在写机密文件或者忍术的秘笈的时候也会使用它，甚至把其当作暗号来使用。
历史.镰仓时代中期神官卜部兼方（又名卜部怀贤）最早为《日本书纪》作注，在其着作《释日本纪》中最早言及神代文字：「于和字者、其起可在神代欤。所谓此纪一书之説、阴阳二神生蛭児。天神以太占卜之。乃卜定时日而降之。无文字者、岂可成卜哉者」。他认为，汉字是应神天皇时代传入的，假名是由神代文字演变而来的，理由是旧时龟卜上有刻