下对抗殖民地政府，印尼部份的残留日本兵参加过印尼的独立战争，后来被埋葬在雅加达卡利巴达国家英雄公墓； 马来亚部份的残留日本兵加入马来亚人民抗日军，后来受到莱特的处决，另一部份参加马来亚共产党隐藏在马泰边境，最后也被遣返回日本。印度尼西亚在宣佈印度尼西亚独立宣言后，又经过了1945年至1949年的独立战争，最终于1949年透过圆桌会议的谈判方式​获得荷兰承认拥有主权，此时在海崃对岸的马来半岛于战后重归英国的殖民统治。
马印冲突和大印度尼西亚理想.二战后，「大印度尼西亚」的理念沉寂