南难民约六千人，海漂专案接纳中南半岛难民约二千人，实质进行难民庇护措施，并提供其保护及协助。1987年，金门防区发生拒绝庇护越南船民、屠杀并毁证灭迹的「东岗惨案」。2014年及2018年皆有来自叙利亚的库德族持假护照欲转机至欧洲寻求庇护，却遭内政部移民署强制遣返。台湾人权促进会于2014年及2019年皆发文抗议，移民署已经违反国际法的「不遣返原则」。