::晚年.晚年出任总统府秘书长，除深受蒋经国重用，更是国民党内保守派大将，然而在面对要求解除戒严、开放中央民代全面普选、开放大陆探亲等议题全部持反对态度，与社会主流意见及蒋经国的态度日益脱节，挨批「冥顽不灵」、「死守过去」、「不知变通」。1988年连战出任外交部长，一上任即促成「苏联贸易访问团」成行。访苏是台湾经贸外交的一大突破，但这项大胆的外交行动由于事先未按过去的常例征询沈昌焕的意见，在决策定案之后，又不理会沈的劝阻，引起沈昌焕的恐慌和不满。于是，沈昌焕便在国民党中常会中大举反攻，手拿《苏俄在中国