，其上有两个姊姊。父亲热衷政治但未从事政治，几度热衷于地方选举与政治，与林飞帆经常就政治议题辩论，关系亦师亦友，父亲是台南铁桿支持民进党的台商，长年涉足地方政治，是民进党「桩脚」。母亲为家庭主妇。
大学生涯.2006年考取国立暨南国际大学公共行政与政策学系，林飞帆于此系就读时，曾在一次民进党的营队中，受到徐永明讲述自身经验启发，而后成立一个三人小社团暨大台湾社，开始阅读政治与台独运动的相关书籍。2008年，转学至国立成功大学政治学系。就读成功大学期间，曾参与野草莓运动成大静坐，