瑜出任行台尚书长史，跟随高欢攻打潼关，九月，高欢攻克潼关，侵犯华阴，宇文泰率领各路军队驻扎在霸上准备迎战。高欢留下薛长瑜防守潼关后撤军到河东。十月，宇文泰进军讨伐薛长瑜，都督贺兰祥擒获薛长瑜，薛长瑜之后被杀，薛长瑜部下士兵七千人被俘。东魏赠予薛长瑜都督冀定太三州诸军事、车骑将军、冀州刺史。