现时的显径邨显贵楼位置；但在马料水建校方案中，已经没有为研究所预留专用房舍。香港中文大学先后于1966及1967年开设研究院及中国文化研究所（研究院中国文/史/哲研究学部由此包办），新亚研究所因而在1970年停招研究生，改为招聘研究助理学习员。而自唐君毅1968年出任所长后，新亚研究所与大学间关系的问题白热化。1973年新亚书院迁入沙田后，研究所原拟在翌年亦一併迁入，并加设佛学研究组；但在1974年，中文大学停止对新亚研究所的经费补助，新亚书院董事会遂决议将研究所脱离中文大学（迁入计划亦告中止），并将之