副司令员兼参谋长。1939年8月，任晋察冀军区参谋长，参与百团大战和晋察冀边区1941年秋季反扫荡作战。1942年春，到中共中央党校学习。1945年4月，出席中共七大。
第二次国共内战期间.1945年12月，聂鹤亭到东北，接替卢冬生任东北民主联军松江军区司令员。1946年4月，东北民主联军占领哈尔滨，聂鹤亭兼任哈尔滨卫戍司令部司令员和中共哈尔滨市委书记。同年6月，任东北民主联军总部参谋长。1947年8月，任辽吉军区司令员。1948年7月，改任辽北军区司令员。在辽沈战役中，参与指挥部