多不谙河道航行，故纳尔逊连同50名水手及海员自告奋勇，结伴同行，溯河而上。其时属于旱季，河床水位低浅，使航行甚为困难，不过军队仍成功在4月10日抵达圣胡安唯一一座的防御雕堡。纳尔逊当初建议立即进行攻城，但受将士反对，结果军队围城18日后才攻陷碉堡，堡内西班牙人出城投降。然而在城陷不久以后，当地开始暴雨连连，军中大批士兵染上热带病，死伤忱籍，连纳尔逊也不例外，他被人用独木舟送返岸边以后，再乘船回牙买加接受治疗，但病情却愈益恶化，同年9月遂乘坐由友人威廉·康沃利斯上校（Captain William Cornw