崖遇溺，孙恩亦只得逃返船上。孙恩仍自恃部众人数多，于是不久就决定重整旗鼓进攻建康。建康民众知孙恩逼近都十分恐惧，而孙恩原想攻其不备，但楼船因为遇风而要慢行，令到临近建康时司马尚之已经入驻建康，刘牢之亦自会稽赶来。孙恩于是不敢继续前进，反北走郁洲（今江苏灌云县东北），解除了建康的危机。
转衰至败.及后刘裕率兵讨伐，多次战斗后大破孙恩军，孙恩实力于是由盛转衰，被逼沿海退走，刘裕亦率军追击，于十一月在沪渎、海盐再败孙恩，孙恩人员的损失数以万计，被逼再次退守海岛。元兴元年（402年），孙恩