任职于地理学会，好让自己的行动能够以有关职务的名义掩饰。1872年，克鲁泡特金被当局以从事颠覆性政治活动为由拘捕，囚禁在彼得保罗要塞。因为他出身于贵族家庭，故其能在牢中得到特殊待遇，比方说他能在囚室中继续从事地理学研究。1876年，他发表了一份有关冰河期的报告，当中他表示冰河时代并不像人们想像般那么遥远。
逃狱流亡.1876年克鲁泡特金的审判快要开始之前，他被移送到圣彼得堡一个低设防监狱，因此他决定在友人的协助之下逃狱。在成功逃狱的当天晚上，他们一行人到了圣彼得堡一家着名餐馆庆