年（1046年）二月，仁宗予以赦书恩典将石元孙迁移襄州，侍御史刘湜以“比闻石元孙以升祔赦书，量移襄州。元孙失军辱命，朝廷贷而不诛，今若例从量移，何以劝用命之士？”为由，迫使仁宗收回成命。后重赐恩典，移住襄州，授太子率府率，给予禄钱。数年后，授环卫官，徒置许州。嘉佑二年（1057年），许返京师居住。八年（1063年）八月，卒，年七十二。英宗闻之嗟悼，特遣中使赐东帛赙赠，以恤诸孤。治平二年（1065年）五月，葬河南府洛阳平楽乡宣武村之梓泽原。