式邦生于浙江省湖州市吴兴县（今吴兴区）。1931年，邱式邦考入上海沪江大学生物学系；1935年毕业，获得理学学士学位。毕业后邱式邦曾任中央农业所（当时位于南京）技师。1948年，邱式邦获得英国文化委员会（British Council）奖学金资助，赴英国剑桥大学学习研究。1949年，邱式邦进入英国剑桥大学动物系学习，导师是V.B.Wriggleswoth教授。1951年10月，回国。2010年12月29日，邱式邦逝世于北京，享年100岁。