1387年（明洪武二十年），撤澎湖寨巡检司。《读史方舆记要》载：「二十一年，尽徙屿民，废巡司而墟其地。」1392年（明洪武二十五年九月），置漳泉道。1563年（明嘉靖四十二年），复置澎湖寨巡检司。1604年8月7日（明万历三十二年），荷兰东印度公司司令官打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，率两艘船佔领澎湖。1604年12月15日（明万历三十二年），明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。