方辗转度过十八年后，终于在1601年进入北京。尔后十年，利玛窦以其精湛的数学和天文知识，和对中国经典的通晓，在中国的知识份子中建立了良好的形象。这个模式也被其他许多相继来华的耶稣会士採用。1644年清兵入关，顺治帝、康熙帝继续重用西方传教士。耶稣会龙华民、邓玉函、汤若望、南怀仁等人相继服务于历局和钦天监等政府机关；全国信徒有27万。1698年，耶稣会传教士巴多明（Dominique PARRENIN）来华。后来他介绍中国文化的书信，影响了法国启蒙运动学者伏尔泰。17世纪后期，耶稣会传教士是西方了解中