在治疗恶性疟原虫时，如果病原体对于氯喹和青蒿素皆产生抗药性时，即会使用奎宁作治疗，不过不建议用来治疗睡眠脚动症。可以用口服或是静脉注射来给药。世界上有些地区已出现对奎宁呈抗药性的疟疾。常见副作用包括头痛、耳鸣、视觉障碍以及盗汗。更严重的可能有失聪、和心律不整。奎宁或许会让使用者更容易有zh-hans:晒; zh-hk:晒; zh-tw:晒伤的情形。目前对于怀孕中的妇女使用奎宁，会否对胎儿造成有害的影响还不确定，但十分推zh-hans:荐; zh-hk:荐; zh-tw:荐用于治疗患疟疾的孕