国川军总司令，发布讨伐袁世凯宣言。他支援了进攻四川省的蔡锷护国军第1军，最终使四川将军陈宧宣布独立。同年6月袁世凯死后，刘存厚再度就任川军第2师师长。8月，经四川督军蔡锷推荐，刘存厚任川军第1军军长。9月，蔡锷因病离职，滇军的罗佩金任四川督军，黔军的戴戡任四川省长。以后，刘存厚为夺取四川省的统治权而同这两人展开了三方斗争。1917年4月20日，刘存厚获将军府授“崇威将军”。1917年（民国6年）7月，刘存厚在三方斗争中取胜，同年12月被北京政府任命为四川督军。后来，在护法运动中，他受到南方政府的孙文