国时代后才併入纪伊国，并划入牟娄郡。大部分区域在江户时代后成为纪州藩纪州德川家的领地，仅最东部的部分区域属于纪州德川家的；19世纪末明治维新实施废藩置县分属和歌山县和新宫县，直到1871年第一次府县整併后才全数划入和歌山县内。1889年日本实施町村制，现在的串本町辖区在当时分属属于西牟娄郡的串本村、、、、、，和属于东牟娄郡的、、、，共十个行政区划；在经历1950年代的昭和大合併后，这十个行政区划被整併为位于西部属于西牟娄郡的串本町和位于东部属于东牟娄郡的两个。2000年代日本政府推动平成大合併，