爆发后，投笔从戎，参加河南抗敌后援会演剧三队，后担任国军军委政治部抗敌演剧十队指挥和音乐创作。1939年，马可赴延安，加入“鲁迅艺术学院”音乐系，发起组织“中国民歌研究会”，采集、记录大量民歌和民间音乐，抗日战争胜利后，随鲁艺到东北，1949年中华人民共和国成立后，担任中央戏剧学院歌剧系主任，戏剧研究员音乐研究室主任，中国音乐学院成立后担任院长，兼任中国歌剧舞剧院院长，《人民音乐》杂志主编。1945年参加新歌剧《白毛女》的音乐创作工作，对中国新歌剧的创造和发展作了重要贡献。