般会带来不好的影响。当边界层分离时，其会迅速增加，影响外面的位流及压强场。若此情形出现在机翼上，压强场的变化会让压差损失提高，若压差损失增加太多，飞机出现升力丧失及失速等的情形。若是内流场，边界层分离会增加流动损失，同时也会出现类似失速的情形，例如压缩机的喘振（surge）。边界层分离的另一个影响是，也就是卡门涡街。当涡旋开始脱离边界的表面，涡旋会以固定的频率离开边界表面。涡旋的周期性脱落会使得附近的结构产生振动，当振动频率接近共振频率，会造成严重的结构破坏。