往往採取卑劣和残暴的手段来消除妨碍皇权的不安因素，甚至骨肉相残，手足相斗。例如石虎与其子石邃（太子）、石宣、石韬发生骨肉相残。慕容垂被慕容评与前燕帝慕容暐排挤，最后投奔敌国前秦。直到北魏一统华北，皇权不稳的问题才告一段落。十六国时期政治的一个特色是胡汉分治，将汉人与胡人以不同的制度作统治。以汉国（即前赵）为例，刘聪同时居皇帝（汉人的君主）和单于（胡人的首领），汉人以户为单位设官统治，而胡人以落（指以帐篷营生的单位）为单位，设不同系统的官员来统治。另一个统治特色是，以种族、部族为中心的政军结构。许多国家延