一般来说，生物质能在自下而上的传递中会有损耗，某一级的生物质不会全部被上一级所利用。例如食草动物的皮毛和骨头虽然属于生物质能，其能量来自下一级的植物，但不能为其上级的肉食动物所消化利用。生物质能塔有的时候会出现反转现象：自养生物（尤其是水生的藻类和浮游生物）供养比自身生物质能还多的草食生物。这是因为静态的生物质能没有考虑到动态的转换率。自养生物因为其生命周期短，在一定时间内的生物质能总产量其实大于生命周期长的上一级生物。另外，个体大小不同也会令生物数量塔出现反转，例如一个大型宿主可以同时供养很多小型