第六镇第十二协协统吴鸿昌赴山西进剿。辛亥革命爆发后，吴禄贞筹划举行起义时遭到刺杀，何遂与阎锡山共同策动第六镇部分官兵起义，被推戴为燕晋联军副都督（都督是阎锡山）。何遂眼见在山西没有活动余地，到南京后，1912年1月被临时大总统孙中山委任为淮扬联军总司令（孙岳）部总参谋，兼任江北兵站分局长，率部驻军扬州。南北议和后，1912年夏，何遂任北京政府陆军第八师（师长陈之骥）第十六旅（旅长赵恒惕）第三十二团团长，并被北京政府陆军部补授陆军少将，获颁三等文虎勋章，率部驻防南京地区。1912年秋，何遂任北京政府陆军第