真可在搭救憨山的过程，陷入第二次妖书案，遭东厂锦衣卫拷打，伤重圆寂，憨山为真可主持火化仪式。憨山德清的全身舍利收藏在韶关曲江曹溪寺（今南华寺）。憨山大师世寿七十八岁高龄，僧腊长达五十九年。 憨山曾自敍年谱《年谱实录》，后来经由钱谦益、吴应宾、陆梦龙等分别根据《年谱实录》撰成了《大明海印憨山大师庐山五乳峰塔铭》、《大明庐山五乳峰法云禅寺、前中兴曹溪、嗣法憨山大师塔铭有序》、《憨山大师传》等，由陆梦龙作传、吴应宾及钱谦益作塔铭。
着作.门人收集他的着作，编为《憨山老人梦游集》