万历二十七年（1599年），适逢京察内计。不久丁母去世，丁服丧十二年。三十八年（1610年），复任广东按察司经历，升按察司知事，再移礼部主事。刚上任礼部主事之时，又正值辛亥京察（1611年）。时有东林党争，官僚乘机徇私毁誉，结援同党。当时任职吏部尚书的孙丕扬扬言会力清「邪党」（宣党、崑党、楚党、齐党、浙党等），但后反为众朋党集团所攻击。时副都御史许弘纲又与孙共同掌管京察事务，眼见党争为祸，因而恐惧诸党威胁，数年间累上疏要求重新进行京察。朋党各部故以为孙丕扬领东林党人直疏其非，要求重核，又群起而攻击孙。《明史