很严苛，司法程序非常缓慢，更经常受到贪污的警察、法官及检控官的左右。除了罪犯及恐怖分子以外，人权活跃分子、左翼政治运动活跃分子、及穆斯林亦经常是当地人权暴力的受害者。对妇女及儿童的暴力行为一直都很严重，有不少儿童被逼成为奴隶或去卖淫。2006年7月，香港几个人权及宗教组织前往菲律宾进行一个为期七天、名为“寻求真相”的访问，希望透过与当地人的面对面交流和沟通，了解当地的人权状况。同年12月7日星期三，来自国际劳工权益基金()的Brian Campbell试图进入菲律宾继续在年初时进行中的违反人权及谋杀调查