玉河恢复为河道，河水自什刹海前海东端出水口处开始，流至万宁桥东侧不远处。万宁桥以东恢复的河道非常短。2005年起，东城区人民政府启动了玉河改造工程。2009年9月，玉河北段（万宁桥－北河沿大街）改造工程结束。此次恢复的河道总长度为480多米，基本按照明朝时的河堤宽度修缮，在河南端的东不压桥北侧的玉河庵被修缮，作为北京玉河遗址博物馆的馆址。元朝及明朝旧有的河堤，在此次修缮中发现后，被保护性回填，新河堤按照原有河堤的旧貌兴建。在玉河河道上，还修复了雨儿桥、福祥桥。2000年代，在玉河改造工程中，对万宁桥