干隆时，擢山西河东道，寻调甘肃西宁道。1754年5月3日－1757年8月31日期间，奉旨接替策楞担任两广总督。全名为「总督两广等处地方提督军务、粮饟兼巡抚事」的该官职，是兼辖广西地区的广东、广西两省之最高统治者，亦为清朝封疆大吏之一。后历任为闽浙总督调陕甘总督。干隆三十年，缅甸多次侵扰西南边陲云南。干隆三十一年（1766）正月，刘藻被革职，杨应琚任云贵总督。杨应琚上任后发动反击战，收复被佔边地。杨应琚未经同意，发动战争。且虚报战功，自称杀敌上万，令赐自尽。伊犁将军明瑞继任云贵总督。