于炮火密集，士兵卫士多人倒毙，经其他人苦劝，孙才回到舰艇舱内。英国只肯派一艘炮艇供孙调遣，孙因而得以在8月9日离开珠江，安抵香港，再转往上海。8月离开广州往上海。9月至12月，孙在上海寓所3次召集在上海各省中国国民党负责人廖仲恺、汪精卫、胡汉民、张继、杨庶堪讨论改组中国国民党问题。孙和吴佩孚谈判，盼望能回到北京；孙同时与张作霖秘密交涉，从张作霖得到若干经费。
联俄容共.在1912年〈中国的民主和民粹主义〉中，列宁赞扬孙「真挚的民主精神」和「对群众的温暖同情」，不过批评孙之小资产阶级