于2003年年底迁入位于文锦渡沙岭的警犬队总部暨警察搜查队训练学校；同年，警犬队引进了一种比传统德国牧羊犬更为适合执行警务的犬种──玛莲莱犬，以执行警务。警犬队成立初期主要负责边界和郊区巡逻，时至1980年代开始训练爆炸品侦测犬，于1996年起联合冲锋队执行任务，包括执行反罪恶巡逻等等。期后职能不断扩大，警犬队驻守范围覆盖全部5个陆上总区 此外，警犬队亦为警察搜查队训练爆炸品搜索犬；自2000年代起，为了配合需要，警犬队为特别任务连及机场特警组训练训练专门执行高危险性罪案及反恐任务的警犬（包括攻击犬等，