来阮成为南明重臣，立刻展开报复行动。永历朝又有所谓吴楚党争，是瞿式耜与广东军阀李成栋、广西军阀庆国公陈邦傅之间的斗争，楚党的幕后人物为瞿式耜和李元胤、袁彭年、丁时魁、蒙正发。吴党有堵胤锡、陈邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤锡等人主张联合原大顺军和大西军。何腾蛟、瞿式耜则排斥农民军。吴、楚党争使得南明与大顺军、大西军的战力始终无法整合，最后亡于清军之手。
南北党争.甚至是到了清初都还有明末党争的阴影，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后