都督府代表联合会在上海和汉口两地的17省代表来到南京，继续商讨建立中央政府事宜。12月14日，各省代表在南京开会，决定根据《中华民国临时政府组织大纲》选举总统，此时代表们分成支持在湖北立首功的黎元洪以及支持黄兴两派，相持不下。12月25日，孙文从法国马赛回国抵达上海。12月28日，在南京召开临时大总统选举预备会。12月29日，各省代表在南京江苏谘议局会议厅召开选举临时大总统会。临时大总统根据《中华民国临时政府组织大纲》第一条：「临时大总统，由各省都督代表选举之；以得票满总数三分之二以上者为当选。代表投票