厅划分为直隶及朴仔脚、东石港、新港（后改设竹头崎）、打猫、中埔、后大埔等六支厅。
1909年后 (十二厅时期).明治42年（1909年）10月，台湾总督府将原有之二十厅，废止合为十二厅，嘉义厅合併原斗六厅之大部分（除林圯埔併入南投厅外）、盐水港厅之一部分，管辖范围东至玉山，西临大海，南至急水溪邻台南厅，北至浊水溪邻台中厅。设立土库、斗六（斗六厅直辖地区合併崁头厝支厅、林圮埔支厅草岭庄）、西螺（合併原斗六厅崙背支厅）、下湖口、北港、中埔（合併后大埔支厅）、竹头崎、打猫、朴仔脚、东石港