鸿章就任北洋通商大臣，许多外交事务逐渐由北京的总理衙门转往天津，此后到甲午战争前后，李鸿章在天津的衙门成为事实上的中国外交部，总理衙门在外交事务上的作用就减少了，1884年恭亲王不再掌理总理衙门使其重要性更下降。1901年庚子新政中，正式将总理衙门改为外务部。
洋务运动的推行.除了外交事务之外，总理衙门也是早期自强运动中各种洋务事业在北京中央的领导者，一方面它可用于听取包括外国使臣以及负责海关的赫德等西方人士的建议，来推行和提倡相关事业，一方面负责的恭亲王本身亦为相关业务的领导，因