按自行编制的分类法类分图书报刊，光绪二十八年（1902）刊行的《杭州藏书楼书目》将藏书分为经学、史学（掌故与地附）、性理（哲学家言附）、辞章、时务、格致、通学七个主要类目，另附设报章、图表、补遗三个类目。浙江藏书楼时期将馆藏分作古籍和新籍两类，分别按四库分类法分类和自拟分类体系类分，其中光绪三十三年（1907）刊行的《浙江藏书楼书目》（乙编）将新籍分为法律、政治、宗教、教育、图史、文学、文字、理学、算学、美术、杂志、工业、商业、兵书、生理、农业十六个类目。1912年6月后，馆藏分为保存（古籍中的珍善本）和观