个窗口里以多线程的形式层叠多个图像， 并行处理。只要内存允许，ImageJ能打开任意多的图像进行处理。除了基本的图像操作， 比如缩放，旋转， 扭曲， 平滑处理外，ImageJ还能进行图片的区域和像素统计， 间距，角度计算， 能创建柱状图和剖面图，进行傅里叶变换。ImageJ是一个开放结构的软件， 支持用户自定义插件和巨集。ImageJ自带编辑器， 并且导入了java的编译器，实现了简单的IDE功能， 用户可直接基于ImageJ进行图像处理。ImageJ的源代码提供免费下载 。