年12月19日，荷兰军在印度尼西亚全境再次进攻，让临时首都日惹陷落，并逮捕苏卡诺、哈达等共和国领袖。荷兰当局则试图重建政权，但面对国际压力及谴责，且与印度尼西亚战争消耗了荷兰的经济，冲突于1949年12月结束，朱丽安娜女王宣布印度尼西亚被独立（不包括荷属新几内亚，该地区由于1962年的《纽约协定》及1969年《自由选择法》而併入印度尼西亚）。自建国后，苏卡诺一直实施独裁统治，借由平衡军方反对势力及印度尼西亚共产党维持其权力。1965年9月30日印度尼西亚发生了“九·三〇”事件，部分印度尼西亚军方高层意图