1986年晋升甲组，同时亦获当年社会男子甲组亚军。进入1990年代，大同先于1990年再次获得全国中正盃及足协盃双料甲组冠军，并开始招收辅仁大学、中国文化大学等北部大学体育系学生，这些学生毕业、退伍后成了大同公司雇员，足球队进而在1993年赢得第十届全国甲组联赛亚军。2016年，大同队改变以往由员工组队参赛的模式，转为与台北市立大学合作组成球队，不若以往于球员退休后保障其工作。2017年，大同队凭借着马可·费内路斯全年进38球的优异表现赢得首届台湾企业甲级足球联赛。2019年，三度赢得台甲联赛冠