乘客如于旅途中乘搭东铁线享用头等服务，需另缴交相等于该程东铁线车程普通等车费的「头等额外车费」（学生则须支付成人头等额外费）。
收费系统.市区线、机场快线、城际客运、港铁巴士、轻铁及昂坪360的收费为各自独立的系统，当中轻铁及港铁巴士属开放式系统，不设闸机；乘客在不同的系统之间来往，必须在每个系统分别购买车票，车费独立计算，但使用八达通于市区线、机场快线、轻铁及港铁巴士之间转乘，可享有转乘优惠。
于尖沙咀及尖东站转乘之特别事项.尖沙咀站及尖东站为两个独立车