肉生产，园艺业和制糖业中使用肥料对于保证产量和收益是至关重要的。然而，化肥和甘蔗收获方式的副产品构成了大堡礁潟湖地表径流的成分。潮湿热带地区的甘蔗种植业和干燥热带地区的放牧业是首要的农业生产活动，二者都是影响水质的重要因素。在大堡礁水域中常见的工业污染物铜已被证明干扰了珊瑚虫的发育，而洪水泛滥则与水中氮和磷的含量升高有关。据观察，在2007年2月，由于受季风气候的影响，大量的泥沙径流已经达到礁石的最外层区域。雨水径流对凯恩斯南部地区的影响最大，这里的年降水量达3000毫米，而珊瑚礁距离海岸不到30公里。