嘉措的支持，方才得以与策妄阿拉布坦议和。1692年，噶尔丹遣使联络科尔沁蒙古首领沙津反清，沙津按照清朝旨意假意应允。1695年，经过数年的休养，噶尔丹在第巴桑结嘉措的支持下，再次进军喀尔喀。1696年，康熙帝亲自率军与其决战于昭莫多，获决定性胜利。妻子阿努可敦亦战死。1697年，康熙帝前往宁夏，组织对噶尔丹的包围，费扬古擒获噶尔丹之子塞卜腾巴尔珠尔。
败亡.康熙三十六年（1697年）闰三月十三日，走投无路的噶尔丹死于科布多布彦图河畔的阿察阿穆塔台地方。死因有两种说法：一是清代官方记