1992年2月，General Products併入GAINAX，专注于动画制作和电脑游戏制作两大类别，并将Wonder Festival的主办权移交给了海洋堂。同年，部分创立成员村滨章司、前田真宏、山口宏和樋口真嗣带了部分人离开GAINAX，创立GONZO，只保留部头合约关系。GAINAX社长冈田斗司夫退社，泽村武伺接任社长。1991年发售的OVA《》带有点自传色彩。1995年，沉寂4年后推出《新世纪福音战士》，引发广泛的社会效应，之后推出剧场版。1998年，推出首部漫画改编作品《男女跷跷板》，