其后，南京政府与北京政府发生冲突，黄兴解职回湘，何也卸任回到湖北。不久，作为黄兴的驻北京代表，赴北京见袁世凯。民国二年，宋教仁在上海被刺身亡。之后，何成濬拒绝了袁世凯的挽留回到上海，参加讨袁。返回上海后，何往返南京上海数十次，游说了驻南京的第八师独立。汪精卫数次与其同行。二次革命中何任江苏讨袁军总司令部总参议。讨袁失败后与1913年9月份逃亡日本。1914年6月，何成濬受黄兴委托，以“驻沪军事特派员”的身份回到上海，负责联络上海的革命同志继续反袁斗争。期间，何成濬加入欧事研究会，在黄兴去世后，何加入中华革命