三氟甲磺酸硅酯是一类水敏感化合物，因此必须在惰性气体保护下进行反应，后处理通常需要使用酸性水溶液如饱和氯化铵溶液进行淬灭。这种淬灭法能够不破坏硅试剂而质子化胺碱，让其移除反应体系。最后进行萃取操作并进行柱层析纯化。三氟甲磺酸硅酯活性很强，甚至可以转化酮成为硅基烯醇醚化合物。
硅醚保护基的脱除.当不需要硅醚保护时，可使用酸或者氟试剂如四正丁基氟化铵进行保护基的脱除。通常硅醚取代基体积越大抵御水解能力越强，但引入这种取代基相对越困难。在酸性体系中，硅醚的相对稳定性如下（参见上述