许多晚明与南明的情况，为他的作品《桃花扇》搜集了许多素材。康熙二十八年（1689年）底回燕京后，与顾天石合写剧本《小忽雷》上演，当时京师戏曲演出非常盛行。康熙三十三年（1694年），孔尚任迁任户部主事。康熙三十八年（1699年），升任户部广东司员外郎。同年6月，《桃花扇》脱稿，演出立即轰动。并受到康熙帝的重视，康熙从中吸取末代王朝的教训，认同忠孝节义观念，经常阅读这部剧本。孔尚任声名大振，被当时称为“南洪北孔”文坛双星。（“南洪”指《长生殿》作者洪昇）。孔尚任在剧本中揭露了晚明党争状况以及南明王朝权