命参议教案。李提摩太借此机会提出《办理山西教案章程》上呈李鸿章，章程中提出要山西省专门罚款白银五十万两，以此设立山西大学堂。他认为庚子事变一个根本原因就是因为教育没有普及，如果教育普及的话就可以减少类似这样的仇外事件。1902年，西太后因他协助处理山西教案有功，同意开办山西大学堂，山西巡抚岑春煊聘其为山西大学堂西学书斋总理。之后他一直往来于太原、上海之间。
晚年.1916年，李提摩太因病辞去广学会总总干事的职务回国，出版了《留华45年回忆录》。1919年4月20日在伦敦逝世。