分白鹭洲”之句而得名。南宋淳祐元年（1241年），吉州知州江万里在白鹭洲创建书院，并亲自任教。此后，书院延本州名儒欧阳守道为首任山长。在宋代，书院培养了文天祥、刘辰翁、邓光荐等一批杰出人士。元至元十九年（1282年），书院被洪水冲毁，吉安路总管李珏修复。至正十二年（1352 年），红巾军与元兵战于吉安，书院大部被毁，两年后又遭大水。至正十五年重建。入明以后，白鹭洲书院渐成遗迹。明嘉靖五年（1526年），知府黄宗明重建白鹭洲讲堂。嘉靖二十一年因白鹭洲易遭水患，迁书院于仁寿山慈恩寺，改名鹭洲书院。隆庆元年（15