779年4月一度向大陆议会辞职，但获得及约翰·拉特利奇挽留。同年9月，林肯与法国海军上将合作，展开萨凡纳围城战，但美法两军欠缺协调，使到围城战最终失败。踏入1780年，美国在南方的战局进一步恶化。当时英国政府已经把战略目标转到南方，北美英军总司令亨利·克林顿在1779年12月率领大军登陆萨凡纳，预备进攻查尔斯顿。当时克林顿的兵力有超过8,000人，但林肯手上只有不足3,000名士兵可供调动。他不断要求大陆议会及南北卡罗莱纳州提供民兵增援，更建议征召黑人奴隶入伍，但这些诉求却一一落空，部队扩充速度非常缓慢