物学教授一职从一人担任改设多人教职，弗里斯得以改任植物学教授，并兼任乌普萨拉大学植物园和博物馆的负责人。1859年他从植物学教授任上退休，由约翰·埃哈德·阿雷斯科格（Johan Erhard Areschoug）接任。晚年的埃利亚斯·弗里斯以研究带有菌盖的伞菌为主。1874年弗里斯发表了他的最后一部学术专着。1875年被选为英国皇家学会外籍会员。1876年他的长子，同样是真菌研究者的特奥多尔·芒努斯·弗里斯（Theodor Magnus Fries）担任了乌普萨拉大学植物学教授的位置，同时也承担起编着真