政府时期大陆十三家基督教大学为香港崇基学院。崇基的教堂圣坛两旁至今仍保留中华民国政府时期（1951年前）十三间基督教大学的原木刻校徽。崇基学院校牧室自2003年开始举办中国基督教教会大学寻根之旅；并于2018年首次纳入为书院通识教育课程。崇基学院于马料水的校址，也是现今中大沙田校园的最初基础。
崇基学院神学院.崇基学院神学院为香港历史源流最久远的神学院，历史源流可追溯至1864年，长老会在广州花地设立之神学训练学校，该校于1914年即与圣公会及循道公会之神学训练学校合併为广州协