生的叛乱，与浩罕及俄罗斯的入侵交织在一起。清同治三年（1864年）四月，库车回民举事，杀死库车办事大臣及阿奇木伯克。因为陕甘回乱影响，数月之内，新疆各地相继发生暴动和叛乱。暴动者以回族（汉回）及维吾尔族（缠回）阿訇、农民为主，也有汉族、柯尔克孜族及哈萨克族加入。各地起事者在攻佔官署及兵营后，推举阿訇为首领，建立政教合一的地方性割据政权。随后，各政权之间又发生混战与兼併。至同治四年（1865年）末，新疆大部份地方失陷，官军仅保有塔尔巴哈台、库尔喀喇乌苏、巴里坤及哈密一带。此时，西北官军主力正在平定陕甘回乱