年，法尔内塞的父亲去世，他因此继承了公爵的头衔，但是身陷战争的他无法回去义大利，因此任命儿子拉努奇奥一世担任摄政。他直到死前都没有亲自管理过公国。他在这个时候曾请求告老还乡，但是被驳回，毕竟腓力二世的旗下并没有能够代替他的优秀将领。这个时候，英国和西班牙的冲突已经白热化，法尔内塞一开始相信自己可以借助各地天主教徒的力量，无须护航就登陆英伦群岛，但是腓力二世阻止他这么做，并强迫他加入无敌舰队计画，接受海军的护航和运送。在无敌舰队计画中，法尔内塞的三万精兵必须抵达尼德兰的海岸，而他也确实夺下了斯勒伊斯和