过有些细菌是病原体。像结核就是最高的细菌性疾病之一，是由结核桿菌所传染，每年死亡人数约二百万人，大部份位于撒哈拉以南非洲。许多重要的疾病也是由病原细菌造成的，像肺炎就是由链球菌属及造成，而食物中毒可能是由志贺氏菌属及沙门氏菌属引起。像破伤风、伤寒、白喉、梅毒及麻风病都是由病原细菌引起的疾病。病原细菌也是开发中国家高婴儿死亡率的原因之一。疾病和微生物之间的因果关系可以用柯霍氏法则来判断。
疾病.每种病原细菌都有其特殊的作用，会使感染的人出现特定的症状，不过也有些人在感染后不会出现