等与数十座北台湾地区的祖师庙之外，清水祖师在南台湾也不乏其庙，如嘉义县兰潭清水寺（台湾奇案曾在此拍摄）、台南市后壁区长短树永安堂、台南市后壁区安溪寮福安寺、新化清水寺、四鲲鯓龙山寺、六合境清水寺、龙泉井庙，佳里兴震兴宫、善化北仔店清水宫、前金万兴宫、大港埔祖师庙、内惟赤龙宫、左营洲仔清水宫、屏东县万丹乡清水寺、崁顶北院庙、澎湖文澳祖师庙、铁线清水宫、云林大埤天圣宫等皆以清水祖师为主神。另外，深坑集顺庙、东门正德宫、汐止济德宫、松山慈祐宫、桃园市八德三元宫、大庄浩天宫、高雄代天宫、五甲龙成宫、旗津天后宫、五块