手稿可能曾被神圣罗马帝国皇帝鲁道夫二世买下，如果此事当真，显然作者是以精美的插图，运用卡登格（Cardan grille）填上文字来骗钱。此外，亦有人认为手稿作者为鲁道夫二世的私生子，不过没有足够的证据。
破解.2014年3月，英国语言学教授史提芬·巴克斯（Stephen Bax）声称他成功破译部分手稿。他参考了中世纪各类手稿，并运用闪米特语系中的阿拉伯语来破译伏尼契手稿的神秘含义。他结合语言分析，破译了17个象征符号，揭示出了10个单词的意思，包括杜松、芫荽、嚏根草、黑枯茗、棉花