13世纪时，该地属萨迦派统治的十三万户之一。萨迦王朝时期，在西藏创立十三万户建制，“甲玛万户”为其中的万户之一，居于甲玛赤康。当时，此地经济繁荣，人畜兴旺。后来又兴建了许多座佛殿、佛塔，文物古迹很多。
被毁与修复.在准噶尔部与拉藏汗间的战争中，由于站在拉藏汗一方，帮助拉藏汗打击准噶尔部，甲玛拉康钦莫遭到大规模破坏。后来由于天花多次流行，此地死去很多人，经济及文化趋于毁灭。 16世纪学者巴卧·祖拉陈瓦的《噶当教法源流》记载，“仲滚·桑杰温是喇嘛嘉宇瓦的转世……在我（指作者）33岁