门。申仲在此观看阮绅的军队而没有下马，结果被阮绅参奏，革去职务，回机密院做事。八月，复任翰林院编修，充机密院帮办。成泰十年（1898年）三月，机密院帮办改制为参办，申仲继续担任参办。成泰十一年（1899年），升授鸿胪寺卿。成泰十三年（1901年），升庆和按察使。成泰十四年（1902年），加太常寺卿衔。成泰十五年（1903年），回京任职，为吏部左侍郎，充参办机密院事务。成泰十六年（1904年），申仲升任广南布政使，但与广南总督胡第不和，被胡第密旨参奏。成泰十七年（1905年），申仲被派往北圻任职。