形成化石，但仍有相当多的化石证据，显示多足类是一类很古老的生物。出现在寒武纪的单肢动物化石，具有类似多足生物的型态；而已确认最早的多足类化石，则出土于志留纪晚期的地层。最早的蜈蚣化石出土于泥盆纪地层，显示多足类的型态在泥盆纪之前，已经开始出现变化。若以核糖体序列分歧的程度来推算，多足类生物的分歧始于泥盆纪。多足类物种不都是害虫；本亚门之下的蚰蜒目物种皆为益虫。
分类.就节肢动物门中最接近多足类是哪一类动物这个问题，一直存在着争议。根据有颚亚门假说，多足类是包含甲壳类及六足亚门的