庙内供奉玄天上帝及关帝，属香港一级历史建筑。二帝庙为二合院式设计，一般庙宇门口的牌扁都是横放的，而「二帝庙」那竖直的形式，只有皇帝御赐的才可有。此外，供坛与跪垫中间，放置一个小石鼎供善信敬酒之用。二帝庙内有很多有价值文物，包括由佛山隆盛炉铸造，上刻「康熙甲午年」（1714年）的铜钟及重二百八十斤，上刻「干隆十三年」（1748年）的聚宝炉，从铭文可见只有蔡、王等姓捐献，锦田邓氏并无捐献，可见西边围是由邓氏以外杂姓开拓及居住，现时则林姓居多，二帝庙由西边围管理。