政宪接任台糖董事长之后却多次干涉越台糖业人事，完全不把越台糖业董事会的决议看在眼里；对于余政宪扬言要到新加坡控告高腾蛟不放出董事长职位，高腾蛟要余政宪「最好立刻去告」。2008年中华民国立法委员选举，余政宪获得民进党提名，在高雄县第二选区（茄萣乡、湖内乡、路竹乡、永安乡、弥陀乡、梓官乡、冈山镇、桥头乡）参选，迎战时任中国国民党副主席的「红派少主」林益世。此区为绿营大票仓，余政宪本应可轻松获胜；但因与高雄县长杨秋兴不和，余政宪最终以近2万票之差距惨败给林益世。余政宪因内政部长任内涉及台北南港展览馆1馆