苑及港铁屯门站以南附近甚至可见到有水鸟觅食。虽然如此，屯门河仍然有大量淤泥因重金属含量超标而不能弃置于公海，只能留在河床。屯门河之上建有港铁屯门站和兆康站，是全香港唯一上建有铁路车站的河道。
水质问题.1960至70年代，香港经济迅速发展、人口膨胀，产生的废物也相应增加，但废水收集及处置设施不足，导致大量工商业废水、住宅污水流入水道。1980年代初期，排进屯门河的污染量约等于30万人口，亦即整个屯门区2/3人口所产生的家庭污水。上游一段的污染来源主要是工厂及禽畜农场，中下流