不久，后朱雀天皇又将藤原生子立为女御，祯子皇后便从此带着儿子尊仁亲王不再入宫。长久元年（1040年），女御藤原生子因待产而离开后宫返回娘家私邸，后朱雀天皇才将祯子皇后和—尊仁亲王母子接回宫中。
晚年.宽德二年（1045年），后朱雀天皇崩御，由女御藤原嬉子所生的亲仁亲王即位为第70代天皇—后冷泉天皇，而祯子皇后也在后朱雀天皇逝世后出家。永承六年（1051年），后冷泉天皇尊嫡母祯子皇后为皇太后。治历四年（1068年）尊仁亲王即位，又被尊为太皇太后，后三条天皇传位于贞仁亲王，成为第72代