时政府改组为汪精卫的南京国民政府下的华北政务委员会，其秘书厅是由原临时政府行政委员会秘书厅改组而成，下设文案、事务两处，祝书元任秘书厅厅长。1940年6月7日，汪精卫政权批准王克敏辞去本兼各职，推选为中央政治会议委员和国民政府委员，任命王揖唐为华北政务委员会委员长兼常务委员及内务总署督办。6月9日王揖唐接任后，将秘书厅长祝书元改聘为华北政务委员会顾问，以原文案处长瞿益锴暂代秘书厅长。1942年底至1943年初之间，华北政务委员会派祝书元等人接管了故宫博物院。1943年2月9日，日本人通知汪精卫政