併成「中央书院」（）。校舍座落于中环歌赋街与城皇街交界，即今圣公会基恩小学位置。史钊域博士担任首任校长，当时他还兼任视学官，直至1879年3月香港政府另行设立教育部门管理香港学校为止；其后史氏更获擢升为布政司（政务司）。直至现在学校仍然保存在每年3月10日，即立校日，率领学生前往跑马地香港坟场史钊域墓前祭拜的传统。而当年的学生有别于现时绝大部份学生来自本地，当时中央书院的学生来自世界不同各地，主要研究中国古典书籍。1864年，中央书院有约一百二十名学生，分为中文部和英文部。中文部学生必须学习《论语》