出场、更接近故事中枢，这正是破（坏）的起点。除了真希波外，明日香的登场由于TV版第8话的原画遗失了，于是重新设计了使徒（第7使徒）、明日香的出场镜头也全部改掉了（2号机的设计也有所改变）。以及明日香驾驶EVA3号机（贞本义行的提案）,此提案也历经反复。鹤卷和哉甚至建议把【在“重做一次”的过程中，想要改变但又不想改变】嵌入故事中（虽然被否决了，但鹤卷表示现状反而与此靠拢）。在故事的高潮（对应TV版第19话）甚至加入第23话的要素（绫波死掉）。经过《序》的试水后，本作积极地使用CG。在片头部分，暂设5号机与