为司铎级枢机，陈日君也就中梵建交问题发表令中方不悦的言论，导致中梵双方关系再度紧张。2006年，中国天主教爱国会方面不顾梵蒂冈的反对，三次祝圣。例如2006年4月30日，昆明教区马英林主教祝圣，但梵蒂冈以牧灵经验不够而未承认。中国天主教爱国会副主席刘柏年称，中国大陆97个教区中，46个没有主教，中梵谈判可能要花五、六十年，中国教会不能一直等待。刘柏年还称，梵蒂冈应尊重“在社会主义的地方，要以社会主义的方式传教。”2007年1月，罗马教廷成立中国事务委员会，教宗本笃十六世在首次会议上向中国教徒发出牧函