蔡英文在召开国安会议后表示北京政府应该给台一些补偿。1月11日，中华民国交通部民用航空局表示加班机申请不受M503航线事件影响。1月13日，台湾淡江大学学者苏紫云在题为「安全的总合：台湾应善用战略机遇－从m503谈起」的演讲中指，他认为面对中国人民解放军军机绕台和M503航线的举动，台湾应发展「国防经济」，正确投资，例如优先部署1000枚中程飞弹，两枚就可炸掉三崃大坝，引起中国大陆媒体以及台湾媒体的嘲讽与批评，但亦有支持声音，认为台湾应当有反击权力。
取消春节加班机之争议.