康宝文因鼻咽癌治癒不久后，癌细胞转移入骨而辞世。在他逝世后，其曾共事的同事与教过的学生一同印制一本二万多字的书册《润物无声》以作悼念。而其骨灰则安放到位于九龙清水湾的湛山寺。
轶闻.本来香港中文大学崇基学院内未圆湖中的鸭是由香港中文大学前中文系教授康宝文负责饲养的。但后来因为禽流感而不再养鸭。而他也将崇基学院中的养鸭池起名为「养德（duck）池」，寄意培养德行。另外，康宝文的妻子为教育局副秘书长康陈翠华。