风暴的影响下，当时广东的银行不良贷款比率达50%；王岐山去广东，主要是协助省委书记李长春处理广信、粤海等国有企业资不抵债的事件，并逐渐为公众所知。2000年年底，王岐山回到中央受到国务院总理朱镕基重用，出任国务院经济体制改革办公室主任；两年后，被调往海南，出任中共海南省委书记、省人大常委会主任。在海南期间，他又担负着处理海南房地产泡沫破裂后遗留下来的“难题”；并为海南确立了“生态立省”的工作方针。在2003年2月的一次工作会议上，王岐山提出“要把海南建成全国人民的度假村和中华民族的四季花园”的目标。