化送镇抚司，狱中遭到酷刑，“手受刑五次，加掠二百余”。徐光启上疏称如孙元化有造反之意，“臣愿以全家百口共戮”，终无法挽回。崇祯五年七月二十三日（1632年9月7日）孙元化与张焘同被处死，宋光兰和王征、余大成充军。崇祯五年八月孔有德兵败于沙河的祖大弼、张韬等关外兵，莱州之围遂解。六年四月，孔有德、耿仲明从镇江堡（临鸭绿江出海口）降后金，降书曰：“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大砲、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下又谁敢与汗为敌乎？”皇太极大喜，出郊十里迎接，原本火砲力量不强的满