村健太郎的妻子名为美穗子，生于1919年。两人婚后共育有5位儿女，分别是长男上村雄儿（1940年生）、长女上村直子（1944年生）、二男上村隆志（1946年生）、二女上村志都子（1948年生）与三男上村英生（1949年生）。上村生前信奉神道教，喜好围棋、阅读及钓鱼，晚年居住在东京练马区的。1981年8月4日，他因为罹患肝硬化而病逝于新宿区的社会保险中央综合医院，享寿73岁。