6年至1853年间负责纺织品业务。几年后，他遇到了着名的伦敦银行家乔治·皮博迪。见面后不久，1854年摩根作为合伙人进入了皮博迪生意兴隆的公司，乔治皮博迪＆有限公司。十年后的1864年，摩根接替皮博迪成为公司负责人，并将公司改名为J.S.摩根公司。美国内战期间，该公司在英国销售美国战争债券。在儿子J.P.摩根的协助下，朱尼厄斯利用电报系统发送战役结果，消息在英格兰为众人所知前，朱尼厄斯便能够低买高卖。1836年，摩根娶朱丽叶·皮尔庞特（1816-1884）为妻。他捐钱给他的教会和哈特福三一学院。