在腓尼基人没落后，西元前400年时，掌控这个区域的是腓尼基的前殖民地之一，迦太基。在这个时期，马尔他人的主要产业是栽种橄榄与长角豆，以及纺织业。在西元前264年，第一次布匿战争期间，马耳他人趁机发动了对迦太基的反叛，并将当地的军事指挥权移交给罗马执政官塞姆普罗尼乌斯。在第二次布匿战争期间，马耳他同样忠于罗马，而罗马给予马耳他「」的头衔作为回报，这意味着免除了对罗马纳贡以及受罗马法管辖的义务。西元117年，身为全盛期的罗马帝国之一部分的马耳他，由哈德良皇帝升格为自治区。 新约圣经《使徒行传》中曾叙述