合而造成细胞膜通透性的改变，导致真菌细胞内的成分，钾离子及其他成份如氨基酸、蛋白质等洩漏到膜外，破坏真菌正常代谢及抑制生长，细胞产生裂解而造成霉菌细胞死亡。由于细菌的细胞膜上并不含麦角甾醇，故此药对细菌并无抑制和／或杀灭作用。而人和动物的细胞膜上，则以胆固醇为主要成份，胆固醇与两性霉素B具有一定亲和力，因此对人体会具一定毒性。
作用及适应.两性霉素B是一种Streptomyces nodosus菌株的抗霉菌多烯（polyene）抗生素。受限于其作用原理，此药仅对真菌有效，对于细菌、