高肇的诬陷，经常害怕难以保全自身，便整天喝得醉醺醺，以表示自己荒废颓唐。他的行为奇特，被时人看作是狂盪不经。宣武帝在夜间去世，事情发生得十分突然，高肇在外面手握重兵，孝明帝元诩年幼，朝野人心惶惶不安。元澄虽然受到疏远罢斥，可是在朝中仍是众望所归。领军于忠、侍中崔光等奏请任命元澄为尚书令，于是众人才感到欣慰和信服。不久又改任司空、加侍中，随着又下诏兼领尚书令。
上奏朝廷.元澄向朝廷进上《皇诰宗制》和《训诂》各一卷，意欲让太后读后，思想劝诫的益处。元澄又上奏有关利国利民所应注意