迁为虎贲中郎将。后董卓废汉少帝，孔融与之对答，常有匡正之言。董卓怀恨在心，派孔融到黄巾军最为猖獗的北海为北海相。时年三十八。
管理北海.孔融到北海后起兵讲武，讨伐黄巾军张饶，战败，转移保朱虚县。后置城邑，立学校，表显儒术荐举贤良郑玄、彭璆、邴原等；期间赐姓郡吏是仪。后被管亥所围，遣太史慈求救于平原相刘备。刘备受宠若惊，立即发兵解围。孔融治理北海六年，虽有匡扶朝廷的想法，但未有突出的政绩。建安元年（196年），为袁谭攻击，城被攻陷后逃往东山，妻儿为袁谭所虏获；袁谭和孔融自春季打至