中央山脉与玉山山脉所夹峙，因而坡陡流急。流至大津汇入支流浊口溪，至里港再汇入支流隘寮溪，最后于旗山与旗山溪相会而形成高屏溪。该溪全长约137公里，本县东部全属其流域范围，为县内流域面积最广的河川。旗山溪又名楠梓仙溪，亦发源于玉山主峰，流贯于玉山山脉与阿里山山脉之间，全长约117公里，流域面积约823平方公里，均略逊于荖浓溪。阿公店旧称浊水溪，发源于燕巢乡乌山岭西侧，干流长度38公里，流域面积137平方公里，分佈于冈山镇、燕巢乡、阿莲乡、路竹乡、永安乡及弥陀乡，主要支流为潭底洋排水。上游河段在小岗山以东被