谓光祀任甫三日，可勿预。光祀曰：“居其职，敢诿其过乎！”遂与同官俱列名，罚俸三月。其年，迁通政使，擢兵部右侍郎。康熙十二年（1774年）十二月初，吴三桂起兵叛清，孙光祀密疏请诛杀其子吴应熊，以杜绝内患。三藩之乱平定，中枢有力焉。康熙十八年（1679年）充殿试读卷官。京察，自陈乞休，赐蟒服回籍。时岁大祲，出粟五百石以赈，全活无算。至如睦族党、周贫乏、设义学、建桥梁，懿行班班，又其余事云。年八十五，卒，入祀乡贤祠。
着作.着有《澹余轩集》八卷、《澹余杂着》一卷。