民国军政府闽都督之印」，总理全省军事和政务。民国二年（1913年）7月，国民党发动「二次革命讨袁行动，孙道仁和许崇智于7月19日通电宣佈福建独立。在苏、川等地讨袁失败后，孙道仁于8月9日通电宣佈取消福建独立。北洋军将领李厚基带兵入闽，任福建镇守使。袁世凯死后，福建省先后为皖系、直系军阀的势力范围。民国六年（1917年），孙中山率革命党人南下广州，建立护法军政府，组织护法军讨伐段祺瑞北洋政府。先后在湖南、湖北、四川、广东、福建等地进行护法战争。1918年，陈炯明率援闽粤军在闽南建立了闽南护法区。国民革