9苦战五盘遭到最后夺冠的萨芬逆转淘汰，而宣告卫冕失败；法网首度进入四强后，以3-6, 6-4, 4-6, 3-6四盘负于最后夺冠的纳达尔。不过，费德勒随即在温网草地上重新树立主宰地位，用仅失一盘的状态进入决赛后，以6-2, 7-6, 6-4直落三盘击败罗迪克而卫冕成功，拿下第三座冠军与第五座大满贯。美网决赛，他又以6-3, 2-6, 7-6, 6-1四盘击败美国传奇球员阿格西，成功卫冕，拿下第二座冠军与第六座大满贯。另外，年内他亦夺得四座大师赛的单打冠军（一座：汉堡红土赛事、另外三座：印第安维尔斯、迈阿密、