栋为事务室、卖店、贵宾室及三个等级的候车室，且设有寄物室供旅客使用，二楼则为台南铁道饭店之客房、待合室及餐厅，是日治时期台湾唯一一座二层楼车站建筑。建筑外观的白色方砖为爱知县不二见烧合资会社及伊奈制陶出品，寝室的磁砖为北投窑厂出品，贵宾室的大理石来自花莲，售票大厅及候车室的大理石为长门石材株式会社提供，室内装修部分则和林百货及末广町店铺同为台北横山装饰品店承揽，卫浴设备为共荣商会代理的东洋陶器制品，电信设备为台北高进商会承揽，灯具为大坂市北中制作所设计，时钟为台北鎌野时计店购自雄工社的制品。1945