有二间最古老的华人新教教会，分别是中华基督教会志道堂和澳门浸信教会，都有超过一百年的历史。圣公会维多利亚教区于1849年成立，管辖范围包括澳门，现该教区已成为香港圣公会澳门传道地区。1970年代，地方教会亦见在澳门开展。此外，澳门亦有不同宗教。例如伊斯兰教可能在明代以前由波斯商人传入澳门，其社团组织为澳门伊斯兰会。巴哈伊教在宣教运动中也选中澳门为传教地区，在1935年由来自美国加州的巴哈伊教徒法兰西斯·希拉太太传入，现其社团组织为澳门巴哈伊总灵体会，并作为向中国内地传教的大本营。另外，新兴宗教的国际基士