学柏克莱分校担任 KDI Fellow，并受合聘担任NASA的长期太空科学家，2001年回到台湾进入国立台湾大学物理系任教至今，为专任教授，曾获台大资深优良教师以及台大教师杰出社会服务奖。并担任宇宙微波背景辐射阵列（AMiBA）首席科学家、中央研究院天文及天文物理研究所合聘研究员、国立政治大学应用物理研究所兼任教授等职务。目前亦担任台湾大学副国际长（Deputy Vice President for International Affairs）。吴俊辉亦参与国内外多项科教、科普及服务性工作，包括国际物理奥林