司礼监太监冯保奉孝定太后之命创建该寺，因在寺内千佛阁供奉铜制“毗庐世尊莲花宝千佛”，在佛座周围有千佛旋绕的千朵莲花，故定名“护国报恩千佛寺”。清朝雍正十二年（1734年）敕令重修，取世尊拈花示众之意，赐名“拈花寺”。至清朝末年，拈花寺仍为北京名刹，为“内八刹”之一。1920年，在此开设佛学研究所。1926年，在内律堂开办拈花寺小学。拈花寺还经营停灵暂厝、承办丧事等业务。1939年，吴佩孚死后停灵于此。1949年，中国人民大学的前身华北大学随中央机关进驻北平，不久便改为中国人民大学，拈花寺被中央人民政