成本和间接成本较预期高，立法会民政事务委员会向议员要求将拨款增加至3亿5千万港元，最终建议获得通过，并于2006年6月18日进行动土仪式，预计2009年初落成。由于需要改建成为运动场，有关选址在空置期间天然生成的树林及植被都要被剷除。为了筹备2009年全港运动会及2009年东亚运动会，将军澳运动场进行了一系列封闭测试，使到竣工使用日期推迟至四月中。在成功举办第二届全港运动会开幕典礼及田径比赛后，将军澳运动场于2009年5月19日东亚运动会倒数200天当日正式开幕。2009年亚洲格兰披治田径赛完结后，将军