南京长江二桥以及上游的南京长江大桥的垂直高度不够，使得排水量超过5万吨的远洋轮船无法通过（南京的龙潭港在长江大桥下游位置，不受其影响），使得镇江成为的长江下游地区的重要的深水岸（-15米）线港口城市之一，通过长江往东直接通往太平洋。由于地处长江与京杭大运河2条黄金水道的十字路口，水运一直是镇江城市兴起与发展的命脉。进入新千年（2000年）由于水运速度缓慢，大多数客运业务已经停止。现有到扬州市的镇扬汽渡、大港汽渡。新开辟的货运码头位于市区东郊的大港港口。此外还有位于丹徒高资街道（包含丹徒经济开发区的高资港