998年底的转会摘牌大会上，是中国足协临时要求火车头俱乐部替李毅填表申请挂牌，此时李毅还在国外。事后，深圳俱乐部向足协申诉，足协官员坚决要求深圳服从足协决定，但只字不提转会规则。
在北京.1999年的上半年，时任北京国安主教练沈祥福决定让李毅担任主力前锋。一个赛季中，他打入四球。3月28日，主场4比0战胜沈阳海狮的比赛中，李毅打入自己在顶级联赛的首粒入球，将比分扩大到3比0。5月9日，球队主场1比0战胜山东鲁能的比赛中，李毅与队友完成了一次精彩的任意球配合，他接到李东波发出的任意球