甲的统治消失后，马来群岛分裂为众多互相争战不停的小国家，其中最重要的有亚齐、文莱、柔佛和霹雳。其它国家有万丹、日惹、吉打、雪兰莪、苏禄和登嘉楼等。16世纪末，欧洲商人在马来亚北部发现锡矿，透过钖的出口，霹雳变得富强起来。欧洲殖民势力继续在这个区域扩张。葡萄牙控制对盛产香料的摩鹿加群岛的贸易。1570年西班牙展开马尼拉之战，1571年占领马尼拉，经由建设马尼拉使其位居菲律宾（亚洲）与墨西哥（美洲）的太平洋重要航点。1607年，亚齐苏丹国极速壮大，成为马来群岛最强盛富裕的国家。在伊斯干达．穆达(Iskand