圣马尔谷大殿前跪伏亚历山大三世脚下请求宽恕。亚历山大三世把腓特烈拉起来，恢复了他的教籍，并赐他一个「平安之吻」（Kiss of Peace），表示宽恕。至此，腓特烈企图控制教宗的计画破灭，他只能对德国境内各主教行使其威权。在亚历山大三世的任内，坎特伯雷总教区总主教托马斯·贝克特和英王亨利二世在教会法庭的独立权力问题上发生严重争论。亨利二世在1164年《克拉林敦宪章》里，禁止教会向罗马上诉，冲突的结果，贝克特被放逐到法国。1170年圣诞，贝克特回到坎特伯里，在他自己的祭坛前被杀害。基督徒震怒，立刻奉贝克特为