994年的粒线体DNA细胞色素b研究与鸟类DNA分类系统有相同的结果。后来于1999年基于6组粒线体DNA及1组细胞核DNA序列的研究则指麝雉应属于蕉鹃。2003年基于利用了较长粒线体DNA及细胞核DNA的研究结果，有指上述的实验方法、样本数量及DNA测序上都存在着问题，故麝雉并非蕉鹃及杜鹃科的近亲。研究结果更指很难测定麝雉的近亲，它们只是倾向属于鸠鸽科，但准确度只少于10%。于2004年，基于β纤维蛋白原内含子7序列有建议将今颚总目进行二分法。这个建议将麝雉分类为Metaves分支的基底成员，这个