，对南宁、玉林、横县方向的桂军进行警戒，并派所部参谋长邓承荪率部进攻龙州、水口的旧桂系残部。因为布置妥当，邓本殷受到陈炯明嘉奖。1922年6月，陈炯明发动六一六事变后，粤军分成拥护陈炯明、孙中山的两支力量。邓本殷和其他拥陈派粤军将领联名发出通电，要孙中山下野。驻廉北的黄明堂成立南路讨贼军，讨伐陈炯明，但被邓本殷部围歼。孙中山离开广东后，陈炯明命邓本殷部守琼崖。邓本殷通过陈炯明，将非自己嫡系的施少卿团长、卢华龙部调离琼崖，并将所部扩编为2个旅，由陈凤起、邓承荪分别担任旅长。1923年1月，奉孙中山之命