被任命为四国征伐的总司令官，织田氏的宿老丹羽长秀与信孝的堂兄津田信澄也做为其副将，和他一起行动，但是却在他们准备从堺渡海到四国时发生本能寺之变。本能寺之变发生后，队伍陆续有逃兵现象发生，无法积极的展开作战行动，便将身为明智光秀女婿的津田信澄杀害。之后在摄津国富田与进行「中国大撤退」后的羽柴秀吉军合流并参与山崎之战，击破仇敌明智光秀。后来举行清洲会议，羽柴秀吉却无视于信孝的存在，迳自决定织田氏的继承人为信孝的姪子三法师，并以信孝辅佐三法师，将信忠领地美浓国让给他。之后，信孝与织田氏宿老地位的柴田胜家与泷川