终攻占伊犁，准噶尔于是亡国，是为准噶尔之役。1757年又平定了准噶尔辉特部阿睦尔撒纳之乱。1759年，清军平定回部宗教首领波罗尼都、霍集占发动的大小和卓之乱，最终控制新疆全境。周边的哈萨克、布鲁特、浩罕、巴达克山等国也附属于清朝。19世纪中叶，沙俄割佔中国领土，1864年的塔城条约将新疆西北部巴尔喀什湖以南一带自消灭准噶尔后得到的土地割让给俄国。1864年同治新疆回变民族仇杀，其清朝时期最大型的新疆民族冲突。1865年春，邻国浩罕汗国的阿古柏从喀什入侵新疆，占领新疆大部分地区长达6年。1871年，俄国又