云的战斗系统也和正传一样备受玩家批评。相比之下，汉之云的战斗系统还是有一些新内容，利用不少战斗中，玩家在面对两组怪物时可以选择帮其中一组，该组怪物则逃离战场，战斗难度从而降低。战斗中敌方的数量也由五代的3人增加到5人。开发者还在一个特定的战斗中加入了广告成分，即为大宇自制线上游戏《轩辕剑网路版2代：飞天历险》做宣传。
壶中世界.在前作中，轩辕剑系列特有的炼妖壶系统被移除。汉之云中开发者重新加入了该系统，并且进行了较大规模的改进，融合了炼妖系统、天书系统、本阵系统，以及《仙剑奇侠