生五子二女：长子懿文太子朱标，次子秦愍王朱樉，三子晋恭王朱㭎，四子明成祖朱棣，五子周定王朱橚；以及二女宁国公主，四女安庆公主。有的说，朱元璋那些嫡子一个也不是她生的，而是她的养子，她只生了两个女儿。《明史》记载朱元璋前五个儿子懿文太子、秦愍王、晋恭王、明太宗、周定王都是马皇后所生。根据《明实录》明太宗生于1360年4月17日，周定王生于1361年7月9日。这种情况历来都被怀疑，特别是在混乱的年代，岂能任由马皇后独自负担生育的任务，而且明人早就指出“或曰高皇后无子”。解缙的《天潢玉牒》（《永乐大典》，