南高师的基础上陆续增设，至1923年有文理科、教育科、工科、农科、商科共5科20余系。1916年即南高师正式开学的第二年，学校增设工艺专修科，1921年东南大学成立时为工科的机械工程系。1922年7月茅以升出任东南大学第一任工科主任，1923年3月与杨杏佛、涂羽卿等7名教授联名向学校教授会和评议会提议工科增设土木工程系和电机工程系，得到一致通过，以上三个系为学校的工科传统奠定了基础。经过茅以升的苦心经营，东大工科师资逐步增强，聘请了杨杏佛、涂羽卿、沈祖玮、李世琼等学者任教授，各项设备也逐渐添置齐全。然而，