整合至德乙联赛和业余高级联赛之间后，高级联赛直至2008年都仅可作为德国联赛系统的第四级赛事。由于它不再是业余范围内的最高级别，联赛的名称遂变更为高级联赛。其中东北高级联赛的赛区数量从三个缩减为两个。与此相反，前最初则是拆分为汉堡/石荷（）和下萨克森/不来梅（）两个赛区。直至2004年，这两个赛区才再次合并。对于地区联赛的升级资格，初期是威斯特法伦高级联赛、、黑森高级联赛、西南高级联赛、巴登-符腾堡足球高级联赛以及巴伐利亚高级联赛的冠军都可以直接升级。北部高级联赛至2004-05赛季以前则是由两个赛区的