切断江南对北京的物资供应，于是清廷求和，《南京条约》签署，除在东南沿海开放上海等5个通商口岸之外，还割让香港岛，中国的主权受到破坏。一般中国大陆史学界认为这是中国近代史的开始。与此同时中国国内反抗清朝的斗争再度兴起。1851年，受到基督教影响的秀才洪秀全建立拜上帝会，发动金田起义并创建太平天国。太平天国曾经一度佔领南方部分省份，并定都南京（改名“天京”），建立政教合一的中央政权。到了1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻陷天京，对无辜百姓展开屠杀与抢掠，太平天国才正式结束，当时南京城被烧毁，百姓死伤无数