于2001年和2004年代表民主进步党担任不分区立法委员。2006年，有意参加台北市长选举，在最后一刻前往民主进步党台北市党部登记时，遭党部以「所携证件不符规定」为由拒绝，其后他支持谢长廷竞选市长。2007年尤清出任中华民国驻德国代表，9月9日抵柏林履行职务。着作有《监察院春秋》、《立法院风云》、《尤清选集》、《尤清对话》、《你站在哪一边》等书。2010年5月23日，民主进步党第13届党主席选举尤清获总得票数8406票及得票率9.71％，败给寻求连任的蔡英文。这场选举的电视政见发表会协商会议，蔡