灌溉还要配合发电厂的放水时间，对农民的影响很大。
淤积.部分环保团体认为，万里溪上游有多处大型崩塌地及堰塞湖，加上万里坝之施工道路万荣林道如逢台风侵袭，几乎都会发生崩塌致使交通中断，而万里溪上由长期的崩塌也造成万里溪输砂量大，若水坝兴建完成，恐怕只要遭逢一次台风的侵袭，很可能就会造成水坝淤积。