地震加上连绵大雨倾圯不堪，由吴联辉首倡募捐，同治三年（1864年）迁建至南投分局北侧之处蓝田街。今保有挂有「天上文衡」、「文明气象」、「奏凯崇文」等清朝古匾。日治时期，右厢房作为国语传习所南投分教场，乃是南投国小前身，该校第一届至第六届均在此毕业。郭台铭妻子曾馨莹的祖太曾长茹当时曾修复此院。1915年，为配合市区改正，由林文智发起向南投堡民募捐，1917年才在现址南投市崇文里文昌街重建完成。民间乡田仔村拳师陈良彩回忆，当时蓝田书院俗称「番社」，还会教导武术。战后地址为崇文里文昌街140号。正殿及左右