成员在政府中担任部长（安德亚·菲舍尔，后来是雷娜特·库埃纳斯特，以及于尔根·特里廷）。执政期间，绿党调整其反战的立场，如同意支持阿富汗战争，以及支持加强德国在欧盟和北约的角色。2002年的联邦大选中，绿党以8.6%得票获得55席，成为仅次于社民党和基民盟的第三大党，继续与社民党组成联合政府。
再次成为在野党.2005年9月18日举行的联邦大选，因解散议会而提前举行的新一届联邦选举中绿党虽然席次微减至51席，但维持了党势；但尽管如此，由于另外两个中小政党自民党和左派党的上升，绿党