002年9月23日，胡振中枢机离世后接任香港教区主教的职务。2006年2月22日，教宗本笃十六世宣布将陈日君擢升为枢机；3月24日举行了擢升册封仪式，陈日君领衔按梵蒂冈规定，陈日君枢机可于2007年1月年届75岁时向教宗申请退休，以盼望退休后能往中国大陆教学。但于同年3月21日，教宗本笃十六世御令陈日君继续留任主教一职。2009年4月15日，教宗本笃十六世批准陈日君退任香港教区主教。2013年1月17日，庆祝中华民国与圣座建交70週年，陈日君枢机赴位于台湾的天主教辅仁大学演讲、访问。Secti