庇祐的足利义稙不敌管领细川氏，再次辞去将军一职，由前将军义澄长子足利义晴接任。然而，义晴因与管领细川晴元长期失和，在天文十五年（1546年）辞退将军一职，由长子足利义辉接任第十三代将军。足利义辉立志重振幕府声威，不但多次积极调停诸大名之间的纷争，更邀请上杉谦信、织田信长等有实力的大名上洛谒见将军。此时管领细川氏遭到权臣三好长庆夺权，后者掌握实权，而把幕府当作傀儡，成为当时有实力的大名之一。三好长庆死后，其重臣松永久秀、三好三人众决定罢黜将军足利义辉。永禄八年（1565年），三好三人众及松永久秀率领的叛军