后，被高宗任命为“宣谕大员”，负责安抚各地义兵。这些义兵都是因“为国母报仇”和发对“断发令”而于乙未年冬起义的，其中柳麟锡等义兵领导人和崔益铉有密切关系。崔益铉对义兵运动抱同情和支持的态度，后来他自己也成了义兵首领。随后崔益铉被任命为宫内府特进官、议政府赞政、中枢院议官、京畿道观察使等高级官职，但由于崔益铉坚持儒学，思想保守，看不惯当时社会上的开化风气，更由于不满官场的腐败和倾轧，这些职务不久都被他主动辞退。他还对1897年大韩帝国成立一事持反对态度，他上疏称高宗如要称帝，当继承孝宗遗志，扫清中原，恢复