台湾清治末期至日治初期，牛屎崎地区为一街庄，称为「牛屎崎庄」，隶属于北投堡。该庄北隔乌溪与万斗六庄为界，东北及东与北势湳庄为邻，南边为匏仔藔庄，西南边为草鞋墩庄，西边为番仔田庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于南投厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「草鞋墩区」，隶属于南投厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，草鞋墩区仍隶属于南投厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「牛屎崎」大字，隶属于台中州南