616年，幕府下令外国（中国例外）船只只能在长崎和平户进行贸易。1634年（宽永11年），幕府开始修筑出岛，将散居长崎各地的葡萄牙人集中居住于此。翌年更将外国船只限制在长崎一地，并禁止日本人前往海外和居住在海外的日本人回国。1637年（宽永14年）发生岛原之乱后，幕府禁止葡萄牙人进入日本，出岛一度变为空地。直到1641年（宽永18年）幕府将原本位于平户的荷兰商馆搬岛出岛为主。这一事件也象征锁国体制的完成。1688年（元禄元年），长崎的中国商船数达到194艘的史上最高纪录。但在翌年，幕府下令将原本散居长崎各地