广铁集团统计，30年以来广九直通车客流类型也有很大改变，恢复运行初期客流大多为外宾、海外华侨和港澳台旅客，而今则以出境内地游客及商务客为主，其中内地客普遍占到五成以上。2012年7月16日起，由于红磡货场永久停用，所有在港过夜广九直通车，均改于港铁何东楼车厂北厂近马场站泊位停泊。2012年12月21日中华人民共和国铁道部实行新运行图，此前由广深铁路股份有限公司担当的直通车告别开行了18年的25Z型车，以全新的25T型车面世，并全面改用韶山8型电力机车推动（与此同时，港铁正式实施完全电气化，包括直通车