期间，已知曾计画施行五个专案，如：龙腾、复华、宏展、突穿、先知等五个专案。特别是复华専案，该专案是派遣情报员至中国大陆潜伏，每位情报员潜伏的时间都在一年以上。1993年、正值他满60岁想退休之际、李登辉总统任命他为中华民国国家安全局副局长，补佐局长宋心濂。同年8月、升任国家安全局长。1999年、国家安全会议秘书长。2000年政党轮替之后解任，被招聘维总统府资政。2002年，因监察院就刘冠军案加以弹劾，辞任资政职务。弹劾案中，对继任者大肆批评以图撇清责任，惟外界亦有相关出版（例如，继任者同年所出版之回