建立行政院与立法院的和谐，故对简又新出任外交部长表示保留。而时任副总统的连战亦就此事向李登辉说明，结果简又新从外交部长内定名单宣佈撤换，连战与萧万长商讨的结果改由驻美国代表胡志强出任。2000年民进党执政后，被任命为总统府副秘书长。2002年游钖堃内阁成立时，简出任外交部长。任内宣布中华民国「再度承认」外蒙古独立和其主权国家地位，并与蒙古国互设代表处。结束自1953年中华民国政府废除《中苏友好同盟条约》以来，对外蒙主权长达半世纪的声索。以及在中华民国护照封面加上「Taiwan」字样，以便与中华人民共