免官。不久又被起用为检校将军事。615年，跟随炀帝到汾阳宫，他发现突厥有进攻的动向，请求早早回到长安，炀帝不听。炀帝在雁门关被突厥包围。包围解除后，炀帝怒道：「子崇怯懦，胡乱提议，惊动我军士气。不能留在关键位置」。杨子崇出为离石郡太守。突厥侵隋北边、稽胡刘六儿劫掠离石郡境，杨子崇上表请求出兵镇压。炀帝大怒，命令杨子崇巡回长城。杨子崇出行一百里，不能前进于是归还。百姓苦于饥馑，聚集一起反隋，杨子崇前后捕杀数千人。617年，朔方梁师都、马邑刘武周起兵反隋，离石郡各民族纷纷响应。杨子崇带着心腹数百人打算从孟门