思宗自缢于煤山，是为甲申之变。随后吴三桂倒戈相向，满族建立的满清入主中原。明朝宗室于江南地区相继成立南明诸政权，而原本反明的流寇在李自成等领袖死后亦加入南明阵营，这些政权被清朝统治者先后以「为君父报仇」为名各个歼灭，1662年，明朝宗室最后政权被剷除，永历帝被俘后被杀，满清又陆续击败各地反抗军，以及攻取台湾、澎湖，1683年，奉大明为正朔的明郑向清朝投降，汉族抗争势力方为清朝所消灭。。明代的核心领土囊括汉地，东北到外兴安岭及黑龙江流域，后缩为辽河流域；初年北达戈壁沙漠一带，后改为今长城；西北至新疆哈密，