正副总统，民进党正式上台执政。游钖堃则受命出任行政院副院长，辅佐行政院长唐飞处理政务，成为该院历史上最年轻也是首位民进党籍的副院长。2000年7月22日，嘉义发生了震惊全台的八掌溪事件，重创了彼时刚刚上任的陈水扁政府的公信力。7月24日早上，行政院长唐飞为釐清事件发生始末及责任归属亲自主持检讨会议，在了解各相关机关救灾过程后，当场告诉坐在旁边的副院长游钖堃，表示事件发生主要原因是救灾之「制度不够健全、程序不够明确、人员不够积极」，各级人员虽有管理与训练之责，但不应把全部责任推给他们，遂决定自己辞职以负全