崧泽文化是太湖地区新石器时代具有一定典型性代表的原始社会文化，经考古学家对崧泽古文化遗址中土层出土墓葬中的大批文物和生活、生产遗迹，以及水稻种子、家畜骨骼等典型器物的鉴定，断定青浦地区是上海迄今为止发现的人类最早的聚居地。2004年4月，崧泽遗址下层马家浜文化墓葬中出土了一件头盖骨，经鉴定为一名25～30岁的成年男性，在这之前上海地区从来没有发现过6000多年前的古人，因此也被称为“上海第一人”。
明代.入明以降，青浦地区最初仍为华亭县和上海县的辖地。期间主要疏浚了境内的相关河流，