因应原黄埔区和萝岗区合併为新的黄埔区，二期线路规划亦从大沙东站继续往北大幅延长至萝岗站，与当时仍然在建的6号线二期交汇。7号线二期因此也直接串连起原黄埔和萝岗两地的中心区域，解决东部片区南北走廊的交通需求。2016年，二期线路再次北延至水西站，与在建的21号线交汇；其后确定规划再度延长至水西北站，作为21号线水西停车场上盖物业的配套。2018年，根据广州市环保局公布广州市轨道交通七号线二期工程环境评估报告，停车场选址由飞凤山更改为科林路以南、科丰路以西的地块。2017年第一季，二期工程获国家发改委批覆立