树勋旋即被任命为华北军区副司令员。后来，直到中共十一届三中全会以后，所谓民主建国军“阴谋暴动”的冤案才最终平反。中华人民共和国成立后，高树勋历任河北省人民政府副主席、河北省人民委员会副省长、全国人民代表大会代表、中华人民共和国国防委员会委员、中国人民政治协商会议全国委员会委员。1972年1月19日，高树勋在北京逝世。享年76岁。
纪念.吉林省长春市树勋小学是为纪念高树勋而建。（质疑：长春市的确有树勋小学，是因为学校毗邻树勋街，从未听说过纪念高树勋的说法）