代大元帅留守广州。滇系军阀唐继尧乘机联络广东军阀陈炯明、邓本殷、刘震寰等企图东下入粤，消灭新兴之中国国民党。唐继尧向李宗仁开出700万元银洋借道费，被李宗仁拒绝。唐遂派龙云、卢汉、唐继虞等率领7万滇军，兵分三路入桂。自1925年2月至7月，李宗仁、黄绍竑、白崇禧以2万人之军力，终将三路7万滇军击溃。至此由名将蔡锷一手训练、装备精良之滇军，不再成为中国军界主要势力之一。新桂系晋身成为中国地方强权之一，也使广州国民政府新兴之中国国民党倖免于难。
经过.1925年3月12日孙文病逝，