10月至11月间凤翔号自沃特杰环礁载回700人，贾卢伊特环礁载回311人，埃内韦塔克环礁运回数人（数据不详），并将遣返人员安置在浦贺港。为了提高运输效率，凤翔号在1945年12月再度接受改装，切除过长的飞行甲板，并将机库改装以载运更多乘客。之后开往韦瓦克与中国大陆接回被遣返军民。据统计，从战败后到次年8月间凤翔号共运回约4万军民返日。1946年8月31日，本舰正式除役，并开往位于大坂的日立造船樱岛工厂拆解，在同处解体者还有日本帝国海军最后一艘建造服役的航母“葛城”号。1947年5月1日解体工程结束。