后，提名指派并与总统府共同为行政部门主体的行政院院长，共历任两任两位。其中，俞国华在蒋经国逝世、李登辉继任总统后仍继续担任行政院院长一年半，直至1989年6月才下台。
李登辉政府.1988年1月13日至1990年5月20日期间，李登辉担任中华民国第7任总统。1990年5月20日－1996年5月20日期间，李登辉担任中华民国第8任总统。1996年5月20日－2000年5月20日期间，李登辉担任中华民国第9任总统。李登辉政府时期的行政院院长，包含前任蒋经国政府末期的俞国华及李焕、郝柏村、