西亚索取的利吉丹岛和西巴丹岛交还给马来西亚，但却将富含碳氢化合物西里伯斯海的海洋边界划给印尼， 自2005年3月以来，由于两国对安峇拉（Ambalat）石油区域的主权互不让步，而导致对抗。
新加坡.新加坡曾在1963年至1965年属于马来西亚的一部分，但是由于1964年的竞选活动，东姑为了解决持续恶化的种族紧张局势，最终将新加坡逐出联邦。时至今日，由于马来西亚出售给新加坡的淡水定价、新加坡的土地开垦对马来西亚水域造成的负面环境影响、海上边界、马来亚铁路在新加坡的保留地、白礁以及一座