许多讨论都纪录在两人的通信中，这些信后来被出版为着作《原子与原型》。荣格对于泡利的400多个梦的详细分析全都记录在着作《心理学和炼金术》。1934年，泡利与Franziska Bertram再婚，这次婚姻一直持续到他逝世。1938年，德国与奥地利合併后，泡利成为了德国人。1939年，第二次世界大战爆发后，他的处境变得很困难。1940年，他试图申请成为瑞士公民，这样他就可以继续在苏黎世联邦理工学院教书，可惜未果。他只好远赴美国普林斯顿高等研究院担任理论物理教授。二战过后，在1946年，泡利在返回苏黎世