基因本体的注释主要立足于以下三个角度：在基因注释中的每个每个条目（GO term）会有每个条目也会有同义名（synonyms），同义名所指示内容与该条目完全等同，能够连接到其它相关数据库。每个条目会有条目涵义以及使用的注释。基因本体是一个有向无环图（DAG）型的本体，每个条目都与其它的同域或者不同域的条目定义了关系。GO被设计成种属中立的语言，能够使用在包括原核生物、真核生物、单细胞生物和多细胞生物上。GO不是静止不变的，它是由一些研究和注释社区以及与GO项目直接相关人士提出建议或请求来进行