国语言文学系等三个系，思想文化研究所、经济学研究所、教育研究所、科学技术与社会研究所等4个研究所以及一个艺术教育中心，聘请滕藤兼任院长；1994年整合建立信息学院；1996年整合建立机械工程学院；1999年恢复法学院；1999年并入原中央工艺美术学院为美术学院；2000年整合建立土木水利学院建制，同年建立公共管理学院；2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立。清华大学与新成立的深圳大学城开展合作，建设综合性、研究性的人才培养、科技创新基地，主要研究生物技术、现代物流、网络系统、环境科学、制造技术等，