太后发觉王氏有妊，遂询问神宗，但神宗却顾左右而言他，太后便取来内官的起居注，证实王氏有妊，神宗因而在万历十年六月十六日（1582年7月5日）晋封王氏为恭妃。同年八月，王恭妃生下皇长子朱常洛，是为日后的明光宗。万历十二年（1584年），王恭妃生下一女云梦公主，但神宗对她始终没有太多感情，日后也显示出神宗对王恭妃相当反感。也因此当受宠的郑贵妃生下皇三子朱常洵并而晋封皇贵妃时，生下皇长子的恭妃反而未进封。万历二十九年，神宗在群臣压力下，册立皇长子朱常洛为皇太子，移居慈庆宫，恭妃仍未进封，且从此和太子不得相见。