宗旨的吴三连台湾史料基金会正式成立，并将该会定位为以「民间的、史料的、生活的」台湾民众史之爬梳工作为主。专攻台湾史的张炎宪，与陈奇禄、吴丰山、林美容、庄永明等人被聘为该基金会董事，以民间的力量，默默从事台湾史研究的耕耘工作。2000年5月，中华民国总统陈水扁任命张炎宪为国史馆馆长，也开启了用比较体制化之方式进行台湾史研究的另一个新纪元。2008年政党轮替后，张炎宪积极参与社会运动，陆续担任台湾二二八关怀总会理事长(2008~2012)、台湾教授协会会长(2011~2012)、台湾历史学会会长(1998~2