房地产商进行商业开发。除此以外，加密路网、拓宽道路、增建绿地等工程，都在挤压着四合院的生存空间。从此，四合院开始成片成片地被拆毁，如1998年拆除康有为的粤东新馆，2000年拆除赵紫宸故居，2004年拆除孟端胡同45号的清代果郡王府，2005年拆除曹雪芹故居，2006年拆除唐绍仪故居。 与此同时，一些四合院被列入北京市和各区县级的保护院落，但即使保存下来的四合院，也在高楼大厦四面的围合之中，成为现代化城市中的孤岛。随着老城区保护的开展，一些原有四合院进行了改造，例如1990年由清华大学吴良镛教授主持