是福建白礁的移民自故乡迎奉保生大帝来台后，因市仔头逐渐繁荣而立庙，后来由于香火鼎盛，该庙也有「市仔头庙」之称。另一说市仔头福隆宫本来是土地庙，旧称「福隆境」，又称「市仔头庙」，建于嘉庆七年（1802年）。日治初期石头坑因为盗贼劫掠而废庄，居民乃迁到永康区的甲内（二王里）、土虱堀（网寮里）与府城大北门一带。石头坑原有大道公庙，废庄后神像被迎奉到福隆宫内，大多数的庙宇建材、产业归福隆宫所有，部分则助修二王庙。因为石头坑大道公的入祀，福隆宫改奉石头坑大道公为主神而变成保生大帝庙。
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