恭亲王奕䜣及宝鋆等等人专擅挟持，于是宝鋆同恭亲王请求罢值军机听候查办，两宫皇太后温诏慰留。同治七年（1868年），直隶东部捻军肃清，加军功二级。同治十一年，调任吏部尚书。同治帝亲政后，加太子太保。同治十二年（1873年），兼翰林院掌院学士，以吏部尚书协办大学士。随后调任兵部尚书，担任体仁阁大学士，管理吏部。
光绪年间.光绪三年（1877年），宝鋆晋武英殿大学士。光绪四年（1878年），新疆平定，一并予以优叙。自文祥死后，议论益纷，编修何金寿因旱灾弹劾中枢大臣没有尽忠职守，请求加以训