包括拆卸C座和D座，兴建一幢新大楼设置社区健康中心及附属设施，而第二期工程包括拆卸E座和F座，待现有的门诊和相关附属设施迁入新落成的社区健康中心后，辟设园景区和停车设施。立法会财务委员会已于2007年5月11日通过第一阶段重建工程的拨款建议，而香港特别行政区行政长官在2010-2011年度施政报告内公佈计划重建仁济医院4幢大楼，以加强服务。第一期重建工程在2015年3月完成。仁济医院内共有4座大楼，各座的服务及设施：
中医药服务.仁济医院自1998年于新界荃湾成立第一间中医门诊