1世纪初期的刀伊入寇。但另一方面，长崎县在当时也是前往东亚大陆的交通要道。遣隋使和早期的遣唐使均曾通过对马、壹岐后登陆朝鲜半岛这一路线东渡唐朝。日本和新罗关系恶化之后，遣唐使改为经由平户等九州西海岸港口渡海前往唐朝、后更从五岛列岛出发直接渡海。平户也是宋日贸易的重要据点之一。平安时代末期，武士阶级开始成为各地新的统治者。长崎地区实力最强的武士团在坛之浦之战是平家水军的主力。鎌仓时代时，武藤氏出任肥前国守护一职，但并未控制肥前国全境。1274年（文永11年）和1281年（弘安4年），蒙古和高丽军队曾袭击对