繁忙时间，恆安至大围段也会有挤逼情况出现。车站方面也只有连接东铁线的大围站经常挤逼以及车公庙站偶有挤逼。根据港铁向香港立法会提交的文件披露，马鞍山线最繁忙时段载客率在2014年和2015年同为80%（以车厢每平方米站立4人计算），最繁忙路段在车公庙站至大围站之间。自列车车卡增至8卡后挤逼情况已大幅改善，惟预计在沙中线大围至红磡段通车后，或会因客源增加而令繁忙时段出现挤逼情况。
列车编组.马鞍山线共使用20列列车行驶，列车每8卡为一组，车型分佈如下：
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