民赤手钱何来，携男提女街头卖。明知卖儿难救饥，忍被鬼伯同时录……”（无夏之年）清末咸丰、同治年间 (1856年－1873年) ，云南回民发动叛乱，以大理为中心建立了杜文秀穆斯林政权，几乎占领昆明城以外的云南全境。战后，云南回族人口大量减少。晚清时期，英国征服缅甸，法国征服越南，两国势力对云南产生一定影响。边境地区开放了几处通商口岸：腾冲、蒙自、思茅。宣统二年 (1910年) ，法国投资的滇越铁路（中国境内部分今名昆河铁路）通车。宣统元年 (1909年) ，清朝实行新政，云南编立新军，成立云南陆军讲武堂。