见此情形，试图向杨在元申辩，但却遭到严厉驳斥。虽然如此，林文明仍试图向各官府抗争，以表明自己的清白。
冤案惨死.1869年九月，林家接连不断的官司缠讼和抗争终于惹恼了官府，时任闽浙总督的英桂决定派专员查办林家，并任命杨在元为台湾镇总兵，黎兆堂为台湾兵备道，以顺利完成整肃林家的任务。不久，英桂指派候补知府，亲丁曰健派的凌定国为专员，并于十月抵达彰化，随即展开审理工作。凌定国将有关林家的旧案全部翻出，共列出 47 件案子，并展开长达数月的审理，然而至隔年正月时，林家仍佔上风，林文明更提