系，发现在鸭属中，非洲黑鸭是其他绿头鸭类（Mallard Group）物种（绿头鸭、太平洋黑鸭、、麻斑鸭、列山岛野鸭、吕宋鸭、花嘴鸭、、与墨西哥鸭）的姊妹群。因为非洲黑鸭是绿头鸭类生物演化上最早分支的物种，有研究者将其独立归入名为"Melananas"的亚属中（该亚属只有非洲黑鸭一种）。非洲黑鸭有两种亚种：另外也有人将加彭与喀麦隆的族群独立成一个新亚种"A. s. maclatchyi"，但并未被学界所接受。
生态.这种鸭的领域性很强，且生性相当害羞，常成对或成小群出现，一年