220年－1221年间被成吉思汗的蒙古帝国轻易摧毁。摩诃末在撤退中途死于里海附近，而他的儿子札兰丁也在印度河之战中被成吉思汗击败，前往德里苏丹国寻求庇护，后来被人刺杀。
近现代.花剌子模地区被白帐汗国和察合台汗国瓜分，首都库尼亚乌尔根奇（旧乌尔根奇，今属土库曼斯坦，注意与后来兴建的、今属乌兹别克斯坦的乌尔根奇区分开来）重建之后重新成为中亚最大、最重要的贸易中心之一。14世纪中期花剌子模在苏非王朝治下从金帐汗国独立。然而，帖木儿汗视花剌子模为撒马尔罕的对手，对其进行了5次军事行动，在