尔茨的普法尔茨-诺伊堡公国和普法尔茨-苏尔茨巴赫公国，他们也是维特尔斯巴赫家族的分支；还包括了弗莱辛、雷根斯堡、帕绍三个主教采邑，和帝国自由城市雷根斯堡。为了方便管理，巴伐利亚于1507年分成了4个二级行政区: 慕尼黑、布格豪森、兰茨胡特和施特劳宾。三十年战争后，安贝格成为了第五个二级行政区。1802年，首相蒙特格拉斯撤销了这些行政区。1805年，就在升格为王国前夕，蒂罗尔州和福拉尔贝格州内的一些飞地也重新回到巴伐利亚的统治当中。
特权.作为选帝侯，巴伐利亚选帝侯是帝国议会中选侯会