然有关驰龙科与其他兽脚亚目恐龙的关系较明白，但是驰龙科内部的演化发展却不明朗。与同在蒙古发现的恶灵龙、北美洲的犹他盗龙、驰龙及蜥鸟盗龙为近亲。恐爪龙及伶盗龙都是驰龙科恐龙，但却是另一个伶盗龙亚科。在2009年，恶灵龙、蜥鸟盗龙分别被归类到伶盗龙亚科、蜥鸟盗龙亚科。
嵌合体争议.与其他驰龙科恐龙比较，阿基里斯龙的骨盆带有蜥臀目的祖征。例如耻骨是直立并且有大的底部，这却与大部份驰龙科有小型的底部不同。此外，耻骨与坐骨同是指向后方，这种情况可见于无关联的鸟盘目恐龙及鸟类。由于上述的不