西支始于鲍尔迪山北侧山谷，海拔，东支与其相邻，最终二者在格里尔附近的山谷里合流，形成小科罗拉多河干流，并在伊加流出崃谷。此后河流转向北上，穿过里奇维尔谷，注入莱曼水库。 经过水库后河流继续北行，穿过圣约翰斯。在此之后小科罗拉多河便成为间歇河，幷向东北与祖尼河合流，穿过亨特谷，再与银溪（Silver Creek）和普埃科河（小科罗拉多河最大的支流）在霍尔布鲁克汇合，进入彩绘沙漠。进入沙漠之后，小科罗拉多河穿过耶和华城，与艾奇逊，托皮卡和圣塔菲铁路交叉而过，进入可可尼诺县和纳瓦霍族保留地，在大崃谷小科罗拉多