万年前之间，因珊瑚礁的隆起而形成了大东群岛的岛屿，形成岛屿的珊瑚礁厚度约从数百公尺到数千公尺。大东群岛自古无人居住，在古代被琉球人称为「ウフアガリ」，意思是东之涯的岛屿。但琉球人对此地区不甚了解，将群岛误以为是一个岛屿，称为「大东岛」。1820年，俄罗斯帆船自「博罗金诺」号（）首次测量并在地图上标注了这个群岛，称「博罗金诺群岛」。琉球被日本吞併后，方才有日本企业明治制糖、Rasa工业等来此群岛开拓，群岛上才有了人烟。北大东岛与南大东岛间距离约为20公里，但因两岛之间有深达2700公尺的海沟，因此无法