林孤儿》.在回到布鲁克林后，强纳森开始着手写下他的第五本，同时也是最着名的一本小说：《布鲁克林孤儿》。《布鲁克林孤儿》一改前几部作品的科幻风格，走回强纳森最初的侦探小说路线。故事描述一名住在纽约布鲁克林区圣文森少年之家、患有妥瑞症的孤儿莱诺意外卷进一起谋杀案中，为了摆脱自己的嫌疑，莱诺开始追查起幕后真正的兇手与真相。强纳森认为莱诺这个角色「无疑是我写过所有主角中最引人注目的」并表示他写作这本小说时「像是站在外面观看着这一切的发生……这个故事不需要我，它只是在找人把它写成小说而已。」无论如何，《布鲁克林孤儿