副院长兼总工王金南在2017年4月23日举行的第六期钱学森论坛上表示，新区所在的白洋淀流域不仅水资源严重短缺，而且入淀河流的水污染非常严重。雄安新区的大气环境污染也十分严重。他认为环境问题是雄安新区发展所面临的最大挑战。参与雄安新区规划设计的专家、清华大学建筑学院教授尹稚在2018年8月举办的“清华大学雄安新区规划建设发展高峰论坛”上表示，跟当年的浦东深圳这些大型新城新区来比，雄安新区出台时，中国经济处于困难期，选址也有很多不利条件，不在已有的国家级大型交通网络的节点上，而且地势低洼，比常年洪水位低8到