发不出薪水，连日清受经济压力，改考台湾水泥公司打字员，离开研究工作。因为始终想要投入学术工作，1948年，连日清在家境略为好转后，决定全职就读台湾省立师范学院英语系。1955年，进入台湾省疟疾研究所，致力于防疟工作，在众人努力下，1965年11月世界卫生组织宣佈台湾成为全世界第一个「疟疾根除地区」，是台湾公卫史上一大胜利。连日清在此之后，转而研究登革热病媒蚊。1974年12月台湾省疟疾研究所改制为台湾省传染病研究所,1988年9月併入行政院卫生署预防医学研究所，期间致力于研究病媒及防疫工作，持续研究病