先后被中央军委办公厅行政经济处、中国人民解放军总参谋部管理保障部服务局等单位用作办公用房，缺乏修缮，损毁严重，彩绘严重剥落，殿前月台的汉白玉石栏杆倾坍，九天应元雷坛前面接建了许多间红砖房，院落内乱搭建的办公建筑也很多，火灾隐患严重。1956年，北京市人民政府确认故宫博物院拥有大高玄殿的房产权。1980年代末，文物保护专家首次提出建议，希望总参保障部服务局腾退大高玄殿。1996年，大高玄殿被列为全国重点保护文物单位。1998年和2000年，全国政协两次收到刘炳森等全国政协委员提案，唿吁将大高玄殿归还故宫博