后掌握权势，制定寺院诸法度、设置寺社奉行，管理佛教。每个人都必需登录在某个寺院的寺请制度确立后，实质的终止了布教活动。当时最大的佛教势力净土真宗本愿寺东西分裂，结果造成势力的弱体化。日莲宗的不施不受派和基督教受到同样严厉的弹压。1654年，隐元隆琦传入黄檗宗。
明治时代.江户时代后半开始，以本居宣长为祖的国学影响了明治维新，大政奉还之后，新政府重视神道的结果，造成全国性的废佛毁释，寺院数减少。1871年（明治4年），明治政府发布太政官达废止虚无僧在籍的普化宗。但是，不受不施派和基督