铁路三线时，由于所需站场面积扩大，布吉站相应进行了扩建，建有一座基本站台及一座中间站台，共有正线3条、到发线6条、货物线1条，站房面积100多平方米。随着广深铁路历次提速，停靠布吉站的旅客列车数量越来越少，至2000年代初，每天仅余下一对旅客慢车停靠，而春运时也会有少数临时旅客列车以布吉站到发；随着广深铁路最后一对慢车8443／8444次于2003年停运，布吉站再没有旅客列车停靠。货运方面，布吉站的规模远远小于其他车站；与深圳地区其他铁路货运站相比，包括笋岗站（原深圳北站）、平湖站、平湖南站，布吉站的货运量