春季恶劣的环境使其军队处境因为缺少供给和消耗过大而不妙。红军的生力军趁机攻入了这片地域。1919年6月2日，他攻陷格拉佐夫是最后一场胜利。接下来的一个月里，他的部队遭遇了一系列溃败，退往托博尔斯克，被迫在那里与布尔什维克决战。年末，白军陷入混乱，继抛弃托木斯克之后，又抛弃了鄂木斯克。阿纳托利·佩佩利亚耶夫与最高领袖亚历山大·高尔察克在12月中旬爆发冲突，阿纳托利威胁要逮捕高尔察克。最后在担任总理的兄长维克托·佩佩利亚耶夫的斡旋下和解，随后阿纳托利被罢免军职送往哈尔滨治疗斑疹伤寒，其部众归弗拉基米尔·卡普