使是真正的羊肚菌，生食会造成肠胃道的不适，一般会先烹煮后再食用。皱盖钟菌对一些人可能是有毒的。假羊肚菌在生食时有毒，而且会致命。假羊肚菌合有的毒素，具有神经毒性、胃肠毒性、而且会破坏血球。蕈类中毒也不一定都是因为误食而造成，例如生长在裸麦上有剧毒性的麦角，若在採收时未注意到而採收，和裸麦一起食用，严重的话可能会致命，称为麦角中毒。