期间，沙伊纳接替因戈尔施塔特耶稣会约翰内斯·兰茨（Johannes Lantz）担任数学（物理和天文学）和希伯来语教授，讲习太阳日晷、实用几何、天文学、光学和望远镜。1611年，沙伊纳观察到了太阳黑子，次年在奥格斯堡发表了阿佩莱斯信稿。德国银行家、政治家暨天文学家马克·韦尔瑟（Mark Welser）持有前三封发自奥格斯堡的阿佩莱斯信稿。这些信件为后来伽利略发表有关太阳黑子之信回应阿佩莱斯信稿后，二人间所产生的不愉快纷争提供了原因之一。1614年沙伊纳与约翰·格奥尔·洛歇尔（Johann Georg L