方向与双股螺旋的旋转方向相同时，称为正超螺旋，此时硷基将更加紧密地结合。反之若扭转方向与双股螺旋相反，则称为负超螺旋，硷基之间的结合度会降低。自然界中大多数的脱氧核醣核酸，会因为拓扑异构酶的作用，而形成轻微的负超螺旋状态。拓扑异构酶同时也在转录作用或DNA复制过程中，负责纾解脱氧核醣核酸链所受的扭转压力。
各种类型的双螺旋结构.脱氧核醣核酸有多种不同的构象，其中有些构象之间在构造上的差异并不大。目前已辨识出来的构象包括：A-DNA、B-DNA、C-DNA、D-DNA、E-DNA、H