而根据《台湾县志》的记载，鹿耳门妈祖庙是康熙五十八年（1719年）「各官捐俸同建」，鹿耳门天后宫则认为该年是官方仕绅捐资「扩建」。同治十年（1871年）因洪水导致旧庙倒塌后，被抢救出来的神像据显宫一带的说法是除了妈祖暂祀于民家之外，其他神像寄祀于台南水仙宫。
新庙.旧庙被毁之后，妈祖宫庄（今显宫）以轮祀方式祭拜妈祖，也有盖草庵奉祀之说。因经济因素，所以一直没有重建庙宇。直到民国35年（1946年），当地仕绅林洋、林天宋、林谋、林银生、蔡杭、苏寅、尤石崎、林闹晚、林厅等人才募款重