道正常菌丛可压制其生长，但当使用大量广谱抗生素(如头孢菌素)，会杀死正常菌丛，使艰难梭菌大量增生并产生毒素，导致腹泻、恶心、发烧，甚至导致伪膜性结肠炎及毒性巨结肠症(Toxic megacolon)致死。
治疗.通常使用甲硝唑、万古霉素治疗，近期发现以粪便微生物移植作为治疗手段有更好的效果且更少的副作用。