军收复长汀、连城等县，林文明即以武生身分领军作战，表现杰出，得以晋升为千总，并获留闽尽先补用。1862年，林文明与哥哥林文察会师龙泉，展开第二次支援浙江战事的军事行动。这次行动中，林文察发挥高明的军事才能，成功击溃拥有兵力优势的太平军，并收复遂昌、松阳、处州等地，而林文明也因战功优异，于该年晋升参将。
平定戴潮春事件.同年，戴潮春事件爆发，林文明于7月28日请假回台保乡兼平定乱事，并于八月与九月之间返回台湾。之后于外新庄、阿罩雾庄（今台中市核心、雾峰区一带）展开激战，击退戴潮春军，