式的电报从上海发出。由于清政府事先试图封锁消息并且没有及时地立案捉拿惩治凶手，因而英美指责其为斋教会的同谋帮凶，并提出强硬抗议，在军事上施加压力。英美驻榕领事联手组织调查团前往古田并参加会审。11月7日，古田斋教会的头目全部被斩首，其他几十名从犯被判处无期徒刑及终身充军，古田知县王汝霖等地方官员被革职。值得注意的是，斋教内部有位名叫张涛的重要人物，在古田教案发生之前曾极力反对进攻华山，并且还把斋教徒准备袭击华山的计划告知中国的传教士。外国领事馆遂曾因此提议免除其对教案应负的责任，但张涛的下场依然是身首异处。