年12月，他再度当选为玉树藏族自治州州长。1965年10月9日召开的玉树藏族自治州四届一次人民代表大会上，扎西才旺多杰未被提名参加选举。1966年10月25日召开的玉树藏族自治州四届二次人民代表大会，罢免了扎西才旺多杰的青海省人民代表大会代表、玉树藏族自治州人民委员会委员的资格。随后，扎西才旺多杰失去了人身自由，在文化大革命中挨打、挨批直至1969年初。1969年春季，由于长期受到批斗，身心遭到严重摧残，扎西才旺多杰逝世。在扎西才旺多杰逝世26年之后，中国共产党和人民政府为扎西才旺多杰平反。