在按照法律的情况下继续保持一国之君的地位。在1192年源頼朝被天皇封为征夷大将军，他发展出的军人政权被人称之为幕府。源頼朝的妻子北条政子所属的北条氏家族在源赖朝殁后取得政权。源赖朝的子嗣源赖家及源实朝相继被杀后，源氏家族被灭。幕府将军已成为傀儡，任由世袭执权一职的北条家族废立，实权落在北条氏手上。在1274到1281年，蒙古帝国三次进攻日本虽然皆以失败告终，却使幕府元气大伤，最终衰亡。在1333年，北条氏摄政的镰仓幕府于东胜寺合战后被推翻。皇室中的两个家族，一为大觉寺统，另一是持明院统，相争帝位。经