还曾任法制委员会委员。1924年11月，邵元沖随孙中山北上，任行营机要主任秘书。到北京后，又兼任北京《民国日报》社社长。1925年3月，在孙中山去世时，是总理遗嘱的见证人之一。孙中山死后，1925年11月，邵元沖、邹鲁、谢持等人在北京西山召开“西山会议”，形成西山会议派，反对“联俄、联共、扶助农工”三大政策。1926年1月，中国国民党第二次全国代表大会在广州召开，通过《弹劾西山会议决议案》，邵元沖受书面警告处分。同年3月，西山会议派在上海另行召开“中国国民党第二次全国代表大会”，成立中央执行委员会，