种说法认为，千佛崖是吐蕃第六代赞普赤松德赞为纪念吐蕃药师玉托·云登贡布逝世而凿刻。还有一种说法认为，此处摩崖石刻最早是由14世纪的贵族多仁班智达出资雕刻。经过无数岁月的不断雕刻，千佛崖的佛像越来越多。西藏习俗中，若家中有人死去，家人便会聘请画师画一幅唐卡佛像，以替死者积功德。贫穷而无法请画师的人，便会到千佛崖为山壁上已有的佛像重新着色，作为替代办法。21世纪初，为保护文物，此处的僧人已不大欢迎信众在石壁上增刻佛像，朝拜者可将在石板上刻好的佛像送到此处的僧人手中，僧人会将石板放在山崖上的角落，供人顶礼。