格兰长老教会派遣他到台湾传教。此时，两位苏格兰同乡在厦门相遇，借由马雅各的描述，约翰·汤姆生知道了很多关于台湾岛上原住民的讯息，这深刻地吸引了他，决定随同马雅各来台。
台湾.1871年4月，约翰·汤姆生的第一场福尔摩沙之旅，从打狗港（上岸），拍下了美丽壮观的影像。为19世纪的打狗港留下最完整的影像纪录。在他的镜头下，打狗港海天阔远的东方诗意，展现独特的影像美学。此外，汤姆生也拍摄了当时称为台湾府的台南，如热兰遮城（安平古堡），最远曾涉足荖浓溪流域，保留了百年多前的地貌。汤姆生在