，泛索马里统一运动的讨论退居次要，因为共和国已经分裂成几个自治的较小的地区或宗派割据政权管理区。 索马里西北部分裂国家索马里兰共和国的政府一直试图脱离索马里共和国，并发起了一场失败但持续的运动，以寻求国际组织和国家的认可。 索马里兰进一步与邦特兰争夺了苏尔州和萨那格州地区的控制权。 尽管没有统一的政府，因此也没有正式的激怒主义政策，但民兵领导人在1998年至2000年与埃塞俄比亚军队发生冲突。
伊斯兰法庭联盟.2006年末，当时控制索马里南部大部分地区的伊斯兰法院联盟（ICU）负责