54年5月，1956年3月16日正式收治病人。1999年9月28日，挂牌成立中国人民解放军第二炮兵总医院，隶属中国人民解放军第二炮兵后勤部。该医院曾先后参加“1959年西藏平叛”、“抗美援越”、“国庆35周年阅兵”、“中越边境自卫反击战”、“1998年抗洪抢险”、“国庆50周年阅兵”、“2003年抗击‘非典’”、“2008年四川抗震救灾”、“2008年奥运安保”等。2003年，该医院被评为“北京市抗击非典先进单位”，2010年，玉树抗震救灾医疗队被中共中央、国务院、中央军委授予“抗震救灾英雄集体”称