属于弗西豚科的亚科Lipotinae。而Heyning在进行比较解剖学研究后，把白鱀豚作为了亚河豚科下的一个属。而DNA序列的测定结果则表明，亚河豚、弗西豚和白鱀豚各属于不同的科。
演化.根据古生物学家们通过化石考证，白鱀豚在第三纪中新世及上新世就已经出现在长江流域。1981年9月，中国地质学家在广西桂平发现了一块下颌骨化石片段。这件下颌骨化石属于一种古老的白鱀豚，称为原白鱀豚（"Parapontoporia"）。化石记录着原白鱀豚在大约2000多万年前的古老性状，与现今的白鱀豚相