元培辞去北京大学校长，退隐杭州，并同意由蒋梦麟前往北京大学代理校务。蒋梦麟于是在7月与学生会代表张国焘赴北京就任。蔡元培于9月重返北大复职校长。蒋梦麟担任教育学教授。1922年作为国民代表出席华盛顿会议。1926年4月，因为担心遭军阀抓捕，躲入东交民巷六国饭店三个月，同时躲入东交民巷的还有北大政治学教授李大钊。后趁机逃往上海，转赴杭州。
从政经历.1927年，国民革命军占领杭州后，蒋梦麟被蒋中正任命为浙江省省政府委员兼教育厅长、中国国民党中央政治会议浙江分会秘书长，开始党政