爆炸案以及2006年孟买火车连环爆炸案等等事件都足以证明，恐怖分子视铁路系统为恐怖袭击一大目标。因此，反恐亦为铁路警区主要任务之一。为了更有效率地调配资源以保护铁路系统，铁路警区就各铁路站的设计、人流以及邻近地标建筑均进行过风险评估，在设计及规划新铁路轨道及铁路站阶段时，均会向香港铁路有限公司就保安事宜上提供意见，确保铁路站及其相应施能够达致最佳的保安水平。此外，每年铁路铁区皆会和包括香港消防处以及香港铁路有限公司在内的相关机构合作举行演习及培育训练，模拟重大事故以及恐怖袭击，透过反覆演习训练，确保相关