车站结构.
站房.余姚站目前的站房于1993年投入使用，面积2739平方米。其中候车大厅同时可容纳1500名旅客。主站房旁另设售票室、行车室、行包房等。余姚站城际列车入口位于主站房东侧原售票处，用于市郊市域铁路业务。城际站房设有36个候车座椅，以及专门的智能卡刷卡机、自动售票机等设施。
站场.余姚站原设有设有2条正线，2条到发线，旅客站台2座；宁波城际部分为由原车站货场改造而成，设有1条尽端式到发线和1座站台用于市郊市域铁路业务，站