当时成宗时期，向成宗进谗言的淑仪严氏和淑容郑氏，郑氏所育的两子安阳君和凤安君也被赐死，以及26位参予其中所谓的“奸臣”，羞辱躺在病榻上的祖母仁粹大妃。导致仁粹大妃因受惊吓病情加重而过世，甚至连一手抚养他长大成人的慈顺大妃都险遭毒手，就连包括韩明浍（成宗恭惠王后之父）等已故者8人也不得倖免。他更清除了由史官、谏官及议政大臣行使的制约，史称「甲子士祸（갑자사화）」。1506年中宗反正，燕山君即为反正军队讨伐的对象。