族庶流，其父为新纳祐久。新纳氏是岛津氏的庶流，本是战国大名，其居城为志布志。1538年，遭到丰州岛津氏、北乡氏和肝付氏的联合攻击而灭亡，祐久带着忠元逃到了田布施（地今属南萨摩市），成为伊作家岛津忠良的学问师。新纳忠元也成为岛津忠良的家臣。后来，忠元历仕岛津贵久、岛津义久两代。1545年参与攻打入来院重朝，一骑打倒入来院氏的家臣，从而使岛津氏胜利。1562年参加攻打横川城的的战斗。1569年跟在赤池长任之后攻入菱刈隆秋所据的大口城，虽然重伤仍然在战场上奋勇前进，被评价为「武勇如鬼神」（）。此后任萨摩国大口地头