邹应元（），字清源，号鹤山，又号两松，江苏金匮（今属无钖市）人，清朝政治人物。
生平.邹应元为干隆十六年（1751年）进士，授武宁县知县，累迁至杭州知府。干隆三十二年（1767年）四月，调知台湾府。任内台湾发生黄教之乱，邹应元请兵围剿。干隆三十七年（1772年）四月离职。