正教会是北马其顿共和国国内最多人信仰的宗教，也是最大民族马其顿族的主要信仰。北马其顿国内的正教会基督徒大多属于马其顿正教会（1967年从塞尔维亚正教会分出的自主教会）。穆斯林是北马其顿全国第二大宗教团体，占全国人口的将近三分之一，主要由阿尔巴尼亚族和土耳其族组成。在北马其顿也有一些其他宗教团体，包括天主教会、新教和犹太教。2011年在西巴尔干半岛的一项调查显示，北马其顿有70.7%的人信仰基督宗教，其中69.6%是东正教，0.4%是天主教和新教。另有28.6%为穆斯林，无教派穆斯林占大多数(25.6