的爱好者大量的对其进行Mod。尽管有许多写死在程式码中的限制，几乎这款游戏的每个层面，包括模型、贴图，到游戏介面、音乐、与特效，都被更动过。许多受欢迎的Mod是基于出名的科幻故事，《超时空要塞》、《巴比伦五号（Babylon 5）》、《星舰迷航记》与《星际大战》的Mod都在《万舰齐发》的社群中广为流传。而也有一些Mod，是基于玩家的原创想法而制作的。由于万舰齐发档案系统模组化的特性，就算不具技术能力的玩家也可以借由简单修改船只的属性来改变游戏的特性，这造就了《万舰齐发》庞大的Modding社群。《万舰齐发2