，御史计坤亨等上疏言尚鹏无罪。万历四年（1576年）任福建巡抚，清廉自洁，《虚室行》诗云“细视瓶中久无粟，举火终朝待邻曲。长饥近午始一餐，敢望丰年收万斛。”以推行一条鞭法和清理整顿两淮盐法而闻名。一条鞭法成闽省定制。后与胡守仁发生冲突，首辅张居正以重言谴责庞尚鹏。隔年罢官南归。家居期间，撰写《庞氏家训》，内有“务本业”、“禁奢靡”等六章，共计六十七条。万历八年（1580年）卒于家。天启年间，追谥惠敏。杭州西湖葛岭建有庞公祠。
着作.着有《百可亭稿》、《奏议》、《殷鉴录》