对福州地区的拿公、拿婆、临水夫人、陈尚书，以及漳、泉地区的苏臣等航海神的信仰，相继被福建水手带到了琉球。琉球人的妈祖信仰则是由明朝初年的闽人三十六姓带到琉球的。琉球国共有上下两座天妃宫。其中，上天妃宫在久米村，下天妃宫在那霸港的天使馆附近。琉球的道教神蔡姑婆，亦受到琉球人的尊崇。1622年，琉球历史上的第一位传教士乘坐「南蛮船」来到八重山，在当地进行传教。由于当时日本江户幕府实行禁教政策，作为附庸国的琉球不得不下令禁教，要求琉球民众对传播和信仰基督教的人进行检举揭发。这一禁教行动一直持续到了19世纪中叶