子夺太子之位，神宗找不到作者，认为是吏科给事中戴士衡与全椒知县樊玉衡之作，于是贬谪了戴、樊两人。御史赵之翰认为武英殿大学士张位是主谋．神宗贬谪了张位，与其人马，包括了礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作。国子祭酒刘应秋、给事中杨廷兰、礼部主事万建昆等，是为「第一次妖书案」。
第二次妖书案.万历三十一年（1603年）十一月，又有人作了《》一书，说是神宗被迫立常洛为太子，太子之位堪忧，大肆批评首辅沈一贯与大学士朱赓，浙党沈一贯乘机诬害东林党人郭正域、沈鲤等人，并牵扯到许多闲杂人等，包括佛教禅宗