车10年后行车流量已经饱和，往港岛方向每天上下午繁忙时间经常出现挤塞情况。因此，除隧道收费外，由1984年6月1日起，当局向所有车辆征收隧道税，以求减低流量。而该隧道专营权在1999年8月31日届满，现已交还香港政府管理。虽然先后有东区海底隧道及西区海底隧道通车纾解车流，但由于西隧收费高昂，东隧的地理位置又不及红隧方便，故隧道的饱和程度仍日益恶化。在周末及假日前夕，有时到凌晨12时左右仍可见车龙。2006年，平均每日行车量达124,000架次。
东区海底隧道.东区海底隧道简称东