猷指示成立「初步规画小组」。1993年，台湾史田野研究室召集人张光直返国，向院方提出「建议成立『台湾史研究所』案」；立法院教育委员会莅院访问，亦对设所案深表关切。3月27日，中研院第十四届评议会第六次会议通过「台湾史研究所设所规画案」。6月26日，总统府核准设立台湾史研究所筹备处。2004年，台史所正式成立，设有档案馆、口述历史室及图书馆等。2013年，台史所举办「庆祝本所成所20週年所庆系列活动」。
学术研究.台史所学术谘询委员曾包括：曹永和、杜正胜、李壬癸、李亦园、