授职为永丰县知县。他受征召，就任御史，历任淮、扬、湖广的按察使。晋升为大理寺丞、右少卿。嘉靖四十二年，他升任右佥都御史、郧阳巡抚。改任提督，负责军务，巡视南昌、赣州、汀州、漳州。与两广提督吴桂芳讨伐、平定河源的李亚元、程乡的叶丹楼，又会师一处，在海丰打败倭寇。起初，广东大埔的百姓蓝松山、余大眷倡导叛乱，在漳州、延平、兴州、泉州之间流窜、抢劫。官军击退后，他们逃到永春，与香寮的盗贼蓝阿普、范继祖联合侵犯德化，被都指挥耿宗元打败，他们假装请求招安。吴百朋也佯装罢兵，利诱乱贼的党徒为内应，先后将他们全部抓获，