1975年7月6日，科摩罗议会通过决议，宣布独立。但来自马约特的代表对该决议投了弃权票，并决定继续接受法国的统治。在之后1974年和1976年的两次公决中，马约特依然反对从法国独立，两次公投中反对独立的比率分别是63.8%和99.4%。1997年，昂儒昂和莫爱利分别宣布脱离科摩罗独立，科摩罗政府之后试图以武力维护统一的行动未能成功。非洲联盟在南非总统姆贝基的主持下对各方进行了调解，各方同意每个岛都有一个自治政府，而之上则有一个三岛联合政府。2005年初，科摩罗通过了一部法律以界定三个自治政府以及联合政府