发展出膨大的龙骨突，为重要的飞行肌肉提供附着点，使得翅膀能够上下拍动。与始祖鸟相比，孔子鸟有延长了的"喙突 (Coracoid)"，这表明了孔子鸟的肩部肌肉在向现代鸟类进化过程中比始祖鸟更进一步。孔子鸟的胸腔通过带钩突的肋骨和胸骨肋得到加强。叉骨和始祖鸟和各种(非鸟)兽脚类动物一样，不是叉状，而是回力镖状。在大量的重构图中(请看最上面的一幅)，孔子鸟的手显得更原始。实际上"掌骨 (Metacarpalia)" II 和 III在近腕骨处和"月骨"融合为腕掌骨（"Carpometacarpus"）。现