分人士反对，因此刚就职不久便弃职离开广东。中华民国成立后，黄士龙任南京临时政府总统府参军长。1913年二次革命爆发，同年7月18日广东省议会支持陈炯明，宣布广东独立。原广东参都督黄士龙因为失去职务而痛恨广东的革命党人，企图取而代之，因此曾到北京拜见袁世凯，获袁世凯提供巨款，替袁世凯收买粤军，再加上粤军军官多为黄士龙旧部或学生，故他们大多被袁世凯收买。后广东二次革命失败，陈炯明逃走。1913年8月14日，黄士龙被北京政府任命为广东护军使。