测定了第一个细菌的基因组）中，完整的DNA链被打散为成千上万条长约600到800个核苷酸的DNA片段。这些DNA片段的两端相互重叠，只有依照正确的顺序组合，才能还原为完整的DNA序列。对于较大的基因组，霰弹枪定序法能够迅速的测定DNA片段的序列，但将它们组装起来的工作则相当复杂。在人类基因组计划中，该基因重组过程花费了几个月的CPU时间（on a circa-2000 vintage DEC Alpha computer）。由于现今几乎所有基因序列均由霰弹法测定，基因重组算法是信息生物学研究的重点课题。