被接纳为主流，制作量随之迅速增长，GUNDAM系列作品的制作亦于这个年代开始。日本动画于1990年代及2000年代迎来了它被海外市场接受程度的提昇。动画连续剧诸如《新世纪福音战士》和《攻壳机动队》于日本大受欢迎，亦吸引了海外观众的注意。《七龙珠》、《美少女战士》和《神奇宝贝》的周边商品在欧美地区更是抢手货。《神隐少女》于2002年德国柏林影展中得到金熊奖，并在第七十六届奥斯卡电影颁奖典礼中得到「最佳动画长片」一奖项。而《攻壳机动队》亦在2004年坎城影展上映。日本动画业中较为重要的制作公司包括了东映动画