研究逐渐感到兴趣，他将亲属关系视为理解较大的社会动力的一个窗口；他将亲属关系视为社会的基本构件。在1850年代末期和1860年代，摩根从各个印第安人部族蒐集亲属关系的资料。在他的亲属关系比较研究，摩根回应来自世界各地的学者、传教士、美国印地安人代表、殖民地官员与军官。他研发了一套问卷，可让其他人自行填写，以便他能以标准化方式蒐集资料。在这几年，他做了数次为期几个月的长途旅行，前往当时所称的蛮荒西部（Wild West），以推进他的研究。摩尔根与表亲玛莉史提勒（Mary Steele）结婚，育有二女一男