1998年和2001年两度参选桃园县区域立法委员，但并未当选。2003年曾茂兴被当时总统陈水扁聘任为有给职之国策顾问，任职期间仍积极参与工运事务并以所领薪俸捐出资助工运团体。曾茂兴曾因公开发言支持陈水扁夫人吴淑珍为其子陈致中购买名车，而引发争议；在介入耀文电子（2004年）及大鲁阁纤维（2005年）等劳资争议时，其作风亦遭部份工运团体质疑。2007年9月19日凌晨，曾茂兴因肝癌病逝于家中，享年67岁。 身后获陈水扁总统颁发褒扬令，称之为「工运斗士」：「曾获选全国自主劳工联盟会长，筹组失业劳工促进就业联盟