约30%的遗传成分是来自于当时北方黄河流域居民，而曾经的原住民——吴越人则成为汉族的一部分。中国现存的吴越遗传成分以上海南郊和浙江居多，而上海市区、嘉定区、宝山区、浦东新区、崇明县等较晚成陆的北部地区吴越人所占的人口比例则有所降低。吴越人是周朝以来分布在长江以南吴国（今江苏、江西）和越国（今浙江、福建、广东）等地的一个部落，其源头可追溯至马家浜文化甚至是浙江的河姆渡文化时期的先民。西周时期太伯奔吴建立吴国，后又先后被越国、楚国征服，楚国时为春申君的封地，因而上海又简称“申”。在晋朝的衣冠南渡、两宋之间等时期