1949年1月5日开始主持台湾省政。蒋函电陈，「如何不速就职，若再延滞，则夜长梦多，全盘计划，完全破败也。」1949年2月蒋任命陈兼任台湾警备总司令，以图确保台湾，是蒋「引退」前重要人事部署，认为「有台湾在，即使大陆尽失，也可复兴」。1949年7月台湾警备总司令部结束，成立东南军政长官公署，任军政长官，辖区为台湾与苏浙闽潮汕沿海地区，负责收容整编撤出大陆的军队。
撤离中国大陆.1949年1月1日，蒋以《总统令》明令发表陈任台湾省政府主席。1月5日，陈正式就任台湾省政府主席，兼台湾省