二十八年（1549年）解职。次年，召还故任。嘉靖三十年（1551年）因擒获叛乱边民哈舟儿之事，论功加太子少保。上疏请求明世宗为皇太子选择讲官读书，被搁置不理。嘉靖三十二年（1553年）明世宗迷恋斋醮，孙承恩因不愿戴黄冠（作道士装束）迎合，遂乞求致仕归乡。嘉靖四十年（1561年）八月去世。赠太子太保，谥文简。
轶事.孙承恩家旁边有一处道教庙宇，当他在朝为官时，有权势者为奉承他，想夺这块地为孙家产业，先向他探听口风。孙承恩笑着说：“孩童时拿着七尺竿，以蚯蚓为饵，偶尔钓到鱼，必定向天作揖