现驻有5所普通高等院校，其中包括2所本科院校：江苏大学（其主体前身为镇江农业机械学院（1961-1982）、江苏工学院（1982-1994）和江苏理工大学（1994-2001），2001年与镇江医学院和镇江师范专科学校合并组建得名，是全国重点大学）和江苏科技大学（原名镇江船舶学院、华东船舶工业学院）。另有镇江市高等专科学校、江苏农林职业技术学院、江苏航空职业技术学院、南京财经大学红山学院句容校区、南京师范大学中北学院丹阳校区和民办金山职业技术学院等大专科院校。此外还驻有一所军事高等院校镇江船艇学院。