2月18日，麻豆社终于向荷兰人投降，并签订《麻豆协约》表示他们愿完全接受荷兰政府统治。
后续圣诞节之役.12月25日，荷兰部队及新港社原住民联军继续进攻高雄一带的塔加里扬社，焚毁他们的村庄。塔加里扬人落败，撤退到屏东；谓之《圣诞节之役》。
影响.麻豆社之役、及圣诞节之役发生后，凤山一带的平埔族也纷纷与荷兰人签定和约，接受荷兰人的统治。其他的平埔族，如放縤社，则南移到屏东避祸，形成后来的凤山八社。台南到高雄一带的广阔平原形同真空。此后，荷兰人陆续引进中国移民