冯沪祥为极具争议性的人物，在台大哲学系事件中，冯沪祥以学生身分逼迫台大校方屈从压力，系主任和教授等十多位师生因此事件遭整肃，冯成为当时国民党政府执行「重整思想秩序」的人物之一。2004年，冯沪祥被其聘用的菲律宾籍看护萝丝（Rose）指控性侵，因冯的精液检体被验出，进而被依「强制性交罪」判三年四个月有期徒刑（诉讼期间曾另依「利用权势性交罪」判刑）；2016年10月，最高法院于认定被害人阴道深处验出冯的精液，且冯妻急着将被害人送出国有违常情，维持高院判决定谳。冯声称此判决结果为民进党政府的政治迫害，将为了