的学生应该多修理工科课程，而美国籍教师瓦尔德主张学生应该多修英文、美国文学、美国史地，二人发生分歧，美国驻华公使出面干预，胡敦复以不能遵办而辞职。1911年秋，他离开清华学堂回到上海。11月起至1912年12月，任复旦公学教务长。1912年10月，武昌起义爆发，立达学社社员陆续到上海同胡敦复会合，他们遂策划由立达学社创办大同学院，并推举胡敦复任首任院长。1912年，大同学院在上海创建，胡敦复任院长。1922年，经北洋政府核准，该学院改为大同大学，这是中华民国首家私人所创办的大学。1926年，胡敦复到