宣统元年（1909年）六月返国，以疾乞假。张之洞遗疏称其堪大用。转吏部侍郎，改学部侍郎，总理礼学馆事，兼修订法律大臣、国史馆副总裁。民国成立后，隐居青岛，北洋政府授为参政，坚辞不受。晚年担任纂修清史稿总阅。民国五年（1916年）病逝上海。谥文和。《清史稿》有传。
家庭.于式枚笃信佛教，终身未婚。收胞弟于式棱之子于孝侯收为继子。于式棱，光绪进士。孝侯之女于立群，郭沫若之妻。母亲居庆，字玉徽，有才，居庆妹居瑛亦工诗画。