两人工作关系紧张，但随后就搁下歧见，成为有效率的组合。1942年5月莱因哈特·海德里希被暗杀时，法兰克又再次错过保护长官的职位，并与新任代理保护长官库尔特·达吕格策划了报复海德里希之死的破坏利迪策的行动。在达吕格之下，他仍巩固自身权力，在1943年威廉·弗利克被任命正式的保护长官时，法兰克已为成最具影响力的保护国官员。在1942年8月，被任命为德国内阁中的波希米亚和摩拉维亚保护国国务部长。1943年6月，晋升为党卫队副总指挥兼警察上将。1945年4月30日至5月1日的布拉格起义，法兰克在电台宣布，他将消灭