华民国政府迁往台湾后，改于国民革命忠烈祠举行遥祭黄帝陵典礼，嗣为便利与祭人员于民族扫墓节安排祭祖扫墓活动。该项典礼之举办，具有记取并发扬中华民族慎终追远、饮水思源的传统美德之深远意义。自民国四十年（1951年）起于每年清明节举行中枢与台湾省各界遥祭黄帝陵典礼，初由台湾省政府办理，并由总统遣内政部部长代表主祭，假台北市国民革命忠烈祠举行。至民国六十九年（1980年）改由内政部主办中枢遥祭黄帝陵典礼。惟民国九十八年（2009年）与民国一零一年（2012年）清明节由马英九总统亲临主祭，五院代表陪祭，中央各部会