至新林，萧秀等人投奔，萧衍以萧秀为辅国将军。是时萧宝卷弟晋熙王萧宝嵩为冠军将军、南徐州刺史，镇京口，长史范岫行府州事，遣使降萧衍，并且请兵。以萧秀为冠军长史、南东海太守，镇京口。攻克建康，萧秀仍为使持节、都督南徐、兖二州诸军事、南徐州刺史，辅国将军如故。天监元年（502年），南梁建立，萧秀进号征虏将军，封安成郡王，邑二千户。京口自崔慧景作乱后，民户流散，萧秀京口在招怀抚纳，以私财赈济百姓，所济活甚多。二年（503年），入朝领石头戍事，加散骑常侍。三年（504年），进号右将军。五年（506年），加领军、中书令