有、、等潟湖，其中佐潟在1997年被列入湿地公约加以保护。新新潟市海岸线沿岸地区有众多沙丘，其中自北区至西蒲区角田山北麓的海岸线是，全长70公里，是日本最大的海岸沙丘。新潟市的山区和丘陵部分则多位于西部的西蒲区和南部的秋叶区。西部的弥彦山脉被划入佐渡弥彦米山国定公园。南部的新津丘陵在明治和大正时期曾是石油产地。由于新潟地盘极为软弱，因此在地震时期表层晃动幅度极大，容易发生土壤液化现象。
气候.新潟市属于日本海侧气候，冬季湿度高，在夏季则容易发生焚风现象，有时会出现短时间内气温急剧上