三年（1618年）四月，努尔哈赤起兵反明，恩格德尔在努尔哈赤身边侍奉。天命九年（明熹宗天启四年，1624年）恩格德尔偕妻及弟莽果尔代部移居辽阳。归附努尔哈赤，隶满洲正黄旗。授三等总兵官。努尔哈赤与他盟誓，赐以敕书：“非叛逆，他罪皆得免。”天聪三年（明思宗崇祯二年，1629年）正月，与武讷格等率蒙古兵出兵攻打察哈尔。是年冬天，从皇太极攻明朝关内遵化、永平等地，率左翼蒙古兵，败于明督师袁崇焕、明总兵祖大寿。天聪五年（崇祯四年，1631年），围攻大凌河城，与明监军道张春、总兵吴襄援军战，行动迟缓被罚。崇德元年