，巴尼亚卢卡得到了重建。这一时期，有不少来自附近村庄和黑塞哥维纳地区的塞尔维亚人迁居来到巴尼亚卢卡。
波斯尼亚战争和战后.1990年代前期，随着波黑战争的爆发，巴尼亚卢卡发生了相当大的变化。波斯尼亚和黑塞哥维纳宣佈独立之后，塞族共和国也宣告独立，巴尼亚卢卡是塞尔维亚人地区的争执中心。在克罗地亚战争和波黑战争的1991年至1995年期间，巴尼亚卢卡近郊的曼尼察山麓曾建有曼尼察集中营。曼尼察集中营在国际压力之下曾在1993年后期关闭，在1995年10月又重新启用。当时有约4,500人至