入福冈县，此后北九州一带一直属于福冈县。地处交通和军事要地的北九州得到了中央政府的高度重视。1889年门司港被指定为特定输出港和1891年门司车站（现门司港车站）至高濑车站（现玉名车站）之间的铁路开通意味着北九州成为九州的玄关口。1898年日本皇军将第12师团总部设在小仓和1901年八幡制铁所开业则象征北九州开始成为「军都」和「重工业都市」。西日本最大的要塞的部分区域位于北九州市沿海地区，小仓城和现在若松区的沿海地区曾长期禁止普通民众进入，可见北九州的军事地位。1899年，门司市成为北九州地区最早设市的城市