43年，陈任中国远征军司令长官。同年5月，离开云南，返回湖北，指挥对日作战，取得鄂西大捷。1944年11月，任军政部部长。1945年1月，兼任后勤部总司令。7月30日，国民政府特任张厉生为内政部长，王世杰为外交部长，陈为军政部长，俞鸿钧为财政部长，翁文灏为经济部长，朱家骅为教育部长，俞飞鹏为交通部长，谷正纲为社会部长兼农林部长，徐堪为粮食部长，谢冠生为司法行政部长，鹿钟麟为兵役部长。9月21日，军政部长陈由重庆到成都，商讨川、康整军问，决定川、康部队今后保留3个军、6个师、2个独立师，9月24日陈由成都