池水最深处达4公尺，水温长年约在摄氏14度，钙含量仅20ppm，适合人类饮用，涌水水量约为每秒168公升；池水除了供周边农田灌溉，也供附近养鳟鱼。一般在喀斯特地形区域的地下水会有较多钙质成分，但别府弁天池的涌水并非如此，被认为因为是秋吉台地北部有许多燧石岩层，地下水从位于西北部的花尾山借由这岩层流至此涌出。弁天池位于别府巖岛神社境内，传说中过去在别府地区的水源不足，当地居民仔此建了辩才天的女神像后，才出现涌水形成这个水池。