除学籍。后来，孙越崎多亏蔡元培的帮助，方进入北京大学采矿系继续学习，于1921年毕业，获得工科学士学位。毕业后，孙越崎回绍兴休养两年，其间妻子葛采湘病逝。
穆棱煤矿.1923年秋，孙越崎赴中国东北，参观了抚顺煤矿、本溪煤矿、鞍山制铁所等等。1924年初，中俄官商合办穆棱煤矿公司（今鸡西矿务局的前身），应督办蔡运升之邀，孙越崎不顾家人反对，冒雪奔赴穆棱（今鸡西），参加了的穆棱煤矿的创建工作。孙越崎被任命为中方矿务股长兼机械、工程股长，率领中方人员开掘第二号直井，与俄方人员开掘的第一号