983年被定为汉族地区佛教全国重点寺院。灵谷寺最初为南朝梁武帝为尊崇宝志禅师兴建的“开善精舍”，位于紫金山独龙阜玩珠峰南麓，成于天监十三年（514年），寺内还建有宝公塔。唐朝干符年间改名为“宝公院”，北宋太平兴国五年（980年）改称“太平兴国寺”，到明朝初年时被称作“蒋山寺”。明太祖朱元璋选定此处修建明孝陵，于洪武十四年（1381年）将原寺移到灵谷寺现址，命名为“灵谷禅寺”。当时灵谷寺规模很大，占地500余亩，但是建筑大多毁于清朝咸丰同治年间清军与太平军的兵火，虽然同治年间寺院得以重建，规模已大不如前。