重启修建。1895年（光绪21年），乙未战争澎湖之役爆发，日军进攻澎湖，因战事波及，天后宫再度损毁。
日治时期.台厦郊诸绅见天后宫残破，终于于1919年（大正八年）间决议鸠资修建，期间先向时任妈宫街长上泷宇太郎申请获得同意，并从福建延揽大批匠师；台澎第一古碑「沈有容谕退红毛番韦麻郎等」便是在此次整修过程中被挖掘出土，此碑一出，便奠定澎湖天后宫为台澎第一古庙的历史地位。此次大正年间的修建影响天后宫深远，除了增建后殿「清风阁」，后成当地文人聚会之所之外，当时修建的格局与建筑样貌，更