桂战争意外地迅速结束。1929年5月任安徽省政府主席，所部第44师、第45师在许昌驻防。1929年7月底第45师调入安徽剿匪。然而，方振武作为反蒋介石派同蒋介石在方针上逐渐对立。同年9月中旬方振武被骗到南京开会被软禁，蒋介石下令撤销第六路军总指挥部，由方鼎英和方策强行接收点编第44师、第45师。第45师在芜湖、安庆发动了反蒋兵变后，蒋介石把方振武投入汤山监狱，与李济深、居正关押在一起。1930年（民国19年）10月，遭到剥夺中国国民党党籍1年的处罚。1931年九一八事变后，蒋介石下野前夕，于当年10月，