束以后沃奎兹获得17胜6败、防御率3.21的成绩，防御率在国家联盟的排名为第八名。球季结束以后，沃奎兹在全美棒球记者协会对于美国职棒大联盟年度最佳新人奖的票选上，被认为是不合格的，最后是由Geovany Soto获得该奖项。2009年沃奎兹代表母国多明尼加参加2009年世界棒球经典赛，他担任第一场比赛的先发投手，但表现不理想，主投3局丢3分，最后吞下败投。6月1日，沃奎兹被放入60天伤兵名单，并进行尺骨附属韧带重建术，本季宣布报销。2010年球季，沃奎兹被检验出使用禁药，被大联盟禁赛50场比赛。