考古发掘，在西安研究更方便，在北京不方便研究，而清代的宫室、文献、档案都在北京，在北京研究清史很方便。阎崇年考虑之后，决定改搞清史。阎崇年在1963年开始研究满学，1980年在北京社会科学院工作至今。近年常出版书籍和举行讲座发表清朝历史研究论文和最新研究成果。
签售被掌掴事件.2008年10月5日，阎崇年在无锡新华书店出席签售活动时，被汉网管理员黄海清（网名“大汉之风”）掌掴。黄海清的弟弟称他的哥哥因无法认同阎崇年关于明清历史的一些观点，所以动手打人。“大汉之风”在其被结束