永历四年（清顺治七年、1650年）二月十八日，任永历政权行人司行人。永历四年朝廷深陷党争，吴党得势，为营救楚党，夫之和董云骧上疏，谓“大臣进退有礼，请权允辅臣之去，勿使再中奸毒，重辱国而灰天下之心”。永历帝以王夫之“职非言官”而奏事，严词加以指责，鲁可藻又奏请逮治王夫之，以致夫之“愤激咯血”，幸好焦琏、马进忠、赵印选、曹志建等上疏反对大兴党狱，由于焦琏等人握有兵柄，永历帝只得将金堡、蒙正发、丁时魁等人除罪，改为削职远戍。七月，王夫之前往桂林依瞿式耜。不久与襄阳郑仪珂之女结婚。兵败后潜回广东、广西。李定国