崇祯十年（1637年），杨嗣昌力荐，宗龙重新起用为四川巡抚。崇祯十二年（1639年），宗龙被召赴京，以邵捷春代为巡抚。宗龙任兵部尚书，但不足三月因与崇祯帝不合被解职，下狱二年。崇祯十四年（1641年），流寇破河南等境，杨嗣昌病死，北京震动。尚书陈新甲推荐傅宗龙，皇帝诏赦宗龙出狱，以兵部右侍郎兼副都御史，代替丁启睿督陕兵讨贼，总督陕西三边军务。八月初旬，李自成有五十五万人攻占河洛，陕西、三边总督傅宗龙在崇祯皇帝催促下，进兵河南，兵力仅两万余人，时关中各地遭旱灾蝗灾，粮饷极乏。九月四日，傅宗龙率川陕