同秋瑾、陈撷英等女革命党人在横滨的黄兴组织的秘密制造炸药的机关中学习。方君瑛也主张“力学救国”，于1907年考入日本高等女子师范学校，并于1911年2月毕业。在学期间，她还参与制造炸药，并到香港接应去北京暗杀摄政王载沣的喻培伦、黄复生、黎仲实、汪精卫、陈璧君等人。汪精卫等人被捕后又返回日本。广州起义前夕，方君瑛到达香港，并扮成孝妇从香港偷运军火至广州供给革命军。起义失败后，因为七弟方声洞阵亡，方君瑛又到日本接方声洞的妻子回汉口的家中。辛亥革命胜利后，1912年，方君瑛携弟妹们回到福州，她不愿担任福建省教