府知府撤还郭百年等人的开垦申请。嘉庆二十二年（1817年）六月，总兵传唤郭百年等与事件相关者到郡城一起接受讯问；并将郭百年逮捕，戴上枷锁，施以杖打；其他人被释放。此外，官府也同时在水沙连南北两路的入口竖立禁碑，分别为乌溪龟沟的「原作生番厉，不造汉民巢」及集集的「严禁不容奸入，再入者斩」，禁止汉人再度进入水沙连地区。后来，水里社、埔里社的原住民才开始能回到自己原本的部落，但是埔里社从此衰败。
影响.水沙连二十四社原住民的势力从此大幅衰落；社仔社因形势所迫併入头社，而猫兰社亦併入水里社