ISH中，核酸探针被荧光分子直接标记；而在CARD-FISH中，探针与辣根过氧化物酶(horse radish peroxidase, HRP)相连。完成杂交后，洗去游离的探针，加入和荧光标记的tyramide和过氧化氢，将荧光连接在有探针结合的细胞的蛋白质上。这样，一个探针可以将很多荧光分子沉积在细胞内，起到放大信号的作用，因此比普通的FISH更爲敏感。但由于辣根过氧化物酶比普通荧光分子要大得多，无法通过细胞膜，因此实验中必须对细胞做通透性处理。这样对于具有不同外围结构的细胞，通透性会相差很大并影响信