司马睿调离荆州，改以辅国将军加散骑常侍入朝。永昌元年（322年），大将军王敦在江州举兵，王敦之乱爆发。司马睿命王廙劝谏王敦，但王廙非但不能谏阻王敦，而且更被王敦留下来，协助王敦的行动，并受王敦命令下杀害抵抗王敦失败的谯王司马承。同年王敦攻陷建康，自任丞相，并树立王氏族人，于是任命王廙为平南将军、领南蛮校尉，荆州刺史。但不久便病逝。王廙因是晋元帝的姨表弟，于是对王廙之死十分悲痛怜悯，王廙灵柩运回建康时皇太子司马绍更亲至拜谒灵柩，一如家人之礼。朝廷追赠侍中、骠骑将军，谥为康侯。