总司令部保安处六张犁看守所期间，曾与江炳兴同囚一室。1965年4月8日，谢聪敏被判有期徒刑十年，为当中最重者。其政大指导教授邹文海说，谢把责任全部揽下来，他们也无能为力，实在无从帮起。1970年出狱之后，谢聪敏又于1971年因台北花旗银行爆炸案被诬为台独暴力事件，与魏廷朝、李敖等一同被捕，一生中曾二度入狱。1981年，谢聪敏担任台湾人公共事务会副会长。1986年11月30日，谢聪敏、林水泉与许信良自日本成田机场搭机，意图闯关回到台湾，最后因国泰航空拒绝让他们三人登机而无法成行。在台湾，支持群众在桃园机场