AKB48演唱该年下半年晨间剧《阿浅来了》主题曲《365天的纸飞机》，并由山本担任center（中心演唱成员），此曲亦是山本初次担任AKB48的center。同年8月26日，在横山由依与渡边麻友轮值主持的广播节目《》中，山本接受电话访问，并表示已接受声带手术并复原中。2016年4月13日，渡边美优纪在Team BII「引体后翻」公演上宣布毕业，同时山本宣佈解除兼任Team K，5月26日举行Team K解除兼任公演。6月18日，山本于「AKB48第45张单曲选拔总选举」中以110,411票获得第4名