极主张民进党应自提人选，选情将回归蓝绿对决态势，柯文哲选票基本面仅有25万票，不到姚文智及丁守中的一半。吴并以1997年台南选情为例，指获民进党提名者，终将获得政党基本盘票数。
批评劳基法修正案.2016年11月18日，针对蔡英文政府力推「一例一休」及「砍七天假」的《劳动基准法》修正案所引发的争议，吴祥辉在脸书发文指出，蔡英文政府的乱象来自「会计当总经理」，一直在加减乘除处理问题；例假日就是週休二日，「这是先进国家的基本价值」，国定假日怎么定、怎么休则是另一个法案；如果治国者分不清