莽末年大乱移到交州，传六世至其父士赐。士氏是为当地豪族，士燮的父亲士赐曾于汉桓帝时期出任日南太守一职。士燮年少时随颍川人刘陶学习《左氏春秋》，后被举为孝廉，补尚书郎，因「公事免官」。其父士赐死后，士燮被举茂才，任巫县令一职。187年，士燮被汉朝任命为交趾太守。
董督交州.当时的交州刺史朱符向各地收重税，引起反抗被杀，汉朝派遣张津为新任刺史。但张津却「舍前圣典训，废汉家法律，尝着绛帕头，鼓琴烧香，读邪俗道书，云以助化」，不久即为部将区景杀死。荆州牧刘表得知此事后，自行任命赖恭为交州刺