克委派南欧盟军行动总指挥官负责行动，又将控制权下放给盟军南欧空军司令，美空军中将迈克尔·C·舒特。行动上，执行任务的责任一天天下放给第五盟军战术空军部队指挥官。
南斯拉夫行动.海牙国际法庭裁定南军强行将超过70万流放到邻近的阿尔巴尼亚和马其顿，科索沃境内成千上万的人流离失所。4月，联合国报告有85万名难民撤离科索沃，另有23万人成为国内难民。德国外长约瑟夫·菲舍尔称难民危机是由“马蹄铁行动”引发的。塞尔维亚电视台声称，大批难民逃离科索沃是出于北约的轰炸，并非南斯拉夫的军事行动。