8月，王承勋充任漕运总兵（或称漕运总兵官），镇守淮安督理漕运（后与李三才搭档），此后总督漕运长达二十年之久（参见《明史》）。据清朝干隆年间成书的《淮安府志·历代漕运》记载，在明朝前中期，全国漕运事务上，“武尊文卑”，即漕运总兵的权力在漕运文官之上。李三才到任后，逐渐扭转这一局势。李三才对王承勋“以气凌驾之”，王忍耐并“移坐其下”，致使此后“武尊文卑”传统逐渐改变，文官总理漕运事务，武官逐渐空闲。武官仅负责督运，最后连督运的任务也减免了。万历四十年（1612年），王承勋请辞回乡，明廷便撤销漕运总兵官一职，