刘裕因功受封为豫章郡公。义熙四年正月（408年），因上年年末扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘裕听从刘穆之的劝言入朝议继任人选，终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事、徐兖二州刺史，入掌朝政大权。
平定卢循.卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（410年）起兵，进攻江州。当时朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚灭南燕，收到诏书就撤还建康。刘裕至山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶至。五月，豫州刺史刘毅大败给卢循，卢循继续东下，而刘裕当时就招