破两界说是1925年以「王国（界）之上是帝国（域）」，借用政治和历史上的概念，创立「域」的最大分类单位，依照所有生物细胞的有无核，将之分为真核生物和原核生物两界。但本分类标准当时来说太过前卫了所以影响不大。比较新的分类法中，域或称总界是最高的单元。三域系统最初被创立于1990年，此后逐渐被学界承认。目前，大多数学者已经接受这个系统，但仍有一些学者遵循五界系统。三域系统的基本特征是将原本在细菌界（或称原核生物界(Monera)）中的古细菌和真细菌独立成细菌域（Bacteria）和古菌域（Archaea）。