。小教堂更名为天主之母堂（"Igreja de Madre de Deus"）。同年，圣方济·沙勿略在此设立了一所学校。这也许是马来半岛现代意义上的第一所学校。圣方济·沙勿略将此教堂作为他前往中国和日本传教之旅的基地。在一次旅行中，1552年，他在中国上川岛去世。1553年，圣方济沙勿略的遗体从上川岛运来该教堂暂时安葬，最终葬在果阿。曾埋葬圣方济·沙勿略的空墓，今天仍然存在。1641年荷兰征服马六甲，教堂归属荷兰归正会，名为圣保罗堂，或"Bovernkerk"，继续作为荷兰人的主要教堂，直到1753年基