，酶捕获光的光子以激发电子，然后通过各种辅酶和辅因子转移电子以将质体醌还原为质体酚。 激发的电子氧化水而被取代，形成氢离子和分子氧。 通过光解水得到的电子来补充丢失的电子，光系统 II为所有光合作用提供电子。由水的氧化产生的氢离子（质子）有助于产生质子梯度， ATP合成酶用于产生ATP。转移到质体醌的赋能电子最终用于还原 为NADPH或用于非循环电子流 。 
结构.PSII的核心由两个同源蛋白D1和D2的假对称异二聚体组成。 与所有其他光系统的反应中心不同，其中位于叶绿素二聚体