指地球上具有极多物种的地方，主要分佈于热带地区。生物多样性热点具有很多特有的物种，以种类数量计算，包含了世界一半以上的陆地物种。可是，这些热点正严重地遭受栖息地破坏的威胁。岛屿栖息地破坏十分严重，当中包括新西兰、马达加斯加、菲律宾和日本。而中国、印度、马来西亚、印度尼西亚、日本和许多西非国家，由于人口非常密集，使人类的生活空间和自然栖息地不断竞争，令栖息地破坏。接近沿海城市的海洋也面临着珊瑚礁退化，过度捕鱼或其他海洋栖息地破坏的问题。在美国东部和中西部地区，不足25％的原生植被仍然存在。在整个欧洲，只有15