在那里接触到了葡萄牙先进的宇宙学、航海学和地理学知识，并逐渐在此方面崭露头角。据说，他还在那里结识了像克里斯托弗·哥伦布和斐迪南·麦哲伦这样的航海界精英和社会名流。很快，葡萄牙国王若昂二世召见了他，聘任他为宫廷顾问。马丁·倍海姆还曾是德国天文学家约翰·缪勒（Johannes Müller，拉丁名Regiomontanus，1436年－1476年）的学生，他尤其着迷于宇宙学和地图学的研究。1483年，由于良好的天文学基础，马丁·倍海姆受若昂二世邀请，进入一个由犹太天文学家亚伯拉罕·扎库托为首的航海学委员会