府编修官丸井圭治郎在1919年汇编成《台湾宗教调查报告书》，该书除了提供政府施政的参考资料外，也成为日后进行台湾宗教调查的范本。而在日本大正年间，由于政府利用庙会庆典促进地方繁荣，所以大力支持迎神赛会，历如1923年5月15日的《台湾日日新报》便报导台南州知事吉冈荒造等官员参与台南大天后宫与祀典武庙同日举行的祭典。然而1937年中日战争爆发后，展开的皇民化运动企图以日本神道教来取代台湾的其他宗教，1938年的「寺庙整理运动」据台北帝国大学教授宫本延人统计，全台有361座庙宇被毁，819座庙宇被移作他用，妈祖