将王斐，令郭黁势力开始衰败。不过郭黁却推了杨轨为盟主，让杨轨前赴姑臧支援自己。时吕弘为段业所逼，吕纂就前去迎接吕弘，杨轨认为这是机会，于是率兵邀击，但却为吕纂所败，郭黁于是出奔西秦，杨轨随后亦奔廉川，乱事终告平定。龙飞四年（399年），吕纂与弟弟太子吕绍一同统兵攻打北凉天王段业，段业求救于南凉天王秃发乌孤，秃发乌孤之弟秃发利鹿孤率援军赶到，段业坚守不战，吕纂、吕绍于是退兵。
政变登位.同年，吕光病重，立吕绍为天王，以吕纂为太尉，掌握军权。吕光死前曾向吕纂及吕弘说：「永业并非治理