奥托·内尔茨遭解职，赫贝格尔被时任德国足协主席的菲利克斯·林内曼任命为新一届的德国队主教练。在1938年世界杯足球赛中，在赫贝格尔的极力反对下，纳粹德国政府仍要求已沦为附属国的奥地利与德国共同组建德意志帝国队参赛。结果德国队在首轮即遭淘汰(以2：4负于瑞士队)。尽管如此，赫贝格尔仍一直负责国家队的工作，直到1942年由于第二次世界大战而终结。战后在1945年12月至1946年1月赫贝格尔曾短暂出任法兰克福队的临时教练。在1946年的去纳粹化运动中，赫贝格尔被魏恩海姆仲裁法庭判定为纳粹“从众”。1947年