顺势开始进攻残余的抵抗势力。与此同时华中、华南等地在明朝的皇族拥立下，以「反清复明」为目标的南明势力也形成了。南明注意到邻近的日本保有相当的军事力量，因此便向日本发出了军事求援，希望与之组成联盟，以驱逐清军并再兴明朝。1645年（南明隆武元年）冬，郑芝龙拥立唐王朱聿键在福州登位。郑芝龙、周鹤芝（一作崔芝）等人连续派使者向日本发出了派军支援的请求。并带去书信，“伏望念平素交通之谊，乞借劲旅三千”，一战而金陵平,再战而燕都复”。12月，水师都督崔芝，又以林高为使者，派去日本，要求派兵三千。郑芝龙汲取书信中