5月31日突袭喀什，擒获马福兴父子，亲手枪决了他们，并采取一系列强硬措施，稳定秩序，制止劫掠。他想就地任道台，但杨增新因马绍武之功，任为和田道尹，统辖从叶城到敦煌的地区。马绍武还收到将部队交回迪化的命令，但他抗命，他也因剪除马福兴而名声大振。有传言西宁的马麒将军扬言从敦煌出兵，为侄子马福兴报仇。
防范渗透.马绍武曾接待苏联探险团长尼克古·罗耶里奇教授和中亚探险队队员。尼克古的儿子乔治回忆称：“马绍武是个小个子，但为人非常机警和彬彬有礼，举止安静。见面后在通常礼节性地询问了健康、路程