警备总司令部负责统一指挥苏南、皖南、浙江等地防御，汤恩伯担任总司令。直接担任长江防御的是十八个军，国军依托长江组织防御的部队作战地域划分为：第8兵团（第55、第68、第96军）防守湖口至铜陵；第7绥靖区（第20、第66、第88军、第106军）防守铜陵至马鞍山；第6兵团及首都卫戍总司令部（第28、第45、第99军）防守南京及以东、以西地区；第1绥靖区（第4、 第21、第51、第123军、第54军）防守镇江至江阴；淞沪警备司令部（第37、第52、第75军）防守苏州至上海间。在浙赣铁路沿线上杭州、金华、衢州，徽州