首先，将样品溶液与合适的基质水溶液混合，并取微量混合液体滴置于金属样品板等待干燥。第二步，将脉冲激光照射到样本，引发样品和基质材料的电离和脱附。最后，分析物分子与电离后的基质在脱附过程中进行电荷转移反应，将分析物分子电离。在大多数的生物分子分析上，例如蛋白质及多肽，分析物通常都是以质子化或去质子化形式产生。在MALDI反应之后，所有产生的离子即被金属样品板上的电压加速进入质谱仪来分析。
历史.基质辅助激光脱附电离（MALDI）这个术语是由（Franz Hillenkamp），（Mi