目前的站址是在1989年时配合嵯峨（今嵯峨岚山车站）至马堀之间的山阴本线复线化工程完成、切换新线而迁移。马堀车站原本只是个龟冈市郊的无人车站，但在1960年代由于周遭陆续开发了许多住宅区，逐渐发展成京都市的卫星市镇，通勤旅客人次逐渐增加，而升格成为设有绿窗口的站员派驻车站。由于嵯峨野观光线的终点站、小火车龟冈车站就位于马堀车站东侧500公尺处，因此搭完观光列车之后徒步至本站搭车返回京都的观光客数量不少，两站之间的道路上设有清楚的路标指示旅客该如何转车。
车站-{zh-tw:构造;