长范志毅拍档的机会，直到范志毅在下半季离队后，令吴伟超获委担任中邦队长，同时在2005年代表上海联队于上海国际足球邀请赛迎战西甲球会西维尔，负责看管对方主力巴西前锋法比安奴。在2006年赛季，吴伟超转会中超球会上海申花，尽管当时申花的后防线已经拥有由杜威和李玮锋组成的「威锋」组合，同年12月27日获申花续约两年，但吴伟超依旧凭借个人能力在队内获得一定的出场机会，初时与李玮锋搭档三个赛季，成为在中超失球最少的球会，期间更在2007年协助申花获得A3冠军盃冠军，后来他在2008年赛季和杜威搭档。在200