监督机关为行政院各部会（主要为内政部）。嘉义市政府设有25个所属一级机关、9个「所属二级机关」、2个区公所、27所各级学校、2所幼儿园，此外嘉义市政府亦经营3个市营事业机构。作为地方自治团体的行政机关，嘉义市政府的历史沿革最早可追溯至1920年，大日本帝国台湾总督府施行台湾市制时所成立的「嘉义市役所」。1945年7月1日，三级省辖市嘉义市成立，并新设三级省辖市行政机关「嘉义市政府」，惟于1950年嘉义市被废除三级省辖市位阶，嘉义市政府也随之裁撤，原隶属于嘉义市的新东、新西、新南、新北四区改制为镇；太保、