会随国民政府辗转迁徙，抵达重庆。1945年抗日战争结束后，蒙藏委员会随国民政府移回南京。1949年夏，中华民国政府在第二次国共内战中不断退败。1949年7月8日，噶厦政府通知蒙藏委员会拉萨办事处代处长陈钖璋，噶厦政府决定驱逐办事处所有人员，是为第二次驱汉事件。第二次国共内战后，蒙藏委员会随中华民国政府迁往台北。1993年2月，蒙藏委员会在七世章嘉在台驻钖地原址台北市青田街设立「蒙藏文化中心」（今蒙藏文化馆）。2017年8月14日，林全内阁宣布不再编列预算，预计同年年底前依据〈行政院功能业务与组织调