景泰五年（1454）代宗易储，后晋升商辂为兵部左侍郎，兼任左春坊大学士。当时河南饥荒，商辂请垦荒给粮。之后，钟同、章纶下狱，均由商辂力救得免。《寰宇通志》成，加兼太常寺卿。景泰七年（1456年）代宗病重，群臣请建东宫，不予批准。商辂继奏称：「陛下宣宗章皇帝之子，当立章皇帝子孙。」闻者感动。因为日暮，奏未入，而同夜石亨等人已迎复上皇复位。此日，王文、于谦等被收拿，召商辂与高谷入殿，让他们起草复位诏书。石亨私下请其增加条款，遭到商辂拒绝。石亨不悦，命言官弹劾商辂，商辂于是下狱。商辂自诉《复储疏》在礼部，可以