乃改南京吏部文选司主事。由稽勋司郎中迁江西提学参议，再迁广东副使，未就任。起为浙江右参政，分守嘉兴、湖州。李自成陷北京后，隐居紫堤村。南明弘光朝授左通政使，推辞不就。南京失陷后，避居嘉定。弘光元年（1645年）闰六月十七日，侯峒曾与黄淳耀、董用圆、张锡眉等在嘉定抗清，其母龚氏取出首饰，移交峒曾说：“给吾儿犒军。”峒曾向吴淞总兵官吴志葵求援。志葵遣游击蔡祥以七百人来赴，一战尽墨，终无外援，城中矢石俱尽。七月三日开始下大雨，城门崩坏，只能以巨木支撑。七月四日，城门大崩，清兵自城东攻入，峒曾退出西门，长叹道：