因别的罪被捕，送交廷尉。王允最终因得到大将军何进和袁隗、杨赐等人上书营救才得免死，至次年才得释放。王允有鑑于当时宦官权盛，于是改名易姓，流连于河内、陈留地区。
乱世保国.在中平六年（189年），汉灵帝死，王允奔丧至洛阳。当时外戚何进掌权，请王允为其从事中郎并参与图谋尽诛宦官。后转河南尹。不久，何进图谋泄露，反被宦官所杀。早前被何进从并州召来的董卓于是趁机进京，并执掌朝政。及后更废掉汉少帝，改立汉献帝。王允此时亦改拜太仆，后守尚书令。初平元年（190年），王允升任司徒，仍守尚书令。此