70年9月28日，李校长感觉不适，无法清楚的说话。医生们赶到后，仅能协助让他躺在床上，希望病情能自行好转。几乎可以确定李校长是得了中风，这场中风损坏了脑前叶，使他言语失能，无法咳嗽。他经由人工餵食以维持体力，但转而罹患肺炎。因为无法咳嗽，李校长死于併发症肺炎（而非中风本身）。他在中风后两週，1870年10月12日，逝世于勒星顿，葬于华盛顿与李大学校园的教堂下。
纪念物.阿拉巴马的zh-hans:李县;zh-hant:李郡为纪念他而命名。-{zh-hans:阿