份微生物物种的序列组合，但是这种方式是限制于小部分基因组定序的微生物类群。
基因预测.总体基因体分析使用编码区註释中的两种方法来组合基因序列末端标签。第一个方法是根据在序列数据库中已公开的同源基因来辨别基因，通常是透过简单的BLAST搜索。这种搜索方法是MEGAN4程式里面就有的。第二个，从头计算，使用序列固有的特点根据从相关物种而来的gene training sets来预测编码区段。GeneMark和GLIMMER等程式就是採用这种方式。从头计算的主要优点是它能够侦测在序列资料