议长任期内遭检方侦办时，被列为治平专案扫黑对象，当时被提报为治平对象者，均被送往绿岛羁押，萧登标因此展开逃亡，直到1999年9月17日，主动向检方报到，遭羁押侦办。2009年参选第16届嘉义县县长，但是落选。萧登标长兄萧登旺曾任嘉义市议会议长，侄女萧苑瑜曾任嘉义县立委，二哥萧登狮曾任嘉义市农会理事长，二嫂蔡贵丝曾任嘉义市议会议长。