夏边将勾结鞑靼反叛，为明军所破。萧大亨平叛有功，升任兵部尚书、太子太保。是年，朝廷亦增其祖父萧胜、其父萧贤为兵部尚书，并在故乡泰安府建坊旌表。泰安城内宁武街原有萧公祠，今废弃为民宅。萧大亨因戍边多年，跋涉塞外，以经历、戍务纂《夷俗记》一书，刊行于1594年（万历二十二年）。1595年（万历二十三年），萧大亨任刑部尚书。同时间，丰臣秀吉率领日本诸大名进犯朝鲜，朝廷内对支援朝鲜意见不一、引发御史曹学程、兵部尚书石星两大狱案，交刑部定罪。萧大亨为曹学程讼冤解救，被处罚。萧虽与石星长期政见相左，亦能秉公处之