在北京医院病逝，享年88岁。
思想.陈撄宁认为道教的学术研究随着时代的变化,将会逐渐发展、自新，并长远流传。陈撄宁还提出了仙学的观念，认为仙学是一门特殊的科学，有方法可实验，有系统可以研究，有历史可以考证。《史记·封禅书》记载“黄帝且战且学仙”。“仙学”的现实意义是“益寿延年”，其最高境界是“长生久视”。认为内丹养生是道教的精华。陈撄宁提倡科学仙学: “宗教这个东西，在以后的世界上，若不改头换面，他本身就立不住。无论道教、佛教、耶教、天主教，以及其他的鬼神教坛教。一概都要被科学打倒