多数的忧虑，使得林义雄对于2006年12月举办的2006年中华民国直辖市市长暨市议员选举上仍表态支持民主进步党提名的台北市市长候选人谢长廷、高雄市市长候选人陈菊等友人，并且认为民主进步党相对来说仍然是具有进步价值的政党。2008年时林义雄则决定出面劝进蔡英文参选民主进步党主席，并且亦唿吁民众支持2008年台湾入联公民投票和2008年台湾返联公民投票。
退党后.
政治议题.在《公民投票法》于2003年制定后，林义雄认为门槛过高反而限制人民权利，因此开始要求修正《