府和驻库办事大员公署，将原外蒙古当局的五个衙门改为总务、兵卫、财计三厅，亲中派的总理大臣巴德玛多尔济被免职。徐树铮在外蒙古强制推行新政改革，致使外蒙古各阶级对北洋政府普遍不满。为镇压这些不满势力，徐树铮将外蒙古颇有名望的芒来巴特尔·达木丁苏隆、哈丹巴特尔·马克思尔扎布等将军逮捕入狱并严刑拷打，更引起蒙古人的愤怒。道格索姆·鲍道、霍尔洛·乔巴山和达木丁·苏赫巴托尔等外蒙古的共产主义者在苏俄支持下，建立共产主义组织反抗中国的统治，并试图刺杀徐树铮但没有成功。同年7月，中国爆发直皖战争，徐树铮率主力部队撤离