强化内阁制定政策的权能，及缩减行政机构等；政策于 2001 年生效。1998年参议院中期选举，桥本领导的自民党大败，在改选的议席中只取得44席，虽然自民党获103席，维持参院第一大党地位，他其后宣布辞任首相及自民党总裁职务。2000年12月，第二次森内阁时，他被任命为沖绳开发厅长官兼行政改革担当大臣，再次加入内阁。2001年，由于省厅再编，退任沖绳开发厅长官，就任被新设的沖绳及北方对策担当大臣。同年4月1日，兼任规制改革担当大臣。2001年4月，他与小泉纯一郎竞选自民党总裁失败，未能再次出任首相