国海军部成立以来，海军部旗帜首次在非英国舰只上升起。亚历山大在离开企业号时，将该面海军部旗帜送企业号留念。接着企业号搭载了4,668人返回美国。1946年1月1日，企业号最后一次离开港口，前往亚速尔群岛，并接载了3,557人。18日企业号返抵新泽西州贝永，在5月进入贝永船坞，预备退役。1947年2月17日，企业号在贝永退役，并自此在纽约封存。早在企业号预备退役前夕，美国国内已有声音要求将企业号永久保留。1945年8月二战结束后，美国海军部长詹姆斯·福莱斯特曾向总统杜鲁门撰信，称企业号是海军在二次大战