专科学校、马偕医学院、台湾神学院由北部大会掌理，其余事业机构由总会管理。
教育.长老教会注重教育，有神学院、中学、女学、妇学、主日学。在南部创办长荣大学、长荣中学、长荣女中，在北部办淡江中学、真理大学、马偕医护管理专科学校、马偕医学院及圣经学院。同时分别在南、北、东部设立台南神学院、台湾神学院、玉山神学院。
医疗.除注重教育外，长老会在台湾尚有行医传教的传统。北部教会开拓者马偕以替人拔蛀牙传福音，后来并在淡水开设偕医馆（即今之马偕纪念医院），南部教会开拓者