开始排斥教会，宗教学校被中华人民共和国政府停办，期间历经数年整顿，辅大在1952年大部份软硬体均被併入北京师范大学。在总长约达27年的北京／北平时期，辅大亦曾颁发中国第一位女性原子物理硕士学位，毕业生为王光美（中华人民共和国第一夫人）。1959年，罗马教廷将辅大在台湾复校视为「重建中国教会思想的堡垒」，教廷传信部（万民福音部）署理部长枢机大力支持。不久后，教廷教育部令于斌总主教负责筹备复校及筹募经费等事宜，于总主教并主张联合圣言会、耶稣会及中国主教团（今台湾主教团）共同参与，辅大由此形成了三单位教学、行