北指挥部独立第4团副团长。皖南事变后，他重新创建、领导淮南地区抗日根据地工作。1942年4月，任新四军第2师4旅10团副团长、团长，指挥歼灭日伪200余人，随后拔除日军占鸡岗据点，破坏日军进犯淮南路线。1943年春，程启文被调到新四军江北指挥部副指挥长徐海东处，任警卫大队队长。不久调任淮南军区路东军分区来(安)六(合)支队司令员，转战津浦路两侧。
第二次国共内战.第二次国共内战期间，程启文到东北，任松江军区哈北军分区副司令员，东北民主联军独7师副师长，后担任第四野战军第39军152