太后摄政。
恢复皇室权威.14岁时（376年）开始亲政，改年号为太元。当年他改革税收，放弃以田地多少来收税的方法，改为王公以下每人收米三斛，在役的人不交税。此外他在位期间大力加强皇帝的权力和地位，史载他“威权己出”，扭转了东晋自晋明帝死后皇权旁落的局面。383年前秦进攻东晋，试图消灭长年偏安的东晋，结果在淝水之战中，晋军大胜。
大举北伐.384年后，晋孝武帝趁着前秦崩解的契机北伐，陆续收复了黄河以南的所有领土（包含河南洛阳及山东半岛），甚至刘牢之一度佔领