一厅制。司法事务由临时军事法庭，改由地方法院、覆审法院、高等法院的司法三院制度。1896年台湾总督府地方官制公佈同时，于全岛三县一厅内设立抚垦署，掌管原住民事务。同年5月23日，开设叭哩沙、大科嵌、五指山、南庄、大湖、东势角、林圮埔、埔里社、蕃薯寮、恆春、台东11个抚垦署。
晚年至病逝.1896年6月卸任后，出任日本枢密顾问官。1898年11月至1900年10月，出任第2次山县有朋内阁文部大臣。1904年10月，出任日本枢密顾问官。1913年6月，出任日本教育调查局