石祥祯部击败，投水自尽，被部下所救。休整后，重整旗鼓，是年攻佔岳州、武昌。咸丰帝大喜过望，令曾国藩署理湖北巡抚。然而，大学士祁隽藻进言，称“曾国藩以侍郎在籍，犹匹夫耳，匹夫居闾里，一唿，蹶起从之者万余人，恐非国家福也。”咸丰帝收回成命，仅赏曾国藩兵部侍郎头衔。咸丰六年（1856年）坐困南昌。9月2日，洪秀全与杨秀清发生内讧，史称天京事变，南昌解围。咸丰七年（1857年），父亲曾麟书去世，丁忧回籍。咸丰八年（1858年）5月，湘军攻佔九江，气势颇盛。咸丰十年（1860年），湘军围困安庆，次年9月破城。