南遣舰队和南西方面舰队指挥下进行作战，但美军进攻菲律宾使南西方面舰队司令部孤立于菲律宾，将残余的二个南遣舰队由南西方面舰队分离，和担任兰印防空的第十三航空舰队编成一同指挥。司令部要员由第一南遣舰队司令部及第十三航空舰队司令部兼任。终战时、司令部位于新加坡。