。另一方面，宗教裁判所与十字军一样，为天主教历史留下污名。
中世纪宗教裁判所.1229年在土鲁斯曾召开一个重要会议，为要对付当时迦他利派与瓦勒度派的势力，所以在会议中决定除了诗篇和日诵祈祷书中所有经文以外，禁止所有的平信徒购买《圣经》，特别是所有的圣经译本。会议中第二件重要性的行动就是异端裁判所的成立。中世纪后期的罗马皇帝判迦他利派与瓦勒度派为异端。
西班牙宗教裁判所.西班牙伊莎贝拉女王于1478年要求教宗思道四世准许成立，用以维护天主教的正统性，以残酷手