年调回亚洲司任职。1995年，调任中国驻韩国大使馆公使衔参赞。1998年任中华人民共和国外交部新闻发言人兼新闻司副司长。2002年，阿富汗塔利班政权被推翻后，中国决定恢复在阿富汗的外交代表机构，5月2日，孙玉玺出任中国驻阿富汗大使。2004年，调任驻印度大使。2008年，接替董津义，担任中华人民共和国驻意大利大使。2010年，由丁伟接任。2010年8月31日，转任中国驻波兰大使。2014年7月至2015年9月担任中国外交部阿富汗事务特使。