得中宗诏书后派人捉拿了赵光祖及一些士林派官员。在领议政郑光弼等人求情下，赵光祖等八人暂时免死，被流放外地，然而赵光祖不久后在流放地被中宗以毒药赐死，赵光祖服毒后许久没死使者再度给赵光祖再来一碗死药而亡。此次士林派失势及遭受重大打击的事件，后世称为“己卯士祸”。“伪勋削除案”一事就此作罢。仁宗即位后，平反了赵光祖的罪名，恢复了贤良科。1570年官方颁布的《国朝儒先录》把赵光祖列为“朝鲜四贤”之一。（朝鲜四贤：赵光祖、金宏弼、郑汝昌、李彦迪）。赵光祖的墓在位于京畿道中部、距离汉城以南约40公里的龙仁