由于翡翠水库集水区内有全世界最稳定的食蛇龟野生族群，因此农委会在2013年于此区域内建立食蛇龟野生动物保护区。即使台湾已立法保护食蛇龟（目前在台湾为一级保育类），但近年仍因中国大陆市场需求的缘故，不断查获大量的食蛇龟被尝试走私进入中国大陆，对食蛇龟在台湾的族群造成相当大的危害。大陆市场大量走私主要是为了屯货并且哄抬价格。食蛇龟被长期关在拥挤狭窄的空间里，就算被查获收容大多数个体也因为虚弱或传染病缘故，死亡率相当高，要返回大自然困难重重。