改称国立中央大学医学院，1932年改为国立上海医学院，今并入复旦大学）第一任院长。1928年6月，颜福庆向协和医学院辞职，赴上海吴淞就任。7月，创建吴淞卫生公所。他接办中国红十字会总医院（今复旦大学附属华山医院）为教学医院。此后又在枫林桥新址，建造上海医学院新校址和中山医院。1933年，旅沪的宁波富商叶子衡捐出江湾叶家花园，兴建澄衷肺病疗养院（上海第一肺科医院前身），颜福庆兼任首任院长。1938年，颜福庆被调至武汉，任国民政府卫生署署长。次年辞职回到上海。1951年，上海医学院改组，颜福庆被任命为副院长