97年，联合国教科文组织将植物园列入世界遗产，基于以下考虑：
建筑.植物园的建筑设计经常被认为是由安德烈·莫罗尼完成的，他于16世纪上半叶设计了帕多瓦很多最重要的公共建筑，包括市政厅和大学。经考证，真正的设计师应为威尼斯贵族、维特鲁威《建筑十书》的译者丹尼尔·巴勃罗。巴勃罗的设计遵循了中世纪的封闭花园设计（Horti Conclusi），圆形的区域沿东南西北方向被均匀的划分成四块。现存主要建筑的外形可以追溯到十七至十八世纪。十六世纪末，植物园有很多喷泉，通过一个巨型水车汲水。1