防止大部分基因的表现，这种过程称为沉默作用（silencing）。包覆成异染色质的染色体Xi，比起如Xa般的真染色质具有较高的浓缩程度。失活的X染色体会在细胞核内形成一种构造上不连续的巴尔氏体。这些构造主要分布于细胞核的边缘地带，在细胞週期中将会较晚进行复制。与Xa相较之下，Xi受到了高度DNA甲基化与组蛋白H3离氨酸-9甲基化；以及低度的组蛋白乙醯化（histone acetylation）与H3离氨酸-4[甲基化。这些作用皆与基因沉默作用有关。此外，有一种称为macroH2A的变形组蛋白只会出现在X