在日内瓦他在新成立的学院内获得了希腊语的教职，在加尔文去世后又获得了神学教职。他也义务布道。他完成了对新约皮埃尔·奥利韦唐（Pierre Olivetan）译本的修订，这件事已经拖了很久。1559年他出于对雨格诺派的兴趣又进行了一次旅行，这次他到了海德堡。在几乎同一时间，他不得不为维护加尔文而同汉堡的约阿希姆·维斯特法尔（Joachim Westphal）以及蒂勒曼·赫舒修斯（Tilemann Heshusius）展开辩论。比争论更重要的是贝扎对自己立场的自供。这最初是为他父亲准备的，目的是为他自己