美洲的芝菜的种子的形状与欧亚大陆的稍微不同，因此被一些学者看作是一个亚种。以前的分类法一般都不承认是独立的科，放在水麦冬科中，1981年的克朗奎斯特分类法将其单独分为一个科，列在茨藻目中，2003年根据基因亲缘关系分类的APG II 分类法将其放在泽泻目下。
分布.芝菜仅生长在酸性的沼泽地里。它一般与沼苔草（）等植物伴生，在滋育湖形成不能踏上的草坪。芝菜分布在北半球比较凉爽的地区，尤其是在东北欧和北美，此外在中欧和东亚也有隔离的分布。