将军府授予炳威将军，同年他就任总统府高等军事顾问。皖系同直系在如何对待南方政府的问题上发生路线对立，陆建章作为直系的重要干部，在其中出谋划策。因此，段祺瑞的皖系对陆建章的反感加深。1918年6月，督军团在天津开会，议论对西南用兵问题。力主南北和谈的冯国璋派陆建章赴天津，说服曹锟与李纯合作，反对段祺瑞的主战主张。6月13日陆建章由上海到天津，时为奉军副总司令的徐树铮请他到设在中州会馆的驻津奉军司令部一谈。6月14日，陆建章如约而往，徐树铮和奉军参谋长杨宇霆请他到花园密室中谈话，当陆走进花园的时候，被徐树铮