中国史籍以国都为名，先后称为别失八里（唐朝的庭州、北庭都护府，今新疆吉木萨尔）、亦力把里（歪思汗之后，即伊犁，今新疆伊宁市）、土鲁番（也密力火者、速檀阿力之后，即唐朝的西州、高昌，今新疆吐鲁番市）。1570年，东察合台汗国（此时为吐鲁番汗国）最后一任可汗马速与同是察合台系的叶尔羌汗国交战被俘，东察合台汗国正支汗统结束。东察合台汗国可汗速檀阿黑麻之子赛德于1514年建立叶尔羌汗国，1570年吞并吐鲁番汗国（东察合台汗国正支汗统），亦可认为是东察合台汗国的延续，至1680年被准噶尔汗国灭亡，东察合台汗国历史彻底