，成为大御所隐居，开始了家康与秀忠的二元政治，父亲正信辅佐江户的秀忠，正纯则辅佐骏府的家康。本多正纯的权势也在此时迅速扩大。庆长13年（1608年）受封下野小山藩3万3000石大名。庆长17年（1612年）2月、正纯的家臣、冈本大八自肥前日野江藩主有马晴信处收取鉅额贿赂，答应在肥前杵岛郡、藤津郡、彼杵郡加增的事上斡旋，被判为诈欺罪，处以火刑，有马晴信则在流放被迫自杀（冈本大八事件），此事让本多派的政敌大久保派暂时在幕阁中得势。另外由于冈本大八是吉利支丹（即天主教徒），这次事件更加促成德川幕府的禁教政策。