运动会的主办权，香港特区政府于2004年6月成立第五届东亚运动会筹备委员会，负责策划及监督2009东亚运动会的筹备工作，主要职负包括：委员会成员由有关政府部门、体育界、银行界、航空界和旅游界等专业人士组成。由香港特别行政区行政长官曾荫权任赞助人，民政事务局局长曾德成任会长，港协暨奥委会主席霍震霆任主席。2005年3月初成立2009东亚运动会（香港）有限公司（东亚运公司）作为运动会执行机构，统筹和落实执行2009东亚运动会的各项工作。东亚运公司由行政总裁及营运总裁组成，营运总裁下设行政、认证及保安