院长职务，马超俊也随之失去南京市长一职。1934年（民国23年）12月，马超俊任国民政府委员。1935年（民国24年）3月，马超俊再度出任南京市长。
抗日战争、晩年.1937年（民国26年）抗日战争爆发，日军占领南京，马超俊逃往武汉。此后，马超俊从事抗战中的民衆及社会组织工作。1938年春，马超俊任中国儿童救济总会理事长、全国慰劳总会副会长。4月，任中国国民党中央社会部副部长。1940年（民国29年），调任中国国民党中央组织部副部长。1942年（民国30年），在重庆和吴铁城等人共同