成骨形状独特，是辨别恐鳄的特征之一。在2002年，大卫·史威莫根据更多的恐鳄化石，建构出完整度达90%的头部电脑模型。科尔伯特与伯德根据牙齿特征，将恐鳄归类于鳄科。根据格里高利·艾利克森与Christopher A. Brochu在1999年提出的系统发生学研究，恐鳄是短吻鳄总科的原始物种。因此，恐鳄并非最大型的鳄科动物，而是最大型的短吻鳄科动物。