事委员会军医设计监理委员会主任委员刘瑞恆兼任校长，将所有教职员撤职力图整顿但引发学潮，因此停课两周并处分学生代表于陆军官校禁闭一周以平息学潮。1936年（民国25年）因毕业之人员分发至陆海空军，故更名为军医学校。1937年（民国26年）校长由国民政府军事委员会委员长蒋介石兼任，实际校务由教育长张建（M15）负责。中国抗日战争时期，学校随战况演变几度迁校。1937年（民国26年）迁往广州。1938年（民国27年）日军于惠州登陆，以广西大墟为校本部与医科驻地，桂林为药科驻地，新併入的军医预备团以阳朔为驻地，