调控蛋白，他们的含量不足1%，比如酶，酶原和激素。研究蛋白质组学的人正以血浆蛋白为研究中心，通过分析血清/血浆来寻找生物标记。这些研究是从双向电泳所开始的。从20世纪70年代开始直到现在（2012年11月17日），这些研究方式已经改进，科学家们正基于蛋白质组学通过质谱法来进行更深层次的研究。