建武二十年（44年），“省五原郡，徙其吏人置河东”。二十六年（50年），南匈奴内附，郡民迁回五原郡本土。明帝永平中，五原屡遭北匈奴入寇。顺帝永和初年，五原郡领十县：九原、五原、临沃、文国、河阴、武都、宜梁、曼柏、成宜、西安阳，有4667户，22957人。汉书地理志所载之固陵、蒱泽、南舆、稒阳、莫（黑旦）、河目六县当于东汉前期省併。永和五年（140年）九月，南匈奴句龙吾斯、车纽叛乱，乃侨置朔方郡于五原郡五原县。献帝建安二十年（215年）春，因胡羌侵扰，曹操“省云中、定襄、五原、朔方郡”，割太原郡北部置新兴郡。