的虚实，故此十分畏惧，唯有下诏慰抚他们，请求和解，殷仲堪等人亦接受朝廷任命，各自返回方镇。不过，当时朝廷下诏并没有赦免庾楷，庾楷唯有依附桓玄，并被当时被任命为江州刺史的桓玄任命为武昌太守。
谋叛被杀.隆安五年（401年），桓玄以孙恩叛军逼近建康，于是上请讨伐，并以庾楷为右将军。不过其实是想趁机侵凌朝廷。司马元显于是借孙恩退兵的时机制止桓玄，桓玄下令解严，庾楷亦解职。庾楷知道桓玄有入据朝权的野心，怕桓玄一旦失败会牵连到自己，于是暗中与司马元显联结，答允自己会成为其内应。元兴元年（