。454年（孝建元年），补东海国侍郎，仍兼中书通事舍人。刘骏即位，是为孝武帝，他将官僚人员的任命变更和惩处委託给了巢尚之和戴法兴。前废帝刘子业继位，巢尚之成为新安王刘子鸾之下的抚军中兵参军及淮陵郡太守。解任舍人，转任太守的抚军谘议参军。465年（泰始元年），兼中书通事舍人及南清河郡。466年（泰始2年），转任太守中书侍郎。在接受了前军将军的称号后不久，他成为东宫的一员，成为了太子的近侍。平定晋安王刘子勋之乱，巢尚之封邵陵县男，固辞。转任黄门侍郎，出向新安郡太守，然后病没。