书院成立于一九零三年，为香港首间寄宿英文中学。及后，校董会筹划设立小学部，以衔接中、小学教育课程。一九三八年，圣士提反书院附属小学正式投入香港的教育行列。校舍座落赤柱。当时只得一幢校舍，包括课室、宿舍和饭堂，规模属雏型阶段；学生亦只得九名。第二次世界大战爆发，圣士提反书院被迫停课，校舍旋被日军佔据，作为集中营。由于学校接近岸边，方便船只上落，校舍被日军列为台湾部队司令总部，方能在战乱中保存完好。大战结束后，圣士提反小学于一九四七年重开，校舍分作两座，其一用作礼堂，另一座为课室；设备及规模仍然未臻