人皆为文章性命之交，黄景昉特意举荐他给朝廷。崇祯十年（1637年）会试落榜，授福建漳平县教谕。端严率士，捐薪俸建布衣陈真晟祠；筑讲堂于东山寺侧，每逢释奠前夕，必定亲自视察；又捐薪俸修漳平文庙，刊印发行朱熹、李幼武所编的《宋名臣言行录》，更推举未入祀孔庙乡贤祠左春坊左中允景旸等十人入祀。崇祯十六年（1643年）登癸未科进士。选庶吉士，授翰林院编修。不及数日，甲申之变，李自成攻破京师，崇祯帝自尽。何九云本欲以死殉国。侍者以其父尚未营葬为由劝解道：“司空未葬，子道犹亏。”何九云于是勉强南归葬父，然后闭门不出，并为