1990年返回香港，任《亚洲周刊》主笔。1993年出任《亚洲週刊》总编辑。曾发表多篇关于社会、时事、媒体、经济、政治等评论，1995年至1996年，兼任《明报月刊》总编辑，曾任香港大学兼职教授。曾于《北美世界日报》香港副刊撰写《感情前线》专栏，曾在马来西亚《星洲日报》撰写《抚摸心跳》专栏，也在上海地铁免费报纸发表专栏文字，曾在深圳《晶报》撰写《书与思潮》专栏，博客文字每週同时发表在凤凰网、天涯论坛、搜狐、网易、新浪等网站。邱立本的立场曾较为亲近中国自由派和改革派，认为香港的民主应和中国的改革派结合，