1980年9月至1983年7月在复旦大学国际政治系学习，获硕士学位。1990年1月至1991年9月在美国哈佛大学做访问学者。周琪与前夫王沪宁为复旦大学校友，毕业后双双留校任教，结婚。1994年5月至今在中国社科院美国研究所工作1995年，王沪宁奉令调入中南海，两人秘密离婚，无子女。2008年5月获得美国约翰·霍普金斯大学高级国际研究院哲学博士学位。