您真的这么做就是违诏了。且此间人亦难可收用。”萧子懋默然，陈显达于是离去。萧子懋也只得上任。
勤王被害.萧鸾掌握朝政后，大肆诛杀高、武子孙。延兴元年（494年）萧子懋加侍中。九月，萧子懋得知叔父鄱阳王萧锵、弟弟萧子隆被害，与参军周英、防阁陆超之合谋，在江州起兵，传檄荆、郢。防阁董僧慧攘袂（捋起袖子，激愤之状）指出宋孝武帝曾以江州起兵成功。萧子懋意图接出母亲阮太妃，于是派使者送信到京城，阮太妃告知同胞兄弟于瑶之，于瑶之骑马向萧鸾告发。于是萧鸾假黄钺，内外戒严，派中护军王玄邈前往讨伐萧