是在双门齿兽灭绝之后2万5000年前，受影响地区亦非整个澳洲大陆，当中一些地区仍保存温和及潮湿的气候。
人类猎杀.由于双门齿兽的灭绝，正值是人类到达澳洲的时候，有指牠们的消失是因人类猎杀所致，像新西兰的大型动物群般。在双门齿兽的化石中亦有发现被宰杀的痕迹。但是这是否直接成因，则未有足够的证据支持。
栖息地消失.根据最早的欧洲移民纪录，澳洲原住民经常放火烧森林，开发密林地区，并烧燬废物等，破坏了当地的生态而令双门齿兽消失。