马克西米利安二世的宗教观念背道而驰，他是一位虔诚的天主教徒，他提倡反宗教改革，例如邀请耶稣会的成员到他的领地。但是于1572年，查理二世亦在格拉茨及于1578年在布鲁克向内奥地利议会作出重大的让步，最后演变成对基督教的容忍。由于内奥地利需要负责对抗土耳其大军的侵略，他们于1579年在克罗地亚建立卡尔洛瓦茨城堡，以查理二世的名字命名。查理二世亦因对艺术及科学的帮助而受人纪念，其中作曲家奥兰多·德·拉絮斯及音乐理论家洛多维科·扎科尼都是他的门客。1580年，查理二世将安达卢西亚的马带到斯洛文尼亚的利皮查