在那里等待维修完成。1月23日，海军总司令部指示该市的所有海军部队撤离。埃姆登号遂重新安装了武器，并接载保罗·冯·兴登堡及其妻子的遗体上舰，这些遗体是为了防止落入前进的苏联军队之手而被挖掘出来的。在数艘破冰船的拖曳下，埃姆登号将遗体运送至皮劳，然后转移至客轮。在皮劳，埃姆登号的发动机恢复了正常运作，但仅有其中一幅螺旋桨可供使用。然后，舰只以最快的速度向基尔驶去，至2月6日抵达。在那里，它进入德意志船厂的旱坞进行维修。在德意志船厂期间，埃姆登号遭到了持续不断的空袭。3月11日的一次空袭中，燃烧弹点燃了舰只