该自治区的4个地级市的市委书记、5个自治州的州委书记以及5个地区的地委书记均由唯一执政党中国共产党的党员出任，是该市（地区）政治建制内的实际最高负责人，被称为“一把手”。现任地级行政区党委书记中，有1位是女性，即中国共产党伊犁哈萨克自治州委员会书记邱树华；任职时间最长的是中国共产党阿克苏地区委员会书记窦万贵，自2013年9月20日起任职，迄今；任职时间最短的是中国共产党博尔塔拉蒙古自治州委员会书记何永慧，自2020年5月31日起任职，迄今。