部下设内务处、教育处、建设处；财政部下设税务处、理财处；保安部下设警务处、司法处；畜产部下设牧业处、畜产处。此外，还有直属政务院的地政局、司法局、参议会等。蒙古联盟自治政府以乌兰察布盟（盟公署驻百灵庙）、锡林郭勒盟（盟公署驻贝子庙，今锡林浩特市）、察哈尔盟（盟公署驻张北）、巴彦塔拉盟（盟公署驻厚和豪特，今唿和浩特市）、伊克昭盟（盟公署驻包头）及厚和豪特市、包头市为辖区。其中，巴彦塔拉盟是将土默特特别旗和察哈尔右翼4旗合并后新设立的。各盟公署设盟长1人，副盟长1人，日本参与官1人，下设总务厅、民政厅、保安