。1921年（民国10年）10月，他升任海军中将。1922年，第一次直奉战争中，他切断了奉系的补给线，为直系的胜利作出贡献。因此项功绩，1923年10月，他升任中华民国海军总司令，获将军府授予“瀛威将军”。但是随后，他和得到皖系支持的的第1舰队司令林建章矛盾激化。林建章利用不满北京政府拖欠军饷的海军军官另立势力。1924年(民国13年)9月第二次直奉战争直系败北，杜锡珪被迫下野。林建章成为海军总长，杨树庄任海军总司令。
代理国务总理.1925年（民国14年）12月，杜锡珪重任海