后，魏喦寿奉命赴台湾接管日本台北帝国大学（今国立台湾大学）。魏喦寿并出任国立台湾大学工学院院长，并兼任化学工程系主任。魏喦寿同时在国立台湾大学农业化学系授课，主讲微生物学。1957年，魏喦寿在台湾创建中央研究院化学研究所。1957年-1973年，担任中央研究院化学研究所所长。1973年6月4日，逝世于台湾。