建元十四年（378年）秦将苻丕攻襄阳，道安为太守朱序所拘，不能离去，遂分散徒众各随所之。慧远奉道安命，至江南弘教，住荆州上明寺，时年45岁。
住持东林寺.慧远辞别道安，原欲南向访问同学慧永，以践昔日罗浮山共住之约。因慧永栖止庐山西林寺，遂亦居止庐山。慧远初住龙泉精舍，后慧永请江州刺史桓伊建东林寺。寺成，慧远乃移居东林寺。慧远内通佛理，外善群书，为当代僧众所钦敬。庐山之东林寺为当时南地佛教中心（鸠摩罗什所居之长安为当时北地佛教中心）。当时名仕谢灵运，钦敬慧远，替他在东林寺中开东西