军队主力被调离广东，参加淞沪、南京、武汉等战役。1938年10月，日军以空军、海军优势火力支援下，在广东大亚湾登陆，两星期后攻陷广州。余汉谋被革职留任，仓皇撤退中连余汉谋自己的夫人上官贤德也被滞留在香港，直到1942年才被中共指挥的东江纵队救出，更被讥讽为“余汉无谋”。1939年，日军从广州向粤北韶关进攻，企图打开交通线，被余汉谋所击退，才复职，并兼任第七战区总司令，防区包括广东粤北及潮梅一带。
后期仕途.1948年国共内战期间，余被任为