合菌门）。1998年Cavalier与Smith提出「球囊菌纲（"Glomomycetes"）」的概念，并将球囊霉目归入其中（仍属接合菌门）。后来经Schüßler对该目下部分物种小亚基rRNA（SSUrRNA）的分析发现球囊菌目可自组一个门，便将其由接合菌门移出，新成立「球囊菌门」，又因发现有能产生类似球囊霉目孢子的种类应该属于另一个更分歧的种系，而新增了类球囊霉目（"Paraglomerales"）、原囊霉目（"Archaeosporales"）与多孢囊霉目（"Diversisporales"）三个目，