派信仰，并毁坏宁玛派的佛像、经书和佛塔等。敏珠林的活佛、经师、译师、施主等多死于战乱之中，寺院中的珍贵文物也遭到毁灭性破坏。康熙五十九年（1720年），在七世达赖与僧俗官员的倡导下，宁玛派信仰被恢复，各地被毁的宁玛派寺庙也得到修复。吾坚尕桑和吾坚曲扎两位格西主持重修了敏珠林。敏珠林是后宏期南路宏法的主寺，前藏宁玛派的三座着名寺院之一。1959年，部分僧众流亡印度，并于1965年在印度德拉敦重建了寺庙。文革期间，其他两所寺院——多吉扎寺和白日寺被毁，敏珠林虽然亦遭到极大破坏，但基本格局得以保存，并在文革后