旧帝国大学之外最顶尖的大学之一。2012年诺贝尔医学或生理学奖得主山中伸弥就毕业于神户大学。神户大学的研究团队也在希格斯玻色子的研究中做出了重要贡献。神户的私立大学中则是以创立于1919年的甲南大学规模最大。除了这两所大学之外，神户规模较大的大学还有兵库县立大学和神户市外国语大学等。为了促进各大学之间的学术交流并对地域振兴做出贡献，神户市和西宫市的部分大学在2006年设立了兵库神户大学联盟（），加盟校的学生可听讲其他加盟校的课程并取得学分。神户市也是日本科研界的重镇。包括理化学研究所计算科学研究机构在内的一