国际联盟的卫生组织分为三个部分：卫生局包含国际联盟的常设官员，总顾问会议是一个由医学专家组成的的执行机构，还有健康委员会。健康委员会的目的是：进行调查，监管国际联盟在卫生工作方面的操作，以及准备将要被提交到总顾问会议的工作。 该机构关注于根除麻风病、疟疾和黄热病，而后两者则是通过开展国际灭蚊运动来推动的。卫生组织还与苏联当局合作成功地预防了斑疹伤寒的流行，包括组织一场盛大的教育运动。从创建伊始国际联盟就非常重视国际间的学术合作问题，于1920年12月，国联第一次全体大会就建议理事会设立一个着眼于学术