选用京滨东北线、根岸线的代表色——天蓝色（青24号）。车头色带的涂装位置与0番台不同，位于在控制室车窗正下方。另于车头玻璃左下方（从车厢外观看的角度）增加0番台没有的独立列车班次编号显示板。至于行驶用机器，其规格与0番台相若，但将在209系0番台试验的超声波月台检测装置列为标准配备，安装在车头前方结构两侧。在车厢内部，1000番台与0番台列车的最大分别，就是换上京滨东北线代表色──天蓝色色调的椅套。车门上方的LCD列车资料显示屏也从15吋（长宽比4:3）提升至17吋阔屏幕（长宽比16:9）。另外，在每列