傅斯年与钱穆受美帝控制，钱穆既愤怒又担忧遭到迫害。10月，钱穆随广州私立华侨大学南下香港，出任「亚洲文商学院」（新亚书院前身）院长。1950年，亚洲文商学院更名「新亚书院」，使流亡学生得以絃歌不辍；而办学有成，亦获香港政府尊崇，于1955年赠予香港大学名誉博士学位。1956年，钱穆与胡美琦在香港结婚。1960年，钱穆应邀讲学于美国耶鲁大学，又获颁赠人文学名誉博士学位。1965年，钱穆正式卸任新亚书院校长，应聘马来亚大学任教。钱穆一生以教育为业，五代弟子冠盖云集，余英时、严耕望等人皆出门下。197