线总指挥，率民族军赴蒲犁开展游击战。1945年9月中旬，游击队进攻蒲犁的国军，占领蒲犁。1945年10月8日，临时政府表彰伊斯哈克伯克“不仅是革命的热心参加者，而且是天才的指挥者，表现了令人敬叹的勇敢。”1945年10月14日，伊斯哈克伯克获临时政府授予中将军衔。不久，他接替波利诺夫担任民族军总指挥，成为“三区”的最高军事长官。1945年10月14日，国民政府代表张治中到达新疆。“三区”方面代表同国民政府代表展开和谈。1946年6月，双方签署《和平条款》。6月中旬，苏联撤走了在“三区”方面的大批苏联人，