家与秀吉的争夺战中保持中立。并在天正11年（1583年）贱岳之战秀吉获胜后赠上祝贺。贱岳之战后，秀吉成为天下人，辉元送出叔父毛利元总与堂弟吉川经言作为人质，正式臣从秀吉。之后奉秀吉的命令参与天正13年（1585年）的四国征伐、天正14年（1586年）的九州征伐，为秀吉的天下统一大业做出贡献。但这期间吉川元春及元长父子相后亡故。天正16年（1588年）7月，带领主要家臣上洛，叙任从四位下参议。获赐丰臣姓及羽柴之名，时称羽柴安艺宰相。天正17年（1589年），辉元在当时的交通要冲太田川的三角州，兴建与秀吉