子、甲氏家族后裔董瑟·米潘殿津尼玛，生下了阿旺南杰。所以阿旺南杰与彭措南杰是没有血缘关系的“兄弟”。一般的同父异母兄弟，往往会因母亲的竞争，成为仇敌，何况还没有血缘关系呢？彭措南杰制止阿旺南杰登上竹巴教主之位，或许就有这一层因素。另外，彭措南杰尊崇噶玛噶举派，噶玛噶举是最早创造活佛转世制度的教派，彭措南杰也有维护活佛转世“纯洁性”的考虑。由于母亲出身拉萨贵族，所以阿旺南杰从小在离拉萨很近的纳木竹寺长大，向第四世竹钦衮千·白玛噶布的弟子学经。12岁时（1606年），祖父(热龙寺寺主)去世，其父闭关修炼没