1999年6月17日，祖马获南非总统塔博·姆贝基任命为副总统。
涉嫌贪污被解职.2005年6月，祖马的前财务顾问谢克向法庭供认曾向祖马行贿130万兰特，约合19万美元，用于为其商业行为牟利提供方便。此外，祖马还被怀疑接受了一家法国军火商的贿赂，以保护其免遭南非政府的调查。6月15日，南非总统姆贝基宣布解除祖马的副总统职务。同年12月，他又被指控犯有强奸罪。但祖马一直否认指控，并批评指控实际上是「政治迫害」，被姆贝基以政治目的作为打压。法院在2008年9月以指控是出于政治目的为理由