年8月，马萨诸塞湾交通局在接管地铁后，将其作为波士顿地区公共交通网络的重要一部分进行宣传。1965年8月26日，交通局对整个系统进行品牌重塑，根据覆盖地区及历史，为四条主要地铁线打上颜色标签。剑桥-多切斯特隧道因剑桥端的终点站为哈佛大学，用学校的主色调绯红色将地铁命名为红线。1968年地铁南部支线被分配了不同的字母编号。A支线为昆西支线，计划延伸至南布伦特里；C支线为阿什蒙特支线；B支线可能是为规划中的布伦特里至布罗克顿支线所预留。1994年，交通局利用新的电子标志，为线路重新分配字母编号，“A”为阿什