州复为东晋所有。因避桓温父桓彝之讳，改平夷郡为平蛮郡。晋成帝时，分建宁郡置建都郡，分河阳郡置西河阳郡。咸康四年（338年），分牂牁、夜郎、越巂、朱提四郡置安州。咸康八年（342年），省宁州，罢永昌郡，越巂郡还属益州。
南朝.南朝刘宋置宁州，领建宁郡、晋宁郡、牂牁郡、平蛮郡、夜郎郡、朱提郡、南广郡、建都郡、西平郡、西河阳郡、东河阳郡、云南郡、兴宁郡、兴古郡、梁水郡十五郡。南齐时，宁州领建平郡、南广郡、南朱提郡、南牂牁郡、梁水郡、建宁郡、晋宁郡、云南郡、西平郡、夜郎郡、东河阳郡、西