平天国交战，但林文凤临危不乱，先以洋枪和几尊铁炮让人数占优势的叛军连攻3天仍无法得手，接着在得到支援后主动出击，大败叛军，从此叛军不敢再侵犯雾峰。乱事遭平定后，乡里破坏甚鉅、人民流离失所，他便招集农夫重振乡人生计。清同治二年十二月，阿罩雾庄遭「野番」出草入侵，他率乡人抵抗之，杀番数十人，自此野番未敢再侵扰阿罩雾庄。1870年2月16日（清同治四年），林家下厝系的林文明遭台湾镇总兵杨在元与台湾兵备道黎兆堂密令专员凌定国处决于彰化，城吏料想林氏必拥众至，便可以围城之罪治林文凤等人，但林文凤并未中计。