派遣海军监视所有抵达古巴的船只并做好封港准备。他开始与苏联谈判并要求苏方撤回一切在古巴的防御武器及器械。如果不这么做的话，苏联和古巴人民则要面临封港。一周后，他和苏联部长会议主席尼基塔·赫鲁晓夫达成了一个基本的共识——一个长期的协议。赫鲁晓夫同意在联合国的监督下撤出导弹，只要美国保证永远不会攻击古巴并且悄悄的移除美国在土耳其境内的导弹发射井。在这次把整个世界向核战争拉近的危机是前所未有的，但所幸被两个领袖的人性所阻挡下来。然而根据与甘迺迪总统外遇的白宫女实习生Mimi Alford近年所写的回忆录，她说