年12月在国民党五届一中全会上当选为中央委员，后当选为中国国民党中央执行委员、常委。抗日战争时期，萧同兹在重庆国民政府时期当选为全国新闻联合会主席。1949年4月前往台湾，先后担任国民党中央通讯社总社管理委员会主任委员、中国国民党中央评议委员、总统府国策顾问等职。1964年12月21日，卸任国民党中央通讯社总社管理委员会主任委员，由曾虚白接任。晚年曾任台北市报业评议委员会（今中华民国新闻评议委员会）主任委员、世界新闻专科学校董事长、复兴剧艺实验学校董事长。1973年，萧同兹在台北市病逝，享年78嵗。