机中，信号旗特种部队接到命令去进攻俄罗斯最高苏维埃所在地——白宫，但是信号旗特种部队拒绝了这一要求。同一年，信号旗特种部队被内务部接管，由于无法接受自己由原来的军人身份降格为警员，278名队员中只有57名成员选择继续留在部队服役。剩下的成员组成的部队被内务部重新命名“维加特种部队”。1995年，俄罗斯联邦安全局接管了维加特种部队并将其改名回“信号旗特种部队”，信号旗特种部队随后隶属于联邦安全局特别用途中心V科。信号旗特种部队参与了2000年3月的逮捕萨尔曼·拉杜耶夫的行动和2004年别斯兰人质事件。