台湾后至同年11月战争结束，持续了5个多月，共造成台湾方面14000名兵勇战死。战役死亡164名日本军，瘴疠则死亡4700名兵士，包括北白川宫能久亲王与山根信成少将。其中，在乙未战争领导对日战事最力的黑旗军将领刘永福，虽未接受台湾民主国总统之位，但于台南指挥为数不多黑旗军于东石与布袋与日军对战。1895年10月18日，刘永福于布袋嘴与乃木希典军队交战失利，在写信求和被拒后，弃台南城离台。1895年10月20日，刘永福从位于台南市区总统行馆（今大天后宫）赶至安平港，并连同20名随从，委身匿于中国籍戎克船船