金融机关的64间地方银行，由于向地方公共团体提出免费或极为低廉的手续费优惠，每年的支出总计高达1000亿日圆，完全入不敷出。举例来说，地方公共团体向指定金融机关所支付的付款票据或帐户支出手续费，每一件不到10日圆甚至是免手续费。与邮便局（民营化后的邮贮银行）、超商或Pay-easy相比明显过于低廉。因此，每年都向地方公共团体五团体要求提高手续费。然而，虽然银行一直要求提高手续费，但目前尚未有银行辞去都道府县及政令指定都市等级的指定金融机关。