中山时，萧友梅将孙中山藏在了他位于东京的家中，时间长达一个多月。1910年3月和5月两次到北京保和殿参加留学生毕业殿试，成为“文科举人”，同年11月份前往山东、山西等地视察学务。后来辛亥革命爆发，孙中山成为大总统后，萧友梅也被委任为大总统府秘书员。袁世凯上台后，萧友梅辞职，并在孙中山、蔡元培的帮助下于1912年前往德国莱比锡音乐学院、莱比锡大学、柏林大学学习音乐，1919年10月22日获博士学位，博士论文为《17世纪以前中国管弦乐队的历史的研究》，成为了中国第一个获外国大学博士学位的人。1920年，