成一气后，台南县政府于2006年委外针对台南捷运的优先路线进行重新评估，一併进行整体路网的修正，将改起讫于台南县新化镇、亿载金城的台南捷运绿线设为台南捷运的第一顺位推动路线；然而台南捷运系统2010年进行后续送审时，因自偿率过低，旋即遭到交通部退回，而台南市首任市长赖清德上任后，也认为兴建成本过高且路幅过于狭窄不易兴建，正式终止台南都会区轻轨运输系统计画，此案不了了之。在此之后，台南市政府另辟蹊径推动「台南市捷运化公共运输系统执行方案」，推行公车改造及兴建转运站等政策。在此背景下，基于服务各转运站间的往