吾曾在陶山一带抗击清兵，后失败。清朝控制肥城后，延续明代区划。1734年肥城县改属泰安州，属山东泰武道。次年泰安州为泰安府，肥城县沿属。同治五年，清廷军队攻下了太谷学派北派人物张积中建立的黄崖山寨，事件中上万余百姓被杀，史称“黄崖山事件”。19世纪末，义和团活动于肥城境内，1899年，发生了平民杀死传教士的肥城教案，清廷因此将肥城县令撤职并赔款数千两银元。
民国时期.中华民国建立后，肥城县先后属山东省岱北道、济南道、第六行政督察区。1916年，肥城二区农民为反对曾捐增税举行暴动，暴