吏都对他感到畏忌，更有「行行且止，避骢马御史」之语流传。荥阳爆发黄巾之乱，桓典奉命督军，破黄巾后凯旋回朝，却因触忤宦官，而不获封赏。桓典任御史之职达七年，均未获调升，不久更被贬为郎官。汉灵帝驾崩后，大将军何进秉政，桓典便与他同谋商议对付宦官，迁任平津都尉、钩盾令、羽林中郎将。汉献帝即位后，三公上奏指桓典曾与何进谋诛宦官，虽不成功，但却足见忠义。于是献帝下诏拜桓典家中一人为郎官，又赐钱二十万。桓典随驾入长安时，官拜御史中丞，赐爵关内侯。曹操迎献帝幸许都，桓典又迁光禄勋。后于建安六年（公元201年）逝世。