二县为天兴州、万年州，增设南路、北路及澎湖三安抚司；另将承天府直辖地划分为安平镇、东安坊、西定坊、宁南坊、镇北坊四坊一镇；天兴、万年二州下设文贤里、仁和里、永宁里、新昌里、仁德里、依仁里、崇德里、长治里、维新里、嘉祥里、仁寿里、武定里、广储里、保大里、新丰里、归仁里、长兴里、永康里、永丰里、新化里、永定里、善化里、感化里及开化里等二十四里，以及管理番人的麻豆社、新港社、目加熘湾社、萧壠社四大社，为台湾堡里制度之始。而四坊二十四里的建置到清领时期仍被沿用。其后因开拓之地日广、人口日增，四坊二十四里的建置不