穿堂层间设有六座楼梯、两座电扶梯、两座电梯，并于穿堂层设有1号出口。
站内设施.领航站是一座地上两层的车站，站内除设有设置于穿堂层的询问处外，也设有位于非付费区穿堂层的饮水台等站内设施。
月台门.与所有桃园捷运车站相同，领航站的月台设有半罩式月台门，除能够保障民众生命财产安全外，也避免列车行驶遭受干扰。
安全设备.领航站设置有各式车站安全设备，包括有于有人（或侵入）轨道及卡入月台等状况间使用的车站紧急停车按钮、设置于电（扶）梯及车站