11年4月25日，魏耀干否认自己担任刘厝大排自救会会长是为了参选立委，也说不介入刘厝大排自救会经费及人事运作，也说不会再选立委。2014年5月29日，魏耀干、文史工作者陈婉真、国立东华大学教授施正锋与中国医药大学学生邱彦维宣布成立台独政治团体「甲午变天」，担任甲午变天首任总召集人的魏耀干说，甲午变天不仅将推动「以台湾为本位」的史观，更以「反中倒马、制宪建国」为中长期目标。同年12月，魏耀干率人前往台南市佳里区好望角公园，将园内的蒋介石铜像喷漆涂污。