小他26岁女友出游，引发争议，请辞政务委员。2010年9月起任财团法人保险安定基金董事长，2015年5月卸任。2014年1月朱云鹏以「检核小组」召集人身份，违背程序提出临时动议，组成高中历史课纲微调小组，把18年前王仲孚为首的急统派学者的意见《认识台湾国中教科书参考文件》强势通过，黑箱编入高中课纲，引起全台高中生的反对与包围教育部抗议。2016年3月，政党轮替，马英九临下台前提名朱云鹏为国安基金管理委员会民间委员，任期两年。2017年起担任台湾研究基金会董事长。
热门