朝开始钓鱼台等岛屿便由台湾府噶玛兰厅管辖。但是对于中华人民共和国政府主张钓鱼台以及附属岛屿之主权要求，为台湾海崃两岸政府之责任一事则有许多不同看法。支持双方共同合作人士主张，中华民国政府应该就维护中华民族之利益而彼此之间有合作默契；反对人士则认为中华人民共和国政府可能会将其视为对于台湾的统战手段之一，也意味着变相承认中华人民共和国拥有台湾的主权，而目前中华民国政府则採取不与中华人民共和国政府合作的立场。对于中华人民共和国与中华民国所提出的论点，日本政府否认双方在钓鱼台以及周遭岛屿存在有这些领土纠纷议题，