祯祥任美国纽约哥伦比亚大学内科及微生物科讲师。1943年12月，黄祯祥回国。1944年，黄祯祥任重庆国民政府中央卫生实验院医理室主任。1947年，黄祯祥回到北平，担任中央卫生实验院北平分院院长。1949年，北平解放，黄祯祥选择留在大陆。1956年，卫生部合并组建中国医学科学院，黄祯祥任中国医学科学院病毒学系主任。后来该系改编为病毒学研究所，黄祯祥继续在该所任职，曾任研究员、名誉所长等职。1980年，黄祯祥成为中国科学院生物学部委员。1985年，黄祯祥加入中国共产党。1987年3月24日，黄祯祥因白血病于