布斯堡时期（1556－1740）.1556年，查理五世退位，斐迪南一世正式继承奥地利大公与神圣罗马帝国的帝位，开启奥地利哈布斯堡家族的统治。
三十年战争（1618－1648）和哈布斯堡家族之挫败.1517年，德国天主教教士马丁·路德因不满罗马教廷的赎罪券政策，发起宗教改革。自当时的马西米连一世开始，历任哈布斯堡君主都对基督新教都採取容忍政策，因此新教得以在德国广播，而且传到奥地利哈布斯堡家族治下的波希米亚。但由于君主的容忍新教，哈布斯堡君主一直被选为波希米亚国王。但帝国局势在