段祺瑞等要求共和电。中华民国成立后，随着陆军改组，他成爲陆军第六师第11旅旅长。1912年（民国元年）4月，他任河南省署理南阳镇总兵。1913年9月，他昇任第六师师长。1914年（民国3年）6月，他兼任江西省赣北镇守使。护国战争爆发后，马継曾被袁世凯任命为第1路总司令，率军赴湘西（湖南省西部）讨伐护国军。虽然马继曾拥大兵，但护国军的抵抗很有力，马氏苦战而败绩。1916年（民国5年）2月，马継曾在湖南省麻阳县自杀身亡。