马克斯·普朗克学会（MPG）的行政总部设于慕尼黑。此外，该机构还在慕尼黑设有、、、马克斯·普朗克物理学研究所以及。而慕尼黑市还是马克斯·普朗克学会的“法人促进成员”。MPG的其它一些研究所，例如马克斯·普朗克天体物理研究所和，也都分别设于慕尼黑工业大学在加兴的外部校区和普拉内格镇的。加兴还设有，其一直运作至2000年，然后被所取代。夫琅和费协会的总部也设在慕尼黑，并在该市保有、以及（至2007年）。德国联邦国防军则在慕尼黑设有、以及。-德国健康与环境研究中心（HMGU）研究未来医学和保健以及对健康至