晚年的全祖望境遇更加萧条，“典琴书，数券齿，日皇皇也”，干隆六年以后竟至饔飨不继，御寒乏衣，到了除夕，只得忍痛割爱兑去书籍数部，聊度年关。干隆二十年（1755年）七月二日卒，“所藏书万余卷，归之卢镐族人，得白金二百金”，十一月，得以「治丧礼」。一说杭世骏与全祖望交恶，全祖望殁后，他扣押全祖望文集，又窃全祖望文章为己有，编入《道古堂集》。
着作.着作极为丰富，共有三十五部，四百余卷，且大多数学术着作用力极深。其主要着作有：《鲒埼亭集》、《困学纪闻三笺》、、《续甬上耆旧诗》、《经史