子嗣问题上对立的各方势力在军事上发生对立，是为应仁之乱。各守护分别选边支持，形成细川联军（东军）与山名联军（西军）的大混战。战事一开始，由于东军争取到天皇与幕府将军的支持，且聚集了相对优势的兵力，因此开战最初几个月可说是佔尽优势。可是到了同年七月，中国地方四国守护大内政弘率领万余军队援助西军，战况顿时改观。此外，西军决定拥立将军足利义政之弟足利义视与京都当局相抗衡，使得整个战局陷入胶着，日后更扩大为全日本的大混战。随着两军领袖相继去世和幕府将军继承纠纷解决，在文明9年（1477年），交战双方决定和解