中国版图的台湾岛，明朝亦不干涉荷兰对台湾的佔领。李旦之所以积极介入，原因之一是为了解除荷兰人佔据澎湖后，不准中国商船到马尼拉贸易的困境。1624年8月26日，荷军撤出澎湖转往台湾。荷兰东印度公司乃于不受明朝政府管辖的福尔摩沙（今台湾）大员（今台南市安平区），建立台湾本岛信史上第一个统治政权。根据中央研究院院士杜正胜与曹永和的研究：「明朝虽实施海禁，但台湾不只明朝不管，甚至也不属任何国家管辖，所以走私船早在当时就在基隆、安平与淡水会合明朝、日本与西班牙、葡萄牙与荷兰的商船。...根据荷兰史料，当时东印