，合作将之迁于今仁爱区仁三路、石硬港溪（今日的旭川河）的右岸附近，与左岸的庆安宫隔岸而对。1884年中法战争，奠济宫曾作为军事据点，却因清军疏失，引爆诡雷，造成庙貌毁伤。1895年乙未战争时，因为抗日军队将奠济宫充为军火库，储藏弹药，却管理失当，又因水雷爆炸，造成毁伤。1897年地方仕绅决议重修。此外于清道光初年，主祀水仙王的清甯宫，由于在日治初期庙埕被公家征用开路，遂将原本的「坐西向东」改成「坐南朝北」，与奠济宫仅一巷之隔，此后逐渐被认为是奠济宫的后殿。1940年代二次大战期间，盟军轰炸基隆市区，奠济