宋元学案》中绝大部分人物只记载有姓名或很短的小传，没有收录其文章和言论，真正留有言论或文章的宋元学者仅有209人，只比《明儒学案》多出一人。其中以司马光为首的《涑水学案》、邵雍的《百源学案》、周敦颐的《濂溪学案》、程颢的《明道学案》、程颐的《伊川学案》、张载的《横渠学案》、朱熹的《晦翁学案》、叶适的《水心学案》等都用2卷的篇幅详述。全祖望在补修《宋元学案》时，将原本中的许多学案进行分割，从而新增加了许多学案。例如，卷二十三“荥阳学案”是全祖望为吕希哲设置的新学案，原本吕希哲作为胡瑗的门人原本附于“安定学案”