排在中华人民共和国石油工业部工作，得到理想的待遇和尊重。在北京生活了一段时间后，萧光琰移居大连，任职于东北科学研究所大连分所（现为中国科学院大连化学物理研究所，即“大连化物所”）。朝鲜战争爆发后，中国社会开始不信任从美国归来的知识分子；随着1951年思想改造运动开展，人们起初排斥萧光琰，后来更质疑他回国的动机，又因为谈论以前在美国的生活而被人批判为“崇洋媚外”。面对人们批判，当时血气方刚的萧光琰大感愤怒，更曾经生气得摔眼镜，人们对他也就更质疑了。萧光琰受到打击，既气愤又焦虑，情绪波动，曾经几天不上班来抗议，