化浏览器和作业系统的整合层面，在Windows 95或Windows NT 4上安装4.0版本及选择视窗桌面更新功能可将传统式的Windows Explorer更新成与网路浏览器界面相似的新版Internet Explorer ，用户亦可透过Active Desktop将网页浏览功能嵌入于视窗桌面上。这样的整合行为亦受到不少的批评（参见美国诉微软案），因此这个功能已在后期的版本安装中移除。4.0版本引进群组原则，允许公司设定和锁上浏览器的参数设置。Internet Mail and News被Outlook