天府、天兴州、万年州的行政区域略加调整，改为诸罗、台湾、凤山三县，凤山县即承继了原万年州的永宁里、新昌里、依仁里、长治里、维新里、嘉祥里、仁寿里。凤山县治设在兴隆庄（今高雄市左营区），典史署在县治之西，巡检司署在下淡水里东港。行政范围包括：东至下淡水溪，西至打鼓山港，南至沙马矶头，北至台湾县文贤里二赞行溪（二层行溪，今二仁溪），另有溪北紧临的依仁里，以及文贤里北部的飞地（永宁里、新昌里、安平镇）。康熙四十五年（1706年），因为凤山县发生蝗灾，知县宋永清在龟山旁建立「八蜡庙」。而到康熙末年，凤山