台大医院副院长林天赐致电苏友鹏请其速至院长室；随后，苏友鹏同许强（教授，第三内科主任）、胡鑫麟（副教授，眼科主任）、胡宝珍（皮肤泌尿科）等遭便衣情治人员逮捕，并被两辆吉普车分批押送至保密局南所；在离开医院前，院长魏火曜曾致电耳鼻喉科护士长为苏友鹏拿其西装外套来替换其身上白袍，而该白袍里恰好放着鲁迅的《狂人日记》。被逮捕后，苏友鹏经讯问一次后被以「参加叛乱组织」罪名判处有期徒刑10年，而唯一证物正是西装外套中那本《狂人日记》。此后，苏友鹏被长期监禁于绿岛；此间，他曾在狱中联合8位同为政治犯的医师及护士组成