内，其他两项政策就成效减少了。国民党赢得1996年总统选举后，在立法院只是仅仅过半，有不少民代要求不容易妥协的他与「查黑」过度的马英九下台。最后连战内阁大改组时，与马同时离开部长的行列，刘转任学术性较强的国科会任主委，马转任政务委员。1997年，萧万长组阁时出任行政院副院长，1998年马英九参选台北市长，刘兆玄义不容辞多次力挺协助。1999年9月21日凌晨，台湾中部发生7.3级的大地震，造成死亡2400多人，建筑损毁10万幢以上，经济损失超过新台币3600亿元。时任行政院副院长的刘兆玄担任救灾执行长，坐镇