子氧气能与1分子1,5-二磷酸核酮糖生成1分子2-磷酸乙醇酸（）和3-磷酸甘油酸（3-Phosphoglycerate）。反应由1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶羧化/加氧酶催化（插图3的①）。这1分子磷酸乙醇酸会被磷酸乙醇酸磷酸酶脱去磷酸机团成为乙醇酸（'）（插图3中的②）。乙醇酸在叶绿体内膜上有相应的转运体（'），它协助乙醇酸离开叶绿体。乙醇酸到达过氧化物酶体时，会通过可能是由孔蛋白（'）组成的孔（'）进入过氧化物酶体。而横向来看，光唿吸的最终阶段也是发生在叶绿体。由过氧化物酶体得来的甘油酸会转