一部分， 它与启示神学，基督教神学有本质的不同。 形而上学(包括自然神学)的研究仍然是受科学实践的成果约束的，或者说是受经验证据约束的。启示神学，基督教神学的推理假设及结论往往和经验证据相矛盾。
自然神学和科学的比较.自然神学和科学的相同点是两者都崇尚理性， 两者都可以用假设作为推理前提，其假设合理性都是被经验证据约束的。两者不同之处是，尽管两者都用缜密的逻辑推理，自然神学研究中的推理结果在往往无法用经验证据证明； 而一个研究被认为是科学的前提是其推理结果能用经验证据证明。但是，自