师徒传承的一种方式，后来活佛转世制度出现，赤巴就变为象征寺院内宗教权威的法主，赤巴一职只能由堪布及活佛担任。第一任堪布向生·西绕松布圆寂后，到第十三任堪布以前，该寺均聘请寺内外高僧出任，这就是通过聘请法嗣堪布来主持寺院。1594年，第三世帕巴拉活佛帕巴拉·通娃顿垫（宗喀巴的弟子沃贝吉多的门徒），以学识及组织才能出众，成为该寺第十四任法嗣堪布。这是帕巴拉活佛世系住持该寺的开始，该世系也成为强巴林寺第一大活佛系统。由此形成了历代帕巴拉活佛担任法嗣堪布，住持该寺的惯例。只有在帕巴拉活佛圆寂或年幼时，由谢瓦拉活佛、