寺内有喇嘛参加了罗卜藏丹津的反清活动，佑宁寺被清军焚毁，而三世章嘉其后被军护送回北京。在京期间，他曾与雍正帝四子弘历、五子弘昼等一起读书。1734年三世章嘉奉雍正帝谕旨护送七世达赖喇嘛返回西藏，在藏期间曾到甘丹寺、哲蚌寺等处说法。雍正帝去世后回到京城，干隆帝命他管理京城各寺庙喇嘛，同时赐他“札萨克达喇嘛”。1740年奉干隆之命将《丹珠尔》译为蒙文，1751年干隆又赐他“振兴黄教大国师”。1772年至1790年间再次奉干隆之命将《甘珠尔》译为蒙文。1786年圆寂。