委员高凤仙、杨美铃提案弹劾；2018年7月3日，监察院审查吴茂昆的弹劾案，最终以13票成立票全票通过弹劾，全案移送公务员惩戒委员会。
教育部拒绝聘管中闵为校长.2018年4月27日，教育部以管中闵参选台大校长时未揭露与遴选委员蔡明兴间之薪酬关系让全案回到遴选委员会对校长候选人资格进行检视审查的阶段。2018年4月29日，教育部长吴茂昆对于质疑驳回台大校长遴选结果，声称「学术没有真正的民主」，又质疑政治力介入台大校长遴选的说法，并反问记者「我有政治介入吗」；关于有几位校长参选人表