然而，由于其后的英华毕业生未能如外界期望般从事佈道工作，捐款者颇有怨言，加上中国政局动荡，理雅各牧师不得不在1856年停止收生，并于1858年结束学校。关于结束学校的原因，有一说法指理雅各是因为获香港政府委任去处理香港教育事务和建立中央书院（今皇仁书院），所以无法兼顾英华书院事务所以需要结束英华书院，并没有史实支持，且发生时间上并不太吻合。
中止办学.书院结束后，印刷业务不受影响，继续出版圣经、理雅各翻译的中国经籍、杂志、学童启蒙书籍等。当时英华书院铸造的中文活字举世闻名：