生学研究以粒线体DNA序列分析鸭科各物种的亲缘关系，认为非洲黑鸭是绿头鸭类中最早分支的物种、非洲黄嘴鸭次之，麻斑鸭则是第三个分支的物种，皆是绿头鸭类演化上较早分支的类群。
保育.麻斑鸭被IUCN归为濒危物种，其主要栖地之一的阿劳特拉湖湿地自二十世纪中叶起受到严重的破坏，使当地水鸟的数量大幅下降。因长期被视为绿头鸭的一种表型，而非独立物种，麻斑鸭的保育工作过去并不受到重视，且因其羽色单调、分佈范围又相当侷限，较不受赏鸟人士关注。人为饲养下麻斑鸭很容易繁殖，亦有繁殖麻斑鸭的项目，麻斑鸭