法国是坚定的天主教势力范围，这次婚姻引起了苏格兰国内新教支持者的忧虑，他们开始积极的寻求终结天主教通过法国对苏格兰持续施加影响的办法。而1558年，属于新教的伊丽莎白一世登基成为英格兰新君主，英格兰突然因为宗教原因成为了盟友而不是对手。1560年，宗教改革下的苏格兰议会在玛丽远在法国时单方面拟定了爱丁堡条约，明确表示要终止与法国的同盟关系。虽然这一条约始终没有得到玛丽女王的正式批准，但是却实际上迫使所有法国在苏格兰的天主教势力撤离。两个国家长达265年的同盟关系也由此终结。而玛丽在返回苏格兰之后也被