后赛的表现都比常规赛为佳。在2003年NBA总决赛的最后一场，邓肯几乎做出四双，获得21分、20个篮板、10个助攻和8个阻攻。
马刺的领导者（2003年-2013年）.
2003-2004赛季.在2004年NBA季后赛，马刺队在第二轮遇到洛杉矶湖人队，在关键的第五场被费舍尔完场前0.4秒出手绝杀。最终以4-2被淘汰，无缘进入NBA总决赛。
2004-2005赛季.在2005年，马刺队再次进入NBA总决赛，在第七场，邓肯取得25分和11