京口，司马尚之迁振威将军、广陵相。太元十五年（390年）父亲去世，司马尚之袭封谯王，并离职服丧。
王恭举兵.服丧后，司马尚之任骠骑将军、会稽王司马道子的谘议参军。隆安元年（397年），青兖二州刺史王恭举兵讨伐掌政的司马道子宠臣王国宝，司马道子不能抵抗，被逼诛杀王国宝以求平息事件。当时散骑侍郎刘镇之、彭城内史刘涓子等人皆因是王国宝党羽而被收捕，将被处死，司马尚之认为刑狱不能牵连太广，劝司马道子释放他们。司马道子听从。而当时王恭因为逼司马道子杀王国宝而威震全国，令司马道子十分畏惧，