华民国政府行政院陆委会主委王郁琦就此事件，公开唿吁北京改善新闻环境，并尊重新闻自由。此外，于1月8日，台湾在野党民进党高层也对这次事件发表看法，党主席苏贞昌唿吁：“一个言论自由的媒体环境，能协助中共进行真正的改革。”，而前任党主席蔡英文也表达新闻自由是普世价值不能剥夺的立场，同时要求马英九发声支持这项行动。民进党籍立委蔡其昌在新浪微博支持《南方週末》，随后遭到删除，他对记者说：「中(华人民共和)国政府果然言论控制严谨。中(华人民共和)国每年花这么多钱对台湾民众做统战，倘若连一个网路上都没有言论自由，相信全台