过去发表的学名整理为同物异名，结果认定欧洲的羊肚菌有21种，北美洲有22种，其中7种在两地皆有分布。2019年，Du等人又以上述四个基因的序列分析中国羊肚菌的亲缘关系，并加入世界各地已发表的序列进行分析以绘制演化树，发表了中国六种羊肚菌属的新种。在羊肚菌科中，羊肚菌属与钟菌属的关系较为接近，两者组成的演化支和该科其他类群互为姐妹群。而羊肚菌属中各类群的亲缘关系则如下：
生态.本属物种有些与树木共生（有些为植物的），也有些为腐生。黄羊肚菌（美味羊肚菌等）较常出现在落叶树下，而