隆安三年（399年），孙恩率众攻陷会稽郡，会稽郡、吴国、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡及新安郡皆有人响应孙恩，聚众十万。刘牢之初遣桓宝及刘敬宣率兵救援三吴，在知道吴郡内史桓谦出走后，刘牢之就上表讨伐孙恩，并立刻出发。刘牢之到吴郡后，与朝廷所派的谢琰屡次击败敌军，并进临浙江，又得谢琰派高素支援。朝廷此时下诏进刘牢之为前将军、都督吴郡诸军事。刘牢之后渡江进攻孙恩，孙恩率众逃走，途中留下大量财物和年轻男女，刘牢之军队于是争相掠夺，不但令孙恩得以逃走，亦令当地期望朝廷军队到来的人大为失望。孙恩逃入海岛后，