国民党北伐后，认为孙中山遗教里并未提到特别区之设置，于是将上述各地皆改制为省，即察哈尔省、绥远省、热河省、西康省（川边特别区）。此后特别行政区被视为「准省」，定位变成建省前置作业之建制。依此准则设立的第一个特别行政区为海南特别行政区，辖区为海南岛与南海诸岛。海南岛于1950年因内战失守后，海南特别行政区不复存在，但中华民国政府仍将海南特别行政区列入行政区序列之中，至2005年方予以取消；至于南海诸岛，则自1979年起由甫升格为直辖市的高雄市代管。抗战时期，汪兆铭政权亦曾先于1942年划江苏省的徐海道