4世纪，各十字军国家逐渐崩溃、蒙古人伊斯兰化，都使奇里乞亚失去盟友。在内部宗教冲突和马木留克不断进攻下，王国最终于1375年灭亡。自此奇里乞亚跟亚美尼亚高原一样复归外族统治。
近代.由于具有重要的战略价值，鄂图曼帝国和波斯萨非王朝一直争夺亚美尼亚高原的控制权。1555年的阿马西亚和约以后，尽管鄂图曼-波斯战争不断，但西亚美尼亚一直归属鄂图曼帝国，东亚美尼亚则至19世纪上半叶皆归属波斯。16至20世纪，奇里乞亚都是鄂图曼帝国的领土。1828年，沙俄在与波斯战争中获得东亚美尼亚。