灵宝经中有大量佛教术语，往往被视为剽窃、抄袭，在南北朝后期和唐代成为佛教批评的主要对象。
科仪.东晋后期的灵宝经继承天师道的斋法科仪，发展出灵宝经的斋醮科仪，如《太极真人敷灵宝斋戒威仪诸经要诀》详记传授灵宝经的仪式。灵宝科仪经陆修静的整理，构成中古道教斋法主流，直到今天道士仍运用沿自灵宝经的仪式。
后世删改.东晋后期的灵宝经一面强调灵宝经高于佛法，一面表明佛教也是「元始天尊教法」的一支，劝人亦须礼敬佛法和沙门。在南北朝末期和唐初的佛道之争中，佛门中人断章取