二十五年（1288年）复置，二十八年（1291年）废，二十九年（1292年）复置，大德元年（1297年）改称福建平海等处行中书省，移治泉州，三年（1299年）废，并入江浙等处行中书省，置福建道宣慰司都元帅府，分管福州路、建宁路、泉州路、兴化路、邵武路、延平路、汀州路、漳州路等八路。至正十六年（1356年），恢复福建等处行中书省。至正十九年（1359年），前江浙行省平章政事三旦八和前兴化路总管安童在兴化路自设兴化分省宋末，由于蒲寿庚弃宋降元，使泉州港没有受到破坏，反而发展成国际着名的港口，市内形成大批外侨