到球队主教练沈祥福的认可。2009年6月，他自由转会加盟广州医药，身披30号球衣。 但2009赛季并没有得到出场机会。2010年，广州队因涉嫌假球案件被罚降入中甲联赛，球队大量主力出走，倪波也开始得到上场机会。5月1日，倪波在广州恒大主场1比0击败安徽九方的比赛中替补胡兆军出场，完成职业生涯的处子秀。 5月7日，倪波客场挑战上海东亚的比赛中替补比奇出场，并在第77分钟为郜林贡献一次助攻，帮助球队3比1击败对手。5月15日，倪波在主场3比1击败北京八喜的比赛中第三次代表球队出场，但表现一般，他在81分钟替