在危害的中间体。虽然四个电子和四个质子的转移而将氧还原为水的反应是无害的，一个或两个电子的转移会产生超氧或过氧阴离子，这是危险的反应。这些活性氧和它们的反应产物，如羟基自由基，对细胞非常有害，因为它们能氧化蛋白质并导致DNA突变。细胞的损伤可能会诱发疾病，并可能是导致老化的原因之一。细胞色素c氧化酶复合体能高效地将氧还原为水，且只释放极少量的部分还原中间体；然而，电子传递链却会产生少量的超氧阴离子和过氧化物。其中尤为重要的是辅酶Q在复合体III中的还原过程，因为作为一种中间体，高活性的泛半醌自由基会