只是专注于商业利益，对其它宗教则採取宽容政策。荷兰东印度公司初时只有两名牧师专责传教，直到1753年建立基督教堂在政府办公室附近，规定凡是公司人员，必须朝夕祈祷和进行礼拜。基督教堂并不完全是宗教因素，而是庆祝荷兰占领马六甲一百周年而建。而葡萄牙建立的圣保罗教堂则被改作坟场，教堂屋顶改工修筑，以便架设大炮防御。荷兰人曾有一段时间，因为长期在欧洲与旧教国家西班牙的战争，而排斥天主教。故于1646年下令禁止马六甲的天主教徒集中弥撒，并将各教堂拆毁或改为住宅，天主教徒直到1767年才获得公开自由活动及建立教堂的自由