山组为核心的复背斜。加里东运动、海西运动使其从中寒武世上升隆起，形成了厚千余米的碳酸盐建造，后又在燕山运动和印支运动时期使全县褶皱成山，最后于喜马拉雅构造期在县西部形成断陷岩溶盆地。中部的石炭-二叠纪碳酸盐分布区，由于地层平缓，近垂直的张裂隙发育，因喀斯特作用形成了“剑状喀斯特”（俗称石林）的地貌景观。地质构造上县境中西部为茂舍祖背斜、断层和盆地，东南部主要是北东向和北西向的两组断裂交叉构造。石林县内的地层，除奥陶系、侏罗系、白垩系之外，从震旦系到第四系均有出露，石灰岩地层分布最广，占总面积的62.9%