统大选中，发起连署，反对民进党候选人陈水扁连任。2004年4月，成立民主行动联盟，谢大宁任召集人。8月，发起反军购游行，反对台湾对美国的军购案。10月，与张亚中、黄光国等人，邀集七位中研院院士，发表《两岸和平论述》，提出两岸统合的主张。2008年，马英九当选中华民国总统后，民主行动联盟解散，重组为两岸统合学会，谢大宁任秘书长。8月，加入高中课纲检核小组，推动课纲微调案。