淞沪战争爆发，南市因地处华界而沦为战区，商铺民居遭到日军肆意焚烧长达22天。同时，位于南市的沪杭铁路上海站也遭到日军轰炸，并最终废弃。这一时期，毗邻法租界的南市北部地区，在法国神父饶家驹的奔走下，设立了南市难民区，保护了平民的生命安全。1960年，上海市人民政府进行行政区划调整。原邑庙区和蓬莱区合并裁撤，组成南市区。2000年，黄浦区与南市区合并成新黄浦区。现在，南市一词一般仍指合并前的南市区的区域，即今延安东路以南的黄浦区区境。