自治区在夏河县拉卜楞成立，卓尼设治局改卓尼县。1954年7月，甘南自治区改为甘南藏族自治州。1956年5月，州府由夏河拉卜楞镇迁至黑措镇，黑措改名为谐音的“合作”。1998年1月，撤销合作镇，设立县级合作市。2010年8月7日，甘南州舟曲县发生特大泥石流灾害，大量土石冲进县城，并截断两条河流，形成堰塞湖。灾害造成1481人遇难，284人失踪。
地理.甘南藏族自治州南与四川阿坝州相连，西南与青海黄南州、果洛州接壤，东部和北部与陇南市、定西市、临夏州毗邻，总面积38521平方千米。