外设立江北大营。咸丰四年，琦善在扬州病死，文煜奉命接办琦善所部练勇及江北粮台事务。咸丰七年，任江苏布政使，办理江南大营粮台。历任直隶布政使、山东巡抚、直隶总督。同治元年（1862年），捻军降将张钖珠再次叛乱，文煜因督剿不力，褫职遣戍军台。同治二年，僧格林沁奏调文煜赴军营差遣，授镶黄旗蒙古副都统。同治三年，赴甘肃庆阳督办粮台，以病请解职回旗。同治七年，起授正蓝旗汉军都统，出为福州将军。同治十年，兼署闽浙总督。光绪三年，入觐，留京供职，历任内大臣、镶白旗汉军都统、左都御史，刑部尚书。光绪七年，授协办大学士。