五千余万元计画案，未结案就赴中国大陆，由国立中央大学校务基金垫付赔偿一亿多元。因他长期参与台湾国安计画，被怀疑可能携带国土安全资讯、国安系统分析卫星影像的机密情报前往中国大陆。中央大学副校长刘振荣主动接受苹果日报採访，批评陈锟山教授。中华民国教育部部长蒋伟宁对陈锟山弃职到大陆任职的个人选择表示遗憾。中华民国教育部主任秘书王作台表示，过去台湾学者大多在退休后才赴大陆任职，像陈锟山直接弃职的情况少见。国防部表示陈锟山研究未涉机密。5月28日，国台办发言人马晓光就台研究员入职中科院“遥感科学国家重点实验室”一