实施封闭锁国的海禁政策。洪武十九年（1386年）舟山46岛居民30000余人被强遣入内地，次年全国唯一的海岛县舟山昌国县废除。在明代私人海商和政府关系一直紧张，而浙江铤而走险走私海上者不可胜数；宁波之乱后，海禁更加严格，于是以福建、浙江破产海商为主的真假倭寇横行浙闽沿海，直至戚继光率军平定。清初，改浙江承宣布政使司为浙江省，军事上由闽浙总督节制。由于浙江曾经顽强抵抗，清人采取了剃发易服、军事镇压、迁界禁海等手段来巩固其在浙江的统治，极大打击了浙江的经济社会；对两浙文人则大兴文字狱，明史案、吕留良案等惨案