多个位点进行有限的组合，而连锁不平衡性不等同于连锁。连锁不平衡的数量取决于观察和预期的位点频率的差异。对于那些重组后位点或者基因型的频率等于预期的群体我们称其为连锁平衡。连锁不平衡的程度取决于多方面的因素，包括遗传连锁，选择，和重组的概率，遗传漂变，选型交配以及群体结构。