同时在檀香山接触到基督教，不久便归信受洗，成为基督徒。及后，邓荫南转为经营农场、蔗园与糖厂，逐渐累积起财富。邓荫南为人乐善好施，深受当地华侨及土着所敬仰。邓荫南虽然事业有成，但依然不忘祖国，对于清政府的腐败痛心疾首。故此，邓荫南和兄长邓灿加入了当地三合会组织，致力于反清事业。1894年，适逢中日甲午战争，清政府在战败日本后被迫签下丧权辱国的马关条约，倍加邓荫南对清政府的不满。同年10月，孙中山到檀香山宣传革命运动，经孙眉介绍下，邓荫南初与孙中山接触。邓荫南比孙中山年长20岁，但被孙中山的革命思想和远见所