朝同治十二年（1873年），该寺被马化龙回民起义军烧毁。扎萨克旗王爷请十世乌兰活佛诵经作法事之后，将自己的王府腾出，在王府院内重建日光寺，请乌兰活佛担任住持，此后该庙被称为“扎萨克召”。1943年，伊克昭盟“三·二六”事变中，该庙遭到国军驻伊克昭盟陈长捷部破坏，不久再次重修。重修后，日光寺有大经堂49间，大经堂两侧对称修建马头明王殿（红帽派殿）、五大神殿各5间。大经堂前，有四大金刚殿。此外，该寺还有公主殿、转经殿、十大明王等殿堂。该寺设有经学院、时轮学院、佛学院等大扎仓。殿堂东、西两侧，各建有一座大佛塔