有琉球海沟。南大东岛和北大东岛是隆起环礁地形。沖大东岛则是罕见的隆起卓礁地形。
水文.沖绳县有约300条河川。受地形限制，沖绳县的河川短小湍急，水流量经常在短时间内就因降雨而迅速变化，导致洪水或干旱现象出现。沖绳是日本唯一没有一级水系的县，县内的二级水系的平均流域面积也只有17.7平方公里，平均长度只有7公里。沖绳县内流域面积最大的河川是沖绳本岛的、最长的河川是西表岛的。本部町的盐川是世界罕见的咸水河。沖绳县最大的自然湖泊是位于南大东岛的，最大的人工湖是。
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