礼牧师再将两者合併为「府城学院」(Capital College) ，曾因战争而数度停办。1903年建立现址校舍，1948年更改校名为台南神学院迄今。位于台南市东安坊文化园区里面位于高雄市燕巢区
市定古蹟.该校在台湾日治时期所建的校舍，也就是今天的巴克礼纪念馆与礼拜堂为台南市的市定古蹟。（但其实礼拜堂并非日治时期的建筑，而是1950年代所建。）