此后女真开始在东北地区兴起，1115年，完颜阿骨打建立金，定都会宁（今黑龙江省哈尔滨市阿城区），不久灭掉了辽。金朝完颜亮时期，都城从上京（会宁）迁到了中都（今北京）。成吉思汗征讨金朝时占领了东北地区，使东北地区纳入了蒙古帝国的统治范围。蒙古曾多次攻打朝鲜半岛的高丽，1269年（至元6年），元政府设置辽阳等处行中书省于辽阳。1409年（明永乐7年），明政府在汉地辽东设置辽东都司，在辽东都司以北设置奴儿干都指挥使司管辖奴儿干地区的所有军事建制机构。都司的主要官员初为派驻数年而轮调的流官，后为当地部落领袖所世