及减轻蒸汽机车的噪音与空气污染，进行路线电气化。1904年（明治37年）12月31日，饭田町至御茶之水的复线电气化路线通车，御茶之水站开业。御茶之水～中野之间1日有28班往返、往新宿10分一班。当时的御茶之水站位于现在站址的新宿侧、对侧。站房位于现在神田警察署御茶之水交番的位置，为西式木造平房建筑，月台为侧式月台2面2线。这一区间的建设，由于在东京市区改正委员会要求避免影响道路，将路线调整在内侧。另又为了保存堤岸与崖地景观，加上涌水问题，施工十分困难，使得御茶之水站被迫设于神田川与崖地之间的狭窄地点。