属于西藏自治区筹备委员会下的一个单位，但对外工作仍由中央统一处理。达赖同时是全国人民代表大会常务委员会副委员长，属于国家领导人，杨公素成为达赖的下属，于是向达赖请示汇报工作的情况增多。1959年藏区骚乱发生后，国务院于1959年3月28日发布命令解散噶厦，由西藏自治区筹备委员会行使噶厦政府的职权。西藏自治区筹备委员会于1959年4月10日召开全体会议，决定由原副主任班禅代理主任。1963年初，杨公素结束了在西藏11年的外事工作，回到中华人民共和国外交部出任第一亚洲司副司长。1965年，西藏自治区