化学兵机构隶属于陆军总司令部和各军团及防卫司令部，主要是一些指导性机构，但也有一些部队。化学兵部队属战斗支援部队，採用化学兵群、化学兵营和化学兵分队（连）级组织建制，共计兵力3000余人。另外，预备役步兵部队也设有化学分队。在2000年后，精进案、精粹案等裁军计画下，目前化学兵规模已不如解严初期；但是在生化研发上仍然处于高度机密状态。