南二世，继承他的表哥，成为奥地利大公和神圣罗马皇帝。但他对新教的零容忍政策，导致他落选波希米亚国王。为夺回王位，斐迪南决定征服波希米亚，但反促成神圣罗马帝国内的新教诸侯结盟援助波希米亚，更导致帝国週边的新教国家丹麦和瑞典入侵哈布斯堡家族领地。而改信新教的荷兰反西班牙的独立运动的加剧，和后期信奉天主教的法国加入反哈布斯堡联军，使情况雪上加霜。虽然波希米亚叛军和丹麦王军被哈布斯堡皇军打败，但与瑞典和法国的战事一直僵持。因此，斐迪南二世将波希米亚王位让与儿子斐迪南三世，以纾解当地民愤。当斐迪南二世逝世后（16