建成的车站之一，当时距离大沙头火车站16公里。抗日战争期间，日军为打通海陆联运的交通线，于1940年着手修筑黄埔港支线，但并不采用国民政府于1937年设计的石牌出岔方案，而是自吉山站出岔另修黄埔港支线，接通黄埔港。1949年10月，广九铁路华段改称广深铁路。1959年12月，按照建设广州铁路枢纽的规划，广州铁路局在吉山站修建了危险品仓库，在车站东侧征地34亩，先建一股货物线及80平方米的简易仓库；1968年建成第二货物线，扩建货物线4股，建成危险品仓库6座。1966年，建成了省物资厅仓库、省援外仓库专用