7年、1852年、1857年在新疆发动了8次叛乱，希望恢复该家族的统治地位，其中“张格尔之乱”时间最久，但最终失败收场。1864年6月4日，清朝驻新疆库车回族士兵爆发叛变，随即带动周边维吾尔族起义，攻佔了阿克苏、乌什、赛里木、拜城。1865年，阿古柏·伯克消灭了新疆境内的清朝军队，并在随后几年建立了哲德沙尔汗国。1871年，俄国以「恢复清朝统治权」为名攻佔伊犁河谷地区。1870年至1874年，英国派遣使节团与阿古柏·伯克签订条约，英国取得天山南部自由通商权与治外法权。1876年，清朝发动收复新疆之战。