海因克斯成为了拜仁的主教练。在1988-89赛季以及1989-90赛季的两连冠后，拜仁的成绩开始出现下滑。在1990-91赛季屈居亚军后，1991-92赛季拜仁排名第10，仅仅领先降级区5分。1993-94赛季，拜仁慕尼黑在欧洲联盟杯第二轮即遭英超球队诺里奇城淘汰，后者就此成为唯一一支能在慕尼黑奥林匹克体育场击败拜仁的英国球队。该赛季后半段，贝肯鲍尔回到拜仁接过帅鞭并获得成功，带领球队在沉寂四年之后重新捧起德甲冠军奖盘。贝肯鲍尔还同时被任命为俱乐部主席。在此之后，继任主教练的吉奥瓦尼·特拉帕托尼和奥托·