期中可能造成不便，故两院于1999年7月始正式分离。2004年8月，新设「科际整合法律学研究所」。
建筑.台大法律学院之两栋新系馆霖泽馆与万才馆，用地涵括在台大黑森林范围里。这两栋建筑是由蔡万才、蔡万霖兄弟集团共同捐赠新台币4亿元兴建，以做为法律学院自徐州路校区迁回校总区的新馆。台大法律系自成立以来就与社科院併在一起，其系馆也位于徐州路校区上；直到1999年两院正式分离后，因发展需求，校方才有将法学院迁回总校区的决定。2003年1月1日，国泰及富邦与台大校方举行捐赠签约