在刘公岛北洋水师枪炮学堂实习，随后在“济远”舰上服役。1894年7月25日，黄钟瑛在济远舰上参加了丰岛海战，不久之后又参加了黄海海战和1895年守卫威海卫的战斗。1899年起，黄钟瑛先后在“飞鹰”、“福靖”上服役，1902年起又历任“海琛”、“海天”、“海筹”等军舰的船械、驾驶、帮带。1904年，黄钟瑛升任“飞鹰”舰管带，1907年出任“镜清”舰管带兼海军部参谋，不久又任“海筹”舰管带。1911年武昌起义时随长江舰队进驻武汉江面抵御革命军，因海军倾向革命，时任清朝海军统制（最高指挥官）的萨镇冰称病离任赴上海