年国防报告书》，则兼具工具书的功能，内容包括了国防土地使用、管理、兵役制度、役期、军品採购、基层管教等。1999年3月的《中华民国八十七年国防报告书》，精简了原则与国防业务部份，加入了中共的军事威胁，与全民国防施政说明。
陈水扁政府时期.2000年8月的《中华民国八十九年国防报告书》，提及战略思想改为「有效吓阻、防卫固守」，并首度提出两岸制度化军事互信机制。2002年7月的《中华民国九十一年国防报告书》，因为编撰期间发生了911事件，特别加入了国军危机处理机制与推动区域安全