建筑中。1889年12月2日，在威廉二世的主持下，新落成的博物馆首次对外开放，整合了当时隶属柏林大学的三个研究型博物馆：地质学-古生物学博物馆、矿物学-岩相学博物馆和动物学博物馆。1914年到1917年间又建成了博物馆的另一个横翼。博物馆本身作为柏林洪堡大学的一部分，1945年之前曾名为“柏林弗里德里希-威廉大学动物学博物馆”。因其具有跨区域意义，研究工作又牵涉到政府和国家利益，2009年1月1日，柏林自然博物馆正式成为一家公法基金会，并被冠名为“自然博物馆-柏林洪堡大学莱布尼茨进化及生物多样性研究所”