子是对细胞膜上的糖蛋白的加工。从内质网运来得是简单的糖化蛋白质。在高尔基体内这些分子上添加或者削减碳氢支链，造成众多不同的带有碳氢结构的蛋白质。离开高尔基体后它们被囊泡送到细胞膜，与细胞膜融合进入细胞膜。高尔基体在细胞中脂质的运输以及在溶酶体、植物细胞壁形成的过程中也起重要作用。
运输.蛋白质在高尔基体内的运输机制至今仍不明确。有人认为高尔基体顺面不断形成新的囊泡，而反面则囊泡不断消融，这样蛋白质被装在囊泡里从顺面运到反面。也有人认为高尔基体内的运输分子运输蛋白质，而高尔基体的