以病为由辞职归家。熹宗任命宣府巡抚解经邦为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史经略辽东，但解经邦力辞重任，结果被熹宗“着革职为民，永不叙用。” 天启二年（1622年）三月十八日王在晋代廷弼为兵部尚书兼右副都御史，经略辽东、蓟镇、天津、登、莱，帝特赐蟒玉、衣带和尚方宝剑。王在晋分析当时关外形势：“东事离披，一坏于清、抚，再坏于开、铁，三坏于辽、沈，四坏于广宁。初坏为危局，再坏为败局，三坏为残局，至于四坏——捐弃全辽，则无局之可布矣！逐步退缩之于山海，此后再无一步可退。”据《明史》记载，王在晋既无远略、又无胆识。蓟