四年（1606年），廷机受万历赏识，以礼部尚书兼东阁大学士入内阁参预机务，但言路认为他与前首辅申时行、沈一贯等私相授受，因而受到不少言官的反对，交章弹劾。万历三十六年（1608年），朝臣论首辅朱赓罪，兼及李廷机，李闭门数月不出，内阁事务都由当时新入阁的叶向高处理。随后数年一直不断有人上疏攻击，李萌生辞意，卖掉燕京房屋产业，赈济贫苦，并将亲人遣回泉州，自己隐居真武庙，请求退休足足五年，连续上书120回，皇帝视若无睹，最后李廷机冒罪自行回籍。万历四十年（1612年），皇帝终于准许李廷机致仕。九月晋太子太保回