内降水丰富，一般巴拉圭河以西地区年降水量不足1000毫米，以东地区为1000～1500毫米，局部可达2000毫米，以夏雨为主。上游地区气候湿热；夏季（11月～次年4月）多雨，冬季干旱，年雨量约152厘米，自东向西递减。中下游地区属亚热带气候，雨量较少，三角洲年雨量约99厘米。
水文.主流水量充沛，河口年均流量17290立方米／秒，最高流量6.5万立方米/秒（1905年），最低流量2450立方米/秒（1945年）。流量季节变化大，洪水期（10月～翌年2月）可达45000立方米／秒，枯