行政级别为副部级。大学的党委书记、校长为副部长级并列入《中共中央管理的干部职务名称表》，并由中共中央、国务院任命而非中国教育部任命。
历史.1992年，中共中央指定了14所副部级大学，分别是北京大学、清华大学、中国人民大学、北京师范大学、北京理工大学、北京航空航天大学、中国农业大学、北京医科大学（2000年4月3日时，与北京大学合并）、中国科学技术大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、哈尔滨工业大学、西北工业大学。2000年，增加7所，分别是浙江大学、南开大学、天津大学、