本防卫省及的「三泽防卫事务所」设置、由驻日美军依第三条管理，而提供商务航班使用的机坪和旅客航厦则由国土交通省东京航空局和民间业者负责运作。三泽机场目前只有一条跑道，方向为10/28、长约3050公尺（跑道落地区长约300公尺），两侧各设有一条平行的滑行道——A滑行道与B滑行道，长度均与跑道相近。近年来，由于驻日美军、自卫队和一般客机必须共用这唯一的一条跑道起降，导致了民间的航班和军机的出动架次会偶尔被彼此干扰或延误。这亦使美国空军飞机常以「机场拥挤」或「燃料不足」为由，改至海上自卫队设在附近的降落，经常