孔翼龙是的化石在1880年代，由Reverend D.W. Purdon所挖掘；并由E.T. Newton首次叙述，并归类于掘颌龙的一个种，种名以化石挖掘者为名。数十年后，双孔翼龙被确认为一个独立的属。但在最近的数本大众书籍中，牠们被当作是矛颌翼龙的一个异名。双孔翼龙最近被认为是种中等大小的喙嘴翼龙科动物，翼展估计小于1公尺。