此时期被划定为距今约4万年至3.5万年前。1958年，砂拉越州的尼亚洞发掘出四万年前的东南亚最古老的人类颅骨，临近的发现200英尺长的赤红色洞穴壁画及紫檀木制成的船葬，推估是史前一千至两千年的遗迹。2.5万年前，尼格利陀人迁入马来西亚生活。由于大批原马来人在一时间从云南移民而至，尼格利陀人和当地的原住民被迫搬到山坡上。在这个时候，人类开始学习如何穿着、做饭和利用更先进的石制工具打猎。通信技术也在该时期逐渐发达。1991年，霹雳州玲珑谷地的考古遗址发掘距今1.1万年的“霹雳人”的古人类遗骸，是马来西亚