865年出生于日本上总国长柄郡长谷村（现・千叶县茂原市），家中以务农为生。父亲为白鸟嘉一郎、本名白鸟仓吉。是外交官、政治家白鸟敏夫之甥。白鸟库吉中学就读千叶中学、一高，1886年自东京帝国大学文科大学史学科（今东京大学）毕业。白鸟库吉曾任职于学习院大学、东京大学等，并组织成立「亚细亚学会」、「东洋协会」、「满鲜历史地理调查室」等学术机构。
学术观点.师从那珂通世，弟子有津田左右吉、榎一雄等人。白鸟库吉主张邪马台国北九州説。白鸟库吉提出“尧舜禹抹杀论”宣称尧、舜、禹是