以与活跃蛋白质结合，并改变它的构造，使之能与DNA结合及令转录进行。在正向可阻遏操纵子中，活跃蛋白质一般都会与适切的DNA段结合。但是，某些分子可以与活跃基因结合，以阻止它与DNA的结合，从而阻止转录的发生。
乳糖操纵子.模式生物大肠桿菌的乳糖操纵子是首先被发现的操纵子，亦提供了操纵子功能的典型例子。它包含了三个相连的结构基因、启动子、终结子及操纵基因。乳糖操纵子是由多种因素，包括葡萄糖及乳糖的存在来调控的。
操纵子数量及组织的预测.操纵子的数量及组织