F13型电力机车作为一种战时设计车辆，在研制时就预计其使用寿命不会太长，但因为战争结束后迫切需要大量机车来提高铁路运输能力，经过整修的EF13型电力机车仍然被长期使用，不仅在中央本线牵引普通旅客列车，也在首都圈和东海道本线牵引货物列车。此后，随着EF60型电力机车等开始投入首都圈的货物列车牵引，EF13型电力机车于1977年（昭和52年）开始逐步报废。1979年（昭和54年）2月17日，立川机关区的EF13-24号机车完成最后一次牵引任务后，EF13型电力机车全部停运。1979年11月，EF13-3号机车成