工程包括重新为各东铁线车站配主题色，并加入车站代表植物，为月台横樑及柱子翻上月台配色的油漆，贴上印有车站主题植物的图案、车站附近建筑物、车站名书法字的墙纸，加设/更新直立港铁式站牌、路线图、指示牌、告示等等。本站被配色为橙色，主题植物为向日葵，街景为居石侯公祠。后来，港铁公司于2008年引入崭新的建筑理念 - 「融入大自然」，作为东铁线大型车站改善工程的设计方向。继大埔墟、旺角东及沙田站的大型翻新工程于竣工后，东铁线的上水及粉岭站亦正进行翻新工程。港铁于2011年进行上水站大堂翻新工程，包括：改善工程