期间认识出身医生家庭的黄翠云，1941年5月结婚。第二次世界大战期间仍担任技术顾问，曾使用「河野道男」名字发表论文。
二次大战后.日本投降后，高玉树担任「东京台湾同乡会」副会长，后来组织「日本华侨总会」，当上会长。后来因替在「涩谷事件」中的在日台湾人争取权益曾被国民政府以「战俘疑犯」罪名从东京押到在上海看守所92天，成为「我日夜企盼、回到『祖国』怀抱的见面礼」。但也因此避过二二八事件。从日本返台后，高玉树曾出任台北市商会总干事。
省辖台北市长.Sect