河南抗战局面，彭雪枫率领四师主力5个团执行西进任务，邓子恢等率领两个团和地方武装坚持淮北路东根据地，配合支援主力西进。1945年当选中国共产党第七届中央委员。
第二次国共内战时期.抗日战争结束后，中共部队战略调整，新四军主力进入山东；邓子恢根据中央电令，于1945年10月从淮北路西前线前往淮阴，并于11月宣布正式成立成立华中分局，邓子恢为书记，谭震林为副书记，华中留下的新四军合并成华中军区，张鼎丞为司令员，邓子恢兼任政治委员。1946年4月，其与曾山奔赴延安会见毛泽东及其他中共领导