行适当胚胎选择的有力工具。转录物组学是一个新兴的和不断增长的领域，把生物标记发现用于评估药物的或化学品的安全性风险评估。转录组也可用于个体之间的使用转录组学数据进行推断系统发育关系。
与蛋白质组的关系.转录组可以被视为蛋白质组的前体，即由基因组表达的整组蛋白质。然而，相对mRNA表达水平的分析可能因以下事实而变得复杂：mRNA表达的相对小的变化可以在细胞中存在的相应蛋白质的总量中产生大的变化。 一种分析方法，称为，识别协同调节的基因网络(coregulated gene