标志更换成为「黑苹果」，成为首间为事件致哀的报馆；同日将封面照片换上一张写有「我们不会忘记 1/10/2012 RIP（安息）」的南丫四号沉没照片，当晚再更换为写有「悼」及「安息 振作」的黑色背景图片，并且联同同公司的免费报纸《爽报》在10月2日下午赶制号外（号外上《苹果日报》标志更换成为「蓝苹果」，《爽报》亦更换成为黑底白字），为同年七一大游行及立法会选举后首次以号外报道。10月3日，《苹果日报》报章标题写有黑色大字「港殇」，为马尼拉人质事件后首次在报章使用黑字「港殇」。香港各主要电视台台徽转为黑白。