役中福建水师损失惨重，不但主要船舰在该战役中被击毁，剩下的战舰也在日后法军追击下陆续被击沉或被迫自沉，乃至全军覆没，中国东南沿海与台湾海崃海权拱手让给法军。而法方参战的在该年8月29日与东京湾舰队合併，东向攻打台湾，并在佔领基隆后夺取该地煤矿，作为封锁台湾海崃的动力来源。这使法军得以封锁台湾，佔领澎湖，甚至北上威胁北京的清朝政府，迫使其与法国重起谈判。中法战争后，有鑑于此战教训，清朝更重视沿海海防，自马江海战后，在马尾加强了防御；在闽江口琅岐岛建立金牌炮台，在其对岸建造长门炮台；闽江两岸之间还有天险南北