后堀溪，为台湾南部的一条河川，属曾文溪的支流，发源于嘉义县大埔乡标高1,186公尺的三脚南山东侧，流经台南市南化区、玉井区，于刘陈尾聚落西北侧汇集大埔溪，始称曾文溪。流路长51.4公里，流域面积161平方公里。后堀溪中游建有南化水库，大坝位址在南化区风柜嘴东侧。
水系主要河川.以下由下游至源头列出水系主要河川，其中粗体字为主流河道：