由于强降雨集中在短时间内，局部地方出现短时的水浸，但无灾情报告。百合自台湾出海之后，汕头市气象台在9月20日上午9时30分对其发布台风红色预警信号以及暴雨黄色预警信号。因其吹袭的缘故，该市刮起9至10级东北至东风、12级强阵风，并伴随着暴雨，连接广、深线的二座跨海大桥及机场一度封闭；另外，当日上午停泊在南澳县前江海湾的「南澳21079号」，船只在转移到后江避风港停泊途中，经长汕尾海面时被翻沉，船只上共有5位渔民，3人被救起、2人失踪；在达濠区亦传出有一艘竹排船只翻沉，有1人失踪；总计汕头市逾15人受伤。