埃及发动大军突袭，在短短的时间内几乎夺回失去的领土。隔年春天，安条克从叙利亚带着大军南下巴勒斯坦对抗敌军，在约旦河源头附近的帕尼翁战役中击败斯科帕斯，使埃及军队损失惨重，更夺取巴勒斯坦和腓尼基等底。接着，安条克转往余下的托勒密的领土，夺取包含奇里乞亚和以弗所在内的小亚细亚沿岸托勒密领土，才结束第五次叙利亚战争。
与罗马的冲突.然而，安条克三世夺取托勒密在小亚细亚沿岸和其他独立的希腊城邦如士麦那和兰萨库斯等这个举动，使罗马与塞琉古帝国关系愈趋紧张，而当安条克在前196年进军色雷斯时更