2000年学校由原隶属中国气象局管理划转为江苏省管理。2004年5月经江苏省政府、教育部批准更名为南京信息工程大学。2021年1月25日，经中华人民共和国教育部批准，原由南京信息工程大学管理的独立学院南京信息工程大学滨江学院脱离该校管理，转设为公办普通高等学校无锡学院，由江苏省人民政府领导管理。