国立台湾大学医学系毕业后，曾任台大医院麻醉科主任（1987至1992年）、副教授；1990年起参与筹建新光医院；1992年离开台大医院后，前往新光医院担任医疗副院长（1992至2008年）兼麻醉科主任（1992至2001年）。黄芳彦与中华民国前总统陈水扁一家结缘已久，当年吴淑珍车祸送到台大医院时，由黄担任麻醉医师，因而与陈水扁一家认识，而手术后一连串的复健工作，也由黄担任台大医院物理治疗师的妻子负责，使后来两家的交情相当深厚。陈水扁当选总统后，黄有机会担任总统医疗团召集人。另于2002年SARS事件时，