新界西与九龙，分为三部份：港口铁路线、长途客运线及近郊客运线。整个项目被建议优先兴建，预计耗资231亿港元，2003年落成启用。
将军澳支线.将军澳支线是配合将军澳新市镇的项目，建议于2002年落成启用，造价84亿港元。路线由观塘线的蓝田站开始，沿途设调景岭站、将军澳站、坑口站及宝林站（其后改为从北角站开始，以宝琳或康城为终点站）。建议还包括在2011年后，由蓝田站西延该线，经东南九龙填海区南部，接驳马头角站。
马鞍山至大围铁路及尖沙咀支线.马鞍山至大围铁