，赐钞造第于凤阳，修葺先茔，追赠父亲耿君用侯爵。洪武二十五年（1392年），耿炳文率兵平定陕西徽州妖人之乱。洪武三十年（1397年），任征西将军，擒获蜀寇高福兴，俘虏敌军三千人。洪武三十一年（1398年），镇守辽东。明太祖排列功臣之时，耿炳文与大将军徐达等人列为一等。朱元璋晚年杀戮功臣颇多，倖存的只有耿炳文和郭英二人。建文元年（1399年）七月爆发靖难之役时，朝廷仅能派66岁的耿炳文率兵北上讨伐，佩大将军印，号称30万人。炳文军13万人在八月到达真定，徐凯率兵驻河间，潘忠、杨松率兵驻鄚州（今河北任丘），