两组进行四强赛，产生两组冠军队伍。最后分别由俄罗斯与克罗埃西亚获得冠军，并取得2007年欧洲棒球锦标赛的资格。但是于2005年欧洲棒球锦标赛获得第九名的希腊遭到欧洲棒球总会取消资格，由第十一名的俄罗斯递补，而原本俄罗斯于资格赛取得的资格就由资格赛同组的奥地利顶替。
预赛.12个参赛国家于预赛时分为AB两组，每组各六队进行单循环赛，分组成绩前三名者可晋级复赛。捷克因为使用不合规定的选手参与比赛，在预赛中对克罗埃西亚与奥地利获胜的比赛被国际棒球总会没收比赛，皆以9:0败战。Se