紧急追捕，将其党羽解散。旋即升任惠潮嘉道，提升为福建按察使，再调赴四川，迁任布政使。光绪九年（1883年）授任河南巡抚，他清釐州县纳粮积弊，年收入增加三十馀万。光绪十一年（1885年）调任陕西巡抚，因病回乡。光绪十五年（1889年）再次出任陕西巡抚。正值黄河河道向西侵蚀，将与洛水相通。鹿传霖增筑石坝三十馀座，得以无患。中日甲午战争期间，鹿传霖遣兵入卫，清廷命他兼摄西安将军。光绪二十一年（1895年）升任四川总督。蜀地过去多盗贼，鹿传霖特别设立一军整肃治安。夔州、万州饥荒，鹿传霖征发长江上游地区积粮，又采购湖