军队从大都的齐化门攻城而入，元朝正式退出中原，回到蒙古草原。八月初四日（1368年9月16日），元顺帝到达上都。至正二十九年六月十三日（1369年7月16日），明军逼近上都，元顺帝离开上都，当天到达应昌。六月十七日（1369年7月20日），明军将领常遇春攻克上都。元顺帝在上都和应昌曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明朝军队击败。至正三十年（洪武三年）四月二十八日（1370年5月23日）元顺帝因痢疾在应昌去世，享年五十一岁。皇太子爱猷识理答腊在应昌继承了皇位，是为元昭宗，并于1371年改元宣光。至