惟大巴需停靠深圳其他汽车站，车程较过境巴士长。另外，也有跨境巴士或其接驳客车从深圳湾口岸来往深圳市内地点，如宝安中心（停壹方城）、京基百纳广场、世界之窗、深圳机场等，惟这些路线或不允许在深圳湾口岸购票上车。
未来发展.因应皇岗口岸改造工程，深圳方面计划将皇岗口岸使用者分流至深圳湾口岸及莲塘口岸，原预计2020年6月底前深圳湾口岸将实现小车通道24小时通关，2020年9月底实现货检通道24小时通关，2020年底全面实现24小时通关，但2019新型冠状病毒疫情影响，货检通道延迟至同