设医院外科部，在该院时认识眼科女医生樊长松，1937年两人结婚，生有三男。在协和医学院时，文忠杰治好一位年轻蒙古贵族的阴茎，却因此得罪主张作阴茎切除手术的一名主治医生，后一名主任医生力挺才让文忠杰续留，并升任总医师。文忠杰在对日抗战期间赴美取得纽约大学医学博士，于约翰·霍普金斯大学医学院担任研究员。
台湾时期.文忠杰刚到台湾时，借由妻子开业养家，才能在医学研究领域继续发展。从离开协和到加入国防医学院期间有十年，他跟随学长张先林学习最新的手术技术，每天晚上还到图书馆读书。