元亲战败，亲忠被父亲送给丰臣秀吉作为人质。天正14年（1586年），兄长信亲于户次川之战战死，亲忠被卷入了长宗我部家的家督争夺战，因为久武亲直的谗言，认为亲忠在当人质期间，与藤堂高虎过从甚密，引起元亲怀疑，此外，元亲杀害次男香川亲和，将亲忠的弟弟长宗我部盛亲立为家督。庆长4年（1599年），亲忠被元亲下令幽禁。庆长5年（1600年）的关原之战，盛亲加入了西军，西军战败后，盛亲本可通过井伊直政向德川家康谢罪而获得领地安堵，但是由于久武亲直向盛亲进谗言：「亲忠与藤堂高虎密谋夺取土佐半国的支配权。」故盛亲