多大名先后承认了将军的权威，织田信长、上杉谦信等人先后上洛拜见将军，大友宗麟也向将军献上铁炮。永禄年间，甲斐国的武田信玄（即武田晴信）势力进入信浓国北部，同越后的长尾景虎（上杉谦信）发生冲突，引起川中岛之战。足利义辉为两者居中调停，武田信玄以得到信浓守护一职为撤军的条件。足利义辉同意了他的条件，授予信玄信浓守护之职。但武田信玄得寸进尺，希望上杉谦信的势力完全退出信浓，因此后来在永禄4年足利义辉命令逃亡在外的前信浓守护小笠原长时归国。
统治末期.1558年（永禄元年）足利义辉回到