因为这次灭绝事件而影响，另一派认为在白垩纪与古近纪交接时期，有孔虫门有过多次的灭绝与复原。底栖的有孔虫类主要以生物有机碎屑为食，随着白垩纪末灭绝事件造成大量海洋生物死亡，众多的底栖有孔虫类也跟着灭亡。在海洋生态圈复原后，底栖有孔虫类的食物来源增加，物种形成也跟着增加。浮游植物在古新世早期复原，提供大型的低栖有孔虫类食物。直到灭绝事件后的数十万年，约在古新世早期，低栖生态系统才完全复原。
海生无嵴椎动物.化石证据显示，在白垩纪﹣古近纪灭绝事件的前后，海生无嵴椎动物有相当大的变化。