不同方向换乘的乘客只需在换乘层转车，不需要上两层到站厅再下两层换乘，节省时间。而上梅林站其中一条换乘长通道则连接4号线的岛式站台与9号线站厅，在深圳地铁中尚属首次。此外，深圳地铁与香港的港铁东铁线均连接到深圳市与香港边界的两个铁路口岸——罗湖口岸和福田口岸，乘客乘坐深圳地铁抵达这两个口岸并完成通关手续后，可转乘落马洲站及罗湖站（港铁）的港铁东铁线前往红磡站（未来终点站为金钟站）沿途各站。深圳市的六大交通枢纽——深圳北站、前海湾、福田、机场、布吉（深圳东站）和深圳坪山，设计上都有地铁连接，除深圳坪山站