类一直存在某些争议，主要是在白鱀豚属于哪个科上意见不一致。例如《国际濒危物种红皮书》将它归为白鱀豚科（Lipotidae），而ITIS则将它归为亚河豚科（Iniidae）。1918年米勒在比较了白鱀豚和亚河豚的骨骼后，认为二者是近亲，将白鱀豚归入了亚河豚科。大多数生物学家也支持他的这个结论。1979年中国生物学家周开亚等人在比较了白鱀豚和其他淡水豚类的骨骼后，否定了米勒的结论，并建立了白鱀豚科，并得到了其他一些学者的认可。但是Barnes对弗西豚科的化石与白鱀豚进行对比后认为白鱀豚应该属于弗西豚科的亚科