约据理力争，日军被迫中止入侵行动。裴其勋到延吉、珲春地区后，先肃清了潜伏的日本、俄国入侵分子，随后在该地区行使中国的行政权。黑顶子一带，俄国入侵分子经常偷移中俄界碑，以侵占中国领土。裴其勋乃亲自实地考察疆界，整理绘图，按本来的国界恢复疆土200多里。清朝宣统二年（1910年），延吉界务解决，中俄界约签署。裴其勋因御敌护疆有功，宣统三年（1911年）晋升陆军督统，移镇吉林防务。1912年，俄国入侵外蒙古，策动库伦方面脱离中国宣布独立，内蒙古部分地区响应。裴其勋奉奉天都督赵尔巽之命前往抗击。裴其勋侦得俄国舰