联赛亚军的俄罗斯籍主教练涅波姆尼亚奇合同期满，俱乐部认为他“带队保守”而不与之续约，同时将“冠军教练”吴金贵“放在经营副总的闲职上是种浪费”，于是吴金贵又被申花俱乐部任命为主教练。同时俱乐部在宣布预算减少30%的情况下，仍然史无前例的在一年内同时引进了李玮锋、刘云飞两名国脚，之后又签约被称为中国顶级联赛有史以来“最大牌”的德国外援卡斯滕·扬克尔，最终年薪只有涅波姆尼亚奇四分之一都不到的吴金贵仍然率队在联赛多两轮的情况下，以比2005年积分仅少一分、只少胜一场、多输一场、多平两场以及得失球都少四个的成绩蝉联亚