直到她手足奥地利的埃莉诺和未来查理五世皇帝从法兰德斯来到西班牙为止。除斐迪南以外，她所有的五个手足均出生在低地国，并由姑姑玛格丽特（Margaret of Austria）抚养，胡安娜只有年轻的凯瑟琳在身边。凯瑟琳是在阿拉贡（Aragon）的祖父斐迪南二世摄政期间，在托德西利亚斯（Tordesillas）与母亲待在一起。