54年时，索马利亚国立大学在摩加迪休创校，是该国第一次拥有了高等教育的设置。在1960年时索马利亚脱离义大利与英国两国的控制，正式独立，摩加迪休也成为索国的正式首都。
内战、联合国与美军.1969年10月21日，一场无预期的军事政变，将索马利亚的军事将领穆罕默德·西亚德·巴雷推上索国总统位置，开始了他长达数十年的社会主义路线独裁政治。但在1990年时，叛军攻入摩加迪休佔领了首都，逼得巴雷不得不宣佈退位，并在1991年1月时出走奈及利亚的拉哥斯。但合组叛军逼走原独裁者的几支势力，却在