加入世界卫生大会时表示，就是因为蔡英文总统不承认九二共识造成的，但他认为，九二共识不够，原意是一中各表、九二共识，一中各表的中国是两个中国，也就是中华民国与中华人民共和国，有一中各表才会承认九二共识。郭台铭的两个中国主张立即遭到同党党员洪秀柱、马英九、朱立伦等人反对。洪秀柱认为「两个中国」不符合九二共识与中华民国宪法。朱立伦和马英九认为一中各表不能表成一中一台、两个中国，一中就是中华民国。