国务机要费案引发检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查与起诉。在中华民国首长特别费事件中，包括马英九等七千多名政务首长皆遭到调查与起诉，但皆获判无罪。
事件经过.2006年6月22日，「台湾红」公司负责人李慧芬向亲民党立法委员邱毅爆料，指她在台北君悦大饭店住宿收到的新台币300万元的统一发票被她的堂姐李碧君拿去转交吴淑珍核销国务机要费。6月23日，审计部派员赴总统府查账，并将疑涉不法的相关资料函送台湾高等法院检察署查缉黑金行动中心调查。负责此案的陈瑞仁检察官曾经讯问陈水扁、吴淑珍