喀什噶尔改设办事大臣。干隆五十二年（1787年），仍移参赞大臣驻喀什噶尔。嘉庆二年（1797年），设英吉沙尔领队大臣，管辖原属喀什噶尔的英吉沙尔地方。道光七年（1827年）喀什噶尔参赞大臣移驻恢武城（今疏勒县）。道光十一年（1831年），移驻叶尔羌（今莎车县），改叶尔羌办事大臣为参赞大臣，总理回部，喀什噶尔置领队大臣、办事大臣。同治三年（1864年），新疆回乱暴发，阿古柏攻佔喀什噶尔汉城（恢武城），喀什噶尔办事大臣奎英殉难。同治四年（1865年）叶尔羌参赞大臣武隆额离任，此后参赞大臣一职空缺。光绪四年（18