长主教练王政上任。2004年中国足球甲级联赛创始球队之一。绿城足球队更名为“浙江巴贝绿城队”。俱乐部迁入全新投入的绿城中泰足球训练基地。2005年绿城青年队教练王仕海成为历史上首位国字号教练，出任U17国青队教练。2006年承办中甲联赛开幕式，足协杯再次跻身四强，中甲取得亚军并升上中超联赛。2007年3月3日主场迎战青岛中能是队史上首场中超赛事，最终获得了第11名。2008年在经历两个无转播赛季后，浙江杭州球迷再次通过电视看到了家乡球队的比赛转播。2009年为了让球队有更多的归属感，更名为杭州绿