房屋区则于1991至1999年间被政府收回作土地拍卖，并发展为多幢商贸楼宇，以及各式政府、机构或社区用地。1990年代政府为未来因机场搬迁而空置的启德用地作出多项规划研究，曾建议填平九龙湾及跑道之间的水域以提供更多土地发展。至2000年代受到中环及湾仔填海计划的司法覆核影响，规划署检讨《启德发展计划》，以「不填海」原则规划启德和九龙东的未来发展。2010年代：预计落成的中九龙干线，其穿过九龙湾海底约370米长的的隧道部份将会以临时填海方式建造，以保护维多利亚港的完整。
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