藩为防战事演变成长期战均戮力储备兵粮（米），以致市场米价高涨，全国各地因此发生了动乱。虽然德川庆喜一开始亲自出阵、声称要扫平敌军，但接到小仓陷落的报告后受到打击，停止了进攻。再后来由于将军德川家茂病逝，朝廷下达了停战诏书。最终，由胜海舟与长州的广泽真臣、井上馨在宫岛进行会谈，达成了停战协议。
影响.第二次长州征讨的失利，使得幕府实力不再的事实为人所周知，同时幕府对长州藩以及萨摩藩的影响、干涉能力亦丧失殆尽。因此，有史料指出是此役的成败决定着德川幕府的续留与覆亡。