且将驾驶座正面的驾驶车窗改为两片式大窗，以及将原本的车门由手动式折叠门改为滑轨式自动门，并且将EMC200型与EM200型驾驶动力车的安全门改为车门，因此原本座位数量由48位减少至36位，另外也将部分驾驶动力车的驾驶设备及车长室移除改为车门。以及将车侧终点显示器（Destination Indicator，简称DI）更换为LED显示幕，位置并从车门上方移至车窗上方。
涂装与暱称.EMU1200型外观涂装不同于过去在自强号电联车使用的米黄色、米色与褐色等三种颜色组合而成的哑铃式涂装，