教的教难成了预料中的事。1597年二十六位传教士和教友在长崎致命；其余的迫害事件，或大或小也接踵而来，传教士和教友受到的酷刑虐待令人发指。1637年，教友人数很多的有马（Arima）一带，居民因为国君的横征暴敛，苦不堪言，而群起反抗，结果遭军队追击，逃至岛原，史称岛原之乱。在这里，凡不背教者都遭屠杀，计有男女和儿童三万五千人。从此，日本与外界完全隔绝，处在封闭中达两百年之久。这期间，虽然没有神父，但长崎一带仍有一个教友核心团体残存下来，他们保持信德，世代相传。
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