革职解京审讯。何桂清逃至常熟县，託言借外兵，逃进上海租界。何桂清统领十余万清军弃城潜逃，导致常州、常熟、苏州皆失守，咸丰帝上谕革职，捕送北京审讯。然凑巧遇英法联军之役，咸丰帝避难热河，何案搁置两年。期间王有龄及江苏巡抚薛焕等相继上疏乞恩，未获允准。同治元年（1862年），言官交章弹劾何桂清，于是恭亲王与租界交涉，正式将其逮捕下狱。秋审处总办、直隶司郎中余光倬，照「各省督抚提镇失陷城寨律」拟斩监候，并以情罪重大，「击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当加重」，应即行处决，而改拟「斩立决」请旨定夺