5年8月间，两国断航。复航后中华航空与新成立的长荣航空飞东京的班机被安排降落于羽田机场，以回避中国大陆的航空公司，成为该机场仅有的两家外国籍航空公司，直到2002年4月18日起才改至成田机场起降，并大幅增加班次。1998年4月1日，复航台北（桃园）↔大坂（关西）航线。2010年10月31日，复航台北松山↔东京羽田航线。目前双边有定期航班来往的城市如下（截至2019年11月27日）：
事件.1994年4月26日，中华航空一架由台湾中正国际机场飞往日本名古屋机场的客机，在降落时坠毁