门边检大楼后，第二个往返珠澳的出入境口岸採用「合作查验，一次放行」的通关模式，旅客出境时会先接受澳方保安人员安全检查才能通过关检区域，最后接受双方人员证件查验；而入境方面亦採用这种方式。
历史.横琴口岸于1999年6月建成，2000年3月28日正式通关。2005年9月17日，因旅检大楼建筑出现问题需要重建，一度暂停通关（过境车辆除外）。直至2007年5月1日，旅检大楼重建完成并恢复启用。2014年12月18日凌晨0时起实现24小时通关，并且启用临时边检大楼，为横琴口岸综合交