赛季，拜仁因在上届德甲联赛中的名次落后多特蒙德和勒沃库森而屈居第三，被迫通过参加对阵苏黎世的附加赛以入围欧洲冠军联赛正赛。在新赛季的首场比赛前，尤普·海因克斯成为球队的新任主教练。在小组赛A组中，海因克斯的球队先后战胜了同组的比利亚雷亚尔、曼彻斯特城和那不勒斯，以小组头名的身份晋级淘汰赛。在首轮淘汰赛的首回合比赛，球队客场0:1不敌巴塞尔，却在次回合主场以7比0横扫对手。四分之一决赛，球队又以主、客场两个2比0淘汰马赛，于半决赛面对皇家马德里。因双方在各自主场均以相同比分获胜，拜仁最终凭借点球大战以6比4战