且通量较低。巢式PCR（）能提高扩增产物质量。之后所有的检测DNA甲基化技术都源于Frommer等人的成果。尽管有些其他方法都不是真正的测序技术，但“亚硫酸盐测序”一般被用来指代此类检测DNA甲基化的技术。
焦磷酸测序.焦磷酸测序也是非甲基化特异性PCR测序的一种类型。在PCR扩增目的片段之后，焦磷酸测序可以检测出被亚硫酸盐作用而改变的CpG位点。发生了从C到T转变的位点可以由C和T的数量变化推出。该技术的主要问题在于成本较高且无法应用于高通量筛选。对于此项技术的改进由wo