庸带走软禁，并毁掉冯庸大学。之后冯庸率「东北民众抗日救国会」及「冯庸大学抗日义勇军」参加对日抗战，并且加入中华民国空军，官至中将。对日抗战结束后，回沈阳任东北行辕政务委员会常务委员。
寓居台湾.1949年，国共内战后，随国民革命军迁徙至台湾，曾在高雄担任中华民国空军要职。不久，因为中华民国空军误击美国外交官私人飞机一事，受牵连而退伍，改任台湾电力公司顾问，直到1981年于台北去世为止。
家庭.一般来说，冯庸及其父亲虽部分人视为军阀，不过，冯庸自费创