得吏部萧宣化救援，脱身。后丁忧两次，家居十余年，万历四十三年（1615年）朝廷召以太常寺少卿，应甲不就。家居期间，出家财协助地方农耕治水。天启四年（1624）起官，任南京都察院副都御史协理院事，弹劾许多东林党人，次年以御史大夫巡抚陕西，杖杀贪赃枉法的国舅曹应祥，并招安许多因饥荒造反的流寇，深受爱戴，李闯经过其乡，称之为「清白吏」。天启六年（1626年）升为南京都察院都御史，又遭到党争，应甲致仕，次年病卒于家，崇祯年间东林党人以搜捕阉党的名义，捉拿其子孙。
着作.着有《半九亭集》