大贡献。武吉在盐饱群岛与濑户内海其他水军众联合。在备中笠冈城（村上隆重）、备前儿岛本太城（嶋吉利）及周防上关（村上武满）等濑户内海重要枢纽位置均分派重臣防守，并收取通关费（帆别钱）增加水军收入。1569年（永禄12年）毛利氏进攻九州岛失败，村上武吉与大友、三好加深关系。元龟2年（1571年）更受到大友宗麟以博多港口的南蛮贸易巨利引诱倒戈，公然摆出反毛利的姿态。毛利方为避免儿岛守备队后方遭受威胁，由小早川隆景领军进攻儿岛本太城，于4月攻陷。同年7月隆景再领军进功能岛，来岛、因岛水军配合出兵进攻，孤立无援的