德二世征服君士坦丁堡后允许当地的基督徒留居，并运行他们原有的体制，如君士坦丁堡普世牧首。1461年，穆罕默德二世设君士坦丁堡亚美尼亚牧首。在此前，拜占庭帝国视亚美尼亚教会为异端，禁止他们在君士坦丁堡城墙内兴建教堂。1492年，摩尔人及塞法迪犹太人被西班牙宗教裁判所驱逐出西班牙，奥斯曼帝国苏丹巴耶塞特二世派遣以凯马尔雷斯（Kemal Reis）为首的舰队护送他们，并让他们在鄂图曼帝国定居。鄂图曼帝国与君士坦丁堡东正教教会的关系大致和平，纵使偶尔也会有一些针对希腊教会的压迫性政策。教会的组织制度依旧不变，在