明治2年（1869年）、鹿儿岛常备队被设立、桐野也成为第一大队的队长。明治4年（1871年）、预备废藩置县的西乡隆盛率兵上京时、大队也加以跟随并且被编入御亲兵、他也被任命为陆军上校。7月、进昇为陆军少将。明治5年（1872年）4月、被任命为镇西镇台（熊本镇台）司令长官并且前往熊本赴任。因为这些经验、在11月发佈征兵令时，让他因此受到批评（传说桐野对新制军队，以「农民兵」的名称来加以轻视、也有人认为他就是因为这样而在西南战争时对敌军太过大意）。同年7月、桐野前往北海道视察（桦山爱辅『父、桦山资纪』）、在回来后