治州北面的赛里木湖类似。泸沽湖整个湖盆质地为岩石，内壁非常陡峭，但四川一侧因在地质史上有大量山脉泥沙冲积入湖，其内壁陡峭程度较云南一侧轻一些，云南这侧的山脉几乎是直插湖底。泸沽湖的最深处在湖中央，目前观测到的最深记录为93.5公尺。湖泊四周高山耸立，湖面海拔2690米，北面的峰峦高出湖面1800米，属于高原湖泊。泸沽湖属溶蚀地质，沿岸多岩溶发育，如地面工程对地下水处置不当，容易诱发地陷。
岛屿.泸沽湖湖面有3个狭长的半岛和5个独立的小岛。最大的半岛位于湖面的南半部，自东向西伸出湖面