万贵妃，万氏不悦，商辂此后归乡终不再起用。其回乡后，刘吉路过其家，见其子孙人丁兴旺，叹道：“我刘吉与您共事多年，未曾见您笔下妄杀一人，现在是上天回报您的宽厚啊。”商辂称：“我只是不敢让朝廷妄杀一人而已。”十年后，成化二十二年（1486年）七月十八日卒。赠太傅，谥文毅。
着作.商辂善书法，但传世墨迹甚少。着有《商文毅疏稿略》、《商文毅公集》、《蔗山笔尘》，并纂有《续宋元资治通鑑纲目》二十七卷。
轶事.商辂与老师洪士直共同在学舍休憩住宿时，梦见一人提着三颗头，