密院与辅政府合併为机密院，黄高启任兵部尚书，充机密院大臣，仍充辅政大臣。成泰十一年（1899年）四月，晋封延茂郡公（）。十月，兼领工部尚书一职。成泰十三年（1901年）十一月，升授文明殿大学士。成泰十四年（1902年）十一月，黄高启与辅政大臣延禄郡公阮绅政见不合，二人同时以年老为由，请求致仕，成泰帝厌恶二人相争，同意二人致仕。黄高启致仕后定居河内泰河邑，在家着书立说。保大八年八月三日（1933年9月25日），黄高启寿终于家中。追赠勤政殿大学士。
着作.黄高启退休后，专心着书