国军主持特种作战交由蒋经国管控，因工作职务孔令晟与蒋经国开始出现交集，蒋经国在1960年12月秘密进入缅甸视察云南反共人民志愿军，随行者除了驾机的衣复恩外，随员即有孔令晟，在国防部作战助理次长的经历成为孔令晟获得蒋经国信任的基础。1968年担任中华民国总统府副侍卫长，后升任中将侍卫长，1975年驻高棉共和国代表团末代团长。1975年任中华民国海军陆战队中将司令，1976年12月11日调任中华民国行政院内政部警政署署长。1982年，出使马来西亚。1985年，获聘为淡江大学战研所教授。2014年9月