育种和传染病与预防兽医学先后被评为上海市优秀学科。编辑《上海农学院学报》（后为《上海交通大学学报（农业科学版）》），发表了诸多学术成果。与交大合并后，鉴于科技的发展和全球农业和环境等领域的形势变化，学院将目光转移到现代农业、低碳经济等方面，并更着重环境保护以及污染治理、新能源的开发、农业安全、食品安全等方面人才培养和科学研究。植物生物技术研发中心由上海交通大学、复旦大学和诺丁汉大学共建，成立于2001年10月8日，是进行植物生物技术方面的国际性科研合作机构。