当地企业合资成立，最初是为负责营运日本铁道建设公团兴建的宫福线，因此最初公司名为宫福铁道；直到1989年时纳入原属日本国有铁道的宫津线，而配合改名为北近畿丹后铁道。由于原本京都府为最主要出资者，最初公司总部设在京都府厅的别馆内，2007年时移至位于福知山市的JR西日本大楼（JR西日本福知山支社的总部）内办公，2013年总部再迁移至宫津市。然而，开业以来，营运均处于赤字状态，每年有约8亿日圆赤字，都需要靠京都府厅及兵库县厅拨出经营对策补助金，两县之间也因补助金的问题多次引发争议。因此在2014年决