了元朝朝廷相当的尊重，萨迦派法师八思巴被忽必烈奉为国师（后升为帝师），赐玉印，任中原法王，命统天下佛教，并兼任总制院（后改名为宣政院）使来管理吐蕃（今西藏）事务。今天藏传佛教已经是青藏高原、内蒙古、尼泊尔、不丹、蒙古国、卡尔梅克共和国（位于里海沿岸）、西伯利亚南部，特别是布里亚特共和国和图瓦共和国最重要的宗教。印度钖金和拉达克地区这些以前的独立王国，民众也以信仰藏传佛教为主。
转轮王传统.《重修文殊寺碑》中载有“转轮王”即「多筑精舍会成为金转轮王」。导致近代许多学者纷纷归纳，蒙元帝