会邀请全国26位负责人在协进大楼举办了座谈会，讨论浸信会深入开展三自革新运动的事宜。1958年后，中华浸信会全国联会停止了活动。文化大革命中，樊正康遭到冲击，一度被关在自家房屋内的一个小房间中，并被禁止同家人交谈。1972年月10月18日，樊正康因心脏病而在上海逝世。其骨灰仅被允许寄放在江苏无锡，直到1980年代才迁至苏州东山的华侨公墓第二墓区。1990年3月20日，樊正康的妻子李华贤在上海逝世，享年98岁，后来同樊正康合葬。
家庭.樊正康的8个子女中，7个子女（樊德咸、樊和咸