讯上的「东北（本）线」意指中长距离列车，过去因在上野站开出，本站并不使用。现在上野东京线通车后，多使用在东海道新干线车内广播的转乘资讯中。而中央本线过去虽以本站为正式起点，但为了解除本站－神田间与东北本线重复的双重户籍路段，JR成立后将中央本线起点改为神田站。但现在站内依然有0公里距离标。JR东日本新干线月台的运行系统如下。此外，在来线有多个相关的运行系统在本站到开；各路线当中，除了宇都宫线─高崎线和常磐线、京叶线和武蔵野线有共用轨道的状况，其他系统都有专用轨道。还有，除了驶入东北本线和中央线的列车