本上採取了旁观的态度。袁世凯就任中华民国临时大总统后，马福祥服属。1912年（民国元年）5月，他被北京政府任命为宁夏镇总兵，其部队被称爲「昭武军」。1913年，马福祥在黄河上的大船上，设宴诱捕了后套地区国民军无法平定的独贵龙运动领导人旺丹尼玛活佛，得到袁世凯赏识，特改任马为宁夏护军使，节制阿拉善、乌审、鄂托克三旗，授陆军中将衔及二等文虎之章。护军使可以直接向北京政府上书言事，俨跻身地方大员。任内他讨伐白朗有功，维持了宁夏的秩序。
在北方各派之间.1920年（民国9年）7月直皖战争爆发