耕地面积仅佔日本国土的11.1％。也因此日本的人口多集中在沿海地区，日本的人口密度在世界排名第37位。日本国土狭长，南北总长3,800公里，与澳洲、马达加斯加、美国相近。日本列岛按照地质构造可分为东日本与西日本两大区域，其界线为位于本州中部，新潟县纟鱼川市与静冈县静冈市之间的纟鱼川静冈构造线。日本列岛附近是欧亚板块、菲律宾海板块、太平洋板块和北美洲板块的交界地，同时日本列岛还处在环太平洋造山带、火山带、地震带之上，故日本为一个经常发生地震、但同时也拥有许多火山与温泉的国家。日本最高的山峰──海拔3,77