自此，他全心投入中国西方音乐教育的基础工作，对中国近代音乐教育贡献良多。1937年，中日战争爆发，支持日本军方的他，担任日本华北统治区之北京师范大学音乐系第一任系主任，并任该校秘书兼训导长、东亚文化协议会评议员，不久，并在随后支持汪精卫政权，任华北政务委员会辖下的北京特别市（一度改为北平）事务次长等职，专司北京的教育文化之事务工作。
战后与入狱.1945年，二次世界大战结束。日本战败，柯政和遭中国政府以汉奸罪起诉并入狱候审。1946年，台籍人士组成的台湾光复致敬团前往中国大陆，