元上皇继续辅政。中御门天皇任内恢复了许多朝廷仪式，并着作一本《公事部类》。在他任内与幕府之间关系良好，甚至曾一度计划让灵元上皇的皇女八十宫吉子内亲王降嫁于德川幕府的七代将军德川家继。但降嫁一事却因为家继将军的夭折而作罢。1735年，让位给皇太子昭仁亲王，是为樱町天皇。两年后中御门天皇崩御，葬在京都的月轮陵。