后因英国政府担心传染病危及其在东非的重要据点桑吉巴石头城，而将此岛该作整个东非的隔离检疫站。旧监狱变成了医院，1923年英国官方将该岛易名为“Quarantine Island”。 抵达此地者都需要离船并接受一到二星期的监控， 而主要是爲了监控流行的黄热病。 因为当时的船只通常只有在十二月至次年四月间才会航经此处，所以一年中有很长一段时间该岛会被闲置， 而这段时间内昌古岛就成了欧洲人和当地人的度假地。当初岛上珊瑚採集（用做建筑材料）留下的大坑已被当做游泳池来使用了。 1931年，昌古岛西南部建起了一座新的