谢为适合在尿液和粪便中消除的极性代谢物。 主要代谢产物诺氯氮平（去甲基氯氮平）具有药理学活性。 细胞色素P450同工酶1A2主要负责氯氮平代谢，但2C，2D6,2E1和3A3/4似乎也起作用。诱导（如:香烟烟雾）或抑制（例如茶硷，环丙沙星，氟伏沙明）CYP1A2的药物可分别增加或减少氯氮平的代谢。 例如，吸烟引起的新陈代谢诱导与非吸烟者相比，吸烟者需要高达两倍的氯氮平剂量才能达到相同的血浆浓度。氯氮平和去甲氯苯胺（去甲基 - 氯氮平）的血浆水平也可以监测，尽管它们显示出显着的变异程度，并且在女性中更高并