997年香港回归后，日本继续在香港设置领事馆至今。
政治.截至2018年，尚未有日本天皇或日本内阁总理大臣（首相）访问过香港。2019年10月香港特首林郑月娥则赴日出席天皇德仁的即位礼。
流行文化.日本流行文化对年轻一辈的香港人有重要的影响。日剧、特摄剧集、动漫、J-Pop和电子游戏，源源不绝地影响香港的青少年。在日本动漫中，香港常作为海外题材舞台。