S奄奄一息时，机械的人工智能告诉他由于机械生物的进化，塔已经改变了功能，不再发射导弹，而是发射一架包含精英机种的方舟——包括仍然活着的亚当和夏娃——寻找一个新的世界。在播放制作人员名单期间，辅助机042和153发现2B、9S和A2的数据仍然完好无损，与玩家对话。如果玩家同意删除数据，会触发第五个结局：辅助机042和153恢复了他们的记忆和躯体。尽管三个人可能会重复这一切，但辅助机坚信他们会有崭新的未来。
设定与角色.本作设定发生在前作尼尔的D结局「尼尔事件」的数千年之后，在西元50