甲实行歧视性政策，极力排斥伊斯兰教，宣扬天主教。葡萄牙在占领马六甲后，即强迫所有伊斯兰教徒改教，并对伊斯兰教徒进行驱逐和杀戮，同时没收、抢劫他们的财物，并实行宗教裁决。此举迫使伊斯兰教徒集中到亚齐和柔佛，成为抗击葡萄牙人的主力。马六甲成为葡萄牙宣扬天主教的基地后，在各区兴建教堂，积极传播天主教，并拆毁建在山上的马六甲王宫，在旧址上兴建圣保罗教堂。葡萄牙将马六甲分成8个教区，建有4个修道院和16间教堂。葡萄牙在马六甲早期的传教效果并不显着，直到耶稣会的圣方济·沙勿略的到来，天主教的传播才有较大的成效。