至1909年（明治42年）始设花莲港厅。台湾日治时期由日本人引进西方法制，日本政府于1895年（明治28年）10月7日以军事命令发布《台湾总督府法院职制》设立11座法院支部，包括台湾总督府法院台南、凤山、恆春等支部，其中之一的管辖区包含今之花莲。台湾总督府于1896年（明治29年）5月1日以律令第一号公布《台湾总督府法院条例》，调整法院组织，规定掌理民、刑事审判，採三级三审制，设有一高等法院、一覆审法院及十五地方法院，各法院除设置判官外，同时设置检察官，并无独立之检察机关之设置，判官与检察官均由台湾总督