之子。十一岁时，侯廷训任职南京，随父就学南京。嘉靖三年（1524年）侯廷训因卷入大礼议事件被逮捕下诏狱。年仅十三岁的侯一元伏阙上疏，其父得释。嘉靖十七年（1538年），侯一元登戊戌科进士，授南京刑部主事。嘉靖二十年（1541年）升刑部郎中、广东布政使参议。随后改河南按察使司副使，整训大名府部队。随后升广西按察使、河南右布政使、江西左布政使。隆庆元年（1567年）辞职归乡。
着作.着有《二谷山人集》、《二谷山人近稿》、《二谷读书记》、《翼志七书》、《乐清县志》、《平阳县志》、《泰