行政与建议方案功能则被同年稍早成立的行政院大陆委员会、海崃交流基金会与国家统一委员会等新设立机构所替代。
后续.与其他许多于台湾解严后的政府机构相同，光复会也拥有零星未完善处理的土地资产。2006年3月，光复会位于西门町、价值新台币上亿元之厅舍，被民主进步党台北市议员蓝世聪、刘耀仁指称遭该会退休工作人员非法侵佔并收租营利。目前已于2020年7月3日确定将其转型成为西门町旅客服务中心。