虽然本流及每条支条都有其源头，但国际惯例系以离终点最远的源头当作整个水系的源头，由此处作为起点量得的河流长度最长，就当作整个水系的河长。一般而言，水系的源头会在本流的起点或是其上游处，此时若无特别指定，河流河长与水系河长同义。例如尼罗河本流的起点为白尼罗河、青尼罗河合流处，而整个水系的源头在其上游，若无特别指定，「尼罗河长」即指「尼罗河水系河长」，而非指本流（即名称为尼罗河的那一段）河长。若是水系的源头与本流的源头分义开来，就很容易产生误解。例如密西西比河水系的最远源头是在其支流密苏里河的上源杰弗逊