本高等教育的台籍知识份子也被派驻至佔领区；洪耀勋因此受派赴北平任北京师范大学讲师、教授，后于周作人为校长的北京大学任教授，着有《认识论》、《存在与真理─对努兹比塞真理论的一个考察》（存在と真理─ヌツビッゼの真理论の一考察）等。战后 1946 年与滞北平、天津的台籍菁英组织台湾省旅平同乡会，并创办《新台湾》杂志为台人权益发声。回台后受林茂生引荐任台湾大学哲学系教授，而 1950 年起担任主任长达二十载，作育英才无数，捍卫哲学思想的自由，然 1972 年退休后旋即爆发党政势力迫害大学自治的台湾大学哲学系事件。着