于健保署多次警告「健保财务有破产危险」，却在2008年发放高额年终奖金给局内员工，虽然与健保基金无直接相关，但观感不佳，造成争议。其后启动部分负担调涨与保费调涨，自2009年底至2010年初，时新任卫生署长杨志良要求调涨健保费用，虽短暂遭到时任行政院长吴敦义喊停，但在杨志良宣佈辞职获慰留后，仍恢复启动健保费用调涨计划，造成大众不满。在2017年又再次启动部分负担调涨，部分人士因此认为健保署只是「自认为」用涨价可以解决所有问题，事实上调高后的部分负担并没有确实改良医疗环境。2016年9.10月健保署向外宣布，