为世界遗产之前，棉花堡在20世纪的后几十年间疏于保护，酒店建在景区内，温泉的水被用来填满酒店的游泳池，水池因而干涸。酒店排出的废水使白色的岩石上出现了褐斑。在棉花堡上还建了机场的跑道。游客们穿着鞋直接在岩石上行走，在温泉里洗澡还使用肥皂和洗发液，甚至骑自行车或开摩托车上下坡。在被列为世界遗产的时候，棉花堡正在失去以前的魅力。土耳其政府随后加强了保护措施以恢复棉花堡的本来面目。酒店其后被拆除，棉花堡的道路覆盖上了人工水池，游客需要赤脚进入该景点。有褐斑的岩石没有被水盖没，而是暴露在阳光中以求阳光暴晒使岩石