门左右改置文昌阁、土地祠，外设礼门、义路、大成坊及半月形墙垣，奠基了孔庙大致的格局。康熙五十八年（1719年）时，巡道梁文煊将大成殿的格局改为重檐歇山式，隔年陈文达编纂的《台湾县志》附有文庙图，记载了当时孔庙的设施。雍正元年（1723年）二月，因诏封孔子五代，启圣祠改为崇圣祠，之后孔庙又经过几次修缮。到了干隆十四年（1749年），在巡台御史杨开鼎的倡议下，于该年十月重建孔庙，于干隆十六年（1751年）三月完工，而此次工程中大成殿与两庑的规模倍前，格局被记载在隔年王必昌编纂的《重修台湾县志》所附之府学宫图