但是长时自己在年末时亦受到病魔缠绕。文永元年（1264年）7月3日，长时因病辞去执权职务并且出家，由叔父北条政村继任执权。同年8月21日，35岁的长时在妙光寺死去，同寺现在仍然保存长时的木像和牌位。长时家系赤桥流的、和北条守时等人扶摇直上，无需经由引付众便能够擢升为评定众，在北条氏中的家格仅次于得宗，长时的曾孙分别有最后一任执权赤桥守时和足利尊氏正室赤桥登子等人。
个人.长时共有17首和歌获收录于《敕撰和歌集》中。另外，担任执权的长时虽无实权，但是认真处理政务，缺乏争权夺利的意