后高密郡再次改称密州郡，又改其建制为州（俱治今诸城市）。五代、北宋与金时，高密县均属密州（治今诸城市）。元代，高密县属胶州（治今胶州市）。
明清时期.明代，高密县改属莱州府（治今莱州市）。清代沿袭明制，高密县仍属莱州府。清光绪二十五年（1899年），德国强占民地民房，修筑胶济铁路，激起高密住民与德军冲突；6月高密县大吕庄民众阻修铁路，被德军枪杀20余人；1900年1月，高密武生李金榜及民众组织者孙文等率众阻止铁路，要求改线，时任山东巡抚袁世凯下令逮捕；9月高密数百民众在南流阻