清访台争议与冲突、陈云林访台争议与冲突，及后续引发的野草莓运动等。内政方面，2009年8月6日至8月10日间发生的莫拉克风灾，引发广大民怨。此次事件被认为是马政府民望下滑的开始。风灾最终导致681人死亡、18人失踪。（详见八八水灾）另外，925白玫瑰运动集会是马政府第一任期内的重大集会抗议事件之一，民间强力要求马政府进行司法改革。2009年 大专毕业生就业22K方案争议。2009年 苗栗发生大埔事件。2009年9月，教育部完成「二二八国家纪念馆」的修复工程后，点交予内政部，并随即移交给财