四月初六日（1661年5月4日），即迫使普罗民遮城守军出降。
寓居台南.永历十五年五月十八日（1661年6月14日)，郑成功改赤崁为「东都明京」，设承天府及天兴、万年二县。郑成功下令屯垦台湾的范围，北达噶玛兰（今宜兰县），南至瑯峤（今屏东县恆春镇），后因大肚平埔族拍布拉（Papora）族大肚王阿德狗让与瑯峤「番人」的反抗而减缓扩张，在初次征讨阿德狗让失败后、郑军设下伏兵斩杀之。然中部地区的原住民持续抵抗，直到郑经朝仍时有起义。郑成功时期的实际统治区域大约是从二林（今彰化县二林镇）