雷·比奈萨获选为全国解放阵线的新主席。比奈萨采用与卢莱相似的方法巩固权力。11月，穆塞韦尼从国防部长调任区域合作部长，比奈萨执掌国防部。1980年5月，比奈萨在试图把国家军队参谋长奥伊特·奥乔克撤职后被软禁。实际上这是保罗·穆万加、穆塞韦尼、奥乔克和蒂托·奥凯洛发动的一次政变。之后，一个总统委员会组成，由穆塞韦尼出任副主席，该委员会迅速宣布将于12月举行大选。这时穆塞韦尼在国内已有一定名气，他创建了一个新的政党——乌干达爱国运动，并领导该党参与大选，与其他三个政党竞争，包括前总统米尔顿·奥博特领导的乌干