0日提出书面辞呈。6月4日入住上海江湾国防医学院，6月12日手术割治胃部。10月30日，蒋安排陈自上海移居台北草山疗养，「不必忧虑时局」。蒋为安排后路，派陈主持台湾政务，改编和整训由中国大陆迁往台湾之部队。1948年12月29日，蒋公佈由陈出任台湾省政府主席。陈因事前未被谘询，对此人事命令感到困惑，打算婉拒。1949年1月5日开始主持台湾省政。蒋函电陈，「如何不速就职，若再延滞，则夜长梦多，全盘计划，完全破败也。」1949年2月蒋任命陈兼任台湾警备总司令，以图确保台湾，是蒋「引退」前重要人事部署，认为「