院成为废墟。1874年，巡抚张树声耗费巨资在原址重建。康熙皇帝赐额“学道不淳”。干隆皇帝弘历六次南巡，六次驻跸。干隆十三年（1748年），赐额“白鹿遗规”，并多御诗嘉勉，苏州中学校园内至今仍保存着干隆御碑墙。干隆四十六年（1781年），苏州府学的学生钱棨连中三元，为了表示对他的纪念，府学中建立了“三元坊”，现在附近地区仍被称作三元坊。清朝时期的27任山长全部是进士出身，其中有状元、榜眼数人，还有诗学家沈德潜、干嘉名家钱大昕、近代改良家翁心存等着名学者。在名师的指导下，紫阳书院培养出彭启丰、石韫玉、吴钟骏