，依据《》，本馆成为独立行政法人。因属于行政执行法人（旧特定独立行政法人），职员具有国家公务员身分。由于公文的收集管理体制落后于各国而遭受批评，2007年12月，日本政府为强化体制，表明未来将把公文书馆从独立行政法人改回国家机关。1998年，茨城县筑波市筑波研究学园都市内设置筑波分馆。2001年开设。该中心以网路数位档案为主，不设阅览室（事务所位于东京都文京区本乡）。
指定文化财.独立行政法人国立公文书馆所有之重要文化财如下。