为主权问题产生摩擦。在1245年这个对峙由教宗特使摩德纳的威廉调解，虽然土地被归入条顿骑士团国，不过总主教区以及其教省附属教区的自治权获得条顿骑士团的承认。为了保证主教们的自治权，这些教省附属教区也被列为帝国的采邑主教区。摩德纳的威廉也在骑士团国于普鲁士的既有国土上建立了四个教区，其中的瓦尔米亚教区后来在1356年被神圣罗马帝国皇帝查理四世给予了瓦尔米亚采邑主教区的封衔。