务铁路总局併入商部。光绪三十二年（1906年），工部併入商部，改为农工商部，改平均司为农务司、通艺司为工务司，以铁道等事划归邮传部，保惠司为商务司。增置郎中各一人，员外郎、主事各二人。併司务厅会计司为庶务司，省司务二人，增郎中一人，员外郎二人，主事四人。宣统三年（1911），改尚书为大臣，侍郎为副大臣。中华民国建立后，南京临时政府改设实业部。北洋政府时，分设为农林部和工商部。