王后张氏过世，孝宗继母赵氏的服丧期限问题再度引发史称「甲寅礼讼」的党争。宋时烈、金寿恆等西人党依据《朱子家礼》主张大功说（九个月）；而许穆等南人党则主张期年说。结果採用期年说，政权也移转到南人手中。 同年肃宗卽位，南人全面掌权，许穆获任大司宪。以后历吏曹参判、备边司堂上、归厚署提调、议政府右参赞、成均馆祭酒等职。肃宗二年（1675年）任吏曹判书，升右议政。肃宗七年（1680年），受族人许坚的狱事累连而罢职。肃宗十九年（1692年）去世，获追赠为领议政。