相对两个湖泊，1937年日寇发动侵华战争，将南开园炸为废墟。南马蹄湖被炸平，而北马蹄湖则保留下来，成为南开大学的标志性景观之一。后来，南开大学在南马蹄湖原址修建了一座小花园。只有北马蹄湖风光依旧，久而久之马蹄湖这一名称开始特指北马蹄湖。在肃清暗藏的反革命分子运动、反右运动、文化大革命期间，有多名南开大学知名教授于马蹄湖自尽，如颜毓蘅。数学家吴大任及夫人的骨灰亦安放在湖心岛的一颗松树下。