婚后育有1子2女。
私人生活.曾有报导称柯文哲有亚斯伯格症，柯文哲也曾自称其具备这种特质，但从未正式经过医师临床诊断。
信仰.柯文哲45岁那年，在杏林功成名就，却对工作以外的世界，有着严重疏离，一度想要出家，他的父亲表示要盖一座庙给他。根据柯文哲的说法，自己的祖先有「茹素修道」的传统，自己也读过许多佛经，他说：「我妈对拜拜十分虔诚，至今初一十五吃素。我有好几代的男性祖先，五十岁以后就开始吃素，到山里去修道，而且修行了许多年！」、「佛法，把它当哲学看就好，不