保护仍然面临着很多问题，也出现了诸多争议事件。个人、商家甚至政府部门或因经济利益或因建设需要，无视文物保护制度，对文物保护单位进行过度开发、破坏性开发甚至违规拆除的事件屡见不鲜，如泉州洛阳桥违建、岳阳老街被整体拆除、辽宁小河口长城“修复变自毁”、梁思成林徽因北京故居被“维修性拆除”等事件。历史文化名城、街区、村镇的过度商业开发也引发了文物破坏、环境污染等问题。在文物保护和管理的过程中，文物部门被视为弱势部门，执法能力不足，处罚标准过低，对商家和地方政府的监督约束能力较差。文物部门与其他部门因利益冲突导致