。群岛也许拥有全世界最丰富的昆虫和鸟类，它们分布范围更广泛，特别引人注目的是大螯甲虫、巨蝶、羽色绚丽的极乐鸟、俊美的孔雀雉和斑斓的美冠鹦鹉。
植物.在大部分马来群岛上，大雨和高温导致植物全年快速生长，种群丰富。雨水充沛地区覆被着热带长绿雨林，比较干爽的地区有半落叶季风林，包括柚木和桉树，这类森林主要呈季节性生长。其他森林类型有海滨林（红树林、水椰子、露兜）、沼泽林及山地林。有一百五十多种棕榈，包括椰子、糖棕、西谷棕、槟榔等。竹子分布于全区。大片自然林被人类农耕反覆清除，现在主要孳生