清军进攻牵制辽东的明军重要基地皮岛（今朝鲜椵岛），鳌拜第一个登岛。皮岛被攻克后，鳌拜以首功晋为三等男爵，赐巴图鲁勇号。顺治元年（1644年）清军入关，鳌拜率军攻闯王、定北京，征湖广，驰骋疆场，冲锋陷阵，为清王朝征服中原立下汗马功劳。1646年鳌拜出征四川张献忠大西军，在南充大破大西军军营，斩张献忠于阵，因此以首功被顺治帝超升为二等公，授议政大臣、领侍卫内大臣（皇帝禁卫军司令），自此，鳌拜参议清廷大政。顺治十八年（1661年）顺治帝驾崩，玄烨（康熙，即清圣祖）八岁即位，顺治帝遗诏，由索尼、遏必隆、苏克