巴伐利亚足协深知只有一个冠军获准参加升级附加赛会使其处于不利地位。联赛中两个赛区的球队数量不断发生波动，有时来自巴伐利亚中部的球队会变化赛区以平衡两者之间的实力。在1963年之前的那些年间，位处业余甲级联赛之下的是，它们本应是根据巴伐利亚的七个行政区进行划分。然而，一些行政区例如上巴伐利亚，在业余乙级联赛被拆分出比业余甲级联赛更多的赛区。1963年，随着德国足球甲级联赛的创立，南部高级联赛及南部高级乙组联赛都被撤销。巴伐利亚业余甲级联赛则进行整编，并自此成为位居——这个在德国南部新设立的第二级联