。单股DNA或RNA倾向于折叠成复杂形状的分子，根据他们的三级结构以复杂的方式在凝胶内移动。因此，像是氢氧化钠或甲醯胺这类可以破坏氢键的化学物，就用来把DNA或RNA从三级结构变性，再度形成长桿状。另一方面，蛋白质有不同的电荷和复杂的形状，所以当放电动势（EMF）在同一种蛋白质样品上，蛋白质可能会以不同的速度进入凝胶或完全不移动。所以蛋白质在有洗涤剂，如：十二烷基硫酸钠(SDS)或十二烷基磷酸钠(SDP)出现时会变性。洗涤剂会以负电荷覆盖蛋白质。通常SDS键结的量跟蛋白质的大小有关系，所以键结后变质的蛋