（前端黑色，余为黄色）小凤头燕鸥的体型介于比中华凤头燕鸥略大，体羽颜色更深，喙部为鲜亮的橙红色。
保护.本种为一极危物种，在1999年（至少一只混杂于大凤头燕鸥群中）与2000年（一个大凤头燕鸥群集附近发现四头成鸟和四头雏鸟）马祖列岛的中岛上发现纪录以前，在文史记载上，已经逾百年未出现过，使其曾一度被认为已经绝种，故有「神话之鸟」之称。于此之前，在中国大陆（山东省北部海岸、福建省闽江口）、菲律宾、泰国、印尼、和沙劳越也曾有它们的踪影。2004年在浙江韭山列岛发现另一处繁殖地。其