华东神学院创办前先成立了董事会，董事会于1985年3月在上海召开第一次会议，选举戚庆才任董事长，王神荫、范爱侍、薛平西、蔡智传任副董事长，沈以藩任董事会秘书长，董事会还通过了《华东神学院章程》，规定神学院设在上海，学制为三年制神学专科，孙彦理任院长、尹襄任副院长、苏德慈为教务长。第一届学员于1985年9月入学。1988年，该院改为四年制神学本科。华东神学院的最高领导机构为董事会，通常每年举行一次董事会议。日常院务由上海市基督教两会及院务会议负责。华东神学院先在上海怀恩堂，1986年8月迁沐恩堂，