于各站建设条件，与一期车站的预留情况等不同，因此换乘方式亦有所不同。其中老街站及黄贝岭站的换乘方式最为方便，为同台换乘/跨月台换乘，而世界之窗站、福田站、宝安中心站、深圳北站亦有扶手电梯或垂直电梯连接两线月台，换乘亦算方便。而在购物公园站、市民中心站及少年宫站，换乘时需从月台搭乘扶手电梯到站厅，经过两线站厅的换乘通道到另一线路的站厅（少年宫站的转乘通道内设有自动人行道），再从站厅经过扶梯、垂直电梯或楼梯到达另一线路的月台。其中购物公园站的换乘通道长达200米，通道中有数个售卖食物和衣物的商铺。通道仅设有两组