议员李永达曾质疑2013至2015年为工程高峰期，估算造价是否会上升一至两成；政府回应价格判断由专业评估属合理。另一立法会议员陈伟业曾指出工程过急，若改动设计或合约将会遇亿计索偿；政府回应政府累积经验会紧密监察。
成本大幅上升.物价、建筑成本、工资在几年间大幅上涨，造成超支。
其他原因.其他原因还包括工程极其复杂、地质复杂以致钻挖困难、需临时更改设计、地下水渗漏等。
政府及港铁涉及隐瞒事件.政府当初向立法会申请拨款的文件，从未提及