陕西四镇，他冷峻地拒绝馈赠。事情完成之后，就称病回乡。张居正去世后，他才出任南京工部尚书。不久，改任南京兵部尚书，参与机要事务。守备太监丘得用大肆奴役营中的兵丁，王遴上奏请求禁止此事，趁机奏请施行谋略、安定留都等十二件事。万历十一年，皇帝召见并任命他为户部尚书。他先奉皇帝的诏令，免除一年赋税以及织造商议的提留，共计一百七十六万多两白银，此时，皇帝命令由太仓库中补充，王遴劝谏，于是指出京仓和通仓的粮食积蓄达八百万石，足以供给九年的需求，请酌量将一百五十万石折换成银两，三年后停止。皇帝下诏准许他施行一年。当