昌、汉阳失守，秦到田家镇督师，12月被湘军击破，退回安徽。约20万满族人被秦日纲的太平军杀死在天京。1855年秦日纲在广济击败湖广总督杨霈，攻克武昌、汉阳。1856年3月，秦日纲率军援镇江，4月陷扬州（同月被清军夺回），6月初击败清江苏巡抚吉尔杭阿军，吉尔杭阿阵亡（一说自杀）。秦日纲随后参与一破江南大营之役，7月围丹阳受挫，降为顶天燕。1856年9月发生“天京事变”，秦日纲受天王洪秀全密旨，与北王韦昌辉诛杀东王杨秀清，可是其后秦却联同北王继续滥杀东王余下部属及其家人，更被迫追随北王血洗翼王府