时代时，分别属于领地或幕府直属领；明治维新后，幕府直辖领先后改隶属府中裁判所、久美滨县，宫津藩领地在1871年废藩置县后改隶属宫津县，同年年底的第一次府县整併中，全部区域皆被划入丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中被改划入京都府。1889年实施町村制，现在的伊根町范围在当时分属、、、四个行政区划，在昭和大合併期间，这四个行政区划于1954年11月3日合併为现在的伊根町。
交通.辖内无航空或铁路交通，因此通常需仰赖的巴士至天桥立车站转乘京都丹后铁道的列车。Section: