在住家会面应酬、而不与政治人物有所接触，并把绝大部分时间花在家庭上和阅读文学、哲学与宗教有关的书籍。不过林义雄仍逐渐把精力放在返回台湾的准备上，在1986年时在台湾人教授协会的帮助下前往哈佛大学约翰·F·甘迺迪政府学院进修，并且在同年9月28日时加入民主进步党。隔年林义雄取得哈佛大学公共行政学硕士学位后，而妻子方素敏也在其立法委员的任期结束后后前往美国会合。之后两人前往英国剑桥大学和日本筑波大学游学各1年，以进一步研习政府组织和政治运作。这期间他也分别创作了阐述台湾政治前途愿景的《台湾共和国基本法草案》、以