足球总会施行联赛级别改革，开始实施升降制度，甲组球会不再派队参与低组别联赛，改为参与新成立的预备组联赛，令参与低组别球队大减，丁组联赛正式停办。2012年，因应香港足球改革「凤凰计划」启动，香港丁组足球联赛于2012-13年度球季恢复举办，原有香港丙组足球联赛两组则进行合併。2011–12年丙组联赛总决赛之第3及第4名，以及丙组（甲）联赛排名第 3–10 名，以及丙组（地区）联赛排名第 3–4 名之球队，于2012–13年球季保留于丙组作赛。至于丙组甲联赛排名第 11–20 名之球队及丙组（地区）联赛排