时，台湾原住民－巴布拉族与巴布萨族、巴则海族、洪雅族、道卡斯族在台湾中部已成立大肚王国，其统治者称为「白昼之王」，不过目前仅有两位「白昼之王」有迹可查。在17世纪之前，元、明两朝虽于澎湖群岛设置了澎湖寨巡检司，也有澎湖寨巡检官职设置（例如首任澎湖寨巡检陈信惠），不过其仅驻于澎湖群岛，并未实际管辖台湾。另外，值得一提的是，19世纪之前，台湾统治者所辖实际领土皆未达台湾全境；即使到19世纪中期，台湾清治时期政府力量仍未涵盖所有台湾原住民居住的番地。除此之外，1722年至1769年负责监督台湾行政之巡视台湾监