二年（1851年）返籍探亲，咸丰三年（1853年）太平天国进犯江宁，徐鼒联合六合县知县温绍原招募团练数千人，屡败贼兵。咸丰八年（1858年）授福建福宁府知府，重视文教，修葺近圣书院。同治元年（1862年）卒于任上。
着作.徐鼒自道光三十年（1850年）入史馆，开始研究南明史，参考前人着作六十余种，兼及地方方志和文士诗文集，咸丰十一年（1861年）效法《纲目》撰成《小腆纪年》。文体方面则擅长骈文及散文，并着有《务本论》二卷、《周易旧注》十二卷、《小腆纪年》二十卷、《小腆纪传》六十五卷