寿院，元代时成为清真寺的地产。明代时该清真寺主要是给福州的色目人做礼拜用的。重建后的清真寺华丽辉煌，礼拜仪式也非常隆重。清代福州伊斯兰教较为衰落，清代中前期的福州清真寺主要是由外省来福州任职的穆斯林官员出资修缮、供养并维持伊斯兰宗教教育。1921年，厦门海关监督唐柯三等人又集资修缮福州清真寺。到了中国抗日战争时期，福州穆斯林多迁往外地甚至海外，福州清真寺衰败严重。中华人民共和国建立以后，福州的穆斯林多是由外省迁来的，政府也于1955年出资对该清真寺进行改建，但由于经费有限，仅将原来“回”字形的平面布局修为“