，于玉井厂继续制糖作业。1994年（民国83年）7月，麻豆工场停产，厂区业务移交佳里糖厂接管。1995年（民国84年）7月，玉井工场停产，厂区设备由善化糖厂接管。1998年（民国87年）6月，佳里糖厂结束，由善化糖厂接管。2003年（民国92年）7月，仁德糖厂及新营糖厂关闭，併入善化糖厂。2004年（民国93年）善化糖厂举办庆祝建厂100週年活动；10月改隶属于砂糖事业部，全名为「台湾糖业公司砂糖事业部善化糖厂」，2008年（民国97年）6月1日，南靖糖厂停产，其自营农场併入善化糖厂。本区于日治时期时种植有