989年1月，张荣发基金会创办国家政策研究中心，蔡墩铭担任国家政策研究中心首任主任至1992年初。1997年10月，台湾教授协会组成「民视杨宪宏事件调查小组」调查民视杨宪宏调职争议，遴选台大法律学系教授蔡墩铭、台大法律学系教授黄宗乐、台大数学系教授杨维哲与台大化学工程学系教授谢国煌组成调查小组，蔡墩铭担任调查小组召集人。
学术贡献.威权时期台湾刑法学的司法实务与学说见解，大抵依北平朝阳大学出身之实务家见解，论犯罪构成要件，仅分为犯罪客观要件与犯罪主观要件，没有构成要件（Tatb