但唐绍仪态度消极，事实上拒絶了温宗尧的提议。尽管如此，温宗尧和梁鸿志依然推进政府组织的准备工作。同年3月，在南京成立了中华民国维新政府，温宗尧任立法院院长。1940年（民国29年）3月，汪兆铭（汪精卫）的南京国民政府成立，温宗尧就任司法院院长兼中央政治委员会当然委员。此后，历任宪政实施委员会常务委员、东亚联盟中国总会常务理事、时局策进委员会副委员长。日本投降后的1945年（民国34年）9月27日，温宗尧在上海被国民政府逮捕。翌年7月8日，以汉奸罪被判处无期徒刑，同年中在南京狱中病逝。享年71岁。