世界大战一样，由法国空军发动的空袭并没有对弗赖堡的铁路设施造成显着破坏，但火车总站还是在二战结束前成为了两次大型轰炸的目标。并且这一次它感受到了极大的破坏：在代号为“”的空袭中，英国皇家空军于1944年11月27日对弗赖堡进行了全面轰炸，期间摧毁了所有架空电缆设施、大部分轨道设施以及几乎整个车站主体建筑。车站钟楼成为当日唯一幸存的建筑，但它继而在1945年2月8日发动的第二波轰炸中被摧毁。此外，编组站及车辆段也受到了严重的损害。战争结束后，美国军队早在1945年便要求将位于内的巴登主线北段恢复运营。同年