卓作乱，次年废少帝立汉献帝刘协，引发董卓讨伐战，董卓于是挟献帝西迁长安，华歆请求出任下邽县令，称病不随行，后由蓝田走到南阳，被当时在穰县的袁术留住。
远渡江淮.华歆及后即建议袁术进军追击董卓，但袁术不接纳；华歆于是打算离去，适逢初平三年（192年）太傅马日磾被指命安定关东，马日磾于是辟华歆为掾。后东行至徐州，即拜豫章太守，为政清静而不混乱，得到吏民爱戴，甚至在扬州刺史刘繇病死后，他的余众都想奉华歆为主，但华歆认为为汉臣不应擅自任命而拒绝。后孙策平江东，并派虞翻游说华歆支持，华歆赏识