美国把大部份原运河区的行政权交还，但部分军事基地、军队住房、学校则继续由美国管辖。当这些地区也逐渐归还巴拿马后，1999年12月31日美国完全撤出运河区。
政治.巴拿马运河区是美国非建制属地及非组织领土。总督由美国总统任命美国陆军工兵部队的将校出任，兼任巴拿马运河公司总裁。