蒙宣慰司所辖机构的史料记载残缺不全，《大元混一方舆胜览》载，乌撒乌蒙宣慰司领有乌蒙路、乌撒路、东川路和茫部路。其中，东川路和茫部路的归属有一个变化的过程，先隶属于乌撒乌蒙宣慰司，后直隶于云南行省。《元史》卷六十一载，乌撒乌蒙宣慰司还辖有以下机构：木连路军民府、蒙光路军民府、木邦路军民府、孟定路军民府、谋粘路军民府、南甸军民府、六难路甸军民府、陋麻和管民官、云龙甸军民府、缥甸军民府、二十四寨达鲁花赤、孟隆路军民府、木朵路军民总管府、金齿孟定各甸军民官、孟爱等甸军民府、蒙兀路、通西军民总管府、木来军民府。《