除权臣宇文护，事情泄露后被毒杀，独孤善也被撤职为民。北周武帝保定三年（563年），独孤善被派到龙州任刺史，时龙州蛮任公忻、李国立等聚众为乱，独孤善不能抵御，被和洪取代。天和六年（571年），袭爵河内郡公，食邑二千户。建德四年（575年），北周武帝东讨北齐，独孤善随行，以功授上开府。寻除兖州刺史，卒于任上，年三十八。赠使持节、柱国、定赵恒沧瀛五州诸军事、定州刺史。