荷兰军队依仗坚固的工事与战舰顽抗，澎湖久攻不下。『澎湖厅志』记载道：红木埕城要塞「砲楼坚致如铁，巡抚南宫益，遣兵攻之，贼首高文律拒守不下，官军以药轰之，楼倾下海。」天启四年（1624年）7月，南居益又派出火铳部队支援，明军发动总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，然后双方又形成僵持的局面。天启四年（1624年）8月，明军再次兵分三路，直逼夷城，荷兰人势穷力孤，不得不撤离占领了两年的澎湖。
佔领澎湖.天启四年（1624年）9月，巡抚南居益、总兵俞咨皁统率三军与包围荷军七个月，在协议