时代瑞穗町辖区大多属于幕府旗本的领地，另有部分区域分属、园部藩、、。明治维新后，先后分属久美滨县、龟山县、园部县、篠山县、鹤牧县，直到1871年才全数整併到京都府内。1889年实施町村制，瑞穗町辖区在当时分属、、、共4个行政区划，在1950年代的昭和大合併中，四个行政区划先于1951年被整併为瑞穗村，四年后改制为瑞穗町。21世纪初的平成大合併中，瑞穗町与丹波町、和知町于2005年再次被合併为京丹波町。