年至1937年，任中共陕北省委书记，并在1935年1月25日陕北召开的第一次工农代表大会上，当选陕北省苏维埃政府主席。他和刘志丹、习仲勋等陕北早期中共领袖，领导展开游击战争，推行创建革命根据地的策略和方针，为当时的中国共产党保留下了最后一个政权，也为红军长征提供了最终的“落脚点”。 
战争时期.抗日战争爆发后，马明方先后担任陕甘宁边区政府主席团委员兼内政部代部长、民政厅厅长等职。由于疾病困扰，马明方于1938年赴苏联学习、治病疗养。1941年在回国途经新疆时，被中央任命为驻迪化八路