设防再守，但后因江西及徐州战事失利，军心涣散，各师相继自行撤退，冯国璋即率北洋第2军很快渡江，黄兴于万不得已中一走了之。驻守南京的革命军在没有领导和统一指挥下，进行了天堡城保卫战，人自为战，血战20余天，至9月11日，终因兵力悬殊，南京失守。上海方面，陈其美于7月22日率蒋中正、刘福彪等部进攻北洋军盘踞的上海制造局，但久攻未下，被迫撤退。居正、钮永键防守的吴淞炮台，在北洋海军的攻击之下，坚持到8月13日终于失守。其他各省，或败或降，江南基本上落入袁氏之手。大批革命党人惨遭杀害，孙中山、黄兴等人被迫流亡日本。