1642年，林庆业下属的一员明军将领投降了清朝，透露了林庆业与明军的关系。清朝立即遣使赴朝鲜，强迫朝鲜交出林庆业并押赴盛京。然而，林庆业在黄海道逃脱，进入了一座佛寺，削发为僧，次年逃亡明朝。
回国和逝世.到达中国明朝后，当时李自成刚攻陷北京，明思宗自杀殉国，吴三桂引清军入关。林庆业便与明将马腾高并肩作战。后来兵败，马腾高被俘降清，林庆业再次失去了抗清的机会，计画逃跑时被下属出卖而遭清军俘获，解赴北京。然而，朝鲜将军沈器远得知后便发动政变，迫使朝鲜仁祖要求清朝释放林庆业归国。1