党纲对两岸关系的阻碍程度高于九二共识，主因在于民进党拥有台独党纲。北京政府坚持政党对政党的交流、不与拥有台独党纲的政党交流。
争议.2014年1月9日，前民进党公共政策研究中心干事蔡百铨说，从民进党制定台独党纲的背景可以看出，新潮流系提议的台独党纲其实是「反台独党纲」，用来「骗骗独派人士」。2015年6月9日，前民进党文宣部主任陈文茜说，前民进党主席施明德前往美国国会演讲前，她为施明德撰稿「民进党执政，不必、也不会宣布台独」，隔天有民进党人拿着布条「施明德，台奸，滚出中央党部」在中