教堂的重视，虽然教堂也因义和团围攻哈尔滨而一度被迫停工，但教堂还是在1900年12月顺利完工，耗时仅一年。圣·尼古拉教堂建成后，沙俄中东铁路护路队随行的东正教神父亚力山大·茹拉夫斯基 (Журавский Александр Петрович) 以主祭司身份来到教堂，主持教堂和哈尔滨的东正教事务。
建筑风格.圣·尼古拉教堂全部采用木构架井干式构成。教堂内部围成巨大的穹顶空间，外部则运用俄罗斯民间木结构帐篷顶的传统形式。由于教堂处于广场中央，为使来自不同方向的人群都能得到良好的视