大殿西北角的白哈尔殿内供奉有白哈尔、莲花生等像，白哈尔殿内还有当年白哈尔消失的树。该寺规模中等，20世纪初该寺有100名左右的喇嘛。
建筑.此寺现存主要建筑有：
壁画.乃琼寺的壁画是古格王朝壁画、白居寺壁画之外的又一经典古典壁画杰作，绘于17世纪中叶。壁画主要描绘了白哈尔和他的化身及其伴神，还描绘了众生因前世恶业而在地狱受罚。乃琼寺壁画吸收了汉族文化、印度、尼泊尔、克什米尔等地文化的元素，是不可多得的艺术珍宝。