美军撤退作战失败，美国政府态度转趋强硬。见到美国政府态度强硬，清廷才惊觉事态严重，恐开罪美方，便命令台湾总兵刘明灯率兵士500员进发，至柴城一带（今屏东车城乡）受阻于斯卡罗原住民的抵御。刘明灯乃与首领卓杞笃见面，企图说服解散聚集的原住民。李仙得见清廷方面亦不得要领，自偕同「通事」六人于9月4日扺台，刘明灯不得已9月10日率兵随行，9月23日到达琅（今屏东县恆春镇）。10月10日在琅与台湾斯卡罗总头目卓杞笃直接交涉，双方达成口头协议，同意归还船长杭特夫妇的首级及所劫物品，并允诺将来海事受难者皆以「红旗