佩尔希指挥，主要组成是英国皇家空军第三联队与美国空军第十联队的联合部队，为了避免多头马车，蒙巴顿将军下令合併两个空军部队到东方空军司令部。而位于中国与印度的美军也不受到东南亚战区总司令指挥。海军方面就教为简单，因为当时东南亚地区主要的盟军海军力量是英国皇家海军。1944年史迪威被召回华府后，东南亚战区的陆军指挥系统才逐渐明朗。主要集中在三个人：雷蒙·惠勒少将成为东南亚盟军最高指挥官;艾伯特·魏德迈少将成为蒋介石总参谋长，美国驻中国战区（USFCT）总司令。原本中国的缅甸远征军也要划归东南亚战区司令部指挥