1999年，中央工艺美术学院并入清华大学后，启动了清华大学艺术博物馆建设项目。1999年中央工艺美术学院并入清华大学成为清华大学美术学院时，清华大学校方承诺，为清华大学美术学院建一栋教学楼和一座博物馆。
建设.2005年，清华大学美术学院新教学楼投入使用，而博物馆的建设却在2002年确定建筑设计方案后停滞，直到2012年在校友张朝阳、施锦珊、莫天全的支持下，艺术博物馆建筑得以破土动工。2002年，清华大学向各界征集博物馆设计方案，最后决定由瑞士着名建筑师马里奥·博塔主持设计，清华博