结盟，支持准噶尔入侵喀尔喀蒙古。又以达赖喇嘛名义同满清朝廷保持联系。1694年，满清的康熙帝封桑结嘉措为“掌瓦赤喇怛喇达赖喇嘛教弘宣佛法王”，随后他便自称“土伯特国王”。1697年，噶尔丹被满清打败，不久身亡，桑结嘉措遣使册封其继任者策妄阿拉布坦为浑台吉。桑结嘉措对外承认了五世达赖圆寂的消息，派人将仓央嘉措接到拉萨，立为第六世达赖喇嘛，并派夏仲·阿旺雄努向满清朝廷通报。甘丹颇章政权隐瞒达赖逝世的消息如此之久，令康熙帝非常愤怒。他向甘丹颇章政权送出诏书，对此事进行谴责，此后甘丹颇章政权与满清的关系恶化。后