壁画中，东方三博士穿着波斯人的服饰向婴孩耶稣朝拜，当时的司令沙赫尔巴拉兹看过壁画后，下令不破坏这座教堂。至耶路撒冷王国时代，在拜占庭皇帝协助下，十字军对教堂进行了维修及加建。
现况.现在，圣诞教堂由罗马天主教、希腊东正教及亚美尼亚使徒教会共同管理。教堂的入口于后期改建，变为十分狭窄，人要弯腰才能通过，因此有名为「谦卑之门」。传说这是奥图曼时代，基督徒为阻挡穆斯林骑马进入，因此特意将门改小，以保护教堂。教堂地底一个地下室，名为Grotto of the Nativity，相传