互直通运行方面，在东西线的列车会在中央线侧的中野站，与三鹰站和总武线侧的西船桥站与津田沼站进入JR区间。总武线侧平日清晨与黄昏以外时段及假日，中央线侧的中野站与三鹰站缓行线的清晨、深夜时间带不会进行直通运行外，其余时间大约有一半的列车会与东西线直通。东叶高速线的车辆会直接进入东西线，午间东西线的快速列车于中野站折返。本区间缓行线月台，若有东西线直通列车同时行驶，月台上的显示版会以「总武线」标示经御茶之水站的列车，而东西线直通列车就会以「东西线」表示（开往东京之中央线各站停车部分为空白表示）。（ATOS）则以