崇祯年间，黄鸣骏任浙江巡抚，崇祯十七年（1644年），李自成攻克北京，崇祯帝自杀。刘宗周徒步到杭州，敦请他发兵讨伐李自成。清军入关，佔据北京，南明弘光帝在南京即位，清军南下，次年，清军克南京。隆武帝在福州即位，他率军到京口推荐，以右佥都御史巡抚浙江兼东阁大学士，十月，到衢州督师。隆武二年（1646年）十月，衢州失守，于浦城被执，清军掳至仙霞关劝降不成，遂殉国。