家主权和中央权威的重大问题已经完全由朝廷掌握，如西藏与邻国的关系、军队驻防、宗教领袖的继承、内部叛乱的镇压等必须由大臣处理或者上报朝廷决定。
回部.1745年准噶尔汗噶尔丹策零去世，国内诸子争位。干隆帝乘机于1755年派降将阿睦尔撒纳为引导，以定北将军班第率军平定准噶尔，攻下伊犁。而后阿睦尔撒纳想要成为新一代准噶尔之主，由于没有获得干隆帝支持而叛变。干隆帝派兆惠西征，最后于1757年平定天山北路，准噶尔亡，其族惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清，