年初，调任中共中央总书记陈独秀的秘书。曾作为工作人员筹备和参加了中国共产党第五次全国代表大会。八七会议后，黄玠然先后调任党刊《布尔什维克》编辑、中央组织部科长、中央秘书处处长等职。1928年冬，曾任中共上海市沪西区委员会书记。1930年夏，担任中共中央秘书长。在此期间，遵照周恩来指示，筹建党中央秘密工作小组。还起草了《秘密工作手册》，发给党内秘密工作人员。1931年，协助周恩来紧急处理因顾顺章、向忠发叛变造成的危急局面。1933年1月，中共中央机关迁往苏区，成立上海中央局，他担任上海中央局委员兼组织部部