49年8月，光明报被缴获，光明报组织曝光多人遭到逮捕，郑文峰受商学系同学陈英泰协助至乌来担任教职，不久返回嘉义，加入叶城松领导的省工委嘉义支部发展组织，奉命深入农村发展武装组织，唯当时国民政府实施土地改革以致无法进行而停止，1950年，中共在台组织高层蔡孝干变节供出大批人员名单，导致中国共产党在台组织瓦解，同年6月1日，郑文峰于朴子家中被捕，在军法部审讯期间仍向保密局人员宣扬马克思主义的优点，1950年11月29日，台湾省保安处宣判死刑后即刻送台北市马场町枪决，行刑时拒绝下跪，同时遭枪决者包含共产党台湾地下