（民国38年）6月，任蒙藏委员会委员长。10月，任财政部部长兼中央银行总裁。第二次国共内战中国国民党败北，关吉玉逃往台湾。1950年（民国39年），任总统府国策顾问兼行政院设计委员会委员。1956年（民国45年），任高雄硫酸铵公司董事长。以后，历任考试院秘书长、国立政治大学教授、逢甲大学教授。1975年（民国64年），于台北市长安东路创设中西开放医院。同年11月30日，关吉玉病逝，享年77岁（满75歳）。