信吉在没有子嗣的情况下突然病逝，家康安排他的十男赖将入主水户。1609年赖宣移封到骏府藩。由家康十一男赖房（当时未元服仍为鹤千代丸）成为藩主，并加增至28万石。在元禄时代，进行检地，石高增加到35万石。1636年赖房被幕府赐姓为「德川」，正式成为水户德川家。由于水户德川家经常留守江户屋敷作为大名之首，当时遂有不少人尊称水户藩主为幕府的「」。第二代藩主光圀喜好文学。编写了大日本史，在水户藩领内自成了水户学学派，因此光圀对水户藩影响亦不少。第三代藩主纲条因为藩内借贷问题严重进行藩政改革，不过因为重税，人