后听命参与九州征伐，也参与了讨伐北条氏的小田原征伐，并攻陷。文禄·庆长之役也有参与。在丰臣秀次事件中差点遭到连坐，在家臣的奔走下得以摆脱嫌疑。
关原之战及幕府藩主.在丰臣秀吉病死后，细川忠兴开始与德川家康接近，并将三男忠利送往江户城成为人质，因此除丹后12万石的领地外，又被德川家康加封于丰后国杵筑城6万石。曾与丰臣家的武断派诸侯（加藤清正、福岛正则、加藤嘉明、浅野幸长、池田辉政、黑田长政等人）一同参与袭击石田三成的计画。关原之战前夕，在石田三成拘捕诸侯家人人质的行动下，正室玉子宁死