较浅的水域已经全部干涸，在现代已经变为盐滩。2006年9月，出现了污染物问题：在下游，未处理的污水注入河道。约旦河上游靠近加利利海的一小段，仍然保持原始状态。大部分污染出现在下游的60英里河段 - 从加利利海到死海的曲折河段。环保主义者声称约旦河的生态系统已经几乎被摧毁，救援工作可能需要数十年。 2007年，地球之友中东宣布约旦河是世界上100个濒危的生态地点之一，部分归因于以色列和邻近的阿拉伯国家之间缺乏合作。
重要性.对于这片干燥的地区，约旦河河水是极其重要的资源，也是黎巴