秦岭是中国动物地理区划中古北界和东洋界的分界线，也是中国重要的生态过渡带，是中国生物多样性分布的中心地区之一，被《中国生物多样性保护战略与行动计划》(2011–2030)列为生物多样性保护优先区域之一。
交通.秦岭向来是关中和巴蜀之间交通的一个巨大阻碍。李白的《蜀道难》就是对秦岭山路的描写。现已建成多条穿越秦岭的铁路和高速公路。
保护.2007年，陕西省人民代表大会常务委员会颁布《陕西省秦岭生态环境保护条例》，是中国首次为一座山脉保护立法。条例对生态保护