英劝黄源留下。1939年3月黄源正式参加新四军。出任新四军军部文化委员会委员兼秘书，《抗敌》杂志编委，以后又分工负责新四军军部印刷所，任该印刷所副所长（所长为陈昌吉，不久陈昌吉便被调离）。黄源还主编了报告文学集《新四军一日》。1939年10月，经冯定、李一氓介绍，黄源加入中国共产党。1941年1月初，在皖南事变中，黄源成功突围，但与中共党组织失去联系。叶挺在狱中给中共中央的信中称：“闻黄源亦死于此次‘皖南惨变’，在阵中头部受弹伤，立即殒命。”1941年4月1日重庆《新华日报》发表石西民写的《悼黄源》一文