945年抗战胜利，杨家迁至昆明。1949年，中国大陆变色，他们一家随国民政府再迁往台湾。随着当空军的父亲，杨祖佑的中小学生涯都在台湾南部度过。因为父亲军职关系，国小及国中大多辗转，后考取国立台湾大学，1962年获土木工程学士。1968年获美国康奈尔大学结构工程学博士学位。到普度大学任教后，进入航空工程系，研究空气结构力学、材料科学和制造工程，曾任普度大学工程院院长，以及电脑综合设计、制造与自动化中心主任。1994年6月，在150位候选人中，加州大学总校长杰克·佩特森任命杨祖佑担任加州大学圣巴