藤原武智麻吕次子。藤原广嗣之乱之后，进入政界。743年（天平十五年）任参议。得光明皇后信任而有权势，但与左大臣橘诸兄不和。圣武天皇退位，孝谦女帝继位后，官职名称改为唐式，仲麻吕改称紫微中台（相当于皇后宫职）内相（长官）。排斥皇太子道祖王，立女婿大炊王（淳仁天皇）为太子。757年（天平宝字元年），镇压橘奈良麻吕的反叛阴谋。淳仁天皇即位后，赐名惠美押胜（），任太保（相当于右大臣）。760年升任大师（相当于太政大臣）。孝谦上皇宠信道镜，仲麻吕有心除之，764年遂举叛旗。后被捕于近江高岛郡，与妻子同时被斩。