历三十四年（1680年）郑军因长久缺粮，军心开始动摇，海澄向清军投降。刘国轩只得返回厦门，却发生军队暴动，刘国轩认为厦门已无法固守，便和郑经一起退守台湾。郑经约八个月后去世，刘国轩加入了冯钖范领导的东宁之变，杀监国世子郑克臧，改立冯钖范的女婿郑克塽继位延平王，刘国轩受封武平侯，前往澎湖修筑砲台防范清军。永历三十七年六月十六日（1683年7月10日）施琅进攻澎湖（详见澎湖海战），刘国轩靠着炮船击退清军。到了二十二日（16日），风向突然从西北风转成南风，施琅顺着风势击败刘国轩。战后，刘国轩首先提议向清朝臣服