除工业及农业产品关税。两国也同意在私立教育，工程服务，环境保护，采矿服务及资讯科技方面拥有互惠待遇。
菲律宾及民达那峨岛的摩洛人.摩洛伊斯兰解放阵线一直属意马来西亚作为中间人的努力以实现自治。2012年10月15日，摩洛叛军及菲律宾官方制定了和平协议以保持国家的安全与和平。马来西亚在此扮演了重要角色，获得了双方接受。纳吉跟随其已故父亲阿都拉萨的脚步，成为了促进区域和平及和谐的关键人物。在正式签署协定的仪式上，马来西亚政府受到邀请成为该长期条约的见证人。马来西亚在此发挥作用，不仅仅是