·沙勿略在1545年写信给若昂三世，要求建立果阿宗教裁判所，这也是印度天主教的一大败笔。在1557年果阿成为了独立的总教区，附属柯枝、马六甲-柔佛两大教区，而整个东方也都处于果亚总教区管辖之下，管辖权一直扩展到澳门、日本。圣多默基督徒的最后一任当地总主教死于1597年，当时这些信众还隶属于东方教会，而这也给了天主教领导这群教徒的机会，果阿总主教抓住时机争取到了仍健在的当地教长的支持，最终这些本土基督徒融入天主教会。梅内泽斯在1599年召开，在会议中提出一揽子改革方案以期将当地基督徒完全转化为天主教徒，会