嗣德十五年（1862年），陈廷肃恢复原衔，办理刑部事务。次年（1863年），充任营田使，在承天府、广治道募集百姓，设立村邑，开垦荒田。嗣德十八年（1865年），陈廷肃因功加授户部右侍郎，仍充任营田使，并获赐一枚“廉平勤干”金磬。在职期间，陈廷肃主持疏浚永定河，开採榴堡铁矿，雇佣广治饥民，以工代赈。嗣德二十一年（1868年），嗣德帝派陈廷肃前往英属香港考察，学习先进技术，回国后升任河内巡抚。次年（1869年），转任商办山西军务，充宣光军次赞理，与山兴宣总督阮伯仪以及清朝将领冯子才一起，围剿盘踞在保胜、老街