后，1991年1月毕业，取得舰艇指挥专业本科学历和工学学士学位，毕业后业分配至南海舰队驱逐舰第二支队，任南宁号导弹驱逐舰见习副舰长，之后历任南昌号导弹驱逐舰副舰长，宜宾号导弹护卫舰副舰长、江门号导弹护卫舰舰长。1996年3月，李晓岩前往俄罗斯库兹涅佐夫海军学院学习，1999年6月，以《海军联合战役打击航母编队》论文毕业，获海军军事学副博士学位。回国后，李晓岩出任深圳号导弹驱逐舰见习舰长、舰长。2000年，李晓岩作为深圳号导弹驱逐舰见习舰长，参与了中国人民解放军海军舰艇编队的环球航行，首次航经太平洋、印度