长连任失败卸任而离职。年底接受邱坤良校长邀请于1999年开始担任国立台北艺术大学传统艺术研究所兼任教授。1999年1月3日应民进党主席林义雄先生邀请担任秘书长，任内协助党主席推动 「党员倍增计画」，担任「台湾前途决议文草拟小组」召集人」，创设「新境界文教基金会」并开办「财经论坛」以改造民进党「强法政、弱财经」的社会形象。年底开始担任「陈水扁吕秀莲竞选指挥中心」主席团主席兼发言人奔走全国各地全力辅选。2000年3月18日陈水扁吕秀莲以39.3%当选正副总统。
民进党初次执政时期（2