。结构比对的程序，例如DALI，就可以通过分析蛋白的三维结构来寻找与之有相似折叠方式的其他蛋白。然而，在少数情况下，相关的蛋白质也有可能进化出不同的结构，从而只能够用其他的手段鉴定其同源性。
机理相似性.同一蛋白质超家族中，虽然底物的特异性会有较大不同，酶促反应的机理大多是保守的。具有催化活性的氨基酸残基一般也以相同的顺序出现在蛋白质序列中。在PA蛋白酶超家族中，即使各个家族间催化三联体的氨基酸残基已经相差甚远，但它们采用的催化机理都是相似的——与蛋白质、多肽或氨基酸发生共价亲核反