民国县市长暨县市议员选举时，国民党、民进党分别提名时任立委许舒博与苏治芬参选，最后苏治芬以五成余票数当选，成为第一位民进党籍云林县长。2008年中华民国立法委员选举中，国民党提名的张嘉郡在海线选区以五成余的票数击败参选连任的陈宪中，国民党山线选区候选人张硕文则因同时有民进党提名时任云林县议员刘建国及遭台联开除党籍的尹伶瑛参选连任导致泛绿分裂，而以近五成但未过半的票数当选。尽管国民党两席立委均胜选，但在同年的2008年中华民国总统大选中，马英九在云林县的得票率却仍然落后谢长廷。在2009年云林县第二选区立