17日，孙中山南下抵达广州。7月22日，海军总司令程璧光、第一舰队司令林葆怿率领海军多艘舰艇南下广州护法，连同驻留当地的军舰，组成护法舰队。9月10日，护法军政府成立。此时肇和号正停泊在厦门。时任舰长林永谟也响应了程璧光的号召，前往广州参加护法舰队。不久桂系广东督军莫荣新与孙中山一方的矛盾加剧。军政府方面因无财税收入，财政紧张，而桂系向海军承诺每月助饷10万元，成功得到了海军的支持。此后护法舰队与军政府的关系长期紧张。1921年4月26日夜，护法舰队非闽籍军官高层举行会议，决定清洗舰队内的闽籍官兵，夺取