李登辉派专车把他接到总统府，延揽其出任总统府国策顾问。1973～1991年任国大宪政研讨委员会副秘书长、顾问。1991年起连续获聘为中华民国总统府国策顾问。2000年政党轮替，倪抟九将物品打包、准备离去，却再度为陈水扁总统留任。2002年升为中华民国总统府资政。1999～2006年 担任台湾的中国书法学会顾问。倪抟九专门帮助总统撰写匾额、题词、褒扬令，和他国联合公报及春秋祭祀等文稿。他在国学古文、诗词歌赋造诣不凡，对于京戏、昆曲涉猎颇深。此外，他也是近代书法名家，书道秀逸，自成一格，尤其是以手指当笔