下令全国所有刊物停刊整顿，进行质量、保密检查，《中国科学》停刊，同年11月恢复出版。这期间，担任《中国科学》正副主编的有钱学森、恽子强、吴有训、贝时璋、张文裕等知名科学家。中国科学院上海生物化学研究所、中国科学院上海有机化学研究所、北京大学化学系人工合成牛胰岛素晶体的英文简报和全文就发表在《中国科学》上。1966年，由于文化大革命，《中国科学》出版6期之后即告停刊。
复刊.1971年3月至7月，中华人民共和国国务院在北京召开全国出版工作座谈会。1971年12月12日，中国科学院召开