大学士薛国观倾轧少詹事文安之，文安之因是崇祯辛未科会试主考官，申佳胤奉之为师，故受牵连，又因举劾公正之事忤逆温体仁，贬官出为南京国子监博士。后升迁大理寺评事。再升太仆寺丞，于近畿巡阅御马。崇祯十七年（1644年），以太仆寺丞奉旨出巡牧场。而听闻李自成攻破居庸关后围攻京师，情势仍可避难躲藏，旁人劝申佳胤不要进京，申佳胤流泪说：「固知京师必不守，然我君在焉，安危共之，何所逃避。」三月十二日，申佳胤行山路回京，驰马入都城，到处拜谒军政大臣，筹画与投递守城战之策略，都不被接受。申佳胤留给长子申涵光书信写道：