出任首相兼任国防暨内政大臣。同年11月28日米孔贝罗又发动军事政变推翻恩塔尔五世，宣布成立蒲隆地共和国并担任首任总统暨总理和国防部长，并身兼唯一合法政党总书记，1968年任该党主席。1972年胡图族人试图颠覆米孔贝罗的统治，致使米孔贝罗展开对胡图族人的种族灭绝大屠杀，大约有10万人被米孔贝罗政府杀害。1974年10月再次当选为总书记。1976年11月1日被让·巴蒂斯特·巴加扎发动的军事政变推翻，遭软禁。1977年9月获释后流亡索马里，正逢穆罕默德·西亚德·巴雷统治，是米孔贝罗的国际友人。米孔贝罗于1982年