1990年，徐允钖第四度当选为代议员。1994年，最高领导人金日成离世，徐允钖被继承人金正日选为治丧委员会的成员。1998年9月，他忽然被罢免平安南道党责任书记兼人民委员会委员长，其后又被褫夺政治局委员职务。同期，徐允钖又因私人恩怨而被主持深化组事件的张成泽列为清洗目标，他与其家人也被投进集中营，并遭到电刑、冰刑和拔掉手脚趾甲等多项酷刑的折磨。有报导指，他因而精神失常。之后，再没有关于他的消息。