路德于1517年倡导宗教改革，海德堡大学最初未受此影响。不久，大学内路德的支持者将该校变成了德意志西南部的宗教改革中心。选帝侯奥托·亨利改宗新教后，于1556年将大学改造为一所具有加尔文教精神的学校，并延续先前的大学改革。16世纪后半叶，选帝侯弗里德里希三世更将大学打造为欧洲学术与文化中心，当时的海德堡更被视为德意志的日内瓦，成为加尔文教派重镇，吸引众多欧洲各国学者前来讲学。1563年，由选帝侯弗里德里希三世主持，汇集了神学系教授和学者思想精华的《海德堡教理问答》编撰而成。除加尔文主义盛行外，后人文主义