最终被分类为独立的物种。在洪都拉斯北部的群落，其头部、颈部及冠的黄毛羽毛各有不同，但淡色的喙及雏鸟的羽毛都较接近双黄头亚马逊鹦鹉。这使得分类的情况更为复杂。于1997年，在此处发现了双黄头亚马逊鹦鹉的亚种"A. o. hondurensis"。而在海湾群岛黄颈亚马逊鹦鹉的亚种"A. auropalliata caribaea"与这个亚种似乎相对接近，两者都有较淡色的下颌，显示牠们之间有着基因流。若然确定，牠们有可能是同一物种。另外，黄颈亚马逊鹦鹉的两个亚种"A. a. caribaea"及"A. a.