但后来几经兵燹，仅余遗址。明清及民国时进行复修添制，成为佛寺现状。金阁寺前院中供奉观音铜像，为五台山最高大的佛像，铸造于明嘉靖三十四年（1555年），民国时期由薄泥贴金始为金佛，观音铜像两侧为文殊菩萨和普贤菩萨像。后院立有大雄宝殿，内供释迦牟尼佛、药师佛和阿弥陀佛，两旁有十八罗汉。金阁寺各殿中塑像共有千余尊，为五台山佛教塑像最多寺院。在文化大革命期间，红卫兵曾将金阁寺当作五台山的总部，住了几个星期，以致寺内的各种塑像，都被摧残殆尽。