程中被溶酶体分解的蛋白质的肽被粘在第二型主要组织相容性复合体的结合位中。这个型的分子又可以下分为HLA-DP、HLA-DQ、HLA-DR、HLA-DN和HLA-DO。只位于抗原呈递细胞（antigen-presenting cell，APC）上，如巨噬细胞、B细胞、已活化的T细胞、树突细胞和某种上皮细胞（皱壁上皮细胞，M细胞）等。这类提供则是细胞外部的情况，像是组织中有细菌侵入，则巨噬细胞进行吞食后，把细菌碎片利用MHCⅡ提示给辅助T细胞，启动专一性免疫反应。
第三类主要组织相容