媒体报道称王宝山是被足协“元老团”否决了。王军也就没能进入国家队教练组。2009年，王军成为火车头队的主教练，这时火车头队的主场搬到了武汉，球队参加中乙联赛，预赛中拿到北区第四，进入决赛阶段，决赛第一轮就被淘汰，没能升上甲级。2010年，王军又接受裴恩才的邀请，加盟江苏舜天教练组。年底，江苏舜天不再与裴恩才续约，王军与裴恩才离开南京，加盟中国足球乙级联赛重庆足球俱乐部，裴恩才任主教练，王军担任助理教练。2011年中国足球乙级联赛五轮比赛后，裴恩才的球队只拿到4分，裴恩才下课，王军也离开了重庆。同年6月，