也改为由中国医科大学总校调来的人员担任。卢基舜转为只承担生化教学工作。随着第二次国共内战局势的变化和人员的撤离，延边在吉林省教育工作会议精神指导下于1948年10月1日在延吉成立“延边医科专门学校”。卢基舜任校长。同年，卢基舜作为筹备委员会委员参与了延边大学的筹建工作，是延边大学的创始人之一。1949年1月，龙井“中国医科大学第一分校”被延边大学筹备委员会选定为延边大学医学部校舍。3月，中国医科大学从原“龙井医科大学”撤离后，“延边医科专门学校”被正式并入延边大学（当时名为“延吉大学”），校舍从延吉迁到原