被子弹打到而身受重伤、正当奄奄一息之时、只三郎因为伤势而感到痛苦，照顾他的哥哥‧手代木直右卫门对他直言「你至今杀了许多人、这样程度的痛苦是应该的」，让他只能苦笑一声。之后撤退到和歌山的纪三井寺时去世，得年36。墓地则在和歌山县和歌山市的纪三井寺以及福岛县会津若松市「武家屋敷」内。