晚年及去世.据《印卡王室述评》所载，约于1527年的某天，瓦伊纳·卡帕克在基多的一个湖中沐浴着凉发烧，健康情况急剧转坏（学者Nigel Davies指出，他可能是感染天花）。在他自知将不久于人世时，便向身边的子女亲属及文武官员安排身后事宜，并说出他对西班牙人入侵的顾虑：当时西班牙人已来到太平洋东岸一带活动，瓦伊纳·卡帕克认为他们可能就是印加传说中要来统治印加的「新人」。瓦伊纳·卡帕克去世后，印加人将他的尸首作防腐处理，遗体运到库斯科，内脏葬在基多，并举行隆重的殡葬仪式。他留下二百多至三百多个子女，王