弹危机时，日本政府明确对中方提出「直接对话且和平的解决问题」之立场。1997年8月17日，官房长官梶山静六对中所谓的「」明确表示「周边事态包含两岸纷争」。1998年5月，日本国会通过《出入国管理修正法》，恢复承认中华民国护照、取消断交后对赴日中华民国国民发行「渡航证明书」浮贴于护照内页取代一般签证做法，并恢复对中华民国国民的72小时过境免签证。1999年9月，日本政府并进一步放宽对台湾游客赴日多次签证之规定。九二一大地震后，日本政府和民众积极援助台湾救灾。
陈水扁时期（200