4年重组后，大多数的部门裁撤，仅保留第三部门的海牙国家档案馆，因此自2002年6月4日起，将名称改为国家档案馆。2003年，国家档案馆向联合国教科文组织登记註册成为世界记忆计画的一部分。2019年7月，国家档案馆与荷兰战争调查记者合作，提供第二次世界大战中被称为荷兰刽子手的相关档案，希望将有关战犯绳之以法。
组织.国家档案馆目前隶属于荷兰教育、文化及科学部，并由数位基础设施和谘询局、收集和公共局两部门所组成，且由负责管理。2014年11月1日起，马伦斯·恩格哈德（Maren