汗国与信仰佛教的于阗进行了长期的宗教战争，在1006年，喀喇汗国依靠来自于伊斯兰地区的支援军队征服了于阗。1017年，辽朝军队西征，引起喀喇汗国内乱，1041年，分裂成东西两部，喀什成为东喀喇汗国首都。1134年，东喀喇汗国被西辽征服。1215年，屈出律篡夺西辽皇位，迁都喀什。1218年，被蒙古灭亡。1225年，为中亚察合台汗国的陪都，在阿里不哥和忽必烈争夺汗位的战争中遭到毁灭性的打击。1306年，察合台汗国分裂，喀什成为东察合台汗国首都，1387年，东察合台汗国首都北迁伊犁。1392年，喀什被帖木尔帝