应用仍有侷限性，因为旗舰种在管理上可能会与其他受威胁物种发生冲突。如果旗舰种消失，相关利益者可能会受到负面影响。旗舰种的效应有时很有限，而且此种方式可能无法保护该生物群体免于灭绝，例如10大具有魅力的动物群体，包括老虎、狮子、大象、长颈鹿等，目前仍都处在濒危状态。
定义.旗舰一词带有代表性隐喻。在广泛的用法中，旗舰一词表示为保护项目或团体的大使及标志。地理学家马安·巴鲁阿（Maan Barua）指出，隐喻可以影响人们理解内容以及影响行为模式。生物学家为了要掌握语言权，以提高公众的保