湾中部地区，马英九也获得约七成的选票，曾发生回复党籍争议的云林县，马英九仍领先约五千票。南部各县市王马差距较小，但仍是马英九领先，王金平仅在高雄县部分乡镇（王金平任立法委员时，长年经营的地区）领先马英九，但在北高雄县的票仓，也是大量外省军眷的居住地──冈山镇，马英九也是大幅领先王金平。
后续影响.马英九的当选，被认为是连战与宋楚瑜在泛蓝的政治地位的结束。身为国民党近年来最年轻的党主席，马英九穿着背心慢跑的年轻改革形象，可望改善国民党积弊难改的社会印象，马英九的胜利，被解读为泛蓝支持