党渊源甚深，再加上目前办公室由民进党免费提供，「易遭外界认为富有浓厚的民进党政治色彩」；蕃薯藤创办人陈正然回应，民进党「不能、也不会」利用蕃薯藤资源，不做商业化活动是蕃薯藤不变的坚持，「除非商业化能够顾及原始理念，否则宁可放弃」。1997年赖清德在台南市当选立法委员，2001年苏焕智当选台南县县长，新潮流系在大台南迅速扩张势力。2000年7月18日，苏贞昌说，他早已未参与福利国连线运作，他与新潮流系则是合作关系良好。2001年5月，国家政策研究基金会内政组助理研究员陈华昇与杨钧池分析，陈水扁政府