松窗梦语》中记述南京宫殿荒芜之貌，称“……迨今唯覩城郭崔嵬，而宫阙荒芜，殿阁止存武英、奉先，犹旧物也。”天启初年，太仆寺少卿徐卿伯括南京废铜四十七万余斤输北京，二十九万八千余斤留铸钱，皆南京大内各宫的铜灶、铜沟等物。
南明修葺.崇祯十七年（1644年）五月初一戊子，由淮安向南逃难的福王朱由崧乘船自淮安抵达南京，自三山门（今南京水西门）登岸，祭拜孝陵后，从正阳门经东华门进入南京宫城，步行拜谒奉先殿，随后自西华门出宫，以南京内守备府为行宫。此时的南京明宫城内大多殿宇已因年久失修