庙体已不敷使用，于是众信徒在得到黄府千岁同意后买下隔壁的民宅作为庙地，并开始进行重建之工程；新庙即为现况，庙体则遵从黄府千岁指示面向和平街(原南河港堤道，即南河街)及仁爱街（看西街）之交叉路口，于民国90年（2001年）举行入庙仪式，并于民国93年（2004年）举行建醮大典。
三协境.由南沙宫、 金华府及药王庙所共同联防之区域，并以风神庙为主庙，防御区域是在城外五条港之南河港和南势港 。