孔子学院设于2010年9月，是第一所设于波罗的海国家的孔子学院。中国是爱沙尼亚继欧盟、美国、俄罗斯后的第四大留学生来源，不少中国留学生就读爱沙尼亚的大学，亦有爱沙尼亚学生在华求学。自1994年，中国政府开始提供助学金，资助爱沙尼亚学生赴华学习汉语；北京外国语大学在2010年首次有导师教授爱沙尼亚语。
军事关系.中国人民解放军自2001年派出代表团参加在爱沙尼亚举行的军事侦察竞赛「」，总成绩曾在2002年排名首位。2000年，时任中国人民解放军总参谋部副总参谋长张黎到爱沙尼亚进行