94年2月春节期间，总统李登辉访问印尼，会晤总统苏哈托与科技部长哈比比等。11月，行政院经济建设委员会主任委员萧万长前往印尼雅加达，代表总统李登辉参与亚太经济合作会议领导人非正式会议。1998年1月，行政院长萧万长访问印尼。1998年5月，在印尼排华事件中，中华民国政府多次紧急指派专机飞往印尼疏散受难者，另一方面外交部长胡志强于同年7月29日公开召见印尼驻华代表，当面向印尼提出了「最严正抗议」。2002年8月，副总统吕秀莲访问印尼。2006年5月，总统陈水扁访问印尼。2006年10月，印