军队在瓦哈卡州和瓜达拉哈拉两遭败绩。米拉蒙在这一年十二月在墨西哥城外向自由派投降。军队于1861年元旦重占首都。胡亚雷斯在一周后返回了这座他阔别已久的城市。尽管夺回了首都，保守派的游击队在乡村可没有放弃抵抗。米拉蒙将军流亡古巴，后来又去了欧洲。可直到法墨战争的结束，马奎斯将军依旧保持活跃，梅希亚在位于格尔达山脉的大本营中仍然不断策划着反自由派的行动。
法国干涉前的胡亚雷斯政府.胡亚雷斯的临时总统职位为1861年5月的选举所确认。然而，自由派在1861年的兴奋并不长久。这场战争已经