也担任「党外候选人联谊会」的秘书一职。1979年12月10日，震惊海内外的「美丽岛事件」爆发，吕秀莲在当晚于现场发表了以下这样的演说：由于这20分钟的演说，也由于她担任《美丽岛》杂志社副社长，吕秀莲事后被国民党政府以「暴力叛乱」罪名起诉，求处12年有期徒刑，实际入狱服刑5年余。在1980年美丽岛事件大审时间，吕秀莲曾囚禁于景美看守所59号房（即现今景美人权文化园区），判刑确定后移监土城仁教所。
桃园县长.1996年11月，由于时任国民党籍的桃园县长刘邦友一家遭人枪杀，民进党征