自己在国家队首个进球。2012年6月8月，本田在2014年世界杯预选赛与约旦的比赛国家队首次上演帽子戏法。2013年6月，本田圭佑在与澳洲的比赛中创造点球，并亲自罚入，帮助球队获得巴西世界杯决赛圈入场券。本田圭佑在世界杯亚洲10强赛中打入5球，超过三浦知良（4球）成为单届亚洲10强赛进球最多日本球员。2015年11月17日，本田圭佑在世界杯预选赛与柬埔寨的比赛中进球，成为日本足球史上首位世预赛连续5场比赛进球的球员。本田圭佑缺战了2016年3月24日日本与阿富汗的比赛，不过在之后与叙利亚的比赛中进球