兼任山西清乡督办。1935年（民国24年），他对省内全体公务员、中学校教师和学生实施了军事训练。
阎钖山的忠臣.1937年（民国26年）抗日战争爆发后，杨爱源任第二战区第6集团军总司令，守备晋北。10月，他在第二战区前敌总指挥卫立煌的指挥下参加了忻口会战，抗击板垣征四郎的第5师团。1939年（民国28年），他升任第二战区副司令长官兼第6集团军总司令。阎钖山同进攻山西省的日本军之间时和时战，借以保持自己的权力。杨爱源始终一贯遵循阎钖山的路线，忠实执行命令。1945年（民国34年）