黑嘴亚马逊鹦鹉有着同一的祖先。种系发生学的研究显示波多黎各鹦鹉较为接近白眶亚马逊鹦鹉及古巴鹦鹉。
特征.波多黎各鹦鹉长28-30厘米，重250-300克。牠们在亚马逊鹦鹉属算为细小，但在大安地列斯群岛类群中算为正常。牠们并没有两性异形，雄鸟及雌鸟主要都是呈绿色，有蓝色的羽毛边。初级飞羽及主要翼毛都是深蓝色的。羽毛的颜色在不同部位有所不同：翼底为鲜蓝色，尾羽底为黄绿色，上身的较淡色，前额红色，眼圈白色。瞳孔褐色，喙呈灰色，脚呈黄色。除了DNA测试外，雄鸟及雌鸟只有从繁殖季节的行为差异