年的研究，认为古神翼龙科是个原始神龙翼龙类的并系群。亲缘关系接近于神龙翼龙，而离神龙翼龙较远的物种被归类于"新神龙翼龙类"（Neoazhdarchia）：以下演化树则是根据Felipe Pinheiro等人在2011年提出的研究，认为古神翼龙科是个单系群，包含掠海翼龙亚科、朝阳翼龙亚科：