1897年5月，六县三厅制的行政区划公佈，蕃薯藔地区隶属于台南县，下设有「蕃薯藔辨务署」，管辖罗汉内门庄、罗汉外门庄、崇德东里、楠梓仙溪东庄，并在同年7月开署。1898年3月，台湾行政区划改为三县三厅，蕃薯藔辨务署的管辖范围加入原由噍吧哖辨务署所属的楠梓仙溪西庄、噍吧哖庄、内新化南里。1900年3月，蕃薯藔辨务署的管辖范围加入原由阿公店辨务署所属的嘉祥内里，和原由阿缑辨务署所属的港西上里的弥浓、龙肚、新威、月眉和旗尾地区。1901年11月，因办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行政事