，因为害怕清朝海军突袭佔领，郑经派军将被炸毁的北荷兰城夷为平地，不过又于翌年于旧址重新筑城，并随即废除任其荒芜。18世纪台湾进入清治时期后，该城仍不复使用，渐趋颓圮。
遗址挖掘.台湾日治时期的1933年，台湾总督府依「史蹟名胜天然纪念物保存法」将北荷兰城城址指定为史蹟加以保存，1933年－1936年期间，台湾总督府曾派村上直次郎加以挖掘遗址，并对复原旧城模样甚为乐观。随后因港口扩建、第二次世界大战爆发、日治时期结束及政权更迭等等因素，该计划不得不中断作罢。因年久失修及20世纪中