梅尔·哈尼亚1962年生于加沙附近靠近地中海的海滩难民营，在动荡和贫穷中长大的他甚至不记得自己的出生日期。1987年哈尼亚进入加沙伊斯兰大学学习阿拉伯文学，在这所宗教激进势力很强的学校中，他成为一个学生运动的活跃分子。在他入学的同年，哈马斯在加沙成立。以色列于1989年宣布哈马斯为非法组织。1992年，以色列将哈尼亚等四百多名哈马斯成员驱逐到黎巴嫩。第二年哈尼亚获释重返加沙，并成为伊斯兰大学校长，哈马斯学生运动领袖。已故哈马斯精神领袖谢赫·艾哈迈德·亚辛很器重哈尼亚，1998年任命他为自己的办公室主任，