2000年第一次政党轮替、国民党失去执政权后，他重回台大电机系，后来当选位在南投县埔里镇的国立暨南国际大学校长，同时也因暨大校长身份兼任中华民国公私立大专院校海外联合招生委员会（海外联招会）主任委员。2008年5月20日，应行政院院长刘兆玄邀请出任行政院政务委员。10月1日，兼任工业技术研究院董事长。2009年9月10日出任行政院政务委员兼任台湾省政府主席。2010年2月24日，前新竹市市长林政则出任行政院政务委员兼任台湾省政府主席，张进福专任政务委员。2012年6月26日，元智大学宣布由张进福出任