酵素抑制剂像过渡态的结构。过渡态类似物可借由键结于酵素活化位，作为酵素反应的酵素抑制剂。像是药物就是过渡态的类似物抑制剂，包含流感药物，像是神经胺酸酶抑制剂，奥司他韦；蛋白酶抑制剂，沙奎那韦。
过渡状态.过渡状态的结构可以透过统计力学描述，统计力学是在描述键的打断或形成，使过渡状态回到反应物，或是变成产物。在酵素催化反应中，当酵素可以稳定高能的过渡状态中间物时，反应的活化能会很低。过渡态类似物模仿这些高能的中间物，但是没有走这些催化反应，且会比基质和产物的类似物和酵素键结的更紧。