助起诉彭寿松。但在压力下，省法院判彭无罪，直到北京方面施加压力以及彭寿松与湖南军队调离福建以后，省法院才宣判彭有罪。同年，他也辞去了福州基督教青年会会长之职。返乡以后，黄乃裳在闽清兴办教育和水利。
受迫害入狱.1914年正月，袁世凯为迫害同盟会会员，指使闽清县知事诬陷黄乃裳阻挠烟禁，并判其无期徒刑入狱。在海内外多方营救下，政府数月后释放黄乃裳，福建省长汪声玲也因处理失当而被撤职。
晚年活动.出狱后，黄乃裳致力于在闽清开凿福斗圳用于农业灌溉，工程于1919年