恪即位初年，有前来投降的严叔懋报告说，尚书令王肃派孔思达私通南齐，准备叛变。元澄相信了他的话，便上表说，王肃将要叛变，立即将他监禁起来。而咸阳王、北海王上表说元澄擅自拘禁朝廷宰辅大臣，于是被免官回来。不久又被任命为开府、扬州刺史。他一到扬州，便加封增修孙叔敖的陵墓，捣毁蒋子文的神庙，同时上表请求修建和恢复皇室宗族的学堂，开设四科教学。宣武帝下诏同意这一建议。起先，朝廷中商议南征的计划，任命萧宝夤为东扬州刺史，驻守东城；陈伯之为江州刺史，戍守于阳石。任命元澄总督二镇，给予管辖指挥权。元澄便派遣统军傅竖眼、