开除教籍，而他统治的一个城市里有些市民想谋害他，于此同时他也被想夺取斯福尔扎领地的切萨雷攻击，他被迫放弃佩萨罗，他向当时的几个主要强国法国以及神圣罗马帝国求助，但是徒劳无功，他只能在亚历山大六世去世及切萨雷生病后（1503）返回佩萨罗。几年后，新任教宗儒略二世任命他为佩萨罗教区代牧。他之后再娶了吉内薇拉·提埃波罗（Ginevra Tiepolo）为妻，她为他生了个继承人科斯坦佐二世·斯福尔扎。乔凡尼于1510年去世，他的儿子继承了他的头衔及领地。
参考文献.<br>