在《自然哲学的数学原理》第二版中声称：“…假设…在实验哲学（科学）中没有地位。在这种学问中，命题是从现象中推导出来的，并通过归纳而推广到一般。” 　这段话影响了此后一整代人的哲学思想，他们因此认为应该禁止在自然哲学中使用因果假设。尤其是18世纪后期的大卫·休谟，他明确地怀疑科学确定因果关系的能力，并给出了归纳问题的一个明确的描述。19世纪，约翰·缪勒的着作对于科学方法之概念的形成过程也十分重要，为后来的关于科学解释的着述开了头。
逻辑实证主义.20世纪初时，工具主义在物理学家之间变