南迁至上海，安置在天主堂街仁济医院库房的底层。三年后故宫博物院南京分院成立，石鼓迁往南京。一年后，石鼓随故宫文物再次起运。南迁途中，在天津和湖南酉阳两次翻车，幸好包装严密，石鼓完好无损。装箱包装前，为保护石皮不脱落，用浸湿的高丽纸敷在石鼓面上，由于高丽纸纤维长，韧性好，湿的时候摁进字口，干后固定在字口。装箱的时候包有两层棉被，四周用稻草塞紧。这都让石鼓在南迁中得到良好的保护。抗日战争胜利后石鼓迁回南京，1950年运回北京，存放在北京故宫博物院中。
各地文庙的石鼓.在中国各地的文庙中