感谢当时关于宗教改革的争论所引发的“信仰混乱”的年代。黑森-达姆施塔特伯爵路德维希五世之所以创建这所路德宗的州立大学，正是由于当时邻近的马尔堡大学（成立于1527年）以及黑森州的部分地区于1605年加入了加尔文主义的改革宗。而那些不愿参与此次运动的新教徒神学家们，只能被驱逐并独自前往吉森，寻求出路，吉森大学（当时名称为拉丁文的"Academia gissena"）便应运而生，于1607/1608年的冬季学期正式开始教学活动。由于黑死病的流行和三十年战争的影响，刚创办不久的学校便不得不面临搬迁的命运。从1