天然存在于许多常见食品中。例如，香蕉，栗子，奇异果，鳄梨，木瓜和西红柿都含有大量的几丁质酶，可以抵抗真菌和一些无嵴椎动物的入侵。压力或环境信号（例如乙烯气体）可能会刺激几丁质酶产量的增加。几丁质酶分子的某些部分，在植物防御中的功能相似，在结构上与橡胶乳胶中的促肝素或其他蛋白质几乎相同，可能会引发一种称为乳胶-水果综合征（latex-fruit syndrome）的过敏交叉反应。
应用.几丁质酶具有广泛的应用，其中一些已经被工业实现。这包括将几丁质生物转化为有用的产品（例如肥料）