年12月29日新任教宗若望·保禄二世任命马哈尔斯基出任克拉科夫总教区总主教。1979年1月6日由若望·保禄二世亲自晋牧，并于同年1月28日正式就任。同年6月30日，又被时任教宗册封为司铎级枢机。他曾参与2005年教宗选举秘密会议，当时选出的是教宗本笃十六世。2005年6月3日荣休，由斯坦尼斯瓦夫·济维齐接替担任克拉科夫总教区正权总主教。在2016年7月28日，时任教宗方济各在出席世界青年日期间到克拉科夫医院探望处于昏迷状态的马哈尔斯基。他于8月2日去世，享年89岁。