-1869年的冬季，他探索了当时人迹罕至的加利福尼亚。 探险归来后，他将自己沿途对动物的观察记录和分析整理成《佛罗里达东部的哺乳动物和冬季鸟类》一书，并于1871年出版。同年，他当选美国文理科学院院士。接下来的数年，艾伦前往北美大平原、洛矶山脉和达科他领地探险，为哈佛大学博物馆带回了许多标本。在这些探险结束后，他身体越来越差，几乎无法再进行田野调查活动。他的主要精力转向了学术研究和出版编辑。1883年，艾伦和威廉·布鲁斯特、一起创办了美国鸟类学会。艾伦由于身体原因，没有出席学会的成立仪式，但被推选为首任