民政府中历任行政院政务处长、农本局总经理、农产调整委员会主任、经济部次长等要职，致力于解决农村建设、农业生产和城市农产品供应问题。1941年因不自觉卷入派系纷争，农本局被裁撤。1943年，应蒋介石要求，何廉出任最高国防委员会中央设计局副秘书长（秘书长是熊式辉），受命主持战后经济重建方案的编制设计。翌年夏，《（战后）第一个复兴期间经济事业总原则草案》编制完成并获通过，但却从未真正得以贯彻。抗战胜利后头一年，何廉再度担任经济部次长。1962年获选中华民国中央研究院第四届(人文及社会科学组)院士头衔。1947年赴