染皮下组织及肌肉等，造成溃伤或肿块，在这类感染中，真菌通常是透过皮肤上的伤口进入皮下组织，常为慢性感染且不易治疗，有时甚至得动用如的手术治疗。皮下感染型真菌包括许多属，所引发的疾病包括、、及孢子丝菌症等，其中前三种都只发生在热带地区。孢子丝菌病则是申克氏孢子丝菌从手部伤口进入造成的感染，因为患者多为农夫或园丁而又称「玫瑰园丁症」。
全身性感染.全身性真菌病（systemic mycoses）又可分为可分病原性（pathogenic）及伺机感染性（oppurtunistic）两种，遍