庾太后和庾亮辅政持不同意见，认为庾亮经验不足，不能服众，相信将会有祸乱发生。他对亲信发表自己意见后不久，广州刺史刘顗去世。阮孚主动请求朝廷委任自己继任。在朝中主政的王导等人以阮孚性格放荡不羁，不适合在中央任职，决定批准他的请求，任命他为「都督交、广、宁三州军事」、「镇南将军」，兼任「平越中郎将」、广州刺史。阮孚受命赴任，途中患病去世，终年49岁。不久苏峻之乱爆发，有识之士认为阮孚有先见之明。他对当时局势的评论被收录于《晋书》和《资治通鑑》。由于阮孚没有儿子，从孙阮广继承他的爵位。