相信他最终是死于酗酒。弗雷德里克二世在位时期是丹麦国力与财富的增长期，他在国内建设上也取得不少成果：在1574年～1585年间重建了赫尔辛格的克隆堡城堡；挪威城市腓特烈斯塔也是他在1576年所建立，并以其名字命名。弗雷德里克二世也是伟大的丹麦天文学家第谷·布拉赫（克卜勒为其学生）的资助人。弗雷德里克二世于1588年去世，遗体安葬在罗斯基勒大教堂。