1697年，康熙帝再次来到阿鲁科尔沁旗巡视，在戴恩寺暂居。自该寺建成，直到1947年牧区民主改革，戴恩寺曾有三个活佛系统，即西活佛、查干活佛、杨松活佛。这种一庙三佛的现象在整个蒙古地区十分罕见。西活佛为该寺的正统活佛，共转世五次。后来，查干活佛在阿鲁科尔沁旗转世，被迎请至该寺坐床。此后，为给其教授经文，特请青海塔尔寺第二席喇嘛——第二世杨松活佛入住戴恩寺。由此，在阿鲁科尔沁旗21座寺庙中，戴恩寺处于领导地位。1930年，九世班禅来到戴恩寺传经。当时该寺有喇嘛500多人。1947年，在牧区民主改革运动