盐行旧聚落开始没落。后来在清嘉庆十年（1805年）又受到蔡牵率众侵扰影响，道光元年（1821年）、道光三年（1823年）又受到大水破坏。在接二连三受到重创后，盐行旧聚落在清末已接近废庄。日治时期，盐行一地先是归台南民政支部安平出张所管辖，之后陆续归台南县湾里辨务署、台南厅大目降支厅管辖，最后行政区划改为台南州新丰郡永康庄盐行大字。二次大战后，行政区划改为台南县永康乡盐行村。民国卅五年（1946年）新化大地震重创盐行，之后居民于省道台1线（中山路）与南142线（仁爱街）汇合处的西边与西南边重新建立聚落，也