观察塞鲸的觅食行为后，得知牠们比较喜欢以甲壳类为主食。这件事也可以从分析收集来的塞鲸粪便来得知，它的外观类似褐色稀薄的云，在水中出现。这些用网子收集的粪便与水中的DNA物质分离开来，而且与已知的物种来逐一确认。塞鲸与其他几种生物来竞争的食物，包括了鲱鱼、姥鲨与露嵴鲸。塞鲸在北大西洋主要以桡足类的哲水蚤目（Calanoida）为主食，特别是飞马哲水蚤（"Calanus finmarchicus"）。第二喜爱的食物则是磷虾，主要是北方磷虾（"Meganyctiphanes norvegica"）与"Thys