廷顿文法学校（Huntingdon Grammar School）和圣保罗学校（St Paul's School）接受教育，期间他目睹了查理一世1649年被送上断头台的一幕。1650年，皮普斯凭两个奖学金进入剑桥大学，6月进了三一学院次年5月转到抹大拉学院并于1654年获得学位。之后他投奔父亲的另一位表兄，爱德华·孟塔古爵士（后来受封第一代三文治伯爵）。1655年，他与14岁的伊丽莎白·米歇尔结婚。新娘是法国胡格诺派移民后裔。
疾病.很年轻的时候皮普斯即患上了尿路结石，疼痛和血