田在赛场上的的表现也得到日本足协及联赛方面的赏识。2004年，本田被挑选为“日职联赛特别指定选手”，被安排到名古屋鲸鱼足球俱乐部接受训练，期间曾以高中生身份替球队在日本联赛杯中登场一场。2005年，本田高中毕业，几家联赛球队与其接洽。本田圭佑最早在大坂飞脚青训营接受训练，不过他当时的表现并没有得到球队的认可，因此他没能与球队签约。他最终选择了与名古屋鲸鱼签约。一年之后成为球队的主力中场。两个半赛季中他共为球队出场90次，打进11个进球。
芬洛.本田圭佑在名古屋鲸鱼度过三个赛季，