合氢离子的运动。将氢-2原子的电子移除得到的离子叫做氢-2离子；由于含有一个中子，氢-2离子不是质子。类似的结论对氢-3也成立。
质子核磁共振.在化学里，“质子核磁共振”指的是对于在分子（主要是有机分子）里的氢-1原子核做核磁共振观察。由于质子感受到的屏蔽效应或质子的自旋-自旋耦合，核磁共振谱会出现不同特征，这可以用来研究样品分子的结构。此方法的名称是指对于在化合物里的氢-1原子核（即质子）做核磁共振检试，并不意味着自由质子存在于该化合物。测量太阳风发现，多过95%的太阳风粒子