照申请的工法施工，因此最终受到行政院环境保护署勒令停工。对此，长生电厂协理江文国表示，由于发电厂工程进度严重落后，不得已才採取临时外海筑堤的措施，而当时长生电力公司认为这项工程是属于施工范围之内，因此未在施工前向环保署提出环评差异分析报告。长亿集团总裁杨天生也表示，两道临时防波堤将在管线舖设完成后拆除，但希望舖设管线受阻时能有行政机关介入协调。
营运.1999年6月26日，海湖发电厂举行发电机组点火仪式，邀请中华民国总统李登辉出席并亲自启动机组点火；海湖发电厂自此开始投入营运发电，