在成都招募新兵，创立四川陆军第四镇，赖心辉任第四镇炮兵标统。同年4月，刘存厚任第二师师长，赖心辉任第二师炮兵第二团营长。1916年1月，赖心辉随川军第二师在纳溪举行起义，参加护国战争，因功而升任第二师炮兵第二团团长。护国战争结朿后，入川护国军滇军总司令罗佩金、黔军总司令戴戡于同年7月分别担任四川督军、省长，从而和以刘存厚为代表的四川地方势力发生利益冲突，而且驻四川的滇军、黔军军纪坏。1917年4月，刘存厚通电反对罗佩金，赖心辉等几十位旅长、团长也通电控告罗佩金九大罪状，刘存厚同罗佩金在成都进行巷战，不久罗佩