学历史系有人向中宣部控告沈元出名是白专压倒红专，副部长周扬遂指示学部调查，以贬抑“沈元道路”。然而丁守和对《马克思主义与阶级分析方法》一文爱不忍弃，便只得建议沈元用笔名发表。即便如此，仍有联名信寄到毛泽东处，指责黎澍“吹捧右派”，直到毛泽东的秘书田家英向黎澍打招唿，而中宣部也指示“注意影响”，不让沈元再发文章为止。文革期间，沈元被多次批斗，未婚的夫人（亦是其表妹）也受到牵连，两人被赶出家门，无处藏身，连在杭州的姐姐也不敢接纳。1968年9月1日，沈元走投无路，以黑鞋油涂面扮装黑人欲进入某非洲国家