1923年，男生部首先迁至上海真如新落成的校舍，女生部仍留南京。同年9月，独立开设国立暨南商科大学。1927年南京女生部并入上海真如，改组为国立暨南大学。国立暨南大学是民国时期重要的国立大学，全校分大学部、中学部、南洋文化教育事业部。1927年6月，在赵正平和姜琦之后，郑洪年继任暨南校长。郑洪年力主将商科改为商学院，并在此基础上增加农学院、文哲学院、自然科学院、社会科学院和艺术院五门，将国立暨南大学建设为当时唯一的华侨大学。1932年一·二八事变后，暨南大学的师生因积极参加救亡图存的运动，引起了当时南京国民