击，李萌生辞意，卖掉燕京房屋产业，赈济贫苦，并将亲人遣回泉州，自己隐居真武庙，请求退休足足五年，连续上书120回，皇帝视若无睹，最后李廷机冒罪自行回籍。万历四十年（1612年），皇帝终于准许李廷机致仕。九月晋太子太保回籍，居四年卒，赠少保，谥文节。《明史》本传记其人“遇事有执，尤廉洁，然性刻深，亦颇偏愎，不谙大体。”，而执政“系阁籍六年，秉政止九月，无大过”“廷机辅政时，四川巡抚乔璧星锐欲讨镇雄安尧臣，与贵州守臣持议不决。廷机力主撤兵，其后卒无事，议者称之。”