前往西非的加蓬、法属刚果研究疟疾、非洲人类锥虫病以及糙皮病。1890年，卡尔梅特回到法国，在巴斯德研究院进修微生物学。1891年，受法国知名微生物学路易·巴斯德之托，卡尔梅特在法属印度支那的西贡建立了巴斯德研究所的分部。在西贡期间，卡尔梅特开始研究眼镜蛇的咬伤。1894年，卡尔梅特在巴黎研发出了最早的抗蛇毒血清，可治疗多种蛇类的咬伤。
研发卡介苗.1895年，卡尔梅特在法国里尔建立了巴斯德研究院的另一个分部。1897年，他在此遇到了助手卡米尔·介兰，二人此后一道研发对抗结核病的