渔船亦不受台湾法令拘束。至于北纬27度以北及日本先岛诸岛以南的台湾「暂定执法线」内，中华民国政府声称仍将继续维护台湾渔船现行作业环境，以保障台湾渔民合法权益。双方政府在协议内容列入「免责条款」，确认协议各项规定不损及双方原本各自主权及海域主张等相关国际法各项问题的立场与见解，确保台湾（中华民国）对钓鱼台列屿「主权在我、搁置争议、和平互惠、共同开发」的一贯坚定立场。时任中华民国外交部部长林永乐在记者会上説：协议适用海域扣除钓鱼台列屿12浬内海域，共七点四万平方公里（约为台湾面积的两倍大），「我国的渔民