忠贤党人崔呈秀贪秽而被罢官，再归故里。天启六年，魏忠贤命人伪造织造太监李实的奏本，诬告高攀龙、周起元、周顺昌、缪昌期、李应升、周宗建、黄尊素七人贪污白银十余万两，高从容不迫，先去拜谒宋儒杨中立庙宇，而后跳水自沈而死，其自尽之处即为今“高子止水”。崇祯初平反，赠太子少保、兵部尚书，谥忠宪。侄孙高愈。亲家为同在东林书院讲学的东林党人安希范。高攀龙之女嫁予安希范之长子安广居。
思想.嘉靖、万历年间，海内学者遵从王守仁，高攀龙不以为然，其与顾宪成同在东林书院讲学，以静为主。