涉工程总造价增至971.63亿元，每公里沙中线造价逾57亿元，较广深港高铁每公里造价33亿元贵72%，成为香港铁路史上造价最贵的工程，堪称「千亿铁路」。事实上，若按每公里成本计算，沙中线建筑费为全球铁路工程第二贵，平均每公里造价达59亿港元，比德国、荷兰、韩国、台湾等地的高铁项目都要昂贵。
公众质疑效益并涉及利益输送.过去，两铁合併前的地铁公司在有限工程拨款亦能按计划完工通车。但兴建沙中线多年，港铁已多次以工程遇上复杂地质和地底管线状况为由要求追加拨款，有议员质疑港铁未有做好勘