60年4月1日，随着中央人民政府高等教育部与中央人民政府教育部的合併，高等教育出版社与人民教育出版社合併为人民教育出版社。1965年1月1日，随着中华人民共和国高等教育部与中华人民共和国教育部分立，高等教育出版社与人民教育出版社分立。1966年5月，文化大革命全面爆发，高等教育出版社被迫停止编辑、出版业务。1972年1月，中华人民共和国教育部与人民教育出版社一起被撤销。1972年8月7日，在周恩来的关心下，高等教育出版社与人民教育出版社合併重建。1983年3月9日，中华人民共和国文化部函复中华人民共和国教育