为长程运输与短程通勤并重，并着手提升东部干线的运能。在捷运化方面，台铁增设多个通勤车站来缩短站距，以便民众利用就近车站：八堵和基隆之间增设的三坑车站于2005年5月9日启用，七堵和五堵车站之间增设的百福车站于2007年5月8日启用，汐止和南港之间增设的汐科车站于2007年12月30日启用，板桥和树林车站间增设的浮洲车站也于2011年9月2日完工启用。在2005年1月10日的改点中平快车车种不再出现于纵贯线北段，全面被通勤电联车和复兴号取代。北回线改良大部分工程于2003年6月底完工，并于7月4日在花莲举