31年九一八事变发生后，他发起成立北平文化界救国会和华北民众救国联合会，并任主席。1935年华北事变发生后，他拥护中国共产党提出的建立抗日民族统一战线的主张，倡设北平文化界抗日救国会，并任主席。1936年秋，他受王昆仑之请，到四川游说刘湘逼蒋介石抗日。西安事变爆发后，他再次到四川游说刘湘避免内战。1937年七七事变爆发后，他到上海，更名“邹华孙”，专心着述。其间，他虽然生活穷困，但仍拒绝了陈公博以其学生的名义派人所送的钱粮，并拒绝了陈公博提出的出山任职的请求。1945年抗日战争胜利后，马叙伦投身爱国民主