庄站，而为了要和增加配置的E3系1000番台列车外部涂装一致，所有400系列车的外部涂装则依次改造为上部银色、下部深灰色为底，中间加上一条绿色线，标志和客舱装饰也被改造。
电源、制动装置.电源为交流50Hz、25,000V（新干线）和交流50Hz、20,000V（在来线）的双方面电源对应。动力及制动方式与200系大体上皆采用了同样的硅控制闸流体相位整流器，及发电制动并用电气指令式制动，且装备了于在来线奥羽本线板谷岭陡坡区间行车的抑速制动装置。到目前为止，装载直流电动机的新干