、Loop和其他一些不常见的二级结构元素（如3螺旋等）。除了有规则的二级结构以外，主链骨架的其他部分就被称为无规则卷曲。
三级结构.蛋白质二级结构元素通常被折叠为一个紧密形态，元素之间以各种类型的环(loop)和转角相连。蛋白质三级结构的形成驱动力通常是疏水残基的包埋，但其他相互作用，如氢键、离子键和二硫键等同样也可以稳定三级结构。蛋白质三级结构包括所有的非共价相互作用（不包括二级结构），并定义了蛋白质的整体折叠，对于蛋白质功能来说是至关重要的。
四级结构.