织田信长的势力扩大至播磨后，向织田氏臣从。不过在天正6年（1578年），从织田方之下离反，投向与织田氏敌对的毛利氏，此后死守城池，天正8年（1580年），御着城被攻陷，于是与父亲政职一同离开御着，经由英贺，投靠毛利氏或身处毛利氏之下的将军足利义昭，逃向备后国鞆之浦。父亲政职在天正12年（1584年）死去（『播磨御着郡志』。『黑田家谱』则记载是天正10年（1582年））。此时，因为旧臣黑田孝高仲介而被允许返回播磨，并居住在饰磨津。九州征伐后，黑田长政被赐予丰前国中津12万石，此时因为孝高邀请而移到中津，有