4县、延平府7县、汀州府8县、漳州府10县、福宁州（1473年起）2县。明洪武三年（1370年）以后，政府实行海禁政策，福建正常的海上贸易受阻，民间走私贸易发达，走私的中心是漳州龙海的月港。较大规模的有组织的海外移民也从明朝开始产生，移民目的地包括了台湾、东南亚、琉球和日本。正统十三年（1448年）二月，邓茂七在沙县发动农民起义，，连破二十余县，“控制八闽”，次年被平定。嘉靖年间（1522年－1566年），倭寇（日本海盗）活动渐盛，福建沿海受害严重。1557年和1558年，省府福州曾两次被倭寇攻