马达加斯加河马的化石纪录很丰富。当中最少有7头河马骨头上明显有被屠宰的痕迹，这显示牠们生存至人类到达马达加斯加的时期。由于有被屠宰的证据，相信牠们的灭绝亦与人类有关。虽然发现了大量的化石，但马达加斯加河马却没有被好好的研究，这可能是因学者对大型动物（如巨狐猴及象鸟）更有兴趣。
物种.一般接受马达加斯加河马有三个物种。牠们如何及何时进入马达加斯加都不得而知。有指由于河马是半水中生活，故有可能牠们横渡了阔400公里的海崃而到达马达加斯加。另亦有指牠们是岛上唯一的有蹄类，故有可能是一直在