唐僖宗病危时，复恭趁命右神策护军中尉刘季述迎立拥立寿王李杰即帝位，是为昭宗，有功，专典禁兵，擅权跋扈。杨复恭暗中与河东节度使李克用勾结，反对唐昭宗讨伐李克用，并从中作梗，最终朝廷军大败于河东军。杨复恭的养子杨守贞被任为龙剑节度使，杨守忠被任为武定军节度使，都不纳贡，上表诋毁诽谤朝廷。昭宗想让舅舅王瓌为节度使，杨复恭不肯，王瓌就骂他，杨复恭同意任王瓌为黔南节度使，但王瓌行经杨复恭养堂侄山南西道节度使杨守亮地界时，被杨复恭指使杨守亮谋害。大顺二年（891年）八月，杨复恭被迫以上将军致仕。大顺二年