除了大学外，很多高中亦设有与如来宗相关的学生社团。2017年2月上旬，妙禅决定大破大立如来宗在大专院校的「大学团」和「如来实证社」。
争议.
财务争议.如来宗的宣传曾被《台湾苹果日报》未查证批评误解为「直销式收信徒」。加入如来宗的信徒需要缴交入会费新台币300元，信徒则每月自发性去银行缴交「护持金」2,000元；虽然如来宗明确告知「随喜」（自由捐献），但也引发了争议误解。一名退转前信徒披露，如来宗信徒每月自发性去银行缴交新台币2,000元，而每场法会信徒也