逝世于北京，康熙追赠工部右侍郎，谥为勤敏，与利玛窦、汤若望埋在同一个墓园，现在位于阜成门外的滕公栅栏马尾沟教堂。《清史稿》有传。
“小南怀仁”.历史上还有一位整整比南怀仁晚出生200年的另一位着名的比利时来华传教士，就是圣母圣心会的创始人南怀义，又称“小南怀仁”。1865年亲自率首批4名传教士到达内蒙古，1868年感染斑疹伤寒病故。