冷遇，1942年（民国31年）他被罢免鲁西行署主任职务。怀抱不满的孙良诚乃投靠南京的汪精卫政权。以后，他历任汪精卫政府的第2方面军总司令、开封绥靖公署主任、苏北绥靖公署主任。
二次国共内战.抗日战争结束后，孙良诚重归蒋介石的国民政府，被任命为国民革命军新编第二路军总指挥。1946年2月编为暂编第5纵队，辖第10、第11总队。率部参加第二次国共内战。1947年改编为暂编第二十五师，辖第十二、十三两个旅。驻守泗阳、宿迁、睢宁。一九四八年十一月改编为第一O七军,辖第二六O、二六一两个师