995年，蔡明亮受邀担任第45届柏林影展评审。
1999-2009.2000年，蔡明亮联合李康生与其他独立电影工作者成立了「汯呄霖电影」，开始自行制作与行销电影，而除了制作电影之外，尚有纪录片和广告影片等业务。2001年，《你那边几点》获选为第54届坎城影展正式竞赛片，在这部片里他首度将部份场景设在巴黎，并与法国演员尚-皮耶·李奥合作。2002年以纪录短片《与神对话》描绘台湾庙会文化，获邀参加法国马赛纪录片影展。2002年，蔡明亮租下即将关门的永和福和戏院，隔年他完成在戏院里面