成大矿冶系，母亲为桃园县（现桃园市）人，为党外运动支持者。郑运鹏为家中次子，其兄郑运鸿。郑运鹏毕业于国立台湾大学土木系。在大学期间，开始投入政治。大三时，参与台北市长选举，为民进党候选人陈水扁助选，曾参与都市计画白皮书的撰写。服役完成退伍后，在立委沈富雄的国会办公室任助理。在谢长廷参选高雄市长时，担任其助理，为其助选。谢长廷当选高雄市长后，任职于高雄市政府工务局。2000年，在谢长廷担任民进党党主席时，开始任职民进党中央党部，担任民进党文宣部主任。2004年，在台北市北区当选立委。2008年，台