:边境管制.为首要防止疫情进入台湾最重要的防线，2009年4月29日至5月18日起针对重点航班进行登机检疫。5月19日起改採异常通报登机检疫。
多元化监视系统.4月27日依传染病防治法第3条，公告H1N1新型流感为第一类法定传染病。世界卫生组织于6月11日将此次流行定义为「温和」大流行，中央流行疫情指挥中心亦随之于6月19日公告将H1N1新型流感自第一类法定传染病中移除，并规范如有感染H1N1新型流感病毒且併发重症者，依现行第四类法定传染病流感併发重症相关防治措施规定办理。为即