这也是两国关系在数十年间起起伏伏的主要原因。波兰于1999年加入北约，2004年加入欧盟，完全脱离了俄罗斯的势力范围。与此同时，波兰积极发展和后苏联国家的关系。例如，波兰是第一个承认乌克兰独立的国家，并且在2004年橙色革命明确地表达对反对派候选人维克多·尤申科的支持。波兰－俄罗斯关系一度陷入低潮。此外，两国关系也经常因爲对苏联时期一些历史事件的争执而恶化。例如，波兰一直要求俄罗斯爲1939年苏联入侵波兰以及1940年发生的卡廷惨案等事件道歉。对于卡廷惨案，波兰朝野大多数都认为是苏联对波兰的种族灭绝，但是俄