测由1865年1月1日已经开始，隶属于"Observatorio Meteorológico del Ateneo Municipal de Manila"，并由耶稣会神父运行管理（耶稣会在"Francisco Colina"开始气象观测），现称作马尼拉雅典耀大学的马尼拉气象局。1884年4月28日，阿方索十二世颁布了一项法令认可气象局为菲律宾的西班牙殖民政府的官方机构。在20世纪初，气象观测从罗马天主教会转移到美国殖民政府。在1901年5月22日，由菲律宾委员会提出的法案中，菲律宾气象局根据第131号