同日零时从深圳进驻香港，接替驻港英军，履行防务职责。董建华就任香港首任行政长官。主权移交后不久，亚洲金融风暴爆发。在时任财政司曾荫权和时任金融管理局局长任志刚带领下，利用港府储备入市抵抗大鳄冲击香港金融市场，成功挽救香港股市。2003年春季，非典型肺炎爆发。是次疫症中，香港有1,755人感染SARS，共有299人死亡，为死亡率最高的地区。直接经济损失超过38亿港元，失业率上升至8.7%的历史新高。同年年中，香港政府就香港基本法第二十三条国家安全立法时，在极强反对声音中依然因功能界别选举制度而接近通过