福淳逃往嘉定，阮福昇与之失散，被西山军抓获。当时西山军统领阮真想把女儿嫁给他，就极力维护了阮福昇的安全，使其免于拘禁，只是软禁在住处。景兴五十四年（1793年），阮福昇在江边钓鱼时发现江中漂着一具男尸，于是给男尸换上自己的衣服，以此诈死逃亡。他听说侄子阮福映正率军进攻归仁城，于是和侄子阮福廉租船渡海前往阮福映军营。阮福映为了欢迎叔父回来，下令开宴庆祝，并加封阮福昇为国叔掌奇郡公，礼遇优厚。景兴六十二年（1801年），阮福昇离开嘉定，前往阮福映军营，跟随阮福映收复富春。阮福映外出征战的时候，阮福昇负责留守京城