P重组为融合蛋白质，阻止目的蛋白的聚集（MBP增加溶解度的机理目前还不清楚）。接下来，MBP本身可以作为亲和层析的，用于融合蛋白的纯化（MBP融合蛋白可结合在直链淀粉柱上，而其它蛋白流穿出来，再用麦芽糖将融合蛋白洗脱下来）。在之后可将纯化后的融合蛋白用蛋白酶切割，得到目的蛋白与MBP两个片段。最后用将目的蛋白与MBP分离开来。