他被以颠覆国家政权罪审讯，指他与高洪明协助徐文立成立「中国民主党北京、天津党部」，意图推翻中国共产党政权；1998年8月2日，查建国被判刑9年（1999年6月29日－2008年6月28日）、剥夺政治权利2年。2012年以来，查建国发表一些声明，声援朱虞夫等。查建国发表一系列时政散论，但颇委婉。在李旺阳亡故风波中，北京异议人士多未表态。
家庭.父亲查汝强，于1940年15岁时参加新四军，同年加入中国共产党，后成为哲学教授。异母妹妹査建英。