郡，直到1582年才由当时的城主和伊势国司北畠信雄议定以为界，将以西的这片区域归入纪伊国牟娄郡。江户时代后成为纪州德川家纪州藩领地；19世纪末明治维新实施废藩置县后一度隶属和歌山县，1872年的第一次府县整併后，将原属牟娄郡位于熊野川已被的区域划入度会县，1876年第二次府县整併后再被併入三重县。1879年实施时，正式从牟娄郡分出设置近代的行政区划「北牟娄郡」，并在尾鹫南浦（位于现在的尾鹫市）设置郡役所。