主教区下设四个总教区和数个教区。可是于1187年，埃及穆斯林阿尤布王朝苏丹萨拉丁又重新佔领了耶路撒冷，宗主教教座搬到阿卡。1291年，教座迁往塞浦路斯。1295年，耶路撒冷宗主教区被降为领衔教区，教座改设在罗马城外圣老楞佐圣殿。1342年，时任教宗克勉六世正式承认方济各会会士为圣地保管人。1847年7月23日，教宗庇护九世将教座迁回耶路撒冷及恢复宗主教区。
现况.现在耶路撒冷宗主教由耶路撒冷总主教兼任。宗主教管辖区域包括巴勒斯坦、以色列、约旦及塞浦路斯四国教务。2011