之台湾建省后，于1886年建立的台湾澎湖地区最高军事单位，其主官为澎湖镇总兵官（或称澎湖镇总兵、澎湖水师镇总兵）。澎湖镇的建立与中法战争中，俗称西仔反的台湾相关战事有极大关系。因为在此战役末期中，法国将领孤拔轻易攻佔澎湖。前身为澎湖水师协；为了加强台湾海崃兵力而升格的澎湖水师镇，约共配置有步兵12营，砲兵2营，海军1营，兵力大约在四千名至五千名上下，1887年兴建完竣的镇衙门则设于马公城内。而1886年起，至1895年5月乙未战争爆发；日本广岛混成支队攻下澎湖为止，澎湖总兵共历任了吴宏洛、王芝生、张其光