治时代调查并记载小兰屿为白腹鲣鸟的生殖地之一，但在经过这数十年期间，这些白色的大鸟可能早已销声匿迹，目前记录仅有两栖爬虫类曾经作过局部调查，沿岸潮间带及亚潮带之海岸生物，更是没有文献记录。
小兰屿蝴蝶兰.小兰屿蝴蝶兰，又称为桃红蝴蝶兰，在台湾地区只产在小兰屿，1934年首次命名为小兰屿蝴蝶兰，2010年认定其与菲律宾常见之桃红蝴蝶兰为同一物种。数量稀少，在台湾属于严重濒临绝灭的物种。
仙女虾.2010年，屏东海生馆助理研究员朱育民团队在小兰屿岛上火山口低洼