马地峡的形成对全球气候有着重大影响，温暖的赤道洋流就此被切断，来自极地的寒冷洋流进一步降低了被封闭的大西洋的温度。中美洲在上新世完全形成，使得南、北美洲原有的动物能够离开原来的栖息地向新的地区迁移。欧亚大陆和非洲大陆的板块碰撞创造了地中海，封闭了残余的特提斯洋。在更新世，各现代大陆基本上已经移动到其目前所在位置，这些大陆所在的板块在这一段时期可能移动了多达100公里的距离。
气候.上新世时代的气候较冻土层鹅卵石出现。中纬度地区的冰川可能于上新世的末期开始形成。上新世时期的全球变冷可