协定》只针对苏联撤军，没有对阿富汗的前途作出安排，因此各派系的混战持续。总理希克马蒂亚尔安排亲信进入内阁，使与拉巴尼之间的关系恶化。内战的不断使塔利班有机可乘，至1996年9月27日喀布尔被塔利班攻陷，拉巴尼政权被推翻，他和马苏德将军退到北部地区，组成北方联盟展开反抗活动。
塔利班时期.塔利班夺权后，使原本不少敌对的派系有了共同敌人，联合起来组成北方联盟。北方联盟控制阿富汗北部约10%领土，一直与塔利班交战，发生为数不少的大规模战役。塔利班统治下的阿富汗，无论在各方面都毫无建树，甚