曾有一个石碑刻有“琼花水埗”四字，是明朝万历年立的。可以推断，该馆成立于明万历年间或万历以前。当时艺人均要习武，所以势力很大。在佛山祖庙纪念室内，还有一个铜香炉，铸有“琼馆”两字。广州文化公园旁也有一条“琼花直街”，是由原琼花会馆的庙宇产业等开拆而成的。石湾有琼馆界石碑，碑文有“龙马”两字，代表当时的两派。咸丰四年（1854年），因粤剧艺人李文茂将粤剧艺人组织起来参加太平天国运动，株连整个粤剧界，琼花会馆被清政府夷为平地，许多粤剧艺人被杀，幸免遇难的有远走南洋，有的则逃到广州西关的黄沙。那时黄沙非常荒凉