应付更为危险的威胁，那就是正在进行第三次西征的蒙古人。蒙古帝国的军队在1242年攻佔埃尔祖鲁姆。1243年，凯霍斯鲁二世在克塞山战役（克塞山位于钖瓦斯与埃尔津詹之间）大败于蒙古大将拜住。此后，塞尔柱突厥人只得顺从蒙古人，并逐渐沦为蒙古人日后在波斯建立的伊儿汗国的附庸。凯霍斯鲁二世兵败后逃到安塔利亚，在1246年逝世。凯霍斯鲁二世之死导致了国家分裂，国土被凯霍斯鲁二世的三名儿子瓜分。长子凯考斯二世取得克泽尔河以西地区的统治权。他的弟弟基利杰阿尔斯兰四世及凯库巴德二世在蒙古人的监督下统治克泽尔河以东的区域