1921年7月4日，林文庆接受陈嘉庚先生邀请继任厦门大学校长。自1921年秋季起，师范学部改为教育学部，并增设文、理两学部，全校共设文、理、商、教育四个学部。1922年2月，私立厦门大学董事会正式成立，陈嘉庚为永久董事，陈敬贤（陈嘉庚胞弟）为董事，林文庆为当然董事。1922年7月，学校增设工学、新闻两学部，同时在厦门、福州、上海、北京、广州、新加坡、马尼拉等七处招收新生152人，其中女生2人，是为厦大男女同校之始。1923年冬，因厦门大学教师教学质量不好，学生要求教学改革，学校当局处理不当，殴打