士京携带自己的治国策略浪迹天下，但没有遇到知音和赏识他的人。陈士京浪游天下，回到家乡之时，明王朝已经风雨飘摇大厦将倾，他郁郁寡欢，足不出户。陈士京曾与张煌言、徐孚远、卢若腾、沈佺期、曹从龙六人一同组成“海外几社”，诗词唱和。后来得到南明首辅大臣熊汝霖的赏识荐授，授予郎中的职位。与都督（《鄞县志》里作总兵）陈谦一同被派遣到闽中。陈谦命陈士京为军队的监军。后来不久陈谦被杀，陈士京只好乘船逃逸到海上。郑芝龙久仰陈士京大名，命令其子郑成功与陈士京结交。郑芝龙打算投降清朝，郑成功不听从，陈士京称赞郑成功。