建筑主体分为墓园和清真寺两大部分。拱门上的门额题写了「西域普哈丁先贤之墓」的石刻字样，进门后的右方是清真寺部分，而朝东拾级而上则可到达墓园部分。石阶两旁的石栏上有雕有狮子戏球、鲤跃龙门等浮雕图案。
墓园.墓园坐东朝西，揉合了中国传统建筑、扬州建筑和伊斯兰建筑的风格，同时具有伊斯兰教宗教气氛、以具中国地方建筑特色，佈局为庭院式，多採用砖木结构。墓园门额有「天方矩矱」的字样（意指墓园与麦加天房近在咫尺）。普哈丁墓窑呈方形，每边阔5.9米，四面设有拱门，窑内有砖拱弯顶，窑的四角採用叠