包尔火山爆发等因素影响，而令新畿内亚航空经营状况出现困难，并出现亏损。有见及此，政府向新畿内亚航空採取精简人手、调整薪酬及在亚洲和欧洲设立办事处，以确保公司能继续经营，最终在2003年转亏为盈，该年共录得1580万美元的纯利。2002年8月，引入波音767客机取代A310，以扩张国际航线服务，更令其机票价格更具竞争力。随着经济复甦，国际货币基金组织、澳洲政府等纷纷向巴布亚新畿内亚政府施压，要求把新畿内亚航空私营化。但巴布亚新畿内亚政府却指出，私营化反而会对国内航线构成不利影响，同时盈利也会减少。