邪.太元十七年十一月庚寅日（392年12月27日）受封为琅邪王，后又拜中军将军、散骑常侍。隆安二年（398年）转衞将军、开府仪同三司。隆安三年（399年）迁侍中，领司徒、录尚书六条事。元兴元年（402年），桓玄击败司马道子父子，掌握朝政，改以司马德文为太宰。
桓玄篡逆.元兴二年十二月壬辰日（404年1月1日），桓玄篡位称帝，贬晋安帝为平固王，司马德文亦因而降封「石阳县公」。不久桓玄迁安帝至寻阳（今江西九江市），司马德文亦跟随。元兴三年（404年），刘裕起兵讨伐桓玄，桓玄兵败逃到寻