为五奉行的城主长束正家捉至伏见城下，甲贺众因而作为内应放火烧城。
江户时代.在1601年，德川家康下令重建，于1603年，家康创立幕府，在这里进行仪式，伏见城也是德川家康的最前线，主要是监视丰臣秀赖的行动。但是在大坂之阵以后，大坂城取其为之，重要性大减。终于在1626年，德川家光下令废城。其材料，则为其他城堡和寺院增建，废城后，原城址成为了梅花田。伏见城天守于1964年在别郭重建。在2003年1月，该区打算建成一个主题公园，但是在民众反对下而取消。