集》作序而牵连入狱，在狱中两年，坚持着作，着成《礼记析疑》和《丧礼或问》。经李光地营救，才免于难。康熙五十二年，康熙以“方苞学问，天下莫不闻”，命方苞以白衣平民身分入值南书房，成为清圣祖、清世宗、清高宗三朝皇帝的智囊，雍正九年（1731年）解除旗籍，授詹事府左春坊左中允，雍正十一年，升内阁学士，任礼部侍郎，充《大清一统志》总裁。干隆元年（1736年），入南书房，充《三礼书》副总裁。方苞好结党营私，徇私推荐魏廷珍，“时论訾之”。因与河道总督高斌交恶，被披露一些请托秘辛，“疏发苞请托书，上稍不直苞”。干隆四