修《南瀛文献》，以及从事写作，不再追求政治权力。1952年11月，台南县文献委员会成立，吴新荣担任监委兼编纂组组长，主编《南瀛文献》季刊12卷18册（1952-1966），主修《台南县志稿》13卷（1955-1965）、《金唐殿善行寺沿革志》、《南鲲鯓代天府沿革志》等书。吴新荣将自己的单篇文章编辑成《南台湾採风录》、《震瀛採访录》。1954年10月，吴新荣又受到被指为共产党的李鹿案牵连再度被捕，系狱4个月又2日，1955年2月获释。4月接县政府之复职令，到文献会报到办公，然而此时吴新荣仍受警察骚扰，