府担任政务司司长。任内，不断有传闻指她与上司行政长官董建华不和。至2001年，她以私人理由提早退休，结束近39年公职生涯。后来她表示，提早退休的原因是不满董建华急于实施高官问责制。退休后，陈方安生仍然活跃于香港政坛，先后在2006年和2007年参与七一游行外，更有传她会角逐2007年特首选举。2007年9月11日，她宣布参选立法会港岛选区补选，成为香港历来首位参与立法会选举的前布政司；最后她击败主要亲共对手叶刘淑仪当选，后于2008年9月30日卸任，并不竞逐连任。2020年，由于其女儿突然逝世，陈方