出生望族，系北宋梅花易数大师邵康节第三十二世嫡孙。出生于大清浙江省宁波府镇海县（今宁波市镇海区）庄市（今庄市街道）朱家桥老邵村（今邵家村）。早年因父亲得病不治早逝，家道随中落，只能弃学从商养家。曾赴浙江湖州药房学习中医，1880年于乌镇药肆习业。第二次鸦片战争之后，宁波五口通商，带来西方商机，邵玉轩早年也曾在宁波经营百货和进出口业务。19世纪末，只身一人赴上海经商，曾从业于上海万隆顺颜料号。几年后，成为万丰盛福记经理。1901年，在上海创设“锦泰昌”颜料号，不久后成为颜料业的翘楚之一，与周宗良齐名。