况就变了。市内约3000人的犹太人社群几乎全部被运走屠杀。第二次世界大战初美因茨没有受损。1942年城市第一次遭严重的空袭。最严重的空袭是1945年2月27日，城市几乎被完全摧毁。但战争结束时城市80%被毁。战后美因茨又被法国占领。莱茵河成为法占区和美占区的边界，莱茵河东岸本来属美因茨的市区因此被交付由威斯巴登代管。黑森州和莱茵兰-普法尔茨最终使得这个割离成为定论。1946年美因茨大学重新建立（第一个大学于1798年被关闭）。美因茨成为新成立的莱茵兰-普法尔茨的首府。1962年美因茨正式庆祝建城2000