重庆，暂时存放在四川禁菸局仓库，接着又不断更换位置；1939年春再迁往宜宾，9月中旬抵达乐山安谷乡，由欧阳道达出任乐山办事处主任，因条件恶劣，部分文物常遭白蚁和仓库渗漏危害。1939年6月，国立中央博物院筹备处部分贮放重庆的143箱文物也先后3批分别转往昆明和乐山；隔年8月再分别迁到贵州安顺和四川南溪李庄镇，与中央研究院历史语言研究所合署办公。北路7,285箱文物，由马彦祥、那志良、吴玉璋、梁廷炜和曾湛瑶等人分3批设法在大屠杀5天前押离南京，沿津浦铁路至徐州，转陇海铁路经西安运至宝鸡关帝庙和城隍庙暂存，