就像一个塑胶袋一样，装着满满的液状、胶体状的细胞质，可粗略分为细胞质基质和细胞器。细胞质含有维持生命现象所需要的基本物质，例如醣类、脂质、蛋白质、与蛋白质合成有关的核糖核酸，因此也是整个细胞运作的主要场所，透过细胞膜外接收的讯息、细胞内部的物质，共同调节基因的表现，影响生理活动。另外，细胞质内部也有多种网状构造，称为细胞骨架（Cytoskeleton），可以协助维持细胞形状，也能引导内部物质的移动，一些细胞骨架会于细胞分裂时，形成可以透过染色而观察的纺锤丝，有一些骨架更能帮助细胞运动。