后的历代室町幕府将军小规模的重建了花之御所的部分建筑，但已无法重建至原先的规模，幕府将军亦再无固定的居住地。十三代将军足利义辉于1559年在守护大名斯波氏位于京都二条的宅邸旧址上建设二条御所，此后将军便居住于二条御所，1565年，畿内霸主三好氏家臣松永久秀联合三好三人众围攻二条御所弒杀足利义辉，二条御所被焚毁，史称永禄之变。末代将军足利义昭被织田信长拥立进入京都，名正言顺的继任将军，于京都暂居相国寺，后来织田信长于二条御所旧址上为足利义昭修筑二条城，是一座京都的城中之城，甚为牢固，后来足利义昭与织田信长