牡丹社事件发生后，清廷改採开山抚番、增设府县的政策。隔年（光绪元年），淡新分治，九芎林地区改隶新成立的新竹县。光绪二十一年（1895年），台湾割让予日本，时为日明治二十八年。日治初期，台湾行政区划异动频繁，九芎林地区初隶台北县，一度拆分台北县而改隶新竹县，不久新竹县又被合併而仍隶台北县。直至明治三十四年（1901年）实行二十厅制，九芎林地区改隶新竹厅树杞林支厅，名「九芎林区」，行政区划才算稳定下来。大正九年（1920年），废除厅、支厅、区，改设州、郡、街庄，并修改部分地名。九芎林区加上新竹厅