其后流寇高迎祥等攻入河南，唐王朱聿键率兵勤王，勤王军即将抵达开封府时，诸位省、府大吏甚为惶恐不安，聚集会议说：「留之，不听。行，守土者且得罪。」申佳胤主张：「惟周王可留之。」众人称善，于是用申佳胤之计。崇祯十年（1637年），因政绩卓异，擢吏部文选司主事。上疏防备边患之五项策略。崇祯十三年（1640年），升吏部考功司员外郎。佐理京察。因大学士薛国观倾轧少詹事文安之，文安之因是崇祯辛未科会试主考官，申佳胤奉之为师，故受牵连，又因举劾公正之事忤逆温体仁，贬官出为南京国子监博士。后升迁大理寺评事。再升