5年版第二代灵活式校舍，则在兴建时在主楼或特别室翼增加一层，加设电脑室、额外课室及教员室等设施，即变相改用1998年版设计。直到2000年代上旬，多所不设特别室翼的小学版本第一代的灵活式校舍，亦陆续在雨天操场上方加建新翼。（如：李志达纪念学校、圣公会何泽芸小学及励志会梁李秀娱纪念小学等）
淘汰.随着学校设施标准不断提高，加上教育科技的应用，政府在1997年尾再颁佈了千禧校舍设计，而设计更为美观，并考虑了中、小学不同的需要。最后一批灵活式校舍已于1999年进行分配，其后兴建的均是