市市长暨市议员选举中，彭明敏支持新国家连线提名之立法委员候选人与台北市议员候选人。
出任总统府资政.2000年5月，彭明敏出任总统府资政。
2008年以后.2008年10月8日，与63年前救他的陈新赐在美浓重逢。2011年4月9日，民进党举办2012年总统大选党内初选首场政见发表会，彭明敏是苏贞昌邀请的贵宾之一。2011年10月25日，台湾二二八关怀总会、台湾戒严时期政治受难者关怀协会、五十年代白色恐怖平反促进会与台北市高龄政治受难者协会共同成立「