翰二世的阴谋，当时约翰二世正离开君士坦丁堡与塞尔柱突厥和罗姆苏丹国作战。阴谋败露之后，伊萨克与两个儿子设法逃离君士坦丁堡，到达尼什曼德王朝统治者（1104年－1134年在位）位于马拉蒂亚的宫廷寻求庇护。伊萨克过了六年的流亡生活，期间他辗转小亚细亚和黎凡特各地的宫廷，无论统治者是基督徒还是穆斯林，他都试图与他们建立联盟，对抗自己的哥哥。关于他在这一时期的生涯的主要资料是尼基塔斯·霍尼亚提斯、宫廷诗人以及叙利亚的米海尔的记载。离开马拉蒂亚后，伊萨克又到了特拉布宗，当地的总督本是拜占庭帝国的官员，自1126年