当年夏回国后，重新改定《訄书》（即《訄书重订本》，1906年于东京出版铅印本，改用此前邹容的题签），并有撰写《中国通史》的计划，与梁启超同为现代中国“新史学”的奠定者。此期间，参加上海爱国学社。1903年，发表《驳康有为论革命书》，指斥清帝，又为邹容《革命军》作序鼓吹，遂发生震惊中外之“苏报案”，乃与清廷两曹对质，被上海公共租界当局判刑，入狱三年。1906年赴日本参加同盟会，继任《民报》主笔，主持《民报》与《新民丛报》的论战。此期间，章太炎主张“以国粹激励种性”，“以宗教发起热情”，其《民报》上的文字，乃是