子岛过去在7世纪时，受到了大和朝廷的影响，设置了多祢国司（岛司）。到了中世纪时，被纳入岛津庄，成为岛津庄的属地。14世纪管理种子岛的岛津家家臣种子岛氏成为领主；直到16世纪末，第16代岛主种子岛久时因故被移封，成为岛津家的直属领。1889年后，岛上实施町村制，设立了北种子村、中种子村和南种子村，在多次改制后，成为现在的岛上三个行政区。种子岛在历史上以葡萄牙人于西元1543年曾经来到岛上并传入铁砲（火绳枪）而最为知名，也是日本国历史上开始制作火绳枪的场所，故其称和制的火绳枪为「种子岛铳」。Secti