运行系统在此站为界，向南北分割。向新津一方为单线铁路，秋田至间岛之间为双线铁路。此站是位于新潟近郊区间，同时为IC卡「Suica」新潟区域中最北车站。
历史.
车站西边与专用线.在车站西边设有以山形县酒田市为总部，混凝土建筑材料制造商前田制管村上工厂。该工厂在2001年（平成13年）12月停止运作并撤走，使成为空置地方。在2003年（平成15年）10月，由市内建设业、房地产业等组成的企业团体「村上站西开发」成立。在翌年2004年（平成16年）8月，取