941至1942年的战斗期间基本未受损伤，成为大日本帝国海军除本土外最重要的基地。当地许多平民也像英国统治时期一样应聘进入基地工作，只是日本海军的管理纪律非常严厉，犯下小失误就会招致殴打，盗窃及泄密还会被关进监狱甚至处死。1944年2至4月，日本第二和第三舰队从中太平洋转移到新加坡及附近的林加群岛，大幅缩短补充燃油的距离。作为此时大日本帝国海军的主体，两大舰队已经包含该国剩下的绝大多数战舰和航空母舰。负责防御新加坡的武力不强。1945年初，日本在新加坡的空防力量仅有两个配备机炮的陆军中队、部分海军防空部