县划入南京辖区，南京市辖域基本达到目前规模。2000年，江宁撤县改区。2002年，江浦县与浦口区、六合县与大厂区分别合并为浦口区和六合区。2013年，秦淮区与白下区、鼓楼区与下关区分别合并为新的秦淮区和鼓楼区，溧水、高淳撤县改区。南京市现辖玄武区、鼓楼区、秦淮区、建邺区、雨花台区、栖霞区、江宁区、浦口区、六合区、溧水区和高淳区11个市辖区，其中玄武、鼓楼、秦淮、建邺、栖霞和雨花台六区被称为主城区。2019年1月，南京共有100个街镇，其中街道94个、乡镇6个。六个主城区以及浦口区和江宁区全部由街道办事处