南京市第二医院又名江苏省传染病医院、东南大学附属第二医院，为三级甲等传染病专科医院，位于江苏省南京市钟阜路1-1号。1996年由原南京市传染病医院与原南京市钟阜医院合并组建。
汤山院区.2013年6月，南京市政府投资6亿元人民币建设南京市公共卫生医疗中心，该中心同时挂牌南京市第二医院汤山院区及江苏省传染病医院，由南京市第二医院管理。该院区位于汤山街道康复路1号，占地480亩，2015年底建成并投入使用。原钟阜院区的结核病门诊、艾滋病门诊以及急慢性传染病门诊、唿吸道传染病门诊均转移至汤