摩藩控制琉球后，琉球使者王舅毛凤仪、长史金应魁赴明朝报告兵警，明朝因此禁止琉球入贡。日本无法从中得到好处，于是德川幕府下令萨摩不得併吞琉球。萨摩只好将琉球国王释还，但在那霸设置在番奉行一职控制王府行政。1636年至1712年期间，萨摩藩规定：琉球国王致萨摩藩藩主的书信中，只能称「琉球国司」而不能称「琉球国中山王」，琉球被迫从命。自从琉球变为萨摩藩的附庸国以后，琉球官员有时候利用萨摩藩的在番奉行所进行政治斗争。在1667年的北谷惠祖事件、1734年的平敷屋友寄事件和1858年牧志恩河事件中，都有在番奉行所