虽然处于财政困难，十二代藩主松平胜喜还是在1854年修复了于1784年因落雷而烧毁的松山城天守。幕末时由于身为亲藩大名而为幕府方，在长州征伐时担任先锋，也因此陷入严重财政困难。十四代藩主松平定昭就任藩主后担任老中（于大政奉还后辞职）。1868年鸟羽伏见之战幕府军成为叛军，伊予松山藩因于财政困难中仍对朝廷献上十五万两，藩主也由原先松平胜成回复为原先的松平定昭。之后，明治政府命令将松平的姓改回原先久松的旧姓。1871年废藩置县后成为松山县，不久改编成石铁县，隔年编入现在的爱媛县。藩主家在1887年以