四百年史》读书会，检调竟于清晨五点闯进校园宿舍将他带走，并依《惩治叛乱条例》起诉，求处「唯一死刑」。刘兆玄身为当时清华大学的官派校长抗议法务部调查局进入校园逮捕学生的强硬作风，凸显出他崇尚自由、不畏权势的风格。1993年时以国立清华大学校长身份出任交通部部长，由于离任交通部长简又新在任内爆发十八标弊案，使交通部的形象继前任交通部长张建邦的华隆案后，再次受到严重打击，身为学者的他被连战委以重任。时与同为台湾人并担任法务部长的马英九并称，刘马两人更一直维持着君子之交。由于学者严谨不阿的性格，任内多起工程与财