能是双鞭毛虫与顶复门生物分别独立获取色素体。也很可能是囊泡虫总门与不等鞭毛总门的色素体这个细胞器有一个共同起源，是从红藻那里获得了色素体.
进化.囊泡虫的共同起源可能是一种吸食(myzocytotic)被掠食者的细胞，有两条鞭毛, 微孔, 刺丝胞(trichocyst), 棒状体(Rhoptry), microneme, polar ring与一个锥形顶部开口的顶器.这个祖先可能拥有色素体，但还不清楚是否具有光合作用的能力。还不清楚现存的perkinsids与colpodell