和时任行政院长吴敦义搭档连任。2013年马英九发动与立法院长王金平之政治斗争。2013年因国民党政府欲强行通过审查两岸服务贸易协议，引起学生于2014年春发动佔领立法院与佔领行政院的太阳花学运创记录抗争，迫使马英九政府让步。同年底的直辖市长及县市长选举，泛绿与泛蓝分别获得14席与8席。直辖市议员及县市议员选举中，民主进步党之得票率（37.08%）亦超越中国国民党（36.86%）。选举挫败迫使行政院长江宜桦与中国国民党主席马英九相继辞职下台。2016年总统选举由民主进步党候选人蔡英文当选，并同时得到国会的多数