孔达文化有所关联。在石器时代早期，普利人在派尔努河定居。98年，爱沙尼亚（Eesti）这个名字第一次以塔西陀记载的爱西提（Aestii）人形式出现。
中期.在中世纪，爱沙尼亚是欧洲几个未被基督化的地区。1193年，教皇雷定三世唿吁十字军讨伐北部欧洲的异教徒。1207年2月2日来自北部日耳曼的十字军在里加建立据点。
丹麦统治（1219-1346）.1219年，丹麦国王瓦尔德马二世征服爱沙尼亚北部。最早提到丹麦瑞典人的书面记载是1294年哈普沙卢镇