纪后成为京极氏掌控北近江的据点，直到15世纪后被其发迹于北部区域的家臣浅井氏取代。但浅井氏在与织田信长对立后，在此地先后发生的姊川之战、小谷城之战中败退，最终因而灭亡；此后织田信长将此地交给羽柴秀吉，羽柴秀吉便在邻琵琶湖的今滨建立「今滨城」，后又改名为长滨城，长滨城此后成为羽柴秀吉的居城。直到织田信长死后，长滨城转交给柴田胜家，但羽柴秀吉与柴田胜家之间为争夺权力，又在此发生了贱岳之战，在此获胜的羽柴秀吉借此最终统一了全日本。长滨城后来曾先后属于山内一丰、内藤信成、内藤信正，在江户时代初期，曾一度在此设立