图书馆再次被焚。九十万卷书只剩下一万五千卷，整个学校受到极大破坏。二战以后才又重新恢复，学生人数逐年增加。
近当代.1968年代开始学校再次受到政治影响，说荷兰语的教授和学生要求将说法语的人士赶出学校，两方发生严重冲突。当时的比利时首相范登·博埃南不同意学校分裂，结果比利时政府中有八位弗拉芒族的大臣自主离职，导致内阁空虚；范登·博埃南无力支撑局面，不得不宣布辞职。新大选之后，比利时政府最终作出裁决：鲁汶天主教大学一分为二。1970年，天主教鲁汶大学正式分裂成两所大学：鲁汶天主教大学