与日本的贸易计划也无法实现，而且此事也重挫荷兰人在东亚海域的无敌形象，令荷兰人担忧敌对势力会效法郑成功的行为，加重公司军事支出的负担。为了报复郑成功，荷兰人开始在海上劫掠郑氏船只，甚至摧毁了郑军在沙埕的港口，切断郑氏从浙江获得丝的管道。后来更与清军联手攻打郑氏，将郑军逼离中国沿海，并于事后重佔鸡笼。然而在清朝厉行海禁下，东印度公司在基隆的营运几乎无利可图，花费却很庞大，最后于1668年撤出。至于大员长官揆一则被追究战败责任，流放至班达群岛，直到1674年获荷兰国王威廉三世赦免，才恢复自由回到荷兰。1