胡安娜已经嫁给了葡萄牙国王阿方索五世。伊莎贝尔迅速继承了王位。葡萄牙的阿方索五世发兵声称胡安娜应该继承王位，但1476年在托罗一役彻底失败。阿方索五世被迫签署阿尔卡索瓦什和约，放弃对卡斯提尔王位的一切要求。1478年伊莎贝尔在天主教教宗的批准下成立西班牙宗教裁判所，迫害非天主教人士并大力提升了王权。1479年费尔南多的父王去世，费尔南多二世和伊莎贝尔成为亚拉冈和卡斯提尔的国王、女王。1480年这对夫妇召集群臣和34位平民代表制定了一系列法律、为未来的西班牙奠定了法理基础。伊莎贝拉任内时常召开名为「科提斯