还未找到效率高的方法清除小花蔓泽兰，只能依靠人手清除。小花蔓泽兰即使遭割除，其茎节仍会长出新根，因此清理后必须妥善弃置，否则反而会助长其繁殖蔓延。由2007年开始，香港中文大学生物系与渔农自然护理署合作研究，项目名为「无间道行动」。于2008年8月在大埔丫洲的实地考察，发现寄生植物田野菟丝子会使用吸盘插入小花蔓泽兰的茎干以吸收水份及养份，能有效降低小花蔓泽兰的开花繁殖能力，但未能完全杀灭。同时亦研究使用寄生植物金灯藤，以比较两者对清除小花蔓泽兰的效用。
近似名字.小花蔓泽兰的英