杭州等地相继光复后，黄兴到上海。12月4日，宋教仁、陈其美等却召集留在上海的各省代表在上海江苏省教育总会举行独立各省都督府代表会议，先后推举黄兴为假定大元帅和副元帅代行大元帅职权，均未赴任。同时议决公电孙中山归国主持大政。黄兴参与南北议和谈判。后改推举黎元洪为大元帅。
民国时期.1912年1月1日，中华民国南京临时政府成立，黄兴任陆军总长兼任参谋总长，授大元帅军衔。16日，中华民国自由党举黄兴为副主裁，黄辞谢。2月，黄兴在南京辛亥三月二十九广州革命先烈追悼会演说。袁世凯接任临时