称方舟子影响的论战“言语羞辱与文革式指摘蔓延”，“语言的戾气也超过对事实的实质讨论”，“这样分裂的互联网更令人心寒“，指证方舟子的打假资金不透明。方舟子立即于2012年6月22日发文《〈南方周末〉是如何构陷我的》予以回应，称《南方周末》歪曲其在ACT与新语丝的经历，通过“造谣”进行“构陷”，并称其资金的情况已经澄清过，而《南方周末》关于采访方的律师的“经过的描述，纯属谎言”。
其他.在报道2008年汶川大地震事件中，《南方周末》于当年5月22日和5月29日两期的“大地震现场报告”、