，医师紧急作心包膜之积水导引手术。手术本身非常成功，可是，对一位百岁老人而言，体力也是一大负担，自此之后，身体日渐虚弱，最后，由于心脏衰竭，于2005年6月4日10时6分圆寂，享寿99岁。6月6日晨，大体由花莲北上绕过台北回到印顺在台湾的第一座道场——新竹市青草湖的福严精舍。6月11日，于慈济新竹香山联络处举行「印顺导师追思赞颂法会」。印顺法师圆寂当天下午记者会时，某位比丘尼向媒体声称：印顺法师弥留之际曾醒来，留下一句话：「不是这样，不是那样，一切法皆空」。其入门弟子多人商议后，由昭慧法师代表向媒体澄清