日军称作「天降红衣将军」。战后，他多次拒绝接受朝鲜朝廷册封的官职。1613年，七庶狱事发生；次年，光海君欲杀死永昌大君，郭再祐上书为永昌大君求情，希望免其一死。然而光海君最终将永昌大君蒸杀，郭再佑因此离开汉城，退隐乡间。1617年病逝，葬于庆尚南道达城郡求智面新塘洞。谥号忠翼公。在今日韩国宜宁郡郊外的义兵公园举办有对郭再祐的「义兵祭」。