井与渡边两人的供述却有所差异（包括刺客的人数构成、现场遗留刀鞘的所有者等）。还有，是谁向佐佐木下令至今仍然不明。
新选组犯行说.由龙马暗杀当时现场遗留的刀鞘等物証、3日后被暗杀的伊东甲子太郎的同志（御陵卫士）的证言，显示犯人是新选组的原田左之助。事件后，新选组局长近藤勇在11月26日接受幕府的调查时否认。现在，几乎无支持新选组犯行说的研究者。
萨摩藩阴谋说.龙马受到松平春岳、胜海舟的影响，主张由诸侯会议设立新政府，其中也包含大政奉还后的德川庆喜。以武力倒幕