媒体公开推测军事接管的可能性时，谢里夫变得越来越不安。1999年10月12日，谢里夫突然下令解除穆沙拉夫陆军参谋长的职务，并任命巴基斯坦三军情报局局长中将接任，但这一决定遭到军方抵制。
政变.谢里夫下令解除穆沙拉夫职务当天，在斯里兰卡参加完其独立日庆典的穆沙拉夫搭乘一班商务客机返回巴基斯坦。谢里夫下令封锁卡拉奇机场以防止客机的降落，并令客机降落在印度或者讷瓦布沙阿，但是穆沙拉夫联络了军队高层的将军们，由他们接管了国家并且推翻了谢里夫的行政机关。下午7时，正规军出现在伊斯兰堡街头