饮用不洁净的水成为该病的主要患病原因。
历史.隐孢子虫病最早发现于家鼠身上（Edward E Tyzzer, 1907）之后被证实为许多动物腹泻的主要原因之一。1976年在美国一名儿童身上发现第一例人类病例。1980年代人们对艾滋病患者的研究发现，隐胞子虫是导致艾滋病病人肠炎的主要原因。历史上最出名的隐胞子虫病爆发发生在美国密尔沃基市，1993年春，由于取自密歇根湖的饮用水遭到污染，有大约403,000名的市民（占城市总人口的26％）罹患该病。这一事件迫使密尔沃基市政府对饮用水处理