罗马皇帝查士丁尼一世的命令得到重建。614年，波斯人侵入巴勒斯坦，征服了伯利恒。一个稍后的文献中记载了波斯人在圣诞教堂看见用马赛克镶嵌的东方三博士的波斯风格的服装，就克制了毁坏圣诞教堂的行动。
阿拉伯统治和十字军.637年，在耶路撒冷被穆斯林军队占领之后不久，第二任哈里发奥马尔一世访问伯利恒，应许圣诞教堂将继续给基督徒使用。但是在教堂旁边，他祈祷过的地方，建起了奥马尔清真寺。 1099年，十字军占领了伯利恒，他们加固了城防，并且新修了一座修道院，还修建了圣诞教堂北面的回廊，希腊