山巖学堂开始授课，然而在隔年发生学堂六氏先生被杀害的芝山巖事件。事件发生后，在芝山巖的大樟树下设置了六氏先生墓，并于1897年7月设立了伊藤博文亲题「学务官僚遭难之碑」，每年2月1日举行盛大的祭祀活动。另外，曾于1907年9月在惠济宫的前庭举行抗日份子简大狮的归顺式。芝山巖事件发生后，芝山巖学堂于1896年4月22日改制为国语学校附属芝山巖学堂，同年6月1日又改制为国语学校第一附属学校。由于学校名声响亮，学生甚至远从新庄、桃园、大溪至此就学，直至八芝兰公学校（今士林国小）在1904年完工后，芝山巖上的校舍才