人和美国人被视为中立国公民，学校运转未受太大影响。1941年12月7日，日本袭击珍珠港，太平洋战争爆发，日本海军查封了芝罘学校，逮捕了校长。1942年11月，芝罘学校的300多名师生被关押在烟台毓璜顶长老会住宅改建的集中营，1943年夏天，被转移到潍县乐道院集中营。师生们在营养严重缺乏的情况下，却奇迹般的毕业了三届，而且一如既往的坚持了牛津考试的严格标准。
二战后的历史.二战期间，芝罘学校的一部分曾经在四川嘉定府（乐山）(1941-1944)和印度的噶伦堡（1944-1946）临时