余汉谋被革职留任，仓皇撤退中连余汉谋自己的夫人上官贤德也被滞留在香港，直到1942年才被中共指挥的东江纵队救出，更被讥讽为“余汉无谋”。1939年，日军从广州向粤北韶关进攻，企图打开交通线，被余汉谋所击退，才复职，并兼任第七战区总司令，防区包括广东粤北及潮梅一带。
后期仕途.1948年国共内战期间，余被任为陆军总司令。1949年1月21日，蒋任命余汉谋为广州绥靖公署主任。同日，蒋介石下野。5月27日，广州绥靖公署主任余汉谋下令通缉在粤东、