立，冯仲云当选中共北满临时省委书记。1937年抗日战争全面爆发，此后他常潜赴抗联第三、第六军视察，并率部在小兴安岭活动。1939年5月，在抗联第三、第六、第九、第十一军的基础上成立了东北抗日联军第三路军，张寿缀任总指挥，冯仲云任政委。1941年12月太平洋战争爆发后，日军在满洲增兵至一百万人，“毁灭性的扫荡”东北抗日联军。1942年7月，中共南满、北满、吉东三个省委合并成立中共东北委员会，冯仲云任该委员会委员。后来，东北抗日联军在日军大规模扫荡下，被迫赴中苏边境整训，仅存的部队合组苏联远东方面军独立第88步