（昭和八年），高玉树赴日本留学，在东京打工维生，靠绘画技术当制造工业公司技术顾问。1938年（昭和十三年）考入早稻田大学专门部，1941年（昭和十六年）毕业进大学部，因为与事务员冲突而被开除。在东京期间认识出身医生家庭的黄翠云，1941年5月结婚。第二次世界大战期间仍担任技术顾问，曾使用「河野道男」名字发表论文。
二次大战后.日本投降后，高玉树担任「东京台湾同乡会」副会长，后来组织「日本华侨总会」，当上会长。后来因替在「涩谷事件」中的在日台湾人争取权益曾被国民政府以「战俘疑犯」罪名