妮的西班牙出身和她哈布斯堡王朝成员的身份，黎塞留一直担心她对法兰西背叛。黎塞留在多次反对路易十三的叛乱发生后都指控奥地利的安妮是阴谋策划者的同谋，然而这从未被有效地证实。1643年路易十三去世，其后安妮承担起为自己年幼的儿子、未来的“太阳王”路易十四摄政的艰巨任务。她把内政和外交大权都交给了黎塞留指定的继承人马萨林。在马萨林坚强的领导下，路易十四的王权压倒了法国最后一批企图与王室分庭抗礼的贵族。安妮与马萨林作为路易十四的摄政和保护人，成功地镇压了1648年～1653年的投石党运动，迫使包括孔代亲王路易二