原杉藻可能有十分庞大的地下菌丝网路来吸收足够的营养支持其生长，亦可能具有而有能力进行长距离的营养输送。关于原杉藻与各类群真菌的关系也有许多不同理论。Hueber认为原杉藻的化石中有子实层与原始担子的痕迹，而认为其属于担子菌门。也有观点认为其应归属于球囊菌门或毛霉门。2017年，有研究再次检视原杉藻化石的构造，认为有子囊与的痕迹，而主张其应归属于子囊菌门。有其他研究认为原杉藻可能是层层堆叠的地钱，但这项理论被认为可能性不大。亦有其他研究主张原杉藻是是类似于红豆杉属的维管束植物、类似海带目的藻类与具有类