一号作战而将司令部转移至马尼拉，参加了莱特岛战役等的菲律宾战役（菲岛决战）。末期进行特别攻撃队作战。1945年（昭和20年）1月1日，编入第14方面军。同年1月16日，在美军登陆吕宋岛的中途（吕宋岛战役），富永恭次司令官在第14方面军下私自将司令部转移至台湾。同年2月13日，受命复员，第4航空军撤编。