成功俘虏了王位竞争者康斯坦丝皇后，封其为首任马耳他伯爵。1523年，圣约翰骑士团自爱琴海的罗得岛移此，并获神圣罗马帝国皇帝查理五世的承认。该支骑士团后更名zh-tw:马尔他;zh-cn:马耳他骑士团。1565年的马尔他大围攻中，骑士团击败奥斯曼帝国军队，此战是马尔他史上最重大事件，成功阻止鄂图曼帝国向西欧扩张。1798年，拿破仑率法国军队逐出骑士团，马尔他骑士团于是成为总部位于罗马的特殊政治实体。1800年英国占领马耳他，1814年正式成为大英帝国殖民地。二战时期受义大利空军多次的轰炸和围攻