化合物内极性分子的总表面积，多为氧原子及氮原子，也包括与其相连的氢原子。在药物化学的应用中，极性表面积是评价药物在细胞内的可运输性质的描述指标。这一参数的大小与药物在人体内的小肠吸收量、Caco-2单层可透性及血脑屏障的穿透性有明显关连。一例子是当一分子的极性表面积大于1.4平方纳米时，其在细胞的穿透性就会变差。一种需穿越血脑屏障并作用于中枢神经系统的感受体上的药物，其极性表面积就不能大于0.6平方纳米。