追击后，走投无路的熊忍王投海自尽，叛乱结束。该年10月，皇后正式摄政，并于隔月埋葬先皇于河内国长野陵。
摄政.皇后摄政三年，立亲生皇子誉田别尊（即日后的应神天皇）为皇太子。摄政39年遣使赴中国，隔年受奉诏书、印绶。摄政第47年，百济遣使入贡日本，与新罗使者一同入朝晋见。由于新罗贡物又多又好，百济贡物却又少又劣，皇后同太子质问百济使者。使者却答覆其贡物于途中被新罗劫走且使者被杀，而新罗又以其贡物冒充本国贡品。为此，皇后与太子遣使指责新罗。皇后摄政49年，皇后遣荒田别与鹿我别率军，