随季节变化：卫星图像显示，湖泊水域面积在4月份极大，在7月份最小。12月起开始结冰期，冰厚可到1-2米，至次年5月解冻。
生态环境.赛里木湖是中国西北地区物种多样性最多的地带之一，湖区周边人类活动有限。湖区周围形成典型之的内陆高山湖泊湿地生态系统，对北疆的气候和水源调节起到重要作用。为保护赛里木湖和果子沟，2007年霍城县果子沟牧场、芦草沟、清水河等乡镇近1200名牧民下山定居。湖区共有分属于58科288属的639种种子植物：其中裸子植物8种，被子植物有 55 科 285 属