兼右都御史，代替王宪总督陕西三边军务（陕甘总督）。土鲁番佔据哈密，廷议闭关绝其贡已经有四年。至此，其将牙木兰率领两千人求归属，沙州番人帖木哥、土巴等亦率领五千归属。番人连续两次来寇，接连被参将云昌、游击彭濬击退，此后王琼就奏乞抚纳，世宗採纳兵部尚书王时中议，听从王琼採纳。至此西域等地边事再次平定，而北寇常为边患。王琼连续数次进攻后终于平定边疆骚乱。当时，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗则慰留下他。之后张璁、桂萼离开政治核心，诸位大臣纷纷弹劾其党羽，王琼首当其中，于是命致仕归乡，此后世宗又遣慰谕。恰逢西