总兵胡守仁追击，逃窜至澎湖，然后又到台湾魍港（八掌溪口）作为其根据地。胡守仁传谕番人夹攻，林凤等人逃散。
近现代.
倭寇侵扰与明朝海防.据明海防将领沈有容在《闽海赠言》中记载，自己曾“三入东蕃，歼倭驱荷”。万历三十年（1602年）七月，倭寇流动劫掠广东、福建、浙江等沿海地区后，窜入东番以为巢穴。福建泉州守将沈有容都司一方面派人侦察敌情，了解气候、风向、海流情况，另一方面造船、练兵、储粮。同年冬，福建巡抚朱运昌发密札令“剿东番倭”，沈有容率24艘军舰渡海前往台湾