比赛将在11月14日-28日进行，地点为昆明星耀体育中心。获得决赛阶段前两名的球队，将获得2010年中国足球甲级联赛的参赛资格。2009年全国大学生联赛前两名将获得中乙决赛阶段的参赛资格。但由于冠军三峡大学以三大康天电力队的名义参加了南区预赛，季军同济大学因自身原因退出，所以河海大学和延边大学获得了参赛资格。两支大学球队率先进行了南北分区，结果大学生联赛亚军河海大学被分在了北区，而大学生联赛的殿军延边大学被分在了南区。