土着居民为主的人口实行镇抚，这是新会设立行政区划的开始。西晋灭孙吴统一中国后，于太康元年，改平夷县为新夷县。东晋末年，析番禺县地在新夷县东面增置盆允县，属南海郡。又在新夷县西面增置封平县，属新宁郡。
南北朝时期.东晋元熙二年，晋恭帝分南海、新宁两郡之地置新会郡，领有盆允、封平、新夷三县，以盆允为郡治；刘宋元嘉九年，增设新熙、永昌、始成、招集、宋安五县，并以宋安县为郡治。元嘉十二年，又在盆允、新夷县界增置封乐县。元嘉二十七年，在封平附近增置义宁、始康、初宾三县。其时新会郡境，北枕皂幕