然而后醍醐天皇下令讨伐尊氏，并派新田义贞为大将军前往征讨。足利尊氏上表请求赦免并宣佈隐居。足利直义等人在骏河国手越河原（今静冈县静冈市骏河区）战败。足利尊氏感到了危险，亲自出马，在箱根竹之下之战中击破了义贞并进佔京都。翌年北畠显家、楠木正成、新田义贞自陆奥国上洛，直义与尊氏战败，在摄津国丰岛河原再次战败，逃往九州岛。途中在备后国得到了光严上皇的院宣，并在多多良滨之战中击破勤王的菊池武敏军，得到了西国武士的支持并再次上洛。足利直义从陆路、足利尊氏从水路分兵而进，在凑川之战（今兵库县神户市）击败了新田义贞、楠木