设有一个司机室，车内设有“Z”字形内走廊连接两端司机室，车体中部设有第一辅助机械室、变压器室、中央机械室、整流器室、第二辅助机械室。司机室内机车运行方向的左侧设有司机操纵台，司机室两侧设有供乘务员乘降的侧门。车顶安装有两台双臂式受电弓、交直流切换器、高速断路器、避雷器等高压电气设备。车体底部两台转向架之间吊装着总风缸、平波电抗器和各种电阻器。
车体结构.ED46型电力机车采用轻量化的整体承载式全钢焊接结构箱型车体，车体全长14,100毫米、全宽2,900毫米。由于ED46型电力机车