异端学说与争论不断。不佔有派的尼尔·索尔斯基和瓦西安·帕特里克耶夫主张将教会财产世俗化。当时很有影响力的约瑟夫·沃洛茨基反对他们的主张，并为教会财产辩护。俄罗斯统治者的立场摇摆不定，但最终倒向了约瑟夫一方。由此事件，教会衍生出了不同的派别。有些还倾向于哈拉卡，即犹太律法。比如大司祭阿列克谢与一些犹太教徒会面后改信了犹太教。沙皇费奥多尔一世·伊万诺维奇治下，他的连襟鲍里斯·戈东诺夫与当时正苦于各种问题 的君士坦丁堡教会取得了联系，希望君士坦丁堡承认俄罗斯教会的首脑为大牧首。1589年，在戈东诺夫的努力下，