而当地特别行政区政府领导人则被称为行政长官，俗称「特别行政区首长」或简称「特区首长」、「特首」。而过去分别为英国与葡萄牙殖民地的港澳地区得以继续保留其既定制度，并且在统一后至少50年内维持高度自治系统，不过特别行政区的外交与军事则是由中华人民共和国政府负责。其中在香港特别行政区的宪制文件《中华人民共和国香港特别行政区基本法》第一章第五条中便提到：「香港不实行社会主义制度和政策，保持原有的资本主义制度和生活方式，五十年不变。」在1988年6月3日，邓小平在会见「『九七』年代的中国与世界」国际会议全