府申请立案时，名称中的「妈祖」被认为是宗教名称，应属新竹市政府民政处管辖；而「功德」却又是团体称唿，应归新竹市政府社会处管理。至1994年7月终获准成立，刘明仁任首任理事长，在香山天后宫前广场举办首次的会员联谊大会。香山绿牡蛎事件爆发后，2001年香山区美山里一名73岁蚵农在香山天后宫前吃生牡蛎，抗议卫生单位迟迟未公告养殖类水产的重金属含量标准；同时新竹市选举区立法委员张蔡美邀有关单位至香山天后宫前，举办牡蛎致癌真相探讨公听会，现场业者扬言向行政院国家科学委员会索取赔偿。
建筑.