后，民进党最终妥协，行政院宣佈复建核四，甚至追加预算。但核四的停建，造成财政上重大损失，营建核四的成本因而增加，影响民众对民进党政府的信心。尽管面临重重危机，民进党还是获得了2001年立委选举的胜利，而从2002年新任立委就职后，台湾政治局面形成了「泛绿」与「泛蓝」两大势力，民进党首次成为国会的第一大党，在联合另一泛绿政党台湾团结联盟后，基本上能控制立法院，然而立法院的多数席次直至目前仍然由泛蓝政党掌控。
2004年－2008年.2004年中华民国总统大选期间，泛蓝的国民党主席