敛的战利品财宝的“Flor do Mar”号失事，他本人也仅仅得以逃生。同年9月他抵达果阿，在那里他迅速地镇压了Idalcan的严重叛乱，并采取措施保证该城的安全与和平，使其成为印度最为繁荣的一个葡萄牙殖民地。有一段时间，阿尔布克尔克根据本国政府的命令到红海进行一次远征，以确保交通路线专属于葡萄牙。因此他在1513年围攻亚丁，但是被击退了；因此欧洲舰队第一次的红海航行未能取得实质性的成果。为了摧毁埃及的力量，据说他设想要改变尼罗河的流向，以使该国变为不毛之地。他采取的最后一个好战行动是在1515年第二次袭击