1727年（雍正5年）台湾道正式与厦门分离，并将道署移署于台南。台湾道设一府四县二厅，包括新成立的澎湖厅。1731年（雍正9年），彰化县之大甲溪以北正式划归淡水厅。1787年（干隆52年）平定林爽文起义后，将诸罗县改名为嘉义县。1811年（嘉庆16年）增设噶玛兰厅。1875年（光绪元年），台湾增设为二府八县四厅。新设立的台北府下辖三县一厅，即宜兰县、淡水县、新竹县及基隆厅。台湾府下辖五县三厅，即彰化县、嘉义县、台湾县、凤山县、恆春县、卑南厅、澎湖厅及埔里社厅。
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