新疆省实行与中国本部内地十八省一样的行政制度，由巡抚统管全疆各项军政事务，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐）。
行政区划.清同治四年（1865年），浩罕国阿古柏入侵喀什噶尔、阿克苏、乌鲁木齐等地。光绪二年（1876年），陕甘总督左宗棠帅官军出甘肃，7月入乌鲁木齐，次年1月攻佔和阗，收复了新疆大部分地区。光绪七年（1881年）从俄罗斯手中收复伊犁。光绪十年，左宗棠奏请设立「新疆省」，由陕甘总督管辖，行政中心由伊犁移至迪化。新疆省初置镇迪道、阿克苏道、喀什噶尔道、伊塔道4道。至清