84年开始遭到统治日向国北部的伊东氏攻佔，其后近一百年之间都成为两方争夺的地区；最后原本是由岛津氏获得胜利，但在九州征伐后，因伊东氏获得丰臣秀吉的支持，饫肥城被封为伊东氏的领地。日南市最初是在1950年1月1日由南那珂郡饫肥町、吾田町、油津町和东乡村合併而成，由于位于旧日向国南部，因此命名为「日南」。