马共在发现和平的争取方式无效后，决定改以武力斗争争取。英国于接收各项事务之后，便于1946年派为专使，到马来亚会晤各邦苏丹，商谈战后之政制问题。同年6月，英国遂与各邦苏丹签约，宣佈成立「马来亚联邦」，建议这新联邦包括马来联邦和马来属邦的九个州和槟城、马六甲两个殖民地（新加坡则仍属「直辖殖民地」，由英国管治）。这个计画遭到马来人强力反对，因为它削弱马来统治者的地位，而且将公民权赋予马来亚华人与少数民族。一开始苏丹们支持这个计划，但后来又转为反对这个计划，并让自己领导这股反对力量。联邦新政府之首长为总督，代表