五山站最早出现在《2000年近期线网规划实施调整方案》中，为因应石牌地区发展，而增设3号线支线上的一个车站，位置已与现时相当。后来车站根据所在地区正式被定名为五山站，并于2006年12月30日正式启用。
站名争议.五山站位于华南农业大学南门（原正门），施工期间挖掘地面进行工程影响到华农校内的环境及教学秩序，同时部分设施因地铁施工受到损坏：学校原正门牌楼倒塌，需异地重置正门牌楼；校内位于地铁行经线路上的游泳池出现损坏而被迫废弃拆除（现状为绿化草坪）。故此该校部分学生希望地铁站命名为“