分子生物学与遗传工程领域有广泛的应用，此类酶最早发现于某些品系的大肠桿菌体内，这些品系能够「限制」噬菌体对其感染，因此得名。科学家认为限制酶是细菌所演化出来对抗病毒感染，并帮助将已殖入的病毒序列移除的机制。是限制修饰系统的一部分。约翰霍普金斯大学的丹尼尔·那森斯、汉弥尔顿·史密斯与伯克利加州大学的沃纳·亚伯因为限制酶的发现及研究，而共同获得1978年的诺贝尔生理学或医学奖。此酶最早的应用之一，是用来将胰岛素基因转殖到大肠桿菌，使其具备生产人类胰岛素的能力。
命名.限制酶的命名是根据