列教研室任教。1959年，卿希泰负责创建四川大学哲学系，担任四川大学哲学系总支书记兼副系主任、副教授。四川大学哲学系是当时中国西南地区第一个哲学系。回到四川大学任教后，卿希泰开始马克思主义哲学教学研究工作，在1960年代前期转向思想方法论及明清之际以唐甄为重点的启蒙思想研究。但在四川大学“四清”运动及此后的“文革”初期，卿希泰因研究唐甄思想而被定为“党内的反动学术权威”，遭受红卫兵批斗并被关进四川大学里的“牛棚”。四川大学的领导对卿希泰有所保护，在学生红卫兵批斗中，学校有关领导到卿希泰家要求他千万不要因