578年，谦信死后发生御馆之乱，繁长本人加入上杉景胜方与上杉景虎方的鲇川氏交战，另一方面繁长的长子显长与大宝寺义氏加入景虎方，御馆之乱景胜胜利后便废除显长的家督继承权。后来讨伐新发田重家也立下许多功劳。
庄内攻防.1583年，最上义光欲进攻庄内地方因此想谋杀大宝寺义氏，繁长为了阻止义光便去支援大宝寺氏，大宝寺义氏为了强化本庄氏与大宝寺氏之间的关系便令其弟大宝寺义兴收繁长的次子本庄充长作为养子，并改名为大宝寺义胜。此项举动激怒了反大宝寺亲最上派的国人们，这时的繁长还在对付新发田重家，