院、16个学系、10个研究所、3个硕士在职专班、4个研究中心及多个学位、硕士学程与跨国双联学制；其中内政部北区e-GPS研究中心为国家级研究中心，负责国家GPS相关技术之研发及嘉义、花莲以北所有GPS测量业务（南区由国立成功大学负责）。另于2000年与中原大学正式缔结合作伙伴关系，在学术研究方面合作密切，两校目前在健行科技大学内共同设立有多所合作实验室。
「清云」校名由来.「清云」一名与申请改名时的学校董事长程振隆于1988年起所创办的补习班「清云系列文教机构」同名，一度遭到校友会