不久即辞退回湘，在湘绮楼讲学授徒。光绪三十二年（1906年），以其讲学之举而被特授翰林院检讨。民国二年（1913年）受袁世凯聘入京，任国史馆馆长，编修国史。兼任参议院参政，复辟声潮中辞归。门生众多，在教育事业上颇有成就，较着名的弟子有杨度、夏寿田、廖平、杨锐、刘光第、齐白石、张晃、杨庄、李稷勋等。其为人狂狷谐谑，轶闻甚多。有一随身保姆周妈，形影不离，时常在市井招摇。
着作.王闿运好治经学，并以致用为目的，尤擅今文经，长于《公羊传》。与王先谦、王以敏并称“湘中三王”。