9年（崇德四年）博穆博果尔反叛，皇太极遣萨木什喀、索海等人平叛，攻克了雅克萨和兀库尔，并将此地夷为平地。
中俄的反复争夺.1640年代到1651年，在哈巴罗夫带领之下，一群哥萨克人来到雅克萨并重建此城，命名为阿尔巴津。1658年清军打败了奥努弗里·斯捷潘诺夫率领的驻军，重占雅克萨。但1665年（康熙四年）波兰人尼基弗尔·切尔尼戈夫斯基再次重占雅克萨。1682年俄国在此建立了阿尔巴津督军区并以此为据点活动，激怒了康熙帝。1685年清军围攻雅克萨并重获该城。但清军撤军后俄军马上重占此城