盛世才乘机取得大位。盛世才治下的新疆，虽未宣布独立，但完全脱离中华民国国民政府的控制，那一时期的新疆，拒绝悬挂国民政府的青天白日满地红旗，而是悬挂盛氏政权的“六角星旗”。1941年1月，盛世才曾向苏联提议：成立突厥斯坦苏维埃社会主义共和国，脱离中华民国，加盟苏联。鉴于当时中苏的同盟关系，斯大林拒绝这一提议。1943年，盛世才加入中国国民党，并表示“矢志拥护中央，尽忠党国，绝对服从领袖”。随后，盛世才取消六大政策，六角星旗亦换为中国国民党的青天白日旗。但此后因国民政府主席蒋中正对新疆用兵，盛世才开始采取对策，