刘穆之一度转任尚书祠部郎，及后再任刘裕的府主簿，再转纪室录事参军，领堂邑太守。又因平定桓玄的功勋，封西华县五等子。
助取朝权.义熙三年（407年）十二月，扬州刺史、录尚书事王谧去世，按位望应以刘裕接任。至次年（408年）正月，刘毅因为不想刘裕接任，以录尚书事坐镇中枢，于是建议由中领军谢混接替，或刘裕于丹徒（今江苏镇江市丹徒区）任扬州刺史，而中枢事务就交由孟昶负责。当时刘毅派了尚书右丞皮沈将两个建议告知刘裕，而皮沈就先去见刘穆之，并将朝中议论的情形也一併告知。刘穆之听后就假装如厕，