和病史研究人员，大坂大学和神户学院大学名誉教授。他是藤野严九郎之侄儿，严九郎即为《藤野先生》一文中鲁迅的老师。祖父藤野升八郎为世代行医的医生。1950年大坂发生了一起集体食物中毒事件，原因是食用遭肠炎弧菌污染的青鱼干。此事件成为藤野恒三郎发现副溶血弧菌的契机。