酵反应器中易漂浮，进出料困难且易堵塞，将凤眼蓝切碎在传统的批次反应器中仍然存在困难。再加上凤眼蓝含水量极高，大大增加了制气成本，限制了凤眼蓝在生物能源的商业化道路。
治理水质.凤眼蓝在生长过程中能吸收水体中大量的氮、磷以及某些重金属元素等营养元素，利用凤眼蓝治理污染水体在国内外都受到了相当大的重视。理论和实践证明，凤眼蓝对净化含有机物较多的工业废水或生活污水的水体效果更加理想。俄罗斯亦引入凤眼蓝作为处理生活污水和工业废水。据文献报道，在最适宜生长繁殖条件下，一公顷凤眼蓝能吸收800