驻日代表团之名至1948年。该代表团设置团长、副团长、侨务处、第一组至第三组，与专门委员等机关职务。1947年4月19日－1949年3月5日之团长为商震，1949年3月6日之后由朱世明担任。1949年因为第二次国共内战失去大陆领土的中华民国政府迁徙至台湾。1953年，在中华民国与日本签订和约后，该代表团现址、成员、功能等由稍后成立的驻日本大使馆所併，而驻日代表团随之裁撤。该委员会之前后团长－商震与朱世明与多位代表团成员，都在第二次国共内战爆发后，选择留滞日本。