站预留结构并变更的影响，目前站厅西南侧大部分地区被划分为非收费区，在站厅西边处东侧，则设有售票机及云购票机等售票设施，以舒缓靠近收费区的售票机大排长龙的状况。广州南站地铁站设有便利店、面包糕饼店、凉茶店、零食店等商店，以及自动售卖机、中国建设银行自动柜员机、自动售卡/充值机以及“好易”自助服务机等自助服务设施。本站的公共洗手间设于站厅靠近D出入口旁。而母婴室则设于站厅靠近J出入口以及D出入口旁。
月台与换乘.目前广州南站地铁站设有2个侧式月台及1个岛式月台，全部设有月台幕门