如对于无害分子化合物的产生反应（如气喘asthma、过敏allergies）或是反应过渡激烈。艾滋病即是着名的免疫系统疾病，其由HIV病毒所引起。目前了解，爱滋病导因于因HIV病毒感染后，导致含有CD4+（CD4阳性）受体的淋巴细胞（辅助T细胞)及巨噬细胞和部分种类的B细胞受其感染、破坏，最终使得免疫系统崩溃。临床免疫学也研究许多方法，来避免许多器官组织移植上所引起的过度激烈免疫反应。如：避免同种移植allograft或是异种移植xenograft后被免疫系统所排斥、破坏。