远远赶不上元朝及清朝对西藏的关系。但与唐朝相比，明朝和西藏没有发生大型战争，使明朝得以专注应付北方。
清朝时期.1720年代以来，清朝开始在西藏地区驻军并设置驻藏大臣，对西藏进行直接管治。1751年干隆帝颁佈由领兵入藏的四川总督策楞制订的《西藏善后章程》十三条。西藏建立噶厦政府（西藏的说法是由第七世达赖喇嘛建立噶厦政府，中国的说法是由干隆帝建立），长官为噶伦，秉承达赖喇嘛、驻藏大臣旨意办事。1793年，清政府再次颁佈由平定廓尔喀的大军统帅福康安跟达赖与班禅等制订出的《钦定藏内善后章