中共七大抵达延安。1941年出任中共中央军委作战室主任、军委二局代局长。1942年7月任八路军第一二零师兼晋西北军区司令部参谋处长、副参谋长兼晋西北直属军分区司令员、副参谋长、参谋长等职。国共内战期间，又历任晋绥军区参谋长、代司令员，1948年8月任华北野战军第一兵团参谋长，太原解放后任第十八兵团副司令员兼参谋长。1949年9月担任中共广西省委副书记、桂林市军管会主任。后又任广西省委第二书记、广西省人民政府第一副主席。1952年7月陶铸调华南分局后，陈漫远实际主持省委、省政府工作。1953年5月代理省委