1年海湾战争，甘迺迪号进驻红海并派出飞机轰炸伊拉克。期间甘迺迪号的舰载机曾出动2895架次，总共向伊拉克投下35,000吨弹药。波斯湾战争后，甘迺迪号进驻波斯湾并派出战斗机执行在伊拉克南部的禁航命令。2007年3月22日，甘迺迪号退役，现在已被封存在费城的军舰封存地。在2009年11月13日，北美首映的电影《2012》片内，此舰曾出现在海啸席卷华盛顿的场景中。福特级航空母舰二号舰甘迺迪号也以此命名。