以之爲基础的比照法的应用缩小到有限的范围内。
祖语的不均匀性.比照法隐含地将祖语假想成是「均匀」的。但事实上根本就不存在绝对「均匀」语言。即使在极小的话语群体中也会因区域、性别、阶级等因素的影响而存在方言差异。比如，巴西有一种皮拉罕语，虽然只有几百个人讲，却可以分出至少两个方言来，男性和女性所讲的不同的性别方言。因此，以比照法构拟出来的祖语很可能根本就不曾存在。
克里奥耳语.克里奥耳语现象也会给比照法的应用造成隐患。所谓克里奥耳语，指的是由两种非近