日本当局受满清政府施压，决定驱逐孙离境。为表达善意，日方除发布驱逐令之外，还以外交辞令表达歉意，并馈赠孙大笔款项。日本政府送其路费6,000元，日本商人铃木久五郎送其10,000元。孙收款后，留2,000元作《民报》经费。孙自3月离开东京。合计日本政府与右派人士共赠款2.3万日元，相当于现今1千万美金。1907年3月至1908年1月，孙先抵越南河内，继续策划革命起义，1907年5月，孙命余丑发动潮州黄冈起义，历六日而败，是为第三次起义。6月，孙命邓子瑜起义于惠州七女湖，历十余日而败，是为第四次起义。