蚌巴手下官员的辛厦巴·才丹多杰起兵造反，先后佔据香、八囊伦珠孜、帕日等宗管辖的地域。一年以后，辛厦巴的势力范围已囊括后藏的大部分地区，他因此自称为「藏巴加波」（「藏 」即今日喀则一带；「加波」则是国王的意思），史称藏巴汗。1613年，辛厦巴的后继者彭措南杰攻灭西藏西部古格的残存势力，控制阿里地区，同时兼併四周的弱小部落。在宗教信仰上，彭措南嘉崇信西藏佛教中的噶举派，曾经两次因为宗教纠纷而出兵攻打信奉主巴噶举派的不丹，给噶举四大支中的噶玛巴封上「卫藏之主」的印信，但却仇视新兴的格鲁派。1617年，格鲁派请