从最早供奉吕祖的纯阳宝殿外，陆续完成了大成殿、凌霄宝殿、大雄宝殿、地藏王宝殿，可谓五殿同立。以道教为主体的纯阳宝殿又称本殿，奉祀吕纯阳祖师，配祀张延鞭祖师、王天君，中悬着「天下第一灵山」的牌匾。张延鞭据说是元朝末年陈友谅的军师，专精观星、堪舆，因见朱元璋，知是真命天子，于是辞官退隐，精修三教，在吕祖师的点化下得道。后来成为吕祖师的从神，指南宫的地理位置就是张祖师择定的，信众尊称张祖师为「护国禅师」。凌霄宝殿内有三清殿、三官殿等奉祀玉皇上帝、三清道祖与三官大帝。大雄宝殿又称佛祖殿，奉祀三宝佛：释迦