72年，国王若泽一世的首相蓬巴尔侯爵对这所大学进行了一次意义深远的改革，在那里，科学研究具有了巨大的重要性。当时获得的科学仪器和材料的收藏现在收藏在科英布拉大学的科学博物馆，构成了欧洲最重要的历史科学收藏之一。19世纪上半叶是科英布拉的困难时期，在半岛战争期间，科英布拉被安多许·朱诺和安德烈·马塞纳指挥的法国军队入侵。1810年10月6日，由尼古拉斯·特朗特领导的4000名葡萄牙民兵给了马塞纳沉重的一击。1811年3月，民兵成功地占领了这个地方，打击了正在撤退的法国军队。19世纪下半叶，随着电报、煤气灯