流域电厂扩建工程，在清水第二发电所原址的上方兴建发电厂，装置一部容量4,200瓩（4.2MW）之横轴法兰西斯式水轮发电机（Francis turbine），整套电器设备工程由大同公司制造，发电厂重建工程完工后改称为「清流发电厂」。1990年6月，欧菲莉台风（Ofelia）让原清水第二发电所的厂房再度浮出溪床之上，因此如今仍可在木瓜溪右岸溪床上看到清水第二发电所的遗迹。
现今.1995年4月8日，木瓜溪沿岸发生山崩，同年5月1日至5月15日期间更受到连日大雨影响，造成大量落石崩坍，