纪之际，仍是台南城外东方与东南方人烟稀少的平原。由于位于地势较高的台南台地、也无大河横贯，境内多为旱地沙埔，风吹即漫天飞沙，当时产业仍以务农为主。因此，清领时期末期基督教长老教会在台南城传教遇到当时居民排斥后，便转往人烟稀少的城东建立据点。位于东区的台南神学院（1882年建立）、长荣中学（1885年）、长荣女中（1887年）以及新楼医院便由当时延续至今。
日治时期.日治初期在现今东区的范围内，有关帝厅、虎尾藔、王牛稠、前甲、太爷廍、后甲、许厝甲、草店尾、三份仔、中楼仔、竹篙厝、大路