两条RNA链（自带的）逆转录为两条互补的DNA链（HIV为RNA病毒），然后该酶才会发生作用。该酶与DNA连接酶作用类似，可以使病毒DNA与宿主细胞DNA分子之间脱水缩合，从而连接成为一体，为下一步的转录和翻译，即复制病毒自己做好准备。该酶需要镁离子作为辅酶，才能正常工作。
化学本质.该酶的化学本质是一种易溶于水的蛋白质，由288个氨基酸脱水缩合组成。目前，该酶分子结构已经使用X射线衍射法探明。
发现意义.该酶的发现，为新抗艾滋病药物——HIV整合酶抑制