同年十一月闽浙总督玉德保奏邱良功勘胜参将一职，遂于同年十二月迁烽火营参将。嘉庆十年（1805年）正月，署闽安协副将，二月陪同署金门镇总兵许松年渡台会剿海盗蔡牵，后署台湾水师协副将。嘉庆十一年（1806年）正月，蔡牵复出现于鹿耳门西边，邱良功遂与副将张见陞、王得标合力追击，以火攻歼其众于洲仔尾，后转由北汕尾与提督李长庚夹攻蔡牵，但因涨潮而让其遁走，但事后仍因有立功于该年七月加副将衔，赏戴花翎。嘉庆十二年（1807年）七月，邱良功追击朱濆于沪尾，后与南澳总兵王得禄一同追到苏澳，摧毁其根据地，同年十二月负责缉