进封为南顿王，增邑五千户，加上以前的封邑进至万户，出任征虏将军。与三兄西阳王司马羕一同过江，两人与侄儿汝南王司马祐、琅琊王司马睿与及彭城王司马雄五位晋朝宗族王渡过长江，最后于建业（今南京）建立东晋而被称为「五马渡江」。司马睿承制后，拜司马宗为散骑常侍。晋愍帝亦在西都，以司马宗为平东将军。晋元帝即位，拜司马宗为抚军将军，领左将军。晋明帝继位后，加封司马宗为长水校尉，转任左卫将军。司马宗和右衞将军虞胤向来获明帝信任和亲近，更掌禁军，聚集很多心腹党羽，使王导和庾亮两位重臣不满，对他有意见。其后，晋明帝病重不愿