六年（1279年），割睢宁县属邳州。至元十七年（1280年），割灵壁县入宿州，以五河县来属。至元二十一年（1284年），并淮平县入临淮县。二十七年（1290年），废临淮府，以盱眙县和天长县隶焉。领五县：临淮县、虹县、五河县、盱眙县、天长县。明朝设有凤阳府泗州直隶州管辖，明朝政府官方认定此地为明太祖朱元璋的出生地，朱元璋出生于在今安徽省明光市明光街道赵府村附近。明洪武十八年（1385年），开国皇帝朱元璋在泗州城北门外十三里处杨家墩，兴建了规模宏大的明代第一陵——“三祖陵寝”。《凤阳府志》云：“泗州南瞰淮水