970年，Rodney Steel放置于盘足龙亚科。1972年，杨建立了专属的马门溪龙科，但此理论并没有立即被接受。1990年，John Stanton McIntosh认为马门溪龙是梁龙科的某种变异物种。1995年，Paul Upchurch将牠放到盘足龙科中，这个论点从90年代开始普及着，一直持续到2000年代初期。2002年，Jeffrey Wilson建立了峨嵋龙科以包含峨嵋龙和马门溪龙两属，却忽略了马门溪龙科的优先权。对于马门溪龙的确切分类位置依然不明确。1983年赵喜进将其放在圆齿蜥龙超科（