蔷薇、刺梗蔷薇、疏花蔷薇、腺果蔷薇、天山花楸、异花栒子和山里红以及忍冬科的刚毛忍冬、新疆忍冬和蓝果忍冬。另外还有关东巧玲花、刺果茶藨子、镰叶锦鸡儿、红花锦鸡儿和准噶尔铁线莲等植物也生长在大峡谷内。大峡谷景区内常见的草类有白花老鹳草、地榆、早熟禾、唐松草、草莓、石生悬钩子等。除此之外，车前、雪莲花、甘草、大黄橐吾、草麻黄等野生中草药也多生长在天山大峡谷的亚高山带和中山带以及灌木草原带之中。新疆天山大峡谷有5目，15科，26属，81种已知地衣。共4属17科，为优势科。地衣为优势属，共12种。其次为10种、8种。