表明拒绝过境关岛下，应该取消搭乘总统专机出访的计画而不要浪费预算。而在2009年9月，新闻媒体《壹週刊》在报导中指称陈水扁在访问帛琉时，曾利用总统专机运送4,000万美金现金并存入帛琉当地银行，再分批汇往美国而涉嫌洗钱。2014年8月6日，最高法院检察署特别侦查组则因为查无不法实据而宣布侦查终结并签结。
恢复涂装.马英九在2008年就任中华民国总统后，则因为节约能源为理由，一度在前往各地时坚持不搭乘中华民国总统专机，而多是台湾高铁取代总统专机。不过这举动被视为与先前喜爱搭乘专机