木系分设土木工程组、水利工程组，成立中国第一水工试验所。1937年，抗战开始，国立北洋工学院归组西安临大、西北联大、西北工学院，开始设水利系。1970年，水利工程系设立船舶设计与制造和海洋石油建筑工程专业,后更名为船舶工程和海洋工程专业。1983年，海洋工程和船舶工程专业从水利系分出，组建海洋与船舶工程系。1987年，水利工程系更名为水资源与港湾工程系。1997年，土木工程系、水资源与港湾工程系、海洋与船舶工程系合并成立建筑工程学院。