山派信徒拥立阿哈玛特为汗，公然与其父阿克巴钖汗对抗。阿克巴钖率吐鲁番诸伯克出征喀什噶尔，但被吉利吉思军队俘获并杀害。吉利吉思比（部落首领）阿尔祖·马哈麻特拥戴速檀阿哈玛特前往叶尔羌，阿哈玛特成为最后一位有记载的叶尔羌汗。叶尔羌伯克们不甘失败，向蒙古准噶尔部求援。约在1700年，准噶尔军队在楚琥拉台吉等人的率领下，南征叶尔羌、喀什噶尔。吉利吉思人败走。在征服叶尔羌、喀什噶尔等城后，准噶尔浑台吉策妄阿拉布坦改变了以往扶植叶尔羌汗家族作为傀儡政权的方式，而是直接任命当地伯克管理各城。此后，叶尔羌汗国彻底灭亡。