年9月，他受湖北的革命党人和中国同盟会中部总会委托，到香港请黄兴到湖北武昌领导反清起义。武昌起义提前爆发以后，吕志伊奉黄兴之命到云南。辛亥云南光复后，他任云南都督府参议。他还任各省都督府代表联合会云南代表，到南京参加会议。1912年中华民国成立后，孙中山任命他担任南京临时政府司法部次长。后来他担任中国同盟会驻沪机关部副部长、《民国新闻》总编辑。1913年他当选民元国会参议员、宪法起草委员会委员。后来他参加了二次革命。1915年，他奉孙中山之命到昆明策动了护国起义，并首先提出了“护国军”这一名称。1917