之后在《》里开始有接任执导方面事务的经历。此期间高畑勋结识了往后与他有长期合作关系的公司后辈宫崎骏，当时高畑勋与宫崎骏分别各担任了东映动画公会的副委员长与书记长。
太阳王子霍尔斯.高畑勋首部执导的长篇电影动画，是与宫崎骏、大冢康生、原彻等人合作于1965年上映的《太阳王子 霍尔斯的大冒险》，为一部以当时国际社会因越战局势而兴起的各种动荡不安社会气氛为题材之作品。该影片虽然让伙伴宫崎骏认为是部足以影响大衆感官的作品，但因票房并未特别亮眼，且高畑勋在执导此片时有严重进度落后的情