别在北京、天津举行开行典礼，并从北京、天津站同时首发对开，票价为原来快速城际列车票价基础上加收5元，根据开行时间的不同，硬座票价为25～35元人民币，软座票价为35～45元人民币，但运行速度仍限制在140公里以内。2000年10月21日，中国铁路实施第三次大提速，京津之间每天开行12对“神州”号城际特快列车，车次为T531～T554，大多数车次运行时间均为79分钟（中途停靠天津北站）或74分钟（直达）。在2007年以前，“神州”号城际列车的运行时刻一直都没有太大变化。2007年4月18日，中国铁路实施第