带晋惠帝亲征，荀藩亦随军。不久讨伐军队被司马颖部将石超击败，惠帝被俘并送到邺城，沿途只有荀藩与司徒王戎及豫章王司马炽随行。安北将军王浚在战后随即讨伐司马颖，并击败其军队，进逼邺城，荀藩等与是随惠帝被司马颖带回洛阳。同时，河间王司马颙部将张方控制洛阳，废羊皇后和太子司马覃，更逼惠帝西迁长安，留荀藩、司隶校尉刘暾和河南尹周馥等留作洛阳作东台；司马颙更于次年更假称帝诏，以羊皇后多次被奸人所立，命东台处死羊皇后，荀藩、刘暾和周馥上书反对，认为羊后被囚已不能与其他人勾结，且一旦杀死羊皇后，不旦会引起天下人伤心，更会被