南永福乡改名永福乡，原永福乡的崇德四里至崇德一里依序改为二十九至二十六都，不隶乡里。全县共5个乡（统21里）、4都，此后历明、清两朝沿袭未改。民国时期政局不稳，且反复变革，县以下区划变动较多。连江县现行行政区划共有16镇7乡。其中，马祖由中华民国的连江县政府管辖，连江县人民政府并无实际管辖。
地理.连江县东临台湾海峡，县城离福建省会福州仅50公里。琯头镇与琅岐岛隔江相望，西部与福州市马尾区长安村毗连，位于闽江口的北侧。闽江从福州到琯头出口处，有长门与琅岐金牌两山夹峙，最窄处仅5