十一代孙，孔宗愿第三子孔若愚玄孙，孔端立曾孙，孔琥之孙，孔拂之子。贞祐三年（1215年），金宣宗令衍圣公孔元措赴汴京随朝任职，孔元措族弟孔元用奉命代管曲阜祭祀之事。兴定四年（1220年），大蒙古国攻占山东，木华黎承制封孔元用曲阜县尹、权袭封衍圣公。宋宁宗嘉定十七年（1224年），南宋收复山东一带，遥授孔元用为通直郎，知仙源县事。宋理宗宝庆元年（1225年），命孔元用袭封衍圣公，世袭仙源县令，出爲兖州判官，明年改授济州通判兼京东西路安抚司，主管机宜文字。蒙古军再次攻陷曲阜，蒙古大帅带孙承制封孔元用为衍圣公