他们说：「吾不死也，我将择善地焉。」下马向北叩拜，申佳胤看见一灌溉水田用的巨井，突然跳入巨井中，家仆大惊唿号，欲将申佳胤救出。但井水浅，只超过腹部高度，申佳胤喊道：「告太安人，有子作忠臣，勿过伤也。」于是坐地吸水而溺死，年四十二。南明福王监国时追赠太仆寺少卿，谥节愍。清顺治十三年（1656年）下诏褒扬甲申死难诸臣，赐谥端愍。申佳胤死后，名士陈子龙为其作〈申节愍公传〉、殷岳为其作〈行状〉，子申涵光、申涵煜、申涵盼编有年谱。
着作.申佳胤善诗，《四库全书总目提要》评申佳胤诗风：「大