，后来司马元显借故命豫州分二千兵予他所掌握的扬州，但司马尚之以豫州时有外寇，兵力只有数千，仍不够守戍，没有可分之兵为由拒绝，更令司马元显大怒。只是当时司马元显有意讨伐桓玄才没有再作行动。
助解京危.隆安五年（401年），叛民领袖孙恩大军逼近建康，朝廷内外戒严，并征司马尚之入衞建康。司马尚之于是率精兵前赴，屯于积弩堂。当时孙恩刚大败于刘裕，重整军队后试图掩袭建康，但当知道司马尚之已到建康且刘牢之也回军，不敢进攻，于是撤退。建康危机又再解除。
兵败遇害.元兴元