88年，上海民航进行重大体制改革，实行政企分开，机场和航空公司分营，上海虹桥机场从同年6月25日起成为独立的经济实体。1988年12月，上海虹桥机场候机楼第三次扩建，于1991年12月26日完工。
2000年后的改扩建.在上海浦东国际机场建成之前，虹桥机场一直是中国大陆最繁忙的机场。机场扩建前，拥有跑道和滑行道各一条，跑道（现第一跑道）长3400米、宽57.6米，停机坪约48.6万平米，共有66个机位，候机楼占地8.2万平方米，拥有15个候机大厅、18个贵宾室和15条行李传输系统。