0年代初期更陷入低谷，被精工创下破纪录的联赛七连霸佳绩，数次更要护级，更引发两次大规模足球流氓扰乱治安事件，获香港足球总会挽留才免于降班。到了1990年代，虽则是东方的全盛期，创下「东方王朝」，南华更曾大败 0–5。不过，南华却在1994年首次杀入亚洲盃赛冠军盃决赛，虽然最终不敌沙特阿拉伯球会艾卡迪沙屈居亚军，但已是香港球会在亚洲盃赛的历来最佳成绩。南华千禧年代初则在「全华班」下陷入降班危机，2006年联赛最后一场逼和公民 1–1，正式宣佈护级失败。同年，由罗杰承重新组军后，向足总申请留级成功，并组织千万大