而刘毅等就乘时进陷江陵，何无忌及后护送晋安帝返回建康。三月庚子日（5月3日），何无忌转督豫州扬州之淮南庐江安丰历阳堂邑五郡军事、右将军、豫州刺史。但何无忌尚未至任就改持节都督江东五郡军事、会稽太守。义熙二年（406年），何无忌迁都督荆、江二州之江夏随义阳绥安及豫州之西阳新蔡汝南颍川三州八郡诸军事、江州刺史。同年封安成郡开国公，赐食邑三千户并加督司州之弘农及扬州之松滋二郡军事，加散骑侍郎，进镇南将军。
持节战死.义熙六年（410年）二月，广州刺史卢循乘刘裕北伐南燕的机会叛乱，进攻