酸MCAT与酰基载体蛋白（ACP）、聚酮合酶和链长因子异质二聚体一起，组成了II型聚酮的多聚乙酰合酶。
调节.在脂肪酸合成中，丙二酰A是一个具有高度调节性的分子；例如，它可以抑制脂肪酸β-氧化中限速步骤。丙二酰辅酶A也可以抑制脂肪酸与肉碱相结合，因此阻止了脂肪酸进入可发生脂肪酸氧化及降解的线粒体之中。