她也努力推动有关释放政治犯、平反二二八事件及取消黑名单等事宜，并且积极要求政府解决教育、雏妓和妇女等弱势团体之问题，这也让她多次被社会运动团体评鑑为优良立法委员。2000年民主进步党执政并且成立陈水扁政府后，叶菊兰先后受邀担任中华民国交通部部长、中华民国客家委员会主任委员、行政院副院长以及国民大会主席团主席等重要职位。在2005年7月至2006年12月期间，叶菊兰接受行政院的命令接替陈其迈担任代理高雄市市长一职，成为中华民国首位女性直辖市市长。在任内叶菊兰重整市政府团队并且提交高雄捷运外劳弊案的报告，并