韩战场归来，拥立自己的儿子应神天皇即位。应神天皇的异母兄麝坂皇子和忍熊皇子起兵欲夺位，神功皇后将年幼的天皇託付给武内宿祢照顾，自己则亲自讨伐二皇子。在武内宿祢和武振熊命的帮助下，神功皇后平定了这场叛乱，巩固了天皇的皇位。应神天皇在位期间，武内宿祢率渡来人造韩人池。异母弟甘美内宿祢谗其谋反，武内宿祢以探汤的方式，向天皇表示自己是忠诚的。武内宿祢在《日本书纪》中最后一次登场的时间是仁德天皇五十年（362年）。《公卿补任》和《水镜》二书称武内宿祢于仁德五十五年（368年）死去，《帝王编年记》则称是七十八年