武上奏，崇祯帝勒令其返回，后朱聿键因与农民军相遇交锋，两名太监被杀，乃班师回南阳。冬十一月下部议，废为庶人，幽禁在凤阳之高墙。崇祯帝改封其弟朱聿鏼为唐王。朱聿键于高墙圈禁期间，凤阳守陵太监石应诏索贿不得，用墩锁之法折磨之，朱聿键病苦几殆。后凤阳巡抚路振飞入高墙见之，向崇祯帝上疏，陈高墙监吏凌虐宗室之状，请加恩于宗室。乃下旨杀石应诏。崇祯十四年（1641年），李自成攻陷南阳，杀死朱聿鏼。崇祯十七年（1644年），李自成攻陷北京，即甲申之变，崇祯帝自缢，南京诸臣拥从洛阳逃出的「福王」朱由崧为