，朝廷擢逢时为广东兵备副使，与参将俞大猷镇压。隆庆初年（1567年）改宣府口北道，加右参政。不久，擢右佥都御史，巡抚辽东。四年正月移大同巡抚。与俺答斗智，俺答遣使定约，方逢时以功进兵部右侍郎兼右佥都御史。旋即因丁忧归里。万历初年（1573年）起故官，总督宣、大、山西军务，与王崇古共决大计，首尾共济，边境安定。累进兵部尚书兼右副都御史，仍任总督，加太子少保。不久，代崇古为尚书，署吏部事，加太子太保。以平两广之功，进少保。多次上疏请求致仕，得赐御书「尽忠」字归里。万历二十四年（1596年）卒。