2005年11月7日陈日君与多个香港教会团体联合召开记者会，抗议港府政制改革小组第5号报告书，欠缺对香港民主发展的方向、时间表、步骤和程式。陈日君又公开唿吁会友参加12月4日的「反对政改方案，争取全面普选」游行。 政改方案被否决后，陈日君遭政务司司长许仕仁点名批评。2010年6月20日陈日君发表声明，表示反对政府提出的「2012政改方案」，对民主党提出的「区议会方案」亦有保留。他唿吁民主党押后表决方案，指不应该在政改方案表决的最后一刻，转为就另一样还未弄清楚的东西，进行表决，他认为市民无机会就新方案发