清太祖的礼遇。当时西藏的五世达赖罗桑嘉措已和清太宗建立了关系，并受册封。清朝非常重视西藏地区的政教事务，为此设立驻藏大臣，并且制定了《钦定章程》共二十九条，让所有西藏寺庙和喇嘛都受理蕃院所管理。汉传佛教方面，清世祖爱好参禅，曾召海会寺憨璞性聪、浙江玉林通琇、道忞、茚溪行森、旅庵本月、山晓本晰等入宫内说法。清世宗曾自号「圆明居士」，把古德参禅语要编辑成《御选语录》共十九卷，更从章嘉国师学习禅学。章嘉国师就是负责把《藏文大藏经》全部翻译成满文。从整体来说，清代的佛教宗派，都是继承着明朝，当中以禅宗为最流行。