兴元年（402年），司马元显迁骠骑大将军，王诞亦随其改任骠骑长史，同时，司马元显下令讨伐荆州刺史桓玄，并有过尽诛桓氏子弟的打算，不过王诞就坚称外甥桓脩等人与桓玄志趣不同，故令司马元显打消念头。同年，桓玄率军进攻建康，打败了司马元显等，并诛杀了元显及谯王司马尚之、张法顺等人，当时王诞原本亦要被杀，但因为桓脩为其向桓玄求情，于是改为流放至广州。元兴三年（404年），卢循率众攻下广州治所番禺（今广东广州市），生擒了广州刺史吴隐之，并自称平南将军，摄广州事。及后，卢循任用王诞为平南长史，甚为礼待。次年卢循向东晋