编组缩减为9辆编组。2006年11月1日起台铁调整列车等级，新增「区间快车」及「区间车」。部分区间快车班次由复兴号车厢行驶，亦有部分系由原复兴号班次改为区间快车。屏东线的各站停车复兴号班次改称区间车。2007年台铁EMU700型电联车引进后，由莒光号车厢和复兴号车厢行驶的区间快车由该型电联车取代行驶，原宜兰线的复兴号班次也全部改为EMU700区间快车行驶。2008年5月15日大改点后复兴号重新行驶南回线及花东线的班次（175~180次），纵贯线班次则不再经过山线。2009年6月16日大改点后