随即占领整个江孜。1904年4月到7月，江孜保卫战持续约100天，是近代西藏抗击外国侵略历史上规模最大的战斗。1904年7月14日，麦克唐纳率英军自江孜启程，开入拉萨。8月3日，英军占领拉萨。十三世达赖出走，经青海前往外蒙古土谢图汗部库伦（今蒙古国乌兰巴托）。
签订拉萨条约.英军佔领拉萨后，荣赫鹏以其在江孜所拟的条款为大纲，提出九条和约草案，递交给有泰。有泰则将其转交噶厦办理。1904年8月11日，噶厦转递答覆，称应由西藏向英国支付战争赔款，且只同意增开仁青岗一处商埠。此时已值