员的朱玛·纳曼干尼创建，两人都是来自费尔干纳盆地的乌兹别克族人。该组织成立的目标是推翻乌兹别克斯坦总统卡里莫夫的统治，并创建一个由伊斯兰教法统治的国家。该组织除了在塔吉克斯坦和塔利班控制的阿富汗北部地区活动之外，乌伊运还在1999年和2000年对吉尔吉斯斯坦南部发动了一系列袭击事件。但是在2001年乌伊运和塔利班并肩作战，在阿富汗对抗以美国为主导的联军，在此期间该组织遭遇严重打击。在战斗中纳曼干尼被击毙，而乌伊运的残余成员被迫逃往各地。尤尔达舍夫和数目不明的武装分子与残余的塔利班武装份子逃往位于巴基斯坦