标蛋白上的蛋白激酶。蛋白质经修饰后也可能改变其蛋白质交互作用，例如有些SH2结构域的蛋白质只与其他被胺基酸酪胺酸磷酸化的蛋白质结合，布罗莫结构域则专门辨别乙醯离胺酸。蛋白质交互作用广泛参与了生物化学、量子化学、分子动力学、讯息传递等代谢或遗传学／表观遗传学图论。事实上，它是所有活体细胞中整个交互作用组学系统的核心。近来，蛋白质交互作用也被应用于奈米生物科技的研究领域。蛋白质交互作用主宰了活体细胞内几乎所有的生化反应。透过研究这些交互作用，人们可以更深入了解疾病，进而成为新治疗方法的基础。