哲学方法差异是由支持科学和演化论的哲学家提出，他们在“创造论对演化论的争议”中反对创造论或智能设计论，把“方法论自然主义”称为“科学唯物主义”或者“方法论唯物主义”，与“形而上学自然主义”结合，进一步支持他们提出的“现代科学是无神论”的理念。与其相对的自然哲学手段则接受对自然现象的超自然解释，从而被称为“有神论科学”。
历史.哲学自然主义的观念和想法可以追溯到公元前4世纪爱奥尼亚的前苏格拉底哲学。其中一个是有「科学之父」美名的泰勒斯，他以经验观察及理性思维去解释世界而非流行的希腊神