在家人的搀扶下出席告别式跟祭拜。蒋经国过世对孝文造成精神打击极大，据徐乃锦回忆说：「那一段时间，孝文只要看公公的遗照，都会用手遮住脸，不愿意相信这个事实。」身体长年虚弱，加上巨大精神受创，健康急速恶化。1989年4月14日，蒋孝文因咽喉癌不治，逝于台北荣民总医院，享年54岁，遗体入葬位于新北市三芝白沙湾的「安乐园墓园」。距离父亲蒋经国逝世不过15个月。