再与另一分子乙酰辅酶A发生羟醛缩合，还原水解，得到萜类的合成前体甲戊二羟酸（3-甲基-3,5-二羟基戊酸）。而后经过甲羟戊酸激酶（MVK）和磷酸甲羟戊酸激酶（PMVK）的作用，再经过失磷酸和脱羧得到焦磷酸异戊烯酯，异构化生成二甲烯丙基焦磷酸。后者中，以丙酮酸与3-磷酸甘油醛为原料，经过甲基赤藓醇磷酸酯（MEP）及之后的一些过程，也得到IPP和DMAPP。某些植物和细菌中也发现了有结合以上两种路线的途径存在。较高级的萜类合成基本上都需要经过牻牛儿焦磷酸（GPP）、法尼基焦磷酸（FPP）和牻牛儿牻牛儿焦磷酸