规模进攻李定国，失败后投降清朝，西南情报尽为清朝所知。永历十三年（1659年），清军三路入滇，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。永历十五年（1661年），吴三桂逼迫缅甸国王交出永历帝。莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄后继8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫。永历十六年（1662年），永历帝父子及眷属25人在昆明被吴三桂用弓弦缢死，同年，李定国闻讯后发病死于缅甸勐腊，但是缅甸果敢地区尚留明朝残余军队，尚未被清军肃清。
明郑王朝.永历被害后，全国较大规模的抗清活