信符感之不虚，明神人之一宗。爰作佛曲，大士罗汉，显现云表。此文皇神道之教，而刚公往所钦承者。先寺后寝，倘亦礼公严事圣祖之心如一日乎!不然，岂谓清梵贤于祠官之祝，而辄因公以彻冥福哉！” 万历三十五年（1607年），司礼监掌印太监陈矩、孙隆等人“建舍置地”。清朝康熙、干隆、道光、同治、光绪、宣统年间均有重修，其中同治十二年（1873年）《重修黑山护国寺碑记》载，“灵福殿东西配殿六间，牌楼一座，则今之所增建也”，可见此次重修扩建规模较大。起初，护国寺是刚公祠堂的附属建筑，到后来刚公祠堂反倒成了护国寺的附属建筑