。两栖类共发现有13种，其中有尾类有阿里山山椒鱼及楚南氏山椒鱼2种，均为台湾特有种，为世界山椒鱼分布带之最南界；无尾类有11种，以盘古蟾蜍、莫氏树蛙及褐树蛙为台湾特有种。园区内共纪录有鱼类4科12种，其中有台东间爬岩鳅、高身铲颌鱼、何氏棘魞、台湾石宾、粗首鱲为台湾特有种。园区内昆虫826种，蝴蝶种类达282种，约占全台蝴蝶种类400种的70%，在东埔温泉及塔塔加一带有相当数量。
植物.玉山国家公园约87%地区为天然林，在3,600公尺以上为高山植群，内单子叶植物总计426种、双子叶