改革提议得到了中华人民共和国科技部和上海市的支持。1999年11月，脑科学所重新调整组建为神经所，蒲慕明教授出任首任所长。
科研平台.神经所现拥有一所国家重点实验室——神经科学国家重点实验室。实验室目前拥有光学成像技术平台、电子显微镜技术平台、神经分子与细胞生物学技术平台、脑功能成像技术平台等6个技术平台，服务于神经系统发育、神经信息处理、神经疾病机理领域的研究。神经所与中科院自动化所是中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心的依托单位之一。神经所通过脑科学与智能技术中心联合了中