四分之三的死刑犯被特赦为无期徒刑。此事件后，台湾总督府才开始整饬台湾民间信仰的问题，以避免类似起事事件再发生。安东贞美总督在会议时曾说：「义和团之乱已经是十几年前清国的事情，为何今日台湾还有此类的暴动？盲从暴动者至少也该知道，迷信是不能依赖的。」认为迷信不可取，承认台湾教育失败，台湾总督府也因此事件，展开更深入的宗教「惯习」调查。 西来庵事件结束，亦使台湾人认识到由于军事实力的悬殊，抗日起义举动断然不可行，民众开始以和平方式争取民主与自治，从此由武装暴力转型为以社会运动与政治诉求的社会及政治抗争运动