所率的第11协改组为第21混成协，随冯国璋所率的第1军镇压革命派。11月，李纯部攻击汉阳。中华民国成立后，李纯任第六师师长，驻河南省信阳。1913年（民国二年）5月初，李纯第六师自保定南调武汉，另调精锐从海道向上海增援。7月，江西都督李烈钧参与发动二次革命，李纯被袁世凯任命为九江镇守使。李纯击败李烈钧，于8月占领南昌。因此功绩，李纯署江西都督。1914年（民国三年）6月，他获将军府授予“昌武将军”，督理江西全省军务。1915年（民国四年），袁世凯称帝，起初获得李纯支持。同年12月护国战争爆发，反