离开Hudson后，他在一间小型游戏工作室工作五年。吉田最终于2004年加入史克威尔艾尼克斯，主管勇者斗恶龙 怪兽战斗之路系列，并在《勇者斗恶龙X》早期阶段担任游戏设计师。2010年12月，他离开勇者斗恶龙团队，担任发售前几个月一直不成功的大型多人在线角色扮演游戏（MMORPG）《最终幻想XIV》的开发职员。时任公司总裁和田洋一称此决定是因为吉田的经验、“有魅力的”领导技能，以及将令顾客满意的“热情”。吉田对《最终幻想XIV》开发团队成员没有任何了解，因此他首先必须证明自己对项目的热心，以获得作为总监的