严格实行保甲法，使盗贼无处容身，治安渐佳；遇到大雨不止，黄河决口，申佳胤亲自冒着怒涛乘船组织民工堵塞决口；县内有大土豪，奸诈狡猾而扰乱治安，申佳胤将之捕捉处刑，县境内为之震撼。崇祯七年（1634年），申佳胤因有才改调杞县。崇祯八年（1635年），流寇「扫地王」率万人攻打杞县县城，城墙土垣多处崩塌，申佳胤招募死士死守并击溃流寇，因之将土城改建砖城；其后流寇高迎祥等攻入河南，唐王朱聿键率兵勤王，勤王军即将抵达开封府时，诸位省、府大吏甚为惶恐不安，聚集会议说：「留之，不听。行，守土者且得罪。」申佳胤主张：