了对抗其余的两公国，斯特凡三世支持罗马人民的国王鲁普雷希特以对抗卢森堡王朝。1402年，斯特凡三世受侄子恩斯特的反抗将他的统治局限回巴伐利亚-因戈尔施塔特。1403年，斯特凡三世又支持慕尼黑市民起义，尽管最后再次失败。父亲斯特凡二世将蒂罗尔伯国割让给哈布斯堡王朝，斯特凡三世于1410年准备征服蒂罗尔的最后一次尝试也是失败而回。斯特凡三世的儿子路易七世主要在法国居住，他意识到父亲的奢侈生活方式使公国背负沉重的债务。因此，他唿吁该地区的精神和世俗领主不要再给斯特凡三世金钱，并接受父亲愤怒的抗议。斯特凡三世于