1986年余政宪参选增额立法委员并且当选；1989年、1992年都成功连任。在立法委员任内，刚巧陈水扁的夫人吴淑珍当选进入国会，所以特别照顾吴淑珍，与陈水扁建立感情。1991年余政宪曾经出任民主进步党立法院党团召集人。1993年余政宪代表民主进步党参选高雄县长，打败中国国民党提名的凤山市市长黄八野而当选。1997年余政宪顺利连任。余政宪也曾经担任民进党中常委。陈水扁于2000年当选中华民国总统之后，余政宪在卸任高雄县长以后的2002年出任内政部部长。2004年4月，余政宪的妻子郑贵莲曾被