于10月23日接受对方任命，出任国防部长。人权运动家批评普拉博沃早年人权纪录不佳，不适宜加入内阁，另一方面，经济学家认为此举是佐科寻求国家团结的表现，有助佐科推行其经济政策。
争议.曾任职印尼特种部队司令的普拉博沃因涉及1998年印尼排华暴动备受争议。1998年5月雅加达爆发动乱，华人商家遭受严重损害，舆论称是普拉博沃在幕后一手指挥，不过事后普拉博沃坚决否认外界对于他违反人权的指控。普拉博沃领导的特种部队因涉嫌绑架和拷打反苏哈多分子而被革除军职。但一直没有因排华事件而受罚。