士官、士兵军法案件以地方军事法院为初审法院，高等军事法院为二审法院，高等法院为一般案件之终审法院，最高法院为死刑、无期徒刑案件之终审法院。校官、将官军法案件则以高等军事法院为初审法院，最高军事法院为二审法院，最高法院为终审法院。由于洪仲丘案的发烧，立法院于2013年8月6日三读通过修正《军事审判法》第1条、第34条和第237条。现役军人非战时，若触犯《陆海空军刑法》的长官凌虐部属罪、以强暴、胁迫、恐吓或其他不正方法阻挠部属请愿，以及犯杀人、性侵害等罪者，都将移至一般司法机关追诉、处罚。包含凌虐罪、不应惩