1785年，他成为马萨诸塞州州长，任内漠视农民，残酷镇压谢伊斯起义。1787年，州长选举中他负于约翰·汉考克。1788年鲍登参加了美国宪法在麻省的批准会议，支持宪法。1790年他在波士顿逝世。他除了参与政治，对自然历史的研究也有一定贡献，写过一些论文。缅因州的鲍登学院以他的名字命名。