神庙作为祭祀雅典娜之用，存在了近1000多年。公元4世纪时，其历史比罗马的圣彼得大教堂还更长却仍保存良好。虽然过去曾有光荣的历史，但这时雅典已经降格成罗马帝国一省的普通城市。第五世纪某时，巨大的雅典娜神像被一位皇帝抢夺，且搬到君士坦丁堡，随后大约在第四次十字军东征时，被毁于对该城市的洗劫之中。稍后不久，帕德嫩神庙被改成一座基督教（罗马帝国时代）的教堂来使用。在拜占庭时代，它又变成帕提诺丝·玛利亚（Parthenos Maria，即处女玛利亚）的教堂，或称为圣母（Theotokos）的教堂。在拉丁帝国时期