绪起义爆发，宋焘上疏曰：“自采榷议兴，民不堪命，一夫振唿，而从者响应。宜及时发内帑之金，停无艺之税，克诘戎兵，简炼将帅，则内治顺而外防固矣。”又斥责首辅朱赓。万历三十五年（1607年）秋，江西参政姜士昌因直言被贬，宋焘上疏为其伸冤，斥责辅臣李廷机等，神宗大怒，贬为平定州（今山西平定县）判官。不久罢归故里，“解绶归里之日，囊箧若涤，惟简册书笥（书箱）而已”。乡居期间在泰城灵芝街「青岩居」讲学，王楫等皆出自其门下。万历四十二年（1614年）五月二十八日，因「背疽发作」而卒，葬于泰安城西上旺村凤凰岭下。封