因帮罹癌女儿请外佣，被控接受五目公司负责人陈进财代付外佣薪水十七个月，涉嫌收贿近新台币三十三万元，最后判决无罪定谳。。2015年2月，桃园机场捷运BOT案遭监察委员调查，监委认定何煖轩涉官商勾结导致政府损失新台币9亿多元保证金，何煖轩与前交通部部长林陵三同被弹劾，后续公惩会认为无相关情事，认定不惩戒。2016年中华民国总统选举期间，国民党议员杨朝伟、万美玲、鲁明哲及舒翠玲指控时任桃园捷运公司董事长何煖轩11次使用桃捷公司公务车前往民进党总统候选人蔡英文全国竞选总部参加辅选会议，告发他贪污罪与违反行政