期运用之后，JR东日本仍然保留K4编成并留置在拜岛站的留置线，于同年8月3日行走临时列车「再见301系（）」之后正式退役。本来JR东日本向营团协商，希望告别列车能够从东西线内开出，但因东西线班次密度高而难以协调，所以JR东日本最后改为从三鹰开出临时快速往高尾，并由165系、E231系800番台及201系四季彩列车顺次带头行驶。
保存车.列车退役后，本列车的K4编组的头卡保存在大宫车辆基地，2003年（平成15年）5月曾公开展示。本来预计放进于2007年开放的铁道博物馆内展出，但是最