用后症状会消失，而且可借由使用合成肝素来避免其发生。除此之外，一开始使用肝素时也会出现轻微的血小板减少症，不过不需要停用。另外两个与出血无关的副作用是：有八成的患者在使用肝素后会出现血清转胺酶上升的现象，另外有百分之五到十的患者则会在使用肝素后出现高钾血症。使用肝素造成的血清转胺酶上升与肝功能无关，在停用后就会恢复正常；高钾血症则是因为肝素诱发了醛固酮分泌抑制所导致。长期使用肝素的患者有少数会出现脱发与骨质疏松。过量使用肝素可以致命。2006年在印地安纳波里斯的一家医院，有三个早产儿因为被错误地注射