兵，而阿波的细川晴元和三好元长亦举兵。对此尹贤受高国命令进攻波多野稙通等人并遭到大败。在大永7年（1527年）与三好政长和柳本贤治连合军的战斗中（桂川原之战）败北，于是与高国和第12代将军足利义晴一同向近江逃走。享禄元年（1528年），与高国试图夺回京都，但是败给晴元，尹贤看到高国大限将至后背叛高国并投向晴元侧，在享禄4年（1531年）与三好元长一同击杀高国（大物崩），不过之后马上与晴元不和，最终在7月24日被受晴元命令的木泽长政在摄津杀害。