2007年，有一新型冠状病毒从美国圈养的羊驼体内被分离，即羊驼冠状病毒（Alpaca Coronavirus、ACoV），其序列与229E病毒的相似度高达92.2%，并可能曾与229E病毒发生重组。2009年有研究显示人类冠状病毒229E可能是从非洲的蹄蝠属蝙蝠中的冠状病毒演化而来，两者可能在距今约200多年前由共同祖先分支。2015年蹄蝠属蝙蝠中又有许多和229E亲缘关系接近的病毒被发现，与人类229E病毒和羊驼冠状病毒相较之下，这些蝙蝠病毒的刺突蛋白序列较长，其中与人类229E病毒关系较接近者，多出的序