8年至1946年间隶属国民政府军事委员会。1946年以后更名为国防部保密局。1949年迁台后，总部在台湾台北阳明山下的芝山，设有情报学校训练间谍，军方内部称该处为「山竹营区」。该机构前身是中国国民党党团组织“复兴社”下属的“特务处”。其早期的领导人为戴笠，1946年戴笠死后由毛人凤继任。1949年，军统主要机构撤至台湾。1950年，国防部保密局恢复正式编组，于台湾台北士林芝山岩设立局本部，以持续执行国内保防工作及情报搜集之重责大任，并主导调查、取缔中共台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案，牵连之广，造