蒂利亚贵族和对查理嫉恨佛拉芒人使希梅内斯的处境异常困难。希梅内斯同意了查尔斯被宣佈为国王的愿望。他确保了查理的弟弟斐迪南一世的安全、确定了马德里法院的席位、并通过对城镇居民进行演练建立起了一支常备军。在摄政期间，他处理了西班牙对纳瓦拉的征服。他下令拆除纳瓦拉的大部分要塞（例如方济·沙勿略家族的住所沙勿略城堡），目的是消灭任何抵抗精神，并预防未来对西班牙佔领的叛乱。1517年9月，查理在拉雷多（今坎塔布里亚）登陆，希梅内斯赶去见他。然而在途中希梅内斯却生病了。1517年11月8日，在他如此衰弱的同时，收到了查