爱琴海诸岛纷纷反叛，当地希腊人并引进马其顿军队，于希俄斯岛俘虏法那巴佐斯，但法那巴佐斯在关押期间偷偷逃走。
后期.关于法那巴佐斯逃亡后的那段时期没有相关记录，但最终法那巴佐斯至少在前324年前投降亚历山大大帝，在那一年亚历山大在苏萨举办集体婚礼，并把法那巴佐斯的两个姊妹分别许配给欧迈尼斯和托勒密。当亚历山大逝世后，爆发继业者战争，法那巴佐斯加入欧迈尼斯一方，并在前321年欧迈尼斯与克拉特鲁斯、涅俄普托勒摩斯作战时，法那巴佐斯受命率领一支骑兵分队，并在那战役中欧迈尼斯获得胜利。