与钱谦益维持师弟关系始终，钱称其谓“我稼轩”（稼轩为瞿式耜之号）。万历三十四年（1606年），参加应天府乡试，获得第3名，座主为徐良彦与傅新德。翌年（1607年）赴北京参加会试落第。万历三十八年（1610年）春，二十九岁再次赴京赶考，在会试中首策即颂扬张居正的功劳，一举中第。在接下来的殿试中，以内阁首辅担任主考官的叶向高属意钱谦益，欲将其点为状元，而当时司礼监传来的情报也是如此。但宣党汤宾尹用重金贿赂宫中的太监，将自己的门生韩敬拔擢至第一名，钱谦益则屈居探花，“士论大哗”。后授官翰林院编修，但同年五月父亲钱