校歌.上海交通大学并未采用同源的西安交通大学和国立交通大学所采用的1943版交通大学校歌。2009年上海交通大学校方根据1909年的校歌制定了新校歌，但未被广泛使用。歌词依照1909年版略作修改，曲调仍然寄调基督教赞美诗《信徒精兵歌》。
校旗.南洋公学时期曾使用醒狮起搏大地图案的校旗。交通大学时期的校旗中间为校徽，两侧为三道水平横条，代表沪、平、唐三校，上方文字为“国立交通大学”。1950年7月7日，校方发布《公布本校校旗式样》公告，通过了一面红底，