逃往西安。清廷与八国联军议和时，联军指毓贤为罪魁祸首。9月26日，被革职，发配新疆。二十七年（1901年）2月13日，清廷下令加重对“首祸诸臣”之惩处：毓贤即行正法。诏书在甘肃追上了毓贤。22日被斩于兰州。
酷吏生涯.毓贤在曹州任知府4年，在官场上的的外号为“屠户”，对民众采用大批逮捕、滥用酷刑和大批屠杀的恐怖手段进行统治。他惯用打杖条、打板子、轧杠子、跑铁链子、跪铁蒺藜、站铁鏊、气蛤蟆（令受刑者仰卧，用杠子砸肚子）等酷刑。但最令人发指的是“站木笼”。他在衙门前置木笼12架，每