任哈里发阿里去世后，巴士拉改由倭马亚王朝任命的总督管理，不过几十年间经历了数次叛乱。691年，巴士拉被倭马亚王朝马利克·本·马尔万控制。740年，阿拔斯王朝阿布·阿拔斯征服了巴士拉。871年，城市在津芝叛乱中遭到洗劫。945至1055年间布耶王朝占领了巴格达和伊拉克的大部分。赛尔柱人击败布耶王朝后，巴士拉随之被塞尔柱帝国统治。在阿拔斯王朝统治期间，巴士拉成为了一个重要的文化中心，阿拉伯学者海桑、文学家都居住在这里。
中世纪.1122年巴士拉成为了伊马德丁·赞吉的封地。这一时期出