为了牵制东军的前田利长，成功拉拢丹羽长重、山口宗永和等大名。前田利长侵攻北之庄城时吉继散佈假情报使其动摇。前田军聼了假情报后撤退，途中遭到丹羽军袭击（浅井畷之战），最终迫使利长退回金泽城，使得他无法参与关原之战。9月，吉继在三成指示下率领脇坂安治、朽木元纲、小川祐忠、户田胜成、赤座直保等诸将袭击美浓。九月十五日（西历10月21日），东西两军展开关原之战。吉继率户田胜成、平冢为广等5700人在关原西南山中的藤川台一带佈阵，阵中还有织田信长之子织田信吉与长次两兄弟，及蜂须贺家政的重臣高木法斋。身患麻疯病的吉