省党部主委陈肇英攻击陈仪亲日不遗余力，掣肘陈仪人事安排，也对沈仲九延聘左派人士任职感到不满，也与CC派关系紧张。1941年8月，遭南洋华商陈嘉庚向国民政府主席林森指控其于闽省统制经济施政不当，又因福州被日军攻陷，驻军不战而逃，遭撤职返回重庆，后由CC派刘建绪继任福建省主席。1941年任行政院秘书长。1942年改任考核委员会主任委员。
与台湾的关系.1935年，日本在台湾举行「始政四十周年纪念台湾博览会」。陈仪曾经留日多年，对日本颇富了解，同时又是与台湾最邻近省分的长官，所以奉命赴台