此各拥战舰、各自为政，到南京政府统一时派系与省籍问题互相内斗的现象极为严重；不过抗战的爆发某种程度上成为国民政府整肃契机，过去所有派系因主战舰被日军消灭，沿海领土丧失，因此海军通通搬迁到四川，海军训练单位只剩下由闽系把持的福州马尾海军学校。同时，因租借法案的缘故，国民政府在第二次世界大战时便已得到美国首肯军援船舰，这些武装与接舰的人事裁定权成为国民政府重建海军的重要筹码。为此，国民政府军事委员会创设海军总司令部以直接规避过去闽系把持的海军部，并打算创立一所不属于任何省籍的海军训练学校。1945年抗战