结核及个人兴趣等原因，最终并未到该校就读，回到汇文中学继续读高中，期间开始学习古文字。1951年，李学勤考入清华大学哲学系。1952年，中国高等院校院系调整，清华大学哲学系被划入北京大学，但李学勤并未到北大报到。院系调整过程中，原清华大学中文系教授陈梦家被调入中国科学院考古研究所，经陈梦家引介，李学勤调到考古研究所与曾毅公一起负责对郭若愚《殷墟文字缀合》原稿进行校对、补充工作，至1953年底该项工作完成。1953年，时任西北大学校长的侯外庐因中国科学院筹备建立历史研究所而被调到北京，任历史研究所二所副所