研医理，能做眼窝边肿瘤切除手术，又能治癒疯疾。历11年编成《证治准绳》44卷，凡220万字。另着有《医镜》4卷、《新镌医论》3卷、《郁冈斋笔尘》等，辑有《古代医统正脉全书》。今人辑有《王肯堂医学全书》。
佛学.王肯堂是明末高僧紫柏真可的弟子，专攻唯识而不涉余宗，以唯识的立场，採用唯识系的经论，作为注释的依据。王肯堂着有《成唯识论証义》，在明末诸家的唯识着述中最为杰出。