兵攻打南梁，魏宣武帝诏令元诠出任使持节、都督南讨诸军事、平南将军，都督后发的军队前往淮南战场。隔年（507年）参与了钟离之战的作战，因为战功转任使持节、都督定州诸军事、平北将军、定州刺史。永平元年（508年）八月京兆王元愉准备起兵谋反，谎称皇帝元恪已经被高肇杀害。北方诸州镇皆怀疑朝廷发生政变，派遣使者观察元诠的动静。元诠以实情告知使者们，各州镇才平静下来。到了九月元愉在信都北方被元诠击败，退守信都后行冀州事李平、济州刺史高植和元诠等将开始四面围攻，但元愉仍突围而出。事后改官侍中，兼以首告之功，除尚书左仆射。