曹琮之兄曹玘的女儿为皇后，礼仪都是曹琮主办，转任卫州团练使。曹琮于是上奏：“陛下正在用至公管理天下，臣既然是皇后家族，不应该冒受恩泽，破坏朝廷法度。族人敢因亲缘关系请托，愿依法处置。”被时人称道。曹琮出朝任环庆路马步军总管、知邠州，转任秦州防御使、秦凤路副都总管兼知秦州。用多余木材建造粮仓，在古渭、冀城大量囤积谷物。生羌多次入宋朝边境抢劫，曹琮以恩信对待他们，生羌多请内属。宝元初年，皇帝南郊祭天，召曹琮入京陪同祭祀。西夏赵元昊反宋，宋仁宗拜曹琮为同州观察使，再次知秦州，他献上“攻、守、御”三策。之后