试图将学校迁往内地以避战火，但没有成功。为了避免遭到日军迫害，他改名萧思鹤继续授课。1940年，汪精卫试图请他担任教育部部长，但遭到拒绝。同年12月31日，萧友梅因结核菌侵入肾脏，病逝于上海，数日后中央社发布讣告：他死后葬于万国公墓（今中华人民共和国名誉主席宋庆龄陵园），墓碑上题“国立音乐专科学校校长萧友梅博士之墓”，碑文由叶恭绰撰写。司徒乔曾打算给萧友梅画像，但因病去世。1982年11月27日，上海音乐学院成立60周年纪念日上萧友梅青铜像落成，雕塑家为刘开渠。
作品.萧友梅亦