十年（1531年）任广西按察司佥事，修成《广西通志》。因母病辞官归家，拜师王守仁，“与论知行合一之旨，数相辨难”，得到王守仁称赞，“家居九年，简宫僚”。嘉靖十三年（1534年），起用为南京翰林院编修兼詹事府司谏。后任江西佥事、广西学督等职，因论河套事与大学士夏言不合，弃官归养。嘉靖四十五年（1566年）七月二十二日卒，追赠礼部右侍郎，谥文裕。
着作.《四库全书总目提要》评价黄佐“生平着述至二百六十余卷，在明人之中，学问最有根底。”有《广东通志》七十卷、《泰泉乡礼》七卷、《诗传通觧》