蒙大拿州的出血性结肠炎，即是由O104：H21型的大肠桿菌引起。造成本次疫情的O104:H4型之前也曾造成零星个案，如2004年一位併发溶血性尿毒综合症的韩国妇女，其粪便中分离出O104:H4大肠桿菌。
基因定序.在爆发后，位于中国深圳的华大基因研究院（BGI）首先于6月2日定序出造成疫情的大肠桿菌O104:H4型的基因，半天后德国明斯特大学医院卫生研究所也完成了基因定序，结果显示这种品系的大肠桿菌与2001年德国从腹泻病人体内分离出的菌株01-09591，及2002年从中非长期腹