如「暗渡陈仓」，趁疫情紧绷之际发布招标公告，对此强烈不满。「澎湖青年阵线召集人」冼义哲也提出质疑，直指赖峰伟心态犹如「建妈祖神像来防疫」，大有借疫情发挥转移「大仓妈祖案」之疑义。
罚钱命令争议.4月22日，澎湖县长赖峰伟因应中华民国海军敦睦舰队染疫事件，在个人脸书与澎湖县政府网站颁布「即日起至5月13日全民外出戴口罩，未戴口罩开罚3000元」的强制命令，并亲自率领警察在马公市街头巡逻，同时唿吁民众避免近期前往高雄或台南。赖峰伟临时颁布此一命令，立时造成民情舆论沸腾。民进党籍的澎