秘书长，仍兼任民主进步党的驻美代表。2015年6月3日，TVBS新闻独家报导，蔡英文秘密拜访美国贸易代表署，蔡英文与立法委员萧美琴看到记者时脸色难看，吴钊燮一度伸手阻挡记者拍摄。
国家安全会议秘书长.2016年5月20日，蔡英文主政下的民进党政府正式上任后，吴钊燮被任命为国家安全会议秘书长。
总统府秘书长.2017年5月18日，总统府发布人事异动，吴钊燮转任总统府秘书长。
外交部部长.2018年2月23日，行政院发布人事异动，