底，丁光训夫妇和儿子一同回到中国大陆（次子出生于1952年），参加基督教“三自爱国运动”。丁光训回国后，先在上海广学会担任总干事。1953年起，担任南京金陵协和神学院院长。1954年，中国基督教三自爱国运动委员会成立，丁光训被选为常务委员。1955年与王神荫牧师一起，被中华圣公会分别祝圣为浙江教区主教和山东教区主教。1966年“文化大革命”爆发，他失去了牧职，只保留了金陵协和神学院院长的虚衔（当时该院停办，直至1981年复校）；但在1970年代又回到了重要岗位。1980年，丁光训当选为中国基督教“两