宁全境属长江水系，长江干流流经咸宁市西北部，是咸宁市与荆州市、武汉市（部分）的界河，咸宁市有长江河段138千米。咸宁河湖密布，全市有246条河流、19个湖泊，主要属富水、陆水、淦水流域，淦水干流亦流经咸宁城区。湖泊主要有西梁湖、斧头湖、蜜泉湖、大岩湖、黄盖湖等。此外，咸宁市境内建有5座大型水库以及18座中型水库，五座大型水库为富水水库、陆水水库、青山水库、南川水库和三湖连江水库。2011年数据，咸宁市全年水资源总量65.01亿立方米（地表与地下不重复计算），地表水资源量62.78亿立方米，地下水资源量1