投入服务，九巴即由2003年5月17日起改派两部该型号巴士行走，并实行两线空调化。该型巴士配备电子路线牌，更方便车长转换路线号，其后九巴再买入同样配备电子路线牌的丹尼士三叉戟(ATS)，为本线派车更多元化。2004年12月18日起，由于99线延长至乌溪沙站（现称乌溪沙铁路站，99线于2014年1月11日起进一步延长至恆安），两线改为独立派车，互调运作模式终告取消。当时派车为AA20/FP1891及ASV44/KA9676。2005年6月27日起，本线修改平日班次，同时改为全以双层空调巴士（ASV44