命期间，该寺关闭。1979年到1980年，人民政府拨款重新贴金并油饰彩绘。1980年，牛街礼拜寺重新开放。1996年牛街礼拜寺进行千年纪念修缮工程。2003年，北京市投资千万元人民币再度修缮。1966年文化大革命爆发后，1966年8月22日，二百多名回族学生来到牛街礼拜寺造反，学生们向阿訇宣布了四条命令：“一、交出全部古兰经；二、不许进行迷信活动；三、劳动改造；四、不许穿长袍马褂。”后来，北京更有“消灭伊斯兰教革命战斗队”提出了“彻底消灭伊斯兰教”的口号，随即被制止。1966年9月15日，周恩来接见西安