不服党的领导，因此开除两人的党籍。2007年11月6日，廖本烟在其与黄宗源及黄适卓合开的记者会上宣布退出台湾团结联盟，廖本烟当场脱下有李登辉签名的台湾团结联盟背心，但也说「目前没考虑」加入民主进步党。廖本烟退出台湾团结联盟后，改以民主进步党籍于第七届立委选举树林莺歌选区竞选连任，最终败于中国国民党提名的2004年雅典奥运银牌得主，时任不分区立委黄志雄；廖本烟于选后暂退居幕后，多协助党籍同志之公职竞选活动，并借由服务处之持续运作，经营地方人脉并维护既有之政治资源。2012年，廖本烟获民主进步党提名于新北市