2016年夏季帕拉林匹克运动会的男子100米自由泳比赛于9月8日至17日在奥林匹克水上运动中心举行，共分为9个级别。与上届比较，取消了S2级及S12级项目。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：S4级：S5级：S6级：S7级：S8级：S9级：S10级：S11级：S13级：