赴重庆。然而，由于不希望同蒋介石合作，杨庶堪继续隐居。1942年（民国31年）8月6日，杨庶堪在重庆病逝。享年62岁（满60歳）。
纪念.国民政府为纪念杨庶堪，褒扬其革命事迹，在1943年7月将原重庆府中学堂旧址改建为杨沧白先生纪念堂，该堂所在的炮台街改名为沧白路。