忠孝西路一段4号崇圣大楼部分楼层办公。1999年7月1日，配合台湾省政府功能业务与组织调整，台湾省政府原住民事务委员会暨所属「文化园区管理局」改隶行政院原住民委员会，行政院原住民委员会于中兴新村设置中部办公室。2001年，行政院原住民委员会搬迁至台北市信义区松仁路3号中油大楼部分楼层办公。2002年3月25日，行政院原住民委员会更名为行政院原住民族委员会，社会福利处更名为「卫生福利处」，经济及土地发展处分拆为「经济及公共建设处」与「土地管理处」。2006年，行政院原住民族委员会搬迁至台北市大同区重庆北路