，全部就抚。士奇本为文人，好与诸生谈兵，朝廷以为其通晓兵事，结果临战却以文墨为事，导致军政废弛。女将秦良玉请求分守十三关隘，士奇也置之不理。四川防守堪忧。崇祯十六年十二月，朝议以其不称职，命龙文光代之。崇祯十七年（1644年）四月，北京发生甲申之变，大顺李自成入城，崇祯帝自杀。陈士奇本已卸任，闻讯道：「必报国雠。」于是留驻重庆，抗击张献忠。二十日，城破，陈士奇与副使陈、知府王行俭、知县王钖均被执。士奇大骂。敌兵将其缚于教场，方要处决，忽然雷雨大作，咫尺不见。张献忠仰天道：「我杀人，何与天事！」用大砲向天