何休被禁锢在家时，开始註解孔子的经书，目前仅存的唯一文本是他历时十七年才写成的《春秋公羊解诂》。
学术对手.贾逵曾使东汉的公羊学与朝政面临重大危机，何休撰写《春秋公羊解诂》的其中一项重要动机就是在反驳贾逵的春秋左氏学主张。郑玄是何休同时代的着名学者，也遭到党锢之祸。在禁锢期间读何休写的《公羊墨守》、《谷梁废疾》、《左氏膏肓》，郑玄不同意何休的见解，“蜂起而攻之”，也写了三本书反驳回去，史载“发《墨守》，针《膏肓》，起《废疾》”。何休看了感叹说：“康成（郑玄字）入吾室，操吾戈，