复置南兖州。大明七年（463年），割杨州吴郡属南徐州。大明八年（464年），吴郡还属杨州。泰始四年（468年），割杨州义兴郡属南徐州。至此，南徐州领实郡二：晋陵郡、义兴郡；有实县之侨郡二：南东海郡、南琅邪郡。辖境相当今江苏省镇江、常州、无锡、锡山、丹徒、丹阳、江阴、武进等市县及南京、句容、张家港、常熟等市部分地区。南朝齐永明二年（484年），义兴郡还属杨州，不久即复属南徐州。南朝梁天监元年（502年），改南东海郡为南兰陵郡。天监六年（507年），分晋陵郡置信义郡。后改南琅邪郡为双头郡南琅邪彭城二郡。