，贼出不意，皆震慑请命。许以不杀，按籍散遣，境内获安。十五年壬午（1642年）召对，陈时政十事，上嘉纳之。擢云南道御史，浙西白粮北运累民，疏请官解，着为令。巡按福建，道经淮安，疏言史可法兵单，根本重地恐不支，今援师云集，宜悉留淮上，听可法调用。不报。时张献忠已陷湖广，波及江西，福建与江西接壤，贼寇蜂起，行部至漳州，贼梁良衆万余攻城，清原计擒内奸辛泗等斩之，简骁勇七百人，从间道击之，擒其副帅李寅，贼乃退。十七年甲申，京师不守，清原捐俸备甲仗，募兵三千勤王，请身讨贼，疏上，为马士英所格。乙酉赴命，在途闻金陵陷，