长郭大维表示，教育部此举已造成负面影响。台大在声明中指出教育部此举不仅是对大学自主精神之重大斲伤，造成校内对立与不安，也恐造成大学校长遴选之寒蝉效应；不仅不利于台湾高等教育之发展，也已对大学发展产生重大负面影响。 曾任国立台湾大学医学院教授的台北市市长柯文哲也表示，政府应该避免犯戕害大学自主这类的错。此举也引起了民众对于政府极权化的疑虑。
议员争议.2013年，高雄市政府警察局保安警察大队迅雷中队警员邱集田因抓毒，被前高雄市议员吴铭赐关切而有所争执，随后被调为大门警卫，经媒体踢爆后