发案就是本案所涉的环评争议所在。由于后里农场的环评案件已经快速通过，在七星农场环评送审前，中科筹备处即已对外宣称中科将开始动工建厂，行政院副院长蔡英文亦致电环评委员表达关切，黄仲生于审查日更北上环保署拜会环评委员。诸多的政治干预，令当时的环评委员如文鲁彬等公开抨击上述行径。而专案审查小组初步做成的结论，亦採取有条件通过或进入第二阶段环评两案并陈。但在最后的环评大会上，结论系採取有条件通过环评，条件为：中科营运前应提出健康风险评估，须包含毒性化学物质紧急意外灾害类比与因应，以及正常或紧急况排放毒性物质对居