佛教在封建制定着以前的日本是日本思想的主流。圣德太子导入的佛教文化在奈良时代确立为「国家镇护」的思想。平安时代以降，着重个人现世利益的密教取代「国家镇护的思想」。但是，在「末法思想」的悲观主义普及的时代到来之后，强调来世的净土思想普遍化。武士掌握政权的鎌仓时代开始后，出现以新兴的社会阶级（武士）为对象的「新」佛教。
近世思想.异于日本的古代、中世思想和佛教的强大连结，日本近世思想的主流是儒教、宋明理学。以林罗山为祖的林家的朱子学被江户幕府指定为官方的学问。另外，江户中期以降，国学、