，此时的他已在台大医院担任外科主治八年了。1995年，林芳郁升任为教授，两年后，出任急诊部主任；在这段时间里，他历任台大医院副院长、急救加护医学会、台湾医学会及公立医院协会的理事长，2004年8月，接任台大医院院长。2008年5月，马英九就任中华民国总统后，任命他为卫生署署长，但同年9月因中国大陆毒奶制品污染事件，在三聚氰胺的检测标准上，参与会商的专家认为检测仪器有其误差下限，一定比例以下的三聚氰胺，以当时技术无法检出，因此主张採香港的 2.5 ppm 为标准，但民众普遍表示无法接受此过于宽松的标准