在同州、咸阳、耀州、富平、大荔、高陵的城内杀死全部的回民，回民房屋烧毁无存，再到同州府、西安府等地的每一个回村对回民进行灭族屠杀。在艰苦得打赢后，清军在渭南市屠杀回民2万多人，清军在西安附近屠杀了数万回民。
宁夏.左宗棠派刘松山从陕北向金积堡进军，追击陕西回军，另派雷正绾等从董志原等地向固原进军作为支援。马化龙在1866年向清朝请降后，仍然保留武装，继续经营以金积堡为中心的地盘，并援助其他回军。左宗棠认定马化龙不是真心归顺朝廷，马化龙也知道左军不怀好意，亦增购军火弹药和加强