1945年，林敬三担任内务大臣秘书官兼大臣官房人事课长，同年10月27日经官派成为鸟取县知事，也因此以38岁之龄成为该县县政史上最年轻的地方首长，为时约一年多，任期结束后的1947年2月则调任地方局局长，此是其在内务省中的最后一项勤务。同年12月，当佔领日本的盟军总司令部解散该部门后，林又经内阁会议任命为内事局长官，1948年1月起上任，在该临时过渡机构运作的90天内，负责于公安委员会成立之前接续内务省对日本警务系统的管辖权。同年6月至8月间，正值宪法改正与战犯审判实施之际，宫内府（1949年6月改制