在明代政治地位一落千丈，但始终代表道教正宗之一。北京西便门外的白云观，是全真教三大祖庭之一，现在是中国道教协会的所在地。
教义.全真教的教义总体来说，继承了钟离权、吕洞宾的内丹思想。此外，提倡三教合一，三教平等，认为儒家、释教、道教的核心都是“道”。其宗教实践的原则是“苦己利人”、“利人利己”。而且实行出家制度，道士不可婚娶。（历史上如正一道者，多不出家，还世袭尊位。所谓全真教南宗也不提倡出家。）全真教除了继承了中国传统道教思想以外，更将符箓、金丹等思想以外的内容重新整理，为今