任曹操，钟繇反劝说李、郭应借助曹操拥护献帝的忠心，于是使者得以来往。兴平二年（195年），李、郭互相攻击，李傕胁持献帝到自己军营中，钟繇与侍中卫尉杨奇、尚书郎韩斌等人出计谋，比如诱使李傕部下反叛削弱其势力，献帝才得以逃离长安。因功拜御史中丞，迁侍中、尚书仆射，封为东武亭侯。
镇抚关中.建安二年（197年），马腾、韩遂相争，曹操因伐吕布无暇分身，经由荀彧推荐，上书奏请侍中钟繇守司隶校尉、持节督关中诸军。四年十二月甲辰（200年1月4日），钟繇到长安之后送书给马腾和韩遂陈述利害，马、韩