南北广场不通的200米地下通道工程正在推进中。目前南京站所有检票口在列车开车前5分钟停止检票。广播方面，南京站使用的广播提示音与日本东武铁道东上本线常盘台站、和光市站、川越站等车站的发车提示音相同，同样使用这一提示音的还有CRH2系动车组（包括CRH380A）出站后的报站广播。
南广场.南京站南站房由AREP设计，面向玄武湖，以帆船为设计意向。南站房宽270米，南北进深53.5米，面积4万平方米，外立面为桅杆斜拉索悬挂结构：使用18根桅杆支撑起横向钢梁。进站大厅位于一楼和二楼。