人民共和国与作为苏联卫星国的捷克斯洛伐克的关系亦随之恶化。直至1986年，两国关系才回复正常。1989年11月，天鹅绒革命爆发，捷克斯洛伐克共产党政权倒台，瓦茨拉夫·哈维尔成为捷克斯洛伐克总统。哈维尔上任后，捷克斯洛伐克与中华人民共和国就台湾问题、西藏问题及人权问题上产生分歧，两国关系出现紧张。1990年2月，哈维尔邀请达赖喇嘛访问捷克。其后，哈维尔亦邀请时任中华民国外交部次长章孝严访问捷克，导致中华人民共和国政府不满。1993年1月1日，天鹅绒分离以后，捷克斯洛伐克分裂为捷克和斯洛伐克两个国家。中