引公众对其保护行动进行关注，常用于宣传用途，通常是某些特殊生态系统的标志。旗舰种不仅能够使这些物种受到更好的保护，也能连带保护那些影响力较小的物种。此概念自1980年代以来开始发展，目前已有许多被大众广泛认可具有魅力的物种被列入，如大熊猫、黑犀牛、孟加拉虎、亚洲象等。其他如当地重要的物种，如切萨皮克蓝蟹及等，因符合文化和社会背景也被选入为旗舰种。旗舰种的应用仍有侷限性，因为旗舰种在管理上可能会与其他受威胁物种发生冲突。如果旗舰种消失，相关利益者可能会受到负面影响。旗舰种的效应有时很有限，而且此种方式