国民政府进行接洽，共同接受南京国民政府的领导。来到南京后，朱兆莘出任国民政府外交部政务次长，帮伍朝枢展开外交活动。民国17年（1928年），朱兆莘任广东省政府委员、粤海关监督、国民政府外交部特派广东交涉员等职务。民国20年（1931年）9月18日九一八事变爆发后，国民政府设置了对日特种外交委员，委员之一为朱兆莘。民国21年（1932年）1月，蔡元培在中国国民党第四次全国代表大会上提出组织国难委员会的动议。国民政府遂聘任国难会议会员，第一批共189人，朱兆莘为其一。1932年12月10日，朱兆莘病逝，