在完场前射入自己加盟日之泉后的第一球，但球队最终仍以1–2不敌成都谢菲联。2013年4月14日，陈肇麒广东日之泉在中甲迎战哈尔滨毅腾时首次正选上阵，有陈肇麒在27分钟建功，射入了今季个人首个中甲入球，终助球队险胜3–2，并以5战12分升上第3位。不过广东日之泉第二季最终冲超失败。
南华.2013年12月31日，南华足主罗杰承在网志上透露，为了征战亚冠外围赛，陈肇麒回归南华，再披南华的7号战衣。季尾陈肇麒为南华重夺失落三年的高级组银牌锦标，兼取得2014–2015年度亚洲足协盃参赛资