三教合一的潮流下，着名的明末四大高僧（紫柏真可、莲池祩宏、憨山德清、蕅益智旭），虽然将禅宗的修行方法引入净土宗，以禅宗的心态修行净土，但是仍然是以净土为依归，与禅宗特重智慧开悟的风格已截然不同。净土宗在佛门及民间成为信仰主流。洪武元年（1368），朱元璋在金陵天界寺设善世院，命令慧昙（1304 —1371）主持管理全国佛教。在他的职位之下又设置了统领、副统领、赞教、纪化等宗教职位，以实施对佛教教团的管理。洪武十五年（1382），把全国寺院分为「禅」、「讲」、「教」三大类，要求寺院僧众专注于其专业，并且设