12-13赛季转会至德甲豪门拜仁慕尼黑。转会费据报道为1,160万欧元，沙奇里与之签订了一份为期4年的合同，至2016年6月30日止，年薪约为200万欧元。2012年7月10日，沙奇里代表拜仁慕尼黑在对阵翁特哈兴的一场友谊赛中首次登场亮相，球队凭借阿拉巴的入球以1比0战胜对手。他代表俱乐部参加的首场正式比赛是在8月20日德国杯首轮对阵雷根斯堡，沙奇里在下半场替补上阵射入拜仁的第2球，并助攻曼祖基奇及皮萨罗射入两球，球队得以4比0取胜。同年12月7日，沙奇里又在欧洲冠军联赛分组赛以4比1战胜巴迪的比赛中射