人类的Y染色体中包含约6千万个碱基对。Y染色体上的基因只能由亲代中的雄性传递给子代中的雄性（即由父亲传递给儿子），因此在Y染色体上留下了基因的族谱，Y-DNA分析现在已应用于民族迁徙、家族历史的研究。
概观.大多数哺乳动物每个体细胞中含有一对性染色体，其中雌性拥有两条X染色体；而雄性则拥有一条X染色体与一条Y染色体。哺乳动物的Y染色体的DNA上含有能够促使胚胎发育成雄性的基因，这个基因称为SRY基因。Y染色体上的其他基因还包含制造正常精子所必需的基因。动物中也有少数具有多对性染