开始与西班牙断绝贸易往来，于1624年断绝了外交关系。支仓后来怎么样无人知晓，但对于他晚年的说法却有很多种。有人说他放弃了天主教信仰（常长回国时开始实行禁教令，有人说他身死殉教，还有人说他参加了天主教私密团体。支仓死于1622年，他的坟墓立在宫城县川崎町元福寺旁、仙台市青叶区，还有就在大乡町的支仓常长纪念公园。其儿子常赖在1640年，被幕府以天主教相关罪行判刑，支仓氏被绝后。现时在西班牙西南部的科里亚德尔里奥有数百名居民姓“赫本”（Japón，西班牙文之日本），他们被认为是支仓常长的后人。