剧情按照固定的顺序发生，游戏的主角是一名刚搬到未白镇的小孩，他的父亲是邻近的橙华市的道馆馆主，这是精灵宝可梦系列作品中首次有主角的父亲出现在游戏中（全部有两次，另一次是《精灵宝可梦保育家 风涌篇》）。游戏开始时，主角可从小田卷博士处选择木守宫、火稚鸡或水跃鱼作为起始宝可梦，博士的孩子（性别设定与主角不同）也是一名精灵宝可梦训练师，与主角亦敌亦友，在剧情中也会与主角进行若干次战斗。游戏的两个主要目标分别为打败八个道馆的馆主，并进而击败四大天王成为新的冠军，以及捕捉到全部386种宝可梦以完成宝可梦图鑑。除了