籍的道明会会士来到台湾对原住民传教，至1642年西班牙被迫离开台湾后中断。
明郑时期.郑成功殖民期间实施禁教政策，信仰基督教的原住民被迫选择放弃信仰或逃到深山。此时明郑谘议参军陈永华为革除荷兰人所留下的基督信仰，以及实施儒家思想汉化政策，积极兴建孔庙、真武庙、关帝庙等汉人寺庙。也利用免除徭役措施诱使原住民接受汉化教育，相对于荷兰的语言本土化政策，明郑时期的宗教政策不仅打击基督教，也严重打击原住民语言。
清朝时期.1683年6月（康熙22年）施琅攻陷台湾，之