条件困难，且岛上荆棘遍地，调查工作难以展开。经过此后的多次调查，文物部门逐步完成了岛上兵营分布和构成的调查，同时对岛上村民进行了文物保护的教育，对兵营的人为破坏得到中止。花岙兵营遗址于2005年3月被列入浙江省文物保护单位，2013年3月列入第七批全国重点文物保护单位。2007年，当地政府在高涂岙建成“南田悬岙张苍水纪念馆”，内设张苍水事迹陈列。在花岙岛国家级海洋公园规划中，花岙兵营遗址被纳入重点保护区。