，阮知方奏请前往高平平叛，嗣德帝以兵部事繁，而阮知方年高多病为由，不许。寻改阮知方为工部尚书，仍充机密院大臣。嗣德二十四年（1871年），加太子太保衔。随即，阮知方因错革除太子太保衔，降为协办大学士。嗣德二十五年（1872年），由于太平天国残余势力黄旗军、黑旗军和白旗军逃入越南境内并发生内讧，嗣德帝下令黄继炎等人进军讨伐，并任命阮知方为宣察董饬大臣，前往北圻山西、海阳视察平叛大军。嗣德二十六年（1873年），越方逮捕了一些来越南贩卖食盐的中国商人。而此事触犯了法国的利益，法军亦扣押了相关的越南官员。