上海南站，之后在莘庄铁路三角区分叉，一条前往上海虹桥站，另一条经嘉兴前往杭州东站。线路计划于2008年底建成，2010年上海世博会开幕前正式投入使用。然而，建议书披露后即引来大量争议。中铁隧道集团（前身为铁道部隧道工程局）副总工程师、中国工程院院士王梦恕认为磁悬浮是一种“交通玩具”，上书人大要求暂缓沪杭磁悬浮项目。磁悬浮浦东机场连接段沿线的居民亦对辐射和噪音问题提出质疑，2008年1月12日至13日，逾千名居民在人民广场和南京东路步行街进行游行，抗议该项目。另一方面，同济大学博士生导师孙章等人则表态支持