送海外进口液化天然气而在高雄市永安区建立的永安港亦名列国际商港辅助港口。国内商港则有5座，嘉义县的布袋港及澎湖县的马公港（澎湖港两大港区之一）主要是以离岛运输及观光为主，深澳港以台湾中油公司卸油气与观光海钓为主；而金门港（下分3个港区）与马祖港（下分5个码头区）透过小三通模式，与中国大陆直接通航，并进行非正式贸易活动，福建当地台商也多循此途径往来台湾与大陆两地。
工业港.目前有3座工业专用港：云林县麦寮乡沿海由台塑公司所设立之麦寮工业港，主要负责台塑六轻工业区之原料成品进出口