于是后小松天皇迎持明院统的彦仁王继位，往后确立了北朝系统的皇位继承权。后小松上皇的辅政一直到他1433年去世为止，从此开始后花园天皇长达三十多年的亲政。在他的治世时代，不但有土一揆与嘉吉之乱的发生，南朝不满的人也持续暴动中，政局并不稳定。此外，将军足利义政奢侈逸乐，天皇还要加以劝谏。1464年，让位给成仁亲王，退位为太上天皇并继续执政。1470年过世，葬在后山国陵，另有一部份的骨灰安置在般舟院陵。