云十四岁时父亲去世，之后在私塾教书，二十岁时补博士弟子员。当时大学士祁隽藻在江苏视学，看中尹耕云的品行学识，于道光二十九年（1849年）科选拔贡，本省乡试中举人。道光三十年（1850年）举进士，授礼部主事，由于他在道光帝的殡葬大典中表现出色，被礼部侍郎曾国藩看中，提拔为礼部郎中。咸丰五年（1855年）任实录馆主事，后加道台衔。咸丰初年，太平天国北伐军攻入直隶，尹耕云应参赞僧格林沁檄召，加入惠亲王幕府，为镇压太平军出谋划策。咸丰八年（1858年），被授为湖广道监察御史。次年，增署给事中。曾反对清廷避战。随后他