尚未攻下安平，就已缺粮，因此下令往北屯垦，就地取粮或种植，因此与大肚王国诸社发生激烈冲突，此次冲突，郑军将领杨祖阵亡，一镇之兵（约五百人）「无一生还者」。后来郑军再派出将领黄安，以埋伏之计袭杀大肚社头目。郑成功赶走荷兰人之后，为了反清之需要，实施「兵农合一」政策，派遣郑军分赴各地屯垦，侵害到原住民族的活动空间，导致郑氏政权和大肚王国数次武装冲突。其中1670年大肚王国辖下的沙辘社抵抗郑氏侵略，遭郑氏政权将领刘国轩强力进攻，屠杀至仅剩六人，几乎灭族，史称沙辘社之役。
台湾的清朝