司令由碇源堂担任，副司令是冬月耕造。NERV本部位于日本箱根芦之湖北岸即第3新东京市地下的大深度地下大规模空间（Geo Front）内，掌管MAGI的1号机。在日本松代设有NERV的试验场，NERV第1支部和第2支部位于美国，第3支部位于德国。在英国伦敦，中国北京、上海也有NERV机构。新剧场版中有若干旧版没有出现过的新基地，如伯大尼基地（Bethany Base）、塔布加基地（Tabgha Base）等。NERV与所在国政府的关系一向比较紧张，NERV本部与日本国政府、战自的关系尤为如此。在TV版