地方人士表态能按照原貌修建，但庙方人士多持拆除、盖新庙的态度。1978年（民国六十七年）1月21日，澎湖天后宫拟定翌日动土，计画将旧庙全拆，并依原本样式重建新庙，动土前夕，被时任中研院院士陈奇禄下令禁止动工；同年5月2日，内政部指示「不准拆除重建」、台湾省政府函复澎湖县政府，指示天后宫不准改建，应妥为维护。后续1979年（民国六十八年）重修澎湖天后宫时，才依照「补建复旧」的方式整修澎湖天后宫，主持该年修复工程为大木匠师叶银河（1933年－？，叶得令之子、叶根壮堂弟）。1983年（民国七十二年）12月28