入侵者之后，夏玛巴畏罪自杀，夏玛巴活佛转世系统遂被清朝朝廷取消。南喀嘉措由于未能保住扎什伦布寺财产，被干隆帝召回北京，本拟对其治罪，但念其为六世班禅之兄，又是高僧，以前做过不少贡献，故最终未治其罪，而是将其安置在六世班禅居住过的德寿寺净居。这段历史也被干隆帝写入《喇嘛说》中。当时，木氏土司以及平西王吴三桂的后裔对清朝朝廷的稳定构成威胁。干隆帝遂遣南喀嘉措赴康南，管理川西、滇北、藏东的宗教事务。其间，雪域三大圣地之一的云南德钦太子雪山的山神卡瓦噶布以及众空行迎请南喀嘉措去该雪山转法轮。大神卡瓦噶布发愿做东