满铁停止存在，留用所有旧雇员。10月11日，东北行营进驻长春，行营经济委员会主任委员张嘉璈任中长铁路理事长。1945年12月，国民政府派王竹亭为中长铁路局中方副局长，另有国方职员10人到哈尔滨参加中长铁路局管理工作。1946年4月，苏军撤退回国，中国共产党的东北民主联军攻占长春与哈尔滨，中国长春铁路公司理事会迁至国民政府统治下的沈阳。1946年4月下旬，王竹亭随苏军撤离哈尔滨，后在沈阳成立中长铁路副局长办公处，办理国军接收区域内的中长线的运输事宜。中共方面以东北民主联军的名义立即任命吕正操、郭洪涛为中长