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在基因上的位置.DNA上的很多位置都可能存在沉默子。最常见的位置是在靶基因的上游，它可以抑制基因的转录。沉默子与目的基因的距离从上游20个碱基对到上游2000个碱基对不等。某些沉默子可以位于启动子的下游、基因本身的内含子或外显子上。在mRNA的3′非翻译区（3′UTR）内也发现了沉默子。