认为将会重返乌干达政坛，但他却在2005年8月宣布欲离任人民大会党总裁。2005年9月，据报奥博特将于年底前返回乌干达。 2005年10月10日，奥博特因肾衰竭在南非约翰内斯堡一家医院病逝。 同月，为奥博特举行的国葬在乌干达首都坎帕拉进行，总统约韦里·穆塞韦尼也有出席。但一些人，包括卢韦罗三角大屠杀的生还者却对奥博特获得国葬感到不满。 奥博特死后，其妻米瑞娅·奥博特获选为新任人民大会党总裁。