注入台江内海，千里汪洋尽成海埔新生地。台湾地势改变海沈陆浮，港口消失，使台南渐失海运地位。及同治3年（1864年），安平海关建造完成，并正式开港，英商于安平设德记、和记洋行，隔年另开鸡笼、打狗两港，而有正、副港之称。光绪元年（1875年）在北部增置台北府、原台湾府改称台南府，失去全台唯一政治中心的地位；光绪11年，台湾建省，省治初设今台中一带，稍后改于台北，台南由全岛中心成为区域中心。
台湾民主国时期.1895年4月，《马关条约》签订，台湾、澎湖割予日本。5月，台湾巡抚唐景崧发