医药.人类所发现最早在第二次世界大战期间所研发出的抗生素－即为盘尼西林，就是由青霉菌所制造。
食品加工.一些霉菌也被刻意培殖来用于食物的生产，例如：蓝起司是欧洲人经由发酵后再加入青霉菌所制成的；酱油、豆瓣酱、豆豉和味噌等需要米麴菌发酵；红糟、豆腐乳和红露酒等则是由红麴菌所发酵制造；发酵臭豆腐的臭卤水也含有多种菌种。