幼诵六经，尤长于《书经》，干隆十年（1745年）中乙丑科一甲第二名进士（榜眼），授编修，迁内阁学士。入值南书房及上书房。干隆二十一年，督直隶学政。干隆四十九年（1784年）官至礼部左侍郎。庄存与是经学家，倡今文经学，研治《春秋》公羊学，与刘逢禄同为常州学派之始宗师。阮元称庄氏“于六经皆能阐抉奥旨，不专专为汉、宋笺注之学，而独得先圣微言大义于语言文字之外”。钱穆以为庄氏不重考据，而喜牵合比附汉儒异义可怪之论。干隆五十三年（1788年）卒，年七十岁。着有《春秋正辞》十二卷、《尚书概见》三卷、《尚书说》一卷、