政奉还后，新上台的明治新政府最初仍然坚持对国民信仰基督宗教的禁止，直到1873年（明治六年），在欧美各国的压力下，日本才宣布解除对基督宗教的严格禁止，但对基督宗教的限制与系统性歧视一直存在，教会与日本政府的关系也往往相当紧张，特别是二战时期上智大学学生拒绝参拜靖国神社事件的前后。直至二战战败后，日本接受全面的体制改革，宗教信仰自由政策在日本方真正得到实行，官方对于基督宗教的歧视才画上句号。在日本逐步解除对基督教的限制后，大部分隐匿基督徒回归了正统的天主教会，这样的信徒又称为「潜伏基督徒」（）。也有一部分