丰之罪逮捕，被判处有期徒刑9年，其地位和名誉被剥夺，监禁于南京。袁世凯死后，1916年（民国5年）6月，尹昌衡获得特赦而被释放，其地位和名誉获得恢复。此后，尹昌衡任直系的江苏督军李纯的顾问。1920年（民国9年），他与孙文（孙中山）联合，在四川省和云南省活动。1921年（民国10年）他回到成都。此后他事实上从军政界引退。1937年（民国26年）10月，他当选成都的在野军人会执行委员。1949年中华人民共和国成立后，尹昌衡留在四川。1953年5月26日，尹昌衡在重庆逝世，葬于重庆南岸黄桷渡上山谷。享年