科学奖委员会邀请学术、研发单位或团体推荐。总统科学奖委员并将聘请数理科学、生命科学、社会科学、及应用科学4个小组的委员，负责审查，之后再由总统科学奖委员会及4个小组的召集人组成的联席会议，决定得奖名单。
奖励.得奖人将由中华民国总统亲自颁发新台币200万奖金、奖状、奖座，并将会替得奖人举办演讲等活动。