学海洋政策研究中心主任胡念祖认为协议进展不大，日方善意有限，原本两国经济海域互相重叠，都可自由进出，现在把模煳空间划清楚，没有取得对我方主权有利的象征，未来可能会使我方减少继续主张主权的机会。国立政治大学国际研究英语硕士学位学程主任、外交学系副教授黄奎博则认为这是好的开端，台日均对各自的主权主张做出相当的自我约束；未来希望从此出发，减少台日冲突的因子，达成互利共生的境地。沖绳县知事仲井真弘多于协议签署当天发表声明，称「不仅沖绳县的要求完全没有得到反映，还向台湾方面做出了大幅让步，不得不说这极其令人遗憾