会发展研究中心、欧洲研究中心、光学信息技术科学教育部重点实验室、虚拟经济与管理中心、实验室信息平台、WTO研究中心、语言研究所、战略环境评价研究中心、药物化学生物学国家重点实验室、统计研究院、书画艺术与美学研究中心、中国哲学社会科学管理创新研究中心、亚洲研究中心、深圳研究院、人权研究中心、核心数学与组合数学教育部重点实验室等。南开大学牵头、参与组建了中国特色社会主义经济建设协同创新中心、天津化学化工协同创新中心、现代旅游业发展协同创新中心、生物治疗协同创新中心、中国自由贸易试验区协同创新中心、中国抗日战