以追溯到13世纪的圣约翰医院，建造圣约翰医院的想法由罗切斯特主教圣约翰·费舍尔提出，并由玛格丽特夫人作为学院牧师。但是，在学院建造之初，玛格丽特夫人就已病逝，建造学院的大部分工作都由费舍尔完成。他同时得到了英格兰国王亨利八世和主教尤利乌斯二世的批准，伊利主教也同意将这座宗教医院转变为一所学院。圣约翰学院最终于1511年4月9日正式建立。学院建造的资金来源于玛格丽特夫人的遗产，利用这笔遗产，学院将圣约翰医院的建筑和礼拜堂重新整修和翻新，使之成为一所全新的学院。学院相继建造了一座餐厅和一座门楼作为学院的财政