预备发表鲁迅打油诗《我的失恋》时，与代理主编刘勉发生冲突，孙伏园随后辞职，离开《晨报》。同年11月与鲁迅等人发起成立语丝社，出版语丝周刊。12月初接受了邵飘萍的邀请，主编《京报副刊》。1926年4月24日《京报》被查封，孙伏园与其弟孙福熙一起南下到广州中山大学任教。1926年应厦门大学文学院院长林语堂之邀，赴该校出任国学院编辑部干事，兼任厦门南普陀寺附设南佛学院教职，并继续与在该校任教的鲁迅保持密切联系。当年冬再赴广州，任《国民日报》副刊编辑，兼任中山大学史学系主任。1927年3月应邀到武汉主编汉口