段时期，贝采利乌斯得到老师启发，又阅读生物学家卡尔·林奈的作品，由此对自然历史产生兴趣，开始收集植物和鸟类。中学毕业后，贝采利乌斯不按养父母的意愿成为牧师，而决定修读医学；虽然他在成绩表里被评论为「品行欠佳」、「前景未定」，但最终成功进入乌普萨拉大学的医学院。
入读大学至成为教授.贝采利乌斯在1798年第一次上大学的化学课，结果他该年的期末考试结果几乎不及格，不过物理成绩良好。后来，贝采利乌斯发现化学教授不会经常留在实验室监视学生，开始私下到实验室进行各种实验，例如从化学教科书学习