2年，刘备于夷陵之战大败，巴西太守阎芝众县征召五千人为补缺，派马忠送往。刘备逃至永安（今奉节县），接见马忠并和他谈话后，对刘巴说：「虽亡黄权，复得狐笃，此为世不乏贤也。（虽然没有了黄权，但又得到狐笃（马忠），这是世上不缺乏贤士呀。）」223年，丞相诸葛亮开府，任马忠为门下督。225年，诸葛亮南征，拜马忠为牂牁太守。郡丞朱褒造反，不久被平定，马忠对南人抚养、教育，甚有威望、恩惠（详见诸葛亮南征）。230年，被召为丞相参军，副长史蒋琬署留府事。又领有州治中从事。明年，诸葛亮北伐，出兵祁山，马忠受诸葛亮所託，