1月26日就职，1月24日前主席林义雄退出民进党。由于高雄市接连发生弊案及选举失败阴霾下，诉求“和解共生”的谢长廷以“坚持理念，分担责任”请辞行政院长，1月25日由苏贞昌接任行政院长。2006年年中后，总统陈水扁週遭人士陆续传出多起弊案，主要有总统女婿赵建铭涉及台开案、总统夫人吴淑珍被控收受Sogo百货公司礼券并介入该公司经营权之争、炒作股票、总统府的国务机要费案等，让陈水扁的声望不断下跌。2006年5月31日，陈水扁宣示「三个决定」（自清、革新、权力下放）与「一个决心」（说到做到、坚持到底），交出党政权力