他也因此掌握大权，开启“蓬巴尔改革”。他在经济领域建立商业活动规范和质量标准，奖励工商业，建立起数家商业公司以及主管商业活动的行会；限制并削弱宗教裁判所势力，赶走国王的神职顾问，加强王室权力，同时促进全国世俗化；兴办教育，重建科英布拉大学；废除葡萄牙和葡属印度殖民地的奴隶制。蓬巴尔的改革以理性和启蒙为名义，遍及行政、教育、经济和宗教领域，影响重大而深远。但其统治也遭到不少批评，被认为建基于独裁制度，体现在限制个人自由、压制批评言论、剥削殖民地经济等诸多方面。蓬巴尔侯爵推行反耶稣会的政策，曾勒令所有耶稣会成员