崇祯十一年（1638年），崇祯帝临场视学，观看皇子就学情况，亲问《尚书》大义，讲毕，获赐“龙团月片，甘瓜脆李”。历官南京国子监司业、左庶子。崇祯十七年（1644年）甲申之变，明朝灭亡，清兵入关后，短暂出仕弘光帝朝廷，任詹事府少詹事，不久请假归乡。清顺治二年（1645年），清军南下，吴伟业携家眷逃难，先后投奔到同宗繇青房及公益兄弟家，之后再逃往矾清湖亲戚家，隐居不出。顺治九年（1652年），两江总督马国柱向朝廷举荐任官，吴伟业得知后致信马国柱，以身体有疾为由拒绝了。但弘文院大学士陈名夏、亲家礼部尚书