父亲奥托一世逝世后，奥托二世继承为勃兰登堡藩侯。当他接替他的父亲后，他提高了勃兰登堡的国防和预算，并发动了对斯拉夫人和丹麦的克努特六世的战争。在1198年至1199年的冬天，他摧毁了丹麦的佔领波美拉尼亚，并于翌年巩固了新的佔领区，此行动进逼吕根岛及威胁到汉堡。在1200年至1203年间，他支持霍亨斯陶芬王朝士瓦本的菲利普对抗神圣罗马帝国皇帝奥托四世。1205年，奥托二世逝世，死后无嗣。其同父异母弟阿尔布雷希特二世继承为勃兰登堡藩侯。