站后会大幅减少，这是因为发电机组所排出的水中含有的沉淀物非常少，使下游河床被沖刷，又失去沉淀物的补充，导致水土流失，最终下游的原有地貌会逐渐被侵蚀，河堤、三角洲会受影响，肥沃的沖积土减少。阻碍水中生物迁徙，阻碍其繁殖，部份物种可能因而绝种，减少了物种多样性。水库会使水温上升，因而导致鱼群数量及种类减少。而且这些破坏是永久性、不能逆转的。
能源依赖水流.水力发电虽然不需燃料，但需要水源，当一个地区重度依赖水力发电供电后，若发生天旱而水流减小时，该地区就会发生供电不足的情况。若发电