1797年（宽政9年）林家的私塾改为官立的昌平坂学问所。「昌平」是孔子出生所在的村名。此后圣堂就指汤岛圣堂中的大成殿。这里为日本培养了众多的人才。明治维新之后，1871年（明治4年）这里被关闭。作为幕府最高教育，研究机关的昌平坂学问所和主管天文的天文方（后来的开成所），主管医疗的种痘所（后来的医学所）合并成为现在东京大学的前身。明治以后汤岛圣堂建有文部省，国立博物馆（现在的东京国立博物馆和国立科学博物馆），东京师范学校（后更名东京教育大学，最后成为现在的筑波大学）东京女子师范学校（现在御茶水女子大