路系统已经几乎瘫痪。战争在1945年结束后，北婆罗洲铁路首先被接管，直到英国正式恢复对北婆罗洲的殖民统治。1946年，北婆罗洲成为大英帝国的皇家殖民地之一，并改称为英属北婆罗洲。1949年至1960年间，北婆罗洲铁路开展大规模的修复工程，并从英国、马来亚、印度输入了一批蒸汽机车。1963年8月31日，英国驻北婆罗洲总督委任了砂拉越人Donald Stephens为侯任首席部长（Chief Minister Designate）以组织地方议会政府，形式上被英国予以自治地位。1963年9月15日，英女王