为琉球人与阿伊努人基因结构最相近。考古学性论説则如下；还有一种说法认为琉球族自日本列岛迁入，为日本人的一个分支。此说法被称为「日琉同祖论」。在日本僧人所撰的《镇西琉球记》和另一部曲亭马琴所着的日本小说《椿说弓张月》中，提到了日本镇西八郎源为朝在保元之乱后逃往琉球的故事。琉球摄政向象贤所编撰的《中山世鑑》亦称琉球舜天王是源为朝在琉球所生的儿子。此后的《中山世谱》系由《中山世鑑》汉译而成，亦沿用了这种说法。因《中山世鑑》官修史书的地位，日琉同祖论为许多日本人和一些琉球人所接受。一些着名的琉球人，如向象贤