涂装最终并没有被接纳采用，而这台机车又先后改为使用旧更新色和新更新色。这台曾经三次变换涂装的机车于2010年3月16日除籍报废，并在广岛车辆所解体。JR货物的EF66型电力机车一直主要运用于东海道本线和山阳本线，并从1998年10月起开始投入东北本线黑矶以南运用。1999年至2002年间，JR西日本的四台EF66型电力机车（41、44、52、54）转售予JR货物。踏入2000年代，由于大多数基本番台机车的使用时间已届30年，而且越来越多新一代的EF210型电力机车投入运用，因此状况较差的基本番台第一次量