臣秀吉平定九州全境，并将长崎划为直辖地。丰臣秀吉在平定九州后虽然发布伴天连追放令，但最初对天主教管制并不严苛，直到1597年（庆长元年）当局下令处死长崎的26名天主教信徒（日本二十六圣人）后才对天主教开始强力镇压。
江户时代.江户幕府成立之后，长崎地区仍然维持了平户藩、平户新田藩、岛原藩、对马藩、福江藩、大村藩等诸小藩并存的局面。江户时代的长崎县内分为1幕府领、6藩、5领，局势极为复杂。1612年（庆长17年）之后，德川家康更发布禁教令，对天主教严加镇压。在江户时代初期，平户和长崎