佛毁释政策，佛教势力遭到打压，宽永寺、增上寺等大型寺庙都有部分境内土地改划为公园。同时东京出现了明治神宫、靖国神社、东乡神社、乃木神社等众多和皇室、军人有关的神社。截至2018年，东京都有1,454座神社，2,814座佛教寺院。日本最大的新教团体日本基督教团在东京都设有两个教区。天主教东京总教区是天主教会在日本的三个总教区之一，也是信徒数最多的日本天主教会教区，主教座堂位于东京都文京区的关口教会。位于东京都千代田区的尼古拉堂是日本正教会的总部。截至2018年，东京都有超过800座基督宗教的教堂，基督徒近