石林的各民族中，人们认为灵魂不死，人死后其灵魂能够独立存在，灵魂也被称为“鬼”，父母祖先的灵魂为“善鬼”，善鬼即神，能够保佑家族平安兴旺。截止2016年，石林县共有在册毕摩161人、山神庙111个、密枝林103个。
佛教.佛教在明朝时期已传入石林，清民时期广传于汉族和部分彝族之中，1949年前县内无佛教组织，1986年成立佛教协会并请昆明筇竹寺僧人赴石林主持活动。截止2016年，石林县共有4所正式批准开放的寺院，即圭山寺、狮山寺、仙花寺和石峰寺，共有比丘和比丘尼7名，信众约10,0