，但是，细胞质基质具有多种组织水平。 这些包括小分子的浓度梯度，例如钙，一起作用并参与代谢途径的酶的大复合体，以及蛋白质复合体，例如包围和分离细胞质基质部分的蛋白酶体和。
性质和组成.细胞质基质的细胞体积比例各不相同：例如，当在细菌中这个区室形成大部分细胞结构时，在植物细胞中，主要区室是大的中央液胞。 细胞质基质主要由水，溶解的离子，小分子和大的水溶性分子（如蛋白质）组成。 大多数这些非蛋白质分子的分子量小于300 Da。 这种小分子混合物非常复杂，因为参与代谢的分子（代谢产物）种