甘氨酸受体、ATP合成酶的亚单位D及NADH脱氢酶结合，但对每种蛋白质的作用各有不同。异氟醚能激活谷氨酸受体、甘氨酸受体及GABA受体的活动，而后两者会导致运动功能压抑。相反，异氟醚对已打开的钾离子通道的传导有压抑作用。透过异氟醚施行的全身麻醉会减低血浆的花生四烯酸乙醇胺（一种内源性大麻素）浓度。这也许和全身麻醉后压力水平降低有关。
环境影响.大气当中的异氟醚的平均寿命约为3.2年，全球暖化潜势为510（即二氧化碳的510倍），年排放量达到880公吨。