。除了艋舺清水巖、三崃祖师庙、淡水祖师庙、瑞芳祖师庙等「大台北四大祖师庙」、石泉巖、景美万庆巖、万隆会元巖、土城永福巖、桃园市芦竹福隆巖（在地人士称「新庄仔庙」）、新竹慈云庵等与数十座北台湾地区的祖师庙之外，清水祖师在南台湾也不乏其庙，如嘉义县兰潭清水寺（台湾奇案曾在此拍摄）、台南市后壁区长短树永安堂、台南市后壁区安溪寮福安寺、新化清水寺、四鲲鯓龙山寺、六合境清水寺、龙泉井庙，佳里兴震兴宫、善化北仔店清水宫、前金万兴宫、大港埔祖师庙、内惟赤龙宫、左营洲仔清水宫、屏东县万丹乡清水寺、崁顶北院庙、澎湖文澳祖