后期到五代十国为「第二过渡期」，宋朝以后则为「近世」。此时代区分论曾遭到多方批评，议论尤其在日本国内于战后越来越炽，然最终他的理论被之后的日本学者所继承，成为日本人研究中国历史的基本观念。此外，除以中国为开展的「东洋史」外，在日本历史研究上，内藤认为，邪马台国位于九州，而不是在近畿地区。
内藤湖南的时代区分论.内藤湖南于上世纪二○年代提出极具启发性的时代区分论，主要是以《支那上古史（中国上古史）》一书的论点为人所知。此区分论乃将中国的朝代根据其时代特色，分为「上古」、「中世」、「近