台湾通史》的记录，吴志高本在戴潮春阵营中。《嘉义市志》中写说戴潮春命卢大鼻进驻店仔口，吴志高假装投靠，被授以将军。后来吴志高加入官兵阵营，在总兵林向荣反攻斗六门失败后，在店仔口一带率领乡勇镇抚。同治二年（1863年），水师提督吴鸿源率兵前往被围困的嘉义县城，进驻盐水港（今台南市盐水区）时，命令吴志高为向导。地方上有传说吴志高此行暗中藏有义民旗与戴潮春的红旗，打算到嘉义时看哪边得势就举哪一方的旗帜。结果吴志高到时，戴军的陈弄、严辨早已被嘉义守将汤德陞击退，吴志高连忙将义民旗丢入城中，就这样意外取得救城首功