为，九庙神灵必阴殛臣，岂特得罪于李献可诸臣已哉！」「言涉至亲，不宜有怒。事关典礼，不宜有怒。臣与诸臣但知为宗社大计，尽言效忠而已，岂意激皇上之怒哉？」等言论屡屡激怒神宗，最终以礼部尚书兼东阁大学士致仕归里。万历三十一年（1603年）卒，葬于山阴县河阳堡桑干河畔。
着作.有《王文端公集》14卷、《复宿山房文集》40卷。