在当选耶鲁华人协会会长期间，结识了纽约华人牧师许芹的女儿许雅丽。许雅丽1920年来到上海，在女子体育师范任教。1921年9月23日，晏阳初与许雅丽结为伉俪。1980年8月8日许雅丽突发心脏病医治无效逝世。在晏阳初的晚年，经时任全国人大常委会副委员长周谷城的邀请，他重新获得机会回到中国大陆，于1985年获准访问河北定县，会见了一些亲戚、同仁和校友，并受到了当时全国政协主席邓颖超的接见。1987年他再次回国访问。1990年1月17日晏阳初病逝于美国。1993年，晏阳初的长女晏群英遵照遗嘱将他的一部分骨灰