赴北平，负责接收中南海和北京饭店。2月7日由傅作义部手中接收中南海后，以“中南海办事处”的名义对外活动，周子健为负责人（正式文件中周子健是中南海办事处处长，但他承认自己是负责人，不承认是处长）。到北平之后，1949年周子健升任中共中央统战部秘书处处长，申伯纯改任中共中央统战部交际处处长。1949年6月，报纸正式公布了新政协筹备会办事机构及负责人名单，周子健任新政协筹备会庶务处处长，参加筹备中国人民政治协商会议第一届全体会议。1949年10月中华人民共和国中央人民政府成立。1950年，周子健任政务院秘书厅