9年起出口石油，北方政府把大量石油收益用于军费上，不过在苏丹石油收入增加的同时，美国加强了对苏丹政府的制裁，甚至向南方叛军提供援助。2001年，南方叛军各派在美国的压力下重新合作。2002年，南方叛军收复东南部近边境的卡波埃塔。同年7月，苏丹政府与苏丹人民解放运动（苏丹人民解放军的政治代表）签署《马查科斯协议》，对内战结束后的过渡安排、政府架构、南方自治等议题达成初步共识。