在参与两次大会后，于同年11月因在「高砂族自治会」（后改称「蓬莱民组解放委员会」）担任主席，负责政治工作，因主张返还原民故乡土地，被台湾省保安司令部指控为向原住民宣扬共产主义，遭中华民国政府以「高山族匪谍案」罪名逮捕下狱，同案包括邹族的政治菁英高一生、汤守仁等人。1954年4月17日乐信·瓦旦等人被处决。乐信·瓦旦在议会常常提案争取族群权益，如增加原住民民意代表名额、设置山地行政管理局、山地行政一元化、培养原住民人才、协助复兴山地农村生活等。