时期临时条款》废止并宣告动员戡乱时期终止，并于1991年6月30日裁撤该委员会；该委员会裁撤时的主任委员为薛岳，副主任委员则有袁守谦、陈启川与杨毓滋。裁撤之后，该委员会实际运作的行政与建议方案功能则被同年稍早成立的行政院大陆委员会、海崃交流基金会与国家统一委员会等新设立机构所替代。
后续.与其他许多于台湾解严后的政府机构相同，光复会也拥有零星未完善处理的土地资产。2006年3月，光复会位于西门町、价值新台币上亿元之厅舍，被民主进步党台北市议员蓝世聪、刘耀仁指称遭该会退休工作人员非法