李鸿源表示基于无罪推定倾向让其复职，然而引发前反贪腐红衫军运动总指挥施明德不满，声明若李朝卿复职回任县长，将号召人民到南投县政府前抗议表达不满。2013年4月1日，原本倾向让李复职的内政部长李鸿源临时召开记者会宣布，将依公务员惩戒法主动将李朝卿移送监察院调查，并因情节重大依法继续予以停职。李鸿源表示，若李朝卿撤回复职申请，也就不会有送监察院调查的问题。2013年9月10日，监察院以11票对1票通过对李朝卿的弹劾。。2015年4月29日，灾修工程回扣案一审辩论终结，检察官对李朝卿求刑30年、褫夺公