使麦克林托克得以专注于她的研究。年薪为$ 2,700（截至1937年）。麦克林托克在密苏里学到使用X射线使基因突变的方法，透过此技术她成为第一个发现环状染色体的专家，更知道了染色体不稳定而形成此因的理论。她利用X射线来研究染色体的。在1938年证明了端粒和着丝粒扮演了保存染色体遗传讯息的角色。
冷泉港.她在密苏里大学时因为身为女性，因此薪资只有极为不公平的3000美元，远少于其他男性研究员。所以到了1941年她终于受到了邀请去一个更好的「冷泉港实验室」，这里有更好的资源及支援供