章程扩大驻藏大臣的职权，并首次正式规定达赖喇嘛的世俗权力，形成驻藏大臣、达赖与班禅的僧官系统、噶厦俗官系统三者制衡的状态；正式设立噶厦，驻地在拉萨大昭寺，长官为噶伦，秉承驻藏大臣、达赖喇嘛旨意办事。从清初到18世纪末清廷对西藏的控制呈逐步加强的趋势。干隆年间，六世班禅赴京觐见，为干隆皇帝庆祝70大寿，由于拒绝接种，感染天花在承德去世，将随身携带的金苯巴瓶留在承德仿布达拉宫建造的普陀宗乘之庙。六世班禅曾是干隆老师，干隆赠送给班禅喇嘛及其兄弟姊妹很多金子。但班禅喇嘛的驻锡地扎什伦布寺却没有给六世班禅的兄弟白