入学于1908年（光绪34年））。在日本期间，李根源是中国同盟会的核心组织者之一。后来，他还担任云南日本留学生同乡会会长，参与编辑和经理云南革命派的雑志《云南》。1908年（光绪34年）召开云南独立大会。1909年（宣统元年）归国，同年9月新设云南陆军讲武堂，李根源出任该堂监督兼步兵科教官。翌年5月，任该讲武堂总办。1911年（宣统3年）8月，任云南督练处副参议官。同年10月10日武昌起义爆发，李根源、唐継尧等革命派军人谋议，推举蔡锷为领导组织起义。10月30日，蔡锷、李根源、唐継尧等革命派军人发动