谷线为岛式月台1面2线地下车站。改札在地下1楼、月台在地下3楼。中目黑方向有拖上线。千代田线为岛式月台1面2线的地下车站。改札在地下2楼、月台在地下1楼。但月台不设向上楼梯故不能直接往地上走。根据千代田线的工程日志，本站部分区域是原大日本帝国海军的防空洞，受工程影响，约一半面积的防空洞需要拆毁。拖上线晚上会停放1辆列车。丸之内线与千代田线的转乘必须经过日比谷线月台。早上及傍晚繁忙时间时，部分日比谷线（自北千住开出）和千代田线（自绫濑开出）的班次以本站为终点站。这些列车抵达本站后，会暂时停在留置线