实行“合作查验、一次放行”通关模式，整体工程拟2022年底建设完毕。在2019年10月26日，全国人大常委会全票通过《关于授权澳门特别行政区对横琴口岸澳方口岸区及相关延伸区实施管辖的决定（草案）》，正式批准将重建后的横琴口岸澳门口岸区和延伸区，连同莲花大桥一併租予澳门，以及授权澳门对该区域依照澳门法律管辖，而租期由重建后口岸启用日起至2049年12月19日，并可于人大批准后续期。授权澳门实施管辖的区域包括横琴口岸澳门口岸区、莲花大桥、澳门大学连接横琴口岸通道桥相关部分（不包括桥墩）以及澳门轻轨延伸至横琴