998年6月23日省政府审定第四代站房为省定古蹟，是台湾现存最古老的火车站房。1999年7月1日改为国定古蹟。2000年鉴于站房老旧和年久失修，经内政部编列预算，由新竹市政府整修。11月拆除新竹飞机场线。2007年2月11日松崎万长之孙、副理事长带团至新竹公园访视，赠送新竹市政府河津樱树苗，并探访车站。3月1日因应内湾线列车随着新竹~竹东段整修，暂不行驶至内湾的列车，改以客运接驳。2008年跨站天桥装设升降电梯。2010年3月26日新竹车站开放使用台湾通搭乘新竹~瑞芳间的车站（不含暖暖），并接受台湾通加值服