皇子邦治亲王继承后伏见天皇即位，是为后二条天皇、建立龟山天皇子嗣的大觉寺统。两统其后对立，分裂成为南北朝并立时代。后二条天皇在位期间，后宇多上皇执行院政达八年之久。其后在文保二年（1318年）持明院统的花园天皇让位给后宇多上皇之第二皇子尊治亲王，是为后醍醐天皇，后宇多上皇再次执行院政。元亨元年（1321年）院政停止，后宇多上皇从此隐居，而后醍醐天皇亲政。元亨四年（1324年），后宇多上皇驾崩，终年56岁。