任迁任户部主事。康熙三十八年（1699年），升任户部广东司员外郎。同年6月，《桃花扇》脱稿，演出立即轰动。并受到康熙帝的重视，康熙从中吸取末代王朝的教训，认同忠孝节义观念，经常阅读这部剧本。孔尚任声名大振，被当时称为“南洪北孔”文坛双星。（“南洪”指《长生殿》作者洪昇）。孔尚任在剧本中揭露了晚明党争状况以及南明王朝权力核心的腐朽，也褒扬忠君思想，表扬了史可法等明朝忠臣，讽刺了投降清朝的叛将，尤其在最后一出一个魏国公徐达后人的皂隶角色，在〈馀韵〉说出：“开国元勋留狗尾，换朝元老缩龟头”的词，暗讽明朝显贵降清剃