顺庆府金泉书院读书，入翰林任瀚门下。万历四年丙子中乡试，万历十七年（1589年）己丑科中进士二甲二十四名。选翰林院庶吉士，十九年辛卯八月编修，推崇乐天、东坡诗文，是为“公安派”。迁右春坊右中允。万历二十五年，李贽居京郊，士大夫谈禅大盛。公安三袁、黄辉、江盈科等人在京结葡萄社，以禅证儒。大学士沈一贯憎恶黄辉等狂禅。二十七年己亥升右中允，充皇长子讲官，二十八年庚子升右谕德，三十年壬寅升右庶子，掌司经局。是年，李贽遇难，同年十月，黄辉请辞归里。万历三十九（1611年），升少詹事兼侍读学士，万历四十年（1612年）