设立巡抚、总漕各一员。次年，恢复旧制。正德十三年，又分设；三年后又恢复旧制。嘉靖三十六年，因抵御倭寇进犯，增设提督军务巡抚凤阳都御史。嘉靖四十年，合併，改为总督漕运兼提督军务。万历七年，加兼管河道。
漕运总督部院遗址.现在位于淮安市淮安区城区中心的漕运总督部院遗址，与淮安城南门、门前的镇淮楼、后面的淮安府衙在同一条中轴线上。这里最初由宋干道六年（1170年）录事陈敏兴修建，元时为淮安路总管府，1293年阿思重修。明洪武元年（1368年）淮安知府范中政改建为淮安府署。洪武三年（137