厅位于地下一层，呈东西向布置，提供进出站、售票、充值等服务。付费区位于车站站厅靠南侧，被非付费区半包围。入口位于靠近2号口的区域，设有安检设备和进站闸机。
站台.灵山站站台层位于地下三层，呈东西向布置，设有一个岛式站台，供南京地铁4号线列车停靠。站台上设有直梯、候车座椅和卫生间等设施。
出口.灵山站规划有3个出口，目前仅开放两个出口：1号口和2号口，3号口暂时封闭中。其中2号口有通往南京地铁灵山控制中心的员工通道。
利用状况.车站