特急列车「北海」与急行列车「二世谷」（）的停车站之一，但这两款列车目前已停驶。在1920年至1968年间，黑松内车站曾是与函馆本线的交会车站，但该路线已在1968年时停止营运，并于1972年时正式废线。
车站结构.侧式月台、岛式月台混合的2面3线，站舍连接侧式月台的地面车站。