府只允许了很少量伊斯玛仪教派清真寺在新疆塔吉克族自治县修建。但根据当地伊斯玛仪派信仰传统，许多宗教活动可在清真寺外进行，因此当地信徒并不热衷于修建很多清真寺。中国政府限制外国的伊斯玛仪派传教士在中国公开对塔吉克族人传播伊斯玛仪教派尼扎里宗教领袖的思想。阿迦汗曾一度被禁止援助中国信徒，但近年来恢复了一定程度的交往。阿迦汗四世于2008年-2009年对新疆阿勒泰地区吉木乃县无偿援助了25万美金帮助当地牧民。伊斯玛仪派精神领袖阿迦汗四世曾于1981年访问中国。2012年4月2日至4日，阿迦汗四世正式访问中国乌