增至12对，平均每隔一个小时开行一趟，并将直通车车票预售期延长为60日。2001年，广铁打算将「蓝箭」高速列车引入广九直通车服务，并于同年安排此型车辆到香港进行动态界限及动态测试，但最后因未能通过测试而未有引入。2006年10月16日，香港特别行政区行政长官曾荫权在乘坐T801次广九直通车时写下题词：“感谢你们的专业服务。”
普速化及完全电气化.2008年12月21日起，根据港铁最新公佈的广九直通车时刻表，所有广九直通车（包括九广通）均会改为行走广深线中的第三线及第四线（即