至1998年10月1日为了与机场铁路上的九龙站区别而正式更名为红磡站，而「九广铁路英段」亦于1996年初改称「九广东铁」（现称港铁东铁线）。在新九龙车站启用当日，尖沙咀至何文田的一段路轨亦停用，随后拆卸，而尖沙咀的旧九龙车站亦于1978年拆卸，但保留尖沙咀钟楼作为法定古蹟。红磡站至沙田站之间的路段于1981年4月27日开始双轨行车；并于次年5月6日开始引入电气化列车服务。到了1983年，红磡至罗湖之间全线双轨行车及提供电气化列车服务，而原来供机车转向的转车盘亦由月台后方的调车台（俗称「油炸蟹」）取代。