萨克死后，1826年，穆罕默德·奥马尔汗的儿子，穆罕默德·阿里汗又支持大和卓的孙子张格尔入疆建立“赛义德·张格尔苏丹国”，出兵叶尔羌地区，史称张格尔之乱。张格尔之乱引发了几十年未遇的新疆大规模叛乱，清朝与浩罕汗国断交，并出兵平定了叛乱。1828年，张格尔兵败被俘，送至北京后处死。然而，这次大叛乱也给清朝在新疆的统治带来了很大打击，使得清政府不得不考虑与浩罕汗国相妥协。1830年，清朝与浩罕汗国议和，同意了浩罕汗国向新疆六城地区派遣“长老”(阿克撒卡尔)，行使领事特权的要求。通过派遣长老，浩罕汗国可以一面