一系列重大措施，建立政教分离的制度。当时清政府的治藏政策有设置驻藏大臣，订立治藏章程；派驻官兵，整顿藏军；设立台站，釐定疆域等。干隆十六年（1751年），清政府平息颇罗鼐之子珠尔默特那木札勒叛乱后决定废除札萨克郡王监政的权力，设立噶厦衙门，由驻藏大臣与达赖喇嘛共同领导。噶厦为总管藏务衙门，设三品官噶伦四人。下设商上，为分管财政的机构，除以噶伦一人管理外，设四品仔琫（孜本）三人，商卓特巴二人。还有专掌粮务的叶尔仓巴、管理拉萨城的朗仔辖、掌刑名的协尔帮、掌马厂的达琫及第巴等四至七品的各种名目官员。后藏也设四品商