结构中去的一定量的水；在晶格中占有一定的位置，水分子数量与矿物的其他成分之间常呈简单比例。不同的含水化合物有特定的脱水温度，绝大部分伴有显着的吸热效应；土壤中土粒所含的结晶水，不能直接参加土壤中进行的物理作用，也不能被植物直接吸收。晶体从溶液当中结晶时所析出时结合一定的数目的水分子，它原本是和其他化合物以分子的型态结合在一起的水，因此不具有水的特性，这类的晶体有水合氧化铁、氯化亚钴、硫酸铜等。