犯鹿耳门时，受命协助防守城池，次年议请续修台湾县志。《续修台湾县志》于嘉庆十二年（1807年）三月开始编纂后不久，郑兼才因先前的军功而在该年四月调为江西长宁知县，但他认为编纂志书之事不能中断，遂辞退不就，等到初稿完成，方内渡请咨，以教职会试。其后曾在嘉庆十四（1809年）、嘉庆十九年（1814年）两度任职建宁教谕，后在嘉庆二十五年（1820年）再调台湾县学教谕。道光元年（1821年）他参考当时一同参与《续修台湾县志》编辑工作的谢金銮所做的改订稿，出版了《续修台湾县志》增修补刻本（道光郑补本）。次年卒于官