鑑于北部遭受法军攻击的情势，亲自驻守台北。刘铭传就任管辖台湾及福建的福建巡抚时，向朝廷建议台湾与福建分离被採纳，1885年十月台湾成为独立的「福建台湾省」，刘铭传被委任为第一任台湾巡抚。福建台湾省成立后，立即修改行政区划：台湾省之下，设台东直隶州与管辖淡水县、新竹县、宜兰县、基隆厅的台北府，管辖台湾县、彰化县、云林县、苗栗县及埔里社厅的台湾府，管辖安平县、嘉义县、凤山县、恒春县及澎湖厅的台南府等三府十一县三厅一直隶州。将台湾省省会定于台湾县（今台中市）。此时重编之行政区域，成为后来台湾总督府以及战后划分行政