拥有两个国立公园和两个国定公园。云仙天草国立公园以火山景观为主，是日本首批国立公园之一。西海国立公园地形变化丰富，以外洋性多岛海景观着称。壹岐对马国定公园和玄海国定公园则均拥有谷湾式海岸景观和丰富的人文历史特色。
气候.按柯本气候分类法，长崎县属于副热带湿润气候。由于长崎地形县多山，因此即使相隔不远的两地在同一时间也可能天气有较大差异。长崎县气候受对马暖流的影响较强，年平均气温约有15至16℃，年降水量约有2,000毫米，气候温暖湿润且温差较小。2014年，长崎县的全年降水量有2,