（鹿苑寺）等北山文化和足利义政时代的银阁寺（慈照寺）等东山文化可见融合的迹象。受佛教影响的室町时代文化影响直到后世，如水墨画・书院造・茶汤・华道・枯山水庭园等。
战国时代.应仁之乱后，宗教势力因治安恶化而强化武力。法华宗攻击山科本愿寺、天台宗的天文法华之乱等，宗教团体过激派也引发宗教战争。其中有加贺国一揆等的一向一揆灭亡守护大名富樫氏，支配加贺（主要是征税权和裁判权）约80年。石山本愿寺等成为如同大名家的强固组织，迫使守护大名和战国大名和其妥协。但是，尾张的战国大名・织田信长在