冠状病毒（MERS-CoV）与严重急性唿吸系统综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）等。冠状病毒中，本属与甲型冠状病毒属只会感染哺乳动物，此两属的许多病毒在自然界中以蝙蝠为宿主，两属病毒的共祖应该皆为感染蝙蝠的病毒，相较之下丙型冠状病毒属与丁型冠状病毒属的病毒则主要感染鸟类。另外因本属中"Embecovirus"亚属中的病毒多以啮齿类为宿主，并不见于蝙蝠，有学者认为该亚属的共祖可能为感染啮齿类的病毒。
分类.乙型冠状病毒属通常被分为四大支系：另外还有学者将蹄蝠乙型冠状病