国36年（1947年）10月，端木恺任行政院粮食部政务次长。民国35年（1946年）11月，作为制宪国民大会代表出席了制宪国民大会。不久，因派系斗争以及政见不同，辞职迁居上海，开办“端木恺律师事务所”。民国38年（1949年）4月，端木恺携全家迁居台湾。此后任总统府国策顾问。1969年至1983年，任台湾东吴大学校长。1983年，改任台湾东吴大学董事长。1976年至1986年，历任中国国民党第十一、第十二届中央委员会评议委员晚年，端木恺联络居住在海外的当涂县同乡，于1979年5月以清朝干隆十五年《