华民国总统选举并且和作为总统候选人的谢长廷组成搭档之人选，对此叶菊兰也表示对于这一说法「当仁不让」。不过最后谢长廷选择了前行政院院长苏贞昌担任副总统候选人，之后叶菊兰则受邀担任竞选总干事。在这期间担任中华民国总统的陈水扁则邀请叶菊兰担任悬缺已久的中华民国总统府秘书长，这也使得她成为第一位女性客籍总统府秘书长。另外在1980年，叶菊兰与郑南榕生下女儿郑竹梅。1989年郑南榕自焚身亡时，当时女儿郑竹梅仅有9岁。2009年时，由于郑竹梅在台南市定居使得叶菊兰将其户籍也迁至台南市，不过这一度引起有关参选首任台南