档案都不见。陈水扁表示，国民党党史馆的资料或过去情治单位有些资料遭掩盖，甚至已经销毁、湮灭，国民党只要承认是他们做的就好；这些东西很难摊在阳光下，马英九也知道，叫他们的党（国民党）赶快承认都是他们做的，向全国同胞道歉，负起责任。2009年3月，总统马英九指示重新调查陈文成命案与林宅血案，以最高检察署为首组成联合专案小组。2009年7月1日，专案小组在国家档案管理局中找到失踪28年的当日警总侦讯笔录，宣称将于7月中旬公佈调查报告。 2009年7月3日，陈文成家属表示「不相信马政府有调查真相的决心，