爱沙尼亚、拉脱维亚、立陶宛和（白俄罗斯），每个总管区都由一个“总管”("Generalkommissar")统治。总管区又分为“地区”("Kreisgebiete")。同时，前波罗的海国家的县级行政（爱沙尼亚的马科纳德、拉脱维亚的阿普林卡、立陶宛的阿普斯克里蒂斯）被保留为更加次级的“次地区”("Kreise")。东部的被征服领地在战时一直处于军事占领状态，而这么做的目的是准备把这些领土纳入未来东方领地的领土中，也就是说，英格里亚("英格曼兰")、斯摩棱斯克、普斯科夫和诺夫哥罗德地区将被纳入总督辖区。按照计划