都尉刘歆，奏请立《左氏春秋》《毛诗》《逸礼》《古文尚书》等古文经于学官。哀帝命刘歆「与五经博士讲论其义，诸博士或不肯置对，歆因移书太常博士」，引发两汉经学今古文之争。刘歆的提议，遭今文经博士激烈反对，又触犯了执政大臣。哀帝持「歆欲广道术」的意见，然而最终刘歆惧诛，求外放为官。汉哀帝在位期间，中国人就和佛教有所接触。据《魏书》等记载元寿元年（公元前2年）博士弟子景卢，从大月氏王使者伊存，受取佛经，是为佛经至中国最早传授的纪录。
身后.汉哀帝去世后，因为没有儿子，其堂弟刘衎入继大统