与陈水扁越来越热络，进而相恋。毕业后，吴淑珍欲嫁给陈水扁，但由于陈水扁三级贫户出身的家庭背景，而且当时只是个初出茅庐的小律师，所以吴淑珍的医生父亲反对，但性格刚烈的吴淑珍执意要嫁，最后1975年2月20日与陈水扁在台北结婚，证婚人为当时陈水扁的指导教授翁岳生。
政治生涯.在1979年美丽岛事件发生之后，吴淑珍对于陈水扁是否成为该案辩护律师即曾表示赞成。1985年11月18日，外出为落选台南县长选举的陈水扁谢票时，吴淑珍遭张荣财驾驶拼装货车从巷弄中撞击，自此下半身瘫痪，终身须依靠