阎应元率领的江阴军民拼死抵抗，清军死伤七万五千。博洛攻下江阴后下令屠城三日。顺治三年（南明隆武二年，1646年）被命为征南大将军，率师驻守杭州。南明鲁王朱以海在绍兴监国，明将方国安在钱塘江东岸驻守，两地相隔二百里而明军并无船只，当时江沙暴涨，固山额真图赖等督兵径涉，方国安大惊而遁，朱以海出走至台州。清军遂入绍兴，进而攻克金华，再进攻克衢州，浙江等地遂平。明唐王朱聿键佔据福建，博洛率师破仙霞关，攻克浦城、建宁、延平。朱聿键出走汀州，派遣阿济格、尼堪、努山等率师从之，攻破汀州，生擒朱聿键及藩王等。明将姜正希