结集导致了上座部和大众部发生根本分裂，此后佛教也因教义和戒律分歧而产生不同部派，至佛灭满二百年时就约有十八个部派。
律藏记载.尽管现存五部律藏内容不尽相同，但均源自第二次结集所再次诵出的律藏，至于法藏，传承优波离尊者法统的《善见律毘婆沙·跋阇子品第二集法藏》记载了第二次结集法藏：有些大乘信徒认为《善见律毘婆沙》记载中未提及跋阇子比丘对第二次结集结论和诵出的经律有异议，而第三次结集前僧伽不合是混入的“外道”引起的，而在此前后佛陀弟子本身是一味和合的。不过《善见律毘婆沙》是汉传佛教