丞推荐下，台南府知府将他请至台南担任营官。清朝因甲午战争战败，故于1895年清政府依照马关条约，将台湾本岛、澎湖群岛割让给日本。同年，林少猫接获此消息后，即散家资，以银元召募闽南人、客家人千余人，与七百名排湾族勇士合成抗日部队，共达两千余人，并获得刘永福之军火援助。1896年，云林大屠杀惨案发生，林少猫攻打阿猴日本宪兵屯所。1897年，攻打凤山、潮州一带。据《警察沿革志》纪载：「（林少猫）丝毫不害良民，概以屠戮日本文武官员为旨。」林少猫劫掠日本人或亲日者的财物后，「且常赈恤附近诸庄，巧售私恩」，以致