将军分别安葬在东京都港区的增上寺以及台东区的宽永寺。因为灵庙的建设，造成幕府莫大的财务支出，因此八代将军德川吉宗实行幕政的改革，发佈了「御灵屋建立禁止令」。从德川吉宗开始之后的将军，都改为分派在增上寺以及宽永寺的灵庙中合併祭祀。不过受到1945年太平洋战争的影响，增上寺与宽永寺中原本的灵庙大多数都已在空袭中烧毁。另外，日光东照宫在明治时期的神佛分离令之下，分别独立出东照宫、二荒山神社以及轮王寺的「二社一寺」，皆为联合国教科文组织指定为世界遗产。
德川历代将军的灵庙所在地.以下为