攻下「普罗民遮城」（今日台南市赤崁楼）之后，将其改名为东都明京，并设立承天府，下辖天兴县、万年县二县。天兴县县治位于佳里兴（今台南市佳里区），另一说位于大目降（今台南市新化区）与新港（今新市区）之间，由庄文烈任首任知县，此外尚有其他说法。1664年，明郑继承者郑经放弃福建部分领土，将东都改为东宁，承天府所属两县升格为州，并增添澎湖、南路与北路三个安抚司。天兴县因此而改称天兴州，并设有北路安抚司。1683年，清朝将领施琅攻下台湾，废除明郑时期的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗