，讨论留守江北的新四军战略。次月，邓子恢返回淮安，并组织土地改革。全面内战爆发后，参与组织了涟水战役，12月参与组织了宿北战役，此后转入山东作战。1946年底，华中分局与山东分局合并为华东局，邓子恢任华东局副书记，主持土改复查工作。 并对组建后的华东野战军（即后第三野战军）负责后援供给。1947年7月下旬，与张云逸等转移到渤海地区，组成华东局工委，以邓子恢为负责人。1948年，华东野战军与中原野战军（即第二野战军）在河南配合作战，6月邓子恢担任中共中央中原局第三书记兼中原军区副政委，主持中原局日常工作，