芝阳、掖县、北海和胶西等地传教。金宣宗贞祐二年（1214年），山东登州、宁海州发生农民起义，金朝驸马都尉仆散安贞请丘处机协助招抚乱民，凭借丘处机的声望，登州和莱州等地很快恢复平静；朝廷赐赠封号“自然应化弘教大师”。金宣宗贞祐四年（1216年），金宣宗下诏派东平军王庭玉召丘处机赴汴梁，但丘处机认为金朝皇帝有“不仁之恶”，推辞未前往。宋宁宗嘉定十二年（1219年）夏天，宋宁宗派遣将领李全、彭义斌持诏书敦请丘处机赴临安，丘处机认为南宋皇帝有“失政之罪”，也推辞未前往。
成吉思汗