建筑物、车站名书法字的墙纸，加设/更新直立港铁式站牌、路线图、指示牌、告示等等。本站被配色为橙色，主题植物为向日葵，街景为居石侯公祠。后来，港铁公司于2008年引入崭新的建筑理念 - 「融入大自然」，作为东铁线大型车站改善工程的设计方向。继大埔墟、旺角东及沙田站的大型翻新工程于竣工后，东铁线的上水及粉岭站亦正进行翻新工程。港铁于2011年进行上水站大堂翻新工程，包括：改善工程已于2015年年底完成。
「双层单车泊架」系统.在2015年，运输署曾提倡于新运路行人天桥底设置「双层