都致力于将美国殖民地变成一个独立的国家。然而，他倡导的独立思想，反而使得他与家人发生冲突，以及与他的导师威廉·史密斯放弃了爱国者立场。1777年至1778年，他是纽约州议会的议员。1776年8月，经过长岛战役，英国人占领纽约市，并征收了他在曼哈顿至哈莱姆河的房产。他的母亲将房产提供给英国以军事使用。莫里斯被任命为大陆会议的代表，并在1778年1月28日，获得在国会的席位。他立即被选中一个委员会，负责协调与乔治·华盛顿的军事改革。在目睹军队扎营福吉谷后，他震惊于部队的恶劣条件，并成为大陆军在国会的代言