。1994年，香港政府拨款6亿港元予特别任务连，用以添置一小队最高航速达每小时逾50海哩的硬身橡皮艇。从此，特别任务连不再依靠水警总区及小艇队的快艇支援。香港主权移交前夕，基于特别任务连具有浓厚的军事色彩，特别任务连于香港主权移交后的前途曾经为中华人民共和国和大英帝国的敏感议题，曾经传言特别任务连将直接纳入英国陆军特种空勤团编制、被拼入中国人民武装警察部队，甚至是已经解散的流言。事实上，香港主权移交后，特别任务连持续地发展。
水陆两队合併，海事能力提升.2000年，为了提升特别