阿睦尔撒纳本人已于干隆二十二年（1757年）出天花病死在托波尔斯克附近的库杜斯克酒厂。随着阿睦尔撒纳的死去，天山北路遂告平定，准噶尔亡，其族在干隆的屠杀令下惨遭灭绝。然而在天山南路，脱离准噶尔统治的回部领袖大小和卓兄弟起兵反清，史称大小和卓之乱。其领袖布拉尼敦（大和卓）与霍集占（小和卓）佔据喀什噶尔与叶尔羌，意图自立。干隆二十三年（1758年）干隆帝再命兆惠西征，兆惠率轻军渡沙漠围攻叶尔羌（今新疆莎车），反被包围于黑水营。隔年清将富德率军解围，兆惠与富德最终攻灭大小和卓，并让帕米尔高原以西的中亚各国成为藩属