冬季，因兵部尚书张国维所荐，被擢为右佥都御史，巡抚保定。十六年（1643年）在官吏考核中被解职待查，查明后，以原官代王永吉抚山东。北京沦陷，李自成遣使招降丘祖德，丘祖德斩使者，图谋发兵拒守，但中军梅应元叛变，率部卒索取印绶，丘祖德于是南奔。弘光年间，御史沈宸荃弹劾丘祖德和河南总督黄希宪轻弃封疆，诏将二人削籍提讯，久后获释。时成都亦沦陷，丘祖德无家可归，流寓于宁国。金声起兵绩溪反清，丘祖德与宁国举人钱文龙、诸生麻三衡、沈寿荛等各自举兵响应。时郡城已失，丘祖德驻华阳，麻三衡驻稽亭，其他蜂起者还有十余部，相约