进攻方向，于海盐筑城抵抗，又大败来攻的孙恩。孙恩后循海路至丹徒（今江苏镇江市丹徒区），刘裕率不足千人的部队赶路，与孙恩同时赶至。当时刘裕军队疲累，丹徒守军亦无斗志，但面对孙恩来袭，刘裕仍能率众大败对方，逼其狼狈登船撤离岸上。孙恩不久转屯郁洲（今江苏灌云县东北），朝廷以刘裕为建武将军、下邳太守，讨伐孙恩，多次交战后大破对方，令其势力转弱而南撤。刘裕接着追击，又再败孙恩，令其再度逃到海岛。次年孙恩就被消灭。
建义讨桓.元兴元年（402年），骠骑大将军司马元显下令讨伐荆州刺史桓玄，并