只用了6年时间就从州际队进入马来西亚国家羽毛球队。1999年，李宗伟参加马来西亚全国羽毛球锦标赛，他先后击败国内高手，一举赢得全国冠军，成为了国家队男单的接班人。2000年世界青年羽毛球锦标赛，李宗伟代表马来西亚参加，可是李宗伟在半决赛输给了印尼新手索尼·昆科罗，得到第三名。那时马来西亚男单一号是黄综翰，教练只是把李宗伟当成后备队来训练，直到中华台北羽球公开赛才拿到自己的第一个国际赛冠军。李宗伟的世界排名上升到前16名，够资格参加2004年雅典奥运会。在雅典奥运会羽毛球男子单打比赛中，李宗伟在16强输给了中