月台楼梯（中2层大厅），9、10号月台与11、12号月台连接处（2楼）、大连络桥通道（3楼）、直通ecute上野内1楼的电扶梯对面（3楼），共5处。2009年3月16日，连结上野中央通地下停车场与周边8站（JR上野站、御徒町站、东京地下铁上野站、上野广小路站、仲御徒町站、京成上野站、都营上野御徒町站）的地下通道启用。不过这些车站并不视为同一站。但东京地下铁上野站、京成上野站为定期券转乘站。新干线开业以后，JR车站内部开始进行改建工程，1990年代后半完成付费区内商店「上野」。之后，本站开始进行被称为