进行贸易的地点，加上长崎是日本对西洋和中国贸易的据点，因此长崎县内有两个获得官方许可的贸易据点。因长崎地位重要，被幕府列为直辖地。长崎的荷兰人在当时都被集中居住在出岛，以便于幕府监视并和日本人隔离。并且在元禄时期，原本允许散居的中国人也开始被集中居住在唐人屋敷。元禄年间的长崎人口有约6万人，其中有1万人是中国人。江户时代的长崎不仅是贸易中心，更是兰学等西洋文化、学术流入日本的窗口。与长崎相对，平户、岛原等地在江户时代则是城下町，但规模相对较小。1792年（宽政4年），岛原火山喷发，当地农业受到严重打击。