如寺其他建筑都遭到了严重损毁，唯独大殿安然无恙。中华人民共和国成立后，1950年，真如寺前门山墙被拆除时，文物部门对大殿两侧的全貌，包括雕刻题字都作了摄影留档，并聘请了古建筑专家刘敦桢前来勘查鉴定，确认了大殿内部结构均为元代特征。当年10月12日，上海市人民政府拨款对佛像进行修缮。1958年，时值大跃进时期，大殿被用作长征人民公社图书馆，部分佛像因占空间而被迁出，建筑内部及地面均遭到破坏。1959年5月26日，真如寺正殿被公布为上海市文物保护单位。1961年时，大殿漏雨严重，导致大部分柱子下陷并移位。196