姆人（Banu Sulaym）和巴努希拉尔人（Banu Hilal）侵略所造成的破坏令北非伊斯兰文明衰落。黑死病在14世纪中叶蹂躏大部分伊斯兰地区。鼠疫在19世纪前也一直困扰着伊斯兰世界。在14世纪，思想自由及理性讨论逐渐受到限制，一些神学院严禁伊斯兰哲学，辩论亦逐渐被废弃。在11世纪后期，安萨里的《无逻辑的哲学家》造成了思潮上的重大转变，打击了形而上学，转而强调经典的至上，《无逻辑的哲学家》受到伊本·鲁世德的《不着边际的联想散漫》批评。科研机构包括伊斯兰学校、图书馆、天文台及医院等在后来受到十字军及蒙