水库自身有效蓄水量的八成强（也相当于北部石门与翡翠蓄水量总和），导致下游溃堤、多处严重浸水， 受灾范围包括沿岸官田、下营、学甲、麻豆、大内、善化、新市、西港、安定与七股等乡镇，其中麻豆镇的小埤里、北势水势曾达到一楼高，而附近的麻豆圆环也曾水深及膝；其他曾文溪沿岸的善化六分寮、东势寮和官田西庄、拔子林等地也都因曾文堤防溢堤淹水。。
高雄县.莫拉克台风为高雄市山区带来超过2,500毫米的惊人雨量，一年份的雨量集中在三天内落下，使高雄平地淹水（凤山市、大寮乡、林园乡、冈山镇、茄萣乡、湖内