两州的里级行政区则设有总理。签首及总理两职负责的职务如：户籍、迁徙、婚嫁、出生、死亡等基层民事，并规定按时汇呈州府。
政治.在行政上，延平王拥有至高的权力。延平王之下，设有谘议参军又称为幕府，总理国政。参军府辖下又设立六官（吏、户、礼、刑、兵、工），六官皆设有主事，其下又设都事，品秩分别比照侍郎与郎中。另外，又设立察言司、承宣司、审理司、赏勋司、中书科、储贤馆、育冑馆等官僚机构。1674年，郑经西征清朝，命陈永华为东宁总制，于六官之上；然而，郑经诸弟骄横难制，郑经因此于1679年立