西班牙第二共和国被弗朗哥推翻，以及紧接着第二次世界大战的爆发，西班牙革命事业发生了翻天覆地的变化。迪亚斯选择留在莫斯科在共产国际秘书处担任干部，不再返回西班牙。1941年6月，纳粹德国军队入侵苏维埃，何塞·迪亚斯被迫来到普希金市避难，并于当年秋天转移到第比利斯。迪亚斯的死因及逝世的确切时间至今仍有争议。有人认为他死于斯大林手下的谋杀，其原因是迪亚斯曾与斯大林有过意见分歧。另有人认为他是自然死于胃癌。也有学者认为他无法承受疾病的痛苦，于1942年3月20日选择撞击窗户而自杀。在他去世后，多洛雷斯·伊巴