该营在1989年传出遣返船民消息，导致其他营舍船民发起游行抗议。惩教署最终在1994年关闭难民营并改为喜灵洲惩教所。2000年6月4日，喜灵洲戒毒所爆发严重骚乱。当晚逾400名香港本地犯人与同囚的越南籍犯人争执及打斗，虽然惩教署方面动员30人持籐牌及警棍镇压，却遭本地犯人迁怒并持自制武器追打。及后更多犯人加入及捣乱，除了在球场追打职员，亦乘乱持石油气罐佔领监狱办公室，及到收容越籍人的囚仓纵火，有犯人更企图越狱。由于局势在接近午夜时失控，职员被迫暂时撤离戒毒所，警方在惩教署求助下紧急增援，又派遣机动部队及