后，王恽（1227–1304），受命整理南宋宫廷收藏，王恽的清单中没有提到《女史箴图》，元朝时期《女史箴图》由谁收藏未知，但是画中有一个八思巴文写成的“阿里”的收藏章，所以元朝时期该画很可能由一个回鹘官员收藏。直至明朝中期王鏊（1450–1524)、严嵩(1481–1568)相继收藏，严嵩1562年倒台后，他的收藏被明政府没收，但是很快又流入何良俊（1506–1573)，然后顾从义（1523–1588)之手。1560年代项元汴(1525–1590)在《女史箴图》图上盖了50个收藏章，然后是着名画家董其昌