鹿耳门登陆，先将天上圣母安置在「妈祖宫」，后派部将从蚶西港随水路到西港驻扎。之后在现址建庆安宫，并到妈祖宫恭迎天上圣母，从军营迎请城隍境主及中坛元帅等神。而康熙五十一年那次是将原有简陋神坛改建成较具规模的庙宇。但也有说法认为蚶西港随水路到西港驻扎的，是朱一贵之乱时的清军将领蓝廷珍。而境主公与中坛元帅可能是随郑军来台，但天上圣母应是分灵自鹿耳门妈祖庙。另外据吴新荣的採访纪录，也有庆安宫天上圣母是从八份姑妈宫抢救而来的说法。文史工作者卢嘉兴曾提出西港庆安宫是八份姑妈宫移建而成的说法。刘枝万〈台南县西港乡瘟醮祭典