曾经零散地获得了一些水晶头骨，然而馆藏水晶头骨大多都源于古董商欧仁·博班。Boban于1870年在巴黎开张了一家古董店，并且将包括三件水晶头骨在内的大多数藏品，都卖给了探险家Alphonse Pinart, 而后Alphonse将这些藏品捐献给了巴黎人类博物馆（）的前身，Trocadéro 博物馆。
水晶头骨起源研究.很多水晶头骨被宣称源自中美洲的阿兹特克或玛雅文明。尽管中美洲艺术中有很多头骨的形象，然而馆藏的水晶头骨却没有一件藏品具有发掘纪录。在1976年、1996年和2004年