索菲亚大教堂成为一座正在运转的清真寺后，他们将会失去进行研究的机会，而旅游业和城市当局也担心，圣索菲亚大教堂是土耳其访问量最大的旅游景点，去年有370万游客，这项宣布会让到访的游客受到阻挠。同时，土耳其国内外的基督徒也表示担忧，认为这项宣布是让土耳其从世俗国家变为回教国家，分化了穆斯林（伊斯兰教）和基督徒（基督宗教）之间的交流。
建筑.圣索菲亚大教堂是拜占庭式建筑最佳的现存范例，其镶嵌画、大理石柱子及装饰等内景佈置极具艺术价值。大教堂的富丽堂皇及精美粉饰令查士丁尼也不禁声称：「所罗