名古屋至大坂之间的中央新干线也在选线上遭遇过争议。原始规划中的该线是预定通过尚无新干线的奈良并设置车站，但已有东海道新干线服务的京都亦将磁浮高铁视为攸关地方观光振兴的重点建设。2012年初，京都的政商界一起向日本中央政府和JR东海争取改线，京都府及京都市市府亦于同年2月上呈一份报告书给中央，内文指出京都在观光客数量及主办展览次数上均高于奈良，JR东海于两週后强调进一步的规划仍将遵照原有构思，还表示中央新干线无法同时在京都和奈良设站。2013年11月，奈良县知事宣布他已从太田国交大臣方面获得证实，确认国交