后台湾铁路管理局买收此线，成为台铁新店线。冷战时期的公馆开始有军事设施进驻，蟾蜍山上设立了中华民国空军作战指挥部所在地「福兴营区」，台大校园南侧也划为驻台美军的台北通讯站（），当作美国空军第327航空师等部队的指挥部。1965年台铁新店线废止、自来水取水口往新店溪上游的直潭移动，水源地一名逐渐淡出。捷运系统兴建时，本预定于在原新店线水源地车站附近设立台湾大学站、公馆车站附近设立公馆站，后考量两站过近併为公馆一站，公馆地名再次北移，而水源地之名亦逐渐与公馆混淆。不过今日在捷运公馆站旁，仍有「水源市场」