他和国内反对派结盟，并于1993年和卢旺达爱国阵线签订了《阿鲁沙协定》。1994年4月6日，朱韦纳尔·哈比亚利马纳和西普里安·恩塔里亚米拉乘坐的专机在基加利机场附近被导弹击落，两人当场死亡，内战双方也随即重燃战火。这起击落事件也成为几个小时后爆发的卢旺达种族灭绝的导火索，在短短的约100天时间里，临时政府通过周密计划，杀害了50至100万图西族人和政治上较为温和的胡图族人，此外还有许多不是直接目标的特瓦族人被杀。图西族领导的卢旺达爱国阵线重新启动了攻势，有条不紊地夺取国家的控制权，到7月中旬时已控制全国。国