大卫·潘恩斯，斯特林·科尔盖塔，默里·盖尔曼，尼克·麦特罗博利斯，赫布·安德森，彼得·A·卡拉瑟斯，以及理查德·斯兰斯基等人一同创办。几人中除了潘恩斯与盖尔曼外均是来自洛斯阿拉莫斯国家实验室的科学家。
历史.圣菲研究所最初名为格兰德河研究所，于1984年经新墨西哥州政府批准成立，第一任所长为着名化学家乔治·考温。成立之初的SFI仅有一个名称和一个信箱地址，创建者在当时还未能对其主要研究方向达成共识。1985年，该研究所从当地一所治疗中心処获得了名称“圣菲研究所”的使用权。同年，