旱和意外引入的脑粘体虫威胁，这种寄生虫会导致养殖或野生的鲑鱼和鳟鱼发生中枢神经系统疾病（旋转病）。从2001年开始，法律规定黄石地区水域的任何本地鱼种都只允许捉到或钓上后马上予以放生。黄石还生活有6种爬行动物，如锦龟和草原响尾蛇，以及包括在内的4种两栖动物。黄石地区一共报告发现过311种鸟类，其中约一半在公园中筑巢。截止1999年，公园内已记录了26对秃鹰的巢穴。这里还记录了极其罕见的美洲鹤，不过其在世界范围内一共有385只，但只有3只生活在落基山脉地区。包括普通潜鸟、、鹗、游隼和黑嘴天鹅在内的其它