毛泽东要周林立即复职，李井泉说「周林在贵州已被搞臭了，不宜再回去」。接着李大章和李井泉压迫周林承认「贵州省委犯了右倾机会主义路线性质的错误」，周林以《二十三条》辩解，拒不接受指责。文化大革命期间又遭受迫害。1975年起用为南京大学书记兼校长，中华人民共和国教育部副部长兼北京大学书记、中顾委委员。