民国成立后，历任京汉铁路局局长、京奉铁路局局长、京绥铁路局局长、北洋政府交通部次长兼铁路督办等职。1923年5月至1924年9月，任陆海军大元帅大本营财政部次长。1927年10月至1928年1月，任南京国民政府财政部次长。1927年至1934年，再任国立暨南大学校长。香港沦陷后被日军强迫出任上海华中铁道公司总裁。1958年，郑洪年在上海逝世。