现争执，明帝开始嫌恶他。明帝登基之初萧遥光就劝明帝诛杀王晏。明帝说：“王晏于我有功，且未有罪。”萧遥光说：“王晏尚不能效忠武帝，安能效忠陛下。”明帝默然变色。建武四年（497年），齐明帝诛杀王晏，并牵连到其他大臣。太子萧宝卷不好学，只爱游玩，朝议令蔡仲熊为他讲礼，还未讲到一半，萧遥光从容说：“文义之事是士大夫作为伎艺要求官的罢了，皇太子用讲吗？”明帝以为然，于是停讲。南齐永泰元年（498年），萧遥光以本官为大将军，给油络车。当年，明帝生病，因此忌惮高帝、武帝的子孙，于是想杀尽他们。他询问萧遥光的意见