佳里区、学甲区、麻豆区、下营区、官田区、六甲区等地。清代以前原名沤汪溪、又名湾里溪，为古曾文溪主河道，位置正好处于倒风及台江两大内海之间的半岛陆地。今将军溪下游河道宽广，即为昔曾文溪下游出海口的残迹。清道光3年7月（1823年）豪雨使山洪暴发，土石流致台江内海淤积，曾文溪改道至现在的出海口，将军溪则成为断头河，今佳里排水（菜寮溪）的部分为原曾文溪河道。而今主流之麻豆排水（当地人称「下营大溪」）部分乃日治时期人工开凿之分洪功能河道；除菜寮溪之外，支流主要皆为中小型区域排水，而这些「支流」许多实可通嘉南大圳分线