三一学院也于1904年加入联邦。紧接着，由天主教圣巴西略礼拜会所创建的圣米迦勒学院于1910年加入。在加入联邦的学院中，有两所学院最后从多伦多大学独立而出。其中一所是多伦多浸礼会学院，于1930年迁移校址至哈密尔顿，改名为麦克马斯特大学。另一所则是位于金斯顿的长老会派的皇后学院，后改名皇后大学。第二次世界大战结束后，多伦多大学分别于1962、1964和1974年创建了新学院、因尼斯学院以及伍兹沃学院，他们都是非宗教学院。这三个学院与大学学院组成了多伦多大学的附属学院，由大学直接进行管理并拨付预算。1963