受到克拉克的影响，决定留下跟他学习。在先辈的压力下，内村鑑三在他一年级时签了约并在1878年时，即他16岁那年接受了卫理宗的洗礼。由于他不满意教会的使命及立场，内村和他的日本朋友合力在札幌建立一间独立教会。其当实验性质的教会后演变至今日为人熟悉的无教会主义。通过克拉克对他的教诲，这一小群人相信他们能独立实践基督教信念，不依赖任何机构或神职人员。
海外生涯.内村鑑三启程前往美国不久后，在1884年有一次不愉快的婚姻。他在美国初相识的好友是贵格会成员莫里斯先生和太太。他俩当时在宾夕