1344年，佩德罗四世再次将马略卡王国和佩皮尼昂一同成为巴塞罗那国的一部分。几年后，由于黑死病传染，其近一半人口死亡。1463年，佩皮尼昂被路易十一攻占。1473年，佩皮尼昂发生反抗法国统治的起义，但最终被镇压。1493年，为了解决后顾之犹、能放手攻打意大利，查理八世将佩皮尼昂归还斐迪南二世。1642年9月，在三十年战争中，佩皮尼昂再次被法国人占领。十七年后，根据《比利牛斯和约》，西班牙正式放弃佩皮尼昂。佩皮尼昂成为法兰西王国鲁西永行省的首府，。法国大革命后，佩皮尼昂成为东比利牛斯省的省会，而“鲁西永”