业务迁至衢州东站，车站因此进行了投资4.3亿、为期三年的扩建：站场面积增加四分之三，股道数目也由原来的4条增加到了14条（10条到发线、4条调车线），并建设了相应的生产生活用房等设施。改造完成后，衢州东站等级由四等站升至二等站。2018年开始，作为衢宁铁路工程的一部分，衢州东-衢州区间新建设衢宁正线1条、上行疏解线1条，并新建连接车站和衢州机场、中央储备粮衢州直属库及下张货场的专用线。车站内的沪昆正线于2018年11月9日进行拨线工程，以方便施工。同时施工部门在车站周围设立铺轨基地一座。车站改造于202