治初期併入台南县，1901年改为二十厅中的斗六厅。1909年斗六厅併入嘉义厅，而林圯埔支厅因为距离嘉义厅治较远而改划入南投厅，也造就了「云林」（竹山）改给南投管的情形。1920年台湾总督府实施五州二厅（后为五州三厅）制，原南投厅改属台中州、原嘉义厅改属台南州。
战后时期.二次大战后，国民政府曾提出《台湾接管计划纲要》重划行政区域，计画将原台南州的虎尾郡、北港郡划为北港县，原斗六郡及台中州的竹山、新高（今集集）二郡划为斗六县。后因台湾省行政长官公署认为该计画不切实际，提出台湾行政区划