校名再更改为「皇仁书院」，并一直沿用至今。当时该校主要教授算术、文法及常识等科目，为19世纪末的香港所罕见。该校因展现其优秀的学术及体育成就，广为公众认识。皇仁书院的校刊名为《黄龙报》，创刊于1899年6月。
香港日佔时期.太平洋战争爆发，日本攻佔香港。皇仁书院于1941年底被逼停课，校舍于香港保卫战时被征召作陆军医院。日佔初期荷李活道校舍为日军所用，其后完全毁于战火，更被辟为难民营。仅留下由 Bertram Mackennal 在1910年雕制、时任港督卢加勋爵在1912年揭幕的