1949年12月10日，蒋中正与随行乘飞机自四川省成都凤凰机场起飞飞往台湾，至此再未踏足中国大陆。董兆钧所领导警卫团因机载限额，未能成行。不得不挂靠孙震领导的军团，警卫团被改编为16兵团60师，董兆钧出任师长，少将军衔。1950年，经泰国转香港最后赴台湾。1960年代，在台担任中华民国陆军辅导总队总队长，占上校缺，最终以上校身份退伍，而后，其所领取之“战士授田证”补偿金亦为上校身份。1997年2月20日，因食道阻塞，逝世于台湾台北市台安医院。