务的凤阳巡抚王宗沐，广东巡抚张守约等停俸禄三月。余懋学上书反对，认为考成法“政严则苛，法密则扰，非所以培元气存大体也”。神宗斥其“假借惇大之说，邀买人心，阴坏朝政。”将余懋学“革职为民，永不叙用。”居正死，起懋学故官，奏夺成国公朱希忠王爵，请召还光禄少卿岳相、给事中魏时亮等十八人，都得到批准。不久，擢南京尚宝司卿。万历十三年（1585年），御史李植、江东之等以言事忤执政，同官蔡系周、孙愈贤等纷然攻讦，懋学上言，批判朋党，后来果如其言。累迁南京户部右侍郎，总理漕储。上疏为程任卿、江时鸣冤，二人因此得释。万历二