菲进行总体规划，建造了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所校园。1926年，正式迁址。全校共辖有神学院、法学院、医学院（又称医预院，学制为三年预科），以及文科和理科相关专业学系。1929年，燕京大学和哈佛大学开展国际学术合作，成立哈佛燕京学社，提高了燕大学术地位，也扩充燕大的经济来源。1941年12月8日，日军偷袭珍珠港第二天，日军进入燕京大学，将所有美籍教职员作为战俘逮捕，同时逮捕了十余名中国师生。校长司徒雷登当时出差天津，也随即被捕。1942年10月，燕大在成都华西坝复课。成