俗，从不戒酒、肉、情色。十五岁时，家道中落，曼殊随表兄再赴日本，在横滨华侨设立的大同学校就读。该校分甲乙两级，甲级所授为中英文二科，乙级所授为中文一科。当时冯自由在甲级，苏曼殊属乙级，与冯自由的弟弟同班，二人由此相识。1901年经亲属林氏赞助考入早稻田大学预科学习，一年后因林氏赞助终止而停学。幸而清公使王大燮准许各省自费优秀学生改当公费生，曼殊遂经横滨侨胞推举，转学振武学校（由东京成城学校改制而来）。曾有人说其就读于东京上野美术专科学校，实不可考。此时他开始醉心于佛理。在日本期间，还结识了陈独秀、章士钊