化北仔店清水宫、前金万兴宫、大港埔祖师庙、内惟赤龙宫、左营洲仔清水宫、屏东县万丹乡清水寺、崁顶北院庙、澎湖文澳祖师庙、铁线清水宫、云林大埤天圣宫等皆以清水祖师为主神。另外，深坑集顺庙、东门正德宫、汐止济德宫、松山慈祐宫、桃园市八德三元宫、大庄浩天宫、高雄代天宫、五甲龙成宫、旗津天后宫、五块厝慈圣宫等各地着名庙宇，皆以清水祖师为配祀神。据《台湾省通志》记载，台湾可考的最早清水祖师庙是明郑永历十九年（西元1665年），随延平王郑成功来台的泉州府安溪县军民，自安溪清水巖迎来清水祖师神像、自安溪泰山巖迎来显应祖