许多台商投资中国案件，包含康定县的康定新城台商投资开发案、漳州现代农业投资环境说明暨庐江台湾农民创业园重点项目推介会、洛阳市纯凈水投资案案等。任内曾因联电案引发违法征收回馈金争议而遭起诉，全案从2000年间至2003年，历经三年多的时间侦查和审理，新竹地院审理终结，合议庭法官以证据不足判决无罪，蔡仁坚亲自出庭聆判，他表示对于这项判决结果虽然感到高兴，但这项迟来的正义却也无法弥补对他所造成的伤害（因判决结果出来时已经连任失利）。
受讨论事件.任内于九十年底县市长选举时，被指透过前