97年7月1日香港主权移交，保安科改为现称。主权移交后，由于政治环境转变，黎庆宁在任一年后离任，职位由刚升任入境事务处处长不久的叶刘淑仪接替。叶刘淑仪上任后，因《基本法》23条立法事件争议，在七一大游行后申请辞职，是由时任廉政专员的李少光接任。现任局长李家超曾经担任警务处副处长（管理），是首位警察出身的保安局局长。