且只走动车组，无普速铁路通过。地下一层为交通转换层，在这里可换乘地铁2号线、3号线、11号线，这层亦设有售票处及自动售票机。地下二层则为站厅层，乘客可在此检票。地下三层则为广深港专线的站台层。福田站设有换乘通道，与地铁福田站、市民中心站、会展中心站、购物公园站实现远距离通道转乘，分流部分地铁福田站的客流，减轻福田站交通枢纽的客流压力，其中连接地铁福田站和高铁福田站的中区换乘通道和南区换乘通道，均设有自动行人道，方便乘客换乘。而连接会展中心站和购物公园站的地下商场连城新天地已预留通道连接车站，并随高铁站启用而