成了全真教的一度低落。到元成宗时才重新正常发展。元代，金丹派陈上阳依附全真教，自称南宗，把王重阳这支称为北宗。金丹派其五位祖师，也被称为南五祖。与原来的全真道不同的是，南宗人士多不提倡独身修道。南宗从陈楠开始即兼行雷法，白玉蟾并撰有多种雷法着作。明朝以后，全真南北两宗多有相互融合。但正一道的复兴，使得全真道在明代政治地位一落千丈，但始终代表道教正宗之一。北京西便门外的白云观，是全真教三大祖庭之一，现在是中国道教协会的所在地。
教义.全真教的教义总体来说，继承了钟离权、吕洞宾