学堂被撤销，其建筑被海军部征用，两个军部共用一个大门。1912年袁世凯就任中华民国临时大总统后以此地为办公地，其中西院为总统府，东院为国务院。1913年，总统府和国务院迁往中南海，西院成为民国陆军部办公地，东院成为民国海军部办公地。1919年靳云鹏担任国务总理兼陆军总长时，又将其总理府设于此。1924年段祺瑞被北洋军阀推举为中华民国临时执政后以此地为执政府。1926年3月18日， 反对列强干涉中国革命的游行群众抵达段祺瑞执政府门前时遭到卫队开枪镇压，共造成47人死亡，200余人受伤，史称“三一八惨案