丹津的邀请，准备返回安多时，又于十三日到下密院为时任绛孜却杰（北峰法尊）的根登彭措做供养。此后，根登彭措听从嘉木样活佛的旨意，一直留在拉萨。1715年到1722年，根登彭措任甘丹寺第五十任甘丹赤巴。任内，他撰写《格鲁派僧规戒约》，被甘丹寺、哲蚌寺、色拉寺采行。他还修复了拉萨蔡公塘（旧时又译“蔡贡唐”）的各个寺院，并且为南楚宏坛寺制订了格鲁派寺庙共同奉行的清规，使该寺成了其他寺院的模范，人称“贡唐三寺”。晚年，他一直驻锡贡唐寺，被僧俗尊称为“赤钦·贡唐喇嘛”。根登彭措任甘丹赤巴期间，发生了第巴桑吉嘉措