用的规模到蛋白质组或整个网络。 大多数蛋白质通过蛋白质交互作用来发挥作用，相互作用蛋白质组学的一个目标是识别二元蛋白质相互作用，蛋白质复合体，和。有几种方法可以探测蛋白质之间的相互作用。 尽管最传统的方法是酵母菌双杂合系统分析，一种强大的新兴方法是亲和纯化，然后使用标记的蛋白质(Protein tag)诱饵进行蛋白质质谱法分析。 其他方法包括表面等离子共振（SPR），蛋白质微阵列，，，和实验性的方法，例如噬菌体展示技术和计算机模拟计算方法。蛋白质-蛋白质相互作用的知识对于生物网络和系统生物学特别有用