国军方提供了某些后门或计算机病毒，但如果有自己独立的电脑操作系统及相应的软件，在信息战中将比较不容易受到攻击。于是中国科学院软件研究所奉命研制基于Linux的自主操作系统，并于1999年8月发布了红旗Linux 1.0版。红旗Linux最初主要用于关系国家安全的重要政府部门。2000年6月，中国科学院软件研究所和上海联创投资管理有限公司共同组建了北京中科红旗软件技术有限公司。信息产业部于2001年3月通过中国电子信息产业发展研究院（CCID）北京赛迪创业投资有限公司向中科红旗注资，使其总注册资金达到96