组织和领导了“Mahapartner”特殊营，参加了纳戈尔诺－卡拉巴赫战争。1992年3月至1993年2月他被任命为国防部长，1995年7月22日至1999年6月10日他再次出任国防部长。在1999年的议会选举中，萨尔基扬和亚美尼亚前共产党领袖卡连·杰米尔强联合组成了亚美尼亚共和党，并赢得多数，萨尔基扬作为共和党主席出任亚美尼亚总理，杰米尔强出任议会议长。1999年10月27日，瓦兹根·萨尔基相和议长杰米尔强在议会作证时，3名青年以记者名义进入会议厅，走到前排离总理仅2米处，拿出自动枪向大厅内与会者