钱林慧君与同属台南市选出的民主进步党立法委员王幸男为了争夺「总指挥」头衔而不睦。2004年立法委员选举，钱林慧君落选。2005年任务型国代选举时，钱林慧君接受台联提名参选国民大会代表，并排名第七位当选国民大会代表。2005年，台联征召钱林慧君参选台南市长，以「人生最后一场选举」做号召，民进党提名许添财，泛绿分裂的情况下得票12.95%落选。之后，在台联第三任主席黄昆辉的邀请下，钱橙山出任台联秘书长，接替参选高雄市长失利的台联立法委员罗志明；钱林慧君也随钱橙山北上。2008年立法委员选举，