木质醋酸菌最早于1886年由英国酿酒专家发表描述，当时名称为"Gluconacetobacter xylinus"，后来许多学者将此菌归入醋桿菌属，名为"Acetobacter xylinum"。2012年，木质醋酸菌被归入新属驹形桿菌属中，并为该属的模式种。
研究.木质醋酸菌的基因组最早于2011年被，不过该菌株为不能生产纤维素的突变株，可生产纤维素的菌株则在2014年被定序完成。木质醋酸菌中与合成纤维素有关的酵素由一包含四个基因的操纵子BcsABCD所编码，分别为的四个次单