二年（1622年）再起用爲福建按察使司佥事，升湖广参议，转福建参议。天启六年（1626年）升南京尚宝司卿，不久又去职。崇祯四年（1631年）又起为尚宝司卿。崇祯七年（1634年）升任左通政。崇祯十二年（1639年）罢官。
南明.弘光朝时，先后任太常寺卿、大理寺卿、户部侍郎。隆武朝，任工部侍郎、工部尚书。隆武二年（清顺治三年，1646年）十月，隆武政权灭亡，葛寅亮绝食殉国。
着作.曾仿北魏《洛阳伽蓝记》，编写《金陵梵刹志》。
佚事.