军阀时代成为马家军的一名重要军阀。未来的穆斯林将军、后来率穆斯林骑兵在抗日战争中与日军作战的马彪当时作为士兵在义和团拳民中对外国人作战。另一将领统领一个单独作战单位的马玉崑被欧洲人认为是穆斯林将领马如龙之子。马玉崑在甲午战争和义和团运动的杨村之战和天津之战的对日作战中取得一些成功。马玉崑在宋庆将军统领下为副司令。当义和团运动尾声八国联军攻陷北京后，当年8月皇室决定逃到西安，穆斯林甘军护送他们。其中一将马福祥被皇帝嘉奖，因功被任为阿尔泰护军使。如前所述他的兄长马福禄及四个本家已死于攻打使馆期间的战斗。