但汪达怀斯的残骸解放稍早其吸收的火焰，山本以自己身体挡下而被炸成重伤，倒下后顺势犠牲自己烧焦的左臂，发动破道之九十六「一刀火葬」试图击退蓝染。大战过后，山本接受四番队的治疗，截除了烧至焦黑的左臂，他还亲自和新上任的中央四十六室交涉，解除了百余年前对浦原喜助、四枫院夜一、握菱铁斋的裁决。却因为获悉多位队长的羽织失踪一事，以及白哉、京乐、剑八对此于此事感到不以为然的看法而感到愤怒。
代理死神消失篇.空座町大战落幕1年5个月后，山本透过十二番队队长涅茧利的转告，获悉浦原喜助和朽木露琪