99年大选，由于受到“烈火莫熄”运动影响，国阵最大党巫统所得的国会议席受到影响减少，从94席降至72席。而在野替代阵线，由回教党收获最大，得到27席，替代民主行动党领导反对党（民主行动党只获得7席），新兴的人民公正党获得5席。州政府方面，回教党不仅保住吉兰丹政权，还夺下了登嘉楼州政权。2004年大选，由当时的新任首相阿都拉·巴达威领导的国阵继续在大选中取得压倒性胜利，拿下92%的国会议席，但回教党仍成功保住吉兰丹政权，其后联邦法院宣判安华的鸡姦罪名不成立，而贪污罪的刑期也因为行为良好而获得提前释放。