任日本帝国海军联合舰队司令。这是米内光政内阁下台前最后的举措之一，使山本能在海军舰艇上办公，躲过可能的刺杀威胁。米内很确定如果山本留在岸上，则一定会在1939年内被刺杀。
1940-1941.1940年12月15日，山本晋升为海军大将。此时正当东条英机上台组阁，舆论一般认为只要此人得势，山本一定会被罢免。早在山本担任日本海军省次官的时代，就与东条在出兵占领中国东北的问题上多有冲突。舆论推测东条会将山本派去管理横须贺镇守府，“一个拥有宽敞办公室、响亮头衔且绝无实权”的职位。但是当东条