些日本士兵把伤兵的尸体当作垫子，在上面轮姦女护士，并在强姦后伤害或杀死她们。一些教职员为了保护学生而留在书院内，最后亦丧生。有人尝试在门口放置阻碍日军士兵进入的杆子，结果遭日军射杀，其尸首更被日军士兵以刺刀反复穿插。香港沦陷后，圣士提反书院被改为赤柱拘留营，直至1945年8月30日香港重光。战后，一名倖存的加拿大陆军随行神职人员在远东国际军事法庭上作证，忆述自己在大屠杀期的见闻。有文献记载在大屠杀遇害的英国护士姓名，但遇害的华裔护士身份至今仍未能确认。