境地区的乌干达村庄作为回应，乌干达方面亦有还击。双方的交火使6万多人逃离家园。虽然两国在商议安全协议的过程中，均同意在交界地带实行合作防御，但再次冒起的爱阵在1992年底已攻占卢旺达北部的大部分领土。1994年4月，卢旺达总统哈比亚利马纳和布隆迪总统恩塔里亚米拉乘坐的飞机在基加利机场上空被击落，引发了导致800,000人死亡的卢旺达大屠杀。爱阵在乌干达军队的协助下，乘势攻占基加利并掌权。1995年4月，乌干达中断与苏丹的外交关系，以抗议喀土穆对活跃于乌干达北部的叛军圣灵抵抗军的支持。对此，苏丹亦指乌干达