李哲继位，就是唐中宗，但高宗妻武皇后为摄政皇太后。中宗继位不久，当月，武太后就任郭正一为国子祭酒，罢相。嗣圣元年（684年）二月，中宗显示出独立意图，被武太后废黜，中宗弟豫王李旦代立为唐睿宗。后数年，郭正一出为晋州刺史，入为麟台监，又任检校陕州刺史。永昌元年（689年），于光宅元年（684年）反叛武太后失败的英国公徐敬业的弟弟徐敬真在躲藏数年后被捕。徐敬真及助其藏身的洛阳令张嗣明在受审时为了免死，攀诬大量官员。郭正一和内史张光辅、秋官尚书张楚金、凤阁侍郎元万顷、洛阳令魏元忠都在其中，酷吏周兴也诬告他们。