由立法院同意，称为「改良式的双首长制」，偏向于类似法兰西第五共和国的半总统制。由于宪法并没有明定副总统不得兼任行政院院长，因此在戒严时期，副总统陈诚、严家淦均曾兼任行政院院长。1996年，连战以行政院院长身份当选副总统，并续任院长，引来宪政争议，民主进步党反对副总统兼任院长。司法院大法官于《》中，认二者职务性质虽非显不相容，但仍不宜兼任，此争议最后因连战请辞而划下句点。改行双首长制后，行政院院长更替频繁。2000年首次政党轮替后，民进党首次执政，陈水扁担任8年的总统时共有六任院长，除了唐飞以外，历任