肠桿菌研究报告中被首次描述。2000年，相似的重复序列在其它真细菌和古细菌中被发现，并被命名为短间隔重复序列（Short Regularly Spaced Repeats，SRSR）。2002年SRSR被重命名为CRISPR，其中一部分基因编码的蛋白为核酸酶和解旋酶，这些关联蛋白（Cas, CRISPR-associated proteins）与CRISPR组成了CRISPR/Cas系统。
Cas9.科学家还研究了来自的更简单的CRISPR系统，其依赖于蛋白Cas9。Cas9内切核