娘娘之所，其后另开小门为民居。如今仅存殿前石阶上因滴水而形成的七、八个凹窝，最深的达一寸。在东直门内危房改造过程中，药王庙的大部分建筑均遭拆毁，仅余山门，后因雨水浸泡及地基不稳而倾倒。政府有关部门乃按原样重建。药王庙现存山门及2003年发掘出土的明朝万历御制碑。该庙铸于明朝万历丙辰年的古钟已迁至大钟寺古钟博物馆。
庙会.每年农历四月二十八日药王诞辰时，香客来庙朝拜。庙前设有庙市，农历每月初一、十五开市，届时庙内外布满商贩，《宸垣识略》载“市皆妇女零用之物”。