前身为顺治十三年（1656年）起设置的三库理事官；雍正元年（1723年），改由王公大臣担任，称为管理三库大臣。满缺、汉缺各一人，任期为三年，期满时请旨更换派任。职掌为管理三库库藏、出纳，按年月会计造册，清点核实上奏。辖下属官有档房主事，三库郎中、员外郎、司库、大使、笔帖式、库使等官。光绪二十八年（1902年）四月十四日上谕：「三库积弊已深，库书、库丁弊端尤甚，亟应实力整顿，着如该部所奏，即将三库集中等缺裁撤，凡库书、库丁悉数革除，一切收支事宜统归户部堂官一手经理，以专责成，毋庸另派三库大臣管理。」