修士都在山野之间居无定所，很难对其有效控制。
宗派.修验道之法流大致上分为真言宗系之当山派和天台宗系之本山派。当山派的发端是开创醍醐寺三宝院的圣宝理源大师，本山派是由建立圣护院祭祀熊野三所权现的增誉一派所形成。现代，奈良县吉野山的金峯山寺（金峰山修验本宗）、京都市左京区的圣护院（本山修验宗）、京都市伏见区的醍醐寺三宝院（真言宗醍醐派）等是信仰的据点。也有像日光修验、羽黑修验、甑岳修验之类以各地的灵山为据点的国峰修验。修验道最主要依据经典为孔雀明王经，妙法莲华经(常不轻菩萨品