，上书提出时局有四弊：民穷、兵弱、臣工推诿、国计虚耗。十四年，督催漕运，道中驰疏言：“臣自静海抵临清，见人民饥死者三，疫死者三，为盗者四。米石银二十四两，人死取以食。惟圣明垂念。”崇祯十六年（1643年）秋，出巡长江防务。崇祯十七年（1644年）三月，李自成破北京，其母陈氏绝食而死。不久，清兵入关，堂弟左懋泰投降。弘光帝在南京即位，左懋第任兵部右侍郎兼右佥都御史，又以陈洪范、马绍愉为副使，前往北京，通好议和。十月初，揩二副使及随从百余人至北京张家湾，住进鸿胪寺。懋第在鸿胪寺陈设太牢，率随员北面哭祭三日。