归到允吾后向秃发利鹿孤投降，被秃发傉檀迎到晋兴，待以上宾之礼。后秦退兵后，南羌梁戈等人招引干归，干归打算前赴，但事情却洩漏给秃发利鹿孤知道，秃发吐雷因而出屯扪天岭。干归恐为秃发利鹿孤所杀，于是送妻子及乞伏炽磐等诸子到西平为人质，自己出奔枹罕（今甘肃临夏市），向后秦投降。干归到长安后，受封为持节、都督河南诸军事、镇远将军、河州刺史、归义侯，隔年（401年）更被派还西秦故都苑川镇守，并归还其部众。至后秦弘始四年（402年），乞伏炽磐逃奔后秦，姚兴也授他官位，不久更加干归散骑常侍、左贤王。干归于降后秦时期