，遣戍杭州。同年，李自成攻克京师，弘光帝召熊开元起吏科给事中。为母丁忧，不赴。隆武帝立，任命熊开元工科左给事中。连擢太常寺卿、左佥都御史，随征东阁大学士。后乞假归乡。隆武二年（1646年）八月，汀州被清军所破，熊开元弃家为僧，在苏州灵岩寺隐居而终。《明史》有传。
着作.着有《诸方语录》、《蘖庵别录》、《渔山剩稿》等。