民国护照与邀请函的中华民国公民可至摩尔多瓦电子签证申请系统办理签证，但摩尔多瓦政府对中华民国政府并非友善，取得该国签证具相当难度，中华民国外交部也建议避免在该国转机。持有中华民国护照入境实质上独立的聂斯特河沿岸摩尔达维亚共和国亦需办理签证。持有的摩尔多瓦公民抵台参加国际会议、运动赛事、商展活动，则可以电子签证入境中华民国，停留最多30天并不得延期。
相关警示.有鑑于2019冠状病毒病疫情，中华民国外交部的国外旅游警示分级表将摩尔多瓦归类为红色警示：不宜前往，宜尽速离境（2020