自治权利且设立克罗埃西亚自治州，但是这样的措施并未让克罗埃西亚人感到心服。同时由安特·帕维里奇主导的乌斯塔沙公然宣告克罗埃西亚独立行动。1941年纳粹德国和义大利王国联同匈牙利王国和保加利亚王国突然进攻南斯拉夫，南斯拉夫战败被肢解，乌斯塔沙和其合作成立傀儡政权克罗埃西亚独立国。另外一边向南斯拉夫国王宣示忠诚的塞尔维亚军官为主轴的反乌斯塔沙组织－切特尼克也开始进行抵抗行动。在南斯拉夫的反法西斯斗争变成了克罗埃西亚人和塞尔维亚人的民族斗争，这场战争之中种族净化、强暴、驱赶民众等事件造成了大量人民死亡及引发难民潮