子源赖家继为将军，鎌仓幕府实权落入赖朝岳家北条氏之手。1219年三代将军源实朝（赖家弟）被赖家子公晓所刺，身亡；公晓亦被杀。北条氏迎赖朝妹坊门姬的外孙藤原赖家继任征夷大将军。1234年，赖家女竹御所去世，源赖朝的直系血统断绝。1333年，足利高氏与新田义贞起兵反抗鎌仓幕府，鎌仓幕府灭亡。1336年，足利尊氏（高氏改名），任权大纳言，颁佈建武式目。1338年，足利尊氏任征夷大将军。1402年，足利义满受明的册封为「日本国王」。1408年，足利义满去世，朝廷给予「太上天皇」的尊号，而被幕府所辞退。