（syntrophic model）认为，古菌与细菌的共生，导致了含细胞核的真核细胞诞生。类似于现代产甲烷古菌的某些古代古菌，侵入并生活在类似于现代粘细菌的细菌体内，形成了早期的细胞核。此理论类似于原始真核生物与好氧细菌的内共生关系，也就是解释粒线体与叶绿体起源的理论。古菌与真核生物在特定蛋白质，如组织蛋白基因的相似性，支持了以古菌为基础的细胞核起源理论。观察显示黏细菌可自行运动，并形成多细胞复合体，也拥有与真核生物相似的激酶与G蛋白，此现象支持了真核细胞起源于细菌的说法。第二种模型认为，原始的真核细胞