广东奥体中心的接驳交通后来改由距原九运会站不远的黄村地铁站担负。2005年7月起，吉山站停止所有危险货物办理业务，标志着吉山站危险品仓库在使用了近半个世纪后正式关闭。随着穗莞深城际铁路（现名为穗深城际铁路）在2012年10月16日的规划中延长至广州东站，同时建议亦提出设石牌站和吉山站（即本站）2个客运站。直到2015年7月方案获得通过后，现有的站房才正式动工建设，直到2018年完工。2018年，吉山站改称天河东Ⅱ场，其西侧的客运站命名为天河东Ⅰ场。