他被该司令部任命为陕西省教育厅厅长。他还任中国国民党西北临时政治委员会常务委员、中国国民党陕西省党部执行委员会常务委员。1927年4月12日蒋介石在上海发动清党。4月25日，杨明轩、刘含初等中共党员以中国国民党陕西省党部领导人的身份通电声讨蒋介石。后来冯玉祥附和蒋介石，在陕西开展清党，杨明轩被罢免了中国国民党西北临时政治委员会常务委员、中国国民党陕西省党部执行委员会常务委员的职务，并被开除中国国民党党籍，遭到通缉。他遂由西安赴武汉，不久秘密回户县养病。 1928年初，他在户县黄堆堡被当局逮捕。1929年