向伊贺撤退（观音寺城之战），在父亲足利义晴所建的桑实寺驻扎，顺利到达京都。三好三人众退出京都。10月18日朝廷封足利义昭为征夷大将军，同时叙从四位下参议兼左近卫权中将的官位。就任将军的义昭下令将对弒杀兄长义辉持纵容态度、怂恿天皇将封足利义荣为将军的近卫前久流放，并让二条晴良复任关白之职。义昭又将自己的偏讳授予管领细川昭元、畠山昭高，以及关白家的二条昭实，试图巩固自己的统治，掌握了兄长义辉所拥有的山城国御料所。同时在山城国设置守护，令三渊藤英据守伏见城。在政务上，义昭同兄长义辉一样，任命摄津晴门为政所执事