《週刊朝日》採访了该节目中出场的美国大学教授，后者表示并未说过纳豆可以减肥的言论。关西电视台此后询问节目制作公司，节目制作人承认纳豆减肥的相关内容系捏造。关西电视台为此在1月20日紧急召开记者会，承认捏造事实并公开道歉。1月22日，该节目主要赞助商之一的花王宣布不再赞助该节目。1月23日，关西电视台宣布停播《发掘！真有其事大百科II》。但该事件愈演愈烈，以至于总务省开始进行调查。3月23日，据外部调查委员会的报告书，《发掘！真有其事大百科II》共有16件伪造疑案，其中5件是虚假翻译配音，4件是篡改实验数据，