斯二世意图在英国恢复天主教时，丘吉尔因为坚奉新教，于是不动声色地站在了詹姆斯二世的对立面（安妮公主也反对父亲的天主教政策，私底下希望父亲能退位）。当他被詹姆斯任命为三万英军的主帅，率军阻截威廉三世1.6万的荷兰陆军（当时“辉格党”和“托利党”秘密请求荷兰执政威廉，来英国推翻詹姆斯二世）时，他很快就倒戈投向了直逼伦敦的威廉三世，并极力支持威廉的夺位行动。于是，众叛亲离的詹姆斯二世只好逃亡法国，期待借法军之力以卷土重来。1689年，国会宣布威廉三世和他的妻子玛丽二世为英国国王和女王。约翰·丘吉尔被封为马尔博罗伯