凤山后，在10月20日，当日军「南进军司令部」准备以两师团之兵力围攻台南城之际，刘永福弃守台南城而内渡前往清国的厦门，因此众多台南士绅恳请巴克礼牧师及宋忠坚牧师（Duncan Ferguson）向乃木希典将军求和。10月20日夜间，巴克礼牧师引导日军由台湾府城小南门（别称「镇南门」，建于1725年，是通往凤山及高雄的要道）入城，使得日军不费一兵一卒即能够不流血入城，此举保全了五万台南府城人免受日军屠戮。
任台湾总督.乃木希典因参加中日甲午战争与隔年平定台湾的乙未战争有功，1896年，