418年，胡安二世娶了他的堂姐、亚拉冈国王斐迪南一世和他的妻子阿尔布开克的埃莉诺的女儿。他们一共有四个孩子，但只有一个儿子－未来的恩里克四世存活。胡安二世于1445年丧偶再婚，新娘是葡萄牙王子约翰的女儿葡萄牙的伊莎贝拉。伊莎贝拉与他有两个孩子：未来的伊莎贝拉一世女王和阿方索王子（1453年－1468年）。胡安二世在位其间继承其曾祖父恩里克二世所行的反犹太人国策，他公告巴利亚多利德法律以限制了犹太人的社会权利。在众多的其他限制中包括强迫犹太人穿着特别的衣服，并不准他们的担任任何行政职务。1431年，胡