沉积物在某种程度上推断深海鱼的食性。如果在深海鱼类的胃中发现了沙粒，则意味着该鱼类直接或间接利用沙泥中的生物，反之则较少依赖于这些生物。同为背棘鱼目所属的底栖鱼，海蜥鱼科和背棘鱼科鱼类的食性存在显着差异 。某些寄生虫具有严格物种特异性（仅感染特定的中间宿主和最终宿主），已被用于调查深海鱼的食性。通过研究感染某些鼠尾鳕科鱼类的寄生虫，发现鼠尾鳕科鱼类食用寄生虫的中间寄主钩虾亚目（端足类）和糠虾目动物，并推测单鳍鳐科的里氏深海鳐（"Bathyraja richardsoni"）捕食薄鳞突吻鳕。大多数小型