产生的疾病（例如自体免疫反应、过敏反应、免疫功能失调）；在体内（in vivo）或是体外（in vitro）免疫系统构成分子的物理、化学、生理性质。免疫学也已被广泛应用于如下的领域上。
免疫系统的组织学.主要的免疫系统包括胸腺、脾脏、骨髓、淋巴管、淋巴节和二次淋巴组织（如扁桃腺或是增殖腺）、皮肤。在免疫系统在组织学的检查上，主要的器官、胸腺以及脾脏只能在死后解剖上得以了解，但是类似淋巴结或是二次淋巴组织可以在存活的状态下经由外科手术来得以认识。免疫系统上许多组成分子多半以细胞的形式