到了京畿地方。1531年，高国战死，晴元仍与将军义晴继续对立。翌年，义澄与高国内乱，足利义维拥立三好元长向京进攻，义维就这样担任堺公方一职。1532年，晴元与石山本愿寺合作，利用一向宗将元长杀害，自此与义晴和睦。1543年，细川高国的养子细川氏纲与纪伊国的畠山氏与游佐长教结盟，试图将将军的职信让给足利义辉，就此氏纲开始攻击晴元的势力。几年内，晴元与氏纲交战。1548年，晴元家臣三好长庆继承了三好宗家家督，晴元指示他对付氏纲，讨伐三好政长，可是遭到长庆拒绝。翌年，长庆叛变，改为支持氏纲，晴元在江口之战大败