不存在较西方或是字型路线（丸之内线、都营三田线）的情况下，以西南方起逆时针递增编号。都营大江户线是例外，以顺时针方向递增编号（后述）。目黑站（N-01/I-01）－白金高轮站（N-03/I-03）之间2.3公里的路段由东京地下铁南北线与都营三田线、和光市站（Y-01/F-01）－小竹向原站（Y-06/F-06）之间8.3公里的路段由东京地下铁有乐町线与副都心线共用车站设施与轨道，因此会有一站两号的情况。同一站的路线记号部分不同，但数字部分是相同的。有乐町线与副都心线小竹向原站（Y-06/F-06）－池袋