初期，受到成王败寇观念、以及新政府中掌权的萨长派人士的偏见影响，新撰组被视为反抗政府的朝敌贼军一员，评价很低。由于在官方史学持否定观点，再加上残存的新撰队士为免于报复，大多改名换姓生活，因此早期的相关研究亦相当缺乏。这样的评价一直维持到大正时代，当时由大佛次郎所写的小说「鞍马天狗」中，新撰组仍旧被描写为站在敌对侧的恶党集团；然而，剧中也开始出现如将组长近藤勇描写为人格迥异于旗下邪恶剑客的豪杰人物这般并非全然否定的描述。而在民间流行的说书故事里，新撰组的事蹟逐渐开始成为受欢迎的故事。学者、媒体也开始寻找新撰组