较悠久的大专院校皆设有分会。
组织架构.大专同学会的组织架构，分为总会、区会、分会等三级。另设全国大会为最高决策机构，每年寒假召开一次；全国大会闭会期间由执行委员会执行职务，是大专同学会的最高行政单位。总会秘书处位于台北市大安区青田街6巷14号地下一楼，即台湾总会院之内。秘书处曾分别位于台北总主教公署（台北市大安区乐利路94号）和辅大城区部（台北市大安区安居街39号）。
分会列表.大专同学会在107学年度共有31个分会，其中1个为处于筹备阶段之预