监察院调查后，弹劾邱义仁逾越权限指示黄志芳办理中华民国与巴布亚纽几内亚共和国建交事宜，严重斲伤政府形象，违失情节重大，于2009年8月17日发佈：经公务员惩戒委员会议决，「邱义仁、黄志芳均撤职，并各停止任用贰年。」但包括前民进党立委林浊水在内的许多泛绿人士都认为此案很可能非贪污，检调单位调查有问题，并要求法官公正判决。2011年8月30日，台北地方法院宣判安亚专案外交机密款一案，邱义仁、前外交部次长高英茂均无罪。法官于判决书指出：2012年6月，台湾高等法院再审理认定，台湾加入世界贸易组织后，