生地，而新井地区传说是中国秦代方士徐福来到日本的登陆地。
历史.在令制国时代属于丹后国与谢郡，现在的伊根町范围在江户时代时，分别属于领地或幕府直属领；明治维新后，幕府直辖领先后改隶属府中裁判所、久美滨县，宫津藩领地在1871年废藩置县后改隶属宫津县，同年年底的第一次府县整併中，全部区域皆被划入丰冈县，直到1876年的第二次府县整併中被改划入京都府。1889年实施町村制，现在的伊根町范围在当时分属、、、四个行政区划，在昭和大合併期间，这四个行政区划于1954年11月3日合併为现在