科方面的不良反应可能包括视力模煳和干眼，罕见复视与瞳孔扩大。其他的副作用可能包括抑郁、情绪不稳、神志不清和磨牙。常见多汗，罕见胸痛。有部分证据表明长期用药的儿童出现了略微的生长速度下降，但没有发现因果关系，且下降的情况没有长期存在。超敏反应（包括皮疹、荨麻疹和发烧）时有报道。哌甲酯可以使精神病患者的精神病恶化，且在非常罕见的情况下可导致新的精神病症状的出现。由于此药物对狂躁与轻度狂躁有潜在的诱发性，在用于躁郁症患者时应特别小心。有非常罕见的引发自杀念头的报道，但不足以建立因果联系。偶尔有