华全国体育协进会在北京、天津、上海、广州等地建立了十多个分会，并在南京建国路七号觅得会所办公。1948年，第十四届夏季奥林匹克运动会在英国伦敦举行。中国参加了篮球、足球、田径、游泳和自行车等5个项目的比赛，仍由王正廷任总领队。1949年以后因“国共内战”中国进入分裂状态。
播迁台湾.国共内战后，中华民国政府战败，中华全国体育协进会随政府撤退到台湾。之后，关于代表中国的国际奥委会的席位问题，两岸问题、“两个中国问题”在体育方面成为敏感话题。1949年10月，中华人民共和国成立