结构.推测Y RNA的5'和3'端会折叠形成一个保守的茎形结构。已确认Y RNA有一个单胞嘧啶（C）突出，这个突出对Y RNA与Ro蛋白的结合至关重要。
功能.目前，已知Y RNA有两大功能：一，抑制Ro60；二，作爲DNA复制的一种起始因子。失去了保守的与Ro60蛋白的结合位点的突变人类Y RNA仍然能参与DNA复制，这说明与Ro蛋白结合以及启动DNA复制是Y RNA的两种互不相干的功能。尽管Y RNA的衍生小型RNA大小与微RNA相当，但是它们却和微R