总部内开设驻东京名誉总领事馆，总领事一职现在由三菱商事社长小林健担任。同为君主立宪制国家，日本皇室和摩纳哥王室之间的来往十分密切。建交之前，两国之间重要人物的往来非常频繁。例如，日本皇室的常陆宫正仁亲王和他的妻子正仁亲王妃华子曾于2005年参加过兰尼埃三世的葬礼，同时也多次访问过摩纳哥。另外，摩纳哥王室的阿尔贝二世曾出席过在日本举办的长野冬奥会，同时也多次访问了日本。
正式建交.2002年10月，摩纳哥和法国签署了新的双边关系条约，该条约于2005年12月生效。条约生效后，摩纳