100主要拨交四联队，民国59年的军援机则拨给了二联队操作。同时，空军在美方的技术协助下将大部份F-100A参照美军使用经验改良，主要是换装F-100D的垂直尾翼改善飞行稳定性，新的垂直尾翼加装了AN/APS-54雷达警告器，同时整合了响尾蛇飞弹与AGM-12飞弹发射配线；不过第一代超音速喷射机终究有许多技术及制造上的原始缺失，所以每架F-100都有自己独特的飞行特性与缺点，这也造成国军的F-100机队相当仰赖熟练后勤的维护功力；1979年8月28日，一架空军所属，机码3194号的C-119运输机因雷雨失事