后达斯·西帝派成为西斯大君的安纳金到穆斯塔法星，以协助独立联邦的名义，进攻穆斯塔法星并杀光包括独立联邦三号人物纽特·冈雷在内的独立联邦的成员，并关闭了独立邦联散布在各个星系的机器军团，复制人战争正式完结。
后果.复制人战争以银河共和国全面胜利和独立联邦全面覆灭为结束。这时，表面上为共和国议长实为西斯的白卜庭诬陷绝地议会，以绝地武士有颠覆共和国的企图为由发动了一场血腥的绝地大屠杀。一方面向复制人军团下达第66号密令杀害在银河系各个角落的绝地武士，另一方面则改国号为银河帝国，并自行加冕