持吉林大学校舍建设，于1931年完工，但落成典礼因九一八事变而未能举办。1932年他来到关内，曾任扬子江水利委员会工程处长。1945年抗日战争胜利后，他任东北水利总局局长兼东北水利特派员，参与接收东北。不久，他经东北经济委员会主任委员张嘉璈推荐，任沈阳市市长，负责代表国民政府接收沈阳市政。当时因苏联红军占据东北，中国共产党在东北扩张势力，故国民政府任命的东北各地方长官多滞留在北平、天津，而董文琦不顾危险，前往沈阳市成功从苏军手中接收了市政。后来他去职后又再度出任沈阳市市长。1948年冬，他奉命撤离沈阳市