.在波尔布特时代，伊斯兰教和上座部佛教一样受红色高棉逼害，清真寺遭拆除，穆斯林也不能实践他们的信仰，直到越南扶植的韩桑林政权成立后才恢复信仰自由。
今天.今天，穆斯林在柬埔寨享有宗教信仰自由，也有权利选举和被选举，不过与本地的佛教人数相比，穆斯林人数仍旧不多。