中毕业后患左胸积水，住院一年。期间祷告﹐痊癒后愿作传道。1946年，日本投降，交大迁回上海，而上海教会也已恢复聚会。1947年，李常受和汪佩真到交通大学开展校园福音工作，吸引一批青年学生，徐尔建也是其中之一。这时他热切参加聚会（当时在哈同路文德里）、祷告、交通、佈道等教会活动，开始背读圣经，并成为交大学生团契负责人。1948年春，战后第一次全国地方教会同工长老特会在上海召开，徐尔建也受邀参加。在同工聚会上，倪柝声表示他经营中国生化制药厂的目的，是为了赚钱来养活同工们。带头把中国生化制药厂奉献出来交给工作