有400个在巴达维亚定居的日本移民还没有登记），截至1910年在棉兰定居的日本移民则有278人（包括57男，221女）。在约1872年至1940年期间，大批日本妓女（唐行小姐）曾经到东印度群岛的妓院工作，而自1920年代后期以来，沖绳县渔民也开始前往西里伯斯北部定居。美娜多曾经设有一所日本人小学，在1939年的时候该校收录的学生有18人。1945年荷属东印度日佔时期结束之后，大约有3000名大日本帝国陆军士兵选择留在印尼，和当地人民并肩战斗，在印度尼西亚独立革命当中对抗荷兰殖民者，后来其中三分之一的日裔士兵