，请求将文忠谥号，或者删削或者更改，而增补文震孟等大臣的谥号，使普天下奖惩有度。”答复可以。于是增补诸臣的谥号，剥夺了温体仁谥号。吏部尚书张慎言离职，顶替的徐石麒没有到任，朱由崧命令顾锡畴负责事务。当时马士英掌握国政，顾锡畴一向与他不和。给事中章正宸、熊汝霖弹劾他，于是他请求到南海祭祀而离去。第二年春天，御史张孙振极力颂扬温体仁的功绩，请求恢复他原来的谥号。便勒令顾锡畴退休。之后清军攻入南京，顾锡畴的故乡也被攻占。当时正遭遇父亲的丧期，他由小路赴福建。唐王命令他就任原职，他极力推辞，而在温州江心寺寓居。