后来因获奖学金才得以升入东吴大学，1935年大学毕业。抗战爆发后，吴于廑辗转流离至昆明，经朋友介绍，见到了时任西南联大法商学院院长兼南开大学经济研究所所长的陈序经教授。陈先生与他只谈了一个小时的话，就发现他才思敏捷，卓尔不群，当即决定他免试入学，作南开经济研究所的研究生。1940年8月，停顿了数年之久的清华庚款公费留美考试又重新举行，共招取16名（外加林森奖学金1名），每个学科1名，其中绝大多数为理工科，而文科只有2名，吴于廑以“特优成绩”考取了清华大学第五届留美公费生，入哈佛大学文理科研究院深造，1944