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生物医学工程系.生物医学工程系，在1979年创办的电机系生物医学工程专业基础上成立。本科学制4年，以电子技术系列课程为主干。
临床医学系.2001年至2008年，临床医学系与北京协和医学院紧密合作，开设临床医学专业，学制8年，医预阶段（2.5年）在清华本部，基础医学和临床医学在协和医学院，完成学业后获得医学博士学位。2009年，开设医学实验班，学制8年，採用“3+2+3”的培养方案，3年清华基础课程，2年匹兹堡大学科研训练，3年协