1991年被陕西省卫生厅确定为省级医院，1994年，由军委总部委托空军组织评审为三级甲等医院。1999年被陕西省、西安市确定为城镇职工基本医疗保险定点医院。1999年4月，医院由空军转隶中国人民解放军兰州军区。2016年9月，由原兰州军区转隶中国人民解放军中部战区空军后勤部。医院于1992年率先在中国人民解放军全军及中国西北地区完成第一例腹腔镜胆囊切除手术。1996年被中华人民共和国卫生部授权建立“卫生部医政司内镜外科交流培训西安分中心”。1999年被兰州军区确定为“腹腔镜外科中心”，被陕西省确定为“内