着制糖重心逐渐南移，1929年大和工场的产量开始超过寿工场，成为盐水港制糖在花东地区的生产主力。1927年2月（昭和2年），合併林本源制糖。
第二次世界大战后.战后，1945年11月（昭和20年），盐水港制糖在台湾的资产被国民政府接收，同大日本制糖、台湾制糖、明治制糖的在台资产皆併入台湾糖业公司。其中，位于花莲的大和工场则被更名为花莲港糖厂，隶属于台湾糖业公司第四分公司；因寿工场受损较严重且产量小于大和工场，故台糖决定将其废弃。另外，在日本内地的资产则成为塩水港精糖株式会社延续