外壳，部分在结构上有高度发展。牠们大部分大小小于一毫米，但部分则较大，纪录中最大的样本大小达19厘米。虽然现尚未有形态学上相关的支持，分子资料强力提出因为有孔虫门与丝足虫类（）及放散虫门（）都为变形虫状及有复杂形态的外壳，所以有密切关系。这三类形成有孔虫界（）。但有孔虫门与其他类别的实际关系还不是完全清楚。
分类.，WoRMS纪录有孔虫门物种可以分为以下五大纲：这五个纲还包括以下各目：
现生有孔虫门生物.
生存环境及形态.现代