栋军副带林超拔等人死守下，围城群众终被击退。10月10日后，林朝栋率领栋军新募部队1800人来到县城外，城内部队趁势开城突围，于是在内外夹击之下，围城群众溃败，成功解围。之后，林朝栋指挥旗下各营在燕雾二十四庄（今彰化县花坛乡、大村乡等地）清乡，陆续击溃各地起事群众，而澎湖镇总兵吴宏洛、台东直隶州知州吴本杰等人也陆续前来协助平定民变，而布政使沈应奎则招安各地，并询问李嘉棠民变缘由。而李嘉棠为借机报复鹿港士绅不协助丈量工作，便趁机怪罪当地士绅协助起事，要求沈应奎派军攻毁鹿港，但沈应奎并未同意，并