世青赛，日本队最终止步八强。 1999年的第十三届世青赛，南雄太再次入选日本U20。这届世青赛堪称神仙打架，参加了这届世青赛的球员绝大多数后来都在五大联赛中成为了各自球队的当家球星。比如哈维、卡西利亚斯、小罗等。日本队中参加了本届世青赛的高原直泰、稻本润一、小野伸二等后来也都登陆了欧洲。在特鲁西埃的执教下，日本从有美国、英格兰、喀麦隆的小组中杀出。不过真正让南雄太一战成名的则是与葡萄牙的八分之一决赛。整场比赛，日本队处处被葡萄牙压制，西芒领衔的葡萄牙对日本队球门展开了围攻的态势。但南雄太在比赛中连续扑出