徙封蜀王，任柱国、益州刺史、益州总管，都督二十四州诸军事。582年，以本官，进位上柱国、西南道行台尚书令。592年，任内史令、右领军大将军。再出镇蜀地，文帝又派元巖为益州长史，益州大治。开皇十三年，元巖卒于官。杨秀日渐奢靡骄纵，造浑天仪，多捕山獠充当宦官，车马衣服违反制度兴建宫殿比拟皇帝。皇太子杨勇被废，晋王杨广立为皇太子，杨秀对二哥杨广不满。杨广与杨素派使者探查杨秀的罪状，密告他谋反。602年十二月，因被杨广、杨素诬陷使用巫蛊诅咒文帝及幼弟汉王杨谅，被剥夺官爵贬为庶民软禁于内侍省，不许与妻儿相见。