，王恭亦罢兵。然而，始终殷仲堪与桓玄始终没有进行实质的军事行动。王恭举兵以后，司马道子忧虑王恭和殷仲堪的威胁，于是引司马尚之和司马休之为心腹。隆安二年（398年），因着桓玄请求朝廷让他任广州刺史，而司马道子亦忌惮他，不想他继续长据荆州，于是下诏以他督交广二州、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。桓玄受命但没有到广州上任。同时司马道子听从司马尚之多树外藩的建议，不料却因削夺了豫州刺史庾楷都督地区而令其劝王恭再度举兵，王恭遂于当年联结桓玄、殷仲堪等举兵讨伐司马尚之兄弟，桓、殷亦奉其为盟主。殷仲堪认为王恭这