曾昭文参与了成立大会的筹备工作，并被推为中国同盟会东京总部执行部书记科书记。1906年，中国同盟会河南分会在东京成立，曾昭文任支部长。1908年，他毕业归国，留在北京，在军咨府任科员，暗中任同盟会的联络员，联系同盟会东京总部。1911年10月10日武昌起义爆发，曾昭文随黄兴、宋教仁于10月28日到达汉阳。黄兴任民军战时总司令；曾昭文任副官长，充前敌总指挥。北洋军占领汉口后，黄兴企图投江自尽，被曾昭文阻止，曾昭文掩护黄兴撤回武昌。1912年1月1日，南京临时政府成立，黄兴任陆军总长，曾昭文任军需总监。