870年又侵略北疆，相继攻陷吐鲁番盆地和乌鲁木齐等地，得到东干人白彦虎的支持。这个国家一度控制了整个新疆一带。当时大英帝国和俄罗斯帝国正在中亚进行大博弈，都不同程度支持阿古柏政权，试图将东突厥斯坦纳入自己的势力范围内。清朝政府就是否要征伐这个国家、将新疆重新纳入版图发生过争论。1872年，清朝派左宗棠攻打阿古柏，最终在1877年击败了他。1878年，清朝收复新疆。