数次以事侵扰孙休，孙休上书乞求徙往其他郡，孙亮遂下诏徙孙休至会稽郡。孙休的岳母和姐姐孙鲁育被权臣孙峻冤杀，孙休害怕，将妻子朱氏送回建业，执手泣别。朱氏到建业，被孙峻遣回。
意外登基.太平三年九月廿六日（258年11月9日），宗室孙綝发动政变，罢黜孙亮为会稽王，立孙休为帝，孙休三次辞让而受，改元永安，封孙綝为丞相，孙綝五兄弟皆封侯掌禁军，权倾朝野，时为十月十八日己卯（11月30日）。孙休先假意麻痹孙綝，将举报孙綝谋反之人，交给孙綝处置，后又加孙綝弟孙恩为侍中分其权，年末设宴请