阿尔托斯的旗帜修改自中美洲联邦的旗帜，以玉玺图案为中配以火山的图案作为背景，前面加放格查尔鸟（quetzal,一种象征自由的当地鸟类）。这是第一面以格查尔鸟作为标志的中美洲旗帜，并自1871年开始就作为危地马拉的国旗。随着联合省的崩溃，以及随之而来的内战，洛斯阿尔托斯脱离联合省独立。不过在1840年，大部份洛斯阿尔托斯的土地和克萨尔特南戈被拉菲尔·伽雷拉的军队强制併入危地马拉。1840年4月2日，拉菲尔·伽雷拉发了一道命令，将洛斯阿尔托斯大部份被捕的政府官员枪决。而在另一方面，墨西哥利用了这不稳定的局势