百地三太夫的门下学习忍术。由于与三太夫的妻子通姦被发现，杀死了三太夫的妾并逃亡江湖。而在织田信长派兵攻破伊贺、残杀忍者时，石川五右卫门曾试图下毒杀害信长，但失败了。另一说法认为石川五右卫门是丹后国伊久知城城主石川氏的后代。石川氏是丹后守护大名一色氏的家老，1582年（天正十年），丰臣秀吉派细川藤孝谋杀了效忠于一色义定的石川左卫门尉秀门，攻陷了伊久知城。沦陷之际，秀门的次子五良右卫门逃出，改名石川五右卫门并与丰臣秀吉对抗。现在伊久知城附近有人自称是五良右卫门姐姐的后代。还有一种说法称，石川五右卫门出生