之后，曹士桂奉闽浙总督刘韵珂之令前往水沙连考察，于二月廿二（4月7日）出发。他沿途经过大论、茄冬、同安岭、北投，然后抵达南投，并在南投县丞署过夜。次日行程路经新街、湳仔庄、浊庄、隘藔、集集舖、浊溪、风谾口，最后在水里坑公馆休息。二十四日（4月9日）抵达日月潭一带，并记录对当地环境与原住民聚落的观察纹面。同年三月十八日（1847年5月2日）调署淡水同知，而上任才三天，便遇到大甲械斗事件并前往处理。五月十二日（6月24日），曹士桂与闽浙总督刘韵珂、鹿港同知史密、台湾北路协副将叶长春等人前往水沙连视察。此行众