南光州（今河南固始）人。中国清朝官员。吴士功为雍正十一年（1733年）癸丑科进士，累迁郎中，考选御史，历湖南、山东省粮道，湖北按察使、陕西布政使等职。干隆二十三年（1758年）任福建巡抚。干隆二十六年（1761年）福建水师提督马龙图挪用存营公项，被两广总督杨廷璋弹劾，吴士功援自首例为马龙图减刑，因而被夺官发边疆巴里坤效力，干隆二十七年吴士功输银赎罪后被释回。干隆三十年（1765年）九月病卒，年六十七。着有《湛山诗钞》。