慨与慰留活动、以及许多知名的学术界或政界人士纷纷表达慰勉，黄荣村仍于2014年1月底卸任校长。
再任公职.自2014年卸任中国医药大学校长后，黄荣村担任该校神经科学与认知科学研究所讲座教授及高教评鑑中心基金会董事长职务。在台大校长遴选事件中，黄荣村指出「能退让的是政府，不可能叫大学让」，教育部作为教育行政主管机关，不应干预台大自行遴选校长的程序。他认为办教育不能分党分派，并认为处理教育政务需合情、合法、合理，在高等教育领域需强调学术自由和校园自主。2020年5月底，时任总统蔡英