由于战争的爆发，所有模型都被纳粹德国空军征用以用于军事运输以及此后的远程海上巡逻。
第二次世界大战.容克斯军用飞机的制造始于20世纪30年代，最终占据了其所有资源。其中最着名的设计大概是Ju 87 “斯图卡”俯冲轰炸机，作为纳粹德国空军最高效的空中武器（至少在战争初期是），Ju 87一直被用于轰炸任务，从而成为闪电战战略不可或缺的组成部分。「斯图卡」既被用于精确战术轰炸，亦可执行对敌军据点的扫射任务，更由于其可以伴随快速机动的坦克部队行动，并超越传统炮兵部队的射程对敌军掩体实施攻击