立后，叶飞指挥厦门战役，取得胜利。之后，中国人民解放军第28军及200艘登陆船约9,000人参与金门战役，因轻敌兼判断失误，登岛解放军在岛上战斗三昼夜，全军覆没，成为叶飞心中遗憾。1951年12月起，叶飞任中共福建省委第一副书记、副书记、第二书记，中共中央华东局委员。1953年，叶飞指挥东山岛战役，取得胜利，在一定程度上挽回金门战役失利的遗憾。1954年9月3日，叶飞指挥了对金门进行炮击。1954年10月起，任中共福建省委第一书记、福建省人民政府代主席、福建省省长。1955年3月，叶飞任南京军区副司令员