2008年，马英九当选中华民国总统，被指派参与高中历史课纲修订工作。2017年10月25日，参加中国评论通讯社台北会议室举办的论坛活动《从习近平十九大涉台讲话看未来两岸关系发展》，并表示：「一国两制是维持现状最好的办法」。2014年1月20日，中华民国教育部微调历史课纲，绿营质疑马当局此举是在走向「终极统一」。2015年，课纲召集者王晓波在接受观察者网访问时，说明制定“101课纲”的两个原则：一是中华民国宪法原则，课本要遵守宪法，不能违宪。二是重新树立台湾人民的主体性。王晓波认为在李登辉、陈水扁时期