李大规模裁军，中华人民共和国政府接收香港并打压中华民国外交。1999年，李登辉先后提出中国七块论和两国论，9月，南投地震。这时期台湾原住民族团体开始推动文化保存，并要求更高程度的政治自决与经济发展政策。2000年，国民党选前分裂，民进党候选人陈水扁当选总统，实现全国首次政党轮替，执政期间推行台湾本土化和去中国化政策，促进人权保障。2001年，陈水扁欲停建核四，遭司法院反对未果。2002年，陈政府积极推动高铁、雪山隧道的建设，提出一边一国论。2003年，两岸实现包机直航，宋美龄逝世。2004年，陈在选举前