有日本国学者平田笃胤在神国主义背景下研究《古事记》和《日本书纪》，认为自古以来日韩关系密切，以此更加声称日本对朝鲜具有支配地位。江户时代末期，日韩同祖论纳入与尊王攘夷关联的征韩论。日本人类学者坪井正五郎认为日本是南北两民族融合而成的混合民族。坪井的助手鸟居龙藏也将日本视为东北亚渡来人加自南方北上及北方南下的民族混合民族。日本内部的改革者支持该理论为正当化海外扩张的意识形态，这些被统治的殖民地被认为可以被吸纳入日本民族，特别是日韩同祖的问题成为合併朝鲜过程中官定的意识形态，过往支持国体论的单一民族派有在官方政