战乱，政府派专机将钱思亮及其家人由北平飞往南京，随即被台湾大学校长傅斯年邀请任教而再迁至台湾，1949年1月20日傅斯年就任台大校长，延聘钱思亮为化学系教授及教务长，一度代理理学院院长，并于1950年11月代表台大赴巴黎出席国际大学校长会议，促成与美哥伦比亚大学合作，派二位医学教授来台改良台大医学教育。1950年12月20日傅斯年辞世，1951年2月由胡适推荐，行政院会议决议，任钱思亮接任校长一职。
贡献.钱思亮在任内完成了台湾的大学联招制度，替台湾高等教育选才订定良好基础。在台大