孙以仁（），字学元，直隶苏州府崑山县人，山东登州卫旗籍，明朝政治人物。
生平.山东乡试第二十名举人。嘉靖四十一年（1562年）中式壬戌科三甲第二十一名进士。
家族.曾祖孙尚能；祖父孙隆，教授；父孙让，母蔡氏。