明代的僧官制度，在北京设立了僧录司，所有宗教官员都经礼部考试轮选，最后由吏部委任。所有僧官的职别名称，和明代无异。清初顺治二年（公元1645年）禁止京城内外私下建造或拆毁寺庙与佛像，禁止私度僧尼，只容许官员发出度牒。后来更针对私立庵院及私度僧尼指定律法。干隆19年（公元1754年）因为私度僧尼人数太多，累计颁发过各省度牒部照多达34万余张，而无法管理，所以取消官给度牒制度，直到清末。清末时，全国僧尼大约高达80万人。清朝官方最初接触到的是藏传佛教，并且受到清太祖的礼遇。当时西藏的五世达赖罗桑嘉措已和清太