为医院骑士团大团长的地位，命令乌沙科夫向马尔他进发，此时的马尔他落入法国人手中而英国舰队却坐视不救。英国海军中将纳尔逊无法忍受他将要遵从乌沙科夫指挥的事实（乌沙科夫在海军军衔上高于纳尔逊，乌沙科夫是Full Admiral），反而建议俄国舰队应该被派遣去埃及。两位指挥官之间的冲突由于乌沙科夫被召回俄国而被阻止，然而新皇亚历山大一世却忘却了乌沙科夫的累累战功。乌沙科夫在1807年辞去了海军指挥官，并被朝廷撤回莫尔多瓦（俄国境内的莫尔多瓦地区，不是黑海边的摩尔多瓦/摩尔达维亚）。在1812年卫国战争中，乌沙