光绪三十一年（1905年）他赴上海，在刘鹗的陪同下到苏州，重新拜黄葆年为师。在苏州他逗留了一年，此后回到北京，任御史，奏请下诏抚恤黄崖案（即1866年太谷学派创始人周太谷的弟子张积中被山东巡抚阎敬铭当作邪教聚众作乱而镇压的案件）；他的同门、山东巡抚杨士骧恐怕此事对阎敬铭不利，故寝而不报。宣统三年（1911年），乔树枏任学部左丞。1917年，乔树枏逝世。