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本能寺事变之后.1599年（庆长四年），森氏因功被移封到信浓国川中岛（川中岛藩）。（河尻秀长）成为苗木城主，关治兵卫成为城代。1600年（庆长五年），因为川尻直次于关原之战中支持以石田三成为首的西军，德川家康命远山友政攻打岩村城、苗木城，并在战后赐予其苗木城附近领地，远山家重回东美浓旧领（旧领安堵）。
明治以后.1869年（明治二年），苗木藩藩主（友禄）因版籍奉还而成为。1871年（明治四年），苗木藩因废藩置县而废藩，改为苗木县。1884年（明治十七年