“口头传唤”将其强行押解回南京，以“涉嫌煽动颠覆国家政权”的罪名拘留，在海内外维权人士及国际媒体的共同压力下，30天后被取保候审获释。2005年12月，再度因涉嫌“煽动颠覆国家政权罪”，被南京江宁警方行政拘留，次年5月16日被江苏镇江市中级法院以“颠覆国家政权罪”判处12年有期徒刑，剥夺政治权利4年，罪名是在互联网上发表反对政府的文章并接受海外资金。2010年，杨同彦身患肺结核和腹膜炎，申请保外就医未果。2017年8月，他被查处罹患脑瘤，最终获得保外就医，8月23日在上海华山医院接受脑部手术，当局未同意