3日被水户藩浪人在江户城樱田门附近暗杀，史称「樱田门外之变」，享年45岁。死后家督由次子继任。着作有《井伊大老茶道谈》、《》等。现在彦根城内和横滨市的为了表彰他实行开国政策的功勋，而建有他的铜像，但是对于实行开国政策的利弊也有不同的看法。死后文久2年（1862年），因安政大狱问罪，彦根藩减封10万石。彦根市和水户市以明治维新一百周年为契机昭和43年（1968年）结为「友好城市」。肖像画为和直弼的四子所作。墓所位于井伊家菩提寺豪徳寺（东京都 世田谷区）。