用八达通经转车闸机转乘西铁线或东涌线转乘，可减收转乘车费。随着两铁合併，港铁已于2008年9月28日简化西铁线及东涌线之间的转乘设施，包括拆除南昌站大堂的转车闸机，将两个独立付款区合而为一；以及凿开1号和4号月台之间的墙壁借以增设转乘通道，供东涌线往香港方向的乘客，横过月台转乘西铁线往屯门方向的列车。另外为节省能源，在4号月台的升降机改为备用用途，在1号月台的升降机停用时才开放，不过现时1号及4号月台升降机均会开放。2008年11月10日，所有转线闸机被拆除，比预定完成日期（合併一週年）提前了数