他的动物学着作《动物史》于1551-1558年间分四卷在苏黎世出版，论述蛇类的第五卷于其去世后的1587年出版。这部着作共三千余页，采用类似老普林尼的《自然史》的风格，对当时已知的几乎所有动物（包括某些幻想中的动物）都有详尽描述，比如他是欧洲第一个描述褐鼠和豚鼠的人。格斯纳和他的合作者还为这本书绘制和大量细致的插图。《动物史》被认为是一部划时代的着作，是现代动物学研究的起源之作。《动物史》出版时，宗教迫害的可能性仍然存在，在教宗保禄四世的影响下，一名信新教的作者会污染他所有的着作，于是这本书被列入了罗马天