2003年，为配合此次改革，中华人民共和国公安部下发《关于简化办理深圳、珠海特区〈边境通行证〉手续等问题的通知》，对前往深圳、珠海特区人员办理《边境通行证》采取简化手续，取消了凭介绍信办理《边境通行证》等审批手续。内地居民前往深圳、珠海特区凭中华人民共和国居民身份证申请办理《边境通行证》，该证件有效期最长可达一年。2005年，深圳、珠海经济特区取消边防证制度，中国内地居民仅需凭居民身份证即可进出特区，但仍然需要接受检查站边防人员的检查。2008年2月15日，北京市人民政府发布关于取消和调整行政审批