其他明朝宗室随郑克爽降清，而宁靖王朱术桂身着大明衣冠而自杀，同时施琅入台纳降。自此，东宁亡国。从1661年（永历十五年）4月郑成功入台到郑克塽1683年（永历三十七年）9月降清为止，郑氏计在南台湾经营共23年。清将领施琅受郑克塽投降后，台湾正式进入清治时期。清朝消灭东宁后，除了大举毁灭东宁王朝的文化，更将东宁朝臣们与其亲属大举迁往清国。其中，郑氏王族纳入上三旗管束；文武官员与士兵则分别迁至在山东、山西及河南诸省垦荒，使台湾失去可能领导反清的人物。至于东宁的大量遗民，清廷则採取以汉治汉的策略，长期以攻台将