自然通史》（"Histoire Naturelle"）而出版的《自然史图集》（"Planches enluminées"）中的物种名称，并没有使用到当时方兴未艾但后来被学界所接受的二名法去命名，于是博塔埃特根据这些物种的插图，于1783年出版了五十本以二名法命名当中物种的辨识手册。由于这是这些物种首次获得以二名法命名的学名，因此这些名称仍然沿用至今。1785年，他出版了《动物列表》（"Elenchus Animalium"），以二名法为物种命名，当中包括大量哺乳类动物，如已灭绝的斑驴及欧洲野马等。