雄小港机场飞往澎湖望安机场的六六一次班机因操纵器故障，而迫降于望安国中东吉分部，人员全数倖存。随着产业结构改变，东吉人口逐渐外移，岛民多迁居于澎湖马公或台南安平，至1991年望安国中东吉分部因已无学生而废校。2014年，中华民国内政部公告成立澎湖南方四岛国家公园，海管处将原望安国中东吉分部校舍改为东吉游客服务中心，2015年东吉游客服务中心改建工程完工启用。
人口.至2017年11月为止，东吉村共有153户，男性143人，女性118人，共261人。