，甚至在无形之中预设全体台湾人民都是「预谋犯罪者」，加深了黄文雄对陈水扁政府的不满。2005年5月24日，黄文雄与台湾人权促进会、中国人权协会等人权团体合组拒按指纹524行动联盟，公开反对全民指纹建档。2005年6月10日，针对「全民指纹建档」一案，司法院大法官公布，宣告该案法源「《户籍法》第八条第二项、第三项及以按捺指纹始得请领或换发新版国民身分证之相关规定」暂时停止适用。2005年9月28日，针对「全民指纹建档」一案，司法院大法官公布，宣告该案法源应不再适用。2005年10月，黄文雄辞去国策顾问职位，转