丰臣家中武断派福岛正则等人的仇视，种下关原之战的败因。文禄三年（1594年），被任命为岛津氏和佐竹氏的领国奉行，进行检地。文禄四年（1595年），奉秀吉之命，审问丰臣秀次的谋反事件（秀次事件其实是秀吉为将関白及丰臣政权家督职位传给自己的亲生儿子丰臣秀赖而挑起，丰臣秀次最终切腹）。秀次死后，其领地内近江7万石划归三成。同年三成获得了近江佐和山十九万石四千石的封地。（世人所说石田三成手上有两件至宝，一个是佐和山城，一个就是岛左近）。庆长元年（1596年），接待了明朝讲和的使者。同年被任命为京都奉行。