1799年起，凯法利尼亚成为受俄军保护的塞普丁修拉共和国的一部分，宗主国为鄂图曼帝国，直至1807年法国重新佔领为止。然而到了1809年10月，凯法利尼亚就改由大英帝国佔领，隶属于爱奥尼亚群岛合众国。1864年，英国将合众国割让与希腊王国，凯法利尼亚遂由希腊统治至今。二次大战期间，岛屿曾被轴心国佔领，期间发生了士兵大屠杀事件。1945年二战结束后，凯法利尼亚又受希腊内战影响，直至1949年才恢复和平。