国铁路实施第四次大提速，车次更改为K99（下行）及K100（上行）。根据国家质检总局、铁道部、公安部、 海关总署四个部委决定，沪九直通列车旅客及其行李物品办理出入境手续程序于2003年9月1日开始，由原来的东莞常平口岸办理改为在列车运行在广州东站至深圳站区间途中办理出入境手续。广州东站海关、天河出入境边防检查站以及天河出入境检验检疫局等出入境查验单位人员会在广州东站或深圳站上车，在广深线运行途中为旅客办理手续。列车不停靠东莞站，进出境旅客无需下车即可办理有关进出境手续，节约了近一个多小时的时间。20