整顿，1963年9月，直五和歼六先后通过国家鉴定，实现优质过关，转入批量生产。1963年底，国家对军工体制改革，各军种副司令员兼任的对口工业局局长职务上交国务院，重新回到空军，任空军工程学院院长。1969获得政治“解放”，1970年出任空军副司令员。九一三事件后，薛少卿被周恩来总理指定为以曹里怀为首的空军五人领导小组成员。继续分管航空机务、型号定型等工作。1975年8月，年满65岁主动提出退居二线的申请，成为空军第一个顾问。退二线后，参加红二方面军军史的审定，担任了《贺龙传》、《任弼时传》、《关向应传》