后海援队为了恢复朝廷权力及倒幕运动而努力奔走，但是主张避免内战的龙马却和萨摩・长州主张的武力倒幕论产生意见上的分歧，同年11月，位于京都的龙马和陆援队队长中冈慎太郎在近江屋遭到暗杀，使得海援队失去向心力而因此分裂，隔年4月整队受到藩命而解散。土佐藩士后藤象二郎则将海援队改制并编入于土佐商会，并让岩崎弥太郎让其发展成九十九商会、三菱财阀、邮便汽船三菱公司（之后的日本邮船）、三菱商事等企业。一般认为龙马曾预定要着手于虾夷地（北海道）的开发事业，这个遗志最后被身为龙马亲戚的坂本直寛继承，他本人也在明治时代时移