点、型成套索结的核苷酸分支点或剪接调控因子的结合位点上来作出修改。另外，借由影响剪接调控因子在细胞的正常表现，或是在试管反应中控制调控因子的相对浓度，甚至是剪接体的相对浓度都能达成对 mRNA 剪接干扰的目的。
剪接误差.内含子或外显子的突变可以阻碍剪接及从而影响蛋白质合成。一般的误差包括：