他人都多，但其实他并不甘心只干种差事，常说：「大丈夫应拿三石重的弓征战，为甚么要做照顾马匹的士兵！」刘裕听闻，就擢升他为士兵。蒯恩于是大分高兴，自此以后出征都常一马当先，杀敌甚多。元兴三年（404年）刘裕起兵讨伐桓玄，蒯恩亦有随行，收复建康（今江苏南京市）后，即以宁远将军领军旗队。随后又随刘道规西征桓玄余众，助其攻陷偃月垒并俘其守将桓仙客，并于次年攻下江陵（今湖北荆州市荆州区）。义熙二年（406年），蒯恩因攻破据应城造反的张坚，获封都乡侯。义熙五年（409年）蒯恩又随刘裕进攻南燕，助破广固（今山东青州市