1998年8月，卓振贤获晋升为高级警司。于1999年至2003年，卓振贤在保安局改为担任指挥岗位。2002年10月，卓振贤获晋升为总警司。卓振贤返回香港警务处后，于2003年至2005年担任旺角警区指挥官。他甫上任就锐意全力打击旺角的色情事业以打击黑社会的收入来源，于12月4日及17日，联同入境事务处搜查旺角的色情场所，发现有窝藏涉嫌卖淫女子的暗格，拘捕了近300名涉嫌卖淫女子。于同年12月19日清晨至20日凌晨48小时内，又执行代号为「火钻」的行动，在砵兰街及新填地街一带大规模地扫黄，搜查了83个色情