庆五年（1800年），尖山一带地震，宫内受震害崩坏，加上庙身年久失修，境内檀越许茂盛、陈登生、蔡廷杰、徐玉勋、柯再得等鸠资银元八百元，大行修庙，并聘请福州匠师雕塑玉皇上帝、玉皇四殿下(玉皇四太子)、玉皇三公主娘之大型软身神像，并增祀三官大帝、南斗星君、北斗星君、张府天师、虎爷、月下老人等神尊。因尊奉玉皇上帝为主神，改名「开基玉皇宫」。光绪十三年（1887年）续修，并塑註生娘娘、普化天尊、王灵天君神尊供奉。西元1945年台湾日治时期，于第二次世界大战期间历经战火，神像暂迁兴济宫。二战后，由当时管理人及信众