水豚亚科（学名：）是豚鼠科下的一个亚科，其下只有两个属还有存活物种，即水豚属和岩豚鼠属。不过在2005年之前，水豚和其亲缘种还都分在水豚科下（Hydrochoeridae），后来基于生物系统发生学证据将其划入亚科。但是一些古生物分类还依然採用旧的方法。生物分类中，该亚科的种在不断减少。这主要是由于该亚科生物在不同生命阶段臼齿形状有较大变动。例如科学家曾经根据不同的臼齿划出过四属七种不同生物，但现在被认为它们只是不同年龄段的"Cardiatherium paranense"而已。