文化认同上的差异，台湾许多本土派学者都非常讨厌龚鹏程，却又没办法跳过或忽视龚鹏程所提出的诸多尖锐质疑。2003年12月11日，《台湾壹週刊》第133期报导，2000年10月佛光人文社会学院校长龚鹏程带诺贝尔文学奖得主高行健与该校十余名教职员去宜兰县礁溪乡富野酒店喝花酒，2001年2月龚鹏程再次带高行健喝花酒。2003年12月15日，高行健从法国传真声明稿给龚鹏程与该校教授马森，批评该文报导不实，请马森代他要求《台湾壹週刊》公开更正并回函道歉，否则提告；龚鹏程则说，没有一起喝花酒之事。《台湾壹週刊》总编辑