核心刘牢之只是以普通武将对待，待遇并不优厚，这令自负的刘牢之很怨恨。隆安二年（398年），王恭针对司马道子亲任的谯王司马尚之而再度起兵，这回更有荆州刺史殷仲堪、留驻荆州之广州刺史桓玄、南蛮校尉杨佺期及豫州刺史庾楷的实质军事响应，声势甚大。但此时会稽世子司马元显却派了另一北府将领高素去策反刘牢之，并许诺王恭败后将以刘牢之代其位。刘牢之答应并在随后以王恭前锋进兵竹里时突然叛变，更派女婿高雅之及儿子刘敬宣突袭王恭，王恭失败逃走，被捕处死。牢之随后领北府军到新亭以备西军，但西军后以内部矛盾而暂退，终受诏罢军，刘牢之