月，孙越崎辞去了平津区敌伪产业处理局局长职务，并交卸了经济部东北区特派员职务，到南京专任资源委员会副委员长。1947年3月，钱昌照离开资源委员会，翁文灏回任资源委员会委员长，孙越崎仍任副委员长。1948年5月，翁文灏内阁成立，孙越崎任行政院政务委员兼资源委员会委员长。此后，在孙科内阁中，孙越崎连任该职。1949年3月，何应钦内阁成立，孙越崎出任中华民国工商部（5月与其他部会合并成立经济部）部长兼资源委员会主任委员。
领导资源委员会投奔新政权.1947年7月，孙越崎赴华北及东北视察资