到单一学科对学校发展和学生教育的制约，决意向综合性的大学发展，于1988年由工学院更名大学。经过近二十年的发展，成为以工为主，各学科综合发展的大学，以建筑、土木、交通、通信、电子、生物医学、自动控制、机械、艺术学为学术特色。东南大学的工科学术传统由茅以升在出任国立东南大学首任工科主任时奠定，其在工学领域的历史和贡献着于中国。其中，由中国建筑学先驱刘敦桢等人创建的建筑系是中国高等建筑学的摇篮。土木学科由中国土力学的开拓者茅以升创建。无线电系培养了中国第一位女电子学博士韦钰。交通学院培养了中国第一位交通学科