正德十四年（1519年），宁王之乱爆发。王琼请敕南和伯方寿祥在南京督操长江兵防，并命赣南巡抚王守仁（字伯安，号阳明）、湖广巡抚秦金各率所部包围南昌；应天巡抚李充嗣镇京口，淮扬巡抚丛兰扼守仪真。奏折上奏后，明武宗意欲御驾亲征，此议争执三日不决。大学士杨廷和则顺从武宗旨意，竟然下亲征诏，命王琼与杨廷和等居守顺天府。此前，王琼派遣王守仁巡抚于赣南，就私下便宜行事，给他兵符。适逢宁王朱宸濠谋反，事情上报朝廷，上下惴惴不安。王琼则称：“诸君勿忧，吾用王伯安赣州，正为今日，贼旦夕擒耳。”不久，果然如其所言。