1963年，索尔克在美国加利福尼亚州的拉霍亚创建了专注生命科学研究的索尔克研究所。他获得了美国国家科学基金会2000万美金的援助，以及March of Dimes的支持。诺贝尔奖得主弗朗西斯·克里克等人成为了研究所最早的一批研究人员。索尔克晚年从事艾滋病疫苗的研究。1995年6月23日，索尔克在加州拉霍亚去世，享年80岁。
后世纪念.2014年10月28日，谷歌的Google Doodle纪念乔纳斯·索尔克100岁冥诞。