47年被桓温灭。桓温发动三次北伐，一度收复山东及河南地区，后败于前燕而止。前秦屡次入侵东晋领土，此时东晋仅剩扬、荆、江、广、交、豫、徐、兖、益、宁七州，及兖、青、冀、司、幽、并、益等侨州，共十五州。383年淝水之战，前秦惨败。隔年谢玄北伐，成功收复黄河、秦岭以南地区。之后东晋内乱，桓玄篡位，谯蜀独立，疆域萎缩。刘裕崛起后攻灭谯蜀并发动两次北伐，收复四川、山东、河南及关中地区。然而刘裕因故返京，将领内乱，夏人入侵，关中得而复失。此时东晋领有扬、北徐、豫、江、北青、司、荆、北雍、东益、宁、交、广、北并、北冀、梁