经国提名搭档参选副总统。1988年李登辉接任总统后，王作荣备受信任。在1990年原考试院长副院长任职届满，一度传出王作荣将接任考试院副院长，但李登辉决定原考试院正副院长留任，故出任考选部长，曾经因废除甲等特考而引起风波。幸得李登辉力挺，民进党立委如卢修一等支持下得以废除。
监察院长.1996年，李登辉提名王作荣出任监察院长，接下陈履安余下数年的空缺。接任后，发现初期胃癌，需要割除胃部，身体大不如前。1998年，根据国家发展会议的共识，国民党政府决定宣佈冻省，王作荣严词批评李登辉