作为北京市郊铁路S2线各班列车的临时始发终到站。而车站负责客运的大部分工作人员系原清华园站的员工，在2016年10月31日清华园站关闭后调配至该站。黄土店过渡站有道路连接地铁霍营站G4出入口。
争议.为配合京张城际铁路建设，原由北京北站到发的北京市郊铁路S2线列车按照计划迁移至本站到发。但由于本站属于临时车站性质，因此在原车站东侧新建客场作为临时客站。然而新建客场与传统意义上的黄土店站距离较远，且周围导向标识混乱，容易引起混淆。因此有市民建议将S2列车使用的黄土店客场易名为霍营站或黄