后，因为白崇禧等知名回教人士去世，和中华民国与伊斯兰国家外交的断交等种种因素，台湾伊斯兰教发展开始走下坡，信仰人数并无增长。
1990-2000年代：伊斯兰新住民.1990年代之后，信奉伊斯兰教的的数万名印尼穆斯林以外籍配偶或外籍劳工陆续进入台湾，他们并没有改变其信仰，但因为受到台湾环境影响，多数未能参加传统回教礼拜。目前台湾既有及新建的清真寺，以提供印尼为主的外籍穆斯林礼拜为主，类似台湾天主教菲律宾信众、越南神父的状况。2006年的美国国务院报告显示台湾全境约有53,000人