Emil L. Smith）和马戈列许将分析研伸到细胞色素c。这些研究和当时基于古生物学建立的已知种系发生时间吻合，但是分子时钟的基本假设——蛋白质的演化速率很一致——是非常有争议的。
分子演化的机制.基因体的结构和内容是受分子生物学和族群遗传学的力量影响，新的基因由突变产生，并因遗传漂变或天择而改变它在族群中的频率，可能完全取代其他的基因，或是消失。
突变.突变是细胞或病毒的遗传物质上永久（但可逆）、可遗传的改变，是唯一能产生新的基因的方式。突变源自细胞