时双向皆需要补差价）均曾只提供全非空调巴士服务。虽然市民不满隧道内的空气质素，但城门隧道巴士空调化计划在2000年代初才开始实行。不过首条以空调巴士行走的城门隧道巴士线，却不是当时全日行走的路线，而是1991年6月30日开办的线，往来沙田市中心至屯门市中心，只于假日行走（该线已由2002年7月28日起改为每天全日服务的线，来往沙田火车站及屯门市中心）。1996至1997年间，九巴因应当时沙田区议员否决城门隧道巴士空调化计划，开办以下三条以空调巴士行走的晨早特别线：其中因乘客量大增，最终于1998