放生过程中，部分因没有详细评估个体运送耐受性以及环境适应等问题，造成动物大量死亡、破坏生态平衡或杂交下导致另一生态浩劫，引发争议。例如2005年海涛法师空运五百只「放生鸟」到印尼亚齐省，还没被放生就已有三百多只鸟死亡。2012年，海涛法师旗下信徒在宜兰县员山乡双连埤放生70多只眼镜蛇，而遭到民众和动保团体的批评。2015年，其信众在曾文水库湖滨公园放生1400公斤鱼苗，野鸟协会成员认为这些人工养殖的鱼苗不适合在水库放生，劝阻无效，在当场有大量鱼苗翻肚死亡。曾文水库管理局认为此举可能造成水库水质恶化，