副部长兼总工程师转任中华人民共和国水利电力部副部长兼总工程师，由主持负责核潜艇工程转为主持负责和平开发利用核能核电站建设工程，黄旭华继任为中国核潜艇第二任总设计师。1994年当选为中国工程院院士。2017年11月，当选为第六届全国道德模范。中共中央总书记习近平在11月17日举行的全国精神文明建设表彰大会上扶着黄旭华坐到自己身边。2019年9月17日被授予共和国勋章。2020年1月10日，获2019年度国家最高科学技术奖。
争议.黄旭华曾被媒体称为“中国核潜艇之父”，