香郡雨森村（今滋贺县长浜市高月町雨森），父亲是一名町医者。12岁左右前往京都学习医学。18岁时投奔江户木下顺庵门下，学习朱子学。同为木下门人的新井白石、室鸠巢、祇园南海皆称赞其才能。当时对马藩正在寻找对朝鲜中继贸易管理财政的优秀人才，因此在1689年，木下顺庵推荐雨森芳洲担任对马藩的仕官。1692年，雨森前往对马藩赴任。在此期间，雨森芳洲在长崎学会了汉语。1698年，雨森芳洲被任命为朝鲜方佐役（朝鲜担当部补佐役），于1702年渡海到达釜山。1703年至1705年期间滞留釜山的倭馆，学习了朝鲜语。在此期间