1913年（民国2年）9月，任江苏松江镇守使。上海镇守使郑汝成1915年被革命党暗杀后，1915年（民国4年）11月，杨善德暂行兼署上海镇守使。不久，改任松沪护军使兼江苏军务会办。翌月，袁世凯称帝，杨善德获封一等伯。袁世凯死后，杨善德归属段祺瑞领导的皖系。1917年（民国6年）1月，被任命为浙江督军。段祺瑞被大总统黎元洪罢免国务总理职务后，拥护段祺瑞的杨善德与浙江省长齐耀珊发表浙江省独立宣言。同年7月，随着段祺瑞复权，杨善德取消浙江独立。1919年（民国8年）8月13日，杨善德在任内病逝。享年47岁