所有在2006年3月20日以后发放的日本护照都是生物识别护照。
护照外观.日本护照的封面中央印有日本国徽「菊花纹章」，上方用篆体印有日本汉字「」字样，下方印有英文「」字样。5年有效期版本的普通护照为暗蓝色，10年有效期的则为绯红色。另外公务护照是暗绿色，外交护照则是暗褐色。
身份信息页.信息页以机读区结束。
护照声明.护照包含其签发国的声明，用来知会其它所有国家，证明持有人具有签发国的公民身份，并且请求允许其过境，同时享有国际法