群岛成为印尼下辖的一个独立省份。1999年，该群岛被划分为马鲁古省和北马鲁古省两个行政区。
地理.该群岛内大多数岛屿为气候湿润的山地，其中部分岛屿存在活火山。岛上雨林被茂盛的植被所围绕，所出产的农作物有西米、水稻以及豆蔻、丁香等香料。
居民.摩鹿加群岛当地居民大部分是身为土着的美拉尼西亚人，但其人数曾在早期的殖民统治下急剧减少。到了荷属东印度时期，大量马来人开始从北面逐渐移入此地。
宗教.在1999年至2002年期间，此地的基督徒