出现不少华人创立的独立团体：20世纪初，美北长老会和美南长老会还联合创办了之江大学。
现状.文化大革命结束之后，百年堂是中国第一所恢复开放的基督教堂。浙江省基督教信徒逐渐增加到150多万。浙江省的信徒主要集中在温州市，其次为杭州市萧山区。多为地方教会背景。今天，基督教在温州仍然非常活跃，信徒占总人口的比例是15％，也就是100多万（官方数字）。教堂与聚会场所相当密集，城乡各处十字架随处可见。很多村庄都不止一间教堂，因此温州也常被称为“中国的耶路撒冷”。21世纪初杭州崇一堂易地重建