941年9月11日在爱荷华州迪莫伊的一个集会中，林德伯格批评犹太人背后操纵，要美国加入同盟国。他同时表明他认为美籍犹太人不太爱国。虽然林德伯格不曾将其勋章交还，但当总统富兰克林·罗斯福质问其忠诚时，林德伯格从美国陆军航空团辞职。可是在1941年的珍珠港事件后，他想回到航空团，却得不到同意。结果他一直以平民顾问协助二战中的美国。美国陆军航空队虽然与他合作，林德伯格以他的经验指导其他飞行员如何进行长距离飞行以及延长飞机的航程，他并且以平民的身分飞行过50次的战斗任务，其中一次还击落过一架日本战机，只是这个纪