弹劾不听从命令的诸大将，沈尚被逮捕，童元镇、刘綎等都被革职充为事官。各军大集，李化龙先令水西兵三万守住贵州，截断杨应龙征招苗人的道路，之后他移兵重庆，大会文武官兵。第二年二月，明军分兵八路进攻。川兵分四路：总兵官刘綎由綦江出兵，总兵官马孔英出南川，总兵官吴广出合江，副将曹希彬受吴广节制，出永宁。贵州兵分三路：总兵官童元镇由乌江出发，参将朱鹤龄受董元镇节制，统领宣慰使安疆臣由沙溪出发，总兵官李应祥由兴隆出发。湖广兵一路分为两翼：总兵官陈瞒由偏远出师，副总兵陈良笿受陈瞒节制，由龙泉出师。每路各有三万兵，官兵十分