首出狱重新定为「自首叛变」。薄一波与国家主席刘少奇等领导人均遭受迫害、批斗。妻子胡明在被批斗送押期间服安眠药自杀。直至1978年，此案方在胡耀邦的主持下平反。
改革开放.文化大革命结束后，1978年12月，时任中共中央秘书长的胡耀邦冒着极大政治压力，使中共中央为薄一波彻底平反，恢复了名誉。1979年3月，他被任命为国务院财政经济委员会委员。7月1日，五届全国人大二次会议任命他再次为国务院副总理。他是邓小平改革开放时期的重要阻碍，是为党内的保守派之一。1980年，他在在全国党校工作会