三大族群，独立当日，原南方自治政府主席基尔签署《南苏丹过渡期宪法》，宣誓就任南苏丹共和国首任总统。同时，给予总统很大权力，包括解僱州长和委任国会议员。2013年2月，总统下令100多个将领退休，以便重新组织军队，但措施造成困扰。在2011年夏天，里克·马查尔是该国唯一政党的副总裁，并成为该国副总统。2013年7月23日，他与整个内阁被总统解散。马查尔指总统的举动是走向独裁的一步，他将挑战基尔总统宝座。与此同时，美国和欧盟担心政治动盪。持不同政见的团体据说包括苏丹人民解放运动的创始人约翰·加朗的遗孀。