年12月18日，由中国数字科技馆与互动百科共同主办的“2010知识中国盛典”举行，方舟子获得“2010知识中国”年度人物。2012年11月，方舟子与英国人西蒙·威斯利一起被授予首届“约翰·马多克斯捍卫科学奖”，一个由慈善机构“理解科学基金会”组织，《自然》杂志赞助的奖项。2013年6月，方舟子获得了总部位于美国奥斯汀的盈利性商业机构“注册舞弊审核师协会”颁发的“克里夫·罗伯森哨兵奖”。
着作.方舟子在获得生物化学博士学位后不久即转行从事科普工作，有相对较少的学术着作，大量科