5道和6道为集装箱装卸车作业线、吴淞7道则通往上港九区码头。何家湾站还设有通往中燃船舶燃料有限公司、宝钢物流、中外运张华浜储运公司、上海外贸仓储江湾储运公司、上海市五金矿产进出口公司长江路仓库、乐惠物流有限公司、华荣达石油化工仓储有限公司、中国人民解放军总后勤部华东军用物资采购局采购四处马桥仓库专用线、中国石化上海石油分公司等单位的专用线。