有寺内四件珍贵文物：辽代紫铜精铸的药师佛像、玄奘法师顶、淡归诗和汉玉等，称「净慧寺镇山四宝」。待虚云和尚发觉后即刻追还，并免去宽鑑方丈职务，改由明观法师继任住持，至中共建政前夕明观法师去了香港。
中华人民共和国.1949年中华人民共和国成立，寺内一部分房屋马上被卫生部门和工厂占用。当时有玄冲、新成、普觉先后任住持，但时间均短暂。1952年，广州市佛教界推选姚雨平老居士和觉澄法师为佛教代表，并向叶剑英省长提出归还六榕寺的要求，当局随即要求卫生部门及工厂在三天内迁出。后当局再拨款修