陈述屯田荒废的害处，请求商人依法承担盐售，以免内地急速运送。朝廷讨论后都予以施行。万历十五年（1587年），任南京兵部尚书，改南京吏部尚书，同年冬辞职，加太子少保致仕。袁洪愈为官四十余年，住所不曾增加一根椽木，出入朝廷均徒步而行。七十四岁去世，巡抚周孔教捐款将其安葬。赠太子太保，谥安节。
家族.子一鹗，以廕，官治中。饘粥不继以死。