寺（黄檗宗）。之后开启了南明延平郡王在台湾的统治。
十八世纪.在清治时期，台湾禅宗的僧侣不拘于伽蓝、兰若，也常常驻于天后宫、水仙宫、城隍庙等为住持，甚至为宫庙之创建者，故台湾许多古老天后宫等庙宇，都带有浓厚的佛教色彩。展现了台湾民间信仰的包容性，如关渡天后宫、淡水福佑宫、松山慈祐宫、新庄慈祐宫、板桥慈惠宫、大甲镇澜宫、丰原慈济宫、西螺福兴宫、麦寮拱范宫、北港朝天宫等名庙，是由禅宗僧侣长期担任住持，甚至是禅师所创，北港朝天宫之禅宗法脉甚至传了十七代。当时，多数佛寺内亦奉道教与民间信仰