另有一些相关术语有时作为复合种的同义词使用，但侧重点有所不同，在特定语境下表义更加精确：复合种在系统发生学中也一直是较为困难的问题。动物方面，主要发生在复合群型态上的多变原因来自于杂交，或者是演化过程中分化时间非常晚，导致亲缘关系非常密切，如所罗门群岛海雕（"Haliaeetus sanfordi"）与白腹海雕（"Haliaeetus leucogaster"）的亲缘关系便很近，部分文献认为二者之间的分离可能比更新世中期（约 10 万年前）还要晚。而在植物中，复合种的情形更普遍也更复杂。鸟类是嵴椎