于缺乏有系统之排水路，只能依赖天然沟渠以及道路侧沟排水，由于沟面狭小，经常淤积；而汐止属于相对低洼地区，豪雨一来容易酿成水灾。汐止二十年来的严重水灾：1987年琳恩风灾（台北市、汐止严重水灾）、1996年贺伯风灾（新北市淹水）、1997年温妮风灾（林肯大郡倒塌）、1998年瑞伯风灾（汐止大淹水）、2000年象神风灾（汐止、基隆大淹水）、2001年纳莉风灾。纳莉之后的台风，汐止各地几乎没有大淹水，最严重就是路面积水，也不超过50公分。主因是瑞芳的员山子分洪道完工，只要基隆河水位达到六十二点五公尺，水流