在令制国时代，现在的樱井市北半部属于城上郡，南半部属于十市郡；在江户时代则被分割成众多区域，分属幕府、旗本、津藩、、、久居藩，其中芝村藩的阵屋野味于现今樱井市的范围内。19世纪末明治维新后，这些区域曾先后隶属奈良县、津县、柳本县、芝村县、久居县、堺县、大坂府，最后在1887年重新设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制后，现在的樱井市辖区分属、、、、、、、、、、樱井村、共12个行政区划。其中位于奈良盆地内的樱井村、三轮村以及位于东部山谷区域的初濑村在1890年至1891年期间