年11月20日，法兰西斯科在维也纳去世，他的庞大产业大多留给了他的本家侄孙、后来的奥地利-埃斯特大公弗朗茨·斐迪南。他的遗体葬于维也纳嘉布遣会教堂。摩德纳公爵的头衔自此以后被两个家族持有，一是奥地利-埃斯特家族，二是法兰西斯科五世的姪女婿巴伐利亚国王路德维希三世及其后代。