代末期，闽南倭寇与戚继光、俞大猷等朝廷将领相互对峙、彼此消长。闽南倭寇集团的始祖可以追溯至泉州人李旦，其事业由其子李国助所继承；此外，又有颜思齐与郑芝龙等大海商的崛起。闽南籍倭寇的抢劫领域遍布明国、日本、台湾以及东南亚各地，是影响力极大的海洋势力，当时的西洋海权国家更暱称李旦为中国甲必丹（）。至于郑芝龙则是在击败许心素、刘香等闽粤海贼后，确立起日后明郑势力的根基。郑芝龙降清被软禁于北京后，其子郑成功继承了他的海上势力，帮助摇摇欲坠的南明政权对抗满清的南侵。南明彻底灭亡后，郑氏更向海外扩展，于台湾、澎湖及