股骨长于胫骨与跖骨，这显示高棘龙不善于快速奔跑。相较于异特龙，高棘龙的后肢骨头较为粗壮。如同其他兽脚类恐龙，高棘龙的脚掌具有四根脚趾，第一趾小于其他小趾，无法接触地面。
分类系统.现代的亲缘分支分析法将高棘龙归类于坚尾龙类的异特龙超科中，但在这个超科内部的位置却被有争议。异特龙超科的特征是鼻骨与泪骨上方有一对稜嵴，颈椎上有高大的神经棘，以及其他特征。高棘龙最初与异特龙被分类为异特龙科，后期的一些研究也支持这个分类法。很多其他科学家将高棘龙与鲨齿龙及南方巨兽龙分类在鲨齿龙科内。如