朝由大团长若昂建立。若昂二世死时无子嗣，王位传予其堂弟，贝雅公爵曼努埃尔。塞巴斯蒂昂一世死后王位传予其叔父恩里克一世。恩里克一世死后爆发继承危机爆发，被拥为安东尼奥一世，其正统性存争议。
哈布斯堡王朝（1581–1640）.哈布斯堡王朝（亦称费利佩王朝）于1581年至1640年统治葡萄牙。1580年，西班牙的费利佩二世被拥为葡萄牙的费利佩一世，并于1581年在托马尔的葡萄牙会议上获得承认。费利佩一世将葡萄牙与其西班牙领土区别统治，即位共主邦联伊比利亚联盟。