用访问日本的机会，透过传真及邮寄递交请辞信后，流亡日本。由于父母早已向日本使馆为藤森保留日本国籍，并且在1985年修例时没有放弃，因此可于日本居留。不少日本政客对藤森表示支持，其中原因是在1997年的日本大使馆人质事件中表现果断。而继任总统托莱多从就任起，便不停查找藤森过往的犯罪证据，包括多次与最高法院、税局及其他权力机构开会，以「集中力量，把罪犯藤森从日本抓回来」。托莱多的急进超越了秘鲁法律的底线，包括强迫司法及立法机关在不听取藤森答辩的情况下，判藤森有罪（见1993年的秘鲁政治宪法），而非为