堂的小敎堂建成，成为天主敎在澳门最早的教堂，隶属于马六甲教区。直到1576年，教宗额我略十三世批准成立天主教澳门教区，为近代远东第一个主教区。首任驻澳门署理主敎为贾耐劳主敎(即仁慈堂创办人)，主敎座堂设于望德堂。早期管辖范围极广，包括中国、日本、越南、东南亚沿海各岛屿。1579年，罗明坚神父开始在澳门学习中文。其后着名传教士利玛窦于1582年应召前往澳门，并在次年随罗明坚至广东肇庆传敎，但后来被逐回澳门。天主教在中国礼仪之争期间，澳门天主敎敎区的工作严重受到影响。在1757年，葡萄牙首相庞倍下令驱逐耶稣会会