国家主席李先念签署中华人民共和国主席令第二十号公布施行。1999年7月1日，根据中央机构编制委员会办公室、最高人民法院、交通部、财政部《关于理顺大连等6个海事法院管理体制若干问题的意见》，上海海事法院由交通部移交中共上海市委、上海市人民政府、上海市高级人民法院管理，行政级别由副厅局级提升为正厅局级，受上海市人民代表大会常务委员会监督并向其报告工作。
管辖.上海海事法院管辖上海市和长江浏河口以下通海水域、江苏省沿海海域的一审海事、海商案件，上诉审由上海市高级人民法院负责。上海海事