正升任司法院院长。以后，直到1948年（民国三十七年）6月辞任，一直为中国国内法制的整备尽力。居正曾于1948年被第一届国民大会代表连署提名为第一届中华民国总统候选人，参加第一届中华民国总统选举，但以悬殊票数败于蒋介石。1947年一贯道祖师「师尊」张天然逝世后，居正作为该教信徒，协助将其遗体由四川成都移至杭州下葬，并为其墓碑题字。辞去司法院院长后，居正当选监察院监察委员。1949年2月25日，以党国元老资格提出反对李宗仁调换行政院长。5月31日，李宗仁提居正继任行政院长，立法院院会投票结果，但以一票