现时4号线尚未安装联络线的轨道以接驳6号线的联络线。值得一提的是，4号线站台设置半高安全门，而6号线站台设置全高安全门。
5号线部分.5号线车站设于地底，呈东西向，月台位于地下一层，而站厅位于地面层。车站设有一对侧式月台。平南铁路以全隧道的方式从地下通过深圳北站，列车不停靠。其路轨则设于5号线路轨外侧，不可见。本站5号线虽为地下车站，但在台风吹袭时需要停运高架段时，因本站没有设置折返线，5号线东段的列车只能在民治站折返，所以届时本站亦会被迫停运关闭。
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