欧洲E75公路自挪威瓦尔德出发至希腊克里特岛，通过斯科普里东侧。E75号线还连接了斯科普里和马其顿国内其他都市，包括库马诺沃和韦莱斯、内戈蒂诺、盖夫盖利亚。欧洲E65公路则通过斯科普里北侧和西侧，并连接斯科普里和泰托沃、戈斯蒂瓦尔、基切沃、奥赫里德、比托拉等马其顿国内其他城市。
铁路.斯科普里中央车站位于距市中心以东2公里处，建设于1970年代，作为新的交通中心以替代在1963年地震中受损的最早的火车站。新建设的车站有10个月台，但由于列车班数并没有那么多，因此并非所有月台都投入