理人员，因精通日文成为日系企业的顾问，家境好转，现仍担任新竹科学园区内3家日系企业的顾问。因其祖父在228事件的遭遇，在柯文哲对外宣称可能参选台北市长后，柯承发曾坚决反对他踏入政治。母亲何瑞英，为退休公务员。柯文哲为长子，其弟是交大资管所博士，现任中华大学资管系副教授。其么妹，台大医学院生理所博士，现任台大医院眼科主治医师、交大电机及清大医环系合聘副教授。妻子陈佩琪是台湾省离岛澎湖县人，澎湖马公高中、台湾大学医学系毕业，现任台北市立联合医院和平妇幼院区小儿科主任。两人经相亲结婚，婚后育有1子