但他也是少数敢公开发表政治民主改革言论的学者之一，也因此被国民党政府列入注意对象。后来国民党青工会与情治单位透过教育部迫使东吴大学校方在政府压力下，于1983年6月29日以当时通行的「不予续聘」方式解聘，被称为东吴大学政治系事件。黄尔璇其后参与台湾人权促进会与初期台湾教授协会的发起与活动，黄尔璇是民进党建党10人秘密小组成员，并且参与民主进步党祕密建党小组推动建党工作、担任建党委员会执行长及政策组召集人。1986年12月民主进步党成立时担任建党秘书长，连任两届。黄尔璇致力于民进党党章、党纲的草拟及整合，