。1990年代，剧院加强了国际合作。剧院与德国机构联合制作了芭蕾舞剧《阿尔戈》、歌剧《魔笛》和《》。剧院在2003年首演了阿尔弗雷德·加里耶维奇·施尼特凯的歌剧《》。剧院与韩国釜山歌剧院联合制作了歌剧《托斯卡》、《卡门》和《波希米亚人》。剧院还和巴黎歌剧院联合制作了《麦克白》，这是俄罗斯剧院首次与巴黎歌剧院合作。知名歌剧导演的艺术生涯从这里起步，1998年他在新西伯利亚歌剧芭蕾舞剧院执导了歌剧《年轻的大卫》的世界首演。新西伯利亚歌剧芭蕾舞剧院1999年、2000年、2004年三次获得俄罗斯国家剧院奖