1748年），赐额“白鹿遗规”，并多御诗嘉勉，苏州中学校园内至今仍保存着干隆御碑墙。干隆四十六年（1781年），苏州府学的学生钱棨连中三元，为了表示对他的纪念，府学中建立了“三元坊”，现在附近地区仍被称作三元坊。清朝时期的27任山长全部是进士出身，其中彭启丰、石韫玉为状元，邹福保、冯桂芬为榜眼，还有清代诗学家沈德潜、干嘉名家钱大昕、近代改良家翁心存等着名学者。在名师的指导下，紫阳书院培养出彭启丰、石韫玉、吴钟骏、钱棨、陆润庠等状元，邹福保、王鸣盛等榜眼，成为全国一流的省城书院。