治形势非常不乐观，联合董事会和香港教会领袖于是决定在香港合併十三家基督教高等教育大学为一所基督教大学。最终于1951年联合董事会在上海圣约翰大学校董会主席欧伟国、广州岭南大学校长李应林和香港教会团体带领下合并了民国政府时期大陆十三家基督教大学为香港崇基学院。崇基的教堂圣坛两旁至今仍保留中华民国政府时期（1951年前）十三间基督教大学的原木刻校徽。崇基学院校牧室自2003年开始举办中国基督教教会大学寻根之旅；并于2018年首次纳入为书院通识教育课程。崇基学院于马料水的校址，也是现今中大沙田校园的最初基