庙曾在干隆四年（1739年）由台湾府知府刘良壁重修，干隆四十三年（1778年）由台湾府知府蒋元枢重修。1895年，清朝与日本签订马关条约，台湾割让。日治之后，该庙遭官方征用并拆除，后在原址兴建台南警察署、2018年成为美术馆1馆；四海龙王神像则移祀大天后宫。