惊恐，徐继畬督兵勇昼夜防守漳州，誓与城门共存亡，百姓因此得以安定下来。因此，徐继畬得到了较好口碑。道光二十二年（1842年），徐继畬任两广盐运使，随即升任广东按察使。次年，迁福建布政使。道光二十六年（1846年），升任广西巡抚，然而还未上任，就被改授福建巡抚。当时正值闽浙总督刘韵珂因病乞假，徐继畬便代理闽浙总督，和外国人交往加密，了解到很多国外的各种情报，为此后编着《瀛寰志略》打下基础。道光三十年（1850年），因为在福州发生的神光寺事件中处理事件的方法与当时在福州养病的林则徐以及其他一些官僚的意见