出撒马尔罕后率兵南下攻打阿富汗和印度。在1526年佔领了德里，建立了莫卧儿王朝。经过多年征战，统一了印度次大陆北部地区。莫卧儿王朝控制了阿富汗的钖斯坦、坎大哈、喀布尔、赫拉特和伽色尼等地区。巴卑尔死后，帝国旋即陷入分裂，国王胡马雍逃离德里，阿富汗人领袖舍尔沙的苏尔王朝建立，至1556年才夺回德里，恢复王朝。莫卧儿王朝与萨非王朝在阿富汗一直有领土争夺，1649年萨非王朝夺取了坎大哈。境内普什图人时而支持萨非王朝、时而支持莫卧儿王朝，在战争中扩大自己的力量，掠夺大量土地，后来又起义反抗莫卧儿王朝的统治。哈塔克人