影响正常的碱基对结构来提高DNA复制中的错误率，而紫外线能通过破坏DNA结构来诱发突变。 由于对DNA的伤害在自然界中随时都会发生，细胞则利用DNA修复机制来修复DNA中存在的错误配对和断裂，但有时也无法将受破坏的DNA还原到破坏前的序列。在利用染色体互换来交换DNA和重组基因的生物体中，减数分裂过程中所出现的配对错误也会导致突变。 当相似序列导致姐妹染色体产生错误配对时，这种染色体互换出现错误的可能性非常大；这使得基因组中一些区域更趋向于以这一方式发生突变。这些错误能够对DNA序列产生很大的结构变化：