1568年把家督的位置交给嫡男镇信继承，虽退位隐居但仍然握有实权。1587年对豊臣秀吉的九州征讨军保持中立，1592年松浦镇信赴朝参加文禄之役，隶属小西行长的第一军团，参与了1593年的平壤之战。之后松浦氏因此跃为大名，平户藩和松浦家族能一直平安存续到幕末，松浦隆信是很关键的明君。