1985年12月任简报组副处级调研员。1987年10月调到中共中央文献研究室综合研究组任副处级调研员、邓小平研究组生平研究小组副组长。1991年5月，到中共中央办公厅秘书局工作，1992年1月任正处长级秘书，1994年10月任副局级秘书（先后担任王震、丁关根的秘书）。1995年8月，于伟国任福建省厦门市市长助理。1999年4月，任厦门市人民政府副市长同年11月升任中共厦门市委常委，2000年5月，担任中共厦门市委秘书长。2001年8月，改任中共厦门市委组织部长。2002年5月，升任中共厦门市委副书记，并