型柴油机车是3500马力的干线货运用六轴柴油机车，总体布置延续了SD40-2型柴油机车的基本结构，采用单司机室、底架承载结构、双侧外走廊的罩式车体，车体上部自前向后由电气室、司机室、动力室、冷却室四部分组成。柴油机进气和电气装置的冷却空气均经过离心式空气滤清器，并将通过发电机的部分冷却空气导入到动力室内，从而使动力室内的空气压力保存为微正压，以减少灰尘进入车内。SD50型和SD40-2型机车的总体布置比较，主要变化是将制动电阻带安装在高压室和辅助发电机之间的间隔顶部，而不是像原来那样位于动力室的柴油机上方。