疫失调，由于身体其他地方的肿瘤启动了自免疫反应导致小脑神经元受损。 维生素B1的极度缺乏可以导致小脑萎缩，可见于脚气病和科尔萨科夫氏症候群，，维生素E的缺乏也会有同样的后果。小脑萎缩也见于其他神经系统病症，包括亨丁顿舞蹈症、多发性硬化症、 、以及尼曼匹克症。暴露在有毒物质中也会导致小脑萎缩，例如重金属，医药性或者娱乐性药物。
比较解剖学与演化.不同纲的嵴椎动物的小脑回路都很类似，包括鱼、爬行动物、鸟和哺乳动物。在脑部发达的头足纲动物中也有类似的脑结构，例如章鱼。据此，人们认为小