3号线大行宫站施工时将站点范围内49株法国梧桐截枝移走，沿线共计划将约1000株树木截枝移走，这引起部分市民不满。南京市政府表示全部暂停移树，征集民意进行优化设计。
列车.南京地铁3号线列车由南京南车浦镇城轨车辆、新誉集团、庞巴迪运输瑞典有限公司联合体合作生产，其中南京南车浦镇负责整车制造，新誉集团及庞巴迪运输瑞典有限公司联合体提供车辆牵引、辅助和控制系统设备车身，官方昵称为"宝石绿""小青龙"，由于车灯下方有一抹绿色仿佛微笑，也因此被称为“笑脸车”。<br>列车初期共采购46列，