中分院担任美术系教授；期间，他创作了宣传画《踏着英烈们的血迹前进》、《皖南烈士永垂不朽》及新四军臂章等作品。同年7月，他在盐阜苏中战役中遭日军俘获，但因能说日语等原因得以倖免，并在被押送徐州「特别工人训练所」途中趁机逃脱。逃脱后，他曾在福建及上海等地进行游击抗日行动，又在战争即将结束前返回上海参与于左翼文艺团体的「上海美术作家协会」联展。
战后时期.终战后，庄五洲怀着急切而复杂的心情返回台湾，前往高雄拜访多年未见的大姊，又因而在当地与陈寿贤（东京洋裁学校毕业生）结识并旋即结婚。随后