下定决心，同年改元为天顺，以谋逆罪，杀于谦弃市。判其子于冕充军，发戍山西龙门，其妻张氏发戍山海关。于谦下狱之后，部分大臣和几名太监想救之，发怒质问徐有贞，有贞回之以「虽无实据，意有之」（虽然并无实际证据，但有此意欲。如同莫须有）。当时遂溪教谕吾豫称于谦罪当族诛，更指他所荐举的文武大臣应一併诛杀，最终因部议力阻而作罢。千户白琦又请求列举其罪状，并刻在板上公告天下。一时满朝官员欲求得宠者，都以于谦之事为口实。
身后.锦衣卫登记没收他的财产时，家里没有多余财物，只有正室的