在也越来越多将贝叶斯推断和以模拟为基础的蒙地卡罗方法合併使用的应用，因为一些模杂的模型无法用贝叶斯分析得到解析解，因图模式结构可以配合一些快速的模拟方式（例如吉布斯抽样或是其他Metropolis–Hastings演算法）。因为上述理由，贝叶斯推断在系统发生学研究社群中来越受到重视，许多的应用可以用同时估测许多人口和进化参数。
历史.「贝叶斯」是指托马斯·贝叶斯（1702–1761），他证明了一个特例（现在知道是贝叶斯定理的特例），不过皮埃尔-西蒙·拉普拉斯（1749–1827）推