4世纪，穆斯林的数量甚至已经达到了400万人。正在此时，一个波斯天文学家札马剌丁，向忽必烈介绍了波斯的七种天文仪器。同时，穆斯林建筑师亦黑迭儿丁学习汉代建筑形式，并设计、构建了元朝的首都——大都。 14世纪时，一场在中国居住的色目人反对元朝统治的亦思巴奚兵乱在福建南部爆发。这场兵乱被镇压后，不仅使泉州、兴化一带的社会经济遭到了重创，也导致了当时世界最大港口泉州迅速衰落。成吉思汗和其后的元朝皇帝，一概禁止穆斯林的一些教条惯例，像禁止清真屠宰，让穆斯林使用蒙古人屠宰动物的方法，而且还对其他方面也有所限制