。与构型异构体之间有着不同的化学性质不一样，几何异构体之间通常有着相同的化学性质。然而酶能够有效地区分出一个化合物的几个几何异构体，生物有机体也常常倾向于某一个异构体。一些异构体之间偏振光能力也不同。除了上述的几种同分异构体，还存在拓扑异构体和同位素异构体。几个拓扑异构体的例子是一些双环化合物和DNA，拓扑异构酶能够使DNA打结改变它的拓扑结构。同位素异构体有着相同数量的同位素取代，但是它们有着不同的位置。在核物理中，核异构体则是原子核的激发态。