行政院核复称「本案路线应优先考量高铁台南站与台铁车站间最佳之衔接路线」后，交通部依此指示随即将推动重心转往台湾铁路沙崙线的兴建，不再主导台南捷运，而原先计画的大众捷运系统也暂缓推动。在交通部不再主导台南都会区大众捷运系统推动的情况下，台南县政府与台南市政府考量沙崙线的兴建对台南都会区带来的大众运输功能仍然不足，都市核心区域仍迫切需要大众捷运系统，相继于2003年间提出建置轻轨运输系统的构想；在双方于2004年10月25日连成一气后，台南县政府于2006年委外针对台南捷运的优先路线进行重新评估，一併进行整