永仓率领的敢死队给了萨长联军相当深刻的印象。战败后仍率领着原新选组改名的甲阳镇抚队奋力战斗，然在甲州胜沼之战依旧不敌装备精良的新政府军，率领剩余残部撤退到江户。但是后来与近藤与土方不和，与原田自组靖兵队（靖共队）奋战。然而在米泽藩等待会津藩援军时，得知会津藩已经投降后，永仓回到江户并接受松前藩之保护。后成为藩医杉村介庵的婿养子。
明治后.明治四年（1871年），永仓新八在北海道，与医生杉村介庵的女儿结婚，后改名杉村义卫，继承杉村家户主。明治九年（1876年），杉村义卫从北海道到板桥