钟等庙体构件，捐赠给高雄市历史博物馆保存，鼓山亭对于地方文化资产保存亦相当重视。民国九十七年（2008年）十二月庙顶漏水修缮完成。民国九十八年（2009年）六月遭人纵火，「文昌」及「武财神」两殿付之一炬。民国壹佰年（2011年）重修竣工，同年十月，台湾保生大帝信仰总会及台北大龙峒保安宫致赠匾额「惠我黎民」、「与天同功」。