889年，他加入了新建的巴斯德研究所，与德国医学家罗伯·柯霍合作共同发现了白喉的病原体。1890年，耶尔森前往法属印度支那，被僱用为医师，曾参与过奥古斯特·帕维对老挝的探索。第三次鼠疫大流行期间，1894年，在法国政府和巴斯德研究所要求下，他前往疫埠香港，调查当地爆发的严重鼠疫。他在坚尼地城一间茅屋中进行研究，发现了导致鼠疫的鼠疫桿菌，成为他人生中最重要的研究成果；虽然同在香港的日本细菌学家北里柴三郎稍早前亦有类似成果，但其样本受到污染因而受到质疑。耶尔森又首次观察到疫鼠与人类身上有同样的桿菌，借此推测