疾病可以影响神经递质系统。例如，帕金森氏症至少部分相关于脑深部多巴胺能神经元的失效，如黑质。多巴胺的前体L-多巴常用于治疗帕金森症。 每种神经递质一旦抵达突触后细胞，必须被分解掉，以阻止进一步的兴奋或抑制信号转导（终止突触传递）。例如，乙酰胆碱被乙酰胆碱酯酶降解为乙酸与胆碱。 胆碱被突触前神经元摄取并合成乙酰胆碱。其他神经递质如多巴胺能从靶细胞扩散掉并被身体的其他部位如肾排泄，或被肝脏分解掉。
外部连结.