来织田信长家臣明智光秀攻下此地并负责统领，将横山城整建并更名为福知山城，此后此区以城下町形式开始发展；江户时代后，成为福知山藩领地，1669年后由治理直到幕府时代结束。此外，现在辖区的东北部部分地区在江户时代属于（后短暂更名为舞鹤藩）和。1871年废藩置县后，福知山藩改设为福知山县，舞鹤藩和宫津藩也改设为舞鹤县宫津县，同年这三县旋即被整併到丰冈县；但在1876年丰冈县被废除，原丰冈县辖区被分割分别併入兵库县和京都府，而现属福知山市的区域在当时都被划入京都府。1889年日本实施町村制，正式设立近代行政