在DMF中，以除去Fmoc基团，以暴露α氨基与进入的活化氨基酸反应。较不同于Boc的酸，在脱去保护时用的α氨基，FMOC SPPS则使用硷，进而接触胺的是中性的。因此，肽树脂中并不需要中合反应，除了缺乏肽之间静电排斥可以导致增加的聚集。因为游离的芴基是发色团，脱去保护通过Fmoc基可以通过自动合成UV吸光度的途径。Fmoc基的优点在于，它是在非常温和的硷性条件下（如哌啶）裂解，但在酸性条件下稳定，虽然在某些合成序列并不总是如此。这使得不稳定温和的酸保护基团在硷性条件下是稳定的，如BOC和芐基，被当做支链