岁时有出家的念头，曾经想在虚云和尚门下出家，但没有得到允许。后来在终南山竹林寺本照和尚门下出家，之后居住在五台山。1909年，在宝华山受具足戒，当年秋，至金山江天寺开始禅修。妙善禅师身无长物，冬夏都只着一件破僧袍，经常吃人家的剩菜剩饭与馊水。晚上都在经行与禅坐，不躺下休息。他的禅定工夫极深，平时经常唸诵自创的「谁唸南无阿弥陀佛」。他有许多神异事蹟，又能为人治病，治病的方法是去吸吮你的脓疮，或是用他的鼻涕口水给人吃。根据煮云法师记录，太沧和尚之母生病，饮用他的洗澡水之后，她的疾病就被治癒了。许多信徒认为他