庆二十四年（1819年），王得禄立「重兴大仙巖庙碑」，同年元配范夫人之棺运抵台湾，得禄将之葬于佛殿旧址，现遗迹犹存。道光七年（1827年），由于附近牧童放牛破坏墓园，王得禄乃立「保护范夫人墓处示禁碑」，严禁放牧。同治八年（1869年）斗六都阃府都司吴志高募金五百元修缮大殿。
日治时期.光绪二十一年（明治二十八年，1895年）台湾割日，抗日人士林添、黄玉麟、黄振等人以碧云寺为据点，日军包围碧云寺，大仙巖亦遭波及，是以劫后香火甚微，寺宇荒废。之后局势安定下来，董事林家珍试图募款修建