始于1914年建立的华西协和大学医科。从1993年开始，华西临床医学院与华西医院实行「两块牌子、一套班子」的管理模式。该院于1988年开设临床医学七年制，2004年获准开设临床医学八年制专业。截至2015年，该院具有高级职称的教师有836人，其中中国科学院院士1人、长江学者6人，有临床医学、中西医临床医学，以及护理学三个一级学科的博士授予权，有（中华人民共和国）国家重点学科9个、国家重点培育学科2个。