军事长官，理论驻地分别为三省的行省公署，但原则上在奉天行省公署办公。同年五月壬辰（6月12日），徐世昌正式上任首任东三省总督。宣统元年（1909年）正月，徐世昌调回中央，任职邮传部尚书，钖良接任东三省总督。宣统二年（1910年），东三省总督兼任奉天巡抚。宣统三年（1911年）三月，钖良告病离职，赵尔巽继任，为末任东三省总督。同年10月，辛亥革命爆发。次年2月12日，清帝逊位，东三省总督一职仅历三任，不到五年时间便告终结。