02年，担任外交部部长助理。2003年，升任外交部副部长。2006年，接替杨文昌出任中华人民共和国外交部驻香港特别行政区特派员公署特派员。2013年，任第十二届全国政协第一次会议新闻发言人。2014年，第十二届全国政协第二次会议发言人吕新华答记者问周永康的情况：“我和你一样，在个别媒体上得到一些信息。无论什么人无论职位有多高，只要触犯党纪国法，就要严厉惩处。我只能回答成这样了，你懂的。”。2015年12月，吕新华不再担任第十二届全国政协会议新闻发言人，全国政协外事委员会副主任王国庆任全国政协十二届四次会