便被第一顺位的兴农牛挑选，成为「选秀状元」，但却也犹豫了一段时间才与兴农牛队洽谈加盟事宜，最后以新台币600万，月薪14万元加盟，成为当时中华职棒最高签约金的球员。
新人王与王牌投手.2002年3月8日，蔡仲南生涯初登板先发面中信鲸，便以134球完投九局失三分，获得生涯首胜，至四月中旬为止创下开季六连胜纪录，以新人之姿获得3月份投手MVP，成功延续业余时期的压制力。在全季投球表现上，蔡仲南明显出现业余投手的特质—可以在某个时期将状况调整至巅峰，一旦巅峰期过后就判若两人，在开季至四月