父亲和他的叔叔都是维尔茨堡大学的医学教授。西博尔德于1815年在同一大学开始学习医学。 1822年西博尔德开始作为外科医生服务于荷属东印度军队，驻扎在巴达维亚。在服务期间，他治好了当时荷属东印度总督，因此获得注目。西博尔德已设法在很短的时间内学会了荷兰语和马来语，并非常专注于自己的工作。他似乎是派往日本的理想人选。在这个过渡时期，日本仍然是一个与世隔绝的未知力量。贸易只允许通过出岛——长崎海湾的一个小小的人造岛上的荷兰贸易站进行。
日本经历.1823年西博尔德抵达出岛负责蒐集日