6年，皇太极在征服东北和内蒙大片地区后称帝，改国号清，让朝鲜王朝称臣，但遭到拒绝。同年12月，皇太极亲自率领十万军队入侵朝鲜半岛，俘虏躲在江华岛的仁祖后妃、王子和宗室76人，迫使被围困在南汉山城的仁祖投降，臣服，史称“丙子胡乱”。仁祖之后的孝宗曾试图联合南明、三藩割据势力、台湾郑氏政权等反清势力北伐灭清，但最终因财政困难而计划搁浅。清控制整个中国后开始逐渐与朝鲜王朝交好，送还被扣作人质的朝鲜王子，消减贡物要求，还两次邀请朝鲜王朝与八旗军队结联军北上讨伐侵扰中国东北边境的沙俄军队，史称“罗禅征伐”。随