究报告指出若是长期服用(一年以上)，恐有死亡风险增加的疑虑。研究人员共收集分析2006年10月到2008年9月期间275,933名服用PPI患者的医疗记录，同时记录往后5年期间的死亡人数。发现长期使用PPI会导致像是维生素B12缺乏、肾脏疾病、困难梭状芽孢桿菌感染腹泻、低血镁、骨折、心血管疾病、失智症都有潜在不明机制的关联度。例如服用两年PPI的患者，会比常人增加65%维生素B12缺乏的风险。出现肾衰竭的机率会比常人高出96%(约一倍)，但总体机率还是不高所以无法论断详细机制，可能与体质和生活习惯等综合