肺痨而晕倒（有各种说法）。在那之后的新选组历史中，沖田依然相当活跃 。1865年起，沖田所领导的一番队总能完善达成重要的任务，据说即使在剑豪云集的新选组之中，剑技也是数一数二 。1865年2月，在新选组总长山南敬助的脱逃事件中，沖田被遣去追返，在近江草津将其逮捕。2月23日（1865/3/20）, 山南在沖田协助介错之下切腹。虽然沖田一直都像对待兄长一样地仰慕山南，但是在他的家书中关于山南的死却仅轻轻带过。1867年以后，沖田因病情从最前线沉寂下来。鸟羽伏见之战之时，沖田因无法参战而被护送至大坂