赞机务。徐珵曾建议迁都，商辂则力阻。同年冬，进翰林院侍读。
景泰、天顺年间.景泰元年（1450年）遣迎明英宗于居庸关，晋升学士。景泰三年（1452年）锦衣卫指挥使卢忠举告太监阮浪、内使王瑶意图扶植英宗复位，明代宗大怒，逮捕两人下诏狱。后来卢忠找同寅占卜，同寅告诉他：“这是不吉利的兆象，即使一死也无法化解。”卢忠因恐惧装疯。商辂进言称其不足信，于是卢忠一併下狱，后以他罪连坐降为事官，王瑶被杀，阮浪被囚。景泰五年（1454）代宗易储，后晋升商辂为兵部左侍郎，兼任左春坊大学士。当时河南饥