此后伏见城成为德川家康监视位于大坂的丰臣秀赖的据点，1600年关原之战前发生的伏见城之战，西军先进攻了德川家康所拥有的伏见城，造成伏见城再次烧毁，但德川家康为了继续监视丰臣家，再次迅速的完成重建；最终德川将柯在此就任征夷大将军，此后建立了江户幕府。江户时代后，纪伊郡南部大部分区域成为幕府直属的领地，其余地区则分属皇室、公家，在最南侧区域也有部分区域属于淀藩。明治维新后，原属幕府、皇室和公家的领地被划入新设立的京都府，原属淀藩的区域在1871年短暂改隶属淀县后也旋即被併入京都府。1879年实施，正式的