尼亚就成为了威尼斯共和国的海外领地。1797年坎波福尔米奥条约后，法国从威尼斯手中获得了伊奥尼亚群岛的统治权。自16世纪至18世纪，凯法利尼亚与扎金索斯岛一起成为了世界上最大的葡萄干出口地，并拥有一支大型的运输船队。西元1799年起，凯法利尼亚成为受俄军保护的塞普丁修拉共和国的一部分，宗主国为鄂图曼帝国，直至1807年法国重新佔领为止。然而到了1809年10月，凯法利尼亚就改由大英帝国佔领，隶属于爱奥尼亚群岛合众国。1864年，英国将合众国割让与希腊王国，凯法利尼亚遂由希腊统治至今。二次大战期间，岛屿曾