被其将领尼基弗鲁斯·波塔尼亚特推翻。在这种混乱的政治斗争中，伊萨克一世的侄子阿莱克修斯·科穆宁扩大了势力，在1081年推翻了尼基弗鲁斯三世，重建了科穆宁王朝。阿历克塞一世是科穆宁王朝的真正奠基人。在科穆宁王朝时期，东罗马帝国已不具有马其顿王朝时代的在亚洲和欧洲发动大规模军事进攻的能力，而必须依靠周边国家来保证安全。为了使帝国名义上的附庸国威尼斯共和国支持帝国对抗塞尔柱帝国和诺曼人的战争，阿历克塞一世被迫给予威尼斯以重大贸易特权，然而这样却损害了东罗马帝国的经济，也使帝国的海上霸权不复存在，地中海的制海权