奏元廷，忠宣王甚为忧虑。方臣祐在皇太后面前加以劝阻，声称洪重喜是高丽脱逃之民，妄图通过污蔑的手段颠覆高丽社稷，不可让他与高丽王对质。皇太后便向武宗劝阻，最终不得对质，将洪重喜杖责之后流放潮州。元朝派遣方臣祐至高丽，监督大藏经的印制。后来方臣祐又侍奉泰定帝的皇后得宠，除太子詹事，改徽政院使，后加储庆司使。朔方藩王八驴迷思率众归附元朝，元廷欲将其安置在鸭绿江以东。方臣祐奏称高丽多山不适宜游牧，建议不要安置在那里扰民。元英宗听从了他的建议。元英宗欲废除高丽国、在国设立行省，被方臣祐通过寿元皇后的关系成功阻止。