1957年独立，自1961年以后才因为长年患病而淡出公开场合。1964年1月24日清早，邱善佑于槟城乔治市槟城路寓所逝世，终年77岁，死时仍身兼平章会馆主席和槟城大英义学校董会主席等职。邱善佑的丧礼在同年1月30日举行，各界前来致悼者众，当中包括时任槟城首席部长拿督王保尼、乔治市市长崔耀才、以及来自十多家曾获邱善佑捐助的学校的大批师生，而时任槟城州长敦拉惹乌达爵士伉俪也有致送花圈以示哀悼。
个人生活.邱善佑于1905年娶李心娘（Lee Sim Neoh）为妻，后来又娶李玉大（Lee