主要受到海拔高度影响。海拔700公尺以下是亚热带阔叶林，海拔700-1800公尺是阔叶林，1800-2500公尺是混合林，2500-3500公尺则是针叶林，3500公尺以上的高山地带则是苔藓或草原。不同种类森林所构成的环境，也是各种植物、动物、与真菌的栖息地。台湾的海岸线与邻近海岸地区，过去拥有广大的红树林与沼泽，并因此孕育许多生活在潮间带的动物。但现今大多已经消失，只保留在例如台南的七股湿地与台北的淡水河河口等少数区域。此外最南端的恆春半岛，至今仍存有热带季风林与珊瑚礁。由于人类在平地开发，大型野生动物大