1595年（万历二十三年），萧大亨任刑部尚书。同时间，丰臣秀吉率领日本诸大名进犯朝鲜，朝廷内对支援朝鲜意见不一、引发御史曹学程、兵部尚书石星两大狱案，交刑部定罪。萧大亨为曹学程讼冤解救，被处罚。萧虽与石星长期政见相左，亦能秉公处之，为明神宗所迁怒。1598年（万历二十六年），兼理兵部事务。1604年（万历三十二年），任兵部尚书、仍署刑部事务。任内，倭寇南侵福建沿海，萧大亨严令闽省予以缉捕，捕杀若干倭寇。后又多次平息西南边陲兵端，安定西南。1606年（万历三十四年），罢刑部兼署，专掌兵部。萧大亨任兵、刑两部