十死罪，赐天兴县庄园、善和里宅第各一区，兼领京畿营田使。唐僖宗驾崩，充山陵使。僖宗祔庙，孔纬准故事，不入朝。唐昭宗遣中使召赴延英殿，令孔纬依旧处理政事，进加司空。以国子监被盗火焚毁，令孔纬修葺，仍兼领国子祭酒。蔡州贼秦宗权伏诛，进阶开府仪同三司，进位司徒，封鲁国公。文德元年（888年）十一月，昭宗谒郊庙，两神策军护军中尉、内枢密请朝服。相关单位申明前例，中贵人宦官无朝服助祭之礼，少府监也没有素制冠服。中尉怒，立即命令制造，令下太常礼院。礼官举故事，也称无中尉朝服助祭之文，谏官也同样论之。孔纬奏称：“