30分钟一班（在非繁忙时间则为1小时一班）。在开始运行当初，中途站只有橿原神宫站、下市口站、大和上市站和吉野神宫站四站。但由于前往吉野地区的观光客减少，飞鸟、葛城地区开设新观光景区，使该区的观光需求开始上升，以及因应通勤需求，常客开始增加，种种因素使在在平成成代开始增加停车站。在1999年时间表修正后，中途站增至11个（在2012年的时间表修正后，部分列车的中途站为12个），特别在吉野线内超过一半的车站都是特急停车站。因此大坂阿部野桥站至吉野站之间最快列车的所需时间，由开始运行当初的68分钟增加至76分钟。