1905年（光绪三十一年）10月，出任北京外城巡警总厅厅丞。1907年（光绪三十三年）出任东三省蒙务局督办。任内曾赴日本北海道考察开垦事业。1909年（宣统元年），他就任津浦路北段总办。1912年（民国元年）7月起，朱启钤历任北京政府陆征祥内阁、赵秉钧内阁交通总长。1913年7月3日，国务总理赵秉钧因为宋教仁遇剌事件下台，朱启钤以内务总长之顺位代理国务总理，代理两天后把位子交给新国务总理熊希龄。在政治上他属于梁士诒领导的政治派系交通系。9月，任熊希龄内阁内务总长，兼任京都市政督办等职务。1915年（民国