6年，袁世凯病逝，北洋政府财政维艰，馆中经费骤减10万银元。清史馆开支成为重大问题，编纂人员纷纷离去。民国十四年（1925年）2月，段祺瑞擧行善后会议，推其为正议长。5月，又聘其为临时参政院参政，并被指定为临时参政院院长。1926年，赵尔巽靠个人关系向张作霖、吴佩孚、张宗昌等人募捐，方才勉强维持清史馆的运作。民国十六年（1927年），《清史稿》勉强完稿，旋即逝世于北京。
家庭.排行老二，有兄赵尔震，三弟赵尔丰，四弟赵尔萃。