日本正式进入明治时代，同时也开始了明治维新。为了强调天照大神后代的天皇才是日本最高的统治者，强力鼓吹神道，并且为了进一步区分神道与佛教，于是下了一道神佛分离令。这一来造成了日本佛教遭到排斥与摧毁，虽然原本的神佛分离令本意并非是要排斥佛教，不过还是引发了废佛毁释的运动，增上寺由于本身也属神佛共存，因此在1874年以及1909年都遭到排佛主义者的放火与破坏，本堂因此被烧毁两次。同时也因为神佛分离令的影响，寺庙的领地大大的缩小，空出来的部份约20万坪寺领成为现在的芝公园。寺内原本祭祀德川家康寿像的「安国殿」，由于