寺着手重建。至1991年初，山门、天王殿、大雄宝殿、药师殿、钟楼先后竣工。 南昌「三宝」（佑民寺铜佛、钟楼铜钟、普贤寺铁象）中唯一倖存的铜钟（铸于南唐年间，重10064斤）现被安置于钟楼内。1995年重铸接引铜佛。
逸闻.传说朱元璋曾微服佑民寺，寺僧再三追问其姓名，朱元璋大为恼火，便题诗一首于殿壁上，曰：「余尽江西数万兵，腰间宝剑摁留腥。野僧不识山河主，只管叨叨问姓名。」题罢便掷笔而去，并说要严惩寺僧。寺僧甚惧，正好一云游僧夜宿于此，其将壁上的原诗抹掉，另题一首，曰：「御笔题诗不敢