员遭遇后，写下第三封给胡温公开信，隔天就发表退党声明表示「对中国共产党的彻底绝望」、「我们是在和一些圣贤（法轮功学员）打交道，她们的不屈的精神，高贵的人格及对施暴者的宽恕襟怀是我们今天中国的希望所依，也是我们坚强下去的理由所在！」2006年3月苏家屯事件曝光后，高智晟公开表示参与调查事件真相。自2006年6月起，加拿大前亚太司长大卫·乔高和国际人权律师大卫·麦塔斯持续要求进入中国大陆进行独立调查，但遭中国政府拒绝。高智晟为促成调查，主动自北京发邀请函，高于2006年8月遭秘密逮捕、酷刑，被以煽动颠覆罪