城镇建设补助金」资助，开始了车站大楼重建和车站周边地区工程计划。在2004年（平成16年）4月，车站大楼与县道的工程开始。后来龟田町在2005年（平成17年）3月21日编入至新潟市，这个工程由市继承。在2007年（平成19年）4月1日，随着新潟市成为政令指定都市，县道的工程由县改为由市继承。车站大楼在重建前的月台配置中，从西边起为1号月台（相对式月台）、2、3号月台（岛式月台），共2面3线。当中2号月台是用作待避和折返之用，该月台已经停止使用。旧西出口车站大楼在5月22日后停止使用并撤走。同时西出口临时建设