直通运转JR常磐线（各站停车）及小田急线间营运。2017年5月12日因小田急小田原线、多摩线开始启用新标准无线电，而6000系因无改造企划，因此退出直通运转的运用。如果时刻表被打乱，并且小田急线和千代田线的直通运转停止，本型车通常不会在小田急线的代代木上原站～新宿站运行，其因是列车行先资讯无法显示新宿站(16000系已新增可显示新宿站，因此先在无此调度困扰)。
废车.关东各单位同时期新制造的列车已开始陆续报废除籍，大部分的营运单位车辆更新方针是「10年小规模更新，20年大规模更