治维新后，郡内的幕府领地被纳入堺县的辖区，1871年实施废藩置县后，岸和田藩和淀藩的领地也成为改设后的岸和田县、淀县辖区，不过仅半年后的第一次府县整併中，南郡全境就全数被整併至堺县。1880年实施，正式的设置了近代的行政区划「南郡」，而郡役所则是和日根郡合设于岸和田村的岸和田城（位于现在的岸和田市）。1881年，由于堺县被併入大坂府，此后南郡成为大坂府的辖区。