周边设施与盐业文化园区后续规划案等计画无法进行下去，最后只完成馆内八成左右的设施。这令许多文史工作者担心盐博馆就此成为「文化弃婴」，便要求行政院文化建设委员会接管，而最后盐博馆则交由台南县政府管理。但台南县政府又因各种理由，打算将盐博馆转交给国立海洋生物博物馆管理。在多方协调之后，决定在过渡期中委外经营。由于採购法的规定，所以必须进行公开招标，而引来民间厂商的兴趣。对于这种情况，盐光文教基金会与文史工作者联合声明反对营利导向的民间业者涉入盐博馆的经营。最后盐博馆的经营权仍然进行了公开招标，由盐光基金