村上武吉（、天文2年-庆长9年8月22日），是活跃于濑户内海的村上水军当主，别名能岛武庆。父亲是村上义忠，儿子是村上元吉及村上景亲。
源自.村上氏的远祖较有力的说法是清和源氏或村上源氏。在平安时代末期起，与伊予河野氏结盟、扩张在濑户内海的势力。在南北朝，北畠显家的亲生儿子进入村上家，改名为村上师清，成为三上村上氏的祖先。但北畠氏史料未有提及，这个说法未能确定。村上师清儿子分为能岛、来岛及因岛三个势力，世代均与伊予河野氏关系深厚。当周防国大内氏势力扩张到伊予后，亦成为大内氏家臣。