斯（Paul Gervais）等人于1853年命名，其近亲圭亚那海豚由伯内登（Pierre-Joseph van Bénéden）于1864年命名，二者后被视作同一种海豚分别生活在淡水与海洋中的变种。根据《zh-cn:国际动物命名法规; zh-hk:国际动物命名法规; zh-tw:国际动物命名规约》，在同物异名的情况下，仅保留最早的名称，因此圭亚那海豚被归入土库河豚。后来基于三维形态的研究首次提出两种海豚的不同，分子分析也明确指出它们在遗传上的分化，结合形态学与遗传学两方面的证据，学界于2007年将