新市车站、南科车站、善化车站为高架车站，并于永康、新市区间增设永康工业区站。
台南铁路立体化仁德计划.以南续接台南计划，计划将从北起台南计划终点(保安车站以北2.8公里 )，南至仁德车站以南约1.1公里，全长约5.8公里，改建保安车站、仁德车站为立体车站，本计划待台南市政府可行性研究评估中。