中系统（CTC）以进行遥距列车调度。至2006年9月15日完成工程并开通。另外，提速改造后的列车速度大为提高，为保障铁路运输安全，浙赣铁路沿线也安装了防护栏，实行全封闭管理。在2006年8月13日梁家渡至潭岗直通线特大桥线路启用后，浙赣铁路不再绕经向塘西站。另外为配合浙赣铁路电气化提速改造工程完成和实施新里程计算，由2006年7月5日至2006年12月31日间，浙赣线杭州方向起点由杭州站移至笕桥站，并改经杭州东站和钱江二桥至白鹿塘站，而由笕桥站以南经杭州站、南星桥站、钱塘江大桥（钱江一桥）、长河站、