白鹤山被倭寇所掳，所幸被祖父贷金赎回。黄守魁读书不拘守章句，曾考上通判，但不满一年就辞去，投笔从戎，读《太公阴符》诸武书。万历七年(1579年)乡试第四名，得武举人，效用于蓟辽总督。万历十七年(1589年)黄守魁为武进士探花，初任南京浦子口守备，被王用汲升为河南都司佥事，调江西升四川都司驻建昌，因征战杨应龙有功升大同参将转福宁参将。之后，原要擢广西参将却未就任，万历三十七年(1609年)，调松潘副将，因征建南有功与整顿地方土司，而升四川正总兵官。万历四十八年(1620年)，黄守魁升南京右军都督府佥书