城内二丸设置。同年县厅改在花畑邸镇西镇台。驻守熊本镇台后，将老朽化的橹及多重橹逐个拆卸。特别是西出丸石垣。在西南战争前，只俘留本丸主要部份的天守及本丸御殿。1876年神风连之乱（亦称敬神党之乱）期间，反乱者控制了城内的砲兵营，很快被政府军镇压。西南战争时期，熊本城是政府军的重要根据地，对抗守旧势力西乡隆盛所带领的西乡军。不过在西乡军发动攻势之前，其天守阁意外发生大火，火势虽然立刻获得控制，但是许多重要的文物、城楼已遭到烧毁。战争方面，政府军在指挥下成功击退西乡军，西乡军并没有一人进入城中范围内。