熙元年（1622年）清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，下令迁海，沿海居民需向内陆迁徙50里，加上实施海禁，新会受严重影响。后来广东巡抚王来任、广东总督周有德请求复界，到康熙八年（1669年）朝廷允许驰禁，居民陆续迁回。康熙五十七年，清政府设置崖门炮台，嘉庆十四年（1809年）迁至现址。第一次鸦片战争时，由于炮台火力威勐，守卫森严，以致英军不敢攻打，而转攻虎门。咸丰四年（1854年），新会天地会首领陈松年、吕萃俊率领红巾军响应太平天国在江门起事，史称狗山起事，不费一兵一卒占领江门。围困新会城六十日之久，两广