分析Xist的结构，将其分成数个区域，也已证明了特定区域与计算X染色体数量有关，其中有区域与该选择哪一条X染色体作为Xi有关，有区域与失活的过程有关，有一段被称为「A区域」（A region）的片段由两段长长的茎环组成，每段茎环上有四个重复序列，已知与蛋白质的结合有关。另外Xist还有一段序列被称为「C区域」（C region），为与染色体结合的区域。无论细胞中有几个X染色体（即包括XXY、X0与XX杂合体、XXXY等特殊情况），除了一个X成为Xa之外，其他X染色体上的Xist基因都能正确启动。且Xis