出了这几大类微生物可能属于一个进化分枝。1990年代通过基因研究证实了这一想法，特别是Gajadhar等人的研究工作.汤玛斯·卡弗利尔-史密斯, 于1991年正式命名了囊泡虫总门(Alveolata),在当时还认为这可能是一个并系群, 实际上后来证实是单系群.某些研究认为最着名的海洋无嵴椎动物的寄生虫haplosporid应该属于囊泡虫总目，但缺少腔区(alveoli)，因此现在被分类在有孔虫界的丝足虫类.
发展.囊泡虫的色素体的发展还不确定. 卡弗利尔-史密斯建议囊泡虫的祖先