又在西班牙的中击败庞培兄弟二人。格奈乌斯被处决，但是小庞培逃过一劫，前往西西里岛。公元前44年，凯撒在返回罗马后遭到谋杀。元老院任命小庞培为海军司令。但是事情并未重回正轨，而是引发凯撒继承者及其谋杀者之间的战争。奥古斯都、马克·安东尼以及马尔库斯·埃米利乌斯·雷必达建立后三头同盟，以为凯撒复仇并应对反对者。小庞培被宣判为「公敌」，但是布鲁图和喀西约是三头同盟优先进攻的对象。此外，因小庞培据有整个西西里岛，故而有时间及资源来发展军队，并组建一支强大的海军。公元前42年，布鲁图和喀西约在腓立比战役中失利