元顺帝至正五年（1345年），僧人释智学等人重修法堂、云堂、祖师堂、伽蓝堂，以及厨库、僧房、使者僦屋50多间，并新建了钟楼、法堂东廊庑、南方丈等30多间，以上工程经6年方才完工。寺内的千佛殿藏有两尊土像，据传为元朝丞相托克托夫妇，而北崇国寺据传就是托克托的故宅。《帝京景物略》载，“寺为元丞相托克托故宅，有托克托夫妇像，侍立殿中，在千佛殿，一幞头朱衣，一凤冠朱衣。”但是，《燕都丛考》则称，“北崇国寺建于元初世祖时，托克托系元末顺帝时人，彼时已有此寺，万无毁寺建宅之理。”元朝的惯例是大臣奉旨出、入大都均不回