科学类科学术奖」，2002年则荣获中华民国行政院颁发的「杰出科技荣誉奖」，2005年荣获台美文教基金会颁发的「杰出人才成就奖」和台湾语言学会颁赠的「终身成就奖」，2006年获选为中央研究院院士，2008年1月当选为美国语言学会荣誉会士。2009年获颁总统科学奖，为该奖项开办以来，第二位社会科学领域获奖者。
学术成就.李壬癸对台湾的南岛语言进行全方位的研究，使台湾成为国际南岛语言学研究重镇之一，与夏威夷大学和澳洲国立大学齐名。李壬癸的研究也发现台湾南岛语言的歧异度最大，且保留最多