1998年9月批准3号线延伸段、9号线开工建设。而11号线部分区段则改为了新盆唐线，其他路线则重新修改变为了首尔轻电铁和广域电铁的其他路线，并作为连接首尔地下铁1期和首尔地下铁2期的支线用途。9号线的建设方式改为BOT模式，并在2001年正式开工建设。3号线的水西站至梧琴站的走向也在2002年正式确定，并最终于2004年开工建设。
进一步规划调整.地下铁3期中的10号线规划在2000年重新作出调整，拆分为了新安山线（走向为安山市-始兴市-光明站-汝矣岛-首尔站）和面牧线（走向为清凉