力行俭约，成功改革当地官员的风习，朝廷以其“革奢务啬，南域改变”之功进其位为前将军。元兴三年（404年），卢循进攻番禺，吴隐之坚守城池，拒守百余日，长子吴旷之战死。十月九日深夜，城陷，吴隐之当时想带着家人逃回京师，但被卢循所俘。当时朝廷刚刚讨平篡位的桓玄，无暇南顾，遂让卢循任广州刺史。当时卢循选用了王诞做自己长史，但王诞正想北归，于是劝说卢循让他北返，顺道也劝他放了隐之，隐之遂与王诞一同北归。官拜度支尚书、太常，后转中领军。义熙八年（412年），隐之请求退休，获授光禄大夫，加金章紫绶，赐给钱十万，米三百