上曾被多次盗扰，印山大墓存在多种病害，主要为：墓葬渗水、斜撑木倒塌、木构件糟朽断裂、霉菌滋扰、底部支撑变形、岩壁及木炭层坍塌。1999年10月，印山越国王陵的保护方案正式付诸实施，其中包括在王陵上方建造一座保护大厅。2001年，印山越国王陵被列为全国重点文物保护单位。2007年12月28日，原址保护工程开工，该工程于2009年5月1日完成。主要包括木质文物的脱水、除霉、纠偏、加固以及墓坑岩质边坡、青膏泥、木炭层的加固等。该工程被中国文物报社评选为“2011年度全国十大文物维修工程”。