此同时，日本亦开始试图控制库页岛。1485年，库页岛的阿伊努族酋长向日本虾夷管领安东氏的代官武田信广进献铜雀台。1593年，日本关白丰臣秀吉命令松前庆广对阿伊努人进行「保护」，并承认其征税的权利。1603年，松前藩在宗谷设立利尻、礼文、桦太三司。翌年，德川家康将发给藩主，承认其对虾夷的垄断贸易权。1635年，松前公广派村上扫部左卫门巡视库页岛。此后又于1650年、1689年及1700年先后派家臣巡视该岛。1644年，松前藩绘制全国地图《正保御国绘图》时，首次将北海道与库页岛等原住民居住地纳为日本领土。1