将宁王朱权内迁南昌，授予兀良哈蒙古的朵颜、泰宁和福余三个卫所自治权，但不允许三卫蒙古人南迁到大宁地区驻牧。明成祖还于1406年和1422年对兀良哈蒙古进行镇压，以维持这一地区的稳定。辖区内主要居民为蒙古、女真、吉里迷（尼夫赫人）、苦夷（阿伊努人）、达斡尔等族人民，分置卫所，以各族首领为各卫所都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等职，给予印信。据《明史》记载，奴儿干都司有卫三百八十四，所二十四，站七，地面七，寨一。都司治所奴儿干城（元朝征东元帅府旧地，今俄罗斯尼古拉耶夫斯克特林），在黑龙江下游东岸