处、南宜快速公路工程筹备处合併为交通部台湾区国道新建工程局（下称国工局），接掌兴筑北二高及二高后续计画，草屯以南路线修正计画于1991年通过，中部路线因欲整合西滨快速公路较晚通过。南二高屏东路段规划线经过较为繁华的地带，全长38公里。时任屏东县县长伍泽元基于开发外围尚未繁荣的地区之目的，希望路线进入屏东后能以分流的方式，从屏东的两侧外围绕过，全线长度增为76公里。当时在两种不同理念的冲突之下，国工局并未接受伍泽元县长的诉求。经过数年的兴筑后，北二高于1993年至1997年间陆续分段通车，二高后续计画