2007年，与西铁线共轨的方案被否决，改为独立兴建全新的路轨。
共用或者专用通道方案.由香港边境禁区前往西九龙的路线，亦曾经有两个方案：亦即「共用通道方案」及「专用通道方案」，两者均计划在现落马洲站附近接驳广深段（落马洲站连接福田口岸）。2008年4月，当局决定以西九龙总站（现称：香港西九龙站）作为终点站，路线採用全隧道的「专用通道方案」中线方案。
共用通道方案.共用通道方案分别和现有港铁西铁线（西九龙附近至锦上路一段）和将会兴建的北环线（锦上路至洲头