法国大革命后，法国军队于1794年占领科隆市。拿破仑将莱茵河畔部分地区归入法国鲁尔省（Département de la Roer），并于1798年取缔了科隆大学。
新大学时期.1919年5月29日，科隆市长康拉德·阿登纳同普鲁士方面签署了重建大学的合同，要“为一战后的德国重建物质基础的同时，提供精神进步的场地”。三所大学，1901年成立的科隆贸易高校（Handelshochschule Köln）、1904年成立的德国第一所应用医学研究院（Akademie für prakti