心杆菌科（学名：）为心杆菌目的一科细菌。此科的模式属为心杆菌属("Cardiobacterium")。1990年，Dewhirst等人通过对产吲哚金氏菌("Kingella indologenes")、人心杆菌 ("Cardiobacterium hominis")及节瘤拟杆菌("Bacteroides nodosus")的16SrRNA序列分析结果，提出建立了心杆菌科这个新菌科。