949年9月，赛福鼎作为新疆特邀代表团团长，到北京参加中国人民政治协商会议第一届全体会议，当选中央人民政府委员、全国政协委员，并参加了开国大典。
中华人民共和国成立后.1949年10月15日，赛福鼎向中共中央递交了入党申请书，毛泽东亲自批准了他的申请。同年12月27日，加入中国共产党，成为新疆维吾尔族最早的中共党员。1949年12月，任新疆人民政府副主席兼民族事务委员会主任、新疆军区副司令员。1950年2月，陪同毛泽东、周恩来访问苏联，参加了《中苏友好同盟互助条约》的谈判、拟定