牠们有时被视为小蓝企鹅的亚种之一（Eudyptula minor albosignata），有时被视作另一独立的物种（Eudyptula albosignata）。粒线体DNA分析研究显示小蓝企鹅属被分做两个独立的物种族群：分布于澳洲南部沿岸与纽西兰奥塔哥大区的澳洲小蓝企鹅，以及分布于纽西兰其他地区的小蓝企鹅。澳洲小蓝企鹅约于 500 年前抵达纽西兰，在小蓝企鹅于奥塔哥大区的局部地区灭绝发生之后。
分类学.企鹅目 Sphenisciformes