莉在北台湾带来的降雨量过于集中，再加上台北市政府在当时採取大量放水，却未料当年末至隔年（2002年）上半年雨量匮乏，隔年北台湾发生大规模缺水危机，导致大台北地区民众生活不便，以及因水质不佳而产生的疾病。另外，水灾过后有大量废弃物待清运，当时已停用的台北市立棒球场遂成为废弃物的暂存场及临时转运站，清运完成后该处被动工拆除，原址改建成如今之台北小巨蛋，后来于2005年完工启用。不仅如此，纳莉甚至间接造成后来的红火蚁问题、登革热疫情扩散、SOGO经营案等。由于伤亡、损失、耗费成本极大，政府决定下半旗致哀，而当年双