步党的陈水扁当选中华民国总统后，金美龄被中华民国总统府聘为国策顾问。2005年2月28日，金美龄因不满代表民进党的中华民国总统陈水扁与代表第二大反对党的亲民党党主席宋楚瑜会面，辞去国策顾问职务；但在同年5月20日，又获续聘。2006年9月，民进党前主席施明德发动百万人民倒扁运动，要求总统陈水扁为贪污丑闻辞职负责，金美龄为此发表言论表示即使阿扁罪大恶极，只要阿扁扛起台独的旗帜，无条件支持陈水扁，且认为施明德没有能力达成目标。
在日本的活动.金美龄是台湾独立建国联盟日本本部的重要成员之