玩家有多个命令可供选择，如使用装备武器攻击敌人，使用特殊技能或道具，或是改变角色前后排的位置。《最终幻想V》使用时间仪的ATB机制在后来的系列的四部游戏中再度使用。过往《最终幻想》系列中的出现异常状态是简单自行解除，但是本作品加入更困难可以回复，就是丧尸和老人，使得难易度提升，随后作品都会加入。
职业系统.《最终幻想V》游戏系统方面的主要特色是职业系统。玩家可以自由为角色选择需要精通的职业,以掌握特殊能力，并可能精通全部全部22种（Game Boy Advance版为26种）职