清的黄檗山万福寺，则被称为「古黄檗」）。1663年（宽文三年）建造完成，在法堂举行祝国开堂仪式，而相对于民众则举行「黄檗三坛戒会」。
创立黄檗宗以后.隐元是日本禅界黄檗宗的始祖，但当初并没有黄檗宗这个称谓。隐元本人自认为自己是临济宗的僧人，以临济正宗的僧人自居。其宗风、清规等都是模仿明朝时期临济宗的规矩，但又与日本的临济宗不同，因而自成一派。隐元所着的《黄檗清规》，对当时日本禅宗各派宗统、规矩的修正有着很大的影响。特别是卍山道白在曹洞宗的宗门改革中，就以这本书作为重要的参考资料。