家安全会议秘书长由总统特任，依据国家安全会议之决议处理会务，并指挥、监督所属职员（第六条）；并有一到三位中将或简任第十四职等的副秘书长襄助秘书长处理会务（第七条），并有五到七位谘询委员（第九条）。
历任首长.国家安全会议的主席是总统，但实际上的负责人是国家安全会议秘书长，这里所说的首长是指国安会秘书长。