田边城，战后，不知为何被德川家康保全所领（一说是因为伯母是德川秀忠的乳母。另外，义弟孙次郎参加东军并立下功绩）。庆长20年（1615年），因为在大坂之阵的战功，被加增丹波国内5千石，石高增加至2万石。不过在宽永5年（1628年），因为伪装患病而怠慢参勤交代，更被发现在期间进行，于是被幕府命令改易，大名家别所氏灭亡。庆安元年（1648年），长男守治被赦免，后来被赐予1千，子孙以7百石的旗本身份存续。自身则在儿子之下渡过余生。
被改易的理由.没有施行恶政的形迹，改易的理由除了「