朱元璋也积极改革地方制度，将元制的行省一人独享的的军事、行政、司法权力分拆成都指挥使司、承宣布政使司、提刑按察使司三部份，分别直属中央。1391年，太祖遣太子朱标「巡抚」陕西（意为巡行地方，抚镇军民），「巡抚」这个名称开始被使用。尔后，皇帝常遣尚书、侍郎、都御史、卿、少卿等官巡抚地方，事毕复命，名义称巡抚。明宣宗时，各省常设巡抚渐成制度。巡抚节制三司（承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司），实际掌握着地方军政大权。同时，巡抚每年要赴京师议事，也体现了朝廷对地方统辖权的加强。明英宗在1457年夺门复