院也被授予荣誉学位，这是他的父亲曾教了好几年的同一机构。2012年5月于宾州州立大学的毕业典礼上致词并被授与荣誉博士学位。2018年10月，教宗方济各任命朱棣文为宗座科学院院士。
能源部部长.2009年1月20日，美国联邦参议院无异议通过朱棣文担任能源部长的提名，并在2009年1月21日宣誓就任奥巴马新一任政府的能源部长一职。朱棣文是首位担任美国内阁首长的诺贝尔奖得主，同时也是继前劳工部长赵小兰后，第二位出任美国内阁首长的华人。但是，他的科学工作仍在继续，包括了在2010年