研究计划和进度未被对方察觉，甚至于其存在都未被发现。然后对于前苏联情报机构，曼哈顿计划虽然被部分渗透，但仍保持高度的隐蔽性，前后接近10年，仅有个位数的间谍渗透进计划内部获取了部分资料。尽管这些绝密材料（共6000页资料，25件样品）对于美国的对手-苏联的核计划有不可磨灭的影响。
间谍事件.1942年，前苏联通过其驻英国大使馆武官秘书的军事侦查员С. Д.克列梅尔通过招募英国方面的核物理学家了解到英国正在进行大量原子能军事应用研究，并通过调查发现，美国很可能也在进行同样的研究，