秀吉取得天下后，于天正年间任命全宗为施药院使，叙从五位下的官阶并给予昇殿的资格，赐姓施药院。施药院于730年由光明皇后创立，是对平民中的病人、孤儿进行保护、治疗、免费提供药物的的救济机构。但经过了八百年历史之后，当时的施药院已经名存实亡。全宗致力于恢复奈良时代的施药院，无论病人高低贵贱皆免费赠送药材以治病。施药院全宗也是丰臣秀吉身边的重要亲信之一，他曾代表丰臣氏同伊达政宗、佐竹义重等人进行交涉。1587年（天正15年）丰臣秀吉发佈的伴天连追放令也是由他执笔写成的。他致力于恢复荒废的比叡山。后陞爵正四位。