乔凡尼与贡扎加家族曼切华公国侯爵费德里哥一世之女马达莱娜·贡扎加结婚，但是她在结婚隔年就去世了。由于乔凡尼的出生以及未婚的身分，他因此被波吉亚家族视为与米兰结盟的重要人物。在他的表哥，时任教廷副秘书长，红衣主教阿斯卡尼欧·斯福尔扎的帮助下乔凡尼与教宗亚历山大六世的私生女鲁克蕾齐亚于1492年结婚，当时她才13岁，而乔凡尼26岁。他们的代理婚姻于同年6月12日举行，根据婚礼契约的规定，鲁克蕾齐亚会待在罗马一年而不会与乔凡尼圆房，并且她将得到31,000杜卡特作为嫁妆。正式的婚礼于1493年在梵谛冈举行，一般认