部队正式划归中国人民武装警察部队总部统一领导管理。2009年7月1日，经国务院、中央军委批准，水电部队正式被纳入国家应急救援力量体系。2010年5月，国务院、中央军委任命中华人民共和国水利部部长陈雷兼任武警水电指挥部第一政治委员、党委第一书记，中华人民共和国交通运输部部长李盛霖兼任武警交通指挥部第一政治委员、党委第一书记，武警水电、交通部队实行双重领导体制。截至2008年，水电部队已完成大中型水利、水电工程50多项，其中水电部队独立完成的电站总装机容量600多万千瓦，参与建设的三峡工程、龙滩水电站等装机