战争的政治动荡鼓动政治脱离哥伦比亚，建立一个独立的共和国。当美国寻求接管运河项目时，引证了难以与哥伦比亚政府合作。于是在法国金融家（Philippe-Jean Bunau-Varilla）的合作下，巴拿马同时宣布自哥伦比亚独立，并谈判达成一项条约，给予美国修建运河的权利。 美国是第一个承认这个新生共和国独立的国家，并派遣美国海军阻止哥伦比亚在新共和国成立之初夺回当地。美国获授予在运河周边土地（即巴拿马运河区）的永久租赁权，以换取其在保卫共和国和建造运河中的作用。后来运河区根据《巴拿马运河条约》的条款回归