色藻界细胞的色素体具有四层膜，含叶绿素a和叶绿素c和其他一些无色的类似物质。被认为是内共生红藻进化而来。
分类.色藻界属于真核生物域，可能是多源的。有二十二个门：2010年, 汤玛斯·卡弗利尔-史密斯指出应把囊泡虫总门,有孔虫界与太阳虫并入色藻界。这实际意味着把有孔虫界并入了囊泡藻界。