在这期间担任中华民国总统的陈水扁则邀请叶菊兰担任悬缺已久的中华民国总统府秘书长，这也使得她成为第一位女性客籍总统府秘书长。另外在1980年，叶菊兰与郑南榕生下女儿郑竹梅。1989年郑南榕自焚身亡时，当时女儿郑竹梅仅有9岁。2009年时，由于郑竹梅在台南市定居使得叶菊兰将其户籍也迁至台南市，不过这一度引起有关参选首任台南市市长的揣测。
影响.
自焚说法.郑南榕自焚时中华民国政府在政策上处于民主与独裁之间，也因此叶菊兰在记者会上唿吁新闻媒体公正报导郑南榕自焚事