然而幽门螺旋桿菌的发现后推翻了这些主因，取而代之该种细菌才是主致病机制的现象被确认。但也有无菌型的溃疡发现，佔15%左右是其他因素导致。长期服用如阿司匹林、强的松、酒精等导致胃粘膜的破坏使得胃肠道的自我保护能力大幅下降，与此同时，具有“胃蛋白酶”以及胃酸的胃液即可较轻易的穿透胃粘膜屏障，以消化胃肠道的自身组织，形成溃疡。另外，消化性溃疡也可由消化液的分泌增加例如胃迷走神经失调，致使胃酸、胃蛋白酶的量超出胃粘膜所能应对的程度，所以一种外科手术胃迷走神经切断术也被作为治疗法，然而此手术副作用机率不低，只