胞结构，入侵机体的病原微生物可在吞噬体中被杀灭、消化。在成熟过程中吞噬体需与溶酶体融合，生成兼具隔离与分解异己物质能力的吞噬溶酶体，这种经两种囊泡融合而成的新囊泡只曾在动物细胞中发现。
病原体躲避分解.一些通过胞吞作用进入病原体细菌能躲避分解，其中一部分（如考克斯氏体属细菌）可以在融合后的吞噬溶酶体中继续繁殖，而另一部分（如立克次氏体属细菌）则能通过破坏吞噬体膜在吞噬体与溶酶体融合之前逃逸到细胞质基质中。包括结核分支杆菌（"Mycobacterium tuberculosis"