小学毕业后，在血脇守之助的帮助下，进到东京芝的伊皿子坂上的高山齿科医学院（今东京齿科大学）里打杂，并在济生学舍（今日本医科大学）里学习医学。1896年，20岁便取得医生证书。1898年，改名「英世」，并在高山齿科医学院担任讲师。同一年，开始在北里柴三郎的北里传染病研究所服务。1899年，担任西蒙·弗莱克斯纳（Simon Flexner）博士来日的引导工作，探询了远渡美国的可能性。1900年，经由北里柴三郎的介绍，到美国宾夕法尼亚大学担任西蒙·弗莱克斯纳博士的助手，开始了蛇毒的研究工作。 。