神社的地点因北白川宫能久亲王曾于1895年在此处扎营，故称将军山，此地后来又被列为御遗迹地之一。苗栗神社择址于此（地址为苗栗街苗栗767番地），于1937年11月动工，占地47,832坪，1938年11月4日举行镇座祭。神社座向东北，含有遥望日本帝国都城东京皇宫之意。神社的设施包含了本殿（白木铜版茸）、拜殿（同本殿）、中门（同本殿）、手水社（同本殿）、祭器库（砖及钢筋混凝土造）、社务所（木造平屋建铜版茸）和社长宿舍（木造）。1945年4月12日，苗栗神社与桃园神社同时自「无格社」升格为「县社」。二战后，