任军事参议院参议。1935年（民国24年）4月，授陆军中将衔。1938年（民国27年）3月，任军事参议院谘议。1944年（民国33年），任军政部荣誉军人总管理处处长。此外，他还曾历任第十一战区长官部顾问、国防部中将部员。第二次国共内战末期，魏益三到云南省任职。1949年（民国38年）12月，云南省政府主席卢汉发动云南起义之际，逮捕了魏益三。此后释放。任中华人民共和国北京市人民委员会专员。1964年逝世，享年81嵗。