旧军队中进行兵运工作。南梁革命根据地创建以后，马锡五任军事委员会管理科科长，负责管理医院、修械厂、白区商贩。1935年春，南梁县遭到围攻，中国工农红军撤离南梁，但后来在陕北接连占领了六座县城。马锡五赴安塞洛河川任陕甘省苏维埃粮食部部长。1935年冬，他赴富县套筒原担任陕甘省苏维埃国民经济部部长。1935年12月，马锡五加入中国共产党。
从事地方工作.中共中央及红一方面军长征到达陕北以后，1936年5月，中共中央决定成立陕甘宁省，李富春任中共陕甘宁省委书记，马锡五任陕甘宁省苏维埃主席