与何长工、周纯全等率抗大师生一部东渡黄河，前往晋东南太行山区，参加组建抗大第一分校，先后任训练部部长、副校长兼教育长。1940年，韦国清担任八路军山东纵队陇海南进支队政治委员、八路军第5纵队第3支队政治委员，进入苏北开辟根据地。皖南事变后，韦国清任新四军第三师第九旅政治委员。1941年11月，九旅归第四师建制，韦国清任旅长，率部由淮海区西返皖东北地区。1942年，韦国清兼淮北军区第一军分区司令员和中共淮北一地委书记、军区参谋长。1943年3月，在山子头战役中，率第9旅担负主攻任务。1944年9月，任新四