立法会选举新界西名单排第一位，他遂于2007年9月改投当时成立一年多的公民党。2007年香港区议会选举，以1,994票击败得811票的对手刘锦荣，再次成功连任区议会议席，为公民党少数于公共屋邨取得议席的区议员。2008年6月，公民党宣佈2008年香港立法会选举参选名单，陈琬琛联同张超雄和黄家华于新界西参选，并排在名单第二位，惟三人皆未能取得议席。2011年香港区议会选举，虽然公民党受到外佣居港权及港珠澳大桥两宗官司影响，得票率较上届大跌，但陈琬琛得票不跌反升，以2,761票高票，击败得1,839