000番台为蓝本，于任天堂64发售之版本。此作的特点是新增一个名为VRS（音声辨识系统）的系统，在游玩时的特定地点（例如列车出发时或是看到讯号灯时）发出对应的声音（「出发进行」、「注意」等）时会有奖励秒数。路线方面，完成一定程度的路线时刻之后就会出现东北新干线的单独时刻（盛冈—新花卷，200系、E2系、E3系）。此外北越急行北北线的「白鹰（）」列车的难易度亦有所更改，及于「小町（）」大曲—盛冈段中盛冈站达成0米停车时可以游玩连结列车的奖励游戏。