服刑1个月，狱中坚持写作；出狱后，出版着作《狱中自白：论台湾前途与两岸关系》，再度阐述反台独理念。2001年，朱高正再度于高雄市出马竞选立法委员，未当选；出任《中国通》杂志社社长。2004年中华民国总统选举前夕，朱高正与多名党外运动元老发表反对陈水扁的联合声明。朱高正始终关注中国大陆的政治和经济发展，曾与海外民运人士胡平就中国民主化的问题进行辩论；还曾专门发文悼念邓小平，对中国大陆平和地进行经济和政治改革持很高的评价。朱高正离开政坛后，多年来往返台海两岸，在北京大学、清华大学讲学，并获聘为中