二次直奉战争爆发，冯玉祥从热河前线倒戈回师北京，发动 “北京政变”，吉鸿昌奉命守卫北京南苑。1925年吉鸿昌升任绥远督统署直辖骑兵团团长兼警务处长。1926年，任第36旅旅长。冯玉祥派他从兰州出兵，击败在西安围困杨虎城8个月的刘镇华部队。冯玉祥改编为国民革命军后，吉鸿昌参加北伐。1926年冬36旅扩编为19师，吉鸿昌升任师长。1927年5月出潼关，佔河南洛阳，7月3日在巩县附近黄沙峪夜渡汛期的黄河，换上奉军军服，奔袭占领了新乡，克安阳、沁阳等城镇，势如风卷残云，奉系军队被打得大败而逃。很快，河南局势暂告稳定