煊归国。5月，两广护国军在肇庆成立两广都司令部，岑春煊任都指令，梁启超任都参谋，李根源任副都参谋。袁世凯死后的1916年11月，李根源、张耀曾、谷钟秀、钮永建等成立政学会。但是，李根源等促使南方政府同段祺瑞联合，抵抗孙文。李根源支持岑春煊同陆荣廷的旧桂系联合，迫使孙中山一度下野，岑春煊等人在南方政府内获得优势。1920年（民国9年），在孙文、唐継尧的政治及军事反击下，政学会于同年8月被迫解散。孙文支持粤军陈炯明的军事行动，岑春煊、李根源等被迫下野。
晩年.此后，李根源在北京