86年，因对自发对称性破缺的研究，他获得了国际理论物理中心颁发的狄拉克奖章。1994年，美国物理学会将当年樱井奖授予南部阳一郎，以表彰其对场论和粒子物理的贡献。由于他将超导理论中的自发对称性破缺引入到粒子物理中，开创了基本粒子物理的多个重要思想，因此与俄罗斯物理学家维塔利·金兹堡一起被授予1994/1995年沃尔夫物理学奖（日本人首个）。2005年，因为对基本粒子物理学标准模型的贡献，他获得富兰克林奖章（日本人第2个）。2008年10月7日，因发现亚原子物理学中的自发对称性破缺机制，被瑞典皇家科学院授予当年