。至此，源赖朝不只是实质控有关东，也有了法理上的正统性。源赖朝派遣同父异母的两位弟弟源范赖、源义经率兵上洛，11月初抵达近江。而在这段期间，锐气大挫的木曾义仲不但和法皇濒临决裂，复加以昔日盟友的离弃，逐渐陷入孤立。11月19日，木曾义仲发动政变，法住寺合战后软禁法皇，并解除摄政近卫基通与数位法皇近臣的职务，令藤原师家接任摄政。之后法皇与木曾义仲达成协议，12月法皇下旨命木曾义仲率军讨伐源赖朝。1184年1月，木曾义仲受封为征东大将军，统揽军政大权。1月20日，源范赖与源义经各于京都近郊的濑田和宇治与木曾