rk 1没有操作系统，它唯一的系统软件是一些用于输入和输出的基本例程。就像在之前开发的SSEM一样，与既定的数学惯例相反，Mark 1设定的存储位置被安排在左侧的最低位。因此，一个“1”用五位表示为“10000”，而不是更传统的“00001”。负数则用二补数表示，就像今天大多数计算机一样。
第一个程序.第一个在Mark 1上运行的实际程序是在1949年4月初启动的搜索梅森素数。这个任务在1949年6月16日至17日晚上无错误地运行了9个小时。该程序的算法部分由曼彻斯特大学数学系主任