文成就最高。20世纪40年代被誉为“西南第一”。印学家王家葵品评周菊吾的篆刻：“今论菊吾篆刻，印愈小愈精致，拟玺之作尤见功力，圆朱文多字印，精整典雅。”（《近代印坛点将录》)周菊吾的印章多散见于古籍图书上的收藏章。在他过世以后，他的学生徐无闻与儿子周同甫搜罗、收集他散见于世的作品，于1988年出版的《周菊吾印存》。