大分水岭山脉的侵蚀作用及堆积作用形成三角洲、远海沉积物及浊积岩，这对珊瑚的生长形成了不利的影响。1000万年前，海平面下降，这加强了堆积作用。同时，进入海中的砂石虽会阻碍珊瑚生长，但另一方面，砂石所堆积的地方也成为珊瑚生长的基底。另外，40万年前，进入间冰期，此区的海水温度上升了4℃左右。
生态.大堡礁支持着多种多样的生物，其中包括有许多易危和濒危物种，还有一些是大堡礁的特有种。
环境威胁.气候变化、污染、棘冠海星和渔业是对大堡礁生态系统健康危害最大的因素。