原城池的南方重建，虽然在1272年伊儿汗国入侵时受到毁坏，但是到了14世纪又重新成为花剌子模地区的最大都市。但是随着阿姆河的河道迁移，乌尔根奇的繁华便日渐没落，16世纪以后，政治、商业的重心渐渐移向了北部的希瓦。到了18世纪时，旧乌尔根奇被彻底的放弃，希瓦汗国另外于希瓦南方的现址重建新乌尔根奇。新乌尔根奇的现址位于乌兹别克境内，而旧乌尔根奇的遗址则位于土库曼的境内。