vagans"（基本上就是对这具下颚的描述），被归类至「Macelognatha」目的「Macelognathidae」科。五年后英国古生物学家与地质学家理查德·莱德克的共同着作也承袭了马什的观点，但是巨颌鳄在这里被归类为 Athecata 亚目（今棱皮龟类的异名）。各界对巨颌鳄的分类一直很有争议。19世纪末期至20世纪上半叶间，视巨颌鳄为恐龙的观点盛行。这可以追溯至1890年，德国古生物学家在其着作中将巨颌鳄归类为 Predentata 目（今鸟臀目的异名）的恐龙，隔年他的学生则将巨颌鳄归类为蜥臀目