，阿勒泰一度成爲其政治中心。1204年，蒙古部首领铁木真率兵攻灭乃蛮部，占领阿尔泰山地区，将其分封给第三子窝阔台。明初，蒙古瓦剌部兴起，控制阿尔泰山东、西两麓广大区域，今阿勒泰地区成为其中心地区。此后准噶尔汗国在此基础上崛起。清代阿尔泰地区为蒙古阿尔泰乌梁海等部落游牧之地。干隆二十年（1755年），清朝平定准噶尔部后，先设乌里雅苏台将军，又设科布多参赞大臣，统辖蒙古草原西部杭爱山至额尔齐斯河一带的广大地区。今阿勒泰地区相继归其管理。同治七年（1868年）一度于布伦托海（今福海县一带）置布伦托海办事大臣，