上和喙头鳄科动物相同（如骨架的构造），因此将巨颌鳄归类为喙头鳄科。文中的另一个重点在于论及巨颌鳄与其近亲跳足鳄的关系，两者的结构非常相近，但跳足鳄的较窄，且股骨头内弯的程度亦不如巨颌鳄。尽管如此，格里等人仍然认为巨颌鳄和跳足鳄有很接近的关系。由于当初马什在发表时并未说明跳足鳄发现的地层（只有提及是在发现载域龙化石的地层附近）与地理起源，且目前已知的跳足鳄化石中，能和巨颌鳄进行更进一步比对的「重点化石部位」大多不是缺失，就是保存状况不甚良好（如胫骨两侧），很难断定究竟巨颌鳄是跳足鳄的近亲，或是它的次异名。