功能缺失型突变破坏了基因编码的蛋白的功能，也可能是因为染色体缺失等删除了肿瘤抑制基因，或是体细胞重组导致正常基因拷贝被突变基因替换等。
理论缺陷.二次打击的理论并不能完全解释癌症的发生。癌症的发生既取决于原癌基因突变，也取决于抑癌基因的失活。只有一个抑癌基因突变也可能引起癌症，而并非一定要两个均缺失。如对的研究中发现，少数情况下，丢失一个等位基因也会致癌。抑癌细胞的单倍体不足可能产生癌症；换言之，仍然有一个抑癌基因起作用的杂合子，但由于其产物剂量不足，也可能会产生癌症。组织中的