负责高等教育的政府部门是高等教育局。澳门现有12所高等教育机构：公立的澳门大学、澳门理工学院、旅游学院、澳门保安部队高等学校，和私立的澳门科技大学、澳门城市大学、圣若瑟大学、澳门镜湖护理学院、澳门管理学院、中西创新学院，以及澳门欧洲研究学会和联合国大学国际软件技术研究所。第一所现代高等院校「东亚大学」成立于1981年，所提供的课程当中，较具特色的有博彩管理、体育及运动、中医药以及翻译等。2013年7月20日起，澳门特别行政区政府正式接管位于横琴的澳门大学新校区，澳门的行政、立法、司法皆于该地生效。