同时又率领那些脱藩志士在禁门之变、下关战争与长州藩一起作战，并因此负伤。在看到长州藩获冤、各地雄藩有害无益的对立以及志士们纷纷受到压迫后，中冈把自己的活动方针从尊皇攘夷论发展成联合各地雄藩以武力来倒幕论。然后开始展开了要让长州藩的桂小五郎和萨摩藩的西乡吉之助会合以缔结萨长同盟的第一悲愿活动。中冈与三条实美一起一边和脱藩志士联络一边做他们的统一协调人并且在长州和萨摩的志士们之间来往，另外说服海援队的坂本龙马和三条的随臣土方楠左卫门他们加入这场活动，终于在庆应2年（1866年）1月21日，京都的二本松萨摩藩邸