明朝，普度寺的所在地曾为皇宫“东苑”（又称南内、南城、小南城）中的“重华殿”，其南界位于如今的缎库胡同，明朝土木堡之变后，明英宗返国后被软禁于此，明朝末年被毁。清朝顺治初年，此地改建为摄政王多尔衮的“睿亲王府”。顺治七年（1650年），多尔衮死在喀喇河屯行宫。二月之后，多尔衮被追夺王爵，王府上缴。康熙三十三年（1694年），缩小该府规模，将其南部改建成缎匹库，北部改建成玛哈噶喇庙，庙内供奉护法神大黑天。干隆四十一年（1776年），干隆帝赐名“普度寺”。普度寺正殿名为“慈济殿”，干隆帝御书“慈济殿”匾额，