胞弟，母亲是淑媛陈归女。初封琅邪王，后在桓玄篡位后长期侍奉晋安帝左右。晋安帝死后被刘裕以遗诏立为皇帝，但其时刘裕已经完全掌握东晋朝政，司马德文仅为傀儡而已。刘裕篡晋后为零陵王，次年遇害。
生平.
受封琅邪.太元十七年十一月庚寅日（392年12月27日）受封为琅邪王，后又拜中军将军、散骑常侍。隆安二年（398年）转衞将军、开府仪同三司。隆安三年（399年）迁侍中，领司徒、录尚书六条事。元兴元年（402年），桓玄击败司马道子父子，掌握朝政，改以司马德文为太宰。