向国防部部长负责，国防部本部并增设副部长（军政及军备各1名）以辅助部长。1999年1月1日，国防部成立「国军人才招募中心」。2006年2月，国防部将各军种总司令部改为「司令部」，总司令更名为「司令」。2008年11月1日，联合后勤司令与后备司令的军衔从二级上将降编为中将。2010年3月1日，成立「国防智库筹备处」，规划成立国防部专属智库。2013年元旦，国防部因应行政院组织改造实施组织调整，军法司与法制司合併为国防部本部一级单位「法律事务司」；参谋总长非战时降编为二级上将，战时仍维持一级上将；联合后