ection::::沼平线.目前每日正常发车行驶。
祝山线.目前每日正常发车行驶，为配合每日的日出时间，阿里山车站会于前一日公告发车时间并预售车票。
眠月线（原塔山线前段）.因九二一地震毁损停驶，又因八八水灾重创第一号明隧道，目前正在评估是否复驶。
神木线.嘉义线的一部分；十字路到神木段因莫拉克风灾毁损停驶。目前每日仍有班车来回于神木站与阿里山站之间，车程约7分钟。
水山线（原自忠线前段）.目前停驶，暂无复