基隆市议员唿吁汐止收费站与国道三号的七堵收费站停止收费以减轻基隆居民的负担，又于隔年1月前往交通部抗议，这两座收费站的存废也成为2012年基隆立委选举的议题之一。2000年10月象神台风造成汐止淹水，汐止收费站建筑内部也发生严重积水。2001年9月纳莉台风再次造成收费站淹水，于9月16日至9月19日暂停收费四天。2010年4月，国道三号山崩事件发生后隔日，汐止收费站于4月26日起暂停收费以纾解台北基隆间因国道三号封闭而增加的车潮，直到同年6月19日国道三号正常通车后恢复收费。2006年，汐止收费站开