时，海州地区饥民四起，裴其勋率部至海州“定法制、靖匪氛”，镇压江淮饥民暴动，剿抚兼施立下功勋，获授参将。光绪三十三年（1907年），裴其勋调往奉天，因为间岛界务交涉形势危急，清廷命吴禄贞持节操办，以裴其勋所部陆军赴延吉“从而佐之”。当时日军强行渡过图们江，企图占领间岛，裴其勋和吴禄贞据公法条约据理力争，日军被迫中止入侵行动。裴其勋到延吉、珲春地区后，先肃清了潜伏的日本、俄国入侵分子，随后在该地区行使中国的行政权。黑顶子一带，俄国入侵分子经常偷移中俄界碑，以侵占中国领土。裴其勋乃亲自实地考察疆界，整理绘图