帝颁布《定国是诏》。戊戌变法正式启动。变法开始后，上《密保人才折》，向光绪帝保荐康有为、谭嗣同、张元济、黄遵宪、梁启超等人。在变法中多次上书，主张废八股，开书局，裁冗官，上折保举袁世凯等。变法失败后，在上斜街寓所被捕。徐家认为他必死无疑，备好棺材。后经李鸿章（与徐父为同年故交）疏通，荣禄力保，被判绞监候（死缓）。庚子事变，慈禧太后西逃。八国联军入京，刑部大牢无人职守，请徐致靖回家。慈禧回京后，下诏赦免。后归隐杭州姚园寺巷直至病逝。他被称为“六君子”之外的七君子，参与变法最早最深，逃生后曾劝康有爲不要参加复辟