尔衮和谭泰等人依然非常记恨索尼。顺治五年（1648年），正值清明时节，睿亲王多尔衮遣索尼去盛京拜祭昭陵，将要出发之时，贝子屯齐诬告索尼与图赖等人改立肃亲王豪格，论罪当处死，朝廷予以从轻处理，索尼被夺官抄家，安置到了昭陵。顺治八年（1651年），顺治帝亲政之后特召索尼回来，恢复之前的世职，并累进世袭一等伯爵，提拔为内大臣兼议政大臣、总管内务府，成为顺治帝的首席满洲大臣。索尼在任其间，严明法度，力求赏罚分明。他提出一个重要的建议，除了开国元勋的官职可享受世袭，今后如果没有特殊的战功，不要再轻赐世袭的待遇