还修建了天马寺等寺庙。明永乐11年（1413），思南土司、思州土司为争夺朱砂发生战争，明政府改土归流，在梵净山环山地区设立思南、铜仁、松桃、石阡四府。同年，贵州行省正式成立。到两百年后的明万历年间，梵净山因“有古佛道场”而被称为“古迹名山”。贵州巡抚郭子章（今江西省人）撰《黔记》（1608）载梵净山云：“贵州山以梵净山为第一，可比天台。”明末浙江诗人谢国梗抗清失败后，隐居梵净山，便自号“天台逸人”。
第一次重建.明隆庆年间至明万历中叶（1567--1588），明政府镇压梵净山以东