1936年10月，为堵截中国工农红军西路军西进，马步芳任命马元海为指挥。同年11月，兵力经过重新配备，马元海升为步骑总指挥，在甘肃河西堵截西路军，取得胜利。1939年7月（民国廿八年农历六月），马步芳电请马元海以国民政府中央派护送专使名义，护送达赖转世灵童拉木登珠自西宁进入西藏，十月完成该事宜。1945年10月（民国卅四年农历九月），马元海朝觐阿拉伯圣地。同年12月10日，在青海省参议会第一届代表大会第一次会议上，马元海当选为青海省参议会议长。马步芳以其为议长，既是为笼络马元海，又是因为马元海不识字