院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔1999〕30号）、2003年3月31日《国务院办公厅关于调整国家防汛抗旱总指挥部成员的通知》（国办发〔2003〕17号）均规定“国家防汛抗旱总指挥部在水利部单设办事机构”。根据2008年国务院办公厅关于《水利部主要职责内设机构和人员编制规定》，设置国家防汛抗旱总指挥部办公室，主要职责是：国家防汛抗旱总指挥部办公室的内设处室是：2010年，中央机构编制委员会办公室同意国家防汛抗旱总指挥部办公室设立国家防汛抗旱督察专员，随后部分省（市、自治