998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其并入泽泻目，并合并一些原来分类属于其他科的属，如茨藻属。在台湾，瘤果篑藻、有尾篑藻、日本篑藻、水蕴草、水王孙、水车前、大苦草、苦草均属于水鳖目水鳖科，而除了东部地区，全岛均有分布。不过这些野生科种，因福寿螺等公害而有大量减少趋势。2003年的APG II植物分类系统就取消了水鳖目这个目，而将水鳖目的种类改分类至泽泻目下。有几种水鳖科的植物被作为观赏植物或水族箱中装饰的植物而引进。