而神道再度得势，两种宗教逐渐互相混合（即神佛习合）。至明治时期，百姓等信仰两宗教。于是佛教寺院和神道的神社，两者浑然。例外的是伊势神宫，供奉天皇的祖先，属于古神社。14世纪北畠亲房着《神皇正统记》，上起于神代，终兴国初。《神皇正统记》中的天皇世系经德川光圀《大日本史》采纳成为官方史家定说。德川家康的儒臣林罗山提出神道即尧舜之道，皇祖皇宗的正道与儒教的精神同一。德川义直继承了林罗山的神道观，着有《神祇宝典》，排斥佛菩萨本地垂迹说；主张神道即王道，即尧舜之道，即儒道、圣贤之道，即“《易》云：圣人神道