抗清多次要求隆武朝廷援救，但隆武朝廷要求鲁王朱以海承认其正统帝位，否则不予出兵支援。隆武二年二月（1646年），清军开始征福建与浙江。六月，鲁王朱以海兵败，漂泊海上。八月，隆武帝于汀州逃往江西时被俘后绝食而死，十一月，郑芝龙降清，隆武朝廷亡。郑芝龙儿子郑成功起兵反清后，郑芝龙被清廷囚禁。永历十五年（1661年），郑芝龙及其子孙家眷11人被清廷斩杀于北京菜市口。
绍武政权.朱聿键死后，其弟南明绍武帝，名朱聿在广州受大学士苏观生及广东布政使顾元镜拥立登基称帝。被后世史学家称之为绍武帝，