审局（十三局）改为监所管理局（十三局）后，秦城监狱属监所管理局（十三局）管辖。现设监狱长和政治委员，皆为厅局级副职。
规划设计.1955年，由于功德林监狱老旧，犯人众多，不敷使用，公安部决定新建一所公安部的直属监狱。公安部部长罗瑞卿指示，建造新监狱的原则是，监狱不要建在北京城内，离北京要远些，可以建在北京郊区或更远些的地方，甚至可以靠近山区、大同或蒙古等边远地带。这主要是考虑到当时国内外的复杂形势。1955年秋季，公安部政治保卫局直属一处处长姚伦（主管预审和监狱工作），公安部办公厅