香港市民一样对六四事件感到不开心。此外，吴克俭出席一个电台节目时表示他一生人哭过4次，见证六四事件是其中一次。他见到六四事件中有伤亡人士，加上读到更多资料及事实，觉得不开心，希望历史作出交代。他强调，六四事件不需特别回避，应该公开讨论。吴克俭在接受《明报》专题访问时指出，近年不少大型企业均愿意额外付钱重点培训员工对中国国情的了解，认为香港学生必需要认识中国大陆，认为香港政府推行德育及国民教育科必有其价值。对于德育及国民教育科可否教授六四事件等政治敏感议题，他以「不敢在专家前卖弄」为理由无正面回应，仅表示