制订汉语拼音方案，任中国文字改革委员会和国家语言文字工作委员会研究员、第一研究室主任，兼任中国社会科学院研究生院教授，放弃了在上海的经济学教学工作。这一变动无意中帮助周有光躲过了1957年开始的，在上海以经济学界为重点的“反右运动”。1958年开始，在北京大学和中国人民大学讲授汉字改革课程，讲义《汉字改革概论》于1961年出版。1966年，文化大革命开始后，被打成“反动学术权威”，房子亦被造反派占去。1969年，被下放到宁夏平罗“五七干校”劳动，劳动之余，凭借带去的各种语言版的《毛主席语录》开始比较文字研究