破之后，他转而投靠江东琅邪王司马睿。东晋时期被授予太常一职，随后又改任廷尉职务。太宁初年，华恒升为骠骑将军，并加授散骑常侍，统领石头城的各部水军和陆军。咸和初年，华恒因讨伐王敦有功，所以被封为苑陵（今安徽宣城）的县侯。次年爆发苏峻之乱，华恒在石头城侍奉晋成帝，尽职尽责。叛乱平息之后，皇帝希望把他升为左光禄大夫，但被他推辞。华恒在六十九岁时因病去世。华恒平时勤俭节约，生活朴素，在去世的时候家中除了几百卷书之外没有多余的财产。