年（313年），司马邺即位为晋愍帝，以索綝为侍中、太仆，并以迎帝到长安，奉玺登位之功封弋居伯。不久，迁任前将军、尚书右仆射、领吏部、京兆尹。后加平东将军，又再进号征东将军，不久再授予索綝衞将军、领太尉，位特进，将军国之事都交给索綝处理。但在当年，汉国将领刘曜就率乔智明和赵染等进攻长安，受诏抵御的麴允屡战皆败，逼近长安，索綝于是获授征东大将军，持节领兵助麴允抵抗。在战事中，索綝打败汉将唿延莫，麴允最终亦击败刘曜，解除危机。索綝因功封上洛郡公，食邑达万户。建兴二年（314年），刘曜再与赵染等来攻，索綝领兵抵