阵列与传统微阵列之间的不同之处在于探针的性质：瓦片阵列的探针并不是对散列在整个基因组中的已知或预测基因的序列进行探测，而是对连续区域内存在的已知序列进行密集地探测。这有助于表征已测序但功能却知之甚少的区域。瓦片阵列可用于：辅助转录物组作图、发现DNA/蛋白质相互作用（ChIP-chip和DamID）位点、DNA甲基化（MeDIP-chip）位点、DNA酶敏感（DNase Chip）位点及阵列比较基因组杂交。瓦片阵列除了可以检测之前未鉴定的基因及调控序列，还可能对转录产物进行深度定量。被称为“特征”的瓦片阵列