3次全体大会上，一些政党干部，包括巴巴卡尔·尼昂、蒂蒂安内·巴伊迪·利被以“反党宗派活动和右倾机会主义倾向”的罪名而开除出党。在1963年12月1日的选举中，非洲独立党加入了塞内加尔民主和团结集团。非洲独立党的很多年轻干部去了莫斯科的帕特里斯·卢蒙巴人民友谊大学学习，一些人被送到古巴接受游击战训练。1965年，25名非洲独立党游击队员潜回塞内加尔东部，试图发动武装斗争推翻政府，但是很快失败被捕。1965年，由于中苏论战，非洲独立党分裂。亲华的党员们在兰丁·萨瓦内的领导下，另组塞内加尔共产党，这次