地安门内太平街的民房（1904年改名为医学馆，迁入和平门外兴胜寺，1907年停办），进士馆设西城李阁老胡同。1905年，内务府拨德胜门外旧操场共1,600亩左右的土地（今北京安德里北街21号）供大学堂建设分科大学。1909年，分科大学建设开工，但不久因辛亥革命停工，大学堂分科大学一直没能使用这处校舍。1904年，大学堂在马神庙校区西侧修平房十四排，作为学生宿舍，即“西斋”；1905年，将汉花园的空地建为运动场；1909年，在运动场西南角新建一处学生宿舍，即“东斋”。
国立北京大学时代