琉球国都城首里地区也位于高约100米的高台上，部分地区可一览那霸市全景。那霸市内有数个断层，旧市区及自首里至天久、安谢一帯和识名一带有琉球石灰岩露出。那霸沿海的河口地区水深较浅，容易进行填海。那霸机场和那霸新港地区的土地都是通过填海获得。沿海地区有众多珊瑚礁。那霸市内主要的河川有国场川和安里川。那霸市和丰见城市交界处的被列入湿地公约加以保护。
气候.那霸市年平均气温大约摄氏23度，年降雨量在2000毫米以上，最低气温在冬季也很少在摄氏10度以下，属于高温多雨的副热带型气候（在柯本气