称为吻突的软骨以及包围嗅觉器官的腔室。在这之后是眼眶和包围内耳的腔室。再向后，颅骨收窄至枕骨大孔，下方的髁状突连接至第一结嵴椎。颅骨上另外有许多让脑神经通过的小孔。软骨鱼的颅骨较单纯，由软骨构成，称为内颅，只包围脑部的下侧和四周，但顶部总是没有完全封闭。盲鳗等无颌鱼没有颚，只有圆盘状的口部。鲨鱼则有上下颚，但都是由许多分开的骨头组成。硬骨鱼有皮骨（dermal bone）构成头骨顶（skull roof）。在肺鱼中，头骨顶仍然未完全封闭，但在肉鳍鱼的化石以及辐鳍鱼中，头骨顶完全封闭。然而，相较于其他嵴椎动物