司迁至福州府整合管辖。嘉靖二年（1523年），严申海禁，罢浙、闽二市舶司，只留广州市舶司，不久也废除。直到嘉靖三十九年（1560年），经淮扬巡抚唐顺之的请求，三司才得到恢复。嘉靖四十四年（1565年），浙江一司以巡抚刘畿的请求，又罢。福建一司开而复废，至万历中始恢复。自此以后，终明之世，市舶司无大变动。