王朝局势动荡，危在旦夕，东北女真勃兴，迅占辽地，国内起义不断。女真阿骨打起兵反辽，天庆四年（1114年）十一月，萧乙薛为行军副都统，与女真军战于宾州（今吉林农安东北红石垒），兵败，免职。天庆六年（1116年）复任武定军节度使，迁西京留守。奉命招谕大渤海高永昌。天庆七年（1117年），涞水县董庞儿反辽。萧乙薛领兵镇压，战于易水之西，又战于奉圣州，获胜。以功拜北府宰相，加左仆射，兼任东北路都统。天庆十年（1120年）金兵攻陷上京，奉诏为上京留守、知盐铁内省两司、东北统军司事。在任宽勐得宜，振济贫困，百姓敬爱。