被义昭允许复任官职。当时足利义昭暂时以山城国本圀寺（位于今京都府京都市山科区）为居住地。永禄12年（1569年）正月，当信长率军返回美浓、尾张时，三好三人众趁机反扑，突袭本圀寺（本圀寺之变）。奉公众和明智光秀所率的织田军奋勇抵抗，北近江的浅井长政以及摄津的池田胜正、和田惟政等也奋战，击退了三好三人众的进攻。这次事件暴露了本圀寺守备不足的现状，因此足利义昭向信长请求重建了足利义辉建造的乌丸中御门第（旧二条城），以之为将军邸。重修的乌丸中御门第新挖了两道护城河，并翻修加高了石垣，增强了防御机能。只有世代