1814年任拉普拉塔联邦爱国军队北路军总司令，击退了殖民军的反扑，保卫了独立成果。组织了拉丁美洲第一支舰队。
库约省长与安第斯军.为了消灭秘鲁总督区的殖民军主力，保证拉普拉塔乃至南美洲整个地区的独立运动取得胜利，圣马丁主张穿越安第斯山，首先解放智利，然后联合智利爱国军从海路去解放秘鲁。为此，他辞去北方军司令职务，于1814年任库约省省长，以门多萨城为练兵基地，两年多的时间，精心训练一支主要由黑人和混血种人组成，约有5000人的“安第斯军”。
翻越安第斯山.