然基金会（WWF）和美国自然保育协会（The Nature Conservancy）把印度洋-太平洋海域分为三个海区，并把每个海区又分为一些小海区。
印度太平洋西海区.印度太平洋西海区包含印度洋西部和中部，包括非洲东海岸、红海、亚丁湾、波斯湾、阿拉伯海、孟加拉湾和安达曼海。
印度太平洋中海区.印度太平洋中海区包括很多连接印度洋与太平洋的海和海峡，有印尼群岛附近的一些海（除了属于印度太平洋西海区的苏门答腊岛西北海岸）、南海、菲律宾海、澳大利亚北海岸与新几内亚、密