连络台南市北门区市区及东侧南9线间的区内短程区道，仅连接北门区主市区及玉港里灰磘港两个聚落，在聚落以外的道路两边沿线，则为交错的农地、渔塭及水塘组成的景观。南12线起点位于北门区市区里南15线永隆桥以南的一处叉路，从此起点以曲折的市区道路往东南穿越北门区市区，会由北门区区公所北侧经过，在道路对面的东北侧是一片大水塘，为之前北门盐场废晒后留下的旧盐田。本线穿出市区后，先与台17线外环道新线交会于十字路口，并继续往东南侧穿过旧盐田、渔塭形成的大片水塘中间，当开始出现农地分佈时，也进入了东侧玉港里境内。南12