也参加了家康被天皇任命为征夷大将军的仪式。庆长10年（1605年）1月、受封武藏国2300石的领地，并和本多正纯、成濑正成等家康亲信共同执掌幕府初期的政务。庆长15年（1610年）、家康任命直次为德川赖宣的家老（御附家老）；之后直次还是参与幕政，并担任远江国横须贺藩主‧大须贺忠次的监护人。从庆长19年（1614年）开始的大坂之战，直次代替年幼的赖宣率军参战；但长男‧安藤重能不幸在大坂夏之阵中战死。元和3年（1617年）、担任远江国挂川城主。元和5年（1619年）7月19日、赖宣转封到纪伊国和歌山城，直次