向世界一流大学，清华进行部分院系调整。1993年12月恢复人文社会科学学院建制；1994年整合建立信息学院；1996年整合建立机械工程学院；1999年恢复法学院；1999年并入原中央工艺美术学院为美术学院；2000年整合建立土木水利学院建制，同年建立公共管理学院；2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立，成为清华第一个异地办学实体；2001年建立医学院，同年工业工程专业从精密仪器系分离出来建立工业工程系；2002年建立新闻与传播学院；2004年在工程力学系、宇航技术研究中心等基础上建立航天航空学院；