由于万寿阁位于明代北极真武庙后上方，因此又称北极阁。此后鸡笼山上又新添望湖、涵虚、阆风、齐云四楼，干隆年间以“鸡笼云树”列入金陵四十八景。咸丰三年（1853年），北极阁等建筑毁于太平天国战争，同治十年（1871年）重建。1911年辛亥革命时，北极阁是清江南提督张勋的指挥部，被江浙联军炮轰严重受损。1927年，竺可桢筹建中央研究院气象研究所，1930年经蔡元培、竺可桢建议，将北极阁拆除改建为气象台，主要建筑包括一座由杨廷宝设计的两层砖木结构的仿古建筑，以及一座三层、六角形、高14米的钢筋水泥结构的气象观测