98年8月回到总行，出任研究局局长、兼中国人民银行金融研究所所长。2003年10月起，担任中国人民银行金融稳定局局长。
执掌汇金.2004年9月，谢平出任中央汇金投资有限责任公司总经理。在任内，他积极推动问题金融机构的重组，使得汇金在施行国有股东出资人的取利和义务方面，表现突出。在银河控股、光大集团、国泰君安、申银万国等一系列金融机构的重组中，谢平领导下的汇金表现强硬，使得他个人，在业界也有“好斗”的名声。谢平认为，“汇金没有行政级别，应以公司和市场的形式行使股东职责”。201