平均流量为每秒720立方米，其最大支流是钖河。湄公河另一条较大支流是洞里萨河（Tonle Sap），该河发源于柬泰边境，河流向东南流，最后在金边注入湄公河。该河全长400km，流域面积8.4万平方公里，年平均流量每秒960立方米，其上游有洞里萨湖，在金边附近分成前江与后江，目前洞里萨湖和洞里萨河可以通航。洞里萨河的流向因季节而异。在汛期高峰，当湄公河水位高时，水经洞里萨河流入湖中，湖面在此时从2,590平方公里（1,000平方哩）余增加到约10,360平