双方签订，南苏丹自治区（Southern Sudan Autonomous Region）因而得以再次成立，并将于6年后举行公民投票决定该地区是否予以独立。詹姆斯·瓦尼·伊加在此过渡期内负责把苏丹人民解放运动从一个武装叛乱组织转变为一个政党，并同时出任上尼罗州代州长。2011年1月，南苏丹独立公投结果显示绝大多数投票民众支持当地独立，该地区随后决定将于同年7月正式宣佈独立。2011年7月9日，南苏丹共和国宣告成立，伊加在其成立仪式上朗读独立宣言，后来更担任该国国民立法议会发言人一职。2013年8月23日