不足众议院多数而下台，自民党则拉拢社会党及先驱新党重新执政，公明党再度成为在野党。1994年自民党重新上台后，在野党重新整合，公明党短暂分党，主体并入新进党，形成两大政党之势抗衡自民党。1997年率先脱离新进党，公明党重新复党，1999年在时任首相小渊惠三的邀请下，公明党与自民党结盟，并直到2009年长达10年之久，自此在每一届内阁中，公明党都获得一个大臣的席位。自民党通过于公明党合作维持在参议院的多数直至2007年参议院选举落败为止。2009年众议院选举，公明党与盟友自民党都遭遇惨败，连时任党首太田昭