恩大师所开创，一开始称为日待山日轮寺，后成为报恩大师开创的备前48寺之1而香火鼎盛。报恩大师（?-795年）是备前国津富郡波河（现冈山市芳贺）出身、带有传说色彩的僧人，据说冈山县境内有许多古寺都是由他开基而传承下来。此寺曾有一段时间香火不旺，是到了平安时代时，由圆仁（慈覚大师）将之再兴，并改名为本觉寺，之后成为近卫天皇的祈愿地，且再改名为现今的名称即上寺山余庆寺。室町时代武将浦上则宗曾是此寺的虔诚信徒，至战国时代该寺则受到宇喜多氏的保护，并在江戸时代由冈山藩主池田氏庇护而得以繁盛。该寺原有7院1