与包围荷军七个月，在协议后荷兰方撤出红毛城，指引其转往中国版图之外的大员（今台湾南部），并且允诺派中国商船前往贸易，终于收回澎湖。此一战役，明军共动用兵船二百只，兵力一万人，交战七月，耗军费达十七万七千余两。荷兰建立热兰遮城，开启了台湾史上近四十年的荷兰统治时期。荷兰司令官高文律与参与谈判的高级商务员等人在厦门谈判事件中遇袭被捕后，即被被解送北京，明熹宗并『祭告郊庙，御门受俘，刑高文律等于西市，传首各边，以昭示天下』。明朝虽经由此战占领了澎湖，然而战争过后，明朝政府并没有重新设置澎湖寨巡检司的官署。