前就有原始氏族村落。六合古称棠邑。秦始皇二十一年（前221年），始置棠邑县。隋朝开皇四年（584年），废尉氏县、堂邑县、方山县，合为六合县。六合隋朝时属于滁州（州治新昌县，辖今安徽省滁州市境（除天长市、定远县、凤阳县和明光市部分区域）及及江苏省南京市浦口区、六合区）。明代之前多属扬州，明洪武二十三年（1389年）始属应天府（今南京）。1966年3月15日，六合县、江浦县、仪征县、金湖县、盱眙县五县成立六合专区，专区所在地六合县六城镇。1975年11月，六合属南京市管辖。1973年9月，原六合县卸甲甸等