期间，由于有不少红色高棉关键人物向柬王室政府投诚，塔莫克被迫逃往安隆汶。在红色高棉高层陆续死去及包括农谢、乔森潘和英沙里等人向洪森政府投诚的情况下，塔莫克成为红色高棉的最后领导人。至1999年3月6日，塔莫克于泰柬边境附近被军方擒获，随后被送往金边，与康克由一同被扣留。在塔莫克被拘留期间，未被送往法庭受审，而刑期也多次延长。根据柬埔寨的法律，他应于被捕后半年内受审。最初塔莫克被指控涉嫌加入非法组织及逃税，至2002年2月被控反人类罪。他在狱中被单独囚禁，只有在被送往医院时方能离开监狱。2006年7月21