中局代表，被派往新四军第五师活动的豫鄂边根据地。曾任第五师政治委员、边区临时参议会议长。与李先念、任质斌等领导整风运动，抵制了康生的影响。1945年当选中共第七届中央委员。
第二次国共内战时期.1945年10月，郑位三出任中共中央中原局代理书记，中原军区政治委员。由于国军压迫，中原军区部队于1946年6月26日发起中原突围。郑位三在到达鄂豫陕边后，经安排返回延安。常年的革命活动，使郑位三患上了胃溃疡、十二指肠溃疡、胆结石和胆囊炎。1948年秋，郑位三到山东临朐倪家庄华东军区高干休养