鼓励反对者持续批评她的继子。埃丽莎贝塔于1759年在她的继子死后重返宫廷，并于1759年－1760年作为暂时摄政太后，直到她的长子卡洛斯三世解决那不勒斯王位问题并回到西班牙继位为止。在她儿子继位后的晚年，埃丽莎贝塔大部分时间待在阿兰胡埃斯王宫和圣伊尔德丰索宫，并于1766年在阿兰胡埃斯宫殿去世，享年73岁，死后葬在圣伊尔德丰索宫圣堂，她的丈夫旁边。