在珍珠港事件60周年纪念日，到企业号发表演说，并展望美国发动的反恐战争前景。2003年5月6日，企业号换驻第1航空团，开始在近海试航训练。8月28日企业号再次前往阿拉伯海，在10月13日横越苏伊士运河，再在22日进入霍尔木兹海崃，开始参与阿富汗及伊拉克战争。此程也是F-14战斗机最后一次在舰上执勤。11月5日至15日，企业号参与了分解山脉行动（Operation Mountain Resolve），派飞机支援联军空降兴都库什山脉，并击毙阿富汗伊斯兰协会（Hezbi Islami）的武装人员。16日至18