人民政府代市长、党组书记。2002年4月，任中共西安市委副书记，西安市人民政府市长、党组书记。2006年7月，任中共陕西省委常委、中共西安市委书记。2007年2月，任中共陕西省委常委、中共西安市委书记、西安市人大常委会主任。尽管孙清云的仕途顺畅，但在中共十七大上，他并没有像前任西安市委书记那样进入中央候补委员的行列。2012年5月，在中共陕西省委十二届一次会议上，孙清云升任中共陕西省委副书记；在当年11月召开的中共十八大上，孙清云依然没能当选中央候补委员。随后，他更被常务副省长娄勤俭跳过，而没能接任省长