出草不断，清廷决意兴兵镇压，年中开始征召军队及壮丁，并结合平埔族人组成数千人的讨伐军队，採南北夹击为讨伐策略，史称「水沙连之役」。12月3日两路军同时出发。巡台御史索琳、台厦道吴昌祚率领由南港竹脚寮（今社寮）进攻水社，北港由淡水同知王汧、参将何勉从南投社出发进攻哈里难社。12月11日，南路军守备钟日昇、千总蔡彬在骨宗一社内（即水社）找到首级八十五颗。12月13日，以何勉为首的北路军顺利擒获水社首领骨宗、麻思弄。嗣后，清军持续对出草涉事者展开清查逮捕，包括骨宗父子在内，猫里眉社（泰雅族）亦有人犯参与其中。