球国编为令制国，次年改设琉球藩，正式纳入日本版图。1879年，日本废除琉球藩，在奄美群岛除外的琉球群岛岛群设置沖绳县管辖，奄美群岛则另划归鹿儿岛县。太平洋战争期间，琉球群岛成为唯一被盟军攻佔的日本领土，战后被美国接管，后来在1953年与1972年分阶段交还日本。
名称.由于位于日本本土的西南方，日本将琉球群岛称为「南西诸岛」，这与中文环境及国际称唿的习惯不同。南西诸岛一名是由旧日本海军的在1887年命名的，并于隔年发行的海图《石垣泊地 日本・南西诸岛・石垣岛》首次记载于文字纪录上<