。或为有机质，或由有机物或钙质成分粘接细小的沉积物形成，硅质外壳极为罕见。
组成沉积物.有孔虫门生物壳体的化石记录可以追溯至寒武纪时期，现在的很多海洋沉积物也由它们组成。例如建造金字塔的石灰岩便大部分由栖息于海底的有孔虫门生物货币虫组成。有估计指出生活于生物礁环境的有孔虫门生物每年制造大约四千三百万吨碳酸钙，所以有孔虫门生物为制造礁中的碳酸钙的一个重要角色。
特别的有孔虫门生物.遗传学研究证实裸变形虫Reticulomyxa及罕见的xenophyophor