三行文化、台北盆地的圆山文化及植物园文化、台东县的卑南文化等遗址。其中部分遗址中曾出土来自中国的钱币等物品，说明部分文化可能与台湾以外地区有所接触。目前已能确定新石器时代（始于纪元前5,000年）以来的史前文化，是台湾南岛语系民族所遗留。日本学者移川子之藏曾表示：「今日在台湾被视为原住民的诸民族之间，不乏证明存在更早期先住民族的口头传承。自史前时代起，在本岛即有近20种的先住民族。」此外，也有部分文化可能是今日原住民的祖先，例如十三行文化人可能是凯达格兰族的祖先，不过目前的考古证据还不能完全确定台湾原住