今属河南省府里市）人，祖父是副榜裴文桂，父亲是三甲裴栻，辅政大臣裴殷年是他的伯祖父。兄弟裴桤、裴樑也都考中了举人，一个妹妹嫁给了历史学家陈仲金为妻。
生平.裴杞出生于同庆三年（1888年），从小接受汉文、儒学、法文和国语字教育。维新三年（1909年），他参加河南场乡试，考中举人。次年（1910年），会试中格，庭试考中副榜。科举结束后，他没有出仕做官，而是以奉养祖父和父亲为由，回到北圻家中。维新六年（1912年），裴杞被殖民政府选中，送到法国巴黎的殖民地学校（属地场）留学。在留学