中双核亚界包含子囊菌门（Ascomycota）以及担子菌门（Basidiomycota）研究目前将毛霉菌底下分为3个目：内囊霉目（Endognales）、 毛霉目 （Mucorales）和被孢霉目（Mortierellales）。这3个目底下的物种都是腐生营养，也和其他物种形成交互关系。因为有限的样本数，毛霉菌依然有相当多的问题待解决和研究。
内囊霉目（Endogonales）.内囊霉目属分类目前包含1科，4属27种。比起其他已经清楚辨别的特征，我们对这个目了解并不多。内霉菌目会产