爱沙尼亚的穆斯林在2000年的人口普查是1387。但非官方数字认为是10000甚至是20000人。
历史.爱沙尼亚穆斯林主要是逊尼派伏尔加鞑靼人与什叶派阿塞拜疆人在1721时来到爱沙尼亚。绝大多数在苏联40年代时来到，自1860年以来，鞑靼社区开始活动，中心城市在纳尔瓦。第一个穆斯林组织註册成立在1928年，第二个在在1939年。接受捐赠资金的资金在纳尔瓦建造一所房子转换成一个清真寺。在1940年，苏联当局禁止这两种教会，在第二次世界大战清真寺被摧毁（1944年）。现在爱沙尼亚