胜利后，中央研究院化学研究所等各所搬回上海，接收日本人留下的上海自然科学研究所重建。1948年4月1日就任评议会第2届评议员选出的第1届数理组院士（化学专业另3院士是吴宪、吴学周、曾昭抡）。 1948年4月15日，国民政府行政院51次院会决议国立台湾大学陆志鸿校长去职，派庄接任。罗宗洛《罗宗洛回忆录》说这是中央研究院代理院长兼教育部部长朱家骅的意思。
过台湾.1948年6月1日，庄着新任教务长丁燮林（前北京大学预科主任、中央研究院物理学研究所所长和总干事）和主任秘书程瀛