战地政务时期，一切以战备及安全为先，实不利于渔业之发展。战地政务解除后，又面临大陆渔船越界滥捕及炸鱼，沿岸渔业资源遭受严重破坏。近年来全力发展观光休闲渔业，包括海钓、牵罟、沙滩车及水上摩托车等，并推动花蛤季及海洋生态之旅等活动。金门畜牧业发展甚早，唐德宗即以陈渊为牧马监前来发展牧马。其后岛民大量开垦农地，畜牧降为农民之副业。1950年代以后，政府为奖励生产，先后成立畜产试验所、牧马场，带动农村经济发展。2002年加入WTO后，金门畜牧产品销台大受影响。近年来畜产试验所与金酒公司合作，利用高粱酒糟发展养牛