行绝育，通常需要专职的数狗人员以及捕犬/捕猫人员。此方法势必会增加相关团体执行之成本，因此目前台湾的TNR协会和政府计画，除社团法人台湾怀生相信动物协会以外，都未正式引入此方法，导致成效堪虑。
人道主义.生命的基本行为是物质能量代谢（进食）与自我复制（繁殖），故「绝育有违生命的基本意义，且无助流浪动物觅食生存」。
教育宣导.TNR目前尚无法被所有社会大众全盘接受。民众尚未拥有正确动物饲养观念，易弃养于TNR区域。TNR仍然存在一些非传统方法使TNR无法被普