近代的历史变迁中，南京大学和多所院校成为了同源大学，具有亲缘关系。国立中央大学、东南大学、河海大学、南京师范大学、南京农业大学、南京林业大学、第四军医大学、西北工业大学、上海体育学院、上海财经大学、原上海医科大学（现併入复旦大学）、重庆医科大学、南京信息工程大学、南京工业大学、江苏大学、江南大学、电子科技大学、上海海洋大学、集美大学、南京航空航天大学、南京体育学院、南京艺术学院、中央美术学院、中国传媒大学等校和南京大学也有不同程度的密切渊源关系。国立政治大学、香港中文大学（新亚书院）、中国文化大学、国