MyISAM是MySQL的预设资料库引擎（5.5版之前），由早期的ISAM所改良。虽然效能极佳，但却有一个缺点：不支援事务处理（transaction）。不过，在这几年的发展下，MySQL也导入了InnoDB（另一种资料库引擎），以强化参考完整性与并行违规处理机制，后来就逐渐取代MyISAM。每个MyISAM资料表，皆由储存在硬碟上的3个档案所组成，每个档案都以资料表名称为主档名，并搭配不同副档名区分档案类型：