海军奉行（日语：かいぐんぶぎょう）为幕末江戸幕府所设置之公职。薪俸5000石。1865年（庆应元年）所设置之官职。初代为下野黒羽藩大关增裕。翌年为辅佐海军奉行、设立「海军奉行并」一职。海军奉行为军舰奉行之上级、可以领导幕府海军。1866年（庆应2年）常设海军总裁一职、海军奉行为其下级。