推选为主席团成员，后当选为囊谦县各族各界代表常务委员会常委。自此，扎西才旺多杰开始在新政权中担任许多领导职务。1951年12月，他当选为玉树藏族自治区人民政府主席。1953年12月，当选为第一届玉树藏族自治区主席。1955年6月，玉树藏族自治区改为玉树藏族自治州，他改称玉树藏族自治州州长。1953年至1966年10月，他5次连任州长。在这13年里，扎西才旺多杰从囊谦王变成了人民公仆，失去了封建特权。1958年初发生的所谓“反革命叛乱”中，扎西才旺多杰说服群众不要叛逃，要相信中国共产党，以稳定当地局势。但