多是可诱导的，即需要特定的诱导信号（例如IPTG）存在才会起始基因表达。也有组成型的启动子，可以持续稳定地表达基因。不过，即使是较严紧的可诱导启动子，在没有诱导信号的情况下也会有低水平的背景表达。
蛋白质标签.在细胞内合成目标蛋白质之后，往往需要将其纯化出来，然而，要把目标蛋白和细胞中大量其他的蛋白质分离并不容易。所以插入基因的阅读框内一般会包含一个蛋白质标签以便于后续纯化。常用的标签包括组氨酸标签、谷胱甘肽硫转移酶等。有的蛋白质标签还具有增加融合蛋白水溶性的作用。其他常用的融合蛋