1686年），寺庙初次重建落成，由坐南朝北改为坐北朝南。为台南府城最早的王爷庙。康熙末年陈文达《台湾县志》载：「竹林寺，堂祀观音。周围环以竹，遍植花果；寺虽窄狭，别具幽雅之致。」，并记寺庙在镇北坊，石万寿研究此「竹林寺」当即普济殿原名，或其别称。干隆十一年（1746年），石文耀等人发起重修。嘉庆二十二年（1817年），石克缵等人再度发起重修。单龙盘柱为嘉庆戊寅年所落款。当时北港朝天宫开山住持-树壁禅师 ( 临济正宗第34代) 的再传弟子 迩莲禅师(临济正宗第41代) 任普济殿主持，出资取得寺庙右侧土