别所重宗（1529年－1591年7月26日）是日本战国时代至安土桃山时代的武将和大名。父亲是别所就治。别名重栋。
生平.在享禄2年（1529年）出生，家中三男。元龟元年（1570年），在姪子长治（长兄安治的儿子）继任家督后，与次兄吉亲一同辅助长治。永禄11年（1568年），率领别所一门加入被织田信长拥立而上洛的足利义昭之下等，在与信长採取协调路线的别所氏中担当外交事务。但是此时与对信长和羽柴秀吉不满的次兄吉亲交恶，于是在家督长治反抗信长（三木合战）时，持反对态度并成为浪人。