后，在厦门驻防的其子郑经发生婚外情，遭致郑成功的不满，于是郑成功死后，郑成功之弟郑袭在台自立，郑经不干示弱，接受众臣拥立为「世藩」，出兵击败郑袭，入主台湾，史称「郑经克台」。郑经认为永历帝已被吴三桂杀死，台湾日后已无称行都的必要，故改「东都明京」为「东宁」，建都安平镇于热兰遮城，经过加以翻修称之后称为「王城」。对内奉南明永历帝正朔，对外与占据大陆的清朝互不统属，所谓“东宁建国，别立干坤”，始有开国长治之想，经营成效斐然。明郑政权的有效统治地区仅限于台湾西南部地区，其他地方则有大肚王国、大龟文王国、玛家王