FS包含若干用于定义和组织文件系统的文件。总体来说，这些文件中的绝大多数结构和其它用户文件类似（只有“$Volume”比较特殊），但不能被文件系统客户端直接访问。这些元文件为定义文件、备份文件系统的关键数据、缓存文件系统的更改、管理空闲空间的分配、满足BIOS的要求、跟踪坏扇区单元，以及储存安全信息和磁盘空间使用情况等等多种不同需求提供支持。Windows对这些元文件的处理方式较为特殊，直接由NTFS.SYS进行处理，因此难以直接查看，需要使用特殊工具进行提取。从Windows 7开始，NTFS驱动程序