神宗万历七年（1579年），礼部侍郎高启愚主持南京考试，出题当中有一题为「舜亦以命禹」（《论语.尧曰》），时张居正当政。张居正死后，万历十二年（1584年）被告发指其所出试题暗劝张居正受禅做皇帝，启愚被削职为民。
李贽案.明神宗万历年间，思想家李贽发表着作《焚书》等批评儒家思想。万历三十年（1602年），都察院左都御史温纯及都察院礼科给事中张德允，上疏奏劾李贽，明神宗见疏即下诏，以「敢倡乱道，惑世诬民」之罪，逮捕李贽下狱，着作被通令烧毁。李贽被逼在狱中割喉自杀而死。Sectio