元树和梁朝谯州刺史朱文开。凯旋后，担任吏部尚书，转任尚书右仆射。之后加骠骑大将军、开府仪同三司。青州人耿翔反北魏亡命南梁，梁武帝借兵让他据守胶州。樊子鹄任持节、侍中、青胶大使，讨耿翔。樊子鹄大军到达青州，耿翔逃亡。樊子鹄余官如故，出任兖州刺史。534年，魏孝武帝入关中，樊子鹄据兖州拒东魏高欢。南青州刺史大野拔、徐州刘粹响应樊子鹄。娄昭率兵攻打樊子鹄。娄昭击败前胶州刺史严思达，攻下东平郡，包围樊子鹄。兖州城长期不能攻下，娄昭灌水淹城。535年，魏孝静帝想要招降樊子鹄，派遣散骑常侍陆琛、黄门郎张景徴带玺