国国民党，居正任总务部主任兼军事委员。1922年（民国11年）5月，任广州护法军政府内务部长。1924年（民国13年）1月，在中国国民党第一次全国代表大会上，当选中央执行委员（其后，当选常务委员）。居正反对孙文的三大政策，特别反对联俄联共路线，乃突然离开广州赴上海。1925年（民国14年）3月12日，孙文在北京病逝，居正闻讯赶赴北京奔丧。其后，在上海同章炳麟（章太炎）组织「辛亥倶乐部」，依然反对中国国民党的联共联俄路线。同年11月，居正、邹鲁、谢持、林森等人在北京西山碧云寺擅自召开中国国民党第二次全国代