西部港区中的东角头、蛇口港、赤湾港、妈湾港港口均坐落于蛇口，水深最深约16米，有蛇口客运码头及集装箱码头、散货码头、油气码头等。蛇口客运码头始建于1981年，隶属香港招商局辖下招商局蛇口工业区有限公司。为深圳市水上客运枢纽，有地铁2号线经过，设蛇口港站，并有多条公交线连接。港口开通到香港、珠海市、澳门等多条航线，随蛇口邮轮中心启用而于2016年10月31日关闭。深圳港2011年货物吞吐量22325.08万吨，同比增长1.0%；集装箱吞吐量累计2257.1万标准箱，增长0.3%。旅客吞吐量达383