格为直辖市后，主委一职改由民政局长兼任。早在1984年，市政府开始筹划孔庙全面整修工程。由于庙产曾属于中央，却由市政府维护管理，管理权与所有权不一引起争纷，导致市议员决定在1986年删除孔庙预算。后市府以垫款方式，向台北市审计处商借经费，还曾计画在士林区河川地上另建新孔庙。同年12月，中央政府将孔庙转赠给市政府，但这时才发现孔庙有面积总计1.0377公顷的三笔土地，分别为辜显荣、辜宽敏所持有，市府于只好在民国七十八年（1989年）度预算及追加预算中编列1亿1776万3千8百01元，代替辜家抵缴遗产税。