更名为行政院原住民族委员会，社会福利处更名为「卫生福利处」，经济及土地发展处分拆为「经济及公共建设处」与「土地管理处」。2006年，行政院原住民族委员会搬迁至台北市大同区重庆北路二段172号大稻埕大楼；2013年12月27日，行政院原住民族委员会搬迁至新北市新庄区行政院新庄联合办公大楼北栋。2014年1月14日立法院三读通过《原住民族委员会组织法》，同年3月26日行政院原住民族委员会更名为原住民族委员会，成为部会级机关。2016年1月15日，文化园区管理局改组为「原住民族文化发展中心」。