他统治期间另一个主要的威胁。在这段帝国的困难时期，阿莱克修斯遇到的反对他的叛乱比任何其他拜占庭皇帝都要多。这包括：
去世与继任者.阿莱克修斯晚年除了抵御突厥人也被继承人的事情困扰。尽管他已经在1092年把他年仅5岁的长子约翰·科穆宁加冕为共治皇帝，但他的妻子伊琳娜·杜卡伊娜更希望他更改继承人为长公主安娜·科穆宁娜与她的丈夫并在暗中与安娜策划在阿莱克修斯逝世后反对约翰。在此之前尼基弗鲁斯·布里恩尼奥斯已经被授予了凯撒和头衔，并且仍然保持对阿莱克修斯与约翰的忠诚而对伊琳娜和安娜的密