着相当多的高速公路系统，也非常容易出现拥堵。公司的一项研究发现，湾区公路是全世界第4拥堵的。在旧金山，由于一些民众，有些线路不能很好地衔接在一起，例如海湾大桥（80号州际公路西端）和金门大桥（101号国道南端）之间就缺乏一条高速通道。另外，由于1989年洛马普里塔地震，一些路段受损而被移除，却没有重建，使像内河码头这样的邻近地区开始复兴。湾区有三条南北走向的“大动脉”：5号州际公路、101号国道和1号州道。其中101号国道和1号州道直接覆盖湾区9县，而5号州际公路则从湾区东侧直接进入圣华金县，使连接萨克拉门