间，倭寇曾打算夜袭城墙，终被一童子发现而作罢。该童子却被倭寇杀害，县内民众特别雕刻一石像以作纪念。嘉靖三十五年（1556年）六月，曾率众于上海县击退倭寇的佥事董邦政率部进剿苏松地区倭寇的基地。此后境内的倭患逐渐平息。至万历十六年（1588年）春，知县熊密于县学和应奎山之间开凿汇龙潭。天启元年（1621年），在举人孙元化的邀请下，意大利籍的天主教传教士曾德昭和郭居静前来嘉定传教，并兴办教堂。这也成为了天主教进入嘉定的开端。
嘉定三屠.明弘光元年（1645年），清兵突破江北四镇防线