太平军再度进攻上海时，又协助淮军对太平军作战。升任江苏布政使，后被劾革职。吴煦为官期间，有收集档案、保留往来书信的习惯。1953年，他遗留的文献资料在杭州重新被“发现”，称之《吴煦档案》。包括太平军攻上海时之淮军与常胜军成立之珍贵史料数万件。现为国家一级文物。