端断绝外交关系，直到签署《马尼拉协定》后，1966年两国才复交。1968年因为菲律宾国会通过了一项对有争议的沙巴地区的主权要求，两国再度断交。但在一些东盟国家的调解下，马菲争议暂且搁置。
建交历史.1959年，马来西亚的前身马来亚联合邦独立后不久，菲律宾在吉隆坡建立了公使馆。1961年，菲律宾公使馆升格为大使馆。同年，时任菲律宾总统卡洛斯·加西亚对马来亚进行国事访问，他与当时的马来亚时任首相东姑阿都拉曼讨论了东南亚国家联盟的成立。东盟由五个东南亚国家（包括马来亚和菲律宾）于1967