各界舆论纷纷批评政府未能及时处理，导致油污的进一步扩大，环保署长林俊义所提出的“人工除污”计画亦备受抨击，2月8日便向行政院长张俊雄提出口头请辞，但获得慰留。2月底，交通部长叶菊兰提出书面辞呈，林俊义亦随即提出书面辞呈，副署长李界木亦随同请辞。3月初，行政院提出惩处名单，叶菊兰获得慰留，林俊义及李界木则准予请辞，林俊义所留下的署长空缺，由郝龙斌接任。
船员留置.在漏油事件发生后的第一时间，阿玛斯号所有船员均依法遭到限制出境。随着清除工作及法律程序的进行，大部分船员陆续获得解除出境限