鑑于此，国民政府于1946年召开制宪国民大会，会中以政治协商会议宪法草案决议案为蓝本制定《中华民国宪法》，确立现今「一府五院」的中央政府架构。此外，宪法规定在中央政府之上设有国民大会，具有国会的性质。1948年，召开第一届国民大会第一次会议，1948年中华民国总统选举正式选举第一任中华民国总统及中华民国副总统，新的中华民国政府体制正式建立，国民政府走入历史。为了因应当时第二次国共内战全面爆发的政治情势，国民大会同时制定了《动员戡乱时期临时条款》，使总统与国民大会的权力得以扩张。
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