民国七十四年（1985年）5月至七十八年（1989年）7月再次大修。
民国时期.民国七十二年（1983年）12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，台南孔子庙名列其中。民国八十六年（1997年）5月，《文化资产保存法》修法后不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。台南孔子庙改为国定古蹟。民国八十六年（1997年）左右，中华民国行政院文建会（今文化部）委託国立成功大学建筑系规画一个以孔庙为中心的文化园区，当时规画范围除孔庙以外还有周围即将迁走