革期间，伊斯兰教和其它宗教同样受到巨大的灾劫。不少清真寺都被红卫兵破坏。1975年，在云南爆发了回族武装反叛事件，遭当局镇压。后被称为沙甸事件。1978年之后，中国政府放寛了对伊斯兰教的管制，现时中国的伊斯兰教稍微有复兴的趋势，在各大城市有不少清真寺以及回族人聚居，而聚居在新疆、甘肃、宁夏等地的维吾尔、塔塔尔等族大部份都信奉伊斯兰教。2020年10月12日，中共中央统一战线工作部发布“伊斯兰教朝觐事务管理办法”，规定除中国伊斯兰教协会以外，任何人不得组织朝觐活动。该办法于2020年12月1日起开始实施。