服吕宋的计画就是在班乃岛时拟定的，并于1570年5月8日展开攻势。莱加斯皮 的两名部下马丁·德·戈伊蒂与胡安·德·塞莱塞多随后攻佔了吕宋岛北部。
设置都督府.1574年，设置菲律宾都督府，由新西班牙管辖。1584年，西班牙国王腓力二世设置马尼拉皇家审问院，并指派菲律宾都督担任审问院主席。都督府首府从1565年至1595年设于宿雾，1595年后迁至马尼拉。18世纪的波旁改革针对西班牙海外殖民地进行一连串的变革，其中包括引入代官制（）。1784年7月17日，马尼拉开始设置代官，以解