直通车开始在东莞市常平镇的常平站停靠（常平站于1997年12月23日升格并更名为东莞站，后于2013年6月20日复名为常平站），为来往香港与东莞的旅客提供更大的方便，至今大部份港穗直通车的班次仍均会停靠常平站。1996年港穗直通车的北面终点迁往位于天河区的广州东站。到1997年香港主权移交时广九直通车每日开行六对，年载客量148万。
高速化.1998年6月1日，广深铁路电气化工程完成，港穗直通车开始使用最高时速达200公里的「新时速」摆式高速列车运行当时代表高速列车的“G（高）