评子瑜举中华民国国旗的行为，称她为台独份子，要求她公开声明自己是中国人。后续引起中国大陆网民对她的批判，而使JYP娱乐在中国大陆的演出受到影响。2016年1月15日晚，JYP娱乐发表子瑜道歉声明及影片，子瑜被要求在影片中道歉。由于事件恰逢台湾举行2016年总统选举，有评论称此事件对选情影响极大。
考试桌上签名.2016年3月20日，子瑜到中华民国台南市善化国小参加国中同等学力鑑定考试 。考场志工邀请子瑜在课桌上签名供学校留念。校方将这张课桌展示在川堂上供小朋友围观 。中国国民党的台