91年，柳成龙提拔少年时的老相识李舜臣为全罗左道水军节度使，这引起了与北人党相善的元均的不满。同时他还主张提拔了权慄，后者成为了战争期间的朝鲜军最高统帅——都元帅。1592年6月11日（格里历；万历二十年五月初二；儒略历1592年6月1日），柳成龙成为领议政。丰臣秀吉侵略朝鲜之际，柳成龙历任领议政、都体察使（主管军事）等要职，主持朝鲜王朝的政治、军事，并负责来援明军的后勤补给。柳成龙是坚决的主战派，在碧蹄馆之战后依旧坚持催促明军进兵，但是最终明军没有继续前进。停战期间，元均勾结反对南人党的大臣，污蔑李舜臣，