中华民国成立后，1912年1月，浙江省临时议会召开，他被推举为浙江省临时议会议长。1912年8月25日，国民党成立大会在北京湖广会馆举行，他被推举为参议。1913年，他任第一届浙江省议会议长，国民党浙江支部委员兼干部参议。1914年，中华民国大总统袁世凯命令解散各省议会，他联同18位议员致信浙江都督朱瑞，要求朱瑞反袁并宣布浙江独立。朱瑞奉袁世凯的命令对这些议员进行查办。莫永贞遂逃到日本。1915年，他成为朱瑞的幕僚，曾试图劝朱瑞反袁世凯，但未果。1916年4月，朱瑞被驱逐出浙江，浙江加入护国运动。191