黄纪男才回香港。后廖文毅前往日本东京，黄纪男转回台湾密谋台湾独立运动。1950年5月，黄纪男便因主张台湾独立被捕，判刑12年并移送绿岛；1956年因台湾共和国临时政府的陈哲民返台，黄纪男减为9年有期徒刑。1962年，黄纪男重新与在日本东京筹措台湾共和国临时政府的廖文毅取得联系，为警总破获，并于1965年1月被判死刑；廖文毅回台后于1965年12月特赦出狱。廖文毅返台之后，担任曾文水库副主任委员。黄纪男出狱后便到曾文水库工作。日本工程师在台日之间来来往往，常会带些日本的新闻或杂志来台，有些会报导台湾和