参选，虽在惊涛骇浪中小败给陈，但也证明他的确有当县长的实力。到了2001年县长选举，国民党提名时任议长的吴俊立与当时已获亲民党提名的徐庆元竞争，而民主进步党提名、时任台东市市长的赖坤成则遭边缘化，最后由徐以7000余票的差距当选。此后，徐庆元任用民主进步党籍的刘櫂豪为副县长，甚至进一步退出亲民党，支持民进党在2004年立法委员选举的候选人，并声称这是为台东争取更多资源而作出的改变，即「台东优先，政党放一边」。然而在许多人眼里，此举往往被视为是种对陈水扁总统下的中央政府不择手段的效忠，但也有人认为这是他对