分发到二团十五连。在开训典礼中代表一万多位学兵，向主持典礼的中华民国国防部部长蒋经国宣誓。大学时期的马英九曾参加保钓运动。1972年，日本与中华民国断交，与同学至机场对椎名悦三郎示威，用鸡蛋砸中其座车。大学毕业后，1972年10月8日入伍，分发至海军服预官役，于中华民国海军陆战队受三个月基础训练，后任职于海军左营基地海军后勤司令部少尉后勤军官，1974年8月6日以海军补给少尉身分退伍，共一年十个月。1968年6月，正式加入中国国民党，旋即出任小组长及区委。1974年，取得中国国民党中山奖学金