雍正九年(1731年)台湾道成立，并增设淡水厅，草屯仍隶彰化县，其后亦无重大变动。至光绪十三年(1887年)，福建台湾省成立，台湾府迁移至台中，并新设台湾县，范围包含今日草屯地区。
本地的平埔族.开垦初期草屯地区仍有部分地区为平埔族聚落，例如北投埔的北投社和洪雅族部落所在的番仔田地区(今新丰里一带)。也因为位处于番界边缘，时有盗匪出没，清代有驻军于此，并聘用当地平埔族人充当隘勇线的守卫，同时给予平埔族人山脚地区(今山脚里)一带土地耕种，不过后来多转租与汉人，并于之后转入埔里盆地。