1937年9月，程子华到第二战区民族革命战争战地总动员委员会工作，任党团书记兼人民武装部长、中共中央北方局委员，开展抗日民族统一战线工作。1938年，中共六届六中全会后，做了手术。毛泽东于1938年11月24日指示程子华带领周彪、帅荣、旷伏兆、李天焕、谭冠三等一批红军老干部来到冀中开展抗日部队的正规化工作。 1939年1月，程子华任八路军第三纵队兼冀中军区政委，后兼冀中区党委书记，与吕正操领导冀中区军民坚持平原游击战争。和吕正操、黄敬、孙志远等合作得很好，亲密无间。也有过不同意见，但都能摆到桌面上，畅所欲言