政治，成立了右翼政党「改革九十」（），并于翌年参加总统选举，被评为当时的黑马候选人，声望急速升高，1990年4月8日各候选人票数都没过半，1990年6月10日，得票率最高的2大候选人对决的第2轮选举中，藤森以57％的得票率胜过作家出身、中间派的马里奥·巴尔加斯·略萨而当选总统，并于1990年7月28日宣誓就职。
清剿游击队.在藤森上台前，秘鲁全国有不少领土均为反政府游击队所控制，计有毛派组织「光辉道路」及马列主义组织「」游击队（MRTA）。单在1989年，超过100名官员被「光辉道