为圣战者与苏军作战，至1986年在喀布尔郊区的一场战斗中，奥马尔失去了右眼。养伤期间途经奎达的一所伊斯兰学校，在此期间他与被誉为“全球圣战之父”的阿卜杜拉·优素福·阿扎姆相识并拜他为师，随后开始传播圣战思想。奥马尔后来前往卡拉奇说教，在那里又结识了奥萨马·本·拉登。1989年，苏联军队自阿富汗撤退，阿富汗随即爆发了内战。1992年，苏联扶植的纳吉布拉傀儡政权垮台，奥马尔回到坎大哈，组建伊斯兰学校。1994年，奥马尔自称得到穆圣穆圣的托梦，决定武装起义。他召集了伊斯兰学校中的学生，又召集巴基斯坦和阿富汗的难民