孙等人先后向朝鲜朝廷告急。朝鲜中宗立即召集领议政金寿童、左议政柳顺汀、右议政成希颜等朝廷重臣商讨对策。最终决定派黄衡为左道防御使，柳聃年为右道防御使率军平叛。倭军由釜山浦攻击东莱城，由荠浦攻击熊川城。但在朝鲜的抗击下，倭军受挫。4月9日，一部分倭军撤回对马国。倭军在朝鲜的势力退往荠浦一城。对马岛主宗盛亲亲自同朝鲜讲和。朝鲜一面答应，一面继续攻击荠浦。4月19日，朝鲜收复荠浦，倭军全部退往对马岛。6月末，倭军再次来攻，被朝鲜击退。
结果.三浦倭乱最终导致了三浦倭馆的闭锁，朝鲜与日本的