闻地名源自于「石神」（しゃくじ、いしがみ）。很久以前，村民曾在井中挖出石棒，被认为是吉兆，因此将之视为石神供奉于神社，通称「石神神社」，也就是今日石神井神社的起源。后来「石神井」成为村名。另一说是，石神是三宝寺池（石神井公园内）挖掘出的石剑。石神井的地名最早曾出现在鎌仓时代弘安5年（1282年），宇多重广（うだしげひろ）之女继承石神井领地的文书。石剑现在供奉于石神井神社。