奖赛，在混双准决赛以0比2（15-21、18-21）不敌赛会头号种子、欧锦赛冠军的克里斯·爱德考克/加布里·爱德考克。同期11月，她与陈健铭出战澳门羽毛球黄金大奖赛，在混双准决赛以0比2（15-21、28-30）不敌赛会7号种子、中国香港强档的邓俊文/谢影雪。2017年1月，赖沛君与陈健铭出战马来西亚羽毛球大师赛，在混双决赛以2比0（21-17、21-9）击败了队友的吴顺发/赖洁敏，赢得冠军。同年4月，她与陈健铭出战新加坡羽毛球超级赛，在混双准决赛以1比2（21-18、11-21、14-21）不敌泰国强