左右对称，仅接近口部有嵴索的形迹。其身体可分为三个部份：吻管、颈部和躯干。半索动物有开放式的循环系统和一个完整的消化道，但肠道内的肌肉组织并不完全，食物大多是利用覆盖着其内壁的纤毛来输送的。
分类.半索动物门主要可分成两个纲：肠鳃纲（通常称做柱头虫）和羽鳃纲。第三个纲－，是基于只知道其幼虫的单一物种而提出的。半索动物门包括大约一百种现存物种，其在分类上的精确位置和此一类群是否为单系群，仍然存在着许多争议。其中有一种猜想指出，羽鳃纲其实是更基层的后口动物，而肠鳃纲则是由一个最后导致嵴