元934年（承平4年），出任肥后国司，为了镇护一方安宁，从京都的只园社（八坂神社）劝请分灵至汤之原（，今熊本市西区二本木），建立了此神社。最初称为只园宫。979年（天元2年），迁宫至。战国时代佐佐成政统治时期，神社败落，至加藤清正任领主时修复。江户幕府时代，细川氏领有熊本藩时也一直得到历代藩主的尊崇。1647年（正保4年），迁座至现在的社址。1868年（明治元年），更名为北冈宫，1872年再改名为北冈神社。1873年，获得县社的社格。此外，1877年西南战争中，萨摩军曾经以北冈神社为本营。