存物种与鲸河马亚目为最近的已灭绝物种。鲸河马亚目的学名"Whippomorpha"曾被提及要重新修改为"Cetancodonta"，然而目前仍然是以前者作为正式学名；而中文名称则由原本的「河马形亚目」改称为「鲸河马亚目」。鲸凹齿形类包含了现存的鲸豚与河马，以及许多已灭绝的物种如石炭兽、安氏兽以及完齿豨。