徽省财政厅厅长。1933年5月，何其巩出任行政院驻平政务整理委员会委员兼秘书长。翌月，出任华北区救济委员会委员。1934年，时任北平政务委员会秘书长何其巩密呈条陈，建议蒋介石在安定北方、巩中部基础上，着手经营西南。1935年12月，被任命为冀察政务委员会委员。1936年10月，任北平中国学院（后改称中国大学）代理校长。1937年起，北平处于日军占领下，成立了中华民国临时政府。何其巩留在北平继续担任中国学院的代理校长，并拒绝出任临时政府的公职。任内他延揽了一大批专家学者到中国大学任教。抗日战争结束