1973年回京工作。参加中共中央国际问题写作小组。其间，陪同邓小平出访美国，担任顾问。1980年负责中国社会科学院美国研究所的筹建。1982年任该所所长。1985年后，兼任中国社会科学院副院长。1989年后辞职。
晚期.研究自由主义，对中国近代以来历史和政治进行了深刻反思，在海内外有较大影响，被中国的自由主义者誉为中国世纪之交思想领域的领军人物，着有《风雨苍黄五十年》。2003年4月22日，李慎之因病在北京逝世。