接替朱大典总督漕运。他弹劾罢免了三个督粮道，增设漕储道一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。崇祯十六年（1643年）七月，史可法拜南京兵部尚书，参赞机务。在此期间，史可法奏上八条改革意见。
南明建立.崇祯十七年（1644年）三月李自成进攻北京，史可法誓师勤王。渡江抵达浦口后，得到崇祯帝自缢驾崩的消息，史可法向北痛哭失声，以头撞柱，血流到脚上。时史可法任南京兵部尚书，为留都百官之首，当南方官员得知崇祯皇帝自害驾崩，对于拥立新君有所争议时，史可法却未能当机立断。当时，史可法收到了张慎言、