「原住民医疗服务之父」。这段医疗服务期间，井上伊之助并未放弃传教理想。他曾于1916年及1926年申请基督教传教工作，但都遭主管机关驳回。不过即使此，他仍于进行医疗工作同时，对台湾原住民进行福音传教工作。1939年，他辞去在那马卡邦部落之工作，前往台北市郊外内湖地区开设医院，之后则又前往台北松山的精神疗养院担任疗育精神病患的工作。
战后返日.1945年，第二次世界大战结束，日本战败投降，台湾进入民国时期。因为政权交替，日人井上伊之助面临被遣返回日的窘境，为了留籍台湾继续进行医疗