陆军的编制，编成5个混成旅，王普任第三混成旅旅长。1920年直皖战争爆发，皖系失败，第一混成旅旅长兼皖南镇守使马联甲接任安徽督军，马联甲的第一混成旅调赴蚌埠，王普接任皖南镇守使，率第三混成旅驻守芜湖，负责防卫皖南。王普出任皖南镇守使之后，同江苏督军齐燮元形成联盟。1924年江浙战争爆发后，马联甲命令王普率部自皖南进攻浙江，帮齐燮元攻浙军。浙军卢永祥战败后，通电下野。王普虽然出兵，但并未交战即获凯旋，在芜湖摆庆功宴，并向北京政府写了一份战功报告，要求北京政府补助军需100多万元，报江苏督军齐燮元转呈北京政