客收费感关注，认为机管局有能力透过融资解决所有资金需要，毋须向机场用者额外征费。立法会议员单仲偕认为收费水平太高，若计及现有的120元机场离境税，届时旅客使用机场便需缴付300元，担心影响外游及旅客到港意欲，建议调低收费、考虑延长回本期。公民党议员郭家麒忧虑，政府未与邻近区域处理空域问题就宣布展开三跑工程，最终会令三跑沦为大白象工程。
重叠空域.前民航处处长林光宇和乐巩南早前在报章撰文指，开放空墙问题讨论多年仍未解决，三跑道复飞航道将与内地空域重叠，假如内地对放宽空域寸步不让，