此与明神宗闹翻，使明神宗动摇，又借口“典礼未备”，要改期册立太子。此时，沈就将明神宗手诏封还，坚决不同意册立改期。明神宗遂下定决心，于十月十五正式册立朱常洛为太子，封朱常洵为福王。沈于是终结了明廷多年的“立储之争”。
矿税之祸.万历中，苛捐杂税，矿税尤甚。税吏趁机横征暴敛，民间怨声载道。史载，万历三十年（1602年）2月，万历帝突然染疾，急召首辅沈一贯和诸内阁大学士到启祥宫后殿西暖阁议事。万历帝说：我已病重，在位已久，已没有什么憾事了。我将太子托付给你，要尽力辅佐。初设矿税矿监