「萤光蛋白研究室」持续研究，直到2008年获得诺贝尔化学奖时仍未「退休」。
主要荣誉.2005年，下村脩在日本杂志《牛顿》的预测中，被视为可能获得诺贝尔生理学或医学奖的日本人。2008年10月6日，中国北京大学教授饶毅在个人的科学网博客发表文章〈美妙的生物荧光分子与好奇的生物化学家〉介绍下村等人的成就。饶毅主张下村脩应该获得诺贝尔奖，但很可能遭到诺奖委员会忽略。两天后，以为「今年也没有」的下村获知获得诺贝尔化学奖后，大感意外。在诺贝尔奖颁奖典礼中，授奖人首次以全程日语朗读颂词，