各种工具。用于研究其他组织的许多组织学技术也可以应用于神经系统，但是已经开发了一些技术，专门用于神经解剖学的研究。
细胞染色.在生物系统中，染色是一种用于增强显微图像中特定特征对比度的技术。尼氏染色法使用苯胺碱性染料对粗糙内质网中的酸性多核糖体进行强烈染色，神经元富含该种内质网。这使研究人员能够区分神经系统细胞结构各个区域中的不同细胞类型（例如神经元和神经胶细胞）以及神经元的形状和大小。经典的使用二铬酸钾和硝酸银选择性地在一些神经细胞产生铬酸银沉淀（神经元或神经胶细胞，但原