线在更新信号设备，VVVF变频控制车的直通运行可行后，9000系的新宿线直通运行对应编组的登场，加速了6000系的废车处理。2009年6000系从新宿线直通运行中脱离，到2010年为止8辆编组的全车进行了废车处理。以9000系增结用或竞马场线用来运用的一人驾驶对应的2辆编组，和同为一人驾驶对应的动物园线用5门车4辆编组虽都残存到了2011年，但在2辆编组在同年1月、4辆编组全车在3月被替换为7000系结束了载客运用。除2004年时改造为事业用车的3辆外，有1辆在若叶台工场保管后，于2013年移动到京王铁