孝严、孝慈兄弟事迹。此举被认为，国民党党史会正以渐进式安排，为孝严、孝慈认祖归宗铺路。秦孝仪当时也说，将等候孝严、孝慈兄弟完成认祖归宗的法定程序后，党史将把章亚若及章氏兄弟列入蒋经国生平年表。2003年，宋美龄辞世，秦孝仪也与前行政院长郝柏村、新党主席郁慕明等人一同飞往纽约市为宋美龄致祭 。秦孝仪与马英九的母族也有关连，马英九尊称秦孝仪为娘舅。秦孝仪晚年饱受糖尿病与心血管疾病之苦，故退休后长期接受治疗。2004年9月10日—10月3日，国父纪念馆为其举办了「笔力诗心：秦孝仪诗文书法文房展」，盛大展出