方殿元，字蒙章，号九谷，广东承宣布政使司广州府番禺县（今广东省广州市）人，清朝政治人物、进士出身。顺治十一年，乡试中举。康熙三年（1664年），登进士，担任剡城县、江宁县等县知县。有子方还、方朝。