中部语群.中部语群有2个语种，撒奇莱雅语、阿美语等语种。
西南部语群.西南部语群有3个语种，西拉雅语、大满语，以及马卡道语等语种。详见西拉雅语群一节。
音变证据.李壬癸院士(Li 2004)提出下列的音变规则作为东台湾南岛次语族相关连的证据。李壬癸院士(Li 2004)的研究原始南岛语 *k 分裂为 k 及 q (在 *a 之前)同样发生在巴赛语及噶玛兰语上。就如噶玛兰语及巴赛语、西拉雅语也将受事焦点及处所焦点併和为一，而阿美语却将这两个焦点各自独