独立大学位于莫斯科的中心，在阿尔巴特街附近，是在1996年与莫斯科持续数学教育中心一同迁入现址。莫斯科独立大学是俄罗斯数学教育家倡议创立。大学的创立者中，有俄罗斯科学院院士弗拉基米尔·阿诺尔德、路德维希·法捷耶夫、谢尔盖·彼得罗维奇·诺维科夫、、雅科夫·西奈，以及多位教授。弗拉基米尔·阿诺尔德担任大学董事会主席多年。数学家皮埃尔·德利涅和也积极支持大学的建立。
建构.莫斯科独立大学设有高等数学学院和高等数理物理学院。学生在夜间上课，因为很多学生日间去其他大学上课，大多数是在莫斯