后抵达临洮，追击元豫王等，取平凉。张良臣假装庆阳投降，薛显纳降去，后张良臣晚上袭击薛显营，后突击幸免。薛显后围张良臣，此时韩扎儿进攻原州，以骚扰明朝军队。薛显驻兵灵州，张良臣无援后战败。此后薛显狂追贺宗哲到六盘山、追扩廓到塞外，从此陕西境内战事平息。洪武三年，功臣赏罚，因为薛显曾经擅杀胥吏、兽医、火者、马军以及千户吴富等人，封永城侯，被贬到海南。次年，朱元璋想念其，召其归还。此后跟随徐达征战漠北，屯田北平。洪武二十年东，召还，八月十六日（癸亥，1387年9月28日）到山海关的时候去世，年五十八。赠永国公