市成为九州第三座政令指定都市。本市是肥后国府与肥后国分寺所在地。现在的市区是以细川氏熊本藩54万石城下町为基础所发展。战前曾有陆军第6师团驻扎与国家机关，是九州颇具代表的军都、行政都市。2011年（平成23年）3月12日九州新干线鹿儿岛线全线通车，熊本站成为新干线停靠站。市中心位于熊本城天守阁（）的东南方至东方。为了确保熊本城的视野，熊本市针对包含市中心地区在内的熊本城周边地域约550公顷实施严格的建筑高度限制。因此市中心地区见不到摩天大楼，仅出现在限高地区外的熊本站周边新都心地区与熊本森都心等地。