在东海道新干线的重要性开始锐减。而且100系在东海道新干线最高速度只有220km/h，与0系相比，行车性能上并没有太大的分别，其次，在山阳新干线的单独运用上，16辆编组的100系出现输送过剩的情况，因而有不少的车辆在未达至寿命的期限前已被淘汰。随着品川站启用和更多的700系投入服务，所有100系于2003年9月16日在东海道新干线开出告别班次后，全面退出东海道新干线。而16辆编组的G和V编组部分改为K（6辆）编组、P（4辆）编组在山阳新干线担任回声号班次作各站停靠服务。P编组所有列车于2011年3月12