性支流，即使是最近的支流：蓝尼罗河与白尼罗河，也在南边邻国苏丹的中部就已经会合。在尼罗河三角洲里，河水分叉成一些分流及小型运河。在古代，尼罗河曾经有「七条分流」，由于泥沙淤塞，仅有两条存留至今。这七条分流是：尼罗河也有一些穿越的经常性干枯支流（干谷）与它交会。这些干谷由沿着埃及红海海岸分佈的山区收集雨水，只有极少数的雨水可以流至干谷的干流，再注入尼罗河。其中三条主要的干谷为：