018年8月，何南慧代表香港参加印尼雅加达举行的亚运会游泳比赛，分别赢得女子4×100米自由泳接力和女子4×200米自由泳接力两面铜牌，亦跻身400米自由泳决赛。 十月何南慧于D1学界A Grade200米自由泳再破纪录，连续四年创下新猷。十月何南慧代表香港参加阿根廷布宜诺斯艾利斯举行的青年奥运会游泳比赛，参加六项比赛，继而在十一月的世界盃短池泳赛新加坡站女子800米自由泳勇夺银牌。12月在杭州举行的第14届世界短池游泳锦标赛中何南慧伙拍欧铠淳、陈健乐及施幸余，在4×100米自由泳接力决赛游出3分40秒25