宋楚瑜分薄选票，导致首次政党轮替，国民党失去执政权，当年6月举行第十五次全国党代表临时会，气氛凝重，在会中，当选国民党主席的连战提名吴伯雄出任副主席。2005年，时任台北市长马英九继连战出任中国国民党主席。2007年，党主席马英九因特别费案被检察官侯宽仁起诉，马英九于稍后召开记者会宣佈辞去党主席，吴伯雄接任代理主席一职，但后来又辞去代理主席职位，参加主席补选，代理主席改由江丙坤。
当选主席.中国国民党于2007年4月7日进行党主席补选投票，吴伯雄囊扩大部分的选票，以86.97%