刺杀埃及总统沙达特时，有301人落网，扎瓦希里也在内，但是扎瓦希里获法官判定与刺杀案无关连，只以他非法持有枪械，判处有期徒刑三年。而埃及伊斯兰圣战组织领袖阿尔祖马被判终身监禁，故扎瓦希里成为第二任也是最后一任的领导人。1985年，扎瓦希里出狱，并在巴基斯坦重操旧业当起外科医师，专门为1979年阿富汗战争的伤兵进行紧急救护之工作，在苏联入侵阿富汗这段期间他与宾·拉登相遇，并开始两人近三十年的合作，共同发动所谓的「圣战」，以恐怖攻击与欧美国家对抗。2001年扎瓦希里策划了911事件，造成数千人伤亡，美国