时未能考上大学，就当上了小学教员，并利用业余时间补习功课，准备再考大学。抗日战争爆发，1938年春，她随芜湖女子中学迁移长沙，参加了当地的战地服务团。1941年，她在四川成都考入燕京大学经济系，后又转入齐鲁大学，1945年毕业。1941年，卞仲耘加入中国共产党；1945年，她和丈夫王晶垚一起去了解放区。中华人民共和国成立后，1949年，卞仲耘调北京师范大学附属女子中学工作，历任学校教导员，副教导主任、主任，校党总支副书记、书记，副校长。由于当时该校没有校长，在文革开始时，卞仲耘实际上就是北京师大女附中的