西侧地下，车站主体在振华路地下呈东西向佈置。燕南站在规划阶段曾称为“振华路站”。燕南站主体工程2010年3月28日封顶，于2011年6月28日随着深圳地铁2号线东延段正式开通投入运营。
车站结构.燕南站是一个地下两层8米无柱岛式月台车站，总建筑面积为12800平方米。另外，西端设有一条单渡线。