北市政府、内政部进行审核后，办理「震害评估与补强规画」及「修复工程设计」等，并邀请古蹟界的专家成立短期性任务的「馆舍修复工程小组」协助修复。2005年，台博馆纳入文建会「首都核心区博物馆计画」。台博馆的主要馆藏为台湾人文史料与自然产物，以地质、矿物、动物、植物、原住民以及历史的收藏为主，并且还收藏了包括农业、水产、工艺、贸易、林产等资料，并保存近四万件标本。目前于2楼将展品整合成「台湾生物」及「台湾原住民」两大常设主题展。大厅原左侧龛位摆放儿玉源太郎铜雕像，右侧放置后藤新平铜雕像；战后移除，置于地下室仓