着印度河而下，当亚历山大把军队分成两路进军，由克拉特鲁斯和赫费斯提翁分别统帅，此时波利伯孔短暂的与赫费斯提翁军一起行动，但不久就被派到克拉特鲁斯的那一路。不清楚波利伯孔是跟着克拉特鲁的军队途经阿拉霍西亚、德兰吉亚那（Drangiana）至卡曼尼亚返回苏萨，还是跟着亚历山大直接横越格德罗西亚沙漠。在前324年俄庇斯（Opis），亚历山大命克拉特鲁斯带着马其顿老兵返回马其顿，又因为此时克拉特鲁斯身体欠佳，无法保证他可以走完全程。亚历山大又命军中老资历的波利伯孔担任副官，以免克拉特鲁斯亡故后无人可以带领士兵们