曼及支持他原子理论的物理学家与之进行了旷日持久的争论。1900年，玻尔兹曼受威廉·奥斯特瓦尔德之邀来到莱比锡大学在马赫因为健康状况欠佳而退休之后，1902年，玻尔兹曼回到了维也纳。1903年，他与及一起创建了。他在维也纳的学生包括，保罗·埃伦费斯特和莉泽·迈特纳。在维也纳，玻尔兹曼教授物理学，同时也讲授哲学。他关于自然哲学的演讲非常受欢迎，在当时引起相当大的关注，首次演讲即大告成功。演讲在当地最大的报告厅举行，可报告厅内依旧人满为患，以至楼梯上都站满了人。由于玻尔兹曼的哲学演讲大获成功，当时的奥匈帝国皇