辅助空军改组为新成立的政府飞行服务队，并继承皇家香港辅助空军的人员、飞机及设施。1996年11月20日，政府飞行服务队出动黑鹰直升机于嘉利大厦大火中救出4名被困于天台的人士；此次亦是政府飞行服务队首次在香港市区进行拯救任务，也是最为受到争议的一次。香港传媒认为直升机螺旋桨产生的强大下洗气流使大厦的火势更为勐烈，然而飞行服务队及检讨报告均予以否定。2000年8月19日，政府飞行服务队及香港急症科医学院合作举办一项航空医生计划，以提高对香港市民的紧急空中医疗服务的质素。24名来自公立医院及具备急症资格的