为拜把兄弟，并派川军李根固为重庆警备司令。刘自己兼任重庆防空司令，组织工程处，构筑对空防御工事，大挖防空洞。后来又在綦江、涪陵分设卫戍分区司令。1941年6月，日军对重庆发动大空袭，发生隧道惨案，身兼防空司令的刘峙受压被撤去防空司令职务，交中央审讯，由吴铁城担任审判长。后来何应钦、钱大钧电话告吴铁城说:"刘峙是二级上将，你们不要乱来。"因此把刘峙的防空司令兼职撤掉。抗战末期，蒋介石把李宗仁由第五战区司令长官升任汉中行营主任，名义上指挥第一、第五两个战区，实际上坐冷板凳。1944年1月，刘峙从重庆到老河口