北港名匠许哲彦负责后殿修作。完工后2005年进行庆成清醮大典，由知名道长陈荣盛先生主醮。另外庙前一对高达十九公尺（六十三台尺）的红桧木旗杆也极为着名，1953年由慈济宫信徒捐建，採取直双斗座，二斗二箍的形式。2004年重建期间改立新旗杆，旧杆转赠予佳里镇萧垄文化园区，园区为表尊重慈济宫，降三台尺高度竖立。
祭典.
上白礁谒祖祭典.主条目：上白礁谒祖祭典上白礁谒祖祭典为学甲慈济宫最重要的年度祭典，为西南五大香科之一，于每年农历3月11日举行，学甲十三庄的