物学家Halszka Osmólska在1972年所叙述。戈壁鳄的化石发现于蒙古戈壁沙漠的Djadokhta地层，年代为白垩纪坎潘阶早期。模式种是"Gobiosuchus kielanae"。
分类系统.戈壁鳄与刺猬鳄共同属于戈壁鳄科。