导致小阴茎的原因主要有：脑垂体生长激素和/或的缺乏、男性荷尔蒙的分泌不足、基因上的病症、一些Homeobox基因的变化。一些种类的微型阴茎可以在幼年时期补充生长激素或是睾丸酮来加以改善。只进行阴茎延长术对此是没有效果的。有记录的最小阴茎由牛津大学的生理学-解剖学-基因学系的研究人员所发现。他们在英国的牛津郡找到一个男性（Alfred，音乐创作人员，不到三十岁），其阴茎几乎都难以与阴蒂相辨认。因此在医学界有Alfred是双性人的争论。
种族与阴茎长度.种族之间阴茎的长短可能会引起