书院最初于朝鲜宣祖二十三年（西元1590年）由卞成温（）、奇孝谏（）、（等人所创建，书院最初成立主要为了缅怀着名儒学家金鳞厚。金鳞厚曾任玉果县监，并被列为东国十八贤之一，得以入祀孔庙。笔巖书院在万历朝鲜之役时，于朝鲜宣祖三十年（西元1597年）被烧毁，朝鲜仁祖二年（西元1624年）重建，朝鲜孝宗十年（西元1659年）获君王赠与匾额，成为「赐额书院」。朝鲜高宗八年（西元1871年），兴宣大院君下达时，朝鲜全境仅保留47座书院，笔巖书院为其中之一。
建筑.笔巖书院内的建筑入口为作为休息