辞去疗养院工作，前往宜兰的天埤发电所继续服务，并继续传道工作。惟不久则因二二八事件动盪，被迫离开台湾。
去世.回到日本的井上伊之助并未再从事医疗服务，而是转为神职及教学工作。1966年6月20日凌晨1点40分，于日本兵库县神户市滩区上野大字城下山的自宅因脑软化症去世，告别式在大坂市北区神山町于6月26日下午2点举行，葬于日本埼玉县入间メモリアルパーク墓园，他的墓碑上刻有大大的「爱」字，下方写着「トミーヌン‧ウットフ」，即泰雅语「tminun Utux」，tminun意为「编织」