回到故乡四川，居于罗江，再次增补此书，此即万卷楼本。邓长风认爲这版《函海》有四十函，詹航伦则认爲有三十函。嘉庆六年（1801年，辛酉年） ，李调元依照万卷楼本对函海做了最后一次修订，共四十函，收书一百五十九种。其校勘和印刷质量较差。李调元逝世之后，李鼎元在嘉庆十四年（1809年）再版，修订了前一版的一些错误，删去了《剧话》，增补李鼎元自纂的序，但基本上和前一本没有太大出入。 道光二十五（1825年），李调元的儿子李朝夔再次增订《函海》，补入新书，使其收书量达到一百六十三种，是后来流传最广的一个版本。