（1661年），周全斌跟随延平王郑成功攻佔台湾，总督东都承天府南北诸路。永历十六年三月（约1662年4月），郑成功派周全斌至铜山，攻打立场不定、驻南澳的陈豹，最后陈豹逃至广东投清，周全斌取得南澳。永历十六年（1662年），世子郑经与其五弟之乳母陈昭娘私通，郑成功十分气愤，下令斩杀世子与其母董王妃。四月（约1662年5月）周全斌至思明后，讹传他奉有王之密谕将杀董妃与世子，遂遭洪旭捉拿，幸好受到董妃救护而得免一死。同年五月（1662年6月），郑成功薨逝，黄昭、萧拱宸等人拥立王弟郑袭登基；十月，郑经命周全