日本原先仅从曼谷派大使馆参赞（兼领事）和理事官到当地出差，而日本外务省在1999年8月27日时，顾及当地为湄公河流域开发据点、日企进出增加，并可就近搜集毒品问题及缅甸难民问题等相关情报，而决定了新设领事馆的方针。总领事馆后于2004年开张，领务辖区包含清迈府、南奔府、清莱府、帕夭府、湄宏顺府、楠府、帕府和程逸府等8个泰北行政区。