[1978]55号文件，即《贯彻中央关于全部摘掉右派分子帽子决定的实施方案》，许良英恢复了党籍并回到北京市，被安排担任中国科学院自然科学史研究所研究员。1985年3月，许良英和方励之联合发起纪念爱因斯坦逝世三十周年，在浙江大学举办学术讨论会。期间，浙江大学学生和研究生邀请许良英演讲“开放改革”，他推荐方励之讲。由于方的演讲影响很大，被当局认为是宣扬“资产阶级自由化”，中共中央纪律检查委员会决定要第二次开除方的党籍，只是由于时任总书记胡耀邦的作用，才拖延了一年多。不过也因此误传，许良英因演讲被开除了党籍。