迁至浙江温州府知府，因治理有佳，升任浙江提学副使。刘瑾伏诛，调顺天府府尹。累升至南京礼部右侍郎，改户部侍郎，监督京师等地的粮仓，并出使甘肃处理兵饷事务。回朝后，晋升为都察院右都御史，总督两广军务，讨伐平定番禺、清远、河源等地瑶民叛乱。嘉靖年间，迁南京吏部尚书。当时恰逢吏部尚书乔宇被罢免，皇帝命杨旦代任，未抵达，其就被给事中陈洸弹劾，被勒令致仕，卒于家。
家族.曾祖杨荣，少师工部尚书兼註身殿大学士，赠太师，谥文敏；祖父杨钖；父杨仕仪，母周氏。