13次全代会上，李登辉获选为国民党主席。李登辉虽接掌党政领导位置，但国民党内的保守派仍然拥有相当大的势力，且曾意图逼退李登辉，引发支持李登辉的「主流派」与保守的「非主流派」之间的权力斗争；两者的争斗至第八任总统选举前的1990年2月达到最高峰，被称为「二月政争」。最后由主流派取得优势，李登辉也顺利当选中华民国第八任总统，坐实党政实权，开启往后长达十年的「李登辉时代」。而自1949年两岸分治以来，中华民国的国会（包括立法院与国民大会）便因执政的国民党以动员戡乱以及维护「法统」为由未曾改选，遂被党外人士讥为