有限公司下设六个部门，分别为运输部、办公室、劳动人事部、财务部、经济发展部、工电部和安全技术部，另直属管理货运分公司、温州站和温州西站。
运输部.运输部原下设调度所、机务、车辆、列车乘务和金南站、武义站、永康站、缙云站、丽水站、青田站、温州西站和温州站8个车站。其中，金华南站、丽水站和青田站在新金温铁路通车后改由上海铁路局金华车务段管辖，丽水车站于2015年12月更名浙江金温铁道开发有限公司货运中心丽水经营部，下辖小处、石帆、祯埠、南岸4个车站，2016年1月1日起又开始接管原由青田