堡的德甲联赛中于最后10分钟替换克洛泽出场，完成了其在一线队的正式首秀。尽管穆勒感觉自己的表现并不太好，但他在该赛季还是获得了3次德甲出场机会。他的欧洲冠军联赛处子秀则是在2009年3月10日拜仁以7比1战胜里斯本竞技的比赛中，于第72分钟替换巴斯蒂安·施魏因斯泰格出场并射入最后1球，帮助球队以两回合总比分12比1晋级。
拜仁慕尼黑.穆勒在2009年2月连同其二队队友霍尔格·巴德施图伯签署了他们的第一份职业合同，该合同为期两年，从2009-10赛季起生效。他原本准备通过租借或转会的