驻日代表蒋孝武出席日本明仁天皇的「即位礼正殿之仪」。1990年代，中华民国官方对日本流行文化解禁后，日本的电视剧、电子游戏、动画及漫画大量进入台湾，对台湾社会产生了巨大的影响力。1994年2月25日，中华民国总统府秘书长蒋彦士、亚东关系协会会长马纪壮及中国国民党秘书长许水德等人，前往日本参加自民党日华关系议员恳谈会前会长与名誉会长、蒋公遗德显彰会发起人之一滩尾弘吉的公祭仪式。1994年4月26日，中华航空一架由台湾中正国际机场飞往日本名古屋机场的客机，在降落时坠毁，造成264名机组员与乘客死亡，