旅行的最终站来到台湾，金平亮三陪伴其踏查台湾的森林树种。1920年12月15日，金平亮三在台湾获得博士学位。1921年，金平亮三再度受命前往南洋出张，任务是热带有用植物调查。他该年8月由基隆港出发，经香港抵达可伦坡，约6个月，期间考察印度、缅甸、荷属东印度、钖兰、爪哇岛、马来半岛，直到1922年初归台。同年10月5日，他即在总务长官官邸演讲「热带林业观」。他在南洋总计採集2,321种植物，标本累积10,000件以上。1920年代台湾，金平亮三除行政与研究之外，亦在台湾总督府高等农林学校担任讲师，学校