语言学家杨树达着成《马氏文通刊误》由商务印书馆印行，将《文通》补完增订。1900年（光绪廿六年），马建忠再度应李鸿章之召，任上海行辕襄理机要。8月14日，因赶译长篇急电而猝然去世，终年55岁。
思想.马建忠主张废除釐金，收回关税主权，发展对外贸易，扶持民营工商业，致力推行洋务，并称许西方议会制度。同时建议开设翻译书院，提倡国人多学洋文，汲取外国科学文化知识。