爱沙尼亚发动十字军东征为止。期间埃里克四世亦受到教会要求豁免税收而烦恼，1245年，教皇更派遣教廷大使向国王及奥登斯的主教们进行调停，更以进行绝罚作为威胁。埃里克四世只好迁怒于罗斯基勒主教。罗斯基勒主教尼尔斯出逃，埃里克四世逐没收包括西兰岛与及新兴城市哥本哈根等地的教会财产，以作为补偿他与艾贝尔的烦恼。教皇英诺森四世主张主教和所属教区的回复职务，但是争议未能得到解决。尼尔斯于1249年死在克莱尔沃修道院，而教区的财产并没有回归，直到1250埃里克四世去世后。1246年，埃里克四世企图恢复父亲瓦尔德马二世