移往功德堂。第二任住持妙果，将办学重心转移到圆光禅寺，原处重建转作造林。这段时期，法云禅寺寺务，妙果完全委由师妹妙然代管。
战后时期.1947年，在达华、妙果法师的奔走下，从废墟中建立了三座僧房。战后寺址为大湖乡富兴村11号。新加坡弘宗法师参观此寺后，回国募集约新台币二十万的鉅资，购买缅甸玉佛送给寺方。1954年11月9日，大雄宝殿重建落成、海外侨胞捐赠的玉佛举行开光典礼。1957年秋，河北籍的释常照今圆法师来此寺挂单，数年后自命住持，和明恆、妙缘等人联合，与原先住持发生继承争