017年6月5日，南华宣佈由于未能找到班主注资，决定来届退出香港超级联赛并申请降班至香港甲组联赛，重点培育青年球员，已获得香港足球总会董事会接纳。这将是南华百年来首次从顶级联赛降班。
2019-20球季.一批老将如蔡仲贤、李树烊、郭裕洪、杜瀚滔等球员离开，再提升杨宪乐等千禧后小将上一队，令球队真正年青化。亦签入两名日籍外援及两名有港超经验球员加盟，包括中场叶颂朗及前锋叶佳，今季希望争取甲组中游位置。因为2019冠状病毒病疫情影响今季甲组赛事腰斩、部份有潜质球员转投港超球会、包括