控制器是Wii U控制器，每台主机最多可与两台Wii U控制器连结。此外，主机也同时支援最多四支Wii遥控器（包括Plus、双节棍控制器和）或Wii U Pro控制器。 主机亦支援和其他所有的Wii官方週边产品（例如方向盘或光线枪等）。《任天堂明星大乱斗3DS/Wii U》的Wii U版附带了任天堂GameCube手柄和转接器，以满足核心玩家对操控的需求。
Wii U控制器.随附在主机包装内的Wii U控制器是Wii U主要的控制器。控制器正面配置有一个6.2吋（15.7公分）的电