巴坚赞出家后在哲蚌寺修行，与五世达赖喇嘛同在第一世班禅喇嘛克珠杰的座下修行，很快就成为一名有丰富学识的格鲁派上师，五世达赖喇嘛在位期间札巴坚赞担任哲蚌寺法主。当时西藏内部情势混乱，涉入政治与宗教上的争议，相传因为札巴坚赞见到第五世达赖向其他教派（主要是宁玛派）学法，认为第五世达赖背弃了格鲁派宗喀巴大师的教法，成为宁玛派的傀儡，札巴坚赞在寺院公开演说，反对第五世达赖，并要求与第五世达赖公开辩论，因此遭僧兵逮捕。也有人认为是札巴坚赞因自己差点成为五世达赖，最后失之交臂，只获得仁波切的地位，因此煽动僧团，要求公开