通车后，在来线列车原可一车直达的青函（青森＝函馆）区间，变成需要在来线与新干线2次转乘（青森＝新青森、新青森＝新函馆北斗、新函馆北斗＝函馆）。
匾额.隧道两侧入口各有一幅使用汉字书写「青函隧道」四字（）的匾额。本州一侧为中曾根康弘题字，北海道一侧（正确位置在第1汤之里隧道）则为桥本龙太郎。中曾根康弘在1985年3月隧道贯通至1987年4月国铁分割民营化期间担任内阁总理大臣，桥本龙太郎在1987年4月国铁分割民营化当时担任运输大臣。