在逮捕段云鹏同时还捣毁了段云鹏在京、津、沪、穗、鲁等五省市的四个潜伏组、四个联络点，共捕获148名案犯，其骨干分子全部落网。段云鹏被逮捕后，大陆公安部门鉴于段云鹏认罪态度较好，遂遵照毛泽东“可杀可不杀的就不要杀”的指示，一直将其囚禁于监狱中。1967年文革期间，段云鹏在北京被处决，时年65岁。
轶闻.传闻段云鹏乃“燕子李三”在世唯一传人，武艺高强，轻功盖世，固有“赛狸猫”的绰号。
影视形象.中国大陆电视连续剧《燕子李三》中“燕子李三”的徒弟“李云龙”的故