以年老请归，不许，令还关中。崇俭去后，贺人龙又自行西归，蜀中大乱。杨嗣昌责怪崇俭撤兵太早，致贼猖獗，帝命削其籍，以丁启睿赴军前代理。隔年，张献忠陷襄阳，嗣昌病死，帝更加气愤崇俭不掎角平贼，逮郑崇俭下狱，“责以纵兵擅还，失误军律”，五月弃市。福王时，给事中李清为之辩白：「崇俭未失一城、丧一旅，因他人巧卸，遂服上刑。群臣微知其冤，无敢讼言者，臣甚痛之。」崇俭之冤始平反。