系方面，北大缩减了本科生毕业学分要求，减少了本科生必修课比例，增大学生自由选课空间。1998年起设立主干基础课，2000年9月开设本科生素质教育通选课。另外，为加强学科交叉，还设立了学科大类平台课。北大设立了多项基金，资助本科生进行科研活动。北大还与早稻田大学、耶鲁大学等校开展了联合培养项目。此外，北大开设暑期学校、网络公开课，将课程资源与社会共享。2003年至2010年间，北京大学90门课程获评国家级精品课程，87门课程被评为北京市精品课程。截至2013年，北京大学有17人获评国家级教学名师，62人成