日本全国41人丧生，313人受伤，另有2人失踪。日本全国有超过32,000间房屋损坏，超过一万间房屋进水，损失超过1亿日元（当年价值）。除此之外，全日本还有接近七千亩农田遭到损失，近一千艘船舶受损。长崎港、有明海沿岸的圩田受艾玛影响出现了土壤盐化现象。静冈县静冈市出现龙卷风，强度约为F1级，致使20人丧生，44人不同程度受伤，另有三百余间房屋不同程度受损。9月10日晚些时候，富山县鱼津市受艾玛影响出现火灾，一千五百余户家庭受灾，5人丧生，170人受伤。艾玛掠过冲绳岛时，为该岛带来了143公里/小时的大风