教义之争，实际上政治意识形态之争，当时主导相关活动的人物为美国基要派牧师与国民党要员张静愚，这段期间发生不少爱国主义衍生的冲突：1989年以前爱国主义时常凌驾于加尔文主义之上。
历史回顾态度.国内教授了解台湾教会历史的人物有周联华、曾庆豹、郑仰恩、赖永祥、查时杰、陈方中、蔡丽贞等人，某些教派对于戒严时期教会历史明显採取回避态度或是爱国主义。
现代.
宗教退出校园.解严后台湾逐渐走向言论自由的社会，不仅能公开批评时政，宗教思想也开始多