的高调的调值相对中低元音的高调调值更高。不同的声调组合为数个“声调旋律”（tone melodies），并且在特定的句法环境下有连音形式。一些主要的旋律和连音形式如下：
重音.句子的重音由组成词语的词类决定，一般落在实词而非虚词上。词语的重音通常在首个音节上。
辅音.科伊科伊语有31个辅音，其中包括20个搭嘴音和11个非搭嘴音。
非搭嘴音.在两个元音之间，的发音为，的发音为。塞擦音的送气化程度非常高，可视同送气塞音。S