0年代最冷酷杀手之称的刘焕荣，据侯友宜好友叶毓兰所述，当时侯友宜天天带着刘焕荣最爱吃的鱼下巴、鸭舌去牢里看他，又协助安排刘母到牢中会面，才突破刘焕荣心防，配合交代涉案情节，狱中还绘制一幅钟馗图致赠侯友宜。1988年，升中山分局刑事组长。1989年，郑南榕被依叛乱罪传讯，侯友宜奉命带队到到自由时代杂志社执行拘捕，郑南榕以自备的三桶汽油桶自焚身亡，侯友宜也因此事件遭到批评。对此，侯友宜表示，当年是接到高检署签发的限期拘票，奉各级长官命令办事，基层无法抗命。情资显示郑南榕预备刀具、汽油，因此除依法拘提，也找消