会举行针对儿童亡灵的普渡科仪，且供品大多是糖果、饼干、零食等，称为「小孩子普」或「幼魂普」。每十年举行一次出巡庆典，如2013年就举行，该时正殿旁的香亭与神轿就会出动。
配祀神明.配祀神在2000年报导时有妈祖、五谷先帝、文昌帝君、三山国王、註生娘娘及福德正神等。庙亦祭祀军大王。慈天宫总务彭阿钦说，军大王是在姜秀銮开垦北埔等地，与原住民战死之清兵的骨骸，经乡人蒐集，并请石雕师父刻一精致的鬼面石碑，建小庙于北埔、宝山两乡交界之大坜，后供于此庙中。该军大王石碑在1995年9月1