。国民精神研修所于1938年完工，护国神社则在1942年完工。然而兴建完工不久还未公开曝光且的第二代台湾神社（新境地），还来不及对外大力宣传，即惨遭烧毁破坏，故至今所见存世的「新境地」御本殿照片极为稀少罕见。二次大战中1942年至1945年间，日军于台湾设立，用以关押同盟国成员国军人的台湾战俘营其中的台北第六战俘营Taihoku#6 Camp（今中华民国国防部部本部）, 也就位在台湾护国神社东方约1000公尺处, 紧邻着神社外苑边缘。俘虏从事台湾神社外苑之土木工事与铁道工事。
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