正年间清世宗曾为该寺赐名“永泰寺”。甘丹寺1961年被中华人民共和国国务院公布为第一批全国重点文物保护单位，现为重要宗教场所与景点。
名称由来.寺院全称“卓甘丹南巴杰卫林”，其中“卓”指卓日吾齐山，“甘丹”是藏语音译，其意为“兜率天”，这是未来佛弥勒所教化的世界，“南巴杰卫林”意为尊胜寺，故该寺名。
历史.该寺是佛教格鲁派创始人宗喀巴于1409年亲自筹建的。该寺赤巴（“赤巴”意即法台或座主）称为甘丹赤巴。西藏民主改革前，甘丹寺定编住寺僧人为3300名，