彼得堡奥尔洛夫亲王的马尔波宫软禁。起义在华沙围攻战后宣布结束。
晚年.在1796年沙皇保罗一世将其赦免并释放。作为交换，科希丘什科宣誓对沙皇忠诚，保罗一世同时释放了囚禁在俄罗斯各地监狱的20,000名波兰政治犯，并将他们流放至西伯利亚。沙皇给了科希丘什科12,000卢布，波兰领导人尝试在1798年回去；但是沙皇不肯将它认作“来自卖国贼的钱”被换回来。 科希丘什科迁居到美国，但在翌年回到欧洲，在1798年在巴黎附近的布雷维尔定居下来。他依然专心于波兰的事业，他加入建立波兰流亡政府