二夫人杨来于移居台北，任一德股份有限公司业务经理。1947年二二八事件爆发时，郭水潭因此时失业在家而未遭牵连。然而在白色恐怖时期，也因同窗好友苏新投共而使郭水潭遭到情治人员监控，日记及许多资料皆不得不焚毁，关于文学的创作也因此中断。1950年吴三连奉派接任台北市长，延聘郭水潭任秘书室事务股长，并参与台北市文献委员会。吴三连市长卸任后，郭水潭转任台北市中央蔬菜批发市场专员、台湾区蔬菜公会总干事。直到1980年退休。1972年发表战后第一首中文诗〈无聊的星期天〉于《笠》诗刊。1979年8月应邀出席台南