（民国16年）6月，任太原政务委员会委员。1929年（民国18年）3月，在中国国民党三届一中全会上，获补选为中央政治会议委员，同年5月任湖北省政府民政厅厅长兼代理省政府主席。1930年（民国19年），任国军编遣委员会委员。1931年（民国20年），任军事参议院上将参议、中国农工银行常务董事（理事）、江南铁路公司监察人等职务。抗日战争爆发后，方本仁下野，直到日本投降。他占有大量土地，在武汉同人合办长江饭店，并拥有两艘船搞运输。1953年，方本仁在天津逝世。享年74岁。