海水温度高，导致海水生菌数上升，微生物繁殖可能也更快，其中像大肠桿菌极可能超标，导致生食或加热不完全食用后腹泻、食物中毒。英国国会亦有相关立法保护。
日本料理.日本为了防止食用牡蛎造成食物中毒，早期食用前均先加热再吃。明治维新自欧美引入生食文化后，民众生食后常导致食物中毒，故产业界逐渐发展出以紫外线杀菌的方式杀菌。一般于食物中毒的症状有牡蛎毒、细菌（肠炎细菌、大肠菌）等。
牡蛎壳.
药用.在汉方中使用牡蛎壳为药材，磨为粉末。