等待广深港高速铁路通车方有改善。而且，为保高铁客源，短期内直通车将不予升级採用大功率交流传动机车。目前共有三条直通车路线，在香港境内都沿东铁的路线行走，分别是每日12班的粤港直通车（广东线），和每两日一班的京九直通车（北京线）及沪九直通车（上海线），并由港铁负责营运。城际客运服务
货运.铁路货运曾是九广铁路公司另一重要服务。九广铁路公司曾是唯一和中国大陆有铁路货运联系的香港公司，主要业务有货柜运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往远至乌鲁木齐的大陆城市。1994年12月15日起