丰富的，乔木、灌木和草类多达三万种以上，属于二千五百多个已鉴定的科。种群丰富是雨水充沛、生长期长、地形差异与环境复杂的结果，也是马来群岛作为亚、澳两大陆之间的陆桥位置等作用综合形成的。两大陆动植物在群岛上发生混合。
地貌.本地区群岛地形以崎岖的山地为骨架，上覆着火山带，许多火山锥高出三千公尺（一万呎）。在稳定的巽他陆棚各地，山坡长期遭受风化，轮廓平缓；而不稳定地区山脉地形很不规则。有些岛屿有广阔的河口湾，而许多浅海沿岸，如苏门答腊东岸、婆罗洲西岸和南岸、新几内亚西南岸，拥有大片沼泽