再迁于埤子头陈宅。民国三十九年（1950年）转购于埤子头西巷九号，迎回保生大帝金身建宫奉祀。民国四十八年（1959年）于现址莲潭路九号，左营仕绅集资重建城邑慈济宫，并成立龙虎社修善堂扶鸾济世。民国六十三年（1974年）奉保生大帝意旨，兴建慈济宫龙虎塔于莲池潭畔，名闻于世，遂成为观光、宗教胜地。民国八十九年（西元2000年）再奉保生大帝旨，重建慈济宫并整修龙虎塔；于民国九十三年（岁次甲申）四月十六日破土重建，至民国九十七年（岁次戊子）四月初一日入火安座大吉。民国一百零三年（岁次甲午）十一月初八日，钦奉玉旨