空间分辨率.虽然 S(T)EM 的电子束可以被聚焦到~0.045 nm大小的一点，但是电子束诱导沉积能够生长的最小结构的直径约为~0.7 nm。这是由导致的：二次电子、背散射电子和向前散射电子共同影响着沉积的结果。这个问题在电子束曝光领域常常通过应用一些补偿算法来解决。
前体材料.截至2008年，可用电子束诱导沉积的材料包括Al、Au、无定形碳、钻石、Co、Cr、Cu、Fe、GaAs、GaN、Ge、Mo、Nb、Ni、Os、Pd、Pt、Rh、Ru、Re、Si