清廷也是极大的隐忧，北洋新军在核心架构上是以袁世凯于小站练兵时所训练的军官做为军队骨干，对于袁世凯个人的效忠性还比清朝廷来的大；此点清廷并非不知情，因此袁世凯在光绪帝及慈禧太后相继去世后失势，基本上就是为了削弱袁世凯对新军之影响力，不过此作法完全失败，辛亥革命发生时，北洋六镇虽接获清廷讨伐革命党的命令，但是却赓续地观望，没有进行任何动作，清廷不得已重新重用袁世凯以抵抗革命军的力量，这些原来效忠清廷的北洋新军高阶军官们，就成了后来的北洋军阀。一般历史学家认为袁世凯是「军阀之父」：㈠袁世凯统领北洋军，北洋军是军