中央军委赋予军事科学院的职能为“计划指导全军军事科学研究的机关和全军军事学术研究机关”。1959年1月12日至1月28日，根据中央军委决定，由军事科学院在北京主持召开全军第一次军事科学研究工作会议，中华人民共和国国防部部长彭德怀、中国人民解放军总参谋长黄克诚到会讲话；此后分别在1961年、1991年、1996年、2001年、2006年、2011年召开了第二至第七次全军军事科学研究工作会议。1986年、1999年，中央军委通过文件明确军事科学院的职能任务是：“军事科学院是中央军委直接领导下的军事科学研究机关，