万历十九年，调为行人司司正。
国本之争.之后，钟化民多次升迁。万历二十年，任礼部仪制司郎中。沈王朱珵尧由旁支长子嗣位，请求分封他的庶子为郡王，钟化民坚持上疏反对。神宗下旨道：“只管给予虚名，命令借此成婚。”钟化民上奏反对，并以国本之争警示神宗：“沈王之子与嫡长子哪一个更亲？王子不立即分封，是因担心妨碍婚娶。嫡长子却不立刻封立，难道不害怕妨碍礼教吗？”神宗听后震怒，以钟化民言辞率直，没有追究。皇上命令同时分封三王，钟化民与顾允成等在朝房中当面责问王锡爵。万历二十一年，升光禄寺寺丞。