室宣布逮捕亲王，没收他的所有文件和武器并钉死了窗户。卡洛斯被软禁于马德里城堡之中直到半年后去世为止。有些人宣称卡洛斯是被腓力二世下令毒死遇害，特别是出自沉默者威廉抨击西班牙的文宣之中。 现代历史学家则将卡洛斯的死亡归咎于自然原因，在囚禁期间他可能罹患了进食障碍导致饮食失调，也就是所谓的神经性暴食症。卡洛斯给外国大使们留下一些不好的印象，威尼斯大使认为卡洛斯既「丑陋又令人厌恶」，并声称他喜欢活烤动物和有次强迫鞋匠吃下鞋子直到他满意为止。 另一位威尼斯人则写道：「他(卡洛斯王子)既不喜欢读书，也不做体育锻鍊