系统.螯肢亚门的神经系统都是基于节肢动物的一对标准神经索，每节的神经索上都有神经节。它们的脑部是神经节的融合，位于口器之后。不过，由于螯肢二门的第一节会消失，所以它们的脑部只包含一对口前神经节，而不像其他昆虫有两对。其他神经节融入至脑部的方式各有不同。鲎的脑部包含了所有头胸部及首两腹节的神经节，而其他腹节的神经节则保持分离。除了蝎子以外，大部份现存蛛形纲的所有神经节都在头胸部融合成单一团，而腹部则完全没有神经节。古疣亚目腹部及头胸后部的神经节并没有融合，而蝎子头胸部的神经节融合在一起，但腹部的则保持分离。