一举消灭了姚系祖的势力。后刘裕又先后两次召朱龄石复任其参军，又曾任徐州主簿及尚书都官郎等职。义熙六年（410年），卢循乘刘裕北伐南燕而起兵，刘裕于灭南燕后即回军对抗卢循，又以朱龄石为其参军。卢循军逼近石头城，朱龄石领中军，并率鲜卑步矟南渡秦淮河，与沈林子等抵抗卢循，终杀数百人，逼退敌军。平定卢循叛乱后，朱龄石改任宁远将军、宁蛮护军、西阳太守。义熙八年（412年）十二月，刘裕以朱龄石为建威将军、益州刺史，并命他率军讨伐西蜀。义熙九年（413年），朱龄石自率主力自外水攻成都（今四川成都），并进攻平模（今