庇之罪，遭到夺官。顺治十八年（1659年），官复原职。同年，清世祖病重，召麻勒吉与学士王熙草拟遗诏。清世祖驾崩后不久，授秘书院学士。康熙五年（1666年），麻勒吉升为刑部侍郎。康熙七年（1668年），授江南江西总督。当时，苏州、松江频遭水患，布政使慕天颜提议疏通吴淞江、刘河口，麻勒吉便与巡抚玛祜上疏奏请用各府漕折银十四万充当工费，并永免淮、扬被水坍没田地的岁赋。均得到允许。然而，镇江驻防将军李显贵、知府刘元辅侵冒钱粮，麻勒吉因“不先举发”之罪被连坐，返京听勘，不久复任。康熙十二年，降为兵部督捕理事官。