或称代议制、议会制，是一个以议会形式管理区会的制度。议会内的成员由各教会选出长老，代表该教会出席会议。顾名思义，长老会就是採用长老制的教会。採用长老制的教会有基督教改革宗长老会、台湾基督长老教会、韩国基督长老教会等。
会众制.会众制，又称公理制，源自于神学家慈运理的主张，就是主张各教会独立，教会的牧师为教会内最高的决策者，并由会众决议一切教会的内部事务。很多教会採用会众制，例如浸信会、公理会和神召会等，以及不少独立教会。一些会众制的教会，在地区上也有一个没有什么实际作用和权力的联会