师于10月切断龙陵交通线，助国军于11月收复龙陵，后于1945年1月攻占畹町週边要地，助第二军于1月20日收复畹町。之后第五军驻守昆明，直到第二次世界大战结束。
第二次国共内战.1945年10月3日，第五军奉命解除云南省政府主席龙云职务，以及昆明行营在昆明地区各直属部队之武装。除零星冲突外，各直属部队武装于3日晚即已解除。龙云被围于省政府，至7日离开昆明。1946年3月，第五军调防南京，由于陈毅率新四军占据安徽天长与盱眙一带，于是第五军于7月调淮南，与并分别于7月29日与30日