使用旧软件之外不再使用Apple DOS 3.2。非Apple DOS 3.2不可的软件相当罕见，因为Apple DOS 3.3并不是在结构上的更改－除了每一轨的磁区。一个叫做MUFFIN的程序被与Apple DOS 3.3一起提供以使用户可以将Apple DOS3.2的文件拷贝到DOS 3.3的磁盘。在Apple DOS 3.x的磁盘上，第0、1轨与大部份的第2轨被保留给操作系统用。在软驱控制器上的一个小ROM程序可以寻找第0轨－不管读写头当前的位置在哪里，并造成Disk II开机时独特的震颤声，这