东北统一接收副主任委员。7月19日，国民政府派关吉玉为松江选举事务所主任委员；国民政府同时派定其为国民大会代表，立法院立法委员。10月，任粮食部政务次长；1948年5月，升任粮食部部长。1948年当选行宪国民大会代表。1949年（民国38年）6月，任蒙藏委员会委员长。10月，任财政部部长兼中央银行总裁。第二次国共内战中国国民党败北，关吉玉逃往台湾。1950年（民国39年），任总统府国策顾问兼行政院设计委员会委员。1956年（民国45年），任高雄硫酸铵公司董事长。以后，历任考试院秘书长、国立政治大学教授、