王莹对父母供养不足为由，免除了王莹的职务。自此后，王莹长期得不到官职。
南齐时期.南齐建立，王莹历任前军谘议参军、中书侍郎、大司马从事中郎。后来为母亲服丧丁忧辞职。服丧结束，任给事黄门郎，出任宣城郡太守，转任骠骑长史。后来历任黄门侍郎、骠骑司马、太子中庶子，为侍中。为父亲服丧丁忧辞职。服丧结束，再任侍中。兼射声校尉、冠军将军、东阳郡太守。在郡有善政，转任吴兴郡太守。齐明帝褒美王莹，召还他为太子詹事。永元元年（499年）九月，转任中领军。当时南齐国政由群小把持，王莹守职而已，不能