1年，任广州市长兼珠江治水督办。1922年，孙科到香港处理讨伐陈炯明的筹款工作。孙科年轻时任性，在1923年担任广州市长期间，曾经因征讨陈炯明为发滇桂军军饷筹措问题与素有芥蒂、时任大元帅府秘书长的胡汉民发生冲突，以致于其父孙中山盛怒之下几乎要亲手将其枪杀。1923年2月，再任广州市长。1923年10月，参与中国国民党改组，获指定为国民党临时中央执行委员会委员，负责起草党纲章程。1924年，主持国民党广州特别党部，6月与黄季陆合作提出《弹劾共产党案》。1925年7月，国民政府在广州开府，任