探险队增加了一个更具进取心的目标：探索的源头。这条河后来被命名为罗斯福河，以纪念他的壮举。探险团队共有16位成员，包括罗斯福的次子科密特·罗斯福，美国自然历史博物馆派遣的人员，巴西军队的一个中尉，医生等。在顺着河流探险途中，罗斯福腿受轻伤，因此感染了疟疾，并且持续发烧。在配给食物有限的情况下，他担心自己拖累整个探险的日程，要求独自留下。但是他的儿子科密特坚持带他前行，队医也对他悉心照料，终于把他从死亡的边缘救回。这场疾病使他的体重减少了约20公斤。返回纽约后，罗斯福给朋友的信中写道：这场大病至少让他减寿