后，吉姆·加里森起诉克莱·萧尔及其他活动家参与了中情局对肯尼迪的谋杀。并于1967年3月1日将其逮捕。1969年3月1日，在陪审团审议不到一小时之后，萧尔被证无罪。尽管无罪释放，但其名誉及公众形象却再也没有完全恢复。中午12:40左右，萧尔因肺癌扩散在其住所去世，埋葬于肯特伍德的林地公墓。在其离世之时，他正参与一项针对加里森的诉讼，去世后，因其没有在世的亲属，1978年，美国最高法院驳回此案。