后，碇源堂将真嗣交由他人照顾，于是两人分居十年以上。2015年，真嗣突然被他的父亲叫到第3新东京市；到达的当天，相隔15年后再度出现的使徒袭击了这座城市。为了应对迫在眉睫的威胁，特务机关NERV总司令、3年没有见面的父亲碇源堂命令真嗣驾驶一种名为Evangelion（简称：EVA）的巨大人型兵器，而当真嗣发现他自己被叫来的理由原来只是作一个工具时，对父亲的强烈不满使他一度拒绝驾驶。于是碇源堂转而叫绫波零驾驶；不过，当真嗣看到这个同龄少女身受重伤却仍欲出击的状况之后，真嗣终于下了决定、乘上EVA。作为EVA适