光之独立海军载孙、唐绍仪、汪兆铭、伍廷芳等人和部分国会议员南下广州。7月17日，孙抵达广州。7月21日，海军总司令指挥麾下15艘军舰驶离上海，开赴广州，当时广州已聚集130位国会代表，约占总数三分之一。9月1日，国会非常会议选举孙为中华民国军政府海陆军大元帅。9月2日，陆荣廷即通电国会议员和广州士绅、商人，称：「既然总统仍在位，则毋须另立政府。大元帅这令人难解的名称尤其有问题。我们是简朴之人，对权力没有任何野心，只想尽本分，而且我们不会走错误的一步。因此我们不愿意配合当前动作。」9月10日，孙正式就任。9月