成立于1907年（明治40年）4月1日，取代原本的桦太民政署，是根据日本在同年3月15日颁布的敕令33号「桦太厅官制」所成立。最初是设于大泊町，后于1908年8月13日迁至丰原市（现称南萨哈林斯克）。根据1920年公佈的《关于施行于桦太的法律特例》（日语原文：），桦太原本被编入为日本的外地；直到1942年才画归到日本内务省的管辖之下，并开始适用日本的国内法，成为内地。厅名源自阿伊努语名称「kamuy kar put ya mosir」，意思为神在河口（黑龙江）创造的岛。1945年8月苏联发表苏联