起初，该寺为萨迦派寺院，后来改宗噶举派，明末清初又改宗为格鲁派寺院。据《安多政教史》等史料记载，萨迦派、噶举派的众多高僧曾来该寺，并赠送该寺大批佛经、佛像、佛塔等，使该寺逐渐兴旺。第二世达垅仓活佛罗桑丹巴却吉尼玛（明朝国师）曾任该寺法台，并制定僧规等等。清朝康熙年间，六世达赖仓央嘉措路经此地，曾经留任该寺法台，整顿该寺寺务。五世班禅罗桑意希在传教时也曾来此寺。第二世嘉木样活佛曾在该寺举办独雄大威德灌顶大法会，为131位僧人授比丘戒。清朝干隆年间，在鲁土司支持下，东大寺成为正规的格鲁派寺院。道光八年（18