厂由建立至嘉靖年间经营了超过一百年。在嘉靖后期，船厂却开始衰落。工匠数目因为大多不谙祖业，而且当时懂得造船工艺的人已经所剩无几，所以被降为二百四十余户。据张岂之、王天有、郭成康和成崇德所着的《元明清史》记述，在洪武初年，明朝政府向浙江、江西、湖广、福建及直隶等地调取四百户船工到南京造船。该400户船工被分为四厢，每厢共有一百户。他们分别负责制造木梭橹、木铁锚，修补旧船和制造棕蓬。至永乐年间，郑和乘坐的宝船大多都由龙江船厂辖下的宝船厂建造，所以该船厂对郑和下西洋作出重大贡献。另外，据顾起元《客座赘语》中记