年恭亲王不再掌理总理衙门使其重要性更下降。1901年庚子新政中，正式将总理衙门改为外务部。
洋务运动的推行.除了外交事务之外，总理衙门也是早期自强运动中各种洋务事业在北京中央的领导者，一方面它可用于听取包括外国使臣以及负责海关的赫德等西方人士的建议，来推行和提倡相关事业，一方面负责的恭亲王本身亦为相关业务的领导，因此总理衙门也实际上推动包括新式教育、交通、工业、经济（尤其海关）、军事等现代化建设，因此也被当时称作「洋务内阁」。但当时西方人常认为它守旧而不够进步，而保守派则批评它