分子（molecule）是一种构成物质的粒子，呈电中性、由单个或多个原子组成，原子之间因化学键而键结。能够单独存在、保持物质的化学性质；由分子组成的物质叫分子化合物。一个分子是由多个原子在共价键中通过共用电子连接一起而形成。它可以由相同的化学元素构成，如氧气分子<chem>O2</chem>；也可以由不同的元素构成，如水分子<chem>H2O</chem>。若原子之间由非共价键的化学键（如离子键）所结合，一般不会视为是单一分子。在不同的领域中，分子的定义也会有一点差异：在热力学中，构成物质的分子（如