rP蛋白质也转变结构成为PrP，如此不断复制；而错误结构的PrP不再是一般易溶于水的蛋白质单体，而是由于其疏水的性质而产生现象。最终形成可见的类淀粉蛋白斑块（经常以纤维的形态出现）堆积在脑部神经细胞外。这种聚集的蛋白质很难被细胞内的清除系统如蛋白酶体或溶酶体所清除，而且被认为有神经毒性，因此造成脑神经细胞死亡和组织空洞化的现象。在其它的神经退化性疾病中，蛋白质不正常折叠和聚集现象也被普遍发现是致病原因，例如阿兹海默症、帕金森氏症、肌萎缩性嵴髓侧索硬化症（ALS）、亨丁顿舞蹈症、家族性淀粉样物多发性神经病