多个的南少林存在是可能的，犹如有众多的南天台讲寺或精舍。目前在福建有六座古寺可能是南少林所在地，分别是莆田林泉院、泉州东禅院、福清少林寺、东山古来寺、诏安长林寺以及仙游九座寺。
现今概念.关于火烧南少林寺的传说，记录在广东三合会的会簿中：传说康熙帝命南少林寺僧兵征讨西鲁得胜之后，有奸臣诬告南少林寺谋反，康熙下令将他们除灭，八旗兵夜间突袭，最后放火烧毁寺庙，只有南少林寺天祐庵洪英禅师的五个俗家弟子逃出，自称少林五祖（又称洪门五祖），分别逃亡于中国南方各地、秘密招收门徒，成立互不统