。但野牦牛队也存在执法不规范、擅自放走抓获的盗猎者、私贩缴获的藏羚羊皮（近7000张藏羚羊皮不知去向）并瓜分赃款、向一些采金者和捕捞卤虫者大肆发放许可证等问题，并因此遭可可西里自然保护区管理处相关领导的举报。8名原“野牦牛队”队员甚至于2001年被格尔木市检察院以涉嫌贪污罪逮捕，这也反映了野牦牛队长期得不到稳定财政支持的事实。由于经费全部来自罚款，偷猎减少时反而使经费来源越少，经常发不出工资，更缺乏巡山经费。扎巴多杰1998年秋在北京多所高校作报告时曾表示由于西部工委“目前西部工委内外共欠款86万元”，