同名之故，改使用田边城的别名为舞鹤藩，1871年实施废藩置县后加佐郡改隶属新设立的舞鹤县和宫津县，但同年立刻又被併入丰冈县，直到1876年丰冈县被废除才被併入京都府。1879年实施时，正式的设置了近代的行政区划「加佐郡」，郡役所设于舞鹤（位于现在的舞鹤市）。