入侵监看近百名社会科学院、海洋科学院教职员的电子邮件信箱。鑑于主要被害目标（政治学、两岸关系、公共政策学者）具有政府智库性质，入侵事件可能有害国家安全。
邀请白狼事件.2020年4月，该校助理教授陈世岳邀请统促党总裁—「白狼」张安乐演讲，因张安乐有竹联帮大老身分缘故，校长郑英耀对其入校演讲完全不知情一事向社会大众致歉。
硕士论文抄袭事件.2020年7月，李眉蓁2008年的国立中山大学硕士论文《台湾对中国大陆之贸易分析》，遭揭露整本论文有96%内容抄袭自国立