去镇压德意志新教徒，波希米亚在1547年曾发生一次叛乱。当施马尔卡尔登联盟进行反查理五世的战争时，斐迪南极支持其兄压制德意志地区的新教诸侯。1552年新的宗教战争爆发时，他又充当查理五世与施马尔卡尔登联盟之间的调解人（查理在这次战争中失败）。在扎波尧伊·亚诺什去世后，他的遗孀将特兰西瓦尼亚和匈牙利东部割让给斐迪南（1551年）；但由于奥斯曼帝国的压力，斐迪南并不能进行有效统治。1554年斐迪南曾派遣使者到伊斯坦布尔去，希望和苏莱曼一世苏丹商讨缔结一份边界条约。1556年9月12日，查理五世宣布让位于