周尚文被迫拷到入狱，久后释放，镇守阶州，后进署都指挥佥事，充甘肃游击将军。嘉靖元年，改为宁夏参将，后晋升进都指挥同知，为凉州副总兵，在与蒙古作战时受伤，告退，之后被起用。嘉靖九年，擢署都督佥事，充宁夏总兵官，协助王琼筑边墙。蒙古进攻宁夏时，宁夏巡抚杨志学议发兵，但是周尚文没有参加，被弹劾罢免。之后，仍然起用为山西副总兵，并在偏头关袭击蒙古，以总兵官镇延绥。后与巡抚贾启不和，被罢免。之后起用在固原黑水苑成功抵御吉囊，任都督同知。嘉靖二十一年，周尚文被举荐，担任东官厅听征总兵官兼佥后府事，与严世藩交恶，