真菌感染的机制，对此真菌也出现加以反制的方法，例如增加基因重组与DNA修复以修补被宿主免疫机制破坏的DNA。玉米黑穗菌是一种植物病原菌，在玉米造成黑穗菌病，不过植物已演化出对抗真菌感染的机制。当感染发生时，植物会迅速产生，即在真菌感染的部位产生大量自由基，而黑穗菌可以启动由基因介导的抗氧化的机制加以抵抗，此抵抗机制可保护黑穗菌不受植物的防御系统破坏，对黑穗菌的有效感染相当重要。另外玉米黑穗菌拥有相当完善的DNA修复系统，其DNA在减数分裂期间发生多次重组，可能可以修补其被宿主自由基破坏的DNA，帮助黑穗