佛系统，即恰扎活佛、斯布活佛。1984年，国家拨5.5万元专款修复了恩贡寺。
建筑.恩贡寺由大殿、扎仓、憎舍组成。寺内的佛经、佛像、佛塔很多，主要有顶部拉章的释迦像、恩萨巴罗桑顿珠（三世班禅）的灵塔，许多尊胜塔，缎制大幅佛像唐卡29幅，宗喀巴首席弟子所撰《密集程序》草本，宗喀巴敬献给明朝皇帝的书信，三世班禅罗桑顿珠的宝座，历世班禅经文全集及经书等等。