坐落在托米河的右岸，距离托米河流入鄂毕河处50公里，距离莫斯科的直线距离为3500公里。该市通过别雷亚尔—阿西诺—泰加铁路与西伯利亚大铁路相连接。该市还是托木斯克—尤尔加等公路的枢纽站，同时也是一个河运码头和较大的航空港。在托木斯克北12公里处坐落着保密行政区谢维勒斯克，苏联时期被称为托木斯克7号。城市面积——294.6平方千米。城市分四个城区：基洛夫斯基区，苏联区，列宁区，十月区。
气候.温带大陆性气候，年均气温：-0.6 °C。每年无霜期约为100-105天。冬季持久且严寒，有