了端方，并补授直隶霸昌道，自此端方算是加入了维新派。不久清廷在北京创办农工商局，将其召还主持局务，由于端方的受宠当时的人感叹到端方的农工商总局已经渐渐替代了原来的工部的位置。一度支持戊戌变法，但在变法失败后端方主持的农工商总局被撤销，端方也被革职，他受到荣禄和李莲英的保护，并趁机上《劝善歌》，才未受株连。
封疆大吏.1899年，端方出任陕西按察使、布政使、并护理陕西巡抚。光绪二十六年（1900年），八国联军占领北京，慈禧和光绪帝出逃陕西。端方因接驾有功，调任河南布政使，旋升任湖北巡