库房之文物全数迁往新馆，庄严一家移居台北。1969年，他自国立故宫博物院副院长职务退休，转任中国文化学院（现中国文化大学）艺术研究所所长。1975年6月1日，美术杂志《艺术家》创刊号问世，标准字由庄严题写。1978年，受北京大学台湾校友之请，为已故校长蔡元培撰写〈蔡孑民先生墓表〉纪念蔡元培先生。1979年，罹直肠癌，入荣总医院开刀后返家静养。1980年，病逝于台北荣总医院。
家庭.庄严育有四子：长子庄申，艺术史家；次子庄因，中文学者；三子庄喆，画家；四子庄灵，摄影师。