农牧团场由“两费”（生产资料费和生活资料费）自理逐渐向“四自”（自主经营、自负盈亏、自我发展、自我约束）过渡，成为市场主体。1994年10月，兵团成立40周年之际，兵团党委发出“奋起二次创业，再造兵团辉煌”的号召。1996年6月26日，百花村在上海证券交易所上市，是兵团首家上市公司。百花村总部位于乌鲁木齐市中山路，主营业务在2000年代实现了从商业、餐饮娱乐业向信息产业、房地产转型。截至2004年，兵团的上市公司已达11家。1996年9月11日，石河子大学成立。1997年2月，农四师武装民兵在伊犁哈萨克