吉斯蒙德从未结过婚。西吉斯蒙德后来与中产阶级玛格丽特·普滕多夫住在一起，并与她结成伴侣，由此诞下两个儿子汉斯和西吉斯蒙德。 他总共留下四名私生子，但只有这两个是玛格丽特所生。西吉斯蒙德于1501年2月1日去世，被埋葬在新建成的慕尼黑圣母教堂中的皇帝路易四世坟墓中。