平均气温上升的影响，湖水自有的垂直水体交换功能在1980年代完全丧失，造成表层水进一步富营养化，而深层水的氧气浓度则不断下降。至1990年代，湖底的氧气浓度持续在0mg/1L的状态，导致湖底的好氧性生物逐渐死亡，只有厌氧生物可以生存。牠们的新陈代谢释放二氧化碳和有毒的硫化氢（H2S）。233zh-hans:米; zh-hant:公尺;深的水底受此影响而黑泥堆积。为改善水质，鹿儿岛县政府及关联机构于1982年制定了「池田湖纯净计划」。通过持续努力，已提升湖水透明度到5-{zh-hans:米; zh