三年（1853），林恭之变，占梅捐白米三千石，升为道员；咸丰四年（1854），海贼黄位据鸡笼，林占梅协助平乱有功，升盐运使。同治元年（1862年）戴潮春事件爆发，淡水同知被杀，全台震动。竹堑境内土匪打劫，林占梅以盐运使的身份，独撑大局，变卖田产，组织团练，维持地方治安。同治二年（1863年）十月，他更亲率二千精兵，进攻被戴潮春佔据之地，同年十二月戴氏乱平，闽浙等督抚打算重用林占梅，林却一概婉谢；可能是树大招风，接踵而来的闲言闲语令林占梅无意仕途，又因为与郑用鑑（郑用钖从弟）家族缠讼，同治七年（1868年