回日本，在和田岬（今神户市）上陆，开设了日本最早的密宗道场能福护国密寺。7月入京都，在途中缮写了佛经230部460卷。适逢桓武天皇卧病、最澄在宫中为天皇祈祷康复。弘仁十三年六月初四日（822年6月26日)，最澄大师在比叡山中道院内圆寂，享年五十四岁。贞观八年（866年)，清和天皇下诏追封最澄为「传教大师」。
日本后纪.『日本后纪』嵯峨天皇纪，录有最澄薨传。　癸亥，传灯大法师位最澄，卒。云云。延历末，入唐请益。皇太子詹事陆淳左降台州刺史，会屈天台宗道邃和尚为座主。傥预讲筵，禀