。1556年斐迪南的哥哥查理五世让出皇位，1558年斐迪南一世被选为神圣罗马帝国皇帝。在他去世后，他的儿子马克西米连二世继承他的所有头衔，马克西米连离世后，他的儿子鲁道夫二世继承了所有的头衔。鲁道夫二世统治时期是布拉格的另一个光荣年代。布拉格再次成为神圣罗马帝国的文化中心。鲁道夫与雅盖隆王朝、卢森堡王朝和普热米斯尔王朝都有关联，但他也与西班牙的疯女胡安娜（卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世和阿拉贡国王斐迪南二世的女儿）有血缘关系，胡安娜是鲁道夫祖父斐迪南一世的母亲。鲁道夫二世虽然非常有才华，却非常古怪，患有抑郁症。