世纪末织田信长消灭六角氏后蒲生氏改臣服于织田信长，并继续领有日野城。1576年织田信长在郡内的安土山兴建安土城作为其居城，但在1582年本能寺之变后遭到焚毁，1585年取代织田信长的丰臣秀吉将本地封给丰臣秀次，并在八幡山兴建八幡山城，1590年改由京极高次接替，但在1595年由于丰臣秀次遭到丰臣秀吉所杀，八幡山城受带连带影响遭到废除。在江户时代大部分区域为幕府直属及旗本，另有部分区域分属、、、仙台藩、、尾张藩、淀藩、、、、、丸龟藩、、峰山藩，其中也有属于门迹、公家、寺社的领地，而此地的幕府直属领及旗