1625年）又考中进士，授官为行人。崇祯二年（1629年），琉球国尚丰王遣使请封。按照惯例应派给事中和行人各一人充当琉球册封使，正使已定杜三策，副使则在萧士玮和孔闻籍中挑选，可是两人互相推诿，互骂至司正杨抡门前，杨抡忍受不了愤怒，于是自请担任副使。崇祯帝便下诏升杨抡为京官，萧士玮降三级并调外任，孔闻籍不准参与考选，调任南京礼部郎中。孔闻籍后出任西宁道副使，崇祯七年（1634年）又转任商洛参议。孔闻籍从西宁道行至到陇西时，听说少数民族入侵，急忙返回，派遣将士御敌，斩获百余人，朝廷于是下诏让孔闻籍留守西