勤务、任务也将借此重新调整，除一般救灾外，不属军事任务的勤务都将检讨，例如营区位在五股的宪兵特勤队就被赋予担任桃园国际机场反劫机的国军战备部队，在战场上却没有明确角色。国军甲种特种勤务队过去承平时期被赋予的「反劫机」、「反劫持」等任务，考量军人未具备司法警察身份，承平时期相关任务拟交还警政署、海巡署辖下甲种特勤队执行，国军特种勤务队将回归军事本务，强化战场任务与角色，重新检讨作战勤务，增赋军事任务。
海巡署特勤队.海巡特勤队，负责海岸及海洋的特勤任务。曾经不携武器、连同保钓人士登上