翼龙（等于鹅喙翼龙）的关系最为接近，因此将牠们分类于高卢翼龙科，该科目前为梳颌翼龙超科的一科。梳颌翼龙超科因为牠们众多、微小的牙齿而着名，可能是用来在水中过泸食物，如同现代的红鹤。然而，一项2006年的研究显示，飞龙较接近于鸟掌翼龙超科，这群生物较适应于滑翔。2006年的研究根据这个论点，将飞龙与北方翼龙分类于鸟掌翼龙超科的北方翼龙科。