战争中国处于劣势的境况，沙俄出兵占领了中国的巴尔喀什湖东南的塔拉塔勒河、伊犁河等七河地区，迫使中国清政府签订了《》，沙俄得到了在伊犁、塔城地区的通商、贸易免税、自由居住、传教等特权。1864年，沙俄再与清政府签订《中俄勘分西北界约记》，沙俄成功取得伊塞克湖和巴尔喀什湖以东以南地区（现在划入吉尔吉斯斯坦和哈萨克斯坦等国的四十四万多平方公里，原为清朝领土）。此时正值太平天国运动和同治陕甘回变波及新疆，新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称