993年12月任解放军总政治部副主任兼解放军报社社长，担任正大军区级职务，同时晋升为中将军衔，时年50岁。1994年8月任解放军总政治部副主任。1996年，徐才厚被外放，任济南军区政治委员。1999年9月，徐才厚进入中央军委，担任军委委员，总政治部常务副主任，同时晋升为上将军衔，时年56岁。2000年12月任中央军委委员，总政治部常务副主任、中央军委纪委书记。2002年11月，中共十六大后，徐才厚任中共中央书记处书记、中央军委委员、总政治部主任，跻身党和国家领导人行列。2004年9月