的台北港和历史悠久的台南安平港。高雄港是其中最大的港口，负责台湾60%以上的货物装卸与75%以上的货柜装卸。目前在台湾与澎湖、金门等离岛之间，船舶依然是主要的交通工具。台湾到澎湖列岛之间的船舶有台华轮（高雄港）、今日之星（台南安平港）、满天星客轮（嘉义布袋港）。每日均有航班。台东富冈港到兰屿和绿岛之间也有航班。台湾本岛到金门之间的航班则是从高雄港出发的金门快轮，到马祖之间，则有从基隆港出发的台马轮和合富快轮及台马之星。另外可以从金门与马祖以小三通方式直接搭船前往中国大陆的厦门。
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