短期和灾难性的战争，卡尔大公打算将主要军队留在意大利，与法军马塞纳元帅在北意大利开始，10月28日会战开始，31日结束，双方都未取得上风，随着缔结和平条约，他开始了积极的军队改组工作，作为大元帅的军队，他若干年前已经取得了元帅军衔。1806年2月弗朗茨二世重新被任命他为奥地利军队总司令和军事委员会主席。1809年5月21～22日，在阿斯珀恩和埃斯灵使拿破仑一世第一次遭到挫败。7月，瓦格拉姆会战失败后辞职。
晚年生活.当奥地利加入第六次反法联盟时，卡尔大公并未被赋予军队的指挥权，