军刘裕于次年（404年）就意图起兵讨伐桓玄，刘裕亦知王叡果敢而有计略，于是联结他，让他与河内郡太守辛扈兴及振威将军童厚之一同在约定时间于建康（今江苏南京市）起兵，进攻桓玄，作为内应。不过，就在起兵以前，刘裕派了周安穆向在建康的刘迈报告起兵一事，刘迈弟刘毅本身亦参与起兵一事。刘迈虽然答应，却表现得很遑恐。一次桓玄写信给刘迈问及刘裕，刘迈就误以为桓玄已知刘裕起兵一事，于是自动向桓玄报告，最终桓玄就将王叡等人处死。王叡死时，王懿逃走，直至刘裕于同年攻陷建康后才与王叡儿子王方回出来。刘裕及后让朝廷追赠王叡给