次国共内战爆发，周鲠生反对内战，同情并理解反内战的学生运动。中华人民共和国成立后，周鲠生未继续担任武汉大学校长。周鲠生出任中南军政委员会委员兼文教委员会副主任。其后历任外交部顾问、外交学会副会长、全国人民代表大会代表（第1至3届）、第3届全国人民代表大会法案委员会副主任委员。1956年，周鲠生加入中国共产党。中华人民共和国成立初期，政务院总理兼外交部长周恩来聘请了国际法等方面的专家到外交部工作。其中，周鲠生、梅汝璈、涂允檀为外交部顾问，刘泽荣、凌其翰、陆殿栋、叶景莘、张炯伯为外交部条约委员会专门委员