规定机场快线之经营须自负盈亏而不得从其他路线收入补贴，因此收费比港铁其他路线昂贵，转乘亦须出闸。乘搭机场快线的旅客，可选择于香港站或九龙站先行办理登机并行李寄舱手续，而无需于机场再次办理。而机场快线于香港站至九龙站、青衣站经欣澳站至近小蚝湾车厂的一段与东涌线列车共用部份路段，但当列车驶进车站时，会使用各自的月台。机场快线沿途各站，即香港站、九龙站等，设计上也没有跟随当时其他地铁站以七彩颜色区分。根据现任港铁总建筑师 Andrew Mead 指出，原因是此路线可以看待成机场的延伸，从离岛区的大屿山连接到市