授翰林院编修。咸丰四年（1854年）改任御史。
任职江西.咸丰六年（1856年）改派江西，任广信知府，追随曾国藩与太平天国作战。当时，城池被太平军围攻，守城的沈葆桢与沈夫人林普晴（禁烟名臣林则徐的三女）同登上城楼，沈夫人甚至仿效南宋梁红玉在城楼上击鼓，守军士气为之大振、击退敌军。咸丰十一年（1861年），沈葆桢升任江西巡抚。同治三年（1864年），清军攻破太平天国首都天京（今江苏南京）后统帅曾国荃纵兵屠城廿万，姦淫掳掠三日夜火光不息；忠王李秀成率众突围失败，唯幼天王洪天贵福及洪