001号列车在全俄铁路运输科学研究院的环形铁道完成牵引功率验收试验。2010年12月，该列车开始在北高加索铁路局罗斯托夫机务段投入运用考核。2012年，杰米霍沃机器制造厂开始批量生产经过改良的ED9E型电力动车组，列车装设了适应低站台的滑动式自动门、视频监控系统等设备，控制车加设了厕所以及为残疾乘客而设的辅助设施。截至2013年1月，杰米霍沃机器制造厂共生产了11列ED9E型电力动车组（0001～0011），除首组列车配属北高加索铁路局外，其余列车均配属高尔基铁路局喀山机务段。