。卢旺达爱国阵线于2000年时仍高度介入战事并和多方交战，除了于基桑加尼和乌干达军方交战，亦于与加丹加省和卡比拉的部队交战。2001年1月，卡比拉于总统府遭射杀身亡。刚果民主共和国政府声称兇手为卡比拉的其中一名护卫，并称其已于现场遭击毙。法国报纸《世界报》所刊登的一则报导则指出，卡比拉是遭自己于第一次刚果战争时组建的童兵团卡多戈（Kadogo）所击毙。卡多戈除在开赛地区与加丹加省的战场上损伤惨重外，其士兵待遇极差，随后也遭到卡比拉忽视。卡比拉遭刺杀后，其儿子约瑟夫·卡比拉随即被指派为总统，他即刻利用职权