专家阿尔伯特·施佩尔掌握了越来越多控制权，感到被架空的托马斯因而于1942年11月20日辞去了军需部的职务，但仍留在最高统帅部工作。1943年1月，同盟国英美领袖在卡萨布兰卡会议举行会议，美国总统富兰克林·罗斯福宣布盟军将只接受德国、义大利和日本无条件投降。由于托马斯已看到战争必然失败的结局，即便是希特勒下台，任何继承的德国政府都无法指望盟军的条件有所软化，若刺杀希特勒还可能将其塑造成德国人民心目的烈士，因此托马斯此后就再无参与任何反纳粹活动。1944年7月20日，反纳粹集团于德军基地「狼穴」刺杀希