1958年10月4日，根据地方军委1958年9月30日批复，以厦门水警区为基础组建了中国人民解放军海军福建基地，仍沿用厦门水警区代号，归属东海舰队建制领导。东海舰队副司令员彭德清兼任司令员兼政治委员。其地区性战斗活动归福州军区组织指挥。为便于指挥进入福建省的海军各部队，暂以东海舰队福建前线指挥所名义出现，将来过渡到基地。1958年12月18日，该基地正式对外办公。领导机关设有司令部、政治部、后勤部，后来又增设了装备技术部。1958年11月，三都澳巡防区改建成三都澳水警区，陈雪江任司令员，张尔庆任政治委员。