过国家级示范高中验收，由省重点中学升为国家级重点中学。自1990年以来，学校曾获得江苏省模范中学、江苏省德育先进学校、江苏省文明单位等多项荣誉称号。2002年合并成为东南大学附属中学2004年学校与原南京理工大附中合并，组成南京市第九中学震旦校区，位于玄武区中山门外小卫街。2007年爆发学生运动，移校至震旦校区计划无限期延迟。现在全校三个年级全部在本校区就读。除正常高中文理班之外，学校还有文艺特色班，以及全国闻名的高中篮球队。入选过中国国家队的唐正东、易立等人都曾为九中效力。