团不演奏瓦格纳和理查·施特劳斯的作品，前者曾发表反犹太言论，后者曾与纳粹合作。1940年至1943年，托斯卡尼尼和莫利纳里带领乐团赴埃及巡演。第二次世界大战期间，指挥乐团在西部沙漠中为盟军举办了一场音乐会。1948年5月14日，以色列建国大典在特拉维夫博物馆举行，乐团在现场演奏了以色列国歌《希望》。以色列建国之后，乐团改名为以色列爱乐乐团。乐团曾乘坐装甲车辆进入被围困的耶路撒冷，举行演出，鼓舞了城中军民的士气。许多音乐家与以色列爱乐乐团合作演出，以示对以色列建国的支持。这些音乐家包括指挥家谢尔盖·库塞维