际游泳总会在1993年的标准指引而设计；及后因国际游泳总会不断更新场馆标准，为了符合其2001年所制订的标准，而需要更改设计和添置设备。澳门特区政府于2000年7月7日起耗资超过1亿8,600万澳门元兴建澳门奥林匹克游泳馆；同日，澳门运输工务司司长欧文龙及澳门社会文化司司长崔世安、体育发展局局长萧威利、土地工务运输局局长贾利安等为该游泳馆主持奠基仪式。同年12月29日起动工。根据第99/2002号社会文化司司长批示，澳门奥林匹克游泳馆于2002年12月24日起被列入在体育发展局辖下的体育设施列表之内。