党第一书记阿布萨马特·马萨利耶夫失去人民与议会的信任，各方势力妥协后，由阿卡耶夫，吉尔吉斯科学院的院长，在1990年10月直选中以95%高得票率当选独立后的第一任总统。1993年宪法定义政府体制为一民主共和制的共和国。行政部门包括总统和总理，国会为两院制，司法部门包括最高法院、宪法法庭、地方法院和检察总长。随着经济恶化，1994年中期开始，阿卡耶夫逐渐转向威权统治。接着数年，在与议会的冲突中，阿卡耶夫透过公民投票直接寻求民意支持，包括1996年2月与1998年10月的修宪以扩大总统权力与修改选举规则