程则交由有马组与大仓组分别从南北两端开挖，于明治卅一年（1898年）2月2日完工，2月13日于隧道北口举行开通仪式，另外虽然当时只铺了单线铁道，但该隧道预留了铺设另一路线的空间。而除了竹仔藔隧道工程外，北基段改良工程还包括路线的截弯取直、樟树湾隧道（今南港隧道）工程、五堵－百福路段改线（该路段的改线工程一度中断，1899年才重新动工并完成）等工程。而由于铁道队的改良工程，明治廿九年（1896年）12月时台北基隆段可每日往返两班，竹仔藔隧道完工后在明治卅二年（1899）已可每日往返四班。而除了纵贯线的兴建