944年7月，因校长徐向前突患重病，何长工开始主持总校工作。1945年10月，何长工率抗大总校前往东北，先后创办了东北军政大学及四个分校，任东北军政大学代校长。不久，兼任通化军区司令员。同时，相继建立了航空、工兵、坦克、医科等学校。1947年起，任东北军区军工部部长，奉命前往满洲里接收日军装备，并创办军事工业，组织研制和生产。
中华人民共和国成立后.中华人民共和国成立后，何出任中央人民政府重工业部副部长、代部长。1951年7月，兼航空工业局局长。1952年后，长期任地质部副部长