入天津武备学堂第2期。1895年（光绪二十一年）毕业后，他参加袁世凯创设的新建陆军，任督队稽査先锋官。1902年（光绪二十八年），李纯被任命为冯国璋手下的提调。1903年（光绪二十九年）后，他升入铁良所率的京旗常备军。1907年（光绪三十三年），他任陆军第六镇第11协统领。1911年（宣统三年）4月，他获授协都统之位。同年10月武昌起义爆发，李纯所率的第11协改组为第21混成协，随冯国璋所率的第1军镇压革命派。11月，李纯部攻击汉阳。中华民国成立后，李纯任第六师师长，驻河南省信阳。1913年（民国二