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更名.深圳北站在规划和设计阶段，曾经使用多个名称，如新深圳站、深圳新客站、龙华火车站等。2008年12月23日，深圳市规划局发布公告，新深圳站正式命名为“深圳北站”。而位于广深铁路上，原称深圳北站的货运、编组站，则恢复初名笋岗站。
地铁车站开通.4号线二期于2011年6月16日开通运营。由于此时5号线尚未开通，故2011年6月16日至6月21日期间，深圳北站的4号线月台部分依旧保持封闭状态。4号线大部分列车会以不停站的方式通过深圳北站，少数4号线列车虽