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修饰.通常，多肽是非支化聚合物，因此它们的一级结构通常可以通过沿其主链的氨基酸序列来指定。然而，蛋白质可以变得交叉联接，最常见地通过二硫键，并且一级结构也需要指定交联原子，例如，指定参与蛋白质二硫键的半胱氨酸。其他交联包括锁链素。
异构化.多肽链的手性中心可以进行消旋。 虽然它不会改变序列，但它确实会影响序列的化学性质。 特别是，蛋白质中常见的-氨基酸可以在formula_1原子中自发异构化，形成-氨基酸 ，大多数蛋白酶不能切割。 另外，脯氨酸可在肽键