1955年改称水上区人民委员会。1956年6月28日，因散居水上船民大部分都已在陆上定居，故上海市人民委员会决定撤销水上区。原水上区人民委员会各科室业务工作分别划归黄浦区人民委员会相应部门暂时负责。1957年4月，水上地区分别划入邻近的黄浦、虹口、闸北、普陀、蓬莱、卢湾、杨浦、东昌、东郊、西郊、北郊11个陆上区管辖。