囊泡藻界（学名：）是一类真核生物。囊泡藻界这个概念是汤玛斯·卡弗利尔-史密斯1981年提出的色藻界的修订。表示双鞭毛生物与红藻发生单独的内共生后进化出的所有后代物种。 囊泡藻界是2005年提出的真核生物域六个界之一。但是，囊泡藻界的单系群问题遭到了很多研究的质疑，最新研究继续证实了囊泡藻界是多系群。
分类.历史上，许多囊泡藻界生物被认为是植物，因为它们具有细胞壁，具有光能合成的能力，很多情况下其形态类似于陆生植物. 但是当“五界说”（动物界、植物界、真菌界、原生生物界、原核生物