庄悦禄捐出50万港元以增缮设备，故于该年3月18日易名为「保良局庄启程第二小学」。2003年，该校下午校第一度与保良局梁周顺琴小学下午校尝试合併，并获分配天水围32区千禧年校舍作重置之用，但不果。于2011年9月，庄二实施全日制，下午校跟保良局梁周顺琴小学下午校以原有申请第二度合併成功，成为保良局西区妇女福利会冯李佩瑶小学。保良局庄启程第二小学已于2019年9月重置于同属大兴邨内的屯门良才里2号释慧文中学原校舍运作，成为香港第四所使用中学标准校舍的小学；及后，此校将加装升降机，预计2022年完成