京都大学综合博物馆是位于京都大学的学内共同教育研究设施。
历史.创建于1997年（平成9年）。其目的是对京都大学百年来积攒的学术标本和260万件教育资料进行分类登録和基础研究，并将这些资料进行数据库化和公开给广大民众。展示空间中以自然史展示室面积最大，也可以在这里进行标本制作等体验学习。京都大学综合博物馆除了自然史展示室之外，也有文化史、技术史的展示空间。文化史的展示部分展示有京都的古地图等展品。