年乌鲁木齐军区撤销，该指挥所改编为中国人民解放军兰州军区空军乌鲁木齐指挥所。1992年4月30日恢复中国人民解放军空军第九军番号。2003年12月缩编为中国人民解放军空军乌鲁木齐指挥所。2011年升格为中国人民解放军空军乌鲁木齐基地。在2016年深化国防和军队改革前，空军乌鲁木齐基地隶属于中国人民解放军兰州军区空军。2017年4月18日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平在北京八一大楼接见新调整组建的84个军级单位主官，并对各单位发布训令；中共中央政治局委员、中央军委副主席许其亮宣读习近平主席