（台大医院）总院区设于本市，该院创建于西元1895年、为台湾历史最悠久的西式医院，是中华民国卫生福利部最高评级的「医学中心」医院之一，亦是中华民国全国医疗体系中最重要的防疫机构。另外，台北市政府为了使原有的各处市立医院之医疗资源能有效整合，遂自2005年元旦起将过去市内各医疗单位整併成为台北市立联合医院，并分设七大院区，院本部则设于大同区中兴院区。台北市的医疗资源十分丰沛，依台北市政府卫生局统计，2015年底台北市计有37家医院、3,452家诊所，较2014年底分别减少1家（-2.6%）、增加40家（1