2004年6月任普林斯顿大学计算机科学系William and Edna Macaleer工程与应用科学教授。2004年9月至今任北京清华大学高等研究中心教授。2005年1月至今任香港中文大学博文讲座教授。2007年3月29日，姚期智领导成立了北京清华大学理论计算机科学研究中心。2007年12月6日，姚期智在新竹国立清华大学应聘担任荣誉讲座。2010年12月30日领导成立了北京清华大学交叉信息研究院，2011年1月至今任院长。2015年，姚期智放弃美国国籍。2017年2月21日，由中国科学院外籍院士