条文第三条规定，行政院院长由总统任命之。行政院院长辞职或出缺时，在总统未任命行政院院长前，由行政院副院长暂行代理。宪法第五十五条之规定，停止适用。行政院长并无任期限制，总统在其四年任期内，有任命院长的权力。行政院长的任期虽无限制，但不会超越总统的任期。行政院下辖之「公平会」、「通传会」、「中选会」等。即使面临新政府交替，在任期制的保障下，依然可以行使职权直到任期。上述部会在行使职权时，也拥有「自主独立性」，政府不得干预其运作及决策。宪法增修条文第四条规定，立法院立法委员自第七届（2008年）起一百一十三