212年到1222年改为奥斯定会的圣多马修道院。1217年，海因里希·冯·莫伦根前往印度时，将多马圣物捐赠给教堂。经过多次重建（考古发掘中发现早期罗曼式建筑的遗迹），1496年4月10日，梅泽堡主教蒂洛祝圣了目前的这座哥特式建筑。1539年五旬节主日，宗教改革领袖马丁·路德在此讲道。今天，这是一座路德会教堂。钟楼始建于1537年，1702年重建，达到目前的68米高度。作曲家约翰·塞巴斯蒂安·巴赫从1723年至1750年去世一直担任圣多马教堂的唱诗班指挥。1908年，教堂旁边竖起了巴赫雕像。 圣多马合