台湾高铁公司及台北捷运公司（前叙两项透过中华航空事业发展基金会持有）、桃园航勤、阳明海运等交通相关企业之股权。2010年2月，《行政院组织法》修正，预定将交通部改制为「交通及建设部」。改制后的交通及建设部，拟由原交通部整併原行政院公共工程委员会及内政部营建署营建业务而成，未来拟主管业务除原交通部时期的交通运输观光以及邮政外，增加营建产业、公共工程基础建设及技术规范和政府採购（委託财政部）等事项。2017年7月20日，配合《交通部组织法》第20条修正案，交通部副首长人数由政务次长1人、常务次长2人修正