澎湖群岛，划属福建路晋江县。1225年，赵汝适所着诸蕃志提到「泉有海岛，曰澎湖群岛，隶晋江县。」，正式确认澎湖群岛为南宋所据。13世纪汉人开始在澎湖群岛定居，但因与原住民族部落的敌对，以及原住民贸易资源对汉人缺乏吸引力，双方少有互动，仅有少数汉族冒险家或渔民与原住民从事贸易，这样的情况维持到16世纪。1281年（元世祖至元18年）元军东征日本因台风失败，迂回琉求国，道经澎湖设澎湖巡检司，企图进取琉求国，作为征日本之准备，然使者仅至澎湖而返。随后占领澎湖，并划该地方区划隶属于福建泉州路，主官为澎湖寨巡检。澎