南京六部，明朝的政治机构。明朝原本定都金陵应天府，明成祖靖难夺位之后，决定回到根据地燕京，称北京，是为永乐迁都。但依旧保留了陪都的地位，金陵改称南京。并设置吏、户、礼、兵、刑、工六部，称为南京六部，而南直隶（简称南直）的行政由南京六部直接管辖。其实“南京吏部尚书”以及其他五尚书等职位，多半为虚衔。为参赞机务或涵养清望的闲职之所，重要性已无关政体本身。