于克罗地亚独立战争和空域关闭，克罗地亚航空被迫停止营运。复航后，克罗地亚航空从汉莎航空取得3架波音737及成为国际航空运输协会的成员，并于1992年4月5日开办首条国际航线从萨格勒布飞往法兰克福。1993年，克罗地亚航空再引入2架波音737和2架ATR 42，并在不同的欧洲城市设立办事处，同时亦买下旅行社Obzor。1994年，克罗地亚航空接送了第100万名乘客。不久，教宗若望·保禄二世乘搭克罗地亚航空前往克罗地亚。1995年接收了另一架ATR 42和运载第200万名乘客。1996年波斯尼亚战争后，