国桢写了三封信给蒋介石，逐条驳斥对他的诬蔑。不久吴国桢在美刊出〈上总统书〉，批评蒋介石“自私之心较爱国之心为重，且又固步自封，不予任何人以批评建议之机会。”同时，把矛头直指“太子”，主张将其送入“美国大学或研究院读书”，否则会妨碍台湾进步。3月17日，国民大会更通过决议，要求政府除撤免吴国桢政务委员职务并依法究办，蒋介石总统同日发佈「总统命令」称：“据行政院呈：本院政务委员吴国桢于去年五月借病请假赴美，托故不归。自本年二月以来竟连续散播荒诞谣诼，多方诋毁政府，企图淆乱国际视听，破坏反共复国大计，拟请予以撤职