别纠缠单重峰、双重峰和三重峰的分解。与核磁共振相反，质谱法是另一种更适用于代谢通量分析实验的方法。依据使用场合的不同，质谱法的工具可以有不同的变体。与二维核磁共振（2D-NMR）不同的是，质谱仪能够直接对水解产物进行分析。在气相色谱-质谱法（GC-MS）中，质谱仪与气相色谱仪配合，对水解产物进行分离。从气相色谱柱中洗脱出来的化合物被同时电离和分散。使用气相色谱-质谱仪的好处是，不仅测量了同位素离子的质量，而且还有数个同位素碎片的质量光谱，大大增加了测量所得到的信息。在液相色谱-质谱法（LC-MS