武十一年（1378年），朱元璋下诏改南京为京师。至此，建都地点才得以确定，但是为了控制北部边防，朱元璋仍有迁都之念。而南京皇宫是填湖所建。建成之后，由于地表下沉，逐渐形成南高北低的态势，在风水上是不祥的征兆。公元1391年（洪武二十四年），朱元璋派遣太子朱标考察关中地区，为迁都西安作准备。然而第二年朱标病逝，沉重打击了朱元璋，令其不愿再劳师动众地更换京师 。一直到洪武朝后期，建都问题仍是朝廷的重要议题。永乐迁都到燕都顺天府（今日北京）后，这一争议才停止。
后续.虽然没有迁都，但