通常而言，同源性可以用来形容显然相关的四肢骨骼在内的解剖结构之模式上，但深度同源性则可适用于解剖结构完全不同的动物群体，如：由骨骼和软骨构成内骨骼的嵴椎动物和由甲壳素构成外骨骼的节肢动物的四肢的形成方式是深度同源的。在后生动物中，同源基因控制着主要体轴方向上的细胞组织分化，而pax基因控制着眼睛和其他感觉器官的发育。深度同源性可以超越族群差异，如：尽管哺乳动物的眼睛和昆虫的复眼形态上完全不同，其发育却是由PAX6来控制的。类似地，Hox基因帮助形成动物的分节模式。Hoxa和 HoxD调节小鼠手指和脚趾