公司惠誉国际曾对南航的财务状况表示担忧，称南航存在高财务杠杆、大量资本性支出承诺、应对高油价和控制成本的能力脆弱等问题。
价格争议.2009年，南航曾在其网站上推出由广州出发的199元系列特价境外机票，价格甚至低于廉价航空公司亚洲航空当天的同一条航线的票价。该系列特价境外机票涉及东南亚、欧洲、美洲、澳洲、台湾及香港特别行政区，并且往返同价，被部分业者指为低价扰市，几乎伤人又伤己。然而南航回应指出，其推出的特价机票数量有限，而且必须通过网站预定，旨在刺激淡季市场，推广网站预定渠道