该协议因1646年一场席卷中国西北的穆斯林起义（参见前文“一统中原”末段）而中断。大清与资助反政府武装的哈密和吐鲁番的朝贡贸易最终于1656年恢复。不过在1655年，清廷宣布来自吐鲁番的朝贡使节每五年才能接受一次回赐。1651年，小皇帝邀请藏传佛教格鲁派领袖第五世达赖喇嘛访问北京，后者不久以前在蒙古和硕特部首领固始汗的军事帮助下，成为西藏的宗教统治者和世俗统治者。尽管满洲对藏传佛教的支持和保护至少始于努尔哈赤治下的1621年，但此次邀请背后仍有政治原因。即西藏正在成为大清西部一个强大的政治实体，达赖喇嘛