1587年），蒙古卫拉特部进入博尔塔拉游牧。明崇祯十六年（1643年），准噶尔首领进攻哈萨克人，征服托克马克地区及阿拉套山两个哈萨克部落。博尔塔拉为蒙古准噶尔部所占有。清朝干隆年间，从察哈尔调八旗察哈尔兵丁进驻屯垦戍边，后又有从伏尔加河流域回归的旧土尔扈特部西旗落驻牧于精河，称晶土尔扈特。清干隆二十七年（1762年），清政府在惠远（今霍城县）设伊犁将军府，总理南北两路军政事务。干隆二十七至二十九年（1762～1764年），清政府令河北张家口调察哈尔官兵2000名，携眷移驻新疆，其中1800名被安置在博罗