邓铿遭暗杀，孙文一方坚称是陈炯明所为，但近年来一些学者根据史料认为此事有可能是孙文一方所为。6月16日，陈部下叶举在通知孙后，出兵围攻总统府，鸣炮警示孙离开广东。「陈率部叛变」，佔据广州城。孙转移到永丰舰（后改名中山舰）还击轰炸广州后离开广东，史称“六一六事变”。9月16日，陈自任总司令。蒋中正即回师广州讨伐陈部。
军队覆灭.1923年1月4日，孙文通电讨伐陈炯明， 并收买滇军杨希闵部、桂军刘震寰部，与拥护孙文的许崇智粤军联合，组成东西两路“讨贼军”，合击陈炯明。1月15日陈炯明宣