于省政府的职权被大幅度削减，省主席一职已形同冗职。2006年1月25日，原台湾省政府主席林光华退休，中央政府一直未派任新任省主席，仅行政运作授权台湾省政府秘书长郑培富决行，省主席的职位悬缺近两年之久。直至2007年12月7日发布中华民国总统令，任命时任行政院政务委员林钖耀兼任台湾省政府委员并为主席，政务委员兼任省主席渐成惯例，维持至2018年6月30日，行政院停止派任省主席为止。