斯·马什（Othniel Charles Marsh）所命名，似鸟龙科起初被分类于斑龙类（在当时为一种「未分类物种集中地」，包含任何中到大型兽脚亚目恐龙），但因为许多更多样性的兽脚类恐龙被发现，似鸟龙科与其他兽脚类恐龙的真实关系有待解决；后来他们被移到虚骨龙类。在1976年，瑞钦·巴思钵（Rinchen Barsbold）认为似鸟龙科与其它恐龙相比相当独特，因此将此科分类于个别的似鸟龙下目。在1990年代，似鸟龙下目与似鸟龙科的内容随者不同作者的亲缘分支分类法定义而有所改变。例如，保罗·塞里诺在1998年将