2种是特有种，固有率24%）。北海道的棕熊和白尾鹰、冲绳的椰子蟹和竹叶青蛇都是日本的知名动物。日本列岛虽在冰河时期自然环境严酷，但并未出现大量生物灭绝的情况。加上岛国的地形又使得外来生物较难入侵，使得岛上的生物实现了不同于大陆生物的独自进化过程。然而自明治维新以来，因人类的捕猎和外来生物的入侵，一些珍稀的日本特有种已经灭绝或濒危。日本狼即是典型的例子。日本的森林覆盖面积约有25万平方公里，森林覆盖率约有66%，在已开发国家中仅次于芬兰和瑞典。日本的森林面积中有约13万平方公里是天然林、10万平方公里是人工