与这些叛军不同的是，三别抄军始终坚持其反蒙古政策，这是由于该军队是由主战派掌权者崔瑀一手缔造的私兵，因此绝对地效忠于崔瑀。1258年，将军金俊率领杀害崔氏政权首领崔竩，崔氏政权覆灭。但金俊上台后，执行亲近蒙古的政策，将王子王倎送到了蒙古。王倎被忽必烈扶植即位，是为高丽元宗；元宗又同王世子王賰前往蒙古以获取支持。1268年，林衍率三别抄军杀死了金俊。次年林衍试图废黜元宗，但在蒙古的压力下让元宗复位。1270年最后一任武人政权的掌权者林惟茂被三别抄军杀害。长达100余年的武人时代终于结束，权力回到了