1月3日（庆应3年12月9日），倒幕派在朝廷发起宣告将政权交归天皇（大政奉还）。新政府于小御所会议上要求幕府将军德川庆喜向朝廷返还官位和领地（辞官纳地）。此事刺激了幕府，更激化了双方的对立。会津藩、的藩兵以谒见天皇为名从大坂向京都进军，同时，以萨摩和长州两藩军队为主力的政府军亦重兵集结，双方在京都南郊的鸟羽、伏见爆发武装冲突，即鸟羽伏见之战。萨长军获得压倒性军事胜利，倒幕派掌握了新政府的实权，并宣布大将军德川庆喜为朝敌。庆应4年1月6日，德川庆喜放弃大坂城，由海路逃往江户。失去指挥官的幕府军随即溃散