引起当地平民的极大反抗，在2月时他辞去职务，3月遭到拘捕。他受到不服从政府命令和染指那不勒斯公款的指控，但这有可能是他包括麦克唐纳将军在内的敌人们对他采取的政治行动。7月份特别军事法庭宣布针对他的指控被判不成立。随后他出任阿尔卑斯军团总司令，受巴泰勒米·卡特林·儒贝尔将军指挥。1799年8月15日儒贝尔在诺维阵亡，尚皮奥内成为意大利方面军司令，在9月接管军团左翼。他率军占领苏萨（Susa），抵达热那亚后从莫罗手中接过军队指挥权。11月他在杰诺拉失利，12月时他感到自己病入膏肓，于是在30日辞去指挥权。随