先有王恭两度举兵，荆州各地亦陷入割据状态，朝廷影响力量在司马道子父子主政时一度仅及三吴。内乱不休的晋廷因而无力守衞北方领土，至隆安三年（399年），后秦佔领洛阳及河南地区，南燕则佔领山东半岛，建都广固城。东晋再次丧失了淮水以北的大部分领土。接着发生的孙恩卢循之乱以及桓玄篡位事件，亦让东晋未能有暇收复失地，蜀地甚至在讨伐桓玄期间由谯纵建立的谯蜀控制。刘裕主政之下，东晋于义熙五年（409年）出兵进攻南燕，并翌年灭南燕，收复齐地；虽然卢循乘刘裕北伐的机会袭击建康，但刘裕适时回军，成功防御京师，并于稍后击溃卢循主力