陈宝仓表示可以到台湾为“实现祖国统一”做工作。1948年底，陈宝仓的嫌案撤销，蒋介石调任他为国防部中将高参。1949年，奉中共中央华南局和民革中央（有资料显示是受李济深委派）的委派，陈宝仓潜赴台湾充当卧底，开展地下工作。1950年朝鲜战争爆发，中国人民解放军业已准备完成的进攻台湾的渡海战役被迫取消。台湾的中华民国政府趁机整肃台湾岛内中共地下组织。陈宝仓决定让家人全部从台湾撤往香港，在家人离开台湾三个月后，国防部参谋次长吴石中将、朱枫、国军陈宝仓中将等人，因是中共方面地下工作人员而被捕。经过迅速的军法审判