来归顺，而北元方面没有回信；朱元璋又以礼相待元朝时期的故官旧址，并安抚归附的北方及蒙古人、色目人等地方百姓，下令严禁大军骚扰地方。
攻克陕西、山西.而逃到蒙古高原的北元实力仍然对明朝造成了一定的威胁，残余的元朝军队仍分布在上都、辽东、秦陇、云南等地，而四川还有明昇的明夏政权。洪武元年（1368年）十二月，徐达率大军兵分三路一举攻克太原、大同、宣府等地，迫使元将王保保（扩廓帖木儿）逃到甘肃，山西尽皆归属明朝。洪武二年（1369年）三月，明军攻入陕西关中等地，攻克西安、凤翔，元将李思齐