回台湾，再度成为史语所研究员，取得终身聘任资格。1994年，首度进入中国，由北京一路南下，至西安、西宁与汶川，对羌族进行田野研究。2003年至2007年间，至四川、内蒙古、新疆、青海等地进行田野研究，研究方向逐渐转向康藏族。2010年担任国立中兴大学文学院院长，2011年兼任中兴大学人文及社会科学研究中心主任。2014年7月4日，当选中央研究院第30届院士。2017年3月接任中央研究院历史语言研究所所长