祝百年华诞，但在欧冠赛场上，巴塞罗那最终陷入了有拜仁慕尼黑和曼联的死亡之组，最终连续第二年小组赛出局。不过球队在联赛中保持了极强的统治力，最终以11分的巨大优势力压皇家马德里赢得冠军。在经历了连续两个赛季获得成功后，云高尔和球队内部的矛盾逐渐加深。里瓦尔多在1999年凭借在俱乐部和国家队的优异表现获得了欧洲金球奖和世界足球先生，但他非常不满云高尔给他设定的左边锋的位置，两人关系恶化。荷兰帮和巴萨本土球员的矛盾也被媒体曝光，因此云高尔和媒体交恶。巴塞罗那在1999/2000赛季战绩下滑，未能获得一项冠军