内网络及代码共享航班，在日本国内共有39个航点。近年，由于与寰宇一家其他航空公司实行A|zh-cn:代码共享;zh-tw:班号共用;zh-hk:代码共享;，日航减少了往各大洲次要机场的航班。1980年代，日航在中东有很广大的航点网络，如开罗、巴林、科威特、阿布达比等，但现时服务已中止。日航曾是5间有航班往拉丁美洲的亚洲航空公司之一（另外四间为中国国际航空、阿联酋航空、马来西亚航空及大韩航空），包括经纽约往来圣保罗的航线，但已于2010年9月30日停止服务。
代码共享.日