914年（民国3年）8月，他升任云南巡按使。
参加护国战争.1915年（民国4年），袁世凯称帝，任可澄起初支持袁。不久他和唐继尧一同反对袁世凯称帝。他还以个人名义向袁发电报，谏止其称帝。此后，蔡锷入云南，12月25日蔡、唐发表护国战争发动宣言，任可澄列名于该宣言。1916年（民国5年）3月，在护国战争的压力下，袁世凯取消帝制，6月死去。7月，任可澄被黎元洪任命为云南省长。由于任可澄当初支持袁，滇军军人联名拒绝他任省长。此后他被迫辞职，返回贵州。后来，贵州省内各派阀有拥立任可