鳄。贫齿鳄是在1973年由中国古生物学家杨钟健所命名，模式种是天山贫齿鳄（"E. tienshanensis"）。杨钟健当年所发现的正模标本（编号IVPP-V-3236）是一个部分颅骨，与数节相连的颈椎。在2000年，洛杉矶郡立自然历史博物馆与中国地质博物馆组成的挖掘团队发现了第二个部分颅骨。杨钟健当时将贫齿鳄归类于原鳄亚目的贫齿鳄科（Edentosuchidae）。在2004年，迪亚戈·玻尔（Diego Pol）等科学家根据新发现的第二个颅骨，将贫齿鳄归类于原鳄亚目的原鳄科。贫齿鳄是种异齿型动物。