（184年），黄巾之乱爆发，王允出任豫州刺史，并参与讨伐黄巾军和招降余党。期间王允发现中常侍张让的宾客与黄巾部众有联络，于是告发。汉灵帝知道后大怒并责斥张让，但张让最终没有获罪，于是向王允报复，王允因而下狱。王允期间获赦，但十多日后就再因别的罪被捕，送交廷尉。王允最终因得到大将军何进和袁隗、杨赐等人上书营救才得免死，至次年才得释放。王允有鑑于当时宦官权盛，于是改名易姓，流连于河内、陈留地区。
乱世保国.在中平六年（189年），汉灵帝死，王允奔丧至洛阳。当时外戚何进掌权，请王允为其从