不久受命开缺。光绪二十四年（1898年），朝廷再降旨，将其革职，永不叙用。光绪二十八年（1902年）卒，年六十八。《清史稿》有传。
着作.吴大澂善画山水、花卉，尤精于篆书，少从陈硕甫学篆，书法酷似李阳冰，后受杨沂孙启发，结合小篆与金文，自成一家。作品有《古籀补》、《古玉图考》、《愙斋集古录》、《愙斋诗存》、《古字说》、《权衡度量考》、《恆轩所见所藏吉金录》等。