独立运动的所有领导权交给西蒙·玻利瓦尔。秘鲁国会于1824年2月10日任命玻利瓦尔为秘鲁独裁官，这使他得以彻底重组政治和军事行政部门。在将军安东尼奥·何塞·苏克雷的协助下，玻利瓦尔于1824年8月6日的决定性地打败西班牙骑兵。苏克雷于12月9日再在阿亚库乔战役击败数量仍然佔优势的西班牙军队残余。直到最后的保皇派据点皇家费利佩城堡于1826年投降后，战争才能结束。这场胜利让秘鲁获得事实独立，但是国内仍有原住民和麦士蒂索人的保皇派，而他们于1825年至1828年间在万塔省进行暴力起义，史称“万塔起义”（H