祖鸟科与早期鸟类不同的是其长及骨质的尾巴，一些物种甚至有较长的第二趾。
分类.始祖鸟科属于独有的始祖鸟目，最初其下只有始祖鸟一属。当未有任何种系发生学的定义时，始祖鸟科是一个包含了所有接近始祖鸟而又疏于新鸟亚纲鸟类的分支。驰龙科传统上被认为是非鸟类的恐龙，也被分类到始祖鸟目中。后来发现的一些原始形态令早期鸟类的关系变得模煳，使伶盗龙及相似的恐龙都有可能是鸟类之一。葛瑞格利·保罗（Gregory S. Paul）将驰龙类分类到始祖鸟目中，但大部份支序分类学的研究都认为牠们是在鸟纲