争议。士林有投票所于19时46分开始开票，凤山区王生明路百姓公福德正神庙投开票所投到20时35分。中坜区660投开票所直到凌晨2时39分才开完所有的票，全部开票作业3时2分才完成。皆是中华民国选举史上最晚。此现象间接影响了台北市长的选情。如丁守中在柯文哲宣佈胜选的前一刻，公开质疑本次选举的公平性。他还指出“一个一边开票一边投票的选举，这个不禁让我们强烈怀疑中央选委会和台北市选委会是不是有刻意放水操作弃保的选举？”，并决定向台北地方法院提起选举无效之诉讼，并且要求胜诉后不能重选，而是由丁守中自己递补。