国藩死后，李继续受到两江总督李宗羲重用，总办上海机器制造局。1889年任山东东海关道，1895年任长芦盐运使，1897年任福建按察使。光绪二十五年七月二十八（1899年9月2日），调任广西布政使。光绪二十六年九月二十六日（1900年11月17日），升任江西巡抚。1902年，署广东巡抚，1903年署闽浙总督，1904年任两江总督，两个月后病死于任上，终年78岁。