进了药品审评审批的透明化、高效化工作。其任上推进了飞行检查常态化。整个毕井泉时代的食药监，在临床实验数据造假监管、仿制药标准、审评审批透明度、上市许可制度上一直动作不断，被评价为“3年的变革，比过去30年的总和还要多”。2018年3月21日，国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理总局功能合并，新组建的国家市场监督管理总局正式成立。63岁的毕井泉任国家市场监督管理总局党组书记、副局长。2018年8月16日，中共中央政治局常务委员会召开会议，听取关于吉林长春长生公司问题疫苗