12月25日，香港沦陷，进入日治时期。沦陷仅三天，日军已派军官查封香港大学的图书馆，发现了111箱已整理装箱的书（共计约3万本），随即运往日本东京上野恩赐公园帝国图书馆（但陈君葆当时不知道会运往何处）。在三年零八个月期间，陈君葆唯有整理馆藏。日本在第二次世界大战战败投降后，他开始追寻那111箱书。1946年1月，他知道外国朋友博萨尔随远东委员会到日本，故托请他留意。同年6月，博萨尔通知陈君葆在日本东京上野恩赐公园帝国图书馆看见那111箱书，博萨尔已向位于东京的中国大使馆报告，并请求陈君葆写信到东京的英国