绿体内含环状DNA，结构和蓝绿藻相似，可能代表退化的蓝绿藻内共生胞器。各演化系（lineage）藻类叶绿体的确切特性均不相同，反映出不同的内共生事件。下表列出三个主要群组，它们的演化系关系表示于左侧。需注意许多群组均包含不再行光合作用的成员。有些仍保有色素体但非叶绿体，有些则已经完全丧失。种系发生：