中断，桑志华不得不返回法国，北疆博物院也基本停止了采掘与研究工作。1939年，天津遭受水灾，北疆博物院的一部分藏品迁到北京法国使馆附近新建的博物院内。1947年，北疆博物院的工作正式停摆。中华人民共和国成立后，北疆博物院由津沽大学代管。1952年，天津市人民政府接收北疆博物院，并更名为“天津人民科学馆”。1953年11月，陈列厅再次对外开馆。当时展品按古生物及矿石、嵴椎动物、动物进化、农业病虫害四大类，被分在不同的陈列室。1958年，在北疆博物院的大楼里，正式成立了天津市自然博物馆。1959年，在陈列展览和