共产党第二十次代表大会上反对爱沙尼亚脱离苏联的一派建立。它成立的时候，取名爱沙尼亚共产党（基于苏共纲领）。1990年6月20日，它改名为爱沙尼亚共产党（苏共）。在同年爱沙尼亚共产党脱离苏联共产党后，该党成为苏共新的爱沙尼亚分支。1991年，苏联发生了八一九事件，该党对政变表示了支持。随着政变的失败，1991年8月22日，该党被爱沙尼亚当局宣布为非法。此后，该党转入地下继续运作，并在后来以“爱沙尼亚共产党”的名义参加了共产党联盟－苏联共产党。1998年10月3日，该党召开第二十二次代表大会。 2001年，