与派来协防的候补知府朱上泮，至于兵力部分，据思痛子《台海思恸录》记载，台湾巡抚唐景崧当时命澎湖镇总兵周振邦增加募勇两千人，候补知府朱上泮率领两千五百人到澎湖驻守，并准备了半年左右的军粮、新利兵器与加倍的弹药，故可知至少在4500人以上。而1919年的《台湾通史》则提到周振邦底下有8营，朱上泮底下有4营，一营约五百人，故兵力约有6000人。而日本方面的资料则显示，日本入侵之前蒐集到的资料是澎湖有步军12营，砲兵2营，海军1营，日后在1907年出版的《明治廿七、八年日清战史》则记载清朝的澎湖守军人数在500