后孙等成立护法军政府，请彭任军政府顾问。军政府又命彭为琼崖实业督办，开发海南岛，支援北伐。台湾总督明石元二郎欲染指海南岛，几次派人联系，彭不为利诱所动，坚决拒绝。1921年5月，孙在广州任非常大总统后，彭任赣军总司令，奉命率领两梯团在广东连县一举击破桂军一个旅，俘获该旅旅长。到达桂林后，与李烈钧所率滇军会合。12月孙抵桂林，成立北伐大本营，部署北伐。1922年6月，北伐军经南雄，进大庾，抵江西吉安。彭率两个旅和滇军朱培德部配合攻打赣州，与北洋军岳兆麟和周荫人部苦战十余日。12月18日晨，攻入赣州。1