有让位给皇太子朝仁亲王的想法，但因当时将军德川纲吉慰留，一直到1687年才正式让位，他成为太上皇，并且以上皇的身份实行院政。对于上皇这样刚硬独断的态度，幕府也加强对朝廷的干涉，迫使上皇不得不停止院政。他于1713年剃发出家，成为法皇，法号为「素净」。享保十七年八月六日（1732年9月24日）灵元上皇过世，享寿七十八岁。其谥号取自古代孝灵天皇与孝元天皇，葬于月轮陵。他也是日本至今为止最后的一位太上法皇。