身患重病，仍参加贡生董志宁、秀才王家勤、张梦锡、华夏、陆宇鼎、毛聚奎6人（时称“六狂生”）倡导的抗清集会，并被一致推举为抗清义军首领。监国鲁元年（1646年），浙、闽相继失守，钱肃乐跟随鲁王朱以海转战东南沿海诸岛屿。曾力辞吏部尚书，理户部之职。拜为兵部尚书。监国鲁三年（1648年），钱肃乐病逝于琅江一船上，遗体被安葬于福清县黄蘖山麓。鲁王闻讯，大为震悼，赐九坛，制文祭之，追赠太保、吏部尚书，谥忠介。肃乐起兵时，同产弟从军者四人，从子一人，又族弟三人曰肃文、肃度、肃绣。以上着作因战乱已佚。