嗣冲命倪毓棻任募兵督办，到豫东、皖北募兵，倪毓棻乃收编老巡防营石忠玉部两个营及若干散兵。1912年1月下旬，安庆的革命党人段志超、管鹏率部同淮上军余部及柏文蔚第一军卢慈甫部会合，将倪嗣冲部包围在阜阳城。倪毓棻闻讯后率部驰援，解除了民军对阜阳的包围。中华民国成立后，倪毓棻任职于武卫右军营务处，后又任武卫右军参谋长。民国二年（1913年），永城人黄二诚领导饥民发动起义，攻占了蒙城县并杀害了蒙城县知事韩士英。安徽督军倪嗣冲派时任武卫右军参谋长的倪毓棻赴蒙城追查蒙城县失陷的责任，蒙城县团防局局长李松岩为了推卸自