立体育实验高级中学（花莲体中）合作共同培育台湾体育国手，近期也与校友创办的波斯顿国际实验学校合作，于校区内成立花莲第一所双语国际学校（Hualien International School）。
屏东校区.2004年，东华大首创高教学府及学术研究中心合作之先河，与国立海洋生物博物馆（NMMBA）共同成立「海洋科学学院」，并设立海洋生物研究所、海洋生物多样性及演化研究所，由海生馆提供学术研究设施，与博士级研究师资，学生能直接利用海生馆的资源进行研究与学习。屏东校区位于海洋环境资源丰富