Boy Advance的作品，亦是此平台上的最终作。全52话（包含分支合计68关）。另外，标题的「J」是指「Judgment」（「审判」之意）。本作的特征，是系列首次没有包括任何盖特机器人系列及宇宙世纪GUNDAM系列，TV版无敌铁金刚系列（包括金刚大魔神、巨灵神）也没有参战。在超级机器人大战K推出以前被视为最多参战作异例的作品。取而代之《机动战舰抚子》《机动战士GUNDAM SEED》将会领导着故事的核心。不同以往，本作自军战舰的舰长全部都是女性。另外，比起前作《超级机器人大战D》有着更另一层次