满朝皆惊。天启二年（1622年），因丁忧归里。守丧结束，巡按真定府等府，按例应转凤阳兵备副使。当时崔文升出镇两淮，于是引疾归里。崇祯二年（1629年），重新启用，分巡河东道，迁任宁武参政，因军功升任山西按察使。崇祯七年（1644年），擢升右佥都御史，巡抚大同。边境兵事日紧，军民缺饷，焦源溥请求赈济不成，自劾求去，于是被罢归。崇祯十六年（1643年）冬，李自成攻陷关中，焦源溥与从兄焦源清同被扣押勒索，焦源溥怒目大骂，被李自成军拔舌后支解。《明史》有传。