有石油的大型货船也给途径海域带来了油污洩漏，使得日本近海海水污染问题严重。汽车及工厂排出大量被污染的空气更导致日本部份都市在1970年代出现光化学烟雾问题。1968年，日本政府制订《大气污染防止法》，空气污染问题始得到改善。1997年12月，在日本京都市举行了第3届气候变化框架条约缔约国会议，并通过了《京都议定书》。日本也加入了《京都议定书》和《联合国气候变化框架公约》，和世界各国合作面对全球暖化问题。日本还参加了《湿地公约》、《华盛顿条约》、《生物多样性公约》等全球性保护环境条约。