未提名以礼让绿党提名人潘翰声，民进党台北市议员积极帮忙潘翰声跑行程及出席民进党造势场合。潘翰声解释，这是绿党与民进党因为台北大巨蛋BOT案的议题理念相同而支持，并非全面性政党合作。民进党中央则指出，这次总统与立委选举同时进行，民进党除了希望透过和绿党与无党籍人士在立委选举的合作来拉下国民党提名人，也希望扩大民进党总统大选的社会支持基础。然而，潘翰声与民进党的合作关系，也造成了绿党内部的路线争辩。
2012年.2012年1月19日，绿党发布《潘翰声乐生捷运通车记者会事件之中评委调查报