1944年5月起兼任《华北新报》经理和报道协会理事、中日文化协会理事。
战后.抗战结束后，1945年12月在北平以汉奸罪名被蒋介石主政的国民政府逮捕，并押解南京受审，监禁于老虎桥监狱，周的朋友、学生纷纷为他开脱求情，俞平伯还给在美国办外交的胡适写了封长信，请求胡适为周说情。1946年11月6日，高等法院判处他14年有期徒刑，1947年12月9日改判10年有期徒刑。洪炎秋《我所认识的周作人》（1967年7月发表）一文写到「理学院仍设景山东街前北京大学理学院原址，文学院因为沙滩