益州陷于前秦。太元十年（385年），收复益州。义熙元年（405年），益州陷于谯蜀。义熙九年（413年），收复益州。后以关陇流民置始康郡，以秦州流民置晋熙郡，以江阳郡旧土置东江阳郡。
南北朝.南朝宋初，梁州广汉郡、遂宁郡、巴郡、巴西郡、南阴平郡改属益州。后分广汉郡置新城郡。元嘉十年（433年），侨置宋宁郡、宋兴郡。元嘉十二年（435年），侨置南新巴郡、南晋寿郡。元嘉十六年（439年），梁州梓潼郡、南宕渠郡、南汉中郡、怀宁郡，南秦州安固郡改属益州。元嘉二十六年（449年），秦州北阴平郡