1935年，46岁，考取中医师执照。1937年，48岁，应聘入大成至圣先师奉祀官府，任教读先生及主任秘书职。芦沟桥事变起，随奉祀官孔德成至重庆避难。访重庆长安寺，遇见久仰之太虚大师，同时重逢梅光羲先生，再随之研学唯识，深入法相经论。又跟从藏传佛教白教贡噶唿图克图、红教诺那唿图克图修持密法，共八年时间。1949年，60岁，徐蚌会战之后，孔德成举家迁至台湾，将大成至圣先师奉祀官府设于台中，李炳南随往。到台中不久，开始在法华寺一面义诊，一面讲经弘法。董正之与赖栋樑等人遂畅议将法华寺改为净土寺庙，请李炳