康九年（299年），皇后贾南风废太子司马遹，迁他于许昌，并不许东宫官属送行，王敦则与太子洗马江统、潘滔、太子舍人杜蕤、鲁瑶等违命去送行，得到当时议论者的称许。后王敦改任给事黄门侍郎。永宁元年（301年），赵王司马伦篡夺帝位，并派王敦到兖州慰劳担任兖州刺史的叔父王彦。三个月后，齐王司马冏兴兵讨伐司马伦，诸王都响应，此时王彦收到齐王的檄命，邀请一同起兵；王彦畏惧司马伦兵力强盛，不敢应命。王敦此时劝王彦响应，最终齐王击败司马伦，王彦亦获功勋。司马伦失败后，晋惠帝复位，王敦迁任散骑常侍、左卫将军、大鸿胪、侍中。