占领危地马拉城，阿尔塞被推翻，次年，莫拉桑当选为新一任的中美洲总统。当政后，莫拉桑实行了一系列的改革措施，如政教分离、人人平等、言论自由等，并放逐了所有不与新政权合作的神职人员。1834年，莫拉桑将中美洲的首都从保守势力浓厚的危地马拉城迁往自由派堡垒圣萨尔瓦多。次年，由于当选总统何塞·德·巴列在就任前病逝，莫拉桑连任总统。不久，拉斐尔·卡雷拉在保守派的支持下率领印第安人发动叛乱，控制了大部分的危地马拉，并以游击战术对抗前来讨伐的联邦军队。在卡雷拉的影响下，中美洲多处爆发了叛乱。1838年4月，卡雷拉宣布