1992年，调任中国足球协会主席，直至1994年。1994年，当选亚洲武术联合会主席，1996年当选亚洲排球联合会主席。2000年，升任体育总局局长。2004年12月9日，于体育总局局长任上退休。
批评.有评论认为，袁伟民担任中国足协主席期间，对足球以及解决足球社会的问题，采取的是一种不作为的态度。
与何振梁的矛盾.2009年，袁伟民出版了《袁伟民与体坛风云》一书，书中披露了不少中国体坛内幕。袁在《申奥：深层的故事》一章中，不点名地批评国际奥委会中国籍委员