联邦制度受到了位于科堡的循道宗派的维多利亚学院的强烈反对，但是在多伦多大学在经济上所可以提供的帮助说服了它的加入。在多伦多大学首任校长约翰·斯特拉坎去世数十年后，同属圣公会的神学院三一学院也于1904年加入联邦。紧接着，由天主教圣巴西略礼拜会所创建的圣米迦勒学院于1910年加入。在加入联邦的学院中，有两所学院最后从多伦多大学独立而出。其中一所是多伦多浸礼会学院，于1930年迁移校址至哈密尔顿，改名为麦克马斯特大学。另一所则是位于金斯顿的长老会派的皇后学院，后改名皇后大学。第二次世界大战结束后，多伦多大学分