日本军官投入革命军，于是孙的计画乃遭到失败。孙在1900年9月25日，化名吴仲，从日本神户搭3,450吨的客轮台南丸来台。同行的有清藤幸七郎、宫崎寅藏、内田良平、平冈浩太郎、平山周、尾崎行昌等人。9月28日抵基隆进驻台北，与台湾总督儿玉源太郎及民政长官后藤新平会晤。10月8日在台北新起町设立革命总司令部指挥所，在此策划惠州起义。新起町在割归日本以前称新起街，是艋舺后起的主要街道，现为长沙街。惠州之役失败，孙闻讯，于11月10日仍旧化名「吴仲」，乘横滨丸自基隆启航返回日本，后藤新平同行。孙在台前后停留44天，