年12月荒木贞夫担任犬养毅内阁的陆军大臣，1932年2月，深得荒木信頼的小畑被再次起用为参谋本部作战课长。同年4月晋升陆军少将，并升任参谋本部第3部长（铃木率道继任作战课长）。他也是皇道派的中心人物之一、荒木的盟友参谋次长真崎甚三郎的心腹。同时期与作为统制派核心人物的参谋本部第2部长永田鉄山尖锐对立，关系彻底决裂。1933年6月的陆军全幕僚会议时，围绕着陆军领导权和对苏联对中国战争准备上两派都对自己的主张互不让步，此为陆军皇道派与统治派之争的开端。同年8月与永田一起离开参谋本部，小畑转为近卫步兵第1旅团长，