繁殖效率也较有性生殖迅速，可以在短时间快速拓殖。不完全菌是一个旧时的分类名词，指未观察到有性世代的真菌，现在分类学上已不使用此名词，但仍可以用来泛指缺乏有性世代的真菌。
有性生殖.除了球囊菌门与微孢子虫外，其他门的真菌都可透过减数分裂产生配子、进行有性生殖（且基因组分析显示球囊菌门与微孢子虫的真菌应该也能进行有性生殖，只是尚未观察到）。真菌有性生殖的过程与动物、植物相当不同，而不同真菌间特化来进行有性生殖的结构也有差异，是鑑定真菌物种的重要依据，而拿不同真菌进行交配实验，观察两者能