安妮去世后，基金主体（略超过10万美元）移交莱恩的母校加利福尼亚大学，用于促进了解和改善美国的民主政府制度。50年后，这笔仍由该校管理的基金已增至近190万美元。1921年，瑞尼尔山国家公园的一坐山被命名为“莱恩峰”（）以示纪念。纽约市的一所高中、第二次世界大战期间的一艘自由轮，以及加利福尼亚州的一片红杉树林都是以他命名。莱恩曾于1914年国旗日向内政部工作人员演说，这篇爱国短文《制造旗帜的人》（）之后反复重印，在演讲稿和教科书中引用。