.近年的亲缘分支分类法研究认为原鳄亚目不是单系群。两个研究发现一个生存于三叠纪晚期到侏罗纪早期的演化支：这两个研究也发现另一个演化支，生存于侏儸纪晚期到白垩纪晚期，更接近西蜀鳄与中真鳄类：戈壁鳄科（戈壁鳄、刺猬鳄）生存于白垩纪晚期的中国、蒙古国，可能属于原鳄类。戈壁鳄科可能介于上述两个演化支之间，或是属于后者。生存于晚侏罗纪到晚白垩纪的Shartegosuchidae科，包含："Kyasuchus"、"Shartegosuchus"、"Nominosuchus"，也时也被归类余原鳄亚目。