7世纪中期起，十和田湖西岸的矿山与十轮田矿山的开採造成废水流入十和田湖，造成现在湖水的亚铅含量偏高。
生物.十和田湖周边是广大的冷温带林（山毛欅林）与亚寒带林（岳桦林），有熊鹰与金雕、亚洲黑熊等野生动物与森林性野鸟（日本山雀、五十雀、大斑啄木鸟、小星头啄木鸟等）在此栖息。另也可见红头潜鸭、凤头潜鸭、鹊鸭、小䴙䴘等水鸟。由于是动物的重要栖息地，已被国家指定为十和田（大规模栖息地）（面积37,674ha，其中特别保护地区19,366ha）。2008年4月，当地发现三只死亡与一只