若瑟圣堂的规模仅次于同为耶稣会会士兴建的圣保禄学院的天主之母教堂（现大三巴牌坊遗址前身），因此当地人惯称之为「三巴仔」或「小三巴」。此外，圣若瑟修院成立之初是同为耶稣会创办的圣保禄学院的分院，专门用以培训往赴中国内地传教的传教士，而圣保禄学院则专门培养赴安南、东南半岛以及朝鲜半岛的传教士。1723年，中国礼仪之争激烈化，清朝雍正皇帝即位后颁佈禁教措施，下令：严惩不愿放弃信奉天主教的中国人；限西洋传教士在半年内离境并逐往澳门；充公及关闭全国300多座教堂，将300多传教士逐往广州后遣返欧洲。中方又命令澳门