树巍参加广州新军起义。1911年，林树巍参加黄花岗起义。1911年10月，林树巍参加高雷起义。当时，林云陔、熊英等人在高州城组织起义以响应武昌起义，林树巍率信宜敢死队首先发动进攻，攻占清朝高州道台衙门，随后宣布起义成功。1913年之后，林树巍在粤西参与讨袁驱龙战争。1916年后，林树巍任总统府参军。1922年陈炯明发动六一六事变时，林树巍、林直勉两次夜闯越秀楼，强行将孙中山带离，从而使孙中山脱险。后来，林树巍出任高雷讨贼军总司令、西路讨贼军第五师师长等职务。1925年孙中山病逝后，林树巍辞去全部职务