20多万年前到60多万年前之间。约7000年前，出现了以北阴阳营文化为代表的新石器时代原始村落。3000年前，相当于中原的商周之际，秦淮河流域出现了密集的原始聚落，被称为湖熟文化。春秋战国时，在这些聚落的基础上形成了南京地区最早的城邑。前571年（周灵王元年），楚国在今六合区设棠邑，是南京政区建置的开始。据传说，吴王夫差前495年曾在南京筑冶城。前473年（周元王四年），越国大夫范蠡在今中华门外秦淮河南岸筑越城，是现南京城区建城史的开始。前333年（周显王三十六年），楚威王在石头山筑金陵邑，是现南京城区