由政府控制，所以政府对明治神宫的修建非常投入，从全国各地（包含日本内地以及朝鲜、台湾、库页岛等外地）运来365种12万株树木种植其中。经1970年调查，这些树木因有的种类不适应东京气候而死亡，目前的数目为247种共17万株。神宫前南北参道交会之处的大鸟居，是日本最大的木制鸟居；高12公尺，两柱间距9.1公尺，柱径1.2公尺，属于「明神鸟居」的型式。第一代鸟居建于1920年由台湾总督府砍伐阿里山1200年的树木奉献，但在1966年（昭和41年）因遭雷击而损坏，现有第二代鸟居则是在1971年间向台湾的振昌兴