俄国以防备阿古柏袭扰为由，派兵佔领了伊犁一带，声称“代为收复”，待中国军队肃清内乱时归还，实则图谋永久割佔。
清军收复新疆.同治十二年（1873年），清军基本平息了陕西、甘肃的叛乱，筹备恢复新疆。光绪元年（1875年），清廷以陕甘总督左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。次年，清军收复迪化、昌吉、绥来（今玛纳斯县）。光绪三年，阿古柏服毒自尽，清军收复天山南麓。