三条实美、姉小路公知等激进攘夷派公卿也控制了朝廷，并谋求天皇临幸大和国神武天皇陵进行亲征（大和行幸），一些志士希望借机讨伐幕府。另一方面，攘夷派的过激行为引起孝明天皇的反感，公武合体派诸藩亦反对大和行幸。虽然天皇于8月13日正式下诏确定行幸大和，但萨摩藩、会津藩、中川宫朝彦亲王等密谋扫除京都的攘夷派。8月17日，天皇向中川宫朝彦亲王下达密命。次日（1863年9月30日），萨摩、会津等藩兵控制了京都御所九门，中川宫朝彦亲王、会津藩主兼京都守护职松平容保、前关白近卫忠熙、右大臣二条齐敬等人入宫参见，禁止三条