985年国家科技进步特等奖。1988年因航天测量船上电磁兼容问题的解决，获国防科技进步一等奖。1999年9月，与钱学森、钱三强、邓稼先、王大珩等共23人一起获两弹一星功勋奖章。1986年3月，他与王大珩、王淦昌、杨嘉墀联名建议发展中国的高技术，受到邓小平的高度重视，促成了863计划。
学术贡献.陈芳允与合作者于1983年提出“双星定位系统”的设想，试图以较少的卫星资源建立中国自己的“GPS”。2000年10月后随着几颗北斗导航实验卫星的相继成功发射，北斗导航系统初步建立，并同时