史地研究中心网站在对东北工程的简介中声称，外国的研究机构和学者在研究东北历史关系等方面“别有用心”地“歪曲史实”，“使得东北边疆历史与现状的研究面临诸多挑战”，因此设立这一项目。
争议.中国历代正史均将高句丽列为中原王朝四围的外夷进行介绍。王建建立高丽国后自称继承高句丽，自《旧五代史》开始，历代正史却将不分高氏高句丽与王氏高丽王朝，并承认两者有继承关系。中华人民共和国建国初期当时的政治环境（与朝鲜同属社会主义阵营）及高句丽历史在中国历史上的份额不足没有强调高句丽是中国历史这一看法，