境衞生署由食物环境衞生署署长掌管，署长负责督导食物环境衞生署的运作，其下有食物安全专员，二名副署长，私营骨灰安置所事务专员，分别管理食物安全中心，环境衞生部，行政及发展部和私营骨灰安置所事务办事处。
历史.食物环境衞生署和康乐及文化事务署的前身是由市政局及区域市政局管理的市政总署及区域市政总署。1999年12月2日立法会通过，由时任行政长官董建华提出《提供巿政服务（重组）条例草案》，废除两个民选香港市政局、区域市政局，当时香港市政局和区域市政局有自主财政实权及土地使用权，属下的市政