交由直属日本天皇的台湾军司令官负责；但民政长官一职被保留并改名为总务长官，负责综理庶务。因为台湾总督权力极大，相对身为左右手的民政长官也拥有立法权、行政权、司法权，实际上肩负政府首脑的作用。其中以后藤新平最为着名，在他任内实施土地调查、人口普查、渐禁鸦片、铁路修筑、港口建设、确立专卖制度等。因为当时的总督儿玉源太郎时常不在台湾，因此，后藤新平实际是那段时间的台湾统治者。咸信，后藤新平是使台湾对日本是负资产转变为正资产的关键人物。