央行副总裁的邱正雄被任命为连战内阁的财政部长；一年后，亚洲金融危机爆发，台湾也同时爆发本土型的金融风暴，但由于他的处置得当，而受李登辉先生盛誉为『全世界最具财金干才的财政部长』之人。1997年8月31日，连战内阁由于治安恶化的因素总辞，由立委萧万长组阁，邱正雄获得留任。
扁政府时期.2000年5月20日，民进党籍的总统当选人陈水扁就职中华民国总统，同日，邱正雄随着内阁总辞卸任财政部长；卸下公职后的邱正雄长期于国民党和金融界服务，在民进党执政这八年，他历任过国民党中常委、国民党智