，外任九江佥事；到任后首个除夕，他日夜侦查城内外管辖的吴楚要道，无不严谨防守。左良玉军队在郊外阻塞乡路，物资无法入城，他秘密和左良玉会面，晓以大义，说：「将军踏实没有他想，只不过士兵骄纵不听命令，累及主人而已。」左良玉感到羞愧而撒兵。游击胡以宁恃着宦官王德化撑腰，假借防寇名义招引无赖当兵，阴谋在江中行劫。叶士彦告发胡以宁，请袁继咸驱逐胡以宁；他在任内安抚困苦民众，顾念民生疾苦，很快因为与袁继咸不和辞官归乡。永历三年（1649年）五月，南明朝廷起用他为兵部右侍郎、佥都御史，联络安庆、庐州的义师。他的儿子叶鼎跟