文学院、理学院、医学院、神学院四所大学学院以及一所附属预科学校，成为获得美国政府认可的在华教会学校。1881年学校的英语老师卜舫济开始完全用英语授课，使圣约翰大学成为中国首座全英语授课的学校，圣约翰大学同时是最早向中国提供了心理学、新闻学和商贸学教育和研究生学位的高等学府，中国最早的专业足球和篮球队、近代中国第一个校友会组织也均在此诞生。1925年，五卅运动爆发，以圣约翰大学国文部主任孟宪承教授为首的数百名师生宣布脱离圣约翰，另立光华大学以表达对爱国运动的支持。光华大学以“培养高尚人格，激发国家观念”为