明亡后致书南京兵部尚书史可法，谓“伦序当在福王，宜早定社稷主”。明绍宗即位，于振飞有旧恩，下诏封振飞为右都御史、太子太保、文渊阁大学士兼吏部尚书等职。路振飞三子路泽浓年方十七，随父亲谒见隆武帝，隆武帝赐其名为太平，授锦衣卫百户、改兵部职方司主事，不久，升广西按察使司佥事。终官吏部尚书兼兵部尚书、武英殿大学士。隆武二年（清顺治三年，1646年）清兵陷仙霞关，绍宗走汀州，振飞亡海岛。永历元年（顺治四年，1647年），振飞南下投奔昭宗，是年四月二十二日病死于广州顺德陈村途中，谥文贞。
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