1年实施废藩置县，山口藩被改设为山口县，此地也随之隶属山口县；1889年实施町村制，现在的萩市范围在当时分属：萩町、、、、、、、、、、、、、、、、、、见岛村共19个行政区划。1923年，萩町与相邻的椿东村（原椿乡东分村）、椿村（原椿乡西分村）、山田村合併为新的萩町后，于1932年改制为萩市；昭和大合併期间，萩市的辖区于1955年首次扩大，併入了三见村、大井村、六岛村、见岛村四个行政区划。21世纪初的平成大合併期间，萩市于2005年再次与周边的行政区划合併，形成现在的萩市范围。
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