，南昌光复。之后，彭和新军各部长官通电省内外报告江西光复情况，部署南昌治安工作，并推举新军第二十七混成协协统吴介璋任江西省军政府都督。不久，吴介璋去职，彭继任。彭上任后，便将第55标和巡防营分别扩充成旅，迅速开赴汉口和南京增援。1913年6月，彭与李烈钧赴上海会见孙，筹商讨伐袁世凯，决定在江西首与举义旗。旋即回江西湖口组织讨袁军，李烈钧任讨袁军总司令，彭任前敌总指挥，发布《讨袁檄文》、《对外通电》、《对党团公告》，在全国打响讨袁第一枪。后来湖口起义失败，彭亡命海外，辗转于日本、新加坡、槟城等地继续反袁。