子孙.儿子大谷吉治在关原之战后成爲浪人，大坂冬之阵时与姊夫真田幸村并肩作战，在翌年的大坂夏之阵战死。吉治的子孙成了农民，最后直系断绝，从石田家认领养子。三男之子、亦即吉继之孙是越前松平家的藩士，子孙代代位列家老。女儿竹林院是真田信繁正室，关原之战后随夫流放到九度山，信繁战死后在女儿女婿的抚养下在京都度过余生，庆安2年（1649年）死去。会津战争中，会津藩的白虎队队员津田舍藏据説是吉继的子孙，津田家留存着吉继的甲冑。