调单位约谈，随后请辞劳工局局长，并重返劳工运动。同年11月，高雄地检署侦结，方来进被依妨害公务、赌博或图利等罪提起公诉，并求刑五年半，民进党中央也因此案而开除其党籍。2006年8月，法院一审判决方来进无罪，其后民进党中常会决议恢复其党籍。曾任台湾省谘议员。