死敌——神圣罗马皇帝查理五世的结盟，法兰西斯允许路德宗的新教徒在王宫罗浮宫外传教、佈道，在国外则与反抗查理的德意志新教诸侯结盟。但在隔年1533年，因法王与教宗和好，就改用镇压的态度对待法国新教徒。甚至到了1534年10月中，因为新教徒在巴黎、奥尔良和昂布瓦斯等城市到处散发宣教小册并张贴抨击弥撒的布告，连王宫大门亦遭贴上，于是法兰西斯採取激烈动作——勐烈镇压新教徒并在半年内烧死了80个以上的新教徒；这场迫害的主导单位为巴黎大学神学院，设立的宗教裁判所审判粗糙，法王还建立书报检查制度、压制异端的言论出版。但法