宝的账务数据库还没有分拆，所有交易都需透过虚拟账户进行。一旦核心账务系统出问题，支付宝所有业务都会宕机，且需要花很长时间才能恢复数据库（这一问题在2010年的双十一促销活动得以体现）。2013年，支付宝完成了云平台系统的搭建，其中间件、数据库、大数据平台均为自主研发，确保了双十一促销活动的顺畅运行。目前支付宝正在研发其第四代架构，其特点为“数据开放、互联、全球化”。在安全方面，用户使用支付宝付款时，用户终端机与支付宝服务器之间的连接使用128位SSL加密通信，同时拥有VeriSign签发的数字证