五年（1600年），主君小西行长在关原之战中战败，被德川家康斩首。内藤如安逃往平户，投奔同为信仰基督教的肥前国大名有马晴信。此后先后成为加藤清正、前田利长的客将。然而1613年，德川家康下达伴天连追放令，驱逐基督教徒，翌年内藤如安同高山右近一起被放逐到了吕宋。内藤如安到达吕宋时，受到了当地西班牙总督的欢迎。内藤如安最终死于马尼拉，享年77岁。