遗址距地表约0.8米至1.5米之间，地层从上到下分为黑色耕土层、灰褐色墓葬层、居址文化层、黄色生土层和红色生土层。墓葬层为氏族墓地，男女分区，男性多葬于东侧，女性多葬于西侧，女性偏多，单人仰身直肢葬较多，有少量二次葬、俯身葬和侧身曲肢葬。在墓葬层发现较多蓼属和蕨属等水生植物花粉，表明遗址距湖较近，水域面积较大，气候湿润。居址层为前4300年至前4000年的两座先民居址，为前堂后室的半地穴浅坑式建筑。在居址层发现大量炭屑，说明居民常年用火。生土层发现蒿属和藜属植物，表明当时气候干燥。因此，薛城遗址前期湿润，后