州下辖6郡、9县。开皇（583年3年）改为万州。大业元年（605年）与蓬州统合，管辖13郡、16县。大业三年（607年）行郡制，改为清化郡，管辖14县，户一万六千五百三十九。唐朝巴州属于山南道、山南西道，户三万二百一十，口九万一千五十七。下辖九县。五代十国巴州属于前蜀、后蜀。北宋巴州属于利州路。南宋巴州属于利州东路。元朝巴州属于四川行省广元路。明朝巴州属于四川承宣布政使司保宁府。清朝巴州属于四川省保宁府。民国2年（1913年），巴州改为巴中县，属四川北道（治今阆中市）。