到上海后，同外国僱佣军（后组建为常胜军）进攻太平军，与湘军一起包围太平天国。李鸿章率领淮军和英国籍的外聘军官查理·戈登率领的常胜军协同，1863年1月，太平军常熟守将骆国忠投降后，清军接连攻陷太仓、昆山，包围了苏州。12月，劝服太平军郜永宽叛变，杀谭绍光投降，清兵攻克苏州。1864年5月，淮军在常州与陈坤书率领的太平军激战，11日攻克常州。后和湘军一起基本剿灭太平天国。接着李鸿章参与平定了捻军叛乱，因功加协办大学士，且保住了即将崩溃的清王朝，因此被誉为“中兴名臣”。
坐镇北洋.