常常各自为政。与此同时，红军内部也发生争执并分裂，势力渐弱。至正二十三年（1363年），北方红军在安丰之役中败给新兴并降元的张士诚，刘福通战死，韩林儿投奔朱元璋，随后溺毙于长江。南方红军将领陈友谅则于1360年，杀徐寿辉后取而代之。此后群雄称王，各路诸侯相战，已渐失去原本红巾军的性质。