假羊肚菌有时并无危害，但有时会造成严重的肠胃症状、肌肉无力甚至死亡，通常在食用过量、生食或连续数天食用时发生。假羊肚菌含有，在人体内会被分解为（MMH），后者可作用于中枢神经系统，影响神经传导物γ-氨基丁酸的合成，造成神经症状。1979年，一篇研究指出在波兰，真菌中毒致死者中有高达23%是误食鹿花菌所致。