昆山直属站整体建制并入苏州直属站。2007年1月京沪铁路沪宁段开行动车组列车后，上海铁路局于2月7日开行昆山-T762/761、T764/763次2对早晚动车组列车，以方便在上海工作、昆山生活的上班族。第六次大提速后，开行D461/462次一对前往上海站的动车组列车。该车于2010年7月1日因沪宁城际铁路开通而停运。2008年上半年，昆山站开始了站改工程，新建南站屋、4号站台和西南北连接天桥。站改由昆山地方政府投资1.05亿元，铁路部门投资0.45亿元。南站房于2009年12月28日建成后，北站屋的