王礼待之，让他居住在金门和厦门两岛。永历九年（1655年）因为永历帝和延平王郑成功势力相隔遥远，永历帝特准郑成功设置六官方便施政，同时允许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员，都请朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。永历十六年（1662年）郑成功去世，郑经继位。永历十七年（1663年）郑经迎宁靖王到台湾监军，同行包括泸溪王、鲁王世子朱弘桓、巴东王等诸明朝宗室及同乡仕绅等八百多人。于承天府府署（今台南市赤崁楼）旁的西定坊建立宁靖王府邸，并供岁禄于朱术桂。朱术桂见台湾初辟，