妄阿拉布坦占据，不得不滞留科布多地区，集合残部，休养生息，以期东山再起，不断骚扰边地安宁。1696年2月，康熙帝发兵10万，分三路大举出击。5月13日，西路军在昭莫多（今蒙古国乌兰巴托以南的宗莫德）大败噶尔丹军。1697年2月，康熙帝发动第三次远征，命费扬古、马恩哈分别统率两路大军，共6000人，由宁夏出发，进剿噶尔丹残部。4月康熙帝亲赴宁夏，指挥这次军事行动。正当清军进发之时，噶尔丹众叛亲离，军队只剩下五六百人，遂饮药自尽（又说被人杀害）。噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦继续任准噶尔部台吉，准噶尔部