学四年级起已正式展开羽球选手生涯，随后五年级转至文昌国小接受正规训练。在土银教练李谋周安排下，她先升读西螺国中。2008年，就读国三的程琪雅在97年第一次全国排名赛拿下乙组女单冠军而晋升甲组，跟着再进入台北市立大同高级中学 ，曾代表中华台北出战马来西亚亚罗士打举行的2009年世界青年羽毛球锦标赛，并夺得团体第四名。2013年9月，程琪雅出战比利时国际赛，并打进女单决赛；她最终以（20-22、11-21）不敌印尼选手，屈居亚军。同月，她又在波兰国际赛打进女单决赛，最终更击败队友许雅晴，拿下个人生涯首个国际