侣的辅助下经主动运输才能进入线粒体基质。线粒体基质蛋白不一定只在线粒体基质中表达，它们也可以在线粒体外表达。有猜测认为，这些存在于线粒体外的线粒体基质蛋白质是从线粒体中转运出去的，而此现象可能与线粒体起源于被真核细胞胞吞的原核细胞有关。有研究指出，在肝脏受损后再生的初期一些线粒体基质蛋白会被释放到细胞质基质中，这一现象说明线粒体基质蛋白的释放可能与组织再生有一定的联系。