后来分别为直系、皖系、奉系军阀轮流掌握。之后，北洋政府的国会在各系操控下，形式上选举北洋系人物担任中华民国大总统与国务总理，1924年冯玉祥发动甲子兵变推翻大总统曹锟后，形式上的总统选举也取消。1925年，中国国民党与苏联、中国共产党合作在广州成立国民政府，并由蒋介石领导国民革命军展开北伐。1928年6月3日，张作霖的军政府瓦解。6月8日，国民革命军佔领北京。1928年12月29日，奉系领袖张学良降下五色旗，改悬青天白日满地红旗，并通电南京的国民政府，表示服从管辖，史称东北易帜。至此，北洋政府结束运作，