2年中华民国直辖市市长暨市议员选举时，国亲两党正式结为国亲联盟，联合推荐马英九代表泛蓝竞选连任；而民进党方面，此时已经进行党政同步，由时任总统陈水扁兼任民进党主席，民进党中央推出行政院秘书长、前驻美副代表及台北县立委的李应元出战。虽然李应元得到李登辉和陈水扁前后两任总统的加持，但因为起步过晚，仅能勉强稳住泛绿基本盘。而马英九温和的形象却吸引了不少中间与浅绿选民，最后马英九获得了八十七万票，大胜李应元的四十八万票，并且在台北市十二个行政区全数获胜。在2004年中华民国总统大选中，连战在台北市以五成七的得票率领