柔佛属于赤道多雨气候，每年十一月到二月都会有来自南中国海的季风。平均气温介于25.5 °C到27.8 °C之间。西海岸平均降雨量为2,000至2,500毫米，而东海岸的平均降雨量较高，其中兴楼和边佳兰一年内的降雨量超过3,400毫米。柔佛每年都会经历两次季风期，即东北季风和西南季风。东北季风由11月开始持续至隔年3月，而西南季风则有5月开始持续至9月，4月至9月则为两个季风的过渡期。2006年12月19日，柔佛州发生了一场百年大水灾，几乎各大城市都发生了水患。其中昔加末、和哥打丁宜的水患最为严重，大约有七万