塞城井谷城而陷入苦战的黑田孝高筑城并採取持久战，并攻下其他国人势力。12月下旬，以维持领地和13歳女儿鹤姬作人质为条件而降伏。不过长政认为城井一族在过去反覆无常，怀柔会相当困难，于是决定斩草除根。天正16年（1588年）4月20日，因为长政的邀请而前往中津城，而由于孝高向长政教授的谋略，家臣团被留在合元寺，自身带着少数从者入城，在酒宴的席上被谋杀。同行的小姓松田小吉在京町筋被杀，而被留在合元寺的家臣团亦与黑田势进行厮杀，最终全员身亡。而父亲长房亦被攻至城井谷城的黑田势杀害，嫡男朝房因为镇压一揆而与黑田孝高同