钥泄漏、一种方法是将可信计算基分散在两个单向连接的计算机上，以避免恶意软件感染及其导致的敏感数据泄漏。
后门程序.一些公司还可能还会自觉不自觉地在他们的软件中引入后门，导致密钥协商机制被破坏，或是加密被绕过。在2013年，爱德华·斯诺登披露的信息显示，Skype有一个后门允许微软将其用户的信息泄漏给美国国家安全局，尽管在公开渠道Skype宣称其使用了端到端加密。