突然中风。也有人说是被自己的儿子曼弗雷德杀死。1250年12月13日，在痢疾的折磨下，腓特烈二世死在了弗奥伦蒂诺城堡（现今意大利福贾省圣塞韦罗地区），享年56岁。死去时，他穿着熙笃会修士的白色法衣。在他死后，遵照遗嘱他的头衔被如下划分：合法继承人康拉德四世获得罗马人民的国王和西西里国王称号；曼弗雷德受封塔兰托，并摄政王国事务；亨利七世虽然因为叛乱而被剥夺了继承权，但他的子嗣继承了奥地利公爵和施蒂利亚公爵。腓特烈二世的遗愿是，在不影响国家威望的前提下，将所有从教皇手里夺取的土地归还教皇，同时大赦天下，减少