民国10年（1921年），第二次粤桂战争爆发。叶举率部进入广西，任粤军前敌总指挥兼粤桂边防督办。民国11年（1922年）任粤军总指挥，在5月20日将其率领部队回师广东迎奉陈炯明复职，此事件引起孙中山的不满要求其部队离粤，双方的冲突最终演变成反孙文的六一六事变，此役炮击总统府的军队即为叶举的部队。同年9月，任粤军总司令部参谋长。民国12年（1923年）4月，叶举随陈炯明退守惠州，任各路总指挥，并且获北京政府将军府授“惠威将军”，任广东军务督办。民国13年（1924年）5月，北京政府任命叶举为广东省省长。