有四次。
第一次吕宋大屠杀.1603年（明万历三十一年），吕宋有华人二万三千余人遭受屠杀，仅有三百华商免于其祸。原来明朝因与西班牙-葡萄牙联邦殖民政府共同围剿林凤、林道干等海盗，关系较为融洽，后因西班牙强役华人二百五十入侵香料群岛的明朝属国摩鹿加，操舟稍怠辄鞭挞至死，遭潘和五等人反抗，杀死西班牙吕宋总督达斯麻雷那斯等人，后西班牙军队驱逐所有华商、华人，惟利之所趋，华人在城外仍慢慢聚集。当时大量白银从吕宋及日本进入大明，造成明末通货贬值危机，历经三大征的万历皇帝，万历三十年七月听