事件」的波及，萧而化挥别了校长一职，但仍担任教授职务，直至1946年2月福建音专从永安迁校到福州后，萧而化才离校。1946年6月5日台湾省立师范学院正式成立，萧而化刚好放假到台湾旅游，由于其音乐专业能力，且曾担任过福建音专校长一职，省立师范学院院长李季谷邀请萧而化留在台湾，协助师范学院音乐系设立。1946年8月，萧而化正式担任台湾省立师范学院音乐专修科主任，1948年正式设立音乐系，许多相关行政流程都是由萧而化亲自完成。1949年音乐系主任由戴粹伦接任后，萧而化依然在教授作曲理论。台湾第二代专业作曲人才