成第二次三连霸。乔丹总决赛中平均每场得分30分以上，其中第六场得45分佔全队总得分一半以上，外加抄截4次。这是他第六次获得总决赛最有价值球员，是排在后面的魔术强森、「大鲨鱼」侠客·欧尼尔、「石佛」提姆·邓肯 (均为三次）的整整两倍。乔丹在第六场比赛中英雄式的逆转似乎是他职业生涯的完美句点，随着杰克森与公牛队的合约期满及皮朋和洛文的离队，乔登于1999年1月13日再次宣布退休。公牛王朝亦宣告结束。
二度复出（2001-2003）.2000年1月19日，乔登重返NBA。这回他不是以