江城北文庙的陆军大学成立，李惟果兼任该委员会秘书长。1947年7月9日，中国国民党中央常务委员会通过李惟果升任中国国民党中央宣传部部长。1947年9月13日，李惟果兼任中国国民党干部训练筹备会委员。1948年5月31日至12月22日，李惟果任翁文灏内阁的行政院秘书长。6月1日，蒋介石特任李惟果为行政院秘书长，梁颖文为副秘书长。1949年2月12日，中国驻美大使兼远东委员会中国代表顾维钧接到中华民国外交部电报，内称：政府鉴于大使职务的重要性，决定顾维钧不必再兼任远东委员会中国代表，另指派李惟果担任此职