气化工程完成，港穗直通车开始使用最高时速达200公里的「新时速」摆式高速列车运行当时代表高速列车的“G（高）”字头车次，运行时间缩短至最短90分钟；在开通首两年，新时速列车的大修均安排于列车抵港后，进入九铁何东楼维修中心进行。至1998年8月28日，九广铁路公司购入的九广通列车正式投入服务，此前港穗直通车只是由广深铁路股份有限公司单方面担当营运的车辆。九广通初期每日来回各开出1班，现时九广通每日则有来回3班。1999年6月28日，广九直通车先后开行了第5、6、7对。2001年6月13日，广深铁路股份有限