他对清朝车、船、田制方面进行了深入的考察。在他访问北京期间，正值清朝实事求是的考证学风靡之时，这使原本就对程朱理学持怀疑态度的朴齐家更加开阔了眼界，发展了北学理论。1801年，在朴齐家最后一次出访北京时，他携带了自己的诗集《贞蕤稿略》。该诗集后被收录于吴省兰主编的清朝畅销书《艺海珠尘》中。1801年（纯祖元年），老论派以安东金氏为靠山，以禁止天主教为名，残酷镇压南人派，史称“辛酉邪狱”。朴齐家以其亲家尹行恁凶书案同党的罪名，被发配到图们江边的钟诚。1801年，正祖妃下令释放朴齐家，他才得以归还故里。