哥萨克，成为17世纪初联邦内部的首要问题；与此相关的是，耶稣会获得波兰主教们的支持，在联邦中大力打压非天主教徒，因此在1620年，不满反宗教改革的一位喀尔文派教徒，对国王发动一场未遂的刺杀。哥萨克问题也成为后来1648年灾难性「大洪水时代」的开端（赫梅尔尼茨基起义），联邦在此后急速衰落。总体来说，齐格蒙特推行的波兰反宗教改革，在联邦中上层获得胜利，大量的波兰与立陶宛贵族改宗天主教；耶稣会也替农民争取到一些权益（农民在17世纪初替贵族服劳役的天数，下降为一周3或4天，并有离开农村的自由），开办许多学校，普