许多台湾商人如台北城辜显荣，为保全自身财产，选择和日军合作，甚至帮日军开路做间谍清除台湾反抗力量。另一方面不少地方仕绅如苗栗烈士吴汤兴，却选择和日军作殊死战。吴与同袍虽身死，却留下风骨永为后世景仰。初期反抗势力扫荡底定后，日本设台湾总督为殖民台湾最高长官，并设置台湾总督府作为在台的最高统治机关。初期，总督职务均由军人担任，以敉平当时各地的动乱组织；由于台湾人民的激烈反抗，日本每年为台湾倒贴许多钱，导致驻台总督乃木希典就产生了把台湾卖与法国的想法，最终遭到驳回。1898年，明治政府任命陆军将领儿玉源太郎中