初步推测小珠山遗址可分为五期：第一期的年代上限应接近赵宝沟文化阶段或稍晚一些，同时该阶段的陶器又有北吴屯下层、后洼下层文化的一些特征；第二期即首次发掘所提出的小珠山下层文化；第三期相当于大汶口文化阶段；第四期以长兴岛三堂一期文化为主要特征；第五期相当于龙山文化阶段。