1949年11月2日沈阳陷共后，与妻子一道离开了沈阳，先到达天津，后又经上海与新1军溃散官兵一道到台湾。任陆军训练司令部储训班第四队副队长、第四军官训练班入伍生部队少校营长、陆军军官学校教导营营长、陆军总司令部搜索组大队长。1950年秋，陆军步兵学校在高雄县凤山镇复校，郭廷亮就读于步兵学校高级班十九期，1954年毕业后，留校担任少校战术教官。从1954年12月起，政工当局“收到部队以及官校中政工人员一连串的密报，指出孙立人若干旧部，特别是郭廷亮有很多问题”，从1954年年底到1955年5月，至少有四五封