将领陈永华建议于宁南坊兴建孔庙，是为全台首学。现时一些地名可追朔至当时，例如以郑成功部将林凤为名的林凤营、或是左镇等。
清治时期.1684年，清朝派遣施琅攻取台湾，明郑灭亡，改明郑的承天府为台湾府，在首任台湾巡抚刘铭传将省迁往台湾省城（今台中市）之前，台南一直是全台首府。清康熙23年，清廷颁布渡台禁令，仅准漳泉地区做有限度的移民，至干隆41年后，渡台禁令已形同虚文，于是大量汉移民涌入，台南市亦由原汉混居渐渐成为汉人城市，原住民不是汉化就是迁居他处。干嘉年间，府城三大商业贸易组织