要额外付款1亿元予承建商延续工程，以期不致拖延通车。
车底机件裂缝问题.2005年12月21日，东铁一列南行列车驶至火炭站时，车底的空气压缩器支架松脱，九铁公司其后检查全列车的116个压缩器，共发现9个压缩器支架出现裂纹，但无向政府汇报。九铁公司于事件在2006年1月曝光后已为所有压缩器加上尼龙索带及U形托架承托以防止松脱。但其后再发现有80个车底部件有裂纹经过初步调查之后发现东铁列车在2003年改用自动列车运转装置（ATO）后，对列车组件增加达1倍的压力。而且部分銲接位銲接不妥，