林院编修，擢拔为侍讲。出京为江西广饶九南道，再升迁为直隶布政使。干隆五十四年，擢陕西巡抚，负责剿匪。秦承恩依附和珅。嘉庆元年，白莲教教匪起荆、襄，承恩率师赴兴安筹防。。嘉庆五年，和珅垮台，秦承恩被遣戍伊犁。嘉庆七年（1802年）释还。历任直隶通永道，擢江西巡抚，迁左都御史仍署巡抚事。嘉庆十一（1806年）年，授工部尚书，同年六月改刑部尚书署直隶总督，嘉庆十三年春，北京城发生“敏学事件”，黄带子宗室爱新觉罗敏学大闹步军统领衙门，秦承恩捏造事实为敏学开脱，被革去刑部尚书一职，降翰林院编修，留在文颖馆效力。终官司