部的高密度脂蛋白和大的高密度脂蛋白之间并没有确定的关联，更复杂的分析实际上分析了大高密度脂蛋白量而不仅仅是与临床结果密切关联的总高密度脂蛋白量。在压力反映下，一种被称作血清淀粉的急性状态蛋白质和一种阿朴脂蛋白，在细胞因子（IL-6）和皮质醇的激化下由肾上腺皮质合成并运送到受损组织与高密度脂蛋白粒子结合。发生炎症时，它可以吸引并激发白细胞。对于慢性炎症，它能在组织内以淀粉样变性病的形态积累。
与疾病的关系.病理研究指出高浓度的高密度脂蛋白（大于60mg/dL）对心血管疾病例如心肌梗塞