司无异，应一并改流”为由，收缴了昌都、察雅两活佛之印信。不久，清朝应帕巴拉之请求，也由于“与土司印不同，准其发还”。1912年，经西藏噶厦授意，昌都强巴林寺暗中调动民兵，砍杀川军十多人。时任边军第七营营长兼昌都县知事的彭日升组织川军反击，并纵火烧强巴林寺。帕巴拉活佛及谢瓦拉活佛避往拉萨，在色拉寺居住了8年才回到昌都。1919年，十世帕巴拉出任强巴林寺第二十九任法台。为增加强巴林寺的僧人数量，帕巴拉和西藏噶厦派出的新任昌都朵麦基巧（即朵麦总管，朵麦指昌都）噶伦喇嘛强巴丹达议定之后，颁布了修缮昌都强巴