可以抑制致病菌（例如及产气荚膜梭菌）的成长，避免这些细菌黏沾在肠道上。肠道内偏利共生的定殖也可以维持免疫系统的稳态，这些细菌会刺激辅助型T细胞1反应，并且对抗辅助型T细胞2对新生儿免疫系统的反应，减少发炎反应（例如坏死性小肠结肠炎）的发生率。婴儿若有哭闹症状，有可能是因为肠道中的细菌不平衡，有哭闹症状的婴儿，检查其粪便检体，其会比没有哭闹症状的婴儿要多，而乳酸桿菌数量会比较少。另一方面，益生菌可以影响及感觉神经元，也对肠的收缩活动性有帮助，也可以发挥消炎的作用。