本殿则供奉本身社所祭祀之御神体；还有一种情况则是会在拜殿与本殿之间再设立一个币殿，以便让一些信徒供奉祭品。同时在神社内境地里还会有供奉一些其他神祗的神社，如果和本社祭神关系密切，则称之为“摄社”；如果关系不是那么密切，则称之为“末社”；以上合称为“摄末社”。如果摄社在神社之外拥有自己的境地，那就被称为“境外摄社”。在神佛习合兴起的奈良时代之后，神社境内修建了许多神宫寺（别当寺，宫寺），神社内甚至建有佛寺。明治年代早期，日本政府颁布了《神佛分离令》，规定神社与佛寺必须分开；神社境内的五层以上佛塔和佛堂