第十六届台南县长、赖清德参选第十六届台南市长。不过台南县长提名却引发了党内严重的反弹及争议。但在2009年6月底，内政部通过了台南县市合併升格案后，原订于2009年12月5日举行的台南县市长选举也因此取消。在2009年三合一选举落幕后不久，台南县长苏焕智、台南市长许添财、前总统府秘书长陈唐山、立委赖清德、李俊毅、叶宜津等六人并表态争取2010年大台南直辖市长党内提名。不过在2010年1月19日，陈唐山以顾及党内团结与不愿意再浪费民进党党内的资源为由，宣佈退出大台南直辖市长党内初选。而在2010年1月24