政务司司长林郑月娥及多名局长就事件举行记者会交代最新情况，并且在记者会前为死者默哀一分钟。梁振英在记者会上向遇难者表达沉痛哀悼，亦向伤者及遇难者亲属致以最深切的慰问，希望伤者早日康复。他表示各香港政府部门将会全力向他们提供一切所需要的协助。行政长官梁振英在10月2日联同香港政府高级官员召开跨部门会议，就南丫岛事故商量及讨论善后事务，包括搜索及救援、为家属提供支援及协助，以及调查事故等事宜。同日，香港政府公佈社会福利署、民政事务署及医院管理局将会为到每一位需要帮助的家庭和个人，提供一位专门负责的支援联络主