主教仍在暗地里布道传教，受洗成为吉利支丹的日本人也不会被公家强迫还俗。不过，文禄5年（公元1596年）10月发生西班牙船舰「圣菲利浦号」漂流至土佐国的，丰臣秀吉再度于12月8日颁布禁教令。耶稣会后进入日本传教的方济各会非常活跃，对于禁教令相当挑衅，故京都奉行石田三成下令逮捕京都内的方济各会成员与基督徒，并予以处刑。
江户时代.德川家康统一天下后，承认基督教传播。德川幕府第三代将军德川家光力主锁国政策，1616年下令禁止长崎和平户两港口外的对外贸易。大名们失去贸易收入，转向对领地民众