放线菌酮从试管中去除掉可以很快地取消它的作用。由于放线菌酮拥有非常强烈的毒性，包括损害DNA、导致畸形胎儿和其它对繁殖过程的效应（包括出生障碍和对精子的毒性），它一般只被用在体外的研究应用中，它不适宜在人体内作为抗菌素使用。过去在农业中它被用来作为杀真菌剂，但是由于对它的危险性的认识不断提高这个用法已经很少了。碱可以破坏放线菌酮，因此假如工作台面或者容器被放线菌酮污染后，只要使用无害的碱溶液（比如肥皂）清洗就可以了。
体外应用.在分子生物学中放线菌酮可被用来确定蛋白质（酶）