危地马拉有260千米的河道可以全年通航，另有730千米的河道在丰水季节可以通航。
航空运输.瓜地马拉有两大主要国际机场，分别为瓜地马拉市的拉奥罗拉国际机场与北碇省弗洛雷斯的马雅世界国际机场。此外，在克萨尔特南戈、韦韦特南戈、巴里奥斯港、雷塔卢莱乌等城市亦有地方机场连接危地马拉城。其中，拉奥罗拉国际机场为瓜地马拉规模最大之机场，每日均有航班来往美国洛杉矶、亚特兰大、迈阿密，以及萨尔瓦多、巴拿马、墨西哥等地。