将军、领队大臣管理。回部设总理回疆事务参赞大臣（一般为喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔等城。光绪十年（1884年），新疆建省，实行与内地相同的府、厅、州、县体制。清代的青海不包括今西宁、海东、黄南以及部分青海省边缘地区。统辖青海地方的官员为西宁办事大臣，常驻西宁（当时属甘肃省）。青海大致以黄河为界，分为青海蒙古和玉树等四十族土司。黄河以北主要为蒙古人，有和硕特、辉特、绰罗斯（准噶尔）、土尔扈特、喀尔喀五大部落。雍正三年（1725年），编青海蒙古为二十七旗，后增