罪名起诉，求处12年有期徒刑，实际入狱服刑5年余。在1980年美丽岛事件大审时间，吕秀莲曾囚禁于景美看守所59号房（即现今景美人权文化园区），判刑确定后移监土城仁教所。
桃园县长.1996年11月，由于时任国民党籍的桃园县长刘邦友一家遭人枪杀，民进党征召吕秀莲回乡参选，在1997年3月的补选击败国民党提名的时任中坜市长方力脩；九个月后的正式选举更大败时任桃园县议长陈根德，成了唯一一位连任两届的民进党籍桃园县长（2018年被郑文灿打破纪录）。在她桃园县长任内，其施政主轴为「打造黄金