由秋元泰朝担任造营奉行，甲良宗广负责设计施工，狩野探幽负责绘画。工程历时一年五个月，直到宽永十三年（1636年）才完成了大规模的神社扩建工程。动用木工170万人，杂役280万人。耗资56万8千两，银100贯，米1000石。直到正保二年（1645年），后光明天皇下诏敕封宫号「东照宫」，才改为现名。庆安二年（1649年），日光连山其中之一的白根山喷发，造成神社与祭殿火灾与损失。1868年时爆发戊辰战争，旧幕府军将东照宫作为据点闭门不出，不过新政府军指挥官板垣退助最后成功説服双方一起将战场转移到别的地方，以免造成