军事学院海军系早在1960年就分建为海军学院，第一任院长为方强中将，延续至今成为位于南京市半山园的中国人民解放军海军指挥学院，为中国人民解放军海军最高军事学府。军事学院空军系于1958年单独分建成为空军学院。第一任院长为刘震上将，延续至今成为位于北京市颐和园昆明湖畔的中国人民解放军空军指挥学院，为中国人民解放军空军最高军事学府。