航空师也管理机用燃料和电战反制任务（）、并协助日本航空自卫队飞行员的空战、雷达作战、维修等训练项目。当苏联在1954年11月7日击落一架RB-29后，39航空师也提供战斗机护航任务，以护卫接近苏联领土的友军侦察机、和自卫队北部航空方面队的所属飞机。越南战争时期，39航空师也支援越南空战中的战机行动。
第475空军基地联队.在第31航空师于1968年1月15日解散后，由475空军基地联队取代之而成为三泽基地的主驻部队，其下辖有第67战术战斗机中队，原先归属沖绳嘉手纳空军基地的管辖