，首府设在维尔纽斯。有4万名居民遭到内务人民委员会（NKVD）的逮捕，被流放到苏联远东地区的集中营。苏联摧毁了城市的工业，斯大林将整个Elektrit无线电厂和一部分工人迁移到白俄罗斯的明斯克，并改名为维亚切斯拉夫·莫洛托夫无线电厂。1941年6月，德国军队占领了维尔纽斯。德国人在犹太人众多的维尔纽斯旧城中心地区建立了两个犹太人隔离区。较小的一个隔离区在10月就被“清算”。较大的一个隔离区一直持续到1943年，期间也定期进行大批屠杀。1943年9月1日，联合游击队组织（Fareinigte Partiz