眼猪笼草和纳奎友丁猪笼草存在许多形态上的差异，所以他们不能归为同一个物种”。但是另一些学者认为，两眼猪笼草和纳奎友丁猪笼草之间的差异太小了，不足以将它们区分成两个物种，并认为纳奎友丁猪笼草是两眼猪笼草的同物异名。此外，这些学者认为纳奎友丁猪笼草可能是暗色猪笼草和两眼猪笼草的自然杂交种。
进化分支.2001年，查尔斯·克拉克对来自苏门答腊岛和西马来西亚的猪笼草进行了分支系统学分析，共利用了70个形态特征。以下为猪笼草进化树的“第6分支”。