州登陆，以广西大墟为校本部与医科驻地，桂林为药科驻地，新併入的军医预备团以阳朔为驻地，以广西省立柳州医院实习。1939年（民国28年）全校迁往贵州安顺，由联勤总部军医署第十二重伤医院为教学医院，并于西安、云南设立分校。1946年中国抗日战争胜利后，于上海江湾在上海市立医院及抗战时期之日本军医院为校址，占地150万平方公尺，与陆军卫生勤务训练所及军医预备团合併复校。1947年6月1日更名为国防医学院，由联勤总部军医署署长林可胜将军担任院长，张建将军及卢致德将军任副院长，下设医学系、牙医学系、药学系、护理学