于比黑田孝高还早接受天主教洗礼，因天正15年7月（1587年）丰臣秀吉颁布禁教令，右近因反抗被流放，黑田孝高则周知放弃宣教；天主教与宣教师无法传播信仰，对当时的天主教诸侯产生冲击。可由当时路易斯·弗洛伊斯留下的书简残篇可知。天正17年（1589年）将家督之位让予黑田长政而退隐，但仍旧在丰臣秀吉身旁活跃。隔年，对北条小田原征伐，在协调终战过程有很大的功劳，丰臣秀吉赐予名刀日光一文字（原氏直所有，现为国宝，福冈市博物馆所藏）。文禄2年（1593），丰臣秀吉对朝鲜出兵（文禄庆长之役），黑田孝高与五奉行之一的石