渡轮站一旁的私营小型货轮做为琉球乡大型货物运输航线。往来则以屏东县东港镇往来最密切，有公营、民营交通船做为一般小、中型货物运输航线兼旅客航线（距离8～9海里，航程约25～30分钟）。昔日有往来高雄市真爱码头的航线（航程75分钟），今已废止。昔日曾有小琉球机场往来高雄小港机场，今已废止。