祖父孙通曾在沮渠氏出仕为中书舍人。当时身为仆射的孙腾与侍中封隆之，争相迎娶平原公主元明月，公主表示愿意下嫁封隆之，孙腾既妒且忿，因此与封隆之结怨。封隆之曾暗中对高欢说斛斯椿专权，孙腾正欲加害封隆之，所以向斛斯椿告发此事，封隆之只得逃归乡里。孙腾其后与高岳、高隆之、司马子如号称四贵，非法专恣。武定六年（548年）四月逝世，当时得年六十八。朝廷赠使持节、都督冀定等五州诸军事、冀州刺史、太师、开府、录尚书事，谥号为「文」。其子孙凤珍嗣位。