门依法对涉及国家利益和社会公共利益的宗教事务进行行政管理。学者杨俊锋认为，中国是当今世界上为数不多的设有专门宗教事务管理机关对宗教事务进行全面系统管理的国家。中国全国性宗教团体包括中国佛教协会、中国道教协会、中国伊斯兰教协会、中国天主教爱国会、中国天主教主教团、中国基督教三自爱国运动委员会和中国基督教协会等。在西藏，受到2008年藏区骚乱影响，宗教自由受到一些限制，比如不允许谈论藏传佛教格鲁派的领袖达赖喇嘛，因为其宣传西藏独立。而反对者则批评为缩水的西藏佛教信仰自由。
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