辞，余日宣随即被北京政府外交部派为清华学校代理校长。同月，清华学校由南京国民政府接管，指派梅贻琦做校务代理，余日宣遂不再代理校长。1928年8月，罗家伦任清华大学校长，同时余日宣任教务长。1928年国立清华大学成立后，同为留美归国学者的余日宣、吴之椿、浦薛凤先后主持清华政治学系，使该系教学深受美国影响。在清华时，他曾开设过“公民学” 、“比较法制”、“政治学”、“远东政治”等课程。
从南京到上海.1928年至1929年9月，他任南京国民政府军政部中校英文秘书，为冯玉祥翻译演讲集。后