863年7月26日，约翰·乔丹·克里滕登在法兰克福逝世，终年75岁，身后遗骨下葬在当地州立公墓。他的其他亲属中的军政人物还包括北军准将托马斯·图尔平·克里滕登（）和密苏里州联邦众议员托马斯·西奥多·克里滕登（），两人都是他的外甥。肯塔基州的克里坦登县和克里坦登镇都是以他命名。