十年的讲师，教授政治哲学、伊斯兰历史及伦理，并且很早就成为了什叶派伊斯兰教的顶尖学者。霍梅尼的一些学生（如莫尔塔扎·穆塔哈里）其后也成为主要的伊斯兰哲学家及玛尔札。作为一名学者和教师，霍梅尼曾完成大量有关伊斯兰哲学、法律及伦理的着作，显示出他对哲学、诺斯底主义等主题的独特兴趣，因为这些都是神学院里常被反对、质疑的学问，而且通常也不传授。。
政治层面.霍梅尼在神学院的教学时常集中在宗教对社会实务和政治问题的重要性，且在1940年代曾致力于反对世俗主义。他在1942年出版的第一部着作《