初年，设判祠部事一员，以无职事朝官担任，管理祠祭、国忌、休假日期、僧尼、道士、女冠、童行名籍，颁发度牒。祠部郎中为五品寄禄官，祠部员外郎为六品寄禄官。元丰改制设祠部郎中从六品、祠部员外郎正七品，管理全国祀典、道释、祠庙、医药政令，兼领医官磨勘、医生试补。建炎三年（1129年），兼领膳部司，隆兴元年（1163年）祠部司省并。明朝洪武十三年（1380年）设祠部，设祠部郎中正五品一人、祠部员外郎从五品一人，洪武二十九年（1396年）祠部改为祠祭清吏司。