接掌司法部.2003年11月，吴爱英任司法部副部长、党组副书记（正部长级），主管律师公证工作指导司、基层工作指导司、政治部等部门。2005年7月，任司法部部长、党组书记，成为继史良之后中华人民共和国第二位女性司法部长。她获得了中央党校政治学专业研究生学历，此后又读了中央党校法学专业在职研究生。在司法部长任内，她兼任全国普法办公室主任。2006年，国务院转发《中央宣传部、司法部关于在公民中开展法制宣传教育的第五个五年规划》的通知，这标志着“四五”普法结束，“五五”普法开始。在