GnuPG的早期版本由维尔纳·科赫开发，经过近两年迭代后于1999年9月7日正式发布1.0.0版。软件实现遵循OpenPGP标准，兼容菲尔·齐默尔曼开发的PGP。2000年，德国联邦经济及科技部资助了31.8万马克，用于移植GnuPG到Microsoft Windows。德国政府于2005年资助开发S/MIME。GnuPG 2.0于2006年11月13日发佈，加入了S/MIME-多用途网际邮件扩充协议（Secure Multipurpose Internet Mail Extensions. RFC