内蒙古，于天命至康熙初年陆续归附清朝，不但政治地位较高，还保留了一定的兵权。康熙中期以后陆续归附的各部称为外札萨克，无兵权，隶属于当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。外札萨克蒙古中的喀尔喀四部后来成为外蒙古。蒙古地区划分为盟（）、旗（）、佐领（），将各游牧部落纳入统一的行政体系之中。明清之际的蒙古原以部落（即元代之投下，音译为“爱马”）为单位，部落首领为“部长”（鄂拓克）或“汗”。后金皇太极时代，依照八旗的形式，将蒙古部落编为旗分，画设旗界。随着蒙古诸旗管辖牧地的固定，旗逐渐成为整个蒙古地区