1999年与台大医院策略联盟，由朱树勋教授出任院长，同年主管营确立迈向医学中心之愿景。2006年顺利通过行政院卫生署评定，成为台北县第一家医学中心。2009年修改确认「成为民众首选的医学中心」的新愿景，并再度通过新制医学中心评鑑。于2015年8月，朱树勋转任徐元智先生医药基金会副董事长，院长一职由林芳郁接任，于2016年之北区医学中心评鑑中，亚东医院仍取得医学中心（优等）之认证。