2.9%（日本平均值13%）。由于这一比例和日本平均值非常接近，因此有「日本列岛的模型」之称。长崎县内主要平原有谏早平原、大村平原、长崎平原等，都是小规模平原。长崎县虽然多山，但除了多良山系和云仙山系之外县内并无标高超过1,000米的山峰。县内最高峰是云仙岳的平成新山，标高1,483米。长崎县内火山活动活跃，云仙岳和都是大型层状火山。其中云仙普贤岳更在1990年代初期至中期长期有喷发活动，是日本战后最大规模的火山活动之一。长崎县的河川受地形限制而大多短小湍急，县内较大河川有本明川、相浦川等。据海上保安厅