视为邪教，在得知有中国传教士潜入之后，加紧不断逮捕处决教徒。为了保护广大朝鲜教徒的安全，周文谟向朝鲜政府自首，于1801年4月19日在汉城被处决，史称「辛酉邪狱」。众多教徒和进步思想家如李承薰、丁若镛等人被处刑和流放。朴趾源、朴齐家等与天主教无直接关联的北学论者也被降职、革职。直到19世纪末开国时为止，朝鲜的统治者一直对天主教採取打击和压迫的政策。随着西学东进，与其相对的朝鲜本土宗教东学兴起。东学由庆州人崔济愚于1860年创建。东学虽然有反洋教、反侵略的性质，但倡导与西学相似的反封建，人人平等的思想。东