世纪中叶，吐蕃王朝覆灭。此后400年间，藏族地区出现了众多大大小小的割据政权，始终未能统一。佛教在这一时期迎来复兴，并发展出各种派系。各派系与政治势力相互结合，出现了政教合一的倾向。
元明清.1246年，萨迦派领袖萨迦·班智达赴凉州，与蒙古帝国阔端太子会晤，商定藏地纳入蒙古帝国版图，行政事务归蒙古管辖；藏传佛教可在蒙古传播，蒙古王室皈依藏传佛教，宗教事务归萨迦派领袖管理。元朝时期，在中央，封萨迦派领袖为帝师，并设置宣政院，负责管理全国佛教事务和藏区军民事务；在藏区，驻扎军队，设