有划分方法未将美洲西海岸的区域划入印度-太平洋暖水区中，这样划分的该区域名称也被称作“印度洋-西太平洋区”（）。这个名称在海洋生物学、鱼类学和其他相关学科都很有用，因为有很多海洋栖息地在马达加斯加、日本和大洋洲之间连接不断，在这个范围里有一些物种在大西洋是找不到的。
分支.世界自然基金会（WWF）和美国自然保育协会（The Nature Conservancy）把印度洋-太平洋海域分为三个海区，并把每个海区又分为一些小海区。
印度太平洋西海区.印度太平洋