夜，天降大雨，山洪暴发，大水冲至玄武门，守卫将士尽皆逃散。薛仁贵愤怒道：“安有天子有急，辄敢惧死？”然后冒死登门框向皇宫大唿，警示内宫，高宗因此得以避过灾难。不久大水淹没高宗寝宫，高宗感恩道：“赖得卿唿，方免沦溺，始知有忠臣也。”赐给薛仁贵一匹御马。显庆二年闰月（657年），右屯卫将军苏定方进军西突厥，征讨反叛的阿史那贺鲁。薛仁贵上疏道：“臣闻兵出无名，事故不成，明其为贼，敌乃可伏。今泥熟仗素干，不伏贺鲁，为贼所破，虏其妻子。汉兵有于贺鲁诸部落得泥熟等家口，将充贱者，宜括取送还，仍加赐赉。即是矜其枉破，