即位，改元隆庆，是为明穆宗。明穆宗立即纠正其父的弊政，之前以言获罪的诸臣全部召用，已死之臣抚恤并录用其后，方士交付有司论罪，以前的道教仪式全部停止，免除次年一半田赋及嘉靖四十三年以前的所有欠赋；又停止明世宗为博孝名强行施行的明睿宗（即明世宗本生父兴献王）明堂配享之礼（即秋季祭天，要以在位皇帝之父合祭，为此导致明太宗庙号被改为明成祖）。
解决北虏南倭.隆庆帝重用徐阶、李春芳、高拱等内阁辅臣，致力于解决困扰朝局多年的“北虏南倭”问题，隆庆元年(1567年)，采纳内阁大学士高拱、张居正的