莫拉克台风造成多处河堤受损及破坏，总计破提46处，受损40处。此外，莫拉克台风降下超大豪雨，导致中、南部中央管河川上游集水区多处林班地、山坡地崩坍，所沖蚀之土石造成中、下游河道严重淤积，水利署初步统计计有浊水溪、八掌溪、北港溪、朴子溪、急水溪、曾文溪、盐水溪、二仁溪、高屏溪、东港溪及卑南溪等11水系，河道淤积长度约110公里，淤积土石量在6,000万立方公尺以上，经济部研拟「加强河川野溪及水库疏濬方案」，主要疏濬整体策略如下：一、影响通洪或居住、交通安全河段淤积土石，为快速、大量疏濬，以保护民众生命财产安全