由于微生物的化石记录多由囊胞所构成，而不是所有的甲藻门（Dinoflagellate）都具有囊胞，因此白垩纪－古近纪界线时期的甲藻类化石记录并不明确，造成相关研究的差异。2004年的一个研究，则认为当时的甲藻类并没有发生明显变动。最早自奥陶纪之后，放射虫（Radiolaria）一度消失于化石记录。在白垩纪/古近纪交界，可以找到少量的放射虫化石。没有证据显示当时的放射虫遭到大规模的灭绝。在古新世早期，放射虫在南极区相当繁盛，这可能因为寒冷的气候。接近46%的硅藻物种，继续存活到上古新世。这显示白垩纪末的硅