天皇禅位给了儿子为仁亲王，是为土御门天皇。此后，后鸟羽上皇开设院政，辅佐土御门、顺德、仲恭三代天皇。他积极对院政进行改革，并在1199年源赖朝死后对镰仓幕府持强硬态度，试图将镰仓幕府控制在自己手里。
北条氏大权独揽.二代将军源赖家被废黜后，源千幡被后鸟羽上皇赐名「实朝」，立为镰仓幕府第三代将军，试图扩大朝廷在幕府的影响力。在源实朝担任将军的时期，朝廷和幕府之间的关系十分亲睦。幕府曾提出「宫将军」的构想，也就是让亲王出任将军。但实朝被暗杀后，朝廷和北条氏控制下的幕府关系恶化，后鸟羽