许崇智与蒋介石纠缠不清，因他在1916年与蒋介石结拜为兄弟，更力排众议推荐他任黄埔军校校长，但1925年孙中山逝世后，却遭蒋出卖，许氏官邸遭黄埔学生军包围夺取军权，开始了两人之后40年时敌时友的关系。1925年3月，孙中山逝世。7月1日，中华民国国民政府在广州成立，许被任命为军事部长兼广东省政府主席，一时间成为仅次于汪精卫、廖仲恺和胡汉民的国民党领袖。当年8月20日，国民党元老、左派领袖廖仲恺被暗杀。汪精卫、许崇智、蒋介石三人组成特别委员会，以控制局势和处理廖案。在审理廖案过程中，蒋介石以国民党右派涉