十六年（1662年），世子郑经与其五弟之乳母陈昭娘私通，郑成功十分气愤，下令斩杀世子与其母董王妃。四月（约1662年5月）周全斌至思明后，讹传他奉有王之密谕将杀董妃与世子，遂遭洪旭捉拿，幸好受到董妃救护而得免一死。同年五月（1662年6月），郑成功薨逝，黄昭、萧拱宸等人拥立王弟郑袭登基；十月，郑经命周全斌督理五军戎务，率军取下台湾，史称郑经克台。1663年，清国与荷兰组成联军，发动金厦海战，夺得金门、厦门二岛。郑经在失去金厦二岛后，撤返东都，命周全斌防范后方追兵；然而，周全斌顾及与洪旭的嫌隙，因而投降清