耀施压，威胁会「阴干」（逐渐收紧）他们的经费。钟庭耀其后公开事件，引起干预学术自由的争议。最终郑耀宗及副校长黄绍伦在公众压力下辞去校长及副校长职务，成为第一位在舆论压力下辞职的港大校长。
改革.郑耀宗打破过去终身聘任制（俗称「铁饭碗」）的做法，所有新入职教员均改为合约制，需要定期根据学术表现续约。批评者认为此举妨碍学术自由，使教职员不敢与校方立场相左，也使学术研究重量不重质，但支持者则认为，定期学术评审可鼓励教职员多做研究、多发表学术文章，提升港大学术水平及地位。课程方面，他将