民军第二军（军长岳维峻）的收编，将部队更名为国民军第二军第5师，秦德纯续任该师参谋长兼骑兵团团长，驻周家口整训。1925年（民国13年）10月，直系吴佩孚东山再起，在汉口就任讨贼联军总司令，秦德纯随王文蔚部队在民国十四年2月投归吴佩孚，并将部队带往河南省，部队恢复24师名称，秦德纯担任24师第17旅旅长。随后24师参与了对岳维峻之作战。随后因冯玉祥倒戈，24师继续北上追击，但因在广东的国民革命军北伐，24师因此中止北征，返回河南郑州，返回河南后24师扩编为二四军，底下之旅也被扩编为师，秦德纯因此升任为陆