有观察到有性世代的纪录，但分子序列分析足以显示其分类属于子囊菌门。也因为其减数分裂的产物子囊孢子会留在子囊中，而不会马上散播出去，子囊菌门的真菌（粉色面包霉菌）曾是遗传学研究的重要工具。担子菌门真菌的菌丝特化出称为担子的桿状构造，以进行减数分裂产生担孢子。多数蕈类都属于担子菌门，另外担子菌门还包括锈菌与黑粉菌等重要的植物病原菌、存在于人类皮肤上的马拉色菌属以及可造成机会性感染的新型隐球菌。
类似真菌的生物.因为形态与生活史的相似，黏菌、卵菌与都曾被认为是真菌界的生物，卵菌、丝壶