澳洲公开赛，他因脚伤而未参赛。法国公开赛连续两年进入决赛，并以1–6、6–1、6–4、7–6打败世界第一费德勒，从而卫冕成功，拿下第二个冠军与第二个大满贯。温布顿锦标赛首度闯入决赛后，他以0–6、6–7、7–6、3–6力拼四盘败给费德勒。美国公开赛进入八强后，他以6–3、5–7、7–6、6–1力拼四盘败给俄罗斯选手米哈伊尔·尤日尼。年终网球大师盃，纳达尔进入四强后，4–6、5–7连丢二盘败给费德勒。他还夺得了二个大师赛单打冠军（蒙地卡罗、罗马红土赛事）和二个黄金国际赛冠军（巴塞隆纳红土赛事与杜拜硬地赛事）