994年9月1日改任铨叙部部长，1996年9月1日任考试院副院长。2000年民进党执政后，自动辞去考试院副院长职务，成为有任期保障之国民党政务官中唯一因政党轮替而提前辞职者。后任国民党智库国家政策研究基金会董事兼内政组召集人、国民党国家发展研究院院长，为连战担任国民党主席时的主要幕僚。关中与连战素有渊源，连战担任台大政治系所主任时，即曾聘请关中任教，后来连战任职国民党青年工作会主任时，关中又担任其副手。2005年8月19日，在国民党第十七次全国代表大会上，被新任主席马英九任命为党副主席。2007年，