郑邦镇也是台湾教授协会的成员之一，政治立场倾向台湾独立；1996年郑邦镇参与发起建国党，并且于1997年代表建国党参选台中市长，1998年代表建国党于台中市参选第4届立法委员，都未能当选。1999年当选第3届建国党主席，并且于同年8月宣佈参选中华民国总统，并与黄玉炎搭档参选，但是由于未能超过连署门槛而未能参与总统大选，2000年1月6日宣布退选。郑邦镇前后担任静宜大学中国文学系主任9年，大力提倡台湾中国语文学界改革，及推动台湾文学、语言系所的设立。期间曾接受文建会和所属国立台湾文学馆的委託，策划