祖先的大村氏自镰仓时代开始就是这个地方的地头（日本官名），而拥有了大村地方。1587年（天正15年），当时的领主大村喜前（嘉前）在丰臣秀吉征讨九州时加入了秀吉一方而确认了对领地的所有权。喜前是天主教诸侯,不过，迫于秀吉的压力而改变了信仰。1598年（庆长3年）秀吉死后，为了防备政局不稳开始着手建造玖岛城。次年1599年（庆长4年），把居城从三城城迁移了过来。江户幕府开始后也拥有领地，作为大村藩（2万7000石）而继续存在直到明治维新为止。城完成了作为藩厅的作用。从1614年（庆长19年）开始，由于纯