，民进党籍的总统当选人陈水扁就职中华民国总统，同日，邱正雄随着内阁总辞卸任财政部长；卸下公职后的邱正雄长期于国民党和金融界服务，在民进党执政这八年，他历任过国民党中常委、国民党智库执行长、大华证券董事长、国家政策研究基金会财政金融组召集人、执行长，以及安泰商银的董事长、安泰在他手下创造破纪录的亏损。
副阁揆.2008年3月，前中国国民党主席马英九当选中华民国总统；同年4月21日，候任行政院长刘兆玄公佈他为未来马英九执政团队内的行政院副院长，2008年5月20日就任。2009年9月1