尔滨工业大学办成了全国最好的大学之一。1964年调中央工作，任国务院对外文化联络委员会党组书记、副主任（对外文委后与其他政府机关合并为文化部），并任北京第二外国语学院党委书记兼院长。文化大革命期间遭到残酷批斗。1977年任中国科学院副院长，协助胡耀邦主持工作，并兼中国科技大学第一副校长，中国科学院党组副书记、书记，中国科学院学部主席团执行主席等职。1982年当选为中央纪委书记。1985年当选为中央顾问委员会委员。在任期间，李昌曾力排众议，反对极左的邓力群、王鹤寿当选中顾委常委；赵紫阳去世后，他不顾禁