第一个“20年发展规划”。1958年，该院迁至北京。1984年，院党委提出了《关于我院改革的初步设想》，经中国人民解放军总后勤部批准开展改革试点；1985年，又作出《关于进一步搞好我院科技体制改革的决定》和12个暂行规定。1985年，中央军委决定百万大裁军，军事医学科学院推行了“从单纯科研型向科研开发型转变，从单纯军用型向军民结合型转变，从封闭型向开放型转变”的科技改革。1989年11月1日，军事医学科学院毒物研究所附属实验药厂独立成北京四环制药厂，并一度以“阿姆斯”（AMMS，军事医学科学院的英文缩写