镇压阻止了该市的发展。1863年一月起义期间，市内发生了激烈的战斗， 被人称“刽子手”的米哈伊·姆拉约夫残酷地镇压下去。起义之后所有公民自由被取消，波兰语和立陶宛语被禁止使用。第一次世界大战期间，从1915年到1918年，维尔纽斯和立陶宛其他地区均被德国占领。1918年2月6日，在维尔纽斯宣布了《立陶宛独立法案》。德国军队撤退以后，立陶宛武装被向前推进的俄国占领军所击退。维尔纽斯多次易手：波兰自卫队控制了一段时间，以阻止该市被俄国布尔什维克军队占领；然后波兰军队恢复了控制，苏联军队又再次占领。红军于19