上岸疾驰，挽弓射北，发无不中。鲁王朱以海以方端士果敢有为，加佥都御史，抚治浙西，加兵部职方司主事，监其军。1646年，鲁王至舟山，方端士和张煌言、熊汝霖、孙嘉绩、钱肃乐等随从。1649年，鲁王逃到海上，都御史方端士和黄宗羲前去投奔。1660年，已经担任大学士的方端士降清。