时教内出现分裂，一派是以郑薫模为首固守檀君教名称的教徒，后来成为亲日派，另一派是主张抗日的大倧教。1915年10月，朝鲜总督府的「总督府令83号宗教统制案」断定大倧教是以宗教为伪装的独立运动团体，决定加以弹压。经卷『神檀实记』、『神檀民史』成为大韩民国临时政府指定国史教科书。现在大韩民国约有50～60万人大倧教信徒，教堂60余所，修道院40余所。