金陵（南京）、遥控将领守卫边界的风险很大；“天子守国门”则可以解决这一问题。另一方面，由于南京的建文帝势力影响较大（很多建文遗臣始终不顺服朱棣统治），出于在政治上考虑，作为朱棣大本营的北平更加适合作为京师，再加上蒙古的军事威胁，故考虑各种因素后，朱棣决定迁都北京。永乐元年（1403年）冬二月，朱棣改北平为北京，名顺天府；随后迁徙各地富民于北京。称北京为行在。永乐年间，迁都北京的准备一直在进行，如建北京城、建宫殿、疏通漕运等；直到永乐十八年（1420年），北京皇宫和北京城建成，遂下令迁都，以南京作为留都。