有逾46万人回穗。广州沦陷期，各类抗日活动不绝。日军进城初期大肆烧杀姦掠，后实施高压统治，致使经济文化萧条。1943年广东大旱，饿殍遍地，将死者爬入海珠桥底桥洞呻吟等死，被称为“升仙洞”日军占领期间，日军的秘密8604部队（731部队的支队）曾经在今中山大学医学院（原中山医科大学）进行对囚犯进行细菌试验。1945年8月15日，日军投降，8月16日，国军进入广州，广州光复。
国共内战与中共上台.1947年复为行政院院辖市。1949年2月，中国人民解放军逼近长江，国民政府南迁广州