种雄激素异常的病症有睾丸发育异常、克氏综合征、等，特别是睾酮或双氢睾酮合成异常（、）、、脑下垂体刺激异常（缺乏症）等其他先天性性腺功能低下症。此外，小阴茎也可能因为一些不涉及到性染色体的基因缺陷综合征而引起。胎儿时期若母亲服用了一些调节雌激素的（如己烯雌酚），也会造成阴茎异常或长度小于正常尺寸的情况。
治疗.
荷尔蒙治疗.在胎儿时期和童年时期期间，阴茎的生长速度会受到睾酮的强烈影响，生长激素对此也有一定程度的干预。小阴茎症状的病因无论是什么，如果它在婴