001年4月完成路网建议报告报行交通部，隔年8月核转行政院。在该专案中，除了修改1989年提出的初期路网和延伸线外，还提出了新的路线，作为已动工的红橘线外的长期路网，但除了红橘线的延伸线外，全都採取轻轨运输系统。该专案提出的核心路网含修改过的蓝棕线，以及黄线、轻轨环线、绿线（含五甲、右昌延伸线），而延伸线则有屏东、冈山路竹、旗津、填海造陆实施计画、大鹏湾、大寮、大坪顶等线。2001年3月，捷运局完成的《临港线发展为轻轨捷运之规划报告》专案（即临港轻轨）完成并送交中央政府审查，2003年11月25日被列为行政