卓与阿不都·拉提夫逃到喀什噶尔。1670年4月2日，伊思玛业勒进入叶尔羌，派人杀害了阿不都·拉提夫和他的所有兄弟。大力扶植黑山派，大肆镇压白山派。白山派和卓远走西藏联合达赖五世。达赖指示自己的弟子噶尔丹帮助白山派。噶尔丹在1678年，征服了哈密、吐鲁番和焉耆，1680年，直取叶尔羌，伊思玛业勒被俘，送往伊犁监禁。噶尔丹改立阿卜都里什特为叶尔羌汗。叶尔羌汗国成为附属于准噶尔的傀儡政权。