新引入了马里昂·瑞文伍德作为印第安纳的爱情归宿，但是他给了他们一个13岁的女儿，斯皮尔伯格觉得这跟《侏罗纪公园：失落的世界》太相似了。2004年8月，杰夫·内桑森碰见了斯皮尔伯格和卢卡斯，并于2005年10月11月转入下一稿，标题为《原子蚂蚁》。大卫·柯普接着撰写，并采纳罗伯特·奥本海默的提议，给脚本起了一个副标题——《世界毁灭者》。后来标题变成了《水晶头骨王国》，因为斯皮尔伯格发现，用这个情节设计作标题会更诱人。柯普想将马特（Mutt）的角色描绘为一个书呆子，但被卢卡斯拒绝了，说他必须像《》中的马龙·