ich von Huene将部分化石改归类于畸形龙。由于鸟面龙的命名时间较早，von Huene将沟椎龙改归类成鸟面龙的一个种。在1902年，法兰兹·诺普乔（Franz Nopcsa）将发现于阿根廷的一节嵴椎，归类于沟椎龙；目前被建立为诺普乔椎龙。在法国发现的破碎骨头、葡萄牙发现的牙齿，也曾被暂时归类于沟椎龙，直到2017年才另立为蝰神龙属。在19世纪末，发现于马达加斯加的化石，被理查德·莱德克（Richard Lydekker）归类于沟椎龙的新种，马达加斯加沟椎龙（"B. madagascarie