之任的第五子。尹元衡于1528年小科及第，为承候官，朝鲜中宗在位时，尹元衡的小尹派支持文定王后之子庆原大君，与支持章敬王后所生的世子李峼、以尹任为首的大尹派对立。中宗死后，世子即位，是为仁宗，但不到一年就去世，由其异母弟庆原大君继位，是为明宗，此时发生乙巳士祸，尹元衡等人立大功，被封推诚协翼定难卫社功臣、瑞原君，因明宗年幼故由文定王后垂帘听政，尹元衡势力正大，在其正室金氏（金安老之姪女）死后，尹元衡官拜领议政，其妾郑兰贞因为帮助小尹派，获文定王后破例扶正为尹元衡的正妻，封正一品贞敬夫人，明宗十五年二月赐封瑞