台湾大学课外活动组登记为正式挂名社团，此为地下时期。在地下活动两年后，台大浊水溪社于1987年正式成为校内社团，为当时改革派社团中唯一以农业问题与农民运动为主要关怀之社团，发行《浊水溪月刊》。并于隔年参与520农民运动。在520农民运动后旋即投入野百合学运，与改革派学运社团串联。于1989年与大学论坛社、大学新闻社、噬菌体社等12个学生社团在台大文学院草坪上举行二二八事件悼念活动。于同年4月7日郑南榕为言论自由与台湾独立主张自焚后，于台大校园内发起静坐追悼与声援郑南榕。其后社团逐渐减少公开活动。于1