II的转录因子也被发现。然而，三种明显不同的氨酰-tRNA合成酶的转录子以及4种未知的拟菌病毒独有的mRNA分子也被发现。这些预先打包的转录子能够在病毒基因没有表达的情况下被翻译，并且可能对拟菌病毒的复制是必要的。其他的DNA病毒，如人类巨细胞病毒和单纯疱疹病毒I型也有mRNA预先打包转录的特点。
基因组.拟菌病毒的基因组是一个线性的，有着1,181,404对碱基的DNA双链。是目前已知病毒中基因组最庞大的一种，超出了仅次于它的伦比约餐厅虫病毒（"Cafeteria roenber