侧线来上下列车。月台的有效长度为7辆。过往由于「白鸟」的一般编成均为8辆（6辆基本+2辆附加），因此如8辆编成的列车需要停站，1号车（即面向函馆方向的首节车箱）将启动车门安全装置，令车门不会打开。知内车站的站房是与具有公路休息站及物产中心功能的道之驿「」（）所共构，旅客直接可以穿过道之驿进入车站月台区。除此之外，当旅客欲在道之驿营业时间之外搭乘火车时，也可以利用设置在道之驿主建物左旁的专用出入口进入车站。根据2014年4月尾的实地考察，知内站废站后，月台部份已舖上了附有萤光条的工程用塾板，而站牌