言，日夜作鼾声如睡，七月二日，声渐微，卒年五十一岁。全祖望既逝，董秉纯、蒋学镛又请杭世骏校订《鲒埼亭集》书稿，并代为作序。杭世骏的原稿后来不知所终，但董秉纯还保存着副本，嘉庆六年（1801年）刊印。
学术.全祖望在学术上极推崇黄宗羲，用十年时间续修了黄宗羲的《南雷黄氏·宋元儒学案》，又增立学案32个，七校《水经注》，提出《水经》成书于三国魏人之手，和《困书纪闻三笺》，续选《甬上耆旧诗》，并受到史家万斯同的影响，重视史料校订，精研宋末及南明史事，“时开明史馆，复为书六通移之。先论艺文