增建实验室，调整系科结构，增设了一批新专业。机械工程系创办了中国最早的农业机械、电子精密机械和电子设备结构专业，主编了中国第一本机械类教材《机械原理》。
三学院合校办学时期（1952‒1954）.1952年，华东航空学院（今西北工业大学主体）和华东水利学院（今河海大学）尚未独立建成校舍且缺少基础课师资，南京工学院将四牌楼部分校舍借给华航和华水，三学院院在四牌楼合校办学，部分职能部门由南京工学院统办，公共课、基础课和部分基础技术课的教学由南京工学院承担，三院相近专业的学生同堂上课。