水退，京杭运河得以顺畅通行，翁大立的奏折建议就束之高阁彻底搁浅了。隆庆四年（1571年）六月，鸿沟、境山、淮河疏浚等水利工程竣工。明穆宗非常高兴，想要擢升翁大立。但此时黄河、淮河同时发水灾，引发决口，不少河道被淤塞。更严重的是，泰山庙到七里沟，十多里淮河被淤塞，淮河水从朱家沟满溢而出，居然改道至清河县河南镇，与黄河合流。此时翁大立正在京师担任工部右侍郎一职。隆庆皇帝下令让新上任的河道总督都御史潘季驯总管水利工程，负责防洪治灾。不料，黄河在邳州大决口，睢宁水道被淤塞长达一百余里。翁大立马上上奏，建议开泇口