作为据点，其继承人郑芝龙后来成为中国东南沿海势力最大的海盗，并在1628年接受明朝招抚。同年闽南大旱，郑芝龙曾提议招募饥民移民、开垦台湾，亦有学者认为此提议从未执行。这段期间郑芝龙曾强力控制中国东南沿海的商船，以及中国大陆对台湾的贸易。17世纪起，中台湾的原住民族曾出现一个跨部落王国，即后世所称的大肚王国，这也是台湾历史记录上最早出现的政权。大肚王国由巴布拉族、猫雾捒族、巴则海族、洪雅族、道卡斯族等原住民部族的27个村社组成（后来只剩15至18个村社），共主称为「大肚王」，在鼎盛时期的领域范围南至今之鹿