年），丁忧离职，应张之洞之聘，于武昌两湖书院主讲史学。光绪二十六年（1900年），庚子事变爆发，与李鸿章、张之洞、刘坤一谋东南互保。光绪二十八年（1902年），应盛宣怀聘，任上海南洋公学 (今上海交通大学) 监督。宣统二年（1910年），因病乞休。辛亥革命后，以遗老自居，归隐上海，号其楼为海日楼。民国六年（1917年），响应张勋，赴北京谋溥仪复辟，授学部尚书。民国十一年（1922年）卒，年七十二岁，谥诚敏。
着作.沈曾植学究天人，通儒学，工书法，专治辽金元三史，且精音韵、刑律、