将军，加散骑常侍。咸康八年（342年）与会稽王司马昱、中书监庾冰、中书令何充及尚书令诸葛恢并受晋成帝遗诏作顾命大臣。同年晋康帝即位为帝，司马晞更获加授侍中、特进，次年又领祕书监。永和元年（345年），进位镇军大将军、开府仪同三司。永和八年（352年）迁任太宰。司马晞虽无学识，但有军事才干，喜好学习与军事有关的东西，故此被桓温所忌，很想将他废掉。太和六年（371年）十一月，时任大司马的桓温废黜晋废帝，改立晋简文帝。在当月就上奏诬陷司马晞即将作乱，终废去司马晞及其二子的官职。不久，桓温更派弟弟桓祕逼迫新蔡王