6月6日更名为美国南方司令部。在60年代期间，美国南方司令部的任务包含了捍卫巴拿马运河，冷战事件应急规划，以及美国在中美洲和南美洲的军事援助计划。特别是美国指挥部人员与合作伙伴国家部队合作进行社会安全行动，加快区域发展。然而在20世纪70年代，越南战争结束后，联合参谋长建议废除部分司令部以削减美国在海外的驻军。出于政治原因，这个指挥部门艰难的留下来了，不过负责的地域和资源有限。20世纪80年代，萨尔瓦多，尼加拉瓜和其他地方的内部冲突激起了美国对拉丁美洲的军事兴趣。反过来，罗纳德·里根政府又振兴了