2016年夏季奥林匹克运动会南非代表团参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的第三十一届奥林匹克运动会。这是南非在后种族隔离时代第7次派代表参加夏季奥运。为确保只有高水平运动员才能代表南非队参赛，南非体育联合会暨奥林匹克委员会决定放弃所有通过非洲资格赛以及凭借非洲排名获得的奥运资格，除非对应项目非洲资格赛是最高等级的资格赛。
田径.南非田径队在以下项目上获得参赛资格（每个小项最多三名来自同一代表团的运动员参赛）：2016年5月25日，该国有六名马拉松运动员成