光绪二十四年（1898年），邓邦述中进士，同年五月，改翰林院庶吉士。光绪二十九年四月，散馆，授翰林院编修。光绪二十七年（1901年），他入湖南巡抚端方幕。光绪三十年（1904年），邓邦述住在吴县。光绪三十一年（1905年），他奉清政府所派，随出使各国考察政治大臣端方到外国考察，次年四月归国。此后，他住在北京，参与厘订新官制。其间，他搜罗了大量善本。光绪三十三年（1907年），吉林设行省。徐世昌向清廷保奏道：邓邦述于该年年底署理吉林省交涉司使。宣统元年四月二十九日（1909年6月16日），邓邦述转任