籍华人。丈夫饶毅亦为着名生物学家。吴瑛本科毕业于上海第一医学院（现复旦大学上海医学院），1991年获美国斯坦福大学博士学位。曾任美国华盛顿大学教授。美国西北大学讲座教授，北京清华大学长江学者讲座教授，中国科学院生物物理研究所研究员。吴瑛以研究RNA剪接的分子生物学着名。曾获中国国家自然科学基金委员会“国家杰出青年基金”B类。