尼可夫前往巴黎寻求巴斯德的指导。巴斯德则给了他一个在巴斯德研究院里的职位，他担任这个职位直到离开人世为止。 后来胞噬作用证明存在，而梅契尼可夫也于1908年，因为对胞噬作用的研究，获得了诺贝尔生理学或医学奖。他与一起工作，他们研究一种能够防止人们感染梅毒的药剂。 在巴斯德研究院工作的期间，梅契尼可夫曾经到保加利亚旅行，他发现当地有很多百岁人瑞。之后他调查当地居民的饮食习惯，发现他们经常饮用发酵乳。因此梅契尼可夫提出了一种理论，认为乳酸对人体健康有益，可以延长人类寿命。并且为了证明此理论，他每天都喝优