与飞碟电台(与董事长赵少康与时任飞碟晚餐主持人陈文茜不合)的政治立场相左，最后请辞飞碟电台台内的所有工作，并退出中国国民党，并转战东森联播网，政治立场也转向泛绿，而后受到前总统李登辉邀请，加入台湾团结联盟。不过加入泛绿联盟的时间也很短暂，因不满时任总统陈水扁及其第一家庭的贪腐，多次在电视节目中与民进党槓上，在2006年中华民国直辖市长选举当中，代表台湾团结联盟参选台北市长，并对同样是泛绿的同志，代表民主进步党参选台北市长的谢长廷多次公开批评，甚至闹场，台湾团结联盟为了泛绿的团结，开除了周玉蔻台湾团结联盟的党