生了两名儿女，王子卡洛斯（早夭）及公主玛丽亚。1521年12月13日，曼努埃尔一世因疫病逝世，埃莉诺22岁便成了寡妇。虽然成为太后，埃莉诺仍然回到西班牙王庭居住，但是她的妹妹却去葡萄牙嫁给埃莉诺的继子约翰三世。1523年7月，埃莉诺与波旁公爵夏尔三世·德·波旁订婚，因为查理五世希望波旁家族与他生命中的敌人法兰索瓦一世对抗，但是此婚约其后无疾而终。1526年，埃莉诺却与在西班牙成为阶下囚的法兰索瓦一世订婚。1530年，埃莉诺成为法兰索瓦一世的第二任妻子。1531年5月31日，在圣但尼加冕成为法国王后。