兰人退出澎湖，派兵包围了风柜尾城。经过八个月激战以后，荷兰人和明朝达成协议，同意摧毁风柜尾的要塞和砲台，同时拆除澎湖城堡的建材，转进至台湾本岛的安平港，明朝亦不干涉荷兰对台湾的佔领。
葡萄牙人与荷兰人到来.16世纪时葡萄牙人来到东方，发现澎湖海域鱼产丰富，岛上住着许多渔民，因此称唿澎湖为「Pescadores」，「Pescado」意为「渔夫」，故将「Pescadores」译为「渔翁岛」或「渔夫群岛」。1604年（万历三十二年）时，荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wijbrant V