运动与本拉登的基地组织关系密切，很多成员本身就是基地组织的成员，所以东突厥斯坦伊斯兰运动被中国和美国认定为非法的恐怖组织。美国对其的这个定性在国内具有争议，有学者评论美国此擧主要是爲博取中国支持它们的反恐战争，以及为了改善中美关系。1996年买买提明·艾孜来提在土耳其建立东突厥斯坦解放组织，其宗旨是通过暴力恐怖手段，在新疆建立东突厥斯坦。1996年6月，旅居德国的部分新疆籍人在慕尼黑市建立东突厥斯坦信息中心。同年11月，学生运动家多里坤·艾沙在慕尼黑市召开第一届世界维吾尔青年代表大会。1996年4月