前已知最大的是""的基因组，达5,751,492个碱基对，而除（ARMAN）外最小的只有490,885个碱基对，不到前者的十分之一，据估只能编码537种蛋白质。一些小型的独立DNA片段质粒也存在于古菌中，可能通过细胞之间的直接接触传递，其过程可能与细菌之间的接合类似。古菌可被双链DNA病毒感染，这些双链DNA病毒形态各异，包括瓶状、杆状、雨滴状等。这些病毒在一些嗜热菌中研究得最为详致，特别是和的古菌中。最近发现了两类可感染古菌的单链DNA病毒：一种是典型的，这病毒感染嗜盐菌另外一种嗜热的感染嗜超热菌（这