由人民币1元兑1.15港元汇率计算，往返香港的每程票价介乎78至247港元。由西九龙总站开往福田、深圳北、光明城、虎门、庆盛及广州南，票价依次为约78元、86元、109元、205元、213元及247元港币。另外，部分来往香港西九龙站及虎门站、庆盛站、广州南站的短途班次，提供特别车费优惠，二等、一等、特等及商务座分别为人民币155/217/246/357、161/225/256/372，及187/261/298/432元。
未来发展.2018年11月15日，广州市轨道交通一体化规