负责东北部队的整训工作和后方建设。1946年11月，与陈云一同到南满，任南满分局副书记兼辽东军区司令员，此后指挥四保临江战役，改变了东北战场的战略局势，后又参与夏秋冬攻势。1948年5月起，萧劲光指挥东北野战军第一前线指挥部司令员，与萧华一起率部组织长春围困战，并攻占长春，此次战役导致长春数十万平民饿毙。在迫使长春国军投降后，南下参与辽沈战役的沈阳外围作战。1948年11月，率东北野战军四个纵队，进入山海关参加平津战役。1949年1月，任第12兵团司令员兼政委，率第四野战军先遣兵团进军武汉，牵制国民党军