的例子.碱性磷酸酶超家族 - 具有相似的αβα三明治结构，催化机理也有相似之处。珠蛋白超家族 - 相似的八次α螺旋结构。免疫球蛋白超家族 - 相似的反平行β折叠结构，在识别、结合、黏附功能上具有重要性。PA蛋白酶超家族 - 具有相似的类胰凝乳蛋白酶双β桶状结构，相似的蛋白酶解机理，但是序列相似性<10%。Ras超家族 - 相似的催化G结构域，由6个β片层和5个α螺旋组成。丝氨酸蛋白酶抑制剂超家族 - 具有相似的高能应力折叠，可以发生较大的构象改变，并从而抑制丝氨酸蛋白酶和半胱氨酸蛋白酶