哥哥则在北平郊区福寿岭一带组织中学生进行军事训练，袁永熙则在卧病休养。1937年7月，卢沟桥事变爆发，清华大学、北京大学、南开大学奉命南迁，袁永熙的两位姐夫叶公超、孙国华随校南迁。1937年9月，袁永熙的大哥袁永辉经八路军西安办事处介绍，赴八路军在五台山的随营学校学习。1938年春，袁永熙带病随五姐和朱自清教授家眷一道离开北平，同年5月到达西南联大的所在地昆明。
在西南联大.袁永熙抵达昆明时，西南联大刚刚自湖南长沙迁到昆明，1938年5月4日开学。西南联大文法学院当时则设在蒙自