设于保定，王士珍任总参议。北洋常备军编成，王士珍任左翼翼长。此后，他历任军学司正使、军政司正使、北洋军第2镇统制官、第6镇统制官。其间，他为北洋常备军的训练和正规化整备贡献了力量。1906年（光绪32年）冬，王士珍被任命为新设的陆军部右侍郎。翌年，他任江北提督兼盐漕事务。
北洋要人.1911年（宣统3年）10月武昌起义爆发。袁世凯东山再起任内阁总理，王士珍任陆军大臣。王士珍对清朝的忠诚心强，在清朝灭亡后，王士珍随即退职。1914年（民国3年），王士珍被授与陆军上将衔，参加北洋政