四十五年，以右佥都御史巡抚陕西。万历十年（1685年），出任南京户部尚书。次年授资政大夫衔，不久改任工部尚书。官至户部、吏部尚书。万历三十三年（1608年）卒。赠少保。杨巍最初历任中外官职，甚有名声，但到官至吏部尚书秉铨时，已是年耄骫骳，故行事多听首辅申时行的指挥，故被御使江东之、李植等弹劾抨击，以致他名望大损，但是他为人有清操，性长厚，不为刻核行。
评价.《明史》赞曰：「张瀚、王国光、梁梦龙皆以才办称，杨巍、赵焕、郑继之亦负清望，及秉铨政，蒙诟议焉。于时政府参怀，言路胁制，固积重