效忠施压，劝其出降；管效忠则以清律「守城过三十日，罪不及妻孥」为由，向郑成功乞求宽限时日再出降，实则拖延时间以待援军。不久，镇守南京城门的郑军将领余新因为疏忽遭到清军突袭，全军覆没。南京清军士气大振、蜂涌而出，郑军的后援部队支援不及，遭清军各个击破，镇将陈魁、张英、林胜等皆死于战阵中。甘辉、万礼等亦率军奋战，但仍不敌清军而遭俘虏。被俘后，甘辉不愿向清朝投降，不久即遭处决。郑成功于南京惨败后点阅兵将，知道了甘辉等人牺牲的消息，相当难过懊悔，于是回到厦门建立了忠臣祠供奉之，甘辉被列为其中的第一位。