6月29日，继任大总统黎元洪宣布恢复《中华民国临时约法》和国会。7月14日，唐继尧通电撤销军务院。7月25日中华革命党也发出通告，宣布停止一切军事行动，护国战争宣告结束。各省陆续取消独立。
日本在护国运动中的角色.袁世凯在《二十一条》交涉前后日益向欧美列强靠拢以制衡日本，日本决定取代袁世凯政权。1916年1月19日，大隈重信内阁通过了“要注视南方动乱的发展”的决议。2月21日，大陆政策的急先锋田中义一向冈市之助建议：“现在，采取让袁彻底退出之手段，同时采取扶植我政治势力之手段为有