《三千字》、四书五经等传统书籍，在诗文、算术方面具有才华。但因阮长祚信奉天主教，故此他成年后应考乡试时，遭到地方官员的偏见，而从考生名册上除名。此后，嗣德十一年（1858年），到乂安省新邑的天主教区教授教友汉文，并向法国教士戈蒂埃（Gauthier；另有越南名「阮德厚」）学习法语、法国文学、拉丁语及科学。嗣德十二年（1859年），阮德厚因鑑于阮朝政府对宗教迫害加剧，便返回法国，阮长祚与他同行。到罗马时，阮长祚谒见教宗庇护九世，获勋衔及一批欧洲文献。其后，阮长祚致力学习欧洲的科学、文学、社会、海运、建筑、