郊商的力量在洋商势力进驻等因素下仍逐渐衰退，开始出现有人伺机窃占庙产的情况，光绪年间的台湾县知县沈受谦所立的「天后宫庙庭禁筑草寮碑记」便是为了严禁民众在大天后宫庙庭私筑草寮佔地而发佈的告示。而在此碑竖立十年之后，台湾就因为马关条约而被割让给日本，进入了日治时期。
曹洞宗的进驻与退出.台湾被割让之后，台湾方面成立了台湾民主国对抗来台的日军。此时大天后宫后进的一厢房，曾短期被充用成台湾民主国的总统府，1895年6月至10月，民主国第二任总统刘永福曾于此办公。而在台湾民主国彻底瓦解，