，他和王子的情谊并未因此改变，巴赫经常回到柯腾演奏音乐，并保有其宫廷乐长的荣誉头衔；王子两年后再娶，巴赫曾为其新婚夫人献上一首祝贺生辰的清唱剧。然而王子却于1728年11月英年早逝，柯腾的宫廷音乐盛景不再。1729年3月，巴赫最后一次探访柯腾，指挥《马太受难曲》的片段作为王子丧礼上的音乐。作为莱比钖的音乐总监，巴赫负责监督城内四座主要教堂的音乐事务，特别是圣多玛斯教堂和圣尼古拉教堂周日冗长繁复的礼拜仪式。巴赫初到莱比钖的几年，积极创作乐曲供教堂使用，至少为整个教会礼仪年提供五套的清唱剧，总数约有295首