司都由清廷任命。巴塘土司管辖的中甸、阿墩子两地也被划出，归云南省管辖。根据《卫藏通志》记载，巴塘土司共管辖地方寨落33处、头人29名、百姓6920户和大小喇嘛2110众，并且有按年上缴粮食赋税、承当差役、挽运年糈等职责。1903年，光绪帝委派驻藏大臣凤全对康区经营。他野蛮干涉当地事务，并鼓动汉人移民康区进行开垦。这引起了当地广大藏人的不满，最终在1905年因为宗教和民族冲突引发巴塘事变，凤全在巴塘被杀。随后，巴塘土司和理塘土司一起举起反清大旗。川滇边务大臣赵尔丰奉命率军镇压，巴塘正土司扎西吉村（罗进宝）