之后，鲁维吉耶马也随约韦里·穆塞韦尼领导的乌干达救国阵线参与乌干达丛林战争，成功透过游击战推翻米尔顿·奥博特领导的乌干达政权。鲁维吉耶马也是在此时首次和未来卢旺达爱国阵线的几位领导干部一同作战，这些人包括保罗·卡加梅（Paul Kagame）、派屈克·卡雷盖亚（Patrick Karegeya）和卡洋巴·尼亚姆瓦沙（Kayumba Nyamwasa）。1986年，穆塞韦尼领导的全国抵抗军成功取得乌干达的政权，鲁维吉耶马因此被任命为国防部副部长。新政权建立初期，旧政权的残余部队持续在乌干达北部骚乱，身