君昌、富察晓蕙将这个化石正式叙述、命名。模式种是玲珑塔古帆翼龙（"A. linglongtaensis"），属名意为「古老的帆翼龙」，种名则是以化石发现处的玲珑塔镇为名。吕君昌等人将古帆翼龙归类于Breviquartossa演化支，并认为牠们的最近亲是帆翼龙科。吕君昌等人认为古帆翼龙比白垩纪的帆翼龙科还要原始，因此古帆翼龙可能是帆翼龙科的直系祖先，而不属于帆翼龙科。在2012年，大卫·马提尔（David M. Martill）、Steve Etches等人提出古帆翼龙的正模标本，可能是达尔文翼龙的一个保存较