1988年，才返回台湾。陈芳明返台后，赴前往民主进步党中央党部任职文宣部主任（许信良时任党主席），曾先后任教于静宜大学、国立暨南国际大学中文系；陈氏所构想的理念「清廉、勤政、爱乡土」，高悬于民进党中央党部会议室。陈芳明为国立政治大学中文系教授；2005年8月起，出任国立政治大学台湾文学研究所所长，主要教授台湾文学史及文学批评等课程。1999年3月21日，陈芳明在「第一届台湾文学经典研讨会」担任中央研究院研究员彭小妍论文〈论叶石涛「台湾文学史纲」〉的讲评人，他在讲评中表示，某些人抨击行政院文化建设委员