编组.以下是E259系现时（2012年12月）的编组方式：
车辆运用.E259系是特急列车「成田特快」的专用列车，一般以6辆编组行驶，但客人较多时则以两组的列车连结行驶，最长可以达12辆（6+6）。在特定日子，部分班次以富士急行河口湖站或JR横须贺站作为终点站(列车会在东京站或新宿站分离成6辆编组前往)；在某些长假期间，更充当「海洋特快舞女号」(マリンエクスプレス踊り子)以6辆编组行走1-2班。在载客营运前的试车期间，E259系也有进入其他路线的记录。Section: