明时代的道士张三丰，丹法据称传自火龙真人，称为隐仙派，其法诀采"清修派'与"阴阳派"之长，着有《无根树词》、《大道论》、《玄机直讲》等。另外据说还有不少隐传的内丹流派。隐传的内丹术大多师徒相承，口口相授，外人很难了解。部分研究人士认为中国古典名着《西游记》、《封神演义》不仅是文学名着，还是阐述内丹术的“丹经”。《四库提要》说：“后世神怪之迹，多附于道家，原其本始，则始于清静自持。其后长生之说与神仙家合而为一，而服饵、导引入之；房中一家近于神仙者亦入之。”
理论.内丹的一个重