在五世纪至六世纪期间，也曾有多位天皇将住所设于此，也因此当地有许多古坟时代期间的古坟，一般认为在同一时期的大和王权的政治中心即是位于此区域内。在令制国时代，现在的樱井市北半部属于城上郡，南半部属于十市郡；在江户时代则被分割成众多区域，分属幕府、旗本、津藩、、、久居藩，其中芝村藩的阵屋野味于现今樱井市的范围内。19世纪末明治维新后，这些区域曾先后隶属奈良县、津县、柳本县、芝村县、久居县、堺县、大坂府，最后在1887年重新设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制后，现在的樱井市辖区分