难；虽然大致的程序已经为人所知，但蛋白质结构预测还是需要大量的运算。Foldit尝试利用人脑天生的三维图形匹配能力。目前该程式出的谜题都是基于已被人们清楚了解的蛋白质；透过分析人类在解这些谜题时的直觉思考途径，研究者希望能改进现有蛋白质折叠软体所用的算法。2010年科学杂志《自然》杂志上的一篇论文称，Foldit的57,000名参与者提供了有用的结果，这些结果与算法计算的解决方案相匹配或表现优异。