湾清治末期至日治初期，宝斗仁地区为一街庄，称为「宝斗仁庄」，隶属于竹北一堡。该庄北与茄苳湖庄、香山坑庄、双溪庄为邻，东与新城庄为邻，南边为富兴庄、珊珠湖庄、兴隆庄，西边为南隘庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于新竹厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「宝斗仁」大字，隶属于新竹州竹东郡宝山庄，大字下有「宝斗仁」、「崎林」、「深井」小字名。战后宝山庄改制为宝山乡，隶属于新竹县