播出16:9节目时画面横向压缩成4:3。不过大部分节目在高清版使用16:9格式播出的同时，在标清版仍然使用4:3格式切边播出。自2016年开始，越来越多节目开始不再使用4:3格式切边播出。
全面改版.2019年9月26日，中央广播电视总台全面启动高质量发展改版，科教频道的改版工作于10月14日正式启动，并更换为以蓝色「正门」形状作为标志的第六版包装（即现在的包装），但仍保留原来的大眼睛频道ID，12月2日起，该频道正式启用全新ID，并微调节目包装。