3年入读上海半淞园师范讲习所，1906年毕业于上海龙门师范学校。此后曾任江阴市立九校单级部主任、上海商务印书馆国文部编辑等职。他编写过《新学制小学国语教科书》、《小学历史自习书》等小学教材。1924年前往南京，后出任教育部初等教育司司长。1941年前往菲律宾担任华侨教育专员。回国后继续担任初等教育司司长。中华人民共和国成立后，吴研因历任教育部初等教育司司长、中学教育司司长、教育科学研究所教学法组组长等。他曾主持了小学教育体制改革，领导了《小学工作条例四十条》、《小学生守则》的制订。此外，他还是中国民主促