普世牧首正式承认并批准了格鲁吉亚教会的自治权。此外，牧首也被授予了卡托利科斯的称号。此后的格鲁吉亚独立使教会得到极大的复兴。在格鲁吉亚宪法第九条中，说明了格鲁吉亚正教会在该国历史中起到的特殊作用。在2002年10月14日，伊利亚二世与格鲁吉亚总统爱德华·谢瓦尔德纳泽签署的协定中，教会与国家的关系进一步得到定义。协议引人注目地承认了格鲁吉亚正教会对该国所有教堂及修道院的所有权，并且赋予其在政府中的参议角色。尤其是在教育方面。