剂（如在器官移植之后使用）、艾滋病患者，和因年龄渐长而免疫力缺失等。也曾经引致真菌性脑膜炎。症状的进程一般较为缓慢，在确诊之前常表现长达数周的发烧及头痛。此类脑膜炎最常见的类别为新型隐球菌（"Cryptococcus neoformans"）引起的隐球菌性脑膜炎。多项研究指出，隐球菌脑膜炎是非洲最常见的脑膜炎类别。并佔非洲艾滋病患者死因的20-25%。其他常见的致病真菌包括粗球霉菌（"Coccidioides immitis"）、荚膜组织胞浆菌（"Histoplasma capsulatum"）、（"Bla