99年间，林务局为方便登山人士如厕，选在排云山庄旁边的空地上兴建一座厕所。2000年9月，排云山庄经整修后，可容纳住宿人数为90人。2002年1月，因排云山庄管理权责的问题，林务局将排云山庄管理权移交玉山国家公园管理处。户政机关早期将排云山庄登记在嘉义县吴凤乡（今阿里山乡）雪峰村。随着雪峰村于1987年被併入中山村，由于作业疏失，误将排云山庄登记于南投县信义乡东埔村。这种情况自1990年一直到2007年才被发现，各相关单位开会决议后，由玉山国家公园管理处提出变更门牌地址，排云山庄因此于2007年10月1