式剪接不同，这里的两段外显子是来自不同的RNA的，但却可能来自同一基因。“经典”反式剪接见于锥虫和线虫，近期在人类身上也发现了反式剪接。
锥虫和线虫的“经典”反式剪接.动质体目动物，如引起非洲昏睡症，那加那病和Chagas病的病原体，特别是布氏布氏锥虫（"Trypanosoma brucei brucei"），狭义上是反式剪接的经典模型生物。这些生物在转录过程中，和细菌一样从单一一个基因中产生一个多顺反子的抄本，之后经过反式剪接加工等步骤被释放。这步反应发生在剪接体上，U1-snR