两国于1991年8月29日恢复外交关系。芬兰目前于塔林设有大使馆，以及在塔尔图设有名誉领事。爱沙尼亚则在赫尔辛基设立大使馆，以及另外五座芬兰城市（奥卢、图尔库、埃克奈斯、坦佩雷、科特卡）设立有名誉领事。芬兰以及爱沙尼亚目前都是波罗的海国家理事会、欧盟、欧元区的成员国。芬兰的主要语言——芬兰语，与爱沙尼亚语有着共同的祖先。76%的芬兰人曾经造访过爱沙尼亚（截至2004年，有180万芬兰人有造访过爱沙尼亚的记录）。爱沙尼亚国内的酒类征税要比芬兰低，因此，通常芬兰访客在回国时都会携带大量酒类：2014年的一份