华民国国军部队在二战后将重心放在中国大陆，第二次世界大战到1948年间并未在台南机场驻有航空部队，日军留下来的飞机有的被送到中国大陆使用，有的是当成废铁拍卖，也有部分飞机留在台湾当成连络机。随着第二次国共内战失利，中华民国国军部队由中国大陆开始转进撤退到台湾。中华民国政府迁到台湾，两岸交流中断后，台南机场在民航方面仍保有台湾地区的航线，而在军事方面除了有中华民国空军使用外，亦曾为驻台美军的空军基地之一。中华民国空军第一轰炸大队于1952年时从台中水湳机场移驻台南机场，改配置F-84雷霆喷射式战斗机，后来