46年9月随国民政府迁回南京，先后居住在瑯琊路、桃园新村、四海里等地，年底当选制宪国民大会代表。1947年，国军收复曲阜，孔德成得以祭扫林庙，这是他最后一次回到曲阜。同年当选为曲阜县第一届国民大会代表（至1991年卸任）。1948年3月，赴美国游学，任耶鲁大学研究员，与访美学者罗常培友善，并和傅斯年同住一楼。
迁台时期.1948年徐蚌会战后，至圣先师奉祀官府主任秘书李炳南将曲阜孔府文物撤至台湾暂时安置于台中市省立图书馆后面的新生报宿舍（今自由路与民权路交叉口），后于台中市复兴路两栋