绍下结识孙中山。8月，支持孙中山在日本东京成立中国同盟会，并当任其司法部检事长。11月，于东京创立《民报》，为中国同盟会机关报。12月，陈天华为抗议日本文部省的《取缔清国人留日学生规则》而自杀，宋教仁将其遗体收回，唿吁留日学生回国。1907年孙中山与黄兴就国旗发生争执之后，宋教仁因误会对孙中山产生恶感，认为同盟会人心不齐而难有作为，谋求“另外早自为计”，辞去了在东京本部担任的职务，3月与日本大陆浪人古河清等人前往中国东北动员“马贼”，6月被张继从奉天请回后，投入了第一次倒孙高潮，支持章太炎反对孙中山在日