运营则是由财团法人京都文化基金会（）进行。
历史.开馆于1988年（昭和63年）10月1日。正式名称是「京都府京都文化博物馆」。其前身是开馆于1968年的平安博物馆，所有者为财团法人古代学协会。平安博物馆位于1906年竣工之旧日本银行京都支店，由辰野金吾的弟子长野宇平治设计1969年被指定为国家重要文化财。在京都文化博物馆设立之后，财团法人古代学协会将建筑赠送给京都府。旧日本银行京都支店的建筑现在是京都文化博物馆的别馆。本馆位于别馆的北侧，是座钢筋混凝土的地上7层地下1层的建筑物，