不是真正在道观里研习道教教理。当时某些道士、女冠、和尚、比丘尼，并非纯为修行之人，道观、寺庙甚至成为规避法网及逮捕的场所、暂时栖身之处。鱼玄机居于咸宜观时，多与名士交流，往来酬唱。后来因为情感纠葛，笞杀女婢绿翘，因而被捕下狱，由京兆尹温璋负责审讯，被判处死刑。于秋后被绑赴长安东市刑场斩首示众，卒年二十八岁，《三水小牍》就曾记载此事。鱼玄机的生平，是近年女性文学与社会的研究重要题目之一。清朝民间出版品中多以鱼元机出现，是为避讳清圣祖康熙爱新觉罗·玄烨，如黄丕烈提宋刻本《唐女郎鱼玄机诗》、陆昶《历朝名媛诗词