为北投仔庄、林仔街庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于台北厅，编入第二十七区。1906年（明治三十九年）1月，第二十六区、二十七区的部分街庄合併为「水枧头区」，该庄属之。1920年（大正九年），该庄改制为「水枧头」大字，隶属于台北州淡水郡淡水街。战后淡水街改制为淡水镇，隶属于台北县，大字亦改制为里。2010年12月，台北县升格为新北市，淡水镇亦改制为淡水区。
交通.市道101号经过水枧头地区西部，往北可前往三芝，往南可前往淡水市区。