天主教波斯尼亚和黑塞哥维那军中教长区（；）是波斯尼亚和黑塞哥维那一个罗马天主教军中教长区，直属圣座，负责牧养信奉天主教的波斯尼亚和黑塞哥维那军人及其家眷。军中教长区于2011年2月1日成立，2012年时有九个堂区和十名司铎。军中教长现时出缺。