其罪状陆续被揭发。洪武十八年（1385年），有人告发李存义与其子李佑，曾同胡惟庸谋逆。洪武十九年（1386年）明州卫指挥林贤通倭事发，经审讯得知，是受胡惟庸指使。洪武十九年，林贤案审结，林贤被凌迟处死。二十三年（1390年），李善长为了大兴土木，向信国公汤和借用卫卒三百名。汤和暗中向朱元璋报告。朱元璋颁敕李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望怀两端，大逆不道”，其妻等七十余人被杀。陆仲亨的家奴告发陆仲亨与唐胜宗、费聚、赵雄三名侯爵，曾串通胡惟庸“共谋不轨”。宋濂的孙子宋慎亦受牵连被杀，宋濂本人贬死四川茅州