生素难以与之结合。乳杆菌等革兰氏阳性菌拥有天然的万古霉素抗药性，因为它们脂质IIC端的肽序列本身就是d-Ala-d-Lac。具有中等万古霉素耐药性的金黄色葡萄球菌通过使细胞壁增厚获得对糖肽类抗生素的耐药性。
临床意义与副作用.万古霉素是临床上应用最广泛的糖肽类抗生素。传统上，临床医生将万古霉素视作对抗细菌的最后一道防线，当其他抗生素都无法生效时方才会启动万古霉素进行治疗，但具有万古霉素抗药性的菌株目前也逐渐增多。针对β-内酰胺类抗生素严重过敏的患者，医生也会考虑在必要时使用万古霉素