秘密协议是引发天水围种种问题的根源，政府受协议约束，难以在天水围建设基本商业设施，以致区内经济无从发展，居民无法在区内谋生，需负担高昂交通费用跨区工作，为日后天水围的种种社区问题种下祸根，亦引致诸如失业、家暴等问题丛生。1992年天水围首个公共屋邨天耀邨落成；继而天瑞邨则于1993年落成，为九龙东两个徙置屋邨（慈乐邨及秀茂坪下邨）分别提供部分安置资源。从1991年至1998年之间，由长江实业发展的嘉湖山庄各期物业相继入伙。早期乐湖居和天耀邨一带是天水围的中心区。随着嘉湖银座（现称置富嘉湖）及嘉湖海逸酒店