政，不顾舆论反对，连任第三任总统，许亲身目睹当时威权统治，包括雷震事件以及台湾大学哲学系教授殷海光被《中国季刊》围勦。后来役毕后回台大任哲学系殷海光教授之助教，替殷教授上大一理则学的课。同时以独立思考的能力参与中西文化论战，在《文星杂志》上发表文章，帮助李敖笔战胡秋原、徐复观等人抗诘政府对言论自由的钳制。1963年许登源留学美国同时得到哈佛大学、史丹福大学入学许可，他却选择加州大学柏克莱分校哲学研究所，有意师承逻辑经验论的主要的理论家鲁道夫·卡尔纳普（R. Carnap）。不料卡尔纳普正好退休，他只好去