光海君要废黜仁穆大妃时，李元翼极力反对，1617年，被罢官流放江原道洪川郡。1619年，在群臣的压力下，光海君被迫释放李元翼。1623年仁祖反正后再度出任领议政。1627年丁卯胡乱时被任命为都体察使，负责保卫王世子李溰。战后辞官隐居。死后谥文忠，配享宗庙仁祖大王之位。