二年（1734年），第二世敏珠尔唿图克图（青海广惠寺寺主）获封驻京唿图克图，驻锡东黄寺。干隆三十四年（1769年），东黄寺再次重修。随着来北京的蒙古人日益增多，清朝还在东黄寺以东兴建了“蒙古外馆”。咸丰十年（1860年），英法联军侵占北京，东黄寺、西黄寺遭到破坏，建筑受损严重。光绪二十六年（1900年），八国联军攻占北京，东黄寺遭劫。中华民国时期，东黄寺和西黄寺因年久失修，损毁严重。1940年代，该寺仍为喇嘛庙，开展佛事活动。释妙舟《蒙藏佛教史》载，1958年，东黄寺全部建筑、西黄寺的逹赖喇嘛