1995年经国务院批准撤县设市，属省辖县级市，并由四川省政府委托德阳市代管。2007年什邡成为全省扩权强县27个试点县之一，自此获得了较大的经济自主权。2008年汶川地震以后，什邡成为北京对口支援城市。2012年7月2日，反对钼铜项目事件，因不满钼铜项目，当地爆发大规模民众（以市民与学生为主）抗议示威活动，并强行冲击市委机关单位，当地警方动用催泪气体和震撼弹驱散示威群众。政府方面承诺暂停钼铜项目，并否认有人在事件中死亡。7月3日，什邡市委、市政府决定不再建设钼铜项目。
行政区