。后返回京师负责各道的奏章。母丧期满后越级升为福建按察使。
成化朝.成化初年，被召为南京大理寺卿，后因父丧返乡。成化四年（1469年），固原土达把丹之孙满四反叛，陕西巡抚陈价被捕受审，朝廷急召马文升为右副都御史，巡抚陕西，同总督项忠、刘玉等进行围剿，平定叛乱。按功升为左副都御史，仍巡抚陕西。马文升多次上奏对国家有益之事，致力于选将练兵，从安边营到铁鞭城修筑烽火台，铲除强贼。对固原以西不服从命令的少数民族全部消灭。治理茶政，换番马八千余匹，以供应军队使用。此外，他还救济巩昌、临洮饥民