一部分，行政区划隶属鹿儿岛县，岛上设有西之表市、中种子町和南种子町三个行政区，人口33,000人。以铁砲的传入闻名。现在岛上设有种子岛宇宙中心。种子岛是鹿儿岛县县内所有有人居住的离岛中位于最东端的，人口在所有离岛中仅次于奄美大岛，面积则在奄美大岛和屋久岛之后，居第三位。岛上地形较平坦，最高点仅282米，与相邻的屋久岛1936米形成鲜明对比。
历史.有人认为这里是三国志中的澶洲，另一说是魏志倭人传中的侏儒国。种子岛过去在7世纪时，受到了大和朝廷的影响，设置了多祢国司（岛司）。到了