本站是岛式2面4线高架车站。中间2线供目黑线使用，而外侧2线则供东横线使用。2012年起本站升格为站长所在站，管理「武藏小杉管内」元住吉站至新丸子站。过去东横线时代，本站是侧式月台2面2线高架车站，剪票口位于元住吉方向（现在的南口），上行月台的新丸子方向有通往南武线的转乘通道与转乘闸门。之后东横线因复复线化工程进行站房改建，废除转乘通道，同时在新丸子侧新设剪票口。从此两线无直通的转乘通道，乘客须不断上楼下楼（东急线高架月台⇔东急线地面剪票口⇔JR高架剪票口⇔JR地面月台）。目黑线开业初期以本站为