二十五年（1899年）二月，任山东巡抚后，明确表示“民可用，团应抚，匪必剿”，并特意在省城济南设场招纳拳民，令义和拳民教授兵勇拳艺。他任凭平原、高唐、茌平一带朱红灯、心诚和尚等义和拳领袖设场授徒，攻击教堂，打击教士。光绪二十五年（1899年）7月，平原县杠子李庄教民李金榜欺压拳民，知县蒋楷袒护教民，派兵捉拿拳民，引发杠子李庄和森罗殿等地的武装冲突。毓贤闻讯后，一面派兵弹压，一面将蒋楷等人撤职查办，又派卢昌诒“亲往抚绥”平原义和拳，并通令山东各地义和拳、大刀会等一律改称“民团”，允许朱红灯所部义和拳建旗帜