38年因日本军队占领九江，陈封怀被迫离开庐山，他来到江西省泰和县，在国立中正大学园艺系任教。1946年抗战结束，陈封怀回到庐山，出任植物园主任，对植物园进行恢复重建。中华人民共和国建国后，他先后主持参与建造了南京中山植物园、中国科学院武汉植物园和华南植物园的建设。1975年至1989年，陈封怀和他的学生对中国报春花科植物进行系统研究，其研究成果收录在《中国植物志》第五十九卷第一分册和第二分册中。1993年病逝于广州，葬于庐山植物园内，与胡先骕、秦仁昌合葬，被称为三老墓。