该庙的存在，一般以德文标为“”（庙宇）。1941年庙宇重建。1952年“扫除封建迷信”的运动中庙宇的宗教活动停止，神像被毁。文革时大殿、山门等部分被拆毁，仅剩东西两组厢房。庙址先后成为台东半导体零件厂厂房、台东区文化馆、台东区少年宫的活动场地。90年代台东区撤销，庙址改为市北区文化馆和市北区少年宫。2005年6月仅剩的两组厢房连同附近建筑一并被拆除。2008年3月29日，道口路9号工地（玉皇庙原址）上发现了两块功德碑，长2.4米，宽0.98米，一块碑上刻有“万善同归”字样，另一块刻有“百世流芳”，同时刻