十二年（1639年），擢为右佥都御史，代郑崇俭巡抚宁夏，被弹劾，罢官归家。崇祯十六年（1643年）冬，获举荐，起为兵部右侍郎，总督川、陕军务，但因道路阻碍，诏命未能送达。
经营川蜀.崇祯十七年（1644年），李自成破北京，崇祯帝自缢殉国。福王朱由崧在南京称帝，继续如前任用樊一蘅。当时大西张献忠政权已据有全蜀，擒住樊一蘅的两个女婿李合宗、诸生（明代称考取秀才入学的生员为诸生）梁为宪，想招降樊一蘅，二人都不从，被害；只有遵义未陷落，樊一蘅与王应熊在那里躲避。樊一蘅受任命后，传檄诸郡