赛的设想最初由比利时小提琴家欧仁·伊萨伊提出，在其1931年去世后，比利时王后伊丽莎白接管此计划。女王为了纪念好友伊萨伊，将比赛命名为“欧仁·伊萨伊音乐比赛”（) 。大卫·奥伊斯特拉赫和吉列尔斯分别在1937年和1938年的头两届比赛中获胜。1951年，二战后中断的赛事重新开始，改为现名称并持续至今。伊丽莎白王后、法比奥拉王后和玛蒂尔德王后历任比赛的赞助人。 2012年，为纪念伊丽莎白王后国际音乐比赛75周年， 比利时发行了一枚2欧元纪念币，印有伊丽莎白王后的剪影和花押字。