日磾年轻时已传承了马融的学说，并且以才学入仕朝廷。在东汉曾任谏议大夫，并与议郎卢植、议郎蔡邕、杨彪等一同在东观典校官藏的《五经》记传，并补续《东观汉记》。后来转任光禄大夫。初平二年（191年）转任太尉。初平三年（192年），司徒王允与吕布等杀死董卓，蔡邕因董卓被杀而叹息，惹怒王允将他收捕下廷尉，士大夫大多都尝试拯救但不果，马日磾向王允劝说：「蔡邕是旷世逸才，并且熟知两汉的事，应该让他继续修史，以为一代大典。而且蔡邕一向以忠孝着名，而现在他没有犯甚么罪名，这样诛杀会令人民失望。」但王允却辩驳：「当日汉武帝