病原体一词用于描述「传染性」的微生物或媒介，例如：病毒、细菌（病原菌）、真菌、原生动物、线虫、寄生虫、类病毒及朊毒体，非生物类别例如：重金属、各种化学毒素、霾害、污染等等。微小动物，例如某些种类的蠕虫和昆虫幼虫，也会产生疾病。然而，我们通常将这些动物称为寄生物而非病原体。微观生物的科学研究中，包括微观致病生物在内的疾病被称为微生物学，而可能包括这些病原体的疾病的研究被称为病理学。寄生虫学同时是对寄生虫及其寄主生物的科学研究。病原体可以通过几种途径侵入宿主。主要途径具有不同的事件发生时间框架，但土壤具有最