曾藏珠宝于此，故称为珠薮(粤音：手），薮是聚集之意；又因山峦横抱，常有乌鹤觅食，美其名而称鹤，两字合併，称为鹤薮。然而，离建村族氏发源地沙头角不远的深圳南澳，也有一条鹤薮村，同样由刘氏所建，明洪武元年已有记述，粉岭鹤薮村之名或许只是沿用南澳村名。香港日佔时期，鹤薮村曾经是东江纵队港九大队的基地之一，何礼文、戴斯德及谭伟程皆曾居于此。因村落交通不便，不少村屋荒废，其中1996年李泽鉅被张子强绑架，也是匿藏于鹤薮村一个废置鸡场。全盛时期，鹤薮白菜（俗称「学斗白」）与白泥萝卜、八乡老姜、昂平茶叶、南涌莲藕