小牍》记载鱼玄机字「幼薇」，宋孙光宪《北梦琐言》中则记载为字「蕙兰」。根据《唐才子传》，李亿因为夫人对鱼玄机的受宠「妒不能容」，遂为李亿遣至咸宜观入道。晚唐道观因独立于法外，政治力量无力支配，鱼玄机并不是真正在道观里研习道教教理。当时某些道士、女冠、和尚、比丘尼，并非纯为修行之人，道观、寺庙甚至成为规避法网及逮捕的场所、暂时栖身之处。鱼玄机居于咸宜观时，多与名士交流，往来酬唱。后来因为情感纠葛，笞杀女婢绿翘，因而被捕下狱，由京兆尹温璋负责审讯，被判处死刑。于秋后被绑赴长安东市刑场斩首示众，卒年二十八岁，