塞拉比斯神崇拜的增加，以及基督教在埃及的生根及发展，意味着孟菲斯古代崇拜的末路。这座城市在拜占庭时期和科普特时期之间逐渐消失，并成了附近定居点的采石场。这些定居点包括了一座阿拉伯人在7世纪占领埃及之后新建的都城。在孟菲斯以北修建的福斯塔特和之后修建的开罗都使用了从孟菲斯神庙和墓地拆卸下来的石料。在公元13世纪，阿拉伯编年者参观了孟菲斯遗址，并对其描述道：尽管我们现在看到的孟菲斯遗址和那位阿拉伯历史学家所见过的相比不值一提，但是他的记载启发了一些考古学家。19世纪对于孟菲斯遗址的第一次发掘和弗林德斯