调整时，美国政府总是对其理由给予十分模煳的描述，并且极少说明消息来源。政府官员对此系统的不透明操作经常遭受漫画家、记者、自由论者和政府专家的批评。在2004大选年，警戒等级曾一度提升，使得舆论开始怀疑布什政权导入这个系统似乎只是为政治服务。此外，哥伦比亚大学研究员碧姬·L.纳科曾出版一份报告，其中分析了警报系统等级与布什支持率之间存在的某种关系。2004年国土安全部否决了一项要求对此系统进行再评估的请求。当时一名专家组成员曾在一次公开讨论中抨击这个系统已经不合时宜，而里奇也坦承该系统确实招致了一些“