日本－马耳他关系指日本国和马耳他的国际关系。两国于1965年建立外交关系，马耳他在日本东京设立领事馆，日本在马耳他设立大使馆，并在马耳他瓦莱塔设立领事馆。
历史.在第一次世界大战最后两年，日本在海上航道的保障上投入大量精力。一只隶属于日本的由1艘海军旗舰巡洋舰和14艘驱逐舰组成的执行反潜舰护送任务的舰队将马耳他作为其母港。然而不幸的是，舰队中的一艘桦型驱逐舰“榊号”被奥地利潜艇U-27发射的鱼雷击中，其68名船员于1917年6月11日全部殉难。之后，遇难者被埋葬在马耳他的卡尔卡拉。