堤的修建对生态环境造成负面影响，当地学者于2004年起提案建设铁路桥并拆除高集海堤，并于2006年1月获得政府答复：当杏林大桥建成后将对高集海堤进行开口改造。作为厦门海域清淤整治工程的一部分，高集海堤开口改造工程预计2009年12月完成开工前准备，鹰厦铁路搬迁后开工，工期25个月。工程包括管线改造、海堤开口、海堤改造以及岸线整治四个部分，由国家海洋局第三海洋研究所设计，厦门路桥建设集团有限公司负责建设。海堤开口处选在海堤的高崎侧，东、西海域的潮汐通道上，开口宽度约为800米。工程完工时会将海堤路面改建成