世仰赖各行省权贵的支持进行镇压。687年－689年，查士丁尼二世远征色雷斯和马其顿。他使当地的斯拉夫部落臣服于帝国，并将一部分斯拉夫人迁至小亚细亚居住。因此，在斯拉夫民族的发展及接受基督教等方面，查士丁尼二世起到很大推动作用。692年，查士丁尼二世在与阿拉伯征服者的战役中溃败，导致帝国失去了亚美尼亚南部。拜占庭军官列昂提在695年推翻了查士丁尼二世，并且割掉了他的鼻子。于是他就得到“被剜鼻者”这个绰号。被剜鼻者查士丁尼逃到保加利亚。705年，他在保加利亚汗特尔维尔的支持下重获皇位，立其子提比略为共治皇帝