后因讨平黎维义军有功，迁副都御史。1769年由颖城伯晋封为侯。1770年，黎贵惇受命前往清化勘察户口，查补军项，返京后进呈清化民所送赂银百余镒，不久擢工部左侍郎，署都御史。黎贵惇与宦官范辉锭过往甚密，1773年，郑森以范辉锭署府事，黎贵惇人侍陪讼，并以黄五福等掌督兵政，范辉锭掌督财政，黎贵惇掌督民政。1775年，黎贵惇之子黎贵杰科场舞弊事发，此后又因其他事而遭弹劾、攻击。1776年他出任新设顺化镇抚司协镇抚。1778年，自请改入武班，被授为右校点权府事，改爵义派侯。1779年被解职，1781年起复，任国