代表德国国家队出战。1966年世界杯，贝肯鲍尔随队出征，位置是进攻型中场。在个人首场世界杯比赛中，他就攻入2球，帮助球队5比0击败瑞士，在那届比赛中，贝肯鲍尔出场6次，打进4球，其中包括攻破苏联门神雅辛的大门。决赛对阵英格兰中，他被要求全场盯防对方的巴比·查尔顿，结果两人相互抵消，后来贝肯鲍尔自己回忆说：“1966年我们输给了英格兰，因为当时的我比查尔顿要差那么一点。”1970年世界杯上，贝肯鲍尔留下了两幕经典。1/4决赛对宿敌英格兰，在0比2落后的情况下，他冲入前场劲射破门，由此拉开了3比2大逆转的序