1938年4月2日，北京大学、清华大学和南开大学三校在云南昆明组成国立西南联合大学，同年5月4日，西南联大正式开学。1946年10月，北京大学复校。复校后的生物学系分为植物学系和动物学系。1952年，全国高等学校进行院系调整。原北大、清华和燕京大学三校的文理科各系合并。1956年，北京大学率先在国内建立了生物化学和生物物理学专业。1980年代北京大学建立了细胞生物学、微生物学、环境生物学及生态学专业。1993年北京大学设立了生物技术专业。1993年北京大学生物学系更名为北京大学生