。留在江陵的安帝在荆州别驾王康产及南郡太守王腾之的支援下于江陵复位。然而，不久桓振率领桓楚残部进袭江陷，安帝再度被俘。义熙元年（405年）正月，晋军收复江陵，安帝再度复位，改元「义熙」，随后获迎回建康。时朝廷就由刘裕为首，至义熙四年（408年）接替去世的王谧领扬州刺史、录尚书事时完全掌握朝权。安帝即位后，先有王恭两度举兵，荆州各地亦陷入割据状态，朝廷影响力量在司马道子父子主政时一度仅及三吴。内乱不休的晋廷因而无力守衞北方领土，至隆安三年（399年），后秦佔领洛阳及河南地区，南燕则佔领山东半岛，建都广固城