台湾总督府不得接济起义军。起义军因粮绝弹尽而解散，不久在清政府镇压下宣告失败，史坚如、山田良政[17]等被杀。孙被台湾日本当局送离境，回到日本。1904年10月，华兴会黄兴联络湖南民间会党洪江会首领马福益，计划在农历十月初十日慈禧寿辰时在长沙发动萍浏醴起义，事泄遭清兵追捕，黄兴逃亡，马福益于1905年春在萍乡被俘，后在长沙被杀害。马被害之后，其门徒继续暗中联络，欲为马报仇。同时在1905年，华兴会与兴中会在东京合并为同盟会，继续策划反清起事。1906年春，同盟会派遣会员刘道一、蔡绍南等从日本回到湖南，联