后，接受陈水扁总统邀请，进入内阁担任行政院长（阁揆）。在两岸关系上，谢长廷认为中华民国宪法为一个中国，不能回避宪法各表的问题，在行政院院长任内提出「和解共生」的理念。交通建设方面，谢长廷维持游钖堃内阁时不兴建苏花高之政策，并依时任经建会副主委的张景森之建议，成立国道五号冲击因应小组及由时任政务委员林盛丰担任召集人，而后该期间环境差异分析专案小组五次会议都没有通过兴建苏花高；此外，未编列苏花高之预算并另提出以东部领航计画代替苏花高的政策。谢内阁大部分阁员也还是游内阁的阁员留任，任职期间又爆发高雄捷