日后陈水扁被天罗地网的艾格蒙联盟包围及揭发鉅款汇海外业障，陈水扁身败名裂，而且「每逢总统大选，包道格必运用影响力打击绿营」；初始他曾试图提醒陈水扁，替邱义仁修补与包道格的关系；陈水扁却只听信邱义仁之语，对包道格表示不屑，说包道格是亲中的「红军」。2016年大选，蔡英文成为总统，民进党也首度成为立法院第一大党。2016年5月27日，邱义仁出任亚东关系协会会长。2016年10月3日，蔡英文召开首次「执政决策协调会议」，成员纳入邱义仁；同月4日，前总统府副秘书长罗智强批评，邱义仁是陈水扁政府时代倡议「割喉割到断