官署直至1622年，荷兰侵犯澎湖为止。1622年时，由于与葡萄牙人争夺澳门的军事攻击行动失败，荷兰舰队最后抵达了澎湖并且在马公风柜尾蛇头山顶设立了基地。明朝政府退出澎湖。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，并使得奴役工作的1500个工人的其中1300人死亡。明朝政府警告驻扎的荷兰舰队澎湖为其领土，之后荷兰人于澎湖之战 (1624年)被明军击退，转往台湾。然而此战之后，明朝虽再次取得澎湖，却未复设澎湖巡检司之职。
清朝澎湖巡检司.清康熙二十三年（1684年），澎湖地方循明郑旧制，设置