德川幕府早期，阳明学传入日本，朱子学与阳明学都开始盛行民间，同时儒学不断本土化，17世纪中叶，「儒学日本化」基本完成。着名儒者山崎闇斋发扬朱子学，利用儒家术语重述日本的神道思想，他与弟子都批评陆王心学。幕府儒官则接受了王阳明的心学，使儒学更为活跃。其后荻生徂徕提倡古学，强调语言精确，回归早期儒学之源，显示出日本儒学的独立性格。室鸠巢日译明朝范鋐《六谕衍义》，成为各藩寺子屋（私塾）的教科书，对庶民教育影响重大。
琉球.明、清两代，琉球派遣学生前往国子监求学，民间亦有不少人到福州求学。