战后，关中地区大乱，苻登逃到河州牧毛兴驻守的枹罕（今甘肃临夏市）。苻登兄苻同成是毛兴的长史，于是请毛兴以苻登任其司马。苻登当时表现得器量不凡，喜欢设奇谋，而他对事物的分析连毛兴也十分佩服，然而却因受毛兴所惮而没有获重用。前秦太安二年（386年），时与后秦姚硕德对抗的毛兴亦同时与同属前秦的益州牧王广及秦州牧王统作战，频繁的战事令厌战的氐人将其杀害。毛兴临死时就表示苻登能够消灭姚硕德。同年七月，苻登获众人推举，取代被指年老的氐豪衞平统领原毛兴部众，自称使持节、都督陇右诸军事、抚军大将军、雍河二州牧、「略阳公