如此仍不认罪，最后警方只好于1943年3月硬将案件及柯水发等21名嫌犯移送高雄检察局。最后柯水发在高雄地方法院一审被判死刑，后改为无期徒刑，柯水发等人的上诉被高等法院于1945年3月驳回后，柯水发被送到了台南刑务所。在旗山事件期间，柯水发曾经与陈朝景、郭国基、黄占岸关在同一间牢房里。二次大战后柯水发才被释放，并担任旗山地区三民主义青年团长。1947年二二八事件发生后，柯水发在3月4日与陈芳洲等人奉区长曾纪文之命在中山堂召开临时治安维持会，以维护旗山地区的安全，后来该会底下的警备队警备组副组长张丁枝不顾其