对义材并支持清晃，一时间许多幕府高官都反对义材。同年8月，足利义材不顾细川政元的反对，继承前将军义尚的事业征讨六角高赖并成功将其驱逐。畠山氏在应仁之乱中分裂为畠山政长和畠山义就两派。明应2年（1493年）2月，畠山义就病逝，足利义材、畠山政长等率军赴河内，讨伐其继任者畠山义丰（基家）。然而反对派趁足利义材在外之机发动政变。4月，细川政元、日野富子、伊势贞宗等人宣佈废黜足利义材，拥立足利义澄为将军。随后肃清了其在京都的党羽，京都市中骚然。由于足利义材是被后土御门天皇亲自任命为将军的，因此天皇非常愤怒，