运作等特殊需要获得留用。他先担任台湾大学农业生物学系教授，并兼任台湾大学图书馆南方资料室主任、台湾省政府谘询委员，以及台湾省农业试验场技师等职。在此期间，素木曾向蒋介石建议延揽世界各国的研究者来台研究，但未能实现。1946年9月，素木转往新成立的台湾省编译馆台湾研究组，负责编纂热带、亚热带资源及昆虫相关文献目录，以及自然科学研究。1947年因为二二八事件，台湾省行政长官公署改组为台湾省政府，台湾省编译馆亦遭撤废。同年5月，素木得一乘船至佐世保返日。1951年任职于联军总部天然资源局技术顾问，调查琉球群岛