导师约翰内斯·马蒂亚·哥图斯比一众路德会教士更和善。马蒂亚在1644年提出新的教会秩序，但被认为过于偏向喀尔文主义而被多数反对。当时克里斯蒂娜女王已亲政，在奥克森谢纳大法官面前为他辩解，但这建议还是在三年后搁置。1647年，教士想推行严格定义路德宗以对抗异端的《协和书》，将严重压抑神学思想自由。马蒂亚强烈反对推行这本书，也再次得到克里斯蒂娜支持。《协和书》始终没有在瑞典推行。身为秘密天主教徒却管治新教国家，使她感到庞大压力。她在1651年8月要枢密院提出要退位，但被游说继续在位。她委託担任葡萄牙大使翻译