家康的命令而恢复细川氏，称为细川内记（父亲忠兴直到大坂夏之阵后为止仍以长冈为姓，在称号中也使用羽柴姓）。在年幼时因为病弱，于是母亲玉子令其接受基督教的洗礼。长兄忠隆在庆长5年（1600年）的关原之战后被废嫡，而被送到江户作人质的忠利则受到第2代将军德川秀忠信赖，于是在庆长9年（1604年）得到家中继承权，次兄兴秋在翌年（1605年）出奔，被视为是因为对弟弟继承家督的决定不满而出走（兴秋在剃髪后，前往京都投靠祖父细川幽斋，后来在大坂之阵中加入丰臣氏一方，于大坂城笼城并战败后逃走，在庆长20年（1615年）