为了父亲之死报仇，继承其王位并与南方王系继续内战，他在战场上击败有一半血缘关系的叔叔安条克九世，安条克九世于这次战役中战死，但安条克九世之子安条克十世继承南方王系王位，内战尚未结束。前95年，战局逆转，塞琉古六世被安条克十世击败，被迫撤离叙利亚，他退入奇里乞亚的摩普绥提亚（Mopsuestia），在那重新建立政权，据传他在那的生活方式很奢侈。然而当地的居民因受海盗之害所苦，无力承受塞琉古六世的挥霍，加上塞琉古六世致力于组建一支新的大军，更使税务沉重。终于叛乱爆发，塞琉古六世被包围在竞赛场内，最后塞琉古六