队征战中国足球联赛的第27年。该赛季中国职业足球联赛正式开始，广州太阳神队是中国足球甲级A组联赛的成员。联赛初期球队受到内讧影响，成绩并不是很理想，但球队在下半程发力取得6连胜，联赛9轮保持不败，最后广州太阳神获得职业化后首届顶级联赛的亚军，队中的胡志军也以17球成为联赛的最佳射手。这个赛季广州太阳神客场以6比1大胜上海申花至今仍是广州队联赛客场赢球的纪录，但主场2比5负于上海申花也是广州队联赛主场输球的最大纪录，同时客场0比5不敌辽宁远东的客场输球最高纪录直到2008赛季才被打破。