爱沙尼亚参加2021年7月23日至8月8日间于日本东京举行的2020年夏季奥林匹克运动会。这也是该国于苏联解体后第八次参加夏季奥运。
田径.爱沙尼亚在田径项目上获得以下资格（每个小项最多3名来自同一代表团的运动员参赛）：
自行车.
公路赛.根据2019年世界公路自行车锦标赛的结果和2019年10月22日的UCI公路自行车奥运排名，爱沙尼亚获得两个男子公路赛席位和两个男子个人计时赛席位，共可派出两名男选手参赛。