术几天后，莫顿和杰克逊申请了一份专利。然而莫顿不久陷入一场长期的专利权争辩中，最终在法院耗费大量钱财，他未能从自己的发明中获得期许的利益。1862年秋天他作为一名志愿者加入了波多马克军团。他将他的麻醉技术用于两千多名士兵身上在弗雷德里克斯堡之役、钱斯勒斯维尔战役和怀德尼斯战役。他于1868年7月15日在纽约中央公园纳凉时跌倒逝世。他被葬于马塞诸塞州剑桥市的褐山公墓。莫顿的墓碑上写道：
相关影视作品.1944年派拉蒙电影公司出品、普雷斯顿·斯特吉斯导演的《》，是由莫顿的生平