。庆长19年（1614年）开始大坂冬之阵，在德川氏与丰臣氏讲和的过程中，本多正纯向家康进献了将大坂城内壕沟填平的策略。
秀忠时代.元和2年（1616年），家康与正信相继过世，正纯转往江户的将军德川秀忠处任职，成为年寄（后来的老中）。但自其父亲时代以来的权势，使秀忠及其亲信多有抱怨，尤其家康在正信死后加封了他2万石，也就是说正纯一共坐拥5万3000石土地。元和5年（1619年）10月福岛正则遭到改易，遵从家康的遗命，再度加增其下野小山藩5万3000石以及宇都宫藩15万5000