地方仕绅有感于神恩，提倡组建庙宇，即成立「麻豆代天府建庙委员会」，并共同推举吕廷复氏总董其事。该提议也受到了信众们的热烈回响，纷纷慷慨解囊协助建庙。庙地订于「保宁宫」原址，于农历十一月二十六日动土兴工、十二月十二日剪料、十二月二十八寄樑。1957年（民国四十六年），农历十一月二十六日，中殿上樑。1958年（民国四十七年），农历三月二十日，中殿入火安座。1960年（民国四十九年），农历二月初七日，前殿上樑。1962年（民国五十一年），农历九月二十五日，后殿寄樑。1963年（民国五十二年），