寺北侧又增建了一座真武庙。万历二十年（1592年），大慧寺得以重修。清朝干隆二十二年（1757年）再次重修，规模和样貌基本不变。光绪年间以后，大慧寺逐渐荒废。1937年，寺内的观音立像不翼而飞，随后寺内补塑了一座木胎沥粉描彩立佛和两尊胁侍菩萨。中华人民共和国成立时，大慧寺仅剩山门、门前照壁、东西配殿和一座大悲宝殿，此后由于年久失修，仅存大悲宝殿，其余建筑全部湮灭。1957年，大慧寺被公布为北京市文物保护单位。1983年4月5日，一所职业高中为安排学生实习测绘，在大慧寺的大悲宝殿内引入了电源，并将灯泡挂在