稍事平定，后续仍有一些零星的对抗日本统治的活动，尤其原住民族的武力抗争持续将近了20年。1895年7月12日日军近卫师团特务曹长樱井茂夫率领的水路运送队，自台北沿大嵙崁溪水路运送粮食，遭遇三角涌抗日义勇军伏击，共35人战死，仅有4名兵卒脱逃。此为隆恩埔战役，为乙未战争的一部分。1895年10月9日，近卫师团发动了八卦山之役后第二大的战役，向嘉义城发动强攻，攻佔后奉命守候嘉义，直到伏见宫博恭王的北伐部队在布袋嘴登陆，此为嘉义之役，为乙未战争战役的一部分。1898年6月10日，美军陆战队从关塔那摩湾