年改归新成立的厦门代牧区（现厦门教区之前身）管辖，当时主要由道明会总理教务。
日治时期.1895年，清朝与日本签订《马关条约》，台湾成为日本领土，但教务仍隶属厦门代牧区管辖。1913年（日治大正9年），罗马教廷始将台湾与澎湖（即日属台湾）脱离厦门代牧区，独立设置台湾监牧区，教务仍由道明会神父所主持，教座则设置于高雄。第二次世界大战爆发前，台湾天主教会转为日本籍神职人员负责。在日本统治的这段期间，台湾的教会体制逐渐完备。
战后至今.1945年，台湾进入战后中