开济南，转赴长沙。随后经朋友介绍，赴广西省农业管理处任职，并在广西省农事试验场研究磷肥施用及其在土壤中的固定作用。1940年赴重庆，1941年被位于重庆歇马场的乡村建设学院聘为副教授兼农专科副主任，讲授土壤学及肥料学。1945年，孙渠作为实习技术员赴美国进修，先后访问俄亥俄大学、康奈尔大学、加州大学。一年后，回到重庆乡村建设学院继续任教，升为教授。孙渠赞赏苏联社会主义建设的成就，坚持学俄文。1948年，孙渠离开重庆，再赴美国加州大学进修。在美国期间，孙渠写成《土壤学》一书，并且完成了《肥料学》一书三分之