绪三年散馆，改列一等，升翰林院编修。光绪十一年（1885年）秋，朱一新被简放湖北乡试副考官，回京后受慈禧太后破例召见。光绪十一年冬，任陕西道监察御史。光绪十二年因上《豫防宦寺流弊疏》而遭贬为六部主事候补，遂以母病为由请准回乡。回乡后，受两广总督张之洞邀请，任广东肇庆端溪书院主讲，遂于光绪十三年（1887年）到达广东，次年到达肇庆。光绪十五年（1889年），朱一新移任广州广雅书院山长。光绪十六年（1890年），康有为移居广州后，朱一新与其有过学术讨论。朱一新在学术上主张汉、宋兼并。光绪二十年朱一新去世