派的信义宗，但卡尔支持信义宗，作为与齐格蒙争权的手段。1598年，也身兼波兰国王的齐格蒙运用波兰舰队登陆瑞典，远征斯德哥尔摩和卡尔马，9月25日，在林雪平发生的「斯通耶布罗」之役中，被卡尔九世打败，1599年7月24日，瑞典国会罢黜了齐格蒙，立卡尔为监国摄政王。1600年3月19日，卡尔肃清齐格蒙派，许多原支持齐格蒙的贵族被卡尔斩首，后被称为「林雪平血案」（Linköping Bloodbath）。1604年，身为摄政王的卡尔正式加冕登基，并自称为卡尔九世。理论上他应该是「卡尔三世」。因为，事实上的