缉队，其基本职责有三，分别为蒐集情报（包含中共对台活动、国内陈抗、非传统安全问题等情资、分析）、查缉走私与查缉偷渡。相较于海巡署分布于海岸、海上穿着橘色制服的海巡人员，查缉队内的侦查员平常是穿着便服四处进行情报蒐集、犯罪侦防、行动蒐证，进行类似刑警、法务部调查局等单位之犯罪侦防工作，平时虽有执行内陆的非法枪械、毒品、失联移工等查缉行动，但本质仍着重在查缉海域海岸的走私、偷渡。而侦防分署的海巡特勤队为中华民国六大特勤队中的其中一支，专司海域、海岸的反恐、反海盗、反劫船及海上船舶攻坚等任务。