从台北县时期即已经发生，这部分目前仍尚未统一。
新编号尚未完全使用.在新北市新巴士制度实施后，除了新店区、乌来区及石碇区少部分因行经保护区仅限当地居民搭乘的路线之外，所有路线皆有赋予F开头的编号并标示于车身，但截至目前永和区、中和区（不含F511）及新店区（不含F701、F702）仍是以旧有的路线编号或名称作为标示，仅在站牌上标示新版的编号。
路线图表示过于复杂.虽然整合各行政区之免费路线资讯，但在新巴士官方网站及e-bus网站上的路线图标示异于新北市公车