北碚站办理零散货物快运业务。站内设有专用线通往中央储备粮重庆直属库，主要到发品为食用植物油、粮食及工机。
事件.2016年6月24日，北碚站至段铁路因受强降雨影响而塌方导致中断行车，造成开往的K508次列车于该日凌晨临时在小南海站停车长达7小时，停车期间旅客被要求停留在列车上。下午15时许，铁路部门安排列车在北碚站停靠，原在重庆站下车的900余名乘客在该站下车，并乘坐北碚站方面请求重庆北部公交公司安排的大巴车前往重庆市区。同时还安排其他因线路塌方而无法进入重庆站的列车经由联络线