1919年，孙南下投入吴佩孚麾下，在其主张下，吴佩孚通电全国支持五四运动。1922年6月，孙出任北洋政府内务次长，7月代理内务总长，9月署理内务总长，曾出面保护李大钊。此后他还曾任督办郑州商埠事宜。1923年，孙因母丧去职，其后居留于上海，一度出任兴业银行总经理。1937年抗日战争爆发后，他曾任国民政府外交部特派员，负责和日本交涉。1943年，孙因不愿与日本占领当局合作，离开上海前往重庆，被任命为国民政府顾问。1949年后，孙被中华人民共和国政府任命为中央文史研究馆馆员，1971年病逝。