「开基」之名。其别名「小妈祖庙」是与俗称「大妈祖庙」的祀典大天后宫相对而来，而由于位在「水仔尾」所以也称水仔尾妈祖庙。该庙在1985年公告为二级古蹟，后因〈文化资产保存法〉的修改而先后改为省定古蹟、国定古蹟。
沿革.该庙由郑成功在明郑永历十七年（1662年）攻下普罗民遮城后改建德庆溪口的「妈祖寮仔」而成，当时称「开基妈祖庙」，其盖庙的砖头是他第二批自厦门来台的舰队所运来的。庙内供奉一尊刻制于崇祯十三年（1640年）的妈祖像，是当年随着郑成功舰队来台的，故俗称为「船仔妈」。进