33年并入神圣罗马帝国后，勃艮第伯国仍保持较大自主权。1153年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世与联姻，获得勃艮第伯国继承权，勃艮第伯国进入霍亨斯陶芬王朝统治阶段。但勃艮第伯国在文化上一直与法兰西王国的联系更强，与德意志的联系则相对较弱。1335年，勃艮第公国的通过一桩与的政治联姻获得了勃艮第伯国的继承权，使勃艮第伯国成为勃艮第公爵名下的领地之一。勃艮第伯国在勃艮第王朝绝嗣后成为了佛兰德伯爵名下的领地。1369年，瓦卢瓦-勃艮第王朝的勃艮第公爵勇敢的菲利普通过与佛兰德女伯爵的婚姻重新获得了勃艮第伯国的继承权