沃尔夫奖、柯尔奖，1998年获菲尔兹奖委员会主席尤里·马宁颁发第一个国际数学联盟特别奖（获颁特别奖而非菲尔兹奖的原因是他当年已经超过菲尔兹奖的获奖年龄上限40岁），2005年获得邵逸夫奖。怀尔斯于2016年获得阿贝尔奖。怀尔斯于2017年获得科普利奖章