长设施设备陈旧老化和安全隐患，皇岗口岸将进行重建，总建设工期预计约3年半。建成后，皇岗口岸将取消货车通关，改为纯旅检通道，与港方实施「合作查验、一次放行」（即一地两检），同时引入广深中轴城际轨道、穗莞深城际轨道，以及深圳地铁20号线等，已预留空间供港铁北环线支线接入，施工期间将建设临时旅检场地以不影响客货检通关。2020年4月临时旅检场地竣工验收，2020年5月临时旅检场地正式移交，2020年5月启动口岸片区老旧建筑拆除并于12月13日拆除完毕，2020年7月启动新口岸建设，2022年底前完成新口岸建设