华民国临时大总统后，他和北京政府合流。1912年12月，他升海军上校，任闽江要塞司令兼代理福建防军司令。1913年（民国2年）二次革命爆发，他随海军总长刘冠雄镇压革命派。1915年（民国4年）12月护国战争中，他支持反袁活动。翌年，他和第1舰队司令林葆怿、前海军总司令李鼎新发表独立宣言，参加护国军。
直系的一员.袁世凯死后，杜锡珪复归北京政府。1917年（民国6年）8月，他升任第2舰队司令。第一次世界大战之际，北京政府表示参加协约国，杜锡珪拿捕长江流域的德国、奥匈帝国舰船、商船