大鹿林道东线周边为台湾特有种宽尾凤蝶幼虫寄主－台湾檫树的主要分佈区域之一，在东线2至4公里採样区有发现宽尾凤蝶之纪录。爬虫类与两生类族群以大鹿林道东线沿线数量较多，西线与主线数量较少，有纪录的两生类族群为盘古蟾蜍、梭德氏赤蛙、莫氏树蛙、艾氏树蛙及观雾山椒鱼，其中为了观察观雾山椒鱼的复育工作，在东线设有观雾山椒鱼监测样区。
沿线地质.大鹿林道沿线出露之地层，依岩性特征级生成年代可分成两个地层，依年代划分为渐新世晚期巴陵层及中新世早期澳底层，巴陵层主要由硬页岩与板岩为主，偶夹砂岩，