雍正七年命江宁有司防护明太祖陵。干隆十六年革孝陵司香太监，留陵户看守。嘉庆三年五月诏修明孝陵。咸丰三年太平天国攻打江宁，战火几乎让明孝陵地表建筑毁于一旦，神功圣德碑亭、享殿门、享殿、配殿、明楼屋顶全部焚毁，墙垣多有垮塌，康熙手书的御碑也倒地破碎。同治三年（1864年）九月，曾国藩奉诏祭陵，准备着手修复明孝陵。曾国藩派员勘估，并编订《金陵善后局估勘兴修孝陵工料数目名册》。修复项目包括享殿、碑亭、棂星门、石桥、明代御制碑等，享殿木料用杉木。经估算，明孝陵维修工程，包括木料、砖瓦、石料及工费等，共需白银十