仓时代后期以至于日本南北朝时代的后深草天皇系统，主要是第89代后深草天皇的子孙一系。今日本皇室来自于此系统。后嵯峨天皇禅位予其子后深草天皇，又反悔，逼退了后深草天皇，立了另外一位爱子亀山天皇，后深草天皇子孙称为持明院统，亀山天皇后裔称为大觉寺统，在镰仓幕府的调停下，大觉寺统与持明院统决定以更替方式轮流即位，即两统迭立。也导致日本南北朝。北朝后小松天皇时，足利义满迫使南朝后亀山天皇退位且交出三神器，使南北朝复归统一，按照原本两统迭立的原则，继任者必须是大觉寺统的子孙，但后小松天皇违约，由自己的儿子实仁