淡水，郑氏才派何祐进驻淡水地区，并稍加将红毛城略微修葺。同年7月，郑军于澎湖海战失利，何祐遂私下向清廷表示愿献出鸡笼与淡水二地，而郑氏则在9月5日向清朝正式投降。
清治时期.在荒废了四十年过后，1724年时任台湾府淡水补盗同知的王汧开始整修红毛城。该次整修增辟了四座外围的城门，包含东、西大门与南、北小门。其中现存的南小门以石条砌成，上有雉堞，为中国式城门。然而，当时清政府并未在该城驻军。嘉庆年间，清军在红毛城下的河岸边东侧建造新砲台，并使沪尾水师驻守之。1860年，中英天津条约签订