李廷璧回任知县，在明伦堂后辟静室、大成殿前使用龙柱，并于崇圣祠旁增设名宦祠、乡贤祠、礼器库、乐器库。同治元年（1862年）至三年间（1864年）戴潮春起事，彰化县城被据两年，当时以白沙书院为其军机所在。光绪四年（1878年）至六年（1880年）知县傅端铨捐其养廉银重修，并得到士绅张春华等人捐资，于光绪六年（1880年）完成，事蹟记于傅瑞铨所撰的重修邑学碑。
日治时期.1890年代末，日人将鹿港国语传习所迁移至彰化市区，以此庙为教育场所。1899年，孔庙兼兼任节孝祠管理人吴德功重