陟州（今河南焦作市）总管府户曹参军。唐太宗继位后，授高季辅为监察御史，弹劾有错误的大臣，不畏权贵。之后转任中书舍人，贞观八年（634年），太宗召近臣，令评价时政得失。高季辅上封事五条，建议：唐太宗看后，深以为然。十七年（643年），授高季辅为太子李治的右庶子。高季辅又上疏切谏时政得失，唐太宗特赐钟乳一剂：“进药石之言，故以药石相报。”十八年（644年），加银青光禄大夫，兼吏部侍郎，负责选举官员。唐太宗赐高季辅金背镜一面，以表彰他的清鉴。十九年（645年），唐太宗东征高句丽，派高季辅在定州（今河北保定