卫·威显穆沛（David Weishampel）等人将这些化石叙述、命名，模式种是"Bakonydraco galaczi"。属名意为「包科尼的龙」；种名是以协助挖掘工作的András Galácz教授为名。包科尼翼龙是第一个发现于匈牙利的翼龙类。正模标本（编号MTM Gyn/3）是一个几乎完整的下颌。副模标本（编号MTM Gyn/4, 21）是一个部分下颌前段。另外，发现于当地的翼骨、颈椎，也被归类于包科尼翼龙。包科尼翼龙的下颌缺乏牙齿，下颌的左右骨头在前半段癒合，后面形成一个矛状的空间（参见此图