行禁教令，为强化领民对佛教、神道的信仰而创建藩校「集义馆」，是九州地方最早开设，全日本第七个创立的藩校。第12代藩主大村纯熙利用被称为「小路騒动」纠纷后统一藩论，决定尊皇倒幕，结合在乡家臣团组成倒幕军，和萨摩藩、长州藩，一同参与倒幕，因此大村纯熙在明治维新成功后加封至3万石。明治4年（1871年）、废藩置县时，大村藩被改为大村县，后又被编入长崎县中。而大村家在明治17年（1884年）被列为子爵，因其倒幕之功，后于明治24年（1891年）升迁为伯爵。