为幕府政所别当（幕府最高行政机关的首长），开始称为鎌仓幕府执权，代将军掌管幕府实权。元久元年（1204年），北条时政又派遣刺客暗杀源赖家。元久二年（1205年），北条时政又平定了有力御家人畠山重忠父子的叛乱，同年8月，受后妻牧之方等的怂恿，阴谋杀害源实朝，而另立女婿平贺朝雅为将军，但遭北条政子、其子北条义时的反对而失败，北条时政从此退隐出家，法名明盛。平贺朝雅被北条义时派人杀害，而北条义时成为第二代执权。建保三年（1215年）北条时政逝世，享年78岁。