公立大学比应用高等教育机构有更多的自主权。除了组织大学的学术生活外，大学还可以制定新的课程、制定录取条款和条件、批准预算、批准发展计划、选举校长、以及就资产事宜作出有限决定。爱沙尼亚有数量适中的公立和私立大学。最大的公立大学是塔尔图大学、塔林理工大学、塔林大学、爱沙尼亚生命科学大学（Estonian University of Life Sciences）、爱沙尼亚艺术学院（Estonian Academy of Arts）；最大的私立大学是爱沙尼亚商学院（Estonian Business School）