东日本在1988年（昭和63年）提出御茶之水站改建计画，1989年以「都市型未来志向示范站」为目标，提出事业费65亿日圆，赏金2000万日圆的公开募集活动。最优秀赏的设计是座3层检筑，楼板面积约11,000平方公尺，1楼是列柱与拱门装饰的大厅层，2楼是水族馆与会厅，3楼是美术馆。但之后由于难以在列车不中断运行的情况下增建强壮支柱支撑上方建筑，JR因此解散团队，放弃改建计画。由于放弃计画，1932年完成的车站构造持续使用至21世纪。车站由于位于神田川与骏河台之间的狭窄空间，从构造、位置上不容易增设无障碍设