建立叶尔羌汗国，它于1570年吞并吐鲁番汗国（东察合台汗国正支汗统），亦可认为是东察合台汗国的延续（若持此说则1570年叶尔羌汗国吞并吐鲁番汗国则可认为是东察合台汗国内的又一次东西部统一，而这样的统一在汗国历史上出现过多次）。叶尔羌汗国至1680年被准噶尔汗国灭亡，东察合台汗国历史彻底结束。（现一般对叶尔羌汗国的历史单独进行研究。）