进行分析的应用使得对染色体交互作用的分析进入全基因组规模。
历史.很久之前, 显微镜学是研究细胞核结构最主要的方法, 该方法最早可以追溯到1590 .1879年，华尔瑟·弗莱明（Walther Flemming）首先命名了染色质。1883年，奥古斯特·魏斯曼（August Weismann）发现了染色质是主要遗传物质。1884年，阿尔布雷希特·科塞尔（Albrecht Kossel）发现了组蛋白。1888年，Sutton和Boveri提出了染色质在细胞循环中是连续的