秀次事件其实是秀吉为将関白及丰臣政权家督职位传给自己的亲生儿子丰臣秀赖而挑起，丰臣秀次最终切腹）。秀次死后，其领地内近江7万石划归三成。同年三成获得了近江佐和山十九万石四千石的封地。（世人所说石田三成手上有两件至宝，一个是佐和山城，一个就是岛左近）。庆长元年（1596年），接待了明朝讲和的使者。同年被任命为京都奉行。奉秀吉之命镇压天主教。三成阳奉阴违尽量放过天主教徒，同时进言秀吉不要妄杀天主教信徒。庆长二年（1597年），庆长之役中在日本国内担任后方支援。庆长三年（1598年），秀吉打算将小早川秀秋