京陷落，长沙临时大学拟议再度南迁。10月25日，长沙临大开学，设4个学院17个学系。1938年1月，南京被日军占领，学校被迫远迁云南昆明，器材书籍已陆续分批运往昆明，全校师生分海陆三途进入云南。4月2日，奉行政院命令，更名为“国立西南联合大学”并依据照国民政府1938年颁布的《大学组织法》施行，设置常务委员会为最高权力机构，梅贻琦任主席，常驻昆明管理西南联大，张伯苓、蒋梦麟在陪都重庆任职。5月4日，国立西南联合大学在昆明、蒙自两地开课。1939年10月，各学院集中至新校舍。西南联大合并入学的学生拥有原校学籍