02年（光绪28年）任北洋常备军军政司参谋处提调。李经羲被任命为云贵总督后，靳云鹏随其赴云南省，任新军督练公所总参议。1911年（宣统3年）10月，为唿应武昌起义，昆明重九起义爆发，靳云鹏逃离昆明。1912年（民国元年）中华民国成立，靳云鹏被任命为山东省的北洋陆军第5师师长。其后，调任陆军部次长。1913年（民国2年），就任山东都督。1914年（民国3年），获授泰武将军、督理山东军务。1915年（民国4年）12月袁世凯称帝，靳云鹏获封一等伯爵。1916年（民国5年），获封果威将军。同年6月袁世凯死去