10月底完成，他要求国民公会派出另一个替换的代表。 1793年11月3日，接替库东后，开启了共和国的暴行，到1794年4月，1,880名里昂居民被处决。
牧月22日法令.库东离开里昂，回到巴黎，并于1793年12月21日当选为国民公会主席。他推动3月19日对埃贝尔派及3月30日对乔治·雅克·丹敦的逮捕、起诉、处决并继续在公共安全委员会工作了几个月。 1794年6月10（法兰西共和历2年牧月22日）在罗伯斯庇尔的默许协助下，库东起草通过牧月22日法令，在革命法庭审判的案件，剥夺了被告