方国珍心里害怕，重贿刘基，刘基拒不接受。方国珍便派人从海路行船至京，贿赂掌权者。于是朝廷下诏招抚方国珍，授予他官职，而责怪刘基滥用权力，擅作主张，并让刘基离京去管理绍兴，方氏于是更加骄横。不久，山寇蜂拥而起，行省又召刘基前去剿捕，与行院判石抹宜孙一起驻守处州。经略使李国凤将其功劳上奏，主持政事者因方氏之故压制刘基，授他为总管府判，却不让他掌握兵权。刘基于是弃官归隐青田，在他47至50岁时着《郁离子》一书以明志。当时躲避方氏的人都纷纷投靠刘基，刘基稍做部署，贼寇便不敢来犯。
辅佐朱元璋