免二氧化碳排放到大气中，但是相比燃烧传统燃料，提高了能源效率，减少了二氧化碳排放，并且几乎消除了一氧化碳的排放（水煤气转化成为氢气，或者在SOFC中本身就是反应物）。重要的是，通过把二氧化碳的排放集中到少数的“点”（蒸汽重整厂）而不是分散在社会各处，碳捕集与封存成为可能，真正防止二氧化碳排放到大气中，虽然这将增加生产成本。通过重整化石燃料生产的氢气的成本，取决于其生产规模、重整器的固定成本和单位的效率，因此尽管氢气在工业规模的成本可能只有每公斤几美元，但在燃料电池所需的较小的规模下，仍可能较为昂贵。