一种细胞遗传学技术，可以用来对核酸进行检测和定位。荧光标记的核酸探针只和具有高度相似性的核酸杂合，可用于染色体上基因的定位，或在分子生态学中用来标记不同分类细菌或古菌中的核糖体RNA。在医院的妇产科或相关检验所中，会利用荧光原位杂合技术来判别胎儿的染色体是否正常。对于利用rRNA的荧光原位杂合来说，如下原因可导致较低的荧光信号强度：爲检验细胞中的目标序列是否容易被探针杂合，及测试最佳杂合温度，可利用“克隆荧光原位杂合”(clone-FISH)进行试验：将rRNA基因结合入质粒，转化至大肠桿菌中表