复称洪武三十五年，翌年改元永乐。明惠帝在登基后不久，即重新选拔六部官员，其中大多数为靖难之役前主张削藩或阵亡、或在燕王朱棣攻佔南京应天府后拒绝合作自杀或不屈而亡者，其中包括礼部尚书陈廸，兵部尚书齐泰、铁铉，刑部尚书暴昭、侯泰，左都御史景清，右都御史练子宁等。建文元年（1399年）二月，将六部尚书改为正一品，改都察院为御史府、都御史为御史大夫。朱棣攻入南京后，恢复原制度。
永乐年间.
迁都之前.建文四年六月，燕王朱棣通过靖难之役登基，为明成祖，废除建文年号，