过在公元6世纪，沃达尔的威胁由查士丁尼一世用战争解除了；同一时期，拜占庭海军重新建立永久舰队和引进道蒙战船，标志着拜占庭海军开始偏离其罗马根源，并开始形成自己的独特性。穆斯林于公元七世纪开始征服战，令到拜占庭更进一步加强海军。随着失去地中海东部和非洲，地中海从“罗马湖”变成拜占廷和阿拉伯人之间的战场。在这些斗争中，拜占庭舰队是至关重要的，它们不仅保卫帝国广佈地中海周围的财产，而且击退对帝国首都君士坦丁堡的海上攻击。拜占庭海军使用新发明的“希腊火”──拜占庭最知名和令人闻风丧胆的秘密武器，而获得多次胜利并且数