初，凤飞飏手术过后返家休养，持续昏睡未醒，被家人立即送往马偕纪念医院台北院区急救。2006年12月12日，凤飞飏因腮腺癌併发勐爆性肝炎，经换血抢救无效，病逝于马偕纪念医院台北院区，享年49岁，当时其独子12岁。2006年12月23日，凤飞飏的家人在台北市第二殡仪馆举办凤飞飏告别式。