以揭示不同个体之间的遗传关系，因爲孩子从父母处继承了染色体。这种技术也可以用来判断各个种的生物之间的关系。
T-RFLP.T爲terminal缩写，即端点限制性片段长度多态性。如在16S rRNA分析中，利用一个或一对荧光标记的引物进行PCR扩增。随后用高频率的内切酶进行酶切。通过毛细管电泳将切开的片段分离，可检测端部的限制性片段长度。这是快速鉴别菌株或者简单群落的方法。