不协的镇东将军周馥而封博陵亭侯。同年晋元帝获升任镇东大将军，诸葛恢迁任镇东参军。后来和卞壸一起因为当时声誉而迁从事中郎，蒹领文书的记室事务。而当时战乱频繁，各地多事，送来的牋疏有很多，诸葛恢都细心斟酌回答，人皆称许他调节适当。建兴元年（312年），晋愍帝在长安即位，征诸葛恢为尚书郎，但晋元帝上表将诸葛恢留下。后更承制让诸葛恢任会稽太守，临行前晋元帝设酒宴为其饯行，以会稽比作关中富饶之地，并称许诸葛恢有任官之方而将会稽重地交给他。诸葛恢亦建议元帝「尊五美、屏四恶、进忠实，退浮华」。诸葛恢任官第三年时就因其