治贪污贿赂专门机构的设想，参与广东省人民检察院反贪污贿赂工作局的创建，这是中华人民共和国建国后的首个反贪局。1990年，肖扬被调到中央工作，升任最高人民检察院副检察长、检察委员会委员。1992年起，兼任最高人民检察院党组副书记。1993年3月，出任司法部部长，成为李鹏内阁成员。1998年3月，当选最高人民法院院长，2003年3月连任，2008年3月卸任。
执掌最高法院.最高人民法院院长任内，肖扬致力于司法改革；在基层人民法院曾进行过诸多试验：如北京朝阳区法院的诉前调解与和解机制