，宇土高俊唿应南朝一方势力，佔领隔壁的郡浦庄园押等，于宇土半岛行动活跃，但自始之后中世宇土城成为了空城。
近世宇土城.1587（天正15）年，豊臣秀吉平定九州，佐佐成政受封肥后国，唯佐佐成政治理不力，领内引发一揆动乱，秀吉派出小西行长与加藤清正共同前往镇压，因功得到肥后南半国宇土郡、益城郡、八代郡二十四万石领地，随后又与加藤清正合力平定肥后的天草之乱。平定后小西行长于1588年在中世宇土古城之东500米、13米高的小山丘上筑起了宇土城作为居城。关原之战加藤清正知悉黑田如水在石垣