隆三十八年（1772年），修《四库全书》﹐发现《永乐大典》已遗失缺失2,422卷，约千余册。四库馆臣从《永乐大典》中辑出大量佚书，其中有385种收入《四库全书》，以为“菁华已载，糟粕可捐，原（书）可置不复道”。咸丰十年（1860年），英法联军侵佔北京，翰林院遭劫掠，丢失大量《大典》。光绪元年（1875年）修缮翰林院建筑时，清查《大典》不足5,000册，《永乐大典》之所以迅速流失，主要是职员监守自盗，据说文廷式一人即曾盗走百余册《永乐大典》。光绪二十年（1894年）六月翁同龢入翰林院清查时仅剩800册，现今尚