渐减。”“辅政十有三年，当国者四年。枝拄清议，好同恶异，与前后诸臣同。至楚宗、妖书、京察三事，独犯不韪，论者丑之，虽其党不能解免也。”。当时万历帝长期称病，疏于朝纲，沈成为“独相”。沈一贯在位时，与朝廷中的“清议派”多有抵触。沈执政后期，楚太子狱、妖书案、辛亥京察案三事均与他都有关系。1605年，考察京官（京察）时又受“清议”弹劾，因而告病请退。不久召启用，晋封太子太保兼少师，不久再次受到弹劾。万历三十四年（1606年），遂以愈七十高龄托病辞官。隔年归乡，杜门不出十年之久，整日埋头诗书着述，万历