皇驻在以外之都城设置「留守官」（；又称为「留守司」）。1869年（明治2年）3月，明治天皇二度从京都行幸至东京，实际上是将首都迁往东京（雅称为「东京奠都」）；为了安抚多居住在京都的公家阶层、以及京都居民的不满，明治新政府在同时在京都设置「留守官」，等同太政官在京都的分身。但1871年（明治4年）3月发生公卿谋反的「」后，公家阶层对迁都东京的反对声浪逐渐降低，明治新政府遂于同年8月23日废止京都的留守官职位，至此首都机能完全转移至东京。