增录官生一名而违反规章制度，被降一级留任，咸丰帝下谕说：“宝鋆向来以果敢自命，也是同样顾及私情。”特别严厉斥责。咸丰十年（1860年），奉命赴天津验收海运漕粮，又前往通州检查，屡次上疏请求制定杜绝弊端的章程，并弹劾监督贻误，咸丰帝批准。之后，任总管内务府大臣。时逢第二次鸦片战争，英法联军入侵北京，咸丰帝逃往热河，命提库银二十万两，修葺行宫。宝鋆认为国用方亟，坚持反对。咸丰帝大怒，准备严谴，适逢宝鋆管辖之三山皇家园林被英法联军劫掠，咸丰帝降诏深切谴责，降五品顶戴。一个月后，因宝鋆巡防北京劳苦，而官复原职，