加强了海防。1133年(南宋绍兴三年)，沿海制置司设立于定海(今镇海)，主管官员为沿海制置使，辖温、台、明、越四郡。这是中国历史上第一个海军衙门。
元代.忽必烈定都北京后，南宋将领张世杰在庆元抵抗蒙古入侵失利，败走。1276年(元至元十三年)，元朝政府改庆元府为庆元宣尉司，次年改为庆元路总管府。元代，庆元抵抗元朝统治的斗争不断，一定程度上影响了商业的发展。但是，元朝政府的重视使得庆元的市舶机构有了较大扩张。由于地理位置的重要，庆元成为元朝重要的军港。文化上，浙东历史考据之学也从元朝