毕业于日本大学及陆军军医学校；毕业后，他被授阶为军医少尉，并在广岛陆军病院（战后成为）就任其病理学实验室主任，致力于流行病预防工作。1945年8月6日，当肥田舜太郎正在安艺郡村（距离原爆点约6公里）为病患诊疗时，他近距离目睹了小男孩原子弹被从艾诺拉·盖号轰炸机投下及爆炸的过程。不久，他成为当地倖存的专业医疗工作者之一，并开始投入伤患救治工作。在诊治过程中，他发现许多病患因为无法理解的原因纷纷死亡；在这过程中，他观察到因核爆炸而引起的种种人体反应。往后，肥田舜太郎致力于诊治被爆者直至退休为止，持续向美