巴鲁、新加坡以及印度尼西亚的北干巴鲁。2009年3月，飞萤航空宣布从槟城飞往瓜拉登嘉楼、哥达巴鲁和关丹的航班临时取消。2011年，从槟城飞往瓜拉登嘉楼、哥打巴鲁和关丹的航班恢复飞行。
未来计划.飞萤航空计划通过利用马六甲的马六甲国际机场拓宽基地。新的航班包括有马六甲至新加坡、槟城、棉兰－瓜拉纳姆和哥打巴鲁。其他新航班还有槟城至明古鲁、占碑、巨港、巴东、甲米、华欣、浮罗交怡等。此外它还计划设立从新加坡开往梳邦、槟城、关丹、瓜拉登嘉楼、怡保和马六甲的航班。
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