立，第一任所长为着名化学家乔治·考温。成立之初的SFI仅有一个名称和一个信箱地址，创建者在当时还未能对其主要研究方向达成共识。1985年，该研究所从当地一所治疗中心処获得了名称“圣菲研究所”的使用权。同年，该所举办了其首次科学会议，是次会议的主题是超弦理论，一种旨在对各种物理现象建立统一解释的假説。SFI的主要财务收入来自私人投资，2008年，由于全球金融波动的影响，SFI被迫下调其预算。