他被控谋杀难民。在1995年1月，柏林的检察官对他发起指控。1997年8月，沙博夫斯基和埃贡·克伦茨、君特·克莱伯一同被判有罪。由于沙博夫斯基承认自己的道德罪行，并弃绝东德政权，他只被判三年有期徒刑，1999年12月起在斯潘道开始服刑。然而，他翌年9月获柏林市长埃伯哈德·迪皮根特赦，在12月获释，只服刑了1年。他对民主社会党有所批评。他在2001年和贝贝尔·波雷共同担任基民联法兰克·斯蒂弗尔的顾问。