04年春节前，苏州工务段对车站道岔及附近弯道进行改造，以适应第五次大提速开行直达列车的要求。2007年4月17日中国铁路第六次大提速后，安亭至区间列车最高行驶速度可达至每小时250千米。2010年中铁特货在安亭站附近空地修建汽车物流基地，以方便发送上汽大众生产的汽车。每日安排两对往来南翔站的货运取送列车。2011年3月，安亭站的管辖单位由苏州直属站调整为南翔直属站。2014年开工的通沪铁路将经过此站，并新建往黄渡站的三、四线。2017年安亭—安亭西三四线完工后，安亭站站内到发线被拆除以应通沪铁路接入