除了开设当年投资约25万两的费用之外，其后早期主要经费来自于淮军的军费，后来1867年时曾国藩获得许可从上海海关取得百分之十的关税作为制造局的经费，1869年又提高到百分之二十，这相当于每年有至少40万两以上的经费。制造局最高领导人是督办，曾国藩、左宗棠、张之洞等人均曾担任，但晚清大多时期是由李鸿章担任，督办以下为行政主管，早期由李鸿章选任冯焌光和沈保靖为行政主管，并由上海道台（1865年时为丁日昌）加以兼督，实际的机械管理方面的工作则多由西方人负责，例如早期的首席工程师霍斯（T．F．Falls）为美国