训练部、政治部、校务部、科研部、研究生院，下辖基础部、航空航天医学系、生物医学工程系、军事预防医学系、药学系、口腔医学系、护理系、医学心理系、全科医学系，研究生管理一大队、研究生管理二大队、干部轮训大队、学员旅，第一附属医院（西京医院）、第二附属医院（唐都医院）、第三附属医院（口腔医院）。
专业设置.截至2017年，学校有生长干部学历教育、研究生教育、任职教育3个培养层次165个培训专业。学校是国务院批准的第一批博士、硕士学位授权单位，有硕士学位一级授权学科13个，博士学位一级授权