主官后，谢尔顿再次深造，前往华盛顿特区的国家战争学院，1995年5月毕业，获得国家安全战略理学硕士学位。完成学业后，谢尔顿到首都，在国防部分管核生化防御计划的助理国防部长手下工作，担任副项目经理，合作降低威胁计划办公室行政助理。1996年，他参加了雪城大学和约翰斯-霍普金斯大学为高级官员举办的在国家安全项目。1997年9月，他前往怀俄明州的弗朗西斯E.沃伦空军基地，担任第90空间联队联队长。从1999年9月至2000年7月，他再次在首都，在空军参谋部A8计划和方案副总参谋长办公室工作，担任空间优势处