类研究，根据磷鳄的许多原始特征，而将牠们归类于森林鳄科的原始位置，但当时并没有经过详细的种系发生学分析。近年的详细种系发生学分析，也得出磷鳄是原始森林鳄科的结论。在大部分研究里，磷鳄、索科托鳄形成一个小型、原始演化支，两者互为最近亲。在2005年命名的彻纳恩鳄，是种短口鼻部的森林鳄科，其演化位置比磷鳄、索科托鳄还要原始。