广西铁通车时，各部门重新调整之下九广东铁及九广西铁的接驳巴士服务由两条铁路的营运部门各自负责。接驳巴士也由「巴士营运部」改称为「巴士车务科」。在2007年两铁合併后，港铁公司将轻铁接驳巴士及东铁接驳巴士分别改称港铁巴士（新界西北）及港铁接驳巴士。港铁採用综合收费系统，铁路乘客持八达通而转乘接驳巴士或乘接驳巴士后转乘铁路，车费较低之一程可获免费优惠（K12线假日班次除外）。若乘客只乘坐接驳巴士而不乘搭东铁线、西铁线或轻铁，则须缴付巴士车资。虽然过往的九铁巴士与两铁合併后的港铁巴士均属于非专利巴士业