据考证，元代天文学家郭守敬“四海测验”的极南点黄岩岛，就是巴拉望岛。而不是现今南中国海的黄岩岛。13世纪时，巴拉望岛是满者伯夷的领土。1944年10月23日，栗田健男中将率领的日军第二舰队在巴拉望岛西面被美军潜艇发现，栗田的旗舰爱宕号重巡洋舰，摩耶号重巡洋舰被美军和击沉。1945年2月28日至4月22日巴拉望岛战役爆发，美军夺取巴拉望岛。
生态.巴拉望岛是菲律宾诸岛中，唯一曾经和亚洲大陆（在冰河时期）相连的岛屿，而且与菲律宾本土一直保持分离，因此生态与菲律宾其他岛屿有相当的