9年，纳粹德国佔领捷克斯洛伐克后（苏台德区问题），原公使停派，改调驻罗马尼亚。两国中断外交关系期间，捷克斯洛伐克外交承认满州国，满州国并派驻公使。1941年8月26日，中华民国外交承认位于英国首都伦敦的捷克斯洛伐克流亡政府，并在英国设立公使馆，由驻荷兰公使兼任。1944年7月25日，公使馆升格为中华民国驻捷克斯洛伐克共和国大使馆，并派驻大使，初期由驻荷兰大使兼任。1945年7月30日，大使馆正式复馆。1949年10月1日，中华人民共和国成立于北京；10月3日，捷克斯洛伐克社会主义共和国予以承认并