.后被召为太子中庶子，又领黄门郎，受晋孝武帝宠信。当时孝武帝见会稽王司马道子宠信阿谀奉承的王国宝等人，认为他并非才堪治理国家的臣子。而孝武帝其他亲近的臣子如王珣等亦与王国宝不睦，故此就将亲近信任的臣子出任刺史，作为外援。太元十七年（392年），荆州刺史王忱去世，孝武帝就授予殷仲堪都督荆益宁三州军事、振威将军、荆州刺史、假节，镇江陵。
荆楚之珍.殷仲堪有英明的声誉，故此他获授任荆州这重要地方后，朝野人士都对他有期望，望会有优异的政绩。殷仲堪到州后，法度没有伸张，但因为殷仲堪的小恩小