世宗实录（一）》载，雍正帝于雍正五年十一月庚午日允准“着动用帑银十万两修建大刹”于漠北库伦地方，以供第一世哲布尊丹巴唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持，齐集众喇嘛讲习经典、宣扬佛教，同时雍正帝还允准在内蒙古多伦诺尔“动帑银十万两”，兴建大刹，并且“使章嘉唿图克图之后身（转世唿毕勒罕）住持于此”。庆宁寺、善因寺是继多伦汇宗寺之后，清廷再度在蒙古地区由国库拨银兴建的大型藏传佛教寺庙。出于对内、外蒙古两位藏传佛教领袖章嘉、哲布尊丹巴的平等对待，庆宁寺、善因寺的构制也基本相同。干隆十一年（1746年），干隆帝赐