2013年2月11日，一个自称苏禄苏丹国后裔的武装部队从菲律宾南部进入沙巴东部地区索取领土，并引起持续41天的拿笃冲突，两国外交关系再次陷入紧急状态。马来西亚对此采取反制措施，包括遣返在沙巴的菲律宾非法移民。2016年11月8日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特向马来西亚进行国事访问，并会见马来西亚时任首相纳吉·阿都拉萨。两国首脑在会谈中仅聚焦在两国海域安全问题和经济上的合作，同意搁置沙巴领土争议问题。
贸易关系.马来西亚和菲律宾是互为重要的贸易伙伴，菲律宾是马来西亚的第七大出口