收式设计，且都设有外罩确保飞行状态时的气动构型顺畅。机体部分，飞机只有2位乘员，机体则是一个小直径的椭圆形设计、大部分的空间拿来塞油箱，在不够的地方则塞在发动机舱外侧的机翼部分，因此Ki-46有着1,490公升的内载燃油容量。引擎则是选择三菱自社的Ha-26发动机（输出功率975匹马力），发动机整流罩则是由东京帝国大学航空研究所河田三治研究团队开发的低阻力构型，使气冷式发动机为了散热需求而较液冷式更大正面投影面积增加的阻力可以稍微改善。Ki-46试制一号机（机号4601）在1939年11月于岐阜县各务原