离开退出长安，后又怨恨城中百姓帮助官军追击，第二次攻佔长安并屠城，血流成河，谓之“洗城”。中和二年（882年），四川的唐僖宗反攻，大将朱温叛变降唐，沙陀族李克用又率援军助唐，率兵一万余人南下，黄巢于中和三年四月撤出长安，攻逼蔡州（今河南汝南），节度使秦宗权战败投降，与黄巢合兵。六月围攻陈州（今河南淮阳），遭遇顽强抵抗，转战山东。中和四年（884年）三月，朱温大败黄巢于王满渡（今河南中牟北），黄巢的手下李谠、葛从周、杨能、霍存、张归霸、张归厚、张归弁等投降朱温，黄巢残部向东北逃亡，又遇李克用于封丘（今河南封