地下教会质疑官方中国天主教爱国会的合法性（认为官方教会不符合梵蒂冈方面的宗教法律的规定），但也由于其本身不接受政府管制与干涉的性质，所以在中国大陆境内按照《宗教事务条例》被视为非法，因而不时会受到公安机关等政府部门干预。中国天主教地下教会过去得到由陈日君所领导的天主教香港教区的支持、援助及联络。