宽与程德全、宋教仁、陈其美、赵凤昌支持採用五色旗。中华民国成立以后，庄蕴宽任代理江苏都督至实任都督、浦口商埠督办。1914年任平政院肃政厅都肃政史、约法会议议员，授少卿，勋三位，二等嘉禾章。1915年袁世凯称帝，庄蕴宽表示反对，并召集肃政史开会议决呈请袁世凯将帝制“迅予取消，以靖人心”。1916年4月至1927年2月，任审计院院长。1924年12月20日，清室善后委员会成立，庄蕴宽任委员。1925年10月10日故宫博物院成立，庄蕴宽被尊为主持典礼的主席，在干清宫主持开院典礼。同年，任故宫博物院理事、故宫