月1日，基德在马达加斯加遇到了海盗罗伯特·库利福德，其大部分船员都叛离他投靠库利福德，仅有13人留了下来，与其踏上回乡之路。基德回到加勒比海之后，得知自己已经被列入海盗名单，于是他弃船前往纽约，希望能为自己辩解，据传在到达纽约之前，基德将其财宝埋藏在长岛西端的加迪纳斯岛上。贝洛蒙特伯爵得知基德返回的消息时正在波士顿，他担心自己受到基德的牵连，于是在1699年7月6日将其诱骗到波士顿加以逮捕，立即下狱。在狱中基德受到了残酷的折磨，据称精神失常。一年多后，基德才在英国国会的一再要求下被解送伦敦接受审判，