85年即位为西梁皇帝，改年号为广运。萧琮即位之后，隋文帝设立江陵总管监视萧琮的行为；587年，因萧琮的叔父萧巖等人带了一部分居民逃入陈朝，隋文帝征召萧琮入朝，当年10月26日废除西梁国，萧琮亦被废为莒国公。西梁也因此灭亡。萧琮在隋朝时仍然受到器重，隋炀帝即位后，因为萧琮是自己的妻兄，对萧琮更厚待，又封萧琮为梁公、内史令，萧琮的亲族也有不少被提拔入朝廷为官。当时有童谣说：「萧萧亦复起」，导致隋炀帝对萧琮的猜忌，最后萧琮被免职，不久后在家中过世。萧琮死后被赠左光禄大夫，侄萧鉅续封为梁公，史书没有记载萧琮