出任韩国国防部长。李承晚怀疑美国人想换人，阻止李垠回国。1954年韩国制定“旧王室财产处置法”，王室财产划归国有，王室成员每月发放生活费。对李垠一文不付。韩国驻日机构数次拒绝向李垠发放护照。1960年4月李承晚政府倒台。韩国总统尹潽善写信给李垠致歉，总理张勉有意请他出任韩国驻英国大使，李垠婉言拒绝。1961年5月韩国五一六政变，朴正熙7月派出两名特使赴日，告知今后其生活费、医疗费由韩国政府负担。后李垠发病住院昏迷，9月恢复知觉。11月朴正熙访美途经日本会见了方子，表示要让病榻上的李垠和在日本精神病院