棉籽油一般含70％的不饱和脂肪酸（18％的单元不饱和，52％的多元不饱和）、26％的饱和脂肪酸。完全氢化时则是94％的饱和脂肪酸和2％的不饱和脂肪酸（1.5％的单元不饱和，0.5％的多元不饱和）。棉花及锦葵科植物（如秋葵）会产生出一种具有毒性的黄色多酚类化合物——棉酚，但也有研究指出，棉花以外的锦葵科植物不会产生棉酚。这种天然的有色化合物能够从棉花植物的种、叶、茎、根、以及主根树皮内的微小腺体中发现，尤其种子含量最多。棉籽约含0.5-0.7％棉酚。化合物的适应功能有利于抵御虫害或病菌侵袭。Sect