世凯称帝之际，李厚基获封一等子爵。1916年（民国5年）3月，被任命为福建将军，4月兼任福建巡按使。袁死后的同年7月，任福建督军兼省长。1918年（民国7年）4月，奉段祺瑞之命，李厚基被任命为援粤军正总司令，副总司令为浙军师长童葆暄，该军进攻广东护法军政府，但败北。其后，李厚基继续统治福建省，直到1922年（民国11年）11月被南方政府方面的许崇智駆逐。李厚基统治福建9年至此结束，后于1923年（民国12年）1月被正式免职。1924年（民国13年）11月，北京政府任命其为山西援军副司令，但他随即引退