部任职十年后的1998年，他正式升任部长的职务。
中纪委和书记处.在2002年11月召开的中共十六届一中全会上，十五届中纪委排名前两位的副书记韩杼滨和曹庆泽因为年龄因素全部退休；何勇晋升为排名第一的中纪委副书记，并同时当选为中央书记处书记。在中共十七大上，已经67岁的何勇被安排担任中央书记处书记，排名由十六届的第七位（末位）晋升到了第五位；并第三次出任中纪委副书记。2012年11月后何勇不再担任中央书记处书记、中纪委副书记。