二附属医院转隶中国人民解放军总参谋部，称中国人民解放军总参谋部总医院。2008年9月21日，北京市第一家国际氩氦冷冻肿瘤治疗中心在该医院挂牌。2009年，该医院被确定为工伤医疗康复双定点医院；2011年，中国人民解放军第三〇九医院康复医学中心在小西天中心门诊部揭牌成立。2012年秋，该医院由发热门诊扩建成的新门诊大楼举行落成仪式。2014年，海淀区西北部医联体启动。这个区域医疗联合体以中国人民解放军第三〇九医院为核心医院，这是首个驻京军队三级甲等医院加入医联体。2005年底至2012年，