哇久尼殿（意为“十二柱殿”）。16世纪上半叶，噶举派学者巴卧·祖拉陈瓦大规模维修并扩建该寺，形成了如今的规模。据说，扩建成的杜康大殿的壁画便是巴卧·祖拉陈瓦亲手绘制。五世达赖时期，噶厦规定藏历每一绕迥对该寺进行一次维修。1944年，桑珠寺的活佛主持了噶厦对该寺的最后一次维修。此次维修后，色喀古托寺改宗格鲁派，开始以格鲁派教法为主。21世纪初，政府拨款重修该寺。此次维修工程是中华人民共和国成立后该寺规模最大的一次维修工程。
建筑.“色喀古托”碉共分九层。一、二层为地下室及储藏