、干隆五十六年（1791年）、嘉庆二十年（1815年）、道光十年（1830年）与同治十年（1871年）整修过，至于兴济宫，则主要在嘉庆二年（1797年）与道光十一年（1831年）与同治十年（1871年）整修过。而在同治十三年（1874年）之后，因所谓的开山抚番导致官兵多染上瘴疠，所以两庙的香火日益兴盛，成为府城里同类庙宇中香火最鼎盛的庙。这些参与的官兵因曾向兴济宫大道公祈求保佑，后来果然灵验，因而上报朝廷，乃下令将兴济宫列入祀典，成为台湾唯一有列入官方祀典春秋二祭的保生大帝庙。而进入台湾日治时期之后，两