海运，在台湾的招商局正式走入历史。1996年2月15日，阳明海运的官股持股比率降至48.9%，完成民营化。1999年11月11日，阳明海运成立子公司「好好国际物流股份有限公司」，成立时总部设于基隆市。2003年11月20日，阳明海运股票成为台湾50指数成分股。2004年3月12日，阳明海运董事会决定以新台币16.77亿元买下台北市大同区重庆北路二段「南山人寿重庆大楼」，主要供阳明海运台湾区营业部及转投资子公司未来业务发展需求；该大楼被阳明海运买下后改名为「阳明海运重庆大楼」。2008年10