9月28日，陈水扁辞去台北市议员职务，回故乡台南代表党外人士竞选台南县县长。激烈的竞选期间因腹痛而宣称被当权的国民党下毒，并吊着点滴躺在担架上于政见发表会场发表演说，最终以约1万票的差距败于国民党籍参选人李雅樵。败选翌日，妻子吴淑珍在陪同谢票的行程中遭张荣财所驾驶的拼装车撞伤，导致下半身永久瘫痪，胸部以下丧失知觉。1986年，因国民党籍的冯沪祥论文抄袭他人着作，当时蓬莱岛杂志用「以翻译代替着作」等七字形容此事，陈水扁等三人被法院判刑一年，「北美洲台湾人教授协会」七名教授花了四个月时间写出一份两百多页的「