此外当时西来庵的信徒又分成「福派」与「春派」，所谓的福派多为台南市（府城）中上流阶级仕绅，而春派则是来自大目降（新化）、噍吧哖（玉井）、关帝庙（关庙）、萧垄（佳里）和阿公店（高雄冈山）等地的信徒。
毁禁.大正四年（1915年）余清芳等人在此处扶乩，自称神谕，鼓动信众两千人，号召起事抗日，时称「西来庵事件」。是台湾日治时期诸多起事之中规模最大、牺牲人数最多的一次，同时也是台湾汉人第一次以宗教力量举兵，最后一次以武力抗日的重要事件。西来庵事件之后，原庙宇在管理人蒋襟三与钱云樵代表之