「世界棒球经典赛」中，担任日本棒球代表队的监督。虽然征召美国职棒大联盟日籍球员的过程并不顺利，也曾因日本队在亚洲区预赛与八强复赛中皆败给韩国队，而成为日本球迷责难的对象之一，但最终仍率领日本队在准决赛中击败韩国队，并在总冠军赛中击败古巴队，夺下首座世界棒球经典赛冠军。2006年7月，王贞治召开记者会宣佈：由于发现胃肿瘤，因此暂时辞去监督一职，准备住院并开刀治疗。7月17日，王贞治接受东京庆应义塾大学腹腔镜「胃全切」手术，过程十分顺利，并无大碍，后来出院休养，但因饮食不习惯再度入院，直到9月才出院，并于9