威时，孙越崎和马骏、谌志笃、沙主培作为天津学生代表，前往直隶省长公署，与直隶省省长曹锐谈判，要求省长曹锐给北京政府发电报，让北京政府释放被捕的北京学生，并拒绝签署卖国条约。最终请愿取得胜利。此次罢课共持续三个多月。孙越崎等许多同学因为参加罢课而遭到北洋大学开除学籍。后来，孙越崎多亏蔡元培的帮助，方进入北京大学采矿系继续学习，于1921年毕业，获得工科学士学位。毕业后，孙越崎回绍兴休养两年，其间妻子葛采湘病逝。
穆棱煤矿.1923年秋，孙越崎赴中国东北，参观了抚顺煤矿、本溪煤矿、