灾难便发生。联邦当局则在下述两种政策之间摇摆不定：第一种是与哥萨克妥协，让有限的部分人，即所谓的登记哥萨克（1582年为500人，1630年代为8000人）在联邦军队内服役（而剩余的则沦为农奴，帮助权贵殖民第聂伯河），第二种为动用武力镇压。联邦对扎波罗热地区的哥萨克及其领地在武力上压制，在经济上剥削，使哥萨克先后发动一系列起义，其中早期的几次可以作为对什拉赫塔立法者的警告。1591年，克雷什托夫·科辛斯基发动科辛斯基起义，遭血腥镇压。1594年，哥萨克再次举起反旗，纳利瓦伊科起义席卷乌克兰和白俄罗斯