后，又被集中关在北军营地内，北军准备强迫他们继续挑运物资北上。林翰闻知此事后，同北军进行交涉，使这些民夫全部被释放。民国14年（1925年）夏，林翰病逝于福州，享年47岁。其灵柩自福州经涵江运抵莆田安葬。
着作.说诗社发起人陈衍（石遗）为他编辑了诗集并作序，按其遗愿定名为《山与楼诗集》，由同乡陈翼才等人共同集资出版。