宗至大元年（1308年），白云宗再次获得合法地位。元仁宗延祐二年（1315年），白云宗宗主沈明仁一度被授予荣禄大夫、司空等荣职。但不久，元朝政府再度出手打击白云宗。延祐六年（1319年），沈明仁坐罪入狱。延祐七年（1320年），朝廷诏籍白云宗僧者还俗。元英宗至治三年（1323年），又籍没白云宗田。明朝成立后白云宗被严禁，不久瓦解，其徒众部分加入白莲教。