本地下埋藏的矿物品种众多，但蕴藏量都很小，且大部分矿藏难以开採利用或缺乏开採价值，故虽有「矿藏博物馆」之称，却是一个天然资源短缺的国家。目前日本可以基本自给的矿产有硫化铁、硫磺、石灰石和石膏等，铅、锌、铜和煤可以部分自给。但工业发展所依赖的石油、天然气、金属等大部分都由外国进口。日本主要的煤矿位于北海道、山口县和福冈县。在鼎盛时期，全日本曾有超过800处煤矿开採。第二次世界大战期间，年产量曾达6,000万吨。战后虽曾一度大幅减少，之后随着经济发展又有回升。1950年之后，产量曾超过5,000万吨。不过随