他声名大噪。弘光帝继位，召用王瑞栴为太仆少卿，上陈官吏虐民，很快告归；到鲁王朱以海监国，他以左佥都御史兼理军饷，提出稳固民心、不要扰民，反驳方国安争饷。隆武帝征召他到福建督理浙东兵饷，晋副都御史掌管都察院，福建和温州沦陷后隐居在山中，不接受清朝招降；永历元年（1647年）五月望日是他的生日，他拜过家庙后举行聚会，但很久也不出现，被发现在寝室时自缢而死，留下遗书五日后殓葬，官吏验视后发现他已死去五日。