省政府的机关为「蒙古地方自治政务委员会」及「西藏地方政府」（见噶厦）。中央政府行政院则成立蒙藏委员会作为对口单位。至于外蒙古，国民政府由于苏联压力，在1946年採取公民自决，最后承认外蒙古独立。1953年后，联合国大会505号决议通过中华民国控告苏联案以撤销承认，认为其是中华民国的一部分，并在1955年否决蒙古人民共和国加入联合国的诉求。尽管如此，迫于苏联以及后来美国的压力，中华民国代表团唯有选择于1961年的二次表决中缺席，不限制其在国际社会活动。中华民国国民大会秘书处自民国68年（1979年