谋叛乱罪处罚，独台会案发回更审。1992年7月27日，因廖伟程等人行为未违反修正后的《中华民国刑法》第一百条，全案改判免诉。
影响.由于1991年5月1日动员戡乱时期已经被宣佈终止，台湾内部在政治上与思想上历经1990年的二月政争与三月学运，已呈现开放多元；而且解严后调查局干员在未知会清大校方的情况下突然进入学校逮捕学生的行为，引发台湾社会与大学校园剧烈反弹。1991年5月9日，清大学生到调查局台北市调查处静坐抗议；1991年5月14日，劳动党中央党部发布〈反对新白色恐怖声明〉