眉请降。赤眉本欲杀死更始帝，刘恭大怒要自刎，赤眉首领急忙制止，并封更始帝为畏威侯。刘恭不满，持续向赤眉施压，最后更始帝受封长沙王。刘恭对投降后的更始帝竭力保护。但终更始帝终为谢禄所杀，刘恭为此深恨谢禄。赤眉军进占长安后，军纪混乱，在关中四处劫掠为生。建武二年，赤眉军为关中贼所败，加上关中大饥，赤眉退出关中，企图东归。刘恭见赤眉军混乱，知其必败，密教其弟刘盆子封玺绶，习辞让之礼，以求兄弟自保免祸。赤眉军东归，为光武帝刘秀所阻并包围，赤眉军投降。赤眉投降，刘恭以其先见之明深得光武帝赞许，仍旧为式侯，侍中