再次失败，马福益被捕杀。刘复基避难日本，8月在东京加入同盟会。1906年回国经武汉，加入刘静庵等组织的日知会。回长沙后负责当地的《民报》和《中西报》发行。同年夏与禹之谟等组织公葬陈天华和姚宏业，一时湖南革命情绪高涨。 旋禹之谟被捕，刘复基走避常德，联络蒋翊武招纳有志者，表现出领导才干。一度在常德祗园寺设立了湘西革命机关，不久被清吏廖世英侦破，刘复基偕蒋翊武走避上海，协助同盟会员杨卓霖办《竞业旬报》，并介绍蒋翊武入同盟会。1907年杨卓霖因谋刺两江总督端方而被捕，《竞业旬报》停刊。刘复基和蒋翊武各自潜回故里。