元朝末年，刘福通起义，立韩林儿为帝，曾建都于此。 明朝初年，以州治谯县省入，辖境缩小，寻降为县，弘治九年（1496年）复升为州。清朝雍正二年（1724年）升为亳州直隶州。雍正十三年（1735年），降为属州，隶颍州府。1913年，全国废府州厅改县，改为亳县。