院一直获国立卫生研究院资助最庞大的研究经费，最新2014年的资助金额高达两亿一千多万。麻院同时与哈佛医学院合作，建立了一个健康科学学术中心。根据官方的说法，麻院进行的医院研究项目规模为全国之冠，每年的经费逾七亿五千万美元，研究领域涵盖爱滋病、心血管疾病、癌症、人类遗传学、医学影像及光学、神经退化疾病、再生医学、生物移植学等。2009年2月，院方设立，专门负责研究疫苗制造及与人类免疫学有关的疾病之治疗方案。麻院亦和另一所与哈佛联盟的精神科医院合作，并进行了相关的医学研究项目。
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