通常存在于分类学限制的生物体或细胞（植物，真菌，细菌...）中。次级代谢产物的一些常见例子包括：麦角生物碱，抗生素，萘，核苷，吩嗪，喹啉，萜类化合物，肽和生长因子。植物生长调节剂由于其在植物生长发育中的作用而被分类为初级和次级代谢产物。其中一些是初级代谢产物和次级代谢产物之间的中间体。