有68艘船在巴拿马註册，为巴拿马的第五大权宜船来源国，其中45艘为长荣海运所有，该公司在巴拿马设有专用港。
投资.截至2016年，台商对巴拿马的总投资金额为16亿6,638万美元，共计83件，主要投资业别有运输及仓储业、制造业、金融及保险业、批发及零售业；巴拿马对台湾总投资金额为8亿8,682万美元，共计72件。兆丰国际商业银行在巴拿马设有分支机构。
合作.中华民国曾在巴拿马派驻农业技术团，合作项目有园艺、蔬菜种子繁殖及栽培、海水虾繁养殖及核心示范农户