胞以及邻近细胞内的DNA含量均会增加，造成细胞核体积变大，DNA的增加可能与薄壁细胞的分化有关。许多兰花会合成以控制菌丝入侵的范围，菌丝进入五天后，原球体内的抑菌素与等物质的浓度升高，以避免菌丝进一步入侵植物的其他部位。真菌与植物的互动通常会影响植物激素的合成，或真菌本身可以分泌类似植物激素的物质，至少在一种兰花的兰菌根中，真菌可以合成吲哚乙酸以影响植物组织的发育。
特异性.兰菌根中，不同种兰花与真菌的专一性有所不同，有些相当专一，有些则可与多种真菌形成兰菌根，但造成特异性的分