化的栖地，这令牠们的族群分散。分散在各破碎栖地的亚族群难以与其他的族群有基因交流，这使小族群内部失去了遗传变异，令牠们适应环境的能力降低。牠们对于如污染等环境转变非常敏感。牟氏水龟被捕捉作为宠物亦令牠们的数量下降。于1973年，牠们受到《濒危野生动植物种国际贸易公约》保护。