苻丕于河北僭称帝号，又在386年密谋偷袭洛阳，桓石民乘机派遣将军冯该攻讨苻丕，成功于战阵上将苻丕、左仆射王孚、吏部尚书苟操等人斩杀，更将他们的首级传至帝都建康。不久，丁零族翟辽蜂起，进军侵逼晋室皇陵，桓石民派河南太守冯遵进行攻讨；同时间乞活族黄淮自称并州刺史，会合翟辽一起攻打长社，两军合共有数千人。桓石民再派南平太守郭铨、松滋太守王遐之进击黄淮，成功斩杀黄淮，翟辽则败走河北。桓石民多番指挥部属击败敌国的入侵，前后累功进迁左将军。389年六月他卒于荆州刺史任上，没有子嗣。朝廷派太原王氏的王忱接掌荆州，