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系统更新.3DS可通过主机设定内的系统更新，来新增更多功能、服务或修正错误。日本版首发3DS出厂时的版本编号是「1.1.0 - 0J型」。更新时请勿关闭主机电源或切断无线网路，另外更新后也将无法复原。系统更新历史详见任天堂3DS系统软件。
健康风险.任天堂已公开声明3D模式并不适合六岁以下的儿童使用，可能会因此损害视力。任天堂建议幼童使用者可使用2D模式，而（American Optometric Association）则指出游玩适量的3D游戏并不会