即刻焚烧船身后就地掩埋于沙中以毁灭一切证据。最后发现一名被藏在船层夹板中的小男孩亦遭勒令处决。在场奉命看守的营部连士官过夜统计尸首总数不止十九。事件中，由于有医护兵拒绝执行格杀令，旅长下令旅部连接管营部连预防譁变。同日于海上国军又击沉一艘接近查看的中国大陆渔船，四人遇害，后来有退伍老兵另称为「三八事件」。事发后，陆军步兵第一五八师师部（今烈屿守备大队」）与金门防卫司令部共通对国防部参谋本部隐瞒不报，金防部司令赵万富上将更假装不知情，直至五月廿日被国防部参谋总长郝柏村上将质询时，赵司令尚谎称是「打死水