克刚等人转达孙立人，此事为层峰（两蒋）的意思，孙立人如不肯屈服，将会株连更多旧属。孙立人于8月3日写亲笔信给蒋介石，请辞总统府参军长一职。8月20日，蒋介石批准孙立人辞呈。同日下令，正式拘捕孙立人，并由副总统陈诚为主任委员，与王宠惠、许世英、张群、何应钦、吴忠信、王云五、黄少谷、俞大维等组成「九人委员会」，负责调查实情。陈诚九人委员会在调查后，认为孙立人的下属涉嫌军事政变，孙立人应负责任。根据蒋介石日记，驻美大使顾维钧曾奉命向美国太平洋舰队指挥官雷德福上将报告孙案的侦查经过，美国雷德福上将的反应相当愤怒