政府首任主席，并任命各厅主管人员。民国十七年（1928年）3月，山西省政府在太原正式成立。民国十八年（1929年）阎钖山任陆海空军副总司令。民国十九年（1930年）元旦，获国民政府颁授一等宝鼎勋章，但随后便与蒋中正就军队编遣意见左右，联同冯玉祥，李宗仁在北平另组「国民政府」（阎任「国民政府」主席），引发中原大战。9月，张学良通电支持蒋中正，并派兵入山海关。冯、阎大败。阎钖山先到大连，之后再回山西。九一八事变后，国民党内部寻求和解。阎于民国二十一年（1932年）3月任太原绥靖公署主任。