与当地居民发生冲突等。
其他应用.旗舰种可运用在更广泛的层面，例如应用在保护珊瑚礁、热带雨林等生态系统上，目前塞伦盖提及黄石公园等保护区已引进此概念进行运作。近年来，一些措举根据特定地区或物种的保护价值来选择旗舰种，例如由以及保护国际营运热点执行的边缘计画（EDGE project）。最近，微生物学方面开始以独特的方式选择旗舰种，这计划将涉及微生物地理学，并准备採用特定的物种。此计画的设定目标是为了建立新的旗舰种选择机制，这是由于引人注目地旗舰种在分布指标上通常具有显着的外观或形态