淘汰。另一次德甲亚军使云达不来梅连续五年出席欧联。2008/09年球季云达不来梅在德甲苦苦挣扎，最终以第10位结束球季，是超过10年以来最差的成绩。但球队再次透过欧联分组赛第三位转战欧洲足协盃，更分别晋级足协盃及德国盃决赛，最后一届欧洲足协盃决赛在伊斯坦堡迎战zh-hans:顿涅茨克矿工; zh-hk:萨克达; zh-tw:顿涅茨克矿工;，虽然zh-hans:纳尔多; zh-hk:拿杜; zh-tw:纳尔多;一度为球队扳平1-1，但在加时赛以1-2败阵，与冠军擦手而过；于球季最后一场赛事