国外对烟草和橡胶等资源的需求大幅下降，继而使北婆罗洲铁路的运输量大不如前。至1930年代末当世界刚刚走出大萧条的阴影后，随即爆发了第二次世界大战。1942年1月，日本陆军第37军占领了北婆罗洲。北婆罗洲铁路在日占时期遭受严重破坏，许多机车车辆和桥梁隧道在盟军轰炸中被摧毁，尤其在战争后期整个铁路系统已经几乎瘫痪。战争在1945年结束后，北婆罗洲铁路首先被接管，直到英国正式恢复对北婆罗洲的殖民统治。1946年，北婆罗洲成为大英帝国的皇家殖民地之一，并改称为英属北婆罗洲。1949年至1960年间，北婆罗洲铁路