隶州十一县三厅，隶属台南府。光绪二十年（1894年），清廷与日本发生甲午战争。光绪二十一年（1895年）3月2日，清军战败，乃任李鸿章为全权大臣，赴日本下关，与日本全权大臣展开议和。4月17日，与日本签订《马关条约》，割让台湾全岛及澎湖列岛给日本。日治时期，1895年，日本在台北设置台湾总督府始政，5月21日，分台湾为三县一厅，6月17日设嘉义支厅，属台湾县、。1896年4月，嘉义支厅，改属台南县。1897年5月27日，行政区域改划为六县三厅，设嘉义县。1898年6月20日，六县三厅併为三县三厅，嘉义县