三百余年的平安时代，开始脱去此前母系社会的面貌，女性登基为天皇的情况也暂时消失。平安时代以后，日本经历了鎌仓时代、室町时代、南北朝时代、战国时代等，这其中的400多年不曾出现过女性天皇，最多只有广义门院、日野富子或北条政子等掌权的女性。1603年，德川家康受封征夷大将军并于江户开府，日本进入江户时代，也再次出现了两位女天皇－明正天皇与后樱町天皇。明正天皇是自奈良时代的称德天皇逝世之后共859年以来的首位女性天皇，此外明正天皇还是德川家康的曾外孙女（其母德川和子为家康孙女）；至于后樱町天皇则是目前最后一位