拥有全台唯一的水质维生系统设备展示区，其他馆区另设有东部河川、淡水观赏鱼类展示区、礁岩鱼类展示区以及呈现台湾东部洄游性生物的大洋池。
展馆设施.小丑鱼主题馆共分有4层楼，并设有特展区、水质维生系统设备展示区、东部河川鱼类展示区、淡水观赏鱼类展示区、礁岩鱼类展示区、印度洋小丑鱼展示区、太平洋小丑鱼展示区、台湾小丑鱼展示区、触摸池以及大洋池。