但未获採纳，警备总部随于1992年7月1日改编为军管区司令部兼海岸巡防司令部。周于1992年7月31日卸任司令后，获聘总统府战略顾问，1996年6月续聘至届龄退伍。
退休生涯.2016年，参与第六届中山黄埔两岸情讑坛，出席在人民大会堂举办的孙中山诞辰纪念大会。
林毅夫叛逃.周仲南于1979年5月18日陆军284师师长任内，发生金门驻地所属马山连连长林毅夫叛逃事件差点影响周仲南等人仕途。林毅夫原名林正义，后改名林正谊，台湾宜兰人，台大首位转读陆官生，陆官第4