为不肯寻求正常的医疗协助，只靠着祈祷来治病，结果死于一些本来可以医好的疾病。其中因此而死的小孩，他们的父母因此被提起刑事诉讼，理由是疏忽和不当致死。教会方面则辩称，根据他们的完整纪录，他们的“灵修治病”祈祷方式确实治癒了许多连医生都束手无策的绝症。在神学界，基督科学教会的教义也引起一阵骚动，特别是透过19世纪起盛行的科学角度来看（註：也就是基督科学所称的“科学”完全称不上科学）。一些其他基督教派人士则讥讽，基督科学教会只能算是一种《圣经》解说学派，只是一时的，根本不算是一种新的基督教派。即便如此，基督科