留校正式聘为教授，不久又被聘为世福兰斯医科学校的校长。艾维森希望将医院的经营权慢慢移交给金弼淳和当地医生，这样即使他离开朝鲜，世福兰斯医院和医科学校仍然可以继续运作、发展。
参加独立运动.金弼淳来汉城后结识一批韩国独立志士，与安昌浩是拜把兄弟。1905年日俄战争结束后，日本强迫朝鲜签订《乙巳条约》。安昌浩随即从美国回国开展救国运动，次年与梁起铎、申采浩、金九等人成立了秘密救国组织“”。金弼淳是新民会的核心会员之一。由于他住在西方传教士医院的宿舍，他的家因此成了独立志士的安全聚点。此