1980年代人们对艾滋病患者的研究发现，隐胞子虫是导致艾滋病病人肠炎的主要原因。历史上最出名的隐胞子虫病爆发发生在美国密尔沃基市，1993年春，由于取自密歇根湖的饮用水遭到污染，有大约403,000名的市民（占城市总人口的26％）罹患该病。这一事件迫使密尔沃基市政府对饮用水处理工厂进行了大规模的改造。
病源.隐孢子虫是属于顶复门真球虫目隐孢子虫属的寄生虫。隐胞子虫的生命周期比较复杂，包括很难在体外进行培育。在宿主体内，它们一般是以单倍体的多核单细胞形式存在的，被称之为第一型分裂体（