港糖厂特殊糖业务及原隶属北港糖厂的大林工场改隶南靖糖厂。
现况.南靖糖厂制糖工场自2008/2009年期起停压，原料甘蔗拨运善化糖厂压榨，南靖原料课于2008年6月1日改隶善化糖厂。现在的南靖糖厂厂区，由台湾糖业公司嘉义区处与善化糖厂共用。现在南靖糖厂的辖区，分布南靖糖厂、北港糖厂、大林糖厂三个厂区。