学校的授课模式与传统的寺子屋有不少分别，例如学生会被要求坐在凳子上课，而不是席地而坐；至于女教师除了身穿和服外，也会穿上羽织、褶裙和鞋子。学校初年教授的课堂包括读本课、算术课和习字课等，但没有英文课。在明治十九年（1886年）4月10日，明治政府颁布《小学校令》，进一步对小学教育进行规范，开智学校遂成为首批旧制小学校之一。明治天皇伉俪在明治十三年（1880年）巡幸松本市时，曾于6月25日到访开智学校，期间参观校内展出的学生书画、以及当地的物产和文物。校方原本还安排学生表演体操，但因天雨关系而临时取消。为