很多蔬菜找到的寡糖，是由数个果糖单体聚合而成的分子。相比同是由单体果糖聚合而成的多醣菊粉，果寡糖的聚合度比较低，分子亦比菊粉小。半乳寡醣（GOS）亦可在大自然发现，是由数个半乳糖聚合而成的寡醣。人类只能够不完全消化这些寡醣。在自然界中，寡醣经常作为醣蛋白和糖脂的组成部分，并经常有辨别化学物质或细胞的功能。此外，亦有一些寡醣，如棉子糖，被部分植物物种用作储备或运输。