990年代拟出停止晒盐的计画，而鱼塭养殖业亦受到成本压力与环境影响，年轻的一辈认为养殖工作辛苦、冒险且收入不稳定，因而逐渐放弃从事养殖，以致多数鱼塭呈现弃养状态，沿海传统产业的没落却让自然环境得以休养生息，生物生态逐渐丰富多样化。此时，引进大炼钢厂的滨南工业区计画一度被讨论，但因对环境影响过大而中止。而台江孕育出两个国际级湿地─曾文溪口湿地与四草湿地，以及两个国家级湿地─七股盐田湿地与盐水溪口湿地。为保留如此珍贵的生态及文化资源，经地方环保团体许多年的争取，内政部于2009年10月15日公告成立「台江国家公