在他抵达之前，《慕尼黑协定》的签署解除了危机，国际紧张局势的缓和使埃姆登号得以继续开展训练巡航。舰只遂转向南行进入地中海，随后又进入黑海。它于10月19日至23日期间在伊斯坦布尔参加了首任土耳其总统穆斯塔法·凯末尔·阿塔图尔克的葬礼。之后，埃姆登号经由罗得岛和维戈返回德国，于12月16日抵达威廉港。从1939年3月29日至4月15日，埃姆登号被用作渔业保护船。在此期间，它曾到访雷克雅未克。至5月，韦弗离舰，他的职位由海军上校接任。
二战.随着第二次世界大战于1939年9月爆发，埃姆