因为多数被分给景胜的权力基础上田众，因为恩赏而使安田显元等人平白无故地自尽，更有抱持不满的新发田重家连结芦名盛隆和伊达辉宗并自立。为了镇压这次反乱而用了7年歳月。肃清和谦信一同战斗的国人众，改为以上田长尾系独大的体制。再加上乘着这次内乱，信长配下的柴田胜家攻进上杉领地以及同盟势力的加贺、能登、越中，会津亦有芦名盛隆侵攻等，这次御馆之乱使得谦信时代培养起来的上杉家势力和威信大幅衰退。御馆之乱亦是令到武田家灭亡的远因。氏政向实弟（或从弟）景虎送出支援而依赖同盟者武田胜赖。当初胜赖为了支援景虎而亲自出阵，