。不久，地质调查所在重庆北碚建好房子，标本才迁到北碚所内。1937年12月13日日军占领南京之前，陈列馆馆长盛莘夫奉命留守南京，凭借熟练的日语同日军周旋，作为“南京大屠杀”的幸存者逃出了南京，抵达重庆北碚。1943年12月25日，中央地质调查所与中央研究院动植物所、气象所、工业试验所、农业试验所、西部科学院等单位一道发起筹建的自然科学博物馆开馆。其中的地质馆由中央地质调查所设计并提供标本，展览分为四个部分：矿物岩石、地层古生物、嵴椎动物化石、土壤。1945年日本投降。1946年夏，中央地质调查所迁返