大量移民来台，先来后到的族群之间存在诸多利益冲突。如福建的鹤佬人和广东的客家人、潮州人之间发生闽粤械斗；来自福建的泉州人与漳州人之间发生泉漳械斗；以及戏曲门派之间的西皮福禄械斗等。不过，这时期台湾各族群间除分类械斗外亦有合作。例如1796年，吴沙在拓垦蛤仔难时，有漳籍、泉籍与客籍人士共同入垦。
清朝后期治理台湾.1860年第二次鸦片战争后，清政府同意开放台湾安平、淡水通商，不久又开放打狗和鸡笼二港。1874年，日本出兵台湾制造牡丹社事件。1875年，清政府派沈葆桢为钦差大臣赴台湾巡