菲律宾－南苏丹关系，是指菲律宾共和国与南苏丹共和国两国之间的双边关系。2011年7月9日，南苏丹宣布从苏丹共和国独立后一个月内菲律宾便承认南苏丹为主权国家。自2013年3月起，菲律宾驻肯尼亚领事馆南苏丹事务，在这之前是由菲律宾驻埃及开罗领事馆兼辖。
历史.南苏丹宣布独立后不久，菲律宾便于2011年7月9日正式承认南苏丹为主权独立的国家。2013年3月13日，时驻肯尼亚菲律宾大使小多明戈·路森纳里欧（Domingo Lucenario Jr.）和南苏丹大使 Majok Guandon