桓楚政权，废安帝为平固王，并在次日被送至寻阳。桓玄篡位后仅两月，北府将领刘裕等人于京口、广陵成功举兵，并合军进攻建康，桓玄军队不敌并撤到寻阳，随即又挟持晋安帝退至江陵。桓玄在江陵试图重整旗鼓，于五月癸酉（404年6月10日）逼令安帝随军之下于峥嵘洲与刘毅等军决战。不过，桓玄再败，只有率败军及安帝退还江陵，随后在往蜀地的路上被杀。留在江陵的安帝在荆州别驾王康产及南郡太守王腾之的支援下于江陵复位。然而，不久桓振率领桓楚残部进袭江陷，安帝再度被俘。义熙元年（405年）正月，晋军收复江陵，安帝再度复位，改元「义