幼年有神童之誉，读书辄过目不忘，八岁时，能背诵，以后专攻二十一史于海会寺，夜里无灯，借月光读书，结果两目肿痛，继读明代十三朝实录，废寝观之，几乎全部可背诵。1662年，全家被迫搬到西郊，妻子庄氏病逝，“虽三女号饥，叔母卧病，唿药声犁然，勿恤也。”后成为李邺嗣之子李暾的家教。
修《明史》.康熙十七年（1678年），清廷因诏请黄宗羲修《明史》，黄宗羲拒绝。朝中大臣便推举万斯同为博学鸿词科，万斯同亦坚辞不就。翌年，开明史馆，总裁徐元文延斯同入史局；康熙十八年（1679年），万斯同与姪儿万