台的政权，仅有些地方部落联盟（荷兰当局曾将台湾各地划分为十一个政治实体），如台中附近的大肚王国，屏东到台南一带的玛家王国和恆春半岛上的瑯峤君主。由于适当的地理位置，台湾成为倭寇或海盗的整补地及避风港。倭寇或海盗在明帝国沿海劫掠，遇到官兵追击，就逃至澎湖群岛，然后再到台湾。官兵虽会追至澎湖，但甚少穷追到台湾（明将只有沈有容曾跨海追至安平，并「尽歼群倭」）。关于当时台湾的情景，学者多参考《东番记》，为最早对于台湾的相关记载。
前来东亚.荷兰独立战争爆发后，荷兰人成立了荷兰东印度公司