。十一月，南宋礼部侍郎史弥远矫诏杀害主战派权臣韩侂胄后，积极向金乞降求和。嘉定元年（金泰和八年，1208年）初，毕再遇又加左骁卫上将军衔（从三品）。宋金签订“嘉定和议”后，毕再遇一再请求解甲归田，以表明自己反对和议的态度。但未被准许退闲，仍一直担任镇江府驻扎御前诸军都统制、知扬州事、淮南东路安抚使。嘉定三年（1210年），还晋升为保康军承宣使。嘉定四年（1212年），才以提举宫观任闲职。
晚年.嘉定十年（金贞祐五年，1217年）四月，金军再次南犯，年近古稀的毕再遇已无力效命疆场