百脑汇、中山大学附属第三医院等邻近建筑，地下一层为站厅；地下二层为3号线月台。
站厅.为方便乘客进出，岗顶站站厅中部偏南侧被划分为收费区。站厅收费区设有一台专用电梯、四条扶手电梯以及一组楼梯供乘客来往月台。此外，岗顶站设有便利店以及时装店等商店。以及自动售卖机、自动发售卡充值机、好易自助服务机等。
月台.岗顶站设有一个岛式月台，位于中山大道西，BRT岗顶站地底。
出入口.岗顶站共设有3个出入口。另外C出入口通道旁可连通百脑汇电