加唐才常等领导的自立军，任前军统领。1900年7月，他到安徽主持大通一路自立军起义，和清军激战几日后失败。此后他到新加坡，闻知康有为贪污公款，遂与康有为绝交。其后，他到日本东京，和陈犹龙等人一同责问梁启超。1901年4月，在孙中山的资助下，秦力山和戢翼翚、沈翔云等人创办中国留日学生界的第一份革命刊物《国民报》，秦力山任总编辑。他还组织国民会，宣传革命和仇满。不久，秦力山和张继等组织兴亚会，倡导中国和日本两国同时革命并建立共和国。1902年3月，秦力山和章太炎等共十人发起支那亡国二百四十二年纪念会，号召反