父程宗道是太医。程元章生于康熙二十二年（1683年），幼年好学，康熙五十六年中乡试举人，康熙六十年（1721年）辛丑科一甲三名进士（探花），任翰林院编修。雍正四年（1726年）出督福建学政。历官浙江布政使、安徽巡抚，雍正十年（1730年）任浙江总督，兼浙江巡抚，管理盐政。干隆元年（1736年）任漕运总督。官至吏部侍郎。有《师洛堂诗集》。