蔓延，酿成全面内战。1994年3月波士尼亚与赫塞哥维纳境内的穆斯林和克罗埃西亚人双方同意共组联邦，以共同对抗境内塞尔维亚人。1995年11月21日各方签署代顿和平协定，结束内战，并把波士尼亚与赫塞哥维纳分为波黑联邦以及塞族共和国两个政治实体。在这次的内战中波士尼亚与赫塞哥维纳境内共有20万人死亡，超过200万人流离失所。战争结束后，北约在波士尼亚与赫塞哥维纳的境内继续驻扎维和部队，2004年底由欧盟所取代。
与北马其顿的关系.南斯拉夫联邦共和国于于1996年4月8日同马其顿共和