48年5月，经济部改组为工商部，陈启天继续任部长。同年12月，不再担任工商部长，赴上海居住。第二次国共内战中国国民党败北，陈启天逃往台湾。
台湾活动.1950年，陈启天任中国青年党秘书长兼代理主席，担任总统府国策顾问、台湾国立故宫博物院理事等职务。同年10月，不再担任中国青年党的职务，从政界引退，担任月刊《新中国评论》主编。1969年，随着左舜生重建中国青年党，陈启天、左舜生、余家菊、李璜、胡国伟5人就任党主席。1979年，在中国青年的第13次代表大会上，陈启天、李璜二人当选党主席