世纪白江口之战后，部分百济贵族流亡至日本，其中一只由鬼室集斯带领的约七百余人曾被安置于蒲生郡。11世纪后，有一支藤原秀乡的子孙以蒲生郡为据点开始发展，成为，并建立，同时北部区域则有近江守护六角氏所建的观音寺城；蒲生氏后来成为六角氏的部属，16世纪末织田信长消灭六角氏后蒲生氏改臣服于织田信长，并继续领有日野城。1576年织田信长在郡内的安土山兴建安土城作为其居城，但在1582年本能寺之变后遭到焚毁，1585年取代织田信长的丰臣秀吉将本地封给丰臣秀次，并在八幡山兴建八幡山城，1590年改由京极高次接替，