政清廉持平。升任礼部仪制主事、吏部考功郎中；其时铨政败坏，他疏理杂乱、杜绝馈赠，为时人称颂。左光斗、阮大鋮互相排挤，何应奎多次左右其间，公正持平不顾忌，人称有特别操守。弘光时，和颜浑、葛含馨、王寖大、姜应龙、武备、沈煃晃、王梦鼎在吏部共事，也曾调停左良玉和阮大鋮的离间。