6年）明宁靖王到蕃薯崎一带游览，见风景优美，为南天胜境，故而将庙名取做「小南天」。此外据说宁靖王还手书「小南天」匾额，但该匾现已不存，目前的「小南天」匾额是嘉庆廿四年（1819年）之作，出自林朝英之手。清康熙廿三年（1684年）重建。雍正初年，巡道吴昌祚修建此庙。干隆五十八年（1792年）巡道金溶与地方人士再修，而后嘉庆十九年（1814年）信徒们再次修庙并于嘉庆廿三年（1818年）献匾「德厚聿隆」。日大正三年（1914年）董事曾敏卿、许拔臣又发起重修。二次大战后，民国45年（1956年）董事白惠文、萧魁