殖民地是令人沮丧的，尽管殖民对于贸易有刺激作用，当时的贸易规模仍然很小。随着殖民者来到新大陆的天花和麻疹等疾病使土着人口急剧减少，特别是在阿兹特克、玛雅和印加等文明的人口聚居区；而这又进一步削弱被征服地区的经济发展潜力。在16世纪20年代，墨西哥的瓜纳华托发现银矿，开始大量产出白银，其后又在墨西哥的萨卡特卡斯和秘鲁的波托西发现银矿，美洲的白银输出急剧增加。运载白银的船队往返于大西洋两岸，重新带动西班牙的经济，使其得以进口奢侈品和谷物。白银输出同时也是西班牙哈布斯堡王朝维持其用于进行在欧洲和北非的一系列战