至少有32名登上这些船只的运动份子在拒绝签署离境令后，遭到以色列监狱局逮捕和扣押，其中包括两名伤者拒绝就医。爱尔兰外交部长迈克尔·马丁（Micheál Martin）称这次的逮捕时一场“绑架”。以色列在突击行动后扣留了480名运动份子，目前收押在阿什杜德的一所监狱。其他48人将经由本-古里安国际机场遣返回他们的祖国。
伤亡.由于以色列军方封锁消息，所以目前确切伤亡人数目前还不清楚。. 
自由船队乘员.报告指示该次冲突有9至19位乘员被杀，且有将近数十