细菌温藏，尤其当家中有人非常接近感染源头，例如在农场工作或是兽医。伤寒桿菌及鼠伤寒沙门氏菌LT2的基因组已经被确定。
伤寒桿菌.伤寒桿菌是肠道沙门氏菌的一个血清型，亦是伤寒的病因。这种细菌可以经由粪口途径传播，即由人类排泄的粪便，再经由污染的水源或人不卫生的人与人接触来传播。伤寒桿菌有三种抗原，称为O抗原、Vi抗原及H抗原。