及水质的要求较高，人为破坏所造成的栖息地环境改变有可能造成文昌鱼种群的消失。例如高集海堤的修建就直接导致了曾经年产60吨文昌鱼的刘五店渔场的消失。此外，由于文昌鱼具有丰富的营养价值，为东南亚一带的传统食物，商业性的捕捞也加速了文昌鱼资源的枯竭。文昌鱼现为中国的国家二级保护动物。