就决定与大友军和解，撤兵返回中国地方平定大内氏和尼子氏的残余势力。毛利放弃了九州的领土，把大友宗麟一直无法攻佔的门司城让出，最后毛利军击败了受大友氏援助入侵周防的大内辉弘。虽然多个出云国的城堡被尼子军攻佔，但毛利军成功守住险要月山富田城。1570年（元龟元年），毛利辉元率兵在布部山之战击败了尼子军，将尼子军完全驱逐出云。在元就晚年期间，开始与京畿活跃的势力接触，幕府将军足利义昭与织田信长关系决裂后，曾拉拢毛利元就参与信长包围网，不过元就拒绝了义昭，元就并与信长维持良好关系，在元就逝世，织田信长派遣使