进北京不足半年，便将敕建万寿寺改为“敕建护国万寿寺”，落款为“大清顺治二年岁次乙酉季夏立”。万寿寺自此成为清朝皇家寺院。清朝万寿寺由高僧主持。顺治十六年二月（1659年）某夜，万寿寺火灾，大部分建筑被烧毁。但寺院东路尚存僧舍等建筑，僧人在此焚修。康熙十七年（1678年），万寿寺住持圆亮利用寺院的香火钱，在东路重建殿堂。东路原来有华严钟楼、药王殿、药房遗址，圆亮先在药王殿址后面建毗卢佛殿，面阔五间，作为东路正殿。康熙二十年（1681年），又在毗卢佛殿两侧建配殿，后又修复药王殿。康熙二十四年（168