临瓶颈，离开同光同志长老教会。离开同光同志长老教会之后，她辗转前往台湾基督长老教会七星中会暖暖教会、台湾基督长老教会彰化中会中山教会牧会。2006年，她在台湾基督长老教会台中中会吉峰教会牧会。2007年2月，她离开吉峰教会。2008年年初，她与台湾教会公报社联系，希望该社代印出版一本自传《背着十字架的女牧师：杨雅惠牧师的信仰历程》。
自杀身亡.2008年5月20日，她把自传所有稿件交给台湾教会公报社，并缴清代印费，随即失去联系。2008年5月21日，她在家烧炭自杀，死时46岁。