1784年（干隆四十九年），因贵州巡抚李本病逝，署理贵州巡抚（后永保接任），又奏称：「柞子厂黑铅，例于四川永宁设局收发，课余三百余万斤，请岁以五十万运存永宁。」1785年，擢广西巡抚，弹劾新宁知州金窅等人逃税，按察使杜琮、盐道周延俊等人也遭到牵连而被罢免。1787年（干隆五十二年），台湾林爽文为乱，干隆帝征广西兵前去镇压。孙永清奏称：「兵出征，在例马兵赏、借银各十两，步兵赏、借银各六两，请于借银留三两为制衣。」干隆帝从之。翌年，藤县关押的盗贼梁美焕想要穿墙逃跑，被抓，孙永清令就地正法，并奏闻干隆帝。干隆