最常见的应用场景，是用来鉴定细胞内及细胞外的蛋白质类型。此外，不同类型的细胞会在细胞表面表达不同组合的分化簇分子，并生产出不同的胞内蛋白质，也会分泌出不同的蛋白质。因此单克隆抗体也被应用于流式细胞术中，通过识别不同细胞所表达的不同蛋白质来区分它们。在免疫沉淀法中，也通过单克隆抗体来分离细胞溶解物中的特定蛋白及其结合物。此外在西方墨点法中用来分析通过电泳法所分离出来的蛋白质，以及在免疫组织化学染色法或免疫荧光染色法中检验分析待检验组织中所表达的蛋白质，甚至通过显微镜直接观察蛋白质在细胞中的分布情况。酶联免疫吸