4年）6月的池田屋骚动后，彦斋为了要帮在事件中死去的宫部鼎藏复仇于是再次前往京都企图讨伐新选组。7月11日，彦斋暗杀了公武合体派的开国论者佐久间象山。但从暗杀象山以后，彦斋就没再进行暗杀的行动了。第二次长州征伐时，参加长州军，为长州军增加胜利的机会。庆应三年（1867年）归藩，但由于那时熊本藩为佐幕派所掌权，彦斋因此而下狱。所以当大政奉还、王政复古、鸟羽伏见之战等重大事件发生时，彦斋都是在狱中度过。庆应四年（1868年）2月彦斋出狱，而佐幕派的熊本藩想利用彦斋踏上维新的浪潮，但遭彦斋的拒绝，不过他直到最