圣庙落成后，郑经又再度下令设立社学，由中土儒士前往民间教导东宁子弟。当时东宁之社学可分为「汉庄社学」以及「土着社学」，学童年满八岁即进入社学学习经史和写作，定期实施考课。1666年（永历二十年）2月，陈永华订定「两州三年两试，照科、岁例开试儒童。州试有名送府，府试有名送院，院试取中，准充入太学」的取材模式。太学教育上，则「仍按月月课，三年取中式者，补六官内都事，擢用陞转」。由陈永华所建的台南孔庙，被视为引进汉文化教育典章之初始；日后清朝历代知府修建文庙时，缮造东大成坊的「全台首学」门额更闻名全国