医院同时兼负气象观测的工作，于大约1880年代末至甲午战争间，有发布台风警报的能力。1875年（光绪元年），副将王福禄在旗后山岭上建造砲台。1886年，武弁吴元德在旗后码头建了釐金局。1887年又设了海关。日治时期设于旗后的工业包括旗后町的台湾船渠株式会社高雄工场、振丰造船铁工所、广岛造船所；以及平和町的荻原造船铁工所、高雄造船铁工所、富重造船铁工所、光井造船铁工所等。金融方面则有1914年（大正三年）时创设于此的高砂信用组合等。