被海军征收后，海外事情参考品馆转移到天理教馆，朝鲜(资料参考)馆被解体。1944年，天理教馆也被海军接收，海外事情参考品馆藏品被转移到天理教教会本部神殿的回廊和天理图书馆。1946年，日本海军解体，藏品和办公室搬回东屋敷，同时天理图书馆收集保管的夏威夷和印加的考古资料也被移交给海外事情参考品馆。1948年，《天理参考馆丛书》开始刊行。1949年，天理参考馆由天理文化研究所（原天理教亚细亚文化研究所1946年改名），改附属于天理教教会本部。1950年，改附属于天理大学，并改名为“天理大学附属天理参考馆”，