与演化.苹果黑星菌属于一个物种，或是许多物种形成的隐存种，为长期有所争议之处。近期的分子证据显示中亚、欧洲等地的苹果黑星菌之DNA序列虽有差异，可分为欧洲、中亚与哈萨克东部山区等三个族群，但差异选汰尚未到发生种化的程度，其中位于哈萨克东部山区、感染新疆野苹果的族群，可能是最接近原始苹果黑星菌的族群，另外两个族群则较晚出现，可能是随着2000-4000年前人类驯化苹果的过程逐渐分化而成。