事迹不详，出身于肥后国熊本，本是武士。在战国时代末期，熊本的商人以荒木氏为主，荒木宗太郎亦可能出身于高濑町。天正十六年（1588年）移居长崎，在浦上渊村稲佐乡饱之浦（，今长崎市饱之浦町）兴建大屋居住，成为商人。文禄元年，包括荒木宗太郎在内的八位居于长崎、京都、堺的商人获丰臣秀吉授予朱印状，特许进行海外贸易，自此开始朱印船贸易。德川家康建立江户幕府后上沿袭丰臣秀吉的政策，继续向商人授予朱印状作为特许海外贸易的凭证，荒木宗太郎也获幕府颁发朱印状，继续从事朱印船贸易。与大多数派遣亲属和僱用船员出航的朱印船主不