校内忠恕图书馆的底楼并将南开经济研究所十余年的积累的127箱、21000卷图书资料、调查研究材料也于日军炸毁南开大学前装箱南运，经香港、越南海防等地中转，耗时数年，最终于1940年运抵重庆。1937年7月29日，日军轰炸南开大学，经济研究所办公地点秀山堂虽被毁，但师生无一人伤亡。南开经济研究所在南开大学参与组建国立西南联合大学后，曾更名国立西南联合大学研究院商科研究所经济学部。抗日战争前，南开大学经济研究所主导建立的华北农村建设协进会仍迁至贵阳并更名为中国农村建设协进会，由方显廷主持业务并邀请南开经济研