同年3月11日被以内乱罪逮捕并羁押，又于10月25日获准交保。出狱后，庄孟侯曾兼任华南银行台南分行经理，后又任财团法人私立台南救济院董事。1948年2月7日，法院宣判庄孟侯无罪。1949年9月8日，庄孟侯病逝。此外，庄孟侯喜爱汉诗与书法，并是南社及桐侣吟社成员之一。