中华人民共和国对香港行使主权后，关内外联系紧密，“二线关”成为阻碍交通畅通的咽喉，当初的积极作用日趋淡化。2000年以后，关口对进出特区的查验程序逐渐简化，多数情况无需查验，车辆可直接通行，行人出示自己的身份证即可，但二线关的设施仍旧被保留。2010年国务院批准将特区范围扩大到全市范围，长期困扰深圳市的“一市两法”问题得到解决。2015年，深圳启动二线关口交通改善工程，2018年初正式取消「二线关」。
特区扩张与大深圳构想.特区与非特区适用的经济政策、使用法规不同造成了特区内外形成