这两个南明主要势力互不承认彼此地位，而相互攻打。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死，郑芝龙向清军投降，但由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。1651年舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。朱聿键死后，其弟朱聿鐭在广州受苏观生及广东布政司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。1646年永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力的加入以及福建郑成功