元代聂斯脱留派称为也里可温教（也里可温，即福音 evangelion 的音译）。元代的景教寺称为“十字寺”，据《元史》记载，有72所，分布在吐鲁番、哈密、伊犁、沙州、兰州、宁夏、太原、济南、扬州、泉州、杭州、福州、重庆、房山、广州、昆明等地。由于元朝的灭亡，且中亚逐渐信奉回教，蒙古人也多半皈依了藏密佛法，两教的蚕食之下，景教信仰衰落了，直到明代天启五年（1625年）大秦景教流行中国碑在西安市郊被发现之前，景教几乎可说是被中国人完全忘却了。