史陈九德的弹劾而革职查办。朱纨自杀，卢镗、柯乔也被当作朱纨的党羽而受打压，关押入狱，定了死罪。嘉靖三十一年（1552年），因倭寇猖獗，嘉靖帝派遣佥都御史王忬前往东南沿海一带。在王忬的奏请下，嘉靖帝同意赦免卢镗，戴罪立功。嘉靖三十三年（1554年），兵部尚书张经总督闽浙军务，任命卢镗为参将。翌年，卢镗和俞大猷在嘉兴之北的王江泾大破倭寇，斩一千余人。同年在海上大陈岛擒获通倭首领林碧川。嘉靖三十五年（1556年），胡宗宪接替张经总督闽浙军务，擢卢镗为协守江浙副总兵。他领兵在彭溪击败倭寇，擒获大隅的倭寇首领辛五