中共陕甘晋省委在陕北永坪镇成立，朱理治任省委书记。西安事变前后，任中共中央驻东北军特派员。抗战爆发后，先后任河南省委书记，中原局代理书记，新四军豫鄂挺进纵队政委。在陕甘宁边区遭受经济封锁时，1941年3月5日任弼时在中央政治局会议上提名朱理治任陕甘宁边区银行行长并获得通过，至1943年1月15日（西北局高干会议结束的次日）被正式免职；实际到1942年9月就已经被免职，此后至1943年3月辅助黄亚光工作。1943年3月调中央党校学习。在国民党大举进攻东北解放区时，他任东北局驻北朝鲜全权代表。辽沈战役前