世再度提议政治联合以切断苏格兰与荷兰的政治与经济联系（查理二世仍视荷兰为敌人），并实现其祖父詹姆士一世合併两国的野心，但两国议会的反弹导致提议在1669年底流产。1688年的光荣革命过后，1689年4月苏格兰国会在爱丁堡举行了以决定是否承认新即位的威廉三世和玛丽二世为苏格兰国王和女王。在会议当中部分主教（复辟后苏格兰教会重新改行主教制）提议政治联合以试图维持主教制。虽然威廉和玛丽均支持此议案，但由于佔大多数的长老制支持者和英格兰国会反对而没有通过。主教制在1690年被废除，导致其支持者觉得被英格兰背叛，