政治、社会、宗派分歧，但印度尼西亚人团结一致争取独立。第二次世界大战中1942年日本入侵印度尼西亚，荷属东印度战役爆发，3月日军占领荷属东印度全境，印度尼西亚进入印度尼西亚日治时期结束了荷兰统治，鼓舞了先前被压抑的印度尼西亚独立运动。最初日本推行「三亚运动」，但并未获得认同而告失败；转而拉拢国族主义及伊斯兰力量。日本训练了年轻人武装，成为在独立战争中的军事力量，领袖在此时期也得以深入人群而建立联系，均对后来独立运动有所影响，但战后联合国报告指出在日本统治时期有400万人因饥荒及强制劳动而死亡。Sec