866年底，一直支持公武合体、反对倒幕的孝明天皇暴毙（因此有传是倒幕派所为），更使庆喜维护幕府政权合法性的美梦幻灭。1867年6月，土佐藩的坂本龙马及后藤象二郎定下「船中八策」，主张幕府奉还大政，组成以天皇领导的大名公议政体，更取得萨摩藩、土佐藩及广岛藩签订约定书支持。9月，萨摩藩及长州藩达成出兵协议，后再加入广岛藩组成倒幕同盟；10月，三藩代表更在京都集合，取得天皇讨幕密诏，决意出兵。庆喜为避免一场日本内战，主动在二条城举行了大政奉还的仪式，将大政奉还予明治天皇。天皇颁佈《王政复古令》，废除幕府。