出线形势岌岌可危。但接着波图两胜马赛，并在主场击败zh-hans:游击队; zh-hk:柏迪逊;，三连胜后稳得出线资格，最后一场作客1-1赛和皇家马德里后以分组次名晋级淘汰赛阶段。淘汰赛十六强波图硬碰英超盟主曼联，是若泽·穆里尼奥首度与亚历克斯·弗格森交战，年青的摩帅先胜一仗，波图主场取得2-1领先优势，再于作客老特拉福德球场时于完场前受伤补时由zh-hans:科斯蒂尼亚; zh-hk:哥斯甸亚;射入扳平1-1，累计3-2惊险淘汰曼联出局。半准决赛波图面对法国球队里昂，主场2-0及作客2