宋熙宁六年（1073年），宋军王韶收复河州，甘南归宋。十三世纪，蒙古族进入青藏高原，将其纳入蒙古汗国版图。元朝在河州设立吐蕃等路宣慰司，管辖甘南之境。明朝洪武五年（1372年），朵甘思内附大明。洪武七年（1374年），设置朵甘行都指挥使司，辖甘南。清雍正初年平定青海亲王罗卜藏丹津之乱后，西安行都指挥使司总辖河州、朵干、马斯藏三卫，甘南西部为青海循化厅管辖。民国时期，甘南属甘肃省。民国二年（1913年），废府设道，临潭县属兰山道，西固县（今舟曲县）属渭川道。民国十五年（1926年），析导河、临潭及循化