性疟造成，其他种疟原虫一般只会造成较轻微的症状。重症疟疾建议使用静脉注射抗疟药。不论是成人或孩童，青蒿琥酯对重症疟疾的效果都优于奎宁；另一份报告指出青蒿素衍生物（包括蒿甲醚和蒿乙醚）对孩童的脑疟疾和奎宁一样有效。。重症疟疾的治疗也包括支持疗法，患者于重症加护病房中能得到最好的照顾，这包括控制高烧、监控、低血糖和低血钾
抗药性.疟疾的抗药性在21世纪是一个日益严重的问题。目前已知所有的抗疟药都已经出现抗药性，抗药性品系的治疗相当依赖联合疗法，但青蒿素的价格使得开发中国家根本无力负担，