神经外科病房遍寻无着的现象，且经台北区医疗网紧急应变中心调度未果，致使重伤病人遭到四处转送，最后在150公里外的中部滨海医院才得以就诊开刀。时任台北市议员的李文英以仁爱院区1月10日的患者登记簿为据，指出院方有多个急诊的床位可以紧急调动。另外，李文英、蓝世聪亦对市府方面的调度提出了质疑，指出市府亦可在同样为市立医院如联合医院其他院区或万芳医院等为邱小妹提供安置。在政治方面，邱小妹事件也为当时的台北市政府带来了一场危机，有舆论指市府在此事件上处理失当。马英九市长至台北市议会国民党团说明时，甚至不满地表示：