弃已有超过四百年历史的佐和山城，于1603年在佐和山西方约约1.5公里的彦根山开始兴建彦根城，因此佐和山藩也被改设为彦根藩，直到19世纪末江户时代结束，本地一直都是彦根藩的领地，仅在南部有部分区域为江户幕府的直属领，并委由位于滋贺郡大津的负责管理。明治维新后，南部原先的幕府直属领的区域后改隶属大津裁判所及大津县，而原属于彦根藩的区域在1871年实施废藩置县后，改隶属彦根县；不过在仅四个月之后的府县整併中，现在彦根是的辖区都被併入长滨县。最初长滨县厅虽然设于彦根城内，但由于规划未来将会把县厅迁移至至坂田郡