有不同的DNA组织（原核染色体等同物称为拟核，并且位于类核区内）。真核细胞的染色质位在细胞核内；原核生物的则位于类核（nucleoid）当中。尽管经过深入调查，但目前对染色质的结构了解甚少。 其结构取决于几个因素。 整体结构取决于细胞週期的阶段。 在间期，染色质在结构上是松散的，以允许获得转录和复制DNA的RNA和DNA聚合酶。 间期染色质的局部结构取决于DNA上存在的基因。