。主要的缺点则是不能让旋转轴如同赤道仪般的追踪因为地球自转而在夜空中运动的天体。赤道仪只需要以恆定的速度转动一根轴就可以追随夜空转动（周日运动）。经纬仪的架台不仅要转动两根轴，并且还要随时改变不同的速度，甚且还需要旋转视野的视场。它在设计上也不能使用定位圈来找寻天体，但由于电子科技的发展，双轴驱动系统和数位定位圈已消除了这种缺点。而经纬仪使望远镜指向不同方向时的空间姿态改变最小，因此不少专业天文台的大口径望远镜均使用经纬仪，以减轻由机械变形所引起的精度下降。甚至一些天文爱好者自制的专门用于低倍率目视观测的