团本部之下，分设4个业务组，分别为陆军顾问组、海军顾问组、空军顾问组及联勤顾问组。期间因应中华民国国军人事变化，组织层级稍有变化。此外除了屯驻在台北营区的总部，在新竹、台中等地也驻扎有美军顾问团指挥分部。除了团本部及下辖的4组之外，美军顾问团亦在中华民国陆军、中华民国海军、中华民国空军任何营级以上的编制单位内，至少派遣一名常驻美军士官予以督导。
顾问团团本部.美军顾问团团本部原先先设在中华民国总统府内，后于1954年7月16日迁至台北市信义路的海军辅助通信营区（Naval Au