门细菌，特别是（）），而叶绿体源于内共生的光合自营原核生物的蓝细菌。这个理论的证据非常完整，目前已经被广泛接受。
历史.1905年，最先提出叶绿体是由原先的内共生体形成的这一想法，随后1920年代Ivan Wallin提出了对线粒体的相同想法。随着人们发现它们含有DNA，这些想法被Henry Ris重新提出。内共生假説被琳·马古利斯所普及。在她1981年的《细胞进化中的共生》中，她认爲真核细胞起源于相互作用的个体组成的群落，也包括内共生的螺旋体形成了真核生物的鞭毛和纤毛。后一种