而正式成为室町幕府第十五代征夷大将军。但是之后织田信长便擅自扩大权力并限制足利义昭的行动，足利义昭便与甲斐的武田信玄、安艺的毛利元就、越后的上杉谦信、越前的朝仓义景、北近江的浅井长政、摄津大坂的本愿寺显如等大名联合反制织田信长，形成针对织田信长的信长包围网；1573年叛臣织田信长（信长1559年出仕室町幕府）率军将足利义昭驱逐出京都并放逐到河内三好义继居城若江城，足利幕府因反抗信长而毁灭。足利义昭被信长赶出京都后，但他的将军的官位并未真正解除，被流放的义昭前往投奔安艺的毛利辉元。之后投靠羽柴秀吉；平