不久就加太常、散骑常侍及金章紫绶。泰豫元年（472年），宋明帝去世前不久，王琨再外调为督会稽东阳新安临海永嘉五郡军事、左军将军、会稽郡｜会稽太守。后因事降号为冠军将军。宋后废帝时改任金紫光禄大夫、弘训太仆、散骑常侍，后加本州中正。元徽四年（476年），加特进。昇明元年（477年）宋顺帝即位，进位右光禄大夫。昇明三年（479年），顺帝被逼禅让给萧道成时，王琨陪伴顺帝并和他一同向太庙辞别，已经历过宋武帝篡晋的王琨感慨地说：「人以寿为欢，老臣以寿为戚。既不能先驱蝼蚁，频见此事。」众人皆流涕痛哭。萧道成即位后以