医学系，获得医学学士学位。毕业后，分配在在上海第一医学院附属华山医院放射科工作。1983年至1989年 ，在上海医科大学攻读医学博士学位。1989年，获得上海医科大学医学博士学位。1988年至1997年间，曾先后在美国加州大学旧金山分校附属医学中心、瑞典隆德大学医院、比利时布鲁塞尔自由大学医学院访问研究。1996年，晋升为上海医学院教授。2011年4月28日，出任复旦大学党委常委、复旦大学副校长。冯晓源是中华医学会放射学会候任主任委员，并担任上海医学会医学教育学分会主任委员。他是上海生物医学工程学会