总统的确立等问题展开讨论，南北达成共识，召开国民会议表决相关议题，根据当时的形势，袁世凯无疑将当选民国首任总统。这样的结果是同盟会不愿接受的，12月29日，同盟会连夜赴南京召集代表开会，提出成立政府，并选出孙中山为南京政府临时大总统，12月31出版的《纽约时报》报道指出参加这次选举的代表。孙中山致电袁世凯，解释原因称东南各省久缺统一机关，行动困难，总统之职只是暂时担任。1912年1月11日，北洋军全体将领通电清廷，称军情紧急，请求王公大臣捐献私财，毁家纾难，共济时艰。这其实是袁世凯压制清廷主战派的手段。