驻北京各国公使团共举葡萄牙公使符礼德为首，向北洋政府提出口头抗议。6月12日，双方达成协议。孙美瑶释放所有乘客，山东建国自治军接受政府改编为官军一旅，由孙美瑶出任旅长。12月19日，新任山东督理郑士琦下令兖州镇守使张培荣，将孙美瑶诱至枣庄中兴煤矿公司枪杀。