大学校长吴保丰辞职后，是日成立整理委员会，教育部次长杭立武担任主任委员，决定限期一个月，将校务整理就绪。9月3日，联合国教科文组织远东区基本教育研究会在南京召开，中国代表杭立武当选为主席；会议主题是关于推进基本教育。同年任国立中央博物院筹备处主任，并在安徽省滁县当选为第一届国民大会安徽省代表。1948年8月16日，教育部次长杭立武到汉口，处理湖北师范学院及流亡学生问题。1949年，就任教育部长。4月25日，教育部长杭立武到达广州。5月10日，教育部长杭立武向美国註广州领事馆证实，互不信任继续损害反共