迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗日军。李舜臣在鸣梁海战中击败日军主帅来岛通总，使局势开始扭转。在两军对峙之际，庆长3年（1598年）7月，太合秀吉在京都伏见城病逝。日军在五大老的决议下开始撤退。同年11月，明、朝鲜联军又于露梁海战截击大败日军，虽然李舜臣在与岛津义弘交战中中弹而亡，日军因为遭受重大损失，最终退兵撤退回国，庆长之役结束。文禄・庆长之役中，丰臣氏及参与战斗的大名消耗了极大的财力，而德川家康由于留守日本本土，并未参战，因此实力得以保存，为之后取代丰臣氏奠定了基础。
关原合战，元和