行政总监为邓耀铿医生。屯门医院是香港最繁忙的医院之一，紧急手术数量在2013年为全港第一，外科病床的使用率高达106.4%，相当于百份百，其原因为屯门医院是屯门区内唯一一所全科公立医院，而新界西亦无私家医院，另外两间位于屯门的公立医院——青山医院和小榄医院均是精神病专科医院，所以不能够分担屯门医院的工作。而新界西联网的博爱医院则位于元朗区，而且只提供约400张病床，规模细小，基本上只能够满足元朗区居民的需求。屯门居民如果不想跨网就医，就只可以到屯门医院。加上屯门医院除服务屯门外，也要服务元朗和天水围居民