开河道，以确保飞航安全。1941年日本偷袭美国珍珠港，12月12日日本政府宣布停止航线，淡水水上机场停止历时不到八个月的营运，此后，仅有零星包机曾过境加油。1943年，日本军方征收淡水水上机场作为战争使用，便不再有民航机在淡水机场起降。随后，驻扎东港的日本海军航空队进驻。日本军方在进出机场之联络道路铺上石头路面，并于机场内修筑防空洞，并添加助航设备，先在沙崙设置座「航空无线电罗针所」，1944年在关渡丘陵上设置一座航空灯塔，同年10月12日美军轰炸淡水水上机场，击中水上机场旁的英商嘉士洋行仓库的油槽