六年（1801年），河道决口，赔两万七千两，特旨留任督办河工。事竣，赏主事衔。河南衡家楼段黄河决口，奉命前往勘查，又赶赴台庄治理河务。不久，授山东运河道，在任六年，又调永定河道。后来永定河再次涨水决口，王念孙引罪，得旨休致。道光五年（1825年），重赴鹿鸣宴。道光十二年（1832年）卒，年八十九。《清史稿》有传。
着述.王念孙精熟水利书籍，在工部任职期间，着《导河议》上下篇。后来奉旨纂《河源纪略》。罢官之后，专心着述。花费10年时间，搜集汉魏以前的古训，详加考证，写成《广雅疏证