族群、或许代表着绳文人的基因或多或少已流传于日本列岛各处。现代日本人有35%-40%的人口比例携带阿伊努染色体。除了与倭人外阿伊努人也确认与尼夫赫人有基因交流、多方交流导致了阿伊努人的遗传特异性。人类Y染色体DNA单倍型类群的组成中、日本人（特别是沖绳县）主要是D1b为88%（其中 D1b*是13/16=81.25%、D1b1a是1/6=6.25%）。另外、报告指出由北方西伯利亚经桦太南下的C2为2/16=12.5%。
北海道绳文人.线粒体DNA(mtDNA)的统计分析下、出土