宪宗即位，刘吉的官位由侍读、侍读学士、到礼部左侍郎。成化十一年与刘珝一同被任命入阁，兼翰林学士，任礼部尚书。（纸煳三阁老形成）明孝宗出合，加太子少保兼文渊阁大学士。《文华大训》成，加太子太保，进武英殿大学士。久之，进户部尚书、谨身殿大学士，寻加少保兼太子太傅。孝宗继位后，当万安及尹直先后致仕后，刘吉便为首辅。为了怕被言官批评攻击不断，还建议提拔很多言官，如贺钦、强珍等数十人，作为拢络手段；但是还是有人不领情，还是不断批评，如林俊、张升、曹璘、欧阳旦、方向、陈嵩等。刘吉针对这些，非常气愤，于是与太监蒋琮合作，