有提议主人公为女性，但最终这个想法被废弃了。原本的第一集所呈现的是绫波零与使徒之间的战斗，真嗣这个人物直到使徒被打败后才登场。但在奥姆真理教于当年3月对东京地铁发动了沙林毒气攻击后，主创人员对剧情进行了进一步的修改。据亲自采访过庵野导演的日本文化评论家东浩纪说，原本的《EVA》故事和教派哲学显示了对滥杀滥伤暴力的关注度缺失。虽然庵野导演在故事中后期试图采取措施以解决暴力桥段带来的影响，但东浩纪仍旧批评《EVA》在暗中诋毁观众中渴望被关注的那一类人群。与此同时，他也注意到奥姆真理教教派和御宅族文化都是社会排斥