融化了岛上高纯度的铀矿层，哥吉拉吸收了过量的核能，令牠那犹如原子炉一般的心脏受损，体内产生急遽的核分裂，一旦核分裂超过极限，哥吉拉会化为让地球变成火海的灭世核爆；G对策中心与日本自卫队派出超科技战机「超级X3」，以超低温武器成功冷冻哥吉拉六小时，并以超级镉弹抑制了哥吉拉身上的核分裂。但哥吉拉心脏的温度仍在持续升高，只要炉心熔毁，将产生将地球炸开一个大洞的「毁灭性大爆炸」！就在对毁灭性灾难束手无策的同时，多年前芹泽博士用来杀死初代哥吉拉，残留在日本外海的氧气破坏素令太古生物复活，无数的太古生物大闹临海副都