1974年4月加入中国共产党。中共中央党校党建专业在职研究生学历。孔子第79代孙。
生平.历任中共宣威县委副书记、书记。曲靖地区行政公署副专员，云南省人民政府副秘书长，保山地委书记，云南省水利厅厅长等职。2003年1月，任云南省人民政府副省长。2013年1月，任云南省人大常委会常务副主任、党组副书记。2014年3月，全国两会期间孔垂柱一直住院接受治疗。2014年3月底自杀未遂，被查出是艾滋病病毒携带者。5月29日，云南省第十二届人民代表大会常务委员会举行第九次会议。会议表决通过，决