《四库全书总目》称其“全仿正史之例，大旨以教门为正脉”。陈寅恪曾指出，“宋代史家之着述， 于宗教往往疏略，此不独由于意执之偏蔽，亦其知见之狭陋有以致之”。《佛祖统纪》卷54所载的“三教出兴”、“三教厄运”、“三教訞伪”、“三教谈论”，是对当时的儒释道“三教合一”做一次评论。