纪后期，小部分透镜制造者和自然哲学家开始制作粗糙的显微镜。罗伯特·虎克于1665年根据自制显微镜的观察结果发表了巨着《显微图谱》。但是直到1670年，安东尼·凡·列文虎克开始对显微镜作出巨大改进并最终生产出可放大200倍的透镜，学者们发现了精子、细菌、纤毛虫以及十分奇妙和多样化的微观世界。简·斯旺默丹的调查带来了昆虫学的新热潮，并建立了微观解剖和生物染色的基本方法。当微观世界正在不断扩张时，宏观世界却在收缩。约翰·雷等植物学家将洪水中新发现生物合并到一致的分类中和一致的神学（自然神学）。关于另一场洪水即