野生祖先.苹果的野生祖先是新疆野苹果，在南哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦和中国新疆的都有发现野生。苹果的选育很可能开始于被森林覆盖的天山两侧，选育过程经过了很长一段时间，选育使其他物种的基因渗入开放授粉的种子中。由于与欧洲野苹果、海棠的大量基因交换，现在的苹果与海棠的联系更为紧密，而不是与形态学相似的新疆野苹果。在没有现代杂交的品种中，后者的作用占主导。
基因组.2010年，意大利一家财团宣布，他们与华盛顿州立大学的园艺基因组学家合作，对的完整基因组进