08年2月1日，巴克礼夫妇休假离开台南，7日自基隆起程回英国。1909年7月11日，巴克礼夫人病逝于上海，得年51岁，葬于上海外国人公墓内。1913年4月11日，巴克礼前往厦门翻译新约圣经，神学院分别由廉德烈牧师 (A.B. Nielson)、宋忠坚牧师、梅甘雾牧师 (C.N.Moody)、刘忠坚牧师 (Duncan MacLeod)继任校长之职。1919年6月，巴克礼因翻译白话字新约圣经，而荣获母校格拉斯哥大学颁发荣誉神学博士学位。1918年被英国圣经公会任命为荣誉终身总裁，1921年膺选就任