因为身为女性，因此薪资只有极为不公平的3000美元，远少于其他男性研究员。所以到了1941年她终于受到了邀请去一个更好的「冷泉港实验室」，这里有更好的资源及支援供她继续从事研究工作。在1944年她在遗传上的杰出成就获得承认，巴巴拉成为「美国国家科学院」的院士，而当时她是史上第三位获得这项荣誉的女性。一年之后的1945年她更当选为「」（Genetics Society of America）的首位女性主席。
发现调节元件.1944年夏天，麦克林托克继续在冷泉港实验室研究为什么玉米种子