维在1225年记载说，在阿尤布王朝统治纳布卢斯期间，撒玛利亚人重建了犹太会堂。1242年，圣殿骑士团破坏了这座建筑，后来又在1260年被蒙古摧毁。1290年，马穆鲁克王朝嘉拉温苏丹在位期间，将其改造为清真寺。建筑的大部分类似于马穆鲁克建筑，并增加了米哈拉布。第二次巴勒斯坦大起义期间，在在2002年的纳布卢斯之战中，以色列推土机摧毁了清真寺的85％，其中包括马穆鲁克时期的米哈拉布。