收到政府消息，于当时竣工不久的西九龙填海区将有一幅土地用予建校，故校方起草建议书申请用地。于2000年6月1日，校董会获政府批出一幅位于西九龙填海区深水埗西的土地。据政府安排，办学团体除了须于该幅土地设立中学外，亦须同时设立直属小学，坊间称此种模式为「一条龙」。另外，香港政府原本要求小学和中学分别以「L」型和「U」型的「千禧学校」准则兴建，经过校方与政府多轮磋商，新校舍的设计改为中学与小学互通的建筑，礼堂可容纳人数由700人增至1200人，校方和办学团体须承担设计改动带来的额外开支。新校舍于2003