提拔他为教授、博士生导师，张继平成了当时北大最年轻的教授博导之一。在此期间，张继平出国访学，1989年至1990年间在美国佛罗里达大学担任访问学者，1991年至1993年在法国巴黎高等师范学院数学与计算机系任研究员，1993年至1994年受洪堡基金资助在德国美因茨大学从事研究。1994年至1995年，他在美国明尼苏达大学担任访问教授。1995年，他还在美国俄亥俄州立大学任访问教授。1995年，张继平返回中国。1998年，张继平出任北京大学数学科学学院院长。院长任上，他改变了之前奖金平均分配的制度，还设立