持反对修建黄河三门峡水利工程及长江三峡水利工程，但他的治黄策略及对于三峡工程的意见均未被决策者采纳。在被“平反”以后，他多次向中共中央总书记江泽民和国务院总理李鹏去信，阐述自己的观点。
家庭.黄万里的妻子丁玉隽是中国国民党元老丁惟汾之女。他们育有三子三女，其中长女黄且圆的丈夫是知名数学家、中国科学院院士杨乐。