染料（例如荧光标记的抗体）应用于样品以使得特定结构能够可见。自体荧光干扰特定荧光信号的检测，特别是当感兴趣的信号非常暗淡时 - 它使得除了感兴趣的结构之外的结构变得可见。在一些显微镜（主要是共聚焦显微镜）中，可以利用添加的荧光标记物和内源分子的激发态的不同寿命以排除大多数自体荧光。在少数情况下，自体荧光实际上可照射感兴趣的结构，或用作有用的诊断指示物。