真菌繁殖是一种由交配型控制的复杂过程。 调查显示出真菌繁殖已经集中在几个特定不同表现的物种。 不是每个真菌都有产生性别，即使有产生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不适用在真菌界之中的许多物种。 同配子生殖的物种能让相同的交配型繁殖，而异配子生殖的物种只能让不同的交配型繁殖。 同配生殖的真菌中可能只包括从一个细胞到另一个细胞核的转移。 营养不兼容的物种通常阻止一个真菌和另一个真菌单独繁殖。 相同的不兼容孤立物种无法繁殖或有效繁殖。 经报告出来的变异型包括同化学型繁殖， 孢子体至配子体的繁殖以及粒线体