民国总统府往往会转而租用中华航空或长荣航空的专案包机，而在油水、餐饮等运补亦较有效率。其中包括马英九在2015年出席两岸领导人会面、及出访中南美洲等地，和陈水扁在2005年推动的「南泰专案」与「海洋伙伴·合作之旅」等行程。另外在飞往台中水湳机场、马祖南竿机场等国内少数地区时，则由于当地机场跑道较小，而多搭乘另一架编号「5001」的福克50螺旋桨行政专机。而马英九在2016年飞往太平岛时，则是先搭乘总统专机从台北松山机场飞往屏东机场，之后改搭乘C-130运输机降落在东沙机场上。不过中华民国总统府则将中