但时任主席谢启大高额提名策略失败使新党票源分散而大败，同时在台北县长选举由泛蓝共推的新党王建煊因缺乏基层组织仅以论述固票，导致多个传统蓝营票仓失守，以数万票之差败于苏贞昌的高票连任，也让民进党首度在北县拿下过半选票，这些选举结果使新党遭受重大挫败，仅在金门县获选一席立委及县长，退居为台湾第五大党。新党决议进行改革，将主力放在复数选区的县市议会，不再单独投入单一选区的行政首长选举。2002年中华民国直辖市市长暨市议员选举，在台北市各选区各提一议员候选人，选上5席，重新在台湾基层有了力量。2003年，新党修改党