西6个车站办理货运业务，货运物资运价为每吨/公里0.12元人民币，运营成本为每吨/公里0.15-0.18元人民币。货物列车于青藏铁路会以多台通用电气NJ2型、DF8B型高原型“雪域神州号”或和谐3型高原型柴油机车重联牵引。2012年青藏铁路格拉段的拉萨西站货运量达到356.6万吨，其中进藏货运量275.6万吨，但受制于西藏的经济总量和规模，出藏货运量仅为81万吨。而西藏第一个铁路、公路货运枢纽型物流基地——那曲物流基地在2009年6月17日竣工，以提高西藏物资运输效率，强化青藏铁路的辐射作用。青藏铁