调查报告完全不能接受，外长欧鸿鍊宣佈召回台湾驻日代表许世楷以表达最严正的抗议，并会向许世楷了解他向日本政府交涉事宜，用以自行发表调查报告。外交部亦表示会协助何鸿义对日方就损失及人员受伤索偿，而何鸿义则宣佈控告日本政府，表示事故责任在「甑号」，台北县县长周钖玮亦为他聘请专研国际海洋法的律师打官司。6月15日，日本交流协会台北事务所总务部长伊藤康一抵达何鸿义家中，就此事件表达遗憾，并愿意就赔偿问题适当处理，但何鸿义要求道歉，最后不欢而散。
中华人民共和国政府的反应.对于日本巡防舰撞沉台