民政府以修正《国民政府军事委员会组织大纲》方式，将国民政府军事委员会定为战时政府之实质统治机构，也将统率国军的国民政府军事委员会委员长蒋中正取代国民政府主席成为实际上的中国最高领导人。1938年11月中旬，中国军队于武汉保卫战失利，加上南战场重要据点广州亦极为危险，至此，中华民国政府再度迁都至重庆。为了此战略异动变数，加上兵士折损众多，国军战斗序列于同年年底至翌年年初予以大幅度更动。而跟随战斗序列更动，抗日战争第一期之第二及三阶段亦告正式结束，而中国也正式迈入以重庆为根据地的第二期抗日战争。Sect