利负责勾通协调乔治城大学理工系与美国政府所有涉及战事方面的工作。由于他出色的工作，1945年被任命为乔治城大学一所新建医学院的首席筹款人，不久成为该学院副校长，1946年升任为院长。
疾病和去世.1952年麦克纳利开始出现冠状动脉疾病症状，并第一次突发了心肌梗塞。因此，他不得不辞去院长一职，由弗朗西斯·迈克尔·福斯特接任。1955年3月4日麦克纳利在组织乔治敦大学物理系一个研究生课程项目中，因心脏病发作而不幸去世，享年64岁。月球上的麦克纳利陨石坑就是以他的名字命名的。