联赛冠军也几乎到手，只是在决赛中全场领先的情况下被曼彻斯特联于伤停补时阶段的两粒进球所击败。1999-00赛季，拜仁获得了历史上第三个双冠王。随后在2000-01赛季，拜仁直到联赛最后一轮的最后一分钟才锁定自己的连续第三个德甲冠军；几天后，拜仁又在欧洲冠军联赛决赛上依靠点球击败了巴伦西亚，时隔25年之后重新捧起欧洲冠军奖杯，可惜在德国杯第二轮早早输给了低组别联赛的黑马马德堡。2001-02赛季初，拜仁获得了丰田杯的冠军，但之后球队在其它赛事乏善可陈。2002-03赛季，拜仁获得了球队历史上的第四个双冠王，领