研究所分立，并与宁波市展览馆合并而成，馆址位于药行街117号（今宁波市文化馆所在地），为宁波市第一家综合性博物馆。当时，宁波博物馆建筑为五层钢筋混凝土楼房，四层设有“宁波史迹陈列”，一、二、三层为临时陈列场所。1994年，宁波市博物馆整体并入新成立的天一阁博物馆，而宁波史迹陈列也被移至修复后的历史建筑秦氏支祠中。与此同时，宁波博物馆新馆的筹备工作展开。2004年，与鄞州博物馆合办的宁波博物馆新馆获得正式立项并选址于鄞州中心区。次年，在宁波博物馆设计国际邀请竞赛中，来自中国、德国、法国的七套设计方案最终入围，