1623年10月9日生于比利时布鲁塞尔附近的小镇皮特姆，为法警兼税务员约斯·维比斯特（Joos Verbiest）最大的儿子，12岁起他进入耶稣会办的学校读书，17岁时开始了他在鲁汶大学艺术学院学习。在这所古老天主教大学大学学习期间，南怀仁系统地接触亚里士多德的学说，尤其是逻辑学和哲学体系，并通过宇宙论的学习，掌握了天文学、数学、历法计算、地理等多方面的知识。南怀仁在1641年9月2日入耶稣会。1658年随同卫匡国前往中国，1659年抵达澳门。南怀仁本来在山西传教，1660年受召前往北京协助汤若望神父。