临时废除宪法，剥夺五个部族王国领导人的权力，又逮捕了几个内阁成员。这时他在紧急状态下拥有相当大的权力。这次事件使奥博特与批评其废除宪法的穆特萨总统的关系变得紧张。其后，奥博特发动政变，推翻穆特萨总统，在1966年3月2日自立为执行总统。奥博特名义上实行社会主义式统治，这使他在西方世界（尤其英国）不受欢迎，而他的统治地位也被军人动摇。1971年，奥博特被伊迪·阿明将军推翻，流亡坦桑尼亚。
第二次任期.阿明在1979年被坦桑尼亚军队和乌干达流亡者推翻后，乌干达在大选前被总统委员会领导的