第三期自1907年的北埔事件起，到1915年的西来庵事件为止。之后，台湾抗日运动转为维护台湾文化的非武装形式，不过期间发生了一件武装对抗的雾社事件。
第一期的甲午战争、乙未割台(1894～1895).1894年（清光绪20年）甲午战争清朝战败。次年4月与日本签订了马关条约，将台湾割让给日本。这个决定在台湾住民中引起了轩然大波。1895年5月25日，台湾官民宣佈成立「台湾民主国」，推举巡抚唐景崧为总统、丘逢甲为义军、刘永福为大将军、李秉瑞为军务大臣。民主国建年号「永清」，制定蓝地黄虎