ion::::清治时期.左邻为郑氏大宗祠。原处为蒋元枢祠，如谢金銮《续修台湾县志》：「邑有是堂，盖自干隆四十三年建，旧为知府蒋元枢祠。」嘉庆年间，因年久失修，一时荒废，直到咸丰年间由袁明高来台主持奉香兼行医济世，信徒激增，香火渐盛，遂重建庙宇。《台湾府志》记载此庙曾有一位艺僧作住持，写：「释莲芳，号藕船，住持三官堂，好吟诗，工书画，究医术，所着有《浣花吟集》。」
日治时期.进入日治时期后，三官庙年久失修，庙貌全非。1903年，台南天足会于此庙设立会本部，反对台湾女性缠足。