律和富于效率的中央集权制行政管理，东罗马教会被剥夺了参与国事活动的空间，教会事务成为帝国国家事务的一部分，东罗马皇帝则成为教会的保护人，控制着罗马和君士坦丁堡这两个最大教区的主教和大教长任免权。从君士坦丁一世到查士丁尼一世时期，多位主教被皇帝免去教职，在罗马的大主教（后来成为教宗）在8世纪中叶前也要听命于东罗马皇帝，同时，任何教职人员都无权开除皇帝的教籍。9世纪以后，帝国皇帝的权力逐渐削弱，教会的实力则逐渐增强。教会开始插手帝国的管理事务，包括审理世俗法庭经手的任何案件、以及税收和司法方面的特权。但是，