57年，他被恢复中枢府佥知事的官职。次年在任同副承旨时，他因书院撤废问题与西人党宋时烈等人激烈冲突而遭弹劾。1660年孝宗死后，他准备借孝宗的葬地和慈懿太妃的服丧问题打压西人党，但再次遭到失败，被流放到三水，直至1667年获释。1675年（肃宗1年），南人党在他死后的第4年再次执政，他被追赠为吏曹判书。。
文学成就.尹善道是17世纪朝鲜时调大家，与郑澈和朴仁老并称朝鲜三大国语诗人，也是朝鲜山水田园文学的集大成者。与其他山水田园作家一样，尹善道把山水田园当成超脱现实的精神归宿。他说: