曾经有人认爲触手冠动物和后口动物有密切关联，但较新的研究将其与担轮动物联繋在一起。
内部分类.新近的研究发现，不论担轮动物或触手冠动物都不是单系群。其中最大的輭体动物和环节动物两个门的各纲在演化树上分属不同分支，尤其环节动物的多毛纲（Polychaeta）的各个分支处于冠轮动物的基部，可能是并系群（paraphyly），代表了冠轮动物的原始形态。而各小门可能爲特化的类群，其独立性需要进一步讨论。关于冠轮动物内部各门类的演化分类有多种形态学方法以及分子生物学方法，结论尚不能确定。