南部摩洛穆斯林唿吁国际社会给予保护，反对强权者将他们出卖与吞并，但美国政府在与菲律宾马尼拉当局签订条约时，将摩洛兰一併划归菲律宾政府。
独立运动.自1950年代起，菲律宾政府开始向南方大规模移民，并将集结北方的毛派农民游击队(新人民军)，驱赶到南部的穆斯林居住区。在1970年以前不久，当地地方政府的省长、市长、州长或海岛管理人，均由摩洛人担任，但是自1970年代后，菲律宾政府在南部推行同化政策，鼓励来自菲律宾北方的天主教移民定居南部，并组织天主教民兵武装，摩洛人在当地被视为次等公民