战虽造成中国平民的伤害，但对中国军队的成效不高，颇令中央感到不满；五、「浙赣战役」细菌战也造成波及友军的重大意外，使日军有1万人染疫、1700人死亡。总结上述原因，最终导致石井被解除职务，由相较于前者温和且为研究型细菌学家的北野政次继任，也因为日军在太平洋战区的战况已恶化，因此细菌战的攻击目标也从中国转向英美。石井担任第1军军医部长约一年，后于8月1日调至东京陆军军医学校担任教官，继续研究细菌武器和策划细菌战。1945年3月1日，由于盟军已逼近日本本土，日军中央决定不顾国际舆论和美军报复，准备大规模动用