汽车拥有数目为全国第四名，市区道路交通流量十分庞大，道路的拓宽速度远不及汽车数量的增加速度，每逢假日或上下班尖峰时间，部分地区常出现塞车情形。台南市的公共交通运输包含铁路、公车、长途客运、计程车、轮船及环港观光游艇等。联外交通方面，有台湾铁路管理局纵贯线与台湾高速铁路行经并设站，亦有多条国道与省道穿越；海运与空运则分别以安平港与台南机场为主要据点。
铁路.市境内，客运铁路之经营者有：台湾高速铁路、台湾铁路管理局及台湾糖业。高铁服务西部走廊，台铁则负担全岛长、中、短程运输。而糖铁