向赤崁方面的原住民购地，兴建普罗民遮城（今赤崁楼）并规画市街，现在中西区的民权路即是当时规划的干道，往后台南市即承袭此脉胳发展，然而今日市境内荷治遗迹已所剩无几。
明郑时期.1661年，郑成功自鹿耳门水道进入台江内海，以取得「反清复明」的基地为由，向荷人宣战并获胜，得到台湾的郑氏敕诏赤崁改称「东都明京」并设立承天府，大员改称「安平镇」，全岛设立一府二县。郑成功逝世后，世子郑经继任延平王，改东都明京为东宁，仍继续于台南兴水利、课农桑、安抚原住民等等，并由将领陈永华建议于宁南坊兴建孔庙