干隆五十三年（1788）秋，毕沅调任湖广总督，使得《史籍考》编纂一度搁置，而成书仅得一百卷。章学诚投靠亳州知州友人裴振。嘉庆三年章学诚入谢启昆幕府，再续《史籍考》之编纂工作，不久因出现歧见，章氏辞去编职。在谢启昆支持下，原稿仅一百卷的《史籍考》由胡虔、钱大昭、袁钧、张彦曾等续增至325卷。毕家受胡齐仑案牵连，财产遭到籍没。谢氏《史籍考》之修撰，又告中辍。《史籍考》之修纂时间达六十年之久，多次中辍，前前后后得毕沅、谢启昆、潘钖恩等官员资助，一直到章氏病殁，尚未完稿。道光二十六年(1846)，南河总督潘锡恩