47年发生二二八事件时受到国民政府通缉而逃亡。事件后曾在林呈禄邀请下担任东方出版社总经理。根据姪子许世楷回忆，许乃昌在1950年代曾多次被国民党政府特务问话，后来才知是因为蒋介石父子想走苏俄路线，遂调查其在莫斯科的人脉。妻黄锦绣，为台湾文化协会会员黄呈聪之长女。