占元获封一等侯。同月，护国战争爆发，王占元被任命为襄武将军督理湖北军务。袁世凯1916年（民国5年）6月逝世后，7月王占元被任命为湖北督军兼民政长。府院之争中，王占元支持国务总理段祺瑞，和其他省的督军共同要求解散国会，给大总统黎元洪带来压力。后来，冯国璋领导的直系同段祺瑞领导的皖系发生矛盾，王占元是直系的重要人物。护法战争爆发后，为对付南方政府，段祺瑞提倡「武力统一」，冯国璋则主张「和平统一」，王占元站在冯国璋一边。段祺瑞派讨伐军赴湖南省讨伐南方政府，王占元、江苏督军李纯、江西督军陈光远对此共同进行