十二卫分为左右翊卫、左右骁骑卫、左右武卫、左右屯卫、左右候卫和左右御卫。十二卫负责戍卫与征战，戍卫分为内卫与外卫。有战事时，皇帝诏命行军元帅或行军总管为战时指挥官，组成作战组织。例如隋灭陈之战因为战区较大，行军元帅有杨广、杨俊及杨素，由杨广统一调度。隋与突厥之战时，任命李晃为行军总管。隋与吐谷浑之战时，任梁远为行军总管。作战结束后，结束总管职务，交还军队给各地总管。大业三年（607年）隋炀帝将十二卫扩充成卫统府的制度，这是为了扩张军事力量、加强中央侍卫力量以及分散诸将权力。卫统府有十二卫四府，合称十六卫或十