该地区的数千人处以刑罚；他们强迫东南沿海地区人口从该地迁出，以便截断郑成功的子孙统治的台湾东宁王国的粮食供给。玄烨于1669年设法囚禁鳌拜后，撤销了辅政大臣的许多政策。他恢复了父亲所青睐的机构，包括使汉族官员在政府中获得重要发言权的内阁。他还平定了三藩之乱。内战（1673年–1681年）使清人的忠心一度受到考验，但清军最终占得上风。当胜利成为定局时，1679年玄烨为吸引前明遗臣出仕清廷，而举行了特别考试博学鸿儒科。中试者被邀请参与编写官修《明史》。叛乱于1681年被平定，同年，玄烨开始倡导使用人痘接种为