关系可以追溯到1609年，次年两国第一次建立贸易往来。
幕府时代.应英国商人威廉·亚当斯的要求，日本与西方的正式的贸易往来于1609年建立。荷兰人也随之请求批准贸易许可，他们随后在平户市建立了荷兰东印度公司的贸易站。1637年岛原之乱爆发，日本的基督徒奋起反抗江户幕府的统治。江户幕府在荷兰人的帮助下镇压了起义。此后，所有的基督教国家全被清除出日本，只有荷兰成为了西方世界与日本唯一的贸易伙伴。 荷兰人也被限制了从事贸易的地点，他们都被迁移到出岛，其余的贸易站也被清除。Sectio