库.因为生物体的代谢组织主要由其基因组定义，不同的物种将具有不同的代谢物组。事实上，番茄的代谢物组与苹果的代谢物组不同之处在于这两种水果味道如此不同。此外，与这些器官和组织相关的不同组织，不同器官和生物流体也可以具有明显不同的代谢物组。不同生物体和不同组织/生物流体具有这样不同的代谢物组的事实已经导致生物特异性生物流体特异性代谢物组数据库的发展。一些知名的代谢组学数据库包括或HMDB，或YMDB，或ECMDB，拟南芥代谢物组数据库或AraCyc，以及尿代谢物组数据库，脑嵴液（CSF）代谢物组数据库，和血清