州千总刘国轩献城投降。成功派洪旭与甘辉、林胜、戴捷等人前往，洪旭入城安抚。永历九年（1655年）二月郑成功承制设六官，以洪旭为户官，五月改任水师右军、水师总督，招降台州总镇马信，十月会中提督甘辉取舟山。洪旭应募兵旅时，常与陈霸为伍，之后陈霸先随郑成功和陈永华等人渡台，洪旭后期而至汇合于大员。陈霸是渡台后于安平之陈姓宗祖之一。1658年成功北伐，以旭兼理兵官，同黄廷、郑泰，留守金、厦二岛。1660年清军犯厦门，成功以洪旭驻镇海为犄角，大破之。1661年成功取台湾，命洪旭、黄廷，佐世子经留守思明。1662年