市立函馆博物馆（）是位于日本函馆市青柳町函馆公园内的一座公立综合博物馆。
历史.前身是开幕于1879年5月25日的开拓使函馆支厅临时博物场，在1966年4月28日作为市立的综合博物馆开业。除了本馆之外也设有分馆。市立函馆博物馆拥有包括自然科学和人物科学在内的约62万件藏品。