胺酸酶抑制剂，奥司他韦；蛋白酶抑制剂，沙奎那韦。
过渡状态.过渡状态的结构可以透过统计力学描述，统计力学是在描述键的打断或形成，使过渡状态回到反应物，或是变成产物。在酵素催化反应中，当酵素可以稳定高能的过渡状态中间物时，反应的活化能会很低。过渡态类似物模仿这些高能的中间物，但是没有走这些催化反应，且会比基质和产物的类似物和酵素键结的更紧。
设计过渡状态类似物.要设计过渡状态类似物，其关键步骤为决定和酵素作用下，基质的过渡状态结构。像是，动力学同位素效应。此