代替磷酸盐，将甘油醛-3-磷酸转换成1-砷酸-3-磷酸甘油酸；这个分子相当不稳定，并会自动水解成3-磷酸甘油酸，途中不会释放三磷酸腺苷。结果，糖解作用继续，但损失了一个三磷酸腺苷分子。这损失便是砷酸盐的毒性所在。砷酸盐跟其他砷化合物一样，也可以抑制丙酮酸变成乙醯辅酶A的化学作用，从而抑制克氏循环，造成更大毒性。
自然生产和消耗砷酸盐的细菌.有些细菌品种用砷酸盐作氧化剂，氧化燃料以取得能量，同时生产亚砷酸盐。这个化学反应所涉及的酶称为砷酸还原酶。2008年，美国地质调查局的科