63年复设澎湖巡检司派兵驻守。《东番记》记载永乐初年郑和下西洋时曾到台湾，当时东番夷族（台湾原住民）躲了起来不愿意顺从约束，于是郑和给每家一个铜铃，让他们系在颈上。铜铃被他们当做宝物。宣德年间郑和船队曾到台湾西定坊大井头汲水，还曾投药于水给当地土番医病。嘉靖四十二年（1563年），泉州籍海盗林道干聚众反明，被明朝都督俞大猷追剿，经澎湖逃到台湾鸡笼定居。他率领数百名随从，奴役台湾原住民。原住民非常愤恨，商议杀死林道干，却走漏消息，被林道干夜袭杀害。继林道干之后，潮州籍海盗首领林凤于万历二年（1574年）被明朝