而辞去微软的职务，后经过几个月的放射治疗及一次骨髓移植治癒。2000年11月，艾伦正式离开微软的董事会，但在力邀之下留任高级策略顾问。艾伦卖掉六千八百万股微软股份后，仍持有一亿三千八百万股。
慈善事业.1989年，艾伦给华盛顿大学捐款1800万美元用于建造新的图书馆。图书馆以他父亲的名字肯尼斯·S·艾伦（Kenneth S. Allen）命名。2002年，艾伦给华盛顿大学捐款1400万美元用于建造以他的名字命名的保罗·G·艾伦计算机科学与工程学中心（2003年10月投入使用