原始印欧人同Y染色体单倍型类群R1a1相关联，在欧洲主要出现在东欧和中欧。在欧洲还有与其亲缘最近的Y染色体单倍型类群R1b，在新石器时代随农耕技术而从近东传入，与西欧凯尔特人相关。在亚平宁半岛南部、安那托利亚、美索不达米亚和伊朗高原等地，主要分佈着Y染色体单倍型类群J。在高加索，有密集出现的Y染色体单倍型类群G。在巴尔干半岛，有密集出现的Y染色体单倍型类群E1b1b1(有称E3b)。在芬兰人和立陶宛人中，有密集出现的Y染色体单倍型类群H。