卞敦与胡毋辅之共劝时任太傅的司马越抗击王弥，但遭到太尉王衍和河南尹潘滔坚决反对。卞敦于是竭力争论，众人都支持卞敦，最终司马越都领兵抵抗并成功击退前赵军。及后卞敦便出补汝南太守，当时司马睿曾边请他出任镇东军谘祭酒，但卞敦不应命。征南将军山简则请得他任其司马。次年，山简应朝廷诏命将流落于南阳地区的雍州流民迁回本乡，并派兵催促流民出发，但这挑起流民王如叛乱；荆州和湘州流民又推杜弢为主于永嘉五年（311年）举兵叛乱。面对这两场叛变，山简任命卞敦监沔北七郡军事、任振威将军兼领江夏相，屯夏口。卞敦后讨伐沔中的叛乱，