帝，即唐肃宗，唐玄宗后来也予以认可。当哥舒翰战败时，吕諲仍在他帐下，至德元载（756年）七月也骑马西逃到灵武行在。在宦官中人尉朱光辉和李遵骤推荐下，肃宗召见了吕諲，欣赏他有才，超拜他为御史中丞，对他的进奏无不允准。吕諲与逃奔灵武的奉先令崔器关系好，引为御史中丞兼户部侍郎。二载（757年），肃宗移驾凤翔府，任吕諲为武部侍郎，允许他穿高官的金紫袍服。十月，肃宗收复长安、洛阳，设置三司使，以御史大夫兼京兆尹李岘、吕諲、崔器、刑部侍郎兼御史中丞韩择木、大理卿严向五人为之，处置投降大燕的原唐朝官员。吕諲又荐崔器为吏部