放逐，宫部也因此前往长州藩、元治元年（1864年）再度潜伏于京都并且寄宿于古高俊太郎的家中。元治元年6月5日，宫部在池田屋开会时，遭到新选组袭撃而与他们奋战，结果负伤而自杀（池田屋事件）。享年45岁。明治24年(1891年)赠与从四位。墓所位于熊本市小峰墓地。