钧协助其进攻广东省。1916年5月李烈钧任军务院抚军。广东将军龙济光遭到李烈钧和陆荣廷夹击，于8月败北，逃往海南岛。1916年6月袁世凯死后，李烈钧军的存在意义消失。讨伐完龙济光后，李烈钧只身赴香港、上海隐退。1917年（民国6年）8月至9月，孙文在广州成立中华民国军政府，李烈钧任大元帅府总参谋长。10月，护法战争开始。1919年（民国8年）10月，孙文在上海将中华革命党改组为中国国民党，李烈钧被任命为代理大元帅，负责管理广州的事务。1920年（民国9年）12月，孙文为北伐而设立大本营，李烈钧任大本营总