在经过台湾弃留争议后，清朝于台湾设置了台湾镇的主要军事力量。不过仍以防卫预防民变的消极性军事力量为主，这情形直至台湾建省之后才予以改变。台湾镇，又称福建台湾镇，初设于1684年，为台湾清治时期的台湾最高军事单位，其内主官则是台湾镇总兵。台湾镇总兵受台湾道（建省前）及福建台湾巡抚（建省后）节制，统辖镇标中营兼辖台湾北路协、台湾水师协、澎湖水师协（1733年设）等三协、台湾城守营与台湾南路营等营，掌管兵力约于10000名至15000名之间。而分配方式，如干隆年间奏章所奏：「台湾澎湖水陆兵丁一万二千一百七十六