又疏陈张居正、吕调阳等，以权谋私，其子相继登科得举，建议神宗“宜严敕所司，毋循故辄”，为张四维、申时行所忌，出为许州判官，改任南京吏部主事。海瑞亲笔书写了“直言第一”的条幅赠给魏允贞。后起任顺天府丞、累迁通政司右通政。万历二十一年（1593年）因替赵南星辩护，以右佥都御史巡抚山西，裁减幕府及州县冗费，又巡视边防。进右副都御史，力陈矿监张忠、孙朝等税使之暴。为官一生，两袖清风。山西百姓为其立祠。万历二十八年（1600年）魏允贞上疏说“陛下之爱贤士，曾不如爱珠玉锦绮也”。万历三十四年（1606年）卒于兵部右