长时，整肃社运，把郑村棋列为「工运流氓」。同时，郑村棋也跟海外的知识份子弄了一本学术刊物《台湾社会研究季刊》，希望能够在学术思想上有个另类的思维，不要完全是一种自由主义、自由派的思维跟经济。郑村棋也跟一些朋友搞另类杂志《岛屿边缘》。1990年野百合学运，郑村棋以民主学生联盟（民学联）为主的左派学生运动导师的身份，成为五人教授顾问团成员之一。
工运主张.1992年基隆客运罢工，间接促成工人立法行动委员会成立，以郑村棋为召集人，由各个劳工抗争事件的具体个案，集结上升到整体政策的