。汇宗寺成为内外蒙古藏传佛教的圣地。第二世章嘉唿图克图奉诏主持汇宗寺，并同时负责管理内蒙古佛教事务；第一世哲布尊丹巴唿图克图则负责主持漠北喀尔喀蒙古佛教事务，且“旨升哲布尊丹巴唿图克图为大喇嘛”。雍正五年（1727年），清廷又下诏拨库银兴建善因寺及庆宁寺。这两座寺院成为继汇宗寺之后的蒙古地区的“大刹”。汇宗寺创建之后，内、外蒙古的朝拜者云集多伦诺尔，使此处成为商业中心。1945年，在第二次世界大战末期，苏蒙联军使用坦克撞击并推掀汇宗寺主殿未果，遂将主殿浇上汽油放火烧毁。1960年代，汇宗寺闲置无人管