称该庙为「小上帝庙」。小上帝庙之别称，已可见于康熙五十九年（1720年）王礼所撰之《台湾县志》。而除了主祀的玄天上帝外，庙内还有配祀王灵天君、马府千岁等神祇。
沿革.
立庙由来.该庙为明郑时所建，建于当时承天府署（今赤崁楼）背面，属府治镇北坊。而关于建庙的年代，清代旧志皆以「伪时建」或「郑氏所建」带过，而日治时期的寺庙台帐记载则为明永历廿五年（1671年）。庙方出版的沿革则曾写说在明永历年间（1665年─1671年），不过后来已更改为明永历十九年（1665年）