中的黄教，满人一直重视笼络大喇嘛，如哲布尊丹巴与章嘉唿图克图；与此同时，蒙古八旗亦成为清朝军队的一支生力军，在征讨噶尔丹的过程中曾发挥过重要作用。外藩蒙古旗下的军事力量（不属八旗）也曾发挥重要作用，如清中期的喀尔喀的超勇亲王策棱和晚清时的博多勒噶台亲王僧格林沁的部队。
藏族政策.清代西藏地方官府为噶厦。清朝将西藏纳入版图后为加强对西藏的治理曾採取一系列重大措施，建立政教分离的制度。当时清政府的治藏政策有设置驻藏大臣，订立治藏章程；派驻官兵，整顿藏军；设立台站，釐定疆域等。干隆十六年