经济衰退及通缩而调低《综合社会保障援助计划》援助金额。2003年11月任房屋及规划地政局常任秘书长（规划及地政），在中环填海诉讼时，透过街头派小册子争取民意。2004年9月，她主动申请调任香港驻伦敦经济贸易办事处处长，以陪伴在英国读书的次子林约希。曾荫权就任行政长官后，林郑月娥被调回香港，于2006年3月起出任民政事务局常任秘书长，2006年9月晋升为首长级甲一级政务官。2007年7月，她由公务员转为问责官员，出任香港特别行政区政府新成立的发展局局长，任内处理了多宗争议事件，包括重置皇后码头、马头围道唐