改制京城银行.为符合改制商业银行标准（最低实收资本额为新台币一百亿元），2005年台南企银增资新台币36亿元，于2006年5月3日更名改制为「京城商业银行」，名称「京城」两字取于「精诚所至，金石为开」，而企业识别标志为原省辖台南市市花「凤凰树」，象征银行立足府城，花开全台」，跨出南部区域，拓展全国市场。
各地分行.为拓展经营范围，1995年设立台北分行，即第一家跨区经营之分行；后配合主管机关解除中小企业银行跨区迁移之限制，陆续迁移部份分行，目前共有65个营业