政使品秩改为从三品、参政从四品。十四年（1381年）增设左右参议，正四品；各布政使司增设布政使一人，成为左、右二布政使。十五年（1382年）设云南布政司。二十二年（1389年）定布政使为从二品。建文年间将布政使升为正二品，并裁减为各一人，明成祖恢复旧制。永乐元年（1403年）以北平承宣布政使司升格为「行在」，撤销布政使司。五年（1407年）设交趾布政司；十一年（1413年）设贵州布政司（布政使仅置一人）。宣德三年（1428年）裁撤交趾布政司；全国除了北直隶、南直隶之外，定为十三布政使，俗称为「两京十三省」。