求改变「一中政策」并主张「双重承认」，承认「中华人民共和国」为独立于中华民国之外另一国家之事实（媒体称之「两个中国」），惟不为当时李登辉政府所接受。1998年姚立明、郝龙斌、高惠宇为首的新党「十人小组」亦提出「一中两国」，同遭反对而夭折。直到1999年李登辉总统提出「两国论」为止，洪昭男可视为是国民党内推动「双重承认」的主将之一。
「本土派奥援」与「政治生涯转捩」.洪昭男因批判警总与一中政策，常受本土派与部分独派的奥援。例如1982年被警总列为「阴谋份子」后，郑南榕特地为他专访。1