《圆明园》载：“干隆三十八年十月，奏请新建正觉寺安设喇嘛住持焚修。奉旨：着由香山宝谛寺拨派大喇嘛一名、小喇嘛四十名，即于此内委署副大喇嘛两名住持焚修念经，即着伊等就近前往，在含经堂梵香楼，每月初一、十五、初八、十三、三十日念经五次。”清朝，正觉寺是理藩院管理的满族藏传佛教寺院之一，也是北京9座满族藏传佛教寺院之一。清朝载于《理藩院则例》的满族藏传佛教寺庙共有6座，分别为东陵隆福寺、西陵永福寺、香山宝谛寺、圆明园正觉寺、功德寺、承德殊像寺。1860年，圆明园遭英法联军洗劫；1900年，圆明园又遭八国联