二次国共内战前后，万寿寺是国军陆军某军部驻地。1949年2月，万寿寺由中国人民解放军总参谋部接管，作为某部驻地。同年3月，洛杉矶托儿所迁入万寿寺西路，更名为中央军委保育院，1955年更名为万寿寺幼儿园，1969年迁到北京黄寺更名为总政幼儿园。中华人民共和国成立后，人民政府规定寺院房舍可出租，僧人生活获得改善。据万寿寺末任住持释悟性回忆，1957年他响应人民政府号召，带头将其住持管理的万寿寺等七处寺院庙产交给人民政府管理。自此，万寿寺不再作为宗教活动场所。各殿造像除了大延寿殿外，分别在1958年前后和1