教育权运动，使在华基督教势力受到严重挑战。金大附中在收回教育权运动中没有受到大规模直接的冲击，但宗教活动渐渐地只能在凌晨或黑夜进行，参加礼拜的人数不及过去的1/10。在运动的影响下，金大附中的外籍教职员纷纷离校回国，1924年，威尔逊校长去职，教务主任刘镜澄任代理校长，教职员多由华人担任。1925年，北洋政府教育部颁布《外人捐资设立学校请求认可办法》后，准予金中立案。1927年3月23日，北伐军占领南京后，直鲁军败退之际，“南京完全是一种紊乱状态，北军毫无约束，总是离间革命军同外人感情，作国民运动的仇敌