敖担任杂志总监、陈水扁担任社长与林世煜担任发行人。自由时代週刊第一期由1984年3月12日发行，每週一期，以红框封面为主，除了继续征询其他人提供资料外，还逐步建立印刷、装运和行销等网络。后来因为愈做愈好，加上其他杂志抢在自由时代週刊发刊前一日出刊，郑南榕改为三日刊（1985年7月17日至1985年8月28日），以绿框封面为主，后来因查禁严重，印出来的书遭查禁就会血本无归，因此售价曾涨至66元一本。杂志社继续运作至郑南榕去世后，于1989年11月11日出刊最后一期自由时代週刊，前后五年八个月共计302