医院为台南市最具经营绩效、规模最大之医疗体系，被卫生福利部评鑑为「医学中心」，并设有柳营奇美医院、佳里奇美医院等附属机构。国立成功大学医学院附设之成大医院是台南市最早被卫生福利部评鑑为「医学中心」的医院，为台湾的医疗重镇。市内设有三家卫生福利部立医院：台南医院、新营医院、胸腔病院。
交通.台南市内拥有陆、海、空三大交通运输网路，是台湾南部的重要交通枢纽之一，道路与公路总长度排名全台第一，高速公路与快速公路也是全台最长。交通网路以市区内最为发达，呈放射型之格局，道路密度仅次于台北市；