在高雄市的东面，出海口在林园区，是该市与屏东县主要的边界，高雄市农业、工业和民生用水之重要来源之一。高屏溪主要支流有荖浓溪与旗山溪等，荖浓溪的支流有浊口溪、宝来溪、拉克斯溪和拉库音溪等；旗山溪的支流有美浓溪等。此外高雄市境内的主要河川还有前镇河、爱河、后劲溪、阿公店溪和典宝溪等；该市并与台南市之间以二仁溪相隔。其中爱河为流经市区最主要的河川，发源自仁武区八卦寮一带田野地（另外亦自曹公圳灌溉系统引水），长约12公里。湖泊或集水区部分则有鸟松区的澄清湖与位于半屏山西南侧的莲池潭；还有位于小港区与林园