有些人认为，生物化学诞生的标志应该是在1833年，Anselme Payen发现了第一个酶，即淀粉酶。 而另一些人认为爱德华·比希纳第一次对一个复杂的生物化学进程（细胞提取物中的酒精发酵）的阐释，是生物化学的起点。 有些人可能也会指出1842年，尤斯图斯·冯·李比希关于新陈代谢的颇有影响力的化学理论， 甚至更早到18世纪安托万·拉瓦锡对发酵和唿吸的研究。英语中的生物化学（biochemistry）一词本身就是由词根bio-（意为“生命”）和chemistry（化学）组合而成。这个词在英语中第一次出现是在