庄子思想为主，〈原道〉和〈俶真〉则分别以《老子》和《庄子》为基础。整体而言，《庄子》所佔份量大于《老子》，发挥特多，现存《庄子》33篇，当中30篇都为《淮南子》所借用，总共101条，当中〈俶真〉一篇有15%句子及33%内容来自《庄子》。〈原道〉一篇所论「无为」，部份与黄老道家「黄帝四经」中的〈道原〉篇相同。此外书中主张学术思想上不应独尊一家，曲笔批评汉武帝独尊儒术的政策，又非议《诗经》和《春秋》并非「王道」之书，而是衰世时所造，曲笔批评尊崇《春秋》学的董仲舒。不过，也有学者认为《淮南子》成书时汉武帝尚未独尊