返回广东，任广州国立中山大学教授，为历史学、社会学、人类学等专业的学生开设文化学课程，讲授文化学体系。1940年，任国立中山大学社会学系教授兼主任。1941年5月，出任国立中山大学法学院院长。1945年，任广东省立法商学院院长。1940年代，黄文山开始与美国文化学家莱斯利·怀特通信。1949年，黄文山离开中国大陆赴台湾。1950年，黄文山应阿尔弗雷德·路易斯·克鲁伯的邀请，赴美国哥伦比亚大学任客座学人，由清华基金发放补助金（梅贻琦主持），从事文化学研究。后来黄文山旅居美国。1960年，任教于美国南加利福