抗议群众不断要求苏哈图改提名Emil。但最后，哈比比还是在1998年3月当上了副总统。
总统任期.
东帝汶.哈比比虽然反对东帝汶独立，但有思考过给予其特殊自治地位。1998年后期，时任澳大利亚总理的约翰·霍华德表示会在十年之内支持东帝汶举行独立公投。国际舆论开始施压印尼对于东帝汶问题举行自决。为了不要让东帝汶在国际间看起来像是印尼的殖民地，哈比比做出了一个惊人的决定－在东帝汶举办东帝汶独立公投。印尼武装部队（ABRI）反对这个决定。1999年8月30日