果河流域拥有仅次于亚马逊雨林的世界第二大热带雨林，生物资源非常丰富。在赤道附近的刚果河流域有着广阔的常绿林，与稀树草原带相接。流域内的河流和湖泊中有各种鱼类，沼泽内肺鱼，雨林中的鸟类也有很多是非洲独特的品种。刚果河及其支流中生活的水生哺乳动物有河马、水獭和海牛。而雨林中还生活着当地特有的非洲森林象。刚果河流域水生生物的物种多样性非常高，有已知最高密度的特有种。在刚果河已发现了将近700种鱼，其中大部份都还没有相关研究。由于此处的生物多样性及流域中的生态差异，一般会将刚果河流域划分为四个生态区。在这些