承认中华人民共和国，导致意识形态与政府当局冲突。台湾基督教环境因此分为两个阵营，名义上是教义之争，实际上政治意识形态之争，当时主导相关活动的人物为美国基要派牧师与国民党要员张静愚，这段期间发生不少爱国主义衍生的冲突：1989年以前爱国主义时常凌驾于加尔文主义之上。
历史回顾态度.国内教授了解台湾教会历史的人物有周联华、曾庆豹、郑仰恩、赖永祥、查时杰、陈方中、蔡丽贞等人，某些教派对于戒严时期教会历史明显採取回避态度或是爱国主义。
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