隧道和海底隧道一样，行车流量早已饱和。随着城门隧道、大老山隧道、青沙公路的先后通车，纾缓部分车流，但由于连接地点比较方便和快捷，车流依旧上升导致繁忙时段塞车影响九龙中部交通，而收费亦较大老山隧道廉宜，私家车为$8，大老山隧道则为$20，只较连接新界西的城门隧道昂贵，2013年8月及2016年1月大老山隧道两度加价，使价钱差距扩大，因此狮子山隧道仍然是香港所有非过海隧道中每日平均汽车流量最高的隧道，仅次于海底隧道，在2012年平均每日有87,945架车辆使用。相信要待六隧分流方案落实后，挤塞情况才有望改善。