行政院长(之前的两位是陈诚与郝柏村)。当时陈水扁政策主张「新中间路线」，因此内阁部会首长延揽了许多非民主进步党籍人士出任，民主进步党籍阁员只佔其中一小部分。另外陈水扁为了兑现选前承诺，任命的内阁部会首长中有相当比例是由女性出任，启用了几位专业人士，例如蔡英文为大陆委员会主任委员、鈡琴为行政院新闻局长。同时又任命了几位民主进步党立法委员，例如陈定南为法务部长、叶菊兰为交通部长。在大选中选择挺扁的嘉义市长张博雅，亦在陈水扁总统的力邀下出任内政部长兼台湾省主席。已故民主进步党立委卢修一的妻子陈郁秀则出任文建会主委