0年以后成为民进党籍总统陈水扁在党内的最严厉的批评者之一。林浊水多次公开认为：陈水扁总统任内的领导风格，有权力过于集中的问题；其外交表现反覆，烽火外交使原本有利于台湾的美台关系结构受到冲击，损耗美国对台湾的信任。民进党执政时所进行的宪政改革中，对于立法委员席次减半（国会减半），林浊水始终表达反对立场；林浊水认为，此种改革纯属讨好民粹，既不符合宪政学理，也会扭曲民意。林浊水要求党内，如果非要通过国会减半，至少要一道通过国会单一选区两票制改革，以减少伤害。国会席次减半及单一选区两票制修宪条文在2005年修宪时获