循中华民国国民政府之学制、校历与假期规定。同时积极扩充学系，以招收沦陷区失学青年入学，由于辅大乃唯一不受日本控制之大学，故沦陷区青年莫不以考入辅大为荣，在学生骤增为4000人。此一时期，社经学系分为社会学系、经济学系；美术学系分为国画、西画两组；增设附属小学及幼稚园。至此，幼稚园、小学、中学、大学、研究所一贯完整学制完全具备。沦陷最初的三年，成为辅大迅速扩张发展的时期，亦保持了一片故都学府的「净土」。1944年3月下旬，日本败象已现，辅大秘书长英千里领导的地下抗日工作，日趋积极，终于在日本当局「彻底毁灭