政子的主宰下即位为大将军，但当时的军政大权已经落入母族北条氏手中。北条氏早已灭了赖家妻族比企氏一系，而实朝就在母族的控制下，娶了前权大纳言坊门信清的女儿为妻，并当了17年的傀儡将军。建保7年（1219年）1月27日，实朝在参拜鹤冈八幡宫途中，被兄长源赖家之子公晓所弒。后来公晓及其兄弟都被判以杀害将军的罪名，遭到处死。由于实朝并无子嗣，所以自实朝以后，源氏世代将军的地位宣告终结，幕府政权仍为北条氏一系所操纵，死后四年由道元禅师将遗骨渡海带往中国明州阿育王寺安葬。实朝最后官至征夷大将军右大臣正二位左近卫