全国基督教协进会作为会员的共有16个公会及6个教会团体，分别为：基督会、监理会、自立会、浸礼会、崇真会、中华基督教会、中华圣公会、华北公理会、礼贤会、美以美会、浸信会、中华行道会、行道会、循道公会、遵道会、友爱会，以及中华基督教教育会、中华国内布道会、广学会、中华圣经会、中华基督教青年会全国协会、中华基督教女青年会全国协会。1926年，内地会退出了曾参与四年的中华全国基督教协进会。中华全国基督教协进会内部机构屡次调整，先后设有：基督教教育委员会、宗教教育委员会、三年奋进运动委员会、基督化家庭委员会、影音