方，织田军成功佔领了来岛。1582年本能寺之变后，情况出现了变化，秀吉与毛利关系渐趋缓和。后来小早川隆景再将能岛让给武吉。隆景则迁往竹原。天正16年（1588年），丰臣秀吉执行海贼禁止令，村上的背景受到怀疑，因此派遣儿子元吉上洛解释。之后跟随隆景迁到九州筑前，秀吉死后，再次返回濑户内海竹原。庆长3年（1598年）获赐丰臣姓。继承家督的元吉与其弟景亲跟随毛利、小早川部队在朝鲜作战（文禄·庆长之役）。在关原之战中是西军一员，曾经攻击伊势湾、纪伊国沼岸，直接攻击阿波国，进攻加藤嘉明伊予松前城。但因为嘉明的