设立元祐提制局等单位对于反对新法的言论加以控制，甚至于在宫廷内部兴狱。绍圣三年（1096年），章惇以巫蛊诅咒的罪名，要求宋哲宗废宣仁太后所立的孟皇后，由此改立刘皇后，连宋哲宗都大叹：「章惇坏我名节！」宋哲宗死后，章惇反对端王赵佶继位，议立简王赵似遭钦圣太后所拒，宁愿立年长但有眼疾的申王赵佖，也不愿拥立端王，甚至当钦圣太后之面明言「端王轻佻，不可以君天下」，不仅遭同侪曾布怒斥道：「章惇，听太后处分！」端王赵佶即位，是为宋徽宗。徽宗即位初封章惇为申国公；但由于章惇反立徽宗触怒钦圣太后，不久后便罢相，贬雷州司