为界，北侧被划入越后国沼垂郡，南侧划入越后国蒲原郡。信浓川河口的蒲原津在当时已经是越后国重要的交通要冲。平安时代末期之后，新潟市的领主频繁变更。在南北朝时代，新潟市属于南朝势力较强的地区。至16世纪时，「新潟」这一地名已经出现。16世纪后期时，越后国被上杉氏统一，新潟市亦属于上杉氏统治地区。1598年（庆长3年），上杉景胜被丰臣秀吉下令移封会津地方，此后新潟又进入了一段领主频繁更换的时期。在江户时代，新潟市大部分地区属于长冈藩。这一时期，信浓川和阿贺野川下游地区的农业开发得到明显进展，成长为日本一大粮仓地区