岛上的牧胡三千余人起兵反抗，恭愍王派遣崔莹等人镇压，平定了牧胡之乱。1404年取代高丽的朝鲜朝廷下令废除星主，1406年置济州牧使。1416年（朝鲜太宗16年），朝鲜王朝在济州设立济州牧、耽义县、大静县，实行3邑制。1864年（高宗元年），济州岛被划归全罗道观察史管辖，1894年改县为郡，设立济州、大静、耽义郡，由牧使管理。1905年（高宗42年），朝鲜王朝被废除济州岛牧使制，设立郡守进行管理。1915年日占时期，济州岛开始实行岛制，行政区域的名称改为全罗道济州岛。1946年8月，济州岛被从全罗道分离出来，