921年，冯部驻扎西安，被改编为北洋政府陆军第11师，石敬亭时任师参谋长兼教导团团长。1922年冯玉祥任河南督军，石敬亭为河南督军署军务课课长，后参加第一次直奉战争，任学兵团团长。冯军开赴北京南苑后，石敬亭任陆军检阅使署军务处长。1924年第二次直奉战争中，石敬亭为冯军军务处长，开赴南口与张作霖军对峙，后秘密返回北京，推翻了总统曹锟。冯军改编为国民军后，石敬亭任国民一军暂编第四混成旅（也称冯军第一混成旅）旅长。1925年，石敬亭率军在南口与奉军大战，后又率部抗击直奉联军、直鲁联军的进攻，升任国民