多研究显示这两群生物的关系相当接近，许多原本认为是微孢子虫特有的基因，例如从宿主细胞质中抢夺ATP的通道蛋白，意外地在隐真菌基因组中被发现，分析结果显示两者与另一种所知甚少的藻类寄生物Aphelids共同形成一个支序（ARM群，或被称为）。随后有一群以变形虫为宿主的微生物"Paramicrosporidium"被发现也属于隐真菌，且它们的型态与微孢子虫非常相似，但rDNA序列与隐真菌较为接近，被认为可能是隐真菌与微孢子虫演化上的过渡，在此假说中，微孢子虫是ARM群中较为特化的类群，特化出专门用来感染动物细胞