·麦克莱伦竞选1864年总统选举。当时负责肯塔基州的联邦指挥官将军因为他严苛的手段，包括基于不可靠证据而对有嫌疑的间谍进行处决，在州内受到广大的争议和质疑。为确保林肯在肯塔基州获胜，伯布瑞吉以攻击林肯政府名义逮捕了雅各布，并把雅各布押往位于南方前线的弗吉尼亚州里士满。雅各布否认曾经反对联邦，并向林肯总统申诉。最终，林肯相信了雅各布，或者至少成功抚慰了肯塔基州的雅各布支持者。总统允许雅各布访问华盛顿特区，并给予他释放信。雅各布随后返回肯塔基州。1865年，他与劳伦·威尔斯结婚。
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