于暴利驱动，捕杀野生候鸟的行为屡禁不止。据《了望东方周刊》报道，在南昌市新建县“候鸟村”的黑市上，一只鄱阳湖野生天鹅可以卖到1500元。此举影响生物多样性。
水产和水质.根据长江水利委员会水文局数据显示，湖区主要以Ⅲ类水和Ⅳ类水水质为主，丰水期以Ⅲ类水为主，但是枯水期以Ⅳ类水为主，丰水期较枯水期好，表明水量充足时水质变好。把Ⅲ类水作为参照，超标主要是氨氮和总磷。主要污染源来自赣江、抚河、信江、饶河及修水(修河)等五河，径流污染物相对最少。其他污染物依次为生活污水、工业废水、农业污染