9年5月修订版本的《》规定，海南特区应置行政长官一人，综理辖区政务，并指挥、监督所属机关及职员。中华民国政府在1949年12月迁台前，仅于海南岛上设置了海南特别行政区一个特别行政区，辖区范围为海南岛全境及南海诸岛。尽管海南特区行政长官公署已于国军撤离海南岛后消亡，《海南特区行政长官公署组织条例》也于1972年公告停止适用，2003年废止；但直到2005年10月行政院主计处（今行政院主计总处）主管之「中华民国各省（市）县（市）行政区域代码」公告停止适用后，其建制才正式撤销。另外，原由海南特别行政区管辖之东