月18日，中国国民党智库国家政策研究基金会被查封，促进转型正义委员会随即要求前往调查，但被质疑是只想透过公文展开搜索。促进转型正义委员会也曾视察法务部矫正署泰源技能训练所，但未能蒐集到史料。9月11日，副研究员吴佩蓉公开副主任委员张天钦在会议中攻击新北市市长参选人侯友宜的内部录音，由于张天钦和部分成员发表争议言论，导致促进转型正义委员会被舆论批评如同「东厂」或「选战打手」，张天钦于隔日请辞获准。随后，在野党和民间团体要求促进转型正义委员会重新改组，并认为黄煌雄遭到架空。9月21日，促进转型正义委员会公布