公司也在水坝下方设置宝山净水厂，每日供水量约6至7万吨。但由于未满足新竹科学园区之工业用水与民生用水量，于1997年正式动工兴建宝山第二水库。
宝二水库.又称宝山第二水库，位于新竹县宝山乡山湖村境内，属离槽式水库，于中港溪水系峨眉溪支流石井溪上游，水源引用自头前溪支流上坪溪拦河堰与之余水调节运用，有效蓄水量为3,218万吨。宝山第二水库与宝山水库联合运用，可增加新竹地区水资源之调蓄及供应新竹科学园区之工业用水及民生与灌溉用水能力。