结束后，工兵队开始对美国的河流和港口进行改善。雷诺兹监督了阿肯色河、密西西比河与密苏里河的疏浚和通航改善工作。他还为多个港口的疏浚和建设项目出谋划策，包括水牛城港，密歇根州贝林县新布法罗（）的避难港，宾夕法尼亚州伊利的伊利港，还包括密苏里州圣路易斯和伊利诺伊州麦迪逊县奥尔顿（）的河港。1864至1870年，雷诺兹担任督导工程师，为五大湖地区数十座灯塔选址并监督其建设工作。1867年3月7日，雷诺兹晋升工兵队中校，然后开始监督美国墨西哥湾沿岸地区的灯塔建设，后又于1874年在新泽西州督导赫里福德湾灯塔的建设。