基因密度（gene density或genomic density）单位长度DNA上基因的数量。例如在基因空间内的基因密度远高于从基因组上的均一分布推算出来的基因密度；而在基因间隙内，基因密度等于或低于随机分布期望的基因密度。基因密度因生物体的不同而不同（例如在拟南芥（"Arabidopsis thaliana"）的1号染色体上，大约每45kb一个基因），也随一个生物体内染色体的不同而不同（例如人类的第4、5、8、13、18号染色体和X染色体上的基因密度比第1、11、17、19和第22号染色体上的低很多）。