恕看重他的才能，将其调任吏部稽勋司主事。后母丧丁忧归乡，之后复除，任礼部祠祭司员外郎，后改南京文选郎中，因父丧归乡。弘治十八年，担任江西提学副使，与宁王朱宸濠发生争议，被诬陷罢免。当时刘瑾知道遭受天下人非议，借用宋朝蔡京召杨时的故事，起用蔡清担任南京国子监祭酒。然而任命刚抵达时，蔡清已经去世。
成就.蔡清为人谦逊、乐善好施，着作颇丰，其作品《易经蒙引》、《四书蒙引》、《虚斋三书》、《虚斋集》收录于《四库全书》。万历年间，追谥文庄，赠礼部右侍郎。他的学生陈琛、王宣、易时中、林同、赵逯