站的设计上发生了分歧：铁道部倾向于地面车站，而镇江政府认为建设地面车站会阻断南徐和丹徒之间的沟通。在当地政府的不断努力下，最终促使铁道部采用高架车站方案。2011年5月17日，经铁道部批准，正式将京沪高铁镇江站命名为镇江南站，而原镇江南货运站更名为镇江东站。2011年6月30日，镇江南站随京沪高速铁路正式开通运营。首班停靠的列车为开往的G162次列车，在镇江南站有98名乘客上车。镇江南站于2018年12月15日起开始站前广场改造使用，主要工程包括完善外部路网、新建换乘大厅、南广场景观改造和扩建接