王利器仍留于北京任教于北京大学。1950年，文化部艺术局组织整理中国古籍丛书，邀请王氏参与整理《杜甫集》和《水浒传》，并与郑振铎合作一同校勘整部《水浒传》，历四年而成。1954年，调入文学古籍刊行社，后改人民文学出版社，出任古典文学编辑室编辑，曾任范文澜《文心雕龙注》、郑振铎《插图本中国文学史》等书之责任编辑。 1956年，王氏参加九三学社北京分社。1957年，中国共产党发起反右运动，王利器遭划定为「右派」。时任人民文学出版社社长严文井替其辩护不果，九三学社亦通知王氏停止组织生活。由是，王氏每天