废除宪法的穆特萨总统的关系变得紧张。其后，奥博特发动政变，推翻穆特萨总统，在1966年3月2日自立为执行总统。奥博特名义上实行社会主义式统治，这使他在西方世界（尤其英国）不受欢迎，而他的统治地位也被军人动摇。1971年，奥博特被伊迪·阿明将军推翻，流亡坦桑尼亚。
第二次任期.阿明在1979年被坦桑尼亚军队和乌干达流亡者推翻后，乌干达在大选前被总统委员会领导的过渡政府统治。奥博特的人民大会党在1980年举行的选举中获胜。在第二次的总统任上，奥博特开始执行比第一次总统任上更残暴的高压统