世纪.20世纪初年，教会开始自治。第一次世界大战后，在波兰、匈牙利、罗马尼亚和捷克斯洛伐克等国家，已经有一定的信徒。在第二次世界大战期间，教会受到民族主义者和东正教打压。二战后，因为乌克兰受到苏联所统治，大力进行反宗教行动，该教会的所有财产被转移至俄罗斯正教会，全国所有教堂关闭。由1945年开始，大量神职人员和信徒被限制活动、被驱逐出境和被送到西伯利亚的劳改营，有800名神父被监禁。但也一些神职人员转入地下教会继续传教。另外，在19世纪70年代开始，因为大量乌克兰人移民至西欧和美洲等地区，使该教会在这些地