德累斯顿迪纳摩和厄尔士山奥厄在2015-16赛季结束后直接升入2016-17赛季德乙，其中奥厄是在2014-15赛季降级后立即重返德乙，德累斯顿迪纳摩则是时隔两个赛季后再冲乙成功。两支升级队的德丙名额被FSV法兰克福和帕德博恩07所取代，它们是2015-16赛季德乙积分垫底的两支球队。在积分榜末端，斯图加特踢球者、科特布斯和斯图加特二队被降入。三支降级球队的名额被的三支胜者所取代，其中雅恩雷根斯堡是从巴伐利亚地区联赛立即重返德丙；来自东北地区联赛的茨维考是时隔16年后重返第三级别；而来自西部地区联赛的洛