入杭州四府公学，接受新式教育。1905年，考入蒋伯器担任校长的弁目学堂，学习军事。1906年加入光复会，同年转入炮兵将校专科学校。1907年，自炮兵学校毕业后，派充浙江混成旅第一标第一营前队司务长。1909年初，调升第二标第一营后队排长。1911年辛亥革命爆发后，陈肇英率部光复宁波，和其他革命军会攻南京之时，陈肇英转任浙江支队司令部参谋。革命军攻克南京后，渡过长江北伐，陈肇英调任临淮兵站部长兼皖军联络。1912年3月底，部队回师南京，司令部整编，成立了军官团，陈肇英任团长。同年5月，任浙军第一军军部副官