未赴任。不久改任大理寺少卿。天启二年（1622年）擢左佥都御史。不到两个月，又升任左副都御史。廷议梃击、红丸、移宫等三大案，冯从吾说：“李可灼以至尊尝试，而许其引疾，当国何心！至梃击之狱，与发奸诸臣为难者，即奸人也。”自此以后朝中群小皆畏惧他。不久，与邹元标共同创建了首善书院，召集志同道合的人在这里讲学，给事中朱童蒙上疏诋毁书院。冯从吾说：“宋之不竞，以禁讲学故，非以讲学故也。我二祖表章《六经》，天子经筵，皇太子出阁，皆讲学也。臣子以此望君，而己则不为，可乎？先臣守仁，当兵事倥偬，不废讲学，卒成大功。此臣等