其人征服后不久，亚美尼亚也失去了它的最后一点的主权。15世纪中叶，亚美尼亚被奥斯曼帝国吞并。地域广阔的西亚美尼亚地区长期处在土耳其人的统治下，信仰基督教的亚美尼亚人则长期沦为二等公民齐米，并不断遭到土耳其帝国当局的迫害。 16世纪初，今阿塞拜疆（当时称希尔凡）领土被伊朗萨法维王朝占领。16世纪中叶以后，土耳其人与伊朗人多次爆发战争，在外高加索形成了东西对峙的局面，土耳其占领着西格鲁吉亚和西亚美尼亚，并两度攻占阿塞拜疆；伊朗占领着东格鲁吉亚、东亚美尼亚和全部的阿塞拜疆。1828年，东亚美尼亚被沙俄从波斯手中夺