绍兴还有鲁王朱以海建立的小朝廷，亦自称「监国」。清军攻绍兴，鲁王朱以海派信使赴福州，向隆武帝朱聿键求援兵。信上称朱聿键为「皇伯父」，而未称「陛下」，朱聿键怒，令杀鲁王信使。
覆亡.南明隆武二年/清顺治三年（1646年）五月，清将博洛贝勒率兵征浙、闽。七月庚申清兵陷金华，八月甲申陷建宁，乙未过仙霞关，武毅伯施天福、武功伯陈秀、靖安伯郭熺降清。郑芝龙亦向清军投降，「隆武政权」旋即灭亡。杨凤苞称「福京之亡，亡于郑芝龙之通款」。隆武二年八月甲午，隆武帝率宫嫔自延平出狩，欲逃往江西避难。