了解云南，遂改为云南巡抚。其在任期间，很快就平抚叛乱。之后他振贫乏，轻傜役、税金，规画盐铁商税、屯田诸务，百姓为之称赞。此后他还反对中官採办大理石，节省朝廷费用。后因云南镇守太监杜唐、黔国公沐绍勋勾结张璁，弹劾欧阳重，调外任。欧阳重听闻御史王化劾其为桂萼党，其非常生气，上疏陈辨，请录大礼议被逐诸臣，而自乞褫职。之后又称张璁为奸佞，不宜在左右。明世宗则以欧阳重失职怨望，黜为民。此后二十多年中，言官交相举荐，竟不召用。