军内部分为以波尔布特与塔莫克为首、以乔森潘和英萨利为首的两个派系。柬埔寨国民军采用恐怖手段发动袭击，包括谋杀、破坏经济资源等。他们成功招募士兵要归功于柬埔寨人对越南人的传统仇恨。泰柬边境的是其重要根据地。1999年3月6日，柬埔寨国民军的领导人塔莫克在安隆汶被政府军抓获，自此红色高棉势力不复存在。