两国种族之间关系恶化，两国的经济合作蓬勃发展，更成为南南合作的典范。1963年，肯尼亚独立，内罗毕随即设立了一所印度高级专员公署，蒙巴萨也设立了印度助理高级专员署，而肯尼亚维持在新德里、孟加拉国、斯里兰卡和新加坡设高级专员公署。肯尼亚和印度为联合国、不结盟运动、七十七国集团、和环印度洋地区合作联盟的共同成员，两国经常在这些论坛上相互合作。
经贸关系.印度和肯尼亚有日益扩大的贸易和商业关系。2010至2011年，两国之间的双边贸易总额为24亿美元，其中印度到肯尼亚的出口总额为23亿。