己军营中，钟繇与侍中卫尉杨奇、尚书郎韩斌等人出计谋，比如诱使李傕部下反叛削弱其势力，献帝才得以逃离长安。因功拜御史中丞，迁侍中、尚书仆射，封为东武亭侯。
镇抚关中.建安二年（197年），马腾、韩遂相争，曹操因伐吕布无暇分身，经由荀彧推荐，上书奏请侍中钟繇守司隶校尉、持节督关中诸军。四年十二月甲辰（200年1月4日），钟繇到长安之后送书给马腾和韩遂陈述利害，马、韩臣服献帝，送子为质。官渡之战时，送两千余马匹给曹操，曹操誉之为“昔萧何镇守关中，足食成军，亦适当尔”。七年（202年）