他赶到伊利里亚，庞培就被逼上了决战这一条路。前48年7月10日，两军在底拉西乌姆交战。凯撒损失约1000人后被迫南撤。庞培不相信他的军队击败了凯撒的军团，反而误以为凯撒设计诱敌深入，于是并没有乘胜追击锁定胜局，从此失去战略主动权和速战速决的机会。凯撒在法萨卢斯扎营，引来庞培攻击。虽然庞培派军队人数占优，但他们仍被凯撒的军队击溃。庞培的骑兵之间缺乏协调是他战败的主因之一。
在埃及的战斗.庞培兵败逃亡埃及，却遭到托勒密十三世手下的宦官波提纽斯暗害。凯撒为追击庞培派残兵来到了亚历山大港，