战.这种少数民族佔高位的不正常社会结构埋下国家不稳定的恶种，并且在1993年10月时到达最高峰。那时刚上任才四个月、蒲隆地有史以来第一位胡图人身份的元首，也是首任民选总统的梅尔希奥·恩达达耶，遭到主要是图西人控制的军方暗杀。恩达达雅的死，导致全面性的种族冲突，在这场种族冲突中至少有二十万的双方人口遭到屠杀，而当中原来有人口6.5万的图西人被屠杀至剩下5000人不到。
战后.皮埃尔·恩库伦齐扎于2005年8月19日成为第一个后过渡时期总统。并不受限制的连选连任迄今。