大埔庄为邻，东北及东与芎蕉坑庄为邻，东南与拐仔湖庄为邻，南边及西南边为南势林庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于苗栗厅。1909年（明治四十二年）10月，改隶属于新竹厅。1920年（大正九年），该庄改制为「石头坑」大字，隶属于新竹州苗栗郡苑里庄，大字下有「石头坑」、「新厝子」小字名。1943年，苑里庄升格为苑里街。战后苑里街改制为苑里镇，隶属于苗栗县，大字亦改制为里。
交通.乡道苗50线是石头坑地区内部主要的连络道路，乡道苗43线是本地区西北端通往山脚、旧社