又令三馆抄写二套，一套放置禁中龙图阁，一置后苑之太清楼。后宫中失火，延烧到崇文院与秘阁，其中藏书多有焚燬。于是出禁中本，重新校勘、校理，恢复秘阁藏书，至仁宗时，秘阁归属秘书省管理，藏书已达15785卷。仁宗景祐元年（1034年）命翰林学士张观、李淑、宋祁等校定整理三馆与秘阁藏书，去芜存菁、刊其讹舛，编成书目，赐名「崇文总目」，历七年至庆历元年七月成书，庆历元年（1041年）十二月，翰林学士王尧臣、王洙、欧阳脩等上「新崇文总目」六十卷，是中国现存最早的一部国家书目（已残缺）。宋朝崇文三馆和秘阁曾多次失火，