里五块寮间的短程乡内区道，本线再与其两条支线南39-1线及南39-2线共同构成台南市七股区南侧永吉里、三股里及十份里各聚落间的交通路网，亦为台南市境内位于最西南侧的一条区道等级公路。南39线与其两个支线，分佈在南38线以南、市道173号甲线以东、市道173号以北及台17线四条道路包围的长方型区域里。东侧一角属七股区永吉里、中间属三股里，西南侧大部份区域则属十份里。南39线主起于三股村三股国小西侧南38线叉路口，本段路线以西为农地，以东为校地及农家聚落。由此起点南行到三股村内的Ｔ字型路口处，往东为南39-