主要以分区作为收费模式，乌溪沙站至大水坑站为其中一个收费区，石门站至车公庙站为另一收费区，大围站则成为独立收费结构。在路线改名前，由大围站乘坐马鞍山线（现屯马线一期）至乌溪沙站全程以八达通收费为港币7.4元。乘客只乘搭马鞍山线一个站，不论有否跨区，八达通车费一律为港币3.9元。
上水／乌溪沙－尖东全月通加强版.上水／乌溪沙－尖东全月通加强版使用者可以无限次乘搭东铁线上水至红磡各站普通等（马场站、罗湖站及落马洲站除外）、西铁线红磡站至尖东站及马鞍山线所有车站；亦可免费转乘港铁接驳