辽朝军队西征，引起喀喇汗国内乱，1041年，分裂成东西两部，喀什成为东喀喇汗国首都。1134年，东喀喇汗国被西辽征服，成为其附庸。1215年，屈出律篡夺西辽皇位，迁都喀什。1218年，被成吉思汗灭亡。1225年，为中亚察合台汗国的陪都，在阿里不哥和忽必烈争夺汗位的战争中遭到毁灭性的打击。1306年，察合台汗国分裂，喀什成为东部汗国首都，1387年，东部汗国首都北迁伊犁。1392年，喀什被帖木尔帝国侵佔，1432年被收复。1466年后陷入长期战乱，成为杜格拉特氏族属地。1514年后属叶尔羌汗国。16