马教廷从天主教上海教区分设天主教扬州监牧区，扬州耶稣圣心堂成为新教区的主教座堂。1966年，文革开始，扬州耶稣圣心堂的钟楼及十字架被拆，内部祭台被毁，为工厂占用。1982年恢复开放，为扬州市唯一的天主教活动场所。1995年4月，扬州耶稣圣心堂被江苏省人民政府列为江苏省文物保护单位。