不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”终于得罪魏忠贤。朱童蒙后依附阉党，魏忠贤遂矫旨将起元削职为民，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。天启六年（1626年）二月，诬陷周起元为巡抚时贪污十余万两银，下令缉捕。锦衣卫都指挥佥事许显纯奉命拷打，同年九月，因肌肉糜烂致死。福王时，追谥忠惠。