水厅分割成淡水县、基隆厅与新竹县，清光绪元年12月20日（1876年1月16日），奏准设基隆厅，置通判，兼理通商煤务。光绪十三年（1887年）9月8日，奏准将东北四堡，即基隆堡、石碇堡、金包里堡、三貂堡拨归基隆厅管辖。以「南港口」为淡水县、基隆厅界，并以草岭为基隆厅、宜兰县交界。光绪十四年（1888年），四堡之地及附属岛屿正式归基隆厅管辖。1893年人口约88,000人。 
日治时代.明治三十四年(1901年)，台湾总督府以办务署负责地方政务，而县及厅介于总督府与办务署之间，造成行