竞选于同年11月6日至9日举行。11月6日，世界卫生组织执事委员会选出最后5名总干事候选人，陈冯富珍获得最高票数（24票），其余候选人为墨西哥的弗伦克和日本的尾身茂等。11月8日，世界卫生组织宣佈代表中国参选的陈冯富珍被推举为总干事，于11月9日获得世界卫生大会通过，成为该组织成立58年来首位担任该职的香港人，陈冯富珍在当选时身处加拿大与家人团聚。其任期由2007年1月4日起至2012年6月30日，任期为5年半，比较历任总干事多半年任期，年薪217,945美元。香港学者沈旭晖在《Pacific Affair