省政府从镇江临时迁往江苏中心的淮阴县，1939年再度迁往里下河水网中心的兴化县。此后到1945年战争结束，南京是中国东部沦陷区汪精卫政权的首都。汪精卫政府将其江苏省政府迁往吴县；1944年，还曾经在江苏北部以徐州为中心建立淮海省。抗战期间，新四军主力进入苏北，控制部分农村地区，建立苏北抗日根据地，部设于盐城县。中共政权还建有苏中、苏南两个抗日根据地。战后，中央政府从重庆市还都南京市，而中国共产党一度控制部分苏北地区，以淮阴县为苏皖边区政府所在地。不久，国民政府与已经在东北与华北立足的共产党之间爆发第二次