发表数十篇论文。1977年8月，郑伯昆接任台大物理系系主任，并于1980年7月卸任。在1980年代，郑伯昆与其学生一同参与台湾国家同步辐射研究中心与其加速器的筹建，并自行研制加速器磁铁。他在1995年从台大物理系退休，成为名誉教授。退休后，郑伯昆至淡江大学物理系授课，并持续在同步辐射中心、利用同步辐射光束做研究。