权力后，康巴塞雷斯被认为是督政府五名督导(Director)中过于保守的一个，他被排挤退出政坛。然而，1799年，革命进入一个较为温和的阶段，他成为司法部长。他支持1799年11月的雾月政变，设计建立稳定的宪政共和国新政权，使拿破崙·波拿巴掌握实权成为执政府的。
拿破崙法典.1799年12月，康巴塞雷斯被任命为在波拿巴之下的第二执政官。 他的这个任命归功于他的渊博法律知识以及他作为一个温和共和主义的名声。他在此期间，最重要的工作是制定一个新的民法法典，后来被称为”法兰西民法典”或”