在1941年12月发动太平洋战争，新加坡旋于1942年2月失守沦陷。在日佔时期，林有福仅靠贩卖木炭过活，一直到1945年日本无条件投降和英国重新接管新加坡后，他才返回新加坡冷藏公司出任私人秘书。
投身政治.林有福早在二战后就涉足工会活动。1947年，他辞去了冷藏公司的工作，以全职身份担任新加坡文职及行政人员工会（Singapore Clerical and Administrative Workers' Union）秘书长，并在同年3月成为首位获得英国文化协会奖学金的新加坡人，前往