着西军阵势瓦解，毛利军在毫发无伤之下，亦宣告撤退。当毛利军返回大坂城时，毛利秀元及立花宗茂等将曾要求毛利辉元积极战斗，但是辉元最终撤离大坂城。关原之战后，成为了长府藩6万石藩主。与德川家康养女纳入继室，参加大坂之役，晚年在江户城居住成为了三代将军家光的御咄众。曾经引诱毛利就隆脱离长州藩独立，但失败而回。1650年在江户城病逝，享年72岁。墓地在泉岳寺、功山寺及丰功神社。法号为寺功山玄誉大居士。