包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、元帅府等。当时全国藏区被划分为三个宣慰使司都元帅府（即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路），均受总制院管辖。到了至元二十五年（1288年），尚书省右丞相兼总制院使桑哥认为总制院责任重大，故向忽必烈奏请根据中国唐朝时期在宣政殿接待吐蕃使臣之例而更名为宣政院，由帝师兼领，被批准，而且院使升从一品，与中书省、尚书省、枢密院、御史台并列。根据元朝的规定，对于全国各省佛教和吐蕃地区的一般性事务可设行宣政院驻当地处理，如遇重大军事则由宣政院与枢密院联合负责处理。他们凡是对汉