凌定国由宝斗（今彰化县北斗镇）向南攻，而他本人与许忠标等部队沿海向北作战，直到麦寮与南下的林文明会师后再攻打彰化。12月8日，林文察进驻麦寮。这时，各方部队逐渐包围彰化县城，12月13日破城。之后，林文察进驻涂库，与曾元福相约攻打斗六，同时歼灭支持戴潮春的村庄三十多座，逐渐逼近斗六城，但斗六防御坚固，难在短期内拿下。于是1864年1月20日，林文察假意以援助彰化战事为由，密令各军撤离城外，至1月26日，仅留关镇国数营于城下，并燃烧柴草烟火，令士兵作慌乱状，而诱使城内敌军开门袭击，这时附近甘蔗田伏兵冲出袭