莲溪相连，形成河川袭夺现象，而瑞穗以南古花莲溪河段则形成断头河。花莲溪南端境内的主要支流，如木瓜溪、寿丰溪、万里溪、马太鞍溪、光复溪等皆发源于中央山脉东侧，其中以木瓜溪流域面积最大，支流多且长。主要支流偏在流域西部。上游支流坡度陡，水流急速，每当遇到台风洪水来临时，溪流就会挟带大量的泥土及砂石，从山谷流冲到花东纵谷平原。当河水流出谷口以后，坡度由原先的陡峭地势忽然变得平缓，使得砂砾淤积在下游平原地段，形成许多沖积扇。流路分歧散乱、迁徙不定，本流呈辫状，河心沙洲众多，在纵谷间形成大片平坦地，成为农业及聚落