。使还，王安石参知政事，充子安持，其婿也，引嫌解谏职，知审刑院，权三司使，为翰林学士。熙宁三年，拜枢密副使。王韶取洮州，蕃酋木征遁去，充请招还故地，縻以爵秩，使自领所部，永为外臣，无庸列置郡县，殚财屈力。时方以开拓付韶，充言不用。熙宁八年，进检校太傅、枢密使。吴充虽与王安石连姻，而心里不喜欢王安石的变法，数次向皇帝说政事新法不便于民。帝察其中立无与，欲更换宰相，熙宁九年（1071年），王安石罢相，吴充遂继任为同中书门下平章事、监修国史。吴充欲有所变革，乞召还司马光、吕公着、韩维、苏颂，并荐孙觉、李常