水其盐度只有17psu（实用盐度单位），到地中海时的盐度为34psu。由地中海流进的深层水盐度约38.5 psu，到黑海时会降到34psu。
水文化学.黑海中的有机物质，包括沈船船体等，都完整保存。浅层水会有一段时间有生命期短的藻类繁殖，形成有大量有机物体（包括）的水层。科学家已发现每年会固定有许多浮游植物繁殖，在NASA拍摄黑海的图片中也可以看出。由于这些因素，黑海越来受到的关注。，在黑海海底发现许多保存得相当好的古船骸，例如拜占庭帝国的古船骸就位在土耳其锡诺普海岸下的缺氧海域中