清朝攻台是利用当时相对少数的妈祖信仰，对明郑官兵发动心理攻势，因此东宁王国灭亡后，清廷便大肆在台宣扬妈祖神蹟，贬低原有的真武信仰与庙宇位阶。故东宁王国盛行的玄天上帝延至清治时代中叶后逐渐不及于妈祖。日后清朝遂利用妈祖信仰之宣传战对付各种抗清运动，历经日治时期民间对传统信仰的凝聚力，最终使妈祖成为信仰主流。
基督教.台湾北部本为西班牙殖民，有许多天主教信徒，在西班牙败于荷兰后多已离去。至于基督新教方面，在荷兰统治时期与基督教密不可分，研判当时已有不少汉人新教徒及新港社原住民新教徒。