成立了诸如伊斯兰青年党（Al-Shabaab）和伊斯兰党（Hizbul Islam）等组织，在索马里南部和西部继续作战，逐渐恢复战力，并在2009年重新攻入摩加迪沙。同时，较为温和的部分ICU人员在谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德等人的领导下，在邻国厄立特里亚成立索马里再解放联盟。2008年，谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德决定与索马里临时政府展开和谈，遭到索马里再次解放联盟中部分强硬派的反对，被开除出党。2009年初，谢赫·谢里夫·谢赫·艾哈迈德当选索马里临时总统。