1938年）因久不赴任而被撤职。当时他奉命赴天津租界潜伏后，遭到日本特务机关破获，他本人侥幸逃出。逃亡途中经过中国共产党的解放区，被中国共产党方面拦截。当时正值第二次国共合作，中国共产党方面招待他，并带他参观解放区。1938年，孙佩苍被任命为第一届国民参政会参政员，1940年又连任为第二届国民参政会参政员。民国三十一年（1942年）1月1日至1月7日，“四川美术协会主办第一次美术展览会”预定在成都城守东大街四川省立图书馆二楼举办。该展览会分为两部分：“（一）油画之部——本国现代画家八人 吴作人 吕斯百