幕府先后掌权，院政形同虚设。但也有部分法皇利用院政之便试图掌控国家实际权力，与摄关和幕府相抗衡，其中最着名的例子是源平合战中的后白河法皇，他周旋于源氏和平家之间，平家败亡后更挑拨源赖朝与源义经兄弟，力图从中渔利，恢复日本皇室的权力，结果失败，被后来开创镰仓幕府的征夷大将军源赖朝评价为“日本国第一大天狗”。法皇一般都曾担任过天皇，只有守贞亲王一人例外，他是后堀河天皇的亲生父亲，未做过天皇，儿子即位后尊他为太上天皇，而此时他已经出家为僧，所以也被称为“法皇”。此外日本皇室曾追赠室町幕府第三代征夷大将军足利义