踏入1990年代，企业号调回大西洋，并在地中海及阿拉伯海执勤。期间企业号曾派往亚得里亚海，到发生种族屠杀的前南斯拉夫地区支援北约维和部队；又曾介入伊拉克的库尔德内战，在沙漠打击行动及沙漠之狐行动空袭伊拉克的军事据点。1990年代末，企业号开始参与南方守望行动，并在2001年九一一袭击后率先参与持久自由行动及阿富汗战争。踏入21世纪，企业号在伊朗核问题上扮演美国的外交施压角色，亦曾应对索马里海盗问题。企业号在美国海军服役51年，是海军在役最长的航空母舰。企业号在2012年12月1日举行退役仪式，由于移