针对拼音输入法编码本身的缺点，很多拼音输入法软件都提供了复杂的功能，从而提高了拼音输入文字的效率。而输入法软件中提供的拼音外输入方式，则是让用户在拼音无法输入汉字时的使用：
简繁转换问题.随着不断增长的用户需求，为中国大陆的用户所开发的各类原先只能录入简体中文的输入法渐渐开始提供繁体输入模式。此类输入法的繁体输入有一大弊病：由于这些输入法的字库基于简化字，而部分简化字由多个不同的繁体字简化合併而来，如「皇后」的「后」与「后面」的「后」在繁体中文中