队指挥高级将领大多为该校毕业生。然而福州船政局的自建成果在中法战争时马江海战遭摧残殆尽，因此自强运动后期新式海军筹建转向和国外购舰为主。由于清廷经费有限，清廷的新式海军虽确定分成三支舰队（北洋舰队负责山东及以北之黄海、南洋舰队负责山东以南及长江以外之东海，广东水师则负责福建及南海），主要建军重点便以有巩固京畿需要的北洋建军优先。在北洋建军全盛期，曾一度声称为世界海军前十强；但清廷在1890年后未能持续更新海军军舰及装备，海军人才在思想与素养也未足，导致在甲午战争时的惨败。在19世纪末到清朝下台前，清政府