科二甲进士。历任广东高明县知县、番禺县知县，升南雄州知州，期间随钦差大臣林则徐查禁鸦片。道光二十一年（1841年）升广州府知府。同年，随琦善与义律谈判，并议定《穿鼻草约》。四月，弹压三元里抗英斗争。八月，余保纯主持南海县科考，遭遇考生罢考。后被广东巡抚怡良免职。《道光二十年广东同官录》﹕「余保纯，字冰怀，江苏武进人。嘉庆壬戌二甲进士，以即用知县分发广东，署高明县事，兼理新兴县事，又兼理开平县事。十六年大计，荐举卓异，调署南海县，未到任，改署连州直隶州。以获匪功，保同知直隶州用。旋调番禺县，补南雄宜隶州