姓，然而她妹妹却被姓刘姓。孔文吉之胞弟为孔文博，曾于2014年以无党籍当选南投县仁爱乡乡长，后于2016年被控选举期间买票，一二审皆判当选无效。孔文吉对此表示：「胞弟为此小事下台，他觉得有点离谱。」孔文吉在担任立委前，曾任职内政部山地行政科、朝阳科技大学教授、公共电视首届原住民籍董事等职务。荣获政府首届原住民公费留学奖学金，成为全国第一位原住民英国留学博士。1998年，马英九当选台北市市长时，孔文吉出任其台北市原住民委员会主委；后来当马英九角逐总统大位时，孔文吉更是其原住民政策白皮书的起草者。因