接受吴修齐的建议，最后国民党派出下营出身的政坛老将洪玉钦出马，与陈唐山角逐第十三届县长。最终陈唐山以囊括台南县65.73%的选票高票获得连任，创下民进党候选人在台南县得票率最高记录。直到2010年县市合併。新新闻週刊曾经报导，脱离中国国民党参选第十任总统选举的宋楚瑜，曾多度力邀陈唐山作其副总统竞选搭档。陈唐山担任台南县长期间，不凸出个人知名度，也从未于民主进步党担任中常委、中执委与中评委等职。2000年陈水扁当选总统后，安排了当时高人气的台南县长陈唐山入阁担任行政院国科会主委，为了代理县长该由谁出任