总统后，黄主文出任国家政策研究院院长。2001年7月台湾团结联盟（台联）成立之后，黄主文出任台联创党主席；同年立法委员选举，黄主文排入不分区立委名单，但未当选。2004年中华民国立法委员选举之后，由于台联的选举结果不佳，而且黄主文被批评利用党资源为其子黄适卓辅选，导致黄主文辞去党主席一职，改由苏进强出任党主席。