田信长请求帮助。永禄11年（1568年）9月，信长以义昭臣下的名义进入京都，藤孝亦随之入京。之后从三好三人众的岩成友通手上夺回山城胜龙寺城（青龙寺城），以后在大和国和摄津国转战。
信长家臣时期.不过后来义昭和信长的对立开始出现，元龟4年（1573年）3月，迎接率军上洛的信长并示出恭顺姿势。秘密向信长送出义昭对信长抱有逆心的书信。在义昭被追放后的7月，成为山城桂川之西、长冈（西冈）一带（现今长冈京市，向日市附近）的知行，此时改名为长冈藤孝。8月，与池田胜正一同在山城淀城之战（淀城