2001年7月23日至2004年2月20日期间曼哈顿桥再度开放，M线增驶中午及晚上到10点的列车，讫于第九大道车站；尖峰列车则讫于海湾园道车站。2001年911事件后几天，M线改为区间线型态驶至麦朵大道车站。9月17日N线停驶，M线改为全天经BMT海滩线驶至斯提威尔大道车站。10月28日两线恢复正常行驶。2006年8月底，M线改行驶BMT海滩线。2010年6月28日，M线不再行驶原先行经的BMT纳苏街线，改行驶IND第六大道线。路线标志色因此从褐色改为橙色。
路线.