由于苹果公司于2012年7月收购指纹感应器制造商 AuthenTec，因此在正式发布之前已经有媒体猜测下一代 iPhone 有指纹识别功能。在发布会上确认指纹识别器的名字为Touch ID，并被装嵌在被蓝宝石水晶覆盖之下的Home键中。识别器具有500ppi的扫描精度，指纹资料会被存储在A7处理器的一个独立安全区（Secure Enclave）内，任何软件都无权限访问，且永远不会被备份至苹果伺服器或电脑。依照测试，猫掌的生物特征也可以让触控 ID (Touch ID) 辨识。
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