皇位继承问题同法皇发生冲突，最终在法住寺合战中囚禁后白河法皇和后鸟羽天皇，罢免反对自己的公卿并自封征东大将军。次年，盘踞镰仓的源赖朝得知义仲囚禁法皇和天皇的消息后，派源范赖、源义经讨伐义仲。义仲在宇治川战败，逃往向北逃亡。同年在近江国粟津（今滋贺县大津市）同源范赖的部下交战，阵亡。木曾义仲在源平合战中大败当权的平氏一门，威震四方，人称「旭将军（或朝日将军）」，一度有君临天下之势。但由于年轻气盛，加以特殊的成长背景下所形成的骄傲粗暴性格，之后众叛亲离，迅速败亡。木曾义仲短暂的30年生涯充满了传奇性，崛