至2003年间，为了将ED79型电力机车的使用寿命再延长十年，在苗穗工厂对其中六台基本番台机车进行了翻新改造，改造内容包括对腐蚀明显的车体部分和空气管路进行修补，以及对绝缘老化的电路系统和电器设备进行更换。从2006年3月开始，由于JR货物的EH500型电力机车陆续投入运用，其运用范围由东北本线系统扩大至直通北海道，因此不再需要委托JR北海道的ED79型电力机车来承担部分定期货运牵引任务。同一时间，其中一对“日本海号”列车的运行区间缩短为大坂至青森，进一步减少了ED79型电力机车的运用频率。此后，J