謇等被称为“翁（同龢）门六子”，是帝党重要人物。甲午战争期间多次上疏反对对日求和，中日宣战后与张百熙等五十馀名京官上联衔纠参督臣植党疏，参奏李鸿章及其同僚盛宣怀、张士彬、丁汝昌、衞汝贵、龚照玙、刘含芳、李经方等。《马关条约》签订之后，支持康有为组织强学会，探讨强国之路。次年二月，遭御史杨崇伊参劾，被革职驱逐出京。戊戌政变后，清廷密电访拿，遂出走日本。二十六年（1900年）夏，回国，与容闳、严复、章太炎等，参加唐才常召开的“国会”。唐才常的自立军起义失败后，清廷复下令“严拿”。此后数年，文廷式颠沛流离