昌起义爆发后，他动员驻福建的新军将领孙道仁加入同盟会。11月9日，他又参与指挥了福州光复起义，并在胜利之后担任福建省都督府参事员会参事员，后任福建省政务院副院长。中华民国成立后，郑祖荫当选南京中华民国临时政府参议员，后随参议院到北京任职，不久因不满袁世凯的国会而离职返回福州任都督府秘书长。1913年因参与福建的二次革命而一度被捕。1917年为了逃避军阀李厚基的迫害而离开福建，到广东投奔方声涛。1920年12月，受林森之邀到广州任护法国会非常会议秘书厅秘书。李厚基被驱逐出福建后，林森任省长，郑祖荫任省公署