南阳，迁郎署，擢巩昌兵备副使。以善抚兵将，为秦督洪承畴所推荐。崇祯十五年（1642年）春，奉命出任湖北郧阳兵备道。崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，楚抚王聚奎、王扬基以失机论治，廷臣视楚为戒途，无敢赴者。三月，由史可法力荐，任右佥都御史，巡抚湖广。
弘光隆武年间.弘光元年（1645年、顺治二年）明将左良玉从武昌起兵反叛南明进攻南京，何腾蛟拒绝加入，进入湖南，聚集过去手下的僚属堵胤锡、傅上瑞、严起恒、章旷、周大启、吴晋锡等，招兵买马。何腾蛟给湖南地方官员写信道：“新上为南