欧洲人的航海发现时代，葡萄牙人宰制了整个非洲东岸，而摩加迪休也当然无法免除葡人在十六世纪时入侵的命运。桑给巴尔苏丹在1871年时占领摩加迪休，并在十九世纪末时修筑了加雷萨宫（Garesa Palace）作为当地的行政中心。今天这座皇宫仍然存在，并被作为博物馆与图书馆使用。桑给巴尔苏丹在1892年时将摩加迪休城出租给义大利，并在1905年时正式出售卖断，而义方则将义大利文中称为「Mogadiscio」的该城设为义大利在东非的殖民地、义属索马利兰的首府。而摩加迪休週遭的其他地区，则是在1936年时完全落入义