《熊野权现金刚藏王宝殿造功日记》中，有关于熊野十二所权现祭祀的缘起谭，可以看出在此之前已经合併祭祀本宫、速玉的祭神。如以上所述，在12世纪末之前，三山已经互相祭祀祭神，三山达到一体化。
熊野权现.各神社的主祭神如以下，但是也相互分灵祭神。熊野本宫大社的主祭神家都御子神（家都美御子神）是阿弥陀如来、新宫的熊野速玉大社的主祭神熊野速玉男神（速玉神）是药师如来、熊野那智大社的主祭神熊野牟须美神（夫须美神）是千手观音。三山分别被视为本宫是西方极乐净土、新宫是东方净瑠璃净土、那智是南方补