汉县（莽曰安新县），宕渠县，鱼复县，充国县，涪陵县（莽曰巴亭县）。后汉领县十四：江州县，宕渠县，朐忍县，阆中县，鱼复县，临江县，枳县，涪陵县（巴记曰：「灵帝分涪陵置永宁县」），垫江县，安汉县，平都县，充国县（巴记曰：「初平四年，复分为南充国县」），宣汉县，汉昌县
汉末巴郡.东汉末年三国时期，巴郡建制连续发生变化。汉献帝初平六年，刘璋分江州至临江置永宁郡，朐忍至鱼复置固陵郡，原巴郡管辖垫江以北的区域。到了建安六年，永宁郡改称为巴郡，原巴郡改称巴西郡，固陵郡改称巴东郡，并分置2县为