国本之争引爆的二书二楚（第一次妖书案、第二次妖书案、楚太子案、楚宗劫槓案）、明末三案（梃击案、红丸案、移宫案），两者斗争维持数十年。双方以六年一期考核官吏的京察，作为打击对方的手段，每次只要得势，必定将对方人马贬官。东林党人长期佔据优势，直到天启年间阉珰魏忠贤得势后，齐楚浙党多投其门下，形成「阉党」，屡兴大狱，严酷镇压东林党人。崇祯帝即位后，大力排斥阉党，魏忠贤自尽，但残余势力仍存，最后又不得不重以宦官监军，直到南明为止。