正开始排斥中国共产党。1926年3月中山舰事件后，国共关系陷入紧张。1927年，蒋中正率领部队进驻当时由共产主义武装成员控制的上海，并于1927年4月12日发起大规模捕杀中国共产党党员和支持人士的四一二事件。之后蒋中正试图进攻武汉，但是遭到中国共产党将领叶挺军队的阻拦。与此同时，蒋中正许多盟友张作霖、何键等也开始打击中国共产党。在这次清党过程中，中国共产党党员人数从25,000多名锐减至10,000人。清党初期，中国共产党仍支持武汉国民政府，但在7月12日后则遵照第三国际的指示改组中央领导机构，退出国共合作