八年，明成祖迁都北京后，罢免行部及六曹，以六部官属移之北，不再称“行在”。而其留守南京的官员一律加“南京”字（即所谓“南京吏部尚书”等）。此后在南京任命之尚书与都御史，请参阅明朝南京尚书与都御史年表。
洪熙年间.洪熙元年，明仁宗打算仍在南京定都，并恢复置各部官属于南京，去除“南京”两字，而在位于北京的六部官员头衔前加“行在”两字，并设行部。
宣德年间.明宣宗即位后，于宣德三年复罢行部。 宣宗在位期间，国力强盛，政治清明，与其父明仁宗时期，合称“仁宣之治