召入宫中，晚上，元珍带着毒酒前来，元勰说：“我忠于朝廷，犯了什么罪要被杀！希望见至尊一面，死也没有遗憾。”元珍说：“至尊怎么能再次见到！王仅仅饮酒就是。”元勰说：“至尊圣明，不应该无缘无故杀我，请求与告发我罪状的人当面分辨曲直。”元珍部下勇士将元勰杀害。延昌二年（513年），元珍升任尚书左仆射，延昌三年岁次甲午五月戊申朔廿二日己巳（514年6月29日），元珍在洛阳笃恭里去世，虚岁四十七，朝廷追赠侍中、使持节、骠骑大将军、冀州刺史，当年十一月丙午朔四日己酉（514年12月6日）葬于河南东垣的长陵。