年1月1日至1991年6月30日，他担任联合国主管行政和管理事务的副秘书长。1989年至1990年，他领导联合国过渡协助小组（United Nations Transition Assistance Group，简称UNTAG）在纳米比亚开展工作。由于安哥拉“西南非洲人民组织”（SWAPO）武装力量声称发起进攻，南非派遣向阿赫蒂萨里寻求其同意部署南非防卫军（SADF），以稳定局面。阿赫蒂萨里征询正在当地访问的英国首相撒切尔夫人的意见后，批准了南非防卫军的部署。可能由于批准SADF部署时比较勉强，阿赫蒂萨