年，顾宪成去信首辅叶向高论政，被批评「遥执朝攻」；1610年，户部尚书李三才被攻击贪污和结党，顾宪成也写信给吏部尚书孙丕扬，为李三才辩解，但第二年李三才还是去职。
思想.顾宪成不赞同皇权专制，主张国家大事不应只由皇帝专权，应经过内阁和六部判断，并听从士绅与百姓的舆论，以求「天下之公」。他也批评不关心天下国家的学者。儒学方面，顾宪成遵从朱子学，主张性善，重视修养工夫，提倡静坐，批评陆九渊的顿悟说及陈亮的功利主张。他主要赞同王阳明的良知说，却严厉抨击阳明学的「无善无恶」说混淆善恶，