扁家庭密帐案审判不公，又陈水扁身体不佳，应使之保外就医。2014年8月6日特侦组宣佈该案的确查无不法实据并签结，惟陈水扁仍因其他案件入狱。对此，赖在2014年11月称释放阿扁「有助于缓和朝野氛围」。
蒋中正铜像去留.2015年台南市的和平纪念日活动上，时任该市市长的赖清德表示要移除台南市政府所属的各中、小学校园内已故总统蒋中正的铜像，移至桃园两蒋园区展出。中国国民党民意代表认为赖清德的行为是隐含「专制意识形态」的去蒋化、不尊重台湾历史，且为行政权的霸凌；民主进步党籍民意代表则认同其