太宁二年（324年），晋明帝欲讨伐王敦，以邓攸为会稽太守。王敦自永昌元年攻下建康起，中外兵力数量每个月都会报告给王敦知道，不过邓攸接到转会稽太守诏命后已离府还家，不再知护军将军府事。有人厌恶邓攸，就诬称邓攸还向王敦报告兵力。明帝有所听闻但不信，又转邓攸为太常。可是，明帝南郊祭天时邓攸因病不能跟随，而明帝车驾路过邓攸府中时就特意询问其病况，邓攸还勉强走出来拜见明帝。而这就遭弹劾他称病不跟随郊祀却能走到路上出拜，因遭免官。太宁三年（325年）闰八月，邓攸任尚书左仆射，咸和元年四月甲子（326年5月22日）去