（原航空兵与71旅、62旅所属营混编）与一个特战旅（原空降62独立旅与空降71独立旅併编），由贾辅义中将担任司令，下辖2个空骑旅、1个特战旅、航空训练指挥部、特战训练中心。
精进时期.2006年（民国95年）3月1日，因应国军精进案，航空特战司令部改制为陆军航空特战指挥部。2006年（民国95年）陆军101两栖侦察营由陆军司令部直属部队改纳编至陆军航空特战指挥部，直属之营级单位「陆军航空特战指挥部两栖侦察营」，也和其高空特勤队之军官士官干部做交流、轮调等，以互相了解其单位属性。