皇后不久，后圆融天皇怀疑其与足利义满通姦，将严子殴打了一顿。作家海音寺潮五郎据此怀疑后小松天皇可能是足利义满的私生子。后小松天皇早期就是在上皇与幕府将军勾心斗角这种险恶的状态下度过的。在后小松天皇即位后第十年（1392年），南北朝宣告统一，南朝的后龟山天皇以两统迭立为条件，交出三神器并且退位。后龟山天皇退隐到了京都的大觉寺，被尊为「太上天皇」。根据当时的协定，后小松天皇的继承者必须是后龟山天皇的儿子，而且以后的继位者应该以南（大觉寺统）、北（持明院统）两统轮流的方式来排定。不过后来朝廷却遵照足利义满的意