设立了基地，即马公风柜尾荷兰城堡。荷兰军队强迫当地的居民建设碉堡，受奴役工作的1500个工人其中1300人死亡。1623年11月，福建巡抚南居益设计邀澎湖岛上荷兰人到厦门谈判，在宴会上囚禁荷兰代表团，并乘机袭击烧毁了入侵明朝沿海的荷兰战舰。之后荷兰人于澎湖海战（1624）被明军击退，转往台湾。
明郑时期.自荷兰人撤退后，澎湖一直处于明朝的控制下。在南明时澎湖实际上成为明郑的领域，并派官员来澎湖收税。1658年，郑成功让鲁王朱弘桓留驻两年。1661年（永历十五年），郑成功出兵攻台湾时