一直到1453年君士坦丁堡陷落。穆罕默德二世征服该城后，将其重建为一座伊斯兰学校。君士坦丁堡大学的讲师马太（Matthaios Kamariotis）成为了1454年建立的法那尔希腊正教学院的第一任主任。君士坦丁堡大学被学者们认为是世界上第一所“大学”，但是这种观点并未考虑到拜占庭的通常缺少西欧中世纪大学（最早使用拉丁语名词“universitas”的由学生与教师组成的法人团体，定义了后来大学的体制特征）的法人团体结构。尽管如此，《中世纪百科全书》（）仍将425年的君士坦丁堡大学定义为“大学机构”。