转任京都帝国大学教授，并曾吸引汤川秀树回母校旁听其课程。后者于1949年成为日本首位诺贝尔物理学奖得主。二战期间，荒胜文策曾为大日本帝国海军的原子能研究计画服务，并于其后不久成为京都大学名誉教授。他在二战后期被委任调查广岛市原子弹爆炸的受害区域，以了解原子弹的影响力，其调查报告数据之精确震惊世界。联合国军最高司令官总司令部（GHQ）于战后下令拆除京都大学荒胜研究室的回旋加速器，使大量荒胜文策的报告与其制作的仪器因此而流失。该次拆除行动也引来国际的批评。此外，中华民国国民政府为发展核子技术，曾派遣教育部次