境层和入境层均设有免税店区域，其中离境层面积1200平方米、入境层300平方米，主要销售香烟及酒类、香水及化妆品、服装配饰以及包装食品等产品。免税店的经营权由全球最大免税店营运商集团取得，为期5年。
内地口岸区.内地口岸区的总楼面面积约10万平方米，范围为西九龙站B2、B3层划定区域、B4层月台区域及有关连接通道，包括内地监管查验区、内地办公备勤区、离港乘客候车区、车站月台和连接通道及电梯。在香港特区境内的广深港高铁营运中的列车车厢（包括行驶中、停留中和上下乘客期间）亦视作在内地口