两庙合併而成，于1934年选得现址，1938年完工。1969年，日月潭文武庙重建，建筑设计师由澎湖出身的谢自南担纲，得到蒋介石等各级首长关心，由台湾省主席黄杰核定以「北朝式」风格建筑，1975年完工。日月潭文武庙主祀关圣帝君，加奉祀孔子和岳飞，所有神像皆用铜铸塑像。庙分三进，第一进是供奉孔子，第二进供奉武圣关公及神农大帝、文昌帝君、三官大帝和玉皇大帝；第三进则可以俯瞰日月潭全景。
签诗.日月潭文武庙圣签〈巍巍独步向云间〉，採「天干序」的天干方式做签序，所谓「天干序」