基因污染.河水牛受到基因污染的威胁。家养的水牛日间在森林内放牧，与河水牛有所接触，发生种间繁殖。种间繁殖令河水牛的血统受到污染，相信是源自于南亚。除了在印度以外，纯种的河水牛就只有在泰国可以见到，但数量只有约50头，而在沿越南、老挝及柬埔寨边界的安南山脉也可以见到。现时在亚洲其他地方的河水牛都并非纯种的河水牛，且也有被引进到阿根廷及玻利维亚。