：在2011年，一项有关泸食性海鞘及捕食性海鞘的分子支序亲缘学研究将这些海鞘物种的rDNA进行排序，确认这些物种间的关系，原深水海鞘纲（Sorberacea）的成员都被併入到海鞘纲的科中。尽管传统的分类仍然接受，较新的证据认为海鞘纲其实仍然是一个由并系群组成的人造群组。
化石物种.有关本分类的化石物种从属一直以来都有争议：一来这些化石的年代非常久远，难以保存；二来化石物种没有现生种可透过分子生物学手段来分析，并借以釐清当中争议。