未能蝉联院长。其院长职位由上一任期的副院长，时由高雄县选区选出的国民党立委王金平当选就任。2001年，刘松藩脱离中国国民党后，改由亲民党以不分区形式提名为立法委员。
涉案离台.他在1998年院长任内，涉嫌协助台中商银董事长曾正仁，居中介绍经营不善的知庆公司向台中商银非法超贷15亿元，刘松藩并从中取得1亿5000万元的佣金，在2004年9月7日被台湾高等法院台中分院判决背信罪成立，当时刘松藩在美国执行立法委员考察，他同日宣佈退出亲民党及辞去不分区立法委员职务，结束32年立委生涯。