出身书香世家，发奋好学，受业于方东树、戴钧衡，光绪间举人。精古文辞，师从方宗诚、吴汝纶，被誉为桐城派殿军，其语言又由典雅走向通俗，陈三立评道：“曾、张之后，吴先生之文至矣。……至马先生简洁无素”。光绪三十四年（1908年），授学部主事。辛亥革命后，袁世凯遣人拉拢马其昶等名人，其昶拒之：“区区非能事二姓者也。”南归后，为清史馆总纂，撰有《清史稿》之〈文苑传〉、光宣朝列传。1926年，因病归里，三年后病故桑梓。葬于黄铺乡汪河村蜈蚣夹子土坡上。
着作.着作有《抱润轩文集》、《毛诗学》