清兵入关后祖大寿任总兵。顺治十三年（1656年）病卒于北京，葬于北京。
家庭.有子祖泽润、祖泽溥、祖泽洪、祖泽清，一个养子祖可法。
后事.1919年，在天津做生意的英国皮货商克拉虎氏，接受了加拿大皇家安大略博物馆採购任务，採买一座明墓运回加拿大，当即有自称祖大寿的后人联系卖墓事宜。1920年，他亲自到丰台铁匠营墓地现场经过考察，经博物馆认可后，这才买下了这群石雕以及墓主人的八角形坟墓石雕壁，然后不远万里，通过轮船海运到加拿大安大略皇家博物馆。