时为助理主教的陈日君就指责中华人民共和国政府拆散无数美好的家庭。陈日君又指「不能视法轮功为邪教」，并批评董建华任特首的香港特区政府「遏制法轮功活动」，等于在「压制港人的宗教自由」。特首董建华2001年发表定法轮功为邪教的言论、并推动《邪教法》立法，陈日君回应：「（中央政府）今天对付法轮功的手法，明天也可能会用来镇压天主教地下教会。」「（港府）一方面指法轮功在港并无犯法，但另方面却探讨立法打压法轮功，有『自打嘴巴、自相矛盾』之嫌。」他更担心港府今日为取缔法轮功而订立《邪教法》，日后便可「为所欲为」 ，以《