上海化学药物研究所担任研究员，1945年8月，二战结束，任经济部化学工业处处长。至1946年又回到北大担任化学系教授兼系主任。
国立台湾大学时期.1948年因为战乱，政府派专机将钱思亮及其家人由北平飞往南京，随即被台湾大学校长傅斯年邀请任教而再迁至台湾，1949年1月20日傅斯年就任台大校长，延聘钱思亮为化学系教授及教务长，一度代理理学院院长，并于1950年11月代表台大赴巴黎出席国际大学校长会议，促成与美哥伦比亚大学合作，派二位医学教授来台改良台大医学教育。1950年12月20日