担任常务理事，重新组织中国佛教会。1940年，李子宽任国防最高委员会党政工作考核委员会政务处副主任。二次世界大战结束后，1946年，国民政府还都南京。李子宽回到湖北，当选应城县国民大会代表。1948年，因国共内战，李子宽至台湾。李子宽取得台北市善导寺所有权，协调原佔有此地的公务单位与军队离开，希望以此为基地，继续太虚大师的弘法事业。1949年，聘请太虚大师的首座弟子大醒法师，任善导寺导师，同时让《海潮音》月刊在台湾复刊。大醒法师以身体不佳为由请辞后，乃聘请南亭法师继任。1949年，中华民国政