胼胝体及前连合发育不全、神经移行失误、缺乏嗅球、嵴髓嵴髓膜膨出和孔洞脑畸形有关。
神经上的破坏.当结构性破坏并不可见企存在时，可以评估神经性破坏。就胎儿酒精综合症，神经性破坏是因生前孕期酒精暴露对中央神经系统、周边神经系统或自主神经系统的破坏。神经性问题须由医生确定，且不是由出生后的发烧、脑震盪、创伤性脑损伤等影响。所有诊断系统对中央神经系统在神经层面的受损有着相同性，因孕期酒精暴露造成的神经性异常会可以诊断出胎儿酒精综合症，且功能性异常也一样。神经性问题可以以硬体征或可诊