9年7月1日，云高尔正式接任拜仁慕尼黑队主教练一职，他形容拜仁这家俱乐部是“梦幻般的”，球队也为他引进了荷兰巨星罗本。但云高尔在拜仁的开局并不顺利，在2009/10年赛季直到联赛第四轮才取得首胜，前13轮拜仁只取胜五场。在欧洲冠军联赛中，拜仁在小组赛被波尔多双杀，出线形势危急。但在12月8日拜仁慕尼黑客场挑战尤文图斯的比赛中，拜仁4-1大胜对手顺利出线，与此同时球队在德甲联赛的战绩也得以好转，一度打出九连胜的佳绩，迅速巩固了积分榜第一的位置。最终在2010年5月8日，拜仁慕尼黑以3-1击败了柏林赫塔队以后