目由澳门葡萄牙人建筑师（Manuel Vicente）规划，建筑设计团队由工程师、考古学家和历史学家和博物馆学家组成。在5年的考古勘察与建造中，发现了昔日教堂背后的建筑遗址及埋葬教士的墓地。1996年10月23日，政府在原教堂主祭坛的位置建成了天主教艺术博物馆与墓室，展出部分澳门教会的珍贵文物，使遗址重新成为一个宗教场所。此外，工程包括在教堂前壁背面建造一座与原唱诗台高度一致的钢架结构了望台。另外，原本在1835年火灾前存放在教堂内的59名日本籍及14名越南籍死者的骸骨一度放置在路环的圣方济各堂，博物馆