守云南起，一直到吴世璠败亡，吴氏经营云南二十余年，积蓄财宝无数。清军攻破昆明后，众将都争相掠夺财物，只有赵良栋一无所取，其所部兵马，纪律严明，没有劫掠的事情发生。
噶尔丹战事.康熙二十八年，授骑都尉（拜他喇布勒哈番）。三十年，噶尔丹扰边，西安将军尼雅翰出防宁夏，向赵良栋咨询军事。三十二年，宁夏总兵冯德昌赴甘州，赵良栋受命暂领镇兵，后来弹劾德昌克扣军粮，德昌坐罢。三十三年，奉命率兵驻土喇防御噶尔丹，旋召回京。三十四年，授世袭一等精奇尼哈番，赵良栋生性亢直，在四川时得罪了建威将军吴丹，