规划定案后才添加的，目的是解决6号线与16号线的换乘问题，因此6号线一期开通时，二里沟站并没有投入使用。截至2021年2月，6号线站台仍然未有启动装修及安装月台门。目前6号线所有列车以大约40km/h的速度通过预留站台结构。虽然16号线中段（西苑~甘家口）已于2020年12月31日建成通车，但是由于二里沟站需要与周围建筑进行一体化同步建设，因此目前16号线所有列车以大约50km/h的速度通过，均不停靠本站。根据施工计划，16号线二里沟站预计在2021~2022年随16号线南段（甘家口至宛平城段）同步