亲去世，守丧辞职。守丧时，陈孝意越礼哀丧。有白鹿在他守孝的草庐近处驯服，当时的人以为是被陈孝意的孝情所感动。服丧期间还没有结束，担任雁门郡丞。他在雁门郡吃菜食斋戒，骨痩如柴。朝夕哀哭，昏厥倒地。他尽心为官，揭发当地官吏贪污。617年（大业十三年），刘武周起兵，杀马邑郡太守王仁恭，自立为主。陈孝意和武贲郎将王智辩率兵攻打刘武周，在下馆城战败。逃回雁门郡，前郡丞杨长仁、雁门县令王确秘密归附刘武周。陈孝意得知，将他们一家族灭，郡中慄然，不敢有依附刘武周的贰心。刘武周攻打雁门郡，陈孝意坚守郡城。外部没有救援，向