乱以后，浩罕汗国还是没有放弃其对喀什地区的野心，时常支持和卓族人的复国行动，介入新疆事务。
衰退.在浩罕汗国繁荣的背后，其国内的统治阶层逐步发生对立，哈萨克和吉尔吉斯等游牧部落的叛乱也时常发生，政权实际上很不稳定。1842年，布哈拉汗国的继承者布哈拉埃米尔国的纳斯鲁拉入侵浩罕，攻下浩罕城，并杀害了穆罕默德·阿里汗全族人。从此，浩罕汗国被纳入了布哈拉的领地。随后布哈拉在被占领的首都浩罕城，扶植了新一任傀儡统治者。不久，出自浩罕大汗一族分支的希尔·阿里夺回了政权。但由于王室血脉的而引