车站客运设施并不完善，站内甚至没有厕所。车站出口旁曾有万源当地市民集资修建的厕所，但一直收费入厕且没有任何发票，厕所环境甚是脏乱。由于万源站的管辖权属于西安铁路局而非成都铁路局，万源站的改造一直难以进行。为此，万源市委、市政府于2008年专程向四川省和铁道部反映这一情况，万源站的改造（包括公厕修建）最终纳入襄渝Ⅱ线改造升级工程，并于2011年动工，计划工期24个月，改造工程的范围包括万源站的站房、进出站地道、雨棚、站台等客运设施。在改造中，万源站的既有站房被拆除，原址新建建筑面积4500平方米的站房。项目总