后来马其顿先后由罗马帝国、拜占庭帝国（希腊人所主导）等统治。5世纪起斯拉夫人开始进入马其顿地区，并且在该地（尤其是马其顿的内陆地区）定居，因而奠定现代马其顿南北之分（南：希腊人/北：斯拉夫人）的基础。
中世纪.837年，保加利亚帝国征服马其顿，并于10世纪末在该地的奥赫里德（Ohrid）定都。1018年，拜占庭帝国又征服马其顿，在接下来的几个世纪里马其顿多次在拜占庭、保加利亚和塞尔维亚之间转手。
奥斯曼时期.15世纪初奥斯曼帝国征服马其顿，并开始长