万历十年（1582年）壬午科乡试二十四名。万历十四年（1586年）三甲第二十六名进士。任山东冠县知县。官至山西兵备佥事。崇祯二年（1629年）十一月，皇太极率后金兵入关袭扰，围攻遵化，巡抚王元雅自缢，马思恭在籍，随兵部郎中贾维钥率父老投降。次年，孙承宗率军克复遵化，马思恭、贾维钥等降臣被俘，押送京师处死。
家族.曾祖父马杰，曾任冠带总旗；祖父马龙，曾任冠带总旗；父亲马蕙，曾任□府教授。前母张氏；前母白氏；苏氏。