瀛留任第一战区总参议。同年冬，日军占领武汉，程潜调离第一战区，萧振瀛随国民政府撤往重庆。1940年夏，朋友告诉萧振瀛蒋介石企图加害他，萧振瀛乃辞去军政各职，在重庆郊区山洞西山新村闲居，从事社会经济、文化以及公益事业，并常和前线军队联系。原西北军将领何基沣因访问延安而遭到拘禁，后来通过萧振瀛力保才重返前线。萧振瀛还经常参与原二十九军、原东北军、川军的事务。1941年，萧振瀛于重庆创建打捞公司，此后又同原二十九军部分将领及东北同乡创立大明公司。1942年，经刘航琛、潘文华、杜月笙等资助，萧振瀛创设大同银行并