学初中部。1928年，毕业于上海复旦中学高中部。1932年，毕业于上海复旦大学化学系。毕业后，经翁文灏推荐，进入中央地质调查所土壤研究室工作。1944年，赴美国伊利诺大学研究生院深造。1946年，获伊利诺大学农学硕士学位。1948年，获伊利诺大学哲学博士学位。1948年，回国，工作于中央地质调查所土壤研究室。1950年，当选为第四届国际土壤学会副主席。1953年后，李庆逵先后任中国科学院土壤研究所研究员、副所长和名誉所长等职。1957年－1962年，兼任中国科学院热带生物资源综合考察队副队长。1978年