随尿液排出，而有证据显示人类皮肤也会吸收黄连素。黄连素可以阻塞平滑肌受体、阻塞心脏的钾离子通道及减低心室心搏过速、阻碍小肠的离子分泌及在消化道生成毒素和增加胆汁分泌。怀孕及小童不应服用金印草。金印草与一些具有狭窄治疗窗的药物，如华法林、环孢霉素、蛋白酶抑制剂及强心甙类等，的互相作用须特别小心。
注意事项.实际上，只有10%的金印草是运用得宜。在感染的初期不应服用金印草，尤其是对金印草素及黄连素有反应的感染，如上唿吸道感染。一般要待痰呈黄色或绿色时才开始服用，最多只可服用两星期。