北部5郡一同被划出改隶属新设立的丹后国。在14世纪末之后，随整个丹后国成为一色氏的势力范围，16世纪末织田信长派长冈藤孝进攻丹后国后，一色氏臣服于织田信长，虽然丹后国南半部成为长冈藤孝的领地，但位于北半部的此区域仍属一色氏所辖。1582年一色氏在本能寺之变后加入明智光秀一方，于明智光秀战败后随之一同灭亡。1600年关原之战后，京极高知领有整个丹后国，但在1622年京极高知过世后，将丹后国划为三分，熊野郡在当时随之成为领地。但之后随着宫津藩的多次改易，熊野郡也多次在宫津藩领地及幕府直辖领地之间变动，最终整