拍摄于2015年11月4日在尼泊尔和加德满都谷地附近开始进行，其他取景地包括帕舒帕蒂纳特庙、斯瓦扬布纳特、位于加德满都的泰美尔和，以及拉利特普尔的帕坦王宫广场。2015年12月，移至英国的松林制片厂拍摄。2015年11月25日，漫威公布《奇异博士》将在香港取景。电影于2016年4月3日在纽约市杀青，接下来开始进行后制。导演史考特·德瑞森（Scott Derrickson）接受《Empire》杂志访问，透露本来漫威打算在2015年秋天就开始拍摄《奇异博士》，但当时班奈狄克要演《王子复仇记》舞台剧而无法抽