宝石》还可与任天堂GameCube的游戏《》、《》与《精灵宝可梦整理箱》连接。在前两者中，玩家在游戏取得一定分数后即可与《精灵宝可梦 红宝石·蓝宝石》连线交换宝可梦，且预购《精灵宝可梦宝石版竞技场》的玩家可获得特殊宝可梦基拉祈，并参加《精灵宝可梦剧场版：七夜的许愿星 基拉祈》的电影特映会。而精灵宝可梦保管箱被暱称为「精灵宝可梦的Microsoft Office」，使玩家可在GameCube上储存并组织宝可梦。另外，欧版的《精灵宝可梦频道》中，玩家可在获得一定分数后取得吉拉奇，并可传输到《精灵宝可梦 红宝石·