围赛第2圈，香港在旺角大球场迎战关岛，开赛仅2分钟，陈肇麒接应林学曦右路传中，近门射入先开纪录，他再在17分钟，陈肇麒接应麦基右路快放传中，顶入为香港队拉开2–0纪录，最终香港凭陈肇麒梅开二度以2–1险胜关岛。2012年12月7日，东亚盃外围赛第2圈，香港队在香港大球场迎战中华台北，陈肇麒于24分钟助攻陈伟豪顶入，1分钟后陈肇麒再助攻李康廉单刀射入，最终香港以2–0击败中华台北。 2013年，据英国《每日邮报》统计全球所有国家队和地区代表队的首席射手至今的国际赛入球率，香港首席射手陈肇麒打入全球十大排名