然而此种说法并未在清朝时的文献中见到。而据说在明郑时期，因为该庙是「开台首祠」，庙名遂改为「开山宫」。此外连横〈开山宫记〉则写说开山宫是郑成功所建，祀奉陈稜，故庙名「开山」。且写说是后人不察，误以为主祀吴真人，后来更把庙名误记为开仙宫。但根据《台南州祠庙名鑑》（1933年）的记载，在祭神一栏中并未提到有供奉陈稜。而考察文献，康熙五十八年（1719年）《台湾县志》已有「开山宫」之记载，故可知开山宫在此前已存在。又《重修台湾县志‧卷六》则写说「吴真人庙在西定坊新街。伪时建。」。