本站是採用明挖回填式兴建，工程时期位于设站位置上方的常磐线南千住站因此暂时移至临时线路。
转乘.虽然JR东日本、东京地下铁、首都圈新都市铁道皆使用南千住站作为站名，但当初帝都高速度交通营团（营团地下铁）日比谷线通车时由于未与日本国有铁道（国铁）实施转乘业务，因此同名的两站一直未成为官方转乘站。筑波快线开业前虽然转乘资讯加入JR、东京地下铁两线，但由于相邻的北千住站转乘更为便利，加上该线与JR、东京地下铁的定期券没有转乘设定，开业后仍未改变过去的转乘状况。但3公司的车内广播皆有转乘资