有5个车站，由福田口岸站至少年宫站，已于2004年12月通车。二期工程全长约15.8公里，包括大约5公里地下段和10.8公里地面段及高架段，共设有2个地下车站、1个地面车站和7个高架车站；已于2011年6月16日建成通车。4号线二期专案总投资额约为人民币58亿元，是中国大陆国内採用BOT（Build-Operate-Transfer）建设营运转移模式建设的地铁专案，是港铁公司与内地合作发展轨道专案和深港跨界合作的重要里程碑，特许经营4号线30年（即2041年止）。
营运中路线.