本能寺之变后的混乱局面基本统一四国全境。1585年（天正13年），羽柴秀吉进行四国征伐，长宗我部元亲虽一度抵抗，但最终不敌投降。江户时代之后，四国原本的各大名都被驱逐，取而代之的藩主是德川幕府较为信赖的武将。江户时代时，德岛藩（相当于阿波国和淡路国）和土佐藩（相当于土佐国）的情况较为单纯，分别由蜂须贺氏和统治。而伊予国和赞岐国则分为多个小藩，其中规模较大的藩有高松藩、伊予松山藩、宇和岛藩。在较为和平的江户时代，四国的经济和文化都有明显发展。德岛藩生产的是当时日本品质最高的染织品，成为当时德岛藩的财政基础