政府分设行政院、立法院、司法院、考试院、监察院为5院，总统身为国家元首，仅有协调各院运作之责，称为「五权分立」。这与现今世界主流採用之三权分立制度略有不同，中央政府体系原具有内阁制的精神。但从1990年代以来的多次修宪后，已转为偏向总统制的双首长制：行政院院长（内阁首长）由总统直接任命并与行政院各部会首长向立法院（国会）负责，总统则负责制定重大国政与处理外交、国防、国家安全等涉外事务。宪法增修后，事实上是呈现「三大权加两小权」的权力格局，即以行政院、立法院、司法院为中心，监察院、考试院较具辅助性质。总统