西逐渐成为日内瓦天主教的主要教区。1602年，圣方济各·沙雷氏被晋升为日内瓦教区天主教主教，其在位期间主持在阿讷西修建了多处宗教建筑，阿讷西由此被称为“阿尔卑斯地区的罗马”（），与当时属于新教的大本营日内瓦分庭抗礼。
近代.大同盟战争后，阿讷西所在的萨伏依先后被法兰西和西班牙军队占领。1714年，根据西班牙王位继承战争的结果，萨伏依成为西西里王国的一部分，1720年被并入萨丁尼亚王国。1742至1748年间，阿讷西再次被西班牙军队占领，直至《第二亚琛和约》签订，萨丁尼亚才重获萨伏依