敢出版了《大教学论》等五部重要译着。1937年夏抗日战争爆发，清华大学南迁。傅任敢被任命为清华大学保管委员会五人小组成员，留守北京，保护校产。日军攻占清华园后，傅任敢乃关停成府小学南下，赴昆明西南联大任校长室秘书。他还将成府小学结余经费通过叶企孙捐赠给吕正操以资抗日。在后方，傅任敢写作了《痛苦的经验》一文，介绍了清华园在敌占期间的境况，发表在于重庆复刊的《清华校友通讯》上。这一文章引起了强烈的反响。1938年，在董必武的指示下，重庆清华中学被创建。傅任敢受梅贻琦之委派担任重庆清华中学校长。在重庆清华中学