在1703年（元禄16年），龟田川发生大洪水，之后河口被土砂堵塞，不适合用作港口。原本居住在当地的和人和港口机能因此移动到函馆山山麓。函馆在江户时代和松前、江差并称为「松前三港」，是一座天然良港和水产物集散地。18至19世纪之交，随着俄罗斯势力的南下，江户幕府将虾夷地改为直辖地，并设立箱馆奉行所，加强对道南地区的控制。黑船来航之后，幕府在1854年（安政元年）再次设立箱馆奉行所。同年神奈川条约签订之后，箱馆和下田对美国开港。并在1859年美日修好通商条约签订之后和横滨、长崎一併开港。箱馆在开港之后本来计划修