7年7月，就任日本北纬宗座代牧区首任主教的，选择该教堂为教座所在地；同年12月，砖造的正式教堂开始修建，于1878年8月15日完工祝圣启用。1891年，日本北纬宗座代牧区升格为东京总教区，该教堂延续为教区的的主教座堂，直到1920年迁至关口教会（东京圣玛利亚主教座堂）为止。1923年，该教堂建物因关东大地震而毁坏，当时只能在一旁兴建临时教堂代用。1926年11月，新教堂建物动工，于1927年4月10日完工祝圣启用，为一仿多立克柱式的木造砂浆造建筑，此即今日所见之教堂建物。目前该教堂获指定为、以及东京都中