部与国外机构合作、总部授权特许经营三种形式设立。现阶段主要以中外合作方式建设孔子学院，具体合作方式由孔子学院总部与国外合作方共同协商确定。孔子学院的合作伙伴主要是国内外大学、中学、教育机构等，其中国际伙伴既包括美国哥伦比亚大学、德国海德堡大学、荷兰莱顿大学、日本早稻田大学等世界一流大学，同时也包括一些高中等教育机构。
经费.根据官方报导，每所孔子学院的开办费用共50万美元，由中国政府分五年支出，每年10万美元，之后自负盈亏。
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