少的荒芜之地。五代时，清溪为南汉之地。宋代时属广南东路。绍圣年间，被眨至惠州的苏轼曾登上清溪北部的银瓶山，为美景所陶醉，作下了“银瓶山水天下流，风景美丽醉东坡，东坡攀登银瓶山，赞叹风景胜罗浮”一诗。据《东莞市清溪镇志》记载，自北宋末年因北方战乱，不少中原汉人南迁至清溪，如北宋靖康年间迁入的渔樑围朱氏（旧称五樑围），为本地最早落户的村落之一。南宋嘉定年间，广州刺史钟天柱葬于清溪葵湖村蒲芦岭。元朝时，清溪归江西行省管辖。明朝时，该镇为广州府东莞县文顺乡管辖，崇祯年间建立了清溪老墟，为当地乡民集散买卖之地。