维吾尔族先民回鹘人信奉腾格里、萨满教及摩尼教。回鹘西迁后，祆教、景教在高昌回鹘王国均有传播，而佛教则成为高昌与龟兹回鹘的主流宗教信仰。公元10世纪上期，喀喇汗王朝统治者接受伊斯兰教，及后亦以王权压迫臣民皈依伊斯兰教，伊斯兰教成为国教后由喀什噶尔传播到叶尔羌、于阗等地，到明末已遍及吐鲁番、哈密地区成为在维吾尔族中占居统治地位的宗教（因东察合台诸汗和苏菲的活动）。维吾尔族主流信奉伊斯兰教逊尼派，在教法学上归属于哈乃斐派，但苏菲派亦曾于叶尔羌汗国时期成为主流。