种类较多，可以用光谱学、血红素基团的精确结构、抑制剂的敏感度以及还原电势的大小来分辨。根据辅基的不同，可以将细胞色素大致分为三类：细胞色素c不是根据辅基来命名；与其他三类细胞色素非共价结合血红素不同的是，细胞色素c通过分子中的半胱氨酸巯基与血红素共价结合。 目前没有细胞色素e，但有细胞色素f（细胞色素c中的一种）。 此外，细胞色素d仅存在于细菌中。在线粒体和叶绿体中，细胞色素常常结合在电子传递和相关代谢途径的复合物酶中。细胞色素P450是一个完全不同的细胞色素酶超家族，命名是根据其还原态（血