.FCEUX的Win32版本目前不支持TCP/IP联网游戏，支持该功能的最新版本是FCE Ultra 0.98.9，但SDL版本支持。
跨平台.FCE Ultra曾有可运行在UNIX平台上的版本，名为GFCE Ultra，图形化终端使用GTK2用户图形界面库以Python语言写成。该版本后来于FCEUX 2.1.3中添加。该模拟器目前已经支持DOS、Linux、Mac OS X、各种Unix平台（如FreeBSD、Solaris和IRIX）、Windows、GP2X、PlaySt