背信、诈欺等罪嫌对黄政哲提起公诉，该案一审即判决无罪。但2006年12月1日，台联召开中评会并邀黄政哲列席说明，经过将近三个小时讨论，决定不管未审先判,用高标准将黄政哲停权三年。当时台联党内争议不断，除了监委提名卡位纷扰,红衫军事件后期更是陷入是否罢免陈水扁总统的路线之争, 党内派系互斗严重，后黄政哲因不愿卷入党内路线纷争，于立法院2007年会期开议前，请辞全国不分区立法委员。