869年5月20日，两军于正式开战。虾夷共和国一方因为技术上的不足，以及与新政府军的军艗数量实在相差太远，因此于6月10日，千代田形丸被明治新政府军捕获。六天之后，回天丸因为机关功能太大损伤而在弁天台场触礁，后来幕府一方因为不想白白浪费，而将残骸改造成为炮台。6月20日，新政府军发动箱馆总攻撃，蟠竜丸折返，于折返途中击中新政府军朝阳丸的炸弹储存库，朝阳丸因此被击沉。这次事件一度令旧幕府军士气变得高昂，但不久后蟠竜丸就沖进了浅水区并且触礁。箱馆湾海战结束，明治新政府获胜。虾夷共和国在这场战争当中失去所