在寻阳政权覆亡后仍然拒降，休仁遂都督北讨诸军事；刘休祐改任荆州刺史后，仁休又代其督西讨诸军事，负责讨伐豫州刺史殷琰所据寿阳。至其年十二月，薛安都以所领降于北魏，而刘勔就攻克寿阳。另一方面，刘子勋等王虽被杀，但曾支持刘子勋的松滋侯刘子房获赦，与永嘉王刘子仁、始安王刘子真等几位较年幼的孝武帝诸王尚在世，休仁认为他们都是祸患，劝明帝杀害他们，最后他们都于泰始二年十月乙卯（466年10月25日）被赐死，令孝武帝诸子死尽。
猜忌被杀.宋明帝和休仁分别为宋文帝的第十一及十二子，年龄较接近，