朝廷军队主力，最后乘胜进军，于建文四年六月十三（1402年7月13日）攻下帝都应天府（今江苏南京）。建文帝失踪后下落不明，朱棣登上帝位，是为永乐皇帝。
背景.明朝建立后，明太祖朱元璋为了巩固自己及子孙的统治，便大封宗室二十五人为藩王，驻守全国各地。这些藩王虽然没有封地的管治权，但拥有护卫军队，少者有三千人，多者至一万九千人，驻守北方边境的九位边王（辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃）军权更大，如宁王“带甲八万，革车六千”。不过，在继承人问题上，朱元璋所立太子朱标早逝。皇太孙朱允