纷纷离开庄园到利马等城市生活，也有少部分人移民到了环境更加恶劣的玻利维亚，截止到1936年，秘鲁已有日侨23,000人。二战期间，秘鲁国内掀起了反日暴动，秘鲁人攻击日侨的住家、企业，有10名日侨在暴动中被秘鲁人殴毙、数十人受伤。1942年1月，因珍珠港事件，秘鲁与日本断交。美国政府认为秘鲁的日侨对于同盟国是一个极大的威胁，在美国的压力下，秘鲁政府将1,700名日裔秘鲁人被送往美国强制收容。1959年，秘鲁恢复了与日本的外交关系。1961年，秘鲁总统曼努埃尔·普拉多·乌加特切成为第一个访问日本的拉丁美