甲申政变而被辞退官职，在政治靠山朴定阳失势后他回到故乡隠遁。后被美国公使馆聘为2等书记官，参加与清朝的外交事务。归国以后参加独立协会、万民共同会和民衆启蒙运动。1899年11月独立协会、万民共同会被强制解散，1902年李商在因改革党事件被逮捕入狱。日韩合併以后辞去官职。1905年以后他与尹致昊等人指导YMCA，参加1919年的三一运动。以后以教育青年启蒙、覚醒实力説在1920年代中期的朝鲜日报社长和新干会活动。后来的韩国总统李承晩受他影响很大。