桥面下堕（当时电视新闻有现场拍摄桥面凹凸不平状况），令居民关注安全问题。1989年2月至1990年4月青衣大桥进行第一次维修，期间须间歇性全线封闭。1997年，青葵公路通车，部分来往港岛车辆转回青衣大桥前往。1999年12月至2000年7月路政署曾对青衣大桥进行第二次维修。2007年6月15日，运输署把青衣大桥的车速限制放宽至每小时70公里。由于邻近货柜码头，青衣大桥曾多次被出入货柜码头的货船碰撞，导致桥边轻微损毁。后来政府禁止高度超过17米的船只穿越蓝巴勒海崃，并禁止船只于大桥附近作业