菌基因，中止细菌感染。细菌细胞的特性导致细菌无法进行繁殖，而是制造更多噬菌体。噬菌体只对特定细菌的菌株有效。噬菌体治疗的优点包括减少副作用和减少细菌抗药性的风险，缺点则是在一场感染中难以寻找有效的噬菌体处理。噬菌体经常被拿来与抗生素比较。当细菌带有生物薄膜，并有多醣层覆盖时，抗生素一般无法穿透。噬菌体则容易成功穿透。噬菌体也比抗生素更专门对付细菌。一般而言，噬菌体对寄主生物本身和其他益菌无害，例如肠道菌群，可减少机会性感染。噬菌体治疗有着较高的治疗指数，也就是即使注射高于治疗的剂量，噬菌体治疗仍可有较低