整修庙宇，并在大成殿东边新建明伦堂与堂后的龙亭库。康熙五十一年（1712年）时台厦道陈璸上任时又再次整修，范围包括大成殿、启圣祠，棂星门左右改置文昌阁、土地祠，外设礼门、义路、大成坊及半月形墙垣，奠基了孔庙大致的格局。康熙五十八年（1719年）时，巡道梁文煊将大成殿的格局改为重檐歇山式，隔年陈文达编纂的《台湾县志》附有文庙图，记载了当时孔庙的设施。雍正元年（1723年）二月，因诏封孔子五代，启圣祠改为崇圣祠，之后孔庙又经过几次修缮。到了干隆十四年（1749年），在巡台御史杨开鼎的倡议下，于该年十月重建孔