（346年），何充去世，左光禄大夫蔡谟加领司徒兼录尚书六条事，与司马昱一同辅政，司马昱总理万机，其实是东晋朝廷的决策者。何充兼领的扬州刺史此时出缺，褚裒举荐了名士殷浩，殷浩辞让并写信给司马昱说明理由，但司马昱劝他出仕，四个月后殷浩终于出仕。次年，桓温平灭成汉，建立大功，威望和势力都大为提升，同时也引来朝内对其的忌惮。司马昱决定以殷浩抗衡桓温，后来后赵国内大乱，授殷浩以北伐的重任。然而殷浩北伐失败，桓温在永和十年借朝野对殷浩北伐失败的不满废掉殷浩，司马昱亦无力抗衡桓温高涨的力量，令得桓温在朝中独大。永和八