迁移至现在的菊池市，但也先后也开始在现今的熊本地区上建设了千叶城和隈本城，并再将国政中心迁回此，也是得现在的熊本地区开始以城下町的形势发展。1607年开始建设新的城（现在的熊本城），同时也将地名改为「熊本」。1632年，领地原本位于小仓藩的细川氏改封至熊本藩，直到明治时代。从江户时代到明治时代，熊本都是九州的第一大城，虽然在1877年的西南战争中，熊本的城下町地区一度因为战火而被完全破坏，但因为位于九州的地理中心，仍然快速的发展；并于1889年设置为熊本市，为全日本第一批设置为「市」的城市之一。