衍生的政治责任，已于9月6日晚间向总统马英九请辞并获准，于9月10日率领内阁总辞，此前刘兆玄曾于8月中旬向马英九请辞，但马英九以救灾为重为由予以婉拒。9月19日总统马英九颁赠中正勋章。刘内阁任内，美国雷曼兄弟恶性倒闭引起的全球金融风暴对以出口为导向的台湾经济冲击尤其严重，国内银行甚至出现了将要爆发挤兑的情形。但在刘兆玄快速的宣布所有银行存款政府全保后，此一情形迅速的稳定了下来。 为振兴经济，刘兆玄也推动了一连串的政策，包括「政府挺银行、银行挺企业、企业挺员工」的三挺政策以及推动以辅导企业转型并发展下一世代