游牧部民长期存在，有时跟南部的中国发生战争（比如汉匈战争、北魏与柔然的战争），有时臣服于中国（如隋唐的全盛时期）。13世纪起，这里成为成吉思汗建立的蒙古帝国的领土。14世纪晚期的1388年，明军在捕鱼儿海（捕鱼儿海又名贝尔湖，不是贝加尔湖）之战中打败北元军队，随即北元后主脱古思帖木儿被也速迭儿刺杀，之后裂解为鞑靼和瓦剌；贝加尔湖直到1620年代之前都属于瓦剌的领土。沙皇俄国的探索队于1628年扩张贝加尔湖一带，为俄国征服西伯利亚的一部份，而库尔巴特·伊凡诺夫则于1643年带领第一支到达贝加尔湖的探险