余日章接替王正延担任总干事，直到1936年。1936年-1949年总干事是梁小初。1949年之后是涂羽卿。平民教育家晏阳初曾是全国协会智育部的干事。青年毛泽东还曾作为义务教员参与过晏阳初在长沙的平民教育运动。首任中国基督教三自爱国运动委员会主席吴耀宗曾是全国协会出版部干事（1937年-1954年）。今天，中国大陆基督教青年会所在的城市共有10个，分别是北京、天津、上海、南京、成都、西安、武汉、杭州、广州和厦门。各地青年会之间不属上下级关系，而是一个相对独立的整体，各级青年会都有其在章程范围内的自