略至杭州的杨廷筠家避难，直到1618年形势渐渐好转，他就开始在杭州传教，接纳了杨廷筠、李之藻两位重要人物入教。此后，以杭州为传教中心，他的足迹踏遍了北京、陕西、山西、江苏、浙江各地。在杭州时期，艾儒略开始用汉文出版着作。1623年，《万国全图》、《职方外纪》、《西学凡》及《张弥额尔遗蹟》出版，前三部作品向中国人介绍了西方地理、耶稣会的教育制度。《职方外纪》一书的写作目的在于使人“溯流穷源、寻末求本”，此后一直到19世纪，该书在中国都被用作学习欧洲地理的教材。
入闽前期.（162