返回台湾后，杨基铨改任台湾省政府参议，又随即兼任渔增会专门委员及渔业指导联络小组组长，后又兼任安全分署技正，再转任中国农村复兴联合委员会技正；在这十七年间，他曾参与负责渔业统计、拟定渔业四年计划、推动远洋鲔钓渔业、发展巾着网渔业、计划产销、推行鱼市场现代化、考察海外基地、组织赴菲亲善访问团、参加台、日、韩渔业恳谈会等，并受新加坡、西萨摩亚等国聘为短期渔业顾问。1959年，原抱持无神论者态度的杨基铨在其妻刘秀华引领下，于台北教会聚会所受浸。1969年1月，杨基铨应时任台北市长的高玉树邀请，出任台北市