初级目标在2006年12月得到实现，他们模拟了一个老鼠的新皮层柱（neocortical column）——它是新皮层（大脑中负责诸如意识这样的高级功能的部分）的最小功能单元，包含约10000个神经元（和10个突触）。早在1995年至2005年间，亨利·马克拉姆（Henry Markram）已经完成了这样一个皮层柱中神经元类型和连接的测绘。在2007年11月，该计划的第一阶段结束，公布了对这个新皮层柱的创建、验证和研究的过程。2012年9月，蓝色大脑在PNAS上发布的论文给出了指导神经连接组形成的关键规律。