工程涵盖大成殿、大成门、崇圣祠等。这次重修之后，《重修凤山县志》描述孔庙格局为「中为大成殿、东西庑，前为大成门，又前为櫺星门，两旁为义路、礼门坊。殿后为崇圣祠」「（明伦）堂前左为福德祠，右为斋宿所。余仪门、头门各如制」。干隆五十一年（1786年）林爽文事件，南路会首庄大田佔领县城，庙身遭到破坏。同治四年（1865年），训导衔陈天奎重建崇圣祠。直到后来训导叶滋东募款下，于光绪元年到三年（1875年-1877年）期间再次进行重修。除了陈天奎已修建的崇圣祠未动之外，修建范围包括明伦堂、朱子祠等等设施，并在崇圣