湾原住民的祖先是在1.5万年前冰河时期结束之前，从东南亚岛屿（菲律宾、印尼）等地迁徙至台湾，90%以上的闽南人与客家人族群有古代百越族血统，越族（分布于中国东南沿海及今越南北部）不是纯北方汉人的后代，反倒与东南亚较相近。所以台湾人在遗传上有着东亚大陆、中南半岛、原住民以及东南亚岛屿等地区来源。另一方面，台湾与印尼东部都是波里尼西亚人可能的起源地，一份跨国遗传学研究在大洋洲发现早于6,000年前的mtDNA证据，显示波里尼西亚从台湾或印尼向外散布的时间，应早于过去所推测的3,000到4,000年前。201