不同的代谢物组。不同生物体和不同组织/生物流体具有这样不同的代谢物组的事实已经导致生物特异性生物流体特异性代谢物组数据库的发展。一些知名的代谢组学数据库包括或HMDB，或YMDB，或ECMDB，拟南芥代谢物组数据库或AraCyc，以及尿代谢物组数据库，脑嵴液（CSF）代谢物组数据库，和血清代谢物组学数据库 。后三个数据库是人类生物流体特有的。还存在许多非常流行的一般代谢物数据库，包括京都基因与基因组百科全书(KEGG)，MetaboLights，，，LipidMaps，和Metlin。代谢物组数据库与代谢物