之下，表观遗传介导的基因沉默是逐渐发生的，从转录的微量减少开始，随异质基因的扩增和甲基化促进了CpG岛的保护功能受到损伤，这种损伤的结果是导致在不同细胞不同克隆的同一基因中多样化的单个CpG位点的逐步增加。
细菌宿主防御.此外，腺苷或胞嘧啶的甲基化是许多细菌限制修饰系统的一部分。细菌的基因在整个基因组中定期进行甲基化。甲基化酶能识别某特定序列并进行甲基化。没有以这种方式进行甲基化的基因则被引入到细胞中被序列特异性限制内切酶所降解。而细菌基因组DNA则无法被这些限制性内切酶所识别。D