公署权力过大，类似日治时期的台湾总督府，因此部份台湾人称长官公署为新总督府。
二二八事件.二二八事件是台湾于1940年代的大规模流血事件。该事件的导火线是1947年2月27日发生在台北市的一件私菸查缉血案，翌日触发台北大批市民的示威、罢工和罢市。2月28日，民众聚集台湾省行政长官公署抗议，无预警遭驻署卫兵开枪射击，至此，国民政府接管台湾一年多以来因贪腐失政导致民不聊生所累积的庞大民怨至此爆发，各地发生军民冲突，对抗与冲突在数日内蔓延全台湾，国民政府由中国大陆增援大军抵台镇压屠杀与清