虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被打败，靠着奥斯曼帝国的保护才在匈牙利东部立足。自此，波希米亚、摩拉维亚和名义上的匈牙利一直在哈布斯堡皇朝的管治之下（1699年奥地利大公兼皇帝利奥波德一世统一全部的匈牙利），直至1918年奥匈帝国解体。而西里西亚（今日波兰南部）也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。
王朝分家.1556年，查理五世自觉年老，打算退位，但他认为过去他一人兼任多国的国君实在吃力，再加上欧洲其他国家的压力，因此决定将西班牙王位传位给儿子菲利浦，而将奥地利大公传位给弟弟斐