正德元年（1506年），升都察院右副都御史，巡抚云南等地，平定师宗州阿本叛乱，历升户部右侍郎。正德三年（1508年），晋升南京右都御史。当初方文度召自云南，刘瑾索贿，吴文度不予理会，因此刘瑾十分气愤。恰逢工部尚书李鐩致仕，朝廷推举吴文度及南京户部侍郎王珩继任，但刘瑾矫诏改吴文度为南京户部尚书，而与王珩俱致仕。命令一下，朝廷譁然。吴文度归乡后，所居屋仅数椽。刘瑾被诛后，未及用而去世。