::::二代（1908年12月24日从南清舰队改名～1915年12月25日解散）.1905年12月开始，本土常设第一・第二舰队，中国大陆方面则以邦人保护为名目派遣「南清舰队」。这个南清舰队改名后为第二代的第三舰队。因为是海外派遣部队故没有司令部。第一次世界大战勃发时，因中华民国政府宣佈中立，巡洋舰退去，河川砲舰于上海集合解除武装、第三舰队解散。
编制.1908年12月24日　南清舰队改名时的编制新高、对马、和泉、隅田、伏见
三代（1915年12月25