教堂成为大学教堂。虽历任选帝侯均对大学倾注心力，然若必要时，亦干涉大学之自主权，却因此激发出大学人文主义之思潮，进而由Friedrich der Siegreiche主导重要的大学改革，争取学术自由。
宗教改革时期.尽管马丁·路德于1517年倡导宗教改革，海德堡大学最初未受此影响。不久，大学内路德的支持者将该校变成了德意志西南部的宗教改革中心。选帝侯奥托·亨利改宗新教后，于1556年将大学改造为一所具有加尔文教精神的学校，并延续先前的大学改革。16世纪后半叶，选帝侯弗里德里