现时，民航处辖下设有7个分部，各负责各项工作范畴，确保航空运作安全畅顺。除行政部由部门秘书及财务部由总库务会计师领导外，其余每个分部均各自由一位助理处长领导。
辖下设施及办公室.
民航处总部.过往由于香港国际机场是由机场管理局而非由民航处管理，民航处各个营运分部的办公室于是散落在香港国际机场各处地点，而总务部门（如财务部、行政部）及航班事务部的办公室则位于距离机场30公里外的金钟道政府合署。这种安排却让民航处的内部营运严重割裂，欠缺效率。因应以上情况，民