先天“气禀”，但又认为气有清浊美恶，决定人的仁义多寡厚薄，故有善和不善，把道德规范纳入人性中。吴廷翰的学说至迟在17世纪时已对日本学术界发生了广泛影响，“日伊藤仁斋（1627～1705）读吴廷翰书而开悟”，在日本成为堀河学派的理论渊源，其巨大影响不让朱熹、王守仁。他的许多着作在日本发现。有《吉斋漫录》、《从言》、《苏原全集》等，主要哲学着作为《吉斋漫录》；其着散佚，少见着录，1984年中华书局出版《吴廷翰集》。包括《吉斋漫录》、《瓮记》二卷，《椟记》二卷，《湖山小稿》三卷，文集二卷，诗集二卷，《洞云清响