日，第一批耶稣会神父抵达基多，准备建立教堂、学校和修道院。市议会批出土地给方济各会、奥斯定会和多明我会建造教堂。1587年，市议会批给耶稣会独立广场西北角的土地。奥斯定会表明他们的不满，于是耶稣会选择安顿在主教座堂南侧地段。1602年，来自意大利那不勒斯省的耶稣会教士Mastrilli被任命为基多耶稣会学院校长。他从罗马抵达后，带来Domenico Zampieri为基多耶稣会新教堂的规划，Zampieri也担任罗马圣依纳爵堂的建筑师。1605年开始建设，Mastrilli 奠定了第一块石头。该建筑直到