复任第2团团长。1946年9月11日美军政厅开始将警备队指挥权下放韩国军队，1946年9月28日任警备队首任总司令官。后改为参谋总长。1948年7月，李亨根被派往美国陆军歩兵学校留学和驻美武官。归国后的1949年6月20日，任师长。第8师（江原）在三八线附近向北朝鲜渗透，进行军事挑衅。后与陆军参谋总长蔡秉德（日本陆士49期）关系恶化，（两人同是军事英语学校的第一届毕业生，李亨根是1号，蔡秉德2号，因排名和资历两人反目成仇。）向岳父李应俊表明辞职意愿，在李应俊挽留下，朝鲜战争开战前的1950年6月22日改