一个学期后，便对神学教育失望。他于1888年回到日本。
日本基督教领袖.内村返回日本后成为教师，但因和控制了学校的当局或外国传教团体有不妥协的立场而被解僱或被迫辞职。他最有名的不妥协事件，是他在高校的一次正式仪式拒不低头（即不偶像崇拜）明治天皇画像和《教育敕语》。由于他的宗教信仰不符合日本的教学理念，他又转向为大众报纸《万朝报》创作，成为专栏作家。内村的名气使他成为受欢迎的专栏作家。他又曾抗议现代日本的第一次工业污染案件。