与（Vexilliferidae）等科。2001年，有学者指出变形虫科、哈氏科与（Leptomyxida）为裸阿米巴亚纲的核心演化支，后来也有分子种系发生学的研究结果支持此观点，且发现（Arcellinida）亦属于此演化支。2005年，一篇研究以核糖体DNA序列分析叶足亚门各类群的亲缘关系，结果将变形菌科与哈氏科归入新设立的纲Tubulinida目。胶丝目与有壳管状根足目亦被归入Tubulinea纲中。2009年的一篇研究显示本科的类群中，卓变形虫属可能不是单系群，该研究做出的演化树显示"C. no