兵败后，试图攻取崇明县，做为再次进攻长江的阵地，却久攻不克，只好全军退回厦门。南京之战可说是郑成功生涯当中最辉煌及重要一役，却是先盛后衰，大败收场，使郑成功反清大业受到重大挫折。永历十四年（1660年，清顺治十七年），在福建海门港（今龙海东）歼灭清将达素所率水师四万余人，取得厦门战役胜利，声威复振。
清军动态.1661年2月5日，清顺治帝崩，皇三子玄烨继位。郑氏降将黄梧向清廷建议“平贼五策”，内容包括长达20年的迁界令，自山东至广东沿海廿里，断绝郑成功的经贸财源；毁沿海船只