北海站是钦北高速铁路、钦北铁路的终点站，目前车站有始发发往南宁站、桂林站和广州南站等车站的动车组列车。
站房改造.为迎接钦北高速铁路建成投产，将开行动车组列车终到北海站，为此北海站进行了站房改造。改造后的北海站拥有三个站台，可供动车组列车始发。