栋军出身，行事勇敢负责，甚受新楚军总兵李惟义和林朝栋器重，委以栋军栋字隘勇正营。1895年4月，清廷因甲午战争战败而签订马关条约，割让台湾予日本。消息传至台湾后，台湾人成立台湾民主国，各地皆起兵响应抗日，郑以金召集乡勇筹备守卫乡里。5月29日，日军近卫师团登陆澳底，乙未战争遂起。6月中旬，台北城失陷。6月15日（阴历五月二十三日），吴汤兴领军北上支援时，郑以金亦率众与日军激战。1895年7月11日，姜绍祖被俘，吞食鸦片膏自杀。郑以金仍努力奋战，在新楚军于头份尖笔山挡住日军之际，于7月23日退入老家苗