火力发电厂进行拆除改建，自2007年9月6日起全面停止运煤业务，深澳线因而暂时停驶。2008年将深澳坑冷冻厂旁的深澳线高架路段与汽机车路段合併并建造平交道，开始为复驶供八斗子国立海洋科技博物馆联外交通使用做准备，然而此时地方亦有利用其路基兴建轻轨至基隆车站的见解，不过最后仍决定优先深澳线恢复客运，耗资新台币五千五百万元改善路线标准，并于2014年1月9日起正式恢复营运载客。2014年1月恢复客运初期每日开行20列次，区间为瑞芳－海科馆。同年7月16日起，与平溪线直通运行，区间为海科馆＝菁桐。虽然八斗