府自1911年12月30日成立时起便设立五部，即外务部、内务部、兵部、财政部、司法部。起初由内务部大臣车林齐密特总掌朝政并掌黄教事务，内务部司官海山是其得力助手。1912年7月上旬，博克多汗又新设了内阁总理大臣之职，由那木囊苏伦担任首任内阁总理大臣。那木囊苏伦于1912年10月25日就任，并向博克多汗提名，任命那旺纳林为第一副总理大臣、棍楚克苏隆为第二副总理大臣。此后，政府组成趋于稳定。