期间华中数次因为资金问题面临关闭逆境，但通过华社，尤其是陈嘉庚和李光前的慷慨捐献得以继续开课。
动荡时期.新加坡战役中，学校的钟楼因为地势高，成为盟军捍卫者 的中部，后沦为日本皇军的官邸。期间，学校也沦为一个临时集中营，成为肃清大屠杀的拘留所。 二战结束后华侨中学于1945年10月重新开学，校长为薛永黍。1948年七月薛校长辞职，郑安仑出任校长。1949年修复被日寇破坏的校园，将国专科学馆扩充为图书馆，物理实验室，化学实验室和生物实验室四部分，添置各种仪器，标本，器皿，图书馆的