建立学校，教授儒家诗书，春夏秋三季闲暇之时，都要求人们接受学习，薛谨亲自巡视乡里，主持考试，于是黄河汾水一带儒学兴盛。太平真君元年（440年），薛谨被征召返回京师，出任内都坐大官，辅佐朝政。薛谨很受赏识器重，魏太武帝经常向他咨询为政之道，多次上门拜访。太平真君五年（444年），薛谨担任都将，跟随魏太武帝北伐柔然，与中山王拓跋辰、尚书奚眷等人因为延误预定的日期被定罪。二月辛未（444年3月10日），薛谨等人在都城南边被斩首，时年虚岁四十四。不久，朝廷赠予薛谨镇西将军、秦雍二州刺史，谥号元公。