斗争中失败：最有力的王位宣称者是她表哥西王腓力二世，而后者想将葡萄牙纳入西班牙王国之下，成为由他个人统治的共主邦联。那些希望葡萄牙维持独立的国民党人，则是支持她私生表哥克拉图修道长安东尼奥，而非卡塔琳娜。安东尼奥与腓力二世间的争夺，最终1580年的阿尔坎塔拉战役中败阵下来。
晚年及身后.几年后，卡塔琳娜丈夫约翰（1543年-1583年）逝世，她成为卡斯提尔表哥治下的寡妇，并努力为她的后代夺取葡萄牙王位铺平道路，最终真于1640年达成。1640年，卡塔琳娜的孙子暨直接继承人先是继