与松平氏有着相当深厚的血缘关系。即是忠次的正室是家康的祖父松平清康和夫人于富之方所生的碓井姬。还有因为于富之方成为松平清康正室之前是水野忠政的正室，家康的母亲于大之方的实母，忠次是家康父母双方的妹妹的丈夫，义理上是家康的叔父。与碓井姬之间生有家次、本多康俊，特别是继任家督的家次由下总臼井藩3万石成为越后高田藩10万石，子孙在最终变为出羽庄内藩17万石和谱代而有着相当份量的家族。其他庶流在出羽中佔有3个藩。还有继承伊奈本多氏的康俊流系一直持续到幕末为止。