单一城市为中心的大都会区，旧金山湾区里有数个独特的城郊中心。分别位于旧金山湾西南东三侧的旧金山、奥克兰、圣荷西，为区内的三大都市。虽然圣荷西在1990年人口普查时超越旧金山，成为湾区人口最多的城市，但建城历史最久的旧金山，仍旧是湾区的商业与文化中心。在墨西哥于1821年宣布独立后，附近地区落入了墨西哥政府的控制，直到美国在1846年美墨战争时占领。随后，金子的发现吸引了大量的淘金者，他们大多数都是通过湾区的码头登陆的。在加州刚成立时，州议会的办公场所一直在湾区的三个城市里流动，直到永久首府萨克拉门托的成立。