此情形，司马元显力主司马道子讨伐，但司马道子没有对策，不知所为，只得终日喝酒，将讨伐之事都交託给司马元显。司马元显虽然年轻，但聪明且多所涉猎，果断敏锐，以社稷安危为已任，连与他一起开会讨论的人都称他有晋明帝神武之风。司马元显于是受命为征讨都督、假节，统率王珣、谢琰等对抗王恭，司马道子心腹兼王恭这次的讨伐目标司马尚之亦参战。起初司马尚之击败了庾楷，但荆州来赴的桓玄及后却大败司马尚之等人，并且进军石头城。司马元显于是从竹里撤还建康，并率王恺、桓放之、温详等守戍石头城抵抗桓玄等，又以王珣和谢琰分戍北郊及宣阳门