一层为3号线站厅，设有售票机、客服中心以及商店；地下二层为3号线站台。
站厅.为方便乘客进出，五山站站厅西侧被划分为收费区。站厅收费区设有一台专用电梯、四条扶手电梯以及一组楼梯供乘客来往月台。五山站设有便利店、面包糕饼店以及洗衣店等商店；此外本站还设有自动售卖机、自动照相机、自动售卡充值机以及“好易”自助服务等自助服务设施。
月台.五山站设有一个岛式月台，位于粤汉路地底，华南农业大学南门以南。
出入口.五山站共设有3个出入口供乘