7年迁出粤秀山（今越秀山）原市一中的校址，市二中随即迁入并得以复办。
中华人民共和国成立初期.解放军进驻广州后，军代表赖奕辉于1949年11月接管市二中。1951年3月，广州市立第二中学更名为广州市第二中学。1956年，被广州市人民政府评定为广州市重点中学。1959年，中共中央提出“巩固、整顿、提高”的方针后，二中开始学制改革，并于次年被定为试行五年一贯制的教育改革试验学校，教学成绩有所提高，成为广州较为突出的重点学校之一。1966年，文化大革命爆发，二中学生卷入了“大破四旧、