（1685年），与分巡台厦道周昌等人共同主持改建台南孔子庙为台湾府学。同年，并捐俸整修东安坊上帝庙。康熙二十八年，升调任湖南盐驿道。士民希望他能留下，不得，所以建祠以祀。康熙二十八年（1689年），升按察司副使管福建台湾府事蒋毓英为江西按察使司按察使。康熙三十一年六月庚寅，升江西按察使蒋毓英为浙江布政使司布政使。
纪念.在台湾台南市的三郊镇港海安宫保存了纪念蒋毓英的「台湾郡侯蒋公去思碑记」。亦有蒋公祠，在镇北坊真武庙后，建于康熙三十年，祀台湾府知府蒋毓英。