疫，寿命超长到几乎拥有不死之躯。他们的头目The Master希望利用避难所居民的纯粹基因，制造更强的变种人军队，因此必须消灭他们才能保证避难所的安全。于是主角重新披挂上阵，在洛杉矶附近的一座教堂消灭了变种人的领袖The Master，一个希特勒一般的种族主义黑暗上帝，此人梦想以病毒强迫所有人完成‘进化’，最终建立一个超级变种人一统天下的大同世界，然而他的计划注定失败，因为进化病毒的副作用会使‘超级变种人’不育。主角之后又去毁掉了制造变种人的前美军基地，此举彻底保障了避难所甚至整个北美废土人类社会的安全。