不许再做官。邓太后去世后，汉安帝亲自管理朝政，并且召回马融，让他在讲堂讲论经义。后来派他去河间王那里担任厩长史。当时安帝东巡岱宗，马融呈上《东巡颂》，安帝对此感到十分惊异，便任命他为郎中。到了北乡侯当皇帝时，马融称病辞去郎中的职务，并担任郡功曹。阳嘉二年（133年），天子下诏书推举敦厚朴素的人。城门校尉岑起举荐马融。朝廷便征召马融到公车，回答天子所设的试题，被授予议郎。大将军梁商举荐他担任从事中郎，后改任武都太守。当时正值西羌叛乱，征西将军马贤同护羌校尉胡畴受命征讨西羌，却长时间滞留不前。马融知