将本多忠胜和榊原康政齐名，曾斩获侵入家康房间进行暗杀的武田军忍者。天正10年（1582年）22歳元服，改名为直政。同年迎娶家康的养女「花」（后来的，的女儿）。该年2月武田氏灭亡，家康派遣直政与北条氏进行外交交涉，过程颇为顺利。后来爆发本能寺之变，因明智光秀谋反，当时在信长领地的直政陪伴家康等人安全地从堺重返三河国。后来直政从投降德川的武田遗臣当中，将武田家山县昌景的赤备再次编成部队，并引进武田军的兵法，从此赤备成为井伊军的象征。后被加封井伊谷4万石，时称「兵部少辅」。井伊治军极为严谨，而且作战勇勐果敢，