侯景之乱，萧纲派沈文阿招募兵士以援京师。京城建康陷落，沈文阿与张嵊保卫吴兴（今湖州）。张嵊战败，沈文阿逃入山野之中。侯景以沈文阿知名，捜索沈文阿。沈文阿登树自缢以拒侯景，见有人来救，又从树上堕地折左臂。侯景之乱平定，被陈霸先推举，原乡县令，监江阴郡。绍泰元年（555年），入朝为国子博士，兼步兵校尉。复兴侯景之乱时丢失的仪礼。永定元年（557年）南朝陈建国，沈文阿弃官回到武康，陈武帝陈霸先大怒，派遣使者要杀掉沈文阿。沈文阿的族人吴兴郡太守沈恪请求使者宽免沈文阿的死罪，并将沈文阿押往京师建康去见陈武帝。武帝