2013赛季，率队冲甲未果的张军履行承诺下课，同样是元深足元老的朱波成为球队的新任主教练。俱乐部应龙岗区政府的邀请，和新股东兼赞助商500.com的选择，将主场迁至可以容纳六万人的深圳大运中心。2013年3月31日，深圳风鹏参加俱乐部历史上的首场中国足协杯比赛，但在点球决战中不敌业余球队武汉宏兴而被淘汰出局。由于该季出现大手笔投入的新组建队伍进入竞争，所以导致尽管投入和待遇翻倍，风鹏在季初仍难以签得实力派球员，以补充上一季主力班底的大部流失。上半程赛程风鹏尽管成绩尚可仍稳处前四的位置，但是球队一直磨