支配者由真里谷氏转为里见氏、北条氏。1590年(天正18年)真里谷城在丰臣秀吉的小田原之役遭到侵攻，因而废城。现在，真里谷城址被利用为露营地(少年自然之家)。1614年(庆长19年)在大坂冬之阵中木更津的水夫24名对德川幕府方有战功，幕府给予有功水夫江户－木更津间之渡船营业权以及将江户之日本桥「木更津河岸」作为拜领地等特权(但作为此一根据之现存文书因记载有与史实矛盾的内容，今日被视为伪文书，但元和年间(1615年)以后幕府于木更津设有代官之记録已被确认，因此此事应较接近事实)。幕府因为军事上的目的，禁止