知县，招抚流民三千户。后历任户部主事、员外郎等。后出守永平知府，修筑运河等。后在天津训兵，担任陕西参政。后被弹劾归乡。天启元年，辽阳被清军攻破，高邦佐被重新启用并担任参政，分守广宁。其以家母年八十有余，哭泣不肯离去，其母指责其应当以大义，于是赴任。当时熊廷弼、王化贞两人关系紧张，高邦佐料到辽宁战事必败，于是屡次请求回乡。而当请求经允许时，王化贞已经弃广宁逃跑。众人对高邦佐说，既然已经请辞得准，就当然可撤退到山海关了。高邦佐呵斥道：“我一日没有离开，就还是封疆大臣。”晚上修书至老母诀别，并派遣士兵到熊廷弼处，