而次级代谢产物则不会接参与那些过程，但它们在生理功能上具有重要的意义。它们囊括了抗生素和色素，像是树脂和松烯。放线菌素就是一种次级代谢产物，它们是从一级代谢产物的色胺酸转变而来的，但不是所有的抗生素都会把一级代谢产物当前体来使用。在代谢途径中，醣类中的葡萄糖和果糖就属于代谢产物。分子生物工业中生产的初级代谢产的例子来自一处的酶化学反应的输出成为另一些化学反应的输入，这样环环相扣而成的代谢物组（Metabolome）会形成一个庞大的代谢网络。在生物体本生的或来自药物的合成物，形成代谢产物后，会成为