，随后不久又在希波战争中，随着与斯巴达结盟的吕底亚一起，被波斯的居鲁士二世占领。但是福西亚人并未服从波斯的统治，而是放弃了城市。一些人逃至希俄斯，其他人则逃往科西嘉或是地中海的其他殖民地，有一些人最终还是回到了福西亚。大约在前540年，一些人成为了埃利亚的建立者。公元前500年，福西亚加入了反抗波斯的伊奥尼亚起义。公元前494年的中，福西亚人被选为了伊奥尼亚舰队总指挥官。不过因为势力衰微，福西亚仅能提供「三百五十三艘」舰船中的三艘。不久之后，伊奥尼亚舰队被击败，起义也很快平息。公元前480年希腊