为应由北京市管理。但地铁技术复杂，北京市并没有相关的管理经验，因此最终决定建成初期由铁道部负责管理，待试运营结束后，再移交给北京市。考虑到未来移交方便，在运营管理机构组建时，由铁道部和北京市共同组建。1968年6月，铁道部决定以北京铁路局、地铁工程局和铁道兵三方成立运营筹备组，由北京铁路局指派组长。1969年8月，为了保证运营和施工的协调，地铁领导小组会议决定临时运营由地铁工程局负责，而北京铁路局运营筹备组暂时由地铁工程局领导。9月，北京铁路局地下铁道运营处正式成立，但并未实际接管运营，运营仍由地铁工程局管