（1896年），杜俞交军机处存记，并着遇缺即补办两江营务处总理。光绪二十四年（1898年），江苏、浙江两省的盐贩结党走私，甚至持械抗拒清军，杀伤清军多名兵勇，苏州、常州地区大为震动。两江总督刘坤一命杜俞总统抚标湘军，驻吴江县平望镇进行缉捕，杜俞迅速将太湖等地的枭匪肃清，奉旨赏加二品衔，世袭三代，诰命四轴。同年七月十三由陈宝箴保奏奉旨与“戊戌六君子”之一杨锐、刘光第等一体召见。光绪二十五年（1899年），赏戴花翎。光绪二十六年（1900年），总理苏防营务处，统苏防全军。光绪二十七年八月（1901年），杜俞