帝允准；另一方面在省内清查积弊，弹压豪强。结果他任职不满一年，便因干涉命案而被撤职查办。当时广义百姓对阮通去职多有不满。钦差阮炳路过广义，广义百姓向阮炳申诉，请求将阮通留任广义。阮炳将此事上报朝廷，但未获允准。不久阮通被贬到藏书楼检编所效力。他随后请假回平顺山庄养病。嗣德二十七年（1874年），阮通起复为司务，领礼部主事。随后廷议升领国子监司业，与裴约、黄用宾一起编修《钦定越史通鑑纲目》。嗣德三十年（1877年），阮通上疏，请求回乡开垦平顺省上游山地。因此升授侍讲学士，充平顺营田使。随后又升授光禄寺少卿