面上的问题都是所谓的「国本之争」，但实际上是激烈的东林党争，直到南明灭亡为止。
前奏.
二书二楚.万历廿六年（1598年），有人撰《忧危竑议》，说郑贵妃欲以其子福王朱常洵夺储君之位。神宗怀疑此书是出自吏科给事中戴士衡、全椒知县樊玉衡之手，士衡、玉衡俱贬，后来神宗又认为大学士张位是主谋．罢免了张位，贬谪亲近张位的礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作、国子监祭酒刘应秋、给事中杨廷兰、礼部主事万建昆等，是为「第一次妖书案」。万历卅一年（1603年），又出现《续忧危竑议》