伊地知正治等人率领萨摩军与会津藩军队联手击败长州藩，将长州势力再一次赶出京都，史称禁门之变。西乡在战斗中中弹受轻伤。禁门之变中，西乡主导的萨摩藩虽然在政策上试图中立，阻止长州与幕府任何一方单独控制朝廷，但最终仍参与战斗，致使长州藩伤亡惨重，来岛又兵卫、久坂玄瑞、等人战死。长州自此深恨萨摩、会津，称其爲“萨奸会贼”。1864年3月，德川庆喜辞去将军监护人一职，就任禁里御守卫总督，以德川庆喜、松平容保、松平定敬为首的支配了京都的政局。一会桑政权在代表幕府势力的同时与朝廷上层也保持良好关系，试图独占与朝廷的合