十七岁时以太尉府咸阳王元禧参军事为起家官，又出任宣威将军、给事中，元馗不喜欢接触俗世的东西，不愿担任滥竽充数的职务，于是上表请求辞职回归田园，魏孝文帝元宏没有答应他的请求，派元馗改任镇远将军、司徒掾，又授任冠军将军、太仆少卿。正光末年，元馗出任右将军、东秦州刺史，又转任安西将军、北华州刺史、北华州都督，政绩声誉十分显着，魏孝明帝元诩非常赞赏元馗。建义元年四月庚子（528年5月17日），元馗在河阴之变中遇害，虚岁四十七，魏孝庄帝元子攸诏令赠予使持节、征东将军、青州刺史，永安二年岁次己酉三月壬子朔九日庚申（52