离开河南省那天，刘源没有声张，只是去了新乡七里营乡刘庄村告别，许多人还是跑到郑州火车站为他送行。1998年任中国人民武装警察部队副政委。2000年晋升武警中将警衔。2003年任中国人民解放军总后勤部副政委，被授予解放军中将军衔。2005年任中国人民解放军军事科学院政治委员。2009年晋升上将军衔。2010年12月，出任中国人民解放军总后勤部政治委员。在担任中国人民解放军总后勤部政治委员期间，刘源和总后勤部部长廖锡龙等人以总后勤部党委的名义举报总后勤部副部长谷俊山的贪腐问题。谷俊山声称自己后面有人（徐