侍郎；同年改户部左侍郎、总督仓场。万历十二年，改右都御史，兼总督漕运、巡抚凤阳诸府。当时宝应湖（汜光湖）堤蓄水以便利漕运，为平江伯陈蠧所修筑。下游没有排泄口，冲决成八股急流，汇成一个大水潭，诸多盐场均被淹没。淮河水此时又奔腾而来，水势更加汹涌。前任巡抚李世达等人提议开挖河道避险，王廷瞻接提议，并率部开凿了一千七百七十六丈长的渠道，修筑了三座石闸、两座泄水闸，以及三千三十六丈长的石堤、五千三百九十丈长的子堤，耗费二十多万两款项，历时八个月竣工，至此扬州运道摆脱范光湖风涛影响。神宗下诏褒奖，给河道赐名“弘济”。