征四国，出发前得知爆发本能寺之变，并参与山崎之战。清洲会议后与池田恆兴共同支持羽柴秀吉拥立织田秀信（三法师）为织田当主，当天正11年（1583年）秀吉于贱岳之战消灭柴田胜家势力后，受封越前、若狭及加贺一百二十三万石领地。1585年于北之庄城患上寸白病(寄生虫病)病逝(一说是胃癌)。另有丹羽长秀因羽柴秀吉找借口逼迫切腹自杀的说法。长秀后来娶了信长的养女（实为信长之兄织田信广之女）为妻，而长秀的继承人，儿子丹羽长重则娶了信长的女儿为妻，长秀本人被信长认为是朋友、也是兄弟，得到深厚的信赖。丹羽长重后来在江户幕