2020年2月28日，李卓人因参与未经警方批准的「十万基督徒为香港罪人祈祷大游行」被带往长沙湾警署调查。
与多名泛民主派人士同日在大围捕再度被拘捕.2020年4月18日，李与多名同属前任及现任立法会议员和多名泛民主派人士，如区诺轩、梁国雄、杨森、李柱铭、吴霭仪、单仲偕、何俊仁、何秀兰和梁耀忠，商人黎智英、民间副召集人陈皓桓、社民连的吴文远、黄浩铭和民主党的蔡耀昌达15人，被警方以参加于8月18日，10月1及20日的未经批准集会为由，以非法集结为名于同日作出拘捕。5月18日下午，案