海洋兴国」政策，以及 2002 年「黄金十年、国家愿景」有关海洋与湿地的保护策略等；与黄煌雄主办过 3 届「海洋与台湾研讨会」。 并曾参与营救自由中国号行动2008年8月被任命为行政院环境保护署副署长。2011年11月中国国民党提名其为2012年中华民国立法委员选举不分区立法委员，排名第5位。于2015年6月10日成立的立法院「中华民国与德国国会议员友好协会」，邱文彦为首位会长。 2015年获成功大学104年度校友杰出成就奖，2016年获颁2016景观终身贡献奖(公务领域)，以及中华民国海洋及水下技术协