至狮头山，向各寺院请求支持，开办狮山佛学院，但同样因经济困难，不久就停办了。1949年，圆光寺的台湾佛学院停办，慈航法师带领学僧至新竹灵隐寺，遭人密告是匪谍而下狱。佛教界表现冷漠，同为太虚门下的大醒法师也拒绝伸出援手。但因得到居士董正之、孙张清扬（孙立人将军夫人）、李子宽及台湾斌宗法师的援手，得以出狱。出狱后，与斌宗法师结为知己，但仍然需要东躲西藏，经济仍然困难。南洋的信徒曾经来信邀请慈航法师回南洋，但慈航法师放心不下来台的学僧，决定与他们共进退。1950年底，受汐止静修禅院达心、玄光比丘尼的邀请，