曾随郑成功多次北伐满清，并多次献计，因此可以说潘庚钟与陈永华都是郑成功底下足智多谋的名军师之一，后来跟随郑成功参与南京之役。曾与甘辉等识破郎廷佐的缓兵之计，可惜不听甘辉及潘庚钟谏言的郑成功中了郎廷佐的缓兵之计而使得收复南京之事功败垂成，最终潘庚钟与陈魁、甘辉、万礼等郑成功心腹皆在此役中战死，死时年仅50 。郑成功得知潘庚钟与甘辉等战死后便放声大哭，之后退守厦门时兴建忠臣庙以祭祀潘庚钟、甘辉等战死的得力将领。