宗景福元年（892年）与凤翔节度使李茂贞联合讨伐山南西道节度使杨守亮，攻取其治所汉中。隔年又因与李茂贞和华州镇国军节度使韩建支持王珙继任河中节度使不果，与李茂贞、韩建一同逼宫。王行瑜、李茂贞的军队都是身经百战的边军，昭宗不是对手，于是为三帅所迫，杀宦官西门君遂及宰相杜让能，赐王行瑜铁券。干宁二年（895年）王行瑜以侍中兼中书令擅权，要求担任尚书令，韦昭度密奏：“太宗以尚书令执政，遂登大位，自是不以授人臣。惟郭子仪以大功拜尚书令，终身避让。行瑜安可轻议！”于是帝命李磎（一作李谿）为相，加王行瑜尚父。王行瑜