日，高木友枝任台湾总督府医院医长兼医院长，身揽多职，如台湾总督府技师、台北医院长、民政部警察本署勤务、红十字社台湾支部副长属託、台湾地方病及传染病调查会委员、台北基隆市区计画委员。1903年又任临时防疫委员临时防疫课长、临时防疫委员会干事。1904年任民政部警察本署卫生课长兼临时防疫课长，7月任台湾地方病及传染病调查会干事、台湾中央卫生会干事。1905年任台东医院医长2个月又24天。高木友枝一方面以扑灭老鼠为主要防治策略，二来设置卫生警察，加强搜寻与监视。另因驻台日军亦受鼠疫波及，日本政府遂以辟建永久兵