服务的出入境管制站（落马洲支线管制站）以横跨深圳河的行人天桥连接深圳市的福田口岸大楼。因应香港特别行政区政府为防范新型冠状病毒疫情之应变措施，落马洲支线管制站于2020年2月4日起暂时停止运作至另行通知。
概述.落马洲站是两铁合併前九广铁路最后一个启用的车站，由卢纬伦建筑师事务所设计，服务东铁线沿线前往中国大陆的乘客，兴建车站的目的为疏导罗湖站的过境人流车站，并于2007年8月15日下午4时启用从落马洲站经福田口岸过境至中国深圳，可接驳深圳地铁4号线（前称「龙华线」，港铁指