细胞分化诱导出网膜、生成立体网膜的实验。其后，他又通过ES细胞成功分化诱导出下丘脑前駆细胞、形成立体的脑下垂体。笹井身为世界级的组织工程学权威，生前被认为有力问鼎诺贝尔奖。其历年主要成就包括：
自杀身亡.2014年2月，小保方晴子主导的STAP细胞论文因相关数据造假等多项问题遭到撤销且被处分，作为小保方导师的笹井也被追究责任。8月5日，笹井芳树在神户市尖端医疗中心内上吊自杀，并于确认身亡。笹井之死震撼全世界，美国、欧洲各国、韩国与中国的媒体皆有大幅报导。《自然》主编在声明中