寺院建筑前低后高，过去寺院前部为僧舍，后部为主殿（即现为印经院占用的旧主殿）。该寺是一个典型的藏式院落，但进入该寺大门，可见院子正中有一座南北走向的高大的汉式建筑。这座汉式建筑原来是1950年代至1960年代西藏自治区话剧团演出用的剧场，后来成为中国佛教协会西藏分会印经院的印经场所。往院子左面走，经过一个煨桑炉，旁边为一排转经筒，里面便是如今木如寺的主殿。以煨桑炉为界，以北属于木如寺，归木如寺管理；院子的其余部分均属于中国佛教协会西藏分会，居住着中国佛教协会西藏分会印经院的工人及其家属。从如今的木如