立之前，环境事务和食物卫生原来分别由规划环境地政局及市政局／区域市政局负责。因应时任行政长官董建华以改革为名解散两个市政局，遂成立本部门。2002年7月1日，因为时任行政长官董建华推行问责制，环境食物局于决策部门重组时解散。辖下执行部门分别归入环境运输及工务局和衞生福利及食物局。2007年7月1日开始，香港政府在环境及食物范畴的管理工作分别由环境局及食物及衞生局负责。环境食物局组织图