檬酸循环的活性起到调控作用。比如，草酰乙酸可以抑制琥珀酰脱氢酶的活性。不过，这类调控在体内到底发挥多大的作用，目前还未得到充分研究。
抑制.部分物质可以通过化学作用抑制柠檬酸循环的进行，其中，以下三种物质研究得较透彻：氟乙酸、亚砷酸、丙二酸。其中，氟乙酸通过生成氟乙酰辅酶A，再生成氟柠檬酸。氟柠檬酸能抑制乌头酸酶的活性，使得柠檬酸循环无法继续进行。利用这一原理，可以用氟乙酸制造杀虫剂或灭鼠药。亚砷酸能抑制α-酮戊二酸脱氢酶复合体的酶活性。丙二酸与琥珀酸脱氢酶的底物琥珀酸结构相似