疆巡抚袁大化电奏清廷保阿克苏道尹杨增新为新疆都督，自己逃离新疆。杨增新在1912年和军政府议和，逐渐取得全疆控制，并拥护中华民国大总统袁世凯。革命党人或被杀死，或回到内地。同年底在沙俄的支持下喀尔喀蒙古宣佈独立（详见外蒙古独立）。1912年库伦当局攻陷科布多后，又入侵蒙古与新疆之间的阿勒泰，被杨增新派军击败。1919年，北洋政府同意将阿勒泰併入新疆，设立阿山道，即今之阿勒泰地区。杨增新任内都督又陆续改称为将军、督军等。民国十七年（1928年）6月，北伐结束，7月1日杨增新易帜自行就任新疆省政府主席兼总司