有长兄、长姐，下有二妹、一弟，亲近友人及弟子常暱称他为「二哥」。六、七岁时在雍和宫受到西藏密宗黑教大德喇嘛的启蒙，开始学习密宗黑教。1949年，林云回到故乡台湾，就读于省立台中第一中学（今国立台中第一高级中学），后入国立台湾大学法律系，并同时就读中国文化大学市政系，。在台中时，林云于密宗上师惠介夫大师及郑奎英大师门下精修。后又从师多位国学、艺术与佛学大师如成惕轩教授、方东美教授、李炳南居士等等。1970年代，林云任教于香港中文大学，随后应邀于美国讲学，并先后担任美国旧金山大学多元文化客座教授、史丹福