官员催促马尼拉当局佔领台湾，不过也有人反对，最后只派舰队去侦查，却遇上恶劣天候而无成果。后来丰臣秀吉于1598年去世，马尼拉当局眼见威胁已缓和，不再打算佔领台湾。到了17世纪初，马尼拉当局的威胁很快就从日本人变成荷兰人。荷兰因为荷兰独立战争和西班牙哈布斯堡王朝敌对，所以荷兰人扩张到东亚后，欲阻断西班牙的贸易。1618年，菲律宾总督派遣道明会神父马蒂涅（Bartolmé Martinez）去警告明国当局小心荷兰人截击开往马尼拉的中国商船，他在旅途中两次躲到台湾西南平原避难，并根据此一经验指出西班牙应将此岛