公爵的名衔之后，在1180年，巴伐利亚被给予维特尔斯巴赫家族作为封地，从此巴伐利亚由1180年直至1918年都是在维特尔斯巴赫家族统治下。1255年巴伐利亚第一次分裂成若干数个公国，但在1506年巴伐利亚再被统一，而慕尼黑也成为唯一的首都。1623年三十年战争早期巴伐利亚公爵取代了他们的表亲普法尔茨伯爵获得了神圣罗马帝国内强大的选帝侯名衔，从那时起不但决定了巴伐利亚拥有选举罗马人民的国王和神圣罗马帝国皇帝的权利，而且获得在帝国法律之下的特别正式地位。当拿破仑撤销帝国名号的时候，巴伐利亚于1806年升格成为