高校发展成为一所多科性研究型综合大学；2000年，复旦和上海医科大学合并，开始了“建设世界一流大学”的进程。
复旦公学时期.复旦公学的创立，与震旦学院有不少渊源，取名“复旦”，既有恢复震旦之意，又有自强不息之意。1903年马相伯先生创建了震旦学院；1905年震旦学院因外籍传教士南从周篡夺校政发生学潮，130名学生愤然离校，拥戴马相伯另立新校；退学学生公推于右任、叶仲裕等7人为干事，商议新校创建办法。1905年，马相伯、叶仲裕等邀请热心教育事业的严复、张謇、熊希龄等28人为校董，