013年7月，乔纳坦·克里斯蒂出战印尼国际挑战赛，在男子单打决赛，以2比0（21–17、21–10）横扫师兄印度尼西亚的阿兰夏·尤纳斯，赢得男子单打冠军，以及个人首个世界羽联国际挑战赛冠军。同年10月，乔纳坦·克里斯蒂代表印尼队出战泰国曼谷举行的世界青年羽毛球锦标赛。在率先进行的混合团体赛中，印尼队以2比3不敌韩国队，获得团体赛亚军；而在个人赛事中，乔纳坦·克里斯蒂则在半准决赛以0比2（20-22,、18-21）不敌中国的赵俊鹏。2014年8月，乔纳坦·克里斯蒂出战印尼国际挑战赛，在男子单打决赛，以2比