0世纪80年代以来，学者们就一直在争论死亡人数这一事件；且这也是一个有争议的政治问题，也是中日关系中的一个障碍，围绕大屠杀的争议仍然是东亚地区国家间关系的中心问题。日本学界对此争论不一，对遇难人数的估计有20万人、4万人、2万人等几种，亦有否定论者和日本民族主义者声称这场屠杀是为了宣传目的而捏造的。。“否认派”的论调得到部分日本右翼政商势力的支持，在华人区引起反感，这也使得南京大屠杀成为严重影响中日关系的主要历史问题之一。在日本，日本政府承认南京沦陷后对许多非战斗人员“发生过杀害非战斗人员和掠夺等行为”