941年失去其公民身份，因而无国籍。1940年5月，法兰克一家由于德国佔领荷兰的关系而被困于阿姆斯特丹。1942年7月，随着受迫害的犹太人口增加，法兰克一家躲藏于安妮的父亲奥托·法兰克工作的大楼书柜后方的一些隐蔽的房间之中。从那时起，直到1944年8月盖世太保把法兰克一家逮捕，安妮以作为其13岁生日礼物的日记本作记事，并定期记事在其中。随着众人被捕后，法兰克一家被送往集中营。1944年10月或11月，安妮和她的姐姐从奥斯威辛集中营转移到贝尔根-贝尔森集中营，她们俩在几个月后在那里去世（可能是死于斑疹伤寒）。