英宗大怒，将定其罪。廷议恢复巡抚职位，而大臣举荐李秉有才能，命其担任大同巡抚，在任期间弹劾多人，英宗责其专擅，逮下诏狱，斥为民。三年后，因内阁大臣举荐，恢复原职，并莅南京都察院。
宪宗朝.明宪宗继位，李秉陞任都察院右副都御史，巡抚宣府。数月后，召拜左都御史。成化二年（1466年），命其整饬辽东抵大同边备，抵任即弹劾镇守中官李良、总兵武安侯郑宏失律罪，出都指挥裴显于狱，举指挥崔胜、傅海等，在凤皇山击敌获胜。先后巡抚宣府、大同，更换其将领，申明军令。不久，命担任总督，与武清伯赵辅分