哈马黑拉岛上有杜科诺火山，特尔纳特岛上的瓜马拉马火山一直在活跃，整个蒂多雷岛是一个复式火山。哈马黑拉岛、摩罗泰岛、奥比群岛、巴占群岛等岛屿被世界自然基金会称为“哈马黑拉雨林生态区”，并拥有许多独有的动植物物种，包括世界上体型最大的蜜蜂华勒斯巨蜂。在有许多亚洲和澳大利亚生态区的过渡物种。森林的主要树木有桉纳士香属、坡垒属、娑罗属和青梅属。大部分剩余的森林生长在岛屿的山上，岛屿的沿海和低地在16世纪以来被清理以种植丁香树，特别是在特尔纳特岛和蒂多雷岛。
行政区划.北马鲁古省目前下辖2个