中华民国政府也因而开始经历多次搬迁。1949年1月16日，中华民国政府部分机构开始迁至广州；4月23日，中国人民解放军第三十五军攻下南京特别市所在的南京城，4月24日起全数于广州办公；同年10月14日，解放军佔领广州，中华民国政府于10月13日疏迁至重庆，10月15日正式办公；同年11月29日，再西迁至成都，隔日解放军便进驻重庆。
中华民国政府迁台后.1949年12月7日，行政院（时任代总统李宗仁赴美后由时任行政院院长阎钖山主持国政）宣布中央政府各机关迁设台北，并于12月10日