文献记载，保生大帝为北宋闽南人士，本名吴夲（「夲」音「ㄊㄠ」/「tāo」，「急速」或「往来相见」之意，非「本」字。另一说为本，其字华基，「基」与「本」为同义互训），字华基，号云衷、悟真，生于宋太宗太平兴国四年三月十五日（979年4月19日），福建路泉州同安县白礁乡积善里（今属福建省漳州龙海市角美镇白礁村）。祖籍清溪县感德镇石门村。父名吴通，母为黄月华，原居漳州，因避乱而到同安海滨的白礁结茅为屋，讨海维生。吴夲十三岁时，父亲吴通患病，但因家贫无力就医而去世，母亲黄氏后来也因忧伤去世，此事令他立志学医济世。