与细胞质基质的其余部分分离。 这种封闭隔室的一个例子是蛋白酶体。 这里，一组亚基形成含有降解胞质蛋白的蛋白酶的空心桶。 如果它们与胞质溶胶的其余部分自由混合，这些将是被损害的，因此桶被一组调节蛋白封顶，所述调节蛋白识别具有指导它们降解的信号的蛋白质（一种泛素标签）并将它们进料到蛋白水解腔体中。另一大类蛋白质区室是(Bacterial microcompartment)，它由包裹各种酶的蛋白质外壳制成。 这些隔室通常约100-200纳米，由互锁蛋白制成。 一个众所周知的例子是，它包含碳固定中涉及的酶，如R