琦、董德钦等反清义士，齐聚于屠献宸家中，联络打算反正的清军将领陈天宠、仲谟等，商量起义。杨文琦等潜入舟山，往见鲁王监国朱以海，请求派兵协助，鲁王命为监军佥事，令张名振等率兵往助；杨文琦又与抗清义军领袖王翊有旧交，专门负责接应该路明军。但不幸被居乡的降臣谢三宾等告发，与事者皆被捕，被称为“五君子翻城之狱”。鲁监国三年五月初二（1648年6月22日），杨文琦等被清廷杀害，鲁王闻之，追赠兵科都给事中，干隆四十一年（1776年），清廷下令将杨文琦入祀忠义祠。
家庭.杨文琦父亲杨秉鼐，曾率四