流域面积约有1,603.21平方公里，是灌溉台东平原的主要河川。日本领台时兴筑「卑南大圳」，引卑南溪溪水，是台东最大的水利工程。卑南溪主流（最长河道）上游为新武吕溪，其最远源流为大崙溪，发源于中央山脉标高3,293公尺的卑南主山东侧，支流为鹿野溪、鹿寮溪。在卑南溪最着名的景观是山里至岩湾河段，该河段的西岸地质景观独特，约有四公里的尖壁地形，常被称誉为台东赤壁或小黄山。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：