两侧的耳房，全部为居民占用，寺内只剩四座大殿及白塔，寺院区域和被居民占用的区域间筑有围墙隔开。1949年中华人民共和国成立后，白塔寺东西配殿、厢房等由西城区房管局管理，中轴线上殿堂由北京市民政局民族事务科喇嘛事务管理组管理。1953年，白塔寺成为中国佛教协会直属寺院。1961年3月4日，妙应寺白塔被列为第一批全国重点文物保护单位。1962年，国家为白塔装避雷针。1964年国家修理白塔塔身。1962年2月，北京市文物工作队派调查小组调查白塔寺，撰写《白塔寺“四有”调查工作报告》。自中华人民共和国成立后，白