然科学，最主要的是地质学和植物学。他首先在意大利寻找一种“原始植物”。作为植物学家，他的科研的出发点：，现在在科学上似乎不成立。他本人将色彩学视为他在自然科学方面的主要研究对象。从物理学的角度出发，他的色彩学研究缺乏科学性。。在动物学方面，歌德以在人类的胚胎中发现颌间骨而闻名。歌德在自然科学方面的晚期作品有《植物的螺旋形倾向》（1831），在这部作品中，歌德指出：生物倾向于发展成螺旋形。假如更多地关注歌德的科学方法，即自然研究的基础，而不是单一的研究成果，就会发现，他的科学方法跟浪漫主义的自然哲学不