。徐用仪并没有辩驳，只说：「天降奇祸，死固分耳！」，与立山、联元一同于菜市口被处死。过了三天，联军进入北京，而慈禧太后与光绪帝往西离京。同年12月，光绪帝下诏为徐用仪等人平反，恢复旧有的官称。宣统元年（1909年），追谥「忠愍」。浙江人为他设立祠堂于西湖，与许景澄、袁昶并称「三忠」。