1918年2月，海军总长程璧光为桂系所刺杀，孙益无所恃，乃电召蒋赴广东以为助，3月11日蒋奉派赴汕头，出任援闽军总司令部作战科主任。因受排挤，于7月辞职。8月18日回到上海。蒋奉派到粤军中工作，先任总司令部作战科主任，继任粤军第二支队司令，指挥所部攻取大埔、永泰。蒋要辞职，陈炯明竭力挽留，向蒋表示「粤军可百败而不可无兄一人」。10月28日，蒋去日本。1920年，孙命蒋、朱执信等赴福建漳州，促陈炯明等回师广州；10月5日，蒋抵汕头总部策定作战计划。9月30日，孙派蒋出任粤军第二军参谋长。蒋仍在前线与桂系