孙立军在接受日本记者採访时称“并不是所有日本动漫都是好的”，并把《蜡笔小新》、《美少女战士》、《灌篮高手》评为“三流动漫”，在网上引起了极大争议。孙立军甚至自称，真的有人拿板砖等在他家门口。2011年，孙立军所执导的动画《兔侠传奇》被指为模仿电影《功夫熊猫》，但孙立军则否认山寨，因此受到了中国大陆网路上的批评。
评价.《亚洲新闻週刊》认为，孙立军是“坚守国产动漫的‘苦行僧’”。但在中国大陆的网际网路上，网民对孙立军的评价并不高。在百度贴吧有一些反对他的贴吧出现，甚至还有人针