马伦就被齐王司马冏所领的讨伐军击败并被诛杀，并迎晋惠帝复位。傅祗即以曾经受司马伦任命而请辞，但不被准许；及后廷尉以司马伦篡位时的禅让诏书出自中书省，追究中书监傅祗，但都获赦免，及后更以傅祗并非撰写诏书草稿者而恢复其光禄大夫官职。傅祗其后转任太子少傅。光熙元年（306年），晋惠帝逝世，皇太弟司马炽（晋怀帝）即位，傅祗改任光禄大夫、侍中，不久加尚书右仆射、中书监。傅祗在当时作为首辅大臣，常常宣扬君臣之间谦让的道理，令两者之间和睦共处；同时又因通晓国家体制，亦多参与朝廷制度的事。傅祗后转任左光禄大夫、开府，行