轻纺处当干部。1988年国家计量局、国家标准局撤销，改组为国家技术监督局，吴清海成为国家技术监督局标准化司农轻处的干部。1993年，任标准化司综合处副处长。一年后，改到农轻处任副处长。1996年，任农轻处处长（1996年1月到1997年1月，挂职任甘肃省礼县副县长）。1997年，任标准化司司长助理。1998年，随着机构更名、调整，任国家质量技术监督局监督司司长助理。2000年2月，任监督司副司长。同年8月，任司长。2001年，国家质量技术监督局再次更名重组，任国家质检总局执法督查司副司长，主持工作。2002