被定序生物复杂度的增加（从小的病毒在质体至细菌和最后真核生物），序列组装程式所採用的演算法也越趋复杂。基本上，组装程式都至少要能应付下面三大问题：基因组组装程式Celera 和Arachne 在2000年被研发出来——当时科学家试着组装第一个较大型真核生物的基因组（果蝇），紧接着是隔年的人类基因组计画。这两个程式能处理约100至300亿个硷基对的基因组。随后，更大更复杂的组装程式也被发明，例如阿莫斯组装程式（AMOS, A Modular Open-source Assembler） 等。下表列出了