师返回建康，不断命辎重与他一同回去，于是拖慢了进度，到了约定回去的日子仍未回去，诸葛长民和百官只得多日在新亭守侯刘裕到来。刘裕及后坐小船入建康，静静的回到府邸东府。明早（三月丙寅日，4月17日），诸葛长民知刘裕回来了，惊讶之余亦到东府见刘裕，刘裕也命壮士丁旿躲起来，然后才接见诸葛长民。二人见面后，笑谈如平日，诸葛长民谈得十分高兴；就在他放下戒心后，丁旿就走出来，用杖击杀诸葛长民，并将尸体送到廷尉。诸葛长民两个弟弟皆被捕杀，诸葛氏被诛灭后，人们都感释怀，更恨他们被诛杀得太迟了。