两集水区占国家公园面积的20%。全区南、北地势均高，中央地带因位于欧亚大陆板块和菲律宾板块的碰撞交界以及太平洋西岸亚热带台风豪雨区，产生复杂的地质现象。持续进行的极速造山运动，以及立雾溪的极速下切作用，形成奇特之高山、崃谷地形。太鲁阁狭窄呈V字型的大理岩崃谷，深度超过1,000公尺，大理岩岩层厚度达千余公尺以上，分布范围广达十余公里。
气候.园区东部由海平面到500公尺以下地区，属于亚热带夏季湿润炎热气候区；南、北、西侧位于海拔3,000公尺以上之高山地区，属于高山寒带气候区；