闰四月初进驻秦州（今天水），双方激战于巩昌，获胜。七年（1650年），授兵部尚书。八年（1651年），以功晋封一等轻车都尉。九年（1652年），加太子太保，晋封三等男爵。顺治十年（1653年），加少保，仍任川陕三边总督。十月，以病辞官，十二月死于北京，赠太保。孟乔芳所部攻灭反清势力达17万人，部下多人日后成为征伐三藩之乱及准噶尔噶尔丹的名将。
后事.雍正年间，入祀贤良祠。干隆年间编纂《贰臣传》，孟乔芳收录于贰臣传甲编。