守所，12月21日被杭州市中级人民法院以颠覆国家政权罪罪名判刑11年、剥夺政治权利3年。1999年1月29日送押于浙江衢州浙江省第一监狱。1999年1月到2004年3月4日在浙江省第一监狱服刑。2004年3月4日因国际社会特别是美国的压力和谈判，以保外就医名义直接从监狱送往美国。2004年4月—2005年3月，哈佛大学费正清中心访问学者。2005年1月到2006年8月在伊利诺伊大学物理系，2006年8月获硕士学位，参与筹备《未来中国》网站，参与筹备中国宪政民主转型研究。2007年6月-2010年