博爱校区作为未来成功合校后附设智慧医院的预定地，希望解决大新竹地区医疗资源严重不足的问题。
台北校区.台北校区位于台北市三级古蹟台北邮局四楼，目前设有经营管理研究所（原名管理科学研究所），有硕士班（含在职专班）及博士班。由于地处台湾的政经中心，校方的媒体记者会、产学合作、校友联谊、招生宣传等，经常在此举行。交大校友会台北分会及交大管研所校友会在台北校区设有常驻办公室，经常举办各项产学合作及校友联谊活动。运输管理研究所亦有部分硕士班及博士班设立于此。
台南