仍然以小组次名出线；在准决赛鏖战三局以1比2（17-21、21-19、13-21）不敌中国的田厚威。2017年2月，简·奥·约根森代表丹麦参加波兰卢宾举办的欧洲羽毛球混合团体锦标赛，助球队赢得混合团体冠军。2018年2月，简·奥·约根森出战瑞士羽毛球公开赛，在男单决赛以0比2（15-21、13-21）不敌赛会2号种子、印度的萨米尔·维尔马，赢得亚军。同年4月，他代表丹麦参加西班牙韦尔瓦举办的欧洲羽毛球锦标赛，在男单准决赛以1比2（17-21、21-18、15-21）不敌赛会3号种子、英格兰一哥的拉吉