亚马逊龙目前只有一个种，学名是马拉尼昂亚马逊龙（"A. maranhensis"），种名是以巴西的马腊尼昂州而来。在2003年，巴西古生物学家Ismar de Souza Carvalho及Leonardo dos Santos Avilla、与他们的阿根廷同僚利安纳度·萨尔加多（Leonardo Salgado）将这些化石叙述、命名的。
化石.亚马逊龙的化石，包括一些背椎及尾椎、肋骨及骨盆的碎片，是马腊尼昂州的伊塔佩库鲁组（Itapecuru Formation）所发现的唯一恐龙