时曾置广邺郡、神农郡，又析临泽、三归、竹塘三县。隋初郡废，三县并入高邮县。宋代先后筑有二城，名旧城、新城。宋、元时期，因置高邮军、承州、高邮路、高邮府，领辖过高邮、兴化、宝应三县，为淮扬间繁华之地。明代撤县建高邮州，辖兴化、宝应两县。自清代干隆时起，遂为散州。古代高邮，史称“江左名区、广陵首邑”。民国元年（1912年）废州为县。在抗日战争和国共内战期间，高邮县澄子河以南地区曾属江高行政区、江都县，高邮县湖西地区曾先后属天高县(天长县)、甘泉县、东南县、仪扬县、仪征县。中华人民共和国成立后设高邮县。199