多数的病例都无法以手术根除，患者通常会接受缓和性化疗，也可能配合放射治疗。随机对照试验的结果显示化疗在这些患者中能增进生活品质并延长寿命。目前没有单一的化疗用药常规，若状况允许，也常会建议患者申请临床试验。治疗胆管癌的化疗药物包括5-氟尿嘧啶/ 、单用吉西他滨或吉西他滨加上顺铂 、爱莱诺迪肯或。一个小型的可行性研究指出酪氨酸激酶抑制剂厄洛替尼在后期胆管癌患者中可能是有益的。
病程.以肿瘤是目前唯一可能治癒胆管癌的方法。由于癌细胞会透过淋巴结远端转移，无法切除肿瘤的患者五年存活率为