堂由建筑师佩德罗. 桑切斯设计于1620年。1633年他去世后，工程由弗朗西斯科·包蒂斯塔继续，完成于1664年。该堂取代了因建造皇家学院而被拆除的圣伯多禄圣保禄堂 (十六世纪)。神圣罗马帝国皇后奥地利的玛丽 (1528-1608)把她的财产遗赠给耶稣会，以便在被拆毁的教堂遗址上建一座新建筑。该堂在竣工13年后，于1651年9月23日祝圣。期初该堂供奉的是最卓越的耶稣会会士之一和天主教传教会的主保圣人方济各·沙勿略。1767年，随着耶稣会被取缔，该堂成为一个协同教会。两年后, 在1769年, 该