起义军攻进北京时，明朝崇祯帝的皇后（周皇后）便在坤宁宫自杀。清朝顺治十二年（1655年）仿照清宁宫改建以后，即变成清朝宫廷萨满祭祀的主要场所，但是其“中宫”的地位未改变。清朝康熙四年（1665年）康熙帝大婚时，太皇太后指定大婚在坤宁宫行合卺礼。同治帝、光绪帝大婚，溥仪结婚，也均在坤宁宫举行。这四位皇帝大婚时，均先和皇后在坤宁宫居住二日，再迁居干清宫或养心殿。雍正以后，皇帝移住养心殿，皇后也不再居住在坤宁宫，而是择东六宫、西六宫之一居住，坤宁宫实际已成为专供萨满祭祀的场所。由于清朝自雍正朝以后，皇后不再以