对包括人类在内的动物有毒。一些物种的孢子含有精神药物的成份，被用在娱乐及宗教仪式上。真菌可以分解人造的物质及建物，并在人类及其他动物造成疾病，真菌感染或食物腐败引起的作物损失对人类的食物供给和区域经济产生很大的影响，而真菌病则包括足癣等浅表层的感染，与隐球菌病等全身感染的疾病，严重时甚至可能致死。有些蕈类被人作为食物，有些真菌则是食品工业的要角，可以作为面包的膨松剂，或发酵制造酱油、豆腐乳与酒等食品。1940年代起，真菌亦被用来制造抗生素，现在许多工业所需的酵素也是由真菌所合成。有些真菌可以被当作生物农药，