于合肥市徽州大道。该校区是从前的合肥经济技术学院校园，划入科大后成为科大的南校区。南校区内有软件学院和管理学院的一部分（MBA/MPA中心）。其南侧的“科大花园”是科大教职工的主要居住区之一。
中校区.2012年，合肥市政府将合肥学院北校区教学区中约120亩土地拨给中国科大，学校将在新征土地上建设中校区，使之成为衔接东、西校区的枢纽。目前，理化中心和学生公寓已建成并投入使用。贯通东校区和中校区的金寨路地下通道也已开放，同时中校区在肥西路设有入口，至此东西中三个校区连成一体。