去官职，并且告状说明复社的恶行。但是巡抚张国维说：「周之夔失去官职，与张溥无关」。
南明.隆武元年（1645年），明绍宗曾任命他为考选推官、翰林院编修与监军等职。丙戌（1646年）春，徐孚远从松江浮海进入福建来招兵买马。大学士张肯堂因为周之夔熟悉海道而推荐他到徐处服务，后来被任命为兵科给事中。后来南明兵败后遁入佛门，以卖字画谋生，另有一说在永历二年（1648年）1月因清军入城而被杀。
着作.周之夔着有《弃草集》。收录于《闽海赠言》的有〈沈将军铙歌鼓吹曲〉与