内，德军以3,362人死亡的代价攻佔了整个立陶宛。苏军的损失则不能确定，其被估计有12~15个师。苏军的损失还包含大批飞机、坦克、火砲及其他装备。尽管立陶宛人以友善的态度欢迎德军，但德军仍然对立陶宛人发动屠杀，以报复被杀害的士兵。更多的暴行被撤退的苏联红军所执行。大约有4,000政治犯与罪犯被转移到苏联内陆地区。苏联内务人民委员部在其撤出立陶宛之前，立陶宛境内共有40个地方发生了屠杀。一份有关苏联屠杀受害者的名单在德国佔领立陶宛期间被发布，共有769人遇害。
立陶宛起义.Sec