戊戌变法期间，他曾参与维新，创办了新化速成学堂、罗洪小学。1903年冬，他和周震麟编写了宣传品《血泪书》，抨击朝廷，宣传反满革命。1905年，他参加中国同盟会，此后他和姻亲谭人凤在湖南、湖北、江西、南京、日本等地，其头颅被清廷悬赏五十万元。1911年辛亥长沙起义成功，他任宝庆军政分府都督。此后他曾任各省都督府代表联合会湖南代表，在南京参加了联合会会议以及中华民国临时大总统选举会。中华民国成立后，邹代藩担任湖南湖田局局长。1922年冬，邹代藩病逝，享年60岁。