5公顷，范围包括澎湖水道，涵盖盐水溪至东吉屿之间，宽5公里，长54公里，水深20公尺。其掌管了海域资源，举凡澎湖水道的海谷地形、古生物化石、随黑潮北上的鲸豚、郑成功渡黑水沟来台的航线皆等此之内。
考古.1975年，日本古生物学家鹿间时夫在澎湖水道捞获哺乳动物化石，与左镇动物群同为更新世中晚期，为便于区别，因此命名「澎湖—台南更新世晚期动物群」。1994年至1996年间展开两岸共同合作研究，邀请中国科学院研究前往探讨古地理环境问题，由国立自然科学博物馆展示近500件捞自澎湖水道的哺乳动