战情室现场关键证人或关系人、第一五八师参谋第二科（情报）科长徐莱中校，于查哨与督导夜行军后离奇失踪；数日后，一名志愿役士官亦消失成谜。二人遗体迄今未寻获。《自立晚报》记者张友骅于6月5日报导，民进党首届新科立法委员吴淑珍当日在立法院大会就该案对中华民国国防部提出正式质询；此为台湾媒体首次揭露此事。国防部发言人张慧元少将一再否认该事件，反控吴委员「破坏国家形象」，表示该船乃「中共渔船，在不理会警告后才用火箭弹将其在海上击沉」，于当夜三台晚间新闻联播；翌晨（6月6日）起各地报社皆奉行政院新闻局命令刊行中央社