东西长（淮安至林浦），南北相对较窄（螺洲至烟台山），总面积118.2平方千米。岛呈西北—东南走向展布，形状近似倒斜的“S”形。南台岛主要属冲积海积平原地貌，地表有些起伏；零星分布剥蚀丘陵地貌，岛周围零散分布河漫滩和沙洲。地形以平原及丘陵为主，平原地面高程5米以下，而丘陵分布在中、西北、东南部，海拔在150米以下。高盖山是全岛之最高点，海拔202.6米。南台岛被闽江围绕的总长度约66公里。岛上内河错综复杂，共计有30多条，岛上东片区内河水流随外江一同涨落，且由出口水闸控制。
自然