此成为死敌。厄内斯提仍继续降低学校音乐课程的比重，巴赫则越来越疏于教学。1740年，学校聘用一名新老师教授乐理，显然巴赫未善尽职责；他的教会音乐创作也大幅萎缩，唱诗班演唱旧作品的时候越来越多。事实上，巴赫的音乐倾向正在改变，他的研究和创作重心慢慢回到器乐，且开始重视出版自己的作品。巴赫可能受到启蒙运动的影响，或对教会当局的幻灭，导致其宗教热忱在晚年逐渐消退。巴赫领导大学音乐社的演出仍持续着，直到1737年暂时中断，1739年－1741年才又继续领导。这段期间以后巴赫也到各地检修管风琴，并拜访他的音乐家朋