成重建；最终德川家康在此就任征夷大将军，此后建立了江户幕府。在江户时代初期伏见城遭到废除，改建，并成为淀藩的领地，由于位于京都与大坂之间，此地借由淀川的水上运输成为港口及宿场町继续发展。由于邻近京都，在19世纪江户时代末期的动乱中，着名的两次寺田屋事件即发生于伏见，决定德川幕府结束的关键战争鸟羽伏见之战也发生于此，此战也造成伏见半数的民宅遭到焚毁。1889年，日本实施町村制，现在的伏见区范围在当时分属：伏见町、深草村、向岛村、堀内村、竹田村、下鸟羽村、横大路村、纳所村、醍醐村、久我村、羽束师村、