De-novo 组装又可分为三种演算法：
序列组装程式.最早的序列组装程式大约在1980至1990年代初期被发明。其雏形是序列比对分析的程式。随着定序技术的进步以及被定序生物复杂度的增加（从小的病毒在质体至细菌和最后真核生物），序列组装程式所採用的演算法也越趋复杂。基本上，组装程式都至少要能应付下面三大问题：基因组组装程式Celera 和Arachne 在2000年被研发出来——当时科学家试着组装第一个较大型真核生物的基因组（果蝇），紧接着是隔年的人类基因组计画。这两