不久除授散骑常侍，仍为黄门侍郎。迁度支尚书，领御史中尉。北魏朝廷自从迁都之后，经略四方，又经营洛阳，费用很大。崔亮在度支尚书任上别立条文，每年省下的费用数以亿计。又提议修汴蔡二渠，以通边地运输，得到公家和私人的依赖。
弹劾官员.正始元年（504年）三月，尚书令高肇猜忌诸王，想除去官位在自己之上的太傅、领司徒、录尚书皇叔北海王元详以独执朝政，于是诬陷元详与宣武帝宠臣冠军将军茹皓（高肇从妹夫）、直阁将军刘胄、殿中将军常季贤、陈扫静谋为逆乱。四月，宣武帝夜召崔亮入禁中，使他弹劾元详贪淫奢