林氏先民，携其神尊，跟随郑成功渡黑水沟来台湾，而安驻于新化（旧称大目降庄），因传说太子爷显灵救世，庄民便倡议合力出资兴建公庙安座供奉，于清康熙五十年（1711年）创庙。另说该庙创建于清道光年间。
发展.同治元年（1862年）的大地震，导致新化地区灾情惨重，太子宫也是被震毁的庙宇之一。1881年2月迁建现址，1946年，再次遭受地震，庙宇全部坍塌，1947年，兴工建筑新庙，1981年再次重建，成了今日所见的规模，该庙兴修可谓历经沧桑，然而信众总能不断捐献、集资维护，今日的「太子宫」庙