李成梁出塞攻打蒙古，抵可可毋林，斩馘多。万历十五年（1587年）再与李成梁出塞外攻克北关（海西女真）部落。因功绩而得世廕千户，升迁为都司佥事，守卫浮屠谷。万历二十年（1592年）爆发朝鲜之役，时日本关白丰臣秀吉入侵朝鲜，沈有容被指派跟从宋应昌、李如松等支援朝鲜，后来与宋应昌意见不合而要求调回中国。
谕退荷兰.万历二十五年（1597年）年秋，获福建巡抚金学曾起用，守海坛（今福建平潭），以防备倭寇响应丰臣秀吉入侵东南沿海。万历二十六年（1598年）调守泉州府，掌浯（屿）铜（山）