兼苏中军区政治委员，参与苏中战役。华东解放军主力北撤山东后，担任华东野战军十一纵队政委、华中指挥所副政委兼政治部主任，坚持苏中地区的游击战争。1948年2月，华东野战军第二纵队司令员韦国清率部南下，进入苏北。随后组建华东野战军苏北兵团，韦国清任司令员、陈丕显任政治委员，姬鹏飞任副政委兼政治部主任。3月，率部进攻益林，歼灭国军113旅；6月，为策应豫东战役，发动陇海路东段攻势。11月，参加淮海战役。1949年1月，姬鹏飞任第三野战军第七兵团副政委兼政治部主任，参加渡江战役。5月攻占浙江后，第七兵团兼浙江省军区