，县治再次设在新城。光绪元年（1875年），拆分率芒溪以南之地另置恆春县。光绪十二年（1887年），上级台湾府改称台南府。1893年时人口约394,000人。光绪二十一年（1895年）台湾改隶日本，此行政区划持续至台湾总督府将台南府下各县合併成台南县为止。
县治变迁.凤山县设立之初，据台湾知府蒋毓英的说法，原本清廷有考虑县治设在凤山庄，但最后清廷决定将县治设在兴隆庄，仅将南路营参将驻守在凤山庄。杜剑锋认为清廷的选址理由一是因为明郑时期兴隆庄一带已有开发，且有龟山、蛇山做屏障