就任中华民国总统，林希翎应邀出席了其总统就职典礼，但公开发表演说反对台独，结果又同台湾的民进党政府不欢而散。1997年，林希翎18岁的儿子林小翎因在法国笃信科学神教而患上了严重的忧郁症，跳楼自杀身亡。林希翎十分悲痛。2001年，中华人民共和国副主席胡锦涛访问法国，林希翎通过中国驻法国大使馆人员的安排见到了胡锦涛，双方握手并进行了简短的交谈。2002年中华人民共和国国务院总理朱镕基（原为右派）访问法国期间，林希翎作为旅法华人华侨代表受到接见。2003年底至2004年初，林希翎曾经回到中国，继续为自己的平反