色拉寺上的山顶修行，曾预言米琼日寺将要搬迁。当时米琼日寺的住持是吉尊卡曲白姆，是绕加曲吉活佛的转世灵童。搬迁寺院的时候，喇嘛们开始念经，不久一只“乃勒”鸟飞来，衔起一个法器飞走，落在米琼日山半山腰的一块大黑石头上。米琼日寺因而建在这只鸟指示的地址处。自宗喀巴的弟子孔如坚树·桑布当色拉寺住持起，米琼日寺便成为色拉寺的属寺。米琼日寺的女尼自古便有练瑜伽的传统，因为过去孤据山顶的米琼日寺经常在冬季受到盗贼及流氓袭扰，女尼们便养藏獒、堆放大石堆，夜晚巡逻并鸣枪，以保护寺院并防身。曾经流传过一名米琼日寺女尼摔倒三