以中华民国正式国名，或改以台湾、中华台北等折衷名称）重新参与世界卫生组织以及世界卫生大会，但均遭到WHO秘书处的拒绝。马英九政府上台后，两岸关系大幅改善。2009年，WHO同意中华民国政府以观察员身分参加世界卫生大会，同年5月行政院卫生署署长叶金川以「中华台北」的名义接受世界卫生大会的邀请。2017年5月，因蔡英文政府上台后两岸关系恶化，使台湾首次未能取得观察员邀请函，最后经外交管道折冲，取得10张旁听证。另外，2009年H1N1流感大流行在世界卫生组织的疫情通报网页上，中华民国的病人列于「中华台北」项下，