球季内以香港大球场作为主场，并打入首届菁英盃决赛。同球季内的足总盃决赛，香港飞马与元朗激战 120 分钟踢成 1–1 平手，互射12码以总比数 5–4 胜出，事隔六年再夺得足总盃冠军。2016年10月，香港飞马有数名职球员，包括助教李威廉、三名球员郭建邦、李家豪、陈柏衡被廉政公署拘捕，他们涉嫌行贿受贿，在一间本地足球会参与的多场赛事中「打假波」以操控赛果。香港飞马亦决定由即时起暂停涉事之一名职员及三名球员所有职务，最后其中一名被告、飞马前助理教练李威廉认罪，其余4被告罪名不成立。2017–18球季，