延平王」郑成功率军自鹿耳门登陆台湾，并于翌年驱逐了荷兰东印度公司在台湾大员（今台湾台南市境内）的驻军势力后，使得福建省泉州、漳州、福州及广东省惠州、潮州人民大量移居台湾，闽粤一带的佛教禅宗也相继随着汉族移民传入台湾，先后有了竹溪寺、弥陀寺、龙湖巖等名剎。明郑年间除了福州涌泉寺（临济宗）的僧侣，对台湾寺院法脉影响深远之外，另有一个法脉，即福清黄檗寺（黄檗宗）。之后开启了南明延平郡王在台湾的统治。
十八世纪.在清治时期，台湾禅宗的僧侣不拘于伽蓝、兰若，也常常驻于天后宫、水仙宫、城隍庙等