后，他历任盐法道。嘉庆二十四年（1819年）任江西按察使，同年任福建布政使。道光元年，调任广东布政使，并升任安徽巡抚。当时河南盗贼邢名章等流窜作案，孙尔准檄按察使惠显率兵驰剿，并清除余党。并赈灾各地，有功绩。道光三年（1823年）升任福建巡抚，并巡阅台湾。道光五年（1825年）升任闽浙总督，平定彰化盗乱。并致力于台湾各地边防，后加太子少保。道光九年（1829年）因失察家仆收受贿赂，降级留任。道光十一年（1831年）因病辞职。次年去世，赠太子太师，赐子孙慧惇进士，孙慧翼员外郎，谥文靖，祀福建名宦及乡贤祠。