，幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变，倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷鎌仓，北条氏控制的鎌仓幕府灭亡。后醍醐天皇掌握大权以后，并没有满足武士阶层的期望。大军阀足利尊氏成为所有武士的代表，于1336年攻陷京都，扶持两统迭立中的持明院统光明天皇即位。大觉寺统的后醍醐天皇把持着日本皇室的三神器逃到吉野山中，坚持自己才是正统，足利尊氏则在京都建立室町幕府，于是出现京都（北朝）和吉野（南朝）两个对立的朝廷。南北朝的征战持续将近60年，1392年，足利义满逼南朝的后龟山天皇让位，