开始衰败。尤其是抗日战争时期，日本炸毁玄妙观无央殿、“惠浃中州”牌楼、宛南公园、西北园，斗姥阁也毁于战火。中华人民共和国成立后，玄妙观一直是南阳县政府、中共南阳县委的所在地，道士被遣散，玄妙观停止了宗教活动。1994年，南阳县撤县设区，玄妙观又成为中共宛城区委、宛城区人民政府的所在地。1978年中共十一届三中全会之后，中共落实宗教政策。此后，南阳市政府下文开放独山祖师宫。2000年，根据南阳道教居士的要求，有关部门批复在独山脚下建设玄妙观下院。此后，下院先后建有三清殿、药王殿、土地殿、地母殿等建筑；从2