两宋时期为减字谱的发展期。与之前相比，这一时期一些术语得到了更加简化，右手“繁声”指法得到分化，左手指法也获得了发展，以与声韵相配。之后减字谱进一步成熟，单声指法取代了“繁声”指法，术语也逐渐规范，至南宋时，减字谱已经基本定型。现存最早的减字谱为南宋词人姜夔《白石道人歌曲》中收录的《古怨》琴谱。清代《大还阁琴谱》则开始采用了徽分记谱法，相邻的徽之间分为十等分，按音位标注为“几徽几分”，与之前减字谱记载的相对位置相比，使得音位准确度更为提高。除古琴谱之中，在瑟、箫、篴、箎、埙等乐器谱中也有使用减字谱。