使在天主教被严加镇压的时期也有众多隐蔽基督徒。长崎的教会群和基督教关联遗产在2018年登录成为世界文化遗产。长崎市的大浦天主堂兴建于1865年，是日本现存天主教建筑中历史最古老的一座，在1953年被列入日本国宝。佐世保市的使用了40万块砖兴建，被列入重要文化财。五岛列岛的堂崎天主堂是禁教令被废除之后在五岛列岛兴建的第一座教堂，是五岛第一座西洋式建筑。