的九弟源义经于失散多年后再次相会，此后的作战主要由源义经负责执行，源赖朝则在后方运筹。在关东经略上，对内，为了有效统御庞大的武士集团，源赖朝创立了侍所，命和田义盛和梶原景时负责掌控。对外，源赖朝则积极收服、铲除关东地区同为源氏的志田义广、新田义重、佐竹氏与藤姓藤原氏的足利忠纲等反抗势力，并巩固己方武士集团的权益。
其它武士团兴兵与战乱的扩大.除了关东之外，各地接获令旨的源氏势力也一一兴兵响应。例如土佐的源希义、河内石川的源义基与源义兼父子、美浓的土岐氏、近江的佐佐木氏、山本义经