大同大学的校舍被炸毁，学校迁入租界。后来日军占领租界，胡敦复继续坚持办学。抗日战争胜利后，大同大学附属中学一院迁回了南市，成为了后来的大同中学。中国人民解放军占领上海前夕，胡敦复赴台湾。在台湾，他企图恢复大同大学，但未成功。后来，他到美国，任华盛顿大学客座教授。1978年12月1日，胡敦复逝世，享年92岁。