于系统分类学的研究质疑这个观点。Mary P. Winsor, Ron Amundson和Staffan Müller分别声称像诸如卡尔·林奈和理想的形态学者的理论离本质主义有相当的距离，由此看来生物学中所“本质主义故事”（或“神话”）可能是人们把从亚里士多德到约翰·斯图尔特·密尔和威廉·惠威尔的理论混为一谈的结果。比如"species"（物种）这个词在生物学上的使用。
社会和政治.持本质主义观点的人可能会把性别、种族，或者其他群体特征当作是不可改变的特质，群体内个体拥有不符合本群