行一对宁通直达动车，中间不停站。2019年10月11日共编排开行11对列车，其中南京至启东4.5对，南京至南通6.5对。2020年7月1日共编排开行5对D字头动车组列车，两对C字头城际动车组列车。大部分列车经停扬州站、泰州站、海安站，部分车次会经停江都站、姜堰站、如皋站。以下为日常线时刻表（2020年7月1日起施行）：
车票.2016年5月11日，宁通动车组列车公布票价，南京至南通二等座票价106元，一等座为166.5元。车票自5月13日13时起对外发售，旅客可通过1230