熘湾社、萧壠社、蔴荳社势力最大，而除了西拉雅族之外，在今东山区曾有洪雅族的哆啰嘓社。荷兰东印度公司来到台江内海后，先是在今安平区的大员社（Tayouan /Tayowan，亦称台窝湾社）建设热兰遮城（今安平古堡），后来又在赤崁社地兴建普罗民遮城（今赤崁楼）。而对于各地的原住民，自1641年4月10日第六任台湾长官特罗登纽斯（Paulus Traudenius）召开「地方会议」后，在1644年将台湾划分成北部地方会议区、南部地方会议区、淡水地方会议区、卑南地方会议区，而台南市辖区即属于当时的北部地方会议区