治十三年（1656年），顺治帝命全真道龙门派律宗第七代方丈王常月律师“主讲白云观，赐紫衣凡三次，登坛说戒，度弟子千余人。”（见《白云观志：昆阳王真人道行碑》）康熙帝曾经召见自称神仙的王文卿，赐匾额、对联，并且召见谢万成、王家营等道士，令他们在西苑炼丹。雍正帝曾召白云观道士贾士芳进宫为自己看病。清朝末年，慈禧太后和宫中众多太监与白云观关系颇深。贾英华《末代太监孙耀庭传》称，太监内部传说，慈禧太后之母逝世后，尚未独揽大权的慈禧太后派大太监刘诚印到贤良寺等佛寺寻找停柩之处，遭到这些佛寺住持的冷遇。后转往白云观