掌权，坐镇云南和贵州，与川系军阀时有摩擦。1921年，滇系将领顾品珍叛变，滇系分裂为顾品珍部和唐继尧部。与北京政府不同的是南方军阀最初缺少正统政府的名义，因此在北京政府府院互斗后，南方军阀开始找寻可以拥戴的正统象征。陆荣廷与唐继尧借着1917年7月护法运动的机会招揽孙中山与部分国会议员到广州另立护法军政府，孙中山任大元帅，陆荣廷和唐继尧则任元帅，意图北伐对抗北京政府。然而护法军内部各主要军阀势力主要盘算是将广东收归自己的统治，而非实际推翻北京政府，因此三人渐生嫌隙。1918年4月，滇系和桂系开始排挤孙中