优秀的私立大学之一，特别是在论文被引用数上成绩亮眼。2018年的泰晤士高等教育世界大学排名将其列于401-500区间，与北海道大学、九州大学等国立名校并列；而亚洲大学排名则为83名，是日本私立大学当中排名最高者。2018年的诺贝尔生理学或医学奖得主本庶佑教授，于10月5日在本校进行他获奖后的首次公开演说。
对外关系.
国内.藤田医大是、等团体的成员校。
海外.与藤田医大缔结学术交流协定的学校大多是同样有医学院的大学，例如美国的约翰·