012年伦敦奥运，以及接下来的两项大师赛罗杰斯盃、辛辛那提大师赛和大满贯赛美国网球公开赛。9月，世界排名被2012年美网冠军得主穆雷超越，滑落至第四名。10.11月，纳达尔听从医生建议在家乡静养膝伤，选择无限期停赛，退出本赛季剩下的赛事，包括上海大师赛、巴黎大师赛、ATP世界巡回赛总决赛以及台维斯盃决赛，而因为纳达尔的缺赛，西班牙队在台维斯盃决赛以总比数2-3输给了捷克队。纳达尔的年终排名跌落到第四名，这也是2005年以来纳达尔的年终排名首次掉出前两名。