建于1996年，建成时名为淮安站，建成初期仅办理货运业务。2004年7月，车站开办客运业务，但范围仅限新长线本线。2005年7月1日，车站随宁启铁路扬州-海安段的启用接入全国铁路网并开通长途列车客运业务。2007年原淮安北站在其改建工程完工后更名为淮安站，本站因此更名为淮安南站。2013年7月1日起，淮安南站暂停客运业务，仅办理货运业务。
车站结构.
站场.淮安南站设有4条到发线和2座旅客站台。站房南侧设有一座货场、内设2条货物线，办理整车货物运输，主要办