.第二次世界大战末期，为了躲避连续数日的空袭，1944年11月22日在帛琉本岛（巴贝图阿普岛）的丛林中设立临时本殿，将御神体迁移过去。1945年9月11日，日本方面在美国的同意下进行了奉烧式，将位于柯罗的社殿进行奉烧。御神体则以船运送至位于东京的宫内省，1月19日完成御奉迁的手续。
重建.战后，南洋神社的原址成为了太平洋群岛託管地的公有地。不久后就变成丛林密布的森林，过往曾经是神社的证据只剩石灯笼和社号标。1980年代，该地变卖后由帛琉人买下，成为私人宅邸。变成没有神社的参道