仍留下邳。泰始元年（465年）宋明帝即位，但同时其侄儿晋安王刘子勋亦在寻阳建立政权，薛安都则举兵支持子勋，并出兵对抗明帝政权，其中就派了自己的女婿裴祖隆出镇下邳，裴祖隆也请了崇祖和他一起守备。泰始二年（466年），与薛安都一同抵抗明帝政权的青州刺史沈文秀所派的部将刘弥之等军到达下邳，可是弥之此时却决定改为支持明帝，更向裴祖隆发起进攻。崇祖见祖隆士兵溃败，就和数十亲兵去将裴祖隆救出并逃回安都所在的徐州治所彭城。同年八月，宋明帝消灭了子勋政权，薛安都遂向明帝归降，但明帝为了示威淮外而在十月故意派沈攸之及张永