鼠海豚的寄生虫主要有海七鳃鳗、线虫、吸虫、绦虫和棘头动物。属的线虫是通过鱼进入港湾鼠海豚体内的，在港湾鼠海豚的胃中常常能找到大团的线虫。主要寄生于支气管、肺部和循环系统中。寄生在耳中的虫会使港湾鼠海豚变聋。尤其常见的寄生在消化系统和胆的吸虫是，它们会导致肝炎和原发性硬化性胆管炎。体外的寄生虫如鲸虱在港湾鼠海豚身上很少见。
行为.港湾鼠海豚一般单独行动或者成对行动。很少能够观察到最多可达七头动物的群。在交配期和觅食的时候偶尔会有上百头动物组成的群。但是这样的群极少见，而且只是短期的。