随清军进入北京，将魏忠贤的衣冠葬在墓中，成为魏忠贤衣冠冢。清朝康熙四十年（1704年），江南道监察御史张瑗奉命巡视西山时，起初将之当作前朝皇帝的陵寝，后来得知是魏忠贤衣冠冢，遂于同年五月十二日上奏，五月二十二日诏平其坟。清朝干隆十三年（1748年），干隆帝在明朝的规模上又进行大规模的修葺和扩建，新建成金刚宝座塔、水泉院、罗汉堂等建筑，形成了如今的规模。1925年3月，孙中山在北京逝世后，其灵柩曾在碧云寺超度。11月23日，国民党中央部分委员在碧云寺召开西山会议。1950年代，碧云寺曾经是全国文联的