三军总医院基隆分院（原海军基隆基地医院）.
门诊院区.等级为 地区医院，院址为台湾省基隆市中正区正荣街100号，设有门诊、急诊、住院，接驳车来往内湖院区。
本院（孝二院区）.院址为台湾省基隆市仁爱区孝二路39号2楼（忠孝大楼），设有门诊。
三军总医院澎湖分院（原海军澎湖基地医院）.等级为地区医院，院址为 台湾省澎湖县马公市前寮里90号，设有门诊、急诊、住院，（特殊医疗情况经申请核可）中华民国空军后送。Sect