永定河引水渠会合，流入西便门护城河；流入护城河后，运河将会分为两部分，其一流向前三门护城河，另一支流入南护城河，经龙潭湖至通县马驹桥，并与同在规划中的京津运河汇流。除此之外，设计人员还规划了一条支流，这条支流始于昌平县（今昌平区）小辛峰，流经沙河水库、清河镇、东直门，流入东护城河。为了实现航运功能，方案中规划在密云水库北白岩副坝下修建升船机，使游轮可驶入水库内。运河流经的昆明湖段以上、龙潭湖段以下被设计为郊区航运段，实施中国国家三级运河标准，设计可通过最大1000吨的驳船或双层客轮；而昆明湖段至龙潭湖段