族分支的希尔·阿里夺回了政权。但由于王室血脉的而引发的汗位继承斗争，使得国内政治环境逐步恶化，政局陷入混乱。同时，北方的俄罗斯帝国入侵了哈萨克草原，直接威胁到了浩罕汗国在这一地区的统治。浩罕汗国曾尝试与当时世界上最大的伊斯兰教国家奥斯曼帝国联手，并且与大英帝国保持友好，以牵制俄罗斯帝国的南下。然而，国势大不如从前的浩罕汗国已经没有足够的力量来抵御来自俄罗斯的压力了。同一时期，在清朝统治下的与浩罕接壤的新疆地区，叛乱也时有发生，使得作为浩罕汗国繁荣的生命线的边境贸易开始衰退。1864年，从库车爆发的叛乱顷