发表公开信，唿吁当局“迅速迁移毛泽东尸体，将毛主席纪念堂改为文革博物馆，将毛像从天安门城楼取下”。2004年，在六四事件十五周年前夕，余杰与王怡联名发表公开信，谴责中共十五年前的的行为，建议中共当局及对死难者及其家属早谢罪并启动政改。2005年，余杰与丁子霖、刘晓波联名在法国《费加罗报》发表公开信，谴责法国政府游说欧盟取消对华武器禁运。与刘晓波一起推动独立中文笔会捍卫言论自由的努力，多次受秘密警察骚扰。2006年5月11日，余杰以中国大陆家庭教会成员和异议作家的身份，与王怡、李柏光一起在白宫受到美国总统