尔谷和克里希纳谷、北面则分布了宋梅月溪。与曼纽尔陨石坑最接近的月坑有西面的乔伊陨石坑，北面及东北偏北分别的林奈陨石坑和班廷陨石坑，而小陨坑霍恩斯比和苏尔皮基乌斯·盖路斯陨石坑则分别位于它的东南偏东及南面。此外，沿西、东、面三面分别绵延着加斯特山嵴、冯·科塔山嵴和巴克兰山嵴，西北侧则是亚平宁山脉的东北端-菲涅耳岬，而西南则横亘了苏尔皮西乌斯·加卢斯月溪。它的中心月面坐标为，直径0.57公里，深约0.08公里。曼纽尔陨石坑类似月表上一处外形不规则的洼坑，坑壁最大高出周边地形20米，内部容积约0.01公里。