所以日军的死亡人数在该年5月时共计达到1257人。此外日军在3月26日设置了「澎湖列岛行政厅」作为澎湖的统治机构，厅长为海军少将田中纲常，同日并将先前收容的俘虏释放，不过对圆顶半岛的清军则是到3月28日才释放下士以下的俘虏。又4月30日日军舰队司令伊东祐亨因三国干涉还辽之事率舰队返回日本佐世保，留下混成支队与第四水雷艇队，之后由比志岛义辉指挥部署澎湖防务。5月31日驻澎日军接获首任台湾总督桦山资纪从台湾三貂角发出的训令，隔天收到日军大本营的电报，驻澎日军即刻改归台湾总督直辖，之后在桦山资纪命令下，混