生物学联盟提出了酶的，也就是EC编号。每一个酶用一个四位数的数字表示，前面再加上"EC"。第一位数字是酶依酶促反应的机制来分类。依照第一位数字，可以分为以下六类：上述分类会再依底物、生成物及化学结构来分类。用四位数字可以完整的描述一个酶。例如，己糖激酶（EC 2.7.1.1）是转移酶（EC 2），会将磷酸基团（EC 7）加到六碳糖中，是一个含有醇基的分子（EC 2.7.1）。
结构.酶大都是球蛋白，以单体或聚成复合物对反应进行催化。和其他的蛋白质一样，酶的三维结构是通过多肽