任山东省政府主席，同年8月任国民政府行政院水利委员会委员。1945年（民国34年）1月，他升任第十战区副司令长官，6月获授陆军中将衔。
败北与晩年.抗日战争结束后，牟中珩任第2绥靖区副司令官。1948年（民国37年）9月，他在济南战役中败给中国人民解放军而被俘虏。中华人民共和国建国后，他长期接受思想改造，1966年4月获得特赦。特赦后他任中国人民政治协商会议全国文史专员，1975年5月，他任政协山东省秘书处专员。1977年12月，他任政协山东省委员会委员，翌年当选该委员会第4届常务