治贪的办法，他的治贪方式仅针对和珅一人，不肯扩大扫荡层级，以致于收效有限，更无以改变朝廷全面性的腐化，尤其到了其末期更发生嘉庆兵部大印丢失案迁出一系列朝廷腐化真相，朝野震动。
民变迭起.嘉庆元年（1796年）十月，四川达州爆发徐天德、王登廷领导的起义，东乡（今宣汉）爆发冷天禄、王三槐领导的起义，以及太平孙赐俸、龙绍周等人领导的起义，史称川楚陕农民大起义。嘉庆四年（1799年），白莲教首领王三槐在北京受审时的供词提到「官逼民反」，嘉庆知道后受到很大震动。嘉庆八年（1803年）