但穆斯林与印度教徒之间冲突依然严重。赛义德·阿赫默德·汗领导阿利加尔运动，其继承者于1906年成立了“全印穆斯林联盟”，曾一度与印度国大党合作，共同争取印度的民族独立，但1928年合作破裂。1940年3月23日，穆罕默德·阿里·真纳领导下的穆斯林联盟在拉合尔召开全国会议，通过了建立巴基斯坦的决议。1947年6月，英国公布蒙巴顿方案，同意印巴分治。8月14日，巴基斯坦宣布独立，成为英联邦的自治领。1956年3月23日，巴基斯坦改自治领为共和国，定国名为巴基斯坦伊斯兰共和国。巴基斯坦独立后，与印度因领土纠纷