长同后白河天皇一派对抗。次年，鸟羽法皇驾崩，两派的冲突白热化。京都风传赖长勾结崇德上皇谋反，因此，后白河天皇下令没收藤原赖长拥有的庄园。当时，没收庄园意味着被定为谋反之罪，赖长以此为理由举兵，拥立崇德上皇讨伐后白河天皇。7月8日，赖长纠集属下武士、源为义、平忠正等人据白河北殿（崇德上皇的住所）开军事会议，源为朝建议夜袭高松殿，但被赖长拒绝，决定等待兴福寺僧兵的支援。后白河天皇则在11日黎明袭击白河北殿，崇德上皇方面宣告失败。赖长由家司抱持着骑马逃出御所，途中为放箭射伤了头部。赖长受了重伤，抱着最后的希望