45年香港重光后，他获以海军中将夏悫爵士为首的临时军政府任命为军事法庭副庭长，专门审讯日本战犯。1946年5月1日港督杨慕琦爵士复任，民政恢复，关祖尧遂改任巡理府首席裁判司。在1946年12月，他受委为非官守太平绅士，后来于1950年至1951年担任香港律师会主席。战后的关祖尧已经热心参与社会事务，他在1948年获委任为华人法律与习俗委员会、以及租务法庭委员会委员。同年，他还有份参与创立香港房屋协会。其后，关祖尧亦曾任过香港社会服务联会1950年度理事、公务员叙用委员会委员、华人庙宇委员会委员、华人慈善