只有一条小溪流奇美溪，后来在板块运动中，海岸山脉被持续抬升，使得奇美溪流速变快，发生向源侵蚀的现象，最后奇美溪在瑞穗附近切穿海岸山脉，和古花莲溪相连，形成河川袭夺现象，而瑞穗以南古花莲溪河段则形成断头河。花莲溪南端境内的主要支流，如木瓜溪、寿丰溪、万里溪、马太鞍溪、光复溪等皆发源于中央山脉东侧，其中以木瓜溪流域面积最大，支流多且长。主要支流偏在流域西部。上游支流坡度陡，水流急速，每当遇到台风洪水来临时，溪流就会挟带大量的泥土及砂石，从山谷流冲到花东纵谷平原。当河水流出谷口以后，坡度由原先的陡峭地势忽然变