后因1827年发生大火，馆内40,000多册馆藏付之一炬，迫使图书馆迁移至首都赫尔辛基并附设于赫尔辛基大学，作为该校的独立机关运作，当时名称为赫尔辛基大学图书馆。图书馆的任务为保存文化遗产，经历瑞典扩张、俄罗斯的统治以及芬兰独立，芬兰国家图书馆一直都是法定送存图书馆，拥有包含瑞典、俄罗斯等丰富的国家收藏，芬兰国家图书馆的捐赠者所捐赠的书籍远大于採购的数目，1918年芬兰独立时，图书馆的馆藏已经超过300,000册。2006年芬兰国家图书馆与赫尔辛基大学图书馆分立，大学图书馆迁至他处，国家图书馆则保留于约38