世为雍古部，居净州天山（今内蒙古四子王旗西北城卜子村）。有锡里吉思者，于祖常为高祖，金季为凤翔兵马判官，以节死赠恒州刺史，子孙因其官，以马为氏。曾祖月合乃，从世祖征宋，留汴，掌馈饷，累官礼部尚书。
着作.马祖常任监察御史期间，元仁宗命他为其作《风宪宏纲》作序。《中州名贤文表》辑载元代河南人物遗文，也载有马祖常作品五卷。