并再次进入国防大学进修。1994年，任空军参谋长。1999年，任沈阳军区副司令兼沈阳军区空军司令，并于2001年第三次进入国防大学进修。2004年，任中国人民解放军副总参谋长。2007年9月，任中国人民解放军空军司令员。在任空军司令期间，曾是和平使命-2007国际联合军事演习的中国军方总导演。在2007年的中共十七大和2008年的十一届人大一次会议上，分别当选中共中央军委和中华人民共和国中央军委委员。2012年11月，中共十七届七中全会增补许其亮为中国共产党中央军事委员会副主席，领导主管全军政治工作。