疾复发与妻子的遽逝，而于1966年4月9日溘然长逝。
身后与历史评价.李万居为定义上的半山仔，在返台初期担任官方媒体台湾新生报负责人，与外省借同僚一同支持台人奴化论，且与国民党特务密切来往，在二二八后对政府失望后投入民主政治与言论自由的抗争。担任中国国民党的二二八事件善后委员期间，一面接受来自层峰的压力猜忌，一面忍受来自民众（对半山集团）的仇视唾弃，但他始终坚持这项艰鉅的工作，在自己也几乎成为事件受难者的情况下，全力寻求将台湾人损害降至最低的种种方法。李氏宗族后世李文垻于民进党