（民国13年）5月13日，北京国民政府下令周荫人接替孙传芳担任福建省督理。1925年（民国14年）1月，改任福建军务督办。同年11月，任孙传芳手下的五省联军闽军总司令。此时为周荫人军事生涯的极盛期，所统辖的部队包括：1926年（民国15年）国民革命军北伐，8月福建陆军第4师师长赖世璜首先宣布依附国民革命军，后该编制由周的卫队旅定替重建，旅长孙云峰。孙传芳命令周荫人歼灭该部队，但在8月31日孙传芳改变命令，发布「援赣计画」，要求周荫人入侵广东，牵制北进江西的国民革命军部队。周荫人率领旗下的四个师由福建