为罗马方面军总司令，以替换洛朗·古维翁-圣西尔，但直到11月才得到指挥权。他保护初生的罗马共和国，抵抗那不勒斯法院和英国舰队。1799年尚皮奥内被迫率军撤出罗马，展示了自己的灵巧谋略。他几乎没费时间就赢得奇维塔卡斯泰拉纳战役并重新进入罗马，然后占领卡普阿和那不勒斯。在战领那不勒斯后，他被任命为那不勒斯军团总司令，由于他嗜好抢劫和没有遏制他军队的暴行，引起当地平民的极大反抗，在2月时他辞去职务，3月遭到拘捕。他受到不服从政府命令和染指那不勒斯公款的指控，但这有可能是他包括麦克唐纳将军在内的敌人们对他采取的