保匪人”、“声名恶劣”，杨深秀的罪名是与康有为结党。雷家圣指出这是因为慈禧当时还不知道英、美、日等国的参与程度，如果贸然指责英、美、日等国，外交纠纷更难收拾，故只能以含混之罪名带过。戊戌变法失败后，宋伯鲁被清廷下令革职拿问。他事先得李岳瑞密报，避于意大利使馆，旋携眷匿居上海三年余，期间一度赴日本。1902年，宋伯鲁返回陕西，被陕西按察使樊增祥抓捕，囚禁三年后获释出狱，应伊犁将军长庚之邀请赴新疆，主持新疆通志局，纂修新疆省志。1908年写成《新疆建置志》、《新疆山脉志》各四卷。宣统元年（1909年）长庚调