6年1月至1995年8月，中科院院士、物理学家母国光任南开大学第六任校长。1995年8月至2006年5月，数学家侯自新任南开大学第七任校长。2006年5月至2011年1月，中科院院士、生物学家饶子和担任南开大学第八任校长。2011年1月至2018年1月，龚克担任南开大学第九任校长。2018年1月起，中国工程院院士、免疫学家曹雪涛担任南开大学第十任校长。2016年9月，薛进文在担任南开大学党委书记长达14年后去职，魏大鹏继任至2018年5月，杨庆山继任。
办学经费.自创办之初至1