民进党内四大派系进行了中国政策的公开电视辩论，最终「大胆西进」与「强本渐进」两条路线互相妥协，达成了「强本西进」的共识。1999年，为因应2000年总统大选，民进党通过《台湾前途决议文》，承认台湾已是民主的国家，国号是「中华民国」。随后推选陈水扁与吕秀莲参选正副总统。选战过程原本不被外界看好，但因兴票案等影响，使陈水扁与吕秀莲最后以2.5%差距超过得票第2高的宋楚瑜胜选，实现台湾历史上首次政党轮替。
第一次执政时期.
2000年－2004年.民进党执政之初