1984年起陆续出任国民党中央委员会副秘书长、行政院研考会主委，后升任陆委会特任首席副主委兼发言人。1993年出任法务部长，在法务部长任内奠定打击犯罪与反黑金的形象。因为扫黑过大，在强大压力下被调为政务委员。在1997年，宣佈辞职与弃选台北市长。在马父马鹤凌的力劝下，1998年代表国民党参选台北市市长，击败拥有高支持度的陈水扁市长。大约于此时开始，被视为国民党政治明星，在2000年总统选举后，被视为国民党的接班人。马英九的家世与留美的背景，加上早年受到蒋经国提拔，让许多泛国民党的支持者对他拥有好感。马英