将兑现2000年中华民国总统选举时的承诺，在任内推动政策谘询性公投，但将不涉及敏感的政治地位等公投。但是7月台湾立法院召开临时会议时，《公投法》并没有获得通过。不过时任总统陈水扁依然坚持公投，并说会以行政命令方式推动，在2004年总统选举前举行有关龙门核能发电厂（核四）的公民投票。国亲阵营指责时任总统陈水扁试图通过公投议题激怒北京当局，恶化两岸关系、挑拨台湾民意，从而操控选举。国亲两党首先是反对，后来态度改变，支持公投立法，但是时任总统陈水扁必须为后果负全部责任。尽管如此，7月的立法院临时会议上由于两个阵营