99年持续至前493年。叛乱的核心是希腊小亚细亚城市对波斯任命的僭主统治的不满，以及两名米利都僭主希斯提亚埃乌斯和阿里斯塔格拉斯的个人行为。前499年，当时的米利都僭主阿里斯塔格拉斯与波斯名为Artaphernes的总督展开了一次联合军事行动，以征服纳克索斯岛，以巩固他在米利都的地位（在财政上和声望上）。任务是一场大灾难，当阿里斯塔格拉斯意识到自己的僭主地位即将不保时，他选择煽动整个伊奥尼亚反抗波斯。波斯人继续剷平仍然和他们对抗的小亚细亚西岸城市，但最后在前493年对伊奥尼亚实施了和平解决的方式，这通常