资助远征探险活动，他还任命自己的私人秘书梅里韦瑟·刘易斯带领远征队。刘易斯拥有美国陆军上尉军衔，他选择曾一起服役的前陆军中尉，美国独立战争英雄乔治·罗杰斯·克拉克（）的弟弟威廉·克拉克一起领队。两人挑选出30人组成发现军团一起上路。获选者中有多人是来自肯塔基州的拓荒者，之前也曾在陆军服役，其他人中有些是船夫，还有些拥有某些必需技能。1804年5月14日，远征队从密苏里州的圣路易斯出发。探险队从密苏里河逆流而上，他们遇到莱姆哈伊肖松尼部落女性萨卡加维亚。萨卡加维亚曾遭另一部落俘虏，再被卖给法裔加拿大籍捕手