到他成为吏部官员，就立刻派遣乔应甲任陕西巡抚，想搜集各种罪证获罪于他，但都没有收获。于是便毁掉了书院，推倒了圣贤塑像，将其扔到了城墙边角。冯从吾不能忍受心中怒火，得病去世。崇祯初年（1628年）明思宗恢复冯从吾官职，并追赠其太子少保，谥恭定。与邹元标、钟羽正等人并称“西台三正人”。
着作.着有《关学编》、《冯恭定金集》、《陕西通志》等。