分别成为纪州藩以及其和的领地。1871实施废藩置县后，这些区域曾先后隶属和歌山县、新宫县、田边县，不过在1872年的第一次府县整併后，概略以熊野川及其支流为分界，以西全数划入和歌山县，以东划入度会县，但在1876年的第二次府县整併后，度会县又被併入三重县。1879年和歌山县和三重县先后实施，牟娄郡大致将和歌山县内的田边城下的区域设立为西牟娄郡，新宫地区设立为东牟娄郡，虾重现内的木本浦地区设立为南牟娄郡，尾鹫南浦地区设立为北牟娄郡，也因此牟娄郡就此消失。