01年（日治明治三十四年）11月，全台设置二十厅，该庄隶属于嘉义厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄隶属不变。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「南靖」大字，隶属于台南州嘉义郡水上庄。战后水上庄改制为水上乡，隶属于台南县，大字亦改制为村。1950年云、嘉、南分治，水上乡改隶属于嘉义县。
交通.台铁纵贯线大致以东北—西南走向转北北东—南南西走向经过南靖地区东部边界外不远处，并设有南靖车站，属甲种简易站，仅停靠区间车。国道1号又称