随同周恩来到重庆，任南方局领导下的西南工作委员会书记，管辖川东特委、川康特委、云南省工委、贵州省临时工委、湘鄂西区党委，在巴县木图镇建立秘密机关。不久，孔原身份暴露，1940年11月调回八路军重庆办事处，接替博古担任南方局委员、组织部长。1941年1月皖南事变后，南方党组织转入隐蔽。1943年6月28日至7月16日，周恩来和林彪、邓颖超、孔原等100多人乘卡车离开重庆回到延安。孔原在中央党校参加整风学习，受到审查。1943年9月，中央召开政治局扩大会议讨论党的路线问题，是19名列席之一。1944年5月21日