又聘左宗棠为幕僚，事无巨细，皆听之，左宗棠说：“所计画无不立从。一切公文，画诺而已，绝不检校。”一时传为佳话。咸丰五年（1855），太平军攻克武昌，湖北巡抚胡林翼向骆秉章求救。骆秉章派鲍超赴湖北，以彭玉麟继其后。咸丰六年（1856），曾国藩告戒其弟曾国荃要“一听骆中丞、左季兄之命，敕东则东，敕西则西！”潘祖荫曾言：“楚军之得力，由于骆秉章之调度有方，实由于左宗棠之运筹决胜”。咸丰十一年（1861年）任四川总督，镇压云南蓝朝鼎领导的起义势力，解绵州之围，杀四万余人。赏加太子少保衔。同治元年（1862年