鸟类的唿吸系统，显示这唿吸系统在两个支系分化前就已经存在，而非鸟类独自演化出来。这个发现更提供了鸟类起源于恐龙的进一步证据。
脑部与内耳结构.对于玛君龙完整头颅骨（编号FMNH PR 2100）的电脑断层扫描，显示出大略的脑部与内耳结构。与身体相比，玛君龙的脑部非常小，除了这方面之外则类似非虚骨龙类的兽脚类恐龙，有非常传统的外形，较类似现代鳄鱼，而非鸟类。玛君龙与其他兽脚类恐龙的差别之一，是牠们的较小型绒球，绒球是小脑的一个区域，可协助调节眼睛与头部的动作。这显示玛君龙与其他拥有小