永昌年间，李琮被关押在洛州河南府，王妃周氏关押在司农寺，后与兄弟（他有弟弟楚国公李睿、襄阳郡公李秀、广化郡公李献、建平郡公李钦）三人在桂林野外并为武则天派遣酷吏所杀。神龙初年，李琮被追赠陈州刺史，幼弟李铁诚嗣纪王，擢左骁卫将军，死后子李行同嗣王。《新唐书》记载了一个小说灵异故事，李琮兄弟三人死在桂林。开元四年二月，李琮季子豫州刺史李行休去桂林请迎灵柩，既至，李琮所葬之处无坟堆封树，遍访当地人都说找不到他的坟墓。李行休归，地上铺布席祈祷。当夜梦李琮乘舟，舟一分为二。既而到野外，见东洲从中断开，于是醒来。灵