势力驱逐出澎湖，再度占领了澎湖列岛。到了16世纪中期，包含倭寇在内的海盗在中国东南沿海一带活动，并将台湾作为躲藏地点。海盗在中国沿海劫掠，遇到官兵追击，就逃至澎湖，然后再到台湾，成为除了少数汉族拓荒屯垦移民之外的另一部份住民。同一时期，葡萄牙人是最早抵达东亚与殖民台湾的欧洲探险者，但是与台湾的实质关系仅止于用鸦片和稻米来交换一些原住民族的物品，并没有进一步殖民的企图。约在1617年，明朝水师军官赵秉鑑意图谋反，他以东番为根据地，于赤崁首次筑城寨。1624年，颜思齐在魍港（另一说在笨港，今云林北港及嘉义新