伊斯兰教在社会生活中相对封闭，在明代政策中大体上表现为一个民族政策问题而不是一个宗教问题，基本与国家以及其他社会成分相安无事。明朝中期以后，天主教再度传入中国，当时士大夫寻求改革，明朝对天主教大致宽容。
哲学思想.哲学思想上，王阳明继承陆九渊的「心学」并发扬光大，他的思想强调「致良知」及「知行合一」，并且肯定人的主体性地位，将「人」的主动性放在学说的重心。而王阳明的弟子王艮更进一部的强化此方面的论述，提出「百姓日用即道」，肯定平民百姓日常生活的意义。而李贽则更肯定「人欲」的价值，认