0日重新成立，并更名为“Lietuvos avialinijos”，以原有的俄罗斯航空维尔纽斯基地为基础开始运营。重建初期，立陶宛航空首先将飞行网络的重点由前苏联国家转移到西欧，并将苏制飞机替代为西方国家生产的飞机。1991年10月，立陶宛航空的首架波音737飞机抵达维尔纽斯国际机场，这也是前苏联国家引进的首架波音737。1999年2月，立陶宛航空启动其常旅客计划“琥珀里程”（Amber Miles）。经过10多年的亏损经营，以及跨大西洋航线计划流产等事件之后，立陶宛航空于2005年改制，实现私有化