是通过工作积累经验。1961至1963年间，她转而为林肯实验室的贤者系统工作，期间为第一台编写探测敌方飞行的软件。同期，她还在编写软件。
NASA.在结束前一段工作后，汉密尔顿加入了当时还名叫「仪器实验室」的，该实验室是阿波罗计划的一部分。而汉密尔顿则在1965年成为了其软件编程部门的主管。汉密尔顿负责编写全新的月球表面导航软件，以及后来该软件在其他项目中的各个版本（比如天空实验室计划）。这一过程中，她在系统设计、软件开发、项目和过程建模、开发模式、形式化系统建模语言、软件