930年回到北平。回国后，担任北京大学医学院教授，兼任中央防疫处技正。1930年与李涛、汤飞凡合作翻译的《秦氏细菌学》，是中国第一部细菌学译着。1933年他的第一部专着《病原学》问世。同年应邀任上海雷斯德医学研究院血清学部主任，主要研究当时严重危害人类的霍乱、伤寒、白喉等病原菌。太平洋战争爆发，雷斯德医学研究院关闭，他在上海开设医学化验所，只能为病人做些医学检验。1949年中华人民共和国成立，余㵑受聘于上海生物制品研究所。1952年，任上海第二医学院微生物学教研室主任，后兼任基础医学部主任。1956