683年降清为止，统治时间前后共22年。以反清复明为志的郑成功经过九个月的苦战，攻下「热兰遮城」，怀念故乡闽南的郑成功将它改称安平城，赓续的战役迫使荷兰东印度公司台湾长官揆一于1662年2月1日（黄历12月13日）签字投降，撤离台湾，自此台南一带归为明郑治理，建立了台湾历史上第一个汉人政权。郑氏改赤崁建都为东都明京，即今台南市所在之地，设承天府及二县（承天府以北为天兴县；以南为万年县），另设一司为澎湖安抚司。郑成功于同年6月23日病逝。其子郑经在厦门起兵，打败了叔父郑袭，回台南继位，1664年改东都