设置具有“南快北密”的特点，机场以南站点稀疏，追求速度；机场以北站点相对密集，以方便附近居民出行。但机场以南仍不断增设车站。应宝安区政府之要求，在宝安中心区增设宝安站；应碧海片区居民要求，增设碧海湾站；与12号线交叉处增设南山站；沙井站和福永站之间增设桥头站；北端由沙井站延长至碧头站；因深茂铁路和深圳机场T4航站楼的建设，福永站和机场站之间增设机场北站。全线车站数目增至18个，运行速度降低。福田至机场间的运行时间由24分钟延长至30分钟。尽管如此，11号线的运行速度仍远高于深圳地铁其他线路。值得一提的是