与政事，于是借京兆太守梁综与阎鼎争权被对方所杀的机会与索綝等人联手攻伐阎鼎，逼其出走。同时，雍州刺史贾疋在讨伐叛胡时被杀，麴允于是继位雍州刺史。建兴元年（313年），晋怀帝于平阳被杀，司马业即位，是为晋愍帝，并以麴允为尚书左仆射、领军、持节、西戎校尉、录尚书事，继续任雍州刺史。愍帝即位不久，汉国将领刘曜、乔智明和赵染等人即进攻长安，麴允奉命到黄白城抵抗，虽然连番被击退，长安外城更一度被赵染所掠，但麴允及后乘夜袭杀乔智明，击退汉军。次年，刘曜与赵染和殷凯等又攻长安，麴允于冯翊败于殷凯，但及后即收兵并夜袭殷