会党的多年合作，苏丹地区阿拉伯复兴社会党在1990年与其断绝关系并成为反对党。由于萨达姆·侯赛因与前苏丹总统加法尔·尼迈里的友好关系，苏丹地区阿拉伯复兴社会党受到奥马尔·巴希尔当局的压迫。在1990年军事政变失败后，26名苏丹地区阿拉伯复兴社会党军官在喀土穆被处决。2002年，由领导的一个小组脱离了分支机构，建立了独立的苏丹阿拉伯复兴社会党，与伊拉克阿拉伯复兴社会党或叙利亚阿拉伯复兴社会党没有任何关系；也区别于叙利亚领导的阿拉伯复兴社会党－苏丹组织。 在美伊战争之后，80名苏丹地区阿拉伯复兴社会党人被允许返