佳东支部案、麻豆支部案打击了中共在这一地区的组织活动。1950年3月，省工委书记蔡孝干被捕后变节，加入国民党，担任中华民国国防部保密局设计委员会委员（后官拜少将军衔），并供出中共在台人员，导致千余人遭到株连。工委山区游击武装1950年代初期在三义、大湖、三湾一带活动，其竹子坑据点于1950年春被破获。1950年5月，副书记张志忠被捕；蒋经国多次到狱中探望张志忠，劝降遭拒；张志忠于1954年3月遭到枪决。1950年5月，陈福星等人又重新整合组织，至1951年春天时，组织的领导机构又重新建立，但到了1952年4