盆地，其地下的地层现在仍然活动。也因此京都市内有花折断层等活断层存在。盆地内的地势则呈现北高南低，东高西低的特征。京都盆地东部也因其地势较高且较为干燥适宜居住，成为京都市内最早开发的地区。京都市东南部的山科区和伏见区的醍醐地区则位于，其和京都盆地之间由清水山、稻荷山等山峰隔开。京都市的北部地区则多为山地，其中较为知名的有大文字山、比叡山、岚山等。京都市内的最高点是，海拔971米。京都市内主要的河川有桂川及鸭川等。鸭川位于京都市的东部，河道两岸广植樱花等树木。每逢夏季常有众多市民和游客在鸭川的河床滩上纳凉