2年3月14日，31岁的贡却丹贝仲美升任拉卜楞寺第21任总法台，任职7年。其间，他在卓格新修了寺院“噶丹拉雅林”，并经常在这里静坐冥想，直到圆寂之前。1796年，贡却丹贝仲美应土观·却吉尼玛以及佑宁寺僧众的邀请，前往佑宁寺兼任法台。其间，曾赴安多的不少格鲁派寺庙讲经。1803年，筹资新建了“见解脱贡唐大铜塔”，在铜塔开光时布施僧众，并撰写了《塔志·巨大天鼓》。1806年，嘉庆帝御赐此塔“三宝慈光普照世界”金匾。1823年，贡却丹贝仲美圆寂，享年61岁。
着作.他的着作达十一卷，