柯尼希博物馆（）是位于德国城市波恩的一座自然史博物馆，也是一座动物学研究机构。博物馆的名称来自于亚历山大·柯尼希，他捐赠给博物馆自己收藏的动物标本。博物馆开业于1934年，现在隶属于波恩大学，是世界最大的自然史博物馆之一。