其成为一间具吸引力的私营化企业。同年11月，债权人同意豁免航空公司一半的债项，又容许把剩余的债项在未来三年内分期债还。由于政治局势不稳，马达加斯加航空在2001年下半年的客运量下降了66%，货运量更下降了71%，令公司收入减少。2003年4月27日，从蓝景航空手上接管巴黎航线，令该航线正式复办。2005年11月14日，首架ATR 72投入服务，第2架亦于数周后在杜拜航空展上接收并投入服务。2009年6月17日，开办贝岛直航巴黎的服务。为配合2010年南非世界盃的举行，马达加斯加航空改善取道塔那那利佛