一般是指执行特定用途的一连串指令（源代码）或目标代码。但软体系统是更笼统的概念，其中包括更多的元件，例如规格、测试结果、终端用户文件、维护记录等。「软体系统」一词使用的时间和应用在软件工程中的时间点相当。软体系统包括了许多个别的电脑程式，以及相关的配置文件、说明书等，一起运作成为系统。此一概念是用来研究大而复杂的软体的，因为其关注在软体的主要元件以及其互动。也和软件架构的领域有关。软体系统是软件工程中的活跃领域之一，也是系统工程的活跃领域像是《》（由爱思唯尔发行）等学术期刊特别着重此一主题ACM