004年，奥尼拉斯·诺瓦斯（Fernando Novas）及Agnolin重新研究后，发现耻骨被错误放置，方向应该是朝后。乌奎洛龙最初被归类于肉食龙下目。在2004年，诺瓦斯及Agnolin修正耻骨的方向错误后，提出乌奎洛龙属于手盗龙类、或至少在手盗龙形类的范围，并是鸟翼类或阿瓦拉慈龙科的近亲；甚至有可能是鸟类演化支「Metornithes」的原始物种。在2006年，诺瓦斯提出乌奎洛龙可能是属于驰龙科。