2006年11月2日，审计署公布第4届东亚运动会专项审计报吿。总开支达44亿元，其中场馆超支50.6％；澳门东亚运动会体育馆超支更高达百分之81.6％。2007年5月7日，《澳门日报》揭发体育馆东南角沉降达40公分，可能影响在今年十月举行的第二届亚洲室内运动会。澳门建设发展办公室表示沉降并未影响“澳门蛋”的内部结构，短期内将与承建商就全面维修开会磋商。2009年5月24日，据澳广视新闻报导，怀疑体育馆工程质量有问题，篮球场出现漏水，导致比赛被逼取消。而体发局则承认漏水问题一直存在，体育馆的收则工作