代将军德川家光力主锁国政策，1616年下令禁止长崎和平户两港口外的对外贸易。大名们失去贸易收入，转向对领地民众增加税收来维持收入。岛原藩主松仓重政于1621年开始建筑岛原城，并镇压天主教徒。1637年10月，岛原的天草四郎时贞率领人民，包围富冈城，爆发岛原之乱。之后幕府军连同九州众大名，攻克原城。江户幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并屠杀天主教徒。此后倖存的教徒成为地下教徒（地下天主教）。寛永十年（公元1633年）江户幕府採取锁国政策后、颁布了「禁教令」。基督教徒被迫更改信仰以及被流放