之乱之后，一色氏势力开始衰退，在战国时代末期织田信长派遣明智光秀及细川藤孝侵入丹后，此地成为长冈藤孝的领地，细川藤孝引退后曾一度住于此地的内，也因此在1600年关原之战中，属于东军的细川藤孝曾在此遭到西军的包围（）。关原之战后，细川氏被改封至九州的小仓藩，丹后改由京极高知入主，由于京极高知以为居城，最初此地属于的领地，田边城也因一国一城令而遭到拆除，但京极高知后来将整个丹后国分为三块分别传给三个儿子，其中三男分到此地，设立了，因此也重建了田边城。在江户时代结束前，加佐郡的大部分地区皆为丹后田边藩之领