领孔有德、耿仲明等率军从山东登州到辽东投奔满清，后随清兵入关。到崇祯十三年（1640年）后，山东民变愈演愈烈，明朝派朱大典出兵镇压，山东人口锐减。到清朝康熙年间，山东的农业逐步得到恢复，耕地达到9000余万亩，重新成为中国的人口大省之一。1668年（康熙七年）7月25日山东省发生郯城大地震，震中烈度高达XII度，造成约5万人死亡，占当时人口总数约千分之三。而自顺治元年（1644年）至鸦片战争（1840年）近200年间，山东发生有记载的水、旱、蝗、雹、地震等自然灾害达五十次左右。