至此，两党都各自掌握自己的军队，内战于焉展开。
第一次国共内战.
第一次国共合作与两党矛盾.1920年8月，孙文在广州宣布重组护法军政府，继续护法运动。但其与曾为立宪派的陈炯明在政见上发生冲突，终于引发六一六事变。孙文回到上海后势单力薄，需要重新借助外界力量的支持。这时阿道夫·阿布拉莫维奇·越飞与北洋政府谈判未果，与吴佩孚联系又遭到拒绝，到达上海与孙文会晤后一拍即合。双方发表“孙文越飞联合宣言”，开始了中国国民党与苏联的合作。而当时尚在襁褓之中的中国共产党，在