北元汗廷后来常驻唿伦贝尔一带。洪武二十一年（1388年），明军在捕鱼儿海大败北元，北元末主败逃，军队、财物大多被明军虏获。此战过后，明朝又几次出兵清理北元残部，蒙古势力基本退出漠南，明朝控制了自亦集乃到唿伦贝尔的内蒙古大部分地区。靖难之役中，朱棣凭借兀良哈三卫控制了宁王朱权。后来朱棣南下用兵、取得天下过程中，兀良哈三卫多次立功。永乐初年，蒙古分为瓦剌、大汗所在的鞑靼、兀良哈三卫三大势力。瓦剌又分为三部，马哈木所部势力最强。明朝对瓦剌和鞑靼主要采取招抚态度。瓦剌在西，鞑靼在东。永乐六年冬，鞑靼内乱，鬼力赤汗