明学末流亦倾向不谈政治。王阳明后学着名的有王畿、李贽，其道德乐观主义在明末则受到刘宗周等儒者的批评。
清代.清代中国的儒家化达到顶点。清朝把儒学转变成政治意识形态，把诠释儒学最后真义视作帝王特权，通过文字狱消磨儒生精力。清初，刘宗周弟子黄宗羲编撰《明儒学案》，顾炎武专长于制度史、音韵学与古籍研究，被尊为朴学巨擘；王夫之对形而上学、史学与经籍有详细着述，当时不为士大夫所知，却是儒学史上最有创意的思想家。清朝屡兴文字狱，使儒家在经学考証中求逃避；顾炎武的古籍整理，在18世纪也激发起儒者