尼西亚改变以往的政治立场，寓意马印之间的争执也将告一段落。1966年5月28日，马印双方在曼谷达成了一项安全协议，同意以和平方式解决这场纠纷。马印冲突在6月结束后，马印双方在8月11日签属了一份和平协议，并在两天以后正式建交。在这份协议中，双方认同彼此是独立的个别政体，同时承认对方拥有行使主权的权力。协议达成后，印度尼西亚开始面对本国内的经济和团结问题，最终，苏哈托以铁腕政策解决多元文化引起的矛盾和冲突，以维护政权的稳定。1975年，印度尼西亚吞併前葡萄牙殖民地东帝汶，东帝汶后来于2002年独立。印度尼