海天主教主母会自浦东钱家天主堂迁入该堂，“文化大革命”期间停止活动。八·一三淞沪抗战爆发后，金科中学全校师生全面支持抗战。汪精卫伪政府上台后，要求全市各校例行登记，遭到金科校方严词拒绝。此后，学校领导更迭频繁，至1945年抗战胜利后，金科中学时任校长为吴应枫神父。其后不久，吴应枫与时任震旦大学附中主任的龚品梅神父对调岗位，龚出任金科中学校长。1949年春，龚品梅调任天主教苏州教区主教，由原总务主任姚景星神父出任副校长主持日常事务。1949年后，由于校内的共产党员学生反对和外界环境压力，学校改聘丰子恺出任