6年国立交通大学从交通部划归教育部，教育部令国立交通大学贵州分校平、唐两院分别回迁，平校另独立为国立北平铁道管理学院，与国立交通大学分离。同年12月，教育部下令停办轮机、航海两科。1947年5月约2800名学生曾驾火车赴南京请愿反对停办，是为交通大学的护校运动。1949年5月27日，中国人民解放军占领上海，同年6月15日，接管国立交通大学上海本部。在1949年7月平、唐两校共同成立中国交通大学后，唐校也最终与在上海的国立交通大学分离。1949年国共内战期间部分师生随国民政府迁台，1958年由在台校友倡议