战争爆发，合信的惠爱医馆被民众焚毁，合信避难上海。合信在上海与艾约瑟合作翻译英文科学技术书，先后着《西医略论》、《妇婴新说》、《内科新说》等医学书籍，由上海墨海书馆出版。合信用中文着的医学书，在中国广泛流传，并被翻译为日文、韩文。合信在1847年与马礼逊的女儿结婚。合信来华行医学二十余年，“活人无算”（王韬语）。1859年回国，两袖清风，“家居况味肃然，门可罗雀”（同上）。1873年2月16日，合信病逝于英国伦敦切尔滕纳姆区森林山。