逐渐形成了后来内阁制度的雏形。永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，鼓励官吏互相讦告。他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。明成祖即位之初，对洪武、建文两朝政策进行了某些调整，提出“为治之道在宽勐适中”的原则。他利用科举制及编修书籍等笼络地主、士人，宣扬儒家思想以改变明初过事佛、道教之风，选择官吏力求因才而用，为当时政治、经济、军事、文化等方面的发展奠定了思想和组织基础。