光绪五年(1879年)，南洋水师在英国订购 「镇东号」；「镇西号」、「镇南号」、「镇北号」4艘蚊炮船来华，李鸿章将此4船留归北洋，而将「虎威」等4艘旧船划归南洋。邱宝仁奉命调管「镇东」号，积功擢守备。光绪六年(1880年)夏，「镇东」等4炮船巡游黄海，至海洋岛。「镇南号」不慎触礁，旋即脱险。事后，邱宝仁因「救援不力」，被「撤革摘顶，以示惩戒」。.光绪十一年(1885年)，北洋在德国订购的铁甲舰「定远号」、「镇远号」及巡洋舰「济远号」启程回国，李鸿章派宝仁随刘步蟾等赴德国，分驻各舰，沿途照料。