寺是净土真宗最大教派，为亲鸾所创，最初本山为1272年（文永9年）所建大谷本愿寺，后经历多次战乱迁徙，1591年（天正19年）第11任门主显如得到关白丰臣秀吉支持，将本山迁至现址。1592年第12任门主准如继任后，教团内部发生继承纷争，1602年前继承人教如得到大名德川家康支持脱离教团，在本寺东侧另创真宗本庙，通称为「东本愿寺」，形成东西对立局面。当地人因此习惯将龙谷本愿寺称为「西寺」（），久之通称为西本愿寺。本愿寺派在日本时代曾到台湾布教，并曾在台北万华建立西本愿寺。现任住持为本愿寺派第25任门主大谷