随着1990年代世界各国对健康食品和环境保护的关注，自2000年12月渔护署开始「有机耕作转型计划」，直到2007年12月5个主要菜区（吴家村、大江埔、坪輋、大埔和逢吉乡）共106个农场遵循渔护署所编订的「有机作物生产守则」进行蔬菜生产，蔬菜销售由蔬菜统营处负责。渔护署及菜统处于1994年合作推行「信誉农场计划」，推广优良园艺操作及环保作物生产方法，保障市民健康。渔护署负责发放「紧急救援基金」的「渔农业补助金」，用以减轻受天灾所害及符合资格农民的经济困难。 香港有26个鱼类养殖区，分别位于沙头角、鸭洲