核酸上的正义股相同。在同一股脱氧核醣核酸上，可能同时会有属于正义和反义的片段。此外，反义RNA在原核生物或真核生物体内皆存在，但是其功能尚未明了。有研究认为，反义RNA可利用RNA与RNA之间的硷基配对，来调控基因的表现。少数属于原核生物、真核生物、质体或病毒的脱氧核醣核酸序列（后两者较前两者多），会由于正义股与反义股之间的差异难以区分，而产生重叠基因，这类脱氧核醣核酸序列具有双重功能，一方面能以5'往3'的方向合成蛋白质，另一方面也能以相反方向合成另一个蛋白质。这种重叠现象一方面在细菌体内参与调控基因