将1站台抬升高度并新建4、5站台。改造后车站停办货运，相关货运业务搬迁至白鹿塘站（现萧山站）办理，同时升为一等站。2010年1月1日起，萧山站更名为杭州南站。2010年1月28日起，杭州南站开始停靠全部82趟原在杭州东站到发的列车、以及4趟原先停靠杭州站的列车。过渡期间的萧山站主站房自北向南分别为出站口、售票厅、北方候车厅、动车组候车厅、贵宾室、消防通道、南方候车厅；站场设有5座站台，与站房间分别通过一座进站天桥、一座进站地道及一座出站地道连接。杭州东站新站房于2013年7月1日启用后，杭州南站随即