它与泼尼松被合用于远端转移的激素不敏感性前列腺癌的二线治疗。这种联合疗法曾是一线治疗方法，直至最近被效果更好、患者生存期更长的多西他赛/泼尼松联合疗法取代。 有研究显示它能够增加急性粒细胞白血病第一次复发的儿童患者的生存率。米托蒽醌还被用于治疗多发性硬化症，尤其是继发进展型。它并不能够治愈多发性硬化症，但能够有效减缓疾病的进展并延长复发缓解型和进展复发型的复发之间的间隔时间。
作用机理.米托蒽醌是一种拓扑异构酶II抑制剂，通过抑制拓扑异构酶来干扰癌细胞DNA复制、转录与修复。