二者在语言学上是两种不同的语言。由于10世纪后，大部分古代突厥语文献均由回鹘人主导完成，即使使用了各种不同的文字记录，也被文献作者或译者称为回鹘－突厥语。
语言特点.一般认为回鹘字母文献的语言是古代突厥语中的一种方言，如早期的突厥字母碑铭中使用bän而非回鹘字母碑铭中的män作为第一人称，又如一些语法双数的遗留更为工整；这些特征可与突厥语族的其它语支（如西伯利亚语支、乌古斯语支等）进行比较。回鹘文文献中对本语言也常记为“回鹘突厥语”。