宪宗大怒，命朝廷逮捕言官，并欲加重谴。商辂则称：“当时我曾经请陛下宽待言官，现在又指责他们，恐不公允。”宪宗欣慰，只是廷杖董旻几人后恢复官职。之后，商辂进兵部尚书。久之，改户部尚书。《宋元通鉴纲目》成，改兼文渊阁大学士。皇太子立，加太子少保，进吏部尚书。成化十三年（1477年）进谨身殿大学士。商辂为人平粹简重，宽厚有容，大事决议均毅然莫能夺。仁寿太后庄户与民争田，明宪宗欲徙民至塞外。商辂称：「天子以天下为家，安用皇庄为？」此事方息。干清宫门起火，工部请派人在四川、湖广地区采木，商辂请少缓，得到批准。悼恭