物种进化之原则不同，物种以竞争为原则，人类则以互助为原则。」似是受到查尔斯·达尔文进化论与俄国克鲁泡特金的无政府主义思想的影响。政治现代化建设方面，主张渐进主义的军政、训政、宪政三阶段说。军政时期优先消灭军阀土匪，应实行军管。训政时期优先基础建设与民权初步训练，应实行一党执政。宪政实行之条件是全国半数以上县市具有选举罢免地方首长之条件，公民具有发动创制复决之条件，则选举召开国民大会制订宪法，还政于民，实行多党竞争的现代政治制度。甲午战争以前，孙之政治主张类似洋务派，提出“人尽其才，地尽其力，物尽其用