660年，齐明天皇死后，从事内政的整顿，迁都于近江的大津京。662年奉皇令与中臣鎌足制订《近江令》。668年即位。669年10月15日，派东宫皇太弟大海人皇子至内大臣中臣鎌足府，赐姓藤原，次日藤原鎌足卒。670年2月制成《庚午年籍》，是为日本最早的全国性户籍。陵墓在京都名山科陵。中大兄取得政权的过程得到其弟大海人皇子的帮助甚大，也因此封大海人皇子为皇太弟，但即位天皇之后仍难以避免政权斗争与猜忌，与大海人皇子逐渐疏远。
日本国诞生.660年唐朝军队渡海与新罗军队联合灭了百济王国后