开始弹压门徒，莲如退出吉崎御坊，加贺门徒被政亲追放，逃往越中。之后，政亲又和越中砺波郡的石黑光义连手门徒弹压，文明13年（1481年），越中发生一揆，光义战死（越中一向一揆）。长享元年（1487年），政亲为了取得幕府承认其支配加贺一国，参加9代将军足利义尚远征六角高赖（钩之阵），伴随着战费增加，国人众反弹，最后国人众和从越中返回的门徒连手举兵。长享2年（1488年），一揆拥立富樫泰高为守护，政亲在高尾城兵败自杀（长享一揆）。足利义尚计画讨伐一向一揆，但是，因为细川政元反对和义尚之死，讨伐一向一揆和远征六