史称“丁卯胡乱”。因寡不敌众，仁祖被迫与后金求和，双方结成“兄弟之邦”。1636年8月，后金征服东北和内蒙大片地区后改国号为清，让朝鲜称臣，遭到仁祖拒绝。同年12月，后金再次大规模入侵朝鲜，俘虏躲在江华岛的仁祖后妃和王子，迫使仁祖投降，向清称臣，史称“丙子胡乱”。直至1644年皇太极去世，朝鲜一直处在清朝的威压之下。1645年开始，随着清军入关进占北京，以及明朝彻底灭亡，朝鲜与清的关系也开始出现缓和。清统治者入驻北京后也日益汉化，摒弃了烧杀掠夺的游牧民族习性，多次消减对朝贡物的要求。此外，清也意识到与朝