国税厅厅长、财政部佥事等职，又改山西省烟酒公卖局局长，兼任山西清理官产处处长。民国六年（1917年）张勋复辟后，阎锡山在山西宣布独立，甘鹏云对政局失望，辞职归养，在北京定居，闭门着述。民国三十年（1941年）12月在北京病逝，享年79岁。有女甘世瑜，嫁李书城。次女甘世珊，小女甘世玲。
着作.民国二十一年（1932年）曾被聘为湖北省通志馆筹备处副主任，完成《方志商》一书，并主修《湖北文征》。着作甚多，藏书20万卷，搜集碑拓4110余种。