地理学会和另外一个科学团体皇家学会决定出资组建一个国家南极探险队，沙克尔顿申请加入。1901年初他被录取。探险队由罗伯特·斯科特领导，南极探险船为“发现号（Discovery）”。1901年7月23日，“发现号”启程，船上共有38人，沙克尔顿在船上协助科学家进行科学实验，他还能鼓舞船员士气，并发明各种新东西供大家消遣，他甚至编制了一份船上出版物《南极时报》（"South Polar Times"）。出发后的第二年，“发现号”到达麦克默多海峡。
1902年前往南极点的尝试.190