至上野公园，并于当年得到了太政官的批准。1881年，在上野公园宽永寺旧址建成2层红砖造的本馆。设计者为英国建筑师乔赛亚·康德。该馆当年即作为第2届内国劝业博览会的展馆使用，次年3月起称为博物馆的总馆。4年前建造的美术馆则作为2号馆使用。此后，由于关东大地震的破坏，上述两馆均已不存。
从皇室博物馆到国立博物馆.1889年（明治22年），博物馆改称“帝国博物馆”，馆长为九鬼隆一。当时，在京都和奈良都设有帝国博物馆（京都馆设于1897年，奈良馆设于1895年）。当时馆内的美术部长是明