任中台司元大夫。监察御史杜易简曰：「斯所谓矫枉过正矣！」咸亨元年（670年）正月初三，刘仁轨乞老归养，获准，不久复出，出任陇州刺史，以防吐蕃。咸亨三年（672年），出任太子左庶子。咸亨四年（673年）三月初十，奉命改修国史。仪凤二年（677年）五月，吐蕃犯扶州（治同昌，今甘肃文县）临河镇，唐军兵败，朝廷以刘仁轨为洮河道（军在鄯州城内）行军镇守大使，建议屡遭李敬玄反对，仁轨因此怀恨在心。一日刘仁轨上奏：“西边镇守，非敬玄不可。”李敬玄推辞不掉。仪凤三年（678年）九月，李敬玄大败，唐军损失过半。韦述曰：“