1993年1月12日，在克罗埃西亚独立战争期间，中华民国人道援助该国10万美元。1995年6月，中华民国经济部长江丙坤率团赴瑞士参加蒙太纳论坛，期间会见克罗埃西亚副总理（克罗埃西亚文：），并就双边经贸关系交换意见。2016年，台北市议会议长吴碧珠访问克罗埃西亚。
签证.欧盟成员的克罗埃西亚尚未获准加入申根区，但基于《申根公约》，该国实行与申根区相同的签证政策。欧洲申根区给予持有载明身分证字号的中华民国护照之中华民国公民可以欧盟免签证入境，停留日数单独计算，不与申根区合併