南部布阵期间的长政则守备机张城。庆长元年（1596年）9月，日明和平交渉结束，由于秀吉在明使谒见时发现双方的外交担当者欺瞒自己，于是停止和议并命令诸将再次出兵。庆长2年（1597年）7月，长政被元均率领的朝鲜水军攻撃，之后成功反撃并剿灭朝鲜水军（漆川梁海战），日本军从8月开始主要从全罗道进攻忠清道，长政再度召集5千人军役，属于右军亦攻略黄石山城（黄石山城之战），在8月于全州与左军合流，跟从在全州的会议各军的进路安排，长政与加藤清正和毛利秀元等形成右军并向忠清道的天安进攻。受到日本军激烈的侵攻，在汉城的明