连接，组成一个封闭的内陆湖泊群，主要湖泊除色林错外，还有格仁错、吴如错、错鄂、仁错贡玛、恰规错、孜桂错等23个小湖。主要入湖河流有扎加藏布、扎根藏布、波曲藏布等。扎加藏布全长409公里，是西藏最长的内流河，发源于唐古拉山，于色林错北岸入湖。色林错是青藏高原形成过程中产生一个构造湖，亦为大型深水湖，湖心区水深在30米以上，透明度7-8，矿化度18.3-18.8克／升。每到夏季，湖中小岛上就栖息着各种各样的候鸟。