。啸父得知桓玄败了就极为恐惧，立即开门请罪，孔靖就加以慰问，并让他暂时仍住于府中，至翌日早上才迁出﹕。孔靖上任后，为政以实际为先，杜绝浮华之政，惩罚游乐懒惰行为，于是境内盗贼哀衰败敛迹。后来孔靖受征入朝任侍中，领本国中正，后转任琅琊王司马德文的大司马司马，不久又改任吴兴太守，加冠军将军号。孔靖原本获升任尚书右仆射，但他让，于是在义熙八年（412年），孔靖以督五郡诸军事、征虏将军、会稽内史重返会稽，下令重修学校，并督促教学。义熙十年（414年），孔靖再获召为尚书右仆射，加散骑常侍，但他再次不接受，不久就改