二日诱僧格林沁跟追，东走叶县，新郑、尉氏，日夜急走，前后长达五个月。1866年10月，赖文光在河南与张宗禹分领东、西捻军作战。1867年1月，东捻军在湖北击败湘军郭松林部，随后破淮军张树珊部，2月在尹隆河战役击败名将刘铭传，然先胜后败，遭鲍超突袭，3月歼灭湘军彭毓橘部。同年经河南入山东，陷入清军包围圈，被围于运河、黄河、六塘河之间。12月东捻军全军覆没，赖文光率残部千余人向南突围。同治六年（1868年）十二月十九日赖文光在扬州瓦窑铺被吴毓兰部将王得胜俘获，十二月十六日（1月10日）在扬州