克用的巨大贡献下于中和三年（883年）初击败黄巢、收复长安，王徽因功加尚书右仆射。四月，僖宗诏留忠武军及延州、凤翔、博野军及东西神策军二万人于长安，令王徽护卫诸门，安抚居民，与京畿制置使田从异守长安。当时，长安因战乱而毁坏，僖宗尚未返回。王徽受任为大明宫留守、京畿安抚制置、修奉园陵等使、御史大夫，任上表奏前庐州刺史郑綮为兵部郎中、知台杂。九月，权知京兆尹事。王徽安抚百姓，百姓开始返回，又修缮宫室，粗略整顿百司。时任淮南节度使的高骈命从事崔致远给王徽写信。四年（884年）十二月，王徽与留司百官上表请僖宗车