亚开始展开对帝汶海沟（亦称帝汶缺口） 的划界谈判，以瓜分东帝汶的油气资源。包括日本、马来西亚、加拿大在内的他国政府支持了印尼的举动。然而，印尼对东帝汶的侵略以及对其独立运动的镇压，极大地损害了其名声信誉和国际形象。""1999年东帝汶独立公决后，东帝汶危机爆发，东帝汶局势急转直下。亲印尼民兵四处纵火并袭击东帝汶独立人士，当地基础设施几近遭到全部破坏。联合国安理会批准建立一支具有统一指挥机构的多国部队，由澳大利亚牵头。多国联合部队最终平息了暴乱并恢复了当地秩序。印度尼西亚撤军后，东帝汶由联合国东帝汶过渡行