甘辉断后，遇清军来犯，是时马信与师来会，合斩清将，郑军大捷。1657年，永历帝封郑成功为「延平王」，左、右、前、后、中提督封伯爵，甘辉封「崇明伯」。1659年，郑成功第三次北伐南京，甘辉亦在军阵中。郑成功领舟师逆长江而上，势如破竹，破镇江、瓜洲，江南地区府县多望风披靡。攻南京前，甘辉向郑成功进言之记载，从征实录:"兵贵神速，乘此大胜，狡虏亡魂丧胆，无暇预备，繇陆长驱，昼夜倍道，兼程而进，逼取南都，倘敢迎战，破竹之势，一皷而收，不，则围攻其城，以绝援兵，先破其郡，则孤城不破自下;若繇水而进，则此时风信