山时代的武将，伯耆国久米郡岩仓城主。父亲是南条宗胜、兄弟是南条元续、南条元秋，官位至左卫门尉、左卫门督。
生平.他是南条宗胜的次子，元清在永禄 - 天正年间成为小鸭氏的家督。天正7年（1579年）南条氏背叛织田氏，天正8年（1580年）吉川元春进攻伯耆的时候与兄元续在八桥城之战败退，后来与吉川氏战斗，在岩仓城之战有活跃的表现，天正10年（1582年）羽衣石城陷落的时候在岩仓城守备的元清和元续都一起逃亡。天正19年（1591年）元续死去，南条元忠成为新任家督，后来在打吹城暂住处理政务