系中共记录有67种鱼类，共分23个科、58个属。其中有12种（或亚种）是台湾特有，包括可能只分布于高屏溪水系的中间鳅鮀（"Gobiobotia intermedia intermedia"）。鸟类则有125种，含14个目、38个科。此外有水生昆虫82种，贝类5种。
环境破坏.1970年代，位于高屏溪下游河岸的林园工业区开设完成，主要设置石油化学工厂，厂区设置于林园大排水沟（出口在高屏溪岸）两侧，曾在1988年发生废水污染事件，引发抗争。高屏溪流域也是台湾主要饲养猪只的地方之