为宝安立县之始。隋时改为南海郡辖。唐至德二年（757年），废宝安县，合归东莞县辖，属广州，于南头设屯门军镇。南汉国时置媚川都採珍珠，属兴王府。（1279年）宋亡，相传宋帝昺投海死后，遗骸漂流至赤湾，葬于南山脚之下，今有深圳南山宋少帝陵。（1368年）明朝统一全国，于南头卫城、大鹏所城二地设立卫所并筑城，负责防卫广东沿岸海上防务隶属广州，南头城遂有「全广门户」之称。深圳在明朝初年属东莞县，明正德十六年（1521年），葡萄牙佛朗机人入侵南头城，爆发屯门海战。万历元年（1573年），于南头设立县治，取名新安，