相冲突会影响该馆的声誉，劝杜亚泉停止反驳，并决定改换《东方杂志》主编人选，杜只好被迫于1919年底辞去主编之职，论战结束。论战双方实际均为寻求救国救民之道而努力，不过代表派别不同而已。
晚年.1932年商务印书馆及其寓所于“一·二八事变”中被炸毁。暂离上海回乡，在乡间的一年多时间里，完成了其最后一部着作，70余万字的《小学自然科词书》。在编纂的同时，每两周还为稽山中学(今绍兴第二中学)义务讲课。1933年秋患肋膜炎，因无财产积蓄而至病笃时无钱医治。在病中仍没有停止对他的事业和他始终