往迎接五世达赖，并亲赐“金顶黄轿，黄伞幡幢”。顺治九年十二月十六日，五世达赖抵达北京，顺治帝“以畋猎名义，出南苑与达赖为路遇”，迎请五世达赖居东黄寺。一天之后，顺治九年十二月十七日，五世达赖移居西黄寺。五世达赖在北京居住了五个月，后经内蒙古代噶（今凉城县岱海）返回西藏。此后，历世达赖经常遣使到北京朝贡，使者照例均居住在西黄寺内。雍正元年（1723年），喀尔喀哲布尊丹巴唿图克图及蒙古王公造佛像、宝塔、藏经，送寺供奉，西黄寺修葺一新。干隆三十六年（1771年），经章嘉唿图克图牒理藩院大臣，西黄寺获得朝廷重修