于数据集、群组、特性、类型、数据空间和属性列表。最新版的NetCDF版本4基于了HDF5。由于它使用了B树来索引表格对象，HDF5有效工作于时间序列数据，比如股价序列，网络监控数据，和3D气象数据。大批量的数据直接进入数组（表格对象），它可以比SQL数据库的行存储更快访问，而非数组数据可获得B树访问。HDF5数据存储机制比SQL更简单和快速。
批评.对HDF5的批评来源于它的单体设计和冗长规定。