当选旅美中国和平民主联盟秘书长（冯玉祥为主席）。次年，他又当选中国国民党革命委员会驻美总分会执行委员。同年，其作为冯玉祥代表前往香港参与民革中央工作。1949年9月，在北平出席中国人民政治协商会议第一届全体会议。中华人民共和国成立后，吴茂荪出任中国人民外交学会秘书长。1964年，改任副会长。文革期间，他于1969年被停止职务。1972年由周恩来建议恢复副会长之职。此外，他还担任过政务院参事、中国人民保卫世界和平委员会副秘书长等职。吴茂荪还是第二、三届全国人大代表，第六届全国人大常委，第二届全国政协委员，