年（1894年）台湾布政使唐景崧任巡抚后，署布政使一职。次年，台湾被清朝割让予日本，顾肇熙一度被建议为割让事宜之「全权大使」。但他以“受瘴抱病；乞准回籍就医”为由推卸该任务，并弃位内渡。晚年居住在苏州城南木渎镇，捐资办学。工诗文、书法，诗宗北宋，书效苏轼。有日记多种。在吉林期间，曾任崇文书院山长。