中碇真嗣也带有些许变化，真嗣被认为比电视版更加积极主动，渴望成长并且变得更加自信。尽管仍然怨恨他的父亲抛弃他，但在美里和绫波的推动下开始尝试与父亲接触。导演鹤卷和哉认为并不是真嗣的性格发生了改变，而是刚好处于那个时机，情况不同而已。在系列第3作《福音战士新剧场版：Q》中，他在被封印14年之后醒来时，美里等人的态度却不同于以前，对他异常冷淡，令他受到仿佛罪人般的对待。之后得知自己的行动导致这个星球不再适合人类居住并且没有拯救任何人，于是精神崩溃。而给他带来慰借的则是逐渐成为朋友的渚薰，渚薰为他提供了重新开始并