纳吉布拉酷刑处死，建立新的政教合一政权——阿富汗伊斯兰酋长国，俗称塔利班政权。奥马尔被推举为最高领袖，获得“穆民的长官”（Amir al-mu'minin）的称号。成为最高领袖的奥马尔很少去首都喀布尔，长期住在坎大哈。阿富汗伊斯兰酋长国的法律基于伊斯兰教法，奥马尔拥有发布伊斯兰教令的权限。塔利班试图以伊斯兰价值观来复兴阿富汗，然而，塔利班极为保守，禁止女子就业和接受教育，又存在众多侵犯人权的行为，受到国际上的广泛孤立。奥马尔给予基地组织领导人本·拉登庇护，引起美国和沙特阿拉伯的强烈不满，认为他支持恐怖主