终校定《水经注》，前后十年。他三次校订《水经注》，为《水经注》总计补缺漏字2128个，删妄增字1448个，正臆改字3715个，使得《水经注》正本清源，还其本来面貌。戴震在四库全书馆中校勘《水经注》时，曾卷入抄袭赵一清成果的公案。段玉裁认为赵书袭戴。王国维对于戴震的《水经注》是否剽窃问题，撰写《书戴校水经注后》一文，指斥其非，王国维愤然道：“凡此等学问上可忌可耻之事，东原胥为之而不顾。”。胡适则为戴震辩护，认为戴震在《水经注》研究方面没有抄袭的嫌疑，一般认为胡适是白费二十余年心力。杨守敬《水经註疏》每每点