与自己一度被傀儡化的京极家当主高延与父亲高清和解，并首先由原京极家重臣上坂氏联合反亮政的国人众一同与亮政对抗，而此时的亮政还陷于与六角家的争斗当中，根本无力与京极家争斗。而在天文3年（1534年），京极高清、京极高延、京极高吉父子三人与亮政和解，亮政在小谷城开设京极丸，给他们父子居住并供应其所需，有了一段短暂的和平。然而，在天文10年(1541年)，京极高延又再次发起了对亮政的反旗。这个时候已50岁的亮政还来不及解决与京极家长期的斗争问题便在隔年天文11年(1542年)1月6日病逝。死后，亮政嫡子久政与