潭岛战役中战败的李延年第6兵团建制，成立东南军政长官公署（主任为陈诚）厦门分署，汤恩伯任分署主任兼福建省主席，统一指挥刘汝明第8兵团（位于漳州、厦门）、李良荣第22兵团（位于金门，李良荣为闽系国军出身），共13个师约7万余人，以屏障台湾。蒋介石还将位于潮汕地区的胡琏第12兵团划归汤恩伯指挥，另将台湾的第201师增调至金门。
战役前奏.在福州等闽北、闽东等地基本稳定下来后，解放军决定发动漳厦金战役，初步决定，第一阶段攻克漳州，第二阶段攻克厦门和金门。29军于9月11日攻占湄州岛。