一段落后在1941年2月移防台湾，强化封锁华南一带的偷运行动。1941年3月，苍龙号为调解越南与泰国的国境纷争开往南海时与23驱逐队的夕月号驱逐舰发生追撞；苍龙号的舰艏撞到夕月号的左舷中央，双方虽有船体破裂，但没造成沉船事故。苍龙号将舰载机队转移给飞龙号航空母舰后开回佐世保实施维修，在1941年4月返回横须贺。1941年4月10日，第一航空舰队成军。在1941年7月苍龙号再度返回海南岛，为日军佔领越南南部提供支援。1941年8月7日返回日本，9月22日到10月24日入坞进行整检改装，回归战列后成为第二航