留那霸港的萨摩武士有马重纯和相良赖丰处得知尚宁王归国之事，遣越来亲方在此迎接。十月二十日，尚宁王终于到达那霸港，此时他已经离开了琉球达三年之久。
影响.庆长琉球之役对琉球的影响非常深远，琉球至此从一个独立自主的国家变成萨摩藩的附庸国。1609年，萨摩藩征服琉球之后，便在琉球的那霸港设立在番奉行所，由本田亲政（本田伊贺守）出任第一任在番奉行，以监视琉球的行政。九月二十六日（10月23日），又派遣上井里兼、阿多某在琉球重新划分地界，征收税收；翌年三月，检地完毕，制成检地帐七册。