节上轮生侧“枝”，“枝”上具有“叶”的生殖器官；有性生殖为卵式生殖；卵囊生于“叶”腋中，通常呈卵形，外有5个螺旋状缠绕的管细胞，在顶端形成5个冠细胞，卵囊初为绿色，成熟时为深褐色；球形精子囊生于卵囊下面，外有8个盾形细胞，初为绿色，成熟后为橘红色。轮藻门中相对复杂的种类具有较为复杂的生殖结构：产生精子的藏精器和产生卵细胞的藏卵器，这两种结构生在节上，对于雌雄同体的轮藻而言，藏卵器在上方，藏精器在下方。轮藻的生殖结构中，生殖细胞被外侧的营养细胞包被保护，藏卵器的外侧有若干长而呈管状、扭曲的细胞保护内部的卵