府初期，清廷即授权福建巡抚从闽省内地与台地的官员互调。因此，清代台湾的官吏多是福州人。1721年，朱一贵在台湾自立为王，定国号为「大明」，但很快被清军剿灭。1731年（清雍正九年）年末，台湾原住民道卡斯族于大甲西社发动武装抗官行动。当时署理福建总督郝玉麟派台湾总兵王郡亲往督征，并先后从中国大陆本土征调官兵六千多名来台征讨。事件历经七个月，最终台湾各酋长率众投降，林武力等十三名酋长依清律判决斩决枭示，沙辘土官被判成立唆谋罪名而杖毙。清廷治理台湾后，台湾与大陆的贸易更加兴盛。当时台湾主要的出口物品为稻米