8年起开始从事教师工作。目前是北京电影学院副院长、北京电影学院动画学院院长、教授、硕士生导师、中国动画学会常务理事、中国视协卡通艺术委员会理事、中国东方文化研究会连环漫画分会理事长。
轶事.2005年，在中国大陆广电总局禁止在黄金时段播出日本动漫后，孙立军在接受日本记者採访时称“并不是所有日本动漫都是好的”，并把《蜡笔小新》、《美少女战士》、《灌篮高手》评为“三流动漫”，在网上引起了极大争议。孙立军甚至自称，真的有人拿板砖等在他家门口。2011年，孙立军所执导的动画《兔侠传奇》