组织部、《民进报》主笔的「新潮流系」却希望姚嘉文连任。8月初，黄信介表示他有百分之百把握能当选党主席。受新潮流支持的姚嘉文也公开「为了党好，我只好寻求连任。」使民进党第三届党主席之争战情升高。在前哨战党代表选举中，「美丽岛系」大有斩获，黄信介由前进系的林正杰任总干事，黄煌雄负责政见，许荣淑负责海外，陈水扁为发言人。黄信介并获得康宁祥支持。10月29日，民进党第三届全代会在台中举行，黄信介以129票击败姚嘉文97票当选主席。未投入参选的谢长廷、张俊雄各获一票。11月12日，新旧主席交接，黄信介由姚嘉文手中