贺市。1941年3月，经学院在日本神户重新开学。
神户.密尔经学院在神户期间，对于在何时遵守安息日时引发了争议。几个较小的经学院也效法密尔经学院，设法逃离。尽管遇到了困难，经学院的领导人还是尽其努力，分配资金（主要来自于美犹联合救济委员会），确保所有学生都能有住处和食物。
上海.不久之后，日本驱逐本土的犹太人，经学院再次搬迁，到日本控制下的中国上海，他们在那里一直待到1947年。在上海，密尔经学院的师生被安排在阿哈龙会堂，这座犹太会堂由着名的上海犹太人房地