奥丁号一起展开了前往哥本哈根的训练巡航。从1899年4月底至5月31日，由于战列舰奥尔登堡号突发故障，此时已被归类为岸防铁甲舰的埃吉尔号被临时编入第一分舰队。它还跟随该部队参加了前往英格兰和葡萄牙的巡航，以及为庆祝英国女王维多利亚80岁寿辰而举行的阅舰式。6月，埃吉尔号在卡特加特海峡对受困的北德劳埃德客轮提供了援助；而在大带海峡的大巡洋舰汉萨号也是由埃吉尔号和奥丁号合力拖出。在秋季演习中，埃吉尔号被编入第二分舰队担任第四总队旗舰，受海军少将康拉德·冯·博登豪森指挥。演习期间，该舰于8月28日在附近与英国