尊在三乘经典中所教导的清净离欲修行，因此认定藏传佛教不是佛教，并批评密宗法义和道理都不正确，却敢公开地贬抑显教佛菩萨的修行方法和证量，尊崇密教的邪淫之法，实在是颠倒之至的行为。对于正觉的批评，台湾的达赖喇嘛西藏宗教基金会怀疑萧平实接受中共金源，攻击藏传佛教的背后有来自中共政权的政治目的。而正觉教育基金会董事长张公仆在美国自由亚洲电台所做的访谈中，则完全否认正觉和中共政权有任何关系；张公仆认为正觉教育基金会只是针对藏传佛教的教义中违反伦理道德和治安的部分，纯粹从教义层面的事实来叙述，完全和政治无关。正