人王庆之等列名上表，请立武承嗣为皇太子，岑长倩不同意，违反了诸位武氏掌权者的意愿。天授二年（691年）六月，武承嗣上表以长倩为武威道行军大总管，出兵吐蕃，未达前线就被召回，下狱，岑长倩吐出嘴里的口枚，破口大骂武承嗣算什么东西。来俊臣诬陷他与地官尚书格辅元、纳言欧阳通等谋反，他被诛杀，其子灵源县令、广成县令（均失名，或误记为岑灵源、岑广成）等五人俱死。《旧唐书》作岑羲为岑长倩子，误，岑羲父为岑文本子岑曼倩。