月20日举行的中华民国第11任总统、副总统选举，民进党的陈吕配竞选连任，并以「相信台湾，坚持改革」（主题曲：相信台湾）为国家政见主轴；而泛蓝的国民党与亲民党组成国亲联盟则于2003年2月14日确定由连宋搭配。2004年3月19日，陈水扁与其竞选搭档吕秀莲于台南市车队造势游行扫街途中，发生枪击案，陈总统受到肚皮擦伤，而吕副总统则是膝盖受到枪击。三一九枪击案曾请国际知名鑑识专家李昌钰博士自美来台进行鑑识，推论为一人一枪所犯，随后的侦查依此脉络进行。3月20日，选举开票结果出炉，陈吕配以0.228%之差险