执政末年，在自由党、激进党等反对党要求下，实行了一项政治改革，规定共和国总统在宪法规定的5年任期届满后，不得立即再度连任，从而结束了到佩雷斯为止先后四位总统都连任两届的历史。智利在很早以前便对阿塔卡马地区提出主权要求，1863年，当时属于玻利维亚的滨海省发现了大量的硝石矿和鸟粪，这个地区开始有了极大的商业战略性，为了解决这个地区的主权问题，智利和玻利维亚进行了谈判，1866年，玻利维亚总统马里亚诺·梅尔加雷霍与智利政府签订了边境条约，划定南纬24度为两国边界线，将阿塔卡马地区的鸟粪开采权租让给智利公司。