一个委员会负责管理，委员会由九位分别代表旧金山湾区各地区的代表所组成。此外，旧金山湾区捷运系统拥有自己的警察系统。虽然委员会的成员来自管辖范围内所有城市及地区，但湾区捷运在部分城市并没有设置车站。这使得部份需付出捷运税但没有设置车站的城市不满，例如利佛摩。此外，费利蒙的多数居民都需要通勤到圣荷西，但湾区捷运目前并没有营运到圣何西 ，因此当地多数通勤者并无法使用其服务；这也使得湾区捷运局提出了延伸到圣何西的计画。另一方面，部分地区与湾区捷运车站的距离颇为接近，可以经由巴士或开车抵达最近的车站；例如爱莫