归属于沿海区指挥部管辖。行动职务的要求，是任何时刻都需有一半的巡逻部队投入部署，而每艘船在一次巡逻中要有40至50天出海。分派至沿河地区的舰队司令部船只负责提供或是执行河域中的主流巡逻任务。同时也派遣一支河道巡逻部队，在介于柬埔寨边境和南海出海口中间的湄公河流域执行船舰护卫任务。第2小舰队的舰艇则以后勤船只为主，下辖两支战队，负责支援南越各地的海军基地和部队。后勤用船在行政上归舰队司令管辖，作战上归后勤副参谋长（隶属于南越联合参谋本部的中央后勤司令部）管辖。
训练.南越海军的训