冲突。例如，许多自然医学家反对疫苗注射，即是以自然医学立论基础的中心思想来推演出的。过去，一些自然疗法并未广泛被医学界与科学界接受，有些甚至被指为是伪科学。例如顺势疗法，按摩疗法，芳香疗法，高倍活血镜检，自律神经检测以及虹膜学，就曾被部份人士认为是伪科学。根据美国癌症学会于2008年的声明，＂目前所有的科学根据，无法证明自然疗法可以治癒包括癌症在内的诸多疾病；因为自然医学至今没有整体的科学统计及研究被发表出来。＂根据Journal of Alternative and Complementary