仅剩下《蜡笔小新》的动画与完稿仍继续承接外包。在2003年3月，京都动画首部独立制作、同时是旗下第一部原创动画《MUNTO》面世，合共推出了三部作品，大部分场面设计均与京都动画的早期发展经历有关；同年8月，首部小说改编作品《惊爆危机?校园篇》推出，作者贺东招二与京都动画建立深厚关系。之后贺东参与了《凉宫春日的忧郁》（2006年版）、《幸运☆星》部分集数的剧本，2012年的《冰菓》担任剧本统筹一职。2005年，京都动画首次改编恋爱游戏制作公司Key的《AIR》，与当时东映动画任由导演阐述原作的剧场版系列不