哈利·丝莱将癒合的前上颌骨、上颌骨碎片列为正模标本（编号CAMSM B.54485），而其他颌部碎片被列为选模标本。在1893年，塞缪尔·温德尔·威利斯顿也提出鸟嘴翼龙是无齿翼龙的一个异名，因此将当时无齿翼龙的两个种都改归类于鸟嘴翼龙，将无齿翼龙的模式种（"P. ingens"）改列为鸟嘴翼龙的模式种。威利斯顿并建立鸟嘴翼龙科、鸟嘴翼龙亚科（Ornithostomatinae），仅包含鸟嘴翼龙属。这些分类目前并不被普遍接受。在1904年，理查德·莱德克（Richard Lydekker）提出无齿翼龙、鸟