教堂的外国教士离开中国，整个教堂由中国教会人士管理。1954年，教会将山字楼和口字楼出售给中共北京市委，中共北京市委在此筹建中共北京市委党校，两座楼被用作中共北京市委党校的食堂和职工宿舍，1958年教会将马尾沟教堂和整个栅栏墓地无偿赠与中共北京市委。文化大革命中，中共北京市委党校被撤销，此处被改为国务院第四招待所。栅栏墓地内的利玛窦等人的墓碑被埋入地下，马尾沟教堂墙壁上镶嵌的教士墓碑被砸毁散落各处。1973年，教堂主体建筑被拆除建食堂。山字楼、口字楼等附属建筑则保留至今。文化大革命之后，1978年，中共北京