本愿寺才不得不降伏，本愿寺显如撤离之后，其子教如曾再抵抗一段时间，但仍不支撤退。织田信长为避免投降的一向宗门徒们再次叛乱，通常会杀光他们，因而被佛教界塑造出「佛敌」的形象。不过，无惧宗教力量的信长最后仍然一把火烧了石山本愿寺，以绝后患。1582年本能寺之变，织田信长死后，门主显如与掌权的丰臣秀吉关系良好，1591年由秀吉捐地，重建成现在的京都本愿寺（即西本愿寺）。石山本愿寺的原址则由秀吉建造大坂城。
有关一向宗和一向一揆.一向宗（净土真宗的别称）因其教义和修行方式简单易懂〔只需