12月赴日本东京，任职于中华留日基督教青年会。1920年6月，他赴蒙古考察，10月升任中华留日基督教青年会主任干事。1922年初，马伯援受孙中山之命回中国，3月到达陕西西安和冯玉祥秘密会晤，被冯玉祥聘为名誉顾问；4月，马伯援会见胡景翼。1924年，冯玉祥发动北京政变并邀请孙中山到北京，派马伯援去广州迎接。孙中山到达天津后卧病在床，马伯援曾前往报告情况。6月15日，马伯援到郑州调和冯玉祥国民军和中国国民党的关系。此后，他还曾以冯玉祥的名誉顾问的身份，到南阳、邓县、襄阳等地会见方振武、孙连仲等要人。19