到侏罗纪末期时几乎已完全取代了侧颈龟亚目在河水和湖泊中的地位，这时陆生物种开始发展。曲颈龟亚目下共现存有3个总科，分别是海龟总科（Chelonioidea）、陆龟总科（Testudinoidea）和鳖总科（Trionychoidea）。过去曾有“动胸龟总科”（Kinosternoidea），现在被认为是最原始鳖总科的并系集合，因为它们不能构成一个自然类群。目前对于曲颈龟亚目的界定普遍有两种说法，其一：曲颈龟亚目包含真曲颈龟下目，以及数个从化石得知的若干原始的已灭绝演化支。这个演化支范围是由一些非常早