使用部分零部件来修复ED79 20号机车。而100番台机车自从2006年3月起脱离定期运用后，亦开始逐步封存及报废。2009年3月24日，JR北海道的最后3台ED79型100番台机车（104、107、108）正式报废。部分报废车辆除籍后被回送至九州，为JR九州的ED76型电力机车提供后备零部件。截至2014年2月，JR北海道仍然拥有9台ED79型电力机车，用于牵引“北斗星号”、“仙后座号”、“黄昏特快号”卧铺特急列车，以及“玫瑰号”夜行急行列车。2016年3月，由于北海道新干线的开通，海崃线升压为2