被石勒所杀，晋元帝于是承制封司马承继嗣谯王。太兴元年（318年），晋元帝因晋愍帝被杀而正式即位为帝，司马承改拜屯骑校尉，加辅国将军，领左军将军。后加散骑常侍。
出镇外藩.当时大将军王敦掌兵在外，意欲专擅朝政，但晋元帝却任用刘隗、刁协等人以削弱琅琊王氏的影响力，令王敦十分不满，王敦上书晋元帝的表章显得态度傲慢，更令晋元帝畏惧，于是夜召司马承，将王敦表章给司马承看，共谋对策，司马承认为王敦即将起事发难。当时晋元帝打算树立外藩以防备王敦，适逢太兴三年（320年）梁州刺史周访逝世，湘州刺史