直肠粘膜也分布着丰富的微皱褶细胞。顶膜的粘膜免疫反应会激活微皱褶细胞，使微生物和粒子(抗原)通过上皮细胞进入肠道内腔，使肠道内腔固有的免疫细胞得以与抗原相互作用。与邻近的细胞不同，微皱褶细胞有独特的功能。它会在小肠腔内捕捉抗原，抗原会被转运到抗原提呈细胞、树突状细胞和淋巴细胞(T细胞)等。与其他抗原提呈细胞相似，微褶皱细胞也会搬运组织蛋白酵素E，这一过程发生在其基底外侧独特的口袋状结构中。抗原可通过识别细胞表面受体以针对特定细胞，例如以糖蛋白-2(GP2)标识细菌完成抗原锁定。细胞的朊蛋白(PrP)