。1936年2月，余秋里在云南乌蒙山区与国军万耀煌部队作战时，为掩护团长成钧，左臂负伤，被迫截肢。1936年11月，入抗日军政大学学习。
抗日战争时期.抗日战争爆发后，余秋里任中央军委总政治部直属政治处副主任。1938年起，任八路军总政治部组织部组织科科长兼巡视团主任，120师干部大队政治委员。1939年，出任120师第3支队政治委员，同支队长贺炳炎合作，率队到大清河北岸扩大根据地，很快将部队发展起来；先后进行了莲子口、北板桥等战斗，粉碎了日军的3路合围。1940年，参加百团大战。