。元朝时期，在中央，封萨迦派领袖为帝师，并设置宣政院，负责管理全国佛教事务和藏区军民事务；在藏区，驻扎军队，设置驿站，划分十三万户。在此基础上，八思巴建立了隶属于元朝的政教合一的自治政权——萨迦政权，对藏区进行统治。14世纪下半叶，萨迦政权的地位为帕木竹巴政权所替代。明朝继续承认帕竹政权，并对各有实权的势力都进行分封，即“多封众建”政策。关于明朝与藏区之关系，不同学者有着不同的看法。这一时期，宗喀巴推行宗教改革，格鲁派兴起并传入蒙古，达赖、班禅活佛转世制度确立，影响深远。清朝鉴于格鲁派势力的壮大