驻新疆库车回族士兵爆发叛变，随即带动周边维吾尔族起义，攻佔了阿克苏、乌什、赛里木、拜城。1865年，阿古柏·伯克消灭了新疆境内的清朝军队，并在随后几年建立了哲德沙尔汗国。1871年，俄国以「恢复清朝统治权」为名攻佔伊犁河谷地区。1870年至1874年，英国派遣使节团与阿古柏·伯克签订条约，英国取得天山南部自由通商权与治外法权。1876年，清朝发动收复新疆之战。1881年，清朝收复了包含伊犁河谷在内的新疆全境。
东突厥斯坦伊斯兰共和国.1931年，新疆发生哈密暴动，新疆省主席金树仁