沪昆高铁、京沪高铁、另一对为经沪昆高铁、宁杭高铁）、终到贵阳北5对、终到长沙南1对、终到深圳北2对、终到南昌西1对、终到济南西1对、终到武汉1对、终到广州南12对、终到南宁东3对、终到北海1对、终到玉溪3对。原定开行前往其他城市方向的列车，包括一对终到北京西站的卧铺动车组列车则暂缓至2017年4月16日开行。2019年1月5日起，昆明局优化了昆明站至昆明南站间的客车开行方案，每天开行客车44对，其中包括普速列车。以下为自2019年12月30日起，昆明南站确定开行的列车目的地列表。由于铁路部门会按照运行情