昌僭位，潜善趋白于帅府，王承制拜潜善为副元帅。靖康二年，康王登基，拜中书侍郎。建炎元年，此时宋高宗从人望，擢李纲为右相，但李纲将奏逐黄潜善及汪伯彦，右丞吕好问止之。未几，黄潜善拜右仆射兼中书侍郎，李纲遂罢。此时的黄潜善主张和议，与虏人画河为界，遭李纲驳斥。太学生陈东论李纲不可去，潜善、伯彦不可任，潜善恚。御史张所也说黄潜善这个人姦邪，恐害新政，左迁所尚书郎，寻谪江州。会欧阳澈上书诋时事，语侵宫掖，帝谓其言不实，潜善乘间启杀澈并东诛之，识与不识皆为之垂涕，帝悔焉。建炎元年，又与汪伯彦贬逐李纲，