8年）12月8日先帝（孝明天皇）三周年忌辰祭和立后典礼的时候才还幸京都。同年12月22日到达京都。同时为了缓解东京市民的不安宣布不久会马上行幸东京，并且宣布在旧本丸遗址上建造新皇宫。
再幸东京.明治2年（1869年）1月25日岩仓具视向天皇进言，很多政府和民间人士都认为要迁都，特别京都和大坂的民心也有所动摇，但是为了有效统治关东诸国须要再次东幸。虽然政府内部很多人提倡迁都，若没有天皇的决断光凭借臣下努力还是无法信服众人。3月7日明治天皇再幸东京。3月28日到达东京。这次太政官也