乱之徒听说曹操要来，都纷纷潜逃到别的郡县。曹操被任命为东郡太守，但是曹操没有就任，自称在担任济南相期间的行为得罪十常侍和地方豪强，害怕引起报复，称病回乡，在谯县东部五十里建筑精舍，上半年研读书籍传记，下半年以打猎为自己娱兴。当时天下纷乱，先是发生冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯的事件。王芬等人曾经希望曹操加入他们，但被曹操拒绝，后来王芬事败自杀。接着，又有西北金城郡（今甘肃兰州）的边章、韩遂杀死刺史和太守，率兵十余万反叛朝廷。188年，汉灵帝组建西园军，曹操被起用为典军