傅斯年、李济和王世杰等理事均同意由各机关拣选精品运往台湾。会后国立北平故宫博物院、国立中央博物院筹备处、中央研究院历史语言研究所、国立中央图书馆、国立北平图书馆和中华民国外交部等机构共同成立中央文物联合保管处，由杭立武统筹文物运台事宜；杨师庚和芮逸夫先前往台湾进行勘察部署作业。首批772箱文物由李济、庄严和谭旦冏等9名人员从南京下关押运中鼎舰在12月26日抵基隆港，隔天清晨改装火车运至杨梅通运公司的杨梅仓库存放。次批3,502箱文物由那志良、吴玉璋、梁廷炜、昌彼得、李霖灿、高仁俊、索予明等12名