每人每次的申请数目也有限。东京本馆由本馆和新馆两栋建筑物组成。本馆的2层柜台负责图书的取还，而新馆的2层柜台负责杂志的取还。另外，根据主体类别放置的特别资料、有特色的资料等分别放置于各个专门室。其中还有许多经常被利用的参考资料如字典、统计资料、年鉴、报纸等，可以被读者直接翻阅。目前东京本馆的专门室，包括：本馆2层的科学技术・经济信息室（科学技术及经济社会相关的参考图书、科学技术相关的抄录·索引）及人文综合信息室（总目・人文科学领域的参考图书、图书馆・图书馆信息学相关的主要杂志等）、本馆3层的古代典籍