后北庙慢慢地荒废。东晋元帝大兴二年（319年），南海太守鲍靓为其女鲍姑在此修道行医而建造，称越岗院。到唐代改为佛教的悟性寺，宋代复称北庙。明朝洪武年间，广州扩展北城，开凿象岗建北门，因北庙位于门楼位置，于是把庙迁至现址。万历年间改建北庙，恢复道教性质，更名为三元宫（因道教以天、地、人为三元而得名），并沿用至今。崇祯年间扩建大殿，殿内供奉三元大帝，改鲍姑祠为配殿。清朝康熙三十九年（1700年），广州发生旱灾，罗浮山冲虚观住持杜阳栋来到广州祈雨，后留任三元宫住持。其在任期间，重修和扩建三元宫，面