日本是巴最大援助国。在巴有日侨约7000人。1989年巴拉圭政府决定无限期延长1959年两国签署的移民协定的有效期，据协定，巴拉圭可以接纳8万5千余日侨。2011年，为了逃离东北部发生特大地震带来的核辐射灾害，也有一些日本人移民到了巴拉圭。、、住友集团等日本企业也在巴拉圭投资各种产业，帮助巴拉圭改良生产技术，发展制造业。巴拉圭主要向日本出口芝麻和大豆油，而日本则主要向巴拉圭出口汽车和机电产品。巴拉圭政府于2010年6月1日与日本政府签署协议，採用日本改良自欧规DVB系统的SBTVD（即ISDB）