，下辖三师；因部队兵源构成仍是以地方武力改组，战力不堪重任。当时编制如下：第十三师后转隶国民革命军第四军指挥，但指挥体系没有变动。因战力不足之故，第五军并未随军北伐，仅第十六师一部随右路军北上，主要为预备部队，曾进入江西及南京。1927年发生广州张黄事变，李福林支持张发奎。广州暴动期间第五军为主力镇压。事件后李福林解职归田，次年由徐景唐出任军长。
南京国民政府.1929年，爆发蒋桂战争，徐景唐支持桂系，被效忠蒋介石的陈铭枢及陈济棠部大败。第五军被缩编为国民革命军第5师，军级