回国后，若瑟·考茨分别担任卡拉奇基督君王修院哲学与社会学教授和拉合尔小修院院长。1986年至1988年间的，在教区担任司铎。教宗若望·保禄二世于1988年5月5日将他任命为海得拉巴教区主教，他于9月16日晋牧。他于1998年6月27日获调任为费萨拉巴德教区主教。若瑟·考茨曾长期担任巴基斯坦明爱主席，他于2005年指挥震灾救援工作。由于卡拉奇总教区总主教荣休，因此若瑟·考茨于2012年1月25日获委任为卡拉奇总教区正权总主教。教宗方济各于2018年5月20日宣佈于同年6月28日将若瑟·考茨擢升为枢