来重启海崃两岸谈判时，国务院台湾事务办公室亦十分关注蔡英文的意向。不过到了2006年，蔡英文则是受民主进步党中央党部的提名，被延揽进入苏贞昌内阁，并任命其担任行政院副院长。1月23日，蔡英文在确定会担任行政院副院长后，依法辞去立法委员的职务，改由国立中兴大学行销学系教授吴明敏递补缺职。
副揆之路.2006年1月25日，蔡英文接任行政院副院长（副阁揆）一职，主导财经政策，同时还兼任行政院消费者保护委员会主任委员。作为第一位女性副行政院院长，就是在这时期，台北市政坛也流传出「小龙女