邓小南于1978年考入北京大学历史系，1982年、1985年先后获学士、硕士学位。此后长期在北京大学历史系与中国中古史研究中心任教。1998年起任教授、博士生导师。2012年被聘为国务院参事。此外，她还担任中国史学会副会长、中国宋史研究会会长、《中国大百科全书》（第二版）中国历史学科宋辽西夏金史分支主编等职。