1894年上环太平山街一带发生瘟疫，修会收容了不少病人，促使修会设立一所医院。1898年1月1日，医院于湾仔正式开幕，并附设了一所药房。1908年1月6日，医院迁至跑马地，名为「加尔瓦略山会院」，由当时的香港总督卢吉主持开幕典礼。1916年，医院再搬到铜锣湾现址，并正式命名为圣保禄医院。1976年楼高6层的新翼启用，2009年底楼高20层的A座大楼落成。其后，新翼大楼拆卸重建为B座大楼，于2017年4月下旬启用，并备有全球第二套FIBEE智能分配系统的日立升降机（第一套安装于广州周大福金融中心）；C座大