于很短或非常相似的序列，我们可以人工进行比对。然而，在很多问题中，我们需要对非常长的序列进行比对，这是单靠人类的努力所不能解决的。在这种情况下，我们通过构造算法来进行高效的序列比对，有时还需要对最终结果进行调整，因为有些结果难以通过算法表达出来（特别是核苷酸序列）。序列比对的计算方法一般分为两类：全局性比对（global alignments）和局部比对（local alignments）。计算一个全局性的路线，是一个全局优化的形式，其强制按照整个长度的所有查询序列对齐。与此相反，局部比对只确定局部的相似而