即使粒线体DNA与Y染色体DNA在解析人类历史时格外好用，但是数十个人类群体的基因组资料也受到研究。2009年6月，来自国际人类基因组单体型图计划（第II期）与人类多样形体研究中心（）的人类基因组多样性研究计画样本，对于基因组-wide SNP（单核苷酸多态性）资料分析结果出版。这些样本取自1138名彼此无关联的个体。在这项分析之前，群体遗传学家期望在各种不同的族群之间发现巨大的差异，这些差异是衍生自这些群体内部所共同具有的等位基因，这些基因却是其它群体之中不常见或不存在的。反之，从这项研究计画取得的资料