右臂，被迫返回英国休养。他在翌年1798年复出，带领英军在尼罗河战役重挫法国海军，此后继续留守地中海，协助那不勒斯对抗法国入侵，但后于1800年被召回国。在1801年，纳尔逊再获起用，前往波罗的海，在哥本哈根战役中击败丹麦海军。此后，他再被派往地中海阻止土伦的法国舰队驶离地中海，但不成功，双方于大西洋及加勒比海展开追截，最终法国舰队成功逃逸。纳尔逊返国稍作休息后，在1805年9月再度出击堵截位于加的斯的法、西联合舰队，并在10月21日爆发特拉法加战役，纳尔逊在战事中取得英国海军史上其中一次最重大的胜利，但他