林匹亚科斯由于不按时归队和跟主帅口角，一年下来只参加了14场联赛比赛，取得7个进球。2000年欧锦赛后，扎霍维奇以550万英镑加入西班牙的瓦伦西亚。在瓦伦西亚，扎霍维奇跟球队一起晋级欧冠决赛。在决赛最后的点球大战中，扎霍维奇第三个出场，点球被拜仁门将卡恩扑出，瓦伦西亚仅取得欧冠亚军。赛季后另一支葡萄牙球队本菲卡以年轻中卫马切纳为代价，把扎霍维奇拿下。在本菲卡，扎霍维奇在2003-04赛季拿到葡萄牙杯，2004-05赛季拿到葡超冠军。2004-05赛季结束后，34岁的扎霍维奇退役。退役后的扎霍维奇留在本菲