尚清王攻佔奄美群岛之后，琉球王国终于将势力扩张到整个琉球列岛，确定了北起喜界岛、奄美大岛，南至宫古、八重山群岛的疆界，即琉球史书中所称“三省并三十六岛”。1609年日本萨摩藩进攻琉球，并于两年后把琉球归萨摩藩管辖。但是为了和明朝（及后的清朝）进行朝贡贸易上的需要，琉球王国表面上保持了“王国”的独立。
日本统治.1871年，一群前往首里上缴年贡的琉球宫古岛人回程时因台风漂流至台湾东岸，部份被当地原住民杀害。后来清朝政府将生还的琉球人送回琉球，但日本认为琉球人为日本属国人民，日本以