，特侦组清查陈水扁总统任内的「机密外交」弊案时发现，2002年至2005年，吴明基担任台湾人公共事务会（FAPA）会长期间，曾签字领走鉅额机密外交经费；其中80万美元（当时约合新台币2678万元）经由当时FAPA执行长陈文彦从美国汇入其弟在台湾经营的一家贸易公司，再辗转付给《自由时报》，作为当时行政院新闻局在《自由时报》刊登入联公投广告的费用；文末刊载了《自由时报》的回应：「截至目前为止，没有任何人或任何单位，就FAPA刊登入联公投的广告问题，询问过报社相关人员。此外，因目前广告环境，『收得到钱』相当重要；