人创办，大多未获办学许可，普遍具校舍环境差、班级秩序差、教师水准低等问题。史丹佛大学的研究指出，在农民工子弟学校就读的学生并未获得良好的教育品质。学生易中辍并进入就业市场工作。即使仍接受教育，也因政策问题而只能在城市接受技职教育或回户籍地就读高中，成为留守儿童。有评论认爲，就读农民工子弟学校的学生难以接受良好教育，大都只能和父母一样从事低收入工作。
地方政府介入.由于土地所有权问题、办学品质低落问题，以及城市管理政策的反覆变化，农民工子弟学校常被拆除、关闭或取缔。在2006年、20