机场、盐田、沙头角、大铲湾、笋岗10个出入境边防检查站和15个对外开放口岸。据统计，2016年，深圳各口岸有自助查验通道300余条，全年自助查验出入境人数达1.22亿人次，占全部出入境人数的51.16%。
公路.香港公路口岸有落马洲管制站（接驳深圳皇岗口岸）、文锦渡管制站、沙头角管制站、深圳湾口岸（位于深圳境内，实施一地两检）、港珠澳大桥管制站、落马洲站（接驳深圳福田口岸）。其中，皇岗口岸于1989年建成通关，从2003年1月起实现24小时出入境通关，是深圳市除了罗湖口岸以外最繁忙的