立法院严重挫败，弄得马英九灰头土脸，负责协调沟通的詹春柏难辞其咎。另外，马英九的施政不佳、与国会的沟通不良，也使得詹春柏时常是媒体、立委点名下台的官员之一。2009年9月7日，由于刘兆玄八八水灾救灾不力，总统府宣布中国国民党秘书长、立委吴敦义担任行政院院长，詹春柏回任中国国民党秘书长，遗缺由内政部部长廖了以升任。2016年11月11日，国民党副主席詹春柏赴中国北京出席「纪念孙中山先生150年诞辰纪念大会」，立法院将修法规范停止未经许可赴中国参与政治活动之退职人员领取退休俸的权利。。