初在教区建立，由主教掌握。由于主教有时不在自己的教区抑或公务缠身无暇顾及，导致当时的宗教裁判所效率低下。教宗额我略九世在13世纪30年代发布通谕，建立直属教宗管辖宗教裁判所。额我略九世于1231年发表《绝罚通论》（"Excommunicamus"）来谴责异端，并想到新的措施来对付异端，在德国、法国北部、郎格多克以及义大利都设立了异端裁判所。而受派去异端裁判所的审判员大多都是道明会的修士。在昔日欧洲，异端裁判所是声名狼籍的，是不光彩的，但当时的异端裁判所并不是一个机构，充其量只是一系列的宗教审判员，1252年