一些战略位置如肺脏、肝脏、神经中枢的组织、骨、脾脏及结缔组织，以摄取外来物质如尘埃和病原体。在有需要时，还会召集游离巨噬细胞。当病原体被巨噬细胞吞噬后，病原体会被困于食物泡中并稍后与溶酶体融合。在溶酶体中，酶和有毒物质如过氧化物会把侵入者消化。但一些细菌如结核分枝桿菌及利什曼原虫等病原体则对此消化方法产生抵抗及规避。巨噬细胞可以同时消化多过一百个细菌，然而，它们最终会死于自己分泌的消化混合物。
在特异性免疫中的角色.巨噬细胞是一种具多用途多功能的细胞。作为体内的「清道夫」，它们