本应传位给他尚在罗马当人质中的儿子德米特里，但他的弟弟安条克在帕加马国王的军队支持下篡夺了塞琉古王朝的王位，是为安条克四世。因两国政局先后发生剧变，女王在世时对塞琉古亲善政策策也立即变换，双方关系变得非常紧张。女王的长子托勒密六世获得了菲洛墨托尔（希腊语：）的绰号，意为“笃爱母亲的”，由此可以明显地看出，他统治的早期是在女王的监护或摄政之下度过的。可能是女王唯一的女儿的克利奥帕特拉二世后来按照古埃及王室近亲结婚的传统嫁给了弟弟托勒密六世，并成为弟弟兼丈夫的共治女王。女王的幼子托勒密八世后来也成为了国王。