明朝的成化八年（1472年），重建于清朝康熙六年（1667年），负责接待琉球国来中国的进贡使和琉球来中国的留学生，对中琉的经济贸易和文化交往起了一定作用。1872年，日本宣称琉球国是日本领土，并废除琉球国，改为琉球藩。1875年，日本强迫琉球国停止向清朝朝贡，琉球馆被废除。琉球亲清派大臣向德宏、林世功等曾以琉球馆为中心，展开琉球救国运动。琉球国灭亡之后，许多不满日本统治的琉球人都流亡中国，其中有不少居住在琉球馆附近。
鹿儿岛的琉球馆.日本萨摩藩的琉球馆在鹿儿岛城下，遗址位于今天