1878年时长老教会「台南教士会」决定在此创建神学院，在1880年2月23日时将巴克礼牧师在二老口旧楼医馆的传教者养成班迁到此处，成立府城大学。第一任校长即是巴克礼牧师，其任期一直作到1935年，而最初学校只有15名学生。学校在这之后先后因为中法战争与乙未战争停办两次，于战后社会稳定下来之后复校，但因为学生数量增加，所以便在1901年兴建新校舍，于1903年完工。1913年，学校改名为台南神学校，后来在1940年因为太平洋战争爆发，日本政府多方干预学校，强迫要由日本人当校长，长老教会不接受，便在当年9月