与吕乔木、李诗汉、吴敦仁、彭坤德返回桃园外社，获悉陈福星等人已自新，由于长期躲藏山区饮用溪水，林元枝身染肺吸虫病，又不愿意收容他的亲朋好友受到拖累，于1952年7月14日自首。
软禁绿岛.自新后的林元枝，本应如陈福星、曾永贤、黎明华等人一样，接受当局安排工作与监视，林元枝自白显示藏匿桃园多时，但保密局干员却根本蒐查不到他，当局认为林元枝地缘关系与家族势力有必要与之隔绝，竟将自新后的林元枝派往绿岛，虽给予教官名义，但由卢兆麟、吴敦仁等证言显示林元枝之待遇与新生无异，如此滞留绿岛19年