起兵讨伐他，司马伦收捕司马寔及其兄长司马蕤下廷尉狱，将要诛杀他们。太子中庶子祖纳劝谏保全司马蕤、司马寔兄弟。正好司马伦心腹孙秀被司马冏等讨伐而死，司马蕤、司马寔等得以被赦免。后来司马冏推翻司马伦，以大司马主政。永宁初年，以司马寔为平东将军、假节，加散骑常侍，代司马冏镇许昌。不久进安南将军，都督豫州军事，增邑满二万户。未出发，又留为侍中、上军将军，给千兵百骑。二年（302年）十二月，司马冏被皇弟长沙王司马乂讨伐败亡，司马寔被废为庶人。司马乂又将司马寔以下二千余人杀死。