后又因为大久保长安事件，第二代康长被撤去藩主一职。其后由小笠原秀政入主，在第二代藩主忠真移执至明石藩后，由高崎藩松平康长以7万石大名身份入主松本。第二代康直同移封明石藩。由结城秀忠后代松平直政管治，半年后被调往松江藩。之后由老中堀田正盛接替。当正盛移封佐仓藩后，由吉田藩水野忠清接替。在第五代藩主水野忠干没有子嗣下而逝立，由其弟水野忠恒，但是他沉迷酒色，被长府藩世子毛利师就斩伤，在此次事件后被改易，降格为旗本。然后由松平康长后裔松平光慈入主，经历了九代后，在废藩置县前为松平管治。在幕末战争中，新政府军