期间他对野心勃勃的波吉亚家族来说越来越不重要，因为他借着自己与波吉亚家族亲近的优势而暗自充当间谍，将情报传递给米兰的斯福尔扎家族，而这些行动被亚历山大六世发现了。与此同时，教宗积极与其他势力结盟，尤其是在1494年教宗的么子乔佛里·波吉亚与那不勒斯的阿拉贡的珊莎公主结婚后，他与鲁克蕾齐亚的婚姻已经变得没有任何利益可图了。由于鲁克蕾齐亚已经习惯于在教宗宫廷中享有特权的生活，没办法适应在佩萨罗的相对较朴实的生活，于1495年的圣诞节，他们夫妻俩回到了罗马的宫廷。这个时候乔凡尼意识到自己的生命岌岌可危，他随后