听令于神父而不听令于总督。进入17世纪，菲律宾行政当局和教会当局的冲突仍不断发生。1606年，马尼拉的殖民官吏给西班牙国王写信，要求国王调查教会救土干预地方行政、滥收税款的事件。由于冲突激烈，1636年，甚至派兵软禁并放逐了格罗雷大主教。然而，兼任墨西哥神圣查询法庭专员的奥斯定会士帕特尼纳利用萨尔塞多总督触犯大帆船贸易商人利益的机会，策动马尼拉商人、市议员、军官团和各修会联合行动，于1668年10月9日发动政变，逮捕了萨尔塞多总督，随后将其囚往墨西哥出庭答辩，结果致其在途中愤病交加而死。1683年，巴尔