9年11月，下放到五七干校共277人，占当时全院职工总数的33.9%，极大地挫伤医务人员的积极性，医院的规章制度和正常秩序受到严重破坏。根据当时情况，国务院、中央军委于1967年3月22日发出通知：“为了保证医疗工作质量和革命良好秩序，现决定中国人民解放军卫戍区司令部接管北京医院，建立军事管制委员会”，该通知共14条。对医院实行军事管制后，先后有三届军管会，直到1974年军管会撤离。为补充护理队伍，1970年该院自筹开办第一期卫训队，招生50名。1971年5月21日，周恩来总理指示“同意在北京医院建