源县任职期间，他组织群众上山找矿，先后发现了铁、锰、铅、金、银、铜、石棉等矿藏，促进了山区致富，涞源县获评为全省模范县，石双琪则连续两年被评为模范县委书记。在涿县任职期间，石双琪患重病，不停吐血，但仍然坚持工作，最终中共保定地委做出决定，命其住院治疗。在易县任职期间，1963年当地发生了特大洪灾，他率30多位干部赴重灾区救灾，冒险强渡北、中、南三条易水河，最终赶到刘家台水库组织救灾。1965年，石双琪调任中共贵州省毕节地委副书记。文化大革命中，石双琪受到迫害。1977年，石双琪调任中共贵阳市委书记兼贵阳