土司没有抵抗，玉树被西藏占领。后囊谦被马家军夺回，玉树防守司令马彪以通敌为名，向囊谦土司强征粮食金银等物。1937年，囊谦土司与德格土司联姻，化解了两个家族间的矛盾。1949年9月，得知中国人民解放军占领西宁以后，囊谦土司扎西才旺多杰率其属下归附中国共产党。1955年玉树地区实行民主改革，扎西才旺多杰被废除土司之位。