亚新几内亚军方与印尼军方进行了联合边境巡逻。在2004年，由流亡英国的西巴布亚领导人本尼·温达设立自由西巴布亚运动，鼓励联合国在西巴布亚举行独立公民投票。 该运动有国际人物的支持，如诺贝尔和平奖得主大主教德斯蒙德·图图。2012年，印尼总统苏西洛·班邦·尤多约诺对运动领导人发出了逮捕令。2019年8月16日，东爪哇省泗水和玛琅警察逮捕了43名来自巴布亚的学生，指控他们将印尼国旗扔入水沟。警察在逮捕时言语粗鲁，虽然最终没有证据证明巴布亚学生毁坏国旗，学生也在17日午夜得到释放，但由于假消息的蔓延，巴布亚