元、陈樵来往密切，于光绪三十年（1904年）清明节，以租用来的莆田城内顶务巷萧家祠堂作为教室，创办了莆田首家讲授新学的私立学堂——兴化砺青小学堂，林翰任堂长。不久，林翰被官费派赴日本留学，入经纬学校学习法律。光绪三十二年（1906年），清政府再度废除科举。同年夏，林翰从日本毕业回到莆田，当时砺青小学堂正好同官立小学堂合并成立莆田官立砺青小学堂，迁往凤山寺（今东大路），林翰出任堂长。后来，林翰再次到日本，入明治大学学习政治学。宣统三年（1911年），清学部会试留日学生，林翰获优等。1911年辛亥革命爆