征讨百夷，升任四川行都司都指挥同知。建文末年，升任右军都督佥事。燕王朱棣大军逼近首都时，建文帝命其在长江设防。而燕兵抵达浦口后，陈瑄帅舟师迎降，朱棣遂渡过长江。明成祖即位后，封平江伯，食禄一千石，赐诰券，世袭指挥使。
永乐年间.永乐元年，朱棣命其为总兵官，负责总督海运，其输粟四十九万余石，解决北京以及辽东的兵饷。之后他在直沽建立百万仓。当时漕舟多行海上，海上岛屿民众因畏惧漕兵而大多藏匿。陈瑄招令互市，使得交往便利。在运舟返回时，遇到沙门岛倭寇进犯，陈瑄率众攻击至金州白山岛，并焚烧其