过引进后不久因维修及时常发生故障问题，电轫系统随自动速度控制全面停用，使的EMU1200型减速时完全使用空气机械摩擦轫机。
保安装置.EMU1200型的改造后初期继续沿用自EMU200型原有的自动列车警报装置（AWS）以及自动列车停止装置（ATS-SN以及ATS-P），台铁在2006年时引进相当于欧洲铁路交通管理系统等级一规范，简称ERTMS是欧洲铁路的保安装置，其中包含了欧洲列车控制系统（ETCS）。的列车自动保护系统（ATP），以及加入行车无线电话，并将原有的自动列车警报装置移