动政变，推举之前的将军候补香严院清晃爲将军。结果，原本支持畠山政长的赤松政则倒向了政元一方，政长因绝望而自杀。政元由此消弱了大权在握的畠山家的势力，将废将军义材幽闭于京都龙安寺。明应三年（1494年），足利政知之子香严院清晃还俗，就任室町幕府将军，是为足利义高。（后改义澄）政元自己则就任管领，掌握了幕政，确立了细川政权。从此以后，室町幕府将军事实上成为傀儡。但此后幕府的权利并未完全丧失，伊势贞宗在日野富子的授意下作为将军的后见役数度抑止政元的行动。另外，细川京兆家中力主废立的丹波守护代上原元秀的暴死，使