带着鲁王，搭船逃出舟山群岛，方逢年追赶不及，假意降清。之后方逢年装好书信，请密使通知福建的南明绍宗隆武帝朱聿键，然朱聿键却在福建汀洲城破之后殉难，清军蒐罗到方逢年等人「请驾出关」疏，将方逢年等四人，处决于福建省延平（今福建省南平市延平区）。但是方逢年孙方象瑛另称，方逢年离开绍兴之后，迁往天台，城破后被俘至衢州，于清顺治三年（1646年）九月成仁。明史中则以另外一说，谓方逢年以蜡丸书通闽「隆武帝」，但是事情洩漏出去被清兵察觉，而杀身成仁，方逢年后葬回浙江遂安。。