战争时期，历任国民革命军第三集团军政训处处长等职。后被逮捕，经中国共产党营救获释，此后出席中国人民政治协商会议第一届全体会议。历任中央人民政府办公厅副主任、典礼局局长，政务院机关事务管理局局长、中华人民共和国民族事务委员会副主任，民革中央常委等职位。文化大革命开始后被揪斗，于1966年9月4日在北京家中自杀身亡，终年68岁。1978年10月，在八宝山革命公墓举行了余心清同志骨灰安放仪式。