得票率的世俗派人物艾哈迈德·沙菲克，当选埃及首任民选非军人总统。而艾哈迈德·沙菲克是三星级空军军官，是穆巴拉克当政时期的最后一任总理，当时他获得了埃及军方的支持。2012年8月12日，穆尔西对军队高层做出重大人事调整，国防部长坦塔维和军队总参谋长萨米·阿南分别由阿卜杜勒-法塔赫·塞西与西德基·苏卜希继任；同时宣布武装部队最高委员会于6月17日通过的限制总统权力的宪法修正案无效，公布的新宪法声明从当天起生效；这项决定得到了军队的支持，此举被认为是民选政府巩固执政基础的重要一步，军官逐渐退出埃及权力的核心、