陷北京，崇祯帝自杀，福王朱由嵩在南京即位，即弘光帝。1645年，南京被清兵攻陷，降为江宁。清初，江宁（南京）为江南省省府，以后直到清末一直是两江总督（统辖江苏、安徽、江西三省）驻地。康熙六年江苏、安徽分别独立建省后，江苏巡抚和江苏布政使驻扎在苏州，两江总督和安徽布政使驻扎在南京，安徽巡抚驻扎在安庆。1780年，安徽布政使迁往安庆后，在南京又设立江宁布政使，管辖江宁府和江苏省长江以北的三府二州一厅：扬州府、淮安府、徐州府、海州直隶州、通州直隶州、海门厅。
晚清：天国倾覆与近代的黎明