政府组成内湖慈济开发案专案小组，进行讨论。自该年7月8日起至次年12月4日止，共举行7次专案小组会议，最后决议将此案移交台北市都市计画审议委员会大会审议。在2007年6月14日及7月13日的两次讨论会中，均被要求退回补充内容。2013年1月，内湖保护区守护联盟在30辆公车车体登广告，引起慈济基金会不满；同月15日，慈济召开记者会唿吁立即撤下「违法」的车厢广告，理由是「慈济认为广告造恶业」。内湖保护区守护联盟理事长李日进表示，可能因为受到强大压力，公车广告代理商来电告知，已确定必须立即下架他们筹募资金所刊