与大坂之役，在大坂冬之阵时负责黑门口，夏之阵时则在天王寺冈山之战中与真田信繁、毛利胜永等丰臣军交战，虽然忠政遭到毛利军勐烈的攻击，但是仍然取得11名敌军的首级。忠政凭此功绩，在元和8年（1622年）9月25日增封至信浓上田6万石，有说移封上田是忠政自行向幕府申请并且得到接纳，但与此同时却引起原本担任上田藩主的真田信之不满，信之将与上田藩有关的文件烧毁，导致忠政初期难以掌握领内情况。忠政在小诸藩时代时继承父亲秀久的强权统治，将散落各处的领民重新集合，让浪人务农，努力保持领内稳定，另一方面又废除，改为实行石