马礼逊牧师亦于1834年逝世，归葬澳门。伦敦会于1840年委派牧师理雅各于1840年主持书院及传道工作。两年后，中英两国签订《南京条约》，英人接管香港。伦敦传道会亦决定将书院迁至香港，以展开对华传道工作。1843年，英华书院和附属的印刷厂迁至英属香港，亦从新加坡运过来的将近3900个中文活字钢模。
迁往香港.英华书院在校舍方面，由于马礼逊纪念学校比书院更早一步由澳门迁港，并得到政府拨地建校，政府无意拨地予性质相近的英华书院。最后唯有将书院设立于上环鸭巴甸街与荷李活道交界，坚