武则天年间.武则天年间，韦巨源累迁司宾少卿，转司府卿、文昌右丞。长寿二年（693年）在文昌左丞（《旧唐书·则天皇后纪》《新唐书·则天皇后纪》仍作文昌右丞）任上被授同凤阁鸾台平章事，为实质宰相。三年（694年），转夏官侍郎，仍同平章事。韦巨源有吏才，谨慎复查省内文案并予以纠正，虽然为下属所怨，还是纠正了他们的不少错误。韦巨源、豆卢钦望、陆元方、苏味道、杜景俭五位宰相等曲从权相内史李昭德。延载元年（695年），武则天不满李昭德，贬之。另一宰相检校凤阁侍郎周允元与司刑少卿皇甫文备上