叛军的任命仍然担任奉先县县令。不久，叛军同党同罗背叛安禄山，叛军的长安守将安守忠、张通儒一起逃亡藏匿。当时渭河一带的义军起兵，很快聚集党羽数万人。崔器害怕，将接受的叛军文书符印敕令一时全部烧毁，发文榜召集义军。等到渭河义军战败，叛军将领崔干祐先镇守蒲州和同州，派部下三十名骑兵捉拿崔器，崔器于是向北逃到灵武。崔器一向和吕諲相互友善，吕諲引荐崔器出任御史中丞、兼任户部侍郎。崔器又跟随唐肃宗李亨前往凤翔，加礼仪使。唐军收复二京后，崔器出任三司使。崔器起草仪注，唐肃宗车驾回到西京长安，崔器命令陷落叛军的官员都站