，地下一层为车站大厅，地下二层为2号线站台。
站厅.北新泾站站厅位于地下一层，与天山路平行。站厅内设有检票闸机、服务中心以及便利店。
站台.本站设有2个站台，共同使用一个岛式站台。其中一个供往广兰路/浦东国际机场方向列车使用，另一个供往徐泾东方向列车使用。目前上海轨道交通2号线列车使用大小交路列车并行制度，往浦东国际机场方向的乘客需在广兰路换乘小编组列车；西行列车以和方向为终点，以交替班次运行。
车站出口.北新泾站设有5个出口。