仍用关外制度，设置内三院：内国史院、内秘书院、内弘文院。大学士无定员，兼各部尚书衔。次年（1645年）裁撤翰林院，并入内三院，改称内翰林国史院、内翰林秘书院、内翰林弘文院。十五年九月初七（1658年10月3日）改设殿阁大学士，以中和殿、保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、东阁系衔。十八年七月初二（1661年7月27日），复改为内三院。
康熙年间.康熙九年八月十一（1670年9月24日）仍改内三院设殿阁大学士。中和殿系衔，自康熙二十年图海死后，即未再授。康熙十六年（1677年），设立南书