甘军奉清廷之命回甘肃镇压起义。马安良在此次作战中有功，准授花翎副将总兵衔，赏穿黄马褂，升巴里坤总兵（未到任）。1898年戊戌变法时，董福祥奉命率甘军再次赴北京，马安良为“ 维持地方” 奏准留在甘肃，未参加1900年甘军抗击八国联军的作战。慈禧太后、光绪帝逃到西安以后，马安良率部前往护驾。签订《辛丑条约》后，董福祥撤职回籍，马安良部奉命裁减，只许保留马队三个营。
组织西军与对抗省临时议会.1911年10月武昌起义爆发，不久陕西光复。陕甘总督长庚、陕西巡抚升允策划武装镇压陕西革命，