粒进球，但最终美因茨仍以1：2的比分不敌多特蒙德。9月18日，在德甲联赛第3轮美因茨客场对阵奥格斯堡的比赛中，武藤嘉纪在比赛第67分钟替补登场并在比赛第81分钟打入1球，帮助美因茨以3：1的比分战胜奥格斯堡。9月29日，在欧联小组赛C组第2轮美因茨对阵阿塞拜疆球队卡巴拉的比赛中，武藤嘉纪打入1粒进球，但在比赛第84分钟在拼抢时伤到右侧膝盖，膝盖韧带撕裂，再次负伤。在2016-17年赛季中，武藤嘉纪在德甲联赛出场19次，打入5粒进球并贡献2次助攻；在欧联出场2次，打入1粒进球。2017年8月12日，在德国