多种异喹啉生物硷，包括金印草素、黄连素、5-羟基小檗硷、白毛茛分硷及坎那定等。黄连素及金印草素都是季硷，不溶于水但却溶于酒精。大部份细菌及真菌，并一些原生生物及衣原体都会受静脉内黄连素的影响。黄连素单独使用只有微弱的抗菌性，因很多微生物都会将黄连素爪细胞排出。不过，金印草作为草药却可以合成为外排泵抑制剂，减低抗药性。
毒性.大部份有关金印草的研究都着重研究其含有的黄连素，不过黄连素本身在不同的植物中都会对身体造成不同的反应。于1996年，欧盟指刺檗因含有黄连素而有严重的风险，且