自明治后期至二战期间，水产行业是函馆经济的最重要产业。战后因北洋渔业曾一度中止和专属经济区的设定，水产业在函馆经济中的地位大幅下降。现在函馆市的渔业以近海渔业和沿岸渔业为主。2015年，函馆市水产物渔获量达3.97万吨，就金额来看以海带比例最高，其次则是鱿鱼类。函馆市中心地区主要的水产物是鱿鱼类，平成大合併中合併的三町一村的主要水产物则是海带。函馆市也因此被称为「鱿鱼和海带之城」。
第二产业.第二产业佔函馆经济总量的12.9%，低于北海道的平均值。2014年，函馆市工业品生产总额超过