景兴六十年（1799年）追随武性镇守平定城（今归仁）。六十二年（1801年）城破，阮文存被西山军俘虏。西山朝的将领甚为欣赏他的才能，任用他为将，他也假装为西山军出力。旧阮军队招诱他投降，他不予理会。因此得到西山军的信任，他便乘机逃走投奔旧阮，隶属于阮文诚麾下。嘉隆元年（1802年），陞该奇，奉命率部回到家乡休息，并在镇江斜温堡设守，兼管茶荣、斌切二府，隶属于永镇营。七年（1808年）被阮福映召到顺化，不久厚赐遣还。九年（1810年），暹兵屯被改为威远屯，仍以阮文存为统屯。翌年再度被召到顺化，陞统制，