到1920年时才正式改名为今日的南小樽，并将小樽车站的站名让渡给原名「高岛」的临站。南小樽车站曾经是官营幌内铁道所经营的货运路线、手宫线的起点站，该路线已于1985年时废线，但轨道的遗迹仍被当作纪念地标留存下来。
车站结构.岛式月台1面2线。