临朝，又与父亲窦武商议立解渎亭侯刘宏，是为汉灵帝。窦皇后宿有积怨，桓帝崩后，梓宫尚未入葬，便将田圣杀害，又欲诛杀诸位汉桓帝的贵人，幸得中常侍管霸、苏康苦谏方止。不久，窦武计谋除尽宦官却事发，宦官以护驾为名挟持灵帝并劫持窦太后，窦武被杀，其余亲属以罪迁比景，造成窦氏一族失势。窦氏一族没落，窦妙虽以援立汉灵帝之功而倖免，但仍被迫迁于南宫云台幽禁。次年，灵帝迎生母董氏入宫，尊为孝仁皇后。将军张奂当时被宦官欺骗，败杀窦武，后来屡次试图释放窦太后皆不果。建宁二年（169年），天有异象，郎中谢弼伺机上奏，称窦太