转运司的考试，在四川的子弟中位居第一。至元二十七年（1290年），江浙行省征聘邓文原为杭州路儒学正。元贞年间，邓文原应聘为皇室写《大藏经》。大德二年（1298年），邓文原任崇德州教授。大德五年（1301年），升任应奉翰林文字。大德九年（1305年），升任修撰，邓文原告假回江南。至大元年（1308年），邓文原再次任修撰，修纂《成宗实录》。至大三年（1310年），邓文原任江浙儒学提举。皇庆元年（1312年），邓文原入朝任国子司业。邓文原建议改革学校之政。由于当权者守旧所以和邓文原意见不合，邓文原便借病辞职。