（Thorne system）将其分入木兰纲（即被子植物）木兰亚纲（即双子叶植物）木兰总目（大略相当于木兰类植物）木兰目。但根据基因分析证明金粟兰科和被子植物门中其他各科都没有密切的联系，根据化石证据判断，它是最早分化出的分支之一。1998年根据基因亲缘关系分类的APG分类法将其直接放到被子植物分支之下，但因其演化地位不明而没有分入任何一个目。自2001年起，史蒂文斯（Stevens）将其单独列为金粟兰目。但2003年APG II分类法继续对其地位保留。2007年，摩尔（Moore）等人的研