刀伊入寇。蒙古帝国更在1274年（文永11年）和1281年（弘安4年）两次攻击福冈地区。现在福冈市内仍有当时防御蒙古军队工事的遗迹。在室町时代，博多是一座由商人（年行司）自治的自由城市，商业繁荣。但这也使得博多成为战国大名激烈争夺的地区。丰臣秀吉在佔领九州之后，于博多进行大规模都市重划，被称为「太阁町割」，使得博多在经历战火之后得以快速复兴。关原之战后，黑田氏被分封至筑前国并在现福冈市中心兴建福冈城，福冈也因此开始出现以那珂川为界，西侧是以福冈城为中心的城下町福冈，东侧是商业都市博多的双子城市格