起后，1866年（同治五年），清政府在马尾设立了福建船政局（后改福州船政局）以建造现代舰船，并开设福建船政学堂培养相关人才。随后福建水师成立。1884年中法战争期间，在马尾港发生的马江海战导致福建水师几乎全军覆没。晚清的福州是中国较为现代化的城市。清朝立宪运动后，福建省咨议局于1909年在福州开幕。1911年11月9日，福建同盟会击败清军，占领福州，成立了福建军政府。
民国和共和国时期.1913年，福建的二次革命失败后，福州军阀争权、政局动荡，各派系军阀先后进驻福州掌握福建省的行政权