辽河以西撤军后，便拒绝执行剩下的撤军计划，而且以《续订旅大租地条约》的条款反对辽河架桥计划，于是关外段只能延长89公里到新民厅；至1904年，关内外铁路的里程达到773公里。
新奉铁路问题.俄军拒绝撤军引发日本的不满，继而引发日俄战争。清廷无力干预，只能被迫将辽河以东划为“交战区”并“宣布中立”。战争期间，日军不仅在交战区外的新民（位于辽河以西）设立新民府军务署并驻军，还修建新民-皇姑屯的铁路（新奉铁路）。虽然中方一再抗议，但仍无济于事。在此期间，日军在新民-皇姑屯间修建铁路并多次