本佛教运作和管理方式，由日本驻韩总督任命寺院的住持。一些亲日僧侣也效仿日本佛教的做法，允许娶妻食肉，后来成立的圆佛教、太古宗就延续了这一新传统。1920年，《寺刹令》经过修订，允许日本政府直接监管朝鲜半岛31个主要佛寺，管理机构总部设在皇阁寺（现为曹溪寺）。直至二战结束，日本殖民当局还将许多朝鲜半岛佛教艺术品运往日本国内，至今南韩和日本仍就它们的返还问题保持着谈判。
现代.
大韩民国.1948年独立后的韩国，其宪法第十二条即规定：「凡国民均有良心信教之自由