1948年5月，任中共中央中原局委员、豫皖苏中央分局书记兼豫皖苏军区政治委员，并兼任华东野战军第三副政委。参与组织淮海战役。1949年2月，任中共安徽省委书记、省政府主席、军区政委，负责后方支援渡江战役。4月，任南京市委副书记、南京市军管会副主任，协助刘伯承进行接管工作。同年6月，成立了中国人民解放军西南服务团，宋任穷任团长，率部经河南、湖南，挺进西南。
建国初期.中华人民共和国成立后，宋任穷任第二野战军第四兵团政委、中共云南省委第一书记，云南省军区政委、西南军区副政委，与陈赓一起