宏基因组（Metagenome，又称宏基因组、环境基因组或生态基因组），这些基因确定了样品微生物群落的组成与功能。研究样品的基因组是认识复杂微生物群落的主要途径。宏基因组学在开发微生物资源多样性、筛选获得新型活性物质、发掘与抗生素抗性、维生素合成及污染物降解相关的蛋白质等方面展示了很大的潜力。
二代定序仪(NGS).454定序技术(2016年,Roche 454系统已退出市场)是2005年美国454生物科学公司推出的DNA定序仪器。运作原理如下，首先将欲定序的DNA片段打成