王之记忆篇（199—224集）。以漫画原有故事为基础，自单行本第七集后开始改编，因为没有了前六集的故事，所以细节上和漫画有所出入，中途因动画追上原作进度，故加插动画原创情节和人物，补足漫画连载量不足期间的缺空。
决斗者王国篇.武藤游戏收到一卷神秘的录影带，这是由千年神器中千年眼的拥有者，同时是战斗怪兽卡的创始人贝卡斯·J·克罗佛多使用黑暗决斗向武藤游戏发出的挑战，由于武藤游戏因时间终止而败北，使得爷爷双六的灵魂被千年眼的力量封印，为了救回灵魂被囚禁的爷爷，武藤游戏前往决斗者王国找贝