8、35FPK10437等4辆车报废除籍。PBK10405受损（已修复），台铁虽然在之前的事件中增加了巡逻次数，但被认为时间过于固定，让人有机可乘。事故列车后来被运往台铁高雄机务段保存证据，以利查明案情。
调查经过.96次莒光号出轨事故发生时，列车上一位越南籍配偶陈氏红琛的不寻常死亡引起检察官注意，而将侦查转往破坏轨道之外的方向进行。事故中丧生的陈氏为台铁知本车站售票员李双全的第三任妻子。由于事故后李双全在自宅附近自杀，令检察官怀疑李双全及其胞兄李泰安可能涉入案情。经由科学鑑定