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核医学和生物学.锝-99m半衰期较短（6.01小时），并释放出容易检测的软γ射线（140千电子伏特），因此在核医学上用于人体示踪剂。截止2000年，含有锝-99m的常见放射性药物有31种，用于大脑、心肌、甲状腺、肺、肝、胆囊、肾、骨骼、血液等器官和肿瘤的造影和功能性研究。锝-95m半衰期稍长，为61天。它也可以用做植物和牲畜等的示踪剂，以及研究锝在环境中的迁移。
工业及化学应用.锝-99是一种纯β辐射源，释放出低能量β粒子。它的半衰期很长，所以辐射变