佛教宗派时，并没有提及三论宗；「三论宗」一词主要是用来说明学习三论之学的旨趣，学习三论的僧侣，通常也会兼习其他书籍，如《续高僧传》说吉藏大师曾「讲三论一百余遍，法华三百余遍，大品、智论、华严、维摩等各数十遍。并着玄疏盛流于世。」三论宗之名，始见于日僧凝然（1240-1321）所作《八宗纲要钞》与《三国佛法传通源起》，在《八宗纲要钞》书中也定下三论宗的传承祖脉。认为印度祖师之血脉以文殊菩萨为高祖，马鸣为次祖，龙树为三祖。龙树有二弟子，分二流，一者由龙树传龙智、清辨、智光、师子光；一者由龙树传提婆、罗睺罗多