有一小段流经保护区（思渠镇暗溪口）。保护区内海拔落差较大，从1400米到300米。河谷切割剧烈，两岸多峭壁，且多分佈有中亚热带常绿阔叶林，适合黑叶猴的生存。为典型的喀斯特地貌。
保护现状.麻阳河国家级自然保护区是全世界最大的黑叶猴栖息地，有76群730只左右，约佔全世界黑叶猴总数的三分之一。保护区根据自然环境以及保护对象的分佈特点，分为核心区、缓冲区、实验区三个部分，核心区面积150.43平方千米，人烟稀少，是黑叶猴的主要活动区域；缓冲区面积150.22平方千米，有少量黑叶猴种群