上层，是内阁总理大臣、副总理、内阁官房长官、内阁官房副长官办公室，4层是阁议室、内阁办公室、特别接待室，这两层职能集中体现爲办公。3层是办事处和玄关大厅，2层是接待厅和贵宾室。1层是记者会见室和记者俱乐部等宣传设施。地下层是危机管理中心。此外地下还有与内阁府厅舍相连的通道，屋顶有直升飞机场。2014年8月，官邸前庭的循环式人工池因设备老化而填平，成了可供直升机使用的绿地。
危机管理中心.现在官邸的地下层设有危机管理中心，自2002年4月16日启用。又称官邸危机管理中心、内阁危机管理