燕京留居半年后，当年秋天得到同意返回的圣旨，1189年春，返回终南山祖庭。1191年冬，由于金章宗限制全真道在陕西的活动，丘处机被迫带领部分弟子回到故乡栖霞。稍后，他将旧宅拓建为太虚观，继续弘扬道法。
掌教时期.1203年刘处玄逝世，丘处机成为全真道第五任掌教。丘处机掌教时间长达二十四年，期间他在政治和社会上积极发挥自己的影响，使全真道的发展进入兴盛时期。金章宗泰和七年（1207年），金章宗和李元妃先后赐额与《玄都宝藏》予栖霞太虚观。 金卫绍王大安三年（1211年），丘