发生洪水，危及拉萨，后来密宗法师杰·贡嘎顿珠到吉曲河边念经祈祷，次日洪水便下降，使拉萨躲过了水灾。当时，帕竹王朝（创建者为大司徒·绛曲坚赞）的萨温·达隆巴为奖赏杰·贡嘎顿珠的治水之功，乃向其颁发封文执照，并且将小昭寺封赐其作修行之所。因杰·贡嘎顿珠原在拉萨河上游的卫堆穷木达的塞哇垄山洞中（今位于墨竹工卡县境内）修习密教，获赐小昭寺之后，便以小昭寺为弘传密法的基地，故更名为“上密院”。杰·贡嘎顿珠生于1419年（藏历第七绕迥之土猪年），家在后藏乃宁地方。自幼赴纳塘寺随杰·贡巴顿珠出家受沙弥戒，学习《释量论