北大学成立后，马步云任校教务长兼商科学长。1912年8月，他任国民党秦支部副支部长。1913年暑假，他受西北大学校长、留日同学钱鸿钧的托付，到日本为西北大学购置仪器和图书，并聘任两名日籍专门教员。1914年6月，袁世凯派陆建章接替张凤翙任陕西都督。其后陆建章以西北大学乃“反袁的机关”为由，于1914年冬逮捕校长钱鸿钧，又于1915年春开学不久撤销西北大学。为此，马步云逃亡上海两年有余，其间翻译了日本经济学家津村秀松的《国民经济学》。1917年7月1日张勋复辟。陕西警备军统领郭坚准备率部经山西讨逆，邀请马