2013年荣获土耳其中东科技大学URAP世界大学排名第441名，在医药领域排名201名，在台湾的大学中排名第4；在农业与环境科学领域排名335名，在台湾的大学中排名第4；在生命科学领域排名271名，在台湾的大学中排名第4。2014年荣获第二期迈向顶尖大学计画之顶尖研究中心补助，设立中医暨针灸研究中心，获得每年1亿元补助自2014年起至2018年止，中国医列为17所顶尖大学之一。2018年于教育部高等教育司的「高等教育深耕计画」中，在一般大学评比下，总共获得2亿226万元补助(包含USR与Globa