失了柬埔寨地理和行政中心的地位，统治中心向南方转移。一些学者认为吴哥的衰落是因为一场大灾难导致的；然而、、大卫·钱德勒等学者认为，这可能与中国同东南亚国家的海上贸易迅速扩张有关。1431年，暹罗阿瑜陀耶王国入侵吴哥，俘虏大量人口，高棉国王博涅亚向南迁都至金边，柬埔寨历史进入了所谓的“黑暗时代”。在黑暗时代初期，高棉仍然有能力同新兴的暹罗争夺资源和贸易，吴哥地区的人口仍然密集，一些建筑也是在此期间被修复的。一种观点认为，在同暹罗的战争中，人口、思想、典籍和制度都从吴哥向阿瑜陀耶转移，经过改造后重新输入柬埔寨，