民国对外贸易发展协会（外贸协会）于菲律宾首都设立马尼拉台湾贸易中心。经济部国际贸易局也在马尼拉设立驻菲律宾代表处经济组。2019年，菲律宾是中华民国第14大贸易伙伴、第21大进口伙伴、第10大出口伙伴。出口至菲律宾的金额为61亿5,658万7,503美元，年减31.156%。自菲律宾进口的金额为21亿1,428万6,831美元，年减15.211%。贸易呈现出超（盈余）40亿4,230万0,672美元，年减37.321%；2018年，菲律宾是中华民国第11大贸易伙伴、第21大进口伙伴、第9大出口伙伴。