年4月20日，刘存厚获将军府授“崇威将军”。1917年（民国6年）7月，刘存厚在三方斗争中取胜，同年12月被北京政府任命为四川督军。后来，在护法运动中，他受到南方政府的孙文支持的四川靖国各军总司令熊克武的攻撃。6月，刘存厚撤退到陕西省宁羌（今陕西省汉中市宁强县）。当时，刘存厚被北京政府任命为第21师师长，在宁羌设临时的四川督军行署，统治陕西省南部。刘存厚的残暴统治激起了当时的陕西督军陈树藩的愤怒。
支配绥定.1920年（民国9年）5月，刘存厚与熊克武捐弃前嫌，联手驱逐四川省内唐