少由河水提供的天然养份，因而需要使用跨国企业提供的人工肥料。然而，这种做法因做成化学品污染而惹来争议。一些灌溉系统较差之下游农地由于尼罗河河水流量减少令海水倒流的关系，因而受到土壤过湿与及盐度增加问题困扰。地中海的渔获亦受水坝影响，地中海东部海域的沙丁鱼和凤尾鱼一向仰赖尼罗河河水带来“淤泥浆”养份，例如硅酸盐和磷酸盐等。当水坝建筑时，该地区的渔获减少近半，直至近年才有回升的迹象。水坝的兴建带来疾病的威胁。由于水坝内有大量蜗牛繁殖，蜗牛携带着小肝吸虫，从人的脚底进入人体，导致了血吸虫病。阿斯旺水坝工程