，作为台湾最高的行政机构，效仿明朝中央官制，设六官；府城分为东安、西安、宋南、镇北四坊，各设首领，管理事务；府之下设二县，承天府以北叫天兴县、以南叫万年县，同时各种民生工作也逐步展开，例如：查户口、报田产、征劳力、纳税银等。郑成功抵台后，在厦门驻防的其子郑经发生婚外情，遭致郑成功的不满，于是郑成功死后，郑成功之弟郑袭在台自立，郑经不干示弱，接受众臣拥立为「世藩」，出兵击败郑袭，入主台湾，史称「郑经克台」。郑经认为永历帝已被吴三桂杀死，台湾日后已无称行都的必要，故改「东都明京」为「东宁」，建都安平镇于热兰