认为应由其子嗣继承皇位，由镰仓幕府调停斡旋下，弘安十年（1287年）后宇多天皇让位给后深草上皇之第二皇子熙仁亲王，是为伏见天皇，建立持明院统。及后正安三年（1301年），后宇多天皇之第一皇子邦治亲王继承后伏见天皇即位，是为后二条天皇、建立龟山天皇子嗣的大觉寺统。两统其后对立，分裂成为南北朝并立时代。后二条天皇在位期间，后宇多上皇执行院政达八年之久。其后在文保二年（1318年）持明院统的花园天皇让位给后宇多上皇之第二皇子尊治亲王，是为后醍醐天皇，后宇多上皇再次执行院政。元亨元年（1321年）院政停止，后宇多上