有额定运米量五千余石，因地形困难，须翻山越岭后再海运，县民负担极大，永祚亲自拜访上级官员，长跪涕泣才获准改为折色。郊外有一座南桥，长二里，常被山洪沖坏，永祚捐出俸禄修筑加固。建小学于城隍庙西，兼祀朱文公，曾聘布衣尹南庸、张仲远为师。升广西太平府养利州知州。养利州常有越南交趾番民犯境，永祚就任知州后整肃而番人不敢再侵犯。升福建兴化府同知。十六年（1643年），升福建兴化府知府。诰授中顺大夫。兴化府境有海盗聚于海中，福建巡抚张肯堂檄令永祚率兵进勦，擒获海盗首领曾旺。仙游县贼寇起，再檄令永祚击破之。