基因组中，U12型内含子的数量极为稀少（只有约700个），在人类内含子中所占比例不到0.5%。剪接体上的snRNA，除了U6 snRNA是由RNA聚合酶Ⅲ（RNA polymerase III）转录而成，其他snRNA都和一般mRNA一样都是由RNA聚合酶Ⅱ（RNA polymerase II）转录生成。U6 snRNA会在细胞核内与其他蛋白质组合成U6 snRNP，而其他snRNA则会先被运输到细胞质中，在细胞质中与其他蛋白质组成snRNPs，之后这些在细胞质中组成的snRNP会以次单位的型态进入细胞