日籍学者遭当时的台湾省政府全数遣返，河田末吉等人亦在遣返名单之中。该年4月，河田末吉等大批日籍教授被集中于基隆的集中营等待船只接驳，并于10日后在台湾大学数十名师生的送别之下，搭乘经青岛、上海等地返回日本。
晚年.河田末吉受二二八事件影响，于1947年5月3日返日，并于其后任职于京都大学工学部应用物理学教室，担任热力学教授。河田末吉在台湾所做的宇宙射线研究，也提供了仁科芳雄等物理学者许多宝贵的数据，并在联合国军最高司令官总司令部（GHQ）的监督之下与东京大学的研究社群合作进行核物理