998年8月至9月，在九八抗洪中，董万瑞奉南京军区命令，担任南京军区九江抗洪前线总指挥，是取得九江抗洪胜利的主要功臣之一。董万瑞的儿子董三榕时任陆军第三十一集团军某部少尉排长，当时与父亲在同一个大堤上抗洪抢险，被传为佳话。董万瑞还是军事题材电视剧《DA师》的总顾问。2017年2月9日，董万瑞在南京病逝，享年75岁。