有严重争议，最后国民党提名时任县党部主委的张正雄，而民进党则提名林中礼，结果以无党籍身分参选的张荣味因得到总统府奥援而高票当选。2001年县长选举时，获国民党提名的张荣味以六成余票数成功连任，打败民进党提名、时任国民大会代表的林树山。2003年底，宋楚瑜有次路经云林，并向已回复无党籍身分的张荣味下跪，为云林的预算被政府删除一事道歉。当时张尚未决定是否于2004年总统大选支持连宋，因有传言指出，若张支持国民党，陈水扁政府即会彻查他的弊案，最后张选择替连宋辅选，然而总统大选时云林县仍是绿营得票较多。在200