1998年12月19日发动空袭以支援「沙漠之狐行动」和「南方守望行动」，空袭一直持续到1999年3月。1999年7月，卡尔文森号在（Puget Sound Naval Shipyard）进行为期11个月的干坞维修。趁着这次大修之际美国海军投入了2亿3千万美元升级舰上的设备，而改装后的暖车试航则一直持续到2000年时才告一段落。
2000年代.2001年1月到6月，卡尔文森号为准备执行第12次的海外部署，接受了严格的训练，2001年7月23日它驶离佈雷默顿军港前往波斯湾以支援「南方守