。庆应元年（1865年）11月，作为长州征讨的先锋补给的护卫，进军安艺国，翌年9月才重返大垣。鸟羽伏见之战爆发后，原本是幕府军的大垣藩，在以铁心为中心讨论后决定勤王，获任命为东山道镇抚先锋，成功攻佔了会津若松城。战后获赐予3万石。1871年7月14日，废藩置县，大垣藩改组为大垣县后不久于同年11月22日併入至岐阜县。
领地.根据明治初年的《》，大垣藩的领地如下，由于相给的关系，下列的领地并不一定全部区域皆由淀藩管治，也有天领、他藩领、或旗本领等共同管治的可能性。另外，大垣藩也领有幕