派人围住首辅叶向高的宅院大肆搜捕，派很多宦官围住叶向高府邸鼓噪，“中官围阁臣第，二百年来所无”，叶向高眼见朝政不可为，遂请辞二十余次，于同年七月致仕。天启七年（1627年）四、五月间，叶向高、曹学佺和艾儒略三人进行了两天的讨论，叶曹站在儒家立场，对天主教这种舶来信仰提出疑问，艾儒略则一一作答，史称“三山论学”。六月，叶向高回到家乡，八月二十九日病逝，享寿六十九岁。崇祯元年（1628年）明思宗即位，在诛杀魏忠贤后，追赠叶向高为太师，谥文忠。
成就和着作.叶向高工书法，尤专精草书。