边境禁区内亦不可以任何方式来往两地。如要在不离开边境禁区的原则下来往两地，必需持有禁区通行证（俗称禁区纸）。落马洲站为东铁线唯一一个在元朗区以及新界西的车站，也是香港铁路系统中，最后一个通车时没有装设月台闸门或幕门的车站。之后从康城站起，全部均装设月台闸门或幕门。此站亦是九铁最「短命」的车站。因为启用不足4个月后即遇上两铁合併，成为港铁一部分。落马洲支线试车时，部分从尖东站开出，以上水为总站的列车，在离开上水站后改经落马洲支线前往落马洲站；现时列车则会行驶红磡至上水各站，再以轮流的方式前往落马洲站或