昌谷到达重庆后，何成濬拒绝签字，通缉令未能撤销，故黄昌谷未能任职。1941年冬，黄昌谷再赴广州任国立中山大学教授，后任国立中山大学工学院院长，自此终身从教。1949年，黄昌谷同妻子谢氏等家属赴澳门定居。1951年7月，应中国国民党中央党部第三组主任郑彦棻的敦促，黄昌谷赴台湾。来到台湾后，黄昌谷任政工干部学校教授、中国国民党中央警官学校国父遗教讲师，并应聘为教育部特约编纂。黄昌谷任教育部特约编纂时，创办国父遗教出版社，自任社长。黄昌谷编着，国父遗教出版社出版的图书有《国父遗教丛书》、《三民主义与五权宪法》