俄罗斯联邦时期.1991年12月，苏联解体，阿尔法特种部队被俄罗斯联邦接管。阿尔法特种部队被俄罗斯总统叶利钦调入总统警卫局。在1993年俄罗斯宪政危机中，阿尔法特种部队拒绝了叶利钦的攻入白宫去捉拿俄罗斯副总统鲁茨科伊和俄罗斯最高苏维埃主席哈斯布拉托夫的命令。1993年年底，阿尔法特种部队被从总统警卫局调入联邦反间谍局。1995年联邦反间谍局被改组为联邦安全局，阿尔法特种部队一直隶属于联邦安全局至今。同时，退役的阿尔法小组干员有的活跃在组织犯罪份子经营的合法企业（如：私人保安公司）