斯特凡只好回巴伐利亚于1294年夏天与他兄弟奥托三世及路易三世共同统治下巴伐利亚。当长兄奥托三世在匈牙利担任国王而不在巴伐利亚期间（1305年-1308年），斯特凡独自统治下巴伐利亚。斯特凡一世是哈布斯堡王朝的反对者，最后他于1310年在与奥地利公爵腓特烈一世的战争时，因瘟疫而去世。斯特凡一世被安葬在兰茨胡特附近的中。
家庭.斯特凡一世于1299年与和希维德尼察的尤塔结婚。尤塔的外祖父母是勃兰登堡-萨尔兹维德尔藩侯奥托五世和亨嫩贝格的尤塔。 他们一共有八名孩子：