10月，休斯少将任美国作战舰队总司令，同时晋升为上将。1926年9月升任美国舰队总司令，1927年11月，休斯上将接替爱德华·艾伯尔上将担任美国海军作战部长。在其任内，美国海军完成了两艘舰队航舰，即莱克辛顿号（USS Lexington，CV-2）与萨拉托加号。但由于对美国国会批准伦敦海军条约表达不满，以及健康因素，于是于1930年9月11日辞去海军作战部长一职，回复少将阶，并于10月14日退休。
退休与荣誉.休斯将军退休后住在马里兰州查维蔡司（Chevy Chase），1934年