楼上所祀妈祖移祀庙堂；1906年（明治三十九年），因大地震庙宇倾毁，震后为了重整嘉义市区和开辟新道路（今中正路）而拆除庙宇，并迁移至现址(旧名新店尾)，由筹建之顺安宫捐献庙地，合建木造庙宇，奉祀顺安、温陵妈祖、。朝天宫本由民政厅列为三级古蹟的古庙，在皇民化运动期间嘉义市大举废庙除神，所有寺庙财产统归入财团法人嘉义市济美会所有，全部神像寄奉至城隍庙，而开基妈祖暂祀弥陀寺，其庙地因先人护产得法，未被征收，惟庙宇被卖给商人作为仓库，1945年（昭和二十年），又遭美军轰炸，战后，免费周章，顺利收回土地重建庙宇。