日本佔领经验上的不同，为日后的印尼独立战争造成很大的影响。日军也提供印尼青年武器，给予军事训练，其中还组成了志愿性质的乡土防卫义勇军（）。最初乡土防卫义勇军的成立目的，在于动员当地人以支援日军，但最后成为了印尼共和国在1945年到1949年的印度尼西亚独立革命中的核心势力，许多义勇军成员加入了1945年创立的印度尼西亚国民军。1945年4月29日，日军创设了独立准备调查会（），讨论印尼独立的准备和各种相关问题。由第16军司令官原田熊吉于爪哇创立。对于印尼独立后的政体问题和方向进行了许多讨论。Se