率部在河北南部香城固设伏，与日军第十师团交战。此后，继续在冀南地区作战至年底。1940年，太岳军区成立，王新亭任军区政治委员。1940年5月5日，太岳军区部队协同太行军区部队发起白晋战役，歼灭日军350余人。7月9日，奉命反击阎锡山军陈长捷。9月，参与百团大战，奉命率部强攻榆社县城，全歼守军。1941年，军队整编，王新亭担任太岳纵队政治部主任。1942年初，王新亭率南进支队到中条山区开辟抗日根据地。1944年，任太岳军区副政委兼政治部主任。
第二次国共内战时期.抗战胜利后，王新亭任