仲景归附元颢，平原相辛子馥却不接受元颢的赦免，元仲景将辛子馥拘捕，并拘禁了辛子馥的家人。元仲景之后兼任御史中尉，京城秩序井然。元仲景每次去御史台，总是用红色的牛驾车，当时的人称他是“赤牛中尉”。太昌初年，元仲景出任河南尹，遵守法度公正无私。当时吏部尚书樊子鹄的部下非常放肆，又有盗窃行为。元仲景暗中进行收捕，将他们全部抓了起来，都立即进行处决，于是豪强权贵们为之胆寒。太昌元年九月甲寅（532年11月6日），车骑大将军、河南尹元仲景升任骠骑大将军、仪同三司。魏孝武帝元修即将西入关中时，任命元仲景出任中军大都督，