穆斯林在陆家嘴西北侧吴家厅、烂泥渡（东昌路）一带集资修建3间平房，其中1间用作礼拜室。1939年11月，清真寺正式建成。1947年4月，清真寺在附近重建。文化大革命期间，清真寺被用作学校。1985年6月，清真寺恢复宗教功能并重新开放。1995年，由于浦东开发开放，浦东清真寺打算异地搬迁。1999年3月28日，搬迁至源深路的清真寺建成。