祯三年（1630年），置叙永善后厅，仍隶叙州府。八年，改为叙永军粮厅。清顺治十六年（1659年），立总兵镇守。康熙元年（1662年），设分巡永宁道，驻叙永。永宁卫改隶贵州威宁府。六年，改叙永军粮厅为叙永管粮厅，裁分巡永宁道。二十六年，改永宁卫、普市所为永宁县，仍隶贵州威宁府，并将赤水卫併入贵州毕节县。雍正五年（1727年），永宁县改隶四川叙州府。八年（1730年），升叙永管粮厅为叙永直隶厅，辖永宁县，隶四川省。