999年至2000年，马鲁古省首府安汶爆发穆斯林和基督徒的宗教冲突，并蔓延至整个马鲁古群岛。哈马黑拉岛数千人于宗教冲突中丧生。2000年6月，一艘渡轮自哈马黑拉运送难民前往苏拉威西岛东北时沉没，约五百人丧生。1999年，哈马黑拉岛从马鲁古省分出，与特尔纳特市共组北马鲁古省，特尔纳特为省首府，也是最靠近哈马黑拉的大城市，前往印尼各地的许多航线经由该市。贾伊洛洛为哈马黑拉岛上的最大城市。
矿产.哈马黑拉是许多矿产项目所在地。澳大利亚Newcrest Mining公司为本岛两个金矿的