岗西崇礼街（今尚书巷）建成中国第四座天主教堂，他在城西罗寺转湾的住址后来也成为着名的天主教堂——石鼓路天主教堂。这些活动使南京成为中国天主教史上最重要的传教中心之一。
长住北京.1600年（万历二十八年）5月18日，利玛窦带着庞迪我神父和准备好献给皇帝的礼物再度赴京，并于1601年（万历二十九年）1月24日抵达北京。进呈自鸣钟、《圣经》、《坤舆万国全图》、大西洋琴等方物，得明神宗信任。同年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京。但中国的朝廷根本没有注意到，利玛窦长住北京的目的是为了传播