留任，任职期间又爆发高雄捷运外劳暴动事件。担任阁揆期间，曾接受2100全民开讲的访问。2005年12月的县市长选举，民进党失去了长期执政的三个县市，被视为台湾人对政府的不信任。2006年1月17日，谢长廷辞去阁揆一职，随即以朝野资深研究员的身份，到美国哈佛大学甘迺迪学院进修。3月7日，谢长廷卸任阁揆后离台前往美国哈佛大学甘乃迪学院担任研究员。2006年8月，由民进党前主席施明德号召的百万人民倒扁运动在台北市发起，许多民众走上街头要求陈水扁总统应为国务机要费案、其亲信及家人相关的诸多弊案负责，并主动下台。