在100度的沸水中以杀菌消毒，并保持在摄氏40度放置一日，稻草上常见的枯草桿菌（）因可产生芽孢而耐热度高，杀菌过程不受破坏，高温培养速度快也能抑制其他菌种，并使黄豆发酵后产生黏稠的丝状物，这种黏稠外观主要来自成分中的谷氨酸，被认为是纳豆美味的来源。有麴的味噌制作时须维持低温，纳豆的发酵则需要较高的温度。二十世纪后期高品质稻草取得不易，多已改用保丽龙或纸制容器盛装贩售。因此现代的制作方式，是利用蒸过的黄豆加上人工培养出的纳豆菌混合后，直接放在容器中使之发酵，黄豆以外之某些食品亦能制成纳豆。而制作清酒时