对情节几无影响。和系列前作不同的是，主人公在游戏中没有伙伴；不过多人模式可让至多四名玩家合作游戏，每名玩家的画面都会显示全部角色。多人模式仅能通过本地WiFi连接，且纪录在主人玩家的游戏中保存。和更标准的动作角色扮演游戏系列前作不同，《玛娜之子》是迷宫探索游戏，操作时间大多花费在指定场所而非开放世界的地图。玩家在世界地图上选择前去的场所。各个区域的首要目标是清理迷宫中的怪物。每个迷宫都划分为多个随机生成的楼层，前往下一层必须找到光之水滴，并将之放到发亮的传送点光之泉。玩家只有完成之前的迷宫，才能来到最终