以上功能区的异常达至2个或更差的标准差。四位诊断代码进一步说明了中央神经系统受损的程度：
结构性破坏.脑部的结构性破坏是可见的，孕期酒精暴露会对脑部或其结构造成物理性破坏。结构性异常包括头小畸形，或其他脑部结构异常，如胼胝体的发育不良、小脑发育不全。确定头小畸形是要以头圆周，即前额脑区底部圆周，来与适当的生长表作出比较。其他结构性缺陷可以透过成像技术来观察。由于成像过程昂贵及相对地较难接近，胎儿酒精综合症很少会以非头小畸形的结构性缺陷来诊断。因孕期酒精暴露而造成中枢神经系统