由于东林党人指责朝政“奸臣”，触动当时的专权阉党的魏忠贤，魏忠贤借“梃击、红丸、移宫”等明末三案为由，唆使其党羽造《东林党点将录》做为打击东林党的书籍，天启五年（1625年），明熹宗下诏，烧毁全国书院，东林书院被毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等东林六君子遭到杀害或被迫自尽。天启六年（1626年）高攀龙、周起元、黄尊素等东林七贤遭到杀害或被迫自尽，天启七年（1627年），崇祯帝（思宗）即位，崇祯有鑑于天启年间魏忠贤阉党的恶政，逼杀魏忠贤，贬斥了大量阉党官僚，魏忠贤被迫自杀，东林党余人才免遭魏忠贤的打击。