历八年（1580年）怀安县被撤销，并入侯官县，自此府署驻闽县、候官县。府直属县：闽县、候官县、长乐县、福清县、连江县、罗源县、古田县、闽清县、永福县、怀安县
兴化府.元朝兴化府为兴化路。洪武元年（1368年）兴化路被改置为兴化府，二年（1369年）属行省。府署驻莆田县。府直属县：莆田县、仙游县、兴化县
建宁府.元朝建宁府为建宁路。洪武元年（1368年）建宁路被改置为建宁府，二年（1369年）属行省。府署驻建安县、瓯宁县。府直属县：建安县、瓯宁县