得44席，虽然自民党获103席，维持参院第一大党地位，他其后宣布辞任首相及自民党总裁职务。2000年12月，第二次森内阁时，他被任命为沖绳开发厅长官兼行政改革担当大臣，再次加入内阁。2001年，由于省厅再编，退任沖绳开发厅长官，就任被新设的沖绳及北方对策担当大臣。同年4月1日，兼任规制改革担当大臣。2001年4月，他与小泉纯一郎竞选自民党总裁失败，未能再次出任首相。2004年，因为卷入收受日本牙医联盟的1亿日元政治献金的疑云而被迫辞去桥本派会长职务。他决定不参加2005年日本大选，退出政坛，由次子桥