总兵满桂及宣府总兵侯世禄陆续抵达京城，“兵以十四、五万计，马以四、五万计，所费金钱日以万余计。”崇祯帝一日一夜数十道圣旨下达，毕自严“奏答无滞，不敢安窍，头目臃肿。”事后被授为太子太保。崇祯六年（1633年），华亭（今上海吴淞江）知县郑友玄通过考选升任为御史，已经被任命。崇祯帝发现郑友玄钱粮未缴完，仍得以参与考选。于是毕自严入狱，熊开元、郑友玄俱谪，经御史李若谠、给事中吴甘来等人营救，以原官放归。崇祯十一年卒，享年七十岁。着有《度支奏议》、《石隐园藏稿》等。
遗迹.今有毕自严故居位