。康熙二十年（1681年），康熙帝亲自召见，赐予他白银千两、御马一匹，亲自赋诗一首表彰其廉能，并称赞他为「清官第一」。康熙二十一年（1682年），于成龙升任两江总督，升官前，将通州知州小于成龙提拔为江宁知府。任职总督之初仅辖江南两省，江西总督由董卫国担任，据悉于出任两江总督的消息传出，南京布价急速上涨，“金陵阖城尽换布衣。即婚嫁无敢用音乐，士大夫减驱从，至有惊恐喘卧不能出户者，……奸人猾胥各鸟兽窜”。康熙二十三年（1684年），于成龙逝于两江总督任上，南京当地百姓闻讯后，「士民男女无少长，皆巷哭