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车站构造.利别车站属于1面2线、岛式月台的无人地面车站。位于车站大楼旁的1号线供上行（幕别、带广、泷川方向）列车、2号线则供下行（池田、浦幌、钏路方向）列车行驶。在特殊情况下，2号线亦可以让上行列车行驶。往泷川方向设置平交道。
车站周边.车站南侧为利别市区及住宅。而北侧主要是田地。