照其遗嘱，其身后大约七百万美元（按购买力折算，相当于2006年的16亿美元）的遗产被分成均等的两份，分别捐赠给以其名字命名的约翰斯·霍普金斯大学和约翰斯·霍普金斯医院。这在当时的美国是有史以来最大的一笔慈善捐赠。创始人希望摒弃美式学院的陈规旧制，仿照威廉·洪堡等人所倡导的以柏林洪堡大学为代表的德国大学模式，打造一所专注于扩展知识、研究生教育和鼓励研究风气的新式研究型大学。大学的目标为：“鼓励研究以及独立学者的进步，使得他们可以通过自己精湛的学识推动他们所追求的科学以及所生活的社会前进。”大学的拉丁文校训