微子的假说之后不久，他出现严重的神经衰弱症。泡利拜访了与他同样住在苏黎世附近的心理医生卡尔·荣格。荣格开始深层分析泡利的原型梦。泡利成为荣格的最优秀学生。可是很快地，他开始使用科学方法批评荣格理论中的认识论问题，他的评论一定程度影响了后世的思想，尤其是共时性的观念。荣格与泡利之间的许多讨论都纪录在两人的通信中，这些信后来被出版为着作《原子与原型》。荣格对于泡利的400多个梦的详细分析全都记录在着作《心理学和炼金术》。1934年，泡利与Franziska Bertram再婚，这次婚姻一直持续到他逝世。