制作无机，有机分子模型，原子轨域与分子轨域模型，金属晶体与离子晶体模型，也有分不同用途的套件。此种模型也可以制作空间填充模型。
例子.例如要制作一个乙烷分子模型，由于套件已经在正确角度处刻上卡榫的洞，因此只需取四价碳模型和一价氢模型用化学键模型连结起来即可，不须要额外计算其键角，缺点是，化学键只有一种长度，因此无法作出更接近实际情形的模型，特别的，对于水分子模型，其氧原子模型的角度有特别设计为约105度，因此可以制作出较接近实际状况的三维水分子模型。
配色