1945年，蒋经国移交专员职务。1945年3月9日，青年远征军政治部主任蒋经国，由青年军第二〇一师师长戴之奇陪同，抵四川铜梁视察青年军，对训练情形颇表满意。4月1日，蒋介石任蒋经国为青年远征军编练总监部政治部主任，胡轨为副主任。4月，蒋经国合家于耶稣复活节接受洗礼，由毕范宇牧师施洗。蒋经国被任命为三民主义青年团组训处处长以及青年军编练总监部政治部主任，这些组织过去都是由蒋中正所控制的中国国民党辖下团体。1946年2月，军事委员会设立青年军复员委员会，以陈诚为主任委员，蒋经国任副主任委员，以研青