978年5月，从国务院侨务办公室分拆成立国务院港澳事务办公室，中共港澳工委不再由中共广东省委领导，改由中央直接领导。改革开放初期，中共港澳工委在推动对外开放工作中发挥了独特作用。例如1981年5月27日至6月14日，国务院在北京召开广东、福建两省和经济特区工作会议，与会的有广东、福建两省和经济特区的负责人，国务院有关部委和直属机构、港澳工委的负责人，会议由国务院副总理谷牧主持，检查总结贯彻执行中发〔1979〕50号、中发〔1980〕41号文件的情况和经验，讨论广东、福建两省对外经济活动实行特殊政策、灵活