史料移到赤崁楼旁的蓬壶书院，预定于4月1日重新开放展览，却由于3月1日的台南大空袭导致该馆馆舍与馆南楼房内的史料被毁，该计划遂告吹。此外在1944年时，石旸睢曾受聘为台南高等工业学校（今成功大学）建筑科的「台湾古代建筑」之顾问。1945年8月15日日本投降后，为维护历史馆剩余史料，石旸睢搬进蓬壶书院内一间陋房，号之为「思无邪斋」。同年10月25日台南市政府成立后，石旸睢成为「台南市立历史馆」管理员，而由于原历史馆馆舍已毁，遂在隔年以赤崁楼为历史馆馆舍，在5月1日时开放展览。1951年4月，台南市史料编纂