杀后，多数秀次的妻妾也被杀害，幸赖辉政协助之下，让妹妹若御前（秀次的正室）免于一死。秀吉死后，辉政从属于德川方面，与福岛正则及加藤清正等武断派诸将共同行动，而与文治派的石田三成对立，并参与石田三成袭撃事件。1600年时和福岛正则围攻织田秀信的岐阜城，为关原之战的前哨战，关原之战的本战，阻挡了毛利秀元及吉川广家等位于南宫山的西军行军路线。战后成为播磨姬路藩52万石的大名，仅次于结城秀康、蒲生秀行、松平忠吉等3人。辉政自庆长6年（1601年）至庆长14年（1609年）期间，大幅改建姬路城。庆长11年（160