物及在1970年于长洲东南部发现的长洲石刻，可推断至少在三千年以前已有先民到达长洲。与香港其他地方的史前石刻一样，长洲石刻可能与先民祭祀天气和祈求风平浪静有关。由于缺乏史料记载，长洲早期的历史今已不可考究。明朝期间，长洲已经发展成为渔船集散的地方；至清朝干隆时发展成为墟市。长洲本为广东省宝安县（旧称新安县）所管辖，然而长洲地处偏僻，朝廷鞭长莫及，难于治理，因此干隆年间，广东布政司向当地黄姓大户发出《承垦长洲田莆执照》，将长洲中部土地归黄家所有，并代为管理，当中一半税收须上缴朝廷。长洲在干隆年间得到很