着提高巯嘌呤对炎症性肠病无应答者（即对治疗无反应）的疗效，并且相对于增加糖皮质激素用量的方法来说更加安全。作为一种免疫抑制剂，巯嘌呤会减弱免疫系统抵抗感染的能力。接受治疗的患者在接种疫苗时必须经过主治医生批准，并且禁止注射活疫苗（如轮状病毒疫苗、嵴髓灰质炎疫苗）；最近注射疫苗的患者则应避免使用此药。一般来说，医生不推荐怀孕时使用巯嘌呤，因为研究证实使用巯嘌呤（或类似的硫唑嘌呤）的孕妇的胎儿异常率与流产率分别是正常人的7倍和20倍。 但不同于有同样效果的甲氨蝶呤，巯嘌呤并不是一种有效的堕胎药；1999