三峡库区、荆江大堤等地实地考察。调查组召开了400多名专家、学者，全国以及地方政协委员参加的40余次座谈会。调查组做出六份《三峡工程问题调查报告》。从投资、防洪、泥沙淤积、航运、发电、移民、安全七个方面提出反对意见，得出“三峡工程近期不能上，至少‘七五、八五’期间不该上”的结论。根据此次调查结果，孙越崎不顾中央是否已作决定，也不顾高层权威的拍板，坚决主张长江流域的水利开发应从上游着手，而不应急于上马三峡工程。孙越崎在全国政协举行的会议及国务院召开的论证会上，多次直言不讳，并为此亲自撰写了长达3万字的意见书。