1926年1月，蒋介石辞去该军军长职，何应钦继任军长，王柏龄任副军长，蒋伯诚任参谋长，周恩来任政治部主任。此时，该军下辖第一、第二、第三师编制不变；独立第二师改编为第十四师，教导师改编为第二十师。钱大钧接任第一师师长。2月26日，第二师师长王懋功免职，由刘峙接任。不久钱大钧与王柏龄职务对调。3月，蒋介石通过「中山舰」事件逼迫中国共产党员退出国民革命军第一军，邓演达接任政治部主任。1926年7月，国民政府在两广实行统一后，为统一其他各省，决定出师北伐。其中，以第三、第十四、第二十师等部，由军长何应钦率领留