2年（1683年）12月13日，黑龙江左岸瑷珲旧城设置黑龙江将军衙门，康熙24年（1685年）在黑龙江右岸新设瑷珲城，康熙29年（1690年）在墨尔根（现在的嫩江县）设置瑷珲新城，管辖着现在的黑河市整个地区。宣统元年（1909年）设瑷珲兵备道，同年设瑷珲直隶厅和黑河府。
聚落史.黑河市原为瑷珲北部的大、小黑河屯（江南海兰泡，克克列依），俄罗斯占领黑龙江北岸海兰泡后，黑河屯逐渐发展成贸易重镇黑河镇。1900年沙俄焚毁瑷珲新城后，黑河镇取代瑷珲成为当地中心。1909年设立黑河府。中华