玉均流放小笠原群岛，后又监禁于北海道札幌；而金玉均也不再信赖日本，并且有意转与清朝合作。1894年金玉均应李鸿章养子李经方之邀与李鸿章在上海会面，被朝鲜刺客洪钟宇于3月28日在前往上海的轮船上刺杀，死后尸体于4月12日被大清国引渡回朝鲜，在汉城杨花津被以凌迟之刑戮尸。而金玉均之死也导致大清国与日本的关系恶化。后来犬养毅等人于东京青山墓园为金玉均设立衣冠冢。
评价.朝鲜历史学家一般将他称作『亲日派』，因为他试图引日本人的势力推翻当时的朝鲜政权。同时他企图从日本明治维新的模式寻求改