以专制残酷的方式统治。他丢失了提比略在东部夺回的土地，并向教宗施加压力，让他接受自己的教义见解；查士丁尼还加强了皇帝作为绝对君主的地位，使拜占庭帝国更加与它最初的体制不同。但不久之后，他就面临着贵族菲利皮科斯领导的叛乱。查士丁尼二世和他的儿子兼共治皇帝提比略（706年－711年在位）一起被捕并处决，赫拉克利乌斯（希拉克略）王朝的血脉彻底断绝。
菲利皮科斯·巴尔达奈斯（711年－713年）.菲利皮科斯的政治叛乱成功后，在宗教上也发起了“叛乱”，他废黜了普世牧首居鲁士，重新推行基督一志