大学在1989年成为嘉义县第一所大学。2000年创立的国立嘉义大学，系由位于民雄乡的国立嘉义师范学院（1957年创建时为台湾省立嘉义师范学校）及位于嘉义市的国立嘉义技术学院（1919年创建时为台湾总督府嘉义农林学校）两校整合成立。其他还有吴凤科技大学、南华大学和稻江科技暨管理学院。1996年以来，高等教育机构渐有设置分校区的做法，该县陆续设立三个不同规模的分校区，最早是1998年启用的国立台湾体育学院（2008年与国立体育学院合併成国立台湾体育大学，2009年併校失败后改回原名，2011年改名国立台湾体育运