与许多生物学术语一样，术语“蛋白质家族”的使用在一定程度上取决于上下文。 它可能表示具有尽可能低的可检测序列相似性水平的大群的蛋白质，或者表示具有几乎相同的序列，功能和三维结构的非常狭窄的蛋白质群，或介于两者之间的任何群。 为了区分这些情况，术语“蛋白质超家族”通常用于远距离相关的蛋白质，这些蛋白质的相关性无法通过序列相似性检测到，而只能通过共享的结构特征来检测。这些年来，诸如蛋白质类别（class），组别（group），氏族（clan），和亚家族（sub-family）之类的其他术语也被创造出来了，但是