高龄的文彦博出任平章军国重事，五年，以太师充护国军、山南西道节度使等使复致仕。
逝世及身后.绍圣四年（1097年），章惇秉政，云文彦博与司马光曾反对王安石变法，降为太子太保。而就在这一年的五月丁巳日，文彦博去世，享寿九十岁。狄青曾问文彦博朝廷外放自己的原因，文答：“无他，朝廷疑尔。”历代名将毁于“不知进退”四字的，不知多少。狄青的委屈，不能简单地以“重文抑武”或“文武不相能”来解答。。宋徽宗崇宁（1102——1106年）间，蔡京为右相，将文彦博、吕公着、司马光等人称为“元祐