丰臣秀吉在世时，有意立后阳成的长子良仁亲王为后阳成天皇的后继者，关原之战后，后阳成废了良仁亲王的继承权，并有意传位给弟弟八条宫智仁亲王，后来因为德川氏以智仁曾为丰臣秀吉的养子而反对才拥立后水尾天皇为后继者，为此后水尾天皇与后阳成天皇父子长期不和。据説德川家康因爲顾忌后阳成天皇和丰臣秀吉的关系，所以逼退天皇，让亲近德川家的政仁亲王继位。后阳成天皇于庆长十六年（1611年）借幕府干涉朝廷处分女官（官女）与公卿私通的处分为由。让位给第三皇子政仁亲王，1617年（元和三年九月二十五日）病逝，享年四十七岁，安葬