本统治，爆发乙未战争。6月4日傍晚，台湾民主国总统唐景崧化妆成老妇逃出台北，刘永福继任台湾民主国总统。日军挟现代化武器，击败各地反抗军南下。乙未战争末期，日军的主力部队近卫师团由台北南下，而增援的部队，分从嘉义布袋、屏东（旧称阿猴）枋寮登陆，攻向当时台湾民主国的最后的大本营台南。1895年7月下旬，巴克礼并由夫人陪同，前往厦门。8月4日，去日本休养。10月12日，巴克礼由厦门回到台南府，那时台南城尚称平静，由黑旗军首领刘永福控制。此时民众获悉基督徒中有日本人潜伏，引发众怒，多处有搜捕基督徒的情形，10月