七年（1802年）时，监生翁峻和生员陈应机等人予以重修，这次除整修韩文公祠外，并于庙后添置了会馆以供潮州人往来台湾与中国大陆，另外也又买了六间店屋，将租金收入作为祭祀费用。此后在道光二十二年（1842年）、咸丰十年（1860年）、同治三年（1864年）与光绪十三年（1887年）时又陆续有整修过。日治时期的1899年4月9日，总督府在此设置「台南师范学校」。1918年，该校扩编改制成「台湾总督府国语学校设立台南分校」，并迁到赤崁楼。之后庙产遭到盗卖，韩文公祠与天后圣母祠沦为肥料仓库，后殿则变成线香制造及木