2003年离任前夕，时任法国总统希拉克破例在总统府爱丽舍宫接受吴建民辞行并亲自授予其法国荣誉勋位团大军官勋章，这是仅次于法国总统授予外国元首的十字勋章的全法最高表彰奖，授予一位离任大使是破天荒第一次。2003年，担任全国政协外事委员会副主任，并出任外交学院院长，在外交学院开设交流学课程并担任主讲人之一，着有《交流学十四讲》。2003年12月12日，在国际展览局第134次全体代表大会上当选为国际展览局主席，是为第一位担任该职务的亚洲人。2005年3月，担任全国政协副秘书长兼新闻发言人。2005年12月1日