位处数个板块的的交界和环太平洋火山带之上，火山活动十分活跃，日本在历史上曾多次发生地震和海啸等灾难。20世纪以来，在日本造成重大损失的大地震有1923年导致超过10万人死亡的关东大地震、1995年的坂神淡路大地震和2011年引发海啸和福岛核事故的东北地方太平洋地震。在沿海地区，地震之后引发的海啸常带来远超过地震的影响，英语中的海啸一词就是来自于日语中的「津波」（）。除了地震和海啸之外，火山亦经常在日本引发灾害。近年日本较为活跃的火山有有珠山、浅间山、三宅岛、阿苏山和樱岛等。日本其他的主要自然灾害还有山体滑坡