干线北上发车的部份移至六块厝车站附近，规划为屏东新站与车辆基地，并与计划中的高铁屏东站共站。但经行政院评估离屏东车站有一站之隔，花费虽鉅但便利性与意义不大，经检讨后，将屏东新站与车辆基地採个案方式报请核准，更名为「高雄－潮州铁路捷运化建设计划」，将屏东至潮州段纳入台铁捷运化范围，以密集列车班次接驳旅客至新左营车站转乘台湾高铁。初步计画是除高架车站及铁路桥外，沿线採立体交叉，新建陆桥、地下道及封闭平交道的方式进行，达到消除平交道的目的，2006年时任行政院院长苏贞昌认为路线高低差太大，改为全线高架化的方式