政府特赦了第一批“改恶从善”的先进分子（包括杜聿明、王耀武、宋希濂、杨伯涛、郑庭笈、邱行湘等十人）。1960年春，剩余的战犯被转移到新建的秦城监狱，秦城监狱的设施比功德林更好，每层楼甚至都有洗衣机。如今，功德林路已成为新康路。功德林监狱的原址成了北京市公安局治安管理总队大楼及周边住宅楼的所在地。在住宅楼中间尚存功德林监狱的一座角楼。