台厦道梁文科捐俸助建，据《台湾县志》所收之〈新建龙王庙碑记〉，该庙是由东安坊二王庙旧址改建而来，动工自康熙五十五年（1716年）九月，落成于该年十一月。之后该庙曾在干隆四年（1739年）由台湾府知府刘良壁重修，干隆四十三年（1778年）由台湾府知府蒋元枢重修。1895年，清朝与日本签订马关条约，台湾割让。日治之后，该庙遭官方征用并拆除，后在原址兴建台南警察署、2018年成为美术馆1馆；四海龙王神像则移祀大天后宫。