德里亚再度成为总统。但是，关于欺诈的广泛指控促使秘鲁军方撤职普拉多并成立了由里卡多·佩雷斯·戈多伊领导的军政府。戈多伊管理着一个短暂的过渡政府并于1963年举行了新选举，贝朗德以较为缓和但仍微弱的5％优势获胜。在1960年代的整个拉丁美洲，受到古巴革命启发的共产主义运动试图通过游击战赢得权力。（MIR）于1965年发动了一次失败的武装起事，但是秘鲁的内部冲突仍会升级直到1990年代的高潮。军方在秘鲁历史上一直举足轻重。政变屡次打断了民宪政府。最近一次军政府时期开始于1968年，胡安·贝拉斯科·阿