中国书法家协会主席启功为该馆题写馆名“广饶博物馆”。1991年9月，该馆因馆舍翻建，临时迁入广饶县档案局办公。10月，该馆除关帝庙大殿及民国门之外的所有建筑拆除，新馆（孙武祠）开建。1993年5月，东营市历史博物馆以广饶县博物馆为基础建立，为副县级事业单位，隶属于东营市文化局。东营市历史博物馆、广饶县博物馆、广饶县孙子研究中心办公室以“一个机构三块牌子”的方式管理。8月，新馆主体工程竣工。1994年4月22日，举办孙武祠暨东营市历史博物馆落成典礼，东营市历史博物馆正式开馆。1998年，由市财政拨款兴建文