族群遗传学上的原理是类似的，但对分子演化的影响不尽相同，因为不同功能的基因常有不同的分佈，例如性征的基因常分佈在性染色体上，因此性选择也较常影响性染色体的演化。选择可以作用在基因而非个体的层级，即使降低个体的适应度，自私DNA仍然可以演化，造成基因组内部冲突。例子包括跳跃子、减数分裂驱动者（meiotic drivers）、杀手X染色体（killer X chromosomes）、自私粒线体（selfish mitochondria）、自我复制内含子 （self-propagating introns）