他支持印度加入第一次世界大战。1916年他成为穆斯林联盟的主席，此后（1920年至1930年和1937年至1947年）他一再重任穆斯林联盟主席。真纳在1916年促成了国大党与穆斯林联盟在所有国家问题上展开合作的决定。他成为由安妮·贝赞特等着名的印度民族主义者所组织的全印度自治联盟的主席。同年印度诗人，也是印度民族主义者的沙拉金尼·奈都为真纳写了第一本传记《印度教徒和穆斯林团结的号召人》。圣雄甘地回到印度后，真纳开始与国民大会党产生分歧。甘地主张非暴力抵抗是最好的获得印度自主的方式，而真纳主张只有使用