校舍座落赤柱。当时只得一幢校舍，包括课室、宿舍和饭堂，规模属雏型阶段；学生亦只得九名。第二次世界大战爆发，圣士提反书院被迫停课，校舍旋被日军佔据，作为集中营。由于学校接近岸边，方便船只上落，校舍被日军列为台湾部队司令总部，方能在战乱中保存完好。大战结束后，圣士提反小学于一九四七年重开，校舍分作两座，其一用作礼堂，另一座为课室；设备及规模仍然未臻完善。步入五零年代，学校新建男生宿舍，延至六零年代，更招收女寄宿生。当时学生人数约为三百人，由六班扩展至九班，学生大多来自富有家庭，所以被列作贵族学校。