球队进行单循环比赛，洋人球队空军（R.A.F.）最后获得到冠军（值得一提的是，这是最后一队夺冠的香港洋人球队）。而于翌年1946/47年球季，联赛开始恢复正常，包括南华在内的数支球队也重返甲组，而李惠堂亦于1947年正式挂靴。 在这届，南华败给「喷射机」星岛，屈居亚军。而在1948/49年球季，南华南得到冠军，虽于1947/48球季和1949/50球季败给杰志，但南华依然无风无浪的踏入五十年代的王朝。
五十年代.五十年代是南华的第二个王朝，南华于1951年至1960年间共得到195