，这计画一开始最主要的目的是调查是否有人体微生物的存在、了解人体微生物的变化与人类健康的关系、并开发新的技术和生物资讯的工具，以支持这些目标。
生化燃料.生物燃料是来自生物质转化的燃料，如玉米秸秆，柳枝稷，和其他生物质转化成纤维素乙醇，此过程依赖于细菌联合将纤维素转缓成糖类，然后糖类再经由发酵变成乙醇。此外微生物也是产生各种生物能源的来源，其中包括甲烷和氢气。工业规模的生殖解构效率需要具有更高生产率和更低成本的酵素，用总体基因体学的方法在分析复杂的微生物群落可以有效的筛选适合应用在