龙元祖学医，但龙元祖却劝段正元学道。段正元便随龙元祖到四川青城山、峨眉山学道。1909年，段正元启程赴北京，于1910年4月到达北京。在北京他遇到了刚刚自日本留学归国，正在民政部工作的杨献廷。杨献廷拜段正元为师。1911 年，段正元携杨献廷回四川。中华民国成立后，1912年春，段正元、杨献廷在成都创办人伦道德会。该会宗旨为提倡伦理、扶持人道。该会供奉孔子牌位，每周六由段正元开讲三纲、五伦、八德。曾有倡导新思想的学者到该会同段正元进行辩论，但这没有阻止段正元继续办会。由于听众不断增进，段正元演讲了123周