理局对陈水扁、吴淑珍、辜成允、达裕公司，以及当时的科管局长李界木、白手套蔡铭哲等6人，提出民事诉讼，要求连带求偿4亿元。2012年6月21日，台北地院以竹科管理局无法提出损害证明为由，判决陈水扁胜诉。
法律观点.中华民国法院会以对价关系或「职务上关连性」，来判定是否有贪污。此案最高法院并未採用法定职权说，而是採用实质影响力说，判决陈水扁有罪。
后续发展.因陈水扁已在服刑，高检署向台湾高等法院声请合併执行期。2012年11月1日，高院裁定，陈水扁两罪各17年