任建党委员会执行长及政策组召集人。1986年12月民主进步党成立时担任建党秘书长，连任两届。黄尔璇致力于民进党党章、党纲的草拟及整合，初期党组织殆为黄尔璇所手创。他也曾任《民众日报》主笔、《自立晚报》主笔、《台湾评论杂志》发行人。黄尔璇曾经协助台湾独立建国联盟秘密迁台，后出任台湾独立建国联盟副主席；1989年黄尔璇代表民进党参选云林县立法委员，落选；1992年黄尔璇出任民进党全国不分区立法委员，并于1995年、1998年获得连任，2001年党内初选连任失利。黄尔璇担任立法委员期间，曾经担任行政院大陆委员