年8月1日，经当时之台北市长李登辉之提拔，出任市长「机要顾问」兼「研考会执行秘书」。1981年12月5日，李登辉升任台湾省主席，转任省府副秘书长。1984年，重回台大担任教授并兼总务长。1987出任市府秘书长。1990年6月1日，时任官派台北市长的吴伯雄获新任行政院院长郝伯村之邀入阁担任政务委员；黄大洲以市府秘书长身份代理台北市长。
担任官派台北市长.1990年8月8日，经建会委员会同意台北市政府所提基隆河截弯取直案﹝基隆河中山桥至成美桥段﹞。1990年10月13日，台北市议会