鱼山地质与北侧猫山的差异，被认为与东岸的卑南山断层不同，而被认为是卑南山受海岸山脉与中央山脉挤压的过程中，向南延伸的沉积物。鲤鱼山因与卑南山台地擦撞，而产生向西南倾没的背斜状小丘；后北侧卑南山受海岸山脉推挤往内陆移动，而鲤鱼山则留在原地，因此成为孤立在沖积扇上的丘陵；西侧土质疏松，经常发生崩塌，而东侧岩块则较坚硬。由于四周无其他较高山峰，鲤鱼山于背岭观景台附近设有点号E084的一等三角点、一等卫星控制点；另有台湾省政府图根补点，但在2007年修筑步道时遗失，仅剩中央研究院设的地壳变动基准点；鲤首观景台则