帝一度入滇，昆明称滇都（或滇京），继续抗清。1659年，吴三桂入滇，永历帝逃往缅甸。1662年6月1日（南明永历十六年或清康熙元年四月十五日），吴三桂绞杀永历帝于昆明。吴三桂因追杀永历而被顺治封为平西王，驻扎云南，在五华山、翠湖一带扩建王府。1673年（康熙十二年），康熙决定削藩，吴三桂在昆明出兵反清。1681年（康熙二十年），清军攻破昆明，吴三桂之孙吴世璠自杀，三藩之乱失败。 晚清时期，1858年到1868年，已经几乎占领云南全省的大理国苏丹杜文秀曾经数次围困昆明孤城。1910年，法国修筑的滇越铁路（今