然松浦铁道是承接了原本的JR松浦线而设立的地方铁路业者，因此在营运初期是与JR共用车站站房，但在2002年新站房完工启用之后，JR筑肥线与松浦铁道西九州线分别进驻新建成的西站大楼与东站大楼，不再共用站房。在月台配置方面，两家公司都在本站使用头端式（港湾式）月台设计，其中JR方面只设有一座月台一条路线，而松浦铁道方面则设有两座月台共三条路线。在2002年之前、松浦铁道尚未成立时，筑肥线与松浦线之间原本有直通运行的急行列车（平户号），但在松浦铁道成立之后，两家公司的路线不再相连，直达列车自然无法继续营运下去