生态.花屿的植物目前已有纪录者有原生种95种、归化种22种及栽培种11种（含9种木本植物），共计41科108属128种。5其中蕨类1种、裸子植物2种、双子叶植物97种、单子叶植物28种。禾本科有19种最多，菊科17种次之，再其次是豆科15种，大戟科8种、锦葵科7种，其他各科种类均未及10种。
地质.花屿的地质组成与澎湖群岛其他岛屿相当不同。澎湖群岛的地质大多由基性的玄武岩质的火成岩所构成，但仅有花屿由安山岩质与酸性流纹岩火成岩所构成。大约于9000万年前到5