2年7月晋任部长，后于1943年12月转任（后改称警察部）治安部部长。1944年8月，他调回警视厅任官房主事，1945年4月则接掌了警视厅特别高等警察部部长职务，但在同年10月后休职、并于12月依愿辞官。1946年时，佔领日本的盟军最高司令部（）推行「公职追放」政策，将陆海军、特高警察等战前人士革职或禁止复职，而上村也因此在该年接获追放令，直至1951年8月，当局才将这道限制解除。1952年9月，上村进到战后日本陆、海部队——和的领导机构「保安厅」内服务，接替就任保安厅官房长、直属于时任保安厅长。1954