政府的行政部门除首长行政长官外，由第一层司长、第二层决策局、第三层部门所组成。另外少部分机构，如廉政公署、申诉专员公署和审计署、行政长官办公室、维护国家安全委员会等直属行政长官。
组织架构.
司长.包括政务司司长、财政司司长和律政司司长，直接向行政长官负责，负责制订最主要的政策；属于「主要官员」，任免皆须由行政长官报请国务院（中央人民政府）批准。政务司司长及财政司司长各设一名司长政治助理，而律政司司长因为没有辖下决策局而不设司长政治助理，但律政司司长是行政长官