895年2月13日北洋舰队在威海卫之战被围投降，北洋舰队提督丁汝昌在前一天服毒自杀。伊东祐亨将缴获的商船康济号遣送丁汝昌遗体回国，日本认为这种礼仪使世界惊叹。。战后任军令部长。1898年封海军大将。日俄战争中在大本营任军令部长。1905年日俄战争结束后封元帅。但他对政治不感兴趣。1907年(明治40年)封伯爵，授从一位功一级金鵄勋章、大勲位菊花大绶章。