马来西亚、印尼、新加坡、泰国四国海军的实力有限，马六甲海峡又是四国交界，国际间合作有些问题。现代在马六甲海峡发生的海盗事件，从1994年的25宗增加到2000年的220宗。而在2003年则发生了150宗，占世界海盗事件的三分之一。为了对抗海盗，马来西亚、印尼、新加坡、泰国四国海军于2004年7月开始已经增加了巡逻次数，要全年全天候巡逻马六甲海峡。
恐怖主义的威胁.由于马六甲海峡宽度最窄处的新加坡海峡，只有2.8公里，而其深度只有25米。很多专家担心若恐怖份子将一些船在这些地