前往比叡山避难。近江源氏的山本义经派遣儿子锦部冠者义高保护其安全。
入京.7月27日，后白河法皇与义仲同心反对平家，与锦部义高一起返回京都。《平家物语》感叹道，「二十余年未见的源氏白旗，今日第一次进入了京都。」翌日义仲入京，与源行家一起在莲华王院参见法皇，接受了讨伐平家的命令。2人并肩不分前后参谒法皇，争夺参谒的序列。30日召开公卿议定会议，认定功勋第一的为源赖朝，第二木曾义仲，第三源行家，并依此授予位阶。（《玉叶》7月30日条）。同时义仲被委以收拾平家撤离京城后治安混乱状态的重任