001年7月调任第39集团军政治委员。2004年年底升任广州军区副政治委员兼纪律检查委员会书记。2006年升为中将。2007年年中升任南京军区政治委员。2010年7月19日，晋升上将军衔。2012年11月到龄退役。陈国令是军中有影响的理论家，曾在《解放军报》头版发表文章，支持在军中学习实践三个代表和开展保持共产党员先进性教育活动。