1990年被国务院列为国家级海洋类型自然保护区。南麂岛在海洋生态方面有着重要的研究价值，是海洋生物“南种北移，北种南移”的资源库，于1999年被联合国教科文组织列为世界生物圈保护区网络。中国钓鱼协会于2001年将南麂岛列为国家级垂钓基地，主要有黑鲷、黄鳝、石斑鱼、鲈鱼、黄姑鱼等，每年5月至10月为钓鱼旺季。 南麂有珍稀物种包括5种濒危海龟、3种鲎和中华白海豚，江豚、伪虎鲸等。2014年12月中国军方正着手建设军事基地。中方已经在此安装了最先进的雷达设备，正在修建可停泊十部直升机 的直升机场，还有计划