海洋国家公园管理处为中华民国内政部营建署所属机关。原为东沙环礁国家公园成立所设之管理单位，2006年12月19日经苏贞昌内阁修订计画内容，拟将岛屿或海洋型国家公园管理事权统一而成立。2007年10月4日于高雄市正式挂牌营运。2014年6月8日澎湖南方四岛国家公园成立，纳编该处管辖。