逝世后，一位名为哈马儿丁的贵族发起叛乱，自立为东察合台汗国的可汗。而此时已经征服了原察合台汗国西半部领土的帖木儿，则趁着东察合台汗国陷入内乱的绝佳机会，于1370年带领一支军队攻打哈马儿丁。到了1375年，哈马儿丁在帖木儿大军的攻击下不得不被迫逃离至外伊犁阿拉套山脉一带躲藏。贾汉吉尔奉其父之命穿越一座座山峰间的狭窄崃谷，持续追捕逃匿的哈马儿丁，同时率军沿途击溃当地的多支蒙古军队。尽管哈马儿丁自己幸运躲过贾汉吉尔的抓捕，不过贾汉吉尔仍成功掳获他的妻子秃满·阿迦（Tuman Agha）与女儿迪尔莎德·阿迦（Di