由是开始了元代基督教在华传教之历史，当时与唐代以来传入中国的景教被合称为也里可温教。1328年，孟德高维诺死于中国，当时全中国内有信徒三万人，可见其盛况。
在华宣教之终结.终元一代，方济各会之宣教士不断来华进行宣教活动，且得元朝政府之信任，然而其信徒仍主要以色目人为主，未能传于汉人。及至1368年，朱元璋建立明朝，由于缺乏汉人信徒，元代也里可温教亦随蒙古在中国大陆统治的结束而终结在华之宣教事业。明朝以后，基督教在华之传播几乎停止。直至明中叶，葡萄牙人登陆澳门，多明我会及方济