升为慈溪县县令，治水有奇功，历任鄞县、镇海、仁和县令，升定海同知。道光二十九年（1849年），父亲王燮授甘肃平凉太守，未就任，即生病致仕，赴浙江依有龄，途中病死于吴门，有龄离开仁和县，扶柩回乡，守孝三载。咸丰元年（1851年）服阙，署理湖州府。旋调杭州府，迁江苏按察使、布政使，在任时官声不佳，常收贿赂，也时常在衙门饮酒、狎妓，有时甚至到青楼住宿，并在青楼批阅公文，时人称有苏东坡「冷泉亭判事」之风。发贼之乱时，因屡破敌军升为浙江巡抚，上司就是时任两江总督的何桂清，王有龄告诫何桂清勿弃城潜逃：「事棘时危