也许有同样多的希腊人被驱逐或逃离至希腊。西爱琴马其顿被意大利占领，与西南斯拉夫马其顿并入意大利占领的阿尔巴尼亚。希腊马其顿的其余部分（包括所有的海岸）被纳粹德国占领。纳粹大屠杀中最严重的罪行之一就发生在这里，塞萨洛尼基的60,000名犹太人被驱逐到波兰集中营，只有几千人存活。1944年，红军进军巴尔干半岛，迫使德军撤退，马其顿获得解放。保加利亚政府执意不从希腊领土撤军，在美国和英国的施压下，马其顿恢复了战前边界。保加利亚马其顿迅速恢复常态，但南斯拉夫马其顿的保加利亚爱国者经受了来自贝尔格莱德当局的种族清