开设「清木外科诊所」，并自卫生所辞职。此后曾兼任国泰、南山保险公司、朴子镇农会、朴子镇教育会、易昌食品公司等机构特约医师。晚年开始周游各国。1985年，于纽西兰威灵顿攀登过程中，不幸中风。1988年病逝，享寿70岁。
史蹟.昭和五年（1930年），为了推行卫生医疗和西医，日本医师松浦保成立「朴子公医院」，为一栋日洋混合的桧木两层楼建筑。然而到1930年代末，清木屋一度被侵占当作青年旅舍使用。1945年台湾光复后，国民政府将该建筑改制为朴子镇卫生所，由黄清木医师担任卫生所第一任主