七年（1644年）都督同知提督南京大教场，终右军都督左都督加太子太保。清谥忠烈肇基随父入军籍。崇祯七年农民军多入陕西，随总兵尤世威防御豫陕交界北朱阳关、永宁诸关。蓟辽总督洪承畴调肇基至辽东，负责训练士兵。顺治二年(1645年)三月，清将多铎兵围扬州，史可法传檄诸镇发兵援救，刘泽清北遁淮安。仅刘肇基等少数兵至，入城守北门，防守见绌。扬州城破被杀。