政府又派军在熊本以南的日奈久、八代登陆，萨军陷入了腹背受敌的局面，政府军解除了熊本之围。同日萨军全线撤退，政府军持续追击。9月兵至西乡的总部鹿儿岛城山，经过23天的围城恶战，城山终于被政府军攻破，西乡中弹后“徐徐跪坐，俨然正襟，向东遥拜”，请别府晋介担任介错，斩下了自己的头颅。西南战争的结束，亦代表明治维新以来的倒幕派的正式终结，然而此战验证了明治军事改革的成果，显示了建设“四民皆兵”的国民军队的正确性和西化的成果。也宣告了武士时代的结束。