丸龟站、宇多津站相同，坂出站在濑户大桥未建成前，是地面车站。后来因应大桥而改为高架站，三站的结构大致相近，地下为大堂、入闸口、车站设施及各类商店；二楼为通过楼层及洗手间，三楼则为月台。2012年3月，本站和高松站安装了对应JR西日本可充值智能卡「ICOCA」的感应器。不过，由于本站仍未加设出入闸机，因此感应器只安装在改票口柜位上。另外在票务处方亦加设了ICOCA增值机。设有侧式月台及岛式月台各1座，共提供2面3线的配置，有效长度达9辆。侧线月台为1号月台，是大部份往高松方向停靠月台；2号月台为上下行