由英国皇家学会授予科普利奖章。他的健康状况从1885年开始恶化。1890年他从伦敦搬到港口城市伊斯特本，受尽疾病折磨后在那里去世。赫胥黎家族是英国着名的学术世家，托马斯·亨利·赫胥黎的孙子朱利安·赫胥黎爵士是联合国教科文组织首任主席并创立了世界自然基金会，朱利安的同母弟弟奥尔德斯·赫胥黎是作家，异母弟弟安德鲁·赫胥黎爵士是生理学家，诺贝尔奖得主。赫胥黎的传世名言：「试着去学一切的一点皮毛，和某些皮毛的一切。」（）