安定区、西港区、七股区、最后在安南区和七股区之间，流入台湾海崃，全长138.5公里，流域面积1,176.7平方公里，源头海拔高2,440公尺，其主要支流有塔乃库溪、普亚女溪、草兰溪、后堀溪、菜寮溪、官田溪等。历史上曾文溪频频改道，被居民戏称是「青瞑蛇」。昭和十三年（1938年）堤防竣工之后，河道趋于固定。台南市常以曾文溪为分界，划分溪北、溪南地区。溪南地区似近都会区型态，以原台南省辖市为中心；溪北则较近农村，中心聚落为原台南县政府所在地－新营，在生活圈及文化上与嘉义都会区关系密切。曾文溪有丰富的水力