地衣进行了研究，这一阶段他最大的贡献是提出了有机化学中描述立体构型的重要方法—费歇尔投影式，竖直线代表远离观察者的化学键，水平线代表朝向观察者的化学键，这样将三维结构的分子用二维形式表达出来，使得研究者便于互相交流。1892年他接替刚刚去世的奥古斯特·威廉·冯·霍夫曼任柏林大学化学系主任一直到1919年去世。在柏林，费歇尔总结当时所有已知糖的立体构型他接受了雅各布斯·亨里克斯·范托夫的葡萄糖中存在四个手性碳原子的观点，确定了葡萄糖的链状结构，并认为葡萄糖应该有2的四次方=16种立体异构体。并且自己合成了其中