战后不久，明治2年（1869年）11月22日，黑田与妻子中山清结婚。鑑于俄罗斯对库页岛的势力扩展与日俱增（当日库页岛状态为两国杂居），黑田清隆在明治3年（1870年）5月就任北海道开拓使次官以整顿北疆。7月开始前往库页岛，和当地俄罗斯官吏交涉，并于视察北海道后返回江户。及后由明治4年（1871年）1月到5月，出国外游美国和欧洲。旅途上中，同意美国的农务长官开普伦（Horace Capron）担任黑田清隆的开垦顾问，为日后更多外国顾问得以前往日本协助进行维新铺平了道路。回国后，在10月15日开拓使长官东久世通