藏巴汗退守药王山，后来经由班禅仁波齐的从中调解，藏巴汗才允许哲蚌寺和色拉寺的僧人返回寺院，同时改正被强制改信噶举派的各个格鲁派寺院。然而，藏巴汗并不甘心，此后仍基本上继续执行仇视格鲁派的政策。在这种情况下，格鲁派不甘坐以待毙，四世班禅与五世达赖邀请蒙古和硕特部汗王图鲁拜唬（即后来的固始汗）入藏。1641年，固始汗发兵攻打藏巴汗，包围日喀则的藏巴汗府邸，攻灭藏巴汗，建立甘丹颇章政权。
甘丹颇章.攻灭藏巴汗后，固始汗继续西进，降服后藏地区，并驻守日喀则，命其长子达延汗驻守拉萨，分兵控制