2002年至2008年，他们对这一地区的20多个地点进行了考古发掘，发现多条六朝时期的高等级道路、城墙等建筑遗址和大量瓦当、瓷器等精美遗存。其中，在利济巷西侧工地发现了一段宽25米的城墙体，经确认为台城东侧城墙；在游府西街小学的发掘确定了台城南界；在南京图书馆新馆工地发现了台城第三重城垣的东南角；在邓府巷东侧工地发现南北走向的夯筑城垣遗迹和城垣外侧宽约18.5米的城壕，确定了台城西界。至此，台城的东、南、西三界都被确定。考古发掘表明，六朝台城大致为长方形，其纵轴方向为北偏东25度，是一座“倾斜的皇城”。