部分村民于2003年5月迁往新造镇谷围新邨内。2003年1月21日，时任广东省委书记张德江到小谷围岛对广州大学城规划和建设进行实地考察，提出“建成全国一流大学城”和“2004年9月开学招生”的建设目标。1月28日，广州市政府正式成立了由时任市委书记林树森、时任市长张广宁担任正副指挥的的广州大学城建设指挥部，负责大学城建设的各项事宜。2003年5月15日，连接海珠区的广州大学城施工便桥开工，标志大学城基建施工正式开启。2003年10月，10所最先进入广州大学城的高校相继举行新校区奠基典礼，广州大学城进入校