上区分这两个物种。马桶猪笼草不如贾桂琳猪笼草健壮，唇也不如贾桂琳猪笼草发达宽大，而马桶猪笼草的花梗更长且只带一朵花并且笼盖较窄。
自然杂交种.已发现了马桶猪笼草与小舌猪笼草的自然杂交种。2009年，亚德利安·Y·沃顿观察到了疑惑猪笼草与马桶猪笼草的假定自然杂交种。其存在于这两个物种与小舌猪笼草和菱茎猪笼草的共同分布处。