遂于5月宣布退选、支持邱毅，结束七年的国会生涯。2012年6月1日，马英九甫连任总统，属意李复兴接替钟荣吉出任台湾肥料公司董事长，引发外界酬庸的质疑。台肥在其接任后投资策略转向土地开发，虽为资产活化却也引发炒地皮疑虑。2016年6月3日，请辞台湾肥料公司董事长。