单系群，且两族群可能是各自分别进入苏拉威西岛的。2013年，有研究改以分析东南亚各种猪的亲缘关系，结果显示苏拉威西野猪是单系群，其姊妹群为须猪。细胞核DNA与粒线体DNA的分析结果不一致，可能是因后者样本太小，造成而误判，也可能是因支序分支后彼此间仍有基因流动所致。根据全基因组定序的研究结果，苏拉威西野猪的起源只有一次，可能是距今160万-80万年前由巽他古陆渡海移入苏拉威西岛的族群。相较之下，鹿豚进入苏拉威西的时间比苏拉威西野猪早许多，可能在距今1300万年前就已经进入。
与人类的