1908年四月，广九铁路华段管理机构——广九铁路办事公所成立，管辖广九铁路华段及其广州至深圳间18个车站、 13个乘降所，以及大沙头机车厂、机车房、东山车辆修理厂和深圳机车房。首任总办为魏瀚，而总工程司、总管账皆为英人。1913年，北洋政府交通部将广三铁路收归国有，在石围塘设广三铁路局。商办（非政府持有）广东粤汉铁路有限总公司因保有七分之三股权，也参与了管理。此后16年，广州地区同时存在3个铁路管理机构，分别管辖3条铁路。广韶段铁路仍由商办广东粤汉铁路有限总公司管理，广九铁路华段由广九铁路办事公所管理。