事发当时，龙马并非十分有名，所以也有中冈才是暗杀犯的目标，龙马只是被卷入事端的说法。
京都见廻组实行说.见廻组的佐佐木只三郎等人就是实行犯已是通说，当前几乎无历史学者提出疑问。1870年（明治3年），原见廻组队士今井信郎在箱馆战争投降受调查之际，自白暗杀了龙马。今井在明治后期以降、原队士在大正时代也都提出证词。但是，今井与渡边两人的供述却有所差异（包括刺客的人数构成、现场遗留刀鞘的所有者等）。还有，是谁向佐佐木下令至今仍然不明。
新选组犯行说.由龙马暗