一天内大势底定后，黑田孝高放弃争霸，隐居而不问政事。庆长9年3月20日（1604年4月19日）辰时，病逝于京都伏见藩邸，享年59岁。死后举行天主教仪式葬礼，于下葬后十五或二十日后，其子长政才举行佛教式葬礼。法名是龙光院殿如水圆清大居士。墓所在福冈市博多区千代横岳山崇福寺和京都市北区龙宝山大德寺搭头寺院龙光院。在1902年（明治35年）11月13日赠从三位。
报竹中氏之恩.由于竹中重治甘冒死罪之险，私护孝高嫡子长政免遭杀害，所以孝高父子对重治满怀感激。日后，黑田孝高担任失去父