藤转为海军施设本部部员，于横须贺镇守府总务部第一课工作。翌年被任命为海军预备学生取录考试临时委员。1944年11月由于身体状况欠佳，所以于翌年3月15日开始改为待命状态。战后，工藤返回故乡生活。后来，由于帮助妻子的姪儿新开业医院处理事务，因而搬迁到埼玉县川口市。1979年因胃癌病逝。工藤生前甚少向家人讲及战时的情况。就算工藤为了战没的「雷」及一同犠牲的乘组员严格管束自己，家人也全不知情。而他的后人要从当年被工藤救起的前英国海军军官口中才得知。工藤在临终前，早年同班的大井笃正好赶到，而工藤就对大井说：