加贺藩第13代藩主前田齐泰迎娶第11代将军德川家齐的第21女－溶姬时所建，作为加贺藩在江户的上屋敷的御守殿门。明治维新后的明治九年（1876年），东京医学校自下谷和泉桥通迁至本乡，于是此御守殿门成为东京医学校的大门。翌年东京医学校与东京开成学校合併成立东京大学，赤门遂成为东京大学医学部的大门，一直到明治十七年（1884年）其他学部也迁至本乡为止。赤门在建筑样式上属于药医门，中央有一扇大门，大门两侧各有一扇小门，屋顶样式属于切妻造。门主体的两侧建有唐破风造样式的番所（警卫室），现在已无作用，仅作为古蹟保存