转型为通勤铁路，转而服务西部各大都会区内的城际交通为主。未来纵贯线将配合台铁捷运化计画，与东、西部干线统筹为北部、中部、南部三大营运区段，以强化台湾西部各大都会区的交通联系、并陆续新建支线以连络高铁。此外，中央政府也有兴建山线与海线间的联络线（甲后线）的构想。