次革命爆发，北洋军冯国璋部和张勋辫子军进犯徐州，冷遹寡不敌众，放弃徐州，流亡日本。1915年冬袁世凯复辟帝制，冷遹立即从日本回国，投入讨袁护国运动。1916年5月任岑春煊、梁启超广东肇庆都司令部参谋处长。1916年6月，冷遹、黄炎培等人在上海创办了中华职业教育社，冷遹历任中华职业教育社评议员、常务理事及上海分社主任等职。1917年任孙中山广东护法军政府总参议，并代理内政部长。
镇江农村改进.1921年冷遹从广州回到家乡镇江，获陈光甫、邹秉文资助，集资创办了江北盐垦公司（又称商记垦团