段接收戚墅堰机车车辆厂新造的东风11型柴油机车，替换下来的东风4D型准高速客运机车转配属上海机务段，同时并将上海机务段的东风4D型提速客运机车转配属杭州机务段及南京机务段。当时，上海机务段的东风4D型准高速客运机车主要用于上海—南京—蚌埠、上海—杭州—金华西之间的机车交路。2004年，中国铁路实施第五次大面积提速后，上海机务段的所有东风4D型准高速客运机车分别转配属南京机务段、杭州机务段及合肥机务段，担当沪杭铁路、浙赣铁路、萧甬铁路、宁铜铁路、皖赣铁路、宣杭铁路、淮南铁路、阜淮铁路、水蚌铁路等线的客运任务。