叹礼制废除，预见北齐灭亡。577年，北周武帝平定北齐，源师担任司赋上士。581年，杨坚建立隋朝，担任魏州长史。召入长安担任尚书考功侍郎，掌管吏部。参加议论制定隋朝国制法令。597年，历任尚书右丞、尚书左丞，以智慧、才干知名。蜀王杨秀违犯法令，源师担任益州总管司马加以教导。朝廷召杨秀回长安，杨秀害怕，称病不行。源师劝他不要违反皇帝命令，激怒了杨秀，源师哭泣劝谏，杨秀最终听从了他的建议。杨秀被废后、益州官属多被连坐，源师因为此事获免。后加位仪同三司。604年，隋炀帝即位，任大理少卿。有一个主帅私用卫士外