务调度.当大型多用户集群需要访问大量数据时，任务调度就成为一个挑战。在具有复杂应用环境的异构CPU-GPU集群中，每项作业的性能取决于底层集群的特性。因此，将任务映射到CPU内核和GPU设备有巨大的挑战。 这是一个正在进行的研究领域；结合和扩展MapReduce和Hadoop的算法已经被提出和研究。
节点故障管理.当集群中的一个节点出现故障时，可以使用诸如“fencing”（隔离）之类的策略来保持系统的其余部分可操作。 Fencing是在节点出现故障时隔离节点或保护共享资源的过程