为成功的商人，然而西班牙眼红其财富抄其家并逮捕之，直到1607年才逃离西班牙人前往长崎和平户并和当地日本人及英国人有往来。1625年8月2日，李旦正办好厦门、长崎、及台湾贸易，从台湾回平户途中去世，其台湾的产业和士卒转归郑芝龙控制，而于厦门的则落入许心素的手里；郑芝龙自立门户，并改名为芝龙，不再称一官。1626至1628年，郑芝龙以台湾魍港为基地，劫掠福建及广东数地，使明朝官兵疲于奔命，虽其间有朝廷招安动作，郑拒绝并在台海纵横两年六个月，直到1628年年底，福建巡抚熊文灿再度招安郑芝龙，成为「海防游