任航海长，在北美一带服役。当时正值七年战争，库克在1758年参与英方海陆军的联合军事行动，从法军手上成功夺取路易斯堡堡垒，翌年，他又先后参与了魁北克围城战役和亚伯拉罕平原战役。由于库克在军中展现出测量学和地图学方面的才能，因此他负责在围城战役期间绘制圣劳伦斯河河口大部份地区的地图，好让英方陆军主将詹姆斯·伍尔夫随后在亚伯拉罕平原展开有名的突袭。英方在七年战争取得胜利后，善于测绘的库克在1760年代还获纽芬兰总督托马斯·格雷夫斯（Thomas Graves）聘任为海事测量师，负责为纽芬兰岛参差不齐的海岸制