张幸免于难，赴上海。同年5月，张百麟在上海组织西南协会政治促进会。8月，他加入国民党。1913年（民国2年），二次革命时，张任黄兴的秘书长。1916年（民国5年）7月，任北京政府内务部参事兼高等警察学校副校长。次年7月，离职赴广州，在孙中山组织的护法军政府任司法部长，但因病未就任。1919年（民国8年）10月，他病逝于上海。年41岁。