结束后，中共太原市委进驻太原，赖若愚任太原市军管会副主任，负责太原市军管会的日常工作。1949年9月至1950年9月，任中共山西省委第一副书记。1950年9月至1952年2月，任中共山西省委书记兼山西军区政治委员。1951年3月至1952年4月，任山西省人民政府主席。赖若愚等人在山西试办全国首批合作社，是执行毛泽东的指示，与刘少奇、薄一波等中共中央华北局领导的意见相左。1952年，调任中华全国总工会秘书长。1953年5月至1958年5月，任中华全国总工会主席、书记处书记。1954年，当选为第一届全国人民