接受最后一次圣礼。但他与新教接触也不多，除了反对教皇对新教的压迫政策，当教皇发起反宗教改革运动时，鲁道夫将教皇派来的代表送了回去，引发了政治动荡，差点引起一场内战。由于鲁道夫不愿向奥斯曼帝国妥协，而且顽固地认为他可以通过一次新十字军东征统一所有信奉基督教的国家，1593年他开始了一场同土耳其的战争，这场战争一直持续到1606年，被称为“漫长的战争”（或“奥斯曼战争”、“十三年战争”），期间的1604年他所统治的匈牙利发生叛乱，1605年鲁道夫被他的其他家庭成员迫使，将匈牙利事务的管理权交给了他的弟弟马蒂