。约翰·腓特烈支持由马丁·路德发起的宗教改革，是新教信仰的保护者。在德意志新教诸侯为抵抗查理五世而组成施马尔卡尔登联盟之后，约翰·腓特烈成为该联盟的领袖之一。1546年，他被查理五世下令废黜并逐出帝国。约翰·腓特烈成功地抵御了由忠于皇帝的萨克森公爵莫里茨（亦为维丁家族成员）率领的军队对其领地的进攻。但由于施马尔卡尔登联盟在1547年米尔堡战役中被查理五世彻底打败，他终于落到皇帝手里。约翰·腓特烈选侯被查理五世判处死刑。鉴于其妻子西比尔仍然控制着符腾堡，查理五世没有立刻执行死刑，而是开始进行谈判。在同