守肃州城两年后也接近粮尽，向左宗棠投降。左宗棠在同月处死马文禄，同治陕甘回变就此告终。
收复新疆始末.1864年，正值太平天国运动和同治陕甘回变波及新疆，新疆各地豪强趁机而起，出现了割据纷争，各自为王的混乱局面。喀什噶尔由伊斯兰教白山派首领马木提艾来木占据称王。不久，柯尔克孜族部落头目司迪克，联络回族封建主金相印，混乱中夺取了喀什噶尔，并称王，逐马木提艾来木。马木提艾来木致书中亚的浩罕汗国，欲借助外部势力驱逐司迪克。司迪克也派出金相印亲自到浩罕进行联系，想把流亡浩罕的黑山派