了现在的波黑国家银行大楼之外，塞拉耶佛城市并没有太大的发展。1941年4月，纳粹德国、义大利、匈牙利和保加利亚入侵了南斯拉夫，轰炸了塞拉耶佛。当时有约10,500名犹太人以及罗姆人、东正教徒塞尔维亚人居住。包括塞拉耶佛在内的波黑领土被划入乌斯塔沙的克罗地亚独立国。萨拉热窝是义大利王国在克罗地亚独立国势力范围的一部份。乌斯塔沙对塞尔维亚人展开了迫害。萨拉热窝城在1943年至1944年遭受了盟军的轰炸。在约瑟普·布罗兹·铁托率领的游击队的抵抗之下，1945年4月6日，塞拉耶佛从纳粹的佔领之中解放。第二次世界大战