体可响应细菌DNA中的未甲基化的CpG寡脱氧核苷酸序列来激活先天免疫应答。TLR9可以识别DNA分子中的未甲基化的CpG序列，CpG位点在嵴椎动物非常稀少（~1%），但在细菌或病毒基因组中很丰富。TLR9在免疫系统的多种细胞中有表达，如B淋巴细胞、单核细胞、自然杀伤细胞（NK）和浆细胞样树突状细胞。TLR9表达于细胞内，是核内体的组分之一，其功能为当细菌或病毒感染时结合其DNA上的富CpG基序来改变免疫系统的状态。TLR9的信号会导致细胞启动炎症反应，并分泌相关细胞因子，如I型干扰素和IL-12等。