归今村均的陆军第16军管辖；苏门答腊划归山下奉文的陆军第25军管辖，25军的司令部设在新加坡，同时在1943年4月前一直控制着马来亚，失去马来亚后，其控制范围限缩到仅有苏门答腊，并将司令部移至武吉丁宜，而第16军司令部设在雅加达；荷属婆罗洲、西里伯斯、马鹿加及小巽他群岛则由海军第二南遣舰队管辖。每一占领区设立军政监部，负责地方行政，军政监部首脑由驻军司令兼任，下设总务、内政、司法、警察、市政工程、经济事务、审计和宣传八个部。爪哇被分为2个省、17个州和1个特别市（雅加达），苏门答腊设10个州，分别是亚齐