台湾自然生态保护区是指台湾境内以自然保育为目的所划设之保护区，现今均由中华民国政府立法设置，可区分为「国家公园」、「国家自然公园」、「自然保留区」、「野生动物保护区」、「野生动物重要栖息环境」、「自然保护区」等6类型。
保护区种类.各类保护区是依照不同法源所设立的：
国家公园与国家自然公园.目前中华民国设有9座国家公园及一座国家自然公园。包含垦丁、玉山、阳明山、太鲁阁、雪霸、金门、台江等国家公园，以及东沙环礁与澎湖南方四岛两座海洋国家公园，以及寿山国家自然