存的嫡子晋王李治为储君，不久又担心李治“懦”，又欲改立李恪为太子，遂私下与长孙无忌提及立李恪为太子，称他“英果类我”，但被长孙无忌以李治是守成良主且储位不宜更替为由劝止作罢。唐高宗李治即位后，永徽元年（650年），李恪拜司空（司徒），位列三公，兼梁州都督（治于今陕南地区）。不久重授都督安随温沔复五州诸军事、安州刺史。永徽四年（653年）房遗爱、高阳公主夫妇谋反事发，房遗爱为求免死，诬告李恪也谋反。二月初三（二月六日，公历3月10日），长孙无忌以吴王涉及谋反案为名，将其赐死，绞死于有司之别舍，年35，