附属于礼部改为独立部门，并在清初至总理各国事务衙门成立前兼领对俄罗斯事务。在光绪三十二年（1906年）的清末新政中因改革官制，理藩院改爲理藩部。在清亡后，再无藩属的概念，理藩部被撤销。
历史沿革.在清初崇德元年（1636年），皇太极创立理藩院的前身“蒙古衙门”（），因蒙古部落归附清朝日多，故设立衙门，专管外藩事务负责处理对蒙古的事务。在三年后，将蒙古衙门改爲理藩院。随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成爲管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南土司等各个少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国