在中国取得了成功，教义大兴，许多中国人都改信或受洗成为信徒，包括徐光启、李之藻、孙元化等人，甚至南明永历帝的皇后孝刚匡皇后王氏、哀愍太子朱慈炫等都成为信徒，永历帝在清兵大举进攻时曾写信向罗马天主教教廷请求教宗及欧洲各国派兵支援（此信尚保存在梵蒂冈）。清朝时，康熙仍然重用意大利传教士。但后来欧洲其他天主教各派系之间，对中国传统祭祖敬孔习俗的争论，削弱了利玛窦等人本已取得的成功。多为西班牙籍的道明会传教士，为了在中国排挤意大利人居多的耶稣会传教士，向教宗申诉并取得教宗敕令，宣称利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先