总督，皮萨罗使用委託监护制向他的士兵同伴授予对秘鲁原住民群体几乎无限的权力，从而形成了殖民地的土地保有权结构。现在秘鲁原住民被预期要为其地主饲养旧大陆的牛、家禽和农作物。一旦抵抗，就会受到严厉惩罚，这产生了“”。要巩固西班牙在这些领土的王室权威，皇家审问院创立了。次年，1542年，秘鲁总督辖区（Virreinato del Perú）成立了，统治了西班牙的南美大部分地区（哥伦比亚、厄瓜多尔、巴拿马和委内瑞拉在1717年被划出成为新格拉纳达总督辖区（Virreinato de Nueva Granada）