丹（准噶尔部在雍正、干隆年间多次起义，最终于1757年被干隆消灭）时民族变动较大。清朝时最大型的新疆民族冲突是同治新疆回变的民族仇杀，1869年左宗棠在收复新疆观察「汉回搆衅既深，（互相）见则必杀」，回变战乱时各地汉回彼此姦淫妇女。中华民国抗日战争期间，苏联借机策动伊宁事变扶殖维吾尔政权东突厥斯坦共和国，东突「惨不忍书的民族仇杀，人人皆知、史家忌书的一个血腥口号叫‘杀回灭汉’」。根据2009年的人口统计，新疆的人口组成如右表所示。维吾尔族在新疆西部和南部佔绝大多数，包括喀什地区、和田地区、克孜勒苏柯尔克