以中国科学院合肥物质科学研究院为代表，包括等离子体物理所、固体物理所、安徽光机所、合肥智能所、合肥强磁场中心和安徽循环工程院。合肥拥有三个国家实验室，分别是同步辐射国家实验室、微尺度物质科学国家实验室、磁约束核聚变国家实验室（筹），其中前两者依托于中国科学技术大学，后者依托于等离子体物理研究所、中国科学技术大学以及西南核物理研究院。
高等院校.合肥是安徽省内，乃至华东地区的文化教育中心城市之一。着名的中国科学技术大学就位于合肥，国防科技大学的电子对抗学院也位于合肥，大学还有合肥工业