因改益过巨，遭到湖广总督官文、两广总督郭嵩焘等地方疆吏的反对，政府难以放弃，“只宜严禁重科，万不可骤议裁撤”。征厘的关卡和货品名目不断增加，1903年，各省厘金收入约为白银1170多万两，1911年，厘金收入更高达白银4318万多两。直至1931年1月国民政府才在强大压力下废除此行之八十余年的弊政。