球迷的数量成为德国最受欢迎的足球俱乐部。拜仁组织严密的死忠球迷方阵也享有盛名，当中最突出的群体包括慕尼黑希克里亚（）、红色慕尼黑89（）、南部转角73（）、慕尼黑马尼亚斯1996（）、慕尼黑服务组（）、红天使（）和红鲨鱼（）等。球迷在主场比赛所唱的主题曲为《南部之星》。在1990年代，他们还曾使用《拜仁，永远第一》（）作为主题曲。拜仁还拥有为数众多的知名球迷，当中包括前教宗本笃十六世、前网球运动员鲍里斯·贝克尔、乌克兰拳击手弗拉基米尔·克里琴科、现任及前任巴伐利亚州内阁总理霍斯特·泽霍费尔和埃德蒙德