湾府城的东门城郊。最初建有两栋传统木构架形式教室（今体育组与谘商中心），在其北边有两栋宿舍，称为「东学寮」与「西学寮」（今光盐与友爱学舍），而讲堂则位在教室南边。而在1923年时，因万荣华校长希望与学生朝夕相处，而自费兴建宿舍（今校牧室）。然而后来因太平洋战争的爆发以及皇民化运动，包括万荣华校长在内的英籍牧师被迫离台，学校也于1935年时由日籍的加藤长太郎出任第四任校长，并在1939年获日本政府认可更名为「私立长荣中学校」。二次大战结束进入民国时期后，长老教会取回校务管理权，并改由台籍的赵天慈出任第五任