股份公司撤销，长安航空公司改由陕西省独立经营。随后，在原中国西北航空公司的注资下，公司改组为“长安航空有限责任公司”。在被海南航空并购前，机队仍只有七架运-7飞机，资产不足10亿元。
并入海南航空.2000年8月30日，海南航空集团以一架冲八飞机、部分航材及配套设备等实物出资两亿元，成功收购了“长安航空”超过81%的股权。“长安航空”的名称随即变更为，“海南航空集团长安航空有限责任公司”。随后以3架冲8-Q400外加4架多尼尔328JET替代了之前的运-7机队，并从海南航空本部