925年（民国14年）升任川军第3师师长兼江巴卫戌司令。
国民政府时代.1926年（民国15年）12月，随着北伐取得进展，刘湘转投国民政府，被任命为国民革命军第21军军长，王陵基任该军第3师师长兼重庆卫戌司令。翌年，四川省内因南京事件而反对列强的民衆在重庆举行示威，王陵基武力镇压，肃清了领导示威的中国共产党，酿成三·三一惨案。此外，重庆的军官学校创设后，王陵基任副校长（校长刘湘）并实际主持校务。1931年（民国20年），奉刘湘之命，王陵基代理长江上游剿匪总指挥，讨伐湖北省的中国