逐荷兰人之后，在台湾建立东宁王国，并与清政府合作，使台湾成为大陆、日本与东南亚各地的贸易转口站。清廷领有台湾后，台湾与福建的贸易更加兴盛。主要的贸易线路有三条：福州-艋舺、泉州-鹿港、漳州-府城。咸丰10年（1860年）《北京条约》签订后，台湾陆续开放了淡水、鸡笼、打狗、安平等四大口岸。台湾建省后，开始建设邮政系统，通过沪尾-福州线将台湾与福建相连通。清代还在台湾额征供粮，海运福建，以供军粮，称为“台运” 。2006年，闽台经济合作促进委员会在福建厦门成立，台湾方面除了有台湾商业总会理事长王令麟等商贾参