等人拥立王弟郑袭登基；十月，郑经命周全斌督理五军戎务，率军取下台湾，史称郑经克台。1663年，清国与荷兰组成联军，发动金厦海战，夺得金门、厦门二岛。郑经在失去金厦二岛后，撤返东都，命周全斌防范后方追兵；然而，周全斌顾及与洪旭的嫌隙，因而投降清国。康熙四年（永历十九年、1665年）四月，周全斌随施琅领兵犯东宁，水师至澎湖遭遇台风，无功而返。事后，周全斌于康熙六年（1667年）受召入京，编入汉军正黄旗，封承恩伯。康熙九年（1670年），逝世，谥恪顺。十一年（1672年）以其子周公仁，袭其爵位。