多香木科、智利木科、假茱萸科、参棕科及番茱萸科等。此外，APG III也承认了19个新的科：刺藤科、青皮木科、粟麦草科、南商陆科、小鸡草科、土人参科、回欢草科、裂药树科、胡桐科、南线梅科、非杨柳科、十齿花科、醉蝶花科、簇花草科、帽蕊草科、管花木科、母草科及土蔓兜科等。（还有首次提到眠树科，但已并入盔瓣花科。）和APG II相比，APG III被子植物之中许多类群的关系已经获得进一步理清，地位未定的科从早前的39科大幅减少到10科，即离花科、锁阳科、多须草科、清风藤科、五桠果科、紫草科、二歧草科、茶茱