年，揆一派何斌和郑成功交涉，虽然郑成功答应恢复通商，何斌却暗中替郑成功在台湾征税，直到1659年大员当局发现此事，何斌便投奔郑成功。何斌逃亡让台湾西南部陷入动盪，到处都谣传郑成功即将进攻，一些汉人开始收拾财产，打算携带家眷返回中国大陆。1661年，郑成功进攻台湾，很快就拿下普罗民遮城，并包围热兰遮城。1662年，郑军夺下大员的制高点—乌特勒支碉堡，荷兰的大员当局自知已无力再战，只得退出台湾。
重佔鸡笼.荷兰人为郑成功所击败后，遂打算和清朝合作对付郑氏王朝。1663年清荷联军进攻金门