吉隆在不同时期都是藏地的边关重镇。吉隆位于中国同尼泊尔的边境线上，历史上吐蕃王国、阿里古格王国与外界交流事，均曾利用该通道。中庭位于门庭以北，平面呈长方形，有檐柱14根，面积140平方米，中央是一个露天小庭院，长6米，宽4米，庭院两侧各有配殿，内有宁玛派护法神像等壁画残迹，从黑红相间的颜色中可大致辨认出莲花生、释迦牟尼、度母等。据当地藏族民众称，因为卓玛拉康一度被用作堆放草料的仓库，方保存下一些壁画残迹，大部分壁画均已不复存在。后殿即正殿，位于寺院最北，面阔14米，进深7米，共有立柱24柱，北壁东面