被贬职，回到无钖。第二年，与内阁对立的无钖进士高攀龙被贬，亦回到故乡。1596年开始，许多弟子登门造访，借住在附近的寺院，顾宪成兄弟建造教室和宿舍容纳弟子。宋代时，杨时在无钖建立东林书院；1604年，顾宪成重建东林书院，从士绅筹得捐款，无钖知县和常州知府都赞同其事，分别批出补助，县令并捐赠祀田。参与重建书院的，除了顾宪成兄弟和高攀龙外，还有顾宪成女婿王永图、无钖人安希范、刘元珍、陈幼学、叶茂才、张大受等，顾宪成期望在庙堂之外也能有所作为，并以「祠堂以崇先哲之懿范,则道脉系焉;书院以广友朋之丽泽,则学脉系