石、血清学、核型、行为、解剖学和繁殖的证据表明小熊猫更亲近浣熊科而非熊科。然而，与现代浣熊科相关的生态学特征、特征和不同的地理分布范围皆支持了小熊猫科的单独分科。最新的分子系统发生学脱氧核糖核酸研究亦支持将小熊猫归入独立的小熊猫科，与臭鼬科、浣熊科和鼬科同属鼬总科。小熊猫有两类亚种：小熊猫指名亚种（'）和小熊猫川西亚种（'）。而“'”一词常被错当为川西亚种的名称；这一错误源于在他1874年的论文《哺乳动物的自然历史研究——兼论此类动物分类》（）中的一个，从而使“'”成为一个裸名。最新的《世界动物物种