警备府司令长官指挥。海南警备府作为特例，乃是1941年4月10日由海南特别根据地队升格而来，负责海南岛的防备、资源开发等军政事务，与其他警备府并不相同。1942年1月15日，旅顺警备府因欠员而实质性废止。1943年4月1日，马公警备府改编成为高雄警备府。1945年日本战败时存在的5个警备府中，大凑、旅顺、镇海、海南四者均于11月30日废止。1946年4月30日，高雄警备府亦告废止。