后仅存的荷兰商馆也在1641年被强至迁移到长崎的出岛，日本自此正式完成「锁国」，出岛的荷兰商馆也成为欧洲在日本唯一的往来机构。1810年至1815年期间荷兰本土遭法国吞併，也波及到荷兰的海外殖民地南非、圭亚那、苏利南、印度、钖兰、马六甲、苏门答腊、摩鹿加及爪哇相继遭到英国攻占沦陷。期间英国的爪哇副总督斯坦福·莱佛士两次遣使长崎，提议由英国人来取代荷兰人在出岛的贸易，但是当时的甲比丹Doeff坚守荷兰在日本的利益，拒绝了莱佛士提出的贸易建议。从1609年开始至1858年，荷兰先后在日本派任了166任甲