分离出炭疽桿菌，但尚未证明这就是造成炭疽病的元凶。在戴维恩发表炭疽病在牛与牛之间可直接传染的现象之后，科赫更加仔细地研究这个疾病，他在有限资源的侷限中发明如何染色细菌，培养细菌。发明了纯化血液样本中的成分，在培养基上处理，他发现由于病原体无法长时间在宿主体外存活，因此炭疽病原会形成一种抵抗力强的内孢子。这些存于土壤中的内孢子，就是造成过去无法解释之炭疽大流行的罪魁祸首。这一发现在历史上同时也纪录了人类首次发现微生物能够致病的事实，这只细菌今日称为炭疽桿菌。1876年，科赫终于发表他的发现，四年后接受奖励