柠檬的起源成谜，普遍认为其源自缅甸北部与中国。一项针对柠檬基因来源的研究表明，柠檬起源自枸橼和苦橙的杂交体种化。根据犹太历史学家弗拉维奥·约瑟夫斯的记载，在公元前90年代耶路撒冷的犹太人在某一节日上会对犯下错误的牧师扔掷柠檬，虽然犹太人传统上是使用枸橼而非柠檬。古罗马时期，在不晚于公元1世纪时柠檬就从意大利南部进入欧洲，但是当时对柠檬的培养并没成功。在公元7世纪左右柠檬被先后引入到波斯、伊拉克与埃及。柠檬第一次出现在文字记载中是在10世纪的一部关于农业的阿拉伯语的着作中，那时柠檬也被用作园艺植物来装饰