巴坚赞在第十六世纪的最后几十年，统治效率不高，但相对和平。虽然在1550年代—1560年代的政治动荡之后，帕木竹巴已经丧失行政权力，但贡玛作为前藏（西藏东部）的中心，起到对不同宗教和政治派别相互平衡的作用。同时，后藏（西藏中西部）被新贵藏巴汗王朝统治。格鲁派的精神领袖达赖喇嘛与帕木竹巴保持良好关系。1601年，第四世达赖喇嘛云丹嘉措从蒙古到西藏，他接见了弥谤旺居杰布的使者，弥谤旺居杰布是帕木竹巴家族另一支家系的后代。但他被称为贡玛和全藏之主（"Gangchen namkyi gön chik"）。1603年