从1892年开始普鲁士文化部试图为贝林找到一个大学教授的位置，这样他在工作时有更大的自由，可以为自己找研究经费。由于贝林与科赫之间有意见分歧，因此此举更加紧迫。1894年至95年的冬季学期里贝林被授任为哈雷大学卫生特聘教授。1895年贝林获得了马尔堡大学卫生研究所教授和领导的职务。1904年贝林工厂（今天德灵公司的前身之一）在这里建立。1917年他在马尔堡因肺炎逝世。由于他在血清疗法和被动免疫上的研究，尤其是在对白喉治疗的贡献他于1901年辈授予首枚诺贝尔生理学或医学奖，并被封为贵族。