准自沈阳飞返南京，稍作停留即往上海国防医学院彻底检查病状，5月12日，请辞参谋总长本兼多职，均获允准，乃专心割治胃部。3月29日，第一次国民大会在南京召开，因东北作战失利、整军、收编伪军等问题受到严重冲击。5月10日提出书面辞呈。6月4日入住上海江湾国防医学院，6月12日手术割治胃部。10月30日，蒋安排陈自上海移居台北草山疗养，「不必忧虑时局」。蒋为安排后路，派陈主持台湾政务，改编和整训由中国大陆迁往台湾之部队。1948年12月29日，蒋公佈由陈出任台湾省政府主席。陈因事前未被谘询，对此人事命令感到困