别合成前列腺素 (prostaglandins) 及血栓素 (thromboxane)，和白三烯素(leukotriene) 等物质，并进而影响细胞内基因调控及讯息传递，或细胞间的交互作用。
代谢.PGE在肺脏内合成及代谢，经动脉注入后5分钟达最大的稳定血药浓度，停止注入后5分钟恢复基础血药浓度。首次经过肺循环后，60-90％被代谢，经过β氧化和ω氧化后，72小时内经尿液和粪便排出。