扁政府。在此时期内的中华民国行政院各部门首长，除首任行政院院长唐飞、行政院环境保护署署长郝龙斌、行政院原住民委员会主任委员陈建年（卑南族，中国国民党籍前台东县长）与后来的国防部历任部长（不包括蔡明宪）之外，大部分为民主进步党党员。由陈水扁指派、并与总统府共同为行政部门主体的行政院，行政院院长共历任唐飞内阁、第一次张俊雄内阁、游钖堃内阁、谢长廷内阁、第一次苏贞昌内阁、第二次张俊雄内阁共五位六任。其中，民进党籍政治人物张俊雄分别于2000年及2007年担任行政院院长。并且在2021/2/18获得国际抖手奖的