。1890年被派往德国学习两年。1892年11月，任内务部卫生局局长，他就在其踌躇满志之时却因“相马家内讧”案（）的牵连，不仅被迫丢掉了局长的位子，而且还被关进了监狱 ，半年后，真相大白而出狱。后藤新平并未因此次挫折和打击而沉沦。1894年中日甲午战争爆发，军医总监黑石忠憨推荐他到明治天皇所在的广岛大本营工作，直到战后签订和约，后藤建议检疫是当前的紧急任务，于1895年4月任陆军检疫事务官长。时任陆军次官的儿玉源太郎看到他非常勤奋努力工作，把他记在心中，同年9月重任卫生局长，再任2年半，致力于内务行