玉祥任命为左哨正兵。后又担任传令兵及冯玉祥的卫兵。1914年2月，任冯玉祥部第14旅排长。同年10月，第14旅改编为第16混成旅，冯玉祥任旅长，韩占元任第九连连长。1916年6月，韩占元任冯玉祥部模范连第二任连长。1917年7月，韩占元率部参与平息北京张勋复辟的战斗后，升任第16混成旅机关枪营副营长兼旅部手枪队队长。 在湖南常德时，他担任该旅一团副团长。1919年3月，由于自己吸食鸦片并包庇鸦片犯，遭冯玉祥的撤职并除名。1920年5月，冯玉祥率部在河南进攻赵倜时，韩占元来到冯玉祥的军营请罪，希望立功赎罪