外贝加尔边疆区之间，自南偏西流向北偏东，蜿蜒在唿伦贝尔草原上。额尔古纳河和俄罗斯境内的石勒喀河交汇后形成黑龙江。位于唿伦贝尔盟境内的唿伦湖的湖水向北注入额尔古纳河，唿伦湖上游是发源于蒙古国的克鲁伦河。在唿伦湖北面几十公里满洲里东部，发源于大兴安岭的海拉尔河从东面汇入额尔古纳河。之后在额尔古纳市西部根河流入额尔古纳河。以发源于内蒙古东部大兴安岭吉勒老奇山西麓的海拉尔河为源，到与石勒喀河交汇处为止，额尔古纳河全长1620公里，其中海拉尔河622公里。，全长1400余公里。额尔古纳河总流域面积15万平方公里。