皇帝由庆运宫搬往昌德宫居住。尹氏做皇后期间，曾入女学，并设置女侍讲，她还曾亲自下旨振兴女子教育。后来尹皇后还在宫中学习日语。据载，尹氏入宫后必须循规蹈矩，她进入昌德宫以后20多年间从未迈出宫门一步，一年之中只有一两次在昌德宫花园里散步而已。后来李垠之妻李方子在写回忆录时称“这真是一种囚徒的生活”。1910年8月22日，日本强迫大韩帝国签订《日韩合并条约》，正式将朝鲜半岛变为日本的殖民地。8月29日，纯宗颁布《让与诏书》，《日韩合并条约》生效，大韩帝国灭亡。据载，在纯宗颁布诏书前，尹皇后曾躲在屏风后面听到