1991年独立以来最严峻的危机，主要原因为受到1998年8月的俄罗斯金融危机影响。爱沙尼亚于1999年9月加入世界贸易组织。仍在为能源供应、电信、铁道等国营单位进行私有化。爱沙尼亚于2004年5月1日加入欧盟。目前爱沙尼亚经济发展迅速，资讯科技发达。不少芬兰公司将部分运营部门搬入爱沙尼亚，促进经济发展。2011年1月1日，爱沙尼亚正式加入欧元区，成为欧元区第17个国家。
资源.爱沙尼亚天然资源包含油页岩、石灰石，还有覆盖47%领土的森林（直至2017年，森林覆盖面积已经增加到5