在生命起源的争论中成为一种论据。一些拟菌病毒独有的基因，包括那些衣壳相关的基因，在多种能感染各域生物的病毒中保留。这暗示了拟菌病毒与一种先于细胞生物并且在地球生物的起源中起重要作用的DNA病毒有联系。另一种假设是，有明显的三种DNA病毒与目前的三个域（真核生物、古生菌、细菌）的产生有关。也有猜想认为这些病毒可能一开始是细菌，后来退化成了病毒。然而拟菌病毒并未表现出以下特征：具有稳态，能量代谢，能对刺激作出反应，自我繁殖，具有细胞结构等通常用以定义生命的特征。