波及香港后，黄永胜曾建议占领香港，但被国务院总理周恩来否决。1968年，在杨成武被斗倒后调北京，出任中国人民解放军总参谋长。1969年兼任军政大学校长、中共中央军委委员。按官方说法，「文化大革命」时，黄永胜和林彪一起迫害许多开国元勋，其中赵紫阳被批判，文年生被迫害致死。1971年夏天，黄永胜发表措辞严厉的声明，谴责周恩来计划寻求与美国更紧密的关系。黄永胜是第一、二、三届国防委员会委员，中共第八届中央候补委员、中央委员，第九届中央委员、中央政治局委员。1971年九一三事件后，黄永胜作为林彪在政治局和军队里