咸丰十一年（1861年）咸丰帝病重，遗命杜翰等八人为赞襄政务大臣，反对两宫太后垂帘听政。同年，两宫太后与恭亲王先到达北京，发动祺祥之变，罢免八大臣职务，赐死载垣、端华，斩杀肃顺。杜翰反对垂帘最积极，惟因杜受田子免死革职，流放新疆，后被赦免，从此闭门不出。同治五年（1866年）卒。