第一阶段进入三甲，但是赛程进入夏季之后，申花战绩出现巨大滑坡，主力球员在关键场次被中国国奥队抽调，同时的二次转会引援工作又出现引援名额与人选上的失误，经历了俱乐部历史上战绩最差的一段时期。其间主教练奚志康离任重新担任助理教练，由去年辅助布拉泽维奇的德拉岑·拜塞克接任主教练，率领球队为保级而战，最终名列第十一名，为队史第二差名次。不过这一年中球队四次在主场最后时刻绝杀对手，其中包括山东鲁能、杭州绿城与北京国安三个“宿敌”，成为赛季的亮点。
2012年.2012赛季开赛前，上海申花俱乐