学中国考古学客座教授。1948年回国。1949年，随国民政府迁台。1950年担任《大陆杂志》发行人并编《台大文史哲学报》。董举家来台之后，生活贫困，家中十余口，食指浩繁。1955年8月，他应香港大学之请，赴香港大学东方文化研究所任研究员。1958年，胡适由美抵台出任中央研究院院长后，力邀董作宾返台，史语所成立“甲骨学研究室”，由董作宾担当主任主持工作。1959年忽膺中风，不能言语，“入台大医院治疗三月而愈，然自后语言即告蹇涩”。1963年心脏病发去世，安葬于台北市胡适公园。
着作