中心体。已知新美鞭菌门真菌还能利用基因水平转移制造木聚糖酶（其基因来自细菌）及各种葡聚糖酶。其细胞的核被膜在有丝分裂过程中始终保持不变，亦为其特征。
代谢.新美鞭菌门真菌缺乏线粒体。它们通过氢化酶体把NADH氧化为NAD+，释放H作为产物。
降解多糖的能力.新美鞭菌门真菌在其宿主对纤维的消化中扮演了重要角色。它们在主要摄入高含量纤维食物的动物的消化道中大量存在。由这些厌氧真菌制造的多糖降解酶可以水解许多不易降解的植物聚合物，因此可以将非木质化的植物细胞壁全