1866年回到英国，这年约翰·汤姆生成为英国皇家地理学会的成员。1868年约翰·汤姆生再次折返「远东」，并将工作地点移至香港，开始他着名的中国旅程，历时五年，足迹遍佈中国大陆各地，拍摄了非常多的精彩作品。1871年约翰·汤姆生前往厦门，在这里遇见了马雅各（James Maxwell, 1835-1921）。马雅各是位医师，同样来自苏格兰。1865年时，苏格兰长老教会派遣他到台湾传教。此时，两位苏格兰同乡在厦门相遇，借由马雅各的描述，约翰·汤姆生知道了很多关于台湾岛上原住民的讯息，这深刻地吸引了他，决定随