宣布继续「戡乱」，作战到底，称政府用兵最后目的在争取和平，对内不倚外力支持，对外努力敦睦邦交；中国青年党决定参加孙科新内阁，仍由左舜生任农林部长，林可玑任政务委员。12月25日，中共方面宣布头等战犯名单，第一批43名人，孙科是其中之一。12月28日，行政院新闻局否认孙科派代表晤李济深。1949年1月1日，行政院长孙科发表广播演説，谓此次内战各方均有责任；并表示政府力求解除人民痛苦，改革征兵、征粮制度和稳定物价。1月7日，行政院召集国防部长徐永昌、财政部长徐堪、主计长庞松舟、秘书长端木恺、交通部次长凌鸿勋