历三十六年（1608年），其子何九转病故，媳妇王承静自尽殉节，开始撰述《闽书》。万历四十八年（1620年）《闽书》150卷成书。泰昌元年（1620年），任光禄寺少卿。天启二年（1622年），进左通政。天启三年（1623年），擢升通政使，不久辞官。崇祯二年（1629年），任南京工部右侍郎。崇祯三年以病辞归，晚年居家将《明实录》删为《名山编年》。崇祯四年十二月二十日（1632年初），去世。赠工部尚书，赐祭葬。
着作.着有《名山藏》109卷、《皇明文征》74卷、《何镜山先生全集》