过父亲还是和他分开住；这时他的上司葛城美里见真嗣很孤独，于是提议一起生活并成为他的监护人，因此真嗣就住进了她家。自从成为NERV一员、和葛城美里一起住之后，他渐渐产生了变化，也交到了朋友，如他的同学铃原冬二和相田剑介，以及同是驾驶员的绫波零和惣流·明日香·兰格雷。经过多次战斗后，身边的人一个个离开，孤独的真嗣遇到了第五适格者渚薰，并对他打开心扉。然而，渚薰的真面目是最后的使徒，他的行为会导致人类灭亡。真嗣则带着被背叛的感觉，驾驶初号机追击，经过激烈的战斗，渚薰被初号机的手捕捉住。渚薰最终依自己所愿被杀