.南云忠一于1887年（明治20年）3月25出生于山形县米泽市的信夫町，父亲为旧米泽藩士南云周蔵，为兄弟6人中的次子。1905年（明治38年）入学海军兵学校第36期，1908年海兵毕业，在同期191人中排名第7位。毕业后以海军少尉候补生的身份先后于防护巡洋舰“宗谷”与“新高”，以及装甲巡洋舰“日进”上见习。1910年1月15日晋升海军少尉，在装甲巡洋舰“浅间”执勤。1911年入海军炮术学校以及海军水雷学校普通科受训后，1911年12月晋升海军中尉，在战舰“安艺”上，1913年（大正2年）调至驱逐舰初霜号。