碇真嗣被父亲找来第3新东京市的NERV本部，却要驾驶巨大人型兵器EVANGELION迎击不明威胁使徒。庵野在完成TV版数年后开始推动翻新计划，为此成立了新的工作室Khara，招募旧班底和新成员，打算重新出发。制作消息于2006年首度宣布。本片结合传统手绘动画和电脑动画（CG），将TV版的素材重新制作。本片于2007年9月1日在日本上映，获得观众热烈回响，首週末登上票房冠军，最终总票房达到20亿日圆，并且获得第31回日本电影学院奖优秀动画作品赏在内的多项大奖。本片也作为第12届釜山国际电影节（PIFF