岛屿形成的经济资源基础所影响，单在爪哇已有超过2亿人聚居。所有运输工具互相补足，而非竞争关系。当中公路运输占主导地位，在2008年总长度有约438,000 公里。在爪哇和苏门答腊，有四个不相连的铁路网络，主要用作运载大宗商品及和长途客运，苏拉威西和西巴布亚的铁路系统正在建设中。海上运输则在经济整合、国内外贸易发挥重要角色。 各个主要岛屿有至少一个重要港口城市。内河运输相对重要较少，只限于东部苏门答腊和 加里曼丹等地。航空运输则相当重要，尤其是水运及陆运欠缺及不存在的地区。民航客机都可以涵盖国内所有主