它由皇帝弗朗茨二世重建。在威廉·冯·洪堡的大学改革后大学引入了教学自由的观念。大学旨在传授知识，大学生应该被带入科学研究的世界。从此大学拥有了高度的自治。除了1938年到1945年这段时间里，这种基本的结构一直保持到1975年。在1938年奥地利被纳粹德国吞并后，许多的教职员工被解职。其中包括诺贝尔奖得主奥托·吕维（Otto Loewi）、维克托·弗兰茨·赫斯（Viktor Franz Hess）和薛定谔。1975年的大学改革结束了由教授管理大学的状况，并建立了许多有学生和助教们组成的组织，他们同样