刺史何无忌在与卢循部将徐道覆的作战中战死。江州失陷震惊全国，卢循等更转攻建康，诸葛长民入衞建康。刘裕刚从南燕率军返回，刘毅于峥嵘洲败于卢循，进一步逼近建康，诸葛长民等人于是劝刘裕迎晋安帝到江北避乱。不过刘裕拒绝这项建议，又命诸葛长民和刘毅北屯北陵以保衞石头城。及后卢循撤军，刘裕率兵追击，最终成功平定乱事。事后，诸葛长民转督豫州及扬州之六郡军事、豫州刺史、领淮南太守。
图逆事败.义熙八年（412年），时为太尉的刘裕西伐刘毅，诸葛长民以监太尉留府事驻守建康，不过诸葛长民骄纵贪侈，多做不