随着粉岭／上水新市镇不断发展，北区人口高速增长，加上香港与内地经济、社会等各方面的来往不断深化，每天有大量人口途径北区来往香港和深圳，粉岭医院和上水的石湖墟赛马会诊所已无法应付北区的医疗需求，香港政府遂于北区觅地建立大型急症全科医院，最终选择于皇家香港警察少年训练学校的天祥营旧址兴建北区医院，于1998年落成。经过三年的交接期后，医院管理局于2001年1月将粉岭医院的住院病人全部转移到北区医院，粉岭医院普通科门诊服务亦于2002年10月迁往粉岭基层健康护理中心，香港政府随即将粉岭医院改建爲匡智粉岭综合复康中