，阿富汗战争爆发。企业号开始昼夜派飞机轰炸塔利班据点，甲板飞行作业更曾持续36小时。25日企业号为罗斯福号接替，途经苏达湾，在11月10日返抵诺福克，预备进入船坞维修。12月7日，总统小布殊在珍珠港事件60周年纪念日，到企业号发表演说，并展望美国发动的反恐战争前景。2003年5月6日，企业号换驻第1航空团，开始在近海试航训练。8月28日企业号再次前往阿拉伯海，在10月13日横越苏伊士运河，再在22日进入霍尔木兹海崃，开始参与阿富汗及伊拉克战争。此程也是F-14战斗机最后一次在舰上执勤。11月5日至15日