全省世袭驻军地位，一直到咒水之难随南明永历帝入缅甸东吁王朝北部（今克钦邦东北部的八莫）边境的沐天波。战争结束后，明朝将军蓝玉和傅友德阉割了380名蒙古和回回俘虏。他们许多人成为太监，服务明朝皇帝。 其中一名太监就是郑和。。明军驻扎在云南全省，他们与苗族和瑶族妇女的后代被称为“屯堡人”，以区别于在以后的几个世纪移民到云贵的汉人。屯堡人今天仍然生活在贵州、云南。
评论.朱元璋：那云南我本不征伐他，他却如常生边衅，以此无乃何去征他，调了二十二万军马，和余丁二十七万，平定之后带战亡逃病折了