温州水警区划归舟山基地建制领导（7月30日华东军区海军执行）。1955年4月起，归东海舰队建制。1956年，温州水警区自海门移驻温州。文革初期，1967年3月，温州军分区和海军温州水警区组成温州区军事管制委员会，实行军管。1968年12月成立温州地区革命委员会和温州市革命委员会。1968年1月19日，地方军委批复，温州水警区和长涂水警区对调防务（海军已在1月6日下令对调）。1968年1月28日，温州水警区与长涂水警区换防后，温州水警区到达长涂后改称长涂水警区；长涂水警区到达温州后改称温州水警区，其代