马继祖（），字崇功，直隶扬州府泰州如皐县人，民籍，明朝政治人物。
生平.应天府乡试第三十名举人。弘治三年（1490年）中式庚戌科三甲第二十五名进士。
家族.曾祖马通；祖父马定，赠卫经历；父马俊，卫经历。嫡母范氏（封孺人）；生母傅氏。