中国教民及其家属子女1万多人，焚毁教堂、医院225所，烧拆房屋两万余间，是各省中死人最多的一个省。清廷事后为此付出四百余万两白银的抚恤金和丧葬费等赔款，另根据辛丑条约附件八停止山西人士参加科举考试的资格若干年，以示惩罚。至八国联军攻入天津后，毓贤自请勤王，而当圣旨命其统军入京，毓贤却不想出发，暗地里唆使山西民众唿吁朝廷让他留下，朝廷不允，再发旨催促。1900年7月，毓贤不得已才上路，而上路前还告诉义和团民：「教民罪大，焚杀任汝为之，勿任地方官阻止也。」当时，联军已破京师，毓贤在路上遇到逃亡的太后与皇帝。