5月，新疆军区把下属部队分别整编成国防部队、生产部队，第二军、第五军、第六军各2个师以及第二十二兵团5个师等部共15万人改编成10个农业建设师、1个工程建设师、4个建筑工程独立团；撤销第二军、第六军番号。1954年10月7日，根据中央军委及中国人民解放军总参谋部电令，第二十二兵团部和新疆军区生产管理部合并组成新疆军区生产建设兵团，各农业建设师、工程建设师、团等生产部队全部划归新疆军区生产建设兵团建制（1956年5月，该兵团脱离新疆军区建制，改由中华人民共和国农垦部和新疆维吾尔自治区双重领导），撤销第五军