发现死者的潜水服附有破裂的装有鱼血的薄塑料袋，断定这是一起谋杀。柯南等人一边寻找着行踪诡异的猎人下落，一边试图解开那则疑似为整个事件起因的宝藏传说，以及罪案现场海底宫殿的谜题。经过一番调查之后，他们找到了一个神秘的名词「JOLLY ROGER（海盗旗）」，正当柯南就快要将整个传说的谜题解开之际，原本被发现的部分宝藏却突然遭猎人松本光次和伊豆山太郎夺走。这些猎人的魔掌，更挟持小兰和园子身上。而柯南在美马和男的帮助下，独自前往营救小兰……