回封国新乡，万历帝用三十万白银为他购买珠宝，后在宋纁强烈要求下，减少了十万两。万历帝为自己庆贺增加二十万白银，宋纁坚决反对，最终万历帝方才罢免此事。宋纁在户部的五年，正值各地多灾多难。他坚持反对奢华浪费以解决开支，并将资金分成轻重缓急以筹资。都御史吴时来以吏部尚书杨巍年老求去，忌惮宋纁名望在自己之上，于是两次上疏弹劾，宋纁两次请求辞职，万历帝均没有许可。而杨巍离开后，宋纁代替出任吏部尚书。杨巍在吏部时，不能阻止官员贪污，遇到事情则动辄请求上级指示。宋纁上任后，决断官员卖官鬻爵，并罢免贪污受贿的上百名官员