虫植物数据库中，分类学家简·斯洛尔将汉密吉伊坦山猪笼草列为小瓮猪笼草与盾叶猪笼草的自然杂交种。其他假定的杂交亲本包括胡瑞尔猪笼草、毛律山猪笼草和有柄猪笼草。
相关物种.正式描述的作者们将汉密吉伊坦山猪笼草与小瓮猪笼草、棉兰老岛猪笼草和盾叶猪笼草进行了比较。这些物种被认为与汉密吉伊坦山猪笼草之间存在着密切的近缘关系。它们之间的区别在于：小瓮猪笼草的各方面均较小型，植株除花序外大部分无毛被。棉兰老岛猪笼草上位笼更为细长，形状与其明显不同。同时，棉兰老岛猪笼草的叶片末端为急尖，而汉密