黑粉菌亚门（学名：Ustilaginomycotina）是担子菌门下的一个亚门。该亚门下含根肿黑粉菌纲（Entorrhizomycetes） 、黑粉菌纲（Ustilaginomycetes）、外担菌纲（Exobasidiomycetes）三个纲及马拉色菌目（Malasseziales）。