返军职担任接任东北行辕副主任，协助行辕主任陈诚处理国共内战东北战场，但东北战场溃败，罗卓英也跟着陈诚一同辞职负责。1948年底，陈诚担任台湾省主席兼台湾警备总司令，罗卓英追随其进入东南军政长官公署，任公署副长官。1949年其族人多随之迁往台湾，乡居屏东县。12月31日，东南军政长官公署政务委员会委员罗卓英呈请辞职，罗卓英准予免职。
晚年.1950年3月，罗卓英曾任中华民国总统府战略顾问、光复大陆设计研究委员会委员兼台南研究区主任、国民大会代表。1961年在台北因糖尿病併发症