、基因组大小、基因顺序、与GC含量能反映出现存生物的许多基因组演化信息。基因复制在基因组形成过程中起重要作用。真核生物的基因组存在大量重复序列。按照不同重复频率，可分为高度重复序列、中度重复序列、低度重复序列。这些重复序列是生物多样性的基础。基因水平转移常常用来解释亲缘关系很远的生物之间为什么会有很相近的基因。基因水平转移在微生物之间比较常见。另外，真核生物的核基因组中也有些从叶绿体和线粒体转移来的基因。