国民党成为在野党后，要求清算前总统李登辉与尊崇前总统李登辉的大有人在，加上连战和李登辉关系决裂，使得李登辉与国民党渐行渐远，国民党最终与前总统李登辉决裂，部分李系人马在国民党内被清除，导致了国民党的再次分裂，部分原李系人马和曾被李登辉提拔的如吴伯雄、马英九与吴敦义等与李登辉决裂，之后成为国民党的新主流派。国民党在政党轮替后仍是立法院第一大党（此时仍为第4届立法委员任期，直至2001年底改选），作为最大在野党掌握对立法院的控制权。虽然国民党党员唐飞受邀组阁，但是国民党对唐飞的支持还是一般，加上核四问题，