了《米欧回览实记》，以此从政府获得了500日圆的赏金。其后久米进入政府的修史馆，与重野安绎共同编纂《大日本编年史》等国史。1888年（明治21年），就任东京帝国大学教授，并兼任临时编年史编纂委员，继续与重野安绎等人修史。1892年（明治25年），在田口卯吉的推荐下，杂志《史海》转载了久米的论文〈神道乃祭天之古俗〉（神道ハ祭天ノ古俗），结果此论文被当时的神道家攻击，久米被迫辞去前述的职务（久米邦武笔祸事件）。1895年（明治28年），在大隈重信的招待下转入东京専门学校（现在的早稻田大学），在该校讲授日本古