被蒋介石电召回到四川，此后他在重庆南温泉原国立政治大学旧址创办了南林学院，并自任董事长，该学院1947年开学。1946年11月，唐式遵当选为仁寿县第一届国民大会代表。1948年3月29日，第一届国民大会在南京开幕，唐式遵参加了大会。1949年，中国人民解放军逼近四川、云南、贵州。同年11月28日，蒋介石自重庆转往成都之后，任命唐式遵为西南军政长官公署副长官兼西南第二路游击总司令，要唐式遵帮助胡宗南固守成都。12月7日，派唐式遵为西南第二路游击总司令。1950年1月底，唐式遵得知四川省政府主席王陵基已