于台湾总督的人选，都以授阶中将或上将的武官来担任。1898年，日本明治政府任命儿玉源太郎为第四任总督，并派后藤新平担任民政长官以为辅佐，从此採取软硬兼施的政策治理台湾。加上日本于1902年年底大抵肃清台湾抗日运动势力之后，成员全为日人；且务须遵守日本法律的台湾总督府之对台统治权才就此建立起来。而日方这种软硬兼施的殖民地政策，一般称为特别统治主义。事实上，日本统治台湾之初就存在着殖民地统治策略的两条路线之争。第一条路线就是后藤新平所代表的特别统治主义，但他同时也醉心于德国式科学殖民主义。后藤新平认为，