年（1791年），升授福建水师提督，仍兼台湾镇总兵。廓尔喀之役事起，授正红旗蒙古都统、驻藏办事大臣。九月，干隆帝召福康安、奎林进京，十月，发兵征廓尔喀，授奎林成都将军、参赞大臣，赶赴四川率军入藏。五十七年（1792年），在入藏途中，行至江卡（今西藏芒康县），头顶毒疽发作，卒于军中，谥武毅。