4年），甘肃回人叛乱，清军进剿。回军在甘肃失利，想要按照以前白彦虎的策略，西进新疆，由伊犁逃往俄国。长庚获得谍报，派兵扼守珠勒都斯等地，回军无法跨越，于是束手就擒于罗布淖尔。二十二年（1896年），长庚奉命兼任镶蓝旗汉军都统。二十六年（1900年），义和团运动爆发，俄国调兵进入伊犁。长庚与俄国领事交涉，承诺保护教堂及俄人财产，于是退兵，人心乃定。此后，调任成都将军，还未上任，奉电旨赶赴阿尔泰山勘定边界。不久，内召北京，授兵部尚书。三十一年（1905年），再任授伊犁将军。长庚上疏陈奏伊犁应办事宜，并于新疆