杂乱，朝廷难以节制管理，杨鹤上任后，传檄让当时势力最大的贵州土官水西安氏尽数清查户籍税赋，查明贵州土官姓名和承袭的原由曲衷，把资料全部上交有关部门，于是自此簿牒始明，奸弊易核。数年后还朝。杨镐在辽东四路兵败，杨鹤推荐熊廷弼、张鹤鸣、李长庚、薛国用、袁应泰，使辽东军备大振，边患稍息，但杨鹤为官直言不讳，结果被高官所忌，引疾去职，又逢丁外艰守制。天启年间，启用为太仆寺少卿，擢右佥都御史，巡抚南、赣。尚未上任，又丁内艰。熊廷弼在广宁兵败，魏忠贤以此为借口，将杨鹤除名。崇祯元年（1627年），召拜左佥都御史