Ruwenzori山区和Rift Valley湖区，其中有世界最深淡水湖之一的坦干依喀湖（1470公尺深），以及世界上第二大的淡水湖－维多利亚湖。西部裂谷的形状是比较破碎的。位于肯亚的东部裂谷部分，则是整个东非大裂谷区较深的部份，其中最深处在肯亚的奈洛比北部，这一部份的裂谷区没有出海，因此所造成的湖泊则较浅、所含矿物和盐份也较高。如马加迪湖几乎都是碳酸钠组成。埃尔门泰塔湖（Lake Elmenteita）、巴林哥湖、柏哥利亚湖和纳库鲁湖（Lake Nakuru）则硷性相当高。奈瓦夏湖则是小规模的淡水湖。