所有西属美洲的特产和资源都会通过船只（参见西班牙珍宝船队）运回本土。这也造成了后来从西班牙殖民地独立出来的国家都是较落后的农业国，这和独立自英国的美国形成鲜明对比。
殖民总督区.1535年起，西班牙为了统治西属美洲，先后建立四个总督区：此外，有的总督区下设置有都督府。在南美洲共有4个都督府：危地马拉(1527年)、古巴(1777年)、委内瑞拉(1773年)和智利(1778年)。1764年，西班牙又在美洲殖民地推行皇家审问院制度，分新西班牙为12个审问院，拉普拉塔为8个审问院等等