于屯番制、守隘政策的推行，马卡道族开始往潮州断层迁移，渐渐形成如今日的分布。清同治年间，因为琉球国宫古岛人被台湾原住民杀害，日本派兵侵犯台湾，是为牡丹社事件，清政府才重视台湾的海防事务，派沈葆桢到瑯峤设海防，隔年在台湾最南端设立恆春县，将率芒溪（今春日乡）以南规划恆春县，这个时期等于将屏东分割成二部分，率芒溪以北属于凤山县，以南属于恆春县，其上为台湾府（台湾设省后改称台南府）。而在屏东县南边的恆春半岛地区，则是在光绪元年（1875年）才从凤山县划出恆春县，建恆春县城。
日治时