空管委的实际工作由中国人民解放军总参谋部负责。国家空中交通管制委员会办公室设在中国人民解放军总参谋部作战部。2016年深化国防和军队改革中，中国人民解放军总参谋部撤销，国家空中交通管制委员会办公室改设在中央军委联合参谋部作战局。1994年10月1日江泽民题词：“保证飞行安全，提高服务质量，为我国改革开放和经济建设服务。”2003年9月，国务院中央军委空中交通管制委员会对空管工作提出了新要求，为了适应经济发展和国防安全要求的空管体制，进一步开发利用空域资源，满足经济建设、国防建设和社会发展的需求。