《燕云录》称，北宋靖康二年，“奉使官中书侍郎陈过庭、门下侍郎耿南仲并文武官五十余员，本在真定，丁未八月遣诣燕山崇国寺安泊。”此崇国寺应为南崇国寺，这是南崇国寺留下的最早记录。金朝末年，蒙古军进攻金朝，南崇国寺被毁。元朝建立后，南崇国寺获修复，至元朝末年元顺帝时，依然有南、北两座崇国寺存在。元朝之后，南崇国寺再无记录。据说，明朝创建的隆福寺便是在南崇国寺基础上建立的。北崇国寺的创始人为南崇国寺住持释善选的弟子释定演，用地由元世祖所赐。该寺始建时间有争议，护国寺内的皇庆碑称元世祖赐地为至元二十四年，至正碑则