逃避宿主先天性免疫系统的机制非常多样。一种常见的策略是躲藏在宿主细胞内部（又被称为胞内致病）。在胞内致病机制中，病原体主要躲在宿主细胞内度过其生命周期，从而避免直接接触免疫细胞、抗体和补体。例如，病毒、沙门氏菌（可引起食物中毒）以及真核类的寄生虫，包括疟原虫（疟疾）和利什曼原虫（利什曼病）。有一些病菌，如结核分枝杆菌，被包裹在一个保护性的胶囊内，可以防止被宿主内的补体所裂解。很多病原菌会分泌化合物来降低或误导宿主的免疫反应。还有的细菌可以生成生物膜来保护自身免遭免疫系统的攻击。这类生物膜出现在许多病菌感染中