地区海岸各港口。主要工作负责船舶进出港安检及海岸安全维护。安检相关工作曾由各县市政府警察局渔港分驻（派出）所、渔港驻在所等执行，海巡署成立后，海岸及港口安全划归海巡署负责，安检所遂成为位于港口及沿海近岸的执法单位。
组织.海洋委员会海巡署下设北部、中部、南部、东部、金马澎、东南沙等地区分署，分署下又辖有岸巡队，岸巡队下再于各港口分设安检所。各安检所设所长及副所长一人，再视所在港口大小及规模，设小组长。所长一职，最高可达到中校阶级，最小则可能为下士担任。
任务