庙始建于清朝康熙三十年（1691年）。因该庙原是清朝札萨克图旗（今科尔沁右翼前旗）第三代郡王鄂齐尔的家庙，故俗称“王爷庙”。康熙三十三年（1694年），郡王鄂齐尔率领从东乌珠穆沁旗请来主持该庙庙务的高僧却尔济赴北京觐见康熙帝。喇嘛却尔济在北京期间，将不少藏文佛经译为蒙古文，受到清廷的赞赏。清廷封其为 “巴格西葛根”，并给王爷庙赐额“普惠寺”（蒙古语音译“好特老尼古勒喜”）。但该名称不为旗民熟知，旗民一直习惯称该庙为“王爷庙”。鼎盛时期，该庙有喇嘛600多人。该庙也成了附近地区的地名，如今的乌兰浩特市旧称