1235年（嘉祯元年）由于石清水宫与兴福寺之间的斗争，在比叡山延历寺一胁爆发大规模的寺院之后的斗乱，泰时决定强行镇压。兴福寺与延历寺首次有僧兵跳涯自尽。进入院政期朝廷对寺院斗镇毫无对策，幕府对于僧兵不合理的要求决定以武力镇压。1242年（仁治3年）四条天皇驾崩。推举顺徳天皇皇子忠成王成为新的天皇。泰时对顺德天皇不满，迫使忠成王退位，贵族推举后嵯峨天皇。引致九条道家、西园寺公经等京都公家众反感，导致日后这些人失势。由于处理朝廷天皇问题导致体力衰竭，出现痢疾各种併发症，泰时选择出家，法名观阿。1242年