6年（1563年）11月1日，观音寺骚动爆发，六角义弼在观音寺城的屋敷被纵火，最终他投靠蒲生定秀，承祯（即义贤）则逃往甲贺，长政则进军至四十九院（现滋贺县犬上郡丰乡町四十九院），并且得到六角氏家臣、和池田氏等的响应。自此，浅井的势力扩展至现在的彦根市、多贺町、甲良町和爱知郡一带，近江的形势亦开始逆转，浅井家转守为攻。按东京大学助教授的说法，长政通过市桥长利，向织田信长献马和太刀等贡品，并且在永禄11年（1568）迎娶其妹阿市，与织田家建立了同盟关系。两人成婚后三个月，本来倚靠朝仓义景，希望成为将军的足利义昭