辰时，沐浴端坐，数称毗卢遮那佛而逝。弟子依照其遗言，将他的遗体安放在北京城西郊的慈慧寺。万历三十二年京城大水，弟子将他的遗体移至径山寂照庵，后又因塔进水，移至开山，全身舍利经十三年不坏。万历四十四年十一月十九日，由憨山德清举行荼毗火化仪式，将他的骨灰舍利供奉于浙江余杭径山文殊台，世称紫柏塔。
着作.真可的着作不多，收录于《长松茹退》、《紫柏尊者全集》及《紫柏尊者别集》之中。