后来并打倒林道干，併吞其部众与船只。其船队经常骚扰福建及广东海面，官兵乃协力会剿。万历二年（1574年），林凤被明朝总兵胡守仁追击，逃窜至澎湖，然后又到台湾魍港（八掌溪口）。在官军追击下，林凤扬帆南奔，改往菲律宾，林凤率领部队入侵西班牙统治下的菲律宾吕宋岛，经马尼拉之战与西班牙人作战，攻佔马尼拉烧杀抢掠当地。后为明朝福建巡抚刘尧诲、广东提督殷正茂与西班牙联军所败，失败后再逃到魍港，被胡守仁击溃于淡水海上。后不知所终。
其他.菲律宾前总统马可仕曾宣称林凤为其先祖。