年，又任国民政府委员。1947年，加封“护国净觉辅教大师”，颁金印金册，其荣誉与达赖喇嘛、班禅喇嘛相等，册封令文为：1947年，他当选为第一届国民大会代表。1948年，被聘为总统府资政。
台湾时期.1949年来到台湾后，任中国佛教会理事长。1957年3月4日因胃癌示寂于台大医院，世寿68岁。中华民国总统颁“褒扬令”以表彰其贡献：其灵龛在北投火化，舍利多达六千余颗。遗体进行火化当中，有不可思议之瑞相出现 。历代章嘉活佛舍利塔多存于山西五台山镇海寺，而本世舍利塔于1957年建于台北