澎湖天后宫设立应与明代万历年间的澎湖游兵有关，在文献可考的最早年代是1604年（明万历三十二年）。该年荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wybrand van Warwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求贸易。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。董应举在天启年间写给福建巡抚南居益的信中提到此事：「彭湖港形如葫芦，上有天妃宫，此沈将军有容折韦麻郎处也。」台湾学者吴培基、赖阿蕊曾发表〈沈有容谕退韦麻郎及立