在奥尔康营加入美利坚联盟国陆军，成为第8步兵团上校，但此后一直都没有过指挥作战的经历。1861年11月18日，主权会议如期在拉塞尔维尔的威廉·福斯特大宅举行，伯内特再度担任主持。为了与会代表的安危着想，他首先提议会议延期到1862年1月8日，但在来自斯科特县的乔治·W·约翰逊（）影响下，大部分代表决定会议继续举行。然而，会议进行到第三天时，肯塔基州的军事形势已经非常严峻，整个会议不得不转移到贝塞尔女子学院的校园塔楼内继续，拉塞尔维尔的这所院校如今已经废弃。会议通过脱离联邦的决议，并成立肯塔基州邦联临时