历二十九年，会试第二百七十六名，殿试三甲第一百三十六名进士，改庶吉士，后授翰林院检讨。当时百姓承担巨额矿税，蔡毅中选取《祖训》、《会典》，建议禁戒矿税监，收集成二卷，呈上明神宗。不久之后他陷入党争：当时大学士沈鲤与蔡毅中同乡，而沈鲤与首辅沈一贯不和。恰逢温纯任河南参政，在诸生中器重蔡毅中。温纯在担任都御史，奏疏得罪沈一贯。沈一贯怀疑此奏疏出自蔡毅中之手，是为沈鲤争势力，心里忌恨他。于是沈一贯乘考察之便，削蔡毅中官职，很久后蔡毅中才起任麻城县丞。很快以行人司副，被召见，提升为尚宝寺丞。却又因病回乡。万历四十五