和三宝院继续钻研佛学。后来，崇传先后担任福严寺、和建长寺住持，其后在庆长10年（1605年）于京都五山之上别格的南禅寺担任第270世住持，这时获后阳成天皇赐予。庆长13年（1608年），崇传获德川家康传召，前往骏府城取代死去的处理外交工作，从而参与江户幕府政策。他与、板仓胜重将寺社带入行政中，禁制基督教，并且与寺院诸法度、武家诸法度和禁中并公家诸法度制定有关连。庆长19年（1614年）方广寺钟铭事件爆发，崇传指出文英清韩铭文中的「国家安康，君臣丰乐」乃诅咒家康身首异处，祈求丰臣氏繁盛的语句，此一文字