于2008年，两个蛙壶菌的分离物基因组被DNA定序，科学家已积极将有关资料用在了解蛙壶菌在分子层面的生命周期及两栖类的病原性。在9000个基因的研究中发现，多于55%在孢子囊及游离孢子之间有不同的基因表现。多种金属蛋白酶的表现相信是引发病原性，并会造成皮肤上的感染。
免疫假说.由于蛙壶菌造成两栖类的严重衰落，科学家们都在研究如何抗衡。其中一项研究发现，那些能够在感染壶菌病仍能生存下来的，倾向带有大量的兰黑紫色杆菌。这些细菌会生产抗真菌的化合物，如吲哚-3-甲醛及紫色桿菌素，少量也