原大将军刘永福为第二任大总统，以台南为都，设总统府于大天后宫。学者将刘永福在台南所建的政权称之为「台南共和」（Tainan Republic）或「第二共和」（Second Republic）。10月下旬兵败陷落。
日治时期.台湾民主国抗日失败后，台南士绅推举英国牧师巴克礼于1895年10月20日会见日军，翌晨引领入城、日治时期开始。在日本人施政下，1900年11月29日台南＝打狗间铁道开通，设停车场（即车站）于城内西侧空地。台南厅舍（后改为州厅）、地方法院等公家机关相继成立。稍后的