5年9月以后，每週更有7,000人死于疫病之中。情况一直至到冬季降临才有转变，死亡人数开始逐步放缓。翌年2月，国王查理二世认为首都的疫情已经受到控制，于是便与一众随行人员班师返回伦敦。不过，由于英国在瘟疫期间并没有放弃外贸，中断与欧洲大陆的商务来往，使到法国在接下来的冬天马上遭殃，爆发出新一轮的鼠疫。 虽说疫情主要集中在伦敦市，但亦渐渐影响到英国的其他区域，最有名的例子包括打比郡的小镇。有争论指，瘟疫是在1665年8月跟着来自伦敦的衣料商人抵达当地的。村民们当机立断，随即自行实施隔离，断绝所有对外的运输