开始负责研制第一款国产干线客机（运-10），但最后因拨款及技术问题而无法量产。及后，上飞再与麦克唐纳-道格拉斯公司合作，代工生产MD-80系列客机。1999年，随着中航工业分拆，上飞曾一度分拆至中国航空工业第一集团，再于2003年併入一航属下的西安飞机工业集团，直至2008年一航及二航再度合併为止。2009年6月6日，上海飞机制造厂改制为上海飞机制造有限公司，并连同资产售予中国商飞，以换取中航工业在中国商飞的26.35%持股。及后，上海飞机制造有限公司成为中国商飞的总装制造中心。2021年1月2