也被认为是演化自陆栖主龙类祖先，因此湖北鳄亚目被视为最早具有鳞甲的主龙类之一。在1976年的一份研究，提出湖北鳄亚目的背部鳞甲、早期主龙类的鳞甲并没有类似特征。湖北鳄亚目的祖先可能是年代更早、更原始的陆栖双孔类爬行动物，因此湖北鳄目与早期主龙类具有这些共有衍征。在1991年，编号V4070标本出土、经过研究后，显示这群动物与其他双孔亚纲有显着差异，湖北鳄亚目被承认为独立的湖北鳄目。 鼻骨与前额骨之间的洞孔，一度被认为是外鼻孔，而鱼龙类某些属的外鼻孔也位于相同位置，因此被视为是湖北鳄目、鱼龙类有接近亲缘关