告失败。赖长由家司抱持着骑马逃出御所，途中为放箭射伤了头部。赖长受了重伤，抱着最后的希望逃亡，向已退隐的父亲藤原忠实求救，遭到拒绝，失意而死。赖长死后，其长子、次子、三子、四子范长皆遭流放。除了师长之外皆死于配流之所。保元之乱之后，藤原赖长被封为朝敌。1164年，其次子受到特赦，回到京都（平清盛执政后，师长成为太政大臣）。然而1177年（安元3年）先后发生延历寺强诉事件、安元大火和鹿谷阴谋事件，朝廷认为是赞岐院（崇德上皇）和藤原赖长的怨灵作祟，因此在8月3日谥赞岐院为崇德天皇，同时追赠藤原赖长正一位