，相当于战前人口的1/5。有8万人流亡到西方。由于爱沙尼亚人与德国合作，因此在第二次世界大战后期遭到苏联的强烈报复。苏联红军轰炸了塔林和纳尔瓦等城市，造成大量平民伤亡。苏联重新占领爱沙尼亚后还进行了大规模的逮捕和处决。反抗苏联占领的爱沙尼亚游击队“森林兄弟”一直战斗到1948年（立陶宛、西乌克兰的类似游击队战斗至1950年代），最后一名游击队员在1978年才被逮捕。为了报复爱沙尼亚人参与苏德战争，苏联还调整了该加盟共和国的边界，把一部分领土转给了俄罗斯。从1949年5月起，苏联开始向西伯利亚流放爱沙尼