赞助费而改组青春班，引致成绩一落千丈，1996–97年度球季更于甲组联赛七支球队中位列榜末，宣告首次降落乙组作赛。在其后的十年时间，东方一直以业余球员为骨干于低组别联赛角逐，更曾经在2002–03年度球季中，在乙组联赛 10 支球队中位列榜末，而一度降落丙组作赛。
浮沉于各级联赛.2006–07年度球季，东方在乙组联赛中以 20 战 5 胜 4 和 11 负得 19 分排尾二，依例来季需降落香港丙组（甲）足球联赛角逐。但由于深圳上清饮放弃来港角逐甲组联赛，东方应足总主席梁孔德之邀请