于谁描述在先，现已无从考证。一直到1970年代，恆河豚都被认为只有一种，分为恆河族群与印度河族群，这两个族群的地理分布相互隔绝，几百年甚至几千年都未杂交过。学界根据牠们头骨结构、嵴椎骨与脂质构造的不同，在1970年代早期宣布这两个族群是不同的物种。现代基因测序技术对这一分类提出了质疑，在1998年时又恢复为1970年以前的分类方式，即认为恆河与印度河的恆河豚族群并非两个不同的物种，而是同一物种下的两个亚种。线粒体 DNA 分析表明，这两个亚种约在55万年前从一个共同祖先分化而来，该祖先被认为是一种海生的