重新设立了新神座，因此现在有两神座。1966年，日本厚生省将含有远东国际军事法庭判决的甲级战犯的祭祀名录，交给靖国神社宫司（即庙祝）筑波藤磨，但筑波没有把他们供奉上去合祭。到1978年10月，靖国神社宫司松平永芳（战败时期的宫内大臣松平庆民长子）把东条英机等14名甲级战犯的名字列入靖国神社合祭。照惯例，二战后，日本的昭和天皇每年都要参拜靖国神社。但自从1978年甲级战犯被列入神社供奉之后，据侍卫长的回忆显示，裕仁因为不满神社供奉二战甲级战犯，再也没有正式参拜靖国神社，停止了天皇固定参拜靖国神社的行程。