车线上进行品质管理与运转测试，未能在原厂直接改善车辆问题，使得E100型早期故障不断。虽然不久后仍能全数投入营运，但机电系统仍有许多品质不佳的问题存在。且E100型出厂时原厂并未装设马达交流发电机组（MA-set），因此也无法直接牵引装有空调系统之铁路客车，如需牵引冷气客车则必须另外加挂一节电源行李车来供应空调所需之电源。然而实际车辆运用E200/E300/E400车辆性能规格较为一致，冷气客车也多为上述车型牵引(E300型加挂电源车)，因此E100型仅使用于不须供应电源的普快车及货运列车。种种原因导致