疆域臻于极盛。回部平定后，清廷设伊犁将军统辖新疆各部，设总理回疆事务参赞大臣管理回部。此后的六十多年中新疆没有发生大的动乱。
道光时期.
平定张格尔的“圣战”.张格尔从嘉庆二十五年（1820年）三次潜入南疆发动叛乱，张格尔与浩罕国王商定，事成之后，向浩罕割让天山南路的喀什噶尔（今喀什市），并平分喀什噶尔等城的人口和财产。道光六年（1826年）是规模最大的一次，张格尔以礼拜其祖先麻札（坟墓）为名，利用南疆各族人民的反清情绪，集众叛乱，先后攻占喀什噶尔（今喀什）