三个世纪中，荷兰人渐渐掌控大部分的马来群岛，除了葡萄牙掌握的帝汶岛东半部。葡萄牙人引进了玉米作为粮食作物，以及咖啡作为商业出口作物。葡萄牙人引进了罗马天主教、拉丁字母书写系统、印刷机和学校制度到东帝汶。二战期间由于受到日本的威胁，葡萄牙政府拒绝了盟军的军事援助。1941年12月7日珍珠港事变后太平洋战争爆发，即使葡萄牙并未参战，盟军为了避免日军佔领葡属帝汶威胁其防线侧翼而于同年12月17日将其佔领。随后葡萄牙和英国达成协议归还葡属帝汶，但在葡军接收葡属帝汶前帝汶战役旋即爆发，日军于1942年2月佔领