改名为“金陵神学院”(Nanking Theological Seminary)。美国驻华大使司徒雷登曾在该校任教。汉中路140号原校址1950年划给南京医学院（今南京医科大学）。1952年合组为金陵协和神学院，并迁至南京上海路大锏银巷17号原金陵女子神学院旧址。1979年1月1日，金陵协和神学院基督徒教员成立南京大学宗教研究所，这是在中国国立大学里成立的第一个宗教专门研究机构。金陵协和神学院院长丁光训任南京大学宗教研究所所长。1980年2月，三自爱国教会常委扩大会议决定南京金陵神学院复校。1981