条染色体约为1.04-1.5Mb大小，染色体上不具有转座子。它和其他顶端复合生物亚门的生物不同，小隐胞子虫的质体或粒线体上不具有基因。
生活史.小隐胞子虫的胞子期(卵囊期)可以在宿主以外的环境中长时间生存，甚至可以耐受一些常见的消毒手续，例如氯消毒。小隐胞子虫的生活史包括了无性时期和有性时期。当小隐胞子虫的卵囊被宿主摄入体内后，会在小肠的部位破囊，释出胞子体(sporozoites)，胞子体附着并侵入小肠绒毛的上皮细胞，接着胞子体发育成为营养体(trophozoites)，营养