年1月13日，野田佳彦做内阁改组，行政刷新担当大臣莲舫遭到撤换并离开内阁，惟仍保有其参议员席位。2015年1月，获民主党新任代表冈田克也邀请，出任相当于副总裁的民主党「代表代行」。2016年9月6日，因被媒体揭发仍拥有中华民国国籍，而主动到台北驻日经济文化代表处，递交了放弃中华民国国籍的申请书，12日傍晚接到台北驻日代表处通知，确认她仍保有中华民国国籍。9月13日承认自己仍拥有中华民国国籍，有媒体指出莲舫说「台湾不是个国家」，引起立委管碧玲脸书指责，廖国栋要驻日代表谢长廷向日本抗议，查证后发现莲舫强调日