固定队伍中选择一组。当四个组合全部打出Good Ending之后，玩家即可选择单个角色进行游戏。不过，无论是选择单个角色还是整个队伍，对应剧情都是相同的。
开发.与前作一样，东方永夜抄的编程、编剧、绘画和作曲工作均由ZUN一人独自完成。在制作东方红魔乡之前，ZUN就想制作一个能够切换自机的游戏系统，但是认为直接制作自机切换系统、突然地引入新角色会使游戏显得很不自然，因此他计划了「三部曲」，在制作东方永夜抄之前就引入这些角色。关于自机切换，ZUN表示，「一开始就想制作这