调查活动调查结果显示，神舟电脑在调查中得分仅略高于“攒机”（即自行组装）。
对创始人言行的争议.神舟创始人吴海军由于言行过于不拘，经常引发争议。
“显卡门”事件.2008年夏，世界最大的显示芯片厂商英伟达（NVIDIA）爆发大面积显示芯片质量问题。而此时的神舟回应媒体称旗下使用问题芯片的笔记本电脑“未发现异常”。。但之后的一至两年内，不断有用户向神舟售后部门报修自己显卡出问题的笔记本计算机。而神舟对故障机仅予维修而拒绝更换部件，导致故障无法得到彻底解决，