中国科学院微生物研究所是中国科学院下属研究所，于1958年由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立，现位于北京市朝阳区北辰西路中国科学院奥运村园区。以微生物资源、工业与应用微生物、病原微生物与免疫为主要研究领域。拥有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、一个拥有具有40万号标本的菌物标本馆和一个的具有17000多株菌种的微生物菌种保藏中心。是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际