，1986年继续攻读病原生物学博士研究生，1989年毕业，获医学博士学位。 　　1989年博士毕业后，蒋作君回到安徽医学院，从事科学和教学研究工作，历任讲师、副教授、教研室主任。1993年，任安徽省政协常委、社会和法制委员会副主任，同年10月加入中国致公党，开启从政之路。1993年10月至1994年11月，赴纽约州立大学布法罗分校，任高级访问学者。回国后，任安徽医科大学教授、基础医学部主任。1997年，蒋作君出任致公党中央常委、安徽省委会主委，安庆市人民政府副市长。1998年2月，当选安徽省人民政府