新民（位于辽河以西）设立新民府军务署并驻军，还修建新民-皇姑屯的铁路（新奉铁路）。虽然中方一再抗议，但仍无济于事。在此期间，日军在新民-皇姑屯间修建铁路并多次改造：在1905年时，日方就曾表示将作价出售新奉铁路给中国，却又以撤兵转运为由，将其改造为南满铁路的轨距并继续使用。在战争结束后，新奉铁道的归属悬而未决；直到1907年4月，清政府才以166万日圆，加上吉长铁路必须采用日款的代价，赎回了新奉铁路，并在同年改造为标准轨距，而辽河大桥的改造工程则在次年完成。
入沈阳城问题.日俄