甲必丹负责任，英国人废除甲必丹制后，青云亭亭主仍充当同类角色，直到1911年为止。当年庙宇建材和工匠均由中国引进，被列入联合国世界文化遗产名录，2003年获联合国教科文组织亚太区文物古蹟保护奖，为杰出古建筑修复工程的典范，庙内供奉着三座祭坛，儒、释、道各一座。
历史.青云亭的创建日期，历来存有争议，庙内碑文指青云亭由马六甲首任华人甲必丹郑芳扬于明万历二十八年，一般咸信庙宇在15世纪时已存在，迄今庙内仍有郑氏的神主牌，写有「大明甲必丹郑公」。第二任华人甲必丹李为经也是主持建庙人之