回到国务院，出任国家卫生和计划生育委员会主任，成为新机构的首位也是唯一一位负责人。2018年3月14日，64岁的李斌在十三届政协一次会议上当选第十三届全国政协副主席，成为党和国家领导人。2020年2月，兼任全国政协机关党组书记。2020年5月，接替夏宝龙的全国政协秘书长职位。