寺建于1179年，由木辛氏族后裔辛顿·益西洛卓创建。辛顿·益西洛卓，本名赤迥达布，生于塔丁乡乃囊村辛仓（房名）地方，其父名叫喜饶坚赞。辛顿·益西洛卓自幼出家，学习天文历算以及苯教经典。据传说，随其左右的弟子达万余人。他着有《出其德来》、《藏文文法》、《甘珠尔注解》等书，被尊为“贡钦”。他曾兴建苯教寺院35座、尼姑庙2座、修行室4处，其中他20岁时建色果查姆寺，27岁时建色结寺，当时苯教僧人已达到4000多人，势力甚至可左右地方政权。色结寺在“文化大革命”中遭到严重破坏。1985年“温丁拉康”获得修复，措