千丈，皇室也开始发生财政拮据的问题，往后影响了连续后几任天皇连即位仪式的举办都有困难，皇室逐渐走向衰微。不但原本朝廷的仪式活动被迫暂停，连天皇也逃难到当时将军足利义政的室町第，一住就是十年，一直等到土御门殿修好才回宫去。战乱暂告平息后，天皇得到关白一条兼良等人的协助，希望恢复朝廷的仪式，虽然天皇对这此非常热心，但是最后还是难以如愿以偿。1500年，后土御门天皇在失意中过世，身后还因为皇室经济状况十分困窘，遗体停放在宫中一个多月，都还无力办理葬仪。最后葬于深草北陵，而在般舟院陵也安置了部份骨灰。