在2001年3月的全英公开赛16强战中，他以直落二（3-15、9-15）败于印度选手戈比昌德，4月时他在日本公开赛首轮轮空，次轮即以直落二（5-15、10-15）败于印尼的年轻选手郭专本，在男单赛事卫冕失败。在国际赛事中的表现低迷，使他一度无法入选该年苏迪曼盃参赛名单，虽然他最终仍旧入选，但只有在小组赛面对瑞典时被安排出赛。而在该年的世界羽毛球锦标赛，吉新鹏在首轮轻取荷兰对手，但在次轮即以1比2（15-12、11-15、4-15）不敌代表中国香港的林光毅，止步32强。赛后，中国队总教练李永波针对吉新鹏的表现