，为进行本土防卫强化第42师团、第43师团、第46师团、第47师团被下令新设立。第46师团于5月14日以留守第6师团和独立第66步兵团为基础在熊本编成，隶属于西部军。1943年10月受命从南部战线撤出，其所属的步兵第123联队在爪哇岛东部小巽他群岛松巴哇岛登陆，两个月后步兵第147联队也在松巴哇岛登陆。剩余的步兵第145联队因运输船的缘故未能参加进攻，1944年（昭和19年）6月，编入硫黄岛的小笠原兵团并在硫磺岛战役中全军覆灭。师团主力于1945年（昭和20年）4月从松巴哇岛转至马来半岛负责警备任务