律宾米沙鄢群岛上的原住民）所劫掠，乃在平湖造屋二百间遣将驻守。平湖与澎湖在闽南语中发音相近，台湾学界便普遍同意平湖即澎湖。由此可知中国最晚在南宋时已派兵驻守，将澎湖收为版图。
元代.1278年，大元政府入主泉州后，将泉州升格为泉州路。到了1281年，始置澎湖寨巡检司。根据相关史书记载，驻于澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，而在1366年在任的澎湖寨巡检司主官陈信惠是有文献记载的首位汉人官员。
明代.1370年（洪武三年），明政府“罢太仓黄渡市舶司