古成吉思汗十三年（1218年），蒙古灭西辽。元至元十二年（1275年），在阿力麻里设中书行省，设断事官；至元十八年（1281年）改断事官为都护府。至正六年（1346年）为察合台后王封地。明初为别失八里之喀什噶尔。永乐十六年（1418年）改别失八里为亦力把里。州境又为亦力把里首府大臣朵豁剌惕家族的世袭领地，称朵豁剌惕部。嘉靖十二年（1533年），察合台后裔赛德建立叶尔羌汗国，今州境属之。清康熙十七年（1678年）准噶尔部噶尔丹攻入天山南路，清平定准噶尔后，干隆二十四年（1759年）设总理回疆事务参赞大臣，