9月晋封他为泉国公，12月，郑芝龙降清，时年43岁。子郑成功谏阻失败。满洲清兵洗劫安平，郑成功率众入海抗清。郑芝龙后被诱劫往北京，封同安侯。1647年，清兵终攻破其福建故乡，其妻田川氏自杀。满清软禁郑芝龙多次招降郑成功不成，1655年入狱。1661年郑成功北伐失利后决定东取台湾，5月成功占领赤崁。11月24日，满清将郑芝龙斩首于北京柴市。
影响.
郑氏海军.在17世纪世界海权勃兴时代与明朝封闭海疆背景下，郑芝龙以民间之力建立水师，并在台湾海崃上击败西方海上势力