从美国医药援华基金会获得一套小型青霉素制造设备，“以工代赈”再建中央防疫处新址，在1945年冬至1947年元旦完成工程，建起中国第一个抗生素生产车间，增建了研究室和实验动物饲养场。到1948年车间可产堪与进口产品相媲美的每支20万单位的青霉素。中华人民共和国成立后，防疫处改名为中华人民共和国卫生部生物制品研究所，汤飞凡继续任所长。后又组建成立了中央生物制品检定所，他兼任首任所长，更主持制订中国第一部生物制品规范—《生物制品制造及检定规程》（草案）。1955年分离出独立的砂眼病原体——砂眼衣原体（CT,