动物包括大型食肉动物，如卡拉哈里沙漠狮子，猎豹，金钱豹，斑鬣狗，褐斑鬣狗，和非洲野狗。勐禽包括蛇鹫，勐雕等鹰，巨大的乳黄雕鸮和其他猫头鹰，隼，苍鹰，红隼，和鸢。其他动物包括牛羚，跳羚等羚羊，豪猪和鸵鸟。有些卡拉哈里内的区域是季节性的湿地，如博茨瓦纳马卡迪卡迪盐沼。这个区域，多种嗜盐种群，例如，数以万计红鹤在雨季，访问这些盐沼。