在蒋中正、陈策等护卫下乘永丰舰离开，至8月初离粤退居到卢永祥势力范围的上海。广州中华民国政府瓦解。第二次护法宣告失败。
广州大元帅府大本营.六一六事变后，孙中山继续任非常大总统一职。1923年1月19日，孙中山交由胡汉民、李烈钧、魏邦平、许崇智、邹鲁全权摄行大总统职权。2月21日，孙中山再抵广州，设陆海军大元帅大本营，任陆海军大元帅，不再自称大总统。