在会战中受创的日军航空母舰空拍图均为凤翔号上的舰载机拍摄。在一航战遭击沉后，九六舰攻利用其良好的低速操控性，多次为落水者空投医疗物资。当舰队撤退时，凤翔号舰载机在6月3日还为迷航的川内号轻巡洋舰提供导航，战舰舰队回港后，搭乘大和号赴前线的联合舰队参谋长宇垣缠在纪录中也称「凤翔号以少量的舰载机在恶劣天候下仍克尽其职，值得赞许」。（凤翔は少数飞行机を以て悪天候と闘ひ克く其任务を达成せり共に赏賛すべきなり）中途岛海战结束后，6月14日凤翔号返回柱岛泊地。在6月20日卸下所有九六舰攻，编入第一舰队；7月20日，