达七位台联党的候选人成为「落选头」高票落选，选举结果不如预期，黄主文最后辞去党主席一职，改由台联首任秘书长苏进强接任。
苏进强时期（2005年－2007年）.2005年4月4日苏进强前往日本进行访问并参拜靖国神社，参拜一事引起高金素梅与新党、爱国同心会等人士的叫骂与抨击，对此苏进强强调，到靖国神社不是要对哪一个特定的阵亡者参拜，而是要对在神社中三万名台湾英魂的「忠义精神」致敬，与军国主义、战争主义毫不相干，苏进强是台湾第一位正式参拜靖国神社的政党领袖。在苏进强的带领下，2005