经导致生物特异性生物流体特异性代谢物组数据库的发展。一些知名的代谢组学数据库包括或HMDB，或YMDB，或ECMDB，拟南芥代谢物组数据库或AraCyc，以及尿代谢物组数据库，脑嵴液（CSF）代谢物组数据库，和血清代谢物组学数据库 。后三个数据库是人类生物流体特有的。还存在许多非常流行的一般代谢物数据库，包括京都基因与基因组百科全书(KEGG)，MetaboLights，，，LipidMaps，和Metlin。代谢物组数据库与代谢物数据库可以进行区分，因为代谢物数据库包含来自多个生物体的轻微注释的或天然的代