参战组身分参战，使DC战争的故事变得前后矛盾，对此，制作人寺田贵信半开玩笑地表示「（故事上）要当《第2次G》没有发生过」。
PlayStation版.1999年，《第2次》和《第3次超级机器人大战》（下称「第3次」）及《超级机器人大战EX》（下称「EX」）一併移植成《超级机器人大战COMPLETE BOX》。内容重新根据FC版。系统有当时最新的《超级机器人大战F》的、游戏平衡度也被调整。另外3部作品及后也有在1999年和2000年分开发售。2011年1月26日，在PlayStati