巴伐利亚自由邦成立，并成为了魏玛共和国的一部分。随后，右翼极端民族主义者的活动也开始增加。特别是1923年的啤酒馆政变，使得慕尼黑和纽伦堡成为了国家社会主义德国工人党（纳粹）的根据地。作为纳粹德国的工业中心，在第二次世界大战时慕尼黑受到勐烈轰炸，并被美军占领。二战后，巴伐利亚恢复为一个繁盛的工业中心，大规模的重建工程努力地恢复了很多慕尼黑的历史上着名的建筑，也主办了1972年夏季奥运会。
独立意识.之后普鲁士透过战争手段迫使巴伐利亚加入德意志帝国，但其仍拥有王国地位，并保留独立