更使穆斯林永久地决裂。奥斯曼·本·阿凡被刺杀随即爆发了第一次伊斯兰内战（656年－661年），在阿里在位时一直持续，内战在穆阿维叶一世就任哈里发时告终。这次内战（又称菲特纳）标志着伊斯兰国家的统一状态终结。阿里的敌人以脱勒哈、祖白尔及穆罕默德的妻子阿伊莎为首，他们被阿里一方称为违抗者。他们在麦加聚集，向巴斯拉进发，希望能够动员伊拉克人民，以获得必要的兵力及资源。叛军攻克巴斯拉，杀害了许多人，他们拒绝向阿里效忠。656年，两军相遇并爆发巴斯拉战役（骆驼之战），阿里旗开得胜。阿里委派伊本·阿巴斯管治巴士