早稻田大学时代曾进入反町康治执教的日本国奥候选名单。山本脩斗表示"为加入有历史底蕴的鹿岛感到很自豪，希望能够努力训练，争取为球队做出贡献。" ​日职球队鹿岛鹿角官方宣布磐田喜悦后卫山本脩斗正式加盟。在2019年亚冠资格附加赛比赛中，鹿岛鹿角凭借伊藤翔、山本脩斗的进球和塞尔吉尼奥的梅开二度4-1击败纽卡斯尔喷射机晋级正赛。山本脩斗自2014年转会至鹿岛，共代表球队在各项赛事出场224次，打进17球。在鹿岛的7年间，脩斗帮助鹿岛拿过国内三大赛事冠军，以及亚冠冠军。今日，鹿岛鹿角官方公布了山本脩斗