斯兰教传入巴什基尔民族中，14世纪时成为支配该区域的宗教，直到16世纪时该区域被划归喀山汗国和西伯利亚汗国。而到了1554-1555年，喀山成为莫斯科公国的势力范围，巴什基尔族的族长向莫斯科表示他们是出于自由意志的希望加入莫斯科公国，最后在1865年，乌法州成为俄罗斯帝国的一部分。在十月革命之后，巴什基尔苏维埃社会主义自治共和国于1919年成立，1932年第一次在巴什科尔托斯坦共和国发现石油，到了1943年则在该共和国发现了更多的原油储量。在第二次世界大战中该共和国也扮演相当重要的角色，成为从俄罗斯西部