969年车站建设通往南京采石场、长5.7公里的专用线。1969年11月开工的二期工程进一步扩建了车站站场，于1973年5月竣工。二期工程完工后，原南京铁路轮渡停航，所有列车改由长江大桥和林场站过江。1993年5月由东葛站经永宁站至林场的津浦下行线滁河大桥完工后，原经由永宁镇北部的津浦老线拆除。2006年5月车站京沪正线及林浦线电气化工程完工，并于同年6月25日投入运行。
接驳新线.2002年开工的宁启铁路原计划通过浦口接入南京枢纽，后改由通过建设线路上新设花旗营线路所出