同组成一演化支支系A（lineage A），此演化支的病毒基因组中皆编码血凝素酯酶（HE），其他冠状病毒则无。上述病毒中HKU1病毒可能与鼠冠状病毒的关系较为接近，互为姊妹群，序列分析显示HKU1病毒曾与鼠肝炎病毒（鼠冠状病毒的一型）发生重组，另外不同基因型的HKU1病毒间亦有重组发生。