1943年，英国军队离开马达加斯加，完全交由自由法国控制。但纳粹德国海军的U艇继续在马达加斯加周围的海域运行至少到1944年底。1944年8月，三艘U型艇在莫桑比克海崃沉没了8艘商船。[23] 1944年9月5日，U-861在马达加斯加海岸附近击沉了一艘希腊货轮。在1944年的布拉柴维尔会议上，戴高乐将包括马达加斯加在内的所有法国殖民地加入法国国民议会作为在全球反殖民情绪日益上升的情况下确保其忠诚的一种方式。在战争结束时，成千上万的马达加斯加军队返回家园，为岛上已经不断增长的民族主义和支持独立的情绪