主要限制在外用上，这是因它有导致再生不良性贫血的风险。最初氯霉素只用于治疗伤寒，但现时出现能对抗多种药物的伤寒桿菌，显示氯霉素只能抑制某些细菌。氯霉素亦能用作耐四环素霍乱的第二线治疗。由于氯霉素对脑嵴液高渗透性（远比头孢菌素的高），它是治疗金黄色葡萄球菌引致脑脓疡的第一选择。它亦可用在治疗由多种生物引致或不明原因的脑脓疡。氯霉素能有效地抑制三种主要引致脑膜炎的细菌：脑膜炎双球菌、肺炎链球菌及流感嗜血桿菌。在西方，氯霉素是用于治疗对青霉素或头孢菌素过敏的脑膜炎病人。而有建议家庭医生须配备有氯霉素的