中国国民党籍监委陶百川、无党籍监委曹启华、萧一山、王枕华、余俊贤等「五人小组」自行发动调查。但监察院五人小组的报告，认为孙立人无罪，与陈诚九人委员会的结果不同。2001年1月8日，监察院通过决议，称孙案乃「被阴谋设局的假案」。中央研究院近代史研究所朱浤源教授获政府新台币六十万元经费补助，就孙立人兵变案进行专门研究，据朱教授研究调查结果称：「进驻孙公馆翻遍了孙立人将军保存的所有档，和国防部与总统府的所有机密档案档，并未发现孙立人有任何不法行为」。2013年在民进党立委管碧玲帮忙，平反孙立人旧部田世藩的