塞琉古王朝中首对兄妹近亲通婚，且她的父亲安条克是国王的首位继承人。妮萨在塞琉古帝国出生、成长，她大约生在前196年到前193年间。前193年的时候，她的父亲去世，王室陷入沉重的哀悼气氛，尤其是安条克三世。她的母亲劳迪丝后来先后嫁给兄弟塞琉古四世和安条克四世，成为王后。透过母亲的再婚，妮萨的叔叔成为她的继父，且之后还多了许多同母异父的弟弟和妹妹。前172年或前171年，同母异父的弟弟兼塞琉古国王德米特里一世安排一些外交联姻，让妮萨嫁给本都国王法尔奈克一世，如此她成为本都的王后。
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