师范学校英文科，考入北京大学商科。北京大学商科仅举办一年后便并入法科，更名为商业学门，学制仍为三年肄业，段锡朋于1919年6月毕业。在北京大学学习期间，他逐步成为学生运动领袖。1918年5月，留日学生1000多人为了反对段祺瑞同日本秘密签订《中日共同防敌军事协定》，罢学回国，被曾琦等组织为“留日学生救国团”，总部设于上海。同时，曾琦还到北京发动北京各高校进行声援。为了支持留日学生，同年5月21日，段锡朋组织了2000多名学生赴新华门请愿，并作为13名学生代表之一，同其他学生代表会见大总统冯国璋并提出抗议