世界贸易中心下方的地铁车站临时封锁，其余列车服务也缩短服务时间为上午10:20至中午12:48。大楼倒塌后，行经曼哈顿下城的多班列车因停电而无法行驶，乘客须经隧道疏散。部分仍可行驶的列车因信号失灵，需启动特别操作程序。位于世界贸易中心地底的IRT百老汇-第七大道线钱伯斯街车站至雷克托街车站段受影响最大，部分隧道及科特兰街车站严重损毁，需要重建。钱伯斯街车站以南的列车服务暂停，此后又进一步缩短至14街车站，34街-宾州车站以南的路段也频繁遭水浸。9月17日积水清除后，1号线开始在范科特兰公园-242街车站