土木工程系（Department of Civil Engineering）是以土木工程为主要研究对象的大学科系。土木工程是与军事工程相对应的工程学领域，涉及层面非常广泛，从桥梁、道路、机场、港口、水坝、铁路等等传统领域，到海洋离岸工程、登月人居工程等等，皆无不属于土木工程学系的研究领域。中国的土木工程发展历史悠久，自近代以来，以清华大学土木工程系为代表的一批中国土木工程人员，在国家建设中发挥了重要的作用。