明思宗崇祯元年（1628年），恢复官职，累升至礼部侍郎、国子监祭酒和经筵日讲官，担任崇祯帝的讲官五年。崇祯十一年（1638年），方逢年升任礼部尚书、进入内阁担任阁揆。同年，清军由多尔衮率领，越过长城攻打河北和山东，崇祯下诏廷臣推荐边关的人才，方逢年推荐汪乔年等人。是年冬天，方逢年看到关于「贪污犯」的奏折，他认为贪污犯被判死刑，家产没收，抄家灭族，而且亲戚还受连带处分，几乎等同于「瓜蔓抄」般的残忍。于是向崇祯帝表示，应该「以仁德治天下」，对于犯罪较轻的应该予以赦免，刑部尚书刘之凤也抱着同样的看法，认为乱世