座富有1940年代葡萄牙建筑风格的建筑物开设海事博物馆，并于1987年11月7日揭幕。博物馆在建馆后收到捐赠以及购得的藏品以及参观人数增加而导致博物馆有需要开设一座较宽敞的展览场所而兴建一座新的展览大楼；因此海事博物馆于1990年6月24日迁址至相传是葡萄牙人首次踏足澳门的妈阁庙前地一号作为新的展览大楼，而原为海事博物馆的大楼则改作行政大楼之用。澳门总督韦奇立于1999年4月训令向海事博物馆授予文化功绩勋章以表扬博物馆对年青人开展的教育活动。
设施.现时海事博物馆的展览大楼楼高三层