年，广九直通车接送了430万人次客流，2014年2月1日（年初二），创下单日14600人次客流的最高纪录。2014年10月下旬，因应12月10日调整全国新运行图，12月出发的广九直通车车票暂停发售，并于11月上旬正式发售。2017年4月16日起，因肇庆站改造，肇庆铁路客运口岸停止服务，肇庆至红磡的直通车的始发终到站由肇庆站改至佛山站。
广深港高铁开通后.2019年4月1日起，中国铁路总公司把「九龙站」更名为「香港红磡站」，城际直通车车票上的列印名称由「红磡（九龙）」改为「香港红