1989年，东区海底隧道竣工，观塘线伸延至香港岛，成为第二条过海铁路。机场快线及东涌线的机场铁路于1998年开始营运，连接香港市区与赤腊角新机场及东涌新市镇。将军澳线于2002年通车，并于2009年延伸至日出康城。2009年，九龙南线竣工，西铁线伸延至尖沙咀，红磡站成为东铁线和西铁线的终点站。近年，在香港的5个新铁路项目正处于不同的规划和建造阶段，而落成后将使港铁公司的网络增加约60公里。
建造中路线.香港特区政府于2008年3月批准港铁公司就沙田至中环线项目展开规划和设计。此项