研究所，同年1月，教育部公布大学评鑑结果，清云科技大学所有科系皆被评为一等，获评鑑为第「一等」大学。2005年，台湾内政部与清云科技大学合作成立国家级内政部北区e-GPS研究中心。2006年、2007年、2008年、2009年，连续四年荣获教育部奖励大学教学卓越计画补助，其获补助款项为全国排名第三。2007年，设立物业管理、晶片系统、材料制造科技、资通安全整合与应用等四个学位学程。2008年，工学院之机械工程学系、土木工程学系及电资学院之电机工程学系、电子工程学系、资讯工程学系通过中华工程教育学会IEET「