由于换床的不习惯，加上第二天半夜就得起床准备，因此，当夜学童几乎都彻夜未眠，复加上第二天得站立、舞动近一个钟头，稍有差错即遭指责，体力消耗大。2004年，轮由省府主持时，以米食取代太牢，而学子喜欢拔的牛毛，则先从牛墟收集。2011年秋季祭孔时，马英九出席，为成立以来首次有国家元首参与。2015年首度加办春祭。因少子化危机，该年秋祭变通首度有两位女佾生，但该年刚好碰到台风而取消。2017年，首度由孔氏七十七代子嗣孔德运担任崇圣祠祭典分献官。