服后，起用为南京兵部员外郎。嘉靖二十年，转为南京兵部郎中。后升爲广东提学副使，未赴任，改南京国子监祭酒，再升至礼部右侍郎。俺答汗入犯京师，程文德镇守宣武门，当时京师外难民纷纷奔来入城，京师九门中，唯独宣武门放行，数万人因此得以生还；不久，转任吏部左侍郎。嘉靖三十二年，出任会试主考官，后兼任翰林院学士，掌詹事府，教授庶吉士。嘉靖三十三年，北直隶、南直隶、河南、山东四省饥荒，程文德上书请赈灾，得到批准。同年，供事于西苑的程文德，感叹宫中每年设醮祈祷，耗费大量经费，撰写《元宵词》中言语讽刺，嘉靖帝因此怀恨在心