摄关把持的朝廷，以影响朝政；后三条之子白河天皇进一步确立院政的政治型态，拉拢武士来对抗藤原北家。加上后三条、白河以后，天皇后宫逐渐由北家旁支闲院流所瓜分，自此日本的政治开始非由藤原北家独佔。后来进入武家政权的时代，经历保元之乱、平治之乱、源平合战、承久之乱等战乱影响，武士的地位抬头、朝廷的影响力益衰，北家也迅速远离了主要的政治舞台。在摄关政治初期，藤原北家掌权的重要原因是与天皇家的姻亲关系，其所谓的「嫡流」往往视谁能靠姻亲成为摄关决定，即使自身成为摄关，也有可能因子孙无法延续繁衍而被视为旁流，例如藤