亚半岛的猪和养猪户中发现。至1999年年中，马来西亚已报告265例人类脑炎病例，其中105例死亡；新加坡报告11例脑炎或唿吸系统疾病病例，其中1例死亡。2001年，孟加拉国梅黑尔布尔县和印度西里古里报告尼帕病毒。2003、2004和2005年，孟加拉国瑙冈县、马尼格甘杰县、拉杰巴里县、福里德布尔县和坦盖尔县再次爆发尼帕病毒。随后几年，孟加拉国又有疫情爆发。