中央监察委员会委员、全国人大常委会委员、全国政协委员的所有名单逐一进行审查，并把大量委员打成为叛徒、特务。1969年4月，中共九届一中全会上，康生连任中共中央政治局常委，且由于陶铸和邓小平被打倒，康生的党内排名由第七上升为第五，仅次于毛泽东、林彪、周恩来和陈伯达。11月，派人到上海市公安局，下令公安局军管代表秘密枪决被长年关押的卢福坦，被人怀疑是因卢在1968年初交代了康生1930年代被捕叛变的经过。1970年起，毛泽东对当时唯一的中共中央副主席林彪起疑心，康生敏锐地感到政治气候不利，再次以养病为由