两方议和下结束。庆长2年（1597年），秀吉再次出兵攻打朝鲜，庆长之役开始。同年2月，明朝再次出兵支援朝鲜，首以明末名将麻贵，与日军加藤清正等人在蔚山交战。朝鲜水军在开战初期被日军击溃，迫使朝鲜再次起用李舜臣抵抗日军。李舜臣在鸣梁海战中击败日军主帅来岛通总，使局势开始扭转。在两军对峙之际，庆长3年（1598年）7月，太合秀吉在京都伏见城病逝。日军在五大老的决议下开始撤退。同年11月，明、朝鲜联军又于露梁海战截击大败日军，虽然李舜臣在与岛津义弘交战中中弹而亡，日军因为遭受重大损失，最终退兵撤退回国，庆长之