军队进入奥斯曼帝国并于1697年亲自重新征服匈牙利。他在桑达战役中完全被萨伏依的欧根亲王打败，而从这事件中，穆斯塔法二世开始与奥地利展开和谈。在1699年《卡尔洛夫奇条约》中，穆斯塔法二世割让了匈牙利和川西凡尼亚予奥地利，割让摩里亚采邑予威尼斯共和国并从波兰的波多利亚撤军。而在他在位期间，彼得大帝由土耳其人手中夺取了亚速海的黑海要塞（1697年）。在他统治的后期，穆斯塔法二世企图恢复苏丹权力，当17世纪中期穆罕默德四世交予行政权力予大维齐尔时开始，苏丹的权力就只是象征性质。穆斯塔法二世的策略是建立非正规