进党参选台北市议员，并且于1998年连任。与同党议员江盖世、李建昌合组「盖健康质询小组」，被认为是问政最为犀利的质询小组之一。2001年段宜康当选第五届立法委员，2004年败选。段宜康曾经参与外省人台湾独立促进会的发起。1997年7月20日的「认识台湾教科书大辩论」，段宜康与民进党文宣部主任陈文茜及民进党立委王拓担任正方代表。于1996年表示民进党有「福佬沙文主义」的倾向。2003年3月18日，段宜康在民进党主办的「台湾沙龙讲座」中表示：「民进党已经变成世俗化的政党，已经没有自己的意识形态，没有社会