；旗山溪的支流有美浓溪等。此外高雄市境内的主要河川还有前镇河、爱河、后劲溪、阿公店溪和典宝溪等；该市并与台南市之间以二仁溪相隔。其中爱河为流经市区最主要的河川，发源自仁武区八卦寮一带田野地（另外亦自曹公圳灌溉系统引水），长约12公里。湖泊或集水区部分则有鸟松区的澄清湖与位于半屏山西南侧的莲池潭；还有位于小港区与林园区、大寮区交界处的凤山水库；位于高雄市立美术馆旁的内惟埤；以及同样位于覆鼎金一带的金狮湖。位于燕巢区小岗山东麓与冈山区、田寮区交界之阿公店溪上的阿公店水库为台湾唯一以防洪为主要标的之水