王善耆的第十四女川岛芳子（川岛浪速的养女）结婚，1930年川岛芳子不明去向，甘珠尔扎布寻找未果。1934年甘珠尔扎布在郑家屯与贝子萨拉哈旺珠尔女儿包秀荣再婚。1931年9月九一八事变爆发，甘珠尔扎布判断这是蒙古独立的好机会，乃召集国内外的蒙古青年在关东军支援下组建蒙古独立军（后改称「内蒙古自治军」）。甘珠尔扎布任总司令，后因作战方针同其他干部意见不合，在该部改组为内蒙古自治军后改任总参谋长兼第3军司令官。1931年10月13日，甘珠尔扎布的第3军进攻通辽县城，由于未能得到第1军、第2军的协助，而被东北军