细胞质中的大分子物质也需经过核孔进入细胞核。嵴椎动物细胞的核膜上平均拥有约2000个核孔，但核孔的数量也会根据细胞转录活动的旺盛程度的改变而发生变化。组成核孔的蛋白质是核孔素。约有一半的核孔素典型地包含α螺旋和β螺旋团，或包含结构域，因为另外一半的一级结构中包含许多重复的缩氨酸、苯丙氨酸及甘氨酸，所以这一半表现出蛋白质自然发展所形成的典型结构特征，亦即缺少整齐次组织的高度弯曲蛋白质，这些发生病变的蛋白质称作细粒核孔素。核孔允许载有水溶性分子的运输工具通过核膜。这些运输工具包括从细胞核输出到细胞质中的