名的例子便是包括青霉素在内的抗生素。在自然界中，真菌或细菌产生的抗生素通常有两种功用，一是高浓度时作为抑制其他微生物生长的抑制剂，以避免其他微生物与自己竞争资源，二是低浓度时作为物种内或物种间群体感应的讯息传递分子 。自然界中产生的青霉素苄青霉素（由产黄青霉菌产生）可以有效杀死的细菌相对有限，但其他各式种类的青霉素可用化学方法合成，以达到更广泛的杀菌能力，现代使用的青霉素便是半合成的产物，先由真菌合成，再针对需要的特殊性质对其进行化学修饰而得到最终产物。除了青霉素外，由真菌生产的抗生素还包括环孢素（在器官移