占堆秘密潜回西藏，以达赖的名义通告西藏各地官员和寺院，组织起一支1万多人的藏军，发动武装“驱汉”。1912年3月，达桑占堆率军进攻驻江孜的清军。4月初，英国驻亚东商务委员麦克唐纳赶到江孜，以“调停”的名义迫使驻江孜清军交出武器弹药，由西藏噶厦发给路费，经印度回中国内地。随后达桑占堆率军包围驻日喀则清军，麦克唐纳以同样手法逼走清军。接着达桑占堆在英国支持下率军包围拉萨，与驻拉萨清军激战3个月，使驻藏清朝官兵商民遭杀害。4月22日临时大总统袁世凯发布大总统令，重申西藏是中国领土的组成部分，并将按历史定制处理西藏