1665年最后一位蒂罗尔大公无子逝世，哈布斯堡王朝的蒂罗尔支灭绝，蒂罗尔归并入奥地利，因斯布鲁克因此也丧失了它首都的地位。1669年10月15日神圣罗马帝国皇帝利奥波德一世开办因斯布鲁克大学，当时该大学共有四个系。1858年从因斯布鲁克通往慕尼黑的铁路造好，此后继续有去往其它地方的铁路建成，旅游业也随之发展。
20世纪.20世纪以来因斯布鲁克与外部的交通继续不断提高。第一次世界大战后意大利军队占领因斯布鲁克。意军直到1924年才撤出，但是没有在市内破坏。第二次世界