2009年H1N1流感大流行自2009年4月21日于美国加州发现以来，在短短6週内即造成全球大流行。台湾于2009年5月20日发现首例境外移入个案，在12月底已造成数十万人感染，844人因染新型流感而併发重症住院，其中35人死亡。
指挥体系.台湾在世界卫生组织2009年4月28日宣布提升疫情等级至第四级后，行政院于当天立即依法成立「H1N1新型流感中央流行疫情指挥中心」，并指派卫生署署长担任指挥官，并通令各县市政府于24小时内成立地方级流行疫情指挥中心。
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