征服者派系纷争（皮萨罗与A|zh-hans:迭戈;zh-hk:迪高;zh-tw:迭戈;·德·阿尔马格罗之争）的拖延。这导致一场长久的内战爆发，而皮萨罗取得了胜利。1541年，迭戈·德·阿尔马格罗二世的党羽暗杀了皮萨罗，原本殖民政府的稳定就被随后的内战动摇了。尽管如此，西班牙并没有忽视殖民进程。最重要的里程碑是1535年利马城的建立，行政机关就设于该城。新的统治者西班牙人沿用了委託监护制，让他们可以提取当地居民的贡品，并将其中的一部分送往塞维利亚，以换取原住民改信基督教。土地的权利归西班牙国王所有