编为国民革命军第五路军，吴化文继续担任总司令，并兼任津浦铁路南段警备司令。当时，第五路军下属两个军，一个独立师，其中第一军军长于林安，第二军军长杨友柏，独立师师长徐日政，全军三万多人，驻扎安徽蚌埠。改编后不久，第五路军奉蒋介石的命令开赴山东兖州，途中与八路军遭遇，第一军被歼灭，军长于怀安被俘。1946年（民国34年），吴化文任山东保安第2纵队司令。当时，被俘后的于怀安不断与吴化文秘密通信，劝其起义。1946年7月上旬，蒋介石电令吴化文到南京面谈，在南京数日，吴化文还与王一民到冯玉祥家看望冯玉祥，并经冯玉祥介