取代，并带来对微生物以及它们与其它生命形式关系的兴趣。到1880年代，细菌学形成了连贯的学科，特别是通过罗伯·柯霍引入在培养皿上加入特定营养的琼脂平板上进行纯生长培养的方法后。而长期坚持的活生物可以很容易地从非生命物质中产生的想法（自然发生论）也受到路易·巴斯德一系列实验的抨击。同时，关于活力论和机械论的争论（从亚里士多德时期和希腊原子论者之后就一直存在）也在持续进行。
有机化学和实验生理学的崛起.关于化学，一个主要的事件是有机物质和无机物质的区分，特别是有机物质转换的背景，如发酵