着日本人将之前霸佔的船只还给苏联，阿穆尔河区舰队的规模变得更大。1929年，阿穆尔河区舰队共有四艘和其他船只。1930年，阿穆尔河区舰队因其在1929年中东路事件中表现优异而被授予红旗勋章。为满洲战略攻势行动做准备，苏联方面指派负责指挥舰队。在满洲战略攻势行动中，由指挥的阿穆尔河区舰队（当时有8艘，11艘炮舰，52艘其他船只等）在黑龙江，乌苏里江，松花江和兴凯湖与苏联其他军队协同作战。俄罗斯阿穆尔河区舰队于1998年6月7日遭到解散。