宽平7年（895年）转至信浓国担任信浓守。醍醐天皇即位后，扶干继续担任地方官，先后出任了常陆介和上野介。延喜14年（914年），藤原忠平升任为右大臣，成为首席太政官，作为其侧近的扶干亦因而在延喜15年（915年）升至正五位下，并且出任权右中辨，重返平安京。其后，他在延喜16年（916年）升任右中辨、延喜17年（917年）升至从四位下、延喜21年（921年）升左中辨、延喜22年（922年）升至从四位上以及在延喜23年（923年）60岁的扶干升任为参议，位列公卿。同年4月，忠平之妹藤原稳子获册封为中宫后，扶