余开始担任司农丞，转任太子舍人，主监长安仓。为父丁忧，开元二十六年（738年）守丧结束，宰相以杨慎余、杨慎矜，杨慎名三人勤恪清白有父风，杨慎余累迁侍御史，仍知太府出纳。官至吏部郎中、少府少监。天宝六载（747年），李林甫、御史中丞王鉷构陷杨慎矜，京兆士曹吉温去洛阳收捕杨慎矜之兄杨慎余、弟洛阳令杨慎名审讯。十一月二十五日，唐玄宗下诏赐杨慎矜、杨慎余、杨慎名自尽。监察御史平冽带着敕书至大理寺，杨慎余合掌指天而自缢。儿子杨岳，官至少府监。