子的位置也是非常困难的。真核生物的基因，其线性表达被内含子阻断，这就是所谓的断裂基因（split gene），该现象的发现者理察·罗伯茨(Richard J. Roberts)和菲利普·夏普(Phillip A. Sharp)获得了1993年诺贝尔生理学或医学奖。在反式剪接中，不同mRNA的外显子可以被接合在一起。一个外显子经常编码蛋白的一个蛋白质结构域。