国华府回到台湾，受总统陈水扁征召进入总统府担任谘议，为陈水扁撰写文稿。不到一年，周奕成辞职再度赴美深造，似已显示脱离陈水扁政府的意向。2003年底，陈水扁执意发动所谓「和平公投」，其实是为自己连任进行选举操作。周奕成在美国撰文指出此一作为违反台湾的国家利益，在政策观点上对陈水扁公开表示异议。但在2004年初，周回到台湾，仍受邀进入陈水扁竞选总部担任公投议题顾问，协助处理公投的论述。2004年陈水扁连任成功，周奕成形同被排除在核心之外，仅以熟悉国际事务及台湾民主化历史而出任台湾民主基金会主任，主持民主