萄牙人便将自己的注意力转向较北面的沿海省份闽浙，他们在那里荫蔽、无名的诸岛屿及港湾内越冬。与此同时伴随着始于嘉靖二年愈演愈烈的「倭患」，中国与葡萄牙的海上交往就同「倭寇」事件相联系，进入到一个新的阶段。直到嘉靖三十二年（1553年），葡萄牙人才最终获得在澳门的居留权。