历史上首位公民直选的国家元首，奠基东亚新兴国家民主发展又一里程碑。若林正丈描述这次大选中「飞弹与选票对峙」的过程：在当选中华民国首位民选总统后，面对1997年香港主权移交，加上中华人民共和国的持续军事外交打压威胁，同年底中华民国失去最后一个重要邦交国南非后，李登辉关于两岸关系的言论逐渐表现出台湾独立的倾向。1999年7月，他在接受德国之声录影专访的时候，明确提到海崃两岸的关系，是「特殊的国与国关系」，这也就是着名的「两国论」。他在受访时这样表示：1999年，李登辉在卸任总统前一年出版《台湾的主张