卍字会随即迁入安全区。日军占领南京后，进行南京大屠杀，陶保晋在红卍字会扩大了收容所、救护队、掩埋队，他们最早还可用“四块薄板为棺”掩埋大屠杀的遇难者，后来遇难者太多，他们只好直接挖坑掩埋。红卍字会经手掩埋了43071具尸体，均记入了红卍字会的档案。第二次世界大战结束后，经国民政府查实，上述红卍字会档案附10张照片，作为“远东国际军事审判检方证据1704 号”递交至远东国际军事法庭，经远东国际军事法庭确认无疑。这成为揭露日军南京大屠杀的有力证据。1938年1月1日，陶保晋受到日军强迫，被迫出任南京市自治委