统轮流继承皇位，史称「天下二分，两统迭立」，幕府也因此介入了朝廷政治。大觉寺统出身的后醍醐天皇以第九十六代天皇身分即位，致力亲政，暗中谋图政变。1324年（日本正中元年）却遭到幕府打败，史称「正中之变」。后醍醐天皇被流放于隐岐岛，鎌仓幕府拥立持明院统的光严天皇即位。后醍醐天皇下诏讨伐在鎌仓的北条氏（平氏），后醍醐天皇皇子护良亲王与楠木正成（橘氏）等人，结集畿内源氏后裔等反幕势力，武装蜂起，对抗鎌仓幕府军。这时赤松氏、肥后国的菊池氏等各地武士，亦武装起来讨幕，声势于是大振。足利尊氏见状只好见风转舵，于丹波国筱