瘴疠之气所苦，同时并未具备大规模对外征战能力，双方遂签订北京专约，日军撤离台湾。
在台湾的建设.
增设府县.牡丹社事件后，沈葆桢决定在日军登陆的瑯峤地区设置恆春县，同时奏请在台湾北部设立台北府，将淡水厅及噶玛兰厅分别改为淡水县及宜兰县。另将淡水厅头前溪以南地区单独划设为新竹县，鸡笼地区单独设厅，并改名为基隆厅。于是大甲溪以北地区新设台北府，下设淡水、新竹、宜兰三县及基隆厅，以淡水县为附郭县，使北部在行政组织上的比重大为增强，以配合其在台湾开港以后的迅速发展。