999年，远华案案发。其后，成为远华案的主要犯罪嫌疑人。厦门远华足球队也因而去掉“远华”二字。
移民加拿大并申请难民资格.1999年，赖昌星与妻子曾明娜及儿女一同以虚假资料向香港入境处申请及利用香港特区护照免签证便利前往加拿大温哥华。2000年，赖昌星涉嫌在中国从事走私活动的事件曝光，中国政府正式通缉赖昌星并要求加拿大政府撤消其难民申请资格并将其遣返中国。至于其遣返方面就要求中国承诺不会对赖昌星处以死刑才予以考虑。香港特区政府在当时也证实赖氏是以香港永久居民身份证申请香港特区护