示希望提名沙纳汉为美国国防部副部长──国防部文官第二最高级的职位。特朗普其后正式提名沙纳汉为国防部副部长，以特朗普所建议的近年最大军事预算升幅的国防部预算为基础，去领导扩充美军的规模。其参议院确认听证会于同年6月20日举行，会中支持提供极具杀伤力武器予乌克兰的参议员约翰·麦凯恩因不满沙纳汉对此议题的书面回覆而威胁妨碍其提名，沙纳汉回应指自己仍未能获取有关的机密军事资讯，故未能落实有关决定。沙纳汉于2017年7月18日以票数92比7获参议院确认，正式就职第33任国防部副部长。
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