追剿下，全线溃败。阿睦尔撒纳投奔俄罗斯帝国。1759年8月，清军抵达喀什噶尔，平定了支持阿睦尔撒纳的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。这年秋天，天山南路完全平定，清朝完全控制今日的新疆地区。由于准噶尔部反叛无常，此后清军在兆惠等的带领下，按照干隆帝的旨意消灭了剩余的准噶尔人，除病死或逃往国外的以外，数十万准噶尔人遭到屠杀。据魏源记载：「计数十万户中，先痘死者十之四，继窜入俄罗斯哈萨克者十之二，卒歼于大兵者十之三。除妇孺充赏外，至今惟来降受屯之厄鲁特若干户，编设佐领昂吉，此外数千里间，无瓦剌一氊帐。