大正二年（1913年）进行组织调整并废除打狗出张所，减少152名职员。但由于铁路营运业务日渐增加，四年后（1917年）再次进行调整。1920年代因为经济走向不景气，总督府再次紧缩开销，而为了统一交通行政，遂在大正十三年（1924年）12月25日成立交通局，将铁道部改隶于总督府交通局之下。在此过程中，铁道部从6课20系改成4课13系。然而由于人员不足以因应庞大的铁路业务，且需要进行铁路改良工程，于是昭和二年（1927年）再次调整组织，新设改良、运输、工作3课，并废除汽车课。这次变动使得铁道部判任官以上人员