赴陆争议.2005年，担任行政院国家科学委员会主委期间疑似未申报就参与在中国杭州举行的国际学术高峰会。2010年4月起担任中国高等技术中心顾问委员会委员、2016年10月19日起担任中国科学院高能物理研究所合作组顾问，并曾于浙江大学、北京清华大学开设讲座，皆在其担任国立东华大学校长期间。
东华大学校长任内被疑溢领经费.2014年12月，监察委员王美玉、陈庆财调查，吴茂昆「疑利用职权使自己获聘为专任教授，每年加领讲座教授奖助金、学术奖励金并享有一切福利；嗣