6号线中段的国家图书馆站则通过大厅通道换乘，通道两侧并设有电动步道。六里桥站为十字换乘，通过9号线站台和10号线站台之间的扶梯进行连接，同时圆形换乘大厅可连接六里桥交通枢纽。白石桥南站则通过优化楼梯布置来缩短换乘距离。而与1号线换乘的军事博物馆站受到原一期工程老站没有预留、周边建筑物和地下管线等因素制约，换乘通道较长。
车站装饰.9号线车站装饰以高效为主，主线采用“通达”的概念和“九宫格”的样式，在天花板上分隔出正方形的格子。每座车站的格子中都有一部分进行染色，每座车站的颜色各不相