村上的背景受到怀疑，因此派遣儿子元吉上洛解释。之后跟随隆景迁到九州筑前，秀吉死后，再次返回濑户内海竹原。庆长3年（1598年）获赐丰臣姓。继承家督的元吉与其弟景亲跟随毛利、小早川部队在朝鲜作战（文禄·庆长之役）。在关原之战中是西军一员，曾经攻击伊势湾、纪伊国沼岸，直接攻击阿波国，进攻加藤嘉明伊予松前城。但因为嘉明的家臣佃十成发起三津滨夜袭，导致元吉战死。战后毛利氏减封剩下周防、长门两国，武吉再次离开竹原，德川幕府控制了海路，村上水军因此无法运作而消亡，之后以毛利家家臣身份在三田尻当船手众，负责保护朝