日，机场快线通车，成为香港第一条来回机场至市区的铁路，当时由机场往返中环商业区只需23分钟。为配合九广西铁的兴建，东涌线于深水埗加设南昌站，该车站由九广铁路公司兴建，由地铁和九铁共同管理，并于2003年12月16日启用。2005年6月1日开始，欣澳站启用，以准备迪士尼线于当年8月启用。机场快线及东涌线的全程行车时间分别修定为25及29分钟。东涌线和机场快线通车初期设7列车卡，东涌线列车和机场快线列车分别于2003年初和2005年10月起改为8卡列车，以配合南昌站及博览馆站启用后所增长的客量。