2005年10月6日，国立台湾大学政治学系为「表彰施明德先生对台湾民主发展之卓越贡献」特设立『施明德先生讲座』，以推动族群和谐、政治和解、两岸和平为宗旨。2006年5月，与诺贝尔和平奖得主、南非前总统戴克拉克对谈「和解：南非经验 台湾愿景」。2006年8月，发起台湾反贪倒扁运动。
红衫军反贪倒扁运动总指挥.从2005年8月爆发「高雄捷运外劳假弊案」起，陈水扁总统週遭人士陆续传出了多起贪污弊案，被媒体称之为「一妻、二秘、三师、四亲、五总管」，主要有总统女婿赵建铭涉及的内线交易案