陷入疯狂状态。2B和9S最终杀死了夏娃，但9S遭机械生物逻辑病毒的感染，2B被迫杀死他。尽管9S的身体已经死亡，但他把个人数据保存在了本地机械网络，使他能转移到一个新的躯体中。二周目以9S的角度叙述故事，对机械生物与亚当夏娃提出了新见解。9S还了解到，《尼尔》的事件后人类已经灭绝，只有月球上的服务器还保存着人类的DNA与历史。寄叶部队是为保持人造人的斗志而创立。9S在与地堡服务器同步数据时，遇到一处干扰，他终止了自己与2B的同步程序。亚当和夏娃的死亡使机械网络陷入混乱，寄叶部队展开全面进攻。2B和9S作