以降，一门众的统治开始动摇。接着本愿寺中央也准备抑制一门众，享禄4年（1531年），本愿寺中央和一门众的内争导致大小一揆，许多一门众和同盟的国人众被肃清。天文15年（1546年），尾山御坊（金泽御堂）完成，一向一揆以此为据点扩大至北陆全体，并和朝仓氏、上杉谦信，以及之后的织田信长对立。元龟3年（1572年），一揆和上杉军冲突，在尻垂坂之战大败，一揆的势力逐渐衰退。石山本愿寺投降，之后尾山御坊被柴田胜家、佐久间盛政等人攻下，加贺一向一揆正式宣告灭亡。
与织田家之战.织田信长在天正3年（