军校求学致健康受损。1840年12月父亲拿破崙一世的遗体于七月王朝时期归还法国。过去曾经有一段时间，弗朗索瓦王子的遗体就安葬在他父亲的遗骸旁边。后来，弗朗索瓦的遗体搬到了下层教堂。1940年12月15日，希特勒命令拿破崙二世的遗体从维也纳转移到巴黎荣军院的圆顶。虽然他的大部分遗骸被转移到巴黎，但他的心脏和肠子仍留在维也纳，这对哈布斯堡家族的成员来说是传统的。拿破崙二世的心脏安葬在“”（Herzgruft）的Urn 42中，他的肠子安葬在圣斯蒂芬教堂“”的Urn 76 。