在2001年10月公布实施，其中的院长遴选办法规定，院长任期届满时，由院评议会就院士中选举院长候选人三人，呈请总统遴选并任命。院长任期五年，连选得连任一次。
历任院长.
院士.中央研究院从1948年开始选举院士，目前每两年由院士会议从全国学术界成绩卓着人士中新选一批。中央研究院院士为终身名誉职，分为数理科学、生命科学及 人文社会科学三组。职权如下：选举院士及名誉院士；选举评议员；筹议国家学术研究方针；受政府及有关单位之委託，办理学术设计、调查、审查及研究事项。