有人建议将鼬科分为两个亚科：鼬亚科和水獭亚科，但是同年发表的基因分析却显示即使今天的分类也有问题，比如鼬属的动物比鼬亚科中的其它动物更加靠近水獭。因此以上仅列出传统的分类。从进化论的角度来看鼬科动物是食肉目中比较早就出现的。目前最早的鼬科动物化石是在欧洲找到的，它源于始新世。北美洲和亚洲最早的鼬科动物化石源于渐新世。鼬科动物的普及大概与啮齿动物的普及是平行发展的。