夏季，约翰·伯戈因发动萨拉托加战役，并在7月。由于寡不敌众，兼且伯戈因抢佔地利，圣克莱决定弃堡撤退。大陆议会后来召开军事法庭审讯。虽然圣克莱获法庭判决无罪，但他也未再参与前线作战，改为担任华盛顿的参谋。他伴随华盛顿参与费城战役的白兰地酒战役，并且在约克镇围城战役中见证英军投降。1777年至1783年间，圣克莱亦曾负责沙利文远征的补给准备，以及为宾夕法尼亚州编组民兵。
战后.独立战争结束后，圣克莱开始从政生涯。他在1785年获选为宾夕法尼亚州的大陆议会议员，再于1787年当选大陆议会