有文德，洁身自好，为《明史》所称赞，福州萨氏家族也被他所振兴。萨氏到萨琦这一代可能仍保持着穆斯林的身份，而萨琦也曾捐资重修福州清真寺。但萨琦本身受儒家思想深刻熏陶，一改色目人的传统，而采用汉族的朱元晦夫子家礼，包括其葬礼也用朱子家礼进行，这一举动颇得福州汉族士绅好感，被认为是引导了福州萨氏汉化的趋势。
家族.萨琦是福州雁门萨氏入闽第三代，祖先为西域的色目人，元代被赐萨姓，萨琦的祖父萨仲礼于元朝中期赴福建为官而迁基福州，萨琦之父为萨琅，家道中落而贫寒。