治区党委、西藏自治区人民政府决定将乃宁寺保护维修工程列入西藏“十一五”重点文物保护工程，向中国政府进行申报。2007年1月，国务院常务会议原则通过《西藏自治区“十一五”规划项目方案》，批准了重点文物保护工程的实施。2010年9月29日，中国政府拨款，西藏自治区启动乃宁寺保护维修工程。一期工程计划用一年时间，主要对乌孜大殿、大经堂、色热扎仓、觉介以及围墙、土遗址进行保护维修。2012年，该寺的僧人拉巴旺堆被评为西藏自治区爱国守法先进僧尼。
建筑.乃宁曲德寺的建筑可以分为四个时期：