1928年（民国17年）11月，被任命为安徽省政府委员。翌年5月，任安徽省民政厅厅长，一度代行安徽省政府主席职务（不久，石友三接任主席）。1930年（民国19年）2月，调任湖北省政府民政厅厅长，任至1931年（民国20年）5月。此后，历任中国国民党上海特别市党部常务委员兼社会局局长、全国经济委员会棉业统制委员会委员。1935年（民国24年）11月，当选中国国民党第五届中央执行委员兼组织部委员。1936年（民国27年）8月，吴醒亚逝世。享年45岁。