陈继承主持组建第十四、第二十五补充兵训练总处，1942年初分别被改编成陆军新编第三十三师、新编第三十师。1942年5月，由于中央陆军官校学生在成都闹事，被蒋中正以训导无方的名义撤职，其教育长一职由万耀煌接任。此后他在重庆闲居近两年。1944年春，他经刘峙推荐，任重庆卫戍总司令部副总司令。1944年12月，调任川鄂陕甘边区总司令部总司令等职务。1945年2月，调任第六战区副司令长官，驻湖北恩施。1945年3月，获一等云麾勋章。1945年5月 20日，他到重庆参加了中国国民党第六次全国代表大会，当选中央执行