些产甲烷菌甚至可能是有益的，这些古菌会与其它菌群互相影响并协助消化。古菌的菌落也与不少其它生物表面或附近生活，例如在珊瑚的表面和环绕植物根冠的根际。
在技术与工业中的作用.一些耐热或耐酸碱的嗜极古菌可以作为一些在极端环境下活跃的酶的来源。这些来自古菌的酶拥有很多用途。其中耐高温的DNA聚合酶，例如从中提取的可以在需要进行聚合酶链式反应时简单并快速地复制DNA，这彻底改变了对分子生物学地研究。在工业中，来自其它的淀粉酶、和可以在高达的环境下仍然活跃，这使食品加工可以在高温下进行，这些