进入和平医院提供协助。2004年出任台北市副市长。2006年因参加中国国民党台北市长初选辞去台北市副市长职务，但于初选竞选中，决定退出竞争行列。2008年5月20日出任总统府副秘书长。同年9月26日因卫生署处理三聚氰胺含量检验标准时发生争议，原署长林芳郁请辞，叶金川接下卫生署长职务，加上SARS时期的表现对时任台北市长的马英九有加分作用，因此被部分媒体称为马英九的政治救火队。
政治经历.
立院冲突事件.2008年10月3日上午，叶金川在立法院接受质询。立法