。神龟元年（724年）、首皇子即位成为圣武天皇后，武智麻吕与二弟藤原房前一同升至正三位。神龟5年晩秋，武智麻吕召开诗文会，当时的学者皆以能踞一席之地为荣。长屋王倒台后的神亀6年（729年），武智麻吕晋升为大纳言。天平3年（731年），武智麻吕代替逝世的大伴旅人兼任大宰帅。天平6年（734年），藤原武智麻吕就任从二位的右大臣。天平9年（737年）7月，武智麻吕患上了当时流行的天花，于7月25日临终时，武智麻吕在床上接受了正一位左大臣的任命后死去，当时57岁。死后、于天平宝字4年（760年），被追赠为太政大臣。