生物的基因体内的染色体数目在物种之间有非常大的变化，并和其DNA长度并不相关。例如杰克跳蚁（"Myrmecia pilosula"）只有一对染色体，而心脏叶瓶尔小草有1260对染色体。纤毛虫基因体内的每一个基因都有独立的一个染色体， 因此基因之间都没有遗传连锁，这让天择的效率大为提高。染色体数目的演化对物种形成可能有举足轻重的影响，因为不同的染色体数目会造成生殖隔离。人类2号染色体是融合自两条黑猩猩的染色体，仍带有位在中间的端粒以及第二个残留的着丝粒。植物中常出现多倍体，特别是异源多倍体（allopol