吉元年（1441年）6月24日，满祐暗杀义教的嘉吉之乱爆发，由于当时义雅身在播磨，因此对于满祐和弟弟赤松则繁联手暗杀义教一事毫不知情。然而，由于事后满祐烧毁义雅在一条町屋的屋敷，义雅亦未有承认或否认自己是满祐的亲弟，因此幕府认定他与满祐为合谋。其后，以山名宗全为主力的幕府军出兵攻打赤松氏，义雅则奉满祐之命在但马口迎击，但是在8月30日战败，返回赤松家居城固守。9月9日夜晚，幕府军势如破竹，义雅便带同其子千代丸（后来的）逃出城外，投降于站在幕府方面的同族。不过，由于义雅是暗杀将军一事主谋的近亲，因而未有被赦免