科技南一路下方，车站东北端穿过深南大道南侧的空置地块，大致与深南大道呈50°夹角。深大站在深圳地铁二期工程1号线（深大站－机场东站）续建段建成启用前曾是1号线西面的终点站。
车站结构.深大站的结构共分两层，下层为两个月台，以岛式月台形式排列，而上层则为车站大堂。车站设有两条轨道。本站西南侧设有一条存车线，当1号线西段出现故障时，往机场东站的列车将会通过此存车线折返，以本站为临时总站，2011年6月15日前本站仍为1号线终点站时便使用存车线折返1号线列车。
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