自由及理性讨论逐渐受到限制，一些神学院严禁伊斯兰哲学，辩论亦逐渐被废弃。在11世纪后期，安萨里的《无逻辑的哲学家》造成了思潮上的重大转变，打击了形而上学，转而强调经典的至上，《无逻辑的哲学家》受到伊本·鲁世德的《不着边际的联想散漫》批评。科研机构包括伊斯兰学校、图书馆、天文台及医院等在后来受到十字军及蒙古人等侵略者破坏，受到摧残的地区亦难以重新振兴学术。前卫的出版设置不受接纳，荒野地区的文盲众多，特别是在美索不达米亚地区。在波斯，因蒙古人入侵及疫病流行，知识分子的平均预期寿命由1209年的72岁下降至124