全面接通时，由于需要在凌晨时段才能进行新干线试车，亦令海崃线上的列车服务受到了影响。首先由2014年12月1日起，当每天最后一班靠站的在来线列车开出后，车站范围将会封闭，所有人也不能进入车站范围（包括连接津轻二股的有盖步行道）。而寝台特急「北斗星」、「仙后座」、「Twilight Express」及夜行急行「玫瑰」（）部份日期的班次亦要取消或延长行车时间来配合。其中「Twilight Express」已于2015年3月14日起废除、「北斗星」亦降格为临时列车，并于2015年8月22日随由札幌站开出最终尾班车