后参加沧州会戦和淞沪抗战。后任军训部检閲主任、督训处长，转任第11集团军总司令部参谋长。1945年8月，任军事委员会委员长东北行营副参谋长，又兼任驻苏联军事代表团团长。1946年冬任制宪国民大会代表。1947年冬当选为国民大会代表。1948年2月，担任安东省政府主席。同年5月成为东北行辕政务委员会委员。随着第二次国共内战中国国民党作战失利，董彦平逃到台湾，并保留国民大会代表身份。后任中华学术院东北研究所所长。他还担任过国民党中央政策委员会副秘书长以及中央党务顾问。1976年11月5日，董彦平在台北市去世