两所教堂均毁于战火，后传道团利用庚子赔款重建，在紧邻北馆的地区建立了另外两所小型教堂。
1949年之后的北京教堂.1949年之后，新政府对中国境内的各教会进行“社会主义改造”使教会与其海外的母会脱离关系。在此之后，北京的基督教和佛教道教等与马克思主义理念矛盾的宗教一样，无论使教会还是教堂都呈现明显的萎缩趋势，很多教堂以各种方式成为中国共产党、北京市政府或其他企事业单位的地产，如马尾沟教堂，被变为中共北京市委党校，西堂变成某工厂的仓库。1958年，中国大陆基督教实行各教派联合礼拜