廷调停，接受信长提出的「撤离石山本愿寺」和谈条件，迁往纪伊国鹭森居住传教，但主战的长子教如却不遵父命留下来抵抗了一段时间。在教如也弹尽援绝撤退之后，石山本愿寺即遭到织田信长烧毁。
本愿寺分裂.之后本愿寺显如和信长势力继承人──丰臣秀吉和解，秀吉在大坂、京都等地方捐地给本愿寺重建，本愿寺这才渐渐回复元气。但显如死后，教团内部对立，曾经不遵父命的长子教如跟继承12代法主之位三子准如两人存有芥蒂，加上后来掌权者德川家康在背后有意操弄，故意协助扶植教如建立新寺院。于是本愿寺势力从此分裂，教