按照系统发育顺序列出鱼类（包括无颌类和鳍鳍类）中主要由深海鱼构成的科。分类方法基于Nelson（2006）的系统。
无颌类.现生无颌类包括盲鳗目和七鳃鳗目，后者主要生活于淡水。
软骨鱼类.软骨鱼类包含鲨鱼、鳐和银鲛，包括多种深海鱼类。
辐鳍类.辐鳍鱼纲包含大多数现生硬骨鱼，所属约40目中有一半适应深海。
肉鳍类.肉鳍类包含四足动物的祖先，现生鱼类仅有肺鱼和腔棘鱼。