有铅山壁虎、丽纹石龙子和台湾滑蜥3种蜥蜴以及钩盲蛇、王锦蛇和赤链蛇3种蛇类。另外栖息于东海海域的海蛇亚科种类在钓鱼台附近海域上也有观察纪录，不过在钓鱼台列屿上并没有特有种的爬行动物。1978年时，日本右翼团体在登上钓鱼台的同时，也将作为紧急粮食、由与那国岛岛民饲养的家山羊带进岛上。后来山羊在钓鱼台上开始快速繁殖，在1991年时根据统计大约有300多只山羊栖息于钓鱼台南部。然而山羊野生化后大量繁殖也造成了对岛屿植被的破坏，2000年时从卫星影像估计已经有13.59%的土地呈现裸地状态，到了2006年更成长