NA序列中普遍存在变异现象，这些计算机程序需要识别大量相关但是不完全相同的序列。即便是在DNA测序的过程中，也存在着不确定的因素。在DNA测序的霰弹枪定序法（The Institute for Genomic Research依此技术测定了第一个细菌的基因组）中，完整的DNA链被打散为成千上万条长约600到800个核苷酸的DNA片段。这些DNA片段的两端相互重叠，只有依照正确的顺序组合，才能还原为完整的DNA序列。对于较大的基因组，霰弹枪定序法能够迅速的测定DNA片段的序列，但将它们组装起来的工作则相当复杂