、叶剑英搭档。1935年1月，军委纵队攻占贵州遵义，陈云任警备司令部政治委员；期间出席遵义会议；会议后兼任中共中央组织部部长，此后组织部队参与四渡赤水。5月上旬，红军渡金沙江时，陈云任渡河司令部政治委员，负责在南岸指挥部队上船；促使三万红军在十天内渡过金沙江，使得中央红军摆脱了国军十余万部队的追截。6月中旬，他奉命从四川省天全县灵关殿秘密离开，由当地中共组织派灵关小学教员席懋昭（席哲明）护送，经天全县、荥经、雅安、成都到达重庆，在刘伯承弟弟家中住了十几天。只身乘民生公司轮船去上海，经章乃器帮助住在朋友家中。