1年对宋的战争中，虽然大胜，但人马死伤近半，又使军民疲惫，怨声不已。末期又刑罚残酷，使国内政治混乱。譬如崔浩修国史详实记载魏先世事迹，可能涉及某些鲜卑习俗和隐私，有伤体面，拓跋焘不惜发动国史之狱，将三朝功臣司徒崔浩处死，连清河崔氏与浩同宗者以及崔浩姻亲范阳卢氏、太原郭氏、河东柳氏都遭族灭。事后拓跋焘说 “崔司徒可惜”，有后悔之意；再如监国执政的太子，也在父子权力冲突下，被宦官宗爱的谗言害死。正平二年二月甲寅（452年3月11日）拓跋焘被宗爱杀死，享年四十五岁，谥号太武帝，庙号世祖。拓跋焘统治时期，氐、羌