归于六部。原中书省官属尽革，惟存中书舍人。同年九月，朱元璋设置四辅官，以儒士王本等为之。洪武十五年，再次撤销，而仿照宋朝制度，设置华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，其中礼部尚书邵质、检讨吴伯宗、翰林学士宋讷、典籍吴沉分别为四处大学士。之后，又置文华殿大学士，征耆儒鲍恂、余诠、张长年等人担任，以辅导太子，品秩为正五品，其主要权力只是顾问。建文年间，改大学士为学士，悉数罢免大学士，各设学士一人。此后改谨身殿为正心殿，设正心殿学士。明成祖靖难夺位后，召解缙、胡广、杨荣等人直入文渊阁，参与机务，内阁