1895年，东干起义爆发，被董福祥、马安良、马国良、马福禄、马福祥等忠诚的穆斯林所镇压，并且屠杀由马大汉、马永琳、马万福等领导的穆斯林叛军。一个由将军董福祥领导的效忠清朝的穆斯林军队“甘军”，在义和团运动期间阻击外国军队。军中有像马安良、马福禄、马福祥等众所周知的将军。在云南，有记录写道，清朝军队仅仅屠杀叛乱的穆斯林，不伤害没有参加起义的穆斯林。
中华民国.1911年，清王朝被推翻，孙中山建立起中华民国，并执行了“五族共和”的政策。这使得各民族之间的关系得到极大改善。清王