后长期作为青岛海关办公楼使用。1995年，青岛海关迁入西陵峡二路2号的海关大厦后，胶海关旧址曾先后作为青岛海关调查局、缉私局及青岛大港海关办公楼使用。2000年，胶海关旧址列入青岛市第一批历史优秀建筑。2006年5月25日列入第六批全国文物保护单位青岛德国建筑群扩展名单中。2011年7月，青岛海关提出将此处改为青岛海关博物馆，2014年11月获国家文物局批复立项，2015年7月获山东省文物局批复，并开始对胶海关旧址大修改造。2016年9月29日，青岛海关博物馆正式开放，仅接受党政机关和社会团体预约参观。