令也是世界近代史上第一份有关宗教宽容的敕令。不过，亨利四世之孙路易十四却在1685年颁布《枫丹白露敕令》，宣佈基督新教为非法，南特敕令亦因此而被废除。
历史背景.16世纪中叶以后，马丁·路德推行德意志宗教改革，从此宗教改革盛行于欧洲，而新教的喀尔文派也逐渐在法国境内活跃。他们的出现，令原本的天主教徒感到受威胁，但新教教徒的影响力日益增加，双方发生冲突。1559年，法国国内的喀尔文派信徒组成了集团，对抗捍卫天主教的统治阶层吉斯家族。1562年，双方爆发武装冲突，史称「法国宗教战争