凤纶因为主神是仁武镇官兵所迎来的，遂将庙宇命名为「仁武宫」。《诸罗县志》卷十二杂记志「寺庙」条亦有记载：「保生大帝庙，在县治西门外，康熙四十年耆老募建，祀真君也。」日治末期的皇民化运动期间，嘉义市尹川添修平大举废除嘉义市内庙宇，将主神神像全集中到嘉义城隍庙，仁武宫亦受影响，在昭和十三年（1938年）时将神像寄奉在城隍庙。之后仁武宫被日人伴八郎拿来开设南和商行，期间造成仁武宫除神像及古香炉等物以外的文物全部遗失。二次大战之后，嘉义市的仕绅才在民国三十四年（1945年）集资将仁武宫产权买回来，于民国三十