七年（1644年），李自成破北京，崇祯帝自缢殉国。福王朱由崧在南京称帝，继续如前任用樊一蘅。当时大西张献忠政权已据有全蜀，擒住樊一蘅的两个女婿李合宗、诸生（明代称考取秀才入学的生员为诸生）梁为宪，想招降樊一蘅，二人都不从，被害；只有遵义未陷落，樊一蘅与王应熊在那里躲避。樊一蘅受任命后，传檄诸郡旧将会师一同举兵。正逢巡抚马干收复重庆，松潘副将朱化龙、同知詹天颜攻杀农民军将王运行，收复龙安、茂州。次年（1645年），清朝巡抚李国英剿灭响马贼马潮、唿九思，后者部下袁韬率数百残卒奔川东归顺樊一蘅。三月，樊一