水扁及吕秀莲在总统大选前一天遭到枪击受伤，陈吕二人仅以两万五千多票胜差当选连任。泛蓝阵营以三一九枪击案等事件，对其当选的合法性提出质疑，并发动激烈抗争。2005年，任务型国大通过宪法修正案，规定立法委员选举改採单一选区两票制，这有利于两党制的形成。国民大会同年正式废除，此后修宪须经立法院同意和公民投票。此次修宪亦是近年最后一次修宪。2006年2月27日，陈水扁终止《国统纲领》。2006年9月9日，民进党政府爆发多起弊案（高捷案等），已退党多年的民进党前主席施明德发起百万人民倒扁运动，但此运动因各种因