邻的四川省西部一带的高原湖泊，这类湖泊总面积约500平方公里，占长江流域湖泊总面积3.3％，主要湖泊有滇池、泸沽湖、程海、草海、邛海、马湖等，其中滇池位于云南省昆明市西南部，面积297平方公里，为云贵高原最大湖泊，湖的南部海口螳螂川为滇池唯一出口，亦即金沙江支流普渡河的上源，为云南省重要的水产基地。
疾病.血吸虫病为长江流域流行性疾病。中国血吸虫病流行区分布在长江流域，包括长江干流区省份湖北省、湖南省、江西省、安徽省、江苏省、云南省、四川省、浙江省和上海市以及支流区省份福建省、广东