责任者之三家老（国司信浓、益田右卫门介、福原越后）切腹、三条实美等五卿移转至他藩并拆毁山口城，结束了第一次长州征讨。
第二次长州征讨.1865年（庆应元年），高杉晋作等发动政变，打倒了控制长州政事的保守派，成立了倒幕派政权（功山寺举兵）。高杉等人采用西洋军制，装备以新式武器，进行了军事改革。第14代将军德川家茂故此决定再次征讨长州。虽被称作四境战争，但是幕府本打算发兵五路进攻，只是这次的萨摩藩已经与长州藩达成经由土佐藩脱藩的坂本龙马秘密策画的萨长盟约，因此拒绝出兵。此时长州一边