G1、H共9个出入口，无障碍电梯位于C、H出入口，C出入口无障碍电梯连接1号线站厅，H出入口无障碍电梯连接2号线站厅。车站周边公共设施有福建省妇幼保健院、协和医院、福州市第七医院、延安中学、格致中学、林则徐小学等，旅游景点有三坊七巷、林则徐纪念馆、文庙、乌山、于山、五一广场等
逸事.南门兜站所在的古田路与八一七路路口处有一棵大型榕树，为使榕树保持在原地且正常生长，南门兜站1、2号线站位在设计上向北、向东移动了一段距离，最终使得两线只能通过通道换乘，而通道也围绕着榕树四周设计，构成了环