相马哈迪于2002年以波音747莅临为机场剪彩开幕，耗资3亿令吉的新机场于2003年3月30日自市区旧机场迁往格盟纳河左岸现址正式运营。新机场跑道原长2,200公尺适合波音747起降，于2005年扩建至2,600公尺后可供空中巴士A330起降。马来西亚航空货运于同年4月使用自比利时布鲁塞尔经停阿联酋杜拜及马来西亚吉隆坡，该趟航班目的为运载100公吨化学品至民都鲁。9月，马来西亚首家廉价航空亚洲航空（亚航）开始民都鲁航线。2006年8月1日至2007年9月30日期间，亚航子公司FlyAsianXpre