曾经有两段婚姻，并在第一段婚姻中有一子两女。邓肇坚于1951年再婚，娶冯锦美（1926年－）为妻，两人育有一子一女。邓肇坚育有子女如下：邓伯勤长子、邓日燊侄儿兼邓肇坚长孙邓永锵爵士，是香港着名收藏家及商人，也是中国会及上海滩创办人。邓肇坚与邓永锵同为爵士，不过前者是下级勋位爵士，后者是大英帝国勋章爵级司令，所以其孙儿爵位反而要比他高级。邓肇坚战前原居于跑马地蓝塘道大宅，1941年12月发生「蓝塘道大屠杀」事件，战后迁居于跑马地蟠龙道5号大宅，大宅以花园亭台楼阁设计优美，以及植物悉心栽种而着称。邓爵士