，法务部的这项规则已与母法「人体器官移植条例」相牴触。且由于死刑犯捐赠器官的过程，并未进行人体器官移植条例中关于脑死判定的程序，因此可能发生在法律上已经认定死亡，但事实上可能尚未死亡即进行器官捐赠的情形。1991年时，便发生过枪毙后的死刑犯送入台北荣民总医院开刀房准备摘除器官时被发现还能自行唿吸，而又送回刑场再进行枪毙的例子，而该事件使台北荣民总医院不接受死刑犯器官移植达八年。2012年以后，即便死刑犯要求器官捐赠，法务部及检方将不会同意，实质上取消死囚器官捐赠。
过往冤案