999年并入原中央工艺美术学院为美术学院；2000年整合建立土木水利学院建制，同年建立公共管理学院；2001年6月8日，清华大学深圳研究生院挂牌成立。清华大学与新成立的深圳大学城开展合作，建设综合性、研究性的人才培养、科技创新基地，主要研究生物技术、现代物流、网络系统、环境科学、制造技术等，成为清华唯一的异地办学实体；2001年建立医学院，同年工业工程专业从精密仪器系分离出来建立工业工程系；2002年建立新闻与传播学院；2004年在工程力学系、宇航技术研究中心等基础上建立航天航空学院；2006年，与中国协和