到任后，储备粮草，组建黔军，稳定周边各土司，并争取到贵州宣慰司水西安氏出兵助战，孤立了杨氏土司，最后会同总揽平播全权的湖广川贵总督李化龙一起，次年即平灭了叛乱，杨应龙自焚身亡，盘踞播州29世800余年的杨氏土司终告结束。播州平定后，改土归流，北部设遵义府，隶属四川省，南部设平越府，仍归贵州省管辖。郭子章继续任职贵州巡抚，治黔十年，稳定黔疆，振兴文教，政绩卓异，被誉为“黔中名宦之冠”，在当地留下诸多传说与遗迹。
着述.郭子章同时还是个高产作家，“天才卓越，于书无所不读”，“着述几