夜间轰炸不是它们原来设计的使用方式(B-29只有一个变型－B-29B，是特别更改为对低海拔的夜晚轰炸机，并移除了其他武器装备和部分设备)。日本的木造房屋在B-29的燃烧弹 轰炸下熊熊燃烧，西元1945年8月6日，B-29艾诺拉·盖号在广岛投下「小男孩」原子弹。三天后，B-29博克斯卡号在长崎投下另一颗原子弹－「胖子」。西元1945年8月15日，日本宣布无条件投降，西元1945年9月2日，同盟国和日本政府随后签署降伏文书，二战正式结束。
第二次世界大战后.第二次世界大战后，"战略轰炸