院建起八、九、十号三座共7045平方米的宿舍楼。1965年8月31日，将第一、二门诊部合并，彻底对群众开放，医疗合同人数增至5万多人。1966年“文化大革命”爆发后，北京医院同其他医院一样，被称为修正主义温床、“走资派”的避风港，领导干部被戴上了“牛鬼蛇神”的帽子，专家、教授被戴上了“反动学术权威”的帽子，保健医生和护士也遭受牵连，有的甚至受不白之冤，被关进了牢房，大批医务人员被下放到甘肃靖远县矿区。1969年11月，下放到五七干校共277人，占当时全院职工总数的33.9%，极大地挫伤医务人员的积极性，