。汉复二年（24年），更始帝招请隗嚣入长安，王遵和同僚周宗一起跟从。更始三年（25年）夏，淮阳王张卬反对更始帝发动兵变，隗嚣参与其中。隗嚣自称有病没有进宫，召集王遵、周宗等率军士自守。隗嚣突破包围，逃回天水。之后，隗嚣加入光武帝的阵营。王遵和汉使来歙交友，王遵对来歙抱有敬意。建武六年（30年），来歙持符节访问隗嚣，要求隗嚣参加讨伐蜀（成家）帝公孙述。隗嚣心向公孙述，不同意来歙的说法。来歙愤怒责备隗嚣，想要刺杀隗嚣。隗嚣唿兵而出，来歙拿着节杖退出。王元进言隗嚣斩杀来歙，王遵为来歙求情：「来歙是汉帝亲族