41年7月22日，海德里希的BF109战斗机被的米格-3战斗机击落，海德里希迫降到苏军后方，躲开了苏联巡逻队并同德军前线接头。此后希特勒亲自命令海德里希返回柏林，专职从事党卫队事务。7月31日，戈林书面授权海德里希，以保证各政府部门协调推动犹太人问题最终解决方案的施行。1941年10月10日，海德里希作为高级军官参加了在布拉格举行的国家安全部“最终解决方案”会议。会议讨论了将50,000名波希米亚和摩拉维亚境内的犹太人迁移至明斯克犹太区和的方案。海德里希的地位使其在执行这一计划上扮演重要的角色：盖世太保