1798年），奉命修筑北城文庙（今河内文庙），并建议景盛帝阮光缵实行各种考试。嘉隆元年（1802年），西山朝被阮福映推翻，取而代之的是阮朝。吴时任、潘辉益投降，被押至顺化。翌年阮福映命令将吴时任、潘辉益等人押至北城文庙前当衆鞭笞。因吴时任与阮朝大臣邓陈常有隙，邓陈常命人将其打死。
着作.吴时任着有《邦交好话》（又名《邦交录》、《邦交集》）、《华程家印诗集》、《海阳志略》、《二十一史撮要》、《四家说谱》、《春秋管见》、《竹林宗旨原声》、《金马行余》、《笔海丛谈》、《皇华图谱》、《