藻德奏道：“殿陛之间无用刑之例，伏乞将昌时付法司究问。”思宗怒批：“此辈奸党，神通彻天，若离此三尺地，谁敢据法从公勘问者！”二阁臣奏道：“殿陛用刑，实三百年来未有之事！”明思宗说：“吴昌时这厮也三百年来未有之人。”崇祯十六年冬十二月（1644年1月），被斩首示众。方以智撰《哀吴江》诗悼之。