阴道菌群（Vaginal flora）或阴道微生物（vaginal microbiota）是在阴道内生长的微生物，是由德国妇科医生在1892年发现，是人类微生物群系中的一部份。细菌的数量和种类可以反映女性的身体健康情形。健康女性阴道内主要的细菌是乳桿菌属<ref name="doi10.1128/JCM.40.8.2746-2749.2002"></ref>（例如），普遍认为这种细菌分泌的乳酸可以避免致病原的感染。
乳桿菌.健康女性阴道内主要的细菌是乳桿菌属的细菌，自从窦特兰首次提