筑城后改变用途，是用来让将军上洛期间用的中途居所，藩主则在二丸居留，但只有二代将军德川秀忠和三代将军德川家光使用，后来并没被再用，之后由藩士看守着。在名古屋城是御成专用的城堡时，当时的本丸御殿的豪华程度能与二条城比较。由南御门至入口有式台，最内更建造玄关。其他主要建物有中玄关、广间、对面所、书院（上洛殿」、上场御所（汤殿书院）、黑木书院、上御膳立所、下膳立所、孔雀之间、上台所、下台所、大胜手等。另外亦有藏及番所等设施。本丸御殿内的大部份设施在第二次世界大战被烧毁，除了内的国墙画及隅橹因于空袭前四个月