饮料已经过量，营养师提醒，尽量少喝，一天别超过一杯，以免喝多发福，还伤身。惟珠珠奶茶易产生饱足感，减少正餐热量摄取，加上客制化可增减糖量，相对高糖的包装碳酸饮料，安全疑虑似乎被夸大和刻意突显。由于追求健康的主张渐渐被强调，业者也推出所谓的鲜奶茶，使用鲜奶取代奶精，所制作出来的奶茶口感及口味也与一般传统奶精调制而成的奶茶有所不同。“珍珠”从粗大的吸管吸入过多和过快也有噎到的危险。
客制化的选择.在台湾，珍珠奶茶是具有相当的自主性的，而珍珠奶茶店通常也以复合式经营，不单只提供红