得不花费2,700亿日元用于维修和在地下室内建造一堵水泥墙以防海水渗入，又进行护岸加高工程和强化排水功能等，但是这些困难并没有阻止营运单位继续建设的信心。为了应付日益增加的航空交通，关西机场于1996年开始第二期工程，透过填海把人工岛面积扩大到1,300公顷，以兴建第二条跑道及第二航站楼。目前机场第二条4,000米长的跑道（6L/24R跑道）已经于2007年8月2日开始运作，为日本第二条有4,000米长的跑道，原有的3,500米跑道（6R/24L跑道）成为副跑道。2012年10月28日，第二航厦启用，为