期.建武元年（25年）6月，刘秀即位为帝，光武帝召李通，任命他为皇宫卫尉。建武二年（26年），转任大司农、固始侯，食邑固始。妻刘伯姬封宁平长公主。光武帝出征期间，李通留守首都，期间安抚民衆、再建宫城、修筑学校。李通有军事能力。建武五年（29年），代王梁为前将军。建武六年（30年），李通率领破奸将军侯进、捕虏将军王霸击败割据汉中的延岑军。蜀（成家）帝公孙述援救延岑，李通在西城（汉中郡）击败蜀军，之后回顺阳（南阳郡）屯田。李通想告病引退，光武帝派大司徒侯霸慰留，建武七年（31年）5月，任命李通为大司空