感染谷物、坚果的麴霉属真菌合成，有很大的与致癌性。其他包括赭麴霉毒素、展青霉素、都可能污染人或牲畜的食物而造成中毒。真菌毒素是真菌的次级代谢物，许多真菌专门用于合成毒素的生化代谢路径已被发现，这些毒素可以抑制其他真菌生长或避免被食用而增加真菌自身的适应度。许多真菌的次级代谢物被用来当作药物，详见#人类利用一节的说明。
致病机制.有些真菌能感染动植物而造成疾病，不过许多动植物已演化出抵抗真菌感染的机制，对此真菌也出现加以反制的方法，例如增加基因重组与DNA修复以修补被宿主免疫机制