第6使徒来袭，真嗣奉命出击，却马上遭到高能攻击，性命垂危。第6使徒开始转换型态，将钻头往地下都市的NERV本部钻去，预计抵达时间不到半天。因为无法使用EVA与使徒近身战斗，N2炸弹又会波及本部，美里决定启动屋岛作战计划，由EVA操作战略自卫队秘密试作的阳电子炮狙击使徒，并得征调全国电力作为能源。真嗣甦醒后马上被告知作战行动，不由得又陷入了抗拒，美里于是带着他到最底层，让他见识NERV为了避免第三次冲击发生而拼命守护的对象——第2使徒莉莉丝，在循循善诱下真嗣态度软化，同意再次出击。因为零号机未经过调整，所