噶举派逐渐执掌权力实行政教合一。不丹在13世纪元朝统一西藏后，受元朝总制院管辖，将汉化的四足三爪龙视为雷神和部落象征。
神权政府（1616年至1907年）.1616年西藏的夏仲·阿旺朗杰喇嘛进入不丹，利用地利人和，先后五次打败格鲁派（“五喇嘛之战”），以及驱逐拉巴噶举派、南宁巴派等派别，终于在不丹立足。他自立为竺克“夏仲”仁波切喇嘛（Shabdrung Rinpochhe Lama），统一不丹，制定了政教合一的制度 ，奠定了现代不丹的领土、民族和宗教的基础。西藏与不丹的宗藩关系