疣微菌门（Verrucomicrobia）是一门被划出不久的细菌，包括少数几个被识别的种类，主要被发现于水生和土壤环境，或者人类粪便中。还有很多未被成功培养的种类是和真核宿主共生的，包括一些原生生物的外共生菌和线虫动物配子中的内共生菌。疣微菌门生物中的疣微菌属（"Verrucomicrobium"）和突柄桿菌属（"Prosthecobacter"）具有胞质突出形成的两个到多个突起，因此得名。它们通过二分分裂繁殖。它们的最近类群可能是衣原体门。
下属.
丰祐菌