山南路的大部分地区为当今维吾尔族的祖先所居，亦称为回部。由于哈密、吐鲁番率先归服，被封为回部札萨克。干隆平定大小和卓之乱之后，新归附的地区不设札萨克，实行伯克制。伯克原来是回部的酋长，经清朝重新任命，按职责和品级称「某某伯克」，共三十余名目。最高的为阿奇木伯克，掌综一城回务，三品至六品，其次为伊什罕伯克，掌赞理回务。四品至六品。其余分掌地亩、田粮、税务的，大抵四品至七品。在清朝所封的札萨克郡王和诸伯克之上，清朝还派驻伊犁将军，掌天山南北最高军政大权，下设参赞大臣一人辅之。又设塔尔巴哈台参赞大臣，喀什噶尔参赞