出境前，任命他为徐汇修院的代院长。6月5日格寿平被捕后，继任海州监牧区代宗座监牧，又被巡阅使蒲敏道任命为耶稣会上海区代会长。8月，蒲敏道被驱逐出境，金鲁贤又继任耶稣会中华会省代巡阅使。1955年9月8日夜，中共政府对天主教上海教区采取镇压行动（在中国天主教内被称为“九八教难”），时任上海教区主教、苏州及南京总教区宗座代办龚品梅主教（后为教宗若望·保禄二世擢升为枢机主教）和包括金鲁贤在内的一大批神父同时以反革命罪名被捕入狱。1960年，金鲁贤被判处有期徒刑18年。金鲁贤在监狱中度过了18年，又接受劳改