基础上扩建为澳门圣保禄学院（又称澳门修道院）。澳门圣保禄学院不是一所完全的基督教大学，因为这所学校明确规定不教授天主教法典，而且也比拥有这类机构所有学科的非教会大学小很多，因为它没有设立民法和医学学科。但毫无疑问它是一所真正的高等教育机构，因为它授予正式学位。澳门圣保禄学院创办从1592年长崎会议提议起，就主要着眼于培养日本传教士，而不在中国，学院虽开设汉语课，但不是必修课。1623年，由日本神父保罗·克里斯托翁（Paulo Cristóvao）出资白银3000两在澳门修道院内建圣依纳爵神学院，办此学院