绿色。三角形上部的两条边分别代表着研究领域中的微观与宏观部分，底边则代表大地；三角形中间的植物每个叶片代表着一个研究部门，显示了植物所当时由四个研究中心和一个植物园组成。从总体上来看，整个所徽又像是一个植物组织培养瓶，代表着高新技术。所徽设计者为中国国际广播电台的冯玉英，所徽于1998年10月1日正式启用。
所名.植物所所名采用郭体手书，与中国科学院院名保持一致。
建所纪念.2018年，是植物所建所90周年。2018年9月，植物所建所90周年专题网站上线，