且以商港开始快速发展，尤其是坐落南北两地的高雄港与基隆港，全盛时期曾分别成为世界第三大与第七大货柜港，对台湾经济的贡献极大；但1990年代以来，中国大陆与邻近国家的港口快速发展，使台湾地区各商港的竞争力受到影响，客货运吞吐量无法成长。为提升竞争力，中华民国交通部自2012年3月1日起实施「政企分离」措施，将各港务局公司化、并合併成立台湾港务公司以负责商港的实际经营，原有之4个港务局分别改制成为台湾港务公司的「港务分公司」，航运与港口之监理则另成立航港局作为主管机关。离岛方面，交通部委託金门县政府、连江县政府