部分鞭毛是由钠离子通道而不是质子通道驱动的。）鞭毛有着极高的效率，能使细菌以每秒60个细胞长度的速度进行移动。鞭毛基部的旋转引擎在结构上于ATP合成酶相似。螺旋菌具有螺旋状的躯体，两端皆有鞭毛。当螺旋菌在水中移动时，其鞭毛会围绕躯体的中轴进行旋转。古生菌，是一类从细菌分离出来的原核细胞，也同样具有鞭毛（古鞭毛）。古鞭毛由旋转的蛋白质殷勤驱动，这一特质在结构层面和进化层面上与细菌的鞭毛有着显着的区别：细菌鞭毛是由III型分泌系统进化而来，而古鞭毛可能是由IV型菌毛（性菌毛）进化而来的。一些真核细胞，如