独立准备委员会的委员长负责起草宪法，在1943年的选举中当选菲律宾第二共和总统。战争期间，劳雷尔曾两度被游击队袭击。日本战败前，劳雷尔在山下奉文的命令下于1945年3月离开菲律宾，逃往台湾。在台湾，劳雷尔只能吃福神渍配饭这样的穷酸食物。之后流亡日本奈良奈良饭店。1945年8月15日日本投降后，劳雷尔宣佈解散菲律宾共和国政府，不久被麦克阿瑟的佔领当局逮捕，收监于巢鸭监狱。1946年7月劳雷尔回到菲律宾，当时的总统曼努埃尔·罗哈斯于1948年赦免其叛乱罪。1949年再度代表菲律宾国民党竞选总统，败于埃尔