祖共同加入李惟义阵营并受重用，联合对抗日本军队，史称乙未战争。黄南球旗下有号称「五虎将」以罗成、张大满、谢凤朗、汤龙和刘发为首的五营强悍乡勇，而后黄南球把爱女嫁给了罗成之子罗春桂。不久，乙未战争战败，渡回中国大陆。1898年，返回台湾入籍，不过又前往香港。1900年，他应台湾总督府之邀，返台担任苗栗辨务署参事。后来在1909年改任担任新竹厅参事。返台后的黄南球以经商为主轴，并扩大产业蓝图。1910年，成立苗栗轻铁株式会社；1912年，投资大安轨道株式会社，参与採伐木材及樟脑商业，最后亦成为台湾史上的富豪