卫之战中他随鱼雷艇管带王平驾艇出逃，遭到北洋水师、日军以及岸上砲台的砲击，他负伤随福龙号被俘。战后他被释放，任水雷艇队司令。1910年（宣统2年）他升任参将。翌年，他任海军部军制司司长。1912年（民国元年），他任高等军事参谋、海军中将。翌年，他任北洋政府的盐务署盐务厅总稽査兼税务所会办，此后他投身政界。1914年（民国3年），他任总统府礼官。1915年袁世凯称帝，蔡廷干不满，同袁世凯开始疏远，同黎元洪和段祺瑞接近。1917年（民国6年），他任税务学校校长。翌年，他任关税改订委员会委员。1921年（