不属于中共中央直属机关。在1995年至2002年间，两个工委分别改为中共中央香港工作委员会（中央香港工委）、中共中央澳门工作委员会（中央澳门工委），作为中共中央派出机构，列入中共中央直属机关序列。中共香港工委（后为中央香港工委）与新华社香港分社实行一个机构两块牌子。
香港回归后.2000年1月设立中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室后，改与中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室实行一个机构两块牌子。中共中央香港工委书记为中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室主任。但中央香港工委书