协会名誉主席为陈毅，任期为1962年-1971年。第二任中国围棋协会名誉主席为方毅，任期为1971年-1998年。第一任中国围棋协会主席为李梦华（原国家体委主任，中华全国体育总会主席），任期为1962年-1988年。第二任中国围棋协会主席为陈祖德，任期从1988年至2006年。第三任中国围棋协会主席为王汝南，任期从2006年至2017年。第四任中国围棋协会主席为林建超，任期从2017年至今。2017年12月29日，中国围棋协会换届会议在中国棋院举行，林建超接替王汝南，成为新任中国围棋协会