鹿苑饲养的麋鹿从最初的38头繁殖到了百余头。1993年麋鹿达200余头，1997年麋鹿苑内建成了野生动物散养区、展示区、野营区、野餐区。2000年，麋鹿苑内有麋鹿130余头。麋鹿苑内还饲养着白唇鹿、马鹿、梅花鹿、狍子等其他鹿科动物及普氏野马等，另外还有灰椋鸟、大斑啄木鸟等鸟类。1994年，该中心对外开放。1998年以后，这里成为中国科协批准的全国首批科普教育基地，2000年正式成立北京南海子麋鹿苑博物馆。2001年起，在科普楼展出固定展览“麋鹿沧桑”。博物馆主要展示“麋鹿沧桑”展览（包括麋鹿与自然、鹿与文化