逃离西班牙的部分人还被缺席判处火刑，即焚烧塑像。至1492年止，共有17万犹太人遭驱逐。根据史学家亨利·卡门（）的数据，迫害者则为两千人。
去世.1494年6月，在托尔克马达健康恶化之时，他退休至阿维拉的圣托马斯修道院。教皇亚历山大六世派去四个助理检察官以维持西班牙宗教裁判所。1498年，托尔克马达葬于圣托马斯修道院。在1832年他的坟墓被人掘开，尸骨被盗走并焚毁。
辩护.西班牙史学家塞瓦斯蒂安·德·奥尔梅多称之为“异端的锤子、西班牙的明灯、国家的救星和修