教会分裂出来。截至2010年，菲律宾独立教会人数约有100万，其中大部分来自吕宋岛北部地区，尤其是在伊罗戈。菲律宾独立教会世继罗马天主教会之后，第二大的单一基督宗教教派（佔80.2％），约佔菲律宾总人口的2.6％。
基督新教.新教在二十世纪初由美国人接管菲律宾的时候传入了菲律宾。目前，新教基督徒佔人口总数的10％-15％，自1910年以来年增长率为10％。是菲律宾继罗马天主教之后最大的基督宗教教会。 
东正教.东正教在菲律宾已经有200多年的历史了。菲律