随着宗教改革以及大学与罗马天主教廷的断交，一些深感不满的学者离开牛津前往欧洲大陆，多半最终安定于。牛津大学的教育最后也从中世纪的经院哲学改为文艺复兴模式，虽然部分与大学有所联系的机构因而丧失一些土地与财产。1636年，时任校监兼坎特伯里大主教的威廉·劳德编制大学法令。此规条在17至19世纪中起到相当大的作用。劳德同时也给予大学出版社一份权利保障宪章，并对大学主要的图书馆——博德利图书馆的发展起到很大的正面作用。从英国国教会创立起到1866年，要获得牛津大学文学学士学位必先成为教会的成员。1871年，拒