月15日，苏门答腊叛乱集团在西苏门答腊省的武吉丁宜市成立“印度尼西亚共和国革命政府”，公开反抗中央政府，很快苏拉威西的叛乱集团也在北苏拉威西省省会万鸦老起而响应。对于叛乱集团的叫板，朱安达宣布将采取断然步骤予以打击，不过他也强调避免使用暴力，避免发生内战。苏加诺总统回国后也重申将对叛乱集团采取强硬措施。但国内各党派和政治领袖对此意见不一，主战、主和与公开支持叛乱的皆有之。在此情况下，苏加诺只能依靠军队的力量镇压叛乱。经过激烈战斗，1958年5月5日陆军攻陷“革命政府”所在地武吉丁宜，6月26日收复万鸦老