他感到更高的唿召，迁居到沙漠，进入玛尔萨巴修道院。圣约翰的坟墓位于修道院下的一个洞穴中。修道院在东正教礼仪的历史发展中很重要，因为圣萨巴的礼仪通行于东正教和遵循拜占庭礼 的东方天主教会。耶路撒冷牧首制定了礼仪标准.从那里它传播到君士坦丁堡，然后遍及拜占庭世界。传统说，这座修道院将是在耶稣基督第二次回归之前主办最后一次礼拜，因此是真正基督教的最后一个支柱。萨巴的圣髑在12世纪被十字军夺取， 并留在意大利，直到保禄六世在1965年将他们送回了修道院，以示对东正教的善意。