合併改制为直辖市选举中当选为合併后的首届高雄市市长，2014年获得99万票，为竞选对手杨秋兴得票数超过两倍，且为当次选举得票数最高的地方首长，顺利连任。就高雄市（合併前直辖市）11个市辖区而言，陈菊在高雄市执政长达十二年，为中华民国地方自治史上，仅次于胡志强，连续担任同一地区的地方首长期间第二长者。2018年4月，陈菊受邀入主总统府担任总统府秘书长，至2020年5月17日请辞。同年6月，获提名出任监察院院长，翌月提名案获立法院通过，晋身五院院长行列。民进党中央也比照中选会主委李进勇模式，依规定暂予註销党