以尚发觉嘉靖帝不想杀海瑞，奏请释放，又说自己买了40两名贵香料，献给皇帝修道用。嘉靖帝大怒把何以尚抓起来，予以重责。嘉靖四十五年（1566年）冬，嘉靖帝驾崩，隆庆帝奉遗诏命海瑞出狱，又改任为兵部武库司主事。隆庆元年（1567年）连续升官，历任尚宝司丞、大理寺右丞、大理寺左丞、南京通政司右通政。
巡抚应天.
开黄浦江.隆庆三年（1569年）夏天海瑞出任应天巡抚，正好赶上长江发大水，江南被淹。此前明廷曾多次疏浚吴淞江，治理了几十年都没有成功。海瑞一上任，实际考察，