1387年），撤澎湖巡检司。洪武二十五年（1392年）九月，置漳泉道。嘉靖十四年（1535年），割漳州府、泉州府、延平府三府四县边地置大田县，隶延平府。嘉靖四十二年（1563年），重设澎湖巡检司。入清以前，泉州府并未增设新县，仅维持七县。南明永历九年（清朝顺治十二年，1655年），郑成功在厦门置思明州。
清朝.清朝时，府治仍为晋江县。雍正十二年（1734年）后，泉州府范围大约等同今日的金门县（不包含金城镇东碇岛、乌坵乡）、厦门市（不包含海沧区南半部）、漳州市龙海市角