幕府承认其支配加贺一国，参加9代将军足利义尚远征六角高赖（钩之阵），伴随着战费增加，国人众反弹，最后国人众和从越中返回的门徒连手举兵。长享2年（1488年），一揆拥立富樫泰高为守护，政亲在高尾城兵败自杀（长享一揆）。足利义尚计画讨伐一向一揆，但是，因为细川政元反对和义尚之死，讨伐一向一揆和远征六角高赖中止。以后，加贺支配权逐渐由国人众转移至作为宗主代理的一门众（松冈寺住持莲纲・光教寺住持莲誓・本泉寺住持莲悟）。但是，永正3年（1506年），周边诸国镇压一向一揆的九头龙川之战・般若野之战以降，一门众的统治