4年正月，任前秦荥阳太守的余蔚，和昌黎的鲜卑人卫驹各率己兵投降了在淝水之战后力图恢复燕国的慕容垂。由于慕容垂在前燕遭受迫害，投靠了前秦，前秦对前燕发动灭国战争就是他主导的，所以他对余蔚并不怪罪。之后慕容垂在荥阳自称大将军、大都督、燕王，建立后燕，任命丁零翟斌为建义大将军，封为河南王；任命余蔚为征东将军、统府左司马，封为扶余王。392年七月，慕容垂在邺城，任命右光禄大夫余蔚为左仆射。396年五月初九，后燕皇帝慕容宝任命扶余王余蔚为太傅。