到回鹘人在840年后迁居高昌、建立高昌回鹘国之后，才看到回鹘君主使用「亦都护」称号的记载。也有可能是回鹘人迁居高昌后才使用此称号。
高昌回鹘君主列表.参见：回鹘可汗列表
大元帝国回鹘亦都护.由于察合台汗都哇的进攻，高昌被攻陷，回鹘亦都护内迁到甘肃永昌。
察合台汗国回鹘亦都护.回鹘亦都护迁居甘肃后，高昌当地另立亦都护，受察合台汗国统治。