为联盟MS-09轨道舱上出现约2毫米宽的裂口，因而发生漏气。指令长普罗科皮耶夫及时用环氧树脂封堵了漏点，解决了问题。问题发现伊始，有俄航天内部人士认为，事故可能是飞船在地面制造时就被错误钻孔，而后采用了特殊胶水密封。同年9月4日，俄罗斯航天集团总裁德米特里·罗戈津于一档电视节目透露，现发现飞船外壳的穿孔似人为所致，已有一个特别委员会在调查该起事件，包括发射前人为因素，但尚不排除有人在太空中蓄意所为。2018年12月11日，飞船指令长与联盟MS-11指令长科诺年科进行了舱外活动，确认先前漏气的孔位于轨道舱