南方军队整理就绪，即行裁撤。袁世凯另任徐绍桢为参谋总长。后来因没有经费，军队哗变。6月14日，黄兴辞卸南京留守。黄兴退居上海。8月13日，孙中山、黄兴联名通电各支部报告同盟会扩大改组为国民党。黄兴任理事。8月17日，孙、黄已同登海轮，忽接北京同志来电以张振武案发生，暂缓启行，黄即舍舟登岸并电诘真相，惟孙决心践约，仍鼓轮北行。8月24日，孙行抵北京，英国路透社因而大力赞其度量超人万万，中国党争自能无形消弭。10月，黄兴自北京归湖南，袁世凯为了拉拢黄兴，特派员到长沙，以貂皮大褂赠黄母，并任命黄兴为粤汉铁路督