人事冻结政策引发外务官僚反弹，陆续爆出外务省机密费挪用问题、公款流用嫌疑、贿络等丑闻，田中外相因此称外务省为『伏魔殿』，唿吁改革。之后田中外相与外务官僚不断对立。田中外相透过不断更换事务次官企图改革外务省，2001年（平成13年）9月11日发生九一一袭击事件后，外交政策改由官邸主导，外相被排除在外。接着，在阿富汗战争重建协助活动中，外务省疑似受到众议员铃木宗男施压，将NGO排除在复兴会议之外，田中外相表示事务方已证实确有此事，然而事务次官却否认提供资讯。引起铃木议员、田中外相、外务省3方的斗争。20