赠送给册封使礼物，并提供廪费和口粮，林麟焻皆婉拒之，琉球人建「却金亭」以纪念此事。回国后任户部江南主事，监太平仓。任内整治污吏，一扫多年积累的弊端，因功升官为户部广西司员外郎。二十六年（1687年）任四川乡试副主考，迁礼部郎中。三十三年（1694年）升按察司佥事，提督贵州学政。在任期间奏请增加乡试名额，获得士人的称颂。他还派人买明代名家的文稿发给下属的学宫，令师讲诵，闻风为之一变，获得云贵总督勒保和贵州巡抚阎兴邦的联名举荐。朝廷拟授贵州布政司参议，但他上表推辞并回到故里，修葺故居并建书屋三间，与友饮酒赋诗，