各部的首领骨力裴罗受唐帝国支持，推翻了后突厥汗国，建立了回纥汗国。安史之乱时，回纥曾协助唐帝国出兵。788年，回纥统治者向唐朝，自请改为“回鹘”。840年，回鹘汗国被破，向西分三支迁移，其中一支南下。866年，回鹘建立了西州回鹘政权。10世纪中叶，葛逻禄在中亚建立喀喇汗王朝（也有说为回鹘，一说为样磨、葛逻禄），这对维吾尔族伊斯兰化的发展产生了深远的影响。此时维吾尔族的生产由游牧为主逐渐转变到以定居为主。天山一带和南部原来的印欧语系民族逐步被回鹘同化。从1124年至13世纪初，今新疆境内的维吾尔族祖先