。与大部分的兽脚亚目恐龙相比，玛君龙的头颅骨相当着名，而且类似其他阿贝力龙科恐龙的头颅。如同其他阿贝力龙科的头颅，玛君龙的头颅长度与高度比例较短，但没有食肉牛龙那样短。大型成年个体的头颅骨长度约60到70公分。前上颌骨高，使得口鼻部前端非常钝，这是阿贝力龙科恐龙的典型特征。然而，与其他阿贝力龙科恐龙的头颅骨相比，玛君龙的头颅骨宽度较宽。所有阿贝力龙科恐龙的头颅骨都有粗糙不平的表面，玛君龙也不例外。玛君龙的鼻骨特别厚，并且互相固定，鼻骨的下半部有个低鼻嵴。头顶的额骨癒合，有个明显的半球形角状物。在玛君龙存活