民哗然，黄恩彤被弹劾。恰逢监临文武乡试，黄恩彤疏请给予年老武生武职虚衔，朝廷下诏斥责其违例，褫职，交耆英差遣。不久，以同知铨选。
晚年.道光二十九年（1849年），黄恩彤乞养归里。咸丰初年，黄恩彤在籍兴办团练，对抗太平军。第二次鸦片战争期间，奉命随耆英前往天津议和，尚未到达，合约已定。同治年间，以抵御捻军之功，予三品封典。光绪七年（1881年），重逢乡举，加二品衔。不久卒。《清史稿》有传。
家族.有子黄师誾，咸丰初年进士，选庶吉士，官至广西桂林府知府。