月园区行政服务区取土工程中发现了北三舍遗址，1998年12月一期基地西北侧滞洪池D工程发现了三抱竹遗址。对于这两处新发现的遗址，南科考古队先是在1999年9月到2001年3月进行对三抱竹遗址的抢救，而在1999年12月到次年4月则对北三舍遗址可能受到高铁工程影响的部分进行抢救。在此同时，又发现了五间厝北遗址、南关里遗址、道爷南遗址，其中由于南关里遗址所在地属于奇美LCM厂的开发案，且工程已进行多时，无法变更配置，只能要求奇美电子暂停施工，进行抢救工作；而为配合厂商建厂时程，此次抢救工作于晚上继续进行考古