于香港沦陷后被日军完全佔领，日军随即对英段进行必要的维修，以便转为军用铁路，但因为毕架山隧道等设施受损严重，要到1942年4月才恢复通车。战后，广九铁路于1946年遂步恢复运作。然而，由中国共产党领导的中华人民共和国于1949年10月1日成立，中国人民解放军南下于1949年10月14日进佔广州和石龙，政治环境转变令到省港两地间的列车服务再告中断，此后停运30年。广九铁路英段及华段以罗湖桥为界，两地政府于此设立边境，一般客运列车互不相通，乘客到达边界必须下车自行过境。自此英段及华段铁路由两地政府各自经营及