治疗人类免疫缺陷病毒感染的一大障碍是病毒的高遗传变异性。HIV可分为两种主要类型：HIV-1型和HIV-2型。HIV-1与生活在西非的黑猩猩和大猩猩体内发现的病毒有关，而HIV-2与西非的濒危灵长类体内发现的病毒有关。<ref name="doi10.1101/cshperspect.a006841"></ref>HIV-1病毒向下可分为几组：其中，HIV-1的M组病毒数量占优，是艾滋病（AIDS）流行的肇因。基于基因序列数据，M组可进一步细分为各亚型。已知某一些亚型更具毒性或对不同药物具有抗药性。通常认为