部长安子文办理了相关手续。1957年5月7日调动工作，6月5日孟用潜上任，出任国际关系研究所所长。此外，他还兼任中共外交部党委委员、中国人民对外友好协会副会长。1965年，他还当选为第四届全国政协委员。
文革迫害.1966年文化大革命刚开始，中共外交部党委（陈毅任党委书记）便抛出了部党委内定的35名“牛鬼蛇神”交给群众批斗，其中包括中共外交部党委成员孟用潜、王炳南、陈家康和许多司、处级干部，同时向部党委认定的与文化关系密切的单位如国际关系研究所、北京外国语学院等单位派出工作组，发动