10月13日疏迁至重庆，10月15日正式办公；同年11月29日，再西迁至成都，隔日解放军便进驻重庆。
中华民国政府迁台后.1949年12月7日，行政院（时任代总统李宗仁赴美后由时任行政院院长阎钖山主持国政）宣布中央政府各机关迁设台北，并于12月10日开始办公，台北成为中华民国中央政府所在地。中华民国政府播迁台北后，大致沿用日治时期原有的官署建筑，如原台湾总督府改为总统府厅舍、原台北市役所改作行政院办公厅舍、原台北州厅改作监察院办公厅舍等，这些建筑大都座落于台湾戒严时期开始划定的博爱