琦长期从事考古田野发掘以及夏商周考古学研究，先后参加山西夏县东下冯遗址、河南登封王城岗遗址、宁夏海原菜园遗址、山西垣曲商城遗址的发掘工作。其中，东下冯遗址、王城岗遗址都是国家“六五”社会科学重点研究项目。董琦参与执笔的《登封王城岗与阳城》大型发掘报告获“夏鼐考古学基金”奖及河南省社会科学研究一等奖。董琦参与了《中国古代科技文物展》和《香港国宝展》的筹展工作。
着作.董琦主要着作有：董琦的学术论文有30多篇，主要有：董琦参与编撰出版了《中国通史陈列》、《中国古代科技文物展》、