遭受打压，石窟庵因而逐渐荒废。1909年，一名邮差偶然发现石窟庵，当时毁坏情况已十分严重。在朝鲜日治时期（1910～1945年），石窟庵于1913～1915年展开修复工程，此次整修事前并没有充分进行调查，石窟的结构几乎被完全拆除并重新组装，修复人员使用混凝土包覆来稳定结构，但这样的做法使得湿气无法宣洩，以致雕塑腐蚀并产生漏水。1917年，在圆顶上方埋入排水管，但漏水情况并未显着改善。1920～1923年在混凝土外铺上防水沥青，但在其上却长出苔藓和霉菌，此段时期修复工程相当不顺利。之后因二战与韩战局势动盪