朱慧昌（？－1795年）为中国清朝官员，本籍浙江。朱慧昌于1794年（干隆59年）以鹿港同知身分奉旨接替遇昌，于台湾地区担任台湾府知府。而此官职是台湾清治时期此期间，受台湾道制约的台湾地方父母官。翌年，卸任回任鹿港同知。1795年，他因陈周全民变阵亡殉职。