日治初期此套系统仍然沿用。1901年台湾总督府废县改置二十厅之际，改用支厅、区作为厅与街、庄、社、乡之间的正式行政区划单位，但堡、里、乡、澚仍然普遍使用于地籍、户籍、门牌号码等场合。由于「坊」仅用于台南城区一带，而且1903年四坊合併为「台南市」以作为地籍单位，并在1916年确立其位阶为「堡里」。因此，一般仅称「堡、里、乡、澚」，而将「坊」略而不计。1920年（日大正九年），全台改制为五州二厅之际，始全面废止堡、里、乡、澚。但堡里至今仍有使用的遗迹，例：彰化八堡圳以流经8个堡得名；台南市仁