占领三座城市后，局势突变，国军调孙立人新一军、廖耀湘新六军、陈明仁第七十一军等精锐北上，由白崇禧、杜聿明指挥。尽管林彪、陈云建议撤出长春，彭真主政的东北局在中共中央的坚持下决定坚守长春，林彪被迫率领东北民主联军在四平阻击国军精锐，最终不敌溃败，共军撤往松花江以北。军事上的失败使林彪等人与彭真的分歧充分暴露了出来。6月16日，中共中央决定改组东北局，以林彪为东北局书记、东北民主联军总司令兼政治委员，彭真改任东北局副书记兼东北民主联军副政治委员。1947年7月，彭真离开东北，出席在河北平山西柏坡村召开的全国