法是利用染色体中的反转座子记号。最理想的是将形态学、分子生物学、以及行为生态等种系发生学的信息结合起来，没有一种方法是完全完美的。所有的方法都有自己的误差，在形态学中经常发生趋同进化的错误，但在分子生物学中却经常有和外在特征冲突的现象，分子数据虽然比利用化石数据更精确，但也充满误差。各种方法的比较和结合，才能得到更好的结果。“亲缘分支理论”并不能取代现在所有的演化理论，只是对现有的知识进行一些修正。这种理论也可以使用到生物学以外的领域，目前已经应用到历史语言学中确定语言的族属分类，和古代文献考订中确定文