弘光元年（1645年），沈光文参预沥钱家军，鲁王朱以海授为太常博士。1646年沈光文参预画江之师。5月到6月，清军攻破浙江、福建一带，鲁王撤退至舟山群岛一带，由于舟山守将拒绝接纳进驻，跟随鲁王的人士在舟山附近海上漂流数月。1646年9月，控制厦门的郑联与郑彩势力接鲁王到厦门。1648年清军打下厦门，鲁王移驻浙江，沈光文暂时脱离鲁王南至广东。1651年2月，清军破厦门及舟山，鲁王的人马避到金门，沈光文前往金门会合。不久，厦门与金门成为郑成功的势力范围，鲁王等人就滞留金门，但郑成功恶遇鲁王，以致沈光文等人生活