1994年1月6日首先停航。再加上西九龙的开发，码头需要征用作填海工程用地，码头于1996年2月1日停用，客轮航线改为在九龙政府船坞旁的临时码头上落客。最后，渡轮业务被逼于1998年2月2日正式取消，只余下巴士总站部分。1998年6月22日，九龙站公共运输交汇处落成启用，部分路线迁往九龙站公共运输交汇处，以纾缓佐敦道码头巴士总站的挤迫情况。2003年，配合兴建九铁九龙南线，巴士总站部分被征用，2月23日，所有使用佐敦道码头巴士总站的巴士路线需要迁至位于原有巴士总站西面的佐敦汇翔道临时巴士总站。S