层。
站厅.祖庙站站厅中部南侧被划分为收费区，站厅收费区内设有五条扶手电梯、一条楼梯以及专用电梯可供乘客前往车站月台。本站设有便利店，亦设有自动售卡/充值机以及好易自助服务机。
月台.本站设有一个岛式月台，位于建新路地底。
出入口.祖庙站设有4个出入口，其中车站投入运营时启用了A、C出入口，B、D出入口后来亦陆续启用。本站所有出入口通道均可连通邻近商场地库。
利用状况.由于祖庙站位于佛山老城区的的核心