国民政府代表同盟国接管台湾后，仍由台湾台中地方法院管辖南投。1980年7月1日，院检始分隶。1982年7月增设「台湾台中地方法院检察署南投检察官办公室」。1994年7月成立「台湾南投地方法院检察署」，并自同年8月1日起受理案件。该署迄今历经九位检察长：陈聪明、朱楠、林朝阳、陈云南、陈荣宗、施良波、杨治宇、朱兆民、朱坤茂，现任检察长为林邦樑。 2018年2月8日，全国检察署正式去掉「法院」二字，直接命名地方检察署。