绪二十五年（1899年）又重修。寺内现存清朝康熙二年（1663年）裕亲王所书“清真”木匾，干隆五十二年（1787年）“真一无二”牌匾，分别悬于大殿敞厅两侧墙壁。寺内还有雍正七年（1729年）御赐碑，干隆三十五年（1770年）《重修礼拜寺碑记》。辛亥革命后，宋教仁、蔡元培等人常在此议事，支持孙中山“五族共和，振兴中华”，反对袁世凯复辟。1912年7月7日，中国回教俱进会在该寺成立。文化大革命时期，该寺被关闭，大殿等建筑受到破坏。粉碎“四人帮”后，为落实民族宗教政策，北京市及崇文区人民政府有关部门对