组成专案组讨论如何处理废太子李承干。但没人敢说话，只有来济说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣。”唐太宗同意了，他废黜了李承干为庶人，但是保下了他的命。提拔来济为吏部考功员外郎(科举考试的主考官)。644年，唐太宗任命他为新太子李治的司议郎（正六品上），兼崇贤馆直学士。不久改任中书舍人（正五品上），与令狐德棻等撰《晋书》。649年，唐太宗驾崩，太子李治继位为唐高宗。651年，来济被任命为中书侍郎（中书省的副官），兼弘文馆学士，监修国史。653年，加同中书门下三品，为国家