隧道崩塌之地区为崇山峻岭，如进行详细之地质探勘，恐缓不济急，并且势必影响奇莱引水工程的整体施作进度，因此最终决议，以原始的地质钻探资料及路线调查结果来施作改线工程。改线工程经测定完成后，分别由新上口，以及原隧道截断处开挖。而新隧道沿线之地质多属于黑色片岩，纹理及分布几与隧道平行，加上岩质松软透水性大等因素，因此隧道改线开挖时，以新奥工法（NATM）及全断面钻炸施作。并且隧道全线之洞壁敷设混凝土衬砌以保护隧道结构。
现况.五甲隧道改线工程完工后，上方之五甲崩山仍持续的走山滑动，导