立台湾民主国，各地皆起兵响应抗日，郑以金召集乡勇筹备守卫乡里。5月29日，日军近卫师团登陆澳底，乙未战争遂起。6月中旬，台北城失陷。6月15日（阴历五月二十三日），吴汤兴领军北上支援时，郑以金亦率众与日军激战。1895年7月11日，姜绍祖被俘，吞食鸦片膏自杀。郑以金仍努力奋战，在新楚军于头份尖笔山挡住日军之际，于7月23日退入老家苗栗后龙进行补给，之后邀集道卡斯族各社南下大甲，协助吴彭年逆袭追击的日军，并率领新竹子弟兵参加八卦山之役。