秋山利用大学图书馆和海军文库钻研兵术理论的研究。这期间正好爆发美西战争，秋山参观了美国海军封锁古巴圣地亚哥港的作战并提交报告，以此为参考在日俄战争中提出了封锁旅顺港的作战方案。明治32年（1899年）1月前往英国视察8月归国。明治33年（1900年）入海军省军务局第1课，成为常备舰队参谋。明治35年（1902年）成为海军大学校教官。明治36年（1903年）8月结婚。明治37年（1904年）升任海军第一舰队少佐参谋。因朝鲜半岛问题日本和沙皇俄国关系恶化，同年作为联合舰队司令长官东乡平八郎的作战参谋登上第1舰