万历四十一年（1613年），因为蜀王中伤，曹学佺被削官三级，归里回到福州，临行前蜀中民众遮道送归。在家乡期间，他在福州洪塘东歧岭下状元街北建造了私家园林石仓园，内有藏书楼藏书万卷。他还和诗人徐、赵世显等结诗社，又创立了剧社“儒林班”，成为闽剧鼻祖之一。万历四十三年（1615年）明廷发生了梃击案，曹学佺得悉后撰写了《野史纪略》，以揭露事实真相。天启三年（1623年），曹学佺又被朝廷起用为广西右参议。在任内，他纠察了桂林宗室私铸钱币的罪责，并致力于当地教育，兴办漓江书院，并对军队约束。天启六年（1626年