1、3号线车站和S1、S3线车站，两部分位置不同、走向不同，相对独立。其中1、3号线车站呈南北向布置，S1、S3车站呈东西向布置。两部分由换乘通道连接。
1号线、3号线站台.1号线和3号线车站在南京南站地下按南北向布置，与国铁南京南站同时建设，长度为411.1米、宽度为48.9米，为地下两层双岛车站，总建筑面积52966 平方米，其中主体建筑面积为47864 平方米。1号线和3号线车站地下一层为站厅层，地下二层为站台层，1号线和3号线在地下二层同台换乘：1号线往与3号线往林场站