2002年10月13日，举行建厂90週年庆祝活动。2004年，改隶属于台湾糖业公司砂糖事业部。2005年7月1日，北港糖厂制糖工场停产关闭，原料甘蔗拨运虎尾糖厂压榨；厂区移交台湾糖业公司云林区处管理，北港原料课、北港特殊糖业务及大林工场改隶南靖糖厂。后来，其厂区由台湾糖业公司云林区处与南靖糖厂共用；北港原料课改隶虎尾糖厂。