夏尔扎·扎西坚赞是近代最着名的一位苯教上师，他通晓苯教和藏传佛教的许多经典。19世纪中后叶，他与藏传佛教高僧康楚仁波切、蒋扬钦哲旺波、秋吉林巴等人发起利美运动，主张消除各教派间的分歧，对不同教派间的教义与传承同等尊重。苯教文化在西藏土地改革运动和文化大革命中受到严重破坏，许多寺庙被拆毁，扎西梅日寺、热拉雍仲林寺、色结寺、色果查姆寺等重要寺院都遭到严重破坏甚至完全毁坏，不少僧侣和信众逃往印度、锡金、不丹、尼泊尔等地重建苯教寺庙。改革开放后，通过中国中央政府拨款和信众的捐助，西藏各地的苯教寺庙已相继被修复。