939年诺门罕战役中，日军和满洲国的蒙古人军队被苏联红军、蒙古人民军击溃，日本人遂认为蒙古人不可靠。巴特玛拉布坦因此被革去军衔而退役，调至新京特别市，任兴安局总裁等职。1940年3月，他任第九军管区司令官。1945年日本投降后，巴特玛拉布坦在长春被苏联红军逮捕，后关押于苏联赤塔。1946年在由苏联遣送回中国的途中，巴特玛拉布坦病逝于伯力（今哈巴罗夫斯克）。