约任命事宜经常与克林顿而非伯尔协商。克林顿因长期的公职工作以及在纽约州具有重要选​​举地位的受欢迎程度而于1804年被选中取代伯尔。他还受到杰斐逊的青睐，因为杰斐逊在1808年已69岁，他认为克林顿年纪太大了，无法在下一次选举中与杰斐逊的继任国务卿詹姆斯·麦迪逊竞争。他担任美国第四任副总统，从1805年到1809年，先是在杰斐逊任期内，然后从1809年起在麦迪逊的任期内，直到1812年因心脏病发作去世。为避免提高副总统的地位，杰斐逊基本上无视克林顿副总统。他不熟悉美国参议院的规则，许多参议员认为他是无效