鱼体，而非鱼肝。肝脏制品，如鳕鱼鱼肝油，虽富含奥米茄3脂肪酸，但是亦有高量的活性维他命A。过度摄取高剂量维他命A，会有潜在健康风险。
有毒污染物.尽管鱼油有许多可能的健康效益，但是绝大多数的鱼油是自鳕鱼肝或鲨鱼肝所提炼而成。由于肝脏功能为解毒（代谢）或贮藏（如果无法代谢）污染物的器官，故肝脏制品中多氯联苯的含量会比鱼本体来得高。2006年，政府单位，如英国食物标准局（Food Standards Agency）与爱尔兰食品安全署（Food Safety Authority）报导