藏人行政中央转为代表全体西藏人民的民主政府。由于丹增嘉措和美国向联合国提出介入西藏问题的唿吁，联合国大会在1959年、1961年和1965年通过决议，唿吁尊重西藏人民。他还创立藏族教育系统，教授藏族语言、历史、宗教和。1970年，他在达兰萨拉建立西藏档案文献图书馆，馆内收藏80,000多份重要手稿与资料，涉及西藏历史、政治、文化等方面，被视为世界上最重要的藏学机构之一。相对地，在1959年4月至1965年1月，他仍担任第二届全国人民代表大会常务委员会副委员长，第十世班禅额尔德尼则成为西藏自治区筹备委员会