1年，白鹿洞书院遭兵火毁坏。1352年，西林寺、天池寺等均焚于兵火。1360年，陈友谅称帝江州，与朱元璋在山麓的鄱阳湖地区长期对峙。明洪武年间，庐山获封为“岳”，遂与五岳并列。1411年起，东至五老峰，南至白云峰，西至马鞍山，经至讲经台，被设为禁山，清朝沿用。1436年，白鹿洞书院获重建，至1497年书院诸生逾500人。1573年后，黄龙寺、千佛寺、云中寺、青莲寺等建成启用。 1579年，明神宗下诏毁天下书院，白鹿洞书院也未能幸免，但数年后得以复办。1645年，南明左良玉率军焚掠江州，庐山同遭破坏。16