所支持的南朝投降。次年足利尊氏废黜了崇光天皇和皇太子直仁亲王，停止了光严上皇的院政，并将北朝一系的皇族囚禁，将三神器送交南朝朝廷，史称正平一统。1352年阴历闰2月，南朝的后村上天皇趁足利尊氏讨伐关东的足利直义之机，派楠木正仪攻陷了京都。光严上皇、光明上皇、崇光天皇以及皇太子直仁亲王等人被南朝军俘虏。3月足利尊氏开始反扑，南朝军挟光严等人撤往山城国的男山（今京都府八幡市），后来经河内国东条回到后村上天皇的行宫所在地大和国的贺名生（今奈良县五条市）。光严上皇落入与其敌对的大觉寺统南朝手里，过着囚禁生活