:::深圳方面.由于深圳湾口岸为填海地块，远离南山区的传统民居区，所以现阶段只有巴士或的士可以到达。2010年12月深圳地铁2号线通车，现有的公交巴士可转乘距离口岸最近的地铁站登良站及海月站，即使乘坐的士前往南山着名的购物娱乐中心“海岸城”地铁站后海站，车资12元亦已足够（10元起跳，另需缴纳燃油附加费）。
巴士.深圳湾口岸北方为公交总站，亦设有充电站，方便电力驱动的公交车充电。由于征地兴建深圳地铁13号线深圳湾口岸站，公交总站于2019年10月21日停止运作，而位于科苑