2A月台与2B月台分别为东主正线与西主正线。惟因车站行李房设在第1月台且旅客经过剪收票口可直接进出第1月台，故实务上逆行列车多拐停第1月台。改为跨站式站房后已不如此调度。斗六车站现为跨站式车站，购票及服务设施设在2楼大厅，与前后站均有连通。月台设有岛式月台两座。二楼大厅也有无障碍电梯和月台、前后站出入口联络。
未来展望.改建为高架化铁路及车站于行政院的前瞻基础建设计画中