使内里已经重建，天皇仍有大半时间居住在里内里中。例如，鸟羽天皇在位的十五年中，仅七个月在内里度过；崇德天皇除为了举行仪式使用大内里之外，从未在内里居住过。天永3年（1112年）里内里高阳院烧毁，即使内里还能使用，朝廷却讨论要将何处作为新的里内里。保元2年（1157年），后白河天皇的近臣藤原通宪主导了大内里的重建。藤原通宪使各令制国负担合理的徭役，在不到一年的时间内，完成了重建工作。近年的研究认为，当时实际只复原了大极殿、回廊、会昌门与朱雀门等朝堂院的建筑，以为二条天皇的即位式作准备。安元三年（1