小段时间后，戈登经由萨瓦金（苏丹海港）和柏柏尔（苏丹北部城镇）到喀土穆，从喀土穆他又继续沿着白尼罗河到了刚多卡洛。戈登留在刚多卡洛省直到1876年10月。他建立从索伯特河（Sobat）到乌干达前线的哨站，以及打击奴隶交易活动。然而戈登开始和埃及官员和苏丹发生冲突，这导致戈登回到伦敦并通知总督他不会回到苏丹。总督写信给他，戈登同意回到埃及，但坚持他必须成为全苏丹的总督。在总督同意一些讨论后，戈登成为全苏丹的总督。成为总督后，戈登开始处理一些更广的问题。其中一个是改善埃及和阿比西尼亚（今衣索匹亚）的关系