立遗传学研究所去新成立不久的综合研究大学院大学担任教授（1992-)。2002年，高畑尚之当选美国艺术与科学院外籍院士。2008年至2017年任综合研究大学院大学的校长。
研究领域.高畑尚之是木村资生后期主要合作者，他为完善中性演化理论做了很多工作，特别是在人类遗传学的主要组织适合抗原(MHC,major histocompatibility antigens)的研究，拓展了群体遗传学的范畴，为研究人类的疾病、演化、迁徙提供了一个很好的理论框架。现在，在理论群体遗传学领域，像高畑尚