有赛普勒斯和马尔他因为是岛国的关系，要求保留部分边境管制措施。2004年10月16日，瑞士联邦议会通过加入《申根协定》的协议，2005年6月5日，瑞士全民公投以微弱多数通过了《申根协定》。2008年12月12日瑞士正式加入申根区。2007年后，罗马尼亚、赛普勒斯、保加利亚、列支敦士登分别签订加入申根公约，原预计分别均会在2011年内正式实施。但目前除列支敦士登外，其余三国均于2011年宣布延后实施，至今没有加入。2013年7月1日起，克罗地亚成为欧盟成员国，目前预计2016年申请加入申根公约。