等地的高铁项目都要昂贵。根据港铁在2017年12月向政府提交沙中线最新工程费用估算，主体工程成本由708亿元增至873亿元，超支165亿元。多个政党批评港铁低估工程开支。立法会铁路事宜小组主席田北辰质疑政府内部协调有问题。2020年2月28日，路政署就沙中线超支问题向立法会提交文件，最新工程费为约816亿，较最初的708亿超支108亿。
多次追加拨款.立法会财委会分别于2010年7月、2011年2月及6月合共通过拨款约84亿元进行沙中线的前期及保护工程。2012年5月11日