990年9月，国务院决定建立国家专项粮食储备制度，成立国家专项粮食储备领导小组与国家粮食储备局，负责国家粮食储备的管理工作。国家粮食储备局是国务院直属机构，由商业部代管。1993年3月，根据第八届全国人大第一次会议批准的国务院机构改革方案，撤销商业部、物资部，组建国内贸易部，原商业部粮食综合司、粮食购销司、粮食储运局、国家粮食储备局合并，组建新的国家粮食储备局，为国内贸易部管理的国家局，副部级。1999年11月24日，国务院办公厅印发国家粮食局“三定”规定，规定国家粮食局承担粮食储备管理和宏观调控职能。