教宗若望·保禄二世将万金天主堂列为宗座圣殿，自此该教堂的正式名称为「万金圣母圣殿」；而同年亦获屏东县政府核定列为地方政府维护的「三级古蹟」。之后该教堂又在1999年进行另一次的整修工程，在2001年完成。2016年8月3日下午4时许，教堂的告解室遭到纵火，造成摆放在告解室内的圣母像的头发和彩衣烧毁、木质的圣像本体也被燻黑；经过堂区方面近百日的修复后，于同年11月13日重新公开展示，当天并由高雄教区刘振忠总主教主礼圣母像修复完成的祝圣仪式，此事件后来被改编并放入轻小说『迷路小玛在万金2』中。Secti