废黜义澄一事成为了泡影，此后细川政元与足利义澄一直试图维持着关系。1507年（永正4年）细川政元被暗杀，细川氏（京兆家）陷入了争夺家督之位的内讧中（永正错乱）。翌年四月，周防守护大内义兴得知此事后，拥戴前将军足利义材（即足利义材）进军京都。足利义澄在近江守护六角高赖的拥护下逃奔朽木谷，后逃往蒲生郡水茎冈山城。七月，足利义澄被废黜，足利义尹改名义稙并再次成为将军。足利义澄恢复自己的势力之后试图复辟，派遣细川澄元、三好之长、三好长秀等进攻京都，但为细川高国、大内义兴、畠山尚顺等人所败。随后义澄派人暗杀义