湖北鳄目与这些演化支有接近亲缘关系，或是彼此有直接演化关系。湖北鳄目的上颌、下颌延长，许多水生四足类动物也平行演化出类似的口鼻部外形，例如：上龙类、鲸鱼、早期海生鸟类的黄昏鸟，这些水生动物为了适应水生环境，而个别演化出类似的某些身体外形。由于许多海生爬行动物演化支个别演化出类似的特征，在不同时期回到海洋生活环境，而这些演化支彼此并不一定有接近亲缘关系，目前很难确定湖北鳄目与其他爬行动物的演化与分类关系。在二叠纪晚期到三叠纪早期的地层中，双孔亚纲的化石纪录相当少见，也造成相关研究的困难。此外，湖北鳄目已经