后，花了6年半修订的被子植物分类法，于2009年10月正式在林奈学会植物学报发表。于2016年被APG IV取代。APG III承认了早前版本的所有45目，并新接受了14个目，共计59目。新增的目有：无油樟目、睡莲目、金粟兰目、无叶莲目、昆栏树目、黄杨目、智利藤目、葡萄目、蒺藜目、美洲苦木目、十齿花目、南鼠刺目、鳞叶树目及盔瓣花目。APG III所承认的科共有415个，有许多小型科被合并，早前被建议合并的55科之中有44个被合并，即八角茴香科、葱科、百子莲科、龙舌兰科、星捧月科、西丽草科、风信子科、