及对绝缘老化的电路系统和电器设备进行更换。从2006年3月开始，由于JR货物的EH500型电力机车陆续投入运用，其运用范围由东北本线系统扩大至直通北海道，因此不再需要委托JR北海道的ED79型电力机车来承担部分定期货运牵引任务。同一时间，其中一对“日本海号”列车的运行区间缩短为大坂至青森，进一步减少了ED79型电力机车的运用频率。此后，JR北海道除了保留部分ED79型电力机车继续使用外，开始陆续报废一些状况较差的基本番台机车，2003年首先报废3台（3、6、21），2004年报废2台（2、16），2