结倭寇攻入浙江，朝廷补刘焘为杭嘉湖副使，参与抗倭，明军射杀倭首迷里只麻、叶明，生擒汪直、降徐海。以功加为按察使。嘉靖三十九年（1560年），倭寇犯福建，刘焘被擢升为福建巡抚，并在长乐、莆田大破贼军，之后升任右副都御史。次年晋左副都御史。嘉靖四十二年（1563年），任山西巡抚、总督，蓟辽保定军务，升兵部右侍郎。嘉靖四十三年（1564年），任两广福建总督，剿灭两广“巨寇”曾一本、材道干，又杀惠州倭首乌七麻。隆庆四年（1570年），因水土不服患病，上疏告归。万历二十六年（1598年）卒，赠太子少保，赐祭葬。其墓尚