。1939年9月，纳粹德国开始对欧洲各国发动侵略，威廉·古斯特洛夫号被军队征用作医疗船至1940年11月。之后这艘船被用作运兵船，负责运载U-潜艇的见习乘员到东普鲁士但泽湾（，现波兰格但斯克湾（Bay of Gdańsk））畔的哥德哈芬港（，现波兰格丁尼亚（））接受训练。
沉没.
最后一程.威廉·古斯特洛夫号最后的任务是由格丁尼亚撤离德国平民、伤兵及海员经波罗的海返回德国基尔港，船上已登记的海员及乘客总数是6,050人，但这数字并未计算没有纪录的数千名难民