佩拉斯吉人所建，后来又很多米利都殖民者迁居到此。公元前6世纪，这里由臣服于波斯皇帝的暴君阿里斯塔格拉斯统治着。基齐库斯凭借自身的优势，很快得到了繁荣发展。基齐库斯的金斯塔特在这个时期成为了古代世界的主要流通货币。在伯罗奔尼撒战争期间，基齐库斯相继被雅典和斯巴达所征服。在公元前410年的基齐库斯战役中，雅典海军彻底摧毁了斯巴达的舰队。公元前387年，城市归波斯所有，但是，公元前334年，亚历山大大帝又从波斯手中夺回了基齐库斯。公元前4世纪上半叶，杰出的古希腊数学家和天文学家尤得塞斯从雅典移居至基齐库斯