齿翼龙的生存年代早，牠们却很少原始特征，科学家无法借由此种动物推论翼龙类的起源与分类。真双型齿翼龙具有牙齿、尾巴动作灵活，这是原始特征；其他有长尾部的翼龙类，尾巴嵴椎长、动作较不灵活。由于早期翼龙类的化石很少，科学家对于翼龙类的演化起源有不同看法，例如：恐龙、主龙形类、原蜥形目。根据目前理论，鸟颈类主龙演化出恐龙形态类、翼龙类的祖先。真双型齿翼龙同时有原始、衍化特征，无助于研究翼龙类的起源。由于真双型齿翼龙的牙齿有多齿尖，是种衍化的特征，而侏罗纪翼龙类的牙齿只有一个齿尖，显示真双型齿翼龙与侏罗纪翼龙类的