叛军残部及逃亡的玛哈沁，天山北路底定。不久后又平定天山南路，将整个新疆纳入版图。
平定大小和卓之乱.清干隆二十二年（1757年）中国新疆回部白山派首领霍集占兄弟发动叛乱，清代文献称之为“平定回部”。霍集占与其兄波罗尼都出自中亚伊斯兰教白山派和卓家族，故称波罗尼都为大和卓，霍集占为小和卓。干隆二十年（1755年）清军灭准噶尔后，将被准噶尔囚禁的大小和卓释放，并派波罗尼都招抚西域天山南路各城。不久阿睦尔撒纳反叛，大小和卓乘机控制了新疆西南部一带。干隆二十二年（1757年），霍集占杀死清