的领导者一直都是神职人员，直到1708年第一个非清教成员的校长上任，哈佛才从清教思想的管制中独立出来。
19世纪.1805年，哈佛由一位论派者接手管治，这也使美国的教育机构开始世俗化，而哈佛在1850年代开始被指是“一位论派的梵蒂冈”。他们与联邦党结盟，并开办了很多机构，以扩大其政治及文化势力。与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，抨击对方企图凝造寡头政治文化及破坏共和国的政治原则。1846年瑞士科学家路易斯到访哈佛及纽约市，受到当地学生们的赞赏。他提倡“智能存在”，并