1946年2月2日，苏联在原日本桦太厅的辖境上设置南萨哈林州。1947年1月2日，撤销南萨哈林州，併入萨哈林州。1947年自哈巴罗夫斯克边疆区独立建制。萨哈林岛上居住的日本人被全部遣返回日本，但有三分之一的朝鲜人留在了岛上，成为萨哈林朝鲜族。目前南千岛群岛（日本称北方四岛）的主权归属仍有争议，并成为日俄关系的主要变数，至今双方仍未签署任何和平协议。日本在《旧金山和约》中宣称放弃对萨哈林岛的主权，并于1949年6月1日废除了桦太厅的建制。但该和约并未确认俄罗斯对萨哈林岛南部的主权，因而被日本认为「主权未定