入亚冠四强。直到2006年他才成为球队的主力守门员。2007年初他因合同问题而一度失去主力位置。2008年肖健佳在主场对长春亚泰的比赛中被对方队员王栋意外踢伤脸部，方才再度退下主力。2009年他成为深圳队的队长之一。交换原主力门将张磊到来的年轻门将程月磊表现出色，肖建佳逐渐淡出，在赛季结束后亦结束其球员生涯。肖建佳退役后在南山青少年足球俱乐部担任守门员教练。2012年，肖建佳随范育红、孙刚等前深圳队(深圳红钻及其前身)队友一同加入以他教下的南山青年二队（9394年龄段）为基础组建的新球队深圳风鹏参加