洋战争爆发时，本舰担任由田中赖三少将领导的第二水雷战队的旗舰，参加了菲律宾攻略战和万鸦老攻略战。在昭和十七年（1942）2月27日的泗水海战中，神通号和僚舰们一起奋战，以雷炮击击沉了两艘敌人驱逐舰。接下来在六月的中途岛海战中隶属于护卫舰队。在之后所罗门海域的作战中则是担任了开往瓜达尔卡纳尔岛的输送船团的护卫任务，并在8月25日遭受敌机的攻击而损伤并回国维修，未参加瓜岛战役后半段。二水战旗舰职务也交由长波等舰代理。这次损伤让神通缺席了瓜岛战役的关键作战，包括二水战最辉煌一役的塔萨法隆加海战。当神通在昭和