万历四十七年（1619年）进士，改任庶吉士，授职为翰林院检讨。天启四年，魏忠贤的势力嚣张，顾锡畴与给事中董承业负责福建乡试，并讥讽一些答策。魏忠贤的党羽指责他们是东林党人，两人被一起降职。最后，被削夺官籍。崇祯初年，崇祯帝召见他，并官复原职。升任国子监祭酒。他奏请恢复积分法，礼官阻挠不让施行。顾锡畴又申诉此事，并请求选择监生担任州县长官。此后，奏请订正陪祭祀者的位次，担当国子博士的进士能参与考核、录用。崇祯帝均同意了。之后他母丧回乡，并请求不再出仕。丧期满后，起用为少詹事，晋升詹事，加封礼部左侍郎，负责