1月，任东北民主联军辽东军区司令员兼政委和中共辽东省委书记。1946年4月，指挥本溪保卫战，但最终放弃本溪；5月，指挥鞍海战役，迫使国军184师师长潘朔端率部倒戈；10月，指挥新开岭战役，歼灭国军25师8,000余人。1946年12月，由于南满局势恶化，陈云和萧劲光被派到南满地区领导工作，萧华改任南满军区副司令员兼副政委、南满分局副书记，协助指挥了四保临江战役，后又参与夏秋冬攻势。1948年5月，萧华任东北军区第一前线指挥所（后改第一兵团）政治委员，与萧劲光共同指挥长春围困战。在迫使长春国军投降后，南下