孙转移到永丰舰（后改名中山舰）还击轰炸广州后离开广东，史称“六一六事变”。9月16日，陈自任总司令。蒋中正即回师广州讨伐陈部。
军队覆灭.1923年1月4日，孙文通电讨伐陈炯明， 并收买滇军杨希闵部、桂军刘震寰部，与拥护孙文的许崇智粤军联合，组成东西两路“讨贼军”，合击陈炯明。1月15日陈炯明宣布下野，次日撤出广州退守惠州东江。2月21日孙中山重回广州。1923年5月28日到10月27日，支持孙中山的部队围攻惠州，粤军死守。陈炯明实际未有参加战斗。10月粤军反攻发动广州近郊攻势