信义会、中华基督教浸信会联会等福音派、灵恩派教会为主。台湾基督长老教会曾在2004年8月出版「同性恋议题研究方案报告书」，表达愿意了解同志社群的正面态度，为台湾教会中对同婚议题抱持较开放和自由讨论立场的教会。虽有部份长老教会牧师或神学院教授表达支持婚姻平权的立场，然而2014年4月台湾基督长老教会总会通过反同婚牧函。尽管有议员认为有程序瑕疵，但在表决前后皆无计算议员人数及无异议下，获临时动议公决通过。该牧函遭「长老教会青年阵线」和同光同志长老教会抗议，认为长老教会应当与受苦的人同苦，而非加入压迫者的阵营