994年中央政府升格为副省级城市，一直至今。￼￼2015年江苏暴雨期间，南京2015年6月总降水量超过历史极值，多地水位上涨，超过警戒水位或历史最高水位，暴雨造成市区内多处道路塌陷，树木倒塌。2020年中国南方水灾期间，位于江宁区杨家圩市民公园旁的秦淮河大堤被曝光有违建餐厅营业，坝体出现渗水状况。7月26日夜，南京市相关部门对违建设施进行拆除。7月29日，9名责任人被问责。