合参谋部领导。
日军司令部.西南太平洋战区的大部分日军是南方军的一部分，后者于1941年11月6日组建，由寺内寿一指挥。南方军负责陆军在东南亚和南太平洋地区的地面和空中部队。海军联合舰队则负责指挥所有的日本舰艇、海军航空队和海军陆战队。由于日军在行动层面没有正式的联合参谋部，因此南方军和联合舰队在行动中的指挥结构和战斗区域是有重叠的。