1857年长兄林国华过世后，由武斗派的国芳主持家业，开始台北漳泉械斗的高峰期，直到1862年国芳过世。譬如1859年漳泉械斗，林国芳率丁壮数百名搜捕泉州人，焚烧土地。艋舺的泉州三邑大老黄龙安亦以艋舺龙山寺为基地，起兵近千，在台北恶斗。艋舺的泉州安溪大老白其祥出面调停，方息兵燹。1861年，林国芳因与泉州籍佃农有租约纠纷，欲将泉州人土地收回，改租漳州人。造成大台北民心大乱，又一次酿成巨斗，北至芝兰一堡（今台北市士林区），南至兴直堡（今新北市新庄区）皆有械斗，朝廷震怒，欲将林国芳捕到当时的省会福州审问。国芳