功加食邑二千户，拜尚书右仆射。唐太宗即位，迁任尚书左仆射，其推荐的封德彝为右仆射。萧瑀出身显贵，看不起房玄龄、杜如晦、温彦博、魏征等人，常与之发生争执。太宗以房玄龄等人在玄武门之变中功高，将萧瑀斥退归家。但不久又复任尚书左仆射，赐实封六百户。与侍中陈叔达在太宗面前争吵，以大不敬免职。一年后，授晋州都督。再一年后授左光禄大夫，兼领御史大夫。贞观六年（632年），罢御史大夫，授特进，行太常卿。九年（635年），复令参预政事。唐太宗对萧瑀在武德年间多次在李渊面前为自己辩护，因赐萧瑀诗曰：“疾风知劲草，板盪识诚