环略有差异，但是草醯乙酸在其中扮演了相同的角色。这意味着草醯乙酸在此循环中同时是初级反应物也是最终产物，事实上草醯乙酸即为此循环的净产物(由循环中的两分子乙醯辅酶A合成)。合成脂肪酸首先，乙醯辅酶A被预先转化为柠檬酸由粒线体移往脂肪酸合酶所在的细胞质中。此反应通常会启动柠檬酸循环产生能量，但是当细胞没有能量的需求时，会在细胞质中将柠檬酸再次裂解为乙醯辅酶A以及草醯乙酸，并以乙醯辅酶A为原料合成脂肪酸。而脂肪酸合成的另一部分需要NADPH，这样的还原能力由草醯乙酸返回粒线体穿越内膜时提供：首先草醯乙