为争取在中国宪法上享有宗教信仰自由的权利，联合创立“信教自由总会”，徐谦任会长。1918年，徐谦发起组织“基督教救国会”，并当选为执行委员。
护法运动.民国五年（1916年），袁世凯病逝后，黎元洪接任大总统。同年9月，徐谦任段祺瑞内阁司法部次长，并负有联络国会内国民党籍议员的秘密任务。民国六年（1917年）7月，孙中山发起护法运动，徐谦于7月南下广州，任护法军政府秘书长。民国七年（1918年）5月，桂系军阀操纵“非常国会”的政学系，迫使孙中山辞去大元帅职务，孙中山被迫离开广州赴上海