于福井大学教育学部附属中学校，1975年毕业于福井県立藤岛高等学校，进入东京大学理学部生物学科学习人类学课程，1979年毕业。1987年，同大学院理学系研究科博士课程人类学中退，1986年美国得克萨斯大学休斯敦健康科学中心生物医科学研究生院毕业，获得Ph.D.学位。1989年2月，斋藤担任东京大学理学部助手（生物学科人类学教室）。1991年1月，担任国立遗传学研究所进化遗伝研究部门助理教授。1992年10月，兼任综合研究大学院大学生命科学研究科遗伝学专业助理教授。1994年3月，获得东京大学理学博士学位「H