留在大陆，占院士总数的74％。去台湾的中央研究院院士有：凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖、朱家骅、李先闻9人（占院士总数的11.9％）；去美国的有：陈省身、李书华、吴宪、林可胜、赵元任、汪敬熙、陈克恢、李方桂、胡适、吴大猷、萧公权、萨本栋等12人（占院士总数的15％）。1949年6月9日，部分留守的中央研究院人员在上海举办21周年纪念会。6月17日，中央研究院正式被军管会接管。9月16日，竺可桢、陶孟和、吴有训等联名致信在海外的赵元任等人，介绍上海战役结束4个月来的情况，动员他们回国