组，一个蛋白质中的不同结构域已经有独立的演化。 近年来，这导致了对蛋白质结构域家族的关注。 许多在线资源致力于标识和分类这样的结构域（请参阅本文结尾处的列表）。每种蛋白质的区域具有不同的功能限制（对于蛋白质的结构和功能至关重要的特征）。 例如，酶的活性位点需要某些氨基酸残基在三个维度上精确定向。 另一方面，蛋白质与蛋白质的结合界面可能由较大的表面组成，并限制了氨基酸残基的疏水性或极性。 蛋白质的功能限制区比无限制区（如表面环）进化得更慢，当比较蛋白质家族的序列时，会形成可辨别的保守序列区（请参阅多重序列