在明朝以后，接受了罗思孚的「无生父母」思想，成为了罗教系统的秘密宗教。
明朝.明朝在中央设僧录司，处理全国僧务；府设僧纲司，州设僧正司，县设僧会司，分别处理地方各级所管辖的僧务。
儒家理学.明朝是一个汉民族复兴时代，针对元朝蒙古人统治的宗教兴盛，明朝反其道而行之，压制宗教，弘扬汉学，特别是以朱熹为代表的儒家理学。但是理学无法彻底摆脱元朝宗教的传统，因而明朝理学产生了十分严重的宗教倾向。任继愈甚至认为儒家在这个时候已经变成宗教。
伊斯