。雅典人将大批美塞尼亚难民安置在纳夫帕克托斯，并在伯罗奔尼撒战争期间将这座城市建设为雅典帝国在希腊西部最大的海军基地，先后有两场战斗在这里发生。前404年这座城市再度归于罗克里斯人辖下，之后在与邻国的战争中一度沦陷，又在伊巴密浓达的协助下得以光复。马其顿的腓力二世将纳夫帕克托斯交付给挨托利亚人，直到前191年这座城市在被围困多日后向罗马人投降。551年查士丁尼一世在位期间，古城在地震中被毁。
中世纪与早期近代史.747年8月，来自义大利的流行病几乎摧毁了这座城市。自九世纪晚