遗孀到台湾出庭。于诉讼的期间，他认为光是将兇手——也就竹联帮分子陈启礼等人——定罪是不够的；他认定中华民国政府必定直接参与了这次阴谋，且必须为之负责。后来证明他是对的，中华民国的情报局长及其属下相关人等也被逮捕并判刑入狱。2008年，中华民国前总统陈水扁因贪污及洗钱案入狱，孔杰荣虽对陈及其的家人牵涉的金额感到「恶心」，但是他也认为此案也反映出台湾过渡中的法律体制之部分缺失——法院该在保证他不会逃跑的条件下释放他，也要保证他有适当的机会为自己辩护。不过，马英九随后也公开澄清对陈水扁的司法羁押并无不当。