214号班机事故。在得知遇难学生是去参加基督教学校组织的夏令营后，方舟子评论道“上帝也不保佑保佑他们”。
对法轮功的批判.方舟子自称在1996年法轮功刚刚开始在美国活动时就予以批驳过。亦明博士撰文表示，在1998年方舟子开始跟何祚庥合谋反法轮功，江泽民到1999年7月宣布镇压法轮功，但方舟子早在1998年4月即开始在新语丝造势，宣称法轮功“国内已被宣布为非法”。四二五上访事件之后，方舟子于1999年5月公开发起声援何祚庥，推动江泽民镇压法轮功。新语丝网站上的“批判法轮功专辑”，