农族拉荷·阿雷引发大分事件后，森丑之助倡议非镇压式的理蕃事业并赋予原住民自治权。1926年7月，搭乘内台航路轮船「笠户丸」；途中，在7月4日离奇失踪，官方判定是跳海自杀。
评价.宫本延人赞其「早期台湾原住民研究的第一人」；鸟居龙藏赞其「台湾蕃界调查第一人」。佐藤春夫--《殖民地之旅》〈雾社〉（1925年2月6日HS生记）十三：“其后,再经过三天左右,我到台北。成了《台湾蕃族志》作者家里的客人。这次旅行,我受到这个人的帮忙最多。旅行的日程也是他亲手为我安排的。另外,把我介绍给