第53届巫统大会期间，扎希公开反对首相马哈迪，要求终结马来西亚政府内的朋党主义及裙带关系。作为回应，马哈迪公开那些在官联公司机构有股份及高职的马来人/土着名字。1999年大选，扎希成功捍卫巴眼拿督国会议席，同时在巫统党选成为最高理事会成员。但因为在烈火莫熄运动期间支持安华而被内安法令逮捕。根据纳吉的说法，马哈迪派政治部警员会见阿末扎希，并要求他辞去巫青团长职得以尽早获释。最后扎希同意辞职而获释。2004年大选再次蝉联国会议员，扎希被首相阿都拉委任旅游部副部长。在他担任副部长期间，他发表论文“大选期间