市之间也有渡轮运行。长崎县内有长崎、对马、福江、壹岐、上五岛、小値贺六个机场。长崎机场位于大村市，开业于1975年，是日本首个海上机场，跑道长3,000米。现在长崎机场有前往东京、伊丹、关西、神户、名古屋、那霸、对马、福江、壹岐机场的定期国内航线和上海、首尔的定期国际航线。2016年，长崎机场的乘客数超过296万人，在日本的机场中排名第13位。长崎县另外的五个机场都是离岛机场。其中对马机场和福江机场都运行有飞往长崎、福冈机场的航班。壹岐机场运行有前往长崎机场的定期航班。上五岛、小値贺机场现在没有定期航班。