十一年三月，日本明治二十八年四月），清朝和日本签订《马关条约》，将台湾割让予日本。5月底，台湾军民起而反抗日军接管，爆发乙未战争，至11月中旬始宣告平定。在乙未战争中，抗日义军曾于8月27日八卦山之役结束后，撤守云林县。在斗六与日军近卫师团进行遭遇战。徐骧、简义、陈文晃、廖琛、黄丑等率部奋勇抵抗，徐骧阵亡。1895年（明治二十八年）清日甲午战后台湾割日，废县改置民政支厅，专司民政。翌年颁定台湾总督府地方官制，为三县一厅，斗六街置台湾县云林出张所。1897年（明治三十年）又改为六县三厅，改置嘉义县斗六办