掌权之后想要废掉光绪帝，可是害怕外国人反对，听闻义和团「拳民」有神功，又仇恨西教，想要以此来协助压抑外国人，并召入京。徐用仪提议严格禁止义和团的行动，但是不被接受，而在德意志帝国的公使克林德被杀害后，徐用仪说：「祸始此矣！」，并劝告庆亲王奕劻，厚葬克林德。后来，各国兵舰到达津沽，朝廷召集廷臣一起讨论是和或战。徐用仪、许景澄、袁昶及尚书立山、内阁学士联元等五人一起上书，「奸民不可纵，外衅不可启。」认为要严逞肇事的义和拳民，并与八国联军议和。但是载漪等人主战甚力，朝廷大臣都接受了主张。徐用仪奉慈禧太后的