事败，武宗召其回京师担任户部尚书。当时各地征讨流寇，调度烦急、以及粮食歉收，均有孙交负责协调处理。当时各地饥荒，武宗却将太平仓赐倖臣裴德，孙交力劝。此后云南镇守中官张伦请求开採银矿、南京织造中官吴经奏费乏，孙交均力阻。正德八年（1513年），其与礼部尚书傅珪一同致仕，言官虽然多进言挽留，均没有得到批准。
嘉靖年间.世宗在未登基前居于钟祥，已闻孙交之名。入京即位，即召回孙交，复其户部尚书之职。孙交进言世宗日读祖训，言动悉取准则，并坚持经筵日讲，得到嘉奖採纳。正德年间，因武宗奢侈浪费过