仓幕府第二代将军源赖家于建仁二年(1202年)所创建，并授命自中国宋朝习得临济宗禅法后，学成归国的荣西禅师为开山祖师，并以当时的年号「建仁」命名为「建仁寺」。亦开设一个台、密、禅三宗兼学的道场。而荣西禅师自中国学成归国后，即开始大兴临济宗禅法，并将中国的茶和其礼仪传入日本，因此荣西禅师也被尊称为「茶祖」。