除后，授中书舍人。成化二十三年（1488年），杨一清升任山西按察使司佥事，改陕西提学副使，在陕西任职八年，闲时考察边疆战事。弘治十一年（1498年）入朝，任太常寺少卿，进南京太常寺卿。弘治十五年（1502年），经刘大夏举荐，升都察院左副都御史，巡抚陕西，督理陕西马政。任内平定边疆进犯、弹劾贪庸总兵武安侯郑英并推荐都指挥佥事曹雄代任，及裁减镇守中官费用，军纪为之肃然。
正德年间.武宗即位后，蒙古数万入寇固原，总兵官曹雄拒绝援助。杨一清则帅轻骑自平凉昼夜行，抵御入侵并发动奇袭，