乳糜泻：基因使病患容易对麸质产生自体免疫反应。嗜酸性小肠病变：嗜酸性球在肠胃道和血管中聚集，形成息肉、组织坏死、发炎、溃疡。最常出现在有的患者中，但是整体上并不常见。
感染性小肠炎.在德国，有90%的感染性小肠炎是因为四种病原体：诺罗病毒、轮状病毒、曲状桿菌、沙门氏菌。其他常见原因包括细菌，例如志贺氏菌、大肠桿菌，以及病毒，例如腺病毒、星状病毒、杯状病毒。其他较不常见的病原体包括蜡样芽孢桿菌、产气荚膜梭菌、艰难梭菌、金黄色葡萄球菌。空肠弯曲菌是2岁以下腹泻病童最常见的病原体