当波兰进入大洪水时代，瑞典出兵波兰，扬·索别斯基指挥鞑靼军队迎战。扬·索别斯基忠诚地为国王作战，并在1665年新婚的妻子玛丽亚·卡齐米埃拉·达尔昆（为法国王室的分支，汲引法国的力量帮衬其夫）的帮助下，于同年被擢升为大元帅。隔年，他又被升为「副王」等级的盖特曼（相当于军队最高统帅，波立联邦一般同时有四位盖特曼）。1667年，他在波兰-哥萨克-鞑靼战争（1666-1671年）中取得伟大的胜利。当时波兰正与哥萨克酋长国及其盟友克里米亚汗国发生大范围的边境冲突，盖特曼约翰率领波军，于1667年的波海赤战役（Ba