后，多瑙河区舰队配合南方面军第9集团军第14步兵军在普鲁特河与多瑙河打退了罗马尼亚军队的进攻。由于南方面军的全线东撤，区舰队奉命向敖德萨转移，7月19日全部抵达该地。
1944年4月—1960年.重建后首任司令为谢尔盖·格奥尔基耶维奇·戈尔什科夫。下辖：参加雅西-基什尼奥夫战役、布达佩斯战役、维也纳战役。1944年10月整编为：