道司马尚之已到建康且刘牢之也回军，不敢进攻，于是撤退。建康危机又再解除。
兵败遇害.元兴元年（402年）正月，司马元显正式下诏讨伐桓玄，以刘牢之为前锋都督，司马尚之继后，而桓玄则顺江东下迎击。桓玄一直过了寻阳都没遇上朝廷军队，到姑孰后就派冯该进攻历阳，拦阻洞浦并焚毁司马尚之的船舰。司马尚之于是率九千兵布阵于浦上，又派武都太守杨秋驻横江。不过，杨秋却投降桓玄，司马尚之军队于是自溃，司马尚之唯有逃到涂中。十多日后，司马尚之因被人告发行踪而被桓玄所捕，桓玄入建康掌握朝政后就杀害司马尚之等