后公开枪决；与同为市参议会议员的画家陈澄波、牙医卢鈵钦与戏院老板柯麟同遭处决。直到处决前日，潘木枝基于日治时期法治社会的价值观，仍旧怀抱凭借司法审判替自己辩护的希望。行刑当日，潘木枝的次子潘英哲（15岁）因欲营救父亲遭国军开枪射击头部身亡；行刑时，潘极度痛苦而喊叫至下颚脱臼，并在三子潘英三安抚下闭上双眼，军方不许家属立即取回遗体，予以曝尸示众多日。潘木枝的七子潘信行描述父亲尸体运回家里时，状况极混乱，哭的、骂的都有，悲痛的乡亲不断到家里上香；前中华民国副总统萧万长过去受访时也表示，年幼的他在车站亲眼看着