成了帕多瓦大学的主校址，博宫。1545年，帕多瓦植物园公开于众，是世界上第二早的植物园。1595年1月15日，西罗尼姆斯·法布里休斯创办了世界上第一个解剖剧场。随后，在医学名家们，如乔瓦尼·莫尔加尼，的努力下，最终现代解剖学于欧洲诞生。在1592年至1610年期间，伽利略任职于帕多瓦大学，并很大的影响了科学和自然学科的研究方法。到了18世纪，威尼斯共和国的经济、政治逐渐衰弱，帕多瓦大学也迎来了它的低谷，特别是法学院和工艺学院之间的区别消失了。 19世纪帕多瓦被奥地利帝国统治，一直到1867年