。御岳山下部的山林地带则有、枫树、连香树、日本栗、白桦、华东椴、等落叶阔叶林与日本七叶树、、日本花柏、日本扁柏等自然林，以及日本落叶松、日本柳杉、日本扁柏等组成的人工林，还有、、日本百合、中国芒、、鸟足弁麻（トリアショウマ）、紫斑风铃草（萤袋）、日本蓝盆花、柳兰等花草。其中，「木曾扁柏」与「秋田杉」、「津轻桧」合称『日本三大美林』。现在，林野厅已在此地规划「御岳蕨叶草」与「胡桃岛偃松等」两座植物群落保护林。1910年，植物学者小泉源一在此山发现附子属的御岳附子（"Aconitum metajapo