子玄广惠探之间爆发家督之争（花仓之乱），被击败的玄广惠探方家臣投靠信虎而前往甲斐国，在信虎命其全员切腹时，因为坚持进谏而触怒信虎，最后被杀（有诸多説法）。
死后.死后，嫡子昌祐率领一族离开甲斐，工藤家一时断绝；次子祐长（后来的内藤昌丰）在返回甲斐前，一直在诸国流浪。