斗争会上，王玉林神父头上被戴上铁桶，红卫兵们用铁棍勐击王玉林，后王玉林神父伤重不治。教堂的大钟被拆下后运往五大连池市凤凰山农场，直到2002年，大钟才被运回哈尔滨，现存于东北烈士纪念馆。
复建及争议.1996年之后，随着中央大街被确立为商业步行街，圣·索菲亚教堂广场完成改造，哈尔滨市旅游业发展迅速。同时，哈尔滨市市民及有关部门对历史建筑、文化遗产的保护意识进一步提高。于是，关于复建圣·尼古拉教堂的提议也通过各种方式在各种场合被提出。
支持.支持复建教