器官有严重的长期影响，甚至可能会致命。肝脏是主要储存铁质的地方，但亦会自然地积聚多余的铁质。长期铁超载会对肝脏造成破坏。肝硬化会引发更多及更严重问题，包括食道及胃部出血、腹部严重积水及肝癌，差不多三分之一的HFE遗传性血色病及肝硬化患者都会患上肝癌。毒素会积聚在血液中并影响心智功能，如引起昏迷等。胰脏也是另一储存铁质的器官，且对身体糖份的代谢极为重要。糖尿病会影响身体如何使用血糖，并会导致眼盲、肾衰竭及心血管疾病。过度的铁质会影响心脏循环血液的能力，引起心衰竭。心律不齐可以导致心悸、胸痛及轻度头