讨达瓦齐，平定准噶尔。莽苏尔、哈什木得知后，再次逃出并向清军投诚。定北将军班第认为莽苏尔“为人平常”（平庸之辈），奏请定夺是否应将莽苏尔送回吐鲁番、管理旧部。班第认为，莽苏尔为察合台后王，应送回吐鲁番管理回衆；而额敏和卓所属部众，应遣回原籍鲁克察克（今鄯善县鲁克沁镇）。未几，阿睦尔撒纳及大小和卓相继反叛。莽苏尔不得回归吐鲁番，与哈什木一同逃往叶尔羌。干隆二十四年（1759年），清军平定大小和卓之乱，获莽苏尔、哈什木。次年（1760年），莽苏尔、哈什木赴京师朝觐，干隆皇帝加恩授其为一等台吉。此后，莽苏尔及其子