横滨开埠时设立。1953年东京税关分离。目前管辖区域包括南东北和关东地方的都道府县，除东京税关辖区以外的太平洋一侧区域。管内支署包括仙台、鹿儿岛、千叶、川崎、横须贺等处。横滨税关建筑建于1934年，大藏省营缮局设计，其塔楼与神奈川县厅本厅舍、横滨市开港纪念会馆合称横滨三塔，本厅舍在日本盟军佔领时期曾作为美军第八zh-cn:集团军; zh-tw:军团; zh-hk:军团;司令部。2001年列为横滨市认定的历史建造物。