11-12赛季，拜仁再度请回了海因克斯担任主教练。尽管俱乐部签下曼努埃尔·诺伊尔，解决了卡恩的合适替代者问题，但球队却重蹈2002年勒沃库森的“三亚王”悲剧，连续第二个赛季颗粒无收。在国内，无论是联赛或杯赛均不敌多特蒙德屈居第二；而作为欧冠改制后第一支在主场参加决赛的球队，拜仁也在点球大战中败给切尔西（3:4），成就了英格兰球队在安联球场的首胜。2012-13赛季，拜仁先是在德国超级杯中以2:1战胜多特蒙德，其后拜仁在客场以5:0战胜杜塞尔多夫后，成为了德甲历史上首支取得开赛8连胜的球队。2013年4月