月31日，吉田麻也转会至英超球队南安普顿，双方签下了一份为期3年的合同，南安普敦足球俱乐部花费了200万英镑。9月15日，在英超第4轮阿森纳主场迎战南安普顿的比赛中，吉田麻也首次在英超亮相。2013年3月16日，在英超第30轮南安普顿主场3-1爆冷击败利物浦的比赛中，吉田麻也首发打满全场。2015年1月2日，南安普顿宣布同吉田麻也正式续约，双方签署一份为期三年的新合同。2017年4月6日，在英超第31轮比赛中，南安普顿坐镇主场3-1逆转战胜来访的水晶宫，吉田麻也打入了2016-17年赛季英超的首粒进