三”战争，校舍先后毁于炮火，全校师生在枪林弹雨中积极参加前线救护工作，为抗战做出了重大的贡献。1949年7月，华东军区卫生部委任眼科名医张锡琪教授为东南医学院院长，汤蠡舟、张子声为东南医学院附属医院正、副院长。1949年12月28日凌晨，东南医学院内迁安徽省怀远县。搬迁过程用了4个月，医院也随校重新安置，于1950年元旦开诊，设床位100张。次年1月16日，学校正式恢复上课。1952年，学院奉命迁入省会合肥，改名为安徽医学院。同年5月12日恢复上课，为安徽省内第一座现代医学高等院校。1986年6月经