七月，倭寇六七十人在道路上流窜抢劫，从太平府朝南京进犯。南京兵部尚书张时彻等人关闭城门不敢出战，两天后离开。给事中、监察御史纷纷弹劾张时彻等守城官员罪过，张时彻上疏解释，词语多闪烁言辞。丘橓上疏弹劾其欺骗，张时彻和侍郎陈洙被罢免。当时嘉靖帝长期不视朝，而严嵩掌控国事。丘橓弹劾大臣独断，朝纲废弛，招致严嵩忌恨。不久，他弹劾严嵩党羽、宁夏巡抚谢淮、应天府尹孟淮贪婪，谢淮被罢免。同年，严嵩亦被罢免，丘橓弹劾从严嵩处晋升的顺天巡抚徐绅等五人，嘉靖帝罢免了其中三人。嘉靖四十年，担任户科右给事中。嘉靖四十一年，任礼