陆高校中排名第一；标准化科研论文影响力（FWCI）连续多年位居全国第一。截至2017年，中国科大的科研成果共有1次入选“世界十大科技进展”、15次入选“中国十大科技进展新闻”、和13次“中国高等学校十大科技进展”，数量均为全国之首。由于中国科大是中国科学院创办并主管的大学，学校采取的是“全院办校，所系结合”的办学方针，在建校初期，学校的各个系就是依托中国科学院的多个研究所而建成的；在进入二十一世纪后，学校进一步通过与近百所科学院下属的国家级研究所签署合作协议，在共建学科专业、联合建立实验室、联合培养研究