简单来说发色团是分子中与颜色有关的部分。 当分子吸收某特定可见光的波长射出或反射其他波长的光时会产生颜色。而发色团是指在分子中的某个两个分子轨域的能量差落在可见光谱的范围上的区域。因此当可见光的能量传递给发色团时则其中的电子会因吸收能量而从基态跃升为激发态. 发色团在生物的分子中则是充当捕捉或侦测光的作用,因为当光传递能量给分子时，发色团就是造成构型改变的部分。
共轭π键系统下的发色团.在有共轭情形的发色团中, 电子跃升到中,而这是由一系列单键与双键的转换造成的,且常发生在含