澎湖观音亭外貌乃奠基于日治大正14年（1925年），大木匠师谢江、谢自南父子的设计；格局为五开间两进落，俯瞰庙身呈现正方形，穿廊兼具护龙与回廊的功能，且左右护龙后方各置钟鼓楼的格局，当时放诸全台湾系较为罕见。（钟鼓楼不对外开放）龙王庙（又作龙神庙）乃道光六年（1826年）澎湖通判蒋镛开基，日治时期被併祀澎湖观音亭内，今安奉于东厢房中。
文物.光绪十一年（1885年）曾遭清法战争澎湖之役遭法军战火延烧，虽造成佛寺建筑部分毁坏，但寺内罗汉、神像却被方丈以便宜的价格变卖给法国士兵，中