事后董妃为此感到后悔不已。同年，董妃逝世于北园别宫，东宁大权落入冯钖范与刘国轩等武臣的掌控，当时「台人敢夫人惠者，咸叹息焉」。董妃死后，下葬于武定里洲仔尾的王室陵墓，与郑成功、郑经以及王妃唐氏葬在一起。西元1683年，郑克塽举国降清，为防止台湾的东宁遗民以东宁王室的名义反叛，清圣祖下令郑克壆返回福建南安主持四人的迁葬，因此今日董妃之墓位于福建。