命帝任命他为北城参赞军务，随后又升为刑部侍郎，代为掌管北城刑曹。明命八年（1827年），阮公着带兵参与镇压潘伯鑅之乱，获得明命帝赞赏。明命九年（1828年），他以吏部侍郎身份领南定营田使，前往南定度量土地，将空闲田地分给贫民耕种，划分村社，增设钱海县和金山县。明命十一年（1830年），阮公着升署工部右参知，权掌刑部印篆。明命十二年（1831年），遭到户部侍郎黄烱弹劾而被革职，降二级，补京县知县。随后改任内务府郎中。翌年（1832年），起复为署海阳布政使，寻陞巡抚，署理海安总督。后因镇压海阳匪张严、郑伯瑶