替补球员，不过在8月27日长春亚泰3比0击败深圳金威的比赛中，他头球破门射进职业生涯的首个进球。2007赛季，在高洪波接任球队主教练后，王万鹏重新获得主力地位，他出场26次，帮助球队历史上首次夺得中超联赛冠军。2008年3月19日，王万鹏在2008年亚足联冠军联赛小组赛长春亚泰客场0比0逼平阿德莱德联膝盖受伤，最终确诊为十字韧带断裂，4月7日手术后缺席整个赛季的比赛。 2009赛季，他回归球队，赛季出场28次，长春亚泰获得联赛亚军，再次得到亚冠联赛的参赛资格。2010年，球队新任主教练沈祥福对球队进行年