邦军征用该校充当医院，为约翰·波普（）少将在第二次马纳沙斯之役中受伤的部下治疗。伤员众多之下，圣三一教堂也被征用，乔治城大学直到1863年2月3日才不再是军用医院。厄尔利的任期在1865年底结束，前任校长马奎尔于1866年元旦继任。厄尔利接下来前往波士顿传教直到同年七月。
返回罗耀拉大学.1866年夏，厄尔利再度受命出任罗耀拉大学校长，取代钱皮的职务，同时又一次成为圣依纳爵堂牧师。学校在他任内发展良好，虽然内战期间一度暂停授予学位，但厄尔利上任后确保完成学习课程的学生拿到学位。