04年，黄钟瑛升任“飞鹰”舰管带，1907年出任“镜清”舰管带兼海军部参谋，不久又任“海筹”舰管带。1911年武昌起义时随长江舰队进驻武汉江面抵御革命军，因海军倾向革命，时任清朝海军统制（最高指挥官）的萨镇冰称病离任赴上海，黄钟瑛出任长江舰队临时司令，在林森等革命者的鼓动下，黄钟瑛在九江宣布舰队起义，归附革命军，并参与组织了陆海军联合委员会协助革命军作战。停战协议时，海军各舰代表选举程璧光为总司令，黄钟瑛为副总司令，但因前者滞留英国，由黄钟瑛出任代总司令。1912年中华民国临时政府在南京成立后，黄钟瑛经大总