直以「"antarctica"」见名，但至2002年，一份报告指出其属于阿德利企鹅属（"Pygoscelis"），故此后其正确的生物学名为「"Pygoscelis antarcticus"」。南极企鹅是阿德利企鹅属的三个成员之一。粒线体及细胞核的脱氧核糖核酸证据显示，阿德利企鹅属约于3800万年前从其他企鹅的物种中分裂出来，即其祖先王企鹅属（"Aptenodytes"）分裂出来之后的约200万年。阿德利企鹅在约1900万年前从该属分裂出来，而南极企鹅和巴布亚企鹅亦在约1400万年前分裂出来。Sect