教的阿拉伯人普哈丁所建，普哈丁是伊斯兰教创始人穆罕默德第十六世裔孙。全寺形如仙鹤，故而得名。该寺大部后毁于战火，明洪武二十三年（1390年），阿拉伯传教士哈三重建此寺。嘉靖二年（1523年）再次重建。后大殿等主体建筑又多次重修。目前，仙鹤寺仍是扬州穆斯林的主要宗教活动场所。