征召为光禄大夫，加散骑常侍。郗愔奉召入朝到任，但到后就迁任太常，郗愔坚决辞让。郗愔又表示谦让，乐于外出地方，于是改任辅国将军、会稽内史。太和二年（367年），郗愔迁任平北将军，都督徐兖青幽及扬州之晋陵诸军事，领徐、兖二州刺史，假节镇京口。然而，当时大司马桓温觊觎京口的军队，常说：「京口酒可饮，兵可用。」故此虽然当日以郗氏在徐兖二州有故义而由郗愔担此职，但其实内心是很不愿意由郗愔掌有京口。太和四年（369年），桓温乘慕容恪去世而北伐前燕，并请与郗愔、江州刺史桓沖和豫州刺史袁真一同北伐。当时郗愔全然不知桓温