湾省政府也于其住宅与都市发展局下成立捷运工程处，新竹都会区大众捷运系统的各项规画与建设工作正式展开。1995年，台湾省政府住宅及都市发展局委託国际亚新工程顾问公司进行新竹都会区大众捷运系统的进一步规画。1998年，中华民国实施精省政策，隔年，交通部高速铁路工程局接办原先台湾省政府负责的捷运系统与捷运建设规画业务，同年，交通部高速铁路工程局完成《新竹都会区大众捷运系统规划报告》，规画新竹都会区大众捷运系统由红、蓝二线组成，其中红线以台铁机场支线（今铁道路）为起点，以高铁新竹站为终点，计12.5公里，设14