南齐时废除。东晋初晋陵郡移治京口（今镇江市）。义熙九年（413年）又移治晋陵县（今江苏省常州市）。户一万五千三百八十二，口八万一百一十三，下领六县：晋陵县、延陵县、无锡县、南沙县、曲阿县、暨阳县。辖境相当今江苏省镇江、常州、丹阳、金坛、江阴等市地。南朝宋以后逐渐缩小。隋朝开皇九年（589年）废郡併入常州。
隋朝以后.隋朝大业三年罢州置郡，改常州为毗陵郡，领晋陵县、无钖县、江阴县、义兴县。唐朝武德三年（620年），复改毗陵郡为常州。天宝元年，改常州为晋陵郡，下辖晋陵县、无锡县