神父闵明我等10人搜捕入狱，期间返复疲劳审讯，备受酷刑，最终以莫须有的「美国间谍」罪名判处死刑（未立即执行）。校内教廷势力经此打击，已无法对校务产生任何影响力。事后未几，辅大终于在中共当局的全国高校整併计画中被彻底取消，校舍中的十字架被破坏捣毁，画入北京师范大学的北校区。人员与系所编制则为北京大学、北京师范大学、中国人民大学、北京政法学院（今中国政法大学）、中央财政学院（今中央财经大学）所瓜分。北平时期校友逾1万2千人。
现况与复校唿声.位于北京内城内五区的北平辅大校址，现为「