因相传东晋道士葛洪（自号“抱朴子”）曾在此炼丹而得名。传说葛洪在这里修道期间，经常为当地民众采药治病、开通山路。唐朝时为纪念葛洪而建“葛仙祠”。南宋时此地建为御花园之一的集芳园，后为丞相贾似道所有，并在院中新建红梅阁、半间草堂作为私家别墅。元朝毁于战火，明朝重建并改称“玛瑙山居”，清朝修葺并改称“抱朴道院”，此名沿用至今。自明清时期至今历经多次重建和重修。过去，葛岭抱朴院与黄龙洞、玉皇山合称西湖三大道院。文革期间，抱朴道院被园林部门占用。1982年由道教界收回管理。1983年，抱朴道院被定为道教全国重点宫观