由鹭巢诗郎负责制作。《Air/真心为你》中新作曲、录音的BGM共有18首，这些曲目都是依照导演庵野秀明的意图完成的。剧中还引用了古典音乐。在DEATH篇的音乐演奏练习场景中，碇真嗣在调弦后演奏了巴赫的《G大调第一无伴奏大提琴前奏曲》、德沃夏克的《B小调大提琴协奏曲》，明日香在调弦后演奏的是巴赫的《E大调无伴奏小提琴组曲第三号》，碇真嗣、明日香、绫波零、渚薰四人合奏的是帕海贝尔的《卡农》。《Air/真心为你》中使用的古典音乐有巴赫的《G弦上的咏叹调》与《耶稣，世人仰望的喜悦》两曲。《G弦上的咏叹调》的英文表记