膜通常带有色素，人类虹膜中最常见的是褐色 (含黑褐色和棕色)与蓝色，另外还有绿色、灰色和琥珀色。白化症患者则有粉红色、紫色的虹膜，这是由于其虹膜中没有色素，只能显示出微血管的颜色。许多鸟类拥有鲜明的眼睛色彩，这些颜色决定于其他色素，如蝶酸、嘌呤与类胡萝卜素。
两眼异色.两眼虹膜异色在人类是很罕见的。通常这是眼科疾病的指标，如慢性虹膜炎或弥漫性虹膜黑色素瘤，但也有可能是正常变体。虹膜异色在一些特定的狗、猫品种身上比较常见，如西伯利亚雪橇犬、澳大利亚牧羊犬、边境牧羊犬、白波斯猫