测可以基于基因组序列。其中一个方法是使用不同读架中基因间的距离作为基因组中操纵子数量的主要预测工具。这个分隔只会改变读架及确保读数的效能。在操纵子开始及结束的地方有较长的延伸，一般可以是40-50硷基对。若考虑分子的机能类，操纵子的预测则更准确。细菌会团集牠的读架成单元，隐藏在蛋白质复合物、共同途径、或分享的底物及运载物中。因此，若有着所有这些资料及数据，预测会更准确，但这实际上是一项艰深的工作。