福建都指挥使司，明朝十六个都指挥使司之一。洪武七年（1374年）二月置福州都卫，治福州府。洪武八年（1375年）十月改福州都卫为福建都指挥使司。洪武九年（1376年）六月改福建等处行中书省为福建承宣布政使司。福建都指挥使司属于前军都督府。
下辖卫所.福州中卫、福州左卫、福州右卫、兴化卫、泉州卫、漳州卫、福宁卫、镇东卫、平海卫、永甯卫、镇海卫后来改制：