应李凌之邀出任香港中华音乐学院院长。7月，马在香港举行独奏音乐会。10月，马思聪被任为香港《星岛日报·音乐周刊》的主编。在这一年里，马思聪与诗人金帆合作，创作并演出了《祖国大合唱》。1948年年初，马思聪因支持学生反对国民党专制统治，要求民主，拒绝在支持内战的宣言上签名，而离开广东前往香港。夏天，美国驻华大使司徒雷登邀请马思聪全家赴美，遭马思聪拒绝。10月，在上海举办个人作品音乐会。年底，马思聪回到香港，在乔冠华、赵沨、李凌的策划下准备北上。这一年，马思聪创作了《春天大合唱》。
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