非的海运十分发达，主要港口有开普敦、德班、伊丽莎白港、东伦敦、莫塞尔湾、理查兹湾和，可和世界各大港口通航。2006年，位于伊丽莎白港东北20公里处的的新港口开放。南非港口设施的管理和运营由的两家子公司——和所负责。2002年，南非包括8艘1,000容积总吨或以上的船舶，总重量为271,650容积总吨/268,604载重吨。六艘是货柜船，两艘是油轮（包括註册为方便旗的外国船舶：丹麦：3艘；荷兰：1艘）
管道.南非输油管总长931公里，1,748公里是石油运输，322公里是天然气。