湾独立运动」这个议题，更是由他创先在2000年出版两本和「台湾共和国临时政府」之参与者相关的口述历史访问纪录，堪称是这个领域的开路先锋。另一方面，他也致力主持台湾历史的纪录与史料整理。在他担任国史馆馆长期间(2000-2008)，该馆出版了许多过去国史馆一向忽略的台湾相关作品，例如系列出版《台湾民主运动史料汇编》、《台湾主权论述》、《二二八事件史料汇编(1-18)》、《雷震案史料汇编》(4册)、《二二八事件辞典》、《台湾劳工运动史料汇编》、《原住民族运动史料汇编》(2册)、《战后台湾政治案件案史料汇编》