备跟随张莘夫去辽宁接收，但上飞机前经济部官员临时请他留下招唿几位美国工程师，而后因东北情势不稳而未就。孙运璇后来回忆说「一通电话，改变了我一生的命运，如果那通电话晚来十分钟，我上了飞机，如今不是身陷匪区，就是早已升天」。1946年5月，孙运璇担任台湾电力公司的机电处长，负责修复台湾电力系统。台湾经盟军的轰炸，发电量只有1943年最高时期的四分之一。孙运璇在1947年4月与日籍、台籍、大陆籍人员的工业人才合作，带领三、四百名就学于台南高等工业学校、台北工业学校的学生，在五个月内复原了台湾80%的供电系统。