机制等不同可以将其线粒体膜间隙蛋白质为3类：
功能.线粒体膜间隙蛋白质主要为各种激酶，功能是将核苷磷酸化。此外，这某些膜间隙蛋白质也参与细胞凋亡的过程：细胞凋亡时，线粒体外膜通透性增加，使某些可溶性线粒体膜间隙蛋白质释放到细胞质基质中，进一步破坏细胞结构。在这些致死性线粒体膜间隙蛋白质中，如细胞色素"c"等蛋白质能够激活半胱天冬酶（caspase），而如线粒体核酸内切酶G（endo G）、调亡诱导因子（AIF）等蛋白质则以非半胱天冬酶依赖的方式发挥作用。