杨鹤龄被聘为总统府顾问，并每月获养老金。孙中山还命许崇智拨款整修了越秀山南麓的文澜阁并更名为“三老楼”，请杨鹤龄、陈少白、尢列入住。1923年，孙中山在广州设立陆海军大元帅大本营，4月4日杨鹤龄被任命为为港澳特务调查员。1925年孙中山逝世，他再次退隐于澳门。1934年8月，他因脑溢血病逝于澳门，享年67岁。后葬于翠亨村南的金槟榔山。