巨自噬作用细分为本体自噬和选择性自噬（bulk and selective autophagy）。在选择性自噬中，又细分为、脂自噬作用、过氧化物酶体自噬作用、叶绿体自噬作用 及核糖体自噬作用等。
分子生物学.属于丝氨酸/苏氨酸类蛋白激酶的ATG1/ULK1是启动自噬作用的关键蛋白激酶。自噬的初始阶段主要是诱导自噬和形成自噬膜，然而自噬膜的形成需要自噬前体（即自噬调控的重要节点）的形成。Beclin1-Vps34复合体是哺乳动物自噬的核心复合物。AtG4参与自噬泡的形成，而UV