克丽奥佩脱拉五世最后一次在史书中提到是在公元前69年，克丽奥佩脱拉五世可能是因其死亡而失去记载。托勒密十二世第二任妻子身份未知，但种种迹象表明克丽奥佩脱拉六世就是托勒密十二世的第二任妻子，她被推定在母亲去世后嫁给父亲为妻，夫妻俩生了三个孩子，分别为阿尔西诺伊四世、托勒密十三世和托勒密十四世。