如转录因子等能够与特定序列结合的蛋白质与硷基接触时，通常是作用在靠近大凹槽的一面。
硷基配对.一股脱氧核醣核酸上所具有的各类型含氮碱基，都只会与另一股上的一个特定类型硷基产生键结。此种情形称为互补性硷基配对。嘌呤与嘧啶之间会形成氢键，在一般情况下，A只与T相连，而C只与G相连。因此排列于双螺旋上的核苷酸，便以这种称为硷基对的方式相互联结。除此之外，与脱氧核醣核酸序列无关的疏水性效应，以及π重叠效应所产生的力，也是两股脱氧核醣核酸能维持结合状态的原因。由于氢键比共价键更容易断裂，这使