期间，1967年监狱实行军管后，原来的所谓“旧公检法”的那套管理制度被称为“修正主义”、“和犯人同流合污”，全部取消。犯人遭受虐待和殴打，生活待遇大不如文革前。“文革”前曾住204监区享受高级待遇的潘汉年，“文革”后重新被捕，仍关押在秦城监狱，每天只能吃窝头、白菜，没有肉吃。直至1972年毛泽东在刘淑清的信上作批示后，工作组进驻秦城监狱进行整顿，逐个找在押人员谈话，问题才逐渐得到解决。现今，高级囚犯在秦城监狱的生活待遇远比在普通监狱优越。据2000年代末走进或接触过秦城监狱的有关人士描述，秦城监狱关押高