40年5月调任129师新编第七旅政治委员，参加百团大战。1942年6月任新四旅政治委员，不久兼冀南军区第四军分区政治委员，并兼任中共冀南四地委书记。1943年改任冀南军区第六军分区政治委员兼中共冀南六地委书记，指挥反扫荡作战。1945年1月，文建武调任新四军第五师参谋长兼鄂豫皖湘赣军区参谋长。
第二次国共内战时期.抗日战争胜利后，任新四军第五师野战军司令员，11月改任中原军区第二纵队司令员，参加中原突围作战。1946年8月，任鄂豫陕军区司令员。1947年初，由于外线作战和疾病折磨，