声请大法官释宪的门槛。1988年7月，当选中国国民党第十三届中央委员。1993年2月15日，王甲乙任最高法院院长。任内，已故最高法院庭长陈纲的家属转卖最高法院宿舍，王甲乙乃代表最高法院向台北地检署指控。另外，他还参与讨论修改《选罢法》以解决黄信介在花莲县竞选立法委员的资格问题。1993年8月，获聘为中国国民党第十四届中央评议委员。1994年1月20日，中华民国法官协会成立，王甲乙出任第一、二届理事长，直到退休后才由行政法院院长林明德接任第三届理事长。1995年4月，兼任司法院民事诉讼法研修委员会召集人。