和华文报章被取缔，禁止使用汉字，华人社团被禁庆祝中国传统节日，华人被迫改用印尼姓。大量共产党人遭到屠杀、监禁和流放，印尼的几十万华裔则被当作替罪羊，遭到强暴和杀害。1967年，已无实权的苏加诺被迫辞职，苏哈托接任。他用铁腕手段和血腥镇压的手法解决国内的共产党问题，亦衍生排华运动，导致不少不支持共产主义的华人也遭杀害。1975年，强行吞并东帝汶，同年并残酷镇压亚齐分离主义人士以及包括教师、知识分子等在内的左派人士，这次事件使印尼和葡萄牙断绝外交关系。之后亚齐分离主义人士在1976年1月4日成立自由亚齐运动