国民政府成立后，他任北平市政府专员。1930年（民国19年），他任国民政府陆海空军总司令部外交处亚洲组组长。翌年12月，他任外交部参事。此后他历任外交部顾问、北平市政府専员。抗日战争爆发后，他参加中华民国临时政府，任天津市社会局长。南京国民政府（汪精卫政权）成立后的1940年（民国29年）5月，他就任华北政务委员会政务厅外务局局长。同年7月，他升任政务厅厅长。1942年（民国31年）3月，他辞去政务厅厅长职务，任华北政务委员会委员。此后，祝惺元的消息不明。