酶，可将双股DNA切断，之后其他的内切酶再将切下的片段降解，因此能将入侵的外来DNA摧毁。有些病毒则演化出对抗此系统的机制，它们的DNA经过了甲基化或糖基化的修饰，可阻碍限制酶的作用。另外还有一些病毒，如T3及T7噬菌体，则合成出一些可抑制限制酶的蛋白质。而为了进一步对抗病毒，有些细菌演化出专门辨识并切割已修饰DNA的限制系统。