2009年的叙述中，系统发生学分析将南方猎龙分类为肉食龙下目的异特龙超科，与福井盗龙及鲨齿龙科有相似性，并成为后者的姊妹分类单元。更详细的研究认为牠与其他类似鲨齿龙科的物种构成一个演化支新猎龙科。近期的系统发育分析则认为南方猎龙与其他所有大盗龙类都属于暴龙超科。2016年针对新猎龙科新属瓜利乔龙所作的系统发育分析认为南方猎龙和其他大盗龙类不属于暴龙超科，而要嘛是异特龙超科，或者是基础虚骨龙类。以下演化树依照罗杰·班森（Roger B. J. Benson）、马修·卡拉诺（Matthew T. Carran