士兵非常适合这次远征，而摩根的部下又渴求作战，两者一拍即合。9月阿诺德率兵离开剑桥，开始远征魁北克之旅。他任命摩根为宾夕法尼亚及维珍尼亚散兵的指挥官，充当先头部队，为远征军开山辟路。阿诺德最终在12月3日与理查德·蒙哥马利准将的军队会合，并在6日开始魁北克围城战。1775年12月31日，蒙哥马利碍于民兵即将服役期满，而兵分两路，强行攻打魁北克市。摩根起初随同阿诺德，由北方攻入市内。不过阿诺德在抢攻一座英军街垒时受伤倒地，攻城部队便交由摩根指挥。虽然摩根奋勇鼓舞士兵作战，但始终无法扭转劣势，再加上魁北克省