回广州设陆海军大元帅大本营，重新组建军政府，1925年7月1日，改组为中华民国国民政府。1927年短暂分裂为南京和武汉两个国民政府。北伐成功后南京国民政府取代北洋政府成为中华民国中央政府与最高行政机关。1948年5月20日国民政府改组为中华民国政府，国民政府主席改为总统，并延续至今。中华民国建立初期的国家元首称为中华民国大总统；国民革命军北伐胜利后，“中华民国大总统”由“国民政府主席”取代；1947年行宪后称为中华民国总统。孙中山是中华民国首任临时大总统，袁世凯是首任正式大总统，首任国民政府主席是汪精卫