前最后一班在杭州东站到发的列车为2010年1月19日自上海南站始发开往南昌的K287次。原在杭州东站办理客运业务的列车已被分流至杭州站和杭州南站。2010年6月1日，杭州东站铁路枢纽成功浇筑首孔铁路双线现浇箱梁。标志着杭州东站铁路枢纽线上工程高性能混凝土拌和供应生产大干正式拉开了序幕。虽然车站在重建过程中不办理客运业务，但仍有沪昆铁路的客货列车通过。为方便施工，施工部门首先建设了沪昆铁路上行线改线特大桥，于2010年12月17日10时架通，并于12月21日拆除了德胜路公铁立交桥。同时于2011年3月