大且复杂，因此增加了Debug的难度。Autoconf所使用的M4对于一些开发者来说是陌生的，因此他们需要专门学习。一些开发者并不遵循配置脚本的一些习惯约定。因此一些自由软件开发者开始使用其他软件代替autoconf，KDE于KDE 4起开始使用CMake，Scribus同样开始使用CMake。