在登国年间曾遭受北魏攻打和三度屠城，后在北魏太武帝执政时期归顺北魏，成为北魏的编户、以及鲜卑部落的支部，后以部落名作为姓氏。宋朝典籍《古今姓氏书辨证》则指出，叱干姓是由鲜卑族领袖拓跋邻（追谥为北魏献皇帝）定姓：「代北人，后魏献帝，定姓为叱干氏，居武川。」
其他说法.一个说法指，叱干姓是羌族姓氏，原型是礼泉县叱干、宜川县小叱干、蒲城县叱家等地名。中国作家唐棣的小说《叱干女子嬏》曾提及叱干姓的由来，认为叱干姓衍生自甘姓，并非少数民族的姓氏。小说指出，战国时期的秦国宰相甘罗因