997年1月，潘耀焯代表香港青年军参加新春盃青年足球赛。1997年10月，潘耀焯代表香港奥运队参加在上海举行的全运会足球赛。1998年11月，潘耀焯首次入选香港足球代表队，便以正选身份出战沪港盃，以及对越南的友赛，其后1998年12月更入选釜山亚运香港足球代表队大军名单，从此奠定香港队正选左后卫席位。2011年1月，潘耀焯以队长身份踢完第33届省港盃足球赛后，宣布退出香港足球代表队。
教练生涯.2012年8月26日，潘耀焯宣佈退役，将智于车路士足球学校(香港)展开教练生涯。