6年，马吉牧师曾经在日本东京设立的远东国际军事法庭上为日军南京大屠杀作证，称“日军到处杀害中国人”，但是当被问及“是你亲眼看到的吗？”时，马吉牧师回答称：“我亲眼看见的只有一起”。但基本上他所记录的所有事件都是由当事人亲自讲述的，例如夏淑琴的事件就是。张纯如《The rape of Nanking》。2000年8月2日，南京市下关区政府将马吉牧师曾经传教的道胜堂教堂（今南京市第十二中学图书馆）命名为约翰·马吉图书馆。