除北京政府财政部拨款外，大部分经费由募集得来，院址位于阜成市场（位于阜成门内大街，现为北京大学人民医院分院所在地），1918年1月27日开院，伍连德任第一任院长。1919年1月，代表中华民国北洋政府外交部赴上海监督焚烧鸦片。伍连德先后获上海圣约翰大学、香港大学、日本东京医科大学的荣誉博士学位，苏联科学院名誉院士，苏联微生物学会外国会员。伍连德先后领导防疫工作，控制了1917年绥远鼠疫、1919年哈尔滨霍乱、1920年中国东北鼠疫、1932年上海霍乱。1922年，伍连德受奉天督军张作霖委托，在沈阳创办