岛式2面4线，由上越新干线、北陆新干线共同运用。新干线的分岐点位于本站约4km前。（来源：JR东日本:车站构内图）
上信电铁.1号线的南侧有头端式的0号线月台、上信电铁使用此月台。
使用情况.由于是北关东最大的总站，包括新干线在内的多条路线都集中于此，比县厅所在地的中心站前桥站的上车人次更多，是群马县内车站最多。近年1日平均上车人次推移如下表。
车站便当.高崎站的车站便当皆由高崎便当调制与贩卖。