苫小牧车站是一平面车站，但有部分站体採跨线式站房（桥上站房）设计。车站内设有两座岛式月台共四条乘车线，在站区北侧设有大量侧线，以因应设置在此站的苫小牧运转所（）之调度业务需求。在站等方面，苫小牧是一个站员配置车站（，意指JR北海道在此设有站务员），设有绿窗口（，JR系统的票务柜台）以及星光广场（，JR北海道所属的旅行服务中心），设施一应俱全。
月台配置.主要採用以下列出的月台到发，但有一部分例外。