指挥身分出道，指挥蒙特威尔第《》。1971年，哈农库特与古斯塔夫·莱昂哈特联合录制巴赫的全本清唱剧作品，这项计划于1990年完成。除了早期作品之外，哈农库特也指挥、推广当时维也纳所流行的轻歌剧作品。哈农库特与世界主要的乐团皆有合作，他多次应邀于维也纳爱乐乐团客席指挥，与该团录制的录音受到肯定。1987–91年间，哈农库特在维也纳国立歌剧院指挥莫扎特歌剧的新制作演出，这些剧目包括：《依多美尼欧》、《魔笛》、《后宫诱逃》及《女人皆如此》。他与欧洲室内乐团亦有长期良好的关系，1992年率该团参与萨尔茨堡音乐节