SYSLINUX通常不是拿来启动完整的Linux作业系统，因为Linux作业系统不会安装在FAT档案系统上。相对地，它常用来从软碟、Live USB上开机或进行救援，或是用来引导其他轻量级的引导系统。ISOLINUX一般使用在Linux作业系统的Live CD及安装光碟上。从CD-ROM开机时则稍微复杂了一点。El Torito可开机光碟规格允许以两种不同的模式开机：有时候，这样的选择是有用的，因为ISOLINUX面对BIOS的程式错误时相当脆弱，因为这个原因，开机时使用SYSLINUX可能较为便利