有东平山、冶山，东南部有灵岩山，浦口区西南为老山山地。以紫金山为主的钟山中支是南京最重要的一系列山体，有“钟山龙蟠、石头虎踞”之称。紫金山又称钟山，主峰海拔448.9米，是南京的地理最高点。紫金山向西延伸入城内，分别有太平门内的富贵山、玄武湖南岸的九华山（覆舟山）、北极阁（鸡笼山），向西连接鼓楼岗、五台山、清凉山，以及古长江冲积物堆成的黄土岗地直达江岸。古代清凉山位于江边，秦淮河在山下入江，三国时在清凉山修筑了石头城“控江守淮”，地势非常重要。现代长江的河道比古代偏西，在清凉山以西的河西地区留下大片新堆