13日，亚历山大六世把萨佛纳罗拉处以破门律。1498年教宗公开要求佛罗伦斯逮捕并处死萨佛纳罗拉。4月8日，一群人袭击了佛罗伦斯圣玛尔谷大殿，在血腥厮杀之后，萨佛纳罗拉带领两位跟随的修士多米尼克·达·帕奇亚和萨尔维斯特罗投降。萨佛纳罗拉被指控信仰异教、伪造预言、妨碍治安等等罪名。随后的几个星期，萨佛纳罗拉和两名跟随者经受了严酷的折磨刑求。行刑人故意留下他的右手完整，这样他才能签署认罪书。最终三个人都签下自白。与此同时，萨佛纳罗拉还完成了两篇默想，大致是说他的肉体如何脆弱，无法经受折磨所以承认了没有犯下的罪行