海底隧道一併于石澳石矿场制造，首四段于1995年6月完成并安放至海床，其余组件亦逐步放至预定位置，至1998年正式通车。
隧道走线.沉管隧道由中环填海区上之香港站，经过位处民光街及民辉街之间「香港通风楼」离开港岛区，并于上环港澳客轮码头以东掠过，并穿越用以标示码头限制区东北方范围的「港澳１」（MFT1）浮标所处之海床。由于需要迁就铁路坡度，故该处海床亦需被填高，隧道顶部于盖上保护性填土物后，所处水深由港岛岸边之海图基准面下方约1米下潜至浮标附近约7米，与附近港澳码头内之中央水道