继续在第三次段祺瑞内阁、钱能训内阁担任教育总长，还曾任财政整理委员会督办。翌年10月，被大总统徐世昌聘为总统府顾问。五四运动期间，因反对罢免蔡元培而辞职。民国十一年（1922年）5月，傅增湘任内外短债委员会会长。民国十六年（1927年）10月，任故宫博物院管理委员会委员兼图书馆馆长，任内编纂《故宫善本书影》。民国十九年（1930年），在清华大学研究院任教。还曾任东方文化事业总委员会图书筹备委员，东方文化协议会副会长。抗日战争爆发，傅增湘留在北平从事学术活动，曾任《绥远通志》编修、东亚文化协会副会长。