平性问题.
计时争议.虽然中华民国路跑协会与高雄市政府决议将区运的马拉松比赛和高雄国际马拉松比赛同时办理，但是在计时成绩部分，却遭到区运田径项目的执行单位中华民国田径协会的抗议，抗议的起因，是田径协会认为此项比赛的进行会影响区运马拉松比赛的成绩公正性。后来经过高雄市政府教育局的协调后，高雄市政府、中华民国田径协会、中华民国路跑协会达成了「同时进行，分开出发，并分开计时」的共识。也就是高雄区运马拉松项目和高雄国际马拉松同时进行，赛事最后正名为「1995年高雄国际暨区运马拉松比赛」。