1942年3月出征菲律宾不久后负伤。同年7月回到日本，8月升为陆军少佐，先后在陆军省兵务局兵备科、军务局军务课担任课员。
宫城事件.由于对日本政府决定接受波茨坦宣言不满，畑中等人在1945年8月策划了旨在阻止天皇终战诏书播送和日本投降的宫城事件。由于需要近卫师团的支持，畑中等人前往其师团部，试图说服近卫师团长森赳。由于森拒绝参与政变，畑中突然向森开枪并与同谋一道将其杀害。此后，畑中等人切断了皇居并花费了数小时时间在其中搜索天皇的终战诏书录音盘，以阻止其在第二天通过NHK向全国广播。