后，猪约一週产生抗体。1997年3月19日第一批验出口蹄疫的四例，竹北猪场已验出抗体阳性，因此可能在12日就传入。1999年金门牛只也发现口蹄疫，命名为O/Taiwan/99，与O/Taiwan/97都是O型病毒。施打疫苗两年内没案例，可向世界动物卫生组织(OIE)申请为「打疫苗非疫区」。2003年5月，台湾两年没口蹄疫案例，OIE认定为打疫苗非疫区。农委会规划2006年先停打澎湖猪只疫苗，隔年台湾、金门、马祖加入，2009年8月1日全面拔针（不打疫苗）。2009年90%猪只已拔针，2月起云林、嘉义