由法国天文学家尼可拉·路易·拉卡伊于1751-1752年间确立的，最初以法语命名。拉卡伊在好望角停留了两年，期间观测了10,000颗南天恒星并为其编目登记，确立了14个在欧洲无法观测到的星座，填补了南天半球的空白区域。这14个星座除了1个以外，均以象征启蒙时代的科学仪器来命名。为了纪念复式显微镜的发明，1763年，拉卡伊在其星图中正式以拉丁化的显微镜一词命名了显微镜座。1922年，国际天文联合会采纳了显微镜座成为现代八十八星座之一，并确认了其缩写为Mic。