最终幻想游戏使用了更多解谜元素。比如在瀑布盆地，玩家必须通过移动一层的冰柱，使其构成第二层中跳跃的落脚平台。《最终幻想 神秘历险》没有使用存档点；玩家可以在探险中随时存档。
战斗系统.《最终幻想 神秘历险》放弃了系列本传标致的随机遇敌系统。代之敌人图标会固定不动的显示在迷宫中，玩家可以选择接触敌人并打响战斗。当战斗打响，玩家会出现在战斗屏幕中，战斗使用窗口制菜单系统，菜单有三个可选命令：战斗、逃跑和控制。从战斗中逃跑后玩家会回到场景屏幕，选择“控制”指令将会切换同伴角色的战斗模式，