70年东非大学一分为三时，马凯雷雷大学成为一所独立院校（另两所为肯尼亚的内罗毕大学和坦桑尼亚的达累斯萨拉姆大学）。现有22个系科，学院和研究所，本科学生约3万人，研究生约3000。马凯雷雷大学是很多非洲独立后领导人的母校，毕业生包括乌干达前总统米尔顿·奥博特，坦桑尼亚前总统朱利叶斯·尼雷尔，本杰明·姆卡帕以及肯尼亚前任总统姆瓦伊·齐贝吉。