参加乂安场乡试，考中举人。成泰七年（1895年），邓元谨会试中格，庭试考中副榜。后任河静、平顺督学。邓元谨在河静时，与吴德继等人认识了潘佩珠。当时潘佩珠正在策划强㭽到日本留学一事，他也邀请邓元谨一同前往。成泰十九年（1907年），邓元谨与吴德继等人在荣市成立朝阳商馆，为东京义塾筹备物资。然而，仅过半年时间，殖民政府便强行封掉了商馆，并将邓元谨从河静调至平顺担任督学。维新二年（1908年），中圻发生抗税民变，邓元谨因支持民变而被殖民政府流放至崑崙岛。启定六年（1921年），阮廷在殖民政府授意下，特赦一