1946年再分别成立北门家政女学校与北门初级中学。官方以一脉相承之北门初中为校史开始及延续，不过因女子学校併入北门初中且毕业生併为初中计，故今北门高中校史实际上可推及女子学校的部分。
小学校.原校址位于明治制糖萧壠工场旁（今萧壠文化园区糖厂福利社以西），何时迁至今北门高中校地待查。
足球队.1981年8月台南县佳里国中足球队远征欧洲，荣获挪威盃国际分龄赛冠军，为南台湾足球运动掀起高潮。为了让这批优秀球员升上高中后能继续一起踢球，由当时的省立北门高