朝时期.崇祯十七年（1644年）三月，李自成率军攻占京师（今北京市），杨士聪闻讯，先杀死六岁的女儿，又命一妻二妾自尽，然而本人却没有死，据他自己讲，是服毒自杀后被李自成部将王敦武灌水救活。后归顺李自成，为兵政府少堂（一说为户政府少堂）。杨士聪自辩说，方以智南逃后造谣诬陷他投敌。但是除方以智外，已在农民军处的杨士聪门生赵士锦称亲眼见到自己的老师前来投效，《国难睹记》的作者也说亲眼看到大顺政权授职给杨士聪，居住在南方的顾炎武考证后，认为杨士聪确为大顺官员。李自成兵败后，杨士聪又南下扬州，通过扬州知府任民育的关