学所的前身是建于1912年10月23日的威廉皇帝学会化学研究所。该所的第一位所长是恩斯特·贝克曼。第二任所长里夏德·维尔施泰特在任职期间于1915年获得诺贝尔化学奖。其后，奥托·哈恩 在该所的有关核裂变的研究带来了该所的第二个诺贝尔化学奖（1944年）。二战期间，该所在1944年的大轰炸中受损严重，被迫搬迁至阿尔布斯塔特。1946年，弗里茨·施特拉斯曼负责开始在美茵茨筹建新所，但直到1949年才建成搬迁。1948年，威廉皇帝学会重组为马克斯普朗克学会。该所于1949年加入新成立的马普学会并改名为现在的马克斯