II线和IV线的方式延伸至广州东站，广州东站将增建北侧站房，并对站台进行调整，广深铁路沿线的吉山站和石牌站将改造为城际轨道站点，总工期暂定2年，投资估算总额7.8亿元。2012年，穗莞深城轨深圳境内线路方案已基本确定，在深圳预设两个站点：机场东站和前海湾站。但在2013年4月的莞深段变更环评第二次公示中，深圳段路线调整，终点改设于深圳机场站，取消2个车站，不再进入深圳市中心区，莞深段由全长70.4公里缩短至58.027公里，而由于隧道路段增多，投资增加16.29亿元。深圳机场站与深圳地铁11号线的机场站