改为广东按察使。后来又以右佥都御史巡抚江西、平定盗乱，升爲广西按察使。明宪宗继位后，升爲右副都御史，巡抚顺天。后升刑部右侍郎，进右都御史。弘治五年（1492年）为两广总督，与总兵官毛锐出兵镇压古田僮族，自临桂（今广西桂林）出发，连破七寨，他贼悉就抚。弘治七年（1504年）以功迁南京刑部尚书，不久召为左都御史。弘治十一年（1498年）加太子少保，弘治十三年（1500年）取代白昂为刑部尚书，明孝宗称：“朕知闵珪老成，人才难得，唯兹事过拗。”正德元年（1506年）六月，上疏请求退休，朝廷不许。第二年又