仆呕血伤心，束身俟死，无他说矣。”旧病复发，吐血甚多，已病入膏肓，监军万元吉问他为何不报知皇上？杨嗣昌只吐出两个字：“不敢！”二月初一日，病死沙市徐家园。杨嗣昌死，自此战争主动权转入闯军手中。兵部尚书陈新甲以陕西三边总督丁启睿接替督师，并起用原兵部尚书傅宗龙继任陕西三边总督，负责剿寇。此后张献忠攻破武陵，特恨杨嗣昌，掘其七世祖坟，焚其夫妇灵柩，并把其尸体斩断出血。
评价.崇祯帝临朝叹息：“自杨嗣昌殁，无复有能督师平贼者。”又亲书祭文，曰：“惟卿志切匡时，心存许国，……赍志深渊，