。2007年1月16日晚，四十三岁的蓝约翰首度主持董监事会议时，才说到：「很感谢大家疼惜……」就开始激烈咳嗽，随即大量吐血。当晚，因突发性胃出血急救无效，病逝于高雄长庚医院。同月26日，陈水扁由高雄市长陈菊陪同，参加蓝约翰告别礼拜。2月11日，高雄市政府文化局于高雄市文化中心举行蓝约翰纪念音乐会，播放蔡一峰拍摄剪辑的蓝约翰生平记录影片，并穿插义卖活动。
身后.蓝约翰过世后，母亲因思念独生子，不久过世。父亲蓝财源变卖土地，兴建蓝约翰纪念馆，于2013年3月2日在楠梓区加昌路开幕落