展开更新扩建计画，拆除旧厂房，将原地整建成装置两部八十万瓩超临界燃煤机组的新电厂。2006年6月30日，深澳电厂「更新扩建计划」通过环评，行政院编列9年新台币11亿8千万元预算，同年7月25日行政院环境保护署公告环评结果，同年12月14日行政院院长苏贞昌核定扩建计画。此扩建计画中，除更新发电机组外，亦将新建超过一千公尺长的水泥堤防。2010年，行政院节能减碳推动会会议纪录中，台电对「既有火力电厂效率全面提升」的报告中提及深澳电厂扩建计画，行政院副院长朱立伦裁示汰旧换新。预计深澳发电厂发电量更新后