司，因彭寿松专权，呈文被搁置。翁敬棠得知后，愤而辞职。民国3年（1914年），翁敬棠担任京师地方检察厅检察官。同年9月，日本借口对德国宣战，取代了德国在中国山东的权益，出兵强占山东的青岛、济南等地，并奸淫掳掠。翁敬棠奉派赴山东调查事件真相，将日军在胶济铁路沿线的大量暴行汇集为书面材料上报，但袁世凯政府不敢对日本交涉。翁敬棠忧郁成病，司法部调其担任天津地方审判厅厅长。1916年袁世凯死后，翁敬棠复任京师地方检察厅厅长，不久，升任京师总检察厅检察官，兼任北京法政专门学校教授。
揭露“