水窟的海拔高度约3,280公尺，位于大水窟山与南大水窟山之间鞍部上。水源仰赖降雨以及融雪而来，因地形之故而无缺口外流，为封闭型天然湖泊。就登山路线的位置而言，大水窟是中央山脉纵走与八通关越岭古道之二条路线交叉上，为南北通往大水窟山、达芬尖山以及东西通往瓦拉米、玉山的重要枢纽，因此在距离大水窟200公尺设有一座大水窟山屋，由太阳能供应其照明电力，入内可容纳24位登山者休憩及住宿。