晋升中共河南省委书记处候补书记，又兼任商丘地委第一书记。
培养接班.由于深受毛的提携，纪登奎一直都积极支持毛泽东的群众造反“路线”。在“文化大革命”刚开始的时候，纪登奎还被任命为“河南省委文化革命小组”的副组长；但他并不认同“造反派”夺权的行为。后来，在“一月风暴”的背景下，纪登奎也受到了冲击，被关押了起来。半年后，纪登奎被恢复了工作。1968年，纪登奎出任河南省革命委员会副主任，并实际主持河南省的工作。在1969年年召开的中共九大上，纪登奎被安排以“革命干部代表”的身份在大会