活佛系统仅余智合仓、卓仓居巴仓两个活佛系统，而卓仓曼巴仓活佛系统已经消亡。瞿昙寺出身于梅家的班觉丹增是第一世（不计追认）智合仓活佛，清朝康熙年间获清朝封为“灌顶净觉弘济大国师”，其侄阿旺宗哲也获同样封号。雍正元年，罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受牵连，寺主阿旺宗哲被清朝囚禁于兰州七年，清朝所赐的印诰也被收回。此后，瞿昙寺逐渐衰落。瞿昙寺在历史上曾经领属13座寺院。但这13座寺院的情况缺少详细的记载。《安多政教史》载，清朝道光二十九年（1849），瞿昙寺有10座属寺，即被称为“卓仓贡扎什伦布”的药草台寺，瞿昙