对南管的影响包含曲牌的吸收，以及「一声四节」歌法的成熟。从乐器发展来看，南管的上四管体制也是在元代出现。此外，南管歌器相分的特征，即乐器按谱而弹、不随歌者曲调而变，亦是根于北曲而定型于元。元代时期三弦的出现值得注意。宋代出现了燕乐音阶的记载。早期的工尺谱谱式也在张炎《词源》和沈括的《梦溪笔谈》中出现。近代通行的工尺谱直接导源于此时。
明、清时期.明清社会经济发展发达，市民阶层日益壮大，音乐文化的发展趋向世俗化。明代的民间小曲内容丰富，虽然良莠不齐，但其影响之广已经达到「不问男女