方纪接受组织派遣，回到家乡束鹿县，在党的地下直南特委里工作，他的外祖母家就成了当时直南特委的一个据点。1937年七七事变后，他奉命南下，在武汉、重庆等地，曾与周恩来接触。1939年，方纪由重庆转入延安，进行短期学习后，初任陕北公学教师，后到“文抗”与陕甘宁边区文协工作，1942年进中央党校，最后到《解放日报》担任编辑。在此期间，他曾多次听毛泽东的讲演，并参加了以《在延安文艺座谈会上的讲话》为中心的延安文艺整风。毛泽东还曾亲自修改和增补了方纪为党校三部的墙报所写的文章。1945年秋，抗战胜利，方纪先到承德