湖泊主要属长江流域，宁国市东南部的茅坦河流向钱塘江，其中原属于徽州的绩溪县是长江流域和钱塘江流域的分水岭，绩溪境内绝大部分河流流向钱塘江，少量流向长江例如徽水河等。境内有青弋江、水阳江两大水系，湖泊有南漪湖及固城湖的一部分。其中，青弋江发源于黄山北麓，自泾县陈村入境，经泾县、南陵县、宣州区、芜湖县，在芜湖市入长江；水阳江发源于天目山北麓绩溪县境内，经当涂县的姑溪河在金柱关人长江；南漪湖位于宣州市和郎溪县北部圩区；固城湖界江苏省高淳县和本区宣州市之间。
政治.在政治地位上，宣城市为安