化大革命期间孙历生遭受各种折磨，在1968文革的清队运动中，被关在女三中校内。家属被告知她7月12日死于自杀，但真实死因至今成迷。文革难友陈寿仁表示当时听说孙是在厕所里上吊自杀。孙的家人怀疑是被打死后吊起来的。文革后90年代，名作家王蒙所着着名中篇伤痕文学代表作品《蝴蝶》的悲剧女主角海云便是以孙历生为原型，妻子海云主动要求离婚。在2004年出版的王友琴教授所着《文革受难者》一书中，孙历生和女三中其他死难老师的文革遭遇独成一章。