站共四个位在新店境内的车站。除此之外，在七张站处尚有一条延伸至新店机厂的维修路线改建而成的小碧潭支线，其终点位于与机厂併设的小碧潭站。
捷运.除了已通车的新店线外，台北捷运二期路网的环状线也通过了新店区的北端。西环段的大坪林与十四张两站已通车，而南环段的宝斗厝站目前尚未动工。
道路.在通过新店区境的道路交通路线中，北二高（福尔摩沙高速公路北部路段）是最重要的一条，设置有新店与安坑两个交流道。在一般道路运输方面，早期新店只有两条主要交通线通往台北市中心