在的并系群问题，一些鱼类分类学者倾向于将庞大的传统鲈形目拆分成多个较小的目。例如，依鱼类分类学研究网站deepfin.org的分类法，整个传统的鲈形目及其近亲被提升归类为棘鳍类之下的鲈形亚类真鲈形系。鲈形亚类是分类层级是介于纲与目之间“亚类”（），依系统发生学的研究分成9个系，再细分成不同的总目、目、亚目及下目等，共有30个目，相当于传统的鲈形总目，而真鲈形系包括狭义的鲈形目等共16个目161科，与传统上广义的鲈形目相当。
内部分类.依据2017年发表的《硬骨鱼支序分类法》，狭义的