原子相连时也有可能产生氢键。例如在氯仿CHCl中，碳原子直接与三个氯原子相连，氯原子周围zh-hans:电子云;zh-hant:电子云密度较大，因而氢原子周围即带有部分正电荷，碳也因此参与了氢键的形成，扮演了质子供体的角色。芳香环、碳碳三键或双键在某些情况下都可作为电子供体，与强极性的X-H（如-O-H）形成氢键。
方向.X-H…Y不需要，也往往不是严格的直线。 哪怕不算分叉的氢键，一对一的氢键中也有很多键角处在150°-180°之间的情况，氟化氢长链中的氢键即是一例。