一些精神科医师认为，阴阳眼的现象来自精神分裂症或其他精神疾患造成的幻觉和妄想，但更多的例子是出现在偏头痛、酒瘾者、物质滥用者、营养缺乏、失智、脑部病变（如脑瘤或是癫痫）、药物中毒、电解质不平衡或是高烧等身体重大疾病时。也有人认为阴阳眼源于眼球疾病邦纳症候群。有些人的视网膜或水晶体失去了一部份的视物功能，那一部份的视野便出现了幻觉。阴阳眼描述的影像从未通过科学检验，也未得到科学证实存在，甚至有否定的证据。