桥于纳莉风灾受损后封闭。1998至1999年左右，中山桥东侧新建一座中山便桥，设双向各二车道及人行道。搭配东侧的上班尖峰时间调拨车道，提供北安路直接从三角公园左转南下使用便桥的动线。
纳莉风灾与中山桥拆除.2001年9月，纳莉台风过境北台湾，造成大台北地区严重水灾。中山桥再度面临古蹟保存和基隆河整治的争议。2002年2月，市长马英九宣布，「在水利影响及文化景观双重考量下，中山桥将登录为历史建物，并在今年防汛期后迁建，易地重现其风华。」2002年12月20日，拆桥迁建工程