胞内寄生物.专性细胞内寄生物（如披衣菌、及立克次体）可以只在其他的细胞内生长及复制，这类的细胞内感染可能无症状，有一段疾病潜伏期，像造成斑疹伤寒及落矶山斑点热的立克次体就是这种例子。衣原体属也是细胞内寄生物，会造成肺炎、泌尿道感染，也可能造成及冠状动脉疾病。其他细胞内寄生物有沙门氏菌属、奈瑟菌属、分枝桿菌属、军团菌属及鼠疫桿菌等，这些细菌可以在细胞内生存，也可以在宿主细胞以外生存。
特定组织的感染.以下是一些病原细菌所造成，特定组织的疾病。
机制.