926年10月，因得知北伐成功而回国，傅斯年也在邀请之下接受中山大学之聘。1927年任该校文科学长（文学院院长，并兼中国文学和史学两系之主任）。1928年积极筹划并负责创建了着名的中央研究院历史语言研究所。后任中央研究院总干事。北伐胜利后，傅斯年在蔡元培家吃饭。傅斯年喝醉了酒，信口乱说：“我们国家整理好了，不特要灭了日本小鬼，就是西洋鬼子，也要把他赶出苏伊士运河以西，自北冰洋至南冰洋，除印度、波斯、土耳其以外，都要‘郡县之’。”蔡元培听到这里，声色俱厉地道：“这除非你做大将！”傅斯年惊得一下醒了酒。