司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重 。1380年（洪武十三年），朱元璋罢中书省，分相权于六部。六部尚书直接对皇帝负责，执行皇帝的命令。其后，进一步宣布不许再议置丞相。秦汉以来行之一千六百年的宰相制度，从此废除。
整顿吏治.明朝初年的监察机关称为御史台。1382年（洪武十五年）御史台改称都察院，长官有左右都御史等，负责弹劾百司。都察院下设十三道监察御史，纠察内外官员。监察御史正七品，官阶虽低，威权却重，外出巡查，号「代天子