进行日本国内民用飞行的公司，但已经于2006年9月30日之后全部停飞。停飞原因是因为日本的国土交通省要求国内的航空公司在其民航飞机都要加装TCAS（飞机防互撞警告系统）。未加装TCAS的飞机只能飞到2006年底。而加装给YS-11的TCAS一架要花费1亿日圆（93万美元，依照1USD = 107JPY计算），对于YS-11这种年代久远的飞机来说并不划算，因此航空公司是引进新机种取代它。停飞后的YS-11除了报废解体及公开展览外，尚于适航状态的飞机则卖给国外的航空公司。在日本官方，海上自卫队拥有10架、航