年（311年）五月升任司空，但下月即发生永嘉之乱，洛阳陷落，晋怀帝被俘，荀藩与弟弟光禄大夫荀组在荥阳密县营建行台，移檄州郡，并以瑯邪王司马睿为盟主。不久又遇上避乱当地的外甥秦王司马邺，于是荀藩等就与他移镇许昌。荀藩在当地遇到带领着流民东还乡里的前豫州刺史阎鼎，见他有才能带领众人，于是任命他为豫州刺史。七月，大司马王浚图谋称帝，假立皇太子，承制任命荀藩为留台太尉。同年，阎鼎与荀藩、荀组和司徒长史刘畴等图谋带司马邺到长安，但期间刘畴叛变，阎鼎追杀刘畴，荀藩和荀组仅得免，此时以自己山东人，不欲西进，于是继续留