夺着盐和关税，沃尔夫·迪特里希在1611年授意占据了巴伐利亚的贝希特斯加登，而巴伐利亚随即占据萨尔茨堡，并决定让霍亨埃姆斯的马尔库斯·西蒂库斯接替沃尔夫·迪特里希，他在1628年完成了保留至今的主教座堂。马尔库斯·西蒂库斯的继任者洛德龙的帕里斯伯爵在三十年战争中采取了明智和谨慎的政治中立策略，使得萨尔茨堡免受战火之苦，与埃贝哈德二世共享“萨尔茨堡之父”（德语：Vater des Vaterlandes）的称号。1617年萨尔茨堡建立了一所中学，它在1622年被改制成萨尔茨堡大学，设立神学和哲学系，萨尔茨堡