停课，校舍于香港保卫战时被征召作陆军医院。日佔初期荷李活道校舍为日军所用，其后完全毁于战火，更被辟为难民营。仅留下由 Bertram Mackennal 在1910年雕制、时任港督卢加勋爵在1912年揭幕的胡礼校长的半身雕像。雕像在战后1950年被移送高士威道新校舍。
战后.1947年2月，皇仁书院终于在坚尼地道26号复课。1949年，在战前已在皇仁任教的威廉臣被委任为校长。威廉臣校长设计了校服和校呔，开创了先河。香港政府后来拨地在高士威道兴建皇仁书院新校舍，并在一年内完工。195