于同联合国签订有协议尊重任何结果，名义上这一结果得到维护，国际社会也承认巴布亚加入印尼。这加剧了西巴布亚原住民的独立运动，加深了从1963年荷兰人撤出巴布亚即开始的地区冲突。这一冲突一直持续到现在，印度尼西亚安全部队在镇压独立运动方面被指控侵犯人权。印度尼西亚政府对该地区实行严格的管控，禁止外国记者或者人权监测员进入。1998年印尼开展后，巴布亚同印尼的其他省一样获得了更大的自治权。2001年巴布亚省获得特区（）地位，自治权限再次扩大。1999年时提议将巴布亚省一分为三，引发了巴布亚的抗议。2003