辞职。1913年旅居德、法，从事教育、哲学和美学研究。蔡元培在法国与汪精卫比邻而居，期间袁世凯、克定父子透过朱芾煌汇来三千元给汪精卫和蔡元培，后邀请他们回国任高级顾问被拒绝。1915年汪精卫回国后将子女托寄给在波尔多的蔡元培照看。蔡元培还在里昂创办中法大学。1915年与李石曾等组织留法勤工俭学，次年与吴玉章等组织华法教育会。
北大生涯.蔡透过以下两点改变北大：1916年12月回国。1917年1月就任北京大学校长，敦聘专门学者，提倡自由主义的科学研究。组织进德会，挽救奔竞和