仅在阿根廷海域，每年因原油污染造成的麦哲伦企鹅的死亡数量高达40000只。
其他.此外，在智利南方一些偏远地带，也有少量麦哲伦企鹅被人为捕杀，一些渔民将其用作捕蟹的诱饵。麦哲伦企鹅也存在不少的天敌，在海里的主要天敌有海狮、豹海豹和逆戟鲸。小企鹅和企鹅蛋也会面对一些鸟类天敌，如海鸥和贼鸥，如果在草丛中建窝，这种威胁则会小很多。