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长途客运线.建议中的长途客运线主要是为了分流九广铁路及罗湖管制站的出入境人流。其直通车服务的终点站拟设于西九龙填海区近长沙湾一带（即今南昌站位置）。在落马洲支线管制站建成前，该线会接驳到罗湖站，而当口岸建成时，九广铁路亦会从上水站分出支线连接落马洲。
近郊客运线.建议中的近郊客运线将由荔景站开始，经海滨花园站、荃湾西站、荃景花园站（荃湾线亦会延长至此以便乘客转乘），经隧道往锦田站后，分为两条支线：其中一条经元朗东站、朗屏站，以天水围站为终点站；另一条则经