1585年），吉继与增田长盛共同率领2000兵跟随秀吉攻伐纪州（纪州征伐），并讨取了杉本荒法师。当时在发给称名寺寺领安堵状中署名为大谷纪之介。7月11日，秀吉叙任关白，吉继被叙任从五位下刑部少辅，此后被人称为「大谷刑部」。天正14年（1586年）在九州征伐中，吉继与石田三成一起担任兵站奉行，提供后勤支援立下功劳。天正17年（1589年），成为越前国敦贺郡2万石城主，开始修建城廓。天正18年（1590年），在小田原之役中担任从军，接下来的奥州仕置中，担任出羽国检地的任务，当时更与蛎崎庆广见面，请其臣服