外一个有时会被包含进来的新几内亚一般被归属于大洋洲美拉尼西亚群岛。马来群岛地理上是世界上最多活火山的地区之一。构造抬升产生了高山，最高者有沙巴的京那巴鲁山（海拔4,095.2米）；如果计入新几内亚，则是巴布亚的查亚峰（海拔4,884米）最高。群岛地处赤道之上，属于热带气候。
生物地理.华莱士以「马来群岛」一词作为其记录当地研究的重要着作的名称。他注意到似乎有一条隐形的界线将亚洲和澳洲的动植物分开。为纪念他的发现，科学界将划分这两区的界线称为华莱士线。冰河时期的分界线由婆罗洲和苏