7年出任上海市科协副主席；1998年，出任中国国家人类基因组南方研究中心主任，成为973计划首席科学家；2000年10月，出任中国科学院副院长。
从政经历.2007年6月29日，被第十届全国人大常委会第二十八次会议决定为中华人民共和国卫生部部长人选，接替高强；成为中华人民共和国继傅作义1974年卸任水利部部长后数十年，第二位非中共人士担任正职部长职务（第一位是致公党中央主席万钢担任科技部部长）。2012年9月，陈竺加入中国农工民主党；同年12月，接替桑国卫，成为新一届农工民主党