东日本站体位于上荻一丁目，东京地下铁站体位于荻洼五丁目。
停靠路线.此站有JR东日本中央本线及东京地下铁丸之内线停靠，是转乘站。JR东日本中央本线的运行系统分为急行线的中央线快速、缓行线的中央·总武线各站停车2个系统。依据特定都区市内制度，本站属于「东京都区内」。车站编号方面，中央线快速与中央、总武线各站停车分别为「JC 09」、「JB 04」。东京地下铁丸之内线以本站为终点站，车站编号为「M 01」。过去曾有东京都交通局停站，但在丸之内线开通后的1963年废止。