民国37年）12月，行政院任命秦德纯为山东省政府主席，兼青岛市长。当时中国人民解放军进军山东。1949年（民国38年）3月，秦才到青岛就职。就职仅8天，他就乘飞机到广州。5月14日，李宗仁发布总统明令；兼任青岛市市长秦德纯呈请辞职，秦德纯准免兼职，任命孙继丁代理青岛市市长。复任国防部次长。同年8月，他到台湾，后任总统府战略顾问。1963年（民国52年）9月7日，他在台北病逝。享年71嵗。