「落第」一词而成为《忍者乱太郎》，简称则由「忍者之蛋」改为「忍蛋」。1996年6月，《忍者乱太郎》电影版《映画 忍者乱太郎》公开上映。2002年4月（第10期）起，原有的改为电脑动画，画质改善了不少；同时，主题曲演唱者由原来的光GENJI改为Ya-Ya-yah。第17期主题曲由Hey! Say! JUMP演唱，第18期主题曲由NYC演唱。2003年4月（第11期）起，马饲野康二作曲的音乐和字幕动画也被革新了。2007年5月4日，NHK播出了用高解析度电视制作的《忍者乱太郎15週年特别版“ドクタケ温泉