阿里山区的林相丰富，从亚热带的阔叶林到寒带的针叶林都有。800公尺以下丘陵为热带林相，主要由相思树、构树构成。800～1,000公尺是以樟树、枫树、楠树和壳斗科植为为主的暖带林林相。1,800～3,000公尺左右的林相为温带林，红桧、台湾扁柏、台湾杉、铁杉及台湾果松称为阿里山五木在此大量生长，阿里山的千年桧木群是目前台湾最密集的巨木群。3,000～3,500公尺主要是台湾冷杉，呈现寒带林的林相。并设有阿里山台湾一叶兰自然保留区
动物.多样的林相造就了多种动物栖息的生态，在鸟类方面