领袖逃离，包括特隆伯爵，那些留下的人遭受到意料之外的严厉惩罚。新教徒被迫将天主教徒扣押的所有财产送给天主教会。除了天主教以外的任何宗教信仰都被禁止。上流社会不是迁走就是改宗天主教。德语获得与捷克语平等的权利。威斯特伐利亚和约签订后，斐迪南二世将宫廷迁往维也纳，布拉格开始逐步衰落，人口从战前的6万下降到2万。1621年6月21日，以神圣罗马帝国皇帝、罗马教皇、西班牙贵族诸侯为代表的“再造天主教运动”镇压了布拉格市民起义，并处决了起义领袖。1631年和1648年布拉格先后被撒克逊人和瑞典人占领，从此进入衰落时期