而，自2001年美国发生九一一袭击事件后，香港政府担心将政府总部建在铁路站之上，促使到恐怖份子有机可乘；加上地产商不时推波助澜，要求香港政府将土地拍卖作为商业用途，使该地段的发展一直未决定，直接影响本站及北港岛线的兴建工程。2006年，香港政府落实添马舰发展工程，而新的政府总部于2011年落成启用，惟当时北港岛线仍然未定下兴建时间表。2007年9月，地铁有限公司，一度因为新的政府总部设计没有配合添马站的发展，而向城市规划委员会反对有关设计，不过最后撤回反对。2013年2月21日，路政署展开《我们未来