皮锡瑞强调“说经宜先知汉今、古文家法”。光绪二十九年癸卯（1903年）受聘于湖南师范馆，讲授经学、伦理两门课程。因治尚书服膺伏生，故宗今文说，被誉为“研精汉儒经训之学，宏通详密，多所发明”。因参加南学会，宣传变法维新，由皮锡瑞主讲学术，黄遵宪主讲政教，谭嗣同主讲天文，邹代钧主讲舆地，戊戌政变后，被革去举人，交地方官管束，1901年，湖南巡抚俞廉三奏请开复其举人称号，仍严加看管。五十岁时自寿联一副：“阅世五十年，所欠一死；着书百万字，不值半文。”光绪三十四年（1908年），卒于家中。