被移送苏联内务人民委员会，阿玛尔被送到西伯利亚城市赤塔，然后转往莫斯科。在莫斯科，阿玛尔在刑讯之下完成了有关全部“其罪行”的自供。具有讽刺意味的是，在莫斯科待审的阿玛尔与鲁布桑沙拉布被关押在一处，而正是鲁布桑沙拉布逮捕了阿玛尔。阿玛尔遭到审判后不久，鲁布桑沙拉布便被逮捕，史达林在大清洗的尾声时，要求蒙古再度拉紧弓弦，要清除每一个反革命分子。
莫斯科审判.1941年7月10日，阿玛尔被一个苏联“特罗伊卡”审判并被判处死刑。在审判过程中，阿玛尔强调，如果蒙古人民共和国是一个真正的独立国