斯夏季联赛杰佛森感觉身体不适，经过电脑断层扫描后证实是手肘部份长了骨刺，2006年8月2日，他决定要动手术以移除骨刺。2006年11月8日，在球季开始前他去动了盲肠切割手术而延迟开季，而在11月23日回到球队。在2006年年底，由于队中主力中锋肯德里克·帕金斯以及替补中锋西奥·拉特里夫、迈克尔·奥洛沃坎迪等人同时受伤，杰弗逊被任为球队的先发中锋，结果一举爆发，在连续7场比赛中，平均每场拿下16.3分和11.1个篮板，确立了自己的主力地位。在2006年12月9日对上纽泽西篮网的比赛，他攻下29分及14个篮