进团马队哗变发生后，黎元洪欲严厉惩办，后经蔡济民劝说，千人获得保全。袁世凯电调蔡济民赴北京，但蔡济民一直留在湖北。1912年10月，北京政府授其陆军中将、勋二位，调赴北京，蔡济民坚辞不赴，在杭州养病。1913年二次革命失败后，蔡济民潜赴日本，加入中华革命党。1915年4月，孙中山任命蔡济民为湖北讨袁军司令长官。1916年，黎元洪继任大总统后，电邀蔡济民到北京，任命为总统府顾问，并补行授勋典礼。1917年，孙中山在广州建立护法军政府，任命蔡济民为鄂军总司令。牟鸿勋、苏成章在利川起兵后，遥奉蔡济民为总司令，