民国总统选举，主张台湾独立的民主进步党人、前台北市市长陈水扁以39.3%得票率当选中华民国总统，成功实现政党轮替，主张台独、成立仅13年的民进党首次取得执政权，使台独运动进入一个新的里程，虽然他曾公开宣布「四不一没有」，但他其后曾提出许多新的方案，包含一中一台，一边一国，四阶段论等主张法理台湾独立，并主张台湾前途应由台湾人民决定，中国大陆政府强烈反对。2007年民进党立委高志鹏于立法院质询时表示，孙中山、蒋中正生前都多次主张台湾独立，都是台独分子，并建议中国国民党应撤销孙文和蒋中正的党籍；国民党党史馆主