中央书记处书记曾庆红担任组长，全面领导港澳工作。自此以后，中央重新调整了港澳工作体制及工作重点，在经济方面推出了CEPA协议和开放内地居民港澳个人游等政策。同时，随着董建华出任全国政协副主席和曾荫权当选为香港行政长官，支持香港政务官出身的特首曾荫权及其执政班子依法治港。2007年10月中共十七大后，随着曾庆红退出中央政治局常委会和中央书记处，新当选的中央政治局常委习近平接任组长并接管港澳工作，显示中央对港澳工作的高度重视。2012年11月中共十八大后，新当选的中央政治局常委张德江接替升任中共中央总书记的