1959年起，国际关系学院重新划分了学院结构，缩短了就学时长，紧缩了外交业务课。1960年，为进一步明确办学目的，外交部将国际关系学院改为专业干部学校。1961年10月5日，国务院全体会议第113次会议批准外交学院恢复原校名，任命时任副总理、外交部长陈毅兼任外交学院院长，陈辛仁为外交学院副院长。1965年，学院原外事干部学校部分再次分出，建立现今的国际关系学院。这一时期频繁的教学调整，与中华人民共和国外交政策的变化不无关系。
“文化大革命”时期（1966-1970年）.1966