，希望能确保杰佛逊胜利。尽管麦迪逊出力不少，联邦党人约翰·亚当斯以微弱优势胜出，在选票上击败杰佛逊。麦迪逊没有寻求连任，于1797年离开国会，回到蒙彼利埃。虽然不在任，麦迪逊依然是出众的民主共和党领袖，反对亚当斯政府。1798年，美国和法国爆发非正式冲突，在加勒比海上海军和商船打成一团。联邦党人建立常备军，通过《客籍法和镇压叛乱法》，针对参与美国政治的法国难民和共和党编辑。作为回应，麦迪逊和杰佛逊秘密撰写《肯塔基及弗吉尼亚决议案》，认为对方法案违宪，称：“州在争辩恶法时，应‘反对邪恶蔓延。’”因唿吁州政