定，汉密尔顿的陆军职位也于1800年6月15日结束。在解散陆军过程中，遭到了效忠于汉密尔顿的蒂莫西·皮克林国务卿和詹姆斯·麦克亨利战争部长的抵制，于是亚当斯在1800年5月解除了他们的职务。经过陆军的组建与撤销，汉密尔顿与亚当斯关系愈加疏远，并导致联邦党最终解散。而亚当斯也在1800总统大选中败给了杰斐逊。
决斗身亡.1804年美国总统选举前夕，汉密尔顿反对伯尔参选，伯尔向他下战书，要与之决斗；在决斗中，汉密尔顿受到了重创，于次日身亡。
汉密尔顿的精神遗产