::亲缘支序学.线虫及跟其他关系较为接近的原口动物的亲缘关系尚未解决。传统上，线虫动物被认为有其自己独特的血统，但到了1990年代，有意见认为线虫动物应与其他诸如节肢动物的被提出与蜕皮动物合组成为蜕皮动物总门（Ecdysozoa）。过往一直认为与线虫动物最接近的生物谁属这个问题已有很好很好的解决了。形态特征和分子系统发育学的结果都认为寄生性的线形动物门（例如：马毛虫）跟圆虫是姊妹分类单元，而这两个分类单元共同组成了Nematoida。连同，线虫动物与牠们共同组成了环神经动物类（Cycloneura