至8月5日，马来西亚与菲律宾在马尼拉举行的一次首脑会议上，与印度尼西亚一起短暂成立。一个月后该组织宣布解散，部分原因是印尼与马来西亚的对抗政策，但菲律宾与马来西亚在许多领域上持续紧密合作。1963年9月16日，马来亚和新加坡、砂拉越与英属北婆罗洲（今沙巴）组成新的联邦国家——马来西亚联邦。菲律宾在隔日因反对北婆罗洲并入马来西亚领土宣布断绝外交关系。自9月24日起，因未能就菲律宾对北婆罗洲的要求达成令人满意的解决，菲律宾政府下达关闭菲律宾驻吉隆坡大使馆的命令。在接下来的八个月中（即1963年9月至1964