2006年马亚西亚大奖赛（2006 Malaysian Grand Prix）是2006年世界一级方程式锦标赛的第二站，于2006年3月18日－19日（UTC）在马来西亚雪邦国际赛道举行。由于大卫·库特哈德、费利佩·马萨、迈克尔·舒马赫、鲁本斯·巴里切罗、拉尔夫·舒马赫更换了发动机，因此他们在正式比赛中起跑顺序被迫向后推移了十位。