弘光帝登基，史可法任兵部尚书、武英殿大学士，督师江北，节制四镇。弘光元年，镇守扬州，江南重镇三天就失守，史可法下落不明。明朝遗老计六奇编写的《明季南略》记载史可法缒城出逃。全祖望《梅花岭记》则说史可法尸骨不知去向，故相传史可法未死，还提到清朝一方的将领洪承畴也对被俘明将询问史可法是否活着，可见清朝官方也不清楚史可法之生死。康熙年间，清政府出于安稳江南民心的需要，在扬州建立史可法祠，并在官方史书中敲定了史可法在扬州殉难的说法。现江苏省扬州市设有史可法纪念馆及其衣冠冢，其冢于文革中被发掘，只有玉带一条而已。