纪以太尉承制，授他南梁州刺史、北巴西太守；萧纪自成都举兵东下，何之元和蜀中民众抗表请求不要举兵，但萧纪认为他聚众闹事而囚禁于船舰中。萧纪兵败，他跟随邵陵太守刘恭到郡，很快江陵失陷、刘恭去世，王琳征召他担任记室参军；梁敬帝册封王琳为司空，何之元除授司空府谘议参军，领任记室。王琳立萧庄为帝，任用何之元为中书侍郎，适逢齐文宣帝驾崩，令他前往拜祭，到寿春时王琳败亡，齐主就以为他就任扬州别驾，管理寿春。陈军北伐取得淮南，湘州刺史始兴王陈叔陵遣派功曹史柳咸送信征召他。何之元最初和陈朝有嫌隙，收到书信后大为惶恐，但看