致病原的屏障，影响消毒的效果。而悬浮物质也可以保护致病原不受的影响。像湖泊、河流或是水库等水体，高浊度也会减少光线照射进水体的深度，可能会抑制深水中的水生植物，也影响鱼类或贝类等以其为食物的动物，高浊度也会影响鱼鳃吸收水中氧气的能力。像美国东部的切萨皮克湾就有观察到这类的情形。不过在许多红树林地区的生态，反而需要水体有高浊度，才能保护小鱼免于其掠食者的攻击，正所谓“水至清则无鱼”。像澳洲东岸的红树林（特别是摩顿湾），若要维持正常的生态系健康，其海水的浊度会高达600NTU。