政大国际关系研究中心担任研究员。
民进党政策委员会执行长.2012年苏贞昌出任民进党主席之后，吴钊燮获邀出任民进党政策委员会执行长，同年底兼任民主进步党的驻美代表。2012年10月30日，吴钊燮承认，过去民进党对于转型正义处理方式，常常只把转型正义当成选举工具，让支持者丧失信心，所以现在必须分门别类去处理、纠正过去的错误。
民进党秘书长.2014年蔡英文回任民进党主席之后，同年5月28日，吴钊燮获邀担任民主进步党秘书长，仍兼任民主进步党的驻美代表。