团参加2016年8月5日至8月21日在巴西里约热内卢举行的第三十一届奥林匹克运动会。这是该国在后苏联时代第6次派代表参加奥运。吉尔吉斯斯坦在这届奥运未获得任何奖牌，该国举重选手Izzat Artykov原本获得一枚铜牌，但后来由于他的尿液样本被查出番木鳖碱呈阳性，其铜牌被剥夺。另外，该国有两名摔跤运动员虽闯入铜牌赛，但两人都负于各自对手，无缘奖牌。
田径.吉尔吉斯斯坦在田径项目上获得以下资格（每个小项最多3名来自同一代表团的运动员参赛）：
拳击.吉尔吉