拘留所可容纳192人，是警视厅管辖之警察署中最大型的拘留所，并设有六间隔离拘留人的「拘留保护室」。湾岸署设有少见的女子专用拘留所，2009年（平成21年）酒井法子在此拘留期间，媒体曾多次报导。湾岸警察署是独栋建筑，屋顶上设有监看船舶航行、可眺望东京港全体的玻璃帷幕监视台。厅舍正面外墙有显示警视厅吉祥物「ピーポくん」与蓝色文字「Tokyo Wangan」的LED灯。是第一座外墙有吉祥物装饰的警视厅警察局。旧东京水上署厅舍在东京湾岸署开署后改为「东京湾岸警察署别馆」，继续由水上安全课使用。Secti