1916年5月，段祺瑞组阁，以他为外交总长。9月17日抵达北京就任，9月25日遭到督军圑的通电反对，于是于9月29日辞职。1917年8月，唐绍仪南下参加护法运动，9月17日孙中山就任军政府的大元帅，并任命他为的财政部长，但他始终未就任。1918年5月，军政府改为总裁制，唐绍仪被国会推为七总裁之一。1919年南北和谈，唐任南方护法军政府代表。之后，军政府发生内讧，于1920年随孙中山离开广州赴上海，并通电反对桂系军阀，桂系军阀被驱出广州后，在11月随孙中山、伍廷芳回广州，重建军政府，并被任命为财政部长。192