对两岸政见.2009年6月4日，林瑞麟率团访问台湾，他也是1997年香港回归后首名以官式身分到访台湾的局长，主要是与台湾商讨台港合作的安排。林瑞麟此次官式访台，陆委会则派出官员接机。他在欢迎晚宴上致辞发表与中共一贯对台主张无分别的措辞，林瑞麟说台湾与中国统一后发展空间会更宽更，一国两制可解决香港、澳门的问题，是国策。又称若台湾愿意从一个国家这个原则开始，问题总是可以解决的。
递补机制争议.2011年5月，特区政府宣佈为防止类似「五区公投」重演，由林瑞麟负责推销草案，提出《2011