二次妖书案兴起，辱骂首辅沈一贯，署名「四川道御史乔应甲书」。应甲被万历帝拿问，应甲回复：如果是自己写的，何必签名陷害自己？万历认为有道理，将他释放。沈一贯想乘机斗争东林党吏部侍郎郭正域，遭到应甲反对，沈一贯怒将其调为淮扬巡按。在淮扬巡按间，发觉漕运总督李三才贪财，加以揭露，得罪东林党人。万历三十八年（1610年）调浙江道御史。次年，东林党争，东林党人在京察想要斗争应甲，应甲获得吏部萧宣化救援，脱身。后丁忧两次，家居十余年，万历四十三年（1615年）朝廷召以太常寺少卿，应甲不就。家居期间，出家财协助地方农