争爆发后，清华与北大、南开南迁长沙，组建国立长沙临时大学。1938年再迁昆明，易名国立西南联合大学。1946年迁回清华园复校，拥有文、法、理、工、农等5个学院。1949年中华人民共和国成立后，国立清华大学归属中央人民政府教育部，更名“清华大学”；而原国立清华大学校长梅贻琦于1955年在台湾新竹复校，仍沿用原名。1952年，中国高校进行院系调整，清华大学文、法、理、农、航天等院系外迁，吸纳外校工科，转为多科性工业大学，在土木、水利、计算机、核能等领域贡献卓越，被誉为“工程师的摇篮”。1978年后，逐步恢复