和《妖怪学讲义》中深入考察了不同的妖怪，对实际存在的妖怪为“真怪”、而由误认和恐惧而产生的妖怪为“假怪”、进行分类、将假怪作爲迷信的产物而予以排斥。由于这样的研究，井上被誉名为“鬼博士”、“妖怪博士”。自他以后、针对妖怪的有体系的研究，则要等到江马务和柳田国男的出场之后了。
游戏.约1890年，他设计一种介于象棋类游戏与英国跳棋的两人棋类，称为哲学飞将碁。