与威尼斯共和国及罗马教皇西克斯图斯四世开战，称为费拉拉战争，当时城内饥馑，情势严峻。战争以《巴尼奥洛条约》的签署而告终，埃尔科莱被迫割让波河平原，以换取费拉拉的独立。埃尔科莱将此视为耻辱，努力重建城邦，很快就恢复生产，繁荣经济。1494年，初期的意大利战争（）爆发，埃尔科莱保持中立，以期改善与教皇国的关系。在埃尔科莱的撮合下，其子阿方索·埃斯特一世与罗马教皇亚历山大六世之女鲁克蕾齐亚·波吉亚成婚，此举带来显着的领土增长。在埃尔科莱统治下，费拉拉成为欧洲最发达的城市之一，号称「欧洲第一个真正新式的城市