始进行大规模的神社扩建工程，由秋元泰朝担任造营奉行，甲良宗广负责设计施工，狩野探幽负责绘画。工程历时一年五个月，直到宽永十三年（1636年）才完成了大规模的神社扩建工程。动用木工170万人，杂役280万人。耗资56万8千两，银100贯，米1000石。直到正保二年（1645年），后光明天皇下诏敕封宫号「东照宫」，才改为现名。庆安二年（1649年），日光连山其中之一的白根山喷发，造成神社与祭殿火灾与损失。1868年时爆发戊辰战争，旧幕府军将东照宫作为据点闭门不出，不过新政府军指挥官板垣退助最后成功説服双方一起将