在2015年变更高铁特区第三次通盘检讨计画，对十三甲伯公庙处理改为「因应土地整体利用，应于专二开发时由高铁主管机关及开发单位选适当区位予以迁移」，引起树党竹北市民代表许育纶忧心迁移后会造成老树死亡。台湾护树团体联盟披露讯息后，获得新竹县议员、立委参选人林为洲支持，促成县府「原地保留」决议。都委会第一次专案小组后，维持「予以原地保留」。虽庙的週围被变更成停车场，但高铁局规定应保留租赁标内的庙身及树木的完整，且须维持进出畅通。同年底标租，委託五都停车公司承作平面停车场。建立停车场后，当地居民抱怨祭拜时需付费