城市。为了应对迫在眉睫的威胁，特务机关NERV总司令、3年没有见面的父亲碇源堂命令真嗣驾驶一种名为Evangelion（简称：EVA）的巨大人型兵器，而当真嗣发现他自己被叫来的理由原来只是作一个工具时，对父亲的强烈不满使他一度拒绝驾驶。于是碇源堂转而叫绫波零驾驶；不过，当真嗣看到这个同龄少女身受重伤却仍欲出击的状况之后，真嗣终于下了决定、乘上EVA。作为EVA适格者、EVA驾驶员，真嗣被称为第三适格者、驾驶含有他母亲灵魂的EVA初号机。战斗结束后，真嗣在第3新东京市展开了新生活，不过父亲还是和他分开住；这时