缩编为空军上海基地（副军级）。2003年10月，空军上海基地改编为空军上海指挥所。2011年12月，撤销空军上海指挥所，成立空军上海基地。2016年，在深化国防和军队改革中，空军上海基地原上级单位南京军区空军撤销，空军上海基地转隶新组建的中国人民解放军东部战区空军。2017年4月18日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平在北京八一大楼接见新调整组建的84个军级单位主官，并对各单位发布训令；中共中央政治局委员、中央军委副主席许其亮宣读习近平主席签发的中央军委关于调整组建军兵种部队和省军区系统