马卡罗尼西亚的岛屿在过去都是火山，被认为是地质学热点的产物。
气候及自然.葡萄牙的亚速尔群岛和马德拉群岛气候较为冷凉，属于地中海气候，其降水量比加那利群岛和维德角多。加那利群岛和维德角的岛屿属亚热带及干燥气候。这些岛屿生物相独特，生息着诸多特有种动物和植物。马卡罗尼西亚均从未和大陆相连，岛上的生物均是跨海而来。岛上还有樟科的珍稀植物，这些植物在冰河期之前就开始在岛上生存了。然而随着人类带来的许多外来生物的入侵，岛上许多特有生物如今都已灭绝。