尔号加入并担任临时成立的第二分舰队的旗舰。该部队由第三总队（埃吉尔号、奥丁号、哈根号）、第四总队（伏里施乔夫号、贝奥武夫号、海姆达尔号）、第二侦察集群（、、D3号）以及第二鱼雷艇区舰队所共同组成，受海军少将指挥。12月，埃吉尔号又与奥丁号一起展开了前往哥本哈根的训练巡航。从1899年4月底至5月31日，由于战列舰奥尔登堡号突发故障，此时已被归类为岸防铁甲舰的埃吉尔号被临时编入第一分舰队。它还跟随该部队参加了前往英格兰和葡萄牙的巡航，以及为庆祝英国女王维多利亚80岁寿辰而举行的阅舰式。6月，埃吉尔号在卡特