轮航线专营权并以牌照形式重新公开竞投，港九小轮大举投资使致急速发展业务。然而，面对乘客量锐减及地铁等交通工具之竞争，港九小轮先后放弃经营中环至荃湾／青衣及中环至南丫岛北角村之航线。现时港九小轮经营持牌渡轮航线3条，包括：
中环↔坪洲.本线来往中环六号码头至坪洲码头。设有高速船，航程约25-40分钟。航线于开办时是由油麻地小轮营办。1999年4月1日，油麻地小轮被政府收回部分专营权后，改由新渡轮接办，后来于2008年7月1日起交由港九小轮接办至今。
坪洲↔