十四票选出孙中山为护国军政府大元帅；之后选出云南督军滇系唐继尧、两广巡阅使桂系陆荣廷为元帅；另外，以伍廷芳为外交总长，唐绍仪为财政总长（但未上任），程璧光为海军总长，胡汉民为交通总长。孙中山于9月10日宣督就职，任李烈钧为参谋总长，李福林为亲军总司令，许崇智为参军长，陈炯明为第一军总司令，护法军政府成立。宣佈段祺瑞等为叛逆，誓师北伐。在孙中山的号召下，护法战争正式开始。1917年底，陆荣廷、唐继尧、莫荣新等联同唐绍仪召开「中华民国护法各省联合会」。1918年1月，西南军阀于军政府之外正式另组一权力中心「