派遣技师长长谷川考察巡视，决定于原台湾府城内大北门附近的右营埔设立铁道停车场 ，并于12月动工。因设站于原台湾府城内，完好的城廓必须因应铁道铺设而贯通，1900年5月开始申请台南城壁贯通认可 ，并配合铁道的开发申请今北门路的道路开通许可。1900年6月总督府同意铁道贯通台南城壁之铺设 ，成为台南因城市发展而拆除城墙的首例。
第一代车站.第一代台南驿（台南停车场）为木造建筑，于明治33年（1900年）5月15日落成，明治38年（1905年）小幅增建。启用当时，仅开通台南＝打狗（高雄港