成大合併之前，长崎县原有79市町村（8市70町1村）。经过平成大合併之后，自2010年3月31日开始，长崎全县市町村数量已减少至21市町（13市8町）。长崎县北部地区有松浦市、平户市、佐世保市、西海市四市，北松浦郡的佐佐町，东彼杵郡的东彼杵町、川棚町、波佐见町。县央地区有谏早市、大村市两市。岛原地区有岛原市、云仙市、南岛原市三市。长崎地区有长崎市和西彼杵郡（时津町、长与町）一市一郡。离岛地区中，壹岐和对马是一岛一市（壹岐市和对马市），五岛列岛则分为五岛市、南松浦郡的新上五岛町、北松浦郡的小值贺町、最北端的属