将新都厅设立在新宿副都心，同年10月举办「新都厅舍大楼设计比赛」，隔年（1986年）4月丹下健三（结构设计为武藤清）的设计方案被选中。东京都厅舍于1988年4月起造，1990年12月完工。隔年（1991年）4月1日从丸之内的旧办公楼迁移，并开始作为东京都厅的用途。东京都厅舍由第一本厅舍、第二本厅舍、都议会议事堂等3栋建筑构成，在1993年时被高296米的横滨地标大厦打破。东京都厅舍第一本厅舍近年来已成为东京的观光胜地之一，到45楼的展望室参观的访客络绎不绝。东京都厅舍的原址为1965年停止运作的，位