办汉口版后，他主持沪版编务。1937年12月14日，沪版抵制日本占领军新闻检查，宣布停刊，王芸生撰写《不投降论》和《暂别上海读者》两篇社评，表示大公报人“一不投降，二不受辱”。1938年1月任汉口版编辑主任。1938年12月重庆版创刊后，因总编张季鸾体弱多病，常离馆修养，编务实际由其主持。在汉口、重庆期间多次谢绝国民政府予以的高官厚薪。1941年张季鸾去世，王芸生继任《大公报》总编，同时担任社评委员会主任，事业达到最巅峰。其后所写《维护修明政治案》、《看重庆，念中原！》、《晁错与马谡》等文，引起