4年间，担任台湾中华民国总统府国策顾问（无给职）。2000年到2002年间，以国策顾问兼总统府科技谘询委员会基础科学组召集人。
政治参与.2000年台湾总统大选期间，他在3月中应李远哲邀请，参加李远哲任首席顾问的助选团体国政顾问团，公开支持当时的民主进步党候选人陈水扁。2004年5月14日，他与柏杨、许文彬（起草人）、林明德、杜文正、柴松林、陈钖淇、杨思勤、蔡仲伯、葛敦华、戴胜通10人共同连署1份《国是建言书》。