始汗的支持下，推翻了信奉噶玛噶举派的藏巴汗，十世噶玛巴曲英嘉措逃往云南，噶玛新寺被摧毁，噶玛厦被没收。此后，噶玛厦改由色拉寺昧院管理，变成了色拉寺的护法神殿，选派了一位神巫在噶玛厦降神，这就是第一位噶玛厦神巫（吹仲）。据说当年大昭寺发生大火，乃琼寺乃琼护法念经作法无果，最终噶玛厦赞康举办法事活动才熄灭了大火，由此坊间有了噶玛厦赞康是“西藏消防大队”的谈资。文化大革命之后，1990年色拉寺修复了该寺并重新开放。
建筑.噶玛厦赞康是座很小的寺庙，且与民居混杂。院子内除了有煨桑炉