5年落成，并于同年9月作为高中部正式启用。2014年，萝岗区政府将校区周围13.9万平方米的山林地无偿提供给二中使用，该地作为学生综合实践基地，已于2017年8月基本建成并投入使用。科学城校区占地约300亩，是广州市最大的示范性高中。其建于苏轼被贬至惠州途中曾结庐读书的苏元山上，西面和北面均连接山林保护区，校内有溪水汇聚成湖，因而有“山水学府”之称。校园由1983届校友、广东省重工设计院李德昆主持设计，其设计构想来源于《》中的“鲲鹏万里”，校园整体以“一个教学核心区、三条校园轴线、教学/生活/运动三区”