20世纪90年代后，巴布亚新几内亚与西新几内亚之间的直航恢复。在此之前巴布亚新几内亚的旅客前往西新几内亚只能搭乘飞机先到雅加达，再飞回新几内亚岛；或者搭乘飞机到瓦尼莫再乘客车抵达查亚普拉。20世纪80年代末到90年代初，加鲁达印尼航空运营的雅加达到洛杉矶的国际航线中途经停本省比亚克岛的弗兰斯凯西波国际机场（本航线还经停巴厘岛和檀香山），弗兰斯凯西波国际机场被用作加油中转站。1993年时该航班每周有4班，使用机型有的波音747-200M和麦克唐纳-道格拉斯DC-10-30。巴布亚省省内机场众多，主要有