分子建模（英语：Molecular modelling）或称分子模拟，是指利用理论方法与计算技术，模拟出化学分子的外观或性质，属于计算化学与计算生物学领域的研究对象。并且是化学与生物学上，如结构生物学等学门所应用的研究方法。