后採取新式「新奥工法」（The New Austrian Tunneling method，NATM，新奥地利隧道工法），以旁边岩石本身的压力与重量，让附近挖空的隧道相抵消，使佳山基地即使位处地质松软不稳的花莲，也能承受7级强震。为保护佳山基地，中华民国国军于花莲、寿丰及崇德一带建立导弹基地，并有完整的指挥管制、通信及情报系统、与弹药库、油料库及小型医院等战备设施。除主体工程外，并有条长约2500公尺的跑道从附近的花莲空军基地直通山洞机库。执行任务的战机一接到出击命令，重达8吨的铁门便会在60秒内打开，