临时旅客列车，即使在2004年经受全面检查后仍然牵引许多临时列车，甚至在2006年还完成了十多趟列车的牵引任务。平成以后由于御召列车的运行次数大大减少，而且一号编组御召列车亦逐渐老化，61号机车在平成时期仅仅执行了三次御召列车的牵引任务。2007年，E655系动力分散式电力动车组正式成为新一代的御召列车，取代了以往由61号机车牵引的一号编组列车。2008年，该机车的车体底架出现金属疲劳裂纹后，已经不可能再用于牵引列车，但仍然保持着可单机走行的状态。同年秋季，考虑到这些情况后，东日本旅客铁道决定正式让61号机