该河是未经改造的溪流，在深圳河的上游，2007年被划为「具特殊科学价值地点」。河溪全长2公里，当地的低地河涧淡水生境仍然健全，有非常多种低地鱼类群落，亦有很多稀有品种，有记录的淡水鱼共16种，其中14种是原生的初级淡水鱼，佔全港40%，其中更有较罕见的南方波鱼、纹唇鱼和大剌鳅等。莲麻坑铅矿山上有一个荒废矿洞，矿场下段通道为蝙蝠提供了不受干扰的歇息地，成为香港最重要的蝙蝠集居地，有大量长翼蝠、南长翼蝠等蝙蝠品种居住。矿场内的通道和邻近地区在1994年被列为具特殊科学价值地点（SSSI）。然而，莲麻坑生