在肯塔基州积极活动，争取该州对邦联的支持。1861年，他在拉塞尔维尔主持主权会议，最终组建了肯塔基州邦联政府。与会代表选出伯内特前往弗吉尼亚州里士满，确保南方邦联接纳肯塔基州加入。伯内特还在霍普金斯组建出一个效忠南方的团，并短暂在美利坚联盟国陆军服役。希克曼县克林顿以西约3公里处的邦联募兵站伯内特营就是以他命名。在其他许多国会议员眼中，伯内特的行径无异于叛国，他于1861年被驱逐出众议院。是美国历史上仅有的5位遭驱逐的联邦众议员之一。此后伯内特进入邦联临时国会任职，担任邦联参议员。战争结束后，他遭叛国罪