民党政府以护法运动为号召多度策反北京政府的海军改帜，更加剧海军内部的分裂状态。停滞期间因中华民国参与第一次世界大战成为胜利国，使得当时海军获得第一批战利舰，但因中国陷入南北内战，1918年后世界各国决定对中国实施军武禁运，海军建军进入死寂状态。直到国民革命军北伐完成，1928年解除禁运，十年建设期间海军才有较大规模的建舰计划。1927年中华民国海军部撤销，改立海军署后，北洋政府统辖的舰队有：中华民国海军第一舰队司令沈鸿烈1927年合併中华民国海军第二舰队，将两个舰队与江防舰队合组为东北海军联合舰队。