都承天府于安平镇以为京畿，主事官为承天府府尹，并以新港溪（今盐水溪）为界，北路为天兴县（县治在今台南市佳里区）、南路为万年县（县治在今台南市仁德区）。郑经继位后，保留承天府，改二县为二州，即天兴州与万年州；增设澎湖安抚司、北路安抚司以及南路安抚司安抚台湾原住民族，形成「一府二州三司」平行的体系。在承天府管辖地带又设有「四坊」，东安坊、西定坊、宁南坊及镇北坊。日本的德川幕府是明郑台湾的重要贸易伙伴，台湾大量进口日本的银、铜等金属与盔甲，以武装军队，双方贸易交流于1665至1672年达到高峰，郑经并允许日本