丽水正式学成出道并继承其事业。皇民化运动开始推行后，潘联科的庙宇画作受政策影响而减少。终战后，潘联科暂居于安平，且仍少有创作。
战后时期.1947年，潘联科为开基三官庙及八吉境五帝庙完成壁画数幅。1952年，潘联科为善化庆安宫完成壁画。1958年，潘联科在关庙山西宫及六甲妈祖庙完成门神彩绘。1950年后，潘联科持续创作完成许多山水画，并受聘为台南市美术展览会国画部评审委员，同时担任台南市国画研究会顾问。1960年后，潘联科因其身体健康因素未再从事庙宇绘画，但仍持续创