脱氧核醣核酸上的酸性糖磷酸骨架之间可形成离子键，使两者发生非专一性交互作用，也使复合物中的硷基序列相互分离。在硷性氨基酸残基上所发生的化学修饰有甲基化、磷酸化与乙醯化等，这些化学作用可使脱氧核醣核酸与组织蛋白之间的作用强度发生变化，进而使脱氧核醣核酸与转录因子接触的难易度改变，影响转录作用的速率。其他位于染色体内的非专一性脱氧核醣核酸结合蛋白，还包括一种能优先与脱氧核醣核酸结合，并使其扭曲的高移动性群蛋白。这类蛋白质可以改变核小体的排列方式，产生更复杂的染色质结构。脱氧核醣核酸结合蛋白中有一种专门与单股