汉莎城际航空在柏林的模拟器中心新增了Avro RJ85和CRJ的模拟器。该模拟器中心亦可供其它航空公司的飞行员进行培训。1998年10月28日，在汉莎城际航空成立40周年之际，公司购入了其第50架喷气式飞机。在同一年，汉莎城际航空的新办公大楼在科隆/波恩机场落成，使其所有部门都集中于此。
2000年代.2000年3月，汉莎城际航空接收了其首架新型的CRJ200型支线客机；至11月4日，机队的CRJ飞机数量达到40架；2001年7月，又有70座的CRJ900型飞机首次投入汉莎城际