，因特别预算无法在立法院通过，加上与建筑师签约时程延宕，细部设计还需一年，使主体建筑延至2007年才能正式动工，至此确定无法达成2008年开馆目标。2006年4月，甫上任的故宫院长林曼丽表示，故宫南院开馆时间将由2008年延至2010年。之后行政院公共工程委员会审议认定澳洲联盛公司取得工程管理顾问资格的「新建工程委託专案管理服务」採购案违反採购法，必须重新招标，使故宫南院的新建工程设计持续拖延，联盛公司也在隔年向故宫提告索赔近新台币8,500万元。到了2006年10月，嘉义县议会接获消息指出泛蓝立委洪秀