皇位继承权再一次被否定，并意味二条天皇将会不久君临天下。雅仁亲王于久寿二年（1155年）七月二十四日践祚，是为后白河天皇。另一方面，崇德上皇和左大臣藤原赖长之间亲近，与鸟羽法皇和藤原通宪支持的后白河天皇对抗。
保元之乱.保元元年（1156年），鸟羽法皇死后，立即发生保元之乱。后白河天皇以武家平清盛、源义朝等击败崇德上皇突袭的军队，崇德上皇被流放到赞岐，支持他的武家源为义等被斩首。乱后后白河天皇尽力强化政权，推行保元新制和庄园整理等。保元三年（1158年）八月十一日后白河