九起义成功后，刘祖武历任云南陆军讲武学校校长，滇南驻军司令。1915年12月21日，袁世凯封唐继尧等9人为一等侯，封张子贞等19人为二等男。12月24日，云南陆军第一师师长张子贞、第二师师长刘祖武发出《反对袁世凯帝制自为电》，通电反袁。12月25日，蔡锷、唐继尧、李烈钧暨军政全体发出通电，宣布云南独立，兴兵讨袁。1915年12月29日，张子贞获北京政府加将军衔，暂代督理云南军务，此外，北京政府还任命刘祖武为云南巡按使，想借此分化滇军，但此时已投身护国的张子贞、刘祖武断然拒绝了北京政府的任命。刘祖武出任云