章程》中“万一中国遇有战事，该铁路悉听中国调度”的规定，任命原北宁铁路管理局局长沈昌为少将司令，负责滇越铁路的军运工作。为切断中国获取外援的通道，日军于1940年初攻占广西南部的龙州，并从龙州出动空军轰炸滇越铁路。1940年6月起，越南成为纳粹德国傀儡政权维希法国的殖民地，日军亦在1940年9月入侵法属印度支那，完全切断了滇越铁路这条运输线，国民政府因而炸毁了中越边境的河口铁路大桥，以阻止日军经越南入侵云南。日军占领越南期间，铁路是日军运输物资和调动军队的重要工具，这亦导致越南铁路不断受到盟军空袭和越盟