起初担任羽林郎跟随魏道武帝拓跋珪南征到长江，魏文成帝即位后，拓跋目辰以功劳屡次升任侍中、尚书左仆射，封南平公。乙浑谋划作乱时，拓跋目辰与哥哥拓跋郁商议要杀死乙浑，事情泄露后拓跋郁被乙浑诛杀，拓跋目辰逃跑隐藏得以免死。天安元年（466年），刘宋发生内乱，魏献文帝拓跋弘派遣使持节征东大将军安定王拓跋休、侍中尚书左仆射安西大将军拓跋目辰和散骑常侍殿中尚书平北将军山阳公吕罗汉率领陇右五万人马沿着汉江向东征讨刘宋，直指襄阳，与其他各路军队定于同时汇合于秣陵。皇兴四年（470年），柔然受罗部真可汗予成入侵北魏边境，魏献