物性的方式如溶菌酶，或两种方式合併使用去破坏细胞膜，使得重组蛋白悬浮于缓冲溶液中。此时要将重组蛋白从许许多多细菌的蛋白质中分离出来并不容易，但若重组蛋白带有组氨酸标签，则利用亲和性层析即可有效的进行纯化。 市面上常见的组氨酸标签亲和性层析法，是利用琼脂糖(Agarose)为胶体的基底(resin beads)，在琼脂糖上修饰螯合剂亚氨基二乙酸(iminodiacetic acid, IDA)或氨三乙酸(nitrilotriacetic acid, NTA)，此时胶体即可螯合二价或三价的金属离子，例如镍离