他依然于1792年被选入法国国民公会。由于吉伦特派视其为盟友，山岳党人，尤其是罗伯斯庇尔则将其视为敌人。1793年12月，潘恩被逮捕并投入监狱，1794年被释放。由于主张自然神论，在1793—1794年间他创作了《理性时代》一文，文中反对基督教教条，主张理性和自由思考；此文一出就被美国人所不齿，强大的反对之声使得潘恩变得恶名昭着。拿破仑上台后，潘恩依然没有离去，但他却谴责拿破仑的独裁，称其为“前所未有的江湖骗子”。1802年在杰弗逊总统的邀请下，潘恩返回美国。1809年6月8日，潘恩在纽约格林尼治村