登辉赴日演讲，李登辉勉励他「多多考虑，用一点心研究台湾经济史」。也因其开办东京大学中国同学会、并筹组读书会，被中华民国驻日本大使馆认定为左倾、没收其中华民国护照，而无法返台。后来直至1969年，去国13年后，方始第一次回台访问。1963年，时任中国国民党中央委员会副秘书长徐庆钟和总统府资政丘念台先后赴日安抚留日学生，其间曾游说戴国煇回台服务，但为戴以其志在研究而婉拒。1971年，戴国煇因不满当时的台湾以研究台湾史为禁忌，而日本又以研究「明日之星」的中国大陆为尚，故在日创办「东宁会」着手研究台湾史，并开研究