加封丰后日出三万石。之后除了第2代藩主木下俊治迫于父亲遗言，在1664年（寛文4年）分出五千石给一向交恶的弟弟木下延由成立立石藩，使日出藩所领降为两万五千石。往后再无被移封或减封，因此木下家整整支配了日出藩16代，直到明治时代后，末代藩主木下俊愿于版籍奉还后仍担任藩知事，但他对百姓课以重税，引起一揆，在废藩置县后被去职。
轶闻.日本电视节目TBS曾访问木下家第十九代当家 木下崇俊 先生，木下先生透露每一代木下家长子都会被告知在正史中被记载切腹与遭斩首的丰臣秀赖与丰臣国松父子没