下游1公里即闽粤省界。下游14千米处建有青溪水库。2009年，棉花滩水库被列为全国水库水土保持项目实施的10座试点水库之一。2010年7月3日，位于库区上游上杭县的紫金山金铜矿湿法厂（紫金矿业）水池发生渗漏，约9,100立方米含有铜酸性的污水进入汀江及棉花滩水库库区，据初步统计，仅棉花滩库区死鱼和鱼中毒约达378万斤。