居昆明期间，冯先后出版《新理学》（1939年）、《新事论》（1940年）、《新事训》（1940年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》（1946年），合称“贞元六书”，继续推崇儒家道统，发展巩固其儒学思想，也切合当时国民党新生活运动。任教西南联大期间，冯与国民党高层往来密切。1942年起数次前往重庆为国民党干部授课。1943年以西南联大党部名义，致函蒋介石望其“收拾人心”，蒋阅信“为之动容，为之泪下”。1945年中国国民党第六次全国代表大会上冯被选为主席团成员。召开前夕，列入朱家