（官署区）和「南甲」（港埠区）两个聚落形成。妈宫东甲因与官方政府关系密切，很早便有奉祀玄天上帝、此具备军事色彩的神祇当作聚落的信仰中心（东甲北极殿）。南甲最初的领域则含括妈宫西半部，如火烧坪、澳仔底以及测天岛（小案山）等地，一同集结成神明会的组织；然后在同治三年（1864年）海灵殿落成，确立南甲为一独立祭祀圈或生活圈的态势俨然成形；由于海灵殿起建全由民间出资，也成为民间势力崛起的表征。「北甲」聚落的形成时间稍晚，大约于清领末期才有祭祀「朱府王爷」的神明会组织，直到日治时期的明治三十二年（1899年）才正