年马可仕出任参议院议长，由于未获得自由党提名参选总统，马可仕便改代表国民党于1965年参选总统，以建立新社会运动为号召，击败寻求连任的马嘉柏皋而当选。
总统任内.马可仕在总统任内加强与美国关系，并推行反共主义。他发誓要重整军队与警察、改善农村基础建设，并执行土地改革计画，但他几十个浩大的计划吞噬了数十亿美元，许多还只是停留在草图上。在1966年10月在针对越南战争问题，他在菲律宾共和国马尼拉市主持了东南亚条约组织，以支持美军为由派菲律宾军队进入南越，同时他与美国的同盟变得更加紧密。