上野和沼田城让给后北条氏，并单由德川补偿其损失的领地，剩余的三分之一和名胡桃城由于是真田氏先祖的墓地，因此继续由真田氏管治。可是，后北条氏家臣猪俣邦宪却无视秀吉的命令，攻佔了名胡桃城，触发了小田原征伐。最终，秀吉成功消灭后北条氏，并且将其原本北条氏领有的关东转交给家康管治，臣服于家康的一众信浓大名亦被转封，只有昌幸仍然支配着原本的领地小县郡，虽然沼田亦重归真田氏管治，但是由于上野曾经是德川的领地，因此昌幸父子成为家康的部下，才得已重新掌管沼田。
分道扬镳.庆长3年（1598年），秀