台北市内湖区原陆军工兵学校校地作为新院区。新建工程于1990年动工，1999年完工，并搬迁至内湖院区。汀洲院区保留门诊和急诊，病房转型为护理之家及唿吸照护病房（RCW）。原汀州院区的闲置土地，成为台北市替代役中心、国立台湾大学水源校区。2000年代国军精实案政策下，2004年收併国军基隆医院为三军总医院附设基隆民众诊疗服务处，一般民众称为「基隆三总」或「三总基隆分院」；2005年收併国军徐州路门诊中心为三军总医院台北门诊中心；2006年收併国军澎湖医院为三军总医院澎湖分院，一般民众称为「澎湖三总」。2013