离作为基因组中操纵子数量的主要预测工具。这个分隔只会改变读架及确保读数的效能。在操纵子开始及结束的地方有较长的延伸，一般可以是40-50硷基对。若考虑分子的机能类，操纵子的预测则更准确。细菌会团集牠的读架成单元，隐藏在蛋白质复合物、共同途径、或分享的底物及运载物中。因此，若有着所有这些资料及数据，预测会更准确，但这实际上是一项艰深的工作。