行学分制、导师制、弹性学制，入学只分文理科而不分专业。2002年起，北京大学在本科招生时实施大类招生模式。至2004年，除外国语、医学类专业之外，其它专业都实现了按学院或学科大类招生，学生入校完成1至2年的基础课学习后可在本院系内选择专业分流。中文系、化学学院等院系还推行了本科生导师制。自1989年起，北大开始试行辅修、双学位制度，至今大多数院系已开设有辅修或双学位课程，全校有30%的学生攻读辅修和双学位。北大还开展跨学科培养项目，如文、史、哲、考古、外语五院系开展的古典语文学班、元培学院开设的古生物学专业