。1999年，中国载人航天工程立项7年之后，神舟一号飞船在该中心的飞行控制下在太空飞行。此后，该中心执行了历次无人飞行、载人飞行、探月飞行任务。2005年，该中心更名为“北京航天飞行控制中心”。2005年10月12日，党和国家领导人胡锦涛、贾庆林、曾庆红、吴官正等人来到北京航天飞行控制中心，观看神舟六号载人飞船发射实况。2005年10月15日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛来到北京航天飞行控制中心，同正在太空飞行的神舟六号载人飞船上的航天员费俊龙、聂海胜实时通话。2008年9月27日，中共