和定名的物种有待人们发现。（详见虾虎鱼科分类表）
系统发生学.虾虎鱼系各科演化关系如下：
内部分类.重新定义成单系群后，本科类群如下：
共生现象.一些虾虎鱼种类与掘穴的虾类共生。虾负责打理两者共同居住的洞穴。小虾的视力不及虾虎鱼，但如果它看见或感觉到虾虎突然游回洞穴，它便能跟着缩回。虾虎鱼和小虾总是保持着联系, 虾通过其触角触碰虾虎, 当有危险时，虾虎轻拍尾鳍以示警告。这类虾虎因此有时又叫'看门虾虎'。代表属有丝虾虎鱼属