战国时期、汉、晋、唐、宋、元、明、清直到中华民国，介绍了中医药学的发展脉络，以及同仁堂的发展历史。文物中最着名的是铸于明朝正统年之后的针灸铜人，这是同仁堂乐氏家族的祖传物，比同仁堂的历史还长200余年，是目前世界上仅存的两尊针灸铜人之一，另一尊铜人现藏俄罗斯圣彼得堡艾尔米塔什博物馆。同仁堂博物馆开馆后，不对公众开放，仅接受团体预约参观。