中发现，蛋白酶体抑制剂对于哮喘也有一定的治疗作用。蛋白酶体的标记和抑制作用也被用于在实验室中针对细胞中蛋白酶体活性所进行的“体外”（"in vitro"）和“体内”（"in vivo"）研究。实验室中最常用的抑制剂为，一种由链霉菌合成的天然产物。带有荧光基团的抑制剂也已经被开发应用于特异性标记组装好的蛋白酶体上的活性位点。