，晋惠帝司马衷重新设立秘书监一职，负责管辖独立机构「秘书寺」，秘书丞仍作为其副官，底下亦有佐郎八人。着作省的职权为掌三阁的图书文籍的管理和国史整理校订等。元康年间，将原本五品的秘书监提拔至三品，并且让其同时掌握「着作省」。
南北朝.此官与秘书监二官，在两晋南北朝时期为清高显要的官职，出任者多为士族高门等大族子弟，在东晋南朝则多为侨姓高门，当时称为「天下清官」，亦称作「第一官」。梁武帝曾说道：「祕书丞天下清官，东南冑绪未有为之者，今以相处，卿定有名称也。」