因此调为司徒左长史，后转吴兴太守。永昌元年（322年），王敦起兵，支持王敦的沈充亦于三吴起事响应，孔愉弃郡逃还建康，拜御史中丞，后转侍中及太常。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，苏峻率军攻进建康，孔愉身穿朝服守衞皇室宗庙。苏峻之乱平定后，孔愉转任吏部尚书，咸和五年（330年）二月，孔愉转为尚书右仆射，领东海王师。后转左仆射。咸和八年（333年），成帝下诏褒赐时为尚书令的陆玩及左仆射的孔愉，孔愉推辞不被允许，于是再次上表，表中称国家当前还有很问题，自陈自己没能「赞扬大化，纠明刑政」，故不能接受这些宠