al."发现本科和睡莲科的基因最接近，且有胚胎学证据支持，因此是一种比较基底的被子植物， 所以将其从单子叶植物中剔除。1981年的克朗奎斯特分类法将其单独分为一个独蕊草目，列在鸭跖草亚纲下，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法将其合并到禾本目中，2003年经过修订的APG II 分类法延续这种分类，但随着2007年的最新发现，APG网站把本科移入睡莲目。不过 Saarela "et al."认为本科应该和睡莲目并列。2009年APG III分类法正式把它列入睡莲目。Section:::