尚未就任时，当时的国安局长就曾到殷琪的公司向陈水扁递交国安简报。陈水扁上台后，殷琪被聘为国策顾问。在野联盟2000年底发动罢免案时，殷琪出面组织工商界领袖，联合在媒体上刊登广告，以“安定”的诉求反对罢免。2004年11月，陈水扁在高铁有8个案件正遭监察院调查时，推荐殷琪出任下届监察委员，在野党认为这是“强盗变官兵”。笃信藏传佛教的殷琪推动达赖在2009年访台，达赖基金会表示称殷琪并非主导只是单纯帮忙。 。马英九520就职南下高雄国宴，向高铁申请专车遭到婉拒，八八水灾，慈济也向高铁申请承租专列，但都未获批