停职引发抗议，山田文雄教授也递交辞职信。之后大河内一男和安井琢磨撤回递交的辞职信，留在东京大学，引发河合荣治郎对二人的不满，因此木村成为其最信赖学生。之后河合荣治郎和日本军部就言论压制进行法律斗争，木村作为河合荣治郎的特别辩护律师进行法庭辩护。先后担任上智大学，千叶商科大学，上智大学商经学部，1943年担任旧制第一高等学校教授。1946年1月担任东京大学经济学部助教授，1949年5月升任教授。1949年6月至1961年担任新制东京大学教养学部。1959年7月凭借论文《厚生経済学序説》获得东京大学博士学位。。