务人员接管北平医院。接管后的首任院长是黄树则。接管北平医院的20人大部分来自朱壕医院。1949年9月，中国人民政治协商会议第一届全体会议决定定都北平，并将北平市更名为北京市。1949年10月1日中华人民共和国成立，北平医院更名为北京医院，1950年2月毛泽东为北京医院题写院名。1949年10月14日，第一批苏联专家来院协助并指导工作，至1959年撤走时陆续共有28位苏联专家在该院工作。1953年4月，北京医院由军委卫生部领导改为中央人民政府卫生部（1954年改为中华人民共和国卫生部）领导，并因此长期使用