生不推荐怀孕时使用巯嘌呤，因为研究证实使用巯嘌呤（或类似的硫唑嘌呤）的孕妇的胎儿异常率与流产率分别是正常人的7倍和20倍。 但不同于有同样效果的甲氨蝶呤，巯嘌呤并不是一种有效的堕胎药；1999年的一项研究中所有使用它堕胎的孕妇身上在两周之后都观察到了胎儿心脏活动，因而不得不进行吸引流产。
致癌性.巯嘌呤在动物和人类身上能够引起染色体变化，且有研究显示高剂量巯嘌呤与其它细胞毒药物合用会增加患上白血病的风险。 不过科学家认为，对于巯嘌呤本身，尽管不能排除致癌性的可能，这种可能性总体来说