需要蛋白质其他部分的参与；很多结构域都有自己独特的生物学功能。很多结构域并不是一个基因或基因家族对应蛋白质的独特结构单元，而往往是许多类蛋白质的共同结构单元。因为它们所属的蛋白质的生物学功能中占据显着地位，蛋白质结构域通常被命名和被挑选出来; 例如，“钙调蛋白的钙结合结构域”。或者以几类最初发现此结构域的蛋白名称衍生而来，例如（最初发现于PSD95、DlgA和ZO-1这三个蛋白质）。由于结构域自身可以稳定存在，因此可以将不同来源的结构域通过基因工程人为地结合在一起，形成。
结构模体和