CoV）、刺猬冠状病毒和伏翼蝠冠状病毒HKU5（HKU5）的关系较为接近。此病毒与中东唿吸症候群冠状病毒皆使用二肽基肽酶-4（DPP4）为感染细胞的受体，不过前者已适应人类细胞的DPP4而得以对其造成感染，后者则否。2018年的研究显示中国广东、广西的扁颅蝠属蝙蝠样本中发现了许多与HKU4高度相关的病毒，且HKU4在野外可能有与和MERS-CoV相关的病毒发生的情形。