伦任命为相国参军。多次升迁后官拜侍中、中护军。永嘉五年（311年），汉国军队攻陷洛阳并掳走晋怀帝，荀崧与百官出奔密县。路上荀崧母亲逝世，而追兵将至，荀崧被官员们抛下，最终荀崧遇袭还受了重伤。荀崧及后于密山安葬母亲，并为她守丧。守丧完结后，在荥阳行台的荀藩承制以荀崧监江北军事、南中郎将、后将军、假节、襄城太守。当时皇陵都被盗，荀崧便派主簿石览领兵到洛阳修葺皇陵，后以功勋进封舞阳县公。及后迁任都督荆州江北诸军事、平南将军，镇守宛，改封为曲陵公。建兴三年（315年），作乱的杜曾围攻宛，荀崧见自己兵少而且食