都，再次来到近江国的坂本，居住于常在寺。1550年5月，足利义晴在常在寺死去。此后迁往坚田，翌年移驾朽木。天文21年（1552年）正月，足利义藤以任命细川氏纲为管领为条件，同三好长庆达成和解，回到京都。但义藤这个幕府将军有名无实，是三好长庆和其家臣松永久秀的傀儡。翌年（1553年），在细川晴元的支持下同长庆作战，失败逃往近江国朽木村；此后5年的时间里都在那里度过。1554年2月12日，逃亡中的义藤将自己的名字改为义辉。永禄元年（1558年）5月，在六角义贤（即六角承祯，定赖之子）的支援下，同细川晴元