加上秀次并不是亲生的儿子，让秀吉起了杀意，派石田三成等人将关白及丰臣政权家督之位收回，命丰臣秀次离开丰臣家前往高野山，不久丰臣秀次于高野山被杀害，家族也被诛族。宁宁为此十分痛心，与家臣石田三成的关系也因丰臣秀次事件而疏远。虽然秀吉妻妾成群且非常宠爱浅井长政长女淀殿，但是依然没因此动摇宁宁的地位；秀吉非常明白宁宁是贤慧的良妻，众妻室当中只有她能稳定后方，所以秀吉也不吝给予宁宁应得的地位与权力，也留下了成为北政所的宁宁与关白秀吉在诸大名面前用大家都听不懂的尾张方言吵架的逸话，足见宁宁超然地位与秀吉对她的尊重