使用率一直偏低，未能完全分担红隧及东隧的负担。而事实上，九龙方面的连接路例如中九龙干线延迟落成，也使到使用率偏低。2001年西隧平均每日行车量只有39,700架次，远低于其设计容量的180,000架次。为防止西区海底隧道湾仔方向挤塞情况不断加剧，中西区区议会于2005年8月建议在西营盘、上环及中环等地架设电脑警告牌，提示驾驶者改用干诺道中前往湾仔区，以减少挤塞。2008年，招商局国际有限公司把持有的13%西隧股份，转售给港通控股有限公司。港通控股有限公司成为西隧公司的最大单一股东，持有50%西隧公司