降解通路中的蛋白质相互作用来降解被标记需要进行降解的mRNA分子（包含了错误信息的mRNA）。另外，mRNA的正常更新过程也需要外切体参与的降解过程。多个蛋白质可以通过结合到与外切体复合物结合的mRNA的3'端AU富含元素上来使mRNA稳定或不稳定。在细胞核中，外切体对于多种小核RNA分子的正确处理是必不可少的。核仁是外切体复合物的主要聚集区域。在核仁中，外切体参与了对5.8S核糖体RNA（外切体的第一个被发现的功能）和数种小核RNA的处理。虽然大多数的细胞都含有其他可以降解RNA的酶，可以从无论是3'