R 3面6线、京成 3面2线、东京都交通局 1面2线）。本站月台除京成下行线月台及日暮里、舍人线月台是高架月台外，均是地面月台。其中JR与京成的月台是连续编号，以东边的京成站区起算（京成电铁：0 - 2号线，JR东日本：3 - 12号线）。本站为跨站式站房。检票口分为北口与南口两处，北口又分「东口」与「西口」两个出入口。在日暮里-舍人线开通时，JR、京成也同步进行车站改良工程，三公司站区可透过大厅连通。其中京成是由国土交通省铁路车站综合改善事业的日暮里站整备株式会社为事业主体进行大规模车站改建，改建