珠山发电厂投入营运后，原南竿发电厂则改为备用发电厂，降低发电量并持续运转。然而，珠山发电厂投入商转一年之间，却经常发生不预警的停电状况，其中有4次更造成南、北竿两岛完全停电，并且更有部分的停电时间长达198分钟，严重影响南北竿的民生及国防用电，导致监察院向台电公司提出纠正案。由于珠山发电厂所安装的发电机组皆为柴油发电机，使得发电成本高昂，经济回收年限是负的，每发一度电，台电公司就需要亏损新台币10元。2014年10月，原独立行政的珠山发电厂业务移归协和发电厂来办理，因应业务增加，因此协和发电厂也