不比等的玄孙藤原冬嗣及其儿孙藤原良房、藤原基经三代人的经营下逐渐成形。也有从藤原鎌足受赐藤原姓氏开始算起。藤原氏在平安时代有庞大政经实力，获得不少封爵；为了提升自己地位，藤氏长者自身也频繁以自己女儿和皇族通婚。藤氏长者有为家族地位及利益发声的义务。藤原赖通、藤原教通和皇室对抗即是最有名的例子之一；藤原氏势力一度庞大到足以使皇权旁落。
没落.在保元之乱后，藤原氏的势力明显衰弱；不过藤原氏分支五摄家的成员依然轮流继承藤氏长者的身分；期间除了丰臣秀吉之外，关白的职位依然由藤原氏把持。