以在特定环境中找到，它们可以用作找出每种古代海洋沉积物所沉积的环境。
气候及环境的生物指示剂.基于对于生物地层学有价值的同样原因，活有孔虫门生物的集合物亦被利用作为海岸地区的生物指示剂（bioindicators），包括指示出珊瑚礁的健康程度。因为碳酸钙易于溶在酸性环境的影响，有孔虫门生物可能特别受到气候转变及海洋酸化（ocean acidification）的影响。