兵抓住了窦抗，掌握幽州兵权。动员幽州兵三万，讨伐杨谅。杨谅派大将军刘建经略河北。李子雄率幽州兵在抱犊山下会战刘建，将他击败。李子雄升任幽州总管，召还任民部尚书。不久改任右武候大将军，治军严整，隋炀帝评价他是诸葛亮式的人才，后因事连坐免官。大业九年（613年），隋炀帝二征高句丽，他在来护儿属下从东莱出海。杨玄感在黎阳造反，炀帝怀疑李子雄会响应杨玄感，将李子雄囚禁。李子雄杀死使者逃亡，归附杨玄感。在杨玄感败势的时候，向杨玄感建议西向关中。杨玄感失败后，李子雄也被处死。