政权的旧幕府吏僚和御内人中也有和尊氏一同讨伐北条时行的，所以演变成时行和御内人举兵，结果反而同从前的御内人作战的局面。从此再兴镰仓幕府变得完全没有可能，同时支持室町幕府和镰仓府的吏僚阶级也已经开始形成。时行逃出镰仓以后辗转潜伏于各地，南北朝分裂以后，吉野的南朝免去了时行的朝敌身份。时行因而从属于南朝，在新田氏、北畠显家麾下与足利方作战。据说1352年（正平7年/文和元年）被足利方俘虏，第二年在镰仓处斩。然而、洞院公贤的日记园太历和今川了俊的难太平记都记载时行最后逃脱并下落不明。