时代成立后，也都是交由谱代大名负责。明治维新后，1869年新政府为了与区分，改名为龟冈藩，1871年实施废藩置县后改设为龟冈县，但在同年又旋即併入京都府。1889年实施町村制，现在的龟冈市范围在当时分属南桑田郡、、、、、、、、、、、、、、、、及船井郡共18个行政区划；1955年除了篠村及东本梅村以外的16个行政区划合併为龟冈市，隔年东本梅村併入，四年后篠村也被併入，形成现在的龟冈市范围。1919年新兴宗教大本教买下了龟山城作为宣教的根据地，此后由于势力急速的成长曾遭到日本政府的镇压（第二次）；但