。民进党也批评国民党是「外来政权」，长期打压本土人士。国亲联盟则反过来批评民进党的两岸政策会为台湾带来灾难。在两岸直航的问题上，民进党持保留态度，而国亲则趋于赞同，认为有助经济发展。10月中旬，时任总统陈水扁在接受美国《华盛顿邮报》记者专访时称，国亲接受中国的「暗助」。国亲对此强烈否认，并控告时任总统陈水扁，不过因时任总统陈水扁享有司法豁免权而未获受理。在统独的问题上，国亲旗帜也并非十分鲜明，始终不愿公开、明确地支持统一併以此为选举的主要政见之一。不过连战2003年10月在美国的一个智库会议上发表讲话时