本也在巴拉圭建立了公使馆，并于1961年升格为大使馆。第二批日侨移民开始到巴拉圭南部伊塔普阿省的皮拉波和拉帕斯，以及上巴拉那省的。自1954年史托斯纳尔发动政变以来，巴拉圭一直与日本保持着非常友好的关系，史托斯纳尔总统在任期间，每年十二月都会前往拉科尔梅纳视察工作。史托斯纳尔对于日本明治维新、战后经济的复苏拥有兴趣，因此史托斯纳尔在1972年访问了日本。日本是巴最大援助国。在巴有日侨约7000人。1989年巴拉圭政府决定无限期延长1959年两国签署的移民协定的有效期，据协定，巴拉圭可以接纳8万5千余