艘航空母舰中的两艘「翔鹤」与「瑞鹤」航空母舰无法参战，使南云舰队减损33%的空中兵力，但日军仍按照既定计画，于1942年5月28日发动中途岛作战计画。由于日方的密码被美军破译成功，美军在日军进攻中途岛前就已作好准备，除了强化中途岛本身的防御力量外，尼米兹也要求刚由珊瑚海海战回到珍珠港的「企业号」以及「大黄蜂号」航空母舰由斯普鲁恩斯少将领军，驶往中途岛东北海域埋伏，同时也令在珊瑚海海战中受重伤，当时在珍珠港大修中的「约克镇号」航空母舰执行紧急修理，于3日后组成另一支特混编队，由法兰克·杰克·弗莱彻少将领军