京，两次任教育部次长，并曾经一度代理教育部部务。其间，他曾经掩护了李大钊。1923年，他加入中国国民党，任中国国民党北京特别党部宣传部长。1925年五卅惨案发生后，他在北京联合各界人士成立了“五卅惨案后援会”。1926年，三一八惨案发生后，马叙伦因痛斥段祺瑞而遭到通缉，被迫逃回浙江杭州。回到杭州后，他策动浙江省省长夏超响应北伐，反对孙传芳，遭到孙传芳通缉。1927年1月5日，蔡元培与马叙伦乘船抵达宁波。此前，蒋介石任命他为浙江省政治分会委员，主席张静江。3月24日，蔡元培在张静江邀请下，离开杭州去往上海