由上述提到连结子的弹性构像，使其在组装好的BCKDC上之E、E和E次单元的活性区位间自由摆动。（参照图2）因此就功能及结构方面来说，E部分在BCKDC催化的整个反应扮演着重要的角色。每个子单元的作用如下
E次单元.E採用硫胺素焦磷酸（TPP）作为催化的辅助因子。 E催化α-酮酸的脱羧反应和后来的硫辛醯结构部分，以共价结合于E次单元的还原反应（另一催化辅因子）。
E次单元.E催化醯基(acyl group)从硫辛醯部分转至的辅酶A（化学计量的辅因子，st