日本学问僧道元认为，《楞严经》内容与其他大乘经典不一致，向天童如净请问，天童如净认为《楞严经》及《圆觉经》的来源自古可疑。朱熹认为除了第七品建立道场及楞严咒之外，其余部份是房融假造。明朝道衍禅师（姚广孝）则反驳朱熹的见解没有根据。至明朝末年时，有人询问莲池祩宏大师有关楞严经是否是房融伪造，而莲池大师则肯定楞严经是真，显示了直到明朝，对此经怀疑的声浪并未停止。《楞严经》传入西藏时，同样引起藏传佛教界的争议。布敦（14世纪间）虽然将它收入大藏经目录之中，同时也记载了西藏的鲁梅（十世纪间）曾怀疑此经非是佛说。