下第1团团长杨桂堂继任旅长。此后，鹿钟麟历任军械官、砲兵营长等职。1917年（民国6年）7月张勋挟天子以令诸侯，拥立前清皇帝溥仪，实行复辟，第16混成旅的鹿钟麟、邱斌、张之江、李鸣钟等要求旅长杨桂堂出兵讨伐张勋，杨桂堂反而到北京拜谒张勋。鹿钟麟等遂推举薛笃弼迎请冯玉祥回该旅。冯玉祥到廊坊后率该旅全体官兵通电讨伐张勋。1918年（民国7年）8月，冯玉祥任湘西镇守使，驻湖南省常德。鹿钟麟任砲兵团团长、教导大队大队长。当时鹿钟麟负责训练士兵，这对此后冯玉祥军的精锐化起了很大作用，培养出了张自忠等优秀军人。