际贸易局也在东京设立「驻日本代表处经济组」，以及在大坂设立「驻大坂办事处经济组」。2014年，根据日本农林水产省的统计，中华民国是日本农林水产食品第3大出口市场，与往年相同，仅次于香港、美国，高于中华人民共和国、韩国、泰国、越南、新加坡、澳大利亚、加拿大。日本外销的香菸有5分之2皆销往台湾，且有逐年增加的趋势，显示台湾消费者对于的喜好。另根据行政院农业委员会的统计，日本是台湾农林水产食品第2大出口市场，仅次于中华人民共和国，高于香港。2019年，日本是中华民国第3大贸易伙伴、第2大进口伙伴、第4大出