（508年10月27日）宣武帝强召元勰入宫，让元珍带毒酒赐令元勰自杀，元勰抗辩自己无罪，坚决不肯自杀，被元珍部下杀死，虚岁三十六，朝廷追赠使持节、侍中、假黄钺、都督中外诸军事、太师、领司徒公，谥号武宣。其子元子攸即帝位，追尊元勰为文穆帝，庙号肃祖。魏节闵帝时，元勰的神主牌被移出太庙，文穆帝的谥号和肃祖的庙号被废除。
作品.《魏书》本传：“敦尚文史，物务之暇，披览不辍”。撰自古帝王贤达至于魏世子孙三十卷，名曰《要略》。其书《隋书·经籍志》已不见着录，《蝇赋》亦已佚。〈问松林〉