九瀛大定，唯此一隅”，决心将对高句丽的征伐作为中国统一战争的最后部分，642年，渊盖苏文杀死高句丽荣留王高建武后立高宝藏为王并自封为“莫离支”摄政。为讨渊盖苏文和保护唐的盟友新罗，唐太宗认为有必要对高句丽开战。648年，唐太宗再派薛万彻率军从海上攻打鸭绿江口。随后，唐开始集结陆海部队准备在649年再一次大规模攻高句丽。《旧唐书》记载，唐太宗直至649年去世前一直都在经营海军以大举攻伐高句丽。
第二次战争（660年－662年）.649年7月10日，唐太宗去世后，唐高宗李治暂停了征伐