为了新教徒运动的中心城市之一，1572年，圣巴多罗买大屠杀波及昂热，当地的新教徒和天主教徒之间产生了巨大的矛盾，其中新教徒在镇压下伤亡惨重，被杀的新教徒的尸体被扔进曼恩河，最终在当地市政官员蒙索罗伯爵的制止下，战乱才得以平息。1598年，法兰西国王亨利四世来到昂热，于天主教徒商讨宗教方案，起草《南特敕令》。从3月6日至4月2日，昂热是法国事实上的首都，亨利四世通过各种方式使这座城市的天主教徒满意，例如修建了方济各会修道院（）。1619年，路易十三将他的母亲玛丽·德·美第奇安置在昂热市中心的巴罗府邸，