现在，山中栖息的动物有鼬、野猪、貉、亚洲黑熊、日本猕猴、日本赤狐，以及花雀、桑鸤、绿雉、旋木雀、煤山雀、佛法僧等鸟类。东南山麓的长野县木曾郡木曾町的「三岳佛法僧繁殖地」已被指定为国家天然纪念物。开田高原是的饲育地，已被列为长野县天然纪念物。鳞翅目夜蛾科的御岳夜蛾（"Apamea ontakensis" Sugi）是仅生活在御岳山高山地带的高山蛾。而只栖息在本州山岳地带的鳞翅目尺蛾科内城尺蛾（"Dysstroma truncata fusconebulosa" Inoue）已确认在岐阜县内仅栖息在御岳山