入明石内科研究室研究，4月母亲逝世。其间因气候不适与研究压力等因素，曾罹患坐骨神经痛、胃出血等症状；后于1940年完成研究工作，以《脾脏燐脂质之研究》、《关于胆汁之分泌作用及其成份》等论文取得医学博士学位。取得学位之后，韩石泉返回台南行医，但在第二次世界大战末期，韩内科医院毁于1945年3月1日的台南大空袭之中，其长女韩淑英亦不幸罹难。
战后.二次大战后，韩石泉被聘为自治指导员，协助国府接收工作，后来更担任中国国民党台南市党部指导员。1946年4月15日他当选为台湾省参议会第1