温铁路列车全部同时接入金华西站停靠。此举导致金华南站的客运功能渐渐丧失，客流越来越少，于2013年7月1日停办对外客运业务。为新金温铁路开通做准备，金华南站开始了改造工程。2015年5月，金华南站老站房开始拆除，同时车站于2015年10月由浙江金温铁道开发有限公司移交至上海铁路局金华车务段管理。金华南站新站房于2015年12月26日随金丽温高铁开通而启用，但此时1、2站台，新货场和站前广场并未投入使用，每日仅有两对高速列车停靠。2016年1月10日金丽温高铁全图运行后，每日停靠9.5对列车，均为动车组列