月起，杨基铨转任台湾总督府事务官，历任农务课系长。昭和十八年（1943年）12月奉命转任回台北州，出任台北州产业部商工课长、工矿课长。当时为高等官六等、正七位。在商工课长时期结婚。1944年3月，杨基铨与台南出生刘秀华结婚，刘秀华为刘瑞山五女。并由林茂生担任证婚人；刘秀华来自台南，为虔诚基督徒，毕业于台南州立第一高女及日本女子大学，并曾在东京参加矢内原忠雄所开设的圣经班。1945年8月，杨基铨负责代表台湾总督府接待前往办理接收事务的国民政府官员。此后，他先后出任台北市政府秘书、台湾省行政长官公署财政