表北卡罗来纳州参加了一次避免美国内战的会议。但随着会议失败和北卡罗来纳州州内的分裂，莫尔黑德曾在邦联国会任职，但对于这一任职确切情况，史学家仍有争议。
去世及后事.1866年，莫尔黑德在弗吉尼亚州的罗克布里奇泉去世。死后葬于格林斯伯勒的的。他的孙子曾于1930年至1933年出任美国驻瑞典大使，后将1.3亿美元遗赠给北卡罗来纳大学，委托建造该大学的天文馆，并资助成立约翰·莫特利·莫瑞德基金会（）。他的外孙女因在第一次世界大战后的救灾工作而获得法国和塞尔维亚政府的嘉奖，后来她返回北