科索沃解放军必须解除武装，停止军事行动。南联盟则从科索沃撤军，允许阿尔巴尼亚人回乡重建家园，并接受联合国维和部队的监督（北约可在联合国旗帜下参与），于是科索沃战争宣告终止。1999年6月，北约结束空袭之后，以北约为主的联合国维和部队进入科索沃，和科索沃解放军合作恢复科索沃的秩序。北约决定和科索沃解放军合作使得塞尔维亚人认为北约站在分离主义者的一侧。科索沃解放军在战争中也对塞尔维亚民众犯下诸多暴行。在科索沃的统治权交给北约时，有约30万人的科索沃居民（主要是塞尔维亚人）离开或被驱逐出科索沃。由于众多塞尔维