禄丰盆地的北端庙山坡上，庙山坡由昆阳群地层构成，基底是一套厚度很大的变质灰岩和泥页岩。古猿发现之初，联合发掘队初步将化石定为早上新世，1979年祁国琴改订为早上新世晚期或中上新世早期。禄丰古猿的发现地也发现有大量欧亚大陆中新世地层常见的伴生动物化石，其堆积期大致相当于中国华北的保德期或欧洲的。伴生动物化石发现有四种，根据与印度次大陆竹鼠化石的时代对比，确定禄丰古猿化石层位的时代为距今800万年或稍晚的晚中新世最晚期。1991年，云南地质科学研究所梁其中等学者应用磁性地层极性对比的方法对云南古猿的化石进行