军委批准成立中国人民解放军总直属队第二军事法院、总直属队第二军事检察院。1998年10月，根据中央军委文件的规定，全军各级军事法院、军事检察院的编制体制、员额作了调整，全军设三级军事法院、军事检察院：（1）中国人民解放军军事法院、军事检察院；（2）军区、海军、空军、总直属队军事法院、军事检察院；（3）基层军事法院、军事检察院。2004年7月，全军各级军事法院、军事检察院的编制体制、员额再作调整，撤销了部分基层军事法院、军事检察院。2014年3月，设立第二炮兵军事法院，行使大单位军事法院职权，接受第二炮兵政治