差大臣林则徐与两广总督邓廷桢到澳门巡视时，于清道光十九年七月廿六日（即1839年9月3日）在莲峰庙内的天后殿前的亭台接见澳葡理事官，申明严禁鸦片，下令驱逐鸦片贩子。接见官员的亭台至今还在，庙前的林则徐像和林则徐纪念馆乃为记念。莲峰庙旁，保存了刻有葡萄牙盾徽的石块（又称「亚婆石」），以纪念1849年8月22日澳门总督亚马留总督在此地被刺杀。庙内藏有的云水僧释童真大师的二字挂匾「妙观」和一幅展示历史和神话的立面浮雕等珍藏，都增添了莲峰庙在历史和艺术上的价值。