被迫辞去国民党主席职务，党主席由副主席连战接任党主席，后于2001年3月24日国民党主席首度由党员直选中以97%的得票率高票当选。连战接任党主席之后，面对支持者的期待，除了改革国民党外（党员重新登记与党主席直选等），就是在下一次总统选举时击败来自民主进步党的强劲对手陈水扁。然而在2004年中华民国总统选举，泛蓝（国民党与亲民党）合作的连战宋楚瑜搭档再败于民进党的陈水扁。对于连败两届总统选举的连战与宋楚瑜来说，世代交替的唿声越来越高，泛蓝支持者也将夺回执政权的希望交给了下一届的国民党主席。2004年中