业后考入中国社会科学院研究生院攻读经济学硕士和在职经济学博士，先后师从经济学家戴园晨和刘国光。1984年6月，硕士尚未毕业的何家成，参加了在中国经济发展史上具有重要意义的莫干山会议，并和华生等人提出放调结合的双轨制；同年9月，何家成又参加了同样重要的巴山轮会议，由此开启了其高层智囊之路。1985年，他和华生等人合作的《微观经济基础的重新构造》获得中国经济学最高奖——孙冶方经济科学奖。1986年获“国家级有突出贡献中青年学者”称号、破格晋升为副研究员。1986至1987年，何家成在中共中央办公厅调研室工作一年