因为许多引起小肠炎的病原体可以表现出相似的症状，尤其是在疾病早期，特别是曲状桿菌、志贺氏菌、沙门氏菌、和许多其他细菌，会诱发急性自限性结肠炎，这是结肠壁的发炎，显微镜下看起来很相似。利用病史、理学检查、检验如全血细胞计数、粪便培养、电脑断层扫描、核磁共振成像、聚合酶连锁反应、结肠镜检查、上消化道内视镜检查可以进行鑑别诊断。可能需要活体组织切片以取得组织病理学样本。
治疗.轻症病患通常不需要治疗，几天后就会恢复健康。如果症状持续存在或恶化，则可能需要针对根本病因进行特定治疗。