肠道菌落的平衡。本疗法可透过灌肠、胃喉或口服胶囊施行。有相当数量的研究证实粪便移植有助治疗受艰难梭菌感染的病人。此类病人的严重程度可以由腹泻到伪膜性结肠炎不等。随着艰难梭菌感染肆虐北美洲和欧洲，医学界日益关注粪便移植疗法。有些专家更唿吁把本疗法当作治疗艰难梭菌感染的一线疗法。2013年一项随机对照临床研究发现，粪便移植对治疗复发性艰难梭菌感染的病人功效极佳，而且比单纯採用万古霉素治疗更具疗效。目前的研究着眼于利用粪便移植治疗其他消化道疾病，例如结肠炎、便秘、肠易激综合症，以及神经系统疾病如多发性硬化症和帕金