科索沃战争，这是服役十年后的首次出战。此前从未出战理由有三：B-2在科索沃战争中引发的争议事件就是中国驻南联盟大使馆轰炸事件。
飞行事故.2008年2月23日，一架编号89-0127（命名为堪萨斯幽灵号）在美军关岛安德森空军基地起飞时坠毁，机上两名飞行员平安获救。调查显示B-2轰炸机在起飞前，24个感测器之中的三个感测器因水气受损，测得错误的大气资讯，导致飞控电脑错误计算起飞所需的飞行速度和上升角度。尽管机上两名飞行员试图修改错误资讯，但并不成功，飞机随即冲向地面爆炸起火。