（1945年5月1日第5集团军番号撤销改为此机构）人员于1945年10月30日由重庆经停武汉傍晚飞抵北平，一起到“东来顺”吃“涮羊肉”，在北平住了一晚，第二天早上到天津，乘专用列车作为东北保安长官部的指挥车。在秦皇岛成立司令部，副司令梁华盛中将，参谋长赵家骧中将。11月16日出关，占领锦州。1946年8月22日东北行营改称国民政府主席东北行辕。1947年1月1日，内部机构改设主任办公室，第一、二、三、四、总务、经理、军法、新闻等八处。1947年4月，蒋介石采纳杜聿明的指控，撤销孙立人新一军军长职。