产生了反感，强迫她离开王室。经过很长的商谈，她被允许返回她丈夫的国家。但是她受到冷淡的接待。为了度过难关，她在她的封地阿让发动了一场政变并夺取了政权。在几个月的防御后，阿让的市民奋起反抗，并把她关押到Carlat城堡。 在1586年，她被亨利三世关押在奥弗涅的Usson城堡, 在那里她度过了18年。 在1592年，开始了长达7年的关于解除她和亨利婚约的谈判，1599年，谈判以保留她王后的称号结束。而在不久的将来她的前夫会成为法国而最受喜爱的国王之一。在这些年间，玛格丽特写了她的回忆录。这本回忆录在她去世