年－589年）相继在此建都，史称南朝。南朝与此前的吴、晋合称“六朝”。2003年的考古挖掘在今秦淮区大行宫附近发现了部分六朝宫城的遗迹，显示当时的城市中轴线为北偏东倾斜25度左右
隋唐：被北方政权贬抑的时期.589年隋灭陈，擒陈后主，平毁城邑宫苑，建康城就此湮灭。隋朝政府在石头城置蒋州。唐初在此置江宁县，隶属于润州（今镇江市）管辖。至德二年设置升州，后被废除，复为县。唐朝末年，军阀张雄占据上元县，唐昭宗复以上元县为昇州。
五代宋元：金陵的中兴.南唐（9