由一群当时在菲律宾的商务人士举办，其第一次飞行从当年3月15日开始的马尼拉和碧瑶市之间的每日航班。后来它又开始使用比较大的飞机如道格拉斯DC-3等。日本航空的第一架飞机（一架DC-3）是从菲律宾航空租来的。1946年7月31日一架被菲律宾航空租借的道格拉斯DC-4运载40名美国人从马尼拉尼尔森机场经关岛、威克岛、约翰斯顿环礁和夏威夷檀香山赴美国加利福尼亚州奥克兰，成为第一个跨越太平洋的亚洲航空公司。同年12月该公司开始马尼拉和旧金山之间的航班，1946年该航空公司也成为菲律宾的国家航空公司。另一个起步早的