齿轮的都市阿佐特王国…拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市——阿佐特王国的大臣贾维斯，得到了他长年所追寻的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造神奇宝贝——玛机雅娜，以及据说寄存在玛机雅娜体内，被称为「魂心」的未知力量。究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能合力救出玛机雅娜呢？然而，隐藏于「魂心」中的真正力量又是什么？神奇宝贝史上最火热的对战即将开始!