天剧场等高层建筑配合战争动员，需涂装防空色外观，进行防空伪装，避免成为敌机攻击之目标。吴子瑜为表示对政策的不满，将屋顶漆成显眼的红色。1943年，太平洋战争爆发，台湾总督府与吴家协商，将吴公馆部分厢房与戏院的部分空间作为台湾总督府台中农林专门学校（今国立中兴大学）的临时学生宿舍。剧场于1944年7月因战争被迫停业。
战后时期.第二次世界大战后，剧场于1948年2月后恢复营业，但因票房不佳，亏损甚鉅，于同年10月1日公告暂停营业。吴子瑜于此年因过劳病倒，遂出售天外天剧院予王博，所得款