然而，同年5月30日被编入関东军战斗序列，开始远征满洲。此时捜索第39联队改编为徒步编制，被解散的部分师团兵力被残留在当地。这些残留部队与第68师团的残留部队一同被增编入第132师团。抵达满洲的师团主力，7月30日受命编入第3方面军第30军（指挥官为饭田祥二郎中将）战斗序列，进驻吉林省四平。以后，在当地为防备苏军的进攻而进行防御阵地的构筑等防卫体制整备，尚未与苏军交战即迎来终战，于8月20日被解除武装。之后师团的官兵几乎全都被强制押赴西伯利亚进行劳动改造。