9月21日，马耳他国（现今马耳他共和国的前身）从英国殖民统治下独立。隔年，日本和马耳他建立正式的外交关系。1989年1月7日，在位超过60年的日本昭和天皇逝世，马耳他外交部长文森特·塔博恩及其私人秘书，和马耳他驻日本大使飞抵日本参加同年2月24日于日本皇居举办的葬礼。2006年7月，日本前首相海部俊树同马耳他总统埃迪·芬内克·阿达米通电话。2017年5月27日，马耳他总理约瑟夫·穆斯卡特迎接来访马耳他首都的日本首相安倍晋三，并召开记者会。