岛的菲尼克司叛变，安提柯被迫派遣另一子腓力率军讨伐，对于此时塞琉古趁着德米特里离开之后，再度夺回巴比伦全城，安提柯根本分身乏术。这局面一直到着德米特里成功击退埃及托勒密的攻势后才得以专心对付，安提柯与德米特里再度亲自率领主力大军前去剷除塞琉古，爆发了巴比伦战争。这场艰辛的战争所知不多，无疑安提柯的军队人数占优势，但奈何不了塞琉古攻击补给线的骚扰战术，双方在城内城外爆发多次冲突也没有决定性战果，相比塞琉古的势力此时还没有成长到足够有威胁性，安提柯更担心西方的卡山德和托勒密的动向，因此安提柯只得在前309年与塞