显示微孢子虫属于真菌，而且是所有其他真菌的姊妹群，是真菌演化上最早分支的演化支。近期还有研究认为微孢子虫与隐真菌门关系密切。壶菌与现在已独立出去的新美鞭菌门、、芽枝霉门，以及新加入真菌界的隐真菌门与Aphelidiomycota等类群具有，动孢子具有鞭毛而可以在水中移动，因此壶菌早期曾被归为原生动物，后来rDNA序列分析显示壶菌属于真菌，而且也是真菌演化上较早分支的类群。芽枝霉门以前认为是壶菌的一支，不过新研究显示芽枝霉门不属于壶菌，且可能是双核亚界与原属接合菌门的所有真菌的姊妹群，在演化上比壶菌晚分