2012年，国防部副部长杨念祖兼任筹备处主任。2016年12月，国防部长冯世宽经提报总统蔡英文而获得指示加速筹设工作。2018年3月，国防部于台湾台北地方法院完成法人登记。2018年5月，「财团法人国防安全研究院」举行揭牌典礼及正式运作，并由空军退役二级上将、前国防部长冯世宽出任首任董事长。2019年10月，董事会改选，陆军一级上将、前参谋总长霍守业出任第二任董事长。2019年3月，由前国安会谘询委员、前日本北海道大学教授林成蔚接任第二任执行长。