元培逝世，朱家骅代行中研院院长职务。同年9月，朱家骅再任中山大学校长，12月改任中大校长。12月，出任考试院副院长。1944年（民国33年）11月，接替陈立夫被任命为教育部长。
二战后活动.日本投降后的1945年9月，朱家骅作为中国首席代表出席了联合国教育文化会议。翌年11月，联合国教育、科学及文化组织正式成立，朱家骅临时担任中国代表团团长。1947年4月12日，教育部长朱家骅主持联合国教育、科学及文化组织中国委员会首次筹备会议，定于6月在南京成立。1947年4月13日，联