复制酶保守区序列和SARS-CoV完全吻合，即YNLF_31C与YNLF_34C。研究人员进一步将这两个病毒株的完整基因组定序，其基因组皆长29723nt，彼此序列几乎相同（相似度99.9%），于2015年发表。SARS-CoV刺突蛋白中与宿主受体ACE2结合的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）中有5个关键胺基酸为辨识物种所需，YNLF_31C与YNLF_34C仅有其中1个与SARS-CoV相同，另外其RBD与HKU3、Rf1、Rp3与Rm1一样有两段分别长5和1