文献未明确记载卓玛拉康的历史。西藏人民出版社编辑出版的《藏文五种史料》中收录了藏族史学家噶托·仁增次旺诺罗的《吐蕃王室在阿里麦贡塘之世系源流明镜》一文，其中提到，吐蕃分裂后，吉隆属于吐蕃王室后裔建立的古格王国统治区，史书称其为 “下部阿里”，而将如今西藏自治区西部札达县境内的古格王国主体称为“上部阿里”。下部阿里的统治者是“阿里贡塘王朝”，建有一座王城“阿里贡塘王城”，王城遗址如今仍在吉隆县城边。该史料中还记载，大约在贡塘王朝第11代王朋德衮时期，在王城内兴建了一座神殿，史称该殿共有60根柱子的面积，有经堂