意见相左的另一位维新三杰大久保利通在上班途中被不满士族刺杀，史称纪尾井坂之变，主犯就来自之前从未有过士族反乱的石川县。整个西南战争是对日本军队现代化成果的一次检验。通过城山之战等一系列实战，日军对其战争理论进行了总结和检讨，并将经验教训应用于之后的甲午战争和日俄战争中。有些成果在二十年后仍有一定价值，如设立电报通讯和总参谋部，以及拔刀队等白刃战单位在阵地战中的作用。某种意义上，萨摩藩的叛乱为日本军队的现代化贡献了一臂之力。