有《天皇制国家的支配原理》《维新的精神》《现代史断章》《转向的思想史的研究》《全体主义的时代经验》等，合着有与久野收、鹤见俊辅以座谈形式写就的《战后日本的思想》。有《藤田省三着作集》（全10卷），收集了藤田省三的有关政治思想叙述的绝大部分巨作。因爲大肠癌和肺炎而死去，以自然葬的方式葬在「西多摩再生の森」。