军非常惊讶，只好关门离开。张肯堂生前将后事，委託给其部下都督汝应元办理，汝应元当时已出家。因为是出家人，得以借其身分协助张家火化遗骸，并在补陀茶山埋葬。汝应元兴建宝称庵以掩饰坟墓，防止破坏。没多久，汝应元去世，宝称庵倒塌，坟墓逐渐被山林所掩盖。直到清代全祖望知道张肯堂的事迹，才找到墓地，并写下「明太傅吏部尚书文渊阁大学士华亭张公神道碑铭」纪录其事。张肯堂生前要求孙子张茂滋保全性命，保留家族血脉，但张茂滋被清军俘虏入宁波。直到1652年10月才获释，不久后即死亡，张肯堂家族因此绝嗣。