48及其姊妹组合（如SKE48等）不同，举行公演时并不拥有专属表演场地（如AKB48剧场），但操作方式较为专业。在组合成立初期，据总制作人秋元康所述，公演上半部份结束后，将由观众投票决定下半部份的编舞排位，但后期此想法并未付诸一般化。团名取自坐落东京都赤坂地区乃木坂附近的「SME乃木坂大楼」，该建筑为所属唱片公司日本索尼音乐的前办公大楼之一（于2018年2月16日售予杰尼斯事务所），亦是乃木坂46一期生最终甄选会的举办地。根据秋元康所说，组合名称中的「46」象征「就算人数比AKB48少，也具有不逊于AKB4