小肠细菌过度生长的危险因子包括肠运动功能障碍、肠道的解剖学异常，包括瘘、在手术后形成的及、切除、因肠胃炎引发的小肠变化、以及特定药物的影响，包括氢离子帮浦阻断剂。小肠细菌过度生长可以用或是抗细菌药治疗，不过抗细菌药会用几种抗细菌药轮流给药，以免造成抗药性，若怀疑是因为肠运动功能障碍所造成，可以用以避免复发。