利玛窦又将天主教传入宫廷。清朝中叶时皇帝开始查禁天主教，所有传教士被迫转入地下，直到鸦片战争。1840年以前，蒙古属于北京教区管理。1840年，蒙古从北京教区分出，独自成立了蒙古代牧区。1883年，天主教在内蒙古地区从东到西分设了3个教区，1922年在外蒙古也成立了教区。 在共产党统治下，思想和宗教自由不被允许。
自治传教团(1991-2003).1992年新的《蒙古国宪法》保证宗教信仰自由，传教士们重新恢复了教会。圣母圣心会派遣神父Wenceslao Padilla, Gilbe