岳遭受迫害，其毕生所藏万卷天下珍本被红卫兵们烧毁，于战乱中也不离左右的《南明史》誊清稿与草稿悉数被查抄，文化大革命运动初因曾表彰郑成功，被诬为宣传蒋介石反攻大陆，造反派将其拉到明孝陵，从上面将其推下跌死。钱海岳死后，《南明史》终稿是否完成便成了谜。顾颉刚对此书极为推崇。1971年，顾颉刚受命整理二十四史时，于《整理国史计划书》中称“《南明史》百数十卷，足备一代文献”，“如能觅得，应置《明史》之后”，并猜测其书或许流落于无钖、南京之间。1979年，钱海岳女婿堵仲伟找回《南明史》誊清稿前96卷，合后24卷草