迁至隆中，称隆中书院。
明.成化年间（1465年-1467年）“隆中十景”形成。弘治二年（1489年），袭封襄阳王的简王朱见淑毁掉诸葛草庐，并迁走隆中书院，原有的土木建筑，碑刻石铭遭到极大破坏。嘉靖十九年(1540年)立草庐碑。万历二十年（1529年），中宪大夫，都察院协院事左佥都御史李祯重修祠，并立《重修碑记》，碑阴刻有诸葛亮画像，为现存最早之诸葛亮画像。
中华民国.民国21年，蒋中正到访隆中，举行祭祀仪式，并拔款维修古迹，新建中正亭、中正堂，重修荷花池