，2003年4月任清华大学校长，至2012年2月卸任。目前在任的其他职务有：中国国务院学位委员会委员、中国国家科学技术奖励委员会委员、中国教育部物理与天文学教学指导委员会主任委员、中国物理学会副理事长，亚太物理学会理事。2010年10月，当选瑞典皇家工程科学院外籍院士。
争议.
“接待宋楚瑜”事件.2005年5月11日，台湾亲民党主席宋楚瑜到访中国大陆，在清华大学发表演讲。演讲后，顾秉林代表清华大学向宋楚瑜赠送了一幅清华大学教授张仃书写的小篆书法，内容是清