府声威，不但多次积极调停诸大名之间的纷争，更邀请上杉谦信、织田信长等有实力的大名上洛谒见将军。此时管领细川氏遭到权臣三好长庆夺权，后者掌握实权，而把幕府当作傀儡，成为当时有实力的大名之一。三好长庆死后，其重臣松永久秀、三好三人众决定罢黜将军足利义辉。永禄八年（1565年），三好三人众及松永久秀率领的叛军包围义辉所在之二条御所，虽然足利义辉得到当时着名剑客上泉信纲与冢原卜传等人传授的剑术，有剑豪将军的美名，但依旧因寡不敌众而被弒。足利义维之子义荣被拥立为第十四代将军。足利义辉死后，室町幕府就此完全失去实权