改归东莞县辖，属广州。明朝隆庆六年（1572年），南头乡绅吴怍代表居民向广东海道副使刘稳陈请要求复县，县名“新安”，取“革故鼎新去危为安”。万历元年（1573年），东莞县的南部分拆出新安县，居民7608户，33971人。清朝康熙年间，为对抗台湾的明郑政权，将东南沿海居民内迁50里，再迁30里。迁海导致新安县人口仅剩下2千余人。1666－1669年间并入东莞县3年之久。康熙七年，广东巡抚王来任上书迁界之害。康熙八年（1669年），清廷下令复界、复立新安县。由于人口流失严重，新安县政府大力招垦，吸引嘉应