在果蝇视觉系统的发育的分子调控机制。目前主要有三个研究方向：(1)如何决定细胞发育为眼睛，(2)如何控制复眼发育中的细胞增殖，(3)复眼与脑在发育过程中的交互作用。
公职.孙博士曾任中华民国行政院国家科学委员会副主任委员。中华民国行政院国家科学委员会于2014年3月3日升格为中华民国科技部。