重建紫禁城三大殿之余，朱由校喜欢钻研木工，亦沉迷于刀锯斧凿，魏忠贤总是趁他木工做得全神贯注时，拿重要的奏章去请他批阅，熹宗随口说：「朕已悉矣！汝辈好为之。」魏忠贤遂逐渐专权，窃夺威福。魏忠贤控制厂卫，诬陷东林党人，杀死包括东林六君子、东林七贤等正直的士大夫，致使朝政败坏。熹宗崩前亦暗示信王留用魏忠贤。
王恭厂大爆炸.天启六年五月初六（1626年5月30日）北京西南隅的工部王恭厂火药库发生「王恭厂大爆炸」，死伤2万多人，原因不明，朝野震惊，中外骇然，熹宗下了一道罪己诏，表示要痛加省