1924年，冯玉祥发动北京政变并邀请孙中山到北京，派马伯援去广州迎接。孙中山到达天津后卧病在床，马伯援曾前往报告情况。6月15日，马伯援到郑州调和冯玉祥国民军和中国国民党的关系。此后，他还曾以冯玉祥的名誉顾问的身份，到南阳、邓县、襄阳等地会见方振武、孙连仲等要人。1932年9月，他回到家乡，担任枣阳县县长。后因和枣阳地方势力以及驻枣阳的清乡军独立三十四旅旅长罗启疆的矛盾而不得不离职到庐山闲居。后来他到武昌任湖北省农村合作委员会委员兼干事长。此后他到日本任中华留日基督教青年会干事。七·七事变前夕，他回到