并于同年7月抵达江户。德川光圀对朱舜水敬爱有加，而朱舜水也对水户学产生很大影响、德川光圀就任藩主之际朱舜水也随同前往水户市；他与同为德川光圀编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺和山鹿素行等结为好友，并在日本传播汉学。
逝世.天和二年四月十七日（1682年5月24日），朱舜水在江户病逝，享寿八十二岁。身后，德川光圀派人整理了他的遗稿，日本正德五年（1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内至今立有“朱舜水先生终焉之地”（朱舜水先生临终之地）的石碑。朱舜水之墓