统一领导。上海造船学院和南洋工学院并入交通大学上海部分，扩展到6个系19个专业。西安动力学院、西北工学院和西北农学院的部分专业并入交通大学西安部分，扩展到11个系23个专业。1959年7月31日，经国务院批准，交通大学开始独立建制。上海部分更名为上海交通大学，西安部分更名为西安交通大学。原交通大学校长彭康改任西安交通大学校长，上海交通大学校长则另由中央委派。1999年上海农学院并入上海交通大学，2005年7月上海第二医科大学并入上海交通大学。2000年4月西安医科大学、陕西财经学院并入西安交通大