全返抵基尔后，莱比钖号被拖往德意志造船厂进行维修。本舰于维修期间遭到除役，并重新归类为训练舰。为了腾出空间容纳额外的见习乘员，舰上有四具锅炉遭到移除。1940年下半年，本舰返回单位服役；翌年上半年护送吕佐号装甲舰（即先前的德国号）前往挪威，随后又与埃姆登号轻巡洋舰前往波罗的海为巴巴罗萨作战中进攻苏联的德意志国防军地面单位提供炮击支援。同年9月，本舰支援了入侵西爱沙尼亚群岛的行动，并在炮击穆胡岛上的苏军阵地时遭苏联海军攻击，但成功脱逃。9月下旬，本舰被编入以铁必制号战舰为旗舰的德国波罗的海舰队；该舰队的任务是