溪上游的玉山群峰及大水窟山、秀姑峦山、八通关山等则亦划入玉山国家公园。此外，上游水力资源丰富，于主流及其支流水里溪兴建有万大、万松、大观一厂、二厂、明潭、鉅工等发电厂，还有头社水库、雾社水库、武界坝及日月潭水库，均供水力发电之用。林内乡以下之河水，则用于灌溉。
中游.在水里龙神桥附近与陈有兰溪汇流，为上游段、中游段分界线，经集集拦河堰（林尾隘口），在二水鼻仔头、林内触口为界，中游段在此结束，流出八卦台地与触口台地之间山口，便流入下游段。中游段浊水溪水流平坦辽阔，自上往下河谷渐行