一条单渡线。
出入口.动物园站有5个出入口：西北 (A) 口、东北 (B) 口、东南 (C) 口、西南 (D) 口、西南 (E) 口。西直门外大街北侧的A口临近北京动物园正门；西直门外大街南侧的C口临近动物园交通枢纽，D口临近北京天文馆，B、E口则通往元沃地铁商城。A口有直升电梯等无障碍设施。
车站装饰.车站在朝向北京动物园的A出入口一侧设置了儿童画动物图案壁画，而朝向北京天文馆的D出入口一侧设置了以天文星空为主题的壁画。在车站的站厅层与站台层顶部均有彩色的圆