他1988年12月由于是卡拉巴赫委员会成员而在莫斯科被捕，在监狱关押了六个月。1990年8月13日他成为总理，但在1991年11月22日辞职。1991年亚美尼亚从苏联获得独立后，他当选为议会全国民主联盟议员，在1996、1998和2003年三次竞选亚美尼亚总统失利。马努基扬是全国民主联盟主席。在2008年2月总统大选中，马努基扬再次作为全国民主联盟候选人参加竞选，根据最终的官方结果以1.3%的选票名列第五。
后续职业.2020年，继抗议活动，关键在2020年纳戈尔诺-卡拉巴赫