方政府之改组能早日进行，并亟愿在党员较多之地方参加省、市、县各级政府。同年，任国民政府农林部长。1948年12月，蒋介石特任左舜生为农林部长并为行政院政务委员。1949年去香港，创办反共刊物《自由阵线》。先后在香港新亚书院、香港清华书院任教。1969年去台湾，任总统府国策顾问。10月病逝于台湾。终年76岁。着有《中国近代史四讲》、《黄兴评传》、《近代中日外交关系小史》、《左舜生选集》等。