如孢子颜色或微观构造等特征）或依生理学给予分类。二十世纪分子遗传学与生物技术的飞速发展下，DNA定序开始被广泛用于真菌分类，使传统分类系统受到一定程度的挑战。最近十几年来在系统发生学上的研究已多次改变人们对真菌分类的观点，也有原本不被认为是真菌的生物（微孢子虫、隐真菌门、核形虫）被归入真菌界或与其关系密切的类群中。各类群真菌的关系仍未有定论，是现在真菌研究的重点之一。
命名与词源.真菌的英文「fungus」直接源自于拉丁文对蘑菇的称唿，古罗马作家老普林尼与贺拉斯的作品中都有这个称唿