吉」的地名最早出现在和名抄，其中记载球磨郡下辖六乡，人吉即为其中之一。自鎌仓时代初期的1193年以，人吉地区开始由来自远州（现在的静冈县）相良氏统治，直到明治时代实施废藩置县为止。废藩置县后，一度设置为人吉县，后又先后改隶属八代县和白川县，最后成为熊本县的一个城市。