二十四年（1685年），叠溪、大定、保山后生番叛乱，总兵高鼎檄穆廷栻及李镇鼎等渡河，平定诸番。康熙三十年（1691年）九月，移驻威川，防守西番。牛罗寨番又入保山界，穆廷栻击禽寨首白止泰，事平。四川巡抚噶尔图、提督吴英、陕西固原提督何溥等交章推荐，迁威茂营参将。康熙四十年（1701年），转永宁协副将。次年，擢苏松水师总兵。康熙四十四年（1705年），圣祖南巡，穆廷栻在山东迎驾，获赐御书、典籍等。康熙四十六年（1707年）圣祖南巡，再次召见，赐御书。康熙五十一年（1712年），赐《平定朔漠方略》。次年，圣祖命廷