8月下令查禁政闻社，一时大有株连之势。善耆接受了其幕僚王善荃等人所说的“朝廷以立宪号召天下”，所以不能“以闻政为罪”的主张，决定采取不株连的态度。善耆还致电各省总督和巡抚，嘱咐他们不要大肆镇压，此事遂获得缓和。 中华民国成立后，1912年他参加了国民共进会，后来该会于8月同其他党派组成国民党，他任国民党参议。1915年4月27日，他任福建闽海道尹。其间，1917年7月31日，他署理福建省政务厅长。1920年他去职。此后，他转赴安徽省工作。1921年11月8日，他任安徽省会警察厅长，兼任全省警务处长，