（606年），圣德太子讲说法华经，因其功德，播磨国得到天皇赏赐水田百町的这个史实，显示圣德太子似乎和播磨有某种关联。创建时的寺号是四天王寺圣灵院，在天永3年（1112年）作为鸟羽天皇的勅愿所而改称为「鹤林寺」。鹤林寺拥有飞鸟时代后期（白凤期）的铜造圣观音像；本堂的本尊--药师三尊像，则是可以追溯到平安时代前期・10世纪的古像。战国时代邻近的书写山卷入战火，当时的播磨姫路领主黑田职隆，因儿子黒田孝高的劝说加入信长派，而未卷入战火之中，因此仍有不少当时的建筑物留存下来。黑田家后来得到福冈藩的大封，在鹤林