委员张云逸受中共中央指示，到澳门请闲居的叶挺担任新四军军长。1938年1月6日，新四军军部在南昌成立，张任参谋长兼第3支队司令员。此后，张云逸到福建向当地红军游击队传达了中共中央关于南方游击区域保存革命战略支点及各部队改编后坚持共产党的领导等指示，和福建省政府谈判该省各地游击队改编并北上集中的问题，在福州设立了新四军办事处，并亲率福建的各游击队北上到达皖南。 1939年5月，任新四军江北指挥部指挥、前委书记，并组建了新四军第5支队。11月，任中共中央中原局委员。1940年11月，任中共中央华中局委员。12月