46年8月，中英庚款董事会无法维持中国地理研究所，研究所改隶国民政府教育部，林超任所长。1947年夏，迁至江苏南京。1948年至1949年由罗开富代理所长。1949年4月23日，南京解放。6月，研究所由南京市军管会文教部接管。1950年4月，移交中国科学院。