居民可使用的日票（本地线乘车证）等优惠，同样亦没有扩展到原地铁系统，有部份优惠甚至被取消，因此惹来非议。后来，港铁公司于2008年9月28日启用新的票务系统时，将机场快线免费接驳扩展至原九铁系统（西铁线、马鞍山线（现为 屯马线一期）、东铁线普通等，包括罗湖站及落马洲站）；另外，在2012年10月将月票制度扩展至东涌线，以及在2013年7月起月票制度提供连接非指定车站享有75折。
大量增建商店.明报发现，自2009年起港铁透过翻新东铁线多个车站，站内商舖总楼面增加5万平方呎，毋须向政