941年太平洋战争开始，中央神学院关闭。1947年，中央神学院在上海圣约翰大学内复校。1950年12月，中央神学院宣布不再接受外国差会的经济津贴。1952年11月，在中国高等教育校系调整的高潮中，中央神学院和华东地区其他11所神学院联合组成南京金陵协和神学院。中央神学院的历任校长有马百熙、汤忠谟、沈子高等。着名校友包括曹圣洁等。