大范围内对教会立会之本的回归当中的一部分，若望保禄对其他一些人物的封圣或加封的真福品也遭到了批评，因为其中有一些曾经支持法西斯政党。教宗的支持者则回应说，这些指责皆无凭无据，皆为他们的政敌捏造。2000年教宗对一些19世纪在中国的传教士封圣也遭到了中华人民共和国政府的严厉抨击，后者认为这些传教士曾经是殖民者的帮凶，在西方国家对中国的武装掠夺中扮演了极不光彩的角色，「并且严重地损害了中国人民的利益和感情」。其他的一些批评集中在他的一些观点上。尤其是若望保禄关于性别身份和性的观点屡遭诟病。一些女性主义者批评