些自体免疫疾病相关，例如斯耶格伦氏综合征、、扁平苔藓、、、胰岛素抵抗、糖尿病、糖尿病肾病、自体免疫性甲状腺炎，和B细胞。20 – 30% 的患者会有一种称为类风湿因子的抗体。可能和和膜增生性肾炎有关。也有报导显示和心律不整相关的心肌病有关。此外，多种中枢神经系统疾病也和丙型肝炎有关。慢性丙型肝炎似乎与胰腺癌风险的增加相关。。
隐匿性感染.隐匿性感染是指曾被感染者虽然似乎已没有病毒，但仍持续受感染，此情形感染无法以常规的测试检测，只能以超灵敏的测试检出。检测的原先方式是证明在肝脏活组