还因反对冯玉祥利用第一战区另立山头的图谋而遭到冯玉祥三次派人暗杀，在泊头站，萧振瀛离开专车临时改乘汽车赴冯玉祥的治安防地，不久其专车便遭到冯玉祥派出的便衣队枪击，专车上的卫队一士兵及参谋霍占一受伤。此事曝光后，冯玉祥随即遭撤职。1938年春，第一战区改由程潜担任司令长官，萧振瀛留任第一战区总参议。同年冬，日军占领武汉，程潜调离第一战区，萧振瀛随国民政府撤往重庆。1940年夏，朋友告诉萧振瀛蒋介石企图加害他，萧振瀛乃辞去军政各职，在重庆郊区山洞西山新村闲居，从事社会经济、文化以及公益事业，并常和前线军队联