美国政府准予周华章归国。回国后，周华章的工作与其专业不太对口。他还参加了中国民主同盟。1956年3月18日，周华章致信中宣部科学处、理论教育处处长于光远，要求调换工作，信中称：经于光远介绍，周华章被调到清华大学。同年，为配合“两弹一星”研究 ，钱学森和许国志在中国科学院力学研究所成立OR研究组，同时从清华大学电机系分出自动控制系，并在其下筹组运筹学专业，许国志设计教学大纲及课程，周华章负责教学工作。 经周华章筹划，清华大学成立运筹一班、运筹二班，成为最早的运筹学本科班级。周华章还在中国科学院力学研究