前仍有争议，较多学者同意位于二赞村（今台南市仁德区二行里），由祝敬为首任知县。但也有位于兴隆里（今高雄市左营区）的说法，高雄市政府亦在左营成立「万年县公园」，甚至每年举办「万年季」活动。1664年，明郑王朝继承者郑经放弃福建部分领土，废东都名称而改为东宁，承天府所属两县升格为州，并增添澎湖、南路与北路三个安抚司。万年县因此而改称万年州，并设有南路安抚司。1683年，清朝将领施琅攻下台湾，废除明郑的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗县、台湾县、凤山县三县，原万年县辖区被分为台湾