朝同治年间《番禺县志》记载，宋朝淳祐元年（1241年）在县东南5里创建，后来被毁。明朝洪武三年（1370年）由知县吴忠、训导李昕建于东城内，后被火焚毁；洪武十三年(1380年)重修于本址，为当时地区最高学府，建成后再次被火焚毁。清代以前为番禺县县学和祭祀孔子的文庙，每年农历二月、八月在此举行祭祀典礼。现时格局形成于清朝干隆十二年（1747年），道光十五年(1835年)重修。原学宫阔三进，深五进，规模宏大：大门是花岗岩石雕琢的棂星门，正面有大成殿、崇圣殿、尊经阁；左侧有铺、土地寺、科痒、儒学署、明伦堂、光霁堂