城河帕西格河（）。此后一段时间，石堡成为西班牙殖民政府的监狱，用以关押和处决重要政治犯。1896年，「菲律宾国父」黎刹就被关押在此，12月30日遭到处决。
美国殖民统治与二战.于1898年6月，菲律宾脱离西班牙独立，但随即陷入美西战争，战胜国美国成为新的殖民统治者。石堡被美军佔有。于1935年，菲律宾才得以建立自治邦，但仍未完全脱离美国统治。直到二战爆发后的1942年，日军佔领了石堡，将其作为军队基地和集中营使用，并且利用古堡里的水牢，不费子弹便能处决囚徒，不少菲律宾抗日爱国人