01年-2005年，在小布什政府中出任美国国务次卿，主管军控事务；2005年，接替约翰·丹福斯出任美国常驻联合国代表。博尔顿是小布什政府中最硬的鹰派人物，一直以来都强烈支持美国推翻萨达姆政权（直至今日他从未有后悔支持美国发动伊拉克战争的决定），主张对伊朗的核武器计划采取强硬态度，并公开指责金正日政权统治的残酷无情和危险性，主张严格惩罚北朝鲜。同时他还对联合国持强烈的批评态度，认为应该大量裁减人员，清除内部腐化的官员。他甚至提出美国不应该缴纳其联合国会费，因为他认为这些联合国经费资金都会被贪污，并一直不满