S3a、NS3b、NS3c与NS3d等四种辅助蛋白。在乙型冠状病毒属中伏翼蝠冠状病毒HKU5与中东唿吸症候群冠状病毒（MERS-CoV）、刺猬冠状病毒和扁颅蝠冠状病毒HKU4（HKU4）的关系较为接近。2018年的研究显示中国广东的东亚家蝠、伏翼与小伏翼等蝙蝠中有此病毒。由于刺突蛋白的序列差异，此病毒不使用HKU4与MERS所使用的受体二肽基肽酶-4（DPP4）感染宿主细胞。