发佈紧急命令，中华民国立法院于9月28日追认通过，以减少行政上的程序，加速救灾。9月26日晚上李登辉于中华民国总统府再度召集高层首长工作会议，决定由行政院于9月27日成立「行政院九二一震灾灾后重建推动委员会」，行政院院长萧万长担任主任委员、行政院副院长刘兆玄担任副主任委员兼执行长，并设置主任委员江丙坤、主席赵守博、中华民国陆军总司令陈镇湘上将等3位副执行长及13个工作小组，积极推动救灾重建事宜。国防部并协助地方政府执行灾后抢救工作，国军紧急动员投入大量兵力执行救灾、灾后重建任务以及灾民收容安置，以及协助灾区