萧垄事件两次大型反抗。到了1652年，以郑芝龙旧部郭怀一为领袖的汉族移民，也对殖民者展开大规模的反抗。平息之后，荷兰人于「府城」（今台南中西）兴建商业中心「普罗民遮城」（今赤崁楼）以加强防范反抗事件。随后郑芝龙也大规招募移民渡海拓殖台湾。1661年，由郑成功所领导的郑军围攻热兰遮城，佔领台湾，1662年2月荷兰人接受条件开城投降，结束对台湾38年的统治（1624～1662）。
明郑时期.郑氏治理时期从1662年南明延平郡王郑成功领兵渡海打败荷兰东印度公司军队起，经郑氏三代统治南台湾