行政院开始实行警察和消防分立政策，让真正专业的消防员独立运作，各县市原隶属在警察单位之下的消防组织相继成立各消防组织。其中，台东县的消防组织于1998年11月16日正式独立，成立台东县消防局，第一任局长由管建兴出任。1999年，台东县消防局正式成立台湾东部地区第一支专责救护队。不过成立之初，碍于人力不足的状况，当时大部分的救护出勤都是由一位正职消防员搭配一位消防替代役来为伤病患服务。2001年，台东县消防局成立特别搜救大队，成立初始人员共编制34名消防救灾人员，其中包括16名正职消防人员以及18名义