之间的差异可以用作“分子时钟”（molecular clock）来计算物种之间的进化距离。 遗传比较被普遍认为是鉴定物种之间亲缘关系的最准确的方法，过去常用的方法则是比较物种之间的表现型的特征。物种之间的进化距离可以用进化树来综合表示，进化树可以表示由共同祖先随时间分化而来的物种之间的亲缘关系，但不能表示无亲缘关系的物种之间的遗传物质的转移（被称为基因水平转移，在细菌中非常普遍）。
研究与技术.
模式生物与遗传学.一开始遗传学家们的研究对象很广泛，但逐渐地集中