为了自由党实际上的军事领袖，不久，他又率军驱逐了萨尔瓦多境内的阿尔塞势力，成为了萨尔瓦多的统治者。1829年，莫拉桑率洪都拉斯和萨尔瓦多联军占领危地马拉城，阿尔塞被推翻，次年，莫拉桑当选为新一任的中美洲总统。当政后，莫拉桑实行了一系列的改革措施，如政教分离、人人平等、言论自由等，并放逐了所有不与新政权合作的神职人员。1834年，莫拉桑将中美洲的首都从保守势力浓厚的危地马拉城迁往自由派堡垒圣萨尔瓦多。次年，由于当选总统何塞·德·巴列在就任前病逝，莫拉桑连任总统。不久，拉斐尔·卡雷拉在保守派的支持下率领