999年马来西亚大选中，替代阵线正式展开合作，一个选区只派一名候选人。其中最大的赢家是泛马来西亚回教党（现伊斯兰党），成为了吉兰丹州和登嘉楼州的执政党，并将其议会席位从7个增加到27个。民主行动党也将其席位从7个增加到10个，但该党两个最着名的领导人，林吉祥和卡巴星却失去了他们的选区。这是因为华裔选民对该党与泛马来西亚回教党合作而转向支持执政党。过后，替阵的主要领导人被政府以内安法令拘留，导致新成立的人民公正党陷入瘫痪，并只赢得5席。而身为执政党的国阵则保留77％的大多数支持票，其中193个席位中占有148