增至将近当初预定的2倍，达1100亿日圆，相较之下公司资本额仅205亿日圆，庞大的借款造成沉重的还款压力。2000年3月底时，累积负债已达100亿日圆，虽然营运状况渐入佳境，年度亏损持续缩小，但2006年3月底时累积负债已达228亿日圆，约有22亿日圆无力偿付。2006年9月29日的东京都议会财政委员会中，多摩都市单轨电车被列为东京都的「负遗产」之一。当时的主计部长针对负遗产的定义表示「实绩与当初计画落差过大，即使重组已无法避免，但仍未下达断然措施处理」。当时提出的四个实例为多摩都市单轨电车、、、残疾者