允许他们来到马耳他，他们在岛上建立了马耳他主权骑士团。马耳他骑士团将科米诺岛用作狩猎和娱乐场所。骑士们禁止他人在岛上偷猎包括野猪和野兔等的动物，一经定罪，偷猎者可能会判罚在骑士团厨房当三年奴隶。在十六、十七世纪中，科米诺岛成为一个用于监禁或流放犯下罪行的骑士的地方。被判犯有轻微罪行的骑士偶尔会被判处去岛上的圣玛丽亚塔去单独执行危险的任务。<br>1798年，法国以拿破仑为统帅，派遣大军远征埃及，当大军途经马耳他时，拿破仑从骑士团手中夺取了战略地位重要的马耳他，科米洛岛也成为法国领土。在法国占领马耳他期间