的自噬标志蛋白及LC3-II/LC3-I 比明显增加，细胞内含有大量退化细胞器的自噬泡显着增加。而且，精原干细胞中的自噬作用可以清除错误折叠蛋白质，以及受损细胞器，故而对细胞起着保护作用。此外，自噬作用可以促进减数分裂前DNA复制，既为细胞提供氨基酸及核苷酸等，也保证基因遗传的稳定性。PDLIM1蛋白是一种精子细胞骨架组装的负调控因子，并且是通过自噬途径而降解，以维持微管结构的组装。这对精子形成有着重要作用。然而，有研究指出高脂肪食物可诱导小鼠体内的自噬作用被过度激活，导致精子生成存在缺陷。Sectio