额勒登保由松桃进攻，遂解永绥之围，攻克黄瓜寨。他又攻打苗军首领吴半生于苏麻寨，攻克西梁，吴半生只好遁走高多寨，被清军所擒。额勒登保授职为内大臣。又擒获干州苗人头目吴八月，余党佔据平陇，额勒登保进军抵长吉山，打败贼军。嘉庆元年（1796年），福康安逝世，由和琳替代。当时石三保已就擒，石柳邓身在平陇，额勒登保乃进兵收复干州，被赏赐花翎，署任领侍卫内大臣。是年秋天，和琳在军中逝世，统兵者惟有额勒登保、德楞泰及湖南巡抚姜晟三人。朝廷下诏将军明亮、提督鄂辉赶往会同他们剿灭苗军。同年十月，攻克平陇，石柳邓遁走盘踞养牛塘