年从奇台县析置木垒河县。新疆和平解放后，设立木垒河县人民政府，隶属迪化专区。1954年3月，木垒河县改为木垒县。同年7月17日建立木垒哈萨克自治区，1955年改自治县，属乌鲁木齐专区。后属昌吉回族自治州至今。
行政区划.下辖4个镇、6个乡、1个民族乡：