陆续被禁止。历任中国基督教三自爱国运动委员会主席，中国人民救济总会副主席，第一届、二届、三届、四届、五届全国人大常委会委员，政协第一届、二届、三届、四届全国委员会常务委员。1966年，文化大革命爆发，“三自爱国教会”也未能幸免，吴耀宗被斗，接受劳动改造。1979年9月17日在上海逝世。
其他.2004年至2005年，一部以吴耀宗为题材的主旋律电视剧《大爱》由于涉及到中国基督教的敏感话题，最终以流产告终。