为施祖祥之副手。1990年升任副行政署长，与其上司曾荫权一同负责向英方及香港市民推广居英权计划。1993年改任副工商司，当时的上司为周德熙，任内她曾出游欧、美等地，向外推广香港的工、商发展和磋商香港驻海外经贸办事处的过渡安排；并协助港英政府游说以总统比尔·克林顿为首的美国政府延续对华最惠国待遇。叶刘淑仪在1995年9月获时任港督彭定康起用为工业署署长，1996年1月晋升至首长级甲级政务官。她在1996年8月以政务官的身份「空降」人民入境事务处，接替梁铭彦任人民入境事务处处长，成为香港历史上首位执掌纪律部队的