始置西域都护府，任命郑吉为都护。汉元帝初元元年（前48年），又置戊己校尉，在车师前国屯田。其后，车师前王复还交河。据统计，当时车师前国有人口六千余，兵一千八百余人；车师后国人口四千余，兵也是一千八百余人。车师前国国都交河城，车师后国国都务涂谷。戊己校尉在高昌壁的驻地称车师都尉国，戊部候城的驻地（今奇台）称车师后城长国。王莽建立新朝以后，屡屡欺压车师前、后王，车师被迫重新依附匈奴。汉光武帝建武二十一年（45年），车师前、后王与鄯善等国联名遣王子入侍，请复置西域都护，被拒绝。其后车师连续兼并邻近小国，称车师