又制定严禁奴仆逃亡的逃人法，激化京畿地区的民族矛盾。后来清廷下令停止这些政策，并实行奖励垦荒、减免捐税的政策。并且正式开科取士，追尊崇祯帝与明朝忠臣。南明延平郡王郑成功1661年取得了荷兰殖民者的据点台湾，并以台湾作为抗清根据地。永历帝死后，新即位的郑经继续使用南明的永历年号，但未再拥立朱氏皇帝或监国。
巩固与盛世.1662年康熙帝幼年即位，在位初期，康熙帝成功铲除了威胁皇权的鳌拜及其党羽，并开始亲政。针对镇守南方的吴三桂、尚可喜、耿精忠三个藩王问题，康熙帝进行了削藩，但很快三