续的军事压力迫使荷兰与印尼重回谈判桌，并最终将荷属新几内亚移交给印尼。苏加诺主张“大印度尼西亚”，反对马来西亚建国，引起两国1960年代初期的对抗，主要发生两国的东部边界，印尼海军参与和支援了这些跨境的暴力冲突和军事渗透。
苏哈托时期.1965年9月30日，印尼爆发九三〇事件，苏加诺被亲西方的军事强人苏哈托推翻。苏哈托在印尼全国大量肃清印尼共产党和左翼人士，他还在全国掀起大规模排华浪潮，此后印尼与共产主义国家关系逐步恶化并转向西方。1975年12月7日，印尼展开入侵东帝汶的莲之