U20足球代表队，参加在马来西亚举办的第12届世青赛。南雄太是当时那支球队里唯一一个没有与任何职业球队签约的球员，此时他仍是静冈学园的一员。在该届世青赛上，日本与西班牙、巴拉圭和哥斯达黎加分在了一个小组中。南雄太原本不是首发门将，但首发门将小针清允在与西班牙的比赛中出现低级失误，直接把首发位置让给了南雄太。结果南雄太在第二场比赛对哥斯达黎加的比赛中发挥出色，多次作出关键扑救，帮助日本队6比2大胜对手，并坐稳了主力位置。本届世青赛，日本队最终止步八强。 1999年的第十三届世青赛，南雄太再次入选日本U20