干都司于宣德九年（1434年）正式废弃，此后三卫不再向明朝进贡。
日本探险家的到来.1616年，根据魏源所着《圣武记》记载：「太祖遣兵四百收濒海散各部，其岛居负险者刳小舟二百往取，库页内附，岁贡貂皮，设姓长、乡长子弟以统之。」。清朝建立后，库页岛先被划归宁古塔副都统管理，1715年后，又归三姓副都统管辖。岛上居民需每年到黑龙江下游的普禄乡向清廷进贡貂皮。与此同时，日本亦开始试图控制库页岛。1485年，库页岛的阿伊努族酋长向日本虾夷管领安东氏的代官武田信广进献铜雀台。1593年，