玩家以第三人称视角控制。薛帕德的性别、外观、军事背景、战斗训练和名字由玩家在游戏开始前确定。如果玩家有《质量效应2》已通关的游戏存档，那么其角色可以导入到游戏中。导入旧角色后，玩家在前作中做出的若干决定将影响《质量效应3》的故事。与前作类似，游戏有六种角色职业供玩家选择，每种职业都有独特的技能。例如，异能者（Adept）精通念力，而战士（Soldier）则擅长使用武器。玩家通过完成任务获取经验值。一旦获得足够的经验，薛帕德就会升级，从而可在技能树解锁或升级技能。《质量效应3》有三种预先设定的游戏模式：动