于孔庆宗敛财又引起处内人事纷争，1943年10月18日，蒙藏委员会批准了孔庆宗因病辞职，并且决定让沈宗濂接任驻藏办事处处长。此后，孔庆宗代行处长职务，直到1944年8月6日沈宗濂到达拉萨。中华人民共和国成立前夕，孔庆宗在重华学院、西南学院任教。中华人民共和国成立后，曾任西南财经委员会计划研究室边疆组组长、四川省政协委员。