大规模回民起义，之后更带动了同治四年同治新疆回变的发生。1862年，由于俄国在中亚征服了浩罕汗国和希瓦汗国大片国土，拥有足够的实力和资源更进一步扩张。时任俄国西西伯利亚军区二等参谋提出入侵清朝的计划，并上呈战争部，战争部长认同其主张，上书俄罗斯沙皇亚历山大二世，提出让军队伪装成匪徒，进入国境抢掠人畜，乘机挑衅，待清军反攻则发动大规模入侵，亚历山大二世允许。俄国亦资助哲合忍耶派等伊斯兰新教教派，以对抗传统的逊尼派（旧教）。马化龙、白彦虎等人均曾接受俄国援助，在当地回民武装的帮助下，俄军开始入侵新疆。