征伐湖南的愿望没有实现。自此，李纯、王占元、陈光远3位督军被称为「长江三督」，在国政上的立场受到注目。1919年（民国8年）12月冯国璋病逝，曹锟成为直系的领袖。王占元继续成为曹锟的有力支持者。1920年（民国9年）6月，王占元被任命为两湖巡阅使。7月直皖战争爆发，王占元随即逮捕了皖系的长江上游总司令吴光新，并收服了吴光新的军队。王占元的势力扩大。
统治湖北的失败.但是，王占元对湖北的统治苛酷，省内各阶层表示不满。另外，其部下的士兵们也因为拖欠军饷而频发兵变（宜昌兵变、武昌兵变），