田信长为进攻位于越前国的朝仓义景，也曾在此发动金崎之战，但最后成为战国时代最着名的撤退战。丰臣秀吉取代织田信长掌控日本大部分区域后，曾将此地封给蜂屋赖隆，并敦贺港口旁的平地新建立，1589年蜂屋赖隆过世后由大谷吉继接替入主；不过1600年大谷吉继在关原之战战败后，领地遭到没收，敦贺城也在1616年遭到废除，1624年敦贺郡全郡被划入小滨藩，成为小滨藩的领地。17世纪末小滨藩藩主将敦贺郡内的部分领地分给姪子设立，次男得到包括敦贺郡和近江国高岛郡共一万石的领地设立敦贺藩，五男酒井忠根也得到敦贺郡内三千石