清河郡贝丘县令，皆以郡守非其人，以生病为由而辞职。之后稍迁拜议郎。与窦武﹑陈蕃计划诛杀宦官，窦武等人遇害后，巴肃亦被连坐而被关入牢狱之中。中常侍曹节后闻其谋逮捕。巴肃说：「为人臣者，有谋不敢隐，有罪不逃刑。既不隐其谋矣，又敢逃其刑乎？」遂被杀害。刺史贾琮在石头上刻下铭文以记录这件事情。