999年，原中央工艺美术学院并入，成立美术学院。2006年，与北京协和医学院合作办学，培养临床医学专业学生。2012年，原中国人民银行研究生部并入，成立五道口金融学院。2013年，黑石集团捐助成立清华大学苏世民书院及奖学金，与着名的牛津大学罗德奖学金及剑桥大学盖兹奖学金在捐助规模及名声上皆相当。截至2017年12月，清华大学拥有美术馆、博物馆、图书馆、20个学院，及近200个科研机构、5家校办产业以及一个科技园区，分别为清华控股及其旗下的紫光集团、同方集团、诚志集团、清华科技园等。学校拥有固定资产超过2