立法院长王金平及行政院长刘兆玄请示「宣示主权」，并且质询「撤舰令」是谁下达。刘兆玄回应时表示，他并没有下达「撤舰令」，相信是日本事务会不经外交部指示下自行下达「撤舰令」，他对之深感不满，并考虑是否有撤销日本事务会的必要。其后立法院国民党团邀请外交部次长夏立言、海巡署副署长及蔡明耀等与事件有关的官员出席记者会，说明事件来龙去脉。蔡明耀承认是他下达「撤舰令」，表示当时并不了解实际情况，误判事件，承认错误，向欧鸿鍊提出书面辞呈，以求自请处分。
中华民国对日本严正交涉.中华民国外交部部长欧