十多年，明神宗晚年念及其忠廉，启用为南京兵部事，后转为员外郎，李懋桧以父老乞养归。明光宗即位后，启用为南京光禄寺勋贰冏伯。后因继续痛斥泰昌佞臣。之后命人太常寺卿时，李懋桧已经病重。李懋桧生平好交友，邹南皋、姜凤阿、顾锡山、许东阳均为其友。此外其举荐李长庚、魏说、李若愚、陈所蕴、何庆元、宋之祯，均为一代名臣。
家族.曾祖李㫤，曾任知县；祖父李镇，曾任王府典膳；父李云霄。母吴氏。