佔江南、岭南等地区，并且联合荷兰，攻陷厦门。另一方面，明军及民变军等亦在多处实行了屠杀政策，南明军中有人欲联清剿匪，企图联合清军打击为反抗明朝而起义的民变军，如扬州府在被清军屠城之前亦曾经长时间和多次被明军将领高杰和刘泽清屠杀洗劫，当时四川人几乎被张献忠民变军、南明军、地主武装、土匪和清军杀绝，后来湖广地区的人民大举往四川移民。同时明朝十万皇族也惨遭清廷和民变武装的屠杀。明末清初发生的自然灾害和疾病（尤其是鼠疫）亦造成了人口的大量下降。中国学者曹树基曾论明末人口锐减的主要因素有三，分别为自然灾害、鼠