治时期初被征当卫戍病院，1905年进行整修，二次大战期间因为粮秣仓库而遭盟军轰炸。至战后初期主体建筑已碎瓦败椽，几成废墟。1949年3月，员山乡乡长陈江流等人对宜兰市市长袁大晋提议将孔庙迁至宜兰神社。1952年10月1日省主席吴国桢巡视孔庙，当时省议员郭雨新建议修建。1953年3月3日，宜兰市民代表会讨论孔庙修建地问题，决定原地修建。然而该年末，议会决定在孝廉里作为新庙址，引发市民抗议。旧庙拆除工程由宜兰市公所与议员郭启荣定合约，并载明旧木材若在宽两寸长三尺以上由郭启荣所用，但市公所之后不履行契约，宜兰