舰只已经服役了16年，却保留了原有的发动机。尽管需要更换发动机，但战争形势却使得相关工作无法开展，埃姆登号只得继续坚持服役。埃姆登号平安无事的度过了1943年，但它的防空武器于这年得到加强，其中包括安装了炮和两门博福斯炮。1944年底，舰只参加了在斯卡格拉克海峡的两次布雷行动，第一次是在9月19－21日，第二次是在10月5－6日。由于盟军对布雷行动的空袭频率越来越高，相关行动至10月下旬被全部取消。在这年剩余的时间里，它在波罗的海的护航船队中占据了一席之地。1944年11月1日，埃姆登号曾协助搁浅的巡洋舰科