士野牛，与以东北地区活动组成了东北乐天金鹫，解决了两队合併后的联盟危机。2005年，为了增加吸引力，首次在赛季上引入跨联盟比赛，与跨联盟球队进行主客各三场的比赛。此外，第一个以地方为主的四国岛联盟亦开始成立。2006年日本棒球代表队取得了第一届世界棒球经典赛冠军。2009年日本棒球代表队，拿下了第二届世界棒球经典赛冠军，达成世界棒球经典赛的二连霸。
特色.与美国职棒大联盟的球队最为不同的是，球队可以因为母企业易主而改名（例：南海鹰->福冈大荣鹰->福冈软银鹰），而大部份球队名字