事发后中央人民政府副主席李济深通知政务院总理周恩来斡旋，事件至1951年5月下旬，历时三个月才告一段落，海内外佛教界称之为「云门事变」。1952年参与发起中国佛教协会，获推为首席发起人。1953年获推为中国佛教协会名誉会长；但拒绝出任，到江西永修县云居山真如禅寺带徒修行。期间多方筹划修复寺庙，并开荒造田，自给自足，种植茶树、果树，开辟花园。写有《重建云居山真如寺事略》与《云居山志重修流通序》，交由香港志莲净苑与佛经流通联合出版，流传于世。
逝世.1959年10月13日虚云圆寂于