嘉措拜仁真龙色宁布为根本上师，依止其修习宁玛派旧伏藏法，以及仁真龙色宁布的新伏藏法。其间，南喀嘉措的弟弟被认定为五世班禅的转世灵童，即后来的六世班禅。29岁时，南喀嘉措赴西藏朝拜冈底斯山，向大力金刚手菩萨供养珍宝并祈祷后，在暮色中入定，在定境中来到兜率天内院，见到弥勒菩萨，并获天女献供。日出时，南喀嘉措自定中出，听见人说： “应把那已死亡的瑜伽师火化掉。”南喀嘉措便站起来向讲话者合十言道：“谢谢你的关心！”南喀嘉措意识到其所抵净土为弥勒菩萨传授《慈氏五论》之净土，乃在当地兴建讲授《慈氏五论》的大经院。随