不涉及到性染色体的基因缺陷综合征而引起。胎儿时期若母亲服用了一些调节雌激素的（如己烯雌酚），也会造成阴茎异常或长度小于正常尺寸的情况。
治疗.
荷尔蒙治疗.在胎儿时期和童年时期期间，阴茎的生长速度会受到睾酮的强烈影响，生长激素对此也有一定程度的干预。小阴茎症状的病因无论是什么，如果它在婴儿时期就能确诊的话，通常医生会开出与睾酮有关的药（一般疗程不超过三个月）。这一治疗方法通常会让阴茎稍作增长，从而增加青春期时阴茎进一步成长的几率，但是一般很难达到正常的