少海崃两岸对抗的意识形态和减少对海外亲台团体的财政支援，令亲台团体的政治立场基本上也产生了变化。亲台团体一向反对台独，1999年，时任总统李登辉发表「两国论」，台湾和中国大陆的关系跌至谷底，2000年，台湾第一次政党轮替和陈水扁上台后，亲台团体要求李登辉辞去国民党主席一职。2008年，总统马英九上任后两岸关系有新突破。亲台团体的立场至今仍支持中华民国，在参与集会游行时，携带青天白日满地红旗及孙中山先生画像亮相，为其重要特色之一，甚至还多次举行纪念孙中山先生、中华民国国庆日（双十节）及元旦开国纪念日等