东沙岛属热带季风气候，冬季受东北季风、夏季受西南季风影响。每年4至11月偶然现台风来袭，但8、9月相对较多，除台风来袭外一般风浪均属微弱。雨量以夏季及秋季较多，冬季较少。而东沙海域表层水温约在21~30℃之间。
自然生态.东沙岛附近的海藻属于热带性海藻，与菲律宾北部海域的海藻相似性较高，与台湾南部的海藻则略有差异。由于海藻调查的范围大多侷限在东沙岛周围，对于面积广阔的内环礁、外环礁和礁台区的海藻相所知仍很少，推估东沙环礁的海藻相可能比目前所知丰富的海洋植物生态资源，动物方面，除