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站厅.为方便行人进出，收费区位于站厅西侧处，东侧以及南北两侧分别为行人通道及商店，商店主要是在大堂非收费区，收费区内设有一台专用电梯专用电梯、三条扶手电梯及一组楼梯往返月台。车站商店及自助服务方面，京溪南方医院站内设置便利店、自动售卖机、自动照相机、好易自助服务机。本站与3号线北延段各车站一样，设有航班查询方便前往机场登机的乘客。
月台.3号线设有一个岛式月台，位于广州大道北地底。
出入口.京溪南方医院站共设有4个出入