恶等军亦攻至长安，秦王姚泓被逼投降，后秦亡。王懿在战后即转太尉谘议参军，又负责押送姚泓直到彭城。刘裕篡晋称帝后，王懿屡次升迁后任徐州刺史，加都督。至元嘉三年（426年），王懿进安北将军。元嘉七年（430年），宋军北伐，王懿与竺灵秀率水军进黄河，联同到彦之等攻魏。当时魏军因河南兵少而暂时撤兵，于是宋军轻易夺得滑台、碻磝、洛阳及虎牢等城。因为这种成果，当时军人都十分高兴，只是王懿虑及魏军只是重新集结兵力，担心待冬天河水结冰时就会大举南侵。十月，宋军沿河置守，屯守东平郡，同月魏军攻至，虎牢、洛阳皆失，到彦之想