1916年，成为因斯布鲁克大学医学化学教授，1918年转到维也纳大学。从1921年起，直到去世，他一直在慕尼黑工业大学担任有机化学教授。菲舍尔的科研工作主要集中于研究血液和胆汁中的色素、绿色植物中的叶绿素以及衍生出这些色素的吡咯。其中最重要的工作是胆红素与血红素的合成。他合成了超过130种卟啉，其中在1929年合成血红素。1930-40年代，他对叶绿素的研究形成了100多篇论文，阐明了叶绿素的结构，重点论证叶绿素分子中含有二氢卟吩环系，且中心有1个与二氢卟吩环形成配位的镁原子。这些研究成果为后来罗伯特·