。崔慧景将要渡江后，萧宝玄又以为崔慧景有望成功，杀了司马孔矜、典签吕承绪及戚平、黄林夫，开门接纳崔慧景，派长史沈佚之、咨议柳憕分部军众，乘八扛舆，手执绛麾幡。崔慧景进攻建康，遥废萧宝卷为吴王。萧宝玄随崔慧景到京师，住东城，百姓多来投奔。但齐武帝孙巴陵王萧昭胄也来投后，崔慧景便犹豫了不知道立谁为帝。豫州刺史萧懿起兵救援，崔慧景战败被杀。萧宝卷得到投靠萧宝玄和崔慧景的名单，说：“江夏王尚且如此，岂能再怪罪别人。”下令烧了。萧宝玄逃奔数日后出来自首，萧宝卷召他进入后堂，让众人用步障碍裹着他、令数十侍臣鸣鼓角驰