另一位长期在外地执教的上海人徐根宝担任。1995年，新成立的上海浦东足球俱乐部邀请王后军担任总教练，他率队夺得了乙级联赛的冠军杀入甲B联赛，但是次年联赛过程中由于健康原因离任。
逝世与纪念.2012年11月21日，王后军因尿毒症和糖尿病引发的肾、肺功能衰竭，在上海去世。中国足协发唁电悼念，称王后军的病逝是世上海足球界与中国足球界的损失。2013年3月，王后军纪念铜像在上海滨海古园揭幕。