扰存在时可通过构象校对机制保证分子识别的精确性。
过渡态的稳定机制.这些构象改变也可以用于使活性位点中的催化残基靠近那些在反应中会被改变的底物中的化学键。在结合发生后，通过提供反应替代化学路径的方法，一种或多种催化机制使得反应过渡态的能量降低。有六种可能的“越过壁垒”或“通过壁垒”的催化机制：
键扭曲催化.这种作用对诱导契合结合有着主要影响，在该情况下酶对过渡态的结合力比对底物本身的结合力要强。这种作用诱导了结构重排，即将底物的键扭曲成一种接近过渡态的构象