天草的首级被送往长崎，原城城堡被毁。
影响.幕府怀疑西方传教士与起义有关，于是驱逐葡萄牙商人，并严格禁绝天主教及其他基督宗教，幸存的教徒被迫成为地下信徒。此后到19世纪中期，日本本土再没有发生大规模的战争。对基督宗教的禁绝直到明治维新时期才取消。事后幕府调查时，调查者在松仓胜家住宅的桶中发现农民的尸体，因为此事而被幕府没收领地并被斩首（通常幕府对大名的处断是较为名誉的切腹，松仓胜家是德川幕府历史中唯一被下令斩首的大名）；此外，当初对天草地区检地时给予过大石数判定而导致居民生活困