祥在北京海军大院东区100号楼15层跳楼自杀身亡。有媒体报道自杀原因可能是抑郁症。据传马发祥在跳楼身亡前已被中央军委纪委通知约谈，主要是调查马的“违纪”问题，核实澄清一些问题，重点是马和徐才厚之间的政治关系以及马是否对徐行贿买官，尤其是否卷入徐才厚协助薄熙来谋反。但海军总部和中央军委纪委都没有料到，马发祥居然会跳楼自杀。12月1日，其遗体在北京八宝山革命公墓火化。12月2日，海军党委机关报《人民海军》第一版发佈了海军副政委马发祥中将于11月13日因病不幸逝世，享年61岁，中央军委委员兼海军司令员吴胜利上将等