998年，谢霏霏接任第四任校长，同年活动中心完工。1999年6月的毕业典礼上，时任家长会会长表示因校方不重视家长会，该会将停止运作，谢霏霏则认为两方沟通并无问题。同年9月发生921大地震，全校师生捐款新台币14万余元赈灾。2001年在活动中心内设立室内篮球场。2003年5月，该校开办营养午餐，却因素食收费过高引起争议。谢霏霏任内也曾因推动能力分组教学，被家长以违反常态编班为由投诉土库国中，但县教育局认为并无违反规定，只是需要改善方式。2006年，钟进森接任第五任校长，并于2012年8月7日调任二崙国中校