极氏式微，三木直赖的时代渐次成长为支配飞驒的战国大名。直赖之子・三木良赖之时乘飞驒国司姉小路家的内纷，夺取并继承姉小路古川家。良赖透过政治工作使朝廷承认三木氏继承姉小路家，永禄元年（1558年）叙任飞驒守。永禄2年（1559年）正式称为姉小路姓。天正10年（1582年）6月，织田信长因本能寺之变横死，姉小路赖纲协助佐佐成政与羽柴秀吉敌对，天正13年（1585年）秀吉命令金森长近进攻飞驒，战国大名之姉小路氏自此灭亡。子孙复归三木姓，仕于德川氏。