于1942年2月回到土伦。回到土伦后的敦克尔克号仅能停在干坞准备大修，但因材料和劳动力短缺，导致修理进度缓慢。当同盟国成功登陆北非后，德意志国防军迅速占领自由区作为报复，并开始策画抢夺停靠在土伦的维琪法国舰队。为了避免德军计画得逞，法国海军决定将所有舰艇凿沉。尽管敦克尔克号还在维修，且舰长艾米尔（Amiel）以没有书面命令为由拒绝凿沉舰体，但最终被上的指挥官说服而凿沉。破坏船体的炸药随后放置定位，引爆后的大火迅速吞没整个船身。其残骸随后由轴心国人员接管并拆解，当战争结束时仍有一部分的残骸留在土伦，直到1