当地土着部落打败。他发现智利并没有秘鲁富有，因而失望而归。在回归库斯科城的时候，正逢曼科·印卡率领的印加人起义部队。阿尔马格罗率领的数百人赶到，迫使曼科解除包围并撤退，阿尔马格罗成功占领了库斯科并俘虏了皮萨罗的三个弟弟、、。阿尔马格罗立另一位印加王室保柳·印卡为新的印加皇帝，与皮萨罗对抗。他在阿班凯击败并俘虏了皮萨罗的支持者。在1538年的中，阿尔马格罗被皮萨罗击败，被俘，并被判处死刑。7月8日被斩首，尸体在库斯科的大广场示众，后来被其支持者收葬于库斯科的一座教堂里。