论，被言官参劾，辞官回苏州闲居。晚号休休居士。卒于万历四十二年，赠太师，谥文定，赐葬吴山之阳。申时行于首辅任上开创“章奏留中”及“经筵取消，改为进呈讲义”；其本意虽为拯救雒于仁并让不听大臣讲学的神宗至少可以自己看点文字，这两个惯例的养成都多少促成了万历怠政，并彻底切断皇帝与大臣们交流的渠道。
着作.《四库全书总目》说“其相业无咎无誉，诗文亦如其人”。着有《赐闲堂集》，万历间参与重修《明会典》。另有《书经讲义会编》、《召对录》、《纶扉奏草》、《申定公赐闲堂遗墨》等。此外，他亦