接着实施的废藩置县政策，曾分别先后隶属兵库县、德岛县，1871年全数被整併到名东县，1876年再次被调整併入兵库县1879年实施，正式的设置了近代的行政区划「三原郡」，但最初是与津名郡共同设置「津名三原郡役所」，郡役所设于津名郡洲本城下（位于现在的洲本市）。