土地是否直接属于萨伏依公爵还有争议。幸好伊曼纽尔的夫人玛格丽特对夫家的权益据理力争，靠着她的聪慧和品德，以及公爵的战略技术，在谈判桌上让法国陆续归还上述领地，直到1562年底只剩皮内罗洛、萨维利亚诺和佩罗萨未还。后来因为法国爆发从1562-1598年的宗教内战，伊曼纽尔终在1574年让法王亨利三世归还那三块土地，同时让制衡法军的西班牙军队从萨伏依的阿斯蒂和桑梯亚撤出，完整光复了萨伏依公国的主权。他又在1563年将首都从香贝里迁到都灵（人口2.3万），并建立大规模的堡垒工事。
军事改革