阉党余孽掌握，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清军攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，送到北京杀害。此期间清军发起扬州十日、江阴八十一日与嘉定三屠等大屠杀以镇压反抗的汉人。同时明朝数十万皇族也惨遭清廷和农民军的屠杀。弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山群岛沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠郑成功，不久病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持