了亲布尔什维克与反布尔什维克派系内斗的影响。雅努塞克忠于军团中的反布尔什维克派，而反布派最终获得了捷克斯洛伐克军团的控制权。因此，捷克斯洛伐克军团拒绝了爱德华·贝奈斯向布尔什维克“叛乱”投降的命令。1918年10月，雅努塞克晋升至暂代捷克斯洛伐克军团第1团II营7连的连长。捷克斯洛伐克军团在俄国内战中加入了俄国白军。雅努塞克随军先后在布古利马、梅列克斯、布劳地那（Braudina）、沁比尔斯克和喀山与红军作战。1918年8月7日雅努塞克被晋升为1团3连的指挥官。9月，红军迫使捷克斯洛伐克军团从喀山撤退。