征用商船，他说：「你们以商船为家，夺去等于是割取你们性命！」拒绝官员，对方很快离去。之后侯鼎铉迁任湖州推官，多次平反冤狱，改革当地粮运宿弊，并仿效祖父的白粮事宜；再入朝担任户部广西司主事。弘光年间他和葛遇朝、张弘弼、吴国斗、雍鸣鸾、赵明远、许承钦、任弘震、区志远、秦堈、夏时泰、曹玑、陆禹思、张大章、何应璜、方岳朝、周宪申、蔡元宸、陈宗大、赵翼心、盛黄、周伯瑞、张永禧、刘世斗、傅如汤、张鼎隅、赵悦心、王泰际、章甫、徐懋贤、倪元善一同在户部共事，转为员外郎，南京失陷后出家为僧，有儿子侯曦。