阁总理大臣（首相）为名义上与实质上的总司令，管理则由防卫省负责。整个自卫队分为陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队，以及一个类似总参谋部的统合幕僚监部。其他的国防相关机关则有自卫队医院、防卫大学校、防卫研究所等。
陆上自卫队.陆上自卫队採用世界各国陆军的组织建制。日本陆上自卫队主要之任务是用于防止海外势力的登陆作战计划，因此战力相对薄弱，近年来还有高龄化等问题存在。主要的配备有：坦克、装甲车、榴弹砲、反坦克火箭、反坦克导弹、直升机等防卫性武器。
海上自卫队.