正式投入服务。此时由于无法使用厦滘车辆段，所有3号线列车都必须暂时使用2号线的赤沙车辆段，通过客村站东南方的联络线以及客村至磨碟沙段的路轨来往赤沙车辆段和3号线正线。该段开通时使用3节编组列车行走。2006年6月6日，市桥至番禺广场区间盾构机抵达番禺广场站，标志着三号线隧道全线贯通。9月25日，客村站至汉溪站区间开始热滑。2006年11月20日，3号线全线停止服务40天，进行三号线的全线（广州东站/天河客运站—番禺广场）贯通前的联合调试。运营事业总部亦于十天后正式接管市桥站、番禺广场站、天河客运站、