563年（嘉靖四十二年）。《凤山县采访册》亦载：而其他的史料则散见于《台湾通史》及《凤山县志》。在林道干之后，万历年间水师曾三度征讨盘据台湾的倭寇（1574年、1603年及1617年）。其中1603年（明万历卅一年），将军沈有容率水师到澎湖和台湾追剿倭寇，随军福建人陈第曾记载文着「东番记」称高雄为打狗屿，这也是第一本记录当时台湾先住民生活状况的文献。
荷兰殖民时期（1624年—1661年）.1624年（明天启四年），荷兰东印度公司在澎湖被明朝水师打退，转而退守台湾另组织