·克雷默及约翰·斯普伦格着作的猎巫手册《女巫之槌》（Malleus Maleficarum）面世后，令整个欧洲社会把猎巫的矛头指向女性。被判死刑的女巫，财产会被没收，令政界和司法界对猎巫运动更加积极。在迫害的巅峰期，很多不懂巫术的女人也遭人诬告罪成而被处火刑。
迫害异见者.启蒙运动之前，科学或一些另类的神学(即基督教中的异端)与天主教常发生冲突，若干科学研究或异见人士被指为异端，甚至遭到迫害。阿拉贡王国神学家米格尔·塞尔韦特参与了新教改革，后期又发展了反对三位一体论，并对加尔文进行