日本东京召开临时股东大会予以认可，隔年1月17日怡记制糖併入台湾制糖。而在明治四十四年（1911年）三崁店制糖场受暴风雨破坏，故台湾制糖会社接收后进行大幅整修，改称三崁店制糖所，制糖能力再提高到1200公吨，该工场与车路墘（仁德糖厂）、湾里制糖所（善化糖厂）为台湾制糖会社获利最多的工场。二次大战期间，三崁店制糖所于1945年1月10日起开始受到轰炸，受创严重，战后原本美国国务院受中华民国政府邀请而派来考察的专家罗斯（E. A. Rose）建议因为三崁店制糖所严重受创，无须恢复，建议将原料、铁道业务改