务管理权交予她的心腹，塞维利亚大教堂副主教胡安·罗德里格斯·德·丰塞卡（）。殖民地的军事、贸易与移民活动不断增加，很快超过了丰塞卡一人的管理能力；同时隔壁葡萄牙的曼努埃尔一世也于1500年在里斯本设立印度（贸易）所（，又称印度部或印度之家）来管理葡萄牙在印度的殖民地。最终伊莎贝拉一世于1503年签署皇家特许证，准许丰塞卡在塞维利亚组织成立西印度贸易馆，作为王室全权代理机构来管理殖民地贸易，直接对国王负责。西印度贸易馆很快控制了西班牙岛的经济事务，并在接下来数年内将权力扩大到西班牙美洲殖民地的方方面面。S