分类.安地斯银鸭最早于1844年由瑞士博物学家发表为独立物种，归属于鸭属，名为"Anas puna"，随后被视为同属另一物种银鸭的其中一个亚种。2009年一项以粒线体DNA分析鸭科各物种亲缘关系的分子系统发生学研究发现鸭属并非单系群，因此该属被拆分成四个属，包括安地斯银鸭与银鸭在内的十种鸭被分到新的属"" （拉丁文原意为汤匙、锅铲），种小名"puna"则是来自其分布范围之一的阿他加马高原（Puna de Atacama）。安地斯银鸭与银鸭和亲缘关系较近，这三种鸭有时被独立成一个