在早期已经重建，但是碍于加贺藩的财政问题，山门则延至文化10年（1813年）才获准重建，最终在文政元年（1818）11月完工。瑞龙寺原本佔地达33,643步，设有塔头东渐院、龟占庵、法性庵和林洞庵，但是瑞龙寺在废藩置县后失去了来自加贺藩的援助，而且受到废佛毁释的影响，改建成火首金刚堂，、浴室和回廊等部分建筑物也遭到拆毁，直至明治至大正时才逐渐重建东面部分的回廊，重塑了原本伽蓝的面貌。1985年11月，文化厅与高冈市、富山县等合作，由大林组和对瑞龙寺进行大规模维修工程，造价达23亿日元，直至1996年3月才完