收日本各地设施时发现停泊在吴港的此舰是唯一一艘没有受损的日军航空母舰。本舰随即与“鹿岛”号一同作为复员运输舰自海外接运被遣返回国的士兵与侨民。当时凤翔号编制操作人数为41位军官、369位士兵。1945年10月至11月间凤翔号自沃特杰环礁载回700人，贾卢伊特环礁载回311人，埃内韦塔克环礁运回数人（数据不详），并将遣返人员安置在浦贺港。为了提高运输效率，凤翔号在1945年12月再度接受改装，切除过长的飞行甲板，并将机库改装以载运更多乘客。之后开往韦瓦克与中国大陆接回被遣返军民。据统计，从战败后到次年8月