约有1200个现存物种，并通常分成三个类群（石松纲、卷柏纲及水韭纲）；另外还有些已灭绝的类群。现存的类群有几种分法：全归于单一纲中；或分成二个纲，卷柏纲及水韭纲合併为一纲或三个类群分别为一纲。
演化.石松门有很长久的演化史，且其化石遍佈全球，尤其是在炭矿中。实际上，大多数已知属都已灭绝。志留纪的物种「刺石松」是现知最早的石松门植物，而似乎和某些「库克逊蕨」有关连。石松门的化石和其他大量的维管植物一起出现于志留纪时。亲缘关系学的分析将其放在维管植物的基部；它们以其小型叶和孢子体的