森五世于1791年去世，威廉退学并利用父亲的人脉进入陆军。美国此时的首都是费城，经华盛顿总统安排，哈里森前往今俄亥俄州西部加入安东尼·韦恩（）执掌的部队，与印第安人开战。他晋升上尉并统领华盛顿堡（），后因过不惯驻军生活于1798年回归平民社会。同年，约翰·亚当斯总统提名哈里森出任西北领地政务卿，领地议会第二年以微弱多数推举他担任领地驻国会议事代表。1800年，西北领地一分为二，亚当斯任命哈里担任新成立的印第安纳领地首任总督，此后他持续任职十余年。哈里斯上任前从岳父约翰·克莱夫·塞姆斯（）手中买下俄亥俄州汉密