1929年出任四川省政府主席。赖心辉部退到合江、赤水之间以后，赖心辉同贵州省政府主席周西成商议，由赖心辉驻防遵义，周西成则协助赖心辉反攻四川。1929年5月，周西成在滇军同黔军的混战中阵亡，赖心辉去贵州不成，被迫退守秀山县城，招兵买马。随后，刘湘派王陵基以“剿匪”为名，进攻赖心辉，赖心辉部溃败，再度退至贵州和四川的边境，并向南京国民政府求援。蒋介石回电令其赴汉口集中，但遭王陵基部截击，被迫返回贵州，经龙里、贵定、八面大山至湖南，所部被改编为国民革命军新编第11师，赖心辉降为该师师长。1930年，赖心辉率