亚与中华民国建立公使级的外交关系。1940年8月6日，因苏联吞併爱沙尼亚而中止。1991年11月8日，中华民国外交部次长章孝严访问爱沙尼亚，与对外经济关系部长签署互设贸易代表团协定及经济合作备忘录。1995年6月，中华民国经济部长江丙坤率团赴瑞士参加蒙太纳论坛，期间会见爱沙尼亚总统梅里，并就双边经贸关系交换意见。8月，爱沙尼亚前总理拉尔国会议员抵台访问。2012年3月28日，爱沙尼亚国会议员及官员访问团应中华民国政府邀请抵台访问。访问团成员包括、经济发展司总司长，亚太司负责亚、澳、大洋洲事务