664年8月，郑经改东都为东宁，天兴、万年二县为州。福建省漳州府平和县人赖刚直，号斌来，同郑成功渡台，为其部属，奉命屯田于天兴县八掌溪崙子顶，即今嘉义县中埔乡和睦村，为本地最初之拓荒者。传说他辟水田千余甲，应非兵丁独垦，而是招垦的成果。1683年7月，郑克塽降清。清治时期，1684年，设台湾府，隶福建省，下设台湾、凤山、诸罗三县。其中诸罗县县治在开化里佳里兴（今台南市佳里区），1704年移驻诸罗山庄（今嘉义市）。设县之初，县境南以新港溪（新市乡社内，今台南市新市区社内）与台湾县为界，北至鸡笼城（位今基隆