与已存在的文化及宗教综摄并受之影响，伊斯兰教的包容性使之在印度尼西亚的传播具有优势，此情形在爪哇最为显着。
殖民地时期.印度尼西亚人与欧洲人首次正规接触始于1512年，由佛朗西斯科·施兰（Francisco Serrão）带领葡萄牙商人寻找并垄断摩鹿加群岛上的肉豆蔻、丁香及荜澄茄等资源，随后荷兰及英国商人也到印度尼西亚。荷兰于1602年成立荷兰东印度公司，并成为欧洲位于印度尼西亚的主要势力，曾遭遇破产及印度尼西亚人民武装抗争，东印度公司于1800年解散，荷兰政府则成立荷属东印度接管