为“琛航”运船帮带，次年任“海东云”炮舰管带。1874年5月牡丹社事件日军侵台，邓世昌奉命扼守澎湖，基隆等要塞，得补千总。
北洋水师.1880年调北洋水师。同年到英国接“扬威”巡洋舰，回国后任“扬威”管带。1887年再到英国接“致远”巡洋舰，任“致远”管带，职中军中副将。是北洋海军管带中，唯一一位未曾出洋留学或实习的管带。1891年李鸿章检阅北洋海军，邓世昌因训练有功，获“葛尔萨巴图鲁”勇名。
黄海海战.在中日甲午战争黄海海战中，因“致远”舰受伤，弹药用尽