武藤游戏的牌组来自武藤双六，并成为游戏和亚图姆共用的牌组。直到王之记忆篇，游戏才拥有自己特有的另外一副牌组，而这些牌组的内容是亚图姆并不清楚的。游戏的另外一副牌组中有会随着时间经过而强化的沉默剑士、沉默魔法师，以及强力的怪兽破坏龙刚多拉。另外、还有三色齿轮这项快速召唤下级怪兽的手段，以及陷阱怪兽卡机动碉堡。