个月便回到工作岗位，直到1998年杨日松才正式以「法医室主任」之职务退休并获颁「特种领绶景星勋章」，退休后杨日松仍经常到内政部警政署刑事警察局法医室传承经验，其在台湾警界和司法界桃李满天下，堪称法医界的杰出代表人物。2010年11月14日，惊传罹患大肠癌。隔年11月23日凌晨3时，杨日松疑因大肠癌于台北国泰医院病逝，享寿八十四岁。
褒扬令.时任中华民国总统马英九于2011年12月6日明令褒扬内政部警政署刑事警察局法医室前主任杨日松，褒扬令全文为：另外白色恐怖时期之林义