转马台内的孙家花园为校址，在此一直到1916年10月。1913年教育部发表《蒙藏学校章程》。1913年《蒙藏学校章程》规定该校招收预备科4个班，补习科1个班。因经费短缺，当年仅开1个补习科班。1913年3月，由干隆年间所设的咸安学、唐古忒学、托忒学和光绪年间所设的蒙古学的37名学生合并为补习班，补习内容有政治、法律、经济等科目，其他蒙藏学生可旁听。1914年3月开预备科一班，四年毕业，毕业后升入专科，以蒙藏地区青年为主要生源。1916年3月，第一届补习班学生毕业。4月添招预备班二班开课。1916年6月，