母回归正殿继续接受信众香火。2012年云林县政府公告土库顺天宫为县定古蹟。2013云林农业博览会期间获选为农博百大亮点。
六房天上圣母土库避难.皇民化运动时期，台湾总督府下令辖内非佛教庙宇皆须列册拆除，异教神像一律焚毁，当时六房天上圣母亦列入焚毁名册内，经土库股老大议决将圣母藏匿于林保正住宅，林保正即率领过港人士刘营、林石松以小轿秘密护送六房天上圣母取道二重沟溪底小径，涉水越过虎尾溪从竹脚寮上岸，直奔过港。尔后深感日本政府之压力沉重，再商议移驾土库顺天宫后殿避难。直至二战结束为止。