003年七一游行之后，2004年－2006年，民主党屡受丑闻困扰，其中包括党内派系之争、涂谨申汇标事件、何伟途丑闻事件、「真兄弟」事件，以及几名观塘区及九龙城区区议员的贪污丑闻等。李永达亦因此不再竞逐连任主席，两派对立风波中何俊仁以大比数胜出另一派系的陈竟明，接任主席。2006年发生怀疑党员被中共收买、渗透事件（「真兄弟事件」）；遂由元老李柱铭、司徒华、秘书长张贤登等进行调查：《会员政策专责小组报告》，调查中方收买党员、指导其言论、策划其行为、干预党的运作、削弱党的能力、与及人头党员的种票情况。调查报告