马洲支线的落马洲站，东面则在古洞站和东铁线交汇作为转车站，与当年的《铁路发展策略2000》提出的计划相似。如果落实，北环线将成为通往落马洲铁路口岸的第二条铁路，届时新界西的居民前往落马洲站或东铁线以北各站亦更为方便。不过首阶段只兴建北环线锦上路站至古洞站段，而锦上路站至落马洲站段则暂缓兴建，并视乎未来跨境运输需求的增长，才增设此段跨境支线。换言之，在此段支线建成前，北环线乘客届时须在古洞站转乘东铁线才能前往落马洲站。