委会第九十五次会议批准了国务院的这一决定。随后，民航局又于1960年11月17日改名为交通部中国民航总局，由中国人民解放军空军和交通部分工领导。1962年4月13日，第二届全国人大常委会第五十三次会议批准周恩来提议，将交通部所属中国民用航空总局改为国务院直属机构。1965年，交通部机关设：办公厅、政策研究室、计划统计司、财务会计司、劳动工资司、技术司、教育局、材料供应局、民间运输局、水运局、公路运输局、公路工程管理局、保卫局、参事室和政治部、中监委派驻监察组。1973年5月，交通部机关设：办公室、政治部、铁