。所以后来经过当地人向日本政府申请，于1899年（明治32年）3月16日获准成立「大肚公学校」（今台中市大肚区大肚国民小学），首任校长是日本人木村左市郎，学校成立之初即以磺溪书院充当校舍。之后在1901年经过当时文昌祠的炉主赵壁等三十多人，将庙后的的十多甲土地捐赠给学校，1909年大肚公学校就在磺溪书院后方建立了新校舍。1938年之后大肚公学校迁址到现址，书院捐赠的土地被他人非法侵佔、变卖，导致磺溪书院只剩数千坪土地。书院甚至在1945年之前，美国盟机曾经空袭过台湾，书院的三川殿跟厢房都曾被炸弹波及。在