在洛阳举行五十大寿，维新派首领康有为赠送一副寿联，曰：「牧野鹰扬，百岁功名才半世；洛阳虎踞，八方风雨会中州。」吴大喜，赏给大洋一千元。同年6月，未能阻止曹锟利用冯玉祥驱逐黎元洪。10月曹锟贿选，成为大总统。1924年9月在中南海四照堂点将，发动第二次直奉战争，曹锟任命吴担任“讨逆军总司令”。10月冯玉祥接受张学良建议，背叛吴佩孚，发动北京政变囚禁曹锟，吴为奉军及冯叛军所败。赴岳州託庇于湖南军阀赵恆惕。1925年（民国14年）冬，吴佩孚在汉口组织十四省讨贼联军。1925年10月，浙江督办孙传芳发动反奉