被困年余，祖大寿粮尽援绝，遂再次降清。他曾经写信劝其外甥吴三桂投降。吴三桂当时还没有“冲冠一怒为红颜”，这种劝降信自然毫无作用。清兵入关后祖大寿任总兵。顺治十三年（1656年）病卒于北京，葬于北京。
家庭.有子祖泽润、祖泽溥、祖泽洪、祖泽清，一个养子祖可法。
后事.1919年，在天津做生意的英国皮货商克拉虎氏，接受了加拿大皇家安大略博物馆採购任务，採买一座明墓运回加拿大，当即有自称祖大寿的后人联系卖墓事宜。1920年，他亲自到丰台铁匠营墓地现场经过考察，经