琳起初颇为尊敬，但之后英国的新教氛围让她受到国王夫妇的误解、猜忌与隔阂，议会还通过一项法令限缩她的天主教仆人，并警告她不得介入英国政局，特别是詹姆士党的反政府活动。尽管外在环境不佳，她仍待到1699年3月才离开英国，回到母国葡萄牙。当时她十岁的侄儿若昂五世（1706年-1750年在位）因母亲（葡萄牙王后纽堡的玛丽·索菲亚）病逝而陷入忧郁，于是她以慈爱让侄儿走出伤痛，并包办教养姪儿的责任，很快成为若昂王子最依赖的长辈以及一生中完美的女性典范。她曾经在1701年、1704-1705年担任葡萄牙的摄政，当时她