推辞掉，但是他却仍有要投靠的意思。刘秀向南回到宛后，更始帝十多次攻打父城，冯异都坚守城池不肯投降。
追随刘秀.刘秀做了司隶校尉后，他途径父城，冯异等人打开城门相迎。刘秀便委任冯异为主簿，田萌为从事。此后冯异又推荐了他的同乡铫期、叔寿、段建、左隆等人，刘秀将他们全部任用为掾史，更随他一同到洛阳。后来更始帝多次想派刘秀巡视黄河以北的地区，但各位将领都认为不行。冯异便劝刘秀与左丞相曹竟和他的儿子尚书曹诩深交，刘秀照做了。最后在他们两个人的帮助下，刘秀得以巡视黄河以北。刘縯被害以后