哈拉汗国居于统治地位。17世纪末，布哈拉汗国国势衰微，其实际控制领地仅剩首都所在的河中地区的一部分。于是在费尔干纳地区，信仰伊斯兰神秘主义的和卓们开始了领地自治化。大约1710年左右，费尔干纳地区的明格部落首领沙鲁克开始反抗宗教政权，并于1740年定都浩罕，建立了浩罕汗国，摆脱了布哈拉汗国的统治。在当时的时期，以民族独立为目的而建国是很常见的。浩罕汗国建立当初，国家较为弱小，经常受到位于天山山脉北麓地区的准噶尔汗国的侵略。1757年，清朝征服了准噶尔汗国，并于1759年镇压新疆南部的大小和卓之乱，控制