京国际机场（羽田机场）2012年的旅客吞吐量为亚洲第二，达到6782.5万人次，是世界上最繁忙的机场之一。在2013年机场服务质量排名中，羽田机场也位列世界第二，航班晚点率全球最低，而且是全球卫生情况最佳的机场。日本的三大航空公司——日本航空、全日空、天马航空，是日本空中交通的重要标志。日本全国共有175个机场，全球排名第33。
海运.由于日本99.7%的原材料和商品均依赖海运进出口，水路交通一直被重视而且十分便利。日本全国一共有1020个各式的港口，当中属于指定重要港湾的包括