主要从事粒子物理及各种应用性问题研究并取得多项重要成果。何祚庥立足于马克思主义自然辩证法研究理论物理的粒子物理、暗物质、宇宙学等方面。何祚庥在科学史、自然辩证法、哲学、政治经济学等方面上探讨了粒子物理研究中有关马列主义哲学的问题。其研究工作是以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、「三个代表」重要思想、科学发展观及习近平新时代中国特色社会主义思想为指导的。曾撰文断言「量子力学的发展论证了江泽民‘三个代表’的理论是科技创新评价体系的根本性标准」。此外，何祚庥还在建筑，环境学，克隆等领域发表过观点。何祚庥