曼帝国穆罕默德二世进入君士坦丁堡时，发现了破败的君士坦丁堡大皇宫，他漫步在空荡的大殿及楼亭时，低吟了波斯诗人菲尔多西的诗文：君士坦丁堡的重建使皇宫的大部分建筑损毁，不过在二十世纪早期的一场大火使皇宫的一部分暴露出来，发现了一些牢房及墓穴，当时开始在伊斯坦堡进行发掘。直至现时，皇宫总面积的四分之一已被发掘，但是完全发掘并不可行的，因为苏丹艾哈迈德清真寺及其邻近的建筑覆盖了一部分。大部分已发掘的马赛克收藏在大皇宫镶嵌画博物馆（Great Palace Mosaic Museum）。