李自成攻陷，明思宗自尽身亡，位于北京的中央政府也一并被攻灭。但南方许多省份依然忠于明王朝，在南京也仍存在着南京六部等衙门。南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟福王朱由崧称帝，即弘光帝，国号依旧为大明，史称南明或后明。1645年清军攻破扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，后被送到北京杀害。弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位，而相互攻打。1646