年肃宗改革军制，新设精锐的禁卫营并由自己的宠臣掌控，大大强化了首都汉城的防御力；改革同时缩小了南人党控制的五军营数量，确保国王对军队的主导。后来在1680年，对南人彻底失去信任的肃宗，利用「三福之变」（王族造反案）将朝中的南人党几乎流放或赐死，并扶植了西人党的上台执政。肃宗六年（1680年）王妃金氏罹患了天花而过世，他在隔年册立两班大臣闵维重之女为王妃（仁显王后）。后来因为他非常宠爱后宫张禧嫔，再加上美貌的张氏生下他期盼已久的子嗣，同时张氏也不断向他进不利王妃闵氏的谗言，于是在肃宗十五年（1689年）下