以后的二条天皇、六条天皇、高仓天皇、安德天皇与后鸟羽天皇5代都由后白河上皇院政所操控。
平治之乱.平清盛因保元之乱而赢得后白河天皇的信赖，于是升任播磨守及大宰大贰。然而此后清盛与信西（藤原通宪）联手扩张其权力的企图让藤原信赖与源义朝大为不满，两人于是举兵对抗之。这就是发生于平治元年（1159年）的平治之乱。这场乱事最后由平清盛获得胜利，源义朝被其诛杀，以源义朝长子源义平为首的许多源氏族人均被处死，被捕的义朝三男源赖朝则被处以流放至伊豆国之刑罚。自此，平清盛打下了武家政权的基