巴坚赞担任哲蚌寺法主。当时西藏内部情势混乱，涉入政治与宗教上的争议，相传因为札巴坚赞见到第五世达赖向其他教派（主要是宁玛派）学法，认为第五世达赖背弃了格鲁派宗喀巴大师的教法，成为宁玛派的傀儡，札巴坚赞在寺院公开演说，反对第五世达赖，并要求与第五世达赖公开辩论，因此遭僧兵逮捕。也有人认为是札巴坚赞因自己差点成为五世达赖，最后失之交臂，只获得仁波切的地位，因此煽动僧团，要求公开辩论，以反抗第五世达赖，第五世达赖下令将他逮捕，不久即在狱中涅槃，当地的僧俗二界尊称他为「多杰雄登」。但是其被捕、死亡的原因，与成为「多