铁道的铁路车站，位于北海道北斗市久根别1丁目，现为无人站。「久根别」源于阿伊努语的「kunne-pet」（黑色的河川），因位于该地区东侧而在前面加上「东」字。
车站结构.侧式月台1面1线的地面车站。五稜郭站管理的无人站，站舍由货车改造。2016年3月移交道南渔火铁道移管后继续是无人站，同公司设置自动售票机。自动售票机与厕所位于货车改造的候车室，早上7时－下午8时可使用。