1993年再获升为副广播处长。1999年年底，当时广播处长张敏仪调任至日本东京，出任香港驻日本经济贸易首席代表，朱培庆接任广播处长。其任内的重要事务，包括公共广播服务检讨、港台账目混乱问题、员工被指控贪污，在节目上，港台批评政府的言论亦引起董建华及曾荫权先后责难。在他上任之初，港台编辑自主的问题在香港引起广泛争议，外界曾指朱培庆作风不及前任的张敏仪硬朗，担心未能保护港台免受政治干预，但他任内曾在多个重要事件上，支持香港电台的编辑自主和言论空间。2001年，港台节目《头条新闻》以塔利班政权发表施舍