下狱后，诛杀人质夏正并肢解之。噩耗传来，胡宗宪“亲临海边望祭之，恸哭不已，军将皆堕泪不能仰视。”之后俞大猷围攻在岑港被明军包围的毛海峰，久攻不下，最后在俞的参将戚继光指挥下攻灭毛海峰。王直被处死后，由于群龙无首，倭寇之患又严重起来。明末清初史学家谈迁认为胡宗宪当初许诺不杀王直，之后朝廷议论汹汹便不敢坚持己见。要是王直活着，还能约束海盗，他死后则战火不断。
相关事迹.史料描写王直的赫赫威仪：“绯袍玉带，金顶五檐黄伞……侍卫五十人，皆金甲银盔，出鞘明刀”，其建造的巨舰可容纳两千