中丞兼户部侍郎。二载（757年），肃宗移驾凤翔府，任吕諲为武部侍郎，允许他穿高官的金紫袍服。十月，肃宗收复长安、洛阳，设置三司使，以御史大夫兼京兆尹李岘、吕諲、崔器、刑部侍郎兼御史中丞韩择木、大理卿严向五人为之，处置投降大燕的原唐朝官员。吕諲又荐崔器为吏部侍郎、御史大夫。十二月，吕諲受命和时任礼部尚书李岘同为详理使，与崔器等官员一同负责处置陷燕罪臣。吕諲和崔器严厉，上言都应处死，肃宗几乎同意，而李岘比他们识大体，也较为仁慈，争执称“諲、器守文，不达大体”。最终肃宗从李岘议，对这些官员以六等定罪，保全了很多人