机大加株连，柳成龙作为礼曹判书上疏解救。不久后调任吏曹判书，选派“沉静谨慎”的吴亿龄调查郑汝立谋反同党，挫败了郑澈等西人的阴谋。
战中表现.柳成龙于1590年担任右议政一职，执掌朝政。他在政治派别上属于东人党。在东人党成功击败西人党以后，他主张采取稳健的态度，与东人党内激进派意见不合，不久后东人党分裂为南人党和北人党，柳成龙成为了南人党的领袖。1591年，柳成龙提拔少年时的老相识李舜臣为全罗左道水军节度使，这引起了与北人党相善的元均的不满。同时他还主张提拔了权慄，后者成为了战争期间