继任军长。下辖三个师：第14师阙汉骞部、第50师杨文瑔部、第198师王育瑛部。1940年9月由昆明赶赴滇越边境驻防，对抗驻兵法属印度支那的日军。第五十四军隶属于第九集团军，集团军总司令关麟征与黄维有矛盾。1943年4月蒋介石调黄维任军事委员会中将高参，张耀明任军长。1943年8月张耀明在土木系站不住脚调出，方天8月3日由第十八军军长调往昆明任第五十四军军长（9月22日升任第二十集团军副总司令，1944年8月任军政部军务司长）。1943年隶属昆明行营。1943年9月，开赴祥云整训。1943年12月，纳入中