整体主要属于阿里山山脉新化丘陵的一部分，地势北高南低。纵贯内门区的乌山山脉将内门分成西边的内门盆地与东边的沟坪盆地，分别属于二仁溪流域与旗山溪流域。在地质上与台南左镇、南化、高雄田寮等地同属古亭坑层（亦称「南化泥岩层分布带」），使得恶地地形发达，呈现「月世界」的景色。而由于恶地地形表土易遭雨水沖刷侵蚀、泥岩有效孔隙率低等因素，内门的优势植物大多是像刺竹、凤凰木、银合欢等根系较浅的植物。
两大盆地.在山脉的分隔下，内门区大致分成内门盆地与沟坪盆地。西边的内门盆地属于二仁溪的上游，也就