内门区创立真言宗光明流五智山光明王寺。藏密一派则源自西藏，最初有噶举学会，后则有日常老和尚的福智僧团。解严后的90年代，日本高野山真言宗和西藏各大宗派开始在台湾弘法，各自兴盛。
阿利僧派与滇密.阿利僧派，又名阿阇梨派，是缅甸蒲甘王朝阿努律陀改宗上座部佛教前的密宗教派，可能是七世纪时在印度传入；传布于云南（南诏、大理）一带的密宗称为滇密，与之相关。他们食肉饮酒不强调戒律，上师可以娶妻生子，是密宗与印度教、缅甸民间宗教（那加与纳特崇拜）等的混合体。他们特别崇拜大黑天，他们在