仰上的态度引起了父亲斐迪南的担忧，他害怕马克西米利安最终会彻底放弃天主教。加之马克西米利安与查理五世因为先前继承权矛盾所形成的对立，使得他与新教派诸侯，以及不满查理五世的天主教派诸侯结成了政治联盟。1552年的诸侯叛乱后，马克西米利安曾在萨克森公爵莫里茨与查理五世之间斡旋。马克西米利安二世对于帝国中立和和平的政策，使得帝国内罗马天主教和新教的争斗在第一次宗教改革后获得了短暂的停息。但他对新教的同情引起了他叔父查理五世和他父亲斐迪南一世越来越大的不信任，并威胁到了他的继任。斐迪南在1558年成为皇帝后