2008年，该学院是军队“2110工程”重点建设院校，建有博士后科研流动站2个，博士学位授权点12个，硕士学位授权点24个，还建有全军舆论战、心理战专业研究中心，兵情实证研究所等研究机构。2016年，在深化国防和军队改革中，其原来的上级单位中国人民解放军总政治部撤销，该院转隶中央军事委员会训练管理部。2017年，在深化国防和军队改革中，原南京政治学院与其他多所军队院校合并，调整组建为新的院校。中国人民解放军南京政治学院本部位于江苏省南京市鼓楼区中山北路两侧（252、254号和303、305号），