2016年夏季帕拉林匹克运动会的田径男子马拉松比赛于9月18日于科帕卡瓦纳砲台举行，共分为3个级别，与上届相同。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：T11级：T12级：T46级：T52级：T53/54级：