中国代表权的争议问题，已经迁往台湾的中华民国则在《旧金山和约》生效同一天另外签署了《中日和约》。苏联则由于南千岛群岛的领土归属问题而拒绝签署《旧金山和约》，在经过多次谈判后才于1956年与日本签署了《日苏共同宣言》，两国才正式回复之间的和平关系。而中华人民共和国则受限于当时普遍不受到国际社会的承认，使得一直到1972年中国与日本已经恢复正常外交关系后才另外签署《中日和平友好条约》。另外一直到1946年以前，亚洲和太平洋偏远地区仍然有日军部队坚持继续作战而不愿意投降。而之后一些太平洋小岛屿上仍然有部分日军