做为刘易斯的副手，他集中了地图图画、远征必需品供应的管理。1806年远征返回后，克拉克花费了很多时间整理收集的信息，这些资料帮助他证明当地植物群和动物的区系。1807年，克拉克被杰弗逊总统任命为民兵准将，主管路易斯安那领地与印第安人的贸易事务，并在密苏里州圣路易斯建立贸易总部。1813年密苏里成为美国一个州时，克拉克被任命为州长。在1812年战争期间他带领了几次竞选，并且在现在的威斯康辛州建立了第一个邮局。战争结束后，克拉克回到了印第安事务的管理，他使用各种各样的外交和军事措施镇压所在区域的起义，譬