998年当选中央研究院院士，被喻为「桂冠下的平凡学者」。1999年获得行政院文化奖。2002年11月21日获荷兰女王碧翠斯颁授，以表彰他对17世纪荷兰东印度公司在东亚活动历史之研究的重要贡献，他也是首位获得该奖项的台湾人。2012年11月获颁日本旭日中绶章。
社会参与.中央研究院台湾史研究所副研究员吴叡人说，曹永和最喜爱梅特林克的儿童剧《青鸟》，这个故事描述：「幸福就在我们所在的地方，就在我们的家乡。」2012年参加连署反媒体垄断运动。
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