英九以689万票连任成功，于同年5月20日就任第13任总统，两次任期于2016年5月20日结束，共历时8年。中华民国总统领导中华民国中央政府各机关，除掌握行政院院长的任命权之外，并监督行政院各部会首长官员（内阁）的组成。马英九政府任内行政院内阁为刘兆玄内阁、吴敦义内阁、陈冲内阁、江宜桦内阁、毛治国内阁、张善政内阁共六位六任。
任内施政及争议.
633政见.马英九在2008年2月24日总统大选辩论会上公开答覆「若达不到目标（使劳工收入提高至GDP一定佔比）