其他人士于 2006年3月19日组成香港公民党，余若薇出任首任党魁。2012年12月1日，公民党领导层换届，余若薇众望所归出任党主席。
2008年立法会选举.余若薇参与2008年立法会选举于港岛区出选，合组名单包括新人陈淑庄及容咏嫦。根据港大民意调查，余若薇一直是前一届民望最高的立法会议员。她欲于2008年立法会选举提拔新人，自愿担任名单第二位，最后成功连任，并且把新人陈淑庄带入议会，是港岛区得票最多的名单。但名单扣除陈淑庄当选所须的票数后，仅余30,362票，只能让余若薇取得港岛