2007年3月，经过4年的囚禁包括在关塔那摩6个月折磨哈立德·谢赫·穆罕默德承认策划911事件，理查德里德鞋底炸弹企图炸毁大西洋上空航班事件，印尼巴厘岛俱乐部爆炸案，1993年世界贸易中心爆炸案和各种袭击。2008年11月8日，默罕默德和4名共犯向军事法庭表达了他们愿意承认并服罪。
九一一事件.默罕默德最初的劫机计划是基地组织劫持从东，西海岸起飞的飞机并撞向目标。他的计划受到波金卡计划（10架或更多的飞机在中途引爆或被劫持作为‘导弹’）的启发。本·拉登拒绝了默罕默德提出一些可能