总站入口向北，逆时针行车，巴士总站、专线小巴总站各一列，并列向南。的士站与巴士总站及小巴总站分离，在较东的位置接载乘客。所有经落马洲支线管制站的过境旅客须持有有效旅行证件，非过境人士则须持有有效的边境禁区通行证。
历史.落马洲支线及福田口岸于1999年筹建，最初政府预计于2004年至05年完成，由九铁设计及兴建，但落马洲支线受环境评估报告影响，九铁须重新设计落马洲支线，终于在2002年10月开始兴建，预计于2007年中落成。落马洲支线及福田口岸于2007年8月15日正式启用