013年3月，鲻山遗址被列入全国重点文物保护单位。
发掘过程.20世纪70年代河姆渡遗址发现后，浙江省文物考古研究所等机构在宁绍地区及舟山群岛进行专项考古调查，鲻山遗址即在这一过程中被发现。1981年，考古队曾打开一个边长5米的探方，探得遗址包含两层文化层，出土夹炭黑陶、夹砂黑灰陶及斧、锛等石器，器型与河姆渡文化第二、三期相同。1995年，余姚市文物管理委员会工作人员在调查鲻山遗址分布范围时，发现甬余公路建设过程中挖掘的排水沟中存在陶片，且堆积层厚达1米，确定该区域同为史前人类活动