朱元璋的军队攻破苏州，张士诚投降。明改“苏州府”，直隶南京。明时管理南直隶长江以南部分的应天巡抚驻扎在苏州。明朝中后期，手工工场出现在当时的苏州，所谓“机户出资，机工出力”的“机房”，就是手工工场，这成为中国资本主义萌芽的标志之一。清代，苏州为江苏巡抚和江苏承宣布政使司布政使驻地。明（1368年－1644年）、清（1644年－1911年）两代，苏州经历了一段更加繁荣的时期。由于工商业的发展，中心城市集聚大量人口，长期保持在50万以上，最高将近500万市镇人口，城市街区沿几条主要通航河道向外呈放射