在遭遇地震时应及时停车，而在海底隧道和伯克利丘隧道里的列车则应尽快前往最近的车站。随后线路会被检查，在确认安全后再恢复运营。迄今最大的1989年洛马普里塔地震发生时，一辆正在隧道内的列车被下令停车，虽然驾驶员没有感受到震动。地震使许多地区的公路被损坏，海湾大桥因为东桥的上桥面垮塌，也停用了一个月。相反，跨湾隧道被认为是安全的，仅6个小时后重开，12小时后地铁也恢复正常运营，使跨湾隧道成为当时旧金山和奥克兰之间仅有的几个交通方式。
行人闯入.在2012年10月和2013年8月，都发生