的山科区和伏见区的醍醐地区则位于，其和京都盆地之间由清水山、稻荷山等山峰隔开。京都市的北部地区则多为山地，其中较为知名的有大文字山、比叡山、岚山等。京都市内的最高点是，海拔971米。京都市内主要的河川有桂川及鸭川等。鸭川位于京都市的东部，河道两岸广植樱花等树木。每逢夏季常有众多市民和游客在鸭川的河床滩上纳凉，成为京都独特的风景线。而桂川也流经岚山等着名景区。两条河流在南区及伏见区交界处合流，注入淀川水系。和日本其他河流一样，京都市内的河流大多短小湍急，容易发生洪水。在平安京时期，京都就多次遇洪水侵袭。即