军储，按察甘肃、陕西等地，其所呈上的边防事务，均适合时宜，为都御史戴珊所推崇。当时恰逢灾异，石玠又上疏弹劾南京刑部尚书翟瑄以下二十七人。正德年间，累官至右副都御史，巡抚大同，并拜为兵部右侍郎。此后赶赴辽东巡抚泰宁三卫与海西部长犯边诸事，随后召还。左都御史陆完改任，朝廷推举替代者，三次均不得报准，随后举荐石玠为右都御史，掌管都察院。御史李隐弹劾其攀附权贵，武宗未予答覆。正德十年（1515年），拜为户部尚书，任内多次反对中官干涉朝政，并反对武宗北出居庸关。正德十四年，因得罪权贵小人而辞职归乡，家居两年去世，