尔滨东北轻合金加工厂工作。此后十七年间，他历任技术处工程师，副科长、科长，副处长、处长，副总工程师、总工程师等职；1998年，出任东北轻合金有限责任公司总经理。1999年，肖亚庆调任重庆西南铝加工厂厂长。于2000年4月，对这家连年亏损且负载累累的国有企业实施债转股的改革，并其原有基础上组建了“西南铝业(集团)有限责任公司”，并出任西南铝业首任董事长、兼总经理。当年，该公司实现了扭亏为盈。一年后，西南铝业成为重庆市工业企业50强，并名列中国最大500家企业集团。肖亚庆个人也被评为“重庆市十大杰出青年企业