《超级银河战士》的开发团队开发制作；直到2005年公司改组，该部门被归进任天堂企画开发本部。相较于《超级银河战士》，《融合》在继承其画面风格的同时，在游戏方式、屏幕布局以及游戏操控上都有一定的改进和加强；此外，本作还是2D《银河战士》作品中首部使用了动画过场的游戏。《银河战士 融合》由系列设计师坂本贺勇担任编剧和总监，开发第一部的总经理出石武宏担任制作人。