俄沙皇合作，这个条约也引发了俄波战争 (1654年-1667年)。虽然联邦（在1658年的哈蒂亚奇条约中）试图赢回对哥萨克的影响力，但是条约很快在下层乌克兰人的反对下搁置失效，新的哥萨克酋长国领袖甚至变得更忠于俄国。随着联邦国力日衰，哥萨克越来越融入俄罗斯帝国，而他们的自治权和特权也被日渐盘剥。18世纪初，因为部分哥萨克军团在大北方战争时站在瑞典一边，以反抗俄国的彼得大帝，因此酋长国剩余的一点特权，也在战后被完全夺走。在1795年让联邦覆灭的瓜分波兰的时候，很多哥萨克已经离开乌克兰，到库班河开拓殖民地去了。