太子朱文奎不知所终；此后其下落成为谜团。朱棣入城，派人找出马皇后的尸体，指认其为朱允炆，并执其手哭「傻小子，何苦如此」，随后六月廿日以天子礼葬之，造成惠帝已死的假象。
朱棣称帝.南京陷落后，朱棣入城，就要进宫登基。翰林院编修杨荣迎于马首，说：「殿下先去拜谒孝陵，还是先去即位？」点醒朱棣，应该对明太祖表示孝道。次日（建文四年六月十四）起，诸王及文武群臣多次上表劝进，朱棣不允。数日后（六月十七），朱棣谒孝陵，并于当日即皇帝位是为明太宗（后改为成祖）。重建奉先殿（旧殿被朱允炆所焚），