3年任左派庇隆主义者内斯托尔·基什内尔的总统竞选主任，基什内尔以左派正义党－胜利阵线候选人身份赢得当年总统大选，并引发了正义党内左派基什内尔主义（Kirchnerism）的起源。费尔南德斯被任命为基什内尔政府的内阁首席部长。2007年，在克里斯蒂娜·费尔南德斯·德基什内尔首任总统任期内，也被任命为内阁首席部长。2008年7月，他辞去了内阁首席部长职务。他是这一职务自1995年创立以来，任期最长的，共计5年1个月29天。他辞职后，对克里斯蒂娜·费尔南德斯·德基什内尔的政府持批评态度。在2018年，他领导庇