黄飞鸿应国际医学会的邀请，与梁宽、少筠前往广州，因缘际会结识孙文和陆皓东。白莲教（暗喻义和团）利用神佛之说，宣扬「神功刀枪不入」、「扶清灭洋」，火烧西洋学校。黄飞鸿不满白莲教残害无辜，出手相救，更替学生四处奔走；后来得到陆皓东的帮助，寄居英国领事馆。满清提督纳兰元述为了对付英国领事馆里头窝藏的革命党人，不惜协助白莲教围攻领事馆，但孙文早已先行脱逃。黄飞鸿与乔装弟子的陆皓东以阻止白莲教肆虐为由，脱离纳兰元述掌握，直捣朝天观击败九宫真人，揭破神功秘密。在黄飞鸿护送陆皓东回头取革命党员名册时，遇上纳兰元述的追捕，