对中国习俗保持宽容的态度。他容许中国教徒继续这些传统的仪式。利玛窦主张以「天主」称唿天主教的「神」（拉丁文的Deus）；但他亦认为天主教的「神」早已存在于中国的思想之中，因为中国传统的「天」和「上帝」本质上与天主教所说的「唯一真神」并无分别。而祭祀祖先与孔子，这些只属追思先人与缅怀哲人的仪式，与信仰并无甚么干涉；只要不掺入许愿、崇拜、祈祷等成分，本质上并没有违反天主教教义。利玛窦的传教策略和方式，一直为之后到中国传教的耶稣会士所遵从，是为「利玛窦规矩」。利玛窦等意大利传教士在中国取得了成功，教义大兴，许