配备同吨位量级改造航舰中较长的飞行甲板，但是迁就既有船壳架构的机库就十分侷促；本舰只设置了单层机库，且缺乏鱼雷机装弹专用的调度空间。升降机则设置2座，尺寸同样为长13公尺、宽11.6公尺。伊吹号计划搭载30架舰载机，包括15架烈风战斗机、15架流星舰上攻击机，没有补充机编制；但因改装工程以速成为优先考量，伊吹号只设计了单层机库，机库装不下那么多飞机。最后决定削减为15架烈风、12架流星，流星机队储放在机库，烈风机队除了4架放在机库，剩下11架均置于甲板。日本海军还希望伊吹号上装载彩云舰上侦察机，但彩云没