史料中有僧人义净在5世纪经过这一地区去印度的记载，唐朝时也一度与印度尼西亚王国有频繁的联系。中国人是爪哇最早的伊斯兰传教士，而现在的大多数印尼华人却不是穆斯林。有一种说法认为，在15世纪的时候，是郑和等中国商船将伊斯兰教带入印尼。另外一种说法认为是印度人将伊斯兰教带到了马来半岛和印度尼西亚群岛。
荷兰殖民时期.
初期荷兰人的宠爱.最早的华人移民潮发生在荷兰殖民的早中期，大多数都是寻找商机的商贩。华人与印尼原住民的关系直到今天都还是问题重重。一些评论者认