1999年李登辉发表「两国论」后，两岸的对话机制长期陷入停滞。在1990年代中后期，台湾的治安案件不断（如刘邦友命案、彭婉如命案、白晓燕命案），对李登辉政府和中国国民党的声望造成严重打击，埋下2000年政党轮替的导因。1999年9月21日，台湾中部发生大地震，对苗栗至嘉义一带各县与台北市造成重大的灾害。
陈水扁政府.2000年举行的第二次正、副总统直选，由民主进步党籍的陈水扁与吕秀莲当选，实现中华民国行宪后首次政党轮替；但民主进步党并未于2001年的立委选举中过半，导致施政上时常与