年（1662年）、康熙十一年（1672年）两度重修。康熙十八年（1679年），京师地震，善果寺建筑几乎全部坍塌。康熙二十一年（1682年）开始复建，并且撤消塔院，塔院旧址改建成大法堂。干隆四十年（1775年）再度重修。清朝顺治十七年（1660年），顺治帝亲临善果寺，称赞该寺“乔木阴森，院宇宏敞、不杂世尘，宛如名山”，赞其为“京师第一胜地”。鼎盛时期，善果寺建筑宏伟。寺前设有放生池，池上架设石桥，主要建筑自南向北依次为山门、天王殿、大雄宝殿、大士殿、大法堂、藏经阁。另有东西配殿、配房60多间，以及钟楼