万9897票、60.41%的得票率成功当选改制直辖市后的第一届台南市市长。其上任伊始，妻吴玫如原在台电台南区营业处上班，为回避因其夫新职可能带来的误解，请调高雄。又，当时五都直辖市长首次列席行政院院会，仅赖清德因无配置专属座车与司机，而自行以计程车及步行方式入场。赖清德任内主张删除所谓「民代工程配合款」陋习，而与吴健保及曾顺良等多位议员爆发严重冲突，使台南市议会陷入僵局。不过此举获得国民党执政的马英九政府赞同，名嘴李涛夫妇也都支持赖当时的作为。2012年《天下杂志》幸福城市调查的县市长满意度部分