科学院日本研究所成立，何方担任首任所长。1980年参与起草调整一条线外交战略的建议。1988年撰写了关于淡化战略大三角的报告。1989年至1995年，任中国国际问题研究中心副总干事。后担任中国社会科学院日本研究所研究员。1999年离休。1984年获聘为北京大学兼职教授，后又受聘于南开大学。1993年被俄罗斯科学院远东研究所授予名誉博士学位。他还曾任中苏、中俄友协副会长10年，并曾任中国国际战略学会高级顾问等社会职务。他是第七、八届全国政协委员。他是中国社会科学院荣誉学部委员、副部级离休干部。晚年，何方致