屠杀的报导传到了日本政府，参谋本部的一些人指责松井的危机处理失当，使日本在国际上处于尴尬的局面，还有人希望松井因此被送上军事法庭，但日本政府并未仅因南京大屠杀而解除松井的职务。外相对松井在成为「华中方面军」司令官后发表的反西方言论感到不满，如后者不承认上海租界的中立性，参谋本部也担忧松井是否会与下属指挥官发生严重的性格冲突。2月10日，参谋本部的代表对松井表达懊恼与失望之意，并通知其即将被解职，由畑俊六大将接任，杉山元后来告诉畑俊六，松井与下属无法相互协调和合作是他被解职的主因。参谋本部后来没有惩罚松井