共和国国防部发布《关于全国军区重新划分的决定》，新疆军区升格为大军区，直属中央军委。下辖南疆军区、伊犁军区，均执行军级权限。1960年12月，重新组建乌鲁木齐军分区。1969年12月，乌鲁木齐军分区改称乌鲁木齐警备区。1978年5月13日，中国人民解放军总参谋部通知，以乌鲁木齐警备区为基础扩编组建为东疆军区，归属新疆军区建制。1979年1月1日，东疆军区正式成立，执行军级权限。1979年5月1日，新疆军区根据中央军委1979年4月9日电令，改称乌鲁木齐军区，下辖南疆军区、北疆军区、东疆军区这3个军区。东