员国的加入，保护区的认定和管理工作变得更加繁重，验收时间也一再推迟；而波兰等国甚至不严格遵守规定，受到了欧盟委员会的严重警告。2011年，为方便各成员国对保护区的进一步管理，欧盟启动了Natura 2000生物地理计划。它将欧盟领土范围划分为9个生物地理学区域。
纪念日与奖项.Natura 2000保护区网络在欧盟公民中的知名度不高。根据2013年的调查，只有11％的人知道有这回事。为了提高公众对该网络和生物多样性的认识，欧盟将每年的5月21日指定为Natura 2000日。其