所扣的分数不同，容易发生错题数与最后获得分数不对应的情况。
改革过程.由于基测实施以来，学生升学压力被认为未减、国中教育发展被认为仍受到扭曲，中华民国教育部于是在2000年代后期开始重新研议十二年国民基本教育的可能性。在李焕、毛高文执教长时期，政府开始积极研议延长国民教育计画，并称之为「延长国教初期计画」。中华民国教育部推动十二年国民基本教育被认为有四个主要理由：第一，满足《教育基本法》中「得视社会需要，延长教育年限」之规定；第二，减轻升学压力；第三，提供适性教育机会，开展学生潜能