太宁二年（324年），晋明帝趁意图篡位的权臣王敦病重而下令讨伐，升卞敦假节任镇南将军，守石头城。王敦之乱平定后，改拜尚书，并因功封益阳侯。后改任光禄勋。后又出任安南将军、湘州刺史。不久朝廷升他为征南将军，但卞敦辞让。咸和二年（327年），苏峻联合祖约起兵叛乱，平南将军温峤等领兵救援建康，但卞敦则拥兵不下，而且不给军粮，仅仅派督护荀璲领数百人跟随大军。当时朝野对这没有人不责怪和叹息，征西大将军陶侃更十分忿恨。咸和四年（329年），苏峻之乱平定，陶侃便上奏卞敦「阻军观望，不赴国难，无大臣之节」，并请卞敦