将其改名为松本城。1591年（天正19年），石川数正转封松本藩，开始着手修建现在的松本城天守和城下町。战国时代松本藩的藩主频繁变更，石川家、小笠原家、户田家（松平家）、松平家（越前）、堀田家、水野家、户田家（松平家）都曾担任过松本藩藩主。1642年（宽永19年）之后，水野氏曾长期执掌松本藩，但在水野氏执政时期曾发生。1726年（享保11年），户田家（松平家）再次成为松本藩藩主并持续到废藩置县。1871年8月29日废藩置县之后，松本藩改为松本县，并在11月时和附近的、高远县、、、中信浓国的部分、高山县（