前民进党立委沈富雄的说法，自1994年到2000年间，陈由豪曾提供政治献金给陈水扁，总金额达新台币3060万元。陈由豪两度到陈水扁家里，经沈富雄中介，由吴淑珍接受新台币600万元现金。但陈水扁与吴淑珍皆否认此项指控。在2007年3月14日中联信託公布呆帐金额在新台币一亿元以上客户名单中，陈由豪呆帐金额为1亿4784万元。尽管陈由豪在台湾是呆帐大王，他在中国大陆却是缴税大户。翔鹭集团所投资的厦门海沧二甲苯化工厂，因传出有毒污染，在2007年6月1日引起厦门人民上街抗议。2013，2015年间该工厂曾发