仍循例于该地设置巡检官职，也继续设置澎湖巡检司这个行政官署，直至1384年实施封海政策而废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰佔领澎湖为止，才免予实授。1604年（万历三十二年）时，荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wijbrant Van Waerwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求贸易。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退。韦麻郎见求通商无望，又缺乏补给，于是在当年底离开澎湖。明朝政府于岛上立有沈有容谕退红