克尔不顾全国的主流反对，公开赞成伊拉克战争，声称这是“不可避免”的，这导致她领导的基民盟在联邦选举中落败，但中间偏左执政联盟基民盟与社民党的议席差距减至仅三席，施罗德的中间偏左联合政府仅以微弱优势取胜。施罗德其后把选举胜利，归功于他强烈反对美国发动战争中霸权和军事冒险的强硬态度，但事实上，施罗德的联合政府优势减少，从此变得不稳定。不过，默克尔并非基民盟推举的总理候选人，也是基民盟落败的因素之一。2005年5月30日，她正式代表基民盟/基社盟，在9月18日提前举行的联邦选举中与总理施罗德角逐下任总理。10