朝嘉庆和道光年间仍为官吏临澳办案的驻节处。为纪念民族英雄林则徐曾到访此庙，莲峰庙慈善值理会于1989年在庙前空地竖立林则徐雕像，1997年兴建林则徐纪念馆。
历史价值.与此庙有关的着名历史事件是清朝钦差大臣林则徐与两广总督邓廷桢到澳门巡视时，于清道光十九年七月廿六日（即1839年9月3日）在莲峰庙内的天后殿前的亭台接见澳葡理事官，申明严禁鸦片，下令驱逐鸦片贩子。接见官员的亭台至今还在，庙前的林则徐像和林则徐纪念馆乃为记念。莲峰庙旁，保存了刻有葡萄牙盾徽的石块（又称「亚婆石」