在上海创建南洋公学，受聘出任监院之职，参与创建工作；翌年辞汇文书院校长之职，出任南洋公学监院（president，校长），直至1902年。初致力校舍建设、设备选定、课程设置、教师聘用，并亲手设计该校最早的两幢建筑物，中院和上院；南洋公学后改为南洋大学、交通大学。与汇文书院不同，南洋公学为中国人自办的学校，故聘用了许多着名的中国学者任职任教，如吴稚晖、钮永建、章太炎、蔡元培、张元济等；借此扩展了与中国学人及士绅的交往。1899年办《新闻报》。1898年受聘为两江总督刘坤一幕僚。1900年兼任湖广总督张之洞幕僚