后的教女卡特琳·德·克莱夫结婚。1565年玛格丽特和葡萄牙王储塞巴斯蒂昂的联姻计划告吹；而在她姐姐伊丽莎白去世后，让她嫁给成为鳏夫的腓力二世的企图也最终以失败告终。
婚礼以及圣巴托洛缪之夜.完全出于维持王朝稳定的目的，国王查理九世和他的母亲从1570年开始策划天主教徒玛格丽特和新教徒波旁的亨利的联姻。其目的是调和法国结盟宗信徒和天主教徒之间的矛盾以实现于第三次结盟宗战争结束时签订的圣日耳曼昂莱和平协定。这个计划非常的特殊，因为两个不同教派的信徒的政治婚姻在当时的欧洲统治阶层是基