。光绪十五年（1889年）再次出任陕西巡抚。正值黄河河道向西侵蚀，将与洛水相通。鹿传霖增筑石坝三十馀座，得以无患。中日甲午战争期间，鹿传霖遣兵入卫，清廷命他兼摄西安将军。光绪二十一年（1895年）升任四川总督。蜀地过去多盗贼，鹿传霖特别设立一军整肃治安。夔州、万州饥荒，鹿传霖征发长江上游地区积粮，又采购湖北粮米平价出售。当时英国、沙俄都窥视西藏，噶厦依仗沙俄援助，阻挠英国划定边界。英国唆使廓尔喀与西藏交战，是为廓藏战争而瞻对地区土民苦于藏官苛政，期望内附。鹿传霖认为瞻对为四川门户，瞻对不化服，就无法威慑