像是关联（association）及组合（containment）等UML概念，在许多程式语言中没有直接对应的表示方式，因此限制了直接建立对应程式码的能力，也影响程式码分析的准确度（例如，不容易识别出程式中的组合概念）。2005年在Microsoft Visual Studio上的一本书中，有指出RTE工具的常见问题，其中一个是所留下的模型会和原有的模型不同，只有透过在工具中的许多标示后，才能让两者同步。UML有关行为的部份对双向工程的挑战更大。另一种比较可以追踪的双向工程是在框架应用程序接口（API）