十月初，穆宗下诏停止日讲；魏时亮率领同僚上奏，称天气还未寒冻，不应停止。不久，他奏请将薛瑄、陈献章、王守仁在文庙祭祀；又称正值春天万物复兴，应该敕令有司释放轻罪犯人，停止诉讼，穆宗均下诏同意。隆庆三年（1569年），魏时亮升任太仆寺少卿。起初，徐阶、高拱互相攻击，魏时亮与朝廷大臣攻讦高拱，使其去职。不久，高拱再次入阁，考核言官，排斥异己；魏时亮和陈瓒、张木贾当时已经担任京卿，仍然遭到贬职。万历十二年，因丘木舜、余懋学等人举荐，魏时亮出任南京大理寺丞。万历十三年，担任左通政。次年，担任太仆寺卿、光禄寺