.到了20世纪30年代前期，人们发现运河面临着供水问题，于是开始建造马登水坝，以拦截嘎顿湖上游的查格雷斯河。马登水坝于1935年完工，同时造就了马登湖（之后被称为阿拉胡埃拉湖），为运河提供了更大的储水空间。1939年，美国着手建造新的船闸，以承载当时正在建造和计划建造的更大型军舰。这项工程持续了几年时间，同时还开始挖掘新的进港航道，但整项计划在第二次世界大战结束后被取消。在第二次世界大战期间，美国利用运河将航空母舰送去补充几乎全毁的太平洋舰队。航空母舰虽然能够通过运河，但有时需要先拆除航标，腾出航道。