明堂辞职，避居澳门。广东都督龙济光随即联络澳葡当局，使澳葡当局于1914年逮捕黄明堂。后经孙中山疏通，黄明堂未被引渡到广东，并于1916年夏获释。1916年，两广护国军都司令部成立之后，黄明堂被任命为肇庆军务院第二混成旅少将旅长，参加了讨伐广东将军龙济光的战争。1918年，黄明堂任两广巡阅使，后来配合桂军出兵攻打琼州，击败了龙济光，黄明堂驻防海南岛，任琼崖道尹兼琼崖要塞司令。1919年，黄明堂任粤军第四路军司令。1920年秋，奉孙中山之命，黄明堂参加了反对旧桂系陆荣廷的战争，任粤军西南路军总司令，后