上海失守，在日军的炮火下共迁出民营工厂146家，机器设备1.6万吨，技术工人2500多人。之后林继庸被任命为经济部工矿调整处的业务组组长，负责其他地方工厂的后撤工作。
遭诬陷入狱.1944年，盛世才诬陷林继庸等为混在国民党内的共产党，称林继庸收受苏联贿赂10余万元，下令逮捕了1500多人，在重庆盛传林继庸死亡的消息，有人在工厂为他立牌位称其为“工业之神”。吴蕴初以全部家产为他担保：
抗日战争结束后.抗日战争胜利后，林继庸任粤桂闽产业审议委员会主任委员兼处理