雄信将军、衡阳郡内史，没有赴任，转任衡州平南府司马。击破黄洞蛮立有战功，任东莞郡太守，代行广州刺史。受号智武将军，监湘州事。555年（绍泰元年），梁敬帝即位，任命他为持节、仁威将军、巴州刺史。557年（永定元年）南陈建国，翌年王琳在郢州拥立南梁永嘉王萧庄。王琳召孙玚担任太府卿，受位通直散骑常侍。王琳攻打南陈，命孙玚为使持节、散骑常侍、都督郢荆巴武湘五州诸军事、安西将军、郢州刺史，留守郢州。560年（天嘉元年），北周史宁率兵四万攻打郢州，孙玚的助防张世贵将郢州外城献给北周投降，孙玚因此损失军民男女三千人。