分期问题”的大论战中，尚钺主张魏晋封建论，与范文澜、翦伯赞等的西周封建论，郭沫若等的战国封建论相左。毛泽东支持范、翦，尚钺因此受到大批判。“反右倾”斗争中，尚钺作为史学界的代表人物，与经济学界孙冶方、文学界王任叔、社会学家马寅初等受到全国性重点批判。《人民日报》和各大学术刊物都出版了批尚专号。文化大革命期间，更受到非人待遇，健康遭到严重损害，而且丧妻失子。但他始终坚持自己的学术观点。