採用人手操作，亦不能对应Suica储值咭，入闸后另有洗手间。由于新干线通车后，在来线不再由JR东日本管理，因此并没有设有与新干线入闸区接续的闸口，乘客需先通过闸口离开第1间公司的收费区后，另外购票后才可以进入第2间公司的收费区。与第1代相同，均为设有岛式月台1座，提供1面2线配置，1号月台为主轨，绝大部份停车月台均停靠于此，而不停站列车也会通过此月台；2号月台为侧线，现时只有4班往妙高高原站及新井站的普通列车使用。安排与旧车站相同，只是旧车站将2号月台定为主发月台，1号月台为交换月台。转辙器方面，往北新井