就算能源作物本身不可食、也可以在不食之地种植，但是还是有减少粮食生产的可能。採用废弃食用油来生产生质柴油不会佔用食物来源，被认为是目前真正值得推广的生物燃料，但是废油中含有许多无用物质，会增加生产问题。纤维素乙醇是採用人体无法消化的部位，因此比较不会降低粮食生产，也可以减少新农地的需求，但是由于植物的细胞壁（纤维素主要存在的位置）构造相当复杂，且含有许多不同物质，因此以现在的技术来说，生产成本较高；此外，农业废弃物同时也是一种良好而且重要的有机肥料，因此纤维素乙醇的大量使用也是有环保上的疑虑。纤维酒精也