罗马法之间建立某种平衡。这些改革获得了广泛的认可，特别是关于民事诉讼法、刑罚和城市宪法方面。同样是在1520年，弗赖堡决定抵制宗教改革并成为上赖茵地区天主教的中心.1536年，强烈而偏执的“女巫恐慌”导致了该城第一次追杀“女巫”的行动。1564年，黑死病夺去了当地2000多名居民的生命，为了寻找原因，追缴“女巫”的行动不断升级，并于1599年达到了顶峰。17世纪、18世纪和19世纪，是弗赖堡历史上暴风骤雨般的年代。在三十年战争和其他的冲突中，弗赖堡先后曾经归属奥地利、法国、瑞典、西班牙和德意志邦联。