京张城际铁路施工暂停客运业务。2019年12月30日重新开办客运业务。由于京包客专京张段施工占用京包铁路正线线位，昌平站成为了京包铁路、京通铁路的实际起点，但为避免引起后续车站里程变更，本站里程均不为零；原京包铁路复线（沙河-昌平区间第三线）被并入东北环线，昌平也因此成为东北环线终点。
专用线.昌平站内原有到发线7股及货线两股,另有18条支线通往厂库区。包括：通往原铁道部昌平机车车辆工厂专用线2条；通往原北京铁路局构件厂专用线3条；通往原首都钢铁公司红冶弹簧厂专用线4条；通往国家