核酸酶，工程改造的归巢核酸内切酶（或“兆碱基”）或由TAL效应物产生的核酸酶，可以大大增强基因靶向的频率。除了增强基因靶向，工程化核酸酶也可以用于在产生基因敲除的内源基因中引入突变。
病毒载体.病毒载体是一种常用的工具，可将遗传物质带入细胞。可发生于完整活体或是细胞培养中。原理是利用病毒具有传送其基因组进入其他细胞，进行感染的分子机制。慢病毒载体是病毒载体中的一种在慢病毒基础上发展起来的基因工程载体。慢病毒基因组不需要靶细胞分裂即可整合到细胞核中。来源于慢病毒的载体也体现了能