尔卡班巴一带发起许多次游击战。阿尔马格罗在西班牙人的内讧中失败被杀，曼科给予阿尔马格罗的支持者庇护。不过这些受他庇护的西班牙人希望他去死，并在1544年将他谋杀。其子塞里·图帕克继位。曼科·印卡有数名儿子，比较知名的有塞里·图帕克、蒂图·库西和图帕克·阿马鲁。