深水埗在顶级联赛首季在10支球队中敬陪末席，只角逐一季便要降回乙组作赛，但刘卓轩的护球能力己令人印象深刻。球季结束后，他勇夺香港足球明星选举的最佳年青球员，同时获当时香港队的教练摩力克征召进代表队。最终，刘卓轩跟随李志坚及深水埗队友转会到日资球会横滨FC香港。2015年1月13日，刘卓轩加盟传统球会南华，转会费为四万港元，签约两年半，可惜他苦无机会，甚至暴饮暴食，在南华在两季只上阵7场。直到2017年6月，南华宣佈经重新检视球队近年发展后，决定来届退出港超联转战甲组联赛，而刘卓轩则转会到标准流浪