梅将庙移到了镇北坊赤崁楼右边，但隔年（1751）鲁鼎梅又移到了县署北边。之后屡次修建，其中知县薛志亮于嘉庆十二年（1807年）修建两廊，扩大了庙宇规模。同治十三年（1874）府城设有团练总局，并将府城内外分六段，其中的北段保甲局即设于县城隍庙。而在日治时期，该庙被日军佔用，后改为陆军卫戍病院宿舍。之后日军通知领回庙产，但当时的主事者对日军感到畏惧不敢前往，致庙产为台南慈惠院接用。后来因附近居民踊跃捐资，于明治四十一年（1908年）9月用140圆向陆振芳购买今址上的民房改建成庙宇。后来该庙再次重建，于昭和