王建民于1980年3月31日出生在台南县郊区关庙乡新埔村（今台南市关庙区新埔里），之后主要于台南市成长。生父王炳颖（三叔）在家排行第三，小时候因为大哥王炳煌无子嗣，王炳颖便决定将王建民过继至长兄户口下，由其大伯养育长大。其大伯经营工厂。 王建民在就读崇学国小期间，因不喜欢唸书且身高过人而加入篮球校队。在兼任篮球与棒球校队教练的鼓励下开始打棒球，于校队征选时自愿加入棒球队，在崇学国小少棒队中担任投手。1991年时，王建民当选成为第九届世界软式少棒锦标赛中华代表队球员，成为其第一次入选出国比赛的代表队选手