督府内务司长、袁世凯大总统府顾问、北京大学校长、政治会议议员、参政院参政、约法会议议员，授上大夫、三等嘉禾章。马相伯还参与创建了天主教辅仁大学，他向教宗提出申请，终于获得批准。此外，他又计划成立以法兰西学术院为模式的“函夏考文苑”。后来，由好友蔡元培实现了这一宏伟计划（中央研究院）。
退隐.1917年，马相伯退出公职，离开北京，退隐上海土山湾徐家汇孤儿院的三楼（今蒲汇塘路55号），翻译圣经（《新史合编直讲》，《福音经》），译着天主教书籍。1931年九一八事变后，年逾九十