多鳍鱼一支独立为腕鳍鱼纲，使本纲成为有效的单系群。新鳍亚纲是本亚纲的旁系群。
内部分类.本亚纲大部分种类已经灭绝（以标示）；目前仅存鲟形目。
种系发生学.依照2017年《硬骨鱼支序分类法》，本亚纲与其它硬骨鱼的演化关系如下：