联退入苏联境内整训为苏联远东方面军独立第88步兵旅时，崔庸健任该旅党委书记（在旅长周保中领导下工作，只负责党务工作）。1945年10月回国，任临时人民委员会保安局长。1948年任朝鲜人民军首任总司令，大将军衔。9月任民族保卫省相（国防部长）。1950年朝鲜战争爆发后，金日成自任人民军总司令，崔任副司令。在激战中崔左臂负伤。1953年被授予次帅称号。1955年7月及1958年3月内阁副首相。1957年起，崔庸健担任最高人民会议常务委员会委员长，升任元帅。在党内，1956年起，当选为朝鲜劳动党副委员长、政治委员