1997年7月1日，与刘国梁、伏明霞等奥运冠军在人民大会堂宣誓加入中国共产党。2006年10月12日，孔令辉正式宣布退役，出任中国女子乒乓球队助理教练。2013年，孔令辉接替卸任的施之皓，出任中国女子乒乓球队主教练。2017年5月30日，被中国乒乓球协会暂停女乒主教练职务。
所获奖项.1991年全国锦标赛男团冠军；1993年七运会男双第三名（与王永刚）；1994年第2届世界青年锦标赛男单、男团冠军；中国公开赛男单、男双冠军；全国精英赛男单第三名；中国乒协盃男双冠军；