光绪十五年（1889年）乡试中举人。光绪二十九年（1903年）科举试中二甲进士。同年闰五月，清廷按旧制授予翰林院庶吉士，派他往进士馆修习法政学。赖际熙学成后授翰林院编修，出任国史馆纂修，不久更擢升为总纂。辛亥革命成功后，他无意改事新朝，遂与陈伯陶、吴道镕等原籍广东的清朝遗老移居香港，专心从事文化教育和国学研究工作。 1913年，香港大学以计时受薪的形式聘任赖际熙与区大典为汉文讲师，仿照广东广雅书院学制，教授史学和经学。赖际熙负责「史学」，讲授三代至明朝的历史。赖际熙另教「正音班」（Mandarin