任台湾二林蔗农组合的负责人，同年10月领导了二林蔗农事件，10月23日李应章于诊所遭到逮捕，被判处8个月徒刑，入狱期间李应章家中被烧毁，其父亲病逝，为农民运动付出相当大的代价。后因躲避台湾总督府通缉，1932年2月5日离家，自台湾到福建厦门，三月在鼓浪屿开设神州医院，四月加入中国共产党。他利用神州医院医生的身份掩护来往的革命人士，并为从游击区转移出来的伤病员治病，曾经掩护过中国工农红军总参谋长张云逸和方毅等人。1934年11月，地方公安机构包围神州医院并抓捕中共地下工作人员，李应章经汕头、香港、广州于年