因为与教官的冲突而转入兵库县的关西学院就读，毕业后考取第三高等学校预科。彭明敏就读第三高等学校时沉迷于法国的自由思想之中，并且有意攻读法国文学；但是因为家人的要求之下，于大学时就读东京帝国大学政治科（同时期同学包括成长于台湾而于日后担任国际法院副院长的小田滋）。1944年，日本政府取消原本文科大学生的缓征令，彭明敏本人也在征召的名单之中；彭明敏由于不愿意为日本人服役，于是前往长崎投靠长兄；而在前往长崎的途中，他所搭乘的船只受到美军轰炸，他因而失去左臂（后来终生装上义臂）。当时，是被杨友香医师发现，紧急送