937年至1938年之间原型机多次坠毁的挫折后，Ju 90进行了后续改进，最终于1939年定型生产，并促使南非航空订购了最初两家安装了美国产普惠发动机的Ju 90。正当该飞机准备好进行第一次商业飞行时，第二次世界大战开始。由于战争的爆发，所有模型都被纳粹德国空军征用以用于军事运输以及此后的远程海上巡逻。
第二次世界大战.容克斯军用飞机的制造始于20世纪30年代，最终占据了其所有资源。其中最着名的设计大概是Ju 87 “斯图卡”俯冲轰炸机，作为纳粹德国空军最高效的空中武器（至少在战争