明廷宗室也押解北京处死。清军占南京后，进展神速，接连攻降苏州、杭州、松江、常州等江南重镇，并重新下达剃发令。引发了汉族百姓的强烈反弹。先后发生了一系列等抗清起义，但都被清军剿灭。尤其李成栋在嘉定连续三次屠杀平民最为惨烈，史称嘉定三屠。大规模的屠城还有江阴八十一日等等。
鲁王监国.弘光政权覆灭后，明廷宗室鲁王朱以海宣佈监国于绍兴，而唐王朱聿键则一直以浙江部份州县及舟山群岛为据点继续抗清，在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。监国自居的鲁王朝廷与隆武朝廷互相对抗，双方互不承认