历十月，在《长沙日报》发表《论开国会之宜缓》一文，反对杨度等人策动湖南学界联名请求朝廷“亟开国会”。光绪三十四年（1908年），高旭、陈去病、柳亚子等人在上海创办南社，致信在狱中的宁调元，宁调元应允入社，并且写出《南社序》。宁调元还致信《民报》编辑章太炎，劝章太炎勿辞编辑职务，以免内讧。宁调元在狱中坚持读书、运动、习字、作文，三年读书两千多种，作诗词六百首。
讨袁被害.清朝宣统元年（1909年）冬，谭延闿、龙璋等人联名将宁调元保释出狱。宁调元随后来到北京任《帝国日报》主编，发表