012年，马英九成功连任总统后，在就职演说中称依两岸人民关系条例表示两岸是「一个中华民国的两个地区」。同年5月21日，行政院大陆委员会发新闻稿称外蒙古已非中华民国法定领土。马英九任内，两岸关系发展良好，台湾得以用中华台北名义参加包含国际民航组织、世界卫生组织等多个国际组织的活动。2013年6月底，两岸服务贸易协议引发社会争议。同年10月10日，马英九在国庆大典上宣称「两岸不是国际关系」。2014年3月至4月，爆发反对两岸服务贸易协议的太阳花学运，其后协议被搁置。8月，发生陆委会副主委张显耀遭指控洩密