成红卫兵攻击大昭寺，摧毁了许多佛像，大昭寺建筑之后更成为养猪场，僧人不能进入膜拜，直至1972年开始重修大昭寺，1980年完成修复工程，并恢复宗教功能。一楼松赞干布所建的观音像在文革时被扔到大街上，藏人偷偷保存其愤怒与慈悲的头像各一，后来辗转流传到印度达兰萨拉献给达赖喇嘛，成为楚拉康寺（Tsug Lagkhang）此像复制品的一部分。值得一提的是，现在大昭寺内供奉的是唐朝文成公主带去的释迦牟尼十二岁等身像，而八岁等身像于八世纪被转供奉在小昭寺。在大昭寺的泥制大佛之中，安放了尺尊公主带至西藏的木制释迦牟尼佛