万历二十一年（1593年）考功司郎中赵南星主持京察，罢免大量冗官，得罪首辅王锡爵。赵南星因此被削职，孙鑨被停俸。于孔兼上疏营救赵南星，皇帝恨他多言，谪为吉安府判官，遂辞官归。家居二十年，筑室于县城西郊，其堂曰“志矩”，其亭曰“八卦”，着书不辍，曾讲学东林书院。着有《春曹疏》、《山居稿》、《江州余草》、《浮云山居集》、《菜根谭题词》。天启时追封为光禄寺少卿。于玉立是其侄。
家族.曾祖于镒，曾任知县 赠都察院右副都御史；祖父于湛，曾任都察院右副都御史 右都御史；父于未，曾任贡士。母吴