很快引起了拿破仑一世的警觉，借口其在私人信件中进行反法宣传，拿破仑逼迫腓特烈·威廉将施泰因免职。之后，拿破仑没收了施泰因的财产，并在1808年12月10日宣布施泰因为法国和莱茵邦联的敌人。次年1月，施泰因在朋友的保护下逃亡波希米亚。1812年，由于奥地利加入法国一方对俄国开战，斯泰因被迫离开奥地利前往圣彼得堡，他是在关键时刻劝说沙皇亚历山大一世拒绝与法国媾和的主要力量之一，在拿破仑战败后，施泰因又第一时刻鼓励亚历山大一世对法军进行追击，以解放受法国控制的大半个欧洲。1813年2月5日，根据普鲁士与俄