2016年夏季奥林匹克运动会波多黎各代表团是波多黎各所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团。自1948年首次参加奥运以来，波多黎各在每一届奥运会上都有派代表参赛。网球选手莫妮卡·普格在女子单打决赛中爆冷击败赛会2号种子德国选手安赫利奎·克柏，为波多黎各夺得该国史上首枚奥运金牌。普格也成为史上首位获得奥运奖牌的波多黎各女子运动员。
田径.波多黎各在田径项目上获得以下参赛资格（每个小项最多3名来自同一代表团的选手参加比赛）：
拳击.波多黎各有一名拳击运