陈子平结婚。1996年回台后任教于东吴大学音乐学系，2010年任教于中央音乐学院音乐学系，并于台北艺术大学传统音乐学系 、台师大音乐学系 、中国文化大学西洋音乐学系、国立中央大学艺术研究所 、国立台湾大学音乐学研究所 等处兼课。现在2016年为国立台湾师范大学音乐学院民族音乐研究所专任教授。曾于许常惠教授参与的第二版新葛洛夫辞典（New Grove Dictionary of Music and Musicians，2001）「台湾」（Taiwan）词条写作中，协助总论与原住民部分的汇编整理。此时的研究，