该系列中，帕德梅隐匿在科洛桑，与其丈夫天行者安纳金秘密生活在一起，躲避贸易联邦总督纽特·冈睿所雇杀手的暗杀。此时的安纳金正在参与克隆人战争。帕德梅担忧安纳金的安全，但是仍然为其在战斗中所获胜利和顺利结业成为一名绝地武士而高兴。在其中一集中，当帕德梅与尤达大师一同乘坐飞船旅行时，尤达大师感觉到了来自冰冻行星伊鲁姆的原力的扰动。尽管其安全护卫泰弗队长表示反对，她仍然同尤达大师一同前往伊鲁姆解救绝地武士卢米娜拉·安都里及其学徒芭丽丝·奥菲——后者在绝地圣殿被摧毁前刚刚完成绝地武士的训练。在克隆人战争中，帕德梅