学院的师生被安排在阿哈龙会堂，这座犹太会堂由着名的上海犹太人房地产大亨哈同建于1920年代。在最初的几个星期，资金尚未到达之前，经学院师生曾遭受了营养不良。
战后重建.在战争结束后，大部分犹太难民都离开了上海隔都，前往巴勒斯坦和美国。密尔经学院的两位院长，埃利泽·耶胡达·芬克尔拉比和亚伯拉罕拉比（Abraham Kalmanowitz），在1939年战争爆发之前就设法逃离了欧洲，没有陪同经学院来上海。他们分别在耶路撒冷和纽约市布鲁克林，重建了两座密尔经学院。埃利泽·耶胡达·芬克