5个以上的刊本，全部都源出自道藏本，如弘治年间的王浦本、嘉靖年间的王蓥本和万历年间的朱东光本，俱以道藏本为底本，28卷；万历年间的一些刊本则回复旧貌，分为21卷，如毛一桂本和茅坤本。在晚清以前，茅坤本相当流行。清代《淮南子》有两个重要版本，嘉庆年间的《道藏辑要》本直接以道藏本为底本。1789年的庄逵吉本则未能直接运用道藏本，错字较多，稍后1875年经陶方琦等学者修订后，一度成为《淮南子》最流行的版本。20世纪刘文典着有《淮南鸿烈集解》，曾被视为最完备的校本；张双棣编撰《淮南子校释》，增订本在2013年出版。