局每年都安排刘芸生到北京协和医院体检，但她不愿麻烦别人，所以经常是几年才去一次。晚年，刘芸生的视力仍很好，每天都定时收看《新闻联播》。她出门总是自己坐公共汽车。100岁之前，生活几乎全部自理，甚至自己做家务。在刘芸生生命的最后十多年里，水利部领导每年春节前都去看望她。过了百岁后，改为每年看望两次，除春节慰问外，还为她生日祝寿。2016年8月10日，刘芸生在北京病逝，享年106岁。2016年8月18日，遗体在北京市八宝山殡仪馆火化。