46年，图林根公爵亨利在教皇与诸侯支持下当选为敌对国王。在种种困难之下，腓特烈二世在弗萨尔塔战役中被意大利同盟打败，他的儿子被俘。
去世和影响.腓特烈二世一直未能找到反对英诺森四世的可靠同盟。1250年12月，他在一次行猎中突然中风。也有人说是被自己的儿子曼弗雷德杀死。1250年12月13日，在痢疾的折磨下，腓特烈二世死在了弗奥伦蒂诺城堡（现今意大利福贾省圣塞韦罗地区），享年56岁。死去时，他穿着熙笃会修士的白色法衣。在他死后，遵照遗嘱他的头衔被如下划分：合法继承人康拉德四世获