好扶掖后进。崇祯帝多次召问廷臣除寇之策，世奇说：“闯、献二贼，除献易，除闯难。人心畏献而附闯，非附闯也，苦兵也。今欲收人心，惟敕督抚镇将严束部伍，使兵不虐民，民不苦兵，则乱可弭。”回到家后，世奇叹息说“事不可为矣。”崇祯十七年（1644年）李自成破北京，自缢死，二妾亦随死。赠礼部右侍郎，谥文忠。吴钟峦听说北京失陷，流涕说：“马君常必能死节”，果然如此。与龚廷祥、华允诚并称“锡山三忠”。