席大法官梅尔维尔·富勒身体情况非常关注，但又觉得他还会活好多年。罗斯福表示，只要有机会就很可能任命塔夫脱执掌最高法院，也有人认为司法部长菲兰德·C·诺克斯更合适。不过这都无关紧要，富勒直到罗斯福下台都是首席大法官。1903年巴拿马脱离哥伦比亚并签署美巴条约，美国取得在巴拿马地崃修建运河的权力。国会授权法案没有明确哪个部门负责挖河，罗斯福把任务交给战争部。塔夫脱1904年前往巴拿马视察运河选址，并与巴拿马官员会晤。地峡运河委员会一直难以找到能够胜任同时又愿意长期做下去的总工程师，1907年2月约翰·史蒂文