又占领甘孜、瞻化等地尚未撤离，刘文辉腹背受敌之际，强缴巴安县驻军第42团的武器，成立了“西康边防司令部”，即西康民族自卫军，格桑泽仁任司令。他还将巴安县的街道更名为“博爱街”、“中山街”、“平等街”、“自由街”等，并任命了巴安县、得荣县等县县长，史称“巴安事变”。此外，格桑泽仁命令盐井的贡嘎喇嘛缴交第42团驻盐井部的武器。但贡嘎喇嘛拒绝将所缴武器运交巴安县。格桑泽仁率军征讨贡嘎喇嘛，贡噶喇嘛遂联合西藏噶厦，和藏军共同进攻巴安民军，并包围巴安县县城。格桑泽仁指挥巴安县军民长期开展巴安保卫战，使藏军未能攻破