天主教科马亚瓜教区（、）是洪都拉斯一个罗马天主教教区，属特古西加尔巴总教区。教区成立于1963年3月13日，包括科马亚瓜省和拉巴斯省，2006年有教友642,254人（佔辖区总人口93.1%）、廿九个堂区、四十四名司铎。现任教区主教为罗伯特·卡米莱利·阿佐帕尔迪。