离开共青团系统；在中共十五届一中全会上，当选中纪委常委、兼秘书长。曾经轰动一时的厦门“远华走私案”就是由他作为新闻发言人对外公布的。1999年4月到2001年5月间，袁纯清又在北京大学经济学院从事理论经济学博士后研究工作。2001年3月，袁纯清被外放陕西，出任中共陕西省委副书记；2004年1月起，又兼任中共西安市委书记的职务。在任期间，2005年2月，西安市推出了《西安国际化、市场化、人文化、生态化发展报告》，以白皮书的形式向社会报告西安的“发展理念”。而此前，袁纯清又被列为“全国受到关注的市委书记”之