两个寺院是守护京城左京和右京的镇护王城寺院，因此也有官方寺院的意味。南北朝时代之后，关于东寺的纪录书《东宝记》记载，东寺在平安京迁都后不久的延暦15年（796年），由藤原伊势人担任造寺长官（建设工事责任者）而建立。823年，由嵯峨天皇把东寺下赐给空海，是日本密教寺院的开始，以密教主尊的大日如来为寺院中心。在昭和9年（1934年）3月13日被指定为史迹，在平成6年（1994年）12月以「古都京都の文化财」登录为世界遗产。
建筑.中世以后的东寺受到后宇多天皇、后醍醐天皇、足