伏兵于玄武门发动政变，杀死太子李建成、齐王李元吉，迫使高祖交出政权，即“玄武门之变”。唐初诸帝常于此门大射、赐宴与观百戏。唐中宗神龙三年（707年）八月，太子李重俊欲诛韦后攻入西内，兵围玄武门楼失败后，改门名为神武门，楼名为制胜楼。唐僖宗时，爆发黄巢之乱，长安城遭到严重破坏。天祐元年（904年），朱全忠挟持唐昭宗迁都洛阳，并拆毁宫室。此后，驻守长安的佑国军节度使韩建对长安城进行了改建、缩建。韩建放弃了广阔的外郭城宫城，仅仅保留了皇城。改建后的长安城被称为新城。此时太极宫玄武门已不复存在。