教《宣元至本经》也使用了大秦寺的名称，或许是在正式改名之前，存在大秦寺的名称在非正式场合使用的可能性。唐代有多处大秦寺：长安义宁坊大秦寺，洛阳修养坊大秦寺，灵武大秦寺，五郡大秦寺，盩厔大秦寺，四川成都西门外大秦寺等。唐会昌五年（845年），景教与佛教、祆教一起遭到禁绝。随着景教在中国的衰落，中国的大秦寺也遭受了严酷的命运，不过在中国的边疆地区，聂斯脱里派信仰在克烈部、乃蛮部、汪古部、畏兀儿部等蒙古高原和中亚的部落间继续存在着，这些信仰在元代由于朝廷的支持而又一次活跃起来，并在华南的港口城市，如泉州，