在1864年4月21日即发生集体逃狱，其后监狱加强了对犯人的看管至停用为止。1866年，港督麦当奴到任不久，即因经费高昂而决定裁撤昂船洲监狱计划，在1866年10月31日正式废弃仍未完成的监狱，翌年把用地拨归驻港英军。1874年9月22日至24日的甲戌风灾，摧毁了监狱内大部分建筑物。在香港保卫战中，昂船洲遭到日军重击，监狱建筑物在香港日佔时期曾被日军改为军人康乐中心，至香港重光后恢复为军营用途。
现况.监狱现为昂船洲军营范围，由中国人民解放军驻香港部队陆军部队驻守。现存建筑物包