到屏东，但却因一个军营地区所阻未能成行。后来台湾铁路局纵贯铁路海线发生事故，蒋经国就借故撤换高玉树。1976年转任政务委员。
卸任后.高玉树在当时政治高度管制的戒严时期，以非国民党籍本省人身分官拜至内阁阁员。李登辉、陈水扁等两位总统执政时，皆聘其为总统府资政。1989年7月29日，高玉树意外出席民进党党员大会，公开为雷震案翻案。高玉树指出雷震为了组党，被以匪谍罪判十年徒刑，是件冤枉的事。并说雷震组党被关，其他罪名都是假的。高玉树曾与其好友林穆严律师登记参选1996年中华民国