用超声波破碎，而 NChIP 使用micrococcal核酸酶剪切。
交联染色质免疫沉淀(XChIP).交联法主要用于定位染色质上面附着的转录因子等蛋白。交联法的原料是可逆交联处理后的染色质。可逆交联处理这一步通常使用的是甲醛或紫外光照射。由于经过了交联处理，最后亦多出解除交联状态的一步。交联法通常直接使用超声波破碎，获得约 300-1000 硷基对长度的 DNA 链。
自然染色质免疫沉淀(NChIP).自然法的主要应用是用于定位组织蛋白修饰所影响的 DNA