被罢黜，修院院长随后成为了法兰主教。随后莱图教区也被併入法兰教区，全西奈半岛的基督徒由此皆受院长-大主教的管辖。1575年，君士坦丁堡普世牧首赐予西奈山教会自治的地位。1782年，该地位再次得到确认。今日，西奈山正教会下包括20名左右的僧侣及几百名贝都因人及西奈本地渔民。自从1967年以色列入侵西奈半岛后，教会面临着如何解决在保持原本的修道生活时处理大量访客及人流的问题。1982年西奈半岛被归还予埃及后，人流众多的情况并未好转且当地人口也有所增加。罗马教宗若望·保禄二世于2000年2月26日访问了该教会