出了生物样本中RNA转录物的丰度。不同于基因表达的系列分析（SAGE或超级SAGE，是一种从转录物的其它部分抽取标签的类似技术），CAGE法主要用于定位转录物在基因组中的准确转录起始位点。CAGE法所产生的知识使得研究者能够转而研究基因表达所必须的启动子结构。然而，已知CAGE法对于大多数CAGE标签5'端的非特异性的鸟嘌呤（G）有偏倚性，其原因是在cDNA第一条链合成中5'端发生无模板延伸。这将导致CAGE标签被定位至错误的位置，例如定位至非转录假基因上。