东站更名为广州站，成为广州市内最主要的铁路客运站。1953年1月，铁道部决定对全国铁路运输体制机构进行调整，衡阳铁路管理局改组为广州铁路管理局和柳州铁路管理局，原广州铁路分局改组为运输分局，广深铁路归广州运输分局管辖。1959年7月下旬，广深铁路沿线暴雨成灾，路基多处冲成缺口，中断行车15天。1966年6月下旬，广东东江发生严重水灾，广深铁路仙村至石龙段被洪水淹没，线路破坏较严重。为了彻底解决长期困扰广深铁路的水患问题，铁路部门于1966年至1967年对线路进行了大幅改造，包括抬高路基、加宽路基、修建排