年（1874年）10月，井上良馨迁任「」舰长，次年3月被派往朝鲜，威胁李氏朝廷，9月15日，炮击江华岛炮台，并攻占炮台，被称为江华岛事件。此后归国回长崎向川村纯义中将报告。同年10月任「清辉号」舰长，期间参加西南战役。从明治12年（1879年）历任「东号」、「」、「」舰长，明治15年（1882年）6月晋升为大佐。明治17年（1884年）2月至10月间，担任海军省军事部次长。明治20年（1887年）被封为男爵。明治25年（1892年）12月晋升中将。日清战争胜利后，井上进为子爵，担任西海舰队司令长官。此后