文当政，开始进行永贞改革，废除宫市、五坊小儿等弊政，整肃宦官兵权。同年八月，顺宗被宦官俱文珍发动的政变逼退，号称太上皇；唐宪宗李纯即位，史称永贞内禅，凌准贬为连州（今广东连县）司马。自此忧郁成疾，双目失明。元和三年（808年）冬，卒于桂阳北山佛寺，柳宗元写《哭连州凌员外司马》诗哀悼之。着有《后汉春秋》、《邠志》二卷。