能够获得精确的结构模型。许多结构预测方法已经被用于在蛋白质工程领域，在这些方法的帮助下，研究者们设计出一些新型的蛋白质折叠类型。更为复杂的结构计算是预测蛋白质分子之间的相互作用，需要应用和。利用分子动力学的方法可以模拟蛋白质的折叠和结合过程。通过分布式计算，如Folding@Home计划，为分子动力学模拟注入了活力。小的α螺旋蛋白结构域，如的头部和HIV辅助蛋白已经成功地在计算机中（"in silico"）被模拟。将标准的分子动力学和量子力学计算相结合的混合方法已经被用于探索视紫红质分子的电子态。S