导致了六四事件，校长在此时也被撤换。事件平定后，学生领袖柴玲、吾尔开希逃亡国外，政府对北师大的思想控制更加严格。美国纽约时报2009年11月3日的一篇报道也将北师大描述为“中国最激进的大学之一”。2002年5月，北京市第九次党代会决定支持北京大学、清华大学、中国人民大学、北京师范大学四所学校建设世界一流大学。2002年，北师大百年校庆之际，教育部和北京市决定重点共建北京师范大学，并给予北师大12亿的财政专项资助（其中教育部拨款6亿，北京市拨款6亿）。在百年校庆前夕，北师大新建成京师大厦，新主楼和曾宪梓