荷兰对这一地区主权产生争议，1963年5月1日，联合国将西巴布亚交给印尼管理，1969年正式纳入印尼版图。马诺夸里最初属于西伊里安省，后1973年西伊里安省更名伊里安查亚省，2002年更名西巴布亚省，马诺夸里亦属之。2003年1月，时任印尼总统梅加瓦蒂·苏加诺普特丽签署了一项决定，将巴布亚拆分为三个省：中伊里安查亚（）、巴布亚或东伊里安查亚（）、西伊里安查亚（）。2003年2月开始逐渐进行成立西伊里安查亚省的工作，11月任命了一位省长；中伊里安查亚省的建设因2003年8月的地方暴力抗议而被延迟，其后该省的创