分析人骨化石和DNA后认为，当时住在琉球的很可能是台湾过去的人。1874年（清同治十三年，日本明治七年），琉球国船难者因误闯台湾原住民领地而遭到出草遇害，史称八瑶湾事件；日本因而出兵攻打台湾南部原住民各部落的军事行动，引发中日两国的外交折冲，史称牡丹社事件。
日治时期.1895年清朝割让台湾后，台湾与琉球均成为日本领土，双方成为国内关系。往来益加密切频繁。当时有大量琉球人在台工作、求学。琉球渔民也经常停泊于基隆港休息或贩售鱼货。。1937年由台湾人设置的「大同拓殖株式会社」，