频率最高的核酸酶为限制内切酶，可切割特定的脱氧核醣核酸序列。例如左图中的EcoRV可辨识出具有6个硷基的5′-GAT|ATC-3′序列，并从GAT与ATC之间那条垂直线所在的位置将其切断。此类酵素在自然界中能消化噬菌体脱氧核醣核酸，以保护遭受噬菌体感染的细菌，此作用属于限制修饰系统的一部分。在技术上，对序列具专一性的核酸酶可应用于分子选殖与脱氧核醣核酸指纹分析。另一种酵素脱氧核醣核酸连接酶，则可利用来自腺苷三磷酸或烟醯胺腺嘌呤二核苷酸的能量，将断裂的脱氧核醣核酸长链重新接合。连接酶对于脱氧核醣核酸复制过