湾就因为马关条约而被割让给日本，进入了日治时期。
曹洞宗的进驻与退出.台湾被割让之后，台湾方面成立了台湾民主国对抗来台的日军。此时大天后宫后进的一厢房，曾短期被充用成台湾民主国的总统府，1895年6月至10月，民主国第二任总统刘永福曾于此办公。而在台湾民主国彻底瓦解，日军宣告「平定全台」后，日本佛教开始来台布教，当时台湾各地许多寺庙为了在那动盪不安的时期自保，遂与之签下总寺分寺契约。而大天后宫方面虽然在清朝历来皆由临济宗僧侣担任住持僧，但那时并无日本禅门临济宗僧人到台南传教，最