称亦同时被废去，成为废弃名，腔骨龙成为保留名，从此解决了混淆的情况。在1999年，有科学家指出原先的模式标本（编号AMNH 2706）是属于一类新命名的兽脚类恐龙，称为真腔骨龙。但是，后来的研究显示真腔骨龙其实被鑑定错误，牠只是一类原始、非恐龙的鸟颈类主龙，与西里龙（"Silesaurus"）是近亲。另外，就腔骨龙科的另一类，"Megapnosaurus"（原名合踝龙"Syntarsus"）亦同时出现争论，牠们被是与腔骨龙同属的。甚至有科学家指出腔骨龙应该被归类于合踝龙之内，。使上述的分类混乱再次出