在日本亦时有用于形容佛教以外的宗教，例如「（梵蒂冈是天主教的总本山……）」这样的使用。台湾佛教亦有此用语，如法鼓山、佛光山和灵鹫山等。在台湾民间信仰中，北港朝天宫在日治时期被称为「全岛妈祖的总本山」
起源.进入江户时代后，对净土真宗感到棘手的幕府，为统制宗教而实行本山、末寺制度（本末制度）。1632年，德川家光命令以心崇传向各宗派要求“本末帐”，次年各宗完成了对各自所管辖的末寺的统计而完成了末帐，最终确立了本山末寺制度。各本山必须负责管制其末寺，幕府只需通过对各宗派