被缩编为第44师131旅，任旅长，驻安庆集贤关。1929年8月，调任第45师第134旅旅长。1929年9月，第10军军长方振武因反对“编遣”被蒋介石软禁于南京；蒋介石欲将第45师师长鲍刚与第6师师长方策对调，鲍刚在芜湖起兵反蒋，余亚农闻讯后于安庆北门外集贤关营园客厅将前来点编的师长方策扣押，率部开进五祖山反蒋，因众寡悬殊失败，流亡上海。1930年中原大战爆发后，乘船去天津转郑州，被冯玉祥委为豫皖边区第一路军司令。后因内部不团结，该部为蒋介石分化瓦解，重返上海。1931年九一八事变后，参与王亚樵的秘密