又被罢为礼部尚书。二年（706年）二月，韦巨源改任刑部尚书，再授同中书门下三品，中宗命他和韦皇后叙宗亲。进封舒国公。从此在朝中成为韦后党羽。三月，中宗婿光禄卿驸马都尉王同皎被控与洛阳人张仲之、祖延庆、武当丞周憬等谋反，计划杀韦后情人、武则天侄德静王武三思、废韦后。张仲之被讯问时，说武三思罪状，直称武三思和韦后通奸。负责参验其事的韦巨源和另一结连韦后的宰相侍中杨再思假装睡觉，不予理睬，与吏部尚书李峤故意将王同皎断为死罪，众以为冤。七月，改吏部尚书。景龙元年（707年）九月，韦巨源为侍中、中书令。奉诏与