学院一般是在大学内运作，并在这些机构的课程上行使一定的影响力。并指这样可能威胁它们的诚信。美国华盛顿智库「2049计画研究所」2013年10月公布一份报告中指，孔子学院在传授汉语的同时，也在灌输有利中国的意识形态，借此影响对中国的评价。2009年芝加哥大学设立孔子学院时，该校174名教授联名反对，理由是担心大学的学术自由会受到有中国政府背景的孔子学院影响。组织这项连署行动的芝大宗教历史教授林肯（Bruce Lincoln）认为中国政府要推广其文化应另外成立自己的机构，孔子学院这种模式可能会使以色列、沙乌