诏禁绝民间宗教异端，明教也在禁绝之列。“高帝幸汴，善长复留守，得颛杀生封拜焉。帝还，诏定封建诸王官属国邑及大赏平中原将士功有差。请置司农卿，于河南课耕垦。又请禁淫祀白莲社、明尊教、白云、巫觋、扶鸾、祷圣、书符呪水邪术。诏可。”洪武六年，朱元璋命刑部尚书刘惟谦等修订《大明律》。“凡师巫假降邪神，书符、咒水、扶鸾、祷圣，自号端公、太保、师婆，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云众等会，一应左道异端之术、或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民，为首者绞。为从者各杖一百，流三千里。”从此，作为民间地下宗教