、谢现等文绅起义军互相声援，继续抗击法国的殖民统治。留在越南的黑旗军与泰族首领刁文持结为同盟，曾协助刁文持击败暹罗，攻破琅勃拉邦王国。直到1888年，文绅起义军被黄高启镇压，梁三奇向阮朝投降。回到清朝境内的黑旗军部众，后跟随刘永福，先后前往南澳镇、石碣镇赴任。清廷对黑旗军十分猜忌，经过多年裁减，黑旗军只剩下三四百名老兵，其余遣散回乡里。1894年，甲午战争爆发，刘永福奉清政府命令重新编组黑旗军，前往台湾协防。台湾巡抚唐景崧令其进驻台南。翌年清朝战败，将台湾割让给日本。刘永福与台湾士绅丘逢甲在台湾策动独立