具历史价值的文物被烧毁，包括一个具有约200多年历史的铜钟被火烧熔，20多个牌匾、布幔、香案、关帝和章陀的神像、神龛、精工雕琢的闽式货船模型、逾百年历史的大鼓等文物皆毁于一旦，后来由政府按原貌重修，1989年重建工程完竣。2016年2月11日，已被列入世界遗产的正觉禅林再次发生严重火灾，造成严重破坏。
建筑及景物描述.妈祖阁与一般以中轴对称的传统庙宇格局不同，其独特之处在于它依山临海错落而建，融合在自然环境中。整座庙宇主要由牌楼和四座古殿组成，分别为正殿（又称石殿）、弘仁殿、观音阁