之后刘瑾诬陷其冒领浪费边疆费用，而被逮捕入诏狱。大学士李东阳、王鏊论救方才救出。仍命致仕，先后罚米六百石。正德五年（1510年），封于陕西的安化王朱寘鐇谋反，武宗命复起杨一清，总制军务，与总兵官神英平叛，并命中官张永担任督军。大军尚未抵达，杨一清旧部仇钺已经平叛并逮捕朱寘鐇。杨一清驰马抵达镇县，并宣佈德意。张永随后赶到，两人相谈甚欢。杨一清知道张永与刘瑾有矛盾，趁机与张永谋划除掉刘瑾之策。张永依计回京，面见武宗，不久刘瑾伏诛。同年，杨一清奉召入朝，拜为户部尚书。论功加太子少保，赐金币。次年，改吏部尚