京政府任命护理陕西民政长，他虽然极力托辞但终未获准。同年3月，改署理陕西民政长。同年5月，各省民政长改称巡按使，他遂改任陕西巡按使，任职至7月中旬。期间，白朗军进入陕西，陕西都督张凤翙和宋联奎奉命镇压。同年6月，袁世凯以剿白朗为名，调京畿军政执法处处长陆建章署理陕西都督，宋联奎虽极力反对但最终未能阻止，乃辞职。1915年4月，宋联奎被北京政府任命为督办云南东川铜矿及全省金矿事务。同年8月，筹安会成立，宣传袁世凯称帝，宋联奎反对，遂以妻子逝世为名，告假回到陕西。同年12月，云南护国军讨伐袁世凯，宋联奎乃留