年就读中国人民大学计划统计系，1985年获得中国人民大学经济学硕士。毕业之后，程晓农先后在中国全国人民代表大会常务委员会办公厅研究室和中国经济体制改革研究所工作，曾任体改所综合研究室主任、副研究员。1989年起他先后到德国经济研究所及哥廷根大学、普林斯顿大学作访问学者，并获得普林斯顿大学社会学博士。从1997年至，程晓农任美国《当代中国研究》杂志主编。