996年夏季运行图中每日308班的列车到发量，它又于德国铁路的网络中排名第六。1995年，一个地下停车场在站前广场建成。从1999年至2001年，车站建筑被完全清空，并在被保留下来的历史建筑背后竖立起一座新的大楼。其侧翼被加建了一层楼，并恢复其原有的对称性，而入口大堂则采用一个玻璃穹顶。作为在1997年1月提出概念的一部分，它为曼海姆总站的铁路设施和站房建筑进行彻底改造提供了依据。其中站台的轨道数量应该通过优化工作进程而由10条减少至8条，同时不再使用的调车轨道和停车轨道将被拆除。其余的站台轨道则应