并恢复到原来三进院落的规格。
影响.被誉为“闽学开宗”书院曾聘请过许多着名理学大儒为山长：如宋代顾长卿、余谦一；元代杨相孙、陈玄；明代的陈惟白、刘绍祖；清代陈檗仁对书院的教育水平有很大的提升。书院也教育或影响过许多人，例如王慎中、黄汝良、庄概、郑成功、黄虞稷,也因为石井书院的设立，安海自宋绍兴年间到清末举人及第达数百人。书院内还创办过一所新式学堂——晋江安海养正小学，它也是本省最早的新式学堂之一。