中山在广州就任非常大总统时，朱卓文撰文祝贺称：同时，朱卓文还书写了标语“良心上之主张，挽回外溢之权利”。1922年2月，航空局改组，朱卓文仍然担任航空局局长，张惠长任副局长兼航空队第一队队长，陈庆云任第二队队长。1922年12月16日，孙中山任命杨仙逸接替朱卓文出任航空局局长。朱卓文兼任广东兵工厂厂长期间，领导工厂的技术人员及工人赶制枪械，及时送交革命军。1922年6月，孙中山得知陈炯明阴谋叛变，便从韶关率警卫团返回广州准备迎击。但该警卫团兵力薄弱，孙中山乃将卫士队扩为大队。但直到1922年6月1