沿革.台南校区位处台南市归仁区高速铁路台南车站特定区东侧。自交通大学有了与新竹科学园区成功的经验后，2002年起便积极与全球光电产业佈局最完整的台南科学园区接洽，以前瞻性的应用科技和产学合作所带来的附加价值，维持交大在高科技领域的地位。当时台南县县长苏焕智表示，交通大学台南分校的筹设，将有助于台南高铁站周遭商圈的发展；台南县政府将无偿提供交大100公顷的土地，与加速交大台南校区的筹设。2002年7月，台南校区由台南县政府编列专案预算办理土地征收，设立部分行政独立之台南分部。2003年11月，初期规划台