和德国代表达成协议，用苏联的粮食和原材料交换德国的设备，这项协议一直执行到德军进攻苏联为止。苏德战争爆发后不久，米高扬参加什维尔尼克为首的撤离委员会，组织把工人和工业设施撤退到苏联东部和南部。1942年－1945年米高扬成为苏联国防委员会委员，和沃兹涅先斯基一起负责苏联卫国战争中后勤工作，成功保证了对苏德前线的食物和供给的运输。他的儿子是一名苏联空军飞行员，在斯大林格勒战役中被德军击落身亡。1943年他因有力的后勤保障工作而被授予社会主义劳动英雄称号。随着苏军的收复失地，米高扬又参加了组织地方战后经济重