约5%的基因存在X染色体上，因此高达5%的基因可能造成同卵双胞胎姊妹的差异（另外无论性别，受精卵分裂成两个个体后，还会发生一些微小变化，亦可造成同卵双胞胎之间的差异）。同卵双胞胎姊妹常偏好使用不同的X染色体，关于此现象的解释有个颇具争议的理论，即女性胚胎细胞在选定失活的X染色体后，会主动将自己分为两大群採用不同Xa的细胞，这两群细胞可能主动排斥而造成胚胎分裂，形成双胞胎。这个理论虽仍有不足之处，例如不能解释同卵双胞胎兄弟的形成，但已经引起相当的讨论。
性联遗传疾病.女性若只有一