迁工部尚书，垂拱元年（685年）五月代王德真守纳言，实际相当于宰相。太后定居洛阳后，命苏良嗣为西京长安留守，累封温国公。当他离开洛阳时，太后亲自赋诗饯送，赏赐和恩遇都很优渥。当时尚方监裴匪躬负责检校京苑，提议贩卖禁苑中的蔬果为朝廷谋利。苏良嗣拒绝了，引用春秋时鲁国国相公仪休的典故，指出朝廷不宜和农民争夺商业利益，遂劝止。二年（686年）六月，苏良嗣被召回洛阳，任文昌左相，随后进为同凤阁鸾台三品。其间，他曾经于南门遭遇太后的男宠和尚薛怀义，怀义无礼，良嗣大怒，命左右武士掌掴了怀义的脸之后，把怀义拖出去，不