校教谕吉田茂所发现，并首见于鹿野忠雄在《东南亚细亚民族学先史学研究》中对该遗址命名为「鱼寮型遗址」。但此遗址自发现后未受到当局政府重视，直到2003年，高铁大道开挖，且太保市公所有意建造纳骨塔，才引起当地居民关注，并开始一连串保护遗址行动，遗址才获得中华民国政府的保留。鱼寮遗址包含两层不同时代的史前文化：下层为绳纹红陶文化牛稠子类型，上层的史前文化为大湖文化鱼寮类型，尤其在鱼寮遗址是嘉义平原最早发现的史前遗址之一，能够代表嘉义平原在新石器时代晚期的文化样貌。遗址目前种植甘蔗，大部分区域保存良好。鱼寮