叶派之间的武装冲突日亦增加，逊尼派里也出现了少数主张以圣战对抗什叶派或美国的激进份子，例如：盖达组织、塔利班和伊斯兰国等恐怖组织，但也和其他同为逊尼派的国家及势力理念不合而产生冲突，像是周边阿拉伯国家长年支持反恐战争且否定伊斯兰国及其哈里发的正统性、叙利亚反对派和伊斯兰国之间的冲突等。以逊尼派为背景的伊斯兰恐怖主义针对非穆斯林、叛教者，以及什叶派、阿赫迈底亚、苏非主义者等其他穆斯林。