忽必烈在吐蕃设置总制院（后改为宣政院），委派萨迦派首领管理吐蕃政教事务，建立萨迦巴政权。吐蕃分裂时期结束，随后展开了约500年的教派统治。
与汉地关系.建隆元年（960年），宋朝建立。由于所处地区的缘故，与远离汉族地区的卫藏等地藏族各部联系交往较少，但与邻近汉族地区的甘、青、川、滇藏族各部则相对密切。宋朝开国不久，原吐蕃王国的一个部落首领的后裔唃厮啰在以邈川（今乐都）、青唐（今西宁）为中心的青海省湟水流域建立了政权。这是当时以藏族为主体的一个最大的封建政权。唃厮啰多次遣使向宋朝