弃城逃走，刘毅于是成功入城，收杀卞范之等桓玄余党。及至三月，桓振反攻江陵，荆州刺史司马休之败走，刘怀肃前赴与桓振相持，刘毅派了广武将军唐兴助战，终阵斩桓振。及后刘毅又攻下迁陵，并讨平桓玄余众，获授抚军将军。三月庚子日（5月3日），刘毅获授都督豫州、扬州之淮南历阳庐江安丰堂邑五郡诸军事、豫州刺史，持节、将军、常侍如故。义熙二年（406年），朝廷追论兴复晋室的功勋，封刘毅为南平郡开国公，兼都督宣城军事。义熙五年（409年），刘毅进衞将军、开府仪同三司。
卢循之乱.义熙六年（410年），