暮气渐沉，渐次遣撤，淮军跃居主力。1865年全军达六万人，成为镇压捻军的主力，将捻军“蹙之于山深水复之处，弃地以诱其入，然后各省之军合力，三四面围困之”。光绪三年（1877年），仿德国营制，建立克虏伯炮队。1875年2月，清国钦差大臣沈葆桢为「开山抚番」政策而强行开辟道路，借口保护庄民，发动淮军攻击大龟文王国的内狮头社、外狮头社、竹坑社、本武社和草山社，并发生清军屠杀原住民之事，战事约持续3个月，出兵数万人，1888年北洋水师拥有大小25艘舰船，其中“定远”号和“镇远”号，排水量达到8000吨。