万历元年（1573年）起，到清宣宗道光21年（1841年）成为英国殖民地为止，元朗地区一直属广州府新安县管辖，此前清初为对付郑成功而实施的海禁和迁界政策一度使元朗变得荒凉。古时疍家在元朗山贝河上游，大旗岭一棵大树旁边建一小庙，以祭祀天后；这就是今天十八乡大旗岭大树下天后庙的起源。由于该庙居于一棵方圆数百尺、浓荫蔽日的大树之下，故得此名，古时疍家渔船从横洲一带沿河直入，经过蜿蜒的山贝河，小艇可以达到今大树下的位置。大树下天后庙曾多次重修：清朝咸丰、光绪时和1962年台风温黛袭港后各大修一次。大树西面是蛋家