一军医大学从天津迁到长春合并了第三军医大学，出任第一军医大学校长。1955年，授予中国人民解放军少将。1958年第一军医大学集体转业移交吉林省后，殷希彭调到军事医学科学院任副院长负责科研工作，1963年2月任军事医学科学院院长。1966年3月任中国人民解放军总后勤部卫生部副部长等职。因胃癌扩散，脑弥漫转移逝世，聂荣臻出席了追悼会。