一经济特区之开发会为摩罗泰岛带来十万名的劳力以及数千亿印尼盾的收入。印尼总统尤多约诺于2014年7月2日批准「摩罗泰岛经济特区」开发案，提升两国在经贸、观光、农业、渔业等领域的合作。
农业合作.自1996年起，两国每年轮流主办农业部部长级会议。两国于2010年签署《一乡一特产合作协议》，透过台湾驻印尼农业技术团进行推广，在西爪哇省、中爪哇省、东爪哇省以及峇里省从事推广事业，协助当地农民进行产业振兴。2016年5月12日，驻印尼台北经济贸易代表处与驻台北印尼经济贸易代表处在台