只好转往有英国领事馆保护的打狗旗后街（今高雄旗津附近），租下一间店面，1865年7月16日由杜嘉德牧师主持开事礼拜，继续行医传教。不久，杜嘉德牧师就返回厦门。1865年11月末或12月初，由英国商人必麒麟带领马雅各进入旗山（玉山？）附近的木栅、拔马和台南附近的玉井、左镇、岗仔林等平埔族地区传教而大受欢迎，并设立教会。1866年6月，他在旗后山腰买地建立圣殿，这就是台湾基督长老教会的第一座正式礼拜堂─「打狗礼拜堂」，即现今「旗后教会」的前身。7月23日，英国长老教会在厦门的宣为霖牧师（Rev.Will