分左右闯入。日军攻入书院大楼后，日军士兵便用刺刀杀害15名卧牀的伤兵，并把职员和能够行走的伤者赶入储物室，没有任何武器的伤兵及职员先后被杀。一名倖存者在翌日发现有2名伤兵遭到肢解，眼珠被人挖掉，耳朵和舌头则被割去。有些日本士兵把伤兵的尸体当作垫子，在上面轮姦女护士，并在强姦后伤害或杀死她们。一些教职员为了保护学生而留在书院内，最后亦丧生。有人尝试在门口放置阻碍日军士兵进入的杆子，结果遭日军射杀，其尸首更被日军士兵以刺刀反复穿插。香港沦陷后，圣士提反书院被改为赤柱拘留营，直至1945年8月30日香港重光。