博洛托娃代表俄罗斯参加芬兰万塔举办的欧洲青年羽毛球锦标赛，随队赢得团体赛亚军。2013年7月，埃克内琳娜·博洛托娃与安德烈·阿什马林出战立陶宛羽毛球公开赛，在混双决赛以2比0（21-15、21-14）击败了队友的Yaroslav Egerev/伊琳娜·克列布科，夺得其首个国际赛双打冠军。同年10月，她与安德烈·阿什马林出战保加利亚羽毛球国际赛，在混双准决赛以0比2（12-21、17-21）不敌赛会2号种子、苏格兰的罗伯·布莱尔/伊莫金·班克尔。同年10月，她与塔吉娜·比比克出战瑞士羽毛球国际赛，在女双准