在台北艋舺现址修筑庙宇，1790年（干隆55年）落成。1817年（清仁宗嘉庆22年）6月，台风侵袭艋舺清水巖，翁有来于是又向乡民募捐五千银元重修。《淡水厅志稿》记载：「祖师庙亦名清水巖，在艋舺街。干隆年间捐建；嘉庆年间，捐题重修。」1853年（清文宗咸丰3年），泉州三邑人后来为了争夺艋舺的商业利益，与同安县人间发生顶下郊拚事件。泉州三邑人，欲攻打同安人，苦于沼泽，想由清水巖通过，要求烧毁清水巖，故威胁安溪人，并答应事后会负责重修工作，但事件后三邑人毁约，只捐献了一对龙柱，略表意思，安溪人于是由本庙董事白