条例》，为针对中国共产党叛乱的特殊状况而实施，实际上，透过此「特别刑法」造成许多冤假错案，剷除异己、巩固威权主义的领导中心，对于批评或反对政府者、持不同政见者（如主张台湾独立、左翼等等）进行整肃迫害，任意冠上意图颠覆政权之罪名，将刑罚范围过分扩张。台湾警备总司令部等情治单位，借由特别刑法充当政府整肃异己的工具，罔顾基本人权、民主、自由等、无孔不入地监控人民，对言行可疑人士或持不同政见者炮制假案、扣上匪谍的帽子，在全国各地滥捕、滥杀、刑求殴打及没收财产，造成大量冤死、冤狱、伤残，人民的生命、财产、健康以及心灵