历四年，丁忧期满，正月补原官，历官翰林院编修、修撰、右春坊右中允、右谕德，万历十二年二月升任南京国子监祭酒。万历二十一年（1593年），改任吏部官职。四月再调升南京礼部尚书，以养母故，上疏请求退休，不许。万历二十二年（1594年）十月，再任南京礼部尚书。万历四十二年（1614年）卒于泉州府城南家中，天启初年追谥文简。《明史》有传。
着作.着有《嘉靖大政记》、《嘉靖大政编年录》、《田亭草诗集》、《续小学》、《异梦记》等。
家族.曾祖黄性，监生；祖父黄廷文；父