都与陈霸先一起镇守京口，担任兰陵太守。梁元帝被杀后，王僧辩于天成元年（555年）五月，与北齐勾结，扶植萧渊明为帝。侯安都协助陈霸先设计诛灭王僧辩，复立萧方智为帝（是为梁敬帝），改元绍泰，臣属于北齐。太平元年(556年)三月，北齐攻梁，侯安都率军击败了北齐军队，晋号为平南将军，改封西江县公。太平二年（557年）十月，陈霸先代梁称帝，国号陈，是为陈武帝。陈武帝死后，侯安都立临川王陈蒨为帝，是为陈文帝，又率兵平定了王琳 (会稽) ，诛杀要求登基的武帝子衡阳王陈昌，先后进爵为清远郡公、封侍中、征北大将军等。