在江津、永川、铜梁、大足、荣县、内江、资中进行拉锯战。杨森部在吴佩孚的支持下占领重庆。6月4日，孙中山任命熊克武为四川讨贼军总司令，赖心辉为前敌总指挥。但懋辛率第1师、第6师及第2混成旅、第8混成旅在上川东同吴佩孚方面的刘湘、杨森、潘文华、唐式遵及黔军袁祖铭等战斗20余天。因军心涣散，但懋辛部占领重庆后又失守，部队一度瓦解。
从北伐到内战.失败之后，但懋辛被熊克武派遣，同湖北讨贼总司令孔庚、石青阳一起赴贵阳同刘显世达成三省合作意向。随后征得云南唐继尧同意，但懋辛拟成《建国联军协议》