明会典》，书成，升侍读，充讲筵。历官礼部右侍郎，二十九年改吏部右侍郎，兼翰林院侍读学士，典会试，改左侍郎，寻升礼部尚书兼翰林院学士。张居正称其“此幼而硕者，国器也”。万历二十八年余继登去世，冯琦继任礼部尚书，对于思想界的“异端邪说”极其不满，并将矛头指向李贽，指其“背弃孔孟，诽毁程朱”。 万历三十年五月，礼部侍郎冯琦上言矿税之害：“滇以张安民故，火厂房矣；粤以李凤酿祸，欲刃其腹矣；陕以委官迫死县令，民汹汹不安矣；两淮以激变地方，劫毁官舍钱粮矣；辽左以余东翥故，碎尸抄家矣。土崩瓦解，乱在旦夕，皇上能无动心乎？