入侵寄主的免疫系统。牠有着表面蛋白质能阻止补体的活性化，及分泌能破坏免疫球蛋白A（IgA）的免疫球蛋白A1分解酶。肺炎链球菌的感染风险对一些在免疫球蛋白G（IgG）合成、吞噬作用或清除细菌能力有缺陷的人会相对提高。而且，如因先天性无脾脏或脾切除而缺乏脾脏功能，或是患有镰刀型红血球疾病会令患病者的病情恶化（脾切除术后易发暴发性感染），因而须接受预防措施。
季节性.肺炎链球菌感染最常发生在冬季和初春，这个时段也正是伤风感冒等上唿吸道感染的高峰期。
体液免疫.