切酶所降解。而细菌基因组DNA则无法被这些限制性内切酶所识别。DNA甲基化作为一种原始免疫系统，使细菌保护自己免受噬菌体的感染。在DNA多态性检测中，这些限制性内切酶是限制片段长度多态性（RFLP）测试的基础。
化学甲基化.在有机化学中甲基化指的是转移甲基（CH3）基团的烷基化过程。此过程经常采用亲电子的甲基源，如碘甲烷、硫酸二甲酯、碳酸二甲酯，或较少使用但更强力（更危险）的甲基化试剂，如产生SN2亲核取代反应的三氟甲磺酸甲酯或氟磺酸甲酯。例如，羧酸盐可被氧甲基化得到甲基酯，醇盐盐