中国天主教畲山修院实行董事会制。21世纪初，中国天主教畲山修院为上海市民族和宗教事务委员会监督管理的差额拨款事业单位。
设施.
图书馆.1986年，修院新院舍落成，修院图书馆随即成立。1988年3月，金鲁贤主教将图书馆命名为“爱德图书馆”。2007年12月，爱德图书馆新楼落成启用。爱德图书馆大部分外文图书是由美国人马爱德神父（Edward Malatesta,SJ）从美国各地搜集并捐赠给修院的。1986年起，他连续多年利用假期帮爱德图书馆整理这些图书。