2007年秋，马以南代表马英九为涉嫌盗採曾文溪砂石、行贿官员、 及职棒诈赌案被起诉的国民党台南县议会议长吴健保参选立委站台助选。吴健保于2011年因此三项罪名分别被判处有期徒刑3年6个月与2年、议员资格遭解除、褫夺公权1年。马以南也在国民党台中县立委江连福因贿选被检方侦办后前往其竞选总部加油打气。
违反公职人员利益冲突回避.2001年中国化学制药聘请马以南担任副总经理、董事，于马英九担任台北市长期间，中化制药及中化裕明接连标得台北市所属市立联合医院、慢性病防治院等药品採购案合约共