对西方列强的战败，清政府却几乎没有做减轻问题的事。南方反清最严重，不满者加入洪秀全。1840年代，该教派进入军事化，起初是为了对抗盗贼。教派遇到的困扰是将奋斗发展为游击战和全面爆发战争动力。叛乱开始于广西省。1851年1月初，一支万人的叛军在金田起义中于金田击溃清军。清军进攻但被击退。8月，洪秀全宣布建立以自己为绝对统治者的太平天国。叛乱急速向北发展。1853年3月，500,000太平军夺取南京，杀30,000清军，屠杀数千人。南京城成为了叛军的首都，被重命名为天京直至被收复。
捻军