5B线不时交换用车，以作车务调动或班次调节。2020年1月，九巴屯门车厂加派1条跨厂字轨，使用车辆为亚历山大丹尼士Enviro 500MMC 12米（ATENU）。秦石开经：丰石街、盛田街、沙田头路、车公庙路、大涌桥路、沙角街、乙明邨街、沙角街、沙田围路、沙田乡事会路、大埔公路－沙田段（、沙田市中心巴士总站、沙田正街、横壆街、源禾路、沙田乡事会路、大埔公路－沙田段）、城门隧道公路、城门隧道、城门隧道公路、和宜合交汇处、和宜合道、昌荣路、葵涌道、葵富路、兴芳路、大窝口道、葵盛围、葵联路、葵盛围及葵联路。