科学院办公室、政治部、院务部以及战争理论研究部（简称“战理部”，最初称战略研究部，部长叶剑英/粟裕）、战术研究部（部长彭绍辉/高锐）、战史研究部（部长钟期光）、外国军事研究部（部长宋时轮）等4个研究部，还有军事技术直观教研馆，共有研究人员500多人。文化大革命爆发后，军事科学院科研工作一度停顿。1969年11月，全院人员3/4被裁减，并撤销军事技术直观教研馆。1972年9月调整编制，各研究部下设研究处，院办公室下设秘书处、管理处、资料处、卫生处、政治处、杂志社。1978年中共十一届三中全会后，军事科学院恢复