初年，鲜卑族首领秃发树机能发动叛变。司马骏讨伐叛党大获全胜兼斩三千余首级。他于是获进升为征西大将军，开府辟召，礼仪与三司一样，并且可以持节都督。一如以往得到的待遇。不久，司马骏遣七千人代凉州守兵，秃发树机能等人企图先劫佃兵。司马骏得知消息后便任命平虏护军文俶督凉、秦、雍州各路军马进屯，以威示敌。秃发树机能因此而感到惧怕投降，并遣所领二十部将士弹勃面缚立于军门之前各遣入质子。安定、北地、金城诸胡吉轲罗、侯金多及北虏热冏等二十万羌族亦一同投降晋室。此后，司马骏被封为扶风王，以氐户在国界者增封，身故后可获羽葆