干道六年（1170年）录事陈敏兴修建，元时为淮安路总管府，1293年阿思重修。明洪武元年（1368年）淮安知府范中政改建为淮安府署。洪武三年（1370年），知府姚斌改为淮安卫指挥使司。成化五年（1469年），通判薛淮重修，嘉靖十六年（1537年），都御史周金在城隍庙东新建都察院分署。隆庆五年（1571年）知府陈文烛将此重修。万历七年（1579）都御史凌云翼将淮安府迁往城隍庙东，移总督漕运部院于此。漕运公署机构庞大，整个建筑有213间，占地约三万平方米。