而妙椿的后继者‧外甥斋藤利国（妙纯）在美浓的内乱（船田合战）中胜利后，于近江战死。后来卷入土岐氏同族斗争，势力渐渐衰退。之后战国时代来临，斋藤氏由斋藤道三继承。道三成为稻叶山城城主后，立即流放美浓守护土岐頼艺，以下克上的方式支配美浓，但是后来被嫡子斋藤义龙所杀。义龙死去后，其子斋藤龙兴于永禄10年（1567年），被织田信长攻陷根据地稻叶山城，龙兴被流放后前往越前投靠朝仓义景。龙兴在天正10年（1573年），和被信长消灭的义景同一命运，一同被讨死，美浓斋藤氏灭亡。在信长统治下，道三的末子斋藤利治（长龙