区内按本身的法律和规例进行海关和出入境检查。双方口岸区互相毗邻，但不重叠，以免造成司法混淆或真空。计划实行的有位于阿拉善盟的乌力吉口岸（在建），由中华人民共和国和蒙古双方在同一地点，共同对出入境人员实行联合检查。
车上检查.来往芬兰及俄罗斯的高铁「快板号」（Allegro）及夜车「列夫·托尔斯泰号」（Leo Tolstoy）列车在行驶时由两国共同执行边防及海关检查。乘客须于座位上接受检查，并出示护照及签证。执行检查时关闭厕所及餐车。在2005年深圳经济特区边境的管制措施废除前，