愿下王珣被任命为豫章太守，王珣不欲外出远地，于是不上任。后又被任命为散骑常侍，王珣又不拜，终迁任祕书监。太元十年（385年），谢安去世，王珣迁侍中，很受晋孝武帝倚重。后转任辅国将军、吴国内史，亦得当地士庶之心。太元十五年（390年）九月，王珣被征召为尚书右仆射，领吏部。次年九月转尚书左仆射，加征虏将军，领太子詹事。因着晋孝武帝雅好典籍，王珣与殷仲堪、徐邈、王恭及郗恢等人就以才学和文章而深受孝武帝亲待。然而，与王珣等人不和的王国宝此时却依附和讨好辅政的会稽王司马道子，孝武帝担心自己一旦去世，他们之间的仇隙