产改进所并入中央农业实验所后，冯泽芳出任技正兼棉作系主任，后又兼任云南工作站主任。1942年任中大教授兼农学院院长。1947年任农林部棉产改进处副处长。1949年回到中大任教。中华人民共和国成立后，又先后任教于南京大学、南京农学院。1955年当选中国科学院生物学地学部学部委员（院士）。1957年出任中国农业科学院棉花研究所首任所长。1959年在安阳逝世。