阿米什社区为多种遗传病所困扰，如埃利伟氏症候群。几乎所有的阿米什人都是早期数百名拓荒者的后代，近亲通婚的奠基者效应是阿米什人遗传病的根源。有些疾病甚为罕见、独特和严重，致使阿米什儿童的死亡率非常高。阿米什人把这个困扰当做“上帝的旨意”来接受，他们拒绝婚前基因测试，即使有孩子得了遗传病也不进行基因诊断。然而，许多父母愿意用现代技术手段治疗孩子。阿米什人逐渐重视跨族通婚。一个地区的遗传病通常在其他地区会消失，从无血缘关系的社区选择配偶可以避免遗传病，例如，美国宾夕法尼亚州与加拿大安大略省的阿米什社区之间。