政最高决策机构，在市长及2位副市长之下，设有64个一级机关单位包括18个局，7个处，2个委员会及37个区公所；而二级机关单位则有33个处／委员会／院／所／馆／中心／场。2010年12月25日台南县市合併改制后之「台南市」，是新成立之直辖市。首任市长为赖清德，于合併改制当日就任市长。2014年赖清德成功连任，惟2017年9月选择辞职改任行政院院长，协助民进党中央执政。由于台南是属于泛绿极具优势选区，2018年11月24日第三届市长选举，即便大环境不利民主进步党，依然由民进党籍的黄伟哲当选，形成台南市自升格改