把家督让予嫡男元长并隐居。一度看不起一介贱民出身的秀吉而不屑仕于秀吉。此后在吉川氏一族的石经有让出的地方建设隐居馆。此馆后来被称为「吉川元春馆」，不过其实在元春生前还未完成。后来毛利氏帮助秀吉夺取天下，天正13年（1585年），隆景积极地参加秀吉的四国征伐，而吉川军则以元长为总大将出阵，元春本人没有出阵。天正14年（1586年），受到已经成为天下人的丰臣秀吉强烈邀请，加上因为弟弟隆景和侄儿辉元等人游説，于是以隐居的身份参加九州征伐。不过此时元春因为化脓性炎症（一说为癌）而令身体状况转差，因此在出征前