有固定收费，大部分较长途路线亦有分段收费，并接受以港币现金及八达通付款，车上不设找续。除了东涌新市镇区内路线34、36、37、38、深圳湾口岸路线B2、B2P、B2X及港珠澳大桥香港口岸路线B4、B6外，所有路线都分为平日（星期一至六）及假日（星期日及公众假期）收费，并以后者较高。此举是希望利用节假日时提高游客佔乘客多数的车费，来补贴平日以当地居民为主要乘客时客量不足的问题。此外，部分路线（例如路线1、N1、3M、4）设有双向分段收费，乘客可以依实际乘搭路程用现金缴付相应车资。屿巴是有提供日票的专利