个同属于麴菌属（'）（基因模式生物的小巢状麴菌〔'〕与致病的薰烟麴菌〔""〕）相比，米麴菌的基因组要大大约三分之一。根据预测,米麴菌许多额外的基因和二次代谢物（secondary metabolism）有关。这个被定序的菌株被称为「RIB40」或者是「ATCC42149」，这个菌株是野生型（wild type）菌株，也已经被应用在工业上。