成为一家拥有2400名员工和采用当时最新机队的航空公司。1966年，随着新加坡退出马来西亚联邦，公司被迫更名为马来西亚-新加坡航空（，简称MSA），MSA也因而同时成为2个国家的国家航空公司。公司在接下来的数年急速扩张，MSA先后引进波音707和波音737，并开始拥有飞往珀斯、台北、罗马和伦敦的航线。然而MSA在1972年因新加坡与马来西亚政府间的合作破裂而宣布停止运作，不久后便分拆成两家公司：新加坡航空和马来西亚航空。1972年10月1日，公司以「马来西亚航空系统」（，简称MAS）的名称和马来西亚唯一