前后，开始遭到客家烈士吴汤兴（苗栗铜锣人）、姜绍祖（新竹北埔人）、徐骧（苗栗头份人）等人率领的义勇军的游击式「壮烈反抗」。另外，在三角涌的隆恩埔、分水崙等地，日军分别遭到当地义勇军的包围伏击，死伤多达数百人。6月26日，余众在台南拥立民主国大将军、黑旗军统帅刘永福为第二任大总统，迁都台南，号称南都，设总统府于大天后宫。为筹措经费，刘甚至曾经发行钞票与邮票。学者将刘永福在台南所建的政权称之为「台南共和」（Tainan Republic）或「第二共和」（Second Republic）。刘永福以刘成良统福军