惊恐的外星生物攻击，它们具备致命的武器、惊人的感知能力与智慧。游戏一开始就爆发了大规模的“曼哈顿”病毒，病毒可导致细胞破裂。这引起了内乱和Ceph领导的外星军团入侵的恐慌。Ceph是前作中一个具有触手类似章鱼的外星种族。由于纽约社会秩序的破坏，曼哈顿宣布戒严，并依照美国国防部的合同集结了一支由私人军事服务公司Crynet组织的Crynet Enforcement & Local Logistics（简称CELL）军队。
剧情.美国海军陆战队武装侦察部队乘坐鹦鹉螺号核潜艇前往纽约救援