了10年之久，直到1936年鲁迅去世。内山书店为鲁迅着作代理发行店，鲁迅的会客、信件往来等秘密活动也在内山书店进行，并曾经四次掩护鲁迅避难，包括在内山书店，以及千爱里2弄3号寓所。1936年鲁迅去世后，内山完造在鲁迅治丧委员会里名列第二位，介于蔡元培、宋庆龄之间，次年参与日文版《大鲁迅全集》的出版。二人的友谊在当时曾引起猜疑，1934年《社会新闻》曾发表文章，认为内山完造系日本间谍，鲁迅则在《伪自由书·后记》中加以否认。内山完造在1930年代曾与中共有交往，在1935年转交方志敏在狱中写给中共中央的报告