万石救济灾难，民众因此而得以保全。刘东星随后召为左副都御史，进吏部右侍郎，以父亲老迈，请侍养而归乡，刚离开时父亲已经去世。万历二十六年，黄河在单县黄堌决口，沖毁运河，漕运、河道均被堵塞，明廷起用刘东星为工部左侍郎兼右佥都御史，总理黄河漕运。当初尚书潘季驯提议开凿黄河上流、并使用元朝贾鲁所採取的道路浚灾，但效果甚微。刘东星则在徐州、下邳至宿迁一带，沿潘季驯治黄故道挑挖开浚，五个月内工程结束，费用仅十万。得到万历帝嘉奖，晋升工部尚书兼右副都御史。次年，他拓宽淮河、海河渠道，而此工程当初河道总督翁大立、工部尚