会有一点差异：在热力学中，构成物质的分子（如水分子）、原子（如碳原子）、离子（如氯离子）等在热力学上的表现性质都是一样的，因此，都统称为分子；在气体动力论中，分子是指任何构成气体的粒子，此定义下，单原子的惰性气体也可视为是分子。而在量子物理、有机化学及生物化学中，多原子的离子（如硫酸根）也可以视为是一个分子。分子可根据其构成原子的数量（原子数）分为单原子分子，双原子分子等。在气体中，氢分子（<chem>H2</chem>）、氮分子（<chem>N2</chem>）、氧分子（<chem>O2</che