来京署工部尚书。干隆四十九年（1784年）三月，再提升为兵部尚书、总管内务府大臣。干隆四十九年（1784年），甘肃回民田五等人起事，福康安担任参赞大臣，跟从阿桂前往平定。随即出任陕甘总督。军队到达隆德，田五之徒马文熹出降。清军进攻双岘，回民迎战，阿桂令海兰察设伏，福康安前往督战，消灭回民数千人，于是攻破石峰堡，擒拿回民首领。随后进封一等嘉勇侯。干隆五十年（1785年）七月，福康安转为户部尚书，第二年又转吏部尚书、协办大学士。
平定林爽文与调任两广.干隆五十二年（1787年），台湾发