轨顶标高有40％未达到设计要求，机务、车辆的车间，上煤、送灰、给水、电力、列检等设施尚未建齐，未能达到按近期运量设计的正式通车要求。1991年同全国铁路货运联网，1992年元月1日始办客运。2001年开始，南防线逐步淘汰蒸汽机车，转而使用东风4B型内燃机车。南防铁路的电气化工程有两阶段。第一阶段于2015年12月15日开工，2016年9月23日开通运营，马皇至防城港北；第二阶段于2018年4月24日开工建设，2019年5月31日全线开通，那罗至马皇区段。电气化完成后，列车运行速度最高可达120公