类受到质疑，包括Johnson and Briggs (1984)，他们把桃金孃科物种分成14个族或支序，并发现这个科为多系群。截至2008年，多组学者为本科物种进行分子生物学研究，从其物种的演化史推翻了上述的二分法分类。近期的分类法把本科物种分为裸木亚科（Psiloxyloideae）及桃金娘亚科（Myrtoideae）两个亚科，然后再细分为17个族。不过由于每年都由被划归本科的新物种的发现，这些新发现都可能会对现时的分类造成冲击。
现时分类.根据Wilson (2011),