部分物种的亲缘关系，发现海南孔雀雉为一单系群，形成独立于灰孔雀雉的演化支，且灰孔雀雉与形成一个演化支，表示其与山孔雀雉的关系比与海南孔雀雉还接近，故而将海南孔雀雉从灰孔雀雉中独立成新种。海南孔雀雉与灰孔雀雉和山孔雀雉分支的时间约为140万年前的更新世，海南岛与中国大陆分隔的时间则约在200万年前，海南孔雀雉在与大陆上的类群发生地理隔离后，渐形成新种。
保育状况.海南孔雀雉在野外的数量已非常稀少，严重濒临绝种，过去本种曾广泛分佈于海南岛的热带森林中，如今尚存的野外的个体多被分割成破碎