源于西元六世纪初在此处定居的教会，当时有一座教堂是为了纪念而建立的。现今基尔肯尼镇的圣卡尼斯座堂则是在13世纪左右建成的。基尔肯尼也是一起早期爱尔兰审巫事件的舞台，该事件的中心人物为基尔肯尼的居民爱丽丝·吉蒂勒和她的女仆彼得罗妮拉·德·米斯，由理查·德·雷里德所调查，事件发生在1324年。17世纪三国之战期间曾为爱尔兰邦联的首都。