2016年夏季奥林匹克运动会肯尼亚代表团是肯尼亚所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团，这是该国第14次参加夏季奥运。由于肯尼亚田径队被指存在严重禁药问题，同时该国也未达到世界反运动禁药机构的标准，国际奥委会在2016年6月21日的特别会议中称肯尼亚运动员欲获得奥运资格，必须达到所属国际单项联合会的相关要求，并在赛前通过额外的禁药测试。
射箭.肯尼亚有一名射箭运动员在2016年非洲射箭锦标赛上获得奥运资格，意味着该国时隔16年重返奥运射箭赛场。
田径