即位时，其由兵部郎中越升至兵部右侍郎，其才能为于谦所倚重。当时也先攻入，北京城九门均闭。城外百姓逃避战乱欲入城，邹榦开门召入。之后改为礼部侍郎兼庶子，考察山西管理，弹劾罢免布政使侯复在内五十余人。后巡视河南、凤阳水灾，与王竑请求赈灾。又请求下令命诸生入国子监学习时必须交粮以解决财政问题，此为明朝“纳粟入监”之始。成化二年二月癸未，再次赈灾饥荒，升任礼部尚书，加太子少保。后被弹劾乞休，谥康靖。