年发表的《铁路发展策略》被列为优先兴建项目，并被定位为九广东铁（现东铁线）的支线，故直接交由九铁公司兴建和营运，而该线可大大减轻大老山隧道和狮子山隧道挤迫情况。新方案与93年版本不尽相同，新的走线参考长实的提议，将终点站由长沙湾缩至九铁大围站，亦改为中型铁路系统营运。在1996年末路政署提出的马鞍山铁路方案中，全线由显径站至乌溪沙站（时称利安站）共设十个车站，而定线与实行方案近乎一致。但是，在最终方案中，显径站的兴建计划被取消，改为只预留较长的越位轨道供日后伸延之用。马鞍山铁路于2001年2月12日