乌斯塔沙组织虽然达成了克罗埃西亚的独立，但是乌斯塔沙政权却同时残酷地镇压塞尔维亚人、犹太人和吉普赛人，根据统计，乌斯塔沙建立超过十个集中营，杀害达九万三千人；但是塞尔维亚人的切特尼克（一个名义上反纳粹德国，实际上反共的极右翼民族主义组织）也杀害不少克罗埃西亚人，这都是导致南斯拉夫族群问题进一步恶化的历史原因。