值得一提的是，海洋委员会海巡署整体巡防舰、船、艇全都配置于海巡队、机动海巡队及直属船队，皆是舰队分署所辖，辖区为所有中华民国领海，执勤范围是海巡署所属8个分署中最大者，而所有舰、船、艇属性为公务船而非军舰。
沿革.2000年，行政院结合内政部警政署水上警察局及财政部关税总局缉私舰能量，成立行政院海岸巡防署海洋巡防总局。2018年4月28日海洋委员会挂牌运作，海巡署成为所属三级机关，舰队分署为海上执法之四级机关。