究专业硕士研究生中，美国学生（以及少数其他国家学生）由霍普金斯大学招收，中国（包括大陆、台湾、香港和澳门）学生由南京大学招收。中方学生方面，2006年首届计划招收15~20名学生。考生必须通过2006年的中国硕士研究生国家统一招生考试，并同时拥有美国托福新考试（TOEFL-ibt）100分及以上的成绩。
国际问题研究所.南京大学—约翰斯·霍普金斯大学国际问题研究所成立于2000年10月24日，2001年9月正式开展研究工作。