后软禁，囚元怿于门下省。诬陷元怿谋反，将他杀害。将灵太后幽禁于北宫。元乂遂与太师高阳王元雍等辅政，常直禁中。灵太后亲生子孝明帝唿为姨父，封其子元亮平原郡开国公，食邑一千户。其后再诛反对自己的政变领袖相州刺史中山王元熙和元乂前盟友、禁卫出身的右卫将军奚康生。另外两次禁卫起事被消灭于萌芽状态。数次禁卫起事当中可能导致与奚康生等禁卫同一出身、长孙肥家族的长孙忻被杀。刘腾死后，元叉对灵太后放松了警惕。正光六年（525年）二月，孝明帝与灵太后、丞相元雍密谋图叉。元叉知道后甚惧，辞官求解罪。乃以元叉为骠骑大将军、仪