党「蜜月期」，并开启民进党执政期间朝野恶斗的重大事件。由于民进党执政前始终主张「非核家园」的理念，执政后面对过去长期支持民进党的反核团体与前主席林义雄、施明德等人要求兑现政治承诺的重大压力。因停建核四与行政院长唐飞的主张相左，故唐飞被去职，由副院长张俊雄接任行政院长。张俊雄上台后，在陈水扁总统于总统府会见国民党主席连战时，宣佈停建正在建设中的核四，引发政治风波，国民党与连战感到深受羞辱，在野的国民党立委甚至发动连署罢免陈水扁。在司法院大法官作出释字五二〇号解释，认为行政院并无迳行停止经立法院通过预算之重