瓦卡托比县（印尼语：Kabupaten Wakatobi）是印度尼西亚东南苏拉威西省的一个县，县治位于旺伊旺伊。2003年12月18日，印尼政府批准印度尼西亚共和国2003年第29号法令宣布成立瓦卡托比县，全县面积823平方千米，2010年普查人口为93,095。成立于1996年，总面积1,390,000公顷，具有多样性的海洋生物和良好的珊瑚礁。
历史.印尼独立之前，瓦卡托比由布顿苏丹国统治。印尼独立后，东南苏拉威西省成立，此时的瓦卡托比属布顿县。2003年瓦卡托比县成立，首任