地位的谜团迟迟未解。直到2001年，经过20年的研究，美国国立自然史博物馆的Francis Hueber发表了一篇论文，提出证据表明原杉藻实属一种真菌。这个理论最初受到了怀疑，但在之后出现了更多证据来支持这项理论。2007年，由包括Hueber与芝加哥大学的所组成的研究团队针对原杉藻化石进行了同位素分析，结果亦支持原杉藻属于真菌，因为原杉藻的化石中含有多种碳的同位素，而行光合作用的植物与藻类则仅会有少数几种特定的碳同位素，这代表原杉藻的生存仰赖多种而非单一的碳来源，为异营生物（植物等自营生物多半仅有单一