分离的过程中，有时会因为分离不完整，产生较小的原生质，这种情况下称为亚原生质。
组成.通过各种生物原生质的研究，发现化学成分上虽有区别，但从组成的的化学元素来分析，基本的构成是相似的。其中有6种元素在数量上较多，分别为：碳、氢、氧、氮、磷、硫（占了总量的95%）。
原生质层.原生质层由细胞膜、液泡膜和它们之间的细胞质所构成，其作用相当于半透膜，具有选择透过性。