其中，郑氏王族纳入上三旗管束；文武官员与士兵则分别迁至在山东、山西及河南诸省垦荒，使台湾失去可能领导反清的人物。至于东宁的大量遗民，清廷则採取以汉治汉的策略，长期以攻台将领担任台湾军事首长。如福建水师一职从1684年至1721年计37年间共历施琅、张旺、吴英、施世骠四任提督，除张旺之外，其他皆是攻台将领，尤其是施琅、施世骠父子共任职达25年之久。在陆路提督方面由万正色、吴英、蓝理皆为攻台将领。
疆域.1662年之前，郑氏的军政中枢都是在中国大陆东南沿海一带的厦门，在攻下台湾和郑成功