北阿拉伯海海面上的罗斯福号起飞，轰炸位于阿富汗境内的盖达组织据点。在这次部署中罗斯福号连续值勤了159天，打破美国海军部队自二战结束以来的任务执行期长度纪录。之后罗斯福号持续地在波斯湾地区活跃，参与美军在此地区的大小任务，例如2003年3月开始的伊拉克战争（美军方面代号「伊拉克自由行动」，Operation Iraqi Freedom）。2009年3月21日，罗斯福号将任务转移给姊妹舰艾森豪号，于4月18日返抵母港诺福克。同年8月26日国防承包商诺斯洛普·格拉曼（Northrop Grumman）获