也同时是服役期，因此可以获得薪水。1874年10月2日他进入柏林的威廉皇帝军医学院。1878年他获得博士学位。1889年他受罗伯特·科赫邀请进入柏林传染病研究所。1890年他在这里奠定了血清疗法的基础，并发现了破伤风抗毒素。从1891年开始他开始研究白喉的抗毒素，在这项工作中他获得了保罗·埃利赫的帮助。他的成果最终使得这个当时往往致命的疾病终于被征服了。从1892年开始普鲁士文化部试图为贝林找到一个大学教授的位置，这样他在工作时有更大的自由，可以为自己找研究经费。由于贝林与科赫之间有意见分歧，因此此