爱堂”原是张自忠主政西北时的西北行政长官公署，兰州解放后曾为中国人民解放军第一野战军司令部和彭德怀住地，“三爱堂医院”也由此得名。1996年，医院被中国人民解放军总后勤部卫生部评定为“三级甲等医院”。2000年代，先后参加援外医疗、抗击“非典”、汶川大地震抗震救灾、收治结石患儿等重大任务。其中，2008年9月初，该院泌尿外科主任张伟致信《南方周末》，揭露三鹿奶粉导致婴儿患结石，后来他又和科室医生商量后，让患儿家属找《兰州晨报》曝光，最终促使三鹿奶粉事件曝光，中华人民共和国卫生部部长陈竺来该医院视察时说：