，又遭到小西行长、宗义智、大友义统、立花宗茂、黑田长政等人的追击，全军覆没，祖承训等人只身逃回辽阳。此后，他跟随明朝的主力部队再次支援朝鲜。在1593年的第二次晋州城之战中，他与李宁、葛逢夏一起，率领明军驻扎于居昌。在1597年的丁酉再乱中，他追随董一元参加泗川之战，被日军击败。