污水会由「吐露港经处污水计划」（Tolo Harbour Effluent Export Scheme）管道转运至启德明渠排放。大埔污水处理厂採用厌氧消化方式处理污泥，在消化过程中产生的副产品生物气是一种可再生的燃料，利用生物气产生动力以驱动鼓风机，为微生物提供空气以分解污染物；而剩余的污泥最后会送往屯门T·PARK 源·区作焚化处理。