年代久远，站体逐渐老化，在1999年还是遭到拆除重建，并于2000年完成第四代旧站场的站体，包括南侧的商场和长崎也同时启用。2012年开始，JR九州发行的智慧卡SUGOCA开始可以在本站使用。2020年3月27日深夜11时45分，随着当日的尾班滨海快线列车驶入长崎站，旧站场正式停用。翌日清晨5时47分，在长崎站货场旧址上兴建的新站场局部启用，首班开出的列车是前往佐世保站的YC1型列车。
车站构造.
JR九州.行驶长崎车站的特别急行列车仅有鸥号列车，每日