子小西兵库头被杀，有一个儿子的后代当了黑田氏的家臣，改姓浅山氏。明治时期以前日本人最后的祭司マンショ小西就是小西行长的后裔。（有说是小西行长之女小西玛利亚和其夫宗义智之子。小西氏和路易斯·弗洛伊斯有联系。京都有很多小西氏的族人。长束正家一族、近江源氏、佐佐木氏据说和小西氏都有血缘关系。