公爵绝嗣，马佐夫舍公国与波兰重新合并。1529年华沙第一次成为了波兰下议会的所在地，从1569年开始成为议会所在地。1573年的华沙联盟协议，在波兰立陶宛联邦形式上建立了宗教自由。由于华沙位处于波兰立陶宛联邦中波兰王国首都克拉科夫及立陶宛大公国首都维尔纽斯之间的中心地带，华沙成为了联邦的首都，1596年波兰国王齐格蒙特三世将宫庭迁出克拉科夫之后，华沙亦同时成为波兰首都。华沙继续成为联邦首都直至1795年第二次瓜分波兰，华沙被普鲁士王国佔领，成为了南普鲁士省的首府。1807年拿破仑的法国军队解放了华沙，华