汉人湘军为主的清朝军队镇压。而同治回乱的很多穆斯林首领也退到新疆，或借道新疆逃往俄国。19世纪中叶，俄国威胁清朝的整个北部边境。同治三年（1864年）的塔城条约将新疆西北部巴尔喀什湖以南大片土地（即外西北）割让给俄国，今哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦。同治十年（1871年），俄国侵佔包括伊犁城（伊宁市）在内的伊犁河谷，当时清朝在新疆只剩下塔城、哈密等少数据点。光绪元年（1875年），清朝陕甘总督左宗棠就任钦差大臣，督办新疆事务。到光绪三年（1877年）底，清军湘军甘军陆续收复了中亚浩罕汗国