瑜否认犯罪。军事法院判决程士瑜有罪，处徒刑16年半、褫夺公权6年、须缴回147万给六军团。程士瑜上诉最高法院，被驳回，判决定谳。在洪仲丘案后，立法院修改《军事审判法》。2013年，程士瑜等人由军事监狱被移送到法务部矫正署台北监狱。2016年，转送法务部矫正署明德外役监狱。2016年，程士瑜假释出狱。
家庭.已婚，生有一子一女。