FS可完成这项举措，尽管只能在NTFS驱动器上。它使用公钥加密算法和对称密钥加密的组合保证没有正确的密钥将极难解密文件。但是，EFS的加密密钥在实践中使用用户帐户的密码保护，并因此容易受到大多数密码攻击。
操作.EFS使用对称密钥加密文件，这被称为文件加密密钥（File Encryption Key），简称FEK。使用对称加密算法是因为加密和解密大量数据时这比使用非对称密钥密码本消耗更少的时间。在不同的操作系统版本和配置上将使用不同的对称加密算法，见下面的Algorithms