逃亡的阿睦尔撒纳病死于俄罗斯，俄国请清使验看尸首，“准噶尔之事，于是大定”。次年，清军剿灭叛军残部并平定回部大小和卓之乱，西域全境底定，西北边患暂告终结。平定阿睦尔撒纳之后，清代蒙古未再发生大的变乱，直至1911年辛亥革命后的外蒙古独立。准噶尔之役历康熙、雍正、干隆三朝，前后长达七十年。干隆皇帝平定准噶尔后，“拓地二万余里”，西域天山南北尽入版图。原准噶尔领地被称作准部，与天山以南的回部合称西域新疆，后简称新疆（）。准噶尔之役是干隆皇帝“十全武功”之首。
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