新竹－竹北两线修改并改称为红线、蓝线，并预计採用轻轨捷运系统，总建造成本约333.6亿元。其中红线自预计兴建的高铁新竹站，沿着高铁路廊往南过头前溪，并在县道122号转西进新竹市，其后转进水源街接上博爱街，并直接穿越新竹公园接上东大路往西，最终止于台铁新竹机场线，全线共14站，除了东大武陵路口站点列为二期外，皆为第一期兴建。隔年，中华民国实施精省，因此交通部高速铁路工程局于1999年7月1日接办原先台湾省政府负责的捷运系统与捷运建设规画业务。高铁局的规划版本跟省政府没有太大不同，并将红线机厂设于竹东镇麻围肚，