数系统（如Plan 9）中，系统中根本没有超级用户。某些软件缺陷能使用户获得root权限（即来以root权限执行用户提供的代码），这会造成严重的计算机安全问题，相对应的修复这些软件则是系统安全维护的重要组成部分。让某个正以超级用户权限运行的程序的缓冲区溢出（某些情况下亦称缓冲区攻击）是一种常见的（非法）获得root权限的方式，在现代的操作系统中则一般采取将关键程序（如网络服务器程序）运行于一个特别的限权用户之下的方式来预防这种情况的发生。
Windows NT.在Windows