天皇即位后，他不满足于作为过渡者的地位，决心讨伐其政治上最大的障碍镰仓幕府。元弘年间，镰仓幕府被讨伐大将、上野大族足利尊氏的倒戈而灭亡。在院政后期和镰仓时代，日宋日元贸易的繁荣推动文化的发展。禅律僧推动的佛教变革，为日本文化引入新的元素。入宋僧荣西、道元、俊芿、圆尔辨圆等在宋朝留下足迹，而兰溪道隆、无学祖元等的东渡也使得镰仓时代被称为“渡来僧的时代”。
南北朝时代 （1336年－1392年）.后醍醐天皇消灭鎌仓幕府后，就进行第一次的王政复古，推行新政，史称建武新政。后醍醐天皇的