次年的五都选举及2012年中华民国总统选举，马英九决定让亲信金溥聪接任詹春柏。所以，詹春柏二任秘书长任期只有短短三个月。
总统府秘书长.2008年3月22日，马英九当选中华民国总统，同年4月，经总统当选人马英九宣布，詹春柏出任新政府的总统府秘书长。总统府秘书长是为总统的首席幕僚，尽管詹春柏努力想把工作做好，但他无法完整展现马英九的意志。2008年7月间，马英九提名的考试委员、院长、副院长及监察委员，在立法院严重挫败，弄得马英九灰头土脸，负责协调沟通的詹春柏难辞其咎。另外，马英九