垦丁原生热带植物的生存。公园内设有夜市（垦丁大街），园内的饭店、旅馆密度很高，水上摩托车也屡见不鲜。污水处理厂虽已建好，但未能物尽其用；台电所亦在园内建造了南部展示馆。凡此种种，给公园的生态环境带来了很大的压力。
核三厂.第三核能发电厂于国家公园内排放冷却用热水，被认为与出水口附近珊瑚白化死亡的现象相关。目前已设置「垦丁近海水质连续监测系统」持续监测。
公害意外.2001年希腊籍货轮「阿玛斯号」（AMORGOS）在垦丁外海的触礁事件，导致原油污染整个龙坑海