因2005年中国国民党主席连战经香港转机期间拒绝台湾驻港机构中华旅行社代表鲍正钢进入机场禁区接机遭市民批评。香港立法会于2005年12月批准在政制事务局设立内地事务联络办公室，加强统筹香港与内地之间的交流和合作，负责管理香港驻内地的各个办事处（包括驻京办），以及现时粤港合作统筹小组的工作，该办公室已于2006年4月1日成立。2007年7月1日连任行政长官曾荫权实行政策局改组，政制事务局接手原由民政事务局负责的人权事务，并改称政制及内地事务局。