政府表示两个校区将会分离并成为两所互不隶属的国立大学。马来西亚国会于1961年通过立法并于1962年1月1日将两所大学分离，位于吉隆坡的校区保留了马大的名称，而位于新加坡的校区则更名为新加坡大学。1965年，新加坡从马来西亚独立后，新加坡大学更名为新加坡国立大学。2012年，授予马大自治权。马大的学术水平广受世界承认，在2021年QS世界大学排名中，马大在世界大学排名中位居第59位、亚洲大学排名第9位、东南亚大学排名第3位、马来西亚国内排名第1位，也是马来西亚排名最高的大学。此外，马大也被QS评估为「5