学北屏公孔宏玠，即贞时祖父。玠第四子敦五公孔闻敕，官邻水县主簿，生贞时、贞运、贞会、贞得、贞定五兄弟。万历二十二年，孔贞时入句容县学，二十六年入南京国子监，三十四年（1606年）中丙午科应天府乡试举人，四十一年（1613年）成癸丑科进士，选庶吉士，授检讨起居注，与弟孔贞运编纂六曹章奏，有足兵足饷诸议，时皆服其精当。光宗、熹宗相继即位，一时诏令表册谥议之文，政府多委之贞时，以积劳成疾卒。着有《在鲁斋文集》。子孔尚豫，吏部尚书郑三俊之女婿，能文章，熟当世之务，着有《诒书堂类稿》。