。后署理福建盐法道。同治元年（1862年）正月，以候补道员署理福建按察使，加四级，覃恩从一品封典，诰授荣禄大夫。清军三路入浙，广东太平军首领汪瑞集结船只自海路攻福建，企图掣肘闽兵赴浙，总督庆端令刘翊宸与总兵曾玉明会商布置于五虎海口堵截。随后被给事中林寿图奏参，与总督庆端勾结、纳贿营私；上谕以广东巡抚觉罗耆龄接任闽浙总督并彻查此案。二月，再度遭到奏参「揽权树党，性尤贪婪，保举皆出其手，捐项无不中饱」，上谕新任福建巡抚徐宗干详查。徐宗干奏请将被参劾的官员分别解任革职讯办。五月二十九日，刘翊宸遭到解任、听候查