作为本家的细川京兆家当主细川政元则在室町幕府中担任管领，但是他独身无子，因此从摄关九条家领养聪明丸（其后的）作为家督的继承人。然而，由于政元与聪明丸关系不和，继而在文龟3年（1503年）将其，并且领养六郎（其后的澄元）。同年，他元服并且获得第11代将军足利义澄授予其偏讳「澄」字，加上京兆家家督继承人的「元」字，才称作澄元，相反同样是政元养子，被废嫡的聪明丸却只称为澄之。永正3年（1506年）至永正4年（1507年），作为政元继承人的澄元奉其命令进攻丹后的，却因为澄之暗中与对方合谋，假装成已将城池攻下而退