南北向的高速公路间还有新修筑的十二条东西向快速公路与五条东西向高速公路互相连结，但这些东西向的高速与快速公路拥有各自的编号，并不属于国道三号的一部份。此外，2006年完工的北宜高速公路（国道五号）与国道三号在南港系统交流道相交，2009年完工的水沙连高速公路（国道六号）与国道三号在雾峰系统交流道相交。目前已计画将往南延伸至屏东枫港，以衔接南回公路及连络垦丁国家公园，可纾解恆春半岛地区假日严重的车潮，也可解决南横高计划搁置的问题，碍于由原本的终点林边开始修筑延伸线将会有通过人口稠密地区、用地取得较为困