肺囊虫肺炎（Pneumocystis pneumonia）是一种单细胞真菌（yeast，在此指的是单细胞霉菌，而非酵母菌）引起的肺炎，病原体是卡氏肺囊虫（Pneumocystis jiroveci，旧名Pneumocystis carinii）。1909年，卡洛斯•查加斯医生（Carlos Chargas）在研究南美锥虫时发现该生物，并命名为Pneumocystis carinii（卡氏肺囊虫），因其在肺部的特征皆像寄生虫故刚开始时被分类为原虫，但在1988年根据核酸及生化测试发现卡氏肺囊虫比起寄生虫更