下设扎康（军械局）、颇康（供给局）、洛局康（训练局）等机构，分别掌管藏军的武器装备、后勤供给及军事训练等，但出兵作战等重大事务须呈报噶厦政府、达赖喇嘛批准。马基康的「马基」即总司令常设僧、俗职各1人，由达赖喇嘛任命，一般以三品扎萨充任。首任总司令为擦绒·达桑占堆，副总司令为赤门·罗布旺杰。藏军编制的最大单位称为“玛噶”，字意为“兵营”、“营房”，相当于团。“玛噶”最大者1500人，稍大者1000人，多数为500人。开始只有十个团，按藏文三十个字母的顺序，藏军各部分别称为：1950年秋冬的昌都战役前后