感染后一到九天内出现（平均是5天）。 初期的症状包括：头痛、发烧、恶心、和呕吐。初期过后，第二期的症状会加上：背痛、颈部僵硬、味觉和嗅觉的改变、、幻觉、注意力不集中（难以专心）、肌肉失调、失去平衡、癫痫发作、和抽筋等脑炎症状。初期的症状出现之后，病程随即在未来三到七天内加速发展，死亡通常在初期的症状出现之后的七到十四天内来临。
案例.西元2013年，台湾曾出现首例因温泉水感染阿米巴脑膜脑炎死亡事件，该名病例为75岁健康男性，有定期浸泡温泉的习惯。个案于2011年11月14日