生物学研究也没有获得明确的结果，因此沟齿鼩与鼩形亚目内其它动物之间的亲属关系也不很清楚。与沟齿鼩最亲近的是岛鼯属，这个属的动物直至上个千年为止在大安的列斯群岛上分布依然很广，但是现在已经灭绝了。它们在形状上类似鼩鼱。也许类似岛鼯属和沟齿鼩的动物是从中生代就已经在美洲大陆上普及的一组动物的参与。它们的亲属在大陆上灭绝后仅剩下它们依然生活在岛上。但是至今为止没有任何化石遗迹支持这个假设。
内分类.沟齿鼩科本来只是一个亚科，到1882年才由Dobson提昇到科的层次。沟齿鼩科只有沟齿