复建钟鼓楼、配殿、厢房的工程逐步完工，寺院占地面积恢复到8300平方米。1998年10月25日，白塔寺举行山门复建工程竣工典礼，白塔寺重新对社会开放。1999年2月18日（农历正月初三），白塔寺举行建寺720周年庆典，中国藏语系高级佛学院副院长那仓·向巴昂翁·丹曲成来活佛参加庆典并表示祝贺，同时参观了白塔寺珍藏文物展。1998年重新开放后，白塔寺先后举办《白塔寺珍藏文物展》、《藏传万佛造像艺术展》（意珠心境殿，办至2013年）、《白塔寺与元大都展》、《佛典瑰宝展》（天王殿，2000年9月25日开展）等展