迷（尼夫赫人、囊哈儿卫）、鄂罗克人 (兀列河卫、波罗河卫)等族人民，分置羁縻卫所，以各族首领为各卫所都督、都指挥、指挥、千户、百户、镇抚等职，给予印信。据《明史》记载，到万历年间增加到奴儿干都司有卫384，所24，站7，地面7，寨1。都司治所奴儿干城在黑龙江下游东岸，下距黑龙江口约两百公里，上距沿途设置驿站，吉林船厂约两千五百公里。明宣宗即位后，奴儿干都司于宣德九年（1434年）正式废弃，共持续25年。
管辖范围.奴儿干都司管辖范围西起斡难河（今鄂嫩河），北至外兴安岭，东抵日本海，