光二十七年（1847年）丁未科会试中式，殿试位列三甲第四十一名，赐同进士出身。与其同年者有张之万、徐树铭、李鸿章、沈葆桢、马新贻等人，后皆成名臣。朝考后，麟祺未入翰林，直接被授予刑部主事一职。咸丰三年（1853年）春，太平军纵横于长江下游，刑部侍郎吕贤基奉命赴安徽筹办团练，并奏请朱麟祺同行帮办。三月，朱麟祺到达安徽，纳降淮河以北捻军数百人为部下。八月，太平军再陷安庆，吕贤基退守舒城、桐城一带。麟祺献计扼守白沙岭，以逸待劳，不被採纳。九月，太平军石达开部攻破桐城，麟祺率军救援，赶赴舒城，吕贤基派总兵恒兴共