南京后，惟恐清廷疑忌，立即遣散湘军，改建为长江水师，其支系仍在安徽镇压捻军。曾国藩借助了安徽本土力量，发展了淮军，并培养了淮军首领李鸿章。1862年改用李鸿章编练的军队，以淮南地主团练为基础，故称淮军。清政府在团练的基础上发展地方军，形成了“湘军”、淮军等地方武装力量，不管是湘军或淮军皆以“兵随将转，兵为将有”为方针，一改中国自北宋以来“兵无常帅，帅无常兵”的军事准则，形成了地方武装势力。
湘军在台湾.从同治元年（1861年）至光绪21年（1895年），先后赴台戍台的湘军约2万