上菅谷站（）是一个位于日本茨城县那珂市菅谷，属于东日本旅客铁道（JR东日本）水郡线的铁路车站。此站是那珂市的代表站，水郡线本线与常陆太田支线（常陆太田站方向）在此站分岔。
车站构造.站舍侧起岛式月台1面2线（1、2号月台）与侧式月台1面1线（3号月台），合计2面3线的地面车站。月台与站舍间在中菅谷侧设有站内平交道。构内有并排侧线。
月台配置.（来源：JR东日本:车站构内图）
使用情况.根据JR东日本，2019年（令和元年）度1日平