重逐年上升，并在2014年时超过了公路运输；水运在货运中的比重则是在2009至2011年突然上升，近年又略有下降。2018年，水运佔了客运量的53.1%，货运量的72.8%。
海运.海运是主要的对外交通渠道，有定海、沈家门、高亭、泗礁等客运港口，有班轮通上海、宁波、温州、福州等外埠。由于海运的危险性，舟山附近海域常发生渔船货船沉没事故，甚至酿成重大人员伤亡。
公路.公路通过车渡联运可以通浙江省内大部分地区。岛上交通四通八达，主要岛屿上有班车。向外有舟山跨海大