西王吴三桂攻入云南，追捕永历。南明兵败，永历流亡缅甸。康熙元年 (1662年)，吴三桂从缅甸抓回永历皇帝，在昆明绞死。之前清廷为平定南明，将云南军政全权交付吴三桂，南明灭亡后吴三桂在云南拥兵自重，终于康熙十二年 (1673年) 联同靖南王耿精忠、平南王尚之信起兵作反，史称三藩之乱。康熙二十年 (1681年)，清兵攻下昆明，吴三桂孙吴世璠兵败自缢，三藩之乱至此平定。云南之后亦由清廷直接管治。1816年受到印尼坦博拉火山爆发的影响，北半球天气出现严重反常，云南全省严重饥荒。是云南近代有记载以来规模最大、最严