生物合成之后的事件包括翻译后修饰和蛋白质折叠。在合成的期间和之后，多肽链往往折叠卷曲成所谓的原生二级结构和三级结构。这就是所谓的蛋白质折叠。很多蛋白质会进行翻译后修饰。这包括双硫键的形成或附在任何生化官能团，如醋酸盐、磷酸盐、不同的脂类及糖类。有些酶亦会将多肽链前端的一个或以上的胺基酸移除，或者促进多肽链形成链内或链间二硫键。