原安子所生的皇子宪平亲王被立为东宫。因此，父藤原师辅以外戚之尊，主导村上天皇一朝的朝政，所以作为师辅的子嗣，兼通在朝政中处于有利地位。天历末年，兼通迁左近卫少将，又以太子舅父的身份任春宫（春宫宪平亲王）亮。応和4年（964年），安子中宫崩逝，兼通和兄长藤原伊尹作为中宫的兄长，一直到安子临终一直侍奉在旁。康保4年（967年）任藏人头。因为忤逆旨意，春宫大夫一职被停，由弟藤原兼家代任。同年，村上天皇驾崩，皇太子冷泉天皇即位。
冷泉、圆融天皇时代.冷泉天皇即位后，兼通被停藏人头一职，仍由其