981年开始收藏装置艺术类作品。1989年更进一步也收藏了行为艺术作品。这使得惠特尼博物馆在美国成为当代艺术的先趋，也奠定了后来惠特尼双年展的地位。目前惠特尼双年展是该博物馆的重点活动之一，在美国艺术界，鲜少有艺术家不知道惠特尼双年展。该馆收藏了爱德华·霍普的许多作品，近年来也积极发展网路艺术部份展览和收藏，在惠特尼博物馆的网站上，就有网路艺术的专门区域，过去称为「Net Art」、现已改名为「Artport」。