向牛込桥的西口站房则是跨站式站房。车站月台为岛式月台1面2线设计。由于月台部份是位在半径300公尺的急弯轨道上，列车与月台之间有很大的空隙。因此除了车内广播，本站还设有旋转警示灯等不少提醒乘客注意空隙的设施，月台上的喇叭也非常多。由于2001年1月山手线新大久保站发生乘客跌落意外（新大久保站乘客坠轨事故），月台下方设有避难空间。过去市谷方向有牛込站，该位置设有从千叶方向发车列车折返运转的拖上线。2014年7月2日，JR东日本月台计画往新宿方向的直线区间移动约200公尺以消除月台与列车的间隙，宣布