免疫异常反应造成的疾病称为自体免疫性疾病（）。着名的例子，包括：乳糜泻、感染后的大肠激躁症、1型糖尿病、过敏性紫斑症（Henoch-Schönlein purpura，HSP）、结节病、红斑狼疮／全身性红斑狼疮 (lupus/SLE)、干燥症、查格-施特劳斯氏症候群、桥本氏甲状腺炎、弥漫性毒性甲状腺肿、特发性血小板减少性紫癜、爱迪生氏病、类风湿性关节炎、僵直性嵴椎炎、、皮肌炎和多发性硬化症。过去自体免疫性疾病经常以类固醇治疗，近年随着对疾病及病因的新认识，亦开发出针对不同免疫目标的标靶治疗或生物制剂。S