可能是细菌或病毒入侵时嵌入人类基因组中的DNA。这种现象类似于寄生，可能是人类与其他生物的遗传物质发生变化的原因之一。近年来马古利斯持续强调共生与合作在生物演化上的重要性，并认为所有生物之间存在共生现象。同时更与英国生物学家詹姆斯·洛夫洛克合作阐述盖亚假说。但这些理论并未为主流科学界所完全接受。此外，盖亚假说的许多支持者来自神秘主义与新世纪运动人士，而马古利斯对这些人多所批判。
家庭.马古利斯是天文学家卡尔·萨根的第一任妻子，她的子女包括：