夏季仍在砲声隆隆中正常招生。除了教廷与德国的庇护外，另有一名日本皇族背景的西井教授在社会系任教，也让日本当局不敢随意骚扰。硕果仅存的辅大，此时积极联络平津其他国际性教育团体，达成在沦陷区内共同遵守三项原则的决定：1938年，辅大继续招收文学、教育与数学系，圣神修女会主办女院，为辅大招收女生之始。翌年，理学院各系也开始招收女生，并增设家政学系。1941年，辅大校内中外人士鑑于国际风云越趋险恶，预知美日冲突必不可免，乃将美国籍教职员陆续撤退，由德国籍人士渐次递补。12月8日太平洋战争爆发，一日之