大前身「第五高等学校」的毕业生包括1名诺贝尔奖得主、2名日本内阁总理大臣（首相）－池田勇人、佐藤荣作。
概要.1949年，由旧制第五高等学校（官立）、旧制熊本医科大学（官立）等合并而成新制熊本大学。第五高等学校时期，夏目漱石及小泉八云曾在此执教。2004年根据国立大学法人法，改制为国立大学法人。