991年和1999年两次镇压伊拉克南部什叶派穆斯林的起义。其中1991年的镇压行动中他再次使用了化学武器，而1999年在巴士拉的镇压行动中有数百名什叶派穆斯林遭处决后被分别投入巴士拉周围多个乱葬坑中。
被捕与审判.2003年伊拉克战争中，阿里·哈桑·马吉德曾两次被宣布怀疑已经死亡，包括2003年4月5日美英联军砲轰阿里位于巴斯拉的豪宅别墅。但均被事实所否定。在驻伊联军发布的扑克牌通缉令中，他排在第5位（黑桃K）。他最终于2003年8月17日在位于“逊尼三角区”中心的萨迈拉被美军逮捕