但他却在尚未毕业之前便退学，并前往哈佛大学就读。他在这个时候逐渐成名，与许多重要的交响乐团一起演奏。这段期间马友友录制并演奏了巴赫的《大提琴组曲》（Cello Suites）。同时也经常与他在音乐学院时期所结交的好友钢琴家伊曼纽尔·艾克斯，合作演出一些室内乐。1976年马友友于美国哈佛大学毕业，并取得人类学学士学位。1991年，哈佛大学授予他荣誉博士学位。
近年的职业生涯.1977年，马友友与长期交往的女友吉儿·哈诺尔（Jill Hornor）结婚，他们育有两个小孩，分别叫做尼