拉雅族原住民则有阿立祖祖灵崇拜。也使得台南被誉为「众神之都」。另外，藏传佛教于战后传入台湾，使台南出现禅宗佛寺改皈西藏密宗的例子（详见重庆寺），1980年代后更因信仰快速发展而于台南山区出现大型寺院，如噶玛噶居寺、大圆满庙等。台南市设有伊斯兰教清真寺一处，信众主要为外籍移工。而神道教在日治时期被定为国教，台湾第一座神社即为延平郡王祠所改成的「开山神社」，台南市中心与新营市中心分别建有台南神社、新营神社。但战后随着日人离台，神道教神社均改建或转变用途，仅部分指定为史蹟。新营神社则陆续改建为台南县忠烈祠