1号线、2号线和5号线车站的洗手间设在其中一个出入口附近的设计不同。另外，属一期工程的市民中心站港铁管辖范围内，已更换装潢为香港东涌线的标准。2019年，出入口目的地指示更换为动感显示屏，目的地下方位置播放广告。2020年10月28日，清湖站至牛湖站区间的三期工程正式开通运营。三期工程站点的月台和大堂都已经曝光。三期工程的站点建设风格接近深圳地铁一期工程或者跟东涌线、机场快线和南港岛线类似的建筑风格，并都用人造纤维板；亦接近深圳地铁一期工程或者跟港岛线和将军澳线的风格一样，每站都有书法。