于东京港区的南麻布四丁目，主要任务是负责增进、扩充德日关系，加深德国与日本政经、学术、文艺及传媒各界的交流。德国驻日大使是使馆位阶最高的外交人员，2014年3月起的大使职务由前德国驻华大使馆公使魏翰楷担任。除了东京的大使馆外，德国亦于大坂设有驻大坂神户总领事馆。
历史.德日两国的外交关系始于19世纪后期。1860年7月，普鲁士王国派出了一个外交使节团东赴亚洲，伯爵出任团长，率队从品川登陆日本。普国使团与德川幕府进行了一番交涉后，于同年12月缔结了友好通商条约，并核准了驻日公使馆