三甲第一名进士。选庶吉士，擢升河南布政使司参议。永乐十五年（1417年），与布政使周文褒、王文振联名上疏，反对定都北京，结果三人均被谪爲均州太和山佃户。陈祚却躬耕力作，处之泰然。宣德二年，朝廷派人到均州召试，陈祚策论第一，又试吏部，再得第一，于是擢爲御史，巡按福建、江西。当时天下承平日久，宣宗好游猎玩好，陈祚上疏谏言，宣宗大怒，将其逮至京师，籍没家产，家人十余口也被禁锢，父亲死在狱中。英宗即位后，获释复官，再出按湖广，上奏辽王朱贵烚有罪，却被指责有所隐瞒，又被逮至京师关押，不久获得赦免，改南京任