醛亚胺变得去质子化而形成一个醌型中间体，后者转而在不同的位置上接受一个质子以形成一个酮亚胺。酮亚胺水解，使复合酶的氨基得到再生。除此之外，磷酸吡哆醛也是某些以不常见的糖（如过氧糖胺、脱氧糖胺）作为底物的转氨酶所需的辅因子。在这些反应中，磷酸吡哆醛与谷氨酸起反应，谷氨酸的α-氨基转移到磷酸吡哆醛上，生成磷酸吡哆胺（PMP）。磷酸吡哆胺接着转移它的氮到糖上，形成一个氨基糖。磷酸吡哆醛参与的生化过程还有：磷酸吡哆醛不参与赖氨酸分解代谢中的转氨反应。
磷酸吡哆醛的非典型例子.