云南都指挥使司，明朝十六个都指挥使司之一。洪武十五年（1382年）二月癸丑明朝平定云南，置云南都指挥使司。乙卯置云南承宣布政使司，同治云南府。云南都指挥使司属于右军都督府。
下辖卫所.后来改制：云南左卫、云南右卫、云南前卫、大理卫、楚雄卫、临安卫、景东卫、曲靖卫、洱海卫、永昌卫（旧为金齿军民指挥使司）、蒙化卫、平夷卫、赵州卫、六凉卫、云南中卫、云南后卫已下后设、广南卫、大罗卫、澜沧卫（以澜沧军民指挥使司改）、腾冲卫（以腾冲军民指挥使司改）、安宁千户所、宜良千户所、易门千户