溯至光绪十一年（1885年）中法战争之后所设的海军衙门。其首长为海军大臣，副首长是海军副大臣，底下原有军制、军政、军学、军防司、军医、军枢、军储、军法八司，但军防司于宣统三年（1911年）裁撤。
沿革.清朝在1875年开始建设新式海军。光绪十一年（1885年）中法战争之后，清朝设立了海军衙门，后来于光绪十四年（1888年）成立了北洋水师，但于甲午战争中全军覆没。之后于光绪三十三年（1907年）有恢复之议，遂设「海军处」，暂时隶属于陆军部，置正使、副使各一人，内分机要、船政、运筹三司