亚猪笼草叶片的纵脉明显但羽状脉不明显，而新几内亚猪笼草恰好相反。巴布亚猪笼草叶片上的毛被比新几内亚猪笼草密集。巴布亚猪笼草上位笼的笼翼不如新几内亚猪笼草发达，且间距较小。基于花序结构，有人认为，新几内亚猪笼草是相对较原始的猪笼草类群，其中还包括了滴液猪笼草和伯威尔猪笼草。
自然杂交种.新几内亚猪笼草的分布范围很宽广，已发现了其与苹果猪笼草和大猪笼草的自然杂交种。它们表现为其亲本的中间型。