以非标准的硷基配对连结，有利于RNA双螺旋结构的维持（如左图所示）。另外，这些非常规的硷基配对稳定性较差，温度升高后，很容易就解开，使SD序列暴露。一些RNA温度计的结构远比一个单一的发卡结构复杂，比如，研究人员推测含有一个假结与多个发卡结构。人工合成的RNA温度计通常都设计成只含有一个简单茎环结构。然而，这样的短RNA温度计的对突变很敏感，即使是一个硷基对的变化（点突变）也可能造成其茎环结构在体内（"in vivo"）失活。
机理.RNA温度计一般位于mRNA5'端非转译