谜和伏线埋藏在影像当中。这种快速切换的影像利用视觉暂留现象对大脑进行潜意识刺激，使人能在极短时间内对大量的潜意识信息产生深刻印象。这种手法通常也用于催眠疗法，而日本的奥姆真理教也曾使用过。由于在《新世纪福音战士》播出前不久发生了由奥姆真理教制造的东京地铁沙林毒气事件，所以对于同样使用意识流手法，用视觉暂留现象刺激潜意识的《残酷天使的行动纲领》有着各种不同的看法。与歌词一样，片头动画中使用了很多宗教和母性的意象，例如犹太密教中的卡巴拉（Kabbalah）、生命树、基督宗教中的十字架、SEELE标志中智慧之