日，延边地区全境解放，成为中共革命根据地。1946年8月，中共吉林省委和省政府随中共队伍迁至延吉后建设龙井医科大学，将图们公立医院院长卢基舜聘为校长。卢基舜担任校长的同时，以日本大学的教科书为蓝本，讲授其在日本留学时学到的医学知识。当时，延边地区霍乱和天花泛滥。他组织校内科研人员成功研制出霍乱和天花疫苗，有效遏制了这两种烈性传染病的疫情。他还积极投入到东北战场四平、长春、吉林战线的伤病员救治工作。1947年3月，由于第二次国共内战对医务人员的迫切需要，龙井医科大学被东北军政大学接管，后改名为“东北军政