文化大革命中被拆除，而全身舍利遭到红卫兵的焚烧。骨灰由一位名叫桑吉拉布坦的喇嘛秘密收藏。2001年，六世迭斯尔德唿图克图·贾拉森主持重建黄楼庙，将其骨灰重新供奉于此。
身后.在废黜了仓央嘉措之后，拉藏汗另立了一位25岁的僧侣阿旺伊西嘉措为新的六世达赖喇嘛，但其地位普遍不被藏族人和蒙古人认可。1717年拉藏汗兵败被杀后，这位「六世达赖」也随即被废黜。随后，格桑嘉措被认定为仓央嘉措的转世，为第七世达赖喇嘛。五世至十三世达赖喇嘛的遗体都被葬于布达拉宫灵塔中供人瞻仰，唯有六世达赖喇嘛没