全地下线路，其余各条线路均有高架车站。上梅林站（4号线）和塘坑站（3号线）为半地下车站，其站厅设于地面，而月台设于地下一、二层。民乐站路轨及月台设于地面，而站厅设于其上。截至2017年，深圳地铁系统中最东、最南、最西和最北的车站分别为双龙站、蛇口港站、机场北站及碧头站。地下车站通常为地下2层的箱型结构，高架车站则采用3层的门式结构。在月台形式上，典型的深圳地铁车站为岛式月台车站，即使高架车站亦采用岛式月台。但仍然存在一些设计较为独特的车站，包括：
命名.深圳地铁车站，