012年10月1日至5日，特别任务连于南丫岛撞船事故现场海域进行救援任务，并且潜进沉船蒐证及搜索遗物等。是次行动为海事反恐怖活动小艇队历来动员规模最庞大的其中一次，其中10名人员于2013年10月26日在礼宾府主持的2013年度授勋典礼上获得颁授行政长官公共服务奖状。
启晴邨枪击案.2014年6月1日上午，跟踪支援队包围启德启晴邨乐晴楼1006室，参与拘捕涉及于日前（2014年5月31日）发生的枪击案的疑犯。至早上11时许，疑犯突然开门及向人员射击两枪，人员则回击一枪。其后，特别任