吴郡期间刑政清明，百姓亦很高兴，至他因病离职时常有人送很多钱来，但邓攸一无所受，坐船离开时有数千人送别并拉着邓攸的船不想他走，邓攸无法前进唯有等夜间才离去。吴郡百姓更向朝廷请求让邓攸多留一年，但不获许。邓攸后拜侍中，转吏部尚书。永昌元年（322年），周顗为王敦所杀，邓攸接任护军将军。太宁二年（324年），晋明帝欲讨伐王敦，以邓攸为会稽太守。王敦自永昌元年攻下建康起，中外兵力数量每个月都会报告给王敦知道，不过邓攸接到转会稽太守诏命后已离府还家，不再知护军将军府事。有人厌恶邓攸，就诬称邓攸还向王敦报告兵力。