式入学，学制为四年，先仅设英文为主要课程，后增设中文、算学等课程。《辛丑条约》签订后，清政府在教育方面开展了近代化改革，推广新式学堂，私人办学风潮兴起，1904年颁布的《癸卯学制》规定学制为五年，仍设经学课程。1902年，改文正书院为江宁府学堂（今宁海中学），是南京第一所官办中学堂。1904年，回族富绅曹家麟等人创办私立钟英中学堂（今三中），粤绅沈凤楼等人创办私立旅宁第一女学（后并入中华中学），皖籍汪菊友等人创办私立安徽旅宁中学（今六中）。1905年，两江师范学堂附属小学堂改为附属中学堂（今南师附中），