秀又担任司马之职，参与机要，甚得信任。257年诸葛诞起兵反司马昭，裴秀作为参谋和陈泰、钟会一起参与司马昭的讨伐军。诸葛诞被杀之后，因功进封鲁阳乡侯。260年魏主曹髦因反抗司马昭被杀，裴秀定计迎立常道乡公曹奂为帝，得以从乡侯升为县侯，并任尚书仆射。当时荀顗负责礼仪的制定，贾充主持法律的修改，而裴秀则负责新官制和爵位的制定，他建议恢复西周的五等爵位制，使得大量司马氏的支持者得以获封。之后裴秀又对为立谁继承的司马昭进言说“中抚军（指司马炎）人望既茂，天表如此，固非人臣之相也。”使得司马昭决心立司马炎为继承人。