车窗玻璃则採用自E233系使用的绿色玻璃。这种玻璃能减少太阳光和紫外光透入驾驶室，有助改善驾驶的视野。E259系设有3支雨刷，其中中间一支为辅助雨刷，在故障时能维持一定能力。车头灯和尾灯均设于贯通车门的两侧。其中上方的车头灯有2组，分别是较高的高强度气体放电灯（HID）和中间的密封聚束灯。最低的尾灯则是红色发光二极体（LED）模组。安装于车体两侧的方向幕则是自E233系使用的全色LED方向幕。
内装.E259系的车内座椅有电源插座（100伏特），在车厢两端放行李的地方新增加可让