同负责该校医学院的筹设工作。同时也从事人类学、考古学、民俗学的研究，曾多次进行史前遗迹发掘与原住民体质调查。1941年参与创办《民俗台湾》月刊，又以「林熊生」为笔名，发表侦探小说《船中的杀人》、《龙山寺的曹老人》。昭和17年(1942年)1月，与移川子之藏、宫本延人、国分直一一同进行台南州大湖遗迹的发掘调查。昭和18年(1943年)8月，与国分直一进行台中州营埔遗迹发掘。昭和18年(1943年)12月，于万华有明町发掘贝冢。二战结束后，国民政府留用为台湾大学教授，1948年5月，与国分直一进行小琉球