清治末期至日治初期，芦竹巷地区为一街庄，称为「芦竹巷庄」，隶属于打猫北堡。该庄北及东北与茄苳脚庄为邻，东边一小段与石龟溪庄为邻，南边为大湖庄、甘蔗崙庄、排仔路庄，西边为大埤头庄。1901年（日治明治三十四年）11月，全台废县厅改设二十厅，该庄隶属于斗六厅。1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「大埤头区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，大埤头区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「芦竹巷」大字，隶属于台南州斗