尼对西新几内亚的统治为“军事占领”。目前，自由巴布亚运动被印尼政府视为恐怖组织。由于持续的人口移民和长期的经济建设，除了海外巴布亚组织外，印尼本土巴布亚分离主义处于式微状态。
历史.1949年，荷属东印度停止运作而成为独立的印度尼西亚，荷兰重新得到新几内亚西部的主权，并准备建立一个独立国家。1961年4月5日巴布亚议会开始运作，预备于10年之内完成独立。1961年12月1日，荷兰认同其议会所选择的国歌以及订定晨星为新的国旗。1961年12月18日，印度尼西亚由于对荷属东