5月12日，拜仁宣布霍尔格·巴德施图伯将在其租借至沙尔克04的合同期于6月30日届满后获得自由球员身份。同样在5月12日，尤文图斯亦宣布以1700万欧元的价格买断2016-17赛季初从拜仁租借的后卫迈赫迪·贝纳蒂亚。5月17日，拜仁宣布年青门将克里斯蒂安·弗吕希特尔将于2017-18赛季担任球队的第三门将。5月19日，门将汤姆·施塔克宣布将在2016-17赛季结束后退役。5月24日，拜仁年青球员与俱乐部签订了为期两年的职业合同，至2019年届满。6月11日，拜仁以未透露的价格从云达不来梅签入德国前锋塞尔吉·