公园的工作人员已不断想出新方法让与人类和他们的财产有关联的熊拥有并不愉快的经历，比如被橡胶子弹击中等。如今，人们大约每年抓获30只熊并在它们的耳朵上加上标签，以及对它们的DNA进行采样。当熊破坏发生时，国家公园管理者可以查明是哪一只熊引起问题。增加的臭氧污染对约塞米蒂国家公园内巨型红杉的组织有损伤。这使得它们更容易遭受到虫灾和疾病。因为这些巨杉的球果需要火烧过的土壤来发芽，历史上的山火控制已经降低了这些树的繁殖能力。现行的政策就是用来帮助发芽问题的。约塞米蒂国家公园记载了公园界线内130多种非原生植