隗嚣以大军围攻，夏，光武帝刘秀亲征赶来援救，耿弇从征，进兵至上邽，上邽不肯投降，于是建威大将军耿弇与虎牙大将军盖延奉命围攻上邽。建武九年（公元33年）春正月，隗嚣病死，少子隗纯即位为王，秋八月，耿弇与征西大将军冯异、虎牙大将军盖延、扬武将军马成、武威将军刘尚在来歙统帅下进入天水讨伐隗纯，攻取安定、北地各处的营堡，次年夏，击破公孙述将领田弇、赵匡。冬十月，来歙、耿弇、盖延等攻破落门，周宗、行巡、苛宇、赵恢等带领隗纯投降，陇右各地平定。建武十三年（公元37年），全国平定，耿弇辞大将军，时年35岁，以列侯奉朝