sphate, S3P)和磷酸烯醇式丙酮酸(phosphoenolpyruvate)向5-烯醇丙酮酸莽草酸-3-磷酸(5-enolpyruvyl-shikimate-3-phosphate, EPSP)的转化，因此草甘膦干扰这一生物合成的酶促反应，导致莽草酸(shikimate)在生物体内的积累。抑制酶使莽草酸在植物组织积累并转移其他生化过程的精力和资源。虽然几小时内植物停止增长，需要几天时间树叶开始变黄。 此外草甘膦也可以抑制其他植物酶和动物酶的活性。草甘膦在高等植物内的代谢十分缓慢，曾测试出其代谢物