连霸的伟业与世界第一的位置，最终虽以0-6, 6-7, 7-6, 3-6落败，不过却也拿下一盘，这已经是当时他在草地比赛的最佳成绩，也终止费德勒创造不失一盘而夺冠的纪录。费、纳两人也是（）唯一一组同年度在法网与温网决赛皆遭遇的对战组合。美网，首次进入八强，虽以6-3, 5-7, 7-6, 6-1败给俄罗斯好手尤日尼，不过已是最佳成绩。网球大师盃，纳达尔进入四强后，以4-6, 5-7直落二盘不敌费德勒。2006年的年终排名是世界第二，是继美国名将阿格西之后，首位连续两年排名世界第二的选手。