琴平站的楼底亦比较高，站舍现时设有候车室、站务室及小商店。另外候车室亦将部份区域辟为小型铁道展览厅。2012年获指定为登录有形文化财。高松琴平电气铁道所营运的琴平线琴电琴平车站距离本站仅约200公尺，两车站并没有共构、共站，且琴平线使用1435mm标准轨，与JR四国使用的1067mm窄轨不同，双方列车无法直通运行，乘客须站外转乘。
月台配置.由站舍一边起计算。名义上，2号月台为上行主轨道，3号为下行主轨道，而4号则为上下行的副轨道，不过实际上，除了始发/终到的普通列车会停靠1