到岭南数省。王琳也立永嘉王萧庄，称帝于荆州。陈永定三年（559年）六月十二日，生病。六月二十一日病逝。因唯一在世亲子陈昌被北周扣留，遗诏追兄子临川王陈蒨入纂。八月甲午，群臣上谥号曰武皇帝，庙号高祖。丙申，葬万安陵（在今南京市江宁区）。隋灭陈后，王僧辩之子王颁是隋军大将，为报父仇，掘陈霸先之墓，挖出骨骸，焚化成灰水喝进肚里。
评价.在位仅二年，是魏晋南北朝时期中属于南朝方面十分难得的英明君主，其个性节俭朴素，“常膳不过数品，私宴用瓦器、蚌盘，肴核充事而已；后宫无金翠之饰，不设女乐”。