原奏请废除榷茶都转运司，建议由州县征收。但建言没有呈送到朝廷。徽州百姓谢兰家姓汪的家僮被人杀害，谢兰的侄子谢回收买汪氏一族，诬告家僮是被谢兰所杀，谢兰被迫认罪。邓文原复审后，查明了真相，因此谢兰被释放，改判谢回的罪。
晚年.至治二年（1322年），邓文原入朝任集贤直学士。由于发生地震，朝廷诏令大臣们拟定弭灾的办法。邓文原奏请尽快判决待审的囚犯；建议在河北设置仓廪，存粮以赈饥荒。再次请求废除榷茶转运司，但这条仍未呈报上去。同年书《黄庭坚松风阁诗卷跋》。至治三年（1323年），