明太祖及孝慈高皇后神主，殿后为六部。明太宗时所获石龟亦藏于享殿内。由于明朝屡兴大工，大木料逐渐稀缺，因此至万历年间明孝陵享殿经多次维修，已有多根殿柱采用包嵌法，而非整根木料。孝陵享殿在清初遭受破坏，但主体结构尚保存完好。至咸丰三年（1853年）毁于太平天国兵火。同治四年（1865年）、同治十二年（1873年）曾于原址建小殿三间，光绪二十八年（1902年）两江总督刘坤一再次监督重修。享殿前东西两庑原有配殿各十五间，进深三间。1999-2000年南京市文物研究所对东配殿考古发掘，实测南北宽66.84米，