在法律适用上有疑义。且蒋伟宁时代，已经将课纲修改的行政命令送至立法院备查，虽然教育部认为依照《高级中学法》，课纲属于行政规范，但若配合《高级中等教育法》中的规定，即使是行政命令也应该送立院备查。因此立法院能否处理或如何处理课纲案，仍有讨论空间。前大法官许玉秀批评，教育部不依照新通过的《高级中等教育法》行政，而採用旧法《高级中学法》，违反程序正义及宪法。但立法委员林奕华与李贵敏皆主张，有关课纲微调的启动时间为2013年，应适用当时的「高级中学法」，而民进党指称的「高级中等教育法」第43条依同法第67条之规