93年）正月，李如松率领的明大军急袭小西行长等守备的平壤城，行长在城池几乎被攻陷的状态下撤退，于是长政把小西军收容在白川城，集中在汉城的日本军在碧蹄馆之战中撃破南下的明军，在失去战意的明军和因为兵粮不足而苦恼的日本军之间的战斗开始停滞，但是长政仍然在幸州山城之战中出阵。在和平交渉进行期间，日本军在4月放弃汉城并前往朝鲜半岛南部布阵。在6月攻略朝鲜南部的据点晋州城（第二次晋州城攻防战），长政配下的后藤基次争取先阵而大活跃，此后在南部布阵期间的长政则守备机张城。庆长元年（1596年）9月，日明和平交渉结