1967年，遭到关押、审查。1970年8月，审讯者逼迫陈祖涛承认在苏联时的中国学生同乡会是「特务组织」，责令交待特务活动。因拒不认罪，遭到连续十多天的拷打。1972年至1980年，陈祖涛重新在二汽主持技术工作，任第一任总工程师、技术副厂长，当时王兆国为其下属。1980年，陈祖涛奉调北京。1981年起参加筹建中国汽车工业总公司，历任总工程师、副总经理、总经理。1982年，担任中国汽车联合会理事长，主持全国汽车工业发展工作。1988年起，担任国家科委专职委员，参与国家经济开发区的设立工作，关注汽车行业进