疏，辞去相位。九年，出知绍兴府、浙东安抚大使。十年，辞免，奉祠。居家着述。宋恭帝即位，召其不至。入元不仕。至元二十六年（1289年）卒，年六十八。有着作《六经集传》、《语孟汇编》、《楚辞补记》、《碧梧玩芳集》。马廷鸾还有《读史旬编》，已佚，余文散见于《永乐大典》，清初四库馆臣将其裒为一卷，编入《碧梧玩芳集》。其子马端临根据马廷鸾收集的典章资料，作成《文献通考》。