京礼部左侍郎。成化二十二年（1486年）春，召佐兵部。针对占城王弃国来求援、贵州镇巡官邀功谎奏苗反，两事提出正确意见，而后被重用，任户部兼翰林学士，入内阁。此后为兵部尚书，加太子太保。尹直明敏博学，练习朝章，而急于进取。个性矜忌，不自检饬，与吏部尚书尹旻相恶。尹直初觊礼部侍郎，而尹旻推荐他人。尹直以中旨得之。次日遇旻于朝，举笏谢。尹旻回之：「公所谓简在帝心者。」（你是皇帝心中的人选）自是怨益深。后在南部八年，郁郁不得志，万安、彭华谋定内召入阁，却被刘旻辄持不可。诸朝臣亦皆畏直，幸其在南。成化二十二年要求