机从贝加莫机场起飞飞往罗马-钱皮诺机场，标志着机场民航服务的开始。1990年代，机场得到了8000万投资，扩阔了跑道和增加了机场设施。1999年，机场首次超越了全年100万的客运量。2001年，机场更获客运行业的质素认证。2002年2月14日，瑞安航空营运首班由法兰克福-哈恩机场飞往贝加莫机场的航班。在此以后，机场吸引到了更多低成本航空公司，例如维兹航空的进驻。机场亦随之成为了意大利最重要的低成本航班机场。2009年，米兰贝加莫机场的客运量达到了全意大利第四。2011年3月23日，（ENAC）宣