78年12月，美国卡特政府宣佈与中华民国中止外交关系。1979年2月22日华府宣布将于3月1日取消美军顾问团的名称，团长职称改为「美军协防台湾司令部安全助理事项之特别助理」，但职务不变。此安排持续至4月30日为止。5月1日之后顾问团的职务改由美国在台协会（AIT）文职人员处理。此外，美方也要求台北在该年2月28日之后停止在官方文件内使用美军顾问团的英文缩写MAAG。1979年3月1日，美军顾问团正式停止运作，原先业务由美国在台协会技术组接掌，2012年后又改名安全合作组。末任团长汤普逊上校及美军