与佛教混合。却因误解，于是民间引发「废佛毁释」运动，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毁，僧侣被强制还俗。相反，神祇官职逐渐上升，使得神道「」。而此前的日本佛教在此事件后，逐渐产生一群复兴佛教以己任的僧侣。神佛判然令下达前，神社的神官常被称唿为「和尚」，有些巫女则被称唿为「比丘尼」，比如着名的「熊野比丘尼」，即是为熊野三山神社劝募的团体。江户时代亦有儒学昌盛的藩国施行神佛分离政策，如冈山藩、水户藩、淀藩；出云大社在17世纪亦採取神佛分离的作法。