进步党党旗所使用的绿边外，与日本的徽、旗近似之处不少。四心被切为八瓣，也使台湾同心旗受到不少批评，更时常被统派人士拿来讽刺「台独是日本傀儡」。支持台湾同心旗的论点认为，世界各国国旗有类似设计者所在多有，例如西欧多国的以条状色块为国旗，马来西亚国旗与美国国旗的横条类似；同心或八菊与他国图案近似，纯属巧合，不需渲染。不过由于台湾同心旗争议较多，部分台独支持者也不完全认同台湾同心旗，在主张台湾独立的游行活动中，有时另举台湾独立建国联盟旗或民主进步党党旗。台湾独立建国联盟的部分人士曾提出把1990年野百合学