2007年11月，改由教育部主办，科博馆承办除桃园县之外的七所「地方自然史教育馆」的相关工作。
宜兰县自然史教育馆.罗东镇中华路99号（县立罗东国中 内）
南投县自然史教育馆.仁爱乡大同村山农巷27号（国立仁爱高农内）
嘉义县自然史教育馆.新港乡福登村登云路105号（县立新港国小 内）
台南市自然史教育馆.左镇区荣和里61-1号（市立光荣国小 内）
高雄市自然史教育馆.路竹区中山路1821