所领导的中国文化大学「草山学会」发动数十名学生到阳明山中山楼向万年国会抗议。次日，国立台湾大学等其他各校学生开始进入中正纪念堂静坐，发展成为近万人的学生示威运动。1996年5月，周奕成担任民进党文宣部副主任，发动上百位民进党新世代干部提出《台湾独立运动的新世代纲领》，主张台湾现状独立，民进党应转型为中间偏左的社会改革政党、不应以台湾独立为唯一使命，引发党内外大辩论。虽受到台独基本教义派的围剿，但其部分主张在1999年民进党《台湾前途决议文》中得到体现。1996年7月，周奕成提出「十八岁公民权」修宪案