殿，内壁于上端转角处作菱角牙子叠涩逐层收缩形成穹窿顶，其上绘有精美的彩画，以暗红、棕色等蔓卷纹为主，外观成三个攒尖顶，中间为重檐八角，两侧为单檐六角。明间紧贴后墙中部有读经台，其上倚墙立有明景泰二年（1451）木质红漆凹壁经版“天经一函”，上雕阿拉伯文古兰经。大殿建筑风格不似传统伊斯兰清真寺，带有江南建筑独有的质朴和秀气。寺中还有阿老丁墓碑，墓志铭以阿拉伯文书写。现凤凰寺依然是杭州穆斯林的聚集中心，寺外有清真饭店。现任教长为冶曼苏。