数达600余种，拥有众多的中国一级保护动物，被誉为“世界生物之窗”和“研究亚洲两栖动物和爬行动物的钥匙”(原文)。武夷山博物馆存有大量的动植物标本，供中外动植物学家和研究机构使用。武夷山的穿山甲等19种嵴椎动物被列为国家一、二、三类野生珍稀动物。中华秋沙鸭、黄腹雉、雕、白鹇、鹰、隼、鸽、挂墩鸦分别被列为国家一、二级保护鸟类。崇安髭蟾、崇安地蜥等物种被视为世界珍稀野生动物。武夷山是福建省的重要林业基地，森林覆盖率达80%，拥有完整的亚热带原生林体系，广布着高等植物、苔藓、蕨类、种子植物以及低等植物，有