2年，西新几内亚北部沿海及附近岛屿被日本占领。1944年，麦克阿瑟领导的部队从巴布亚新几内亚发起了分为四个阶段的新几内亚战役以解放巴布亚。二战结束后，荷兰人于1945年回到巴布亚。
印尼独立后.1945年8月17日印度尼西亚宣布独立，并声称拥有荷属东印度群岛的所有领土，包括荷属新几内亚。荷兰和印尼发生了四年半的武装外交斗争。1949年12月，斗争结束，荷兰承认了印度尼西亚对荷属东印度群岛的主权，但是荷属新几内亚除外。双方无法对该地区达成妥协，同意在一年内继续讨论这个问题。