河崔氏定着六房之一的郑州崔氏，曾祖父崔君肃在唐高祖年间为黄门侍郎、鸿胪卿、秦王府长史、使持节襄州诸军事、襄州刺史。祖父崔思约，和州刺史。父崔哲，任太原祁县令，赠国子司业，武周年间为中大夫行并州盂县令。
武则天年间.武则天天授年间（690年 - 692年），崔元综累转秋官侍郎。如意元年（692年）八月，武则天任他为鸾台侍郎，授同凤阁鸾台平章事，为实质宰相。崔元综为政勤勉，经常工作到很迟，几乎不休息。他行事谨慎，二十余年不享用美食大餐。但他外表宽容，内心严酷，对人们吹毛求疵课以