十四年（1277年），升归州为归州路，隶湖广等处行中书省。至元十六年（1279年），降归州路为归州，仍直隶湖广等处行中书省。至正十五年（1355年），归州改隶四川等处行中书省。至正十九年（1359年），归州为天完政权所攻陷。
明朝.甲辰年（1364年），朱元璋平陈理，佔领归州，隶湖广等处行中书省。洪武九年（1376年），废归州，其所领三县改属荆州府夷陵州。洪武十年（1377年），改秭归县为长宁县。洪武十三年（1380年），升长宁县为归州，领兴山县，属荆州府。正统九年（1444年