97赛季，特拉帕托尼重返球队并带领拜仁捧起了当年的德甲冠军奖盘。但在接下来的一个赛季，拜仁在冠军争夺战中输给了雷哈格尔带领的升班马凯泽斯劳滕，特拉帕托尼也不得不再次离开了俱乐部。
重获国际成功（1998年-2007年）.在执教多特蒙德大获成功后，奥特马·希斯菲尔德于1998年至2004年间成为拜仁的主教练。在他入主的第一个赛季，拜仁获得了当年的德甲联赛冠军，欧洲冠军联赛冠军也几乎到手，只是在决赛中全场领先的情况下被曼彻斯特联于伤停补时阶段的两粒进球所击败。1999-00赛季，拜仁获