毗邻阿那克西曼德环形山、更大的巴贝奇环形山位于它的东南偏南、而南面和西南分别坐落了恩诺皮德斯环形山和克雷斯特拉杜斯环形山。毕达哥拉斯环形山东南偏南是小月海露湾、西南偏南则是浩瀚的风暴洋。该陨坑中心月面坐标为，直径144.55公里，深度2.96公里。从地球看，毕达哥拉斯环形山因斜视影响而呈椭圆形，且只能看到坑内西侧，另一面则永久处于地球视线之外。该陨坑的外观大体圆形，但边缘略呈多边形状，坑壁保存完整，几乎未受到撞击侵蚀。其外侧壁纤薄，而内侧壁较宽阔，且带有明显的阶地状结构，环内侧坡底分布有坑壁坍塌形成的岩