府总部前座地下设有行政会会议室、多功能会议厅、莲花厅及记者室等；二楼设行政长官办公室、行政会秘书处及会客和宴会厅等。中座为四层高的建筑物，原是政府总部辅助部门办事处，现已用作政府总部办公楼。而后座则是六层高的政府总部行政大楼。 昔日的澳督府内曾设澳门立法会的议事厅，自新立法会大楼于1999年启用后迁出。门外有铁栅短墙，靠海滨堤岸原设有岗哨，并置有二门大炮，惟50多年前已拆除。府内墙上曾装饰有19世纪中叶后历任澳门总督肖像，但该批画像已在1999年被澳门总督韦奇立秘密运返葡萄牙，只留下画像仿制品。