被任命为[国家发改委]]主任。媒体曾把他和财政部部长金人庆、中国人民银行行长周小川以及原商务部部长吕福源并列为“温家宝内阁”的“四大财经官员”。2008年3月，在温家宝第二任期内阁中，马凯升任国务委员兼国务院秘书长，跻身国家领导人行列，同时兼任中央国家机关工委书记；一个月后，又兼任国家行政学院院长。2012年11月，在中共十八届一中全会上，马凯当选中央政治局委员；并于2013年3月，被国务院总理李克强提名为国务院副总理。2017年7月任新成立的国务院金融稳定发展委员会主任。