注定了秘鲁总督辖区的逐步衰退。1808年拿破仑入侵伊比利亚半岛，将国王费尔南多七世软禁。随后在1812年，西班牙立法院推出了《西班牙1812年宪法》。这一连串事件在美洲全部西属地区为西班牙裔克里奥罗人带来了思想解放。在秘鲁，1812年爆发了瓦努科起义。1814年和1816年又爆发了库斯科起义。尽管这样，在秘鲁的克里奥罗寡头仍然保持着对西班牙王室的忠诚。这个说明了一个事实，秘鲁总督辖区成为西班牙对于美洲大陆统治的最后堡垒。
独立战争.秘鲁的独立运动始于西班牙裔美洲人的土地