由于两岸植被茂盛，崃谷拥有数十公尺到100公尺的高低落差，具有与外隔绝的深山幽谷景观，被列为，也与岐阜县的白川乡、宫崎县的椎叶村一同被列为日本三大秘境。全境皆属于剑山国定公园，特产为，并有祖谷温泉及新祖谷温泉两个温泉。12世纪末的源平合战中，平家在屋岛之战战败后，传说有许多平家落人逃至此地避难。由于祖谷溪水位容易暴涨，加上两岸地势陡峭，在过去难以建设固定的桥樑，因此发展出蔓桥，现在在祖谷溪的西祖谷山村地区和东祖谷各有一座蔓桥。祖谷溪蔓桥被选为日本百名桥。