岛屿有广阔的河口湾，而许多浅海沿岸，如苏门答腊东岸、婆罗洲西岸和南岸、新几内亚西南岸，拥有大片沼泽带，终年积水，不适人居；而爪哇中部和东部、苏门答腊北部以及小巽他群岛部分地方则因地处冲积平原且排水良好，故人口众多。
水文.群岛的多山地形，加上充沛的年降雨量，使短小、坡降陡的河流侵蚀力强。大陆棚岛屿的河流将其侵蚀物沉积于周围浅海，迅速生成广大的氾滥平原与三角洲，这类低地上的河流漫长，如苏门答腊的穆西河（Musi）、婆罗洲的卡普阿斯河（Kapuas）与巴里托河（Barito），以及新几