约生于唐开元十二年（724年）。天宝末年，秦系避乱至剡溪。大历五年（770年），北都留守薛兼训奏请朝廷授秦系为右卫率府仓曹参军，秦系不就任。建中元年（780年），秦系到达泉州并隐居于南安九日山。建中初年，泉州刺史薛播常上山拜会他，秦系曾作诗《》相赠。贞元四年（788年），御史大夫张建封听闻秦系不愿做官，奏请加封校书郎。后来，秦系东渡至秣陵（今南京），去世时80多岁。泉州人在九日山建亭纪念他，称为“秦君亭”。秦系曾居住的西峰也称为“高士峰”。