4年－398年）、东晋（398年－399年）、南燕（399年－410年）所有，省併富城、刚平二县，改东平陆县为平陆县。后燕建兴九年（394年），东平郡改属徐州。晋安帝隆安二年（398年）收复东平郡后还属兖州，次年入南燕后又改属并州。义熙六年（410年），东晋再次收复东平郡，还属兖州。。
南北朝.宋少帝永初三年（422年），东平郡济水以西的范县为北魏所攻佔，余济水以东的须昌、寿张、无盐、平陆四县，因避敌而还治无盐（今山东省东平县东南）。从此，东平郡一分为二，不再合併。南朝宋后在无盐县