更使农、渔、畜产业损失预估超出二百亿新台币，此即为台湾史上近五十年来最大规模的天灾八八水灾。然而刘兆玄内阁中出现延误救灾、且许多阁员失言行为的争议。而刘兆玄本人也被国策顾问林火旺于8月17日在TVBS政论节目指称，刘兆玄于8月8日去染发；国民党籍立法委员邱毅于8月19日在TVBS政论节目指称，刘兆玄于8月8日返回新竹，欢度父亲节。事实上，刘兆玄只是于南下前一夜先回新竹家中过夜。对此行政院发言人苏俊宾也表示，虽然刘揆未在台北过夜，而是在新竹过夜，但这并未影响任何救灾工作的进行，把这样的作为当做批判力道的依据，