（民国4年）、马麒为令政敌、青海办事长官廉兴失势，向北京政府进谗言，称廉兴企图叛乱，廉兴遂被罢免。同年10月，青海办事长官、西宁镇总兵的职位废止，取而代之的是甘边宁海镇守使，马麒出任该职。马麒于1912年（民国元年）组织「宁海军」，起用弟弟马麟、子马步青、马步芳、侄子马步元、同族的马仲英，形成家族型军队，并聘用黎丹等人为幕僚。宁海军利用毛皮、制药原料、金、盐等特产来谋求增强军事力量。1916年（民国5年），镇压宗社党的叛乱。1921年（民国10年），降伏果洛的藏族人。1923年（民国12年）压制了夏河。