孜寺的发展有困难，多罗那他希望迁址，此时有一乌鸦将其盘子叨走，多罗那他追赶乌鸦来到如今彭措林寺后山顶上，才得到盘子，遂决定在这里建寺。该寺建成后，起名“达丹彭措林寺”（藏语称“达丹彭措林”，），为觉囊派的重要道场。 1649年之后，五世达赖时期，强行将觉囊派寺庙改宗格鲁派，该寺为13座改宗格鲁派的寺庙之一，更名为“甘丹彭措林寺”，简称“彭措林寺”。藏文史书记载，多罗那他是藏传佛教觉囊派高僧及佛学家，也是外蒙古最大的活佛系统哲布尊丹巴转世系统的实际奠基人。多罗那他原名“衮噶宁波”，藏历第十绕迥木猪年（15