。1997年，以教育部长的身份访问中国，纳吉也是大马首位访问中国的教育部长。1999年大选，纳吉遭受重大挫折。尽管他成功保住了国会议席，但多数票从上届的过万大减至这次的241票。政治观察者对此感到惊讶，但这是可以理解的，因为安华革职后引发的一系列的政治动荡影响了选情。
再职国防部长（2000–2008）.在第二次受委国防部长期间，纳吉在2004年印度洋大地震中协调了马来西亚的救援工作，以及在2004年巴厘岛爆炸事件中为印尼逮捕涉案人员。 纳吉也监督部署了马来西亚军队身为联合国维