防空暨飞弹指挥部设一席中将和2席少将共三位将官编制。
武器系统.由防空暨飞弹指挥部管辖的中华民国国军陆基防空战力，以购自美国的爱国者飞弹以及我国中山科学研究院自主研制的天弓飞弹为骨干，辅以较老旧的美制MIM-23鹰式飞弹，构成台湾本岛及若干外岛、离岛的中低空防御网，以辅助空军的第一线拦截。此外，媒体推测，其也负责操作对地攻击的雄风二E巡弋飞弹。
国军爱国者防空飞弹部署概况.目前国军在台北地区部署的爱国者飞弹连，是採爱2及爱3混合部署。国军6套爱国者3型反