，从而两个金属离子之间产生了一个空腔，这一空腔被一个氧气分子所填充。氧气分子与细胞色素a中的铁原子结合形成铁氧结合形式（Fe-O）。结合的氧很快被还原，其中一个氧原子与铁形成Fe=O形式；而另一个接近Cu的氧原子接受来自Cu的一个电子和来自Tyr244上羟基的一个电子和一个质子，被转化为一个氢氧根，同时Tyr244转变为酪氨酰自由基。来自另一个细胞色素c分子的第三个电子通过相同的途径被传递到细胞色素a-Cu双核中心，随后这个电子和两个质子将酪氨酰自由基重新还原为酪氨酸，并将结合在Cu上的氢氧根转化为水分子。