信赖与源义朝大为不满，两人于是举兵反抗之，是为平治之乱。最后平清盛取得胜利，源义朝被诛杀，其余以义朝长子源义平为首的许多源氏族人均被处死，被逮捕的义朝三男源赖朝则被处以流放伊豆之刑。自此，平清盛打下了建立政权的基础。平治之乱后，平清盛原先支持年少的二条天皇亲政，不过在其正室平时子的异母妹妹平滋子与后白河上皇生下宪仁亲王后，平氏便开始期望宪仁亲王能够继承天皇之位，造成了二条天皇的不满，因此天皇将平时子及平滋子之兄平时忠处以流刑。反之平清盛则逐渐向后白河上皇靠拢。二条天皇急病，临死前传位给年幼的六条天皇，平