生多起反基督教的事件，教堂、教会学校、教会医院多被占用或毁坏。1927年3月24日，国民革命军攻克南京，部份军人袭击英、美领事馆，攻击、劫掠外国传教士，杀害六位传教士，其中包括基督教金陵大学副校长文怀恩，史称“南京事件”。1927年4月，国共分裂，国共内战代替反帝运动成为焦点。同年12月1日，国民党领袖蒋中正与基督教美南监理会牧师宋耀如的女儿宋美龄结婚，对国民党对基督教态度有重大影响。1927年国民党建立南京国民政府之后，开展了收回教育权运动，教会学校受到严重影响。1922年来华传教士达8,300人