萨摩藩、长州藩成员为主力的军队，在京都附近的鸟羽、伏见两地展开激烈战斗。经过三天的交战，以寡击众的新政府，在新式军队与精良武器的助威下取得重大胜利，并决定乘胜追击，派遣东征军攻打德川幕府的中心据点—江户。倒幕派组成了新的政府，揭示基本施政方针的「五条御誓文」则于同年4月6日公布。新政府军、旧幕军双方决战江户之前，幕府代表胜海舟与新政府代表西乡隆盛达成协议：以国家为重，一致对外。1868年5月3日，江户无血开城，幕府至此正式瓦解。