内建立三十六镇约五十万正规军（一万二千五百人一镇）由陆军部辖下之参谋部统领；后改为1912年完成，但直至1911年只编成14镇及20旅约十九万人。在新征兵制取代旧有绿营世袭制下，军队待遇亦有所提升。
海军.1902年，北洋水师帮统萨镇冰提出复兴海军方法四点：第一：派海军士官留学日本、第二：于江阴设水师学堂、第三：以马尾船厂为修舰基地、第四：于烟台及福州设海军镇守府，而于1908年陆军部提调姚钖光提出《筹海军刍议》，按「急就」及「分年」两法重建海军，所谓「急就」，即将现有南洋