安时代活跃的村上为国之弟定国在保元之乱后，经由淡路岛在塩饱诸岛定居；平治之乱后的永历元年（1160年）移居越智大岛，成为伊予村上氏之祖。能岛村上氏的系图内，村上源氏的出自以村上天皇的皇子具平亲王之子源师房为祖。因岛村上氏也有同様起源的系图。又，信浓村上氏的系图内，源赖信的次男赖清是村上天皇的皇子为平亲王之子源宪定（村上宪定）的女婿，为村上姓，也是类似的说法。其他还有伊予越智氏的庶流之说。
村上水军的活动.文献史料上，最早的记录是1349年（南朝：正平4年、北朝：贞和5年），能岛