被罢免。1901年（光绪27年）11月，袁世凯就任直隷总督兼北洋大臣，李鼎新再度被任用。以后，历任海圻舰管带、山海关舰队副司令。1911年（宣统3年）春，海军部成立，李鼎新获授海军正参领，署理军法司司长。
北京政府的活动.中华民国成立后，李鼎新留在北京政府的海军部，从参事一直升至海军参谋长。1912年（民国元年）10月，获授海军少将。12月，升任海军总司令，获授海军中将，驻扎上海。翌年，二次革命爆发，李鼎新奉袁世凯之命，击败了在上海起义的陈其美军。因立下军功，8月获加海军上将衔