军因在甘孜地区无法立足，被迫在与红二方面军会师后北上与中央红军会合。次年，为避免中华民国国民政府追究责任，他赴拉萨避难，直到1947年后方才回到甘孜。1950年3月，西康省政府主席刘文辉宣布起义，甘孜也随之被中国人民解放军占领。格达活佛被任命为西南军政委员会委员、西康省人民政府副主席、中国人民解放军康定军事管制委员会委员和西南民族事务委员会委员。7月10日，他自告奋勇，欲前往拉萨劝说西藏噶厦同中央人民政府议和。但是当其到达昌都后即被扣留，既不能前往拉萨，也无法返回甘孜。8月22日，他在昌都突然身亡。