。在拜占庭帝国，马其顿军区最初是位于斯特鲁马河东侧的色雷斯军区的一部分。这个军区包括了色雷斯的多个部分，而马其顿王朝亦得名于此军区。因此，这一时期的拜占庭文档中所提到的“马其顿”是很可能指的是马其顿军区。在另一方面，马其顿地区在公元9到10世纪间受保加利亚第一帝国统治，后于1018年被并入拜占庭帝国的保加利亚军区。14世纪末，随着奥斯曼帝国逐步征服东南欧，“马其顿”在政区名称中消失了数个世纪，而且极少标示在地图上。这个词作为一个地理区域的名字而再度复兴。在19世纪后期，它已经有了与今日大致相同的边界。