，以容许放置调控序列。很多真核生物启动子，但不是全部，都包含一个TATA盒（序列TATAAA）会与TATA结合蛋白结合，以协助形成RNA聚合酶转录复合物。TATA盒一般会处于非常接近转录起始点（通常于50个硷基对以内）。真核生物启动子调控序列一般与转录因子结合，当中涉及形成转录复合物。一个例子是E盒（序列CACGTG），它会与硷性-螺旋-环-螺旋（bHLH）的转录因子结合。
结合.启动子序列（P）与σ因子RNA聚合酶复合物（R）的结合涉及两个步骤：
与启