日本画定了五处海军军区，设立四个镇守府；1889年，吴镇守府正式开张运作时，在镇守府组织编制底下一并设立了“造船部”，作为筹建海军军舰之用。过去，日本帝国海军造船是依靠神户市的民间企业，但是造船厂在1887年被日本政府收购后，该造船厂的相关机能逐渐转移到吴港；1890年，小野滨造船厂仍称为吴海军工厂小野滨分工场。1895年，神户当地的工厂关闭，所有造船功能均移入吴港；而为因应甲午战争，一部份业务开始朝佐世保转移。1897年，造船部在舰政本部的指导下，改组为“造船厂”；随后，吴造船厂建造出一系列军舰。