昭宗不是对手，于是为三帅所迫，杀宦官西门君遂及宰相杜让能，赐王行瑜铁券。干宁二年（895年）王行瑜以侍中兼中书令擅权，要求担任尚书令，韦昭度密奏：“太宗以尚书令执政，遂登大位，自是不以授人臣。惟郭子仪以大功拜尚书令，终身避让。行瑜安可轻议！”于是帝命李磎（一作李谿）为相，加王行瑜尚父。王行瑜得知内情，大恨，联合李茂贞、韩建，杀韦昭度、李磎，谋废昭宗。李克用率军南下勤王，十一月，李罕之克龙泉镇。王行瑜逃往梨园寨（今淳化县城），再逃回邠州，向李克用请降被拒。行瑜弃城逃往庆阳，为其部下所杀。传首京师。