998年1月22日，夫人徐曼云女士先一步离世，此后李元簇独居当地。
逝世.2017年3月8日4时15分，因慢性肾脏病放弃急救过世，享寿94岁（满93周岁）。2017年3月31日，在台北市立第一殡仪馆景行厅举行告别式，获总统蔡英文亲颁褒扬令，并举行覆盖中华民国国旗仪式，由副总统陈建仁担任主祭官，内政部部长叶俊荣、外交部部长李大维、国防部部长冯世宽和监察委员刘德勋担任覆旗官，随后放追思影片，再由李登辉发表追思谈话。台北市立第二殡仪馆火化后，在新北市金山区以佛教仪式树葬植存于法鼓山金