一同参加讨伐三好氏，在另一方面亦发挥政治手腕并成为义昭的重臣。在永禄11年（1568年）叙任大和守。不过，在义昭与信长对立时，得知弟弟藤孝背叛义昭并投向信长后被激怒，于是计划袭击藤孝，但是失败。天正元年（1573年），义昭在山城槇岛城笼城，藤英担任二条城的城代，不过因为被信长的大军包围，军队溃走，于是退至居城伏见城，后来进攻信长方的岩成友通，最后接受藤孝和柴田胜家説服而降伏。在槙岛城之战后，义昭被信长流放，室町幕府灭亡，藤英亦仕于信长。翌年，所领突然被信长没收，自身亦被送到明智光秀之下软禁，并与嫡男秋豪