升格为总军（总司令官梅津美治郎大将），以作为日苏之间战争之准备。1944年后，日本在战争中节节败退，军方开始有人喊出「本土决战」的口号，1945年4月7日，日本将原本防卫总司令部改制为第一总军（总司令官杉山元大将，驻地东京）、第二总军（总司令官畑俊六元帅，驻地广岛，在8月6日原子弹攻击中遭到毁灭性的打击）及航空总军（总司令官河边正三大将，驻地东京）。战后，除第一总军改制为复员司令部，专门负责部队复员工作外，其余总军均遭裁撤。