8辅助蛋白（121个胺基酸）少一个胺基酸，且两者胺基酸序列相似度仅35%。另外Rp3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个胺基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）。