立管理蒙藏事务的蒙藏院，并任命中央驻藏办事长官，直属国务总理，例行清朝驻藏大臣职权。1929年蒙藏院改制为蒙藏委员会。引发后来西藏主权归属问题的纠纷。他也被西藏流亡政府认为是西藏独立运动的先驱。十三世达赖喇嘛在1913年至1933年期间是西藏事实上政教合一的最高领袖，在此期间，他为西藏的政治、经济、宗教改革以及现代化建设作出了巨大贡献，在近代西藏历史产生了重大影响。中共学者和藏族人民都不同程度地给予他肯定的评价。西藏流亡政府更是认为他是继五世达赖之后第二位伟大的达赖喇嘛，给予他相当正面的评价。不过，他在