太原三郡诸军事、扬烈将军、冀州刺史。次年加济南太守。后北魏南侵，申恬领兵截击但战败，遂被征召还建康。元嘉二十七年（450年），申恬又获授通直常侍；同年朝廷发动北伐，但为北魏大军反攻，申恬受命领兵支援东阳，并与庞秀之一同守城。当时萧斌加派青州别驾解荣之领垣护之增援东阳城，而魏兵早上来攻，晚上就退，守军于是乘机经北门出城外,绕着护城河设营挑战，魏军不敢进逼，五日后就东走。次年魏军北退后，申恬任宁朔将军、山阳太守，在当地亦有治绩。元嘉三十年（453年），孝武帝即位，以申恬为青州刺史，不久加督徐州之东莞东安二郡诸军