宪成改任吏部主事。请告归三年，补验封司主事。万历十五年（1587年），因与内阁对立，谪官桂阳州判官。不久，迁处州府推官，因母丧去职。服阙，补泉州府推官。万历二十年（1592年），任内被举公廉寡欲天下推官第一，擢吏部考功司主事，历吏部员外郎。第二年，明神宗想封其三个儿子为王，以拖延国本之争，顾宪成上疏强烈反对，由写信给同意并封的首辅王钖爵，反复论辩，结果「三王并封」之事不了了之。同年，顾宪成在京察中支持吏部尚书孙鑨，反驳「专权结党」的批评，又反对王钖爵让邹元标辞职。此后，顾宪成推举前大学士王家屏接替王钖爵