认为淡水豚类互为近亲，但对白鱀豚的分类长期存有争议，争议的焦点在于它应归属哪一科。1918年美国动物学家、白鱀豚的命名者格里特· 史密斯· 米勒（Gerrit Smith Miller）在比较了白鱀豚和亚河豚的头颈骨后，认为二者是近亲，将白鱀豚置于亚河豚科（Iniidae，也称亚鱀豚科）。后又有学者将白鱀豚划归恒河豚科（Platanistidae，也称鱀豚科）或拉河豚科（Pontoporiidae，也称海鱀豚科、弗西豚科），还有学者将几种淡水豚都并入恒河豚科，称之为淡水豚科，也称淡水鲸科、喙豚科、河豚科