进入核糖体P位点的tRNA相互作用。16S rRNA作为研究分类学和系统进化的分子受到很大重视，16S rRNA序列分析是当前对细菌进行分类学研究中较精确的一种技术。随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用，对16S rRNA作为微生物分类依据的研究也逐渐发展起来并已得到广泛认同。位于原核生物70S核糖体A位点的16S rRNA部分的是氨基糖苷类抗生素的作用靶位，该类抗生素通过与16S rRNA的A位点结合而阻碍原核翻译。但由质粒介导的16S rRNA甲基化酶能将16S rRNA甲