成了噶当派的主寺。从此噶当派逐渐发展起来。后传噶当三昆仲，布杜瓦、舖穹瓦、坚安瓦，并形成道次、教典、教授三个系统；其中布杜瓦弟子朗日塘巴、霞惹瓦摄授弟子尤众，一时俊彦辈出。
宗喀巴将之併入格鲁派.从1055年后的四百五十年内，萨迦派、噶举派各自从西藏引进道果、大手印等修行方法，加上挟以政治经济上的势力，在西藏蔚为时尚。僧俗不分的情况明显。此时较无资源的噶当派亦随之衰落。噶当派兼学他宗的僧人宗喀巴，1388年他戴上黄帽，以表示对于佛教戒律的尊重，废除了一切为人诟病的非梵行修法，如