，书院从此荒废百年。　到了南宋，中国理学开始兴盛，复兴书院成为当时的重要运动。朱熹的出现，正式奠定白鹿洞在往后700年的学术位置，直至清代科举制度结束为止，被称为“海内书院第一”。
南宋复兴.南宋淳熙六年(公元1179年)，朱熹出任南康太守，他勘察白鹿洞书院废址后写道：「观其四面山水，清邃环合，无市井之喧，有泉石之胜，真群居讲学、遁迹着书之所。」当时书院建筑规模较北宋时还不少，这时书院只有学生十余人。为兴复白鹿洞书院，订下学规，置田建屋，向各地发文征求图书，把《四书》、《五经》