历史悠久的长崎县（长崎总教区）则是特例，天主教信仰人口佔当地总人口逾4%。除了教堂外，天主教会在日本各地亦设有多处文教与社福机构，包括医疗机构42所、社福机构643处、各级学校828间等，其中上智大学与南山大学为日本着名高校之一。日本政府与圣座建有外交关系，双方在1942年建交，日本二战败战后中断，至1952年复交。历史上教宗曾两次访问日本，分别为1981年的若望·保禄二世、以及2019年的方济各。