西咪替丁的已知副作用包括轻微和短暂的腹泻、皮疹、头晕、疲劳、便秘和肌肉疼痛。有报告指老年人服用后可能发生谵妄。由于其激素作用，西咪替丁在长期治疗期间罕见地导致男性性功能障碍，包括性慾减退、勃起功能障碍以及男性乳房发育症（0.1-0.2％）。间质性肾炎、荨麻疹、血管性水肿也可能罕见地发生。西咪替丁也与短暂氨基转移酶活动上升有关，但是罕见的。
过量.西咪替丁在过量服用时相对安全，即使服用过量（例如20克）也不会产生任何症状。
药物相互作用.由于西咪替丁对细胞色