而被国民党政府以「明知为匪谍」判刑有期徒刑2年。黄昭辉曾在国大代表的宴会上当着时为总统的李登辉面前翻桌抗议万年国会，连翻了七桌才遭制止。2006年9月7日，因施明德对高俊明的批评，导致黄昭辉痛批施为「畜牲」。其大哥曾遭白色恐怖拘留（未判刑），三哥为东吴大学政治系前系主任黄昭弘。2008年中华民国立法委员选举代表民进党在高雄市第四选区（苓雅区、新兴区、前金区、前镇区篱仔内8里）参选，以近5%差距败给给中国国民党空降此区寻求连任的李复兴近7千票，连任失败。