皇室管理，之后的英国内战和培根起义（Bacon Rebellion）又令建校的筹备工作一再搁置。1691年，威廉斯堡的市民议院委派詹姆斯·布莱尔牧师到英国申请皇家宪章，以建立一所永久的大学，并要求学院可以为学生提供哲学、语言、艺术和科学等科目。布莱尔到了伦敦后开始他的工作，他在英国的朋友，伦敦主教亨利·坎顿（Henry Compton）及坎特伯雷大主教约翰·蒂洛森（John Tillotson）都十分支持他。终于在1693年2月8日，英王威廉三世和玛丽二世颁下皇家宪章。新成立的学校亦因此得名威廉与玛丽学院。