蕤要求，邀请巫宁坤回国任教。巫宁坤于尚未完成博士论文之时毅然决定回国任教。1951年7月18日早晨，登上驶往香港的克利夫兰总统号邮轮，芝大同学李政道等人为其送行。八月中旬，从广州乘火车经上海抵达北京，赵萝蕤亲自来前门火车站迎接。1951年11月初，改任南开大学教授，任教期间与李怡楷结婚，并在肃反运动中因莫须有的「ABC」反革命集团受到冲击。1954年，翻译的《白求恩大夫的故事》一书在上海出版。1956年夏初，调任北京外事干部学校工作。1957年因在双百运动时批评时政，后在反右运动时被划为“极右分子”，被开除