澳门圣马可堂同意后，由圣马可堂及圣公会接办蔡高中学，隶属圣公会港澳教区东九龙传道地区。而中学部设在马大臣街，幼稚园和小学则迁往东望洋斜巷。一二·三事件后，香港圣公会没有按照约定交还蔡高学校的主权予中华基督教会香港区会，法律诉讼无效。1973年，在伯多禄局长街兴建校舍作为中小学校址，幼稚园仍留在东望洋斜巷五号上课。1997年，加入政府公共学校网；同年开办正规夜中学，为失学少年及在职人士提供升学途径翌年成立圣公会蔡高中学成人培训中心，举办多项实务及专科课程。1998年，澳葡政府拨出位于黑沙环新填海区