LC-SCX进行分离，都可以在现代的LC-MS/MS系统中操作并且可以定出1000种以上蛋白分子的结构。然而，只有在通过SDS-PAGE凝胶或HPLC-SCX分离样品之后，这种高水平的蛋白质鑑定才是可能的。LC-MS也用于分析天然产物和分析植物的次级代谢产物。在这方面，基于质谱的系统有助于从复杂的生物植物样本中获取更多关于化合物范围广泛的信息。
药物开发.LC-MS也频繁地用于药物开发的许多不同的阶段，包括，做肽图、做醣蛋白图、天然产物的去重复化、生物亲和性筛选。体内药物筛选、