补的延伸NTP（也可能是短RNA引物和延伸NTP），催化磷酸二酯键的形成，产生起始RNA产物。原核生物的RNA聚合酶全酶由两个α亚基、一个β亚基、一个β′亚基和一个σ亚基组成，其中σ因子协助RNA聚合酶识别并结合启动子。很多基因起始位点的上游拥有普里布诺盒基因序列（TATAAT），上游约35个碱基处拥有TTGCCA共有序列，约40~60个碱基处拥有一片富含A、T碱基的区域，有助于加快转录速度。真核生物的转录起始上游区段比原核生物多样化，转录起始时，RNA聚合酶不直接结合模板，其起始过程比原核生物复杂