中央军委和公安部双重领导体制。1963年12月，中央决定将中苏、中蒙边境地区公安部队及其担负的任务移交中国人民解放军。1964年，将福建公安部队移交福建省军区领导，其余公安部队继续实行双重领导体制，中朝、中越边境的边防任务由公安部队负责。西藏、海南、新疆的边防任务由解放军负责。此次调整仅为领导体制调整，整个边防体制仍是公安部队与解放军分段防管。1966年5月至1973年4月实行解放军防管。1966年5月，中央决定撤销公安部队，边境防卫与管理任务交由中国人民解放军担负。边防检查站隶属由各公安总队改编的