下水含水层及古生物，最后到一定深度以下的为止，是明显受生物圈及水圈影响，进行化学作用的区域。土壤圈也是更大整体系统的一部份，土壤形成的环境也会受其地理位置、气候、地质、生物、经度、纬度和人为变化所影响。土壤圈位在生物的植被以下，在岩石圈及水圈以上。成土作用在没有生物的情形下，仍然会自行作用，不过若有生物存在，会加快成土作用的进行。土壤形成一开始是用物理或是化学的分解方式来分解岩石，形成的物质会覆盖在基岩基底上。生物会分泌酸性物质（多半是）来让岩石分解。像地衣、苔藓和种子植物以及很多化学反应会让早期土壤的