县西北乡的崇安场升为县；南宋绍兴二十二年（1152年），建宁军升为建宁府，建阳县属建宁府。景定元年（1260年），建阳县之唐石里（今黄坑镇）产嘉禾，更名嘉禾县。元期间建阳教育等方面凋敝衰落。至元十五年（1278年），改建宁府为建宁路，嘉禾县属建宁路。至元十九年（1279年），元军在建阳大开杀戒，建阳县县衙和县儒学被焚毁，建阳理学教育受到重大打击。至元二十六年（1289年），嘉禾县复名建阳县。
明清时期.明代建阳教育等方面有所复苏。教育方面，尽管重新设立县学，但师资力量薄弱。洪武