教育部认为立法院无权废止四级机关之组织法，双方陷入各说各话的局面。民主纪念馆甫成立即产生法律上是否存在的争议。由泛蓝阵营占多数的立法院在废止组织规程后，主张民主纪念馆不存在，也据此冻结以民主纪念馆名义编列的预算；泛绿阵营则主张，立法院无权废除相当于行政院行政命令的组织规程。2008年5月20日，执政党由民主进步党变更为中国国民党。同年8月，行政院研拟废止《国立台湾民主纪念馆组织规程》，民主纪念馆正式复名为中正纪念堂；计民主纪念馆存在时间约一年三个月。中华民国政府于2009年7月20日正式将中正纪念堂