5–16年度球季，球队罗致多名年轻港脚，但亦同时放走赵俊杰、苏来强等本地球星，领队「飞碟王」陈浩然亦告离队，将由前南区，教头冯凯文接任新帅。2016年4月24日主场 4–1 击败黄大仙，宣告护级成功。2016年5月15日，元朗事隔近40年再次杀入香港足总盃决赛，双方实力有一段距离，飞马在元朗之上上。元朗是首开纪录一方，但不久便被飞马追平，90分钟赛和 1–1。加时内很多元朗球员已经抽筋，只用意志力顶至互射12码，飞马是先射失12码一方，后元朗两球12码被扑反胜为负，互射十二码以总比数负 4–5，冠军就这