时间清晨5时，在东海岸丹宝径的住家逝世，享年91岁。
各方反应.新加坡总理公署发表文告，对吴博士的家属致以最深切的慰问。新加坡政界多位重要人物均前往弔唁。在5月15日，新加坡总理李显龙、新加坡国务资政吴作栋和贾古玛、副总理张志贤，以及多位部长、国会议员及吴博士的生前同僚前往弔唁。李显龙在接受记者访问时，更难掩心中悲痛，两度哽咽。 为悼念吴庆瑞，两场原订在5月22日和5月23日举行的音乐会，一场取消一场延期。中国驻新加坡大使馆临时代办王小龙5月23日到国会大厦向吴庆瑞致哀，