部分区域成为领地，另有部分区域为幕府直属或是旗本的领地。19世纪末明治维新后，这些区域曾先后隶属奈良县、高取县、堺县、大坂府，直到1887年重新恢复设置奈良县后，才再次隶属奈良县。在1880年实施时，正式的设置了近代的行政区划「高市郡」，最初在葛上郡御所町（位于现在的御所市）设置了「御所郡役所」负责地方业务，由于该郡役所同时也负责管辖周边的葛下郡、忍海郡，也因此后来又改称为「高市葛上葛下忍海郡役所」。