五人督政府掌管法兰西共和国的行政运作。由于他与约瑟芬·德·博阿尔内有肌肤之亲，巴拉斯帮助促成了她和波拿巴之间的婚姻。一些他同时代的人声称，这是巴拉斯任在1796年初命波拿巴出任总司令背后的理由。1796年到1797年一连串战役的胜利，波拿巴给了督政府前所未有的稳定局面。1797年夏季，保皇党和倖存的吉伦特派在选举中获胜，督政府运作困难，巴拉斯开始策划保皇党的垮台。1797年9月4日，波拿巴派皮埃尔·奥热罗将军、雅各宾派压制他们的运动并发动菓月18日政变。
倒台和晚年生活.巴