三氟甲基经常用作生物电子等离子体来替代氯或甲基来制备衍生物。它可以用于调整铅化合物的构型和电子性质，或保护活性甲基免受代谢氧化。含有三氟甲基的药物中，有一些知名药物，例如依法韦仑（Sustiva，一种HIV反转录酶抑制剂）、氟西汀（Prozac），以及塞来昔布（Celecoxib）等。
合成.合成三氟甲基官能基有很多方法。羧酸可以通过用四氟化硫和三卤代甲基化合物处理转化成为三氟甲基，特别是三氟甲基醚和三氟甲基芳烃，可以通过用三氟化锑处理转化成为三氟甲基化合物/五氯化锑（Swarts