在最早的佔领立法院行动中，有6人在抗议活动中遭到逮捕；而在佔领行政院的行动中，有61人遭到逮捕。4月9日，针对反服贸民众先前闯入行政院，行政院发言人孙立群表示在检察官侦结起诉后，行政院会提起民事求偿诉讼，求偿金额300万元。4月21日，林飞帆、陈为廷、黄国昌和其他4名运动主要成员，主动前往台湾台北地方检察署，解释在3月18日开始佔领立法院、以及3月23日佔领行政院期间发生的事情。检察官指控部分抗议者犯下数项罪行，例如妨碍执行公务等。而律师顾立雄表示如果被起诉，被告将提出无罪辩护。到了6月，检察官和警方已