3年（大正12年）9月1日，学校设施在关东大地震中损毁严重，不过到同年12月末应急临时校舍就已经大体完工。1932年（昭和7年）8月27日，海军大学校搬迁到东京上大崎原陆军卫生材料厂旧址，同年9月1日开始在新校区开课。新校区的校舍叫做“厅舍”，并包含有兵棋推演场、科学实验场等大规模设施。1945年5月，随着战争形势的发展，海军大学校也受到影响，职能停止了下来。日本战败后学校也一并废除，旧校址则交由1947年创办的继续使用。研究所日后搬迁至他处，原址逐渐荒废，1999年拆除。战后在广岛县设立的海上保安