宗决定重修汉经厂、番经厂，但番经厂刚刚完工，明穆宗便驾崩逝世了，汉经厂的重修被搁置。万历五年（1577年），明神宗到了亲政年龄，慈圣宣文皇太后希望为即将亲政的明神宗树立皇帝形象，乃选中明穆宗未完成的重修汉经厂之事，带头捐资兴建。皇室成员以及司礼监太监冯保等太监也纷纷捐资。经冯保选址，于万历五年三月（1577年）择吉日开工，万历六年六月（1578年）完工。该寺兴建前，“依其旧制”应当称“藏经香火院”，但明神宗榜书寺名“敕建万寿寺”，该寺自此得名。万历六年六月（1578年），万寿寺完工之后，明神宗令内阁首