1936年（民国25年）5月，马麟同马步芳对立，青海省政府主席的地位事实上被剥夺（马步芳正式继任青海省政府主席是在1938年（民国27年）3月）。失意的马麟于1936年11月赴麦加朝圣。归国后，马麟回到家郷居住。1937年（民国26年）10月，任国民革命军第17集团军副司令。1938年3月，任国民政府委员。1945年（民国34年）1月26日，马麟病逝。享年70岁。
家族.马麟为马海晏次子。马麟生有马步荣、马步援。