65型电力机车全部集中配属新鹤见机关区，冈山机关区不再配属EF65型电力机车。同时，只有已安装ATS-PF防护系统的电力机车才能继续运用，因此所有EF65型基本番台机车脱离运用。此外，仅存的EF65型1000番台机车的运用范围也有所变化，不再担当山阳本线冈山以西的牵引任务外，并恢复了东海道本线至米原之间的定期运用。根据2013年3月实施的铁路运行图，JR货物的EF65型电力机车除了承担东北本线（黒矶以南）、高崎线、鹿岛线的货物列车牵引任务外，亦在东海道本线、山阳本线（冈山以东）以及予讃线投入定期运用。