周瑜为中护军，领江夏太守（当时江夏还在黄祖手上并不是孙军领下），攻克皖，两人将桥公的两位女儿佔为己有，孙策对周瑜笑说：「桥公的两个女儿虽然流离，但得我们二人作为夫婿，亦够她们高兴了。」两人关系更进一步。后再进逼寻阳，大破刘勋，第二年年初讨江夏，又回兵平定豫章（今江西南昌）、庐陵（今江西吉安）。周瑜留下来镇守巴丘。建安五年（200年），孙策遇刺身亡，临终前将权力交给弟弟孙权。周瑜奔丧还吴，以中护军的身分，与长史张昭一起辅佐孙权，共同掌管军政大事。当时孙权继承兄长孙策的官职只是会稽太守、将军，宾客礼节都很简