同宿敌刘存厚和解，共同反撃，9月吕超败北，流亡上海。
回到四川、晩年.此后，吕超作为孙文的直属部下，负责同国民军等国内各派政治势力交涉。1923年（民国12年）5月，由于工作有功，吕超被孙文任命为大元帅府参军长。6月，孙文任命熊克武为四川讨贼军总司令，负责进攻北京政府派的杨森、刘湘，吕超任四川讨贼军第一军军长，回到四川。1924年（民国13年）3月，熊克武败北。吕超此后留在四川，参加讨伐四川督理杨森的作战。1926年（民国15年）11月，吕超被国民政府任命为四川宣慰使，唿应北伐。