后的长期战争，包括明末大规模民变和清军入关，至清初整个中国南北皆成废墟。长年的战争直到顺治末、康熙初年才基本平定下来。康熙帝亲政后，革除弊政，并开始采取一系列与民休息的政策，社会经济逐渐恢复，为后来的康雍干盛世打下了基础。明清易代时所爆发的入关战争，清朝以12万的兵力入关，袭卷整个华北和华南。清人赵烈文曾表示：“国初创业太易，诛戮太重，所以有天下者太巧。天道难知，善恶不相掩，后君之德泽，未足恃也。”。
参见.明末清初屠杀事件