康隆担任日本科幻小说作家俱乐部事务局长，创设日本SF大奖。1990年代，筒井康隆出版《文学部唯野教授》、《清晨的加斯巴》（获得1992年日本SF大赏）等作品，引起许多话题。筒井康隆在连载《涂口红的残像》、《文学部唯野教授》时因胃穿孔入院，并因此接触到德国哲学家马丁·海德格尔的思想，对于之后的作品产生许多影响。1993年、角川书店发行的高中国语教科书收录筒井康隆作品《无人警察》，其有关癫痫描述受到日本癫痫协会抗议。之后筒井康隆接到许多骚扰电话与信件。角川书店之后擅自删除《无人警察》、筒井康隆于是在月刊