5年9月，他调任中国科学院华东分院院长兼党委书记。文化大革命期间，1966年8月，康生、江青挑起“六十一人叛徒集团案”，意图打击刘少奇一派干部。同年11月，南下的南开大学、吉林师范大学红卫兵及长春一汽的造反派先后找到赵明新纠缠此事，当时华东局书记处书记魏文伯为此解释。1967年一月风暴后，张春桥支持中科院华东分院各造反派夺权，赵明新首当其冲。但因他身患糖尿病、冠心病、高血压等疾病，被批斗入医院。1月14日，“革命造反团”强迫医生开具出院证明，并扔毁他必须的救命药物，关押在华东分院七号楼。随后他的身体急转直下