水质管制区，以管制污水排放。因驳错渠而排入雨水渠的大量废水，都经纠正而导入污水渠。因此而减少的污染量约等于9万人所产生的家庭污水。1993年5月，政府立法管制化学废物。之后每日自区内收集约3公吨的化学废物，作适当处理及处置。区内市民亦鼎力协助，特别是屯门区议会于1992年成立的《改善屯门河水质工作小组》，对提高区内市民环保意识和协调政府资源方面发挥了重大作用。总加起来，这些管制措施已将污染量减少89%。尚未清除的污染主要来自屯门市镇边缘尚未铺设污水渠的乡村。村屋的厕所一般设有化粪池，可是厨房及洗澡用水则