出任浙江省政府委员，蔡元培、马寅初等北京大学教授被逐出浙江省政府。马寅初乃任教于杭州财务学校，并兼任上海浙江兴业银行总稽核。1928年（民国17年）10月，马寅初成为立法院立法委员。翌年，当选立法院经济委员会委员长、财政委员会委员长。他还兼任南京国立中央大学、金陵大学、上海国立交通大学经济学教授。1931年（民国20年）九一八事变爆发后，马寅初发表《长期抵抗之准备》一文，批判蒋介石的「不抵抗政策」、攘外安内政策。同年，马寅初任南开大学商学院董事。1934年（民国23年），针对引发物价大混乱及对外金融政策