企业的政策始终没有发生变化，没能引导企业的利益结构发生变化，因此“三来一补”的企业结构显现出越来越多的问题，逐渐不适应中国大陆加入WTO后的发展。例如：
中国大陆首家“三来一补”企业之争.多年来，广东省东莞市虎门镇太平手袋厂和顺德市容奇镇（现佛山市顺德区容桂街道）大进制衣厂在争夺全国首家“三来一补”企业称号。太平手袋厂于2007年5月底被拆除，而大进制衣厂早在1999年被拆除。东莞方面的说法是，太平手袋厂曾在广东省省级工商部门注册，并获得工商部门颁发的第一个“三来一补”企业牌照