入长江。紫金山及其横贯南京城的余脉为城内水系的分水岭，南侧的青溪、珍珠河、进香河等汇入内秦淮河，北侧的金川河水系与玄武湖水系相通。南京城西面原为古长江河道，现在的莫愁湖、南湖等就是古长江北移留下的遗迹。南京其他重要的水体还包括从六合区流过的滁河、高淳的固城湖、溧水的石臼湖等。
气候.南京属于较典型的北亚热带季风气候，虽然离东海只有300公里，气候的海洋性特征却不明显。南京近地受冬、夏季风交替影响，四季变化分明，冬夏温差较大。南京降水丰富，年平均降雨117天，年平均降水量1106.5