年1月6日），大司马桓温废黜晋废帝为东海王，率百官到会稽王府奉迎司马昱，司马昱即日即位为帝，是为晋简文帝，改元咸安。桓温及后就写了讲辞，打算向司马昱陈述自己废立的本意，但司马昱每接见他都不停流泪，如此令桓温恐惧，居然不能说一句话。司马昱的哥哥武陵王司马晞有军事才干，被桓温所忌。废立不久，桓温就诬陷司马晞谋反将其免官，及后更逼令新蔡王司马晃自诬与司马晞及庾倩等人谋反，以求翦灭陈郡殷氏和颖川庾氏在朝中的势力。随后桓温指示御史中丞司马恬奏请司马昱依律法处死司马晞，司马昱不肯，下令再作详细议论。桓温再次上奏求诛