东教授担任首任校长。1966年崇真会（巴色差会）亦将其乐育神学院併入；而乐育神学院历史悠久，设自1864年宝安县之李朗（今深圳市龙岗区），曾数易院址，在1955年设校于西贡。当时之崇基神学院乃由中华基督教会、循道公会、圣公会、卫理公会、潮语浸信会及崇真会共同支持，其校董会亦由各合作教会之代表所组成，并计划在崇基学院内兴建神学楼。1968年，崇基神学院改制。神学训练工作转由新设立于崇基学院内之神学组办理，成为「崇基学院哲宗系」（1977年改为「中大宗教系」，又于2004年发展为「文化及宗教研究系」）之