大会主席团提请大会决定任命，不集会时只设置代理秘书长，由政府任命；国民大会设议长后，秘书长改为常任制，1997年至2001年，秘书长改由国民大会议长遴选；2001年后，秘书长又改于开会期间由大会主席团遴选。2003年，国民大会未集会期间之业务依法移交至立法院，秘书处和秘书长改于任务型国民大会集会时临时设立。历任秘书长除洪兰友外在任职时均爲国大代表。
主席团与议长.第一届、第二届国民大会採「主席团制」，集会时由代表互选主席若干人组成主席团，主席团主席轮流主持会议。依1994年《中华民国