私下祭奉郑成功，称为大王爷、开山王，且名以“开山庙”（台南市开山路上），以掩官吏耳目。沈葆桢抵台之后，台湾进士杨士芳等禀称，可否奏请追谥郑成功，并准予建祠；台湾道道员、台湾知府等官员亦表赞同，沈葆桢也认为有其必要，据以上奏，清廷准其奏请，在台湾府城建专祠，并谥“忠节”，以彰义忠。之后建祠于府城，以南明诸臣114人配享，春秋两季加以祭祀。沈葆桢并亲手书写对联云：“开万古得未曾有之奇，洪荒留此山川，作遗民世界；极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。”
两江总督