92年6月3日）开始编纂，延喜元年8月2日（901年9月22日）完成奏上。如所记属实，则菅原道真奏上《类聚国史》时，《日本三代实录》尚未修撰；而《日本三代实录》成书前，菅原道真已于昌泰4年1月25日（901年2月21日）迁任大宰权帅，亦不及见书成。所以江户时代伴信友主张，菅原道真所编部分只有五国史，因此仅百卷，而《日本三代实录》的条文，则是后人所增修。但是坂本太郎认为，由现存《类聚国史》部类所见，援引《日本三代实录》的条文与其他五国史的体例一致，不类出自他人之手。且五国史合计140卷，而《日本三代实录》