1926年时最早进行重建的校舍完工，而本馆与讲堂则分别在之后的1928年与1931年完工。由于该校的学生多半是台湾籍，所以在二次大战结束后校务依然仍维持进行，至于以日本籍学生居多的「台南州立第一中学校」（今台南二中）则陷入校务停摆的状态。而在日本与中华民国之间的过渡期，该校是由身为教职员的台湾名画家廖继春在无派任的情况下担任代理校长，此外在其担任代理期间，也积极维护校产并将一些日人不动产争取到南一中。之后在进入民国时期后，该校改名为「台湾省立台南第一中学」，后改为高级中学，精省后改为国立台南第一高级中学