对其死因进行了第二次调查，最终结论是“意外事故”，但不排除谋杀的可能。1989年天鹅绒革命后，过渡政府又进行了第三次调查，这一次则认为是一场精心策划的谋杀案。一位俄罗斯记者证实了这一结果，他母亲知道这件事是苏联情报人员干的。2006年，叛逃美国的前罗马尼亚秘密警察扬·米哈伊·帕切帕披露，罗共领导人尼古拉·齐奥塞斯库曾经告诉过他克里姆林宫的领导人暗杀计划，其中就有扬·马萨里克的名字。由于以上均是间接证据，因此扬·马萨里克死亡事件至今仍然是未解之谜。