举为总干事，于11月9日获得世界卫生大会通过，成为该组织成立58年来首位担任该职的香港人，陈冯富珍在当选时身处加拿大与家人团聚。其任期由2007年1月4日起至2012年6月30日，任期为5年半，比较历任总干事多半年任期，年薪217,945美元。香港学者沈旭晖在《Pacific Affairs》分析，中国提名陈冯富珍参选世界卫生组织总干事，是中国通过借用香港身份服务中国外交的做法，也构成了香港人正规参与国际的先例。
世界卫生组织总干事.于2009年发表的福布斯世界百名权威女性榜上，陈