农业恶化说、瘟疫说及社会资源耗尽说。有关良渚文化的去向，主要有两种观点，一说认为在本地发展为马桥文化，一说认为良渚文化已消亡，主体向外迁移。第一种观点指出马桥文化的生产工具，仍有良渚文化常见的石镰和有段石锛，其陶器也和良渚黑陶有相似之处。根据DNA遗传学研究结果，良渚文化和马桥文化遗传结构有明显的继承性和一致性，表明当地只有政治结构的解体，而不是民族的消亡，马桥文化与良渚文化的差异，可以理解为文化性质的突变。由于以肩头弄为代表的文化涌入，形成一种全新文化融合和取代了良渚文化。良渚文化投入过多劳力于浩大工