召为左庶子。当时太子朱常洛缺讲官，郭正域和张位推荐叶向高接任，但沈一贯以闽人不得作讲官为由反对。不久首辅赵志皋直接奏请叶向高接任太子侍班官，为台江讲解对句、书法和字意，太子颇喜叶向高的讲解，但沈一贯从此对叶更为不满。
任职南京.万历二十四年（1596年）起，为增加财政收入，明神宗陆续派出太监为矿监、税使，到各地“开矿榷税”，此举损害了工商业集团利益，且所派税使常搜括钱财作威作福，激起多次民变。叶向高甚为关注矿税问题，他上疏举汉灵帝开西邸卖官获钱的例子以反对矿税，请求罢免激起民变的辽