南龟被归类于副爬行动物演化支，不再被认为与杯龙目、现代乌龟有接近亲缘关系。在2008年的一个种系发生学研究，提出正南龟是米勒古蜥的姐妹分类单元，而将正南龟改归类于米勒古蜥科。近年数个研究根据基因、种系发生学证据，提出乌龟可能也属于双孔亚纲，因此跟现代蜥蜴、蛇、鳄鱼、鸟类是近亲，而与史前无孔亚纲、副爬行动物的关系较远。在2010年的一个种系发生学研究，再次提出正南龟是现代乌龟的原始祖先。根据这个分类研究，二叠纪中期的正南龟、三叠纪晚期的原颌龟都被归类于相同演化支，将造成龟鳖目不属于双孔亚纲，属于原本的无孔