继承者郑经放弃福建部分领土，废东都名称而改为东宁，承天府所属两县升格为州，并增添澎湖、南路与北路三个安抚司。万年县因此而改称万年州，并设有南路安抚司。1683年，清朝将领施琅攻下台湾，废除明郑的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗县、台湾县、凤山县三县，原万年县辖区被分为台湾县与凤山县。
次级行政区划.万年县底下有十一个里，分布在今台南市与高雄市，十一个里分别是：文贤里、仁和里、永宁里、新昌里、仁德里、依仁里、崇德里、长治里、维新里、嘉祥里、仁寿里。台