收费亦不是根据路程长短而定，票价的高低亦同时取决于乘车等级以及是否涉及合併前的不同网络。一般而言，乘客不能以所乘搭的距离越长，收费就会越高的常理推断车资，在一些情况下，更有短程较长程贵的现象出现。此外，一些同地区但合併前属不同网络之车站（如奥运站与旺角站与旺角东站、荃湾站与荃湾西站、九龙站与柯士甸站与佐敦站与红磡站等），其收费存在明显不合理差异，最高可相差超过5元。这是因为在计费时没有考虑同区因素所致。一般来说涉及不同网络的车程，票价会较高。虽然单程票经营成本比电子收费更高，但港铁利用大多市民已经习