到文化大革命，还有人提起此事，企图从政治上打垮侯仁之。
文革遭遇.文化大革命爆发后，侯仁之受到批斗，罪名是“三家村干将”，因为他曾为吴晗主编的地理小丛书撰写了其中的《徐霞客》与《历史上的北京城》。后来，他又因反对北京大学掌权的聂元梓，被打成“反革命”而停职审查。季羡林回忆称：1969年夏，侯仁之被下放到江西鲤鱼洲的北京大学五七干校接受劳动改造两年，该地区是严重的血吸虫病发病区，侯仁之等人在此从事繁重的体力劳动。在鲤鱼洲，侯仁之先后参加了筑堤抗洪，插秧、育秧，打场、割稻等各项劳动。