动到现的位置成为日本列岛的一部分。也由于石灰石岩层是由3亿多年前海底的生物遗骸大量堆积而形成，秋吉台的地层中也发现大量该时其古生物包括：纺锤虫、珊瑚、外肛动物、菊石、三叶虫的化石。秋吉台在约2,000万年前被挤压推升成为陆地，到约500万年前的新近纪，已经成为海拔高度约600公尺的平原；此后由于遭到河川的侵蚀，此区域逐渐被切割为台地地形，同时也造成地表的石灰石岩层遭到溶食，开始产生喀斯特地形，地面下也开始出现钟乳石洞。这时期由于尔偶会有动物进入钟乳洞，或是跌落洞穴中，洞穴内除了与外界隔绝，又由于