与自然变异遗传并不相容一样。继德堪多、洪堡及达尔文之后，华莱士为动物地理学作出了巨大贡献。由于他对蜕变假说的兴趣，他对几乎同类的物种分布特别关注。他起初在南美进行了这一领域的研究，而后又到了马来群岛。他在马来群岛发现了着名的华莱士线, 这条线穿越摩鹿加群岛将整个群岛的动物区系分成了亚洲区和新几内亚/澳大利亚区。他提出了一个重要的问题，为什么相似气候的群岛上的动物会有如此大的区别，这只能从它们的起源来回答。1876年，他发表了《动物的地理分布》（"The geographical distribution