上湖中部的湖崃妨碍两边的咸淡湖水交流，故形成独有的咸淡分湖的情况。
目前境况.随着中亚地区和新疆的工业和农业和城市化发展，中亚地区的用水量日增。包括咸海和巴尔喀什湖都严重受到「灭湖」的威胁。巴尔喀什湖湖水受到哈萨克斯坦的工业严重污染。