基酸序列及相似的核心结构，但却有着不同的特征。这些不同的组织蛋白通常带着染色质的特别功能，就如与H3相似的CenpA是唯一的组织蛋白与染色体的着丝点联合；H2A的异构体H2A.Z是与活性转录基因联合与涉及在异染色体的形成；另一个H2A异构体H2A.X以双链断裂与DNA结合，并进行DNA修复。
H1.组织蛋白H1有着一个中央球状结构域及长的C与N端尾巴，能将小珠子串结构围成30纳米大小的螺线管结构。对比其他种类的组织蛋白，H1的数量只为其他的一半。这是因为它不是构成核小体部份，而只是