因丁忧去职。干隆七年（1742年）任台湾府海防补盗同知，任内修筑五妃墓，并在坟前建庙祭祀，后人多称「五妃庙」，干隆十二年（1747年）因政绩颇佳，升任台湾府知府，两年后护理福建分巡台湾道。翌年，在返闽叙职当中，船只遭台风在福清南日岛倾覆，方邦基遇难。朝廷追赠朝议大夫、布政使司参议，赐祭葬。