钚反应堆的部分工程。钚项目在1943年7月遭遇了重大危机。埃米利奥·塞格雷发现橡树岭的X-10石墨反应堆产生的钚含有大量的。这种同位素会发生自发裂变，不能用于。奥本海默的洛斯阿拉莫斯实验室承接了设计制造内爆型核武器的任务。康普顿1944年9月到达汉福德区，监看反应堆运行的启动。第一批铀锭在该年的十一月注入B反应堆。反应堆产生的钚从1945年2月开始运往洛斯阿拉莫斯。康普顿在战争期间一直是首要的科学顾问与管理者。1945年，他与劳伦斯、奥本海默以及费米是一个科学小组的成员。该小组建议在军事上使用原子弹轰