水亭各1座站。1937年昆山站在侵华战争中被摧毁。1940年昆山站重建，增建站台和天桥各1座。1949年后车站经过初步扩建，达到了二台五线的规模，同时设有389平方米旅客候车大厅。昆山站原为上海铁路局的直属站。2003年12月苏州车务段撤销后，沪宁铁路至安亭区间车站划归昆山直属站管辖。2005年5月16日，昆山直属站整体建制并入苏州直属站。2007年1月京沪铁路沪宁段开行动车组列车后，上海铁路局于2月7日开行昆山-T762/761、T764/763次2对早晚动车组列车，以方便在上海工作、昆山生活