共生（有些为植物的），也有些为腐生。黄羊肚菌（美味羊肚菌等）较常出现在落叶树下，而黑羊肚菌（高羊肚菌等）则较常出现针叶树下与刚发生山火等扰动的地区。与羊肚菌一起出现的的树木种类随地区而异，在欧洲与地中海地区，羊肚菌常与冷杉属、松属、杨属、榆属、栎属、浆果鹃属、栗属、桤木属、木犀榄属、苹果属与梣属等类群的植物共同出现，在北美洲西部则多与冷杉属、松属、落叶松属与黄杉属等裸子植物或河岸湿地的杨属植物共同出现。过去作为食材的羊肚菌多来自野外採集。在许多地区，採集羊肚菌是春季热门的活动，例如美国密西根州每年五月