逃入龙州，孙永清与两广总督孙士毅同时奏闻此事。孙士毅出兵安南，孙永清则驻守南宁负责粮饷的输送，在太平府设军需局，以福建延建邵道陆有仁、桂林知府查淳董治其事。1789年，黎维祈复国，孙永清送其亲族回安南，并奉命赐绸、缎、布及白金四百。因筹办粮饷之功，赏戴孔雀翎。孙士毅兵败逃归，福康安代为两广总督，二人奏称：「安南用兵，关内外支放银百万、米八万余，逐款详覈，例可用而未用，或用不及数者，以实用之数具报。如有军行紧急，略有变通。与例不符者，仍如例覈减。」谕令以实为之。秋，以广西秋审册自缓决改情实凡三案，谕责永清