延伸线等九主线三延伸线共十二条、长约200公里的捷运路网，分优先路网、第二期路网及第三期路网等三期路网方式建置，并择定绿线、蓝线为优先路网，分别以平实转运站至永华市政中心及永华市政中心至平实转运站为起讫点，预算达658亿，于2016年10月正式提报中华民国交通部审查。2017年11月正式成立「台南市政府捷运工程处筹备处」，2018年10月22日「台南市捷运工程处」正式成立。不过658亿的方案在纳入前瞻基础建设计画后受到了变更，除原先绿线的长度不变，预算为220.93亿元外；蓝线则改为推动大桥站－大同路站