踝龙也有类似的骨头结构，而其他恐龙的早期近亲没有发现这项类似特征，这显示尼亚萨龙较类似同时代的早期恐龙，而较不类似同时代的早期主龙类。
分类与演化关系.由于尼亚萨龙的化石零碎不全，很难将牠们准确地分类。目前只能确定尼亚萨龙属于主龙类，这个演化支包含现代鳄鱼、现代鸟类、恐龙、翼龙类、以及三叠纪的早期物种。在1986年，曾有研究人员提出尼亚萨龙是种原始的原蜥脚下目恐龙。之后尼亚萨龙被归类于恐龙形类的早期物种。2012年底的详细研究，提出尼亚萨龙可能属于恐龙。由于尼亚萨龙的生存年代约