留下编号1～3股检查站轨道(皆为户外且无遮蔽)，不过在2019年12月重新连接编号第4、5股检查站轨道与电车线(皆为室内空间)于2020年2月启用，之后在于2020年4月重新连接编号第8股检查站轨道(为室内空间但无架设电车线)于2020年5月启用，也是西部干线区间车的主要始发站之一，北上至基隆、南下至嘉义。在2013年的统计中新竹车站是台铁所有车站中营收排名第6名（仅次于台北、花莲、台中、台南和高雄等站）。本站为内湾线的起点站。为接驳高铁新竹站，台湾铁路管理局将内湾线新竹－竹中区间改建为双线电气化高架路