益增大而受到后白河法皇的猜忌。1179年3月，内大臣重盛因病辞职，法皇的宠臣藤原成亲即发动鹿谷事件，欲除平家。但被平清盛发现，将成亲逮捕流放。11月幽闭法皇，迁法皇于鸟羽北殿，废止了院政。在此事件中，重衡作为平家的使者，向法皇通报了藤原成亲谋反一事。治承四年（1180年）5月，以仁王与源赖政联合天下源氏，举兵反对平家。重衡被平清盛派往镇压。治承四年12月（1181年1月），重衡率军攻打支持以仁王的南都诸寺，与僧众交战，烧毁了园城寺、兴福寺、般若寺。这次事件后来被称作「南都烧讨」，被当作平家最大的恶行之一