民政府将沉香阁列为上海市文物保护单位。文化大革命期间，沉香阁被人为破坏，寺内全部佛像均遭到了人为损毁，其中也包括最主要的沉香木观音像，整座寺庙随后被工厂占用。1983年，沉香阁部分修复并开始恢复宗教活动，并于当年4月被中华人民共和国国务院确定为汉族地区佛教全国重点寺院。1989年9月，沉香阁修复委员会成立，该委员会成立后开始着手修缮沉香阁，并于当年从工厂和住户手中收回了剩余全部庙产。1991年，《上海旧城厢地段保护规划》编制完成，沉香阁及其周围50米的范围被划定为保护范围。1992年，沉香阁中的沉香观音阁、