干隆二十年（1755年），干隆二十四年（1759年）建成。清廷平定了厄鲁特蒙古准噶尔部台吉达瓦齐叛乱后，在避暑山庄为厄鲁特四部贵族封爵，干隆帝仿西藏桑鸢寺（桑耶寺、三摩耶庙）的形制建造普宁寺。干隆帝建普宁寺是效仿康熙帝解决喀尔喀蒙古问题之后在多伦诺尔建汇宗寺的做法。“普宁寺”意取边疆民族“安其居，乐其业，永永普宁”之意。六世班禅从西藏来到热河（今承德）为干隆帝祝寿时，先到普宁寺礼佛后，再到避暑山庄觐见干隆帝。清朝内外蒙古佛教领袖章嘉活佛、哲布尊丹巴活佛每来避暑山庄觐见皇帝后，必到普宁寺为喇嘛讲经。寺内还