子虫等真菌基群的物种大多寄生于其他生物的细胞中，隐真菌门的物种可寄生卵菌、藻类、变形虫或其他真菌，其模式属便是寄生于芽枝霉门的细胞内。微孢子虫则是行绝对寄生的微生物，其本身细胞结构与基因体都经过相当程度的退化，连粒线体亦失去功能，完全仰赖昆虫、甲壳类、嵴椎动物等其他动物宿主为生，从宿主细胞中获取ATP。微孢子虫也有可能感染人类，造成。有些真菌可以感染人类，造成严重的疾病，有些感染若没有受到妥善治疗甚至可能致命。真菌感染造成的疾病包括、念珠菌症、、隐球菌病、组织胞浆菌病、与等，免疫缺陷的病人特别容易受到麴