双鞭毛生物（有两个鞭毛的真核细胞）则是泛植物（植物和其近亲）、古虫界、有孔虫界和囊泡藻界等生物的祖先。
特征.
酶.单鞭毛生物中存在一个三基因的融合：与嘧啶生物合成的有关的氨甲酰磷酸合成酶Ⅱ（C）、天冬氨酸转氨甲酰酶（A）和二氢乳清酸酶（D）融合成了一个CAD基因，而这三个基因在原核生物或双鞭毛生物中是单独表达的。这必定包含有两次的融合，一对很稀少的事件，使之成为了后鞭毛生物和变形虫的共同祖先。
中心粒.汤玛斯·卡弗利尔-史密斯曾认为单