第5飞行集团于1940年12月组建。太平洋战争开战之后，参加菲律宾战役。之后于1942年转移至缅甸，同年4月，改称第5飞行师团。参加了缅甸战役的诸场作战。随着在缅甸战况的恶化，战力急转直下。1945年5月从缅甸撤退，司令部转移至金边，一部分部队撤退至西贡并在此迎来终战。