方法论和内容的哲学研究，由哲学家、化学家和哲学-化学家之多方团队共同参与。它包括对化学中的一般的科学哲学问题研究。例如，可以用量子力学来解释所有的化学现象吗？抑或化学不可能还原为物理？又例如，化学家对理论如何被证实（确认反应机理）的哲学也有过讨论。确定反应机理十分困难，因为他们不能直接观察到。化学家可以将诸多间接测量作为证据而排除某些机理，但他们往往不确定剩下的可能机理是否正确，因为可能存在许多其他机理，他们没有测试过，甚至没有想过。哲学家们也试图阐明并不指向具体物理实体的化学概念的意义，譬如化学键。S