致病真菌（英语：Pathogenic Fungi）是引起人类或其他生物产生真菌病的真菌。已知大约300种真菌对人类具有致病性。虽然真菌是真核生物，但是许多致病真菌也是微生物。对人类致病的真菌的研究称为医用真菌学（medical mycology），对植物致病的真菌和其他生物的研究被称为植物病理学。
假丝酵母属.假丝酵母属的菌种是重要的人体病源，已确知会造成免疫缺陷的宿主（如接受器官移植者、AIDS患者、癌症患者）的机会性感染。感染难以治疗且可能非常严重：30~40%的系统性感染会