用开花大炮突袭攻克达坂城，接着又连夜追击攻克托克逊，打开了大军进入南疆的门户。光绪三年五月，阿古柏被部下所杀，白彦虎向俄境逃窜。八月，清军开始追歼南疆残敌，董军任先锋，攻克喀喇沙尔。光绪三年冬天，董福祥攻克和田，收复南疆四城，“董军名震西域”，光绪帝赏黄马褂，赐号阿尔杭阿巴图鲁。光绪四年1月，新疆除伊犁外，宣告占领全境。董被叙为“战功第一”，加封云骑尉世职、进提督衔。
驻守及水利建设.光绪五年（1879年），布鲁特酋阿布都勒哈反叛，向北往库伦移动，董福祥追击，到达空谷根满地方，步兵