在本能寺之变死亡的消息，为了与毛利军达成议和，与惠琼交涉。惠琼看出秀吉必须火速赶回畿内，便提出了对毛利家有利的条件。不过惠琼也给秀吉面子，让城主清水宗治切腹。之后，他判断天下情势，开始亲近秀吉，保住了毛利家的地位，由于其出色的外交手腕，最后被分封于伊予国六万石。安国寺惠琼曾在1587年（弘治元年）时，奉丰臣秀吉之命，在严岛神社境内修筑经堂以祭奉在征战九州时阵亡的兵将，也就是今日的千叠阁。千叠阁在秀吉死时尚未完工，并且一直保持此未完工的状态直至今日。在丰臣秀吉死后的关原之战当中，请求毛利辉元加入西