主至废藩置县为止，历任生驹氏、山崎氏、京极氏。不过生驹氏是以高松城为本城领有赞岐一国的关系，将生驹氏领有时的西赞岐也称为丸龟藩似乎也不太适当，现在将当时的状况也列入丸龟藩历史的一部分，此处也包含在内。
藩政.丸龟藩为往金刀比罗宫的参道丸龟街道、多度津街道的起点所在，以进香客为目标的观光业是藩内收入的重心。幕末时因为财政逐渐紧迫，驻扎于江户的藩士们与大村藩（两藩在江户的办公室刚好是邻居）藩士们学习团扇的制作方法。返乡后以此作为副业，并将团扇当作本地土产贩卖，也因此拯救了藩内