轰萨姆特堡时，戈登仍在管理公司业务。林肯征召大军南下逼使戈登等人自愿组织反抗力量。其妻子芬妮选择紧紧跟随戈登，把孩子交予亲戚照料。
内战之始.1861年5月4日，戈登与一些自愿兵组织了一个名为Raccoon Rroughs 的军连，成员都来自山区。戈登被选为众人的领导。此军连加入了阿拉巴马第六步兵团，它是邦联军队中最大的步兵团之一。第六步兵团的另一个特点是其成员都戴上以莞熊皮造成的帽子，而非一般的灰帽。此兵团于1861年6月到达维吉尼亚州。同年冬天，戈登晋升为中校，是步兵团的指挥之