向于从既有南京站过境，从上元门经地下隧道过江的北线方案；而南京当地为发展主城区南部，提出从大胜关长江大桥过江的南线方案。虽然两种方案造价相当，但南京当地提出的南线方案并未被铁道部接受。随后南京当地政府通过各种方式说服铁道部采用南线方案，但并未成功，而京沪高速铁路项目也被暂时搁浅。但南京市规划局同时将用于预留建设南北两线的土地冻结。2003年新任铁道部部长刘志军上台后，提出了铁路“跨越式发展”，京沪高速铁路项目重新启动。铁道部发现此时因南京城北的发展，用于铁路建设的拆迁工作非常庞大；同时上元门过江的方案也