万户府为元江路。至元二十六年（1289年）降嶍峨州为嶍峨县，隶宁州；降河西州为河西县。大德五年（1301年）废休纳县入新兴州。至正末年宁州治迁今华宁县城。明洪武十五年（1382年）改澂江路为澂江府；改元江路为元江府；改临安路为临安府，徙治建水州（今建水县）。永乐四年（1406年）升元江府为元江军民府。正德六年（1511年）嶍峨县移治今峨山县城。万历十九年（1591年）改平甸县为新平县。崇祯七年（1634年）江川县移治江川驿（今江城镇）；新平县迁今新平县城。清顺治十八年（1661年）改元江军民府为元江府。