95年分为东罗马帝国和西罗马帝国，斯库皮由首都位于君士坦丁堡的东罗马帝国统治。在中世纪的早期，拜占庭和保加利亚第一帝国争夺巴尔干地区的霸权。972年至992年期间，斯科普里是保加利亚第一帝国的首都。1282年开始，斯科普里由塞尔维亚统治。1346年，塞尔维亚帝国将斯科普里设为首都。1392年，斯科普里被奥斯曼帝国征服，奥斯曼人称斯科普里为于斯屈普（"Üsküp"）。斯科普里在此之后被奥斯曼统治超过500年，是于斯屈普帕夏桑扎克的首府。之后又是科索沃州（Vilayet of Kosovo）的首府。在这一期间，