袁世凯十分痛恨应德闳。不久，袁世凯借一桩公债案查办应德闳。应德闳被平政院传到北京后，被安排在白庙胡同的大同公寓居住。公寓门口每天都有一名警察站岗，应德闳从而失去了出入的自由。应德闳的通信也受检查，信件只能偶尔托马叙伦带出公寓到东交民巷的邮政局发出，因为东交民巷使馆区内的信件是不受检查的，而应德闳是马叙伦长辈的旧交，所以他们的来往也未引起袁世凯的怀疑。1913年9月6日，袁世凯下令免去应德闳的江苏省民政长一职。此后，应德闳在上海隐居，不再做官。1919年，应德闳逝世，享年42岁。应德闳的墓地在翁家山。