西外交部怀疑敌对当地共和政权，而被暂时停职。没有工资的他被迫依靠贷款维持生计，辗转回到了葡萄牙。1921年，他又被分配到了葡萄牙驻旧金山领事馆。在此期间，他帮助了加州大学伯克利分校建立了葡萄牙语研究项目。1923年，他坚持要求符合条件的签证申请人为葡萄牙慈善机构捐款，这激怒了一些葡萄牙裔美国人，甚至举行了抗议活动。最终，美国国务院决定取消他的领事执法资格，这使他无法在旧金山使馆继续工作。1926年5月28日，葡萄牙发生军事政变，共和国统治被推翻，萨拉查军事独裁政权建立。门德斯开始支持新政权，并被重新得到