武昌南湖的炮兵营随即发动起义，但全营覆灭。6月25日，黎元洪将被捕的起义联络员就地处决，6月26日会同汉口德租界巡捕破坏了起义机关，在汉口德租界日本人开办的富贵馆（宝贵旅馆）拘留了宁调元、熊越山等人，7月5日引渡至武昌军法局。在日本人的帮助下，吴醒汉、詹大悲、季雨霖、蔡济民、蒋翊武等分别逃往上海、湖南。7月12日，李烈钧在江西湖口宣告独立，“二次革命”爆发。8月4日，袁世凯下令将宁调元“在鄂就近讯明，按法惩办”。9月25日，宁调元、熊越山以“内乱罪”被处决于武昌抱冰堂，宁调元年仅30岁。后来宁调元归葬家乡醴