桓玄，司马道子获授侍中、太傅，并将骠骑将军府中幕僚都移到太傅府。不过桓玄顺江南下抵抗，击败了司马尚之，刘牢之又背叛了司马元显，令司马元显兵众溃败。司马元显随后问计于司马道子，但司马道子唯有对其哭泣。桓玄随后掌握朝政，杀司马元显及其党羽，又流放司马道子到安成郡。至同年十二月庚申日（403年2月3日），被守衞司马道子的御史杜竹林因桓玄的指示以毒酒杀死司马道子，享年三十九岁。晋安帝闻讯在西堂为其哭丧三日。元兴三年（404年），桓玄因刘裕起兵而败死，时大将军司马遵总摄万机，追尊司马道子丞相，并派司马珣之到安成郡