前168年由罗马帝国占领。455年时东哥特人将该地区占领，6世纪时东哥特人被拜占庭击败，现波士尼亚与赫塞哥维纳南部地区一度成为拜占庭帝国的一部分。阿瓦尔人于6世纪和7世纪时开始入侵，塞尔维亚人和克罗地亚人也相继进入巴尔干半岛。在接下来的几个世纪内，波斯尼亚以及黑塞哥维那地区多次分属周围的各个国家。1377年时特弗尔特科·科特罗曼尼奇（）建立了一个独立的波斯尼亚王国，但1463年时奥斯曼帝国入侵，波斯尼亚被奥斯曼帝国所併吞。在奥斯曼帝国统治时期，以武力、宗教人头税等方式迫害当地塞尔维亚人和克罗地亚人。