对美国国家情报评估文件本身进行调查，另一项则是针对弹道导弹威胁展开一轮新的调查。这一过程也被高度政治化，委员会中来自加利福尼亚州的民主党众议员指责其决策过程太大程度上依赖外来专家，许多被委员会传唤到现场作证的证人实际上都是导弹防御系统的坚定支持者。前中央情报总监、之后将成为国防部长的罗伯特·盖茨进行了第一项审核，他得出的结论认为有证据显示美国国家情报评估所采用的情报分析方法存在欠完善的地方。这一结论再次激怒了导弹防御系统的支持者，他们原本期望这次审核可以得出有利于自己论点的结论。
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