区唿伦贝尔盟委党校工作。1965年5月加入中国共产党。此后，他历任唿伦贝尔盟革委会办公室干事，宣传部科长，西新巴旗阿镇镇委书记，唿伦贝尔盟委党校副校长，唿伦贝尔盟委副秘书长、代秘书长，秘书长、盟委常委，盟委副书记、书记等职。1989年，陈奎元进入中共内蒙古自治区党委常委，并且兼任自治区高校工委书记；1991年又出任内蒙古自治区人民政府副主席。1992年1月，调任西藏自治区党委副书记；同年11月，接替胡锦涛出任西藏自治区党委书记。陈奎元在西藏待了八年。2000年，他被调任河南省委书记。2003年1月，上调