。玩家在某些预设的段落中须选择行为选项，对话框的下一段文本在做出选择前并不能够显示。一些选项可能会令游戏提早结束，另一些则会改变结局。玩家必须反覆载入选项页面并选择不同的选项，才能够观览存于不同路线的剧情。《妹天堂！3》拥有7个不同的结局，其中更包括后宫结局。整部游戏的色情场景达50个以上，角色在当中会进行的性活动包括手交、口交，以及性交。
故事.在学校放暑假的时候，父母因为工作出差而不在家，所以七瀬祐一跟妹妹们一同留守在家。原本想与妹妹们好好相处的祐一，却反而被妹妹们展开积极