生物化学中研究得最为透彻的部分之一。
成分.
亲核体.侧链上的亲核残基可共价催化底物。氧或硫上的孤对电子会进攻正电的羰基碳。20种天然生物氨基酸没有足够的亲核性官能团以催化许多困难的反应。最常见的亲核体是丝氨酸的醇（OH）和半胱氨酸的硫醇/硫醇盐离子（SH/S）。在三联体中嵌入亲核体提高了它的催化活性。一些蛋白酶采用的是苏氨酸的仲醇，然而由于额外甲基的缘故，这些蛋白酶使用N端氨基附近的一个水分子作为碱，而不是一个单独的氨基酸。
碱.由