。在有新生儿筛检之前，只有不到一半，较严重的甲状腺机能低下症会在出生后头一个月内被发现。随着时间的过去，这些婴儿会成长不良，并发育迟缓。几年之后，即会显现出克汀病的脸部及身体特征。持续严重的甲状腺机能低下症而不去治疗，会导致严重的心理障碍，大多数人的智商会低于80。
预后.大多数患有先天性甲状腺机能低下症的初生婴孩，若能正确给予甲状腺素治疗，在各方面都可以得到正常的成长和发育。即使是那些出生时没有甲状腺及检测不到甲状腺素的孩童，也可以有正常的智能发育，虽然一些在学业成绩上会低于