工事宜，有大理寺卿边声廷不能奏对，託词耳蔽，应照才力不及例，降二级调用」。从之。康熙二十九年（1690年），任左都御史的马齐与理藩院尚书阿喇尼一起列位议政大臣。十月，署理兵部尚书。十一月，兼任署理理藩院尚书事务。康熙三十年（1691年）正月，授兵部尚书。三月，下诏安抚喀尔喀于沿边内外，避噶尔丹劫掠。马齐同侍郎布彦图等先往调集左右翼部长至上都河、额尔屯河两界中，候上亲行抚绥。四月，驾临阅视，命详定喀尔喀次第宴赉之，寻议喀尔喀诸王、贝子、公等为九等，分别坐次礼仪以进。五月，外藩阿巴噶部台吉奔塔尔首告乌珠