氏之子足利直冬也起兵反抗足利尊氏，最终还是北朝获得了胜利。室町幕府前两代将军主要着力于国内战乱、平衡各地守护的势力。到了足利义满时，他进一步削弱势力过于强大的地方势力，例如山名氏，室町幕府的统治得到巩固。足利义满不仅担任征夷大将军，还兼任了公家顶级官职太政大臣。足利义满时期，室町幕府的行政机构也大体形成，大体上沿袭了鎌仓幕府的形式。管领主要辅佐将军职务。其中，政所主要管理财政，侍所则负责京都内外警卫和刑事裁决。管领由细川氏、斯波氏和畠山氏轮流担任，是为“三管领”，而侍所长官则由赤松氏、一色氏、山名氏和京