各沿海各地建置卫所驻防，也拟定大量建造海舟，按籍抽兵，派兵巡海等计画。朱元璋为彻底杜绝国人与倭寇私下勾结，更于洪武二十年（1387年）厉行「墟地徙民」政策，将浙江、福建、广东沿海三地的濒海或者近海诸岛上的居民强迫迁入内地居住，岛屿百姓全数净空（包括原住彭湖岛居民，福建唯二没被执行「墟地徙民」的岛屿是金门屿和厦门屿），佈置如指挥卫、砦垒、弓兵所、水寨等海防措施。明代军制为「卫所兵制」；州、县级设「所」，而府级设「卫」，一卫大致为5600人，另有千户所（1200人）和百户所（120人）之编制，每百户所设「总