舰队司令长官.雷伊泰湾之役后，第三舰队与第一机动舰队解散，小泽转任军令部次长，兼海军大学校长。1945年5月29日，以海军中将官阶就任联合舰队司令长官，并成为最后一任司令长官。小泽并在日本投降时严厉禁止部属自杀，他说：「你们不可以死！大西泷治郎切腹，宇垣缠飞进沖绳的海里，大家都这么乱搞，那么谁来负这些责任？」
晚年.第二次大战结束后，小泽就在东京市的世田谷区自宅隐居，不愿回顾战时的记录并拒绝了半藤一利对他的参访取材，因为他认为在他的指挥下，有太多的部下战死，对此感到相当后悔与愧疚