地方士绅发起募捐重建妈祖庙，并定名为花莲慈天宫。花莲慈天宫奉祀的妈祖系自北港妈祖分身而来。2006年，北港朝天宫正式分灵给花莲慈天宫，从此花莲慈天宫不必再请妈祖和送妈祖回銮。除了妈祖之外，花莲慈天宫亦祭祀观世音菩萨、千里眼、顺风耳、十八罗汉、福德正神、註生娘娘等神明。花莲慈天宫是花莲市历史最悠久的妈祖庙，后来许多新建的妈祖庙大都由此分香出去奉祀，为别于新庙，当地民众都以「老妈祖庙」相称，显见与居民的特殊情感。