堂贯彻佐幕的态度、让对于尊皇攘夷持有好感的藏太因此脱离土佐藩而逃到长州藩、并且还参加长州的尊皇攘夷运动。然后成为长州军的游撃队参谋、1863年5月10日指挥对美国船只的砲撃。之后、由于天诛组的反乱使得他参加的天诛组壊灭而潜伏于京都、1864年长州藩发动禁门之变、于是他指挥长州军的忠勇队而有活跃的表现。不过无论如何，内藏太都确实倾向于尊皇攘夷、还展开各种活动。1865年、坂本龙马创立龟山社中、内藏太入社并且和龙马一起尽力于海军的创设。不过1866年、从长崎到萨摩藩的小型帆船・Wild Wave号在回航途中