在公元1240年又遭到蒙古帝国的入侵，教堂受到破坏。教堂所经历的的最严重的一次破坏是在十六世纪，当时波兰和乌克兰正准备试图将天主教和东正教教堂合并，此后，教堂几乎沦为废墟。公元1595-96年，索菲亚教堂被划归乌克兰希腊礼天主教会所有，直到1633年被摩尔多瓦正教会都主教彼得·莫吉拉索要回，并且主持了教堂的修复工作，其建筑有着明显的乌克兰巴洛克式风格，内部则保持了以前的拜占庭式装璜。1917年俄罗斯革命后，在1920年苏联反宗教大运动期间，在一些科学家和历史学家的努力下，教堂从毁灭的边缘被拯救回来。然而，