998年第八届党主席选举以来所举办的第六次党员直选党主席。选举方式採用直接、平等、无记名、单记、相对多数投票制度。在当年年底，即将举行中华民国直辖市市长选举。该次选举共有两位参选人，依抽签顺序分别为：前任台北县县长尤清、以及寻求连任的时任民进党主席蔡英文。民主进步党于5月23日晚间宣布开票结果，蔡英文以历届最高的78,192票胜出，当选民主进步党第13届党主席，得票率高达90.29%；尤清则获得8,406票，得票率9.71%。蔡英文并于同年5月25日宣誓就职，成为民进党创党以来第三位争取连任成功的党主席