长出守广陵。
生平.檀祗兄弟世居京口，因年幼丧父，都由堂叔檀凭之抚养成人。檀祗年轻时就当北府将领、辅国将军孙无终的参军，并随孙无终参与讨平孙恩之乱，屡有战功。后转任龙骧将军王诞的参军。元兴三年（404年），檀祗参与刘裕领导的讨伐桓玄起事，并随其攻克京口，参刘裕建武军事。刘裕大军在进攻建康时于罗落桥与桓玄所派军队大战，虽然刘裕击败桓玄军，但檀凭之却战死，檀祗于是接管其所领军队。刘裕随后直取建康，桓玄弃城西走江州，刘裕在攻取建康后获推为镇军将军、徐州刺史，檀祗随转参镇军军事，并加号振武