徐道覆在大雷败后退守始兴，怀玉受刘藩命进攻，舍身奋战之下很快就攻下始兴，杀徐道覆。接着孟怀玉仍参与追讨卢循。至同年卢循为交州刺史杜慧度所杀，乱事平定，孟怀玉因功获加封阳丰县男，食邑二百五十户。后转太尉谘议参军、征虏将军。义煕八年（412年），怀玉转任江州刺史，不久加督江州豫州之西阳新蔡汝南颍川司州之弘农扬州之松滋六郡诸军事、南中郎将。义熙十年（414年），因刘裕不满荆州刺史司马休之处理司马文思的手法而命怀玉作出防备，并在次年加持节，准备出兵讨伐。不过，其年孟怀玉父亲去世，丁忧期间哀痛患病，曾上请解任未获允许