1896年（明治29年）、长南年惠二度遭到逮捕，于山形县监狱鹤冈支署居留一星期。1900年（明治33年）、长南年惠三度遭到逮捕。12月12日、神户地方裁判所对于她进行再审。长南年惠将检察官交予的密封空瓶聚满神水，法官最终判决她无罪释放, 最后神水被检察官带走。1907年（明治40年）10月29日），长南年惠逝世。于2006年11月3日，为了纪念长南年惠逝世一百週年，鹤冈市举办了「长南年惠100年祭」。