厅调到生产技术司任司长。1961年2月，石油部党组决定成立松辽石油加工会战领导小组，他被任命组长，率工作组进驻石油七厂，直接组织领导大会战。1964年秋，他被派到兰州炼油厂搞四清运动。是年底，他被任命为石油工业部副部长。1980年8月，发生了渤二事件，康世恩受到记大过处分。1982年，孙晓风给胡耀邦写信，建议党中央撤销对康世恩的处分。1983年7月，中国石油化工总公司成立。孙晓风时年66岁，从副部长退居二线，担任石油部顾问。同时，国务院任命他为中国石油化工总公司副董事长。1987年，中央决定各部委取消顾问制