「右上左下」（与观塘线延线及屯马线（大围 - 土瓜湾段）相同），有别于港铁大部分线路的行车方向「左上右下」，原因是当年九铁兴建马铁时需要迁就大围站设计，方便乘客于大围站下车后通过连接桥以最短距离到达东铁线往红磡方向的月台。然而，如果要转乘东铁线往罗湖／落马洲方向，或由东铁线转乘马鞍山线列车，则得要使用扶手电梯或升降机前往下层大堂，然后再经大堂前往。
收费.
单程票及八达通.马鞍山线主要以分区作为收费模式，乌溪沙站至大水坑站为其中一个收费区，石门站至车公庙站为另