务有货柜运输、一般货运（平板拖卡）及牲口运输，来往远至乌鲁木齐的大陆城市。1994年12月15日起，九铁更与中国铁道部开办郑州至红磡的铁路货柜运辆服务。至1995年，乌鲁木齐、兰州、西安、洛阳、郑州、武汉及石家庄七个内地城市均有货柜列车直达香港。在上水屠房运作以前，载着生猪的列车（俗称「猪车」）经过车站时留下的气味是不少人的童年回忆。两铁合併后，货运服务已交由港铁负责经营，但由于需求下降，港铁已于2010年6月16日起停办货运列车业务 （附港铁有关通告）。来往中国大陆的平邮邮件亦是由位于红磡货场旁边