等省设有土司，分为宣慰司、宣抚司、招讨司、安抚司和长官司（长官为武职），与土府、土州、土县（长官为文职）。土司的长官以当地各族头人充任，可以世袭，由朝廷或地方官府颁给印信，归所在地方之督抚、驻扎大臣管辖。宣慰等司的长官隶属于兵部、土知府、土知州等官隶属于吏部。雍正年间，云南、贵州、广西等省的土司开始改行流官制，史称“改土归流”。光绪、宣统之际，赵尔丰出任川滇边务大臣，四川西部的藏人土司、西藏东部的宗也开始改土归流。
东三省.中国东北为清朝「龙兴之地」。顺治年间入关后，以驻防八旗留守