斯椿等挑衅结仇，高欢即将定谋向内讨伐，以晋阳为根本，召高琛留掌后方事务，以为并、肆、汾大行台仆射，统领六州九酋长大都督，高欢相府政事皆由高琛悉数决定。东魏天平年间（534年－537年），除御史中尉，高琛正色纠弹，无所回避，远近肃然。其后因与高欢爱妾小尔朱氏私通，被高欢当场捉住杖打致死。当时只有二十三岁。朝廷赠使持节、侍中、都督冀、定、沧、瀛、幽、殷、并、肆、云、朔十州诸军事、骠骑大将军、冀州刺史、太尉、尚书令，谥号为「贞平」。其子高叡继嗣。北齐天统三年（567年），武成帝高湛以高叡功高，追赠高琛为赵