2015年度市财政收入2,117亿日元，支出2,063亿日元。长崎市财政收入结构中市税比例较低，人均市税收入在45个中核市中位列41位，显示长崎市财政状况劣于中核市平均水准。中华人民共和国在长崎设有总领事馆，是长崎唯一的外国领事馆。此外法国、荷兰、葡萄牙在长崎有名誉领事馆。
经济.2011年度，长崎市市内生产总值有15,366亿日元，佔长崎县总量的三分之一以上。
第一产业.第一产业佔长崎市经济总量的0.7%，这一数字只有长崎县的四分之一，也低于日本平均值