1937年，应云南省主席龙云之邀，担任云南大学校长至1949年。其间该校在极其艰难的条件下惨淡经营获得重大发展，成为中国着名大学之一。1945年国民党六大召开前夕，列入朱家骅与陈立夫联名向蒋介石推荐的98名“最优秀教授党员”之一。1947年他在原籍云南省弥勒县当选为第一届国民大会代表。1949年6月，前往法国。同年9月，熊庆来随梅贻琦团长赴巴黎出席联合国教科文组织第四次大会，会议结束后暂留巴黎作研究工作。1951年其患中风，右手瘫痪，遂练习用左手写字，并继续在法国从事数学研究工作至1957年。1