在1992年至1996年的皇马期间，萨莫拉诺赢得过联赛，西班牙国王杯，西班牙超级杯和欧洲超级杯的冠军荣誉。1995年在主教练豪尔赫·巴尔达诺的带领下，萨莫拉诺帮助皇马取得了西甲联赛的头衔，并且在联赛中射入了27个进球，在和死敌巴塞罗那的比赛中更是上演了帽子戏法，随后萨莫拉诺荣登当届的西甲联赛赛季最佳射手称号。在这些年中他和组织型前锋米歇尔·劳德鲁普形成了非常富有效率的进攻搭档。在他总共为皇马出赛的137场比赛中总共射入77个进球。在1992-93赛季和1994-95赛季，萨莫拉诺都荣获了西班牙新闻媒体EFE