之后，端方出任两江总督。自光绪三十二年（1906年）以来，端方坐镇江南，密遗马贩米占元、京剧伶人夏月恒，刺探党人阴事，「捕縳入狱者踵相接」。光绪三十三年五月二十六日（1907年7月6日），革命党人徐钖麟于安庆行刺安徽巡抚恩铭。端方自南京电发安民告示曰：宣统元年（1909年）调直隶总督。端方在慈禧出殡之时因拍照惊扰隆裕皇太后，舆从横冲神路，农工商部左丞李国杰劾之，监察御史胡思敬又弹其贪横凡十罪，被罢官。
被杀.宣统三年四月二十（1911年5月18日），端方被委任为川汉粤汉铁路督办大