又历任八路军前方总部秘书长、晋冀鲁豫边区参议会议长、八路军驻豫北办事处主任及太行军区情报站负责人等职。抗战结束后，历任八路军驻北平办事处处长、华北财政经济委员会秘书长等职。中华人民共和国成立后，申伯纯先后担任中共中央统战部交际处处长、中央人民政府政务院秘书厅副主任、政务院机关事务管理局副局长、中央人民政府机关事务管理局副局长、全国政协副秘书长、全国政协文史资料研究委员会副主任等职。他还是第二至四届全国政协委员，第五届全国政协常务委员。1979年7月13日，申伯纯在北京病逝，享年81岁。