1月18日，毛治国因辞呈未获马英九总统即时同意而请假，张善政以副院长身分代理行政院长，后于1月25日马英九总统同意毛治国请辞，遂于2月1日任命张善政为行政院院长。由于作为政权交接之前的过渡内阁，张善政的任期仅109天，是行宪以来任期第二短的阁揆（仅长于何应钦，任期仅94天）、更是政府迁台后最短的一位（原本是唐飞，任期仅140天）。然而张善政在任内施政处理得宜，民调显示他是马英九政府任内施政满意度最高、不满意度最低的行政院长。
卸任阁揆后.2009年张善政在花莲寿丰乡购买一块一甲大的