台北县新店市（现新北市新店区）的自家服务处内，遭不明歹徒闯入近距离枪击五发子弹。送至新店慈济医院急救后已无生命迹象，享年49岁。2007年6月24日23时30分，枪杀吴善九的枪手蓝家伟（时年35岁，宜兰人，绰号「懒叫」，有杀人和毒品等前科）开车行经台北市华阴街时，遇到警方在路旁进行临检，警员上前拦检。蓝家伟开车冲撞拦检点，对警员连开七枪，与警方发生枪战。警方围捕蓝家伟时，蓝家伟朝自己的右太阳穴开枪自杀，送医急救半小时后仍然不治死亡。2013年3月5日，买兇的命案主嫌吴信中，在中国大陆落网后押回台湾。