思巴奚军一度占领福州，其后元朝的陈友定取而代之。1368年（洪武元年）明朝军队占领福州。
明至清中期.从明代起，福州一直是福建的首府。明初的福州造船业发达、航海技术先进。福州地区与琉球王国素有密切的文化及商贸往来，1396年福州三十六姓开始迁居琉球，而郑和舰队选择长乐县太平港作为停泊基地、物资采办地及开赴西洋的起点，很多学者认为郑和舰队的宝船即是福州制造的福船，而大批干练的福州籍水手则活跃在郑和舰队中。此后福州海外贸易逐渐复苏，1474年成为福建市舶司的所在地。福州还是中国和琉球交