。1906年，沈敦和被调任上海江南水师学堂的提调，并担任吴淞自强军营机处总办和天足会的董事。沈敦和曾先后担任淞沪铁路的总办、巴拿马出品协会事务所名誉经理等职务。1911年至1918年，沈敦和又多次出任上海闸北巡警卫生处总办。沈敦和也是万国防疫会议防疫董事。
山西大学堂.1902年5月，出任山西大学堂（今山西大学）督办（今校长）。在督办任职期间，沈敦和与李提摩太多次商议，遂筹建了西学专斋，专门从事西方学术的翻译研究教学工作，李提摩太出任西学书斋总理。后来，原有的中学专斋和新设的西学