1846年，驻藏大臣琦善就当时的种种弊端拟定《裁禁商上积弊章程》，奏准施行，其中放弃对商上财政的审核权、奏罢训练藏军成例，削弱了此后驻藏大臣的权力，《清史稿》等说使清朝丧失了对西藏的财权和兵权。
上司.驻藏大臣的奏折通常送交军机处处理，但在有危机时由四川总督代递奏折，因为对西藏的任何行动都会交由四川总督办理。西藏进贡和西藏与青海、甘肃、蒙古的贸易则由理藩院办理。
僚属.驻藏大臣的下属有理藩院司官夷情章京，辅助管理霍尔三十九族（即藏北三十九族）的土纳马赋事