像背刻着「旧祖宫分炉恒吉宫天上圣母」字样，可知分灵俗称「旧祖宫」的鹿港天后宫，庙方顾问高锦祥记录是光绪三年（1877年）带来埔里。该像原先是厦门商人陈瑞芬供奉于他的商行—恆吉行，至光绪十三年（1887年）结束营业时，将店面及基地奉献建庙，同年获通判吴本杰赐赠「厚德配天」匾额。1920年由刘沛然兴建大木架结构，于1924年重建落成。日治时期担任埔里街长的林其祥，卸任后即担任此庙主持人。战后时期的门牌为南兴街367号。战后初期，担任埔里孔子庙堂主的苏树木也曾同时担任恒吉宫主持。1987年6月成立