花车队和第一次获得了车队世界冠军。同一年，他也第一次参加了印第安纳波利斯500并且获得了第二名。1964年，克拉克距离他的又一座车手世界冠军奖杯只有一步之遥。不过正如在1962年，他因为一次燃油泄漏事故而失去车手世界冠军一样，在这一年，他因此输给了约翰·苏尔特斯。轮胎问题使得莲花车队那一年对印第安纳波利斯500的投入打了水漂。1965年，克拉克驾驶再一次获得了F1车手世界冠军并第一次夺得印第安纳波利斯500冠军。1965年，他不得不放弃摩纳哥大奖赛转而参加印第安纳波利斯500，不过这也使得他成为第一位驾驶