股因为膨胀的不良债务问题，提出准备和三菱东京金融集团（MTFG）合并。2005年10月1日，两家公司正式宣布合并成功。随着日联和MTFG的重组，各自旗下的信托和债券部门也合并成为了三菱日联信托银行（）和三菱日联证券（），其中三菱日联信托银行拥有庞大的海外资产，也是全世界最大的投资银行之一。2006年1月1日，各自独立经营的MTFG和UFJ的商业银行部门宣布合并，成为新的株式会社三菱东京UFJ银行（）。2008年9月，三菱日联金融集团宣布和美国摩根士丹利合作，并购买其21%的股权。9月29日，MUFJ