出任行政院卫生署署长。1997年张博雅请辞卫生署长并再度参选嘉义市长，创下政务官参选县市长以及前任县市长再度回锅参选的案例，并且当选。2000年总统选举时，张博雅成为各方争取的对象，结果她支持民进党陈水扁。2000年陈水扁当选总统后，张博雅被邀请为内政部长与台湾省主席，并委任她指定的接班人陈丽贞为嘉义市代理市长。2002年，姚嘉文与张博雅被陈水扁提名为考试院正副院长。结果姚嘉文在不被看好的情况之下惊险过关，张博雅的任命案在民进党与台联部分立委跑票下被立法院否决。张博雅自此与民进党决裂。2002年