国展开否认北京政府的活动，后来通过其他途径改派王正廷作为护法军代表参加巴黎和会。1920年（民国9年）11月25日，孙文改组军政府，郭泰祺任军政府参事兼宣传局局长。翌年5月，孙文就任非常大总统，郭泰祺任总统府参事。1922年（民国11年）4月，调任广东省政务厅厅长。翌年，任外交部次长。1924年（民国13年），任国立武昌商科大学（武汉大学经济管理学科的前身）校长。
国民政府的活动.1927年（民国16年）4月12日，蒋介石发动四一二政变，郭泰祺站在蒋介石方面，担任江苏省外交交涉