朝廷随后与子勋的寻阳朝廷作战，寻阳一方虽然声势浩大，让建康一方陷于劣势，但明帝所派的各军却屡屡获捷，至八月，寻阳军队主力战败，寻阳失陷，各地都先后被明帝军队收复或向明帝归降，子勋被捕处斩，支持子勋的子绥、子顼及子元都被赐死。孝武帝九子南徐州刺史，永嘉王刘子仁、十一子南兖州刺史，始安王刘子真、十六子南琅邪彭城二郡太守，淮南王刘子孟以及南平王刘子产、庐陵王刘子舆、东平王刘子嗣皆未有支持子勋，连同获赦的刘子房，以及年幼未得封爵的刘子趋、刘子期及刘子悦尚在，宋明帝当时亦未有加害之意，然而刘休仁却担心孝武帝子裔会危及