奉祀懿文太子，而朱允不久也于永乐四年死于火灾。当其皇位较巩固时，继续实行削藩。周、齐、代、岷诸王再次遭到削夺；迁宁王于南昌；徙谷王于长沙，旋废为庶人；削辽王护卫。在政治上，明成祖继续实行太祖的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制。明成祖时期，完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形。永乐初开始设置内阁，选资历较浅的官僚入阁参与机务，解决了废罢中书省后行政机构的空缺。朱棣重视监察机构的作用，设立分遣御史巡按天下的制度，鼓励官吏互相讦告。他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。明成祖