南口可透过通道或地下街连通周边各地下铁车站或商业设施。现在1日平均上下车人次约353万人（2017年），并获得金氏世界纪录认证为世界上使用人次最多的车站，加上以地下道等连通的西武新宿站、新宿西口站的使用人次则达到约377万人（2017年），该数字可与横滨市与静冈县人口匹敌。
停靠路线.新宿站是JR东日本、京王电铁、小田急电铁、东京地下铁、东京都交通局等5家铁路业者停靠的转乘站。其中京王线与小田急小田原线以此站为起点。
其他铁道路线.以下各站透过地