理学专业进行学习。1965年毕业后，受到文化大革命影响，郭爱克于1971年被下放到中科院在湖北省潜江市农村开设的五七干校，被迫进行劳动。1976年，郭爱克被选派到北京语言学院德语76班进行德语学习。在德国学术交流总署奖学金的支持下，郭爱克选择前往慕尼黑大学就读。1979年9月，郭爱克以特优的成绩获得慕尼黑大学自然科学博士学位，是中华人民共和国第一位赴德留学博士。他的导师是乌尔里希·斯莫拉（）。郭爱克于1982年11月至1984年6月作为访问学者在德国从事家蝇视觉系统图形与背景分辨的生物控制论课题的研究。