使司分为左右二司，均治江宁。安庆隶江南左布政使司。康熙六年（1667年）改江南左布政使司为安徽布政使司（安徽省），仍寄治江宁，此为安徽省建置之始。干隆二十五年（1760年），安徽布政使司自江宁移治安庆，从此安庆正式为省治（省会）。咸丰三年（1853年）太平军攻占安庆，省治迁庐州府（合肥市）。咸丰十一年（1861年），湘军曾国荃部攻破安庆，数万安庆军民被屠杀。曾国藩的幕僚赵烈文目睹了这次惨祸：“杀贼凡一万余人，男子髻龀以上皆死，……妇女万余俱为掠出”，“军兴以来，荡涤未有如此之酷者矣”。曾国藩的亲信李榕也称：