派伏见宫贞爱亲王的混成第四旅团及陆军中将乃木希典的第二师团分别计画于府城以北三十公里的布袋嘴（今布袋），与府城以南三十公里的枋寮登陆，与原本的近卫师团配合，预定兵分三路进佔台湾南部各城。其中近卫师团从在浊水溪遭到简义率领的民兵攻击，混成第四旅团在布袋、盐水遭到义勇军的袭击，攻佔盐水后贞爱亲王驻扎于盐水八角楼。另外，乃木希典统率的第二师团于进攻南部据点打狗、凤山、及佳冬巷战中，遇到魏开、陈鱼、郑吉生等人所率领之民勇抗拒且造成百名兵士伤亡。
云林地区战事.9月，日军占领彰化全境，义军撤