寇屡袭浙江沿海，谭纶受命任台州府知府。在当地谭纶乃招募乡勇千人，练兵御倭。嘉靖三十六年（1557年）谭纶率兵在台州大挫倭寇。嘉靖三十七年（1558年）倭寇再率数万人侵扰台州，谭纶再亲率死士与倭寇大战，三战三捷，使军威大振。倭寇在福建沿海再度归来，在邵武、兴化一带大肆劫掠。嘉靖四十二年（1563年）春，擢谭纶为右佥都御史，巡抚福建，并举荐戚继光、俞大猷等参与战役。同年四月谭纶任总指挥，命戚、俞等分头进攻，一举灭敌二千多人，收复兴化。次年，倭寇再攻仙游，谭纶亲率戚继光部增援，攻下仙游，斩敌千余，迫使倭寇余部入海