分析显示隐真菌形成了一个独立的支序，称为LKM11，而且是当时已知其他真菌的姊妹群。隐真菌门的生物中唯一有被正式描述过的支序只有原先被认为属于壶菌门的，亲缘分析显示罗兹菌以及属于LKM11的微生物共同构成了真菌最早分支出去的支序，罗兹菌多寄生于壶菌、藻类或卵菌的细胞中，它们跟壶菌一样具有单鞭毛且缺乏细胞壁的，可以附着在宿主的细胞表面，再形成管状构造穿透并进入宿主细胞，甚至有某些种类可以吞噬宿主的胞器。2011年，一支由任职于自然史博物馆与艾希特大学的遗传学家汤马士·理查（Thomas Richard