，第一届全国人民代表大会召开，王昆仑当选全国人大常委。王昆仑以民革负责人身份参政，1955年底出任北京市副市长，协助彭真分管文化卫生工作。王昆仑担任北京市副市长共达10年，任内在北京市组织开展爱国卫生运动。1950年代后期，北京市卫生面貌一新，获中华人民共和国国务院、中央爱国卫生运动委员会表彰，一度被外国来访人员誉为无蝇城。1957年，在中共发动的整风运动中，王昆仑奉命带头提意见；同年6月，整风进入反右阶段，王昆仑带头做深刻检查。1958年，在“除四害”运动中，北京市副市长王昆仑兼任“首都围剿麻雀总指挥部”