03-04年度球季，获得香港丙组足球联赛总亚军，得以首次升上香港乙组足球联赛作赛。在2008-09年度球季，香港乙组足球联赛中，葵青以18战5胜5和8负得20分的成绩，以第7名完成全季联赛。2009年9月，身兼葵青区足球会领队的葵青区区议员徐晓杰，曾在区议会会议上反对屯门普高或石硖尾体育会，以葵青区内的青衣运动场作为主场，并认为若该队改名葵青普高或青衣普高，都会对葵青区带来负面影响。在2009-10年度球季，葵青从季初被取消资格的前甲组联赛球队屯门普高罗致了两名尼日利亚外援端迪与艾马增强