司马休之兵败令江陵失守就令他遭到弹劾，被免官并征还建康，改任后将军、会稽内史。义熙八年（412年），刘裕讨伐荆州刺史刘毅，就以司马休之都督荆益梁宁秦雍六州诸军事、平西将军、荆州刺史。司马休之在荆州颇得当地人心。义熙十年（414年）时在建康的儿子谯王司马文思被指擅杀官吏，其党羽皆被诛杀，司马休之亦上请解职，但不获允许。刘裕因司马文思「性兇暴，好通轻侠」而甚为厌恶他，于是将其执送荆州，要司马休之「自为其所」，暗示司马休之杀死他。不过司马休之只上表废司马文思为庶人，令刘裕大感不悦，即命江州刺史孟怀玉防备。