瞩目之处，在于它属于幕府正式的「天下普请」，亦即由德川家统一指令、调配全国其他大名去完成新城内的所有工程，包括整修道路、平定河川和建造城廓。幕府为此派出了三位奉行负责监督，连尾张藩、越前藩在内周边总共七国十二家有份出力参与。新城甚至挪用了大津城的天守、小谷城的西之丸三重橹、佐和山城的太鼓门橹和观音寺城等等原有的建材，令到建设需时大大缩减。如此三年后，即庆长11年（1606年）新城落成，取名曰彦根城（又叫金龟城）。本来其父井伊直政也一直不满意佐和山城曾经被石田三成居住过，早已有打算建设新城；但事实上彦根城