大陆兼课与担任上市公司独董等争议驳回，引发民进党政府对大学自主戕害的质疑，教育部驳回台大校长遴选案后，台大随即发声明表示，遴选过程中依法行事，认为政治力介入拖延新校长上任，并对于这样的结果深表遗憾。国立大学院校也表示中华民国政府不应干预教育部前政务次长黄碧端表示，北洋军阀时代，都不会对大学做这种事情，从前的人至少还会礼遇、尊重学术界的人，而且对大学是非常尊重的，「如今的教育部却带头做这种事，真是非常可耻」。由于学界及教育界皆出现了反对声浪，对此台大代理校长郭大维表示，教育部此举已造成负面影响。台大在声明中指