成磷酸烯醇丙酮酸，在这个反应中，会消耗掉GTP，并生成GDP与二氧化碳。与前后反应不同的是，以上的两个反应是在粒线体中进行。而且除了直接转变之外，草醋酸还可以利用另一个需要更多步骤的途径，来生成磷酸烯醇丙酮酸。此外，从磷酸烯醇丙酮酸的生成直到果糖-1,6-双磷酸产生为止，中间的糖质新生过程皆是糖解作用的逆反应。
C二氧化碳固定.在C4类植物与CAM植物中，磷酸烯醇丙酮酸在磷酸烯醇丙酮酸羧化激酶的作用下与二氧化碳反应生成草醋酸。