藏匿反清义士而将其焚毁，同时禁止民间练武，少林武术随即转入地下状态，另外有一支转入南方，1840年鸦片战争后，在广东佛山一带，很多洪门组织成立。清末时在北京亲清廷的武术界人物，如太极拳、八卦掌及盛行于军中的形意拳（前身称六合拳）等，为了与少林拳、佛拳、罗汉拳等洪门子弟划清界线，于是创造了武当派（道拳），还编造「出于少林但优于少林」之说。后革命党人亦从之，在中国南北各大城市报刊中登载所谓少林故事，宣传反清情绪。在北方，以达摩为「北少林」（六合拳、心意拳、螳螂拳等）姶创人。在南方，仍尊少林五老为南少林始祖。