431年召开以弗所公会议试图处理此问题。以弗所公会议最终驳回聂斯脱里的观点，聂斯脱里被革除牧首职务，最终死于埃及。许多被迫害的聂斯脱里派信徒逃往接纳他们的波斯帝国。波斯帝国萨珊王朝中有许多基督徒在当时与教会的叙利亚分支紧密联结在一起。萨珊王朝的国教为祆教，并严守此信仰与罗马帝国的宗教（原来为罗马异教，然后是基督教）区别。不过公元四世纪至六世纪，萨珊王朝容许基督徒的迁入与传教，使得波斯的基督徒群体快速增长。 公元498年，聂斯脱里派教会正式脱离罗马教会，更名为「迦尔底教会」，又称「亚述教会」，以中亚地区为