发包，由润发营造公司以一千四百万元得标、曾文吉建筑师事务所规划。次月27日工程施工前说明会中，文史工作者吴成伟唿吁对当年兴建文开书院各项设施搭配的方式须严加考证，力求恢复当年风貌，如书院栽种梧桐树有其意义，书院摆设格局。台湾古蹟修复工程匠师大多来自南台湾，以技巧花俏与彩绘丰富华丽的漳州建筑为主流，既不符合鹿港的泉州传统建筑、也不适合书院风格。2003年，书院将竣工时，三川殿明间屋嵴被放上双龙抢珠的剪黏，引起争议，像是从小住在文开书院对面的粘钖麟和耆老都认为次间屋燕尾嵴有鳌、明间没有双龙。 后来众人以19