，盛极一时的多贺谷氏时代亦已成过去。元和元年（1615年），进驻下妻，其后由接任主，但是在元和5年（1619年）由于转封的关系，下妻再次成为天领。直至正德2年（1712年），以1万石入主下妻藩后，直至幕末为止井上氏14代均居住于藩内，位于于馆沼西边的阵屋。
现状.城池的遗址在茨城县下妻市本城町，位于关东铁道常总线下妻站以东一公里处的多贺谷城迹公园，并且建有纪念碑。在城池残余的组成部份中，只有护城河和土垒能够辨识出来的。