位担任至1884年左右，1893年（光绪19年），他再从温州总兵调至台湾澎湖地区担任澎湖水师镇总兵，而从澎湖水师协升格的澎湖水师镇亦为扼守台湾海崃的重要军事单位。1895年5月甲午战争末期，日本广岛支队派军攻打澎湖。周振邦以「坐视不救，先行逃避」，被清朝下令派员押解福建，并被判「斩监候」。