封为会稽王，372年9月12日被立为太子，同日晋简文帝逝，继位时年仅十一岁。次年年号为宁康，由太后摄政。
恢复皇室权威.14岁时（376年）开始亲政，改年号为太元。当年他改革税收，放弃以田地多少来收税的方法，改为王公以下每人收米三斛，在役的人不交税。此外他在位期间大力加强皇帝的权力和地位，史载他“威权己出”，扭转了东晋自晋明帝死后皇权旁落的局面。383年前秦进攻东晋，试图消灭长年偏安的东晋，结果在淝水之战中，晋军大胜。
大举北伐.384年后，晋孝武帝趁着