的日本战犯审判”、“南京大屠杀的历史见证”、“前事不忘后事之师”十一个部分，陈列面积4200平方米。次要专题陈列为：《胜利 1945》，陈列面积1700平方米；“万人坑”遗址陈列。展厅中另设影视厅5个，面积约为1000平方米，主要用于播放有关南京大屠杀和抗战题材的纪录片、影视片。原有展厅现改造为临时展厅，面积约为800平方米。
遗骨陈列.遗骨陈列「万人坑」遗址内的骸骨于1985年被发现，而在1998年更发现多208副骸骨，它们现在被存放在棺椁状的遗骨陈列室内展出。2006年