郑棕世子之位，并赐死参与密谋的遵生侯阮克遵、炘忠侯阮芳挺等人。因为这个功绩，吴时任被再次任命为工部侍郎。景兴四十三年（1782年），郑主幕府发生政变，郑棕夺取政权，成为新的郑主。郑棕不能容忍告发自己的人，逮捕并处死了众多相关大臣，因此吴时任弃官逃至太平府隐居。景兴四十七年（1786年），阮惠率西山军北伐，攻灭郑主。随后阮惠将黎昭统帝扶上皇位。此时吴时任前往投奔，被昭统帝任命为户部都给事中。后为校讨兼纂修国史，继续编写父亲吴时仕的《大越史记全书续编》，并修订了黎熙宗至黎懿宗之间的五朝实录。吴时任经西山