亚、立陶宛都被俄罗斯帝国吞并。弗雷德里希·威廉·冯·鲁丁格（阿列克谢的高祖父）在叶卡捷琳娜二世统治期间皈依东正教。 1917年十月革命后，阿列克谢与父亲逃难到了爱沙尼亚并安定下来。先是在哈普沙卢，教士拉尔夫·冯·祖尔穆勒收留了他们。而后米哈伊尔搬到了塔林。1926年，米哈伊尔结识伊莲娜·约瑟霍夫娜并与其结了婚。阿列克谢二世在爱沙尼亚共和国度过了他的童年。从幼年开始，他便受大司祭伊望·博戈亚夫冷斯基的教导。他于爱沙尼亚的俄语学校受教育。在苏联于1940年吞併爱沙尼亚之后，阿列克谢与家人险遭苏联当局逮捕