头海雕分为两个亚种：指名亚种（"H. p. pelagicus"）及朝鲜亚种（"H. p. niger"）。后者咸信是朝鲜半岛的留鸟，除了尾部外，全身的白色羽毛极少。其究竟是否为独立亚种在学界存有不少的争议；牠们可能是一种限制性态型（morph），但在遗传学上并不一定是另外一个族群。然而该族群在1950年代因为失去栖息地和被过度猎杀的缘故，已全数灭绝。虎头海雕的亲属关系到迄今为止仍未能确定。粒线体DNA细胞色素b（cytochrome b）序列的资料暂时显示此物种的祖先曾跟全北极（Holarctic）的