崖道署为都督府。下剪发令，以示归顺革命之意。民国初年，频年战乱，政无常主，由于广东政局的频繁变化，使孤悬南海的海南岛也深受影响。民国五年（1916年）10月，龙济光被滇桂护国军和广东民军击败，退守海南岛，管治直至民国7年（1918年）。之后桂系军阀沈鸿英（1919－1920年）和滇系部将李根源（1920年）先后统治海南岛。民国十年（1921年）1月，邓本殷率部队打败旧桂系的琼崖驻军团长何福昌，进佔海南岛，直至民国十五年（1926年）1月被国民革命军张发奎部和陈济棠部联合打败，撤出海南岛，结束对海南岛