况愈下，只能在低组别联赛打滚，至1990年代末才重新升上甲组。2005-06年球季更赢得欧洲足协杯冠军。2007年球季卫冕欧洲足协盃成功，是自1986年皇家马德里后第一支成功卫冕欧洲足协盃的球队。2007年8月28日，在07-08赛季西甲联赛首轮对赫塔费的比赛中因突发心脏病倒下的塞维利亚球员安东尼奥·佩亚达抢救无效逝世，而原有之16号球衣则提早退役至被其他球员接手止。2014至2016年，塞维利亚于欧罗巴联赛表现出色，连续3届成为冠军，不过在2016年的夏天，带领球队创造这个纪录的主教练乌拿·艾玛利