加强联合国对伊拉克的制裁。2003年第五次布署期间，阿尔·伯克号与西奥多·罗斯福号航空母舰战斗群一起，参与了持久自由行动和伊拉克自由行动。战争期间，阿利·伯克号向伊拉克发射了战斧巡弋飞弹，并护卫商船和海军辅助船通过阿拉伯海北部。阿利·伯克号还参与了亚丁湾反海盗护航。2007年，阿利·伯克号参与了索马里反海盗护航行动。2010年8月，阿利·伯克号接受了现代化改造，将服役年限延长至40年。2014年9月22日，阿利·伯克号发射战斧巡弋飞弹攻击ISIS在叙利亚的据点。