在就任将军后，造成再建幕府机构的不安形势。即使如此，与父亲义冬时期不同，没有能争夺将军之位的人（虽然前将军的实弟义昭在地位上比较合适，但是不是「将军候补」，加上没能上洛，而且当时仍是僧籍），因此对义荣申请「将军宣下」比较有利。从没向春日大社或朝廷献上太刀、马等物品，被认为完全是三好三人众和松永久秀的傀儡，不过在三人众与久秀对立后，被三人众一方拥立，而且介入石清水八幡宫的人事中，与朝廷对立。永禄10年（1567年）5月，在京都住民与大德寺对立的事件中，由义荣派遣的幕府奉行人松田藤弘与由朝廷派遣的劝修寺晴右