什-旺多姆分支获得了波旁公国，而这个公国也是波旁家族日后夺得法国王位的重要资本。查理的儿子，第9代波旁公爵安托万·德·波旁于1548年10月12日与纳瓦拉女王储让娜·达布雷特结婚。他们的长子亨利·德·波旁在1572年母亲去世后继承了纳瓦拉王国，是为纳瓦拉国王恩里克三世，自此波旁家族入主了这个王国。虽然此时的纳瓦拉的疆域只是全盛时期的一小半，但足以成为日后波旁家族争夺法国王位的重要基地。
入主法兰西.亨利·德·波旁跟随身为纳瓦拉王国女王的母亲信奉新教克尔文宗的胡格诺派，母亲过世后