得46名学生，未能达到67人的开班线，学校逐发起「护校行动」，500位师生将黄丝带绑在学校围栏以反对教育局「杀校政策」。此外，该校教师曾到附近商场、教育局专为新移民而设的办事处「抢学生」。至2009年，马松深中学的「救校」方案获批，当中包括与同系的港九潮州公会中学合办高中选修科目。不过到2012年3月，由于救校方案失败，经教育局协商后，决定停办。
结束营办.在办学的最后一年，50多位教师减至三十几人，到最后仅余12人，校长陈智聪亦于8月31日正式卸任。学校于2015年5月30及