整个工程停顿下来。战争结束了稳步运作近一个世纪的作坊，而主教座堂的摆设，数十画像和雕塑，遭受胡斯派偶像破坏运动的严重破坏。祸不单行，1541年的一场大火也大大破坏了主教座堂。
圣瓦茨拉夫礼拜堂.也许这座主教座堂最杰出的地方是圣瓦茨拉夫礼拜堂，那里保存着这位圣徒的遗物。这个房间由彼得·帕尔莱勒修建于1344年到1364年，墙壁的下部装饰着1300块半宝石，描绘耶稣受难的壁画可以追溯到1372年至1373年礼拜堂的原始装饰。墙壁的上部是关于圣瓦茨拉夫生平的壁画，绘于1506-1509年