外迁苏州。翌年，任右佥都御史，巡抚苏松十府，是时大水氾滥，起元上疏请浚江河，但朝廷不许。时吴中税监李实素贪横，起元上《去蠹七事疏》，弹劾李实，有人提醒他：“不虑祸不测耶？”他说：“祸福之来，天也；君子不计，所计者是非耳！”终于得罪魏忠贤。朱童蒙后依附阉党，魏忠贤遂矫旨将起元削职为民，“吴人老少皆随送，涕哭声塞市”。天启六年（1626年）二月，诬陷周起元为巡抚时贪污十余万两银，下令缉捕。锦衣卫都指挥佥事许显纯奉命拷打，同年九月，因肌肉糜烂致死。福王时，追谥忠惠。