学系根据2002年的大学法规于2004年1月1日自成为一个大学，即格拉茨医学大学。卡尔·弗朗岑斯大学还同格拉茨科技大学共同建立了一个合作项目称之为“格拉茨自然科学”（NAWI GRAZ）。两所大学共同进行科研和教学项目。在2006/07年的冬季学期在化学、分子生物、地理科学方面开设共同的学科方向。此外两所大学已经开始考虑在数学和物理学科中制定共同的教学计划。
历史.卡尔·弗朗岑斯大学于1585年由大公卡尔二世建立，同年交给了Societas Jesu来管理，它的目标是让所有社会