第88届天皇盃于2008年9月13日开始，决赛于2009年1月1日于东京国立霞丘陆上竞技场举行。卫冕冠军鹿岛鹿角表现不佳，于第四圈只能凭互射十二码击败国士馆大学。第五圈更被清水心跳击败，宣告卫冕失败。本届赛事冠军落入大坂飞脚手中，该队更可冲出日本，参加2009年亚洲冠军联赛。
赛程.本届赛事有82支球队参加，其中47队是各地都道府县的代表，另外有1队是大学队的代表。以上球队将会参与第一及第二圈之赛事，胜方将可以于第三圈挑战J2球队，18支J1球队亦会于第四圈加入角逐。Sect