1929年8月正式建交。在历史上除了二战以外，两国一直维持着友好且为坚强的战略伙伴，即使在伊朗伊斯兰革命之后，伊朗与美国交恶，仍不影响伊朗与日本的友好关系。伊朗亦是日本的原油主要输入国。双方互相在首都设立大使馆，并派驻大使。伊朗驻日本大使馆在东京都品川区东五反田设有伊朗文化中心（）。伊朗于1974年11月起由国营的伊朗航空飞航德黑兰与东京航线，先后中停北京首都机场及仁川国际机场，但2011年11月起暂时停航，伊朗航空于2016年表示有意在新飞机导入后恢复这条航线。虽然两国官方关系友好，但根据英国