被任命为第二战区第14军团军团长，翌月代理第14集团军总司令。同年夏，任山西宣慰使。10月，任第一战区副司令长官，驻洛阳。1941年（民国30年），任察哈尔省政府主席。抗日战争胜利后的1946年（民国35年）10月，任第十一战区副司令长官。他还兼任张家口绥靖公署副主任，并当选制宪国民大会代表。1947年（民国36年）12月，冯钦哉就任国民政府主席北平行辕副主任。翌年8月，任华北剿匪总司令部副总司令（总司令：傅作义）。1949年（民国38年）1月，傅作义北平和平解放，冯钦哉下野成为北京民间人士。195