任吏部侍郎。九年，授谒者大夫。613年，杨玄感造反，炀帝命恭仁率兵经略，恭仁于破陵大败杨玄感。杨玄感兄弟挺身逃走，杨恭仁与屈突通等追至阌乡将其擒获。军队凯旋，炀帝召杨恭仁入内殿，说：“我闻破陵之阵，唯卿力战，功最难比。虽知卿奉法清慎，都不知勇决如此也。”纳言苏威也说：“仁者必有勇，固非虚也。”大业十一年（615年），授辽东道行军总管，跟随隋炀帝征讨高句丽，破高丽军三万人，拜银青光禄大夫。苏威及左卫大将军宇文述、御史大夫裴蕴、黄门侍郎裴矩等受诏参与官员任免，多受贿赂。杨恭仁正直不阿附裴蕴，于是被排挤出中央