陆续恢复运作。1907年（明治40年），日本修订了海军高等武官条例，在除官立、公立医学院校外，也允许从部分已经由文部大臣批准的私立医学院校里挑选毕业生，经考试合格即可录用为少军医。同日的条例中也加入了海军药剂师的职务。同年8月1日，东京施疗医院在东京筑地四丁目动工，待其完工启用后，学校将会利用该医院，为学生提供诊疗实习的机会。1908年（明治41年）3月4日，筑地新校舍落成。1911年（明治44年）3月，在学校隔壁的东京施疗医院落成，学校师生开始面向社会提供诊疗服务。1922年（大正11年）10月21日