藏品随之迁往南京，在南京珠江路942号（今700号）新建的陈列馆内设了12个陈列室，于1937年初建成并开放。1937年抗日战争爆发，同年11月日军占领上海，近逼南京。地质调查所和南京的其他机构都仓促撤退，限三至五天内迁完。陈列馆遂选出标本313箱，由高振西经过水路押运到武汉，11月下旬又转运至长沙。1938年7月，因日军进逼武汉，地质调查所从长沙迁往重庆。标本随其他物品挤进四川地质调查所内。不久，地质调查所在重庆北碚建好房子，标本才迁到北碚所内。1937年12月13日日军占领南京之前，陈列馆馆长盛莘夫