因为广泽尊王的灵验，其事蹟感动观音佛祖，遂託梦表示愿将主神之位让给广泽尊王。于是飞凤寺的主神便改成广泽尊王，但名称仍为「寺」。飞凤寺原为竹造建筑，坐西向东，后来又重建为木造建筑。二次大战后，曾在民国50年（1961年）重建成砖石庙宇。民国71年（1982年）发起重建，至民国73年（1984年）10月完工。而在红毛港迁村之前，飞凤寺坐东朝西，建筑装饰为当地各寺庙之中最精致者。此外飞凤寺的外五营是各有一间小庙，完整性最高，其界线与祭祀圈相符。因为红毛港迁村计画，飞凤寺在民国96年（2007年）11月24