巴尔一世曾经入侵此地，掳获他们的国王。14世纪，栋古拉政府垮台，努比亚也分裂开来，被阿拉伯人控制。此后的几个世纪内该地区屡遭阿拉伯人入侵，一些小国家也在此时建立。努比亚北部被埃及控制，南部则在16世纪时被丰吉苏丹国占领。16世纪时，努比亚的宗教变为伊斯兰教。
19世纪至今.19世纪初，埃及的穆罕默德·阿里帕夏统治时控制了整个努比亚，后来努比亚被埃及与英国共管。1821年埃及人使用先进的欧洲武器再次占领努比亚以及其南部的白尼罗河。1882年苏丹的阿拉伯人起义反抗埃及人的统治并占领