红衫军时期攻击施明德的言论向施明德道歉，表示后悔说过那些严厉的话，施明德是疼台湾的人，他也要忏悔他的不当言论，这是不适当的表达，并且两人公开和解。
陈水扁贪腐与两岸议题.2009年3月20日，施明德召开记者会，发布言论「谁特赦陈水扁，谁就是人民公敌。」虽然施明德成为中国积极拉拢的统战对象，但其本人却仍然坚持，只要中国飞弹对准台湾的一天，他就永远不到、也不过境中国。因此他从1996年总统直选以来，从未到过中国大陆。对于两岸关系，施明德赞成交流、合作，并提倡两个基本原则：和平原则、