此一直到十年后的1536年，经过后北条氏、大内氏、今川氏等战国大名集合资金，才举办了即位的仪式。皇室财政困难到曾出售天皇亲笔字来增加收入，因此在当时天皇的亲笔字非常容易就可以得到。据传后奈良天皇相当的有慈悲心，在发生瘟疫、洪水与饥荒时，都会祈祷人民平安。弘治三年九月五日(1557年9月27日)后奈良天皇崩御，享寿六十岁。安葬于深草北陵。
对日本将棋的影响.据传后奈良天皇曾对小将棋进行改良，删除棋子醉象（日文：，或简称为）, 并引进打入规则，形成今天的日本将棋。