造.虽然圣胡安溪流域的发展不及其他同样位于橙县的沿海流域，但当地政府已在流域内进行一系列的改善工程，以解决水浸问题、减少水土流失及提供用作灌溉的再生水。历史上，整个流域内只有圣胡安溪及阿罗约特拉布科在全年或大部分时间都能保持一定流量。但是，越来越多的城市径流流进圣胡安溪及其支流，干扰了这些溪流在旱季时的流量。以奥索溪为例，它本是一条季节性溪流，但由于城市径流导致其流量增加，如今它已成为永久性溪流。另外，径流亦导致多尼州立海滩成为加利福尼亚州十大污染最严重的海滩之一。位于奥索溪的上奥索水库及是流域内最大