中华民国与爱沙尼亚关系是指中华民国与爱沙尼亚共和国之间的关系。两国于1937－1940年有官方外交关系，但因苏联併吞爱沙尼亚而中止。自1991年从苏联独立以来，目前没有在对方首都互设具大使馆性质的代表机构。对爱沙尼亚的相关事务由驻拉脱维亚台北代表团。
政治.
外交.1937年12月21日，爱沙尼亚与中华民国建立公使级的外交关系。1940年8月6日，因苏联吞併爱沙尼亚而中止。1991年11月8日，中华民国外交部次长章孝严访问爱沙尼亚，与对外经济关系部长签