回部每城置驻扎大臣一至二员，其下置伯克，依当地习俗管理穆斯林事务。除哈密、吐鲁番以外，各处大臣从属于总理回疆事务参赞大臣（通常称为喀什噶尔参赞大臣）。哈密、吐鲁番两地大臣隶属于乌鲁木齐都统。喀什噶尔参赞大臣与乌鲁木齐都统皆受伊犁将军节制。驻防的八旗、绿营兵丁在各城附近修筑规模略小的城堡，称为“满城”或“汉城”，供满洲、蒙古、汉人官员及旗人居住，并驻扎军队。原有的旧城则称为“回城”，由伯克按照伊斯兰教法管理。各大臣所驻之城兼辖其周边较小的城镇和村庄，大者称为“回城”，小者称为“回庄”。光绪十年（188