以由相同的化学元素构成，如氧气分子<chem>O2</chem>；也可以由不同的元素构成，如水分子<chem>H2O</chem>。若原子之间由非共价键的化学键（如离子键）所结合，一般不会视为是单一分子。在不同的领域中，分子的定义也会有一点差异：在热力学中，构成物质的分子（如水分子）、原子（如碳原子）、离子（如氯离子）等在热力学上的表现性质都是一样的，因此，都统称为分子；在气体动力论中，分子是指任何构成气体的粒子，此定义下，单原子的惰性气体也可视为是分子。而在量子物理、有机化学及生物化学中，多原子的离子