退至台湾后，实际控制中国大陆地区的中华人民共和国政府从教会手中接管沪江大学。1952年中国高等学校进行院系调整，沪江大学被撤销，各系分别并入华东师范大学、复旦大学等相关院校，校址移归上海机械学院（今上海理工大学）。沪江大学在台湾的校友于1958年在台北市成立沪江高中；沪江大学香港同学会亦在1986年为纪念母校八十周年校庆而于港岛东区康山创办沪江小学。
档案.沪江大学档案于1952年被“停办高等学校联合办事处”接收，转至上海市档案馆，现今保存状况如下：