五军在形式上虽然续存，但无论在兵力素质、装备均已大不如往。而沈向奎在随后调至重建的国民革命军第二十五军担任军长，第五军军长一职由李运成接替。由于厦门兵力缺乏，因此二十二兵团抽调166师支援防务，该师在厦门战役中基本上遭到歼灭。因此1949年10月古宁头战役前夕，第五军总人数仅有不到4000人，驻防烈屿，该部队因缺乏重武器因此实际并未参战。
国府迁台.古宁头战后，二十二兵团解散，所有部队调拨给第十二兵团，第五军续留烈屿，负担小金门与大担岛防御任务。随后166师解编，纳编因舟山撤退