11年（1606年）新城落成，取名曰彦根城（又叫金龟城）。本来其父井伊直政也一直不满意佐和山城曾经被石田三成居住过，早已有打算建设新城；但事实上彦根城乃是完全在直继治下建造而成的。因此，虽然直继日后因为种种原因而在井伊家谱中并未被视作第二代藩主（只被当做分家之主），不过他却可以说是实质上的首位彦根藩藩主。
遭遇改易.基于井伊直继当初以稚龄接任家督之位，井伊家的政务便逐渐变得倚赖家里的数位家老去定夺和执行，可惜不巧的是井伊家臣团之中不乏个性刚烈固执之人，由此家中的内部矛盾和对立分化便