香港海员大罢工期间，这条航线由英国皇家海军接管，因此未受影响。1941年日本佔领香港后，天星小轮公司被「日本佔领地总督部」接管，改称为「香九连络船」，并于1942年初复航。当时日军征用了「金星号」和「午星号」，用以运送战俘，其中「金星号」已于1943年被美军击沉，另外「电星号」也在战争期间被炸毁。1945年，日军把「香九连络船」的营运权交给油麻地小轮，又大幅调高该船线的票价，但是不久后香港重光，渡轮服务也得以回复原状。1966年，港英政府准许天星小轮加价5分，引起民众强烈抗议，最终引致骚乱，造成1人死亡