现三种不同类型的 CRISPR/Cas系统，存在于大约40%和90%已定序的细菌和古菌中。其中第二型的组成较为简单，以Cas9蛋白以及向导RNA（gRNA）为核心的组成。Cas9是第一个被广泛应用的CRISPR核酸酶，其次是Cpf1，其在的CRISPR/Cpf1系统中被发现。其它这样的系统被认为存在。由于其对DNA干扰（DNAi）的特性（参见RNAi），目前被积极地应用于遗传工程中，作为基因体剪辑工具，与锌指核酸酶（ZFN）及类转录活化因子核酸酶（TALEN）同样利用非同源性末端接合（NHEJ）的机