前身为1903年（明治36年）11月合併台北、台中、台南农事试验场成立的总督府农事试验场。农业部下分为种艺科、农艺化学科、植物病理科、应用动物科、畜产科，并辖有下列分所：中央研究所撤废后，成立农业试验所，并新设凤山热带园艺试验支所。即今行政院农业委员会农业试验所，后迁至台中县雾峰乡，原址现为台科大。士林园艺试验支所在战后成为士林官邸。
林业部.位于南门町台北植物园内，前身为1911年（明治44年）合併台北苗圃、恆春热带植物殖育场、嘉义护膜苗圃成立的林业试验场。在南投鱼池设有莲