海胆是夜间活动及底栖的。在日间，它们会用其大刺将自己牢牢的挂在石上或石缝间。它们很少会远离自己的地方。夜间，它们主要吃珊瑚及海绵。台湾南部珊瑚礁海岸偶可发现的石笔海胆，正处于濒临绝种危机。
繁殖.石笔海胆的繁殖对于季节转变及月相都十分敏感。在佛罗里达礁岛群，它们于夏末及初冬的繁殖率最高。在巴拿马的群落则会于春天、夏天及冬天进行繁殖，约于满月的时份达至最高峰。