负责关税稽征、查缉走私、保税退税、贸易统计及接受其他机关委託代征税费、执行边境管制。其最早前身为清咸丰四年（1854年）成立的「海关总税务司署」，民国80年（1991年）2月3日更名为「财政部关税总局」，2013年元旦合併财政部关政司后改为今制。目前下设基隆、台北、台中、高雄等4处海关。
历史背景.中国历史上在唐、宋、元及明初在各海港设立市舶司来管理海上对外贸易，为中国海关之初。明洪武元年，在上海设立太仓黄渡市舶司；洪武七年（1374年）撤销全国的市舶司，直至永乐元年复设。