，日本与中华人民共和国建交后，在台湾设立日本台湾交流协会（原名财团法人交流协会）以维持台日之间的准官方关系，与美国在台协会性质类似；中华民国也同样在日本设立具有准官方机构性质的台北驻日经济文化代表处。原本中华民国国民在中日断交后，前往日本需使用浮贴于护照的「渡航证明书」，日本在2005年爱知世博期间开放中华民国国民免签证入境90天，日本国会更进一步通过在爱知世博结束后继续此项措施，维持至今。相对的，中华民国也允许日本国民免签证入境90天。各单位的现任主管：
与欧洲非邦交国的关