殖民地的特许状于1684年遭到撤销。1685年查尔斯二世去世后，继位的罗马天主教徒詹姆斯二世继承兄长的遗志，最终建立了新英格兰自治领。1686年，纽约前任总督埃德蒙·安德罗斯爵士获命成为自治领总督。该自治领包括马萨诸塞湾殖民地、普利茅斯殖民地、康涅狄格殖民地、新罕布什尔省和罗德岛殖民地及普罗维登斯庄园。1688年，自治领的管辖范围扩张到纽约、东泽西省和西泽西省。安德罗斯对新英格兰的统治极其不得人心。他无视地方代表权，否认马萨诸塞殖民地已有土地所有权的合法性（这一合法性是以之前遭国王撤销的特许状为基础