信应邀再度出任南京警察总监，革命派败北后流亡日本。1914年（民国3年）孙文（孙中山）创立中华革命党，吴忠信参加。1915年（民国4年），奉孙文之命回到上海，辅佐陈其美策划反袁起义。
护法运动.1917年（民国6年），孙文开始护法运动，吴忠信参加，任粤军的上校参谋。以后在各地转战。1921年（民国10年），任桂林卫戌司令兼大本营宪兵司令。1922年（民国11年），孙文、张作霖、段祺瑞三角同盟结成，吴忠信为孙文方面的全权军事代表。其后吴忠信病倒，在苏州疗养三年，其病方愈。1926