O3 来自东亚。R1b1b 则应当来自中亚，或者更加东面的地方，例如中国。
起源的理论.至少有三种哈扎拉人如何形成的理论：蒙古人的后裔、当地的中亚人、以及混血。这些说法都被学者和哈扎拉人自己普遍接受。一些哈扎拉人自认为是成吉思汗的男性直系后代。不管这是否正确，因为哈扎拉人确实有部分的蒙古人的外貌特征、语言、文化的共同之处，哈扎拉人有蒙古人的血统的说法是普遍被接受的。大约三分之二的哈扎拉男性的Y染色体携带一种蒙古人特有的基因。同时，在阿富汗大部分其他民族都信奉伊斯兰教逊尼派的同