治28年8月，台湾总督府针对接管上之困难，需要军方在地方治理上的配合，将台湾县、台南县改设台湾民政支部、台南民政支部，民政支部之下置出张所，苗栗支厅改设苗栗出张所。明治29年(1896年)3月，总督府评估全台民情趋于稳定，于是恢复三县一厅，台湾县改为台中县，「出张所」也恢复为「支厅」，为台中县苗栗支厅。明治30年（1897年）5月，改设六县三厅，下属机构「支厅」废止，改设「办务署」，原台中县分划出新竹县，辖七个办务署，苗栗地区设有苗栗、苑里、头份办务署。然而此行政结构，却受限总督府财政困难，又将独立出