车费减价外，基本上与合併前一样。合併暂时带来的重要变更如下：
荃湾线转车站.为了迎接九广铁路公司的「九广西铁」（现西铁线）及「九广东铁」（现东铁线）尖沙咀支线的启用，美孚站及尖东站都分别兴建了新的大堂及地底行人隧道，以接驳现时荃湾线的美孚站及尖沙咀站。美孚站的转乘通道（D出口）于2003年九广西铁通车时同时启用，乘客可直接使用该行人通道步行至荃湾线的美孚站。上述转乘通道在两铁合併后的2008年9月28日起无须出入闸转乘两线；而连接尖东站与尖沙咀站的转乘通道（即F、G出口），G出口于