屈申之道，平勃相和之义」，提议朝廷应该改善授任官员之法，明内外之任，各有职责，意即停止桓温与朝廷之争；另又指那些新降流人是「人面兽心，贪以无亲，难以义感」。殷浩虽然接纳，但最终北伐失败，亦为桓温趁机所废。升平五年（361年），晋穆帝死，因其无子，以晋成帝长子晋哀帝继位。不过，当时就因为晋哀帝该继承谁的问题而有很多讨论，孔严就以「顺本居正，亲亲不可夺」，建议继承生父晋成帝。最终一众儒者都议为孔严的议论最好，最终用他的建议。孔严后获授扬州大中正，但他不上任，故被有关部们奏免，哀帝下诏让他以侯领尚书。其时