注意的是，在rRNA中，许多的转录后修饰发生在高度功能化的区域，比如肽基转移酶催化中心以及亚基结合部位，似乎说明转录后修饰对RNA发挥正常功能来说相当重要。具有催化功能的单链RNA分子，和蛋白质相类似，需要特殊的RNA三级结构。通过分子内氢键形成的二级结构原件构成了三级结构的框架。二级结构形成了许多可识别的「结构域」——比如茎环结构、膨大结构（bulges）、内环结构。因爲RNA分子带电荷，不少二级结构和三级结构需要Mg等金属离子来进行稳定。自然界中的RNA均是由D-核糖核苷酸聚合而成的D-RNA。