乱被平定后，司马羕加领太尉。司马羕因为是宗室长辈元老，晋明帝亦特向他下拜，即使司马羕的士兵有所劫略，因而有人弹劾司马羕，明帝亦不问罪。太宁三年（325年），明帝病重，遗诏司马羕与司徒王导和中书令庾亮等人辅助年幼的太子。明帝死后，太子司马衍登位，是为晋成帝，因皇帝年幼，下诏要司马羕依安平王司马孚的旧例，在殿上设牀帐，由皇帝迎拜他。但同年就被司马宗图谋作乱的事件波及而被免官，更遭降爵为弋阳县王。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，苏峻领兵以讨伐庾亮之名进攻建康，朝廷军队不能抵御，最终建康失守，由苏峻控制