军机关学校校舍全毁，因此向江田岛海军兵学校借用校舍上课，因为在同地上课的缘故，所以海军机关学校33-36期学生与海军兵学校52-55期学生日后官场关系较密切。1943年在岩国飞行场设立岩国分校，1944年设立大分、舞鹤分校，1945年设立针尾分校。日本投降后的同年12月1日，分校与校本部全部废校。
招生.学生录取年龄为16-19岁，需具中学校第四学年以上学力或中学校毕业（日本二战前中学校为五年制，其上有三年制高等学校，高校上面有三年制大学），是全日本优秀自负的青年竞相报考进入的