仁慕尼黑二队对阵翁特哈兴的一场地区联赛比赛中，穆勒替换斯蒂芬·菲尔斯特纳出场，并取得入球，完成了他在二队的首秀。在2007-08赛季，他还代表二队有过另外2次的出场纪录，同时仍继续效力于19岁以下青年队。在随后的一个赛季，拜仁二队获得了参加新成立的德国足球丙级联赛的资格，穆勒于此项赛事中确立了自己作为关键球员的地位，他在全部38场联赛中出场32次，并射入15球，在联赛最佳射手中名列第五。此外，他还在赛季前被时任主教练的尤尔根·克林斯曼召入一线队参加友谊赛，并在2008年8月15日对阵汉堡的德甲联赛中于最后1