其中位阶最高的台南北极殿享有「大上帝庙」美誉，为官阶最高之大庙，敬以春秋两大祭。当时中国渡来汉民、兵士、商船航行海上需依靠北极星以进行船舶导航，因此来台汉人亦多数信奉上帝公。但女神妈祖早已名震闽南，水师官兵有相对少数的妈祖信徒，故明郑官方亦偶祭祀之。清朝攻台是利用当时相对少数的妈祖信仰，对明郑官兵发动心理攻势，因此东宁王国灭亡后，清廷便大肆在台宣扬妈祖神蹟，贬低原有的真武信仰与庙宇位阶。故东宁王国盛行的玄天上帝延至清治时代中叶后逐渐不及于妈祖。日后清朝遂利用妈祖信仰之宣传战对付各种抗清运动，历经日治时期