拱二年（686年），传说泉州巨富黄守恭梦见桑树长出莲花，遂舍桑园建寺，初名“莲花寺”。长寿元年（692年）改“兴教寺”，神龙元年（705年）又改“龙兴寺”。唐玄宗开元二十六年（738年）诏天下诸州各建一寺，以年号为名，遂改称开元寺。干宁四年（897年）王审邽重建。南宋绍兴二十五年（1155年）被毁，寻重建。元代赐名“大开元万寿禅寺”。至正十七年（1357年）又被毁。明洪武二十二年（1389年）僧惠远重建。永乐六年（1408年）扩建。万历二十二年（1594年）重修，崇祯十年（1637年）总兵郑芝龙等重建大雄宝