究所自天津辗转南迁后在重庆南开中学校园内内恢复成立，至1946年冬季迁回天津。1942年10月，美国总统特使威尔基来华，特到学校参观，曾倍加称赞。校友周恩来经常莅校，看望师长，并多次在学校午晴堂演讲。1945年10月国共和谈中，周恩来曾陪同毛泽东、王若飞来到校园内的津南村拜望张伯苓和柳亚子先生。1945年抗日战争胜利，天津南开各校相继复校，至此，南开大、中、小学遂形成南开体系。1953年，改名为重庆市第三中学，简称重庆三中。1984年，复名重庆市南开中学，但“重庆三中”这一名称至今仍在非官方