1945年，二次大战结束后，中华民国国民政府先由台湾省行政长官公署接收管辖南海诸岛，后再将此地划归广东省管辖。1947年国民政府亦明令公佈南海诸岛为中国领土范围，刊载报刊昭告世人，并树碑为志。1949年初，划归海南特别行政区管辖。1949年12月中华民国政府退居台湾，继续控制东沙，1990年7月将此地连同南沙群岛划归高雄市管辖。中华人民共和国则将此地仍归广东省。目前东沙群岛为中华民国政府实际控制，并由海岸巡防署管理。1995年由中央研究院历史语言研究所陈仲玉教授所发掘的“东沙遗址”，位置在东沙岛内潟