南东走向经过卓乃潭地区中部。境内未设站，北侧最近的是社头车站，属三等站，停靠少数自强号、莒光号，部分区间快车及全部区间车；南侧最近的是田中车站，属二等站，停靠部分普悠玛号、自强号列车，及全部的莒光号、区间车、区间快车。由此等车站可前往台铁沿线各站。台湾高铁大致以东北—西南走向经过卓乃潭地区西北部，并在境内设有高铁彰化站，由此可快速前往高铁南北各站。县道141号（员集路三段、东闵路三段）是员林至林内的道路，大致以纵向转北北西—南南东走向经过本地区东部。由该道路向北可前往社头、员林并止于省道台1线路口，