同城而治，以秦淮河为界，河北为上元、河南为江宁，同属升州管辖。两县并存的局面持续了近千年。南唐期间，改金陵府为江宁府。北宋时属江宁府，南宋时属建康府，元朝属集庆路，明朝属应天府、清朝属江宁府。洪武九年（1376年）六月，与和州、滁州划地给新置的江浦县。中华民国建立后，于1912年撤上元县、江宁县置南京府。不久，南京府废，仍置江宁县。1927年，成立南京特别市，以江宁县的城区，即明南京城为主体。但南京市政府与江苏省政府就南京市的范围，多有争执（参见：南京市 (中华民国)#管辖范围），而江宁县也得以暂时留存。