为今天的名字，由后勤和水文署的署长管理，学期被延长为七年，前两年和最后两年在学校度过，其它三年在海上度过。1851年在学校的四年被连到了一起，在海上的三年放到此后。学院的第一批毕业生于1854年6月10日离校。
南北战争时期.南北战争开始时学校的高三级学生下海服役，1861年5月学校被迁往罗德岛纽波特，1865年夏重新迁回安那波利斯。
从南北战争到第一次世界大战.美西战争突出了学院的重要性，从1899年到1906年校园几乎全部重建。Section:::