五年（1642年），擢徐州通判并分署房村，去任前“卧辙攀辕，涕泣阻道者，踵相接也”。崇祯十六年（1643年）程继孔（陈小一）农民军起，凌蒙初入何腾蛟幕下，进献“剿寇十策”，参与镇压平定淮、徐民变，不久殉职。一说崇祯十七年（1644年）凌蒙初在房村被李自成军包围，拒绝投降，忧愤呕血而死。
着作.凌蒙初一生着述甚丰，最大的贡献是在通俗文学创作方面，着有《二拍》、《圣门传诗嫡冢》、《言诗翼》、《诗逆》、《诗经人物考》、《左传合鲭》、《倪思史汉异同补评》、《赢縢三札》、《荡栉后录》、《