捷运公司成立，台北捷运自此形成兴建、营运机构分离的模式。1996年3月28日，不断延后通车日期的木栅线通车，成为台北捷运第一条通车的路线、也是台湾第一条捷运线。台北捷运公司为纪念此事，将3月28日定为台北捷运的通车週年纪念日。1997年3月28日，淡水线淡水站－中山站和新北投支线通车；同年12月25日淡水线通车至台北车站。由于东西向的南港线较晚完工通车，木栅线和淡水线2条南北向的路线两两独立，无法透过捷运转乘，因此当时的系统被戏称为「筷子路网」。相关决策单位一度有意让南港线台北车站－忠孝复兴站段先行通车