于第六任住持玄精上人的发愿重修，寺庙渐恢复旧观，宗教风气亦盛。二次大战结束、进入民国时期后，开元寺至台南市区的「三分子道路」被命名为「开元路」。而随着市区的扩张，现在开元寺已包围在市区内，周围高楼林立，不复昔日城郊古剎之风光。中华民国政府推行耕者有其田的政策，开元寺一度因土地生产不足以缴税而陷入危机，后来经眼净禅师与台南士绅名流合力处理才化险为夷。而此后开元寺附近增建了佛学书院、禅学院、图书馆、幼稚园、慈爱医院与安养中心等设施，与附近居民的生活有密切的互动。1963年（民国五十二年）翻修大士殿，改成