幕府设立镇西探题，并由今川氏出任对马守护。今川氏被解职之后，宗澄茂由守护代升格为守护。到了日本战国时代，因倭寇的骚扰，朝鲜王朝託以「清剿倭寇」名，于1419年遣将军李从茂出兵对马。宗氏向朝鲜求和，朝鲜旋即退兵。此后双方贸易一度中断，直到1443年，宗贞盛与朝鲜签订协约，成为朝鲜的「外藩」，并向其进贡。朝鲜给与了宗氏贸易权，宗氏在对朝鲜贸易中有了很高的权威，几乎垄断了所有对朝鲜的贸易。而因为对马国山地多耕地少的缘故，该地区的主要收入亦是来源于对朝鲜的贸易。在此期间，宗氏几度出兵九州，但因为毛利氏、岛津