刘志选回到朝中后，被任命为南京工部主事，不久升迁为郎中，当时已经七十多岁了。刘志选渴望快速加官进爵，上疏追论“红丸”，极力诋毁孙慎行，称其不道德。这一疏奏正中魏忠贤下怀。魏忠贤窃喜，在天启五年9月，任命刘志选为尚宝少卿。之后，刘志选仍再次弹劾孙慎行。天启六年，出任顺天府府丞。冬季十月时，上疏弹劾张国纪。当时有匿名榜张贴在厚载门，榜上列举了列忠臣贤臣，和他们的党羽七十多人。魏忠贤遂怀疑这张匿名榜单系出自张国纪等人之手。邵辅忠、孙杰谋因此大兴牢狱，残酷迫害东林党人。刘志选上疏称颂《要典》，说：“命德讨罪