于菲律宾对婆罗洲东部的领土索求与马来西亚发生冲突，而使两国之间的外交关系中断，该地区曾经是苏禄苏丹国的一部分。1968年至1969年，出于同样的原因，马菲外交关系再次中断。 由于菲律宾西南部的摩洛人叛乱，导致沙巴州东部地区多年来成为摩洛民族解放阵线等分离主义组织的目标，包括实行掳人绑架和勒索。自2001年以来，马来西亚一直是菲律宾政府与摩洛民族解放阵线之间和平进程的第三方促进者，马来西亚也通过维和行动支持菲律宾抵抗与阿布沙耶夫，摩洛伊斯兰解放阵线对棉兰老岛的叛乱。2014年3月27日，菲律宾政府宣布与