民因此逐渐撤往山区居住。汉人也随着逐渐松弛废除的内山开垦禁令陆续前来开垦居住。后来，清政府眼见汉人不断地涌入埔里开垦，台湾兵备道夏献纶于清光绪元年（1875年）11月8日解禁开垦禁令，总兵吴光亮于此建立大埔城。刘铭传在清光绪十三年（1887年）设埔里社抚垦局，埔里社抚垦局至日治时期仍然沿用。
日治时期.1894年（光绪二十年）甲午战争清廷战败，遂于第二年（1895年）将台、澎割让日本。1895年划入台中县，1901年独立为南投厅，1920年改为台中州南投郡、竹山郡、新高郡、能高