仓活佛罗桑丹巴却吉尼玛（明朝国师）曾任该寺法台，并制定僧规等等。清朝康熙年间，六世达赖仓央嘉措路经此地，曾经留任该寺法台，整顿该寺寺务。五世班禅罗桑意希在传教时也曾来此寺。第二世嘉木样活佛曾在该寺举办独雄大威德灌顶大法会，为131位僧人授比丘戒。清朝干隆年间，在鲁土司支持下，东大寺成为正规的格鲁派寺院。道光八年（1828年），在鲁土司的命令下，该寺扩建，并为鲁土司的第三子即鲁迦堪布喜绕尼玛修建了堪布囊欠，本地教徒俗称其为“三太子囊”。此后东大寺进入鼎盛时期，有僧人1000多人，经堂3座，佛堂99间（甘肃