谢里夫“胁迫劫持”串通杀害穆沙拉夫。阿巴西被迫就劫持案提供一份针对谢里夫的证明声明，但他拒绝发布声明。巴基斯坦军队也向他施压，要求他放弃谢里夫的效忠，但他拒绝这要求后被下监狱。在2001年被法院宣判无罪之前，他在监狱里呆了两年。到那时，谢里夫已经流亡沙特阿拉伯。在2008年的一次采访中，阿巴西声称穆沙拉夫自己在1999年控制了这架飞机。作为巴基斯坦国际航空的主席，他被指控在为航空公司购买200台电脑的过程中有1100万腐败，但他在2008年被宣告无罪。
再次参选.2002年10月10