调任江苏省委组织部部长，后调任中共中央组织局组织部部长。1933年3月任中共中央驻北方代表，负责恢复和主持北方党的工作。1935年春夏之交，孔原奉命离开北方，在上海中央局短期负责后，作为中共白区党组织的代表，于1935年7月出席了在莫斯科召开的共产国际第七次代表大会和国际赤色济难会扩大会议，被选为国际互济会主席团委员，后进入列宁学院高级班学习。抗日战争爆发后，主动请求回国参战。1938年8月，到西路军余部组成的新疆督办公署新兵营任政治主任教员。1939年4月奉召前往延安，任中共中央社会部副部长、中共西北