机构非常幸运的保留了下来，皇家公园被12位教授改建为国家自然历史博物馆。其中包括了解剖学家乔治·居维叶、进化论先驱让-巴蒂斯特·拉马克和艾蒂安·若弗鲁瓦·圣伊莱尔。该博物馆的目的是为了传授知识，收集藏品并进行科学研究。其在19世纪蓬勃发展，特别是在化学家米歇尔·尤金·谢弗勒尔（Michel Eugène Chevreul）管理期间，其与巴黎大学在科研领域旗鼓相当。例如，亨利·贝可勒尔在任博物馆应用物理主席期间（1892年至1908年）发现了铀的放射性。1891年12月12日的一道法令结束了这一阶段，