吉达成和议，并约定：「门司、赤间及伊予共同防御，以防备毛利的威胁」，希望能将能岛水军加入反毛利同盟，但这项约束形同具文，武吉私底下着手与毛利修补关系。天正3年（1575年）2月，备中兵乱平定后，武吉向隆景送上祝仪，足见双方关系改善不少。毛利军后来与织田信长交战，在水战中与小早川、儿岛、乃美等水军参加战役。特别是1576年7月13日（天正4年）的第一次木津川口之战嫡男元吉参战，击败了织田军，此后长期负责毛利家给本愿寺运送补给的任务。但2年后再与织田军交战，在第二次木津川口之战被织田军6艘铁甲船所击败。