古塔开始，这里便成为清初流放重犯之地。通常在作出流放宁古塔这一判罚之后，往往还会加一句“永世不得入关”。流放宁古塔是一个比死刑更可怕的刑罚，是肉体和精神上的双重折磨。例如郑成功之父郑芝龙，就被流放到此地，一说并被处死于此。顺治十四年（1657年）爆发丁酉科场案，吴兆骞被发配到宁古塔。康熙二十年（1681年）经明珠、徐干学、徐元文等朝廷重臣相救，纳资赎归，前后历经23年。张缙彦称，「流徙来者，多吴、越、闽、广、齐、楚、梁、秦、燕、赵之人。」1860年签订的《中俄北京条约》中规定清政府须将此地大部份