尔克孜人最早信仰原始宗教萨满教，早期生活在天山南部及中亚等地的柯尔克孜人西元10世纪前后就皈依伊斯兰教。在吉尔吉斯斯坦共和国境内约4,587,430名柯尔克孜族人，与现今的在中国新疆的186,708名柯尔克孜人，皆较多信仰伊斯兰教。而生活在中国黑龙江的富裕县柯尔克孜人则信仰萨满教，新疆额敏因长期与厄鲁特生活因此信仰藏传佛教。吉尔吉斯斯坦因浩罕汗国而伊斯兰化，南部吉尔吉斯更为伊斯兰化。《史记》中最早记录了柯尔克孜人的情况，称为“鬲昆”。两汉时称“坚昆”,受匈奴统治;魏晋南北朝至隋代称“结骨”、“契骨”