赶赴行在，即日拜左相。收复两京后，以功封韩国公，食实封五百户，改为侍中。安史之乱平定后，张均因接受伪职，按律处死。房琯请求苗晋卿出面说情，张均得以免死。后以贼寇渐除，屡乞骸骨，优诏许之，罢知政事，为太子太傅。第二年，因帝思旧臣，再拜为侍中。唐肃宗、唐代宗曾下诏晋卿摄冢宰，皆因固辞。晚年行走困难，代宗特意在延英殿召见苗晋卿，以示优礼，称“延英对”，《新唐书》说“宰臣对小延英，自晋卿始。”。肃宗崩，以首辅居摄政三日。永泰元年（765年）四月，晋卿逝世，享年八十一，追赠太师。初谥懿献，因对元载有旧恩，改谥文贞