自然保护署认为高密度飞行会对鸟群造成威胁，坚决反对确认机场的扩建计划。此外，作为相关土地的业权者，一部分天主教会也宣布抵制建设。随着兴建规划在2011年7月26日获得批准，抗议活动也日益增多。2011年10月29日，约7000名群众在慕尼黑市政厅前的玛利亚广场参加了大规模的示威集会。
2018年进展.2018年二月，基社盟在2018年秋季选举前宣布将为建造慕尼黑机场第三跑道的争议提出一个解决方案。州长马库斯 索迪亚表示，毋庸置疑他支持兴建第三跑道，但并不急在一时。他表示他的目标为于