斯·苏丹·赛义德·巴卜（Hami's Sultan Sa'id Baba）和他的儿子土伦泰的支持。明朝穆斯林遗民在叛乱中也与藏族人和汉族人联合起来。经过激烈的战斗和谈判，1649年达成了一个和平协议，米喇印和丁国栋名义上的承诺接受清朝收编，并拥护清朝。当南明成立后，清朝被迫撤出驻守甘肃的部队去攻打南明，米喇印和丁国栋再次拿起武器反抗清朝。最后，明朝穆斯林遗民被清朝军队杀害了近10万人，其中包括米喇印和丁国栋，土伦泰也兵败被杀。儒家的回族穆斯林学者马注也曾同南部的明朝遗民共同反清。在广州，有一座“回教