鼯鼠等。爬虫类则常见攀木蜥蜴、石龙子、锦蛇、青竹丝等，鱼类则以台湾马口鱼、鮕鱼为主。而在鸟类方面，扇平地区是台湾南部地区赏鸟的重要据点，据观察此一地区鸟种计有134种，其中留鸟部份佔了台湾的2/3，有赏鸟者的天堂之称。可以在此一地区观察到许多珍稀鸟类，如朱鹂、花翅山椒鸟、八色鸟、授带鸟、黄山雀、绿啄花鸟、黄羽鹦嘴、蓝腹鷴及林雕等。
环保议题.由于之前扇平溪每逢冬季就有许多外来民众到扇平溪非法电鱼、毒鱼，使得生态遭到严重破坏。2004年起，扇平当地中兴村社区发起护溪运动。而2006年