n::::关系.基于形态上的相似，单肢亚门传统上被认为和六足亚门最为亲近，因此曾被认为可同归于单肢动物此一亚门之中。但是，最新的研究对此提出了疑问，且显示和六足亚门最为亲近是似乎是甲壳亚门。非昆虫的六足亚门动物在各方面被认为是单一个演化线（一般被归为内口纲），或者是和昆虫纲有着不同关系的数条线。特别是双尾目，和昆虫纲的关系比弹尾目或原尾目更为亲近。亦有一些证据猜测六足亚门可能不是同源的，尤其弹尾目可能属于其他类群。分子分析猜测六足亚门是由其旁系群－Xenocarida分支出来的，大约在志留纪刚开始时，