后两次毁于火灾，万历三十三年（1605年）重建。清朝顺治元年（1645年）重修，顺治二年五月建成干清宫殿区，并无坤宁宫，其位置为干清宫后长房25间，总长27丈5尺，每间约宽3.48米。顺治十二年（1655年）仿盛京清宁宫再度重修。嘉庆二年（1797年）干清宫失火，延烧坤宁宫前檐，嘉庆三年（1798年）重修。坤宁宫明朝是皇后的寝宫（即“中宫”）。1644年李自成率农民起义军攻进北京时，明朝崇祯帝的皇后（周皇后）便在坤宁宫自杀。清朝顺治十二年（1655年）仿照清宁宫改建以后，即变成清朝宫廷萨满祭祀的主要场所