博物院于1952年经过试掘，发现文化层厚3.2-3.3米，出土陶器以夹砂红陶为主，有少量橙黄细陶、轮制黑皮陶，以及石箭头、石刀等石器，在2-3米深处还发现了铜箭头。1956年，窨子山古文化遗址被列为南京市文物保护单位。2011年，窨子山遗址被列为江苏省文物保护单位。