更多使用者提供支援，并且能够更快捷及准确地收集数据。2007年2月起，有关香港政府部门在卫生防护中心安装及设立了一台工作站，以方便在疫症爆发时，向卫生署提供支援。由于第二代系统所採用的电脑科技及系统设计过时，调查事务愈趋精密，而且系统设计并不包括在传染病爆发期间追查曾经与患者接触的人士等内容，无法满足运作的要求，因此保安局于2008年6月向立法会财务委员会申请拨款4,398万港元，发展第三代系统，预计于2011年至2012年分阶段投入服务。2004年6月，重大事件调查及灾难支援系统获得斯德哥尔摩挑战