维吾尔自治区成立50周年前夕，2005年9月29日，该组织透过总部在德国慕尼黑的“东突信息中心”宣称，将开始动用一切手段针对中国政府发动武装战争。这是该组织第一次公开宣布采取武装斗争的形式争取东突独立。
恐怖活动.东突解放组织以南亚、西亚的部分国家作为培训基地，以中亚为暴力恐怖活动的前沿阵地，在中国、中亚地区的吉尔吉斯、哈萨克斯坦等地开展了系列暴力恐怖活动。1997年，“东突解放组织”派人参加车臣战争，车臣方面向该组织提供武器弹药及军事教官。在塔利班支持下，“东突解放组织”