中华民国成立后，吴锡永从军界退出，此后历任北京政府财政部秘书，山东卷烟特税局局长。1929年6月12日，吴锡永出任上海财政局局长。1929年7月，上海市公债筹备委员会成立，吴锡永兼任委员。1930年，接替陈其采兼任江海关监督。1931年3月27日，任国民政府主计处秘书。抗日战争爆发后，吴锡永投向日本方面，任财政部秘书长。1940年3月30日，任华北政务委员会财政总署署长，10月2日代理财政总署督办。1944年，吴锡永调任华北政务委员会经济总署署长。抗日战争胜利后，吴锡永被列为汉奸。