复任尚书。
董卓入京.中平六年（189年），汉灵帝驾崩，刘辩即位，大将军何进决意要诛杀宦官，并召当时任并州牧的董卓进京以威吓反对此举的何太后。卢植知董卓凶悍难以控制，极力劝止何进但失败。随后何进事败，司隶校尉袁绍仍诛宦官，张让、段珪等挟刘辩及陈留王刘协出走至小平津(今河南省洛阳市孟津县东)被卢植所率部众追上，张让等人投河而死，刘辩还宫。而董卓进京后果然乘乱专权，并召集百官议论废立。当时百官无人敢言，只有卢植敢出言反对，却令董卓大怒，更意图杀害卢植，只因蔡邕、议郎彭伯营救才得免官了事