体最后在东本愿寺住持领回（另一说则为同志夺回之），下葬于爱知县冈崎市的法蔵寺。另外东京都三鹰市的龙源寺附近JR前亦有近藤墓碑纪念之。土方岁三将其一部份遗体埋葬于福岛县会津若松市，近藤勇的堂兄弟近藤金太郎首级则埋葬于山形县米泽市的高国寺内。每年流山市与会津若松市皆会举行「近藤勇忌」的祭典，以纪念近藤勇的事蹟与生平。由于近藤之女琼子25岁即过世，琼子独子久太郎也阵亡于日俄战争，近藤勇的直系血脉因此断绝。同族的宫川氏子孙则代代于家乡务农维生，直至今日依然。另外，子孙之一的宫川清藏则成为天然理心流的第9代掌门人