3世纪以前的文件通常较少，其中较着名的有当时教会要求英格兰国王亨利八世取消与阿拉贡的凯萨琳婚姻的文件、圣殿骑士团于1312年被解散前的审判纪录、天文学家伽利略·伽利莱因日心说而在罗马遭审判的审判书抄本、教宗依诺增爵三世发起第四次十字军东征的教宗诏书和米开朗基罗完成西斯汀小堂穹顶画后，写给教会抱怨他没有得到应有报酬的信件等。
访问.梵蒂冈宗座档案馆邻近梵蒂冈宗座图书馆，需拥有合格的大学学位或同等证明文件并提供研究目的、研究机构的介绍信函才可申请入馆卡，且每日只开放六十名研究人员进入档