洋委员会所属机关，负责海洋生态保育、海洋污染防治与海洋资源管理等。
历史.原行政院版《海洋委员会组织法草案》中并无海洋保育署的设置，但民间团体和朝野立法委员主张应增设海洋保育署与国家海洋研究院。2013年，立法委员邱文彦与田秋堇等提出之《海洋委员会组织法草案》版本增设海洋保育署 与国家海洋研究院，最后与行政院版併案完成初审。2015年5月，立法院朝野党团协商，确认将在海洋委员会里增设「海洋委员会海洋保育署」。2015年6月16日，立法院完成《海洋委员会组织法》三读。2015