5年配合政府战时疏散决策，曾与台南一中、台南女中两校筹设联合分部于台南县善化镇，男女兼收。翌年，此分部改为台湾省立善化高级中学。1961年8月，政府推行「省办高中，县市办初中」，又更名为「台湾省立台南第二高级中学」，并于台南地区台南一中、台南女中及家齐高中有「台南四省中」之称。1969年2月，罗旭升校长题字「止于至善」为该校校训。目前于弘道大楼外右侧围墙旁，即可以看到「止于至善」四字。1998年2月1日依教育部政策，因精省缘故，奉令改制为现名「国立台南第二高级中学」。
校名