1929年12月20日，国民政府明定海军旗与国旗同式，舰首旗为青天白日旗至今。中华民国海军军舰于上午8时至日没停泊时，悬挂国旗（海军旗）于舰尾旗桿及舰首旗于舰首旗桿，且同时升降。遇他国军舰出、入港时，若在上午8时以前日没以后，亦悬挂国旗（海军旗）。中华民国总统登舰时，双桅舰悬挂中华民国统帅旗于主桅顶，单桅舰悬于桅顶，乘汽艇或舢舨时，悬挂于汽艇或舢舨之首。中华民国国防部部长、参谋总长登舰时，双桅舰悬挂其官职旗于主桅顶，单桅舰悬于桅顶，乘汽艇或舢舨时，悬于汽艇或舢舨之首。中华民国海军司令及海军上将登双桅军舰时