任命他为左中允，后升任弘文院侍读。十二年进谏请求对太祖、太宗圣训进行编撰，获准，任纂修官。先后担任国史院侍读学士、礼部侍郎。康熙六年（1667年）升任礼部尚书，疏奏民穷之根源在于官吏、兵丁、权贵的欺压等，主张严肃吏治，皆获准。康熙七年（1668年），调任户部，再调吏部。后因为辩议任用官员的制度和品级的授予，被御史季振宜弹劾，黄机经过再三辩护，方被免去罪责。不久因为迁葬而上奏归乡。康熙十八年（1679年）又奉旨回京，暂任吏部尚书一职管理刑部。十九年（1680年）正式授吏部尚书，想要告老还乡，没有被批准。二十一