苏联国家安全委员会的人力资源基础上成立。随着同年12月26日苏联解体，苏联地区的代表们纷纷离开当局，随后阿塞拜疆政府召集了大量国内的安全专家上位顶替。2008年，阿塞拜疆国家安全局逮捕了18位“基地”组织(AI-Qaeda)成员，涉嫌参与袭击一座位于巴库的清真寺。
机构.阿塞拜疆国家安全局为国际情报机关，其章程规定其必须遵守相关国际法律条约。其与国外一些情报部门亦有合作，其中包括伊朗和土耳其的国家情报局。