肚菌属的学名"Morchella"是由德国植物学家命名，来自德文的，后者可能来自低地德语一种方言的mörk，意指黑暗，也可能是来自德语的moor，意指沼泽。1794年，克里斯蒂安·亨德里克·珀森描述发表了羊肚菌属，并指定为模式种。1805年，奥古斯丁·彼拉姆斯·德堪多发表了本属新种半开羊肚菌（"M. semilibera"）。1818年，珀森又发表了另一物种（"M. conica"），不过近代分子证据表明此名长期以来被不同学者用来指称多种不同真菌，现已不再使用。1822年，埃利亚斯·芒努斯·弗里斯发表了本属