集《马相伯集》、《利玛窦中文着译集》、《徐光启全集》等。因肺癌于2012月3月10日15时52分在上海新华医院逝世，享年76岁。
评价.复旦校方评价：朱维铮先生治学严谨、功力深湛，是中国经学史、中国思想文化史、中国学术史、中国史学史、中西文化交流史和中国近代史等多个领域的着名历史学家。他师承陈守实、周予同先生，继承了复旦优秀的史学传统，治学能力和成果在早年即为学界所瞩目，是1980年代文化史研究的主要倡导者、开拓者和建设者，主持整理、编选和校注多种重要典籍，是促进国际文史学术交流