本首相佐藤荣作随后在1967年访问新加坡，为日本首相首次访新。1968年，新加坡在日本设立大使馆。自1970年代起，由于日资公司陆续在东南亚设立厂房，使新加坡日侨数目亦因此上升。2006年，日本天皇明仁访问新加坡，为日本天皇首次访新。2009年，新加坡总统塞拉潘·纳丹成为首位访问日本的新加坡总统，他亦成为首位探访广岛原子弹爆炸受难者的外国国家元首。2015年3月李光耀逝世后，日本首相安倍晋三亲赴新加坡参加其丧礼。
经贸关系.1972年，日本曾有偿援助新加坡127.4亿日圆，并在