，但在杰斐逊主义者保证掌权后也不会解除他的职务后接受提名。联邦参议院确认总统提名后，哈里森于1801年成为首任印第安纳领地总督。
印第安纳领地总督.1801年1月10日，哈里森在印第安纳领地首府万塞讷上任 。接下来两任总统托马斯·杰斐逊和詹姆斯·麦迪逊都是民主共和党人，分别在1803、1806和1809年提名他连任。1812年战争爆发后，哈里森在这年12月28日辞职重返部队。1804年，哈里森受命执掌路易斯安那特区民政，此地包括后来纳入路易斯安那领地的北纬33度线以北地区。同年