大学，1971年起担任国立成功大学校长兼中国青年反共救国团南区主任，是成大改制国立大学后之首任校长，1978年荣退。退休后长居于台湾台南市，1991年其妻李定文教授病逝，1992年创立倪李氏奖学金，1996年1月12日病逝于其推动而设立的成大医院，总统李登辉明令褒扬以表彰其一生为国之贡献。2006年国立成功大学将该校土木系与环工系所共用的大地工程馆改名为「卓群大楼」，以纪念倪超对该校所作的贡献。