1941年11月15日出完第38卷第22号后停刊，1943年3月15日第39卷1号复刊。此次停刊共计一年四个月，是《东方杂志》历史上最长时间的一次停刊。商务印书馆的香港工厂全部为敌人所夺，重庆工厂又有待整理和扩充，因此停刊。复刊时，商务印书馆董事长王云五发表了专门的《复刊词》，介绍了《东方杂志》悠久的历史和所遭受的磨难。这次停刊对《东方杂志》有着深远的影响，标志着《东方杂志》开始进入它的衰落期、维持期。从1947年7月开始，《东方杂志》由半月刊改为月刊，1948年12月，《东方杂志》在出版完第44卷