1月，日军占领了位于二道河子的救国军指挥部，孔宪荣率部撤离。不久，王德林退入苏联境内，孔宪荣代理救国军总司令。1934年春，日军围困救国军，南京国民政府又已通令全中国停止抗日，孔宪荣不得不离开军队流亡欧洲，后来途经香港回国。抗日战争期间，孔宪荣向中国国民党中央请缨，回中国东北抗日，途经上海时遭到汪精卫政权逮捕。被押至南京后，孔宪荣坚决拒绝了汪精卫政权所委官职。后来，孔宪荣回到重庆。抗日战争结束后，孔宪荣受杜聿明起用，到中国东北历任第二支队司令、吉辽安边区总指挥兼第二支队司令、中国国民党东北党务特派员