尔人囚禁在伊犁。清朝占领伊犁后释放了大小和卓，并派他们前往回部（新疆天山以南地区）管理当地居民。但大小和卓杀死清朝将领，发动叛乱，史称大小和卓之乱，最后被清军镇压。虽然此墓属于叛变者的家族，但清廷并没有破坏此墓，并派有专人管理，而且也曾拨出款项予以维修。干隆二十五年（1760年），干隆帝颁旨对该墓的管理作出规定：“喀什噶尔所有从前旧和卓木（即“和卓”）等坟墓，可派人看守，禁止樵采污秽。其应行修葺分例，并着官为经理，以昭国家黔恤之仁。”清末，中亚浩罕汗国的伯克阿古柏入侵新疆后，为利用和卓的旗号巩固其统治，曾全