为「迎接挑战」、「革新转型」和「全民国防」，採聚焦式叙述，与之前各版的概略式叙述不同。该版也是首度同步公佈在网路上的版本，可线上阅览中英文版。2008年5月的《中华民国九十七年国防报告书》，以「信赖的国防」为主，编写方式同前，报告了国防转型成效、军队国家化，与自我防卫的决心与能力，原书并附有光碟。
马英九政府时期.2009年10月的《中华民国九十八年国防报告书》，则强调推动中华民国募兵制的决心，并宣示将遵从中华民国总统马英九指导，规划两岸军事互信机制，积极促进两岸和平，并且是首