命重组中华人民共和国司法部，任党组副书记、第一副部长，为中国的民主和法制建设贡献了力量。1982年到1992年，李运昌任中共中央顾问委员会第一、二届委员。李运昌还是中共八大、十二大代表，中共十三大、十四大、十五大、十六大、十七大特邀代表，中国人民政治协商会议第一届全体会议代表，第三、四、五届全国政协常委，全国黄埔军校同学会会长，中国和平统一促进会副会长。 2008年10月24日，李运昌在北京逝世，享年101岁。