天王之一的井伊直政接手入主并在此建立彦根藩，此后直到江户时代结束，本地都是彦根藩的领地。19世纪末明治维新实施废藩置县后改隶属彦根县，但仅四个月之后的府县整併中彦根县的辖区被併入长滨县，后随着县厅的迁移长滨县又更名为犬上县，不过仅半年后，犬上县又与滋贺县合併。1889年日本实施町村制，现在的甲良町辖区在当时分属和两个行政区划，直到1955年两村才合併为甲良町。
交通.铁路近江铁道本线及高速公路名神高速公路分别自辖区的西侧及东侧以南北向通过辖内，其中近江铁道在町内设有，不过名