，民进党爆发十一寇事件，萧美琴、范巽绿与十一寇同样成为深绿支持者围剿的对象，合称「十三寇」。萧美琴更被非常光碟《非常报导2007年第一辑》蔑称「中国琴」。2007年5月17日，民进党立委党内初选结果揭晓，党员票大幅落后之下使萧美琴以41.03%确定败给王世坚的46.22%，确定无缘代表民进党出线于台北市第二选举区争取连任，而王世坚最后仍以一万票的差距败给同样寻求连任的周守训，2010年底回任台北市议员至今。2010年民进党征召投入花莲县立委补选。2010年2月27日，花莲立委补选，萧美琴以33,249票