奉旨督办团练。次年，清军战败，李鸿章与日本签订《马关条约》，割让台湾，台湾人民激愤，丘逢甲呈文，反对割台。条约生效后，丘逢甲倡立民主国，率绅民奉旗、玺及总统印，献于巡抚唐景崧，并声援义军反抗。5月23日，唐景崧发表《台湾民主国独立宣言》。5月25日，台湾民主国成立，年号“永清”，唐景崧出任总统，刘永福为大将军，李秉瑞为军务大臣，丘逢甲为副总统兼团练使，统领义勇军。唐景崧驻守台北，丘逢甲奉命驻兵南崁策应。5月29日，日军登台，进佔基隆，守军不敌。6月4日，总统唐景崧率先弃职，乘德商轮船逃往厦门。丘逢甲隔天