划分为嘉义、盐水港、台南、蕃薯藔、凤山、阿猴等六厅。盐水港厅下辖新营庄、前大埔、店仔口、北门屿、蔴荳、六甲、萧壠支厅，地区涵盖盐水港堡、白须公潭堡、下茄苳北堡、下茄苳南堡、太子宫堡、铁线桥堡、龙蛟潭堡、哆啰嘓西堡、哆啰嘓东下堡、哆啰嘓东下堡、果毅后堡、赤山堡、善化里东堡、善化里西堡、蔴荳堡、茅港尾东堡、茅港尾西堡、佳里兴堡、萧壠堡、沤汪堡、西港仔堡、学甲堡、大坵田西堡。1902年4月，开始新营庄与嘉义间的铁道运输。同年10月，盐水港厅直辖旧营区的「孙厝藔仔庄」、「新厝仔庄」和「羊稠厝仔庄」改隶于北门屿支