7年发生岛原之乱（天主教徒暴动），1639年江户幕府驱逐所有葡萄牙人、禁止葡萄牙船只停靠日本。葡萄牙人被驱逐后，以往每年从葡属澳门来的葡萄牙商船不再停泊长崎，长崎经济大受影响；原先出资建筑出岛的町众，对于资金不能回收也感到为难。1641年，幕府强迫荷兰东印度公司将商馆由平户移往出岛。荷兰人每年向町众支付租银55贯。原则上日本人除了公事以外不能进入出岛，荷兰人也不得任意离开岛上。
规模与建筑.出岛是实行锁国政策之后，西方人唯一可以在日本合法滞在的地方。出岛是一个小岛屿，北侧长约190