他「想消灭大乘佛教，引入日本佛教，想做佛教界领袖」，虽然慈航经演培法师的调解，并没有发表文章，但是风波并没有停息。1953年，国民党内部刊物，登载「据报，法师所着《佛法概论》，内容歪曲佛教意义，隐含共匪宣传毒素，希各方严加注意取缔。」1954年，中国佛教会行文给各地佛教团体，称《佛法概论》为中国共产党宣传，要求协助取缔。此后，法师遭到警总与台湾情治单位的注意，被迫写出自白书，自承错误，最终有惊无险，但从此印顺法师行事更为低调。1953年，在台湾创设新竹福严精舍，以及于1960年，在台北创设慧日讲堂，