99年日本职业足球联赛，是J联赛历史上首次出现两级别赛事的赛季。当年度的J1联赛在3月6日开幕，11月27日结束常规赛，12月4日和12月11日举行两回合的总决赛。而J2联赛于3月14日开幕，11月21日闭幕。J1第一阶段冠军为磐田喜悦，第二阶段冠军为清水心跳，年度总冠军为磐田喜悦。J2的冠军球队为川崎前锋。
J1.
1999年赛季参赛球队.1999年赛季的J1参赛球队如下。本赛季起，横滨水手吸收合并了横滨飞翼，俱乐部正式名称改为横滨F.水手（简称仍为“横滨水