位等同于国立大学校长。多由宰相兼领，其佐贰官为国子监司业。主掌国子监、太学、武学、律学、小学的政令，以及课试、升黜、教导之事，同时也负责替学官打考绩。此外，依照太学三舍法的规定，属最低阶的外舍太学生须于季终，依序接受学谕、学录、学正、博士的考试，最终再由祭酒与司业加以考核，视其成绩，决定是否可以升至内舍。明、清时为中央政府官职之一，为国家最高学府国子监之主管官员。
清代.清代国子监祭酒，满缺、汉缺各一人，清顺治元年定品秩为满员三品，汉员四品，并兼太常寺少卿衔；十六年定制为从四品