一剂的方式给予。在长期抗凝血剂的治疗上，肝素一般只使用到口服抗凝血剂（如：华法林）开始发挥作用即停止给药。已针对肝素剂量出版临床指引。 
自然降解或清除.普通肝素的半衰期约为一到二小时，低分子量肝素的半衰期约为四到五小时。巨噬细胞会吞噬并分解与它结合的肝素，内皮细胞则会借着与肝素的结合使其无法与抗凝血酶III发生连结。高剂量的肝素会使内皮细胞与其结合的位置出现饱和的现象；虽然肾脏也会清除肝素，但速度很慢，这也就是为何低剂量的肝素半衰期比高剂量短的原因。