朝将领李成栋带军攻陷广州，并委派林凤翱为知县，将新会纳入清朝领土。然而，永历二年1648年四月十五，李成栋转投南明，新会一度归回南明管辖，但永历四年（1650年）十一月初二，清朝的尚可喜及耿继茂重夺广东，新会才正式纳入清朝版图。永历八年，南明安西王李定国接连三次攻打新会城，围攻新会城八个月之久，城中粮尽，守城清军吃城内居民充饥，到十二月初，吃掉居民近万人，其后章京鳌拜率八旗军赶到，以火箭大破象阵，李定国败走。康熙元年（1662年）清廷为防沿海居民接济明朝遗臣郑成功，下令迁海，沿海居民需向内陆迁徙50里，