时期初期，该宅邸因石家曾支援台湾民主国抗日而面临日人的拆毁，但后来据说日人因见咸丰四年（1854年）设于石氏宗祠内的育婴堂，认为石家应非乱民而未拆毁宅邸。之后该宅邸又一度因市区改正和二次世界大战而面临拆毁，前者因觉石家建筑拆之可惜而未予拆除，后者则因台湾总督府文教局官员宫本延人介入而未将大宅拆毁改建防空洞。而在美军后来的轰炸之中，该座宅邸又躲过遭炸毁的危机，不过仍留下了被机关枪扫射的弹痕。二次大战后，石鼎美古宅又先后因家族分产、辟建道路等因素面临拆毁，但该座宅邸的主要部分仍保留了下来，并成为三级