才、辅国将军孙无终及宁朔将军高雅之抵抗孙恩，战事一直持续到十一月，刘牢之率军进攻孙恩，逼其再次撤回海岛。
北逼京邑.隆安五年（401年）二月，孙恩再度登陆，进攻句章（今浙江宁波市），为刘牢之所败，又再撤回海上。孙恩于是转攻北面的海盐（今浙江海盐）。晋将刘裕于是到海盐筑城抵抗，并屡次击败孙恩。孙恩知道无法取胜，于是改攻沪渎。吴国内史袁山松于上一年就已修筑沪渎垒（今上海）以抵御孙恩进攻，但孙恩还是攻下了沪渎垒，四千人战死，袁山松亦遇害。六月甲戌日，孙恩循海道到达丹徒县（今江苏镇江市