育法没有包括此部分，而是由两性工作平等法保护。这期间由于国中生叶永鋕事件，委员会更为注重加入性倾向、性别特质、性别认同的部分，并且在2002年将「两性平等教育法」改为「性别平等教育法」。性别平等教育法草案于2003年5月完成，2004年3月31日行政院会议通过，进入立法阶段。期间「性别平等教育法民间推动联盟」成立，成员包括：台湾性别平等教育协会、妇女新知基金会、台北市女性权益促进会、台湾妇女团体全国联合会、台湾女性学学会、台湾同志谘询热线协会。6月4日《性别平等教育法》三读通过，6月23日由总统陈水扁公