从1595年起，他接管本家族在施蒂里亚、克恩滕和卡尼鄂拉的领地。曾去罗马朝圣。由于自小接受严格的耶稣会教育，斐迪南二世表现为狂热的天主教信徒，对宗教改革活动持极端敌对态度；1598年他在自己的领地上率先压制一切非天主教信仰。
三十年战争.1617年，斐迪南当选为波希米亚国王。由于西班牙哈布斯堡王朝的明显支持，他继承无嗣的马提亚斯皇帝的皇位和匈牙利王位几乎也成定局。斐迪南顽固的宗教政策引起了新教信徒的极度不安；在登上王位后不久，斐迪南就撕毁了皇帝鲁道夫二世颁布的在波希米亚准许宗教信仰