尾雨山等日本汉学家的帮助指导下，将许多稀世珍宝收入囊中，包括了商、周青铜器到宋、元、明、清书画。该馆的镇馆之宝是黄庭坚的《李白忆旧游诗》。黄庭坚的《砥柱铭》、米芾的《研山铭》、宋徽宗的《写生珍禽图》也曾藏于该馆。该馆所藏唐人写本《春秋经传集解》等被列为日本国宝，另有若干文物被列为日本重要文化财，但大多数中国文物并未被纳入日本文化遗产保护名录。藤井有邻馆的馆舍本身也是一件艺术品。有邻馆由两栋南北毗邻的建筑组成，主馆是西式风格的三层砖石建筑，一层主要展示石刻佛像，二层展示青铜器、印章等杂项，三层陈列书画杂项