陆续设立三个不同规模的分校区，最早是1998年启用的国立台湾体育学院（2008年与国立体育学院合併成国立台湾体育大学，2009年併校失败后改回原名，2011年改名国立台湾体育运动大学。）设置嘉义校区，以及九十三学年度启用的长庚技术学院（2011年改名长庚科技大学）嘉义分部，与大同技术学院太保校区。2009年启用崇仁医护管理专科学校大林校区，2015年国立台湾体育运动大学裁撤嘉义校区，并将校地无偿拨用给嘉义县政府，校区建物则由县府编列预算购买，承租的田径场、游泳池也一併归还。嘉义县现有大专院校8所，公私立