导制定了《中华民国宪法增修条文》（通称《宪法增修条文》），在不变更原有宪法架构的原则下，修改、冻结部分《宪法》条文。自1991年第一届国民大会第二次临时会首次修宪至今，共进行了七次修宪；修宪后，总统及副总统由分开参选投票改为组合参选，选举方式由国民大会间接选举制改为人民直选，任期由原本的六年改为四年，同时赋予总统发布紧急命令之权，以及任命行政院院长时不需经立法院同意等。1996年，李登辉搭档同党籍的连战于第九任总统选举中击败民主进步党（通称民进党）籍的彭明敏（副总统搭档为同党籍的谢长廷）、脱离国民党参选的林