约25％的人口感染了艾滋病毒/艾滋病。博茨瓦纳还正在努力解决5岁以下儿童营养不良率高的问题，这导致了其他健康问题，例如腹泻和发育迟缓。全国约36%（2008年10月）的成年人感染HIV，是全世界感染艾滋病病毒第二高的国家，平均每3个小时就有一人死于艾滋病。2013年艾滋病平均感染率为18.5%。目前疾病严重威胁着国家的社会经济安全。
医疗系统.博茨瓦纳卫生部负责监督全国医疗保健的质量和分布。 根据世界银行的数据，2009年的出生时预期寿命是55岁，此前曾从1990年的64.1岁