模式属为羊肚菌属。本科传统上包含、羊肚菌属与钟菌属等三个属，近年来又有若干个块菌的属被归入其中。
分类.羊肚菌科传统上包含（"Disciotis"）、羊肚菌属与钟菌属等三个属。2006年，有分子种系发生学研究以rDNA序列分析盘菌目下各类群的亲缘关系，发现原属的块菌属'与另一块菌属（"Fischerula"）属于羊肚菌科的演化支，而将此两属改归入羊肚菌科中。2008年，原属的块菌"Terfezia gigantea"被归入新属'，该属亦被归入羊肚菌科中。2010年，羊肚菌科又有一块