共和国独立，改称“马其顿共和国”（，拉丁化：）。「马其顿」原是古希腊时期希腊北部的国家的名称，由亚历山大大帝统治的马其顿帝国曾经征服小亚细亚、波斯、埃及等地，把希腊文明传播到中东各地。至今希腊仍将其北部地区称为马其顿。自独立以来，马其顿由于国名问题和希腊发生争端。希腊认为由斯拉夫民族（马其顿斯拉夫族）所建立的国家无权使用「属于希腊的名称」作为国名。由于希腊反对马其顿共和国使用“马其顿”的名称，联合国、欧盟与许多国际组织以及世界上部分国家原来将该国称为「前南斯拉夫马其顿共和国」（；拉丁化：）。截至2011