利义昭被织田信长流放。1588年足利义昭拜见关白丰臣秀吉，辞征夷大将军，室町幕府告于瓦解。1600年，自称清和源氏分支新田氏后裔的德川家康发动关原之战，取得统治权。1603年家康任征夷大将军。开始江户幕府时代。1868年德川庆喜将政权归于明治天皇（大政奉还），次年江户开城（戊辰战争），至此平清盛、源赖朝以来的武士政权告一段落。1993-1994年，细川护熙任内阁总理大臣。细川护熙出身于细川氏，是足利氏早期的分家，是清和天皇的直系男系血亲。