将先前收容的俘虏释放，不过对圆顶半岛的清军则是到3月28日才释放下士以下的俘虏。又4月30日日军舰队司令伊东祐亨因三国干涉还辽之事率舰队返回日本佐世保，留下混成支队与第四水雷艇队，之后由比志岛义辉指挥部署澎湖防务。5月31日驻澎日军接获首任台湾总督桦山资纪从台湾三貂角发出的训令，隔天收到日军大本营的电报，驻澎日军即刻改归台湾总督直辖，之后在桦山资纪命令下，混成支队步兵第十二联队第二大队第五、六中队留下守卫澎湖，除了病患、相关人员等之外的混成支队士兵于6月3日从妈宫港出发，隔天抵达鸡笼，在向台湾总督报到后