台南县选区参选制宪国大代表选举并以23万多票，全台第一高票当选，1947年又高票当选中华民国第一届国大代表，目睹李宗仁与孙科争夺副总统职位的斗争。
台北市长.1950年吴三连获得蒋介石召见，2月出任官派台北市长，任内致力于安置国共内战后到台湾的国军，当时台北市民由1945年的33万余人爆增至1950年的50万多人。1950年吴三连参加台北市长民选，辞去市长由项昌权代理，吴三连以小册子《市政三年》为竞选政见，获得选民支持。1951年1月7日开票当天，吴三连得到九万两千余票，以得票