不再续聘，受到教育部邀聘为教育部委员，却因理念不符而严正拒绝。1967年，哈佛大学邀其前往研究中国近代思想，国民党政府不允许其出境。当年国民党称殷海光言论带有“毒素”，而迫使殷海光离开台湾大学，与青年人隔离，随后凡是被冠以“殷海光的余孽”的台湾大学哲学系教师被停聘，人数之多几乎使哲学系关门。不久，弗里德里希·哈耶克教授到台湾访问，政府也禁止殷海光与之晤谈。而且殷海光生活起居也受到监视。他不堪身心双重折磨，是年罹患胃癌，病中嗜食芒果，并坚持阅读着作不辍。1969年病­逝，享年49岁。他的弟子李敖认为，