马丁并提出鸟类与手盗龙类并非近亲，但在2004年，马丁修正他的理论，认为手盗龙类是鸟类的近亲。但马丁认为手盗龙类在演化过程中失去飞行能力，而鸟类演化自非恐龙的主龙类，而兽脚亚目的大部分成员并不属于恐龙。在2005年，Mayr与Peters叙述了一个在怀俄明州瑟莫普利斯镇发现的良好始祖鸟标本，发现始祖鸟的生理结构比原先认知的更类似恐龙。另外，他们还具有类似驰龙科的大幅弯曲第二趾爪、原始上颌、未反转后趾。Mayr与Peters的种系发生学研究提出孔子鸟与小盗龙的亲缘关系更为接近，而离始祖鸟较远，使鸟翼类成为并