已在深圳市龙华区九龙山片区选址筹建南开大学深圳高等研究院。同时，南开大学将与龙华区合作运营一所综合医院。
已废止的校区.除八里台校区、津南校区和泰达学院外，南开大学曾拥有迎水道校区和紫金山路校区，在深圳则曾在西丽大学城的南开深圳金融工程学院开展教学科研。迎水道校区位于天津市南开区迎水道100号，占地面积207亩，建筑面积8.2万平方米，距校本部3公里。迎水道校区始建于1983年，本为天津对外贸易学院校址。1994年，该校并入南开大学。迎水道校区曾主要承担本科、研究生部分一年级新生的