西南管理局批准云南省局开辟昆明至西双版纳的航线，1990年4月7日正式通航。建成时机场占地面积1620亩，机坪面积20400平方米，停机位4个，航站楼面积7859平方米，飞行等级区3C。1996年经国务院审批为国家一类口岸，2000年2月2日开通直飞泰国曼谷国际航班，2001年10月17日曼谷航空公司开通至西双版纳航线，标志着机场正式对外国籍飞机开放。由于民航体制改革需要，2001年12月31日机场与航空公司分家，2004年4月26日云南机场集团有限公司正式挂牌成立，民航西双版纳站变更为云南机场集团公司