会谈并决定江户开城后，由江藤负责接受城内的文书。然后他回到京都与大木乔任连名向岩仓具视建议将江户改名东京（东京奠都）。面对以旧幕臣为中心的彰义队所产生的问题，与大村益次郎等共同主张讨伐，并以军监的身分在上野战争中将彰义队赶到寛永寺周围，凭借佐贺藩的阿姆斯特朗大砲以远距离射击的战术瓦解彰义队。明治2年（1869年），因为维新之功而被赐予赏典禄100石。
作为明治新政府的官吏.戊辰战争告一段落后新政府设置江户镇台，江藤被任命为长官之下的6名判事中的会计局判事，负责处理民政、会计，财政及