设立清河军（属淮南路），下辖清河县，县境完全位于淮河以北。元朝至元十五年（1278年），废清河军为县，属淮安路管辖。泰定（1324年—1328年）年间，清河县城被黄河冲毁，于是徙治淮河以南的淮阴县故城，因此县境达到淮河以南。明、清时期，清河县均属于淮安府管辖。干隆二十五年（1760年），清河县城再次被黄河冲毁，于是江苏巡抚奏请朝廷，割山阳县重镇、河道总督驻地清江浦为清河新县城。1914年，因为与直隶省清河县同名，改名为淮阴县（今淮安市淮阴区）。