提出真双型齿翼龙科包含五种：空枝翼龙、"Raeticodactylus"、以及真双型齿翼龙的三个种，但并没有提出种系发生学分析。近年的一个研究，提出真双型齿翼龙科的种系发生学定义，并发现蓓天翼龙是其最近亲。不同于前述研究，他们发现真双型齿翼龙属本身是个单系群，并增列真双型齿翼龙科的两个亚科。真双型齿翼龙亚科（Eudimorphodontinae）包含亲缘关系接近于真双型齿翼龙、离"Raeticodactylus"较远的所有物种；Raeticodactylinae的定义则是相反状况。