着逃亡，带着十万两白银的起义款项逃往广东嘉应。6月11日，泉州人辜显荣代表艋舺士绅迎接日本军进入台北城。同时，军务大臣李秉瑞、义勇军大统领吴汤兴坚守岗位积极备战。6月19日，日军开始南下进攻桃园、新竹。22日前锋部队佔领竹堑城前后，开始遭到客家烈士吴汤兴（苗栗铜锣人）、姜绍祖（新竹北埔人）、徐骧（苗栗头份人）等人率领的义勇军的游击式「壮烈反抗」。另外，在三角涌的隆恩埔、分水崙等地，日军分别遭到当地义勇军的包围伏击，死伤多达数百人。6月26日，余众在台南拥立民主国大将军、黑旗军统帅刘永福为第二任大总统