起担任中国科学社生物研究所研究员，从事真菌学研究。1937年起进行中国西南、西北原始林区调查研究，1945年在上海设立森林生态研究室。1948年获选为第一届中央研究院院士。1949年起历任沈阳农学院、东北农学院教育长、副院长， 1955年起担任中国科学院微生物研究所研究员、副所长，中国科学院生物学部委员（院士）。文革中邓叔群是科学界最早遭批判的，因其胞弟邓拓是「三家村」反党集团主帅。邓叔群自然受株连，被扣上「三家村黑帮」、「三家村科学顾问」、「学阀」、「恶霸」、「流氓」、「反革命分子」等帽子，受尽摧残凌