星于1949年重整省工委会成为省工委首脑，退入苗栗三义山区持久对抗，1952年组织遭政府瓦解，并于1952年召开记者会宣布组织瓦解，1953年底获得国防部核准自新。蔡孝干之后加入中国国民党，任中华民国国防部保密局设计委员会委员；1952年又任职于国防部情报局匪情研究室，后升任该室少将副主任兼中华民国司法行政部调查局副局长。蔡和另外向中华民国政府投诚的陈泽民、洪幼樵等人长期被严加警卫，深居简出。1982年10月在台湾病逝。
争议.根据口述历史，谷正文表示蔡孝干初遭到严密审讯指甲遭拔