连任了第九届全国政协副主席，排名上升到第三位。2002年11月，在中共十六届一中全会上，王昔日的副手们——胡锦涛、温家宝等人，纷纷晋升中央政治局常委；然而，王兆国才刚刚进入中央政治局。在一个月后的召开的中华全国总工会十三届五次执委会上，王兆国接替了尉健行出任全国总工会主席；2003年3月，又当选为第十届全国人大常委会排名第一位的副委员长。2008年3月，王兆国连任第十一届全国人大常委会副委员长；2013年，以国家级副职领导人级别届满退休。