候，受到核能突变的巨大翼龙拉顿突然出现。而当拉顿准备追击要逃命的调查员的当下，哥吉拉从海上出现哥吉拉和拉顿的打斗开始交手。趁机逃脱的调查员们带着卵回到京都，并将这颗卵交给生物工学研究所的五条梓进行详细检查。意外促使在卵中的生物破壳孵化－从卵中出现的不是翼龙，而是哥吉拉龙的幼兽，并发出高频率叫声。也在此时，哥吉拉为了要抢回被命名为哥吉拉二世（台译：小恐龙，港译哥斯拉宝宝)的同族，从四日市登陆。Ｇ部队向机械哥吉拉发出迎战命令，机械哥吉拉也升空前往迎击，结果败北。接着，哥吉拉直接朝向京都的生物工学研究所发动攻