莱克修斯在1084年把他废除并选择了成为新的普世宗主教。1085年，自塞尔柱突厥人大量涌入安纳托利亚便与帝国其它领土失去陆上通道的安条克沦陷，阿莱克修斯对此完全无能为力。1087年，阿莱克修斯又面临新一轮针对帝国巴尔干领土的入侵，这次的入侵者是来自多瑙河北岸的一个突厥部落，大约有80000人的佩切涅格人。阿莱克修斯亲自率军穿越莫西亚反击佩切涅格人，但他没能击败敌人并在撤退时被佩切涅格人包围从而不得不支付一笔保护金换取停战。1090年佩切涅格人再度入侵，这次他们直接冲着君士坦丁堡所在的帝国核心地区——色雷