请其出任行政院副院长。翁文灏任内主持货币改革，在8月推出金圆券取代法币，并以行政方法意图控制物价，结果造成金融失调。翁文灏内阁于11月总辞。12月1日，行政院会议通过非军事机关分迁于重庆、广州两地办公计划。次年1月，蒋中正下野。2月，翁文灏任代总统李宗仁之总统府秘书长。至5月，李宗仁主事与中共和谈失败，翁辞去秘书长之职，并出国至法国。
晚年经历.1951年，翁经英属香港回到中国大陆，是曾经担任中华民国政府高级官员中首名回北京的官员。翁在1948年曾被共产党列为战犯，回到大陆后初