淡出政治，但仍持续发表政论文章，并以新议程研究室之名参与国内外政策及学术研讨会。2008年1月4日，周奕成表示，他投入选举至今只花费新台币十万元，但中国国民党与民进党候选人光是文宣就已花费新台币上千万元，竞选花费过高使候选人需要企业支持，更导致日后官商勾结严重、执政者向富人靠拢；所以他批评，国民党与民进党都是「要钱右派，要票左派」。他同时批评：民进党自命为「本土政权」，只准自己本土，不准别人本土，这样民进党才能独占本土；若民进党真的爱台湾，就应该容忍甚至鼓励新的本土力量。2008年底，周奕成在《联合