Timur）成为统治者，并把撒马尔罕（Samarkand）建为他未来帝国的首都。 河中地区在14世纪中叶的繁荣，为人所知。在此一时期，蒙古民族和其他民族在此融合。
近代.16世纪，大部分时段为乌兹别克昔班后裔控制，一度臣服于奥斯曼帝国。17世纪至18世纪分别被布哈拉汗国、浩罕汗国、希瓦汗国三个政权统辖，臣服于伊朗萨法维王朝与阿夫沙尔王朝，并曾向清朝纳贡。1860年代，随着西方列强在中亚殖民扩张，俄罗斯帝国通过战争吞并了希瓦、布哈拉、浩罕三汗国，在河中地区设立了“突厥斯坦总督区”