迁校计画终于全部放弃。1949年2月1日，北平为中共佔领。以外籍圣职人员为主的意见认为辅大将成为中共迫害的对象，拟将图书仪器迁运国外，但遭到中共地下党员学生的强力扣留，最终仅能运出鲍润生神父（Fr. Biallas SVD）购置，非辅大名下财产的《华裔学志》等部分图书。迁运计画始动之后，中共旋即于各大报为文攻击校方当局，并成立了排除天主教人士的辅大改组委员会，以天主教辖下的辅大作为反天主教行动之中心。有鑑于此，圣言会遂拒绝继续资助辅大之校务开支，中共党员学生于是劫持校务长芮歌尼，施以暴力殴打，芮氏不得已