昌县侯。入朝为左卫将军。573年（太建五年）、陈军北伐，樊毅率兵攻下广陵楚子城。在颍口击破北齐军，在沧陵击破北齐援军。575年（太建七年）攻下潼州、下邳、高栅六城。吕梁之战陈军战败，樊毅为大都督，进平北将军，率兵渡淮水，面对清口筑城，与北周军对峙。连绵之雨使城墙毁坏，樊毅全军撤退。转任中领军。579年（太建十一年），北周梁士彦率兵包围寿阳，樊毅为都督北讨诸军事，率水军入焦湖。担任镇西将军、都督荆郢巴武四州水陆诸军事。580年（太建十二年），进位督沔汉诸军事，因公务原因免官。581年（太建十三年），召还任中护