珍宝船队1550年时只有17艘船，到了16世纪末已有超过50艘西班牙式大帆船（，又名盖伦帆船）。17世纪中后期，船只的数量减少到了巅峰时期的一半并继续萎缩。不过在17世纪的最后十年间，因为贸易和经济的恢复，船队得以再次扩大，并一直持续到18世纪西班牙波旁王朝期间。从17世纪到18世纪中叶，西班牙美洲殖民地和西属西印度群岛不断受到其殖民对手的侵袭，使得西班牙的航路一直受到威胁：英国于1624年取得了圣基茨，1655年占领牙买加；法国1625年夺取圣多明戈（法属圣多明戈，即现在海地）；荷兰1634年占领