慕容超继承之心。而慕容超亦深知慕容德的意思，因此「入则尽欢承奉，出则倾身下士」，于是舆论一致称赞，不久即被立为太子。南燕建平六年九月戊午（405年11月17日），慕容德去世，九月己未（11月18日），慕容超即皇帝位，改元太上。慕容超登位后，宠信旧部公孙五楼，听信其言，大杀功臣，时称“欲得侯，事五楼”。又喜好游猎，使得人民苦不堪言。他的婶母、皇太后段季妃等密谋废掉他立慕容钟，事发，慕容超杀了相关诸臣，废黜了段季妃。太上三年（407年），因母段氏、妻唿延氏尚留在后秦，遂向后秦称藩，后秦就将其母、妻送还。