吐蕃王朝崩溃后，囊谦家族第四十七代首领者哇阿路割据今日囊谦县一带自立，称囊谦王。他在1175年（淳熙二年）内附南宋，被册封为第一代囊谦土司。1239年，蒙古将军阔端入侵吐蕃，囊谦土司阿约哇归附，元朝承认所辖六部落的领地和属民。囊谦土司信奉藏传佛教的噶举派。清朝初年，囊谦土司受到信奉苯教的白利土司的入侵。1639年，囊谦土司在和硕特汗国固始汗的帮助下打败白利土司，恢复了领地。囊谦土司向西藏朝贡。1726年，雍正帝实行藏区分治，囊谦土司被任命为囊谦千户，统辖囊谦、称多、玉树的头人，归西宁办事大臣管辖之下。1