800年他同预备军团一起翻越了阿尔卑斯山，并参加了马伦哥战役。1801年1月塞巴斯蒂亚尼占领了特拉维索，在马尔蒙的帮助下他同奥地利人进行了停战协商。1801年10月塞巴斯蒂亚尼担任拿破仑军政府驻奥斯曼帝国领事馆外交使节，出使土耳其，1802年他游历了埃及。1803年被晋升为准将。在返回法国后，1805年，他成为了第2龙骑兵旅的旅长，他的旅是最早进入维也纳的部队。在奥斯特里茨战役中塞巴斯蒂亚尼再次负伤，随后他晋升为少将。1806年，他负责指挥第二军的第二师，但是没过多久他就被替换下来并被委任为法国驻土