钟功能，因此取消了来自“新世纪福音战士”的登场角色的生日祝福的事件（PS one 经典游戏版同样）。另外，改变了被全灭的式样，可以从地图上保存的进度状态的时候直接开始游戏。PS版的BGM由于内置音源的关系，与SS的编曲上有所不同以外，《机动战士GUNDAM 逆袭的夏亚》的登场角色的主题曲以及盖斯特军的BOSS角色的主题曲《VIOLENT BATTLE》曲子本身被替换成了其他内容。另外，赛巴斯塔的主题曲《》在SS版中是基于《超级机器人大战外传 魔装机神》编曲的，PS版则是基于“第4次超级机器人大战”编曲。