掠食者.非人类掠食短吻鲟只有很少纪录。在黄鲈的胃中曾发现一条幼鲟，相信鲨鱼及海豹有时会吃短吻鲟。牠们的寄生虫相信并没有害。现时并没有纪录指野外的短吻鲟患病。
遗传.短吻鲟有16组染色体，并不像大部份的嵴椎动物。牠们可能是最后演化的鲟之一。