沈林子亦转入镇西府，加建威将军、河东太守，后又转为镇西谘议参军。后沈林子因母亲去世而离职，送母还葬吴兴。下葬后刘裕曾下诏要沈林子不服丧期，复任辅国将军，但沈林子坚决辞让。刘裕于是退一步，让他于朔望日不用还朝，而军国大事都去谘询他；而当时当政的领军将军谢晦患病或有家事时，都会由沈林子代摄其职。不过沈林子守丧期间因过于伤心，很快就患了病，刘裕见此就逼其入台省，每日都亲身安慰他，待他病情稍为好转才让他回去。不久刘裕也患病了，召了沈林子入侍，只是沈林子此时也病发，唯有出宫。沈林子在永初三年（422年）去世，享年