海格路（现华山路）校区作为校舍，1939年1月，经日本国会同意，书院升格为东亚同文书院大学。1945年9月15日，国民政府教育部京沪特派员办公处进驻交通大学徐家汇校舍，接收并关闭了东亚同文书院大学。1946年，原东亚同文书院大学的教职员及校友在日本爱知县丰桥市成立了爱知大学。