中，宁夏（今银川市）革命军起义，成立宁夏军政府，马麒奉派讨伐宁夏军政府，将其消灭。中华民国成立后的1912年（民国元年）4月，马安良、马麒驻扎兰州，因统治横暴而遭到甘肃省临时参议会纠弹。奉马安良的指示，马麒派人杀害临时参议会议长李镜清，对此甘肃都督赵惟熙未作处理。同年8月，马麒被北京政府任命为西宁镇总兵，后升任青海蒙番宣慰使。
确立青海统治权.1914年（民国3年），四川与青海就青海南部与四川省交界的玉树、昂欠两地的归属产生纠纷。了解到当地的藏族人不希望归属四川省后，马麒向北京