布楚条约》虽然确立清朝对外东北的统治，但到1858年，俄罗斯帝国逼迫清黑龙江将军奕山签订《瑷珲条约》，佔领了黑龙江以北、外兴安岭以南60万平方公里的土地。随后1860年又签订了《北京条约》，不仅承认《瑷珲条约》的合法性，还将原先约定共管的乌苏里江以东和兴凯湖地区的40万平方公里的土地占领，中国自此失去日本海的出海权及海岸线。到1900年时，俄又出兵强佔江东六十四屯。库页岛也先被俄罗斯帝国和大日本帝国两国各占岛南北两端，后又全数归俄。在西北地方，沙俄于1864年和清廷签定《中俄勘分西北界约记》佔领了巴尔喀什湖