邓小平主持召开的冀南、太行、太岳地区军政党委员会高级干部会议，在会上提出安定民生、建立秩序、发扬民力、增加生产四项措施。会后他担任冀南、太行、太岳行政联合办事处副主任，领导太岳抗日根据地的建党、建政、建军工作。1941年1月，薄一波任八路军太岳军区司令员兼政治委员，8月任八路军太岳纵队政治委员，同年任新成立的晋冀鲁豫边区政府副主席。1942年10月，任中共太岳区党委书记、中共中央太行分局委员。年底，其率部与陈赓、安子文发动沁源围困战，并将日军、伪军逼退出沁源。1943年12月，薄一波赴延安入中共中央党校