ker）在《明末的东林运动》一文说：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个政治改革的士大夫团体。”
南明时期.东林党与阉党之争，一直延续到南明；阉党的阮大鋮打击东林党人向来不遗余力，本来阮大鋮和东林诸君子关系不错，但受到赵南星的打压，最后干脆倒向阉党。当时东林党人因为与国本之争时，与福王朱由崧的先人朱常洵有过节，力主拥立潞王朱常淓，所以史可法写信给马士英说明福王朱由崧「七不可立」，马士英却抢先拥立福王。史可