郑成功搬迁家眷来台的命令，郑泰、洪旭、黄廷等重要将领都抗命不往，乃至于「不发一船至台湾」。随后又爆发了郑经私通弟弟乳母的事件，郑成功愤怒下令处死郑经，而郑泰等人则是再次抗命，甚至杀死郑成功派来的使者，令对立的局面更为严重。直到郑成功病死，郑经于郑氏王朝嗣位战中胜出，情势才勉强安定下来。
荷兰方面.根据战后双方签订的和约，荷兰人交出热兰遮城里共471,500荷兰盾的商品与财产给郑成功，加上堡垒的枪砲弹药，损失更是达120万荷兰盾。失去大员后，透过台湾连结中国与日本的贸易计划也无法