1954年，任山西大学中文系副主任。1955年肃反运动后期，他被人诬陷为反革命，遭到隔离审查，遂辞去副系主任和教研组主任兼职。后来，因为查无实据，且幸而有张爱萍写出证明，才洗清参加“反动地主武装”的罪名，结束被审。1956年冬，加入九三学社。1957年反右运动后期，被划为“右派”。本来他只是山西大学九三学社的一名记录员，记录会议上大家的发言，结果那些在会上发言的人为了逃避成为右派，便把没有发言的姚奠中搞成了右派。1959年，为响应上级号召，山西大学中文系三年级两个班迁到洪洞县马牧村上课，姚奠中随班边劳动边上