月台.飞翔公园站设有两个侧式月台，位于旧白云机场中轴线地底。两个月台在乘客眼中看似两个位于不同层数的单向式月台，但事实上它们是对向式月台设计，只是两个月台之间被墙壁完全阻隔，令乘客无从得知两月台位于同一层，与2号线白云公园站至黄边站车站设计类似。
出入口.飞翔公园站共设有两个出入口，各站厅均设一个出入口。
利用状况.由于车站开通时，旧机场南端地块仍未得到有效开发，位处其中的飞翔公园站因而被荒地所包围，两个出入口皆处于荒地之中。现时