。在患病的晚期，吸入性肺炎会加重，而保持正常的体重也会越加困难，并有可能需要通过插管进食。随着膈肌和肋间肌的无力，唿吸也会开始衰弱。肺功能指标，比如肺活量和吸气压力都会下降。唿吸起病患者，这些症状可能在四肢发病前出现。在患病的最后期，控制眼球运动的动眼神经以及眼外肌也会被影响。眼球运动直到最后期才受到影响很大一个原因是骨骼肌与眼外肌的差异。最终，病人的情况可能类似闭锁综合症。
眼球运动.肌萎缩侧索硬化症患者可能会难以进行自发、快速的眼球移动。眼动速度会减慢，并且平滑追踪眼动和收