早期的抗抑郁药因其无选择性的干扰除了羟色胺以外的神经递质而具有许多副作用。而氟化药物氟西汀则因其选择性而成为第一类能够避免这些问题的药物之一。目前许多抗抑郁药物都经过类似的氟化处理，包括选择性血清素再摄取抑制剂：酞普兰、其异构体依他普仑、以及氟伏沙明和帕罗西汀。喹诺酮类是人造广谱抗生素，通常也会通过氟化来提高疗效。这些药物包括环丙沙星和左氧氟沙星。在类固醇药物中也会使用氟：氟氢可的松是可以使血压升高的盐皮质激素；去炎松与地塞米松是很强的糖皮质激素。大多数吸入型麻醉剂都是重度氟化的。其原型氟烷在同时代药物中更