宗教法人才得以幸存。1955年以后，执政的自民党5次提出《靖国神社法案》，要求将靖国神社改为“特殊法人”，试图将之国营化，1974年由于日本社会的反对没有成功。在正殿的（神社内代表神祇所在的地方或物品）原本只有一座。战后，为了祭祀于原台湾神宫及台南神社的北白川宫能久亲王和祭祀于蒙疆神社（张家口）的北白川宫永久王，重新设立了新神座，因此现在有两神座。1966年，日本厚生省将含有远东国际军事法庭判决的甲级战犯的祭祀名录，交给靖国神社宫司（即庙祝）筑波藤磨，但筑波没有把他们供奉上去合祭。到1978年1