然而为了拯救同袍，陈思祺冒险再次开启铁闸，被疑犯手持的AK-47突击步枪所射击的子弹射进眉心，贯通鼻窦及舌头，再由下颚穿出，头部重创。陈思祺的情况一度危殆，于医院接受医疗两个月期间进行了8次手术，后来奇蹟性地生还。然而，陈思祺的脑部受到损害，而且从此失去味觉和嗅觉，受到后遗症的折磨。他于康复后，仍然驻守于重案组，其后更屡破大案，包括香港大学助理教授柯丹被杀案、淘大花园尼龙袋藏尸案及秀茂坪童党烧尸案等。2000年5月10日，香港发生淘大花园尼龙袋藏尸案，由陈思祺率领的秀茂坪警区重案组第二队接手后4小时闪电