史丹福大学、美国天主教大学、克拉克大学等，十四所学校于1900年2月在芝加哥举办创始会议。哈佛大学的Charles E. Elliot当选为该组织的第一任会长，史坦福大学的David Starr Jordan当选为该组织的第一任主席。美国天主教大学和克拉克大学已经退出该会，其余12所大学为会借最长的成员大学。1914年，美洲大学协会开始为其成员和其它教学机构开展高等教育认证工作，区域性认证机构从1920年代开始发展，但发展并不顺遂，因为高教机构间存在着高个体差异性，难以有一个放诸四海可行的综合标准来衡量