军后，受左宗棠之命与德克碑一同仿造小轮船。同治五年（1866年），左宗棠创办福州船政局，充任正监督，度地募工，殚心所事；筹设绘事院、小铁厂。同治七年（1868年），加提督衔，赏花翎。同治十三年（1874年），以船政敎导的功劳而获赏银币。牡丹社事件发生后，清政府派沈葆桢协防台湾，修筑炮台（亿载金城）。当时日意格亦曾与沈葆桢同行，从事招募洋教习教枪法、电线洋匠到台议价，甚至与日将西乡从道交涉。在兴筑亿载金城的过程，亦有日意格聘请法国工程师帛尔陀（M. Berthault）及鲁富负责帮办设计。。