清朝在南海子设官产局分割出卖土地，南苑作为皇家猎苑的历史从此终结。此后，南苑荒废，居民逐渐增多，形成集镇，名南苑镇。 民国初年，军队占据南苑，将其辟为兵营。至今这片地区还有“三营门”、“六营门”等地名。1922年，时任陆军检阅使兼第11师师长的冯玉祥就驻扎在南苑兵营。当年的检阅使署和师司令部建筑位于现南苑机场候机楼东侧，南苑兵营司令部旧址于1991年被列为北京市文物保护单位。1937年七七事变发生时，驻守北平的29军军部就设在南苑兵营。1937年7月28日晨6时，日寇出动第20师团计2万多人进攻