在服役期间，为预官甲班46期工兵官科，于海岸巡防司令部（今海巡署）第一指挥部服役，任少尉排长、少尉工程官。
加入民进党与其经历.1998年，林右昌进入民主进步党中央党部政策会，担任副研究员。进入中央党部后，就受到当时的党主席林义雄的注意，参与了林义雄演说文稿的写作。翌年，林义雄将他派到2000年总统大选舆情会报担任执行秘书，并担任「民进党二〇〇〇年政策纲领」的主笔之一，结识时任民主进步党秘书长的游钖堃。2000年，民进党的陈水扁政府上台，跟随游钖堃担任其政治与政策幕僚，历经行