形成长桿状（long rods），所以核酸片段在凝胶内的移动和他们的旋转半径（radius of gyration）有关。简单的说，就是和分子大小相关。单股DNA或RNA倾向于折叠成复杂形状的分子，根据他们的三级结构以复杂的方式在凝胶内移动。因此，像是氢氧化钠或甲醯胺这类可以破坏氢键的化学物，就用来把DNA或RNA从三级结构变性，再度形成长桿状。另一方面，蛋白质有不同的电荷和复杂的形状，所以当放电动势（EMF）在同一种蛋白质样品上，蛋白质可能会以不同的速度进入凝胶或完全不移动。所以蛋白质在有洗涤剂，如：