2009年夏天，东方宣佈来季将退出甲组行列，并且主动要求降落丙组作赛，叶鸿辉遂转投地区球队天水围飞马，压倒李健取得正选门将地位。2010年5月29日，天水围飞马以2–1击败公民勇夺足总盃冠军，赛后叶鸿辉宣佈来季加盟南华。叶鸿辉表示自己已有心理准备面对在南华遇到的种种困难，有信心在这支本地最强班霸续创高峰，并表示加盟南华从来都是所有本地球员的梦想，他认为自己现今的状态和信心都有力应付效力南华非同一般的压力。2009–10年度香港足球明星选举，叶鸿辉首次当选足球明星，兼获最佳年青球员奖项。在效力南华的四个球季