障（而非以前的假设，ATP酶失去活性而达致杀菌效果），低浓度可导致部份胞浆渗漏，高浓度则可致胞浆凝聚变性，从而杀菌。其优点为刺激性较其他外用抗菌剂为低、很少出现过敏性反应，但浓溶液仍可刺激黏膜，使用浓溶液有时会出现皮肤过敏，如不慎被浓溶液溅进眼睛，会导致角膜溃疡，流入内耳则会有失聪之虞，而不慎吞食则会灼伤食道。此外不能与肥皂等阴离子表面活性剂混合使用。
应用.由于氯己定难溶于水，故一般与酸反应，制成可溶的盐以增加在水的溶解度。常用的盐类有：醋酸盐（醋酸氯己定）、盐酸盐（盐酸氯己定）