B.J. Benson研究斑龙的新标本，建立出新的斑龙超科研究，将马什龙归类于斑龙超科。模式种是两百年马什龙（"M. bicentesimus"），是由詹姆斯·麦迪逊（James H. Madsen, Jr.）在1976年命名。属名是为纪念奥塞内尔·查利斯·马什（Othniel Charles Marsh），他于骨头大战中发现了很多恐龙化石；种名则是纪念当时为美国建立200周年。
古生物学.马什龙的右肠骨有因病理造成的变形迹象，可能导因于受伤造成的因素。另一个标本的肋骨也有病理