45年（民国34年）1月退任贵州省主席，郑道儒一直担任贵州省政府秘书长，辅佐吴鼎昌。从贵州回到国民政府中央之后，郑道儒任行政院善后救济总署副署长。抗日战争结束后的1945年（民国34年）9月，郑道儒升任吉林省政府主席。1946年（民国35年）6月，梁华盛代行主席职务，10月郑道儒被免职（梁华盛继任）。1946年10月，调任国民政府文官处秘书，兼任绥靖区政务委员会委员。翌月，再任善后救济总署副署长。1948年（民国37年）末，就任华北剿匪总司令部秘书长。 第二次国共内战中国国民党败退，郑道儒逃往台湾。