10年间，独立游戏开发商Nicalis和天谷大辅并肩协作，将游戏移植到了WiiWare与平台；而《洞窟物语》的增强版《洞窟物语+》随后于2011年11月登陆Steam。Nicalis亦为游戏重制3D版本，并于2011年11月以《洞窟物语3D》之名发布任天堂3DS平台版本。游戏讲述了失忆的主角的故事：他在浮空之岛的一个洞窟中醒来，但却发现自己失忆了；而经过探寻之后，他发现了狂妄的博士的计划——操控岛上的原住民“咪咪卡”一族为他而战，进而以之征服地面诸国。于是主角力图打败博士，剧情即如此展开。Secti