足协杯及超霸杯中奋起夺冠。中超首个赛季，北京国安却因主裁判周伟新的误判遭遇了“罢赛”风波，这也一度使俱乐部走到了退出中国足坛的边缘。不过国安最终选择了妥协。2005赛季，球队在请回沈祥福之后，球队的成绩也稳步提升。该赛季，来自塞尔维亚的射手耶利奇荣膺中国足球先生和中超联赛金靴奖。2006赛季，国安将主场迁至丰台体育中心体育场，球队也重回中超三甲行列。
2007年至2010年.2007年，韩国“铁帅”李章洙走马上任，国安队在经历了上半程的不稳定表现之后，在下半程奋起直追进入争冠行列。