这些分类之间的关系还存在争议——多孔动物门或栉水母动物门可能是所有其他动物分类的姐妹群，它们都缺乏身体构造形成中重要的Hox基因。这些基因在扁盘动物门和更高等的两侧对称动物体内均有出现。现已发现有6331组现存动物共同的基因，这些基因可能全部出自6.5亿年前的一个共同祖先。其中有25组是核心基因组，仅见于动物体内，当中有8组与Wnt和TGF-βzh-tw:讯息传递路径; zh-cn:信号通路相关，这些信息传导途径可以影响生物体的体轴发育，很可能是动物体能从单细胞生物脱胎成为多细胞生物的关键。另外