晋升少将。战后的明治30年（1897年）10月8日，柴山晋升中将，被任命为常备舰队（联合舰队前身）司令长官。常备舰队职务卸任后，明治32年（1899年）1月19日就任日本海军大学校长，明治33年（1900年）5月20日，担任吴镇守府司令长。日俄战争中旅顺被日军攻陷，明治38年（1905年）1月7日，占领旅顺后，日本设立旅顺口镇守府，柴山被人们为初代长官。主要是利用他军事专家的才能去打捞沉没在港内的俄国战舰和商船及消除布在港外密密麻麻的水雷，他圆满的处理了这一切，收到日本军部的好评，明治38年（1