949年，由于当时中国政局变动，香港之「中华基督教会广东协会第六区会」因环境关系，与广东协会无法联系，为求名实相符，乃于1952年改组称为「中华基督教会香港区会」，行政组织完全独立，组织上为「区会」、「堂会」两级制，成员则包括原属第六区会在香港岛、九龙、新界及澳门之堂会、学校、机构及具有共同背景之若干新成立之堂会。1974年完全自养。并修订宪章。更于1980年正式宣佈为「自治、自养、自传」之三自教会。在这一段时期里，陆续参与并成为世界基督教会联合会、亚洲基督教协会及香港基督教协进会的会员。Section