于安徽合肥太偏僻而无人愿来，导致中科大实行了实质上的校长负责制。与管惟炎搭档管理学校的第一副校长是方励之（1984年9月17日—1987年1月12日在任）。他们的改革主要有三点内容：校长负责制下的教授治校、学生自治、提高知识分子待遇。这些措施与首任校长郭沫若提出的校训“红专并进，理实交融”形成鲜明对照，当时《人民日报》记者鹿舫却连发五篇文章给予称赞。1986年底，科大引发八六学潮。管惟炎与方励之都认可学生的诉求，虽然不希望学生游行，但认为学生游行合法。12月6日管被选为安徽科协主席。1987年1月管与方