马融知马贤定会失败，便上书要求效力，说马贤处处滞留，错过时机，同时他还担心马贤中声东击西之计，又怕出现将领、士兵溃败叛变的情况。如果能将关东的五千士卒编入他的麾下，他将身先士卒，一月之内必败羌人。但朝廷并未采纳。他又上书说：“彗星在参宿、毕宿出现，预示着并州附近将会有战争。西方的戎和北方的狄恐怕将会起兵，最好多加防备。”不久，陇西的羌人反叛，乌桓入侵上郡，和马融说的基本一样。经过三次升迁，桓帝在位时马融担任南郡太守。在此之前，马融做了违背大将军梁冀意愿的事情，梁冀便上告马融在南郡贪污。马融便被免去官职，