越募集香火钱，自称要「助朱三太子起义」，士元又被官府追缉，后风声极紧，宁波、镇海都「一步一步挨查」，三子一孙被逮捕，士元和另外一个儿子流亡。士元一妻一妾、三个女儿、一个儿媳，均按照明思宗家法，全部上吊自尽，以免受辱。康熙四十七年（1708年），官府于张念一口供中，得悉士元行踪，遂把山东汶上的士绅李力远家教书的士元拘捕，押解京师受审，此时王士元已经七十五岁了。
判决.朝廷大臣还是以「朱某虽无谋反之事，未尝无谋反之心，应拟大辟，以息乱阶。」为罪名将他处死，并以谋反罪，决议将其一家凌迟，