388年被又一个蒙古人建立的帖木儿帝国征服。帖木儿是西察合台汗国的中亚河中地区的渴石地区的蒙古贵族巴鲁剌思氏的后裔，由于东察合台汗国后王黑的儿火者公主（铁木真的直系后裔）被其纳为妻妾，他宣称自己是蒙古黄金家族后裔，又被称为驸马帖木儿。他在1369年自立为苏丹，发动七次征伐东察合台汗国的战争后，迫使察合台汗国臣服，和在1381年—1387年征服在1357年灭亡后的蒙古伊儿汗国的衍生的几个小汗国（卡尔提德王朝、丘拜尼王朝、莫扎法尔王朝、黑羊王朝、白羊王朝、札剌亦儿王朝），1391年和1394—1395年征伐钦察