仆寺卿，次年擢为右副都御史。荷兰人佔据澎湖，福建巡抚商周祚私下答应荷兰舰队司令雷约兹（Cornelis Rijersz Schoonhoffman），只要撤出澎湖，就允许他们在台湾贸易，但双方一直无法取得共识。最后商周祚命令南路副总兵张嘉策强行要求荷兰人撤返，“但师行粮从，无饷则无兵。”御史游凤翔痛批：“非惟船不回、城不拆，且来者日多。”最后张嘉策被朝廷革职查办，改由抗倭名将俞大猷之子俞咨皋接任。天启三年二月，朝廷以南居益取代商周祚出任福建巡抚，南居益“未出都门，辄痛心切齿，毅然以必诛红夷为己任”，