在世界大赛第一战出战芝加哥白袜队时仅投两局便因肌腱受伤退场。这个系列战太空人队被白袜队横扫出局。2005年球季后，太空人队拒绝克莱门斯的薪资仲裁，同时德州游骑兵队、红袜队及洋基队表明签下克莱门斯的意愿，但克莱门斯暗示在代表美国队参加2006年的世界棒球经典赛后可能退休，但克莱门斯从未正式发表退休声明。2006年5月31日，克莱门斯再次与太空人队签下新约（2200万美元，史上最高的一年合约）。6月22日，克莱门斯正式重返球场，但在面对双城队的超级新人Francisco Liriano时以4-2败投。200