锥虫侵入大脑，将会引起昏睡症。病人不断陷入深度睡眠，直至一朝醒不过来。一旦锥虫进入中枢神经系统，治疗基本上不可能，死亡率为100%。所以及早治疗是关键。但是即使锥虫只是在血液里活动，药物的治疗其实对身体损害也很大。第一种用于治疗昏睡病的药物是具剧毒的砷的化合物。目前，乌干达马凯雷雷大学（Makerere University）研究者最近发现了一种可用来制作防治昏睡病疫苗的蛋白。