嘉熙元年(1237年)，卒于绍兴府安抚使官所。赐太师，谥文靖。葬于枫桥镇高景山金盆坞，诏赐第宅于苏州南宫坊（现书院巷）。
学术.《宋元学案.鹤山学案》记载鹤山生平及学术思想。鹤山与朱熹及其弟子辅广、李燔有往来，又与陆九渊之子陆持之友好，并吸取心学的精华。魏了翁对《周易》极有研究，重视王弼、邵雍等人的见解，认为：“大抵性善之义具于《易》。”他认为：“辞、变、象、占，《易》之纲领，而繇、彖、象、爻之辞；画、爻、位、虚之别；互、反、飞、伏之说；乘、承、比、应之例，有不知则义理阙焉。”。