平陆县人，字士则。北周雍州牧、酇国公窦恭之子，隋朝大业年间，窦轨为资阳郡东曹掾，后弃官。617年、李渊起兵，集千人至长春宫迎李渊，平定长安，封赞皇县公、大丞相谘议参军。稽胡五万人攻撃宜君，窦轨讨伐稽胡，窦轨军大胜。618年，任太子詹事。窦轨任秦州总管，抵御薛举，进封酇国公。620年、任益州道行台左仆射，击败入侵松州的党项、吐谷浑。与秦王李世民攻打洛阳王世充。621年，回益州。窦轨为人严厉，多杀戮。窦轨与益州行台尚书韦云起不合。626年，玄武门之变后，李建成被杀，窦轨说韦云起是李建成同党，杀了他，