方法确认一对 DNA 是否对上游和下游的 DNA 有相互作用的更多倾向，并通过这样的方法预测拓扑结构域的边界，进而定义基因组的所有拓扑结构域位置。
拓扑结构域的形成.一些蛋白质目前被认为对拓扑结构域的形成有关，其中包括转录因子CTCF和蛋白质复合体黏连蛋白 (cohesin)。这些蛋白通过染色质免疫共沉淀测序技术被发现富集在拓扑结构域的边界上。由于边界还富集有大量常表达基因 (housekeeping gene) 和转运 RNA (tRNA) 基因，一种理论认为活跃的转录与拓扑结构