民政府及内蒙古自治区人民政府在此办公，乌兰夫为主席。1959年，在苏联专家的建议下，衙署附近的鼓楼和绥远北门因为交通原因被拆毁，衙署得以幸免。这个地区被一些唿和浩特人称为“鼓楼”就是因为被拆毁的位于衙署西面路口的鼓楼。1954年，衙署成为内蒙古自治区高级人民法院及内蒙古自治区人民检察院办公处所，直到1983年陆续迁出。但将军衙署西跨院未被收回。直到2007年5月17日，西跨院最终被移交给将军衙署博物院管理。1985年起，衙署为内蒙古文物考古研究所办公使用。1985年，将军衙署古建筑群作为“清代将军