取得系统管理员级的root权限，或者为了清除被系统记录的入侵痕迹，会重新组译一些软体工具（术语称为kit），例如ps、netstat、w、passwd等等，这些软体即称作Rootkit。其后类似的入侵技术或概念在其他的作业系统上也被发展出来，主要是档案、行程、系统记录的隐藏技术，以及网路封包、键盘输入的拦截窃听技术等，许多木马程式都使用了这些技术，因此木马程式也可视为Rootkit的一种。2005年的Sony BMG CD防拷丑闻即因Sony被人揭发暗中使用了Rootkit技术来防止盗版，有侵害用户隐私