善工程施工期间，内湾线新竹－竹东路段于2007年至2011年暂时停驶，改以新竹客运接驳。于2011年11月11日复驶，内湾线改于北新竹车站以北与纵贯线分歧。另外2016年6月29日台湾铁路管理局也于新竹车站与香山车站之间增设三姓桥车站。本站开放使用悠游卡、一卡通、icash 2.0及HappyCash付费。
货运.新竹车站北侧有通往新竹面粉厂的侧线（现位于站内）。并曾经有通往台湾肥料公司新竹厂与新竹机场的侧线。
新竹机场线.新竹飞机场线建于昭和十四年（