1994年，广深铁路完成准高速改造，1995年3月27日，港穗直通车开始使用25Z型准高速客车，最高时速提升至160公里，运行时间缩短到1小时45分，并使用当时代表准高速列车的“Z（准）”字头车次，每日4对准高速列车。同年10月8日起，港穗直通车开始在东莞市常平镇的常平站停靠（常平站于1997年12月23日升格并更名为东莞站，后于2013年6月20日复名为常平站），为来往香港与东莞的旅客提供更大的方便，至今大部份港穗直通车的班次仍均会停靠常平站。1996年港穗直通车的北面终点迁往位于天河区的广州东站。到