来台的外籍主教担任，后固定由台北总主教兼任宗座署理职务，天主教金门、马祖宗座署理区宗座署理公署亦与台北总主教公署合署办公，实际的教务则由当地副主教主理。1981年，阿根廷籍耶稣会会士费峻德神父（，1926年生，是教宗方济各的前辈）担任金马宗座署理区副主教，在金门服务长达25年，至2006年3月才因病卸任（同年6月16日逝世，享年80岁）。现任金门与马祖的本堂神父为周戎神父（2016年10月1日起），其同时兼任金马宗座署理区的副主教。