熙二年（1663年）金门被攻陷后实施海禁迁界时遭到毁坏，现已不存。另外嘉靖三十九年（1560年）三月二十三日-三月二十八日，倭寇大举侵犯金门时，曾有大批金门岛东半部居民躲入官澳巡检司城内避难，最后攻陷官澳巡检司城，整个金门东半岛，几被洗劫一空，金门守御千户所城守军无人驰援。
建筑.官澳巡检司城设有南门与北门，城墙周长一百四十八丈，宽六尺五寸，高一丈七尺，并设有四间窝铺。
官澳巡检司.明初时置有巡检司一员（从九品）、司吏一员与百名弓兵，工食名皆七两二钱。