次是明末清初郑氏时期。明崇祯年间郑芝龙招募大批沿海农民到台湾垦荒，其中大多是泉州人。继而其子郑成功率军攻打驱逐荷兰人，占领台南，随郑氏赴台湾的将士和百姓更是数以万计，他们大多是泉州人，其中包含一些施姓民众，例如施琅家族。这时期的中国大陆移民大多居住在今台南市、高雄市、彰化县一带。第二次是施琅攻打下台湾时期，施琅是晋江衙口人，衙口是浔海支派施姓的聚居地，此为浔江施姓。施琅平台后，因战功卓着，在台南置有将军乡。于是，福建沿海人民大量涌入台湾，随施琅来台湾的晋江施姓亲属和族人不计其数。如施琅其子施世骥、施