世未能达成一个折衷解决方法，最后他判提奥多拉也信奉的基督一性论为邪教，这样他加大了信奉基督一性论的叙利亚和埃及教会与不信奉基督一性论的罗马和君士坦丁堡教会之间的分歧。查士丁尼一世对异教徒进行迫害，尤其在埃及南部。他的宗教政策导致了529年巴勒斯坦信犹太教的撒玛利亚人的起义。查士丁尼一世血腥镇压了这次起义。534年查士丁尼一世发表法律限制犹太教徒的权利。查士丁尼一世本人是一个非常虔诚的教徒。他严格遵守基督教的戒食规则。查士丁尼一世写的赞美诗“噢神唯一的儿子和神的词”至今是东正教的赞美歌之一。在543年