明应6年（1497年），父亲政资和兄长高经被收到幕府发出的追讨令的周防国大内氏攻灭后横死。后来资元得到横岳资贞等旧臣和丰后大友氏的帮助而令少贰氏再度复兴。享禄3年（1530年），受到大内义隆命令的筑前守护代杉兴连侵攻，不过在田手畷之战中因为家臣龙造寺家兼等人的奋战而将其撃退。但是此后龙造寺氏势力抬头，而少贰氏的势力则渐渐衰退。而资元亦数次忍耐不断侵攻的大内氏，并接受家兼的进言而与义隆结立和议，但是这个和议是谋略，天文4年（1535年），资元的领地全部被义隆夺去。天文5年（1536年），得到大宰大贰