因而带来对政府（即世俗王权）与教会权力各自边界的反思，于是，也就有了所谓的政教分离主张，惟实际上，这些从天主教会中独立出来的基督新教只是不受教廷控制的政教合一国家，教会配合日益专制的君主权力起了一定的统治作用，路德和加尔文领导的新教宗派在那些国家取代了天主教成为了该国的国教，部分英国圣公会、路德宗和加尔文宗等。此外，东正教也继续是俄罗斯帝国的国教，伊斯兰教是鄂图曼帝国的国教。从概念上，「政教合一」和「政教分离」中的「政」是指政府；「教」是指教会。政府是直接负责管治社会的国家机构。教会是指统管某一宗教信仰