5年11月，参加中国青年党第十次全国代表大会，当选中央委员。抗日战争胜利后，迁居南京。1947年，自南京返宜昌，与族弟穆子静在宜昌发展大批中国青年党党员，并当选立法委员。同年，中国青年党在中国国民党的“联合政府”中获得农林部部长、经济部部长两席位，陈启天任经济部部长，穆子斌任经济部次长。1948年底，穆子斌随经济部迁到重庆，住在朝天门的私人宿舍。1949年9月2日，重庆发生大火，穆子斌全家除了其三子穆天钟逃出之外，包括穆子斌在内的其他人均被烧死。