任市委研究室主任、市体改委副主任、市经委主任、市工业工作党委副书记等职。有媒体认为，在1998年上海本地股重组工作中，黄奇帆曾做出不小的贡献，曾创造性地推出了“净壳”概念。他虽然没有直接领导证券工作的经历，但对资本运作却经验丰富。1999年，他还在中欧国际工商学院在职高层管理人员工商管理硕士课程班，获得工商管理硕士学位。2001年10月，黄奇帆转任重庆市副市长；次年5月，又当选第二届中共重庆市委常委。自2002年10月起，他一直担任中共重庆市委常委，市政府副市长、党组副书记的职务，主要分管工业、教育、财