，邓卓翔继续为武汉光谷效力开始担任球队主力，但赛季中武汉队因为李玮锋事件退赛，最终只获得10次出场机会，并在客场1比2不敌广州医药的比赛中打进1球。2009赛季，由于武汉光谷被取消了联赛资格，邓卓翔以租借的形式加盟中超升班马江苏舜天。邓卓翔在2009赛季中超联赛表现出色，出场29次，为球队贡献了5个进球和8次助攻，不但帮助江苏舜天队顺利完成赛季保级目标，而且还因此入选高洪波执教的中国国家队。12月4日，邓卓翔在09中超年度颁奖典礼中获得最佳新人的荣誉。2010赛季，邓卓翔与山东鲁能签约，并于2月24