40年代由于抗战时期国民政府被迫西移，让国民政府军政力量进一步压制西部分离主义地区。1942年10月5日，新疆省政府主席盛世才认为苏联与中共在新疆境内从事颠覆渗透，已显示了史达林的侵略中国野心，下令相关人员在3个月内离开新疆。盛世才从1942年转而投奔国民政府，令斯大林非常恼火，由贝利亚亲自到阿拉木图坐镇，由苏联人彼得·罗曼诺维奇·阿列克山德洛夫带领苏联正规军潜入伊犁支持暴动。1943年，中华民国中央政府正式进驻新疆。在国民政府要求下，在迪化的英美两国领事馆重新开起。9月，国军第18旅徐汝诚进入哈密监控