邓世昌一起殉国。黄乃裳深慨国家内忧外患，政治腐败，社会堕落，于是弃八股而从新学。他在北京结交了康有为，并参与了公车上书运动。1896年，在福州创办了福建最早的报纸《福报》，鼓吹维新。光绪二十三年（1897年）入京会试，被选为拔贡。八次上书要求维新。戊戌变法开始以后，结交六君子，并向李鸿章、翁同龢讲述新学，与丁韪良、刘海澜讨论变法维新。变法失败之后，遭清政府通缉，乘船赴上海避难，旋即回闽。
垦殖南洋.戊戌变法失败以后，黄乃裳回到福建。念及福建民生困难，他想到前往南洋寻觅可以移民垦