49年1月10日，清华大学被北平市军管会接管。1949年后，包括校长梅贻琦在内的部分人员随国民政府迁往台湾。清华园及大部分员工、学生归属中央人民政府教育部，更名为“清华大学”。台湾新竹的国立清华大学于1955年由梅贻琦校长主持建立，由中华民国政府批准“在台复校”，沿用原校名。从1980年代开始，两校各项交往日渐频繁，2001年两岸两校共庆90周年校庆，并于2011年百年校庆前后逐步开展各类教学科研合作与文化交流，“一笔写不出两个清华”。
共和国初期.
1949至