郑氏在陈永华的辅政下，建立完整的中央政府体制，抚土民，通商贩，兴学校，进人才，定制度，设孔庙，行科举，境内大治。郑经死后，原要传位给长子郑克臧，但权臣冯钖范及刘国轩发动政变，郑克臧被杀，幼子郑克塽继位，于1683年郑军水师在澎湖海战中被施琅和姚启圣所率领的清军水师打败，郑克塽被迫投降。清廷曾有官员建议放弃台湾，但康熙皇帝剖析利害不愿放弃，遂于1684年设立「台湾府」与三县（台湾、诸罗、凤山），归福建省管辖。
清治时期.台湾清治时期始于清朝将领施琅于1683年攻佔台湾，至1