后，为人所救，逃往淮河，因失封疆被下狱。事迹载于《明史·忠义》。
南下.崇祯十七年（1644年）四月，北京陷落。福王立于南京，以樟自德州、临清南下，见到史可法，出谋划策。因南明朝廷腐败，愤而弃官。可法仍举其为兵部职方司主事，经理开封、归德。不久，清军破扬州，史可法兵败殉国，继而南京陷落。
隐居.亡国之后，以樟与兄以棻在宝应之葭湖，买田数十亩，躬耕自给。清初，朝廷召用不应。自筑忍冬轩，讲学其中。晚年与乔出尘、陈钰、朱克生、刘中柱结文字社。康熙四年（1665年