稳中见狠，正手抽杀力量大，有极好的战术素养。他球感好，球速快，善打多回合，能够在相持中偷袭变线，整体技术全面。历年来在国际乒联公佈的世界男单排名前列，是世乒赛、世界杯和奥运会男单“大满贯”得主。1997年7月1日，与刘国梁、伏明霞等奥运冠军在人民大会堂宣誓加入中国共产党。2006年10月12日，孔令辉正式宣布退役，出任中国女子乒乓球队助理教练。2013年，孔令辉接替卸任的施之皓，出任中国女子乒乓球队主教练。2017年5月30日，被中国乒乓球协会暂停女乒主教练职务。
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