三十五年（1556年）兵部尚书杨博因父丧去职，许论代任。时值严嵩父子当朝，将士均因贿赂两人以求晋升。丁汝夔、王邦瑞、赵锦、聂豹等人均不得善去。许论因年老，寻求自保，将帅升迁事宜，均听严世蕃指挥，名望因此受损。俺答汗之子辛爱因愤恨总督杨顺纳其逃妾，率众包围大同右卫城。世宗听闻，深为担忧，密问严嵩。给事中吴时来劾杨顺，又称许论昏聩失职，致使边疆出警。世宗因此削去许论官籍，严嵩试图劝解，亦不能救。嘉靖三十八年（1559年）许论重获起用，任蓟辽总督，击退把都儿等进犯。之后奏请增加兵饷，给事中郑茂批评许论请求过多