委员会（the Isthmian Canal Commission，ICC），以控制巴拿马运河区和监督工程进展。委员会直接向战争部长威廉·霍华德·塔夫特报告，以免一直困扰法国公司的低效率和腐败问题重现。1904年5月6日，西奥多·罗斯福总统任命伊利诺伊中央铁路前总工程师和总经理约翰·芬德利·华莱士为巴拿马运河项目总工程师。由于饱受巴拿马的传染病困扰，加上被迫使用法国人的残旧基建和设备，以及受到极度官僚的地峡运河委员会掣肘，华莱士于1905年6月突然辞职，由自学成才并曾建造大北方铁路的约翰·弗兰克·史蒂文