重受损，直到同治七年（1868年）扩大修建。1945年进行三年重修工程，但后来国军曾驻扎于此造成损害。今庙址为新庄路340号，属文衡里。1975年以用钢筋水泥工法全面翻修前殿。文建会古蹟评鑑小组于1985年11月26日正式公布新庄武圣庙、新庄慈佑宫、新庄文昌祠为台闽地区三级古蹟，而同地的新庄广福宫为二级。1999年5月24日，此庙修复工程开工，县议员许炳崑、徐陈丽华及县民政局及新庄市公所人员到场祭拜。总经费三千万元，由内政部补助四分之三经费，其余由县府负担。921大地震使正在修复的此庙中殿屋嵴塌毁、墙壁龟