赴任，李自成大军已包围西安。城陷之后，巩焴逃到山中隐居。崇祯十七年（1644年）正月，李自成在西安建制称王，改国号为大顺，改元永昌，设六政府，命巩焴为礼政府尚书。三月，李自成破京师，崇祯帝自缢。随同大顺军入京的巩焴保护一怀有身孕的皇妃潜隐陕西三水县（今旬邑县）的官家洞，期望保孤立储。然而清兵很快入关，皇妃所产又为女孩。巩焴只得继续隐居，与文士宁夏刘芳名、华国翰等诗文相和。清顺治十八年（1663年），清兵包围官家洞，巩焴坚守不出。清兵放火，巩焴在洞中遇难。年69岁。后人在正宁县罗川立有「学宪坊」，今已毁。