同时受命前往美属萨摩亚接掌阿巴伦达号煤船，并担任美国海军图图伊拉基地司令官。3年后，他又升任上校。此时该基地司令官也相当于美属萨摩亚的总督，因为联邦国会这时还没有正式认定美国海军在当地政治运作中的作用，还要在多年后才正式设立总督职务。上任司令官本杰明·富兰克林·蒂利受到行为不检且酗酒的指控并在军事法庭上接受质询，海军因此派塞伯里前去继任。权力交接在案件审理期间进行，之后法庭虽裁定蒂利罪名不成立，但联邦政府并未因此收回成命。抵达摩萨亚后，塞伯里上校于1901年11月27日上任。
代总督