年德川家康让位给秀忠成为大御所，正信成为了秀忠在江户的顾问主导了幕府政务，1607年成为秀忠的老中。1610年晋升为大老。1612年冈本大八事件，使本多正信势力减弱，令武断派势力增加，开始于大久保氏大久保忠邻等人对立。1613年大久保派中，已故的大久保长安的儿子被处死。1614年正信的政敌大久保忠邻失势，增加了他的势力。在晚年的时候，由于年老加上身体出现毛病，步行显得相当困难。于大坂之阵中，继续为家康献策。1616年家康死后家督让给长子正纯，不接触任何政务。在1616年7月20日因为病重而过身，终年