吉布提在1978年6月下旬宣佈独立为国，时任中华人民共和国国务院总理华国锋致电道贺，并承认吉布提独立。中华人民共和国和吉布提在1979年建立外交关系。建交之初，中华人民共和国不派驻大使到吉布提，驻当地大使一职由驻法国大使兼任；吉布提方面对此不满，认为英、美等大国均有遣使到当地，唯独中华人民共和国没有，质疑中华人民共和国轻视小国。最后，中华人民共和国在1990年任命其驻吉布提大使。2019年1月8日，中华人民共和国主席习近平同吉布提总统盖莱互致贺电，庆祝两国建交40周年。
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