1959年，博物馆重新向公众开放，但是钟楼没有重建，而教堂的内部仍是光秃秃的。直到1990年代新耶路撒冷修道院才重新恢复宗教用途。2009年3月俄罗斯总统梅德韦杰夫签署总统令，恢复并修复新耶路撒冷修道院。联邦政府动用联邦预算修复该修道院，普京内阁的副总理维克托·祖布科夫估计将耗资约130-200亿俄罗斯卢布。2016年6月，修道院重新开放。