杉丧失关东的领地。御馆之乱后由长尾氏景胜取得胜利，继承了上杉氏宗家。谦信及景胜的上杉氏（长尾上杉氏），称谦信为初代、景胜为第二代。
安土桃山时代以后.上杉景胜在织田信长死后向丰臣秀吉交好，成为五大老之一。1587年，攻击新发田重家再次统一越后。1589年，奉秀吉命令统治佐渡国。景胜拥有越后、佐渡、出羽庄内91万石。1598年，移封至会津，领地高达120万石。1600年关原之战与德川家康对立。领地缩减为米泽30万石。1664年，景胜之孙早逝，出现断绝危机，最后由之子成为纲胜的