69年间，鲍特韦尔任美国众议院议员。1868年，鲍特韦尔以国会议员身份担任总统安德鲁·约翰逊弹劾案的特别公诉人之一。1869年，鲍特韦尔被总统尤利塞斯·S·格兰特任命为美国财政部长。在任期间，鲍特韦尔对财政部进行了改革，如借助海关提高簿记质量、将美国铸币局纳入财政部、削减国债规模等。1869年，美国金融市场遭遇黑色星期五，鲍特韦尔将国库黄金投入市场，使黄金投机商的投机行为破灭。1873年，来自马萨诸塞州的美国参议院议员亨利·威尔逊当选美国副总统，鲍特韦尔接替其位。在参议院，鲍特韦尔担任了法律修订委员