912年下半年又带十一妹方君璧、四弟妹曾醒、曾醒之子方贤叔以及弟弟曾仲鸣到法国留学。1915年，方君瑛在听说袁世凯要接受日本提出的二十一条不平等条约后，就回国欲加以阻止，回国后又逢父亲去世，在家治丧之后便携带妹妹方君琦再赴法国。1921年秋，她在法国波尔多大学修完数学课程，获得硕士学位，成为第一位在法国获得硕士学位的中国女性，并在大学中执教。在法国期间她曾遭遇车祸而脑震荡，有资料称此时她的精神变得不太正常。1922年12月，方君瑛回到中国。当时汪精卫等人正在广州筹办执信学校，想邀请她前往，但当时陈炯明又