先后于2014年和2017年加入朝阳区儿童医联体和北京市儿科学科协同发展中心两个医疗联合体，并作为核心成员单位参与区域性儿科医疗资源一体化。
通州院区.为配合北京城市副中心建设，满足副中心的医疗需要，附属儿童医院在副中心所在的通州区北部规划设立通州院区，院区目前尚在筹建、建设阶段。通州院区位于副中心东北部的宋庄镇，总建筑面积220831平方米，床位规模1000床。医院初步定位为国家级儿童医学中心、研究中心和保健指导中心。