马英九政府，通称马政府，是指马英九担任中华民国第12、13任总统期间的中华民国政府。马英九自2008年5月20日起就任中华民国第12任总统，其任期在2012年5月20日结束。在2012年1月14日的第十三任中华民国总统副总统选举中，马英九以689万票连任成功，于同年5月20日就任第13任总统，两次任期于2016年5月20日结束，共历时8年。中华民国总统领导中华民国中央政府各机关，除掌握行政院院长的任命权之外，并监督行政院各部会首长官员（内阁）的组成。马英九政府任内行政院内阁为刘兆玄内阁、吴敦义内阁、陈冲