热带海洋季风气候区，气候温暖湿润，树木常青，地貌为典型的珠三角冲积平原，河网密布，有蕉门水道、馏岗水道、沙湾水道等。北连广州新规划都会区，南邻港澳65海里，距南沙区府、莲花山口岸分别是18公里和28公里。
海陆交通.东涌镇内有南沙大道、市南路、黄榄快线、南沙港快速路、广珠东线高速公路、广州南二环高速公路、广州地铁四号线及广深港高速铁路等，至广州机场需时40分钟，深圳机场30分钟；此外，镇内有蕉门水道，馏岗水道、沙湾水道环绕南北，是穗、港、澳交通枢纽，500吨级货船均可不受潮汐限制通