小学馆版.2006年至2008年间，于小学馆的「Big Comic Spirits」中连载。
概要.从Big Comic Spirits2006年第5、6合併号开始连载。虽然「日本沉没」的基本故事按照小松左京的原作编写，但时代则转设定为与目前相距不远的未来（21世纪初的日本）。自第10卷开始，漫画的设定中心开始走向原创，在此之前有不少叙述是基于2006年的电影翻拍版的设定的。
故事简介.21世纪初某年11月闷热的一天。在东京新宿，