没有在原址重建，是由于原址靠近军道1号线（今国道58号），由于工事的扩张佔领了原址部分领地，使得在原址重建成为不可能。那霸市选择了波上宫附近天尊庙遗址作为至圣庙的新址。在新址竣工之后，蒋介石赠送的孔子像被竖立在了至圣庙的原址处。目前至圣庙归属闽人三十六姓后裔的组织「久米至圣会」管理，该协会共有大约9200名成员。每年9月均会举行祭孔典礼，主祭者会穿着琉装以古礼祭祀。沖绳县前知事仲井真弘多（蔡氏）也是该协会的成员，他在每年9月都会前来参拜。那霸市免除了孔庙的土地使用费，对此当地居民提起诉讼。202