自身基本无毒。它对大鼠的经口半数致死剂量（LD）为7700 mg/kg。但存在三聚氰胺时，两者会形成不溶于水的氰尿酸三聚氰胺，堵塞肾小管，造成肾脏衰竭（见下文）。
与三聚氰胺的关系.三聚氰胺在强酸或强碱水溶液中水解时，氨基逐步被羟基取代，先生成三聚氰酸二酰胺，进一步水解生成三聚氰酸一酰胺，最后生成三聚氰酸。三聚氰酸与三聚氰胺共存时，两者会依靠氢键作用生成稳定且难溶于水的大分子复合物氰尿酸三聚氰胺。当人体摄入三聚氰胺时，三聚氰胺中含有的少量氰尿酸三聚氰胺会被胃酸解离，导致复合物被破坏