一个转变促进了对于专科疾病的研究，并有助于把有益和有害的药物加以区别。在十六、七世纪期间，帕拉塞尔斯的学说有很大的影响，并逐渐和盖崙的学说相匹敌。帕拉塞尔斯的学说在大学一般是禁止传授的，但是他的学说在大学却似乎很受欢迎，因为在16世纪后期，在巴黎和海德堡发生了抗议禁止帕拉塞尔斯学说的学生运动。但是，医疗化学对药剂师比大学的医生更有吸引力，因为它给药剂师的技术提供了一种理论，并使他们可以根据这种理论按自己的考虑去进行医疗实践。帕拉塞尔斯认为炼金术的真正目的并非黄金鍊成，而是要开发使人类获得健康的治疗药