在一系列丑闻爆发后（包括关于他的婚外情传说）以及就贪污问题对他开始调查后，他失去了以色列不少公众的支持。1999年，内塔尼亚胡在第二次直接选举总理的大选中，败给工党的埃胡德·巴拉克，被迫辞去利库德集团领导人一职，暂时退出政坛。巧合的是，巴拉克雇佣比尔·克林顿的前大选组织人詹姆斯·卡维尔和其他美国顾问采纳同样的手段击败了内塔尼亚胡。
复出政坛.2001年，随着利库德集团重掌政权，内塔尼亚胡重新加入联合政府，在两次采访中，内塔尼亚胡表示愿意考虑巴勒斯坦建国问题，但总体来说，他反对巴