兰长老会所厌恶的主教制强加其上；他在1597年获得最终胜利，确立苏格兰的主教制，宣布政权高于教权，并把王权政府打造成史无前例的强大。不过苏格兰当时仍是经济落后的贫困区（人口不超过七十万），过半的地区被传统的地方氏族掌控（特别是高地区），中央政府偏弱（无法专制），因此詹姆士六世的收入很少（当时的物价革命也逐渐冲击苏格兰，国王无财无兵），常常请求外国君主的资助（英格兰恰好与苏格兰相反，中央的集权与行政组织颇为强大，但国会拥有主要的干涉权，因此某方面而言，英格兰王权反较苏格兰为弱，特别是国王在法理权威与中央政府的