库鲁几乎不得不立即应付由穆斯塔法贝伊引发的动乱 - 穆斯塔法贝伊假扮为苏莱曼一世已死的儿子穆斯塔法皇子，并在塞萨洛尼基地区发起叛乱，索库鲁亲自率领四千名骑兵与三千名耶尼切里士兵平息动乱，穆斯塔法贝伊则被绞死。当大维齐尔卡拉·艾哈迈德帕夏被处决后，鲁斯坦帕夏再度接任大维齐尔的职位。苏莱曼的儿子巴耶济德皇子在拉拉·穆斯塔法帕夏的鼓动下，向他的哥哥塞利姆皇子发起战争，索库鲁集结军队来到科尼亚，并于1559年5月击败巴耶济德的军队，巴耶济德因此逃亡到波斯的萨非王朝，索库鲁为此花了整个冬天与萨非王朝的塔赫玛斯普一