F64型1000番台电力机车投入上越线、高崎线之前，其中5台基本番台机车转配属长冈运转所，作为乘务人员的教学用车。1980年至1982年间，新造的53台EF64型1000番台电力机车陆续配属长冈运转所，成为上越线旅客列车和货物列车的主力牵引机车，包括“”急行旅客列车和“北陆号”卧铺旅客列车。随着1000番台机车配属完毕，早前配属的5台基本番台亦恢复原配属。后来，部分1000番台机车转配属高崎第二机关区（今高崎机关区），但仍然在上越线运用。同样在1980年，由于中国地方的伯备线完成电气化改造，部分基本番台