46年5月1日，单位改制为台湾糖业公司第二区分公司，辖有屏东、南州、小港、高雄、仁德、永康、善化、埔里社、恆春、台北等地区单位。1950年7月1日，改组为台湾糖业公司屏东总厂，辖有屏东、高雄、小港、南州及旗山等五个糖厂；原辖之仁德、永康、善化厂改隶总爷糖厂，埔里改隶台中总厂，恆春併属南州糖厂。1955年7月，原隶属新营总厂之台东、花莲两场改隶屏东总厂。1968年7月，台湾糖业公司实施大厂制；辖有屏东、南州、旗山三厂，后调整高雄、仁德二厂隶属屏东总厂。1979年，屏东总厂制糖工场双列压搾改为单