翌年更始三年（25年）九月，更始帝被赤眉军消灭，尹尊作为群雄之一，自立自保。同年，洛阳朱鲔降伏光武帝刘秀，建武二年（26年）光武帝诸将军议「郾县最强，南阳郡宛县次之」。执金吾贾复建议攻打郾县。光武帝命贾复攻撃郾县尹尊，派遣大司马吴汉攻打宛县。贾复和骑都尉阴识、骁骑将军刘植率军进攻郾县。尹尊迎撃，连战连败，月余而降伏，其后尹尊事迹不明。