义满继任为三代将军，因北朝内乱之故，南朝再次兴盛。十二年间，北朝乱事被三代将军义满一一平定，并策划了对南朝的反攻。1379年至1384年，北朝夺回四国和南朝在畿内的大片领土，1385年夺回九州。1392年，北朝包围奈良，南朝后龟山天皇将三神器交给北朝后小松天皇，历时56年的南北朝时代于焉结束。至于两方何者为正统性，直至20世纪初期，幸德秋水提出当时明治天皇的正统性问题，明治天皇最后作出结论：以南朝天皇为日本的正统，北朝天皇保留名号，但不列入正统。