风景区的鱼类均为淡水鱼，目前已有6目11科24属，目前日月潭的放生外来种鱼类活动十分频繁，对台湾生态有一定的冲击。
种类.
鲈形目"Perciformes".目前仅有2科2种
鲤形目Cypriniformes.目前现有1科8种为日月潭国家风景区最多种类的目。