仪表升级成玻璃驾驶舱外，还把八台阴极射线管显示器换成11块多功能彩色数字屏幕。多功能电子显示系统于2000年5月随任务飞上蓝天，其他轨道器全部升级。飞行甲板后方装有能观察货舱的窗户，还有控制摇控机械臂移动货物的控制杆。此外，飞行甲板后方装有能检视货舱的闭路电视显示器。中层甲板包含机组人员设备舱、休息区、厨房、医疗设备和卫生站。人员使用模块化储物柜存放设备，储物柜能按需扩大或缩小，还有安装后常态化的地板隔间。中层甲板的左舷舱口是机组人员在地球上进出轨道器的门路。此外，每个轨道器起初都在中层甲板装有内部气闸