台湾仅停留不足一年，却对台湾近代化有所建树。他推行开山抚番的政策，下令开北、中、南三路通往后山，鼓励汉人入山开垦，至此台湾东部才逐渐纳入大清帝国的领土，但在以武力开拓东部的过程中，也杀害了不少原住民族。此外废除渡台禁令，积极推动近代化建设，如机器採煤；在安平建新式炮台亿载金城等。沈葆桢数度奏请调整台湾行政区划。次年增设台北府、恆春县、埔里社厅、新竹县、淡水县、基隆厅，并改噶玛兰厅为宜兰县、诸罗县为嘉义县及增设卑南厅，全台至此共被分为二府八县四厅。之后经营台湾的是福建巡抚丁日昌，他继承了沈葆祯的现代化政策，修