东土寇猖獗，崇祯帝听给事中张元始之言，令丘祖德及东兖道李恪专任招抚，土寇多解散。十五年（1642年），调官沂州。冬季，因兵部尚书张国维所荐，被擢为右佥都御史，巡抚保定。十六年（1643年）在官吏考核中被解职待查，查明后，以原官代王永吉抚山东。北京沦陷，李自成遣使招降丘祖德，丘祖德斩使者，图谋发兵拒守，但中军梅应元叛变，率部卒索取印绶，丘祖德于是南奔。弘光年间，御史沈宸荃弹劾丘祖德和河南总督黄希宪轻弃封疆，诏将二人削籍提讯，久后获释。时成都亦沦陷，丘祖德无家可归，流寓于宁国。金声起兵绩溪反清，丘祖德与宁国