战争爆发，配合当局食粮政策，大日本制糖宣布「北部糖业合理化」方针，决定于1943年将崁子脚制糖所关闭，并将部分设备移转至月眉制糖所。1943年，作业停止，原料区之甘蔗送至新竹制糖所压榨。战后，原址转作中坜冰糖厂，隶属于台湾糖业公司第一分公司，由新竹糖厂管辖。1948年，因冰糖销售不佳，决定停工。1949年，国营企业雍兴实业公司承租原崁子脚制糖所之土地，包括厂房、仓库、办公室等及铁道，成为当时台湾最大的纺织工厂。1972年，雍兴实业转民营併入远东纺织，原制糖工厂设施皆被拆除。原址现为远