驻台美军随之撤离台湾。由于中华民国国军前身，是中国国民党参考苏联共产党建立的国民革命军，部队发展与国民党密切相关。1948年至1949年因第二次国共内战失利，各军事部门、武器工业、研究单位跟随政府撤往台湾，在中国大陆成立的中华民国陆军军官学校、中华民国海军军官学校和中华民国空军军官学校也分别迁往高雄市凤山区、左营区和冈山区。不过许多资深高阶将领仍支持泛蓝阵营，直到这批将领退休与新兵服役后，部队政治倾向转往军队国家化与行政中立规定。今日规定由总统统行使统帅权指挥全国军队，并责成国防部部长命令参谋总长指挥。