江西军区参谋长、福建军区总指挥，参与历次反围剿战役和赣州战役、南雄水口战役。1934年4月，任独立22师师长。1934年10月，周子昆参加长征。遵义会议后，任红五军团副参谋长。红一、四方面军会师后，任红军大学高级指挥科科长、红军总部第一局局长，反对张国焘的南下主张。1937年12月，任新四军副参谋长，协助叶挺、项英组建新四军。1938年8月兼任新四军教导总队总队长。1941年“皖南事变”后，3月14日在泾县茂林蜜蜂洞被刘厚总杀害。1955年6月，遗骸由中国人民解放军南京军区移葬于南京雨花台西南皖南事