弟八条宫智仁亲王，因此后水尾天皇与其父之间关系并不和睦。后阳成天皇的让位是出于德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的权威做为后盾，而朝廷则需要幕府的金钱援助，只好屈从幕府威势下。1619年，后水尾天皇因为宠爱的女官已生下一子一女的事被传到当时将军德川秀忠那里，引起秀忠强烈不满。1620年，由于朝廷迫于对德川家金援的需要，天皇不得不迎秀忠之女德川和子入宫。宽永四年(1627年)，发生紫衣事件，朝廷为了财政，事先未同幕府商量，允许禅门大德寺和妙心寺僧侣数十人穿紫衣袈裟。但是幕府制定僧侣之诸出世法度、京