烈的毒性，加速动物脑神经退化、四肢肌肉萎缩等等，小量BMAA积累已能选择性杀死老鼠的神经元。香港中文大学唿吁大众停止食用同属蓝菌门的发菜，减轻患上肌萎性侧索硬化症、柏金逊症和老人痴呆症的风险。蓝菌的次生代谢产物有非常强的毒性，可能会严重损害肝脏，引致肝癌。1996至1999年间，美国俄勒冈健康部门（Oregon Health Division）曾对市面上87种蓝菌及螺旋藻保健食品进行测试，发现其中竟然有85种保健食品均含有微囊藻毒素。不同种类的蓝菌含有不同类型的毒素，当中包括神经毒素（Neuroto