所址“柏园”，后以此日为所庆纪念日。1929年后，先后迁北京、上海、南京。对日抗战期间，历迁长沙、昆明和四川南溪县李庄。1946年，迁回南京。1948年冬，迁台湾。1954年，定居台北市南港区。最初设八个组。后合并为历史、语言和考古三组，由陈寅恪、赵元任、李济三人分任组长。1933年至1934年，曾一度与社会科学研究所合并。1934年增设人类学组。1958年，增设甲骨文研究室。1961年，利用美援兴建傅斯年图书馆，内部设有傅斯年纪念室。1986年6月，设立历史文物陈列馆。1990年，甲骨文研究室改名