关系日渐恶化，其后丰臣家武将派加藤清正、黑田长政、浅野幸长、福岛正则、池田辉政、细川忠兴和加藤嘉明袭击三成屋敷企图暗杀三成失败，他逃到家康的宅邸请求家康的帮助，在家康的保护下蛰居收场。然而，两人的关系未有改善，家康在庆长5年（1600年）以东北会津大名上杉家有谋反嫌疑而命令丰臣家旗下全日本大名出兵讨伐上杉景胜后不久，石田三成便在大坂城举兵，奉毛利辉元为西军总大将，并且发动伏见城之战击败家康在伏见城的守将的鸟居元忠，与此同时初的丈夫，身在大津城的高次最初则假装从属于西军，让儿子当人质，自己则与朽木元纲一同领军