始终未能进入欧冠四强。2005年，俱乐部从奥林匹克体育场迁入全新的安联竞技场，该场地是为2006年世界杯在德国举办而建造，这大大增加了主场比赛的容量，也使观众离赛场更近，从而改善比赛气氛。在世界杯赛事上，一支由年轻的巴伐利亚人巴斯蒂安·施魏因斯泰格和菲利普·拉姆、以及当年夏末从科隆加盟拜仁的卢卡斯·波多尔斯基等人组成的德国队，在半决赛输给了冠军意大利，但击败葡萄牙夺得了铜牌。令人失望，因为拜仁再次未能于欧洲赛场产生太大影响（在米兰不敌意大利对手），并在国内以第四名完赛，从而无缘来季欧冠。作为2007–08年