为4个亚门：毛霉亚门、梳霉亚门、虫霉亚门和捕虫霉亚门，2011年坷·霍夫曼（Käthe Hoffmann）又增加了一个孢霉亚门。2014年虫霉亚门升为虫霉门。2016年，Joseph W. Spatafora根据基因组数据将接合菌门重新拆分为捕虫霉门和毛霉门，其中捕虫霉门包括虫霉亚门、梳霉亚门和捕虫霉亚门，毛霉门包括球囊霉亚门、被孢霉亚门和毛霉亚门。