时氧原子接受一个质子转变为一个氢氧根连接于细胞色素a-Cu中心，从而整个循环回到起始状态。整个反应过程净利用了4个还原的细胞色素c分子（提供4个电子）、4个质子（消耗8个，产生4个），将一个氧气分子还原为两个水分子。
抑制剂.氰化物、硫化氢、叠氮化合物和一氧化碳 都能够与细胞色素氧化酶结合，并抑制其活性，从而造成细胞的“化学窒息”。甲酸亦能够抑制细胞色素氧化酶。
相关遗传紊乱疾病.细胞色素氧化酶基因上的缺陷，包括突变，能够导致严重的常常甚至是致命的代谢