。历任员外郎，屡迁为右参议，分守商、雒，驻商州。商州屡遭兵祸，四野萧然，百姓都入城以求自保。客兵所过淫掠，百姓受他们的苦胜于贼人的。黄世清下令兵不得夜间入城。不久，关中兵路过此地，有二卒敲门，黄世清榜责以徇。督抚发兵，告诫手下不要冒犯黄参议的命令。李自成起兵，劫掠荆、襄，远近震动。黄世清一子还年幼，黄世清嘱托友人抚养，誓以身殉国。十六年（1643年）十月，李自成败孙传庭军，长驱入关，遣右营十万人从南阳犯商州。黄世清凭城而守，有奸民投靠李自成，到城下说降，黄世清假装和他说话，发炮击毙他，悬其首于城上，说：