全国人大常委会副委员长和全国政协副主席；然而在北京举行中央工作会议上，毛泽东借机称北京有两个“独立王国”，并拉拢林彪参加毛泽东生日，借机争取军队和林彪支持。
“文革”时期.1965年11月，上海《文汇报》抛出姚文元的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》，直指北京市副市长吴晗。这一江青（一说毛泽东）授意的政治攻击，遭到彭真的反对。1966年2月3日，彭真召开中央五人小组扩大会议，主持起草《关于当前学术讨论的汇报提纲》（即“二月提纲”），提出学术问题应当与政治分离、并反对将吴晗牵连到1959年