罗马帝国皇帝腓特烈二世的矛盾已经持续多年。诺森四世上任之后，与腓德烈二世的冲突逐渐难以调和，后者扬言要发兵捣毁罗马，废黜教宗。诺森四世遂于1244年迁往热那亚，第二年又移至法国里昂，并在法王路易九世的支持下于6月28日至7月17日召开大公会议，史称第一次里昂公会议。会议决定对腓特烈二世处以绝罚。由此带来的纷扰直到1250年腓特烈二世病逝方才结束。诺森四世则在1251年方得以回到意大利。大公会议上路易九世宣布准备发动新一轮十字军东征。
与蒙古帝国的接触.大公会议正值东方的蒙古