存在争论，据一些媒体报导，游说团体和政治家质疑F-35可能不能即时取代澳洲皇家空军老化中的F-111攻击机和F/A-18大黄蜂战斗机。一些评论家认为更昂贵的F-22或欧洲战机可能是更好的选择，在可能不会比F-35贵很多的价钱提供更佳的航程、空战能力和超音速巡航。2006年8月初发佈的一份声明中，当时的国防部长布兰登·尼尔森博士披露虽然F-35仍受政府支持，澳洲已开始研究其他替代方案以备F-35不可行时。2006年10月，空军副总司令，约翰·布拉克邦恩（John Blackburn）中将，公开表明澳洲皇家