顾允元（），字懋善，直隶苏州府崑山县人，民籍，明朝政治人物。
生平.丁卯乡试十八名，万历十四年（1586年）丙戌科会试八十九名，登三甲第六十四名。任福建瓯宁县知县。
家族.曾祖顾宜之，封监察御史；祖父顾澡，曾任布政司都事；父顾梦羽，曾任蕲州同知。母金氏。