陈仪为首的行政长官公署强烈不满，国民政府在二二八事件平息后废除此机关，改组为台湾省政府。
成立.1943年开罗会议中，同盟国拟在战后将台湾交还中国统治。1944年4月在重庆的国民政府，委由中央设计局设立「台湾调查委员会」，并任命陈仪为主任委员。该调查委员会对当时日治下台湾的经济、政治、民生、军事等各方面作出颇为详细的调查。战后，设于重庆的国民政府对于如何接管台湾有两派意见，一派建议与中华民国的其他34省相同，设立「台湾省」。另一派则主张在台湾岛设立拥有军警等特别公权力的「特别行