后，冯玉祥命马麒代理青海省政府主席。后来，马麒转而支持蒋介石，蒋介石继续让他代理青海省政府主席。1931年（民国20年）8月5日，马麒在西宁逝世。享年63岁（满61歳）。
家庭.马麒为马海晏的长子。马麒生有马步青、马步芳、马步瀛。