入山进行田野调查，毕业后留校担任助教，后来升到副教授，战后回到日本，历经东京都立大学等校教授。马渊东一在台湾长达18年，调查对象锁定于邹族与布农族，调查内容着重于社会构造、宗教、咒术等，尤其是神话和宗教仪式或与社会组织的关系。他曾主张台湾原住民文化与南洋、琉球等地文化具有关连性。他在台湾进行原住民田野调查所写下的许多着作，都已成为台湾现今研究人类学及民族学的重要参考文献。马渊东一对台湾怀有深厚情感，逝世后葬于台湾台东县池上乡。