丽·约翰逊出生在美国纽约市。父亲卡斯滕·约翰逊（）出生于丹麦哥本哈根，是一名建筑师。爷爷埃纳尔·约翰逊（）则是一名编剧兼导演。母亲梅拉尼·斯隆（）是来自于美国布朗克斯的犹太裔制作人，她的祖辈原本在现属于白俄罗斯明斯克的犹太人，后移民到纽约。约翰逊的双亲在丹麦相遇并同居。约翰逊有一个姐姐，瓦内萨·约翰逊（），同样也是一名演员；一个哥哥亚德里安（）、一个晚她三分钟出生的双胞胎弟弟亨特（，曾与她一同出现在影片《》中），以及一个同父异母的弟弟克里斯蒂安（）。因为父亲的关系，斯嘉丽·约翰逊拥有丹麦和美国双重国籍。