及军饷赴琼崖同邓本殷商量。邓本殷乃决定自雷州登陆，同黄志恒旅、黄明堂部驻钦州、灵山、廉江等地，对南宁、玉林、横县方向的桂军进行警戒，并派所部参谋长邓承荪率部进攻龙州、水口的旧桂系残部。因为布置妥当，邓本殷受到陈炯明嘉奖。1922年6月，陈炯明发动六一六事变后，粤军分成拥护陈炯明、孙中山的两支力量。邓本殷和其他拥陈派粤军将领联名发出通电，要孙中山下野。驻廉北的黄明堂成立南路讨贼军，讨伐陈炯明，但被邓本殷部围歼。孙中山离开广东后，陈炯明命邓本殷部守琼崖。邓本殷通过陈炯明，将非自己嫡系的施少卿团长、卢华龙部调