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货运.新竹车站北侧有通往新竹面粉厂的侧线（现位于站内）。并曾经有通往台湾肥料公司新竹厂与新竹机场的侧线。
新竹机场线.新竹飞机场线建于昭和十四年（1939年），当时称为「北台海军航空队本部线」，战后改称「新竹特种支线」。路线自东光陆桥向北与纵贯铁路分岔，通过经国路与武陵路后，沿成功路进入新竹空军基地。2000年11月路线拆除后，因铁路长期阻碍交通，当地居民莫不赞成。原路线改铺设公路，经评选