用码头，有众多大型邮轮停靠神户港。神户港亦开通有前往上海等地的定期客船航线。近年神户市将神户港的西半部地区划为亲水区域，期望能开发观光和文化等新的港口价值并让神户港成为更易被市民和观光客所亲近的港湾。
空运.神户市唯一的机场为神户机场，开业于2006年，坐落于港湾人工岛南面海域的人工岛上，是日本第三座市营机场，并名列之一。其机场代码是UKB，拥有一条长2,500米的跑道。场区距离市中心的距离较近，在三宫可乘坐港湾人工岛线直达机场，与同在大坂湾内的关西国际机场亦有相通。其以营运国内航