教职员陆续撤退，由德国籍人士渐次递补。12月8日太平洋战争爆发，一日之间燕京大学、协和医学院等校旋遭日本强制接收。未能及时撤退的少数辅大美国籍教职员被投入山东滩县之集中营。由于日德义三国结盟（轴心国），故德国籍教职员未遭迫害。同时辅大主持单位已改为德国圣言会，成员大多为德国籍司铎，故校务如常运作。其他公私立高校或早被关闭，或被伪政府接办，独独辅大孑然屹立，硕果仅存。1942年，辅大教授英千里与员生多人因秘密组织抗日活动被捕入狱。秋天，校方在重压之下被迫新增「日本语言文学系」与「西洋语言文学系德文组」，同