.马来穿山甲每年会产1-2只幼穿山甲。牠们会在秋天交配，到了冬天就产子。出生后的幼穿山甲约需3个月的照顾。马来穿山甲很多时都是独居的，晚间活动及很胆小。牠们的天敌有虎及云豹。当感到威胁时，牠们会卷曲成球状来保护腹部柔软的部位。牠们会在近白蚁的土堆及蚂蚁的巢穴筑巢，并以植物覆盖来保温，其巢穴可以帮助土壤通风。
与人类关系.马来穿山甲的皮肤、皮革及肉都是人类猎杀的目的。传统误认为一些部位有中医药的疗效，但此说并没有科学根据。当地人用牠们的皮革来制成驱散风湿热的符咒，皮肤则用来制鞋