使杜鲁门政府备受困扰。早于1947年，杜鲁门设立了一个「效忠委员会」，调查联邦政府是否混入了间谍。后果是，自1947年至1952年，大约有20,000名公务员遭到调查，当中有约2500人「自愿」辞职，400人被辞退。另外自1945年至1946年，约翰·埃德加·胡佛多次向杜鲁门作出警告，指财政部的助理部长哈利·德克斯特·怀特是苏联间谍。加拿大总理亦同样向FBI警告要注意怀特，而来自苏联的变节人士也证实了这个情报。最后杜鲁门唯有将怀特调任为国际货币基金会的美国代表，他又承认设立「效忠委员会」是他当总统犯下的最大