张献忠带来的战乱，与安文思避居绵阳，后在吴继善的推荐下为张献忠服务。张献忠败亡后，两人向清朝军队统帅肃亲王豪格投降，被带往北京，获释后建立了北京东堂。在北京期间，利类思加入了与杨光先的论战，写出了《不得已辨》等文章，对杨光先进行驳斥。其后与汤若望、南怀仁和安文思四人被允许留在北京，供奉朝廷，直至逝世。在华期间，利类思翻译并撰写了大量宗教着作，包括《尼西亚信经》、《天学传概》、《弥撒经典》、《圣事礼典》、《司铎课典》等等。