软骨鱼类.软骨鱼类包含鲨鱼、鳐和银鲛，包括多种深海鱼类。
辐鳍类.辐鳍鱼纲包含大多数现生硬骨鱼，所属约40目中有一半适应深海。
肉鳍类.肉鳍类包含四足动物的祖先，现生鱼类仅有肺鱼和腔棘鱼。