福州，改元隆武，遥上朱由崧尊号为「上皇圣安皇帝」。同年九月甲寅，朱由崧与皇太后邹氏、潞王朱常淓等人被押送至北京，由清朝太医院安置居住，日时馈宴，朱由崧酣饮极乐。清顺治三年（1646年）四月九日，有人向清摄政王多尔衮告发，称居住北京的前明衡王、荆王欲谋反。同年五月甲子，弘光帝与秦王朱存极、晋王朱审烜、潞王朱常淓、荆王朱慈煃、徳王朱由栎、衡王朱由棷等十七人被斩首于菜市口（一说弘光帝以弓弦绞死）。
陵墓.朱由崧王妃黄氏之弟黄调鼎购得棺木，与黄妃合葬于河