。因县市註记为行政措施并无法令依据，所以在实务上许多医院仍然拒绝承认同性伴侣户政註记的效力。2017年在司法院释字第748号解释公布后，行政院宣布将于同年7月以行政命令开放全国性的同性伴侣户政註记，亦可跨县市办理登记（因尚有云林县、澎湖县、花莲县与台东县尚未表态愿意同步实施）。在不涉及修法与第三人权益的事项，如劳动法令的家庭照顾、医疗法令的手术同意书与监所的探视，皆可比照适用。另外，台北地方法院判定在司法院释字第七四八号解释施行法施行前的过渡期间，「同性伴侣註记」的性质可相当于「结婚登记」，得适用于部份