遗产，不久在弟弟的安排下，再嫁给纳瓦拉国王恩里克二世，因此通称为纳瓦尔的玛格丽特。两人育有一女胡安娜三世。玛格丽特以人文思想教育女儿，而恩里克不同于法国的天主教宫廷，同情新教胡格诺派教徒；在此影响下，他们的女儿胡安娜三世信仰喀尔文主义并如此教育儿子亨利三世，日后的纳瓦拉国王；这使此后数十年内的纳瓦拉是胡格诺派的中心。1549年12月21日玛格丽特过世后，阿朗松併入法国王室领地。