。不久王诞迁尚书吏部郎，后又任后军长史，领庐江太守，加镇蛮护军。又转任龙骧将军、琅邪内史，仍任后军长史。当时王诞巴结司马元显的宠臣张法顺，故此亦得司马元显宠待。元兴元年（402年），司马元显迁骠骑大将军，王诞亦随其改任骠骑长史，同时，司马元显下令讨伐荆州刺史桓玄，并有过尽诛桓氏子弟的打算，不过王诞就坚称外甥桓脩等人与桓玄志趣不同，故令司马元显打消念头。同年，桓玄率军进攻建康，打败了司马元显等，并诛杀了元显及谯王司马尚之、张法顺等人，当时王诞原本亦要被杀，但因为桓脩为其向桓玄求情，于是改为流放至广州。