宾南部进入沙巴东部地区索取领土，并引起持续41天的拿笃冲突，两国外交关系再次陷入紧急状态。马来西亚对此采取反制措施，包括遣返在沙巴的菲律宾非法移民。2016年11月8日，菲律宾总统罗德里戈·杜特尔特向马来西亚进行国事访问，并会见马来西亚时任首相纳吉·阿都拉萨。两国首脑在会谈中仅聚焦在两国海域安全问题和经济上的合作，同意搁置沙巴领土争议问题。
贸易关系.马来西亚和菲律宾是互为重要的贸易伙伴，菲律宾是马来西亚的第七大出口国和第八大进口国。同样，从菲律宾的角度来看，马来西亚是东盟国家