总统选举会。1912年1月1日晚，他在南京参加了孙中山就任中华民国临时大总统典礼。1912年1月28日，他和张蔚森、赵世钰出席了南京临时参议院成立会，于3月8日审议、通过了《中华民国临时约法》。
陕西生涯.1912年4月1日，孙中山辞去中华民国临时大总统，南京临时政府结束。他遂经上海回到西安。陕西军政府大都督张凤翙提议创办西北大学，马步云任创设会委员。西北大学成立后，马步云任校教务长兼商科学长。1912年8月，他任国民党秦支部副支部长。1913年暑假，他受西北大学校长、留日同学钱鸿