干线有广深高速公路、广深沿江高速公路、深南大道、南海大道、南山大道、滨海大道、北环大道、沙河西路、月亮湾大道、南坪快速路等。
铁路.深圳地铁 、、、、、、平南铁路经过南山区，其中:的车站有侨城东站（福田区与南山区之交界）、华侨城站、世界之窗站、白石洲站、高新园站、深大站、桃园站、大新站、鲤鱼门站和前海湾站的车站有侨城北站、世界之窗站、红树湾站、科苑站、后海站、登良站、海月站、湾厦站、东角头站、水湾站、海上世界站、蛇口港站和赤湾站的车站有长岭陂站、塘朗站、大学城站、西丽站