d Frey）、Ross A. Elgin将化石叙述、命名。模式种是长吻巴博萨翼龙（"B. gracilirostris"）。属名是以保存标本的博物馆教授Miguel Barbosa为名；种名是在拉丁文意为「修长的口鼻部」，意指修长的头颅骨前半段。正模标本（编号MNHS/00/85）是一个几乎完整的身体骨骼与头颅骨，缺少后肢与大部分颈椎，部分关节仍连接、化石没被挤压变形。这个化石可能是亚成年个体，但许多部分的骨缝已癒合，显示牠们可能已完全成长。巴西商人将这个化石卖给Miguel Barbosa，再经由卡