巢之乱，从河南经安徽和县渡长江入皖南，到福建、广东，后经安徽攻长安，天下大乱，藩镇割据，不久唐朝灭亡。北宋后期，北方的金朝崛起。1127年以后，安徽北部的淮河再次成为南北对峙的前沿：北方的金和南方的南宋。1161年金朝海陵王完颜亮出兵伐宋，在今安徽马鞍山采石大战失败。1234年，金亡于蒙古帝国。1276年，元军攻占南宋京城杭州，淮西制置使夏贵投降，安徽全境归大元。
明朝.1368年，明太祖朱元璋建立明朝。由于定都于金陵应天府（今日南京），现今的江苏省和安徽省直属中央六部管理，称