被迫离职。1917年7月孙中山发动护法运动，程潜联络旧部支持，9月被任为湖南护法军司令，在湘南大败南下进攻广东之北洋政府部队，一度进攻至长沙。后因与谭延闿之争，再被迫离职。1920年孙中山第二次在广州护法，程被任为陆军次长。在第二次护法时的北伐，与陈炯明冲突中皆支持孙中山，因而颇受器重。孙中山得以于1923年回广州第三次护法，亦得助于程潜平定广州。程曾在中华民国陆海军大元帅大本营军政部部长任内时开办大本营陆军讲武学校，自任校长，宋希濂中将即出身于此。孙中山建立黄埔军校时，曾一度考虑以程为校长，以蒋中正及