–3、6–7、6–4、6–7、2–6意外负于阿根廷年轻球员胡安·马丁·德尔波特罗，不但卫冕失败，也粉碎了他想连续六年拿下冠军的美梦。年终，世界巡回赛总决赛进入四强后，以2–6、6–4、5–7三盘负于尼古莱·达维登科。另外也夺得二座大师赛单打冠军（一座：马德里红土赛事、另外一座：辛辛那提硬地赛事）。
2010-2011年：统治不再.2010年，费德勒仅摘下一座大满贯单打锦标（澳网），破纪录拿下第16座大满贯锦标，之后又陷入低潮（法网与温网卫冕失败），让出世界第一位置，直到年终他的状态