「国家自然公园」，其选定标准同一般国家公园，其管理及违规行为处罚，适用国家公园之规定。2019年11月，国家自然公园管理处成立，统筹管理国内所有国家自然公园，并兼管不属于国家公园法实施范围的台中、高雄两座都会公园。中华民国国家公园的主管机关为内政部营建署，未来将随着行政院组织改造改由内政部属下的国家公园署管理。
国家公园列表.
已成立.大部分的国家公园设有管理处以专责管理，惟东沙环礁国家公园与澎湖南方四岛国家公园因同样定位为海洋国家公园，而合设海洋国家