下设参谋处、后勤处，负责同中国人民解放军总参谋部、中国人民解放军总后勤部联系具体工作；总参谋部、总后勤部在业务上给予指导。1966年8月，中央决定将其直属的一部分施工队伍整编成中国人民解放军基本建设工程兵。后很快在中华人民共和国冶金工业部、中华人民共和国煤炭工业部、中华人民共和国水利电力部、中华人民共和国化学工业部、中华人民共和国建筑工程部、中华人民共和国交通部等中央各部直属施工队伍中抽调人员，组建为首批基建工程兵部队。基建工程兵组建之后，接受国务院、中央军委双重领导，部队不用国防经费，而采用独立经济核