尔给予基地组织领导人本·拉登庇护，引起美国和沙特阿拉伯的强烈不满，认为他支持恐怖主义。基地组织以阿富汗为根据地进行恐怖袭击训练，1998年美国大使馆爆炸案和2000年的科尔号驱逐舰袭击事件等等一系列恐怖袭击引起国际社会的注意。在1999年和2000年，联合国两次通过决议，要求阿富汗当局引渡本·拉登，但遭到奥马尔的拒绝。在2000年坎大哈的会晤中，奥马尔对中国驻巴基斯坦大使陆树林保证说塔利班不会“允许任何组织用其领土从事任何反对中国的活动。2001年9月11日，美国多个地方发生恐怖袭击事件（九一一事件）。