圣神由父分出(东正教不认同和子说)、自由意志、神圣预定、称义（释罪）、圣礼/圣事的数目、洗礼（正教会的“全部浸在水里”相对于马丁·路德的“用撒或是淋水”）以及是否要如同正教派的“在洗礼后马上施行圣油礼和圣餐礼/圣体圣事”，圣餐礼变动的意义以及使用未发酵的面包，教会和大公会议的无错误，崇敬，盛宴，对圣者、圣者塑像和遗物的祈祷，斋戒和其它教会的传统。这些分歧使两者在基督教合一运动中无法更加密切联系。
政教关系.东正教教会和东方正统教教会严正规定，神职人员不得用任何方式宣扬其政治立场。因