伐会津的上杉景胜（会津征伐）而起兵时跟随家康出阵，在出兵期间三成等人率领西军在大坂举兵，于是长政作为东军武将在关原之战中战斗。在本战中，黑田队相当活跃，家臣菅正利的铁砲队还消灭了三成的家臣岛清兴，而在长政派遣的平冈赖胜调略下，成功策反西军的小早川秀秋和吉川广家等诸将，在战后因为这些功绩而成为关原的第一功臣，被家康封赐筑前名岛（福冈）52万3千石。
江户时代.庆长5年（1601年）着手建造福冈城。黑田氏于备前国的故地即为福冈，庆长11年（1606年）福冈城历时７年后完工。长政为初代的