1月31日转任三军大学第十任校长，其时已晋升为空军二级上将。2000年5月8日整併，改名为国防大学，而夏瀛洲亦担任改编后首任校长，至2002年1月31日为止。2003年9月退役。曾任总统府战略顾问。
退役生涯.2010年4月，许历农组织新同盟会退役将领参访问团访大陆，其中包括八位退役中将和七位退役少将，夏瀛洲参与其中，获得国台办主任王毅接见。同年5月，参与发起首届中山黄埔两岸情论坛。
争议.2011年6月8日，依照中国大陆媒体中评社报导，夏瀛洲以前国防大学