内部特定位置的信号转送，如导向细胞核，或细胞器。 在有丝分裂中核膜破裂后，细胞质基质也是的许多过程的所在地。细胞质基质的另一个主要功能是将代谢物从其生产地运输到使用它们的地方。 这对于水溶性分子（如氨基酸）来说相对简单，它可以通过细胞质迅速扩散。然而，疏水性分子，如脂肪酸或固醇，可以通过特异性结合蛋白通过细胞质基质转送，特异性结合蛋白将这些分子在细胞膜之间穿梭。 通过内吞作用或分泌途径进入细胞的分子也可以通过在细胞质的囊泡内被运输，这囊泡是被马达蛋白携带沿着细胞骨架移动的脂质小球。细胞质基质是原核生物和