希望让古人大兄皇子下一任天皇，所以，在643年11月，入鹿侵入斑鸠宫，另一位皇位继承资格者山背大兄王被杀。645年6月，百济、新罗和高句丽的使者来到日本，在宫中举行了仪式。古人大兄皇子奉于皇极天皇一侧。但在仪式进行中，中大兄皇子和中臣镰足在板盖宫于皇极天皇前暗杀了苏我入鹿，苏我虾夷也在自家自焚，致使苏我氏灭亡。此事后被称作乙巳之变。事件后，古人大兄皇子出家隐退了。同年9月12日吉备笠垂受到“古人大兄皇子策划着谋反”的密告，随即中大兄皇子诛杀了古人大兄皇子。此事真实性尚未清楚。