伊泽特贝戈维奇成为首任波黑总统。不久，波黑局势恶化，各族之间互相攻战。伊泽特贝戈维奇虽然理论上只有一年的总统任期，但是鉴于“特殊局势”，原有政治体系完全崩溃，他的总统地位被保留。1992年1月，伊泽特贝戈维奇同代表塞尔维亚族的拉多万·卡拉季奇和代表克罗地亚族的马特·博班签署了《里斯本协议》，同意建立一个多民族联邦制的波斯尼亚和黑塞哥维那共和国。但是很快伊泽特贝戈维奇就撤回了他的签名，表示不愿见到波黑的分裂。1992年2月，伊泽特贝戈维奇不顾塞族的反对，以波黑总统的身份发出备忘录，要求欧洲各国承认波黑为完