之后便出发前往日本国会抗争。1969年，左派的全学共斗会议（全共斗）运动佔领他的研究室时，他严厉批评，参加的学生直与纳粹无异。1971年，丸山自东京大学退休；1974年成为东大名誉教授，1978年成为日本学士院会员。1993年，丸山被诊断罹患肝癌。1996年8月15日，丸山逝世。丸山临终前说：「想起我的青春时代，整个日本就是一个奥姆真理教……一出了日本就完全行不通的逻辑，在日本社会内却可以堂堂通行。」(「私の青年时代を思うと、日本中、オウム真理教だったのではないか。 外では通用しないことが、内で