党暴动中表现突出，因此获得拿破仑的重视。他追随拿破仑在意大利和埃及作战，于1799年晋升为少将。雾月十八日政变中（公历1799年11月9日），时任掷弹兵指挥官的缪拉坚决支持拿破仑夺权。1800年，他在意大利西北部马伦戈战役中指挥骑兵部队，是役拿破仑大败奥地利军队。同年，缪拉与拿破仑的妹妹卡罗琳·波拿巴结婚。1804年，拿破仑授予若阿尚·缪拉法国元帅军衔。在奥斯特利茨战役（1805年）、耶拿战役和埃劳战役中缪拉都有杰出表现。1808年，他在西班牙指挥法军残酷地粉碎了马德里市民的反抗。1806年缪拉被拿破仑