腊人修道士伊亚基多斯·马库里波塔里乌斯（Giacinto Macripodari，Υάκινθος Μακρυποδάρης，1610-1672）曾在1645年至1649年期间担任斯科普里的司教。在奥斯曼的坦志麦特（1839-76）改革时期，帝国内民族主义高涨。在1870年，自保加利亚正教会中分离新设了一个新的教会，新教会的设立与其说是因宗教原则不如说是基于民族同一性。斯科普里主教区的居民在1874年参加了投票，91%的投票者希望参加新教区，占压倒性多数。马其顿内部革命组织于1893年设立在塞萨洛尼基，