机场站段、绿线景美站－大坪林站段、公馆站－万隆站段、橘线古亭站－顶溪站段、三重国小站/台北桥站－大桥头站段、三重站－先啬宫站以及蓝线龙山寺站－江子翠站段。
地上隧道.除了河底隧道之外，另外还有2座位于地面上的隧道。一座位于红线竹围站－关渡站段上，为台铁淡水线「关渡隧道」改建而成；一座位于棕线麟光站－辛亥站段上，俗称「福州山隧道」。2条隧道事实上未有正式名称，现有俗称是台北市政府捷运工程局为了工作方便而定的。
麻花隧道.信义、新庄2捷运线于东门站交会，共有5