为晋察冀军区医药指导委员会委员，经常随军区卫生部检查团到各军分区和战斗部队检查卫生工作，目睹了边区伤病无药可治的严重情况，成为白求恩卫生学校传染病教学工作的带头人，并为边区传染病防控作出了贡献。1943年晋察冀边区流行疟疾，由于日军封锁，边区缺少治疗药品奎宁；傅莱向当地老中医学习，在八路军和边区采用针灸治疗疟疾，取得成果，最终战胜了疾病，避免了许多军民的伤亡，获毛泽东、朱德褒奖，通报全军。1944年，傅莱从晋察冀被调到位于延安的中国医科大学开展教学和医疗工作，任陕甘宁边区中西药研究会顾问、八路军陕甘宁晋