去第四卷，是因为第四卷中涉及唐武宗“会昌毁佛”之恶事，内文多有愤恨之辞。后来一直到镰仓幕府时期（公元1192-1333年）《入唐求法巡礼行记》的抄本仍在僧俗间流传。但此后长达五个多世纪里默默无闻。明治十六年（公元1883年）以后，三上参次博士等在调查京都东寺观智院所藏文献之时，重新发现在伏见天皇正应四年（公元1291年）长乐寺老僧手抄之《入唐求法巡礼行记》古抄本。该一发现震动日本朝野，明治三十六年（公元1903年），作为留存秘库之该书为最古抄本，《入唐求法巡礼行记》被尊为国宝。大正七年（公元1918年）