行联合管理。1954年6月4日，联合工作站撤销，徐、畲两台都划归紫金山天文台领导，专门从事天文研究和授时工作，原有的地磁、地震工作部门划归地球物理研究所。1962年，畲山天文台与徐家汇天文台正式合并为“上海天文台”，其中畲山天文台的正式名称改为“中国科学院上海天文台畲山工作站”，但仍习称为“畲山天文台”。文化大革命期间，畲山天文台一度占据了畲山天主教堂的大堂。1970年，中国科学院华东分院被撤销，此后畲山天文台改由中国科学院和上海市人民政府共同领导。1984年至1985年，江南造船厂重建了畲山天文台观测室圆