至明治宪法施行后，才由宗教自由与「国家神道」政策取代。
概述.庆应四年（即明治元年，1868年）三月二十八日，明治新政府颁布「神佛分离令」（正式名称是「神佛判然令」），以禁止天皇所信从的神道与佛教混合。却因误解，于是民间引发「废佛毁释」运动，造成佛教空前的迫害浩劫，大量佛寺佛像被毁，僧侣被强制还俗。相反，神祇官职逐渐上升，使得神道「」。而此前的日本佛教在此事件后，逐渐产生一群复兴佛教以己任的僧侣。神佛判然令下达前，神社的神官常被称唿为「和尚」，有些巫女则被称唿为「比丘尼」，比如