朝顺治初年，干隆中期即列于北京喇嘛庙二十八座数之内。清朝，三佛寺是理藩院直属喇嘛庙之一。《内务府奏销档》记录了干隆三十九年（1774年）三佛寺粘修情况：六世班禅停灵于黄寺期间，三佛寺札萨克喇嘛曾献白银十两、诵经哈达一条、白花绢十条、上等缎子。释妙舟《蒙藏佛教史》载，“三佛寺。在朝阳门外喇嘛寺胡同南口，路东之东森里。寺旧共四进，年久失修，多已颓废。三进圮为平地，二进仅余殿柱，惟山门及四进尚存。寺内喇嘛额定十三名。”1956年，三佛寺被拆毁。三佛寺位于三丰胡同以南，观音寺胡同南段（后为朝外二条