大陆继续活动。而在不属于“反动会道门”的教派中，三一教的发展最为引人注目，2006年12月8日，经莆田市民政局批准及莆田市宗教局同意，莆田市三一教协会正式成立，这标志着莆田市三一教正式“纳入政府依法管理的轨道”，这也是三一教乃至包括“会道门”在内的所有新兴宗教在改革开放后成立的第一个合法组织。进入21世纪，中华人民共和国政府及学界也在逐步调整对会道门的认识。2004年，国家宗教事务局增设业务四司，首次将业务范围拓展到五大宗教之外。2009年5月4日，国家宗教事务局副局长蒋坚永应台北指南宫董事长高忠信邀请