998年末把派系名称改为清和政策研究会。2000年森成为首相后，按惯例退出派系，小泉纯一郎在2000年4月就任会长后支持森内阁，这令小泉在党内发言权大增。2001年森喜朗下台后重掌派系，由小泉当选新任总裁，并在2005年众议院选举中，议席数目超越平成研究会（桥本派）成为党内最大派阀。2006年9月，小泉宣佈不再连任总裁后，在2006年自由民主党总裁选举，森派出现两名有力候补，安倍晋三及福田康夫，由于两人父亲都曾出任派阀领袖，令不少人认为森派有分裂危机，及后福田宣佈不参选避免派阀分裂，9月20日安倍当