府于11月2日发布《清国留学生取缔规则》。为对此进行抗议，12月6日，在东京的中国留学生罢课游行，但懋辛作为纠察员负责维持罢课游行队伍的秩序。12月8日，因不满《朝日新闻》诬蔑中国人，留学生陈天华自杀。中国留学生决定集体归国。12月下旬，但懋辛在码头为熊克武、秋瑾等人送行。不久，但懋辛回到上海，向熊克武传达了中国同盟会总部的要求，该要求命他们以办学作为掩护，在上海创办联络站，负责日本、上海和中国内地同盟会会员的联络工作。1906年2月，经熊克武、但懋辛等中国同盟会会员努力，中国公学开学，该校即中国同盟会