作出消毒，当晚更留守在国民党总部中。选举结果，国民党提名的马萧配以七百六十五万票当选，超出竞争对手二百二十多万票的大幅差距，完成台湾的第二次政党轮替。2008年5月20日，马英九宣誓就任中华民国总统，国民党重新执政之后，吴伯雄以中华民国执政党的中国国民党主席的身份率团前往大陆与中共中央总书记胡锦涛会谈，这是两岸执政党领导人六十年来首次高峰会。谈到四川赈灾国民党不遗余力时，胡锦涛说，「天灾无情人有情」，吴伯雄回应称，「谁都不能保证没有天然灾害，但可以透过人为的努力保证没有战争」。并且于此次会谈达成开放北京