这之外也有民间从原乡分灵过来而建的民祀城隍庙。通常在一个行政区会设有一间官祀城隍庙，但台湾有时候会出现某一级行政区内同时有两个官祀城隍庙并存的情形，此外由于南雅厅和台东直隶州已是台湾清治时期晚期才设的行政区，所以来不及设立城隍庙便割让给日本。而进入日治时期后，官祀城隍庙在失去官府的照料与被日方视为官产的情况下，在初期多半被日军所佔用、接收而转作他用，甚至遭到拆毁。有些城隍庙在信徒的努力下，得以恢复为庙宇或另地重建，至于有的则无法恢复。在1899年后，随着台湾局势稳定，台湾总督府开始对传统宗教採取宽容