设专学英语、德语、法语的初等班，学生各40人，学毕升入高等班，这是中国早期分级学制的雏形。课程以外语、科学技术等西学为主，兼修中学。聘西学教习4名，交涉、农政高等班教习聘自法国、德国，工艺、商务高等班教习聘自英国。聘中学教习8名，先后有陈光宇、李瑞清、沈敦和、柳诒征等人。学堂总办先后由杨兆鋆、蒯光典、吴可园、黎经诰等人担任。1898年光绪帝下诏维新变法后，两江总督刘坤一十月奏请将储材学堂改为江南高等学堂、按大学堂定章，这是南京近代高等教育的滥觞。不久变法失败，守旧派扬言要尽撤各地学堂，慈禧太后派刚毅到江南