圣萨尔瓦多在1756年和1854年被地震摧毁，并在1919年、1982年和1986年的地震中严重受损。萨尔瓦多有20多座火山，近年比较活跃的有圣米格尔火山和伊萨克火山，其中伊萨克火山更有「太平洋灯塔」之称。萨尔瓦多自北至南主要有两个山脉。北部的恰帕斯马德雷山脉构成萨尔瓦多和洪都拉斯的国界线。该地区曾是茂密的森林，但现在已因过度开发而变得荒芜，并成为萨尔瓦多人口最稀少的地区。萨尔瓦多南部山脉和恰帕斯马德雷山脉之间是高原地形。虽然该地区仅佔萨尔瓦多面积的四分之一，但是也是萨尔瓦多人口密度最高的地区。沿海地区