98年改由双层车运营并更名为特6路，车型为南京金陵JLY6101S型。特6路于2003年将车型改为以压缩天然气为燃料的常州长江CJ6110SG2Y7H型，原有的柴油双层巴士逐渐退役，次年12月将西端终点站移至韩家川南口（位于部队大院内，与国防大学同属青龙桥街道管辖）。2007年1月1日，特6路再次调整线路，不再经复兴路及羊坊店路，而是改经白云观。2013年，特6路将车型更换为安凯HFF6120GS01C型，也一度出现青年JNP6130GSC型，二者均以液化天然气为燃料，且装有空调系统。2015年5月26