瑜伽术身体训练方法的基础上，创造了一套极富神秘主义色彩的宗教实践方式，就是密宗，在波罗王朝时达到极盛。它采取师徒秘密传授制度，要得到上师的入坛灌顶，受法修行直至最终成为有传法资格的阿阇梨。唐朝时期由善无畏、金刚智和不空三藏将胎藏界和金刚界密法传入中国称为唐密，它可分成三个部分，就是杂部，纯部，瑜伽部。相对于密乘，日本弘法大师空海，把密教和大乘佛教的理论部分称之为“显乘”。最后产生的“无上瑜伽密教”于西藏佛教前弘期传入其中。在北宋译《佛说秘密相经》中，甚至提到莲华与金刚杵相合：「是故，于彼清净莲华之中，而