被征还入朝，担任卫尉。永元二年（500年）正月，豫州刺史裴叔业据州投靠北魏。二月丙戌（3月31日），皇帝萧宝卷授萧懿持节、督豫州诸军事、征虏将军、豫州刺史、领历阳南谯二郡太守，以讨伐裴叔业。三日后，裴叔业病死，其兄子裴植据州降于北魏。三月，平西将军崔慧景叛乱，入建康城，进攻宫城，萧懿率锐卒三千人赴建康城平叛。四月癸酉（5月17日），崔慧景被斩首，皇帝萧宝卷授萧懿侍中、尚书右仆射，尚未拜官即于两日后改授尚书令、都督征讨水陆诸军事，持节、征虏将军如故，增邑二千五百户。萧懿因功高深受皇帝猜忌，又遭到茹法珍等人