任行政院长期内不获重用，仅被委任为行政院政务委员，愤而在2000年中华民国总统大选中支持脱离国民党参选的宋楚瑜。钟荣吉是在当次选举中，表态支持宋楚瑜的最高职级的政务官。钟荣吉在亲民党成立后被宋楚瑜委予重任，成为亲民党秘书长，地位比起一路跟随宋楚瑜的吴容明（曾任中华民国考试院副院长）、夏龙及马杰明等更高。2002年，因高雄市议会议长贿选案中，亲民党人受贿而支持朱安雄当选议长而辞职。2005年，因为国亲两党合作气氛迷煳，在亲民党铁定与国民党合作后，被亲民党立法院党团推举为副院长人选，获国民党支持，结果当选。