1925年6月，林国赓被杨树庄任命为闽厦海军警备司令部参谋长，兼厦门海军警备司令。1925年7月，林国赓升为海军少将。1926年9月，林国赓正式专任北京政府厦门海军警备司令（此前一直为兼任）。1927年3月14日，经林知渊等人联络，海军易帜，归属国民革命军。林知渊被任命为海军政治部主任兼海军党代表。1927年4月9日，林国赓在厦门公开逮捕中国共产党领导人。次日，林国赓“下令实行全市特别戒严，禁止集会游行。”1928年3月，中国国民党海军特别党部成立，海军总司令杨树庄任海军特别党部主任委员，林国赓、陈季良