地道记》十卷、《西游记金山以东释》一卷、《漳北滱南诸水考》一卷等，其中《新疆私议》撰成于道光八年，是其代表作，徐松在拜读《新疆私议》之后叹说：“吾谪戍新疆，诸水道咸所目击，犹历数十年之久始知曲折。”。1840年，沈垚患肺病，何凌汉病故，张穆一人守护沈垚。道光二十年客死北京，沈维鐈、徐松、姚元之为其治丧。身后遗稿本散乱，或蠹或缺，张穆裒其遗着爲《落帆楼稿》。附沈曾植《沈子敦先生遗书序》。