政府亦曾进行清乡行动。沦陷区（解放区）政府对国民党及反日份子的清乡。1947年台湾二二八事件发生时，由于管辖台湾的台湾省行政长官公署未有实力对参与二二八事件之民众进行全面镇压，在增援兵力抵台镇压后，方进行针对参与暴乱者加以逮捕或杀害的命令，故行政长官陈仪于3月26日发佈「为实施清乡告全省同胞书」，军警在此一时期，以清查户口、追缴武器等方式将要求政府进行政治改革之菁英，以及曾经参与反抗政府，与任何可疑者一网打尽加以逮捕或杀害。
抗日战争时期.1938年至1941年，日本进行了多次