是筑前福冈藩末代藩主黑田长知，父亲黑田长成于1884年被封为侯爵，并曾任贵族院副议长。母亲是萨摩藩末代藩主岛津忠义公爵之女清子。幼时由于家中庭院池塘饲养鸭子，从小喜爱鸟类，就读于东京帝国大学研究所时，便曾在朝鲜发现新品种鸭－冠麻鸭。1924年以有关琉球群岛鸟相之研究获得东大理学博士，是日本第一位获得鸟类学学位的人。后历任宫内省主猎官、式部官等职，1939年父亲去世后继承侯爵爵位与贵族院议员职务（至1947年华族制被废除为止）。黑田对于东亚地区鸟类的分类有极为重大贡献。除此，他亦对日本、台湾、琉球等地