案设址于嘉义县太保市蒜头糖厂蔗田用地与国立故宫博物院南部院区筹建计画，之后纳入挑战2008国家发展重点计画国际艺术及流行音乐中心政策一环。苏贞昌内阁于2007年1月17日提出将《国立故宫博物院组织法》第1条的蒐藏「中国古代」文物改为「国内外」文物，遭到立法院否决。2008年1月16日行政院发布《》，同年3月7日核定《国立故宫博物院处务规程》，3月13日起施行的规程第5条中，即增设南院处。之后，国立故宫博物院南部院区筹建修正计画于2010年10月22日核定，在历经杜正胜、石守谦、林曼丽、周功鑫和冯明珠等5任院