桥塔也进行了重建。1890年9月5日，另一次灾难性的洪水袭击了布拉格，使查理大桥严重受损。从上游顺流而下的无数木筏、圆木和其他漂浮物体逐渐形成一个巨大的障碍物。3个桥拱在巨大的压力下坍塌，2个桥墩受到侵蚀而崩塌，其余的也部分受损。第5个桥墩上的依纳爵·罗耀拉和圣方济·沙勿略两尊雕塑都落入河中（前者被圣西里尔和美多德雕像所取代，后者又被原作的复制品取代）。修复工程持续了2年，花费了665,000 克朗。大桥重新开放于1892年11月19日。
20世纪至今.20世纪初，查理大桥的交