纲被分成副爬行动物（现为正式的分类）与真爬行动物。大鼻龙科被改成真爬行动物，副爬行动物包括早期无孔亚纲与龟鳖目，但不包含大鼻龙科与Protorothyrididae科。中龙科被列在两群之外，成为爬行纲（但依旧是蜥形纲）的姐妹分类。传统的无孔亚纲被否决成并系群。如下列：相反地，Oliver Rieppel于1994与1995年，并与de Braga于1996年与1997年，先后提出龟鳖目其实跟鳍龙超目有关系，所以是双孔亚纲。在1998年，Rafael Zardoya与Axel Meyer以分子系统发育学支持