论普遍认为黄菊主政上海期间，在房地产商周正毅垄断市场、强占居民土地等不法行为中扮演了重要角色。周正毅案中涉及的野蛮拆迁等行为曾在当地引起极大公愤。周正毅最终因“操纵证券交易价格、虚报注册资本”被判三年有期徒刑据称是由于法院受到了来自黄菊的压力。另据律师郑恩宠透露，黄菊在升任中央政治局常委后仍力挺接手上海的陈良宇、韩正等，打压揭发周正毅的群众，阻挠对周案的深入调查。另外，有关黄菊妻子余慧文参与了挪用上海30亿元社会保险基金的传闻也令黄菊的声誉受到打击。
“黄菊模式”.有消息称