为了国际航空运输协会（IATA）的会员，并订购了ATR 42取代HS-748客机。约翰尼斯堡航线于1990年复办。1994年，公司向ILFC租赁了一架波音737-300客机，于同年9月12日接收，服务塔那那利佛往返约翰尼斯堡、毛里求斯、塞舌尔、留尼汪及科摩罗的航线。虽然当时数个竞争对手均已被合併，但马达加斯加政府仍在1995年开放航空市场，令马达加斯加航空不再垄断国内航线的服务。1996年，罗马及慕尼黑航线开办。1998年10月，开办新加坡航线，但已于2002年停办。
迈向私营化