艇期间进行护航任务。10月，纳尔逊号被派往北海应对德国巡洋舰和驱逐舰，对方被驱离。10月30日，纳尔逊号在奥克尼群岛附近遭到由威廉·扎恩指挥的U-56攻击，被命中三枚鱼雷，但无一爆炸。之后她又被派遣以对付德国装甲巡洋舰。同年12月，纳尔逊号在苏格兰海岸触雷，其在朴茨茅斯维修至1940年8月。维修完成后纳尔逊号被派往罗塞斯防备德国登陆，之后被派往英吉利海峡。1941年4月至6月她主要执行商船护航任务。5月下旬纳尔逊号到达弗里敦并被调往直布罗陀防备德国战列舰俾斯麦号。同年六月，纳尔逊号被从直布罗陀调往H