明朝初年，南京回族甚多，伊斯兰教盛行，信徒（穆斯林）人口曾达到10万人，占全市人口近十分之一，后来南京一直是东南沿海各省中回族最为集中的城市。目前南京的回族居民约有8万人，占江苏省回族人口的一半左右，南京的穆斯林大多属于格底目派。南京最重要的清真寺是净觉寺。南京是基督新教在中国的全国性中心之一，有20多座教堂和50处聚会场所，有金陵神学院和江苏圣经专科学校两所神学学校，基督教社会服务机构爱德基金会以及世界最大的圣经印刷公司爱德印刷公司都在南京。地方教会、真耶稣教会和基督复临安息日会三个教派规模较大，信