获得明显多数。同年，他被巴基斯坦总理纳瓦兹·谢里夫任命为巴基斯坦国际航空公司（PIA）主席。在他任职两年期间，他被认为实施了长期和全面的改革，使航空公司摆脱了债务。
政治逼害.1999年巴基斯坦发生政变，时任陆军参谋长的佩尔韦兹·穆沙拉夫推翻了谢里夫及其现有的民选政府，此后，阿巴西作为巴基斯坦情报局主席的任期终止，同时作为国民大会成员的任期也随着大会的解散而终止。阿巴西和谢里夫在臭名昭着的飞机劫持案中被指名。1999年10月12日，穆沙拉夫指控阿巴西与谢里夫“胁迫劫持”串通杀害