在陈永华的建议下，于1665年在台南建先师圣庙，设国子监，是为汉文化的「全台首学」。沈光文则成立了台湾最早的诗社「东吟社」。1669年郑经以比照李氏朝鲜事例、世守台湾、称臣朝贡等条件和大清谈判，因大清坚持郑氏须剃发易服，谈判破局。1674年耿精忠、尚可喜、吴三桂等发动三藩之乱。郑经率兵响应，渡海攻打大清治下的福建与广东，夺下泉、漳、汀、潮、惠数州府。1680年，郑经海战失利，弃守闽粤，撤兵回台。翌年，郑经去世，郑氏政权兵变，要员冯钖范弒监国世子郑克，立其弟郑克塽，国政日劣，人心涣散。1683年，由明郑