尔高最后的特权也被瑞士邦联夺走。宗教改革于15世纪20年代影响康斯坦茨，由领导。很快康斯坦茨就官方宣布改信新教，圣像从教堂里面移走，该地的主教暂时迁至康斯坦茨湖湖边的小镇梅尔斯堡。但是在1548年查理五世对康斯坦茨加以并需要向立即进攻康斯坦茨的哈布斯堡奥地利投降。因此，康斯坦茨失去了帝国自由城市的称号和他剩余的荣光。新的哈布斯堡统治者热切地将康斯坦茨重新相信天主教，1604年一间耶稣会学院于康斯坦茨建立。学院附有的剧场于1610年兴建，是现今德国仍然继续公演的最老一间剧院。