1929年，辞去校长兼职，在南京专任教育部长，他是国民政府教育部首任部长。1930年，因劳动大学停办与中央大学易长等案与吴稚晖等元老们意见相左，被迫辞职，10月返回北平。12月被政府任命为北京大学校长。1937年卢沟桥事变后，国立北京大学、国立清华大学、私立南开大学迁往长沙，组成长沙临时大学，11月1日复课。蒋梦麟任校务委员会委员。1938年2月，随学校迁往昆明，长沙临时大学改称西南联合大学。抗战期间曾出任中国红十字会会长，也曾出任国民政府行政院秘书长两年。国民党六大召开前夕，列入朱家骅与