当时有一段时间奥托二世的皇后提奥法努在科隆出任帝国执政，她本人是希腊人。10世纪里在科隆有多个修道院成立，市内建筑了许多新的教堂。此后科隆在一系列很有作为的大主教的领导下成为神圣罗马帝国的思想中心。1164年大主教莱纳尔德·冯·达瑟尔将东方三博士的遗骨从米兰移到科隆，使得科隆成为一个重要得朝圣地。在中世纪中期科隆是德国最大的城市，科隆的城墙多次扩展。1225年建成的城墙有16个城门，比当时同时由腓力二世建造的巴黎城墙还要大。从12世纪开始科隆与耶路撒冷、君士坦丁堡和罗马市一起被并称为圣城，它当时的正式拉丁语