期的偶蹄目演化而来，与其他偶蹄目（如牛及河马）有直接关系，因此偶蹄目也常被表述为鲸偶蹄目，以显示偶蹄类与鲸类的同源关系。蹄兔目、海牛目及长鼻目并称为近蹄类。管齿目和象鼩目曾被认为属于有蹄类，并有牙齿及基因证据支持。象鼩目及管齿目最近连同近蹄类被称为假有蹄类。基因研究显示这些动物并非奇蹄目及偶蹄目的近亲，相反，牠们的近亲却是非洲猬目。假有蹄类与非洲猬目组合成非洲兽总目。有蹄类的化石纪录有中爪兽目、踝节目及多种南美洲与古近纪的分支。除蹄甲外，大部份有蹄类都发展出缩小的犬齿、丘状齿形的臼齿及粗短的距骨。其