到托勒密王朝中期除了祭司以外，大多数市民已离开了，不久赫利奥波利斯也告荒废，只留下方尖碑见证她的历史。另外到了古王国时期，位于今开罗西南方三十公里，当时上下埃及交界，尼罗河西岸原为下埃及第一诺姆）首都的孟菲斯成为了统一的上下埃及王国首都，直至中王国迁都底比斯前，这里一直作为王国的政治及宗教中心，尔后孟菲斯虽不是首都，仍为重要城市直至西元七世纪阿拉伯人征服埃及为止。到西元642年，伊斯兰军队拆毁了孟菲斯城（孟斐斯因而遭到毁灭性的破坏变成了废墟）把建筑材料运到今开罗南部将其建设为一座军营城市─米斯尔（Misr