馆停办。1928年6月，南京国民政府派易培基接收故宫，清史馆大库也在同年6月28日被接收，全部档案被封存。1929年10月，该库内的档案、图书分别交故宫博物院文献馆、图书馆保管。故宫博物院文献馆遂将该库的档案集中到南三所分类整理。存于该库的档案主要为干隆三十年后收集而来的档案及清朝国史馆编纂的稿本，还有少量档案是清史馆时期修撰的稿本以及收集而来的档案。这些档案中包括：“各处咨送的运河奏折档、考察宪政奏折档、八旗公侯伯袭职档等；从内阁借调的史书、丝纶簿、纶音簿、外纪档等；从军机处抄录的上谕档、月折档、奏议