所谓东林六君子、东林七贤尽皆惨死。当时朝中官员分为许多派系，势力最大的东林党之外，尚有齐党（山东籍官吏）、楚党（湖广籍官吏）、浙党（浙江籍官吏）等。诸党之中失意的士大夫，为了与东林党抗衡，逐渐向魏忠贤靠拢，因为魏忠贤为阉人，故这批人被称为阉党。崇祯帝即位后魏忠贤失势，被迫自缢，崇祯并以「逆案」扫除阉党，明定党人永不录用，但阉党势力并未完全消除。南明弘光朝时，首辅马士英为了与东林党争权，大量任用名列逆案的官员，被视为阉党再起。东林与阉党之争是南明灭亡的原因之一，甚至延续到清朝的南北党争。