医学微生物学（clinical microbiology）是一个医学分支，主要关注传染病的预防、诊断和治疗。此外，科学这一领域的研究微生物对健康的改善各种临床应用。有四种微生物是会导致传染病，包括细菌、真菌、寄生虫和病毒。医疗微生物学家专门研究病原体的特点，例如其传播方式、感染和生长机制。医学微生物学家经常作为顾问医生，提供识别病原体，并提出治疗方案。医学微生物学主要集中于人体里感染的存在和生长的微生物。
历史.在1676年，雷文霍克用他自己设计的单镜头显微镜，观察到的细菌