1998年因为黑色五月暴动和与之相关的政治乱局而逃出印尼，不过十年后日本人仍然是雅加达规模第二大的外籍社群，仅次于韩国人。
经济及就业状况.和东南亚地区其他日本人社群一样，迟至一战时期，荷属东印度的日本人社群主要从事的行业也是卖淫业。这种色情行业的遗迹仍然可以在泗水一条位于古老的唐人街的街道——日本花街（）找到。虽然荷属东印度已于1912年取缔卖淫业，不过当地看来仍然有很多日裔妇女继续秘密从事这门行业。然而，到了1930年代，当地日本人社群的集中从事的经济活动已大有改变，变成农业、