遗传因素，例如严重复合型免疫缺乏症(SCID)、欧门氏症候群或软骨毛发发育不全。[46]部分的T细胞缺陷可能是由于获得性免疫缺陷综合征(AIDS)、遗传性的迪乔治综合征(DGS)、染色体断裂综合征(CBSs)，或者B细胞和T细胞的复合缺陷，例如毛细血管扩张性运动失调(AT) 和欧德里综合征（）。T细胞缺陷患者面临的主要风险，主要是一些细胞内病原体，例如单纯疱疹病毒、分枝杆菌和李斯特菌。同时，真菌感染在T细胞缺陷患者身上往往也很常见且严重。
癌症.T细胞癌变诱发的肿瘤称为T细胞