染后的潜伏期为5-14天。之后衣原体在角膜和结膜处生长，造成双眼结膜充血、结膜乳头增生、流泪、怕光、疼痒或异物感，眼部分泌物增多等类似细菌性结膜炎的症状，多见于上眼睑。患者睑结膜上皮组织的淋巴细胞聚集，形成突出的增生，此为外观可见的沙样颗粒。持续感染造成睫毛倒生、结膜结疤，角膜浑浊、眼睑内翻等症状，在有些患者身上可导致视力减退甚至失明。感染可以重复进行，最终各病态增生组织被瘢痕代替。慢性沙眼：可因反复感染，病程迁延数年至十多年。充血程度虽减轻，但与皮下组织有弥漫性细胞浸润，结膜显污秽肥厚，同时有乳头增生