权力机构主席亚西尔·阿拉法特出席了机场的运营仪式。在当时，机场的开通运营被形容为巴勒斯坦迈向正式建国的重要一步。亚西尔·阿拉法特国际机场与位于摩洛哥达尔贝达（卡萨布兰卡）的穆罕默德五世国际机场结成姊妹机场。2000年5月，巴勒斯坦民族权力机构与欧洲联盟达成协议，由欧盟提供2380万美元资金修建机场配套航空货运设施，但由于巴勒斯坦和以色列之间爆发冲突而使建设项目被迫中止。地区局势的日益紧张使以色列在2000年10月强行关闭了亚西尔·阿拉法特国际机场。2001年爆发阿克萨起义之后，以色列国防军出动战