本地的的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，1871年实施废藩置县后，属于各藩的区域则改隶属郡山县、小滨县、膳所县、川越县、伯太县、金泽县、淀县、丰桥县、福知山县。在1872年的府县整併中，全数区域都被整併为长滨县，但长滨县在三个月后更名为犬上县，不过在同年年底犬上县又与滋贺县合併为新设立的滋贺县。1889年日本实施町村制，现在的高岛市辖区在当时分属高岛郡下的17个行政区划以及滋贺郡的，历经1950年代的昭和大合併后，这些行政区划被整併为位于北部的，位于中部的、，位于南部的、，以其位于西部山