日香港沦陷，他在警队的服务被迫中止。虽然如此，由于方奕辉在战时曾协助英方抗敌，所以他在1945年香港重光后分别获得英廷颁授1939年至1945年星章、太平洋星章、国防奖章和1939年至1945年大战奖章。
警务生涯.1945年香港重光后，方奕辉作为副督察，他旋即重返警队协助重整警队工作，并于1945年至1948年间担任警察学堂教官，短短3年间亲手培训约2,000名学警，更于1947年获得时任香港总督杨慕琦爵士嘉许。1948年，他获指派筹设铁路警察，同时担任铁路警察指挥官，对铁路警察