结束为期三年的驻美总领事工作后，外交部长任命他接替升任通商局长的金三勋，出任外交部核心要职美洲局局长。金泳三执政期间，潘基文更是得到重用，先后担任外交部助理次官、青瓦台首席礼宾秘书、外交首席安保秘书等职务。
被解职.1998年金大中就任韩国总统之后，潘基文的事业发展变得不再顺利。1998年，他就任，期间曾任《全面禁止核试验条约》（CTBT）会议主席。2000年，由于外交部长洪淳瑛提名的次长人选被金大中否决，已在奥地利1年6个月的潘基文才被调回国，替人出任外交部次官的职务。200