进行胞外消化，许多有机污染物也有类似这些物质的长碳链结构。真菌修复的关键是找出可分解特定污染物的真菌种类，已有某些种的真菌被发现有分解VX (神经毒剂)和沙林的能力。着名的生物修复研究者S. A. Thomas曾进行一项实验，它将平菇的菌丝体接种至被柴油污染的土壤中，使用细菌的传统生物复育方法则被用作对照组。四週后，加入平菇的实验组有95%以上的多环芳香烃被分解成小分子的无毒产物，土壤中原本的菌落可能与真菌一起参与分解作用。木材腐朽菌对分解芳香族与含氯的污染物特别有效。