葡萄牙文化的深远影响，信奉天主教的东帝汶人对以伊斯兰教为主的及印尼军人政权的独裁统治产生了强烈的反抗意识，进而爆发了长达24年的独立斗争，直至1998年苏哈托倒台；东帝汶于1999年通过独立公投，并于2002年正式独立、同时加入联合国。但因印尼的反对和新加坡的担忧，东帝汶在当时无法直接加入东盟，只能继续寻找邻国协助以符合相关条件与要求。
澳门.1557年，葡萄牙人进攻香港失利后，明朝当局曾将澳门租借给葡萄牙商人。而直至1887年，葡萄牙政府与清朝政府签订了有效期为40年的《中葡和好