年金灭辽后，吉林初属金之咸平路，后改属上京路会宁府。至今，在吉林市地区尚有辽代修建、金代沿用的规模不等的古城堡30余座，如今吉林市区就有江北土城子，江南官地等辽金古城。元朝，今吉林地区属辽阳行省开元路海西辽东道辖地。
明朝.明朝开始，吉林市隶属海西女真乌拉部统辖，成为“乌拉国”，明永乐七年（1409年）四月，明朝政府在吉林设置造船基地，吉林起到加强辽东都司与奴尔干都司之间联系的作用，负责建造运载官兵，粮草赏赐品和贡品的船只，同时也把这里作为运输官兵、粮草的转运站。到明万历四十一