接受南京国民政府命令，回到云南任云南禁烟特派员，后遭解职。此后，黄毓成在家研究佛学，直到中华人民共和国成立。中华人民共和国成立后，黄毓成任云南省文史研究馆馆员。1957年，在反右运动中被打成右派。1958年，黄毓成在昆华医院病逝。骨灰安葬在昆明筇竹寺海会塔。1979年，云南省人民政府宣布撤销黄毓成的“右派”帽子，平反并恢复名誉。