同大将军。隋文帝开皇元年，进封成安郡开国公，后授左宗卫车骑将军。隋文帝仁寿三年（603年），杨恭仁为甘州刺史。他为政不纠缠细节，戎人、汉人各得其所。隋文帝对杨雄说：“恭仁在州，甚有善政，非唯朕举得人，亦是卿义方所致也。”同年征召回朝任宗正少卿。隋炀帝大业五年（609年），迁工部侍郎。六年，杨恭仁转任吏部侍郎。九年，授谒者大夫。613年，杨玄感造反，炀帝命恭仁率兵经略，恭仁于破陵大败杨玄感。杨玄感兄弟挺身逃走，杨恭仁与屈突通等追至阌乡将其擒获。军队凯旋，炀帝召杨恭仁入内殿，说：“我闻破陵之阵，唯卿力战