农场一分场西北转东北流，先作为天津和河北两地的界河，之后流经天津市静海区东南部、滨海新区西南部，止于滨海新区中塘镇南台村独流减河右堤的南台尾闸，长40.34千米；下段起自独流减河左堤中塘镇万家码头，继续向东北方向，流经津南区与滨海新区交界地区，于津南区葛沽镇西关村与滨海新区新城镇之间的西关闸汇入海河干流，长33.75米。马厂减河不但对减轻南运河洪水起到明显作用，还是调水入济津的主要输水河道。