依据照国民政府1938年颁发《大学组织法》施行。设置常务委员会为最高权力机构，由清华校长梅贻琦任主席。由于北大校长蒋梦麟和南开校长张伯苓同时在重庆任职，而梅贻琦常驻昆明，则成为实际管理者。1938年5月4日，国立西南联合大学在昆明、蒙自两地开课，其中文、法两学院在蒙自上课。8月23日，文、法学院迁回昆明，不久新设师范学院。9月28日，日军飞机轰炸联大教职员宿舍。1939年10月4日，各学院集中至新校舍后开学。。1940年日军攻入越南，西南联大准备前往四川，在四川叙永暂设分校。一年级新生及先修生在分校上课。