保卢斯第一次当选为执政官，同僚是克奈乌斯·巴埃比乌斯·塔姆菲鲁斯。前181年，他在卸任后又接到一项军事任务：作为拥有统治大权的资深执政官前往利古里亚讨伐因加恩人。卢基乌斯·埃米利乌斯·保卢斯的事业在第三次马其顿战争中达到了顶峰。前171年马其顿国王珀尔修斯企图摆脱罗马的控制、恢复马其顿在希腊的原有地位，导致罗马人向马其顿宣战。战争开始时形势对罗马不利：一支由执政官普布利乌斯·李锡尼·克拉苏领导的罗马军队在卡利基努斯战役中被珀尔修斯打败了。在又进行了两年无进展的战斗之后，保卢斯于前168年再次被选为执政官