加道台衔。咸丰初年，太平天国北伐军攻入直隶，尹耕云应参赞僧格林沁檄召，加入惠亲王幕府，为镇压太平军出谋划策。咸丰八年（1858年），被授为湖广道监察御史。次年，增署给事中。曾反对清廷避战。随后他改入河南团练毛昶熙幕下帮办军务。同治元年（1862年），随僧格林沁进攻金楼寨起义军大获全胜，以道员任用。后因功劳卓着，同治十三年（1874年），补授河陕汝道台。光绪三年（1877年），河南大旱，他上书提出七条救荒措施。但因积劳成疾，死于任内，享年六十四岁。
作品.尹耕云善于书法文学，着有《大