交种已被记录到。虽然纳奎友丁猪笼草通常被认为是两眼猪笼草的同物异名，但因其也可能就是该自然杂交种。
暗色猪笼草与窄叶猪笼草的自然杂交种.暗色猪笼草与窄叶猪笼草的自然杂交种存在于特鲁斯马迪山的东部山坡的低地山林中。暗色猪笼草与窄叶猪笼草在此同域分布。其还存在于马穆特铜矿。该自然杂交种与窄叶猪笼草很相似，区别在于其笼盖为椭圆形。
暗色猪笼草与毛盖猪笼草的自然杂交种.莱纳斯·嘉库西在阿兰伯山海拔1800至2000米的山顶地区的高地山地森林中发现了暗色猪笼草与毛盖