哲负责的台大医院器官移植团队将爱滋病患者器官移植给了五名病人。卫生署认定柯文哲有督导之责，对他进行惩处。2012年，监察院认为器官移植办法由柯文哲拟定，认定柯文哲应负「严重行政疏失责任」，通过弹劾案，公惩会决定惩处「降两级改叙」。但柯文哲为公立学校（台大医学院）教师身份，朱武献认为据1992年大法官解释，柯文哲非《公务员服务法》规范的公务员，监察院与公惩会应无管辖权。台大医院在收到监察院公文后，决定扣薪处份。其妻陈佩琪医师对此感到不满，于8月20日召开记者会批评台大，部份医界人士对柯文哲进行连署声援。2