必须在解散后的两个月内重组遴委会。清大校长贺陈弘认为此一修正将严重干预遴选委员的独立自主；中研院院士、教育部前部长曾志朗则表示，教育部管太多，此一修法让大学教育「从宪政时代退回训政时代」。
支持教育部介入者.中兴大学法律系教授李惠宗撰文，以法学方法论方式，指出本案中许多法律争点。其中，关于大学自治范围部分，由于大学校长之性质属于行政机关之首长，其聘(派)任属于大学组织法事项(外部组织)，非涉大学教学研究学术自由范围内等大学作用法之自治事项，因此校长遴选、聘任，其实并非所谓大学自治之