为文德郡、敦德郡，改敦煌县为敦德亭。新朝灭亡后，敦德亭复名敦煌县，仍为敦煌郡治所。
北朝.北魏太延五年（439年），佔领北凉敦煌县，废除郡县建置，设置军镇敦煌镇。孝昌中（525年－527年），改敦煌镇为瓜州，复置敦煌县，隶瓜州敦煌郡。北周时，敦煌、鸣沙、平康、効谷、东乡、龙勒六县併为鸣沙县。
隋朝.大业二年（606年），改瓜州治所鸣沙县为敦煌县。大业三年（607年），改瓜州为敦煌郡，仍治敦煌县。李轨安乐元年（617年），复敦煌郡为瓜州，仍治敦煌县。