领张角聚众起义，黄巾之乱爆发，朝廷任命曹操为骑都尉，前往颍川郡镇压叛乱。由于镇压黄巾军有功，升任济南相，任职后罢免贪污官员约八成，并且严令禁止当时盛行的宗教迷信。据说因为曹操当政素称严明，济南郡一带作乱之徒听说曹操要来，都纷纷潜逃到别的郡县。曹操被任命为东郡太守，但是曹操没有就任，自称在担任济南相期间的行为得罪十常侍和地方豪强，害怕引起报复，称病回乡，在谯县东部五十里建筑精舍，上半年研读书籍传记，下半年以打猎为自己娱兴。当时天下纷乱，先是发生冀州刺史王芬联合南阳许攸、沛国周旌等地方豪强，谋划废黜灵帝立合肥侯