992年被列入南京市文物保护单位，2002年10月被列为江苏省文物保护单位之一，但不是全国重点文物保护单位；因此，南京市政协港澳台侨和外事委员会在2015年1月的十三届三次会议上提出联合提案，唿吁尽快把南京航空烈士公墓订为全国重点文物保护单位。南京市人民政府在2008年开始于钟山北麓兴建南京抗日航空烈士纪念馆，2009年9月建成；纪念馆佔地超过40,000平方米，建筑面积为2,200平方米。整个纪念馆由三角斜架组成，外观像一架快要起飞的战斗机的机翼；馆外有一座名为「正义之神」的巨型雕塑，是一个有三头六臂