2017年，陈宝余于中华民国总统府授阶为二级上将接任副总长执行官职务。2017年11月15日，在立法院内政委员会受中国国民党立法委员曾铭宗质询时明示，若庆富猎雷舰一案中国防部或海军存在违法情事，其即退伍并移送法办。2018年2月6日花莲发生规模6.0强震后，国防部首度指派上将级的副参谋总长执行官陈宝余随同搭机进驻花莲灾区坐镇指挥。2月9日，新加坡空军C-130运输机抵达花莲运送救灾物资，亦由陈将军代表迎接新国人员。2019年4月1日接任陆军司令，原司令王信龙调任国防大学校长。