1998–99年亚洲球会锦标赛是第 18 届亚洲球会的顶级盃赛赛事，亦是第 14 届的亚洲球会锦标赛。今届赛事由来自日本的磐田山叶首次夺得冠军，是日本球队事隔 12 年后，再次夺得亚洲最高荣耀锦标赛。
第一圈.
西亚区. 经双方同意后，两回合赛事均于伊拉克巴格达举行。<br>
东亚区. 新法拿因旅费问题而放弃参赛，BEC特罗萨萨纳因而获得参赛机会。<br>
第二圈.
东亚区. 经双方