在国民政府内帮助中共搜集了重要情报，包括纳粹德国入侵苏联的准确日期，日本关东军在满洲的佈防等。1946年，中共令其秘密回到东北，任辽北省省长。1949年后任外交部办公厅副主任。1952年，中共中央批准其在外交部公开党员身份。1965年起，任第四届全国政协常务委员。阎宝航在“文革”中被诬陷为“东北帮叛党投敌反革命集团”，并于1967年11月7日被捕。之后惨死于秦城监狱，甚至于骨灰都未被保留，因江青在他的死亡报告批示：「阎宝航是现行反革命分子，不通知家属、不留骨灰、不留遗物」。后获得平反，1978年1月5日