埕、艋舺等地市街卫生与给排水工程调查，于9月4日提出《卫生工事调查报告书》。后来巴尔顿亦积极对台湾从南到北包括澎湖等地在内的卫生工程进行调查并提出建言，对日后的自来水工程有着相当程度的影响。1897年1月，巴尔顿为了台北水道水源地的实地探勘而不慎在新店溪上游罹患疟疾，初时病情尚轻，巴尔顿原打算休假60天并返回英国，但后来又感染赤痢，病情加重而入院。后来巴尔顿返回日本时病情已恶化成肝病，于1899年8月5日下午九点病逝于东京大学医学部附属医院。他生前只完成基隆水道设计案，但是其构想最后由滨野弥四郎所完成。