的不信任，再加上国民大会党认为穆斯林联盟不能代表所有印度穆斯林。贾瓦哈拉尔·尼赫鲁对真纳说他要依靠穆斯林联盟的内在的力量，而真纳则回答说穆斯林联盟依靠的只有其内在力量。英国使用“分而治之”的手段一开始支持真纳来作为国民大会党的对手。真纳支持印度参加第二次世界大战，而国民大会党则反对。这也加强了真纳在英国政府眼中的地位。在关键的1940年代中真纳与温斯顿·丘吉尔通过几次信，两人的见解显然很一致。
巴基斯坦的分离.穆斯林地区从印度分离出去的思想先驱是穆斯林诗人穆罕默德·伊克巴尔和在英国