拉登频频对美国发动恐怖袭击。但在穆罕默德·纳吉布拉的政府于1992年垮台后，圣战者并未组成联合政府，而是各派系围绕着喀布尔陷入阿富汗内战。在几年毁灭性的战争后，在巴基斯坦支持下组织较为慎密且强大的塔利班击败各路军阀取得大多数地区的控制权，直到因境内拥有基地组织的训练营而遭到美国入侵为止。在目前的国际军事介入下，新的阿富汗政府正试着遣散或合併各原有部队至阿富汗国民军或警察部队。虽然现在大多数人认为圣战者们站在塔利班政权一方与北约部队或美国支持的政府与盟邦作战，但其实大多数与前苏联作战的圣战者指挥官都参与了