尔吉斯斯坦因浩罕汗国而伊斯兰化，南部吉尔吉斯更为伊斯兰化。《史记》中最早记录了柯尔克孜人的情况，称为“鬲昆”。两汉时称“坚昆”,受匈奴统治;魏晋南北朝至隋代称“结骨”、“契骨”、“纥骨”、“护骨”、“居勿”等，二世纪中叶后受鲜卑和柔然统治，北齐、隋唐时期先后受突厥汗国、回纥统治，唐代时根据汉语的音译通称为“黠戛斯”，也有称“纥扢斯”，后在840年灭回鹘后独立。五代十国、辽、宋、金时又称“纥里迄斯”，至924年被耶律阿保机的大契丹国统治。大蒙古国和元代时称“吉利吉斯”等，蒙古帝国时期划入益兰州。