。随着台湾政治局势变迁，部分成员投入参政，出任党政职务退出。而族群、统独议题对立升高，于澄社中亦有争论，许多成员因而离去。如建国党中部份成员即原属澄社社员。2000年，陈水扁当选中华民国总统，台湾首度政党轮替。澄社曾对陈水扁政府的人事提出声明，反对陈唐山出任行政院国家科学委员会主任委员及赖国洲出任台视董事长。2000年7月31日，台湾发生八掌溪事件，舆论喧腾；2000年8月，澄社发表万言书，由瞿海源、陈东升、许松根、黄昭元、张世雄、石世豪、王业立共同执笔，征询社员意见后正式发表，对执政满三个月的陈水