养育成人，与亲生父亲后白河上皇的关系冷淡。平治元年（1159年）12月，爆发平治之乱，二条天皇被藤原信赖的叛军幽禁在黑户御所，后被亲政派和平清盛救出，前往清盛的六波罗邸避难。平治之乱后，12月29日，二条天皇临幸美福门院的八条邸，翌年正月迎太皇太后藤原多子为皇后。藤原多子是近卫天皇的皇后，《平家物语》称这一举措遭到了后白河上皇和其他大臣的竭力反对。但事实上二条天皇试图借此巩固自己的势力。但3月上皇即罢免了亲政派藤原经宗、藤原惟方的官职并流放，7月禁止了藤原隆信、藤原雅长的昇殿资格，8月中宫姝子内