万应远博士任院长。沪江大学首任华人校长刘湛恩对学校进行了一系列旨在“中国化”的整顿和改革，使沪江在当时私立大学中以学风纯朴闻名，较少教会气，更多中国化着名。1949年后，沪江大学隶属的中国十三所基督教大学联合董事会原想坚持留在共产政权下的中国大陆，继续基督教高等教育的角色，有所见证。惟很快看到大陆的政治形势非常不乐观，联合董事会和香港教会领袖于是决定在香港合併十三家基督教高等教育大学为一所基督教大学。最终于1951年由联合董事会，在上海圣约翰大学校董会主席欧伟国、广州岭南大学校长李应林和香港教会团体带领下合