科毕业后，他继续修读香港大学比较文学系的哲学硕士，研究普鲁斯特。1991至1992年，他在香港大学担任助教。董启章于1992年开始写小说，有人将他的小说给也斯看，也斯将小说的转交《星岛日报》，在文学副刊〈文艺气象〉中刊登。另外，董启章的短篇小说亦发表在关梦南主编的《文艺气象》。当时每月发表一篇1万字的短篇小说的稿费可观，达三千元，所以董启章开始写小说。1993年，董启章比较文学的哲学硕士毕业，硕士论文题目是"The concept of the body in Marcel Proust's Remem