1936年（昭和11年）11月，由于荒胜文策转任京都帝国大学，河田末吉接手第二任台北帝国大学物理学讲座教授。在这段时期，河田末吉主要带领内藤实与伊藤贡二位助手以及太田赖常助理教授，在台湾的玉山与阿里山等高山地区的高山营林所利用探空气球收集中子数据，借用医学部竹中繁雄的设备分析，进行宇宙射线研究，并持续接受以仁科芳雄为首的原子核小组以及帝国学士院等单位的补助。河田末吉也曾带领内藤和伊藤二人利用X光以单晶绕射法分析北投石结晶。当时，太田赖常曾向河田末吉提议重建荒胜文策团队的加速器，但该建议并未被採用。在河田