却希望让鸟羽法皇最为宠爱的孙子守仁亲王（即后来的二条天皇）登上皇位。最终信西的策动下，守仁亲王的父亲雅仁亲王被拥上了皇位，是为后白河天皇。在1156年的保元之乱中，信西採纳了源义朝的夜袭计策，击败了崇德上皇和藤原赖长的势力，保住了后白河天皇的皇位。保元之乱后，信西开始进行改革，恢复了死刑制度，弱化摄关家实力，强化天皇集权，推行保元新制，复兴了记录庄园券契所。而在这些改革中，信西将自己的儿子们安插到了朝廷的各个要职中去，这引起了院近臣和贵族的不满。1158年守仁亲王继位，是为二条天皇。信西又试图将自己