末代驻藏大臣联豫，更有士兵乘机钞略百姓，攻击寺院。拉萨陷入混乱状态。1912年，噶厦与联豫、钟颖等清朝驻藏官员达成协议，联豫等人留藏，川军解除武装后离开西藏。5月，大总统袁世凯任命钟颖为西藏办事长官，行使清朝驻藏大臣职权。联豫不愿留藏，于1912年6月经印度回国，驻藏大臣制度终结。7月，民国政府设立蒙藏事务局，后又恢复了十三世达赖喇嘛名号。
衙门遗址.驻藏大臣衙门遗址在拉萨原有三处。一处位于西藏军区第二招待所现址，一处位于拉萨河中的太阳岛，还有一处在西藏话剧团一带。今皆已毁坏。