，其叔父狄奥尼西奥·德·埃雷拉建立独立的洪都拉斯共和国，莫拉桑被任命为共和国政府秘书长。成功摆脱墨西哥人之后，洪都拉斯、危地马拉、萨尔瓦多、尼加拉瓜和哥斯达黎加五国代表在危地马拉首都危地马拉城召开会议，议定国体。在会议中，主张联邦制的自由党人压倒了主张单一制的保守党人，决定成立中美洲联邦共和国。1825年，马努埃尔·何塞·阿尔塞在自由党的支持下当选中美洲联邦共和国首任总统，但是不久阿尔塞即倒向保守派，于1826年强行解除了支持自由党的危地马拉邦总督职务。被自由党控制的萨尔瓦多因此宣布脱离联邦，招致阿尔塞