银行于台湾证券交易所股票上市，股票代号2822。1999年，为配合李登辉政府公营事业民营化政策，中国农民银行以出售官股方式完成民营化。2001年9月，配合陈水扁政府整饬国内基层金融政策，中国农民银行承受屏东县枋寮区渔会、屏东县万丹乡农会、高雄县鸟松乡农会、高雄县六龟乡农会及高雄县内门乡农会等五家农渔会信用部及信用分部。2004年1月底，中国农民银行在全台湾共计有107家国内分行，实收资本额已经达新台币150亿元。2005年12月21日，陈水扁总统明令废止《中国农民银行条例》。2006年5