井氏在与织田信长对立后，此地先后发生的姊川之战、小谷城之战中败退，最终因而灭亡；此后织田信长将此地交给羽柴秀吉，而在织田信长死后，羽柴秀吉与柴田胜家之间为争夺权力，也在此发生了贱岳之战，在此获胜的羽柴秀吉借此最终统一了全日本。在江户时代后，新规划的北陆道沿着琵琶湖东岸通过了浅井郡，郡内大部分区域也成为幕府直属领和彦根藩的领地，此外也有部分区域属于、淀藩、、山形藩、膳所藩、和旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁