1989年，经历了数年膨胀的日本泡沫经济开始崩溃。因为地价和股价开始持续下跌，外加持续升值的日元打击了众多日本出口产业，让多数长期信用银行的账本里出现了不良债务。1998年，长银和日债银分别宣告破产并被国有化。两家银行分别在被卖给私有投资机构后变成了新生银行和蓝天银行（），而兴银则由瑞穗金融集团（）重组进了富士银行。2004年4月1日，新生银行正式被改为了普通银行，2006年4月1日，青空银行也成为了一般商业银行。至此，所有三家长期信用银行全部停止了运营，而长期信用银行法则成为了空文。