南京市人民政府于1949年5月10日成立，设于国民政府考试院旧址，由中国人民革命军事委员会领导。中华人民共和国成立后改为由中央人民政府直辖，1950年1月改为由华东军政委员会领导。1952年11月15日，中央人民政府委员会第十九次会议通过决议，成立江苏省人民政府，驻地设于南京。原苏北、苏南行政公署与南京直辖市的辖区构成新的江苏省境。12月17日，江苏省人民政府成立。以政务院命令，南京市改为江苏省辖市。南京市人民政府由此隶属于江苏省人民政府。至1952年，南京市军事管制委员会的各机构工作都移交给了南京市人民政