诏恢复司马晏吴王，拜上军大将军、开府，加侍中。长沙王司马乂、成都王司马颖相互攻击，司马乂以司马晏为前锋都督，多次交战。永嘉年间，司马晏为太尉、太将军。司马晏为人恭愿，才能在武帝诸子中最劣。又有风疾，视力不佳，后来越来越重，不堪朝觐。永嘉之乱，司马晏被刘曜所杀，时年三十一。不久，其子秦王司马邺登基为晋愍帝，司徒梁芬商议追尊愍帝生父，因愍帝不从及右仆射索綝引魏明帝诏书反对，没有尊司马晏为皇帝，最后定谥号孝，追赠太保。