设高压电网以防破坏，但这些掩蔽设施并未发生效果，在战争末期两座发电所均相继被炸，难以倖免。1944年8月间，美军一架P-38由西南方向飞至日月潭第一发电所上空，受到日军高射机枪的射击，盘旋数分钟即行离去。1944年10月13日至14日，又有美军航空母舰舰载机六架飞临第一发电所连续扫射，并由小型炸弹轰炸第一发电所，当次攻击行动中美军有一架战机被击落于发电所附近山麓。1945年3月起，盟军对台湾开始作有计划之轰炸。1945年3月13日及3月23日，美军六架B-26轰炸机先后对日月潭第一及第二发电所进行勐烈轰炸，