决定将马相伯创办的震旦学院变为一座完全的教会学校。1905年（光绪三十一年），耶稣会派法国籍耶稣会士南从周任震旦学院教务长，废除学生自治，引发学生集体退学。马相伯得严复等人相助，各省官绅捐资，率学生于9月13日在吴淞提督行辕为临时校址，另创复旦公学（即复旦大学前身），取意“复我震旦”，马相伯为首任校长，延请于右任、邵力子等任教。此后耶稣会重新开办震旦，并于1908年迁入卢家湾吕班路（数年后划入上海法租界），马相伯仍然捐资为其建造校舍。清朝末年，马相伯曾任江苏咨议局议员。1912年中华民国成立以后，马相伯