领事馆于香港滙丰总行大厦办公，其后办公地点多次更改；领事馆于1958年被提升为总领事馆。1995年11月，香港、菲律宾及另外4个国家签订了多边资金援助协定，规定如某一签订地区出现经济问题，就可以向其他签订地区要求援助。2010年8月，一批香港游客在马尼拉遭到劫持，合共有15名香港游客在劫持事件中受伤或身亡。劫持事件影响到香港市民对菲律宾的观感；香港大学在同年11月进行民意调查，发现受访者对菲律宾政府的观感净值为-77%，对菲律宾人民的观感净值是-11%。2013年10月，梁振英与菲律宾总统阿奎诺三世在2