深奥难懂的。1803年，谢林和他的妻子卡洛琳（Caroline）结婚（这件事造成了他和浪漫派的决裂），并离开了耶拿。1803年-1806年间，谢林任维尔次堡大学教授，由于他“好战”的性格，使得他在同僚和政府中有很多敌人。同时他的思想也开始倾向于宗教神秘主义，1804年写了《哲学与宗教》一书。1806年，他移居慕尼黑，找到了美术学院院长等各种职务。1809年，他的妻子去世，同年他写出《对人类自由本质的研究》（"Investigations of Human Freedom"）。文中他对于神秘主义倾向更加明