达22年的党主席及首相后，于2003年退休，由其指定的接班人阿都拉巴达威继任，敦拉萨克长子纳吉接任署理主席。2004年的第11届大选，国阵在阿都拉的领导下取得压倒性胜利。不过2008年的第12届大选，该联盟首次失去三分之二国会议席优势，巫统的大臣在雪兰莪，霹雳和吉打失去职位。之后阿都拉宣布来届党选不蝉联主席职及首相职位，在2009年4月3日党选后由纳吉继承。
纳吉时代.在第13届大选中，尽管国阵总体失去7席，但巫统增加了9席。纳吉·阿都拉萨任内曾发生一个马来西亚发展有限公司