鸠众两千人武装抗日，此即西来庵事件。台湾总督府继而对台湾民间信仰展开全面普查，始知当时斋教发展远较佛教蓬勃，继而查禁斋教，斋教教众多纳入日本佛教宗派，如曹洞宗或临济宗，此一转变对台湾宗教信仰发展影响极鉅。二次大战结束后，斋教又受到国民政府的打压和中国佛教会的批判而逐渐式微，不乏转为一般佛教寺庙。
三大教派.斋教主要分为龙华、金幢、先天三派，原本三派是独立传入台湾，彼此无显着关系，可视为三支独立的宗教，因此现代学者在做宗教分类时，也倾向分开探讨。
龙华派（