自日本早稻田大学毕业。归国后，历任西北边防督办公署教育科科长、北平民国大学总务长、兰州中山大学校长、甘肃学院院长、甘肃省政府委员、甘肃省教育厅厅长、国民政府铨叙部育才司司长、蒙藏委员会委员等职。1923年，发起并创建中华西北协会，后来同顾颉刚、黄奋生、韩儒林、赵守珏等人创建中国边疆学会。民国二十四年（1935年），奉命担任国民政府蒙藏委员会驻藏大员，并任九世班禅回藏专使行署参赞。1930年代的第二次中国边疆研究高潮中，马鹤天是代表人物之一。黄奋生称：“马鹤天先生，以致力边疆事业，为其平生抱负，一般人热腾