含巴伐利亚陆军）的最高指挥官为德皇，其身边设有一辅佐其作出决策，并同时可透过与德国总参谋部控制军队。参谋总长是德皇最主要的军事顾问，同时也是帝国境内权力最大的军人。巴伐利亚王国则拥有自己的与，但其仍会与普鲁士总参谋部配合协调与调度。此外，萨克森王国与符腾堡王国的战争部亦各自继续存在。普鲁士陆军在耶拿会战苦吞败果后便对其指挥体系进行了改革。此役后，普军不再强调单兵作战的战斗能力，而是将重心转往强化领导、组织与计画的能力。普军期望能在官兵层级较低时拔擢富有军事天赋者，并透过进修学习与分派至部队乃至于参谋部等