其后于1987年7月出任副处长。他除了是该处首位华人处长，也是首位本地入境事务主任出身并透过内部晋升而获委任的处长。在入境处处长任内，他负责处理国籍、护照及出入境管理等敏感事务，曾以英方代表身份出席中英联合联络小组会议，并负责处理在1990年推出的「居英权计划」和在1997年香港主权移交前夕进行有关英国国民（海外）国籍的登记工作。入境处位于湾仔入境事务大楼的总部，也是他任内于1990年迁入的。1996年7月，梁铭彦突然被港府迫令自愿提早退休，随后由政务官出身的叶刘淑仪「空降」接任处长，事件引起舆论广泛讨