过不少的近亲通婚记录。如崇神天皇的母亲伊香色谜命，她先是嫁给孝元天皇，后来又嫁给继子开化天皇。第14代天皇仲哀天皇是开化天皇的玄孙，而皇后气长足姬的父亲则是天皇的堂兄弟息长宿祢王，天皇与皇后之间是叔伯侄女关系。日本首位女天皇推古天皇嫁给了同父异母的哥哥敏达天皇，皇极女天皇先后嫁给从叔伯高向王和从叔伯舒明天皇，元明女天皇是持统天皇的妹妹兼儿媳、草壁皇子的姨母兼老婆、文武天皇之母。近亲通婚使得日本皇室家族成员的基因不良，历代成员都出现严重的遗传性疾病。明治天皇的遗传基因有缺陷，他与5个皇妃生了15个孩子，11个