连接到第五航厦，并成为第五航厦的一部分，现时此部分正在进行重建成酒店，并预计于2018年开幕。第五航厦有29个登机闸口，分别为1-12及14-30号闸口，25-30号闸口处理未经美国境外预先清关的国际航班。于2012年6月，与捷蓝航空有合作关系的夏威夷航空开始使用第五航厦，而爱尔兰航空在爱尔兰预先清关的航班亦会使用第五航厦。2014年11月12日，捷蓝航空在第五航厦开设了国际抵港达大厅（T5i）。2016年7月1日起，TAP葡萄牙航空重办了甘迺迪国际机场至里斯本的航班服务，并使用第五航厦。2