酯的抗药性基本是从细菌的核糖体23S次体的后转录甲基化中形成。这样得来的抗药性可以是由质粒作为媒介或是染色体的，亦即是突变，可以形成对大环内酯、林可胺及链阳菌素的抗药性。 其他两种较少出现的抗药性包括分泌令药物钝化的酶(如酯酶或激酶)及分泌活性的三磷酸腺苷敏感流出蛋白质，将药物运离细胞。
其他问题.大环内酯除了上述的临床使用及抗药性问题外，它的昂贵价钱及味道亦是一些其他的缺点。由于大环内酯是给予婴儿或孩童服用的药物，它不好的味道使对医生处方服用的符合率降低。不规则服用抗生素亦会