木之助却在宽永3年（1626年），为了本多忠刻亡故而殉死。于是武藏只好在三木之助死后，收播磨武士侍田原久光的次男伊织成为养子。宫本伊织后来出仕明石城城主小笠原忠真，在寛永8年（1631年）年仅20岁时便成为小笠原家的家老。宽永15年（1638年），岛原之乱爆发，小仓城主小笠原忠真与侍从伊织出阵镇压，武藏与忠真外甥中津城城主小笠原长次也参阵其中。从岛原之乱后从武藏寄给延冈城主有马直纯的书信中，写着「我不会再被石头打到了」的纪录看来，武藏有被当时岛原一揆军投石击中而负伤。在小仓寄宿中，武藏依忠真之命与着