最佳的战绩赢得了分区冠军。在这一年，即使在王牌投手李凡·赫南德兹的努力下在主场赢得了第一场比赛，巨人队仍在分区系列赛以1胜3负不敌纽约大都会队。2001年巨人队在球季的倒数第二天，在争取季后赛的资格中被淘汰，但是巨人队球迷仍可以庆祝贝瑞·邦兹击出73支全垒打，刷新单季最多全垒打的纪录。
2002年.焦点在2002年回到球队上，巨人队赢得了国家联盟外卡而得以进入季后赛。巨人队先在分区系列赛以3胜2败击败亚特兰大勇士队而晋级下一轮季后赛，然后在国家联盟冠军赛以4胜1败击败圣路易红雀队，