贞昌则对内阁大幅度改组，内政、外交等部长均作出改组，并延揽曾任行政院大陆委员会主任委员四年的民进党不分区立委蔡英文为行政院副院长。苏贞昌内阁在任期间，建立法源冻结及罢免有案在身、后来被起诉的金融监督管理委员会主任委员龚照胜。由于金融监督管理委员会为独立机关，其主任委员有任期保障，但被起诉却无法更动以回应社会期待，这个问题在苏内阁在任期间得以解决。苏贞昌内阁在任时对交通政策方面亦不同于游钖堃内阁及谢长廷内阁选择不推动苏花高计画之政策，明确表态支持并推动苏花高建设。苏贞昌在参与2007年民主进步党总