突厥作为“反唐复隋”的手上棋子。这时萧皇后已经六十多岁，回京后的萧皇后得到了唐太宗的礼遇。贞观二十二年，萧皇后崩逝，享年八十一岁。萧皇后逝世后，唐太宗以皇后礼将其葬于杨广之陵，与炀帝合葬，上谥愍皇后。2013年，考古人员宣称其与隋炀帝的合葬墓被发现。内有一1米5的女性骸骨，被认为是萧皇后的遗骸。
子女.史书中隋炀帝杨广的子女有明确生平记载的有三子二女，其中二子为萧皇后所生：元德太子杨昭、齐王杨暕。此外萧皇后和炀帝可能另有数女。