际操作中，算法会在计算速度和获得最佳比对之间寻求平衡，常常会接受足够相近的比对。不管最终使用的是什么方法，使用者都必须审视结果的比对，因为在此基础上作一些手工修改是十分必要的，尤其是对保守的区域。
计算进化生物学.进化生物学研究物种的起源和演化。引入信息学到进化生物学中，使得研究者能够：未来的研究工作包括重建业已相当复杂的进化树。计算进化生物学常常与采用遗传算法的计算机科学相混淆。后者受到生物进化原理的启发，发展出一套软件用于改进配方、算法、集成电路设计等等。Sectio