19世纪明治维新后，原属奈良奉行管辖的幕府直属领及旗本领地改隶属新政府设立的奈良县，其他区域在1871年实施废藩置县后分别隶属柳本县、芝村县、津县、久居县，但在同一年的府县整併中，全数被併入奈良县；1876年的第二次府县整併中，奈良县遭到废除，改隶属堺县管辖，不过到了1881年又因堺县被废除改隶属大坂府，直到1887年重新设立了奈良县，才恢复隶属奈良县辖下。在1880年实施时，正式的设置了近代的行政区划「式上郡」，并在三轮村（位于现在的樱井市）设置「三轮郡役所」，由于郡役所同时也负责管辖周边的十市郡