，李书城在湖南省组织护法军总司令部，张知本任秘书长。1918年（民国7年）5月，护法军政府改组（大元帅制改为7总裁制），权限被削弱的孙文赴上海，张知本随从。1923年（民国12年），张知本任教于上海法政大学。1924年（民国13年）1月，中国国民党第一次全国代表大会在广州召开，张知本参加，当选候补中央执行委员。2月，出任陆海军大元帅大本营参议。张知本反对孙文的三大政策，和冯自由开展反共活动。其后，调往中国国民党汉口执行部，负责陕西、湖北、湖南3省的党务。同年，任湖北法科大学（今武汉大学法学院前身）校长。