家世儒学，又精通古文辞学，与儒学家荻生徂徕交往甚厚。此时，小津荣贞改用小津氏的祖姓“本居”。1755年，改名为本居宣长。在京都学习期间，本居宣长主要研究《源氏物语》与和歌，着成《排芦小船》、自选和歌集《石上稿》及《大日本天下四海画图》。后来接触到契沖、贺茂真渊等人的着作，开始转向日本古代典籍，倾向反儒排汉的复古思潮。1757年，本居宣长回到松坂，成为一名儿科医生，同时在当地讲授《源氏物语》、《伊势物语》。1760年，与村田美加成婚，同年离婚。1763年，本居宣长在松坂的“新上屋”旅店拜访了路过此地的贺茂