981年11月再次被捕，判处12年刑期。1983年12月28日在安徽省合肥市监狱去世。朱树德神父有三个弟弟都是神父，三弟朱励德，耶稣会神父；五弟朱育德，教区神父，现任上海教区副主教；六弟朱立德，耶稣会神父。
纪念.辅仁大学在台复校后，隶属耶稣会管辖的法律学院（原法学院），该院教学大楼在1999年以纪念朱树德神父命名为「树德楼」。