天兴州和万年州，并增设南路、北路及澎湖三安抚司，合称「一府二州三司」。此外，郑经在一府二州的辖下分别设置了四坊和二十四里。1683年，清朝将领施琅攻下台湾，废除明郑时期的行政区编制。1684年，清廷设台湾府，隶属福建省，下辖诸罗县、台湾县、凤山县三县，天兴县疆域被分为诸罗县与台湾县。