安着书立说，使这里成了当时的“闽学”研究中心，儒教、道教、佛教盛行。元朝改崇安县为建宁路。1302年，武夷四曲处设置“御茶园”为朝廷制作贡茶，制茶业名声大振。明代初年，元末福建守军陈友定于武夷山与明军军事对峙，1367年明军占领崇安，之后将县域易属建宁府；1646年清军占领崇安，明朝崇安政权结束。清雍正年间，县域改属建宁府建宁道；1866年武夷山农民发动抗捐税斗争，冲击崇安县衙。
中华民国与中华人民共和国.民国初年，行政建制仍沿用清制，先后隶属北路道；之后，崇安分别隶属福建省第