1999年，蔡培慧在鱼池乡的住宅因九二一大地震发生而严重毁损。2000年至2008年，她担任九二一震灾重建基金会执行秘书，主要负责弱势家庭屋舍重建、地方产业振兴、离地不离村之迁村专案等事务。2008年，她与农民、农村青年、社区工作者、学者、地方公务人士共同组织「台湾农村阵线」并担任发言人、秘书长。2009年，她针对《莫拉克台风灾后重建特别条例》提出三大缺失：缺乏地方参与重建决策的机制、缺乏在地观点的产业重建、缺乏生活重建专章 。2010年至2014年，她担任台湾社会研究学会秘书长。2014年