西米利安对查理五世的举动也耿耿于怀，逐渐开始反对查理五世。与此同时，马克西米利安将府邸搬到了维也纳，并投身于对奥地利的管理，以抵御土耳其人。
同情新教.马克西米利安是哈布斯堡王朝中唯一一位与天主教保持距离的皇帝，他更加倾向于新教，究其原因可能是受到他早期教育的影响，他曾师从于马丁·路德的学生沃尔夫冈·席弗尔（Wolfgang Schiefer），一直到1538年。受到良好教育的马克西米利安是维也纳人文主义的坚定拥护者，他同新教派诸侯联系频繁。在维也纳期间，他还和路德新教传道士塞