解放战争中成功佔领斯德哥尔摩，成为瑞典国王古斯塔夫一世（瓦萨），国王克里斯蒂安二世被俘，国王瓦萨下令将特罗雷放逐。约翰内斯·马格努斯当选乌普萨拉大主教后，国王写信向教宗克勉七世请求按立马格努斯，然而教宗认为瑞典对古斯塔夫·特罗雷的处置不符合罗马公宗的《教会法》，命令将特罗雷予以复职。因此国王便与罗马教廷决裂，自行指派马格努斯担任。但不久后，国王希望瑞典教会能更加自主以便摆脱罗马教廷，然而马格努斯明确表示不赞同路德的训诲，因此国王于1526年8月命令他远赴俄罗斯出任外交官。尔后于1531年，国王指派接受路德训