慧思后移居衡山，命他往南方传播佛法，智顗在567年（陈光大元年）到达陈朝的首都金陵（今南京市）。智顗获得当地着名佛教僧侣，如兴皇法朗、长干慧辩等人的支持，官员徐陵、毛喜等人都成为他的信徒。沈君理请智顗住钖瓦官寺，讲《法华经》。智顗在此居住八年，开讲《大智度论》与《次第禅门》。因徒众过多，事务繁杂，妨碍修行，智顗决定入山林修行。575年（陈太建7年）秋天，入天台山（位于今浙江省天台县），在此隐修，后建立寺院，即后来的国清寺。智顗在北峰上独修头陀行，证入一实谛法门。在此居住一段时间后，陈宣帝下诏建寺，以始丰县