迁至乐安州。清朝时改为两江总督署，与江宁织造署隔街相望，康熙帝、干隆帝下江南均以此为行宫。两江总督管辖富庶的江苏、安徽、江西三省，是极有权势的封疆大吏，林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等皆在此任两江总督。1853年，太平天国在南京定都后，洪秀全将总督署改建为宏大奢华的天王宫，史称天王府。清军攻破南京后，曾国藩下令将天王府彻底焚毁，1870年重建符合封建礼制的两江总督署。1911年辛亥革命爆发，次年1月1日中华民国成立，孙中山在这里就任中华民国临时大总统，改原两江总督署