耿南仲与门下侍郎吴敏到殿中侍疾，视赵桓就医用药至夜半，赵桓稍醒。次日，赵桓即位，是为宋钦宗，拜耿南仲资政殿大学士、签书枢密院事。靖康元年（1126年）正月，免去签书之职。钦宗因耿南仲是东宫旧臣，礼敬尊重他，赐宅一区。
主和误国.金朝入侵，尚书右丞李纲、燕山府路提举常平沈琯同赴东府去见枢密耿南仲、李梲等商议抗敌。前知严州李邈上御敌之策，宋钦宗以为然，但因耿南仲主和，不果。二月，钦宗罢主战派李纲尚书右丞、亲征行营使之职，太学生陈东率诸生数百人伏于宣德门下上书请求任用李纲、河北河东宣抚使