逮捕武职贪污者百余人，为东厂太监丘聚所奏。刘瑾逮捕王时中下诏狱，荷重枷于都察院门。当时王时中正病重，其妻子看望时，遇到都御史刘宇，大哭且诟骂。刘宇不得已而向刘瑾求情，最后释放，谪戍铁岭衞。刘瑾被诛，起用为四川副使，迁湖广按察使。正德十二年，以右佥都御史巡抚宁夏。明世宗继位，召为右副都御史。父丧除服，起用故职。历任兵部左侍郎，代李钺为兵部尚书。因叙蓟州平盗功，滥及通州守备鄢祐，为言官李鸣鹤等所弹劾。王时中乞休，继续被给事中刘世扬等弹劾。嘉靖十年四月，起用为兵部尚书。不久调任刑部尚书。坐论御史冯恩狱，落职闲