868年2月17日（庆应4年1月24日）、戊辰战争之际正巳辞职。矢田堀景藏继任此职。矢田堀奉命负责向新政府军移交舰队。海军副总裁榎本武扬则主张彻底抗战。在矢田堀与新政府军交渉之际抓到机会、榎本夹持开阳丸、回天丸、蟠龙丸、千代田形、神速丸、美贺保号、咸临丸、长鲸丸等八艘旧幕府舰队，和新选组等幕府主战派势力往北脱走到北海道建立虾夷共和国。