胆管癌的机率为10%–15%，法医病理的一系列研究则显示此比率可能高达30%。PSC增加胆管癌罹患风险的机制目前尚未明了。特定的肝吸虫疾病也是胆管癌的风险因子，香猫肝吸虫（分布于泰国、寮国、越南）或中华肝吸虫（分布于中国大陆、台湾、东西伯利亚、韩国、越南）感染已证实和胆管癌有关。病毒感染（如B型肝炎或C型肝炎）、酒精性肝炎、肝硬化或其他形式的慢性肝脏疾病，都会大幅提升患者罹患胆管癌的风险。一份研究中指出爱滋病也可能是胆管癌的风险因子，但目前还不清楚此现象是爱滋病毒本身还是相关的干扰因子（如C型肝炎感染）