中亚人阿古柏建立的“哲德沙尔汗国”改称“洪福汗国”，攻占库车、库尔勒，佔领天山以南的南疆。 随着阿古柏的扩张，大批乌孜别克族人进入新疆，成为今天新疆一个重要的少数民族之一。有些乌兹别克人是在明代前住费尔干纳盆地与河中的维吾尔人后人，有些是受阿古柏裹挟至浩罕汗国。1785年后，乌兹别克朮赤家族绝后由诺盖人控制，改称埃米尔国。在二十世纪也有塔吉克被乌兹别克化。1873年，布哈拉汗国的曼吉特王朝被沙俄征服，成为附庸国。
苏联时期.1918年，划归突厥斯坦苏维埃社会主义共和国。1920