二十五年（1597年），任乡试主考官，将落榜之徐光启提拔第一，并拍案叹曰：“此名世大儒无疑也。”。由于个性梗介疏直，得罪不少政要。次相张位更视焦竑为眼中钉，必欲除之而后快。后来被曹大咸、杨廷兰等检举“以举子九人文多险诞语”，贬为福宁州（治所在今福建霞浦）同知。万历二十六年（1598年），赴福建福宁州上任。次年全国官员大计，焦竑又被考以“浮躁”评语，遭“镌秩”。最后决定辞官，此后归家不出，专心着述。好友管志道说：“焦殿撰漪园丈之不为世所容，则愚已逆料其必然矣！”万历三十年（1602年），意大利人利玛窦来华传教