逃亡中时，罗马共和国宣告成立。新政府的国旗是义大利三色旗并在中央条纹加上格言「Dio e Popolo（上帝和人民）」。教宗国政府以及旗帜在1849年7月2日复辟。1870年9月20日教宗国被义大利佔领，而黄白旗也不再做为正式使用。在1929年《拉特朗条约》签订后，教宗当局决定使用1825年的商用旗作为即将独立的梵蒂冈城国的国旗。然而，在宪法中使用的正式图样却採用了1862年的步兵旗作为样本。条约在1929年6月7日生效，新的梵蒂冈方形旗也随之生效。