并于2001年连任。
陈水扁政府时期.2000年民进党执政后，卓荣泰于2004年起担任总统府副秘书长。2005年二月，卓荣泰受任命为于行政院政务委员兼发言人，至2006年回任总统府副秘书长。2007年，民进党总统初选由谢长廷、苏贞昌两相竞争，卓荣泰时任总统府代理秘书长，协助陈水扁、谢长廷、苏贞昌之间沟通联系，其后促成「长昌配」。
蔡英文政府时期.卓荣泰于马政府时期于民间基金会服务，至2017年回归政坛，出任民进党副秘书长。2017年，卓荣泰于赖清德内阁担任