后与身为新竹人的妻子黄琬婷定居于新竹，育有两女，并于新竹、台中两地律师事务所执业，开始参与司法改革运动，从事如郑性泽案等冤案救援。2012年年底，邱显智号召组成义务律师团，声援全国关厂工人连线抗争事件，后续亦以律师身份积极参与如洪仲丘案、大埔丢鞋案、苑里反疯车案、梨山老农案等案件之义务辩护行动。同时邱显智也是2014年太阳花学运义务辩护律师团之一。2015年，邱显智与其他创党成员创立政党时代力量，随后并宣佈参选2016年第九届新竹市立委，竞争对手包括国民党籍候选人郑正钤、民进党籍候选人柯建铭、亲民党籍候