卒从外取得药物时，祁礼宾已药石无灵，回天乏术，终在1943年8月21日病死于赤柱监狱内，终年62岁。祁礼宾死时仅距刑满出狱数天，再加上狱方没有即时将死讯告知身在赤柱拘留营的祁礼宾夫人，使外界对他的死因产生不少揣测。根据赤柱拘留营的验尸报告，祁礼宾是死于营养不良，而曾为他诊治的拖拔医生，亦估计他死于败血症，这点与验尸报告不谋而合。然而，外界有舆论质疑，祁礼宾入狱后，她的夫人获准定时向他送入大批粮食，但他依然死于营养不良，而且他死后不久，便被安葬于附近的赤柱坟场，令人怀疑祁礼宾是受日军施行的灌水酷刑折磨致死。