·佩佩利亚耶夫与最高领袖亚历山大·高尔察克在12月中旬爆发冲突，阿纳托利威胁要逮捕高尔察克。最后在担任总理的兄长维克托·佩佩利亚耶夫的斡旋下和解，随后阿纳托利被罢免军职送往哈尔滨治疗斑疹伤寒，其部众归弗拉基米尔·卡普佩尔管理，后者后来发起了，穿越冰封的贝加尔湖向远东撤退。在哈尔滨期间，阿纳托利干过一些不体面的工作，包括木匠、出租车司机等，但他仍怀着将西伯利亚从布尔什维克手中夺回的愿望。1922年8月31日，他带领553名志愿者重新参加俄国内战。他们航向鄂霍次克海，在鄂霍次克登陆，试图向西渗透到崎岖的山区