6年），林爽文反清之役爆发，林及其军队围攻诸罗城十月，城内人民协助清军有功，清国乃本「嘉其死守城池之忠义」之旨，翌年11月初3日下诏，易称「诸罗」为「嘉义」。林爽文事件后，重修诸罗县城不但加高加厚，且城身内外包覆三合土。光绪四年（1878年），嘉义知县单瑞龙改以砖石砌城，而后又有王得禄义捐整建城垣，并修筑月城及砲窝。光绪十一年（1885年），台湾奉准正式建省，十三年，分全台为三府一直隶州十一县三厅，嘉义县属于台南府，县治仍设于嘉义城。西元1895年，甲午战争后，日本与清帝国订立马关条约，将台湾收入日本版