因为众多的车辆以及工厂，曾遍有空气污染的问题，自从1987年行政院环境保护署设立，并且强制使用无铅汽油，空气污染的情形已有改善。而在都市中摩托车还是常见的污染源，尤其旧型的两冲程循环摩托车产生的污染更是显着。其他的环境问题包括工厂排放废水和未处理的水污染，饮用水供应的污染及保育动物的买卖等。虽然有关汽柴油燃烧废气含硫量的规定日趋严格，但酸雨仍是对人民健康以及森林的威胁。台湾的大气学家计，2005年造成台湾酸雨的污染源中，有超过一半是由于大陆吹向台湾的季风所引入。因为台湾的种种环境污染问题，自1995年开