清属二十六都。清初郑氏延平政权常以马祖列岛为反清据点，清廷因此于顺治十八年(1661年)后厉行海禁和迁界，岛民迁徙连江县城近郊，到康熙十九年(1680年)复界回迁。1895年日本与清廷签订《》，马祖列岛并未与台湾一同割让日本，仍为福建省治下中国领土。民国大陆时期南北竿和西洋均属连江管辖。国共内战时，中国共产党领导的中国人民解放军未能攻占马祖列岛，因此连江县人民政府行政区划中的“马祖乡”，从未实际运作。
政治参与.目前连江县人民政府主管马祖事务的机构为连江县台湾工作办公室，并没有马祖