10月8日在台北新起町设立革命总司令部指挥所，在此策划惠州起义。新起町在割归日本以前称新起街，是艋舺后起的主要街道，现为长沙街。惠州之役失败，孙闻讯，于11月10日仍旧化名「吴仲」，乘横滨丸自基隆启航返回日本，后藤新平同行。孙在台前后停留44天，也获得菲律宾制中古武器一批，曾与杨心如、吴文秀等会面。该次会面，也为儿玉总督于同年出兵佔领厦门的远因之一。第二次到台湾：民国2年（1913年）讨袁失败后，8月5日孙化名汪国权，与胡汉民等随员二人，搭信浓丸秘密来台，由台湾总督派员接待，住进御成町梅屋敷。梅屋敷是台湾