他在签属时说道：「如果圣座陛下决心重新定义所谓的正义与公平，我也无可奈何。教宗可以为所欲为，但天父自有分晓。」但其实在婚姻无效决议判定的期间，亚历山大六世在派遣自己的私生子，卢克雷齐亚的哥哥，时任瓦伦西亚枢机切萨雷·波吉亚，前去给新任那不勒斯国王费德里科一世加冕时就祕密的为卢克雷齐亚订定新的婚约了，对象是阿方索二世的私生子，比谢列公爵阿拉贡的阿方索，此时卢克雷齐亚尚在等待与乔凡尼婚姻无效的决议，新的婚约便被妥善的保密，直到乔凡尼同意离婚后才公开。
与佩鲁托的情事.有人猜测，在与