斯堡王朝的费利佩二世宣称他作为曼努埃尔一世的外孙，拥有葡萄牙的继承权、并成功继承之，成为西班牙和葡萄牙的共主，建立伊比利亚联盟。同西班牙的联合使葡萄牙卷入八十年战争，并与英国交恶。葡萄牙在波斯湾的殖民地忽里模子被英国占领；1595年至1663年，又与荷兰共和国，丧失了在巴西、非洲、印度和远东的部分商业利益，且失去了印度洋贸易的垄断优势。
布拉干萨王朝（1640－1910）.1640年，不满西班牙首相奥利瓦雷斯公爵集权政策的葡萄牙贵族，在里斯本发动革命，掀起复辟战争，并推举布拉干萨公