的后龟山天皇让位，由室町幕府拥立的北朝后小松天皇成为天皇，也终止长达57年的南北朝时期。1401年，室町幕府第三任将军足利义满为了经济利益和抗衡天皇而向明朝朝贡，大明皇帝遂封其为「日本国王」，但幕府于7年后与明朝断交。室町幕府末期（1467年）发生应仁之乱，标志着日本进入长达148年的战国时代。1573年，大名织田信长，亦是当时最强悍的诸侯，攻下室町幕府所在地二条御所，将足利义昭流放到河内国，室町幕府灭亡，日本进入安土桃山时代（1573年至1603年）。1582年，织田信长因家臣明智光秀发动兵变而被害。