纪念留下的古董拍卖，所得56.6万元人民币全部捐献给“幸福工程”。1998年10月获第三届「中国人口奖」荣誉奖。2000年左右，又接受一次手术，身体渐变衰弱。2005年，辞去计画主任一职。2006年10月13日凌晨3时42分，在北京医院因肺部感染引起心脏衰竭病逝；告别式于10月21日在北京八宝山革命公墓举行。逝世4日后被中国扶贫基金会选为第二届中国「消除贫困奖」成就奖得奖人。台北辅仁大学10月24日于校内野声楼举行了追思会。