升为政治问题，甚至上升为敌我问题。文化大革命时期，杜润生也挨整，但他仍在力所能及的范围内保护中国科学院的科学家，使科学家免遭批斗。但在文化大革命中，杜润生被开除中国共产党党籍。
包产到户.中共十一届三中全会之后，中共中央对邓子恢和中共中央农村工作部的工作进行了重新评价，认为邓子恢、杜润生的主张是对的，将不实之辞予以推倒，邓子恢、杜润生的旧案获得平反。1978年，杜润生获平反后复出。1979年，杜润生出任新成立的国家农业委员会副主任，排名在最后一个。主任是他在中共中央中南局时