孙中山北上，次年孙中山病逝于北京，林又随同扶柩至北京西山碧云寺。1925年5月，林回到广州，参加国民党一届三中全会。7月1日，林出任国民政府监察委员。8月，廖仲恺遇刺后，林出任代理中执委常委，兼理秘书处，进入国民党领导核心。1926年，在中国国民党第二次全国代表大会上，林再次当选为中央执委，并担任财务审查委员会主席，兼农民部长。他在任内聘请毛泽东为广州农民运动讲习所所长。3月20日，中山舰事件后，林被迫辞去农民部长一职，转而全力投入国民革命军第六军的政治工作，7月20日，参加北伐。9月20日，蒋介石邀请