成为北京市公安局直属事业单位。后该医院被评为“三级合格”精神病专科医院。2006年12月，北京市安康医院改为行政机构，更名为“北京市公安局强制治疗管理处”（仍保留北京市安康医院的牌子），属正处级建制。
争议.2008年7月3日，杨佳之母王静梅曾经被当地派出所送进该处，后于当年11月23日被接出。个别持不同政见者也曾被作为精神病人送往该处接受强制医疗。中国的异议人士王万星就曾在该医院被治疗达13年之久。2005年，据王万星称，当时尚未改制为行政机构的该医院由于资金短缺，财政陷入窘