光元年（1821年）辛巳科武举人，次年联捷甲辰科武殿试三甲进士，授官蓝翎侍卫。外放福州都司，历升游击、参将、副将，道光二十六年（1846年）升陕西河州镇总兵。同年调任福建建甯镇总兵。道光三十年（1850年），调署漳州镇总兵。咸丰三年（1853年），漳州小刀会起事反清，曹三祝率所部镇压，寡不敌众，力不能支。危急时，曹三祝吟诵出「男儿不负君恩义，死在沙场是善终」成句，骂不绝口，被敌所杀。福建巡抚王懿德将其事蹟上报，朝廷降旨交部从优抚恤。兵部、礼部拟定，以提督例赐银两祭葬，赏骑都尉兼一云骑尉世职，袭次完时给予恩骑