C43病毒的衣壳蛋白开放阅读框中有Ia与Ib两个较小的ORF，而牛冠状病毒在此处则是具有一个完整的ORF。
演化.刺突蛋白序列的分子钟分析显示OC43病毒与牛冠状病毒约于1890年左右从共同祖先分家，有学者提出假说指当时爆发的流感疫情可能即是OC43病毒引起，而非流感病毒所致。OC43病毒与牛冠状病毒虽序列相似度高达96.6%，但无证据显示OC43病毒可感染牛只，亦无证据显示牛冠状病毒可感染人类。乙型冠状病毒属1型的多数病毒可同时以表面的刺突蛋白（S）和血凝素酯酶（HE）结合宿主细