护卫武汉、九江、南京等据点的安全，确保长江航路的正常。战争末期扬子江特根的炮舰几乎损失殆尽，基本只进行陆战，直到战争结束。
第二遣支舰队.前身为第五舰队，改称后继续以广州为基地在华南进行活动。原本拥有着一个的实力，太平洋战争前夕替换成了较弱的兵力。地面部队方面，原本下辖3个根据地队，1941年4月10日海南岛特别根据地队升格为警备府，脱离了舰队编制。太平洋战争爆发不久日军即占领了香港，广东方面特别根据地队转移到香港，并且舰队司令部直到日本战败为止也都设在香港。战争末期水面