直通到城墻底下，装上火药爆破后，城墻倒塌了十多丈。清兵冒着硝烟涌入，两兵战斗从早晨打到下午，陈邦彦身上多处受伤，身中三刀，心知大势已去，便退走到朱氏园，在园壁上题了三首诗，其中一首六言诗写道：在写完诗后，陈邦彦掷笔投池，不料清兵赶到把他从水中捞起，与总兵曹天琦等六人被押解到广州。在狱中他绝食五日但不死。佟养甲要他写悔过书，他便把写在朱氏园的三首诗抄给了他。永历元年（1647年）九月二十八日，佟养甲下令将其在广州四牌楼“寸磔于市”。临刑前陈邦彦写下《狱中五日不食临命歌》：与张家玉、陈子壮并称南明三忠。