完成战争就结束了。尽管如此，日本仍在战终前建造完成共47艘各型航空潜舰。伊13在1945年执行晴岚运送任务时失踪，后来美军记录得知7月16日已被击沉，伊14在运送两架彩云舰上侦察机达楚克群岛后日本宣布投降，随后被美军接收研究，1946年5月28日在夏威夷近海自沉。1945年7月23日伊400与伊401载满晴岚前往波纳佩州计画攻击乌利西环礁执行首场任务途中日本宣布投降，两舰舰长下令抛弃所有鱼雷与舰载机后舰队被美军发现接收，同年10月返回佐世保，1946年1月两舰被美军带回美国本土作技术调查，最后在夏威夷近