同时，湾区还有一些，这些学校接受政府的拨款，但由独立第三方办学。这一尝试在1992年，加州特许学校法案通过后开始。根据《USNEWS》的排名，位于广义湾区的圣塔克鲁兹 (加利福尼亚州)的是加州排名最高的中学。而在传统9县范围内，排名最高的是圣荷西 (加利福尼亚州)的。
高等教育.湾区有非常多的综合大学和学院。第一所大学是圣克拉拉大学，于1851年由耶稣会成立，耶稣会在1855年又成立了旧金山大学。圣荷西州立大学成立于1857年，是美国西海岸历史最悠久的公立学院。布鲁金斯学会的研