“千案”发生后，台湾当局似乎对案情真相丝毫不感兴趣，而偏偏热衷于散布他们编造出来的所谓“疑点”，用以毒化两岸关系，为的是推动其“南向政策”和对“大陆热”降温目的。陆方中国红十字会当时亦发表声明表达不满。
台湾方面反应.总统李登辉对海难深为关切，同时也表示：「台湾民众应理解国军执行遣返大陆偷渡者的用意和执行任务的辛劳，给予他们所应得到的支持。」时任行政院院长郝柏村指示国防部，将过去几年遣返大陆偷渡民众的情形、重要资料等尽速对外公佈，并邀请国际红十字会派员分赴海崃两岸调查，使这