在淮安市的宗教场所和可统计的宗教信徒中，基督新教占有绝对的优势（800处，人数18万）；其次为佛教（40处、4万）和伊斯兰教（5处、6000人），而天主教信徒只剩下38人。清末至民国年间，淮安曾是美南长老会差会重要的传教基地，着名传教士包括赛珍珠之父赛兆祥和葛培理的岳父钟爱华。1990年代以后，市内陆续兴建多座可容纳数千人的大型教堂，包括建筑面积3685平方米的淮安市基督教堂和建筑面积10100平方米的神恩堂，后者据称是目前亚洲最大的基督教教堂。淮安开放的着名佛教寺院有慈云寺、闻思寺、能仁寺(涟水)等。