随后的1年半苍龙号仅在日本本土海域实施整训。1940年9月到10月，苍龙号实施她第二次海外佈署，她以海南岛为母港为日军入侵法属印度支那提供空中支援；事件告一段落后在1941年2月移防台湾，强化封锁华南一带的偷运行动。1941年3月，苍龙号为调解越南与泰国的国境纷争开往南海时与23驱逐队的夕月号驱逐舰发生追撞；苍龙号的舰艏撞到夕月号的左舷中央，双方虽有船体破裂，但没造成沉船事故。苍龙号将舰载机队转移给飞龙号航空母舰后开回佐世保实施维修，在1941年4月返回横须贺。1941年4月10日，第一航空舰队成军