最基层的官员，隶属于福建泉州府。1366年在任的巡检陈信惠据信是元朝首位驻澎湖官员。1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，直至1384年实施封海政策予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰佔领澎湖为止，才免予实授。