后，因受同盟会陈其美排挤，在吴淞另组建光复军，自任总司令，兼领吴淞军政分府，宣布归江苏都督程德全统辖。此后，武汉的革命派处境困难，李燮和任援鄂联军总司令，前往救援。1912年（民国元年），中华民国临时政府在南京成立，李燮和被任命为光复军北伐总司令。袁世凯任中华民国临时大总统后，李燮和辞任。4月，南京留守黄兴任命他为长江水师总司令，不久即辞任。以后，李燮和离开政界。1913年3月，宋教仁被刺后，他由湖南经沪、宁至北京，以调和南北自任。后寓居北京。1915年（民国4年），应杨度的邀请，李燮和参加了拥护袁