2003年后期，部份Mono社群的开发者开始移植SharpDevelop到Linux上（SharpDevelop是个成功的.NET开放原始码整合开发环境），将原本以System.Windows.Forms为基础的代码改为使用GTK#。也由于是由SharpDevelop分支出来，所以MonoDevelop大致上的架构与SharpDevelop相同，不过时至今日，其实已经完全脱勾了。MonoDevelop几乎都以Mono专案为主，目前由Novell与Mono社群维护。
在非Linux