多个癌症患者的多个血清样本，以最大限度地减少混杂因素并解释实验噪音。 因此，有时需要复杂的实验设计来解释蛋白质组的动态复杂性。
研究蛋白质的方法.在蛋白质组学中，有多种方法可以研究蛋白质。 通常，可以通过使用抗体（免疫测定）或质谱法检测蛋白质。 如果分析复杂的生物样品，需要在定量斑点印迹分析(quantitative dot blot analysis) (缩写：qdb)中使用非常特异的抗体，或者在检测步骤之前需要使用生化分离，因为样品中的分析物太多而无法进行 准确的检测和量化。