南宋灭亡。元灭宋之后，官府採取高压政策统治百姓，抗元复宋的起义不断爆发，至元二十年（1283年），原南宋琼州知州林获次子林桂芳与宋宗室后裔赵良骢兄弟在泷水县罗旁起义，抗元复宋。号称罗平国，改元延康。不久被元军镇压，林桂芳等人被杀，起义失败。至正年间，主簿徐闻可以土石为料修筑新会土城，奠定了后世新会城的雏形。至正二十一年（1361年），黄斌聚众反元，攻占并烧燬新会城。
明清时期.明洪武元年（1368年）六月，朱元璋派征南将军廖永忠捕杀久据不降的农民军领袖黄斌，正式将新会纳入明朝的