齐发下接下部长一职，全方位办理与因应所谓十年教改、九年一贯课程与大学多元入学议题，并唿应社会及学习者需求作大幅调整补强；除此之外，与大学直接相关者，则为规划推动七所研究型大学与迈向世界一流大学计画（后来是12所），推动一般大学校务评鑑，规划设置高等教育评鑑中心基金会。
校长生涯.2005年出任中国医药大学校长逾八年，任校长期间致力于全方位调整该大学成为一所「强调大学部教育品质之研究型大学」，全校师生除追求学术卓越外，更强调与人才培育息息相关之教学与教育，因此得以获得多项国际大学评比