马末沙的两名儿子各自建立了苏丹国，二子目扎法沙在1528年被派往霹雳建立霹雳苏丹国，三子阿拉乌丁二世则创立了柔佛苏丹国，继续跟葡萄牙作战。葡属马六甲在1521年为了垄断苏门答腊岛北部的贸易和控制马六甲海峡，而出兵苏门答腊岛上的巴塞，但被当地崛起的亚齐苏丹国所击退。1537年9月，为阻止葡萄牙垄断贸易发展，亚齐首对马六甲发动攻势，开展历时百年的三角战争。葡属马六甲在这段时间里，基本上赖其坚固的堡垒防御，使其它攻击他的苏丹国无功而返，但其经济则受到严重破坏，加上葡萄牙的海盗式贸易政策，使马六甲的港口地位一落