市因出口小麦、木材、大麻、皮毛和沥青等商品而迅速繁荣起来。在16世纪末期，柯尼斯堡、但泽和里加是波罗的海少数几个每年有超过一百艘船只到访的港口。1544年由阿尔布雷希特建立的柯尼斯堡大学是当时传授新教的中心之一。1568年，阿尔布雷希特的儿子阿尔布雷希特·腓特烈继承王位。1618年，腓特烈逝世，其长婿、来自勃兰登堡侯国的选帝侯约翰·西吉斯蒙德继承王位。自此，普鲁士公国和柯尼斯堡都处于勃兰登堡选帝侯的统治之下，勃兰登堡-普鲁士建立。
勃兰登堡-普鲁士.三十年战争中，勃兰登堡被瑞典