牙耶稣会传教士的传教点。17世纪时，特尔纳特苏丹国通过多次强迫居民外移而进一步控制摩罗泰岛。早期将人口迁至哈马黑拉岛西海岸的小镇Dodinga，之后在1627年和1628年时，特尔纳特的苏丹·哈姆扎（Sultan Hamzah）将许多岛上的基督徒迁至特尔纳特岛上的Malayu，苏丹国在那里更容易控制这些基督徒。2008年11月26日，印尼议会批准2008年第53号法案宣布从北哈马黑拉县分设摩罗泰岛县。
二战.摩罗泰岛在1942年初被日军占领。在1944年9月的中美军收复岛屿南部