472年，八代将军足利义政在位时爆发应仁之乱，近二十多位守护大名纷纷自领国率领军队到京都加入细川胜元的东军或山名宗全的西军，近二十万军队云集京都混战，十一年后东、西两军议和、应仁之乱结束，京都经历十一年的战火被夷为平地。幕府失去对全国的统治权，日本进入战国时代，花之御所也为战火焚毁，之后，足利义政开始剥削百姓募集金钱新建了东山第并迁居该邸，抛弃了花之御所。之后的历代室町幕府将军小规模的重建了花之御所的部分建筑，但已无法重建至原先的规模，幕府将军亦再无固定的居住地。十三代将军足利义辉于1559年在守护大名