判多次，力求与明朝通贡、互市，并明言要求解禁宁波港。沈一贯特上疏力止，认为日本的要求与明廷海防政策不符，实为松懈海防，让倭寇有可乘之机，是国家大患。万历帝采纳了沈的意见。在沈一贯建言下，万历皇帝下旨筹办一支水军舰队，派驻朝鲜海域，协防朝鲜半岛。沈建言陈璘担任水师指挥官，舰队于1598年5月抵达朝鲜海域。这支水军是当时世界最大的远洋舰队，包含水军1.3万，战船550余艘。 沈一贯也曾建言组建“南兵”（主要来自江浙一带的地方武装）派遣朝鲜，成为明军能征善战的主力。
镇防辽东.万历十