往令两年前的战斗开始的场所……「封闭指定都市涩谷」。到达涩谷后，他从「森罗」的通信员中得知…ヘリオス已经在涩谷的地底建造了基地！正当他认为这事是不可能时，「森罗」的谍报员…本田和SAT的队员被一种透明的怪物袭击而逃来…正当零児等人也没有对策时，KOS-MOS等人也到达了涩谷、并发动了「希尔伯特效应」。令他们也能将グノーシス击退！然后，他们在小夫从哆啦A梦的道具——成功进入了ヘリオス的基地……最后在基地的最深部再一次遇见自己的仇敌「沙夜」…更和她进行战斗！正当他将沙夜击败时，机器人王国的珍娜却在他下手