衙门的官僚对抗诸波雅尔，在1598至1600年左右基本稳定了局势。摧毁了戈东诺夫王朝的政治基础。1604年伪德米特里一世在波兰贵族支持下入侵，鲍里斯·戈东诺夫派军镇压，但他已身染重病，于1605年4月23日病死，他的死也导致了俄国政府的全面崩溃。其子费奥多尔二世继位时众多波雅尔乘机反叛，叛军攻入宫中，1605年6月20日费奥多尔二世被弑，戈东诺夫王朝灭亡。因为前沙皇鲍里斯不得人心的政策和对沙皇位的宣称权，戈东诺夫家族成员在俄国混乱时期是波兰和俄国波雅尔的肃清对象。1613年新沙皇米哈伊尔一世打算保留戈东诺夫