他的继续者阮福源正式与控制后黎朝的郑氏家族割席，号称“阮主”（），名义上归附于后黎朝，但黎皇对之毫无影响力。同时在北方的郑氏家族（郑主）世袭执掌后黎朝朝政，权力不断膨胀，1592年击溃莫朝后，逐渐与阮氏交恶。1627年，郑主郑梉率军南下讨伐阮氏，标志着郑阮纷争的开始，但两军难分胜负。郑梉于1648年计划了另一场攻势，郑军为阮氏所痛击。在双方几次攻势都失败后，1672年，郑军做了最后一次征服阮氏政权的努力，但没能攻破阮军。在清康熙帝的调停下，郑阮停战，各自割据南北越南。阮氏政权又试图向南扩张领土，和暹罗、