在1555年，哈布斯堡君主签署奥格斯堡宗教和约，授与波希米亚人宗教自由。这些宗教宽容政策，令哈布斯堡君主一直被选为波希米亚国王。1517年日耳曼的马丁路德推行宗教改革以来，新教就广传于欧洲。1617年，狂热的天主教徒斐迪南二世，继承他的表哥，成为神圣罗马皇帝，一改诸先王作风，不再对新教採取容忍政策，导致他落选波希米亚国王。为夺回王位，斐迪南决定征服波希米亚，导致三十年战争的爆发。三十年战争过后，波希米亚一直被奥地利哈布斯堡王朝统治，但仍然保持为一独立的王国，拥有自己的政府。直至1743年，波希米亚成