玄死后，桓谦仍然抵抗东晋，并于失败后出奔后秦。后又因支持西蜀王谯纵对抗东晋而入蜀，终在西蜀的军事行动下而再度与东晋作战，被刘道规击败，被杀。
生平.
仕晋时期.他初以父亲的功劳封宜阳县开国侯，历次升迁官拜辅国将军、吴国内史。隆安三年（399年），孙恩率众进攻下会稽，并杀太守王凝之，三吴诸郡都有人起兵响应孙恩，桓谦闻乱出奔无钖（今江苏无钖）。后桓谦获征召入朝担任尚书，不久又先后转任骠骑大将军司马元显的谘议参军及司马。元兴元年（402年），司马元显要讨伐荆州刺