纪念国际人权日的演说中，潘基文对那些设有反同性恋法规的国家进行了谴责，并列举了76个将同性恋定罪的国家。他说在现代社会仍有这么多的国家继续将因仅喜爱另一个同一性别的人类而视为犯罪是骇人听闻的。他对联合国高级管理人员说对同性恋的歧视是不可接受的，并指出像乌克兰这样将公开讨论同性恋定罪是对基本人权的威胁。他进一步指出政府有保护弱势群体的义务。2013年4月，他称LGBT权利是当前最被忽视的人权之一，并指出宗教，文化和传统不能成为剥夺人权的理由。2012年1月25日，潘基文宣布将举办世界首次人道主义援助首脑议