效果的患者，该考虑进行，而有慢性咳痰困扰的患者则应进行结核分支桿菌的培养。在公共卫生考量的前提下，在疫情爆发时，会针对特定的病原体进行筛检作业。对于严重肺炎的住院患者，建议同时进行痰液和，也要验验尿液是否有退伍军人菌和链球菌的抗原。若利用病毒培养、聚合酶链式反应（PCR）或其他方式，侦测到病毒或是其抗原，即可确认是病毒感染。在常规的微生物检查中，只有15%能找到可疑的致病原。
鑑别诊断.有许多疾病的症状与表现与肺炎相近，包括：慢性阻塞性肺病、哮喘、肺水肿、支气管扩张、肺癌、以及肺栓