尔衮和努尔哈赤之侄郑亲王济尔哈朗二人助小皇帝辅理国政。自1643年至1650年，政治权力主要掌握在多尔衮手里。在多尔衮的领导下，清朝征服明朝的大部分故土，深入西南省份追剿南明政权，在激烈的反对中，建立一系列被清代皇帝所沿袭的政策，如1645年颁布“剃发令”。多尔衮于1650年12月31日死后，13岁的顺治皇帝开始亲政。顺治皇帝试图打击腐败，整顿吏治，削弱满洲贵族的政治影响力，但最终结果成败参半。在位期间，顺治帝面临着大明遗民的复明抵抗，不过至1661年，清军已将大清帝国最后的对手，南明遗臣郑成功和永历皇