万历四十四年（1616年），倭寇再犯福建。福建巡抚黄承元请特设水师，以沈有容统之，擒倭寇于东沙（现今之马祖东莒岛），同时招降海寇袁进、李忠，并且散遣其众。
镇守登莱.泰昌元年（1620年至1621年），建州左卫都督、女真首领努尔哈赤叛明并且入侵辽东，辽事严峻，明朝决定设立山东副总兵，驻守登州，以沈有容担任。天启元年（1621年），辽阳、沈阳相继被后金佔领。熊廷弼建三方佈置之议，以陶朗先巡抚登州、莱州，而擢沈有容都督佥事，任总兵官， 登、莱遂为重镇。八月，毛文龙破后金。诏沈有容统水