侯仁之获1999年度何梁何利基金“科学与技术成就奖”。1999年12月，侯仁之被美国国家地理学会授予乔治·戴维森勋章，成为首个获该荣誉的中国人。1982年，根据侯仁之（北京大学）、郑孝燮（中华人民共和国建设部）、单士元（故宫博物院）三人的提议，中华人民共和国设立了“国家历史文化名城”这一文物保护机制。《中华人民共和国文物保护法》规定，历史文化名城是指“保存文物特别丰富，具有重大历史文化价值和革命意义的城市”。1984年，侯仁之赴美国康奈尔大学城市与区域规划系进行研究，在妻子的协助下完成了论文《从北京