异特龙也是马什与科普之间的化石战争的主题之一，他们的竞争使得异特龙的分类产生混淆，马什与科普所命名的几个属与种，现在被认为是异特龙或脆弱异特龙的异名。自从异特龙被命名以来，科学家们已在遥远的葡萄牙、西伯利亚、瑞士、以及坦尚尼亚发现了几个新种，并在澳洲与中国发现了数个未命名的化石，可能也属于异特龙。
模式标本争议.脆弱异特龙（"A. fragilis"）的模式标本（编号YPM 1930）相当破碎，包含数节不完整嵴椎、四肢骨头的碎片、肋骨碎片、以及一颗牙齿。数名古生物学家认为这个化石