建立于帕碧罗阇统治期间（1688年–1703年），但建造的确切日期和建造者已不可考。在阿瑜陀耶遭到缅甸贡榜王朝攻陷之后，郑昭将首都迁至吞武里，并在黎明寺旁建立，与波他榄寺隔河相望。由于波他榄寺与王宫极为接近，因此其地位被提升至皇家寺院。1782年，拉玛一世将首都从吞武里迁至河的对岸，并在波他榄寺旁建造大皇宫。1788年，拉玛一世下改建已破旧不堪的波他榄寺。当时，波他榄寺地板颠簸且满地泥泞，因此还先进行了排水和地平工程。在修建期间，拉玛一世也将位于阿瑜陀耶、，以及其他地方废弃寺庙中的佛像移置波他榄寺。这批