月13日，李惟果兼任中国国民党干部训练筹备会委员。1948年5月31日至12月22日，李惟果任翁文灏内阁的行政院秘书长。6月1日，蒋介石特任李惟果为行政院秘书长，梁颖文为副秘书长。1949年2月12日，中国驻美大使兼远东委员会中国代表顾维钧接到中华民国外交部电报，内称：政府鉴于大使职务的重要性，决定顾维钧不必再兼任远东委员会中国代表，另指派李惟果担任此职。顾维钧大使在日记中写道：“显然李惟果的任命是为了给他一个职位。”1949年随蒋介石去了台湾。1971年，李惟果退休，后来侨居美国。