群纷争，并促进各部落归附日本政府。情势逐渐稳定后，潘文杰因其在地方事务上的影响力、人脉及外交手腕，深受当局倚重。1896年，潘文杰协助当局劝导其辖下各部落儿童入恆春国语传习所猪朥束社分教场就读，因而促使新式教育逐渐推广。同年，台湾总督府民政长官水野遵前往恆春半岛巡视并拜访潘文杰；当时，潘文杰已双目失明。后来，当局为报答并表扬其对于地方事务之协助，特地颁赠六等瑞宝章与天皇御赐礼品，更在1901年（明治34年）委任其为恆春厅参事。1905年12月12日，潘文杰病逝于猪朥束社住处。