95至98年间，上水也有经城门隧道的巴士线278X，而68M更因大榄隧道通车之故而变成特快路线。
千禧年代.随着多条铁路通车，加上乘客的乘车模式转变，部份路线客源锐减，与港铁路线重叠的特快线亦不能倖免，就是被于2009年延伸至红磡站的西铁线沉重打击之其中一条特快线，虽然取道三号干线直接来往尖沙咀及新界西北，但是仍较铁路慢而遭受重创，因而被大幅削减服务。九巴因而透过区域性巴士路线重组等措施，重组多条行车路线迂回的路线，改经主干道、快速公路或高架道路从而提速（例如、和），或者分拆及开办