可以分离长度只有200~700bp的DNA片段，若长度超过700bp会造成检定效率的下降，但也有报导持相反意见，认为片段长度的影响不大。DGGE凝胶中的变性剂浓度在上样处最低，向后逐渐增高。电泳过程中，起初双链DNA以直线形状向正极移动。随着变性剂（如甲酰胺或尿素）浓度的增加，DNA中具有低G+C含量的序列的部分被打开，而高G+C含量的部分仍保持双链。这样，DNA分子形成端部的叉状或中间的环形（即DNA部分熔化），便不能继续向前移动而形成条带，如此便能将具有相似长度而序列有差异的DNA分子分离开。Sec