士出身。
生平.道光十五年（1835年）登乙未科进士，选庶吉士，散馆授翰林院编修。累迁詹事。咸丰二年（1852年）典试广东。咸丰三年（1853年）连升内阁学士、兵部侍郎，出督安徽学政。此时，省会安庆已被太平军佔据，安徽学政驻于太平府办公。次年，因父亲生病，上疏请求开缺探病，文宗怀疑其逃避，严厉斥责，允许其回籍，待请假期满后，降补三四品京堂。不到一月，太平军逼近太平府，孙铭恩不听劝阻，执意留在城内，以证明自己清白，称“城亡与亡，以明吾心！”。城破后，被押送至江宁（今南京），誓死不降，