典帝国在希腊西部最大的海军基地，先后有两场战斗在这里发生。前404年这座城市再度归于罗克里斯人辖下，之后在与邻国的战争中一度沦陷，又在伊巴密浓达的协助下得以光复。马其顿的腓力二世将纳夫帕克托斯交付给挨托利亚人，直到前191年这座城市在被围困多日后向罗马人投降。551年查士丁尼一世在位期间，古城在地震中被毁。
中世纪与早期近代史.747年8月，来自义大利的流行病几乎摧毁了这座城市。自九世纪晚期起，纳夫帕克托斯便成为了拜占庭帝国尼科波利斯军区的首府。其所辖教区亦被提升为城市教区