争中，温宗尧参加了讨伐袁世凯的活动。1916年（民国5年）5月1日，在广东省肇庆成立了两广都司令部（都司令为岑春煊），温宗尧任外交局长。5月8日，中华民国军务院成立，温宗尧、王宠惠任外交副使（外交正使为唐绍仪）。1917年（民国6年）7月，孙文发动护法运动，温宗尧随其赴广州。但是，温宗尧、岑春煊支持政学派，与孙文对立。1918年（民国7年）5月，大元帅制改为7总裁制，陆荣廷以旧桂系为后盾，推举岑春煊任主席总裁，孙文、唐绍仪、伍廷芳对此反感而离去。1920年（民国9年）4月，在岑春煊主导下，罢免了伍廷芳的