，2月在尹隆河战役击败名将刘铭传，然先胜后败，遭鲍超突袭，3月歼灭湘军彭毓橘部。同年经河南入山东，陷入清军包围圈，被围于运河、黄河、六塘河之间。12月东捻军全军覆没，赖文光率残部千余人向南突围。同治六年（1868年）十二月十九日赖文光在扬州瓦窑铺被吴毓兰部将王得胜俘获，十二月十六日（1月10日）在扬州被处决，就义前慷慨陈言：“披霜踏雪，以期复国于指日。古之君子，国败家亡，君辱臣死，大义昭然。唯死以报邦家，以全臣节焉。”