。筑巢后，北美洲的褐鹈鹕会成群的再向北迁徙，并于冬天回到较温暖的水域。
威胁及保育.1970年代初，褐鹈鹕在美国东南部、佛罗里达州及加利福尼亚州受到杀虫剂（如滴滴涕及狄氏剂）的威胁。研究发现滴沦涕会令褐鹈鹕的蛋壳变薄，不足以支持胚胎至成熟。故此在佛罗里达州及美国其余地方陆续禁止使用滴滴涕。褐鹈鹕与红嘴鹈鹕一同受到《候鸟协定法案》（Migratory Bird Treaty Act）的保护。世界自然保护联盟自1988年起将褐鹈鹕列为无危。现时估计它们的数量约有65万只。2010年