五十一年（1786年），台湾天地会林爽文起事，赴潮州戒备镇压。次年，晋太子太保。五十三年（1788年），安南西山军的阮惠推翻后黎朝，夺取皇位。国王黎维祁叩关求救。孙士毅率师佈防镇南关，向干隆帝奏报其事。干隆帝表彰孙士毅识轻重、知大体，令其与云南总督乌大经兵分两路攻打安南，送黎维祁归国复位。孙士毅所率之两广兵势如噼竹，攻破昇龙（今越南河内市），比乌大经的云南兵更为迅速。干隆帝大喜，封为一等谋勇公，赐红宝石顶，但为孙士毅推辞。干隆帝册封黎维祁为安南国王之后，命孙士毅其班师，但孙士毅却贪图军功逗留安南。次年正