班第二期修业二年期满的学员毕业，学员来自近畿6个镇及湖北、江苏两省，是为第二期。第三期学员由当时已经编练新军的各省考选保送，1909年11月入学。1909年清廷罢免了袁世凯职务，近畿6个镇及陆军行营军官学堂均由陆军部大臣荫昌直接管辖。后清廷成立军咨府，以载涛为军咨府大臣(其职权相当于后来的参谋总长)，1910年7月撤去北洋军学督办衙门，调任段祺瑞为江北提督，原任监督张鸿逵升任总办负责校务，陆军行营军官学堂改隶军咨府；北洋陆军速成学堂及军需学堂、军医学堂则改隶于陆军部。该学堂改隶后，由军咨府命令改名为陆军预备