铁路的工程进展一度受资金困难影响，只得边开工边筹资，1995年2月发行1.5亿建设债券，但发行过程仍然存在一定困难，次年的债券指标甚至需强行从石化行业和铁道部指标中分别调整出1亿元供横南线使用。1996年10月28日，横南铁路提前4天铺轨至武夷山市兴田镇白地源地段，该段成为武夷山市境内铺下的铁路第一轨。1996年12月26日，横南铁路建阳至南平段开通临时运输。1997年7月28日，铁道部与福建省会商，同意合资建设横南铁路。其后，铁道部批复横南线调整总概算，国家计委批准横南线项目的最终投资计划和资金来源，