西部（前海）及新界西北（洪水桥）的跨界支线、以及连接新界西北（屯门南）及北大屿山（小蚝湾）的本地支线。然而，由于建造海底铁路隧道涉及复杂的技术限制，造价成本亦非常昂贵，而且有关路段的跨境运输需求及客量未能保证，加上未来将有相关的新基建项目落成（如屯门至赤鱲角连接路），此方案的经济效益成疑，于各种因素下决定搁置兴建。
屯门至荃湾沿海铁路.「我们未来的铁路」第一阶段谘询亦曾提出屯门至荃湾沿海铁路（屯荃铁路）方案，由屯门西站或屯门中站沿海岸走廊连接西铁线荃湾西站，并设五个中途站服务屯门至