到麸质后，身体里的异常免疫系统对此产生反应，并可能导致生成数种自身抗体而影响许多不同的器官。在小肠中，自身抗体会引发炎症反应，并可能造成生长于小肠内壁的绒毛长度变短（绒毛萎缩），而这会影响营养吸收，患者因而经常贫血。诊断一般是透过血液抗体测试及肠道活体组织切片进行，会用特殊的基因检测作为辅助。不过诊断不容易直接进行，多半血液中的抗体检验是阴性的，而肠道健康的绒毛也只有少许变化。病患在确诊前多半已有严重症状，且持续了几年。目前越来越多的确诊案例来自于无症状患者的结果。不过目前尚无足够实证佐证筛检的效果。此