建筑风格独特，吸收并融合了汉传佛教和藏传佛教的寺院建筑格局。以大雄宝殿为界，分为前、后两部分。前半部分为汉传佛教“伽蓝七堂”式布局，中轴线上依次分布着山门、碑亭、天王殿、大雄宝殿等殿堂，两侧为钟鼓楼和东西配殿。后半部分为藏传佛教风格的寺庙建筑，是仿西藏桑鸢寺而建的藏式曼陀罗。平面有一条南北中轴线贯穿。主要建筑有：
佛事活动.普宁寺有佛门圣地“曼陀罗佛国世界的中心”之称，是中国北方最大的佛事活动场所。自恢复宗教活动以来，截至2000年代，普宁寺先后举办过大威德怖畏金刚灌顶法会、展佛法