内乱，上杉家的军事力无容置疑地严重衰退，被织田信长等周边强大势力大名军事侵攻而陷入苦战。而且因为恩赏的分配，景胜军的武将之间亦有深刻的对立。关于战后的恩赏，因为多数被分给景胜的权力基础上田众，因为恩赏而使安田显元等人平白无故地自尽，更有抱持不满的新发田重家连结芦名盛隆和伊达辉宗并自立。为了镇压这次反乱而用了7年歳月。肃清和谦信一同战斗的国人众，改为以上田长尾系独大的体制。再加上乘着这次内乱，信长配下的柴田胜家攻进上杉领地以及同盟势力的加贺、能登、越中，会津亦有芦名盛隆侵攻等，这次御馆之乱使得谦信时代