后王琨又曾外任冠军将军、吴郡太守。泰始四年七月初一（468年8月5日）自吴郡还朝任中领军，但次年却因被指在吴郡时动用了三十六万朝舍钱供给予二宫诸王及制作绛袄献作军用物资，被降职为光禄大夫，不过不久就加太常、散骑常侍及金章紫绶。泰豫元年（472年），宋明帝去世前不久，王琨再外调为督会稽东阳新安临海永嘉五郡军事、左军将军、会稽郡｜会稽太守。后因事降号为冠军将军。宋后废帝时改任金紫光禄大夫、弘训太仆、散骑常侍，后加本州中正。元徽四年（476年），加特进。昇明元年（477年）宋顺帝即位，进位右光禄大夫。昇明三年