目中猪科与河马科皆没有反刍行为，因此亲缘关系较为接近，但近代分子证据表明后者与鲸豚类的关系更接近，共同组成河马形亚目，并支持将偶蹄目与鲸豚合併为鲸偶蹄目，其中胼足亚目（骆驼）较早分支，猪形亚目（包括猪科与西貒科）则稍后分支，与鲸反刍类（包括河马形亚目与反刍亚目）互为姊妹群。而在猪科的类群中，鹿豚属是比较早分支的演化支，猪属则是最晚分支的演化支。猪科约于始新世晚期、渐新世早期与西貒科（分布于美洲）自同一共祖分支，渐新世时猪科可能已演化出若干个亚科，中新世早期已广泛分布于旧世界范围内的欧亚大陆与非洲大陆，至