任台北市长期间，中化制药及中化裕明接连标得台北市所属市立联合医院、慢性病防治院等药品採购案合约共一亿四千多万元。违反《公职人员利益冲突回避法》，政风处接获检举后，法务部认为违反《》，2008年裁定开罚一亿四千万元；中化提出诉愿，发回法务部重查，法务部长王清峰坚持裁罚实际交易金额一亿零82万元。中化二度诉愿，经重新计算后改罚共9千8百多万。行政法院审理两案，均认定法务部依据《公职人员利益冲突回避法》对两公司的处罚合法合理，先后判两公司败诉确定。
会见通缉要犯张安乐.2008年2月27