50年清军南下，炮轰广州城，光孝寺也笼罩于战火之中。清军入城后，光孝寺被占为兵营，隔年又由于广东贡院在清军入城时毁于战火，故把光孝寺作为贡院。期间，光孝寺进行过修建。1903年，光孝寺被广南中学、八旗小学占用。
中华民国.中华民国建政后的1912年，被广州第二十七小学占用；1913年被广东法官学校、警监学校和广东课史馆三单位占用；1938年，被广州鸣松学校、广东大学附属中学占用；1938年日本侵华，傀儡政权曾一度占用光孝寺作为伪政府的“和平救国军总司令部”。日本投降后，又被广东