州期间大肆搜刮财产和民女，屠戮泉州百姓，对泉州社会造成重创。兴化路三县在战争中有超过2万民众死亡，4万多座房屋被焚毁。因为战争和兵乱期间教派暴力对抗的关系，泉州很多清真寺都被毁坏，现今仅存涂门街的清净寺这一座古清真寺，泉州的伊斯兰教因此衰落。连基督教（天主教）也受到连累，主教哲姆斯离开泉州，泉州基督教因而中断了约200年。亦思巴奚兵乱带来了严重的族群间的仇视和对立，汉人对色目人的仇恨在亦思巴奚兵乱被平定后开始发泄出来，陈宗海部队占领泉州后进行了3日的大屠杀，许多色目人遇害，甚至有汉人因为长着高鼻梁或卷发而被