瓦杰帕伊再次就任印总理后，他出任外交部长，2002年转任财政部长，直到2004年人民党在大选中落败。2001年，他被授予杰出议员奖。2004年至2009年，他担任联邦院反对党领袖。2012年，他被全国民主联盟提名为印度副总统人选，但最终输给了穆罕默德·哈米德·安萨里。2014年8月，他在家中的浴室不慎摔倒，头部严重受伤。2020年6月，他旧病复发，入住德里陆军医院，9月27日逝世，终年82岁。
政策.1999年，他率领代表团访华，双方确认中印关系发展的前提是互不视对方为威胁，