在1979年2月28日给何方做的《审改决定》中承认，1959年以来对何方的定性和处分都“是不对的，应予纠正平反”。这时，何方要求离开外交部，结果调到了中国社会科学院。1981年，中国社会科学院日本研究所成立，何方担任首任所长。1980年参与起草调整一条线外交战略的建议。1988年撰写了关于淡化战略大三角的报告。1989年至1995年，任中国国际问题研究中心副总干事。后担任中国社会科学院日本研究所研究员。1999年离休。1984年获聘为北京大学兼职教授，后又受聘于南开大学。1993年被俄罗斯科学院远东研究所授