：干流（锦田市至甩洲）：支流（清潭水塘至金钱围）：支流（河背水塘至锦上路站）：支流（石岗河）：
河道污染.据环境保护署于2007年6月12日修订的资料显示，锦田河集水区共饲养了约60,000头猪和800,000只鸡；而该些禽畜饲养场的排放物，则成为锦田河的主要污染源。该署分别在大江埔、下輋、黄竹园、马鞍岗、麻包岭及大岭共6段支流的上游和下游採集河水样本，并设立2个河水监测站，严密监测锦田河水质的受污染程度。香港电台节目视点31在2016年于锦田河钓了一条塘虱，并找