主任，也曾兼任北京师范大学、北平女子师范大学、东北大学的数学系主任。他也负责美国庚子赔款留学生数学考试的命题和评卷。1935年中国数学会成立，他是九名董事之一。冯祖荀注重于发掘人才。他是数学家樊的姑父。樊当初选择研读数学，就是得到其引导。数学教育家傅种孙，求学时也得到冯祖荀的大力提携。
晚年艰苦坚持.日本侵华期间，冯祖荀因罹患肺结核，没有南迁至西南联合大学，仍留在北京大学任教，安排未撤离的学生继续学习。他协助将数学系学籍档案转移至昆明，又尽力保护校内未能搬离的各项设备。他一直挂