城战，之后他加入了第四军，在苏尔特元帅离职后莫利托接手了该军的指挥权。作为之前优异服役的回报，1808年莫利托被册封为帝国伯爵，并被授予了巴登的查尔斯·弗里德里希大十字勋章。1809年2月莫利托开始在马塞纳元帅的第四军指挥第三师，并在4月份参加了诺伊马克特战役。在大兵团占领维也纳并准备兵渡多瑙河时，莫利托占领的洛伯岛成为了法军北上的跳板。在接下来的埃斯佩恩-埃斯灵战役中，莫利托指挥第三师在阿斯佩恩多次击败了奥军如潮水般的进攻，并和第四军一起坚持到法军的完全撤离。6个星期的瓦格拉姆战役中他同样表现出色。