由于刘伯承长期在南京主持军事学院工作，故由叶剑英代理训练总监部部长。在1956年开始、1957年达到高潮的军队反教条主义运动中，军事学院和训练总监部分别被指责为“教条主义的大本营”和“教条主义的司令部”，批判矛头指向时任训练总监部部长、副部长的萧克、李达身上，萧克、李达二人被指为是“资产阶级军事路线的代表人物”，并冠上“以萧克为主帅、李达为副帅的反党宗派集团”，随即撤销二人在国防部和训练总监部的一切职务。1958年12月11日，训练总监部撤销，所属各部被合编为三个部，划归总参谋部并由副总参谋长张宗逊分管