大部分香港有记录的物种类都在大屿山，包括：70%的两栖类及爬虫类、60%的蜻蜓、55%的蝴蝶及超过50%的淡水鱼类。好像大屿山以北海域则是中华白海豚经常出没的地方，但是却面对机场所带来的种种威胁，如污水处理、生境地丧失、航行船只增加。大屿山的西南部则是黄斑弄蝶过冬的胜地。大屿山境内有很多不同种类的植物，譬如香港细辛、石梓、毛叶杜鹃、藤石松、二形卷柏、绿毛卷柏、细叶卷柏、疏叶卷柏、狭叶紫萁、粤紫萁、华南紫萁、中华里白、露蕨、小果露蕨、长柄露蕨、刺桫椤、日本金粉蕨、鞭叶铁线蕨、镰叶铁角蕨、镰羽贯众、阴石蕨等