进京洽谈，请其余船只、人等立即返回。葡人没有按照明政府要求离开，而是退出广州，企图攻佔南山半岛(今深圳市南山区蛇口)，但由于明朝驻军太多未能得逞。然后他们退至「屯门岛」，安营扎寨，做更多的军事准备。此后，葡人又在「屯门海澳」及「葵涌海澳」（今香港青衣岛、葵涌一带）探查据点，制火器，立石碑，烧杀掠夺。当地居民怨声载道，纷纷向官府告状，并要求迁移至别处躲避佛朗机人的欺凌。8月，若热·德·阿尔布克尔克派换其兄费尔南·佩雷兹·德·安德拉德到满剌加，大部分人都还留在「屯门岛」。葡人眼见这样拖下去无法见到中国皇帝，