蛋白质方法（）指那些用于研究蛋白质的技术。其中有研究蛋白质的遗传学方法、检测蛋白质的方法、分离与纯化蛋白质的方法以及其他表征蛋白质结构与功能的方法，其中常常需要首先将蛋白质纯化。