正式成立，担任厦门大学动物学系助教，指导学生动物学实验。1925年秉志来到厦门大学，伍献文遂注册为动物学系学生，一面给秉志当助教，一面学习，1927年获厦门大学理学士学位。同年到国立中央大学生物学系任动物学助教。1929年，受中华教育文化基金会赞助，他到法国留学，1932年获巴黎大学科学博士学位。1934年，他参与创办中国动物学会，任学会理事。不久，国立自然博物馆先后改为中央研究院生物研究所、中央研究院动植物研究所，伍献文任研究员。1935年6月至11月，他组织全所科技人员对渤海湾及山东半岛海洋生物展开