镇之任大将军录事参军，并奉桓玄命派去三吴赈济当地饥荒，时任会稽内史的王愉并不奉旨行事，王镇之就因事弹劾他。由于王愉儿子王绥是桓玄的外甥，王镇之被他们排挤，于是以母亲年老为由求安成太守作回避。元兴三年（404年）刘裕起兵讨伐桓玄，桓玄终兵败被杀，而桓玄部将苻宏当时就率一些残余力量侵袭安成郡，王镇之领兵抵抗，战事拖了一年，家中五名子弟都战死了。及后镇之因母亲去世而离职，可是因为为官清廉，都没有钱让妻儿回上虞墓园送葬，只好弃家自己回去还葬。母亲下葬后王镇之又帮儿子王标之求得安户令一职，并跟着儿子到县。王镇之为