月1日，举行的省港盃足球赛，巢鹏飞首次代表香港队上阵。2009年1月14日，香港场对印度的热身赛，则是巢鹏飞首场正式国际赛。2009年8月27日，在高雄举行的2010年东亚足球锦标赛预赛，最后一轮对关岛的比赛，首次取得国际赛入球便个人连中三元，巢鹏飞协助香港大胜12—0，成为出线功臣之一。2009年，巢鹏飞入选香港U23参加在香港举行的东亚运动会足球比赛，全部4场赛事均获派正选上阵，是香港历史性夺得国际综合运动会金牌的功臣之一。