二次大战之后，因三七五减租与公地放领政策，导致该书院的学田被放领，无法获取维持经费。民国57年（1968年）大殿因风灾而毁损，四年后（1972年）会员集资重建大殿，但施工中又遭到雷击破坏。由于缺乏经费，民国64年（1975年）书院经会员大会通过併入内门紫竹寺，由紫竹寺接续重建及日后管理、祭祀，建筑于民国67年（1978年）完工，耗资约五百多万。民国75年（1986年）1月时，因当时内门乡未有图书馆，紫竹寺遂于书院内设图书馆，直到民国78年（1989年）8月该寺捐献东侧庙地供乡公所兴建新图书馆为止，原有