禧太后派直隶总督曾国藩到天津查办，曾又奏调李鸿章协同办理。曾国藩认为责任在中国人身上，将天津知府和知县革职充军，处死祸首水火会16人，充军25人，赔款修建教堂，慈禧太后并派崇厚赴法国道歉。
背景.清末自从签订《天津条约》以后，传教士开始在各地进行传教工作。传教士享有建造教堂、治外法权、以及“宽容条款”所赋予的特权。外国传教士获得了在中国任何地方租买土地和建屋的特权，有些不肖的外国传教士在中国内地霸佔地产，成为后来各地发生民教纠纷及引起教案的严重隐患。治外法权问题，亦使传教士不受