府衙门位于台南(台湾县)，是故该地亦有府城之别称。台南此后继续成为全岛首府百余年，是为一府。之后港口淤塞，清末至日治时期交通地位逐渐被高雄港(打狗港)所取代，战后台南虽新筑安平港，但今日仅为高雄港之辅助港。
鹿港.二鹿即彰化县鹿港镇，为台湾第一个由汉人开发的城市据点。其发达肇因于1784年（清高宗干隆49年）清朝政府仿鹿耳门及厦门模式设立专员管理，开放「福建泉州府晋江县所属蚶江口」与「台湾府彰化县鹿仔港」来往通商。此后行郊云集、商务发达，迅速成为中部第一大港。鹿港的兴起，系掌握