张显耀共谍案.2014年8月，马英九政府宣称行政院大陆委员会特任副主委张显耀因「家庭因素」请辞。但张显耀却发表声明称自己并未请辞，而是被金溥聪逼退。最后马政府定调，直指张显耀为「中共之间谍」，但台北地检署却查无实証，陆委会主委王郁琦引咎辞职。前国安会秘书长金溥聪翌年接受媒体访问时表示，马习会破局与共谍案无关，而是因为「马总统坚持APEC场合最好，不牵涉国家身分，但中国大陆不接受，所以破局。」
雨伞革命.2014年11月，马英九接受《纽约时报》专访，公开