击败了对手辜宽敏（48882票），以及宣佈退选的蔡同荣（6530票），成为民进党第12届党主席，并且是民进党史上第一位党员直选选出的女性党主席。
第二次在野时期.2008年5月21日，蔡英文就任第12届党主席；同年8月15日，陈水扁、其妻吴淑珍陷洗钱风暴，宣布退党，而蔡英文开始处理陈水扁弊案造成的影响，并推出小额捐款等新的开源管道。2008年8月30日民主进步党动员参加830百日怒吼大游行，抗议马英九政府的施政。2008年11月，在二次江陈会期间，民进党发动「围城行动」，民众与警方