他回国。朱舜水爲了反清的资金来往贸易与华南、日本、越南，用以支持南明鲁王朱以海和台湾的郑成功，还参加了永历13年（1659年）7月的南京攻略战。南京攻略战失败之后，朱舜水作爲郑成功的使者向实行锁国政策的日本求援，万治二年（1659年）冬来到日本长崎。万治三年（1660年）在筑后国（今福冈县南部）柳川藩学者安东省菴的帮助下结束流亡生活。明末清初，有很多明朝文人爲避战祸来到日本，当时日本的大名家收用他们作爲自己的幕僚。宽文五年（1665年）6月常陆国（今茨城县）水户藩藩主德川光圀派彰考馆小宅处斋拜访朱舜水，