是遭警备总部或是其他情治单位所谋杀。针对此疑点，郭廷亮的长子郭家瑜在2017年5月30日接受黄光芹电台专访时，亦认为其父死于谋杀。然而，经过他自己初步的调查，他却研判杀害其父者可能不是警备总部或其他情治单位，而是另有其人。台湾解严以后，对戒严时期疑案的翻案风盛行。当时孙立人兵变案部分相关人与其父并无来往，亦在争取政府相关赔偿。郭家瑜认为其父出面澄清真相，恐损那群人的利益，致此引发杀机。至于民进党等团体认为的兇手──警备总部，郭家瑜自言，当下其父对警备总部相关人士皆积极配合，调查且推论不到任何让警备总部杀他的