并建立起一套半机密的高效率社会管制体制。当时，斗争不仅仅是在军队与反叛军之间，更是在政府与社会各个阶层之间。大量的土着权益争取者、反政府嫌疑人、归国难民、批判主义学者与学生，以及左倾政治家等等，都被政府列为打击对象并成为牺牲者。因此危地马拉政府成为拉丁美洲第一个广泛使用“强制消失”手段来打压异己的政府，从1966年开始到战争结束，被“强制消失”的人口数估计达到4万至5万个人。估计共有二十万人死于或“消失”于这场战争，大多数是由军队、警察与高级官员造成的。2009年，危地马拉高等法院宣判菲利普·古桑内