。然而，科学家们认为云南龙在种系发生学上并没有与蜥脚下目较为亲近，因为牠们的身体构造明显地属于基础蜥脚形亚目。云南龙与蜥脚下目的齿列相似处，可能是个趋同演化的例子。
分类.模式种是黄氏云南龙（"Y. huangi"），是由杨钟健在1942年所命名，他建立了云南龙科来包含云南龙，但这科目前只有云南龙一属，有时还有金山龙。在1951年，杨钟健命名了第2个种巨硕云南龙（"Y. robustus"），但这个种已被包含于模式种之内。这个分类上的混淆导因于最早的标本是未成年个体，而巨硕云南