尹昌衡率西征军从成都出发，不久便击退了藏军。9月25日，他兼任川边镇抚使，10月获授陆军中将位加上将衔。1913年（民国2年）4月，尹昌衡回到成都。
部下的对立与失势.回到成都后，尹昌衡同出征期间留守成都的部下、全川陆军军团长胡景伊之间发生对立。为谋求四川都督的地位，胡景伊请求袁世凯支持将尹昌衡罢黜。袁世凯受到胡景伊影响，于同年6月13日任命胡景伊为四川都督，改尹昌衡为川边经略使。尹昌衡反对该任命，但没能推翻它。自此，尹昌衡失去了对四川省的统治权。经略使一职，不久改称川边都督，