府和周边市镇的之间的权责及资金纠纷，慕尼黑交通公司不得不切断市界附近的部分巴士线；自此只有少数的城市巴士线能够穿越市界。城市巴士与区域巴士的配色方案也不尽相同：慕尼黑交通公司及其委托的分包商使用与地铁和电车相同的全新蓝灰主色及铝白色条纹（旧车仍然使用品蓝/纯白色）；对于周边地区的路线，慕尼黑交通及资费集团（简称MVV）设计了一种白/绿/蓝的配色方案；而部分纳入MVV、由及其分包商的区域巴士则以或相应巴士企业的配色运营。
系统.至2004年12月12日，慕尼黑交通公司推出了一个名