曾先后帮助时任安徽都督的堂兄弟孙毓筠（原名孙多琪）、孙多森开展工作。后来，孙棨出任国民革命军第三十七军参谋长。1927年12月3日，孙棨任安徽省政府委员，任至1929年5月18日。从1928年5月1日至1929年5月3日，孙棨代理安徽省政府主席（主席为陈调元）。