1917年，孙中山在广州成立护法军政府，邓文翚任粤军参议。1919年9月，任驻粤赣军总指挥。1923年，以孙中山为大元帅的广州大元帅府成立，邓文翚任大元帅府顾问，策划北伐。同年，蔡成勋主政江西，邓文翚从广州回江西任江西督军公署顾问。1924年，邓如琢、方本仁驱逐蔡成勋，主政江西，邓文翚仍任原职，兼任吴城统税局长。任内聚敛钱财。1926年，北伐军击溃邓如琢光复南昌后，邓文翚避居上海，购买房产经商。1931年，中国国民党部分人士成立西南政府，邓文翚到广州任河南中部救国军司令，到河南从事反对蒋介石活动。失败后