政府委任马士加路也为首任澳门总督管理。16至17世纪澳门成为日本（长崎）、琉球、菲律宾、摩鹿加群岛等国的东南亚贸易中心，在葡萄牙没落和日本锁国影响后，其贸易港地位开始有所下降。而在其后的几百年内，澳门一直是世界与中国和近邻进行交流的根据地，即使是西班牙帝国主导时期也没有改变。传统说法指，1580年葡萄牙王位继承战争爆发，西班牙将领阿尔瓦公爵攻占里斯本佔领了葡萄牙，西班牙国王腓力二世兼任了葡王，组成伊比利联盟，接管了葡萄牙王国所有海外殖民地直到1640年葡萄牙脱离西班牙，澳门未曾投降西班牙，于是获授「天主