在完成他的第一个军事主官任期后，1992年6月，谢尔顿回到到比邻的彼得森空军基地，担任空军空间司令部副司令的执行官，1年后，他再次回到法尔孔空军基地，1993年6月至1994年7月1年时间里，担任第50空间联队作战大队大队长。1994年2月1日，晋升上校。担任过第2个军事主官后，谢尔顿再次深造，前往华盛顿特区的国家战争学院，1995年5月毕业，获得国家安全战略理学硕士学位。完成学业后，谢尔顿到首都，在国防部分管核生化防御计划的助理国防部长手下工作，担任副项目经理，合作降低威胁计划办公室行政助理。19