义满年幼的时候，室町幕府同南朝的战争仍在继续。观应扰乱之后，室町幕府内部的争权夺势更加激烈。在争权中失势的细川清氏等有力武将先后投奔南朝。1361年（正平16年 / 康安元年），细川清氏引导楠木正仪所率的南朝军攻佔京都，年幼的足利义满前往赤松则祐的居城播磨国白旗城避难。翌年，室町幕府和北朝军夺回了京都，足利义满在回京途中路过了摄津国的一个地方（可能是尼崎市），对当地的景色叹为观止，下令家臣们把这里的景色扛回京都。家臣们对此感到万分惊讶。1367年（正平22年 / 贞治6年），父义诠逝世，10岁的义满继任将军