士为了排挤耶稣会传教士在中国传教，向教宗申诉利玛窦等人允许中国教徒崇拜祖先，违背了天主教教义。道明会传教士建议教宗派特使到中国晋见康熙帝，要求更改利玛窦规矩以排除容许中国传统的传教方式，和康熙争辩。康熙认为「不可理喻」，强令传教士遵从，否则逐回。此即中国礼仪之争事件。而祭祖敬孔的禁令直到数百年后的1939年12月8日由教宗庇护十二世废除，这也侧面显示出了利玛窦对中国文化的了解。
着作.此外，他还写过或参与写过《西琴八曲》、《斋旨》、《干坤体义》等着作。利玛窦用意大利文写的日记