当时原住民只会说日语或族语，因此都是外省人帮忙取汉姓，当时孔文吉的父亲有位山东省籍长官就说：「我们山东有个孔圣人孔子，那你就姓孔吧！」就这样改姓孔姓；至于其母亲则改姓黄姓，然而她妹妹却被姓刘姓。孔文吉之胞弟为孔文博，曾于2014年以无党籍当选南投县仁爱乡乡长，后于2016年被控选举期间买票，一二审皆判当选无效。孔文吉对此表示：「胞弟为此小事下台，他觉得有点离谱。」孔文吉在担任立委前，曾任职内政部山地行政科、朝阳科技大学教授、公共电视首届原住民籍董事等职务。荣获政府首届原住民公费留学奖学金，成为全国第