执政当局将12万6875人列为「行踪不明」人口而予以撤籍。由此推论，当时受迫害致死的人数应极多。据中国大陆中共官方媒体《环球时报》报导，1949年（民国38年）前后中共总共派出1500余名特工进入台湾，被中华民国政府审判处决的就有1100余人。中国人民解放军总政联络部于2013年（民国102年）12月在北京西山国家森林公园建设无名英雄广场以纪念。
程序不合法之争议.2009年，独派人士谢聪敏与白色恐怖政治受难者团体指台湾省警备总司令部当年发布的戒严令未依法按级呈报代理总统李宗仁