西安将军尼雅翰出防宁夏，向赵良栋咨询军事。三十二年，宁夏总兵冯德昌赴甘州，赵良栋受命暂领镇兵，后来弹劾德昌克扣军粮，德昌坐罢。三十三年，奉命率兵驻土喇防御噶尔丹，旋召回京。三十四年，授世袭一等精奇尼哈番，赵良栋生性亢直，在四川时得罪了建威将军吴丹，权臣纳兰明珠说他在四川时不及时援助其它战区，疏请将他革职。赵良栋被降职。告病回宁夏。良栋希望留在北京，乞田宅。御史龚翔麟弹劾他骄纵，康熙赦免了他，赉白金二千，令回归宁夏府（银川）。
晚年.1697年（康熙三十六年），尚书马齐从宁夏回朝，奏