上着手组织学校的重建工作。此时与新成立的“大黑森地区政府”之间的联络实在是相当困难，而且新派驻到学校的美国首长哈茨霍恩（"Hartshorne"）也对接管这所坐落于吉森的大学表现地毫无兴趣。到1946年3月底，哲学、神学以及法学这三个科系已被迫关闭，而图书馆的馆藏也悉数送给了周边的大学。4月13日，卡尔·贝歇特终于又重返岗位，而策马克（"Cermark"）则是他的继任者。5月27日，吉森大学以“尤斯图斯-李比希农业与兽医高等专科学校”的身份复课，直到1957年，这所“高等专科学校”才得以重新恢复到综合性大学