国最高领导人邓小平访问美国，台湾独立建国联盟宣传部部长张金策担任白宫前「海外台湾人大示威」总指挥；其后，张金策质疑台湾独立建国联盟支持美国帝国主义立场，退出台独联盟。随着台湾内部党外运动的发展，与政治环境的开放与转变，台湾独立建国联盟的领导人亦突破黑名单的限制，发起迁台运动，并逐渐抛弃武力革命的激进形式，纷纷偷渡返台参与政治，并于1992年将总部迁回台湾，联盟领导人张灿鍙、郭倍宏、李应元等人亦在此一行动中被捕下狱。
现况.目前台湾独立建国联盟总部设在台湾，另外设有美国本部、日本