。江户时代的宫崎虽然是平原地形，但却因各藩领地错综的局面而未能形成较大的城镇。1871年废藩置县后，现宫崎县分属美美津县、都城县，现宫崎市在当时是两县交界处。1873年，美美津县和都城县合併为宫崎县，县厅设于宫崎郡上别府村。1876年，宫崎县被併入鹿儿岛县，宫崎县一度降格为宫崎支厅。1883年，宫崎县分县运动取得成功，宫崎县得以恢复，上别府村也再度成为宫崎县的县厅所在地。当时的上别府村仍是农村，县厅附近就是农田。1889年日本实施町村制之后，上别府村、江平町、川原町、松山町、濑头町、上野町合併为宫崎