几年一直深居简出，亦从没对外界透露患癌消息。2005年，曾有媒体报导她有淋巴肿瘤，但遭她否认，并表示只是甲状腺生良性瘤。2009年至2011年，林燕妮亦曾多次出入医院，曾于一年内动三次手术，部份手术和盲肠炎及腹膜炎有关。期间，2009年翡翠台电视节目《正识第一》第一辑，林燕妮因早已答应好友马浚伟任他的拍档，当时抱恙住院的她仍坚持于录影当日出院，并以衣服遮掩身上挂着的放血袋，发着高烧，赴该节目录影拍摄。2011年也曾传出林燕妮患淋巴肿瘤的消息，但她亦否认其事，并强调只是甲状腺出现问题。2018年林燕妮因肺癌逝