枚炸弹落在庙外，但没有爆炸，因此被相信是天后娘娘显灵。1942年，赤柱当地曾发现老虎，被杀后虎皮挂在庙内一道侧墙。1962年台风温黛吹袭香港，赤柱天后庙损毁严重，破坏了该庙原有的宏伟面貌。
建筑.赤柱天后庙属于二进式的四合院设计，中间设有天井。由于1962年台风温黛已吹毁该庙原有的不少建筑，因此政府一直没有为其进行历史评级。