有助患者康复。尽管这种现象也在许多其他精神障碍中被发现，但是有证据表明脑源性神经营养因子与抑郁症的发作和抗抑郁药的机理有关。重度抑郁症可能还与过分活跃的下丘脑-垂体-肾上腺轴有关。患者HPA轴的活动与神经-内分泌系统对应激的反应类似。研究显示患者的皮质醇水平上升、脑垂体和肾上腺增大，提示内分泌系统的紊乱可能在包括重度抑郁症在内的一些精神障碍中扮演了一定的角色。下丘脑对促肾上腺皮质释放激素的过多释放被认为导致了这种现象，并且与认知和觉醒有关的症状有联系。重度抑郁症可能与不正常的昼夜节律（生物钟）有关。