有50到100万图西族和胡图族温和派被杀，史称“卢旺达种族灭绝”。卢旺达爱国阵线恢复内战，稳步夺取领土，包围城市并切断补给线。同年六月中旬，叛军已包围基加利，并在7月4日攻陷。数天后卢旺达爱国阵线占领全部领土，迫使临时政府和犯下种族灭绝罪行的极端分子逃往萨伊。卢旺达爱国阵线胜利后控制全国，卡加梅是实际领导人，1994年起担任副总统，2000年起任总统。卢旺达爱国阵线按计划重建国内基础设施，恢复经济，将种族灭绝罪犯绳之以法，并推动胡图族和图西族和解。1996年，卢旺达爱国阵线领导的卢旺达政府进攻扎伊尔境内