1991年，彼得·沃尔赫费尔（Peter Wellnhofer）建立西阿翼龙科（Cearadactylidae），以包含西阿翼龙属，但并没有被广泛引用。在2000年，亚历山大·克尔纳（Alexander Kellner）将西阿翼龙归类于无齿翼龙超科的古魔翼龙科，但他当时是根据没有头冠的早期重建而进行分类。在2002年，大卫·安文（David Unwin）将西阿翼龙改归类于梳颌翼龙科，并提出牠们是梳颌翼龙科的较进阶型物种。在2010年，亚历山大·克尔纳根据新版重建头颅骨，利用三种不同系统的翼龙类特征，计算西阿