破坏攻击日本岗哨，甚至向平地庄头抢劫财物，使得社会进入失序状态。日本军警在清除南台湾匪徒的过程，由于阿公店为台南至凤山间最重要的庄头，附近又有众多山丘可供躲避，所以成为众多抗日分子攻打的目标，日本军警就在这附近村庄强力扫荡。目前留下的记录，共有高雄燕巢区滚水，桥头区笔秀、中崎、六班长，和台南龙崎区下寮仔等。清庄记录的共同点，都是日军到庄头要求交出抗日首领，庄头民众因故无法完成命令，日军就集合全村16岁以上男性，集体以刺杀或火烧的方式屠杀。2012年年初尸体挖掘出来安葬后可发现当时多数人被斩首，其余被放火