日（1408年5月31日)，义满公因突发疾病而在京都病逝，享年五十岁（足49岁），其遗骨在等持院火化，火化后将骨灰安葬于相国寺鹿苑院。死后朝廷追赠他「鹿苑院太上法皇」的封号，然而足利义持因斯波义将的强烈反对而辞退封号，但相国寺则接受封号，称其为「鹿苑院太上天皇」。足利义持与足利义满在对朝廷、对公家、对守护大名和对明朝贸易等很多方面持相反的意见。因此义满逝世后，其政策大部分被义持废除。北山第除了金阁以外的建筑也被义持拆毁。义满偏爱的次子足利义嗣被迫出奔，被义持以谋反罪杀害。义嗣的子孙逃往越前，成为世代的鞍