，在这年度以43胜的成绩跃升全棋士胜场数的第一名。在第一次的防卫战—第12期（1999年度）竜王战中，迎向同为振飞车党的铃木大介的挑战。铃木在获得挑战权时的採访中，发下了「全部对局都要用振飞车战斗」的「全・振飞车宣言」。在七番胜负中藤井封印了得意的振飞车，全部对局都用居飞车迎战，最后竟以-1で防卫成功。此外，同年度(1999)由全棋士参加的指し将棋选手権战中，也得到了、第一次优胜的成绩(决胜对手是谷川)。2000年度，第48期王座战中挑战羽生（第一次挑战竜王战以外的头衔）。与王座战的五番胜负日程表交