发布一个法案宣布此举不合法，英格兰由此进入了王位空位期（English Interregnum）或共和国时期。1650年小查理抵达爱丁堡；1651年元旦加冕，称查理二世。8月，入侵英格兰，被克伦威尔在伍斯特战役中打败；克伦威尔成为英格兰、苏格兰和爱尔兰的独裁者，查理二世只好逃往欧洲大陆。10月抵达法国，但法国和荷兰都拒绝接纳他，被迫辗转欧洲大陆各国，长达九年。九年中他困苦渡日、饱经风霜，曾经因为没钱住旅店而睡在树上。艰困的生活养成他机智多诈的性格，也锻鍊出擅长人际操作的圆滑手段。
王