使得整个战局陷入胶着，日后更扩大为全日本的大混战。随着两军领袖相继去世和幕府将军继承纠纷解决，在文明9年（1477年），交战双方决定和解，应仁之乱正式宣告结束。虽然应仁之乱后幕府威信受到重挫，但之后几任将军仍试图重振幕府威信，直到明应之变爆发。应仁之乱后，以将军为中心的幕府威信日渐衰败，其对全国大名的控制能力也被逐渐破坏殆尽，最后因为织田信长驱逐将军而遭到灭亡。各地原有的守护大名，有的受到本国国人的国一揆暴动挑战（如安艺武田氏被毛利氏发动国一揆取代），有的则被守护代所取代（如斯波氏守护的越前、远江、