舰队第二航空战队，并于1940年加入日军进驻法属中南半岛的支援部队工作，结束任务之后与苍龙一同回到日本本土，进行战前训练。1941年12月8日，飞龙号与其它五艘中大型航空母舰一起前往夏威夷，进行偷袭珍珠港作战。偷袭成功后于返航途中，第二航空战队受命前往威克岛海域支援登陆作战。1942年初，与苍龙号一起前往荷属东印度群岛的空袭支援作战，活跃于南太平洋的战场上。在空袭澳洲的达尔文港之后，与第一航空战队一同前往印度洋战场，空袭了英国海军太平洋舰队的可伦坡与亭可马里基地，击沉了竞技神号航空母舰、重巡洋舰、重巡洋舰等