定仍以军事委员会为抗战最高统帅部，不另设大本营，原大本营所设各部转隶军事委员会。1937年9月17日，国民党中常会第52次会议正式决议：“由军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权委员长对于党政统一指挥。”总的来说，从南京、武汉一路迁移，最后驻于重庆市的国民政府军事委员会实为第二次世界大战期间，中国的最高军政统驭机构，而军事委员长则超越行政院长，成为中国政府首脑。相对地，名义上的中国最高领导人国民政府主席则成为虚位元首。在此委任下，军事委员会职权与组织大肆扩张，驯至外界有认为军事委员会为「第二政府