益田立交桥交叉口地下，共有地下三层。是目前深圳最深的地下建筑。中铁十五局集团副总工程师董志表示，福田站虽是目前国内仅次于香港西九龙站的第二大地下火车站，不过跟地面站相比规模并不算大，而且只走动车组，无普速铁路通过。地下一层为交通转换层，在这里可换乘地铁2号线、3号线、11号线，这层亦设有售票处及自动售票机。地下二层则为站厅层，乘客可在此检票。地下三层则为广深港专线的站台层。福田站设有换乘通道，与地铁福田站、市民中心站、会展中心站、购物公园站实现远距离通道转乘，分流部分地铁福田站的客流，减轻福田站交通枢纽的客