自古以来持续受到菲律宾板块的冲撞挤压；台湾在恐龙灭绝以后（台湾从未发现恐龙化石）才被推挤隆出海面，确切时间仍有争议（从5,000万年前到100万年前不等）。在数次冰河期间由于海平面下降，台湾曾经与亚洲大陆数度相连，因此一些古老物种如台湾杉、台湾粗榧、台湾穗花杉等得以迁徙台湾。这些物种在白垩纪至第三纪时曾广泛分布于北半球，而后由于冰河影响而广泛灭绝；在几次冰河期中，台湾都未被冰层覆盖，因此生物不像在北半球其他地方受到毁灭性的伤害，这些古老物种得以生存于台湾。尤其在第四季冰河期时，全北半球因东亚无东西山脉之阻隔