洛领导的征服者获悉冲突和疾病正在摧残整个帝国，于是趁机征服印加帝国。1532年9月，皮泽洛俘虏印加帝国的皇帝阿塔瓦尔帕，自此沦为西班牙殖民地数百年。1534年与塞巴斯蒂安·德·贝拉尔卡萨尔与迭戈·德·阿尔马格罗一起在印加第二大首都的废墟上建立了圣弗朗西斯基多，以此来纪念法兰西斯克·皮泽洛。直到1540年，基多迎来了它的第一个都督将军Gonzalo·皮泽洛，法兰西斯克的兄弟。
西班牙殖民时期.1544年至1563年，厄瓜多尔属于西班牙拉丁美洲的秘鲁总督辖区。1720年后，厄瓜多尔加入