宗弘光帝（福王）、南明监国鲁王（鲁王）、南明绍宗隆武帝（唐王）、南明绍武帝（小唐王）、南明昭宗永历帝（桂王）等君主执掌。其中，出身海盗而被明朝招抚为官的郑芝龙支持绍宗，并于1644年－1645年间，相继被晋封为南安伯、南安侯及平国公等重要爵位，并身兼户部、兵部、工部三部尚书。
初建.郑芝龙崛起于海上，后接受明朝招安获授海防官职，更堂而皇之经营私人海上事业国际贸易。荷兰东印度公司的营运受到郑芝龙势力的影响，地方商贸周济不顺，让荷兰人数度联合其他势力攻击郑芝龙，却被郑氏海军击溃。其