葡萄球菌的数量会不同，细菌的多样性也会比较少乳糜泻产妇母乳中的拟桿菌和双歧桿菌含量会比较少。HIV阳性的妇女其母乳中的微生物多样性较大，而乳桿菌浓度也比较高。乳腺炎和母乳中的微生物组的种类较少，微生物门分类层级的变化，以及厌氧生物的减少有关足月生产及早产的孕妇，其母乳中微生物群的成份也有不同，足月生产的孕妇，其母乳中的肠球菌比早产孕妇要少，双歧桿菌种类含量也比较高。很少研究去分析母亲饮食对母乳微生物群的影响，不过可以确定饮食会影响母乳中的成份组成，例如，而母乳成份会影响微生物组成。母亲饮食中脂肪及醣