大部分分子都是由两个或以上原子组成，但是都有些特例，例如氦气分子，只有一个原子。这些原子，如果多于一个，是通过化学键结合。
离子和盐.离子是带电荷的物质，可以由原子或分子失去或得到电子形成。正离子（例如钠离子Na）和负离子（例如氯离子Cl）结合可以成为电荷中性的盐（例如食盐NaCl）。有些离子是由几个原子组成，而它们进行化学作用的时候又不会分离，例如磷酸根离子（PO）、铵离子（NH）。气相的离子通常被称为等离子体。
酸碱性.物质可以被分类为一种酸或者是一种