001年年中，香港海关决定正式成立特遣队，将其列入香港海关正规架构，并且扩大职能。2004年3月20日晚上11时45分，有特遣队队员于其位于尖沙咀中间道的行动组总部正门发现一个银色胶袋，内藏一个小型电子闹钟，绑有电线，及两条怀疑爆裂物。与此同时，香港警务处指挥及控制中心亦接获从旺角电话亭的匿名电话，报告海关特遣队行动组总部门外放置有炸弹。警务处爆炸品处理课出动，利用遥距控制拆弹机械人引爆上述怀疑计时诈弹，最终证实为诈弹。对此，香港海关表示未有接收任何恐吓资讯，警务处则不排除事件与海关近日大举地打击盗版光