能是因为牠们的骨架脆弱、难以保存所致，而跟鸟类的生物多样性无关。白垩纪末灭绝事件灭绝了恐龙、翼龙类、与许多其他动物。另一种解释是，大多数翼龙类发展成依靠海洋的生活模式。所以当白垩纪末灭绝事件严重地影响翼龙类赖以为生的海洋动物时，翼龙类跟着灭绝。但是，神龙翼龙科与帆翼龙科是栖息于内陆，并非依靠海洋维生。近年发现的数个新物种，生存于坎潘阶/马斯垂克阶，例如：鸟掌翼龙科、无齿翼龙科、夜翼龙科、古神翼龙科。这些新发现物种，显示白垩纪晚期的翼龙类仍保持多样性，不同于过去理论。
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