11月8日，当米海尔牧首访问城墙外的一座教堂时，伊萨克趁他远离了君堡城内的民众，便派遣瓦兰吉卫队逮捕了牧首并把他安置在马尔马拉岛上接受软禁。伊萨克向米海尔牧首施加了巨大的压力迫使他退位，但后者坚定地拒绝了。皇帝遂决定召开主教会议，且不在帝都举行，而是在色雷斯的某地召开。而先前曾遭牧首迫害的普塞尔洛斯则担任牧首的首要指控者。结果，米海尔于1059年1月21日主教会议得以召开前便去世了。伊萨克遂任命官员君士坦丁·利胡德斯为新一任普世牧首。
军事形势.伊萨克夺权的内战使得拜占庭的军事力量