。1955年，叛军在南苏丹城市托里特发动叛变，第一次苏丹内战爆发。内战一直打到1972年才结束，但1983年内战再度爆发，朱巴成为政府军和叛军的重要战略城市。2005年，朱巴依据《》成为的首府，这份协定也终结打了21年的第二次苏丹内战。内战结束后，联合国在朱巴增派维和部队，那时朱巴的许多机构仍仰赖肯亚的协助管理。联合国人道事务协调厅（OCHA）也在当地设立营地，为联合国机构和非营利组织提供协助。2011年7月9日，南苏丹正式从苏丹共和国独立，朱巴成为南苏丹共和国的首都。
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