“广州保税区”两个管委会主任和党委书记的职务，41岁就担任广东省委常委、宣传部长，是广东最年轻的副省级干部。在此期间，于幼军还在中山大学攻读工商管理硕士和马克思主义哲学专业的博士学位。在担任省委宣传部长期间，倡导开放的思想氛围，宽松的空间致使广东涌现《南方周末》、《南方都市报》、《新快报》等一批大胆敢言的报章，和创建了全国首个报业集团。2000年，出任中共深圳市委副书记、市长。2003年1月，于幼军以深圳市长之身会见撰写《深圳，你被谁抛弃》的作者呙中校，积极对话，讨论深圳何去何从的问题，大开高官网民对话之先