于1861年爆发后，他迅速组织人马挥师南下。巴特勒率军占领巴尔的摩，确保马里兰州不会像南方多个州那样扯旗造反，分家单过。这年5月，他获晋升为少将，前去弗吉尼亚州门罗堡指挥，在此率先采用先将奴隶作为“战争违禁品”没收，再把他们释放的战术解放黑奴。北军占领新奥尔良后，巴特勒成为当地司令官。他的统治非常严厉，南方白人恨他入骨，称他是“畜生”巴特勒。1863年，他被调到弗吉尼亚州战场，听从尤利西斯·辛普森·格兰特指挥，取得战争的最后胜利。战争结束后，巴特勒成为共和党国会议员，并很快成为激进派共和党人。1868年