军开发首个核武器的项目。1942年9月，分散于全国各地的大学在核子武器初步研究中遭遇困难，这就意味着需要一间专门的实验室。莱斯利·理查德·格罗夫斯将军希望有一个地处单独分开安全位置的中央实验室，并能让科学家远离民众。它到边境线和密西西比都应至少200英里。约翰·达德利少校建议使用犹他州的橡树城或者新墨西哥州的赫梅斯泉，但皆被拒绝。曼哈顿计划的科学主管尤里乌斯·罗伯特·奥本海默青年时候在新墨西哥地区度过了许多时光，他建议选址洛斯阿拉莫斯牧场学校，那里山顶平缓。达德利以学校不符合格罗夫斯的标准而拒绝该提议。