日本外务副大臣的杉浦正健也出席了东帝汶的独立庆祝活动。独立仅三个月后，沙纳纳·古斯芒便访问日本，成为独立后第一位访问日本的东帝汶总统。两国建交当天，日本便在帝力设立了驻印度尼西亚大使馆兼馆，2004年1月，该馆正式升格为日本驻东帝汶大使馆。另外，东帝汶在东京也设有驻日大使馆。2011年，日本311大地震后，东帝汶派出100人帮助日方清除灾区的废墟。
政治.日本在东帝汶独立当天就承认其为主权国家并与其建交。东帝汶独立前的2002年4月，时任日本首相小泉纯一郎访问东帝汶，成为第一位