任监察院长，接下陈履安余下数年的空缺。接任后，发现初期胃癌，需要割除胃部，身体大不如前。1998年，根据国家发展会议的共识，国民党政府决定宣佈冻省，王作荣严词批评李登辉冻省的举措有台独倾向，与李登辉决裂。1999年，李登辉未提名王作荣续任监察院长，改提名钱复，此后退出政坛。
晚年经历.离任后，出版了自传《壮志未酬》，内容是他对国家的看法，以及对往事的回忆。王作荣卸任后，被聘为中国国民党中央评议委员会主席团主席。2000年，与历史学家戴国煇记录对谈，出版了《爱憎李登辉》一书，揭露