密码子下游，过早停止的翻译就会导致该复合体无法被核糖体除去。翻译终止后，UPF1、SMG1和释放因子eRF1、eRF3在mRNA上形成复合体，如果这一复合体检出外显子-外显子连接复合体仍然留存在mRNA上，UPF1将和UPF2、UPF3接触使得UPF1磷酸化。在嵴椎动物中，最后一个外显子-外显子连接复合体对于终止密码子的相对位置往往决定了NMD机制是否介入转录子与否：如果终止密码子在最后一个外显子-外显子连接复合体下游50核酸及以内，转录子仍会被正常翻译；但如果终止密码子在任意外显子-外显子连接复合体上游5