1995年，有建议将巨齿鲨分类于另一个新的属中，称为古鲨属。但是到目前为止，仍未能就分类的问题上作出解决。很多古生物学者主张分类为古鲨属，而另一些有海洋生物学背景的学者则坚持巨齿鲨与大白鲨的关系，而分类为噬人鲨属。主张古鲨属的学者认为巨牙鲨的祖先应为于始新世的"Otodus obliquus"，而大白鲨的祖先则为"Isurus hastalis"。
灭绝理论.由于巨齿鲨主要以鲸为粮食，因两极的海水变冷而不适合巨牙鲨生存，鲸因而可以逃避巨齿鲨的捕猎，令巨齿鲨缺乏食物而灭绝。其他解释指