大厅东、西、南、北各有三个出入口，二楼为微风台北车站美食街，三楼以上楼层为台湾铁路管理局本部办公室。地下1楼为穿堂层，北侧透过中山地下街、台北地下街与京站时尚广场、机场捷运站、台北转运站连通；南侧与诚品站前店连通。台铁、高铁月台层位于地下2楼，共有4个岛式月台、9线轨道；原本全由台铁使用，后转移其中的2个月台、4线轨道给予高铁使用。本站与邻近的善导寺站、台大医院站，以及中正纪念堂站均设计为民防车站，以防止空袭及炸弹破坏。地下3楼为台北捷运板南线的车站、地下4楼为淡水信义线的车站，本站设有半高式月台门。地