过数日，李仲公便留书邓演达，不辞而别，从安庆搭乘驻安徽的黔军王天培部运输轮船，转赴南京。
南京国民政府.1927年10月，南京国民政府改组，李仲公任交通部政务次长兼汉冶萍公司整理委员会委员长、中国航空公司副理事长等职。蒋介石被白崇禧等人逼宫而下野、复职前后，李仲公在蒋介石同何应钦之间进行调解，化解了蒋介石对何应钦的猜疑。1927年12月，奉蒋介石召，李仲公自南京赴上海见蒋介石，于12月20日在上海替何应钦草拟并拍发了《拥蒋复职通电》。1928年2月10日，李仲公再度奉召到徐州见蒋介