1852年），太平军进入湖广，宝鋆上疏请求邻近各省力行坚壁清野之策。咸丰四年（1854年），第十三赛音诺颜汗车林多尔济去世，宝鋆受命前往赛音诺颜部赐奠，谢绝蒙古人赠送的财物，受到蒙古人尊敬。回朝后升任内阁学士。咸丰五年（1855年），调任礼部右侍郎，兼正红旗蒙古副都统，再调户部。咸丰八年（1858年），主持浙江乡试时，因扩大录取名额增录官生一名而违反规章制度，被降一级留任，咸丰帝下谕说：“宝鋆向来以果敢自命，也是同样顾及私情。”特别严厉斥责。咸丰十年（1860年），奉命赴天津验收海运漕粮，又前往通州检查