景崧和丘逢甲等来自清廷的首脑们逃亡到中国大陆，惟独台湾出身的首脑仍奋力抵抗。6月下旬，余众又在台南拥立大将军刘永福为民主国第二任总统，刘永福为筹措经费曾发行钞票、邮票。之后3个月，台湾民主国和日军发生不少规模不小的血战。但到10月下旬，刘永福也弃守内渡中国大陆，日军佔领台南，台湾民主国宣告倾覆。
第二期的抗日游击战(1896～1901).日军佔领台南、台湾民主国宣告崩溃以后，台湾总督桦山资纪于1895年11月8日向日本东京大本营报告「全岛悉予平定」，随即在台湾展开统治。但是