于2000年12月建成世界首座模块式高温气冷实验堆，运行功率为10兆瓦，并于2003年1月29日成功实现72小时满功率运行和并网发电，为中国安全民用核能与新一代核潜艇事业奠定了基础。物理系与应用超导研究中心着手研究高温超导技术，于2001年研制出340米铋系高温超导导线，并建成产业化公里量级生产线。2005年，与中国联通合作在北京设立多处高温超导滤波系统示范CDMA移动通信基站并长期稳定运行。2003年的非典期间，清华实行封校措施，取消校庆活动，严密控制出校、返校人员，保证师生教学科研安全。同时全校科研机构