35年，希特勒授予慕尼黑在：。1938年，《慕尼黑协定》在慕尼黑签署，确定了将苏台德地区并入德意志国的归属。1937年12月1日，纳粹优生组织生命之泉入驻位于当时弗灵大道（1955年起：托马斯·曼大道）和波兴格街转角处的托马斯·曼宅邸。该建筑一直被用作党卫队各组织的总部直至1939年12月31日。如同所有德国大城市一样，慕尼黑在第二次世界大战期间遭到了盟军空袭的沉重打击（）。至战争结束时，历史悠久的老城有九成面积被毁，而全市则有五成被毁。据估算，空袭共造成约6000人死亡和约15000人受伤。在盟军