得煤油与各种燃料之后，焚烧南庄派出所，袭杀众多日警甚至是其眷属，逼近大目降（今台南市新化区）。8月6日日军台南守备队步兵、砲兵与宪兵倾巢而出，与其在噍吧哖（今台南市玉井区）交战，相较于日军的砲火勐烈，余清芳的部众只有两门旧式大砲与几把枪，大部分人的武器是锄头、斧头、镰刀等农具与宋江阵中的兵器，盖因他们认为手上有灵符，五福王爷等神祇会保佑他们刀枪不入，但并不灵验，因为当时立刻有数百人阵亡。余清芳只好退至附近的虎头山建设堡垒，与日军对峙，一时阵容有所扩张。然而日军一方面仔细搜山，另一方面张贴告示，劝告投降者