基于双方文化的歧异及认知方面的不同，也引发了一些冲突，例如南京教案等。当时的义大利传教士利玛窦进入中国传教之余，还介绍了西学，这些西学如天文学、地理学、数学及医学均是在这段期间传进中的。明朝在军事科技方面也做了不少改进，例如明初已经普遍装备了火铳枪，还出现威力巨大的火炮。明末时，已经装备引进了欧洲的佛朗机炮和火绳枪，到了明末最后引进了欧洲的红夷大炮，明朝于1621年引进红夷大炮，于1625年开始使用，于1630年大量生产。