中港溪主流续流经三湾乡、头份市、竹南镇、造桥乡、后龙镇等乡镇，最后在竹南镇和后龙镇之间流入台湾海崃。重要支流峨眉溪发源于新竹县五峰乡西北角，流经北埔乡、峨眉乡后，于苗栗县三湾乡汇入中港溪。
主要桥樑.以下由河口至源头列出主流上之主要桥樑：