学地质研究所存放的一部分右侧肱骨、肩胛喙突的化石与其他遗骸来命名，其中包括另一具个体的颈部嵴椎在内。之后有更多遗骸被认为是属于桑塔纳翼龙，其中包括了一具Notarium（一种在鸟类与某些翼龙类肩膀出现的复合嵴骨）化石。桑塔纳翼龙肱骨的结构显示牠是属于鸟掌翼龙科，但是牠的长颈部嵴椎骨则与这个推测相违背。古生物学家彼得·沃尔赫费尔（Peter Wellnhofer，曾经写过许多关于翼龙的着作）在1985年命名了3个其它的种：阿拉利坡桑塔纳翼龙（"S. araripensis"）、皮氏桑塔纳翼龙（"S. pr