明朝崇奉道教，玄妙观也获得重修，先后经洪武四年增建、正统二年扩建、嘉靖与万历年间增修，成为河南西南部知名的道教中心。当时，南阳玄妙观为北京白云观的属院，玄妙观住持由北京白云观指派。清朝康熙年间，为了避清圣祖玄烨的名讳，玄妙观更名为“元妙观”。清朝干隆、咸丰年间等时期多次增葺。雍正八年（1730年），玄妙观建斗姥阁，清朝皇帝颁赐木雕斗姥像，并且赐“慈云法雨”匾额，悬挂在斗姥阁上。同治元年，朝廷赐《大道藏经》一部。光绪年间，朝廷赐“惠浃中州”和“全真广学”两块匾额。鼎盛时期，玄妙观占地面积150多亩，房