4年转任房屋署副署长；1986年10月任副衞生福利司；1987年11月任副行政司，曾负责处理有线电视发牌等事宜。1989年布政司署改组后，钟丽帼改任工务科副秘书长，主责天水围等新市镇发展项目。1994年调任教育署副署长，有份推动幼稚园资助计划和检讨国际学校学额分配。翌年教署署长林焕光被调到公务员事务司，她一度被视为继任大热，但署长一职最终由余黎青萍顶上，她也在同年年底被调离教署，转为公务员薪俸及服务条件常务委员会秘书长。一年后获擢升为市政总署署长，由首长级第四级升为首长级第六级。惟因处事失当被降职到房屋