因国民党违反总量管制的规则，引致亲民党席次减少12席之多。由于选举恩怨，党主席宋楚瑜一来抗拒国亲合併，二来选后赴美并制造暧昧迹象，释出与民进党合作的讯息，甚至传出由宋楚瑜或亲民党人组阁的消息。不但加深国亲恩怨，而且他更与陈水扁会面，被陈水扁摆了一道。令王金平的立法院长连任之路非常艰辛，不得不释出立法院副院长职位予亲民党前党秘书长钟荣吉。才中止民进党企图使立法院长由非国民党人士出任的意图。“扁宋会”“民亲合作”效应引致在来年的任务型国大选举，亲民党的票源流向国民党，得票率被台联超越。此后亲民党大批立法委员退党