故.因为台铁路权虽属专用，但仍有平交道，所以TEMU1000型与其他台铁列车相同，也发生多次「侵入路线」事故。其中，最严重的行车事故是在2012年1月17日所发生的埔心平交道事故。当天278次太鲁阁自强号列车（田中开往花莲，车上旅客300人）于桃园县杨梅市（今桃园市杨梅区）埔心车站南边幸福水泥平交道（基隆站起73公里434公尺）被擅自闯越平交道的砂石车撞上，造成列车驾驶当场殉职，TED1010头端扭曲变形严重损毁，以及TEM1019、TEP1010等三节车厢出轨毁损，为太鲁阁自强号启用以来，首次重大行车事