秀吉发动的九州征伐。翌年，秀吉兴建聚乐第，并且在赏赐西京口的住所给庆隆和胤基后，他便携妻子一同上京。天正16年（1588年），秀吉以立花山之战等曾经反抗其为由，没收两远藤氏约2万石的领地，将庆隆减封至小原7,500石，胤基则减封至犬地5,500石。在石高减少的情况下，庆隆难以继续保持家臣的规模，便将其中的三分之一人解僱，让他们出仕其他武家、务农或成为浪人，庆隆转封后八幡城由稻叶贞通以郡上武仪郡津保谷，总共4万石入主。有些说法称郡上交给贞通后，两远藤在无领地的情况下前住关城寄居于町人加取善左卫门家中，其后