印度尼西亚的运输系统受到该国数千个岛屿形成的经济资源基础所影响，单在爪哇已有超过2亿人聚居。所有运输工具互相补足，而非竞争关系。当中公路运输占主导地位，在2008年总长度有约438,000 公里。在爪哇和苏门答腊，有四个不相连的铁路网络，主要用作运载大宗商品及和长途客运，苏拉威西和西巴布亚的铁路系统正在建设中。海上运输则在经济整合、国内外贸易发挥重要角色。 各个主要岛屿有至少一个重要港口城市。内河运输相对重要较少，只限于东部苏门答腊和 加里曼丹等地。航空运输则相当重要，尤其是水运及陆运欠缺及不存在的