郭塱村除保留位于现中心湖内的郭氏宗祠、练溪村除保留11栋建筑建设广州大学城博物馆（后改名岭南印象园）以外被全部拆除。拆迁后，小谷围岛仅保留南亭村、北亭村、穗石村、贝岗村部分区域，大部分村民于2003年5月迁往新造镇谷围新邨内。2004年8月24日，广州大学300多名学生作为首批学生入驻大学城；8月30日，广州大学城正式宣告开园。2004年9月29日，番禺区小谷围街道办事处正式挂牌成立。原有的小谷围岛分属番禺区新造镇及南村镇、海珠区新胺镇和黄埔区长洲镇，而新设立的小谷围街道办事处隶属番禺区，负责整个小