隆庆改元，领南河治水患，昼夜宿河上。不久调江西建昌府知府。隆庆四年（1570年）冬入觐，次年升广西副使，领右江兵备，深得两广总督殷正茂器重。以军功晋右参政，仍领右江。不久，广东征罗旁，移会沈子木督战，穷其巢穴，拓地千里。万历五年（1577年），擢广西按察使。闻母陆淑人死讯，丁忧回籍。仍以罗旁之功，晋右布政使。万历八年（1580年），为言官所讦，贬秩候调。补湖广右参政，督转漕运。万历十二年（1584年），晋湖广按察使。万历十三年（1585年）迁山西右布政使，次年转左布政使。万历十五年（1587年），晋都察院