密段改经兰新铁路运行。由于车体不足，Z40/41、Z42/39次列车只能每四天开行三天，乌鲁木齐铁路局计划自2016年1月1日起将这班列车改为每日开行。2016年8月1日，配合乌鲁木齐铁路局调整列车运行图，Z40/41、Z42/39次列车改为乌鲁木齐站始发终到。2019年4月10日，配合张家庄隧道整治，Z40/41、Z42/39次列车在嘉峪关至兰州西间由兰新客专线改为经兰新线运行。
列车编组.
现时列车编组.现时Z42/39、Z40/41次列车使用