许4名神父留下来在科钦附近的基督徒社区中宣扬天主教教义，因此葡萄牙传教士在同年组建了葡萄牙传教会。葡萄牙任命的第一任葡属印度总督法兰西斯科·德·亚美达从国王那里获得了建立两所教堂的许可，一所即建成于1505年的圣十字圣殿主教座堂，还一所就是1506年的圣方济堂，两所教堂都採用了砖石结构，而当时当地人认为只有皇宫或寺庙才能使用这些材料。16世纪早期，东方天主教几乎全部隶属于天主教里斯本宗主教区管辖，而在1514年6月12日教会在马德拉设立新的天主教丰沙尔主教区，而科钦和果阿是总教区中最为重要的两个传教基地