下设台湾、凤山、诸罗三县。其中诸罗县县治在开化里佳里兴（今台南市佳里区），1704年移驻诸罗山庄（今嘉义市）。设县之初，县境南以新港溪（新市乡社内，今台南市新市区社内）与台湾县为界，北至鸡笼城（位今基隆市和平岛），延袤2315里。1786年12月6日，林爽文首度攻破诸罗城，杀死摄知县董启埏。此后，诸罗便经长期围攻，直至1787年11月初9日林爽文最后一次大攻诸罗战败后向北遁逃，诸罗城始脱离围攻的战火。在这段期间内，诸罗义民协助清廷官兵，死守城池，奋勇抵御。1787年11月3日，干隆下旨改「诸罗」为「嘉义」以