属于北京市科学技术研究院的北京市全额拨款事业单位。
历史.北京自然博物馆的前身是中央自然博物馆筹备处。1951年3月，经中共中央宣传部文教委员会批准，中央人民政府文化部与中国科学院共同成立中央自然博物馆筹备委员会，文化部副部长丁西林兼任主任委员，裴文中、郑作新、张春霖、胡先骕等人任委员。1951年4月2日，中央自然博物馆筹备处成立，办公地点位于故宫博物院文华殿、传心殿、清史馆，裴文中兼任主任。中央人民政府文化部与中国科学院共同发文，向全中国征集标本及展品，并且从中国各地抽调业务干部