该校于1881年8月28日由耶稣会建立，它的创始人是John Martin Henni，密尔沃基大主教管区的第一任主教。学校以一个17世纪神父Jacques Marquette命名。在最初都是男校的学校中，马凯特大学成为世界上第一个实行男女同校制度的天主教大学。1909年学校承认第一名女性学员。