公司档案当中，以印尼的收藏最为丰富，这些档案的记载从1612年开始，至1811年结束。印尼国家档案馆所收藏的荷兰东印度公司档案共有15000份（佔全球所有荷兰东印度公司档案特藏的一半），需要用长达1.8公里的书架来储存这些档案。印尼、荷兰、印度、南非和斯里兰卡在2003年共同申请将荷兰东印度公司的档案列入世界记忆名录，并获得联合国教科文组织的批准。