两种分类法都应该存在，因为不仅存在单源种系，也有同源种系。单源种系可以应用分支，全体种系都是从一个祖先派生出来的。同源种系虽然意义相同，但其中一部分种群有独立的进化道路，产生很大的区别。例如鸟类和爬行类具有同一祖先，但进化道路相当不同。嵴椎动物和无嵴椎动物也是从共同祖先演化来的，但不能分到同一类中。此外还有多源种系，例如以前分到一类“厚皮类”中的动物象和犀牛并不是来源于同一祖先，而是各自由不同的薄皮祖先进化来的。演化分类学者认为多源在分类学中是错误的，如同将趋同演化的动物或同形的动物分到一类中一样。