上疏解职并致阙待罪。然而，王国宝及后反悔，假称获诏官复原职。而当时司马道子亦想息事宁人，将所有罪责都推向王国宝，于是收捕王国宝并赐死他，更以自己有罪过向王恭道歉。王恭及后就罢军还镇京口。隆安二年（398年），司马道子畏惧王恭和殷仲堪等，于是听信谯王司马尚之树立外援之言，以王愉为江州刺史，并分豫州四郡由他都督。当时豫州刺史庾楷抗议但失败，于是怒而劝王恭讨伐司马尚之兄弟。王恭听后也想起兵，在得到殷仲堪及广州刺史桓玄的支持并被二人推为盟主后就正式起兵。司马道子在其世子司马元显建议之下决心讨伐王恭，于是命王珣为