日本的武家政权视为威胁，使天主教在日本一度遭到禁止的命运。天主教的教义与日本传统信仰存有差异（例如一神论思想），而教会的传教活动背后有西方国家支持的政治因素，加上人数日渐庞大的天主教徒可能会仿效佛教徒发起类似一向一揆的起义，此外还有天主教徒与传统的佛教及神道信徒不时发生冲突；为了政权的稳定，日本官方从消极的限制传教逐渐转变成积极的全面禁止天主教，甚至以扑灭邪教的名义对天主教徒直接迫害及消灭。当时做为日本实际掌权者、对天主教抱持开明态度的织田信长在1582年遽逝后，继承织田地位的丰臣秀吉在1587年颁布《