平潭岛屿上举行一连串攻岛军事演习与多次与在近台湾外海几哩外进行飞弹试射，让海崃两岸紧张关系陡升，使台湾人民忧虑与反感，意图使台湾无法进行总统选举，美国为此派航空母舰战斗群前往台湾海域确保台湾海崃平静。1996年3月23日，李登辉与连战获选为中华民国第9任正副总统，也是中华民国史上首次直接民选的正副元首。1998年，中华民国政府为了解决中央与地方行政区的过度重叠而通过了省虚级化（冻省）。1999年，李登辉总统接受德国之声採访时提出了特殊的国与国关系，表示中华民国（R.O.C.）与中华人民共和国（P.R.C.）