一年（1895年），甘肃河州、湟中等地又爆发回族和撒拉族的农民起义，董福祥被任命为甘肃提督，率部进剿，平定叛乱后加封为太子少保，赏赐骑都尉世职。宁夏、甘肃一代多称其“董宫保”。光绪二十三年（1897年），光绪帝戊戌变法失败后，董福祥部编入荣禄下辖的北洋军，担任武卫后军统领，驻守蓟州。对于武卫军的5支部队，光绪帝评价：“宋庆毅军，辈行最老；聂士成淮军，勤于操练；董福祥甘军，骁勇好斗；袁世凯新建陆军，专尚西操。”二十五年（1899年），董福祥复任甘肃提督。
八国联军之役.光绪二