下属部落头领时叛时降，反覆无常，使清军损兵折将。干隆皇帝因此认为其“豺狼成性”，下令将叛乱部落尽行剿灭，“永绝根株”。实际上被下令剿灭的只是参与叛乱的部落，如噶勒藏多尔济、巴雅尔、阿巴噶斯、哈丹、沙喇斯等部，以及沦为小股强盗山贼的“玛哈沁”（在纪昀《阅微草堂笔记》中有描述），但清军在清剿过程中，有误杀、滥杀无辜的现象。由于清军中多喀尔喀蒙古人，对入侵喀尔喀的准噶尔人恨之入骨，剿杀不遗余力。还有已经归附清朝的部落，如沙克都尔曼济，因被大臣雅尔哈善怀疑叛乱，被清军误杀。没有反叛的部落被编旗，有的还被派到回部作战