政府所有行政组织与业务由行政院金马联合服务中心承接。福建省政府去任务化后已经无任何行政组织或实体办公场所，实质上解散，仅保留省府名称和省主席职称。由于金门西距厦门岛不到10公里，而东距台湾岛则有277公里。因此中华民国政府于2001年元旦起实施金马小三通，金马地区开始展开与大陆小规模的通商、通航和通邮。自2018年起中国大陆向金门供水。
历史沿革.
民国初年.宣统三年（1911年）辛亥革命爆发后，福建新军第10镇统制孙道仁、第20协协统许崇智于九月十九日（