疫情不能等待病毒分离验证的结果，纽约市市长指示积极的多方位的在皇后区干预公共卫生。美国网球公开赛上分配驱蚊药和卡车空中喷洒杀蚊药。但之后新的病例陆续于布鲁克林、布朗克斯和曼哈顿出现。美洲本土常见的几乎不会导致人的发病和鸟类死亡之间的联系。最终CDC从美国农业部NVSL获得病死禽的组织标本，确定了致死禽的病毒是WNV（NY99株），并排除了圣路易斯脑炎病毒的可能性。E基因序列的系统发育分析表明，和WNV-NY99病毒最接近的是以色列暴发的1998年WNV。遗传结果暗示，WNV-NY99起源于以色列，并从那里迁