弊端在清初政局立即反映。“南北各亲其亲，各友其友”，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后。陈名夏作为南党的首领，“所推毂南人甚重，取忌于北”。顺治二年（1645年）七月，浙江道御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。顺治五年，陈名夏授吏部尚书，又与多尔衮手下谭泰多方结交。顺治八年五月，候外转御史张煊上疏论陈名