907年9月在惠济宫的前庭举行抗日份子简大狮的归顺式。芝山巖事件发生后，芝山巖学堂于1896年4月22日改制为国语学校附属芝山巖学堂，同年6月1日又改制为国语学校第一附属学校。由于学校名声响亮，学生甚至远从新庄、桃园、大溪至此就学，直至八芝兰公学校（今士林国小）在1904年完工后，芝山巖上的校舍才迁出。
祭祀活动及神社设立.1903年，在台湾教育总会的建议下，向全台的教育工作者募款以设立台湾教育相关故人的纪念碑。1905年2月，在芝山巖举行了六氏先生的十年祭，同时举行过去十年间教育