粮堂代表编印的一本祷告手册，原本希望教徒为台湾的重大历史伤痛祷告，但由于手册中对台湾历史文化作了过当的申论和解读，将原住民的祖灵信仰、汉民的妈祖信仰等贬为「邪灵」，把台湾主要族群闽南人形容为「有好赌不良习性」，在教徒间引起争议，也引起台湾天主教会与台湾基督长老教会信徒的不满。
大安森林公园园内观音像保留与否事件.1994年，台北灵粮堂信徒主张拆除台北市7号公园（即今大安森林公园）内原大雄精舍观音像，部分信徒因此对观音像不理性洒秽物和硫酸。面对灵粮堂的主张拆除观音像和部分信徒挑衅，佛