后，海安宫在民国卅六年（1947年）募款重建，但是由闽南式建筑变成北方式建筑。而后在1970年代该庙又再次重建。
古物.海安宫后殿天井的一对龙柱，据说是旧庙三川门口的龙柱。另外在海安宫日月双井的月井旁边立有两座古碑，分别是纪念蒋毓英的「台湾郡侯蒋公去思碑记」碑与纪念洪一栋的「台湾海防同知洪一栋纪功碑」。
其他.鹿耳门妈祖庙毁于同治年间的洪水后，庙中神像被寄放到同为三郊管理的水仙宫三益堂与海安宫，被称为「海安宫寄佛」。又关于此段史事，台南土城的正统鹿耳门圣母