世代传承信仰的平信徒被世人所知，此事后来被称为「信徒发现」（），被认为是日本天主教史上的一个奇蹟。经过幕末的这些突破后，日本的天主教事业逐渐复兴。随着日本教务的逐渐开展，除了巴黎外方传教会之外，圣座也开始委託其他修会开展教务，如委託道明会负责四国、圣言会负责新潟、方济会负责北海道等，这些修会除了传教外，也设置各式学校与文化社福机构，以使基督信仰更深入人心。教务管区同时渐次建立：首先是日本宗座代牧区在1876年5月22日分拆为日本北纬宗座代牧区（东京总教区前身）和日本南纬宗座代牧区（长崎总教区前身），接下