害他们。明帝暂时睡下，主书单景隽请求依旨杀死诸侯，沈徽孚坚持要再看形势。三更天，萧子恪赤脚跑到建阳门，明帝惊醒，得到沈徽孚、单景隽的回答，抚床说：「萧遥光几乎误了人事。」于是哭着与萧子恪相见，赐诸侯饭菜，还任萧子恪为太子中庶子。东昏侯萧宝卷即位，他迁任秘书监，领授右军将军，不久改官侍中；中兴二年（502年）转任辅国谘议参军。天监元年（502年），南梁朝廷降萧子恪爵位为南康县子，除授散骑常侍，领步兵校尉，但他以病未拜任，徙任光禄大夫，很快但任司徒左长史；又外任永嘉太守。回朝后出任光禄卿、秘书监，再外任明威