（旧白木屋前、旧东急百货店前）的中央通下方，为地下2楼2面2线月台设计。原只有1月台2线设计，由于需求过多、1984年增设往涩谷方向的月台。东西线位于日本桥交差点永代通下方，为地下3楼岛式1面2线月台。月台的茅场町侧剪票口有往都营浅草线的连络通道。大手町侧的楼梯中段有站务室。两路线车内广播皆为『下一站是日本桥、日本桥、高岛屋前。』。本站为站务管区所在站，管理日本桥站务管区日本桥地域、三越前地域、住吉地域。
月台配置.（来源：东京地下铁:构内图）