辖下领地中，基督教的推行特别显着、有效。另外在传教过程中，与南蛮贸易毫无关系的内陆地方大名藩主被基督教教义或吉利支丹大名（特别是高山右近）的品德感化的人数也与日俱增。这些吉利支丹大名所辖的领地里，破坏烧燬寺院、神社，以及冒渎僧侣的事件层出不穷。譬如大村纯忠下令针对辖内的寺社佛像大规模地破坏，这些事件皆可在文献《大村乡村记》、路易斯·弗洛伊斯在1563年11月14日所作的报告书等一窥其貌。这种「扑灭异教」的破坏行为虽出自吉利支丹大名自身的意愿，但传教士的唆使暗示，亦是间接的原因。反观信奉佛教和神道的大