重用敢于进言的钟南山院士，整合北京医疗力量、加速成立小汤山医院；卫生部开始每天公布感染和疑似病例；国务院加紧修订《传染病防治法》，民众很快从恐慌中恢复过来、非典也逐渐得到遏制。由于吴仪一系列果敢的行动。2004年2月起，她又兼任新成立的“国务院防治艾滋病工作委员会”主任，以遏制河南等地的失控局面。此前吴仪已经前往河南，和高耀洁询问基层的艾滋病问题，并将由于政府刻意掩盖的问题揭露。2005年4月27日，中国国家主席胡锦涛根据全国人大常委会的决定签署主席令，免去其兼任的卫生部部长职务。2005年5月，吴