趁着前秦崩解的契机北伐，陆续收复了黄河以南的所有领土（包含河南洛阳及山东半岛），甚至刘牢之一度佔领河北邺城。这使得390年代的东晋版图，达到了自东晋开始以来的最大值。但是连年征战，遽增的兵役赋税使人民痛苦难当，既疲又怨。晋孝武帝即位初期由于税赋改革与谢安当国，被称为东晋后期的复兴；但是谢安死后司马道子当国，以及晋孝武帝北伐成功后开始嗜酒，“醒日既少”，连带导致“刑网峻急，风俗奢宕”的不良政风。
被后宫所弑.396年11月6日，晋孝武帝由于对他当时宠信的张贵人开玩笑说：“你已经快