升为海州路，后改为海宁府，未几，复降为州，隶属于淮安路。领三县：朐山、赣榆、沭阳；明朝洪武初，复海宁州为海州，省朐山县入州治，隶属于淮安府，仅领赣榆一县，沭阳县划出，归淮安府。明成祖迁都北平，改应天为南直隶，淮安府属南直隶。清朝初年，改南直隶为江南省，海州属焉，隶淮安府不变，属江南江宁布政使司。康熙七年（1668年）六月十七日，郯城地震，赣榆县海滩隆起，海水退30里。云台地区周围海域逐渐变浅。雍正二年（1724年），海州升为直隶州，直隶于江苏省，属淮徐道，同时沭阳划归海州，共辖州治、赣榆、沭阳三地。