消灭一切有机文明。从那时起，银河社区就生活在对另一种可能的入侵的恐惧之中。与此同时，一个名为塞伯鲁斯（Cerberus）的人类至上主义组织认为，人类应该在银河社区发挥更大的作用，并支持这样的原则：任何推动人类地位提升的方法都是完全合理的，包括非法实验和恐怖活动。游戏主角是薛帕德指挥官，一名精锐的人类士兵，诺曼底号（SSV Normandy）和诺曼底SR-2号（Normandy SR-2）星舰的指挥官。薛帕德的小队成员包括人类塞伯鲁斯操作员雅各布·泰勒（Jacob Taylor），人类塞伯鲁斯特工米兰达·