与自噬小体与溶酶体的融合过程，导致自噬的完整性受到抑制，降低自噬的抗感染作用。除此之外，高危型HPV调节细胞内小分子核糖核酸的水平，影响自噬过程。例如miR-224-3p的高表达减少FIP200（参与自噬小体形成的蛋白）的水平，因抑制宿主细胞自噬而促进子宫颈癌的进展。
不育症.自噬在精子发生过程中起着重要作用。精原干细胞中的缺失或受损可引起不可逆性的弱精子症及无精子症等，导致不育症。当遇精原干细胞到不利环境时，会为了适应代谢条件的变化而进行细胞自噬调节。例如，有研究指出三邻甲苯基磷