35年（民国24年）11月，当选中国国民党中央监察委员。在广东任职期间，林云陔服从广东省的实力派陈济棠，主抓内政。1936年（民国25年）7月，陈济棠发动两广事变败北失势，林云陔离任广东省政府主席，与黄慕松官职对调，转任蒙藏委员会委员长。翌月，改任审计部部长，1945年光复后担任监察院审计长，执掌中央审计部长达12年。1948年（民国37年）10月3日在审计部召开审计会议期间突发脑溢血，延至次日凌晨离世，享年68岁（满67歳）。