年（1220年），西夏占领会州。正大四年（1227年），蒙古军灭西夏，破西宁州。窝阔台汗八年（1236年），蒙古军破会州城。元代弃新会州，迁州治至西宁县。至元七年（1270年），并西宁县入会州，辖黄河以东地。黄河以西属宁夏府应理州，后改隶甘肃行省永昌路。至正十二年（1352年），改会州为会宁州。
明清时期.明洪武十年（1377年），降会宁州为会宁县，县治迁至今会宁县城，隶巩昌府。正统二年（1437年），置靖虏卫于今靖远县城。明朝中期，黄河以西为蒙古鞑靼部所居。万历二十六年（1598