南路的时期，黑山派与白山派之间多次发生激烈的斗争。1690年代，白山派首领伊达雅图勒拉曾短暂控治喀什噶尔、叶尔羌一带。1757年，清灭准噶尔后，伊达雅图勒拉的曾孙波罗尼都与霍集占兄弟发动了大小和卓之乱。1759年，清军击败大小和卓，最终统一新疆。清道光、咸丰年间，波罗尼都的后裔张格尔、迈玛特玉素普、倭里罕等人仍以“和卓”的名义，在浩罕汗国的支持下侵扰新疆。光绪年间，最后的和卓后裔迈买的明、布素鲁克等人在阿古柏之乱中被杀或下落不明，和卓家族最终退出历史舞台。