失势的袁世凯再次出山。北京政府成立后的1914年（民国3年）5月，阮忠枢就任由总统府秘书长更名而成的总统府内史监。此后，他为袁世凯称帝而奔走。1916年（民国5年）6月袁世凯病死，阮忠枢被指控为策划称帝的元兇之一。1917年（民国6年），阮忠枢参与张勋复辟。同年7月，张勋复辟时，阮任邮传部左侍郎，直到张勋败北，阮遂逃亡。1917年12月，他病逝于上海。享年51嵗。