化为神经毒素（例如亚历山大藻），造成该水域中的生物死亡。夜光藻的生物发光现象又被称为「蓝眼泪」，在世界各地皆有类似现象，在台湾的垦丁、花东海岸和外岛即时有所见，2012年4月在台湾马祖地区即出现大量「蓝眼泪」现象。据报导，知名导演李安当初拍《少年Pi的奇幻漂流》时，本欲将此景加入片中，因数量不够多而作罢。同样的现象在美国加州的海湾和澳洲维多利亚州的吉普斯兰湖皆有发现。