合后，始称为北港溪。北港溪支流甚多，较大者为三叠溪、大湖口溪、石牛溪。是云嘉平原的主要灌溉河川，孕育作物有稻米、花生、糖和黄麻。最后在云林县口湖乡出海。由于北港溪上游，阿里山一带的水土皆因观光、农业大量开发，使得北港溪的土壤沉积相当严重，加以下游流域废水污染也相当严重，其中养猪废水佔了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保署发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2%的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.