北部有伏牛山脉，东南部有桐柏山脉。南阳市区内有九座孤山，分别是丰山、隐山、蒲山、独山、羊磨山、紫山、遮山、塔子山。
水系.全市分水系三大流域：中西部大部分地区属于汉水流域（长江流域），东南部的桐柏县是淮河发源地，分属淮河流域，南召县北部有一小块地方属于黄河流域。河流分属长江、淮河两大系，长度在一百公里以上的河流有十条。全市主要河流有丹江、唐河、白河、淮河、灌河、湍河。丹江口水库主要分布于南阳淅川，是亚洲最大人工淡水湖。南召的鸭河水库是河南省境内第二大水库也是南召县和南阳市区的主要水