别所吉治（1579年—1654年8月25日／1652年6月8日）是安土桃山时代至江户时代前期的武将、大名。但马国第2代藩主。父亲是别所重宗（一说是别所长治）。
生平.在天正7年（1579年）出生，家中长男。天正8年（1580年），在被攻陷时，被家臣带走逃离。天正19年（1591年），因为重宗死死而继承家督。以丰臣秀吉家臣的身份，参加在文禄元年（1592年）的文禄之役和文禄3年（1594年）建筑伏见城等。庆长5年（1600年），在关原之战中属于西军，参加攻撃丹后国田边城，战后，不