曾两次为第四次十字军事件表示伤痛。2001年，他写信给希腊正教会的雅典宗主教克里斯托杜洛（Christodoulos），说：“可悲的是，行凶者，原本是出发去争取基督徒自由出入圣地的权利，却转而进攻同样信仰的弟兄。”，表示深切的忏悔。2004年，当君士坦丁堡普世牧首巴尔多禄茂一世访问梵蒂冈时，若望保禄二世问：“我们如何才能不再分担八个世纪的距离，痛苦和厌恶？” 这被视为为第四次十字军的勇士们所犯下的屠杀向希腊东正教会的道歉。2004年4月，君士坦丁堡沦陷800周年时，在罗马天主教法国里昂总主教巴尔巴霖枢机