槟榔屿《光华日报》连载发表政论《诛政党》。1912年2月任南京临时政府枢密顾问。1912年冬任袁世凯政府东三省筹边使。1913年4月从长春返回上海。6月与汤国梨结婚。6月，针对孔教会提议设孔教为国教，发表《驳建立孔教议》，反对定孔教为国教。在袁世凯镇压二次革命之后，章觉察袁世凯包藏祸心，于1913年8月进京，欲与袁世凯说理。袁不见，章乃以大勋章作扇坠，至新华门大骂，遂遭袁氏囚禁，关押在龙泉寺。被袁世凯囚禁时期，犹为吴承仕等人讲学不辍，后集为《菿汉微言》。此间，再次修订《訄书》，改题《检论》。又集其着作为《章