第二次世界大战期间于1942年因为马来亚和新加坡沦陷而停顿，直到1945年重光后才从新运作，1957年因为马来亚联合邦独立而解散。二战以前，马来亚司令部的主要职责是要协调英属马来亚的防务，当中包括海崃殖民地、马来联邦和马来属邦。司令部在吉隆坡、槟城、太平、芙蓉市和新加坡等地都设有小规模的驻军。二战在1939年爆发后，司令部开始着手加强驻军军力。但由于英国三军主力要应付欧洲战场和北非战场，因此增加的兵力都主要来自英属印度陆军。由1940年11月18日起，司令部在架构上从属于新成立的英军远东司令部。