月26日，刘永福被选出任第二任大总统，以台南为基地建立第二共和，并以大天后宫为总统府。但刘永福亦于该年10月19日西渡中国大陆，两日后台南遭日军攻陷，台湾民主国灭亡，历时150天。台日军队有数场激战，日军伤亡以病死者多。台湾民主国是台湾住民为了引起国际社会牵制日本统治而建立的，由年号定为「永清」便可看出其本质上奉清朝为宗主，并阐明当独立事成后（驱逐日本人）将回归清朝统治。台湾民主国的合法性并没有得到任何国家承认，另有一种说法是：清廷起初默许，但德国警告清廷若是开战可能将付出更多赔偿，使清廷亦不支持台湾民