元年（988年），宣密素任阿育王寺住持，此时寺院由律宗改为禅宗，宣密素也被尊为第一代祖师。大中祥符元年（1008年），阿育王寺被朝廷定名为“阿育王山广利禅寺”，拓为十方禅刹。天禧五年（1021年）寺院朝向由朝西改为朝南，庆历年间修葺舍利殿，新建上塔。南宋建炎年间及淳熙二年（1175年），舍利塔曾被迎至皇宫供奉，宋高宗、宋孝宗先后赐阿育王寺“佛顶光明之塔”匾及“妙胜之殿”匾。干通四年（1168年）及淳熙十四年（1187年），日本僧人荣西曾至阿育王寺等佛寺参学，回国后创立日本临济宗。嘉定年间定“禅院五山十刹”，