台湾兵备道的姚莹加强台湾的防务。而经过评估后，姚莹认为台湾的海防有17处海口需要加强，便分别设置了砲台，其中之一便是安平小砲台。原本是考虑用竹篓、麻袋装沙土的方式建筑，后来改为石制砲台。该砲台于1840年完工后，隔年又曾加以修建。之后到了1874年时，沈葆桢修筑二鲲鯓砲台时，台湾府知府周懋琦又再次重修。然而随着台江逐渐淤积，砲台逐渐远离海岸线而失去海防功能。后来进入日治时期之后，砲台逐渐荒废。而在1949年中华民国国军撤退来台后，曾在此建设碉堡。而今天的砲台样貌，则是1994年台南市政府整修后的结果。