本帝国海军第二舰队五里亭航空队气象班合署办公。6月30日为避免剩余气象观测设备遭炸毁，因此测候所人员将各设备拆分存放在五里亭各防空壕中，却遭逢连日豪雨，防空壕被土石压毁设备全部掩埋。
战后至今.1945年8月15日大日本帝国无条件投降，第二次世界大战结束，9月13日恆春测候所人员离开五里亭，回到原恆春街四番地办公厅继续办理气象观测业务等待国民政府来台接收。11月10日国民政府设立之台湾行政长官公署辖下台湾省气象局接收恆春测候所，全衔改为台湾省气象局恆春测候所，12月11日气象局技正