开间建筑，左右两侧与护龙相衔，符合澎湖地区因多风而影响的建筑特色。俗谚：「入庙看前门，入厝看菜园。」三川殿为庙宇前殿，象征庙宇门面，整座庙宇装饰最讲究、最华丽的部份往往都集中于此。「正殿」奉祀金面妈祖，左右护龙分别奉祀註生娘娘以及供奉当地节孝烈妇的节孝祠。后殿「清风阁」又称「公善楼」；一楼东侧供奉天津妈祖，西侧摆置台澎第一古碑：「沈有容谕退红毛番韦麻郎等」，二楼供奉「太岁星君」。
屋嵴装饰.三川殿屋顶中嵴上为「龙马负图」，嵴堵处为「辕门斩子」（北宋年间杨延昭斩杨宗保的典故）