师则负责福建及南海。后来由于同时建立北洋及南洋舰队使经费不足，所以先将重点放在守卫京师的北洋舰队。这使得南洋舰队的军力不如北洋舰队。
南北洋舰队时期.大清帝国建立的海军是世界前十强的，其中北洋舰队的「定远」「镇远」铁甲舰更是号称「远东巨舰」，是当时远东吨位最大、火力最强的舰只。但在经历中法战争及甲午战争后，南洋舰队与北洋舰队陆续崩溃。主因是清廷没有持续更新海军军舰及装备，经费反而挪用至修建颐和园，导致大清海军输给法国、日本的新式舰队。当时的海军人才在思想与素养也未足，战术运用不如日本