绪二十六年（1900年），任山东督粮道。光绪二十八年（1902年）任山东总理警务按察使。光绪三十一年（1905年）任山东布政使。同年九月二十八日（1905年10月26日），清政府改派山东布政使尚其亨、顺天府丞李盛铎会同镇国公载泽、户部侍郎戴鸿慈、湖南巡抚端方出洋考察政治。光绪三十三年（1907年），尚其亨任福建布政使。民国九年八月初十日丑时（1920年9月21日凌晨），尚其亨在北京去世，享年63岁。