世宗继位，陈九畴再复原职，升任陕西按察使。升任都察院右佥都御史，巡抚甘肃。嘉靖三年（1524年），速檀满速儿再次以二万余骑围肃州。陈九畴率兵从甘州赶赴入城抵御，进副都御史。土鲁番败遁，在京师散佈谣言称肃州之围，由陈九畴激化所为，世宗轻信，下陈九畴诏狱。刑部尚书胡世宁上疏为其讼冤。世宗仍然听桂萼等言，贬其戍边。十年后释放归乡。朝廷追谥忠襄。
家族.曾祖陈忠，知州；祖父陈珪，典史；父陈纲，母孙氏。