代码签名作为软件安全性依赖的效果取决于所支持签名密钥的安全性。与其他公钥基础设施（PKI）技术一样，系统的完整性依赖于发布者对其私钥免受未经授权访问的保护。存储在通用计算机的软件中的密钥易于受到影响。因此，将密钥存储在安全、防篡改的硬件密码设备（也称硬件安全模块，HSM）是更加安全的最佳实践。
安全保证.许多代码签名的实现提供方法来使用涉及一组密钥的系统来签名代码，这类似SSL与SSH的流程。例如，在.NET中，开发人员每次构建之时，都将使用一个私钥来签名自己的库或可执行文件。此密