1-1884年，美国军官，极地探险家阿道尔夫斯·格瑞利在对富兰克林女士湾考察时得以发现此处海域，以美国战争部长罗伯特·托德·林肯命名。由于纬度很高，该海域全年封冻，冰层达到15米以上，水深100到300米。仅每年8月份的几周，可从巴芬湾经过狭长曲折的内尔斯海峡航入该海。处于谢里登角上的阿勒特是林肯海周围唯一的居民点。1970年代起，加拿大和丹麦在林肯海的划界问题上，对其中大约200平方公里的海域产生了争议，2010年两方开始进行磋商以解决这一争端。