以巴冲突.哈梅内伊坚决反对以色列及钖安主义，他在2001年作出了着名的评论：「这个癌肿瘤般的国家（以色列）应当要被切除」，「任何人都不能容忍由一帮来自伦敦、华盛顿和莫斯科的恶棍支配巴勒斯坦人」。在同一场合，他又表示「巴勒斯坦难民应该返回故乡，穆斯林、基督徒及犹太人都可为筹组政府作出决定，但不包括以色列犹太人」。据反政府更替积极分子阿巴斯·埃达拉所说，总统艾哈迈迪内贾德在2005年提及钖安主义应「从世界版图上移除」，哈梅内伊继而补充「伊斯兰共和国没有威胁过任何国家，以后也不会这样做」。另外，哈梅内伊在外