以陆军省雇员身分来到台湾，任职于总督府民政局。到台湾后，他随即与田代安定（1857~1928）组织「台湾人类学会」，开始学习闽南语、泰雅语，进而调查原住民各族语言。1897年11月，伊能嘉矩抵达兰屿，与鸟居龙藏相遇。将台湾原住民分成8类（泰雅、阿美、布农、邹、赛夏、排湾、卑南、平埔），打破以往在清政府抚番时所做生番、熟番的划分。1898年4月，伊能嘉矩任“蕃政研究”调查员，发表《台湾土番开发状况》。1900年，临时台湾旧惯调查会成立，任命伊能嘉矩为干事。1904年4月，伊能嘉矩以《台湾蕃政志》向东京大学