新美鞭菌门是厌氧性真菌的一门，发现于食草动物的消化道中。它只包括一纲、一目、一科，目前已知6属。
发现.新美鞭菌门的真菌为Orpin于1975年首次根据绵羊的瘤胃中发现的运动细胞所描述。尽管这些细胞最初被认为是鞭毛虫，现在已经证明它们是与核心壶菌有亲缘关系的真菌。在此之前，人们只知道瘤胃的微生物群落由细菌和原虫组成。自发现之后，已经从50多种食草动物——包括反刍动物、非反刍哺乳动物和食草爬行动物——的消化道中分离出这类真菌。
繁殖和生长.新美鞭菌门真菌通过