媒体採购业务，文建会却另外补助《台湾日报》新台币1400万元，是图利面临财务危机的《台湾日报》；陈其南说，欢迎各家媒体向文建会申请补助。2005年11月6日，国民党中央政策会执行长曾永权批评，政党轮替之后，执政的民进党干涉中央社、中央广播电台（央广）、公共电视文化事业基金会（公视）等公共媒体运作的情况愈来愈严重；尤其是中央社高层经过几年来的轮替，「现在根本都是来自挺绿媒体《台湾日报》的天下」。当时中央社副总编辑庄丰嘉说，当时中央社编制340人中有主管77人，主管中有原中央社员工晋