联军退守松花江以北、以东的战局背景下，吉辽军区缩编为吉林军区，原辽北（分省）军区与通化（分省）军区所辖地域该归辽东军区（即南满军区）；同时撤销了吉林、吉东两个分省军区，重新划分成立了三个军分区：1948年底撤销吉林军区，成立吉林省政府军事部，驻地在吉林市。1949年5月，改称中国人民解放军东北军区吉林军事部。1953年2月，改称中国人民解放军吉林军区。1955年8月，迁入长春市。1959年3月，改称为中国人民解放军吉林省军区。