任中国科协常务副主席。2007年10月当选中国共产党第十七届中央委员会委员。2011年4月，不再担任中国科协职务。2013年，当选全国政协十二届常委及科教文卫体委员会副主任。
邓楠与赵紫阳下台.据鲍彤分析，邓小平与赵紫阳分裂，导致赵紫阳下台，原因中邓小平的子女起了非常坏的作用。邓小平的子女不知道邓小平、赵紫阳、中联部在中苏最高级会谈上的有关安排与意外，因此误解了赵紫阳对戈尔巴乔夫所说“关于邓小平在党内作用”的一席话。曾担任政府官员的张刚回忆，邓楠给赵紫阳打了一个小时电话