年9月，就任第二次桥本内阁改造内阁的外务大臣，重归政治舞台。对外务省的事业，招来政敌土井多贺子以及菅直人的高评价。1998年7月30日，桥本首相为败北的责任请辞。小渊当选自民党总裁及总理大臣。由于桥本与小渊同派系，初时招来批判。2000年4月2日，因中风入院。日前曾有预兆，在回答记者询问一时无言，花十秒以上时间才能回答。自民党其后指名内阁官房长官青木干雄临时代理首相职权。对于在野党质疑，在小渊指定青木为首相临时代理之际，小渊到底是否已失去意识。青木在记者会上否认小渊脑死的传言。但2000年5月14日下午