迎接穗深城际铁路接入，广州东站计划进行改造工程。改造项目包括在四楼新设立面积1005平方米的穗深城际候车室，2号站台抬高改造、3、4、7站台铺面及雨棚修缮等项目。2020年6月8日，广州市城市规划勘测设计研究院中标广州东站改造概念方案，将按照公共交通导向型开发模式去设计。未来等广州白云站建成后，东站将只承接高速铁路和城际铁路功能。
车站结构.广州东站整体由站前广场、客运楼、塔楼、站场四部分组成，采用非对称布局，总占地面积41万平方米。站前广场由高架人行广场层、机动车层及地下三层