而开始反抗他、并和决定留在京都的近藤勇等人一同处理如何成为京都守护职旗下组织的事情。文久3年（1863年）他回到江户，并在麻布这里，与洼田泉太郎等人一起暗杀浪士组的清河八郎。元治元年（1864年）率领京都见廻组，并与新撰组一同被尊攘派志士所恐惧、在禁门之变中也有出动。根据原见廻组队士今井信郎的证词、庆应3年（1867年），就是由他带领队士发动近江屋事件，一同在京都近江屋中暗杀土佐藩的坂本龙马以及中冈慎太郎。1868年随着戊辰战争爆发，佐佐木只三郎以幕府军一员参与鸟羽伏见之战，并且在樟叶地区（今 大坂