夏威夷州的欧胡岛拍摄了42天，并动用了美国陆军休伊直升机。剧组亦在夏威夷的檀香山唐人街与欧胡岛上的和怀卡内谷（）取景。为了拍摄帕卡德中校与金刚正面对决的桥段，剧组在古兰尼牧场挖了个人工湖。接着，剧组前往越南北部拍片，取景地点包含长安名胜群、清化省、宁平省的和广宁省的下龙湾和峰牙－己榜国家公园等地。该片是少数在越南拍片的电影之一。2016年1月中旬，剧组前往澳大利亚昆士兰省黄金海岸的拍摄。剧组为了拍摄该片而搭了绿幕。剧组也在澳大利亚昆士兰省的佩珀巴克森林（）取景。2016年3月18日，《金刚：骷髅岛》杀青