porotrichum aureum"）外形相差甚远（后者后来被归入担子菌门），而又将其归入孢子丝菌属（"Sporothrix"），并渐为学界所接受。长久以来造成孢子丝菌病的病原真菌都被认为是申克氏孢子丝菌单一种。2003年，de Beer等人以核糖体DNA序列分析显示申克氏孢子丝菌包含两大类群，分别是从病人伤口分离的菌株与从土壤、植物材料中分离的菌株。2006年，Marimon等人以其他基因序列分析显示申克氏孢子丝菌包含三个主要的演化支，并于隔年将其拆分为、与等新种，其中巴西孢子丝菌为巴西的菌株，球形