酉科试，考取拔贡。1911年辛亥革命后，中华民国第一届国会选举，金树仁当选议会议员、众议院议员。
入疆.杨增新主政新疆省之后，金树仁于1915年到杨任下，任书记官兼科员。第二年六月，参加全省县长考试，以甲等成绩分发任阿克苏县县长。其后十余年，金树仁皆在新疆基层历练。1926年，因政绩显着，升任新疆省公署政务厅厅长。 
主政新疆.1928年7月7日，杨增新遭军务厅长樊耀南刺杀身亡后，掌握军队的金树仁当日随即出兵讨伐樊耀南并逮捕杀之，同年11月17日，国民