年龄成长、性别差异无关。研究人员发现一个自衍征：背椎有13节，而非12节。巴博萨翼龙的前四对牙齿非常长，朝向前方，适合捕抓身体易滑的鱼类、水中动物。上颌每边有至少24颗牙齿，下颌每边有20颗牙齿，总记约88颗牙齿。巴博萨翼龙被归类于鸟掌翼龙超科的鸟掌翼龙科。