万历二十九（1601年）年九月二十三日「入囚燕京」，冯应京被逮捕时，百姓“拥槛车号哭，车不得行”。入镇抚司狱，拷讯关押，利玛窦多次去狱中探视，狱中皈依天主教。万历三十二年（1604年）九月乙丑（1604年10月10日）发生客星之变，数日后被释放，枣阳县令王之翰则死狱中。万历三十四（1606年）年正月二十日（新历2月26日）卒于家。