在台的最高统治机关。初期，总督职务均由军人担任，以敉平当时各地的动乱组织；由于台湾人民的激烈反抗，日本每年为台湾倒贴许多钱，导致驻台总督乃木希典就产生了把台湾卖与法国的想法，最终遭到驳回。1898年，明治政府任命陆军将领儿玉源太郎中将为第四任总督，并派后藤新平担任民政长官以为辅佐，从此採取软硬兼施的治理政策。日本以警察制度及保甲制度管理台湾，后到日本大正年间，台湾政局渐趋转稳。1908年，纵贯铁路全线贯通，让过去台湾南北需时数日的交通缩短至朝发夕至的1日内。1919年日本派任田健治郎为台湾首任文官总督，