在欧洲发展，然而乌德勒支并没有打算为其支付转会费，加上当时的磐田实力有所下降迫切希望藤田回归，于是藤田回到了日本。2004年末，磐田喜悦主教练山本昌邦起用年轻选手的方针使得藤田的出场机会减少，为了重新入选国家队同时为了得到更多出场机会的藤田转会至名古屋鲸鱼。并在2010年转会至熊本深红并考取了日本足球协会A级教练证书，2011年转会至千叶市原于年末离队。2012年藤田俊哉选择退役，同年在日本足球协会第九次理事会中，藤田俊哉获得S级教练养成讲习会听讲者的机会。2013年国立竞技场举行藤田俊哉送别赛