线内的列车种别分级为，部份车站不停站的「新快速」与全车站停车的「普通」。以此2种别组成的时刻表、午间约15 - 30分的间隔运行。另外亦有需要另加特别收费的优等列车行走。
优等列车.大坂方向开往北陆方面的特急列车于山科站起进入湖西线，米原站开往名古屋方向的则和东海道新干线并行，山科站 - 米原站间行走的优等列车相对JR京都线而言班数比较少。
新快速.新快速是因为要与他社铁道线竞争而于1970年开始运行的列车，于翌1971年开始进入现在的琵琶湖线区间。现在