台南孔庙大成殿中悬挂有清代自康熙帝、雍正帝、干隆帝、嘉庆帝、道光帝、咸丰帝、同治帝乃至光绪帝等清帝御匾。除日治时期有中断外，战后中华民国总统如蒋中正、严家淦、蒋经国、李登辉、陈水扁、马英九亦相继赠匾，见证台湾历史与政权转移，颇负盛名。台北市孔庙位于台北市大同区大龙峒，与大龙峒保安宫为邻，由于台湾日治时期后，废弃了台北城内原有的文庙，后由台北士绅辜显荣、陈培根等人捐献建立孔庙。中华民国政府迁台后，台北市孔庙乃成为中央政府举行祭孔大典之处，以往都由内政部长代表中华民国总统主祭，近年改由台北市长担任，孔子奉祀