半数的师生和大部份设施已经迁去西安，西安新校区开始接受新生，交通大学也就正式开始两地办学。由于上海和西安两地管理上非常不便，加上西安部分已经成为事实，回迁恢复已没有可能。1959年7月31日，经国务院批准，交通大学两部分独立建校，分别成立两所校务独立上海交通大学和西安交通大学。交通大学两校分立，是继院系调整之后，实力再次遭到削弱；而两校分立，又为几十年后两校在校友资源，校史解读等问题的纠纷上埋下伏笔。1957年时，西安动力学院整体并入西安交通大学。
西安交大时期（1959-）.