台位于建国门北大街－建国门南大街地底，1号线站台位于建国门内大街－建国门外大街地底。2号线月台北端设有一条渡线，1号线月台东端及2号线月台南端均设有两条联络线，方便列车进行车务调度使用。
车站艺术.2号线建国门站站台两侧均有陶瓷壁画：内环方向壁画《四大发明》由彦东、易苏昊创作，展现中国古代四大发明；外环方向壁画《中国天文史》由袁运甫和钱月华设计，以中国天文学史为主题。
出入口.这个地铁站一共有3个出口：A西北、B东北、C西南。