，回到了霍尔研究所。由于在伦敦的出色工作，洛克菲勒中心同意专门为他在墨尔本新建一座实验室。他从国家研究所带回了一套病毒样本，在墨尔本开始了基础研究。伯内特回到澳大利亚后，继续了病毒学研究，包括单纯疱疹的流行病学。他还参与了两个无关病毒的项目——描述鹦鹉热和Q热的病原体。在发现被感染的鹦鹉会传播鹦鹉热后，他试图游说政府下达是人类免于感染的禁令，但被拒绝了，后来他认同了政府的立场，也即实际上并没有那么大的危险。同时他还与澳大利亚科学家E·H·德里克一同合作研究Q热，并成为得到该病病原体的第一人，这种病原体伯