为崇祯之兄天启帝所赐。史载“帝骤闻，意殊骇”，但“念既死，且方倚崇焕，乃优旨褒答。俄传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。虽然如此，这也种下日后崇祯凌迟袁崇焕的远因。
被害原因.一种说法是毛文龙私通后金，被袁崇焕杀是死有余辜，以明清史专家吴晗、阎崇年等人为代表。明末清初多数史家则认为袁崇焕杀毛文龙，是后金方面提出的议和条件，如《崇祯实录》、《国榷》、《明史纪事本末》、《弘光实录抄》等等都持此说。在明思宗诛杀袁崇焕的诏书里，也有“以谋款而斩帅”一条。武汉大学满族学者关文发曾撰文批驳这种观点