帝出逃，仅有武桢与陈名案、吴时俧等数人追随。昭统帝借助清军复位后，任命武桢为吏部左侍郎、参知政事。1789年，阮惠率军北上，击退清军。昭统帝流亡清朝。武桢无法跟随，便隐居于南定教书。他与吴时任、阮登在昇龙（今河内）创建竹林禅院，与二人一起编写《》。阮朝建立后，他被嘉隆帝征召，担任侍中学士。后参与编纂《嘉隆法典》。