889年被捕获，但却只生存了三天。翌年发现两头因雪崩而死了的雌羊。最后已知的波图格萨北山羊是于1890年在西班牙死亡，不过于1892年有指在葡萄牙见到一头雌羊。现时另一个亚种"Capra pyrenaica victoriae"被引入牠们以往的分佈地。在伦敦曾存放着一个标本，但却于1978年的大火中烧毁。
可能成因.猎杀及其他人为因素是波图格萨北山羊最有可能的灭绝成因。一些科学家指灰狼及金鵰、疾病及雌雄比例不均亦是其他因素。