了肥前国的飞地以外可以说实际上没有石高。不过对马国在朝鲜釜山拥有倭馆，经济收入仰赖与朝鲜的贸易，实际收入也相当多。江户时代末期，因为和朝鲜的贸易萎缩，本藩也陷入财政困难。此时周围的海域有许多欧美船只出没，相当重视此地国防地位的江户幕府便提出改封宗氏至河内国10万石领地（也有20万石的说法）的计画。不过因为宗氏自中世以来便担任本地的领主，家臣们也适应了此处特别的生活方式，因此予以婉拒。因为作为幕府与朝鲜重要的外交窗口，本藩亦合併肥前国内的1万石成为2万石，并自初代藩主宗义智以来，对马府中藩一直以10万石