中央政府因应当时香港发生七一大游行的形势，成立由十八个部门组成的中央港澳工作协调小组，由时任中共中央政治局常委、中央书记处书记曾庆红担任组长，全面领导港澳工作。自此以后，中央重新调整了港澳工作体制及工作重点，在经济方面推出了CEPA协议和开放内地居民港澳个人游等政策。同时，随着董建华出任全国政协副主席和曾荫权当选为香港行政长官，支持香港政务官出身的特首曾荫权及其执政班子依法治港。2007年10月中共十七大后，随着曾庆红退出中央政治局常委会和中央书记处，新当选的中央政治局常委习近平接任组长并接管港澳工作，