母乳喂哺传到婴儿体内，因此由母乳喂哺的婴儿的肠道微生物群成分与其母亲的母乳成分相近似.。研究亦指出母乳微生物群及婴儿肠道微生物群具有相似性，因此认为饮食摄取（包括母乳益生菌）可以帮助建立婴儿肠道微生物群，也对其免疫发展有益。母乳样本中常见的菌种有、乳桿菌属、葡萄球菌属、链球菌属、拟桿菌属、梭菌属、、肠球菌及埃希氏菌属。有关母乳的元基因组学分析发现其中主要以葡萄球菌属、拟桿菌属及为主。母乳微生物群会随族群及女性的个体差异而不同，不过在一个以美国女性为基础的研究中，观察到在其研究样本中有相同的九种菌种，因此