东突厥斯坦共和国问题暂时解决。1946年（民国35年）3月，吴忠信辞去新疆省政府主席职务。
国民大会代表.1947年，任国民政府委员。同年，在原籍安徽省合肥县当选为第一届国民大会代表。1948年12月24日，蒋介石特任吴忠信为总统府秘书长，原任吴鼎昌准免本职。1949年3月3日，到溪口3月10日，蒋介石送吴忠信「赴杭州」后随蒋介石败走台湾，任总统府资政。1950年，任中国国民党中央评议委员。1953年，任中国国民党中央纪律委员会主任委员。吴忠信曾获颁一等景星勋章、二等采玉大勋章