目降为曲颈龟亚目"Cryptodira"的一个科。1994年，日本古生物学者平山廉根据支序分类学的分析提出将海龟总科细分为三个科，而原盖龟科Protostegidae当时在物种分类中已有完整且正规的资料使之成为一个科，该科还包括许多已绝灭的物种，如古巨龟"Archelon"和先前未描述过的原盖龟。而对于其他所有未分类的品种也于1998年得到发现，例如"Santanachelys gaffneyi"。在新物种被发现后，"Santanachelys gaffneyi"所属的属（"Santanachelys"