乃同治12年（1873年）鹿港天后宫妈祖遶境至芬园，于该寺留宿时被当时受瘟疫所苦的居民挽留，之后便分灵鹿港天后宫妈祖供奉于后殿。宝藏寺曾在日治时代大正2年（1913年）整修，奠定今日庙宇之雏形。又在黄玉池后代主持下于大正8年（1919年）重修，进入民国时期后，该寺在民国58年（1969年）增设忠义祠，供奉猫罗溪西勇士牌位。被彰化县政府指定为古蹟之后再度进行重修，于民国88年（1999年）12月完工，举行入火安座仪式。
庆典活动.下述宝藏寺举办的庆典活动以农历为准：