昌平镇.总兵驻昌平（今北京昌平区）。管辖的长城是从原蓟州镇防区划出的渤海所、黄花镇、居庸关、白羊口、长峪城、横岭口、镇边城诸城堡长城线，其东北起于慕田峪关东界，西至紫荆关，全长230公里。
真保镇.总兵驻保定，管辖的长城北起紫荆关，经倒马关、龙泉关、娘子关、南至故关，全长390公里。
山海镇.万历四十六年（1618年）闰四月原山海卫升格成山海镇，割蓟镇东协四路为山海镇，由杜松驻军。
临洮镇.万历二十三年（1595年）增置临洮镇，