到了三叠纪早期，牠们的数目开始增加。从侏罗纪至白垩纪，海胆纲动物衍生出不同的种类。在中生代及新生代，是牠们最辉煌的时期。但是，大部份的化石只存在于某些地区及成某些形状，不过仍然显出牠们的丰富。举例说，在德克萨斯州，"Enallaster"就是能从白垩纪石灰岩的露头中获得过千的数量。有些海胆化石（如在英国及法国发现白垩纪的"Micraster"）会被作为标准化石，这是因牠们的进化阶段能让地质学家知道地层的年代。但是，大部份的海胆化石都只有较少的数量，而不足以提供地质学上较实在的帮助。Section::