开始了文革和武斗，重庆育才中学由于位于谢家湾军工企业密集区，校舍遭到了严重破坏，众多学生参加武斗，导致数十名学生伤亡。在1969-1975年间，育才中学再次更名为红旗一中，由于抗战时期的特殊经历，取代当时被称为“资本家摇篮”、"培养二代‘走资派’"的重庆南开中学成为重庆市委机关中学，直到1980年代后期。
改革开放时期.进入90年代初期由于思维老化，重庆育才中学在很长一段时间没能跟上时代，被重庆一中、重庆南开中学、重庆巴蜀中学超过，成为一个二流重点中学。90年代中期，又将名称从重庆