种蛙类，依照估计的族群数量排列，依序为：蟾蜍科的盘古蟾蜍、赤蛙科的梭德氏赤蛙、同属赤蛙科的斯文豪氏赤蛙以及树蛙科的褐树蛙。在陆域的部分，除了有前列提到的盘古蟾蜍与斯文豪氏赤蛙外，也记录到拉都希氏赤蛙，以及树蛙科的莫氏树蛙、艾氏树蛙、白颌树蛙、面天树蛙等树蛙科的物种，当中以莫氏树蛙、艾氏树蛙与斯文豪氏赤蛙三种为多。在思源垭口地区的蛙类，无论是成蛙或蝌蚪，数量都与气候相关。2至3月间气温与水温较低，成蛙与蝌蚪密度较低；4至6月随气温逐渐回暖，密度皆增加。夏日则可能受到台风的影响，在溪水暴涨过后会出现密度下降的情