总督部院设在江宁城中部汉府街明代的汉王（成祖次子）府内。1853年－1864年洪秀全将这里扩建成金碧辉煌的天王府。1864年天王府被毁后，曾国藩在此按照礼制要求重建了两江总督部院。1909年南京城内穿城而过的宁垣铁路在此设车站。1912年，这里成为中华民国南京临时政府总统府。1927年至1949年，这里先后为南京国民政府和中华民国总统府的所在地。现在这里辟为南京中国近代史遗址博物馆。