，将军澳隧道在繁忙时间的挤塞情况曾有所纾缓，但仍有往东区海底隧道车辆的龙尾。不过将军澳人口的持续增长令隧道流量逐步回升，2007年已回复至地铁通车前的水平，近年塞车情况日渐恶化。
近况.随着将军澳南（包括将军澳市中心、调景岭、日出康城等地）的住宅楼宇相继落成入伙，区内人口不断增加，促使将军澳隧道流量再度上升。2017年起将军澳隧道更超越狮子山隧道，成为香港最繁忙非过海隧道。由于将军澳设有工业邨，每日早晚繁忙时间东西行方向皆会挤塞。2018年2月4日起，驾车人士可以在将军澳隧道的