义元年四月庚子（528年5月17日），尔朱荣发动河阴之变，元树听说后，请求梁武帝讨伐尔朱荣，梁武帝于是资助给元树兵马。北魏郢州刺史元愿达献出郢州归顺南梁，梁武帝派遣郢州刺史元树前往迎接元愿达。中大通二年（530年），南梁朝廷征召元树担任侍中、镇右将军。中大通四年二月壬寅（532年2月28日），元树出任使持节、镇北将军、都督北讨诸军事，加鼓吹一部，随南梁册立的东魏君主元法僧进攻北魏，攻占了谯城。魏孝武帝元修初年，诏令御史中尉樊子鹄为行台，率领徐州刺史杜德、舍人李昭前往讨伐元树。元树固守谯城，北魏军队攻不下来，