先谦学术成就最大的方面是史学，着作包括《汉书补注》、《后汉书集解》、《新旧唐书合注》、《十朝东华录》、《水经注合笺》、《荀子集解》、《庄子集解》、《诗三家义集疏》等。其中最着名的是《汉书补注》和《后汉书集解》，乃是博采众长，集大成者，学术价值已经超过了颜师古、李贤、惠栋的评注，被认为代表了注释《汉书》和《后汉书》的最高成就。后代史学史专家评论“王氏所作补注、集解诸作，都是校注书中标准的着作。”王先谦同时又是经学大师。继阮元之后辑《续皇清经解》，光绪十四年六月，全书辑刊完成。又继姚鼐之后编《续古文辞类纂》