。袁世凯死后、贾德耀投入段祺瑞领导的皖系。1919年（民国8年）8月，任保定陆军军官学校校长。直皖战争后的1922年（民国11年），任陆军部军学司司长。1923年（民国12年）3月，任陆军军学编辑局局长。1924年（民国13年）10月，贾德耀参加了冯玉祥等人发动的北京政变，为段祺瑞重新出山作出了贡献。11月，任陆军次长，12月被任命为陆军总长。1926年（民国15年）2月15日，继许世英之后，被任命为国务总理（兼任陆军总长）。1926年3月16日，日本及欧美八国发出最后通牒，提出拆除大沽口国防设施的要求