皆讲学也。臣子以此望君，而己则不为，可乎？先臣守仁，当兵事倥偬，不废讲学，卒成大功。此臣等所以不恤毁誉，而为此也。”于是冯从吾再次称病求归，明熹宗温言安慰挽留。但是给事中郭允厚、郭兴治又相继努力诋毁邹元标。冯从吾又说：“臣壮岁登朝，即与杨起元、孟化鲤、陶望龄辈立讲学会，自臣告归乃废。京师讲学，昔已有之，何至今日遂为诟厉？”于是再次上疏请求归乡。天启四年（1624年）春，起任南京右都御史，都接连推却不任。被熹宗召见授予工部尚书。恰逢赵南星、高攀龙等人相继离开朝廷，冯从吾连续上疏，极力请辞，熹宗遂同意其致仕