，京王新线与都营地下铁新宿线；西武有乐町线与东京地下铁有乐町线在地下相连。近铁难波线及JR东西线、京坂中之岛线虽不和地下铁直通，但其线路本身几乎都在地下行驶。日本的大手私铁中，完全没有地下线或与地下车站、地下铁进行直通运行的车辆仅有南海电气铁道和西日本铁道两家公司。
东京都心.东京的地下铁多集中在东京都心的山手线以内区域。值得一提的是，在皇居的地下没有任何一条地铁通过。这是由于皇居内并无大型道路，而地下铁多是在道路下方修筑，以及安全考量而导致的。 
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