瑟·麦克阿瑟为首的美军已占上风。麦克阿瑟觉得委员会纯属累赘，这时就叫毫无准备的菲律宾人民自治根本不切实际。但麦金莱授权委员会控制驻菲美军预算，所以将军只能配合塔夫脱。1900年9月1日，委员会接手菲律宾行政权；1901年7月4日，塔夫脱当上民事总督。阿德纳·查菲将军接手麦克阿瑟的美军司令职务，不再设军事总督。塔夫脱想与菲律宾人合作，逐步实现菲律宾自治，在他看来该国数十年前就已独立。菲律宾许多美国人把当地人视为劣等种族，但塔夫脱曾在抵达前不久表示：“我们要彻底消除他们的这种看法”。塔夫脱不在正式活动中要求