反倒是受到最大的伤害。在两大敌对阵营交锋下，新系进退失据，甚至引爆民进党内长期对新系的不满；新系成了深绿无力对抗蓝色阵营攻击下的替罪羔羊。」2007年9月7日，中国国民党文化传播委员会党史馆主任邵铭煌说，党史馆日前进行党籍总整理时发现，包括陈水扁、吴淑珍、吕秀莲、谢长廷、邱义仁、游钖堃、叶菊兰、陈其迈、杜正胜、柯建铭、李进勇、苏焕智、施茂林等绿营政治要角都曾于民国50至60年代以学生身分加入国民党；民国50至60年代属于台湾经济转型期，当时国民党一党独大，具有高度热忱或企图参与政治者才会积极加入国民党；