设计局设立「台湾调查委员会」，并任命曾参加始政四十周年记念台湾博览会的陈仪为主任委员。战后，中国政府对于如何接管台湾有两派意见，一派建议完全与进驻其他「沦陷区」相同，设立「台湾省」。另一派则主张在台设立拥有军警等特别公权力的「特别行政区」。当时的国民政府主席蒋中正採纳陈仪《台湾接管计划纲要》中的意见，设立台湾省行政长官公署，负责接管台湾，全部公署行政人员初定为2000名。但最后接管计划中的规划并未完全实施，长官公署制度集军政大权于一身，为台湾人所诟病，称之为「新总督府」。
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