乱发生后，国务院总理周恩来于3月28日发布命令，宣布解散噶厦，由西藏自治区筹备委员会行使噶厦的职权。同时，班禅被任命为筹委会代理主任委员，并保留了流亡印度的达赖喇嘛的主任委员职务。1965年，「 西藏自治区」正式成立，西藏自治区人民委员会主任担任西藏自治区的最初的行政长官。