来神宗又认为大学士张位是主谋．罢免了张位，贬谪亲近张位的礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作、国子监祭酒刘应秋、给事中杨廷兰、礼部主事万建昆等，是为「第一次妖书案」。万历卅一年（1603年），又出现《续忧危竑议》一书，再次宣告郑贵妃欲以福王夺储位，辱及天子、宰相，是为「第二次妖书案」。此书为大学士朱赓所得，朱赓面奏神宗，神宗怒命东厂与锦衣卫侦办。此时浙党沈一贯乘机构陷东林党沈鲤、郭正域等人，事态扩大，株连甚多，连高僧紫柏真可禅师都因与沈鲤往来受波及，遭到锦衣卫打成重伤，随即涅槃。由于太子朱常洛向东厂陈万化施压，