后争取党内提名为总统候选人，沈富雄大力为陈水扁竞选，主张废除限制陈水扁参选的四年条款，攻击许信良与其所属的美丽岛系成员。陈水扁最终通过初选，击败许信良，代表民进党参选2000年总统大选。许信良则退出民进党。2004年总统大选中，陈水扁以东帝士董事长陈由豪潜逃来攻击国民党。陈由豪在美国召开记者会，声称曾与沈富雄一同至陈水扁家中，将政治献金交给吴淑珍，沈富雄低调证实，但吴淑珍则反驳此事。2004年4月沈富雄在记者会中表示「爱台湾不能当作竞选主轴」而引起广大回响，虽然得到舆论过半支持，但也遭受民进党忠实支持者