以47%的得票率击败竞逐连任的首任总统海斯廷斯·卡穆祖·班达，之后又在1999年6月以52.4%的得票率击败挑战者关达·查库安巴，连任总统。2002年，为了谋求第二次连任，穆卢齐计划修订宪法，但后来因为遭到抗议而搁置计划。2004年5月，现任总统宾古·瓦·穆塔里卡赢得总统选举后穆卢齐离任。离开班达政府后，穆卢齐创建联合民主阵线，支持民主运动。但他任总统期间却被种种争议和丑闻困扰，例如他在2002年干旱发生前，在把马拉维的玉米储备出口他国，引发全国性饥荒。虽然受到国际压力，出口玉米赚得的数百万美元始终没有