没想到幕府以「关白命令」为由，要求清河等人立即回江户，听到这消息的近藤勇等人相当反对，只留下了24人留在京都，大部分的人都和清河回江户去了。
死亡.幕府开始发现清河八郎的阴谋，于是在文久3年（1863年）4月13日派出刺客佐佐木只三郎、洼田泉太郎等6人在麻布一桥（现今麻布十番商店街）暗杀清河，享年34岁，在他去世后，幕府赠受他为正四位。据《女士道》（山冈英子于1903年着）的记载，将其尸体恢复原样，由山冈英子（山冈铁舟之妻）保管于传通院安葬，其后遗族再把它安置于东京文京区的传