因此琉球建造了许多山城来防御倭寇，赤木名城的山城大约在此时建立，出土有中国的青瓷。15世纪中叶开始，奄美被琉球国统治，背后的大笠利设置有笠利间切的藏元，此城为海上交通重要港口和军事要塞。1609年萨摩入侵琉球，萨摩军队曾到达笠利湾。战后，奄美群岛被萨摩藩佔据为藏入地，萨摩藩以赤木名城为其在奄美的据点，对其城池进行整备，成为如今的样子。于此同时，在周边建立秋叶神社、观音寺、菅原神社等建筑。2009年2月12日，赤木名城被日本政府认定为国之史迹。