使用来分析任何蛋白质与DNA的相互作用模式或任何表观遗传染色质修饰的模式。 这可以应用于一系列ChIP蛋白和修饰，如转录因子，聚合酶和转录机制，结构蛋白质，蛋白修饰和DNA修饰。 作为对特异性抗体依赖性的替代方法，已经开发了不同的方法来发现基因组中所有核小体耗尽的(nucleosome-depleted)或核小体扰动(nucleosome-disrupted)的活性调控区的超集，如DNase-Seq和FAIRE-Seq。