南京市市旗，是中华人民共和国江苏省南京市的曾用市旗，创始于1988年6月22日南京市人大常委会通过《关于确定市徽市旗图案的决定》，由南京市市政府办公厅下发《关于制作、使用南京市市徽市旗的规定》正式实施。然而，中共中央办公厅及国务院办公厅于1997年11月18日发表《中共中央办公厅、国务院办公厅关于禁止自行制作和使用地方旗、徽的通知》，要求各级地方政府禁止自行制作和使用地方旗及地方徽，南京市政府在禁旗徽通知之后不再在公开场合使用市旗。直到1997年12月，南京市人大常委会废止《关于确定市徽市旗图案的决定》，废