，以署兵部左侍郎在军机大臣上行走。寻差赴山东勘事。同年十一月，署山东巡抚。二十九年，擢刑部尚书。三十年，道光帝崩，遗命罢配郊祔庙，下王大臣议。咸丰帝召对，陈孚恩与怡亲王载垣等争论于上前，载垣等以失仪自劾，而斥陈乖谬，降三级留任。咸丰七年，陈孚恩在江西团练有功，得高心夔引荐，依附肃顺，以头品顶戴署兵部侍郎。八年，署礼部尚书，未几调兵部尚书。参与审理“戊午科场案”，一意秉承肃顺等人意图，致顺天府乡试主考官、文渊阁大学士柏葰于死地。程炳采临刑时大哭：“吾为陈孚恩所绐，代弟到案以至于此。陈孚恩谄媚权奸，吾在冥间