飞翼却赢得多项的重要锦标，包括天皇盃、亚洲盃赛冠军盃和亚洲超级盃。1998年，由于有球队投资者撤走资金，球队最大的赞助商全日本空输与日产汽车商讨成立新横滨水手，把两间同样位于横滨的横滨水手和横滨飞翼合併，飞翼的球员亦成为了新水手队的球员。虽然在新水手队的名字中加入了 "F"，新球队的名字 "Yokohama F. Marinos" 的 "F" 的代表飞翼。可是在横滨飞翼和横滨水手合併后的第二年，一些横滨飞翼的球迷不认为自己应该支持合併后的横滨水手，因为实际上飞翼已经解散，和横滨水手是飞翼的同市死敌。