师兰溪道隆至日本，传入临济宗杨岐派禅法，并于1253年创建鎌仓建长寺。1223年日本道元禅师入宋，从学于天童山曹洞宗如净禅师门下，传回日本，1246年建立永平寺，提倡「只管打坐」，为日本曹洞宗的开始。今人圣严法师，即为曹洞传人。日本禅宗现主要有曹洞宗、临济宗、黄檗宗（1654年福建临济宗黄檗山万福寺隠元隆琦应邀赴日所传）。20世纪初，铃木大拙向西方传播禅宗思想。铃木大拙所传播的禅宗思想更多是一种生活哲学，而非世界观哲学，更适合大众口味。另外除了传统的宗教、哲学研究之外，日本还有一批民间的文艺