院士的所长级人员，存在各种利益纠葛，让中研院的运作变得太政治化。2016年5月12日，总统府致函中研院与3位候选人，表示「贵院此次依评议委员会会议规则相关规定遴选新任院长之过程，于法尚无不合」，不会退回候选人名单。2016年5月14日上午，副总统当选人陈建仁说，中研院院长遴选过程「合理、合法」，应该尊重中研院评议会决定，「应该要彼此尊重，特别是学术自由应该要尊重」；对于项武忠于同日凌晨致函《联合晚报》质疑陈建仁说法、认为候选人名单基本上已不合法（郭位已经退选，候选人名单至少应有3人），陈建仁回应「我们彼此欣