现时共有2种运行模式：长野～妙高高原间每天行驶21来回；长野～丰野间平日3来回、假日1来回，另外直通饭山线的班次，每天设有16班下行及15班上行，等级全为普通列车。另外，每天由信浓铁道线小诸站亦设有2班下行及1班上行班次可直通至妙高高原站。全线採用一人控制运作模式，以3辆编成的列车行驶，但在早上繁忙时间，长野～妙高高原及长野～丰野间各1来回会增结至5辆编成运行。相比以往信越本线的运行可直通至新潟县直江津站，转换为北信浓线后这安排被完全取消，下行列车最远均只能到达作为境界站的妙高高原站，前往新潟县的乘