沈富雄与郭正亮说修正台独党纲是民进党诚实面对自己的作法，林浊水与邱义仁反对修改台独党纲。2000年总统大选中，邱义仁成功使陈水扁当选总统，民进党首度执政。2004年总统大选中，再度规划选战，使陈水扁顺利连任。在陈水扁政府期间，曾出任行政院秘书长、国家安全会议秘书长等职务。2007年2月6日被任命为总统府秘书长，2007年5月14日被任命为行政院副院长。2000年，陈水扁与邱义仁下令行政院大陆委员会主任委员蔡英文，全力阻止民进党天王兼高雄市市长谢长廷进行台海两岸城市交流。2004年4月13日，民进