应台湾省行政长官陈仪邀请到台湾，任台湾省行政长官公署参议兼台湾省国语推行委员会主任委员。时任国立台湾大学代理校长罗宗洛聘他为中国文学教授兼文学系主任，他没有就任，罗代理校长任内文学院都没有院长，文学院各系也都没有主任，名义上他是台大文学系第1位主任。陈仪想要朱光潜做文学院院长，罗代理校长没有应允，请哲学系教授兼先修班主任兼校务委员林茂生博士代理文学院院长职务。1946年末，国立台湾大学校长陆志鸿想请魏建功做教授兼文学院院长，魏没有应允。1947年4月，魏建功应陆校长聘，兼任文学系中国文学特约教授