化二十三年（1487年），充嗣考中进士，选为翰林院庶吉士。弘治初年，授户部主事。历官户部、刑部郎中，因事贬为岳州通判，起为陕西佥事、云南按察使、布政使等。正德九年（1514年），举治行卓异。正德十年（1515年），授顺天府府尹。同年以都察院右副都御史，巡抚河南。正德十三年（1518年），晋都察院右副都御史，调抚应天。朱宸濠叛乱，李充嗣死守安庆。升户部右侍郎。正德十六年（1521年），主持疏浚白茆河，新开江口至双庙段三千五百五十六丈。官工部尚书嘉靖元年（1522年）论平宸濠之功，加太子少保。改南京兵部