祺瑞内阁的国务院秘书长。翌月，改任国务院参议。民国六年（1917年）9月至民国九年（1920年）9月，任全国水利局副总裁。此后还曾任清史馆纂修、故宫博物院管理委员会副委员长、东方文化事业总委员会委员，是当时史学、地方志方面的权威学者。民国二十年（1931年）10月3日，王式通在北平病逝，享年68岁。
家庭.其子为民国政要王荫泰。