脚底按摩具有医疗效果，使得台湾卫生署一度禁止脚底按摩疗法，吴神父也成为争议性的人物，当时其所属的白冷外方传教会也表示此举超过传教工作的范围。后来，吴神父号召同好，于1991年正式登记为社团组织，卫生署也在1993年公告脚底按摩属于民俗疗法，而不予列管，脚底按摩从此以民俗疗法保健的名义，继续得以在民间推广流传。
为教宗若望保禄二世按摩.吴若石神父一直没有得到教会的支持。直到2003年底，吴若石神父受中华民国驻教廷大使戴瑞明推荐，为当时不良于行、声带受损、颈椎也有问题的教宗若望保禄二世