带电分子才停止在凝胶中运动。介质中的pH值梯度通常用脂肪族两性离子产生，这些药品需要在样品加入之前加入。
对于蛋白质的应用.由于蛋白质同时具有酸性基团和碱性基团，等电位聚焦法常常用于蛋白质的研究。蛋白质将被置于带有pH梯度的聚丙烯酰胺，淀粉或琼脂凝胶中，蛋白质在pH值低于等电点时会带有正电荷，在电场中会向阴极移动。如果蛋白质在一个有递增pH梯度的凝胶中电泳，蛋白质所带电荷会一直减少，直到蛋白质移动到pH值与等电点相同的区域。在此处，蛋白质静电荷为零，因此停止运动。此过程的结果是蛋白