利氏忠臣、享誉勇名的清水宗治守备的备中高松城（备中高松城之战）。辉元与叔父元春、隆景共同率领4万军驰援，与秀吉对峙。同年6月2日，京都发生本能寺之变。秀吉早一步获得情报，知道明智光秀谋反及信长横死的讯息，开始展开与毛利氏的和睦交涉，透过毛利氏的外交僧安国寺惠琼的奔走下达成协议，备中高松城开城、城主清水宗治切腹。正式开启毛利氏与织丰政权的和平协议路线。
丰臣政权时代.辉元在柴田胜家与秀吉的争夺战中保持中立。并在天正11年（1583年）贱岳之战秀吉获胜后赠上祝贺。贱岳之战后，秀吉成为天