之后，检察单位针对各个首长的特别费支出进行调查与起诉的一列活动。多数行政首长都被发现将特别费使用于私人支出上以及为了报销特别费而使用假发票报帐的现象，其中最受瞩目的就是马英九在台北市长任内的特别费案。遭受调查的首长，除马英九之外，还有萧万长、连战、吴敦义、蔡英文、谢长廷、苏贞昌、吕秀莲、游钖堃等多名政务首长遭调查、侦讯、起诉及法庭审理。由于民进党执政时期其中遭波及的民进党公职人员较多，直到政党二次轮替国民党重新执政以后，民进党对此认为检察机关明显偏袒，要求立法院民进党团扩大检举国民党政务官特别费问题。