894年才移往位于今天台南神学院校区内的新楼医馆。1899年之后，该校校务由宋忠坚（）、巴克礼与甘为霖等牧师代理到台湾日治时期的1901年，第二任校长费仁纯（F.R.Johnson）上任为止，而在这之后，该校使用汉文、日文与英文上课，并于1906年经台湾总督府立案改名为「长老教台南高等学校」。1914年第三任校长万荣华（Edward Band）上任，并为了校务发展打算迁校，新校址即今天所在地，为昔日台湾府城的东门城郊。最初建有两栋传统木构架形式教室（今体育组与谘商中心），在其北边有两栋宿舍，称为「东学寮」