扇平地区的原始植群是以樟科及壳斗科植物为主的温带天然阔叶林，除天然林区之外，由于国民政府时期先后于此区域进行过金鸡纳树、杉树及竹类等林木造林育苗试验，这些小面积的人工林，也造成现在的树木及竹类标本园。而在动物部分，根据调查纪录台湾行政院农委会的纪录，蝴蝶已知有139种，蛾类上千种，甲虫类至少有50科，而哺乳类方面，较常见的有山羌、台湾猕猴、山猪、赤腹松鼠、白面鼯鼠等。爬虫类则常见攀木蜥蜴、石龙子、锦蛇、青竹丝等，鱼类则以台湾马口鱼、鮕鱼为主。而在鸟类方面，扇平地区是台湾南部地区赏鸟的重要据点，据观察此一