至正15年（1355年），刘福通起兵反元，拥韩林儿在亳州称帝，建“宋”政权，以亳州为国都。至此亳州正式成为“三朝”古都之地。明朝初年亳州一度为县，属颍州。弘治9年（1496年），又升县为州。清初亳州属安徽布政使司直辖，曾升为亳州直隶州。1864年清廷镇压捻军后，析亳州、宿州、蒙城、阜阳、各一部设涡阳县。1913年，中华民国时期全国废州，故改亳州为亳县，由省直辖。1964年，中国国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县。1986年撤销亳县建制，设立县级亳州市。1998年收归省直辖（副地级）。