经毁坏，明成化二十一年（1485年）定名宝通禅寺。辛亥革命时，蒋翊武任护理战时总司令，司令部就设在宝通寺。武昌防御使兼北面招讨使谭人凤曾以宝通寺作为使署，进行北谈判。山之东有公墓安葬北伐中战死的官兵。中国国民党清党后，王仲友曾隐藏在寺内，出寺后仍被胡宗铎、陶钧杀害，方丈问贤为此也被捕入狱。后来王与江(佐芝)两人遗体由问贤方丈及莲溪寺方丈体空和尚秘密收拾埋葬。1924年，持松法师从日本高野山学习真言宗，将唐密的法脉传回中国大陆，以宝通寺爲弘法道场。
共和国后.寺庙因历代帝王官