总统李宗仁认为大势已去，而经香港飞往美国；蒋中正则撤退至中国西南地区继续指挥军队抵抗。1949年10月1日，中共在北京成立中华人民共和国，同年12月蒋中正下令已撤至西南地区的中央政府退守台湾地区，台北市也成为中央政府所在地。撤退途中除了将外汇和黄金储备移往台湾外，国军和大陆居民也跟随中华民国政府撤往台湾。1950年四月初，西昌战役的败北象征着国军失去对中国大陆的控制权，5月再失去海南岛与广东省万山群岛，完全退出珠江流域的华南地区；至此，中华民国政府的实质统治区仅剩台湾全境、澎湖群岛、金马地区和浙江省舟山群岛