穿过北京城市副中心运河商务区，利用一期和二期开行的快慢车实现副中心与中心城区的快速连接。向东延长的6号线二期于2011年2月28日开工，2014年12月28日建成通车。
西延段.西延工程则西起石景山区金安桥站，向东经过苹果园交通枢纽，沿杨庄东街、田村路向东到达海淀五路居站与6号线一期相连，全长10.29千米，全部为地下线，设6座车站。6号线原计划在慈寿寺站连接S1线，但S1线选用中低速磁悬浮技术，存在运力不足等问题，因而取消了苹果园站至慈寿寺站的区段，而改由6号线西延至苹果