人民获得政府提供的社会保障，理教兴办的公益事业逐渐失去作用。另一方面，理教的教规中除了戒除烟酒之外，其他教规日趋佛教化，导致很多信徒改信佛教。教徒减少，导致理教经济收入减少，上海的不少理教公所只好关闭。上海的个别理教公所因参与“反动会道门”活动而在取缔反动会道门中被政府取缔。但理教并未被作为“反动会道门”取缔，而仍保持合法地位。1963年，上海市理教会自行解散。1965年，上海最后的两所理教公所普庆善堂、天慧堂，因没有信徒上门而先后关闭。1949年，理教的领导人之一、国军少将高参赵东书来到台湾。1950