参与发起成立“民社”，创办《民声报》。后来回湖南为祖母奔丧，返上海时，民社已和统一党合并成共和党，反对中国同盟会，宁调元乃登报脱离民社及《民声日报》。此后到广东任三佛铁路总办。袁世凯任中华民国临时大总统后，宁调元辞去总办职务，到广东会见陈其美、安徽会见柏文蔚、江西会见李烈钧、湖南会见谭延闿，秘密商议武力讨袁。民国二年（1913年）2月，宁调元在南昌密电谭延闿等人，指袁世凯破坏共和，望湖南人团结，同各省协筹对付。宋教仁在上海遇刺身亡后，宁调元到上海见孙中山、黄兴，支持武力讨袁。孙中山任命宁调元为秘书长。同