别出席普渡大学教授根岸英一的诺贝尔化学奖庆祝会。两人同为定居美国中西部的日裔诺贝尔奖得主，也都是东京大学校友。不久后，南部返回日本大坂定居，兼领数个名誉教职。2015年7月5日，南部因急性心肌梗塞在日本大坂逝世，时年94岁。但死讯直到7月17日才被大坂大学公开。