4月8日，孙金龙结束在地方十七年的工作回到北京，补缺调任山东省省长的李干杰，出任生态环境部党组书记。当日生态环境部官网一度登上孙金龙个人信息，但随即撤下；直到4月13日，始正式发布孙金龙履新信息。4月20日，明确为生态环境部副部长，排位在来自党外的部长黄润秋之上。4月27日，不再担任新疆兵团政委职务。2020年7月31日，美国财政部依照总统特朗普于2017年12月依照《全球马格尼茨基人权问责法》签署的行政命令，对孙金龙和彭家瑞进行制裁。