长崎县师范学校长教授、武部直松的四子，生于长崎。早年，武部六藏先后入东京府立四中、第一高等学校。1918年7月，自东京帝国大学法科大学法律学科（独法）获优等毕业，被授予银时计。1916年10月，参加文官高等试验行政科试验合格。1918年7月，入内务省的东京府属兼内务属，隶属地方局府县课。1919年10月，就任长崎县理事官、内务部农林课长。以后，历任福冈县学务课长，内务事务官，都市计画局、帝都复兴院书记官，建筑局庶务课长兼营缮课长、复兴局建筑部庶务课长、复兴局长官官房计画课长、复兴局长官官房文书课长、复兴