鎌仓时代初期，高僧重源又重振大轮田泊的港口。在鎌仓幕府时代，神户的人口大多居住在现在的兵库区一带，这一地区被称为兵库津，是当时日本重要的港口。在14世纪前期这一自建武新政转换至室町幕府的剧变时期，神户是凑川之战的舞台。也是在同一时期开始，除了嘉吉之乱至应仁之乱之间的20多年间神户曾由山名氏统治之外，神户进入约200年的赤松氏统治时期。1591年，结束战国乱世实现日本统一大业的丰臣秀吉在神户郊外的有马温泉举办有马大茶会。在江户时代，神户的主要市区仍然在兵库津一带。当时的兵库津是自西日本前往北海道的的重要据点港