后又返回福州成立“公益社”，1908年，公益社更名“桥南公益社”，成为被清政府承认并备案的社团。1906年，郑祖荫代替郑权担任汉族独立会会长，并将汉族独立会改组为中国同盟会福建支会，郑祖荫任会长。1910年，郑祖荫当选为福建省咨议局常驻议员。1911年武昌起义爆发后，他动员驻福建的新军将领孙道仁加入同盟会。11月9日，他又参与指挥了福州光复起义，并在胜利之后担任福建省都督府参事员会参事员，后任福建省政务院副院长。中华民国成立后，郑祖荫当选南京中华民国临时政府参议员，后随参议院到北京任职，不久因不满袁世凯