持续被森林砍伐破坏及生态灭绝，例如于秘鲁亚马逊，本土的部族不断地消失。
气候转变对亚马逊雨林的影响.有证据显示亚马逊雨林的植被在过去210,000年，经历末次盛冰期及冰蚀期（），出现了重大的变化。分析过亚马逊盘地古湖（）及沖积扇中的沈淀物，显示出盘地在末次盛冰期的降雨量比现时的为少，这几乎可以肯定是因为盘地潮湿的热带植被减少所造成。对于当时植被减少的广泛程度，科学家有不同的争论。有科学家认为雨林萎缩至细小及分离的物种遗区（），被空旷的森林及草原分隔着；有科学则认为雨林依然完整，