明中叶以后，随着蒙古的再次崛起，边境再次南移。并修建长城以防御蒙古，在长城沿线设置九边重镇加强防御。长城也成为明中后期的北边，同时也是农耕区与游牧区的界线。
东北地区.明太祖设置辽东都司以经营辽东。并多次进军黑龙江流域，招抚当地土着部落，明廷势力一度达到外兴安岭与黑龙江口。明成祖永乐七年（1409年）于黑龙江地区设置奴儿干都司，然此都司并非常设机构，与东北130多个羁縻卫所不相辖属，甚至库页岛的北半部，明宣宗宣德九年（1434年）废弃之，撤回在奴儿干的流官驻军，不过之后女真仍奉明朝