2013/14赛季克洛斯伤癒归队。2013年10月4日，在联赛1：1战平旧主勒沃库森的比赛中，克洛斯射入了该赛季首球。2013年12月21日，他在2013年世俱杯2：0胜卡萨布兰卡拉贾的比赛中首发出场。2014年2月19日，克洛斯在欧冠2：0胜阿森纳的比赛中射入赛季第二球。3月25日，他在3：1胜柏林赫塔的比赛中再次进球，帮助拜仁提前夺得德甲冠军。
皇家马德里.在2013/14年赛季，克罗斯跟拜仁的续约谈判一直很不顺利 。当时克罗斯已受西甲俱乐部皇家马德里追求，时任拜仁教练