所有资金皆是政治献金，并非贪污，迄今仍在法院审理中。收押至今曾三度绝食抗议。阿扁被羁押期间，其委任律师必须在检察官监视下会面，蔡守训法官亦无给其委任律师阅卷时间，其委任郑文龙律师亦曾对此提出抗议。2009年9月11日，国务机要费案一审宣判，陈水扁被蔡守训法官判无期徒刑，併科新台币二亿元罚金，同时褫夺公权终身。其中国务机要费的部分被分作四案宣判，无期徒刑即为其一之判决结果。2010年7月15日，美国政府以特侦组检察官所送国务机要费判决书向美国法院提起诉讼，寻求没收陈水扁夫妇涉嫌以贿款购买的2栋房产。2