重建。咸丰六年（1856年）, 太平军与清兵激战于吉安，书院又被焚毁。同治二年（1863年），经知府曾省三倡修恢复。现存的风月楼、云章阁以及斋舍, 为同治二年所遗留，而洲中心的鹭池，则是明代万历二十年重修书院所开辟。1903年改制为中学堂，现为江西省白鹭洲中学。2013年8月至2015年12月，白鹭洲书院全面修缮复原，并对白鹭洲进行加固改造。