自西藏萨迦昆氏家族，其生父为尧西·古公才旦，生母为尧西·索朗卓玛，贡布慈丹在家中排行老大，有胞弟温都·公布甲。1937年12月1日，第九世班禅额尔德尼（曲吉尼玛）圆寂后，依照惯例，西藏噶厦、班禅堪布会议厅、札什伦布寺均分别开始了寻找第九世班禅额尔德尼的转世灵童的工作。班禅堪布会议厅于1941年指认贡布慈丹为班禅转世灵童之一，但拉萨噶厦对此一直不予承认，噶厦在拉萨另外指认了两名转世灵童。1943年春，班禅堪布会议厅拜嘉雅活佛为贡布慈丹的副经师。1944年在拉卜楞寺拉科活佛拉科·晋美赤烈嘉措（同年成为贡布慈