兵员素质低而扰民；清政府的政策无法有效约束台湾移垦社会的发展，部分台湾民众乃因之起而反抗，发生反抗事件，较大规模者有70多次。「三年一小反，五年一大乱」的俗谚乃形容清领二百多年，台湾社会动乱频繁的情况。其中最着名的大规模民变有朱一贵事件、林爽文事件和戴潮春事件等。除了反清变乱之外，各族群内部也经常发生分类械斗，其中既有不同族群间的（如顶下郊拼、闽粤械斗、漳泉械斗）、不同姓氏间的（如同治年间竹堑北门的苏黄二姓械斗）、职业团体间的械斗和因商业利益而起的械斗等。清政府将原住民分为「生番」（以高山族为主）和「熟