840年11月3日阿卡投降后阿里表示同意伦敦协议的条款，放弃了对克里特和汉志的统治，缩小海军，将陆军缩小到1.8万人，作为代价，他的后代在埃及享受世袭统治权。这是奥斯曼帝国的总督前所未有的特权。
晚年.1843年以后，几乎就在叙利亚灾难和埃及被迫放弃进口税和政府的垄断后穆罕默德·阿里的神志越来越煳涂。不仅他的思想和行动混乱，而且他越来越多疑。比如1844年他获悉了埃及的债务达到8000万法郎的消息后狂怒了整整六天。一年后伊卜拉欣因风湿性疼痛和肺结核（他开始咳血）被送到意大利