华人转而信奉基督信仰，在1950年代和1960年代，华裔基督徒在这一时期的数量增加了两倍。在1970年代苏哈托政府取消承认孔教在印尼的法定宗教地位后并有系统禁止孔教活动后，使得印度尼西亚华人第二波转信奉基督教。雅加达为印度尼西亚华人基督徒最多的地区，棉兰则有最大的印度尼西亚华人佛教徒聚居地。印尼90%人口为穆斯林，但华人穆斯林只佔少数，根据2010年的人口普查显示，3.6%的印度尼西亚华人是穆斯林。印尼中华伊斯兰教联合会（Persatuan Islam Tionghoa Indonesia，PITI）等