在此期间，北京国安曾经坐镇工人体育场，先后击败了意大利AC米兰、英格兰阿森纳、巴西弗拉门戈和格雷米奥，也一度赢得了“工体不败”的美名。
1999年至2006年.这一阶段，国安依靠从威克瑞收购的梯队逐渐实现了新老交替，其中徐云龙、杨璞和邵佳一随国家队征战了2002年世界杯预选赛以及正赛阶段的比赛。球队于2000年及2001年两度获得足协杯亚军；在联赛中，除去2002赛季的季军以外，球队成绩一直在第六到第八名徘徊。2003年，北京现代汽车有限公司买下了球队三年的冠名权。然而球队成绩