军占领新加坡，陈嘉庚被迫辗转到印尼等地避难，由于得到华侨的掩护，得以安全地度过3年多恐怖时期。在此期间，陈嘉庚在没有任何资料可供参考的情况下，凭着惊人的记忆力，详尽地描述了自己四十多年的人生经历，即《南侨回忆录》。1946年国共内战爆发后，陈嘉庚反对美国援助蒋介石，以南侨总会主席名义致电美国总统和国会表示抗议。并且抵制蒋介石召开的国民大会，指出蒋介石“一夫独裁，遂不惜媚外卖国以巩固地位，消灭异己，较之石敬瑭、秦桧、吴三桂、汪精卫诸贼，有过而无不及。”1947年，又组织“新加坡华侨各界促进祖国和平民主