适用刑事诉讼法，故提出覆议，但覆议失败。绿营以总统令加上「批示」，「批示」如下：「总统、副总统于选举期间同时遭受枪击，为明事实真相自应调查。政府支持调查，但不应违宪调查。本条例既有重大宪政争议，宜寻求释宪或修法解决，以符宪政秩序。」绿营随后将此法向司法院提出释宪。行政院长游钖堃与其内阁团队宣布，行使公务员“合法”的“抵抗权”，反制真调会的运作。10月7日法务部长陈定南，行政院发言人陈其迈、内政部长苏嘉全、政务委员许志雄、行政院主计长许璋瑶至真调会，双方互不相让，使真调会召集委员、前司法院长施启扬下逐客令