日完成中港苗栗段，隔年（1904年）推进至三叉河（今苗栗县三义乡）。至于纵贯线南段则从明治卅二年（1899年）11月自打狗（今高雄鼓山区南部）往北铺设，隔年（1900年）11月29日打狗台南段开始营运，再隔年（1901年）5月15日营业路段沿伸至今善化车站。而到了明治卅七年（1904年）时南段路线已经延伸到了彰化，同时北段也到了三叉河，只剩下最后难度最高的中部路段，该路段之所以困难主要是因为三叉河到葫芦墩之间需要渡过大安溪与大甲溪，且需开凿许多隧道穿越山区。而在纵贯线最后的中部路段施工时，适逢日俄战