寂后，骨灰埋在聂塘卓玛拉康之前约500米处，建有坟墓及祠庙。后来，阿底峡的坟墓及祠庙均被毁，但其骨灰罐仍存聂塘卓玛拉康。1963年，中国政府应巴基斯坦的请求，西藏自治区筹备委员会将阿底峡的部分骨灰造灵塔送至北京，准备送归阿底峡在巴基斯坦的故乡达卡（今属孟加拉国，当时孟加拉国为巴基斯坦的一部分），但因文化大革命爆发而未能成行。粉碎四人帮后，1978年中国政府应孟加拉国政府的请求，将阿底峡的部分骨灰及其全套着作送归孟加拉国，在其家乡达卡举办了安放仪式。如今的聂塘卓玛拉康是1930年代热振活佛主持重修后的面貌