黑石号上所载的货物推测，黑石号可能从中国扬州出发，并曾在中国广州补给。黑石号沉没的地点距离常见的中国至阿拉伯航线较远，导致偏离的原因尚不清楚。大多数从中国到阿拉伯的船只都会穿过南海。这些船只会在经过廖内群岛后转向西北方向，进入马来半岛和苏门答腊之间的马六甲海峡（右图红线所示）。沉没地点勿里洞岛距离新加坡海峡有610千米，距离常见的航线有一定的距离，而船只如何进入这一区域尚没有确切的答案。经过勿里洞岛的航线更有可能是从爪哇海至马六甲海峡的船只使用的航线。
船只.黑石号为第一艘发现和发