令朱钖藩爱好北里之游，以对联「朱以牛变人，遭瘟怪道不通人性；蕃本番上草，杂种长成这样草包。」辱之，朱钖藩认为是人身攻击，愤而报复，去其廪米，又勒令其私塾停业，从此流落成都。1902年四川大旱。江津县令武文源却趁机加税，云舫与孝廉张泰阶等人，联名上访四川总督辕门。署理总督岑春煊大怒，将武文源革职。后来武文源报复，买通重庆知府张铎，以云舫诗文「妖言惑众，播乱民心」为理由，兴文字狱，将之禁锢。后得士绅与其弟子帮助，三年后才出狱。一说是后任四川总督锡良爱才，因而释之。1911年，贫病而死，葬于江津县灯油