最早的海洋生物专着《闽中海错疏》，喻仁、喻杰合着兽医学着作《元亨疗马集》，徐光启着《农政全书》，玉米、地瓜、土豆、花生、烟草、西红柿、向日葵、南瓜、辣椒从美洲传入。地理学方面，编成《郑和航海图》，地理学家徐霞客着《徐霞客游记》，明末清初思想家顾炎武着《肇域志》、《天下郡国利病书》。造园家计成写成园林学着作《园冶》。明初学者叶子奇指出:“草木一核之微,而色香臭味,花实枝叶,无不具于一仁之中。及其再生，一一相肖”，指出草木种子的重要性。后来学者王廷相更进一步指出，生物种的不变是由于“气种之有定”。他说:“万