风吹袭，致使围城战失败告终。沙利文愤而公开指责法国海军上将，令到新近建立的美法同盟蒙上阴影，使他卷入更多争议。1779年，华盛顿派沙利文远征俄亥俄谷地的北美原住民部落，削弱亲英及中立的易洛魁联盟势力。沙利文谨慎地准备军队，并在补给艰难的情况下摧毁多座易洛魁联盟的村庄，终于在军事上取得成就，可是他在筹措补给时又多次批评议会的战争委员会（Board of War）。委员会随即向议会投诉沙利文作出不实指控，而沙利文则在11月以健康为由向议会请辞，并且被议会大比数接纳。
重返议会.沙利文虽