849年，教区内4750名信徒全部交给了法国耶稣会神父。1853年，太平天国占领南京，并占据两省大片地区达11年之久。 1847年罗伯济主教辞职返回罗马，教区委托给助理主教赵方济。1849年赵方济接任南京教区主教，他在上海董家渡建造了主教座堂，并将洋泾浜住所（今四川南路）让给法国领事馆。1855年4月8日由于疾病返回欧洲，向教廷建议将南京教区委托给耶稣会。同年11月13日在那不勒斯去世。1856年，教廷撤销南京教区，改设江南代牧区，托付给法国耶稣会会士，年文思成为首任代牧（法国耶稣会还负责直隶东南代牧区