后南京土着纷纷盗伐孝陵树木。明朝神宫监监户散亡，原孝陵卫士兵多以陵园为畜牧种菜之所。康熙三十八年曾在明孝陵立“治隆唐宋”碑，并命令江宁织造曹寅监修明陵。雍正七年命江宁有司防护明太祖陵。干隆十六年革孝陵司香太监，留陵户看守。嘉庆三年五月诏修明孝陵。咸丰三年太平天国攻打江宁，战火几乎让明孝陵地表建筑毁于一旦，神功圣德碑亭、享殿门、享殿、配殿、明楼屋顶全部焚毁，墙垣多有垮塌，康熙手书的御碑也倒地破碎。同治三年（1864年）九月，曾国藩奉诏祭陵，准备着手修复明孝陵。曾国藩派员勘估，并编订《金陵善后局估勘