学生与日本学生的对立，然而校方往往坦护日本学生。当时甘文芳与医专同班同学石钖勋、吴海水、丁瑞鱼、张梗等人则时常出面打抱不平，遂形成领导集团。而已经在大稻埕大安医院开业的学长蒋渭水时常来找他们聊天，并开始交换意见讨论。1924年1月12日召开的「上海台湾人大会」，除甘文芳，尚有张我军、许乃昌、陈满盈、张结梗等数十人出席，严责内田嘉吉总督的暴政，声援「治警事件」的受害者。后赴日，较左倾，1947年任东京二二八惨案处理委员会委员，1948年参加华侨民主促进会，为在日华侨领袖，1956年2月中国人民政治协商会议