正13年）临时校址落成并搬迁，同年开设海军军医学校诊疗部，为海军军属及家人提供治疗服务。1936年，改革了培训制度，对正式的尉官要求参加航海训练，而对两年制短期军官则要求到进行兵学实习。1942年，增设牙医科目。1943年，为了应对军人数量的激增，在户冢的海军医院设立分校。1944年，户冢分校改成，同时在贺茂海军医院增设。1945年11月1日，随着战争结束而闭校。
课程.按照1944年的宣传册子记载，军医学校的学习者大致分为五类：1939年（昭和14年）颁布的规定中，高等科