和一些特殊地区的管理。这些职务有宰相，由葡萄牙国王任命，管理马六甲的亚洲籍外侨；港务官，协助管理来往船舶、接待来使，引见马六甲总督；天勐公， 由葡属印度总督委任一名葡萄牙人担任，属终身制，专门管理南宁 和林茂的米南加保人和马来民族。葡萄牙也聘人独创甲必丹制度，由各不同族群出任，负责处理民族内部纠纷，战争时负责维护地方治安。此制度往后也被荷兰人所承袭。
军事制度.在军事制度上，马六甲总督之下设有总司令（Captain General）和副司令二职，总司令是最高的军事长官，也由葡萄