反应堆也可以用于嬗变的目的。
燃料类型.有几种核燃料可以在其初始燃料燃料循环中使用钚，用于商业发电。这个过程一举两得：不但产生电力，还可以消耗武器级的钚以及来自乏燃料再处理过程的钚。金属氧化物燃料包含铀和钚的氧化物，可以替代低浓缩铀，主要用于轻水堆。这种燃料里的钚可以经过燃烧而消耗。但因爲其含有铀-238，经过中子俘获后会产生次生的钚。钍也可以和钚一起制成混合燃料。在这种燃料中，钚裂变释放出的中子被钍-232吸收，嬗变为钍-233。后者经过两次β衰变后变成裂变材料铀-233。钍