891年，新翼落成，学校更名为拔萃书室（Diocesan School and Orphanage）。同年，校内女生已全数转入飞利女校（Fairlea Girls' School，今协恩中学前身之一），拔萃书室于是成为一所纯男校。1892年5月23日，定例局通过「拔萃书室条例」（The Ordinance of Diocesan School and Orphanage）。1899年，拔萃女书室于拔萃书室附近的般咸道玫瑰行（Rose Villas）成立，由俾士兼任校长，以荷嘉（Ms. M. I. Haw