语系首次提出后，语系的内部结构就一直在争论中。对大多数甚至所有分类法有效性的质疑变得越来越普遍。自从19世纪后期存在一种对乌拉尔语系各语言的传统分类法。这个分类法经常在有关乌拉尔语系的百科全书、手册和概论中引用。这个分类法如下：在19世纪后期萨莫耶德语族还不广为人知，所以其在分类法中的位置还不确定。当语言学家在20世纪初期逐渐熟悉这些语言时，发现它们跟其它语言非常不同了，就假定它们在早期就已演化出去了。于是开始使用“乌拉尔语系”这个术语来描叙整个语系，而“芬兰-乌戈尔语族”则用来描叙不包括萨莫耶德语