拓使函馆支厅许可后搬至现地址。1879年（明治十二年），说教所更名为“能量寺”。1892年（明治二十五年），重筑大殿。1927年（昭和二年）至1928年（昭和三年）间，东本愿寺第二十三世管长大谷句佛来访北海道布教，以能量寺为中心活动。1945年（昭和二十年）7月15日，附近地区被美军空袭。此时许多人在能量寺后的柏林中避难，彻夜不眠。1950年（昭和二十五年）7月20日，大谷句佛在离开能量寺之际为题俳句，并立碑以记。