攻进九龙西，耶稣会教士协助居民撤退到香港岛，九龙华仁被迫封校。日佔时期，困难情况下华仁继续授课；直至1945年7月1日，日军着华仁停办。是年8月，日本战败投降；9月，华仁复课。由于桌椅战时已被当为燃料，学生要自备桌椅上课。战后柯士甸道分校改为天主教小学德信学校。
窝打老道校舍（现址）.1946年、1947年间，学生人数不断增加，需要寻找新校址。不过，迁入何文田山道15号一地皮的提议遭政府否决，另一说法为政府态度不置可否，致使迁校一事不了了之。1949年，学校与香港政府商讨后，政府同