动神经元的输入来做多个脑内的结构。包括脑干内的下行网状结构，小脑深部核团，中脑的红核，以及大脑皮质的运动区。除了这些结构，基底核也与运动功能有密切的关系。从大脑皮质的运动去直接投射到嵴髓运动神经元的通路称为皮层嵴髓束。这种非常简单直接的通路与灵长类对手指的精确控制有关。除了支配肢体运动，眼球的运动也是运动系统的重要一部分，与动物的视觉感知，注意力和抓取等功能密切相关。中脑的上丘内含有眼动神经元，直接支配控制眼球运动的肌肉。常见的运动系统疾病包括瘫痪，运动失调症，帕金森氏病，亨廷顿氏病等