卡皮斯特拉诺后与汇合，最终流入位于多尼州立海滩的太平洋。此外，圣胡安崃谷是74号加利福尼亚州州道（奥尔特加高速公路）的其中一段主要路线。在1770年代西班牙殖民之前，美国原住民部落曾经居于圣胡安溪流域一带。后来，西班牙传教士在抵达当时的新西班牙加利福尼亚省后，成立了，并把阿贾凯姆人更名为胡安尼奥人。最初，圣胡安溪流域内大部分土地均用作农业和牧场用途，直至1950年代发展商开始在流域内进行大规模的郊区住宅开发，土地用途才有所转变。自此，人口膨胀使当地河溪的河漫滩逐渐被蚕食，而发生在20及21世纪的洪水亦