民国八十七年），五妃庙重建多次，此次修建完即为今貌。1983年12月28日，中华民国内政部公告第一批15座一级古蹟名单，五妃庙名列其中。1997年5月，《文化资产保存法》修法后，不再区分为一至三级古蹟，而採用国定、直辖市定、县市定三级。五妃庙改为国定古蹟。