欧洲联盟解除对其武器禁运措施。同年举行的爱知世界博览会期间，日方给予持中华民国护照旅客免签证优惠。9月26日，给予永久性免签证待遇。2006年11月，森喜朗再度访台，由总统陈水扁及行政院长谢长廷接见，并颁授特种大绶景星勋章。2007年3月，中华民国外交部针对日本首相安倍晋三的谈话表示，没有证据显示前日军曾强征妇女到前线当慰安妇及不再为慰安妇案道歉，中华民国政府深感遗憾并表达严正抗议。外交部指出，慰安妇案是过去日本发动侵略战争所遗留尚未处理的问题，日本政府基于人道及人权立场，自应负起责任认真处理此一问