噶尔的叛乱者向浩罕汗国求援，导致阿古柏入侵。1865年至1867年间，浩罕权臣阿古柏率领浩罕军队消灭了天山以南各地的割据政权，在新疆南部建立了哲德沙尔汗国。同治十年（1871年），俄罗斯借口“代收”，派兵侵佔伊犁。光绪元年（1875年），清廷命陕甘总督左宗棠督办新疆军务。次年，清军西征，收复迪化一带。光绪三年（1877年），清军消灭阿古柏政权，收复了除伊犁外的新疆全境，持续10余年的新疆叛乱最终结束。光绪七年（1881年），清朝通过交涉收回被俄罗斯侵佔的伊犁。光绪十年（1884年），清廷下旨设立新疆省，废除