清廷俘获其父亲董世猷，董福祥乞降，全军投降清军，所部改编为董字三营，立即投入对马化龙的战斗中。
金积堡战役.1869年12月11日，董在攻打吴忠的战斗中亲身肉搏，虽受伤不下火线，为夺取吴忠堡立下头功，董率军勇勐作战，很快打消了左宗棠、刘松山等人对其的疑虑，左宗棠于是同意正式将董字三营编入官军序列，成为刘松山手下的一支劲旅。1870年2月14日，在金积堡战役中，刘松山不听董福祥的劝告，亲往马化龙营中受降，不料中弹身亡，临终前他将侄子刘锦棠托付与董福祥，董遂忠心辅佐刘锦棠。同治十年