总理职务，王士珍被任命为京畿警备总司令。李经羲内阁成立后，他任陆军总长兼参谋部总长。7月，张勋假意调停府院之争，率领辫军进入燕京，却乘机拥立前清宣统皇帝，是为辫军复辟，王士珍参与，任内阁议政大臣、参谋部大臣。复辟失败后，王士珍回到故乡隐居。后来以维持北京秩序有功爲理由，他重回北京，任段祺瑞的参谋部总长。段祺瑞的皖系和冯国璋的直系就针对南方政府（护法军政府）究竟实行「武力统一」（皖系主张）还是「和平统一」（直系主张）起了纷争。11月15日段辞任国务总理，在冯国璋的支持下，30日王士珍署理内阁总理。此后