从建成之初，就有31路贯穿学院路（今331路，仅有花园北路-成府路一段在学院路上）。如今693、392、632路行经学院路全程。学院路从建成之初就规划建设地铁，此后学院路下方的地铁线路直至1990年代仍然存在于城市规划中，但延至2017年，才以城郊线（昌平线）进城（而非原规划中的市中心辐射线）的形式，开工建设。此前，学院路已被10号线和15号线横穿，分别设置西土城站和六道口站。这两站都将成为昌平线的换乘站。规划中12号线将横穿学院路南延线上的西土城路，设置与昌平线换乘的蓟门桥站。