期以来备受争议，前台湾省政府主席吴国桢1954年2月写了一封信给中华民国国民大会，痛陈中华民国政府六大缺失，第一条是：「一党专政。国民党之经费，非由党员之捐助，乃系政府，即国民之负担。这种国库通党库做法，除共产极权国家外，实为今古所无。」1958年的《自由中国》杂志也出现批评的声浪。此外国民党一党专政时期与中国内战、国际冷战时期重叠，当时国民党在台湾、中国大陆及海外的民间团体身分代政府进行外侨服务及情报蒐集等任务，取得政府方面的报酬或资金外的间接资助。2018年7月，国民党要求不当党产处理委员会申索遗留在中