天皇退位并前往京都大觉寺，将三神器交给北朝的后小松天皇。没有证据表明长庆法皇曾经随行前往京都。而根据《大乘院日记目录》的记载，长庆法皇于应永元年（1394年）8月1日病逝，享年52岁。其晚年的居住地有吉野、纪伊玉川里（今和歌山县九度山町）、先在和泉大雄寺塔头长庆院（位于今大坂府高石市），后前往京都天龙寺塔头庆寿院（位于今京都市右京区）等说法。此外，日本各地流传着长庆天皇在南朝覆亡之后潜幸各地以寻求全国南朝残余势力的支持。日本各地都有所谓的长庆天皇陵，但官方的说法，其陵墓是为于京都市右京区嵯峨天龙寺角仓町