后，孙中山在蒋中正、陈策等护卫下乘永丰舰离开，至8月初离粤退居到卢永祥势力范围的上海。广州中华民国政府瓦解。第二次护法运动宣告失败。陈炯明部占据广州，自任总司令。1923年1月4日，孙文通电讨伐陈炯明，并收买滇军杨希闵部、桂军刘震寰部，与拥护孙文的许崇智粤军联合，组成东西两路“讨贼军”，合击陈炯明。1月15日陈炯明宣布下野，次日撤出广州、退守惠州东江。2月21日孙中山重回广州设陆海军大元帅大本营，重新组建军政府。
组织架构.设有秘书处、参军处、法制局、审计局、会计司、庶务司、内