孺面前一一杀害，场面十分残忍。方孝孺的弟弟方孝友将要被杀的时候，方孝孺看着弟弟，流下了眼泪，方孝友说：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。”方孝孺强忍悲痛，始终不屈。被凌迟杀害于南京聚宝门（今中华门）外，时年四十六岁。《明史》中为施以凌迟。方孝孺被杀后，无人敢收尸，戴德彝抚尸恸哭不已，绝食三日，有诗云：「临危生死决须臾，为国宁怜家与躯？继志情殷愧力短，承先念切遇时渝。关山欲断春秋泪，骨肉长分南北区。手泽遗今无复守，聊凭风雨泣桑榆。」最后方孝孺遗骸由门人廖镛、廖铭