斯弟兄会、中国内地会，以及德国信义会。美北长老会在登州（蓬莱）创办了中国最早的现代高等学府——登州文会馆（济南齐鲁大学的前身）。1899年，义和团从山东兴起，攻击遍布全省的西方传教士。清末，面对俄国和日本的威胁，东北终于向汉族移民开放，加上民国初年张作霖的鼓励措施，在100年间有为数上千万的山东农民从海陆两路闯关东谋生，成为今天东北人口中的重要组成部分。1849年到1911年间，有57年因黄河、京杭大运河决口引起洪灾，并有多年为旱涝并发，甚至还同年发生旱灾、虫灾、涝灾。
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