舜水在江户病逝，享寿八十二岁。身后，德川光圀派人整理了他的遗稿，日本正德五年（1715年）刊行了《舜水先生文集》全28卷。东京大学农学院内至今立有“朱舜水先生终焉之地”（朱舜水先生临终之地）的石碑。朱舜水之墓在历代水户藩主的墓地瑞龙山（位于茨城县常陆太田市）。爲了纪念他不忘故国，墓特地建为明朝式样。
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