绪三十一年（1905年），考入京都帝国大学法学部法律学科。光绪三十三年（1907年），程明超毕业回国，钦赐游学进士，授翰林院编修。宣统二年（1910年），曾选资政院钦选硕学通儒议员，但和朱献文一样未被钦点。次年才补点成为硕学通儒议员。辛亥革命中吴禄贞遇刺身亡后，程明超作为其留日同学曾负责治丧。中华民国元年1月，任南京中华民国临时大总统孙中山的秘书长。民国十年（1921年）1月，任两湖巡阅使公署机要处长。民国十五年（1926年）不再在政府任职。 此后主要研究书法。