他作为葡萄牙国王曼努埃尔一世的外孙拥有葡萄牙的继承权，发动葡萄牙王位继承战争，派遣阿尔瓦公爵率军入侵葡萄牙，腓力二世宣布兼任葡萄牙国王（称腓力一世），葡萄牙及其殖民帝国至此由西班牙哈布斯堡王朝统治。1640年，葡萄牙发生革命，西班牙势力被驱逐，布拉干萨公爵若昂被推举为国王（即若昂四世），葡萄牙王国从西班牙独立，伊比利亚联盟解体。