之后在1988年7月5日凌晨5：15左右，合作大楼发生了三人死亡，十人受伤的重大火警，死者除两名幼童外还有消防员李万生，死因皆是窒息。李万生因公殉职后，台湾省警务处消防科长刘大警曾代表警政署长罗张前去慰问，社会各界也纷纷捐款慰问，而当时的行政院长俞国华亦曾指派行政院第七组的组长吴恺之前往慰问。此外台南市警察局成立治丧委员会，由当时的台南市长林文雄担任主任委员。而这次的火灾是从一楼向上延烧，一到四楼全毁，五楼以上则仅受到烟薰。当时的运河里里长王登仕曾表示他在这场火灾发生的两年前就向市政府建议要求