后来马曜又受命筹建云南第一所专门培养少数民族人才的学校：云南民族学院。1951年，任云南民委副秘书长，处理民族事务。负责筹建云南民族大学前身云南民族学院的行政工作。1951年8月1日，云南民族学院成立。1952年到1955年，马曜领导了德宏景颇族和西双版纳傣族地区的社会调查。1954年到1956年，马曜领导了对云南20多个少数民族识别工作和大规模的社会历史调查工作。根据50年代的两次社会调查，马曜认为云南民族地区的民主改革和社会主义改造，决不能照搬汉族地区做法，云南边疆少数民族地区的主要