4年，腓特烈二世才将马耳他岛上所有剩余的穆斯林驱逐。过了一段短暂的时期，西西里王国王位传给法国安茹的卡佩家族，但由于安茹与热那亚共和国间的战争，和戈佐岛在1275年被攻佔，卡佩王朝在马耳他岛上行高税收，令王朝的统治在马耳他不受欢迎。1282年发生西西里晚祷起事，位于伊比利亚半岛东部的阿拉贡王国乘机入侵了西西里岛并确立了在西西里岛的统治，阿拉贡国王同时成为西西里王国国王，属西西里王国的马耳他开始由阿拉贡国王统治。后来阿拉贡与伊比利亚半岛另一大国卡斯提亚合併成为西班牙，因此西西里及马耳他亦开始被西班牙统治。