当时，桂军陆荣廷残部窥视广东，魏邦平乃奉命率部逆江而上，进攻梧州、苍梧县，经过三个昼夜的战斗，最终获胜。1922年，魏邦平率部回到广州。当时孙中山已自上海回到广州就任非常大总统，乃任命魏邦平为广州市卫戍司令。1922年六一六事变前夕，魏邦平护送孙中山至虎门登上永丰舰，并派侍从副官到广州找到宋庆龄，护送来与孙中山重聚。1923年1月15日陈炯明被赶出广州后，1月19日，孙中山电令魏邦平与胡汉民、李烈钧、许崇智、邹鲁“全权代行大总统职权”，并任魏邦平为广州卫戍司令。1月20日，任命魏邦平为“讨贼联军