35年联合七旗喀尔喀蒙古，共同对抗格鲁派。索南群培向青海的和硕特部求援。和硕特的固始汗随即派兵支援，在1637年大败喀尔喀三万大军，杀其首领却图汗。同年，五世达赖跟随四世班禅受比丘戒，就任哲蚌寺、色拉寺座主，学习佛教经典。势力窘迫的藏巴汗，被迫与信奉苯教的白利土司结盟。白利土司出兵攻打格鲁派的据点理塘，夺取了康区的众多地区，这给予了固始汗出兵的口实。1642年，固始汗出兵日喀则，杀死丹迥旺波，灭藏巴汗政权。受藏巴汗庇护的噶举派领袖第十世噶玛巴逃亡康区。随后，固始汗率兵征服了藏巴汗统治的整个卫藏。同年，2