2014年7月，任中央台办、国台办研究局局长。2014年7月起，任中央台办、国台办主任助理、研究局局长。周宁曾多次参加海峡两岸事务性磋商。其中最有名的是产生“九二共识”的“香港谈判”。当时，周宁以海协会咨询部副主任的名义，与台湾海基会法律服务处处长许惠祐作为双方的主谈代表，在香港开展第二次两岸公证书使用查证协商。