日本求援，万治二年（1659年）冬来到日本长崎。万治三年（1660年）在筑后国（今福冈县南部）柳川藩学者安东省菴的帮助下结束流亡生活。明末清初，有很多明朝文人爲避战祸来到日本，当时日本的大名家收用他们作爲自己的幕僚。宽文五年（1665年）6月常陆国（今茨城县）水户藩藩主德川光圀派彰考馆小宅处斋拜访朱舜水，朱舜水接受邀请，并于同年7月抵达江户。德川光圀对朱舜水敬爱有加，而朱舜水也对水户学产生很大影响、德川光圀就任藩主之际朱舜水也随同前往水户市；他与同为德川光圀编撰《大日本史》的安积澹泊、木下道顺和山鹿素行