第一个特别行政区为海南特别行政区，辖区为海南岛与南海诸岛。海南岛于1950年因内战失守后，海南特别行政区不复存在，但中华民国政府仍将海南特别行政区列入行政区序列之中，至2005年方予以取消；至于南海诸岛，则自1979年起由甫升格为直辖市的高雄市代管。抗战时期，汪兆铭政权亦曾先于1942年划江苏省的徐海道1市17县及安徽省的皖北地方4县，设立「苏淮特别行政区」，1944年改制为淮海省，抗战胜利后撤销。
自外国政权收回的领土.国民政府收回外国侵佔地后，为处理当地在外国统治期间与中国