长颜庆章邀陈冲为政务次长。内阁于2002年改组，陈冲出任台湾证券交易所董事长，使陈冲的金融资历扩及银行、保险与证券三个主要领域。陈在证交所董事长任内，未取董事会出席费、未领员工分红，并调降自己的年薪，同时推行指数型基金、推动调整制度，使台股得以在英国富时指数（FTSE）中升级。2004年，陈冲转任合作金库董事长，任内将合库推上市，成功民营化，合併农民银行，并邀请法国巴黎银行集团为策略联盟，进一步完成成立以来第一次现金增资，提升银行资本适足率。但2006年12月，因公股不支持而离任。2007年3月，担