1959年，博伊德被美国总统德怀特·艾森豪威尔任命进入美国民用航空委员会，后被约翰·F·肯尼迪提拔为主席。博伊德通过投供政府补贴以鼓励航空公司开辟小城市航线和规范机票降价等措施促进航空工业的发展。1965年，总统林登·约翰逊任命博伊德为分管运输事务的美国商务部副部长，并加入组建美国运输部的筹备委员会。1966年，整合政府多个运输相关部门而成的美国运输部成立，博伊德成为第一任运输部长。在任上，博伊德致力于机场、空中交通管制、汽车安全、驾驶员培训、酒精测试、公路美化计划（由时任第一夫人小瓢虫·约翰逊提出）等