山东巡抚衙门，于清代顺治元年（1644年）在济南设置（今山东省济南市珍珠泉院内），设有山东巡抚一人，为清代山东省最高行政长官。
驻地.均驻济南。
机构设置.山东巡抚为独任制职官，独自处理山东省政务。巡抚衙门内无定制的组织机构，仅有「六房书吏幕友」和一些附属职员。六房即吏、户、礼、兵、刑、工各房，分掌其事；书吏、幕友掌文书案件。附属职员有：中军副将，专司仪卫；武巡捕，掌保持衙门秩序，文武官员谒见时执司傧仪；戈什哈（满语），执侍奉之职；文巡捕，巡抚行公