始正视国民党在威权时代所犯下的错误，譬如为二二八事件平反、向受难家属致歉等等；在两岸关系上，李登辉推出戒急用忍和「南向政策」，限制台商前往大陆投资，并鼓励他们转往东南亚。他也在1999年推出特殊两国论，中断两岸的政治谈判。当时国民党内部也认同两岸必须以国对国模式统一。国民党非主流派（例如1993年成立的新国民党连线及新党）对此立场有很大的不同，他们的立场比较接近过去国民党的立场，强力反对两国论、坚守《中华民国宪法》一个中国的立场。
政党首次轮替后泛蓝的政治立场.在2000年中华