来曾被她废黜的儿子太子李显重新复位。他改换了许多宰相，但杨再思依然保持相位。二月初五，他官拜户部尚书、同中书门下三品，京师长安留守。三月廿五，杨再思检校扬州都督府（今江苏省扬州市）长史，但他依然在朝中作宰相不用到扬州上任。 六月十五，杨再思检校中书令。十月廿五，杨再思为侍中。他也充任了唐中宗顺天皇后（韦后）的奉册使。706年，唐中宗的女婿光禄卿、驸马都尉王同皎被宋之问的弟弟宋之逊控告和洛阳人张仲之、祖延庆、武当县丞寿春县人周璟谋反，要杀掉静德王武三思，带兵入宫废黜韦皇后。张仲之历数武三思之罪，涉及到武三