战争爆发，使得大量赣州难民与孤儿只能住在街头，1942年6月蒋经国在赣州市郊区建立中华儿童新村，并且兴建如托儿所、幼稚园、小学、医院以及体育馆等设施。1942年1月，蒋经国还兼任赣县防空司令部总司令和赣县防护团团长等职务。2月，蒋经国为了因病逝世的南康县县长王后安发表《光明的心光明的死——哭后安兄之死》专文，到7月则自行成立青年正气出版社。4月底，蒋介石命令蒋经国到西北考察，还要他带蒋纬国同行。6月19日，蒋经国收到蒋介石电报。1943年，蒋经国宣佈三年计划已基本完成。赣南受日机勐烈轰炸；5月，蒋经