复合种（英文：species complex）是生物分类学的一个术语，指若干个近缘物种由于外部形态相仿或遗传关系错综复杂，导致难以确定种间界限，因而被归于一个物种名下。以形态特征作为这群生物的分类依据，虽然可将极端不同的个体加以区别，但却无法鉴定特征相同的个体。另有一些相关术语有时作为复合种的同义词使用，但侧重点有所不同，在特定语境下表义更加精确：复合种在系统发生学中也一直是较为困难的问题。动物方面，主要发生在复合群型态上的多变原因来自于杂交，或者是演化过程中分化时间非常晚，导致亲缘关系非常密切，如所