屯门市中心开出后，依小巴满座时之走线（经屯门公路、新德街、新和里、屯门乡事会路）直接前往青山公路，再前往兆康站及富泰，以分流屯门市中心及新墟前往富泰的乘客。
收费.三线全程收费皆为$4.7，没有任何分段收费。当中46线设有港铁八达通转车优惠，由46线转乘港铁西铁线（需于兆康站入闸），或由港铁西铁线（需于兆康站出闸）转乘该线，可享有次程减收$1优惠。
用车.本线过去主要採用2代丰田柴油小巴（俗称「大牌箱」），直至2003年开始引入丰田石油气小巴，为首条引入石