为官稳重，《明史》称赞他“与廷和、冕正色立朝，并为缙绅所倚赖。”后来世宗主导的《明伦大典》修成，毛纪又被追究夺官。此后，杨廷和、蒋冕逝世，毛纪被恢复待遇。嘉靖二十一年（1542年），毛纪八十大寿，世宗派大臣慰问。二十四年（1545年），毛纪病卒，朝廷追赠太保，谥文简。其子毛渠也为进士，官至太仆寺卿。
着作.毛纪着有《鳌峰类稿》二十六卷，还有《密勿稿》、《辞荣录》、《联句私钞》、《归田杂识》等。
墓葬.葬于山东省莱州市永安路街道西山张家村，毛纪及其父毛敏的墓葬