机关设有司令部、政治部、军需部、财务部、军械部、卫生部、物资部、油料部、运输部、营房部等部，下辖有第一基地、第二基地、第三基地、第四基地。总后勤部基地指挥部是总后勤部为了统一领导和管理全军战略后方仓库，建立新型后勤指挥系统而设立，下属单位分布在湖北省、河南省、山西省、陕西省、四川省、贵州省、湖南省等内陆省份。1992年10月，根据中央军委的决定，总后勤部基地指挥部撤编，其机关缩编成中国人民解放军总后勤部驻武汉办事处。主任为杜克安，政委为刘功利。1994年4月，根据中央军委〔1994〕军字第7号通知，