将它改称安平城，赓续的战役迫使荷兰东印度公司台湾长官揆一于1662年2月1日（黄历12月13日）签字投降，撤离台湾，自此台南一带归为明郑治理，建立了台湾历史上第一个汉人政权。郑氏改赤崁建都为东都明京，即今台南市所在之地，设承天府及二县（承天府以北为天兴县；以南为万年县），另设一司为澎湖安抚司。郑成功于同年6月23日病逝。其子郑经在厦门起兵，打败了叔父郑袭，回台南继位，1664年改东都为东宁、天兴县为天兴州、万年县为万年州。英国东印度公司曾与郑氏政权签订通商条约，允许英国在台设立商馆，当时英国人直称其