铎、刚毅、钱应溥、廖寿恆和王文韶，除了廖寿恆暗中支持改革外，其他大臣要不就顽固抵制或者明哲保身。军机大臣刚毅就因改革遭到光绪帝革除，让刚毅相当不满。甚至到颐和园向慈禧太后哭诉，请求太后重新训政。不过当时军机大臣的任免，还是需由慈禧太后批准，因此有部份的军机大臣在变法中遭到革除，多少也是慈禧太后的默许。6月16日，慈禧太后命咸丰帝老臣刑部尚书崇礼代理步军统领。6月25日，慈禧太后再命怀塔布管理圆明园官兵，刚毅管理健锐营。怀塔布跟刚毅重回军机大臣的原因，在于光绪帝变革过于急躁，官员革除不少，慈禧担心影响国家