护植物4种（南方红豆杉、长蕊木兰等），二级保护植物17种（云南山茶、铁力木等），三级保护植物18种（野波罗蜜、龙血树等）。历史上芒市境内野兽繁多，解放初期“山山有孔雀，日日孔雀鸣”。随着人口的增加和对自然的开发，许多野生动物灭绝，亚洲象在晚清时绝迹，野牛在20世纪60年代绝迹，1990年代仍有活动的绿孔雀如今也已消失。现分布于芒市境内的野生动物共有258科1,643种，国家一级保护动物50种（豹、蜂猴等），二级保护动物172种（猕猴、獐等）。2017年底，芒市发现中国境内最大种群的菲氏叶猴（一级保护动物