体上有超过41个基因在特定情形下会造成肥胖。拥有两套（脂肪与肥胖关联基因）的人比常人平均重了3-4公斤，患上肥胖的机率是没有该等位基因者的1.67倍。因遗传造成的BMI差异会随族群而不同，差异可以6%至85%。肥胖是几个症候群的主要特征，比如说普瑞德威利症候群（俗称小胖威利症候群）、巴德-毕德氏症候群、科恩症候群、以及；因此有时会用「非症候群相关的肥胖」这个名词来排除这些疾病造成的肥胖。患有早发性严重肥胖的人（其定义为在十岁前就发生肥胖，且BMI较平均高出3个标准差以上）有7%带有核苷酸的单点突变（SN