最主要分别，在于环保关税有时被视为一种贸易壁垒式的关税，假借「环保」之名而限制其他国家产品的入口，以保护征税国当地的经济。因此，现时有言论就国际贸易是否令污染变得日益严重仍有所争议，因为有些人坚持认为：国际贸易的上升令污染加剧，并导致当地环境恶化及环球公地悲剧("Tragedy of the Commons")的出现是密不可分的。不过，亦有人认为：当民众的经济环境变得更为充裕，他们亦会更热心于倡导更清洁的环境。根据世界银行另一分于1999年发表的报告里指出：现时的环保关税可以分为出口税和进口税两方面：