近藤勇亦私下交待「让藤堂活下来！」──毕竟藤堂也是由试卫馆时期便一同奋斗的伙伴。但是这样的密令到最后仍旧无法达成，藤堂平助依然在混战中战死。
奋战、坚持、妥协.而在沖田总司病重之际，永仓也负起带领第一队的重责大任。从1868年（庆应4年）与新政府军战斗的戊辰战争，到后来京都的鸟羽伏见之战，在枪林弹雨中永仓率领的敢死队给了萨长联军相当深刻的印象。战败后仍率领着原新选组改名的甲阳镇抚队奋力战斗，然在甲州胜沼之战依旧不敌装备精良的新政府军，率领剩余残部撤退到江户。但是后来与近藤与土方不和