理则另成立航港局作为主管机关。离岛方面，交通部委託金门县政府、连江县政府成立港务处，管理县内国内商港，不受台湾港务公司成立的影响。台湾地区目前有7座国际商港，包含4座主要港、3座辅助港，其中高雄港为世界第六大货柜港口；而台湾中油公司为输送海外进口液化天然气而在高雄市永安区建立的永安港亦名列国际商港辅助港口。国内商港则有5座，嘉义县的布袋港及澎湖县的马公港（澎湖港两大港区之一）主要是以离岛运输及观光为主，深澳港以台湾中油公司卸油气与观光海钓为主；而金门港（下分3个港区）与马祖港（下分5个码头区）透过小三通