以用于表示20种天然存在的氨基酸，以及混合物或不确定的氨基酸（类似于）。肽可以直接测序，或从DNA序列推断。大型现在已经存在，整理已知的蛋白质序列。
修饰.通常，多肽是非支化聚合物，因此它们的一级结构通常可以通过沿其主链的氨基酸序列来指定。然而，蛋白质可以变得交叉联接，最常见地通过二硫键，并且一级结构也需要指定交联原子，例如，指定参与蛋白质二硫键的半胱氨酸。其他交联包括锁链素。
异构化.多肽链的手性中心可以进行消旋。 虽然它不会改变序列，但它确实会影响