平定后，康熙二十二年（1683年），云贵总督驻地迁至云南府，直至清末。
云贵广西总督时期.雍正初年，雍正帝任心腹鄂尔泰为云贵总督，在当地大力推行改土归流，击破或招降云贵境内的谷隆、长寨、乌蒙、镇远、霑益等土司，并出兵镇压了广西西隆州、八达寨等土司的反抗。雍正六年十月丁亥（1728年11月11日），鄂尔泰受旨节制广西巡抚，成为云贵广西三省总督（云广总督）。改土归流形势趋于稳定后，鄂尔泰调离云贵广，雍正帝也考虑取消云贵总督对广西的兼辖。雍正十二年十二月癸丑（1735年1月5日），雍正帝