研究被迫中止。翌年，他被台湾军军方指派前往菲律宾，担任战争所需的民族学研究与菲律宾的战地文化财产管理。期间还营救了德裔美籍教授（Henry Otley Beyer）并发现菲律宾巴丹岛族民与达悟族民，在语言与文化的相近。1943年，执行任务完毕返回日本东京的鹿野，利用从贝雅教授学来的新归纳与思考模式，开始于东京的「常民文化研究所」，继续编写《台湾原住民族图谱》，并在历史民族学刊上，频繁介绍了日治时期以来，考古遗址的调查情形，如圆山遗址、台湾东海岸的巨石文化、垦丁石棺遗址、苏澳新城石棺遗址、埔里乌牛栏石棺遗