校成立于1988年，创校初年，学校教职员多原于港岛区余道生纪念中学任职，后因缩班问题，连同校舍获配搬迁至屯门码头。起初因校舍工程延误，暂借仁济医院罗陈楚思小学上课，当时只有八班学生。次年，湖山路218号校舍完工，全校师生即获安排迁入。回归后香港政府推行母语教学，但维持部份学校继续以英语授课，南屯门官立中学乃通过审核，获评定为全港114间英文中学之一。
名称由来.香港的中学分为津贴中学、官立中学及私立中学三种，前者一般由非牟利团体开办，政府津贴；后两者分别为政府开办及私人营运。南屯门