战争爆发后，日军为征召台湾人参战，同时为压制台湾知识分子反日之气焰，于1938年9月间，由军部征调台湾闻人以军伕的身份去筑造军用机场，吴鸿麒与郭雨新、陈逸松、李瑞汉、叶猫猫等即列其中。1945年中华民国接管台湾，吴鸿麒亲予欢迎国民政府接收，而台湾省行政长官公署与台湾高等法院亦皆请吴鸿麒任职，吴遂选择任职法院。由此于1945年11月至隔年6年先任台北地方法院民事庭推事（法官），嗣调高等法院。1947年二二八事件爆发，3月13日，吴鸿麒在高等法院处理公文期间，遭两名穿着便服的无名人士强行带走，院长拦阻无