临时大总统后，蒋尊簋遭到排挤。在浙江省内，蒋尊簋所代表的官费留日学生派同国内南京陆师、保定速成等军校毕业生派发生了派系斗争。同年7月，他在国内军校毕业生派的朱瑞逼迫下辞去浙江都督职务，旋即出国考察。1914年1月，蒋尊簋任总统府高等顾问，6月，他任参政院参政、将军府宣威将军兼检阅使总监。1915年，他任两湖检阅使兼保定军校主考。1915年袁世凯称帝，蒋尊簋配合蔡锷发动护国战争，南下浙江举兵讨袁。1917年，他又回到浙江参与护法战争。11 月，浙江宣布自主，他担任浙军总司令，进驻百官。后来他受孙传芳部孟昭