风暴潮叠加中秋节天文大潮可能造成的破坏，全台对杜鹃严阵以待，多个县市已陆续宣布下午、晚上甚或全日停班停课。气象局一度将杜鹃的预计登陆时间延后至晚上9时或之后，但杜鹃最终在下午5时40分登陆宜兰县南澳乡，之后出现环流重整，原有中心改向南移并消亡，新中心在南投县建立。风眼登陆前全台各地天气恶劣，出现狂风豪雨以及巨浪，其中宜兰县苏澳南方澳豆腐岬一度掀起6、7米高的巨浪。9月29日凌晨1时，杜鹃自彰化县芳苑乡出海，进入台湾海崃，但各地风势仍然勐烈；直至杜鹃于早上登陆中国福建省，并急剧减弱，台湾各地风势终在午后渐