史殷仲堪本来对他十分敬惮，而桓玄因着父叔长年治理荆州的威望而专横荆州，士民畏惧他更过于殷仲堪，殷仲堪因而与其深交。桓玄也打算借助其军力，故此取悦他。
王恭举兵.隆安元年（397年），尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，因畏惧青兖二州刺史王恭，图谋削弱各方镇，桓玄知道王恭面对王国宝乱政有忧国之言，故此劝说殷仲堪起兵讨伐王国宝，并派人劝说王恭，推王恭为盟主。当时，殷仲堪个人担忧没有孝武帝的支持，自己被群众认为能力未达一州方伯的情况下会被王国宝等人利用，终令他被调离荆州