3月3日，将被救起的人引渡到停泊于班贾尔马辛的荷兰医疗船「奥普顿·诺特」号上。其后，「雷」被编入菲律宾部队，后来再被改编入第一舰队并被受命回国。5月在第五舰队的指挥下，参加阿图・基斯卡岛攻略作戦。工藤于1942年8月转任驱逐舰「响」舰长，11月晋升海军中佐。当时「响」正执行对改装航空母舰「大鹰」的护卫任务，并三度往复于在横须贺与楚克岛之间。同年12月，工藤转为海军施设本部部员，于横须贺镇守府总务部第一课工作。翌年被任命为海军预备学生取录考试临时委员。1944年11月由于身体状况欠佳，所以于翌年3月15日