新几内亚猪笼草常生长于河边、石滩和山嵴，少数出现于开阔的草地或森林中。其海拔分布广泛，存在于0至900米或1400米处。在野外，新几内亚猪笼草常与苹果猪笼草和大猪笼草同域分布。
相关物种.B·H·丹瑟认为产自苏拉威西的托莫里猪笼草和产自斯里兰卡的滴液猪笼草与新几内亚猪笼草之间存在着密切的近缘关系。他还指出：“新几内亚猪笼草与巴布亚猪笼草的营养组织十分的相似，只因为生殖组织上的一些不同，才促使我将其建立为一个新物种。”它们的区别在于，巴布亚猪笼草的花序为典型的总状花序，而新