:旧石器时代.长崎县的旧石器时代遗迹有佐世保市的福井洞窟、泉福寺洞窟；云仙市的百花台遗迹群；平户市的日之岳遗迹等地。长崎县内的绳文时代代表性遗迹则有南岛原市的原山支石墓群、谏早市的有喜贝冢、五岛列岛的白滨贝冢等地。
弥生时代.弥生时代之后，这里开始开始出现稻作农耕文明。长崎县内的壹岐、对马等地因为位于亚洲大陆文化传入日本的路径，而发现了众多金属器文物。甚至在史籍《魏志倭人传》中，已经出现「对马国」、「一支国」的地名，这也是最早的有关长崎县的文献记录。长崎县本土的主要弥生时代遗迹有平