史城区中心在1970年代和80年代遭到大规模拆除和重建，而仍然屹立的历史物业失去成为世界遗产所需的完整性。至于布吉的历史城区面积十分之小，缺乏丰富的历史遗产。根据2008年国际文化纪念物与历史场所委员会的报告，马六甲缓冲区的边界稍为修改，将已刊宪的三保山华人坟场纳入世界遗产。另外，委员会指出两座城市面临的主要威胁包括旅游业的发展和交通流量，长远而言有气候暖化带来的海平面上升及水浸问题。委员会建议未来的管理计划中，应特别处理这些议题。