铜绿微囊藻（学名："Microcystis aeruginosa"）是一种出现在淡水中的蓝菌，会产生有害藻华，具有一定的生态学与经济重要性。铜绿微囊藻是在优养化的淡水中最常见的有毒蓝菌藻华来源。
特征.如同其学名显示的，微囊藻属的特征为小型的细胞，细胞大小仅有3至8微米，且其外没有鞘包覆。细胞常聚集成肉眼可见的群落，这些群落本为圆形，经过时间发展可能会产生孔洞并呈不规则形状。原生质体的颜色是浅蓝绿色，但因细胞中具有充满空气的囊泡在光下可能呈暗色，这是光学显微镜下微囊藻的鑑别特征之一