大肚溪桥完工后，新旧路线切换分四阶段办理：第三代桥1988年2月4日全线启用后，旧的第一、第二代桥陆续拆除钢梁，但旧桥墩或沉箱则长期矗立在河床上，直到2010年始拆除殆尽。第三代桥桥面铺设传统道碴式轨道，东侧山线桥为复线铁路桥、西侧海线桥虽设计为复线铁路桥，但只铺设东正线，直到2004年4月，才铺设西正线（採用无道碴之弹性基钣轨道），完成大肚溪桥4线行车。