西隆佐义子”的名份晋见秀吉，转达直家的心意，顺利和织田方达到一定的协议同时也避免毛利家查觉直家的二心。行长圆融的手法令直家十分满意，慢慢地将小西行长提升到与三家老相当的地位。天正七年，小西行长奉宇喜多直家之命令，到三木城支援羽柴秀吉扫荡别所家军团长荒木村重的行动。而当时荒木村重有所向无敌的毛利村上水军作海援。小西行长在加古川沖之役中使用当时未曾于海战使用过的夜袭策略，成功击退了毛利村上水军。此役后毛利军一半荷船被烧毁，小西行长瓦解了毛利村上水军对三木城的增援，亦协助秀吉完成了对别所家三木城的包围战。此战