为明永历十八、十九年间所建的推论而认为该寺为台湾最早建立的佛寺。该寺创建之后，曾数次整修，其中在台湾日治时期的1927年该寺曾改建成中西合璧式的建筑，后来到了二次大战后的1973年改建为今貌，经过十年后才完工。2011年，在寺内发现已废寺的日治时代真言宗台南高野寺的石碑。在2017年8月7日，竹溪寺再度发起重建，预计2023年1月19日完工，而寺内重要的文化资产旧山门、宝塔、古匾等则会继续保留。
建筑特色.现在的竹溪寺只有旧山门为重建前的建筑，其余部分均为中国古典式样。新山