面积为1,904,443平方公里，海洋面积（不包括专属经济区）3,166,163平方公里，海岸线长54716公里。主要岛屿有爪哇岛、苏门答腊岛、加里曼丹岛（与文莱和马来西亚共有）、新几内亚岛（与巴布亚新几内亚共有）和苏拉威西岛等。各岛屿之间构成许多海峡和内海，其中巽他海峡、马六甲海峡、龙目海峡等是沟通太平洋和印度洋的重要通道。内海主要有爪哇海、苏拉威西海、弗洛勒斯海和班达海等。印尼各岛屿的地形以山地和高原为主，沿海有狭长的平原。主要的大河位于北部的加里曼丹岛，其中卡普阿斯河全长1143公里，为印尼最长的