至2019年5月，其市值较其高峰期跌去近七成。
基因授权争议.2018年10月，中国科技部网站公布了六项人类遗传资源行政处罚，其中就包括华大基因。华大基因的行政处罚决定书显示，华大基因主要是与复旦大学附属华山医院未经许可与英国牛津大学开展中国人类遗传资源国际合作研究，同时未经许可将部分人类遗传资源信息从网上传递出中国境外。
列入美国实体清单.2020年7月，新疆丝路华大基因科技与北京六合华大基因科技，因被指控“涉嫌强制採集维族人与其他穆斯林少数民族基因作研