乘坐八人大轿到场，一众文官、约300名八旗官兵，传教士和约20名神父，以及欧洲各国所有的驻粤领事和高级官员也一同出席。在奠基仪式上，当时的法国驻广州领事李天嘉（Gilbert de Trenqualye）和明稽章主教分别致辞。取自耶路撒冷的一块石头和取自罗马的一千克泥土被放置于两块奠基石之下，以示基督教创立于东方之耶路撒冷，而兴起于西方之罗马之意，两块奠基石上分别刻有“Jerusalem 1863”和“Roma 1863”的字样。教堂的建造遭遇不少阻力，除了兴建教堂及附属的建筑需要征用大量的民房土地以外