本城，事实上已经相当于尾张下四郡守护代织田家本城。织田信秀将据点移到古渡城以后宗家织田信友为城主。弘治元年（1555年），织田信长联合织田信光将织田信友杀害，其后信长由那古野改迁至此，并进行大幅的增筑，此后10年间清洲城为织田家本据城（清洲之战）。于永禄6年（1563年），为了准备攻击美浓国斋藤氏于是信长迁移到小牧山城，此后此城成为番城，无城主。天正10年（1582年），信长于本能寺之变死亡，重臣们召开清洲会议，决定由次男织田信雄继承清洲城。天正14年（1586年），由信雄扩建了二重堀大天守、小天守