士族为中心建立政府及军队；然而大久保认为日本应该朝向文官体制的政体发展，并以征兵制度破除军队的封建性，建立效忠天皇的新式军队。1873年（明治六年），正院阁议针对征韩论进行辩论，结果演变成为政争，史称「明治六年政变」。最后天皇支持内治派，西乡隆盛、江藤新平等武断派参议全数辞职下野。西乡返回萨摩后设立私学校，传扬士道（旧武士精神）。当时士族问题越来越大，各地陆续出现士族叛乱事件，西乡均不为所动。1874年（明治七年），江藤新平在九州佐贺县发动「佐贺之乱」。大久保利通受命前往平乱，仅花11日便顺利镇压叛