月14日，日本海军考察当前的战局，认为新几内亚北岸的部队分属两支方面舰队，不利于统一指挥，决定自3月20日起至5月初进行改编，将第九舰队从东南方面舰队转调到西南方面舰队辖下，并从第四南遣舰队渐次调拨部队到第九舰队。根据这一方针，舰队司令部从韦瓦克转移至荷兰迪亚，并在当地作停留，准备5月10日左右进一步转移到马诺夸里。但局势的发展超出了日军的计划，4月22日，美军发起，从荷兰迪亚进行登陆。5月3日舰队司令部受到毁灭性打击，舰队高层大批战死，指挥机能瘫痪。7月10日舰队编制解散，残存的第27特别根据地队转为西南