2002年、2003年陆续设立有机械工程、电子工程及电机工程研究所，并改名为清云科技大学。2004年，成立经营管理研究所及土木与防灾工程研究所，同年1月，教育部公布大学评鑑结果，清云科技大学所有科系皆被评为一等，获评鑑为第「一等」大学。2005年，台湾内政部与清云科技大学合作成立国家级内政部北区e-GPS研究中心。2006年、2007年、2008年、2009年，连续四年荣获教育部奖励大学教学卓越计画补助，其获补助款项为全国排名第三。2007年，设立物业管理、晶片系统、材料制造科技、资通安全整合与应用等四个学