氨酸与赖胺酸可能在UAA或UAG发生转译连读时被加入多肽链，而半胱胺酸、色胺酸与精胺酸可能在UGA发生转译连读时被加入多肽链。
编码特殊氨基酸.UAG与UGA在某些情况下也可以编码氨基酸。2007年，有研究发现UGA密码子许多硒蛋白的信使RNA中有的存在，可以使与该序列相邻的UGA密码子编码硒半胱氨酸，而不作为终止密码子，随后也有研究发现某些情况下，另一终止密码子UAG也可经由类似机制编码吡咯赖氨酸。