前往云南助剿，先后与滇西杜文秀的回族武装以及贵州猪拱箐地区的苗民起义武装交战，屡立战功。1873年云南回变平定时，他已升为云南巡抚。1875年云南巡抚任上，下令腾冲县腾越镇边防军民阻挡来自缅甸的英国武装探险队，击毙英国驻华公使馆书记官马嘉理，引发马嘉理事件，导致《中英烟台条约》的签订。1881年，岑毓英任福建巡抚，辖管闽台地区，于1874年发生的台湾牡丹社事件后加强西南海防。于任内不但整建两地军防水治，并于1881年前往台湾监督台北府城建城事宜，让本窒碍难行的建城事宜得以继续。1884年中法战争