到罗马帝国境内，摩尼教思想得到进一步传播。3世纪，埃及亚历山大里亚的基督教主教曾经写信告诫基督徒不要被摩尼教所迷惑。4-5世纪，埃及成为了摩尼教西传的重要中心。以此为基础，摩尼教迅速沿地中海沿岸传至罗马帝国在北非和西班牙领土，从叙利亚传至小亚细亚，再传至希腊、亚得里亚海、意大利和高卢。此时摩尼教不但被基督教视为竞争对手而加以打压，更受到罗马帝国打击。罗马皇帝戴克里先对这种从敌国波斯传来的宗教产生警觉，怀疑摩尼教的渗入可能有波斯的推动。因此，戴克里先下诏命令非洲总督镇压摩尼教，焚烧书籍，抄家，信徒被火刑或是处