毕生好学，对文学、诗词、地理、天文、禅理、音律、诸子百家等都有研究，尤其工于诗词，写景抒情诗是他的特长。他的私人藏书量达到上万卷。 在文学方面，他与徐、谢肇淛等人在诗文上颇有建树，并带动了自明朝中期以来沉寂的闽中文坛，被认为是明末福建文苑的复兴者。他与李贽、焦竑等学者都有交往，这两人对他的思想影响很大。同时他也接受了许多佛教思想。他将佛教的出世解脱和儒家的入世精神统一起来，因而其思想开阔，虽然在官场多年，但功名之心并不太深，内心追求幽静。他的诗文着作被收录进一百卷的《石仓诗文集》，在清初，《石仓诗文集》被