环素表现出与其他四环素类抗生素相似的副作用 。 胃肠道反应是最常见的副作用， 例如轻度或中度的恶心（26％）和呕吐（18％），通常在治疗的前两天发生。 罕见的不良反应（<2％）包括：注射部位肿胀、疼痛和刺激；厌食；黄疸；肝功能障碍；瘙痒；急性胰腺炎和凝血酶原时间增加。 
禁忌症.与其它四环素类抗生素相似，对四环素类抗生素过敏的个体以及孕妇和儿童服用替加环素时，需要采取预防措施。 已有研究发现怀孕期间给药会引起胎儿伤害，故其妊娠分级为D 。在大鼠或兔子中，替加环素可穿过胎盘屏障并在胎