患病工人失去了利用价值，不会获得治疗，而是会遭到日军杀害；由于棚子的结构问题，火灾和山洪暴发导致了大量工人伤亡。日军在海拉尔的军事工程于1937年末完工。为了不泄漏这机密的庞大工事，日军先用粗铁丝贯穿几名工人的肩胛骨，以防他们逃脱，然后把工人们枪杀或活埋；尸体被弃至位于工事附近的沙坑里，形成了万人坑。截至2010年，已知曾参与建设海拉尔日军工事、最终生还的工人只有张玉甫一人。1945年8月，苏日战争爆发，苏联红军进攻海拉尔，日本驻扎中国东北的关东军靠这些工事来抵抗；苏联最终成功击败海拉尔要塞的日军，佔领