在江户时代中期是少有的获准筑城的案例。这被认为是由于跟德川家的姻戚关系以及东海警备的必要性。镇信（天祥）是山鹿素行的弟子，与素行一起奔走在全国进行资料收集，基于山鹿流军学的做圈绳定界。他希望招揽素行到平户但没有实现，于是将其子高基和义昌兄弟招揽为平户藩士。平户城实际的筑城指导由义昌担任。在第5代藩主治下，元禄17年（1704年）2月开工，在宝永4年（1707年）时基本完工。未修建天守，而在二之丸建了的3重3层的干橹代替。
近现代.明治4年（1871年）由于废藩置县被废城，翌