台湾鸟种以及几乎所有台湾特有鸟种都是在这个时期发现的。随着1895年《中日马关条约》的签订，台湾成为日本领土，政治的变换也对科学研究产生影响，从1900年代中期，台湾的鸟类学研究进入了一个新的阶段。
日治时期.日本的鸟类学研究与中国本土和台湾的鸟类学研究几乎开始于同一个起点，在台湾鸟类学史上扮演了重要角色的史温侯等人，同样也是日本鸟类学研究的开山鼻祖，然而明治维新之后，日本的鸟类学走上了一条完全不同的道路。从1890年代之后，当中国的鸟类学还停留在“西方人研究东方鸟的时代”时，一些