转任关东局司政部长，后任该局总长。1939年1月，任企画院次长，后任该院总裁心得。1940年7月，就任满洲国国务院总务长官，任至1945年8月日本投降。1945年9月，武部六藏遭西伯利亚抑留。1950年7月，作为战犯被中华人民共和国引渡，收容入抚顺战犯管理所。因脑软化症造成半身不遂，于1956年7月归国。1958年1月19日，武部六藏逝世。
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