中国档案及特藏史料」，是收藏中国近代史料最多的机构之一。史料内容包括蒋介石日记、蒋经国日记、中国国民党档案、中华妇女联合会档案等。陈诚把他在江西剿共攻破中共瑞金所掳获原始文件赠予胡佛研究所，二战接收中国东北要员张嘉璈把他的文件也给胡佛研究所。前行政院长郝柏村、前行政院长唐飞和前监察院长王作荣也将个人文件和档案交给档案馆收藏。档案馆收藏近代中国个人档案包括：此外，中国国民党的档案已经有120万页。