。2012年，两岸统合学会原准备举行台北会谈，邀请辛旗等人来台参加。当时陆委会不同意具解放军身分及涉台事务人员来台参与，会议因此取消。后续会议改在中国大陆举行，2013年在北京举行的北京会谈与筑信研讨会等，辛旗都曾参与。辛旗批评，台湾在李登辉及陈水扁总统时代制定的历史课纲，意识型态受到日本军国主义的影响，使台湾年轻人走向台独。在2008年马英九当选中华民国总统后，辛旗曾透过苏起与王晓波等人向马英九传达应该更改历史课纲，以扭转台湾年轻人天然独的倾向，追求中国统一。后来马英九政府于2013年成立课纲检核