军舰渡海前往台湾，大破倭寇。焚沉倭寇船只6艘，斩首15级，夺回被掳男女370余人。沈有容在大员驻扎二十多天，随行的陈第根据台湾当时的原住民风土民情写成《东番记》一文。
荷、西、汉人在台湾.1604年，荷兰人韦麻郎佔领澎湖，明浯屿都司沈有容率兵船五十艘（约两千人）到澎湖，要求韦麻郎离开。由于双方兵力亦相差悬殊，韦麻郎于12月15日离开澎湖，转往台湾寻找据点。此事在澎湖天后宫内的沈有容谕退红毛番碑上有记载。1622年，荷兰东印度公司在印尼的总督柯恩派到澎湖，并建立风柜尾城堡作为贸易据点