第二例病例，并进而描述发表了本属与其模式种申克氏孢子丝菌，但未提供具体的属级特征，因此一度被视为无效名，直到1960年代，有分类学家指出申克氏孢子丝菌与侧孢霉属的模式种黄金侧孢霉（"Sporotrichum aureum"）外形相差甚远（后者后来被归入担子菌门），而又将其归入孢子丝菌属（"Sporothrix"），并渐为学界所接受。长久以来造成孢子丝菌病的病原真菌都被认为是申克氏孢子丝菌单一种。2003年，de Beer等人以核糖体DNA序列分析显示申克氏孢子丝菌包含两大类群，分别是从病人伤口分离的菌株