第一次妖书案，朝中也因此党争不断。妖书案的党争并未轻易结束，又借由楚藩的两次楚藩案延续下去，万历卅一年（1603年）三月，楚藩宗亲朱华赿向朝廷告发楚王朱华奎并非楚恭王之子，是为楚世子案。浙党的沈一贯授意通政使沈子木将奏疏压下，朱华赿一怒，亲告御状。东林党的郭正域主张调查。沈一贯反对，但郭正域力争之后，朝廷展开调查，最后以查无实据结案。沈一贯的门下给事中钱梦皋劾奏郭氏「陷害宗藩」。郭正域辞官。楚世子案又引发了楚宗劫槓案，万历卅三年（1605年），楚世子案无事之后，神宗注意到楚王的家财，楚王朱华奎以白银