，有别于后两者，隐孢子虫的生活史中不需中间宿主。隐孢子虫病多为短期、急性的疾病，感染后隐孢子虫可生存在人类的肠道长达五週，造成腹泻等症状。在体外隐孢子虫以卵囊的形式存在，对环境的抗性很高，进入人体后即可感染小肠上皮组织。造成人类隐孢子虫病的物种大多是小隐孢子虫与两种，不过犬隐孢子虫（"C. canis"）、猫隐孢子虫（"C. felis"）、火鸡隐胞子虫（"C. meleagridis"）与也可能感染人类。免疫缺陷者被感染的症状一般较严重，但免疫正常者也可能被感染。
基因组.200