1987年昆明军区空军指挥所改为中国人民解放军成都军区空军昆明指挥所。从1978年至1993年，执行军级权限。1993年1月缩编为中国人民解放军空军昆明基地，执行副军级权限。2003年12月缩编为中国人民解放军空军昆明指挥所，正师级。在2016年深化国防和军队改革前，空军昆明指挥所隶属中国人民解放军成都军区空军。2016年转隶中国人民解放军南部战区空军。2017年，升格为中国人民解放军空军昆明基地，执行副军级权限。