中，莲科被归类为山龙眼目），因而睡莲目只包括三个科：在1992年Thorne分类法中，睡莲目属于木兰纲木兰亚纲睡莲总目，金鱼藻科则被独立划分为木兰总目之下的金鱼藻目（金鱼藻科1998年被AGP独立分出，2003年被APG II列为真双子叶植物分支的旁系群），睡莲目只剩两科：在1998年APG分类法及2003年APG II分类法，被子植物种系发生学组（APG）根据遗传学资料，将睡莲科直接置于被子植物之下，并建议将莼菜科与睡莲科合并。2007年以来的研究发现，原先被归类为禾本目的独蕊草科是睡莲科及莼