持黎世序的观点，黎世序从此知名。朝廷商议开挖新河以疏通淮河海口，黎世序力主河水仍由黄河故道入海，两江总督百龄大力赞成并奏荐黎世序「人才难得」，嘉庆帝于是否决疏导案，以黎世序治理黄河故道。
河督重任.嘉庆十七年（1812年）调任淮扬道。随后陈凤翔遭革职遣戍，八月十七日以黎世序加三品顶戴署理江南河道总督。其子欲前往谋求官职，黎世序拒绝儿子：「今黄河水患频仍，运河急待疏浚。……功以才成，业因才就，尔其能否？」十八年（1813年），仍以淮扬道署理江南河道总督。以仁、义、礼三坝坝基毁坏，