作协会迁至上海，会址设在圆明园路。工合国际委员会则从成都迁回香港，秘书汤逊经常派驻上海（中华人民共和国成立后，汤逊返回英国）。1940年，在陕西省双石铺筹设“培黎工艺学校”，路易·艾黎一直担任校长。1943年该校迁至兰州，1944年又迁至河西走廊的甘肃省山丹县。抗日战争胜利后，中国工业合作协会在收复区未能积极展开工作，原来在内地的工业生产合作社也在逐年减少。1946年底，共有工业生产合作社348家，社员6100人；1947年底，工业生产合作社仅余333家，社员5455人；1948年底，工业生产合作社