口令「奉上帝之名」，在9月14日下达夷平堡垒前最后一道口令「伯恩」。9月16日，利邦等率众扛着国旗，一边击鼓、一边拿着火绳，在明军士兵的注视下走出拆毁的风柜尾城，搭上快艇「波墨仁号（）」，全数离开澎湖，航向大员，开启台湾本岛自1624年至1662年的荷兰统治时期，首任台湾长官（荷兰语：Gouverneur van Formosa）即为原澎湖风柜尾城的指挥官宋克。此外，荷兰东印度公司将风柜尾城拆除下来的材料运至大员，做为热兰遮城的建材。
后续.曾于明朝任官的沈鈇在1624年（天启