对遇难者人数的统计范围采用不同的标准，在日本学者中出现相差甚远的结论。例如笠原十九司等“肯定派”为提出的“十万人以上，或接近二十万人，或者更多”，以秦郁彦为代表的“少数派”提出的“四万人左右”、数千人、数百人，以及认为大屠杀“不存在”的“否认派”。日本一桥大学日本史教授藤原彰在《南京罪行：一种解释性的概述》一文对日本否定派学者否定南京大屠杀的死亡数字进行批评：「正如日本的保守的修正主义者所言，和平和奴性是可笑的，因为二战对于日本而言是正义和光荣的。正是这种赤裸的政治逻辑鼓动这群修正主义者不断否认大屠杀的事实