被扣帽为“反革命修正主义分子”。何祚庥在就职于中共中央宣传部理论教育处期间，曾经参加了中共发动的各种政治批判和政治运动。例如梁思成与中国古代建筑、杨献珍与“合二为一”理论等等。1952年5月21日，何祚庥在《人民日报》上发表文章《苏联科学界批判量子力学中的唯心主义观点》，提倡把当时国内政治斗争中对所谓唯心主义的批判应用到物理学。至今他并不认为自己在当年反对现代科学一系列文章中，有什么错误和责任，他始终坚持认为“马克思主义哲学能够指导自然科学研究”。1955年，何祚庥在《学习》杂志第十期上发表题为