省博物馆被并入太政官正院的“博览会事务局”（1872年设置），并迁址至内山下町（现今的东京都千代田区内幸町）。同年4月15日起也举办了为期3个半月的博览会，主要展示物品为动植物、矿物等。1875年（明治8年），“博览会事务局”再度改称“博物馆”，归内务省管辖。起初也曾改称“内务省第六局”，后于1876年又改叫“博物馆”。同年，町田久成（1838-1897）任博物馆馆长。出身于萨摩藩的町田馆长对明治时期日本的博物馆建设和文物保护做出了很大的贡献，他也被视为东京国立博物馆的首任馆长。博物馆内也立有表彰町田馆