被莱迪分类于蜥蜴亚目。但在1901年，法兰兹·诺普乔（Franz Nopcsa）将伤齿龙重新归类于斑龙科；斑龙科在历史上长时间为大部分肉食性恐龙的集中地。在1924年，吉尔摩尔提出这些牙齿应属于草食性厚头龙类的剑角龙，而剑角龙其实是伤齿龙的一个次异名；伤齿龙科牙齿与草食性恐龙牙齿之间的相似处，让许多古生物学家认为这些动物是杂食性动物。在1945年，查尔斯·斯腾伯格（Charles Mortram Sternberg）否决伤齿龙属于厚头龙类的可能性，因为这些牙齿与肉食性恐龙的牙齿有较多相似处。伤齿龙的第一