年十月二十二日（1869年），在兄弟中排行第三。早年，倪毓棻为清朝太学生，后由户部主事改任知府，获推荐擢升为二品衔道员。袁世凯在天津小站编练新建陆军时，倪毓棻奉二哥倪嗣冲之命入北洋陆军炮队随营学堂（亦称小站随军学堂），毕业后回到家乡阜阳。1911年辛亥革命爆发，阜阳被淮上军张汇韬部光复，倪毓棻和宁继泰（倪嗣冲的岳父）逃到周口，投奔安徽布政使、武卫右军左翼长倪嗣冲。倪嗣冲命倪毓棻任募兵督办，到豫东、皖北募兵，倪毓棻乃收编老巡防营石忠玉部两个营及若干散兵。1912年1月下旬，安庆的革命党人段志超、管鹏率部同