体长超过1米，肉在烹煮时会融化消失。前面提到，游泳深海鱼通常会在体内储存脂质，而其中一些种类的脂质中含有蜡。由于人体无法消化蜡，摄入大量这些鱼肉会引起腹泻和腹痛。日本根据《食品卫生法》禁止销售蛇鲭科的棘鳞蛇鲭和异鳞蛇鲭，因为它们的蜡含量特别高。一些灯笼鱼科中不进行昼夜垂直迁移的物种也在体内储存蜡 。
作为新的渔业资源.底拖网作业中，经常将大量的深海鱼与目标高级鱼一起捞出。除了一些用作鱼浆的深海鱼（鼠尾鳕科等）以外，由于市场价值不足而被废弃的深海鱼在各地正逐渐食用化，以地产地消（