三年（1508年），升爲吏部左侍郎，后因其在户部任职时边臣借太仓银未偿换等事受到连坐，尚书顾佐夺俸，而王琼改任南京吏部右侍郎。不久再次改为南京户部右侍郎。正德八年，晋升爲户部尚书。其为人有心计，善于计算，此后治理边疆兵饷粮仓有度，正德四年，代替陆完担任兵部尚书。此后因为明武宗常年远游塞外，经费不足，而近畿地区多发生盗乱。王琼就请在河间设立一个总兵官，在大名、武定各设兵备副使一人，负责平定盗乱。此后并檄顺天巡抚、保定巡抚，治理外防，保护车驾，朝廷内外都因此得安。当时孝丰贼汤麻九叛乱，朝廷请求发兵清剿，王琼则密