辉执政时期，委由时任政治大学国贸系教授蔡英文进行研究的研究案，研究目的为特殊国与国关系之研究; 研究案总经费新台币2,620,000元整，研究期间为1999年8月1日至2000年5月30日。八一六专案研究经费来源至2011年尚未获证实，有一说为来自李登辉执政时期备受争议的国安密帐。
经费分配.在国安会公文中中 (经由新闻图片)，「八一六专案」研究经费分配如下：以下来源为 Youtube 的新闻 Video，「时间」为该 Video 画面的时间，例如在该 Video 5分3秒