与饲养的家羊驼，以及骆马属的羊驼分为三个种有争议，因为这三个种之间可以互相杂交，因此有些学者将这三个种看作一个种。骆驼属中的分类也有争议：有些学者将双峰驼分为两个种：家双峰驼（）和野双峰驼（），也有些学者将双峰驼和单峰驼视为一个总种。另外在中文中，有用美洲驼一词泛指羊驼属和骆马属的四种动物。
杂交.双峰驼和单峰驼之间能够杂交，其后代有繁殖力，这样的杂种要么只有一个拉长的驼峰，要么有一个大的和一个小的驼峰。美洲的骆驼科动物之间也能杂交。通过人工授精羊驼也能够与单峰驼或双峰驼杂交。