协常委、社会和法制委员会副主任，同年10月加入中国致公党，开启从政之路。1993年10月至1994年11月，赴纽约州立大学布法罗分校，任高级访问学者。回国后，任安徽医科大学教授、基础医学部主任。1997年，蒋作君出任致公党中央常委、安徽省委会主委，安庆市人民政府副市长。1998年2月，当选安徽省人民政府副省长。2003年1月，连任安徽省人民政府副省长。2004年2月，蒋作君赴京任国家卫生部副部长。2007年10月，任十届全国政协副秘书长。2008年3月，当选十一届全国政协常委、副秘书长，中共中央社会