因异常，进而导致流产。例如，乳糜泻会增加流产风险（）约 1.4 倍。免疫功能失调可能导致抗磷脂症候群，它会影响持续妊娠的能力，造成妇女发生反覆流产。约有 15％ 的反覆流产与免疫有关。患者若有抗甲状腺自体抗体，流产风险（）会增加 3.73 倍，95%信赖区间1.8–7.6。患有红斑狼疮也会增加流产风险。
结构缺陷和创伤.经历过三次或更多次反覆流产的妇女中 15％ 有的解剖学上的结构缺陷，这些结构缺陷会使妊娠期无法完全进行到顺利生产。子宫结构会影响胎儿能否孕育到足月。解剖学上的结