托莱多的总统竞选期间，他担任编写《政府计划》的负责人。2001年托莱多胜选后，他被委任为经济财务部长。库琴斯基是经济财务部长的时候，为了实现政府经济政策的目标，他跟国际货币基金组织签署了一些协定。但几次受到前总统阿兰·加西亚·佩雷斯批评。因为在阿雷基帕区电力公司的私有化，而增长社会抗议活动，迫使库琴斯基在2002年七月十一日辞掉经济财务部长的职位。在2004年二月十六日，他重返经济财务部长的职位。在2005年8月16日他被任命为秘鲁总理，任命费尔南多·萨瓦拉接任经济财务部，从那时到2006年7月担任