0年，苏联古生物学家Ivankhenko将化石进行叙述、命名，模式种是"Niaftasuchus zekkeli"，属名是以化石发现地为名；他同时建立纳夫塔鳄科（Niaftasuchidae）已包含此属。纳夫塔鳄被命名时，根据齿列特征，而被归类于貘头兽下目。之后，根据大型眼窝、牦骨癒合等特征，纳夫塔鳄被归类于巴莫鳄亚目。