明治新政府宣布设立后，便将北海道纳入新政府统治之内。在德川庆喜被迫使交还权力后，讨幕军征讨由仙台藩的伊达氏作为盟主的奥羽越列藩同盟等残余幕府势力。幕府军在接连败仗后，在1869年1月北上佔领五稜郭，将领榎本武扬宣布成立虾夷共和国，并和讨幕军之间爆发箱馆战争。1869年6月27日，榎本武扬宣佈投降，随着幕府势力的抵抗消失，日本全境统一。在幕府军投降之后，新政府废藩置县及废除大名，并宣布在北海道全境设11国86郡。1869年天皇和新政府迁都，从京都移驻江户，并把江户改称为东京。同年，新政府创建了开拓使，