洼一带1928年属北平市郊区，1947年属北平市郊六区，1949年划入十六区。马连洼村东片和西片分别于1957年和1964年划归北京农业大学实验站，1970年北农大西迁延安，计划与延安大学合并时，马连洼重归东北旺人民公社。1983年属东北旺乡，马连洼村民委员会下辖马连洼、黑山扈两个自然村。2000年3月30日，马连洼街道挂牌成立，黑山扈村后来在行政上划归青龙桥街道安河桥居委会。2005年，原属西北旺镇的百草园社区、百旺新城地区划归马连洼街道办事处。
行政区划.马连洼街道下辖以下