951年8月，当局才将这道限制解除。1952年9月，上村进到战后日本陆、海部队——和的领导机构「保安厅」内服务，接替就任保安厅官房长、直属于时任保安厅长。1954年7月1日，自卫队正式成立，保安厅也改称防卫厅，将既有的保安队和警备队编成陆上自卫队和海上自卫队，又另外增设了相当于独立空军的航空自卫队。此前的上村在新建立的防务体系中，原为木村厅长安排的新任防卫厅次长人选，以接替原保安厅次长，而航空幕僚长一职则计画另觅厅外人士出任，但上村以「不便接替增原之职」为由予以拒绝，于是在航空自卫队建队后，改由上村出任首