出生在尚州的中牟县，其父方得世本为中牟县的县吏。忠烈王时期，方臣祐跟随安平公主前往元朝，拜谒裕圣皇后阔阔真，被留在元朝，获赐蒙古名字忙古台，授掌谒丞加泉府大卿。元武宗在位时，侍奉寿元皇太后答己，改将作院使，进平章政事。辽阳行省右丞洪重喜上书中书省，污蔑忠宣王不守法度、恣行暴虐，并请求当廷对质。中书省上奏元廷，忠宣王甚为忧虑。方臣祐在皇太后面前加以劝阻，声称洪重喜是高丽脱逃之民，妄图通过污蔑的手段颠覆高丽社稷，不可让他与高丽王对质。皇太后便向武宗劝阻，最终不得对质，将洪重喜杖责之后流放潮州。元朝派遣方臣祐