基因系统研究已显示，瓶尔小草目和松叶蕨目最为相关，且由 Smith et al. 于2006年提出的现代分类法中即将这二目一同置于松叶蕨纲内。瓶尔小草目只包含着瓶尔小草科一科，但在一些分类法中，则有时会将其分成二至三科－瓶尔小草属的瓶尔小草科，以及阴地蕨与蕨萁的阴地蕨科。其中一遥远的物种－七指蕨有时则会被归在其单独的一科－七指蕨科里。而大多现代对此目内植物的处理则是将其都归类至瓶尔小草科之中。此类植物有着由孢子囊形成的短寿型孢子，诞生于和叶片分开的叶柄上；以及肥大的根。许多物种一年只会长成一片蕨叶。