斯蒂安二世于1518年尝试佔领斯德哥尔摩，无功而还，但终于在1520年拿下了该城，并于11月8日屠杀了大量反对他的瑞典独立运动领导人，史称斯德哥尔摩惨案。这场大屠杀激发起义，终于使卡尔马联合解散，瑞典独立。
瓦萨统治时期.古斯塔夫·瓦萨于1523年登基为瑞典国王后，把斯德哥尔摩发展成更大的城市。当斯德哥尔摩的空间不足以使用时，他于1529年把南城和都划入了那岛城的范围。斯德哥尔摩的人口继续增长，于1600年达到1万。
17至19世纪.随着瑞典于17世纪跃升