童及少年性交易防制条例」，此后相关的犯罪率降到原本的1/10以下，终结台湾童妓问题。1996年，誓言大力查贿。半年内，在全台883位县市议员中起诉了341位，里面的国民党议员跑去告状，说马英九「动摇党本」。在国民党内压力下，6月10日，被调任为行政院政务委员。马英九查贿肃贪差点铲掉国民党基业，最后因此被撤换，李登辉私下斥马用批评党来建立个人声望，「国民党差点被他搞垮」。1996年自法务部长转任行政院政务委员。1997年连战内阁饱受白晓燕命案等政治风雨，行政院政务委员马英九5月8日提出“辞官退隐”