男性的Y染色体携带一种蒙古人特有的基因。同时，在阿富汗大部分其他民族都信奉伊斯兰教逊尼派的同时，哈扎拉人信奉什叶派，这和蒙古帝国的伊儿汗国自完者都开始信奉什叶派不无关系。而且月氏说汉藏语系的羌族语言，可以贡献了单倍群O。另一种说法是哈扎拉人是当地月氏贵霜人的后裔。这个在阿富汗的古代民族曾经建造了着名的巴米扬大佛。支持这种说法的人从巴米扬佛像和哈扎拉人的面部特征的相似之中找到证据。然而反对这种说法人给出的证据是贵霜人是吐火罗，而且史书上说由于蒙古帝国在进攻巴米扬时候成吉思汗的一个孙子战死（察合台儿子木阿秃