即位南燕皇帝。数年后，慕容超请求后秦释放他的母亲和妻子回到南燕。慕容超接受了后秦皇帝姚兴的苛刻条件：南燕向后秦称臣；将南燕宫廷乐工送给后秦。太上三年（407年）十月，姚兴派人，将段夫人和唿延夫人送回到南燕。太上四年（408年）正月，慕容超立唿延夫人为皇后。慕容超专制昏庸，计划南下攻击东晋的淮北，掠夺当地人民使他们成为乐工。以此来弥补因后秦造成的损失，使得东晋不堪其扰。太上五年（409年）五月，东晋将领刘裕率军反击南燕。太上六年（410年）二月初五，南燕都城广固（今山东青州）陷落，南燕灭亡，慕容超被俘