医学大学教授何启功等人，陈建仁不在此第一线人员名单内。前卫生署长杨志良说抗SARS英雄很多，功劳不能统统归在陈建仁身上，但陈建仁上任卫生署长把大局稳住很重要。前卫生署长叶金川也表示，陈建仁肯定是抗SARS人物，没有争议。2005年陈建仁获总统科学奖及中央研究院副院长之简介皆提及：陈建仁在2003年成功领导全国迅速遏止严重急性唿吸道症候群（SARS）之流行 。
副总统选举辩论会失言.在2015年12月26日的副总统选举辩论会中，陈建仁失言引发国民党阵营批评。一是提到基隆河整治是民进党