哥吴永锟一起进入成都尊经书院读书。1895年开始接受维新思想。1896年与游丙莲结婚。1898年戊戍变法达时在自贡旭川书院求学。东渡日本1903年初入东京成城学校学习，只用了两年半的时间就完成了日本五年制中学的全部课程。在日本，吴玉章1905年参加了中国同盟会，后被选为中国同盟会评议部评议员。1907年同盟会为打破宣传工作的被动局面，号召留日各省籍学人以同乡之名，创设地方性报刊，吴玉章被川籍学生共推，接手《鹃声》改为《四川》，并向日本学校请病假一年，专心致志筹办刊物。1911年9月吴玉章归国后回到四川，