9年，前国足主帅戚务生执教云南红塔，王宝山退居二线执教红塔青年队。2001年，王宝山第一次重归国字号，出任中国国家青年队主教练，但是不久因为未能打入世青赛决赛阶段而离任。2003年，王宝山重拾起教鞭，几经斟酌后，他执掌了从乙级队升上甲B的广东雄鹰(深圳科健前身)。但是仅仅一个赛季后，球队就遭遇了欠薪危机。球队被深圳收购，而王宝山则在2005年执教江苏舜天。2006年，王宝山执教深圳金威，但是由于战绩不佳，中途下课。2007年9月，福拉多出任中国国家队执行教练，王宝山则与前国门区楚良一起成为中方助理教