调化计划在2000年代初才开始实行。不过首条以空调巴士行走的城门隧道巴士线，却不是当时全日行走的路线，而是1991年6月30日开办的线，往来沙田市中心至屯门市中心，只于假日行走（该线已由2002年7月28日起改为每天全日服务的线，来往沙田火车站及屯门市中心）。1996至1997年间，九巴因应当时沙田区议员否决城门隧道巴士空调化计划，开办以下三条以空调巴士行走的晨早特别线：其中因乘客量大增，最终于1998年11月1日提升至每天全日服务的的线，随后空调巴士开始普及，最终令到城门隧道巴士空调化计划展开