os"（小）与"kystis"（囊状物）。
特征.如命名所显示，微囊藻的特征是小型的细胞，且没有鞘的包覆。细胞常聚集成大至肉眼可见的群落，本为圆形，但随细胞数增多会逐渐出现孔洞并变不规则。其原生质体的颜色为浅蓝绿色，但充满气体的囊泡常会呈暗色，这是在光学显微镜下用来鑑别微囊菌的特征之一。
种.迄今为止, 全球范围内报道了约50种, 中国记录报道的有19种。微囊菌属包含以下数个物种 ：