因子结合的位点。一些酶亦可能包含变构位点。小分子与变构位点的结合可使酶发生构象改变，进而使酶的活性降低或升高。一些具有生物催化活性的RNA分子称爲核酶。这类分子可能单独发挥催化作用，也可能在与蛋白质结合成复合物的条件下发挥催化作用。最常见的核酶应是核糖体。核糖体是蛋白质以及具有催化活性的RNA的复合物。核糖体的活性位点完全由RNA组成，而蛋白质仅起支架的作用。
机制.
底物结合.酶在催化化学反应前必须要与底物结合。酶具有很强的专一性，通常仅能与寥寥数种底物