中央办公厅，继续负责文革初始阶段的大部分专案，包括彭真、安子文、刘仁、周扬。第二办公室的主任是杨成武，它联系中央军委，负责解放军高级将领包括贺龙元帅的专案。1968年3月，杨成武被清洗后，黄永胜将军接替了总参谋长和二办主任的职务。1968年，又成立了以谢富治为首的第三办公室，联系的是公安部，最初任务是调查五·一六，后来它也处理许多其它的案子，包括中国马列主义共产党案。
组织结构.中央军委专案组成立以后，还下设了三个办公室，简称“一办”、“二办”、“三办”：