役部担任兵役部政务次长，民国三十四年冬季调任军令部次长。在民国三十五年曾与王冷斋出差东京至远东国际军事法庭作证七七事件期间的交涉协调，证明土肥原贤二的作为战争策画者的犯罪事实。中华民国国防部在民国三十五年成立，负责相关政务的秦德纯转任国防部次长，在部长白崇禧因公外派时代行政务。1948年（民国37年）12月，行政院任命秦德纯为山东省政府主席，兼青岛市长。当时中国人民解放军进军山东。1949年（民国38年）3月，秦才到青岛就职。就职仅8天，他就乘飞机到广州。5月14日，李宗仁发布总统明令；兼任青岛市市长秦