家的道路。雇佣军的指挥官，上校理查德·克洛（Richard Crowe）命令他的部下寻找杰克，因为没找到他的尸体。在一个自称哈兰·多伊尔（Harlan Doyle）的神秘男子的帮助下，杰克在群岛的某处与雇佣军战斗的同时开始寻找瓦莱丽，搜索搁浅的日本航空母舰，破坏雇佣军营地的卫星通信和弹药仓库。通过接触Trigens（一种转基因灵长类动物）和多伊尔提供的信息，杰克很快发现，岛内的一个部分涉及转基因实验。随着游戏进行，明显的证据表明Trigens变成了难以处理的大问题，它开始冲破安全防线并杀害警卫和工人