主造成负面影响，可能是两者长期共演化的结果，不过在某些情况中，外界环境因子或真菌自身生长状况的变动，破坏两者交互作用的平衡，可能导致原本没有迹象的感染出现症状。目前尚未知为何某些真菌病毒会影响宿主，某些则完全没有症状，前者感染植物病源真菌时，可以用作生物防治剂，以病毒感染真菌以抑制病原真菌的生长，感染的CHV1病毒即是一例，不过有些真菌病毒会感染农业栽培的蕈菇，造成经济损失，例如感染洋菇、造成拉弗朗斯病的病毒，以及感染平菇的平菇球形病毒（Oyster mushroom spherical virus）与平菇