01年（中兴元年）三月，萧宝融即位为齐和帝，萧颖达为冠军将军。杨公则率军从萧衍东征。萧衍包围郢城，萧颖达在汉口与萧衍合军，与王茂、曹景宗攻陷郢城。萧衍进军江州，萧颖达、曹景宗为先锋进攻江宁，击破萧宝卷麾下将军李居士，攻下东城。萧衍平定建康城，萧颖达担任前将军、丹阳尹。502年（天监元年），南梁建立，萧衍即位为梁武帝，萧颖达加散骑常侍。因公事件免官，论功行赏，封吴昌县侯。转任侍中，改封作唐县侯。后转任征虏将军、太子左卫率。再任卫尉卿，出任信威将军、豫章郡内史，深表不满。参加华林宴，沈约劝酒时，他大骂沈约为