自此之后改建土城。光绪年间，嘉义知县单瑞龙又改以砖石砌城，而后又有王得禄义捐整建城垣，并修筑月城及砲窝。1885年，台湾正式建省，全台为三府一直隶州十一县三厅，嘉义县属于台南府，县治仍设于嘉义市。
日治时期.1895年清朝签订马关条约，将台湾割让给日本之后，嘉义县改为嘉义支厅，由台南县管辖。1897年，日本人又将台湾行政区划改为六县三厅，嘉义、云林两支厅合併为嘉义县，县治设于嘉义。1898年，日人再将台湾行政区划调整为台北、台中、台南三县及宜兰、台东、澎湖三厅。嘉义地区全境被划入台