会代表行政院处理东北政务，下辖九省二市，对行政院所属部（会、局）在东北行政事业机关给予指导、监督。1948年1月17日，卫立煌出任东北行辕副主任兼东北剿匪总司令，代理东北行辕主任、代理东北行辕政治委员会主任委员。1948年5月19日，并入沈阳的东北剿匪总司令部，6月1日完成并入。