认为反清无望，于是前往日本讲学，被尊为宾师。1663年(康熙二年)，黄宗羲抗清失败，于是潜心着作，创作《明夷待访录》，开创清代浙东学派。1668年(康熙七年)，黄宗羲讲学白云庄，后与陈赤衷形成甬上讲五经之会，延续八年，上百人参会，影响了万斯同、万斯大、章学诚、全祖望等一批宁波着名学者。浙东史学作为浙东学派的重要组成部分最终形成。
外贸兴废.1684年(康熙二十三年)，清政府取消迁海令，允许被迁居民返回。同年解除海禁，次年在宁波设立浙海关，收缴关税。1688年(康熙二十七年)，日本实