下在江户、长州藩、长崎以及由东北至九州全国各地的线眼掌握当日的情势发展，并计划暗杀间部诠胜，并敦促长州藩府起兵讨幕。然而，长州藩当时无意公然反抗幕府，于是在安政五年（1858年）十二月便以蛊惑人心的罪名将吉田松阴拘捕，并在安政六年五月将之押解江户（今东京都中央区日本桥小传马町）。松阴对幕府坦白招供意图暗杀间部的计划，并叙述了自己尊王讨幕的思想。安政六年十月二十七日上午，松阴在江户传马町监狱中被问斩，终年29岁。其辞世诗为：「吾今为国死，死不背君亲。悠悠天地事，鑑照在明神。」
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