研究所设有农业虫害鼠害综合治理研究国家重点实验室、计划生育生殖生物学国家重点实验室、生物膜与膜生物工程国家重点实验室等三个国家重点实验室，动物生态与保护生物学院重点实验室和动物进化与系统学所级重点实验室。动物研究所挂靠的学术组织有：中国昆虫学会、中国动物学会、中华人民共和国濒危物种科学委员会、国际动物学会、国际野生生物保护学会。动物研究所主办的学术刊物有《Insect Science》、《Integrative Zoology》、《Current Zoology》、《昆虫学报》、《动物分类学报》、《