出站闸机分别位于站厅东侧（靠近铁路杭州站站房处）、西侧（正对D出入口）以及西北侧（靠近C出入口）。车站站厅共设有五组楼梯连接站台，站厅付费区设有两组升降电梯分别通往1、5号线站台。非付费区亦设有一组升降电梯通往地面城站站站厅北侧设有一面艺术墙，由中国美术学院雕塑系副主任翟喜庆所创作。艺术墙设有6具车轮，分别代表不同时代的火车车轮滚滚前行；车轮镂空中间则显示杭州城站在不同时代中的不同模样。
站台.城站站主体位于城站路与西湖大道交叉路口东侧站前广场地下。1号线站台呈东西走向，为