目睹国民党官僚的腐败现况后，逐渐左倾，1946年与蒋时钦及周文和加入中国共产党，返回台湾，就读台大医学院而后转文学院，与郭婉容与彭明敏为同学。就读期间并在报社工作，1947年发生二二八，在台省党工委书记蔡孝干（化名“老陈”）领导下，吴克泰便与程浩夫妇、郭琇琮、杨建基、陈水木、陈炳基、叶纪东、廖瑞发、李中志等人组织群众投入战斗，而当时张志忠在嘉义组织反抗活动，由于台湾变乱蜂起，政府调兵镇压，吴克泰皆参与其间，并于1947年四月间返回上海，加入台湾省五四青年代表团。1949年参加中国新民主主义青年团第一次全国代