于第四任儿玉总督时期的明治三十五年（1902年），将引起日人惨痛回忆的云林废止，而设斗六厅。于战后民国三十九年（1950年），调整行政区域，于是又恢复云林县。
历史.荷治时期，云林为荷兰东印度公司之海防要塞。1622年明朝海盗颜思齐与其部将郑芝龙等登陆大笨港地区，为台湾最早的汉族移民拓垦。大清帝国光绪十三年（西元1887年）八月奉准正式建立台湾省，之前台湾曾经由福建省管辖，当时新任台湾巡抚刘铭传会同闽浙总督杨昌濬一起上奏给光绪帝的《台湾郡县添改撤裁折》提到：光绪十三年（西元1