克斯坦阻止战争，但由于两国领导人之间的个人分歧，他们的努力是徒劳的。 然而，由于持续的战争，乌兹别克斯坦接收了来自塔吉克斯坦的大量乌兹别克族和塔吉克族难民，其中大多数人在战后留在乌兹别克斯坦。
罗贡坝.塔吉克斯坦长期以来计划在瓦赫什河上建造世界上最大的水电站大坝--罗贡坝。该项目最初由苏联工程师在20世纪50年代提出，但实际建设因1991年苏联解体而推迟。大坝将为塔吉克斯坦带来能源独立，但乌兹别克斯坦认为这将使河流干涸，破坏其利润丰厚的棉花产业，2012年，乌兹别克斯坦前总统伊斯兰