，元朗事隔近40年再次杀入香港足总盃决赛，双方实力有一段距离，飞马在元朗之上上。元朗是首开纪录一方，但不久便被飞马追平，90分钟赛和 1–1。加时内很多元朗球员已经抽筋，只用意志力顶至互射12码，飞马是先射失12码一方，后元朗两球12码被扑反胜为负，互射十二码以总比数负 4–5，冠军就这样擦身而过，只能屈居亚军。
巴士公司赞助时期（2016年至2018年）.2016–17年度球季，管理层及教练团重组。会长梁志祥离任，王威信改任会长，郭静然任主席，曾昭达升任主教练，成为港超最年轻教练