台湾医界从事医学研究，首任公职为台湾总督府医学研究所技手。他于1919年10月转兼任台湾总督府附设医专学校助教授，正式踏入教职，并于1923年正式升任教授。随后获得医学博士学位并赴德、法、英等国留学。返台后，依旧负责台湾医事卫生行政。1945年，台湾日治时期结束，丸山离台返日，仍从事医学研究。其主要着作《日本领时代に遗した台湾の医事卫生业绩》一书被视为台湾医学史于1970年代之前的最重要着作。