而由于足利义稙有很强的亲政倾向，永正10年（1513年）3月，由于与细川氏、大内氏、畠山氏等家族的对立，足利义稙逃往甲贺郡，并在当地生了病。一时间流传着将军死亡的说法，东寺和伊势神宫为将军的病愈而祈祷。同年5月义稙与各家族和解并回到京都。永正15年（1518年）大内义兴以领内有事为由，辞去管领代之职归国。足利义稙同管领细川高国发生很深的对立。
再度亡命.大永元年（1521年）3月，足利义稙再次出奔，到达和泉国的堺。由于同月将举行后柏原天皇即位仪式，将军的出奔可能会使即位仪式推迟。因