其中的国家心脏研究所，聘请安芬森作为细胞生理学实验室的首席。1954年，洛克菲勒基金会提供奖学金请安芬森回去嘉士伯实验室一年。古根海姆基金会提供奖学金让安芬森在1958至1959年到以色列雷霍沃特的魏茨曼科学研究学院进行研究。另外在1958年，他被美国文理科学院选为院士。1962年，安芬森回到哈佛医学院担任客座教授，并应邀成为化学系系主任，之后他又被任命为关节炎和代谢病生物化学研究所(现为关节炎、糖尿病、消化和肾脏疾病研究所)的实验室主任直到1981年。从1982年直到1995年安芬森过世为止，他都在约翰·