皇太极创立理藩院的前身“蒙古衙门”（），因蒙古部落归附清朝日多，故设立衙门，专管外藩事务负责处理对蒙古的事务。在三年后，将蒙古衙门改爲理藩院。随着帝国疆土日渐扩张，理藩院成爲管理蒙古、西藏、青海、新疆以及西南土司等各个少数民族事务的行政机关，并兼理对俄罗斯帝国的事务。在顺治元年（1644年），顺治将藩院长官「承政」改名为「尚书」，副长官「参政」易名爲「侍郎」，助理「副理事官」爲「员外郎，并在随后的顺治十六年（1659年），让理藩院尚书、侍郎兼任礼部的官衔，将「理藩院尚书」定爲「礼部尚书衔掌理藩院事」，将「参