织田氏让信长之子织田信雄成为北畠具房的养子等条件而和解。天正3年（1575年），信长让具房隐居，并且让继承的信雄从大河内城移师至田丸城。翌年，信雄奉命进攻多气郡的三濑御所，并且杀害北畠具教等北畠一族共13人，将北畠氏消灭。其后，羽柴秀吉、神户信孝和关盛信等人率兵攻打雾山城，城代政成未能抵挡织田军的攻势，最终烧毁城馆并且自尽，是为三濑之变。
近况.1936年，城迹以「雾山城迹」之名获指定为日本史迹，而位于山麓的北畠神社内的庭园亦以「北畠氏馆迹庭园」之名获指定为日本名胜及史迹。市町