改名为北平市立肺病疗养院。1946年3月1日，根据政府命令，医院改制为北平市立传染病医院，设100张病床，法定传染病、肺结核各分50张病床，医院有59名职员。1949年1月底，北平和平解放。2月17日，北平市军管会派员接收了北平市立传染病医院。中华人民共和国建国后，北平改为北京，医院改名为北京市传染病医院。1950年，为方便医治抗美援朝战争中的伤兵，医院迁至安定门外地坛公园13号，与华北军区疗养所（后来在1952年撤销）同在一处。1954年，医院成为北京医学院教学医院。1959年，由于北京市建成了另一所