农法的源头是冈田茂吉所创的世界救世教，但是因教团的不同，自然农法也各有不同。目前，救世教主要分成伊豆能売、东方之光、主之光三大教团，每个教团基本上都是照着他的思想来实施自然农法，但随着时代改变，也各有不同的变化。源头基本的核心思想皆是尊重顺应大自然，发挥土壤本来的力量，以作物为主体，进行自家採种。
秀明自然农法.提倡秀明自然农法为神慈秀明会的创始者小山美秀子，她原先也是跟随冈田氏的信徒，但在1970年（昭和45年）脱离，故另称「秀明自然农法」。总部位于滋贺县甲贺市，他们没有固定的研