养病。养病期间，《东游草》完稿付刊，《劳生节略》、《议开后山噶玛兰节略》定稿。嘉庆十八年九月二十九日(1813年10月22日)卒于台南府城。灵柩由家属运回中国广西柳州，于嘉庆二十一年五月二十三日安葬。杨廷理六子杨立旭后来举孝廉方正，道光己酉(1849年)举人，立有功绩官拜高位。同治十年(1871年)，其六子兹请孙衣言撰写其父墓志铭、请王拯撰写其父墓表。
后世纪念.杨廷理一生三次渡台，五次入兰。平定天地会陈周全起事、驱走海盗朱濆，于任内成功规划筹设噶玛兰厅。多次担任台湾府知府、台湾道