公会判定里昂市处于“叛乱状态”，九月公共安全委员会决定派代表到里昂镇压终止叛乱。 库东成为派往的代表，需在1793年10月9日结束里昂的叛乱。他抵达后他对里昂的动盪很疑惧，担心起义，而不允许当地雅各宾派行政部门间的联系。 1793年10月12日公共安全委员会他们相信经由里昂的例子可杀一儆百，通过一项法令。 该法令规定，将摧毁叛乱的里昂城市。这项法令颁佈之后，库东设立特别法庭，监督拆除里昂最富有的家庭，而不破坏穷人的家园。 除了城市拆除，该法令还规定，叛乱分子和叛徒将被处决。库东很难接受拆除里昂的命令，