铁路由中国政府特设机构管理。1922年11月24日，东三省保安总司令部宣布，中东铁路沿线11公里以内区域，划为东省特别区，设东省特别区行政长官，所有特别区内之军警、外交、行政、司法各机关均归护路军总司令兼东省特别区行政长官监督节制.1922年12月，苏联正式成立，1924年5月31日，中苏双方代表顾维钧与加拉罕在北京签订《中苏解决悬案大纲协定》。其主要内容是：苏联方面废除沙俄时代签订的一切损害中国主权的条约，放弃一切租借地、领事裁判权、治外法权及庚子赔款等；中东路纯系商业性质，由两国共管。同一天，两国还