军接受武汉卓尔时任主教练郑雄的邀请，前往武汉担任郑雄的副手。2013年中国国家队主教练卡马乔下课后，7月1日傅博接管中国国足，与区楚良、王军组成三人临时教练组，参加2013年东亚杯和亚洲杯外围赛。8月19日，换帅后的武汉卓尔仍然深陷降级区，主教练留比萨·图巴科维奇下课，王军以教练组组长身份代理主教练一职，此时武汉队排在联赛末位。9月，王军被任命为中国U22国家男子足球队助理教练，郑斌暂时代理王军主持武汉卓尔。王军上任后6场比赛拿到6分，球队在10月6日战平保级对手青岛中能，提前降回中甲联赛。