协合大学自然历史博物馆于1952年院系调整时合并建立的，最早的标本采集于1908年。着名生物学家周太玄、刘承钊、陈义、雍克昌、马德、胡淑琴等曾先后为四川大学动物标本馆的建设和发展付出过劳动。目前标本收藏已达到8万多号。四川大学植物标本馆由植物学先驱钱崇澍教授于1935年创建，后由世界着名植物学家方文培教授发展壮大。目前共收藏植物标本50余万份。其中经过研究发表的植物新种模式标本1000余份，其规模和数量名列中国高等院校首位。
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