协会有意寻找一位具工运理念的人士代表该党出选来届大选，麦克唐纳与另外二人遂成为理想人选，并获邀到自由党理事会作出陈述。可是，其中一人拒绝有关邀请，而深获不少自由党人支持的麦克唐纳最终也没有取得候选人资格。在1893年，凯尔·哈迪创立以群众力量为基础的独立工党，麦克唐纳旋于1894年5月申请入党，并获得批准。同年7月17日，他获派代表独立工党出选争夺下院的南安普敦选区议席，有关大选在翌年举行，但他却以大比数落选。在1900年大选，麦克唐纳再次代表独立工党，转到拥有两个议席的莱斯特选区参选，不过再次落选，选后