国防部成立「石门科学研究院筹备处」，唐君铂任筹备处主任。筹备处初设核能、火箭、电子三组研究作业组。同年6月，改名为「中山科学研究院筹备处」，该处下设三所，总员额约600人，1968年筹备处增设第四所。1969年7月1日中山科学研究院正式成立后，院长由国立台湾大学校长阎振兴挂名，唐君铂任副院长，却实际操作。1972年唐君铂自军中退役，继续任文人副院长。1975年2月接任院长。
发展核子武器.据说唐君铂反对发展核子武器，他认为在有限的资源能力下发展核子武器不切实际。台湾核子武器发展原向