派进入国民党党政高级班，结识了军需署署长陈良，陈良随后邀其转入军需署服务，毕业后吴崧庆转入军需署，担任军需署粮秣司少将司长。在民国三十三年（1944）升任军需署副署长，兼兵役部经理处处长。民国三十四年（1945），吴崧庆受陈诚系将领王东原延揽，转任湖北省财政厅厅长兼湖北省银行董事兼总经理。民国三十六年（1947），受到蒋中正指示吴崧庆回任军职，担任改组后的中华民国国防部联合后勤司令部财务署中将署长。转任此职务除了蒋中正接受，提名则是国防部长白崇禧。此一职务为掌管全中华民国国军的军饷与军费发放业务，除