2000年后萧芳芳受耳患困扰，使身体状况欠佳，因而减少演出专注进修，取得了儿童心理学硕士学位。1998年，她创立了护苗基金，积极宣传「保护儿童免受性侵犯」的讯息。2009年，萧芳芳获得第28届香港电影金像奖颁奖典礼终身成就奖，以表扬其善用天赋的才华为香港电影界作出杰出贡献。2017年12月，接受访问时透露在9月初时，萧芳芳的右眼做了白内障手术，原本她不觉得自己的眼睛有多蒙眬，可是医生建议她做，她就接受了。而手术后有很多后续的规则亦有遵守，然而，视力不单没有改善，情况反而比之前更差，当时非常害怕因此而失明