白帐汗国和察合台汗国瓜分，首都库尼亚乌尔根奇（旧乌尔根奇，今属土库曼斯坦，注意与后来兴建的、今属乌兹别克斯坦的乌尔根奇区分开来）重建之后重新成为中亚最大、最重要的贸易中心之一。14世纪中期花剌子模在苏非王朝治下从金帐汗国独立。然而，帖木儿汗视花剌子模为撒马尔罕的对手，对其进行了5次军事行动，在1388年彻底摧毁了其首都。该事件，再加上阿姆河河道的改变，导致花剌子模的中心转移到希瓦。希瓦在16世纪成为希瓦汗国的首都。俄罗斯的彼得大帝统治期间，阿姆河河岸金矿的流言一时甚嚣尘上；另外俄罗斯帝国也有打开向南