将进攻澎湖岛的消息，法国政府并向清政府提议将台湾暂且让给法国，战后再归还。但是，此提议被中法战争时防守台湾的刘铭传激烈反对而未实现。
澎湖陷落.1895年1月（清光绪21年/明治28年），日军大本营接纳井上与中村的意见，决定先行佔领澎湖列岛。3月13日于佐世保军港下令比志岛支队攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陆正角，并于26日完全佔领澎湖，日军以霍乱病死二千人。为封锁清政府对台湾的支援，佔领澎湖岛不但必要而且是有效的战略。此佔领给台湾官民带来冲击，对日本佔领台湾的企图感到不安