咸丰五年（1855） 十五次为诸生考试，皆名落孙山。嗣捐赀为金华学训导。不久升任富阳县教谕。后议叙知县。太平军攻下浙江时，曾留江苏李鸿章幕府中，又回浙江宁绍台治军，深得左宗棠赏识。浙江平定后，经左宗棠密奏保荐于朝廷，同治六年（1867年）接替叶廷眷任江苏南汇知县，1868年由王其淦接任。在职期间，勤政爱民，成绩斐然，一月判牍达三百八十余件。巡抚丁日昌重其才，又调任 青浦、新阳、上海等县知县。所到之处，深受百姓爱戴，在内政、外交上多所建树，因而进阶知府，加秩道员。后以年老乞归，侨居桐乡。陈其元卒于光绪七年