为司马道子割原本由他都督的豫州四郡交给了王愉都督。庾楷上表抗议不果后就鼓动王恭讨伐司马尚之，王恭终在隆安元年（398年）与庾楷及殷仲堪、桓玄举兵讨伐王愉及司马尚之兄弟。司马道子曾试图劝止庾楷，但遭庾楷拒绝。司马道子面对王恭诸军举兵，不知所措，会稽王世子司马元显则力主讨伐王恭，朝廷加司马道子黄钺，以司马元显为征讨都督，统王珣、谢琰等人抵抗。司马道子将军事都委託给司马元显，自己则终日饮酒。及后司马尚之大败给桓玄，进至石头城，司马道子守中堂以备桓玄进攻，但期间却发生小插曲，有一匹马在军中乱走，士兵扰乱不安，竟令不