正式加入了国民党。1972年，蒋经国担任行政院长，李登辉以政务委员入阁，成为当时中华民国最年轻的阁员，年方49岁。独派大老辜宽敏说，1972年辜宽敏回台后，蒋彦士邀请在在台北市餐叙，李登辉当时直言：要台湾独立，才会有将来。日后出任中央银行总裁的梁国树也同意；时任台大校长孙震说原则上同意，只是他是外省人，态度必须保留。李登辉以农经专长担任行政院政务委员，自此之后六年。这时李登辉认为运作25年、对农村影响甚大的「肥料换谷」制，根本是变相向农民加税，最后李登辉将「肥料换谷办法」废除，并获得蒋经