日，林正式出任陕甘宁边区主席。1938年4月12日，林又被蒋介石任命为国民参政会参政员。同年10月，被补选为中共中央委员。1940年10月，林返回延安，专注于边区政府工作。1942年2月，林又担任了陕甘宁边区学习指导委员会主任一职，负责在政府系统中开展整风运动，他反对康生发起的抢救运动，争取到了毛泽东“一个不杀，大部不抓”的批示，促使这次抢救运动没有大规模发展。1944年2月17日，林奉命前往重庆，与国民政府重开谈判。11月，谈判无疾而终，林遂返回延安。1945年，在中国共产党第七次全国代表大会上，林被