月，马思聪被中华人民共和国政务院任命为中央音乐学院的首任院长。1966年6月，文化大革命开始后，马思聪遭到了造反派的批斗。1967年1月15日晚，马思聪与夫人王慕理、次女马瑞雪和儿子马如龙出走香港，后由美国驻香港领事陪同飞抵美国。同年5月，在康生和谢富治的示意下成立的“马思聪专案组”（又名“002号专案组”）开始对马思聪出走的经过进行调查，株连马家亲属数十人。1968年，马思聪被定为“叛国投敌分子”，这一罪名直至1985年才得以平反。1987年5月，马思聪在美国接受心脏手术时手术失败，于5月20日逝