，霍尔三十九族再度归附清廷。雍正帝采纳年羹尧“分而治之”的建议，于1724年将藏区拆分为青海、西藏两个部分，青海的藏人地区由朝廷派驻的西宁办事大臣管理；康区部分地区分别划归云南、四川管辖；卫藏则有藏传佛教格鲁派祖古达赖喇嘛和班禅喇嘛一起管理。此事件即为藏区分治。1727年，清廷设立驻藏大臣以监督西藏政治。
大小金川之役.干隆十二年（1747年）大金川安抚司莎罗奔私自进攻明正土司，中央调兵征讨。干隆十四年（1749年）莎罗奔投降。干隆三十六年（1771年），大金川土司索诺木朋楚克袭杀