1858年11月进驻南加州。艾莉与两个孩子前来相聚，一家人在这里生活到1861年内战爆发，汉考克以上尉和助理军需官职务入伍，部队指挥官阿尔伯特·西德尼·约翰斯顿（）之后将成为南方邦联将领。汉考克在加利福尼亚州与多位南方军官成为朋友，这其中最知名的就是弗吉尼亚州的路易斯·亚米斯德。内战爆发后，亚米斯德与其他南方军官离开加州前去加入南方邦联陆军，而汉考克则继续效忠北方联邦。
内战.
加入波多马克军团.汉考克回到东部，为迅速膨胀的北军承担军需工作，并且很快就于186