阿方索·埃斯特是阿方索一世·埃斯特的私生子。由于这项继承权不被教宗接受，又因费拉拉公国本来就是教宗国的封地，教宗克莱门特八世遂下令威胁将切萨雷逐出教会并派兵进驻法恩扎，切萨雷最后放弃对费拉拉的统治权，费拉拉公国覆亡，至此回归教宗国，但切萨雷仍保留着对摩德纳和雷焦的统治权。
参与多次战争.曼托瓦公国的贡扎加家族于1627年绝嗣，隔年曼托瓦爵位继承战争爆发，摩德纳公国帮助西班牙哈布斯堡王朝，并从斐迪南二世手中获得了科雷焦。在西班牙王位继承战争中，摩德纳于1702年被旺多姆公爵路易·