寺原本称：建元，是汉朝眉州司马董常的家宅。唐朝贞观年间，为振兴佛法，家宅修建为佛寺，另称建元寺。唐僖宗干符四年（公元877年），唐禅宗曹洞宗传人休梦了觉禅师担任建元寺住持，改寺名为昭觉。1917年3月，四川军阀二师师长刘存厚攻击滇军罗佩金、戴戡部下，朱德、周官和寡不敌众，退避昭觉寺。寺院因清净之地保护了朱德等人未被发现。朱德回到云南后委托周官和请书法家颜楷书写“应世人间”四个字制作成牌匾，赠送给昭觉寺。近代画家张大千也曾在昭觉寺住了4年，研究绘画艺术，不少的珍贵手迹至尽仍保留在寺院内。中华人民共和国