嘴龙科的定义为依据，并加入传统的鸭嘴龙亚科分类（在Prieto-Marquez (2010)以前所使用的分类法，包含了所有无头冠的鸭嘴龙科以及将根据碎片建立的物种鸭嘴龙属放置其中）。在此研究中，波拿巴龙被放置在栉龙族，比原栉龙衍化，但比栉龙基础，这与小贵族龙族南似鸭龙的初步分析结果相反。 以下演化树取自Cruzado-Caballero和Powell（2017）（与赖氏龙亚科或其他鸭嘴龙科的关系不在此赘述）：