人类学系时期.1949年，政府迁台：在中央研究院历史与语言研究所研究员李济指导下，于台湾大学文学院下成立考古人类学系，一方面继续研究殷墟为首的中国考古学和承袭日治时代以来的台湾考古学，另一方面又从事文化人类学研究与田野调查。之后，组织多次考古队，从事圆山遗址等台湾史前遗址的发掘，并深入各地调查研究台湾原住民各族文化与生活方式。1956年，增设硕士研究所。1970年代又投入浊大计画等学术工程。
人类学系时期.随着新考古学等新考古学理论引进台湾，于1982年更名为“人类学系”。