依赖性酶催化的去氧孕烯C3位的羟基化，以3α-羟基去氧孕烯和3β-羟基去氧基脲为中间体，随后氧化C3羟基，负责转化。一小部分去氧孕烯被代谢成左炔诺孕酮，其涉及去除C11亚甲基。以下进一步代谢依托孕烯，发生主要由减少的-3-酮基（由5α-和5β还原酶）和羟基化（由单加氧酶），去氧孕烯的主要代谢产物是3α，5α-tetrahydroetonogestrel（经查无中文译名）。去氧孕烯的终末半衰期非常短，约为1.5小时；依托孕烯具有相对较长的消除半衰期，约21至38小时，反映了去氧孕烯作为前药的性质。去氧孕烯和依