马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后桓玄更派人杀死司马道子；又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。桓玄又图除去刘牢之，先命他为会稽太守，令其远离京口。刘牢之意图反叛但得不到北府军将领支持，于是北逃广陵投靠广陵相高雅之，于途中自杀。司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣于是北逃南燕。
图谋篡位.桓玄在三月攻入建康时就废除了元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。此后，桓玄自让丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓脩为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、卞范之为丹杨