部分的马耳他，由哈德良皇帝升格为自治区。 新约圣经《使徒行传》中曾叙述圣保罗在公元一世纪于本岛遭遇船难以及传教的事蹟。拉巴特的地下墓地亦证明早期基督教社群曾在马耳他岛上存在。当西元395年罗马帝国东西分裂时，说希腊语的马耳他，由定都于君士坦丁堡的东罗马帝国统治，到870年为止。
中古世纪.马耳他因为位处地中海中央，具有重要的战略地位，当阿拉伯帝国于七世纪征服北非后，马耳他因而成为阿拉伯和东罗马二者的必争之地被卷入战争。阿拉伯帝国所以成功征服马耳他和西西里，与一位东罗马将军Eup