任命为广东陆军第2军军长。同年11月，应对龙济光的反攻，1918年春，击败龙济光军。林虎因功被任命为肇罗阳镇守使。1918年10月，广州军政府改组为7总裁的集体领导制，岑春煊、陆荣廷等旧桂系掌握主导权，林虎任军政府陆军部次长。1920年，支持孙文的陈炯明军击败旧桂系，林虎下野。此时，林虎拒绝了孙文当内应的邀请。此后，林虎从事反孙文的活动，1922年，帮助反孙文的陈炯明联络北京政府。1923年，任北京政府潮梅护军使兼粤军总指挥。1924年5月，北京政府任命林虎为广东督办。同年，获授寰威将军。1925年