至中华民国初年，万寿寺行宫仍归内务府管辖，曾被内务府出租给北洋政府作为办公场所，后来曾用作第一次世界大战战俘营。后来，万寿寺先后被用作学校、疗养院、缉毒所。1929年至1936年，京师四郊游缉队第二大队统领部及其步兵二营驻守万寿寺行宫。1931年九一八事变后，中国东北流亡民众来到北平，爱国流亡组织在万寿寺西路创办流亡学校。1932年，北平五台山普济佛教总会在万寿寺西路开办育幼院。1934年，东三省旅平同乡在万寿寺内前部创办高中学校，收容难民子女200余人上学。1937年4月28日，由于电线短路，万寿