令制国时代，现在的西京区南部属于山城国葛野郡和乙训郡。日本古代的渡来人氏族秦氏在2世纪来到日本后，以此区域为主要据点。1889年日本实施町村制时，现在的西京区在当时分属：桂村、川冈村、松尾村、大原野村、大枝村；1931年，桂村、川冈村、松尾村被併入京都市，最初划入右京区；1950年代，大原野村和大枝村也先后被併入京都市右京区。到了1976年，京都市决定将右京区中原属这五个行政区划的区域划出，新设立西京区。