一金刚队总教练回锅中华职棒，成为唯一能游走两职棒联盟的总教练，但只执教了三十几场即辞职离队。随后担任中华成棒队总教练，于亚洲棒球锦标赛击败南韩队，使中华成棒队取得雅典奥运资格。2003年，中信鲸球员爆发涉及签赌打假球，总教练林仲秋请辞，徐生明应林仲秋之邀，接任中信鲸队投手教练、总教练，并以五百胜的成绩成为台湾职棒史上最多胜的总教练。2004年，率领中华成棒队参与雅典奥运，但并未打入四强。在此时，因痛风，长期服用止痛剂，同时有高血压，肾脏出现问题造成肾衰竭，需要接受腹膜透析洗肾。接受弟弟徐政明的活