美国国防部授予其“自由勋章”，华盛顿大学为其举行了授奖仪式。中华人民共和国成立后，1951年吴大琨离开美国经英国等地归国。1952年任山东大学马列主义教研室主任、历史系教授。1954年、1956年先后当选青岛市第一、二届人大代表。1957年后，任中国人民大学教授、博士生导师。在各种政治运动中，吴大琨多次受到冲击，中共党籍多次得失。反右时，吴大琨对曾经提携自己的章乃器进行积极斗争。在经历了"文革"的劫难后，章乃器已经作古，吴大琨亦有悔悟，主动提出应给章乃器平反，这也是应当记述一笔的。1978年，吴大琨恢复