1991年，其中一名学者在叶利钦的支持下，召集考古学家和科学家小队一同发掘出所有尸体，并对所有骨骸实行进一步的鑑定。DNA测试是鑑定尸体的主要手段，经由採自菲利普亲王（亚历山德拉大姊的外孙）的血液样本以鑑定他们的DNA。尼可拉的尸体则由他弟弟格奥尔基·亚历山德罗维奇大公的样本获得鑑定。在经过几年鑑定后，在他们被处死第80週年的1998年，亚历山德拉、尼古拉和他们的子女（除了当时尚未发掘出的阿列克谢和安娜斯塔西亚外）被重新隆重地埋葬于圣彼得堡彼得保罗大教堂中（俄罗斯东正教并不承认那些遗体属于罗曼诺夫家庭的）。