反遭熹宗严加叱责，蔡毅中率部属上奏争辩：奏疏送入宫中后，魏忠贤扬手大骂。蔡毅中便一再上奏请求回乡，熹宗不同意。此后，魏忠贤唆使党羽弹劾罢免了蔡毅中。他去世后，明思宗即位后，崇祯五年，追赠他礼部尚书，谥文庄。
着作.蔡毅中是耿定向门生，曾经参与到耿定向和李贽的争辩中，并着有《焚书辨》攻击李贽。蔡毅中被罢免在家期间，曾纂修《万年县志》。此外撰有《注古文孝经》、《六经注疏》、《祖训节略注疏》、《濮阳子》、《胎产须知》、《馆阁宏辞》等，均失传。此外他还擅长诗作，辑入《沐天遗草》、《随搓