出奔，苻健得以入据长安。皇始元年（351年），苻健称天王，正式建立前秦，封平昌公，任衞大将军，担当守衞苻健及太子苻苌所居宫舍的重任。次年苻健称帝，进封苻菁为平昌王。皇始二年（352年），苻菁奉命与丞相苻雄领兵略地关东并救援正受到东晋安西将军谢尚及姚襄攻击的后赵豫州牧张遇，终大败晋军。次年，前凉派将军张弘及宋修联同王擢进攻前秦，苻菁又与苻雄领兵抵御，终大败凉军并俘获张弘及宋修。不久将军苻飞败于氐王杨初，苻菁就与苻雄还屯陇东。接着因张遇谋叛失败而引发原与张遇同谋的孔特、刘珍、乔秉等人各据城叛变，苻雄返回