三世在第二次反法同盟中保持中立，普鲁士在欧洲的威望下降。1803年，普鲁士的中立立场使他得到了希尔德斯海姆和帕德博恩教区、明斯特教区的一部分、库尔美因茨的艾希斯菲尔德、爱尔福特等地。1805年8月24日，腓特烈·威廉三世与法国皇帝拿破仑签定条约，法国将汉诺威让给普鲁士，普鲁士保持在未来战争中的中立态度。俄罗斯曾诱劝普鲁士加入反法同盟，但腓特烈·威廉三世由于对拿破仑的恐惧和汉诺威的诱惑没有出兵。奥斯特里茨战役后，奥地利帝国战败，神圣罗马帝国瓦解，拿破仑建立了依附于法国的莱茵联邦，这威胁到了普鲁士的利益