1795年，西山朝驻守归仁的司隶黎忠率军南下攻打平顺。阮文仁率军将其击退。此战之后，阮文仁以年老多病为由提出要退隐，但遭到阮福映的拒绝，随后被任命为镇边（今边和省）留守。阮文仁虽然没有文化，但他在此任内开始拜师读书，涉猎经史。1797年，阮福映亲征归仁，任命阮文仁为掌奇，辅佐皇二子阮福曦留守嘉定。在任期间劝课农桑，将嘉定治理地很好。1802年，阮福映统一越南，建立阮朝，改元嘉隆。阮文仁被任命为掌振武军郡公。阮文仁向嘉隆帝上表，提出广求贤才、制定法度、设立学校、劝课农桑等等十四条建议，被嘉隆帝一一採