那珂氏所属的天宁寺愚中的名声，召唤愚中来为自己建立氏寺，试图展现团结一族的自立性，结束在南北朝时代的动乱。佛通寺的名称是愚中周及的老师即休契了劝请开山时，所得到的谥号「佛通禅师」中所得到灵感，并选择了良好山水之场所而建立。1409年（应永16年），从后小松天皇获得代表高贵意味的紫衣着用的许可；同年愚中示寂，以后弟子们便形成了临济中一派的愚中派。1441年（嘉吉元年）成为足利将军家的祈愿所，接受小早川氏和毛利氏的保护和供奉，最盛时期曾有88个塔头，在西日本有末寺高达约3000座。但是，应仁之乱以后，寺势衰退，