国海军、美国海军陆战队、和美国海岸防卫队为主。目前有两艘航空母舰——即尼米兹号（CVN-68）和罗纳德·里根号（CVN-76）、数艘核潜艇、和一些其他军舰以圣迭戈为母港。海军陆战队在此设有，为全美仅存两处的海军陆战队新兵训练中心之一。有人称圣迭戈为「海军航空兵的诞生处」（""），虽然佛罗里达州彭萨科拉也以此自称。数艘美国海军的军舰为了纪念这个城市而以「圣迭戈」为名，其中圣迭戈号两栖船坞运输舰（）为一艘圣安东尼奥级两栖船坞运输舰，已于2012年开始服役。
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