靠本站的东北本线运转系统主要有经尾久站列车线的宇都宫线（正式路线爱称）、行驶于（通称）的湘南新宿线，以及经田端站－本站－浦和站电车线的京滨东北线（通称）、经武藏浦和站的埼京线（通称）等。JR东日本官方网站的赤羽站所属路线为「赤羽线 京滨东北线 埼京线高崎线东北本线」。途经此站的路线名称与各运行系统名称如下。此站一带的东北本线是由通称电车线、列车线、货物线（通称）组成的3复线，电车线有京滨东北线列车行走，列车线有宇都宫线、高崎线的上野东京线与上野站起讫列车行走，货物线有货物列车与湘南新宿线，以及东武