蛋白质与脂类相互作用是指膜蛋白和脂类的相互的物理状态的影响。要了解膜的结构和功能，相关的问题有：内在膜蛋白与脂类是否紧密结合，以及接近蛋白质的脂层的性质如何？膜蛋白对膜脂的动力学和顺序是否有长远影响？脂类如何影响膜蛋白的功能和结构？结合在双分子脂层表面的外周膜蛋白如何与脂类相互作用，并影响它们的行为？
双分子层中内在膜蛋白的脂类结合.大量的研究工作围绕「蛋白质是否存在对特定脂类的专一性结合位点？」，还有「蛋白质-脂质复合物是否可视作长久耐用物质？」典型的酶变换一次所需时间为10