（476年），文明冯太后临朝，王叡得到宠幸，升任给事中。历任散骑常侍、侍中、吏部尚书，封太原公。对内参与机密，对外参与政事。他出入宫廷帷幄，太后前后赏赐不可胜计。太和二年（478年）他曾经独执戟驱虎，护卫冯太后及魏孝文帝。太和三年（479年）春，与东阳王元丕入八议。九月，封中山王，朝廷为他置王官二十二人，中书侍郎郑羲任王傅。妻子丁氏立为王妃。太和四年（480年）转任尚书令，加号镇东大将军。太和五年（481年）二月，沙门法秀谋反，事发，牵连多人。王叡建议处死首谋者，将追从者之罪赦免。于是一千人免于死刑。六月，