创建日期是1945年9月10日，正值印尼独立革命爆发初期。印尼海军的前身是同年8月22日创建的人民海事安全局（），它仅有一些木船、日军遗留的登陆艇和武器。最早的成员包括殖民地时期对抗日本入侵的荷兰皇家海军水手，日本占领时期效忠日军的印尼民兵和官员，以及日本投降后参加印尼独立的前日军海军官兵。1945年10月5日，印尼人民安全军（）成立，人民海事安全局作为海军部分加入了安全军，称为人民安全军海军。印尼独立后，改称为印尼共和国海军（），这一名称使用到1970年代，才改为现名称，即印度尼西亚国家军海军。 Se