反应的基本工具-引物，就是从感染原的基因组衍生而来，那些基因组，长久而言，终究会被人们所解密。因此，当前已经具备能迅速且具体的检测感染原的能力。使用聚合酶连锁反应方法，作为标准用法的唯一障碍在于成本，但也并非无法克服。某些疾病的诊断，例如一些疾病（破伤风和肉毒桿菌中毒），就无法透过聚合酶连锁反应来达成。这些疾病是由少量会产生极强神经毒素的细菌所引起的生化中毒。这类感染原不会显着的增殖，因此聚合酶连锁反应方法检测的能力在此受到限制。
宏基因组学测序诊断.鑑于造成身体虚弱和威胁生命的