政府指为主谋，被拘捕。后经华侨和革命党人之极力营救，才恢复自由。1922年，陈树人由加拿大回国，适值陈炯明在粤叛变，孙中山避居永丰舰。他在香港闻变后即回广州，冒险到永丰舰晋谒孙中山。孙中山嘱托陈树人从速返港转沪，并派他担任上海的党务部部长。1923年旧历除夕，孙中山率廖仲恺、陈树人等由上海南下，返回广东，就任大元帅。其后两年，陈树人在孙中山身边工作，得到孙中山的信任和倚重。1926年初，广州成立国民政府，陈树人首任国民政府秘书长。第一次国共合作失败后，陈树人愤而辞职。1931年，陈树人的作品《岭南春