西邻亚利桑那州，北、东北邻科罗拉多州，西北邻犹他州，面积14,344平方公里。根据2010年人口普查，本县共有人口130,004人。本县的县治为阿兹特克。本县成立于1887年1月24日，县名来自圣胡安河。
地理.根据2000年人口普查，圣胡安县的总面积为，其中有，即99.56为陆地；，即0.44%为水域。本县的63.4%土地皆为印第安人保留地，其中纳瓦霍族保留地佔了60.45%，犹特山犹特人部落保留地则佔了2.93%。该县既是新墨西哥州面积第六大的县份，亦是美国面积第48大的县