做为迎宾馆；10世纪后，敦贺也继续也成为宋日贸易的主要港口。在敦贺港口旁的金崎山上，建有，14世纪的南北朝时代初期南北双方就曾在此发生第一次的。16世纪织田信长为进攻位于越前国的朝仓义景，也曾在此发动金崎之战，但最后成为战国时代最着名的撤退战。丰臣秀吉取代织田信长掌控日本大部分区域后，曾将此地封给蜂屋赖隆，并敦贺港口旁的平地新建立，1589年蜂屋赖隆过世后由大谷吉继接替入主；不过1600年大谷吉继在关原之战战败后，领地遭到没收，敦贺城也在1616年遭到废除，1624年敦贺郡全郡被划入小滨藩，成为小滨