疑.民主中国（香港）促进会召集人甄燊港2008年接受某週刊访问，曾质疑民进党政府支持法轮功的初衷存在台独考量，并质疑陈水扁政府资助法轮功。不过，台湾律师童文薰则质疑说法甄燊港「凭什么证据」立论，因为「从（陈水扁）国务机要费弊案的起诉书里可以看到，经过检察官详细调查所有凭证收据之后，海外的中国民运人士的确是拿了国务机要费美金二十万元，可是起诉书里并无任何陈水扁把金钱交给法轮功的凭证。」
台湾法轮功学员在中国大陆、香港的人权.台湾法轮功学员赴中国大陆，亦有遭到中共公安、国安人员拘禁的