作为唯一一条能直接转乘机场快线、迪士尼线、昂坪360和各新大屿山巴士及愉景湾巴士路线的重铁路线，本线也增加了不少港九新界往返香港国际机场和大屿山各区，以及来自大屿山各区出入市区的庞大乘客量。另外，部份本地居民或海外旅客会因机场快线的车费昂贵而改搭本线到东涌站接驳车费低廉机场巴士来往机场。根据港铁向香港立法会提交的文件披露，东涌线最繁忙时段载客率在2014年和2015年均为85%（以车厢每平方米站立4人计算），最繁忙路段在奥运站至九龙站之间。虽说如此，由于本线班次较疏（因部份路段需与机场快线共用路轨，繁忙