章乃器遂被戴上“反共老手”的帽子。“反右派斗争”中，大小报纸铺天盖地批判“章罗联盟”，批判“大右派”章乃器。1957年7月17日《人民日报》发表章乃器前妻胡子婴写的揭发文章《我所了解的章乃器》。在政治压力下，章乃器的妻子杨美真带着孩子离开章乃器居住的灯草胡同三十号四合院，与章乃器分居。章乃器成为“右派分子”后，1958年1月又一次被迫写检查，这篇检查《根据事实，全面检查》长达三万多字，在检查中重申：“我对党披肝沥胆，希望党对我推心置腹。”1958年1月31日，章乃器被撤销中华人民共和国粮食部部长职务。