总督不和，最后辞官，寓居苏州，任教于江苏法政学堂。民国成立后，隐居上海，着述以终。赐谥“文直”。
作品.朱祖谋工词曲，“中岁始填词”，“融诸家之长，声情益臻朴茂，清刚隽上，并世词家推领袖焉。诗能入品。”词风近于姜夔、吴文英，与况周颐、王鹏运、郑文焯合称为“清末四大家”。校刻唐宋金元词一百六十余家为《彊村丛书》，辑有《宋词三百首》、《湖州词征》三十卷，《国朝湖州词录》六卷，《沧海遗音集》十三卷。民国成立后，作品多怀恋清室之作。临死前写《鹧鸪天》：