会的内部组织上，郑村棋主张批判、挺进，採取强势领导，许多干部因适应不良或意见相左离开。投入台湾仓储运输工会联合会的秘书冷尚书，虽在仓运联做得有声有色，也曾是郑村棋的得力助手，却与郑理念不合离开，投入九二一灾区重建工作；郑村棋一手扶植的桃勤工会，核心干部毛振飞因反对1998年谢深山参与台北县长选举时，工委会发起的反辅选活动，与郑村棋发生严重冲突，双方争议至今仍未化解。 
担任公职.1993 年，尤清任台北县长时，郑村棋出任劳工局专员兼劳教中心主任。1998-2002 年，马英九任