父马承运始业盐两淮，马曰琯自小居扬州新城东关街，世代经营盐业，马曰琯与弟马曰璐皆以诗名于当时，人称“扬州二马”。酷爱典籍，好刻书，时称“马板”，有园亭“小玲珑山馆”，藏书十万余卷，“四方人士闻名造庐，授餐经年，无倦色”，名士全祖望、厉鹗、陈绶衣、杭世骏、金农、郑板桥、陈章等都是常客。全祖望住在小玲珑山馆，得了恶疾，马曰琯出资为他延请名医治疗。举博学鸿词的吴兴人姚世钰客死扬州，马氏兄弟为姚氏料理后事，并刊刻其遗着《莲花庄集》。马曰琯更出资千金赞助朱彝尊刊刻《经义考》，还替郑板桥还清债务，袁枚说马曰琯“横陈图史