er-Institut）的电子显微镜部门，直至1974年底退休，这个部门在1957年成为独立的电子显微镜研究所，并以鲁斯卡的名字命名，鲁斯卡也在此前的1955年辞去了西门子公司的工作。1944年鲁斯卡在柏林工业大学获得大学任教资格，1949年成为柏林自由大学的教授，1959年起也在柏林工业大学任教，直至1971年，教授电子光学基础和电子显微镜技术，发表科学文章超过100篇。1988年，恩斯特·鲁斯卡在柏林逝世，葬于其弟弟赫尔穆特·鲁斯卡在柏林的墓旁。
研究.鲁斯卡是电子显微