命令在台日军向蒋介石将军投降。中华民国政府台湾省行政长官公署于1946年（民国35年）1月20日依《台湾省乡镇组织规程》改为「善化镇」，设「镇公所」，管辖20个「里」、243个「邻」。 2010年12月25日台南县市合併升格为直辖市，善化镇因而改制为「台南市善化区」，原镇公所改为「区公所」。
行政区划.2018年4月30日因里邻调整，将北关里与西关里合併成「顶街里」，东隆里与东昌里合併成「昌隆里」，并从小新里分出「莲潭里」，此外调整了文昌里与坐驾里之间、牛庄里与嘉北