抚杨镐请求重新任用李如梅做大将，麻僖建言改用张承荫，承荫还未到任而镇远堡、曹庄等地相继沦陷，杨镐均不据实以报，被麻僖上两道奏疏弹劾，杨镐遂辞职归乡。后来与同僚孙振基等人弹劾熊廷弼杀人媚人，又说汤宾尹录用韩敬为状元，很明显是在暗中说人情、行贿勾通官吏。万历四十五年（1617年）被诬陷依附东林党，贬官山西按察知事。天启二年（1622年）起用任兵部主事，历任尚宝丞、少卿、太常。天启五年（1625年）五月，遭阉党人弹劾落官。崇祯初年（1628年）官复原职，不久致仕家居。崇祯十六年（1643年）冬，李自成攻陷