社实行一个机构两块牌子。2000年1月18日设立中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室后，中共中央澳门工委改与中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室实行一个机构两块牌子。中共中央澳门工委书记为中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室主任。2012年中共十八大召开前，中共中央香港工委和中共中央澳门工委首次成为独立选举单位，选举产生中共十八大代表。2015年1月20日，中央政法工作会议在北京召开，“香港工委和澳门工委”首次在中央会议的报道中出现。