一直到1790年，克林顿再次在第二代纽卡斯尔公爵的协助下，透过购买属于「口袋选区」的康沃尔郡朗塞斯顿（Launceston）选区而重任下院议员，至1793年10月复获军方授予陆军将军军衔。晚年的克林顿爵士再次获得起用，于1794年7月获委任为直布罗陀总督，可是，这时的克林顿已经顽疾缠身，以致久久未能成行，结果总督一职改由查尔斯·奥哈拉（Charles O'Hara）以副督身份暂代。克林顿始终也没有痊癒过来，在1795年12月，他进行一项小型手术移除膝盖的脓疮，但是手术失败，数日后在12月23日卒于伦敦摄