武装力量反抗而变成地方上的内战，所有反抗在1953年后平息。中国共产党因此剷除了反对者，巩固了新生的政权。
冤假错案.在镇反运动中，许多中华民国国军投诚官兵和中共地下党员也被当作反革命分子“杀”、“管”、“关”，如朱自清的儿子朱迈先，早年追随中共，投身地下党推翻国民党活动，八年抗战期间亦因中共指派随宣传团集体参加了国军，第二次国共内战后期并策动桂北国民政府军政人员起义成功，却在镇反运动中被当成历史反革命判处死刑，执行了枪决，80年代获平反。1949年抗日名将池峰城策动军统北平站长徐