击败民进党提名的许丕龙，并于2001年中华民国县市长选举中顺利连任。在2004年中华民国总统大选中，连战在澎湖县仅领先陈水扁四百多票。而在2005年中华民国县市长暨县市议员选举中，国民党提名的王干发则以一千两百票的微幅差距当选县长，击败民进党提名的陈光复。2008年中华民国立法委员选举中，无盟在澎湖县提名的林炳坤以五成一的票数当选。同年的2008年中华民国总统大选中，马英九则在澎湖囊括五成余之票数。在2009年中华民国县市长暨县市议员选举中，国民党王干发则以不足六百票之差险胜民进党提名的蔡见兴。