可以表示出酵素行为机制最有用的工具。分子力学本身无法预测电子转移；电子转移为有机反应的基础，但是分子力学可以模拟在酵素催化反应时蛋白质分子的多变性提供了足够的讯息。互补的方法，结合了分子力学和量子力学模拟的方法。根据这个办法，只有酵素催化反应的原子用于量子力学中，而剩下的原子，则用于分子力学中。
设计过渡状态类似物例子.在利用KIE或是电脑模拟器决定过渡态的结构后，抑制剂就可以根据过渡态的结构以及中间产物设计出来。接下来的例子说明，抑制剂如何借由改变官能基所对应的过渡态的几何结构和