又召回叶向高等先朝老臣担任内阁首辅，当其时朝廷重要职务多由东林党人担任，齐楚浙党的党羽都被贬斥。。抚养皇帝的李选侍利用皇帝年少无知，佔据干清宫，意图把持朝政，东林党左光斗、杨涟等反对，不让李选侍与皇帝同住，迫使她移居他处，是为移宫案，此事后内侍魏忠贤被提拔为司礼监秉笔太监，魏忠贤提督东厂，又集合齐，楚，浙党等士大夫形成阉党。魏忠贤与熹宗是皇孙时代即结识的旧识，魏忠贤乘机结交朱由校乳母客氏，两人遂狼狈为奸。另外熹宗也屡发内帑犒劳将士，补发九边欠饷，如即位之初便发派一百八十万帑金以劳边，派帑