年的京师大学堂格致科化学门，是中国国立大学中成立最早的化学教学和研究机构。1911年武昌起义爆发后，京师大学堂改名北京大学，并一度停办。1913年化学门重新招生，1919年改称化学系。1952年全国范围院系调整后的北京大学化学系由原北京大学、清华大学、燕京大学三校的化学系重组而成，一跃成为中国国内实力最强的化学教学和研究机构之一。1994年北京大学进行部分系、所“学院化”改革尝试，化学系即为其中之一。本来预备更名为化学学院，而当时正在化学系任教的中国科学院院士唐有祺要求将「分子工程」的提法加入新的学院名称中