RT和BMT联营，BMT派出的列车为特别设计的列车），此外也有计划建造连接线将第二大道线与IRT佩勒姆线连接。
整合后的扩张及机构重组.线网整合完成后，纽约部分高架铁路被关闭，包括IRT第二大道线（1942年关闭）和BMT的布鲁克林大桥铁路（1944年关闭）。二战后的通货膨胀导致1947年纽约地铁加价至10美分，六年后纽约地铁再次加价至15美分。线网整合后，由于各个系统之间的营运协调工作进展缓慢，公众要求地铁营运机构重组的唿声增多，当时曾有人建议由纽约与新泽西港口事务管理局负责地铁