弘治十年，达延汗寇犯甘肃，廷议复设总制官，先后会举七人。吏部尚书屠滽举荐王越，于是王越恢复原职，加封太子太保，总制甘、凉边务兼巡抚。王越言甘镇兵弱，非用延、宁两镇兵难以克敌，后请兼制两镇。次年分兵进攻获胜。后加少保，兼太子太傅。之后朝廷制置哈密事宜。恰逢李广得罪死，后连坐至王越。王越闻忧恨，同年冬卒于甘州。赠太傅，谥襄敏。
佚事.《菽园杂记》载王越之父墓葬被盗掘之事。