城美里将他救出，并载着他来到特务机关NERV本部。真嗣和父亲久别重逢，却马上被父亲带往参观巨大人型兵器「终极泛用人型决战兵器 人造人福音战士」（简称EVA）的初号机，更被冷酷地要求驾驶初号机与使徒对抗。虽然真嗣採取反抗态度，但在看到要替补他的女性驾驶员绫波零的伤势后，终于否定了逃避念头，决意出击。真嗣在未受任何训练之下成功启动初号机，至地面与使徒对峙，结果因为操纵不灵活和恐惧而毫无招架之力，A.T.力场也没有展开，结果被使徒痛击至无法动弹，失去意识。这时初号机自行动了起来，癒合断手并展开A.T.力场，如