砲台防务时，旗后砲台弹药库爆炸，共80多人死亡，砲台管带副将衔尽先补用游击万国标遭撤职。3月15日，日军联合舰队由伊东祐亨司令长官及东乡平八郎司令官率领，以强大火力支援混成支队攻打澎湖，3月23日澎湖之役爆发，3月25日澎湖群岛完全沦陷，澎湖水师镇总兵周振邦逃离。清廷以「坐视不救，先行逃避」，派员押解周振邦至福建，判「斩监候」，澎湖成为日军集结军力进攻台湾南部地区的重要基地。4月17日（农历三月二十三日），大清帝国代表李鸿章和日本帝国代表首相伊藤博文在日本山口县马关港「春帆楼」签订《马关条约》，永久割让