系研究进入定量时代，由药物化学家Hansch提出的Hansch分析将分子整体的疏水性、电性、立体参数与药物分子的生理活性联系起来，建立了二维定量构效关系方法。1990年代，Cramer等人提出了比较分子场方法（CoMFA），CoMAF方法通过分析分子在三维空间内的疏水场、静电场和立体场分布，将这些参数对药物活性回归。目前CoMFA方法和改进的CoMSIA方法已经成为应用最广泛的药物设计基本方法之一。
药动相的构效关系.药物和其他生理活性物质在机体内需要经过吸收、分布、代谢、排泄的过