士阮文理的学生，因会试分数任从善公府修书。嗣德十八年（1865年），考中进士。授集贤院修撰，转任春长府知府（今南定省春长县），又任内阁侍读，以文学政事受赏识，迁任承天府府丞，不久任承天府尹。嗣德二十六年（1873年），安业率法国军队入侵北圻，攻破河内。嗣德帝派遣阮仲合、陈廷肃、张嘉会前往河内求和。因而升任河内巡抚。不久转任南定巡抚。嗣德三十三年（1880年），上疏请求担任如西副使，嗣德帝不许。该年冬，改任吏部左参知兼管理商舶大臣。嗣德三十六年（1883年），阮仲合任吏部尚书。该年法国再度出兵北圻，陈兵香江口