客不多。随南山中心区及口岸周边建筑陆续落成，吸引更多香港人前往南山区消费，而由于从深圳湾口岸过关只需上落一次，节省等候乘客过关时间，加上广深沿江高速开通，由于口岸连接东滨隧道直达广深沿江高速的入口，令来往珠三角西岸及广东省西部、广州与香港更便捷，比使用皇岗口岸和广深高速车程节省一小时以上，吸引不少过境巴士转用。自2014年起，深圳湾管制站的使用人次首次超越落马洲管制站，成为目前香港使用人次最多的公路管制站。在车流量上，虽然远远不达到设计车流量日均逾60,000架次，但在2016年仍有日均11,000架次使用