7个月在越南担任防空部队指挥官。1967年，已经获得上尉军衔的巴基光荣退役。之后又成为美国国家航空航天局设在加利福尼亚州斯坦福大学附近一个高级研究中心的工程师，并在航空航天局的资助下进入斯坦福大学深造而获得机械工程硕士学位。巴基曾表示自己对医学的热忱源于越南，并在国家航空航天局工作期间不断滋长，这与他战争期间的经历，以及在航空航天局工作时有关太空飞行对人体影响的考量有关。1973年，巴基向12所医学院递交了入学申请，但全部遭到了拒绝。巴基起初于1972年向南加州大学和伊利诺伊州的西北大学提出申请，但均因