移交中华人民共和国前夕，中华民国政府官员仍认为“中华民国拥有香港主权”。1997年3月，立法院通过《香港澳门关系条例》，规范台湾与港澳之间的往来事宜。现今的台港关系不少程度上影响着台湾与澳门关系，而中华民国政府把香港、澳门两地合称为港澳地区，有别于中国大陆。
政治关系.
中华民国机构人员被香港政府拒绝入境连串事件.1999年7月，台湾驻港代表、中华旅行社总经理郑安国在香港电台阐述李登辉总统的「特殊两国论」，其后引起中华人民共和国国务院副总理钱其琛指示香港特