厌氧消化设施排出的废水将通常具有升高的生化需氧量（BOD）和化学需氧量（COD）水平。流出物的反应活性的这些测量指示污染的能力。一些这种材料被称为“硬化学需氧量”，这意味着它不能被厌氧菌获取以转换成沼气。如果污水被直接放入水道，它会造成通过引起水体富营养化的负面影响。因此，通常需要进一步处理废水。这种处理通常是一个氧化阶段，其中空气通过水在顺序批量式反应器或反渗透单元。