侯祁（），字应文，山东兖州府郓城县人，民籍，明朝政治人物。
生平.山东乡试第十三名举人。嘉靖三十二年（1553年）中式癸丑科三甲第二百七十八名进士。
家族.曾祖侯镗，知州；祖父侯相；父侯勍，母徐氏。