织制度进行编制，并分立警、步、马、砲、工、辎等兵科。之后，被编为武卫军“前后左右中”五路中的武卫右军，随袁世凯到山东去镇压义和团运动。在那里，袁又将34营旧军改编，命名为「武卫右军先锋队」，令武卫右军扩大至两万余人。在新军成立的同时，署理两江总督的张之洞也编练了一支名为自强军的新军。这支军队同样参照西洋军队编制，步、马、砲、工等13营共2千余人。后来自强军由刘坤一接办，最后被袁世凯所收编，划归武卫右军。庚子事变中，武卫军诸军损失惨重，惟袁世凯所部右军及右军先锋队得以保存实力，成为清朝北方仅剩的新军武