为阿桂罪状与贻误军机不同，而特别宣布赦免。此后命为江西按察使，不久又担任内阁侍读学士。干隆二十年，擢内阁学士，当时适逢清廷出兵准噶尔，阿桂赴乌里雅苏台管理台站。其间，阿桂之父阿克敦病故，阿桂被准回京办理丧事。为时不久即奉命返回西北，任参赞大臣，命令驻防科布多，授蒙古镶红旗副都统。干隆二十二年秋，授工部侍郎先是率军策应清军唐喀禄部，追击图谋遁入俄国的辉特部首领舍楞，后又与副将军富德一起追捕其余人员，获赐花翎。干隆二十四年，从兆惠平定大小和卓之乱；二十四年（1759年）冬天，从阿克苏移驻伊犁，筹办屯田二十六