，小学部因此而停办，旧有的小五及小六学生需到当时新开设的中华基督教会基华小学继续上课，部分英华书院小学部的教师亦过渡到基华小学。在2003年，中华基督教会基全小学上午校以基全小学的名义转为全日制学校，而下午校则合併到新註册成立的「英华小学」，并迁入深水埗英华街的千禧校舍，称为小学「复校」。新的英华小学为独立于书院的学校，首任小学校长由基全小学下午校校长简燕玲担任，旧有的下午校师生及校长亦转到新的英华小学继续上课。2007年起由津贴小学转为直资，与英华书院结龙，英华小学毕业学生可以直接升读该中学。