化学厕所，就是集便器使用化学品把粪便消毒的厕所，而非单纯把污物储存，或是经管道将之送往污水处理厂。这些厕所常见于飞机或新型列车上。消毒剂通常使用氢氧化钠或是近似的化学品，它们会加入沖厕用水中。除交通工具外，化学厕所也常见于建筑工地，以及大型的户外嘉年华会等。