美颌龙无疑地是种小型、二足肉食性恐龙，但唯一的化石保存状态极差，使得原美颌龙很难正确地分类。原美颌龙过去曾被认为是种兽脚亚目恐龙；但有些科学家认为原美颌龙是种原始的鸟颈类主龙。在1992年，保罗·塞里诺等人提出原美颌龙的正模标本是个嵌合体，头骨来自于喙头鳄亚目的跳鳄，身体来自于角鼻龙下目的斯基龙。然而在2000年，奥利佛·劳赫（Oliver Rauhut）等人注意到原美颌龙的嵴椎显示牠们可能属于腔骨龙科或角鼻龙下目；而M.T. Carrano在2005年重新研究牠们的近亲斯基龙时，发现原美颌龙与斯基龙都