1995年至1996年，黄光芹与台湾省政府新闻处处长黄义交交往。2004年7月31日，黄光芹和加拿大籍华裔舞者马自觉结婚，直到2006年8月1日双方签字离婚。2007年，黄光芹与台湾社秘书长杨文嘉结婚。2017年，黄光芹与杨文嘉搬到新北市林口区居住。2017年10月24日，黄光芹在JET综合台《新闻挖挖哇》中透露，她和杨文嘉于2016年领养了一个8岁大的小男孩，小男孩聪明又讨喜，跟夫妇俩相当投缘。