藩之乱，据说郑经建此庙乃是为了提升己方地位，好与位处西边的三藩比肩。不过在这之前，明郑王朝的官兵已在山川台（今台南市东门圆环一带）搭建草庵供奉东岳大帝，以求去病消灾，并将香灰装入小袋中当作护身符。
清朝时期.入清之后，台湾知府蒋毓英于康熙二十四年（1685年）重修该庙，八年之后台厦道道台高拱干又复修，仍维持明郑时的样貌。康熙四十一年（1702年）时增建左护龙，之后干隆十六年（1751年）与三十二年（1767年）又再次整修。嘉庆十四年（1809年）重修时增建了钟鼓楼，为此庙规制较完整