48年(民国37年)底，国共内战情况对国民党趋于不利的态势，1949年1月国府行政院及各单位开始迁往广州，仅总统府仍在南京。1月26日，中共政权攻占长江北岸的六合县县城（当时六合县属江苏省第五行政督察区，不属南京特别市）。4月21日，中国人民解放军发起渡江战役，渡过长江。4月23日，解放军攻陷南京城，24日凌晨，解放军第35军攻占南京总统府。国民政府南迁广州，后又迁重庆、成都最后迁抵台北。
中华人民共和国.1949年10月1日，中华人民共和国成立，南京成为中央直辖市，由中央人民政府