团体或个人的基督教性质恐怖主义，动机多是源自信徒对于教义的诠释与信念，把政治性质的暴力行为合理化。
历史.英国记者和政客Ian Gilmour引用了圣巴托洛缪大屠杀作为一个实例比较基督教恐怖主义与现代恐怖主义，并写道:「教皇额我略十三世说这大屠杀给了他比勒班陀战役更多的快乐，他委託乔尔乔·瓦萨里在梵蒂冈描绘壁画。」大约2000至25000雨格诺派（也译做胡格诺派，法国新教徒）被天主教暴徒杀害，因此被称为“该世纪最严重的基督教屠杀”。这次大屠杀导致开始了第四次法国宗教战争，双方许多