国史大系中的六国史再次进行校订，并新增《类聚国史》，编成《国史大系六国史》4册和《国史大系类聚国史》一册，共计5册，于大正2年（1913年）至大正5年（1916年）期间于经济杂志社刊行。其目录如下：
第三次：新订增补国史大系.于昭和4年（1929年）至昭和39年（1964年）期间由吉川弘文馆刊行，共66册。黑板胜美编辑，丸山二郎校订。其间，黑板胜美于1936年病倒，1946年逝世。丸山二郎、黑板昌夫、坂本太郎成立国史大系编修会，继续该事业。1964年完成，丸山二郎代表该会接受了朝日