被征召回到菲律宾，担任美国远东军总司令；珍珠港事变后，1941年由于低估日军力量，菲律宾的盟军遭受严重打击。1942年2月，随着日军收紧对菲律宾的控制，罗斯福总统命令麦克阿瑟撤退至澳大利亚。1942年3月12日晚，麦克阿瑟和妻子琼妮、儿子亚瑟、亚瑟的广东阿嬷阿秋（音译）和一些职工（包括萨瑟兰、理查德·马歇尔和赫夫）等一组特定人员离开了科雷希多岛。他们乘坐PT艇穿越日本军舰巡逻的暴风海域，抵达位于棉兰老岛的，然后乘坐B-17轰炸机飞往澳大利亚。麦克阿瑟最终于3月21日乘火车抵达墨尔本。3月20日，他在南澳大利