东亚公开学院（今澳门城市大学），以私营模式运作。1995年，首届硕士生毕业，同年中国银行澳门分行开始发行1995年版澳门币，其中50元纸币的正面图案为澳门大学远景。1997年，大学首位博士生毕业，葡萄牙共和国总统沈拜奥于同年到访澳门大学。1999年澳门回归后进一步优化校园，并推动设置一系列新课程、调低学费及提供奖学金和财政支援。2002年，大学成立修章工作小组，启动对大学章程的修订工作，实现大学步向现代化和国际化，并于2006年通过新大学章程。修章带来的学术自由和行政弹性加速了大学日后发展步伐。2006