议院承认他的就职典礼。在这一时期，由于他的身体无法适应波哥大的高原环境，因此他选择在海拔更低的比列塔办公。马罗金等人对圣克莱门特否定他的政策感到不满，联合数位波哥大的保守党要人试图架空圣克莱门特。1899年10月，哥伦比亚自由党发动了千日战争，始于桑坦德，并蔓延到整个国家。1900年7月31日，保守党其他要人们决定推翻圣克莱门特。包括何塞·比森特·孔查和[等保守党要人们将圣克莱门特软禁在比列塔并让马罗金上台。1902年3月13日，圣克莱门特死于比列塔。