与其父亲是在饭盛受洗，《日本大百科全书》则称三木是在他4至5岁左右时受洗，天主教住吉教会则指出他是与其兄长于永禄11年（1568年）受洗。天正9年（1581年），他入读了在安土城下新建的，天正14年（1586年）8月加入耶稣会，着手开始传教，最初在有马、大村和长崎，在取得成果后转移至京都和大坂一带，协助继续传教活动。天正15年6月19日（1587年7月24日），丰臣秀吉颁佈了伴天连追放令，命令传教士离开日本。庆长元年（1596年）12月8日，爆发后，丰臣秀吉下令搜捕方济各会会士和信众，三木在两日后与等人受到