960年，斯诺访华时提出想见“王牧师”，中共经调查发现“王牧师”就是董健吾，于是在1961年，派遣陈赓到上海，要求上海市委第一书记柯庆施安排董健吾工作，次年进入参事室，属‘养’的对象。 1966年文革开始，董健吾在参事室成为造反组织领袖，但是仍在一打三反运动中受到背靠背的揭发批判，方针是“对其罪行严肃批判，对其本人基本保护”，理由是“在历史上做过好事，也做过坏事，干过革命也干过反革命”。1970年7月，董健吾被诊断为胃癌，一度在东方红医院（今瑞金医院）住院，，但不久因斯诺访华时要求见面，又被送回东方红医