便经历本地足球最低迷的冰河时期。他在1999年转投一间愿意投资却不太计较成绩回报的球队二合，青年球员在这里都得到大量实战机会，惟二合于2001年夏季因为散班退出甲组联赛，他遂转投花花。2002年，朱兆基加盟晨曦，并于一季内协助球队横扫本地所有锦标，为晨曦球队夺得四冠王美誉，而他更在2003/04年度首次入选香港足球明星选举的最佳十一人阵容。在千禧年间，朱兆基曾获本地老牌球会南华斟介，不过当时他考虑是想争取更多落场机会而婉拒。他于2009年7月离开效力7年的晨曦转投升班马沙田，直至2010年7月再转投