赦免其罪，官复原职。圣宗召集群臣询问对策，群臣多认为因向元朝送去人质以为缓兵之计。唯有陈庆余和陈国峻坚决主张抗敌，请求领兵防御各处险要。于陈圣宗任命陈庆余为副都将军、骠骑将军，又封陈国峻为国公，统领天下诸军。陈庆余成为陈国峻的属下，被派往云屯（今广宁省云屯县一带）驻守，陈国峻则驻守万劫（今海阳省劫泊村）。1287年，元军第三次入侵大越。驻守云屯的陈庆余战败，元军长驱直入到了陈朝的大本营万劫。陈圣宗得知后十分愤怒，遣使来到陈庆余的兵营，准备将他用铁链锁起来送回京城治罪。陈庆余恳求宽恕二三日给予将功补过的机