9世纪期间的江户时代，大部分区域为幕府直属或是福井藩的领地，也有少部分区域属于丸冈藩；19世纪末明治维新后先后改隶属本保县、福井县和丸冈县；不过在1871年年底进行的第一次府县整併中，全数区域被整併为新设立的福井县，但当时的福井县在1872年旋即更名为足羽县。1873年随着足羽县被併入敦贺县，不过敦贺县在1876年也遭到废除，本地被改划入石川县，直到1881年才将原本敦贺县的辖区重新恢复设县；不过重新设立的新县因为县厅设在福井，因而新县被命名为福井县。1889年日本实施町村制，现在的芦原市辖区在当时