访一些同事晤谈得到关于后备机长的信息，及后备机长念读句子的行为，则都被视为是后备机长控制飞机自杀的证据。埃及方面提出767尾舵故障的问题事后有被FAA正视，并检查当时营运的767机队，但美方提出机师自杀的问题却没能防范，间接导致了日后如德国之翼航空9525号班机空难的发生。
事后.埃及航空已取消洛杉矶至纽约的航段，只保持纽约到开罗的航段，航班改为MS986，并改用波音777执行此航段。