选为国民党第二届中委。同年国民政府下部队改为国民革命军，程部为第六军，程潜为军长，军代表林伯渠，下属三个师。1926年蒋中正北伐时，第六军攻陷南昌，但之后被孙传芳成功反攻，第六军损失过半。经重组后再战，并于1926年12月23日首先攻陷南京。1927年宁汉分裂，程于次年3月被武汉国民政府选为军事委员会委员、第二方面军指挥。武汉方面曾一度要程潜逮捕蒋中正，但程未有行事，而蒋亦已有防范。之后程曾一度试图调解宁汉之争但无效。而第六军亦在南京附近被蒋中正包围缴械收编。宁汉合流后，程潜与桂系军阀合作击败反蒋之唐生智。