病人相同，移植手术后理论上不会产生排异反应。利用这样的细胞替代疗法，有望治癒因细胞受损而产生的疾病，比如由胰岛B细胞受损引发的1型糖尿病、由血管内皮细胞受损引发的心血管疾病等。同时，亦可用来产生移植手术所需要的器官。美国国防部已批准了包括用iPS细胞产生血液的研究在内的几项基金。有设想认爲可以用iPS构建不同血型的iPS细胞库，爲战争伤员或病人源源不断供应血液。iPS细胞亦可以应用于新药开发中。比如，可以用iPS细胞在体外分化出成体细胞，再用药物处理分化的成体细胞，用以预测这些药物在实际应用到体内后是否