较于健康人群的外周血单核细胞中，自噬基因表达量更高，而自噬作用被抑制后，出现了细胞存活率降低及凋亡细胞比例增加的情况，表明自噬在牙周炎中的保护作用。然而，有研究得出相反的结果，表明自噬在牙周炎中的病理作用。
败血症及其併发症.败血症是感染诱导的失调性宿主免疫反应。目前已知自噬在败血症进展与器官功能障碍的发生中具有一定保护作用，故而是一个值得研究的治疗靶点。大量促炎因子及聚集的白细胞通过炎症信号通路，诱导组织细胞内出现内质网应激及线粒体损伤等，继而诱发保护性自噬反应，以包裹损伤的细胞