胞核DNA的研究结果，有指上述的实验方法、样本数量及DNA测序上都存在着问题，故麝雉并非蕉鹃及杜鹃科的近亲。研究结果更指很难测定麝雉的近亲，它们只是倾向属于鸠鸽科，但准确度只少于10%。于2004年，基于β纤维蛋白原内含子7序列有建议将今颚总目进行二分法。这个建议将麝雉分类为Metaves分支的基底成员，这个分支是一个新建议的分支包含了所有传统上分类有问题的鸟科，如火烈鸟、䴙鷈科、鹲属、沙鸡科及拟鹑科。虽然鸠鸽科也被建议到此分支内，但却与麝雉没有关系。
化石纪录.已确定的麝雉化