军途中，士兵没有吃饱自己就不先吃，士兵衣服没发下自己决不先穿，所以士兵都愿意为他出力。此后，他的军队相继在英山、六合两地打败变民军，顺天王也乞求投降。崇祯十二年（1639年）夏，史可法因岳父去世离职。除下丧服后，出任户部右侍郎兼右佥都御史，接替朱大典总督漕运。他弹劾罢免了三个督粮道，增设漕储道一人，大力疏通南河，使漕务大有整治。崇祯十六年（1643年）七月，史可法拜南京兵部尚书，参赞机务。在此期间，史可法奏上八条改革意见。
南明建立.崇祯十七年（1644年）三月李自成进攻北京，