属于各行省。镇戍诸军，有警时由行枢密院统领，平时日常事务归行省，但调遣更防等重要军务则归属枢密院决定。元朝水军原是为了元灭宋之战而准备，1270年命刘整建造大量水军。襄樊之战时元朝水军与陆军协同包围襄阳，攻下后降将吕文焕又率元水军与河岸陆军协同于丁家洲之战击溃南宋水军精锐，至此领有全部长江水域。而后张弘范又率元朝水军（平底船）渡海南下追击南宋海军，最后于崖山海战包围歼灭之，元朝水军在灭宋之战有重要的功能。元朝融合了南宋和阿拉伯航海技术，使海军技术更加成熟，然而在对外战事中，元日战争与元爪战争均以失败结束