任台湾总督府技师。1911年后，民政部殖产局林业试验场成立，他担任负责林业试验场的主事。当时日人对台湾树木的知识仍无法全面性掌握，连他甚至尚无法说出乌心石舅之名。他收集资讯得力毕业于大稻埕公学校（今台北市大同区太平国民小学）与农事试验场农事讲习生甲科的台北厅人林学周。在林业试验场任职时，金平亮三便经常与埃尔默·德鲁·美林联络，央求比对其自台湾本岛或邻近岛屿採集的植物标本是否为新种。金平亮三所发表的新植物约有二十种。。1910年代初期及中期，佐佐木舜一在金平亮三的指导下，进行台湾药用植物的长期性调查，