室町幕府发生观应扰乱，足利直义投奔南朝并大败北朝军。在此压力下，足利尊氏决定与足利直义达成和解，并废除了北朝朝廷向南朝投降，史称正平一统。光明上皇也同其他一些北朝系皇族成员一起被幽禁。次年后村上天皇派楠木正仪击败足利义诠，佔领京都，被囚禁的光明上皇连同光严上皇、崇光天皇、皇太子直仁亲王一起落入了南朝军的手里，押解到了后村上天皇在贺名生（今奈良县五条市）的行宫囚禁。此次事件后，足利义诠决定复辟北朝朝廷，并以光明上皇的母亲西园寺宁子（广义门院）的名义发佈院宣，立光严天皇的第三皇子弥仁亲王即位，是为后光严天皇