黄岩奉命率司令部及地委机关撤往和含地区。1940年5月，和含地区遭国军重兵进攻。黄岩等人奉命经广兴集撤往津浦路西。此后，黄岩留在此地参与创建并发展淮南津浦路西抗日根据地。1941年5月，黄岩任中共路西区党委书记；1943年2月，中共淮南区党委成立，谭震林任书记，辖路东、路西两个地委，黄岩出任路西地委副书记兼新四军二师六旅（兼军分区）副政委。1944年9月，黄岩任中共淮南区党委委员，并任中共路西地委书记。1945年2月，黄岩任重建之后的新四军二师六旅（兼军分区）政委。
第二次国共内