隶属于中华民国基隆市中正区管辖。彭佳屿距离台湾北部基隆港约56公里，航程约2.5小时；距离钓鱼台约140公里，使其作为中华民国宣示对钓鱼台列屿主权的象征。目前彭佳屿仍然是军事管制区，尚未开放一般人登岛观光。中华民国内政部海洋国家公园管理处计画把彭佳屿、棉花屿及花瓶屿（北方三岛）附近海域划为「海洋国家公园」。2005年8月10日，中华民国总统陈水扁巡视彭佳屿，为岛上「海疆屏障」纪念碑主持揭碑仪式，成为首位登上彭佳屿的中华民国总统。2012年9月7日，总统马英九巡视彭佳屿，除宣慰岛上官兵，并与驻扎于东沙