依喀湖高海拔、深度深、河水填充的速度慢、位在火山地区，其流量变化的历史相当复杂。坦干依喀湖以往很少有水流可以流到海中，实务上可称为内流盆地，因为需要在坦干依喀湖的水位较高时，才可能流到，再流进刚果河。坦干依喀湖位在热带地区，水份很快蒸发，因此需要在基伏湖经由鲁济济河入水的水量较大时，坦干依喀湖的水位才够高，可以流出到其他地区。坦干依喀湖的水道历史不超过一万二千年，而且因为熔岩流的阻塞，将基伏湖以往经由爱德华湖流到尼罗河水域的水量，分流一部份到坦干依喀湖。古海岸线的证据显示坦干依喀湖的高度曾经比现在要高三