为双鞭毛生物分支的一部分，亦包含泛植物（Archaeplastida）、囊泡藻（Chromalveolata）、古虫界（Excavata）与及其他较小、未分类的组别例如（Apusozoa）及Centrohelid。和其他双鞭毛生物相同，她们均源自拥有两个鞭毛的真核异养生物（heterotrophic）。亦有想法认为有孔虫界与古虫界有与其他组别相比，在分支称为（Cabozoa）中有较深的关系。
历史上其分类的演化.历史上很多有孔虫界的生物因为其机动性及异养性而被认为是动物。但自从五界