他的一些教会团体合作，以图加强王权。国王试图限制取得天主教高阶教职的途径。一些城市发生反新教暴乱。1606年的桑多梅日起义中，大批新教徒支持反对国王的起义军。但是这并没有阻止大批什拉赫塔回归天主教。尽管新教与东正教曾先后在1595年与1599年分别于托伦和维尔纽斯召开联合会议，新教未能与联邦东部的居民东正教徒联合，而这也一定程度上促成了新教的衰落。波兰天主教会自然不会丢失良机，他们试图与东正教结盟，尽管其目的是为了让那些东正教徒屈服于教皇（教皇请求使东西教会大分裂压制在可控范围之内）和联邦的天主教权力中