友哈丁坐上了阿卡奈亚的王座后却开始进行一连串的军事扩张，迫使马尔斯对抗他的老朋友和其部队。游戏玩法遵循系列传统，每场战斗都在网格状地图上进行。《火焰之纹章 纹章之谜》的开发工作始于1992年，而当时Intelligent Systems正开发《火焰之纹章外传》。曾参与前作开发的工作人员（包括系列创作者加贺昭三及作曲家辻横由佳）继续担任相同职位。尽管开发团队在初期把《暗黑龙与光之剑》的复刻版及纹章之谜构想为两个单独的项目，但最终他们把两者合併起来。游戏系统及玩法抛弃了前作《外传》所作出的改变，并用回原本的