究团组、光纤阵列太阳光学望远镜研究团组、天文技术实验室、自适应光学在应用天文中的研究团组、选址组、自由探索组等，并设有抚仙湖太阳观测研究基地和丽江天文观测站（南方基地）两大天文观测研究基地。
历史.1937年抗日战争爆发，国立中央研究院令所属研究所疏散，设在南京的天文研究所奉命西迁。研究所首先撤到湖南长沙，不久后又转移至广西桂林，最后于1938年4月搬迁到云南昆明市。研究所所长余青松认为昆明市一带地区地高云薄，天气良好，夜晚星光明晰，非常适合天文观测，因此他决定在此处建立天文台，继