出任青州刺史时，每逢不丰收之时，郭祚开仓赈恤。侍中郭祚兼任吏部尚书。他清廉公正，办事谨慎，量才授官，士人钦服。重惜官位，每次诠选授官，虽然发现有合适人选，一定还要反复考虑很久，然后才下笔签署，因此人们对他多有怨心，但是经他所录用的官员无有不称职者。后出为瀛州刺史。入为侍中、并州大中正，迁尚书右仆射。延昌元年（512年）十月十八日，尚书右仆射郭祚兼任太子少师。郭祚一次随魏宣武帝临幸太子元诩的东宫，怀中特意装着黄瓜给太子吃；当时应诏左右赵桃弓深受宣武帝的信任，郭祚私下里巴结他，时人称他为“桃弓仆射”、黄少师”。