山县隶属独山专区（1952年12月独山专区改称都匀专区）。1956年8月8日，黔南布依族苗族自治州正式建立，独山县隶属黔南布依族苗族自治州。1957年，荔波县，平塘县并入独山县。1961年，三县分离。2013年7月，撤销城关镇、尧梭乡、羊凤乡，设立百泉镇；撤销麻尾镇、黄后乡、董岭乡和尧棒乡，设立麻尾镇；撤销兔场镇、甲定水族乡、翁台水族乡，设立影山镇；撤销基长镇、水岩乡，设立基长镇；撤销本寨水族乡，设立玉水镇；将打羊乡及甲里镇的甲里村、峰洞村、角寨村并入上司镇；撤销甲里镇，将原甲里镇四九村、星朗村并入下司