参与黄埔军校同学会的各项活动。1988年，协助创立《黄埔》刊物，持续在上面发表多篇文章。1990年起，历任和平与发展研究中心副研究员、研究员、研究室主任。1991年发表论文《台湾社会的三阶段变迁论》，此后陆续发表了多篇着作。1994年，辛旗到台湾国立政治大学担任为期三个月的访问学者，在这三个月中，走遍台湾各县市，深入了解台湾，期间曾至金门，是金门开放观光后首位到访的中国学者。同年，参加中美战略对话，担任台湾问题小组召集人。1995年，两岸关系因李登辉访美而陷入低潮后，辛旗参与多份对台文件的起草，成为中华