传统寺庙建筑形式结合伊斯兰建筑的特点重修，福州萨氏家族的萨琦也有捐资。16世纪嘉靖年间，金陵后学兰敬一号召集资，购置福州南门兜洗马桥的铺面作为清真寺产业，以店面租金用来供给清真寺活动。明朝嘉靖二十年（1541年），原清真寺遭大火焚毁，1541年冬季，在穆斯林张洪的倡议集资下，由身为古里国使臣葛卜满后裔的文明主持重建清真寺，到嘉靖二十八年（1549年）夏季才建成，并立有《重建清真寺》碑。据考证，该寺址原为五代闽国闽康宗王继鹏（王昶）的太平宫，936年（闽永和元年）王继鹏即皇位后将宫殿舍为佛教寺庙万寿院，元代时