现多种淡水鱼含有孔雀石绿，中国大陆因此禁止所有淡水鱼出口到香港。 同年9月1日香港于来自台湾的青斑海鱼样本中验出孔雀石绿，中华民国渔业署表示会作出针对性检验。
染剂.孔雀石绿可用作生物染色剂，把细胞或细胞组织染成蓝绿色，方便在显微镜下研究。孔雀石绿也用作丝绸、皮革和纸张的染料。要制造孔雀石绿染料，首先将其溶于热草酸溶液，冷却后得草酸盐的结晶，或用盐酸中和后，加定量的氯化锌结晶出氯化锌复盐，成为绿色硷性染料。