，远藤保仁随队参加2004年亚洲杯并夺冠。2006年，远藤保仁入选2006年世界杯日本队大名单，但没能获得出场机会。德国世界杯后从已退役的队友中田英寿手中接过国家队7号球衣。2007年7月，远藤保仁在2007年亚洲杯出场6场取得1个进球。12月冈田武史就任日本国家队主教练，远藤与队友长谷部诚组成的双后腰组合成为冈田麾下的主力阵容。2010年，远藤保仁入选日本队2010年世界杯大名单。日本对阵丹麦的比赛中，远藤凭借一脚27米开外任意球直接破门，帮助球队3比1取胜。之后在八分之一决赛日本队对阵巴拉圭