《曲阜县志》卷二十四记曰：“帝言轩辕黄帝降于延恩殿，谕群臣曰，赵之始祖再降乃轩辕黄帝，黄帝生于寿丘，寿丘在曲阜，乃故县名曰仙源，徙治寿丘。”金朝天会七年（1129年）改回曲阜之名。此时的曲阜县城已经移至今日曲阜城东旧县村一带，孔庙和孔府位于城外。明朝正德六年（1511年）山东爆发刘六、刘七民变，攻下曲阜县城，并在孔庙内饲马驻军，导致朝廷震惊，于是在正德七年下令“移城就庙”，环绕孔庙和孔府修建新县城，即曲阜现址。嘉靖元年（1522年）新城竣工，城墙全长八里三十六丈，高二丈、厚一丈，内为夯土，外包城砖。