政府准许东印度群岛自治，并设立一个完整的议会，却被荷兰殖民政府拒绝，延续一向以来民族主义者无法成功和荷兰殖民政府合作的局面。最终，荷兰殖民政府在1940年5月禁止伊斯兰联盟党运作。
1942年后.伊斯兰联盟党在1942年日本佔领荷属东印度之后再次成立，却在同年5月被军政当局解散。日本的战败结束了日本在东印度群岛实行的军政，印尼也在1945年8月17日宣布独立；随后荷兰人回到印尼，掀起了印尼独立战争的序幕。独立战争期间，伊斯兰联盟党在1947年第三次成立，一方面支持社会党党魁阿米尔·