上，放置数小时后就能得到一层孢子。孢子颜色大多可被划分为4至5类：白色，粉色，赭色，和黑紫色。黑紫色有时被进一步细分为紫色和黑色。也有一些例外，如绿色孢子的绿褶菇（"Chlorophyllum molybdites"）。由于颜色差异，制作孢子印时，可以将菌盖置于同时具有深色和浅色背景的纸上，便于观察不同颜色的孢子。孢子的颜色有时也能通过菌褶的颜色反映，但并不准确。如紫丁香菇（"Clitocybe nuda"）的紫色菌褶会掩盖住它淡粉色的孢子。历史上曾根据孢子颜色对蘑菇进行分类，如口蘑科（Tricholoma