列车的运行次数大大减少，而且一号编组御召列车亦逐渐老化，61号机车在平成时期仅仅执行了三次御召列车的牵引任务。2007年，E655系动力分散式电力动车组正式成为新一代的御召列车，取代了以往由61号机车牵引的一号编组列车。2008年，该机车的车体底架出现金属疲劳裂纹后，已经不可能再用于牵引列车，但仍然保持着可单机走行的状态。同年秋季，考虑到这些情况后，东日本旅客铁道决定正式让61号机车就此退役，但直至2012年其车籍仍然保留在，而未被申请报废。目前，该机车被存放在的御料车库内，当中心举行公众开放日时仍会将其置