突厥化蒙古人大部分皈依伊斯兰教，融入到当地的突厥语系民族，成为现如今维吾尔族的四大族源之一。叶尔羌汗国信奉伊斯兰教，苏非派的势力很大。速檀赛德曾经想成为一位德尔维希（即托钵僧），投身和卓马黑麻·尤素福的门下，后来及时受劝阻。由此时起，和卓家族兴起。黑山派和白山派两派互斗不已，直到亡国。白山派的据点是喀什噶尔，黑山派的据点是叶尔羌城。1680年准噶尔部首领噶尔丹攻佔叶尔羌后，扶植叶尔羌汗后裔阿卜都里什特作为傀儡政权进行统治。到了策妄阿拉布坦时期，约在1700年准噶尔出兵重新控制了天山南路，不再立叶尔羌