蟋蟀、无色蜘蛛、印第安纳蝙蝠和盲鳌虾等50多种洞穴生物，一些动物一直与世隔绝，仅靠河水提供养分得以生存。但近年来的污水却对这些生物造成严重威胁。勐犸洞是多种蝙蝠的栖息地，包括（Myotis sodalis）、（Myotis grisescens）、小棕蝠（Myotis lucifugus）、（Eptesicus fuscus）和（Pipistrellus subflavus）等。洞中还有更少见的蝙蝠品种，例如，估计现时的数量少于几千只。恢复勐犸洞的生态使蝙蝠回归需要长时间的保育。并非所有的蝙蝠都在洞穴里