澎湖县政府是中华民国台湾省澎湖县最高层级的地方行政机关，在中华民国政府架构中为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项。澎湖县的自治监督机关本为台湾省政府，但台湾省虚级化后，台湾省政府的业务与功能被大幅缩减，澎湖县的自治监督机关亦改为行政院各部会（主要是中华民国内政部）。澎湖县政府也是辖下各乡、镇、县辖市的地方自治监督机关。澎湖县政府设有11个内部单位、7个所属一级机关（设有20个下属机关）、9个所属二级机关、54所各级学校。此外，澎湖县政府还经营2个县营事业机构。
组织架构.