印度公司为郑成功所败，退出台湾后，荷兰东印度公司便将其经营的制糖业重心移到爪哇，日后将其发展成世界重要糖产地，此外也使得东亚砂糖从欧洲、波斯市场消失。
明郑时期.明郑时期，由于郑军有缺粮的问题，故鼓励种稻，糖产量一度下降，后来刘国轩受命从福建输入新种蔗苗，并且从泉、漳聘请制糖名师改良技术，台湾糖年产量达到18,000公吨。此一时期台湾糖业的主要出口对象仍然是日本，借此换取制造火器需要的铜铅等金属，1682年时输出到长崎的糖有9,923担，此外在1677年5月有一笔英船福尔摩沙号载运