暗示贾玄硕等为他上尊号，最终在再三推让后，于正月丙辰日（351年3月4日）即天王、大单于位，大封宗室及诸子为公爵，建国号大秦，年号「皇始」，正式建立前秦政权。次年正月辛卯日（352年2月2日），苻健称帝，进诸公爵为王爵，并授大单于位予太子苻苌。
稳守关陇.皇始元年（351年），被苻氏驱逐的杜洪引东晋梁州刺史司马勋伐前秦，苻健于是率兵在五丈原击退他。司马勋败归汉中（今陕西汉中）后，杜洪被其部将张琚所杀，不久苻健领二万兵攻灭张琚，更派兵掳掠关东，助后赵豫州刺史张遇击败东