家内部大乱，德川家康派遣使者本多信俊要求秀隆返回美浓，但是河尻秀隆拒绝并杀死使者。当地的武田氏旧臣亦发起国人一揆，秀隆才意识到离开，最后在岩洼被三井弥一郎斩死。在秀隆死后，德川和北条争夺甲斐，最后由德川取得甲斐控制权。之后，1583年，德川家康命令家臣平岩亲吉另于他处兴建甲府城，实质废止了踯躅崎馆作为统治中心的功能，数年后踯躅崎馆便正式拆除。不过由踯躅崎馆所发展起来的城下町随着甲府城的建立而扩大并延续，逐渐发展出今日甲府市的规模。