时建立不少战功。在羽柴秀吉（丰臣秀吉）转封至长滨城时成为他的家臣，名列黄母衣众之一，拥有近江250贯的俸禄。之后神子田正治积功增加至1500石，随秀吉征伐播磨三木城时大为活跃，又加封至5000石，与宫田光次、户田胜隆、尾藤知宣并称秀吉四天王。本能寺之变后，神子田正治参加山崎之战、贱岳之战，为秀吉夺得天下出有大力，因此晋任为庭濑城主，领一万二千石。但是后来在小牧长久手之战中镇守二重崛城时，被织田信雄击破，引起秀吉大怒，将神子田正治废为庶人，流放到高野山，四处流浪。在天正十五年，丰臣秀吉出兵攻打九州