620年的着作《新工具》（参考亚里士多德的《工具论》）中，培根概述了一个新的逻辑系统，以替代三段论之旧哲学。培根的方法依赖于实验的历史，以消除替代的理论。1637年，勒内·笛卡尔在他的《方法论》中建立了一个新的科学方法之指导原则的框架，提倡理性主义。艾萨克·牛顿的观点却与此相反，1713年他在《自然哲学的数学原理》第二版中声称：“…假设…在实验哲学（科学）中没有地位。在这种学问中，命题是从现象中推导出来的，并通过归纳而推广到一般。” 　这段话影响了此后一整代人的哲学思想，他们因此认为应该禁止在自然哲学中使用