子基金和生技中心将分割的蛋白质药品先导工厂，都面临募资困难的窘境。TMF原预定由政府出资20％，但因为宇昌案，民间企业对于与政府合作产生疑虑，深怕成为宇昌案第二，原本东洋、南光、永信、中天生技等公司也因宇昌案打了退堂鼓，TMF还没成立就胎死腹中，主持人张有德也挂冠求去。苏怀仁的SIC种子基金，在筹募资金的过程中，也因企业投资担心有政府的色彩而出现瓶颈。连带影响马政府另一项重要计画「台湾生技育成整合中心」也撑不下去。选举后宇昌也被打入谷底引发财务危机 。罗氏制药全球技术总裁杨育民认为，原本是台湾最成功，也