摩尼教、印度教等各种宗教也都在泉州得到传播，而汉人和番人杂居也给泉州的管理带来一定的难度。元代时的泉州外国侨民中以信仰伊斯兰教的阿拉伯人和波斯人势力最大，人口最多。番人得到了元朝国家政策的大力扶持，势力庞大。这些穆斯林商人中有不少是泉州的巨富，比如蒲寿庚家族在南宋末年到元朝初年期间主持泉州市舶司，家产不计其数，其仆人就有数千。到了元朝末年，由于局势动荡，各地民众起兵反元的事件非常频繁，福建同样也是频繁起义。当时福建各地的豪强家族纷纷成立了乡族武装——“民团”，并逐步控制了许多地方政权，还协助元朝政府镇压