故此在「2014年沙田区区域性巴士路线重组建议」开办249Y避开危险的昂船洲大桥路线，改经青衣西路、青康路、美孚及青沙公路，可是受到不少乘客质疑及反对，最终没有实施。直至在「2016至2017年度巴士路线发展计划」将本线改为来回驶经呈祥道、葵涌道及青衣南桥直达长青邨及长康邨，不经昂船洲大桥和提升至全日服务。可是有个别沙田区市民不满改经呈祥道和葵涌道，因为在繁忙时间经常塞车导致车程过长，难以实施改道和提升至全日服务。最终，有关议案获葵青区及沙田区议会通过，于2017年3月4日起实施。