年公告为二级古蹟，现为文化部所辖国定古蹟(于1985年8月19日公告)。
沿革.
立庙由来.玄天上帝是明朝的重要信仰，郑成功的部队来台后，兴建了多所玄天上帝庙宇。而台南北极殿所在的鹫岭，则是承天府四坊（清台湾府城一带）地势最高之处。据说北极殿所在地在荷兰时期曾是一间汉医馆，郑军攻台时佔有此处以医治伤兵，后来即将此医馆改建成北极殿。台南北极殿确切的建立年代不详，清代方志多用「伪时建」一词带过。但因为有宁靖王匾的落款年份，所以可知在永历廿三年（1669