国30年（1941年）12月太平洋战争爆发后，中华全国基督教协进会内迁至四川成都，仍克服困难开展宗教教育、医药服务、文字出版、学生救济等项工作。（一说1938年迁往成都）1946年7月，该会迁回上海。1936年，吴贻芳代表中华全国基督教协进会参加了在英国伦敦举行的世界宣教大会。1938年12月，吴贻芳代表中华全国基督教协进会参加了在印度马德拉斯举行的国际基督教协进会。中华人民共和国建立初期，部分中国教会领袖希望外国差会同意他们掌管“政策的决定与经济的管理权”，同时愿继续与外国差会保持联系并获得赞助，