管他们之间有许多形态上的差异。松柏门植物现今承认的有六至八个科，65至70个属及600-630个物种。在本文里，松柏门分成七个科，但在其他的分类里，三尖杉科会被归入红豆杉科中，而有些作者则会从罗汉松科中另外分出芹叶松科。松柏门植物是一个古老的类群，化石纪录可以追溯至约3亿年前的宾夕法尼亚纪时，其中还发现许多现存的属的化石。除了松柏目，其他目的植物都已经灭绝了。松柏门植物的化石有许多不同的形式，其中甚至还有一些是没有树干的草本植物，和现存的松柏门植物极为不同。松柏门主要的化石目有科达目、沃尔茨杉目和伏脂