作为细川赖之之弟的子孙，澄元以细川氏庶流之子的身份出生，其父阿波守护在澄元9岁的时候死去，因此澄元由其祖父抚养成人。澄元出身自的阿波细川家是细川氏的支族，同时亦是，而作为本家的细川京兆家当主细川政元则在室町幕府中担任管领，但是他独身无子，因此从摄关九条家领养聪明丸（其后的）作为家督的继承人。然而，由于政元与聪明丸关系不和，继而在文龟3年（1503年）将其，并且领养六郎（其后的澄元）。同年，他元服并且获得第11代将军足利义澄授予其偏讳「澄」字，加上京兆家家督继承人的「元」字，才称作澄元，相反同样是政元养子