受南方都市报采访时，称所谓「话语霸权」是没有依据的。他强调自己的话语权和普通人一样，自己只是提供一个平台，手上并没有做法官的权力，打假只是个人见解，不会使造假者受到什么惩罚。
被质疑“抄袭”和“造假”.2011年3月30日，《法治周末》用四个整版的篇幅刊登了《方舟子涉嫌抄袭总调查》，文中指出：方舟子发表于2006年12月11日《经济观察报》上的《现代药物是怎么开发出来的》一文，系抄袭自网友“颖河”的九篇系列文章《认识药物》，连原文的笔误都照抄不误。对此，方舟子辩称“科普文章和论文的