党提名的陈水扁及吕秀莲当选中华民国第10任正、副总统，是台湾第一次中央政府和平政党轮替。2004年，陈水扁及吕秀莲在总统大选再度当选连任，泛蓝阵营就陈水扁当选的合法性提出质疑，但经验票无误。2005年，任务型国大通过宪法修正案，规定国会选举改採单一选区两票制，这有利于两党政治的形成，并废除国大採单一国会制，立法院成为唯一的国会。2008年1月12日，国民党在立委选举中取得81席。在同年3月22日举行的中华民国第12任总统选举中，因为总统陈水扁的多起贪污案, 致使大半台湾人民, 对执政党(民进党)丧失信心