使得研究者不仅能够识别除引发人类疾病的基因，也可以用来在药物开发项目中开发新的治疗药剂。斑马鱼胚胎是一种快速、性价比高且可靠的致畸检验模型。使用斑马鱼进行药物筛查可以识别具有生物学疗效的新的化合物种类，或者发现已知药物的新用途。例如一种常用的抑制剂（瑞舒伐他汀）通过斑马鱼试验发现可以抑制前列腺癌的生长。迄今为止，已经进行过65项小分子筛查，其中至少一项已经进行临床试验。在这些筛查中，许多技术难度仍待解决，例如：药物吸收率在不同组织或者器官是不同的，这一不同导致药物的实际有效浓度（即其对特定部位的暴露量）无法