历年间三度重建。这时洞虚宫拥有三清、玉皇、雷尊、七元、真武、三官六殿，后又复增太乙、生长两殿及魁星、玄都、涵碧、吟仙等数座楼阁；清康熙三十二年（1693年），蔡贞女建左侧诸天殿；干隆九年（1744年），邹文锦建右侧诸天殿。清咸丰十年（1860年），李秀成率太平军东征，洞虚宫全宫被毁。同治十三年（1874年），重建三清、灵宫、火神、雷尊（即阿炳故居）、长生和祖师六殿。光绪二年（1876年），道士秦瑞芳重建玉皇殿。1949年以后，洞虚宫曾辟作“少年之家”。1984年，洞虚宫纳入城中公园范围，无锡市园林局