但当时西晋正值八王之乱，北方混乱，诸葛恢于是南渡江东避难。到江东后，时任安东将军的晋元帝任命诸葛恢为主簿，后出任江宁县令。永嘉五年（311年）协助讨伐与当朝的司马越不协的镇东将军周馥而封博陵亭侯。同年晋元帝获升任镇东大将军，诸葛恢迁任镇东参军。后来和卞壸一起因为当时声誉而迁从事中郎，蒹领文书的记室事务。而当时战乱频繁，各地多事，送来的牋疏有很多，诸葛恢都细心斟酌回答，人皆称许他调节适当。建兴元年（312年），晋愍帝在长安即位，征诸葛恢为尚书郎，但晋元帝上表将诸葛恢留下。后更承制让诸葛恢任会稽太守，临