塞哥维纳主席团由三人所组成，每人各属一个民族（波士尼亚克人、塞尔维亚人、克罗地亚人），任期为四年，四年中每人轮流就任八个月主席团主席的职位。主席团成员由人民直选，其中波黑联邦选出波斯尼亚人、克罗地亚人成员，塞族共和国选出塞尔维亚人成员。主席团提名部长会议主席，由议会通过。部长会议主席负责任命各部长。波士尼亚与赫塞哥维纳议会拥有立法权，分为两院：人民院有15名成员，每个民族各5名；代表院有42名代表，三分之二来自波黑联邦，三分之一来自塞族共和国。波士尼亚与赫塞哥维纳宪法法院掌握波士尼亚与赫塞哥维纳