解放军第五军医大学（原国立中央大学医学院（1935-1949）、原国立南京大学医学院（1949-1952）、原华东军区军医学院、第三军医大学、第五军医大学（1952-1954））西迁后留在南京的师资设备与三所军队医科学校共同组建，1958年转属于中华人民共和国铁道部并更名南京铁道医学院。2000年，南京铁道医学院合并入东南大学，成立东南大学医学院，当时包括基础医学院、临床医学院、公共卫生学院。2009年，基础医学院和临床医学院合并成为东南大学医学院，公共卫生学院成为东南大学公共卫生学院。