山阳本线，并从1998年10月起开始投入东北本线黑矶以南运用。1999年至2002年间，JR西日本的四台EF66型电力机车（41、44、52、54）转售予JR货物。踏入2000年代，由于大多数基本番台机车的使用时间已届30年，而且越来越多新一代的EF210型电力机车投入运用，因此状况较差的基本番台第一次量产车于2001年开始陆续报废，至2000年代末第一次量产车经已全部报废。截至2013年2月，JR货物仍然拥有45台EF66型电力机车，包括12台基本番台第二次量产车和33台100番台机车，全部配属吹田机