参选南投县县长，以45.32%的得票率击败当时寻求连任的林宗男以及民主进步党提名的蔡煌瑯。2009年代表中国国民党参选南投县长再度击败民主进步党提名的李文忠，连任成功。2012年11月30日，李朝卿因涉及南投莫拉克风灾重建索贿弊案，被南投地方法院裁定羁押；这造成李的县长职务即日起被依法停职。2013年3月26日本案起诉。2015年8月31日，本案被南投地方法院一审判决30年有期徒刑，褫夺公权10年；本案可上诉。2018年10月18日，最高法院宣告李朝卿98年徒刑定谳。
争议.