总理内务衙门」，以俞明震为「台湾承宣布政总理内务衙门」督办，李秉瑞为「台湾军务衙门」督办，陈季同为「台湾总理各国事务衙门」督办。又任命姚文栋为游说使，赴北京，丘逢甲为义勇统领。战争初始，5月29日日军登陆澳底，6月7日进入台北，日军从登陆至佔领首府台北城仅花十日，之后却遭到台民顽抗，战事之发展对于具有武力优势及拥有正规军之日军而言则出乎意料之外。有些台湾人如台北城辜显荣选择和日军合作，或帮日军开路（例如：台北李春生因所居台北城动盪混乱引日军入城。头份镇林建庸守备向日军献出新竹城，帮日军开路攻打彰化市。）