基于3月28日接替退休前休假的白韫六出任入境事务处处长。2016年4月5日，陈国基开始退休前休假，由副处长曾国卫接任。2017年5月4日，陈国基出任候任行政长官办公室主任； 同年7月1日成为香港特别行政区行政长官办公室主任。2020年7月2日国务院根据林郑月娥提名，任命陈国基为首任香港特别行政区维护国家安全委员会秘书长。
被指侵犯人权及破坏香港自治而受美国制裁.2020年8月7日，美国财政部宣佈，辖下外国资产控制办公室已採取行动制裁11名损害香港自治的中港官员并公开其个人资料，被制