。太平洋战争爆发后，他坐在轮椅之上，挡在大门口，手拿美国国旗，唿喊反侵略、反战争的口号，试图阻止日军进入陈列馆。后来他被日军监禁，身体变得日渐虚弱，日本投降后被接出来，最后在地质陈列馆西厢房逝世。1945年日本投降后，国民政府经济部中央地质调查所派高振西赴南京，后来又赴北平与王竹泉、裴文中等人共同接收伪华北地质研究所，此后返回南京。中央地质调查所任命高平担任北平分所所长。地质矿产陈列馆仍由贾兰坡主持恢复工作，但该陈列馆终于未能实现对外开放。
人民共和国时期.1949年，随着中华