圣胡安龙是种中型恐龙，股骨长39.5公分，身长估计约为3公尺，体型接近艾雷拉龙。研究人员列出圣胡安龙的许多鑑定特征。后段颈椎两侧的横突（Transverse process）长、呈带状，朝侧后方突出。第六到第八节背椎的神经棘，具有锐利的前突与后突。鸟喙骨有长的后腹突。耻骨短，大约是股骨长度的63%。股骨的第四粗隆部附近有不平整沟痕。
古生物学.圣胡安龙跟颜地龙、始盗龙、艾雷拉龙、滥食龙等早期恐龙共同生存于三叠纪晚期的相同地区，这些早期恐龙分别属于早期蜥臀目恐龙、艾雷拉龙科、蜥脚