长和年间，教通继续担任由中宫晋封皇太后的姐姐彰子的皇太后宫大夫。同母次姐藤原妍子为三条天皇中宫，但妍子只生下一女祯子内亲王，未育有皇子。长和2年，直任权中纳言。长和4年，叙正二位。长和5年，与藤原道长无法协调的三条天皇因眼疾被迫退位，条件是立自己的长子敦明亲王为储君。三条天皇退位后，教通的外甥的登基，是为后一条天皇。其后，敦明亲王畏惧道长的权威，主动辞去东宫的位置。由是，道长改立后一条天皇之弟敦良亲王为皇太弟。
后一条、后朱雀天皇时代.长和6年，教通任春宫大夫。宽仁3年，任权大纳言