1996年3月首次举行的正副总统直选铺路。同时选出的第三届国民大会依然拥有修宪、弹劾总统、副总统等权力。2000年4月，国大代表投票决定，这届国大结束后不再举行选举，国大仅在需要时才会选举并重新开会。修宪后国大的大部分职责已经转交立法院，其中也包括了弹劾总统的权力。2004年立法院通过修宪提案将国民大会实际废除，此提案经2005年任务型国民大会决议通过后，国民大会走入历史。2018年7月1日，台湾省政府机关预算归零、所有员额与业务由中央相关部会承接，行政院不再派任台湾省政府主席，实质上已废止，但因未