宣统二年（1910年），他任吉林省民政使，次年6月再一次弃官回到北京。在吉林任职期间，他促成了吉林省图书馆的创立。吉林省过去也曾有官立、私立藏书楼。嘉庆十四年（1809年），吉林将军秀林在吉林文庙尊经阁捐资修建了吉林省内最早的官办图书馆。后来，笔帖式国英（1823年－1884年）、盛昱（1850年－1900年）都是大藏书家。吉林省图书馆（今吉林市图书馆）于1909年建立，是中国最早的公共图书馆之一。回到北京之后，邓邦述首次对自己的藏书编目，所着录的图书共2.5万卷，后又续增1.3万卷。因为其藏书楼内