后来的物理过程影响，统称为后期各向异性，或二级各向异性。当宇宙微波背景光子自由出行畅通时，宇宙中的普通物质形式主要为中性氢和氦原子。然而，现今对星系的观测似乎表明，大部分星际介质（IGM）的体积由离子化的物质（因为存在着氢原子吸收线）构成。这意味着有个再电离期间，一些宇宙的物质被打散成氢离子。宇宙微波背景光子被自由电子散射，使电子不被束缚在原子中。在电解的宇宙，这些带电粒子借由解离（紫外线）辐射从中性原子中得到解放。今天，这些自由电荷在宇宙中所有体积内都有够低的密度不再于可测量的量下影响着宇宙微波背景。