设于厦门，台湾府则设于台南。而基层行政区划则沿袭明郑时期，各县下划分堡里乡澳，其下再辖自然村等级的街庄社乡。1684年（康熙23年）台厦道辖下设一府三县：新港溪（今盐水溪）以北为诸罗县，新港溪至二仁溪之间为台湾县，二仁溪以南为凤山县。1723年（雍正元年）台厦道辖下设一府四县：将诸罗县之虎尾溪以北增设彰化县。
台湾道时期.1727年（雍正5年）台厦道的台湾府部分正式与厦门分离，成立台湾道，并将道署设于台湾县，设一府四县二厅，1731年（雍正9年）彰化县之大甲溪以北划归淡水厅