2世纪鎌仓幕府成立后，由于日本朝廷的势力衰退，政局由武家所掌控，大宰府失去功能，约在12世纪中时停止运作；此后此地区成为过去长期担任大宰大贰职务少贰氏的势力范围。16世纪时先后成为大内氏和大友氏的领地，在丰臣秀吉完成九州征伐后，此地成为毛利氏亲族小早川隆景的领地，并在此重建太宰府天满宫。关原之战后，再次转封成为福冈藩黑田氏领地直到19世纪江户幕府结束。明治时代后，设立了行政区划御笠郡宰府村，后又改回原名太宰府村，1950年代的昭和大合併期间，曾规划与周边地区的其他五个町村合併，但由于这六个町村无法对