。民国23年（1934年）10月，余井塘出任江苏省政府委员兼江苏省民政厅厅长。任内推行地方自治及保甲制，提倡禁止销售及吸食鸦片，发动40万民工参与导淮工程。抗日战争爆发后，民国27年（1938年），余井塘任中国国民党中央组织部副部长，任内认为“除倭寇外，没有敌人”，主张团结容共抗战。1939年2月，在重庆担任中央政治学校毕业生指导部主任，创办《服务月刊》。1939年8月，余井塘出任国民政府教育部次长，协助教育部部长陈立夫办教育。民国33年（1944年）6月，复任中国国民党中央组织部副部长。民国34年