在离原旧线保津崃车站不远处设置本站。两站之间直线距离只有500公尺，但沿着旧山阴本线（今日的嵯峨野观光线）轨道旁修筑的联络道路并不开放给一般旅客使用，因此得绕路保津川北岸迂回至新站。由于车站是设在狭窄的河谷里面，腹地有限，保津崃车站的月台直接就修筑在隧道与隧道之间的跨河桥樑上，成为名副其实的「桥上车站」。车站出入口设置在往龟冈的方向，而月台在京都方向的端点就紧贴着隧道出口，因此无法进出。由于车站桥樑横跨的保津川（桂川）本身也是京都市与龟冈市的市界，因此保津崃车站横跨了两个城市，只是依照车站出入口的位置在