南京失陷，他写信给黄淳耀提出隐居，黄淳耀回信教导他如何隐居，他终身都能做到；家中有三间房，题名「寿研」，自称「研存老人」，清朝官员抚相继请他出仕，他也推辞不答应，到康熙十四年（1675年）去世，虚岁七十七。知县陆清献为他作祭文、建坟墓，称他有如庞德公、陶靖节，学者私谥贞宪先生。有二子王霖汝、王楫汝。