督由铃木俊二与平松祯史两位担任，而庵野秀明则专注于机械与特效场景。在电视版中就积极地使用计算机图形（CG），但只是做一些电脑显示画面等二维计算机图形（2D CG）；在剧场版中，进一步使用三维计算机图形（3D CG）技术。CG制作的核心是曾负责《机动警察剧场版2》、《攻壳机动队》等作品CG制作的，大部分CG动画是在第26话人类补完计划发动后的场景，例如不断出现的巨大十字架将地表掩埋的片段、无数绫波零游动的片段。为了让这些CG片段与其他片段的质感更为接近，还模拟了滤镜处理。工作人员列表特效也是出自Omnib