。从1983年起，开始担任上海植物生理研究所副所长、所长兼植物分子遗传国家重点实验室主任的职务。1992年10月至2003年2月，任中国科学院副院长一职。1994年，获香港大学荣誉教授称号。1995年和1997年10月分别当选为第三世界科学院院士和中国科学院院士。1999年12月至2008年11月任北京大学校长。在任校长九年期间，创建北京大学为世界一流大学的计划被正式确定为国家战略，原北京大学与原北京医科大学合并，被认为迎来了建校以来最好的发展时期。2006年，曾任第十一届国际组织培养与生物技术大会主席。2