九人结党依附郑贵妃。给事中戴士衡弹劾吕坤通过郑承恩向郑贵妃献书，交结宫禁，包藏祸心。最后御史赵之翰进言，认为武英殿大学士张位为主谋，张位被免职，张的人马礼部侍郎刘楚先、右都御史徐作免官，国子祭酒刘应秋出京，给事中杨廷兰、礼部主事万建昆谪戍典史，是为“第一次妖书案”。吕坤对官场黑暗深为不满，称病退休。万历四十六年（1618年）病逝于家，之前将其未刊行的手稿焚烧。卒葬宁陵县东南。天启元年（1621年），追赠为刑部尚书。
学术思想.吕坤反对朱熹的理气二分说，厌恶理学家中虚伪、迂腐、浅