十三年（1390年）正月初一就藩成都。入蜀后，他聘大儒方孝孺担任世子傅，表其居曰“正学”，对蜀地学风的带动有很大的功绩，当时他知道知藩内学子贫困，便将自己的食禄每月拨出一石救济。礼聘至长史陈南宾，待以客礼。后来番人入寇，火烧黑崖关。朱椿向朝廷求救，朱元璋派遣都指挥瞿能跟凉国公蓝玉出大渡河将番人击破。而朱椿在明白两川祸乱源头后，大减赋税，制订蜀地集市规范，终使蜀地大治。此外，他对蜀地佛教也相当关心，时常上峨嵋山参拜，峨嵋山上所建的清音阁接王亭就是为了迎接朱椿而设。明成祖即位，上朝参见时朱椿所获得的赏赐