委任霍伊斯担任邦联州政府审计员，但他为了继续在军中服役而拒绝了这一任命。不过他在1862年1月25日写给邦联总统戴维斯的信中告知对方，自己正应邦联州长乔治·W·约翰逊的请求前往鲍灵格林帮助对方管理州政府。两天后他辞去了军中职务，但前往鲍灵格林的时间因染上伤寒而推迟。
肯塔基州邦联州长.乔治·W·约翰逊在希洛战役中逝世后，临时邦联政府的十位立法会议员在拉塞尔维尔的会议上通过决议，选择霍伊斯继任约翰逊的州长一职（根据当时的规定，这些议员不能成为候选人）。霍伊斯于是成为这个群龙无首四处游