联考的差别在于基测较为注重测量学生对学习内容是否融会贯通，并使针对测验题目进行反覆练习的传统教学方式难以取得高分，使教学得以回归培养学生应用知识能力的面向。早期一年举办两次考试的设计也可避免学生因参与测验时失常，导致落榜。不过，根据前国家教育研究院院长吴清山的说法，基测原只是为了解学生基本学力而设，作为升学考试并不是本意。至基测实施后期（2012年），当时台湾已有接近99%的国中毕业生继续向上升读高中、高职或五年制专科学校，入学机会则超过100%，学额超过学生数量。当时几乎每位国民都得以接受十二年的学校