外交的重大事件，是否开放为狂牛症疫区的美国牛肉完全进口也曾在许多亚洲国家引起极大争议。面对反对声浪，苏起的国安会便在这起事件上负责捍卫马英九总统的决策，也为政府与民众沟通不足致歉。苏起于2009年11月5日强调国际协定效力大于国内法，亦即如果国内的立法院修法要将牛肉进口的部位限定，此举于法将无效，也会伤害台湾在美国前的形象，但此发言有人提出争议，由于国际协定本需由立法院审议才可通过，国安会此举将架空立法院在国际协定上的宪政权力。
两岸结局.2018年6月份投书中国时报社论并在脸书