时在台湾南部海上，美国船之外有多数外国船遇难，遭难者擅闯原住民领土，而被部落处决的事件频频发生，而清廷表明原住民与其所居住区域为「化外之民、化外之地」非清朝领土，而是属原住民的领土范围，所以李仙得经过美国政府认可，直接与卓杞笃缔结条约。日本外交大臣副岛种臣于1873年3月赴北京交换「日清修好条规」批准书时，为牡丹社事件向清廷提出交涉。清廷以台湾居民系「化外之民」，该地区属于「教化未及之地」，划清牡丹社事件之责任。受此回应，日本政府即于1874年4月，任命陆军中将西乡从道为台湾蕃地事务都督、大隈重信为台湾