年，受任总督陕西、延、宁、甘肃军务。隆庆四年（1570年），改总督山西、宣、大军务，力主与俺答议和互市，自是边境休宁，史称“俺答封贡”，“边境休息，东起延永，西抵嘉峪七镇，数千里军民乐业，不用兵革，岁省费什七”。《明史》谓“崇古身历七镇，勋着边陲”。万历元年（1573年）九月，入京，督理军营，万历三年九月，任刑部尚书。五年任兵部尚书。是年十月，告老还乡。万历十六年病故，赠太保，谥襄毅。
着作.着有《王襄毅公奏议》十五卷、《公余漫稿》五卷、《王鉴川文集》四卷、《王督抚集》一卷。