若将肺炎链球菌吸入肺部而不能清理，加上病毒感染或吸烟引发的纤毛痲痺，就会造成肺炎。一旦肺炎链球菌进入一些很难发现的地方，牠就会活性化补体蛋白质，刺激细胞激素的生成及吸引白血球（尤其是嗜中性白血球）。牠的多醣荚膜会抵抗吞噬作用，若并没有抗荚膜的抗体，肺泡巨噬细胞则不能有效地杀死牠们。若牠们扩散至血液中，就可能会引发菌血症，并且被带到身体的其他地方，如脑膜、关节、骨骼及腹膜，亦可能会导致脑膜炎、脑脓肿、骨髓炎或脓毒性关节炎等。肺炎链球菌有着几种致病因子，包括曾提及的多醣荚膜，能帮助入侵寄主的免疫系统。牠有着