边界，对抗中马来西亚有114人被杀，181人受伤；印尼死亡590人，222人受伤。1965年，左派主导的“九三零运动”政变企图失败后，发生了针对左派势力的大屠杀，苏加诺的势力一蹶不振。1966年3月，印尼军方迫使苏加诺签署“三一一命令”，行政权力移交给苏哈托。
结束对抗.1966年6月1日，双方秘密交换了结束对抗的协议文件。苏加诺利用名义上的总统地位，拖延批准这一文件，直至当年8月。1966年8月11日，两国持续3年6个月的对抗正式结束。