同年4月30日波茨坦被苏联红军占领。从1945年7月17日到8月2日在最后一位德国皇储的宫殿塞琪琳霍夫宫召开了波茨坦会议，美国总统杜鲁门、英国首相邱吉尔和艾德礼和苏联元首斯大林在这里签署了波茨坦协定；杜鲁门、丘吉尔和当时的中华民国元首蒋中正发表了波茨坦公告。德意志民主共和国时期波茨坦是波茨坦地区的首府。东德政府尝试消除掉普鲁士军国主义的痕迹。很多历史建筑被夷平，包括一些在战争中被严重损坏的建筑。位于柏林西南面的波茨坦，紧靠着西柏林。在柏林墙建起后，波茨坦不但与西柏林完全隔离，同时与东柏林的通勤时