奉军改编，樊钟秀任第一支队司令。云南靖国军第八军叶荃部不愿接受改编，遂开赴耀县，同靖国军其他各路会合。1920年直皖战争爆发，樊钟秀随许兰洲部出潼关。此后樊钟秀部曾隶属直军吴佩孚，受赵倜节制，被改编为豫东第五混成旅。1923年，樊钟秀部调驻赣南，受孙中山节制，脱离了直军序列。不久，樊钟秀率部开入广东，被任命为讨逆军司令，参与讨伐陈炯明，因战斗屡胜而受到孙中山赞为“好同志，真革命”，孙中山还召开大会为樊钟秀庆功。1924年1月，樊钟秀当选中国国民党第一届中央候补监察委员。同年10月任北伐先遣队总指挥。同月