北约组织所负责的义务，其主要任务在于大西洋沿岸的巡防以及反潜作战。1990的八月至九月间，加拿大海军司令部为了现代化工程，开始打造雷斯蒂古什级驱逐舰（"Restigouche"-class destroyer）、易洛魁级驱逐舰以及各式的支援船以支援波湾战争的行动，其中以沙漠阴影行动以及沙漠风暴行动最为出名，加拿大主要负责支援的工作，在战后加拿大也从科威特市撤兵。就在1990中期到晚期加拿大海上司令部为北约组织提供船舰驻守亚述海以防止南斯拉夫瓦解所带来的危机，同时也参予了部分的阿波罗计画，加拿大的武装