日本中部宗座代牧区（大坂总教区前身）后，辖区限缩至九州地方。1891年6月15日，日本正式建立圣统制，南日本代牧区亦于同日升格为长崎教区。1927年，长崎教区在3月18日与7月16日分别分割出鹿儿岛宗座监牧区（鹿儿岛教区前身）与福冈教区，辖区限缩至长崎县全境，并维持至今；同时在该年，长崎教区诞生首位国籍主教。至1959年5月4日，长崎教区升格为长崎总教区，成为日本第二个总教区。
现况.※统计至2010年（平成22年）为止。