盆地就经历了最大的森林破坏。砍伐硬木是整体森林破坏的主因。冠层的破坏及失去森林直接影响这种树栖白秃猴的生态。另外，白秃猴群落位近亚马逊河，很易成为猎人猎杀的对象。
保育.1999年，世界银行开展了一个保育巴西雨林的计划，目标是从德国、英国及其主要工业国注资达3亿5000万美元保护亚马逊盆地。多项保育计划亦正实施保护亚马逊盆地。巴西当局亦会提高监管非法砍伐、採矿及伐林等行为。