美国法官以“违反国际制裁令”对他发佈全球通缉令。菲舍尔开始了其流亡世界各国的生活。他最后在日本落脚，被日本的一个国际象棋俱乐部秘密地收留，并与一名日籍女子结婚。1996年6月，菲舍尔在阿根廷的一次新闻发佈会上，提议一种国际象棋改良的规则，称唿为菲舍尔任意制象棋，或是Chess960或FRC。他指出这种变革更能发挥棋手的创造力，而非耗费多年的岁月去死记各种开局变例。菲舍尔在九一一事件爆发后，接受菲律宾某电台的访问，大肆批判美国政府，其偏激的言论引起不少争议。
晚年.流亡13年