信奉佛教或神道的大名迫害吉利支丹的事情也时有所闻。此外，葡萄牙商人将日本人当作奴隶贩卖到海外的事情爆发后，丰臣秀吉遂于天正15年（1587年）颁佈《伴天连追放令》，定天主教为邪教。不过，着眼于南蛮贸易的实际利益，并未大规模地迫害该教。因此天主教仍在暗地里布道传教，受洗成为吉利支丹的日本人也不会被公家强迫还俗。不过，文禄5年（1596年）10月发生西班牙船舰「圣菲利浦号」漂流至土佐国的，丰臣秀吉再度于12月8日颁布禁教令。另外，继耶稣会后进入日本传教的方济各会非常活跃，不理会禁教令继续佈教，故京都奉行石田三成