被俘。1869年，阮朝派遣武仲平为河宁总督兼宣太谅军次钦差大臣，联合广西提督冯子才围攻吴亚终，夺回高平省城。翌年，吴亚终围攻北宁省城，被剿抚使翁益谦射杀。其弟吴鲸被包围，举家自杀。吴亚终死后，其部众分为黄旗军、黑旗军、白旗军三支，分别由黄崇英、刘永福、盘文二率领。