返回原职，但一年多仍不应命；谢石更多次上表求退，亦遭拒绝。谢石及后便请求依照王彪之在府中总理尚书令事务的前例，才获得批准。太元十三年十二月己亥（389年1月26日），谢石病重，加开府仪同三司及鼓吹队。然而，谢石尚未拜受就于次日去世，享年六十二岁。朝廷追赠司空。议定谢石的谥号时，太学博士范弘之虽然认为谢石战功及提倡兴办学校功不可没，但因其贪婪奢华的行为而指责谢石，故此结合其淝水大功及贪婪的恶行而建议谥为襄墨公。然而最终朝廷都只取彰显其功勋的「襄」为其谥号，谥为襄公。