大殿也被毁。1980年代，政府拨出专款修复该寺，并集中了一批僧人在寺内开展宗教活动。2012年，该寺僧人阿旺被评为西藏自治区爱国守法先进僧尼。
纳塘印经院.纳塘寺设有“纳塘印经院”，是西藏最早的印经院。据古代藏文史书记载，元武宗至大年间（1308年－1311年），元朝国师尊巴绛央委托前藏欧巴·洛赛益西等人编纂《甘珠尔》和《丹珠尔》，并且派洛赛益西驻纳塘寺。洛赛益西与译师索南沃赛、若南秋崩将藏区的《甘珠尔》、《丹珠尔》各种抄本搜集齐备，整理编辑出抄本，存放在纳塘寺。元英宗至治元年（1