皇从幽禁地花山院中逃出，声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野（今奈良县吉野郡吉野町），开设南朝朝廷，从此开始了日本的南北朝时代。后醍醐天皇让新田义贞奉尊良亲王和恒良亲王前往北陆；怀良亲王为征西将军，前往九州；宗良亲王前往东国；义良亲王前往陆奥。向各地送出皇子镇守，与北朝和室町幕府对抗。延元四年/历应二年（1339年）八月十五，后醍醐天皇让位给了回到吉野的义良亲王（后村上天皇），翌日遗言「讨灭朝敌、夺回京都」，在吉野的金轮王寺驾崩，享年52岁（满50岁）。摄津国住吉行宫的后村