为合成芥子油。异硫氰酸烯丙酯也可以借由种子的干馏来获得，以这种方式获得的产物被称为芥末精油，通常纯度约为92%，主要用于食品中的调味剂。人工合成的异硫氰酸烯丙酯可以用于当作杀虫剂或是杀菌剂。并在某些情况下用于保护农作物。水解异硫氰酸烯丙酯可以得到烯丙基胺。
安全性.异硫氰酸烯丙酯可作为一种催泪瓦斯，并且半数致死量为151 mg/kg。
肿瘤.在体外实验以及动物实验中，显示出异硫氰酸烯丙酯具有许多肿瘤的化学预防剂的特征，