改善最高法院的法官构成。他还破除了论资排辈的陈规，以能力选任庭长，陈瑞堂、陈计男、曾华松等人均被他任为庭长。他还参与研拟修订行政诉讼制度。1981年3月，王甲乙当选中国国民党第十二届候补中央委员。1987年5月7日，王甲乙任司法院秘书长（新任院长为林洋港）。任内完成了《司法人员人事条例》，以推进法院自治化；1992年至1993年间，《大法官会议法》更名为《大法官审理案件法》，释字第261号结束了“万年国会”，经王甲乙坚持，设立了宪法法庭，降低了声请大法官释宪的门槛。1988年7月，当选中国国民党第十三届