攻函馆，因此与清水谷公考总督等人一起撤退到青森。维新后在宫内省工作，但很早就离职。之后在明治4年（1871年）8月，继承龙马的家督之位，并从朝廷那边获得永世十五人扶持的待遇，并改名为坂本直。以后，历任过东京府典事，宫内省杂掌，舎人等官职，但由于信仰基督教而遭宫内省免职。在皈依基督教后，成为高知教会(现在日本基督教团高知教会)的热心信徒，并邀请同样是基督徒而曾暗杀过龙马的犯人今井信郎参与龙马的法会。晩年与弟弟・直寛同居。明治31年（1898年），因病而在57岁时过世。