3月，时任韩国总统金泳三任命高建为国务总理。金大中执政期间，虽然没有将高建拉入内阁，但迫于“朝小野大”的局势，也让高建出面提名内阁成员，使他成为“不挂名的总理”。1998年7月至2002年6月，高建再次出任首尔市长一职。2003年1月26日，高建接受了卢武铉的任命，再次成为韩国总理。在卢武铉遭到国会弹劾期间，高建代理行使总统权力2个月，在卢武铉被恢复权力后辞职退休。高建两次出任首尔市长时，首尔分别成功举办了1988年奥运会和2002年世界杯足球赛。在他担任首尔市长期间，他把昔日的垃圾山打造成了“环保绿色