14岁时在夏威夷读书曾接触基督教西方传教士，逐渐接受基督教，并且因为信仰缘故不惜放弃在檀香山学习。在香港拔萃书室开始信奉基督，并于1884年间（并非如一些史料所说之1883年）与陆皓东先后在美国公理会香港纲纪慎会堂受洗正式成为基督徒。孙晚年指出宗教「迷信」的弊端，1923年的公开演讲中说「就宗教和科学比较起来，科学自然较优」。因为「科学的知识，不服从迷信，对于一件事，须用观察和实验的方法，过细去研究，研究屡次不错，始认定为知识。」，孙说：“就人类的来源讲，基督教说世界人类是上帝六日造成的。近来科学中的进