后期变更较大，以下是明初在安多设置的卫所：除了设置卫所，明朝还封派皇族子弟到安多藏区就藩，如1391年明太祖封十八子庄王朱楩于岷州（今甘肃省境），1392年封十四子肃王朱楧于甘州（今甘肃省境）。1395年正月丙午，河州卫指挥使宁正兵助封于秦州的秦王朱樉征洮州（今甘肃省境）叛番，由此可知分封的藩王是直接插手管理甘肃事务的。明朝还在宗教寺院周围设置卫戍。比如岷州卫的大崇教寺，因其地位显赫，岷州卫动用其七分之一的士卒予以护寺。
康区.明朝先后派许允德、克新、巩哥锁南等前往朵甘、