23年11月，福建巡抚南居益在厦门借谈判设局囚禁荷兰代表团，并烧毁了入侵的荷兰战舰。1624年2月，发兵1万人、船2百艘，围攻风柜仔红毛城七个月，迫使荷兰人投降，毁城撤离佔领了两年的澎湖。荷兰人于1624年转而到当时未有实质政府统治的台湾大员（今台南市安平区）设立新据点。佔领台湾的目的是为对中国、日本、朝鲜半岛与东南亚商业据点的枢纽，并垄断马尼拉（西班牙殖民地）与中国间的贸易。主要的输出贸易内容包括砂糖、鹿皮、鹿肉、鹿茸、籐、白米，转运贸易内容包括荷兰的药材，巴达维亚的香料、胡椒、琥珀、麻布、棉花、鸦片