道台于是命令鹿港同知张仪盛、彰化知县吴性诚、吕志恒到沈鹿社拆毁汉人佃农所围筑的土墙，并将水里社、埔里社的汉人垦户全数驱离水沙连原住民的生活范围，但是，汉人一开始还是不愿撤离，于是镇道命令台湾府知府撤还郭百年等人的开垦申请。嘉庆二十二年（1817年）六月，总兵传唤郭百年等与事件相关者到郡城一起接受讯问；并将郭百年逮捕，戴上枷锁，施以杖打；其他人被释放。此外，官府也同时在水沙连南北两路的入口竖立禁碑，分别为乌溪龟沟的「原作生番厉，不造汉民巢」及集集的「严禁不容奸入，再入者斩」，禁止汉人再度进入水沙连地区。后来，