国政府将这些商人统一纳入旗下荷兰联合东印度公司内。东印度公司被授权对外宣布战争、修筑城垒并签订条约。在爪哇岛开埠贸易不久，东印度公司就将巴达维亚设为首府，成为公司在亚洲贸易的枢纽。在维护对豆蔻、丁香等本地香料的市场垄断时，公司还引进了可可豆、茶叶、烟草、橡胶、鸦片等非原生经济作物。在日益庞大的战争经费和严重的贪污情况的影响下，联合东印度公司的资金大幅萎缩，最后在1800年1月1日宣布破产，其产业由荷兰政府直接接收。当时领土疆域包括爪哇岛周围、苏门答腊岛部分、马鲁古岛及万鸦老、望加锡等海港。