3日清晨，飓风在登陆前略有减弱。凌晨3点左右，艾米莉的风眼从巴拉奥纳和巴尼之间上岸，气旋此时的风速仍达每小时175公里。登陆不到12小时后，飓风已降级成热带风暴，以风力时速100公里强度从海地附近进入大西洋。受几乎没有移动的锋面天气系统影响，气旋在行经巴哈马东部期间大幅减弱。艾米莉总体保持北上趋势，环流中心于9月24日从距伊纳瓜岛和马亚瓜纳岛非常近的位置掠过。9月24日中午，艾米莉已嵌入中纬度西风带并快速朝东北移动。美国国家飓风中心预计风暴会同东北方向的锋面天气系统融合，进而在24小时内转变成温带气旋。