为云南巡按使，想借此分化滇军，但此时已投身护国的张子贞、刘祖武断然拒绝了北京政府的任命。1916年护国战争时，张子贞任护国军总参谋长、云南军都督府参谋厅厅长、云南陆军讲武学校第十期校长。随后，唐继尧任命张子贞为护国第六军军长，进兵广东。护国战争胜利后，黎元洪发布大总统令，授予张子贞二等嘉禾章、三等嘉禾章。护国战争结束后，张子贞同唐继尧矛盾激化，李根源因不满唐继尧，也策动张子贞等人反唐，后来段祺瑞还要张子贞当云南督军取代唐继尧。唐继尧利用张子贞为父亲治丧之机，对张子贞明升暗降，削去张子贞的兵权，后来将张子