遇难失踪，眼镜桥等重要遗迹也被沖毁。1983年，眼镜桥的修复工程竣工。3年之后其他受损的六座石桥也得到修复。长崎市在1990年代之后发生过两次市长被枪击事件。1990年，时任长崎市长本岛等被极右团体，幸而留得一命。但2007年，时任长崎市长伊藤一长在被山口组之后抢救无效过世。两起事件皆引发社会轰动。近年长崎市人口减少问题严峻。2010年至2015年期间，长崎市是日本人口减少数第二多的自治体。提高都市竞争力以抑制人口流出已成为长崎市的紧要课题。
市町村合併变迁表.资料来源：、、S