纪初，该堂是圣公会内福音派、加尔文派的一个非常受欢迎的中心。1940年11月24日，第二次世界大战期间，该堂遭到轰炸。约翰·派珀画了一幅圣玛丽港教堂被轰炸的画作。这幅画出现在这是1968年发行的纪念邮票上。教堂只有15世纪的钟楼保留了下来，是一座二级登录建筑，并列入古代遗址列表（Scheduled Ancient Monument），在20世纪后期，它被诺威治联合保险公司和英格兰银行的建筑所包围。1940年轰炸后，该堂的信徒搬到了圣施洗约翰堂，人数逐渐减少，直到1984年约翰堂关闭，剩下的信徒搬到科隆