59年），清军吴三桂攻占云南。因云贵地区社会复杂、环境险恶、条件艰苦，清军未派满洲与蒙古八旗驻防，而是以吴三桂军镇守，同时组建云贵绿营，并置云贵总督统辖。顺治十六年正月癸丑（1659年2月12日），顺治帝颁布上谕“云贵地方初辟，节制弹压，亟需总督重臣。贵州巡抚赵廷臣久历岩疆，堪胜此任。着即升云贵总督”，此即云贵总督建置之始。
多次调整.
第一次分合.顺治十八年（1661年），顺治帝病逝，康熙帝即位后，同年八月己未（1661年10月5日）对督抚制度进行调整，改为