元年（692年）正月，来俊臣告发元忠、同平章事任知古、狄仁杰、裴行本、司农卿裴宣礼、前文昌左丞卢献、洛州剌史李嗣真等七人谋反，被贬为涪陵（今重庆涪陵市）令。元忠前后三被流放，又三被召回。圣历二年（699年），擢为凤阁侍郎，同凤阁鸾台平章事，多次指斥张易之、张昌宗兄弟乱政。时突厥与吐蕃数犯塞外，元忠皆为大总管拒敌。元忠在军队，一直持重自守，虽无所克获，但亦未尝败失。久视元年（700年），狄仁杰死后，魏元忠当了宰相。长安三年（703年）九月，张易之兄弟谮毁元忠与司礼丞高戬谋反，贬为端州高要（今广东肇庆）