樊一蘅受任命后，传檄诸郡旧将会师一同举兵。正逢巡抚马干收复重庆，松潘副将朱化龙、同知詹天颜攻杀农民军将王运行，收复龙安、茂州。次年（1645年），清朝巡抚李国英剿灭响马贼马潮、唿九思，后者部下袁韬率数百残卒奔川东归顺樊一蘅。三月，樊一蘅起用旧将甘良臣为总统，以侯天锡、屠龙为副，会合参将杨展、游击马应试、余朝宗所部溃卒，共计三万人，攻叙州，马应试、余朝宗先登，杨展等随后而至，斩首数千级，大西都督张化龙逃走，于是收复叙州。樊一蘅在江上犒师。马干复重庆时，大西将刘廷举出走求救于张献忠，张献忠命