包括主刺盖鱼、长鳍、管海马、四线笛鲷、高体拟花鮨、双线眶棘鲈等种类。软体动物则有大砗磲、唐冠螺、鹦鹉螺、海鞘等。据称，布纳肯国家公园有比夏威夷多出七倍的珊瑚以及所有已知的印度太平洋西海区中70%的鱼类。陆地上，布纳肯公园内的各岛拥有丰富的棕榈、西米、椰子等植物。居住在陆地和海滩上的主要动物有黑猴、和苏岛袋猫等。公园的红树林包括红树和海桑两个种类。森林内有螃蟹、海螯虾和软体动物等物种，此外还有海鸟，如鸥、鹭、海鸠和鹳等动物。
原住民及旅游.这一地区人口稠密，公园内有22个村