即位，万士和出任南京礼部侍郎，负责南京国子监事务。万历改元（1573年），礼部尚书陆树声离职。张居正采纳陆树声的建议，召万士和接替。上任后，万士和逐条奏陈崇尚节俭数事。因灾异屡现，奏请闭宠幸之门，容纳刚直，淘汰冗员、抑制分外求请，大都触犯了当时的权贵。俺答汗与部属贡奉马匹，边防大臣奏请增加对他们的官方奖赏。万士和称赏赐有规定的数额，不要依从边防大臣额外的请求，皇帝听从了他的意见。方士倚仗冯保请求封官，万士和坚决不同意。成国公朱希忠去世，张居正同意赠封为王，万士和极力争辩。给事中余懋学议论事情被治罪，万士和称