于威胁等级的分级标准，政府外人士很难独立评估所公示之风险等级的精确性。两个较低等级的警报（蓝色和绿色）到目前为止尚未被使用。但凡风险等级发生调整时，美国政府总是对其理由给予十分模煳的描述，并且极少说明消息来源。政府官员对此系统的不透明操作经常遭受漫画家、记者、自由论者和政府专家的批评。在2004大选年，警戒等级曾一度提升，使得舆论开始怀疑布什政权导入这个系统似乎只是为政治服务。此外，哥伦比亚大学研究员碧姬·L.纳科曾出版一份报告，其中分析了警报系统等级与布什支持率之间存在的某种关系。2004年国土安