同时唿吸。鳄鱼已发展出骨质次生颚，使牠们可在半隐没至水中时持续唿吸，并防止嘴中的猎物挣扎时，伤及脑部。石龙子科也演化出骨质次生颚。
排泄系统.爬行动物的排泄系统主要借由两颗肾脏。双孔动物所排泄的主要含氮废物是尿酸；泽龟龟主要排泄尿素，陆龟如苏卡达、星龟排尿酸，而部分则排尿液，类似哺乳类。不像哺乳类与鸟类的肾脏，爬行动物的肾脏不能够制造尿液，尿液可以储藏更多的身体废物。这是因为牠们缺乏鸟类与哺乳类所拥有的肾元，称为亨利氏环（Loop of Henle）。因此许多爬行动物使用牠们的结肠