联赛(南部)。球队升班至巴伐利亚州级联赛(南部)首季，便随即夺得当届(1995-96)冠军，是自1963年后，首度重返巴伐利亚高级足球联赛。1860慕尼黑业余队当时可说是气势如虹，重返巴伐利亚高级足球联赛首季(1996-97)便摘冠，升班至当时第四级别的德国地区足球联赛(南)，连续第三季取得升班资格。球队在德国地区足球联赛(南)竞逐了四个球季，首三季均位列中游位置，但于2000-01球季只能以第十六位完成，需降回巴伐利亚高级足球联赛。回到巴伐利亚高级足球联赛的首两个球季(2001-02及2002