开重庆进军武汉。但不久，川军内乱，重庆都督逃走，张子贞率部返回重庆，安定局面。1912年2月12日，清帝溥仪退位。随后，袁世凯就任中华民国临时大总统，南北统一。滇军与川军的北伐军停止进军。同年，蔡锷任命张子贞为支队长，率黄毓英、马为麟部，赴贵州帮助唐继尧“援黔”。在贵州，张子贞率部平定了土匪和叛乱。1912年6月，张子贞率部离开贵州回云南。同年7月，改任步兵第二团团长，招募并训练新兵。12月28日大总统令，升张子贞为云南陆军第一师第一旅旅长，授陆军少将衔。1914年3月12日大总统令，张子贞升为云南陆军