年，F. J. Ortega等人提出阿拉利坡鳄不属于诺托鳄类。在某些种系发生学研究，阿拉利坡鳄被归类成新鳄类的近亲；新鳄类后来演化出现代鳄鱼。在近年的分类研究里，阿拉利坡鳄被分类成诺托鳄类的基础物种。在2011年，M. Soto将阿拉利坡鳄重新归类到乌拉圭鳄科，并将乌拉圭鳄科归类于诺托鳄类的最基础物种。以下来自于2011年的乌拉圭鳄研究：
古生态学.阿拉利坡鳄的化石来自于南美洲、非洲、马达加斯加，显示该物种起源于南方的冈瓦那大陆。当阿拉利坡鳄出现时，南美洲、非洲、马达加斯加已经彼