南京至扬州段在2004年4月18日中国铁路第五次大提速当日通过验收开通客运，5月1日中共中央总书记、国家主席胡锦涛出席宁扬段开通仪式；扬州至海安、南通段在2004年6月1日开始铺轨，同年12月1日开通货运。2005年7月1日，宁启铁路南京至南通段客运与泰州站同时投入运营，至此宁启铁路一期工程完成并开通运营。2020年，宁启铁路一期工程实现铁路e卡通扫码进站，无需提前购票。
复线电气化改造.2007年末，宁启铁路改造的前期工作展开，进行复线化、电气化和提速改造的可行性研究。而根据