数成员定期改选，依照惯例旧会员退休后105名接任新会员的推荐名单由他们推荐，日本首相做形式任命，并不会对内容有更改以象征日本学术独立和言论自由。日本政府1983年修订的《法律案审议录》规定，日本内阁府对学术会议推荐的会员进行“形式上的任命”。时任首相中曾根康弘更曾在国会问询中明确表示：“政府不会否认学术会议推荐的人选。”强化了政府和政治人物不介入日本学术会议这一学术最高地位的运作。然而菅义伟此次拒绝任命其中6名会员，引发日本学术界轰动，这是1949年战后日本学术会议设立以来首次出现的异常情况，有首相干预