熙六十一年（1722年）接替长鼐担任两江总督，在任内创办钟山书院，中国近现代史学先驱、儒学宗师柳诒征曾就读于此。雍正四年（1726年）召回京城。雍正五年八月己丑，接替法海，担任清朝兵部尚书，雍正七年（1729年），查弼纳以兵部尚书之职随同名将傅尔丹和岳钟琪出征准噶尔平叛，因总管西路军需粮饷有功，被召见授予副将军，协助靖边大将军傅尔丹指挥军事行动。雍正九年（1731年）六月准噶尔军大举攻击北路清军，傅尔丹、查弼纳所领清军中计冒进，受到伏击，六月二十三日，清军大营退至和通唿尔哈诺尔（又称「和通泊」，此役史称「