较高的共表达水平，从中可以鉴定出枢纽基因。可通过基因网络与表型之间联系，最终找到表型的靶点基因、基因网络。此分析还可以用于研究共表达模块之间的关系、比较不同网络的网络拓扑学（差异网络分析）。加权基因共表达网络分析可以进行数据提炼（与斜交因子分析相关）、聚类分析（模煳聚类）、特征选择方法（比如，进行基因筛选）、综合互补（基因组）数据的框架（根据数量变量之间的加权相关性）和探索性数据分析。虽然加权基因共表达网络分析结合了很多传统数据探索技术，易于理解的网络语言和分析框架使它优于任何标准的分析方法。由于使用网