中央国家机关党委宣布，刘尊棋的罪名为“叛变出狱、军统特务，同时还为美帝国主义服务”。1958年，作为右派分子被从北京遣送到北大荒。1968年5月被逮捕押回北京，关押在半步桥监狱。1969年12月被押解到湖南长沙。1970年6月底，因身体健康不佳，被转到洞庭湖赤山岛上的湖南省第一监狱。1975年8月，经亲属申诉，刘尊棋获得释放，被安排在湖南农校图书室担任管理员。1978年2月，被分配到中国社会科学院情报研究所工作。1978年11月，中共中央组织部正式为刘尊棋平反。1978年11月至1981年，任中国大百科