王寺被列入浙江省文物保护单位，2006年被列入第六批全国重点文物保护单位。2007年至2010年，由寺方提出，经浙江省古建筑设计研究院主持制订的《阿育王寺保护规划》完成。为保护木构建筑，阿育王寺内自2009年起禁止燃烧蜡烛。宁波轨道交通1号线二期工程和北仑支线铁路电气化工程在途经阿育王寺时，在设计和施工中也采取措施以保护阿育王寺文物建筑和寺院景观。