被调入到负责东线作战的国防陆军总司令部（Oberkommando des Heeres）的组织部门。他反对政委法令（Commissar Order，希特勒颁布它，一年后又废除。）他试图软化德军对苏联占领区的占领政策，比如提出对担任志愿者的福利。第二次世界大战期间，史陶芬堡作为德军上校，在非洲突尼西亚作战时，遭到盟军空袭，严重受伤，回到纳粹德国时仅存一目一臂，获得表扬。
7月20日事件.史陶芬堡与许多反对希特勒的将领一样都曾亲眼目睹纳粹在东部战事的暴行，尤其是屠杀犹太人之事对他的