新店位于台北盆地南缘，境内多山，平地主要集中在新店溪与其支流沿岸的狭长平原带，直潭里则因新店溪沖刷，而形成一小区块之盆地地形，综观之整体地势为南高北低。境内山区属于雪山山脉分支的丘陵，境南的大桶山是地理高点，海拔超过1000公尺。源自乌来区境内拳头山的南势溪与源自新北市坪林地区的北势溪在新店境内汇集，因此得到新店溪之名，是台北主要河川淡水河最重要的支流之一。新店溪大致是以由南往北的方向流经新店，将境内土地分为河西与河东两半，虽然被称为「安坑」的西岸土地面积较大，但该区的商业、行政机能却集中在新店溪东岸。