，Clark与其他人提出关于这群生物为并系群，而形态上的特征在演化成多样性的鳄形超目阶段中消失了。在确定这群生物是否为单系群前，还需要更进一步的研究，但因为这群生物的化石很少，所以目前很难有良好的种系发生学研究。以下演化树来自于斯特林·奈斯比的早期主龙类演化关系研究。喙头鳄亚目的范围是从黄昏鳄到Crocodyliformes之间。目前喙头鳄亚目已知的属如下：