英国海军已加入计划，并敦促威尔金森沿密西西比河而下，突袭西班牙军队。但威尔金森临阵倒戈，写信向杰斐逊指证伯尔叛国。11月初，检察官戴维斯奉命逮捕了伯尔，并提起诉讼，但在3个地区法院，伯尔均以证据不足被陪审团宣告无罪。随即，他又遭到联邦法庭的指控，案件在里士满的一家酒店里进行，那里被改造成了临时法庭。杰斐逊总统一再告知幕僚，务必将伯尔入罪。
马歇尔的判决.马歇尔认为推定性叛国罪是过度司法，并不适用，自己在另一起案件中对它的引用对本案不应构成影响。此外，他指出，要符合宪法中规定的公开