托于中国科学院软件研究所（下简称“软件所”）和中国科学院研究生院（现为中国科学院大学，下简称“国科大”）两个单位，其中依托于国科大的部分称为中国科学院数据与通信保护研究教育中心，简称DCS中心，是信息安全国家重点实验室的创建者。依托于软件所的机构地址曾为中国北京市海淀区中关村南四街4号，依托于国科大的机构地址曾为中国北京市石景山区玉泉路19号甲。实验室的依托单位在2012年更改为信工所。软件所可信计算与信息保障实验室（TCA）和国科大国家计算机网络入侵防范中心（NIPC）的人员在信息安全国家重点实验室迁