军队以最快的速度赶回畿内(中国大返还)，于摄津国与山城国边境之山崎与明智光秀决战。12日双方在圆明寺川（现・小泉川）对峙。双方战况形成拉锯状态，最后由于属于羽柴军的池田恆兴偷袭明智军的津田信春，使得羽柴军成功包围明智军，光秀败走，光秀从胜龙寺城逃往坂本城。十四日早上明智光秀在逃往近江途中，于小栗栖（京都市伏见区）被附近农民杀死（另说是自尽身亡，又一说其剃度出家），俗称三日天下。其女婿明智秀满在光秀失败后，于坂本城自尽。明智家的势力至此完全败亡。此役为秀吉开启了其日后统一日本的契机。