昆仑山以晚古生代为主。从地质图上看阿尔金山颜色要比东昆仑山颜色暗很多，二者的界限是阿尔金断裂带。
地质.崑崙山脉与塔里木盆地和柴达木盆地间均以深大断裂相隔。属南亚陆间区与中轴大陆区交界的北缘。崑崙山地区以前震旦系为基底；经过古生代海域下沉及华力西运动褶皱上升，构成崑崙中轴和山脉中嵴；经过中生代燕山运动构成主嵴两侧4000米以上的山体。昆仑山脉的新构造运动极其强烈，晚第三纪以来上升大约4000～5000米；叶尔羌拗陷中的砾石层厚度2500余米，河谷高阶地上则分布有第四纪火山凝灰