其他国家强烈的国际压力，印度尼西亚政府决定于8月30日举行公投决定东帝汶的未来。多达78.5%的投票者选择独立，否决了使东帝汶成为印尼一个自治省（即东帝汶特别自治区）的提议。
暴乱.在公投结束之后，受到印尼军队支持的东帝汶亲印尼民兵部队，以及一些印度尼西亚的军人对东帝汶发起了报复性的暴力和恐怖袭击。大约1400名东帝汶人被杀，三十万人被迫以难民身份逃往印尼西帝汶。全东帝汶绝大多数的基础设施，包括住房、灌溉系统、供水系统、学校以及几乎所有的供电网络均被破坏。对此事件，诺姆·乔姆斯基描