基糖苷、多糖、核苷、皂苷、萜类化合物、甾体化合物、有机酸等大类。数据库提供天然产物的二维和三维结构、化合物名称、分子式、分子量、熔点沸点、旋光度等理化性质；化合物的CAS登陆号；天然产物的生理活性信息；天然产物的自然来源；天然产物的参考文献；天然产物相关中药在中医领域中的应用、命名、性味归经等信息。中国天然产物数据库可以用于合理药物设计、基于二维和三维结构的虚拟药物筛选。