繁忙区域竖立指定站头等，但引起非专营巴士业界不满，曾于同年发起载客慢驶抗议，导致港岛区交通瘫痪。运输署及后在2005年加强对非专营巴士规管，包括收紧审批路线申请、增设发牌条件、加强执法等。与此同时，运输署会要求专营巴士公司开办特别路线，例如从鲗鱼涌往屯门、天水围的下午繁忙时间特别路线、及，以图取缔非法村巴服务。另一方面，有个别屋苑业主立案法团认为政府未有从居民根本利益出发，而进行交通路线招标，引致资源错配，未能应付居民通勤需要。例如清水湾半岛于2001年入伙后，居民以一直依赖非法邨巴服务前往市中心，