光绪十二年(1886年5月)，醇亲王奕譞奉慈禧懿旨巡视天津海光寺。因此，海光寺殿内在其来访之前进行了一次粉刷装饰。清光绪二十四年（1898年），日本驻天津领事郑永昌和天津海关道李珉琛及其天津道任之骅签定《天津日本租界条款》和《另立文凭》，将海光寺划入天津日租界内。光绪二十六年(1900年7月9日)，八国联军攻打天津，日军占领海光寺，海光寺庙宇全被毁坏，从此消失。
日本兵营时期及后续.海光寺全部毁坏后，主持悟明变卖大量庙产，除用来还债之外还留作私用。后经清政府勘查，海光寺有二百余顷土