随着台独联盟本部迁回台湾运动，郭倍宏随之返台，于机场被捕入土城看守所；1992年5月，因中华民国刑法第一百条修改，得到释放。1993年，郭倍宏参选民主进步党台南市长初选，因不满党内初选制度因而退党参选市长，与民进党提名的蔡介雄竞选，选举结果国民党的施治明当选。1996年10月11日，建国党公布组织架构与各委员会负责人名单，郭倍宏为决策委员之一。
出任民视董事长.2014年10月16日，民间全民电视公司成立「民视顾台湾顾问团」，郭倍宏为常务顾问之一。2016年5月26日，