晓春在南京结识了16岁的天津队女棋手许燕。1991年夏天马晓春同刚从南开大学毕业的许燕结婚。1995年许燕从中国科学院硕士毕业出国到纽约大学留学。1998年马晓春被报道“南京事件”，即马在南京乘坐的轿车出了车祸，同车的一名女子死亡。该女子的职业据报道是三陪女。这件事直接导致了马和许的婚姻破裂。离婚时许要求马分割共同财产，马分给许五万美元。2006年再婚，第二任妻子是成都人，而且不是下围棋的。2013年8月18日与贵阳籍棋圈外人士段雨含在北京结婚。