经济.两国定期轮流在对方首都举办「台爱经贸论坛」，至2017年已举办第5届。
贸易.2015年4月18日，经济部国际贸易局委託中华民国对外贸易发展协会（外贸协会）办理的「2015年新北欧利基产业拓销团」与36家厂商前往俄罗斯圣彼得堡、芬兰、爱沙尼亚、瑞典及波兰等国争取商机，该团也是台湾近期赴北欧地区规模最大的拓销团。2017年11月，工业技术研究院董事长李世光率领经济部「2017年欧洲新创展会参访及招商团」赴爱沙尼亚考察商机。2019年，爱沙尼亚是中华民国第89大贸易伙伴