起蒙古大多数宗派的强烈不满，拒绝承认忽必烈的汗位。原窝阔台和察合台派系在海都的带领下结盟反对忽必烈，逐渐形成独立的窝阔台汗国和察合台汗国，并联合早已实际上处于独立地位的钦察汗国多次与忽必烈的元军进行交战，互有胜负。唯一承认忽必烈汗位的是其负责西征的弟弟旭烈兀。他宣布承认忽必烈的汗位，以换取忽必烈支持他建立伊儿汗国。大德七年（1303年）元朝与四大汗国之间约和，有异于一般的国际间的和平条约，它是源出于同一祖先的蒙古民族所建立的几个汗国之间互相协商的结果。自阿里不哥之乱后，各蒙古汗国虽已各自立国近半个世纪，