1922年－1927年，杨永清曾就职于北京外交部，担任秘书和条约司等职务。在此期间，杨永清负责起草取消不平等条约的照会，是时任外交部长顾维钧的得力助手。1922年，杨永清被举荐为东吴大学的副校长，但未能成行。1927年，杨永清出任东吴大学校长，是为东吴大学校史上第一任中国籍校长。1930年，美国佛罗里达南方大学授予杨永清荣誉法学博士学位。1935年起，应美国夏威夷大学，埃默里大学，杜克大学，鲍登大学的大学邀请，杨校长出任上述美国大学的客座教授，主讲中国文化。抗日战争期间，杨永清主持东吴大学的内迁