对植物的选择性驯化都是与植物生长有关，而并不是为了对植物有益的微生物。一丁点细菌组成的改变可能对整个微生物群结构没有影响，但却会对植物的防御与生理产生重要影响。
应用.
农业.微生物能够制造植物可以获取的营养，产生促进植物生长的激素，以及刺激植物的免疫系统。通常较复杂的微生物群落组成会导致较少的植物疾病和较高的产量。施用肥料和杀虫剂，但不考虑弥补它们的负面影响，这种田间管理方式能够破坏土壤微生物的生态环境。健康的土壤能够通过多种方式增加土壤肥力，比如提供