，明神宗继位后，慈圣皇太后下令继续进行修缮工程直至完工。实际上，明穆宗至明神宗时期修缮番经厂，其背景颇为复杂。明朝永乐、宣德两朝对藏传佛教及其高僧十分优待，后来的明英宗、景泰、天顺、明宪宗成化、明孝宗弘治各朝均沿袭了永乐、宣德朝优礼藏僧的政策。明武宗正德年间，对藏传佛教及其高僧的优礼在朝野上下达到最高潮。明武宗逝世后，因无子嗣，由近支的兴献王世子朱厚熜即位，即明世宗（嘉靖）。明世宗崇信道教，在位期间，北京和藏传佛教有关的事物被废止或淘汰，留存者极少。张居正《番经厂记》中的“厂在禁内东偏……岁久亦渐圮矣”