替退休的周其凤，成为北京大学校长（副部长级）。2015年2月15日，王恩哥不再担任北京大学校长，转往中国科学院任职。任北京大学常务副校长时，王恩哥提出“小班课教学”概念，在北大全校试点推行教学改革。在北京大学校长任上，王恩哥于2014年5月4日宣布启动燕京学堂项目，此举饱受争议，遭到北京大学教授高峰枫、苏薇星、辛德勇等人公开撰文批评。2014年6月北京大学学生组织的“静园小组”发起的网上调查显示，3082名受访者中308人支持燕京学堂项目，1341人中立，1433人反对。校方宣称燕京学堂是高端学术项目，但反