院创始人桥本宇太郎，被誉为昭和棋圣的吴清源、以及曹薰铉最为着名，为现代围棋中日韩三足鼎立的繁荣局面做出了巨大贡献。第二次世界大战中，美国军队在广岛投放原子弹时，濑越正在市郊本因坊赛担任观察员而逃过一劫，此局就是着名的「原爆之局」。二战后濑越宪作担任日本棋院首任理事长。在1972年曹薰铉回韩国服兵役之后的四个月，濑越宪作因为年老无法继续下棋而自杀身亡。