入学台北第一中学校（今建国中学），大正十四年（1925年）与江梦笔创刊台北第一本白话文杂志《人人》。大正十五年（1926年）入日本大学预科，颇受日本作家之薰陶。昭和七年（1932年）返台，投入南明史、台湾历史与台湾文化研究。1943年，杨云萍、斋藤勇、周金波与日本人长崎浩参加第二回「大东亚文学者大会」。战后杨云萍从事文化运动，参与《台湾文化》的刊行。1947年8月，杨氏出任国立台湾大学历史学系担任教授，直到1977年退休。台湾省文献委员会成立后，杨氏曾出任专任委员。此外，杨氏亦曾担任台北市文献委员会委员