方案遭到泉州市政府否决。5月13日，数学系恢复。5月26日，成立了以机电系为基础的机电及自动化学院。6月11日，成立了人文社会科学系。12月11日，中国文化系更名为中国语言文学系。2002年，6月19日，华侨大学（集美）华文学院更名为华文学院。时任厦门市市委书记郑立中访问华侨大学，并邀请华侨大学在厦门建立分校。2003年，9月8日，成立了以法律系为基础的法学院。10月22日，华侨大学男篮获得第五届CUBA联赛男子总冠军。10月28日，成立了华侨大学职业技术学院厦门分院。2004年，厦门校区动工。