内亚的时代到此告一段落，展开被殖民的新时代。
葡、西殖民时期.在《托德西利亚斯条约》于1494年生效后，西班牙和葡萄牙海外势力及领土开始快速扩展，但真正开始殖民赤道几内亚一带则由1499年葡萄牙人登陆当地开始。而赤道几内亚被西葡所占领的时间长达469年之久。
最初殖民时期.1499年，根据《托德西利亚斯条约》，位于西经50度以西的领土归西班牙，以东的领土归葡萄牙，葡萄牙人由此占有亚洲和非洲地区，南美洲大部分为西班牙所有。不久后，奴隶贸易兴起，葡萄牙人便