埗升班挑战甲组，可是深水埗首季就以1胜3和14负的成绩，宣告护级失败。球季结束后，林毅东就与大部份深水埗球员随李志坚加盟日资的甲组球会横滨FC香港。球季完结后，林毅东转会到乙组球会和富大埔，更在季尾协助大埔夺得联赛冠军，得以首度升班到港超联作赛，结果大埔以1胜4和11负的成绩，排名在榜尾降班。在2015/16球季，林毅东再度协助和富大埔夺得联赛冠军和升班资格，但他就因工作关系选择与球会解约，加盟乙组球会淦源，首季即再协助淦源夺得联赛冠军和升班到甲组的资格。在2018年夏天，林毅东选择放弃全职体育教师的工