武士改为“士族”；为减轻因“版籍奉还”而连带的财政负担，逐步废除封建俸禄；此外，颁佈了武士「废刀令」，以及建立户籍制度基础的「户籍法」。帝国政府主要人物包括原宫廷贵族的岩仓具视、三条实美；掌握实权的伊藤博文、山县有朋；以及土佐藩的板垣退助及肥前藩的大隈重信等。戊辰战争期间，维新政府将占领的幕领和朝敌藩领地划为最初的直辖地（也称天领）。直辖地中京都、大坂和江户设立府，其他则设立县。此时各藩则持续推动改革，强化财政体制，以应付战事所造成的负债。对于体制上，各藩分成郡县和封建两派，双方势均力敌而毫无结论。