至孝。万历二十年（1592年）进士，为户部主事。次年，其母病逝，守丧三年。万历二十八年（1600年），任湖广佥事，分巡武昌、汉阳、黄州。累官至湖广监察御史。生性耿直，“不事空言，为淮西人士之冠”。在其《月令广记》中讲“工商皆本”。后因弹劾税监陈奉太监事，反遭陈奉控告，万历帝震怒，万历二十九（1601年）年九月二十三日「入囚燕京」，冯应京被逮捕时，百姓“拥槛车号哭，车不得行”。入镇抚司狱，拷讯关押，利玛窦多次去狱中探视，狱中皈依天主教。万历三十二年（1604年）九月乙丑（1604年10月10日）发