大学进行了大规模的院系调整，在短时间内更名、撤销、恢复、整合近二十个院系，个别学院成立仅半年即撤销。2015年11月3日，中山大学与深圳市人民政府在广州签署协议共同建设中山大学深圳校区。校区选址于广东省深圳市光明区新湖街道圳美附近，公常路以北、广深港客运专线以东的猪公山周边。深圳校区预计将分三期完工：第一期校舍主要容纳医学相关学科，共150.82公顷，预计2019年8月完工；第二期校舍主要容纳其馀非医学学科，预计2021年8月完工招生；而第三期提升工程，将于2024年8月完工。以上三期工程，将花七年时间