第一类深海鱼也被称为远洋深海鱼类，主要包括巨口鱼目和灯笼鱼目等游泳深海鱼。据信，它们从出现之初便进入深海，并花了很长时间演化出与浅海鱼类迥异的特征，例如管状眼、发光体，以及例如昼夜垂直迁移等独特习性。第二类深海鱼也被称为大陆架深海鱼，包括鳕形目和鼬鱼目等底栖深海鱼。据信，它们在浅海海底经历了早期演化，比第一类深海鱼更晚进出深海。因此，第二类深海鱼所属的类群包括许多生活在浅水中的鱼类，它们的形态相较于浅海鱼类通常不会显出极端的变化。下表按照系统发育顺序列出鱼类（包括无颌类和鳍鳍类）中主要由深海鱼构成