是因化石化的问题，地层的地球化学并不适合化石的形成。古生世地球化学确定柔默空缺的生物学真实性，指当时曾有一段大气层低氧气浓度的时期。另一些则指有可能是挖掘者未能准确掘出化石的所在地，而非没有化石存在。柔默空缺并非完全没有化石纪录，一些位点仍发现一些嵴椎动物化石，如棘螈、提塔利克鱼、潘氏鱼来填补空缺。例如在苏格兰巴斯盖特的东肯克顿石场，就发现了数个早期四足类化石。