阿鲁群岛在马鲁古群岛的最东端，位于阿拉弗拉海西北，介于新几内亚岛和澳大利亚之间。最大岛屿是特朗岸岛，主要城镇和港口多波在靠近沃坎岛的瓦马尔岛（Warmar）上，其他主要岛屿有科布罗尔岛、马伊库尔岛。地质上，该群岛是澳大利亚洲的一部分，和新几内亚岛、塔宁巴尔群岛、塔斯马尼亚岛和帝汶岛同在印度-澳洲板块。群岛由、热带草原、红树林混合而成的植被覆盖。群岛在澳大利亚-新几内亚大陆架上，冰河时期海平面下降时，作为陆桥连接澳大利亚大陆和新几内亚岛。阿鲁群岛的植物群和动物群是属于澳大利亚生态区，尤与新畿内亚关系密切。