3月，就任北京政府总统府秘书长，同年5月兼任交通银行总经理。此后，他和周自齐、朱启钤形成了外界称为交通系（即旧交通系）的政治集团。民国二年（1913年 ）5月，署理财政部次长兼代理部务。9月18日，奉袁世凯的指示，梁士诒结成了国会内的袁世凯御用政党公民党。10月，袁世凯动员军警包围了国会议场，从而得以正式当选中华民国大总统。梁士诒权倾一时，被唿为「小总统」。民国三年（1914年），出任税务处督办。同年还任约法会议议员。此外，他担任过政治会议议员，参政院参政，内国公债局总理等，获授中卿，勋二位，二等嘉禾章