渠道路线附近土质多为砂质粘土，需要进行衬砌工作，但由于预算限制，设计方案只对砂砾、粉细砂土质段进行局部衬砌。
施工.1965年9月，京密引水工程总指挥部重新成立，总部驻于昌平县阳坊村（今昌平区阳坊镇）。北京市委书记处书记、副市长赵凡担任总指挥，市政设计院副总工程师黄震东担任设计总工程师，水利局总工程师高振奎担任施工总工程师。二期工程除了新建西崔村至昆明湖的渠道外，还包括了对原一期工程建设的渠道进行维修改善工作。总指挥部下设南段、北段两个分指挥部；昆明湖至玉渊潭段开工后，又新设昆玉段