物资进出乌坵唯一的方式是军方的船只。但因为军事管制，非当地居民进入乌坵必须经过申请许可。
海运.过去是10天一航次，现今是15天一航次的军方船只往来台湾的台中港，是乌坵对外主要的交通方式。大坵、小坵之间没有固定船班，居民多自行以舢舨在大海当中行驶往来两地。2019年9月5日，时任海军副司令梅家树拜会金门县长杨镇浯时表示，国军已初步规划完成乌坵码头整建工程案。现有码头简陋，常因潮汐、涌浪缘故无法靠泊，军民上下船险象环生。海军已完成乌坵码头整建先期规划，重新整合之前包括金门县政府、