姊姊是后冷泉天皇中宫章子内亲王。馨子内亲王性情温顺，很得后一条天皇与威子中宫疼爱，当馨子内亲王担任贺茂斋宫时，只要使臣晋见，后一条天皇定会追问馨子内亲王的近况。馨子内亲王所生的皇子女皆早夭。
生平.长元四年（1031年），封为内亲王。授正二品，当上贺茂斋宫，叙准三宫，加封千户，任人赐爵。长元九年（1036年）四月，后一条天皇崩，与母亲威子中宫、姊姊章子内亲王迁居鹰司殿。九月，威子中宫崩，与章子内亲王迁居上东门院处。永承六年（1051年），上东门院让馨子内亲王成为东宫妃。