后白河法皇的第二皇子以仁王与源赖政联手起兵反抗平家。清经作为平家的大将，与叔公、叔父、兄长等参与了这次行动，顺利平息反叛。同治承4年冬，美浓源氏举兵。平家以清经的叔父平知盛为主将，清经则和兄长资盛为副将，跟随出征。治承5年（1181年），平家的领袖平清盛去世。同年，平家以清经的叔父平重衡为主将，清经为副将，在墨俣川之战中打败源行家。寿永元年（1182年），清经的叔父平宗盛规划了一个针对全国各地的作战计划，当时清经与异母兄平维盛被安排负责东山道和东海道。不过，这个计划最终没有实行。寿永二年（118