至香港（港岛上环、九龙尖沙咀、新界屯门、赤鱲角机场）及深圳（蛇口、福永）等多条航线。划线为受2019年冠状病毒病影响而停航的航班。
直昇机坪.码头天台亦设置直昇机停机坪，提供来往香港及深圳的直昇机航班。外港客运码头往来香港上环空中快线直昇机场（港澳客轮码头）约16至19分钟。外港客运码头往来深圳宝安国际机场日航约15分钟，夜航25分钟。根据空中快线官网说明，搭乘直昇机的标准收费如下：
设施.
外港客运码头客运大楼楼层分佈.