线御花畑站可供转乘，通过闸机后进入构内商业设施「西武秩父站前温泉 祭之汤」与秩父本线的平交道后，徒步5分钟即可到达。一部分列车途经此站前往秩父本线三峰口方向直通运行。武藏横手站－西武秩父站段属于西武秩父站管区管理。2017年，西武秩父站获颁好设计奖。
车站结构.侧式月台1面1线和岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站。侧式月台部分（1号月台）供「」到发。1号月台东侧（配置图1号月台的下侧）是闸内大堂。闸内大堂与2、3号月台以跨线天桥联络，设有扶手电梯与升降机1