一次设立实验班。1937年抗日战争爆发，岭南大学迁往香港，大学借香港大学复课，附中则迁往香港青山湾梁园上课。电影《色，戒》有描写岭大南迁过程。1941年12月，香港沦陷，时为校长的李应林率领岭南大学师生辗转逃亡至粤北韶关。在国民政府第七战区司令长官余汉谋和美国基金会的协助下，最后在曲江仙人庙大村复校。附中跟随转移。后来战事日渐蔓延，转移往东江梅县。1945年抗战胜利，学校重回广州康乐园。
学校影响.岭大附中的学生当中，不少是有影响的历史人物。格致书院开课之始，第一名投考入学的，