车编组跟深圳地铁一、二期其他线一样是6节编组。同时它也是在深圳地铁10号线开通之前唯一没有与深圳地铁其他线路有联络线的线路。不过现在可以通过在莲花村站的联络线与深圳地铁10号线进行联络。另外，在深圳地铁6号线开通以前，3号线也是深圳地铁线路中唯一使用第三轨供电方式推动列车运作的线路。但与深圳地铁6号线不同的是，深圳地铁6号线在主线是通过第三轨供电，但在前往长圳车辆段的区间线中是接触网供电。所以6号线的列车顶上保留了集电弓。而3号线则是全程（包括前往横岗车辆段的区间线）都是第三轨供电，因此列车顶上并无集电弓，