2015年4月21日，穆尔西因2012年总统府门前抗议者被杀一案被埃及法院判处20年监禁，人权观察表示该判决有“严重的错误”（badly flawed），并带有明显的政治动机。2015年5月16日，穆尔西与100多名被告因2011年的越狱案被埃及法院判处死刑，穆尔西的律师表示将对死刑判决提起上诉，穆兄会的支持者号召对穆尔西的死刑判决展开抗议活动；埃及最高宗教领袖大穆夫提将于6月2日就该判决给予意见，但其意见不具法律约束力。2016年11月15日，最高法院撤销穆尔西的死刑判决，并下令重审他的越狱罪案件。