《戊午密敕》被搜出，而在大约同一时间，朝廷中就政策与幕府持相同立场的关白九条尚忠遭到撤职。因爲这些不利于幕府的情事陆续发生，在9月老中间部诠胜、京都所司代酒井忠义等人前往京都，逮捕梅田云滨、近藤茂左卫门等人的激烈镇压行动开始。 在京都被捕的志士们遣送江户，在江户的传马町接受审讯后，处以切腹或死刑等酷刑。也有在江户就逮，甚至从藩地逮捕的也有。幕阁之中川路圣谟和岩濑忠震等非门阀出身的开明派幕臣也有遭处谨慎（软禁在家反省）等处罚的。当时一般认为，排斥从宽处理的主张而採用严刑处罚的政策的是大老井伊直弼。Se