水生的软体动物排泄器官为肾，会排出氨或尿素，牠们唿吸器官为鳃，由外套膜形成位于外套与身体之间，可以从流入外套腔的水中吸取氧气。而像蜗牛等陆生的软体动物排泄器官也是肾，但是用肺唿吸，并排泄尿酸。有些软体动物是雌雄异体；有些是雌雄同体。头足纲及部分腹足纲体外受精，雌雄同体者则异体受精。不同的软体动物有不同的产卵方式。像斧足类、石虌等把卵直接产在海水中，并无保护措施，因此产卵数量极多，但能顺利发育的却不多。有些海螺则会把卵埋起来，或分泌胶质包住。而腹足类的卵大都有胶质包住或具有壳。部分的软体动物具有经