同时绕过通知立法会主席及行管会，派员到立法会议事厅搜证。2015年8月17日上午，警方正式就疑似掷杯案以普通袭击起诉黄毓民。翌日黄毓民到警署拿取被控通知书，中区警署外接近100名支持者声援。黄在警署外称会征询法律意见，但不会请律师，因为希望亲自盘问梁振英及其他官员。案件于10月正式开审，其中控方传召30位证人，包括行政长官梁振英及立法会议员黄定光。2016年10月25日，裁判官指黄毓民行为既暴力，也不文明，「此风不可长」，而投掷玻璃杯伤害性较大，须判以阻吓性刑罚，而被告没有求情，也无悔意，官认为不宜