6月兼任清华大学党委书记，1965年1月至1966年7月任高等教育部部长，于1953年在清华大学创设了学生政治辅导员制度。文化大革命期间受到批斗，1967年4月10日，清华大学红卫兵召开万人大会批斗王光美，蒋南翔与彭真、陆定一、薄一波参加陪斗。曾担任中共天津市委书记、国家科委副主任、中共中央党校第一副校长等职务。曾任中国高等教育学会会长，中共第八届中央候补委员，第十一、十二届中央委员，中顾委委员。1988年5月3日在北京逝世。
其他.由于蒋南翔在主政清华大学期间，大力推行“政治辅导