1963年底，方奕辉出任位于香港仔黄竹坑的警察训练学校校长，并于1966年4月晋升为首位华人高级警司。在任内，他于六七暴动期间负责展开特别招募工作，确保警队拥有足够警力维持治安，以应对左派滋事份子一系列破坏社会秩序的行动。不过，当时的左派报章却斥骂他为「汉奸」，更重提他当年担任总督察的时候，曾经在1954年带队拘捕派发工会传单的左派电车工人，对他加以抨击。尽管如此，为了肯定他多年来在警队的表现，他于1967年6月进一步获英廷颁授女皇警察奖章（Q.P.M.）。方奕辉后来曾任职交通部，并曾于1967年9月短