参谋、贵州桐梓海军学校训育主任等。1945年任长治号军舰舰长，1948年出任中华民国海军最大的巡洋舰重庆号的舰长。1949年2月，邓兆祥率领重庆号官兵转投中共。后被东北军区任命为中国人民解放军海军重庆号巡洋舰舰长。同年5月出任安东海军学校校长。中华人民共和国成立后，邓兆祥于1950年任青岛海军快艇学校校长。1955年出任第一海军学校副校长，同年授海军少将军衔。1959年，其侄子从缅甸入中国大陆，以探亲为名对其进行策反，邓兆祥毅然拒绝。1956年调海军青岛基地司令部副参谋长，次年升任基地副司令员。1960