蒙古、汉人、南人建立新的军府，管领新附军人。每当有战事发生，首先调发各军中的新附军出征，其余则从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员，新附军数量日益减少，最后式微。元朝的防卫分宿卫和镇戍两大系统。宿卫军由怯薛和侍卫亲军构成，其中怯薛军保留自成吉思汗创立的四怯薛番直宿卫，常额在万人以上，元朝功臣博尔忽、博尔朮、木华黎、赤老温或其后人充任怯薛长。在战争中，怯薛则是全军的中坚力量，被称之为「也客豁勒」（大中军）；侍卫亲军则是忽必烈在华北汉人世侯的建议下所置，在初期蒙制怯薛未形成战斗力之时负责宿卫之职以