1940年（民国29年）2月，十四世达赖坐床典礼在拉萨举行，吴忠信时任蒙藏委员会委员长，代表国民政府参加坐床典礼。1941年（民国30年）9月，吴忠信被任命为甘宁青区党政工作考察团团长。
新疆省政府主席.1942年赴新疆省同盛世才交涉。1942年12月，任中国边政学会理事长，创办月刊《边政公论》。1944年（民国33年）8月，吴忠信接替盛世才任新疆省政府主席（保安总司令由第八战区司令长官朱绍良代理）。吴忠信释放了被盛世才逮捕的包尔汉·沙希迪等各民族、各界人物，采取绥靖政策。同