最重要的机场是马拉博圣伊莎贝尔国际机场，位于赤道几内亚首都，这个机场的国际航班通常飞往尼日利亚、加蓬、喀麦隆、贝宁、摩洛哥、埃塞俄比亚、肯尼亚、西班牙、德国、法国。其次重要的机场是巴塔国际机场，在巴塔北部，服务国内航班往马拉博和安诺本，以及国际航班飞往喀麦隆和贝宁。除了以上两个机场，还有四个小型机场，包括三个跑道已铺平的机场和一个跑道未铺平的机场。