成坊外增建了泮宫坊，大成殿西边增设了府学署，为台南孔庙规模最大的时期，其格局载于《重建台郡各建筑图说》之重建台湾府学图与现存于明伦堂里的台湾府学全图碑上。然而后来孔庙却因为嘉庆与同治年间的地震等因素而逐渐毁损。
日治时期.进入日治时期后，台湾总督府于明治三十一年（1898年）发布「公学校令」和「公学校规则」，在台南孔庙设立「台南公学校」提供台湾人小学程度日文教育，明治三十七年（1904年）更名为「台南第一公学校」。之后到了大正五年（1916年）孔庙计画整修，所以学校于隔年迁于南大附