教禁止华人传统宗教信仰习俗如祖先崇拜，但是允许使用相似的意义来替代一些在圣经中没有的做法（例如华人中秋节吃月饼，表示“月饼为象征上帝创造家庭团结的”，而不是传统嫦娥奔月的神话传说）。许多华人先祖在中国的时候就已经信仰基督新教。菲律宾大部分华人的新教教会跟北美的教会有紧密联系，多数菲律宾华人教会都属于世界华福中心（CCCOWE）一份子，并成为亚洲海外华人基督教组织。
中国传统信仰.少数菲律宾华人（2%）信奉中国传统宗教（ 汉传佛教净土宗、道教） 及祖先崇拜（包含儒家思想）。在马尼拉的