铁路运输.总长785千米。19世纪末20世纪初“香蕉共和国”时代在洪都拉斯修建的铁路线集中在北部沿海地区，主要为香蕉和甘蔗专用运输线。该系统多为窄轨铁路，使用1,067毫米或914毫米的轨距。1983年，洪都拉斯政府对都乐食品公司的私有铁路系统进行了国有化，并更名为洪都拉斯国家铁路（FNH）。另外，金吉达品牌国际的子公司特拉铁路公司在洪都拉斯也拥有190公里的铁路线。
内河航运.洪都拉斯有465千米的河道适合小型船舶行驶，这些河流主要分布在该国北部。