政使司下辖6府15州89县，大部分县名沿用至今。这6府是：济南、东昌、兖州、青州、登州、莱州。此外，河间府、大名府的部分县也在今山东境内。明代在山东地区共设有鳌山卫、灵山卫、大嵩卫、威海卫等9个卫以及奇山所等10个所，由山东都指挥使司统领各卫所驻军。清朝时山东布政使司改为山东省，行政长官称为巡抚。省下分道、州（府）、县。山东省有三道，分别是济东泰武临道、兖沂曹济道和登莱青胶道。另外，直隶的庆云县、宁津县、东明县也属于今山东。1912年中华民国成立初山东省沿旧制。1913年初，北京政府废府州，实行道县制。