教育部公告使用前两套。2003年2月教育部在客语部份改採台湾客语通用拼音方案。闽南语部份再经和国际语音符号、教会罗马字系统整合后，教育部于2006年10月14日公布为「台湾闽南语罗马字拼音方案」。
台湾闽南语音标系统.大致上与白话字相同，但是基于书写方便做了些微调整，并且将各地腔调差异纳入考量增加了几种新的拼写法。