44年，基地迎来了自其落成以来使用最密集的时期：第3组、第11夜航战斗机联队第10组（）、第3组、第3轰炸机联队第2组（）和第3组均驻扎在此，部分还配备了人类航空史上第一种投入实战的喷射机Me 262和Ar 234。1944年夏天，基地的起降跑道进行了混凝土表层改造并延长至1800米。纳粹德国的在施工中参与协助，安置在设于空军基地或的独立集中营内。基地的最后一次飞行发生于1945年5月2日，在这一天，英国军队向吕贝克开进。
二战后.战争结束后，布兰肯湖空军基地转为英国皇家空军使用，