马英九提名为考试院副院长。伍氏在立法院审查考试院副院长人事提名案时，认为民主进步党部分立委的质疑不公道，指出两人虽然在伍泽元潜逃后仍有联络，但两人的个性、行事风格和价值观都不同，并批评该等立委将其兄长的事扯到他身上并不恰当。翌月，原定的考试院院长候选人张俊彦因审查风波决定退出提名，令院长职位悬空。结果，立法院在7月11日行使同意权中，只有考试院副院长的提名案上呈。而伍氏亦以86票赞成、22票反对及4票无效获通过成为考试院副院长。2008年9月，伍锦霖就任考试院副院长一职，同时因院长悬空而成为代理院长。2