变关闭之后，王劭廉在北京五城中学堂（今北师大附中的前身）任西学总教习，后创办顺天中学堂并自任校长，后他在北洋大学堂任教务提调。1906年，因保定直隶高等学堂学生、革命党人吴樾刺杀清政府出洋考察政治五大臣载泽、戴鸿慈、徐世昌、端方、绍英，故袁世凯免去丁家立北洋大学总教习、保定直隶高等学堂总教习和直隶全省西学督导的职务。丁家立去职后推荐王劭廉出任北洋大学总教习。自王劭廉起，北洋大学改总教习为教务提调。王劭廉的上任也打破了外国人控制直隶教育权的局面。1909年，清政府因其“兴办教育持久”，特赐文科进士出身