称在日本使用的特例，是与新干线作直通运行的迷你新干线。名字中虽有「新干线」，路线也是採用标准轨，但根据日本《全国新干线铁道整备法》的定义，仍属在来线的范围。另一个例外则是博多南线。
语源.1964年10月1日日本最早的新干线东海道新干线开业之后，才开始把原有铁路称作「在来线」，作为「新干线」的反义词使用。
在来线的意义.新干线开通以后，在来线一般担当城际运输、地域内运输、补充新干线运输等角色，亦是货物列车、夜行列车使用的路线。新干线开业之后在来线部分的使用