3年划归上海第一医学院。1952年又在犹太医院旧址上新建眼耳鼻喉科医院（今复旦大学附属眼耳鼻喉科医院）。1956年，中国第一台电子计算机在复旦诞生。同年，全国院校教授等级评比，上海第一医学院有16人获评一级教授，数量居全国内地高等院校第二名（仅次于北京大学27名），其中5位为上医毕业生。同年，上海第一医学院集中力量，倾半校之力，在重庆建立了重庆医学院。1959年，复旦大学和上海第一医学院成为首批全国重点大学。
文化大革命时期.复旦大学在文化大革命时期陷入一片混乱，发展几近停