正式出任党主席，成为首位台籍国民党主席，也是中华民国史上第一次由台湾本省人担任总统，然而，这样的发展令许多外省人不满，导致国民党「外省派系斗本省派系」正式浮上台面。他在继承总统职务之初曾受国民党「外省派系」压迫，但他以基督教信仰勉强支撑。李登辉曾在中山楼文化堂以《圣经》教导所有高官及高级将领和国大代表，并且在1994年4月接受日本小说家司马辽太郎访问时，自比为《旧约圣经》中带犹太人逃离埃及高压统治的领袖人物——有着耶和华神祝福的领袖摩西。李登辉和蒋经国少年时期皆信奉佛教与民间信仰，青年时代曾接触过共