二世痊癒到监狱探望行弒他的刺客。二人私下谈话片刻。对话内容至今没有公开，但是教宗宣布他已经宽恕了阿加。谋杀的动机从来没有被发现，不过，有人在阿加的住处找到一张「我要杀死十字军首领」的字条。有人认为是苏联方面派来谋杀他的，目的是为了保持华约国家（特别是波兰，若望保禄二世正是波兰人）的稳定。其他人则认为可能是罗马教廷内部不满若望保禄二世担任教宗的人士策划。最后，由于未能发现任何证据，最后只好以阿加只是想吓吓教宗定案。阿加于2010年1月18日以52岁之龄被释放出狱，但随即送往医院作精神鑑定，评估能否服兵