源赖朝出任征夷大将军，建立武家政权鎌仓幕府后，镇守府将军被实质上废除，终鎌仓时代，镇守府将军只曾作为名誉职追赠给亡故的新田义重。鎌仓时代结束后，政权回归到后醍醐天皇，建武新政中规划重新恢复镇守府将军，并由年少的陆奥守北畠显家出任。同时，在北畠显家的父亲北畠亲房的奏请下，当镇守府将军由官等三位以上的公卿出任时，特以「镇守大将军」称之，置于和征夷大将军同等的地位。