菌的基因体，是由美国麻省理工学院和哈佛大学合设的布洛德研究所（Broad Institute）与孟山都合作定序完成，并于2005年12月发表。小巢状麴菌基因体大小总共约有3000万个硷基对，并且被预测在总共8个染色体上总共大约包括了9,500个用来编码蛋白质的基因。最近的研究从小巢状麴菌样本中成功分离出类似半胱天冬酶（caspase）的蛋白酶，这样的蛋白酶会在细胞凋亡时会发生作用。这些发现都在真核细胞中的线粒体演化完整性的测定上扮演了重要的角色，这个角色就像是古老的变形菌引起细胞死亡的能力。