到1572年，图帕克·阿马鲁兵败被俘，比尔卡班巴才得以进入了秘鲁总督区的管辖，随后被遗弃，位置被遗忘。由于战乱原因，大部分的建筑物都被焚毁，没有人知道它原来的景象，就连位置也模煳不清，给这个城市增添了几分神秘感。海勒姆·宾厄姆为了寻找比尔卡班巴，发现了马丘比丘，并把它误认为是比尔卡班巴。在流行文化中，比尔卡班巴（或具有比尔卡班巴特点的城市）曾出现在电脑游戏《》、古墓丽影系列中，以及惊悚小说《》、《大墓地》中，PlayStation 2游戏《影之心：来自新世界》中。在电视剧《西班牙征服者》的第二集里，也有