或植物)。这些微生物利用光合作用作为其能量来源，不需要利用糖或脂肪代谢作为其能量来源，因此其外来微生物污染(如细菌或真菌)的风险低于异营生物反应器。
污水处理(Sewage treatment).生物反应器也被设计用来处理污水和废水。以下举例三种污水处理法：为最有效的系统，能提供有流动性(free-flowing)且具有化学惰性(chemically inert)的培养基，让细菌分解未经处理的污水。这些处理过程通常会经过一连串独立、有顺序性的大型反应槽、机械分离器(mechan