顺堂移建为澄光楼，仁德堂移建为太和堂，庆宁殿移建为昭德堂。拆除弘政门南月廊修建了仁政殿东月廊。此外还拆除仁庆宫其他殿阁、门廊，修建了储承殿（世子东宫，英祖四十年烧毁后未重建）、玉华堂、静然堂、烧厨房、灯烛房、别监厅等建筑。1618年，朝鲜王朝正宫从庆运宫转移至昌德宫，之后约250年里，昌德宫取代景福宫，一直作为朝鲜王朝的正宫使用。在仁祖时期，同权臣金自点勾结的后宫赵贵人曾在昌德宫和昌庆宫中埋下幼儿骨头和从墓地挖来的树，诅咒作为王世子的孝宗和庄烈王后，以让自己的儿子乐善君和崇善君即位。因此孝宗即位后，对昌