显示蹄兔目有可能是奇蹄目的亲属，而非其他的近蹄类。故此，近蹄类之间有可能并不怎么接近。其后的基因技术及支序分类学发现，近蹄类是一个可信的分支，是最古老从有胎盘哺乳动物（真兽下纲）分化的一系。牠们与奇蹄目的关系却没有得到证实，虽然牠们的形态很像有蹄类，分子研究却显示牠们是属于非洲兽总目。其他非洲兽总目的成员有非洲猬目、象鼩目及管齿目。在近蹄类的五个目中，蹄兔目是最为基底的，而其他的则较为相关，并组成了特提斯兽类，因为相信牠们的共同祖先是生活于史前的特提斯洋岸边。