列方式有无数种，但是其中只有按照少数几种方式排列才能形成具有催化作用的酶——化学性质使然。这导致了具有相同结构的酶被各种生物重复地、独立地演化出来。
丝氨酸与半胱氨酸水解酶.丝氨酸与半胱氨酸水解酶运用不同的氨基酸官能团（醇羟基或硫醇巯基）作亲核基团。为活化亲核基团，这些酶中均含有指向该基团的酸性残基和碱性残基。这三个基团形成了催化三联体。化学、物理性质对酶催化活性的约束导致了不同的超家族中，具相同结构排列的三联体经历了超过20次的独立演化。相同空间结构的三联体集中于丝氨酸蛋白酶