编的边防军第1师（师长曲同丰）司令部担任上尉参谋，进入皖系运作。民国九年（1920年）考入陆军大学第六期就读。因直皖战争皖军战败，边防军也因此撤销解编，人员装备被吴佩孚所属部队吸收。秦德纯因其资历因此未被遣退，而是继续在直系部队服务，1921年担任孙传芳总部参谋。1922年底，完成陆军大学教育毕业。1923年（民国12年）毕业后，秦德纯被分配到驻扎河南省的陆军第二十四旅（旅长王为蔚）担任旅参谋长，该单位在1924年扩张为陆军第24师。同年第二次直奉战争直系败北，24师接受冯玉祥国民军第二军（军长岳维峻）