有5颗小牙齿，上颌骨每边有17颗牙齿。前上颌骨与上颌骨的牙齿间有个间隙，与下颌的较大牙齿咬合。下颌每边有至少11颗牙齿。裂头鳄的颅顶有数道稜嵴。科学家研究裂头鳄的颅骨后，推测牠们有良好的听力，可能会以叫声与同类沟通，类似现代鳄鱼。裂头鳄的背部中线有两道皮内成骨构成的鳞甲。