C、E支线上的13座车站共花费3200万美元。2003年，公园街站和干草市场站的升高站台完工。普天寿站站台也由开发商在同年完成升级。完全无障碍超级车站波士顿北站于2004年竣工开业。绿线的干线地铁站中，阿灵顿站的翻新改造于2009年竣工，肯莫尔站与科普利站的翻新工程于2010年竣工，科学公园站于2011年竣工。政府中心站在关闭施工两年后，于2016年重新开放。海因斯会议中心站和交响大厅站的翻新工程已在规划中，博伊尔斯顿站目前仍未有具体翻新计划。2021年开放的将增加6座新车站，赖希米尔站将重建成无障碍架