首架麦道MD-11货机飞往台北、新加坡、槟城、旧金山、纽约和洛杉矶；同一年年底货机机队扩大到5架，在此之前，长荣航空货物运输主要依靠客机的货舱运送。1990年代中期，扩展到中华民国国内航线。1995年收购马公航空。1996年3月8日，马公航空改名为立荣航空。1998年7月1日，收购大华航空和台湾航空，并与长荣现有的国内业务合併，立荣航空成为长荣航空旗下专责经营台湾国内航线的子公司，经营国内短程航班。
2000年代成熟期.2000年进行长途机队的第一次更新，引进4架波音777