到1940年达保罗去世后，太平洋战争爆发，医院大楼被列作敌产，被迫歇业，改成（伪）广东省政府卫生处。达保罗夫人也沦为俘虏，囚于日营。二战结束后，医院先被接收为广东省政府卫生处，后交由达保罗养女达瑶辉复业，但因经营不善，医院难复旧观。1952年达·保罗女儿将院产捐献给中华人民共和国政府，广州市人民政府接办为广州市立医院儿科部，1953年8月1日方便医院小儿科并入，称今名。门面也从观绿路改为丰甯路（今人民中路），遂成今貌。广州市儿童医院于1994年建立广州市儿科研究所。1997年被评为广东省高等院校第一