为了彻底解决长期困扰广深铁路的水患问题，铁路部门于1966年至1967年对线路进行了大幅改造，包括抬高路基、加宽路基、修建排水设施等，筑成全面防护体系。1967年至1969年，广深铁路全线进行大修，这次大修的目的是提高线路运输能力，包括更换钢轨、铺设钢筋混凝土轨枕，并铺设无缝路轨多段，共102.2公里。广深铁路是中国最早试验无缝路轨的铁路之一，早在1957年开始在吉山至下元区间焊接短距离无缝路轨，1960年建成使用，1964年试验完毕后拆除路轨进行整修。1974年4月10日，在原流花桥站改建的广州新客站