科场案爆发。孙珀龄为子孙兰茁请託，受到牵连，于次年流徙尚阳堡。直到康熙二年（1663年），朝廷下修工赎罪之令。其弟琰龄倾家荡产，方将其赎回。
家世.曾祖孙光辉，明嘉靖七年（1528年）进士，选翰林院庶吉士，官至南京户部主事；父孙之獬，天启二年（1622年）中进士，附魏忠贤党，官至翰林院侍讲。崇祯时因哭保《三朝要典》被削籍；明亡，剃发降清，官至礼部左侍郎。