学校被捕，判刑十年。1960年出狱后，因其优异的化学知识，曾到制药厂工作，最后升任厂长。娶了狱友冯锦辉的妹妹冯守娥，生了两个女儿，但理想和信念都没改变。期间一直在从事党外运动，与黄顺兴、康宁祥、郭雨新等往来密切。1976年7月3日晚，陈明忠把一笔钱交给陈映真，支持他筹办左派杂志《夏潮》。次日他便遭逮捕，被控接受中国共产党命令，在台阴谋判乱。狱中备受酷刑，坚不屈服。经海外保钓学生及其它特赦组织大力营救，终由死刑改判为十五年徒刑，1987年通过时任蒋经国秘书的马英九的帮助，保外就医。
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