争期间曾短暂命高岛鞆之助为台湾副总督，高岛也是为期五十年之台湾日治时期内的唯一副总督。1896年，陆海军两局合併为军务局。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。之后在1898年、1901年皆曾修订总督府官制，最后在1919年的最后一次修订中，民政部（原民政局）被废除，军事部份也改由台湾军司令官（直属日本首相、不隶于总督府）负责。于1940年代，日本当局为了推行大东亚共荣圈，计画将行政简化和内外地行政一元化，并于1942年11月将掌管日本属地（外地）的拓务省分割改制为大东亚省、内务省、外务省，而原监