意，想要将他们全部杀死，元树因为自己国家的关系，允许士兵都返回。普通六年（525年），元树接应元法僧回到南梁，升任使持节、督郢司霍三州诸军事、云麾将军、郢州刺史，增加封邑总共三千户。元树讨伐南蛮的贼寇，将他们平定，加散骑常侍、安西将军，又增加封邑五百户。建义元年四月庚子（528年5月17日），尔朱荣发动河阴之变，元树听说后，请求梁武帝讨伐尔朱荣，梁武帝于是资助给元树兵马。北魏郢州刺史元愿达献出郢州归顺南梁，梁武帝派遣郢州刺史元树前往迎接元愿达。中大通二年（530年），南梁朝廷征召元树担任侍中、镇右将军。中大