祸临头，于永元二年（500年）抛弃母亲逃到豫州寿阳，告诉裴叔业南齐朝廷必定要出其不意的袭击豫州，应该早日谋划。徐世檦等人劝萧宝卷派裴叔业的族人中书舍人裴长穆宣布旨意，准许裴叔业继续留任豫州刺史。永元三年十二月丙寅（501年12月31日），北徐州刺史王珍国联合卫尉张稷，率领士兵在内殿杀死萧宝卷，两人在皇宫大殿的西钟下与尚书仆射王亮等人汇合，商议后派遣国子博士范云和中书舍人裴长穆等人前往石头城拜见萧衍，将萧宝卷的首级送给萧衍。梁武帝接受禅让后，封宁朔将军、南濮阳郡太守、兼任中书通事舍人裴长穆为开国县伯，