志新教诸侯（尤其是萨克森）达成和解方面发挥了一些作用。斐迪南参与了1635年的布拉格和约谈判。1637年父皇去世后，斐迪南三世继承了神圣罗马帝国的皇位。由于整个德意志已经在战争中弄得民尽财穷，斐迪南三世急切希望能与最主要的参战国瑞典及其财政上的支持者法国实现和平，即使不得不在宗教问题上作出让步。但是他不遂所愿。战火继续蹂躏了德国11年，直到双方都筋疲力尽，在1648年终于签署了威斯特伐利亚和约。
家庭.1631年，斐迪南与西班牙国王费利佩四世的妹妹玛丽亚·安娜结婚，两人共有2子