后，溪流会流经圣胡安 - 卡皮斯特拉诺及达纳角之间的边界，并直接流进北端的一个淡水潟湖内。该潟湖由沙舌形成，并阻挡河水流进太平洋，但在流量高的时候河水亦会越过沙堤并溢出至卡皮斯特拉诺湾。
流域.圣胡安溪流域横跨橙县南部及一部分河滨县，共佔地347平方公里（133.9平方英里）。圣安娜山脉佔据了流域的北部、东部及南部大部分地区，而圣华金山则与流域的西南部接壤。除了圣胡安溪外，它的两个主要支流阿罗约特拉布科及贝尔崃谷溪都同样发源于圣安娜山脉。虽然流域内有超过一半的土地处于未经开发的状态