1890年至1890年斯科特在安菲翁号上担任中尉有关。根据亨特福德的说法，斯科特从1889年8月中旬到1890年3月26日，有8个月的时间“从海军档案中消失”。亨特福德暗示他曾与一名已婚美国妇女有过关系，他试图掩盖此事，并受到高级军官的保护。传记作家大卫·克兰将失踪时间缩短至11周，但无法进一步澄清具体原因。他拒绝接受斯科特受到高级官员的保护的说法，理由是斯科特不够重要或没有足够的人脉来做到这一点。可能仅仅是因为海军档案丢失了。1894年，斯科特在补给舰火神号上担任鱼雷军官时，得知自己的家人遭遇了金融灾