行进，穿越华南快速干线，转向东进入新滘东路。线路随后转向南进入科韵路，分别穿越广州环城高速、仑头海后进入官洲，穿越官洲河后进入广州大学城中轴线往南行进，下穿中心湖公园后最终抵达终点大学城南站。另外，规划亦预留在大学城北站分岔出一条支线，往西南方向前往广东科学中心一带。十二号线全长约37.6km，均为地下线；共设置25座车站，其中换乘站17座，平均站间距约1.5km，最大站间距2.34km，为广园新村至恆福路站区间，最小站间距0.82km, 为南航新村至新市墟站区间。本线将在槎头站西北偏北设置槎头车辆段，