中国科学院实验生物研究所植物生理研究室担任助理研究员一职。1953年，植物生理研究室改为研究所。1960年，施教耐升为副研究员。20世纪60年代初，施教耐开始了植物代谢和植物酶的研究工作。受到文化大革命影响，因基础理论的研究工作被迫暂停，施教耐开始进行纤维素酶应用的研究。文化大革命结束之后，于1982年升为研究员。1991年当选为中国科学院院士（学部委员）。
荣誉.施教耐曾因磷磷烯醇式丙酮酸羧化酶的研究获1987年中国科学院科技进步二等奖。次年，因纤维素酶应用研究工作荣获1988年