生命的最后几年时间里，约翰·查尔斯顽强地与癌症进行抗争。尽管如此，约翰·查尔斯还是常常出现在艾兰路为小伙子们打气。2004年1月，约翰·查尔斯在意大利参加一个特别的电视节目时因心脏病突发而住院。几次手术之后，约翰·查尔斯乘搭祖云达斯方面提供的飞机返回了英格兰。约翰查尔斯被安排送往医院。但是医生已经很难挽回约翰·查尔斯已经垂危的生命。2004年2月21日凌晨，约翰·查尔斯逝世。这个无论是人品还是球技都令人称道的伟大球员永远地离开了。在当天列斯联客场挑战曼联的比赛中，全场的67,000名观众集体为约翰·查尔