大陆籍学生之间的冲突，对此她认为有部分的台籍留学生行为过当，并出面斥责之。1966年，林清凉自东京大学获得物理博士学位，毕业后继续在日本从事博士后研究，并与朋友合作处理一位被烧死在开刀室的台籍脑外科专长留学生与东京大学医学院之间的问题。尔后，应时任中华民国教育部部长阎振兴的邀请，林清凉于1970年8月返台任教，并计划与许云基和黄振麟二位教授一同培养科技人才。在这段期间，林清凉曾在东京大学、马萨诸塞大学阿默斯特分校以及史丹福大学担任研究员及访问学者，并主要进行原子核结构、核反应与介子交换流功能等相关研究。