年文革开始，董健吾在参事室成为造反组织领袖，但是仍在一打三反运动中受到背靠背的揭发批判，方针是“对其罪行严肃批判，对其本人基本保护”，理由是“在历史上做过好事，也做过坏事，干过革命也干过反革命”。1970年7月，董健吾被诊断为胃癌，一度在东方红医院（今瑞金医院）住院，，但不久因斯诺访华时要求见面，又被送回东方红医院，12月12日，董健吾去世。