国东北的日本扶植的傀儡政权满洲国曾以「有碍日满亲善」、「有碍大东亚圣战」、「反满抗日」为由，禁止演唱《毕业歌》等数十首歌曲。汪精卫政权曾在1943年7月23日下令禁止演唱《毕业歌》等200多首抗日歌曲。
文化大革命时被改词.文化大革命期间，《毕业歌》的词作者田汉遭到批斗，被逼害致死。《人民日报》其后发表了重新填词的《毕业歌》，重新填写的歌词加入了跟随中国共产党、工农与学生一起抗日等内容。