定位为一个转乘车站，基本上本站不设独立大堂，只在2号月台划出面积细小的非付费区域，并设置一个客务中心，一系列票务设施如售票机、增值机、八达通查阅机以及数部出入闸机；而站内也不设有任何商店，只是在1号月台与3号月台间设有的自动柜员机，以及在月台的两端设置洗手间，以方便前往香港迪士尼乐园度假区的乘客使用。该站亦是前地铁系统首个设有闸内洗手间的车站。
月台.欣澳站是继宝琳站后，出入口、出入闸机和月台均设在同一层的车站。欣澳站亦是前地铁系统中，少数使用道碴道床（而非混凝土道床）的车站之