罗得岛移此，并获神圣罗马帝国皇帝查理五世的承认。该支骑士团后更名zh-tw:马尔他;zh-cn:马耳他骑士团。1565年的马尔他大围攻中，骑士团击败奥斯曼帝国军队，此战是马尔他史上最重大事件，成功阻止鄂图曼帝国向西欧扩张。1798年，拿破仑率法国军队逐出骑士团，马尔他骑士团于是成为总部位于罗马的特殊政治实体。1800年英国占领马耳他，1814年正式成为大英帝国殖民地。二战时期受义大利空军多次的轰炸和围攻，并曾拟定了作战计划入侵，代号大力士作战，但岛上居民顽强抵抗令义大利王国并未佔领马耳他。1