丰岛郡杂司谷村。1889年，东部编入小石川区（现在的文京区），其余地区编入巢鸭村，为小石川区杂司谷町与巢鸭村大字杂司谷。1898年，小石川区编入东京市。1932年，（1918年施行町制）编入东京市，为丰岛区杂司谷町1～7丁目。1966年实施，文京区侧编入音羽，丰岛区侧北半部编入南池袋，町域缩小，因此形成现在都电停车站与灵园不在杂司谷内的现象。
地名由来.此地地名由来众说纷纭，在古时有「蔵司ヶ谷」、「蔵主ヶ谷」、「僧司ヶ谷」等写法。