陷害，五月二十六日下狱，据说狱中受一名锦衣卫与一位隐士「燕大侠」（化名，指燕都大游侠）的救护、帮助，得以不死，五君子被害后，顾大章服毒自尽，毒发而不死，痛入脏腑，后自缢死，时谓“东林六君子”，泉州人感念之，在名宦祠中祭祀他的神位。钱谦益为其作墓志铭。南明弘光朝时，追谥裕愍。