化教育委员会副主任、中央人民政府教育部部长，后又任中央人民政府高等教育部部长。在教育部部长任上，他主导了院系调整。他是中国人民政治协商会议第一届、第二届、第三届全国委员会常务委员，第四届全国委员会副主席，第一届、第二届全国人民代表大会常务委员会委员，中国科学院哲学社会科学部学部委员。1950年，在中国民主促进会第一次全国代表大会上，马叙伦当选中国民主促进会中央委员会第一任主席。此后，在中国民主促进会第二次和第三次全国代表大会上，他继续连任主席。在中国民主同盟第一届中央委员会第七次全体会议上，马叙伦获增选