其设计为罗马公共会堂式，教堂平面呈十字架的形状，内为三个中殿，建筑结构与澳门板樟堂前地的圣母玫瑰堂相似。教堂前壁的右面还建有一座钟楼，里面装置了一个由法国国王路易十四赠送的巨钟，每时每刻均会自动鸣响，其钟声可响遍全城。曾经在越南传教的法国天主教传教士亚历山德罗如此评价：
发展与没落.圣保禄学院在1594年创立，1762年关闭，期间培养了一批深远地对中国的文化教育的发展，以及对整个远东作出重要影响的历史文化名人，当中被中国《辞海》载录的圣保禄学院师生就有汤若望、毕方济、艾儒略等十多人