置2条路轨。站体位于堤上，剪票口位于本线下。站内设有认可保育园「京急KIDS LAND井土谷站」。付费区内有两条通道，其中弘明寺侧的通道有电扶梯通往月台。
进站音乐.2015年3月18日起，本站选择与井土谷有渊源的音乐团体决明子的乐曲 《樱花》作为进站音乐。1号线使用副歌后半部，2号线使用副歌前半部。
使用情况.2016年度1日平均上下车人次为28,579人，京急线全部72个车站当中排行第21位。近年1日平均上下车人次与上车人次的推移如下表。Se