学正式宣布与美国圣公会脱离关系。1952年在全国高校院系调整中，当时中共政府的教育政策是模仿苏联，大量削减综合性大学，改办专门学院，原有教会学校多数被拆分，圣约翰大学硬体设施也被拆散并入上海多所高校，按照并入院系数量排序，依次是华东师范大学、复旦大学、同济大学、上海财政经济学院、华东政法学院、上海第二医学院。其中文、理学院主要并入华东师范大学和复旦大学，圣约翰医学院与震旦大学医学院、同德医学院合并成立上海第二医学院（后改名为上海第二医科大学，2005年改为上海交通大学医学院）。上海圣约翰大学的人员则奔赴