改为区，每区设「区署」作为县政府之辅助机关，而其名称则大体沿用台湾原有郡或支厅的。澎湖地区方面，战后初设马公区署，接收原日治时期之衙署厅舍（地号：马公865号），并办理马公一带之行政工作，惟为时甚短。
人口.在澎湖厅整体人口中，福建系汉人所佔的比例非常高，其中马公支厅有92%，乃是非常高的比例。1942年，马公支厅的常住人口共有57,963人，人口密度为546人/平方公里，其中马公街的常住人口最多和人口密度最高，常住人口有28,751人，人口密度为846人/平方公里，而常住人口