薛怀吉的父亲薛真度出任扬州刺史，因为年老，朝廷听任薛怀吉以原本的官职跟随薛真度前往扬州，薛怀吉后来出任镇远将军，试任恒农郡太守。梁武帝萧衍派兵入侵北魏的徐州和兖州，安东将军邢峦前往讨伐，皇帝诏令薛怀吉以原官出任邢峦的军司。永平初年，北魏分梁州晋寿郡为益州，薛怀吉出任征虏将军、益州刺史。当时元愉还没被平定，中山王元英担任征东将军前往讨伐，皇帝诏令薛怀吉为元英军司，军队还没出发元愉就被平定。梁武帝派遣将领攻陷郢州的三关，皇帝诏令元英南征，薛怀吉仍为军司。因为义阳危急，元英命令薛怀吉乘驿马先赴义阳。当时豫州城