华北农村建设协进会仍迁至贵阳并更名为中国农村建设协进会，由方显廷主持业务并邀请南开经济研究所的成员前往工作。1939年，由于贵阳遭到日军空袭，中国农村建设协进会的工作无法继续，何廉、方显廷商定将南开经济研究所迁往重庆。1939年后，在重庆市沙坪坝重庆南开中学图书馆内南开经济研究所重新开始研究工作并恢复招收研究生，是南开大学各院系所中唯一迁至重庆的机构，仅在昆明设有南开经济研究所昆明办事处。1944至1945年，方显廷主持编制《（战后）第一期经济建设原则》和《第一期国家经济建设总方案物资建设五年计划草案（