之后郑南榕更以杂志社为基地，多次发起要求民主化改革的活动，逐渐成为党外运动的重要人物。而在解除戒严后，郑南榕仍反对当时中国国民党（简称国民党）一党独大政府对于自由思想诉求的压制，并且多次公开表示支持台湾独立运动。1988年，郑南榕更进一步在杂志上刊登了许世楷的《台湾共和国宪法草案》。1989年，郑南榕被控涉嫌叛乱遭法院传唤，但他拒绝被警方拘捕。郑南榕认为台湾独立的主张也是《中华民国宪法》保障人民言论自由的一部分，并表示「国民党不能逮捕到我，只能够抓到我的尸体。」随后将自己关在《自由时代周刊》杂志社内，并