出古巨蜥在巨蜥属内的系统发生学位置。其中一个指牠们的头颅骨顶形态与眼斑巨蜥相似，认为与之相近。 另一项较近期的研究则指牠们与科莫多龙的脑颅结构相似，故与之应为姊妹分类，而树巨蜥则为其最近亲。
体型.古巨蜥没有留下完整或接近完整的骨骼，故很难确定其大小。 早期估计牠们最大约有7米长，及重600-620公斤。 于2002年，斯蒂芬·罗（Stephen Wroe）就认为古巨蜥最多只有4.5米长及重331公斤，而平均则长3.5米及重97-158公斤。 他认为早期的计算是基于错误的方法及夸大