变整个局面。将军不但多次下令讨伐邻近的细川氏、六角氏等守护大名，还屡屡颁布征讨令，令诸国大名对抗那些对京都当局造成威胁的势力。然而，将军的权威已经大不如前，将军的诏令除了作为大名夺权的工具外，几乎无人愿意服从。到了明应2年（1493年），第十代将军足利义材（即后来的足利义稙，他在1508年再任第十二代将军）亲自讨伐细川氏，后者反而策动京都当局，罢免了义材将军的职位。是为明应之变。自此以后，室町幕府的威信完全丧失，幕府将军沦为大名上洛后用以操控政局的傀儡罢了。除了近畿动盪不安外，关东的局势也不甚安稳。