成为北洋水师教官，帮助训练海军军官和参与海军建设；1894年甲午战争爆发，同年9月他作为镇远舰帮办参与了黄海海战并因此负伤。甲午战争结束后，1895年他返回美国，但战争中造成的病痛一直困扰着他，又加上美国舆论对北洋海军多所轻视，1897年2月11日，他在纽约的医院自杀。马吉芬终身未婚。
早年.马吉芬出生于宾夕法尼亚州的华盛顿一个军人家庭，他的父亲诺顿·马吉芬曾是美国内战时期的一名上校。马吉芬曾就读，1877年转入安纳波利斯的美国海军学院，1884年毕业，但当时美国海军没有足够的军官