下卷《中国底层访谈录》之后，中宣部发布禁令；该书作者廖亦武向美国之音指，《南方周末》整版刊登了作者关于此书的谈话，报纸的主编、副主编和编室主任等统统被撤职，出版社也遭受巨大经济损失。
2002年.2002年《南方周末》头版揭露希望工程负责人挪用亿元善款进行投资，最终导致亏损。结果这份报纸几十万份被收回销毁，仅存几千在人间。写这篇文章的新闻人方进玉遭到处理，提供线索的杨女士在2006年患癌症去世，而此事件的审计报告一直没有对外公开。
2005年《南方周末》集体