被擢升至副都统官衔。嘉庆十年，他被授任广州潮州镇总兵。嘉庆十一年（1806年），武隆阿因潮州任内失职遭判谪戍伊犁。后来，他因海盗蔡牵（1761 - 1809）等人骚扰台湾而被调到当地，协同王得禄等人击退盗匪，因有功而被封为头等侍卫，并随后被派任汀州镇总兵（但未赴任）；又被派任台湾总兵并随后上任（嘉庆十二年，1807年）。在台湾总兵任内，他清除了蔡牵的残余势力，逮捕了帮派分子张送，并办理了裁减防汛。嘉庆二十五年（1820年），他因母亲过世返回家乡。道光元年（1821年），他因针对八旗生计问题提出建