生平.孔严最初在州郡任职，也当过司徒掾、尚书殿中郎。殷浩出任扬州刺史，以孔严为别驾，后孔严转尚书左丞。当时朝廷以殷浩抗衡荆州刺史桓温，这令桓温有所不快，而殷浩亦图立功于塞外，于是引接北方流人。孔严就对殷浩表示「深思廉蔺屈申之道，平勃相和之义」，提议朝廷应该改善授任官员之法，明内外之任，各有职责，意即停止桓温与朝廷之争；另又指那些新降流人是「人面兽心，贪以无亲，难以义感」。殷浩虽然接纳，但最终北伐失败，亦为桓温趁机所废。升平五年（361年），晋穆帝死，因其无子，以晋成帝长子晋哀帝