多次干涉香港市民自治的权利，并且严重干预司法系统以及言论自由。中华民国前总统李登辉和陈水扁曾批评一国两制使香港民主倒退、基本人权受侵犯、产业空洞化加速以及失业率大幅提高，并且认为香港政经困境的真正症结点在于香港丧失自主性与主体性。《苹果日报》、《大纪元时报》等的评论认为，香港名义上虽然拥有自己的法律以及言论和表达自由，但是仍然出现打压异见人士和逐步压缩言论自由的举动，这包括香港特别行政区政府没收六四民主浮雕、拒绝中华人民共和国民主运动人士入境等。其中一些批评认为香港特别行政区政府仍然会暗中听从在北京市的