段祺瑞调冯率第十六混成旅南下攻打孙中山、陆荣廷的护法军。1918年2月14日，冯在武穴通电发表主和，主张恢复国会，投向直系曹锟，被免职留任。1918年3月下旬，冯率部驻常德期间，受为其看病的医生影响，经常前往教堂听牧师布道，开始笃信基督教，在军中设置教会，请随军牧师向全体官兵布道、探题，并为100多名官兵施行洗礼。期间，他目睹当地人以悬挂日本国旗的方式躲避土匪，停于沅江和洞庭湖的日本军舰声称能够保境安民，十分气愤，一边打击土匪一边取缔日本国旗。在一次日本海军士兵与中国士兵冲突后，冯玉祥和日本舰长发生冲突