爪哇和婆罗洲出现一些印度文化影响的王国，相续兴起和衰亡。14至15世纪，伊斯兰教从西亚和印度半岛传入，马来亚的马六甲既是本地区转口贸易中心，也是伊斯兰的传播中心。16世纪，欧洲人开始殖民统治，1511年葡萄牙人佔领马六甲，然后被荷兰人驱逐。虽然英国人企图介入东印度群岛纷争，但终于落入荷兰人控制，葡萄牙人最后只剩下帝汶岛。太平洋战争初期，日本人击败欧洲殖民者，控制马来群岛大部分地区，这个时期激发了民族主义的成长，战后英国及荷兰曾经尝试继续维持殖民统治，但该区的民族都争取独立，诞生新的国家──印度尼西亚