马尼拉协定（）在经过马来亚联合邦、菲律宾共和国和印度尼西亚共和国于1963年6月11日在马尼拉共同签署。在此之前三国于马尼拉一起举行了由1963年6月7日至10日长达3日的会议。该会议由菲律宾总统迪奥斯达多·马卡帕加尔倡导举行，目的是按照联合国大会1541(XV)号决议附件的原则九，针对英国殖民地北婆罗洲和砂拉越人民的意愿，确保举行一个自由而没有强迫性质的公投。