5月底，台湾军民起而反抗日军接管，爆发乙未战争，至11月中旬始宣告平定。但战事并未波及地处内陆深处的鱼池地区。日治初期行政区划改频繁，但传统的堡里、街庄体制依然维持。五城堡先后隶属于台湾县埔里社厅、台湾民政支部埔里社出张所、台中县埔里支厅、南投厅埔里支厅管辖。依据1904年（明治37年）出版的《台湾堡图》，五城堡下辖鱼池（qabizay）、司马按、大林、长藔、木屐囒、加道坑、鹿蒿、新城、山楂脚、莲华池、茅埔（waqraz）、猫囒（fukaz）、水社（kankwan）、头社（shtafari）、铳