务遭新发田军追击，安田能元奋战后一足负伤，从此残废，被时人称为「跛上总」。
秀吉时代.天正14年（1586年），上杉氏臣从丰臣氏。能元由于内政手腕优异，受景胜之命于领国留守，执行一般政务。文录元年（1592年）爆发文录之役，与藤田信吉共同于越后春日山城担任留守居役。此时能元的知行高为2474石。后来上杉家被秀吉命令移封到会津时，先后担任二本松城代、浅香城代发挥内政才干，处理城郭兴建、道桥普请、浪人召用、武具整备等工作表现出色，与大石纲元、岩井信能合称会津三奉行，并与前田庆次交好