单一的祖先演化而来。1990 年代以前，最广泛接受的鲸类近亲是已灭绝的中爪兽目。中爪兽目是有蹄的及主要是肉食性的哺乳动物。但现今很少学者认同这个说法，一般只认同中爪兽目是鲸偶蹄类的近亲，而非鲸类的祖先。
相关研究.鲸类是从偶蹄目演化的理论是基于DNA序列的分析结果。在最初的分子分析中，显示鲸类较猪更接近反刍亚目（如牛及鹿）。为了在目名反映这种演化关系，故出现了鲸偶蹄类。后期的分子分析提供了更完整的线索。河马被认为是鲸类的近亲，反刍亚目与鲸/河马的分支有关，而猪则被分类在更远的位