失后，更使得洲仔尾失去港口机能，地位逐渐被盐行取代。同治元年（1862年）地震后，洲仔尾天后宫遭到毁弃，庙中神像移置盐行禹帝宫，庙地（一甲九分）也託禹帝宫管理。光绪六年（1880年）妈祖圣诞时，信众曾举办盛大祭典并到鹿耳门遥向湄洲谒祖。日治末期的皇民化运动中，洲仔尾天后宫大妈神像被日本人搬到二王庙与其他神像一起「被昇天」（火化）。而二妈神像则被信徒藏起来，辗转送到白河关仔岭的火山碧云寺寄奉。二次大战后，二妈神像被迎回永康，由洲仔尾、盐行、大竹林、三崁店四个聚落轮流奉祀。民国卅七年（1948年）四个聚