《柏林条约》在往后的数十年构成很多问题。西欧列强尝试力挽衰弱的奥斯曼帝国于既倒，却因此引起巴尔干半岛的种种纷争——仍然有大量基督教人口由回教的奥斯曼帝国统治。巴尔干人民继续争取自由，于是造成战争与国际危机。条约其中一大败笔，就是未能确立希腊与奥斯曼帝国的边界。当时而言，这是不可能的事，故此双方在会后才开始谈判，并在1881年定下了初步、不全面的协议。但她们在随后十数年继续陷入纷争。