十五年（1607年），回到扎什伦布寺向住持罗桑曲结坚赞学经，后来返回色拉寺、哲蚌寺。万历四十二年（1614年），第四世班禅额尔德尼在哲蚌寺为云丹嘉措授比丘戒。云丹嘉措就任哲蚌寺、色拉寺堪布。他派顿月曲青嘉措到青海建立佑宁寺。万历四十四年（1616年）十二月十五，在哲蚌寺圆寂,也使得蒙古的军队驻扎到了前藏地区,让格鲁派暂时免于受到其他包含萨迦派与葛玛葛举派(红帽派)的排挤,使得格鲁派能够有一个传教的空间