37年七七事变爆发后，他到上海，更名“邹华孙”，专心着述。其间，他虽然生活穷困，但仍拒绝了陈公博以其学生的名义派人所送的钱粮，并拒绝了陈公博提出的出山任职的请求。1945年抗日战争胜利后，马叙伦投身爱国民主运动。1945年12月30日，他和王绍鏊、许广平、周建人、赵朴初等人在上海发起成立中国民主促进会，他当选常务理事。1946年5月5日，在中国共产党地下组织的支持下，中国民主促进会和上海53家人民团体组成了上海人民团体联合会，他任该联合会的常务理事。1946年6月23日，他参加上海人民和平请愿团，到南京