7年（民国16年）5月北伐之际，国民联军总司令部改组为国民革命军第二集团军总司令部，何其巩仍任秘书长。1927年6月，改任豫南行政长官兼民团军军长。其后，历任国民革命军第二集团军总司令部内防处处长、中国国民党河南省党部整理委员、国民政府顾问、中央政治会议开封分会委员等职务。1928年（民国17年）6月，何其巩出任国民政府统治下的首任北平特别市市长。1929年5月8日后，他称病不再上班。1929年，改任首都建设委员会委员。
中年经历.1931年8月，他回到家乡安徽省任职，历任安徽省政