朝时海珠石仍居江中，后因泥沙冲积，与珠江北岸陆地相连，为历代的游览胜地。宋代时石上建有慈度寺，称“海珠晴澜”（以海珠石一带的珠江河段），为宋代羊城八景之一。清朝同治时曾在此建炮台。1905年，广州市始设水警。清政府在珠江水上设水巡总局，直属于广东水师提督衙门。中华民国成立后的1912年，隶属广东省城警察厅的水巡总局改称警察第十二区署及第一、二、三、四、五分署。警察第十二区署也设于海珠岛。1916年，发生海珠事变。民国六年（1917年）十月，以孙中山为大元帅的中华民国军政府海军舰队，在海珠岛设立海军办事处