和国建国后，中国基督新教部分人士在中央人民政府政务院总理周恩来的引导下提出了“自治、自传、自养”的三自方针。1954年在北京召开第一届中国基督教全国会议，正式成立中国基督教三自爱国运动委员会，后又成立中国基督教协会，合称“基督教全国两会”，新教方面的三自爱国教会是目前中国内地最大的基督教组织。在中国，基督教一般只指新教，不包括东正教和天主教。
伊斯兰教.伊斯兰教于唐宋时期（公元7世纪中叶）传入中国。中国官方承认的55个少数民族中有回、维吾尔、哈萨克、柯尔克孜、塔塔尔、乌孜别克、东乡