刘敬宣于芍陂击败桓歆，令其渡淮河北逃。义熙二年（406年），诸葛长民因其功而封新淦县公，以本官督淮北诸军事，驻镇山阳。
参衞国安.义熙五年（409年），南燕皇帝慕容超派兵南侵，诸葛长民派其部下在下邳击退南燕军，因功进使持节、督青扬二州诸军事、青州刺史，领晋陵太守，驻镇丹徒。义熙六年（410年），卢循乘刘裕北伐南燕而作乱，江州刺史何无忌在与卢循部将徐道覆的作战中战死。江州失陷震惊全国，卢循等更转攻建康，诸葛长民入衞建康。刘裕刚从南燕率军返回，刘毅于峥嵘洲败于卢循，进一步逼近建康，