以配合一些快速的模拟方式（例如吉布斯抽样或是其他Metropolis–Hastings演算法）。因为上述理由，贝叶斯推断在系统发生学研究社群中来越受到重视，许多的应用可以用同时估测许多人口和进化参数。
历史.「贝叶斯」是指托马斯·贝叶斯（1702–1761），他证明了一个特例（现在知道是贝叶斯定理的特例），不过皮埃尔-西蒙·拉普拉斯（1749–1827）推导了此定理的一般版本，应用在天体力学、医疗统计学、及法学上。早期的贝叶斯推断是用拉普拉斯所得的均匀先验，称为（因为是由观测值倒推