红十二师扩编为红九军后任红九军政治部主任。王新亭参加了反“三路围攻”作战、反“六路围攻”作战。1935年5月，王新亭参加长征，6月任红四方面军红军大学政治部主任。1936年，王新亭任红四方面军总政治部组织部部长，同年9月调任红三十一军政冶部主任，随军到达陕北。
抗日战争时期.抗日战争开始后，任八路军一二九师政治部组织部部长，率八路军工作团和七七二团的三个连在山西长治一带扩军。1938年1月，被任命为三八六旅政委，与旅长陈赓合作。1938年2月22日，三八六旅设伏于长生口附近，毙日军1