下属的横田基地）进行该型机机组的模拟着舰训练。1944年7月，陆军在改装工作接近完成的“秋津丸”上开展机组实舰起降训练。
改装后.1944年6月，“秋津丸”所搭载的陆军“独立飞行第1中队”（日军代号：1Fcs）成立，该部队全部由军官组成。7月30日，1Fcs全体成员与其装备的8架三式联络机登上“秋津丸”，随船在小樽出航，在途中完成了深弹空投试验。在8月-11月本舰的护航运输行动中，该部队一直在执行反潜警戒任务。在“秋津丸”沉没前最后一次出航前，该部队被转移到了日本本土，并未随船出航