一期工程于2007年7月获得国家发改委批准。原方案不设赤湾站（原名蛇口西站），而以蛇口港站（原名蛇口客运港站）为起点，至世界之窗，全长13.4公里，设站11座，全部为地下线。采用A型车、6辆编组，设蛇口西车辆段1处，远期增设停车场1个（后海停车场，深圳湾口岸港方口岸区以西，科苑大道东侧）。控制中心设在一期工程中预留的竹子林控制中心内。一期工程在世界之窗与地铁1号线呈“十”字形换乘，在蛇口客运港站或蛇口西站与地铁5号线预留通道换乘条件。当时计划于2010年10月1日建成通车。但由于在蛇口港站连接蛇口西车