谱从逻辑上说是基因测序的下一个步骤：基因序列包含细胞可能存在的功能的信息，而基因表达谱则包含细胞实际上正在完成的工作的信息。
和蛋白组学的比较.人类基因组包含了19000个蛋白编码基因，它们协同工作，产生了1000000不同的蛋白质。这是由于通过可变剪接，转录后修饰机制以及翻译后修饰机制，细胞可以利用一个基因模板制造出多个不同的蛋白质序列。通常情况下，一次质谱分析实验可以识别大约2000-10000个蛋白质分子。一个细胞能产生的精确的蛋白质种类数量比知道每个基因能能产生多少mRNA