官担任支部长。在1898年3月改为三县三厅后，支部亦随之更动。明治35年（1902年）4月1日，「日本赤十字社台湾支部」正式成立，由后藤新平担任台湾支部长，各地方厅长任委员长。
台湾支部厅舍.日本赤十字社台湾支部厅舍位于台北市东门町1番地，由于日本赤十字社的名誉会长是由皇后担任，此建筑西侧隔着台北府城东门与台湾总督府厅舍相对之轴线配置亦具有统治上的特殊意涵。此台湾支部建筑由小野木孝治设计，在二战期间作为海军俱乐部之「日本海军水交社」。二战后，此建筑由台湾省行政长官公署接收，在该