6月4日，因任弼时病重，中共中央书记处决定，陈云参加中共中央书记处工作，并与毛泽东、刘少奇、朱德、周恩来组成中共七届三中全会主席团。同年10月，任弼时逝世后，陈云正式担任中共中央书记处书记。1950年11月15日至27日，陈云主持第二次全国财政会议，因朝鲜战争爆发，财经工作重心从稳定市场调整为国防，并提高农业经济的主导地位。1951年5月，陈云参加主持西藏和平谈判，之后着手进行西北油田、淮河治理。1952年8月至9月，随同周恩来等出访苏联，就苏联援助中国建设工程、生产橡胶、中蒙铁路、旅顺口海军基地等问题