轴心国统治期间，成千上万的希腊人死于战斗、集中营或是饥饿。尽管有希腊正教会和许多希腊基督徒的搭救，大部分的犹太社区还是为侵略者所肃清，同时经济也陷入停滞。1941年至1942年德国、义大利和保加利亚统治期间希腊爆发大饥荒、加之国内的纳粹大屠杀以及德佔塞萨洛尼基的传统犹太人社区被毁的境遇下，希腊人的反抗组织开始形成，如右派的国民民主连盟(EDES)、国民社会解放运动(EKKA) 、左派的民族解放战线(EAM)等，希腊各地的抵抗运动开始，1943年义大利投降，义大利佔领区被德国进驻。1944年英军抵达希腊，同时