其拉拢，反而正色警戒魏忠贤说「主上沖龄，我辈内外臣子宜各努力为善。」终于得罪魏忠贤，他诋毁赵南星贪赃一万五千两，赵南星素清贫，幸好亲朋故友的捐助凑齐后，才倖幸获释，但仍被谪戍代州，四年后病卒。崇祯初，追赠为太子太保，追谥为忠毅。世以赵南星、邹元标、顾宪成称“东林三君”。
着作.着作有《芳茹园乐府》、《赵忠毅公集》、《味檗斋文集》、《史韵》、《学庸正说》等。赵南星能写散曲，又深知明朝官场黑暗，《慰张巩昌罢官》、《寿家君六十五》、《寄魏懋权时时乃兄以言得罪》等曲中表达对国事的忧