行。大部分类型的可执行文件已经被支持：进一步的，由于HX DOS 扩展器的使用，许多Win32终端程序也能在FreeDOS上运行。
Windows 1.0至3.xx.FreeDOS能够兼容1.0和2.0版本的Microsoft Windows。然而，已支持i386处理器的3.x版本的Windows，却不能在 "386增强模式"中运行。其中，Windows 3.0 可以在实模式或者标准模式中运行，而其他的Windows 3.x版本只能在标准模式中运行。 因为Windows for