因为珠蚌已在前代採尽。明朝洪武七年，曾因为採珠五个月仅得半斤，官方认为产珠已尽，决定放弃，并迁往合浦。此外，宋明期间，大埔碗窰亦成为陶瓷工业的中心。到了清朝初期，大埔开始有大规模的发展。1672年，邓氏族人建立大步墟（即今大埔旧墟）；1892年，以泰亨文氏为首的大埔七约创建太和市（即今大埔墟），其后一度成为新界东第一大墟市。大埔亦成为区内水上交通枢纽，有客船来往多个地点，甚至远至潮州及汕头。1898年，清政府根据《展拓香港界址专条》，把新界地区租借给英国99年。1899年，英国在大埔举行接管新界升旗