终年常有大风和大雾，冬季严寒而夏季也不炎热（夏季最热时气温仅属于和暖，即19-23°C），是香港少数没有真正的夏季地方，也算是香港盛夏时的避暑胜地之一；春季则清凉至寒冷但相当潮湿，而秋季则清凉且干燥，亦因其气候与大帽山同样独特，严冬时也有机会出现结霜及降雪等冬季特殊天气现象，甚至比大帽山和昂坪还要寒冷得多（因远离市区和终年常刮大风）。因为凤凰山山顶没有设置任何气象站，往往只能以香港天文台昂坪气象站作为其气温参考而已。按邻近的昂坪较赤鱲角气象站气温低5℃来推算，估计凤凰山的气温较昂坪低2℃左右。凤凰山气温