台湾为东南重镇，命刘永福率兵至台防守。八月，唐景崧与到达的刘永福商议军事。九月，台湾巡抚邵友濂辞职，唐景崧署任台湾巡抚。一说邵友濂设法请调湖南巡抚；直到1895年5月7日才正式批准，这期间唐景崧暂代职务。上任伊始，即整饬军政，命刘永福镇守台南，栋军统领林朝栋镇守台中。然而，光绪二十一年春，日军攻破澎湖，守将周振邦潜逃。清军节节败退，命李鸿章赴日议和。三月二十三日（1895年4月17日），李鸿章与日本首相伊藤博文签订《马关条约》，割让台湾。民众激愤，上书景崧：“万民誓不服倭，割亦死，拒亦死，宁先死于乱民之