了本丸御殿、黑木书院和厨房，护城河和土垒亦加以整顿，并且在二之丸兴建家臣居住的。其后在庆长8年（1603年），由于最上川的河口位置酒田凑出现一只大龟，作为吉兆便将位于酒田的东禅寺城改名为龟冈城的同时，将大宝寺城更名为鹤冈城。元和8年（1622年），最上氏被，鹤冈城改由信浓松代的入主，领受庄内14万石。自此酒井氏便以鹤冈城作为本城，直至废藩置县为止。宝永5年（1708年），第6代藩主在二之丸的东北方兴建了稻荷神社，此后历代藩主均对神社祟敬有加，而且每年一度的祭日时会开放让城下町的住民入城见参拜，就算鹤冈城