裁撤书院，他认为书院威胁他的独裁。大院君严厉镇压外国人与外国宗教势力，同治五年（1866年）正月，下令在全国境内取缔天主教，逮捕12万人，包括12名法国传教士。处决上万名天主教徒及家属，包括9名法国传教士，史称“丙寅邪狱”（现称“丙寅迫害”）。导致丙寅洋扰。外交方面，大院君厉行闭关锁国政策，面对舍门将军号事件、丙寅洋扰、辛未洋扰，一律采取强硬政策，在全国竖立他手书的“斥和碑”，上书：“洋夷侵犯，非战则和，主和卖国，戒我万年子孙”。
与闵妃（明成皇后）的恩怨.大院君于内政方面整肃