乐町线（地下3楼）上方通过。这是由于当初是大江户线先规划月岛站所造成。两站区的剪票口则都在地下一楼。两个站区只有非付费区相连，故换乘时需要出站，但毋须途经地面，并与其他转乘站一样享有转乘优惠。
东京地下铁.东京地下铁站区是岛式月台1面2线地下车站。位于初见桥交差点地下。月台位于地下3楼，剪票口及大厅在地下1楼。月台设有月台门。丰洲侧方向是两条单线潜盾隧道，而往新富町方向是一条双线复线潜盾隧道，因此该侧月台较为狭窄｡2000年代，本站新设电梯与专用剪票口。该剪票口没有