1902年12月22日，荷属新几内亚宗座监牧在安汶成立，1961年1月3日变为现在的天主教安汶教区。安汶岛是荷兰一个重要的海军基地，1942年被日军占领，1945年印度尼西亚共和国宣布独立，日本陆军武装解除。马鲁古省在二十世纪五十年代曾是南马鲁古共和国割据政权的所在地，大多数人忠于当地南马鲁古共和国的独立运动。1950年印尼政府出兵马鲁古，几个月后重新占领安汶。许多重要的建筑在内战期间遭到严重损毁，例如南马鲁古共和国的主要基地维多利亚堡。1999到2002年间，马鲁古省爆发四年的冲突导致70万