，陆军第十七镇统制朱庆澜任副都督，尹昌衡任军政部长。同年12月8日，川军士兵因不满军饷欠发而发动成都兵变。蒲殿俊和朱庆澜因无法收拾局面而逃走。尹昌衡率领纠集起来的部队镇压了暴动。因为镇压暴动的功绩，尹昌衡被成都各界拥戴为都督。同时期，清朝的四川总督赵尔丰企图趁机策划兵变等活动。12月22日，尹昌衡骗取了赵的兵权并逮捕了他，将其公开斩首。他果断的举措赢得了四川各界的支持，为四川的社会稳定做出了贡献。1912年（民国元年）1月，尹昌衡开始同1911年11月在重庆成立的蜀军政府（都督张培爵）交涉合并事宜。