861年5月14日，麦克道尔在正规军晋升为陆军准将并被任命为东北弗吉尼亚军团指挥官，虽然他之前从未担任过战斗部队指挥官。此次晋升部分是借助了麦克道尔的导师美国财政部长萨蒙·P·蔡斯的影响。虽然部队缺乏经验和准备，但迫于华盛顿方面的压力，麦克道尔依然对北弗吉尼亚的联盟国军队发起了攻击。麦克道尔在第一次布尔河战役中运用的战术极富想像力但过于复杂，缺乏经验的部队无法将其有效的施行，最终导致战事失利。战后，乔治·B·麦克莱伦取代了麦克道尔的职位，东北弗吉尼亚军团也更名为波托马克军团。麦克道尔在新军团担任一个师的