因有立功于该年七月加副将衔，赏戴花翎。嘉庆十二年（1807年）七月，邱良功追击朱濆于沪尾，后与南澳总兵王得禄一同追到苏澳，摧毁其根据地，同年十二月负责缉捕蔡牵的浙江提督李长庚阵亡，其任务由邱良功与王得禄接手。嘉庆十三年（1808年）正月，授台湾水师协副将，同年六月迁浙江定海镇总兵，后因歼灭蔡牵同伙骆亚卢，且该年十二月浙江水师提督何定江病故，巡抚阮元遂保荐邱良功补授，于隔年正月十六日（1809年3月1日）任浙江水师提督。上任提督之后，邱良功积极对付蔡牵势力，于浙江沿海建立军情系统，于嘉庆十四年（1809年