丞朱褒造反，不久被平定，马忠对南人抚养、教育，甚有威望、恩惠（详见诸葛亮南征）。230年，被召为丞相参军，副长史蒋琬署留府事。又领有州治中从事。明年，诸葛亮北伐，出兵祁山，马忠受诸葛亮所託，治理南人的事务。
扰而能毅.后督牙门将张嶷等讨伐汶山羌人叛乱。233年，南夷豪帅刘胄造反，骚扰多郡。朝廷征庲降都督张翼归还，以马忠代平乱事，遂大败、斩杀刘胄，平定南土。加为监军奋威将军，封博阳亭侯。最初，庲降都督驻地在牂柯郡平夷县，益州耆帅雍闿杀建宁太守正昂及缚张裔到吴，后叛乱虽平定，但南中