贤无意处死曹学佺。在长子曹孟嘉的奔走营救下，曹学佺于天启七年（1627年）获释返闽。次年，朝廷又起用他为广西副使，曹学佺推辞任命，不去就职。
殉国.在家休养期间，曹学佺精心经营石仓园，藏书万余卷，并邀请许多文人来讨论文学，还针对海盗、水利、修桥等问题给予明朝政府很多建议，不少都得到采纳。崇祯十七年（1644年），明思宗在北京自杀，清兵入关，他投水自尽，但被家人救起。次年，唐王朱聿键定都福州，建立南明隆武政权，曹学佺被再度起用，封为太常寺卿，进礼部尚书，加封加太子太保，与大学士黄道周