、台湾缨口鳅、明潭吻虾虎鱼、短吻红斑虾虎鱼为已纪录到的台湾特有种。在雪见地区，北坑溪在台湾属高山溪流，许多鱼都无法适应这低温的溪流环境，故鱼类种类较少。经调查北坑溪鱼类计有短吻红斑吻虾虎、台湾铲颔鱼等两种淡水鱼类，及拉氏清溪蟹等淡水蟹一种。北坑溪与大安溪汇流口调查到台湾铲颔鱼、台湾间爬岩鳅、台湾石宾等三种淡水鱼类。大安溪梅园段调查到台湾间爬岩鳅、台湾石宾、粗首鱲等三种淡水鱼类。
昆虫类.武陵地区共记录到111种蝶类，观雾地区记录到鳞翅目蝶类8科96种、蛾类17科121种、鞘翅目