中国佛教会行文给各地佛教团体，称《佛法概论》为中国共产党宣传，要求协助取缔。此后，法师遭到警总与台湾情治单位的注意，被迫写出自白书，自承错误，最终有惊无险，但从此印顺法师行事更为低调。1953年，在台湾创设新竹福严精舍，以及于1960年，在台北创设慧日讲堂，成为开山住持。1964年，在嘉义市郊「妙云兰若」闭关。
荣获正式文学博士学位.1969年（63岁），《中央日报》有「《坛经》是否为六祖所说」的讨论，引起论辩的热潮。印顺法师本无参加讨论，但觉得这是个大问题，值得研究，认为：「