海回到广州就任非常大总统，乃任命魏邦平为广州市卫戍司令。1922年六一六事变前夕，魏邦平护送孙中山至虎门登上永丰舰，并派侍从副官到广州找到宋庆龄，护送来与孙中山重聚。1923年1月15日陈炯明被赶出广州后，1月19日，孙中山电令魏邦平与胡汉民、李烈钧、许崇智、邹鲁“全权代行大总统职权”，并任魏邦平为广州卫戍司令。1月20日，任命魏邦平为“讨贼联军总司令”，但旋即被滇军杨希闵、桂军沈鸿英排挤，一度被沈鸿英扣押，后经孙中山干预而获释。4月，孙中山任命魏邦平为西江讨贼总指挥。5月14日，魏邦平率军平定肇庆