教的的数万名印尼穆斯林以外籍配偶或外籍劳工陆续进入台湾，他们并没有改变其信仰，但因为受到台湾环境影响，多数未能参加传统回教礼拜。目前台湾既有及新建的清真寺，以提供印尼为主的外籍穆斯林礼拜为主，类似台湾天主教菲律宾信众、越南神父的状况。2006年的美国国务院报告显示台湾全境约有53,000人（0.2%）为逊尼派穆斯林。而台湾什叶派穆斯林绝大多数是来自伊朗的外籍人士，目前并无建立什叶派清真寺，亦无异端社群（如阿赫迈底亚等教派）。中央研究院社会学研究所研究员瞿海源所着《台湾宗教变迁的社会政治分析》一书中则认为