下野。1925年（民国14年）冬，吴佩孚在汉口组织十四省讨贼联军，靳云鹗任联军副司令兼第1军军长。1926年（民国15年）春，他兼任孙传芳所率五省联军第1军军长。靳云鹗接收了在山东省的原直军3个师，击破了驻开封的岳维峻所率国民军第2军。此后他被任命为河南省长。1927年（民国16年），吴佩孚在同中国国民党领导的北伐军作战中败北，吴佩孚寻求靳云鹗帮助，反被靳云鹗收编了部队。吴佩孚走投无路，只能到天津租界当起了寓公。靳云鹗任河南保卫军总司令，率直系残军一度自立。此后，他在同奉系作战中败北，乃投降武汉国民