意见不一，广州市支持与虎门大桥走向相似的“东莞虎门-广州南沙”路线，深圳和中山则要求在各自辖区选择线路节点，最后以“深圳机场南-中山新隆”方案中选。而在建设方案的选择上，工程报告提出全桥、东桥西隧、东隧西桥和全隧等多种方案，全桥及东桥西隧方案因不能满足深圳机场航空限高要求遭到否决，东隧西桥和全隧两种方案进入最后比选，2013年，广东省政府常务会议同意深圳和中山两市联合支持的“东隧西桥”方案为推荐方案，“长隧道”方案作为备选方案。
阻隔航运.由于深中通道经过的伶仃航道是南沙港和广州港