。鹿善继建议採取扣留广东所进之金花银的方法，得到户部尚书李汝华的同意。神宗得知此事，大怒，扣其一年的俸禄，并催促他将金花银补进国库，鹿善继以死力争，神宗又罚扣汝华两个月的俸禄，贬鹿善继官一级，调任地方官。汝华因为非常害怕，最后还是将金花银给补进国库。泰昌元年（1620年）官复原职。天启元年（1621年），辽阳沦陷，鹿善继因有才干，改任兵部职方司主事。大学士孙承宗掌管兵部事务，对他推心相待，很信任他。每到关门去检阅时，必让善继跟随。出关领兵时，又命其为赞画。善继穿着布衣，骑瘦马，出入于亭障当中，召集将士来