广州途径四川、湖南、湖北，东下上海。1919年1月12日，章太炎致函孙中山，反对南北议和。1920年拥护联省自治运动。1922年在上海讲学，曹聚仁根据记录整理为《国学概论》。但章太炎始终没有放弃对黎元洪、吴佩孚、孙传芳等新旧军阀势力的期望，反对国民革命军北伐。1926年4月7日上海成立反赤救国大联合会，章太炎被推为理事长。1927年南京国民政府成立后，章太炎采取不合作态度，自命“中华民国遗民”，曾遭国民党上海党部通缉。1928年批评蒋介石改换国旗：「今之拔去五色旗，宣言以党治国者，皆背叛民国之贼也。」1