近代受西学东渐影响，汇文书院、金陵大学、金陵神学院等教会学校，及江南水师学堂、江南陆师学堂等官办学堂先后开办。民国时期先后创办江苏省第一农业学校、河海工程专门学校、南京市私立鼓楼幼稚园、南京市私立力学小学等学校。目前，鼓楼区现有南京大学、东南大学、河海大学、南京师范大学、南京邮电大学、南京财经大学、中国人民解放军南京政治学院、南京工业大学、南京医科大学、南京中医药大学、南京艺术学院、南京工程学院、江苏第二师范学院、江苏开放大学、金陵协和神学院等高等学校，南京师范大学附属中学、南京市金陵中学、南京市宁海中