役时期，邓宝珊当解放军与北平傅作义之间的调停人，又当傅作义的全权代表，达成协议，北平开城投降，保住了北京历史文化都城。1949年中华人民共和国成立后，历任西北军政委员会委员、国防委员会委员、甘肃省人民政府主席、省长、中国国民党革命委员会常委，获一级解放勋章。1954年，当选第一届全国人民代表大会代表。文化大革命时，遭受红卫兵的冲击。1966年11月下旬，一批以北京中学生为主的红卫兵，闯进邓宝珊居住的「邓园」，到各房间搜查后找到一把刻有「蒋中正赠」字样的佩剑，当成反动的证据，把卧病在床的邓宝珊从床上拉