应为其用台语分化台湾人的撕裂族群行为道歉。2016年5月，蔡英文政府即将执政，台湾出席世界卫生大会的名义依然是「中华台北」，此外世界卫生组织秘书处寄给台湾的邀请函首次加註联合国大会第2758号决议及「一个中国原则」，黄海宁在脸书上表示准行政院发言人童振源已经对加註的部分表达不认同，所以参与并无不妥，被许多网友质疑与她过去对叶金川的要求标准不一致，虽然黄海宁一度称「让你们留言是一种善意」、「让你们好好留言，继续努力」，但她仍对网友们进行封锁，试图平息争议。
参加2009年花莲县长初