了数年的策划，吉隆坡国际机场终于在1998年6月27日正式开始投入服务，比新建的香港国际机场早了一个星期开始服务。机场启用初期曾经一度出现混乱，客运大楼的电脑出现故障，而至航班资料无法显示，行李输送出现问题超过5个小时等问题。在机场投入服务时也是亚洲金融风暴的恢复期，所以很少人抵达此机场以及区域的机场，导致各个航空公司的业绩见赤字。因此，几个航空公司也开始停止飞往吉隆坡，例如全日空、英国航空、澳洲航空以及西北航空。2006年3月，亚洲航空的低成本航站楼（LCCT）开始启用。此航站楼为了应付日益增加的