06年9月，民进党前主席施明德发动百万人民倒扁运动，要求总统陈水扁为贪污丑闻辞职负责，金美龄为此发表言论表示即使阿扁罪大恶极，只要阿扁扛起台独的旗帜，无条件支持陈水扁，且认为施明德没有能力达成目标。
在日本的活动.金美龄是台湾独立建国联盟日本本部的重要成员之一。由于她的亲日立埸，使她深得日本右翼的支持。她曾于2006年参拜靖国神社，经常在各式各样的评论节目中出面，并在右派报刊及杂志发表宣传台湾独立思想与亲日言论。在日本的政论节目中，谈到殖民地与第二次世界大战，韩国裔历史学者或政治评