细胞通过多重内共生或摄入获得色素体。内共生起源也许能适用于细胞核，此前鞭毛也被认为起源于螺旋体。但由于缺乏细胞生物学证据，且难以与细胞繁殖过程调和，螺旋体一说未被广泛接受。
细胞骨架.许多真核生物具有细长且能运动的突起，称为鞭毛，以及较短但类似的结构—纤毛，合称为，与真核生物的运动、感觉和摄食密切相关，主要成分是微管蛋白。这些细胞器与原生生物的鞭毛具有鲜明的不同，基体伸出一簇微管，支撑起它们。基体也被称作毛基体或中心粒，是中心体的主要组成部分。鞭毛本身也可以再有茸毛，以及鳞片，