称做真细菌（）。古细菌与真细菌在生活环境、营养方式以及遗传上有所不同。细菌的形状相当多样，主要有球状、桿状，以及螺旋状。细菌广泛分佈于土壤和水中，或者与其他生物共生。人体身上也带有相当多的细菌。此外，也有部分种类分布在极端的环境中，例如温泉，甚至是放射性废弃物中，它们被归类为嗜极生物，其中最着名的种类之一是海栖热袍菌，科学家是在意大利的一座海底火山中发现这种细菌的。甚至在太空梭上也能生长。然而，细菌种类是如此多，科学家研究过并命名的种类只佔其中的小部份。细菌域下所有门中，只有约一半能在实验室培养的种类。