与工业研究的模式生物，例如人类的病原菌白色念珠菌、植物病原菌稻热病菌与工业上常用来大量生产真核生物蛋白质的。
其他.真菌被广泛用来生产柠檬酸、葡萄糖酸、乳酸与苹果酸等化学物质 ，以及工业用的酵素，例如洗衣粉里的脂酶、用来生产纤维素乙醇和牛仔裤的纤维素酶、以及淀粉酶、蔗糖酶、蛋白酶与木聚糖酶。