。1925年1月，孙中山患肝癌入住北京协和医院，张凤九在其左右，3月12日孙中山病逝。1927年，蒋介石在南京成立国民政府，任命张凤九为新疆省政府驻京办事处处长，在南京杨将军巷（今碑亭巷）办公。张凤九在新疆省政府与南京国民政府之间协调。此外，在他和傅作义推动下，新疆人朱醇、经营长途汽车公司的山东人杨少农共同在天津组建了“绥新长途汽车公司”，以在绥远和新疆之间建立长途汽车运输。他还曾在南京举办过一次新疆物产展，展出和田玉、毛皮、地毯等等新疆特产。1928年11月起，张凤九历任国民政府立法院第一、二、三、四