起义失败后偕陈少白流亡至日本。1899年郑士良参与成立兴汉会（兴中会、哥老会、三合会联合组成），推孙中山为会长。1900年6月，义和团运动爆发，八国联军攻打北京。郑士良受孙中山委托，于10月8日募集志士六百余人，在惠州三洲田（归善、新安两县交界，是三合会会党啸聚之区）（今深圳盐田三洲田村）起义，击破清军于镇隆，擒新安县丞杜凤梧，连战皆捷，占领新安、大鹏、平山，17日在永湖与清军交战告捷，20日崩冈墟又告捷，各地会党群众纷纷来投，革命军增至二万余人，宿营白沙。后因日本政府之阻挠，孙中山向台湾总督儿玉源太郎