因动漫与电子游戏间密不可分的联系，科幻故事也是游戏中的常见元素之一。不过因为受众群体年龄层次较低，所以一般都简化了复杂的概念，和奇幻、童话元素相结合，既感觉有科技要素，又不乏可爱天真。不过，还有大量像《新世纪福音战士》（庵野秀明导演）、《阿基拉》（大友克洋导演）、《攻壳机动队》（押井守制作、士郎正宗原着）、《Animatrix》（《黑客帝国》动画版）、《银河英雄传说》、《银河战国群雄传》、《命运石之门》、《PSYCHO-PASS》（虚渊玄原案）、《魔法少女小圆》（虚渊玄制作）、《乐园追放》（虚渊玄制作）