抗日自卫军副总司令兼军管区副司令、国立中正大学（南昌大学）校长、军事委员会委员长侍从室第三处副主任等职。1945年入陆军大学将官班甲级第一期学习（民33、34），毕业后历任国防部军职人事司司长兼参谋次长、国防部人事司司长、部长办公室主任等职，并担任三民主义青年团中央干事会干事。抗战后期，1945年6月28日，刘咏尧也以集团军总司令职务而晋升中将。1947年，当选国民党中央委员。1949年，在广州就任国防部部本部次长（同副部长）、代理国防部长，后被派任中央各部会疏散委员会主任委员，主持国民政府往台湾的撤退输运