朝中，官拜鸾台（门下省）侍郎、同凤阁鸾台平章事，加银青光禄大夫，兼纳言，恢复了宰相职务，成为辅佐女皇治理国家大政的左右手赐予紫袍、龟带，紫袍上书写“敷政木，守清勤，升显位，励相臣”十二金字。上奏撤军西域，封西突厥贵族斛瑟罗为可汗率众镇守安西。上不纳。圣历元年（698年）二月，太子迟迟未立，武则天有意立姪梁王武三思为太子，狄仁杰以政治人物的深谋远虑劝说武则天顺应民心，还政于庐陵王李显，勿让权予姪。曰：“立子，则千秋万岁后配食太庙，承继无穷；立侄，则未闻侄为天子而附姑于庙者也。”武则天曰：“此朕家事，卿勿预