家庭.二条天皇第二皇子，生母为下级贵族伊岐致远的女儿（名不详）。因生母出身不显，二条天皇皇后、藤原氏贵族藤原育子以养母身份抚育天皇并行母后职责。天皇早逝，无后妃儿女。
践祚.永万元年（1165年）二条天皇病重，于六月二十五日（8月3日）册立尚在襁褓的顺仁（六条天皇）为亲王，立为太子，并于当日禅让，七月二十七日（9月4日）举行六条天皇践祚仪式，翌日二条天皇驾崩。六条天皇受禅时出生仅7个月零11日，是日本最年幼的天皇。践祚仪式一度因天皇哭泣而中断，由乳