然而，冯铨回归后，派系之争反而激化，令皇帝始料未及。在1653年和1654年的数次朝议中，南方人形成反对北方人与满洲人的阵营。1654年4月，陈名夏向北方汉人官员宁完我建议，清廷应恢复明代衣冠，宁完我旋即向皇帝揭发此事，并指控陈名夏干犯有包括贪污受贿、裙带关系、结党营私和僭越皇权在内的各种罪行。1654年4月27日，陈名夏被绞死。1657年11月，北京顺天省试的一场重大作弊丑闻爆出。八名江南考生贿赂了京城的主考官，希望能得到更高的名次。七名主考官以受贿的罪名被处以死刑，数百人被判处贬谪流放和没收财产。这