食粤盐，高晋翰获推荐在汀州的粤盐总馆掌管会计，对于子馆与盐贩课征的各项费用皆秉公处理。光绪七年（1881年）高晋翰捐知县加同知衔，改到福建当官，曾经办过海防、釐金及灾歉事务，皆能妥善处理。光绪十一年（1885年）署建阳县知县，任内颇有政绩，台湾巡抚刘铭传闻其有能，将他奏调渡台。高晋翰来台后，先担任南盐总局提调、兼彰嘉总馆，经其整顿，官盐销售日益畅旺。光绪十三年十二月初二日（1888年1月14日）任恆春县知县，当时全台正在进行清赋事宜，由于过去恆春县的田园街尚未升科，当时有委员打算将恆春县田园上报为「