2002年，北京市（北京市的理科综合考试在采用全国卷，即和全国统一考试的理科综合试题相同，从2004年起改为独立命题），广东省和河南省共用一套相同的试题，其他地区使用全国统一试题。在2004年扩大分省组织高考命题的范围，重庆市、天津市、辽宁省、江苏省、浙江省、福建省、湖北省、湖南省、广东省採取独立命题。2006~2007年，四川省、陕西省、海南省、宁夏回族自治区先后加入独立命题。至此，实施独立命题的省、市达到18个，考生人数约占中国高考考生总数的2/3，但是由于自主命题带来的负面影响随即出现，包括难度不稳定