运输没有广泛的铁路系统。现有的铁路基础设施建于1959年至1962年之间，由苏丹政府遗留下来的设施年久失修。南苏丹铁路有 窄轨 （1067毫米）单线路线，连接苏丹的巴巴努沙与与南苏丹的瓦屋市。 在第二次苏丹内战之后，该线路被地雷破坏，状况不佳，而后使用联合国的资金修复了这条路线。 
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窄轨.南苏丹铁路最初是由苏丹建造的。铁路轨距3英尺6英寸（1,067毫米），与非洲其他大多数前英国殖民地使用的轨道相同。 该国有一条主要的窄轨铁路线： Sec