米琼日寺的女尼自古便有练瑜伽的传统，因为过去孤据山顶的米琼日寺经常在冬季受到盗贼及流氓袭扰，女尼们便养藏獒、堆放大石堆，夜晚巡逻并鸣枪，以保护寺院并防身。曾经流传过一名米琼日寺女尼摔倒三名流氓的故事。藏历每年6月10日来朝拜者最多，届时该寺会请人来演藏戏。演戏地点在寺外的巨石平台上，平台下面便是大峡谷。米琼日寺曾有经堂、佛塔、小楼，鼎盛时期有200多位女尼在此修行。文化大革命中，该寺被摧毁。1987年，8个老比丘尼用化缘来的钱修复了该寺。2007年左右，该寺的负责人是丹珍卓玛，三十岁，来自墨脱县