化学键。一个概念上的陷阱是假设所有键在Z矩阵中都显示为一条线，这是不正确的。例如：在像苯这样的环状分子中，Z矩阵将不会包含环中的所有六个键，因为所有六个原子的位置仅在记录5个键之后就唯一确定，从而使第6个多余。
例子.以下是一个甲烷分子的笛卡尔坐标表示我们把坐标轴稍微旋转，可以得到如下对称性更明显的坐标进而，以碳原子为原点，我们可以构建如下Z-矩阵其中H 1 1.089000 表示此H原子离第一个原子的距离为1.089000， H 1 1.089000 2 109.4710表