人回中国参加四川省甘孜藏族自治州建州60周年庆祝活动，并且访问上海、北京。2013年10月8日，他与侄子罗嘎、司机久美旺杰在四川省成都市武侯区一小区内被杀身亡。犯罪嫌疑人为三位藏族男性：土登古沙（四川省甘孜藏族自治州德格县人）、格递江措（西藏自治区昌都地区江达县人）、次仁班觉（西藏自治区昌都地区江达县人），案发当天随即被警方抓获。疑似因财务纠纷而发生此事。当天，他的兄弟耶舍仁波切发表声明称：“很悲痛地通知大家，我的兄弟阿贡仁波切、我的侄子和一位与他们同行的僧人今天都在成都遭遇刺杀。”