国务院领导袁木相中，被招纳到国务院研究室工作，历任教科文卫司副处长、处长，社会发展司副巡视员、巡视员。在2002年9月至2003年4月尹力赴美国哈佛大学公共卫生学院作访问学者。
卫生部门工作时期.2002年至2003年间是中国非典肆掠时期，自2003年归国后的尹力立即于当年5月调任卫生部办公厅副主任。抗击非典时尹力是唯一一个以专家身份参加温家宝总理主持召开的专家座谈会的官员，为抗击非典建言献策。2003年10月，任卫生部国际合作司司长，并于2004年1月至2005年5月担任世界卫生