近的地区如瓦哈卡州、恰帕斯州最早受到影响。天花疫情经普埃布拉州于1797年传播到墨西哥城和韦拉克鲁斯州；1798年，疫情蔓延至萨尔蒂约和萨卡特卡斯。 值得注意的是，此次疫情期间，新西班牙首次开展了卫生防疫活动，采取了诸如隔离、接种、道路封闭等措施。 一些慈善理事会也陆续成立，城市中富有的人通过捐款修建医院、帮助治疗病患。 但富人帮助贫民的初衷并不完全是出于慈善，还因为疫情使得当地原住民无法上供或进行生产活动，导致了诸多经济问题。1814年也爆发了一次比较严重的天花流行，疫情从韦拉克鲁斯州开始一直蔓延到墨