植被生态方面，汶川地震造成四川省林地损失493万亩，使该省森林覆盖率由30.7%下降为30.2%。其中45个林业重灾县市森林覆盖率由震前44.51%下降为42.64%。。动物方面，至2008年5月13日晚，地震涉及到的中国保护大熊猫研究中心、成都大熊猫繁育研究基地、陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心中国三大大熊猫饲养繁育基地共144只大熊猫均无伤亡。但四川、陕西、甘肃三省野生大熊猫栖息地受到不同程度影响。至14日11时，武警救援队在汶川县卧龙自然保护区搜救出40只受困的大熊猫。6月9日，最后1只名为「毛毛