大嵙崁溪分流河道成为三崃溪河道之延伸，因而形成今日三崃溪纳横榽之势。由于河道变迁，原石灰坑地区南部边界地带的大汉溪分流已经淤积成为陆地。
交通.台铁纵贯线经过石灰坑地区南部，山佳车站即在东边境外不远处。该站属三等站，仅停靠区间车。市道114号（中山路三段）是永安渔港至万华的道路，大致以东北－西南走向经过石灰坑地区东南部，往东北可前往树林市区、板桥、台北，往西南可前往莺歌、八德、中坜、新屋等地。民和街是本地区内部的主要连络道路。