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争议和批评.克劳斯·富赫斯参加曼哈顿计划时，在此工作。他是苏联的一名间谍，将多项机密资料交给苏联，协助苏联在第二次世界大战后发展出原子弹与氢弹。不过，该实验室近年出现多宗争议事件，包括遗失机密数据、起诉一名华人科学家李文和充当间谍，2004年实验室需要大规模重组，2006年6月，多年来一直营运实验室的加州大学交出管理权，实验室交由新成立的「洛斯阿拉莫斯国家安全委员会」全面接手，成员包括加州大学及多间军火营办商，新委员会的目标将要令实验室盈利。
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