武昌组织定黔军，自称总指挥。1922年（民国11年）4月，袁祖铭驱逐了南方政府派的黔军总司令卢焘，占领了贵阳。此后袁祖铭自称黔军总司令。但是，他和云南的唐继尧逐渐对立。1923年（民国12年）4月，唐继虞（唐継尧的弟弟）率滇军占领贵阳。此后，袁祖铭转战四川省，同川军势力展开争夺。1924年（民国13年）3月，他被北京政府任命为川黔边防督办兼陆军第34师师长。在此期间，袁祖铭同唐継尧讲和。1925年（民国14年）1月，袁祖铭任贵州督办。然而袁祖铭此后继续在四川省内参与内战，贵州省政则委托部下王天培、彭汉章