伊始，穆斯林和基督徒在安汶发生冲突；在北马鲁古，卡奥的基督徒社群袭击了大多数是穆斯林的马基安人。这扰乱了特尔纳特、蒂多雷、加莱拉和托贝洛等地两个社群间的和平，之后冲突蔓延到马鲁古省的其他地区。尽管两个社群努力尝试和解，但是问题却在加剧。数千特尔纳特和中哈马黑拉的基督徒逃往托贝洛，托贝洛成为难民营；穆斯林逃离托贝洛和卡奥。之类的外部势力干预宗教社群冲突，使得问题更加严峻，紧张局势逐渐形成，最终导致1999年12月24日托贝洛发生非常严重的暴乱事件，暴乱蔓延到其他城镇，直到2000年秋天结束。暴乱的余波至今仍能