印度尼西亚（印尼）和日本早在17世纪便已经有规模有限的经贸往来，到了19世纪更出现日本人大举移民荷属东印度的现象。至2013年10月，在印尼定居的日本国民共有16,296人，不过早期印尼日裔移民的后代（即「日系印尼人」或「印尼日系人」）却未计算在内。
移民史.荷属东印度公司利用日裔僱佣兵来巩固其在马鲁古群岛的统治的事蹟在德川幕府颁布锁国政策之前便已经为人熟知。早期东印度群岛的日裔居民当中，其中一个就是曾在1629年至1632年期间统治巴达维亚（今雅加达）的荷属东印度总督雅克·斯贝克