于境内狄那里克阿尔卑斯山脉与亚得里亚海接壤，因而海滨地区地势偏高、良港极少，为沿海航运的一大障碍，南国的主要港口有9个，其中最重要的克罗埃西亚的里耶卡（为南国第一大港，其总吞吐量占全国之半）、黑山的巴尔、斯普利特（驻有南国的海军总司令部）与斯洛维尼亚的科佩尔，另外还有24个小型港口。1975年时海上航运量共有2,240万吨，1988年时则有3410万吨，1990年时有270艘超过1000总吨的商船，共达3,608,705总吨。南国内陆的水运也十分便利，1982年时国内航道有2600公里长，主要为多瑙河与其支