康熙二十六年（1687年），后因两膝肿胀，关节僵硬，辞职归隐，居杭州竹竿巷兄长万龄家。专心着述。康熙五十五年（1716年）病逝。葬于萧山北干后浦摊。毛奇龄之文章，“纵横博辨，傲睨一世”，他反对朱子学，他的弟子收集其旧文编撰《四书改错》以攻击朱熹《四书章句集注》。他还写了一部《仲氏易》，把宋人讲的《易经》推倒了。毛奇龄认为周敦颐的《太极图》是来自道教的文献。全祖望平生最恶毛奇龄之书，攻击最力。又着有《湘湖水利志》3卷、《萧山县县志刊误》3卷等。清初《四库全书》收录其着作二十八种，见于《存目》的三十