1917年护法运动期间，加入驻粤滇军第四师方声涛部，任夏述唐旅参谋。1922年孙中山蒙难永丰舰，下令讨陈炯明，余亚农参加东路讨贼军许崇智部任第8旅16团第3营营长，败于广州石牌，逃回上海。第一次国共合作开始后，回安徽与孙品骖等人发动“讨曹（锟）驱马（联甲）”运动，因奉军进攻而失败，避居天津。不久自天津投奔国民军第五军方振武部，任参议。1926年3月，国民军第五军参与国民军与直、奉军的南口会战，转战晋北。余亚农任第二混成旅第六团团长。1926年8月，国民军兵败，第五军退至五原。1926年9月，国民联军成立