定回迁江西永新。1941年暑假，学院开始搬迁。院部设在永新旧址，以泰和的省立医院作为实习基地。
南迁南康及长汀.1944年7月，长沙失守，学院奉教育部令迁往南康县，高年级学生住县城，低年级学生住唐江镇。1945年1月又迁往福建长汀县。
回迁南昌.1945年抗日战争胜利。1946年1月始将四、五年级学生迁回南昌市原校址。同年7月11日，全部师生迁回南昌。
1949年后.1949年5月，国立中正医学院由南昌市军管会文教接管部接管，8月