分类系统中，辐鳍鱼的分类层级从下纲、亚纲、纲到总纲不等。基本上，广义的辐鳍鱼（）包含了腕鳍鱼，而狭义的辐鳍鱼（）则成为腕鳍鱼的姐妹群。
分类.
种系发生学.依照2017年《硬骨鱼支序分类法》，本总纲与其它硬骨鱼的演化关系如下：
内部分类.依据Deepfin鱼类分类纲站在2017年所发表的《硬骨鱼系统分类》，辐鳍鱼70个目的演化关系如下：
传统分类.传统上，辐鳍鱼分为三个类群：软骨硬鳞附类、全骨附类和真骨附类。一些