。七月昭宗为避军阀凤翔军节度使李茂贞和静难军节度使王行瑜劫持，逃离京城长安而入秦岭时，王抟与其他宰相崔昭纬、徐彦若一同随驾。九月，在正议大夫、中书侍郎、同平章事任上被加金紫光禄大夫、户部尚书、门下侍郎、监修国史、判度支。三年（896年）五月，昭宗杀崔昭纬，与崔昭纬同宗的中书侍郎同平章事崔胤因而作为崔昭纬党羽被罢相。同月，钱镠败杀后来取消帝号的董昌，从而控制威胜军。七月，昭宗因李茂贞再攻京城避难镇国军军部华州。王抟等宰相畏惧镇国军节度使韩建，不敢专断政事。八月，王抟以扶危匡国致理功臣、判度支、诸道盐铁转运