老台基获得保留，西黄寺工程项目组为此在慧香阁前立下一块石碑，碑文称慧香阁是21世纪建筑，但慧香阁的台基为干隆年间的原物。又如，在大殿的修缮过程中，出土了干隆四十五年（1780年）西黄寺大殿的原有地基基础以及土衬石，说明现存大殿并非干隆年间原物，故中国藏语系高级佛学院就地对原有地基基础和土衬石进行了遗址保护。修缮论证期间，专业人员多次提出恢复慧香阁的历史原貌，但因慧香阁为全木结构，修缮资金落实困难，慧香阁复建计划暂遭搁置。2006年11月，全国政协副主席、中共中央统战部部长刘延东到西黄寺施工现场视察时表示