究院宿舍外墙以至部分结构加速老化，校方决定将研究院宿舍进行大翻修，并于2001年将此宿舍关闭一年。及后，由于赛马会研究生宿舍一座于1999年启用，加上崇基学院有需要增加宿位，第一代研究院宿舍在翻修后拨作崇基学生宿舍，并易名为「五旬节会楼」。而自教资会于1998年推出「以现金房屋津贴取代宿舍」政策推出后，校内共有六幢教职员宿舍腾空；其中，第五至第九苑在研究院宿舍交予崇基后，改作研究生宿舍（但第五、六苑只使用两年，即改作学生事务处属下的国际生堂，唯研究院仍保留第五苑1、2楼48个宿位）。另外，在大学