戴才遭罢免，王遴降俸一级。隆庆元年，蒙古六次入塞，都战败而逃。而御史温如玉不断抨击王遴，将他解除官职听候审查。后来御史杨轸核查汇报了他的战绩，于是又恢复原职，管辖宣府，总兵官马芳骁勇，敌寇不敢深入。王遴便大兴屯田，边防储备都有赖于此。十年期满，他升任右副都御史。不久被任命为兵部右侍郎，起用他协助处理边防事务。神宗继位后，张居正执政，他与王遴同年登进士，却一向不和。遇上商议、检阅边防事务，王遴请求前往。皇帝命令他前往陕西四镇，他冷峻地拒绝馈赠。事情完成之后，就称病回乡。张居正去世后，他才出任南京工部尚书。