氯酸镁能吸收甲醇、乙醇、丙酮、吡啶、乙腈氨和硝基甲烷的蒸汽，可用来分析有机化合物的成分(会吸收水分)，但用它干燥有机物蒸汽曾发生爆炸，因此必须谨慎使用。科学家也建议不再使用它，因为高氯酸盐对人体有害，吸过水的高氯酸镁在250 °C时真空加热，失去6分子结晶水，又得到无水高氯酸镁。