因芝山岩被当地居民视为灵地，树木少遭砍伐，在日治时期纪录了当地有418种不同植物种类，并由早田文藏于1916年在芝山岩首次採集到了台湾特有种「八芝兰竹」。而芝山岩的天然林、蝙蝠洞、石马、石象、石龙、石头公（五鬼弄金狮）及隘门在1933年11月26日被台湾总督府指定为史蹟及天然纪念物。
历史人文.
史前文化.除了多元的生态景观外，芝山岩也拥有丰富的历史与人文景观。芝山岩一带原为平埔族巴赛族麻少翁社居民活动的范围，在此于1896年发现了包含新石器时代以来数个文化层