长兼政委和苏北军区司令员兼政委、苏北区党委书记，领导苏北军民开展敌后游击战争。1943年后，相继参与指挥淮海1943年夏季战役、苏中1944年攻势作战，使苏北和苏中、淮南、淮北解放区联成一片。1945年4月，他发动阜宁战役，攻占阜宁。9月，指挥部队发起两淮战役，攻占淮阴、淮安。
第二次国共内战时期.1945年9月14日，黄克诚向中共中央提出创建东北战略根据地的建议。月底，奉命率新四军第3师主力三万五千余人进军东北，参加东北根据地的创建。1946年1月，任西满军区司令员、中共西满分局