后并辅政，任命傅祗为中书监，续任散骑常侍加光禄大夫，以稳定朝中众人的心。傅祗虽然以病推辞，但司马伦仍派御史带他就职。王戎、陈准等人知傅祗就任，都安心地说：「傅公在事，吾属无忧矣。」次年司马伦篡位，傅祗改任右光禄大夫、开府，加侍中。四个月后司马伦就被齐王司马冏所领的讨伐军击败并被诛杀，并迎晋惠帝复位。傅祗即以曾经受司马伦任命而请辞，但不被准许；及后廷尉以司马伦篡位时的禅让诏书出自中书省，追究中书监傅祗，但都获赦免，及后更以傅祗并非撰写诏书草稿者而恢复其光禄大夫官职。傅祗其后转任太子少傅。光熙元年（306年