剩下扇谷和山内两家。15世纪后期，最为有名的是上杉宪实复兴足利学校。另外，上杉氏与足利公方对立，两家触发享德之乱，因足利成氏派人暗杀关东管领上杉宪忠，发生内乱的时间比应仁之乱更早。
战国时代.享德之乱期间、扇谷及山内两家联合与古河公方对立，其后与古河公方和解，两家又起内乱（），结果皆陷入衰退，加上关东的后北条氏扩张，扇谷上杉家在河越夜战中大败覆灭，而山内上杉家亦受后北条氏进攻而衰落，而深谷上杉家的上杉宪盛则在武藏国与北条氏交战。宪政更放弃关东、向越后长尾氏求助。1561年，宪政将关