公园、葛西临海水族园共同导入指定管理者制度，于2006年4月1日成为公益财团法人东京动物园协会所属。
设计.井之头自然文化园本园位于武蔵野市御殿山、分园位于三鹰市井之头。本园主要饲育哺乳类与鸟类、井之头地分园则饲育水鸟。本园拥有文化施设「资料馆」，主持特设展示、讲演等活动。2013年，「热带鸟类温室」因为老朽而闭馆。分园饲育鱼类、两栖类，拥有「水生物馆」。井之头自然文化园本园一角设置「彫刻园」，展示有名彫刻家北村西望的作品。小型游乐园地位于井之头自然文化园本园，提供亲子游憩。