扁鳍鱼龙亚科（Platypterygiinae）是鱼龙目大眼鱼龙科的一个亚科，生存于侏罗纪晚期（启莫里阶）到白垩纪晚期（森诺曼阶）的亚洲、澳洲、欧洲、北美洲、南美洲。已知生存年代最早的物种是短鳍鱼龙。扁鳍鱼龙亚科的特征是齿根横剖面呈方形、枕骨基部的外骨髁大幅萎缩、肱骨有明显的背侧与腹侧粗隆部、坐骨与肠骨缺少闭孔。
种系发生学.在2001年，Maxim S. Arkhangelsky建立扁鳍鱼龙亚科。根据2012年的定义，扁鳍鱼龙亚科包含：亲缘关系接近于扁鳍鱼龙，而离大眼鱼龙较远