顺治元年（1644年），索尼跟从睿亲王多尔衮率清军入关，进入了北京。顺治二年（1645年），索尼晋封为二等精奇尼哈番。多尔衮解除了索尼启心郎的职位，但仍理六部之事，当时多尔衮专擅朝政，谭泰、巩阿岱、锡翰等人都背盟依附于多尔衮，只有索尼坚持不依附他。李自成当时兵败的时候焚烧了北京紫禁城的宫殿向西逃走，到如今开始商议重新修建，多尔衮也修建他的府邸，工部也偏向多尔衮，诸匠役也都去营建睿亲王府。佟机对多尔衮有不满，多尔衮很生气，想要杀他，索尼极力为其开脱，于是多尔衮愈加嫉恨索尼。努尔哈赤第十二子阿济格藐视君