与其他社团不同之处，在于统独立场，协会主张台湾独立。首任会长林玉体于1990年12月9日自立晚报〈台湾教授协会成立的历史意义〉中表示，台教会成立有以下两点特征：而在创立初期，适逢李登辉执政，政治逐渐松绑，人民要求政治改革，协会也积极参与当时的台湾民主化运动，以声援黄华作爲初次尝试，其于成立大会当天，公开声明谴责执政当局蹂躏司法、迫害人权；隔日声援台湾新生代主权运动联盟，在台大校门口前禁食一天，同年12月15日邀请学术界连署声援黄华，直至24日，共有167位教授支持。而在25日，参加民主进步党所发起之游