然而由于配票失衡，民主派在60个议席中只取得25席。民主党虽然于直选中得票比第一、二大党自由党及民建联多，但基于名单比例代表制及功能组别，民主党在立法会的议席比上届少了3席，降为第三大党，其中在九龙东、西及新界东更只取得一席。在港岛区方面，由于过份强调李柱铭选情告急，使同属泛民主派的何秀兰以八百多票的微少差距落败，连带将席位让给对手阵营的民建联成员蔡素玉。为承担选举的失误，杨森宣佈不再竞逐连任主席，原副主席李永达在党主席选举中胜出，亦为香港政党第一次党主席差额选举。
2007年区议会