海百合亚门（学名：）是动物界棘皮动物门之下的一个亚门，其下的物种除了海百合外皆已灭绝。海百合亚门具有非常久远的化石历史，但可能没有延伸到前寒武纪（除非神祕的埃迪卡拉纪化石"Arkarua"被确定属于海座星纲）。
分类.1973年斯普林克尔（J.Sprinkle）在此基础上从海百合亚门中划分出海蕾亚门（Blastozoa）。