3次。1964年改建塔顶之后，改装新式四等旋转透镜电灯，频率回复20秒一闪，光力则增至1,500,000烛光，电力则由岛上三座发电机提供。公称光程：26.8浬。
历史意义.目斗屿是澎湖北端重要渔场，但四周珊瑚裙礁遍布，尤其与吉贝屿之间的海域，深仅1公尺左右，属于沉水海蚀平台。在灯塔兴建前，沉船海难事件不断。目斗屿灯塔的建立，正显现周围海域海上交通的险恶和重要性。因此在2003年，澎湖县政府文化局依文化资产保存法，将灯塔公告为历史建筑。