名称由「人民警察」（）改为「警察」（）。两个共和国各自拥有自己的武装力量。新联邦还废除了南斯拉夫社会主义联邦共和国时代的集体领导体制，实行民选总统制，并设有一个民选的议会。
南斯拉夫联盟共和国和南斯拉夫内战.由于1990年代南斯拉夫内战的关系，南斯拉夫联盟共和国被禁止参加各国际组织。这也影响了旧联邦的资产和债务，特别是国债分配的协议。南斯拉夫联盟共和国政府在1991年至1995年期间的战争中曾支持克罗埃西亚和波黑的塞尔维亚人势力。因此也使得南联盟遭受了经济和政治制裁，国家经济崩溃，