《论学会编》、《教秦语录》、《教秦总录》、《教秦绪言》、《雍谕》、《幽心瑶草》、《道林先生粹言》、《春秋节要》、《左粹题评》、《四书近语》、《律吕分解发明》、《庄义要删》、《督学文集》、《归来漫兴》等。孙应鳌也是一位诗人，《黔诗纪略》收其诗有457首。《明史》无传，《明儒学案》亦无记载。