国光率领国民政府军事委员会驻四川参谋团进驻重庆，王又庸任参谋团第二处（政治处）处长（副处长为李为伦），负责主持追缴长征红军的政治事务。7月，任江西省政府委员兼民政厅厅长。10月，任四川省政府委员兼民政厅厅长。次年7月辞职返回江西。1938年6月，任第一届国民参政会参政员。1940年12月，任第二届国民参政会参政员。1942年7月，任第三届国民参政会参政员。1944年6月，任江西省驻渝办事处处长。1945年4月，任第四届国民参政会参政员。1945年10月，跟随熊式辉赴东北，任东北行辕民政部部长。次年当选为制宪