荒胜文策的讲座教授职位，仅能继续担任助教授一职。为此，太田赖常多次建议河田末吉重建原子核实验用加速器，但他的提议并未被採纳。在这段时期，太田赖常多次被河田末吉派往台湾各地高山出差，利用气球等器具收集大气中的中子数据，协助宇宙射线研究之进行。由于第二次世界大战的发生，太田赖常于1941年3月转任台北高校教授物理，成为该校之物理教授。继而与助手伊藤贡一同被台湾总督府工业部，位于新竹的天然瓦斯研究所聘任，协助解决战争期间的能源问题。接任助教授的内藤实也在被授予勋八等白色桐叶章后遭军方强制征兵，台北帝国大学物理