所从飞鸟浄御原宫迁至藤原京后，飞鸟才逐渐远离作为日本政治中心的历史。17世纪江户时代后，此地成为的领地直到19世纪末，明治维新后，曾先后隶属高取县、奈良县、堺县、大坂府，最后在1887年重新恢复设立奈良县后，才再次隶属奈良县。1889年日本实施町村制，现在的明日香村辖区在当时分属、、三个行政区划，其中坂合村位于现在明日香村的西部，高市村位于东南部，飞鸟村位于北部，这三个村在1956年合併为现在的明日香村。
交通.辖内的铁路交通仅有近畿日本铁道的吉野线通过辖区西部，并设有飞鸟