此外，在大日本帝国曾经领有的桦太岛（今俄罗斯萨哈林岛）南还存在鄂罗克语、鄂温克语、尼夫赫语等原住民语言。苏联攻佔萨哈林岛之后，这些原住民被强制迁移到日本本土，其语言环境也不断受到威胁而成为濒危语言。一些外国语言在日本也比较有影响力，例如汉语和在日朝鲜语。
历史.有证据证明日本列岛的先民在旧石器时代移居到日本列岛，那时候他们还说同一种语言。然而具体说的是哪一种语言至今仍是个谜。在石器时代的洞穴遗址中，曾发现一些可能是用来记录语言的符号，但所记录的具体是哪种语言仍众说纷纭。