即派兵镇压，任命上杉清方为总大将，下辖今川范忠、小笠原政康等人，并联合了关东的国人众一同进军。永享12年7月29日，幕府军包围了氏朝坚守下的结城城。最终结城氏朝兵败身死。持氏的遗孤中，春王丸和安王丸在义教的授意下被长尾实景在美浓国处决，永寿王丸（后来的足利成氏）被送往京都。
战后.战火之后也蔓延到了当时在镰仓公方治下的奥州。持氏的叔父篠川公方足利满直因为在永享之乱中叛变到了幕府一方而受到了支持结城氏的武将们的围攻，被迫自杀。自此幕府失去了对奥羽的统治，令其成为了国人纷争的修罗场。