三十九人灭族，家臣肃清，或杀或贬。秀吉以为从此秀赖才真正无后顾之忧，还制定了五大老与五奉行，让他们作为顾命大臣，辅佐秀赖。太阁秀吉死后，丰臣秀赖成为丰臣政权第三代家督。五大老以德川家康最具影响力，使丰臣政权内部势力开始有派系分别。不久，五大老之一的前田利家也过世，五奉行之一的石田三成与家康开始对立，互相拢络势力。最后东军以德川家康为首，西军以毛利辉元为首，于1600年两军对决，史称关原之战，后来德川方面赢得战争，而石田三成则被处死。1603年，德川家康即征夷大将军之位，建立幕府，丰臣政权结束。