都督府事。洪武二年，与冯胜驻庆阳。洪武三年讨平沂州答山贼，被任命为靖海将军，练军海上。当年冬天封靖海侯，食禄1500石，予世券。仇成戍辽阳，吴祯负责统率数万水军，由山东登州提供军资。吴祯的管理工作十分出色，虽然海道险远，但负责的地域从不缺乏军资，并收复了辽东。后来由于被牵连，贬为定辽卫指挥使，后又召还。洪武七年（1376年），海上有倭寇警报，于是吴祯再次担任总兵官，率江阴四卫的海军捕倭；至琉球大洋，俘获倭寇。由此时常往来海上，在他任职期间，海上完全没有倭寇。洪武十一年（1378年），奉诏出征辽东，因病回