门造访遭调查局人员强行押回审问，并在一天后获释；苏友鹏返家后随即销毁其中所有外国杂志、书籍、信件。1987年，苏友鹏荣获杰出医师金龙奖。
晚年.晚年，苏友鹏罹患癌症，并在济南基督长老教会友人李詹怀德关怀及亲友长期代祷下于2016年9月底受洗归入主名。2014年3月18日，太阳花学运发生后，苏友鹏与十几位白色恐怖受难者前往立法院现场勉励学运参与者，以避免历史重演。2017年9月16日，苏友鹏病逝于台大医院；随后，亲友于10月7日下午在济南基督长老教会为他举行安息礼拜。