1951年初，陈文渊在上海被捕。随后在同年4月份的“控诉运动”上，他成为靶子，在北京基督教会议上，他是最早受批判的4位中国教会领袖之一，被华北年议会会督江长川指控为私下和公开支持蒋介石政权，随后被捕。1959年因病释放。1968年11月8日因胃癌与肝衰竭病逝于重庆。