任命为独立国家联合体武装力量临时总司令。12月25日晚，戈尔巴乔夫把“核按钮”通过波什尼科夫交给了叶利钦。1992年2月28日，命令从纳戈尔诺-卡拉巴赫地区撤出第366摩托化步兵团，并撤除设在亚美尼亚同阿塞拜疆行政边界的全部哨卡。之前一直持“将前苏联武装力量保留为独联体统一的武装力量”观点的沙波什尼科夫已经于4月8日正式承认，“独联体统一武装力量已经不可能再继续保持下去了”。1993年6月11日，根据俄罗斯联邦总统签署的一项法令，沙波什尼科夫被任命为俄罗斯联邦安全会议秘书。然而，这项决议在6月30日