清与郑成功、郑经交战时，金门为郑家的势力范围，两方交战期间金门城受到破坏，1680年原本在三藩之乱期间为郑经所控制的金门再次被清军攻佔后，总兵陈龙一度修筑城垣，但后来总镇署迁到后浦，金门城因而没落。1949年后，中华民国政府迁至台湾，金门与马祖成为中华民国与中华人民共和国对峙的前线，金门守御千户所城残存城垣的花冈岩被中华民国国军拆除改筑其他工事，金门城因而只剩下夯土层与部分地基。民国八十六年（1997年）起，借由金门酒厂的回馈金，开始重建四方城门，但其形制与原貌有别，其中重建的南门现为金门酒厂的大门。而