原住民外其他是由东南亚跟东北亚迁徙而来的各民族融合演变而成的。大约在公元前一万年开始，日本进入新石器时期，是为绳纹时代（公元前一万年至公元前3世纪）和弥生时代（公元前3世纪至公元3世纪）。伴随着从东亚迁入日本的渡来人，日本在弥生时代初期出现陶器、铁、铜器以及水田等文化，逐渐成为一个农业社会，同时一些如奴国等的小国也开始与中国发展外交关系。
古代.在《日本书纪》中，天照大神的后裔神武天皇于辛酉年旧历一月一日即位为初代天皇、并建立日本国。现今日本的建国纪念日即依此而定为2月11日。