台湾省水产试验所组织规程，1948年先改属台湾农林公司水产分公司，次年再改隶台湾省政府农林厅，其主要工作为改进台湾水产业及办理试验研究。高雄分所原位于鼓山区哨船头街7号，从事南部地区各项渔业加工试验即沿近海渔场调查。1976年，迁建至前镇渔港旁的现址（前镇区渔港北一路1之1号）。1984年，为了配合中央政府之渔业政策，将原来之水产加工试验业务归併基隆总所加工系，而高雄分所之研究方向则以海洋渔业及渔业生物资源之调查研究为主，之后为因应高雄地区水产界之实际需求，自1989年起再度恢复水产加工试验计画之研究业务，