国被奥斯曼帝国入侵和统治，使二教同时被打压，及令该国三分之二人改信伊斯兰教。于1895年，一群居住在中部村庄的居民，决定成为天主教徒，并要求可保留自己的礼仪。大约在同一时间，有一些东正教修士，也进入了天主教。
近代.虽然人数小，但圣座也决定于1939年11月11日设立南阿尔巴尼亚宗座署理区以专门牧养阿尔巴尼亚南部的拜占庭礼信徒及神职人员。但宗座署理区成立七年后的1946年，阿尔巴尼亚劳动党上台统治，宗座署理被驱逐出境。信徒受到长期软禁及被失踪，教会活动基本上停止。1991年，劳动党放