49年由耶稣会教士方济各·沙勿略首次传入日本后，教徒人数激增，特别是在九州、京都和江户地区。位于九州西部的岛原在信奉基督宗教的大名小西行长影响下，传教活动旺盛。天主教的扩张引起传统的佛教和神道教反对；1587年，丰臣秀吉正式驱逐传教士，宣布基督宗教是邪教。然而教徒数量却持续增加，。此时正值德川幕府准备统一日本，信奉天主教的地方诸侯成为政府特别征讨的对象，1614年幕府领令所有人必须弃教。
经济原因.德川幕府第三代将军德川家光力主闭关锁国政策，1616年下令禁止除长崎和平户两港口