即位登基后，召见公鼐，任命为国子监祭酒。明熹宗即位，公鼐升詹事，上奏称：奏疏呈入宫中，明光宗并没有同意。天启元年，因改元不过半年，御史言官就有十多人被谴责调职，公鼐因此上疏劝诫并讥讽辅臣。因此得罪了明熹宗，被谴责。但不久仍然升任礼部右侍郎，协助掌管詹事府，担任实录副总裁。公鼐好学见闻广博，磊落有器量见识。看到魏忠贤阉党祸乱政纲，称病回乡。不久去世。崇祯初年，恢复官职，并赐抚恤，谥文介。
着作.公鼐以诗文着名，提出“齐风”的诗歌主张，与于慎行、冯琦并称“山左三大家”。