不再仅以唯识为唯一标准，转而认为凡「外能利物，内以遣忧」之学皆有价值，开始对古今中外的学术思想进行重估。即进入「回真向俗」的境界。形成章太炎思想的背景主要来自四个渊源：一为受干嘉考证学的影响，讲求客观实证；二为跟随晚清诸子学兴起的潮流，对荀子、庄子、老子三家思想加以揄扬，尊子贬孔；三为受到严复的影响，在其早年的文章中尤其多以进化论作为理论架构；四为佛学，尤其是佛学中的唯识论，是章氏后期思想的支柱，使其思想体系中充满个人主义、相对主义的色彩。除了这四大渊源外，顾炎武、王夫之的民族思想，章学诚、戴震、孙诒让