年出版的（1764年）《重修凤山县志》记载，当时凤山县的妈祖庙有此庙、慈凤宫、凤山双慈亭、里港双慈宫、新园新惠宫这五间。万惠宫于光绪年间重修，1926年因地震致庙垣前殿倒毁，翌年万丹庄长李南、李开胡父子筹募重建，由李开胡礼聘重建艋舺龙山寺的黄龟理、杨秀兴来对场作，至1930年重建完竣。当时这庙建筑为台南以南要建妈祖庙会前往观摩的宫庙。黄龟理、杨秀兴两人作品充满互相挑衅意味，举例来说：大门口北边横楣「许褚战马超」，以及南边「九曲黄河阵」，比喻二人各凭实力显神通；两边雀替雕有「哼哈二将显神通」及「左