亚门（英文：动物的亚门为 subphylum，植物和真菌的亚门为 subdivision）是生物分类法中的一个次要分类阶元，一般位于门和纲之间，但有时亚门和纲之间还会增设下门、总纲等次要阶元。在植物和藻类中，亚门的拉丁学名词尾为 -phytina，真菌中为 -mycotina，动物的亚门则无固定词尾。