了寺庙总整理政策，强迫台湾人毁弃神像、寺庙等，并强制参拜神社。而关山天后宫为避免神像与庙宇建筑被毁，因此改名为关山寺，并改信奉三宝佛祖，不过民间上仍暗中奉祀妈祖，如期举行祭典。
战后时期.1945年，第二次世界大战结束，台湾由国民政府接收，关山天后宫得以恢复原有庙名及供奉神明，信徒继续信仰妈祖。不过因为恢复初期，关山天后宫因为没有规范组织及确实管理办法，因此在无人主持的状况下，前人所捐出用于兴建庙宇的土地并没有申报所有权，结果导致发生关山天后宫的用地被收归国有财产局的冤枉事件。19