2年，他和教会的修士以及士兵迭戈·德·阿尔马格罗合伙，从巴拿马南下寻找更多可殖民的土地，他们三人达成平分土地，和平占领的协议之后，开始有计划的从海路进入当时的印加帝国范围。在途中他们征集了十三个追随者，花了几个月的时间，买了一些马、粮食和兵器，聚集在今哥伦比亚西海岸的无人海岛上，没有商店，也没有船；皮萨罗相信他曾沿着海岸线航行，经过印加帝国的领地。于是当他回到巴拿马时，巴拿马州长鼓励他继续探险，并拨给他更多的士兵和马匹去探路，1528年春天，皮萨罗从巴拿马起航，初夏回到塞维利亚。当时正在西班牙托勒多的神