在1897年开通位于长崎市周边的长崎至长与车站路段时设立了长崎车站，但是当时的长崎车站实际上是现在的浦上车站，且因为长与车站往东的路段一直到隔年的1898年才完成，最初要从长崎车站搭乘铁路进入九州其他区域需在长与车站下车至距离车站约三公里的港口换乘至早岐车站，才能继续搭乘火车前进。1905年九州铁道将长崎市内的铁路往南延伸进入市区的港口边，才在现在的位置设立了现在的长崎车站，同时原本的长崎车站则更名为浦上车站。1907年随着九州铁道被收归国有，长崎车站也成为国营的车站。1911年新建了第二代车站建