不久就回到了家乡。
地方军生涯.吴垂昆回到江西后，成为了地方保安部队的一名军官。到1949年时，已经是江西省保安部队的前线指挥官了。这一年，他的部队被改编为陆军第13师，使他再次成为一名正规军军官。并随这支部队参加了金门古宁头战役，而后去了台湾。
在台湾的日子.吴垂昆到台湾后，担任军官战斗团团长、第10军副军长。1964年退休后，担任了电信总局顾问。