外甥羽柴秀次（姊阿智之长子）因战事失利而被秀吉斥责，同年6月，长秀将名字改为秀长。此后，跟随秀吉远征四国与纪伊而立下战功，而秀长也尽力于回复秀吉对秀次的信赖。天正13年（1585年），纪州征讨时，和秀次一起被秀吉任命为副官。战事结束后，秀吉封给秀长纪伊国和和泉国等的64万石的领地。同年，任命藤堂高虎为筑城的普请奉行，着手建筑和歌山城。这是被誉为筑城名手的高虎最初所筑的城。天正13年（1585年）6月，秀长以秀吉的代理身分进行四国征伐，并担任兵力超过10万人的军队总司令。可是，长宗我部氏反抗激烈，且因