000番台在京叶线投入服务，故车辆调至武藏野线，余一列返回三鹰车辆中心。2019年4月19日，最后一组中央·总武线209系-500番台（三鹰车辆中心C511编成）退出运用，将被改装后用于武藏野线
1000番台.为因应常磐缓行线与帝都高速度交通营团（也就是之后的东京地下铁）千代田线保安系统的更新及增发列车的需要，而制造10辆编组的列车共2列，并定名为209系1000番台，于1999年12月4日列车时刻更改后开始营业，目前此型式列车配属于松户车辆中心。此编组为因应直通东京地