始传者马明心引入中国。新教进入中国后与原有的虎夫耶派（旧教）的信徒间存在冲突，械斗不时发生。干隆四十六年（1781年）清廷借新、旧教派械斗之名秘密逮捕马明心并将其处决。随后马明心大弟子撒拉族苏四十三领导爆发反清回变。最终镇压后，干隆帝宣布哲合忍耶派为邪教，并令“永禁回民不得立新教”。鸦片战争后，清廷对中国西北各省疏于管理，哲合忍耶派信徒最终爆发西北各省大规模的同治回变，大量汉族、满族平民遭到了回回叛乱分子残酷的屠杀。并且与俄罗斯帝国合谋，通过伊犁危机让出外西北以换取沙俄资助。包括哲合忍耶派信徒在内的大量