发的灾害在日本也不少见。1708年富士山宝永大喷发时，江户市内也堆积了大量火山灰。1986年伊豆大岛三原山喷发，岛上所有居民都被迫离岛避难。2014年御岳山喷发，导致58人死亡，5人失踪，是二战之后日本所发生最严重的火山灾害。而近年日本较为活跃的火山有有珠山、浅间山、三宅岛、阿苏山和樱岛等。日本其他的主要地质灾害还有山体滑坡、泥石流等。
矿产资源.日本地下埋藏的矿物品种众多，但蕴藏量都很小，且大部分矿藏难以开採利用或缺乏开採价值，故虽有「矿藏博物馆」之称，却是一个天然资源短缺的国家