国共内战后，随国民革命军迁徙至台湾，曾在高雄担任中华民国空军要职。不久，因为中华民国空军误击美国外交官私人飞机一事，受牵连而退伍，改任台湾电力公司顾问，直到1981年于台北去世为止。
家庭.一般来说，冯庸及其父亲虽部分人视为军阀，不过，冯庸自费创办的冯庸大学，不但为中华民国第一所西式大学，且完全免费，他这义举也因此颇为东北人所景仰。另外，他的女婿牛哥，则为台湾知名小说家，漫画家。