改建为寺于大清国康熙年间，原称海会寺，是台湾着名的寺庙和最早创立的官方寺院，对近代台湾佛教的发展关系颇深。该寺亦是台湾府城七寺八庙之一。
沿革.
前身.开元寺的前身，是南明永历三十四年（1680年），延平王郑经为奉养其母董太妃而建的「北园别馆」（北园别宫），而在董氏去世后该园遂废，此外郑经长子、监国郑克亦是在此地遭大臣冯钖范与郑哲顺绞死，史称东宁之变。明郑时期结束，进入台湾清治时期之后，台厦道道员周昌也曾于清康熙二十五年（1686年）在此地建亭筑室，但不久