臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟福王朱由崧称帝，即弘光帝，国号依旧为大明，史称南明或后明。1645年清军攻破扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，后被送到北京杀害。弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位，而相互攻打。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死，郑芝龙向清军投降，但由于其子郑成功起兵反清而被清