相比之下，仍然承认以色列并与以色列维持外交关系，但土耳其和以色列的关系一直紧张。埃尔多安更在2009年出席瑞士世界经济论坛会议期间离席抗议同场的以色列总统西蒙·佩雷斯及以色列的对巴勒斯坦的政策。埃尔多安也被指有反以色列和反犹太倾向。以色列在2010年5月袭击多国民间人士为加沙提供物资的国际援助船队，导致了惨重的人员伤亡，其中土耳其蒙受的损失最严重。当船队行至距离加沙海岸40多海里的公海上时，以色列武装部队对船队进行拦截，并与船上救援人员发生冲突，过程中导致九人死亡、多人受伤。死者几乎全部是土耳其人。这一事件