化道的旋毛虫即必须以其他药物治疗，因为此药物难溶于血。单独使用此药可以治疗旋毛虫轻度或中度的寄生虫感染，但其杀虫效果相当缓慢。若重症患者使用此药物，则可能使寄生虫自消化系统中逸出，导致盲肠炎、胆道问题，或肠穿孔。为了避免此问题，重症病患可以在治疗前使用驱蛔灵，或完全替代甲苯咪唑。因为驱蛔灵会使虫体瘫痪，使其由粪便排出。。甲苯咪唑很少拿来治疗包囊虫病，因为研究显示其效果不佳。甲苯咪唑和其他苯并咪唑类药物对于线虫的幼虫和成虫阶段都有效，对于蛔虫和鞭虫也可以杀卵。虫体会慢的麻痹而死亡，可能要几天后才不会在粪便