相牵制，又受制于皇帝。内史省起草诏令，为决策机构，门下省职掌封驳，为审议机构，尚书省执行政令，是行政机关。另外，如果有官员有「参掌机事」称号，也是宰相之一。尚书省是行政中心，「事无不总」，下辖六部，六部的命令再交给九寺五监执行。中央监察机关是御史台，由御史大夫负责，掌管邦国刑宪典章，以肃正朝廷。而都水台掌管河道运输、管理隋唐大运河与沟渠灌溉。尚书省主要由吏部、度支（大业改民部）、礼部、兵部、都官（大业改刑部）与工部等六曹组成，每曹又辖四司。吏部曹是六曹之首，辖吏部、主爵、司勋、考功四司，掌管官员选受、升