撤出贤良祠。晚年于敏中纂修《四库全书》，干隆五十二年（1787年）爆发江南文汇、文宗、文澜三阁《四库全书》「舛谬丛生，应删不删，且空白未填者竟至连篇累页」，本当治以重罪，「因业已身故，不加追究」。
着作.于敏中书法风格近于董其昌，奉旨敕书《华严经》宝塔。着有《素余堂集》、《临池纪略》等。奉敕纂辑《国朝宫史》、《钦定天禄琳琅书目》、《钦定日下旧闻考》、《西清砚谱》等，撰《钦定胜朝殉节诸臣录》卷首等。