设锦衣卫镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠，其下有专司侦察的官校。锦衣卫于是开始兼掌缉捕、刑狱之事。。洪武十三年，发生胡惟庸案，朱元璋对臣下更加不信任，至洪武十五年（1382年），正式建立锦衣卫组织，首任指挥使是杨宪，后续是毛骧、蒋瓛、纪纲、夏煜。尔后洪武二十年，太祖以治锦衣卫者多非法凌虐，乃焚刑具，诏内外狱咸归三法司（即洪武十五年到洪武廿年这几年期间非法凌虐，蓝玉案由三法司审理）。在洪武二十六年（1393年），因朱元璋认为此一酷政不可以长期存在，再加上；于是下令大削锦衣卫的权力（「诏内外狱无得上锦衣卫，