高原铁道所共同使用的铁路车站。位在由利本庄市中心地带的羽后本庄车站是该市的主车站，也是JR东日本所属的羽后本线与由利高原铁道所属的鸟海山麓线（）之交会车站。包括「稻穗」（）、「曙」（）与「日本海」等几列特急列车，皆有在本站停靠。除了客运业务之外，日本货物铁道（JR货物）在羽后本庄车站邻近地区也设有羽后本庄线外货运站（，也缩写为「羽后本庄ORS」），作为托运货柜的集散场，每日皆有固定的公路货运班次往返于羽后本庄ORS与秋田货物车站之间。羽后本庄在2002年（平成14年）时，获选列入东北车站百选（）的名