郑芝龙被清廷囚禁。永历十五年（1661年），郑芝龙及其子孙家眷11人被清廷斩杀于北京菜市口。
绍武政权.朱聿键死后，其弟南明绍武帝，名朱聿在广州受大学士苏观生及广东布政使顾元镜拥立登基称帝。被后世史学家称之为绍武帝，但与肇庆的永历帝朝廷互相内讧，甚至大打出手。同年十二月十五日，李成栋导由福建攻入广东的清兵混入城内，夺占广州，李成栋在广州进行大屠杀，朱聿自缢而死（一说被杀），结束了他为期一个月的皇帝生涯，史称绍武帝。
永历政权.1646年隆武帝遇害后，桂王