流行学习德语，加上玉井的德语能力相当优异，收到了很多学生，得到了一定的成功。但在此同时，玉井对是否该继续走医学之路感到了疑惑，遂改进入第一高等学校德国法律科就读。1888年（明治21年）4月，在预科指导教授及毕业生的推荐下，玉井前往札幌农学校（今北海道大学）担任德语教授一职，关闭了东京速成学馆，前往札幌。在札幌农学校，他与同事新渡户稻造、松村松年、高冈熊雄（之后担任北海道大学校长）、大岛金太郎（之后担任日本农艺化学会会长）等人交好，但由于玉井梦想着「晴耕雨读」的生活，而于1891年（明治24年）3月辞职