先完成民间参与可行性研究及研拟先期计画书后再行报核，交通部旋即于2002年8月6日将民间参与之可行性研究送交行政院审查；2002年10月1日，行政院再度核复，称「本案路线应优先考量高铁台南站与台铁车站间最佳之衔接路线」，交通部依此指示随即将重心转往台铁沙崙线，不再主导台南捷运，而原先计画的大众捷运系统也暂缓推动。
沙崙线.2002年10月1日，行政院考量高铁台南站到台铁所属的保安站、中洲站的直线距离仅四公里，若能有效整合台铁捷运化路线进行衔接，将能「方便旅客接驳转乘、促进地方发展」