改装为RF-4EJ侦察机。剩下未改装的F-4EJ分配到各空军基地担任拖靶以及测试用途，1999年时12架F-4EJ在小牧基地进行简易封存，目前仍在使用的F-4EJ仅剩1架，配属于飞行开发实验团。2007年后，日本航空自卫队F-4EJ改的任务逐渐由F-2战斗机取代，但F-2产量不足，因此部份空缺将用下一代战斗机（F-X）代替，可能的选择包括欧洲战斗机、阵风式战斗机、F-15FX、F-22、F-18E/F等，但是日本属意的F-22美国不愿出售，因此直到2009年F-X计画尚未决标。后继无机的F-4EJ改有可