有两条主要的支流：前莱茵河（Vorderrhein）与后莱茵河（Hinterrhein）。前莱茵河发源于靠近上阿尔卑斯山口（Oberalp Pass）的图马湖（Lake Tuma），然后通过Ruinaulta（瑞士大崃谷）。后莱茵河则发在瑞士南部靠近莱茵瓦尔德峰（Rheinwaldhorn）的天堂冰河（Paradies glacier）。两条支流在格劳宾登州的赖谢瑙（Reichenau）相会合。从赖兴瑙开始，莱茵河开始往北流，流经库尔、列支敦斯登，然后是奥地利，最后进入博登湖，这段河道称为阿尔卑斯莱茵河（A