机构（大使馆与代表处）之馆长均称大使，解决原先大使馆、总领事馆、代表处、办事处人员职称复杂、容易混淆的问题。由于香港、澳门两地为中华人民共和国的特别行政区之特殊情况，法理上仍属于中华民国领土，故依《香港澳门关系条例》，驻港澳代表处的主管机关为中华民国大陆委员会，而非中华民国外交部。
驻外机构组织架构.依《驻外机构组织通则》规定：
代表处及办事处.中华民国外交部明定代表处设大使、公使（对外称代表、副代表）；办事处设总领事、副总领事（对外称处长、副处长）