请他为中国史教授。隔年前往蒙自的西南联大，次年又随西南联大迁往昆明。1940年9月，他离昆明赴香港，准备转英国。因战事未能成行，返昆明。在昆明期间撰有《隋唐制度渊源略论稿》，有诗「食蛤那知天下事，看花愁近最高楼」。1941年受香港大学中国文学系主任许地山所邀，任职客座教授，讲授隋唐史，仅讲授韦庄《秦妇吟》一诗，耗时两个月，1941年8月4日，许地山逝世，接任系主任。1941年底香港沦陷，学校停课，生活物资奇缺，由于陈寅恪懂日文，日军十分礼遇之，寅恪拒不接受日人馈赠。期间寅恪闭门治学，撰《唐代政治史略稿》