机车正式投入运用，专门担当关门隧道区段的牵引任务，其中，旅客列车在门司至下关之间采用单机牵引，而货物列车在至幡生编组站（或）之间采用双机牵引。1964年10月1日的国铁运行图调整，开行了新大坂至博多的“燕号”和“鸽子号”特急旅客列车，由直流专用的151系电力动车组担当，因此在门司至下关之间仍需要使用EF30型电力机车牵引，专门用于牵引这两对列车的机车（2～8）亦加装了配合电力动车组的控制电路系统，并将机车编号铭牌涂成红色以示区别。1978年12月，运用时间最长的原型车首先报废，成为第一台报废的EF30型