帝拿破崙一世加冕，但拿破崙在登基大典时夺走皇冠并自行为自己及皇后加冕。庇护七世视之为奇耻大辱。拿破崙于1809年进攻维也纳，并吞教宗国属下各邦。庇护七世大发雷霆，宣佈将拿破崙再次绝罚。拿破崙便于1809年7月6日逮捕身处梵蒂冈的庇护七世并将其押解回萨沃纳囚禁，庇护七世在拿破崙1814年退位后才被释放。当时的法国宗教已经乱成一片，长期处于无秩序状态。1814年，庇护七世恢复于1773年被教宗克勉十四世解散的耶稣会。