历经江户幕府的初代将军德川家康，二代将军德川秀忠，三代将军德川家光的供养加建下，从原有的草庵到最后形成了一个庞大的寺院体系。而知恩院的三门高24公尺，宽50公尺，屋瓦共计使用七万块，是江户幕府二代将军德川秀忠在元和七年（1621年）所兴建，上面高挂着在江户时代宝永七年（1710年）由灵元太上皇所敕赐“华顶山”的金字匾额。而知恩院的三门也是现今日本少数现存的大型木造二重门。也与南禅寺的天下龙门，东本愿寺的山门并称京都三大门。