重庆，投奔国民政府。在重庆的四年间，李万居在军事委员会国际问题研究所主任，研究战时日本的战略与外交，并且常常发表相关社评；除此之外李万居也协助组织台湾同盟会，为光复台湾进行组织。
参政与公论报社.1945年9月，李万居随台湾省行政长官公署赴台湾进行接收，他拒绝接收银行，而出任《台湾新生报》社长，后出任董事长；李万居在二二八事件中被视为半唐山，险成为受难者。二二八之后，李万居1947年与陈其昌等自办《公论报》，揭示「民主」、「自由」、「进步」的理念，使得公论报有「台湾《大公报》」的美