蹄目有三个亚目，分别是马型亚目（包括马科和已经灭绝的雷兽科），爪兽亚目（已经灭绝）和角型亚目（包括貘科和犀科）。奇蹄目的化石非常丰富，史前曾是十分繁盛的种群，分化出形态各异的种类。史前的奇蹄动物包括爪兽、巨犀等。现代的奇蹄目整体呈衰落状态。有人认为由于偶蹄目更能消化植物(草)纤维，所以奇蹄目的竞争能力不强，被生态位相近的偶蹄目逐渐取代，现仅存约 17 个物种（马科 7 或 8 种，犀科、貘科各 5 种），但因为很多奇蹄目是在接触人类后才灭绝的，所以是不一定是因为构造不如偶蹄目才灭绝的。，且多数处于濒危状态。