元1289年）抵达北京的意大利籍方济各会会士若望·孟高维诺。方济各会在北京和泉州等地的蒙古人和色目人中间发展了约3万名天主教徒。1368年，元朝被明朝所取代后，他们大多被明朝军队赶回了草原。
明朝.1583年，耶稣会传教士利玛窦得到允许，从澳门进入广东省肇庆居住。他们所采取的上层传教的策略取得了成功，得以进入宫廷，但他们宽容中国信徒祭祖的做法招致其他修会的批评，由此引发中国礼仪之争。
清朝.教宗克勉十一世当时听信道明会和方济会的控告，认为中国儒家的祭孔