沈阳后，又被命令返回新京，由其秘书萨嘎拉扎布为代表兼翻译参加谈判。1940年（康德7年），扎噶尔道尔吉调任满洲国参议府参议，1941年（康德8年）任参议府副议长。1944年（康德11年）夏，扎噶尔道尔吉参加了关东军在新京为其举行的招待宴会，宴会后患上痢疾，很快病逝，享年60岁。当时，传说扎噶尔道尔吉是被关东军毒死的，故巴林右旗各界对此表示关注。不久，扎噶尔道尔吉的骨灰自新京运回巴林右旗。根据其遗嘱，巴林右旗旗民自发举行了确恩普勒继承王位的仪式。