挺13毫米MG 131 机关枪设置于机身尾部的回转炮塔。Ju 388 L高空高速远距离侦查机，在机身和机翼的燃料箱增加容量，同时在机身、机翼底部再增设副助燃料箱挂架来装上300升或900升副助燃料箱来保持远距离航程，防御武器为2挺13毫米MG 131 机关枪设置于机身尾部的回转炮塔。Ju 388 M反舰艇攻击机，以Ju 388 K变身为反舰艇攻击机，武装射击为两门2公分MG 151/20 机关炮和两门3公分MK103机关炮来压制舰艇防空炮台、携带2枚的LT1b型或LT F5b型鱼雷或两枚弗里