“文化大革命”开始后，马文瑞受到迫害；于1966年12月免职；在中共八届十中全会上，被确定为 “习仲勋、贾拓夫、刘景范反党集团”成员；在贾拓夫死后，成为“习、马、刘反党集团”的头目之一。1977年恢复工作，出任国家计划委员会副主任；1977年底，任中共中央党校副校长。1978年12月，马文瑞回到陕西，出任中共陕西省委第一书记、陕西省军分区第一政治委员；后又当选第五届陕西省人大常委会主任。任职期间，马文瑞主持了全省的拨乱反正工作，争取到拨款整修西安城墙；并于1983年，首次提出在咸阳原空军专用机场旧址，