同时，因为天守是没有博风板的独立式层塔型5重5阶结构(当然初重的屋顶作为4重5阶的屋檐)，把顶层的回缘栏杆从后边用门板围起，而变成了“唐造”风格。江户时代是岛原藩的政厅并是藩主的住处。1616年，有马直纯被转封，当时新委派的大名松仓重政于翌年决定将日野江城清拆，1624年新的城池已妆经建设完毕，作为成立时的领主的板仓氏的分封是4万石,不过，在总石垣与天守并排建了49栋橹。在由火山灰和熔岩流变成的土地进行修缮工程被认为是困难的，这也成为了引起领地人民的武装起义的一个原因。松仓重政的暴政间接引起了岛原之乱，