历史上放线菌也曾因可以形成菌丝状的构造而被归为真菌，但很早就被发现属于细菌，不是真核生物。
生态.真菌存在于地球上几乎所有环境中，真菌与细菌同为许多生态系中的分解者，在生物地球化学循环与食物链中扮演重要角色。真菌将有机物分解成二氧化碳释放，使碳元素重新回到食物链中，且作为腐生生物，真菌可将氮元素从有机物中分解释放，对氮循环不可或缺。
共生.真菌与许多生物都有交互作用，其关系包括互利共生、片利共生与寄生。
与植物.真菌与植物形成菌根