囊鳃鳗目包括了月尾鳗科、宽咽鱼科、单颌鳗科、囊鳃鳗科四个科以及一个提议併入的。大部分的囊鳃鳗目物种都是深海鱼，栖息于水深的无光带，多半仅能透过少量的样本进行研究，甚至部分物种仅有幼体的纪录，常见的物种包括伞口吞噬鳗。除了提议併入的新胚鳗科之外（仅分布于大西洋），囊鳃鳗目物种可以于各大洋中发现。
描述.囊鳃鳗目缺少部分骨骼，如、及肋骨，且和其他鳗一样缺乏有鱼鳞、腹鳍或鱼鳔。口部一般较大，其中部分甚至可以吞噬下比自身更大的猎物。牠们的肌分节（myomeres）呈V字型而不是其他鱼类的W