兖州为府，而济宁州隶属之。自此，明清两代不复置任城县，只称济宁州。明时兖州府辖鲁南四州二十三县，西至曹州，东至沂州，治滋阳。
清.崇祯十七年（顺治元年，1644年）清军入关，巴哈纳、石廷柱攻取山东。清初山东府县沿用明朝建制。雍正二年（1724年）济宁升为直隶州，八年（1730年）复降属兖州府，巨野、嘉祥割属曹州，郓城割属兖州府。巨野、郓城二县自五代以来与济宁相互从属的关系至此结束。干隆四十一年（1776年）复升为直隶州，以嘉祥、鱼台割属，四十五年（1780年），又割金乡来属，自