原先的韦克舍大学和卡尔马学院合併而成立。大学以着名瑞典生物学家卡尔·林奈命名，林奈正是出生于斯莫兰。大学的两个主校区位于卡尔马和韦克舍，但也设有其他课程地点，如胡尔茨弗雷德（音乐和活动管理）、永比（资讯科技）和尼布罗（设计）。创校及首任校长为斯蒂芬·黄，校监为Annika Åkerblom。
历史.韦克舍大学原为隆德大学于1967年成立的分校，1977年成为独立学院，1999年获政府授予大学地位。卡尔马学院则于1777年成立，1999年起有颁行自然科学博士学位的权力。创