曾经报导，脱离中国国民党参选第十任总统选举的宋楚瑜，曾多度力邀陈唐山作其副总统竞选搭档。陈唐山担任台南县长期间，不凸出个人知名度，也从未于民主进步党担任中常委、中执委与中评委等职。2000年陈水扁当选总统后，安排了当时高人气的台南县长陈唐山入阁担任行政院国科会主委，为了代理县长该由谁出任政治较量了许久，后来拍板决定由副县长林文定代理，陈唐山才接受入阁并辞去台南县长。隔天陈水扁总统吿知无法由林文定代理县长，必须由苏焕智代理，陈唐山就拒绝入阁，改出任总统府科技谘询委员会委员，并且当完台南县长；2001年陈唐