最初的藏书楼位于月湖恋湖楼（又称烟屿楼），但因咸丰十一年（1861年）太平天国军队攻宁波，恋湖楼内藏书大部分被盗窃或焚毁。同治元年（1862年）徐时栋迁居宁波西门外，将藏书楼命名为城西草堂，但于同治二年（1863年）十一月二十九日被大火将书与楼一并焚毁。同治三年（1864年）六月，在城西草堂旧址建立水北阁，有河将水北阁与住宅隔开，意在防火，由陈劢书匾。同治八年（1869年），徐时栋将鄞县志局移至水北阁。宣统三年（1911年），水北阁30大柜藏书被售给上海书商，至此水北阁藏书全部散失，后水北阁成为徐氏后人居所