民参政会参政员。同时他随武大迁至四川乐山，并任迁校委员会委员长。1939年任三民主义青年团中央监察会监察。1943年任三青团中央团部评议员。1945年当选国民党中央执行委员。抗战结束后，任武汉大学复校委员会主任委员、武汉大学教务长。1948年被聘为国立北平研究院学术会议社会科学组会员。1949年返回武汉任教。中华人民共和国成立后，杨端六于1950年出任中南军政委员会财政委员会委员。1956年加入中国国民党革命委员会。1957年被划为“右派”。文化大革命初期于1966年9月在武汉因病逝世，享年81岁。