1日，联合国大会以全体鼓掌的方式通过了潘基文的第二个任期。2012年3月2日，潘基文任命瑞典外交官扬·埃利亚松为联合国副秘书长。 由于利比亚内战和阿拉伯之春，中东问题成为潘基文第二个任期开始的工作重心。整个2012年，潘基文都在关注以巴冲突，特别是的绝食事件，以及加沙地带的居民行动受限的问题。2012年8月30日，潘基文在伊朗举行的不结盟运动首脑会议上，对伊朗领导人有关摧毁以色列，否认犹太人大屠杀历史存在的言论进行了批评。2013年8月16日，潘基文与以色列学生会谈的时候承认联合国对以色列有偏倚，并说这