等人秘密组织革命机关。后来，孔庚留学日本陆军士官学校第六期骑兵科。1905年，参加中国同盟会及铁血丈夫团。1907年毕业归国，任广西新军督练公所参事官兼经理科、教育科科长，创办陆军小学堂，后来在军咨府任职。他还参加留学生考试，获兵科举人。1911年武昌起义期间，孔庚来往于北京、孝感，为革命派传递消息。他还参加了光复山西的活动。1914年，孔庚任中央陆军第九师师长，兼任晋西镇守使，授陆军中将。1916年，任同武将军署参谋长（阎锡山为同武将军）。袁世凯称帝时，孔庚获封三等男。孔庚通电反对袁世凯后，被阎锡山免