琼与杨廷和等居守顺天府。此前，王琼派遣王守仁巡抚于赣南，就私下便宜行事，给他兵符。适逢宁王朱宸濠谋反，事情上报朝廷，上下惴惴不安。王琼则称：“诸君勿忧，吾用王伯安赣州，正为今日，贼旦夕擒耳。”不久，果然如其所言。王琼才高，善于结交关系。以厚礼事奉钱宁、江彬等，所以其能够发展自己的势力，所奏的请求都能执行。其能够在兵部有所作为，也是靠江彬等人的帮助。当时陆完离任后，其代为吏部尚书。王琼嫉妒彭泽因平定流寇，而声望在自己之上，于是在钱宁面前中伤彭泽。有诬陷云南巡抚范镛、甘肃巡抚李昆、副使陈九畴到监狱中，所