，新朝皇帝王莽又征他做官，他却与一些儒生逃到北地郡（辖区相当今宁夏、甘肃一带）。淮阳王刘玄更始二年（24年），三公推举有贤能的郭丹，征为谏议大夫，派他去南阳安抚百姓降于朝廷。更始帝败亡后，各位大将都归顺于光武帝刘秀，获取封爵；唯独郭丹守信不降，固守南阳郡平氏县（今桐柏县平氏镇），并为更始发丧。汉光武帝建武二年（26年），郭丹逃出城去，历尽艰辛，找到刘玄的妻子送还符节印绶，后回到家乡，从事农桑，施教化于乡里。南阳太守杜诗请郭丹任功曹，郭丹推荐乡中贤士代其职自去。杜诗叹曰：「昔明王兴化，卿士让位，今功曹