藻仍保持在植物界。2005年，作为原生生物学的当时共识，囊泡藻界被列为真核生物的六个界之一。不过尚未正式定为界层级。含以下四大分类群：某些类群，例如纤毛虫与水霉，已经丧失了光能合成能力，但囊泡藻界生物大多数是自养。所有能光能合成的囊泡藻界生物使用叶绿素a 与 c, 许多还使用辅助色素. 囊泡藻界生物使用类似的甘油醛-3-磷酸去氢酶蛋白质。早在2005年，就有研究质疑囊泡藻界是否是单系群 。2006年，有评论论文认为真核生物六界系统中缺少很多证据。 截至2012年，看来正在形成共识，把囊泡藻界分为