以虚构的1920年代日本为背景。玩家扮演海军少尉大神一郎——秘密部队「帝国华击团」下属小队「花组」的队长。花组由若干少女组成，她们平日以歌剧团身份掩人耳目，魔物出现时搭乘机甲战斗。游戏分为13集，各集分为冒险和战斗两部分，融合了战略角色扮演、恋爱模拟、视觉小说等要素。玩家可于过场和每集结束时存档。冒险部分中，大神探索帝国华击团司令部——坐落于帝都·东京的「大帝国剧场」。大神在剧场移动时，会和女主角（花组队员）相遇并展开对话。与当时其他恋爱模拟游戏不同，《樱花大战2》採用「即时互动图片系统」（LIPS）：