京师各界，引起当权者的注目。弟子劝真可离开京师避祸，真可说：「吾当断发，已如断头，今更有何头可断！」万历三十一年，因为万历帝欲废长立幼的国本之争问题，引发第二次妖书案，真可与东林党人沈鲤友好，且真可的俗家弟子沈令誉，也和郭正域友好，于是真可受牵连，遭东厂、锦衣卫拷打，遍体鳞伤，几存一息，经刑部审讯后定罪。真可深深感慨：「世法如此，久住为何？」，于十二月十七日辰时，沐浴端坐，数称毗卢遮那佛而逝。弟子依照其遗言，将他的遗体安放在北京城西郊的慈慧寺。万历三十二年京城大水，弟子将他的遗体移至径山寂照庵，后又