的路轨亦已重新编排，以便列车使用原有路轨往罗湖或使用支线往落马洲。
塱原湿地.列车驶离上水站后，会驶入穿过塱原湿地的地底隧道。这方案是经过一番激烈争论后的结果。在计划初期，九铁原先建议以像九广西铁穿过八乡等地的高架桥形式，穿越塱原湿地。但这个计划遭到各环保团体反对，指兴建高架桥时将会严重破坏塱原湿地的生境及地貌，使香港的自然环境蒙受损失。即使九铁公司承诺工程完工后会尽量回复原来面貌，但环保署长罗乐秉并不认同，并且拒绝发出环境许可证。九铁公司不服，向环评上诉委员会上诉，但最终被驳回