美北长老会、基督会、来复会均以南京为基地，再传入安徽省。差会在此开设金陵大学、金陵女子大学和金陵神学院，后者是目前中国唯一的全国性神学院。爱德印刷公司和基督新教社会服务机构爱德基金会也都设在南京。
山东.新教于1860年底由美南浸信会首先传入该省的烟台。次年，美北长老会传教士在登州（蓬莱）建立总堂。英国浸礼会亦传入山东，后来以青州为主要基地。以上为在该省传教较早而又最为成功的三个差会。1919年，山东的受餐新教徒人数居各省第二位，大部分集中于中部及东部一带乡镇中，人数最多的县份为平