5年后天主教耶稣会传教士也前往该地传教并教授当地人农牧及手工艺。1767年西班牙殖民者把耶稣会教士驱逐。18世纪，巴拉圭地区是南美洲最大的人口集中地区。1811年5月15日时巴拉圭脱离西班牙独立，由罗德里格斯遂行独裁统治。1840年法学教授卡洛斯·安东尼奥·洛佩斯继任后，始採较开放之政策，从事农工商业各项建设。1844年巴拉圭再设议会，已初具独立国家规模。洛佩斯之子弗朗西斯科·索拉诺·洛佩斯于1862年继掌政权，醉心军国主义。1865年至1870年间，巴拉圭发动了拉丁美洲史上最惨烈的战争——巴拉圭战