南向东北流经市区的长度为13.7公里，它与止于森德灵的相平行。辟有德意志博物馆的博物馆岛及其下游毗邻的均位于伊萨尔河面上。伊萨尔河在南部的市分区内深切入砾石平原，两侧为陡峭的壁缘。更低的市分区塔尔基兴便位于那里，它由伊萨尔左侧的隔开。断层崖在森德灵和特蕾西娅草坪的西侧更为明显。在伊萨尔河右岸，动物园和市分区坳均位于断层崖之下，至内城附近才再次接近河面，然后至市分区后逐渐消除高度差。其它的水流还包括有从施塔恩贝格湖流出并纵贯慕尼黑西部的、从佩拉赫东南部进入市区并在佩拉赫北部继续从地下流出的，以及伊萨尔河的