1820年，他的父亲生意失败并附上了债务，于是携带妻儿移民上加拿大金斯顿，投靠那里的亲戚朋友。麦克唐纳最初与另一家人同住，后来他们住在自家的杂货店里。初到加拿大不久，约翰的幼弟詹姆斯就被照顾他的仆人打死。杂货店破产后，他们迁居至金斯顿西面的海伊湾（大纳潘尼以南），又开了一间商店。1829年，麦克唐纳的父亲成为为美德兰地区法院法官。约翰·麦克唐纳的母亲对他有毕生影响，曾帮助他渡过婚姻难关，在死前都是他的动力。十岁前，麦克唐纳在当地学校读书。十岁后，他家凑钱供他到金斯顿美德兰区文法学校读书。五年后，麦克