1877年，奥塞内尔·查利斯·马什根据这些化石，把这种生物定名为异特龙属，并把其模式种正式命名为脆弱异特龙（"Allosaurus fragilis"）。种名"fragilis"来自拉丁语，意即「脆弱的」，是指牠们嵴椎骨的轻盈特点。在18世纪后期的化石战争期间，马什与爱德华·德林克·科普之间有过激烈的竞争。两人曾根据许多零散、相似的化石建立了数个属，但之后被证明属于异特龙，使得异特龙的发现与早期研究非常复杂。两人所建立的名称包含：马什命名的"Creosaurus"（意为「肌肉蜥蜴」）、"Labrosau