虽然从类型学的角度来看，阿伊努语和日语有相似之处；而从语言学及辅音变化又与韩语类似；但是一般认为，阿伊努语仍然是一种独立的语言，没有已知的证据显示它和其他语言有任何关联性。有时它会和古西伯利亚语言归类在一起（说接近印尼语），不过那并不算是一个正式的语言系属分类。大部分的语言学家相信阿伊努语和尼夫赫语所共用的词汇事实上是一种外来词的应用；阿伊努语和日语之间也有类似的共用词汇。另外还有学者发表阿伊努语和日语及阿尔泰语系关系的论述，但并没有获得其它专家的支持。近年来，以日语学家村山七郎为首的学者们，试图借由字汇