多明尼加解放党，先后担任该党中央委员会委员和政治委员会委员，负责党的的对外宣传和国际关系事务。1994年作为解放党副总统候选人，和解放党领袖胡安·博什联手参选失败。1996年的总统选举，费南德斯作为多明尼加解放党候选人，在第二轮投票中，得到总统华金·巴拉格尔领导的基督教社会革命党的支持，从而当选总统，随后于8月16日宣誓就职。费南德斯第一个总统任期进行了重要改革，他帮助提高多明尼加参与西半球论坛，如美洲国家组织和迈阿密首脑会议。多明尼加经济平均增长率达到7%，高于拉丁美洲同一时期的平均水平。多明尼加