担负运输职能，尤其是粮草运输。后期为了争夺某些战略要地，水军也开始作为独立的战斗单位。1949年后更形成两股截然不同且敌对的海上武装部队。
春秋时期.周景王二十年（公元前525年），吴国遣公子光率舟师沿江水（长江）逆流而上，进攻楚国，楚派令尹子瑕率舟师迎战于长岸（今安徽当涂西南）。子瑕指挥舟师大败吴军，缴获吴王座舟“余皇”。吴公子光派士卒潜伏在“余皇”附近以为内应，于夜间派兵袭击楚军。楚军大乱，吴军乘势进攻而大败楚军，夺回“余皇”。此为中国水战史上最早有战斗过程记载的战例。