、四国旅客铁道（JR四国）、九州旅客铁道（JR九州）一样，经营基底比较薄弱，所以成为政府机关的独立行政法人铁道建设运输施设整备支援机构国铁清算事业本部（成立当初称为日本国有铁道清算事业团）持有所有股票的特殊公司、股份公司形态的特殊法人，直到现在没有计划股票上市。设立当初，JR货物本身作为「第一种铁道事业者」，将持有的路线控制在最小范围之内。一部分的货物专用路线虽然是JR货物所有，两端有客运路线连接的货物线、有计划客运化的路线和已经决定的废止的路线，都属于管辖该区域的客运铁道公司所有。因此，JR货物列车运