李瑞腾接棒。同时，郑邦镇也是自2003年国立台湾文学馆正式开馆营运以来的首任馆长；并于其卸任前夕，获颁三等功绩奖章。2010年，郑邦镇担任五都改制后的台南市政府教育局首任局长。2013年11月1日，郑邦镇以台南市政府教育局局长身份前往探视九名因食物中毒住院的台南市崇明国中学生，陪伴多时；其后，疑似在闲谈间与学生及家长谈到学生手抖不停的问题，郑邦镇戏称：「拿个球棒把他们（学生）打昏，睡着了就不会再抖了！」次日11月2日台南市议员蔡淑惠质询此事，郑未承认此事。媒体追踪採访后，郑邦镇改向家长与学生表达歉意