南京城门不开，遂转赴镇江，获江苏巡抚杨文定收留，负责管理钱粮。太平军占领南京后，惠征被杨文定安排赴丹徒镇办粮台。咸丰帝震怒于地方官员临阵逃脱、丢失地盘，乃令新任安徽巡抚李嘉端严加追查，安徽布政使李本仁、按察使张熙宇、狼山镇总兵王鹏飞、副将赓音泰、游击德仁遭拿问；其中，布政使李本仁被判斩监候，按察使张熙宇、副将赓音泰因战败被判流三千里、发往新疆效力赎罪，狼山镇总兵王鹏飞被斩首。由于惠征当时未在安徽省境内，李嘉端不知道其情况，便将打听得到的消息呈报咸丰帝，称惠征对地方事务失职不理，不及时同安徽省内联络，怀疑