有像北海道上矶町以稜堡式的土垒与砲台建构成的松前藩戸切地阵屋这样，以军事目的修筑的阵屋。甚至于像函馆奉行所这种将阵屋发展到极限的状况。通常会有阵屋的地方，像幕府直辖地（天领）的代官所、一般在三万石以下没有城的小藩、各藩的郡代官所、大藩家老的领地或是旗本的领地。另外，领地拥有飞地的大名也会在上面设置分署型的阵屋。した。
三大阵屋.上总国饭野阵屋、越前国敦贺阵屋、周防国德山阵屋被称为三大阵屋。