中国科学院新疆分院是中国科学院的派出机构，负责联络和协调中国科学院在新疆维吾尔自治区的科研单位。该分院于1957年7月30日成立，1978年恢复建立。
地址.中华人民共和国新疆乌鲁木齐市新市区科学一街341号。
系统构成.中科院新疆分院系统包括4个独立法人单位：中科院新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。