之后接受了镰仓幕府的执权得宗家北条高时的偏讳「高」字，取名高氏。1333年（元弘3年），后醍醐天皇在伯耆船上山举兵反对镰仓幕府。镰仓幕府派足利高氏前往镇压，但足利高氏在丹波国篠村的八幡宫宣佈脱离幕府，支持后醍醐天皇，并攻破幕府设在京都的六波罗探题（元弘之乱）。不久以后镰仓幕府灭亡。足利高氏被后醍醐天皇当作讨幕的第一功臣，天皇将自己名字「尊治」中的「尊」字赐给了他，从此以后，改名足利尊氏。后醍醐天皇实施建武新政，失去了武士阶层的支持。北条氏的余党在关东发动中先代之乱。足利尊氏的弟弟足利直义当时镇守镰仓