亲一同辅助长治。永禄11年（1568年），率领别所一门加入被织田信长拥立而上洛的足利义昭之下等，在与信长採取协调路线的别所氏中担当外交事务。但是此时与对信长和羽柴秀吉不满的次兄吉亲交恶，于是在家督长治反抗信长（三木合战）时，持反对态度并成为浪人。天正13年（1585年），被秀吉赐予但马国内1万5千石。后来作为秀吉的家臣参与九州征伐和小田原征伐。之后在堺隐居。
子孙.妻子是福岛正则的姐姐，儿子正之成为正则的养嗣子（后来被废嫡）。次子宗治（主水）以旗本身份仕于德川氏，在大坂之阵