卓联合北方邻国准噶尔汗国的首领噶尔丹攻灭叶尔羌。一部分维吾尔人被噶尔丹迁至伊犁，为准噶尔人种田，被称为塔兰奇（种粮食人）。18世纪初，大清帝国消灭准噶尔汗国，并趁势吞并了天山南麓原叶尔羌汗国的领土。1755年，准噶尔统治时期被囚禁于伊犁的波罗尼都和霍集占（即大小和卓）被清军释放，派往回部（新疆天山以南地区）管理维吾尔人。其后大小和卓率兵反抗清廷的征服，终因寡不敌众、军力差距等原因失败，于1759年出逃，被巴达克山头人处死，尸首移交清廷。1758年，乌鲁木齐建立城市的雏形，清政府在这里开始修筑城堡，形成一