洋生物学背景的学者则坚持巨齿鲨与大白鲨的关系，而分类为噬人鲨属。主张古鲨属的学者认为巨牙鲨的祖先应为于始新世的"Otodus obliquus"，而大白鲨的祖先则为"Isurus hastalis"。
灭绝理论.由于巨齿鲨主要以鲸为粮食，因两极的海水变冷而不适合巨牙鲨生存，鲸因而可以逃避巨齿鲨的捕猎，令巨齿鲨缺乏食物而灭绝。其他解释指任何对食物链的影响，都会将庞大新陈代谢需求的猎食者淘汰。有些则指巨齿鲨未灭绝，仍然在今天生存，多部电影也以此为题材。天文学者猜测，于二百六十万年前