机车主要担当盟军专用列车和特急试运转列车的牵引任务。随着东海道本线的旅客列车编组日渐扩大，EF55型电力机车于1952年（昭和27年）转配属高崎第二机关区，与EF53型电力机车共同投入高崎线运用。1955年（昭和30年），EF55型电力机车参与了EH10型电力机车在东海道本线进行的120公里/小时高速运行试验。此后，EF55型电力机车亦被用于ED71型电力机车在信越本线碓冰岭区段进行的牵引和空转试验。1960年代，三台EF55型电力机车开始陆续报废。1962年（昭和37年），EF55-3号机车的电气设备