肺炎链球菌只有对万古霉素敏感，因它的剂量及入侵组织的问题，而不太适合使用。所以抗药性测试需要定期进行，以配合抗体治疗，但是对抗药性测试的临床效果却有着争议。现是只有少数临床证据指青霉素配合大环内酯类抗生素能产生增幅效用。更先进的β内醯胺类抗生素，如头孢菌素，会被用作配合其他药物，如万古霉素，以治疗脑膜炎及社区感染的肺炎。一种阿莫西林及克拉维酸的复方，称为奥格门汀，则用作治疗中耳炎。
预防.
美国疫苗.由2000年开始，美国建议使用一种七价的肺炎链球菌结合疫