废置很久，仓促间很难完全恢复，请求让漕司斟酌着调拨十二万石粮食，从淮河入海，改海运抵达天津。工部提供银两作为海船经费，此事得到明穆宗批准，然而海运最终仍未进行。第二年冬天（隆庆五年），梁梦龙调任右副都御史、河南巡抚。
神宗朝.明神宗即位后，张居正掌权，梁梦龙作为他的门生，受到重用，并担任户部右侍郎。万历二年，改任兵部右侍郎，曾去辽东奖励有功将士。后遇母丧丁忧，除服后，万历五年，担任兵部左侍郎，同年升任右都御史、总督蓟、辽、保定军务。李成梁在长定堡大破土蛮，神宗向宗庙报捷，并大加赏赐