二军军部兼，下辖阿克苏军分区、和田军分区、莎车军分区、焉耆军分区；迪化军区由第六军军部兼，下辖哈密军分区；伊犁军区由第五军军部兼，下辖伊宁军分区、塔城军分区、阿山军分区。1950年4月，撤销第一兵团番号。1951年11月，第二军兼喀什军区改称为第二军兼南疆军区。1952年4月，第九军军部井入第二十二兵团部。1952年10月和11月，伊犁军区、迪化军区分别缩编成伊犁军分区、迪化警备区。1953年5月，新疆军区把下属部队分别整编成国防部队、生产部队，第二军、第五军、第六军各2个师以及第二十二兵团5个师等部共