佛定为院长，内设中文、外语、数学、史地、政经、法律六系，及银行、艺术、师范三个专修科，学制四年。1944年1月，在皖南休宁万安镇创设安徽学院皖南分院，设土木工程、机械工程、农林三系，和银行、会计两个专修科。1945年日本投降后，省立安徽学院随省府迁至合肥郊区临河集办学，有500余名学生经转学考试入国立安徽大学，成为国立安大复校后最大的学生来源。学院因校舍破旧，交通不便，于1946年10月迁至芜湖赭山定点建校，皖南分院也同时迁至芜湖，与省立安徽学院合并。1949年4月，中国人民解放军占领芜湖，芜湖军管会接