不久，如皋发生烧毁教堂的事件，外国传教士提出了一些无理要求，他据理同这些传教士进行斗争。光绪二十四年（1898年）江阴发生了教堂被毁事件，美国驻上海领事出面干预，他拒绝干涉，保护中国的司法主权。光绪三十三年（1907年），他到北京协助开办资政院事务。宣统元年（1909年），他任浙江学务公所议长。1910年，陆元鼎逝世。