后来他曾参加广州非常国会，还参加了国民党一大、二大。北伐期间，常恒芳任安徽宣慰使，组织太湖、吴山庙起义，后来和柏文蔚部合组国民革命军第三十三军，任党代表兼政治部主任。抗日战争时期，他任第五战区安徽民众动员委员会后勤部长和组织部长。抗日战争胜利后，任国民政府监察院监察委员兼安徽文献委员会主任委员，筹办了淮南煤矿专科学校（今合肥工业大学的前身）。中华人民共和国成立后，董必武、李济深曾邀请他参加全国政协会议，他因病未前往。1950年3月23日，常恒芳病逝，享年68岁。