圣马格努斯大教堂的主教罗伯特·里德，他在1558年去世后将其财产遗留下来作为大学最初的创建基金，并由爱丁堡镇议会（Edinburgh Town Council）付诸实施，最终在多方努力下于1582年由詹姆斯六世颁发皇家宪章而成立。 因为当时的大学都是由教宗诏书创立的，这便非同寻常。 1583年，在一名年轻的圣安德鲁斯大学毕业生Robert Rollock管理授课下，大学正式成立。 这是当时苏格兰第四所大学，而同期英格兰的大学只有牛津剑桥两所。大学最初名为唐尼斯学院（Tounis College），1617年