寺之变，织田信长遭到明智光秀大军包围而死亡，虽然岳父是明智光秀，可是细川忠兴没有跟随，甚至拒绝明智光秀的邀请并攻打明智军的据点，同时间他将正室玉子幽禁，当玉子信基督教后，又下令领内禁教。在明智光秀死后，父亲藤孝退位，将宫津城交由他管理之后，自此他成为了羽柴秀吉（丰臣秀吉）的家臣，随秀吉参与小牧·长久手之战，忠兴在协助主力部队撤退时击退了织田信雄的军势。1585年就任从四位下，待从。之后听命参与九州征伐，也参与了讨伐北条氏的小田原征伐，并攻陷。文禄·庆长之役也有参与。在丰臣秀次事件中差点遭到连坐，在家臣的奔走