巡洋舰亦被编入护航运输队担负护航任务。在地中海和诺曼底，盟国重巡洋舰同战列舰一起担负登陆前的炮火准备及远距离火力支援等任务，摧毁了很多德国和意大利的岸防设施。在太平洋，美国和日本的重巡洋舰执行着类似的任务。但是由于水域广阔，这些任务变得更加困难。在爪哇海，日本和ABDA（澳英荷美四国联盟）舰队的重巡洋舰进行了一系列的水面战斗。之后在瓜达尔卡纳尔岛战役中双方的重巡洋舰都扮演了很重要的角色，包括炮击陆地目标和夺取制海权等。在战争末期的登陆战中，重巡洋舰亦执行了沿岸炮轰及为航母护航等任务。在这个时期大多数国家