为国民政府接收，台湾新民报改组，吴金鍊出任《台湾新生报》日文版总编辑。1946年10月25日该报日文版废止，改任报社副总编辑。1947年二二八事件爆发，事件中吴金鍊应群众要求于《台湾新生报》大幅报导事件消息，并恢复日文版。3月12日吴金鍊在报社被台湾省行政长官公署派人强行押走，一去未回。同时遇害的尚有该报总经理阮朝日亦被捕失踪；台中分社记者陈安南、嘉义分社主任苏宪章、高雄分社主任邱金山、高雄印刷厂厂长林界等台籍主管，全遭枪决。