包含菊池氏龟壳花、标蛇、斯文豪氏游蛇、雪山草蜥、斯文豪氏攀蜥、台湾蜓蜥等6种。立雾溪主流及其支流发现有21种溪流鱼类，其中包括台湾缨口鳅、台湾石宾 、大吻鰕虎及粗首鱲等特有种4种。园区昆虫至少有1,150种，其中蝶类就至少有239种，且有宽尾凤蝶、曙凤蝶等28种属台湾特有种；蛾类据初步调查，已发现至少有340种。甲壳类至少发现有22种，其中虾类至少有2科13种，其中以长臂虾科的12种所佔比例最高。蟹类至少有2科6种，分属于方蟹科的台湾绒螯蟹和字纹弓蟹，以及溪蟹科的扁足泽蟹、灰甲泽蟹、细足泽蟹和太鲁阁泽蟹