卫师团曾经在此进驻，所以都还维持着不错的状态。昭和十年（1935年）12月5日，以「大肚舍营所」的名义与其他的「北白川宫能久亲王御遗迹」一起被台湾总督府指定为史蹟。战后台湾义务教育普及，大肚国小曾暂借书院，作为邻近村落学子上课的教室，前国立清华大学校长陈文村即曾在磺溪书院接受小学一、二年级启蒙教育。但是战后，磺溪书院数度遭窃与变卖其庙产，在1959年时更遭逢八七水灾，屋宇与门墙都遭到严重的破坏。直到1984年大肚乡公所聘请着名建筑学者研究调查，1985年经由中央政府与地方政府出资进行修复工程，并且名列第三级