爆发后，1966年8月23日下午，太清宫内的碑塔、神像、钟鼎等被红卫兵全部拆除或砸碎，太清宫内保存的古籍、碑帖、书画等文物全部被焚毁或散佚，太清宫的文史及档案资料也全部被焚毁。文化大革命期间，太清宫停止宗教活动，房屋被工厂、学校、居民等占用。中共十一届三中全会后，辽宁省道教协会于1979年8月恢复工作，并于同年11月成立沈阳市道教协会。同年12月，辽宁省道教协会、沈阳市道教协会再次接管并进驻太清宫。1980年8月，辽宁省道教协会召开第三届代表会议，改选了第二届理事会。1962年11月，太清宫被沈阳市