安徽布政使迁往安庆后，在南京又设立江宁布政使，管辖江宁府和江苏省长江以北的三府二州一厅：扬州府、淮安府、徐州府、海州直隶州、通州直隶州、海门厅。
晚清：天国倾覆与近代的黎明.1853年，太平天国攻占江宁，定都于此，号“天京”，洪秀全兴建了豪华的宫殿。1864年7月，曾国藩弟曾国荃率湘军攻破天京后纵火杀掠。中央研究院近代史研究所创所所长郭廷以院士、在其所着《近代中国史纲》记载：“湘军‘贪掠夺，颇乱伍。中军各勇留营者皆去搜括’，……‘沿街死尸十之九皆老者。其幼孩未满二、三岁者亦被戳以为