受劳动改造。1975年，秦含章结识了营养专家索颖并与之结婚。1979年，在邓小平的指示下，轻工业部食品发酵工业科学研究所成立，秦含章恢复了职务。1990年，82岁高龄的秦含章退休。他一生中写下大量着作。2016年，索颖以93岁之龄辞世，秦含章与儿子住在北京市朝阳区。2019年8月15日13时，秦含章在北京市朝阳区逝世，享嵩寿111岁177天。