周围曾建有佛教和道教寺庙，但后来全部损毁。石窟群在海原大地震和文化大革命时期曾遭受大规模破坏，后来因严重风化和遭到盗凿而损毁严重。相关文物部门在二十世纪八十年代后对须弥山石窟进行了多次修缮。近年来，石窟受到风化的破坏。1982年，须弥山石窟被列为全国重点文物保护单位。
历史.须弥山石窟的开凿年代没有明确记载，根据现存石窟可大致判断其开凿时间为北魏末年。须弥山的开凿有几种说法，有说法认为是北魏政府为了转移人们对政府的不满，于是开始进一步鼓励崇佛修禅，大量的石窟在此阶段得以开凿，其中就