国家队两次赢得世界青年足球锦标赛冠军。在1991年决赛的点球决战中，鲁伊·科斯塔罚中了致胜的点球。可是由于当时葡萄牙国家队实力问题，在升格为正式国脚后，他始终未能赢得任何一项成年级别赛事的冠军，在2004年葡萄牙本土举行的欧锦赛决赛中，葡萄牙以0比1败给希腊，那场比赛也成为鲁伊·科斯塔在葡萄牙国家队的告别演出。鲁伊·科斯塔总共为葡萄牙国家足球队出场94次，攻入26球。