人成吉思汗于公元1219年入侵河中地区，灭亡花剌子模（Khwarezm），他在公元1227年去世之前，他将中西部的土地分配给了他的第二个儿子察合台，该地区被称为察合台汗国。1360年察合台汗国分裂为东、西两部，西部以撒马尔罕为中心，统治河中地区，后被帖木儿帝国所灭。公元 1369年，巴鲁剌思氏（Barlas）族的帖木儿（Timur）成为统治者，并把撒马尔罕（Samarkand）建为他未来帝国的首都。 河中地区在14世纪中叶的繁荣，为人所知。在此一时期，蒙古民族和其他民族在此融合。
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