靖四十二年），复置澎湖寨巡检司。1604年8月7日（明万历三十二年），荷兰东印度公司司令官打算进攻澳门，以作为与明朝贸易的基地。因被葡萄牙人击退，韦麻郎转而趁明军无汛兵防守时，率两艘船佔领澎湖。1604年12月15日（明万历三十二年），明军将领沈有容率兵到澎湖，要求韦麻郎离开。韦麻郎迫于此压力下，且无法顺利与中国贸易，因而离开。此事件留有《沈有容谕退红毛番韦麻郎等》碑，今仍竖立在澎湖天后宫中。1622年（明天启二年），柯恩总督获知西班牙人意图佔领台湾，遂派雷尔生（）率领600人进攻澳门，若失败则