构中，由于碱基之间的氢键具有固定的数目和DNA两条链之间的距离保持不变，使碱基配对遵循一定的规律，腺嘌呤一定与胸腺嘧啶或者在RNA中的尿嘧啶配对，鸟嘌呤与胞嘧啶配对。这就是碱基互补配对原则。它常被用来衡量DNA和RNA的长度（尽管RNA是单链）。它还与核苷酸互换使用，尽管后者是由一个五碳糖、磷酸和一个碱基组成。硷基对通常简写做bp（）；千硷基对为kbp，或简写作kb（对于双链核酸。对于单链核酸，kb指千硷基）；兆硷基对即百万对硷基简写作Mbp。人类也成功的将人造碱基对加入到了DNA中。