党外人士讥为「万年国会」。而国民党内部的权力斗争，终致于1990年发生国内大学生为了万年国会问题而发起的三月学运。为了使宪政回归正常，李登辉发动修宪，首先于1991年废除《动员戡乱时期临时条款》、制定宪法增修条文、并在1991年、1992年先后全面改选国民大会与立法院；修宪结果使原大陆地区选出之中央公职人员优遇退职、由台湾地区选出之全部新任国代修宪，最终达成总统的公民直选。与此同时，立法院于1992年5月16日修正刑法一百条，许多名列黑名单而流亡海外的异议人士得以回国，自此「政治犯」在台湾成为历史名词，思想