争时时期，转移至大后方，在四川、重庆继续执教。解放后，历任上海第一医学院病理解剖教研室主任，中华医学会上海分会理事，中华全国病理学会上海分会主任委员，《中华病理学杂志》副总编辑，中国医学科学院寄生虫病研究所特约研究员，复旦大学教授等职务。谷镜汧亦是《辞海》主要编写人之一。曾参与筹建浙江余姚的阳明医院。1968年7月19日，病逝于上海。