湾八七水灾后，领导部队救灾。1959年12月并赴美国参谋大学特别班深造。1960年12月晋升陆军二级上将。1963年调台湾警备总司令部襄助陈大庆将军，1967年7月继任警备总部总司令兼军管区司令，在任三年，直到1970年6月。任内发生「陈玉玺案」、「柏杨案」、「彭明敏潜逃事件」、「泰源事件」等，但蒋介石仍在其卸任时授予二等云麾勋章一座。1970年6月25日被授予陆军一级上将，同时被聘为总统府战略顾问。后当选为中国国民党第十、十一届中央委员。1975年台湾制片商曾向刘玉章索取在戡乱初期（1946年