同年任国民政府委员。在汉地唿吁和平统一，拥护抗日，举行九次时轮金刚法会。回到拉卜楞寺后，广宣佛谛。请嘉木样活佛等唿图克图传授密教各法灌顶。准备回藏时，受到英国大使和西藏噶厦的阻挠。1937年12月1日，九世班禅喇嘛于青海省玉树结古寺的甲拉颇章宫圆寂。在日喀则市扎什伦布寺，包含九世班禅喇嘛在内的，收藏从五世直至九世班禅喇嘛舍利肉身的灵塔殿都于文革期间被毁，文革后由十世班禅主持重建了五世直至九世班禅喇嘛舍利合葬灵塔。