2012年6月5日，穗莞深城轨广州至东莞段环境影响报告书公示，广州至东莞段正线全长17.934公里，设新塘站、中堂站、望牛墩站、望洪站4座高架车站，原计划的东莞麻涌站被撤销，东莞起点站改为中堂站，望洪站（后改名为东莞西站）将连接莞惠城际轨道和东莞轨道交通1号线。另外公示资料显示其余车站为洪梅、沙田、厚街、虎门火车站、虎门商贸城、长安厦边、长安金沙、海上田园（后改名为沙井西站）、和平（后改名为福海西站）、机场北、机场东，深圳段因沿线拆迁问题不再经沙井和松岗等地。报告书亦提到，线路建成后列车通过时会影响沿线