源赖信的次男赖清是村上天皇的皇子为平亲王之子源宪定（村上宪定）的女婿，为村上姓，也是类似的说法。其他还有伊予越智氏的庶流之说。
村上水军的活动.文献史料上，最早的记录是1349年（南朝：正平4年、北朝：贞和5年），能岛村上氏负责东寺领的弓削庄付近的海上警护。南北朝时代，掌握因岛、弓削岛等为中心的濑户内海制海权，在海上设关征收通行费，派遣引水人、负责海上警护等。战国时代，因岛村上氏臣从毛利氏。来岛村上氏臣从河野氏，村上通康改姓越智。能岛村上氏和河野氏保持友好关系，但是未臣属。之后