来只是一个亚科，到1882年才由Dobson提昇到科的层次。沟齿鼩科只有沟齿鼩属一个属，目前属于鼩形亚目，但从1999年开始有讨论质疑这个分类。沟齿鼩目前四个品种，当中有两个品种已经灭绝，另外还有两个品种生存。这些品种详列如下：目前没有发现任何早于更新世的沟齿鼩化石。