二十三年（1544年）秋，顺天巡抚朱方以秋防结束为由请求撤兵。不久，蒙古入侵，直逼近畿。世宗震怒，总督翟鹏遣戍，朱方杖死。御史舒汀揭发，朱方仅仅建议撤蓟兵，而撤宣、大，则是毛伯温与职方郎韩最之罪。世宗于是削伯温籍，杖韩最八十，遣戍极边。毛伯温归里，后背发疽而卒。穆宗即位，厚赐抚恤。天启初年，追谥襄懋。
家庭.曾祖父毛叙伦、祖父毛超、父毛荣。母杨氏。
着作.毛伯温工诗，有《毛襄懋集》18卷、《东塘诗集》10卷及《毛襄懋奏议》20卷。