水和河口栖息地，包括河流下游、红树林湿地和盐沼地。只有少数种类可完全适应于淡水环境，当中包括欧洲的淡水虾虎鱼（"Padagobius martensii"）。
分类.虾虎鱼科的分类经历了重大修正，虾虎鱼亚目下原有几个独立的科：蚓鰕虎科（Microdesmidae）、沙鰕虎科（Kraemeriidae）及辛氏微体鱼科（Schindleriidae）目前都被并入本科。相反的，本科除了原有的虾虎鱼亚科（Gobiinae）保持不变外，以下四个过去曾归类于本科的亚科均已被独立出来成为另外