后6年被取消授课资格，只领基本工资，直到1996年才重返课堂。1999年，笑蜀的作品《历史的先声》和《刘文彩真相》出版，旋即被查禁。2002年到2005年任北京的《中国改革》杂志执行主编，后因当局压力离开北京。2005年，笑蜀离开北京市到广东就职《南方周末》高级评论员。2011年3月，笑蜀被逐出《南方周末》，笑蜀自称为“放学术假”。2012年9月11日，笑蜀的新浪微博账号被政府当局注销。
公民活动.笑蜀是中国公民社会与公民运动的主要倡导者之一，中国新公民运动理论的主要贡献者。