子足球联合会併入亚洲足协女子足球委员会，陈瑶琴担任委员会主席至2002年才卸任。随着年纪渐长及健康情况出问题，陈瑶琴有意退出女子足球事务，她于2012年1月透露，获得香港足球总会总干事麦国栋支持，将会重新推动女子足球青年训练事务。直至2012年，香港足球总会正式接办香港女子足球联赛，陈瑶琴正式放手掌管了四十多年的香港女子足球事务。