尼亚巴隆哥河发源于卢安达西南部，大致位于基伏湖的东边。先向北流，再向东南流，其后注入蒲隆地边境的瑞鲁湖。自该湖流出的河段称为卡盖拉河，沿着卢安达与蒲隆地、坦尚尼亚的边界而流，与鲁武武河汇流后转向北流，其后转向东沿着坦尚尼亚与乌干达边界而流，最终注入维多利亚湖。