拒但推荐许信良，并将办公室主任郭文彬委託陈照顾。陈就职后在唐飞内阁总辞后组建少数政府，不利政局稳定，施明德建议陈总统在立法院组成多数执政联盟，陈总统拒绝后，施明德遂退出民进党。施明德认为，二十一世纪台湾必须面对全球化的挑战，遂与许信良、陈文茜、朱云鹏和温世仁等十多位学者和企业家共组『山盟』，计画提出二十一世纪台湾的新愿景。2001年与2004年，以无党籍参选人身分于台北市北区参选立法委员，皆未能当选。其中2004年的诉求是推动内阁制，不问蓝绿只要黑白。2002年，参选高雄市长，主张高雄应成为自由港，