水扁在仪式致词时发言，「要把纪念堂的牌坊上的『大中至正』四字改为『自由广场』」。2007年6月7日，在国民党立法院党团的主导下，立法院正式废止教育部提出之《国立台湾民主纪念馆组织规程》及《国立台湾民主纪念馆办事细则》，同时针对教育部的违法越权行为提出弹劾。除此之外，原中正纪念堂正堂（即蒋中正铜像所在大厅）的大型铜门，在改名前后就以「整修」的名义对外关闭，参观民众只能由一楼楼梯前往。经过五个多月的「整修」后，二楼正堂于2008年1月1日重新对外开放，并由陈水扁总统亲自主持开馆典礼。并以「空间解严」的概