分别逃往上海、湖南。7月12日，李烈钧在江西湖口宣告独立，“二次革命”爆发。8月4日，袁世凯下令将宁调元“在鄂就近讯明，按法惩办”。9月25日，宁调元、熊越山以“内乱罪”被处决于武昌抱冰堂，宁调元年仅30岁。后来宁调元归葬家乡醴陵西山。北伐成功后，国民政府主席林森下褒扬令称：“先烈士宁调元，赋性英毅，学术湛深，早岁奔走革命，屡濒危难，矢志益坚。癸丑之役，联络长江各省密谋响应，尤着勋勤……”国民政府还拨款为宁调元修墓、建太一亭，位于如今的仙山公园内，太一亭内有两块青石，一块刻有国民政府主席林森褒扬令，一块