·拉登与其他一些基地组织成员讨论袭击活动，显示本·拉登对事件事先确实知情。袭击事件发生大约1年多后，一封据称是奥萨马·本·拉登的亲笔信寄往全球各大媒体，信中解释发动恐怖袭击的理由。这些理由包括美国在中东地区的大量军事干预，西方通俗文化的氾滥（主要是对性、酒精的开放观念，这些观念对于拉登、基地组织、塔利班政权或其他一些伊斯兰基本教义派而言根本无法接受）等。这封信件在很大程度上被轻视，而美国政府依然坚持，发动袭击的主要原因是恐怖份子的反美情绪爆发。袭击事件发生后，美国政府处于高度戒备状态，严防类似恐怖袭