《松烟》，荣获时代评论奖及观众票选最佳节目；2004、2005年，《松烟》、《狂草》获台新年度表演艺术奖；2006年，德国《国际舞蹈》与《今日剧场》杂志邀请欧陆重要舞评家，共同遴选「行草三部曲」为「年度最佳舞作」。1999年，林怀民获颁被称为「亚洲诺贝尔奖」的菲律宾「麦格塞塞奖」「新闻、文学与创造性沟通艺术奖」。2003年，台北市政府将云门三十週年特别公演的首演日8月21日，订定为「云门日」，并将云门办公室所在地的复兴北路231巷定名为「云门巷」，「肯定并感谢云门舞集三十年来为台北带来的感动与荣耀。