棉花屿、花瓶屿野生动物保护区位于台湾基隆市外海的棉花屿、花瓶屿及两岛周围海域，为依据《野生动物保育法》公告之野生动物保护区。此处保有火山地质，且是台湾北部唯一的海鸟繁殖地。保护区周围海域也是重要经济鱼种的产卵及育幼处，因此内政部计画将扩大两岛屿和彭佳屿的管制范围，甚至是成立国家公园。
保护区范围.保护区合计陆域面积16.38公顷、海域210公顷，总计226.38公顷。包括棉花屿陆域13.3公顷，由陆域低潮线向外延伸五百公尺的海域面积188公顷，总计达201.3公顷。花瓶屿陆域面积为