伊萨尔河水改善到可以游泳。通过在污水处理厂装设紫外线来杀菌水中细菌的数目得以骤减。但由于降雨时陆地上的水大量冲入河中，因此水的质量无法保持恒定。今天慕尼黑河两岸的感染警告的牌子虽然全部被拆除，但是水的质量依然无法达到一级的水平。伊萨尔河畔有一系列自然保护区和风景保护区，一些石滩被指定为鸟类保护区。这些保护区是迁徙的水鸟的重要休息地，至今为止在伊萨尔河畔已经记录到260多种不同的鸟类，其中包括受危害的普通燕鸥和蓝点颏。早在1902年在慕尼黑就已经成立了一个伊萨尔河谷俱乐部，其目的在于保存伊萨尔河的美景。