初二时，明朝的北伐军大破大都（今北京）。八月下旬，有鉴于形势有变，在权衡开封的利弊后，朱元璋最终决定定都南京。明成祖永乐八年（1410年）黄河泛滥，这一年秋，河堤决口，坏开封旧城，致使1.4万户人口罹难，淹没农田7500余顷，到十二月又坏城200余丈。明思宗崇祯十五年（1642年）李自成的叛军三次攻打开封，在第三次攻城中，为了水淹叛军，官兵趁黄河涨水，连夜开挖城北的朱家寨和马家口，顿时开封变成一片汪洋，城里水深数丈，整座开封城，淤于水下，全城37万人只幸存3万人。清朝统治中原后，于1662年重修了开封城