家祠内供奉的牌位，据统计有上万块之多。日军佔领广州期间，陈家祠并未遭遇严重损毁。中华人民共和国成立后，1957年，进行了全面维修。1959年，陈氏书院被政府辟为广东民间工艺博物馆，从此停止祭祖功能。1964年对头门和聚贤堂进行维修。1966年文化大革命期间，万块牌位尽被烧毁，尽余两块倖存。两栋坚厚的木大门上的两个门神公，被人用凿子挖成大坑洼。大厅两面的壁画被凿毁。1981年再次重修，1983年重新开放。政府重修陈家祠时，将木大门、墙壁用涂料填充平整，请门神画原作者陈略用中国画传统工笔按原貌绘制。