林清耀早年在新加坡莱佛士书院念书，并于1991年荣获总统奖学金和武装部队海外奖学金。他前往英国剑桥大学研究机械工程学，毕业后获得文学士（第一荣誉）学位。2008年，他获得李光耀研究生奖学金，在新加坡设有分校的欧洲工商管理学院修读工商管理学，毕业后获得工商管理硕士学位。林清耀于1990年12月加入新加坡武装部队，在陆军部队工作，1991年8月被任命为一名精卫兵军官。他所担任过的职务包括：第一精卫兵营营长（2003年－2005年）、第七步兵旅旅长（2009年）、第三师师长（2011年－2013年）和陆军总参