吉举办围棋全国大会，由日海及当代许多高手互相对弈，日海表现优异，赐予朱印，俸禄二十石、十人扶持。同时受命制定棋类相关规则、制度，位列棋士领头，被认为是碁所的发端。
本因坊时期.1598年日渊辞去寂光寺住持，日海接任，并入寂光寺七塔头之一「本因坊」。1603年德川家康得势，于江户成立幕府，由于家康亦好围棋，招待日海前往江户；因此日海将寂光寺住持让与师弟日荣，并改用本因坊算砂之名前往江户，家康破格授予三百石俸禄。1608年与林利玄对局于家康御前，另与进行将棋对局，其对局谱为史上最古