特战司令部委任于加州圣地牙哥的海军两栖基地，而职责是要替海军特战部队分派任务以及拟定战略及政策。2002年持久自由军事行动位于菲律宾时，三栖特战队也被包含在刺杀阿布沙耶夫首领的行动中。2002年3月，三栖特战队也有参与阿富汗战争森蚺行动中。2003年的美伊战争也是一样。2011年5月1日三栖特战队参与了美国在巴基斯坦的军事任务行动，成功将盖达组织首脑宾拉登击毙。2011年8月6日凌晨，美军直升机在阿富汗突击塔利班指挥官驻所时，被塔利班民兵以火箭砲击落，有30名美军和7个阿富汗政府军身亡，其中22人是三栖