本州、四国、除却冲绳的九州）安全为作战目标而制定的「帝国陆海军作战计画大纲」，对位于本土的军队编制进行根本上的调整。第16方面军于同年2月6日，以九州地区为作战地域组建，最初归属防卫总司令部的指挥下，其后于4月8日划归新设立的第2总军指挥下，准备与同盟国军进行本土决战，但尚未交战日本陆军就已无条件投降。值得注意的是，第16方面军司令官由西部军管区司令官兼任，军管区司令官直接隶属于天皇统率。此外，参谋长、参谋副长等也由西部军管区的相关人员等兼任。