由榔一家被软禁于木屋内，由寺庙的僧人送来饮食，勉强活命。软禁期间，朱由榔生了一场病，他曾后悔表示：“当日朕为奸臣所误，未将白文选封亲王，马宝封郡王，以致功臣隳心，悔将何及？”自此，永历帝已经完全失去抗清复明的斗志。顺治十八年十二月初一日，清军迫近缅甸阿瓦，缅甸王将永历帝献给吴三桂。被押回云南昆明，圈禁在世恩坊原崇信伯李本家中。永历十六年四月二十五日（1662年4月14日，清康熙元年），永历帝在昆明篦子坡被清军用弓弦勒死，家属押送北京。吴三桂因功，进封为亲王。