根据庙方所立的〈沿革〉碑之说法，该庙创建于明万历八年（1579年），之后在万历卅九年（1610年）、崇祯十五年（1642年）、永历卅一年（1677年）等年重修。日治时期的《台南州祠庙名鑑》记载该庙是创建于咸丰十一年（1861年）左右，不过康熙年间的《诸罗县志》已有此庙的记载。此外庙方沿革碑则称咸丰十一年（1861年）是该庙第八次重修，此次重修并将庙名改为「懿德宫」。
发展.姑妈宫相传因为神威显赫，清廷因而赐与樟木制成的「下马牌」与木制「圣旨牌」，但下马牌据说在道光三年（1823年