支持段祺瑞，同年11月，段祺瑞成立中华民国临时政府，就任临时执政，黄郛内阁倒台。黄赴天津寓居。
国民政府的活动.1926年（民国15年）11月，国民政府北伐期间，蒋介石入南昌。翌年1月，黄郛南下参加国民政府。同年7月，任上海四一二事件后的上海特别市首任市长。1928年（民国17年）2月，就任国民政府外交部长。同年3月，黄郛负责处理第1次南京事件的善后事宜，同美国缔结双边协定（其他诸国由其后任王正廷缔结协定）。同年5月，济南事件发生，黄郛在事件发生时正在济南，但和蒋介石一起从当地