团设置派出机构4个，直属单位33个，工程建设指挥部10个，拥有8个营运合资公司，另有10个在建合资公司。公司下辖52个运输站段，5个运输辅助单位，此外还有实业、旅游、广告、房地产、外经外贸、经济技术开发等36家非运输企业。深圳平南铁路有限公司由深圳市地铁集团佔75%，广铁佔25%，目前正进行改拆工程。中国铁路（香港）控股有限公司为在港销售国铁车票唯一代理，于红磡站及香港西九龙站设有柜位，同时持有位于尖沙咀的铁路大厦部分楼层，以及位于九龙塘的机车司机休息室。动车段负责大规模、大范围、各个等级（一级至五