菌限制修饰系统的一部分。细菌的基因在整个基因组中定期进行甲基化。甲基化酶能识别某特定序列并进行甲基化。没有以这种方式进行甲基化的基因则被引入到细胞中被序列特异性限制内切酶所降解。而细菌基因组DNA则无法被这些限制性内切酶所识别。DNA甲基化作为一种原始免疫系统，使细菌保护自己免受噬菌体的感染。在DNA多态性检测中，这些限制性内切酶是限制片段长度多态性（RFLP）测试的基础。
化学甲基化.在有机化学中甲基化指的是转移甲基（CH3）基团的烷基化过程。此过程经常采用亲电子的甲基源，如碘甲