发佈全国戒严令，从此金门县进入戒严。民国38年（1949年）年初，改为金城、沙美、烈屿、大嶝四区区公所。8月17日，福州被解放军佔领，福建省政府随着中华民国国军从福州市迁至金门，金门乃成为福建省省会所在地。同年10月，解放军进佔福建沿海，中华民国国军自嶝岛群岛（大嶝、小嶝）撤退，古宁头战役爆发，金门全境进入「军管时期」，同年11月古宁头战役结束后，金门县政府建制被撤销，中华民国国军将金门全境划分为金东、金西、烈屿三个军管区，各设民政处管辖地方行政，下辖城厢区、金城区、金盘区、沧湖区、碧湖区、金沙区、烈屿区、