79年之前还包括了如今属于奥地利的因河河谷。在选侯国内部，有相当数量的独立飞地和司法管辖区，包括了地处上普法尔茨的普法尔茨-诺伊堡公国和普法尔茨-苏尔茨巴赫公国，他们也是维特尔斯巴赫家族的分支；还包括了弗莱辛、雷根斯堡、帕绍三个主教采邑，和帝国自由城市雷根斯堡。为了方便管理，巴伐利亚于1507年分成了4个二级行政区: 慕尼黑、布格豪森、兰茨胡特和施特劳宾。三十年战争后，安贝格成为了第五个二级行政区。1802年，首相蒙特格拉斯撤销了这些行政区。1805年，就在升格为王国前夕，蒂罗尔州和福拉尔贝格州内的一些飞地