多数湖泊面积不足1平方公里，湖水通常很浅，在1.5米至4米之间。构造湖较风蚀湖深一些，面积也更大。内蒙古自治区兼有淡水湖、微咸湖和咸水湖，咸水湖中还包括盐湖、碱湖、硼砂湖和芒硝湖等。面积超过100平方公里的湖有七个，即唿伦湖、贝尔湖、达里诺尔、乌梁素海、岱海、黄旗海、库勒查干诺尔。其中，唿伦湖是中国北方第一大湖、全国第四大淡水湖。内蒙古自治区湖泊生态系统较为脆弱，湖水浅、淡水湖少、盐湖多、易盐化、易干枯。由于气候变化和人类活动，内蒙古的湖泊受到威胁。农牧交错区主要的人为因素是灌溉用水，而牧区的主要原因是煤炭