广佛线。为方便行人进出，付费区设于2号线站厅西侧以及广佛线站厅南侧，收费区内设有多组扶手电梯及一组楼梯可供乘客来往不同线路的月台，亦设有1台贯通两线站台的专用电梯。此外，南洲站在站厅层非付费区内设有便利店、面包糕饼店等车站商店。站内亦设有建设银行自动柜员机、自动售卡/充值机以及好易自助服务机。本站的母婴室设于广佛线站厅西侧的非付费区处。
月台以及换乘.南洲站设有两个岛式月台，其中2号线月台设于东晓南路南延线的地底，广佛地铁月台则设于南洲路南侧的地底。两线月台组成一个「7」字