士毅军败退，干隆帝又将他调任两广总督。诏书未至，福康安上疏请求前往两广掌事。干隆帝嘉奖福康安的忠诚，说：“大臣把国家看作自己的家庭一样休戚相关，就应当像他这样。”阮惠更名阮光平，乞求投降，福康安为之上疏陈情，请求罢兵，干隆帝批准。七月，和珅之弟、巡漕御史和琳参奏湖北按察使李天培用湖广粮船私运木材，由此讯得福康安捎信索购一事，干隆严旨令福康安自劾，罚其三年的总督养廉银，加罚公俸十年，革职留任，但马上即减免。
平定廓尔喀.干隆五十五年（1790年），廓尔喀军队侵入西藏，意图抢掠遍布各地