努尔哈赤伐明，侵略懿路、蒲城，命令莽古尔泰以所率部队驱逐敌军，莽古尔泰率健锐百人追击明兵至浑河才退军。天命六年（1621年），镇江守将陈良被策反投毛文龙麾下，莽古尔泰偕代善迁金州居民至复州。天命十年（1625年），攻克旅顺口。同年，察哈尔林丹汗入侵科尔沁部，围攻克勒珠尔根城，莽古尔泰前去救援，至农安塔，林丹汗遁走。天命十一年（1626年），努尔哈赤讨伐喀尔喀巴林部，先命诸贝勒侵略钖拉穆楞，众人皆以乘马疲乏不能前进；莽古尔泰独自领兵在夜间渡河攻击，俘获无数。天聪元年（1627年），攻击明军右屯卫，又以