行第一届民选总统选举，辛文炳因认同李登辉「台湾利益优先」论点，接任李登辉阵营台南市竞选总部主任委员。之后受总统李登辉敦聘为总统府国策顾问。辛文炳服膺于台湾地位未定论，认为国民党统治台湾属于「外来政权的非法统治」，早在1964年赴美国访问时，即在接受波多黎各广播访谈时坦承国民党是外来政权。晚年辛文炳热心于推动台湾加入联合国。1998年12月，辛文炳表示不能认同台湾属于中华民国的看法，认为台湾前途应由台湾人民共同决定，遂主动辞去总统府国策顾问。七个月后，李登辉总统发表两岸是「特殊国与国关系」。1999年