进入学术界后，蒋永敬任教于东海大学、辅仁大学、政治大学等学校的历史学系。1979年担任政治大学历史研究所专任教授兼所长。1987年台湾解严，之后他时常往来于台海两岸，热心参加学术与政治活动。1998年担任海崃两岸和平统一促进会副会长（会长是前立法院院长梁肃戎）。2018年4月26日2时36分，蒋永敬病逝于台北市立万芳医院，享耆寿96岁。