塞克逃离捷克斯洛伐克。1948年4月30日，雅努塞克因为尝试逃离捷克斯洛伐克被逮捕，随后于5月2日被转移到布拉格城堡区OBZ控制的一处监狱中。一个高级军事法庭于6月17日判处雅努塞克18年监禁，剥夺他的军衔，大学学位和荣誉。12月30日，法庭驳回了他重新审判的要求。但在1949年2月9日，雅努塞克被重审，他的刑期被增加到了19年。他提起上诉，但是上诉法院于5月26日认定审判有效。雅努塞克被囚禁在比尔森的波里监狱。曾经有一位狱卒给他提供了一份越狱计划，但雅努塞克认为和上次一样是个陷阱，因而拒绝了他的计划。