第一集团军改编为20个师，其余各集团军为10个师。除了各集团军外，蒋提出另外在全国编制20万人宪兵维持治安。若算入宪兵后，中央军力明显优于其他集团军。由于裁军将大幅削弱军阀实力，遂引起各派系疑虑。这使各军事派系关系开始紧张，地方实力派如阎钖山、冯玉祥、陈济棠与桂系李宗仁等不满军队被削，过去赖以为生的军权，等同被蒋变相併吞，故开始进行反南京国民政府之举动。1929年3月，新桂系李宗仁、白崇禧和黄绍竑先和蒋中正决裂，爆发蒋桂战争。蒋一方面拉拢桂系部队，另一方面以武力进攻，最终桂系溃败，李、白、黄于6月出走海