医院毁于1945年3月1日的台南大空袭之中，其长女韩淑英亦不幸罹难。
战后.二次大战后，韩石泉被聘为自治指导员，协助国府接收工作，后来更担任中国国民党台南市党部指导员。1946年4月15日他当选为台湾省参议会第1届参议员（选区台南市），任职期间曾协助处理教育处长范寿康的失言事件，而在二二八事件发生时，提出「不扩大，不流血，不否认现有行政机构，政治问题用政治方法解决」的四大原则来处理台南市的动盪，降低台南市所受到的影响。1947年韩石泉参加区域性国大代表选举，然而当时「某方面已属