府签订《中英续订藏印条约》，英国承诺不干涉西藏内政，不侵占西藏领土。18世纪50年代，干隆皇帝的军队征服了天山南北，确立起了清朝的统治。1884年以前，对于这块人种、宗教复杂的领土，采取了与内地不同的行政军事制度。清朝把伊犁作为这一地区的行政中心，置将军于此，统帅全疆军队。此外，还在迪化（乌鲁木齐）设置都统，在塔尔巴哈台（塔城）、喀什噶尔设参赞大臣以协助伊犁将军。清初驻军总数约1.5万人，后维持在1万至2.3万人之间。在这块特殊的地区，驻军的组成也较为复杂。新疆的驻军主要是旗人，也有不属于八旗的蒙古