水塘及郊野公园进行植林工作，现已成为香港林木覆盖状况最好的地区之一，绿树林荫。树种主要有原生树种大头茶及浙江润楠，及人工种植的湿地松、台湾相思、红胶木、水楠、木荷、黧蒴锥、黄牙果、包衣椆、布渣叶及细叶榕等。成龄的混合林和林中的山涧，是两栖动物理想的栖息地。有记录的两栖动物最少有七种：包括黑眶蟾蜍、短脚角蟾、香港湍蛙、小棘蛙、沼蛙、大绿蛙和斑腿泛树蛙。另外爬虫类有变色树蜥，还有被放生的中国水龙(长鬣蜥)和红耳龟。水塘和河流为水鸟及林鸟提供了湿地生境，公园内常见的鸟类有黑鸢(麻鹰)、白头鹎、红耳鹎、麻雀