宗教寺院、教堂和会所也受到冲击。1950年春，中华基督教青年会全国协会出版组主任吴耀宗、涂羽卿、邓裕志、艾年三及崔宪详等人组团走访各地教会。由于该团是由基督教中的政协委员召集，故吴耀宗为团长。4月吴耀宗等人又联同北京、天津部分教会人士共19人（邓裕志、刘良模、涂羽卿、崔宪详、艾年三、赵紫宸、陆志韦、江长川、王梓仲、高凤山、庞辉亭、赵复三、凌俞秀霭、陈文润、刘维诚、杨肖彭、邓锡三、霍培修），与国务院总理周恩来举行三次会面，反映基督教面临的问题，并提交《关于处理基督教问题的初步意见》，请求共产党政府妥善处理。