新审查九铁网络整体规划，九广铁路公司宣佈会搁置沙中线，而会用「沙田至红磡线」和东铁延长过海代替。2004年10月24日，九广东铁尖沙咀支线正式启用，列车从红磡站延至尖东站为终点。2004年12月21日，马鞍山支线通车。2005年11月6日，九龙南线正式动工。2007年7月12日，九广铁路公司和地铁有限公司宣佈了沙中线的合併方案。2007年8月15日，历时3年多建成的落马洲支线正式通车，落马洲站、香港落马洲支线管制站及深圳福田口岸正式启用。
两铁合併.政府计画把地