世圆仁开始，成为有太政官官符任命的官方役职，持续到明治4年（1871年）。也有相当多人受数次任命，如慈圆・尊圆法亲王等4度就任天台座主。中世以降，摄家门迹、宫门迹的制度成立，特别是妙法院・青莲院・三千院（天台三门迹）的法亲王就任天台座主者渐次增多。室町时代也有出自足利将军家者，也有成为天台座主后还俗，就任将军之例，如尊云法亲王（还俗后之护良亲王）、义圆（还俗后之足利义教）等。元龟2年（1571年），正亲町天皇的皇弟觉恕法亲王因织田信长的比叡山烧讨逃往甲斐，受武田信玄保护。江户时代，日光山轮王寺作