原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、川越县、山上县、宫川县、宫津县、吉见县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1889年日本实施町村制，现在的甲贺市辖区在当时分属、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、共21个行政区划；在1940年代至1950年代期间，这些行政区划先后整併为位于北部的、位于东部的、位于西部的、位于南部的和共五个行政区划。2004年这五