为「隧道定线」和「海岸定线」。然而，踏进2010年代，香港填海工程备受争议，因此有关计划连同附属填海计划均需检讨。有保育团体认为隧道走线是不需要採用弧形，大规模的填海亦会破坏将军澳西部仅余的天然海岸线。而和将军澳－蓝田隧道连接的T2主干道亦将会受到《启德发展计划》的检讨的影响，隧道的定线有可能因应T2主干道而改变。2010年8月27日，土木工程拓展署向西贡区议会提交最新的三个新方案，皆以保留天然海岸线为前提。署方倾向第三方案，即取消收费广场人工岛和採用直线隧道。此与于2008年开始，保育团体和人士所提倡