府征收土地及地方官民集资后，在御遗迹所东侧兴建神社，台南神社在1920年9月动工。裕仁皇太子曾在神社完工前的1923年4月造访此处，并手植了一棵榕树。1923年6月，台南神社竣工，1923年10月28日举行镇座式，并由北白川宫家奉纳了一付由备前康光制作的太刀，台南神社工程总花费256,875圆（含土地征收费6万圆），祭神为北白宫能久亲王，例忌日为能久亲王之忌日──10月28日。台南神社占地约六千坪，包含了本殿、拜殿、手水舍、社务所、中门、仓库等设施，材料皆使用阿里山或八仙山产的桧木，并设有两座鸟居，神社入口