远征漠南蒙古的察哈尔部，最终在1634年击败了他，林丹汗献传国玉玺投降。随后，漠南蒙古各部归附后金，皇太极被他们推戴为蒙古大汗，改国号为大清。在清朝初年，蒙古分为漠南蒙古（札萨克蒙古）和漠北蒙古（喀尔喀蒙古）两部分。喀尔喀蒙古又分为札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部三大部落，被称为“外喀尔喀”，即外蒙古。此外还有天山以北的准噶尔部和青海的霍尔三十九族部落，也是蒙古人部落。
三征准噶尔.17世纪中期，准噶尔汗国噶尔丹称汗后，势力渐强，占据了天山南北，康熙二十七年（1688年）五月