，独立设置台湾监牧区，教务仍由道明会神父所主持，教座则设置于高雄。第二次世界大战爆发前，台湾天主教会转为日本籍神职人员负责。在日本统治的这段期间，台湾的教会体制逐渐完备。
教育敕语与基督教关系.1890年10月30日，日本颁佈了教育敕语作为思想教育主轴，宣读完要对天皇签名行最敬礼。终战前日本天皇具有神格地位，此举对基督教而言形同偶像崇拜，也因此发生了内村鑑三不敬事件。1895年日本开始对台殖民统治，教育敕语也在此实施而产生政府与教会间的紧张关系。
无教会主义.