户前往京都。1565年1月31日抵达京都，但是对于将军足利义辉与室町幕府威信的旁落感到失望。在混乱的战国时代艰困的在京都、近畿地区负责传教的工作。1569年弗罗伊斯与上洛的天下新霸主织田信长在建筑中的二条城初次见面。织田信长对既存的佛教反感，从火烧比叡山等事可以得知，但是信长对于南蛮事物很感兴趣。弗罗伊斯得到织田信长的信任，被准许在畿内传教。弗罗伊斯与1570年来日的义大利传教士奥尔冈蒂诺（Organtino Gnecchi-Soldo）一起在京都进行传教活动，得到许多信徒。弗罗伊斯的着作中提到织田信长