这一区域的行政中心，当地出现了行政院、审判法庭等设施。1491年，随着日内瓦伯爵的逝世，阿讷西重归萨伏依。1514年，萨伏依公爵卡洛二世将阿讷西分封给其长兄，后者于1528年获得内穆尔公爵爵位，由此创建了。1536年，菲利普之妻夏洛特（）主持扩建阿讷西城堡，在堡内新增了内穆尔房间（），同时创建了会，并对阿讷西城内的多处建筑进行了翻新和美化。在宗教方面，1530年初，日内瓦使得当地的天主教权力重心转移至阿讷西，阿讷西逐渐成为日内瓦天主教的主要教区。1602年，圣方济各·沙雷氏被晋升为日内瓦教区天主教主