历末年重设。明朝，兵部尚书、或侍郎或都察院右都御史参与协理京营戎政，掌管京营操练。永乐年初设置三大营（神机营、五军营及三千营），总属武将。景泰元年，设提督团营，命兵部尚书于谦兼领，之后罢去。成化三年，再设，以本部尚书或都御史兼任。嘉靖二十年，命尚书刘天和辍离部务，另给关防，专理戎政，之后改由兵部侍郎协理戎政。万历九年裁革，十一年复设。天启初年，增设协理一人，后革除。崇祯二年，再设，以庶起士刘之纶为兵部侍郎担任。