受毛派遣与井冈山当地地方武装王佐、袁文才谈判，成功地将部队带上井冈山，后负责对袁、王部队的改编工作。1928年4月，朱德率部到达井冈山，同毛泽东会师，组建红四军，何长工任三十二团党代表。1929年1月，红四军向江西南部进军，何长工率赤卫军等在井冈山坚持游击战。其后，彭德怀率部返回井冈山，任红五军五纵队党代表，参与开辟鄂东南根据地。1930年，前往上海参加苏区红军代表大会。5月，何长工升任红八军军长，进入红一方面军前敌委员会，随部队进攻长沙。1932年3月，任红五军团红十三军政委，负责对宁都暴动部队的改编