对他说：“我不知还能活多久，你现在担任萨桑寺寺主吧，要管理好寺院。”随后萨桑上师授其《密续事部》经典以及铃杵、法螺，并授其法王继承人之位。从29岁至49岁，贡噶桑波主持萨桑寺20年时间内，每年夏季和冬季讲法，春季和秋季传授灌顶以及经教戒律。当时，卫、藏、康区请其授沙弥戒及比丘戒的人逾万人，请其授灌顶、经教的人更多。49岁时，因寺院僧人过多，俗事干扰严重，贡噶桑波准备赴纳萨普日追、桑木林日追（均是山间寺院）讲经，但问卜之后未能如愿，便改去埃旺日追。因在当地说法诸事业昌盛，供养甚丰，故新建经堂，其内供奉尼泊