:分类.变形菌门根据rRNA序列被分爲五类（通常作爲五个纲），用希腊字母α、β、γ、δ和ε命名。其中有的类别可能是併系的。α-变形菌除包括光合的种类外，还有代谢C1化合物的种类、和植物共生的细菌（如根瘤菌属）、与动物共生的细菌和一类危险的致病菌立克次体目。此外真核生物的线粒体的前身也很可能属于这一类（参见内共生学说）。β-变形菌包括很多好氧或兼性细菌，通常其降解能力可变，但也有一些无机化能种类（如可以氧化氨的亚硝化单胞菌属("Nitrosomonas")）和光合种类（红环菌属("Rhodocycl