室的先头车辆和两编组连接的车厢（请参阅编组方式一段）的车辆全长则达16.5米。车门方面，E331系採用了实验列车E993系的三门设计，和E993系不同的是，E331系的车门不是挂在车身外的，而是和以往的设计一样，安装在车体和车厢的分隔中。车窗则与E231系一体化车窗不同，E331系的车窗则採用209系和东京临海高速铁道70-000系改造车窗的设计──下半部分为固定车窗，只有上半部分车窗是可推下开启的。此外，E331系的控制室跟新一代的列车一样，以液晶体显示屏取代以往的仪表，更安装了E231系列车运行