皇权专制，主张国家大事不应只由皇帝专权，应经过内阁和六部判断，并听从士绅与百姓的舆论，以求「天下之公」。他也批评不关心天下国家的学者。儒学方面，顾宪成遵从朱子学，主张性善，重视修养工夫，提倡静坐，批评陆九渊的顿悟说及陈亮的功利主张。他主要赞同王阳明的良知说，却严厉抨击阳明学的「无善无恶」说混淆善恶，对世俗投其所好，没有追求真性，使人陷于佛家、道家，或与世俗同流合污，蔑视学习，他也批评阳明学末流轻视修养工夫，流弊深远。顾宪成反对「不学不虑」、「不思不勉」的「现成良知」，而是应该要「知辅行主」、「崇实黜虚」