后，任陕甘宁省苏维埃政府军事部副部长兼政治部长，1937年2月代理部长。后入抗日军政大学上干队学习。
抗日战争时期.1937年11月，赖传珠奉调新四军，任参谋处处长。1939年，赖陪同新四军军长叶挺处理高敬亭问题，此后新四军离开大别山，部队进入江北地区。1939年5月5日，赖传珠任江北指挥部参谋长，协助张云逸、邓子恢指挥新四军开辟皖东根据地。1940年10月，赖传珠任华中总指挥部参谋长。1941年，皖南事变发生，新四军军部被歼后于1月28日进行重组，赖传珠任新四军参谋长。此后，他协助