河集水区共饲养了约60,000头猪和800,000只鸡；而该些禽畜饲养场的排放物，则成为锦田河的主要污染源。该署分别在大江埔、下輋、黄竹园、马鞍岗、麻包岭及大岭共6段支流的上游和下游採集河水样本，并设立2个河水监测站，严密监测锦田河水质的受污染程度。香港电台节目视点31在2016年于锦田河钓了一条塘虱，并找专人将它炮制。然而河道污染严重，令该塘虱肉质糜烂，并带有电油味。