孢子囊是植物或真菌制造并容纳孢子的组织。孢子囊会出现在被子植物门、裸子植物门、蕨类植物门、蕨类相关、苔藓植物、藻类和真菌等生物上头。小孢子囊是花朵雄蕊上被称做花葯，以及雄毬果小孢子叶上产生花粉的部份。大孢子囊是此类植物相对的「雌性」部份，分别为花朵的心皮及大孢子囊毬果。在蕨类植物上，成熟的植物是孢子体，并会在所以或只有某些叶子（称之为繁殖叶）上产生带有有性孢子的孢子囊。这此孢子会在叶子的下端。在苔藓上，其孢子囊则是长在细茎上，并如蕨类植物一般会产生有性孢子。此一孢子体（双倍体）的孢子囊是从卵