1501年，17岁的路德进入图林根有名的爱尔福特大学哲学系就学，开始的时候他在班级里面排名很低，但他非常用功，渐渐名列前茅，于1505年取得法学硕士。路德学习了亚里士多德的学说。亚里士多德的学说从13世纪托马斯·阿奎纳开始成为中世纪经院哲学的基础，亚里士多德强调人的逻辑和实证，但路德渐渐觉得上帝的爱和上帝的启示对于人认识上帝更重要。学校里的教授教导学生不要崇拜权威，要自己实证，这一点路德后来是充分发挥了。路德后来对埃尔福特大学也评价甚低，称之为酒吧和妓院，学习尽是死记硬背，属灵贫瘠。路德那时就是一个很敏感