净土宗七祖的圣冏上人的教化，舍却真言宗的教义皈依其门下，并且在明德四年（1393年）12月继承了净土宗正统成为净土宗第八世祖。其后将光明寺的宗旨改为净土宗，并将寺名改为增上寺。天正十八年（1590年），第十二世住持存应上人受江户幕府第一代征夷大将军德川家康的皈依，营造扩建了大伽蓝，被指定为德川家灵庙之一。同时也被指定为关东十八檀林之首，增上寺因而越来越兴旺。庆长3年（1598年），由于江户城的扩建，寺址迁移到现在的芝。德川家康还捐赠三解脱门、经藏以及大殿的建立等。当时的朝廷还册封存应上人为「普光观智国师