佔48.16%败于民进党的苏贞昌。日后告别政坛，成立「爱心第二春文教基金会」。
监察院长任内.2008年王建煊接受新任中华民国总统马英九提名担任监察院院长，立法院于7月4日行使同意权通过。2013年8月14日，监察院二次弹劾张通荣关说酒驾案但没有通过，王建煊主张监察院应该修宪改革，认为如果监院不能伸张公平正义检讨现行监察制度，「监院关了比较好」。8月15日，接受电台访问，再度提起此事，认为监察委员多是由政治酬庸产生，使得监察院功能不彰，希望立法院主动提起修宪，改革监察院制度。王建