接下来的几个世纪里马其顿多次在拜占庭帝国、保加利亚和塞尔维亚之间转手。15世纪初奥斯曼帝国征服了马其顿，并开始了长达500年的统治。19世纪时希腊、保加利亚、塞尔维亚复国运动相继展开，民族主义高涨，马其顿也成为三国的必争之地。1878年签订的《圣斯特凡诺条约》规定该地划归保加利亚大公国，但由于列强干涉而未成功，导致马其顿内部革命组织的出现，谋求与保加利亚统一。1913年三国在共同针对奥斯曼帝国的第一次巴尔干战争中获胜，奥斯曼将马其顿割予三国，但三国之间又因马其顿具体分割方案爆发第二次巴尔干战争，最终希腊