1988年获得联邦德国Leibniz大奖。1988年，杨玉良回国，在复旦大学任教并从事高分子材料方面的科研。1993年，晋升为复旦大学教授。1999年，出任复旦大学副校长。2003年，当选为中国科学院院士。2006年，任国务院学位委员会办公室主任、教育部学位管理与研究生教育司司长。2009年1月，出任复旦大学校长。2014年10月24日，因年龄原因，杨玉良不再担任复旦大学校长职务。