岛的大部分地区为平原，少有山地，沿岸地区海拔总体偏低。尤卡坦以南是佩滕地区，分布有低洼而雨林密布的石灰石平原，中央分布着十四座湖泊。佩滕的南部地区地势逐渐升高，过渡至危地马拉高地。北部地区则覆盖着密集的雨林。被雨林所覆盖的区域还包括今伯利兹，及墨西哥金塔纳罗奥州大部、坎佩切州南部、尤卡坦州南部；雨林以北地域的植被类型逐渐过渡为矮灌木丛。玛雅文明分布区域的最南端是索科努斯科沿岸地带，被恰帕斯马德雷山脉隔开，分布有狭长的沿海平原，北望则是马德雷山的山脚。玛雅文明的高地区域向东自墨西哥恰帕斯州延伸至今危地马拉境内