商总会永远荣誉会长兼捐款人刘百乐出资兴建校舍，故此中学冠上其名。1991年，该校首届学生会就任。1997年，校方完成校内的改善工程，校舍的设备更趋完善。自从1998年起，学校参与「校本管理」，于在2012年年正式成立法团校董会。在2009年9月，衞生防护中心接获五十九间学校爆发流感的报告，其中东莞工商总会刘百乐中学有10名学生受影响。在2017年，该校在香港理工大学电子及资讯工程学系举办的「机械人中学生挑战赛二〇一七：理电夺宝」总决赛中击败其余30多支中学生队伍夺得冠军，并获得机会代表香港参与「理电夺宝