源于北东眼山、三角峰之间的合望鞍部一带，向西南流经雾社，于人止关附近与北侧流来之东眼溪会合，始称眉溪，续流经枫树林、狮子头、九芎林、蜈蚣崙，进入埔里盆地后绕行盆地北部，于盆地西部之向善桥附近注入南港溪。眉溪河谷为通往台湾东部地区的重要孔道之一，省道台14线即通过此一地段。