战之始.早已投票决定让维吉尼亚州脱离联邦的尔利，是首批加入的自愿兵之一。在第一次马纳沙斯之役后开始指挥军旅，并参与了半岛会战中的威廉斯堡之役，其间肩膀负伤。后，尔利又参与了细德山之役、 第二次马纳沙斯之役以及钱斯勒斯维尔战役，终于因为立下战功而成为军师的指挥。
内战末年.由于在钱斯勒斯维尔战役和盖茨堡战役中，尔利力保自己的部队维持完整，李将军派他到雪伦多亚河谷对抗南下的北军，成功后他奉命发动对华盛顿特区的突袭，最后被菲利普·舍利丹发动的1864年河谷会战(Valley Cam