尼迪被海军从情报局调往位于南卡罗来纳州查尔斯顿的海军造船厂从事文职工作。后来，他与樱佳的暧昧关系结束了，但仍保持了三年的通信和友情关系。1942年7月海军批准了肯尼迪的出海请求，安排他到芝加哥西北大学一个分部的海军学校学习。肯尼迪的愿望是要指挥一艘鱼雷艇（即PT艇）。这一愿望在1943年1月得以实现。他离开训练工作，受命带着4艘船前往佛罗里达州的杰克逊维尔，并在那里得到了新的任务，被安排到巴拿马运河执行巡逻任务，由于他不愿意“在战争结束前陷在巴拿马”，便请求调到南太平洋。1943年3月，他踏上了前往美国