与澳门特别行政区立法会和作为检察机关的律政司与澳门特别行政区检察院。同时作为司法机构的香港司法机构与澳门特别行政区司法机关拥有独立的审判权和终审权，其中香港继续实施英国的普通法，而澳门则继续使用葡萄牙的民事法律制度。虽然香港特别行政区行政长官和澳门特别行政区行政长官会经由特别行政区行政长官选举选出，但是连同特别行政区的主要官员都必须提报中华人民共和国国务院（中央人民政府）任命，这意味着实际上中华人民共和国政府对于主要官员人选仍然拥有决定权。特别行政区政府可以自行处理各种内部事务，制定出入境、海关政策、公