政局及民选区域市政局于2000年1月1日解散后，现时市政大厦改由康文署及食环署各自管理部份设施。自此，部分新兴建的市政大厦改称综合大楼（英文仍称 Complex），如大埔综合大楼及小西湾综合大楼，也有使用其他称唿，如屏山天水围康乐文化大楼。随着香港房屋委员会公共屋邨内设的街市以及大型超级市场数量增多，近年新建的一些市政大楼已不再设置街市。踏入21世纪，大量公屋商场和街市由房委会出售予上市公司领展后，政府无法阻止领展大幅加租，导致部分地区物价高涨，加重市民负担。有地区团体、政党和议员要求政府增建市政大楼街