同年7月，登比叡山修行，通读大藏经。797年，被任命为内供奉（ないぐぶ）十禅师之一。802年，被任命为高雄山寺（神护寺）法华会（ほっけえ）的讲师。入选入唐求法的短期留学生。804年7月、同空海以及任翻译的师弟义真等自九州出发。9月抵达明州（今中国浙江宁波）。遂登天台山，向湛然弟子辈的道邃、行満等禅师学习天台宗教义，受菩萨戒。805年5月、回日本，在和田岬（今神户市）上陆，开设了日本最早的密宗道场能福护国密寺。7月入京都，在途中缮写了佛经230部460卷。适逢桓武天皇卧病、最澄在宫中为天皇祈祷