戚继光部增援，攻下仙游，斩敌千余，迫使倭寇余部入海逃遁。隆庆元年（1568年）谭纶获任命为蓟辽保定总督，负责京畿防务。他再度举荐戚继光协防，自居庸关到山海关，修建防御台三千座，使东北一带防务大大加强。据称谭纶及其部下斩获的敌人首级，数目达二万一千五百。明神宗即位，起用爲兵部尚书。给事中雒遵弹劾其不称职，谭纶三次上疏请求罢职，均获朝廷降诏留用。万历五年（1577年）卒于官。赠太子太保，谥襄敏。
家族.高祖父谭世隆、曾祖父谭积、祖父谭廷用、父谭镐。