1276年）昔里吉发动叛乱，别失八里行省大部地区被窝阔台后王海都占领。元朝平定南宋残部的反抗后，于至元二十年（1283年）在别失八里设宣慰司，派万户綦公直为宣慰使，率大批新附军进驻实行屯田。然而到了至元二十三年（1286年），察合台汗国后王笃哇占领该地，元贞二年（1295年），元朝再次设立北庭都元帅府。此后经过长时间的争夺，确立了察合台汗国对当地的统治。明洪武二十三年（1390年），察合台后王（即东察合台汗国）黑的儿火者遣使贡方物。永乐四年（1406年），后王沙迷查干遣使贡玉璞等方物。永乐七年，明成祖封