认为实验室可能是产生“死光”的。加州大学管理委员会中唯一知道实验室真正目的和确切物理位置的人是财长秘书长罗伯特·昂德希尔。昂德希尔负责的战时合同和负债。洛斯阿拉莫斯国家实验室最终研制出数个原子装置。其中之一就被用于1945年7月16日在新墨西哥州阿拉莫戈多附近进行、代号为“三位一体”（Trinity）的首次核子试验。另两件核子武器“小男孩”和“胖子”则分别轰炸了广岛和长崎。由于卓越的生产，该实验室在1945年10月16日荣获陆海军“E”奖。第二次世界大战结束后，奥本海默卸任实验室主管，由诺里斯·布拉