其历史可以追溯到梁武帝天监二年（503年）。重元寺原名重玄寺，清代因避康熙帝玄烨之名讳，改「玄」为「元」，重元寺名沿用至今。2003年11月江苏省政府批准重建重元寺，寒山寺住持秋爽大和尚兼任住持。
历史.天监二年（503年），长洲县官员陆僧瓒奏请梁武帝建重云寺，梁武帝表示嘉许，钦赐匾额题为「大梁广德重玄寺」，但是「重云」被误题为「重玄」，从此改称「重玄寺」。唐会昌二年（842年），武宗灭佛，重玄寺被迫迁往苏州城外唯亭镇。元朝至顺年间（1330-1333年），重元寺毁于火。至