4月，德国新教被合并为一个组织，号称“德意志新教教会”（Deutsche Evangelische Kirche，简称DEK ），作为受纳粹党领导的国家教会组织。同年9月穆勒被任命为该会主教。穆勒宣扬“耶稣是雅利安人的耶稣”的反动观点，并支持希特勒迫害犹太人。1945年7月31日，此时德国已经宣布投降，穆勒在柏林自杀。