新潮流系成立后强调「台湾独立」、「群众运动」、「社会民主主义」三大主张，严格审查入流者资格，审查方式包括：⑴两位干部为入流者推荐背书；⑵考核入流者的能力、操守、专长、对派系忠诚度。新潮流系严禁成员跨派系情事，但可以支持盟友，前立法委员王世勋、立法委员萧美琴、立法委员叶宜津都算是长期盟友。新潮流系以政协为主要核心干部，注重团队精神，实施民主集中制，强调派系纪律：成员可以在内部会议中争辩，但若内部会议作成决议则不容异议。但正因如此，新潮流系内部多次因成员选举纠纷发生严重退流事件，截至2008年9月的退流者包括