3.1及之前版本的Windows中，需要在DOS中手动输入方能开始加载Windows，也可以添加到AUTOEXEC.BAT中，随着开机自动加载Windows。另外，在Windows 2.1x中，系统的加载程序有所变化。在Windows 95和Windows 98中，IO.SYS执行完AUTOEXEC.BAT后，将会直接调用WIN.COM。而在Windows ME中，操作系统启动时无需再调用WIN.COM，因为其一切工作已由IO.SYS本身接管。在Windows 95和Windows 98中，如果WI