射入一记点球，拜仁以3比2战胜斯图加特而捧杯，夺得了历史性的三冠王。穆勒在整个赛季中共射入23球，其中包括联赛13球、德国杯赛1球、欧冠8球和德国超级杯1球，这突破了他本人的单季最高得分记录。
2013-14赛季.穆勒在2013-14赛季前12场热身赛中的7场均取得入球。由于佩普·瓜迪奥拉成为拜仁主教练后开始采用4-1-4-1的无锋阵式，穆勒在这些热身赛中通常担任单箭头，通过在前场不断的跑动和骚扰牵扯出致命一击的机会。2013年8月5日，穆勒在德国杯首轮客场对阵的比赛中重返攻击型中