近代史学的观点言，《台湾通史》未臻完善。但在日本时代进行同化之时，台湾通史的出版，的确发挥了维护台湾历史主体性的作用。邓孔昭对《台湾通史》研究用力最深，着有《台湾通史辨误》，指出其误谬达六百余处。邓孔昭提到《台湾通史》所载蒋元枢与怪僧月事乃抄自《清朝野史大观》一书。连横甚至杜撰〈朱一贵起事檄〉。《台湾通史》误把台湾地名由来说为「埋冤」，认为埋冤本来是纪录先民艰辛开垦的情状，后来因为名字不吉利，而改成跟台湾闽南语发音一样的「台湾」。但事实上，「台湾」一词早在明朝泰昌元年（1620年）就首次出现于公文上，明