毛颇为倚重，“累加至左都督，挂将军印，赐尚方宝剑，设军镇皮岛如内地。”、“毛文龙灭奴虽不足，牵奴则有余”。工科给事中杨所修曰：“东方自逆奴狂逞以来，唯一毛文龙孤撑海上，日从奴酋肘掖间撩动而牵制之。”，然毛文龙部有贪功，冒饷、不肯受节制，难以调遣等问题，袁崇焕忌之，与内阁辅臣钱龙钖谈到平辽事宜，认为文龙“可用，则用之。不可用，去之不难。”。天启四年至七年中，毛文龙多次袭击清军，都遭失败，此后在皮岛驻扎。由于毛文龙部占用明朝部份兵饷，工科给事中潘士闻、尚宝卿董茂忠上书弹劾请撤毛文龙。兵部商议时，袁崇焕提议派遣官