队回到云南，此后历任云南讲武堂堂长、云南都督府参谋厅厅长、护理云南都督（代理都督）等职。1914年3月，谢汝翼乘滇越铁路火车经昆明赴北京，途中遇刺身亡，享年35岁。谢汝翼逝世后，获追赠为陆军上将，李鸿祥主持在云南省忠烈祠举行祭奠活动，谢汝翼被安葬在圆通山。1947年，谢汝翼墓迁至西山太华寺附近。