被军统领导人戴笠派回福建工作，公开身份为福建警官训练所教官兼政训部主任（这时抗日战争已经开始），随后又任驻闽绥靖公署情报处上校秘书兼一所所长、福建省保安处谍报股上校股长（接替张超）。1938年9月，陈祖康经中国国民党福建省党部主任委员陈肇英介绍，加入中国国民党。当时福建发生了“张超事件”——军统戴笠派到福州工作的负责人张超，兼任福建省保安处谍报股股长，因与福建省政府主席陈仪有矛盾，遭陈仪借故杀害。此后军统福建工作分为闽北、闽南两站，陈祖康被戴笠任命为闽北站站长。1938年10月，陈祖康出任军统闽北站站长