IIA 增加了两个反潜直升机停机库，受此影响，向后方覆盖的两面相位阵列雷达的安装位置被升高。另外后期舰艇换装了新型的5吋/62倍口径舰砲（装于DDG-81和之后的舰）。Flight IIA 也修改了烟囱构造将囱斗埋入，这成为外观上最明显改变.由于美国国会关注在爱荷华级战舰退役后对岸炮击能力的不足，美国海军最近的现代化升级案是加强其舰砲系统，而 Flight I型的延伸5吋舰砲射程变成当务之急，这升级案希望借由新型引导式弹药（ERGMs），让战舰可以在40海浬外炮击海岸。完成伯克Flight II的