16世纪的战国时期末日本开始加强海军建设，强力的大名和海贼建立了由上百条船组成的沿海舰队。1555年，为了争夺濑户内海上霸权，大内氏武将陶晴贤率领的大内水军与毛利氏及三岛海贼村上氏在严岛爆发海战。这一时期日本战船中最大的一种是淡路国洲本海贼安宅氏及大名三好氏建造的安宅船。当时在日本也出现了一种铁甲船。控制近畿的大名织田信长命令纪伊熊野的海贼九鬼嘉隆在1576年建造了六条覆有铁甲的大安宅船。这些铁甲船装备有多门大炮和大口径火枪来击败敌人没有铁甲的舰只。1578年织田家水军在第二次木津川海战中击败了宿敌毛利元就