有意见对是否存在民政统治组织表示怀疑。「任那日本府」的名称是后世「日本」国号出现之后的称谓，当时的名称为「倭府」。
诸学说.
战前.二战之前，日本关于伽倻地域的研究把对于朝鲜半岛的吞併政策正当化，认为神功皇后（实际状况尚不明）的三韩征伐后，当地成为倭王的直辖地。当时认为百济在受高句丽与新罗入侵时，曾向大和王权求援。而六世纪中期，任那为新罗吞併，日本府灭亡。
战后.战后，否定日本统治机构存在的说法开始出现，韩国学者朴天秀亦认为日本书