武帝大同（535年－546年）中，在废儋耳郡的地方设置崖州，统于广州，这也是西汉末年罢弃珠崖郡580年后中央对海南岛的首次直接统治。隋文帝仁寿初年，隋朝正式将海南岛纳入版图。唐太宗贞观五年（631年）增设琼州，海南简称「琼」即源于此。宋朝，海南岛与今广西壮族自治区的大部分一起属于广南西路。元朝，原广南西路划归湖广行省管辖，海南岛亦随同划到湖广行省之下。明朝，琼州府隶属于广东省，治所在琼山县（治今琼山市府城镇），管辖全岛。西沙、南沙群岛正式划归琼州府管辖。清朝基本沿袭明制，至清末，海南