纯陪同晋见蒋介石。南京政府忌惮冯治安在西北军的辈份，若处分将会对非黄埔系的实力派造成连带影响，最后决定不予处分。1949年1月，冯回上海愚园路宅邸，出任京沪杭警备副总司令，冯的随从人员在淞沪警备司令部军需处领饷。随着国民政府溃败，1949年冯治安随国民政府抵达台湾，任国大代表、中华民国总统府战略顾问、光复大陆设计委员会委员等职务。1954年生日，因脑溢血在台北市病逝，追赠为陆军二级上将。