（1673年），授陕西总督。刚到任不久，吴三桂起兵反清，四川提督郑蛟麟、总兵吴之茂等响应，与三桂部将王屏藩窥伺陕西。康熙帝以都统赫业为安西将军，会同西安将军瓦尔喀平叛，命哈占与巡抚杭爱督办粮饷，与提督张勇、王辅臣修整边备。十三年（1674年），又命大学士莫洛经略陕西，康熙帝令莫洛凡事先咨询哈占后再执行。哈占以汉中、广元山路险要，上疏请求造船走略阳水路运粮。康熙帝又命贝勒董额为定西大将军，掩护诸将进攻四川。叛军劫略阳运粮船只，康熙帝命四川总督周有德督办四川境内粮饷运输事宜。哈占上疏请求山西协助，康熙帝以山西道