的立委选举中，民进党成为立法院最大党。2002年1月末，张俊雄以新国会组成为由率领内阁总辞，后总统再任命时任总统府秘书长的游钖堃接任。2004年，陈水扁连任中华民国第11任总统。在2005年召开任务型国民大会之后，国民大会被停止运作，其职权被移转到立法院或由人民直接施行，公投复决写入《宪法增修条文》，立法院取代国民大会原有的国会权责，大幅改变了中华民国宪政体制的架构。陈水扁执政期间的行政院院长（政府首脑）共六任、五位。其中，民主进步党籍政治人物张俊雄分别于2000年及2007年担任行政院院长。S