东甲子太郎在回家途中于油小路遭到大石锹次郎等人暗杀。之后更诱出剩下御陵卫士围剿之。御陵卫士派的报复行动则是在同年12月18日，于伏见街道遭到御陵卫士残党枪击负伤，因故无法指挥新撰组参加鸟羽伏见之战而在大坂城疗伤。
戊辰戦争.鸟羽伏见之战战败后的新撰组搭乘幕府军舰回到江户。庆应四年（1868年），受幕府之命，改名为大久保 刚的近藤担任甲阳镇抚队巡抚，向甲州出阵。但在甲州胜沼之战败给新政府军。此时，因为意见纷歧的原因永仓新八、原田左之助离队。之后再度改名为大久保 大和的近藤在五兵卫新田