洪武十九年（1386年），傅友德率军讨平云南少数民族。洪武二十年，协助大将军冯胜在金山征讨纳哈出。洪武二十一年，东川少数民族叛乱，傅友德又任征南将军，率军将其讨平。然后调兵征讨越州叛酋阿资，第二年在普安将其打败。洪武二十三年（1390年），傅友德跟随晋王朱㭎、燕王朱棣征讨沙漠，擒获乃儿不花，回军驻守开平，并再征宁夏。第二年，担任征虏将军，防备北平边境。又跟随燕王征讨哈者舍利，追击元辽王。军队刚刚出发，却突然受命班师。元军未做防备，便趁机偷偷深入至黑岭，大败元军而返。傅友德再次出外任职，练兵于山、陕，总管屯田