山具有暖温带、温带、寒温带和寒带的垂直分异，具有复杂而丰富的生物类群。南北生物气候的过渡性质是该保护区最突出的特点。低山区是被黄土覆盖的石质低山；中山区奇峰林立，怪石嶙峋，千姿百态；高山区是遗留下来的第四纪冰川地貌冰斗、角峰、槽谷及冰碛堤等。残留的古冰川遗迹，对研究气候，地质的变化均具重要意义。在植物区系组成上，亚热带与暖温带的植物成分在此交汇，同时因山体垂直变化的影响，中温带甚至寒温带的植物也一同渗入。在该保护区范围内统计到1,550种种子植物，约占秦岭植物总数的60%。其中属于中国国家二、三级