巨龙科被许多学者认为是无效的；取而代之的是代表同等级的岩盔龙类。在岩盔龙类中，后凹尾龙被认为与阿拉莫龙、内乌肯龙、洛卡龙、萨尔塔龙有接近亲缘关系，牠们一同组成萨尔塔龙科。科内彼此的关系仍有争议。大部分学者认为与后凹尾龙最接近的是阿拉莫龙，两者共同组成单系群后凹尾龙亚科。其他学者则提出论点认为后凹尾龙亚科是并系群（非自然分类群体）。在比较了大部分其他研究后，Upchurch和同僚在2004年提出阿拉莫龙与柏利连尼龙接近而将其移出萨尔塔龙科，并也和后凹尾龙完全无关。以下演化树根据Calvo和同僚2007年