此开始恢复幕府将军的权力。三好长庆死后，三好氏的权力都归于松永久秀管理。松永久秀和三好三人众不满义辉开始恢复幕府的权力，于是开始计划废除义辉，并拥立足利义维的嫡子足利义荣为新将军。永禄八年（1565年）5月19日，松永久秀和三好三人众以及三好氏当主三好义继，以奉足利义荣为主的理由而叛乱，袭击了足利义辉所居住的二条御所。义辉全力抵抗敌军的进攻却依旧不敌。传说义辉把数十把刀插在地上持刀杀敌，当手上的刀刃钝了就拔起地上的刀继续杀敌，最后敌方士兵用叠板围住义辉用长枪刺杀身亡，享年30岁（满29岁）。足利义辉