有瑞穗、富源、北冈、鹤冈、瑞北、瑞良、加拉拉、奇美、马立云等教会；台湾圣教会有瑞西、扫叭顶两座佈道所；万国圣经研究会则有富源、瑞北两个分会。其他的宗教团体尚有同具佛教背景的瑞穗居士会及国际佛光会瑞穗分会。青莲寺为瑞穗乡乡民传统信仰中心，前身为兴建于清光绪年间的慈圣宫，为一简陃之茅草。1924年（大正13年）改建为三厅二院的砖瓦建筑，并改为今名。其后经多次修建，于1986年（民国75年）始整建完善，建材多採用瑞穗当地盛产的蛇纹石，极富地方特色。寺内除奉祠传统彿、道神祈外，还供奉着一个年代久远的镇寺之宝——