内部则反应于不同类别的细胞、组织、组织系统、器官等。早期的植物解剖学被涵纳在描述植物的外形及外部构造的植物形态学之中，大约在20世纪中期方被考虑为一独立的学门，具有专门的研究领域，并被认为是专门研究植物内部构造的科学。现代的植物解剖学经常是细胞层级的显微构造，即组织切片、显微镜学相关议题等。
研究范围.解剖学常常作如下的分类：依器官、组织、细胞等等作为研究主题。下列为常见的研究课题及相关的细胞及组织：
器官.通常以器官来作为较大的解剖学分支，较常见者如木