626年），累迁幽州大都督。朝廷遣右领军将军王君廓辅助他典兵事。玄武门之变后，王君廓因李瑗和李建成关系好，挑拨李瑗谋反，然后，王君廓再擒李瑗缢杀，年四十一岁，传首京师，绝其属籍。李瑗曾杀一名女子的丈夫，而后纳她为妾。李瑗被处决后，女子籍没入宫，成为唐太宗的后宫，后唐太宗纳谏将其释放。