1906年），陕甘总督委托其办理陕甘总督府文案及土药统捐局文案。光绪三十三年（1907年），兼任官银钱局坐办。光绪三十四年（1908年）兼任赈务局坐办，经理西路提运仓粮事务。宣统元年（1909年），受委托到江鄂各省考察商务。宣统三年（1911年）经外务部核准，秦钖圭的冤案获得平反，官复原职。中华民国成立后，秦钖圭当选为中华民国第一届国会参议院议员，当时他发誓“不入政界，不受党派津贴及其他非法取得的金钱”。此后，他在第一届国会前后三期常会以及广州非常国会时期都担任参议院议员。在第一届国会最终结束前半年，1