公室设在六合区交通运输局，由局长周斌兼任领导小组办公室主任。2012年8月8日，空军南京新机场建设工程开工仪式在南京市六合区举行，南京军区空军司令员乙晓光，空军参谋长助理常丁求，南京军区空军副司令员常宝林，中共江苏省委常委、中共南京市委书记杨卫泽，江苏省人民政府副省长史和平，南京市人民政府市长季建业为工程开工剪彩。2015年7月，空军南京新机场建成运行，根据军地双方协议，新机场建成后，原机场（南京大校场机场）大部分土地将移交给南京市人民政府。2015年7月30日凌晨，南京大校场机场正式关闭。