939年）回国，先后在天津工商学院、云南大学、中国大学等校任教，同时开展对蒙元史的系统研究。民国二十九年（1940年）9月起，历任燕京大学讲师、教授、教务长等职。中华人民共和国成立后，任燕京大学代校长，兼任北京市人民政府委员、北京市教育局局长及民族事务委员会委员等职。1952年，因“院系调整”，燕京大学被拆分，翁独健转任中央民族学院研究部主任，1956年，任历史系主任。同年加入全国人民代表大会民族委员会组织的少数民族历史调查组，任内蒙东北调查组组长。1958年，中国科学院民族研究所成立，翁独健任副所长，