第三方机构曾比较AlexaFluor647和Cy5(它们具有类似的波长)对DNA染色的情况，发现Cy5的颜色更为明亮，但是光学稳定性不及Alexa 647。另有研究则发现Alexa染料的染色亮度的光稳定性更好(例如AlexaFluor488 与Dylight488和 Fluoprobes488 的比较。