光二十八年（1848年）二月五日，迁兵部右侍郎。丁忧去职，服满后补任原官。咸丰元年（1851年）五月二十日，署理吏部右侍郎，闰八月十三日授兵部右侍郎。十二月十四日改户部右侍郎，兼管钱法堂事务，南书房行走，顺天乡试覆试阅卷大臣，顺天武乡试较射大臣，兼管三库事务，充实录馆副总裁。二年（1852年），署理经筵讲官。三月六日充会试副总裁、覆试阅卷大臣，大考翰詹阅卷大臣，考试廕生阅卷大臣，八月六日授江苏学政。太平天国袭江南，何桂清以江苏学政身份疏陈军事，抨击封疆大吏软弱，无所顾忌侃侃而谈，咸丰帝感到惊奇。