理六部的方法，实行六曹直启制，六曹直接对国王负责，世宗后改行议政府署事制，六曹归议政府管辖。此外还有三司（司谏院、司宪府和弘文馆），以及承政院、义禁府等。司谏院是负责规谏君主不当行为的谏诤机构。司宪府是负责监察官吏的监察机构。弘文馆相当于世宗时期的集贤殿，是朝鲜君主的智囊团。三司是牵制朝鲜君主，以及议政院、六曹等行政机构的机关。其长官为大司谏（从二品）、大司宪（从二品）和大提学（正二品）。承政院是负责拟定和传达朝鲜君主诏令文书的秘书机构。义禁府按照君主指令审理官僚贵族违法行为。