国正规军战死者在200人以上。6月3日败兵退入台北，引发纷乱。6月4日傍晚，总统唐景崧化妆成老妇，带着银两逃出台北。6月6日，唐景崧搭上德国商轮鸭打号（Arthur），从淡水逃往厦门。有部分史学家据此，将该日定为台湾民主国的灭亡日。6月7日，副总统丘逢甲得知唐景崧率先逃亡后，也决定跟着逃亡，带着十万两白银的起义款项逃往广东嘉应。6月11日，泉州人辜显荣代表艋舺士绅迎接日本军进入台北城。同时，军务大臣李秉瑞、义勇军大统领吴汤兴坚守岗位积极备战。6月19日，日军开始南下进攻桃园、新竹。22日前锋部队佔领