至前3000年，为长江下游地区新石器时代文化类型——北阴阳营文化，南京地区早期文化遗存还有200多处，着名的有点将台文化和湖熟文化。南京古为吴地，位于“天下九州”之一的古扬州地域。公元前570年前后，吴国于长江南北设置棠邑和濑渚邑，在今南京六合区和高淳区境内，为南京地区建置之始。前495年，传说吴王夫差在今朝天宫筑冶城，聚集了一批铸造铜器的作坊。周元王四年（前472年），越王勾践灭吴，范蠡于今中华门南的长干里一带筑越城。前333年，楚威王熊商灭越，相传曾埋金以镇王气，在石头山（今清凉山）筑金陵邑，故南京