三大姓的黄川流，怕自己在在下崁的房屋风水被破坏，以龙山寺公印作民意阻止兴建。刘铭传就将桥改建在枋隙（今台北大桥附近），导致从此大船便没有办法驶进艋舺，艋舺日渐萧条低沉，大商贾也相继搬迁到大稻埕。
日治时期.1896年，庙址作为台北厅艋舺区长役场。同年，台北本岛人绅商协会此创设。1903年，日人在此设教育公堂。1919年，日本政府开辟今日的广州街，于是寺前水池改成喷水池，寺前土地转于台北市市役所。该年，住持福智和尚（原名吴灿明）捐出积蓄七千二百元，并由地方集资，聘请王益顺设计