在主权移交前后对“一国两制”表示质疑，认为北京方面不会同意给予特区政府各种自由，而会不断透过各种方法来直接或间接干扰香港的内部事务。另外，她亦在主权移交前就中共中央对香港一些做法，指责中共是“野蛮”。刘慧卿曾经属于泛民主派比较激进的一员（2006年社民连未创党前），她认为《基本法》与香港现有法律的矛盾应该由对香港法律有理论上的认识，而且更要具有实际经验的人来解释。因此，她支持对现行香港基本法进行修订，以消除两者之间的矛盾及灰色地带。亲建制派认为她的这个要求是“对中央不信任”及“意图挑战中央及人大常委决定