检举其兄，因而终身与李鸿章有私怨。翁同龢对于慈安太后与慈禧太后推行的洋务运动颇为排斥，对于该运动也有所批评，并影响往后光绪帝亲政后的举措。任户部尚书期间，处处刁难北洋水师，光绪十七年，暂停南北两洋购买洋枪、炮弹、机器事两年。当时有一副讥讽对联描写二人：「宰相合肥天下瘦，司农常熟世间荒。」上联「合肥」指安徽合肥的李鸿章，下联「常熟」即江苏常熟的翁同龢。李翁二人的恩怨间接导致日后中日甲午战争北洋舰队的失利。光绪二十年（1894年），翁同龢再任军机大臣，深得光绪帝信任。在甲午战争中，坚决主战。次年，清军战败，