藻类分类研究藻类植物的门、纲、目、科、属、种系统地位，以了解它们的资源区系和进化系统；藻类形态研究藻类植物的形态构造；藻类生态则研究藻类植物之间及它与周围环境的相互关系。藻类学还包括实验藻类生态学（藻类生态生理学）、藻类生理、生化、藻类遗传学，以至原核生物形的藻类的研究，以蓝绿藻(cyanobacteria)为最着名。