传统正方形或矩形平面布局不同，南京城布局为不规则形状。由四重城墙构建出不同的城池区域，由内而外，依次是宫城、皇城、内城和外城。洪武十一年（1378年），曰京师。永乐元年（1403年），仍称南京。后明朝政府迁都北京。南京城遂为留都。而应天府下辖的上元县、江宁县亦为倚郭县。两县依旧沿袭以秦淮河为界，分南京城，同城而治的管辖状态。
清代.清朝顺治初年，清军攻占南京，圈占明故宫，以南京城东部置江宁满城。咸丰三年（1853年），太平军攻克江宁城，定都于此，改名天京，筑天王府。同治三年（1