后，任弘文馆编修，因替苏州人申氏作保借旗债，受累革职。南归后，定居镇江。顺治十六年（1659年）郑成功兵临镇江，陈于鼎与知府戴可进等计议迎降。郑成功兵败后，清廷查办“通海案”，顺治十八年（1661年）陈于鼎被检举入狱，解押往北京处决。临刑时说：“明末惟李定国、郑某水陆两大战差可人意。吾得附其骥尾，死何恨哉。”