笼草最初描述为爱德华猪笼草的一个变种。马修·杰布和马丁·奇克之后又将其提升为物种。该观点得到了查尔斯·克拉克的支持，并指出爱德华猪笼草和长毛猪笼草之间“存在更多的共同点”。而实际上，爱德华猪笼草和长毛猪笼草仅存在于基纳巴卢山地区，而大叶猪笼草仅存在于特鲁斯马迪山的山顶附近。马修·杰布和马丁·奇克认为长毛猪笼草与特产自菲律宾巴拉望岛的惊奇猪笼草之间存在着近缘关系。长毛猪笼草也与产自棉兰老岛的盾叶猪笼草近缘。
自然杂交种.已发现了两种关于长毛猪笼草的自然杂交种。Section: