元朝在14世纪于澎湖群岛设置此官职，成为中国王朝首度在澎湖群岛设置的官职。另外，澎湖寨巡检司则通常是该官职驻守处。驻于台湾澎湖马公的巡检官职，是元朝最基层的官员，隶属于福建泉州府。1366年在任的巡检陈信惠据信是元朝首位驻澎湖官员。1370年代，明朝统治中国后，仍循例于该地设置巡检官职，直至1384年实施封海政策予以废除。1563年，考量沿海治安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰佔领澎湖为止，才免予实授。