，对于李明哲是否为国安情报单位外围的「运用人员」、两岸陷入谍战的说法，中华民国国防部发言人明确否认和李明哲有关系，称：「不是，不是，没有听说。」，这是外界的臆测。对于前立委蔡正元特助、台湾退役情报人员李俊敏指本事件为中共国安系统因业绩压力造成误抓。立法院内政委员会上委员赖瑞隆提问：「李俊敏跟李净瑜会晤时说，他认为在这件事上，中国国安单位有点『走钟』。你们接获的情资也是这样吗？他说有些单位因为业绩压力，所以抓错人了，这不是一个好案子。国安局的研判也是这样吗？」国安局副局长周美伍回应：「我不相信中共做任何事