1348年，黑死病侵袭法兰西，三分之一的人口染疫身亡，其中包含王后约娜。劳力缺乏导致急遽通货膨胀，腓力六世实施价格管制使市场更加不稳定。腓力和儿子的未婚妻再婚，结果使儿子们和许多贵族疏远腓力。腓力六世人生最后的功绩是于1349年将多菲内与朗格多克的蒙佩利尔地区纳入领土。腓力六世于1350年8月22日逝世，与首任王后约娜一同葬于圣但尼圣殿，留下分裂的法兰西王国。腓力的长子约翰继承王位为约翰二世。
婚姻与子嗣.1313年6月，腓力与勃艮第的约娜成婚。约娜为勃艮第公爵与法兰西的阿涅丝