会导致消化性溃疡，严重时会导致出血及穿孔，部分病人甚至会死于并发症。为减少罹患消化性溃疡的几率，应遵医嘱在达到治疗效果的最低剂量下使用，通常是50－200毫克/日，且应于饭后服用。同时服用抗消化性溃疡药，如大剂量抗酸剂雷尼替丁（就寝前150毫克）或奥美拉唑（就寝前20毫克）也可防治此病。其他普遍的胃肠并发症，包括消化不良、胃灼热和轻度腹泻并不算太严重，极少情况下才需要停用吲哚美辛。约10%服药者服用双氯芬酸也可能出现极为类似的症状。很多NSAID都会抑制Li从肾脏排出，而吲哚美辛的这种作用尤其明显，