子释放、散播到其他地方后可以萌发长成新的单倍体菌丝。担子菌门真菌的有性生殖过程与子囊菌门的类似，也是始于两株真菌单倍体的菌丝融合而产生双核体的菌丝，不过双核体在担子菌门更为普遍，除了子实体外，有时连营养菌丝也是双核的状态。担子菌门的子实层会形成一种称为扣子体的微观结构，与子囊菌门的钩状结构类似，可以控制细胞核分裂后两个子细胞核的分佈，维持菌丝异质双核的状态。担子菌的子实体会特化出担子，担子中的两个细胞核融合之后进行减数分裂，会产生担孢子。最为人所知的担子菌便是菇类，不过担子菌也能以其他形态存在。接合菌门