学之「联邦制」本意为由，集体辞职抗议。由此，唐君毅等人不再兼任任何中文大学教席或公职，专注于研究所所务。1981年，新亚研究所增设博士，招收有中国文学、史学或哲学之硕士学位者。在脱离中文大学后，新亚研究所早期一直受台湾教育部津贴，而且由于有诸如唐君毅、牟宗三等名儒任教，吸引有志人士报读，因此研究所仍能发展；但在90年代，名儒先后退休或去世，且后继无人，加上香港主权移交后，台湾政府减少对研究所支援（取消定期资助），研究所发展备受限制。而在2003年后，台湾政府不再在财政上支援研究所（包括不定期资助），