以韦后为亚献。苏瓌很是不满，在进献给皇帝的“烧尾宴”上，独不进献给中宗食物。被宗晋卿嘲讽，中宗默然不语，苏瓌向皇帝解释道：“宰相燮和阴阳，代天治物。今粒食踊贵，百姓不足，卫兵至三日不食，臣诚不称职，不敢烧尾。”不久，中宗被韦后毒死，宰相韦安石、韦巨源、萧至忠、宗楚客、纪处讷、韦温、李峤、韦嗣立、唐休璟、赵彦昭和苏瓌被召集到宫中议事，韦后党羽宗楚客等人不让相王李旦辅政，苏瓌力争，但最终不敌，于是称疾不朝。当月韦后被推翻，睿宗即位，拜尚书左仆射。景云元年（710年），苏瓌以年老体病，请求致仕，罢为太子少傅。