两姓在旧社北边、后市仔南边之间（今归仁国小南边）开垦新社区，利用旧社十三窑烧红砖瓦，筑瓦厝而居，因故名「红瓦厝」。1920年台湾地方改制，日本在此地设置「归仁庄」，划归台南州新丰郡管辖，战后改设台南县归仁乡。2010年12月25日，随着台南县市合併升格直辖市，改制为归仁区至今。
行政区划.2018年1月29日进行六甲里、崙顶里、新厝里、归南里之间，以及沙崙里、看东里、武东里之间的里界调整。经此调整后，归仁区仍维持21里，各里名称如下：