自任扬州刺史。司马道子酒醒后才知道，虽然大怒，但不能做甚么。后司马元显加录尚书事，当时人以司马道子为东录；司马元显为西录。不过司马道子仍然酗酒，大小政事都由司马元显掌握，故此当时司马元显的西府有很多人拜访，而东府则门可罗雀。隆安五年（401年），叛民孙恩进攻三吴，并循海进攻京口，当时刘牢之在会稽未返，司马元显率兵抵抗但屡战不利。面对如此险境，司马道子别无他法，只有每天在蒋侯庙祷告。只因刘裕击溃孙恩，以及司马尚之和刘牢之及时回军才逼使孙恩北逃，京师得以解危。
败于桓玄.元兴元年（