此时，NOD兄弟会领导人肯恩再次出现并宣称开战，全球防卫组织为保卫余下的20%蓝区展开与兄弟会的抗战。在攻击NOD在萨拉热窝的总部的战事中，执行长雷蒙‧波以耳授权启动离子加农砲，向NOD总部发动攻击。结果把神殿底下的液态泰伯伦引爆，引起强烈的爆炸，在东欧地区造成大量伤亡。同时也把躲在远至太阳系的海王星轨道附近的一小行星的外星生物 ─ 异形（Scrin）唤醒，并开始攻击地球，并试图在地球上各个红区建造共19座的阈限之塔（一种超巨形的传送装置，建造完成后便无法被摧毁的高塔）。在一次的阴谋中，NOD兄弟会