原本因山中的木贼村而称为「木贼山」。南北朝时代贞和4年∕正平3年（1348年），临济宗僧・业海本净在山中创建天目山护国禅寺，即日后的栖云寺。之后以寺的山号「天目山」为山名。
武田氏灭亡之地.此地是甲斐武田氏的两度灭亡之地。应永24年（1417年），武田氏第13代当主武田信满因上杉禅秀之乱遭到室町幕府追讨，在山中的木贼村自害，导致甲斐武田氏一时断绝。再兴的甲斐武田氏在165年后的天正10年（1582年），受到织田信长・德川家康连合军的攻击，武田氏第20代当主武田胜赖在山麓的