6月任中共中央军委主席邓小平同志办公室主任（1981年6月至1989年11月），1983年2月起兼中共中央办公厅副主任（1983年2月至1993年3月）。1988年9月恢复军衔制后授中将军衔。1990年4月至1993年7月，任中央军委纪委书记。邓小平在六四事件之后卸任军委主席，新任中共总书记江泽民兼任军委主席，王瑞林在军队实际上扮演监军角色。1992年10月起兼总政治部副主任，1994年5月授上将军衔。1995年9月，中共十四届五中全会增补王瑞林为中央军事委员会委员。2003年3月第十届全国人民代表大会后退