接手经营，并继续沿用永历年号。1663年，郑经放弃金厦两岛。三藩之乱时郑经乘机率兵反攻大陆，攻佔福建漳州等府县，一度声势浩大，但不久败退台湾。1681年，清康熙帝平三藩后开始着手攻打台湾。此时，郑氏政权早已虚弱不堪，且爆发内讧。郑经去世后，1683年，康熙帝命施琅为水师提督进攻台湾。清军攻克澎湖列岛，郑克塽见大势已去便剃发投降，明廷残余势力彻底灭亡。从永历十五年（1661年）4月郑成功入台到1683年9月郑克塽降清为止，郑氏计在南台湾经营共23年 。不过，此后台湾仍存有经常性的反清复明活动，俗谚称台湾「三年