监督4艘清廷订制的铁甲舰的建造。马吉芬非常热爱海军事业，一直希望有一天能回到美国海军任职，也希望在中国海军的经历能为他重返美国海军提供帮助。1894年，中日甲午战争爆发，马吉芬作为镇远舰帮办（相当于副舰长）加入北洋海军参战。在1894年9月17日的黄海海战中，马吉芬英勇的参加了战斗，头部等多处负伤。战后，他还获得了清廷颁发的嘉奖。
最后岁月.1895年，甲午战争结束后，马吉芬回到美国，他写了一些亲历黄海海战的回忆文章，并为北洋海军的行动辩解。在给《》杂志的一篇记叙黄海海战的文章