机场快线在某些路段可作四线行车（个别拥有四线月台的车站（如：沙田站）只能作为避车处），种种限制都影响到东铁线班次难有加密空间。
马鞍山线没有增加来往月台及车站大堂的设施.马鞍山线列车原为4卡列车，因应马鞍山线（现为屯马线一期/屯马线）伸延至红磡站并和西铁线合併营运，列车将增加车卡至8卡，月台亦因而扩建，但港铁却没有因上落乘客大增而增加连接月台和车站大堂的设施，除大围站外其他车站均只有楼梯、两条扶手电梯和一部升降机连接月台，因此繁忙时间时部分车站乘客轮候使用连接设施需较长时间。S