出线1条、货物线3条、机务折返段1处、旅客站台3个。其中站房面积3300平方米，候车室面积600平方米，设500个座位，每日可发送数千名旅客。货场建有8个货位的高站台，445平方米的仓库2个。但由于车站距离金华市区过远，导致旅客出行不便，铁路部门因此将金温铁路列车全部同时接入金华西站停靠。此举导致金华南站的客运功能渐渐丧失，客流越来越少，于2013年7月1日停办对外客运业务。为新金温铁路开通做准备，金华南站开始了改造工程。2015年5月，金华南站老站房开始拆除，同时车站于2015年10月由浙江金温铁道开