镜发明后才出现。早在1588年，吉安巴蒂斯塔·德拉·波尔塔就发现了真菌的孢子，但真菌学真正的滥觞一般认为是1729年义大利植物学家出版的《》，他除了观察到孢子之外，还发现在适当条件下孢子可以萌发，并生长成当初产生该孢子的同一种真菌。荷兰科学家克里斯蒂安·亨德里克·珀森被认为是现代真菌学的开创者，他以林奈的二名法为基础建立了第一套菇类分类基础。随后伊利阿斯·马格努斯·弗里斯进一步採集了大量真菌标本，并以孢子颜色与其他微观结构对真菌进行分类，许多标准至今仍被分类学家採用。其他重要的真菌学者还包括、、、与兄弟、、