1987年2月，ED78 1号机车亦在国铁分割民营化之前报废。
民营化后.1987年4月，国铁分割民营化后尚存的12台ED78型电力机车（2～13）由东日本旅客铁道（JR东日本）继承。1990年8月，为配合兴建福岛至山形的“迷你新干线”，奥羽本线福岛至山形间开始进行轨距拓宽工程，将原本的1067毫米窄轨改造成1435毫米标准轨。1992年7月，山形新干线开通运营，剩余的ED78型电力机车均投入仙山线运用，担当普通货物列车和临时旅客列车的牵引任务；而EF71型电力机车因难以转往其他地