承认中华人民共和国且与其建交，中华民国与澳洲的双方关系陷入低潮。
1991年以后.1991年，澳洲宣布正式开辟两国直航航线，并接受中华民国以台北经济文化办事处之名义在首都坎培拉，以及雪梨、墨尔本与布里斯本设立具大使馆性质以及领事馆性质之代表机构。而澳洲政府也以澳大利亚商工办事处之名设立具大使馆性质的代表机构。2012年5月29日更名为澳洲办事处，时任代表马克文（Kevin Magee）表示，名称的更改，将更能反映办事处的功能与性质。