围剿战争中连成一片，合并成立西北革命根据地，习仲勋为中共西北工委领导成员，并继续担任陕甘边区苏维埃政府主席。1935年9月，习仲勋和刘景范等到保安县瓦子川迎接长征到达陕北的红二十五军。之后，习仲勋在甘泉县王家坪被中共西北代表团负责人兼中共陕甘晋省委书记朱理治、副书记郭洪涛、陕北政治保卫局局长戴季英逮捕送瓦窑堡关押。10月在毛泽东到达陕北后，得以释放平反。1936年1月，习仲勋任关中特区苏维埃政府副主席、党团书记。4月东北军攻占关中区后，习仲勋任中共关中工委书记，坚持斗争。同年6月，习仲勋随红军西征，先后