内海国立公园、云仙国立公园（现云仙天草国立公园）同为日本最早的国立公园。1964年（昭和39年）3月16日，编入锦江湾地域的锦江湾国定公园（1955年9月1日成立）及屋久岛地域，更名为雾岛屋久国立公园。2010年（平成22年）11月13日，环境大臣松本龙提出公园扩大与分割案。2011年（平成23年）12月22日决定併入姶良破火山口，并将公园分割为雾岛锦江湾国立公园与屋久岛国立公园。2011年12月22日决议通过雾岛屋久国立公园加入姶良破火山口并更名雾岛锦江湾国立公园，屋久岛地域独立成立屋久岛国立公园。