独立总队参谋长。1941年秋，在开辟乐万根据地后，创办“琼崖抗日军事政治干部学校”，并兼任校长、政治委员。他亲自主持制订教学计划，编写教材，主讲军事课并主持军事训练。1942年初，兼任琼总第三支队支队长，在六连岭为根据地。1942年夏，奉特委命令开展陵水、保亭等地区的工作。1944年春，琼崖独立总队改称广东省琼崖人民抗日游击队独立纵队，李振亚任参谋长。1945年夏，为建立五指山中心根据地，琼崖特委成立挺进支队，李振亚兼任支队长。而后，他曾率队在五指山间直捣汪精卫政权守备二团巢穴罗任，拔除毛阳、毛贵、毛栈