后，布什却意外的在新罕布夏州的初选中遭到亚利桑那州参议员约翰·麦凯恩击败。在提名选举期间，布什相当具争议性的参访了包伯琼斯大学（Bob Jones University）—那间大学被指控有反天主教倾向以及反种族融合，布什也因此遭受批评。布什接着赢得了南卡罗来纳州的初选，重振了布希阵营自从在新罕布夏州遭麦凯恩击败以来的低迷士气，不过麦肯也赢得了密西根州的初选。在维吉尼亚州进行初选前夕麦肯恩批评了几名福音教派的政治评论员，使得宗教保守派人士对他感到不满。布什趁机赢得了维吉尼亚州的初选，并且在接下来一周的初选高峰