互作用可以巧妙地透过使用交叉链接剂进行研究。例如，在一个细胞里，蛋白质A和蛋白质B为相当靠近彼此，而化学交叉链接剂可作为探针，蛋白质交互作用的探针，透过将它们放在一起，破坏细胞，并且寻找交叉链接的蛋白质。不同的交叉链接剂的使用于分析蛋白质亚基，蛋白质交互作用和蛋白质功能的各种参数。而所使用的交叉链接剂，差异主要在不同的间隔臂的长度。油单位结构被推断，由于交叉链接剂只会结合在自然状态表面的残留物。蛋白质相互作用往往过于微弱或很容易地被检测到瞬间的状态，但是，透过交叉链接，此相互作用可以被稳定，捕获并且分析