北条义时的儿子北条泰时率19万大军上京，将后鸟羽上皇流放隐歧岛，顺德上皇流放佐渡岛，土御门上皇流放土佐国。后鸟羽上皇的皇子雅成亲王流放但马国、赖仁亲王流放备前国。同时废黜了顺德上皇的儿子仲恭天皇，拥立后鸟羽上皇哥哥守贞亲王的儿子茂仁王为新的天皇，是为后堀河天皇；守贞亲王则以太上天皇的身份执掌院政，是为后高仓院。自此后，幕府开始拥有控制与决定天皇皇位继承的大权。
镰仓幕府的末日.1318年，后醍醐天皇即位，决心恢复皇室权威，废黜武家院政，开始亲政。正中元年（1324年），后醍醐天皇密