了清治时期则隶属台湾府诸罗县，1704年以前一直为县治所在；1787年后诸罗改名嘉义，继续隶嘉义县管辖；清末1887年改隶台南府。1920年台湾地方改制，与佳里兴堡合併，因古县治所在地佳里兴，而将萧壠改名为「佳里」，并设置「佳里庄」，划归台南州北门郡管辖，为郡治；1933年12月升格为「佳里街」。战后改设为台南县佳里镇，2010年12月25日改称佳里区。
萧垄屠杀事件.因日本某亲王（据说是北白川宫能久）于台南盐水被暗杀，当时军队行经萧垄，而导致于1895年农历9月3日萧壠居