反劝林藏主缚捕他以获奖赏。九月十九日林藏主将小西行长交至其领主竹中重门手中，竹中重门立即将小西行长送交至德川家康在草津的阵地，林藏主则获赏赐黄金十枚。最后与石田三成和安国寺惠琼一起在大坂街上游街，十月初一于六条河原斩首，在三条河原枭首示众，享年四十三岁。教宗克莱孟八世（Clemens VIII 1536 - 1605）也为小西行长的死感到可惜。
逸话.
银子.小西行长在宇土建设修道院和神父馆，设立神父五人和修道师七人，同时在各地建造了教会。行长更在各地设置了孤