土方与明治政府军作战时中弹身亡，相马主计接任，与余下的新选组队员投降，不久虾夷共和国也随着总统榎本武扬的投降而灭亡。
大众形象的变化.明治初期，受到成王败寇观念、以及新政府中掌权的萨长派人士的偏见影响，新撰组被视为反抗政府的朝敌贼军一员，评价很低。由于在官方史学持否定观点，再加上残存的新撰队士为免于报复，大多改名换姓生活，因此早期的相关研究亦相当缺乏。这样的评价一直维持到大正时代，当时由大佛次郎所写的小说「鞍马天狗」中，新撰组仍旧被描写为站在敌对侧的恶党集团；然而，剧中也开始出现如