不欲再兴兵事，亦因主张“桂人治桂”，不愿入广西，遂与陆荣廷“信使往来，约以各守边圄，勿相侵扰”。但在孙文的严命下，他还是于4月在西江地区部署军队。自第一次粤桂战争结束以来，桂军虽退回广西，但在粤桂边境，桂粤两军还时有冲突，粤桂首领亦未公开宣布停火。旧桂系退兵回广西后，因广西贫瘠落后，难以解决各部军饷。各实力派首领之政治地位，权力分配亦难以平衡。首领陆荣廷之影响力和控制能力开始下降。旧桂系各派为解决矛盾，开始屯兵粤桂边界，准备重新夺取广东。5月20日，北京政府下达“南方讨伐令”，以陆荣廷为“粤桂边防督办”