外交部长简又新说明，护照加註台湾字样主要是为了让国人在海外旅游时方便，避免被误解或混淆为中华人民共和国护照的持有人，这只是一项行政措施，外界不必有过度的政治解读。2005年9月开始，日本政府对中华民国实施免签证措施。2008年12月29日起，外交部领事事务局在北、中、南、东部办事处开始发行晶片护照（生物特征护照）。该新版晶片护照最大特色在于底页左上方植入一枚非接触式晶片，用来储存资料页登载资料及持照人照片影像，资料一经写入无法更改，并借由无线射频辨识读取晶片中储存的资料，并透过电子凭证机制验证护照真伪