年（1563年），泉州籍海盗林道干聚众反明，被明朝都督俞大猷追剿，经澎湖逃到台湾鸡笼定居。他率领数百名随从，奴役台湾原住民。原住民非常愤恨，商议杀死林道干，却走漏消息，被林道干夜袭杀害。继林道干之后，潮州籍海盗首领林凤于万历二年（1574年）被明朝总兵胡守仁追击，逃窜至澎湖，然后又到台湾魍港（八掌溪口）作为其根据地。胡守仁传谕番人夹攻，林凤等人逃散。
近现代.
倭寇侵扰与明朝海防.据明海防将领沈有容在《闽海赠言》中记载，自己曾“三入东蕃，歼倭驱荷”。万历三十年