邱义仁、林世煜等透过党外运动杂志《生根》（即原《深耕》杂志）推出的“美丽岛系统连线”候选人获得大胜，以康宁祥为首的党外运动主流系统惨败，“党外四人行”中的康宁祥、张德铭、黄煌雄均落选。美丽岛系在民主进步党创党初期与新潮流系为两大主流派系，以黄信介、许信良、张俊宏等美丽岛事件当事人为其代表，余陈月瑛、陈文茜也是知名的成员。美丽岛系曾设置智库“台湾政治经济研究室”，党外运动杂志《南方杂志》创办人吕建兴（自觉运动当事人）曾任主任研究员。随着1999年5月许信良退党、1999年11月黄信介逝世等因素，美