冠军，此时方纫秋离任，助手王后军上任。王后军在上海队十年以战术多变灵活着称，制定了在稳固防守基础上的快速反击的战略，联赛成绩长期稳定在中上游。1991年，上海队获甲级A组联赛亚军、优胜者杯冠军。此时中国足球进入职业化时期，1993年12月上海申花足球俱乐部成立，是中国第一家脱离政府体制的职业足球俱乐部。申花继承了上海队的甲A名额，以及原一队、青年队的大部分球员，上海队从此不复存在。
相关球队.专业时期上海除上海一队外，还有多支参加全国各种性质比赛的专业球队，先后共有全国红旗