治廿九年（1896年）恢复县制后隶属台南县，此时在外新化南里左镇庄设有台南县民政部管辖事务委员取扱事务所，管辖石仔崎、菜寮、左镇、木岗、内庄仔、九层林、刺桐脚、隙仔口、潭顶、崙顶、港仔墘等聚落。次年（1897年）6月实施六县三厅制与设置辨务署后，左镇地区所在的外新化南里归台南县大穆降辨务署管辖，同年年底外新化南里分设第一区（区役场在左镇）、第二区（区役场在岗仔林）。明治卅四年（1901年）实施二十厅制，左镇地区隶属于台南厅大目降支厅，明治四十二年（1909年）实施十二厅制，左镇地区所在的外新