5月10日，皇太子嘉仁亲王（大正天皇）与九条节子结婚。1900年6月中国爆发义和团事件，日本派出陆军第5师团参与了八国联军之役。1900年，俄国趁八国联军之役，出兵佔据中国东北地区，在清廷与各国议和后，俄国仍然不撤兵。1901年，高峰让吉首次分离出肾上腺素。1901年4月29日，皇太孙迪宫裕仁亲王（昭和天皇）出生。1902年1月30日，日英双方结成同盟，日英两国希望借盟约钳制俄国和德国在远东的发展。1904年，长冈半太郎提出了早期的原子行星模型，称为，建议电子的轨道就像土星环。，该模型后来被玻尔模型取代