按礼制在十二月从颐和园移居紫禁城时，也多在中南海内居住，仅行礼时前往紫禁城。戊戌变法失败后，慈禧太后曾将光绪帝囚禁于南海中的瀛台。1900年义和团运动时期，中南海成为俄军驻地，苑内文物陈设被掠一空，八国联军总司令瓦德西占领北京后，居住于中南海仪鸾殿。溥仪即位后，曾在中海西岸集灵囿修建摄政王府。
中华民国.1911年清朝宣统帝退位后，根据《清室优待条件》，皇室虽得以保留紫禁城和颐和园，但北、中、南三海即刻归民国所有。中南海随即被中华民国大总统袁世凯佔用，成为北洋政府的大总统府。袁