成立于1850年。由于当时其人口极少，因此它并没有一个独立的县政府。于1859年，门多西诺县才拥有一个独立的县政府。而在拥有自己的县政府前，其管理则是由索诺马县负责。门多西诺县得名自门多西诺角，而门多西诺角则是得名自新西班牙于1535年至1542年的总督安东尼奥·门多萨（因他于1542年遣送胡安·卡布里洛探索门多西诺县一带），以及洛伦佐·门多萨，新西班牙于1580年至1583年的总督。「门多西诺」是「门多萨」的形容词形式。于19世纪，尽管门多西诺县于1856年设置了门多西诺印第安保留地和圆谷印第安保