田赖常在规定的遣散费之外，加发一个月月薪后遣返日本，费用比其他日籍学者还要少。此后，太田赖常之实验室交由许云基主持，而全台大之日籍学者仅剩农学院的松本巍与高坂知武二人。
晚年.1949年6月，太田赖常返回日本国内，并在之后担任神户大学物理系教授与理学部长等职务。1957年9月1日，太田赖常接任田英一郎而成为的第3任校长，并持续担任此职直至高桥省己在1960年9月1日接任第4任校长为止。在此期间，太田赖常也曾在小学馆专为学龄前幼儿发行的《》杂志中撰写数篇幼儿读物。1970年，太田赖常