悲痛而患病，长叹说：「万氏长去了，我亦将去矣。」日渐消瘦，最终于同年八月廿二日驾崩。葬于北京昌平茂陵。临终前诲示太子要敬天法祖，勤政爱民，太子顿首受命，他的三子朱祐樘继位，即后来的明孝宗。
为政举措.明宪宗即位后任用李贤、彭时、商辂等人，下诏为于谦平反，派人去为于谦扫墓，并让其子于冕袭为千户，于谦的女婿朱翼等人，也被归还家产。荆襄刘通造反，命抚宁伯朱永讨伐，将之平定。又有陕西周原土官满四占据石城，荆襄复反，宪宗力排众议，命项忠平定，荆襄贼平，明军击斩万人，首领刘通、苗龙等四十人