线计划被逼暂停，中环至湾仔填海区亦重新规划，以应付未来的交通流量需求。后来东九龙线过海段被更名为第四条过海铁路。
更新发展次序.1990年，政府在机场铁路中以港岛及九龙西面的第三条过海隧道同时兴建第三条过海铁路为理由，取代原有东九龙线及九铁过海段解决荃湾线的挤塞。1993年的《香港铁路发展研究》中，东九龙线由原有过海性质改以中型铁路连接机场铁路九龙站，并接驳当时倡议中的尖沙咀支线、马鞍山铁路（现称马鞍山线），形成东部走廊。1994年，政府发表《铁路发展策略》，落实先兴建尖沙咀支