年，威廉·霍华德·塔夫脱总统再次任命莱恩出任同一职位。1913年1月，莱恩经选举成为州际商务委员会主席。一个月后，他接受新当选的伍德罗·威尔逊总统提名出任内政部长，在该职位上任职近7年后辞职。莱恩在自然环境保护方面所获评价褒贬不一，他支持充满争议的优胜美地国家公园的赫奇赫奇水库计划，将备受环保人士重视的同名水库淹没，但也正是在他的主持下，美国国家公园管理局才得以建立。1921年5月18日，富兰克林·奈特·莱恩因心脏疾病在明尼苏达州罗彻斯特的马约诊所去世，享年56岁。担任政府公职20余年间，他的薪资收入很