表示其总统职权的来源不是正规的。孙当选后向国内外分别发表声明，并写公开信给徐世昌劝他自动离职。同时孙发表他的新政府的人事名单：唐绍仪和陈炯明都不肯到任，由此可见当时孙在广州军政府地位并不稳固。1922年6月16日清晨，陈炯明与孙中山意见不合，命令叶举攻击总统府，孙中山被迫离开广州，首先逃到珠江上的永丰舰。后来看到短期无望收复广州后，经香港赴上海。非常大总统一职在形式上继续保留着。1923年2月21日孙中山返回广州时，不再使用中华民国非常大总统的职称，设立陆海军大元帅大本营，自任大元帅。