经济损失和恶劣社会影响，并且收受他人巨额贿赂和贵重物品；道德败坏；对铁路系统出现的严重腐败问题负有主要领导责任。2011年7月温州动车事故发生后，认定刘志军“对事故发生负有主要领导责任，鉴于其涉嫌严重经济问题，建议另案一并处理。”刘志军一直被关押在秦城监狱。在秦城监狱，刘志军可以看电视、报纸，对外界情况有所了解。不过羁押期间不能见家属，对亲人多有挂念。刘志军每次会见都会反复问 “老母亲还在不在人世”。
审判.2013年4月10日，刘志军受贿、滥用职权一案，由北京市人民检察院第二