方面的规划已经确定，“肯定要在小谷围岛外继续发展高校园区”。暨南大学、南方医科大学和广州医学院已确定意向并获得初步批准，另外还有两所院校也在积极洽谈中，很有希望同时进入，这五所学校将共同纳入二期工程第一组团进行建设。但在2006年，南方医科大学新校区选址顺德，暨南大学和广州医学院（现广州医科大学）新校区在2010年后才相继立项并落户大学城组团二期规划用地，其余两所高校落户番禺的计划则未见下文。2012年，广州市提出“主城区重大战略发展平台”的划分概念，大学城一期、二期以及生物岛被统一纳入“广州国际创新城