本大学専门部医学科就读。求学过程中，他曾因其自由主义倾向及相关信念与有关当局发生冲突，并因此屡遭惩处。1943年及1944年，他分别毕业于日本大学及陆军军医学校；毕业后，他被授阶为军医少尉，并在广岛陆军病院（战后成为）就任其病理学实验室主任，致力于流行病预防工作。1945年8月6日，当肥田舜太郎正在安艺郡村（距离原爆点约6公里）为病患诊疗时，他近距离目睹了小男孩原子弹被从艾诺拉·盖号轰炸机投下及爆炸的过程。不久，他成为当地倖存的专业医疗工作者之一，并开始投入伤患救治工作。在诊治过程中，他发现许多病患