后，弗雷德里克二世试图推行加强王权的改革，遭到强大的丹麦贵族（以国会为代表）的强烈抵制。弗雷德里克二世在位第一年就发动对外战争，进攻位于迪特马申的一个独立的农民共和国。结果他成功地将此地征服，取得第一个军事胜利。不久他又卷入了立窝尼亚战争。鉴于立窝尼亚骑士团已完全无力抵抗俄国沙皇伊凡四世的勐烈攻势，弗雷德里克二世于1560年出兵兼并骑士团领地萨列马岛，企图建立缓冲并参与瓜分行将灭亡的骑士团的领土立窝尼亚地区。弗雷德里克二世统治时期最重要的事件是1563年至1570年与瑞典的战争（所谓北方七年战争）。