该寺原为陈永华之故居，明郑覆灭以后，陈永华长子陈孟炜任船厂副将，次子陈孟球任山西督学，遂无人居住。1688年（清康熙27年）6月左营守备官孟太志捐款兴建成寺，名曰黄蘗，1692年（清康熙31年）大火，修建后更具规模。1899年（日明治32年）为辟建日本陆军卫戍医院与铁路，遂将荒废的寺庙
黄蘗寺的兴衰.陈永华的故居改建以后，许多天地会的人寄迹寺院托钵为僧，隐于黄蘗寺内。而黄蘗寺就成为了反清复明的重要据点，清干隆年间黄蘗寺方丈不慧大师与知府蒋元枢私交极好，然蒋元枢收到福建总督追拿天地会