基地被用来收容逃离海地的难民。 这些难民被关押在一个名为的拘留区，直到美国联邦地区法院法官于1993年6月8日宣布该拘留营违宪。此判决后来被撤销。 1995年11月1日，最后一批海地移民离开了关塔那摩。从2002年开始，即在针对九一一袭击事件发动的反恐战争之后的几个月，该基地的一小部分被用来拘留数百名，分别被关押在，，和现已关闭的。美国军方被指未经正式检控程序就指控其中一些被拘留者与基地组织或塔利班有联系。在关于在基地被监禁者享有基本权利的诉讼中，美国最高法院裁定被拘留者已「被监禁在美国行使专属管辖权和