由于将军返回京都，长庆改为专注堺港。并向河内、丹波及大和扩展他的势力。1559年获畠山高政的支援，攻佔了由安见直政控制的高屋城。翌年长庆与畠山高政对立，攻打由畠山氏控制的高屋城及饭盛城，并在1562年的教兴寺之战中成功将畠山氏驱逐，控制了河内一国，至于松永久秀成功控制大和。三好在畿内进入了全盛期。
衰落.1561年三好家内重要军事将领十河一存去世，细川晴元乘隙率领畠山高政、六角义贤反击，以细川晴元次男细川晴之为盟主，在7月举兵，自南北夹击三好家，此战延续至永禄5年（1562年），结