大选选举期间，邱毅及中国国民党高雄市长候选人黄昭顺偕同前往高雄地检署控告陈菊在九一九水灾时涉嫌怠职，并指控陈菊于当日前往高雄县冈山、田寮等地区泡冷泉，悬赏新台币1000万元奖金寻找相关证据指控陈菊当日于田寮泡汤。同年11月19日，高雄地检署侦结，给予陈菊不起诉处份。检方在起诉书中指出，邱毅接受电子媒体访问时手里拿着一叠雨量分布图资料，但却是质疑陈菊通联纪录位址。但检方传唤邱毅时，邱毅表示受访时也质疑田寮的下雨量是否如外界所说无法进入，所以那是雨量分布图而非陈菊的通联纪录；他也坦承当时并未取得陈菊的通联纪