及长老教会支持下前往日本留学；他先是就读于社会福利科，但由于政治及社会氛围等因素，他决定报名转学考试。1941年，他受寄宿家庭主人精神科医师加藤普佐次郎博士鼓励研读中国药学，于是进入东京帝国大学（以下简称「东京帝大」）药学系生药科（研究所）就读，并在毕业后留校学习科学研究技术直至终战。战后，许鸿源带领妻子林碖及子女返回台湾，并在彰化和美开始其制药事业。1946年，他在台北拜访东京帝大校友、国立台湾大学附设医院药局长冢本赳夫；当时，台湾省卫生试验所刚成立且有人力需求，他因此在同年12月被推荐到该所任职