58年，马来亚联合邦通过与英国政府谈判，将原属英国海军的资产转移给新成立的马来亚皇家海军。此处的“皇家”指代的是最高元首暨马来亚三军最高统帅。在马来西亚成立后，1963年9月16日改名为马来西亚皇家海军。1960年代的印马对抗期间，马来西亚皇家海军负责东马地区的巡逻防务。与印尼的对抗结束后，在东古·阿卜杜勒·拉赫曼首相任期内，马来西亚皇家海军高层逐步马来西亚化，时任皇家海军总司令的海军上将也得到了东古等领导的信任。在他们的共同推动努力下，马来西亚皇家海军逐步从一支海岸防御海军（褐水海军）发展成近海海军（绿水