雨导致河流膨胀并经常使河岸氾滥。全年降雨量可高达。与库斯科大区的西北边界是Isthmus of Fitzcarrald，一条细矮的山脉，分隔开马德雷德迪奥斯河和乌鲁班巴河/乌卡亚利河盆地。马德雷德迪奥斯河流域的着名河流有伊南巴里河、坦博帕塔河、马努河、、塔夸蒂马努河、、阿克里河和。由于大区幅员辽阔而人口稀少，河流提供了从一个城镇到另一个城镇的最佳途径。人类活动总是局限于河岸。有不少探险家在区内曾尝试寻找传说中的失落城市「帕提提」（Paititi）。2011年初，一条贯穿当地的新道路连接巴西和秘鲁