时00分开出，而94线的车辆于黄石码头每小时开35分班次返回西贡时会改走99，而99则会在每小时15分开出，不过在假日99会停开13:15由西贡开出的班次。若然遇交通情况严重影响99原有班次开出，西贡巴士总站站长会视乎情况于92线或299线（现已改为299X线）抽调车辆行走99线以维持原有班次，在99未改为全空调行走时，曾经出现空调巴士行走99，不过收取普通巴士车费，变相提供升级服务。本路线于1994年5月16日起于平日增派丰田Coaster 24座位空调巴士（AT75/EL452）行走，不过却是独立运