立后，卞敦任太子右卫率。镇北将军祖逖死后，原本祖逖收复的大片北方土地被石勒再度攻陷，并且进逼淮河和泗水流域，元帝于是想找良将镇守边境，阻止石勒继续南侵。当时众人都推举卞敦，卞敦于是获任命为征虏将军、徐州刺史，镇守泗口。太宁元年（323年），石勒进攻彭城和下邳，卞敦认为自己不能抵御，于是与征北将军王邃退守盱眙。石勒因此将淮北地区大部分城池都攻陷。卞敦因此而被指畏懦，降职三级至鹰扬将军，徴为大司农。王敦后表卞敦为征虏将军、都督石头诸军事。太宁二年（324年），晋明帝趁意图篡位的权臣王敦病重而下令讨伐，升卞敦