法国本土，总理茹费理（Jules Ferry）下台，法国内阁以306对149的票数否决了“军费议案有优先权”提案。而茹费理刚一辞职法国就同意“应先前要求”给越南法军垫付五千万法郎“人们认为是法国战争计划的象征”。4月3日，孤拔将基隆法军撤至澎湖，准备调往越南增援。4月14日双方开始谈和，令孤拔解除对台封锁。4月15日，法军正式解除封锁。但于和约订下为止都仍占领澎湖。随后法国政府与清朝展开谈判，清军与法军未再爆发战事，但五月与六月之间澎湖流行瘟疫，法军病死若干，甚至司令孤拔也罹患赤痢，并快速恶化成贫血。