出境许可证（金马证）及政府机关核发之证件（如中华民国国民身分证、健保卡、驾照等）至申请柜台即可免费办理註册（持金马证者，仅限金门水头商港使用）。申请时电脑会录存申请人（须年满12岁，身高要140公分以上，且未受禁止出国处分之有户籍国民）脸部影像或双手食指指纹（指纹原本为选择性项目，自2017年3月8日起改为必要项目），申请人再于申请书上签名确认即完成程序，上述流程约需2分钟完成。该申请书由系统自动印出，由该申请人签名即可。自动查验通关系统主要採集脸部特征辨识身分，以食指指纹为辅助辨识通关，符合资格之大陆