以统一指挥在华海军兵力。1938年初日军在中国方面舰队旗下进一步建立第五舰队投入中国战场。1939年11月15日，中国方面舰队下辖三支舰队改名为第一、第二、第三遣支舰队。
第一遣支舰队.由原第三舰队改名而来，继续以上海为基地，在长江流域活动。主力为驻扎在武汉的的，以及配备各式炮舰、用以确保长江流域安全的第11战队，此外还有若干驻留九江、南京的地面部队。1942年1月15日，汉口方面特别根据地队（简称汉口特根）降格为汉口警备队；1943年8月20日，第一遣支舰队全体降格为扬子江方