可经由三种主要方式致病：产生、引起过敏反应与局部或系统性感染。后两种致病方式主要受宿主免疫状态影响，由宿主主动免疫反应对抗真菌孢子或菌丝所致。相较之下，若免疫系统已经瓦解、抵抗力微弱或缺乏，可能感染严重的。最常见致病菌种是和黄麴霉菌。黄麴霉菌产生的黄麴毒素是毒物也是致癌物，可能污染食物如坚果。烟麴霉菌和可造成过敏疾病。某些麴菌属菌种可造成谷类作物疾病，尤其是玉蜀黍，并合成黄麴毒素等霉菌毒素。麴菌症是麴菌属引起的一组疾病。症状有发烧、咳嗽、胸痛、唿吸急促。通常只有免疫系统衰弱或其他肺部疾病的患者才容易感染