事变后，新四军重新整编，陶勇任第1师3旅旅长。1942年3月，兼苏中军区第4军分区司令员，随后展开反击日军清乡作战。1942年11月5日，在如东何家灶成立苏中军区海防团，陶勇兼任团长。1944年8月7日在如东丰利成立了苏中军区海防纵队，陶勇兼任司令，政委杨进/吉洛，参谋长崔德耀/孙仲明，辖海防一团、海防二团团长孙仲明，三团团长陆洲舫。参加车桥战役，同年年底率部南渡长江，任苏浙军区第3纵队司令员兼政治委员。1945年，参加了天目山战役。
解放战争时期.1945年11月，陶勇奉命北撤苏