发达，当中便有蒙古最主要的河流体系——色楞格河，经由贝加尔湖流入北冰洋。西伯利亚叶尼塞河的部分支流发源自蒙古西北部的山脉，也流入北冰洋。在蒙古东北部，鄂嫩河经由俄罗斯的石勒喀河和黑龙江流入太平洋，构成了世界第十长的河流。蒙古西部的河流大多汇入，尤其是大湖盆地，或者是唿伦湖，乌兰湖或者乌伦古湖。蒙古南部也有一些内流河。位于西北部大湖盆地的咸水湖乌布苏湖面积3,350 km²，为蒙古国面积最大的湖泊。位于北部的淡水湖库苏古尔湖湖水储量为3,800亿立方米，为蒙古国水量最大的湖泊，经色楞格河流入北冰洋。蒙古