郑玉荪和战争干扰，已不复存在，因而卫仲乐在其原址建起“仲乐音乐馆”。1941年与金祖礼、许光毅等人一起成立中国管絃乐队。1949年成爲上海音乐学院教授，1956年成爲该校民乐系副主任，后来又成为主任。1962年担任中国音乐家协会上海分会的副主席。文化大革命爆发之后，卫仲乐被当作“反动学术权威”打倒，其弟子屠伟刚买通看守人员才得以保证其正常起居。