3年12月21日当选为国民公会主席。他推动3月19日对埃贝尔派及3月30日对乔治·雅克·丹敦的逮捕、起诉、处决并继续在公共安全委员会工作了几个月。 1794年6月10（法兰西共和历2年牧月22日）在罗伯斯庇尔的默许协助下，库东起草通过牧月22日法令，在革命法庭审判的案件，剥夺了被告律师或证人对他们的援助及辩护，借口为了缩短诉讼的时间。 按照牧月22日法令，被指控犯罪的个人被带到革命法庭，将只有二选一的结果，要就是无罪释放，再不就是死刑。革命法庭审判会迅速通过，因为这些审判将不会有机会获得律师也没有证人代表他