会与筑地教会并列为日本解禁天主教之后，东京较早设立之为日本人而设的教堂。战后因位于文京区关口的东京圣玛利亚主教座堂毁于战火，在东京圣玛利亚主教座堂重建完毕之前曾担任东京总教区的临时主教座堂。在该教堂也是日本的登录有形文化财，内部保存有圣方济各沙勿略的部分遗骨，以及日本首位枢机主教土井辰雄的座椅。
礼拜与参观.每週五上午10:30以及週日上午10:00举行日语弥撒除弥撒、婚礼、葬礼以及其他活动以外，教堂每日白天开放供参观和祈祷。入堂免费，但接受捐款。