体转业，学院改名为“哈尔滨工程学院”，徐才厚也随而成为非军人身份。1968年底被分配到第三十九军鹤立农场劳动锻炼。1970年春重新分配工作，由于出身于工人家庭，得以重新入伍，到吉林省军区独立师三团营六连当兵锻炼。1971年4月，徐才厚加入中国共产党。其后历任沈阳军区守备师炮兵团连副指导员，吉林省军区干部处干事、副处长。1982年起，他任吉林省军区政治部干部处处长、吉林省军区政治部副主任。1984年，任沈阳军区政治部群众工作部部长。1985年任16集团军政治部主任。1990年任16