战争时，在清朝约有30万的地下天主教徒。基督教新教没有公开传教，只有20名英美传教士在澳门进行一些准备工作，例如翻译圣经以及编写字典。1846年，道光皇帝明诏弛禁天主教，归还原有教堂，天主教于是转而公开活动。耶稣会负责江苏、安徽和直隶东南部的传教工作，遣使会负责直隶的大部分和浙江、江西，多明我会则专门负责福建。来自英、美、德三国十余个新教差会也纷纷在五口设立教堂、学校、医院。其中美国归正会在厦门兴建了基督教在大清的第一所教堂——新街堂，美北长老会的嘉约翰在广州创办了清朝第一所西医院博济医院。