美国麦克阿瑟将军派一名中将特使到台湾，以专机邀请孙立人到东京会谈。同月，青年军第二零一师调台湾受训。1949年9月1日，孙立人正式就职台湾防卫司令，第二零一师10月在金门参加金门战役。11月，蒋中正在国民党中央非常委员会第二分会中提议孙立人再兼东南军政长官公署副长官，国防部亦随之发表新职。1950年3月1日，蒋宣佈复行视事，重新担任中华民国总统，并发表文告。蒋核定国防机构系统，撤销东南军政长官公署。蒋以孙为陆军总司令。孙兼任台湾防卫总司令（当时陆军总司令部与台湾防卫总司令部址乃同一驻所）。10月中国