陈肇麒首次披上英超球会热刺的球衣出战友赛，更与俄罗斯国脚前锋柏夫尤真高合组前锋，穿上10号球衣亦获正选席位，而陈肇麒落场70分钟，表现落力有数次射门机会，惜未能把握未有入球，但表现已获队友赞赏，战至70分钟与刚伤癒的现时皇家马德里球员莫迪历齐齐被换出，而热刺最终亦以5–2获胜。2009－10年度香港足球明星选举，陈肇麒当选香港足球先生和香港足球明星，更形容南华是「对自己足球生涯最重要的球会」。陈肇麒今届为南华合共射入15球，在射手榜上位列三甲再次成为本地华人首席射手，他今季制造了多个难度极高的入球(如季初