站始发，经由台南至沙崙间开行区间车，列车时刻均配合高铁北上开车时间。目前共有4种运行方式；行驶列车多经过台南＝沙崙区间，使得单向平均每30分钟即有一班。而在2017年4月27日善化车站第二月台落成前，每日有8班列车在善化折返时，不办理客运（载客区间仅至南科）。
使用车辆.沙崙线兴建计画中，有编列EMU800之採购预算；曾经以EMU600五组（共20辆）营运营运初期，列车外观为以台南市风景为主题之彩绘，内部则配有智慧型列车服务资讯系统；然由于彩绘贴纸褪色、脱落，加上配合列车运用