淀藩、、、、、、膳所藩、狭山藩，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理，不过在西部的信乐盆地则属于信乐代官所管辖。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、川越县、山上县、宫川县、宫津县、吉见县、膳所县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更名为滋贺县。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「甲贺郡」，并在水口村（位于现在的甲贺市）