线均位于地下，下穿横滨市中心的港未来、关内等街区。马车道－元町·中华街段在本町通（国道133号）的正下方通过。因为通过的地域都是地质较脆弱的填海地，所以各站月台都设于地下4－5层的深度。开业当日起，东急东横线废止横滨－樱木町段路线，而开始与港未来线互相直通运行。