等被捕的五十余人在六条河原被处刑。通藏主在四国流罪的途中，在摄津太田被杀害。10月2日，劝修寺门迹门主教尊（小仓宫圣承之子）也因参与事变被逮捕，流放隐岐岛。被夺走的神器之中，剑在清水寺寻获后归还朝廷，但是，神玺所在不明。神玺大约15年间被后南朝持有。长禄元年（1457年），因嘉吉之乱而没落的赤松氏的遗臣，为了再兴主家，将神玺夺还，翌年归还北朝（长禄之变）。之后，赤松政则的家督继承被认可，获得加贺半国，赤松氏再兴。