隆四十五年（1780年）六月，家族内发生争产纠纷，于敏中之孙于德裕控告堂叔于时和拥赀回籍，三月转移回金坛。皇帝为了验证于敏中是否清廉，下令调查于氏财产，详细记录为八万余两，属时任官员正常收入，坊间称高达二百万两之多属不实。干隆四十六年（1781年），甘肃冒赈案发，布政使王亶望和王廷赞被处死，并波及已去世的于敏中，干隆帝为竖明君形象，推罪认为“设非于敏中为之主持，勒尔谨岂敢遽行奏请”，于敏中的牌位终被撤出贤良祠。晚年于敏中纂修《四库全书》，干隆五十二年（1787年）爆发江南文汇、文宗、文澜三阁《四库全书》