置南新巴郡、南晋寿郡。元嘉十六年（439年），梁州梓潼郡、南宕渠郡、南汉中郡、怀宁郡，南秦州安固郡改属益州。元嘉二十六年（449年），秦州北阴平郡、武都郡改属益州。后侨置天水郡，省南宕渠郡。至宋末，益州领十二实土郡：蜀郡、汶山郡、犍为郡、东江阳郡、晋原郡、沈黎郡、越巂郡、梓潼郡、广汉郡、遂宁郡、巴郡、新城郡；十六侨郡：南阴平郡（有实县）、宁蜀郡（有实县）、江阳郡、始康郡、晋熙郡、巴西郡、宋宁郡、宋兴郡、南新巴郡、南晋寿郡、南汉中郡、怀宁郡、安固郡、北阴平郡、武都郡、天水郡。南朝齐时，改宋宁郡为永宁郡