5岁的卓亚文于1932年4月1日逝世于其住家亦是其店舖的“文荣号”，并于1932年4月9日出殡，葬于位于义兴路尾的新山中华墓园。留有7子3女。其三子卓锦汉（G. H. Toh）毕业于英国牛津大学布雷齐诺斯学院，是英国伦敦四所律师学院之一的中殿律师学院的讼务律师。其四子卓锦丕和五子卓锦静在英国留学。