废除巡抚制度，到次年才恢复。巡抚在嘉靖时才成为真正的常设官职。一般来说各省巡抚衙门都是跟布政使司衙门在一起的，除非巡盐、巡海、操江这样专门性的巡抚，或是三不管地带的湘南、郧阳巡抚，衙门会在就近方便的地方。巡抚的职责主要是税收、水利、内政，通常亦有调动军队的权力，不过并不一定，端看各省需要。在管辖区域来讲，14世纪的巡抚所辖区域大小存有很大的分别，大者统辖两省十数万平方公里，如闽浙，有些则只有数座城府，甚至只得一、二府，如大同、宣德、顺天等。至15世纪后，发展成以省区为单位，配置一位巡抚。