来串木野市、阿久根市、长岛町、萨摩川内市（包含甑岛列岛）发布暴风警报，2012年9月16日下午9时30分至17日上午3时25分鹿儿岛地方气象台向鹿儿岛市发布暴风警报，2012年9月16日下午3时05分至17日上午3时25分鹿儿岛地方气象台向肝属郡三町、种子岛、屋久岛发布暴风警报。三巴在掠过沖绳县后北上影响鹿儿岛县，从奄美地方等10市町村一度最多有47400户停电。鹿儿岛县内共造成住宅全毁6楝、非住宅全毁3楝、奄美地方6市町村部份损毁住宅增至70楝，长岛町和阿久根市在台风接近时正值潮涨，53楝建筑物地下受浸。