大坊民合议后，决定拆除旧寺并推举马良俊阿訇作为新教长。马良俊阿訇担任教长后，开始主持新寺院的重建工作，重建新寺的资金同样由来自陕西省渭河流域的回族官、商、普通百姓捐款。历时5年，新寺于光绪三十二年（公元1906年）竣工。抗日战争时期，陕西大寺是迪化市回族穆斯林进行爱国主义教育及支援抗日战争的中心。时任陕西大寺教长的马良骏同时也是新疆回族文化促进会的负责人。1942年8月，时任新疆省主席张治中见陕西大寺两侧讲经堂陈旧不堪，便从省财政厅拨款修缮，1947年，修缮完成的陕西大寺南、北厅焕然一新。陕西大寺后被誉