石器时代已经有人在贝澳居住。在清朝世祖顺治十八年（1661年），大屿山居民因为迁界令而必须内迁，复界后（1669年）才陆续返回居住。张姓老围现在仍然有一边石砌矮围墙，用来阻挡水浸时的洪水。贝澳村民以前主要以务农为生，次要为打渔。在河口，有一座建于清仁宗嘉庆四年（1799年）的天后宫，庙宇正向西南方，背山面海，并且置有铜钟一口。在天后宫附近有洪圣庙 （梅窝）的遗址。1956年至1963年间，由于当时香港食水短缺，香港政府决定兴建石壁水塘，开辟屿南道、东涌道和大澳道等连贯各地。由贝澳至分流的山水全被截流