古生态学.玛君龙的所有标本被发现于马达加斯加西北部马哈赞加省的梅法拉诺组。其中大部分标本，尤其是最完整的一群化石，都发现于Anembalemba段，而下层的Masorobe段与上层的段也发现了玛君龙的牙齿。这些沉积层并没有经过放射性定年法检验过，但生物地层学与古地磁学显示该地层年代为马斯垂克阶，约7000万年前到6500万年前。玛君龙的牙齿在马斯垂克阶非常末期被发现，约为白垩纪-第三纪灭绝事件发生前。在白垩纪末期，马达加斯加是座岛屿，在距今9000万年之前与印度次大陆分离出来。马