传说淡水清水巖庙地极佳：庙前大屯山、观音山互相扶持，而淡水河位于两山之间，似一金龙入庙，为堪舆学中的大吉之穴，庙方说这块庙地是清水祖师神谕钦选的，祖师神案的座址为龙首，到庙中大门右侧大钟下方有一块围着红布的石头，庙方认为这颗石头就是龙珠。本穴昔年被北台湾风水大师林琅评论为「罗汉降龙」之穴，林琅预言有一位大禅师前来本地弘法传教，弟子甚众，禅师施展神通，驱逐番兵后，又云游几十年，有檀越为他设立伽蓝，得以在沪尾广施佛法。一直到日治时期，乡民才知道林琅说的高僧，不是甚么武僧或僧兵，是清水祖师「蓬莱老祖」的神像，