向横贯新疆中部，分新疆为南疆、北疆。其自身又由南北排列的南天山、中天山、北天山三大山系组成。中部平原介于南部天山山地和北部沙漠盆地之问，由地表径流冲积、洪积形成的地势平坦、水土条件优越的绿洲。中部平原以北为准噶尔盆地及其中的古尔班通古特沙漠。北塔山是准噶尔盆地东部阿尔泰山向南延伸的支脉，位于昌吉州东北缘。昌吉回族自治州自然状态下的地表水主要有冰川、积雪、河流、泉水、湖泊、水库、渠塘等地表水系。冰川、积雪分布在南部海拔3800米以上的高山区，为现代永久积雪区。昌吉州各县市除木垒县外都有冰川、积雪常年分布。