是一个原子核内质子的数量，也决定元素的性质。拥有同一原子序数的原子属于同一化学元素。原子序数的符号是"Z"。例如所有的碳原子的原子核都有六个质子，因此碳的原子序数是6。碳原子可能会有不同个数的中子，这些就是碳的同位素。原子核中质子的个数决定了原子核的电荷，因此也决定了原子在电中性时的电子个数。电子会填入其原子轨域中，决定原子各种的化学性质。中子的个数对于原子的化学性质影响不大（氢及氘例外）。例如所有的碳原子因为有六个质子及六个电子，即使其中子可能有六个或是八个，其化学特性几乎相同。因此在化学上，是由原子