988年5月23日病逝，终年25岁（即接近26岁）。木藤潮香在女儿逝世前把她的日记结集成册，即《一公升的眼泪》，初版于1986年2月由エフエー出版，至2006年已突破210万册销售。此书并被改编成电视剧和电影，日剧版女主角姓氏改为池内。电视剧版由泽尻英龙华主演，电影版由大西麻惠主演。1988年5月23日，因为病情恶化造成的衰弱，加上併发尿毒症，木藤亚也结束了25年短暂的人生。之后，亚也的母亲木藤潮香以对女儿的回忆为基础，写成并出版了《生命的障碍》一书。2004年10月，《一公升的眼泪》故事被改编