第二期抗战战略，指出今后战事用正规军固守要点，巩固国家政权根据地；在敌人后方以游击战为主。2月2日，陈在重庆招待记者谈扩大兵役动员称：兵役动员重在宣传，而宣传重在下乡。1940年7月，统帅部成立第六战区，陈任司令长官，兼湖北省政府主席，驻节恩施，坐镇陪都门户。8月21日，陈对报界人士报告宜昌失守之经过，并称已经蒋令准，将辞去政治部部长及三民主义青年团书记长等一切后方兼职，今后将专负战区责任，从事拱卫行都工作。陈所部于上高战役、湖北战役取得胜利。1943年，陈任中国远征军司令长官。同年5月，离开云南，