昭被逮捕入狱。1962年初，林昭得以保外就医。9月，林昭在苏州与黄政商量并且起草了“中国自由青年战斗同盟”的纲领和章程。期间还曾要求上海的无国籍侨民阿诺，将《我们是无罪的》、《给北大校长陆平的信》等带到海外发表。林昭的母亲在六十年代受洗，有一批基督徒会到林昭家唸圣经。林昭成为基督徒的确切时间不明。林昭1963年的写作使用「主历」一词，可以证明林昭在1963年的时候已经信耶稣。
第二次被捕.1962年12月，林昭又被捕入狱。在狱中林昭曾多次绝食、自杀，并且分别两次给当时的上海