抗议，放弃了职务，短暂逃亡美国。第二次世界大战初期，扬·马萨里克在BBC向捷克人民发表了一系列抵抗演说。1940年在伦敦加入了捷克总统爱德华·贝奈斯组织的流亡政府，担任外交部长。1941年7月18日，扬·马萨里克代表捷克斯洛伐克共和国流亡政府，在伦敦与苏联驻英全权代表伊万·迈斯基签订了《苏维埃社会主义共和国联盟和捷克斯洛伐克共和国协定》（苏捷协定）。1948年2月，捷克斯洛伐克发生政变，捷克斯洛伐克共产党在苏联红军的支持下开始执政。扬·马萨里克在新政府中仍然出任外交部长，是仅有的2名无党派人士之