几经谈判，终于在农历四月廿七（新历6月27日）缔结「中法新约」，法军才将军队逐批撤出澎湖。清法战平之后，清廷有感台湾之海防地位日益重要，在光绪十四年（1888年）正式建省之前，以澎湖在清法战役中轻易失陷为殷鑑，计画加强当地防务。战后闽浙总督杨昌濬及刘铭传（淮军）亲自来澎湖勘察时，见全澎重兵集中于妈宫港区，火砲布局不完整，地理更是「四面莅海，形势散漫，无险可守」，加上澎湖绅民亦奏请建城的情况下，获得朝廷首肯。除了决议兴筑城池和礮台之外，光绪十二年（1886年）复将澎湖水师协与海坛水师镇的编制对调，原澎