在第二次世界大战期间，在费利克斯·埃布埃领导下，自由法国政府的军队在法属赤道非洲重整旗鼓，加蓬在1940年6月16日至11月12日期间一度由法兰西国统治；自由法国政府进行整合统治后，此区成为该运动在非洲的活动中心。1940年代，法属尼日军管地列入法属西非，此区始与法属西非辖区接壤。1943年，义大利王国战败退出北非地区，此区始与法管费赞、联合王国管昔兰尼加二区接壤。1944年7月，自由法国政府解散，由法兰西共和国进行统治。1946年，联合国取代国际联盟，此区始与联合国託管地：法属喀麦隆接壤