站往南至长崎港车站的路段停止使用，第三代的车站建筑在1988年曾大幅重新改装过，但随着年代久远，站体逐渐老化，在1999年还是遭到拆除重建，并于2000年完成第四代旧站场的站体，包括南侧的商场和长崎也同时启用。2012年开始，JR九州发行的智慧卡SUGOCA开始可以在本站使用。2020年3月27日深夜11时45分，随着当日的尾班滨海快线列车驶入长崎站，旧站场正式停用。翌日清晨5时47分，在长崎站货场旧址上兴建的新站场局部启用，首班开出的列车是前往佐世保站的YC1型列车。
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