0年回归杭州绿城。 2012年1月，日本教练冈田武史成为球队新任主教练后，吴伟被放弃，未能得到球队续约。 2012年2月，在跟随贵州人和短暂试训后，吴伟自由转会加盟球队。 他在2012赛季联赛替补出场6次，球队获得联赛第四名并历史上首次获得2013年亚足联冠军联赛的参赛资格。2013赛季，他在联赛出场14次，跟随球队再次获得联赛第四名并获得2013年中国足协杯冠军。2014年1月，在冈田武史离队后，吴伟以自由身回归杭州绿城。