3年)某夜，庙体毁于看顾庙宇之僧人引发的火灾。同治三年(1864年)，林珠发起募款整修庙体。光绪五年(1879年)，神冈社口大夫第主人林振芳发起重建庙体，并另为慈济宫购置庙地，奠定今日规模。慈济宫信徒为感谢其贡献，以徒步方式前往社口万兴宫进香。日治时期初，慈济宫被征作军队行营、学校教室及学校宿舍。大正元年(1912年)，林庆连向台湾总督府申请修缮该庙庙体，历经六年共三任总督方获准许。大正六年(1917年)，庙体开始修建，并耗时九年于昭和八年(1933年)方才落成；其间，岸里社张家张丽俊任修缮总理主持