于金陵大学附属中学毕业，后考入金陵大学预科。后就读于金陵大学农学院植物系。1935年，于金陵大学农学院植物系毕业，留校担任助教。1938年，金陵大学迁校至重庆，期间吴友三对多种作物作了病虫害的研究，并开始发表科学论文。1940年，赴成都金堂县铭贤农工专科学校任教。曾任教于湖北农学院。1944年，回重庆，任中央农业实验所病虫害系技佐。得俞大绂教授的指导。1948年，赴加拿大留学。入煞斯坎川大学（旧译）University of Saskatchewan，师从当时着名植物病理学家、育种学