1944年任冀鲁豫军区政治部组织部部长。1945年2月，任冀鲁豫军区第6军分区副政治委员，对日军发起反攻，攻占夏津、高唐。
第二次国共内战.第二次国共内战时期，刘华清担任晋冀鲁豫军区二纵队六旅政委，参加了上党、邯郸、出击陇海路、定陶、巨野、鄄城、滑县、豫皖边、豫北战役。1947年6月，参与挺进大别山。1948年，又参加淮海战役。1949年春，任第二野战军三兵团十一军政治部主任，参与渡江战役、西南战役。
建国初期.1949年，刘华清担任二野军政大学政治部副主