1997年8月，行政院文化建设委员会（今文化部）正式成立「文化资产保存研究中心筹备处」，同时负责国家台湾文学馆与国立文化资产保存研究中心之筹设工作，历经讨论最后择定以原台南州厅作为馆址，并随即展开古蹟修复与新建工程。同年10月1日，原省辖台南市政府迁至安平区新址（今永华市政中心），原址配合「古蹟再利用」，随后在1998年行政院将原文化资产保存研究中心计划中的「文学史料组」升格为「国家文学馆」。修复工程于2002年底完工，2003年10月17日「国家台湾文学馆」正式开馆，并于2007年正式定名为「国立台湾