指挥使司属于中军都督府。
下辖卫所.归德卫（后属中府）、陈州卫、弘农卫、汝宁卫后改千户所，属中府、潼关卫（后属中府）、河南卫、睢阳卫、宣武卫、信阳卫、彰德卫、武平卫（后属中府）、南阳卫、宁国卫（后为涿鹿卫，后属后府）、怀庆卫、宁山卫（后属后府）、颍州卫、安吉卫（后为通州卫亲军）、颍上千户所河南左护卫、河南中护卫、河南右护卫，三护卫后并彭城卫后来改制：