阿尔瓦雷斯·卡布拉尔带领13艘船及18名神父于1500年11月26日来到了科钦海岸，在那里他们一行受到的欢迎，国王允许4名神父留下来在科钦附近的基督徒社区中宣扬天主教教义，因此葡萄牙传教士在同年组建了葡萄牙传教会。葡萄牙任命的第一任葡属印度总督法兰西斯科·德·亚美达从国王那里获得了建立两所教堂的许可，一所即建成于1505年的圣十字圣殿主教座堂，还一所就是1506年的圣方济堂，两所教堂都採用了砖石结构，而当时当地人认为只有皇宫或寺庙才能使用这些材料。16世纪早期，东方天主教几乎全部隶属于天主教里斯本宗主教