1年8月开始在全国范围内实施废藩置县，将实际上受到萨摩藩（鹿儿岛县）支配的琉球国编为令制国。1872年改制为日本的琉球藩（当时琉球尚属清日两国的附属国）；1879年琉球藩被废除，沖绳县设立，原琉球藩境内的岛屿群均纳入沖绳县管辖。清政府虽对此于1877年至1880年提出交涉，但随着清朝国势的衰弱而无疾而终。这个琉球被日本合併的事件被称为「琉球处分」。
美国託管时期.第二次世界大战太平洋战争期间，琉球群岛为交战双方重要的军事据点。1945年发生沖绳岛战役，美军登陆沖绳本岛，4月成立美国