黑龙江流域有丰富的生物资源和矿产资源。流域内原始针叶林分布广泛，俄罗斯境内森林面积达1.23亿公顷，木材蓄积量120亿立方米。中国境内的森林资源主要分布在大、小兴安岭和长白山地区，曾经是中国主要的林木基地，因过度采伐，特别是1987年大兴安岭火灾后大兴安岭和小兴安岭地区多受损害，自漠河市至黑河市很少见到树龄20年以上的树木。现中国境内的林场大部分已改制，林区封山育林。因俄罗斯方面林业资源极为丰富，一般在冬季黑龙江封冻时中国经常进口俄罗斯的木材进行加工。黑龙江流域渔业资源丰富，以盛产远东红点鲑和大马哈鱼