巴士飞机，并开始出售老旧的波音737，同年克罗地亚航空接送了第500万名乘客。2000年，克罗地亚航空再接收2架空中巴士飞机，而自动售票系统亦启用。2001年取得了从德国联邦航空局发出的维修及技术保养认证。2004年11月18日，克罗地亚航空加入了星空联盟。2009年7月，克罗地亚航空运载了第2000万名乘客，而自2000年开始年载客量超过100万人。
航点及代码共享.
代码共享.克罗地亚航空与以下航空公司实行代码共享：星空联盟成员其他航空公司