前端中央设有贯通门，以便乘务人员通过到另一台机车。车体中部是设有各种机械及电气装置的机械室，内设有贯通式双侧内走廊连接两端司机室。车顶安装有两台双臂式受电弓（基本番台机车采用PS17型受电弓，1000番台机车改装下框架交叉式设计的PS22型受电弓）、高速断路器、避雷器等高压电气设备。EF64型电力机车采用车体通风系统，出于电阻器及其他电器设备的散热需要，基本番台的车身两侧各设有六个大面积通风百叶窗。对于1000番台机车，机械室部分被重新划分为第一、第二、第三机械室，其中主电阻器通风机和牵引电动机通风机等