01年，魏亚楠在2001年东亚运动会的半马拉松赛事夺得铜牌，后又首次参加波士顿马拉松，得第八。而北京马拉松被并入2001年全运会，她达到个人最好成绩2小时24分2秒，仅次于刘敏，屈居亚军。在1个月后的全运会田径赛事中，她获得10000米赛跑第四名和5000米赛跑第五名。2002年，她在汉城马拉松以2小时25分6秒夺冠，将赛事纪录提高了5分钟多。她又代表中国参加2002年世界半程马拉松锦标赛获得第29名。同年10月再次赢得北京马拉松，且以2小时20分钟23秒的成绩破国内纪录。但因药检被查出违禁物质阳性，她