经在有人车站时段，车站设有木造车站大楼，而站前广场设有由大型钢筋混凝土制成的国铁宿舍「水俣铁道寮、第2水俣庄」。车站大楼在1979年拆毁，而宿舍在JR九州时代仍然存在，在肥萨橙铁道接管后于2005年拆毁。现时宿舍变为停车场。现时的简单车站大楼是使用前国铁内的标准设计，与肥后二见站使用同一规格。
车站周边.在车站南边设有流向西北方的境川，古时该川为肥后国和萨摩国的国境。现时为熊本县与鹿儿岛县的边界。当列车经过境川铁桥时，在山的一方可看到境桥（太鼓桥）。