分日本、东南亚航线改由首尔航空经营而忧虑这样会令廉航竞争更激烈，并反对这项申请，但是国土交通部仍然在同年12月向首尔航空颁发国际航空运营许可。随后该公司也在2016年7月获颁航空经营许可证。首尔航空在2016年7月11日成功执飞由金浦国际机场飞往济州国际机场的第一个航班，但根据首尔航空的规划，国内航线仅为短期包机运行，首尔＝济州航线在9月30日停航。，2016年10月起，首尔航空正式开始经营国际线，开办来往韩国和日本等地的亚洲短程航线。
航点.所有航线皆由首尔仁川机场出发。