库房修缮搁置。宣统元年（1909年），再议修缮库房。经罗振玉报张之洞上奏，这批档案交由学部管理。学部将档案存放在国子监和学部大堂。1916年北洋政府教育部成立历史博物馆，档案移至午门、端门门洞。1918年，奉时任北洋政府教育总长傅增湘指派，时任教育部佥事鲁迅等人搬了若干麻袋到教育部。据鲁迅揭露，在这一过程中，上至教育总长、次长，下至工役，都有偷档案的。1921年，教育部把部分档案装为八千麻袋，约15万斤，以银洋4000元拍卖给北京西单牌楼的同懋增纸店。该店购得后，既用大车分送定兴、唐山作重造纸料，又零星卖出