鰕虎科（学名：）物种按Larson & Murdy (2001)的分类，可分为以下的5个亚科24个属：有些文献会採用瘤鰕虎亚科（Benthophilinae），包括瘤鰕虎族、新鰕虎族、Ponticolini族。但Catalog of Fishes之类的主流分类仍然只承认鰕虎科传统的五个亚科，依然把本亚科的物种归入鰕虎亚科。