马贡这样一人同时出任外交官及其他行政职位的情况。接下来总统并没有直接解除马贡的某个职务，而是提名他出任菲律宾副总督，但这份任命尚未生效便已撤销，马贡随即受命出任古巴总督。
古巴及退休.1906年，受选举争议及民选总统托马斯·埃斯特拉达·帕尔马任期届满后拒不交权的影响，古巴陷入宪政危机。民间爆发动乱，美军出动5600名将士控制事态，史称第二次占领古巴。根据1903年签署的古美关系条约，美国在这种情况下可以出兵干涉。战争部长塔夫脱短暂稳定局势后，马贡获命担任古巴总督，该职位不但在该国拥