1655年，闽浙巡抚、天主教徒佟国器(南京人)，资助在福州传教的意大利籍耶稣会传教士何大化重建毁于兵火的三山堂。1680年，福州从“交趾代牧区”分设“福建代牧区”。由法国传教士陆方济任首任宗座代牧。
中国礼仪之争.1693年（康熙三十二年），由福建代牧区宗座代牧巴黎外方传教会的颜珰发布了禁止本区中国教徒实行中国礼仪的禁令，引发天主教耶稣会的反对，以及清王朝与罗马教廷的对抗。1707年，罗马教廷将福建传教区交给反对中国传统礼仪的多明我会，耶稣会撤离福州。1720年，由于在是否允许祭