则只负责宗庙祭祀等小事。世家大族本身并不真正忠于司马氏，尤其是他们本身拥有大量田地，以至拥有自家部队（即所谓「部曲」），有足够实力抗衡司马氏政权。最初有王导主持大局，东晋政权得以稳定，故时人称「王与马，共天下」。但晋元帝以降则内乱频生，如有早期王敦之乱、苏峻之乱，后期又有孙恩卢循之乱等。东晋也曾多次试图北伐，但由于内部不团结，东晋君主表面上支持北伐，实质害怕连半璧江山都失去，导致北伐毫无建树，只有最后篡晋的刘裕收回部分失地。祖逖本有希望恢复旧土，但他被晋元帝及世家大族挟制，郁郁而终。桓温的北伐则被慕容垂