有燕尾，屋顶同为硬山单檐的形式，在结构上，前步口为二通二狮座，栋架内则为典型的三通五瓜。后拜亭为四垂式屋顶。至于后殿屋顶形式则与正殿相同，栋架内亦为三通五瓜。左右两边有护龙，前部两侧于1977年增建为钟鼓楼，为六角楼，目前左厢除办公室外，设有拜斗厅、太岁厅，并供人奉祀斗灯、太岁符；右厢则为光明厅，供人点光明灯。
附属建筑.学甲慈济宫庙埕两侧有日月井（亦称龙虎井），1955年该庙于西侧庙地兴建店铺，1966年于济生路兴建慈生别馆，1977年于庙宇左侧兴建保生宾馆，作为香客大楼。1