但专政朝廷的司马道子忌讳谢氏功高，朝议「以征役既久，宜置戍而还」，令谢玄回镇淮阴，北伐功败垂成。
朋党之乱与桓玄称帝.司马道子为晋孝武帝之弟，甚受信任。淝水之战后谢安、谢玄被司马道子排挤，朝廷逐渐混乱。北府军后来由王恭等人统率。桓沖去世后，桓家由桓玄领导。390年晋孝武帝对司马道子不满，内以王珣、王雅入廷，外以王恭任兖州刺史、殷仲堪任荆州刺史；司马道子也引王国宝及王绪抗衡，朋党乱起。396年晋孝武帝被贵人张氏杀死，太子继立，为晋安帝，安帝一般被评价为甚愚。398年王恭和庾楷上表弹劾