祖父高泰去世，他奉祖父灵柩回到勃海郡后，将祖父留下的家产都让给了两个弟弟，自己却出家为僧，法名「法净」。不久还俗后，为了学习不惜用扁担带着书籍，不远千里求学，学成后通晓儒家经典、史籍和天文术数之学，而他最爱《春秋公羊传》。高允后来获勃海郡召为功曹。至神䴥三年（430年）七月太杜超以太宰、都督冀定相三州诸军事、行征南大将军出镇邺城，任命高允为从事中郎。杜超见当时所辖各州在春季堆积了很多没审结的案件，遂表奏让高允及吕熙等人到各州协助审理案件；可是最终吕熙等人都因为受贿而获罪，只有高允因为行事清廉而平允而获奖