2016年夏季奥林匹克运动会乌干达代表团是乌干达所派出的2016年夏季奥林匹克运动会代表团，这是该国第15次参加奥运。
田径.乌干达在田径项目上获得以下资格（每个小项最多三名来自同一代表团的运动员参赛），该国总共有17名运动员确认将参加奥运田径比赛。
拳击.乌干达有两名拳击手在喀麦隆举办的奥运拳击非洲区预选赛上获得资格。
游泳.乌干达有两名游泳运动员获外卡邀请，取得奥运参赛资格。