原繁改习日本政治思想史。在第二次世界大战间皇国史观盛行的年代，丸山採用社会科学的方法，独树一帜。1936年，他完成一篇学生论文〈政治学中国家的概念〉，备获赏识而升任为法学部助手，后升助教授；一直到1944年，时因大日本帝国陆军教育召集的关系被送至平壤当二等兵才中断。第二次世界大战后，1946年，丸山发表了着名的论文〈超国家主义的论理与心理〉，文中称战前的天皇制为「不负责任的体系」，使这篇文章大为出名。1950年，丸山升任东大教授。1960年，与岸信介内阁的安保斗争中，丸山对2500名聚集在教育会