斩监候，并以情罪重大，「击杀执香跪留父老十九人，忍心害理，罪当加重」，应即行处决，而改拟「斩立决」请旨定夺。刑部尚书赵光，因与帮办江南军务的许乃钊有交情，了解何桂清失陷苏常殃民细节，覆奏：「不杀何桂清，何以谢江南百万战难生灵？」慈安太后、慈禧太后降旨命大学士六部九卿翰詹科道会议。大理寺卿李棠阶认为何桂清清为两江总督，骄横颟顸，治军无方，克扣军饷导致将士譁变、全军覆没，弃城而逃又嫁祸他人，其罪不容诛。然而太后为求慎重，另有旨：「何桂清曾任一品大员，用刑宜慎，如有疑义，不妨各陈所见。」有17人上疏论救，体仁