王在晋则不同意营救，致使十三山民兵只有六千人脱逃。孙承宗经过考察，认为王在晋在八里铺建重城的意见不可取，于是召集将吏商议。阎鸣泰主张在觉华岛，袁崇焕主张在宁远，王在晋和张应吾、邢慎言则坚持己见；最后，孙承宗采用了袁崇焕的意见。不久，孙承宗回京后上书明熹宗，请免王在晋的辽东经略职位，自任督师，镇守山海关，且更加倚重袁崇焕。袁对内安抚军民，对外整饬边防战备，成绩显着；且严厉执法，军纪大有改观。
领兵辽东.
宁远之战.天启三年九月，孙承宗决意坚守宁远（今辽宁兴城