，晋升爲左都督。景泰五年，四川草塘民变，方瑛与巡抚蒋琳会同川兵进剿获胜，攻佔潮山及三百滩、乖西、谷种、乖立等地，斩首七千余人。诏封南和伯。次年，镇守贵州，后乞归还，没有批准。之后湖广苗族叛变，拜其为平蛮将军，率京军讨伐，所到各处秋毫不犯。景泰七年，进沅州抵抗渠蒙能叛变，后攻破一百六十余寨。与尚书石璞移兵天柱，分兵攻取获胜，之后留镇贵州、湖广。晋升为南和侯。天顺二年，攻破东苗干把猪等地，攻破六百余寨。前后攻破两千余寨，俘虏斩杀敌军四万余人。之后死于任上，赐谥忠襄。