赛）后，施密特解除了他与帕德博恩的合同，并前往奥地利加盟萨尔茨堡红牛。在施密特担当萨尔茨堡红牛主教练的第一年，俱乐部仅获得联赛亚军，尽管积77分和射入91球的成绩已是红牛公司入主俱乐部以来的最高记录。此外，萨尔茨堡红牛也在欧洲冠军联赛资格赛中以作客入球优惠制劣势不敌卢森堡的迪德朗日，无缘欧冠正赛。然而，他的合同还是得到了续签。在2013-14赛季，施密特的球队仅用时28轮便提前夺得。而凭借着33轮过后射入105球的成绩，萨尔茨堡红牛也超过维也纳快速，成为奥地利足球超级联赛历史上单季入球最多的俱乐部。同时