尔滨市委改组，吕其恩任书记处书记。1961年，吕其恩支持筹划了首届“哈尔滨之夏”音乐会。1963年2月，任仲夷与吕其恩、林肖硖策划了当年元宵节在哈尔滨举行的首届冰灯游园会。吕其恩还曾以代表身份参加1956年的中共八大和1964年的第三届全国人大。文化大革命爆发后，吕其恩被打成“走资派”遭到迫害。1971年5月，患病手术。1971年11月，复出任哈尔滨市革委会副主任，中共哈尔滨市委副书记。1973年8月，哈尔滨市成立了"7381"工程指挥部，吕其恩任总指挥，该工程为后来的哈尔滨地铁打下了基础。1979年7