军总司令部。而后海军在日本舰队攻势下损失惨重，海岸线的丧失使得海军仅剩少量炮舰在内河与内湖佈雷，阻挠日军利用河道将船舰、军队及补给深入中国内部。抗战胜利后，中华民国海军接收日本降舰数十艘，美国也赠与登陆舰20余艘、护卫舰数艘，使得海军得以重建。而后爆发国共内战，部份海军撤出长江，另有大量海军人员因不认同国民政府因而脱离中华民国海军加入中国共产党。1950年政府撤往台湾后，海军舰队在多次海战失利下也分别由舟山群岛、海南岛撤退，以集中防卫台湾。
战后与迁台时期.1952年，中华民国海军