垫的剩余公款779万7193美元，挪供刘泰英支付台综院购置院舍价金、装置、人事等费用，涉有侵占公有财物及洗钱等嫌而予起诉，但念及年迈及对国家贡献，并未具体求刑。全案由台北地方法院金融专庭承审。2013年11月15日，台北地方法院一审宣判，李登辉无罪。刘泰英依侵占公有财物罪被判刑2年8月，并褫夺公权3年。12月2日，特侦组提起上诉。2014年8月20日，台湾高等法院二审宣判，李登辉无罪定谳。
钓鱼岛言论争议.2015年，中国国民党主席洪秀柱批李登辉「钓鱼台是日本的」言论为“丧权辱国”