由于阿塞拜疆和爱沙尼亚两国都曾经是俄罗斯帝国和苏联的一部分，两国早期已有文化方面的交流。爱沙尼亚十九世纪后期的图书馆藏有阿塞拜疆着名诗人被翻译成德语的作品，而1978年爱沙尼亚报纸《斯卡拉》（"Scala"）亦刊登过这些作品。第一本阿塞拜疆语－爱沙尼亚语字典由V·马梅多夫（Vidadi Mamedov）编制。 1990年起，阿塞拜疆主日学校（）在塔林设有分校，塔林亦有一所以阿塞拜疆学者命名的东方文化学院。