三人众之一的三好长庆追放的室町将军足利义辉。永禄9年（1566），浅井长政进攻高岛郡，元纲送出人质请和。永禄11年（1568年）12月，与浅井久政、长政父子交换起请文，但不久后破弃。元龟元年（1570），受到朝仓义景的攻击时，元纲被松永久秀说服协助织田信长往京都方向撤退。朝仓一族败后出仕织田家，成为信长部下矶野员昌的部将、后仕于津田信澄。天正7年（1579年）代官职务遭到罢免，自此不再受到信长优厚待遇。信长死后出仕秀吉，担任伊势安浓郡及近江高岛郡内的藏入地代官一职。之后也有出阵小田原征伐，认功受封朽