用作舰队指挥官、海军中将弗朗兹·冯·希佩尔的旗舰，并始终维持这一地位直至战争结束。在1917年8月末，巴登号奉命搭载德意志皇帝威廉二世前往黑尔戈兰岛检阅防御工事，并在沿途由战列巡洋舰及小巡洋舰埃姆登号和卡尔斯鲁厄号护航。检阅结束后，巴登号又接载皇帝返回库克斯港。舰只曾撞上库克斯港外围的海床，但并未造成重大损伤。
1918年4月出击.1917年底，公海舰队的轻型水面部队开始在英国与挪威之间的北海航道进行运输队反护航突袭。10月17日，布雷巡洋舰丽蝇号和牛虻号拦截了其中一支运输队，击沉