情而于2020年4月10日至6月16日期间暂停营运，是港铁首条因新冠肺炎疫情而暂停的本地路线。港铁同时安排了接驳巴士行走来往欣澳及迪士尼站，以接载受影响乘客，惟需另行收费。直至同年6月17日，迪士尼线重新营运。由于爆发第三波新型冠状病毒疫情后，香港迪士尼乐园在7月15日，再次关闭，迪士尼线再次调整班次，繁忙时间及非繁忙时间更改为20分钟一班，直至疫情缓和为止。
广播声带.与港铁其他的列车广播声带不同，为了配合迪士尼的主题，在列车开出的中段至到站，先播一段音乐，然后会顺着由广东话