玄奘法师圆寂后，葬于白鹿原。唐高宗二年（669年），又改葬在樊川风栖塬，并兴建了五层灵塔。次年，因塔建寺，唐肃宗题写了“兴教”二字，自此取名兴教寺。唐朝末年以后，历代多次重建。清朝同治年间，寺殿全部毁于兵火，仅存兴教寺塔（又称玄奘墓塔）以及玄奘的弟子窥基和圆测的墓塔，合称“慈恩三塔”。中华民国时期，该寺重建。1939年，蒋介石为纪念其母亲而重修兴教寺。从1939年至1942年，国民政府要员曾先后捐资修建兴教寺，其中除了蒋介石，还有白崇禧、马鸿逵等人。兴教寺寺内藏有明代铜佛像、缅甸玉佛像各一尊，以及历