钱伯斯街车站以南的列车服务暂停，此后又进一步缩短至14街车站，34街-宾州车站以南的路段也频繁遭水浸。9月17日积水清除后，1号线开始在范科特兰公园-242街车站和14街车站之间行驶，并在96街车站以北以慢车模式运行，在该站以南以快车模式运行，2号线、3号线列车在曼哈顿停靠所有车站（但在10月1日前仍需跳过坚尼街车站和福尔顿街车站之间的所有车站）。1号线和9号线的“跳站停靠”模式暂停运作。在96街车站多次转辙错误引致的延误后，列车服务于9月19日再度更改，1号线恢复为曼哈顿慢车服务，但终点站改在布鲁克林