废止江户幕府后，隶属于新设立的京都府。1889年日本实施町村制，现在的南区在当时分属大内村、七条村、东九条村、上鸟羽村、吉祥院村、久世村，六个行政区划。1918年至1931年期间，大内村、七条村、东九条村、上鸟羽村、吉祥院村先后被併入京都市，并划入下京区；1955年，位于京都车站以南的原属前述这五个村的区域被划出新设立为南区。1959年久世村被併入京都市，划入南区，形成现在南区的范围。