1月29日（1546年12月22日）生于播磨国的姬路城，幼名万吉。永禄2年（1559年）母亲去世后，醉心文学。永禄5年（1562年），成为主君小寺政职的近习。同年初次上阵，与父亲黑田职隆一同征伐土豪。永禄7年（1564年）孝高的妹妹嫁给，在婚礼当日遭到播磨国龙野城主赤松政秀率军袭击而死亡。永禄10年（1567年）时，孝高继承父亲职隆的家督和家老职，迎娶小寺政职姪儿栉桥伊定的女儿光（てる）为正室，受命为姬路城代。永禄12年（1569年），赤松政秀得到拥戴足利义昭的织田信长麾下的池田胜正、别所安治、宇喜多直