台湾根据《马关条约》割让给日本后，台湾总督府将台东州降格成与西部县等同的出张所，由台南府改制的台南民政支部管辖。隔年，台南民政支部改为台南县，台东出张所改为台东支厅。1897年（日明治三十年）台东支厅升格为台东厅。1897年台东支厅升格为台东厅，下设三辨务署，分别为管辖莲乡的奇莱辨务署、管辖新乡和奉乡的水尾辨务署，以及管辖南乡跟广乡的卑南辨务署。到1901年时，废办务署改设支厅，原卑南辨务署分拆为厅直辖跟二支厅。1909年，花莲地区脱离台东，成立花莲港厅，独立设治至今。1908年12月发生七脚川事件，日