1903年（明治三十六年）6月，该庄编入「斗六区」，隶属于斗六厅。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，斗六区改隶属于嘉义厅。1920年（大正九年），全台地方制度大改正，废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「沟子垻」大字，隶属于台南州斗六郡斗六街。战后斗六街改制为斗六镇，隶属于台南县，大字亦改制为里。1946年8月，斗六、林内分治，本地区仍隶属斗六镇。1950年10月，云、嘉、南分治，斗六镇改隶属云林县。1981年，斗六镇升格为县辖斗六市。
聚落.本地区发展较早的聚