必烈在蒙古灭金基础上建立的元朝；直到元成宗时期，经过与四大汗国协商，才再一次取得了“大蒙古国”名义上的统一，确立了元朝为名义上宗主、元朝皇帝称“蒙古大汗”。蒙古高原地区自元朝建立后，隶属于元朝治下岭北行省。
北元、蒙古混战时期.明朝建立后，元朝在顺帝的带领下退回漠北，被称为北元，活动范围在蒙古高原，南部则是明军与北元对峙的前线。1388年，北元覆亡之后，东西蒙古分裂，大致分为鞑靼和瓦剌两大部。15世纪末，东部蒙古首领达延汗统一除科​​尔沁外的蒙古高原东部实现“中兴”，佔据河套地区。