父亲林丽生去世。林传甲曾就读于西湖书院。1896年创办湖北时务学堂，为湖北民立小学之始。后来相继创办了衡州时务学堂、常宁时务学堂、辰州中学。光绪二十八年（1902年），林回福建参加乡试并考取第一，到北京参加会试未中。1904年经严复推荐，出任京师大学堂文学教授，讲授中国文学史。期间着有《》，为中国较早的一部文学史着作。光绪三十一年（1905年）林到广西任知县并前往日本考察。当年12月，调任黑龙江办理全省教育。民国5年（1916年），林传甲因病辞职，离开黑龙江。民国六年(1917年)，林传甲发