《病原学》问世。同年应邀任上海雷斯德医学研究院血清学部主任，主要研究当时严重危害人类的霍乱、伤寒、白喉等病原菌。太平洋战争爆发，雷斯德医学研究院关闭，他在上海开设医学化验所，只能为病人做些医学检验。1949年中华人民共和国成立，余㵑受聘于上海生物制品研究所。1952年，任上海第二医学院微生物学教研室主任，后兼任基础医学部主任。1956年被定为一级教授。1954年受卫生部委託，主编了全国医学微生物学教学大纲和教材。1960年与其他学者一起研制成功麻疹减毒活疫苗。1971年起，致力于在中国发展免疫学