广慧寺跟随高僧密云圆悟参禅，隐元由于精通佛学，名闻金粟山。密云后来成为了万福寺的住持，隐元也跟随他回到了万福寺。1630年费隐通容继任住持，隐元受邀请任西堂，成为费隐最初的法嗣。不久离开万福寺前往狮子巖修行，1637年继费隐之后成为住持，七年后退席，居福严寺。在明末清初福建的动乱中，1646年，隐元再度成为住持。
前往日本.日本江户时代初期，长崎是唯一一个外国人能够在日本居住的港口。当时长崎华侨所建立的崇福寺正缺住持一职，当地兴福寺的住持逸然性融聘请隐元出任该寺的住持。之前隐元曾派