。1586年羽柴秀吉成为关白太政大臣。此后进入了「关白秀吉、将军义昭」并立的2年时期。在此两年里，丰臣秀吉逐渐统一天下。1587年（天正15年），丰臣秀吉在九州征伐期间途经备后国沼隈郡的津之郡村，在田边寺访问了足利义昭，二人交换了太刀。次年萨摩国的岛津家向秀吉臣服，义昭回到京都，1588年2月9日（天正16年1月13日）与关白丰臣秀吉一起参见了正亲町天皇，辞去了征夷大将军之职并出家，法号昌山。朝廷给予了准三后的待遇。
晚年.丰臣秀吉将山城国的槇岛城给予了他当作居城，并给予了义昭