高速铁路的规划阶段中，对于计划新建铁路的线路走向是否应经过波恩火车总站一直备受争议。优先考虑的是在城内建设一条地下隧道。这条隧道应该始于北部外围，并允许列车在火车总站离地35米的深度停靠。在向下穿越政府办公区和莱茵河之后，路线应最终来到，并从那里沿原德国联邦铁路所青睐的“0号方案（）”，经由兰河畔林堡一直延伸至法兰克福。这种方案的额外成本估计约为5亿欧元。除此以外，一项经由的走向方案也进行了讨论。这将是潜入附近下方的线路，在3号高速公路附近有一条长约14公里的隧道。最终，波恩只能采取间接经过：自波恩火车总站