绍兴府发生大旱灾，黄由将本要出售粮食改为直接发送五万石粮食给灾民，不收任何费用，十五年（1188年），擢升为秘书省正字，不久后再升迁为着作佐郎。黄由曾奉命出使金国，归国后因出使有功升任将作监，并任嘉王府赞读。绍熈五年（1194年），宋孝宗病急，宋光宗无法前往探望孝宗，大家都很担忧，黄由请嘉王到重华宫请安，宋孝宗大为感动。宋宁宗即位后（1195年），黄由升迁任礼部尚书兼吏部。庆元二年丁酉（1197年），绵州知州王沇，请求处置“伪学之籍”的人，并令省部登记姓名，伪学党得罪着籍者其中包括黄由。当时担任