普鲁士的军事威胁下获得通过；腓特烈·威廉虽然试图反抗，但徒劳无功。在1866年的普奥战争中，黑森选侯国支持奥地利，但奥地利在战争中惨败，黑森亦被普军佔领，腓特烈·威廉遭到俘虏。布拉格条约签订后，黑森选侯国与汉诺威王国、什列斯威公国、荷尔斯泰因公国、拿骚公国及法兰克福自由市一同併入普鲁士。腓特烈·威廉晚年定居布拉格，1875年1月6日逝世后归葬卡塞尔。由于他的选侯妃格特鲁德（Gertrude）出身平民，两人之子嗣无法继承爵位，选侯头衔即遭废除；而黑森─卡塞尔家族的领导权则转移到远亲（Hesse-Rum