再任两江总督，前往南京审理该案。
逝世.同治十一年（1872年）正月，脚部抽筋并且有失语异状，自觉“大限将至”，二月初四（3月12日）曾国藩在金陵总督辕门病逝，享寿六十一岁。朝廷追赠太傅，谥号文正。其家族后代多出官宦，如曾纪泽、曾广钧等。曾国藩善用人才，晚清一些名臣如左宗棠、李鸿章都与他有密切关系。李鸿章等称唿他为老师。曾国藩曾说“李少荃拚命作官，俞荫甫拚命着书”。
儒学.曾国藩一生奉行程朱理学，但亦多所汲取宋明儒学其他支派的思想。宋明理学实际上分为气学