清同治13年，1874年）等五个机构的财产整併。其成立经费是来自于1897年明治天皇以英照皇太后之丧而赐颁台湾的救济金15,000日圆，其中之5,284圆，以及其他捐款787圆。1900年1月，台南慈惠院搬到圣公庙街，并将服务范围扩大至阿缑厅、台东厅和花莲港厅有社会救助需求的废疾、病伤、老衰、幼弱、贞节寡妇和穷苦族群。台南慈惠院于1900年12月5日在庙岳帝街设立了教育部，以教授盲人相关技能使其能独立生活。1904年7月，更名为「台南慈惠院」。在1915年大正天皇的加冕御大典之际，台南慈惠院利用「恩赐财