国三年（1914年）夏，袁世凯令立清史馆，以赵尔巽为馆长，柯劭忞曾任代馆长、总纂。任内他参与《清史稿》之编撰工作，1927年《清史稿》总纂完成。他撰写了《清史稿》的《天文志》、《时宪志》、《灾异志》以及部分传稿，并总纂纪稿。同一时间，他还独力撰着《新元史》，学术界对《新元史》评价颇高，认为此书乃集五百多年各家研究之大成，补充了许多新内容，纠正了不少错误。日本东京帝国大学赠文学博士学位。1919年12月4日，大总统徐世昌明令《新元史》列入正史，是为第二十五史。1922年，《新元史》编纂完成。1925年