在日治时期初期，该井依然为当地居民所使用。但日本人类学家伊能嘉矩于1909年踏查时发现，当时官署已在水井贴上「不适于饮用」的告示。1928年12月11日，报纸报导红毛井已被砖石填满，「秽水差池，以仅见古迹，委之废坠，殊可惜也」。二次大战后，嘉义市长许世贤于民国五十九年（1970年）重修此井，并在井上架设铁栏、立「红毛井整修纪念碑志」纪念。而在民国八十六年（1997年）时，嘉义市政府又重修圆形井栏，并在周围增加意象铺面的设计。
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