高棉共和国成立后，新加坡转而承认该政权，该政权的总统朗诺亦曾将自己的儿子送到新加坡留学。1978年，越南派兵入侵柬埔寨，柬越战争爆发。新加坡跟随其他东盟成员国不承认柬埔寨人民共和国，并曾向反抗组织提供支援。1984年，流亡海外的民主柬埔寨联合政府总理宋双访问新加坡，成为首位访新的柬埔寨政府首脑。在1993年柬埔寨恢复君主制后，首相诺罗敦·拉那烈亦在同年8月24日首访新加坡。2003年，新加坡总统塞拉潘·纳丹访问新加坡，为新加坡总统首次访柬。
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