僧人用草泥将壁画涂抹一层，使珍贵的壁画保存至今。1980年7月15日（农历六月初四日），经天祝县人民政府批准，东大寺恢复开放。天祝县民族宗教局为了落实宗教政策，为东大寺的重建划拨专项经费，东大寺又自筹部分资金维修寺院。1993年，东大寺被列为甘肃省文物保护单位。2005年，东大寺活佛鲁迦堪布主持筹资5万元，在菜拉院核桃树旁兴建了一座高13米的菩提塔。2006年，周润发和杨紫琼参演的电影《黄石的孩子》曾在东大寺拍摄。2008年8月，首都师范大学和故宫博物院与永登县鲁土司衙门博物馆三方合作，对甘肃省永登