谋叛失败而引发原与张遇同谋的孔特、刘珍、乔秉等人各据城叛变，苻雄返回长安准备讨伐，而苻菁则出兵上洛郡，并设置荆州，治于丰阳（今陕西山阳县）。皇始四年（354年），东晋征西大将军桓温发动北伐，自荆州进攻关中，苻健于是命苻苌与苻雄、苻菁等领兵抵抗，却于蓝田县败于桓温，于是退守长安城南，联同雷弱儿所率从长安城内调来的三万精兵防御停驻于灞上的桓温大军。后桓温因败于苻雄，亦缺乏军粮，于是退兵，苻苌等于是率大军追击，杀伤晋兵以万计。苻健不久追论抵抗桓温的功劳，以苻菁为司空。皇始五年（355年），苻菁改任太尉。同