中洛奇亚突然在枯叶市港口现身，骑在洛奇亚背上小智与小豪相识并结为好友，樱木博士也聘请小智与小豪担任调查员，两人的冒险故事即在此刻正式展开。
平行时空（剧场版、漫画特别篇）.
Ep1：就决定是你了！.真新镇的小智以成为宝可梦大师为目标，但他启程的第一天却睡过了头，使他没能拿到三个初学者宝可梦（妙蛙种子、杰尼龟、小火龙）中的任何一个，而是得到一只不愿意进入宝贝球的皮卡丘。尽管小智很希望与皮卡丘成为朋友，但皮卡丘不领情，不断以电击攻击小智，他的某次攻击意外命中了烈雀