崔肇师转任通直侍郎，担任慰劳青州的使者，行径到至齐州境内，为当地贼寇崔迦叶等人俘虏，贼人打算逼迫崔肇师与他们一起造反。崔肇师坚守节操不动摇，并对贼人讲明祸福，贼人于是放了他，崔肇师得以巡行慰问青州后返回。元象年间，崔肇师多次以中舍人的身份接待南梁的使者，武定年间，又送南梁使者到徐州。返回后，朝廷敕令崔肇师修撰起居注，不久兼任通直散骑常侍，担任出使南梁的副使，改任中书舍人。崔肇师与堂弟崔干亨住在一起，对待伯母非常恭谨。高澄曾经说崔肇师应该被诛杀，左右大臣询问原因，高澄说：“崔鸿撰写的《十六国春秋》叙述各处僭越