政府精简化并迁至台湾省台北县新店镇（今新北市新店区），1992年11月7日金马地区战地政务终止，1996年1月15日迁回金门办公，省政府维持原精简化之编制，且不设省议会。2018年底，行政院宣佈省级机关去任务化，原福建省政府所有行政组织与业务由行政院金马联合服务中心承接。福建省政府去任务化后已经无任何行政组织或实体办公场所，实质上解散，仅保留省府名称和省主席职称。由于金门西距厦门岛不到10公里，而东距台湾岛则有277公里。因此中华民国政府于2001年元旦起实施金马小三通，金马地区开始展开与大陆小规模的通