马贵纯建在有明海出海口的丘陵上，由本丸、二之丸、三之丸、天草丸、出丸构成。有马氏移封到日向国延冈城后，松仓重政于元和2年（1616年）入主日野江城，但因一国一城令的影响放弃了不便的日野江城而建筑岛原城。这时原城被废城，石垣和构筑物也被移作他用。在宽永14年（1637年）到宽永15年（1638年）的岛原之乱后，幕府把原城残存的石垒等彻底破坏。昭和13年（1938年）原城遗址被认定为国家级历史遗迹。挖掘调查时，除了铅弹和十字架，也出土了万人坑。
岛原之乱.在元和的一国一城令