于2007年回流香港随东方跟操，同时继续学业及正式展开球员生涯。
球会生涯.在2011年，陈肇钧回港加盟甲组地区球会深水埗，期间他于首年对南华的赛事表现抢眼，获南华邀请转会，不过陈肇钧选择留而挽拒，在2012年，陈肇钧随大部份深水埗班底转会由日资赞助的横滨FC香港，于同年7月获邀随中超球会广州富力跟操两星期，直到2013年夏季正式加盟香港老牌球会南华，但未有透露转会费，可是陈肇钧首季大部份时间只能当后备，加上不时受伤，未能争取到太多落场机会，他于2015年4月15日以3–1击败马超