以此曲做为《美丽岛杂志》之名后，本无政治意图的《美丽岛》便与党外运动划上等号，并因「宣扬台独意识」遭禁。《美丽岛》虽因疑似宣扬台独意识而遭禁，然而台独人士也并非全部人都认同此曲。1979年9月8日，《美丽岛杂志》在台北市中泰宾馆举办创刊酒会，突然被保安警察重重包围，有人喊着要杨祖珺唱《美丽岛》带领大家冲出去，于是杨祖珺带领大家唱《美丽岛》，没想到台独人士田孟淑在杨祖珺背后用闽南语骂「别唱那猪仔歌啦」，杨祖珺十分不满；2012年1月，杨祖珺提到此事，并抨击民主进步党，说「民进党是我们一手催生的；可是对现在