备写奏折请求释放二人，但考虑到当时的政治形势，为避免耶稣会和汤若望被清廷及摄政王多尔衮（豪格的政敌）怀疑为与张献忠有联系，耶稣会中国副省北方传教会会长傅泛济命汤若望放弃了上呈该奏折。1648年，利类思、安文思两人被豪格军队押返北京。到北京后，两人先被送入礼部衙门并受到礼遇，随后于同年被转送光禄寺并失去自由。在光禄寺关押两年后，1650年被送到佟图赖家为奴。顺治八年（1651年），两人脱离奴籍，但仍由佟图赖家供养。1651年，两人脱离奴籍后，开始募捐兴建教堂。他们向郑芝龙（当时被软禁在北京）等人募捐，郑芝