直名列前茅，特别是在德语，数学，国语和汉文有杰出的表现，但在不擅长体育和剑术等术科。1905年进入了陆军中央幼年学校，同期生还包括了后来的陆军中将横山勇和岛本正一。中央幼年学校的主要科目包括了基础军事训练与武器分解和骑马等，而石原常常喜欢研究世界战争史和哲学，也是在此时开始接触了和的《法华经》相关的书。住在东京的时还登门拜访、讨教过乃木希典和大隈重信。石原莞尔早年是个另类，一年到头不洗澡，把身上的虱子装在铅笔盒中养起来作为观赏。学校为培养学生日后能独立进行作战绘图，特别安排了写生课，石原莞尔的作业曾让老师