州亦沦为战区，华北神学院再度南迁到江苏南部的无钖。弘道中学亦南迁常州。1949年，因战争关系，校务停顿。1951年，华北神学院的西教士全部回国。1952年11月，在中国高等教育校系调整的高潮中，华北神学院和华东地区其他十所神学院联合组成南京金陵协和神学院。教务长孙汉书系华北神学院毕业生。在国共内战中，山东滕县原神、弘两院四层教学大楼、礼拜堂等绝大部分建筑均毁于炮火，仅余牧师楼二座（现存一座，为第一中学佔用）。1949年后，美籍资深教授道雅伯博士胡鸿文博士暨校友等到达台湾，为继承并发扬「华北神