争中，由于土方战死，在弁天台场的新选组队士们让相马成为队长，并让他在投降书状中署名，新选组的历史也就此拉下终幕。然后依据高松凌云的书简记载，相马就任队长是在明治2年（1869年）5月15日。
明治以后.明治3年（1870年）10月10日，因为涉嫌暗杀伊东甲子太郎，被流放到伊豆新岛。并寄身于大工栋梁・植村甚兵卫那边，之后利用那里开设私塾。并与甚兵卫的次女‧阿松结婚。明治5年（1872年）被赦免，并与妻子一起移居到东京的「藏前」。翌年的明治6年（1873年），前往丰冈县就任15职等