净土宗两宗独秀的局面，而禅宗已经受到强烈的净土宗影响，出现「禅净合一」的理论，慢慢成为净土宗的支流。至清代之后，更形成净土宗独盛的局面。
世系传承.到南宋之后，净土宗建立了自己的世系传承，现今经后人所公认的有十三祖：慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常、袾宏、智旭、行策、实贤、际醒、印光。而净土宗传入日本之后，尊奉阿弥陀佛的净土宗、净土真宗、融通念佛宗与时宗则很快就摆脱了“寓宗”的地位，成为了独立的宗派。由于日本净土宗直接传承了唐代北方的昙鸾、善导一系，因此他们对祖师的设定