然界中真菌病毒也有可能在不同属的真菌间传播，惟具体机制仍不明。有些从真菌病毒衍生，而本身没有传播能力的类病毒物质可能会随真菌病毒一起传播，有研究发生感染灰葡萄孢菌的BcMV1（Botrytiscinereamitovirus 1），可能在基因复制时发生序列删除，而产生序列不完整，不能正常编码RNA复制酶的病毒株BcMV1-S，当BcMV1借由菌丝融合传播时，BcMV1-S亦可随之传播到新的菌丝中。另外，有些也可以进入真菌细胞内，不过它们不能在真菌细胞内复制，而是单纯利用真菌作为载体以感染植物。Secti