个系的综合性教会大学，是当时上海乃至全中国最优秀的大学之一，入读者多是政商名流的后代或富家子弟，而且拥有很浓厚的教会背景。学校直到1947年才向国民政府注册。1937年抗日战争爆发后，圣约翰大学曾将学校迁往公共租界里的南京路，与沪江大学、东吴大学、之江大学、金陵女子文理学院五校组成上海联合基督教大学，但后又于1940年迁回原校址。圣约翰大学停办两年，1942年聘请沈嗣良担任校长后复课。学校的办学经费除了来自学费的收入外，也有教会和其他社会捐款。1950年12月，圣约翰大学正式宣布与美国圣公会脱离关系