回国。1939年至1940年间在中央大学任教，研究魏晋南北朝史并讲授“中国通史”课。1941年起任国民党中央训练委员会编审，1944年出任中央研究院历史语言研究所助理研究员。1947年前往美国哥伦比亚大学留学。1950年朝鲜战争爆发后回到国内，任教于北京师范大学，历任副教授、教授，并兼任魏晋南北朝研究室主任。1987年至1988年间还曾前往美国华盛顿大学讲学。1995年时何兹全应国立清华大学之邀作了关于中国文化的演讲，后据此整理出版了《中国文化六讲》一书。2011年2月15日何兹全在北京逝世。他还是中国