当其长子死于天花后，她不能接受此打击，开始出现严重的精神疾患的症状，渐渐不能处理国事。1799年开始，由其子若昂六世摄政。虽然女王直到1816年才在巴西去世，但是她的政治生涯却到此为止。在玛丽亚一世不能主政期间，葡萄牙经历动盪的岁月。1789年，法国大革命爆发，野心勃勃的拿破崙逐渐登上权力高峰，对葡萄牙虎视眈眈。1801年，西班牙在法国支持下入侵葡萄牙，葡萄牙被迫与西班牙签订巴达霍斯条约，包括割让奥利万擦给西班牙及对英国封锁港口等。1807年，葡萄牙因拒绝遵从对英国实行封锁大陆策略，遭到朱诺将军所带