认为养子小早川秀秋不足以辅佐，纷纷回归毛利家。然而这些回归者在毛利家中仍然被以外人看待，致使出奔者愈来愈多。就连隆景的重臣鹈饲元辰也企图出奔，但是被辉元杀害。同年，秀吉任命五大老。庆长3年（1598年）8月，丰臣秀吉死去之际，临终拜託辉元尽力辅佐遗儿丰臣秀赖。
关原之战.庆长5年（1600年），德川家康与石田三成的对立逐渐明朗化。6月家康出兵讨伐上杉景胜，7月，三成自大坂举兵。此时、三成依大谷吉继的规划及安国寺惠琼的说服下，拥立辉元担任总大将。7月17日，辉元将家康居住并处理政务