逾六百万、且掌握庞大资源的台湾证券交易所董事长乙职时，陈树以其低调沉潜之性格，意外成为国、民两党之最大公约数，出马担任证交所董座；2007年转任台湾金融研训院董事长兼中华公司治理协会理事长。2008年5月，政党二次轮替，陈树跌破各方眼镜，获征询出任马英九政府行政院金融监督管理委员会主任委员，并于7月正式就职。惟因其于南山人寿出售案处理不当、于处理攸关数十万人毕生积蓄的雷曼兄弟连动债事件亦遭批评反应慢半拍、兼且因曾于扁政府时期经手二次金改案，却于担任金管会主委期间，于行政院下令全面清查二次金改弊案时，只花