数年间，机场落入圣战者手中，又被穆罕默德·奥马尔领导的塔利班政权阿富汗伊斯兰酋长国接手，直到2001年底，塔利班在美国介入的持久自由军事行动下逃离喀布尔市。由于2001年九一一袭击事件之后北约介入阿富汗，喀布尔国际机场被美国及其盟国军队轰炸。驻阿富汗国际维和部队（ISAF）接管后，机场开始重新缓慢发展，2005年安装了新的雷达系统，2010年又由美国联邦航空管理局将其升级。2009年耗资3500万美元新建了国际航站楼。阿富汗总统哈米德·卡尔扎伊及其他政府高官出席了落成典礼。新航站楼于2009年6月正式开