活动非常活跃，甚至组建了海上贸易武装力量，以闽南商人最为突出。郑成功之父郑芝龙便是在日本活动的闽商首领之一。这段时期，闽南人逐渐开始向台湾移民。清朝建立之后，仍旧实行海禁。后来随着海禁的开放，闽人对外移民再次逐渐增多。鸦片战争结束后至1949年中华人民共和国成立之初，是闽人大规模对外移民的时期。在这段时期初期，他们多以契约华工的形式移民国外。后期因为国内局势动盪，以及对共产主义的恐惧为原因。
闽民系分支.根据陈支平所着的《福建六大民系》，福建的闽民系分为福州民系、闽南民系、兴化