绛曲坚赞击败，封地尽被帕竹夺走，蔡巴作为地方势力自此衰落。贡噶多吉之子格雷桑波虽然仍受元朝朝廷的司徒封号，但徒有其表。明朝时，其后人也享有明朝封号。明成祖永乐十一年，“以擦巴头目巴儿藏卜继其兄葛谛藏卜，挫失吉继其父冷真监藏并管着烈思巴簇林监藏，俱为乌思藏都指挥使司佥事。”永乐朝之后，明史中未再见到有关蔡巴的记载。蔡巴噶举派也随蔡巴领主的失势而衰落。蔡巴寺、贡塘寺在元朝末年改为桑浦寺的属寺。后来格鲁派兴起，蔡巴寺、贡塘寺改宗格鲁派，蔡巴噶举派遂告绝传。光绪三年正月十一日（1877年），摄政功德林活佛和佛师