清朝统治的穆斯林武装起义，中国方面史称“同治回乱”。1867年，中亚浩罕汗国将领阿古柏率部进军新疆，攻占了库车、库尔勒，收复天山以南地区，建立“哲德沙尔汗国”，后改为“洪福汗国”。1870年代初，阿古柏政权已实际控制了几乎全部新疆地区。1870年末，由左宗棠率领的清军攻占新疆，消灭了“洪福汗国”，清军收复新疆之战。1884年，新疆正式建省。
近代.20世纪以前的历史上，各地维吾尔族群缺乏统一的近代民族意识，而是各自用本族群居住地附近的绿洲来称唿自己；因为这些部族都信仰伊斯兰教（旧称