水中氧气破坏剂」的原型导弹，使方圆两英里内的生物全部毙命，哥吉拉也失去生命迹象。唯独零号怪兽毫发无伤，断头甚至重新再生回来，拉顿对零号怪兽屈从，各地遗址中栖息的巨兽受到其召唤而甦醒，沿路摧毁经过的城市。组织科学家陈艾琳透过一系列神话记载得知零号怪兽名为基多拉，一只试图统治地球生态系的远古外星巨兽。生长成型的摩斯拉羽化成蛾的样子，飞到哥吉拉栖息的百慕大发出美妙叫声，在旁边的基地「暴徒堡」的马克一行人探测到海底传出回应后，得知哥吉拉仍然活着，仅在深海的遗迹中养伤、补充身体辐射。队伍透过潜艇下潜至哥吉拉栖息的