部门开始展开服务贸易磋商并达成共识。2012年8月9日举行的两岸两会第八次高层会谈上，双方同意在达成关于该协议文本和市场开放项目的共识后正式签署。2013年6月21日，两岸两会在中国大陆上海市举行第九次高层会谈并签署该协议，也向外界公布了开放清单。在台湾，由于部分人士担忧该协议可能使台湾在经济与政治上更受中国大陆操纵，加上民众对国民党政府的政策长期倾斜中国大陆欲进行第三次国共合作的疑虑和不满，导致两岸服务贸易协议存查争议与太阳花学运的发生，也使该协议在台湾社会造成广泛的争议和讨论，2016年民进党政府再