万历四十二年任詹事府右春坊左中允，万历四十七年任詹事府左春坊左谕德，兼翰林院侍读，万历四十八年，矫旨遗诏废矿税、发内帑。任詹事府左春坊左庶子兼翰林院侍读，预计成为朱由校的日讲官，不料光宗继位仅一个月即驾崩，年仅16岁的皇长子来不急册为太子即仓促继位，即明熹宗，孙承宗继而做了熹宗的老师。这样，年近花甲的孙承宗，依借帝师的地位，逐渐地进入了明朝后期政治权力的中心。天启二年（1622年）孙承宗升任为礼部右侍郎。天启帝以孙承宗为兵部尚书兼东阁大学士，至辽东勘查，据说与经略王在晋争执，天启帝将在晋改任南京兵部尚书