12月16日晋任海军二级上将。1999年2月1日李杰接任中华民国海军总司令，任内致力于中华民国海军第二代军舰成军。因表现称职，2002年2月1日晋陞海军一级上将并接任中华民国参谋总长。2004年5月20日李杰接任中华民国国防部部长，并同时获得中华民国国军的次高荣誉——青天白日勋章。2005年3月1日，李杰废除国军晚点名，禁唱《我爱中华》。2007年3月，李杰遭中国国民党永久开除党籍，原因是执政党民主进步党「去蒋化」运动，配合移除军中蒋介石铜像一事，且表示「哪一党执政，我就听哪一党的」、「反正