马赤军去辽阳行省镇压红巾军。至正二十年（1360年），为中书省参知政事，前去调解孛罗帖木儿和察罕帖木儿的矛盾。至正二十一年（1361年），为中书左丞，加太尉，为辽阳行省左丞相。至正二十二年（1362年），升为中书右丞，次年罢。至正二十八年（1368年），明朝大军北伐，他奉命守住海口，护卫畿辅。