因与彭雪枫的新四军第六支队合作良好，1938年冬所部被桂系黄瑞华、蒙若刚部包围缴械。余亚农被逮捕后，经安徽省民众总动员委员会及社会人士营救始获释。在淮北老家闲居。抗战胜利后，应华中局书记邓子恢邀请赴苏北，与蔡蹈和、郑抱真等商谈。后到上海，经沈钧儒、沈志远介绍，加入民盟，又以“民革”名义开展兵运策反。 1949年后担任华东军政委员会委员、皖北行政区政治协商委员会副主席、皖北人民行政公署监委会副主任。1954年，当选第一届全国人民代表大会代表。后任第二届全国人大代表、中国人民政治协商会议安徽省委员会副主