东部设立陕西巡抚、延绥巡抚。1661年，裁撤延绥巡抚。1663年，设陕西布政使司左右分治，左布政使治西安府，管理西安府、凤翔府、汉中府、延安府、兴安直隶州。右布政使治巩昌府，管理巩昌府、临洮府、庆阳府、平凉府。1667年陕西左布政使司改为陕西布政使司，甘肃省从陕西省分出。
行政区划.清朝下辖七府、五直隶州，共计八厅、五州、七十三县：