入陵者因由各异。明朝开国皇帝朱元璋早年建都于南京，死后葬于南京紫金山的「孝陵」；继位的明太祖朱元璋长孙明惠帝朱允炆，在其叔父燕王朱棣（即后来的明成祖）发起「靖难之役」攻破南京之后下落不明，加上永乐帝不承认其帝位，因此没有帝陵；第七帝明代宗朱祁钰，在其兄明英宗于土木堡之变被瓦剌所俘之后登上帝位。后来明英宗复辟，朱祁钰速死，明英宗不承认其帝位，捣毁其在天寿山修建的寿陵。还有一说，寿陵被改建为在位仅29天的明光宗的陵墓，改名为庆陵。明宪宗以亲王身分将他葬于北京西郊金山的景泰陵。十三陵的主陵是朱棣于1409年至