熊本藩为佐幕派所掌权，彦斋因此而下狱。所以当大政奉还、王政复古、鸟羽伏见之战等重大事件发生时，彦斋都是在狱中度过。庆应四年（1868年）2月彦斋出狱，而佐幕派的熊本藩想利用彦斋踏上维新的浪潮，但遭彦斋的拒绝，不过他直到最后都没有脱藩。明治维新后，走向开国政策的新政府相当害怕彦斋会提出攘夷的建议。而且彦斋回到熊本后也被怀疑和二卿事件有关（意图推翻明治政府的事件），然后他又被怀疑是暗杀参议员广泽真臣以及大村益次郎的兇手，于是先被熊本藩逮捕并且送到江户，之后于明治4年12月4日（1872年1月13日在日本桥小