羚羊却因被猎杀而灭绝。两栖类和爬虫类共记载25种，亦有21种蝴蝶和307种植物。海洋生物也相当多元，包括广泛的海草床和泥滩，斑状珊瑚礁等，海草床是儒艮和绿海龟等濒危物种重要的食物来源。2003年，巴林政府禁止在其领海捕捉海牛、海龟和海豚。侯瓦尔群岛保护区为各种迁徙的海鸟提供了饲养和繁殖地，是国际公认鸟类迁徙的地区之一，亦是全球最大的鸬鹚繁殖地。巴林周围的群岛形成继澳大利亚之后，世界第二大儒艮聚集地。目前巴林有侯瓦尔群岛、马斯坦岛、、及五个指定保护区，其中前四个保护区为海洋环境。