成因可能是栖息地的消失，尤其是浅水地区的碳酸盐岩台地。其他的无嵴椎动物，例如厚壳蛤类（可形成礁的蛤蜊）与叠瓦蛤（现代扇贝的大型近亲），则在白垩纪﹣古近纪灭绝事件中全数灭亡。
鱼类.在白垩纪－古近纪界线的上下地层，有大量的有颌鱼类化石，可供科学家研究这些海生嵴椎动物的灭绝模式。在软骨鱼纲中，有接近80%的鲨鱼、鳐目、魟鱼的科存活过这次灭绝事件；在真骨下纲中，只有少于10%的科消失。在南极洲附近的西摩岛，化石纪录显示白垩纪－古近纪界线的上层有大量的硬骨鱼死亡。科学家推论当时的鱼类曾