水文.林内乡主要河川有属于浊水溪流域的浊水溪、清水溪，在该乡的流域范围为西北部及东部；另有属于北港溪流域的坪顶溪、斗六东溪、大埔溪，在该乡的流域范围为中南部及西南部。浊水溪为全台湾最长河川，由东向西流过该乡北境，形成与彰化县二水乡的天然边界。清水溪为浊水溪左岸一大支流，由南向北流过该乡东北境，其中最北一段为该乡与南投县竹山镇的界河。北港溪亦为台湾中部大河，昔日为浊水溪分流之一，常泛滥成灾。1911年浊水溪构筑堤防并切断诸分流，北港溪始成为独立溪流。
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