新问题。被子植物种系发生学组在1998年出版了《被子植物APG分类法》，集合了全世界所有主要研究机构的最新研究成果，但由于许多领域尚未被完全了解，这个分类法也无法包括所有种类的被子植物，不可能最终确定下来。 这个分类法基本是依照植物的两个叶绿体和一个核糖体的基因编码分类的，从细胞器中筛选基因是非常重要的，动物分类主要也是依照线粒体的基因。细胞体的基因组和细胞核的基因组是分离的，叶绿体和核糖体都有自己的DNA，是一种原始的DNA，核苷酸的顺序取决于由于进化而和细胞核的DNA之间产生的差异的程度。2003