如此，日军掠夺这座圣堂的时候并没有好像其他教堂一样那么厉害。圣堂的档案室亦保存得比其他香港的教堂为好，特里·威尔特舍（）形容圣堂的档案室是「相对上毫发无损」。香港宗座代牧区于1946年升格为教区。圣堂因而升格为主教座堂。翌年，钟楼拆除。该位置变成高主教书院。主教座堂之后进行了一系列的翻新工程。原先以木造的屋顶因为受到白蚁侵蚀而于1952年变为混凝土造。梵蒂冈第二届大公会议完结后，圣所于1969年重新佈局。主祭台于移动到主教座堂的处。空气调节系统于1988年安装，屋顶亦于同年进行修复工程。座堂屋顶