奉祀神祇.供奉九天玄女娘娘、九莲菩萨、普贤菩萨、观音佛母。协灵宫祭祀的九天玄女娘娘被视为全台九天玄女祖庙。
历史.民国三十一年（西元1942年）中秋时，仙山半山腰（今协灵宫仙水亭处）忽然涌出泉水，当年正逢疟疾传染本岛各地，新店村住民萧新添受九天玄女託梦，上山求取仙水奇蹟治好全家人的疟疾，村民口耳相传神泉治病的消息，致使求水之人络绎不绝，便搭建能遮蔽风雨的临时仙水亭，亦即协灵宫的前身。民国四十年（西元1951年）临时搭盖的仙水亭拆除改建为奉祀九天玄女的协灵