直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的负责管理。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属郡山县和山上县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入长滨县，而长滨县先是在三个月后更名为犬上县，半年后又与滋贺县合併。1879年实施时，正式设置近代的行政区划「神崎郡」，并在八日市村（位于现在的东近江市）设置郡役所。