十年（1805年）五月，教军最后一位主帅王世贵被杀，川楚教乱正式被平定。新任陕甘总督那彦成于边界“留心防范”，对于白莲教徒不再搜查滋事，“日久可自行潜消”。
影响.为平息叛乱，清政府征调十六省的数十万军队，五易统帅，十余名提督、总兵等高级武官及副将以下400余名中级武官阵亡。据统计，清朝前后投入超过二亿两白银，相当国库五年财政收入，使国库为之一空，“川楚之役，则诸将会饮，虽深箐荒麓间，蟹鱼珍错辄三四十品，而赏伶犒仆之费不与焉。凡粮台地，玉器裘锦成市，馈献、赂遗、赌博，挥霍如泥沙”。