命主持史部之编撰工作。据载其博学强记至极，于四库馆修书之时，其他编撰人员提问之史料问题其均能随口应答并精确告知在何书何页。邵晋涵在四库馆根据《永乐大典》辑出已佚作品：《旧五代史》、《洪范口义》、《洪范统一》、《两朝纲目备要》、《性情集》、《临安集》、《九国志》、《东南纪闻》。其中以《旧五代史》影响最大，后世史家莫不宗之。嘉庆元年（1796年）三月，偶感风寒，医误投剂，体疾加剧，六月二十五日卒于邸第，年五十四岁。