统一狮于中华职棒元年（1990年）即设立二军，是台湾最早设立二军的职棒球队。但职棒联盟当时尚未规划二军比赛，统一二军无法发挥实质效益，造成多次解散又重组。直到2006年中华职棒开办代训对抗赛后，统一二军的存在才确定下来，持续办理至今日。目前二军总教练是高建三，曾经在帮助统一二军拿下首座年度总冠军的是罗敏卿。