在20世纪初期被命名，但早期研究历史中，常被归类于鸟掌翼龙的一个种。直到大卫·安文（David Unwin）在最近20年的研究，枪嘴翼龙再度被认为是独立属，但目前还没有被普遍接受。近年有许多零碎化石被建立为个别种，过去多属于其他属。枪嘴翼龙与许多英格兰、巴西的白垩纪早期翼龙类，有交错、复杂的分类历史，例如︰古魔翼龙、残喙翼龙、鸟掌翼龙、"Amblydectes"、以及槌喙龙与嵴颌翼龙。
发现与命名历史.正模标本（BMNH 39410）是一个部分上颌，发现于英格兰肯特郡，地质年代为白