后期，当生产需求被转移至U型潜艇后而撤销。巴伐利亚号是在战争进行了一半后开始编入海军序列，并在其生涯中仅投入有限的服务。该舰的首个任务是在入役的一个月后，奉命参与在1916年8月18日至19日舰队出击北海行动，但行动无疾而终。它也参与了在里加湾的阿尔比恩行动，但就在1917年10月12日，当德国发动进攻后不久，巴伐利亚号即触雷受损，不得不撤回维修。在1918年11月战争结束后，它又与大部分公海舰队的舰只被扣押在斯卡帕湾。1919年6月21日，海军少将路德维希·冯·罗伊特作为被扣押的舰队指挥官，下令全数凿