政府募到台湾史上第二高的45亿元，但款项使用也爆发灾民质疑。
分支会.2012年2月，日本三一一地震将届一週年，赈灾募款已截止九个月，嘉义市支会捐款因人事纠纷遭冻结，无法上缴，台中县支会代收的捐款亦未上缴；台北市分会和台中市、台南市支会则是出现迳自将募得款项捐给日本赈灾组织的混乱情况。2015年4月28日，有批踢踢网友称其母亲在高雄分会尾牙抽到的奖品上註明是赈灾物资，导致批评；红十字会高雄分会则表示，并未在任何感恩餐会或聚餐发送奖品，要追查照片来源但尚未联络上发文者；总会则表示