盛行外，后人文主义亦于16世纪末兴起，成为了校内仅次于加尔文主义的思想，知名学者如 Paul Schede、Jan Gruter、Martin Opitz、Julius Wilhelm Zincgref及马特乌斯·梅里安。这一黄金时期延续至1618年三十年战争。
三十年战争时期.三十年战争重创海德堡大学，教学几经中断。1622年，大学内举世闻名的遭洗劫，珍贵书籍文献被掠夺至罗马献给教宗。三十年战争后，大学重建工作又因1693年路易十四指挥法国军队摧毁海德堡而陷于停滞。Secti