就登船准备出发，但却迟迟未发。桓玄到寻阳时仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气上升。而原先答应当内应的庾楷被桓玄发现图谋，被囚禁，而朝廷亦派了齐王司马柔之以驺虞幡命桓玄罢军，但被桓玄前锋所杀。二月丁卯日（4月16日），桓玄至姑孰，派军击败并俘虏司马尚之，司马休之弃城逃走。前锋都督刘牢之却怕击败桓玄后会不容于司马元显，竟想借桓玄除去司马元显后再伺机消灭桓玄，所以一直不肯出军。而刘牢之亦因司马元显日夜酒醉而未得见，安帝饯行时亦未见司马元显对其礼待重视，所以于三月就投降了桓玄。
兵败被杀.