先后任技士、技正。1946年5月，黄耀祥因厌倦人事斗争，辞去职务，回到广州改行教书谋生，同时自修英语作赴美深造的准备，后因故未能实现。1949年10月，广州解放的第二天，黄耀祥便向政府请求回到农业科研岗位，很快，黄耀祥便调往广东省农业试验场工作。文化大革命期间，黄耀祥被打成“资产阶级学术权威”，被下放干校和农村三年。文革结束后，黄耀祥获平反，在1979年至1983年间，任广东省农业科学院副院长。1982年，妻子刘金羡为了支持黄耀祥的工作提前退休，一直跟随奔波于稻田间。1995年，黄耀祥当选为中国工程院农