入12歳皇太子亲仁亲王（日后的后冷泉天皇）东宫，居飞香舍。1045年（宽德二年）亲仁亲王受后朱雀天皇的禅让而成为第70代天皇，章子内亲王被封为女御。1046年（永承元年）迁京极殿，立为中宫。1068年（治历四年）改称皇太后，两天后后冷泉天皇驾崩。1069年（延久元年）落发为尼，同年七月，尊为太皇太后。1074年（延久六年）赠与女院院号，称之为二条院。但因前例从未有未生天子之妃嫔上院号之事，故引起争议。1105年（长治二年九月）过世，享年80。与父亲后一条天皇同葬京都府京都市左京区吉田神楽冈町菩提树院