园内的水磨河段两岸种植22种，共1294株各类乔木，33种，超过30万株的灌木及花卉。从1987年到1999年，60万人次在海拔867米的水塔山种树超过60万株，绿化面积达到1800亩。最初，种植的树种多选用榆树，后来还陆续种植了50多种乔木、灌木，包括云杉、紫穗槐、山桃、红叶海棠、独杆火炬、丁香、蔷薇等品种。除了种植新树，景区也加强了对古树的保护，122颗古树被登记，并实行挂牌保护和专人护养。水磨沟公园虽然土壤动物的数量很多，但种群很少。至少有46类3门8纲18目的土壤动物在这里生存，其中昆虫纲、寡毛