西斯领主》的剧情设定在雅汶战役近四千年前的旧共和国时代，前作《星球大战：旧共和国武士》发生的五年后。此时的旧共和国风雨飘摇，绝地武士几乎已被西斯残杀殆尽。玩家操作的角色是一名被绝地组织驱逐流放的前绝地武士，在游戏中经常被称作“流亡者”，但正典中姓名为咪拉·苏瑞克（Meetra Surik）。在游戏中，苏瑞克逐渐找回了与原力的联系，并在其他非玩家角色的帮助下与西斯进行战斗。玩家可以在游戏过程中作出选择，使苏瑞克的立场趋向原力的光明面或堕入原力的黑暗面，通过在六个不同的星球间的航行，帮助或阻挠共和国为实现和平和