分子结构的表示.在数字化的化学数据库中，分子结构一般有两种表示方法，包括：
搜索.
亚结构搜索.化学研究者在搜索某一物质时，可以不必输入整个分子式，而只搜索其结构的一部分，或其IUPAC命名法名称的一部分。这种亚结构搜索功能，正是化学数据库与一般数据库最大的区别之一。这种搜索是基于子图同构问题实现的，而这一问题也在图论中被广泛研究。一般来说这类搜索具有O ("n")或O ("n")的时间复杂性，其中n是涉及原子的数目。Section