矿、铁道、交通、社会、宣传、警政等部，以及赈务、边疆、侨务、水利等委员会。此后经过一系列调整，至1943年1月最高国防会议改组后，行政院下设有内政、外交、财政、教育、司法行政、实业、宣传、铨叙、社会福利、粮食、建设等部。1944年汪兆铭逝世后，陈公博继任为行政院长。
组织架构.行政院下设机构主要包括：除此之外，行政院还会根据具体需要而设置一些机构，其中包括接收日军管理工厂委员会、电影检查委员会、中央报业经理处、广播事业建设协会、古物接收委员会、文物保管委员会、中央物资统