研究着眼于利用粪便移植治疗其他消化道疾病，例如结肠炎、便秘、肠易激综合症，以及神经系统疾病如多发性硬化症和帕金森氏症。美国食品及药物管理局自2013年起把人类粪便当作“实验性药物”监管。
定义.粪便微生物移植透过转移健康捐赠者的粪便细菌和天然的抗菌物质到病人身上来达到治病的目的。粪便微生物转移曾被称为“粪便细菌疗法”、“粪便移植”、“粪便灌注”及“人类益生菌滴注”。由于粪便微生物转移实际上是转移捐赠者的整个微生物组，而不是个别种类或组合的细菌，这些名称现在都被新叫法“粪便微生物移植