后，所有日裔新加坡人都在1947年被遣返日本。1952年，日本在新加坡设立总领事馆。1950年代末，新加坡政府放宽日籍人士的入境限制，亦因此吸引日资公司在新加坡设立办事处。这些移居新加坡的日侨其后在1957年重新成立新加坡日本人会。新加坡自治邦总理李光耀曾在1962年访日，为首位访问日本的新加坡政府首脑，他其后在1968年首次以独立国家总理的身份到访日本。1965年8月9日新加坡独立后，日本在当天承认便承认其独立，并在翌年4月26日与其建交。日本首相佐藤荣作随后在1967年访问新加坡，为日本首相首次访新