乌斯季诺夫的协调下，列宁格勒的TsKB-34设计局开始为R-16开发地下发射设施（舍克斯纳-V），而南方设计局则发展适用于地下发射的导弹。地下发射的R-16被称为R-16U（生产代号8K64U），相对于基础型号进行了一些改进。两种发射系统的代号都是“舍克斯纳河”（俄罗斯北部沃洛格达州的伏尔加河支流）。地下井发射系统的设计方案在涅德林灾难发生后才完成。R-16原型弹在1960年10月24日进行的首飞中发生严重事故，灌满燃料的导弹，在排查故障中于发射台上爆炸，导致至少92人丧生，包括到现场观看的苏联炮兵主帅