合作改建了77处眷村，兴建29453户国宅，多数在原址兴建国宅大厦，少部分依各县市政府规画而保留。例如台南市水交社等。2000年民进党执政后，加速推动眷村拆除改建政策。目前眷村文化已较淡薄，混住情况越加普遍。文化学者唿吁尊重社会多样性和次文化保存，行政院文建会（现文化部）以及各地方政府已开始针对较有特色的村落，进行「历史记忆」之保存。以博物馆的概念，参考外国保留较早聚落的范例，研究并保留较有特色与价值的眷村。
争议.1990年代之后，因眷村已趋老旧、都市更新等问题，中华民国政府