抵达嘉义，惩劝当地两百数十庄向清军投降，并与护理水师提督曾元福会师商议战略。商讨结果，他决定先疏通嘉义与彰化交界处的道路，然后再收复彰化，于是命白瑛、关镇国合攻斗六，请彰化知县凌定国由宝斗（今彰化县北斗镇）向南攻，而他本人与许忠标等部队沿海向北作战，直到麦寮与南下的林文明会师后再攻打彰化。12月8日，林文察进驻麦寮。这时，各方部队逐渐包围彰化县城，12月13日破城。之后，林文察进驻涂库，与曾元福相约攻打斗六，同时歼灭支持戴潮春的村庄三十多座，逐渐逼近斗六城，但斗六防御坚固，难在短期内拿下。于是1864年