近亲，并且和跳足鳄形成姐妹群的演化关系。与格里等人的观点不同的是，莱迪等人的研究指出巨颌鳄和跳足鳄的姊妹群又和它们的外类群（"Almadasuchus"）形成一个共同演化支，也就是跳足鳄科（Hallopodidae）。三者的演化关系大致如以下的系统发生分类树（calibrated phylogenetic tree）所示至于格里等人提出巨颌鳄可能为跳足鳄的异名的看法，莱迪等人也没有对这个可能性加以否定。他们在论文中表示，岩相分析证实了格里等人的推论：巨颌鳄和跳足鳄的化石出土于同一地层，也就是说两者的