六年末（1373年）朵甘卫指挥使司被设置，属西安行都司；七年（1374年）被改置为朵甘行都指挥使司。1510年，达延汗统兵讨伐右翼封建主反叛，遂有亦不刺等部蒙古势力陆续逃入青海，后遭明军及右翼济农打击追歼，这些蒙古势力或降或散或敛众自保。1559年以后，鞑靼右翼土默特等部蒙古势力，先后三次大规模进入并长期占据了青海。 1565年藏巴汗政权兴起，与明朝联系断绝。洪武六年（1373年）设置陇答卫。永乐五年（1405年）设立赞善王，其领有封地，驻灵藏。永乐五年（1405年）设立护教王，其领有封地，驻馆