疏勒府）、莎车直隶州（后升爲莎车府）、英吉沙尔直隶厅、和阗直隶州。民国后期，回部之名不再通行。
所属区域.
哈密、吐鲁番.哈密与吐鲁番是天山以南最早归附清朝的地区。朝廷册封当地维吾尔首领为世袭的札萨克，授以王爵。两地享有很大的自治权利，与蒙古诸旗相似。两地还设有监督札萨克的驻扎大臣，即哈密办事大臣和吐鲁番领队大臣。驻扎大臣统领当地的驻军，受乌鲁木齐都统节制。
喀喇沙尔.喀喇沙尔所辖城、村有：特伯勒古、塔噶尔齐、楚辉、乌沙克塔勒、硕尔楚