原氏也开始在此地兴建庄园，十一世纪时藤原赖通改建其父别院为平等院。当时的文学盛行，源氏物语的宇治十帖也正是诞生于此时期。之后京都贵族势力开始衰退，武家开始介入政治，在源义仲与源赖朝之间曾在此发生宇治川之战。12世纪后，出现名为「山科荘」的荘园，并由藤原北家分支出负责管理。15世纪末，僧侣莲如在此建立山科本愿寺，其周围建立了土垒等防御工事，形成了，此后在16世纪初的之中烧毁，此后本愿寺的势力才转移到大坂建立石山本愿寺。14世纪后，宇治的茶叶开始盛行，宇治茶的名声为当地带动了发展，但在16世纪末丰臣秀吉