制作丹贝、腐乳、奶酪、酸奶等都需要发酵过程。当发酵被应用于面食时，多称其为发面。在制药工业上，现代发酵工程借由生物反应器-zh:发酵罐;zh-hans:发酵罐;zh-hk:发酵槽;zh-tw:发酵槽;，来进行胰岛素、干扰素、生长激素、抗生素和疫苗等多种医疗保健药物;天然杀虫剂、细菌肥料和微生物除草剂等农用生产资料等的生产。现在，利用植物细胞之植物发酵，真菌细胞等发酵生物技术，生产高价之生物性医药产品，例如灵芝发酵，也成为追捧的热点。化学工业上则用于生产氨基酸、香料、生物高分子、酶以及维生素和