叶到18世纪中卫拉特蒙古在新疆西北和哈萨克斯坦东部兴起，并频频向大玉兹进攻，噶尔丹曾在1681年出兵塞兰但不成功，2年后策妄阿拉布坦再次出兵并把其夷为平地（后再次重建）。1723年春，准噶尔部在哈萨克族准备转移牧场时突袭汗国，佔领了突厥斯坦、塞兰和塔什干，大玉兹和中玉兹受准噶尔部控制，牧民纷纷逃走，之后汗国一直被准噶尔统治。1728年小玉兹的阿布勒海尔汗打败准噶尔军队，给了大小玉兹喘息之机。1748年中玉兹崛起，阿布赉苏丹击败准噶尔拿回了突厥斯坦、塞兰和塔什干。后准噶尔内乱，干隆乘机联合喀尔喀蒙古击败准