改採汉语拼音，花费约1700万元新台币将各站名拼音进行更改，淡水亦被改为Danshui，惟台北因已为国际通用，仍拼为Taipei。台北县（今新北市）当时依中央政府的标准採用通用拼音，因此位于境内的车站会加註通用拼音的拼法，后因2009年中华民国政府改以汉语拼音为标准英译，台北县亦跟进，故原加註之通用拼音皆已去除。2011年6月，内政部地政司以具有历史悠久及特殊意义两项原则，将淡水的译名恢复为Tamsui，台北捷运亦配合更改。
站名加註.部份车站站名为尊重民意，或是车站出入口用地由机