2011年3月31日，拜仁宣布与克罗斯续约，将原本2012年6月30日到期的合同延长三年至2015年6月30日。2011/12赛季克洛斯成为了拜仁队中不可或缺的一员，并与国家队队友施魏因施泰格成为了强有力的搭档。整个赛季他共出场51次，包括2012年欧洲冠军杯决赛，只是在安联球场的点球大战中惜败切尔西。2012/13赛季克洛斯随队取得三冠王的伟业。作为拜仁中场球员里位置最靠前的一位，克洛斯在联赛的前四场比赛中共射入三球。他也在对阵瓦伦西亚的首场欧冠小组赛中射入自己的欧冠首球。由于在对尤文图斯的四分之