设兵团及各师（局）领导之外，还要接受当地军区、军分区的领导。遵照乌鲁木齐军区的指示，新疆生产建设兵团人民武装部由乌鲁木齐军区负责组建；新疆生产建设兵团农一师、农三师、和田农场管理局人民武装部由南疆军区负责组建；农四师、农五师、农九师、农十师武装部由北疆军区负责组建；农二师、农六师、乌鲁木齐农场管理局、哈密农场管理局、建筑工程第一师武装部由东疆军区负责组建；农七师、农八师人民武装部不另行组建，而是分别由奎屯市、石河子市人民武装部兼任。各人民武装部都是现役和非现役混编，现役干部由乌鲁木齐军区统一调配。在