也有F-104，但都是空军转让或租借的，因此这3架被专门赋予F-104N的设计代号。1963年8月～10月，3架F-104N相继交付NASA，并分别被赋予NASA机尾号011～013。其中013号机在1966年6月8日发生飞行意外。当时013号机伴随XB-70A2号原型机为其首次公开作空中摄影飞行。飞行中，护航的013号机突然左滚，掠过XB-70A， 将其右垂尾的50％和几乎整个左垂尾全部切掉。013全机起火，飞行员约瑟夫·沃克尔（此人是NASA首席试飞员）当场丧生。XB-70A也失去控制，机长阿尔文·S·