新署长林可胜要生化药厂担任其技术顾问，要该厂接收上海、南京的三十几个日本药厂，并要该厂负责人出任军医署副署长。战争结束后，国民政府请生化药厂负责编制了《中国医药生产计划》。同时，中共势力也潜伏进入生化药厂，从事地下工作。张汝励受到倪柝声的庇护（其妻张品蕙的六叔），逃避追捕，并担任药厂总经理。中共高层吴克坚常来生化药厂，与张汝励见面。此外药厂内还渗透进不少中共党员。有许多教会信徒也在中国生化制药厂工作，每天早上开工之前都先祷告。中国生化制药厂职工只领取微薄的工资，结余的利润大量用于教会事业，包括购买福