东诸郡县群盗蜂起，捻军自安徽入山东，幅军、长枪会、白莲教等同时反清。僧格林沁大军驻山东督剿，谭廷襄率兵出省协助，并督各郡县团练防剿。同治元年（1862年）兼署河东河道总督。同治三年（1864年）入为刑部左侍郎，历工部右侍郎兼管钱法堂事务、户部左侍郎等职。同治五年（1866年）湖北巡抚曾国荃疏劾湖广总督官文贪庸骄蹇，官文罢职，令廷襄署湖广总督。同治六年（1867年）回京，署吏部侍郎，迁左都御史。再迁刑部尚书，兼署吏部。同治九年（1870年）卒，赠太子少保，谥端恪。