后，黎高颖怡一直备受重用，例如2005年政府就安排她负责安排整个神六太空人访港的接待工作；在「维港巨星汇」一事中，又曾参与处理投资推广署署长卢维思的失职聆讯委员会。不过，当中最艰巨的「任务」，就是自2004年开始的公务员减薪事件，黎高颖怡一直协助当时公务员事务局局长王永平，处理过两次减薪、裁员，以及调整薪酬报告等议题，期间经历过不少风雨。
公务员事务局常任秘书长（专责事务）时期（2006年2月—2006年6月）.香港政府在2006年1月25日宣佈，她将于2006年7月离职，结束其2