指从1999年起有多达25000平民死亡或失踪。国际特赦组织2007年的一份报告指从1999年起有多达25000平民于第二次战争中被杀，又提及「纪念」估计车臣有3000至5000人在1999年或以后失踪。
地雷.车臣是全世界最受地雷影响的地区。从1999年起，地雷被战争双方广泛使用。车臣被埋放最多地雷的地区是南部那些持续反抗的地区及车臣共和国的边界。2002年6月，联合国的Olara Otunnu估计该地区埋有50万个地雷。联合国儿童基金会记录了地雷及未爆弹药从1999年至2003