有肢的蛇类（如厚针龙、哈氏蛇及真足蛇）较为近祖。有学者将沃那比蛇的"Wonambi naracoortensis"分类为位置未明的巨口类，但根据其特征显示它们较巨口类近祖。巨蛇科还有多个未命名种，分佈在摩洛哥、苏丹、印度、玻利维亚、澳洲、罗马尼亚及阿根廷。
种系发生.以下是巨蛇科的演化树，当中沃那比蛇及天蛇都是巨蛇科的代表。不过，由于未有将"Madtsoia"包含在内，此分类受到质疑。