并成立了全资拥有的子公司「港铁轨道交通（深圳）有限公司（简称为港铁（深圳）公司）」管理整个总投资58亿元人民币的项目。于2009年3月，深圳龙华线整个项目已获国家发展和改革委员会批准，相关公用设施迁移及收地工作已经开始，前期准备工作已接近完成，主要土木工程可随即展开。于2009年3月18日，港铁（深圳）公司与深圳市政府就龙华线项目正式签署了《特许经营协议》。根据是项《特许经营协议》，港铁公司负责投资及建设龙华线二期，并需负责龙华线所有运营、维修及资产管理等方面的开支，而深圳市政府会提供适当财务支持，并营