民主化后返台。由于彭明敏在台独运动中的代表性地位，他代表民主进步党参选1996年中华民国总统选举，很多人称他为「台独教父」。2019年1月3日，在中共中央总书记习近平发佈「习五条」后，彭明敏连同三位绿营独派大老（前总统府资政吴澧培、前中研院院长李远哲、长老教会牧师高俊明），于自由时报刊载「致蔡总统的公开信－敬请不要参选连任」，建请蔡英文总统放弃连任，交出行政权，退居二线。此动作被外界认为是为2020年赖清德的总统大选铺路。
个人背景.彭明敏出身高雄市凤山区彭氏家族。彭明