程方面，他将考试由每年一次改为两次，又引入学分制及一年级的中文、英文及资讯科技必修科。当时香港大学学生会担心考试增多会使学生活动萎缩，不利全人教育，而安排考试时间也引起争议。当时校方曾建议取消开学迎新周，但遭学生会强烈反对，结果第一学期考试安排横跨圣诞及新年举行，但此举为外国留学生所诟病，因他们未能在假期间回国。至于引入学分制，虽然有人担心会加重学生负担，但由于学分制取代学年制后，学生较难留级，选科也更有弹性，因此反对声音不大。郑耀宗的改革触及教职员及学生的既得利益，而且推行作风硬朗，使教职员及学生普遍