白质超家族的划分仍然十分依赖序列相似性的分析。
结构相似性.蛋白质结构在进化上比蛋白质序列更为保守，具有相似结构的蛋白可以具有完全不同的的氨基酸序列。在足够长的进化时间尺度上，氨基酸序列（一级结构）上的相似性几乎难以发现，但是二级结构的元件和三级结构的基序仍然是高度保守的。一些蛋白动力学特征和构象改变的方式也有可能被保存下来，例如丝氨酸蛋白酶抑制剂（Serpin）超家族。因此，即使序列上无法找到相似性，也可以通过蛋白质结构信息来推断其同源性。结构比对的程序，例如DALI，就可以通过