部主事。历贵州司郎中，总理密云等处粮饷。万历二十五年（1597年）七月，升任山东右参议兼佥事，备兵宁前。十一月，调补海防道。其时朝鲜之役正酣。次年正月，梁祖龄奉命入朝，筹措军粮。战争结束，陞任浙江按察使。万历四十二年（1614年）正月由河南左布政使、加都察院右佥都御史、巡抚河南。万历四十五年（1617年）四月己未乞休致仕，获准。
家族.曾祖梁万钟，嘉议大夫两浙运使；祖父梁衮，蜀府引礼；父梁承教，生员。母于氏。