民国在台湾的国家定位，引发台湾海崃飞弹危机。1996年8月，中国大陆开放福州、厦门两港作为两岸直航港口，不过台湾仅仅开放高雄为境外营运中心作为回应，并采取不进货、不通关的措施阻碍两岸三通。1996年9月14日，中华民国总统李登辉在台湾经营者大会上提出“戒急用忍”的主张，限制台湾企业界对中国大陆的投资。1997年，福建建立“海峡两岸（福州）农业合作试验区”和“海峡两岸（漳州）农业合作试验区”。1999年5月，民进党全代会通过了《台湾前途决议文》。同年7月，李登辉总统提出两国论，主张台湾和中国大陆的关系是「国家