中环填海计划而需要被拆卸，保育人士以拆卸皇后码头会破坏香港文化的承传、集体回忆和公共空间等理由反对。即使古物古蹟办事处将皇后码头评级为一级文物建筑，然香港政府仍坚持以发展为由，最后在2007年8月1日进行清场拆卸。皇后码头的组件现时被香港政府存放于大屿山狗虱湾政府爆炸仓库内，政府在2009年8月不接纳共建维港委员会原址重置皇后码头的建议，建议在中环9号及10号码头之间重置码头，原预计2013年完成。其后到2016年才开展于9号及10号码头重置皇后码头的谘询。但到2019年1月，发展局指正在详细研究，未有