秀才邱及梯（字学海）学习，奠定古文根基，后于1907年进入台南厅台南第二公学校就读（今立人国小），于1913年毕业后进入该校高等科就读两年。高等科毕业后在母亲的意思下，与曾氏成亲，但曾氏于1921年逝世，留下两个女儿，隔年再娶陈富治。1930年，于台南市举办「台湾文化三百年纪念会」，该会史料展览主任委员村上玉吉知道石旸睢对台南文史颇有研究，遂请他来协助搜集地方史料，而后在原税务司公馆（今热兰遮城博物馆）展览时，石旸睢也提供其收藏作为展品。会后为处理展览的史料，于1932年4月1日于原展览会场成立「台湾史