日本敌国的外籍居民遭遣送入拘留营，但王国栋获日方批准留在市区，负责维持大学救济医院、玛丽医院和赞育医院的运作。在1942年2月，即大学救济医院停办前两个月，王国栋在大学同事秦惠真医生暗中协助下，由西贡深涌村经大鹏湾逃出香港，几经转折下途经惠州、东江、曲江、衡阳、桂林、金城江、贵阳和滇缅公路，最终在同年4月中抵达当时属于国民政府战时首都的重庆，操流利汉语的他在途上未有遇上很大困难。王国栋逃出香港的消息为日方所震怒，日方曾透过英国驻葡萄牙里斯本大使，向重庆的英国驻华大使薛穆爵士要求着令王国栋返回香港。由于英