在外蒙古驻军、移民，博克多汗仍是外蒙古事实上的最高统治者，连原大蒙古国的统治机构都没有变。中华民国大总统袁世凯则承诺赦免所有参与外蒙古独立运动的人士。就在这个条约签订的同一天，袁世凯发布命令，册封哲布尊丹巴为“外蒙古博克多哲布尊丹巴唿图克图汗”，并特任徐绍桢、荣勋为册封专使。6月16日，以陈箓为都护使驻库伦办事大员。陈箓于10月24日到达库伦后开始办公，同外蒙古交涉册封事宜。最初外蒙古在俄国支持下，拒绝接受金册、金印。北洋军队对外蒙古控制之下的东蒙古进行攻击，于11月22日击败巴布扎布，又俘虏游格吉唿图克图