成立，初时只有一架Let L-410型飞机执行航班。并大部分航班都是由往布拉柴维尔与黑角。在1994年12月，购买了一架安东诺夫 安-24型飞机，然后在1996年购买了一架波音727与雅克-42。在1997年，由于国家内战，航空公司暂时把总部迁往南非约翰内斯堡。
目的地.在2004年，航空公司共有以下目的地：
机队.在2010年9月20日，刚果运输航空共有以下飞机：