离国外耶稣会和梵蒂冈的控制，转而归属上海市天主教会管辖。在这次事件中上海教区与罗马教廷产生了严重冲突。1960年4月，上海市天主教第一届代表会议选举张家树神父为上海教区正权主教，由皮漱石总主教主礼的祝圣主教仪式就在徐家汇天主堂举行，从此徐家汇天主堂成为主教座堂，并改奉“圣母为天主之母”为主保，称天主之母堂。文化大革命期间，徐家汇天主堂被严重破坏，一对塔尖连同顶部铸铁十字架均被拆除，建筑内部的绘画、雕塑和宗教设施也被严重毁坏，原有的奥地利产管风琴被彻底拆毁，大量宗教书籍和已被国务院定为国家二级文物的木雕祭