底栖深海鱼。据信，它们在浅海海底经历了早期演化，比第一类深海鱼更晚进出深海。因此，第二类深海鱼所属的类群包括许多生活在浅水中的鱼类，它们的形态相较于浅海鱼类通常不会显出极端的变化。下表按照系统发育顺序列出鱼类（包括无颌类和鳍鳍类）中主要由深海鱼构成的科。分类方法基于Nelson（2006）的系统。
无颌类.现生无颌类包括盲鳗目和七鳃鳗目，后者主要生活于淡水。
软骨鱼类.软骨鱼类包含鲨鱼、鳐和银鲛，包括多种深海鱼类。
辐鳍类.