羊卓雍错内共有5座岛屿，面积最大的约18平方公里，最小的3000平方米。岛屿根据各自形状而被取名为“色朵”（犀牛岛）、“雍布朵”（鹿母子岛）、“格莫日朵”（老狐狸岛）、“那亚朵”（盘羊岛）等等。岛上有天鹅、黄鸭、水鹰、水鸽、鹭鸶、黑颈鹤、沙鸥、斑头雁、白鹭、雪鸡等30多种鸟类，是藏南最大的水鸟栖息地。羊卓雍错流域的动物种类丰富，有雪豹、盘羊、水獭、猞猁、野驴、黄羊、岩羊、獐等国家保护动物。羊卓雍错盛产高原裸鲤、细鳞条鳅，种类单一，但数量非常多，故羊卓雍错被誉为“西藏鱼库”。
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