时司马元显有意尽诛诸桓，只因王诞劝阻司马元显才没成事。司马元显亦决定以桓谦代桓玄为荆州刺史，以其父桓沖在荆州的名望博取荆州人支持。大军将出发时，骠骑长史桓石生派使者告诉桓玄，桓玄决定顺江抵抗，更传檄京师，列举司马元显罪状。二月丙午日（3月26日），晋安帝在西池为司马元显饯行，及后司马元显就登船准备出发，但却迟迟未发。桓玄到寻阳时仍未见朝廷军队，于是十分高兴，士气上升。而原先答应当内应的庾楷被桓玄发现图谋，被囚禁，而朝廷亦派了齐王司马柔之以驺虞幡命桓玄罢军，但被桓玄前锋所杀。二月丁卯日（4月16日），桓玄