与处罚，改变军事刑案一直以来事实审（一、二审）之部分均由中华民国国防部之军事法院检察署、军事法院追诉、处罚之状态。
检察体系.检察体系制度上于各法院设置检察署，分为最高法院检察署、高等法院检察署以及地方法院检察署，各置检察长和检察官，负责对刑事案件的侦察与起诉。虽然检察署均附属法院设置，但检察体系乃独立于法院体系运作，由法务部主管，不受法院的指挥管辖。检察总长是检察体系的最高首长，同时是最高法院检察署的最高首长。