不佳，被本菲卡淘汰，止步十六强。在2006年1月7日，足总盃第三轮，面对卢顿，阿朗素在下半前早段落后1比3时射入两个令人拍案叫绝的入球，其中一个是离门45码的远射，另外一个则是在自己的半场65码处吊射破门，协助利物浦以5比3反胜。随后利物浦晋级足总盃决赛，迎战西汉姆联，阿隆索首发出场但在第67分钟被换下，利物浦最终在zh-hans:点球大战;zh-hk:互射12码;zh-tw:PK大战;中击败对手，捧起足总盃冠军。这也是利物浦在英格兰赢得的第二个冠军。
2006-07