许诺协助新疆独立，使得六万余名中国籍公民外逃至哈萨克苏维埃社会主义共和国，甚至声称组织“维吾尔解放军”进攻新疆，史称伊塔事件。中国成立半军事半生产性机构新疆生产建设兵团，将其派往边境驻防及屯垦来回应苏联的干涉和破坏。1964年在新疆罗布泊完成中国核试596工程。1970年代末改革开放后，高速增长的经济在地区内部分配并不均衡。大部分维吾尔族人选择移居至城市，而众多外来人口也移居新疆以寻求经济发展机会。1980年，改革派领导人胡耀邦决定放宽自治区民族自治权，将自治区的汉族干部调离新疆。但长期主政新疆的王震强