婉拒，八八水灾，慈济也向高铁申请承租专列，但都未获批准；但为了达赖来台，高铁首开先例，加开一班专车载达赖南下，并派遣保全贴身保护达赖。2008年，她与中华民国前总统陈水扁互动良好，关系绵密，被媒体以亲绿人士称之。2009年9月，由于银行团不肯降息，台湾高铁亏损负债达新台币四千亿，同月殷琪辞去台湾高铁董事长一职，并一併辞去董事职务。
高铁.1997年，殷琪主导的台湾高铁团队，以号称「政府零出资」，击败刘泰英主导的中华高铁团队（要求政府出资1,500亿），取得高铁BOT案。之后