但是经济问题，政府高度的贪污腐败，以及与罗马天主教会之间的矛盾因为他支持离婚合法化，最终导致他在1955年9月的军事政变中被推翻，未能完成六年的总统任期。
流亡 (1955年-1973年).被迫下台后，他先流亡到巴拉圭，后来在西班牙马德里定居，受当地的佛朗哥极右翼法西斯军事独裁政权保护。1961年，他与夜总会歌手伊莎贝尔·裴隆结婚。1950年代到1960年代，阿根廷军人和文人政府更迭频繁，裴隆在海外仍试图操纵国内政治。阿根廷经济增长缓慢，社会动荡剧烈。1960年代后期至1970