复祥、李曰垓等人共同安定局面，滇南光复。1911年11月3日，云南军政府成立，蔡锷任都督，李根源任军政部长，李曰垓任军政部次长。1912年5月，李曰垓改任民政司司长。中华民国初年，大总统袁世凯拟派西藏宣慰使，命各省推荐人选。云南都督蔡锷、民政长罗佩金联名发电报称：“北京大总统国务院钧鉴：午密五月巧号敬电，敬悉派员入藏宣慰关系边局甚锯，允宜慎选其人，兹查有现任滇南观察使李曰垓，学识闳通，经验尤富，自光复以来历任军政部次长、民政司长等职，处常临变悉协机宜，堪以胜任宣慰使之职，请查核任命”，“并由中央电知