PA蛋白酶超家族 - 具有相似的类胰凝乳蛋白酶双β桶状结构，相似的蛋白酶解机理，但是序列相似性<10%。Ras超家族 - 相似的催化G结构域，由6个β片层和5个α螺旋组成。丝氨酸蛋白酶抑制剂超家族 - 具有相似的高能应力折叠，可以发生较大的构象改变，并从而抑制丝氨酸蛋白酶和半胱氨酸蛋白酶的活性。
蛋白质超家族资源.已有若干生物数据库收录了蛋白质超家族和结构折叠的数据，例如：也有可供在蛋白质资料库（PDB）中寻找特定相似结构的算法，例如：