山（次席）为净智寺（鎌仓）。之后，五山的决定及其住持的任免权归于足利将军个人的惯例也就此成立。延文3年（1358年），2代将军足利义诠改订将净智寺昇格为第五位，同时在第五位加上鎌仓净妙寺、京都万寿寺，共计4寺，京都和鎌仓各选定5寺为五山。之后，3代将军足利义满的时代，因管领细川赖之的请求，五山加入临川寺 （永和3年（1377年）- 康历元年（1379年）），但是，康历政变后，赖之失势后又删除。至德3年（1386年），义满接受义堂周信・绝海中津等人的意见改革五山制度，将南禅寺定为「五山之上」的全禅林的最高位，