了它们发现的所有人类。高登·弗里曼发现自己腹背受敌：兇残的外星人和奉命执行清理（杀死一切外星人和类似人的生物）任务的政府军队让他陷入两难境地。为了能够活下来，这个没有受过任何专业训练的理论物理学家决定拯救人类于混乱之中，他的英雄举动感动了一些倖存下来的科学家，结果他们一同成为军方最主要的消灭目标。在经过了一系列冒险、杀死无数外星人和士兵之后，弗里曼最终从实验室经过时空传送到了外星人的故乡Xen，他决定先消灭外星人的头领Nihilanth。从最后的遭遇战中恢复知觉后，弗里曼发现自己面对是谜一般的人物——G