廉一世对西博尔德的收藏表示了浓厚的兴趣。经过多次商谈，他使皇家私藏（het Koninklijk kabinet van Zeldzaamheden）与西博尔德和其他两个在出岛的重要研究者的收藏滙集起来。西博尔德的收藏被荷兰政府购买，新博物馆成了现在位于莱顿的国立民族学博物馆的前身。 西博尔德仍然作为日本问题顾问在各个国家发挥着重要作用。1859年起，他作为外交官再次前往日本，直到1862年。
以西博尔德名字命名的动植物.以西博尔德名字命名的动植物甚多，兹举例如下：