汗国裹胁叛乱被干隆帝送交黑龙江富裕县）。18世纪，今日的吉尔吉斯地区分别是准噶尔蒙古（北部）及浩罕汗国（南部）的势力范围。19世纪20年代，浩罕势力扩张，整个吉尔吉斯地区都成为了浩罕汗国的一部份。
并入俄罗斯帝国.1854年，俄国着手入侵浩罕汗国，并透过各种外交手段逼使清廷承认中亚地区各藩属的独立地位。1876年，浩罕亡国，整个吉尔吉斯地区都落入了俄国的手里。俄国的统治，引发不少反抗，亦有不少人决定离开现居地，迁入帕米尔高原及阿富汗；但另一方面，同治年间清朝陕甘地区回民暴乱，失败