间进行ITS束序列的比较是不恰当的，但这特性却很适合在近亲之间比较差异。当然反过来说，rDNA编码区域的保守序列则允许远端物种甚至在酵母和人类之间进行比较。人类的5.8S rRNA与酵母的5.8S rRNA具有75％的同一性。在情况下比较包括在物种和系统发生学中的ITS束则比较顺利。rDNA序列的不同编码区重复序列通常表现出不同的进化速率。其结果是，这种DNA可以提供属于全系统级别的物种的系统发生学信息。