NA聚合酶复合物连同其他σ因子可以辨认不同的核心启动子序列。启动子是一段位于结构基因5‘端的上游区的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确地结合并具有转录起始的特异性。以下是核苷出现的概率：
真核生物启动子.真核生物启动子是极端的分化及很难表现其特征。它们一般处于基因的上游及有着远离转录起始点的调控元件。转录复合物可以引起去氧核糖核酸（DNA）向自己屈曲，以容许放置调控序列。很多真核生物启动子，但不是全部，都包含一个TATA盒（序列TATAAA）会与TATA结合蛋