治七年），江藤新平在九州佐贺县发动「佐贺之乱」。大久保利通受命前往平乱，仅花11日便顺利镇压叛军。日本政府为安抚士族，尤其是反抗意识最强的萨摩士族，由大久保利通负责折冲。同年（清同治十三年）因琉球难民在台湾被原住民杀害，日方进行「台湾出兵」（中方称为牡丹社事件）。日本政府将西乡隆盛之弟西乡从道升为中将，并任命为「蕃地事务局都督」，领兵三千余名攻打台湾南部原住民部落。日本出兵台湾，遭到清朝抗议；然而两国并未宣战，皆图以外交手段解决，但谈判很快陷入僵局。日本政府任命大久保利通出任全权大臣，前往中国交涉。大久