城现址上构筑深志城。后来甲斐的武田氏攻入，小笠原一族没落，深志城被纳入武田氏的领地。1582年（天正十年）武田氏灭亡，小笠原贞庆投入德川家康麾下，重新领有此城并进行大整修，兴建了本丸、二之丸和三之丸等城郭，并改名为松本城。1590年（天正十八年），丰臣秀吉为了削减德川家康的势力，将德川家移封到关东，小笠原氏也跟着移封到下总古河。松本一地则改封给由德川家出奔到丰臣家的石川数正。石川数正、康长父子以松本城为松本藩的居城，兴建天守(最初的干小天守)、城郭和城下町，确立了松本城的规模。松本藩自石川家后历经六