合川马门溪龙的研究中建立了马门溪龙科。峨嵋龙科（Omeisauridae）于2002年被建立并包含峨嵋龙与马门溪龙两属。但这个分类很少被使用，近年也被弃用，因为根据国际动物命名法规的规定，马门溪龙科拥有优先权。至少有一个研究提出马门溪龙科其实是鲸龙科的一个分支，而将牠们归类为马门溪龙亚科（Mamenchisaurinae）。
分类.以下演化树显示马门溪龙科在蜥脚下目的大概位置，位于基础的真蜥脚类，是一个早期辐射演化的亚洲特有种分支，甚至可能具有与新蜥脚类平行、同等级的巨大规