大怒，以「破坏政令」的罪名将文乃尔和4名教徒凌迟处死。史称开州教案。之后法国向总理衙门抗议，英国、俄国表示支持，要求严惩田兴恕，赔偿谢罪，限期答复。恭亲王奕䜣认为事关国体，只同意赔偿不允许抵命，交涉四年后将其发配新疆。1865年由于开州教案被朝廷发配新疆充军，永不赦免。1870年左宗棠启奏朝廷，要求将田兴恕释放原籍，朝廷准奏。1877在家病逝，享年41岁。