7月，北伐开始后，黄锦辉成为中共广东区委的领导成员之一。1927年4月，国民党大肆捕杀中共党员，黄锦辉将军队系统内的共产党员撤出广州，转入地下活动。月底，黄锦辉赴武昌出席中国共产党第五次全国代表大会。同年10月15日，中共中央改组中共广东省委，黄锦辉、张太雷等36人被选为省委委员。中共中央南方局设立军事委员会，周恩来、张太雷、黄锦辉为委员。同年11月，黄锦辉被委派为广州军事特派员，与许继慎成立“士兵运动委员会”，由聂荣臻任主席，黄锦辉为委员。为反击国民党屠杀中共党员的政策，中共中央指示中共广东省委发动广