6月，蔡孝干率核心干部十人（朱子慧、李武昌、李妈兜、计梅真、洪幼樵、唐海光、孙古平、郭琇琮、陈添福、张志忠）飞往香港，与台盟及上海同乡会代表们一同参加「华东局」干部刘晓所主持的台湾工作干部会议，即「香港会议」。1949年当选第一届全国政协委员及中共华东军政委员会委员。会后上海局陈泽民随行派遣至台湾担任副书记及组织部长协助发展台南、高雄、屏东组织。
组织瓦解.1949年四六事件后蔡孝干妻子马惠玲返回中国大陆，1949年8月光明报事件爆发，从台大法学院、基隆市工委会，全台大搜捕从台北到