东碇岛旧属漳州府海澄县，中华民国将东碇改由金门县管理，裁撤海澄县建制。中华人民共和国于1960年8月将海澄与龙溪合併成「龙海县」；1993年又改制成「龙海市」；2021年又改制成「龙海区」。在中华人民共和国官方发行的地图等文件资料中，将东碇岛划归漳州市龙海区下。