06年生于今日西班牙北部纳瓦拉沙勿略堡的一个巴斯克望族家庭。1512年，西班牙人入侵纳瓦尔，当地很多家族的城堡包括沙勿略家，都在此时被摧毁，而他们的领地也从此失去。1515年，方济的父亲离世。1525年，19岁的沙勿略前往法国巴黎大学圣巴巴拉学院攻读哲学，五年后获硕士学位，开始担任讲师。在巴黎有一位比他年长十五岁的同乡依纳爵·罗耀拉和他共同租了房子住。这位同乡追求的是天主的光荣，他常给沙勿略说的一句《圣经》金句：「人纵然赚得了全世界，却赔上了自己的灵魂，为他有什么益处？」（玛窦十六:26）。经过依纳爵长