新校区高岗上修建新天文台。新中大天文台于1938年落成，正式取代旧天文台。但不久后广州沦陷，实际上新天文台直至1946年后才正式使用。中共建政后的1952年，中国高等院校院系调整，原国立中山大学天文学系全体师生、天文台全体员工以及天文仪器设备全部调整入南京大学，中大新旧天文台皆被弃用，新天文台所在地成为华南农业大学的一部分。1957年至今，中山大学天文台旧址由广东省科技图片社、广东科技报社等单位使用。1978年7月，中山大学天文台旧址和广东贡院明远楼一并成为广东省第一批省级文物保护单位，编号1-10。