4年12月，伍锦霖改任考试院秘书长，任期于1997年3月届满。2004年立法委员选举中，伍氏经党内协商后，代表国民党在家乡屏东出选，在该届选举屏东县选举区被裁撤一席至六席的情况下，伍锦霖成功与廖婉汝为国民党在屏东维持两席立委的成绩。虽然伍氏在2005年中国国民党主席选举中支持王金平，但在2005年8月，新任国民党主席马英九仍邀请伍锦霖担任国民党副秘书长一职，被认为是要借助在伍氏在南台湾的影响力，开拓国民党在南部的支持度。2008年总统选举中，伍锦霖负责主理中南部的选举组织工作。
马英