王佩德罗二世联姻，蒙彼利埃就此划入阿拉贡王国的版图，并成立了，拥有了较多的自治管理权力，城市发展达到顶峰。1349年，为保证其在伊比利亚半岛的统治地位，将位于比利牛斯山以北的蒙彼利埃卖给了法兰西王国，蒙彼利埃成为朗格多克行省的首府，该行省后改为，直至法国大革命。中世纪后期，蒙彼利埃多次遭受寒潮及黑死病疫情，造成了大量的人员伤亡；同时，受到宗教战争的影响，大批朗格多克地区的商人逃离，使得蒙彼利埃城市逐渐衰落。
近代.1598年，《南特敕令》承认了新教徒在蒙彼利埃的地位，雨格诺派逐