督府认为全台78个辨务署太多，且经费不足，计画裁併各县厅辨务署。民政局认为台东厅跟澎湖厅的行政事务较少，打算裁撤底下所有辨务署，连同其他县厅计画裁併者，计内定裁撤掉33署。但乃木希典上任台湾总督后，认为光是裁併辨务署不足以革新，计划将县厅底下的警察署、抚垦署併入辨务署，将一般行政、蕃地行政、警察行政一元化。日本政府于1898年6月20日公布并施行「勅令第108号」（6月18日制定）修改后的《台湾总督府地方官官制》，将台湾的县改回台北、台中、台南三县，但三县的具体辖区则由台湾总督府在6月28日以「府令第3