胜出者将会晋级第三圈。
第三圈.本圈有15支J2球队及一支日本足球联赛代表（栃木SC）加入。
第四圈.本圈将加入18支J1的球队加入角逐。为了迁就2008年亚洲联赛冠军盃决赛的赛期，原定11月2日举行大坂飞脚对甲府风林的赛事，将改于11月16日举行。另外，由于大分三神及清水心跳打入日本联赛盃决赛，其天皇盃赛程亦需更改至11月5日举行。
第五圈.由于要迁就2008年亚洲联赛冠军盃的赛程，大坂飞脚及磐田山叶之比赛将顺延至11月26日举