由郑成功部将陈六御接收其军队。永历十二年（1658年），张煌言与郑成功自厦门出兵北伐，克复乐清、宁海等地；后却于羊山海面遭遇台风袭击，两军损失船舰百余，士卒伤亡以千计，不得已撤军回到厦门。永历十三年（1659年），张煌言奉南明永历帝朱由榔命，以兵部尚书职，与郑成功会师北伐，张煌言部收复太平、宁国、池州、徽州等四府、三州、二十四县；另一方面，郑成功军队沿长江西上，克镇江、围南京，反清复明大业一时大好。后因郑成功中清军缓兵之计，兵败南京城，郑军乃退离长江出海南下；张煌言军队孤立无援，益遭清廷援军攻击，一