《旧金山纪事报》的鲍勃·葛拉汉（）给予该片好评，称赞其剧情「引人入胜」，并表示「大卫·杜考夫尼和吉莲·安德森饰演了一对令人同情的英雄」。《华盛顿邮报》的影评人麦可·欧萨利文评论该片「时髦、可怕又搞笑，但有些桥段显而易见地粗劣」，并称赞片中的特效。《中国时报》的林淑娟认为，该片的剧情主题「有头有尾，前后一致，一目了然」，但风格较为明亮，少了电视剧版的恐怖感。也有影评人给予该片差评。《洛杉矶时报》的影评人批评《X档案：征服未来》令人难以理解，且过度依赖电视剧的剧情。《》的莉莎·奥斯佩克特（）认为片中「只