十五年（1556年）登丙辰科进士，官历行人、御史。吏部尚书吴鹏攀附严嵩，耿定向上书奏揭发吴鹏的六条罪状。历任学政、大理寺右丞、右副都御史至户部尚书，总督仓场。嘉靖四十一年（1552年）主张建置黄安县。调南京，督理学政。隆庆初年（1567年）为大理寺右丞。高拱擅权，被贬为横州判官。后迁衡州府推官。万历年间任福建巡抚。官至户部尚书。晚年辞官回乡。去世后，朝廷追赠其太子少保，谥恭简。除此他还是明代着名的理学家。曾在天台山上筑天台书院，并与弟耿定理、耿定力一起讲学授徒，潜心学问，是活跃在阳明后学时期讲学舞台上的重要