防卫厅次长。就任之初的上村负责领导航空自卫队的参谋机构——（空幕），且是航空自卫队唯一一位不具旧日军背景的将领，其余皆曾为战前陆军或海军军官。在空幕长任内，他曾发表训示、指出航空自卫队在创队第一年度须优先培养飞行、整备等方面的教官人员，还为此派员接受美军训练、在开设飞行学校、和。上村健太郎领导航空自卫队至1956年7月2日为止，退役时的最终阶级为空将。
离队后生涯.上村健太郎结束航空幕僚长任期后离开自卫队，于1957年7月上任调拨厅长官，负责，1958年4月又进入首相府，任总务