协定继续有效。1995年6月，时任中华民国行政院院长连战应邀访问捷克，以及同年10月捷克支持中华民国重返联合国二事，导致中华人民共和国和捷克关系再度恶化，中华人民共和国随即暂停了中华人民共和国与捷克之间副部长级以上官员的来往。同年年底，时任捷克总理瓦茨拉夫·克劳斯公开表示支持一个中国原则，两国关系才回复正常。2018年11月，亲台倾向的兹德涅克·贺吉普担任布拉格市长，表态反对一个中国，中捷关系再次受到影响。中国开始取消与布拉格有关的艺术团体在华演出。2019年10月7日布拉格单方面终结与北京的友好城市关