物种遗区（），被空旷的森林及草原分隔着；有科学则认为雨林依然完整，只是北部、东部及南部没有伸延至如现时的这么远。这个争论实难以解决，原因是雨林研究工作实际上的限制，意味着数据取样可能与中央的亚马逊盘地出现偏差。以上两个的见解，都有合理的数据支持。全球气候模式预测未来因温室气体排放所造成的气候变化，显示在降雨量严重减少及温度上升的情况下，亚马逊雨林可能无法维持，导致盘地上的雨林于公元2100年前几乎完全消失。但是，不同的亚马逊盘地气候模型得出不同的降雨量估计结果，由轻微上升至严重下跌的结果都有。结果指示出