清真寺一直开办大学，讲授《古兰经》并培训阿訇。清真寺的经费来源主要有三种：马甸羊店每出售一只羊，清真寺收取买卖双方各一分钱；回民住户按月向清真寺交供给；清真寺出租土地百余亩。1958年，马甸清真寺停止宗教活动，改为工厂，阿訇们参加生产。文革中红卫兵破四旧，拆毁清真寺垂花门及大殿蓝色琉璃顶子，将瓷花大鱼缸、明代古玩、地毯、大铜香炉拉走。古柏也遭到砍伐。中共十一届三中全会后，中共中央、国务院两次发布专门文件，指示各级政府贯彻落实民族宗教政策。1980年，西村女寺被收回，成立回民服务所，又改建为三层楼房的