师被中央红军击溃。吴奇伟连夜一直逃到乌江口，过桥跑到乌江北岸后，命令士兵立刻砍断渡桥的缆绳，以阻断追来的红军，结果当时正在渡桥的国军士兵落入江中，还没有过河的士兵被红军追上，投降。抗日战争初他曾率领第四军参加淞沪会战。后升任第九集团军总司令，曾任万家岭战役前敌总指挥，对万家岭大捷做出了杰出贡献。1938年秋出任第四战区副司令长官，次年秋调任第六战区副司令长官兼长江上游江防总司令。抗战结束后出任湖南省政府主席。此后又任武汉行营副主任、华北剿匪总司令部副总司令、徐州绥靖公署副主任、广东绥靖公署副主任。