搜集之史料与要员也随之移管。但旧海军相关的资料整理部所属史料，则移交至史料调查会（会长‧富冈定俊原海军少将），并未统一由战史室管理‧保存。陆海军出身者对于史料保存与修史态度的冲突，在于初代战史室室长西浦进，战前历任陆军大臣秘书官、陆军省军事课长，是东条英机的心腹，当时内局与海军出身者间有不少批判意见。同时海军出身者对于由陆上幕僚监部与陆军出身者系统所推动的战史室设置，也有抵抗感。相较于陆军出身者很早就进行史料整理，以编纂战史为主要目的，海军出身者则因海军败战时曾大规模销毁史料，相关文献明显不足，主张以搜