尔羌汗国成为附属于准噶尔汗国的傀儡政权。策妄阿拉布坦继任准噶尔汗后，将天山以南置于准噶尔汗国的直接统治之下。1757年，清朝平定阿睦尔撒纳，灭准噶尔汗国。定北将军班第释放了被蒙古人囚禁在伊犁的阿帕克和卓曾孙波罗尼都和霍集占。不久二人发动叛乱，史称大小和卓之乱。1759年，清军进驻喀什噶尔，并在当地派驻了总理回疆事务参赞大臣，管理南疆八城（喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌、和阗、阿克苏、乌什、库车、喀喇沙尔）事务，光绪九年（1883年）设置喀什噶尔道，下辖有疏勒府、莎车府、英吉沙尔直隶厅、蒲犁分防厅、和阗直隶州