公司大多数于1947年合并，共同组成了大都会运输管理局（），简称MTA。1964年，马萨诸塞州联邦（）成立独立部门接管大都会运输管理局，并将服务范围扩大至整个都会区。马萨诸塞湾交通局于2009年正式成为的分支机构。马萨诸塞湾交通局和费城的宾夕法尼亚州东南地区交通局（SEPTA）是美国仅有的，同时运营全部5种主要地面公共交通工具的公共机构。分别运营有轻轨（和绿线）、高运量列车（波士顿地铁蓝线、橙线和红线）、区域铁路列车（波士顿通勤铁路）、无轨电车（）和公共汽车（）。2016年，该公共交通系统的工作日的平均