004年由花防部司令调任马防部司令。2006年，升任陆军六军团指挥官。2007年，因公私帐目不清，被军事检察官收押、起诉。检察官调查，认为程士瑜自2006年起要求行政官纪孟宽少校每月挪用15万元行政费给他使用，共贪污147余万元公款。另外查出，程士瑜外遇女性友人张维砡，部份公款花用在她身上。纪孟宽以污点证人身份提供证据，程士瑜否认犯罪。军事法院判决程士瑜有罪，处徒刑16年半、褫夺公权6年、须缴回147万给六军团。程士瑜上诉最高法院，被驳回，判决定谳。在洪仲丘案后，立法院修改《军事审判法》。2013年