加拿大读博士学位时，亦为在天安门被屠杀的学生痛哭流泪。2014年4月8日，中大校董会一致通过任命，沈祖尧将续约3年，至2018年6月30日完结。沈祖尧于2016年3月接受《大公报》专访时表示，当时任期内最难忘是2014年10月2日雨伞革命期间，与时任香港大学校长马斐森到金钟探望学生，强调当时最担心学生因冲突造成损伤。2017年沈祖尧决定辞任中文大学校长，结束7年中大校长生涯，亦代表香港三大大学校长均先后在该年辞职。2018年1月起校长一职由段崇智接任。
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