中彻底消失，中原高僧多不愿再附会于老庄。历代有许多高僧注疏《肇论》。南朝宋明帝时期，陆澄编有《法论目录》，着录《肇论》四篇，《不真空论》归于“法性集”、《涅槃无名论》归于“觉性集”、《般若无知论》归于“般若集”、《物不迁论》归于“物理集”。慧晈撰《高僧传》，介绍僧肇的生平，大量引用《涅槃无名论》。现存有晋朝惠达《肇论疏》2卷，唐朝元康《肇论疏》3卷，惠澄《肇论疏》3卷。宋朝净源有《肇论中吴集解》三卷及《肇论集解令模钞》二卷。元朝文才有《肇论新疏》三卷和《肇论新疏游刃》三卷。明朝憨山德清的《肇论略注》6卷