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FCE Ultra时期.FCE Ultra最初只能运行于DOS系统，直到0.18版才使用SVGA运行库作为静态链接可执行文件扩展到Linux系统。第一个Windows版本则是0.25。2000年11月12日，0.40版的源代码发布，在之后很长一段时间里，它的授权信息和FCE相同，直到2002年6月，0.80发布时将授权移至GNU下。FCE Ultra由Xodnizel开发，在0.98.12发布后，开发进程中断，官方网站停止更新，论坛也被关闭，只留下2004年8月发布的0.9