在昭通负责当地的宣教事宜。1905年，他应苗族一个分支大花苗的邀请，前往石门坎宣教。在石门坎期间，柏格理不但成功的使当地苗民皈依基督教，还在当地建立了一系列的医院、学校和其他公用设施。他与当地苗民从速记符号中（一说，从苗民传统服装的图案）获得灵感，为苗语创建了一套被称为“滇东北老苗文”的书写系统，时至今日，这套书写系统仍然被不少苗民使用。他还设法改良当地风俗，引入各种体育、文化活动，使得石门坎这个偏远苗寨一度成为中国西南部最为先进文明的地区之一。1915年，石门坎地区流行伤寒，柏格理在照顾病人时不幸