在来线月台位于地面，採岛式月台1面2线设计，上方是一座跨站式站房。新干线月台则位于站房正上方，月台採岛式月台2面4线设计，并在月台上安装了月台栅门。站房内设有绿色窗口、换乘通道、自动售票机、自动闸机等设施，但只有新干线闸机可使用JR东日本的智能卡Suica。
历史.新青森站在规划阶段已是新干线与在来线的换乘站。一般新干线换乘站是与新干线同时启用，但由于东北新干线盛冈以北路段兴建进度缓慢，引起本站附近居民的不满，故国铁决定先设置在来线站区来缓解不满。