宋军进入湟水流域，占据青唐城，建立鄯州。1104年北宋改鄯州为西宁州，隶属于陇西都护府，“西宁”这一名称一直沿用到今天。1129年，被金朝佔领。1136年，被西夏佔领。1227年，元太祖成吉思汗率蒙古军队入侵西夏，南渡黄河攻占西宁州，西宁并入元朝统治。
明时期.1373年（明洪武六年）西宁州改为西宁卫，属陕西行都司管辖，下辖6个千户所，即：西宁千户所（治今西宁）、镇海千户所（治今湟中县通海镇）、北川千户所（治所在今大通县老城关）、南川千户所（治湟中县申中）、古鄯千户所（