LUA制作者设定了很多选项，包括星球光线、背景、星体在游戏中的位置等。
自制游戏模组.得益于“游戏主程序+游戏规则设定及资料储存文件”的设计，以及SCAR和LUA的协助，《万舰齐发2》的高级玩家能较容易地进行二次开发。而类似Mod DB这样的网站和游戏本身的粉丝站，大大推动了《万舰齐发2》的游戏模组开发。以下是其中几个较为完整的MOD。
Star Wars: Warlords.以《星球大战》为模仿对象的MOD
Gundam UC M