院共五个书院，均以复旦历史上德高望重的老校长的名或字命名。新生入学后被随机分入五大书院，接受通识教育。此举被认为是借鉴了国外着名大学“住宿学院”模式和导师制度，开中国大陆大学之先河。
志德书院.志德书院系纪念复旦创始人马相伯，以绿色为标志性颜色，2005年成立。书院院训为“养正立志，果行育德”，楹联为“志于道据于德依于仁，而后游于艺；修其身齐其家治其国，必先正其心”，取自南昌友教书院对联。志德书院位于邯郸校区东区学生公寓和江湾校区。自2012年起，志德书院成为全校人文社科类学生最集