被迫放弃京都，以男山为立足点。5月为足利义诠所败，逃往河内东条，6月回到贺名生。室町幕府与南朝朝廷反目，足利义诠于8月17日拥弥仁亲王（后光严天皇）在京都践祚，复辟了北朝朝廷。1354年，后村上天皇移驾河内天野，以金刚寺为行宫。次年正月，足利直义的养子足利直冬再次投奔南朝，天皇试图再次夺回京都，但被足利尊氏、足利义诠击败。1359年（正平14年/延文4年）阴历12月，后村上天皇移驾观心寺（今大坂府河内长野市），翌年9月北上住吉。1361年，在室町幕府争权中失势的执事细川清氏投降南朝，后村上天皇让他同楠木