冰川溶水是几条大河的源头。昆仑山几乎完全不受印度洋和太平洋季风的影响。相反，其却处于大陆气团的持续影响之下，引起年气温和日气温的巨大波动。山系中段最干燥，而西部和东部的气候稍微缓和。年降水量在山麓不足50毫米，在高海拔区约为102～127毫米，在帕米尔高原附近，年降水量增加到457毫米。在山北麓与塔里木盆地交界处，7月平均气温是25～28℃，在1月不低于-9℃；然而在山南麓的西藏阿里，7月平均温度低于10℃，在冬季则常降至-35℃或更低。
生态资源.崑崙山区有100多种高等植物