除了认定是萨拉·邱吉尔在安妮身旁挑拨离间，破坏她们姊妹的感情；更对邱吉尔的野心和背叛故主的不良纪录感到不悦。当威廉在1690年6月赶赴爱尔兰去和岳父詹姆斯二世大战时，邱吉尔被任命为英国所有部队和民兵的指挥官，并担任九人理事会的其中一员，辅佐玛丽女王统治英格兰；在玛丽写给威廉的信中，她毫不掩饰自己对邱吉尔的厌恶：“我很难信任他（邱吉尔），更无法尊重他”。事实上包含邱吉尔和安妮等英国政要在内，当时一直与被废的詹姆斯二世联系，请求詹姆斯二世原谅他们在光荣革命的背叛行为，并为前景难测的未来政局预作退路。威廉三世