受到龙造寺氏的压迫。第13代当主晴信成为了天主教大名而在城下建设（葡萄牙语:神学院，此为日本的历史用语），反过来破坏寺院和神社作为城的建筑木材。前面所说的发掘调查出的遗迹是晴信时代的东西。江户时代初期晴信领有4万石，日野江城成为了岛原藩的藩厅。可是，庆长17年（1612年）晴信因为冈本大八事件遭连坐罪在甲斐国切腹自杀。后嗣的嫡子直纯在庆长19年（1614年）被移封到日向国延冈城，有马氏告别了这座约400年的城。有马氏离开后直到元和2年（1616年）松仓重政入城前为止的时间里该城成为了幕府直辖领地。在