易冲突外，荷日双方亦曾在台湾争夺司法管辖权。日方侨领曾宣称拥有日本天皇授予对日本人之司法管辖权，因而与荷兰当局发生冲突。荷方认为此举侵犯其对福尔摩沙的主权，然常因避免荷日关系恶化最后予以部分退让。
原住民.当时原住民部落，除了大肚王国及瑯峤、玛家等排湾族部落以外，社内少有绝对的统治者。原住民系以个别村社为政治实体，而有一群约定成俗的长老，或是精于作战、狩猎的人物，作为村社对外交涉的代表。荷兰人统治台湾后，借由地方会议来挑选受其征服的各社首长，候选人来自社内长老，首长职权除执行当