成新潟县内4列新干线列车受到损害，由于停电等各种原因而卡在轨道上动弹不得。其中，由东京出发，开往新潟的朱鹭325号200系列车当时正以时速200公里的速度，行驶至长冈车站前5公里之处，因地震的影响，10节车厢中有8节出轨，这也是自1964年10月1日东海道新干线正式营业以来，第一次发生新干线列车出轨的意外。这次的地震也造成了越后汤泽至长冈之间的隧道、路线设备等的损坏，因此越后汤泽至新潟之间无法运转。地震发生之后随即进行了强度修补工程，包括隧道、高架等桥樑等，最后全线于2004年12月28日恢复通车，但是