陆续参与废死联盟、冤狱平反协会，曾经担任过郑性泽、刘炎国、沈鸿霖等死刑犯之辩护律师，但邱显智同时也是财团法人犯罪被害人保护协会台湾台中分会的义务律师，面对社会上对死刑存废的争议，邱显智认为「犯罪被害人保护」与「废除死刑」被错误地对立起来，但其实两者都是人权运动的一环，精神应是一致的，律师的职责不在于探究真相，而在于阻止国家刑罚权的过度扩张。
参与洪仲丘案委任律师团，推动军法改革.2003年邱显智在台南监狱服军法预官，并在此时期接触对他日后参与冤狱救援、军法改革有重大影响的「王瑞丰案」