秘密发展核武，被陈水扁、行政院院长张俊雄与国防部部长李天羽否认，还被陈水扁批评「危言耸听」、不顾国家安全与国家利益；但质询结束后，美国在台协会台北办事处曾派人来与他深谈，陈水扁秘密发展核武的讯息「现在看来，应确有其事」。2010年9月10日，立法委员邱毅说，「陈水扁有秘密要去发展核武，这是事实」，他也曾经从美国智库听到这样的消息，而苏起的消息来源就是美国，「美国的情治单位早就掌握了陈水扁想要发展核武，因为：台湾想要发展核武，就必须依赖美国的技术援助」。