时代末期的源平和战中，源义仲（木曾义仲）在倶利伽罗峠之战中战胜平家军队，之后又在篠原之战中乘胜追击，攻入京都。
鎌仓至战国时代.在鎌仓时代，幕府新设守护一职来管理令制国军政事务。比企朝宗和北条朝时先后担任加贺国和能登国的守护。室町时代之后，加贺国由斯波氏、冨樫氏控制，能登国由、畠山氏控制。应仁之乱时期，浄土真宗开始在加贺国普及。农民发动的加贺一向一揆颠覆了守护富樫政亲的统治，加贺国因此脱离武士支配长达约百年。本愿寺在金泽的台地上兴建尾山御坊，并以此为支配据点。和本愿寺敌对的织田信长