与谢聪敏和魏廷朝于1964年共同起草着名的「台湾自救运动宣言」，也因此宣言而被国民党政府判刑八年，并于1970年在重重特务的监视下神奇逃离台湾、抵达瑞典，在海外流亡了二十余年。1992年台湾民主化后返台。由于彭明敏在台独运动中的代表性地位，他代表民主进步党参选1996年中华民国总统选举，很多人称他为「台独教父」。2019年1月3日，在中共中央总书记习近平发佈「习五条」后，彭明敏连同三位绿营独派大老（前总统府资政吴澧培、前中研院院长李远哲、长老教会牧师高俊明），于自由时报刊载「致蔡总统的公开信－敬请不