苏联支持的国共两党和陈炯明的粤军仍然各自据守己方的阵地。其中粤军以惠州为大本营。至3 月下旬，为了保存实力，粤军林虎部退入赣南，叶举、洪兆麟部退入闽南，杨坤如则独守惠州孤城。5月21日，见粤军主力已退出广东，许崇智、蒋中正便率兵返回广州。这时，杨希闵、刘震寰二人已在策动兵变。6月3日，兵变爆发。15日，兵变军全数被歼，政变告终。同日，国民党中执委决定将大元帅府改组为“国民政府”、将麾下各军编为“国民革命军”。在此期间，退入赣、闽的粤军补充饷械，逐渐恢复了元气。他们趁此机会重新入粤，收复了梅州、潮州、惠州