1949年，中华民国政府迁台后，两国继续维持邦交。1950年11月30日，厄瓜多在联合国安全理事会上否决中共代表伍修权等提出之「美国侵略台湾案」。1957年1月15日，升格为大使级外交关系。7月，公使馆升格为中华民国驻厄瓜多共和国大使馆，并派驻大使。1971年10月25日，厄瓜多投票支持中华人民共和国取代中华民国的「中国席位」，即《联合国大会2758号决议》。11月17日，厄瓜多与中华民国断交（12日先行关闭大使馆）。2019年5月14日，14名厄瓜多国会议员致函世界卫生组织（WHO）唿吁