在罗马之劫战死后，波旁公国併入王室领地。1483年父亲死前，遗言让她摄政辅佐13岁的弟弟查理，安妮于是和丈夫彼得一同摄政，但她自己的决策高于丈夫。她首先对亲王和大领主们做了一些让步，接着除掉了几个她父亲最厌恶的官员。其中，曾当过宰相的奥利维·勒丹在蒙福孔的绞刑架上被吊死。路易十一次女让娜的丈夫、奥尔良公爵路易想要分享王国的大权，便与布列塔尼公爵联合叛乱了几次，可每次都被安妮公主镇压下去，其中有一次，安妮公主大怒之下，把妹婿奥尔良公爵关进铁笼子里，供人参观。当奥尔良公爵第一次叛乱时，安妮公主在1484