66年（庆应2年）第二次长州征伐时，担任长州藩军龟山队的大队长，参加芸州口之战。1868年（庆应4年）戊辰战争，佐久间左马太转战于棚仓、二本松、会津，明治政府成立后成为陆军军人，1872年（明治5年）升任陆军大尉，被任命为西海镇台付。1874年（明治7年）2月佐贺之乱平定后，转任熊本镇台参谋长，并参与牡丹社事件，出兵台湾。因事件中强袭石门部落，使牡丹社头目Aruqu父子等多名台湾原住民战死，被称为「鬼佐久间」。1877年（明治10年）担任步兵第6连队长，加入西南战争。1881年（明治14年）2月