中的一些工作思路，提倡理工合校，重视基础学科，在清华大学内引发三个月的大讨论，并最终在反右中被划为右派分子，批判为反动学术权威、万能科学家，停止一切工作。连钱学森都被迫和他划清界限，表态说钱伟长是“最恶劣和狠毒的政治野心家”。
劳动改造.被划为右派之后，钱伟长被强制“劳动改造”，先做实验室助理，扫地劳动一年，其子女被禁止上大学。后被下放至农村，但其间他仍坚持进行科学研究。红卫兵阻挠其进行研究，他就趁晚上把窗户堵上，彻夜苦读。1964年他曾独立推得广义变分理论，投递给《力学学报》