征时在十字军的帮助下由收复，科穆宁王朝的约安尼斯二世重新在此处设立了色雷斯西亚军区，但是规模被缩减，由在帕夫拉戈尼亚的驻防长官掌管。军区南部的旧地变成了新设立的，在第四次十字军后拜占庭的残余尼西亚帝国再次重建军区，而这次重建后的军区囊括了士麦那督军区和爱琴海沿岸阿尼亚地区，皮尔吉翁的绰拉地区和卡斯特罗斯（今土耳其小门德雷斯）河谷的卡洛伊地区，同时在这段时间这个军区还下属一个叫做的军区。瓦西里·科里索马利斯是1204年后的第一位已知的色雷斯西亚长官，1233-1260年之间的长官们也有史料可证。色雷斯西亚