沈应奎则招安各地，并询问李嘉棠民变缘由。而李嘉棠为借机报复鹿港士绅不协助丈量工作，便趁机怪罪当地士绅协助起事，要求沈应奎派军攻毁鹿港，但沈应奎并未同意，并派人前往鹿港打听民变原因，结果却得到不利于李嘉棠的说辞，于是李嘉棠对鹿港居民更是不满。李嘉棠见沈应奎不理，遂要求吴宏洛出兵攻打鹿港，吴宏洛也听从并准备派兵开战，但在吴德功、吴本杰大力奔走，并发电报请刘铭传节制吴宏洛之下，才阻止战事爆发，而吴宏洛则被交由沈应奎管理。不久吴宏洛等各军撤回台北，李嘉棠之职由朱公纯接任，事件宣告结束。