年芝加哥大学设立孔子学院时，该校174名教授联名反对，理由是担心大学的学术自由会受到有中国政府背景的孔子学院影响。组织这项连署行动的芝大宗教历史教授林肯（Bruce Lincoln）认为中国政府要推广其文化应另外成立自己的机构，孔子学院这种模式可能会使以色列、沙乌地阿拉伯等国效仿。2013年11月，芝加哥大学教授马歇尔·萨林斯在《》杂志发表文章，指出孔子学院以政治敏感为由干预学术的几个例子：如2009年北卡罗来纳州立大学因孔子学院反对而取消达赖喇嘛的访问；2013年雪梨大学因孔子学院反对而一度考虑取消达赖喇