庄战火所及，残破不堪，凤山县县治迁至凤山县新城（今高雄市凤山区）。嘉庆五年（1800年），知县吴兆麟于新城凤仪书院旁另建新庙，即本庙，并在庙内立一座「忠节流芳」石碑，以表彰林爽文事件时期殉难的县令汤大奎、汤荀业父子与典史史谦。旧的城隍庙因位于凤山县旧城，遂更名为旧城城隍庙。咸丰五年（西元1855年），贡生吴春华倡修。咸丰九年（西元1859年）装修，知县马庆钊捐献银钱，造戏台，两修均以勒石为记。台湾日治时期之初，凤山城隍庙一度被总督府征用，改作陆军病院。明治四十一年（西元1908年）凤山厅参事