后，282年（太康三年）改建业为建邺，313年（建兴元年）又改建康。西晋灭吴后仅三十六年，就亡于永嘉之乱与五胡乱华。317年，琅琊王司马睿在建康建立东晋，北方人口纷纷南迁。在此后270多年的南北大分裂时期，建康成为华夏的正朔所在。420年东晋灭亡后，宋、齐、梁、陈四朝相继在建康建都，与东吴、东晋合称六朝。六朝时的建康相当繁盛，据说梁武帝时城中户口达到28万户，是南京历史上的第一个高峰。548年（太清二年）侯景之乱爆发，建康遭到沉重的打击，陈朝建立后建康重新恢复。589年，隋军灭陈后将建康城全部平毁为农田