本站和人吉站之间的特急列车「熊川」于2016年3月26日时间表改正后废止；同时特急列车「九州横断特急」改爲仅在丰肥本线和日丰本线内行驶，因而没有任何特急列车行走熊本站和人吉站之间。直到「翡翠 山翡翠」开始运行，以及在熊本站和人吉站之间行驶的快速列车「伊三郎、新平」升格为特急列车，相隔约一年才恢复特急列车的行驶。
运行概况.熊本站－人吉站之间每日运行2个来回的定期班次（3－6号），另加繁忙期行驶的一对来回临时班次（1、2号）。在熊本－人吉间，每日另外有特急「伊三郎、新平」一对往返班次