若望保禄二世会晤过智利的皮诺切特一类独裁者，事实上教宗曾敦促皮诺切特恢复民主制度，还曾被皮诺切特的随从人员设计与皮诺切特合影。据称，他曾为Pío Laghi枢机作保，有批评指出后者支持了阿根廷的“污秽战争”。若望保禄招致批评的举动还包括他对自治社团主业会的支持，以及对该组织创始人施礼华的封圣。若望保禄则将它视作在更大范围内对教会立会之本的回归当中的一部分，若望保禄对其他一些人物的封圣或加封的真福品也遭到了批评，因为其中有一些曾经支持法西斯政党。教宗的支持者则回应说，这些指责皆无凭无据，皆为他们的政敌捏造