政府下设政务院，“掌理诸般行政”，政务院实行政务院长负责制。政务院下设总务部、财政部、保安部，各部均下设若干处。总务部下设总务处、法制处、建设处、内务处、教育处、外交处；财政部下设会计处、税务处；保安部下设警务处、司法处。政务院下辖的地方行政机关有：乌兰察布盟、伊克昭盟、察哈尔盟、巴彦塔拉盟（后来设立）、锡林郭勒盟等5个盟公署，以及厚和豪特市、包头市2个市公署。除了政务院以外，还有蒙古军总司令部、参议会与政务院地位平行。此外还设有秘书处、司法局等机构。同时，蒙古联盟自治政府还设有日本人组成的顾问部，实际掌控