战初期，国军猝不及防，随着战事继续，逐渐恢复战力；维持金门补给线，于9月26日首次利用八吋榴炮反击。砲战期间，双方海军舰艇和空军也多次战斗。10月初，解放军宣布放弃封锁，改为“单打双不打（逢单日砲击，双日不砲击）”，逐渐减少攻势。至此，中华民国成功守卫金马地区。中华人民共和国维持单打双不打，直到1979年1月1日和美国建交才正式宣布停止砲击。金门砲战是国共双方陆海空军至今最后一次大型军事冲突，期间双方的军事冲突局限于海上，并逐渐停止。
背景.1949年爆发古宁头战役，新成立的中