民政府代表团同以阿合买提江·哈斯木为首的三区临时革命政府代表团在迪化市和平谈判，签订和平条款。该时期，三区革命对司马益·牙生诺夫产生很大影响。1946年，六道湾苗圃改为农林试验站，司马益·牙生诺夫任站长。1947年7月，司马益·牙生诺夫到伊犁，参加三区革命工作，在伊犁学堂（今伊犁中等专业技术学校）任教。后来，该校领导赛福鼎·艾则孜传达了三区革命领导人阿合买提江·哈斯木的指示，将学堂改成“新疆中级专家培训学院”。司马益·牙生诺夫出任该校高级班教务主任。任内，他曾向来校视察的阿合买提江·哈斯木提出改善办学条