1555年5月1日，托马斯·怀特爵士（后来任伦敦市市长）获得皇家特许，在牛津大学内建立起了一个教育学生的慈善机构。最初圣约翰学院的建筑位于牛津圣吉尔斯西部，位于贝利奥尔学院和三一学院以北。同时其规模也不大，并没有什么捐款。伊莉莎白一世即位之后教授修辞学和辩证法等一些内容，不直接教授神学，但是其教育目的却是培养神职人员。