片秘密贸易相关，王伯群遭到弹劾，被迫辞去交通部长职务。此后，他历任川滇黔视察专员、行政院驻平政务整理委员会委员。抗日战争爆发后，王伯群将大夏大学及复旦大学迁往内地。王伯群帮助教育部进行迁移活动，两大学组成的第一联合大学在江西省庐山（后迁往重庆）、第二联合大学设在贵阳。同年12月，王伯群任后者的校长，此后第一联合大学被指定为复旦大学，第二联合大学被指定为大夏大学。王伯群在战争期间专心提高学生的教育水平。1944年（民国33年）12月20日，王伯群在重庆的江北陆军医院因胃溃疡而逝世。享年60岁（满59歳）。