克苏、喀喇沙尔.五月初七，库车以东的玉古尔（今轮台县）被暴动者攻陷。初九日至十四日，阿克苏所属的赛喇木、拜城，喀喇沙尔及其属城库陇勒（今库尔勒市）也爆发民变，喀喇沙尔办事大臣依奇哩死难。阿克苏办事大臣富苏哩驰书伊犁求援，未几阿克苏城陷，富苏哩举家自焚。回部东四城陷落后，为库车的热西丁所控制。
乌鲁木齐.早在同治元年（1862年），甘肃河州（今临夏回族自治州）阿訇妥得璘（一名妥明）潜逃出关，来到乌鲁木齐，寄居于乌鲁木齐绿营署理中营提标参将索焕章家中。索焕章师事之，一同谋划起事。