议下没有带伤参赛。8月，美网，赛前于纽约饭店休息时遭跳蚤咬伤，险些造成蜂窝性组织炎，身体状况大受影响，在会外赛首轮遭到淘汰。11月，伤后的卢彦勋回到挑战赛后，连续四站进入四强（Rimouski、釜山、卡隆卓、Kawana）在卡隆卓击败澳洲球员彼得·卢扎克，夺得暌违18个月之久的单打冠军，经过四站巡回赛的好表现后，卢彦勋的年终排名是89。杜哈亚运，他为台湾争取到两面铜牌（男子团体赛事与混双赛事）。
2007年.1月，卢彦勋在前一年冬天与莱纳·舒特勒、扬科·蒂普萨雷维奇在杜