，消除和自身抗原反应的T细胞，可以降低自体免疫的威胁。再者，AIRE被发现会在次级淋巴组织中一群间质细胞中表现，然而这些细胞表现出的TRAs和mTECs所表现出的不同。。基因改造鼠相关的研究指出AIRE借由在胸腺内启动多样的自身抗原（例如：胰岛素）的转录而作用。这个表现允许成熟中的胸腺细胞对周边器官展现耐受性，进而抑制自体免疫疾病。AIRE基因亦会在很多其他组织中表现。AIRE也会在老鼠中的33D1+的树突细胞及人类树突细胞。
病理.AIRE基因突变发生于一种罕见的自体免疫