二年正月十八日（1574年2月9日）薨，享年五十三岁，在位三十七年。万历四年四月初九日（1576年5月7日），获谥恭定。同年，其嫡长子朱怀填受命管理府事。
墓葬.万历四年十二月二十七日（1577年1月15日），朱惟葬于西安府咸宁县鲍陂里凤栖之原。2015年9月－10月，在西安地铁4号线航天城车辆段项目基础建设中，西安市文物保护考古研究院发掘了朱惟夫妇的合葬墓，出土文物50余件。