996年由于尖东海旁进行工程，移师沙田城门河举行。2000年香港旅游协会退出主办香港国际龙舟邀请赛，由中国香港龙舟总会独力主办。2002年为庆祝香港特别行政区成立五周年，龙舟邀请赛被列为庆祝活动之一，首次于中环／湾仔海旁举行。2003年香港受沙士侵袭而停办一届。2004年再假沙田城门河举行香港国际龙舟邀请赛，由于经费不足，导致需要延迟举行，其后得有心人支持，最后仍可延期一个月续办。但因时间紧迫而未能邀请美、加队伍参赛，全靠中国内地的强队包括天津、上海、广州、番禺、南海、荆州等和菲律宾的队伍参