当海军上将海因里希亲王登舰升起自己的旗帜时，德国号正式取代威廉二世皇帝号成为现役作战舰队的旗舰。其首任舰长是海军上校威廉·贝克尔，但他仅在舰上服役了一个月，并于9月由海军上校所接替。舰只被战术部署至，以取代旧战列舰魏森堡号，但作为舰队旗舰，它并不隶属于分舰队指挥官。海因里希亲王是新上任的舰队总司令，他着手训练舰队，尤其强调精准的火炮和部队的机动性。1906年12月，德国号参加了在北海的训练演习，然后返回基尔。1907年2月16日，舰队更名为公海舰队。随后于1907年初在北海的演习中，舰队巡航至丹麦斯卡恩，