党、共青团组织瘫痪，工作组进驻学校。同年8月，三中成立红卫兵组织，学生投入破四旧之运动，不少老师被抄家，一些教师与校领导被关入牛棚。1967年一月风暴后，校内武斗。次年工宣队进驻福州三中，成立校革命委员会，1969年，首批学生赴闽北插队落户。此后，乃复课闹革命，举办学习班，“清理阶级队伍”。文革结束后，学校才恢复正常运转。至1986年，该校班级数达40个，学生近二千，教职工逾二百，1949年以来的毕业生达1.5万。此时期三中高考成绩亦在全省前列。1994年，福州三中被评为福建省一级达标中学。2003