系并入皖南大学。调整后的皖南大学设有数学、物理、化学、生物、外语、体育六系，学制四年；另设化学、生物、体育三个专修科，学制二年。1960年至1969年，共毕业学生6400余人。1966年6月5日，学校停课，发动群众大鸣大放张贴大字报，学校社会主义文化大革命运动开始。8月23日，千余名学生上街进行破四旧宣传活动，物理系部分学生砸毁了天主教堂上的教会人像，并换掉了若干商店字号。8月25日，学校成立文化革命筹备委员会。8月26日，中共皖南大学党委书记陈韧被停职反省，后被学生戴上纸帽，手提铜锣游校。10月17日