16日8时45分遭清拆，由趸船把钟楼上半部份移走。钟楼遗骸亦在一遍保留声中被政府当作建筑废料被打碎并弃置于屯门堆填区。土木工程拓展署港岛及离岛拓展处处长马利德称，钟楼残骸已运往「填料区」作填海之用。他指钟楼拆卸后有多个破孔，结构危险，无法复原。房屋及规划地政局常秘刘吴惠兰更唿吁保育人士「唔好再有任何遐想，呢个系残酷事实」。其言论引起环保团体及保育人士强烈不满。而其机件则在之前的12月12日送去了香港历史博物馆。12月18日，大钟的制造商 派专家来港检视从天星码头卸下来的机械钟机件，提出参考维修方案。S