藏区被分为乌思藏都指挥使司、朵甘行都指挥使司和俄力思军民元帅府三个机构管理，但只是名义上的羁縻机构，明朝没有统治该地域的实际权力。1637年，蒙古和硕特首领受五世达赖喇嘛的邀请，出兵西藏，佔领拉萨。后来平定藏区各地的势力，又佔据了安多和康区，建立和硕特汗国。满清的统治者一向把西藏当作化外的番人。1720年，满清侵略准噶尔，康熙帝以救援为名目招诱理塘、巴塘的土司「内附」。雍正帝在位期间，曾向康区派遣地方官员并册封当地土司，遭到当地土司的拒绝和反抗，以及固始汗一族的抗议。1716年，准噶尔可汗策妄阿拉布