之后，忽必烈后裔、阿里不哥后裔、窝阔台后裔相互争夺汗位。蒙古东路诸王和河西西域诸王先后归顺明朝，明朝册封为朵颜三卫和关西八卫。蒙古西部的卫拉特（瓦剌）势力崛起，明朝史料于是称蒙古分为鞑靼、瓦剌、兀良哈三部，即蒙古本部、卫拉特、朵颜三卫三大势力。之后，瓦剌也先控制了蒙古本部，自称大汗，但旋即败亡。达延汗统一了蒙古本部，将领地分给儿子们为察哈尔、兀良哈、喀尔喀、鄂尔多斯、土默特、永谢布六万户。达延汗死后，很多领主不尊奉察哈尔大汗的号令。直至17世纪清朝统一了漠南蒙古、漠北蒙古。