与哈特曼的影响，归国后，将留学期间与一位德国女子之间的悲恋故事，写成了处女作小说《舞姬》，《舞姬》中女主角艾莉丝于森鸥外归国后，曾迢迢追至日本，但森鸥外避不见面，最后受森家一族的劝导，才伤心地回国。于1893年7月7日 - 1899年6月8日任职陆军军医学校校长。
医学事故.森鸥外坚信脚气病源细菌说，大肆抨击食物说，拒陆军採纳米麦混食，斥责海军的洋食实验为毫无科学根据的鲁莽举动，甚至严厉指控主导海军伙食改革的高木兼宽。1894年 不少陆军军医目睹海军实施伙食改