由于林正亨是雾峰林家人其父为党国元老，由时任行政院长的陈诚亲自审讯，陈诚要求林正亨悔过以减轻罪刑。因1949年5月惩治叛乱条例立院三读通过后，成为叛乱罪的法源依据，林正亨拒绝在悔过书上签字遭判处死刑。1950年1月30日，林正亨与傅世明被枪决于台北市马场町刑场，赴刑场时高唿口号，慷慨赴义，年仅35岁，是惩治叛乱条例实施后第二批遭处决政治犯，第一位涉犯惩治叛乱条例遭枪决的台湾人。遗骨由妻子收于台中宝觉禅寺，2015年5月20日移灵至六张犁纳骨塔。1983年中华人民共和国颁发《革命烈士证明书》追认林正亨为革