分子量肝素（包括依诺肝素、达肝素钠与钖扎肝素钠）对于预防深静脉血栓与肺栓塞都很有效，但目前的研究并未发现任何一种效果特别好。
副作用.最严重的副作用是肝素诱发的血小板减少症（HIT）。肝素诱发的血小板减少症是一种免疫反应，造成血小板成为免疫反应攻击的目标，导致血小板分解、血小板减少。通常停用后症状会消失，而且可借由使用合成肝素来避免其发生。除此之外，一开始使用肝素时也会出现轻微的血小板减少症，不过不需要停用。另外两个与出血无关的副作用是：有八成的患者在使用肝素后会出现血清转胺酶