午谷入，直逼西安。传庭料之，在子午谷的黑水峪以逸待劳，激战四天后，高迎祥溃败，后被俘，送往北京处死，而其外甥李自成继任闯王。崇祯十一年（1638年）李自成在潼关南原被洪承畴与孙传庭设伏击溃，带着残部十七人往陕西商洛山逃亡。明军情势大好，然而清军在此时攻入长城，崇祯帝急调洪承畴与孙传庭回京防御，李自成大难不死。孙传庭与农民军鏖战多年，屡建战功，卢象升战死后，孙传庭代任其职，但因与杨嗣昌等人不和，颇受抑制。崇祯十二年（1639年），杨嗣昌弹劾孙传庭假装生病请求卸任，崇祯帝怒，把孙传庭囚狱。崇祯十三年（1