一直存有歧见与冲突，部分问题在中华人民共和国建立后被人民解放军以武力方式解决。1947年，《中华民国宪法》颁布实施，国民革命军改名为中华民国国军，象征军队国家化，不再受中国国民党把持，成为完全效忠国家的武装力量。抗日战争后不久，第二次国共内战即爆发，中华民国国军在三大战役和渡江战役中失利。
政府迁台后.第二次国共内战失利后，中华民国国军除少数进入东南亚的部队(泰北孤军和富台部队)，其余主力部队护送政府人员和部分黄金、国宝辗转迁台，后于古宁头战役守住阵脚达成台澎金马与中国大陆的分治。