商讨革命机要，包括陈其美、于右任、李征五等革命元勋。陈其美联合应桂馨的青帮势力反清革命，借此打开长江中下游特别是上海的革命局面。应桂馨也是同盟会元老之一。上海光复后，陈其美任沪军都督府都督，应桂馨随即受重用，被委任为沪军都督府谍报科科长，掌握机要。孙中山自海外归国至上海,，应桂馨也负责接待和保卫。孙中山自上海赴南京，保卫工作亦由应桂馨负责。孙中山就任中华民国临时大总统，应桂馨被命为总统卫队司令，后改调任南京总统府庶务科长。
宋教仁遇刺案.1913年3月20日民国第一届国会召开前