中长期受属灵熏陶的基督徒在这期间自有其独特的痛苦经历。 通过控诉运动，「三自革新运动委员会」得以控制全国大部分教会，首先是那些原来与海外教会联系密切的各大公会。而认为自己原本就“自治、自养、自传”的耶稣家庭、真耶稣教会、地方教会（基督徒聚会处）以及王明道负责的北京史家胡同基督徒会堂后来面临更强大的压力，在主要负责人敬奠瀛、魏以撒、倪柝声、王明道被捕后，有些加入三自，有些转入地下状态。中共当局的政策引起了相当部分立场保守的信徒的抵制。同时，为中共政权进一步消灭独立的宗教组织奠定了基础。