.诊断主要根据病历纪录理学检查以及摄影图像（例如X光）但感染症最主要的诊断工具还是微生物培养，在培养基中提供适当物质，并置入患者检体样本培养，常用来诊断葡萄球菌或链球菌的细菌性感染。部分病媒无法被人工培养，尤其是多数病毒和钩端螺旋体。过去已发展出利用血清学标记物检查患者，甚至包括运用抗体作为检查方式之一。更新的技术可直接使用血液或分泌物中所含病毒或病原相关蛋白质等．作聚合酶连锁反应，不仅检验速度快，准确率亦大幅提升。
鑑别病原.过去根据柯霍氏法则的验证程序，可以大致确认疾病的病原