置米仓库、盐仓库、火药仓库等番所以维持本地的军事机能，使得原本的高冈城下町区域得以持续发展。19世纪末明治维新实施废藩置县后，最初属于金泽县，在1871年的第一次府县整併后，位于射水郡的区域被划入新设立的七尾县，位于砺波郡的区域则被划入也是新设立的新川县；不过在1876年的第二次府县整併中，七尾县和新川县又被併入由原金泽县更名而成的石川县，直到1883年才隶属新设立的富山县。1889年日本开始实施市制，高冈成为当时全日本第一批设立的「市」级行政区划之一，成为高冈市。最初的高冈市的辖区为过去高冈城下町