动漫作品中，亦时常出现一些佛教中的神魔、阿修罗和一些哲学概念。此外，日本的神道教的万物有灵信念也与印度教相似，而有别与世界其他地区的一神教崇拜。古印度的梵语曾被移民至印度的中国祭祀所使用，古老的悉昙文字仍在日本保存有资料，尽管它在印度已然灭绝。日本寺庙的牌坊式大门亦被认为与印度古代的寺庙建筑有关。16世纪起，日本开始与葡萄牙的印度殖民地联系。日本人以为葡萄牙人来自印度，而基督教乃是一种新的印度宗教。在1596年德川幕府反基督教的迫害中，日本的许多基督徒逃亡到印度果阿。17世纪早期，此地已有一个日本人社区