平解放，黄祯祥选择留在大陆。1956年，卫生部合并组建中国医学科学院，黄祯祥任中国医学科学院病毒学系主任。后来该系改编为病毒学研究所，黄祯祥继续在该所任职，曾任研究员、名誉所长等职。1980年，黄祯祥成为中国科学院生物学部委员。1985年，黄祯祥加入中国共产党。1987年3月24日，黄祯祥因白血病于北京辞世。
成就.黄祯祥是中国病毒学奠基人之一，1943年在美国《实验医学杂志》发表了“马脑炎病毒西方毒株在组织培养中滴定和中和作用的进一步研究”一文，首创病毒体外培养法技术，为现代病毒