日俄战争爆发时，乃木正在家休职。当时认为乃木是中日甲午战争中擅长野战的将军，唿声甚高。在旅顺战役的困难时期，东京的居所被愤怒的民众投石块砸坏玻璃，上至大本营，下至普通民众，都有批评的声音。在旅顺战役胜利后，水师营会见表现出的气度，一时传为美谈。此后奉天会战中第三军表现活跃，凯旋归国时给民众留下很好的印象。战后的评价甚高，在明治天皇大葬之后殉死，被神道教神格化成“军神”。战后，和原第三军参谋长伊地知幸介水火不容的满州军参谋井口省吾任陆军大学校校长六年半（1906年2月－1912年11月），并在陆军大学