4年制定了户籍法，规定旧武士阶级为士族，此外皆为平民。同时还规定公家大名为日本的华族,隶属于宫内省。明治9年颁布废刀令，剥夺武士阶级的特权。引起一部分武士的不满，并由此引发一连串的叛乱。但这些叛乱都被新政府镇压。其中最为有名的是1877年由维新元勋西乡隆盛发动的叛乱，史称西南战争。西乡隆盛的叛乱被镇压之后，各地的反叛逐渐平息下来。日本政府为了区分神道教与佛教（在明治时代之前，两者非常相似及接近），政府下达了「神佛分离令」。并于1873年取消基督教在日本传教的禁令。明治天皇不再住京都，改住东京明治神宫