江南省，最初设一位江南布政使司（驻江宁府），以及三巡抚(江南巡抚、凤庐巡抚和操江巡抚)。根据康熙年间的《大清会典》，布政使为一省之长。因此江南布政使的到任，可以认为江南省成立。清军在扬州、江阴和嘉定等地遭到激烈的抵抗，发生了扬州十日、嘉定三屠等惨剧。顺治十八年，江南布政使分为左、右两位，分驻江宁府、苏州府。右布政使辖宁、镇、苏、松、常，左布政使辖余下地方。然这两位布政使仍冠以“江南”头衔，所以不可能认为江南分省。康熙五年，江南右布政使增领扬州府、淮安府和徐州，左布政使则相应减少。因此左、右两布政使辖