台湾总督府也因此事件，展开更深入的宗教「惯习」调查。 西来庵事件结束，亦使台湾人认识到由于军事实力的悬殊，抗日起义举动断然不可行，民众开始以和平方式争取民主与自治，从此由武装暴力转型为以社会运动与政治诉求的社会及政治抗争运动，所以西来庵事件也成为台湾汉人有纪录以来的最后一次武装抗日。不过在国际社会上，这事件虽然规模较大，知名度仍旧不及原住民抗日的雾社事件。有学者认为，宗教因素并非孤立本质，其实是台湾人不满当时台湾总督府治台政策的自发抗争。
考証.日军后续追击与清乡，对起义的台湾