台铁纵贯线大致以东北－西南走向经过潭底地区东部，境内虽未设站，但树林车站即在西南边界外不远处。该站等级属一等站，各级列车均有停靠，为东部干线（宜兰、花莲及台东方向路线）对号列车的实际起点站及终点站，也是宜兰线区间车以及太鲁阁号主要起点站及终点站。市道116号（中正路）为回龙至板桥的道路，大致以西北－东南走向经过潭底地区东北部边界地带，往西北可前往回龙接省道台1线，往东南可前往新庄、板桥等地。市道107号（树新路）为成子寮至树林的道路，大致以东北－西南走向经过本地区东部，往东北可前往新庄、泰山、五股等地，