一个小组的组长，新选组共有10个分组，编号从一番至十番（第一至第十），每组约有10人，组长以下又设置了伍长。新选组的组织编制也许受了西式军制的影响。队员平日进行武术练习，在京都市内巡逻和搜寻潜伏的反幕府浪士。新选组的剑术流派以近藤勇一派的试卫馆的天然理心流为主，此外也有神道无念流、北辰一刀流及其它流派加入，也有队员学习枪术和柔术。新选组在成立初期时资金不足，营运资金主要来自会津藩的御用金和一些富商的资助。后来新选组成为幕府属下，队员从幕府得到工资，有时也从一些特别行动中得到补偿金。