为2亿5100万年前的二叠纪-三叠纪灭绝事件而灭绝了，这个地球历史上最大的生物灭绝事件，可能跟西伯利亚暗色岩火山爆发事件有关。
三叠纪.盘龙目早已在二叠纪中消亡，在二叠纪-三叠纪灭绝事件之后，只有少数兽孔目存活下来，并且成功在三叠纪早期活着，包括：水龙兽、犬颌兽，后者出现在三叠纪中期，牠们与早期主龙形类（原先被命名为槽齿目，已经不在现代分类法中使用）同时存在。有些早期主龙形类是小型而敏捷的动物，例如派克鳄；大型主龙形类可以比肩大型兽孔目，例如引鳄。三叠纪的兽孔目包括三个演化支。