专门治疗与收容传染病患者的传染病院及隔离病舍。透过警察、医生等检疫委员的调查，将患有传染病之病人进行隔离。传染病检疫手段包括海港检疫、设置检疫委员、成立消毒班、交通管制、卫生宣导等。1896年制订的《台湾传染病预防规则》中，列出以下十种法定传染病：霍乱、痢疾、伤寒、副伤寒、天花、斑疹伤寒、猩红热、白喉、流行性脑膜炎、鼠疫。台湾对于传染病的预防，最早是在1896年5月，从厦门传入了台南安平，造成鼠疫流行，后来逐渐蔓延至全岛。后来便于同年5月10日，在台南城外开设了台南避病院。10月28日，在台北城外的大稻