知道后进兵洛阳，逼走杨懿，但随后就因当时河南郡地已残破，资源不足支持他，于是屯驻中牟(今河南省郑州市中牟县)，并向州郡请求派出军队支持他讨伐董卓，当时徐州刺史陶谦等州郡都派了军队来，陶谦更上朱儁行车骑将军，展开讨伐董卓的军事行动。但朱儁被董卓所派的李傕、郭汜所败，朱儁自知不敌，于是留在中牟不前进。初平三年（192年）董卓被王允等诛杀，李傕、郭汜等董卓旧将听从贾诩的建议，进攻长安，最终成功杀死王允，掌握朝权。当时朱儁仍在中牟，陶谦等就以朱儁是名臣，且有战功，认为可以委以大任，故此与一众豪杰共推朱儁为太师，