洋战争爆发期间，亦有台籍日本兵随军进入荷属印尼。第二次世界大战太平洋战争时期，大日本帝国为迅速取得南洋地区的统治权，因而加速对东南亚的攻击，为此日本在台湾开始征招军人、军伕以及高砂义勇队。这些被征召来的台湾兵被分发到东南亚各地，其中也包括印尼的爪哇、苏门答腊、婆罗洲、新几内亚、帝汶岛等处。1974年，印尼摩鹿加群岛摩罗泰岛居民通报当地警方于丛林中发现「野人」，经过搜查后发现，居民口中的「野人」是台湾原住民阿美族的台籍日本兵史尼育唔（日本名：，汉名：李光辉）。
台湾人与印度尼西亚独立