爵曼努埃尔（杜阿尔特一世第三子之子）继承王位。若昂二世坚决反对这个提议，因为曼努埃尔是维塞乌公爵迪奥戈的亲弟弟，而若昂二世早前因布拉干萨公爵斐迪南二世的叛乱才亲手处死身为布拉干萨公爵的妻舅迪奥戈。曼努埃尔登基意味着大贵族势力因而复辟。因此若昂二世亲自前去罗马进行斡旋，试图让他的私生子获得继承权。但是贵族们亦派员前往教廷反对，令国王的目的无法达到。
逝世.1495年，若昂二世40岁之龄逝世，死后无合法后嗣，由堂弟曼努埃尔继承王位。
评价.他被称为「完美君王」