复运作，但在7月期间仍有抗日民军袭击铁路设施，为此日军在水返脚、海山口、桃仔园、中坜、大湖口等停车场设司令部并驻兵。8月时桦山资纪向日军大本营要求编制临时台湾铁道队管辖台湾的铁路，该队由日本留守第四师团编成，内部分成本部、铁道班、轻便铁道班。铁道队队长山根武亮于9月17日抵台后，台湾铁道线区司令部于24日废除，而台湾铁路此后直到明治三十年（1897年）3月交给「台湾总督府民政局通信部临时铁道挂」前处于铁道队的管理下，性质上属于军事铁道，原先仅专供军事运输，1896年7月7日起才在不妨碍军事用途的前提下有限度