再度启程前往奇里乞亚亚美尼亚王国，起先亲王莱翁一世对他们的到来表示欢迎，约翰甚至迎娶了莱翁的一名女儿，并获得和阿达纳两座城市作为她妻子陪嫁的丰厚嫁妆。然而在不久后，他们便被莱翁赶出宫中，约翰与父亲只能被迫放弃在奇里乞亚的土地与财产，前往鲁姆苏丹国的领地向苏丹梅苏德一世寻求庇护。尽管伊萨克挖空心思企图组建一支反抗他兄长的联盟，但他的努力终归是徒劳无功的。伴随拜占庭帝国一连串的军事胜利，约翰二世的王座益发稳固，尤其在1137年至1338年间的战役中，约翰二世将安条克公国纳为帝国的臣属，更是大幅增强他在拜占庭