调查局、台湾警备总司令部、台北市警察局、国民党中央委员会第六组组成清华专案侦办，3月4日被捕，3月7日冠以「共产党间谍」及「打击国家领导中心」的罪名（柏杨大怒，故改以此日为官方生日），判处十二年有期徒刑，1969年起囚于台北县景美镇（今新北市新店区）仁爱楼看守所。不过根据作家、时事评论家李敖的说法，《大力水手》是由一位女性侨生翻译，柏杨只是照抄才出事情。1969年倪明华提出离婚要求，结束十年的婚姻，柏杨在狱中绝食二十一天。1972年跟台北其他政治犯一同解送到绿岛感训监狱。1975年，因蒋中正逝世，而