二十七年（1394年），太祖杀江夏侯周德兴以及颖国公傅友德，在捕鱼儿海战役中立功的定远侯王弼亦被赐死。洪武二十八年（1395年），开国六公爵最后一位仅存者冯胜被杀。在处理内政同时，太祖亦多次筹划北伐蒙古以保障北方边塞的安宁，大胜。并曾成功在甘肃击败王保保（1372年）、在东北逼降纳哈出（1387年）、在蒙古高原几乎活捉元主脱古思帖木儿（1388年）。同时太祖进军辽东，使朝鲜王朝等归顺（1388年）。
驾崩与纪念.洪武三十一年闰五月初十日（1398年6月24日），朱元璋崩于南京皇