天津集会，宣布“非法总统”徐世昌无效。5月27日，命以陆军总长办理两广军务。6月2日，徐世昌宣布辞职，之后黎元洪复职。北方各界以护法运动目的已达为由，纷纷希望孙下野，以求打破两个总统的僵局。而粤军中的叶举等人也联名发电文要求孙下野。陈的部下，粤军将领邓铿遭暗杀，孙文一方坚称是陈炯明所为，但近年来一些学者根据史料认为此事有可能是孙文一方所为。6月16日，陈部下叶举在通知孙后，出兵围攻总统府，鸣炮警示孙离开广东。「陈率部叛变」，佔据广州城。孙转移到永丰舰（后改名中山舰）还击轰炸广州后离开广东，史称“六一六事