菌落计数器（Colony counter），是一种细菌检验仪器，可自动计算菌落数目。菌落计数器常应用于食品科学及医学检验。「泸膜法」之菌落计数器可使用放大10-15倍的双筒实体显微镜，光源为日光色萤光灯，光源方向为菌落上方60~80度，避免产生反射影响判读。「混合稀释法」和「涂抹法」之菌落计数器可使用魁北克式的菌落计数器，视野以黑色背景并有放大效果为佳。