3年，八思巴归返西藏，行前被封为藏区政教之主，受赐珠宝册印。1264年，在击败位于蒙古本土也自称大汗的胞弟阿里不哥后，忽必烈下诏设立总制院，命八思巴以国师身份兼领该院院事。总制院（1288年后改为「宣政院」）是直属中央政府管辖的国家机构，设有三个「宣慰使司都元帅府」（即吐蕃等处、吐蕃等路、乌思藏纳里速古鲁孙等三路），负责掌管全国佛教事宜和处理管辖整个西藏地区的军政事务。宣慰使司下面则辖有管理民政的万户府、千户所，并设有院使、同知、副使等官员，下辖西藏地区各级地方行政机构，包括宣慰司、安抚司、招讨司、万户府、