析的研究倾向将囊粉花科合并到马兜铃科之中，但由于其关系不强（小于66%），且形态学分析倾向将两者分开，于是2003年的APG II及2009年的APG III都未将两者合并。另外，APG III也将曾被归类于本目的金粟兰科单列一目，成为木兰类植物的旁系群。2016年APG IV将鞭寄生科和囊粉花科并入马兜铃科。