安等因素，明朝复设澎湖寨巡检。此官职直至1622年，荷兰佔领澎湖为止，才免予实授。1368年（元至正二十八年；明洪武元年），泉州路改为泉州府，隶属福建行省，辖晋江、惠安、南安、同安、安溪、永春、德化七县。泉州府辖下包含澎湖寨巡检司。1371年（明洪武四年；北元宣光元年），福建行省改为福建布政使司，泉州府隶之。1372年（明洪武五年），明信国公汤和经略海上，以「澎湖岛民，叛服难信」为由，提议驱回中国本土。并率大军将其居民驱赶离开，迁至漳州、泉州。1387年（明洪武二十年），撤澎湖寨巡检司。《读