次级代谢产物并不直接参与这些过程，但通常具有重要的生态功能。次级代谢产物可能包括色素，抗生素或部分生物异源物质代谢废物的衍生产品。一个小分子有资格作为一种代谢物，或者被认为是代谢物组的一部分，必须通常具有分子量<1500道尔顿。这意味着例如糖脂，多糖，短肽（<14个氨基酸）和小的寡核苷酸（<5个碱基）的分子可以视为代谢物质或代谢物组的成分。另一方面，非常大的高分子，如蛋白质，信使RNA，核糖体RNA，microRNA和脱氧核糖核酸(DNA)绝对不是代谢物质，并且不被认为是代谢物组的一部分。代谢物组的研究被称