在这缺氧的环境中，原生动物利用纤维素获得能量并同时释放产物氢气。大量的氢气会影响原生动物获得能量的效率。当产甲烷菌把氢气经过化学反应变成甲烷后，原生动物会因为能获得更多能量而获益。一些古菌生活在厌氧原生动物里面并利用寄主制造的氢气，这些原生动物包括纤毛虫。古菌也与更大的生物有共生关系。例如海里的古菌生活在海绵的里并与海绵拥有共生关系。
偏利共生.古菌也可以是偏利共生中的获益者，同时寄主既没有获益也没有受害。例如就是在的人体正常肠道菌群中最常见的古菌，这种古菌占了肠道中原核生物的