2年（1571年）2月，长政的笔头家老矶野员昌转投信长，原本寄望甲斐的武田信玄又在上洛途中的三方原之战后病逝，义昭被击败后，浅井和朝仓成为信长剩下的目标。由于小谷城防守稳固，因此负责进攻的秀吉不惜以养子的名义让侄子羽柴秀次成为宫部继润的人质，从而策反他，天正元年（1573年）8月8日又成功策反阿闭贞征，与此同时义景派遣两万人前往支援长政，可是遭到信长击败，并且一直反被信长乘机北上杀入朝仓领国越前，最终在一乘谷之战中被信长毁灭。同年8月27日，小谷城遭到信长发动总攻击，长政让阿市与三名女儿离开小谷城，最终