文库的阅览人数1680人；1902年全年更降到762人，平均每天只有2个人到馆。加上日后的「市区改正」及房屋腐朽，1906年8月16日淡水馆被拆除，「台湾文库」关闭，图书移交「东洋协会台湾支部」来保管。该批图书本来收藏在新公园中的「天后宫」，后来移动到大稻埕六馆街板桥富豪林本源商号所有之房屋内，日后为台湾总督府图书馆接收。目前剩余约三千册的图书，由国立中央图书馆台湾分馆保管，为重要的日治时代史料。