被西国公阮敬之子莫玉辇拥立为帝，据文兰州，改元干统。海阳、京北各处支持莫朝的势力得知莫敬恭即位，纷纷率部归附。阮潢率兵前往征讨，用火攻计，大破佔据海阳的壮王莫敬章部。海阳、山南一带悉被平定。次年莫玉辇挟莫敬恭据安博县，但又被后黎朝所败。莫玉辇、莫敬恭奔思明府，称臣于明朝。在后黎朝的攻势下，莫朝的将军纷纷叛降。莫敬恭和莫玉辇逃亡明朝的龙州，发兵骚扰谅山一带。1600年，莫茂洽的庶母裴氏在昇龙自称国母，号召莫朝的支持者起兵，并迎接莫敬恭归国。莫敬恭率部试图回到昇龙，但被郑松击败。兵败至金城县，不久退往高平。