到德川家康叫停战争为止。战后论功行赏，获得小西行长的领地，成为肥后五十二万石的大名。清正在获得了行长的领地后，在熊本筑城，也就是现今熊本县的熊本城。庆长8年（1603年）、获赐丰臣姓。 1605年就任从五位上、侍从肥后守。1610年协助幕府负责建造名古屋城。在关原之战后，清正和浅野氏致力保护丰臣秀赖和丰臣家，包括1611年前往京都二条城，为家康与丰臣秀吉之子秀赖进行斡旋，返回领地途中在船上病发，6月24日病死于肥后的主城熊本城，终年五十，其死因亦有所争议，包括梅毒、花柳病、癞疮等。但有不少人认爲是德川家