耗费巨资的堡垒仅剩震慑作用，兵力又过份集中于防线上，致使防线以外地带的空虚。如崇祯年间便发生多起后金军绕道蒙古攻打较次要的长城关口，轻松入塞后劫掠城池、掳获人口财物，对华北地区造成严重破坏，明朝财政雪上加霜。同时，明廷为驱逐入侵的后金军，只得调拨负责征剿流寇的部队，让李自成的大顺军得到喘息机会。关宁锦防线反而使明朝陷入顾此失彼的两难局面，加速了其覆灭。