高欢擅权，窦毅慨然有殉主之志。534年孝武西迁，遂从入关，封奉高县子，食邑六百户，除符玺郎。从擒窦泰，复弘农，战沙苑，皆有功。拜右将军、太中大夫，进为侯爵，增邑一千户。累迁持节、抚军将军、通直散骑常侍。西魏废帝二年（552年），授车骑大将军、仪同三司、大都督，进爵安武县公，增邑一千四百户。西魏恭帝元年（554年），进授骠骑大将军、开府仪同三司、大都督，改封永安县公，出为豳州刺史。557年，周孝闵帝登基，北周建国，窦毅进爵神武郡公，增食邑，共计五千户。保定三年（563年），出征还朝，治左宫伯，转小宗伯，寻