军省随即向天皇提出可能的军舰命名方案。帝国海军成立之初，军舰多是由征夷大将军或日本氏族捐赠而来，因此原始的舰名会被保留，而不会更动。1891年时，因为政府结构有所改变，故军舰命名程序亦产生变化：首先由海军省提供两个舰名，再由（类似英国的宫务大臣）交由天皇挑选。天皇可自两个舰名中选择其一，或自创舰名。在甲午战争中被日本海军所俘获的清军战舰，其原始名称被保留下来，但均改以日语发音。举例而言，原属清朝海军的镇远号战舰在被日军俘获后，虽名称仍维持不变，但其发音已变为日语式的「ちんえん」（Chin'en）。