为人做工，晚上回家烧柴读书。侯瑾时常以礼约束自己，独居在一间房子，如同对着尊敬的宾客。州郡多次征召侯瑾，公车、有道征召，侯瑾都声称有病而没有前往。侯瑾作《矫世论》讥讽当世。后来搬入山中，静心着述。因爲不被世人知晓，所以作《应宾难》抒写失意的心情。又根据《汉纪》撰写光武中兴以后的历史，名为《皇德传》有三十篇，一作《汉皇德纪》，知名于当时。其余所作杂文数十篇，多以亡佚。有集二卷。另有作《筝赋》。河西的人敬重侯瑾，不敢直接说他的名字，都称侯瑾爲“侯君”。