再次请求何卿代任，得到批准。他上任后，和巡抚张时彻合计镇压成功，进署都督同知。后因病他再次辞职。嘉靖三十三年，倭寇进犯海上，嘉靖帝要求何卿与沈希仪率部队抵达苏州、松江。嘉靖三十四年，充副总兵，总理浙江及苏、松海防。后因年老、加上不懂海战，被巡按御史周如斗弹劾，不久去世。