好同盟条约》之后，苏联受到条约的压力而停止支持三区革命。9月，三区政府在民族军进攻阿克苏受挫后开始与国民政府和谈。1946年6月27日，东突厥斯坦共和国临时政府解散，改组为伊犁专区参议会。1946年6月，第二次国共内战全面爆发。1946年12月，阿合买提江·哈斯木和阿巴索夫等“三区”方面人员作为新疆代表，到南京参加了制宪国民大会。会议期间，三区方面开始与中国共产党方面直接接触，请求中国共产党将东突厥斯坦人民革命党接受为自己的下属组织，并由中共中央派干部去领导工作。中共中央仅同意与新疆共产主义者同盟先建立友谊