了节省经费，中央政府于1939年将海军部降为中华民国海军总司令部。而后海军在日本海军舰队攻势下自沉长江，海岸线的丧失使得海军仅剩少量炮舰在内河与内湖佈雷，阻挠日军利用河道将船舰、军队及补给深入中国内部。1945年9月1日，军政部之下设立海军处，军政部部长陈诚上将兼任处长，而掌实权的副处长为周宪章少将，审批“海总”的全部公文，办理海军有关事宜。抗战胜利后，中华民国海军接收日本降舰数十艘，美国也赠与登陆舰20余艘、护卫舰数艘，使得海军得以重建。1945年12月，撤销海军总司令部，同时将军政部海军处扩大为海军署，