孙烈臣调任吉林督军，王树翰随其到吉林，任吉林省财政厅厅长。1921年7月，任吉林省政务厅厅长兼官银号监理。1922年11月，任吉林督军署秘书长。1922年12月18日，王树翰为吉林督军署秘书长兼高等顾问、代理吉林省长。民国14年（1925年）2月，朱庆澜辞去东省特别区行政长官职，由王树翰兼代，后因政务繁杂，不久辞去东省特别区行政长官职。1924年4月，吉林督军兼省长孙烈臣病逝，张作相接任吉林督军兼省长。张作相上任后，仍然委王树翰代理省长。王树翰任代理吉林省长一直到1926年。王树翰先后兼代吉林省长三