它与德皇腓特烈三世号一同由但泽驶往基尔时，后者撞上了水下的暗礁。碰撞造成的冲击损坏了舰只的锅炉，并引发煤舱火灾。德皇威廉二世号将其姊妹舰拖走，但德皇腓特烈三世号的发动机在途中得以重启。它们最终抵达基尔，并在当地临时修理。德皇威廉二世号于1901年2月驶入旱坞进行大修和一些现代化工作。这包括重建一座更大的舰桥和拆除部分探照灯。在舰只大修期间，海军上将接替霍夫曼成为舰队司令，并担任此职务直至1906年末。年度的例行训练随着1901年3月下旬在波罗的海展开的分舰队演习而开启。在4月1－2日夜间，德皇腓特烈三世