同期的1529年，巴塞尔的新教改革运动随着毁坏圣像达到了顶峰，伊拉斯谟和巴塞尔大学的许多天主教教授都来到了弗莱堡。
高卢学院.1679年弗莱堡成为法国城市。法王路易十四不喜欢奥地利制大学，将建设大学的资金和责任一同委托给天主教耶稣会。1684年11月6日，改名为高卢学院（）的弗莱堡大学开始设立双语项目。1686年，教职员工逃亡至康斯坦茨。1698年随着大同盟战争结束，弗莱堡根据莱斯维克条约交还予哈布斯堡王朝。大学也随之回到了弗莱堡市。
改革时期.1698年