哲学理论方面的专研，谋求儒家哲学与康德哲学的融通，并力图重建儒家的「道德的形上学」。代表作包括：《心体与性体》《才性与玄理》《中国哲学十九讲》《中西哲学之汇通》《现象与物自身》《佛性与般若》等。牟氏曾独力翻译康德的《三大批判》，融合康德哲学与孔、孟、陆、王的心学，以中国哲学与康德哲学互相诠解。也曾参与编写杂志，主编《再生》、创办《历史与文化》、编辑《理想历史文化》。作为新儒家代表人物，牟氏认为当代新儒学的任务为「道统之肯定，即肯定道德宗教之价值，护住孔孟所开辟之人生宇宙之本源。」以「反省中华民族的文化生