发音方面亦有很大不同。上代特殊假名遣的元音数量不同于现代，就辅音而言现代也比当时略有弱化，上古日语的辅音有时是比现代日语更「强」的音。例如，「母」在上古日语为papa（），中古日语弱化为fafa （），最终弱化为hawa（）或haha（，现代音）（参见ハ行转唿）。有说法认为因为汉字音所引起的「音便」还未发生，当时还没有「拨音」（ン）与「促音」（ッ）；也有说法认为当时的「拨音」与「促音」还不能代表一个音拍（mora）。
方言.关于当时的方言，至少有两种，即当时作为标准语的中央（现在的