朕知之，天下无不知者。伊桑阿虽年老求罢，朕不忍令去也。”四十一年（1702年），伊桑阿因病再度请求退休，康熙帝诏许以原官致仕。次年（1703年）病卒，年六十六岁，谥文端，干隆中期，入祀贤良祠。伊桑阿有子伊都善、伊克善、伊都立。其中伊都立之子福增额为怡亲王胤祥女婿，封和硕额驸。伊桑阿之墓现为北京市文物保护单位。