大学毕业的羽田亨留校任文科大学史学科讲师，担任东方史第二讲座讲师。1913年，出色的语言能力使他成为了文学科语言学家新村出教授的助教，1924年4月晋升文学部教授第三讲座教授，后历任评议员、文学部长、大学图书馆馆长、校长等职务。1945年2月，成为日本人文科学与民族生态学研究顶尖学术机构京都大学人文科学研究所的所长，1946年3月被授予京都帝国大学名誉教授。
学术研究.羽田亨与他的老师内藤湖南、桑原隲藏一起构建了京都大学东亚史研究的黄金期，形成了在世界史学界享有盛誉的「东洋史学京都