松永久秀成为细川晴元部下三好长庆的，在1542年有作为武将在山城国南部出阵的记录。松永久秀作为三好长庆的亲信，深得长庆的信任。1549年，三好长庆将细川晴元及足利义晴、义辉驱逐至近江国，成功控制京都后，松永久秀出任三好氏家宰。1551年，松永久秀与弟弟松永长赖在相国寺之战中击败三好政胜、。三好长庆平定摄津国后，1553年，松永久秀出任摄津国泷山城城主。同年，与弟弟松永长赖进攻丹波国的波多野晴通，再次击退三好政胜、香西元成的援军。1556年，被任命为京都奉行，获得弹正忠的官位，后又迎娶三好长庆的女儿作为正室。