人入侵，国力由盛转衰。1242年，约翰进军伊庇鲁斯的领地，迫使塞萨洛尼基皇帝交出“帝国印戒”，去除帝号并接受尼西亚皇帝的宗主权，此后后者以低一档的“专制君主”为称号。但约翰的行动由于蒙古入侵安纳托利亚的东部而被迫终止。1243年6月，蒙古军在克塞山战役重创罗姆苏丹军队，罗姆苏丹沦为蒙古附庸；约翰也十分惊恐，他在宫廷接见蒙古使节，“皇帝坐在高高的宝座上，手持宝剑，以壮观豪华的大场面掩饰内心的畏惧”，但蒙古人没有进一步西进。1246年凯霍斯鲁二世死后，三个未成年的儿子并立为苏丹，罗姆苏丹的权力落入维齐尔