一是在种子萌发后维持胚乳较低的pH值，许多谷物的煳粉层会释放磷酸与柠檬酸等有机酸，将胚乳的pH值保持在4-5，因为这是最适宜α-淀粉酶作用的pH值，此机制有助于胚乳养分的分解。大麦的煳粉层在缺氧的状态下还会向胚乳的淀粉层与质外体分泌亚硝酸盐。另外有一种血红蛋白存在于大麦、稻米种子外部包括煳粉层在内的几层活细胞中，惟其功能尚不明，此蛋白可能是正常种子萌发过程所需，也可能是种子面临低氧逆境的一项适应，在缺氧状态下，煳粉层中此蛋白的浓度会上升。某些植物的煳粉层可以分泌PR-4等抵抗真菌感染的蛋白质，可能是的一