府城，贩卖豆腐为生。萧大亨6岁入私塾。山东乡试第66名，嘉靖四十一年（1562年）会试第206名，登进士第三甲第136名。初授榆次知县，当时榆次连年灾荒饥馑，萧大亨开榜招抚流民、发仓赈济、改革赋税，得到民众好评。1565年（嘉靖四十四年），擢户部主事。翌年，升户部陕西司郎中。之后，历任河南按察司佥事、陕西按察司佥事、山西布政司右参议。于边陲之地抚民备兵，参与督师出边，打败南侵的鞑靼军。并把握时机，达到“款贡”之礼，促成贡市。1572年（隆庆六年），因念母上书请求归养。次年（万历元年），获准返乡，