院下设总务、财政、保安、民政、畜产、交通、教育、司法等部。日本最高顾问是金井章次。1940年汪精卫政权在南京成立后，在名义上拥有蒙疆，但实际上没有管辖权。1941年8月4日对内再次改名为蒙古自治邦。并改中华民国年号为成吉思汗纪元。该政府一直与日军及汪精卫国民政府合作，被视为日军的傀儡政权。这个政府消失于1945年。在第二次世界大战的最后几周，作为八月风暴计划的一部分，苏联红军和蒙古人民军对日本宣战，攻入内蒙。1945年8月19日，德王的蒙疆政府彻底瓦解。
名称.蒙疆，按照德王的