订《马关条约》，将台湾割让予日本。5月底，台湾军民起而反抗日军接管，爆发乙未战争，至11月中旬始宣告平定。在乙未战争中，抗日义军曾于8月27日八卦山之役结束后，撤守云林县。在斗六与日军近卫师团进行遭遇战。徐骧、简义、陈文晃、廖琛、黄丑等率部奋勇抵抗，徐骧阵亡。日治初期行政区划虽更改频繁，但传统的堡里、街庄体制依然维持。大正九年（1920年）废除堡里、街庄而改设街庄、大小字，本乡东南部约八分之七面积归属台南州斗六郡斗六街，包括林内、九芎林、乌涂子三个大字的全部及咬狗大字北半部；