雪兔」及快速列车开往新潟站，不过，过往能直通长野站的安排将会取消，列车到达妙高高原站时，乘客需转乘位于同月台的信浓铁道北信浓线列车继续前往长野。而根据两线公佈开业时的时间表，班次亦未必完全配合，这也令行程时间大幅增长。另外，现时亦设有2来回班次，与北越急行北北线进行直通运转，假日或特定日子也会开办两线互通的临时特急列车。JR西日本及JR东日本承诺在开业首两年可以继续使用其原来的运行管理系统，两年后则须採用自己的运行管理系统。2017年，越后心动铁道于上越市设立了运行控制中心，直接为两线给予指令。