教宗克莱门特七世最后终于受不了这样的行为并威胁皮埃尔·路易吉如果不做点什么加以改善的话，将会将他逐出教会。之后是由皮埃尔的父亲亚历山德罗枢机出面协调，使双方和解。1528年时，皮埃尔·路易吉仍然受雇于神圣罗马帝国，在普利亚与法国军队交战，并在防御曼弗雷多尼亚的战役中成名。
教廷卫队总队长.当1534年皮埃尔·路易吉的父亲被选拔为教宗保禄三世时，皮埃尔离开罗马，并在瓦伦塔诺举行庆祝盛典。保禄当上教宗所做的第一件事是将他的孙子，皮埃尔的长子亚历山德罗·法尔内塞 (枢机)擢升为枢