口服氟胞嘧啶用于治疗念珠菌或新型隐球菌敏感菌株引起的严重感染。也可用于治疗敏感菌株造成的。由于容易产生耐药性，且杀真菌效果不够强，在严重感染时，通常不会以氟胞嘧啶为唯一的药物，而是与两性霉素B和/或唑类抗真菌剂如氟康唑或伊曲康唑联合使用。念珠菌造成的泌尿道感染等轻微感染则可单用氟胞嘧啶治疗。在一些国家，为期一週以内的缓慢静脉输注是一种治疗选择，可用于治疗危及生命的感染。
药物相互作用.氟胞嘧啶可以增加两性霉素B的抗真菌活性，反之亦然，两者在某些严重感染时可以合併使用。阿糖胞苷则会抑