遣兵曹判书为都巡抚使，率领官军前去镇压。叛军以清州为根据地，一度威胁到周边的镇川、、安城等地，但最终在短时间内被镇压。李麟佐等首犯被押送汉阳（今首尔）处死，密丰君李坦也被赐死。在此次叛乱中，叛军控制了十三个郡，主要集中于全罗道地区，叛军还在京畿道、忠清道以及庆尚道南部获得了广大的支持。叛乱被平定后，朝廷在大邱的南门外竖立平岭南碑。此次叛乱使少论派中的峻论派势力覆灭。虽说少论派中的缓论派在镇压叛乱中立下功劳，但叛乱的大部份人士是峻论派，故而少论派势力受到了打击，此后政权大体上被老论派掌握。