7年毕业后进入国立北平大学医学院任教。1943年时他担任南京医科大学副教授。1947年时则前往国立台湾大学医学院担任生理学教授。1952年时，他获得日本名古屋大学医学博士学位。之后方怀时便于国立中央大学、西弗吉尼亚大学、俄亥俄州立大学、哥伦比亚大学、南加州大学等多所大学院校研究生理学，并且曾经担任哥伦比亚大学医学院客座教授。返回台湾后他则于国立台湾大学任教，曾经兼任医学院教务主任并且主持生理学科和生理学研究所长达18年，期间主要从事人体生理学和航空生理学的教学与研究。同时针对其研究内容着有《航天生理学》一书