切腹自杀身亡（另有一说，为清兵玷污致死），时年45岁。
后代.
佐领.明郑灭亡之后的康熙三十二年（1693年），康熙皇帝将郑成功后代以及大部分宗族人等，从福建迁往北京并编入正黄旗，又封郑经三子郑克壆等为佐领给予俸禄；雍正年间郑氏一族改隶正红旗。
墓葬及纪念.
郑成功墓.郑成功死后原葬台南近郊洲仔尾（今属永康区）；郑克塽降清迁居北京后，上疏表示「念台湾远隔溟海，祭扫维艰」，请迁内地。康熙皇帝对此下诏：「朱成功系明