士京为军队的监军。后来不久陈谦被杀，陈士京只好乘船逃逸到海上。郑芝龙久仰陈士京大名，命令其子郑成功与陈士京结交。郑芝龙打算投降清朝，郑成功不听从，陈士京称赞郑成功。鲁王监国朱以海在闽安擢陈士京为兵科给事中，不就升迁为光禄寺卿，奉表粤中。在粤中加都御史衔，陈士京力辞，朱以海想要挽留他不成。朱以海到达舟山时，陈士京留守福建，与郑成功结盟，作为后方基地，作长远打算。郑成功一心想恢复明王朝，并以此为己任，对遗臣故老陈士京等人以礼相待，于是海上衣冠云集。久而久之，陈士京看到海师没有进展，广东的情况日益不利