毅1999年回中国征集红卫兵小报，作为「文革数据库」的一部分，结果中共以非法获取「国家机密」和「不准出境的文件」罪名，将他关押了半年，并将资料没收。他被捕引起美国国会的关切，纽约大学法学院教授暨亚美法研究所共同主任孔杰荣担任他的辩护律师，哈佛大学费正清中国研究中心主任William C. Kirby等一百位欧美、澳洲的汉学家也写信给胡锦涛要求释放他。他于2000年1月被释回到美国。对于他被捕的真正原因有不同猜测，他本人认为是因为1998年他申请到蒋经国国际学术交流基金会三万多美元的基金，启动《中国文化大革命