委员蔡正元说，洪奇昌既是民进党创党党员、也是新潮流系大老，陈水扁总统任内曾派洪奇昌担任海崃交流基金会董事长，因此洪奇昌比民进党其他人更了解中国大陆情势；但洪奇昌的柔性立场显然不合新潮流系当权派的胃口，因此洪奇昌遭新潮流系除名；2016年中华民国总统选举蔡英文当选总统，新潮流系是支持蔡英文的主干，新潮流系开除洪奇昌「等于蔡英文开除九二共识」。
与中国共产党接触.2016年5月28日，《南方快报》披露，2016年3月26日中国人民解放军总政治部联络部副部长辛旗少将证实曾与洪奇昌密谈，「