2007~2011年间为配合高铁新竹站联外交通计画，兴建自竹中车站与本路线分歧的六家线；为了让六家线的电气化列车可行驶至位于市区的新竹车站，因此将本路线的新竹~竹中段进行高架双轨电气化工程，使六家线列车可与内湾线的新竹~竹中段进行直通运转，开行新竹车站~六家往返由通勤电车(EMU600型或EMU500型1组4辆行驶)所运行的区间车，并且新设3座通勤车站。本工程已于2011年完工，有效提升新竹市区往返新竹高铁站的便利性。自2020年12月23日南回铁路全线电气化完工通车后，内湾线成为台铁所有营运路线中唯一