人表示异议，并也因此有了自由软件与开源软件之分。而事实上，1998年“开源”一词最初从自由软件社区中分化出来仅仅是因为在英文中“自由”（）一词有歧义，而其支持者认为“开源”（）一词更好。
争议.2019年，由于其在MIT计算机科学与人工智慧实验室的邮件列表中，在对杰弗里·爱泼斯坦案和马文·闵斯基的关联的表述中的用词隐含对在马文·闵斯基面前受害少女受迫表现为自愿且未受马文·闵斯基虐待，这些言论在网路上引起某些人不满，斯托曼遂宣佈辞去麻省理工CSAIL的职位以及自由软件基金会主席一职。