科、醉蝶花科、簇花草科、帽蕊草科、管花木科、母草科及土蔓兜科等。（还有首次提到眠树科，但已并入盔瓣花科。）和APG II相比，APG III被子植物之中许多类群的关系已经获得进一步理清，地位未定的科从早前的39科大幅减少到10科，即离花科、锁阳科、多须草科、清风藤科、五桠果科、紫草科、二歧草科、茶茱萸科、管花木科及五蕊茶科。这10科中有8科的位置也已经大致确定，只有离花科及锁阳科未有归属。此外，还有3个属的地位未定，即"Gumillea"、"Nicobariodendron"及"Petenaea"；