刚成立不久的上海万国商团海事队在杨树浦水厂架设了一挺机枪，用以保护厂区。1989年9月25日，杨树浦水厂被上海市人民政府列入上海市文物保护单位的优秀近代建筑，保护范围为主体建筑周围30米，控制建设地带为全部厂区用地范围。2013年3月5日，杨树浦水厂被国务院公布为第七批全国重点文物保护单位。