祖庙得到进一步的扩建。洪希文在《题圣墩妃宫》诗中，描写了“粉墙丹住辉掩映，华表茸突过飞峦”的景象，反映出妈祖庙的建筑情况。在明朝时，妈祖祖庙又得到进—步扩展。洪武七年（1274年）泉州街指挥周坐主持重建寝殿、香亭、鼓楼、山门。永乐初年（1403年），郑和下西洋时，因妈祖庇佑有功，奉旨遣官修整祠庙。宣德六年（1431年）郑和最后一次下西洋之前，亲自与地方官员备办木石，再次修整祖庙。清朝康熙二十年（1681年）迁界令撤销后重修。康熙二十二年（1683年）福建总督姚启圣重建钟鼓楼和山门，又把朝天阁改为正殿