始发。受香港反对逃犯条例修订草案示威影响，2019年10月6日、11月11日、11月13日香港红磡终到始发的Z99/100次列车临时更改为广州东站终到/始发。2020年1月28日，香港政府鑑于2019冠状病毒病疫情在中国大陆扩散，宣佈关闭包括香港红磡站在内的若干个跨境口岸。沪九直通车的进港班次于1月30日起停运，已购票乘客可获无条件退款。
列车编组.由1997年至2007年末，沪九直通车一直采用25K型客车，也是最早采用25K型客车作为列车车体的列车之一，而事实上25K型客