不久被清军各个击破，拥护隆武帝的郑芝龙也宣布投降。之后桂王永历帝于广东的肇庆即位，期间瞿式耜、李定国、郑成功及其他明将先后收复华南各省，最后因为距离互相难以照应，内部又发生叛变而节节败退。1661年清军攻入云南，逃亡缅甸的永历帝最后被吴三桂杀死，史称“咒水之难）”，南明亡。此时只剩下台湾的明郑（郑成功势力）和缅甸果敢的明军，清朝基本占领明朝全部领地。由于华南反清势力较大，清帝册封吴三桂、耿仲明与尚可喜为王以镇守云南、广东与福建等地，史称三藩。多尔衮在入关后的政策让汉人十分不满，例如剃发易服政策使江南汉人