603年，德国天文学家约翰·拜耳制作的测天图报道了这个星座，这是苍蝇座第一次出现在天图上。它原来叫做Apis（蜜蜂座），直到18世纪经过拉卡伊之手它才演化为苍蝇座。在北半球，这个星座位于地平线以下。苍蝇座的许多亮星属于天蝎-半人马星协，包括蜜蜂三、蜜蜂一、苍蝇座γ、、苍蝇座η（有可能），以及HD 100546，这是一颗蓝-白赫比格Ae/Be星，周围环绕着含有行星、岩屑盘，岩屑盘里含有行星、褐矮星，可能含有原行星。苍蝇座含有两颗肉眼可见的造父变星，含有三星系统苍蝇座θ，其中最亮的恒星是一颗沃尔夫–拉叶星。