山西被调任福建总兵。次年，会同戚继光等人攻克福建莆田东南平海卫，再度给予倭寇强烈打击，并收复兴化城（今莆田）。经过俞大猷的努力，至嘉靖四十五年，基本消除倭寇对东南沿海的侵扰与祸害。为官清廉正直，不知逢迎赠贿予东厂，遭构陷入锦衣卫诏狱数月，为戚继光、胡宗宪救出，俞因此郁郁以终。卒后，赠左都督，谥武襄。为了纪念俞大猷抗倭的成就，现浙江丽水有一条街道以俞大猷的名字命名：大猷街。位于福建省泉州市洛江区的俞大猷墓为福建省文物保护单位。
儿子.次子俞咨皋，字克迈，亦为明朝水师提督，于崇