7年10月2日出生于台东市南王部落，父亲是布农族人，母亲是卑南族人。祖母曾修花为卑南歌谣的传承代表，她教导纪晓君唱传统原住民的歌谣，且对发音咬字、声调韵律都非常讲究，奠定了纪晓君歌唱的基础。「金曲歌王」陈建年是她的舅舅。姐姐纪晓雯曾经在民歌餐厅唱歌。妹妹家家曾和她们表舅昊恩组过团体昊恩家家，并获得第18届金曲奖最佳演唱组合奖，2012年以个人歌手身分再出道，多次提名金曲奖。纪晓君于1997年进入歌坛前，独自来到台北的民歌餐厅当服务生，偶尔为驻唱的歌手垫时间而上台唱原住民的古调，后来被发掘得到发行唱片的机