扁通过第七次修宪，将国民大会废除；同年10月，中华民国政府停用法理上各省（市）县（市）行政区域代码，由行政院所属单位编辑的《中华民国年鉴》亦于同年起不再将大陆地区列于「土地」一章之中，此后「土地」、「人民」及各项收录资料均以治权所及之台澎金马为范围。陈水扁政府文献仅列出实际统治区（即台湾地区）之行政区域，并弃用「中华民国全图」。2006年2月28日，陈水扁总统宣布终止国家统一委员会的运作，同年爆发百万人反贪腐运动试图罢黜陈水扁，未果。2007年9月，在中国大陆北京市举行的第二十九届夏季奥林匹克运动会之圣火传