舞时结识了中学音乐教员王者香，并于1964年结婚（王者香为此被开除公职）。王者香结婚之前便已患有乳腺癌，她瞒着章乃器结婚，婚后章乃器才得知其病情，很不满。1966年“文革”爆发后，1966年8月24日，章乃器被国务院机关事务管理局的“革命群众”押到东安市场旁边的吉祥戏院，遭到红卫兵毒打成重伤。章立凡回忆说：“此时有一位管片民警来到会场，向红卫兵要人，说是此人若被打死，不好向中央交代，遂将受伤的父亲送到了附近的协和医院。”章乃器由此幸存下来。但红卫兵占领了灯草胡同三十号四合院，章乃器遭驱逐，国务院机关事务