叛和海盗的侵扰。王城区兴建道路、堡垒、教堂和学校。王城区与1606年竣工。菲律宾的西班牙总督府也本来设立于王城区内。不过19世纪的一场地震使总督府迁往马拉卡南宫。在第二次世界大战末期激烈而持久的马尼拉战役中，日本人破坏城市建筑，屠杀菲律宾平民（见马尼拉大屠杀），最后退入王城区。麦克阿瑟将军反对轰炸王城区，但批准进行炮击，造成10万菲律宾平民死亡。王城区的大部份被日军和美国空军摧毁，唯一幸存的建筑是圣奥斯定堂。