86年任国家体委运动四司副司长。1988年起任中国围棋协会主席。后任国家体育总局棋类管理中心主任。1992年，中国棋院成立，陈祖德出任院长，2003年退休。着有《当湖十局细解》。第五届、第六届、第七届和第八届全国人大代表。2011年春节前夕查出罹患胰腺癌，在北京协和医院切除了胆囊及三分之二的肠道。出院回家休养，每周的化疗时，着手着述《黄龙周虎》、《血泪篇》两部古谱棋评，计划出全卷15册的《中国围棋古谱精解大系》，病逝前已出版7册。在病中，陈祖德仍然保持着谦虚而自持的风范。中国围棋国家队的领队华学明曾回忆