崎拓创立自己的派阀近未来政治研究会（山崎派），之后甘利一直对山崎忠心耿耿。2000年7月，就任自由民主党财务委员长。在2004年的临时国会至翌年的通常国会担任众议院预算委员长。由于精通商工领域，在自民党内历任党商工部会长、众议院商工委员长。积极推进知识产权保护，主导促成《媒体内容的创造、保护及促进活用相关法律》。2005年，就任党政调会长代理。2006年自民党总裁选举，甘利反对自己派阀领袖山崎拓参选，一早就表示支持安倍晋三，并担任安倍的选举对策事务局长。在第一次安倍内阁担任经济产业大臣，就任当天就表