嫌《贪污治罪条例》「利用职务诈取财物罪」，遭到羁押禁见。中华民国最高检察署特侦组调查发现，邱义仁疑似在2004年担任国安会秘书长期间执行机密外交工作「安亚专案」，在执行完毕后仍向外交部表示，为了继续该专案，请求核拨五十万元美元；外交部因此拨付五十万美元旅行支票，事后有部分支票在海外赌场兑现。监察院调查后，弹劾邱义仁逾越权限指示黄志芳办理中华民国与巴布亚纽几内亚共和国建交事宜，严重斲伤政府形象，违失情节重大，于2009年8月17日发佈：经公务员惩戒委员会议决，「邱义仁、黄志芳均撤职，并各停止任用贰年。」