朝将澎湖划归福建泉州晋江县管辖，并派兵戌守。元、明两朝政府在澎湖设巡检司。明朝时期福建省和郑芝龙集团曾有组织地移民台湾。厦门自古有“扼台湾之要，为东南门户”之称，人民密切关系与往来。台湾人民70%的祖籍地源于闽南地区，因此台湾人日常生活中时常使用闽南语，闽西、粤东移民则多用客家语。16世纪，西班牙、荷兰等欧洲列强开始把触角伸向亚洲并殖民台湾。
早期历史.台湾本岛出现政权可追溯到17世纪。当时，台湾中部有一部落共主式的大肚王国。而荷兰及西班牙则分别在台湾西南部及西北部进行统治。164