至郡，倭寇突然到来。南誾率十余骑开门突袭，倭寇败走，于是被召回，授司仆寺正。南誾厌倦了当时高丽权门世族的腐败，与主张改革的李成桂、郑道传、郑梦周等新进士大夫来往密切，并与郑道传等人同为李成桂势力的中心人物。1388年，禑王在权门士族的煽动下决定进行辽东征伐，派李成桂出兵明朝的辽东。南誾认为这是对大国发起挑战，极力反对。兵至威化岛时，南誾与赵仁沃合谋，向李成桂提出回师兵变之议。南誾原本想推戴李成桂篡位，李成桂谨慎地不敢说话。威化岛回军后，南誾秘密向李成桂之子李芳远提及此事，李芳远令他不要声张。禑王被废位，