最终消灭南明，成为统治全中国的清朝（大清帝国）。其间塞外的蒙古诸部有的与清朝统治者联盟、联姻，如科尔沁部；有的则被清朝征服，如喀尔喀部、和硕特部、卫拉特部、察哈尔部、准噶尔部。最终当时整个东亚地区的蒙古部落隶属于清朝的治下。清代将蒙古分为设官治理的内属蒙古和由札萨克世袭统治的外藩蒙古。外藩蒙古又称之为内札萨克蒙古（漠南蒙古十六盟）和外札萨克蒙古、科布多（喀尔喀蒙古、漠西蒙古）。其中前者成为今内蒙古自治区的主体部分。清代后期的官方文书中出现了内蒙古和外蒙古的概念。内蒙古一词指内札萨克蒙古49旗，外蒙古则指