于五条港的船只常于夜间看见红色毫光，引导船只航行，追查后发现来源是工寮阁楼里的香火，后来信众集资建庙供奉，也因为此一典故，所以庙名取为「妈祖楼」。庙宇创立年代一般认为是古匾「圣奠鲸波」落款的干隆二十年（1755年），不过在干隆十七年（1752年）的《重修台湾县志》中已经记载有「妈祖楼街」。妈祖楼在道光廿一年（1841年）曾经重修，留有〈重兴天后宫碑记〉。之后在同治四年（1865年），民国五十年（1961年）、民国七十四年（1985年）重修过。该庙于2001年3月时发生火灾，三川殿、拜殿与正殿遭到烧毁