39年5月5日，赖传珠任江北指挥部参谋长，协助张云逸、邓子恢指挥新四军开辟皖东根据地。1940年10月，赖传珠任华中总指挥部参谋长。1941年，皖南事变发生，新四军军部被歼后于1月28日进行重组，赖传珠任新四军参谋长。此后，他协助陈毅、刘少奇、张云逸、饶漱石等人指挥华中抗日根据地斗争。
第二次国共内战时期.1945年10月25日去电刘少奇，坚决要求调东北去工作，为党在前方服务。1945年10月28日中央致电华中局及罗荣桓、李作鹏、陈毅、黎玉并告东北局：“（乙）华中叶飞纵队仍照前议去