其攻克京口，参刘裕建武军事。刘裕大军在进攻建康时于罗落桥与桓玄所派军队大战，虽然刘裕击败桓玄军，但檀凭之却战死，檀祗于是接管其所领军队。刘裕随后直取建康，桓玄弃城西走江州，刘裕在攻取建康后获推为镇军将军、徐州刺史，檀祗随转参镇军军事，并加号振武将军，与刘道规等人率兵追击桓玄。至义熙元年（405年）刘道规等军终击溃盘据江陵的桓振等人，迎安帝回建康，但当时还有桓道儿等人活跃于涢水、沔水一带，檀祗就将他们全部平定。檀祗后转龙骧将军、秦郡太守、北陈留内史。后桓亮、苻宏等桓楚残余势力于湘州起事，杀害官吏，檀祗就领兵讨