。万历五年（1577年），首辅张居正居丧夺情，十月十八日，吴中行上《谏止张居正夺情疏》，说张居正违背“万古纲常”，十月二十二日，与赵用贤各被廷杖六十。刑毕，中行气息已绝，中书舍人秦柱带医生来，灌以汤药，甦醒，身上腐肉割掉几十块。张居正死后，吴中行经孙继先举荐，恢复官职，起任侍讲学士，掌南京翰林院。同乡佥事徐常吉曾诉讼中行，给事中王嘉谟又借此弹劾，中行奉命家居等候消息，不久卒。追赠礼部右侍郎。
着作.有《赐余堂集》14卷，另有《吴翰林疏》、《复菴集》等。