5年（1916年），他建设了宁夏最早的公共图书馆。他还致力于地方志的编纂和珍贵古籍的保护。马福祥善于调节民族和不同教派的矛盾。二十世纪初，英国势力进入西藏，扶持班禅。达赖、班禅不和，达赖远走库伦（外蒙古乌兰巴托）。1906年9月，达赖移驻塔尔寺，阿嘉唿图克图认为达赖以客压主，二人产生嫌隙。塔尔寺阿嘉唿图克图（班禅派系）暴亡，其塔尔寺方面认为是达赖部下做法陷害所导致。随后矛盾激化，塔尔寺僧众与达赖卫兵械斗，时任西宁总兵马福祥闻讯与青海办事大臣前往调节。此时，达赖及其卫兵被塔尔寺僧众200多人包围在塔尔寺社