与祖尼河合流，穿过亨特谷，再与银溪（Silver Creek）和普埃科河（小科罗拉多河最大的支流）在霍尔布鲁克汇合，进入彩绘沙漠。进入沙漠之后，小科罗拉多河穿过耶和华城，与艾奇逊，托皮卡和圣塔菲铁路交叉而过，进入可可尼诺县和纳瓦霍族保留地，在大崃谷小科罗拉多河段下降约，经过卡梅隆附近的崃谷，并加剧侵蚀科罗拉多高原。小科罗拉多河形成的崃谷越来越宽，最终成为大崃谷的一部份，小科罗拉多河也终于汇入科罗拉多河中。
流量.小科罗拉多河是科罗拉多河在亚利桑那州的两大支流之一。根据卡梅隆附近