禅学取否定态度，重回家乡攻读儒学典籍。嘉靖卅七年（1558年）去陶山拜大儒家李滉为师。嘉靖卌三年（1564年）再次考中生员、进士科和明经科，历任户曹佐郎、吏曹佐郎、户曹判书、大提学等官职。在因病辞官期间，他回到地方专心从事书院教育事业。他在小年期的白仁杰的门下修学。22岁拜大儒家李滉为师。后与‘退溪李滉’一起并称为朝鲜思想界的‘双璧’，‘二大儒’。李珥的主理説不同于传统的朝鲜半岛朱子学，后经过发展成为一门新学派即“主气论”学派。李氏朝鲜社会各界都受到这种思想积极的影响，拟议的政改方案还积极参与政治的各个