酶较喜欢以三磷酸腺苷（ATP）作为转录的开始，依次其次是三磷酸鸟苷（GTP）、三磷酸尿苷（UTP）及三磷酸胞苷（CTP）。与DNA聚合酶相反，RNA聚合酶包含了解旋酶的活动，所以无须另外的酶来卷开DNA。
细菌的RNA聚合酶.在细菌中，相同的酶催化三种RNA的合成：信使RNA（mRNA）、核糖体RNA（rRNA）及转运RNA（tRNA）。 RNA聚合酶是相对大的分子。核心酶有5个亚基（~400 kDa）：为着与启动子的特定区域结合，核心酶须有其他亚基，称为σ。σ因子大大减低