67年冬，郑彦棻调任总统府副秘书长，1972年升为秘书长。1969年4月，再度当选中国国民党中央常务委员。1978年5月20日，蒋经国就任中华民国第六任总统，郑彦棻改任总统府国策顾问，同时担任光复大陆设计研究委员会委员。1979年，应中国文化大学创办人张其昀之邀，在三民主义研究所开设“五权宪法专题研究”课程，并兼任博士研究生指导教授。晚年，郑彦棻曾患大肠癌，但他战胜病魔，并参与防癌知识传播工作，指出“癌症不可怕，我就是见证！”1988年3月12日，郑彦棻的妻子伦蕴珊在台北三军总医院病逝，郑彦棻将妻子葬在