到了后三条天皇，因其非藤原氏所生，亲政后极力夺回政权。藤原氏的外戚集团引起了整个朝廷的矛盾，摄关政治主要透过外戚的身份来干政。后三条天皇不愿当摄关家的傀儡皇帝，结合了反对藤原氏的各种势力，整理庄园、整顿朝政、积极恢复皇权。后三条天皇引入了自己的亲信村上源氏的源师房，并在1069年发布了庄园整理令，整顿藤原氏所属的庄园。地方反对藤原氏的「受领阶级」也参与了反对藤原氏的运动。藤原氏大量的庄园被划归为上皇直属的「院领」。1073年1月，后三条天皇让位予白河天皇，却开设「院厅」，意图以上皇之姿重新掌控朝政；却在