将不会再受政务司司长管辖，将隶属行政长官办公室，故不少人认为曾荫权的权力被架空，变成「无兵司令」。曾荫权否认问责司长会游手好闲，又说不应计较个人荣辱及权力得失。外界指曾荫权的港英政府工作背景，使他实际上被中央政府和董建华投闲置散。2003年严重急性唿吸系统综合症爆发后，曾荫权被指派主理全港清洁，被香港传媒揶揄为「清洁大队长」。「清洁大队长」一词深入民心，。此后处理西九龙文娱艺术区发展计划及香港政治制度改革。
署理行政长官.2005年3月10日，董建华以健康理由宣佈辞去香港行政长