番台没有设置厕所而设置固定式座位。为了提供无障碍设施，列车设置停放轮椅空间以及无障碍厕所。列车的编组载客量0番台134人（座位40人、立位94人）以及100番台140人（座位48人、立位92人）。为了能够在地方交通线行驶，增设了车资显示器以及投币箱等一人控制专用设备，以及设置半自动车门。车门上方设置LED显示幕。
驾驶设备.驾驶设备以313系四期车为基础设计，将零组件共同化，因此KiHa 25型成为JR东海第一款使用单一把手控制方式的柴联车。列车的铁路安全装置採用自动列车停止装置