。在平流层，当转折至增温层时温度已上升至约200K，高度大约是320公里，压力为1微巴。在增温层，温度继续上升，大约在1,000公里高处温度高达1000K，该处的压力大约为1纳巴。木星的对流层有一个复杂的云系结构。可见的云层，位于气压在0.7–1.0巴，是氨冰构成的，在氨冰云之下，是硫化氢氨或硫化氨构成的云（压力介于1.5–3巴），还有水（3–7巴）也可能存在。因为温度太高，该处没有甲烷构成的云，水气构成的云是最密集的，并且对大气动力学有最强的影响。这是水相对于氨和氢化硫，比较之下有较高的凝结热和水的高