起义兵讨伐桓玄，桓玄兵败撤离建康，刘裕遂入建康，置留台百官。王谧与众官推刘裕为扬州刺史，刘裕辞让，并以王谧为侍中、领司徒、扬州刺史、录尚书事；而王谧就推刘裕为使持节、都督八州诸军事、徐州刺史。不过，王谧自以自己受桓玄所宠信，参与了桓玄篡位的行动，并在桓楚担任了司徒，故此自感十分不安。而刘毅亦常责问王谧「玺绶何在」，正谓当日王谧奉玺绶禅让帝位予桓玄的事，更令其恐惧。不久，王愉和王绥因自疑而图谋攻袭刘裕，因阴谋泄露而被刘裕诛杀，王谧堂弟王谌当时就劝说王谧到吴国起兵，对他说：「王绥无罪，而义军诛杀他，是在除去