病重的消息后，一向面派人去问候王敦，另一方面却微服到芜湖观察王敦的营垒，又向大臣询问王敦的起居。后问光禄勋应詹应否讨伐，应詹劝他讨伐，于是决定了进攻，加司徒王导为大都督，领扬州刺史；以温峤和卞敦守石头城，应詹守朱雀桥，郗鉴都督从驾诸军事。另亦召命临淮太守苏峻、兖州刺史刘遐、徐州刺史王邃、豫州刺史祖约、广陵太守陶瞻一同入建康保卫建康并助讨王敦。王导带领子弟为王敦发丧，而司马绍亦假称王敦已死，下诏讨伐王敦的党羽；众人都以为王敦已死，士气增强。王敦接诏后大怒，但因病重而不能领兵，于是命王含为元帅，命钱凤与冠军