负面影响就是这些新军基本上都是地方自筹自招自练，中央根本无法掌握其控制权，在这种情况下已经註定了各地军阀出现之必然定局。除了各地自筹之新军以外，位于中央的北洋六镇在忠诚性问题上对于清廷也是极大的隐忧，北洋新军在核心架构上是以袁世凯于小站练兵时所训练的军官做为军队骨干，对于袁世凯个人的效忠性还比清朝廷来的大；此点清廷并非不知情，因此袁世凯在光绪帝及慈禧太后相继去世后失势，基本上就是为了削弱袁世凯对新军之影响力，不过此作法完全失败，辛亥革命发生时，北洋六镇虽接获清廷讨伐革命党的命令，但是却赓续地观望，没有进