加快。学者估计，印加人口下跌速度最高的中安第斯山脉地区，在1520年至1571年间，人口下跌比率达到54:1。疾病是造成人口下跌的主要原因。西方人在不知不觉之间，将旧世界的疾病带到新世界。疾病对原住民所造成的打击，比战争所造成的打击深重。印加并没有阿兹特克、玛雅那样的书写传统，所以学者很难估计人口下跌的数字，也无从得知西班牙人到来后所发生的事件。不过，疾病显然在西班牙人进入印加地区之前，就开始蔓延了。出血性天花在1524年就进入了安第斯山脉地区。西班牙人的文献显示，疾病重创了原住民，导致原住民无力反抗。