永初四年，马融任命校书郎中，到东观去校理宫禁秘书。这时邓太后执掌朝政，邓骘兄弟辅佐朝政。朝廷废除了狩猎之礼，废除讲习战阵之法，贼寇趁着这时肆无忌惮。马融认为文武之道，没有一样可以废弃，便于元初二年（115年）献上《广成颂》作为讽刺。颂文呈上以后，得罪太后，以至于马融一直待在东观，十年没有得到升迁。随后马融借着长兄之子去世自我弹劾，回到家中。邓太后认为马融对朝廷的授职感到屈辱，于是下令他不许再做官。邓太后去世后，汉安帝亲自管理朝政，并且召回马融，让他在讲堂讲论经义。后来派他去河间王那里担任厩长史。当时