名义参选，成功争取连任。2006年，公民党成立，吴随即加入。2007年，立法会审议《深圳湾口岸港方口岸区条例草案》拨款，普遍认为是技术条文，吴霭仪察觉到草案籍机推行一地两检之虞，在2007年4月26日会议第一个指出。后来广深港高速铁路香港段果真推行一地两检，获传媒追封为第一个警告一地两检的人。2008年，吴霭仪萌生去意，但最终参选并连任。2012年，吴霭仪卸任，由新人郭荣铿代表公民党角逐香港立法会法律界议席，结束议会生涯。2019年8月18日参与「煞停警黑乱港 落实五大诉求」集会，在2020年4