毛泽东、康生、陈伯达等人的强烈反对；1960年他被迫辞去北大校长职务，并遭到软禁，随后又被免去全国人大常委的职务。期间，毛泽东还让人向马寅初放话：“马寅初先生不服输，不投降，可以继续写文章，向我们作战嘛！他是个很好的反面教员嘛！”大跃进直接造成了三年困难时期，据各方估计有数千万人因此非正常死亡，1960年首次出现了不正常的人口负增长、计划生育被搁置。 而1950年代，中国大陆的总和生育率高达5.9。
三年困难时期后.三年困难时期过后，1962年中国出现了补偿性人口生育高峰（婴儿