琪翔改为「第三党」中央委员会书记，成为该党之领导，一直至1947年。1932年发生一二八事变，十九路军在上海抗日。十九路军原为第四军十师，与黄琪翔有旧，黄组织义勇队协助抗日。及后十九路军被调往福建剿共。1933年11月，十九路军于福建发动政变（称闽变），第三党参予其事。在福州召开「中国全国人民临时代表大会」，黄琪翔为代表大会主席，成立「中华共和国人民革命政府」，黄为十一名政府委员之一，同时兼任军事委员会参谋主任。闽变因得不到各方支持而迅速失败，黄再次流亡海外赴德国。1935年11月，「中国国民党