动画中的故事发生在庆长十九年（1614年），伊贺与甲贺两族忍者各代表德川幕府大将军德川家康的孙子竹千代与国千代相互厮杀，来决定三代将军的人选。而这两族忍者，分别为甲贺卍谷众和伊贺锷隐组，战斗在这二十名忍者间展开。
故事大纲.庆长十九年（1614年），取得天下的德川家康为继承问题堪忧，他不想牺牲自己麾下的武士，便令相互仇视的伊贺和甲贺两大忍术宗家相争，进行十人对十人的忍术生死战，以解决继承问题。甲贺隶属国千代派（德川忠长），伊贺隶属竹千代派（德川家光），双方宗长在卷轴写上门下十个