作为山伏修行。1116年（永久4年），补任二代。1107年（嘉承2年）5月，授予法眼。同年12月鸟羽天皇即位，行尊成为其护持僧，因加持祈祷灵験，朝廷公卿对行尊产生崇敬态度。之后，行尊任园城寺长吏，1123年（保安4年）成为天台座主，但因其在延暦寺与园城寺之间的冲突，行尊于6日后就辞任。1125年（天治2年）成为大僧正。此后，他连续担任各寺的别当，同时复兴了本渐衰弱的园城寺。鎌仓时代编纂的《寺门高僧记》收录有行尊的《观音霊所三十三所巡礼记》，该文得到了“西国三十三所巡礼”的切实初见史料的评价。另外