的结局时候，弗里曼开始为谜一般的人物G-Man工作，而对立力量的地结局则是阿德里安·谢泼德神秘的消失。但是蓝色偏移中，巴尼和科学家们从黑山逃了出来，躲过了G-Man的眼睛。其中有两个人：艾萨克·克莱纳博士和伊莱·凡斯博士（Alyx的父亲）会和巴尼一起在半条命2中再次出现，这次他们的脚步移到了17号城。
相关模组.有《蓝色行动》的爱好者利用Source引擎制作全新版本的《蓝色行动》。