"在蒙古文意为「湖泊」，"pteron"在古希腊文意为「翼」，是翼龙类的学名常见字根。正模标本（编号V.4062）包括头颅骨前段、下颌、嵴椎骨、部分的四肢骨头、与骨盆，也曾在蒙古国科布多省发现其他个体的化石。杨钟健认为湖翼龙是相当类似同时代的准噶尔翼龙，虽然体型比较小。牠们拥有长且窄的颈部嵴椎，下颌前部类似准噶尔翼龙，没有牙齿，具有冠饰。这些牙齿发展良好，而且相隔距离远。湖翼龙的口鼻部笔直，尖端没有往上弯曲，这点不类似准噶尔翼龙。
分类.因为湖翼龙与准噶尔翼龙的相似处，牠们