嘉靖三十二年（1553年），因倭寇袭扰，攻陷青浦县城，县内被完全破坏。同时，华亭县人时任给事中的张承宪上奏，认为青浦县治过于偏僻，不便于华亭乡民缴税，请求废县。当年废青浦县，辖地仍归华亭和上海两县，但在原县治仍设一通判。次年，倭寇再度侵袭唐行镇（今青浦县城）和珠街阁（今朱家角）等地，抢夺漕粮入海。三十五年五月，在把总刘堂的进剿下，在泖湖、淀山湖大败倭寇。此后，青浦地区的倭患逐渐平息。隆庆三年（1569年），首次进行履亩清丈。隆庆六年（1572年）七月，据右佥都御史张佳胤奏，复设青浦县。九月初一，青浦