出征2016年瑞士女排精英赛，这是惠若琪两次手术后第一次的比赛，最终带领中国女排夺冠，个人更夺得最佳主攻及最有价值球员（MVP）。同年2016年奥运会带领中国女排出战，面临小组赛的失利，最终在决赛圈先后战胜巴西、荷兰和塞尔维亚，夺得奥运金牌，此次为2004年奥运会后中国女排再次在奥运会上夺冠。2017年以队长身份，带领江苏女排斩获2016 - 2017年赛季中国女子排球联赛冠军，这是惠若琪第十年的女排联赛，亦是江苏女排历史性首次的联赛冠军。同年中华人民共和国第十三届运动会，再度以江苏女排队长身份斩获冠军