成立的民国政府希望能继承接收这批清末订购的军舰，经过商议，以民国政府向承建厂商开具高价贴息国库券的方式，结清剩余款项。肇和号、应瑞号两舰因此得以回国。不久全国进入了动荡的军阀混战时代，两舰从此分道扬镳。其中应瑞号长期留在中央海军序列，跟随闽系海军先后依附皖系、直系、南京国民政府，抗日战争期间被日机击沉。另一边，肇和号选择加入护法舰队，但随即卷入了地方军阀和护法军政府之间的冲突之中。1923年护法舰队解散，肇和号随原护法舰队主力加入直系的渤海舰队，后又辗转于奉系、粤系。抗日战争初期的虎门保卫战中，肇和号同