后码头位置有冲突的东涌线掉头隧道一旦被迁，将和计划中的北港岛线添马站位置不协调。而一直反对拆卸皇后码头的香港建筑师学会，转移态度认同政府原址保留技术上不可行的说法，同意先迁码头，后再重置，并称为「无奈地提出折衷的方案」。另外保护海港协会及文化界人士包括牛棚书院院长梁文道、城市大学中国文化中心助理主任马家辉、香港大学社会学系副教授吴俊雄、香港中文大学人文学讲座教授李欧梵、岭南大学文化研究系教授陈清侨发起原址保留码头的运动，举行音乐会，收集反对拆卸皇后码头400名文化界人士签名，表示皇后码头不能有任何迁移。