上海两次召开秘密会议，但未能统一意见，做出决策。此时袁世凯与五国银行团签定2500万英镑的借款协定事之后，立即准备对国民党进行讨伐。北洋军兵分二路，东路由第2军军长冯国璋率第4、5两师及张勋、雷振春、倪嗣沖等部由津浦路与河南向南京、安徽进迫，另派海军由郑汝成率领在上海登陆，抢佔上海制造局。在部署基本就绪之后，于6月撤免李烈钧等人都督职。此时李烈钧密抵湖口后，设立了讨袁司令部，任命林虎为左翼司令，方声涛为右翼司令，何子奇为湖口守备司令，7月12日，李烈钧发佈讨袁檄文及通电，此时黄兴于15日宣佈讨袁，在南京任讨