挥武胜上书请求罢免三者职位，惠帝将要批准时，方孝孺称：“一旦兵罢后，就不可能聚起了，请不要被迷惑。”惠帝于是决定坚持与燕军作战。不久，燕王朱棣攻占沛县，烧毁粮船。当时黄河以北部队无战功，而山东德州的饷道被封，方孝孺为此忧心焦虑。于是建议惠帝派遣锦衣卫千户张安带玺书于燕世子朱高炽，假借与朱高炽签订密约为由，离间朱高炽与其弟朱高煦，使朱棣生疑北返，以打通通往德州的饷道。后送递时，朱高炽得书不启封，离间于是未能成功。建文四年（1402年）五月，燕军抵达长江以北，惠帝下诏在各地征兵。方孝孺称：“情形已经非常紧急