以北归台北府，以南归台湾府。后来台湾设省时，首任巡抚刘铭传提议在彰化县桥孜图（桥仔图）建立省城，同时将台湾府治移到省城，附郭地区（原彰化县东北部）设台湾县。原本的台湾府治及附郭则改为「台南府」、「安平县」。台湾府的府治所在地台湾府城涵盖今台南市中西区东半部、东区小部分及北区小部分，设省之后改设于新建的省城。台湾府的主官为台湾知府，建省前后分别受台厦道、台湾道、福建台湾布政使及福建台湾巡抚等官职制约。1895年，台湾被清朝政府依照《马关条约》割让予日本后，台湾府不再设置。