傀儡政权的方式，而是直接任命当地伯克管理各城。此后，叶尔羌汗国彻底灭亡。速檀阿哈玛特有子莽苏尔，居于吐鲁番，后被准噶尔人迁至喀喇沙尔（今焉耆县）。大小和卓之乱时逃往叶尔羌。干隆二十四年（1759年），朝廷以其为元太祖成吉思汗后裔，令迁居北京，封为一等台吉。