升入南斯拉夫足球甲级联赛，球队在最高级别的联赛中打了五个赛季，最终在1987年降入乙级。在1990年，球队队名重回最传统的施巴利亚至今。施巴利亚在1990年代的克罗地亚足球甲级联赛打了多个赛季，最高排名是第五名。直到 2003–04 赛季降入克罗地亚足球乙级联赛，赛季中球队由于球员转会财政问题被处以扣除6分。2004–05赛季，球队在乙级联赛中以比第二名高出很多分得优势得以升入甲级。 施巴利亚在克罗地亚盃中也去了不错的成绩，1999年闯入决赛但输给了NK奥西耶克和2004年的准决赛。