尔事件中印度指责真纳在背后秘密支持非正规军的入侵，而在世界面前则假装无辜。一些历史学家则认为真纳可能被一些有野心的巴基斯坦高官蒙蔽。巴基斯坦内部对真纳的批评主要集中在他接受了一个被阉割了的巴基斯坦。穆斯林联盟计划中的巴基斯坦包括整个孟加拉、旁遮普和北方邦。但是在巴基斯坦建国之前东旁遮普、西孟加拉就被从穆斯林占多数的地区分开了。克什米尔成为（而且至今继续是）两国争论的地区，北方邦则因其印度教徒多数被划给了印度。这使得巴基斯坦受到地盘和战略上占优势的印度的威胁。真纳的总督任期也被争论。有人认为他播的民主