程标准中，台湾史首次成为独立单元，但仍附属于中国史之中。同时，教育部长吴京任内，于1997年在国中推出《认识台湾》教材，分为社会、历史、地理三册，首次将台湾相关史地整合成单一课程，在国中教授。但其内容受到部分学者反对，以台师大历史系教授王仲孚为首，集合王晓波、黄丽生、潘朝阳、陈昭瑛等人，编写《认识台湾国中教科书参考文件》，批评《认识台湾》教材涉及台独意识及及日本皇民史观。
95暂纲.在陈水扁总统任内，开始九年一贯教育课程，2001年，教育部长黄荣村聘请委员重新修定课纲，由清大历史系