2001年，二合宣佈退出联赛，陈家麒遂转投南华。惟只效力了一季，2002年，陈家麒再转会加盟晨曦，效力7年后于2009年夏天约满被弃用，遂转会至香港丙组(地区)联赛球队深水埗，并协助球队三季内升上甲组。2011至2012年球季结束后，在深水埗降班乙组的情况下，陈家麒宣佈退役。2011年3月，陈家麒正式开始于圣若瑟书院任教体育。2012–13年赛季起，陈家麒加盟大埔教练团，出任守门员教练。2013–14年赛季，大埔降级至乙组联赛，陈家麒重返球场兼任守门员。2014–15年赛季，大埔重返