党在议会中的席次逐渐增加，由地方势力进而成为立法院的主要反对党；其所属的新潮流系，也成为民进党的重要派系。1989年，邱义仁反对民进党美丽岛系大老张俊宏访问中国大陆，指责张俊宏访问中国大陆是「出卖台湾」；但1998年7月，时任民进党秘书长的邱义仁应厦门大学台湾研究所（厦门大学台湾研究院前身）邀请参加研讨会，返回台湾后公开表示，「民进党是选举党，选票就是答案，再现实不过」，所以在台湾海崃两岸关系问题上「民进党强扮黑脸是误国误民」。1998年8月1日，在邱义仁到民进党中央党部参加新旧主席交接典礼时，建国广场