除了管理军政、旗务以外，还兼管地方民政、民刑等事宜。黑龙江将军统管八旗驻防、水师营、火器营、打牲总管衙门、八旗官学等。民事上设有印房、银库、刑司、户司、兵司、工司等机构办事。
驻地.康熙二十二年（1683年），初置黑龙江将军，宁古塔副都统萨布素升任，驻黑龙江东岸的爱珲 (旧城)。康熙二十三年（1684年），萨布素移驻黑龙江西岸的爱珲新城（黑龙江城）。康熙二十九年（1690年），移驻墨尔根（今嫩江县）。康熙三十八年（1699年），萨布素复自墨尔根移驻齐齐哈尔。此后二百多年，黑龙江将军