何绍基早年是阮元、程恩泽门生，颇得师长器重欣赏。
参与科举.道光十五年（1835年），何绍基考中乙未恩科乡试第一（解元）。翌年（道光十六年；1836年），又考中丙申恩科殿试，获得第二甲赐进士进士出身，被选为庶吉士，后任翰林院编修、文渊阁校理等职。之后也曾主持过福建、贵州、广东等省的乡试。咸丰二年（1852年）任四川学政，因谤卸官，主讲济南、长沙等地书院。同治十二年（1873年）卒于苏州。但《清史稿·卷四百八十六》云：同治十三年，卒，年七十又五。