仁和3年（887年）8月25日恢复皇族身份，并于隔日被册封为皇太子，同日因光孝天皇驾崩而践祚，于同年的11月17日举行即位仪式。
生平.他重用了藤原时平和菅原道真而造就了宽平之治。888年（仁和4年），他命人建造了仁和寺。他是宇多源氏（近江源氏）佐佐木氏的先祖。后因藤原时平权势日增，权门贵族也对他的政策多方抵制。897年宇多天皇决定让位给13岁的敦仁皇太子（醍醐天皇），他自己则在仁和寺剃度出家，人称宇多法皇。醍醐天皇登基后，藤原时平和菅原道真分别担任朝廷的左右大臣，菅原道真