印度尼西亚东部位于珊瑚三角（Coral Triangle）的范围内，该区域约有1,650种珊瑚鱼。英国自然学家阿尔弗雷德·华莱士提出分隔亚洲及澳洲物种间的隐形界线，即华莱士线，该界线大致沿着巽他陆棚边缘，于加里曼丹及苏拉威西间，于小巽他群岛位于峇厘岛及龙目岛间的龙目海峡，该线以西为亚洲生物相，以东为澳洲生物相。在《马来群岛》一书中，华莱士即描述这区域物种相当丰富。该线以东至新几内亚一带即称之为瓦拉西亚（Wallacea）。
环境问题.印度尼西亚大量人口及快速工业化造成严重的环境问题