石器时代的台东长滨文化、苗栗网形文化、台南左镇人以及新石器时代的大坌坑文化、台北圆山文化、营埔文化、台东卑南文化、台北十三行文化。而马来-玻里尼西亚语族在也于13世纪以前就存在于台湾岛上，这些原住民族分佈于台湾全岛，属于南岛语系。台湾原住民的缺齿、纹身、口琴、卉服、织贝、腰机纺织、、亲族外婚、亲子连名制、年龄分级、老人政治、鸟占、猎首、灵魂崇拜、室内葬等特征，都属印度尼西亚古文化特质。虽《三国志》记载三国时代孙吴曾派军登陆夷洲，《隋书》有隋炀帝派兵攻打流求国的记载，但并无资料可证明这些中国古籍所载地名是今日