仲恺放弃广东省省长，蒋介石也拒绝让黄埔师生参加北伐，只派一连兵到韶关保卫孙。9月4日，孙在广州组建北伐讨贼军，以谭延恺为总司令，联合卢永祥、张作霖、段祺瑞，“共抗直系”，准备北伐。9月第二次直奉战争爆发，孙指示于右任、焦易堂、徐谦等秘密与冯玉祥、胡景翼、孙岳联系，对其做争取工作。孙送给冯玉祥6,000本《三民主义》、1,000本《建国方略》和《建国大纲》。冯玉祥将这些书发给其官兵阅读学习。10月下旬直系第三军军长冯玉祥，率军自长城前线回师佔领北京，软禁总统曹锟，冯玉祥部和胡景翼、孙岳部组成国民军。10月9日