理初期的最高行政机关，1945年9月1日成立、1947年5月16日解散。最高首长为台湾省行政长官，仅有陈仪一人担任过此职。陈仪本人集行政、立法、司法于一身，还身兼军事大权，被民众诟病为新总督。影响台湾后世甚鉅的二二八事件即发生于该机关设置之时。第二次世界大战后，中华民国国民政府从日本手中接管与统治台湾、并设为省份，但并非与其他省份相同设置省政府，而是设置「行政长官公署」此一特别行政组织，并同时负责南海诸岛的接收工作；但由于长官公署统治政策错误与种种倒行逆施，政治腐败、贪污横行，以及民不聊生之下，导致台湾