南京建都，冯桂芬奉命在南京附近的苏州组织团练，与太平军对抗，升右中允。咸丰十年（1860年），太平军攻克苏州，冯桂芬逃往上海，继续参加组织由江浙官绅与英、法、美等国领事组成的全防局，1862年以后参与李鸿章的湘军以协助镇压太平天国运动，以英美兵器经验自创淮军。晚年曾先后在金陵、上海、苏州等书院讲学，从事着述。同治十三年四月十三日，冯桂芬病死里第。光绪二年，入祀名宦乡贤祠。
思想.他提出“采西学、制洋器、筹国用、改科擧”的新建议，主张「以中国之伦常名教为原本，辅以诸国富强之术」，即“