成为神佛习合的灵山。历史上，山田庄成为平家的没官领是在文治3年（1187年），源赖朝捐赠给左女牛八幡宫（根据《吾妻镜》，<若宫八幡神社文书>），因此可以推定，六条八幡宫实际的创建应该是在这时期左右。
室町时代以后.室町时代的文正元年 （1466年），建立了三重塔。到了近世，贞享5年（1688年），再建了今日所见的本殿。在明治时期，因遭受废佛毁释废除了神宫寺。在明治时期的近代社格制度中被定为乡社。之后，便以八幡大神为祭神了。
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