全本土政策争议.公元二零一一、一二年，兴农牛队教练团为积极培养本土选手，如阳建福、林英杰、陈焕扬等，实施全本土政策，曾暂停外聘外籍球员，全面启用本土投手来支撑比赛，不料团队战力并未提升。
兴农二军.2009年，因米迪亚暴龙、中信鲸两支球队相继解散，兴农牛自两队补进多名优秀选手，人员充足；同时兴农牛已无法与其它球队共组代训队，体委会有意补助每一支球队每年1500万代训费用，成立兴农二军。
义大犀牛（2013－2016）.2012年球季结束后，因长年中华职棒