洲电台的部份资金来自中央情报局冷战相关项目基金。1950年代成立、在东南亚及越南战争期间多次支援隐蔽行动的「」即由中情局特别活动科运作，该单位于冷战时期曾在台湾管理支援美军后勤的亚航公司。美国驻香港总领事馆内设有美国中央情报局分站，并由美国海军陆战队使馆警卫队把守。证实此传闻的为揭露「棱镜」计划的前美国中央情报局人员爱德华·斯诺登。
被指与其关系相密切的机构.有部分的评论家以及阴谋论者认为，CIA除了在自由亚洲电台方面提供过资金支援以外，也对于美国国家民主基金会和无国界记者