对大总统黎元洪态度蛮横无礼，久之黎怀恨在心。徐树铮在国务院与内务总长孙洪伊有矛盾，段祺瑞下令将孙撤职，让徐到总统府盖章。黎元洪拒绝盖章。府院陷入僵局，元老徐世昌出面调解，最后徐树铮孙洪伊共同被撤职，才算了结。一波未平一波又起，在要不要参加第一次世界大战对德国宣战这个问题上，双方冲突更趋激烈。1917年3月4日，段祺瑞偕同全体阁员（外交总长伍廷芳没有参加，因伍已提出辞呈）到大总统府，请黎在国务院向国会提出对德绝交案的咨文上盖印，黎拖延不办；段愤而提出辞职，离京赴天津。后在冯国璋调解下，段返京，并经国会通过