学院、医学院、神学院四所大学学院以及一所附属预科学校，成为获得美国政府认可的在华教会学校。此时的圣约翰已经初具规模，拥有了一座礼拜堂（圣约翰座堂）、一座以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”和另一座用庚子赔款所建起来的“思颜堂”（纪念学校的第二任校长颜永京牧师）。1913年，圣约翰大学又开始招收研究生。1925年五卅惨案发生后，曾有19名教职员及553名学生因对学校当局不满而离开圣约翰大学，自组光华大学（该校在1951年院校调整中并入华东师范大学）。1936年开始招收女生，后来发展成为一所拥有5个学院