科米诺岛随着马耳他而历史变迁。在罗马帝国时期，马耳他与科米诺岛为帝国治下的自治区。从罗马帝国灭亡到十三世纪这一段时间里，科米诺岛与马耳他一起相继受拜占庭帝国、阿拉伯帝国、诺曼人、神圣罗马帝国以及法兰克人的统治，并于诺曼统治后，与马耳他一起成为新成立的西西里王国一部分。<br>该岛崎岖的海岸线有着许多如星星般点缀的深邃洞穴，这些洞穴在中世纪时期开始就受到海盗，以及掠夺者们的欢迎。岛上的洞穴和海湾经常被海盗们当作藏身之所，或被用作袭击、掠夺从马耳他岛和戈佐岛之间经过的各个不幸船只的中转站。因此，该岛在数百年