四州行台。樊子鹄到汲郡，听说尔朱兆入洛阳，孝庄帝自杀，于是渡黄河会面尔朱仲远。尔朱仲远派樊子鹄驻汲郡。尔朱兆召樊子鹄到洛阳，到达后，尔朱兆说他背离尔朱氏，夺其部众送到晋阳。纥豆陵步藩之乱爆发，樊子鹄为都督，徴发食粮武器。担任侍中、御史中尉、中军大都督，随元晔至洛阳。太昌元年（532年）兼尚书左仆射、东南道大行台，追讨尔朱仲远。尔朱仲远亡命南朝梁，樊子鹄收纳他的兵员武器。梁武帝萧衍派遣元树攻打北魏，攻下谯城。樊子鹄攻破元树，包围谯城。樊子鹄被加仪同三司。分遣兵马攻下梁朝苞州、然州、宕州、大涧、蒙县五城，元