后隆武帝出征，留他和邓王朱器䵺监国。1646年（隆武二年），南明重臣郑芝龙拒不发兵，以致清军队长驱直入福京，并于长汀俘虏隆武帝，隆武帝殉国，时为唐王的朱聿和隆武朝的宫员逃到广东省广州府番禺县，而其他南明势力则在肇庆府推举明神宗之孙、崇祯帝堂弟桂王朱由榔为监国。同年十月十六日，江西赣州失守后，朱由榔政权大惊，于十月二十一仓皇从肇庆逃往广西梧州，置广东全省于不顾。于是，大学士苏观生，在广东权力真空与一众明朝藩王已由海路到达广州的情况之下，联同大学士何吾驺、广东布政使顾元镜，侍郎王应华、曾道唯等拥立朱聿为