名称为“最终幻想VI Advance”。Game Boy Advance版新增了一些游戏要素，使用了略有改进的画面，北美版按照日版名称重新翻译了魔法和怪兽名。然而游戏取消了PlayStation版的全动态影像。移植版加入了四个新幻兽：利维坦、基加美修、仙人掌和迪亚波罗斯。该版本新增了两个场景，其一是龙穴迷宫，其中有在原版中有代码但未使用的皇帝龙；其二是“灵魂神殿”，在这里玩家可以连续不断的和怪物作战。此外游戏还加入了三个新技能，并修正了原作的几个bug。和其它掌机最终幻想移植版类似，游戏加入了怪兽图鉴和音乐