年仅13岁的他于1604年继任汗位。即位后的林丹汗马上面临着两大棘手的问题，一个是要有效控制蒙古各部；另一个是要对付努尔哈赤所领导下的后金的崛起。他为了巩固以自己为中心的蒙古大汗地位，在当初辽代庆州的旧址上修建了瓦察尔图察汉城（又称白城，遗址在今内蒙古赤峰市），以此地作为整个蒙古的政治、军事、经济、文化的中心，在直接控制着内喀尔喀巴林、扎鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌等五部的同时，也遥控蒙古其他部落。
与努尔哈赤的战争.即位后第四年的林丹汗就与后金爆发了冲突。1608年努尔哈赤的长