至南昌站，增设西铁八达通转车优惠，让西铁乘客可免费接驳至尖沙咀。本线同时提升至每日全日服务，以方便西铁乘客，及取代K15线。本线便成为唯一一条能同时接驳西铁和东铁的九铁巴士路线。配合尖东站启用，在2004年11月14日，K16缩短至尖东站。当时以梳士巴利道作总站，2005年2月27日迁往尖东站K出口旁的尖东站公共运输交汇处。2008年6月8日，九巴加价，本线收费由$4.3增至$4.4（小童及长者收费由$2.1增至$2.2）。2009年8月16日，港铁九龙南线正式通车，西铁线经柯士甸站及尖东站延伸