开课，三校师生在条件极其艰苦的情况下开展教学、科研工作。1939年因战局吃紧，政府宣布停付庚款。清华农业、航空、无线电、金属、社会调查五研究所自行设法维持。8月，清华决定恢复文科研究所，设中文、外文、历史、哲学四部。1940年，因联大校园屡遭日军轰炸，教育部命联大迁川。8月，联大决定于四川叙永设立分校，命一年级及先修班新生前往上课。11月，为了培养大后方中小学教师，联大成立师院附设学校。1941年1月，叙永分校开始上课。4月，清华大学成立卅年，师生于昆明举行纪念会，出版学报纪念专刊。8月，叙永分校结束运作，