月6日正式登基。任期之初，他首先大力整顿前任教宗保禄四世遗留下来，即使在当时看来也异常严重的裙带关系。保禄四世的两个侄子，Carlo Carafa 枢机和 Paliano 公爵 Giovanni Carafa 都被处死。1562年，庇护四世重新召开儒略三世时（1552年）中断的特伦多会议。会议上，罗马受到来自法国和西班牙的压力，但庇护四世仍然取得了满意的成果。会议致力于对当时天主教会内部的改革，建立培养神职人员的修院等。会议的结果最终颁布为《天特会议信纲》（"Professio fidei triden