kkelsen (1998)认为筒柱螺属实际上属于带壳的囊舌总目中的长足总科。这种分类学方面的转变是基于许多特征的相似性提出，包括有：消化系统、生殖系统、外套膜相关系统和神经系统。
2005年分类.根据2005年的《布歇特和洛克罗伊的腹足类分类》，筒柱螺科是筒柱螺总科（Cylindrobulloidea）之下唯一的一个科，而筒柱螺总科亦是后鳃类非正式群组之下Cylindrobullida群组的唯一成员。本科并没有亚科。
2010年分类.Maeda et a