家康赐予远州马伏冢城和鎌田乡。天正10年（1582年）6月，织田信长在本能寺之变中死去，在家康期间，清长以小荷駄奉行身份担任殿军之职，却不幸被盗贼以铁砲击伤。同年，清长获赐予骏河，同时获得骏河先锋25名骑兵。在天正12年（1584年）爆发的小牧、长久手之战中，清长亦有参战。战事结束后，他作为使者与丰臣秀吉会面，并且得到其赏识，在天正14年（1586年）获赐姓丰臣，成为从五位下河内守。同年，清长开始担任兴建聚乐第的，并且获秀吉赏赐由刀匠铸造的脇差。在天正18年（1590年）爆发的小田原征伐中，受秀