覃振只好回到桃源，同宋之昭结婚。婚后为躲避官府追捕，覃振第二次流亡日本。1905年中国同盟会在日本成立，覃振作为华兴会骨干是发起人之一，曾经担任中国同盟会总部评议员。1906年，覃振被黄兴派回中国，策划同盟会的起义。后覃振与禹之谟等人因试图利用公葬陈天华、姚宏业的机会宣传革命，又被官府追捕。覃振不得不第三次流亡日本，到早稻田大学法律系就读。覃振也是共进会的发起人之一。1908年，覃振和共进会领导人焦达峰等回到中国准备发动起义。覃振在到达长沙的当日即被官府擒获，判处终生监禁。1911年武昌起义爆发