唐朝元康《肇论疏》3卷，惠澄《肇论疏》3卷。宋朝净源有《肇论中吴集解》三卷及《肇论集解令模钞》二卷。元朝文才有《肇论新疏》三卷和《肇论新疏游刃》三卷。明朝憨山德清的《肇论略注》6卷，袾宏有《竹窗随笔·物不迁论驳》。《涅般无名论》被疑为伪作，汤用彤、方立天、石峻等人皆以《涅槃无名论》是伪作，汤用彤《汉魏两晋南北朝佛教史》下：“《涅槃无名论》颇有疑点，或非僧肇所作。”对此学术界对此看法不一。