留下遗嘱，“吾生平着书三十四种，八十八卷，俟滇南陈履和来亲授之”。嘉庆二十一年（1816年），二月卒。崔述死后第二年，陈履和至彰德，辑其遗稿，道光四年（1824年），刊成《崔东壁遗书》。崔述疑古辨伪，他发现《尚书》仅记载尧、舜事迹；西汉《史记》再推到黄帝，西晋谯周撰《古史考》推演到伏羲氏。指责当世汉学家“但以为汉儒近古，其言必有所传，非妄撰者”，又斥其“但据后人之训诂，遂不复考前人之记载。”生平着书三十四种，包括《考古提要》、《夏考信录》、《商考信录》、《丰镐考信录》、《洙泗考信录》、《孟子事实录》等，