府迁往台湾。季永同则参加了第二期鼓岭训练。
1950年代.1949年以后一段时期内，南京地方教会由于并无外国差会背景，未太受到1950年代初中国反美运动的干扰，在以独特的方式参与了政府组织的爱国运动，如反美游行、政治学习、包括控诉运动后，仍然享有一定程度的宗教自由，可以继续向外传福音，信徒人数仍在稳步增长，并在1950年代兴建了鼓楼头条巷聚会所。1951年4月，中央人民政府政务院在北京召开“处理接受美国津贴的基督教团体会议”，倪柝声应邀参加，此后地方教会的信徒加入三自爱国运动。