由因请求立皇太子而为宣宗所恶之机陷害之，使其被出为东川节度使。十三年（859年）三月，罢相，守吏部尚书。宣宗本欲以户部侍郎判度支杜胜为宰相，但在萧邺罢相后，杜胜被宦官诋毁而不得志。
唐宣宗身后.八月，唐宣宗崩，萧邺以中书侍郎兼礼部尚书平章事摄中书令奉册拥立皇长子继位为唐懿宗。九月，以门下侍郎兼兵部尚书平章事摄太尉，奉册上懿宗亡母尊谥元昭皇太后。十月，诏兼尚书右仆射，复拜相，复官居中书侍郎兼礼部尚书平章事。十一月，以银青光禄大夫、守门下侍郎兼工部尚书、同中书门下平章事、监修国史、上柱