合共3面5线的配置。其中侧式月台为1号月台，最近新干线站舍的岛式月台为4、5号月台。
车站週边.木古内町的中心站。
其他.在2002年12月，由于津轻海崃线最低等级之列车「海崃」停驶，改为特急列车「白鸟、超级白鸟」。由本站至蟹田之间就没有普通列车与自由席的班次。配合这状况，JR北海道特别制订了免特急票价的特例区间规则，相同的例子还可在石胜线新夕张至新得间路段见到。不过，随新干线通车后，「减免特急料金」的特例也随之取消，取而代之的是推出特殊的「青春18车票