，剧院演出不多。当时列宁格勒爱乐乐团被疏散至新西伯利亚，剧院主要供乐团举办音乐会。叶夫根尼·亚历山德罗维奇·姆拉温斯基指挥乐团演出了五百多场，观众超过四十万人次，其中超过240场通过广播向外界直播。1942年，苏联政府下令剧院继续建设。1944年，第二次世界大战临近尾声，剧院秘密保管的博物馆画作开始运回原址。同年，剧院开始筹建剧团。1945年5月12日，新西伯利亚歌剧芭蕾舞剧院正式运营，首场演出是米哈伊尔·伊万诺维奇·格林卡的歌剧《》。自剧院运营起到1949年担任首席指挥。成立之初，剧院就排演了很多作品，