院当官时，曾索贿敛财。知县沈迅、张若麒都是山东人，因为送给杨士聪的钱太少，遭到他的弹劾。杨士聪还气愤地对同僚说：“某人是清水衙门的官，尚且对我十分殷勤，这两人和我既是同乡又是同年，竟然只送这点，完全不把我放在眼里。”
家庭.父亲杨洵，万历二十年（1592年）中进士，官至河南布政司参政；嫡母周氏，生母聂氏。正室黄氏；继室孔氏是孔子的后裔；妾杨氏、祝氏、经氏。育有五子一女：长子杨通睿、次子杨通俊、三子杨通久、四子杨通俶、五子杨通铨。