加小田原征伐而被没收所领，佐竹氏把居城由太田城移到水户城。庆长5年（1600年），义宣在关原之战中因为无法统一家中的意见而採取中立态度。战后处理在翌年结束。庆长7年（1602年）3月，义宣上洛并在伏见城谒见德川家康。5月8日，家康突然命令义宣转移至出羽国。7月27日，在石高不明的情况下被转封至秋田、仙北（『梅津政景日记』）。关于在关原之战中的行动，被家康发觉与上杉景胜结盟的密约。而相当接近德川氏本据地江户的佐竹氏和同族的多贺谷领（岩城宣隆）、岩城领（岩城贞隆）、相马领（相马义胤）的势力圈加上总共有80万