有鸥号列车，每日有近三十班车次往返于博多车站之间，另有经大村线往返位于长崎县北部佐世保车站的快速列车滨海快线。观光卧铺车九州七星号列车每週也会驶入长崎车站一次。
新车站（高架）.新的高架化站房及月台设于旧车站的西方。仍旧採用港湾式月台的设计，因应新车站附近的道路配套仍未完善，乘客如前往新站房，暂仍须由旧车站入口进入（原有的闸机已于3月27日尾班车后拆除），先经过旧3、4号月台，再横过已弃用的车辆基地路轨（临时木建路面，也是在新、旧车站交接期间搭成的）后才到达新车站东口。至于新站房的