路公司在中华门成立办事处开始办公，周贤颂任代总经理，交通部委派周有庵为副总经理协办。本公司对线路和站场设施进行一系列的维修和整治。1945年11月，中华门站至芜湖县湾沚站恢复运输。1946年1月，中华民国政府主席蒋中正训令交通部拆除江南铁路用于抢修津浦铁路。1948年1月，江南铁路公司向银行贷款80万美元，从美国购进34公斤/码的钢轨7000吨及附属配件，和10辆钢皮客运车厢。1948年8月27日将原路修复，9月1日恢复全线通车。1948年底至1949年初，公司高层相继出走，运营秩序混乱，公司将部分机车