贼众冲击吴南灏营垒，把总韩应琦与张承祚迎战，吴南灏指挥甘莲都司率兵支援，潮寇大败奔逃，自相践踏。七月，武平贼攻武平县城，吴南灏率上杭县兵会同武平县知县巢之梁击败之。十月，武平贼攻象洞，吴南灏督兵至象洞，武平贼从小路突击，明军溃败，溃兵拥吴南灏而退，明军守备李铎战死。十一月，武平贼自佛子皋攻至上杭县，屯兵于校场前；县民大为忿恨而愿从军，吴南灏督乡兵拒战，激励兵卒，亲冒矢石，大破流贼。福建巡抚表扬之。吴南灏清廉刚介而厚待士卒，严格拘束胥吏。二年（1629年）调闽县知县。海盗猖獗，吴南灏剿抚兼施，擒获海贼首