台湾史的成立及其课题〉中写道：「相较于史学家长期以来习用『以人范史』概念，曹永和1990年标举的『台湾岛史观』，则开启了『以地范史』的不同路径。」1996年获得吴三连奖。1998年当选中央研究院院士，被喻为「桂冠下的平凡学者」。1999年获得行政院文化奖。2002年11月21日获荷兰女王碧翠斯颁授，以表彰他对17世纪荷兰东印度公司在东亚活动历史之研究的重要贡献，他也是首位获得该奖项的台湾人。2012年11月获颁日本旭日中绶章。
社会参与.中央研究院台湾史研究所副研究员吴