他的军队奉命镇压捻军，直到七年（1868年）12月他才能对付穆斯林叛军。左宗棠的策略是通过提倡农业尤其是棉花和谷物并支持正统儒家教育来重建地区。因当地贫困，左宗棠不得不依赖西北以外的金融支持。有了可供军需的足够的谷物储备后，左宗棠攻打最重要的穆斯林首领马化龙。马化龙被围在金积堡16个月直至于十年（1871年）3月投降。左宗棠判处马化龙及其部下八十多名官员凌迟处死。数千穆斯林被流放到中国的不同地区。尽管屡蒙大赦，很多穆斯林继续抵抗直至甘肃肃州陷落。十二年（1873年）叛乱失败，导致一些回民移民到俄罗斯。他们的