长河中，宗教扮演着自然的解释者和知识权威的角色。人们满足于用宗教传说解释自然起源和自然现象，以及社会的律法和秩序。十六、十七世纪，宗教对知识的垄断被以培根、笛卡尔等近代科学的开创者们所倡导的观察、试验、归纳、以及演绎、预测等科学方法所打破，哥白尼的日心说、牛顿的经典物理学撼动了教会的宇宙观。现代意义上的物理学、数学蓬勃发展起来。而神学逐渐退出对自然的研究领域。在稍后的世纪中，人文科学开始效法自然科学的实证之风，努力建立独立、严谨的经济、社会、心理、政治学等学科。宗教对于自然和社会的解释力和对于一般知识分