建立南陈，他担任吴兴太守；永定二年（558年）转到会稽郡任职。当时余孝顷隐谋和应王琳，到临川出兵攻打周迪，朝廷任用沈恪为壮武将军，率兵跨过山岭营救周迪；余孝顷得知他来到就退走。永定三年（559年），迁官使持节、通直散骑常侍、智武将军、吴州刺史，顺便就任鄱阳郡，很快追还鄱阳郡职，改行会稽郡事；同年改除散骑常侍、忠武将军、会稽太守。陈蒨继位为陈文帝，进封他监督会稽、东阳、新安、临海、永嘉、建安、晋安、新宁、信安九郡诸军事，依然担任将军、太守。天嘉元年（560年），增爵位食邑五百户，次年（561年）征召为左卫将军