民国实施精省政策，隔年，交通部高速铁路工程局接办原先台湾省政府负责的捷运系统与捷运建设规画业务，同年，交通部高速铁路工程局完成《新竹都会区大众捷运系统规划报告》，规画新竹都会区大众捷运系统由红、蓝二线组成，其中红线以台铁机场支线（今铁道路）为起点，以高铁新竹站为终点，计12.5公里，设14站，蓝线则由高铁新竹站经新竹县政府至牛埔地区，长约12.5公里，设12站，全路网总长26公里，共设26站。随后，交通部高速铁路工程局于1999年、2002年两度将新竹都会区大众捷运系统之规画提报交通部审查，然而交通部认