吐火罗人信奉着善恶二元论的摩尼教或者是皈依佛教。在1998年的时候，中国语言学家季羡林发表了一篇于1974年在焉耆回族自治县发现的吐火罗文Maitreyasamiti-Nataka的残篇断简之翻译和分析。吐火罗文可能在西元840年后就消失了，当维吾尔族被柯尔克孜族从蒙古地区驱逐时，便撤退到塔里木盆地。这一理论是由吐火罗语文本被翻译成维吾尔语的发现而得到了支持。在维吾尔统治期间，各民族与维吾尔族的混居进而产生了如今新疆维吾尔族自治区的大部分现代居民。
吐火罗文字.吐火罗文字是