至彩虹的1号线短途班次和其通宵班次，在1997年被命名为1A线和1S线。2000年参与香港政府的「另类燃料小巴试验计划」，试验以丰田和日产电动小巴行驶，计划以失败告终。2002年8月15日，因应地铁将军澳线启用，运输署批准该公司开办来往将军澳清水湾半岛至坑口地铁站的专线小巴服务109M，以取代清水湾半岛原有的屋邨巴士。2003年7月1日，由北潭涌往返海下湾的7号线，延长至西贡码头。2006年12月21日，专线小巴司机不满资方修改薪酬计算方法，以致每月收入被减2000多港元，20多名小巴司机在