二年（1649年），日光连山其中之一的白根山喷发，造成神社与祭殿火灾与损失。1868年时爆发戊辰战争，旧幕府军将东照宫作为据点闭门不出，不过新政府军指挥官板垣退助最后成功説服双方一起将战场转移到别的地方，以免造成文化古蹟更大的损失与遗憾。1872年（明治五年），东照宫对妇女与牛马动物的限制解禁开放（目前早已有女性司祭在东照宫服务）。同年又依照1871年5月14日（明治4年）制定的社格制度将日光东照宫、日光山轮王寺以及日光二荒山神社作明确的划分。1873年，东照宫列入「国币中社」的资格（亦即开销花费由政府