遭遇汉人移民的垦殖入侵，或明郑政权及大清帝国的势力扩张。平埔族及其土地，几乎被汉人同化或佔领，但是山地的原住民，被视为「生番」，仍坚守他们自己的生活方式及生存领域，抵抗汉人入侵。尽管大清帝国，在统治台湾末期，发现台湾重要的战略地位及山地经济资源，进行「开山抚番」，屠灭不少原住民部落。但未完成，台湾割让日本。对原住民而言，日本人的到来，就如同荷兰人、西班牙人、汉人或大清帝国一样，又是新的外来势力，抱持着观望的态度。但这次跟以往不同，日本人比其其他政权，更有制度、效率及决心，要将他们纳入现代国家体制管理。