财务均保持不变。
东迁镇宁.1940年昆明白龙潭院址被炸，上海医学院决定迁住重庆，中正医学院则迁往贵州镇宁县。
回迁永新.1941年初决定回迁江西永新。1941年暑假，学院开始搬迁。院部设在永新旧址，以泰和的省立医院作为实习基地。
南迁南康及长汀.1944年7月，长沙失守，学院奉教育部令迁往南康县，高年级学生住县城，低年级学生住唐江镇。1945年1月又迁往福建长汀县。
回迁南昌.1945年抗日战争胜利。1