香港校中学部.中学部于1982年8月11日创立，旧校址位于香港北角校园径9号。因学生人数不足，中学部于2018年3月底，搬到了小学部（香港校）的校舍。
大埔校.大埔校正推行的课程指引中包括文化、体育、科学等科目都是与日本其他普通学校相同，每星期亦有定时数量的国际英语会话班，由外籍导师任教。日本政府会派遣文部省学校的实习教师到海外的日本人学校（包括香港日本人学校），原则为期三年。除了这个以外，学校还会根据需要增加一位以英语为母语的英语会话班教师。大埔校