仓居巴仓活佛系统的噶桑扎西嘉措曾任塔尔寺居巴扎仓第三十九任堪布及塔尔寺第五十任法台。到1949年前夕，瞿昙寺的三个活佛系统仅余智合仓、卓仓居巴仓两个活佛系统，而卓仓曼巴仓活佛系统已经消亡。瞿昙寺出身于梅家的班觉丹增是第一世（不计追认）智合仓活佛，清朝康熙年间获清朝封为“灌顶净觉弘济大国师”，其侄阿旺宗哲也获同样封号。雍正元年，罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受牵连，寺主阿旺宗哲被清朝囚禁于兰州七年，清朝所赐的印诰也被收回。此后，瞿昙寺逐渐衰落。瞿昙寺在历史上曾经领属13座寺院。但这13座寺院的情况缺少详细的记