除非哈布斯堡王朝绝嗣，他们没有继承权，此乃贵庶通婚的后果。他们的子女获得「布尔高侯爵」名号，在斐迪南二世死后获得王子称号。1564年，父亲斐迪南一世逝世。斐迪南二世根据遗嘱成为蒂罗尔及大奥地利的统治者。另一方面，他亦遵从兄长马克西米利安二世的意愿在布拉格留任为波希米亚总督直至1567年。在他统治下，斐迪南二世尽量使天主教的反宗教改革佔上风。斐迪南二世是一位狂热的艺术收藏家，因斯布鲁克附近着名的阿姆布拉斯城堡中的收藏品就是由他的时代开始收藏。他画廊中的画像及盔甲的收藏皆是价值连城，亦因此斐迪南二世债台