。1789年后，他被选为美国众议员议员；1799年改任美国参议员议员，其中还有一次担任参议院临时议长。政治立场上，他被视为是民主共和党的温和派领袖、詹姆斯·麦迪逊和托马斯·杰弗逊的盟友；以及亚历山大·汉密尔顿的反对者。在1785至1801年间，即乔治亚大学初始建校阶段，鲍德温出任首任校长。1801年，乔治亚大学的前身——（）开始招生。（）作为鲍德温的继任校长，迎来了学院的首届学生。而这个学院在建筑风格上，正是以鲍德温的母校耶鲁为原型。乔治亚大学的吉祥物——，也是出自鲍德温之手，而它正是耶鲁大学的吉祥物（