流相继皈依黄檗宗。在江户幕府的保护下，黄檗宗得到了各地大名的支持。隐元隆琦的再传弟子铁眼道光又致力于社会公益和民间教化，其势力逐渐壮大。1874年，明治维新的教部省将“禅宗”定为临济、曹洞二宗，强制下令将“黄檗宗”更名为“临济宗黄檗派”，后黄檗宗从临济宗中独立出来。