院的兴盛，冲击官学的地位。许多知识分子利用在书院讲学之际借机批评时政，例如曾讲学于东林书院的顾宪成及高攀龙，就常讽刺时政，也使东林书院成为与当权派对抗的中心，进而造成东林党争。当时学者也会借用寺庙周边的空地举行「讲会」，倡导新的思想价值与人生观。以顾炎武、黄宗羲、王夫之并为明末清初三大儒。顾炎武提倡「经学即理学」，提出以「实学」代替宋明理学，要学者直接研习六经。提倡“天下兴亡，匹夫有责”，着有《日知录》、《音学五书》等。黄宗羲有「中国思想启蒙之父」之誉称，着有《明儒学案》、《宋元学案》，是中国学术史之祖