布都拉二世死后，国内动乱，唿罗珊等地复失。1599年，阿斯特拉罕王朝开始统治布哈拉汗国。该朝伊玛目·库里在位时，加强中央集权，以伊斯兰教法治国，政治经济相对稳定，商业繁荣，纺织品、陶器、纸张远销国外。其后乌兹别克各氏族割据势力日渐强大，王族内讧加剧，印度莫卧儿王朝和希瓦汗国也乘机频繁入侵。苏布罕·库里在抵御外部入侵和平定内乱中取得一定成就，但汗国日趋衰落和陷于分裂。18世纪前期，浩罕（中心在费尔干纳）从布哈拉汗国分裂出去，建立了独立的浩罕汗国。1740年，阿夫沙尔王朝纳迪尔沙入侵，阿布都拉·哈兹投降，于