奉行一职控制王府行政。1636年至1712年期间，萨摩藩规定：琉球国王致萨摩藩藩主的书信中，只能称「琉球国司」而不能称「琉球国中山王」，琉球被迫从命。自从琉球变为萨摩藩的附庸国以后，琉球官员有时候利用萨摩藩的在番奉行所进行政治斗争。在1667年的北谷惠祖事件、1734年的平敷屋友寄事件和1858年牧志恩河事件中，都有在番奉行所的插足。例如1667年，因中国皇帝赏赐的物品被盗一事，萨摩藩甚至可以将时任的法司向国用（北谷亲方朝畅）免职处决，而将亲萨人士向象贤扶植上台。这说明琉球国实质上已沦为萨摩藩的附庸国。