125种，含14个目、38个科。此外有水生昆虫82种，贝类5种。
环境破坏.1970年代，位于高屏溪下游河岸的林园工业区开设完成，主要设置石油化学工厂，厂区设置于林园大排水沟（出口在高屏溪岸）两侧，曾在1988年发生废水污染事件，引发抗争。高屏溪流域也是台湾主要饲养猪只的地方之一，在1990年代，沿溪的养猪户曾饲养了约170多万头猪，近年则逐渐削减数量。此外，高屏溪上游也因伐垦而水土保持不佳。下游河床则受到滥採砂石的破坏，影响了桥梁的稳固性。同时河床上的农田及鱼