全境被划入台南县，下辖嘉义、打猫、朴仔脚三个辨务署。1901年，日人将全台行政区划整并为二十个厅，嘉义地区的三个辨务署合併为嘉义厅，下辖有七个支厅。1909年，再改二十厅为十二厅，嘉义厅下设有十二支厅。1920年至二战结束之前，嘉义地区划归台南州，分属嘉义街（在1930年升格为嘉义市）、嘉义郡及东石郡。在这次行政区划大调整的同时，嘉义当地反对嘉义地区被划入台南州的士绅创建嘉义置州同盟会，发起嘉义置州运动，要求设立范围包括今云林县、嘉义县市和台南市新营地区(后来的新营郡)的嘉义州，但未能成功。1906年，