有关哥白尼幼年和上学时期的早期原始文件并未能得以保存。哥白尼的传记作家认为瓦岑罗德舅舅把小哥白尼送往位于波兰北部城市托伦的圣约翰学校就读，而他本人就曾在这里任教。后来，根据Armitage的说法，哥白尼进入了弗沃茨瓦韦克的大教堂学校学习，这里位于托伦的维斯瓦河畔，这里的学生都是为考入克拉科夫大学在做准备，该所大学也是瓦岑罗德在波兰首府的母校。在1491-92年的冬季学期，哥白尼以Nicolaus Nicolai de Thuronia的名字和兄弟安德鲁一同被克拉科夫大学所录取（也就是如今的亚捷隆大学）。