4年6月，授“镇安左将军”督理吉林军务。1916年7月到1919年7月，孟恩远任吉林督军，曾参与张勋复辟并任吉林巡抚。1918年，北洋政府授其“惠威将军”衔，并令其到北京任职。孟不服调令，举兵反抗。张作霖伙同日本驻吉林部队制造宽城子事件，并派遣吴俊升、孙烈臣率军夹击吉林，使孟恩远被迫离开吉林，到天津闲居。1922年第一次直奉战争奉军败北，吴佩孚和孟恩远指使高士傧武装进攻张作霖奉军，任命高士傧为讨逆军总司令到绥芬河策动旧部进攻哈尔滨，后失败。1933年，孟恩远去世。孟恩远故居位于天津市。