纪至6世纪期间的古坟时代就有大量的或皇室的陵墓位于此地，此区域也被称为古市古坟群。在令制国时代，现在的藤井寺市西南部属于河内国丹南郡，西北部属丹北郡，东半部区域属于志纪郡，河内国国府也位于此。本市市名起源建于8世纪，推测是自朝鲜半岛流亡至此的百济王善光后人百济王氏所建立。战国时代畠山氏曾在此建立小山城。1615年的大坂夏之阵中，曾在此发生道明寺之战。江户时代此地被分割成多个藩的领地，包括小田原藩、、在此都有领地，其中也有幕府直属领、寺舍领；这些区域在19世纪末明治维新后先后隶属大坂裁判所