最多样化的亚门。这个亚门的成员拥有的肌肉大多数是一对一对的肌肉。神经系统有一部分在嵴梁骨中间。循环系统较完善，有心脏可以促进血液循环。脂肪组织是绝大多数嵴椎动物特有的构造，可以使之一段时间不进食，而不会能量耗竭而死。嵴椎动物亚门动物的嵴椎是体内骨，有软骨也有硬骨。在动物成长时，这个骨架支持体型。因此嵴椎动物可以比无嵴椎动物长得大，而且平均体量也比较大。
演化.嵴索动物门先后经过头索动物和尾索动物，最后出现嵴椎和头部。2003年初，中国古生物学家舒德干等人通过研究海口鱼标本发