苏醒过来。张居正死，起复原官，升任光禄寺少卿，又迁太常寺少卿，被御史龚仲庆攻击，改任顺天府尹，又被弹劾，改调南京太仆寺卿，最后沈思孝告病辞官。吏部尚书陆光祖起用为南京光禄寺卿，又升任佥都御史，陕西巡抚。在宁夏征讨叛乱时与魏学曾意见不合，而后被给事中侯庆远弹劾，说思孝放弃边关，只敢躲在内部，守着妻小。朝廷将思孝改任为河南巡抚，思孝推辞，而后被改为大理寺卿。宦官郝金假传太后旨意被捕，刑部为郝金脱罪，但沈思孝反对，说要处以极刑，皇帝提拔沈思孝为工部侍郎。陕西必须进贡大量羊绒，是当地的一大负担，思孝上奏求情