新生代断陷盆地。全市位于中朝准地台南缘的淮河台坳中部，次级构造单元为蚌埠台拱。蚌埠所在的地层发育不全，基岩露头零星，全市位于华北地层区的淮河地层分区。蚌埠的地表以大面积沉积物覆盖。岩石地层主要是侵入岩和变质岩，还有少量花岗岩、云母、钾长石、蛇纹岩、重晶石、石棉第四纪松散沉积物等。 已发现矿床（点）38处，矿种约22种。
水文.蚌埠市的水资源较为丰富，最大的自然地表水是淮河，共有水面409km，年平均径流深244mm，相应流量为14.34亿m。淮河以北河流湖泊较多，有江北水乡