幕府对支持天主教的人士进行搜捕，而天主教徒的活动亦转入地下。如今，「吉利支丹」一词一般作为对当时天主教大名、或者伪装放弃天主教信仰而在地下秘密活动的人士（隐匿的基督徒）的称唿，日本天主教徒往往不会自称「吉利支丹」。尤其是当年被江户幕府迫害最为严重的长崎县一带，因「吉利支丹」一词的历史原因，被天主教徒视为侮辱性称唿。