年间获清朝封为“灌顶净觉弘济大国师”，阿旺宗哲是班觉丹增的侄子，也获得了同样的封号。清朝雍正元年（1723年），罗卜藏丹津反清，瞿昙寺受牵连，寺主阿旺宗哲后被清朝囚禁于兰州达七年，清朝所赐的印诰也被收回。此后，瞿昙寺逐渐衰落。阿旺宗哲圆寂之后，以噶桑扎西嘉措为其转世。阿旺宗哲遂成为第一世（不计追认）卓仓居巴仓活佛。