。中华民国时期，曾把越秀山列为军事禁区，到三元宫参拜者锐减。陈济棠主政广东期间，提倡释、道，兴盛了三元宫。中华人民共和国成立后，1965年9月广州市政府批准，以三元宫内钟鼓楼为界，把前半部分场地改作文化娱乐场所，后半部分仍归宫内道士使用。文化大革命期间，全部宫殿被霸占，神像及文物被全毁，宗教活动停止，到1982年7月，政府收回大殿及部分场地，恢复开放，至1990年才收回全部场地。1989年12月被公布为市级文物保护单位。
建筑.三元宫坐北向南，依越秀山而建，地势北高南低