由于苏我虾夷晚年身体状况不佳，绝大部分的政治决策都出于苏我入鹿之手；不久后便代理国政。苏我入鹿有意拥戴亲苏我家族的古人大兄皇子为天皇，反对当时唿声甚高的山背大兄王出任天皇，便改立宝皇女为皇极天皇并逼使山背大兄王一家自杀。按照「藤氏家传」的记载，苏我「董卓暴慢行于国」。按照日本书纪的记载，苏我入鹿「为人暴戾威权过父」，放火烧毁圣德太子建造的班鸠宫和班鸠寺，并且「举国之民并百八十部曲」为苏我虾夷营造生圹，引发不满。645年6月12日，苏我入鹿于皇极天皇朝前为中臣镰足与中大兄皇子等人暗杀，史称乙巳之变，而