后来，西班牙传教士在抵达当时的新西班牙加利福尼亚省后，成立了，并把阿贾凯姆人更名为胡安尼奥人。最初，圣胡安溪流域内大部分土地均用作农业和牧场用途，直至1950年代发展商开始在流域内进行大规模的郊区住宅开发，土地用途才有所转变。自此，人口膨胀使当地河溪的河漫滩逐渐被蚕食，而发生在20及21世纪的洪水亦在该流域造成严重财产损失。圣胡安溪流域是16个主要原生植物族群和数百种动物的家园。但预计到2050年，流域内约48%的土地将会被城市化。此外，城市径流改变了圣胡安溪的流态，并把污染物引至河流系统内。尽管圣胡安