为同台换乘的双岛式站台；S1号线和S3号线站台位于北侧，位于南京南站北广场地下，东西走向，为一岛两侧式站台。
长途汽车站.南京汽车客运南站位于车站北广场，于2011年6月28日正式启用，有开往山东、浙江、湖北、安徽等方向以及江苏省内各市的客运班车，实现高铁与长途客运无缝转乘。