正年间，为了军事防卫上的需要，东京湾口建有3座具有要塞功能的「」（目前剩有2座），加上战后大量在湾边填海造陆，所以湾内有很多人工岛。相对来说，湾内的自然礁岛就只有横须贺市的猿岛一个而已。
历史.鎌仓时代的东京湾已经是主要通道。中世纪时，海盗活动频繁。到战国时代，东京湾则成为后北条氏与里见氏的海军的战场。江户时代，菱垣回船、樽回船等和船利用这个海湾进行海运。同时，由于江户幕府奉行闭关政策，为对付外国船只，就在湾内建筑了不少炮台（台场）以作湾岸防备，但最后东京湾亦成为美国海军将领马休·