在接下来的八十年间成为幕府的直属领地，并设有东海道五十三次之一的，同时也在此新建。1682年原石见藩主改封至此地，建立；现在的甲贺市辖区在江户时代末期大多数地区成为幕府直属领、旗本和领地，此外也有少部分区域属于淀藩、、、、、、狭山藩。19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领及旗本领先后改隶属大津裁判所及大津县，其他原本属于各藩的区域则在1871年实施废藩置县后，改隶属水口县、淀县、川越县、山上县、宫川县、宫津县、吉见县；不过在仅四个月之后的府县整併中，郡内全数区域都被併入大津县，而大津县又在一个月后更