晶杯菌科（学名：Hyaloscyphaceae）是子囊菌门锤舌菌纲柔膜菌目的一个科，于1932年由瑞典植物学家发表描述。截至2008年，本科包含74个属，共933种物种，是柔膜菌目中最大的科。本科物种营养方式多为腐生，子囊盘的直径多在1毫米以下，颜色鲜艳，且边缘与下侧常有各种形状的毛。
分类.Nannfeldt建立晶杯菌科时，将本科分为Arachnopezizeae、 Hyaloscypheae与Lachneae等三个族，其中Arachnopezizeae包含生长于菌丝层（subi