捉白文礼送到黄台吉那里，请他出兵进犯西宁。孔闻籍派遣将士出战，结果大败，有监生打开城门投降。崇祯七年十一月乙卯（1634年12月22日），孔闻籍对妻子朱氏说：“我是至圣的后裔，担任朝廷命官，理所应当与此城共存亡。你怎么办？”朱氏说：“我也是朝廷命妇，又是宗室女子，一定不会让您蒙受羞辱。”孔闻籍便焚烧官署，朱氏与两个女儿以及儿媳颜氏投入火中。孔闻籍看到家人焚烧结束，仰天大唿，投入火中自杀。黄台吉听说孔闻籍的死状后，有所悔悟，叫来马安邦并把他杀了。朝廷得知孔闻籍之事，于崇祯九年（1636年）六月追赠他为光禄寺少