本田圭佑缺战了2016年3月24日日本与阿富汗的比赛，不过在之后与叙利亚的比赛中进球，连续6场世预赛比赛获得进球。9月1日，本田圭佑在世预赛与阿联酋的比赛中再次进球，持续刷新世预赛连场进球纪录。10月11日与澳洲的比赛，本田时隔4年再次出任单箭头，助攻原口元气得分。2015年9月3日至2016年9月1日，2018年世界杯举办第2轮及第3轮亚洲区预选赛，本田分别在对阵柬埔寨、阿富汗、叙利亚、新加坡、柬埔寨、叙利亚、阿联酋的比赛中连续7场比赛均取得进球。2017年8月31日，在赢球就能锁定俄罗斯世界杯决