重大汉奸叛国案获得高层肯定，3月7日，石美瑜被何应钦任命为代理陆军司令部审判战犯法庭庭长，并授少将衔。1947年4月14日，石美瑜被蒋介石任命为国防部审判战犯军事法庭庭长。履职后，石美瑜先后审判了酒井隆、南京大屠杀主犯谷寿夫、田中军吉、「百人斩」杀人魔向井敏明、野田毅等。1948年8月23日，石美瑜主持了南京军事法庭对日本中国派遣军总司令官冈村宁次的公开审判，并宣布另行择期宣判。 六个月后，石美瑜收到一份绝密电报，电文大意是：据京沪杭警备司令汤恩伯呈请，将冈村宁次宣判无罪，应予照准。电报署名“中正”。