物馆随即将两块景教石刻转移走，并于1936年将两块石刻带到了南京博物馆。20世纪50年代末，十字寺剩余建筑被全部拆毁，原址仅存殿基、柱础和石碑等。
结构.十字寺遗址是中国大陆地区仅存的景教寺庙遗址，同时也是北京有据可查的最早的基督教遗址。整体坐北朝南，外围有20世纪90年代由北京市基督教三自爱国运动委员会和北京市基督教教务委员会修建的一堵石墙，石墙内的面积大约2000平方米。在殿门遗址前有2块石碑，一座为辽代石碑，正上方碑额为“三盆山崇圣院碑记”，碑身高231厘米，宽86厘米，碑文