990年出任新成立的一国两制研究中心总裁，期间1996至1997年担任特区筹委会副秘书长，1998年获香港特区政府颁授银紫荆星章，其又获委任为全国政协委员。2005至2007年，先后到美国哈佛大学甘迺迪学院商业与政府中心出任亚洲项目研究员、及到北京清华大学公共管理学院当高级访问学者，期间2006年获政府委任为香港大学校董会成员，及策略发展委员会委员，2007年起出任特区政府中央政策组全职顾问，2012年7月13日起获委任为中央政策组首席顾问，任期至2017年6月30日。离开政府后，邵善波于2017年