移到一个IFS，并利用32位元处理能力进行了大量性能优化（称为FASTFAT）。最初的Windows NT 3.1包含FAT、HPFS (Pinball)和新创建的NTFS驱动程序，以及一个新且改进的CD-ROM文件系统驱动程序，其支持Microsoft Joliet文件系统所用的长文件名。Windows NT 3.51向NTFS和IFS接口增添了单个文件的压缩。Windows NT 4.0中，HPFS被移除。在Windows 2000中，FASTFAT的更新增添了FAT32和通用光碟格式（UDF）