而，由于多伦多岛机场的跑道较短，环加拿大航空决定将其多伦多航点定于马尔顿机场。环加拿大航空一部道格拉斯DC-3客机于1939年8月29日在马尔顿机场降落，为该机场首班载客航班。当时机场佔地420英亩，设施包括完整的导航灯、电台通讯、天气报告设备、两条硬地跑道和一条草地跑道。第二次世界大战期间，英联邦空军训练计划（）从1940年6月至1942年7月在马尔顿机场营运飞行学校。
二战后.马尔顿机场的第三座客运大楼建于1949年，其设计与现时位于多伦多市中心机场的大楼相似。此客运大楼用