籍义军及民勇，首先在今平镇、湖口、龙潭间伏击日军，获得进展。但新竹城守备林建庸突然开城门投降日军，新竹城失守。随后于7月9日，并在新竹城外的制高点南十八尖山（今属苗栗县竹南镇）与近卫师团展开激战。因为兵力装备悬殊，在姜绍祖被俘后，义军于7月23日退入苗栗整补。此时总兵李惟义及副将杨载云已于苗栗竹南尖笔山部署新楚军，掩护义军撤退。6月26日，刘永福继任台湾民主国总统，为台湾民主国第二任总统，仅自称「帮办」。全台防务仍由较资深的李惟义主办。这阶段，台湾民主国除了台籍客家人为最主要反击力量