良玉感到羞愧而撒兵。游击胡以宁恃着宦官王德化撑腰，假借防寇名义招引无赖当兵，阴谋在江中行劫。叶士彦告发胡以宁，请袁继咸驱逐胡以宁；他在任内安抚困苦民众，顾念民生疾苦，很快因为与袁继咸不和辞官归乡。永历三年（1649年）五月，南明朝廷起用他为兵部右侍郎、佥都御史，联络安庆、庐州的义师。他的儿子叶鼎跟随郑成功军队，永历十三年（1659年）入长江充当间谍，其后二人事蹟都不详。