，祖父又是竹巴噶举祖寺热龙寺寺主，本来占有明显优势。然而当时统治藏地的藏巴汗的介入，改变了局势。说起藏巴汗彭措南杰（；），他与阿旺南杰还有一层特殊关系：阿旺南杰之母Sonam Pelkyi Butri是拉萨一位贵族的女儿，她首先嫁给了彭措南杰的父亲图多南杰(Kar ma mt'u stobs rnam rgyal)，生下了一个女儿，后又改嫁给热龙寺堪布之子、甲氏家族后裔董瑟·米潘殿津尼玛，生下了阿旺南杰。所以阿旺南杰与彭措南杰是没有血缘关系的“兄弟”。一般的同父异母兄弟，往往会因母亲的竞争，成为仇敌，