部改组设立勤务指挥部，仪队从总务部改归属勤务指挥部管辖。1999年迁至中和营区。2006年，依据《国防部组织法》规定，改称为「陆军司令部警卫连」。2012年迁至大直新福西营区。
海军仪队.中华民国海军原有三支仪队，分别是：总部仪队、舰队仪队、陆战仪队。总部仪队主要负责北区驻防与礼仪勤务，以及随同敦睦舰队远航的任务，也就是一般所知的「海军仪队」。 总部仪队有两个「水兵分队」（舰艇兵）及一个「陆战分队」（陆战排），陆战分队的兵员虽然来自海军陆战队，但与陆战仪队（下节另述）并不是同一