等于东京重组「光复会」，章太炎任会长，陶成章任副会长，与同盟会正式分裂。1911年，继续在东京讲学。10月10日，中国武昌起义消息传到东京，章氏中断讲学。11月15日，章太炎回到上海。
章门弟子名录.东京时期：钱玄同（疑古）、许寿裳、朱希祖、黄侃（季刚）、汪东（旭初）、沈兼士、马裕藻、龚宝铨、陈寅恪、周树人（鲁迅）、周作人（启明）、胡以鲁、易培基、陶焕卿、钱家治、朱宗莱、余云岫等北京时期：吴承仕等上海时期：马宗霍苏州时期：庞俊（石帚）、沈延国、徐复、朱季海、王仲荦等