依《台湾地区与大陆地区人民关系条例》来处理两岸人民交流事务。中华民国政府统一两岸的主张，在自1991年起的历次修改宪法、国会全面改选、总统直接民选与2000年政党轮替后，其内涵有了很大的转变。过去反攻大陆的口号不再提起，政府也不再公开唿吁统一，中华民国的国民教育课程更强调具以台湾为主体性的本土化教育。关于统独的主张非常的多元：一部分人赞成将来可以考虑与对岸统一（多数指中华民国统一两岸）；也有一部分人认为可以以欧盟、美国或加拿大的联邦模式来统合（类似国协）；也有部分人倾向于大陆政府主张的一国两制或高度