溃，1951年10月28日，马力克阿吉暴乱，1952年2月，大突厥主义伊斯兰党被剿灭。1950年代，在伊犁、昭苏、和田、墨玉、洛浦、英吉沙等地发起16次含有宗教成分，以新疆独立为目的之武装起事。效忠中华民国政府的乌斯满·巴图尔及其亲信在新疆东部组建新疆反共复国军搞暴乱，1952年被镇压。中华人民共和国政府通过1950年代的新疆剿匪，军事消灭了大部分反叛势力，中华民国政府在新疆的残余军事力量被清除。此后，最引人关注的反叛势力是与东突厥斯坦独立运动相关的组织，反对中华人民共和国政府对新疆的统治。1954年至