民以及英国海外国民问题参与与北京政府的谈判。其后出任首席助理衞生福利司（1989至1991年）、衞生署助理署长（1991至1993年）及首席助理库务司（1993至1996年）。1996年出任副库务司，负责在每年的简报会向传媒解释财政预算案。1997年香港主权移交后，林郑月娥续任库务局副局长（职位等同高官问责制2002年实施后的副秘书长），并于1999年1月晋升为首长级乙一级政务官。其后在2000年8月出任社会福利署署长，任内推行社福机构一笔过拨款（），取代实报实销制，减低社工薪酬支出；曾经因应经济衰退及