尔喀五部专门守护北元蒙古东南部边界，为了和明朝开放关商多次和明朝交战和谈判关商问题。满清兴起重创南喀尔喀称“内喀尔喀”，只剩下扎鲁特部、巴林部二部，速把亥孙色特尔等率属归附皇太极，编为二扎萨克旗，属于昭乌达盟。今内蒙古赤峰市仍有巴林左旗、巴林右旗。清顺治五年（1648年），清政府设理藩院，统管边疆地区，在蒙古建旗制，编佐领。将巴林部分为巴林右翼旗和巴林左翼旗，旗下设佐领（亦称苏木）。清太宗皇太极的五女儿，固伦淑慧长公主（1632年－1700年），她的生母是孝庄文皇后博尔济吉特氏，是顺治帝姐姐， 1648