97年4月，在对瞿昙寺前院进行工程勘探时，发现埋在地表下铺于明朝初年的甬路、散水、排水道等的遗迹。此外，在施工中还发现了其他众多文物。1998年，第二期第三阶段工程开始。
现状.该寺因所藏珍贵文物以及巨幅彩色壁画而闻名。该寺现存明朝汉藏文对照御制碑以及明清匾额十块，明朝宣德二年所铸青铜大钟一口，香炉三鼎，明钹、象牙佛珠、檀香木佛珠，米拉日巴石雕像，明清皇帝所赐的金印、景泰蓝花瓶、象牙塔等许多珍贵文物。该寺左右迥廊的壁画大约四百平方米，主要为佛本生故事。寺内还珍藏着《甘珠尔》、《丹珠