之后，各地逐渐响应，并最终随着平氏政权的逐渐崩溃，以源赖朝为中心的坂东平氏所构成的关东武士政权（镰仓幕府）登上历史舞台。源平合战对日本历史有着重大的影响，它反映了律令制末期武士集团权势的崛起及公卿集团的逐渐衰败。1179年，后白河法皇被平清盛软禁，平安时期的院政制度开始崩溃，而在源平合战结束后，平氏政权瓦解。源赖朝于1180年进驻鎌仓，逐渐完善幕府体制，并于1192年就任征夷大将军，武家政权开始正式主导王权，形成所谓“二元政治结构”。一般来说，坛之浦水战标志着源平合战的结束，但也有人将此后镰仓的奥州