站占地面积11.4万平方米，建筑面积934平方米。小红门站站台平面呈东西走向，设有基本站台、候车室、货场及装卸机械等站区设施。小红门站有联络线与北京地铁车辆厂相通。和北京铜厂有两条专用线相通。从小红门站西行经大红门站直抵丰西编组站沟通丰沙线，东行北折经百子湾站沟通京包线、京秦线、京承线。