忿以消极方式抵抗，甚至几十年不上朝，是为国本之争，郑贵妃一直在宫中生事，要让福王争夺储君之位，于是朝中有人刊印了政治文宣《忧危竑议》，宣传郑妃之恶，被朝廷视为「妖书」，此即第一次妖书案，朝中也因此党争不断。妖书案的党争并未轻易结束，又借由楚藩的两次楚藩案延续下去，万历卅一年（1603年）三月，楚藩宗亲朱华赿向朝廷告发楚王朱华奎并非楚恭王之子，是为楚世子案。浙党的沈一贯授意通政使沈子木将奏疏压下，朱华赿一怒，亲告御状。东林党的郭正域主张调查。沈一贯反对，但郭正域力争之后，朝廷展开调查，最后以查无实据结案。