任兵部尚书，总督三边军务。以军功加为太子少保。万历二十年三月，哱拜与刘东旸杀宁夏（今银川）巡抚党馨，连陷河西四十七堡，佔宁夏为王。总督魏学曾恢复河西四十七堡，唯宁夏镇迟不能复，兵部尚书石星计划以黄河之水灌淹宁夏城，魏学曾力主招安。万历帝将他革职查办，以叶梦熊取代魏学曾。史载“学曾被逮时，三军雨泣。”数月后，宁夏平定，梦熊居功不傲，“让功学曾及诸将敢战者”，官复原职。万历二十四年（1596年）卒。有《魏学曾文集》十卷。
家族.曾祖魏祯，曾任判官；祖父魏琫；父魏守洁。母何氏。