迦克墩公会议后，由于倡导基督的人性已经融入神性中的一性派，有异于支持基督神性与人性并存的主流教会，因此而分离的教会团体，他们也被亚美尼亚王国奉为国教。直至王国不存，亚美尼亚使徒教会依然保有自己的圣统制度。12世纪，由于第一次十字军东征需要经过奇里乞亚亚美尼亚王国，才能够前往圣地。因此，十字军和亚美尼亚国王在1198年达成结盟，这也使得奇里乞亚的亚美尼亚使徒教会和天主教产生交流。但这个交流并不扩及奇里乞亚以外的亚美尼亚使徒教会。而当鞑靼人在1375年征服了奇里乞亚后也结束了。
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