读张之洞《书目答问》，并攻读《四库全书总目提要》，应科举不第，1905年在广州创办《时事画报》，议论时政，鼓吹革命思想。1907年考取博济医学堂。辛亥革命成功之后于1913年当选国会众议员，1919年在北京缸瓦市教堂受洗加入基督新教，1921年出任中华民国教育部次长。后觉政治腐败，留居北京，从事历史研究与教育工作。1926年任辅仁大学校长，1939年初，在故宫古物陈列所发现《嘉兴藏》，与《嘉兴藏目录》对校，发现木忞的《北游集》，自此重视和尚语录，撰《语录与顺治宫廷》、《顺治皇帝出家》。陈垣发现《旧五代史