作两个时代间的背景故事时，他决定制作一款围绕时间旅行的游戏。鸟山表示，他希望“创作一个雷霆有朝一日获得真正幸福的故事”，他认为她在《最终幻想XIII》尾声的情感模棱两可。他还想“看到塞拉成为活跃角色”，而她在前作剧情中因化为水晶而无法扮演这种角色。编剧渡边大佑考虑如何在续作中继续叙事。永岛惠美，笔名映岛巡，曾为《最终幻想XIII》编写中篇小说，在开发初期协助构想《最终幻想XIII-2》剧情。故事并非一整篇故事故事，而是像电视连续剧那样分成小“剧本篇章”，。当游戏在公司内部以暂定名《最终幻想XIII 第2