之下，砂拉越和汶莱被分为三个州：久镇州（指今古晋）、美里州和志布州（指今诗巫）。英属北婆罗洲和纳闽被分为两个州：东海州和西海州。共五州十四县。五个州由帝国陆军司政官出任州长官，在日军监控下，地方权力仍掌握在原有地方行政组织上。1943年5月，将爵士顿和山打根分别更名为亚庇和伊罗布拉。北婆罗洲的统治由第37军宪兵队负责，他们直属于第37军，拥有近乎无限的权力。经常在任务中任意行使折磨与暴力。
军事设施.日军利用战俘和征招而来的劳工建设不少军用飞行场，这些飞行场包括山打根、汶莱和兰