同一时间，鼠疫疫情亦告彻底消失。有说鼠疫之所以在火灾过后并无复发，是因为伦敦大火把无数卫生恶劣的房屋连同疫病源头——老鼠和跳蚤都一併付之一炬；然而历史学家们对上述观点的立场并不一致，例如伦敦博物馆在网页宣称大火阻止了后续的疫情，但着名医学历史学家罗伊·波特（Roy Porter）则认为这只是一个偶发的巧合。他指出原本正在持续的零星个案都集中发生在伦敦的郊部地区，与之后受火灾影响的伦敦城市中心在位置上并不吻合，而好些最肮脏的贫民窟也没有因为大火而毁掉，由此可见鼠疫的灭绝与大火并没有直接明显的关系，而疫情在