澳洲航空特别成立子公司澳亚航空，专门执飞澳大利亚与中华民国之间的航线。澳亚航空公司营运两架波音747SP客机 以及一架波音767客机，这三架飞机漆上「AUSTRALIA ASIA」和淡淡的「澳亚航空公司」字样，垂直尾翼皆未漆上澳大利亚国旗以及母公司的袋鼠图腾商标，反而是使用其专属的彩带商标呈现。至1994年以前，其使用的IATA代码是与母公司澳洲航空（QF）不同的「IM」。但1996年，母公司澳洲航空决定停飞台北航线，澳亚航空公司也因此裁撤。目前澳洲航空是採用与中华航空共享代码的方式营运台北（桃园）