先，污水由各地的中途泵站输送至东厂内。污水经泵房和格栅流进，再输送到，曝气池的微生物把污水里的有机废物吸附掉，产生污泥。然后，水和污泥的混合物由曝气廊道分配到二次沉淀池，污泥在池中沉降，这样就可以把净水和污泥分离开去。净水从二次沉淀池的管道排出，流到复兴岛运河。最后，污泥再次沉淀，然后运出：在湿污泥池、污泥管道、污泥泵站落成之前，污泥会排入，再由承包单位派民工运出去；待这些设备在1958年建成后，污泥会经由管道输送到位于军工路的粪码头（用作运粪便上船的专用码头），然后由船只运出，作为肥料使用，直至20世纪9