尼奥;}-所留下的10号球衣，成为了红蓝军新一代的领军人物，2008年的欧洲足球先生和世界足球先生中，美斯都名列第二，紧随克里斯蒂亚诺·罗纳尔多其后。在2009年2月1日联赛做客对上桑坦德竞技时，为巴塞隆纳射进了俱乐部历史上第5000颗进球。2009年欧洲冠军联赛决赛中，继埃托奥攻入致胜球后，梅西以职业生涯中第一个头球同时也是第一个对上英格兰足球俱乐部的进球，帮助巴塞隆纳以2-0击败曼联，捧起了他个人的第二座欧冠奖盃。梅西在这个赛季总共射进38球，更以9球成为欧联最佳射手。随后以最高姿态力压克里斯蒂亚诺·罗