国家纷乱，与屡立战功的刘裕结交，情谊甚深。另一方面，作为司马元显的属官，刘敬宣眼见元显骄纵放肆，每次参与宴会既不饮酒，亦不投入，反令元显甚为不满。元兴元年（402年），司马元显进位骠骑大将军，刘敬宣后跟随迁府，并在后久迁辅国将军。同年司马元显讨伐荆州刺史桓玄，桓玄率兵东下，然而司马元显虽然名为征讨大都督，其实一直在酒醉之中，留在建康。受命为前锋都督的刘牢之正是司马元显对付桓玄的的唯一把握，然而刘牢之每次去见他都不成。桓玄逼近建康时派了何穆做使者游说刘牢之倒戈，刘牢之十分同意何穆所言，打算答应。刘敬宣大力反对