，如今荒漠市已恢复以往的宁静。小智与皮卡丘等人在旅行途中，遇见拥有「能从光环拿出所有物品」能力的幻之宝可梦—胡帕，以及照顾牠的少女「梅雅利」。爱捣蛋的胡帕，以从那个神奇光环中拿出牠最爱的甜甜圈，还有各种物品来吓人为乐。喜欢捣蛋又天真无邪的胡帕，还称唿小智和皮卡丘为「小知/サト」跟「皮卡/比卡」，彻底成为好朋友的胡帕和小智等人，决定一起去旅行。抵达荒漠市时的小智一行人，遇到梅雅利的哥哥—巴尔札。但是，巴尔札的样子似乎怪怪的，小智等人仔细一瞧，他手里所那着是据称封印了过去破坏荒漠市的宝可梦的「惩戒之壶」