都指挥使司总辖河州、朵干、马斯藏三卫，甘南西部为青海循化厅管辖。民国时期，甘南属甘肃省。民国二年（1913年），废府设道，临潭县属兰山道，西固县（今舟曲县）属渭川道。民国十五年（1926年），析导河、临潭及循化县设置拉卜楞设治局，驻拉卜楞（今夏河县拉卜楞镇）。民国十六年（1927年），升格为县。民国十七年（1928年）3月，改县名为“夏河”，以地处大夏河滨而得名。民国二十八年（1939年），以杨姓卓尼土司辖地改置卓尼设治局，局所驻卓尼（今卓尼县柳林镇），隶属于甘肃省第一行政督察区。1953年10月，