，但却不能解释谁让行星运动起来的。上帝统治万物，知晓所有做过和能做的事。”牛顿在《圣经》与早期教会父老上的研究也值得注意。牛顿写作了一些圣经批判的作品，最着名的就是《两处着名圣经讹误的历史变迁》。牛顿还摆放了一座与传说日期公元33年4月3日相符的耶稣·基督受难像。他亦尝试，但未成功地，去寻找《圣经》中隐藏的消息（参看圣经密码）。牛顿可能拒绝了教会的三位一体教义。在少数的观点里，T·C·普菲岑迈尔（T.C. Pfizenmaier）认为他更像是持有东方东正教三位一体观，而不是西方天主教、圣公宗和大部分