再次主持大修。元末战乱再起，岳麓书院又于1368年（至正十八年）毁于战火。
中期（明代）.明初，朱元璋奉行“治国以教化为先，教化以学校为本”的政策。重视地方官学的复兴，而不倡导书院教育。全国书院颓废，岳麓书院也因此沉寂了百余年。成化（1465–1487）年间，书院开始逐渐恢复。1432年（宣德七年），由民间集资促成岳麓书院最早的一次修复。1469年（成化五年），长沙知府钱澎再次兴复书院，但不久又废。1494年（弘治七年）长沙府通判陈钢终于使岳麓书院基本恢复旧貌。自明宣德始，经地方官