京都集结了约1万人的军队，随后袭击了将军官邸二条御所。足利义辉虽奋力迎敌，斩杀多人，但无奈叛军人数众多，自身受伤多处，最后被长枪刺死，足利义辉的三弟也遭到杀害，母亲庆寿院自杀身亡，这场震惊日本的刺杀行动史称永禄之变或永禄大逆。松永久秀和三好三人众随后立足利义维之子足利义荣为傀儡将军，而足利义辉的二弟、在兴福寺出家的觉庆在细川藤孝、一色藤长等人的帮助下，投靠近江国的和田惟政，后辗转前往越前国投奔朝仓义景，还俗后改名为足利义昭。
争夺畿内.永禄之变过后半年，松永久秀与三好三人众迅速反目