升上为香港甲组足球联赛角逐，1998–99年球季，获得甲组联赛季军，亦是该队在甲组联赛的最佳成绩。在1999–2000年度与2000–01年度，连续两个球季得到冠名赞助以「东联二合」的名称参赛。2000年12月31日除夕，于高级组银牌决赛，凭着陆冠邦一箭定江山，以 1–0 击败快译通，夺得冠军，取得球队升上甲组后首项锦标。同季，二合预备组亦赢得主席盃冠军。二合在甲组竞逐三个球季后，由于球市进入冰河时期，于2001年7月4日，宣佈退出甲组比赛，并随即解散。