通线网规划研究（最终报告）》中，当时的5号线环线的东段（即3号线的体育西路至客村段），以及3号线（即现时的5号线）设有珠江新城站，本站被规划为一座换乘车站，位置与现时一致。后来于2000年以及2003年方案中，原5号线环线的东段易名为3号线并南北延长至番禺区以及新白云国际机场，原3号线亦易名为5号线，本站仍为该两线的换乘站。车站随3号线在2001年12月26日开始动工建设，由于车站规划时就明确落实本站为换乘车站，在车站建设时就已经预留了5号线的两个侧式月台。2004年，五号线首期工程动工建设。2005年