辅以功勋权兼吏部事，转特进、守司徒。肃宗受禅即位，他升任守太尉、门下侍中，并赏赐大量宝物给他，又在他家中设宴。宴中，邵台辅上奏中国的国学不适合高丽模仿，而且劳民伤财，请求废除，但未被允许。到肃宗八年（1103年），他想退休，肃宗不允许，命尙书兵部郞中许庆赐他坐几、手杖留任。后来邵台辅转守太傅、兼户部、西京留守，加门下侍中致仕；肃宗九年（1104年）再加守太师、赐号恊谋功臣，逝世后谥号忠谦，附祀肃宗庙。