因重婚罪，随后判处邱晓华有期徒刑一年。邱晓华成为中华人民共和国第一个因重婚罪而被追究刑事责任的省部级官员。
出狱之后.邱晓华的刑期从2007年2月起算，在秦城监狱服刑。2008年2月邱晓华出狱。出狱后，2008年3月至5月任中青旅集团高级顾问。2008年6月至2010年2月任中国海洋石油总公司高级研究员。2008年8月28日，一篇题为《掌控当前经济形势的政策建议》的文章出现在《经济观察报》网站上，文章署名“原国家统计局局长、现中海油高级研究员邱晓华”，这是他出狱后公开发表的第一篇署