。绍治元年（1841年），阮公着配合张明讲攻破柬埔寨12处营垒，因此加军功一级。不久因黎文德生病回嘉定，阮公着充镇西参赞大臣。同年，镇西城官军撤往安江省，朝廷追究镇西将领责任，罢免阮公着所有官职。不久朝廷又命他与范文典、阮进林、阮知方一起，镇压了南圻的林森之乱。阮公着凭借此功起复为兵部侍郎领安江巡抚。绍治三年（1843年），升任兵部参知。绍治四年（1844年），阮公着遭人诬告，被发配广义沿边为士兵。次年（1845年），起复为主事，署刑部员外郎，权署广义按察使。后改署承天府丞。绍治七年（1847年），升署