6年的女友Summer Phoenix结婚，育有两子，长子2004年出生，次子2008年出生。2016年3月宣布分开，结束十年婚姻，并共同扶养小孩。阿弗莱克后来表示：「她是最好的，我们现在仍然是好朋友，我爱她。」2016年10月，他开始跟女演员芙萝莉安娜·利玛交往。阿弗莱克参与许多动物权利运动，他是纯素食主义者，反对食用动物肉或是动物产品。2010年，阿弗莱克遭两位前任同事控告性骚扰，案件最后达成庭外和解。