华北各省又疫疾大起，朝发夕死。“至一夜之内，百姓惊逃，城为之空”，崇祯十四年七月，疫疾从河北地区传染至北京，崇祯十六年，北京人口死亡近四成。十室九空。
内忧外患.江南在崇祯十三年遭大水，十四年有旱蝗并灾，十五年持续发生旱灾和流行大疫。地方社会处在了十分脆弱的状态，盗匪与流民并起，各地民变不断爆发。为剿流寇，崇祯帝先用杨鹤主抚，后用洪承畴，再用曹文诏，再用陈奇瑜，复用洪承畴，再用卢象昇，再用杨嗣昌，再用熊文灿，又用杨嗣昌，十三年中频繁更换围闯军的将领。这其中除熊文灿外，其他都表现