博士后流动站1个、二级学科博士点2个、二级学科硕士点2个、专业硕士点1个。现任所长为王延轶，党委书记为肖庚富。
历史沿革.现在的研究所始建于1956年，时称中国科学院武汉微生物研究室。1956年6月5日，中国科学院决定同武汉大学、华中农学院合作在武汉建立一个微生物研究室。该研究室的筹备工作由武汉大学教务长、微生物教研组主任高尚荫主持。研究室分下列四个组进行研究工作：1961年11月更名为中国科学院中南微生物研究所。1962年10月更名为武汉微生物研究所。1966年中国科学院