督期间，古巴的残留革命势力已经清除，他的工作重心因此转移到基础设施建设上。在他的协调下，该国建好二百千米公路。马贡唿吁把古巴军力重组成正规军，而不是像墨西哥那样的“乡村守卫”。此外，他还要求清理缅因号战舰的沉船残骸，此事引发争议，当年正是这艘战舰在干涉哈瓦那港口交通时沉没，成为美西战争的导火索。马贡在递交战争部长的年度报告中称，古巴人普遍认为，美国及美方支持的古巴政府之所以没有探查战舰残骸，是因为这艘船很可能不是被鱼雷击沉，他们怀疑这种说法只不过是当年美国向西班牙开战的借口。联邦国会最终于1910年授权打捞