在此时一同被赠予实元。天文11年（1542年），得知稙宗令家中的精鋭100骑与实元随行前往越后的晴宗（实元的哥哥）发起反乱，晴宗受到以前就对稙宗的政策不满的中野宗时、桑折景长等重臣支持并把稙宗幽禁在西山城。但是之后成功逃离西山城的稙宗向晴宗出兵，把南奥羽全域卷入的天文之乱爆发。实元属于稙宗方并在信达地方奋战，不过最后这次乱事以晴宗方的胜利告终，实元向晴宗降伏并被赦免。同时因为反对入嗣越后的派系抗争胜利，实元入嗣上杉氏的政策被取消。晴宗在天文之乱后把居城迁到米泽城，娶了晴宗的二女（镜清院）并成为大森城