水域的后方补给与物资输送，还有是对同海域作为强行测量舰使用。初代特务舰长为山田雄二中佐。船身涂装改成灰色。6月4日，「宗谷」离开船坞后航向横须贺。用途为特务舰（运送舰），配属于横须贺镇守府。最初的任务是在北桦太作调查。11月，被调配到第4舰队并前往塞班岛。1941年12月8日，在横须贺收到日美开战的信息。稍后立即前往楚克及拉包尔从事测量作业。在1942年，作为上陆部队输送船团一员参加中途岛海战。8月，前往拉包尔并转调到第8舰队。在8月7日，美国第一海军陆战师在瓜达尔卡纳尔岛登陆，正式打响了「瓜达尔卡纳尔