三藩之乱爆发，其父所在家乡为叛军占据，请假回乡，父已先卒，于是迁居江宁。守丧结束，补兵科。万育为官清廉，多有谏言，后告归。其子车鼎晋曾对策称旨，康熙帝犹念及万育之名。三年后，康熙帝南巡，召见万育询问治河方略。万育病卒，康熙帝谕令葬之于江宁。有子车鼎晋、车鼎丰、车鼎贲。
着作.车万育学识渊博，着有《萤照堂明代法书石刻》十卷、《历代君臣交警录》百卷、《奏疏》十卷、《集唐诗》十六卷以及《全史一脔》《春秋易简读余集》《祈岳游草》《怀园杂着》各若干卷。然而其最着名的作品却是童蒙读物《