015年年提出修例改革医委会，却遇上议员「拉布」，她一度因这议题而落泪。港大感染及传染病中心总监何栢良及医委会改革三方平台医生代表欧耀佳接受《明报》访问时，亦同称赞陈肇始愿意听从各方面的声音，是一个人缘好及做事圆滑的人。2017年6月，她获委任为食物及衞生局局长。她是林郑月娥内阁中唯一的女性问责局长，亦是历来首个由护士而非医生出身的人担任食物及衞生局局长。有意见指陈肇始未必能驾驭医生，她则回应在过去30年无论在临牀、科研、教育以至副局长的工作上，多次与医生及其他医疗人员合作，双方合作无间，有信心与各界沟