1931年，阮被派到中共中央北方局任组织部长。11月，中华苏维埃共和国第一次全国代表大会在瑞金召开，阮啸仙当选为中央执行委员，参与临时中央政府领导。此后，阮连任中央执行委员并为中央审计委员会主任。1934年秋，红军反围剿失利，中央苏区失守，中共撤离中央革命根据地。阮啸仙任赣南省委书记兼赣南军区政治委员，在赣南地区进行对国民党的游击活动。1935年3月5日，阮啸仙在江西会昌地区的中岭、马岭一带与国军作战；次日（3月6日），当阮欲率众突破包围时，负重伤牺牲，时年38岁。当陈毅获悉阮啸仙和贺昌牺牲的消息后