又掩护和转移了一些革命师生，到滇西去准备武装起义。1949年初，全国解放在望，为了排除卢汉云南起义的障碍，马曜受党组织指示，开展驱逐操纵云南军权的何绍周的活动。卢汉早已与何矛盾甚深,暗中支持逐何斗争,提供了何贩买鸦片武器,中饱私囊的材料。马曜将大量何绍周犯罪事实揭露、并要求驱逐何绍周。后来蒋介石被迫不得不于1949年2月调走何绍周,并宣布撤销云南省警备司令部。1950年，任中共云南省委民族工作党组成员，建议景颇族等八个有原始公社残余的民族发展经济文化。后来马曜又受命筹建云南第一所专门培养少数民族人才