铁实际亏损的原因除了运量过低外，还有折旧公式不合理及自有资本不足而融资成数过高导致无法负荷利息支出的原因。2009年9月22日台湾高铁临时董事会，殷琪宣佈辞掉台湾高铁董事长职务，并于傍晚再度通知台湾高铁公司，大陆工程将更换法人代表。接任高铁董事长的欧晋德表示，高铁兴建期遇到了921大地震必须变更设计，但台湾高铁只比当时预期晚一年通车，预算只超支了6% 。前交通部长毛治国认为台湾高铁品质不错，五大原始股东贡献值得肯定。殷琪辞去后，表示高铁应该依合约中「不可抗力」事件向政府求偿「应办事项」四百多亿的额外支出