在华海上作战已经告一段落，故此从中国方面舰队抽调正规军舰及性能尚可的特设军舰（由民用船只改装而来的辅助军舰），同时抽调中国大陆方向的航空部队，组建成第十一航空舰队。在太平洋战争爆发前夕，中国方面舰队的军舰和航空兵力已经所剩无几。1941年4月10日海南岛特别根据地队升格为警备府。1942年（昭和17年）4月，第三遣支舰队降格为青岛方面特别根据地队；1943年（昭和18年）8月，第一遣支舰队也降格为扬子江方面特别根据地队，均成为中国方面舰队直辖地面部队。至此，中国方面舰队仅辖有一支舰队（即第二遣支舰队）。