阿联酋航空进资，并将公司更名为「斯里兰卡航空」。2003年年前后，SARS、南亚海啸、内战及恐怖份子相继来袭，恐怖份子更炸毁共四架飞机，包括一架A320、两架A330及一架A340；斯里兰卡航空面对各种难题，经营陷入困难。为了继续生存，公司便开辟更多亚洲航线，其中有10个是印度航点，每周达到100班次来往印度。及后又开通了吉达航线，是斯里兰卡航空在沙乌地阿拉伯的第三条航线，之后又开通了前往欧洲的直航班机。2008年1月6日，阿联酋航空宣佈在4月1日起，放弃斯里兰卡航空公司的管理权，斯里兰卡政府将会完