为了彻底解决蒙元的残余势力，洪武帝从明朝建立开始就不断北伐。洪武二年（1369年），明军追击北元残余势力，俘虏丞相脱火赤以下一万余人，北元皇帝逃到漠北几百里外。洪武三年（1370年），明军再次北伐，于沈欲口大破元军主力王保保，俘虏文济王以及国公阎思孝、虎林赤、察罕不花、韩扎儿等十万余人。洪武二十年（1387年），明军越过长城，轻骑雪夜奔驰，偷袭元军大寨，最后在蒙古捕鱼儿海元军大败，俘虏北元残余势力八万人。蒙古从此一蹶不振，分裂为鞑靼、瓦刺、兀良哈三大部。
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