怕各地方势力坐大，乃将各地方都督召到北京，进行笼络并监视。同年10月，蔡锷入北京，唐继尧继任云南都督。1913年（民国2年）10月，蔡锷出任陆军部编译处副总裁。11月5日，任行政会议议员。1914年（民国3年）5月1日，任参政院参政。同年6月，获授将军府昭威将军。7月，任陆海军大元帅统率办事处办事员。12月，任全国经界局督办。
护国战争.1915年（民国4年）11月，反对袁世凯称帝的蔡锷在梁启超的帮助下逃离北京，回到云南。12月25日，唐继尧发表云南省独立宣言。同时组织了讨伐袁