教练前，王金瑞也曾被委为国家队的临时教练。尽管他带队参加世界杯入选赛表现差劲，马来西亚足总仍在2016年1月18日与他签订了两年的合同。2017年3月，柔佛王储上任马来西亚足总主席一职，王金瑞随即被安排执掌马来西亚22岁以下国家足球队，取代执教两年的德国籍教练。2017年，马来西亚举办东运会，他率队闯入，最终败于，夺得银牌。他亦带队参加2018年亚足联U-23锦标赛，球队成功晋级复赛。