持续叛乱以兰开斯特王朝的亨利六世于1470—1471年的短暂复位而告终，这次复位也被巴内特战役中约克军的胜利所终结。面临约克的再次统治，玛格丽特据城乞求再次被迫流亡国外的贾斯珀带上13岁的亨利。她再见自己的儿子将是14年后。1471年，斯塔福德在巴内特战役中为约克派作战，受伤而死，28岁的玛格丽特再一次守寡。1472年6月，玛格丽特嫁给时任侍卫长和马恩岛国王的托马斯·斯坦利。指出玛格丽特从未自视为斯坦利家的一员。这最初只是一场权宜婚姻，玛格丽特和斯坦利的婚姻使她得以回到爱德华四世和伊丽莎白·伍德维尔