学院集中至新校舍后开学。。1940年日军攻入越南，西南联大准备前往四川，在四川叙永暂设分校。一年级新生及先修生在分校上课。次年夏，局势稳定后，叙永分校结束。1941年，30余学生应征翻译，为飞虎队服务；1941至1943年有12名联大学生被录取为空军飞行员；1942年，部分学生参与中国远征军入缅作战；1943年至1944年，400多学生应征对日作战翻译；1944年，日军直逼贵阳、重庆、昆明，国民政府发动青年从军运动。12月8日，联大200多名从军学生参加印度远征军，大部分在印度阿萨姆邦密支那的兰伽（Ram