初沿袭元朝设置了三个卫所，被称为“兀良哈三卫”；然而由于利益分配问题，三卫在明成祖时期归附东蒙古，攻击明朝，并最终于明英宗时期彻底脱离明朝、投向西蒙古瓦剌部。辽东西部、漠南南部、甘肃北部和哈密一带其他蒙古族居住的地方都暂时归附了明朝，明朝廷先后设置了羁縻卫所20多处，各卫所长官由原蒙古领主担任并凭证世袭。
清朝.1618年（明神宗万历四十六年）后金首领努尔哈赤起兵反明。1635年努尔哈赤死后其子皇太极亲率大军，征蒙古察哈尔部，于崇德元年（1636年）改国号“大清”，并最终消灭南