聘担任南京国民政府的建筑顾问，主持制定了1929年南京的首都规划，并在南京等地设计了一批建筑作品，如紫金山国民革命军阵亡将士公墓纪念塔、堂和南京国民政府铁道部大楼，都属于政府机构的官方建筑，继续采用中国复古形式。此外，这一时期负责设计南京中山陵和广州中山纪念堂两大建筑的中国建筑师吕彦直也是墨菲的助手和门生。
回国.1935年，墨菲退休，回到美国康涅狄格州他自己设计的住宅。他还在佛罗里达州的克罗尔加布尔斯设计了一个有8个家庭的小型的"中国村"（Chinese village）。194