，当自噬体与质膜融合时，自噬体内的病毒离子被释放。
性传播疾病方面.目前有研究指出自噬在性传播疾病病原体的在进入宿主细胞后可以激活自噬，但是又可以逃避或抑制自噬，故而针对有关作用机制的研究或能帮助性传播疾病的治疗和预后，以及新型药物与疫苗的研发。许多自噬相关基因都是人类免疫缺陷病毒-1感染依赖因子，故而HIV-1的早期复制依赖于自噬。HIV-1许多的病毒蛋白可以透过抑制自噬过程的方式，而在宿主体内持续性复制存活。例如编码的外膜蛋白、反式激活因子及负性因子调控蛋白Nef等。淋球菌可以