2年后的2003年，北京市对北京地铁集团再次进行改制。这次改制实行了投资、建设、运营“三分开”体制，原地铁集团更名为“北京市基础设施投资有限公司”，而原地铁建设公司更名为“北京市轨道交通建设管理有限公司”（简称建管公司），原地铁运营公司更名为“北京市地铁运营有限公司”（简称运营公司）；建管公司和运营公司不再是投资公司（即京投）的子公司。2016年，北京市与京投公司签署了授权经营协议，提出“ABO”即“授权（Authorize）-建设（Build）-运营（Operate）”模式，由北京市授权京投公司履行轨