福伊尔号（）发生碰撞，并造成水线下方的船体开裂。经过在基尔帝国船厂的短暂修复后，埃吉尔号得以继续参加演习。1900年，仍然定期隶属于波罗的海预备役总队的埃吉尔号同样被用作秋季演习。演习曾于9月2日中断，当时埃吉尔号与奥丁号需要对在斯德丁潟湖搁浅的HAPAG客轮展开联合救援行动。秋季演习结束后，埃吉尔号在但泽退役。埃吉尔号于1901年7月31日重新投入使用，并担任新组建的活动舰队预备役总队旗舰，受海军少将胡戈·冯·舒克曼指挥。在8月6日的部队演练期间，舰只的一台左舷锅炉发生爆燃，造成5名司炉兵严重受伤