自拉萨专程前来迎接他的伦钦强巴·阿旺贝桑一行。后来，1933年12月17日，十三世达赖在格桑颇章圆寂，西黄寺的僧众还为其集体诵经49日，以昭纪念。
民国时期.1923年11月，九世班禅率少数随从自扎什伦布寺出走，北上寻求中华民国政府支持。1925年2月20日，班禅一行抵达北京，受到中华民国政府代表以及西黄寺、东黄寺、雍和宫僧众欢迎。1927年，九世班禅在福佑寺设立“班禅额尔德尼驻平办事处”，九世班禅还组织修葺西黄寺清净化城塔院，工程于1928年竣工。此后，清净化城塔院一直由班禅