。之后，费尔南德斯进入了马林鱼队伞下的詹姆斯敦扰乱者队（短期1A/纽约-宾夕法尼亚联盟）。2012年，费尔南德斯被升入格林斯波罗蚱蜢队（1A/南大西洋联盟）。在此期间，费尔南德斯不仅被选中参加MLB明日之星赛，并且以14胜1败，防御率1.75和158次三振的优秀成绩成为了该季马林鱼伞下小联盟球队的最佳投手。
2013赛季：年度最佳新秀.早在2013年以前，在最有潜力的新秀排名中，就已经将费南德兹列为马林鱼队中的第一名，同时也是全大联盟第五。马林鱼邀请了费南德兹加入2013年的春训，