世最小的儿子斯奎拉切亲王乔弗雷·波吉亚的后代持续统治斯奎拉切至16世纪末，并借由联姻将头衔传给乔瓦尼·波吉亚的后代，这个支系最终于18世纪初绝嗣。目前家族仅存的男性直系后裔都是由第二代乔瓦尼·波吉亚的后代所衍生的，很大一部分家族成员目前居住在厄瓜多或智利，当中最着名的成员为前厄瓜多总统罗德里戈·博尔哈·塞瓦略斯。
家族评价.不少证据不充份的指摘，称他们是犹太裔，或谓「马拉诺人」（即中世纪时，在西班牙和葡萄牙境内，被迫改信基督教而暗地依然信奉原来宗教的犹太人或摩尔人。「马拉诺」的