官仓合计达13座，被称作“京师十三仓”。通州则还有中仓、西仓2座仓。所以京仓、通仓合计达15仓。清朝的京仓、通仓是中国古代京师太仓制度最完备的标志，当时在规模、技术、制度上都达到了顶峰。清朝中叶之后，由于政治腐败，财政极其困难，贪污盛行，贮量逐渐减少，到道光年间，南新仓的储量比清初少很多。清朝光绪三十一年（1905年），漕运制度完全废止，由征粮改成征银。京城及通州的官仓逐渐闲置或挪作它用。中华民国时期，南新仓曾改为军火库，贮藏军火。1949年中华人民共和国成立后，南新仓由北京市百货公司作为百货仓库使