字大小使报导更易阅读，并新增支援横向模式；健康应用程式支援Apple Watch活动记录，并可透过HealthKit取用活动记录摘要；地图及Apple Music中的Carplay套件获得升级；照片应用程式支援从Live Photo中撷取静态影像；iBooks现在支援Apple Pencil，可画重点并储存喜爱的段落以便之后观看；支援播放以Dolby Digital Plus音讯串流编码的影片等。此外，此更新还修补了一些漏洞。
9.3.1.iOS 9.3.1于2016年3月31日