西Alviso区流入旧金山湾。在瓜达卢普河流经南圣荷西的Almaden谷社区，原先是当地旧水银矿的名称。从这里开採的水银曾在加州掏金潮时被用在由石英矿中提炼出黄金的过程里，和于1870年到1945年之间美国军队引爆器的制造成份之一。圣荷西的最低点为海平面，位于Alviso区里的旧金山湾；最高点为海拔，位于汉密尔顿山上的哥白尼峰（Copernicus Peak）。为了降低城市光污染对汉密尔顿山上的利克天文台造成的影响，1980年代圣荷西的路灯全部改用低压钠灯作灯泡，因为低压钠灯的黄色光比较容易用望远镜上的