一时，理学家朱熹曾到连江讲学，咸淳元年（1265年）一科考中19名进士，为连江史上之最。元代后常受战乱影响，逐渐衰退。明永乐八年（1410年）至嘉靖四十五年（1566年），150余年间，县境屡受倭寇侵掠。嘉靖四十二年（1563年），邑人陈第配合戚继光，在马鼻大破倭寇，倭祸始靖。明代有甘薯、烟叶等外来农作物传入， 因县内大量种植甘薯，粮食总量增加。明清嬗代之季，兵连祸结，南明隆武政权、郑氏延平政权与清军在连江数番交战，拉锯争夺，县内士民死者无算。此后清廷闽浙总督姚启圣厉行迁界和海禁， 连江沿海居民悉迁内地，田