病人体内虽仍有疟原虫，但没有任何症状显现，这可能是治疗不完全或疗效不佳所致。复发是指患者血液中的疟原虫虽已悉数清除，但肝细胞中仍有疟原虫的休眠体（hypnozoites）存在；此类的病人无症状期约有8至24週，这种现象在间日疟和卵形疟患者中常常发生，尤其温带地区的间日疟会以休眠体「越冬」，也就是在患者感染后的隔年年初才复发。重复感染是指患者在成功清除旧病原体后又感染了新病原体，重复感染在临床上很难与复发区分，虽然两週内再次出现的疟疾通常是治疗失败造成的。时常感染疟疾的患者可能会产生一定的免疫力。Sect