日甲午战争开始后，日军佔据威海，登州大震。王懿荣请求归乡操练乡勇，马关和谈之后返回京师，补祭酒。两年后，又遭母丧，守制后复起故官。至此，王懿荣在几年间已三任祭酒，“诸生翕服”。光绪二十六年（1900年），庚子事变爆发，八国联军逼近燕京。王懿荣与侍郎李端遇同被任命爲京师顺天团练大臣。王懿荣指出：「拳民不可恃，当联商民备守御。」但形势已无法挽回。同年七月二十日（1900年8月14日），八国联军攻入东便门，王懿荣率众抵抗失败，回家对家人道：“吾义不可苟生”。家人跪泣劝阻，王懿荣不为所动，服毒自尽，未死，在墙上