区教育局于广州二中研究制定了《筹办“广州开发区二中苏元实验学校”工作计划》以及相关协议等框架性文件。7月22日，区教育局向该校核发了《关于同意筹设民办广州开发区二中苏元实验学校的批准书》。2008年9月，第一届苏元学校的学生入学，学校借用一旁的广州市第二中学科学城校区部分设施进行过渡性办学，招收初一年级2个班约100人。2009年3月，广州二中与原萝岗区教育局签署了《创建广州开发区二中苏元实验学校协议书》。2010年4月，苏元学校破土动工。2011年9月，苏元学校正式启用，校址位于广州二中科学城校区