时家贫，父马腾蛟为诸生，以教授童蒙为生。其父开馆授业时，先登也随其读书。后来家境更加贫寒，经常断炊，但其父对其期盼殷切，十六岁即使其的就学于陕西大儒李时斋门下。十年之间，先登通读历代经籍文章，文采飞扬。道光二十六年（1846年），马先登于丙午科乡试中举人，二十七年（1847年）丁未科连捷会试，殿试位列三甲第五十一名，与名臣张之万、徐树铭、李鸿章、沈葆桢、马新贻等同榜，赐同进士出身。分派河南即用知县，历署阳武，补永宁，又因军务紧急回乡劝捐，并办理河工。后被保举出任直隶州知州，升怀庆知府，在任九年，调往开封