进入中世以后，鹫宫神社本社周边地域成为将军直属庄园太田庄，因鹫宫神社为该地总社，被作为关东的总社、镇护关东的神社而受到东国武家崇敬。据《吾妻镜》记载，建长三年（1251年）北条时赖曾前往鹫宫神社祈愿，还记载了藤原秀乡、新田义贞、古河公方、历代上杉氏的关东管领等要人前往鹫宫神社奉纳、寄进神领、营造社殿的事迹。神社自镰仓时代到室町时代为太田庄的总社，由藤原秀乡流太田氏及其后裔进行管理，在神社背后还曾兴建过城池栗原城。应安五年（1372年）小山氏当主重振神社香火。位于太田庄内的中川沿岸还有许多鹫宫神社的分祀。