人公碇真嗣是NERV学园的中学生，因为母亲在他年幼时便去世，而父亲在海外工作，所以寄住在父亲以前的下属‧加持良治家里。在一个平常的夜晚，他在爆炸案现场附近捡到了一个「核」，并且看到同班同学绫波零和一个他从未见过的男孩在一起。第二天，班上来了个转学生，他叫渚薰，正是前一天晚上真嗣所看到的那个男孩。真嗣很快被选为监视者并获得了神器（EVA），与渚薰、绫波零以及惣流·明日香·兰格雷一同追捕使徒、取得「核」用以支撑世界树。学校出现奇怪的现象而停课，葛城美里老师其实也是组织里的人并带他们到NERV总部。在那里真嗣看到