克昌毕业后，返回武汉大学任教，担任法学院教授、博士生导师，与人大高铭暄教授并称为中国刑法学界的“北高南马”。1956年参与《中华人民共和国刑法》的起草工作，因要求尽快制定刑法的主张被划为右派分子，投入湖北省蕲春县八里湖农场接受劳动改造。1979年后开始武汉大学法律系的重建工作。1986年，武汉大学法学院成立，任首任院长。1977年，马克昌受委托担任文化大革命主犯之一吴法宪的辩护人，1997年又参与《中华人民共和国刑法》的修订工作。2011年6月22日因病医治无效，在武汉大学人民医院逝世，享年85岁。