愈在归途中生病，在寿春病逝，终年四十一岁。噩耗传到南京，朱元璋闻讯大哭，辍朝三日，灵柩运至三山门时，朱元璋亲往祭奠。安葬在南京雨花台西安德门里的西山。追封为宁河王，谥号武顺。
子女.邓愈长子邓镇，袭卫国公，改封申国公，后因连坐李善长亲党而死。有子邓铭，官至锦衣卫指挥佥事。一女为朱元璋次子朱樉次妃，后因妒忌被责，自缢而死。一女为朱元璋七子朱榑继妃。