上信仰了人口数不断增加的伊斯兰教。在奥斯曼帝国时代，阿尔巴尼亚穆斯林的统治官员包括帕夏和贝伊。广大的文盲和缺乏神职教育的神职人员在传播伊斯兰教的过程中发挥了重要作用，特别是在阿尔巴尼亚北部地区。在17和18世纪，有大量阿尔巴尼亚人经常受到政治压迫而改宗伊斯兰教，但支持信奉天主教的威尼斯共和国、奥匈帝国和信奉东正教的俄罗斯帝国对抗奥斯曼土耳其帝国的侵略。20世纪阿尔巴尼亚从奥斯曼土耳其帝国独立后，伊斯兰教、天主教和东正教神职人员的权力被缩小，在1944年阿尔巴尼亚共产党上台后，许多宗教神职人员被剷除。