1974年间，曾存在一个由山形交通所经营的高畠车站，位于该公司所属的路线、高畠线沿线，与今日的高畠车站之间并没有直接关连。除此之外高畠线在废线之前，也是以糠之目作为与日本国铁系统之间的分歧车站。
车站结构.对向式月台2面2线的地面车站。