五十八年（1793年）：仍任漕运总督、兵部侍郎右副都御史衔。疏言：「苏州太仓押运官，例抵淮后改委赴通。中途分更，互相推诿。请自水次抵通，始终其事，庶官有专司。」五十九年（1794年）：仍任漕运总督、兵部侍郎右副都御史衔。因患病求请病假，朝廷命两江总督书麟摄理漕运事务。痊癒后，回任原职。嘉庆元年（1796年）：仍任漕运总督、兵部侍郎右副都御史衔。这一年，户部决议江苏、浙江白粮全数运往京城粮仓，以多余的羡米为耗，浙江运粮船丁已经如议启航交运。管干贞主张江南剩余的储米较少，坚持抗议不执行，交吏部从严议处，