化碳转换为有机化合物。固碳作用主要是在海洋环境中出现，尤其是高养份的区域。上述所述的是净固碳量，而总固碳量则更大，其中有40%是被生物体本身的唿吸作用所消耗。
代谢路径简介.到2011年为止，已知的自养生物碳固定路径有六种。卡尔文循环是植物及藻类叶绿体中固碳的方式，蓝菌门也以此方式固碳。而像变形菌门中的紫细菌，以及一些非光养性变形菌，是利用不产氧光合作用来固碳。