前，教会神职人员以西班牙人为主。1950年代中国共产党推行三自运动，福州的外籍天主教神职人员被驱逐，天主教会分裂成地上和地下教会，这种局面维持至今。官方数据显示福州的基督新教信徒超过20万。基督新教在1847年由美国基督教公理会（美部会）传入福州，美以美会和英国圣公会也接踵而至，使福州成为新教在中国的重地，从晚清至民国，新教教会在福州创办了许多新式学校和医院，还发展了罗马化的福州话文字（平话字）并在教会学校中推广。中共接管福州后，各新教教会也受到了三自运动巨大的冲击，家庭教会的活动形式则在后来兴盛起来。