于钻水鸭。本种原本包含安岛灰鸭（分佈于孟加拉湾的岛上）与（分佈于澳洲与纽西兰）两种亚种，但现在这两个亚种都被认为是独立的物种，使的爪哇灰鸭成为单型种。2009年一项分子系统发生学研究以粒线体DNA序列分析鸭科各物种的亲缘关系，发现爪哇灰鸭是分佈于澳洲的栗胸鸭的姊妹群。爪哇灰鸭的族群在2014年估计有数万只，但其数量因过度猎捕与栖地破坏正快速下降中，IUCN将其归类为近危物种。爪哇灰鸭分佈的岛屿包括婆罗洲东南部、苏门答腊南部、爪哇岛、峇里岛、龙目岛、松巴哇岛、松巴岛、弗洛勒斯岛、龙布陵岛、罗地岛、苏拉威西