后因为气管收缩问题而经常出入医院，并需要借助仪器唿吸，2011年年中病情反覆，更因肺功能衰退入院，延至香港时间9月14日早上7时在睡梦中离世，三名子女均随侍身旁，享年79岁。吴伟文生前曾执教的南华和东方分别于10月18日对深水埗和西贡朋友的赛事前举行默哀。其家人安排于9月26日举殡，遗体在三藩市安葬。