长、调查局长及国民党副祕书长组成五人小组来处理此事。事后，孙智燊被解除代主任职务后返美，由其推荐的黄振华接任系主任。教育部强迫台大哲研所停止招生一年。1975年6月，黄天成、郭实渝两名讲师也获得不续聘处分。
事件之后.孙智燊、冯沪祥都与当时由总政治作战部主任王昇领导的秘密组织“心庐”有密切关系。（冯生为其中一员，孙氏则不是。但孙氏与心庐互动且密切。）洪耀勋教授则为此事件接任下届主任。在整个事件中，有八名教师受到不续聘处分；政府欲以此事打击台大长久以来的学术自由甚为明显。此事