泛基因组是为描述一个物种基因组而提出的概念，指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合，而不单纯以某个菌株为一个物种的全基因组。会需要使用泛基因组的原因是水平基因转移造成不同菌株之间所拥有的基因相差甚大。泛基因组的英文是Pan-genome, Pan- 来自希腊语词汇 παν，意思是「全部的」。在1987年，细菌物种的概念是大于70%的DNA相关联，并具有相同的表型性。但是随着对大量细菌基因组测序的完成，这种概念区分方法变得模煳、不确定——测定同一物种的不同菌株，常会有新的基因出现。这个概念常被用于总体基