FASTQ格式是一种保存生物序列（通常为核酸序列）及其测序质量得分信息的文本格式。序列与质量得分皆由单个ASCII字符表示。该格式最初由开发，旨在将FASTA格式序列及其质量数据整合在一起。而目前，FASTQ格式已经成为了保存高通量测序结果的事实标准。
格式.FASTQ文件中，一个序列通常由四行组成：以下为一个包含单个序列的FASTQ文件示例：其中!为最低质量、~则为最高质量。以下字符从左到右代表从低到高的质量得分的：<pre>最初桑格研究所的FASTQ格式允许序