在健行公学内设立了秘密机关，并在此散发同盟会在日本东京出版的《民报》、《复报》、《汉帜》、《洞庭波》、《鹃声》等革命报刊。其间，孙中山经常来往于日本和南洋，每每途经上海，陈陶遗和柳亚子、高天梅、朱少屏等人多次到吴淞口外轮上面见孙中山并接受他的指示。清光绪卅二年（1906年）秋，陈陶遗第二次来到日本。他在日本为同盟会做机要工作，又接办了《民报》以及《醒狮》周刊，并担任了暗杀部的副部长。其间，章太炎在日本讲学，陈陶遗是热心听众。章太炎给他改名为“陶遗”，意为“陶唐氏之遗民”。清光绪卅三年（1907年），陈陶