羽天皇的第七皇子，其生母是美福门院藤原得子。近卫天皇于1139年出生，当时鸟羽天皇已经退位。鸟羽天皇在位期间，由白河法皇执掌朝政。鸟羽天皇的中宫待贤门院是白河法皇的养女，在1123年鸟羽天皇被迫逊位给了待贤门院所生的儿子崇德天皇。但鸟羽法皇宠爱的是美福门院，因此1129年白河法皇死后待贤门院就失势了，1142年，鸟羽法皇胁迫崇德天皇退位，让当时年仅2岁多的近卫天皇即位。近卫天皇即位之后，由于年幼不懂事，所有政务都由鸟羽法皇管理。近卫天皇体弱多病，15岁的时候又一度失明，曾一度向藤原忠通提出退位的企图