动使南京成为中国天主教史上最重要的传教中心之一。
长住北京.1600年（万历二十八年）5月18日，利玛窦带着庞迪我神父和准备好献给皇帝的礼物再度赴京，并于1601年（万历二十九年）1月24日抵达北京。进呈自鸣钟、《圣经》、《坤舆万国全图》、大西洋琴等方物，得明神宗信任。同年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京。但中国的朝廷根本没有注意到，利玛窦长住北京的目的是为了传播天主教。之后利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱。同时编撰新书，包括以