5日，斯洛文尼亚共和国宣布独立，亚德里亚航空也因此成为斯洛文尼亚的国家航空公司。当时仍管辖斯洛文尼亚空域的前南斯拉夫民航管理局迅速采取政治镇压，对亚德里亚航空实施禁飞3个月。1992年1月底，亚德里亚航空恢复运营。由于原来许多海滨旅游城市已属于其它国家，航权受到限制，亚德里亚航空对其运营结构做出重大调整，将重点由包机转向定期航班。1995年，亚德里亚航空开始与汉莎航空进行代码共享等方面的合作。1996年，公司财政结构重组，转变为半私有化。1998年初，从庞巴迪宇航公司购入两架CRJ-200飞机；1998