2004年对特别费不需检具原始凭证列报金额不得超出一半之统一规定对该费用并不适用，总统府本身并未对国务机要费做出相关的规定，因而据称应该并不受行政院统一规定之限制。但自2006年9月起，行政院主计处及总统府开始对国务机要费订定相关规定，要求国务机要费及特别费全部都需要单据列报，回归相关的主计法规之规定。费用审核权和其他机关一样，是由其内部的主计部门，即总统府会计室所负责，而决算后的审计与稽察才是属于监察院审计部的权责。
运用.国务机要费支准则与《国务机要经费支用程序作业规定》与