名为「国立西南联合大学」。1949年国共内战，国民政府撤退来台。1955年国立清华大学于新竹复校，1965年恢复物理系大学部。1966年7月成立物理研究所，并于隔年设立博士班。
系馆.物理系馆完工于1988年，由建筑师李祖原设计。地下一层、地上七层。1997年成立于国立清华大学，整合国内理论物理研究、促进理论研究的交流。