去的统合幕僚会议（相当于参谋长联席会议），开始执行新的作战体系。此前，陆海空三个自卫队分别由各自的幕僚长（相当于参谋长）分别进行指挥，同时辅助防卫厅长官工作。在新的体系下，陆海空各部队的幕僚长将辅佐统合幕僚长（总参谋长）指挥部队。同年6月20日，时任内阁总理大臣小泉纯一郎正式宣布从伊拉克撤出陆上自卫队，但他也同时强调将扩大航空自卫队在伊拉克的活动范围，承担更多的责任。2007年1月9日，防卫厅正式升格为防卫省，厅长改称大臣，并成为日本中央省厅之一。同年3月28日，陆上自卫队的中央快速反应部队正式成立，由