陈武帝受禅建立南陈，除授晋陵县令，入朝任职尚书功论郎；出使北齐回国后，出任廷尉正，转迁太仆卿，领任本邑大中正，中书通事舍人。不久改任廷尉卿，加通直散骑常侍，兼官尚书左丞。当时陈宣帝刚即位，致力军国事务，事无巨细都谘询宗元饶，在御史台号称称职。他转任御史中丞，管理五礼。当时合州刺史陈裒贪污声名狼借，遣使在水边陆地收集渔获，又从六郡乞求粮食，百姓苦不堪言。他上表弹劾陈裒获准，后来吴兴太守、武陵王陈伯礼与豫章内史、南康嗣王陈方泰都傲慢放纵，宗元饶亦上奏朝廷之，二人都被罢去官职。宗元饶个性公平，善于主持法律