布克劳琛成为中国国青队主教练，王军仍在中国国青队中担任助理教练。克劳琛带队征战了世青赛。当年8月，贾秀全出任新一届国青队主教练，王军和李力新任助理教练。结果贾秀全的国青队折戟亚青赛，没能拿到世青赛资格，回国后球队就地解散。2007年，新一届国青队组建，刘春明任主教练，王军和郑雄为助理教练。这一届国青队兵败沙特阿拉伯，未能拿到世青赛的门票，赛后自行解散。2008年底，中国足协准备成立新一届国家足球队，起初传出消息称王宝山将出任临时主教练，王军出任助理教练。王宝山是1983年龄段国青的主教练，王军则先后担任了1