两制」引起争议。台北市政府教育局一度决定停办，使学生和家长在2001年发起连署「救校」。该计画曾得到台北市政府教育局评荐及联合国教科文组织的高度肯定，但因政策考量，从2001年就未能招收新生，在2006年结束，总计三届八年。该计画的部份成员成立自主学习促进会，从事青少年和亲职教育，并推广在家自学。