萨摩斯军区（, "thema Samou"）是拜占庭帝国建立于9世纪晚期的，毗邻东爱琴海的一个军区。作为拜占庭帝国三个海上军区（希腊语: ）之一，其主要向拜占庭海军提供舰船和士兵。
起源.7-9世纪之间成立的几个拜占庭海上军区的具体成立日期一直都是个谜。随着卡拉比西安在8世纪早期被拆分，海上军区的制度逐步成型，其中基比拉奥特军区作为最着名海上军区为人们所知。10世纪时，拜占庭皇帝君士坦丁七世（913年至959年在位）记录称“现在，帝国已经被分成了多个军区”，而萨摩斯变成了“水手的军区