。萧道成另指示荀伯玉说：「在我出行的时候，城中的军队都由萧长懋指挥。就是在我不出行的时候，府城内外的警卫部队和各城门的武装，也都要经常交给萧长懋调遣。」朝廷任命萧长懋为秘书丞，但他因为官名和曾祖父萧承之的名字同音，而不去到任，之后朝廷改授他为中书郎，迁黄门侍郎，萧长懋也没有接受。昇明三年，萧道成准备接受禅让登基为帝，萧赜也已经回到京师，父子俩人因为襄阳是当时的军事重镇，因此不想让别的家族来指挥，于是便让萧长懋出任，任命他为持节、都督雍、梁二州和郢州的竟陵、司州的随郡诸军事、左中郎将、宁蛮校尉、雍州刺史。