儿子谯王司马文思被指擅杀官吏，其党羽皆被诛杀，司马休之亦上请解职，但不获允许。刘裕因司马文思「性兇暴，好通轻侠」而甚为厌恶他，于是将其执送荆州，要司马休之「自为其所」，暗示司马休之杀死他。不过司马休之只上表废司马文思为庶人，令刘裕大感不悦，即命江州刺史孟怀玉防备。
出逃后秦.义熙十一年（415年），刘裕收捕了司马休之在建康的次子司马文宝及侄儿司马文祖，并将二人杀害，又亲自率军讨伐司马休之。当时雍州刺史鲁宗之自觉不容于刘裕，就派了鲁轨支援司马休之。刘裕到后，鲁轨及司马文思率四万荆州府