任民元国会众议院议员。民元国会于1913年4月在北京成立，1914年1月被大总统袁世凯解散。他在1912年加入国民共进会，后来政党合并，他转入进步党。进步党分化后，他即退出该党，加入国民党。民元国会解散后，他回到贵州。1915年至1916年，牟琳在反对袁世凯的云南护国运动中发挥了重要作用。1915年12月25日云南起义爆发前，牟琳秘密潜赴贵州，同黔军将领取得密切联系。这些黔军后来参加了同支持袁世凯的北军的战争。牟琳任黔军参议，随军赴四川，为戴戡出谋划策。1916年8月，在袁世凯死后，民元国会恢复，此后牟琳回