。秀吉早一步获得情报，知道明智光秀谋反及信长横死的讯息，开始展开与毛利氏的和睦交涉，透过毛利氏的外交僧安国寺惠琼的奔走下达成协议，备中高松城开城、城主清水宗治切腹。正式开启毛利氏与织丰政权的和平协议路线。
丰臣政权时代.辉元在柴田胜家与秀吉的争夺战中保持中立。并在天正11年（1583年）贱岳之战秀吉获胜后赠上祝贺。贱岳之战后，秀吉成为天下人，辉元送出叔父毛利元总与堂弟吉川经言作为人质，正式臣从秀吉。之后奉秀吉的命令参与天正13年（1585年）的四国征伐、天正14年（1586年）的九