未能攻下以拉罗歇尔为首的新教重镇，使得王室声望再度下挫。1574年即位后，法国的宗教战争在他统治时期达到白热化状态。亨利三世一开始采取不偏向任何一方的政策，并提升了许多王权，但很快1575-1576年出现反抗国王专权的「怨言派」（由法国天主教温和派联合胡格诺派，公推国王之弟阿朗松公爵─法兰索瓦为名义领袖，实际主导者为蒙莫朗西家族），亨利採取行动镇压、逮捕怨言派，但当发现吉斯公爵亨利的势力崛起后，他发布「大亲王和约」（给予新教徒部分特权）暂时化解（或延后）了新旧教对立。但吉斯公爵组成了天主教激进派的神圣联盟，