成了职业生涯的首个帽子戏法，帮助球队以3比1战胜波鸿，确保了拜仁夺得德国足球冠军。在提前夺冠的一周后，穆勒仍然在客场以3比1战胜柏林赫塔的最后一轮联赛中首发出场。在该赛季的全部34场联赛中，穆勒共出场29次，射入13球并有11次助攻。随后，穆勒随拜仁重返柏林，参加对阵云达不来梅的德国杯决赛。他在比赛中首发出场，拜仁最终以4比0战胜对手，实现了国内赛事的双冠王。穆勒在这项赛事中共射入4球并有2次助攻进账，令他成为该赛季德国杯的头号射手。该赛季的最后一场比赛是拜仁在马德里伯纳乌球场举行的2010年欧洲冠军联赛决