求保密的事件。鸣人、小樱、卡卡西回到木叶后，宁次试着追问鸣人为何没有解决佐助，但鸣人只以「时候到自然会说明」回应。
忍界战争篇.宁次与雏田于忍界战争篇被分配到第二部队—近战联合分队的队员。但在漫画515话当中，他的父亲日向日差被药师兜利用秽土转生召唤出来。在斑的月之眼计画正式实施后，宁次因过度使用白眼加上身受重伤的缘故，才刚和牙离开前线没多久便因为体力不支而昏倒，在牙的劝说下回到医疗部接受治疗（但此时真正的宁次还坚持在不肯撤退，回到医疗部的，是白绝制造的分身）。然而因为先前被白绝包覆