艇学校校长。1955年出任第一海军学校副校长，同年授海军少将军衔。1959年，其侄子从缅甸入中国大陆，以探亲为名对其进行策反，邓兆祥毅然拒绝。1956年调海军青岛基地司令部副参谋长，次年升任基地副司令员。1960年出任北海舰队副司令员。1965年加入中国共产党。1981年任中国人民解放军海军副司令员。1985年退役，此后担任全国政协副主席。1988年获中国人民解放军胜利功勋荣誉章。1983年后，邓兆祥担任中国政协副主席，多次率政协视察团，深入中国各地调查研究，积极参政议政，为国家和军队的现代化建设进言献策。