生理系专攻，早石修门下的西冢泰美是他的博士指导教授。研究生在读期间，本庶同时通过了。1975年取得医学博士（京都大学）。前述的早石、西冢教授，也是日本第一、第二位沃尔夫医学奖得主。
职业生涯.完成学业后，本庶曾在京都大学、东京大学医学部任助手。此一时间，他也兼任了美国卡内基研究所、美国国立卫生研究院的客座研究员，在许多美国研究机关以客座身份活动。1979年，本庶担任大坂大学医学部教授。1982年，兼任京都大学医学部教授，1984年开始在京大专职，担任了京都大学基因实验设施的