个巢穴中只有赖清规的势力跨江西、广东六县，最违逆圣命，讨伐必须从下历开始。”世宗将奏章交给部中议论，并依从了他。吴百朋便命令守备蔡汝兰在苦竹嶂讨伐并擒拿了赖清规，震慑叛军。隆庆初年，吏部因为吴百朋颇受兵营之苦，改升他任大理卿。给事中欧阳一敬等人奏请明穆宗仍将吴百朋留任负责剿灭乱贼，穆宗下诏将他升任兵部右侍郎兼右佥都御史，依旧巡抚故地。吴百朋上奏，春天用兵妨碍农田的耕作，应该进行招安，穆宗听从了他的建议。不久，他改任南京兵部右侍郎，随后请求回乡，穆宗没有同意；改任为刑部右侍郎。父亲去世后回乡服丧，之后再度