派神学和三自教会，与当时的三自爱国运动领袖如吴耀宗、崔宪祥、丁光训等进行辩论。1953年至1955年，中国各地陆续有很多已经加入三自的教会，受到王明道的影响，而退出三自。其中最重要的当属地方教会。1952年倪柝声被捕以后，10月20日，上海地方教会长老张愚之及北京地方教会长老阎迦勒前往拜会王明道，此后，大部分地方教会陆续退出三自。1954年7月，中国基督教三自爱国运动委员会正式成立。政府也加紧步伐，争取仍未加入三自的基督教团体。在1954年9月会议中，王明道以不能与“不信派”为伍的理由，明确表示拒绝参加