Windows 9x乃单用户系统。所以，它的安全机制不如Windows NT有效。其原因之一是Windows 9x只正式支持FAT文件系统（包括FAT12/16/32），尽管Windows NT也支持FAT，且Windows 9x也可通过第三方的可安装文件系统驱动器来实现对NTFS卷的读写。FAT系统的安全机制不彰，每个拥有FAT驱动器访问权限的用户都可访问其内的所有文件。不像NTFS，FAT文件系统没有访问控制列表和文件系统加密机制。一些与Windows 9x同时期的操作系统（不管是多用户的或是拥有