行政事件採二元诉讼制度，分属不同体系（普通法院审理民事/刑事事件，行政法院审理行政事件），故与中华民国最高法院于审级上不相隶属，分别为各该事件的终审法院。
沿革.最高行政法院前身亦可追溯至1914年北洋政府所设置掌理行政诉讼的平政院，然当时平政院系一直隶于大总统之行政机关，不仅受理行政诉讼之审判，且设有肃政史，得纠弹官吏违法事件。1928年国民革命军北伐成功，国民政府奠都南京市，公布《训政时期约法》，该法即于司法院下设立行政法院，与最高法院并列。1930年代初，《行政诉讼法》及相关