过了一年，他就辞职来对学校的教堂强制出席政策表示抗议。离开学校的巴克纳获分配到哥伦布堡从事招募工作。1850年，巴克纳与玛丽·简·金斯伯里在她姑姑位于康涅狄格州新伦敦县小镇老莱姆（）的家中结婚。婚后不久，他就被派到明尼苏达州斯内林堡（），之后又转至阿肯色河岸的阿特金森堡（，这里之后成为堪萨斯州领土）。1851年12月31日，他获得中尉军衔，然后又于1852年11月3日晋升为美国第6步兵团驻纽约的军粮供应部门上尉。此前他获得的这些军衔都属于加衔。巴克纳因与印第安人进行公平交易而获得了良好的声誉，奥格拉拉拉