发后，普特南赶到波士顿加入民兵，并且在邦克山战役中指挥作战。当大陆军成立之后，普特南便凭战功获任命为少将。长岛会战前夕，普特南被派往守备布鲁克林高地要塞，却因治军不严而失信于乔治·华盛顿。稍后华盛顿改派普特南到后方招募士兵，并在1777年改派他驻守哈德逊河高地。不久萨拉托加战役爆发，亨利·克林顿率领英军由纽约经哈德逊河向尚普兰湖前进，支援被困的约翰·伯戈因。然而普特南却被克林顿引开，使到哈德逊河的两座堡垒失守。虽然克林顿无法再向北推进，而普特南也在军事法庭免罪，但他的名望已不如前。1779年普特南因中风