毕业后，在1945年进入海军兵学校，同年8月6日，在江田岛进行泳训时，亲眼目睹美国在广岛投下原子弹的爆炸景像。日本投降后，第二次世界大战结束，海军兵学校解散，木田一家必须负担当初至满州国居住时申请的贷款。当时木田元寄宿在新庄的远房亲戚家，靠着黑市交易养活母亲及姊弟。后来其父辗转从西伯利亚回到日本，经过一段时间，成为新庄市长，公务之余酷爱读书，自修原文的康德、韦伯、海德格尔等人的着作（当时未有日译本）。木田元在就读山形县立农林专门学校（山形大学农业部前身）期间，也接触了杜斯妥也夫斯基、齐克