怨纠葛也尤其复杂。其中，主要争议的集中点是袁崇焕杀死毛文龙、是否背叛明朝政府等。袁崇焕在辽东时的同事王在晋在《三朝辽事实录》中表示，袁崇焕虽然死于国法，但是其在宁远之战等战绩功劳不应埋没。作为敌对政权的清朝政府，对袁崇焕赞赏有加。张廷玉等在官方史书《明史》中主张袁崇焕妄杀毛文龙，而崇祯帝误杀袁崇焕。此指使自毁长城，加速了明朝的灭亡。而干隆皇帝亦表示，袁崇焕虽然与清朝为难，但是忠于职守，只是因为明朝皇帝昏庸，以至于被斩杀，值得怜悯。则对于明末时期大将徐石麒则认为袁崇焕表面主战而实际主和，并以杀毛文龙示信后