前与中俄韩三国存在领土纠纷的问题，包括与中华人民共和国有争议的东海油气田；与台海两岸政府之间所存在的尖阁诸岛/钓鱼台列屿主权问题；与韩国的竹岛（独岛）主权争端和与俄罗斯之间的北方四岛（南千岛群岛）主权问题，但是日本和俄罗斯的关系在近年已大幅改善，两国在天然气以及其他自然资源方面的合作亦越趋紧密。日本对开发中国家提供的政府开发援助额为世界第二，大部分用于免于债务和基础设施建设。截至2004年，日本政府的援助达2千亿美元，而最大的受益国家包括中华人民共和国（14.4亿美元）、印度尼西亚（8.6亿美元）和菲律