一个能一口气消灭兽族的计划，光子炸弹作战「Lightmass Offensive」，而为了这个计划，他们需要全联盟最能干的战士，因此，他们决定把牢中的马可斯放出来...
剧情.战争机器的故事发生在一名联盟士兵──马可斯的身上。在监狱服刑四年后被他的朋友多姆拯救出来，并且加入了D小队。长官霍夫曼上校授予D小队的任务是，与A小队会合，取得A小队携带的位置共鸣器，这个共鸣器是用来探测地下洞穴并画出兽族地底通道的地图，接着发射光子飞弹来摧毁兽族的要塞。D小队后来和A小队会合并得到了这个共鸣