化的蜥脚下目恐龙有接近亲缘关系，蜥脚类恐龙包含一些地表上出现过最大型的动物，例如腕龙。南十字龙是另一种早期恐龙，也出土于附近地区。而1999年发现于巴西的巴西大龙（"Teyuwasu"），可能也是原蜥脚类恐龙。但是，黑水龙的近亲板龙，却是出土于遥远的德国，年代为2亿1000万年前。这显示在三叠纪，动物群可轻易地在盘古大陆上迁徙。
发现与命名.黑水龙是在2004年10月份的《动物分类》（Zootaxa）杂志上正式公佈。属名中的"unay"，在图皮语中意为「黑水」而化石的发掘地叫阿