。政令指定都市虽然隶属道、府、县的管辖，但部分行政事务则改为接受中央政府直接指导，亦享有更高的自治权及财政来源。政令指定都市可以内设「区」，以便自治行政。截止到2013年4月1日，日本全国共有20个政令指定都市。1996年起，都道府县的市可以设置「中核市」。中核市人口必须达30万，比一般的市拥有更高自治权力，但不及政令指定都市。2000年起，都道府县的市可以设置「特例市」。特例市人口必须达20万，比一般的市拥有更高自治权力，但不及中核市。2015年，特例市制度被废除，部分特例市将改为中核市。2017年时