不科学的体系.替代医学的体系可能基于不符合科学的事实，如自然医学或顺势疗法。
顺势疗法.顺势疗法是一种疗法，基于如某物质能在健康的人身上，引起病人患某病时的病症，将此物质稀释震盪处理后就能治疗该病症的信念。它是在人类拥有原子和分子的知识之前发展的，基础化学表明顺势疗法中的反复稀释只会产生水，其在科学亦为不合理。
尿疗法.尿疗法是通过饮用尿液来达到治疗疾病的目的，同时亦有採用尿液清洗皮肤、清洗毛发的做法。医学专家表示尿疗法是无稽之谈。喝尿治病则无法实现临床