亲自布置了对杨献珍的批判，罪名是“反对三面红旗”。对杨献珍的这次批判从1959年11月直到1960年7月，最后以杨献珍的“向党低头认罪”的检讨而结束。1962年初，中央党校校长王从吾（由中共中央监察委员会副书记任上调来）和降为副校长的杨献珍以及艾思奇、侯维煜等副校长参加了“七千人大会”，当时毛泽东说：杨献珍可以翻身。但到1962年9月中共八届十中全会号召“千万不要忘记阶级斗争”之后，这也就无从谈起了。1964年，康生在中央党校发起了批判杨献珍“合二而一”论的运动。杨献珍及其支持者受到严厉批判。1964年