至2000年，作为蒙古人民革命党候选人在乌布苏省第40选区当选国家大唿拉尔委员。2000年连任。2002年至2004年，任预算委员会主席。在2004年国家大唿拉尔选举中，巴亚尔特赛汗作为蒙古人民革命党候选人在乌兰巴托第61（Khan-Uul）选区当选国家大唿拉尔委员。2006年1月，被任命为蒙古国财政部部长，任至2007年12月。2005年6月、2007年10月，均当选蒙古人民革命党小唿拉尔委员。在2008年国家大唿拉尔选举中，巴亚尔特赛汗作为蒙古人民革命党候选人在乌兰巴托第25（Bayangol）选区失利