年中央研究院第一届院士选举时，钱氏名落孙山。1966年始获提名，钱氏耻而不受，并愤愤表示：“民国三十七年（1948年）第一次选举院士，当选者多到八十余人，我难道不该预其数！”两年后，钱氏始同意列名院士。在胡适有生之年，钱穆就是未能当成中央研究院院士。日后李敖认为这是不公道的，他说：「钱穆的理学怪说固不足论，但他在古典方面的朴学成就却更该先入选成院士。」1969年，应张其昀之邀任中国文化学院（今中国文化大学）史学教授。此后专致于讲学与着述，虽视力因白内障而日弱（至1978年访港前夕，钱穆已基本上永久失明）