三年（1646年）授平南大将军，进攻南明永历政权。顺治四年（1650年），会同清军破桂林，收捕张同敞、瞿式耜、靖江王朱亨歅等，瞿式耜、张同敞在桂林风洞山仙鹤岭下被杀，靖江王朱亨歅在西门外民房中被缢死。顺治五年，改封定南王，出征广西。顺治九年，西宁王李定国率东路军收复湖南大部，并南下广西，直趋桂林，清定南王孔有德亲自率军前往兴安县严关，扼险拒守，明军以象阵大破清军，取得严关大战的胜利，史载「象亦突阵，王师大奔，死亡不可胜计，横尸遍野」。孔有德狼狈奔回桂林，下令紧闭城门，惶惶不可终日。七月初一，孔有德又败，