陆续推动六次修宪，1947年在中国大陆选出而一直未改选的国民大会代表在1991年12月31日全部退职。万年国会在1993年1月31日立法院首次全面改选后才正式结果。两岸关系在1980年代缓和之后，因1989年的六四事件而大受冲击，1990年发生了闽平渔事件，1994年千岛湖事件之后又趋恶化。1995年，李登辉伉俪访问美国，是首位中华民国总统正式访问美国；1996年3月，中华民国在台澎金马举行首次总统直选，李登辉当选，成为中华民国首位民选总统，也是台湾首位民选领导人。中国大陆对李登辉访美及台湾举行总统大选