由卜舫济担任校长。在此期间，施约瑟又将新旧约圣经翻译为文言文，即施约瑟文理译本。中风之后的施约瑟只有两个指头能活动，所以他用这两指翻译的圣经又称文理二指版圣经。1895年，施约瑟夫妇再度回到上海。由于日本的印刷更有效率，1897年，施约瑟夫妇移居日本东京。1899年和1902年，他的北京官话旧约圣经和文理新旧约圣经先后在东京印行。此后他又准备制作串珠注释版。1906年10月15日，施约瑟因糖尿病而离世，享年75岁。