清朝顺治二年改称江宁府，初期为江南省省会。康熙六年（1667年），江苏省、安徽省分别建省直到清末，江宁是统辖江苏、安徽、江西三行省的两江总督驻地，和江苏巡抚驻地苏州府同为江苏省省会。同时，又在江宁设立江宁布政使，管辖江宁府和江苏省长江以北的扬州府、淮安府、徐州府、海州直隶州、通州直隶州和海门厅。管辖安徽民政的安徽布政使也曾长期驻扎在江宁。城东明故宫旧址驻扎有八旗军队，设江宁将军管辖。清朝的江宁在经济方面也具有相当的重要性。清廷在此设立规模庞大的江宁织造，生产供应皇家需求的丝织品。民国元年（1912年