:::秀吉黑幕说.此一说是指羽柴秀吉与光秀合谋造反，不过秀吉欺骗光秀，于本能寺之变后打倒光秀，原因是秀吉照理说无法以极快的速度由中国地方撤返回京都(中国大返还)。但由于秀吉正在中国地方与毛利军作战，当时听闻主公信长惨死，于是先与毛利议和，逼城主清水宗治切腹，而后以急行军的速度赶回京都，与明智光秀决战于山崎会战。此一假说仍然有一定的根据。
长宗我部黑幕说.此一说是认为长宗我部元亲透过妻兄斋藤利三怂恿明智光秀叛变。根据2014年发现的长宗我部元亲的文书当中，本能寺之变发生前，长宗我