约在清嘉庆年间有陈姓移民到此定居，并迎请伽蓝尊王。后来移民渐多后，当地形成聚落「埤寮仔」（后称「埤寮」），原本无名的埤塘也因而被称作「埤寮埤」。过去埤寮埤曾是附近居民养鱼、种菱角之处，也是灌溉用水的来源。曾文水库建好之后，附近农民的灌溉用水主要改由嘉南大圳供应，剩余的水则流入埤寮埤。埤寮埤的功能变成调节水量的蓄水池。