结缔组织区分开。大多数的配方将角蛋白以及肌肉纤维染为红色，将胶原蛋白与骨质染为蓝色或绿色，将胞质染为淡红色或是粉红色，并将细胞核染为深棕色或黑色。
典型应用.马森三色染色法广泛用于研究肌肉病理学（肌营养不良症），心脏病理学（心肌梗死），肝脏病理学（肝硬化）或肾脏病理学（肾小球纤维化）。 它还可用于观察检测和分析肝脏和肾脏活组织检查的肿瘤。
变种.一种常见的变种是 Lillie 改良染色法，它经常被错误地被认为是马森染色法，不过使用的染料、浓度和浸渍时间都