国内则因为本人是虔诚的天主教徒，所以初期大举迫害新教徒，直到1561年被他倾向宽容的夫人说服而给予有限的信仰自由。但他仍大力支持1563年成功的特利腾大公会议，回报是教宗让萨伏依公爵获得领地内主教、圣职的同意权；他也限制了宗教裁判所的过激的行为（和托斯卡纳大公国一样），如同阻止教会法院的肆无忌惮那样。1580年1月31日他的舅舅、葡萄牙国王恩里克一世去世，葡萄牙王国缺少男系血亲的继承人。当时伊曼纽尔努力争取葡萄牙王位，但是他很快就发现，在西班牙王腓力二世压倒性的优势下，自己毫无机会。于是他放弃此念，让腓