山道的田之原天然公园周边约830公顷的土地已被指定为木曾御岳自然休养林。而1836年（天保7年）在西山麓的下吕市小坂町赤沼田所种植的日本扁柏人工林也在1993年（平成5年）由林野厅指定为「赤沼田天保日本扁柏植物群落保护林」。在着作《花之百名山》』中将北极花列为御岳山的代表花。另外，木曾町三岳也生产被称为「御岳黑光真石」的安山岩，是御岳信仰的灵神碑材料。
动物.3万年前的旧石器时代，御岳山有大角鹿栖息，而东山麓的开田高原则是大角鹿的狩猎场。另外，在开田高原西野的柳又遗迹曾挖掘出石器