其势力在1792年的法国大革命更是遭到重挫。1798年，拿破仑一世率领法国军队攻占马耳他并驱逐了骑士团，成立，但遭到马耳他人。1800年，马耳他岛成为。根据《亚眠和约》，马耳他本应于1802年归还给骑士团，但英国政府却继续统治马耳他岛，并在1814年《巴黎条约》签订后正式将其纳为英国殖民地。
16世纪.
初期.1522年后，医院骑士团就被奥斯曼帝国的军队驱逐出罗得岛。在欧洲流浪了7年后，西西里王国国王查理五世于1530年将马耳他、戈佐岛和北非的黎波里以永恒封地