法院陆续判决无罪后，邱义仁至日本京都产业大学及北海道大学担任访问学者，时间约一年半。2014年蔡英文回任民进党主席后，邱义仁以顾问身份提供意见。2014年8月27日，《新台湾新闻週刊》发行人詹钖奎（老包）说，2005年2月陈水扁与邱义仁搞出陈水扁与亲民党主席宋楚瑜的「扁宋会」，「堂堂国家元首竟与自己国家的小党主席签『条约』，煞有介事，好像在与外国元首签备忘录；事后我去向扁质疑他践踏国家名位，他只好坦承是邱『同意』他做的」。詹钖奎还说，陈水扁与邱义仁被权力沖昏头时，不知天高地厚，与时任美国在台协会台北办事