出任吏部尚书，创「掣签法」，以抽签决定官职，杜绝权贵请谒之弊。万历三十九年（1611年）主持辛亥京察。万历四十年（1612年）因明神宗不理政事，无法正式辞官，只好“挂冠出都”，居家二年卒。赠太保，谥恭介。着有《富平县志》、《应世草》、《立山诗》等。冯梦龙《古今谭概》记：“昔富平孙冢宰（孙丕扬）在位日，诸进士谒请，齐往受教。孙曰：做官无大难事，只莫作怪。真名臣之言，岂唯做官乎！”