命为四川督军、杨庶堪被任命为四川省长，吕超则任第5师师长。1919年（民国8年），熊克武同陈炯明、唐继尧、赵恒惕联合主张联省自治，遂同孙文的路线发生对立。因此，1920年（民国9年）4月，吕超等孙文派军人发动「倒熊」战争。同年7月，吕超将熊克武驱逐出成都，就任川军总司令。此后，熊克武同宿敌刘存厚和解，共同反撃，9月吕超败北，流亡上海。
回到四川、晩年.此后，吕超作为孙文的直属部下，负责同国民军等国内各派政治势力交涉。1923年（民国12年）5月，由于工作有功，吕超被孙文任命为大