对于枪击事件的真相认定，蓝绿双方存有极大歧见，并由此埋下往后中华民国政治界的高度对立。对于此次枪击案的侦查，美国鑑识专家李昌钰博士抵台协助调查证据。其鑑识报告指出，陈总统的伤口确是土制枪枝所造成，并建议相关单位以子弹追枪、以枪追人的调查方向。中华民国刑事警察局专案小组依此方向追查，但最后找不到直接证据指出「陈义雄」涉案。陈在知名蓝营政论节目2100全民开讲于台南出外景时，公开批评陈水扁的执政，因而使专案小组合理推测「对政府不满」是其犯案动机之一。并认为兇嫌畏罪自杀。游钖堃内阁于2005年1月24日总辞