地下开设咖啡、生活杂货等的「Retro Gate」（レトロゲート），9月正式开幕。接着，2005年春季全体完成整修，统一为白色外观，并增设电梯。付费区内设有由中国陶瓷画艺术家王学仲为纪念上野站与北京站结为友好车站2周年纪念所做《上野四季繁荣图》，描绘了上野公园“蝶舞樱花、鲤戏碧荷、北雁红叶、熊猫雪竹”的景色。东北、上越新干线通车时大量取消并行的在来线特急列车，并废止地上的19、20号月台，1999年9月再废止18号月台。该用地的东京方向部分在2006年7月19日由健身俱乐部（）进驻。日暮里方向则作为从业