1952年院系调整，清华大学物理系并入北京大学物理系，此后杨立铭一直担任北京大学物理系的教授与博士生导师。1950年代，杨立铭为原子核集体运动建立了系统的微观理论，为着名的相互作用玻色子模型提供了微观基础。1991年，杨立铭与夫人夏培肃同年当选为中国科学院院士，传为科技界佳话。2003年杨立铭在北京因病逝世，享年83岁。