形.圣纳泽尔位于南侧残脉地区，地表为现代冲积平原，多盐碱地。市区内地势平坦，境内海拔在0至47米之间。
水文.圣纳泽尔位于法国第一大河卢瓦尔河的河口北岸，内陆地区则有多处湖泊。
气候.圣纳泽尔在柯本气候分类法中属于典型的温带海洋性气候，正面受到北大西洋暖流的影响，年温差较小，降水分布均匀。圣纳泽尔附近的蒙图瓦德布列塔尼设有气象站，以下为该气象站的数据：
交通.
公路.和多条大西洋卢瓦尔省省道在圣纳泽尔交