或少都有宗教的问题，虽然联盟表示人人都有宗教自由，没有人会因其信仰而被起诉，奥兰治家族的威廉一世之所以在政治上拥有强大的支持，很大一部份在于他相当支持宗教自由，他甚至希望旧教（天主教）和新教能够团结成立一个新的教会。天主教的组织，很快就被各省解散，改成宗教改革后的喀尔文宗（归正宗）教会。 由于对新教十分的友善，欧洲其他地区信奉新教的宗教难民涌入共和国内。 共和国最初的几年因为喀尔文宗出现相当大的争议，而争议的主题是关于预选说教义，最出名的事件就是荷兰喀尔文宗于1618年发动政变，召开多特会议，而后喀尔文