降低噪音而减慢列车速度，行车时间会相对增加。 虽然随着Rotem列车陆续调回将军澳线，情况已大有改善，但目前将军澳线仍有少量都城嘉慕电动列车，所以噪音问题仍然存在。在2013年5月，港铁市区线中国制列车于将军澳线进行载客测试，其隔音效果比港铁市区线现代化列车较为理想。
事故.将军澳线在2009年8月21日，上午8时30分，曾发生信号系统故障，当日中午曾成功修复，但一小时后信号再次故障。来往北角站至宝琳站之列车服务受阻，交替以宝琳站和康城站为终点站的「3+1」安排亦需暂停一天