一旦这些基因发生突变，就会使身体的一部分变形。其作用机制，主要是调控其他有关于细胞分裂、纺锤体方向，以及硬毛、附肢等部位发育的基因。Hox基因属于同源框家族的其中一员，在大多数Hox基因中，会含有一段约180个核苷酸的同源异型盒，可以转录出含有约60个氨基酸序列，称为同源异形域。Hox基因的特色之一，是其排列顺序与其作用顺序、作用位置相关，例如位在较靠近3'端（DNA的其中一端）的基因，作用的位置较靠近头部。而且动物界中的成员，皆拥有类似的Hox基因排列方式、产物与作用方式。Hox基因对于动物型态的影响