川招讨军总司令，但懋辛任参谋长。1916年6月6日袁世凯逝世，7月6日北京政府任命蔡锷为四川督军兼省长。此后熊克武任重庆镇守使兼第5军军长，但懋辛任第9旅旅长。
四川混战.1916年9月10日，孙中山就任大元帅。熊克武响应护法运动。1918年1月9日，熊克武任四川靖国军总司令，在重庆同滇军、黔军召开军事会议，准备分三路进攻成都，讨伐北京政府任命的四川督军刘存厚。东路为滇军顾品珍部、赵又新部，中路为黔军袁祖铭部、王天培部，北路为但懋辛率吕超、喻培棣自川北进军成都。刘存厚闻讯率部逃