帝崩，戴均元与托津、卢荫溥撰写遗诏，因有「高宗降生于避暑山庄」之语，大学士曹振镛指军机拟遗诏犯了「重大错误」，道光帝严惩戴均元降四级留任，逐出军机。道光元年（1821年）与庄亲王绵课、协办大学士英和监修宝华峪万年吉地。道光七年（1827年）陵寝完工，孝穆成皇后入葬。翌年，地宫渗水一尺七寸，帝震怒，严谴在事诸臣，褫戴均元职，逮京治罪，拟重辟，念其耄老，免罪释归。道光二十年（1840年）卒于大庾，享耆寿九十五岁。戴均元主持撰写皇帝《实录》与《起居注》，纂辑《明鉴》，草拟《科场条例》，在学问上颇有建树。