长之父秋月种实乃原先控制拥有筑前国、筑后国三十六万石的大名，在丰臣秀吉发起对岛津氏的九州之役时依然不改与岛津义久结盟的态度，遭丰臣军击败，战后被减封到日向国串间，石高仅剩三万石，失意的秋月种实便将家督之位让儿子种长后退隐。在1600年（庆长5年）的关原之战中秋月种长先是加入西军参与守备大垣城，西军确认战败后，立即接受东军的策反杀害垣见家纯、熊谷直盛等人把城池献给东军，因而获得本领安堵。后于1604年（庆长9年）将主城移往高锅城，正式成立高锅藩。4代藩主种政在1689年（元录2年）分给弟弟种封三千石，表高