底栖动物21属24种；水生植物12科15属19种；鱼类有5科19属36种，其中特有种抗浪鱼为抚仙湖知名特产。冬季有红嘴鸥等候鸟在抚仙湖过冬。湖区植被属于南亚热带常绿针阔叶混交林，主要树种是云南松和栎。然而，抚仙湖的相对隔离使得它容易受到生物入侵和污染。
生态保护.抚仙湖流域内污染的主要来源是农业、农村污染，城镇生活污染源及旅游餐饮污染等。20世纪90年代开始，与抚仙湖相连的星云湖遭到了严重污染，导致抚仙湖水质开始出现明显下降。2002年水质为劣Ⅴ类的星云湖大量向抚仙湖排水，