就屯兵夏口打算消灭他。及后虑及二人可能会联手消灭自己，于是上告朝廷请求扩大其统辖区域；朝廷亦打算离间他们，于是将荆州四郡交由桓玄都督，又让桓伟任南蛮校尉。杨佺期兄原南蛮校尉杨广打算对抗桓伟但被殷仲堪另调他地。杨佺期得知得既畏惧又愤怒，于是就领兵声称救援被后秦围困的洛阳，实质是想和殷仲堪攻打桓玄。然而，殷仲堪心中其实不太信任杨佺期，不但阻止他，更派殷遹北屯以防杨佺期。杨佺期亦只得无奈解兵。至隆安三年（399年）十二月，桓玄乘殷仲堪因荆中大水而开粮仓赈济饥民的机会讨伐殷、杨二人，于是声称救援洛阳，又写信给殷