物和真菌之间亲近的关系是汤玛斯·卡弗利尔-史密斯于1987年首先提出来的，并在之后的基因研究中得到了证实。早期的种系发生学将真菌放在植物和其他有平滑嵴粒线体的类群附近，但其地位是变动的。汤玛斯·卡弗利尔-史密斯和施特希曼主张单鞭毛真核生物如后鞭毛生物和变形虫门一起组成了称之为单鞭毛生物的类群，而和其他双鞭毛真核生物（称之为双鞭毛生物）相区隔。