命令各地的军队停止抵抗，但阮善述拒绝执行命令，退到东潮县（今属广宁省东潮市社），与刘永福的黑旗军互相声援，继续抗击法军。1885年，兵部尚书尊室说以咸宜帝的名义发佈《勤王诏》，号召越南人起兵反抗法国的殖民统治。阮善述在兴安省起兵，发动荻林起义，与提督谢现、黑旗军余党梁三奇合兵，以荻林道地区为根据地，攻打兴安、海阳、太平等省。1888年，北圻经略使阮仲合任命海阳总督黄高启为剿抚使，围攻荻林。阮善述战败，流亡中国。1926年，在广西省南宁逝世。今南宁市郊有阮善述墓。