尔自治区高级人民法院院长提请新疆维吾尔自治区人民代表大会及其常务委员会按规定分别审批。自治区人大换届后，兵团两级法院组成人员均需要重新由自治区人大任命。兵团的基层人民法院的组成人员由兵团分院任免。2000年5月，兵团各级人民法院改五角星印章为中华人民共和国国徽印章。2005年6月6日，最高人民法院公布实施《关于新疆生产建设兵团人民法院案件管辖权问题的若干规定》，正式确定兵团分院作为高级人民法院的审级地位。
管辖.根据2005年6月6日施行的最高人民法院《关于新疆生产建设兵团人民