定年间（1228—1233年）砀山县城为洪水荡没，迁治保安镇。元宪宗七年（1257年），复置砀山县，还旧地，属东平路。至元二年（1265年），降永州为永城县，芒砀山一带再属永城县。是年，砀山县并入单父县，三年，复置砀山县，属济州，八年，属济宁路。明朝洪武四年（1371年），砀山县随临濠府徐州改属中书省。六年九月，改临濠府为中立府（治中立县，由钟离县改来）。七年八月，中立府改为凤阳府（治临淮县，由中立县改来）。八年十月，凤阳府设凤阳县（府城即今府城镇）。十三年正月，凤阳府直隶六部。十四年十一月，砀山县