厅和总参谋部办公厅建制分开，前者隶属中共中央军事委员会建制，后者隶属总参谋部建制。2016年改革前，中国人民解放军总参谋部办公厅下设机构有：政治部、秘书局、保密档案局（辖中国人民解放军档案馆）、机要局、中国人民解放军保密委员会办公室等。在深化国防和军队改革中，2016年1月撤销中国人民解放军总参谋部，组建中央军委联合参谋部，下设中央军委联合参谋部办公厅。