模式种是潘氏长城翼龙（"C. pani"），属名是以发现地附近的长城为名。吕君昌当时的种系发生学研究，认为长城翼龙是种原始翼龙类，是矛颌翼龙的近亲，因此将长城翼龙归类于喙嘴翼龙科；矛颌翼龙生存于年代较早的欧洲。2010年研究发现长城翼龙有数个特征类似悟空翼龙科，因此将长城翼龙改归类于悟空翼龙科。