，斐迪南就撕毁了前皇帝鲁道夫二世颁佈的在波希米亚准许宗教信仰自由的敕令。很快他在波希米亚便受到来自各个社会阶层的反对。1618年5月22日，在布拉格发生了掷出窗外事件，波希米亚新教派爲了捍卫先前鲁道夫文件赋予他们的权利，将两名皇帝的使者扔出窗外，成爲波希米亚起义和整个三十年战争（1618年—1648年）的开端。捷克贵族宣佈废黜斐迪南二世，选出普法尔茨选侯腓特烈五世爲国王。1619年皇帝马提亚斯去世，斐迪南二世顺利地继承了神圣罗马帝国的帝位和匈牙利王位。