富汗境内开展战斗搜索和救援活动、为空袭行动提供轰炸损坏效果评估。特别活动部亦是在2001年阿富汗战争中最先抵达阿富汗的美国部队。2001年9月26日，资深特工率领其余6名特工组成了准军事小队前往阿富汗跟北方联盟接触，并成功说服他们与美国结盟，以对付塔利班。特别活动部特工在2001年11月时得到了本·拉登藏身在阿富汗的托拉搏拉山区的情报，但是由于美军特种部队和阿富汗北方联盟部队发生了矛盾，暗杀本·拉登的计划无法得到执行。2020年，美国与塔利班达成协议后，美军将会逐步从阿富汗撤军，训练和支援阿富汗