无国教，但规定公职人员不可以持无宗教信仰，一定要信仰宗教（潘查希拉，印度尼西亚建国五项原则，第一条），不然将被视为共产党（在印度尼西亚，共产主义等相关行为是非法的）。虽然印度尼西亚宪法明定宗教自由，但政府仅承认6种宗教：伊斯兰教、基督新教、天主教、印度教、佛教及孔教。印度尼西亚虽然不是伊斯兰国家，但为世界上穆斯林人口最多的国家，根据2000年人口普查，86.1%人口信奉伊斯兰教。大多数穆斯林属逊尼派，基督教约佔9%，印度教3%，佛教、儒教和原始拜物教约佔2％，大多数印度教徒为巴厘人，大部分佛教徒为华人。