移民中的文人学士和能工巧匠，促进了杭州经济和文化的发展。其中，丝绸、造纸、印刷、陶瓷、造船业尤为发达。
元明清.1276年，蒙元占领杭州后，杭州基本保持原貌，但是南宋皇城于第二年被民间火灾殃及而被焚毁。临安府改名杭州路，是江浙等处行中书省的治所，杭州成为省治即始于此。意大利旅行家马可·波罗来到杭州，曾称之为“世界上最美丽华贵”的“天城”。元末，张士诚举兵攻占杭州，改筑城墙，新开运河，奠定了此后数百年杭州城区的轮廓。1366年，朱元璋攻陷杭州。明代，改杭州路为杭州府，为浙江行中书省