为了皇位继承问题而轮流即位，最终由持明院统之家系获得天皇继位权。
经过.1259年，已退位的后嵯峨天皇逼后深草天皇退位，立七子恆仁继位为龟山天皇，后深草天皇认为应由其子嗣继承皇位，由镰仓幕府调停斡旋下，弘安十年（1287年）后宇多天皇让位给后深草之子伏见天皇，建立「持明院统」。及后正安三年（1301年），后宇多天皇之子后二条天皇，建立龟山天皇子嗣的「大觉寺统」。镰仓末年，后醍醐天皇曾两次发动倒幕，分别为正中元年(1324)的正中之变和元弘3年(1331)的元弘之变，两次都为朝臣