66年“文革”开始后，圣尼古拉堂的圆顶被毁，并被工厂占用。1990年代，曾开设幸运阁大酒店。1994年3月18日，该堂被公布为上海市建筑保护单位，教堂重建了穹顶，但改为简易的马赛克贴面。2010年起，上海市民族和宗教事务委员会许可外籍人士在圣诞节与复活节举行东正教礼仪。2019年12月，教堂在重修后被改为民营书店--思南书局诗歌店。