87年3月22日，俄罗斯当局以与维尔纽斯社会主义者密谋暗杀沙皇亚历山大三世的罪行逮捕毕苏斯基。事实上，是他的哥哥布罗尼斯瓦夫参与暗杀沙皇的计划，而毕苏斯基与此事的关系也不过如此。布罗尼斯瓦夫被处以在东西伯利亚强迫劳役的处罚。约瑟夫的待遇稍好一点：在西伯利亚流放五年，先流放于勒拿河岸的基廉斯克，后流放于屯卡。被转移至西伯利亚囚犯护送队期间，毕苏斯基在伊尔库茨克的一所监狱里滞留了几周。他在那里参与了被当局看做是造反的一幕：一名囚犯侮辱一位守卫并拒绝道歉，他和其他政治犯因违抗而遭到了守卫的殴打；毕苏斯基被打掉