简竭力避免同法国军队发生正面冲突，劝说法军不要惊扰百姓，法军统帅随后出城，但法军士兵已经四面入城，佔领永隆省城。，不久传来消息，安江、河仙二省也已先后失陷。潘清简自知罪责难逃，服毒自杀而死，年七十一岁。嗣德二十一年（1868年），嗣德帝追夺潘清简和林维浃的职衔；又刮去他们在进士题名碑上的名字，永存斩候之案。同庆元年（1886年），同庆帝开复潘清简原衔，恢复进士题名碑上的名字。
着作.潘清简主编《钦定越史通鑑纲目》、《大南实录》、《明命政要》，着有《梁溪诗草》、《梁溪文草》、《使