村山七郎为首的学者们，试图借由字汇和文化的比较来建立起阿伊努语和南岛语系的关系。Alexander Vovin也曾发表证据证明阿伊努语和南岛语系的关系，但之后他承认那是一个不成熟的假设。也有人说他们语言与因纽特语有关。
现状.北海道、库页岛（桦太）和千岛列岛等地区中，阿伊努语在库页岛、千岛列岛已完全消失，在北海道地区也处于极危（，）状态中，是日本处于危险状况的8种语言中唯一归为此类者。虽然现在仍然使用阿伊努语的人口已变得非常少，但由于不少人担心阿伊努语会消亡，所以开始重新学习。根