四年（1641）秋，龚鼎孳以“大计卓异”返京，隔年授兵科给事中，尝有“一月书凡十七上”的纪录，直声震天下。娶江南歌妓顾眉生。崇祯十六年（1643）十月，弹劾周延儒、陈演、王应熊等人，又疏诋吕大器为陈新甲私人，因此杵旨降罪下狱，崇祯十七年二月，出狱。甲申之变，大顺军攻陷北京，明朝灭亡，龚鼎孳投降李自成，授直指使，巡视北城。大顺灭亡，睿亲王多尔衮至，龚鼎孳降清，以原官任，升吏科右给事中，又升礼科都给事中，迁太常寺少卿，升左都御史。顺治三年（1646）六月丁父忧，请赐恤典，工科给事中孙珀龄严劾鼎孳是明朝罪人，