增设会计学系。1937年抗日战争爆发，文理学院迁移湖州附属第三中学续课，中学部在南浔觅址开学。时隔不久，日军又在金山卫登陆。1937年11月，大、中学师生分道向杭州、泗安两地撤退。后泗安师生一部分向长沙进发，一部分回到上海租界；杭州的师生则转往安徽的黟县办学。1938年初，校长杨永清回到了上海，师生大部分进入上海租界，与圣约翰大学、沪江大学、之江大学同赁慈淑大学上课；法学院迁租借中区，假慕尔堂上课。1941年12月，太平洋战争爆发，日军进占租界，学校被迫停办。盛振为在重庆开办东吴法学院。法学院留沪师