军政府的最高领袖为（Military Governor），其次为军政府长官（Chief Military Government Officer），其副职为军政府副长官（Deputy Commander,Military Government）。宫古群岛和八重山群岛先后于12月8日和12月28日被划入军政府统治之下。奄美群岛、吐噶喇群岛，则于翌年2月2日被划入军政府辖境之内。1950年12月15日，琉球列岛美国军政府被改组为琉球列岛美国民政府，给予了琉球人自治的权利。