所有车站均设有月台门。而3号线的首通段（广州东站/天河客运站—番禺广场）以及5号线首期地下段（滘口至文冲）在建造时均已安装法维莱交通的高站台门，但5号线的坦尾站以及滘口站由于是高架设计，所以安装了低站台门。其中3号线首通段的月台幕门系统以及门机由法维莱交通提供，但部分部件以及幕门玻璃则由方大集团及其子公司深圳市方大装饰工程有限公司提供，所以在幕门玻璃上的“方大”标识会有机会让乘客误认为幕门系统亦是由方大自动化提供。而3号线北延段（原机场快线）原有17.03公里高架路线的规划全部更改为地下敷设，原有快慢车