于哈布斯堡一方与法军作战，结果巴登地区被战火蹂躏，1796年更被强迫缴交赔偿，并割让其位于莱茵河左岸的领土予法国。但幸运地这些领土很快便复归巴登一方。1803年在俄国亚历山大一世的大力支持下，根据《帝国代表重要决议》，巴登获得了康斯坦茨采邑主教区、普法尔茨选候国的一部分，和其他细小地区，并且获得选帝侯资格，升为选侯国。1805年巴登反过来为拿破崙作战，结果于普雷斯堡和约之中巴登再获得包括弗莱堡在内的布赖施高地区和其他哈布斯堡王朝在组成奥地利帝国时所损失的领土。1806年巴登选侯国签署《莱茵邦联条约》加入莱茵