可能也会受到影响，如蓝斑核等。磁振造影（MRI）和正子电脑断层扫瞄（PET）研究已报导患者在疾病进程中部分脑区萎缩的状况，且跟其他健康老年人比较也能发现有部分脑区萎缩。在显微镜下，阿兹海默症患者的脑皮质可以看到明显的类淀粉斑块以及。斑块大多由致密且不溶于水的样胜肽及细胞衍生物所构成，通常堆积于神经元周围。神经纤维缠结则通常是由微管相关蛋白质Tau所构成，患者的Tau蛋白会过度磷酸化并聚集于细胞内。虽然许多老年人的大脑中都可发现这些因老化形成的斑块和缠结，但阿兹海默症患者会在特定脑区出现更多斑块及缠结，例