启至清初顺治），又有大批闽南人应募入台耕作，随后在台湾安家。在《安平颜氏族谱》、《东石汾阳郭氏族谱》中都有迁家入台的记载。1661年，郑成功经热兰遮城之战打败荷兰东印度公司后，在台湾设承天府。1683年（康熙二十二年），清康熙帝派施琅带兵攻打台湾。澎湖海战后，郑克塽投降，清军进入台湾。次年，台湾设一府三县，成为福建省的第9个府，即台湾府。台湾建府初期，清廷即授权福建巡抚从闽省内地与台地的官员互调。因此，清代台湾的官吏多是福州人。清朝中期，大量移民迁台，先来后到的族群之间存在诸多利益冲突。如福建的鹤佬