天主教徒人口约为20万。天主教在内蒙古有天主教绥远总教区、天主教赤峰教区以及天主教集宁教区。内蒙古还有天主教村庄。目前内蒙古的4名主教是由中国天主教爱国会任命的。在第三次河湟事变中，比利时牧师曾负责内蒙古西部的一个汉人天主教村庄小桥畔的防御。义和团运动期间，内蒙古有2000多名天主教徒被杀。法国天主教神父阿方斯·伯明（Alfons Bermyn）希望外国部队能驻扎在内蒙古，但被满清政府拒绝了。伯明（Bermyn）向恩铭请愿，希望将部队派往河套，伯明谎称端亲王的蒙古人部队和董福祥的甘军威胁天主教徒。