。红鳄龙被归类于诺托鳄龙科（Notochampsidae），是诺托鳄龙的近亲；而诺托鳄龙科的演化位置，界于槽齿目、现代鳄鱼之间。根据现在的观点，诺托鳄龙科的范围相当于原鳄科。目前没有发现红鳄龙的头颅骨化石，无法做出更准确的分类。颅后身体骨骼相当零碎，耻骨没有构成髋臼的边缘，研究人员根据这个特征，得知红鳄龙是现代鳄鱼的早期远亲。此外，根据骨盆、后肢、脚掌的特征，显示红鳄龙的外形类似早期鳄形超目，例如原鳄，因此红鳄龙是原鳄亚目的一属。