他也下定决心要进入首屈一指的北京大学就读。但徐星高考那年，北京大学的物理系在新疆没有招生名额，其他的名额也大多是冷门的学科。为了进北大，他最后在志愿卡上选择服从分配，影响了他日后的发展。
大学时期.1988年，徐星成功考上北京大学，当时录取通知书上只写着是分发到古生物学。徐星表示，当时全家人甚至学校的老师都不清楚这门学科是做什么的，就连学科中最为人熟知的研究对象恐龙他都不曾听过，他是直到入学后才知道古生物学是地质学的一部分范畴，但这个学科此时仍不在他感兴趣的范围内（他也因此尝试