日，副总统穆罕默德·哈达组成新一届内阁并兼任总理，朱安达在内阁中继续仍担任交通部长，并代理公共工程部长（1948年4月13日起不再代理）。但是荷军又于1948年12月19日发动第二次大规模侵略战争，即所谓第二次警卫行动。荷军很快攻占印尼共和国临时首都日惹，逮捕了苏加诺、哈达以及包括朱安达在内的全体内阁成员。朱安达被劝说加入荷占巴巽丹傀儡邦政府，但他拒绝了。在各方压力下，1949年荷军撤出日惹，并释放印尼共和国领导人。同年8月4日朱安达进入穆罕默德·哈达副总统兼总理组成的第二届内阁，改任无任所的国务部