与上海机械高等专科学校合并组建为上海理工大学。 1999年，上海光学仪器研究所并入学校。7月，上海医疗器械高等专科学校和上海出版印刷高等专科学校划归上海理工大学管理（两所学校仍为独立招生）。2015年，上海医疗器械高等专科学校与其他医科院校合并组建上海健康医学院，不再受上海理工大学管理。
现状.学校设有18个学院、2个教学部，30个研究所，12个研究中心和4个研究院。在校生24000余人，其中研究生6300余人，本科生17700余人。2013年在校国际生1000余人。学校根据国家经