与当地的犹太人后裔接触，以求研究他们保存的经书，然而遭到拒绝。在北京，艾儒略结交了徐光启，并在不久后随辞职返乡的徐光启前往江南。在扬州他为马呈秀讲西学并施洗马成为基督徒。1616年，南京爆发了南京教案，20位在华耶稣会士遭到严厉处罚，艾儒略至杭州的杨廷筠家避难，直到1618年形势渐渐好转，他就开始在杭州传教，接纳了杨廷筠、李之藻两位重要人物入教。此后，以杭州为传教中心，他的足迹踏遍了北京、陕西、山西、江苏、浙江各地。在杭州时期，艾儒略开始用汉文出版着作。1623年，《万国全图》、《职方外纪》、《西学