职改由五部衙门长之一兼充，那木囊苏伦的职务改为陆军衙门长兼充内阁总理。中华民国政府则任命他为齐齐尔里克盟盟长。任职期间，1916年7月25日下午，那木囊苏伦向中华民国首任都护使充库伦办事大员陈箓辞行，请假两个月回本旗，其内阁总理职务暂由外交长、辅国公车林多尔济代行；不久，那木囊苏伦便回任复职。在外蒙古实行自治后，以那木囊苏伦、杭达多尔济为代表的贵族集团与博克多汗为首的僧侣集团冲突日益激烈，中国北洋政府则试图恢复其在外蒙古的统治。为了得到支持，那木囊苏伦于1918年再次前往俄国伊尔库茨克。此时正是俄国内战