1993–1998.日职联建立伊始只得10支球会，赛会的计划是头两三季保持10队，之后每年陆续加入2队，令最终队数为16队。与现时制度相若，在当时次级联赛的球会只要符合到日职条件及取得好成绩便有机会升班。而日职联会员亦有参加日本联赛盃及预备组赛事的资格。随着1998年日乙的成立，旧的日本足球联赛废除，剩余的三支加盟球会获得升班资格，只得FC本田继续保持业余身份参与新的日足联。
2006–2013.1999年成立的日乙及日足联是日职联扩建的前奏。在首7年，日