县厅改设二十厅，该庄隶属于宜兰厅，编入第七区。1905年（明治三十八年）7月，第七区改名「外员山区」。1909年（明治四十二年）10月，合併二十厅为十二厅，该庄仍隶属于宜兰厅。1920年（大正九年），废十二厅改设五州二厅，该庄改制为「深沟」大字，隶属于台北州宜兰郡员山庄。战后员山庄改制为员山乡，隶属于台北县，大字改制为村。1950年10月，北、基、宜分治，员山乡改隶属于宜兰县。
聚落.本地区发展较早的聚落有下深沟、深沟、上深沟、蚊仔烟埔等，在日治期初期的官方地图上已有记载。