种系遗传学的平行观察促使他提出了个体发育与进化过程中的因果关系的理论。这就是所谓的复演说。今天这个理论已被推翻。
哲学.由于海克尔对进化论的证明不精确，而且他本人将自然科学的认识与宗教对立起来，因此他的理论成为试图驳倒进化论的创造论者的攻击对象。他也受到后来的生物学家如史蒂芬·杰·古尔德的批评。在哲学上他持一元论，认为“世界与上帝是同一的”。在他的《宇宙之谜》（Die Welträthsel）中他写道：随着每年我们对自然的认识的发展过去的对立不断缩小，因此最基本的世界观问题的解