北省香河县挂任副县长。1998年9月，结束挂职的侯凯出任财政审计司司长助理。1999年11月，升任副司长，最后于2003年2月升任司长。2007年1月，侯凯离开长期工作的财政审计司，调任驻哈尔滨特派员办事处特派员。2009年2月，他回到北京，出任署办公厅主任。2010年10月，升任审计署副审计长，晋升副部级。2011年7月，不再兼任审计署办公厅主任。2012年11月，当选中共十八届中央纪委常委。
纪检监察.2013年11月19日，侯凯离开审计署，调任中共上海市委常委、市纪委书记