断面隧道钻掘机（TBM）进行快速挖掘，负责主隧道工程的大型TBM单价约新台币十亿余元，独力挖通导坑的小型TBM约3.2亿元。其中一部大型TBM在进行隧道东口工程时，通过硬度比钢还要高的四稜砂岩地层（Szeleng sandstone），一度遭遇每秒750公升的大涌水。在挖掘过程中，共发生过63次岩盘崩落，全断面钻掘机曾26度受困。位于西行线（通车后改称为北上线）的另一部在1997年12月15日的一次隧道崩塌事故中，被大量土石掩埋而损毁报废。之后施工单位为了加快工程进度，在第二号竖井内增开新的工作面，并用传统