叩首请帝慎重，但帝未许。祖大寿回营后即带兵东逃，思宗非常忧虑。成基命于是提出由袁崇焕写信召回，后在孙承宗协力下稳住军心。但在召对中，基命提出施政从缓，却与思宗想法相左。工部主事李逢申劾成基命欲脱逃袁崇焕的罪行，李逢申反被降职。在韩爌、李标相继离职后，崇祯三年（1630年），成基命成为过渡首辅，与周延儒、何如宠、钱象坤主持内阁。之后，温体仁、吴宗达也进入内阁。后来在商议袁崇焕事时，恰逢成基命得病，锦衣卫张道浚、工部主事陆澄源等上疏指责其在袁案中委卸避事，有牵入迹象。成基命自感大势已去，当年辞职。崇祯帝挽留