当时已死，尸体被从棺材中挖出，肢解成36块，子董与沂，也被诛杀。湖州府学教授赵君宋本是告发者之一，亦以“私藏逆书久不上缴”罪名被处斩。苏州浒墅关主事李继白因买书被杀。提督学政胡尚衡、松江提督梁化凤、守道张武烈等人以重金行贿得免。范骧、查继佐、陆圻三人因吴六奇之助，无罪开释。告发者吴之荣得到庄允诚、朱佑明两家大量财产。
结案.康熙二年（1663年）五月二十六日庄廷鑨明史案正式结案，此案先后因此狱牵连千余人，所有被羁押的犯人在杭州虎林军营被集中宣判执行，囚犯集中在弼教坊广场上等候发落。