面回覆而威胁妨碍其提名，沙纳汉回应指自己仍未能获取有关的机密军事资讯，故未能落实有关决定。沙纳汉于2017年7月18日以票数92比7获参议院确认，正式就职第33任国防部副部长。
国防部部长(代理).2018年12月23日，美国总统川普决定提早结束马蒂斯的任期，任命沙纳汉于2019年1月1日接任代理国防部长的职务。沙纳汉因涉及2010年和妻子互殴，被联邦调查局调查；2019年6月18日，沙纳汉发声明表示他因家庭原因决定退出正任国防部长提名程序，并将辞去正任国防部副部长一职，不