家孙文结为好友，孙文曾向犬养毅称扬熊楠「君游学欧美将廿年，博通数国语言文字，其哲学理学之精深，虽泰西专门名家每为惊倒，而为植物学一门尤为造诣。君无心名利，苦志于学，独立独行，十余年如一日，诚非人可及也。」1929年曾为同是黏菌学者的昭和天皇经筵进讲，并向天皇展示了一百余种标本。
轶事.在就读时，熊楠与同学一同参与学运「贿征伐」，熊楠不採取暴力手段，他只是不断添饭；其中熊楠吃了28碗，是参加者中食量最多者。而其他人扔掉饭柜、弄翻锅子的时候，熊楠仍然只是不断进食。因此，后来供餐业者甚至为