果阿，这些人有许多是和一些假意改信的犹太人，因此并不受天主教徒欢迎。圣徒方济·沙勿略在1545年写信给若昂三世，要求建立果阿宗教裁判所，这也是印度天主教的一大败笔。在1557年果阿成为了独立的总教区，附属柯枝、马六甲-柔佛两大教区，而整个东方也都处于果亚总教区管辖之下，管辖权一直扩展到澳门、日本。圣多默基督徒的最后一任当地总主教死于1597年，当时这些信众还隶属于东方教会，而这也给了天主教领导这群教徒的机会，果阿总主教抓住时机争取到了仍健在的当地教长的支持，最终这些本土基督徒融入天主教会。梅内泽斯在15