权同意后任命。而在任职期间，委员不得参加政党活动。此外，促进转型正义委员会还设有主任秘书1人、业务组组长各1人，以及秘书室、人事室、主计室及政风室等4个幕僚单位。最初促进转型正义委员会的委员会成员，除了主任委员黄煌雄、副主任委员张天钦外，还包括由国立东华大学华文系副教授杨翠、前台湾民间真相与和解促进会执行长叶虹灵、中央研究院民族所副研究员彭仁郁担任专任委员，以及由中央研究院台湾史研究所所长许雪姬、不当党产处理委员会兼任委员花亦芬、台湾基督长老教会总会助理总干事高天惠、民间司法改革基金会常务执行委员尤伯祥