练蔡振华的劝解下无奈离开了国家队。2002年2月，她以「单程证」身分到香港定居，并加盟了香港乒乓球队。然而，由于在香港居住的时间太短，她因而错过代表香港出战2002年亚洲运动会、2003年世界乒乓球锦标赛等机会。及至2004年，她虽然能参加雅典奥运会乒乓球比赛，但最终成绩却未如人意。雅典奥运后，林菱一度考虑挂拍，但在港队教练李惠芬的鼓励下放弃了退役念头；并在随后的2005年世界乒乓球锦标赛打进女单四强，又在亚锦赛赢得女单冠军。2008年，林菱来港已经六年，但因未拿到香港的永久居留权，一度未能符合参加