在南台湾失利的荷兰人重新转进北台湾，于1664年重新整修北荷兰城。不过，在郑氏王朝郑经派遣黄安攻打下，战况渐趋对荷兰不利。1668年荷兰人炸燬北荷兰城，并自基隆退却，完全撤除于台湾的所有军力。攻下和平岛之后，郑经于该岛设鸡笼安抚司，此为设置少数兵力的巡检建制。1680年，因为害怕清朝海军突袭佔领，郑经派军将被炸毁的北荷兰城夷为平地，不过又于翌年于旧址重新筑城，并随即废除任其荒芜。18世纪台湾进入清治时期后，该城仍不复使用，渐趋颓圮。
遗址挖掘.台湾日治时期的1933年，台湾总督