败两位地主好手奎里、菲什进入四强，最后虽败给英国希望穆雷无缘决赛，不过已经创下美网参赛以来的最佳成绩。
室内硬地赛.9月，在马德里举行台维斯盃准决赛中，纳达尔帮助西班牙击败美国晋级决赛。10月，马德里大师赛，纳达尔在四强败给西蒙，不过也使他成为第一位西班牙籍的年终球王。二周后在巴黎大师赛，纳达尔在八强中，在打完第一盘1-6落后第二度由于膝伤而退赛，这是今年第二度败给达维登科。接下来在网球大师盃宣佈退出，今年最后一项赛事，台维斯盃决赛也同样退出，因为他的膝伤尚未复原。