的RNA与PBS形成硷基对。事实上PBS在病毒的RNA的5’端上是不正常的，因为反转录酶是从3’端合成出DNA，方向是5’到3’(相对于RNA模板)。因此引子和反转录酶必须位在病毒的RNA的3’端。为了成功的将之重新定位，需要许多的步骤以及酵素，包含DNA聚合酶，RNAse H以及已解开的的聚合苷酸来参与反应。HIV的反转录酶也有核糖核苷酸酶用来活化，目的是将在合成cDNA的过程中将病毒的RNA降解，如同DNA dependent DNA聚合酶将cDNA股合成为无意义的DNA来组成病毒的双股DNA中间产