仙股」事件，舆论更指马时亨应为事件引咎辞职。香港立法会就事件召开特别会议，传召马时亨作供，他在会上推卸责任称刚刚上任「没有时间细看有关文件」，最后马时亨在9月11日就事件向公众道歉，并作90度鞠躬，但拒绝辞职，亦没有受到处分，而当时的香港交易所行政总裁邝其志则在其后辞职，而5角除牌等建议在两年后宣佈搁置。马热心教育，2002年至2006年在港大设立五项奖学金，帮助历史学系的学生实现理想。2008年，他获委任为港大经济金融学院名誉教授。仙股事件令马时亨民望大挫，但此后六年，他在政务上表现出圆滑及具效率