中华人民共和国成立后，王福山于1952年院系调整期间调往复旦大学，出任物理学主任。文化大革命期间受到冲击。文革结束后继续担任复旦大学物理系主任。1979年同济大学决定重建物理系，王福山被聘为同济大学物理系名誉系主任、玻耳固体物理实验室主任。王福山是九三学社成员，曾任上海市第三至八届人大代表、上海市物理学会副理事长、《辞海》物理分科主编等职。1993年在上海逝世，终年86岁。