本线平行的原下行本线路基上重新修筑了一条上下行列车共用的简易支线，命名为「垂井线」，因此今日实际通过垂井车站的是东海道本线的上行本线与支线的垂井线，下行本线反而迂回绕过本站直接连结前后站的大垣与关原两站。
车站结构.构内北侧为侧式月台1面1线，南侧为岛式月台1面2线，合计2面3线的地面车站的跨站式站房。
使用情况.「垂井町史」、「岐阜县统计书」、「垂井町势要览」，各年度1日平均上车人次如下表。大垣站 - 米原站的中途站当中使用人数最多。