加由柬埔寨过渡时期联合国权力机构举行的1993年大选，也拒绝让红色高棉游击队缴械，引发红色高棉内讧。1997年，波尔布特杀害计划向新政府投诚的宋成，引起众怒，被另一名将领塔莫克逮捕，判处终身监禁。1998年，波尔布特在软禁期间突然死亡，塔莫克宣布他死于心脏病，但外界认为他可能死于自杀。波尔布特的一生备受争议，其支持者认为他是社会主义的倡导者，在面对“越南帝国主义”侵略时赢得了柬埔寨主权；反对者则认为他是一个犯有危害人类罪的独裁者，谴责其在红色高棉大屠杀中扮演的角色。
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