两兄弟僱用，库克起初在他们细小的船队中任职商船队见习学徒，负责定期往返英格兰沿岸各地运载煤炭。库克花了好几年的时间在自由爱号（"Freelove"）运煤船和其他运煤船上，游走于泰因河和伦敦之间。作为见习学徒受训的一部份，他还学习了代数学、几何学、三角学、航海和天文学各方面的知识，这些技能对他日后指挥自己的船只均有莫大的帮助。完成为期三年的见习学徒训练后，库克转到往返波罗的海的商船工作。在1752年通过考试后，他在商船队中屡获擢升，并在同年出任双桅横帆运煤船友谊号（"Friendship"）的大副。175