加镇压赤眉、绿林起义，拜渡水将军，后据河西，河西民俗质朴，窦融“政亦宽和”，“上下相亲，晏然富殖”。汉光武帝刘秀进攻陇右的隗嚣时，窦融率兵相助，平陇右后，窦融又上表要求放弃割据，于建武五年（29年）四月率领部下内附。窦氏一门贵宠，称「一公、两侯、三公主（窦穆尚内黄公主、窦勋尚沘阳公主、窦固尚涅阳公主）、四二千石」，奴婢以千计，当时贵戚功臣都无法相比。窦融子孙放纵声色，多行不法，窦穆、窦勋二人恃宠而骄，仗势欺人。永平二年（59年），从兄子窦林因罪处死，汉明帝多次下诏责窦融，并“戒以窦婴、田蚡祸败之事”，令