顺德上皇的儿子仲恭天皇，拥立后鸟羽上皇哥哥守贞亲王的儿子茂仁王为新的天皇，是为后堀河天皇；守贞亲王则以太上天皇的身份执掌院政，是为后高仓院。后鸟羽上皇在流放隐岐岛之前出家。延应元年（1239年）2月20日，后鸟羽上皇在隐歧岛逝世。同年5月谥显德院。四条天皇逝世后，后高仓院一脉断绝，后其孙后嵯峨天皇即位，于仁治3年（1242年）7月改其院号为后鸟羽院。
歌人和刀工.后鸟羽天皇擅长创作和歌，在日本中世是屈指可数的歌人。他曾创作有大量着名和歌，其在位和执政期间曾多次举办和歌歌会。