久后由于长时间没有居住于南方，水土不服而患脚疾，不得不称病谢客，卧床在家听晚辈诵读诗文。在此期间，徐阶的思想观念多有转变，他以孔孟程朱为例，认为将自己的着述流于后世比之官爵更加有价值。
退田案.隆庆三年六月，时任佥都御史的海瑞巡抚应天，在其任期内颁布了《督抚条约》，清查当地政务。徐家由于拥田众多，海瑞清理土地的诉讼案件、勒令豪门大家清退田土时他们也受到了极大的影响。徐阶在了解到海瑞的施政意图后，他先是致书时为松江知府的衷贞吉，指出海瑞尽管为人民着想非常恳切，根据新法这样下来奸民就会