人马内任命为代理总统，萨尼亚于5月14日宣誓就职。在1999年12月和2000年1月举行的总统选举中，虽然得到马内为首的军人的支持，但是萨尼亚还是败给了昆巴·雅拉。2003年9月，几内亚比绍军队总参谋长科雷亚·塞亚布拉发动政变，下令逮捕当时的总统昆巴·雅拉，并自任临时总统。塞亚布拉不久辞去总统职务，任命无党派人士恩里克·罗萨为过渡总统。2005年7月的总统选举中，萨尼亚作为几内亚和佛得角非洲独立党候选人，但是败给以独立候选人身份参选的前总统维埃拉。2009年3月1日晚和3月2日晨，几内亚比绍武装部队