但即使如此1497年教宗仍公开澄清他绝不是杀害他哥哥乔凡尼的兇手，因为大部分的证据皆指向兇手是他的另一个哥哥切萨雷，因为切萨雷与乔凡尼的公开对立以及两人皆周旋于乔弗雷的妻子珊莎之间，因此众人皆认为切萨雷才是杀害乔凡尼的兇手。乔弗雷与他的姊姊卢克雷齐亚·波吉亚的关系似乎不错，因为他曾短暂的帮助过她治理斯波莱托。在1499-1504年法国国王路易十二征服那不勒斯的战争中，乔弗雷是站在法军这边的，但当他被佣兵队长捕获后，他改变了立场，加入了西班牙军，这导致了他的领地，阿尔维托的叛变。1504年，他挪用在