亮升御座，与司马羕、司徒王导、尚书令卞壸、车骑将军郗鉴、领军将军陆晔和丹杨尹温峤一同受命辅政。并加庾亮给事中，转任中书令。不久明帝病逝，晋成帝继位，并由庾太后临朝，政事都由庾亮决策。王导辅政因风格寛和而得众心，但庾亮凡事以法，因此失掉人心。同时陶侃和祖约都没有获任命为辅政大臣，皆怀疑庾亮纂改遗诏，都有怨言流传。庾亮于是任命温峤为江州刺史，作为外援；也修护石头城以作防备。其时司马宗等人密谋除去以庾亮为首的辅政大臣，庾亮于是因御史中丞钟雅弹劾司马宗谋反一事而派赵胤收捕司马宗。司马宗勒兵反抗但被赵胤击杀。庾亮