土壤中氨基酸的组成与细菌产生的氨基酸相似，这说明土壤蛋白质、肽和蛋白质起源于微生物。
形成.腐殖质形成是非常复杂的生化过程，有3种学说：土壤除了保存生物残体被腐殖化的养分外，还可以胶体物质的特色去吸收植物不可缺少的阳离子，如钾、钙、镁等。阳离子中铁离子及腐殖质是土壤颜色的主要染色物质，可以通过土壤颜色去分析土壤阳离子的成分。土壤团粒结构形式有利植物生长。因为团粒结构具备毛管孔隙、非毛管孔隙等多级孔隙，对土壤水份及土壤空气有适当协调的作用。这个结构单位内的土壤主要是以胶体物质