第二圈是于2015年11月11日至17日的比赛。
赛制.非洲区排名 1 至 27 的球队，以及 13 队第一圈胜出球队，总共 40 队进行主客两回会制的淘汰赛，20 队胜出球队晋级第三圈.
档次分配.MSK2015年7月25日(UTC+3)18:00 进行第二圈抽签,于俄罗斯圣彼得堡斯特列利纳Konstantinovsky Palace举行.根据2015年7月国际足协世界排名进行分档 (shown in parentheses). 27 队分成 3 个