化学学习后，1944年他来到哥廷根，进入哥廷根大学学习。1951年他获得物理学博士学位之后，在该校的物理化学研究所从事科学研究工作。1953年进入卡尔·弗雷德里希·彭霍费尔研究所从事物理化学研究工作。1957年他成为研究所主任。1958年他当选为马克斯·普朗克学会的会员，1964年成为马普所首席科学家。1967年获得诺贝尔化学奖，同年任马普学会会长至1970年。1971年彭霍费尔研究所扩建并更名为马克斯·普朗克生物物理化学研究所。艾根由于对极快化学反应研究的突出成就，与英国的罗纳德·乔治·雷福德·诺里奇