阶段的军事统领，皆由台湾总督兼任。台湾军主官为台湾军司令官，而组织下辖台湾守备队（台北）、台湾步兵第一联队（台北）、台湾步兵第二联队（台南）、台湾步兵第三联队（台中）、台湾山砲兵大队（台北）、基隆重砲兵大队（基隆）、马公重砲兵大队（马公）、飞行第八联队（屏东）、太平洋战争爆发后，于昭和19年（1944年）扩充改组为「第十方面军」，统辖沖绳、台湾、澎湖的防卫作战任务。后期扩编为第十方军的台湾军军事持久防卫战略，系将重兵部署于西海岸，南部以高雄为重心，北部置重兵于台北，另于彰化、新竹设两个重兵游击师团，可以增援