夫带人抓走，数百名愤怒的村民放火烧毁了田中的家宅，16岁的天草四郎时贞（教名Jerome）被推举为领袖。10月15日，岛原有马村藩吏林兵右卫门探悉有村民供奉天主像，破门而入却被在场的村民杀死。随后当地民众开始诛杀藩吏、焚烧寺庙，最终使领内的民众响应了这次一揆之乱。起义军击败了前来镇压的3000人武士军队，并包围了藩吏躲藏的富冈城。后听说幕府军队正在前来，遂退守岛原南部原有马氏所领的原城。幕府特使板仓重昌三次发动进攻都不成功，最后板仓本人战死。幕府又派宰臣松平信纲来九州组织藩军，这次改为围城，等待起义军弹