称为内蒙古，于天命至康熙初年陆续归附清朝。干隆以后定为二十四部，共四十九旗，设六盟。内札萨克各旗不但政治地位很高，还保留一定的兵权。康熙中期以后归附清朝的各部落称为外札萨克蒙古，包括漠北的喀尔喀四部、西套蒙古二旗、青海蒙古各部、科布多各札萨克旗、新疆旧土尔扈特部及中路和硕特部。外札萨克各旗无兵权，隶属于当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。其中喀尔喀四部后来演变为外蒙古。清代新疆分为天山北路的准部和天山南路的回部，统属于伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实