总统另外提供6艘护卫舰，总统可以直接指挥它们及命令其执行载人指令。处于美国与巴巴里强权即将宣战的紧张形势下，这些舰艇被派遣到利比亚海岸去保护美国的商贸及履行海上义务，同时被命令在任何发现敌方船只的情况下摧毁它们。 1801年杰弗逊正式就职总统，的黎波里的帕夏（或称总督）尤素福·卡拉曼勒要求从新政府获得225,000美元（1800年，联邦总收入略高于10,000,000美元）。但杰弗逊坚守了自己一贯的信念并拒绝了这个要求。很快，尤素福·卡拉曼勒向美国宣战。尤素福·卡拉曼勒并没有通过正式的纸质文件宣告战役的开始