继续消灭了最终敌人。然而主角们没能阻止玛娜之树毁灭，玛娜从世界的消失。最后菲娅莉与残留的玛娜之树融合，将在千年后成为新的玛娜女神，但玛娜在那之前不再出现。在游戏的片尾，主角们回到了自己的家乡。
开发.《圣剑传说3》由系列创作者石井浩一设计，田中弘道监督，Tetsuhisa Tsuruzono制作。田中曾参与头三部最终幻想作品的设计。动漫画师结城信辉负责绘制石井本人设计的角色插图。结城的游戏原画可在《结城信辉圣剑传说插画书》中找到。在《圣剑传说3》开发及1995年9月30日日版发