末端序列从此而缩短。真核生物通过形成端粒结构来解决这个问题。复制使端粒5′末端缩短，而端粒酶（telomerase）可外加重复单位到5′末端上，结果维持端粒一定长度。
结合蛋白.端粒除了含有重复DNA序列外，还包含有特殊的「非核小体蛋白」，即端粒结合蛋白。根据该蛋白的结合特性分为两类，一类与端粒重复序列特异性结合，在维持端粒长度方面起到重要作用，并且对端粒具有保护和调节作用；另一类与3′末端的单股突出结合，用于合成染色体末端的帽子结构以及调节端粒酶活性。Section::