高，澎湖外岛最高的望安乡大猫屿则有海拔79公尺。着名的有湖西乡的拱北山、奎壁山以及西屿乡的牛心山。在中华民国教科书上，一直沿用日治时期以来的资料，称澎湖县共有64座岛屿；但在2005年12月，澎湖县政府乃拟具『澎湖群岛岛屿数量委託清查计画』，委託国立高雄应用科技大学调查。调查结果显示，澎湖县的岛屿共有90座，面积亦从126.8641平方公里增至141.0520平方公里，增加了14.1879平方公里。位置位于北纬23°12至23°47，东经119°19至119°43，岛屿数为90座。极东：查母屿； 极西：花屿