线的原先最高速度是每小时120公里，但实际的最高速度经常远低这个标准（以非繁忙时间为甚，列车在ATO模式下经常惰行慢驶以节省电力）。有时列车的全程最高速度只有每小时100至110公里，而且经常在路上临时停车，加上减速措施，令全程行车时间不断拉长，令原本由罗湖至红磡需要约40分钟，延长至现时的45分钟，亦原本由落马洲站至红磡需要约42分钟，延长至现时的50分钟。有时更需逾一小时。
上水及罗湖站乘客冲闸问题.位于香港与深圳边境地区的罗湖站及上水站是携带水货过境的乘客（下称「水货客」）每