地质历史.摩周湖一带的火山活动起于约3万年前。在山顶崩塌以前，是标高2,000公尺左右、山容如富士山的成层火山。当时外围是安山岩质熔岩流形成的外轮山。约7000年前的大喷发后形成相当于现今摩周湖的破火山口。该次喷发与九州南方的鬼界破火山口是日本国内最新的破火山口大规模喷发。约4000年前起，破火山口东部开始喷火，形成摩周岳火山。同时期，破火山口中央（湖底）也形成火山穹丘的神婆岛。
透明度.摩周湖在20世纪前半世纪曾经是世界透明度最高的湖泊，摩周湖在1930年