台湾原住民与菲律宾、印度尼西亚各岛原住民皆属于南岛民族且有密切关系。这些台湾史前移民的语言因而与上述其他地区具有共通性。比较早期的说法，包括该语言起源于麦克罗尼西亚、华南、中南半岛、西新畿内亚等论点。
南岛语系语言分类系谱.《民族语》基于白乐思（Robert Blust）1999年的新分类，将1256种南岛语言，分为10大分支，是民族语有列出语系中，语言数目第二多的语系。此新分类将原来台湾南岛语言（Formosan）17种语言及婆罗语群的139种语言分拆成多个新的语族，并提升至