留在南方八省的游击队，改编为国民革命军陆军新编第四军。抗战期间，国民党主要与日军主力进行正面作战，中共则在沦陷区开展游击作战。中国与日本发生22次大型会战和上万次中小战斗。其中有国军与少数八路军将领擅自协同参与的平型关战役。中共也有单独的对日作战如百团大战。国共之间曾爆发多次冲突，影响最大者，当属“黄桥战役”和“皖南事变”。抗日战争结束时，红军发展到130余万人，民兵260余万人，解放区拥有约一亿人口。
第二次国共内战.1945年8月起开始的第二次国共内战，中国共产党方面称