文政府不承认九二共识，在会上反对台湾参会提案。中华民国未能获得该届世界卫生大会邀请函，另经其他渠道派员进入大会旁听。对此，蔡英文表示不应该因为政治排除台湾参加卫生大会。世界卫生大会总务委员会上，支持台湾与会的史瓦济兰、索罗门群岛与反对台湾与会的中华人民共和国、古巴进行二对二发言，最终总务委员会建议不纳入大会议程。大会期间，18国发言倾向支持台湾与会；会中支持台湾与会的圣文森特和格林纳丁斯、帛琉与反对台湾与会的中华人民共和国、古巴进行二对二发言，大会主席（俄罗斯卫生部长）裁示依总务委员会建议此案不纳入大会