六角定赖、六角义贤父子为后援下，义晴得归回京中。此时将军权威完全荡然无存，成为傀儡。但足利义晴一直试图恢复将军权力，设立由自己亲信组成的内谈众为政治中枢，试图亲政。同时迎娶朝廷重臣近卫家的女子为正室，试图得到朝廷的支持。天文10年（1541年）因与细川晴元不和，逃往近江的坂本；次年回到京都。天文12年（1543年）再次逃往近江。
让位与病死.天文16年（1547年）足利义晴进入瓜生山城，同细川晴元对立，但被晴元击败（舍利寺之战）。此后义晴将将军职让给其子足利义辉，并以大御所的身