南书房的兴起.康熙时，议政王大臣会议的权力被大部剥夺，决策多由南书房作出。康熙于大臣中简任若干入值南书房，参与机务。但南书房不是正式机构，也不能行文或指挥其他衙门。
军机处的兴起.雍正时设「军机处」，有军机大臣三人至六人、军机章京若干人，成为权力中枢，皇帝的诏令多由军机处发出。但有清一代正式诏书等均以内阁名义拟出，臣下正式奏章也递交内阁，所以内阁仍是清代名义上正式的行政机构。
三殿三阁大学士.大学士的名称前要改加殿、阁衔，数目为六人