此萩市对外的主要交通以铁路及客运为主，西日本旅客铁道山阴本线虽然沿着海岸线通过辖区，但并未通过主要市区所在地的三角洲地区，而是从三角洲南侧绕过；长程客运则是由、、中国JR巴士、等多家业者经营。
公路.目前的规划中，未来将有山阴自动车道和两条高规格干线道路通过辖内并在此交会，将可往东至岛根县，往西至长门市，往南至美祢市；不过目前只有山阴自动车道自市区往西至长门市的路段完成，其余路段仍在规划评估阶段。
离岛交通.往返辖区内主要岛屿的离岛渡轮是由市政府出资成