元和九年（1623年）父亲辉元正式隐居、秀就成为独立的藩主、藩政其后由毛利秀元、益田元祥、清水景治担当，秀就几乎不掌权。然而秀就与秀元渐生龃龉。宽永八年（1631年），秀元辞去后见人职务，二人对立深刻化。宽永九年（1632年）由秀就之义兄弟吉川广正（吉川广家之子，娶毛利辉元之女为妻）担任后见人、实际藩政已委任于重臣、秀元之辞任象征着以藩主秀就为中心的权利体系建立。秀元曾经引诱秀就幼弟毛利就隆脱离长州藩独立，但失败而回。宽永十一年（1634年）因秀元自作主张拒绝了江户城建设任务的缘故、幕府在忧虑此事态下作出