因素饱受疟疾等热带疾病之苦，据日方纪录，参与行动的日军与随军人员5,990人共回报了1万6,409件的患病纪录，呈现出平均1人患病2.7次的惨况，而561名的病死者更达实际战死者的数十倍之多。
中日交涉.日本5月中旬出兵台湾，同治帝随即于5月下旬派遣船政大臣沈葆桢为钦差大臣，以巡阅为名来台，主持台湾海防及对各国的外交事务。李鸿章允调唐定奎率领的淮军十三营六千五百人赴台，该部队熟习西洋枪砲，是淮军主力。当年农历九月中旬以后到十月间陆续抵台，使得双方战力情势逆转，沈葆桢的谈判地位因此顿