纲的差别在于，单孔亚纲的颞颥孔在下方。调孔亚纲是个复系群，这意味者不同演化支彼此并不互相关联，且从不同祖先演化而来。现在普遍认为调孔亚纲其实是多群失去下颞孔的双孔亚纲动物。调孔亚纲现在并不在科学文献中使用，鱼龙超目被分类于双孔亚纲，鳍龙超目则被分类于鳞龙形下纲，包含楯齿龙目、幻龙目、蛇颈龙目。另一个过去的分类单元「Enaliosauria」，则包含鱼龙目、蛇颈龙目。