6年6月25日，京沪铁路实现电气化后首列由电力机车由上海西站发车。2006年7月1日，上海南站正式启用，上海站和上海西站往沪杭线方向的客流量很大部分被分流到南站，而且上海西站日益残破，所以上海西站同时停止办理客运业务，原来所有客运列车分别转至上海南站和上海站到发。但仍保留为铁路职工而的通勤车乘降、货运及行包业务。2009年1月8日，投资40亿元人民币的铁路上海西站交通枢纽工程开始动工，接入沪宁城际铁路。车站在沪宁铁路修建期间施工单位对上海西站进行改造，以配合线路接入上海枢纽。改造工程包括既有京沪、沪昆铁