84年（康熙23年），台湾成为清朝领土之后，詹六奇继续于澎湖群岛担任澎湖水师协副将，他也是该官职的首任。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品，是台湾清治时期的这阶段，扼守台湾海崃的重要武将，并统帅两标水营，数千名水师兵勇。1686年，詹六奇升任为江西赣南总兵。詹六奇于康熙23年（1684年）出任澎湖水师协副总兵官，开基澎湖祠坛。