系设在原圣约翰大学旧址（华东师大分部）。原圣约翰大学理学院院长陈联磐任化学系副主任，原沪江大学化学系主任唐宁康任化学系主任。在院系调整中，华东师范大学参与了华东化工学院（现华东理工大学）的筹建工作，并调出部分师资支援其他高校，化学系多位教授（如邵家麟、陈子元）先后调往华东化工学院（现华东理工大学）、浙江农学院（今属浙江大学农业生命环境学部）。1972年5月，上海师范学院化学系、上海半工半读师范学院化学系、上海教育学院化学系并入华东师范大学化学系，同时华东师范大学改名为上海师范大学，华东师范大学化学系改为