考虑生物体的完整蛋白质组也很有用，可以将其概念化为来自所有各种细胞蛋白质组的蛋白质的完整集合。 这非常近似于基因组的蛋白质等效物。术语“蛋白质组”也已用于表示某些亚细胞生物系统中蛋白质的收集。 例如，病毒中的所有蛋白质都可以称为病毒蛋白质组。线粒体中的所有蛋白质组成了线粒体蛋白质组，从而产生了自己的研究领域。
历史.该词最早由马克·威尔金斯（Marc Wilkins）和基思·威廉姆斯（Keith Williams）于1994年在意大利锡耶纳举行的“二维电泳：从蛋白质图谱到