未依程序先行提出人体实验计画，且认为应该採用已被验证有效的疗法，而不是採用尚在发展中的实验性装置。2010年6月17日，魏峥率心脏移植医疗团队，协助越南完成该国首例心脏移植手术，台湾成为亚洲中第一个心脏移植技术输出之国家。2013年，为台中市长胡志强执行心脏冠状动脉绕道手术。2014年11月20日，中国国民党立委苏清泉及廖国栋，在立法院中质询，质疑台大医院在1998年至2006年间执行的器官移植程序，可能造成捐赠者提前死亡，以此影射柯文哲可能涉及谋杀，因此引发争议。苏清泉在事后宣称此次质询在事前