军占领期间，学生、日本将领、英军俘虏代表等会在特别的日子聚在那里悼念亡灵。在日本投降后，日军赶在正式把新加坡交还给英国前，仓促地拆毁昭南神社；只因为害怕前来接管新加坡的英军会以亵渎神明的方式拆除神社。昭南神社遗址现在就坐落在武吉知马自然保护区与新加坡武装部队军事限制区之间的灰色地带。已经有不少历史专家到访过神社遗址。新加坡电视机构（TCS）的“嘿！新加坡”系列中也有一集纪录片是介绍这个神秘的日本神社。在这之后，新加坡政府把昭南神社遗址设定为“历史遗址”。但是有别于一般的新加坡“历史遗址”，新加坡并没有打