担任“接收大员”，并任轻工业组接管委员会副主任委员，接管日资五个造纸企业，将其改组为台湾纸业公司，并任总经理等职，为台湾造纸业先驱。吴祖坪后因公司移转民营而辞职他就，改任东南碱业公司副总经理，美亚钢铁公司总经理。1961年吴祖坪应时任国民党政府经济部长尹仲容之邀，复任台湾纸业公司总经理。1967年吴祖坪被推选为台湾纸业贸易公司董事长，并推进了台纸外销。1970年吴祖坪与美国史谷脱纸业公司合作投资设立台湾史谷脱纸业公司，并任董事长。他在主掌台湾纸业30余年期间同时还兼任台湾工商协进会常务理事兼秘书长、台湾托运