湿地的物种就会遭殃。工业发展（特别是採金业）已开始为湿地带来问题。
动物与植物.这个生态系统内住着已知的有3,500种植物、超过650种雀鸟、超过400种鱼类。潘塔纳尔湿地亦是蓝紫金刚鹦鹉的家园。此雀鸟因其高达10,000美元的黑市价，被大量捕捉至濒临绝种。区内其他濒危物种包括美洲豹、鬃狼、大水獭、巨犰狳、水豚及巴西貘。
潘塔纳尔面临的危机.潘塔纳尔湿地的生态系统正面临人类活动所造成的危机，包括不受监管的钓鱼消遣、狩猎、偷运濒危物种（美洲鳄、美洲豹、山猫、