在父母和兄长的签署同意之下，美几申请捐赠遗体的遗书被递交到东京府。东京府虽然认可了该项申请，但在申请许可书里附加了「必须给予美几隆重的葬礼」（原文：厚ク相弔イ遣ルベキコト）的条件。美几于1869年8月12日逝世，享年仅34岁。翌日，于下谷和泉町（今东京都千代田区神田和泉町）医学院的小屋进行了日本首例的病理解剖。为了慰借美几在天之灵，医学院于8月16日，也就是美几逝世后不到一周，即在小石川植物园旁的念速寺举行隆重的丧礼，并赠予遗族家属十两黄金。美几之墓现在位于念速寺的本堂后方。墓碑背后刻有美几的法号「