仔」、「龙女」的效应下，令到学校在1990年代扩班达历史的高峰，单以1996学年的小学部小一为例合共有12班（即第一校及第二、三校分有甲、乙、丙、丁、戊、己六班。）1999年校本部新教学大楼落成启用；11月4日举行第25届校运会，由候任澳门行政长官何厚铧主礼；12月20日，澳门回归中国，圣若瑟教区中学全体中学师生参加在澳门运动场举行的「澳门同胞庆祝澳门回归祖国大型文艺表演」。2005年10月29日，圣若瑟教区中学初三至高三师生参与第四届澳门东亚运动会开幕典礼的表演。2006年3月19日，即圣若瑟教区中学