潜的恳请下，隐元来到了摄津国嶋上（今大坂府高槻市）。但江户幕府对隐元如此大的影响力感到恐惧，严禁他出寺活动，同时限制寺内僧人人数在200名以内。隐元在日本期间，由于受到幕府的监视和约束，曾一度要返回中国。但在龙溪的奔走之下打消了这个念头。1658年（万治元年），隐元成功与幕府将军德川家纲会面，两年后获得了山城国宇治郡大和田作为寺院的领地。1660年（万治四年）在那里开创了新寺。隐元不忘故土，将这个寺院也命名为「万福寺」（福清的黄檗山万福寺，则被称为「古黄檗」）。1663年（宽文三年）建造完成，在法堂举行