随即被总统曼努埃尔·奎松特赦，但马可仕不接受，坚持上诉，并在关押期间准备司法考试。翌年最高法院改判无罪，马可仕遂得以出狱。不久马可仕大学毕业，参加司法考试，第一名的成绩及格。第二次世界大战期间，马可仕参加菲律宾自治军，从事抗击日军的游击队活动；并且于巴丹死亡行军中侥倖逃脱。马可仕的作战经历，成为马可仕往后的从政基础。
从政.第二次世界大战结束后，菲律宾共和国于1946年正式独立，马可仕出任曼努埃尔·罗哈斯总统的秘书，1949年马可仕代表菲律宾自由党身份当选众议院议员，并且于1954