下辖昭化、巴州下辖通江。洪武十年（1377年），苍溪、南部并入阆中，昭化并入广元州。洪武十三年（1380年），复置苍溪、南部、剑州，梓潼再次划入剑州，广元州复置绵谷、昭化，昭化划入保宁府。洪武二十二年（1389年），广元州降为县，绵谷并入广元。明武宗正德九年（1514年），巴县升格为州，通江再次划入巴州。正德十一年（1516年），从巴州分置南江，仍隶巴州。保宁府下辖阆中、南部、苍溪、广元、昭化、剑州、梓潼、巴州、通江、南江二州八县，其中剑州下辖梓潼、巴州下辖通江、南江。
清.清