南敬助的脱逃事件中，沖田被遣去追返，在近江草津将其逮捕。2月23日（1865/3/20）, 山南在沖田协助介错之下切腹。虽然沖田一直都像对待兄长一样地仰慕山南，但是在他的家书中关于山南的死却仅轻轻带过。1867年以后，沖田因病情从最前线沉寂下来。鸟羽伏见之战之时，沖田因无法参战而被护送至大坂；战败之后，他和队士沿海路回到江户，在参加甲阳镇抚队途中不得已而脱队（有各种说法）。之后便投靠幕臣松本良顺，被藏匿在浅草今户的松本良顺家（一说为千驮谷植木屋平五郎家的客舍）。1868年7月19日（庆应4年5月30