针对以上问题，1944年4月1日，日本海军发布“特设舰船部队令”，新设立以海军少将为指挥官的特设护卫船团司令部。至4月中旬，共实际编成8个护卫船团司令部。这种所谓的“司令部”并没有设置固定的参谋部，所需要的人员均为船队组成前从海护总队、或者海军省、军令部等地护航相关的佐级军官中抽调，临时任命为参谋。司令部下也并未拥有自己的舰艇及飞机，同样是临时抽调而来。新的护卫船团司令部与原有的航运指挥官制度并存，就有双方共同登舰的例子。日军首先在松号运输船队内设立护卫船团司令部，其后扩大到往西新几内亚运输的竹号运输，