车站应对灾害的对策在世界上属先进水准，这与东京地铁沙林毒气事件有关。途径东京墨田区、江东区、江户川区等零海拔地区的东京地下铁东西线、都营地下铁新宿线等均有设置防水门。由于东海豪雨时，名古屋市营地下铁名城线的平安通车站曾被水淹没，因而导致名城线市役所车站- 砂田桥车站曾开行过代行巴士。名古屋市营地下铁鹤舞线的部分车站和名港线名古屋港车站设有防水门。另外，在乘客较多的车站，使用了将岛式月台的两侧错开（例如名古屋市营地下铁东山线名古屋车站）或新设月台（例东京地下铁银座线新桥车站）等方法减轻拥挤情况。