御史条奏，特令覈议，既经仓场及户部申明定例，请照覈办。即或现在情形不无窒碍亦应奏明更正，何以率准通融？既已宽其限期，何以谓之从严覈议？是该侍郎等覆奏自相矛盾，殊属回护。朱桂桢着交部议处。」随即被降一级、留任。九年（1829年）三月二十四日授漕运总督。漕运为国家仓储要务，经过了两百年，官吏与运丁累积的弊端已根深蒂固。朱桂桢潜心探究各种弊病陋习的因由，大力整顿收征、兑运、夫役、河壖、闸坝、仓胥等各方面，不苛刻追索，官吏与船工都和顺服从之。政事操劳，当时朱桂桢已有疾在身，有时多天不进食，身形消瘦，仍让人搀扶着