一年的行政院院长，到达政治生命高峰。蒋经国过世前一天曾召见李焕并长谈2小时，蒋经国死后的二月政争期间初期李焕是支持李登辉，后又突然转向非主流派，其详细原因始终成谜，只有部分传言与外界分析不一而论，但种下日后国民党分裂并影响台湾政局的远因。而政争时任总统李登辉为迫使其下台，故任命国防部长郝柏村为新任阁揆，以反对李焕的反弹。此后仅有酬庸式的总统府资政，以及国民党中常委、中评会主席团主席等职务而日渐淡出政治。国民党有不少人物和官员是李焕所提拔，例如前考试院院长许水德、连战内阁时的行政院秘书长，精省后的首任台湾