统治权收归清朝朝廷。1911年，代理督办川滇边务大臣傅嵩炑以昌都（即帕巴拉活佛）、察雅活佛“虽系唿图克图，而管理地方与土司无异，应一并改流”为由，收缴了昌都、察雅两活佛之印信。不久，清朝应帕巴拉之请求，也由于“与土司印不同，准其发还”。1912年，经西藏噶厦授意，昌都强巴林寺暗中调动民兵，砍杀川军十多人。时任边军第七营营长兼昌都县知事的彭日升组织川军反击，并纵火烧强巴林寺。帕巴拉活佛及谢瓦拉活佛避往拉萨，在色拉寺居住了8年才回到昌都。1919年，十世帕巴拉出任强巴林寺第二十九任法台。为增加强巴林寺的僧人