新竹市政府是中华民国台湾省新竹市最高层级的地方行政机关，在中华民国政府架构中为省辖市自治机关，同时负责执行中央机关委办事项，新竹市的自治监督机关为行政院各部会（主要为内政部）。新竹市政府设有15个一级单位、6个所属一级机关（设有12个下属机关）、3个区公所、15个所属二级机关、44所各级学校、1所幼儿园。
组织架构.新竹市政府的组织基准法为《新竹市政府组织自治条例》，依据新竹市政府组织自治条例，新竹市政府置以下职称：
所属一级单位.新竹市政府共设有15个所属