年8月，任海军大臣（海相）西乡从道的秘书官。加藤深得西乡的信赖，在西乡升任海军元帅后，也继续留用加藤，前后一年半时间都跟随自己左右。期间加藤晋升为海军中佐。1898年12月至1901年4月，加藤再次到军舰上服役，先后在防护巡洋舰秋津洲、笠置，以及装甲巡洋舰八云等军舰上担任副舰长。其中因为八云号是在德国建造的，为了接收、领取这艘装甲巡洋舰，加藤第二次动身前往德国。1901年4月起两年间，加藤任军令部副官（时军令部长为伊东祐亨）。期间有大约一年时间加藤又再次担任西乡的副官。加藤深得西乡、伊东两人的宠信，