旧石器时代之间有约一万年的空白时期。贝冢时代初期，琉球群岛南部的土器和日本本土的绳文土器极为相似。但在贝冢时代中期，沖绳的土器开始带有较强的独自特征。至贝冢时代后期时，沖绳的土器再次受到九州的强烈影响。在贝冢时代后期，海岸地区开始出现大型遗迹，并且发现了唐朝货币开元通宝，显示沖绳和中国大陆在这一时期已有交流。与沖绳本岛的贝冢文化受到日本本土影响相对，宫古和八重山群岛的石器时代文化则受到菲律宾等南方文化的影响。
御城时代及三山时代.12世纪之后，沖绳进入以农耕文化为主的御城时代。这一