日本台湾安保经济研究会」。2008年5月15日，中华民国立法院成立「台日交流联谊会」。2012年4月20日，另成立「台湾与日本国会议员友好协会」。
争议.
钓鱼台领土争议.1972年，美国宣佈将包含钓鱼台列屿（日本称尖阁诸岛）在内的琉球群岛还给日本，中华民国政府发表声明表示对钓鱼台拥有主权，不承认此举。「钓鱼台归属问题」由是产生。虽然中华民国与日本关系基本友好，但在钓鱼台归属问题上有着相当大的歧见。该岛现由日本实际管辖，但台湾渔民认为当地海域属台湾传统