抽水站（重建中）开始，在佐敦谷游乐场（第一期）及佐敦谷游泳池之间沿佐敦谷北道一直流向东南方，再流经佐敦谷工厂大厦及淘大花园P座之间，直至巴士总站处渠中污水会流入地下渠道。地下渠道经过巴士总站、牛头角下邨、港铁九龙湾车厂及九龙湾工厂区的地下后最后流入启德机场跑道和观塘间水道。
概况.以前佐敦谷渠太过靠近佐敦谷邨的徙置大厦，加上居民缺乏公德，所以于此处出现大量垃圾。由于污水，加上垃圾暴露于空气中，佐敦谷渠经常为牛头角、佐敦谷及淘大花园带来环境卫生方面的困扰。由于佐敦谷渠中的污水