达80多个国家和地区近200个港口。2016年南京市有港口码头泊位285个，其中万吨级泊位61个、万吨级浮筒泊位4个，全市港口仓库总面积289067平方米，全市共完成港口集装箱吞吐量308万TEU。
过江通道.长江南京段现有南京长江大桥、南京八卦洲长江大桥（原名南京长江二桥）、南京大胜关长江大桥（原名南京长江三桥）、大胜关长江大桥、南京栖霞山长江大桥（原名南京长江四桥）共5座跨江大桥。南京长江大桥是中国第一座自行设计建设的公路铁路两用长江桥，大胜关长江大桥是世界上荷载最大的六线铁路