区域的政治和战争中扮演了重要角色，这从汶莱客商遍佈洛坤和暹罗的光景中可见一斑。相较而言，汶莱与西班牙人的敌对关系更为激烈。自1565年起，西班牙海军和汶莱军队之间就时常出现一些小规模的军事冲突；到了1571年，西班牙人击败了当地的汶莱贵族并成功佔据马尼拉；汶莱曾调遣大批部队并有意夺回该城，但由于种种原因而未能实行。1578年，西班牙佔据了苏禄并于4月攻克汶莱，随后要求苏丹停止其在菲律宾的，而转为让基督教传教活动活跃于其王国境内。后来由于当地爆发霍乱与痢疾，西班牙人因此损失惨重并开始安排撤离行动。在疫情好