2016年夏季奥林匹克运动会马耳他代表团参加2016年8月5日至21日在巴西里约热内卢举办的2016年夏季奥林匹克运动会。
田径.马耳他有两名田径运动员获外卡名额，得以参加奥运。
射击.马耳他有两名射击运动员获三方委员会邀请，取得奥运参赛资格。
游泳.马耳他有两名游泳运动员获外卡邀请，取得奥运参赛资格。
举重.马耳他有一名举重运动员获三方委员会邀请，取得奥运参赛资格。