1967年7月，于山东省青岛市病逝，正值中国大陆爆发文化大革命之时。根据尤芳湖在其回忆录记载，时任中国科学院副院长的竺可桢由于看重张玺作为一位曾经放洋留学学者的年富力强，而且具有管理才能，因此安排他与具相同特质的童第周及曾呈奎三人共同创立中科院的海洋研究所。三人的成绩亦有目共睹，但这种「专业」，在文化大革命中却成为了他们的罪证。所以张玺的死与文化大革命离不开关系。
由他命名的分类单元.由张瓕描述命名的物种一般都使用他的姓氏的汉语拼音「Zhang」，但较旧期的文献也有可能仍旧用