国时代属于纪伊国伊都郡，并长期为高野山的领地。由于自古以来即为进入高野山的关隘，据传高野山开创者空海在高野山修行期间，将母亲安置于此地的，每个月会来此探望母亲九次，此地因而得到「九度」之名。1600年的关原之战后，支持西军并在上田城成功阻挡德川军的真田昌幸与真田信繁父子两人曾被流放于次地，真田昌幸于11年后逝于此地，而真田信繁在此停留长达14年后投入大坂之役。1889年日本实施町村制，在现在辖区的西半部设立九度山村，而东半部则属于；1910年九度山村改制为九度山町，1955年，九度山町与河根村合併为