年成为大觉寺统后宇多天皇（伏见天皇的堂兄）的皇太子。因为后深草上皇认为应由其子嗣继承皇位，由幕府调停斡旋下，弘安十年（1287年）后宇多天皇让位给后深草上皇之第二皇子熙仁亲王。在此之后一段短暂的时期中，大觉寺统与持明院统的势力僵持不下。两年之后，后深草天皇退位，结束了他的统治，院政停止运作，伏见天皇终于可以直接控制政府。1289年，伏见天皇将自己的儿子（未来的后伏见天皇）立为皇太子。1290年4月19日，宫中的浅原为赖一族企图暗杀天皇（浅原事件），虽然并未成功。伏见天皇在位期间，贵族的势力遭到政