赶赴娘子关会晤山西都督阎钖山，密议组织燕晋联军，由吴任联军大都督兼总司令，阎副之，并约定会师北上日期。时袁世凯已受命组阁，以除吴为急务，乃密遣被吴革职，清廷命未准的原协统周符麟潜入石家庄，以2万元巨款收买吴之卫队长马惠田行刺。11月7日凌晨，吴在石家庄车站司令部草拟复张绍曾联军入京急电，马率暴徒突然闯入，将吴戕害，取其首级而去。参谋张世膺、副官周维桢同时遇难。另说主使者是清政府，也有说是六镇亲袁势力自发所为。民国元年初，临时大总统孙中山予吴禄贞以大将军例赐恤， 次年，营葬于石家庄，亲撰祭文，赞道：「