其线路从北至南最初被分为S1线（弗赖辛）至S7线（沃尔夫拉茨豪森）。根据运营需求，这些线路随着时间的推移曾发生多次变更，特别是通过路段改造后，它们经由主线隧道与五条东部分支相连，其中通往埃伯斯贝格的分支会由两条线路提供服务（S4和S6线），而S1线则在火车东站结束。1991年6月，从S4线至S5线往埃伯斯贝格方向的首个转辙器建成。通往沃尔夫拉茨豪森的线路最初被编为S10线，并且仅是通过主线引至S7线。在东部经由伊斯马宁通往机场的城市快铁使用S8的编号，其原本的S5线编号已被撤销。此外，连接帕兴至的S20