明朝.明朝时期，穆斯林仍然在中国活跃，其首都应天府是伊斯兰学术的中心地区，。明朝经历了海港穆斯林人口迅速下降，这和明朝的闭关锁国政策有关。明太祖朱元璋很多他最信任的指挥官都是穆斯林，包括胡大海、沐英、蓝玉和丁德兴。明朝时期也诞生了一位着名的穆斯林航海家郑和。明朝时期在北平居住的穆斯林相对比较自由，政府没有限制他们的宗教信仰或信仰选择，与普通臣民一样看待。朝廷虽然让穆斯林保有信仰，但是藏传佛教和天主教教徒在北京却受到限制和压迫。
本地化.明朝时期不仅移民活动大幅放缓，而且在中国