命军改名为中华民国国军，象征军队国家化，不再受中国国民党把持，成为完全效忠国家的武装力量。抗日战争后不久，第二次国共内战即爆发，中华民国国军在三大战役和渡江战役中失利。
政府迁台后.第二次国共内战失利后，中华民国国军除少数进入东南亚的部队(泰北孤军和富台部队)，其余主力部队护送政府人员和部分黄金、国宝辗转迁台，后于古宁头战役守住阵脚达成台澎金马与中国大陆的分治。自中华民国迁台以后，绝大多数的军事行动集中在与中华人民共和国的中国人民解放军的冲突当中，这些冲突包含海陆空的武装冲突与对峙