5年入侵该领土，次年吞併东帝汶。随后的24年对东帝汶的佔领给印度尼西亚的外交关系及其国际声誉造成了严重损害。Falintil是左派东帝汶政党东帝汶独立革命阵线成为抵制印度尼西亚吞併的主要来源，但军事抵抗最终几乎被消除。诗人和半职业足球守门员何塞·亚历山大·古斯芒领导了20年起义和对占领的外交压力。后来成为东帝汶独立后的第一任总统。
东帝汶独立.1998年苏哈托被迫辞职后，其副总统兼继任人哈比比就东帝汶独立问题突然举行了一次公投。在全民投票中，78％的东帝汶人选择独立，哈比比因为