民联盟合并成乌干达人民大会党。担任反对党总裁数年后，奥博特与布干达君主主义政党卡巴卡耶卡党（）结成联盟，在1961年获选为总理。1962年4月25日，奥博特正式上任，当时的乌干达总督是沃尔特·库茨。翌年，奥博特罢免国家元首伊丽莎白二世，布干达国王穆特萨二世成为总统，奥博特出任执行总理。奥博特出任总理期间，曾与后来成为乌干达武装部队副指挥官的伊迪·阿明参与走私黄金的计划。当国会要求调查奥博特和阿明，奥博特临时废除宪法，剥夺五个部族王国领导人的权力，又逮捕了几个内阁成员。这时他在紧急状态下拥有相当大的权