至乌溪沙站月台以岛式月台设计，路轨置于左右两边；至于大围站和车公庙站则将两组对行路轨置中，两个侧式月台设于左右两边。值得一提，马鞍山线是港铁唯一全线靠路轨右侧行驶的铁路，行车方向为「右上左下」（与观塘线延线及屯马线（大围 - 土瓜湾段）相同），有别于港铁大部分线路的行车方向「左上右下」，原因是当年九铁兴建马铁时需要迁就大围站设计，方便乘客于大围站下车后通过连接桥以最短距离到达东铁线往红磡方向的月台。然而，如果要转乘东铁线往罗湖／落马洲方向，或由东铁线转乘马鞍山线列车，则得要使用扶手电梯或升降机前往下层大