主国瓦解后，日本基本上已控制全台，但各地仍常有抗日事件。早期着名的抗日领袖有简大狮、柯铁虎、林少猫等。之后的重要抗日事件有1907年发生的北埔事件、1912年的林圯埔事件，1913年的东势角事件、苗栗事件、1915年余清芳领导的西来庵事件与1930年莫那·鲁道领导的雾社事件等。后期的抗日运动除西来庵事件外普遍规模较小，且在密谋阶段就被剿杀。因死伤惨烈，转变为社会政治运动。其中原住民族的抗日行动有以莫那鲁道为首的雾社事件。也有日军主动出击剿灭原住民的战争，如太鲁阁战争。1896年，日本公布《六三法》，授权台