市自治的行政机关，并同时负责执行中央机关委办事项，台南市的自治监督机关为行政院。现今的台南市政府为直辖市之行政机关，而此直辖市于2010年12月25日由台南县与台南市两个县市合併改制而来。作为地方自治团体之行政机关。办公厅舍分设安平区（永华市政中心）新营区（民治市政中心）两地，採双市政中心模式。
行政组织.台南市政府所辖组织，在市长及副市长之下，设有9个内部一级单位、18个下属一级机关及37个区公所；而一级单位下属二级单位有2个中心，二级机关则有100个。台南市市长也是行政院会