古为吐蕃孙波如属地。元朝归吐蕃等路宣慰司管辖，明末清初蒙古和硕特部入青海，控制玉树藏族各部头人，赠爵为诸台吉。晚清朝时由西宁办事大臣直接管辖。民国时期设置玉树、囊谦、称多3县，县之下千百户制度因袭如故。 1914年，北洋政府为勘查甘川边界，派遣以周务学为首，周希武、牛载坤二人为特派员抵达玉树结古镇。周希武在玉树地区，考察九个月，写出《玉树土司调查记》。1916年，北洋政府根据周务学团队调查，玉树被置于青海管辖范围之内。1949年10月，人民解放军青海省军政委员会驻玉树特派员办公处成立，正式接管玉树