95年将游戏移植收录到超级任天堂合辑《忍者龙剑传 巴》。游戏于2008年2月18日在北美通过Wii Virtual Console再版，2013年和2014年分别在北美与欧洲的任天堂3DS Virtual Console再版。《忍者龙剑传III》由加藤正人设计，接替了前前两作负责此职的吉泽秀雄。加藤在采访中表示《忍者龙剑传III》需要“进入一个新的方向”。相对于前两作的克鲁苏神话主题，本作更多使用科幻要素；敌人和前两作相比更多采用机器人风格。开发者最初计划本作难度低于前两作，“能让普通玩家享受乐趣”。但