湾大学经济系任教，曾任经济系主任与商学院院长。1993年，萧万长任经建会主委时，薛琦担任副主委，进入政界。在世界贸易组织进行服务贸易总协定谈判中，薛琦担任台湾主要谈判代表。2008年，接任台湾证券交易所董事长。江宜桦内阁时，出任政务委员兼福建省政府主席。2016年，担任和硕公司独立董事2017年，担任永丰金公司独立董事