剧情模式是系列作品首次以「篇」的一线路玩法方式诠释主线来进行游玩，剧情故事由漫画、动画火影忍者的初始剧情开始，直至火影忍者第一部结尾，主打从宇智波佐助夺还篇开始，历经大蛇丸底下的部队「音之五人众」的东门鬼童丸、南门次郎坊、西门左/右近、北门多由也、竹取君麻吕对决日向宁次、秋道丁次、犬冢牙、奈良鹿丸以及后援的砂隐村的支援部队我爱罗、勘九郎、手鞠，以及漩涡鸣人于终结之谷对决宇智波佐助，其中对战隐藏人物可从中获得。对战模式可选择一至二人的对战，单人对战模式可与电脑NPC对战。双人对战模式之下，可以二位玩家进行