耿南仲也不是金军所严惮之人。
宋高宗年间.五月赵构登基，是为宋高宗，耿南仲、汪伯彦、黄潜善、耿延禧、董耘、高世则皆侍立，耿南仲充礼仪使，众幕僚对高宗致贺。高宗商议改元，起初黄潜善拟定年号炎兴，耿南仲说：“这是蜀汉年号。”于是改元建炎。当月，耿南仲与张邦昌等进言三省事。高宗鄙视耿南仲为人，当月，趁其请求告老，罢为观文殿大学士、提举杭州洞霄宫。耿延禧以龙图阁直学士知宣州。而耿延禧《建炎中兴记》称耿南仲被排挤是因为先前参与排挤蔡氏，为《建炎以来系年要录》所不取。殿中侍御史马伸弹劾时任