一口气三读通过。修正案内容如下（第二项、第三项为新增部分；第一项即2011年5月3日通过新增的第99条之1全文，此次未做更动。）：6月1日至3日，媒体纷纷报导修正案使大学教授得以除罪。6月4日，媒体纷纷报导与质疑修正案中漏掉「教」字。《自由时报》社论点名朝野四党主席马英九、苏贞昌、黄昆辉、宋楚瑜公开道歉。同日，针对外界提出由行政院向立法院提出覆议，行政院发言人郑丽文表示，会计法修法是由立委提案以及通过，不是行政院的案子，行政院不会提覆议。同一天民进党立法院党团召集人柯建铭表示行政院对修正案的结果