年11月至1994年4月担任海峡两岸关系协会副会长兼秘书长。1994年4月，任新华社香港分社协调部部长。1996年7月，任新华社香港分社社长助理、协调部部长。1998年7月，任新华社香港分社副社长。1999年12月至2004年12月，任中央人民政府驻香港特别行政区联络办公室副主任。2005年1月，任第九届福建省政协副主席、党组成员。他是政协第八届、九届、十一届全国委员会委员，第十届全国委员会常务委员。2011年2月18日，邹哲开在福州病逝，享年66岁。