个侧式站台，长450米。南京南站分为京沪、沪汉蓉宁杭和宁安三个车场，分别设了三个不同信号楼：西咽喉三场之间皆无联络线，分别有入南京动车段南京南动车所的出入库线。东咽喉京沪高速铁路正线到沪汉蓉宁杭场、宁杭高速铁路到京沪场均有双线立体交叉联络线，沪宁城际铁路仙西联络线至沪汉蓉宁杭场21、22道设有渡线。曾经为考虑保障列车通过车站时站台上旅客的安全，南京南站京沪高铁、宁安正线及沪汉蓉正线站台上安装有半高屏蔽门，而后因南京南正线无车跨越通过，屏蔽门被拆除。
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