着西罗马帝国的衰败，纳博讷城市开始萎缩，西哥特人于公元5世纪中期占领了纳博讷并建立塞普提曼尼亚，507年后被法兰克人统治。公元8世纪，阿拉伯人占领了安达卢斯，并越过比利牛斯山占领纳博讷，将其更名为“阿尔比纳”（），其间，法兰克人曾试图夺回纳博讷并展开纳博讷战役，但未能获得成功，直达759年才被矮子丕平收复，后成为一个。中世纪中期，纳博讷成为朗格多克的一部分，多次受到外敌入侵。和纳博讷主教座堂分别于公元11世纪和13世纪建成。14世纪，奥德河多次发生洪水，迫使其下游改道，不再经过纳博讷市中心，纳博讷由此衰落。