回基因记忆追溯机器「Animus 3.0」，进入其分别活跃于美国革命时期两名祖先之记忆：英籍圣殿骑士祖先海尔森·肯威（Haytham Kenway），以及拥有英国及莫霍克人血统之刺客祖先拉顿哈给顿（Ratohnhaké:ton）。1754年，海尔森于伦敦皇家歌剧院刺杀了一名刺客并夺去其身上的纹章，经圣殿骑士团研究后认为该纹章是开启「第一文明」位于美洲某密室之钥匙，遂派遣海尔森前往波士顿与查尔斯·李（Charles Lee）等人共同寻找密室，过程中海尔森杀了一名奴隶贩子并救出多名美洲原住民，包括一名为卡尼