方式以球员的户籍所在地为准，第一届全国城市足球联赛在2007年9月1日至12月9日间举行，比赛分为两阶段，参赛队伍有北市大同、台北县、台南市、嘉县名都、台南县、高雄市及宜兰县等七个队伍。第二届的2008年全国城市足球联赛开放非县市队伍参赛，最终由台电足球队获得冠军，但紧接着的2009年全国城市足球联赛为强化属地主义，严格限制了参赛队伍条件，球队必须以县市或县市结合企业名称报名，中学生不得参赛，参赛球员需有三分之二成员户籍设于该县市一个月以上，并且加入升降级制度，分为A、B两级，A级第六名直接降级，由B级