7年起，与位于东京的APF通讯社签约，专为该社前往战乱地区採访。曾採访过以巴冲突、伊拉克战争及阿富汗战争等。在采访缅甸反军政府示威时殉职，原本外界认为是遭流弹击伤致死，但富士电视台取得当时的录影带后证实是遭缅甸士兵近距离由背后开枪格杀。长井倒地后仍手持摄影机记录。长井是这次示威中唯一一个死亡的外国记者。长井健司的座右铭是：「没有人去的地方，总要有人去」。缅甸民主之声的记者当时在现场拍下了他倒地的画面。