为不合观瞻，遂令员工黄水盛改善，交给一名姓内村的日本人亲自筑造庙宇，建筑採坐北朝南，位于糖厂公共浴室的北边，取名「副配天宫」。1921年建立。该庙是台湾日治时期唯一设在糖厂的妈祖庙，供奉的妈祖即从朴子配天宫分灵而来，被称为「会社妈」。1940年，皇民化运动，厂方以要增建宿舍为借口，将庙宇拆毁，神像则由民家供奉。1964年由信徒敬谢「副配天宫」庙匾，以后更名为「糖厂配天宫」。整建时，台糖以此地属于糖厂为由，要求付租金，但居民觉得因这座庙从日治时代就都不需付租金，认为莫名其妙，其后六脚乡公所帮忙支付