1938年日军占领杭州后沿浙赣铁路南下，为阻止日军夺取衢州机场进犯内地，国军破坏了机场并纳入陆军防线的一部分。随着日军在浙江中部一带停止前进，衢州机场于1939年1月被重修以容纳国军飞机。同年6月，空军第十三航空总站在衢州机场成立，统辖附近前线机场。太平洋战争爆发后，国军于41年底扩建机场以供未来中美联合对日作战所需。1942年4月美国陆军航空队詹姆斯·哈罗德·杜立德率领B-25米切尔型轰炸机从大黄蜂号航空母舰上起飞空袭东京时，亦计划以衢州机场作为备降点，但因天气原因被迫跳伞，获农民救助。因为衢州机