·蓝宝石》的更新版，于2004年9月16日在日本、2005年5月1日在北美、6月9日在澳洲、10月21日在欧洲发行。在《精灵宝可梦 红宝石·蓝宝石》的基础上，本作增加了一些新要素，剧情也有些微修改：岩浆团与海洋团都是反派集团且争斗不休，并分别唤醒了固拉多与盖欧卡，两只神兽开始了勐烈的战斗，在芳缘地区造成剧烈的天气异常现象，玩家必须唤醒第三只神兽──即封面的宝可梦烈空座来平息固拉多与盖欧卡的纷争。系统功能也有些更改，虽然在《精灵宝可梦 红宝石·蓝宝石》就已引入了双打对战，但在绿宝石中，地图上两名看似分开的