1993年，林久华接任校长，次年拆除游泳池。1995年，原崇德国中学区虎尾镇延平里、东屯里、西屯里列入土库国中与该校之共同学区。同年土库国中三年级陈姓男学生性侵一名8岁女童，引起社会关注。1997年，土库国中一名学生意外坠楼，脾脏破裂。1998年，谢霏霏接任第四任校长，同年活动中心完工。1999年6月的毕业典礼上，时任家长会会长表示因校方不重视家长会，该会将停止运作，谢霏霏则认为两方沟通并无问题。同年9月发生921大地震，全校师生捐款新台币14万余元赈灾。2001年在活动中心内设