本目是海龙鱼系的唯一一目，属于正真骨鱼群、栉鳞派、棘鳍类、鲈形亚类，远洋鱼系是本系的旁系群，与鲈形亚类各系的演化关系如下：
内部分类.本目包含约10科，可归类于4个亚目，如下：在旧分类上，海龙鱼亚目曾被归类为刺鱼目，䲗亚目及须鲷科曾属于广义的鲈形目，飞角鱼亚目则曾被放在鲉形目，然而，随着遗传分子学的研究发展，得知这些旧分类存在并系群与多系群问题，于是刺鱼目与鲉形目均已被整并入狭义的鲈形目，而本目的四个亚目与鲈形目相对疏远，却可另组成单系群的海龙鱼目。