2001年，因应中华人民共和国第九届运动会召开，吉山站在九运会主会场广东奥林匹克体育中心南侧新设Ⅰ场，以便疏散观众，这一临时客场被称为“九运会站”。九运会站的站台面积约5000平方米，候车区面积5000平方米，约可集结9500人。2003年春运期间，广深铁路公司一度在九运会站站址设立临时售票处。后来随着九运会结束，九运会站合并为吉山站。而广东奥体中心的接驳交通后来改由距原九运会站不远的黄村地铁站担负。2005年7月起，吉山站停止所有危险货物办理业务，标志着吉山站危险品仓库在使用了近半个世纪后正式关闭。