和「可再生能源特别措施法案」获得国会通过后宣佈离职。2011年8月28日，菅直人正式宣佈辞去民主党代表一职，并表示将在新代表选出后辞去首相一职。2011年9月2日，菅直人上午宣佈内阁总辞，日本国会在下午通过指定民主党代表野田佳彦为第九十五代日本内阁总理大臣，菅直人结束其十五个月的首相生涯。
卸任首相后.2012年12月16日举行的第46届日本众议院议员总选举中，菅直人于东京都第18选区中落败，但比例复活继续担任众议员。2013年7月16日，菅直人提起诉讼，控告现任首相安