1998年及2005年先后发生了两次重大的铁道事故，更令资金出现紧绌，经营环境更见恶劣。后来他们聘请了原任职近畿日本铁道的寺田敏春为社长，并进行一系列精简开支政策，包括採用「上下分离分式」管理资金。2002年，土佐黑潮铁道邀请高知县出身的着名漫画家柳濑嵩（即面包超人作者）为公司进行形象推广，设计了一连串的卡通人物及为列车设计图案，引入观光式走廊列车等，随着阿佐线（即后免·奈半利线）近年的收入有所提昇，令公司这几年的整体状况稍为好转。
经营路线.现时共经营三条路线。