是年秋天，英政府内部决议放弃科西嘉，下令将舰队撤离地中海。不过，由于通讯落后，政府一时未能将消息立即传至地中海，结果很多重大决策要由查维斯及科西嘉副王吉尔伯特·艾略特爵士（后为明托伯爵）决定。在纳尔逊的坚持下，艾略特在10月撤离科西嘉岛所有英军，并运走巴斯蒂亚的物资，移师至英军在地中海的最后根据地厄尔巴岛；至于地中海舰队则撤退到直布罗陀。正因为纳尔逊等人及时撤走科西嘉岛上的军员物资，才避过法国海军的来袭。为营救孤守厄尔巴岛的艾略特等人，纳尔逊在12月15日带领两艘巡防舰出发拯救，在途中遇上两艘西班牙巡防