可能天气有较大差异。长崎县气候受对马暖流的影响较强，年平均气温约有15至16℃，年降水量约有2,000毫米，气候温暖湿润且温差较小。2014年，长崎县的全年降水量有2,134毫米，排名日本第11位。年平均气温有17℃，排名日本第五。长崎县的降水主要分佈在梅雨时期和台风过境时期，梅雨末期时偶尔会有集中豪雨发生。长崎县在冬季则受季风影响而多阴天，和日本海侧气候有相似之处。偶有降雪但少有积雪。长崎县南部地区比北部地区气候更加高温多雨。北部地区虽然夏季比南部地区凉爽，但冬季也较为寒冷。
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