大专校院104学年度足球运动联赛为第11届大专校院足球运动联赛。男子组分为公开组男生第一级、公开组男生第二级和一般男生组，女子组分为公开组女生第一级。本年度公开组男生第一级第七名、第八名将降级到来年公开组男生第二级。公开组男生第二级冠军、亚军将升级到来年公开组男生第一级。一般男生组前四名将来年公开组男生第二级。
公开组男生第一级.参赛大专校院103学年度足球运动联赛公开组男生第一级比赛前六名学校︰台湾体大、北市大学、辅仁大学、铭传大学、崑山科大、台北科大及公开组男生第二级比赛前两名