部副部长张克侠任院党委书记兼院长，李万新作为9位党委委员之一任院副秘书长兼森林工业研究所所长，主持全院科研工作。1958年大跃进期间，李万新考察林区，见林场砍碎原木，用磨子磨，希望用土法制造出人造纤维板。考察回北京后，她将这一情况结合林业系统普遍存在的浮夸风，汇报给林业部党组，建议杜绝此类“假大空”的错误做法。因此她被人戴上了林业部“小彭德怀”、“严重右倾”的帽子，直到1961年帽子才被摘下。1961年起，李万新历任林业部基建局副局长、林产工业司副司长。文革期间，造反派指控李万新是叛徒，理由是1932年