一世是勃艮第伯爵腓力六世与其妻卡斯蒂利亚女王胡安娜的儿子，生于马德里附近的埃纳雷斯堡。斐迪南早年在西班牙接受教育。1521年，他的哥哥西班牙国王兼神圣罗马帝国皇帝查理五世任命他为奥地利的统治者，并且是皇帝在德意志的全权代理人。1526年匈牙利兼波希米亚国王拉约什二世在与奥斯曼帝国的第一次摩哈赤战役中阵亡后，斐迪南当选为这两国的国王（他的妻子安娜是拉约什二世的姊姊）。由于大片匈牙利国土为奥斯曼帝国占领，斐迪南实际仅能控制匈牙利的一小部分。在与反对哈布斯堡王朝的特兰西瓦尼亚统帅扎波尧伊·亚诺什长期斗争之