与李茂贞讲和后回长安。三年（900年）四月，何皇后与太子拜谒太庙。十一月，唐昭宗醉后亲手杀了几个宦官、侍女，引起了宦官神策军左中尉刘季述的剧烈反应。当天，昭宗打猎夜归，何皇后遣太子李还邸，李遇到刘季述，被留在紫廷院。第二天刘季述挟持李，带兵逼唐昭宗禅让帝位给李，昭宗意欲反抗，时何皇后听闻宫人报信，快步赶到，出拜说：“军容长官护官家，勿使惊恐，有事与军容商量。”她怕伤害皇帝，说服昭宗听从刘季述安排，于御前取玉玺授予刘季述。宦官扶昭宗与何皇后同乘一辇，与嫔御侍从公主等十余人入东宫少阳院，刘季述亲手锁院门