冈山至广岛区段电气化开业，以及东海道本线和山阳本线货物列车增发的需要，又生产了第三批量产车，共计37台（47～83）。这批机车配属于和沼津机关区，替换原有的EF15型电力机车。除了之前的川崎车辆（联合川崎电机）和汽车制造（联合东洋电机）外，三菱重工业和东芝公司亦加入生产EF60型电力机车。这批机车在外观上的主要特点，是将司机室侧窗玻璃改为以H型断面的橡胶密封条固定。
第四批量产车.1964年4月至7月，因应中央本线甲府至上诹访区段电气化开业，以及上越线、高崎线、东北本线货物列车增发