洋战争爆发后，1942年4月，院长钟爱华等美籍人员被迫回国，仁慈医院更名为淮阴医院，中国医生曹济生主持医院工作。钟爱华回国后，1970年代曾任美国总统对华事务顾问。1943年，他在淮出生长大的次女钟路得（Ruth McCue Bell，1920年—）与葛培理牧师（Billy Graham）结婚，葛后来成为美国最有影响的基督教福音派领袖，着名布道家。1945年，新四军攻占淮阴，仁慈医院变成了新四军第三师野战医院。1946年，仁慈医院恢复。1948年，仁慈医院躲避战火，南迁镇江伯先路小街41号内地会教堂，中