正十一年（1733年），雍正帝下令由淮关监督年希尧督建慈云寺，干隆四年（1739年）建成。“慈云禅寺”占地25亩，有山门殿、天王殿、大雄宝殿、藏经殿、国师殿五重殿宇，其中国师殿为慈云寺独有。干隆帝南巡时曾多次游览该寺。咸丰十年（1860年），捻军攻打清江浦时，慈云寺毁于兵火。1882年重修。1918年，重修的大雄宝殿再度毁于战火。1949年以后，住持大禅被赶出寺庙。慈云寺先后被花纱布公司和五金公司占用。1986年，江苏省政府将慈云寺列入省重点寺庙。1993年，五金公司仓库搬出慈云寺。1994年，慈云寺开放