止抽取三爷宫溪溪水来灌溉农田迄今。三爷宫溪溪水经常呈现深黑色或深咖啡色、橘黄、橘红、紫红色等佈满工业废水油污的七彩颜色，流速缓慢，而且臭气沖天、水族几乎完全绝迹，水质之脏臭程度经常远比二仁溪还差。
流域.二仁溪发源地位于高雄市内门区山猪湖山（海拔460m），属于内门丘陵之山区，是阿里山山脉最南端在高雄市境内的余脉，故二仁溪和台南市其他四条中央管河川，均属于阿里山山脉水系。二仁溪流域所包含的县、市之区域为2市及12区，同时也是现今南台湾台南市、高雄市二大直辖市之界河。