长、民族学院院长，负责西北地区党务，并具体负责陕甘宁边区政府和民众大生产运动。1943年，高岗兼任陕甘宁晋绥联防军副政治委员、代政治委员。1945年6月，高岗当选中央政治局委员。
第二次国共内战时期.1945年10月下旬，高岗和张闻天等一起乘坐美国调停小组的飞机，从延安飞往东北。11月，任北满军区司令，在北满四省开辟中共根据地。次年4月，兼任哈尔滨前线野战司令，组织攻取哈尔滨。1946年6月，高岗任中共中央东北局副书记、东北民主联军副政委，主持东北局的后方工作，领导东北土地改革事务。