农业区的蒙古族（蒙兀儿人）逐渐突厥化和伊斯兰化，相继失去了蒙古族的特性。16世纪初，察合台后裔赛德在天山南麓建立了叶尔羌汗国。这个汗国的居民主要是信仰伊斯兰教的蒙兀儿人，它是突厥和蒙古部落的混合体，成为构成维吾尔人一部分，特别是刀朗人。叶尔羌汗国与清朝政府维持着友好的贸易关系。在叶尔羌汗国内部由于白山派和黑山派的对立与斗争，1680年，白山派的阿帕克和卓联合北方邻国准噶尔汗国的首领噶尔丹攻灭叶尔羌。一部分维吾尔人被噶尔丹迁至伊犁，为准噶尔人种田，被称为塔兰奇（种粮食人）。18世纪初，大清帝国消灭准噶