明以后，随着科举制度的规模化和制度化，对于文昌帝君的奉祀也渐普遍。各地都建有文昌宫（梓潼宫）、文昌阁或文昌祠等等，其中以四川梓潼七曲山的七曲山文昌宫规模最大。明末万历帝甚至在京师敕建燕京梓潼宫，供入京会试的举人礼拜求福。入清之后，不仅于各大都会，乡间书院和私塾也都供奉文昌香火或神像、神位，其间虽时有兴废，但因文章司命，是世人贵贱所系，所以一直奉祀不衰。旧时每年农历二月初三日为文昌帝君神诞之日，公家和当地文人学士都要到供奉文昌帝君的庙宇奉祀，或吟诗作文，举行文昌会。在文昌帝君的七曲山祖庙中，也奉祀了文