为登机程序落后进度（在原定起飞的时间，劫机者穆罕默德·阿塔及阿卜杜勒阿齐兹·奥马里仍在办理登机手续。）而需要延迟。客机从26号登机闸门出发，并于上午7时59分使用04R（Right）跑道起飞，较原定时间延迟14分钟。上午8时13分29秒，当客机在麻萨诸塞州中部爬升至7900米的时候，机员按照波士顿航空交通管制中心的指示，将客机航向右转20度。18秒后，波士顿航管中心指示航机继续爬升至11000米的巡航高度，但航机没有回覆指示和依照指示飞行。
劫机.估计劫机行动在约8时14分开始