分子种系发生学研究显示块菌科与的亲缘关系接近，且大致可分为分布于北半球的类群（块菌属与猪块菌属）与分布于南半球的类群（'、'与'）两大演化支。2013年，另一篇研究以rDNA、EF1a和之基因序列分析本科各类群与部分相近类群的亲缘关系，结果显示原本分类地位未定的'与"与块菌科的亲缘关系接近，为块菌科的姊妹群，另外原产于南美洲、传统上被归在的杯状真菌"Nothojafnea"应属于块菌科，为本科唯一一个子囊果生长于地上且非块菌的类群。此研究所建立的演化树中，块菌科可分为两大演化支，其中一个演化支包含所有块菌属