朝廷下诏后，桓温果然没有继续推动迁都。后桓温又打算将洛阳城中的钟虞移到建康，但王述以建康只是暂时首都，日后会还都洛阳为由反对，又说即使不能还都，首先就要迁移洛阳的皇帝山陵而非钟虞。桓温不能争论，唯有放弃。兴宁二年（364年），王述以衞将军升尚书令、散骑常侍。太和二年（367年），以年近七十，上疏求退，但朝廷不许，王述却始终不肯继续任官。次年，王述逝世，享年六十六。朝廷追赠侍中、骠骑将军、开府。谥号为穆，又因避晋穆帝谥号，改谥为简。