总督，山县有朋陆军中将、黑田清隆陆军中将、川村纯义海军中将任参军。后征讨军团规模又扩增。2月21到23日的熊本攻略战中萨军受挫，于是决定分兵包围熊本，在此期间政府军已逐渐完成出兵准备。在熊本外围，萨军警戒部队与自小仓来援的政府军第十四联队（代理联队长乃木希典少佐）在植木，木叶一带爆发遭遇战，结果政府军战败，联队旗被夺。萨军包围熊本后，企图北上控制马关和长崎，然而此时政府军已经从福冈南下，双方于高濑展开激战，最后萨军败战。3月，双方又进行了吉次、田原坂两次交战，在最关键的田原坂会战（3月3日至17日）中