北高，东南低。全市地貌由西北山地和东南平原两大地貌单元组成。北京市平均海拔高度43.5米，其中平原的海拔高度在20~60米，而山地一般海拔1000~1500米，全市最高峰为位于门头沟区西北部的东灵山，海拔2303米。北京没有天然湖泊，天然河道自西向东有拒马河、永定河、北运河、潮白河、蓟运河五大水系，均属海河流域。据环保部信息，北京市昌平地区存在地下水重金属超标现象，主要污染物是铅；北京市南部郊区存在地下水有机物污染现象，主要污染指标为苯、四氯化碳、三氯乙烯等，可能的污染源包括北京化工二厂、焦化厂、西郊机场油