微孢子虫（学名：）为罗兹菌门下的一纲。它是由孢子形成的单细胞寄生虫。目前多于一百万种微孢子虫中的1500种版命名。微孢子虫只能寄生于动物宿主。大部份的动物物种都可以被微孢子虫寄生，包括人类。它多数感染昆虫，也是甲壳和鱼的常见疾病。一般的来说，已经命名的微孢子虫会专门感染指定的物种。而部分物种可能会感染人类，它们多是伺机感染原，在人体免疫力下降时才造成感染。约有10%的物种是嵴椎动物的病原。