瀛元任农工商部左参议。宣统元年（1909年），署农工商部右丞。宣统元年五月，赏署农工商部右丞、左参议祝瀛元，候补三四品京堂、署农工商部左参议诚璋二等第二宝星。宣统三年（1911年），袁世凯内阁成立，农工商部副大臣熙彦暂署大臣（大臣为张謇，未就任），农工商部左丞祝瀛元署副大臣。1913年2月25日，祝瀛元出任安东关监督。1915年9月14日，祝瀛元接替黄瑞麒任闽海关监督，一直任至1917年10月14日被孙启泰取代。