茨罗伊与达尔文时有冲突，但仍支持后者考察安第斯山脉和加拉帕戈斯群岛。此后三年菲茨罗伊忙于整理4卷调查报告，其中第3卷由达尔文执笔，即是《小猎犬号航海记》。
新西兰总督.1843年，由于他在航海方面取得的成绩，英国国会任命其为新西兰总督。菲茨罗伊主张让毛利人享有与英国移民同等的土地使用权，以化解种族冲突，却遭致英国殖民部的强烈反对。1845年他被召回国，1850年正式去职。
气象工作.1850年代初，菲茨罗伊在达尔文和弗朗西斯·蒲福推荐下进入皇家学会主持气象