利亚足协之间的摩擦，后者成为SFV的成员，但足球俱乐部仍只是州协会成员，而非从属于SFV。SFV负责组织高级联赛和新设立的，而其它的所有联赛则由各自所属的州级协会负责。巴伐利亚足协内部又根据行政区划分为七个区域组织，即上弗兰坑、下弗兰肯、中弗兰肯、施瓦本、上普法尔茨、上巴伐利亚和下巴伐利亚。各行政区又管辖总共24个参赛县，并且每个行政区都设有分散的办事处。在2006年实施的协会架构重组中，要求每个县必须由至少100个俱乐部组成。因此，中弗兰肯及上弗兰肯都减少了各自的参赛县，下弗兰肯自此则增加了一个参赛县