1965年初，两会召开，马寅初卸任全国人大常委，改任全国政协常委。1965年8月7日，周恩来主持茶话会欢迎归国的李宗仁，马寅初应邀出席。同年，纪念孙中山诞辰100周年筹委会成立，刘少奇为主任，马寅初等人为委员。
文化大革命.文化大革命中，马寅初基本未受到冲击。1972年，因患直肠癌，经周恩来总理批示，天津市人民医院院长、“反动学术权威”金显宅率医疗小组为90岁的马寅初做直肠癌切除手术。手术后，马寅初下半身全部瘫痪。1976年周恩来逝世后，马寅初到医院向遗体告别。1977年5月1日，