最后，克鲁斯迫使玻利维亚与秘鲁结盟，于1836年成立“秘鲁-玻利维亚联邦”，自任联邦的“保护者”，但招致国内外反弹。同年11月，智利向克鲁斯的联邦宣战。1839年1月20日，联邦军被智利打败，联邦瓦解，克鲁斯遂出逃流亡。1865年，克鲁斯病死在法国圣纳泽尔。1965年，玻利维亚政府为纪念克鲁斯逝世百年，将克鲁斯的遗体从法国迁葬回国，并在一个庄严的仪式下安葬于总统府旁的拉巴斯大教堂。