崇祯元年（1628年），起为吏部左侍郎。次年恰逢己巳之变，京师戒严，成基命上疏请求起用孙承宗再次任为枢辅，并消除争议，得到明毅宗嘉许。后以礼部尚书兼东阁大学士进入内阁辅政。庶吉士金声推荐僧将申甫，明毅宗命其视察，其上言该部队不可用，后果也正如此。当袁崇焕、祖大寿戍京时，发生满桂的“关宁军箭射事件”（即当时满桂带军攻击后金军主力，并在北京城外与金军拼杀溃败后，向关宁军（袁崇焕部队）靠拢，却遭到友军箭射。满桂身中五箭，其中三支贯体，箭上有关宁军标记）。思宗逮捕了袁崇焕，祖大寿在一旁双腿颤抖。成基命于是叩首请