总督与总务长官外，台湾总督府尚有缜密的官僚体系，其辖下设有总督官房、警务局、农务局、财务局、文教局、矿工局、外事部及法务部。而除了行政机关外，台湾总督府还设有功能型的所辖官署。其中包含法院、刑务支所、少年教护院、警察官训练所、交通局、港务局、专卖局、台北帝国大学、各级直属学校、农林业试验所等等。
行政区划.日治初期行政区划变动非常频繁，在1895年统治开始以来25年间，一级行政区共计更动8次。直至1920年10月实施「地方制度改正」，成立五州二厅（台北州、新竹州、台中州、台南州、高