局冲突，被迫出走斯特拉斯堡。1540年日内瓦宗教改革派重掌政权，1541年加尔文应邀重返日内瓦。建立日内瓦归正宗教会，日内瓦市和地方教区两级牧师团体组成教会的领导机构。加尔文从1542年至逝世前一直是市级牧师团的主席。从1541年到1555年进行一系列的神学争论。1559年圣诞节，市议会通过接纳加尔文为正式公民身分。当时的日内瓦的宗教改革并非在加尔文加入才开始，在加尔文之前是由等人发起的，并在1536年市民大会投票决定建立基督教城市。加尔文本人并非日内瓦的独裁者，他为当时日内瓦议会与教会制定规章制度，坚