斯·米勒于1776年描述。麝雉的种系发生学关系非常神秘。现时并没有最适合的演化假说，而在DNA序列数据下使得情况更差。有关麝雉及其他鸟类的关系被受争议。由于关系疏远，故它们有自己的科及亚目。在不同时间，它们与䳍形目、鸡形目、秧鸡科、鸨、叫鹤科、沙鸡科、鸠鸽科、蕉鹃、其他鹃形目及鼠鸟目有关。综合而言，它们经常被指与鸡形目、蕉鹃或犀鹃科有关。
争议历史.将麝雉列入鸡形目只是传统上根据形态的做法，现今认为并不可靠及不予接纳。鸡形目与水禽属于鸡雁小纲，但麝雉却不是。就骨骼特征的支序