行政机构（如行中书省和宣政院）也未包括这些领土。而且元成宗并赐伊儿汗国君主刻有“真命皇帝和顺万夷之宝”等汉文印玺，实质上也承认其独立性。到1309年元武宗时期，元朝和察合台汗国先后攻灭窝阔台汗国，于元文宗年间编纂《经世大典》时，将钦察汗国、察合台汗国与伊儿汗国作为元朝的藩属国。
行政区划.元朝行政区划大致上承袭金朝与宋朝制度，然而有两个不同之处：元朝时的路统辖的面积减少，一路仅辖二州；元廷在路上设有行省等中书省外派单位，最后行省取代路成为一级行政区，形成行省制，这是中国历史上首次正