897年，青盲学因租期届满停办。该年甘为霖先生致书担任台湾总督府学务长的伊泽修二请求支持盲人教育，并有意将青盲学交由日本政府经营。同年6月20日甘为霖先生资助陈春、蔡溪、郭主恩三位盲生赴日修学，开启台湾盲生赴日留学之路。1900年，第四任台湾总督儿玉源太郎向日本政府建议再度恢复盲人教育，并将青盲学併入台南慈惠院的业务之中。依照台南慈惠院规程第四条第二项的规定，在台南市的岳帝庙街（后来的高砂町三丁目，现在台南市民权路一带）文昌祠后民房设立「教育部」，专门教育盲人，修业年限为普通科五年（修身、国语、算术、体