二硫键的半胱氨酸。其他交联包括锁链素。
异构化.多肽链的手性中心可以进行消旋。 虽然它不会改变序列，但它确实会影响序列的化学性质。 特别是，蛋白质中常见的-氨基酸可以在formula_1原子中自发异构化，形成-氨基酸 ，大多数蛋白酶不能切割。 另外，脯氨酸可在肽键处形成稳定的顺反异构物。
翻译后修饰.最后，蛋白质可以进行各种翻译后修饰，这里简要总结。多肽的N-末端氨基可以共价修饰，例如，多肽的C-末端羧酸酯基团也可以被修饰，例如，糖磷脂酰