主教区教授教友汉文，并向法国教士戈蒂埃（Gauthier；另有越南名「阮德厚」）学习法语、法国文学、拉丁语及科学。嗣德十二年（1859年），阮德厚因鑑于阮朝政府对宗教迫害加剧，便返回法国，阮长祚与他同行。到罗马时，阮长祚谒见教宗庇护九世，获勋衔及一批欧洲文献。其后，阮长祚致力学习欧洲的科学、文学、社会、海运、建筑、化学等范畴，曾参观制丝工厂、法国北部的煤井及东部的冶金工厂。
归国及主张改革.嗣德十四年（1861年），阮长祚返回越南，途经香港及中国广州，注意考察乡村建设和资源开发