39年起担任晋冀豫军区司令部作战科科长、参谋处处长。1940年6月，调任129师新编第11旅副旅长，率部参加了百团大战。1941年担任太行军区第一军分区司令员、中共太行一地委书记，率部参加反扫荡战争。
第二次国共内战时期.第二次国共内战时期，秦基伟出任太行军区司令员。1947年8月，晋冀鲁豫野战军第九纵队在河南博爱王卜昌地区成立，秦基伟任司令员。尔后第九纵队编入“陈谢集团”，南下黄河进入河南。1947年8月，截断陇海铁路。年底，配合华东野战军出击平汉线，歼灭上万余国军部队。1948