伦布寺均分别开始了寻找第九世班禅额尔德尼的转世灵童的工作。班禅堪布会议厅于1941年指认贡布慈丹为班禅转世灵童之一，但拉萨噶厦对此一直不予承认，噶厦在拉萨另外指认了两名转世灵童。1943年春，班禅堪布会议厅拜嘉雅活佛为贡布慈丹的副经师。1944年在拉卜楞寺拉科活佛拉科·晋美赤烈嘉措（同年成为贡布慈丹的正经师）主持下，于宗喀巴诞生处圣迹前举行仪式，从10名灵童中确认贡布慈丹为第九世班禅额尔德尼的转世灵童，授法名“确吉坚赞”，迎请至塔尔寺供养，接受严格的经学教育，潜心研习《释量论》、《现观庄严论》、《入中论