果蝠样本中被发现，其基因组长约30000nt。除冠状病毒皆有的复制酶与四种结构蛋白外，此病毒还具有NS3、NS7a与NS7b的三种辅助蛋白。其衣壳蛋白基因序列的下游还有长达1289nt的序列，是冠状病毒中最长的，NS7a与NS7b的编码序列即位于此。BLAST结果没有发现任何已知的蛋白与这三种辅助蛋白的序列相似。果蝠冠状病毒HKU9与果蝠冠状病毒GCCDC1的关系较为接近，为乙型冠状病毒属的支系D（lineage），即"Nobecovirus"亚属，与"Sarbecovirus"（SARS-CoV与SA