1926年任燕京大学教授。1928年秋转任清华大学教授兼哲学系主任，翌年再兼任文学院院长。1931年和1934年出版《中国哲学史》上下两卷，大力推崇儒学在中国哲学史上的独尊和正统地位。1934年冯友兰获邀出访捷克及苏联，回国后分别就苏联见闻及历史唯物主义作两次演讲，因此触怒国民党当局，遭逮捕审讯，但不久即获释。事后冯迅速向国民党靠拢，不久即加入国民党，并与1935年当选中国国民党第五次全国代表大会代表。1937年中日战争全面爆发，冯遂随清华大学迁往长沙，又旋即再迁昆明，任职于西南联大，仍为哲学系