世才前期依靠苏联支持巩固新疆政权。为表示其亲共立场，盛世才曾前往苏联考察，还邀请中国共产党陈潭秋、毛泽民、林基路等人到新疆工作。后期和中共决裂，1943年国民革命军进驻新疆。1944年11月，苏联乘中华民国抗日战争期间策动伊宁事变扶殖维吾尔政权东突厥斯坦共和国，东突「惨不忍书的民族仇杀，人人皆知、史家忌书的一个血腥口号叫‘杀回灭汉’」，是民国年代最激烈的新疆民族冲突。1946年6月，三区革命左派领导人阿合买提江、阿巴索夫等撤消主张独立的艾力汗·吐烈的政府主席职务，将东突厥斯坦共和国改组为伊犁专区参议会。