天的马尔默市徽仍然以埃里克军队的纹章作为市徽。在宗教改革的浪潮中，信义宗（路德教会）的教义在16世纪开始在该地流行，马尔默是斯堪的纳维亚地区首先彻底改信的城市之一（1527年－1529年）。1658年，罗斯基勒条约签订，马尔默和斯科讷地区被丹麦割让给瑞典。但丹瑞两国之争并没有随该条约之结束，在1677年6月，14,000丹麦军队在马尔默设下了包围圈，历时一个月，但是没有征服它。18世纪初期，马尔默大概有2,300位居民。但是后来因大北方战争和瘟疫，人口在1728年降到了1,500人。直到18世纪末期