因为「八月十八日政变」，长州藩势力遭逐出京都，久坂是时以京都诘政务座的身份留在京都并且图谋东山再起，但在翌年元治元年（1864年）6月，池田屋事件的悲剧造成藩内进攻京都的意见开始沸腾，于是久坂和来岛又兵卫、两人一起率军东上，7月19日，在京都蛤御门（今京都市上京区）处与会津藩、军队发生冲突，一度攻入京都御所内，但在萨摩藩来援而溃败，久坂与一起在鹰司辅熙邸内自杀，史称「禁门之变」或「蛤御门之变」。明治7年所发行的有收录他写的和歌。