东亚省、内务省、外务省，而原监督管理台湾总督府之角色则从拓务大臣改由内务大臣担任，台湾总督府府内组织于同年12月亦为此进行了大幅度改制。不管怎样变动，约略来说，日治时期台湾总督府的行政组织可分为直属部局、所辖官署与地方行政三大部门。其组织特色为「总督专制」，由台湾总督总揽行政、立法、司法、军事等大权。不管1896年发布的《六三法》及后来1906年《三一法》或1921年《法三号》，台湾日治时期的地方政体皆採委任立法制度，总督府为当然之中央机关。而一般政策形成过程，通常是由总督府的技术官僚制定法律政策后，即