寺曾于2004年（民国93年）整修，经历8年的古蹟修复工程，于2011年（民国100年）阳月竣工，并举行「新竹市竹莲寺庆祝重修落成安座典礼暨建庙230週年纪念」。
祀神.正殿：主祀观世音菩萨，配祀文殊菩萨、普贤菩萨、韦驮菩萨、伽蓝菩萨、护法尊者、十八罗汉。圣母殿：天上圣母。祖师殿：达摩祖师、福德正神。註生殿：註生娘娘、七星娘娘、十二婆者。境主殿：境主尊神、太上至尊感应神位、功德檀越主等，二楼：观音菩萨、准提菩萨、文殊菩萨、普贤菩萨、斗姥元君、太岁星君。