告一段落，丰臣政权名副其实地统一日本。在统一后，秀吉开始对部分功臣进行了肃清。从在信长家臣时代起并一直支持着秀吉，后来被称为羽柴四天王的四人中，有两人（神子田正治，尾藤知宣）分别在被流放后赐死及被处刑（另外两人中，宫田光次在本能寺之变前已经战死，而户田胜隆则在后来的朝鲜之役中病死）。
秀次家督时期与文禄之役.天正19年（1591年）8月(旧历)，秀吉的嫡男鹤松死去。丰臣秀次在11月(旧历)成为秀吉的养子并在12月(旧历)就任关白，同时成为丰臣政权的第二位家督，而养父丰臣秀吉则号