此后，他担任清华大学副校长、教务长。1989年，袁驷首次提出了“有限元线法”。1993年，他出版了世界上第一部关于有限元线法的英文专着。袁驷还于1992年研制出了FEMOL92通用程序软件。2003年，当选为第十届全国人大常委会委员、全国人大环境与资源保护委员会委员。后来，他又先后当选第十一、十二届全国人大常委会委员。2018年2月24日，当选为第十三届全国人大代表。