察觉到许多环境因素对自体免疫性疾病的发生，或是催化，有直接的影响。当前的研究显示，有高达70％的自体免疫性疾病是受环境因素所引起，包括：化学物质、感染、饮食、和肠道。下列的任一情况都很有可能是导致自体免疫性疾病发作的理论。化学物质可直接存在环境中，或以药物形式存在，譬如：联氨、染发剂、三氯乙烯、柠檬黄、、和工业排放物。紫外线辐射是产生皮肌炎（一种自体免疫性疾病）的可能原因，接触农药可能有产生RA的作用，而维生素D被发现在预防老年人免疫性功能异常上有关键作用。感染介质被认为是T细胞的，T细胞被激活是种激活