李厚基继续统治福建省，直到1922年（民国11年）11月被南方政府方面的许崇智駆逐。李厚基统治福建9年至此结束，后于1923年（民国12年）1月被正式免职。1924年（民国13年）11月，北京政府任命其为山西援军副司令，但他随即引退。此后，他迁居天津日租界，经营木材生意。1942年（民国31年）9月，李厚基逝世。享年74岁。
家庭.李厚基与甘肃督军陆洪涛是儿女亲家，陆洪涛之女嫁给李厚基之子李传勋为妻。