与武装组织及游击队FARC进行和平谈判，另组右派政党民主中心。2014年6月，在总统选举第二轮投票中成功连任，击败右派政党民主中心党的候选人。2016年6月23日，反政府武装组织哥伦比亚革命武装力量－人民军与哥伦比亚总统胡安·曼努埃尔·桑托斯在哈瓦那签订停战条约，虽然还须经过公投决定，但此举已经结束长达50年的内战。8月24日，哥伦比亚政府与哥伦比亚革命武装力量在古巴首都哈瓦那达成最终全面和平协议，协议包括停战、农村改革、打击贩毒、被遣散的游击队员可参与政治、建立过渡性司法机构等内容，公民投票时间订