当时外围是安山岩质熔岩流形成的外轮山。约7000年前的大喷发后形成相当于现今摩周湖的破火山口。该次喷发与九州南方的鬼界破火山口是日本国内最新的破火山口大规模喷发。约4000年前起，破火山口东部开始喷火，形成摩周岳火山。同时期，破火山口中央（湖底）也形成火山穹丘的神婆岛。
透明度.摩周湖在20世纪前半世纪曾经是世界透明度最高的湖泊，摩周湖在1930年的调查中，能见深度曾达41.6公尺，超越了贝加尔湖在1911年的40.5公尺，成为当时湖泊能见深度最深的世界纪录，这样的能见度一直维持到