行深圳分行和广州分行担任行长，协助时任中共广东省委常委、副省长王岐山，处置问题金融机构风险。2000年6月，任中国人民银行行长助理、党委委员兼办公厅主任、党委办公室主任、工会工作委员会主任，成为戴相龙的助手。2002年9月，外放湖北省历练，出任湖北省人民政府副省长。
改造金融央企.2004年1月，国务院宣布决定，将进一步推进对国有独资商业银行进行股份制改造；当年5月，47岁的蒋超良出任交通银行董事长、党委书记。任职期间，他主持完成了交行的财务重组任务，引进了汇丰银行等战略投资者