索菲亚是仅次于西班牙马德里的欧洲第二高海拔首都。索菲亚境内的河流较少，有Vladaiska河和Perlovska河。Iskar河流经索菲亚东部。索菲亚城内盛产矿泉和温泉，索菲亚城内有一些建于上世纪的人工湖泊和水库。索菲亚位于保加利亚第二大城市普罗夫迪夫西北130公里（81英里），位于布尔加斯以西380公里（236英里），位于保加利亚的黑海沿岸城市，重要港口以西瓦尔纳380公里（236英里）。 索菲亚离保加利亚距其他三个国家的边境线不到200公里：离塞尔维亚55公里（34英里的卡洛蒂纳），离马其顿共和