岛式月台与侧式月台各一座，搭配三条贯穿车站的乘车线。但临接车站本体的侧式月台靠札幌端有一个缺口，形成一座港湾式月台，自本站发车的列车就是使用缺口处设置的4号线。1987年日本国铁分割民营化时，除了JR北海道之外，日本货物铁道（JR货物）也在江别设有货运车站。但伴随着1991年时北海道电力所属的江别火力发电厂关厂停止运作之后，专用线上的运煤列车也跟随停办，是江别车站最后有货运列车起迄的纪录。1997年时，JR货物正式把位于江别车站的业务结束，货运站废站。在1936年之前，石狩郡当别村（今当别町）与札幌