有四系王，分别是福王弘光帝朱由崧、鲁王监国朱以海、唐王隆武帝朱聿键与绍武帝朱聿、桂王永历帝朱由榔等。当南明灭亡后，又有郑成功建立的明郑与夔东十三家军抗清。被李自成攻陷后，南明大臣意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐拥护明思宗的堂兄弟福王朱由崧称帝，即弘光帝，史称南明。1645年清朝派多铎率大军南下南京，此时弘光帝昏庸，大权由阉党余孽掌握，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清军攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，送到北京杀害。此期间清军发起扬州十日、江阴