秀为秘书长。1912年1月2日孙毓筠就职，正式成立皖省军政府。1912年4月，孙毓筠请辞，5月3日柏文蔚到安庆接任都督。7月，他被北京方面召还。此后他当选参议院议员，定居北京，历任北京政府政治会议议员、总统府高等顾问。1914年（民国3年）3月18日，约法会议开幕，他当选约法会议议长。1914年5月，他改任参政院参政，组织宪政研究会。1915年（民国4年）8月，他与杨度、严复、刘师培、李燮和、胡瑛等人发起「筹安会」，孙毓筠为副理事长，鼓吹帝制。护国战争爆发，袁世凯称帝失败。1916年4月，孙毓筠逃到天津