1990年参与创立台湾新国家联盟，出任副主席。1991年10月20日，参与成立台独联盟台湾本部，任大会主席，被选为中央委员召集人。为独盟迁台后的发展继续与国民党斗争。1996年杨金海角逐第三届国大代表选举，于高雄县凤山区参选，以最高票当选。卸任后获陈水扁总统聘为总统府国策顾问。