到一些他人看不见的怪异现象。经过几番追查，洛克萨斯恢复记忆，发现自己其实活在电脑的虚拟世界中，目的是要令沉睡中的索拉（Sora）甦醒，最后他遇见了索拉，而他的暑假宣告结束了……索拉、唐老鸭与高飞从沉眠中醒后发现自己在黄昏之镇，在探索街道之际遇见了国王陛下。国王陛下叫他们先乘坐火车离开，于是他们只好依照国王陛下的命令乘坐火车，好不容易去到不思议之塔。在那里索拉与国王陛下的老师伊恩·西德（Yen Sid）见面，伊恩·西德告知他们世界起了转变，有一班自称XIII机关的人带领被称为无形者（Nobody）的怪物在