改任治书侍御史。至正二十年（1360年），担任中书省参知政事。至正二十四年（1364年），担任翰林学士承旨，孛罗帖木儿入京，危素出任岭北行省左丞，之后弃官居住在房山。至正二十八年（1368年），元顺帝北逃，淮王帖木儿不花监国，任命危素为翰林学士承旨。明朝徐达大军攻入大都，危素应召到达南京。洪武二年（1369年）明太祖授侍讲学士知制诰。与宋濂等同修《元史》，王着说危素是亡国之臣，谪居和州。洪武五年（1372年）卒。
着作.工书法，擅楷、行、草，尤精楷书，《书史会要》称：“危素善楷