虽然佩德罗·阿方索年纪最小，但由于他是家族中唯一存活的男孩，所以继承优先级比姐姐伊莎贝尔和（）都要高。身为巴西帝国皇位的法定继承人，佩德罗·阿方索一出生就被称为“皇太子”。
夭折.1847至1849年，佩德罗二世同家人都是在彼得罗波利斯避暑。巴西帝国皇室传统的夏季行宫是圣克鲁斯皇宫（），这片位于乡间的地产已是布拉干萨王朝多个世代的财产。宫廷中的其他皇室贵族对皇室家族改道彼得罗波利斯不满，他们不希望出现任何威胁既定传统和既得利益的转变。为表示对传统的尊重，佩德罗二世决定1850年的夏