到长安后晋愍帝以皇太子即位为帝，并在五月壬辰日（6月27日）进侍中、左丞相、大都督陕东诸军事，与大都督陕西诸军事的右丞相南阳王司马保分陕而治。建兴三年（315年）进位丞相，大都督中外诸军事。建武元年（317年），在上一年汉赵俘掳晋愍帝的消息随平东将军宋哲传到建康后，宋哲宣称有愍帝诏命以司马睿总摄万机，西阳王司马羕为首的众官员则请司马睿登帝位，在司马睿拒绝之下依魏晋两朝先例改称晋王，并于建康备百官，立社稷，并改元「建武」。同年晋愍帝被杀，消息在翌年（318年）传到建康，百官劝进，司马睿遂即帝位，改元「太兴