最高领袖丁光训直接坐镇……所以金陵实为了解三自教会的最佳标本。在2005年，学院决定于江宁扩建新校区，有关工程亦于2008年完工，已于2009年4月正式搬迁。
校址.金陵协和神学院老校区位于南京鼓楼区大锏银巷17号，原金陵女子神学院旧址，现存建于1921-1922年的主楼与西楼两座民国建筑。江宁新校区位于南京市江宁区江宁大学城樵歌路100号，校园分为崇拜区、教学行政区、体育运动区、生活区及校前广场区等。