充至后面相隔一巷的逢源中约新校舍（该校舍即为在1976年从二十九中学析出的广州市第九十中学的部分校舍）。1937年秋，中日战争爆发，日军迫近广州，幼稚园停办，其余各级虽仅得20多人，仍继续开课。1938年，由于时局紧张，区茂泮主任率领部分教职员遂迁往澳门唐家花园继续开课。广州培英中学则迁往香港与香港分校合并上课。抗日战争时期，原来的培英西关分校址则由日殖政府改名为“广东省立第一中学”。1941年秋，区茂泮离任，由余日森接任。1945年抗日战争胜利，余日森主任返广州西关复校。1947年余日森主任退休，