但是明治初年实施神佛分离令与修验道禁止令后，维持入瀑修行基础的神佛习合信仰随之衰微，至明治中期，四十八瀑的名称与所在即已失传不考。直到1991年，当地有心人士与新闻社、僧侣等根据少许残存的古文书入山调查，成功再确认四十八瀑的位置。并于1992年由青岸渡寺发起，恢复那智四十八瀑回峰行。