麦金莱总统任命他为海军部副部长。海军部长约翰·隆（John Long）长期称病、不理政事，麦金莱对海军也不感兴趣，以至罗斯福大权独揽。他致力于海军现代化，并且大力推进美国的造舰能力。他的工作为未来的美西战争做了出色的战略准备。1898年2月15日，美国海军缅因号战舰在哈瓦那港被击沉，罗斯福认为将西班牙势力驱逐出古巴和菲律宾的天赐良机到来了，虽然麦金莱并无此雄心。这一事件发生后的第十天，是星期五下午，约翰·隆因故临时不在办公室，罗斯福越俎代庖，向海军加勒比海舰队司令和停泊于香港的舰队发出战备命令。部长约翰