（1661年），因“江南奏销案”落职。康熙十八年（1679年），朝廷爲笼络士人，特开博学鸿词科，诏命中外诸臣广搜幽隐，推荐上京。三月朔日，召试太和殿，发赋、诗题目各一，并在体仁阁下赐宴，恩荣极备。试后，圣祖亲拔彭孙遹爲一等第一名，授翰林院编修。历官国子监司业，升侍读。官至吏部左侍郎，兼翰林院学士，充经筵讲官。《明史》久未修成，圣祖命其爲总裁。康熙三十九年（1700年），彭孙遹年届七十，致仕归里，圣祖赐其御书「松桂堂」匾额，彭孙遹遂以此爲自己文集命名。《清史稿·文苑》有传。
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