宫崎机场作为据点，因此经常以大分机场作为飞行训练时的折返机场。在核心的客运业务上，大分机场主要是以日本国内航线为主，有定期航班往返于东京（成田、羽田）、大坂（大坂、关西）与名古屋（中部）等本州岛上的主要都会区之间。在过去大分机场也曾开办过飞往北海道、中国、四国、沖绳、乃至于九州其他机场的定期航班，但因为日本国内航线与城际铁路逐渐高速化的趋势，这些运量较小的定期航班都已缩减停航或降为包机航线。大分机场在1992年时启用国际航站大楼，但固定营运的国际航线仅有飞往韩国首尔（仁川）一条，其他多为不定期包机业务。