故宫是郑孝燮毕生关注、研究的对象。他对于故宫整体保护有着独到见解。2003年郑孝燮参加了甘肃、新疆等地文物保护考察，自敦煌出发，西出玉门关，穿越被称为 “死亡之海”的罗布泊，考察了楼兰、龟兹、交河等处考古遗址保护状况。回京以后，郑孝燮会同谢辰生、罗哲文、徐苹芳等几位专家反映沿途所见文物保护存在问题，特别是对古楼兰国遗址保护状况“极为忧虑”，希望国家文物局给予关注，加大支持和投入力度。对此，国家文物局通过深入调研，将情况及时上报国务院，引起高度重视，批准设立新疆大遗址保护专项资金，随后启动了全国大遗址保