9年，经过他多年努力，数学学校找到了合适的校长，而皮普斯也被授予伦敦市的荣誉市民称号。1684年6月，他被任命为国王的海军部秘书（这个职位一直持续到查理二世1682年2月驾崩，詹姆斯二世即位）。1685到1688年间，他不仅作为海军部秘书，而且作为哈维奇（Harwich）地区的国会议员积极参与政治活动。但是1688年光荣革命后詹姆斯二世逃出英国，皮普斯的政治生涯也告终结。他在1689年1月哈维奇地区的选举中失利，并于2月辞去了秘书职位。
皇家学会.皮普斯于1665年当选为皇家学