籍院士。她还于1962年获得美国富兰克林学会颁发的魏德瑞尔奖章，于1965年获得台湾嘉新文化基金会颁发的特殊贡献奖，并于1991年获得卜平奖。1986年，美国纽约自由女神像落成一百週年之际，她获得了艾丽丝岛奖章。1995年，杨振宁、李政道、丁肇中及李远哲四位诺贝尔奖得主（前三位获得诺贝尔物理学奖，李远哲获得诺贝尔化学奖，是获得该奖项的第一位台湾公民）在台湾发起创立吴健雄学术基金会。该基金会自1998年起每年会举办吴健雄科学营。1999年，东南大学报请中共中央及中华人民共和国国务院批准，在校园内建造吴健雄