在所以或只有某些叶子（称之为繁殖叶）上产生带有有性孢子的孢子囊。这此孢子会在叶子的下端。在苔藓上，其孢子囊则是长在细茎上，并如蕨类植物一般会产生有性孢子。此一孢子体（双倍体）的孢子囊是从卵受精后的配子体（单倍体）颈卵器长成出来的。孢子囊起初会有一些叶绿素，但之后便会转变为棕色，并改由依靠配子体提供其养分。孢子囊会从茎部基部，依附着颈卵器组织的地方吸收养分。因其发育的不同，孢子囊在维管植物中可分成厚孢子囊和薄孢子囊两种。薄孢子囊只出现在蕨类植物中，一开始只有一个细胞，并由此细胞发展成茎、壁和孢子囊内的