以真身宝塔为寺院中轴，塔前是山门、前殿，塔后是大雄宝殿，这是中国早期佛教寺院的典型格局。但需要注意的是，法门寺本寺外的旅游景点不属于寺院的范围和管辖区域。真身宝塔几经易改，由唐的四层楼阁式塔到明朝的十三层砖塔，现如今是按坍塌前的明塔实测图施工复原，以钢筋水泥为骨架，青砖砌色而成。塔内还修建了平台供游人登高眺望。地宫按唐朝状况复原，只对个别损坏严重者予以更换。整个地宫用汉白玉和石灰石板构筑而成，内壁和石门上布满雕刻。在地宫修复过程中，设置了环绕唐地宫的环形地下室，并设有佛龛。仅存于世的佛指舍利原在地宫中央