北宋南宋时期属于真州。元朝，属扬州路。明洪武二十三年（1389年）属应天府。清朝时期属于江宁府。民国元年（1912年）废府，六合县属江苏省。1914年属江苏省金陵道。1948年属于江苏省第五行政署察区。1949年属皖北行署滁县专区，后改属苏北行署区泰州专区。 1953年属扬州。1956年属镇江。 1957年属扬州。1958年属南京市。1962年属扬州。1966年3月15日，六合县、江浦县、仪征县、金湖县、盱眙县五县成立六合专区，专区所在地六合县六城镇。