。1859年（安政6年）2月，由于受到一条派牵连，愤而向幕府提出隐居要请，于是将藩主让与堂弟山内丰笵，并改名“忍堂”。1862年（文久2年）5月吉田东洋暗杀事件发生后，复出追查藩中的激进勤王派并重整藩政。1867年（庆应6年），山内容堂与家老后藤象二郎共同向幕府的最后一代将军德川庆喜提议大政奉还，将政权和平移交给天皇，同时也在家臣斡旋下同长州·萨摩秘密结盟。再加上之前的四贤侯身份，使其成为幕府末年的多位关键人物之一。明治维新后，山内容堂被任命为新政府的内国事务总裁，明治2年，他因法国在日领地的事