溪底地区为一街庄，称为「溪底庄」，隶属于线西堡。该庄北及东隔大肚溪与涂葛堀庄、福头崙庄、茄投庄、汴仔头庄相望，南边为涂厝厝庄、埤仔墘庄，西边为新港庄。1901年（日治明治三十四年）11月，该庄隶属于彰化厅。1909年（明治四十二年）10月，改隶属于台中厅。1920年（大正九年），该庄改制为「溪底」大字，隶属于台中州彰化郡线西庄。战后线西庄改制为线西乡，隶属于彰化县，大字亦改制为村。1950年7月，线西、新港分治，本地区改隶属新成立的新港乡。1959年7月，因与嘉义县新港乡同名，经抽签后乡名改为伸港乡