海教会建立以后，她负责姊妹工作和青年学生的福音工作，不再上讲台讲道。许多人见证，她在属灵的事上达到相当的高度。既有慈爱的心，总是亲切、谦卑，帮助过无数在属灵和物质上有需要的人；同时也有敏锐的鉴别力、和坦率的性格。1942年底，上海教会起了风波，批评倪柝声经营中国生化制药厂，倪柝声采取一贯的作风，不为自己表白什么。上海教会的长老同工要求倪柝声停止职事。在这期间，汪佩真独自一人坚定站住，抵挡所有对倪柝声的误会与攻击。不久由于日军的干涉，上海教会停止聚会。1946年，战争结束之后，汪佩真和俞成华努力恢复上海教