克拉图修道长安东尼奥是主要的王位继承人。西班牙在葡萄牙继承战争中获胜后，腓力于1581年加冕为国王，开始了两国之间的个人联盟，即伊比利亚联盟，这导致了葡萄牙帝国在联盟时期的衰落。伊比利亚联盟持续了近60年，直到1640年葡萄牙王政复辟战争爆发，葡萄牙布拉干萨王朝成立。
18世纪.在18世纪的战争中，为了维持欧洲的力量平衡，主要大国经常交战，西班牙和葡萄牙通常处于对立的两方。葡萄牙则会与英国结盟，而西班牙通过波旁家族契约，与法国结盟。1762年，在七年战争期间，西班牙对葡萄牙发动了一次