她的姐姐包括着名的奥地利皇后伊丽莎白。1859年，她在意大利巴里和弗朗切斯科结婚。一年后，她诞下儿子弗朗切斯科二世并在五天后去世。1861年3月，维托里奥·埃马努埃莱二世领导下的萨丁尼亚王国军队攻占加埃塔，两西西里王国灭亡。玛丽亚·苏菲亚和丈夫流亡到罗马并背着患有包茎的弗朗切斯科在1862年诞下一名私生女。产女一年后，她把事实告诉了弗朗切斯科，夫妇的关系得到改善。弗朗切斯科动了手术后，他和玛丽亚·苏菲亚终于在婚后十年诞下一个女儿。玛丽亚·克里斯蒂娜·皮娅公主却活了三个月便夭折。