用在个体上，依据个体之间性状的不同。因为是基因带有个体的大多数资讯但不能自我复制，George C. Williams和理察·道金斯主张以基因为单位的演化观点。个体只是基因为了自我复制所制造的「机器」。这种观点在解释转座子和亲缘选择上较为方便。在癌症的例子中，基因突变造成细胞的性状差异，引发在细胞层次的自然选择。自然选择作用在族群上时，称为族群选择（group selection）。族群选择在自然界中的普遍程度仍有争议。自然选择也可能运作在物种的层次。当一个物种中的不同族群因为自然选择而产生