运往临安。元代实施漕粮海河联运，宁波设立漕粮海运管理机构，浙东运河运输的漕粮经由宁波（时称庆元）港转为海运。直到明代，经由浙东运河的漕运仍然较为发达。清代咸丰年间再行海漕，运河漕运功能始废。
水驿.浙东运河的另一项重要功能是作为驿道存在。运河的起点西兴曾设立西兴驿，途径浙东运河转发各地来往绍兴、宁波、台州的公文。同时还设有递铺，负责邮政事务。宋代，沿运河曾设置12处驿站，明代有所裁撤，清代干隆二十年后保留西兴驿，其余各县设驿。光绪三十二年，近代邮政建立，递铺遂取消。宣统三年，清帝退