的种系发生学蛋白质组研究显示南蹄目和奇蹄目互为姊妹群。至于其他有蹄类的位置则不明。重脚目、索齿兽目及其他相关类群都被认为是近蹄类（包括其他非洲兽总目）的亲属，踝节目故此不再被认为是全部有蹄动物的祖先。在有蹄动物中，只有劳亚兽总目下的奇蹄目、南蹄目和鲸偶蹄目是源自踝节目。现代有蹄类物种的演化树如下：