在床上。阿方索的尸体被安置在圣伯多禄大殿的圣母玛利亚小堂。在与法国同盟对抗那不勒斯的政治背景上，切萨雷·波吉亚被指控为此次暗杀最有嫌疑的幕后主使者，切萨雷为自己辩护说阿方索试图在花园中用十字弓射杀他，但没有很多人相信他的说词。另一个可能的兇手是奥尔西尼家族，因为阿方索同情科隆纳家族似乎激起了该家族世仇奥尔西尼的不快，并且可能有在1500年7月策画这装谋杀的意图。其中也是被指控参与谋杀的之一的乔万·玛丽亚·加吉拉（Giovan Maria Gazzera），他同时也是阿方索的舅舅，在不久后便被神秘的谋杀