五世于1542年再次入侵英格兰，但在同年过世，王位传予其六日大的女儿玛丽一世。苏格兰再次摄政。身为天主教徒的玛丽一世在其统治时期面对严重的宗教动乱，即苏格兰宗教改革。在约翰·诺克斯等改革者的推动下，新教逐渐崛起。1565年玛丽一世与其表弟天主教徒达恩利勋爵成婚，引发新教徒的警觉。1567年达恩利勋爵遇刺，玛丽一世同据传凶手成婚，进一步引发了民众的警觉。贵族起兵反叛，迫使其退位。玛丽一世逃到英格兰，王位则由其幼子，自小即为新教徒的詹姆斯六世继承。英格兰女王伊丽莎白一世此后监禁并处死了玛丽一世。Sect