月于大马柔佛州遇上严重交通意外，身受重伤，虽然他后来完全康复，但也偶尔出现健康问题，例如在1966年6月失踪事件发生前，他就曾经因病接受前后两个月的治疗。退出大马外交部后，林有福最初定居于马六甲，但当他与妻子的婚姻关系破裂后，他在1972年7月选择皈依伊斯兰教，迁到沙乌地阿拉伯麦加重过新生，并把名称改为富伊斯兰色彩的哈吉奥马尔·林有福（Haji Omar Lim Yew Hock）。晚年的林有福复移居吉达，加入伊斯兰会议组织，尝任伊斯兰发展银行主席特别助理。他在1984年11月30日突然于吉达家中逝世，