新潟市大部分地区地势低平。新潟市区中心部分所在的新潟岛亦被大海和河川环绕。新潟低平多湿的地形特征也体现在新潟市多潟湖和湿地这一特点上，然而近代以来由于人工开发导致许多潟湖和湿地被除湿或填平为市区用地。现在新潟市仍有、、等潟湖，其中佐潟在1997年被列入湿地公约加以保护。新新潟市海岸线沿岸地区有众多沙丘，其中自北区至西蒲区角田山北麓的海岸线是，全长70公里，是日本最大的海岸沙丘。新潟市的山区和丘陵部分则多位于西部的西蒲区和南部的秋叶区。西部的弥彦山脉被划入佐渡弥彦米山国定公园。南部的新津丘陵在明治和大正时期曾