过对岐阜城与大垣城之战的攻城战，且在关原之战中与石田三成本队激战。东军取得胜利后，增封至伊予国二十万石，在1602年建筑新的居城，名为伊予松山城。大坂冬之阵时，由于家康依然担心对旧主有所顾虑，被任命在江户城担任留守，由部下替他出战。直到夏之阵才跟随德川秀忠参战。于1619年接收福岛正则的旧领。后来在松山城建设完成之前转封到东北地方的会津藩，并领有40万石的土地，松山城在蒲生忠知统治的时代完成。1631年在江户城的屋敷死去，终年69岁。死后葬在京都府京都市东山区大谷祖庙。1627年，会津藩蒲生忠乡死后