。种细菌在肠道中为有限的空间及食物而竞争，肠道一般会有有80-85%的益菌，其余15-20%是可能有害的细菌。也可以保持微生物的平衡。
免疫系统稳态.益菌也可以建立消化系统的稳态，例如肠道和之间的关系。食用高纤的食物可以诱导调节T细胞的分化，这是因为丁酸盐和丙酸盐在发酵过程中产生的短链脂肪酸。丁酸盐可以诱导T细胞的分化，方式是透过增强启动子中组蛋白H3的乙酰化，以及保持Foxp3基因的非编码序列区域，因此可以调节T细胞，少其发炎及过敏反应。
大肠菌群.大肠