国史院、内秘书院。内三院仿照明朝内阁制度 ，设置承政之职，同为承政，旗人承政为一品大员，汉人承政为五品小吏。来华传教士、中国官员汤若望指在清廷中较高的官缺都由一个满人和一个汉人掌握，但是「满人自然不能不略占优势，而主要工作则皆汉人担任了」。来中国旅游的日本人也洞悉到：「太祖兴满洲，一统汉土，不能信任汉人，诸官必并置满汉人，以持权衡。」顺治八年，内三院被撤销，改设六部。六部的首脑由原内三院满汉大学士兼任，内阁制度正式运行。内阁大学士在表面上可以平起平坐，但实际上汉人大学士地位远在旗籍大学士之下。雍正五年（