九州岛北部开始进入大和王权的势力范围之内。今天的长崎县内最早的前方后圆坟遗迹出现在5世纪前期。壹岐岛是长崎县内古坟最多的地区，其中双六古坟是长崎县最大的前方后圆坟。
飞鸟时代与大化革新.进入飞鸟时代后，日本在白村江之战中不敌唐朝新罗联军，为防备来自朝鲜的进攻而在对马、壹岐修筑防御工事。大化改新之后，长崎县本土部分和五岛列岛是肥前国的一部分、对马岛属于对马国、壹岐岛属于壹岐国。《肥前国风土记》是各令制国风土记中保存状况较好的五部风土记之一，是贵重的历史资料。
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