清军攻佔绍兴，隐居海宁硖石东山万石窝，改号为左尹非人。监国鲁七年（1652年）于西湖觉觉堂讲学，旋至杭州铁冶岭之敬修堂讲学，从学者众，人称敬修先生。康熙二年（1661年），卷入南浔庄廷鑨私刻《明史》案，列名参校，下狱论死，后因提早自首而免罪，与范骧、陆圻等三人皆获救。遂纵情声色。晚年喜写梅，于清康熙十五年元月二十日戌时去世，年七十六。
着作.着有《罪惟录》、《国寿录》、《鲁春秋》、《东山国语》、《班汉史沦》、《续西厢》等。
争议.有证据显示查继佐是《明