1689年），康熙帝南巡至浙江，赐给王骘御用冠服，并下谕称赞：“尔任总督，实心任事，浙、闽黎庶称尔清廉，故特加优赉。”不久，召入京，拜为户部尚书，以老病为由数次乞休，均被慰留。三十三年（1694年），康熙帝召大学士、九卿以及河督于成龙入对，斥责于成龙诬陷靳辅，又责怪王骘与左都御史董讷、内阁学士李应荐附和成龙。王骘等上引罪，董讷、李应荐被夺官，王骘以原品休致。康熙三十四年（1695年）卒于家，赐祭葬。《清史稿》有传。