北方此际战火连绵，社会动荡不安，中原士族开始第一次大举南迁，余姓大族所处之地正当其冲，故其南迁也就不可避免。其中有一部余姓族人继续南迁，进入湖北、湖南等地。晋初余姓着名的人物有余昭元，因功高绩伟敕赐姓畲，为畲姓着名得姓始祖。南朝宋有余齐民，晋陵（今江苏省常州）人，以孝行着称。唐初，陈元光父子入闽开漳，有余姓将佐随往并落籍福建。唐中期有集贤院学士余钦。唐末，有建阳（今属福建省）人校书郎余镐在黄巢攻陷建州时，避居莆田，后隐居田园耕隐壶山以终；还有余渊海因避黄巢兵，自福建同安北迁邵武，于唐僖宗光启年间再转入韶