在元朝征讨日本的战役中也扮演着重要角色。忻都在1270年被忽必烈任命为凤州经略使，以防备在高丽发动叛乱的三别抄军，并为进攻日本作准备。1271年，三别抄军的首领裴仲孙请求以全罗道之地投降元朝，但被忻都拒绝了。不久忻都率忽林赤、王国昌等部，联合高丽的金方庆部攻打三别抄军的根据地珍岛，一举夺下了该岛，杀死了裴仲孙及其拥立的承化侯王温，余党逃往耽罗。高丽元宗欲让被三别抄军掳至珍岛的百姓回到故乡与家属团聚，忻都不听。最终在忽必烈的干涉下方才让这些人重返故乡。1273年，忻都率郑温、洪茶丘等部攻打耽罗，一举歼