性破坏.当结构性或神经性破坏都不可见时，所有诊断系统都容许以功能性异常来评估因孕期酒精暴露造成的中央神经系统受损。功能性损害有因生前酒精暴露导致可见或可量度的日常性缺失、问题、迟缓或异常等，一般称为发展障碍。但是并没有特定模式的共识，当中只有美国疾病控制与预防中心指引标示发展迟缓，所以评估标准亦有所不同。以下是四个诊断系统所列出胎儿酒精综合症的功能性破坏：
孕期酒精暴露.孕期酒精暴露是要透过面见亲生母亲或其他知悉母亲怀孕期间喝酒情况的家庭成员、出生前健康纪录、已有的出生纪录、