亚正教会内具有自治地位。
其他基督宗教派别.马其顿天主教会于1918年成立。其遵循拜占庭礼，和教宗以及其他天主教会。和东仪天主教会一样，在礼拜仪式中使用马其顿语。原来的教区于1924年关闭。2001年，罗马教廷重新建立了马其顿希腊礼天主教会。现今，北马其顿天主教会的信徒大约有11,266人。北马其顿也有一些新教徒。19世纪晚期到20世纪早期，美国传教士曾在斯特鲁米察-佩特里奇一带的村庄传佈循道宗。此外，也有少数人信仰浸礼宗。北马其顿北部的属于塞尔维亚正教会。若以塞族人口计算