水域有二处热区：一在苗栗南段到北彰化之外海，二在云林、嘉义外海。由于中华白海豚在全球的数量锐减之下，活跃在台湾的族群也因此跟着面临了威胁，仅存不到100只，被国际自然保育联盟列为「濒危物种」。由于中华白海豚的过境，沿岸会经过不少河川、渔港，加上有六轻工业区、台中火力发电厂的设置，这些都会带来污染与渔捞的威胁，进而造成食物来源变少、栖地逐渐消失，种种因素都冲击中华白海豚的生存。为此，保育团体曾反对国光石化的开发，并对于中科四期将污水排放到浊水溪口外海，以海水流动会稀释之说法感到质疑，因为彰化外海的海底有云