中等深度、比较平静的海域，但偶尔也会游到深海。港湾鼠海豚几乎完全以鱼为食，此外还吃蠕虫、软体动物、甲壳动物和乌贼。不同地区的港湾鼠海豚的食谱也不同。比如在北海的港湾鼠海豚的食物中比目鱼占很大的成分，而在波罗的海中虾虎鱼则占很大的成分。在北海和波罗的海鳕鱼均占很大的成分。由于港湾鼠海豚无法咽下比较大的鱼，因此它们吃的鱼一般都小于25厘米。港湾鼠海豚主要在海底翻腾寻找食物。每头动物每天约需要4.5千克鱼。除人外港湾鼠海豚的天敌包括鲨和虎鲸动物。比如在格陵兰鲨和大白鲨的胃中发现过港湾鼠海豚的残体。不过港湾