氨酸、色氨酸和苯丙氨酸（都是芳香族胺基酸）的羧基处切断肽键，从而裂解蛋白质。如果反应有足够的时间，胰凝乳蛋白酶也可以水解是以亮氨酸为主的羧基端肽键。
活化.胰凝乳蛋白酶是在胰脏中被合成。开始合成的是胰凝乳蛋白酶原（胰凝乳蛋白酶的前体），不具有酶活性。在随胰液进入小肠后，被胰蛋白酶剪切为两部分（两部分之间依然通过二硫键相连），随后被剪切的胰凝乳蛋白酶原可以互相剪切去一段短的肽段，形成由二硫键相连的三条多肽链的具有完整活性的胰凝乳蛋白酶。这种活化机制保证了胰凝乳蛋白酶只在体内特定地