由于郑氏族人被迁回中国大陆，周围居民又不敢公然前去祭祀郑成功，导致该庙一度被两个姓许和姓蔡的官役佔去，直到干隆三十六年（1771年）才由士绅郑其嘏等人赎回重修，并改称「郑氏大宗祠」，又称「昭格堂」，而之后数年也有数次整修过。进入台湾日治时期之后，由于大正八年（1919年）进行市区改正而拓宽庙前道路，导致该庙门前有部分被拆除。而到了昭和五年（1930年），适逢举办「台湾文化三百年纪念」，郑氏家族则组成了台南郑氏宗亲会并发起募款，于两年后完成该庙的整修。二次大战结束进入民国时期后，1961年因延平郡王祠