凯称帝，李经羲被封为「嵩山四友」之一（其他三人为徐世昌、赵尔巽、张謇），作为袁世凯的辅佐。但是，同年12月护国战争爆发之际，袁世凯请李经羲游说护国军的蔡锷，被李经羲拒绝，此后他拒绝了同袁世凯的一切合作。1917年（民国6年）春开始，李经羲先后担任段祺瑞内阁、伍廷芳临时内阁的财政总长兼盐务署总办。府院之争中，大总统黎元洪一度罢免段祺瑞的国务总理之职，李经羲被任命继任国务总理。但是，在段祺瑞的支持者倪嗣冲及皖系督军（督军团）的抵制下，李经羲的就任受到阻碍。6月22日，李经羲终于就任国务总理。但是，7月1日张