主场安联球场对阵莫斯科中央陆军的比赛中打进自己在这个欧冠赛季的第一个进球，协助拜仁3:0大胜对手。他在11月作客比尔森胜利的欧冠小组赛中顶入全场比赛唯一进球，协助拜仁锁定淘汰赛阶段名额以及打破欧冠连续9场连胜纪录。曼祖基奇在12月德甲冬季休赛期前一轮对阵汉堡的比赛中打进自己在本赛季第10个德甲进球。在2013年俱乐部世界盃半准决赛对阵中国俱乐部广州恒大的比赛中，曼祖基奇在上半场44分钟接应队友蒂亚戈·阿尔坎塔拉的传中将皮球顶入，令拜仁在半场领先对手2:0。他最终帮助拜仁在随后对阵拉贾卡萨布兰卡的决赛中以2: