四国联合组成马来联邦，联邦的实际权力落在了英籍总参政司手中。1904年，一直保持相对独立的柔佛王朝也接受了英国保护。1909年，暹罗与英国签署《曼谷条约》，将暹罗南部的四个马来藩属国——吉打、吉兰丹、登嘉楼及玻璃市宗主权割让给英国。无论如何，这五个马来属邦并未参与马来联邦。至此，除了北大年等北部地区还臣属于暹罗之外，几乎整个马来半岛都成了英国的殖民地。
二战前后.在二战中，日军佔据马来亚，大众对独立的喊声亦逐渐炽热。战后英国设定了一个建立马来亚联邦的计划，将马来联邦、马来属