后依然主张和明治政府抗战，于鸟羽伏见之战大败后重整了桑名藩的军制。在这之后与土方歳三联系，在宇都宫城之战有所功劳。北越战争中，立见尚文担任雷神队队长发动游击战，令官军多次溃败。特别是朝日山之役中立下了讨取奇兵队参谋时山直八的功劳。之后立见尚文前往会津若松城，于城下的战斗败逃，于出羽国寒河江的长冈山做最后的抵抗，在奥羽列藩同盟中抵抗到最后的庄内藩投降后，才向明治政府军投降。
明治陆军时期.投降之后立见尚文过着远离世间的「谨慎」生活，但随着士族的反叛不断发生以及考量到他的指挥能力，