11月，学生已超过100人。1899年，监理会决定在苏州开办一所大学。1900年12月该校董事会在上海组成，孙乐文被选举为新大学的首任校长。新大学取名为“东吴大学堂”，当时成立文理，医和神学三科，辛亥革命后改称东吴大学。1901年6月24日，在美国田纳西州以「」名称註册。1901年3月，宫巷中西书院迁入天赐庄博习书院旧址，东吴大学堂正式开学，成为美国基督教在中国建立的早期教会大学之一。开办之初，只设中学班，学生不足百人。到1905年开始招收12名大学生。该校西学课程大体倣傚美国大学，国学则自作安排，