央政府在新疆只剩下塔城等少数据点。1877年左宗棠收复新疆。1881年，清政府收复被沙俄实际占有长达11年之久的伊犁地区。1884年（光绪十年）11月19日，清政府颁发上谕，设立甘肃新疆省，任命刘锦棠为甘肃新疆巡抚，魏光焘为新疆布政使。新疆建省后废除了伯克制，裁汰各地驻扎大臣，设置厅、府、州、县，实行与内地各省一样的行政制度，使战乱后的新疆社会和大清各地的政治制度得到相对统一。
中华民国.1911年辛亥革命后清朝被中华民国取代，革命党人湖南人刘先俊等在伊犁策动起义，杀死伊犁将军志锐