领内禁教。在明智光秀死后，父亲藤孝退位，将宫津城交由他管理之后，自此他成为了羽柴秀吉（丰臣秀吉）的家臣，随秀吉参与小牧·长久手之战，忠兴在协助主力部队撤退时击退了织田信雄的军势。1585年就任从四位下，待从。之后听命参与九州征伐，也参与了讨伐北条氏的小田原征伐，并攻陷。文禄·庆长之役也有参与。在丰臣秀次事件中差点遭到连坐，在家臣的奔走下得以摆脱嫌疑。
关原之战及幕府藩主.在丰臣秀吉病死后，细川忠兴开始与德川家康接近，并将三男忠利送往江户城成为人质，因此除丹后12万石的领地外，又被德