数年中吴棠迅速升迁。同年升为徐海道员，次年以江宁布政使代理漕运总督，驻扎清江浦。同治二年（1863年）实授漕运总督。1864年和1865年曾下令调任江苏巡抚和两广总督，均以江淮未戢为由而留任漕运总督。直到1866年离开清江浦，调任闽浙总督，二年后再调任四川总督。川督任内兼署成都将军。光绪二年（1876年）卒，谥勤惠。吴棠的发迹是与慈禧太后的提携分不开的。据野史记载，慈禧入宫前，曾受到吴棠的意外资助，所以在日后显赫之后对其进行了报答。吴棠也从一个小小的清河县令做到了封疆大吏，但这一说法没有得到清朝官方的认