不过，自1997年起，新党陷入不断内闹，陷入朱高正与新党「主流派」的内闹。朱高正在1994年4月以社民党魁的身分，拉着黄国钟投靠新党，并为新党在浊水溪以南开疆辟土，但也与新党创党元老产生心结纠葛。然而朱高正在新党党内发起政治斗争，与郁慕明、陈癸淼互批。朱高正也曾与黄国钟指控同党立委姚立明涉及诈财。其朋友黄国钟在国是论坛批评新党领导人不务正业。引起新党长达两个月的内讧，1997年3月9日上午九时，新党廉政勤政委员会由召集人王建煊举行临时会议，以朱高正「诋毁新党同志，自称搞斗争，致新党形象严重受损」为由开除党籍