。澎湖巡检司不但是澎湖群岛的首次行政区划，。明朝仍依循前例于澎湖设置该官署，直至1384年因为实施封海政策，予以废除。明太祖于《皇明祖训》载明正南偏东的「不征之国」包括大琉球（琉球国）与「不通往来，未尝入贡」的小琉球，后者是否指台湾或仍未明确。明世宗嘉靖42年（1563年）考量沿海治安等因素，复设澎湖巡检司。此官署直至1622年，荷兰东印度公司据澎湖为止，但在1624年，明朝福建巡抚南居益又派兵进攻澎湖，并取得了澎湖之战的胜利，从而将荷兰共和国势力驱逐出澎湖，再度占领了澎湖列岛。到了16世纪中期，包含倭