总部设在上海，归日军军部控制。这时的铁路运输已被破坏，用人力或马在铁道上拉煤车将矿上生产出来的煤到田家庵码头。 1940年，由日军华东铁路株式会社修复九龙岗到裕溪口的铁路，并调用32台机车，恢复从九龙岗至田家庵、九龙岗至裕溪口的铁路运输。以后又修通水蚌铁路（水家湖至蚌埠）的铁路，与津浦铁路相接，方便将煤炭运至南京、上海。目前的铁路客运运价里程表中将蚌埠-水家湖段计入淮南线，水家湖-淮南段则按水张线计。1945年底日本投降后，淮南煤矿和铁路仍归宋子文的淮南路矿公司接管。1949年后归上海铁路局管辖。