帝国的影响力也延伸至婆罗洲西部的卡普阿斯河三角洲，在西加里曼丹的三弼苏丹国和在菲律宾南部苏禄苏丹国也建立了关系。
衰落.到17世纪末，汶莱帝国因王室内讧、欧洲列强殖民扩张，和海盗侵害而衰弱。由于西方列强的到来，如西班牙在菲律宾，荷兰在婆罗洲南部，英国人得到纳闽、砂拉越和北婆罗洲，帝国失去了它首都以外的领土。1888年，苏丹阿赫马丁上诉英国，要求停止持续进犯他的领土，于是在同年，英国与文莱签订了“保护条约”，使文莱成为英国的保护国直至1984年独立为止。文莱曾经向马来西亚索要位于飞地