徐石麒被重新起用，任南京礼部郎中，调任吏部考功司郎中，历尚宝卿、应天府丞、左通政、光禄卿、通政使。为人有正义，“急人之患难，虽侧踵焦原，不忘援手。”崇祯十五年（1642年）任刑部右侍郎、刑部尚书。南明弘光元年（1645年）召为右都御史，改任吏部尚书，被给事中陆朗排挤，遂辞官。晚年居枫泾。南明弘光元年（1645年）清兵围攻嘉兴。徐石麒闻讯叹曰：“吾大臣也，城亡与亡”。城陷时，自缢死。谥忠懿。着有《可经堂集》十二卷等。