个过程是从根本上讲是选择技术，但是事实上要复杂得多。被测量的量是操作者所选择的分子碎片的总合。只要没有干扰和离子抑制作用，色谱分离会进行的特别快，目前用MS-MS检测器的分析时间是不到1分钟，而使用UV检测器要超过10分钟。
蛋白质组学/代谢物组学.LC-MS也用于研究蛋白质组学。在蛋白质组学中，人们遇到的也是要在复合混合物体系中检测出某些组分并用某种方法确定其详细结构。用于蛋白质组的自下而上（bottom-up proteomics）的LC-MS方法一般涉及蛋白酶解消化和变性（通