铁路（复线）路段仅行驶特急列车与中央线快速电车。往大月、甲府方向的（中距离电车）至1993年11月30日为止皆停靠新宿站、此站、立川站三站，但在同年12月1日改点后，定期列车仅剩运行至新宿站的等临时快速列车停靠本站，中距离电车改停立川站、八王子站、高尾站。
车站结构.本站为岛式月台3面6线的跨站式站房。作为直营站（配置站长），三鹰站下辖吉祥寺站、武藏境站两站。月台中央或东京方向设有阶梯、电扶梯、电梯通往剪票口层。月台1、2号线为缓行线，3、4、5、6号线为急行线。