97年11月中共中央办公厅、中华人民共和国国务院办公厅发出《中共中央办公厅、国务院办公厅关于禁止自行制作和使用地方旗、徽的通知》后，部分城市的市旗已停止使用。部分城市市旗虽未明定废除，但基本不再进行官方使用。
特别行政区.香港和澳门两个特别行政区拥有自己的区旗。全国人民代表大会相继通过了两个特别行政区区旗的规范使用方法，规定国旗和区旗同时升挂、悬挂、使用时，国旗应大于区旗，国旗应置于中心、较高或者突出的位置，以旗帜正面面向观众为基准，国旗应在右、区旗应在左；列队行进时，国旗应在区旗