使父康复。费密前往昆明探亲，途中被彝族掳劫，成为苦力，幸为其父赎回，已被折磨成跛子。受到嘉定杨展重用。后杨展为张献忠所杀，费密被俘。后被释回故乡新繁，祖厝已毁，遂移居陕西沔县、江苏扬州等地，长期寓居江南，不能回归故乡。与屈大均、钱谦益、孔尚任、万斯同、朱彝尊、龚贤、林古度、孙枝蔚、吴嘉纪、王士禛等人往来。1673年往河南卫辉苏门山向孙夏峰问学。隔年，又往浙江拜访吕留良。费密思想与颜、李学派相近。重视「事功」，提倡实学，反对明末空疏学风，对宋明理学多所批判，反对道统论的观念。其着述甚丰，如《荒书》，《