立法委员选举，于台中市、台南市与原住民选区各提一席，当选一席原住民立委瓦历斯·贝林，总得票率2.6%，是该届选举第六大政党。瓦历斯·贝林连任立委后，在立法院与其他第三势力合作，成立无党联盟党团，该党团在2004年中登记成立为无党团结联盟，投入第6届立法委员选举。台湾吾党发起人魏吉助于2011年过世。2020年4月29日，内政部公告因未依《政党法》补正完成，废止台湾吾党的备案。