让朱鲔转任左大司马，同时以刘赐为前大司马、赵萌为右大司马。大司马权限被分割为三。其后，朱鲔和舞阴王李轶、廪丘王田立、白虎公陈侨、河南太守武勃一起率兵号三十万，屯驻洛阳。不久，朱鲔、李轶就不听长安更始政权的命令，在洛阳独自行动。统一河北的刘秀派部将冯异对李轶进行笼络。刘秀故意把李轶给冯异的信件公开，朱鲔得知大怒杀害李轶，李轶的部下于是投降刘秀。更始三年（25年）春，朱鲔派讨难将军苏茂攻打温县、自己攻打平阴，刘秀部将冯异、寇恂将他击败，朱鲔部将贾彊阵亡。朱鲔退回洛阳。同年三月，朱鲔和丞相李松在弘农郡被赤