中正医学院（1955年）、辅仁大学农学院（1964年）、国立中山大学（1979年）的多次失败后，国立中正大学在1989年成为嘉义县第一所大学。2000年创立的国立嘉义大学，系由位于民雄乡的国立嘉义师范学院（1957年创建时为台湾省立嘉义师范学校）及位于嘉义市的国立嘉义技术学院（1919年创建时为台湾总督府嘉义农林学校）两校整合成立。其他还有吴凤科技大学、南华大学和稻江科技暨管理学院。1996年以来，高等教育机构渐有设置分校区的做法，该县陆续设立三个不同规模的分校区，最早是1998年启用的国立台湾体育学院（2