016年4月，马查尔返回朱巴就任「南苏丹民族团结过渡政府」第一副总统。2016年7月，支持基尔和支持马查尔的士兵在朱巴爆发新的冲突，7月25日基尔发佈总统令，宣佈解除马查尔的第一副总统职务。
和平协议.2018年3月，包括南苏丹解放运动在内的9个反对派武装团体组成了与政府进行谈判。苏丹人民解放运动反对派并没有加入该联盟。2018年9月，南苏丹总统基尔与马查尔签署和平协议，正式结束了为期五年的内战。该协议，由苏丹调解并在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴签署，恢复了马查尔副总统的职务。2