真菌的有机养分过少时真菌可能有转为病原菌的倾象。兰菌根可能是由中有机养分流向的翻转而演化而来，也有假说认为可能是演化自病原真菌对兰科植物祖先的轻度感染。
真菌种类.形成兰菌根的真菌多属担子菌门，包括、、与红菇属等属，但也有属于子囊菌门者。这些真菌多为腐生真菌或寄生真菌，但也有可以同时与其他行光合作用的绿色植物形成的物种，即包含兰科植物、真菌与绿色植物三者的交互作用，真菌从绿色植物取得有机物后，兰花再借由兰菌根取得之。有研究认为寿命较长的兰科植物倾向与在群落中较占优势的真菌形成兰