，改元建贞，令他带兵五万追击凤翔的唐僖宗。王行瑜屡战屡败担心被朱玫问责，而枢密使杨复恭又悬赏杀朱玫者可代为节度使，于是光启二年十二月，王行瑜倒戈杀朱玫，又纵兵大掠，时值寒冬，冻死的百姓横尸蔽地。僖宗命行瑜为邠宁节度使。唐昭宗景福元年（892年）与凤翔节度使李茂贞联合讨伐山南西道节度使杨守亮，攻取其治所汉中。隔年又因与李茂贞和华州镇国军节度使韩建支持王珙继任河中节度使不果，与李茂贞、韩建一同逼宫。王行瑜、李茂贞的军队都是身经百战的边军，昭宗不是对手，于是为三帅所迫，杀宦官西门君遂及宰相杜让能，赐王行瑜铁券