次在意甲联赛中登场是在2005-06赛季末段，第38轮与卡利亚里的比赛中。赛季结束后，国际米兰收购了博努奇的全部所有权。2006年11月9日，博努奇在国际米兰与梅西纳的意大利杯比赛进行到第86分钟时，替换zh-hans:法比奥·格罗索;zh-hk:法比奥·格罗素;zh-tw:法比奥·格罗索;上场，这是他首次出战意大利杯赛。此外他还在这一赛季的杯赛中出战三场，分别是四分之一决赛次回合对阵恩波利时，下半场替换zh-hans:萨穆埃尔; zh-hk:森美尔;；以及半决赛两回合对阵桑普多利亚时（