出任行营主任，驻长春，负责从苏联红军手里接收东北事宜。实际上熊式辉并不负责军事指挥，而是由1945年10月8日东北保安司令长官部负责作战指挥，保安司令长官关麟征；10月26日杜聿明接任保安司令长官。1946年8月22日东北行营改称东北行辕。1947年8月陈诚接任行辕主任，下辖九省二市；8月22日东北保安司令长官部并入行辕。1948年1月17日，卫立煌任行辕副主任代理主任。1948年6月2日东北行辕撤销，行辕政务委员会按改称东北剿匪总司令部政务委员会。
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