飞机（如 Tu-160海盗旗战略轰炸机），在日后被俄罗斯通过债务抵偿的方式换回，少部分被拆解。20世纪90年代，俄罗斯经济衰退也影响到了空军。飞行员和其他人员有时可能数月拿不到工资，而不得不采取非常手段：1996年，4架米格-31战斗机飞行员在远东的埃利佐沃绝食抗议，要求发放拖欠数月的工资，当局挪用其他单位的款项解决了问题。削减军费导致军事基础设施老化，1998年40%的军用机场需要维修。直到普京上台才加大了军费预算。苏联防空军的俄罗斯部分在苏联解体之后仍然保持着独立军种地位，1998年7月16日，鲍里