额真硕尔揭发上告户部派发粮饷不均，下法司鞫问，部议巴哈纳阿谀附上睿亲王多尔衮，厚待白旗，刻薄黄旗。当时正值多尔衮案中党羽全部下狱，巴哈纳坐罪应判死刑，顺治帝下命从宽，削了他的世职，夺去他的官位，籍没他三分之二的家产。顺治九年（1652年），东山再起出任刑部尚书。顺治十一年（1654年），巴哈纳会同诸大臣分赈京畿周围附近的地区，朝廷赐敕印以行，加太子太保。顺治十二年（1655年），加少保衔、后来擢升为少傅、任内翰林弘文院大学士、武殿试读卷官。顺治十五年（1658年），任殿试读卷官、中和殿大学士，兼任吏部尚书。