开全台湾原住民区域的医疗服务。他所服务的区域除了上述两社部落外，还包含台中州白毛社、眉原社、新望洋马列巴社、布农族奈分埔社及那马卡邦社等，其中最特殊的是，他奉总督府命令，曾前往清流部落，替雾社事件中倖存的三百多名原住民展开疟疾及外伤治疗。1931年担任能高郡役所警察课的嘱託，1931年担任台中州公医。因为对台湾原住民医疗服务成绩斐然，后来被尊称为「原住民医疗服务之父」。这段医疗服务期间，井上伊之助并未放弃传教理想。他曾于1916年及1926年申请基督教传教工作，但都遭主管机关驳回。不过即使此，他仍于进行