昭法会后，任代理甘丹赤巴，主持一年一度的传昭法会。1995年11月29日，在拉萨大昭寺释迦牟尼像前举行的金瓶掣签仪式上，他亲手掣出第十世班禅额尔德尼的转世灵童，并为第十一世班禅额尔德尼剃度、取法名，任第十一世班禅额尔德尼的经师。2002年9月，任中国佛教协会咨仪委员会副主席。他曾担任任第7、8届全国政协委员，西藏自治区政协常务委员。晚年，他在拉萨大昭寺居住，并且为高级学经班喇嘛教授佛经。2002年11月20日，波米·强巴洛珠在拉萨大昭寺圆寂。