主权移交初期，香港遇上亚洲金融风暴而楼市大跌，李兆基的地产市值见顶。1988年，澳门东亚大学颁赠工商管理学博士学位给李兆基，对他在香港商界的卓越成就致以崇高敬意。此后，李兆基还分别于1993年获得香港中文大学荣誉社会科学博士学位，于1997年获得香港理工大学荣誉工商管理博士学位，于1998年获得香港大学名誉法学博士学位。在内地，也先后被授予顺德市“荣誉市民”，佛山市“荣誉市民”，广州市“荣誉市民”等荣誉，以赞扬他在企业界的成就及对当地经济社会发展的贡献。1993年4月，李兆基被邀出任港事顾问，并成为