宝湾排放了约18万亿升的洪水，致使大堡礁珊瑚褪色、盐度降低，生态环境大受影响。菲茨罗伊河位于罗克汉普顿河段水位上涨至9.3米，迫使大量居民离开家园，一些滞留人员只能由救援直升机送来食品维生。风暴对澳大利亚其他地区有所助益，降水缓解旱情的同时，还帮助扑灭了悉尼附近的森林火灾。乔伊一共夺走了6人的生命，造成价值约3亿澳大利亚元的破坏（相当于1990年的2亿3419万美元和年的美元）。风暴过去后，昆士兰州宣传全州三分之一地区沦为灾区，气旋名称“乔伊”也在气旋季过后予以退役，今后都不会再在澳州地区热带气旋命名时采用