宴赉之，寻议喀尔喀诸王、贝子、公等为九等，分别坐次礼仪以进。五月，外藩阿巴噶部台吉奔塔尔首告乌珠穆沁部台吉车根等叛附噶尔丹，马齐奉命往审。康熙三十一年（1692年）二月二十五日，调户部尚书。康熙三十四年（1695年），奉命往赈山西平阳、临汾等州县地震被灾户口，动帑一十二万余两，并停征洪洞、浮山等处额赋。康熙三十七年（1698年）三月，命偕副都统乌达禅、侍郎满丕往莅喀尔喀诸部会盟，宣谕禁令。十二月，以漕臣桑额奏请挑濬引河，命偕侍郎于成龙、常绶往勘。康熙三十八年（1699年）十一月五日，担任武英