派兵前来接管台湾，由于平地地区持续不断有抵抗政权者，使日本政府的治理重心是先沿途实行扫荡，一直到1896年之后，才将政务开始涉入原注民。当时日本势力尚未深入山区，先由陆军中尉长野义虎于1896年9月16日由璞石阁（今玉里）入山勘查，之后陆续有鸟居龙藏、森丑之助、安井万吉等学者也相继在拉库拉库溪流域进行学术调查。1914年之前，日本政府忙于应付太鲁阁族，因此对于布农族人则採取怀柔抚育政策，除了对日本有零星的出草行为，未有正面对日本政府展开敌对的冲突。自1906年开始对太鲁阁族实行五年理蕃计画后，积极将隘勇