ection::::死亡.1497年6月14日，乔瓦尼的尸体在台伯河被发现，死于谋杀，包括他的随从也被杀害。这场谋杀没有目击证人，而乔瓦尼钱包里面的30个杜卡特金币也没有被动过，因此大部分的人相信这是他兄弟切萨雷·波吉亚所策画的，可能的动机是他们与阿拉贡的珊莎之间的情感纠葛，而切萨雷也是这场谋杀后的最大获益者，包括玛丽亚及伊莎贝拉女王都认为兇手是切萨雷，不过因为缺乏有力的证据以及目击证人，这至今仍是一个未解之谜。