服务12年。在这期间，他曾经于1960年被警备总部会同调查局约谈，未经判决就被拘留四个月半。当时农复会的负责人沈宗瀚委託蒋彦士向情治人员交涉，后来无罪释放李登辉。1961年，在基督教主复宗台北市召会（俗称「台北聚会所」）受洗礼。在此之前，李登辉因为曾文惠的推荐，已经研读《圣经》五年，并跑遍全台北市各地的基督教会。1964年，获得美国洛克菲勒农业经济协会以及康乃尔大学联合奖学金，李登辉预备前往康乃尔大学攻读农业经济博士。过境日本东京时，因与王育德大哥王育霖认识，他前往王家拜会，也因此曾见到黄昭堂。当时