下游。且不一定接近所要作用的基因，甚至不一定与基因位于同一染色体。这是因为染色质的缠绕结构，使序列上相隔很远的位置也有机会相互接触。
增强子位置.在真核生物细胞里，DNA的染色质复合体结构像原核生物的超螺旋一样折叠。虽然增强子与基因相距很多核苷酸，但在几何上两者距离很近。使增强子与及的相互作用成为可能。增强子可以在被它调控基因的。而且增强子不一定靠近转录起始位点才能调控基因转录，已发现有些距离达几十万碱基对。增强子通过与激活蛋白的结合对启动子（不直接对启动子本身）起作用。这些激活蛋