阶在七月十五日便上《被论乞休》疏，他在疏内借张齐所疏为由坚决请求致仕，但也在内详细解释了他被张齐所弹劾理由背后具体的原因。隆庆在犹豫两日后徐阶又上一疏请求致仕，他的辞呈被准许。此事在当时多有争议，多人记载徐阶的辞呈被同意是因为李芳的缘故。时任内官监太监的李芳和徐阶曾有结怨，他早初想要找徐阶的门路来当上司礼监太监，却被徐阶所拒绝；在徐阶上疏前又有吴时来弹劾刘秉仁勾结内侍，这导致李芳误以为徐阶想要斩杀他这个被刘秉仁所称赞的太监，由此更加怨恨。而在徐阶上奏后张居正向李芳透露了徐阶不想继续任职，因而李芳借此机会传旨