和肃清门也因此废弃（元大都土城现存北段、西段城墙遗迹和护城河遗址，肃清门瓮城土墙南半部遗迹也清晰可见）。洪武三年（1370年），太祖朱元璋封四子朱棣为燕王，就藩北平城。建文元年（1399年），朱棣发动靖难之役，并于建文四年（1402年）夺位，次年改元永乐（1403年）。永乐四年（1406年）朱棣改北平为北京，开始筹划迁都。其时，北平城只是北平布政使司首府和藩会，城池规制稍嫌简狭，不利于对蒙古余党的防守，也不符合帝都之规格。此为明代北京城营建的初衷。永乐四年（1406年）开始，明成祖朱棣实施了一系列扩