之后山本二三结识了同社的高畑勋及宫崎骏俩人，参与他们的剧场动画《鲁邦三世卡里奥斯特罗之城》、或是电视动画《未来少年柯南》、《清秀佳人》等作品。1985年高畑勋及宫崎骏成立了吉卜力工作室，山本二三在吉卜力创建后十数年其间；陆续接手了《天空之城》、《萤火虫之墓》、《魔法公主》等吉卜力动画作品的美术监督。山本二三个人代表执导动画为将漫画家小田秀次的作品《少女的奇幻森林》、于2007年改编发表的同名动画。而个人的美术展则于2011年7月在神户发表。