PAC的建议是「需对应势能面的一个低坑，而且要深到可以限制至少一个振动态。」。此定义和原子之间交互关系的本质无关，和交互关系的强度有关。事实上，这也包括一些弱键结，以往不会视为是分子的一些原子团，例如氦二聚体<chem>He2</chem>，有一个振动束缚态，其键结非常松散，可能只能在非常低温时才可以观测到。原子的组合是否够稳定到可视为分子，在本质上是操作性的定义。在哲学上，分子不是一个基本实体（相反的，基本粒子就是基本实体），分子的概念可以视为是化学家在陈述世界上原子之间作用力强度的一种叙述方式。