于新墨西哥州圣菲的美国考古学校工作，在美国西南部考察了两个月。在这项任务结束后，他成为学校的永久雇员，在接下来的几年，在美国西南部、墨西哥和中美洲担任不同的野外考察工作。在西南部，他探究古普韦布洛人的遗迹和建筑。和他一起从事这项工作的包括着名艺术家乔治亚·欧姬芙。莫利为前哥伦布时代建筑中独特的圣菲风格的定义作出重大贡献。1908年，莫利完成哈佛大学文学硕士学位。
间谍活动.第一次世界大战时期，莫利收集和报告德国人员在该地区的活动情况，这些消息是美国政府最关心的。根据最新调查，莫