义和团运动，在北京的北馆被拳民焚毁，在北京的正教教徒有二百余人被杀，传道团的一名司祭和数名教堂辅助人员被杀。此外安定门外的俄国墓地被捣毁。北京传道团在张家口北戴河等地设立的教堂和礼拜所也被拳民破坏，传道团大司祭则躲进俄国驻华公使馆避难。1901年《辛丑条约》签订后，大司祭英诺肯提乙返回俄国述职，并且因为他在义和团运动期间留守北京而被提升为主教，之后他带领三十余名神职人员和大笔资金返回北京。回到北京之后，英诺肯提乙用庚子赔款复建了北馆，并利用复建的机会购置土地扩大北馆规模，在北馆附近又新建了诸圣殉道者堂、