武进士出身，历官至广东都指挥使。弘光元年（1645年），因事罢官。唐王朱聿键立于福建，马附拥戴，助平定靖江王朱亨嘉之乱，擢升锦衣卫都督佥事。永历朝任兵部尚书，镇守肇庆，勾结宦官王坤、庞天寿及总兵官刘承胤祸乱朝政，肇庆沦陷后移至昆明。附孙可望为逆，为晋王李定国所拘，谄媚李定国心腹左右，遂为李定国所信。孙可望引清兵及洪承畴、吴三桂等入滇黔，滇都不守，怂恿永历帝及李定国弃巴蜀而迁朝廷于滇西。后胁迫永历帝至缅甸，咒水之难时被杀。