年（1664年）退守铜山，来到台湾。郑成功礼遇之，被尊称为「中丞」沈佺期曾与陈士京、张煌言、徐孚远、卢若腾、曹从龙六人一同组成“海外几社”，诗词唱和。以医药济人，被称为「台湾医祖」，民间传有图画《沈中丞悬壶问世》。三十六年（1682年）秋卒。延平郡王祠有供奉其牌位。