府、室町幕府、战国和江户幕府等，这个时期，“大学寮”和“国学”已经消失，出现了官营和民营的古代学校，课程主要是四书五经等儒家典籍，此外还有武士修养和技艺等。江户幕府时期，课程主要是宋朝的程朱理学，当时的天皇推崇儒教，用儒教治理国家，同时又补充日本传统的神道，合成“神儒一致”。1453年，一艘葡萄牙商船因暴风雨被漂流到今日本种子岛西村，船上有通葡萄牙语的明朝人，但不通日语不会写日文，而日本僧侣会写中文不会说汉语，二人通过文字笔谈进行交流，最令日本人感兴趣的是船上的2支火枪，日本高价购买之后，立刻仿制生产