0分钟后，即当地时间12:30，飞机被恐怖分子劫持。他们命令机组将飞机飞往利比亚的班加西。当降落在班加西后，一名怀孕的女性人质被释放。而当飞机刚停留满七个小时，这架空中客车A300客机突然脱开正在加油的输油管，强行起飞。次日凌晨03:15，飞机降落在了乌干达的恩德培国际机场。劫机者共有10人，其中8人是巴勒斯坦解放组织的成员，其余两人是德国恐怖组织赤军旅的成员。显然，他们得到了当时亲巴勒斯坦的乌干达总统伊迪·阿敏的支持。这些劫机者的首领是德国人，而不是某些媒体所报道的着名恐怖分子伊里奇·拉米雷斯·桑切斯