地、市合并期间，马振东任市长。1961年7月，中共柳州市委恢复由广西区党委直辖，孙芸生返回柳州任职。1963年，孙芸生再次担任市长，期间带领一批企业的领导和科技干部，到上海学习企业管理、技术革新、技术革命的先进经验，从上海引进科技人才和先进技术。文化大革命初期，1967年春，孙芸生被造反派非法夺权和关押。1973年7月恢复工作，担任中共柳州市委常委、市革委会副主任。1975年7月因病去世，终年62岁。1984年8月27日，中共广西壮族自治区委员会为孙芸生平反昭雪，恢复名誉。