后裔号称“和卓”，于明代末年迁入叶尔羌（今新疆莎车）、喀什噶尔（今喀什市）等地，分为黑山派和白山派。清干隆年间，白山派和卓波罗尼都、霍集占兄弟拥兵反叛，被清军平定，史称“大小和卓之乱”。此后，波罗尼都之子萨木萨克流亡于布哈尔、浩罕一带，有三子：玉素普、张格尔、巴布顶。浩罕伯克认为和卓后裔奇货可居，将其视为入侵中国新疆的工具。道光初年，张格尔、玉素普在浩罕的支持下先后进入新疆西部作乱，皆被清兵平定。浩罕则通过入侵战争掠夺了大量财富，并逐步攫取在新疆西部的贸易特权。平定张格尔之乱后，钦差大臣直隶总督那彦成严