刻确认大殿为宋代遗构。这一发现受到了着名建筑学家刘敦桢的重视。在刘敦桢的要求下，窦学智等人对保国寺进行了详细的测绘，同时在上海获得的《灵山保国寺寺志》进一步证明了大殿修建的年代。1961年，经过刘敦桢、陈从周等知名学者推荐，保国寺成为首批180处全国重点文物保护单位之一。1973年，保国寺大殿屋面曾进行一次维修，但由于做法不当，导致屋面渗漏，部分梁枋、柱子糟朽，1975年由国家文物局拨款进行了大修，校正多处构件位置，并修复了糟朽严重的构件。1980年维修大殿西侧的西法堂时则违背了古建筑维修的规范，采用水泥仿