::::其它修饰.还有很多其它的重要的修饰，例如甲基化修饰，乙酰基化修饰，醣基化修饰，氧化修饰，修饰等。
独特的蛋白质是在独特的环境下制作的.细胞可以在不同时间或在不同条件下制备不同组的蛋白质，例如在发育，细胞分化，细胞周期或癌变。 如上所述，进一步增加蛋白质组复杂性，大多数蛋白质被经历广泛的翻译后修饰。因此，即使研究主题受到限制，“蛋白质组学”研究也可能很快变得复杂。 在更加雄心勃勃的环境中，例如当寻找特定癌症亚型的生物标记时，蛋白质组学科学家可能会选择研究来自多个癌症患者