484年），命兼任都察院左副都御史，总督大同、宣府军务。因工部侍郎杜谦等弹劾浪费兵饷，遂落太子太保，致仕去。次年，再召为兵部尚书，仍加太子太保。弘治元年（1488年）疏陈十事，不久因病去世。赠太保，谥肃敏。
家族.其子余寰、孙余承勋、余承业均为进士出身。