当选中央常务委员兼秘书长。翌年1月，政治协商会议召开，陈启天作为中国青年党代表出席，提出政治制度改革、停止内战、军队国家化等提案。其后，中国青年党采取支持蒋介石的路线，脱离抗战时隶属的中国民主同盟。1946年11月，陈启天作为中国青年党代表之一，出席制宪国民大会。1947年（民国三十六年）4月，随着国民政府改组，中国青年党正式参加国民政府。5月19日，国民政府令：选任常乃悳为国民政府委员，郑振文、陈启天为行政院政务委员，陈启天兼经济部部长。8月，中国青年党第十一次全国代表大会召开，陈启天继续当选中央常务