得知刘裕已经返回建康，十分恐惧，于是想退守寻阳并拿下江陵，以荆江二州对抗朝廷；然而徐道覆则想乘胜进攻，两种建议争持了数日，卢循才听从徐道覆的建议。而刘毅战败的消息亦再次震动建康，因当时建康守军才数千人，而卢循却有十多万人，更有十二丈高楼船。当时诸葛长民及孟昶就主张与晋安帝移驻江北作躲避，但刘裕坚决反对，认为人心惶惶，朝廷一旦有变动，国家就会土崩瓦解。孟昶坚持不果，自以为朝廷必败，于是自杀。
建康战役.五月乙丑日（7月1日），卢循到达秦淮河口，刘裕驻屯石头城，其余诸将亦各有屯守。军力