化石的石灰岩岩块，但之后并没有处理化石、清理母岩。在1966年，其他科学家使用酸性溶剂，将岛翼龙的化石与石灰岩块分开，才发现这些化石是翼龙类。在1969年，美国古生物学家（Edwin Harris "Ned" Colbert）将这些化石叙述、命名。模式种是西方岛翼龙（"N. hesperius"）。属名在古希腊文意为「岛屿的手指」；种名在古希腊文意为「西方」。岛翼龙的模式标本（编号 AMNH 2000）是一个关节脱落的部份身体骨骸，是从石灰岩层中发掘出来，包含：头颅骨碎片、众多的嵴椎与尾椎、尾椎的嵴