实行军府制，在蒙古实行盟旗制，在西藏遵循元朝以来的行政区划设置宗。清末，在列强蚕食鲸吞的形势下，边疆各地依靠旧有的行政体制已无法维持有效的统治。光绪年间，新疆、奉天、吉林、黑龙江相继建省，实行与汉地相同的行政体制。蒙古、西藏、海南也有建省之议，但在清朝灭亡之前未能实行。
疆域.干隆二十四年（1759年）之后的清朝疆域：北起蒙古唐努乌梁海地区及西伯利亚，南至南海，包括“千里石塘、万里长沙、曾母暗沙”（今南海诸岛），西南达西藏的达旺地区、云南省的南坎、江心坡地区等缅甸北部，西尽帕米