教政策引起了新教信徒的极度不安；在登上王位后不久，斐迪南就撕毁了皇帝鲁道夫二世颁布的在波希米亚准许宗教信仰自由的敕令。很快他在波希米亚便受到来自各个社会阶层的反对。1618年5月22日，在布拉格发生了掷窗事件，成为波希米亚起义和整个三十年战争的开端。捷克贵族宣布废黜斐迪南二世，选举普法尔茨选侯腓特烈五世为国王。1619年皇帝马提亚斯去世，斐迪南二世顺利地继承了神圣罗马帝国皇帝和匈牙利国王。匈牙利几乎立刻爆发了反对他的运动，在运动中斐迪南被废黜（1620年），特兰西瓦尼亚公爵加布里埃尔·百瑟伦（他得到宗主