同创办网络应用Viaweb的创办人：罗伯特·莫里斯、特雷弗·布莱克威尔和他的妻子共同创立。公司的名称以函数式编程理论「Y组合子」（Y Combinator）理论为名。自成立以来到2008年，Y Combinator曾在两个美国城市：麻省剑桥市和加州山景城轮流举办课程；但自2009年1月开始，所有未来的课程地点会永久转到硅谷。2009年，Y Combinator与创投公司红杉资本和数个天使投资者如Ron Conway、Paul Buchheit及Aydin Senkut等等，以合作伙伴方式为年轻的初创