令沿江沿海各省循明制，各设水师，其编制与陆军一致。此为清设水师之始。内河防务以长江为主体，沿岸各设水师。海防上，因清初海禁，又防台湾郑氏等反清力量，以致海防废弛。即使在平定明郑后，仍受海禁影响，水师多以防御为主，缺乏攻击性战舰。康熙时，清军先后平定三藩之乱（1673年1681年），远征台湾（1683年），1652年到1689年于雅克萨战役击败俄国，1696年平定噶尔丹。干隆时，更有“十全武功”，清朝军事力量达到极盛。
衰弱与重组.入关之后，八旗享有种种政治、经济特权，赐与庄田，