间站台3座，依旧为客运二等站。1997年6月至1999年12月杭州站改造期间，杭州东站开始停靠原浙赣铁路、沪杭铁路和萧甬铁路的部分旅客列车。2002年，车站由二等站升为一等站。2005年浙赣线电气化改造后，每日停靠的列车增加到100趟。2007年第六次大提速前夕，车站将4、5站台改为高站台以适应动车组停靠。
改扩建.随着客流的日益增长，老杭州东站设施已不能跟上时代的发展。杭州东站于2002年被杭州市政府定为“最差形象建筑”之一。杭州东站改建工程始于2008年，于2013年结束，