区政府授予大紫荆勋章，以表彰他在学术领域的杰出成就。2001年，他获得俄罗斯国际欧亚科学院院士。2005年，由饶宗颐教授书写《心经》，并由当代着名篆刻家唐积圣先生鑴刻，心经简林树立于大屿山昂平一址。2009年，饶宗颐获中国国务院总理温家宝聘请为中央文史研究馆馆员，并得到香港艺术发展局颁发「2008香港艺术发展奖」之「终身成就奖」。2011年，国务院副总理李克强参加香港大学百週年校庆典礼，在港大与饶宗颐会面，饶宗颐向李克强赠送了一幅荷花画作。2015年，国务院总理李克强在中南海紫光阁接见饶宗颐，称赞他是香