，辞去了在东京本部担任的职务，3月与日本大陆浪人古河清等人前往中国东北动员“马贼”，6月被张继从奉天请回后，投入了第一次倒孙高潮，支持章太炎反对孙中山在日本购买军火。《民报》风波平息后，宋教仁对同盟会总部和孙中山的不满情绪没有消除。广州新军起义后，他与谭人凤、居正等商讨成立专注长江流域的革命机关。1910年7月，11省区同盟会分会长举行会议，决定在长江流域发动革命。1911年，宋教仁到上海组织反清运动，在于右任办的《民立报》担任编辑，并与陈其美筹建中部总会。7月31日，宋教仁参加了同盟会中部总会于上海四