国家的蛀虫」，并嘲讽明朝宦官魏忠贤是国家大祸害。他以易经的论点写出「泰交策」云「宇内岂无人焉？有薄士大夫而觅皋、夔、稷、契于黄衣阉尹之流者哉」。魏忠贤看到后大怒，矫称圣旨将其连降三级，御史徐复阳弹劾，将方逢年、章允儒等正副考官等八人削籍为民，并以廷杖责罚。
崇祯朝.明思宗崇祯元年（1628年），恢复官职，累升至礼部侍郎、国子监祭酒和经筵日讲官，担任崇祯帝的讲官五年。崇祯十一年（1638年），方逢年升任礼部尚书、进入内阁担任阁揆。同年，清军由多尔衮率领，越过长城攻打河北和山东