下，当选世界卫生组织总干事。陈水扁总统向陈冯富珍递交申请书，要求以台湾名义加入世界卫生组织。陈冯富珍拒绝接受申请书，并对外声明，将严格遵守一个中国原则，台湾为中国的「一省」，无权加入世界卫生组织。2009年4月28日，陈冯富珍致函中华民国卫生署署长叶金川，邀请他以「中华台北」的名义及「观察员」的身分，出席5月18日至27日在日内瓦召开的第62届「世界卫生大会」。马英九政府视此为活路外交的一大胜利，但民进党主席蔡英文质疑，此次邀请，将叶金川定位为附属于中国的非政府组织（NGO），对于台湾的外交地位并没有提