纯一等人研习佛经，主张“心治即国治”、“心安即国安”。1938年日军攻占武汉后，吴兆麟因长期患有哮喘，故留居武汉，每日读佛经。日军胁迫其出任伪军总司令、湖北省政府首席参议，被吴兆麟拒绝。日本人遂将吴兆麟软禁。1942年10月17日，吴兆麟在武昌因哮喘病逝。重庆国民政府明令褒扬并予公葬，葬于武昌伏虎山。
着作.吴兆麟着有《太湖秋操纪实》、《战术实施》、《辛亥武昌革命工程第八营首义始末记》等。他还存有武昌起义时期的文电底稿以及日记多种，后来曹亚伯撰写的《武昌革命真史》从中多有取