坊间一直流传着西乡未死，首级未找到或非其本人的流言。城山之战结束后明治政府对鹿儿岛等地协助叛乱者进行了清算，并设立九州临时法院（）负责审判。共有2,764人被判处不同刑罚，其中22人死刑。原鹿儿岛县县令因拒不向中央政府交税且积极为萨军提供资金援助而被逮捕，9月30日押至长崎处斩，同时处决的还有后藤纯平、坂田诸洁等响应西乡举兵的鹿儿岛士族首领。野村忍介等投降的萨军大队长一律判处10年徒刑，法庭并没有给他们申辩道义的机会。日本红十字会的先驱在鹿儿岛、熊本等地开设战地医院，一视同仁地收治所有受伤的官军、萨军以