有道”。入京后，拜孙承宗为师，自称：“余举进士，出吾师高阳公们。”还将邹元标视作“余之执友”，引缪昌期为“同志”。特别与杨涟相善（杨涟曾为常熟知县），杨涟曾说：“吾生平畏友，子（指钱谦益）与元朴耳。”这使得他在天启年间的党锢之祸中受到牵连。当时阉党崔呈秀作《东林党人同志录》，指钱谦益为党魁；王绍徽作《东林点将录》，比钱谦益为“天巧星浪子左春坊左谕德钱谦益”。天启五年（1625年）五月，受御史陈以瑞弹劾，削籍南归。回乡后不得不过着低调的生活，“投老经年掩荜门，清斋佛火自晨昏。”
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