最初将古巨蜥分类在自己的属中，但此属的有效性却被受质疑，认为是巨蜥属的异名。 由于"Megalania"及巨蜥属的性别不同，种小名也由"prisca"改为"priscus"。
系统发生学.多项研究都尝试找出古巨蜥在巨蜥属内的系统发生学位置。其中一个指牠们的头颅骨顶形态与眼斑巨蜥相似，认为与之相近。 另一项较近期的研究则指牠们与科莫多龙的脑颅结构相似，故与之应为姊妹分类，而树巨蜥则为其最近亲。
体型.古巨蜥没有留下完整或接近完整的骨骼，故很难确定其大小。 早