现代真核细胞的线粒体。这些共生细菌的功能目前仍不清楚，Whatley认为它们可能会提供一个进化的范例，来说明细菌到线粒体这种转变方式。在1982年，琳·马古利斯为缺乏波动足的厌氧变形虫创建了泥生亚纲，多核变形虫属是该纲内的唯一一种属。之后，汤玛斯·卡弗利尔-史密斯加入一些其他无线粒体的原始变形虫，并创建了变形虫纲。再之后变线虫纲与其他缺乏线粒体的生物鞭毛虫类和微孢子虫一同又被归类于新的源真核生物界。在1988年，多核变形虫的原始形态又再一次被怀疑，Joe I. Griffin的研究表明沼泽多核变形虫