多尔衮于1650年12月31日死后，13岁的顺治皇帝开始亲政。顺治皇帝试图打击腐败，整顿吏治，削弱满洲贵族的政治影响力，但最终结果成败参半。在位期间，顺治帝面临着大明遗民的复明抵抗，不过至1661年，清军已将大清帝国最后的对手，南明遗臣郑成功和永历皇帝朱由榔击败，郑成功和朱由榔分别于次年病死和被擒杀。顺治皇帝在22岁时因感染高度流行的天花去世，其皇位由已从天花中幸免于难的皇三子玄烨承袭，后者即清圣祖，在位61年。由于顺治年间的历史文献流传相对较少，加上史书为突显康熙帝的功绩，因此这段时期同整个清朝历史相比显