有圆明三园唯一残留的古树群。1900年前后，正觉寺曾一度被义和团占用。八国联军占领北京时，寺内部分门窗及佛像被驻在该寺南边的朗润园（今属于北京大学）的德军毁坏。民国初年，正觉寺被颜惠庆购买并当作私人别墅，寺内喇嘛被遣散，佛像被拆除，建筑进行了改造。释妙舟《蒙藏佛教史》载，“新正觉寺。在万寿山迤东三里河，建于干隆年间。殿共四进，枕山临水，风景幽雅。规模宏敞，备极辉煌，万寿之水，环流寺门。寺内前额定喇嘛三十余名，民国十一年易为某宅公馆，寺内喇嘛奉令移居海甸陈府。”后来，正觉寺被转售与清华大学当作教职员工