改建以后，许多天地会的人寄迹寺院托钵为僧，隐于黄蘗寺内。而黄蘗寺就成为了反清复明的重要据点，清干隆年间黄蘗寺方丈不慧大师与知府蒋元枢私交极好，然蒋元枢收到福建总督追拿天地会不慧大师的密函，不慧大师看出蒋元枢有心事，便问其究柢，遂将天地会所藏的盔甲、粮饷、武器等焚毁，又将百余万的资金交给蒋元枢，请其善用资金，造福黎民，不慧大师被押至北京，斩首于西市，黄蘗寺后遂寂寥。