洋资源学系系主任、文理学院院长、理学院院长以及海洋科学学院院长、海洋科学研究中心主任等职务。以及中央研究院学术谘询总会执行秘书。1993年借调至行政院国家科学委员会前往日本东京担任台北驻日本经济文化代表处科学组组长，2003年退休返回台湾。之后曾在国立台湾海洋大学环境生物与渔业科学研究所任教。2010年起担任财团法人国际海洋永续文化经济及环境保护基金会执行长。另外，张崑雄曾担任中国生物学会、中华民国自然与生态摄影学会、中华民国溪流环境协会等民间单位理事长。
研究.张崑雄的研究主