还镇京口。当时陶侃等人尚有犹豫，但孔坦却很急切，最终郗鉴还是返回京口，并修了大业、曲阿、庱亭三垒拒守，成功分散苏峻军军力。苏峻之乱于咸和四年（429年）被平定，孔坦将获授吴郡太守。不过，孔坦自以年少，不适合到有大量贤士豪杰聚集的吴郡当太守，如此庾亮及王导都属意孔坦任丹扬尹。不过由于当时丹杨郡经历过两年战乱，民间一片衰败困苦，孔坦又再推辞，但眼见王导等迟迟不允，就感慨地说：「昔日肃祖临终时，诸君都在御床旁边接受遣诏。孔坦关系疏远，地位低下，不在顾命之列。现在有艰难了，就先想到用微臣了。现在我就是砧板上的肉