育部科技进步一等奖、1997年国家自然科学三等奖。1998年，他被列入国家级有突出贡献的中青年专家。2000年，他被授予第四届北京十大杰出青年称号，同年被聘为长江特聘教授。2009年，中国数学会授予他陈省身数学奖。此外，他还荣获首届中国青年科技奖、中国青年科学家奖、“求是”杰出青年奖、全国五一劳动奖章和全国优秀科技工作者荣誉称号。张继平曾在2003年、2007年、2009年、2011年、2015年、2017年多次参加中国科学院院士增选，于2019年11月当选。