每条领鞭毛虫都有一条鞭毛，由一圈充满肌动蛋白、叫作微绒毛的突出物环绕，在鞭毛外形成了一圈圆柱状或椎状的「衣领」，因以为名。鞭毛的移动可透过「衣领」抽水，细菌及碎屑会被微绒毛捕获，然后被领鞭毛虫进食。由鞭毛产生的水流亦会推动细胞，使之可以自由游动，就好像动物的精虫一样。相对来说，其他鞭毛虫往往是透过其鞭毛的活动来「拉扯」鞭毛虫移动。
结构及演化.目前有两个物种的整个基因及两个物种的转录组的基因已被完整排序并出版，方便了对领鞭毛虫及生物演化的研究。
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