而腕鳍鱼纲（现仅剩多鳍鱼目）是本纲的姐妹群。
种系发生.根据2017年美国学者 Betancur-R 等人修订的硬骨鱼系统发育分类，辐鳍鱼纲和其他现生硬骨鱼类的分化关系如下：
下级分类.辐鳍鱼纲可分为两个亚纲，其中软质亚纲仅含鲟形目，而不再包含多鳍鱼目。现行分类中辐鳍鱼纲的69个目如下：