第二师团分别计画于府城以北三十公里的布袋嘴（今布袋），与府城以南三十公里的枋寮登陆，与原本的近卫师团配合，预定兵分三路进佔台湾南部各城。其中近卫师团从在浊水溪遭到简义率领的民兵攻击，混成第四旅团在布袋、盐水遭到义勇军的袭击，攻佔盐水后贞爱亲王驻扎于盐水八角楼。另外，乃木希典统率的第二师团于进攻南部据点打狗、凤山、及佳冬巷战中，遇到魏开、陈鱼、郑吉生等人所率领之民勇抗拒且造成百名兵士伤亡。
云林地区战事.9月，日军占领彰化全境，义军撤往西螺溪以南并严加佈防，云林佈防则由守备王得标率福