，各宗教团体被要求整合并向国家主义倾斜，圣安得烈教会更名为「芝圣公教会」。1902年落成的圣堂在1944年的东京大空袭中烧毁。二战后以野濑秀敏为首的圣职与信众展开教堂的复原运动，并在圣堂原址信众提供的戸外仓库作为礼拜堂复办弥撒。1948年，圣堂暂移至由水交社赠与的车库改造而成临时礼拜堂兼集会所。圣堂的新建筑在各方援助下于1949年落成，并于翌年祝圣。1956年，英语专用的礼拜堂（现圣奥本教堂，）落成后，圣安得烈教堂停止举行英语弥撒。1986年，圣安得烈座堂正式併入日本圣公会东京教区。