馆后收到捐赠以及购得的藏品以及参观人数增加而导致博物馆有需要开设一座较宽敞的展览场所而兴建一座新的展览大楼；因此海事博物馆于1990年6月24日迁址至相传是葡萄牙人首次踏足澳门的妈阁庙前地一号作为新的展览大楼，而原为海事博物馆的大楼则改作行政大楼之用。澳门总督韦奇立于1999年4月训令向海事博物馆授予文化功绩勋章以表扬博物馆对年青人开展的教育活动。
设施.现时海事博物馆的展览大楼楼高三层，犹如一艘已扬帆的三桅帆船，面积为800平方米，主要由展览馆、图书馆以及露天茶座三个部分所组成。