明治神宫体育大会的马拉松比赛，以2:26:42创下当时的世界纪录夺得冠军。经过1936年5月的奥运代表最终选拨赛，与南昇龙一起成爲奥运代表。
1936年柏林奥运.由于日韩併合的时代背景，孙基祯被强迫加入日本国家代表队参与1936年柏林奥运，并以日语名字そん きてい（Son Kitei）参赛。他后来以2:29:19完成总长度为42.195公里的马拉松项目，打破奥运记录并夺得金牌，队友南昇龙以2:31:42获得铜牌。民族主义感极强的孙基祯拒绝以日文签名，只是签署其朝文名字，甚至在签