考中英才杰出、《六经》等科，拜着作郎，负责记录皇帝的行为。曾任国子博士，久视元年（700年）在太子詹事任上时，武则天因礼官不甚详明，特诏祝钦明及博士韦叔夏、大儒郭山恽等，每有仪注，皆令参定。长安元年（701年），祝钦明又累迁太子前皇帝李显的率更令兼崇文馆学士，与太子右庶子崔神庆等兼充东宫侍读，隔日履职，教太子学经。他还任金紫光禄大夫，曾作林钟宫送神用音乐《永和》：“閟宫实实，清庙微微。降格无象，馨香有依。式昭纂庆，方融嗣徽。明禋是享，神保聿归。”二年（702年），迁太子少保。祝钦明与同僚学士郭山恽、李宪