后来干隆帝又称：“梵宇之仅存煨烬之余者，已不可复整，亦不必为之复整也。”因此固尔札庙未重建。但为尊重东迁到热河（今河北承德）的准噶尔达什达瓦部的信仰，干隆二十九年（1764年）仿固尔札庙原样在承德兴建了安远庙。清朝时期，伊犁河谷陆续兴建了绥定城兴教寺、惠远城普化寺、昭苏圣佑庙、察布查尔靖远寺、尼勒克崇寿寺等藏传佛教格鲁派寺院。干隆四十年（1775年），格琫额《伊江汇览》中称，固尔札庙“自西陲底定以来，倾颓无存，然琉璃金碧，砖瓦零星，沙砾之中，仅存遗迹矣。”1957年，固尔札庙被列为第一批新疆维吾尔自治区