万历二十六年（1598年），破格提拔为礼部右侍郎。后隐退。光宗即位，国祚因曾侍潜邸，特旨拜礼部尚书兼东阁大学士，入阁参与机务。天启元年（1621年）六月还朝。不久，加太子太保，进文渊阁大学士。天启三年（1623年），进少保、太子太保、户部尚书，改武英殿大学士。连上十三疏乞休，诏加少傅兼太子太傅，乘传归。次年卒。赠太傅，谥文恪。
家族.曾祖朱恭；祖朱彩，赠登仕佐郎太医院吏目 ；父朱儒，修职郎太医院御医；嫡母唐氏；生母王氏。朱国祚生有六子，长子朱大竞，为朱彝尊曾祖父。从子朱大启