隋末，曾游于剑南，以讲授为业。贞观初年，越王李泰聘任为东合祭酒，不久退隐于白鹿山（今河南新乡辉县）。贞观十一年，召拜太学博士兼弘文馆学士，参修《文思博要》。贞观十六年（642年），孔颖达撰述《五经正义》成，马嘉运指责《五经正义》过于繁杂，颇多弊病，于是唐太宗下诏重修。贞观十七年以后，任崇贤馆学士，为东宫侍讲。贞观十九年（645年），担任国子博士，是年卒于官。《冥报记》记有马氏游地府事。