克式建筑风格，又参考了罗马耶稣会的耶稣教堂的拉丁十字平面作为重建教堂的设计，并在拉丁十字交会处上方建造直径12米、高34米的大圆穹顶，在教堂的后部建造一座高28米的钟塔。虽然在1904年12月4日为重建工作进行了奠基仪式，然而工程并无实际进行，澳门建筑师、文化遗产专家吕泽强指出，从乔治·钱纳利的画作可见，圣保禄教堂在火灾后并无将所有建筑物完全烧毁，钟塔并没有完全损毁，修院入口的拱廊仍然尚在，教堂内部的主祭室入口的大砖拱和主祭坛未被完全毁坏（上述建筑现时皆已不存），以当时的状况看来，教堂其实仍然有条件被修