为七五期间国家重点建设的十所高校之一，科大再度成为中国大陆最受瞩目的理科大学之一。1986年，学校开始新校区（即现在的西校区）的建设。1992年，根据科技论文发表结果，科大被国家科委评选为中国四所科研业绩最强的大学之一。1980年代，科大思想活跃，方励之、温元凯等人对时政的评论曾全国闻名。1986年12月上旬，中国科学技术大学学生因不满合肥市西市区人大代表选举，抗议中共不遵守“新选举法”、违法干涉基层民主选擧，联合安徽大学等高校4000余名学生上街发起“要求进行民主选擧”的游行。时任中国科学技术大学校长