芭芭拉感染了匈牙利斑疹热，之后开始突然发作。当芭芭拉正在康复的时候，开普勒的三个孩子都患了天花；6岁的弗里德里希最终夭折了。之后，开普勒写信给纽伦堡和帕多瓦的潜在赞助人。位于纽伦堡的图宾根大学，担心开普勒已经接触了违反《奥格斯堡信纲》与《协同信条》的加尔文主义异端学说，因而阻止他回归。而帕多瓦大学，在将要去世的伽利略的推荐下，希望开普勒能够填补数学教授职位的空缺，但是开普勒不喜欢他的家庭离开德国的领土，因而他来到了奥地利的林茨，确定在这里当一名教师和教区数学家。然而，芭芭拉病情再次复发，在开普勒回去之后不久