，以四川平定，命与吴三桂还镇汉中。顺治十四年（1657年），明将谭文等与李自成余党刘二虎等为寇，攻陷重庆，使所置都督杜子香镇守重庆。顺治十五年（1658年），李国翰与吴三桂进讨，自西充率兵下合州，杜子香迎战，战败逃遁，收复重庆，取道桐梓，趋向遵义。明将李定国遣其将刘正国等据险拒战，击溃敌军，自水西走云南，攻取遵义及所属州县；复进兵攻克开州，并招降水西土司。当时大将军罗託、经略洪承畴已取贵阳，李国翰还驻遵义，策会师攻取云南。同年七月，李国翰于军中逝世。丧闻至京城，顺治帝命内大臣致奠，赠太子太保，赐谥号「敏壮」