醌还被用于治疗多发性硬化症，尤其是继发进展型。它并不能够治愈多发性硬化症，但能够有效减缓疾病的进展并延长复发缓解型和进展复发型的复发之间的间隔时间。
作用机理.米托蒽醌是一种拓扑异构酶II抑制剂，通过抑制拓扑异构酶来干扰癌细胞DNA复制、转录与修复。它还能嵌入DNA双链的碱基之间，从而阻碍肿瘤细胞分裂。在多发性硬化症的治疗中米托蒽醌则是起到了免疫抑制剂的作用。
副作用.与蒽环类药物一样，米托蒽醌的常见不良反应包括不同程度的恶心、呕吐、脱发、骨髓抑制、