部门工作；曾出任北京市西城区副区长兼计委主任、北京市经济体制改革办公室副主任、北京市物价局局长等职。1993年6月，马凯从国家物价局副局长任上，调任国家经济体制改革委员会副主任；期间，曾在1994年当选为中国青年研究会副会长。1995年后，马凯历任国家计划委员会副主任、国务院副秘书长、国家防汛抗旱总指挥部副总指挥、全国绿化委员会副主任、国务院第五次全国人口普查领导小组副组长等职。2003年3月，第十届全国人大第一次会议通过国务院机构改革方案，决定改组原国家发展计划委员会，成立新的国家发展和改革委员会。2