，进入第二度的全盛期。进入江户时代，围绕义光的继承权发生了内乱，长子义康被暗杀。此后家中纷争不断，义光之孙义俊之时，发生了。因义俊不得人望，1622年（元和8年），最上氏被幕府下令改易。因为宗家斯波武卫家已经灭亡，怜及其支脉最上家，为不令其断绝，改封至近江国蒲生郡，知行为1万石。但是在义俊死后，因其子义智年幼而被减知为5000石（参勤交代等使财政窘迫）、子孙以旗本交代寄合之家格继续存留。义光的四男山野边义忠最终被提升为水户藩的家臣，其家系在水户藩为仅次于的重臣。另外，义光之侄松根光广的子孙作为宇和岛