2002年底，朝鲜半岛核危机再度爆发。2003年1月10日，朝鲜公开宣布退出《不扩散核武器条约》。为了应对危机，当年5月，戴秉国返回外交部，继续出任副部长，并担任部党委书记（至2008年4月），挂帅斡旋“朝鲜核危机”；2005年3月，接替刘华秋，兼任中央外事办主任。在任职期间，戴秉国一直扮演着类似“国家安全顾问”的角色，代表兼任中央外事工作领导小组组长的中共中央总书记胡锦涛处理外交大事，是中美、中日、中俄、中印战略对话的领军人物。
主管外交事务.2008年3月，在第十一届全国人