当选中国国民党候补中央执行委员。同年8月，任立法院立法委员、劳工法起草委员会召集人。此后作为中国国民党华北党务特派员被派往天津，从事反蒋派的对抗活动。同年冬，马超俊回到南京，任中国国民党中央训练部民众训练处处长。马超俊支持孙中山之子孙科，蒋介石软禁胡汉民之后，马超俊和孙科共同从事反蒋活动。1931年九・一八事变发生后，中国国民党各派大团结。1931年，马超俊当选中国国民党中央执行委员、中央民众运动指导委员会副主任委员。1931年（民国20年）末，蒋介石一度下野，孙科出任行政院长，马超俊被任命为南京市市长