中共中央派到新疆农学院担任院长，负责中国共产党交给的新疆上层统一战线工作。1948年，因遭人举报，他遭政府迫害一年，被关押后受到各种酷刑，始终不屈服。后来在中国共产党的营救下获释，继续任新疆农学院院长，为促进新疆和平解放发挥了很大作用，因此后来获得中国人民解放军西北野战军政治部颁发的“毛泽东奖章”和“人民功臣章”（有称“西北解放纪念章”）。1949年8月，扎巴依喀勒山空难发生，赴北平参加中国人民政治协商会议第一届全体会议的新疆代表团全体人员遇难。消息传到新疆之后，新疆三区最后决定再派出三位代表：赛福鼎（