为加衔中尉。汉考克的膝盖在楚鲁巴斯克负伤，并因此出现发烧症状。虽然他的身体状况有所改善，可以带兵参加莫利诺德尔雷伊之战，但还是因为发烧而无法参与最终突破墨西哥城的战斗，对此他抱憾终身。战争胜利后，汉考克和第6步兵团继续留在墨西哥直到两国于1848年签订和平条约。
婚姻及和平时期.作为陆军军需官和副官，汉考克在多地服役，这其中又以明尼苏达州亨内平县的斯内林堡（）和密苏里州的圣路易斯为主。他在圣路易斯结识了阿尔米拉·（“艾莉”）·拉塞尔（），两人于1850年1月24日成婚。艾莉于185