配给那不勒斯的卡洛塔，那不勒斯的弗雷德里克与的女儿，但卡洛塔并不同意这门婚事。为了安抚教宗的愤怒，弗雷德里克国王最后答应让时年17岁的阿方索与教宗的女儿，当时18岁并有过一段婚姻的卢克雷齐亚·波吉亚结婚。1498年7月15日，阿方索隐藏自己的身分进入罗马，他与卢克雷齐亚的婚礼于7月21日在梵谛冈举行，他们的婚礼及庆祝都是不公开的。阿方索获得比谢列、萨莱诺等领地，卢克雷齐亚则获得了40,000杜卡特作为嫁妆。作为婚姻协议的一部分，他们必须在婚后待在罗马至少一年且在教宗死去之前都不能强迫卢克雷齐亚搬去那不勒