延怙恶抗旨。虽然吴时来早年弹劾权贵声震朝野，但是因这十余年的挫折，他的晚年更多是在权贵间虚与委蛇。不久，东林党人饶伸、薛敷教、王麟趾、史孟麟、赵南星、王继光接连弹劾吴时来，吴时来被迫辞职，未离京师之前，就已经去世。明廷赠其为太子太保，谥忠恪。后礼部郎中于孔兼反对，被夺谥。有子吴钖岱。
着作.着有《横槎集》。
其他.2007年，由国家广播电影电视总局电影卫星频道节目制作中心和北京东方佳艺影视公司联合拍摄电影《抗倭英雄吴时来》开拍（后改名《抗倭恩仇录》），由司