年到延安，入中共中央党校学习。抗战胜利后，第二次国共内战爆发，陈锡联任太行纵队司令员、晋冀鲁豫军区第三纵队司令员，参加上党、邯郸、鲁西南诸战役。1947年4月，参与豫北战役，歼灭国军第二快速纵队。随后协同友军攻取汤阴，生擒孙殿英。同年7月，参加进军大别山，率部队率先抢渡淮河，到达大别山北麓，半个月攻占宛西地区9个县城及大片地区。1948年5月，陈任中原野战军第三纵队司令员。在淮海战役中，陈锡联指挥部队攻占宿县，被称为是淮海战役的点睛之笔。后在双堆集歼灭国军黄维兵团。1949年，任第二野战军三兵团司令员，