省列别姜（目前隶属利佩茨克州），距离莫斯科300公里（186英里）。他的父亲是东正教牧师和学校校长，母亲则是音乐家。扎米亚京在1922年回忆说「你会看到一个非常孤独的孩子，没有同年龄的同伴，他的母亲演奏肖邦时会跑到钢琴下面。」他可能有联觉，所以可以将字母和声音、色彩连结在一起。从1902年到1908年，叶夫根尼·伊万诺维奇·扎米亚京在圣彼得堡就读海军工程。在此期间，他加入布尔什维克党。他在1905年俄国革命期间被政府逮捕，并流放至西伯利亚。不过，他后来逃回到圣彼得堡。他在1906年迁移到芬兰大公国。