杖后，夜投水救起」被罗苾芬所救，但被杨秀清贬为普通士卒。石达开奏请杨秀清批准，黄玉崑入翼王府任文书。9月复职，封卫天侯，还是执掌天朝刑部。1855年10月随石达开自安庆西进，援救武昌。11月，在湖北崇阳县、通城县作战，进入江西。12月，和胡以晃占领临江府。1856年1月，攻占袁州府，3月参加石达开领导的攻打吉安之战。4月，石达开回到天京，命他主持江西军务，率军攻克建昌府。1857年11月，黄玉崑在吉安阵亡。