进行大幅改组，核减经费、清点文物。古物陈列所地位急剧下降，一度改归南京国民政府内政部北平档案保管处管理，编制遭缩减，所长改称主任，最终在1948年并入故宫博物院。
晚近发展.中华人民共和国成立后，午门城楼仍归北京历史博物馆（即中华民国初期的国立历史博物馆，1929年更名为中央研究院北平历史博物馆，后来又多次更名。1949年10月更名为北京历史博物馆，隶属中央人民政府文化部）拥有。1951年4月11日，北京历史博物馆在故宫午门举行敦煌文物展览，展出了北魏、西魏、隋、唐、五代、宋、元壁