ection::::Y染色体出现之前.许多属于变温动物的嵴椎动物是没有性染色体的。它们的性别由外界环境因素而不是个体基因型决定。这种动物中的一部分（例如爬行动物）的性别可能取决于孵化时的温度；其他则是雌雄同体的（亦即它们每个个体中同时能产生雄性和雌性的配子）。
起源.X染色体和Y染色体现在被认为是由一对相同的染色体演变而来的，这对染色体原属于常染色体（区别于“性染色体”）。某个远古哺乳动物的祖先发生了等位基因的变异（即所谓的“性别基因座”）——只要拥有这对等位基因的个体就会成为雄