革委员会秘书长。2006年1月，升任国家发展和改革委员会副主任、党组成员。2008年3月转任国务院副秘书长、机关党组成员。2015年1月，任国家食品药品监督管理总局局长、党组书记，晋升正部级。同年4月24日，被免去国务院副秘书长职务。在国家食品药品监督管理总局局长任上，大力推进了药品审评审批的透明化、高效化工作。其任上推进了飞行检查常态化。整个毕井泉时代的食药监，在临床实验数据造假监管、仿制药标准、审评审批透明度、上市许可制度上一直动作不断，被评价为“3年的变革，比过去30年的总和还要多”。20