康熙皇帝加封，晋天妃为天后，故今称「天后宫」，当地人多俗称「妈祖宫（Má-tsóo-king）」，随台语人口老化凋零，仅称「天后宫」现象日益普遍。
沿革.
明朝及明郑时期.澎湖天后宫设立应与明代万历年间的澎湖游兵有关，在文献可考的最早年代是1604年（明万历三十二年）。该年荷兰东印度公司司令官韦麻郎（Wybrand van Warwijck）率两艘船抵达澎湖，并派员往福建请求贸易。福建当局立即严禁人民出海接济，并派都司沈有容率兵船五十艘前往澎湖，要求荷兰人撤退