川庆喜在区界内的旧小日向地区居住。日本的学校教育发祥地汤岛圣堂和幕府直辖的教学机构昌平坂学问所也设在文京区的地界内。进入江户时代的文京区，起初由于区内大量的武家领地，使得町人街市的发展受到了很大的妨碍。在中期后，很多地区都进行了市街化的改造，后期在中山道的街道两侧商店林立，商业得到了很大发展。在进入明治时期以后，广大的武家宅地遗址大部分转为教育机构和军事设施使用。1877年（明治10年）4月12日，东京大学在加贺前田氏的领地遗址上设立，四周集结了大量的出版社等机构，坪内逍遥、森鸥外、夏目漱石、樋口一叶等