00年左右，一些从克里特岛来的移民定居于此，随后，这个城市就成为了爱奥尼亚十二城邦之一。在公元前6世纪它建立起了强大的海上力量，并建立了许多殖民地。在希波战争前它处于波斯统治下。米利都拥有一批着名的思想家，如泰勒斯、阿那克西曼德、阿那克西美尼等，世称米利都学派。米利都曾先后被赫梯帝国、弗里吉亚人、吕底亚、马其顿帝国、罗马帝国、拜占庭帝国和鄂图曼帝国所统治。在鄂图曼帝国统治时期，米利都被用作一个与威尼斯进行贸易的港口，后来港口淤塞，城市被废弃。今日米利都的废墟距离海面数十公里，在卫星地图上 37°31.8