要妈祖庙（大天后宫、海安宫、温陵妈庙等等）多由府城三郊管理，此外清朝晚期形成的府城迎（北港）妈祖活动，串联起北港到台南沿途多座重要妈祖庙，也使得妈祖信仰更为繁盛。
日治时期.日治时期初期妈祖楼天后宫曾被挪作台南警察署派出所，善化庆安宫曾被挪作湾里警察署等。}}，使得包括妈祖信仰在内的台湾民间信仰都受到影响，直到1896年首任台湾总督桦山资纪下令基于「保民治安」等理由，应妥为保护庙宇与传统信仰，暂供军用者也应速恢复旧貌，以及台湾治安的恢复，各地寺庙才逐渐恢复宗教活动。1915年西来庵