超领兵保衞元帝，令元帝十分感动，元帝于是让刘超回去继续治丧。两年后，王敦再度领兵进攻建康，打算篡位，虽然王敦于期间病逝，但其党羽钱凤等仍继续进攻。刘超于是招集义士，参与朝廷军队的抵抗，终于成功平定王敦之乱，刘超亦以功封零陵伯。太宁三年（325年），晋明帝逝世，太后庾文君临朝，刘超迁射声校尉。当时其实这些军官都没兵在手，但因有些义兴人因义跟随刘超，刘超就收编他们作禁军，号为「君子营」。咸和二年（327年），苏峻之乱爆发，历阳内史苏峻和豫州刺史祖约举兵进攻建康，刘超任左卫将军。次年朝廷抵抗失败，司徒王导