2016年夏季帕拉林匹克运动会的女子50米背泳比赛于9月10日至16日于奥林匹克水上运动中心举行，共分为4个级别，其中S3级及S5级是自2008年以后再次被纳入比赛项目。以下时间为南美标准时间（UTC-3）。
世界纪录.本届比赛前，该项目的世界及奥运会纪录如下：S2级：S3级：S4级：S5级：