使，国柱承其风旨。康熙二十年，由户科给事中擢拔为左副都御史，不久，出任江宁巡抚。转左都御史，改任户部尚书。余国柱每年都要馈献明珠万金，习以为常。康熙二十九年（1690年），授武英殿大学士。又阴谋诬陷熊赐履，人称“余秦桧。”康熙二十七年（1688年），郭琇弹劾明珠、余国柱“植党类以树私，窃威福以惑众”，列举罪行八款，并说“汉人之总揽者，则余国柱，结为死党，寄以腹心。”被参劾罢政。后又在江宁（今南京）大兴土木，为给事中何金兰所劾。被逐回原籍，卒于家中。