终，荷兰殖民政府在1940年5月禁止伊斯兰联盟党运作。
1942年后.伊斯兰联盟党在1942年日本佔领荷属东印度之后再次成立，却在同年5月被军政当局解散。日本的战败结束了日本在东印度群岛实行的军政，印尼也在1945年8月17日宣布独立；随后荷兰人回到印尼，掀起了印尼独立战争的序幕。独立战争期间，伊斯兰联盟党在1947年第三次成立，一方面支持社会党党魁阿米尔·谢里夫丁领导的内阁，一方面又参加在日佔时期成立，在印尼独立后重组的马斯友美党。当时伊斯兰联盟党的领袖除了佐克罗阿米诺托的儿子—