99年），改任广义巡抚。后加总督衔，领顺庆总督。成泰十六年（1904年）二月，改署户部尚书，充机密院大臣。十一月，兼管都察院。成泰十七年（1905年）正月，兼掌刑部印篆。维新元年（1907年）八月，黄琨充辅政大臣。维新二年（1908年）正月，升署协办大学士。维新三年（1909年）正月，实授协办大学士，领礼部尚书。维新四年（1910年）十月，停领户部尚书，专领礼部尚书。维新五年（1911年）正月，晋封美和子（）。二月，殖民政府奖励黄琨一枚农政一项金佩星。维新七年（1913年）十二月，充玉牒所总裁，并兼掌户