联的计划也因他的骤死而失去了一切意义；斯特凡在1586年12月12日于格罗德诺旧城堡逝世。（他的尸检也是东欧的第一次尸检；巴托里原先下葬于格罗德诺。）斯特凡的逝世引发了为期一年的空位危机。神圣罗马帝国皇帝的兄弟马克西米连大公当选国王，但遭到瑞典的齐格蒙特三世的竞争，最终齐格蒙特三世在贝奇纳击败马克西米连，继承波兰王位。根据现在的颂词，斯特凡·巴托里的功绩大过以往的君主，只有维陶塔斯才能与之相比。
后嗣.他一生没有留下合法的子嗣，因此外西凡尼亚亲王与波兰国王的位子，分别由其姪儿─