是与扇尾亚纲（亦即现今鸟类）在系统发生学上分开。不过，神翼鸟却同时拥有蜥鸟亚纲及扇尾亚纲的特征。神翼鸟接近鸟纲的特征例如有最少10节荐椎、耻骨及坐骨紧贴、远端股骨上有髌骨沟、完全鞍形的嵴椎、与及多种前肢、脚跟及脚掌的特征等。它们同时亦保有原始的反鸟类及兽脚亚目基群的特征，如多种肱骨的特征。这种中间形态正是蜥鸟亚纲分支有效性的证据。
反鸟类单系群.神翼鸟同时拥有的原始及先进特征，却没有了大部份反鸟亚纲的特征。要作为反鸟类的单系群，必须有27种特征，但神翼鸟却只有4种。若发现更多像神翼