乘客须经隧道疏散。部分仍可行驶的列车因信号失灵，需启动特别操作程序。位于世界贸易中心地底的IRT百老汇-第七大道线钱伯斯街车站至雷克托街车站段受影响最大，部分隧道及科特兰街车站严重损毁，需要重建。钱伯斯街车站以南的列车服务暂停，此后又进一步缩短至14街车站，34街-宾州车站以南的路段也频繁遭水浸。9月17日积水清除后，1号线开始在范科特兰公园-242街车站和14街车站之间行驶，并在96街车站以北以慢车模式运行，在该站以南以快车模式运行，2号线、3号线列车在曼哈顿停靠所有车站（但在10月1日前仍需跳过坚尼