基数和木兰目一样，都是19，因而过去也曾被认为与木兰目关系亲近，但后来的分子遗传学显示，昆栏树目属于真双子叶植物，而木兰目属于木兰类植物，其中，后者更早与单子叶植物及真双子叶植物分开演化，因而两者并不亲近。昆栏树目最亲近的旁系群是核心真双子叶植物及黄杨目（）。