·扎莫厄斯基一派大臣的冲突公开爆发，不但国王自觉被羞辱，扬·扎莫厄斯基甚至还亲自带兵，阻止与哈布斯堡联姻的准王后——奥地利的安娜进入波兰境内，意图让婚礼不能举行。结果扬·扎莫厄斯基的行动失败，新王后奥地利的安娜反而很快就获得波兰国内上下阶层的欢心；扬·扎莫厄斯基被国王巧妙地调到南方边疆战斗，让齐格蒙特能够着手他的宗教与集权计画。齐格蒙特三世在1596年迁都华沙，试图採行更加中央体制化的政策，并推行天主教的波兰反宗教改革，首先希望让联邦内的大批东正教徒，转化成天主教会的东方分支，成为所谓「东仪天主教会」的