Как я понял, бот автоматически выполняет преобразование одинаковых ссылок в формат <ref />, а нельзя ли, чтобы он дергал ссылку done на <url> с ручным исправлением ошибок? Каждая такая ссылка содержит pageid, я так понимаю уникальный идентификатор статьи, который вероятно вам доступен?