Насколько я понимаю, тут надо руководствоваться здравым смыслом: одна статья в каждой категории и несколько тысяч статей непосредственно в каждой категории это крайности, которых следует избегать. В частности, каждая из статей непосредственно в  это статья об одном университете; есть подкатегории: «» с шестью подкатегориями и упомянутая Вами «» с тремя; если вывалить все девять подкатегорий этих двух категорий в , разве это облегчит навигацию по категориям?