Ботам не все ли равно, что обрабатывать — флагификацию в шаблонах они же както обрабатывают, хотя она изначально так же не предусматривалась. Если визуальный редактор не может обрабатывать такой код, то он его не обработает и вне шаблона, что теперь htmlкод не использовать?