La prensa en español, además de los artículos de The Guardian y The New York Times, usa a menudo como guía los artículos de wikipedia, especialmente en temas de los que no tienen ni pajolera idea como estos. Otra cosa es la transliteración a pie de página, que me parece de más utilidad para especialistas que para el público general por lo que creo que ahí sí nos podemos permitir más libertades respecto a la ortografía general, y que como te digo yo usaría a modo de aclaración a pie de página (aunque ahí, como te digo, también soy partidario de j para la velar oclusiva sorda y de ŷ para la palatal oclusiva sonora) ¿Cuáles son tus motivos contra la jota? :D ¿Qué te sugiere lo que te digo?