El GIMP lo tengo pero no lo utilizo en exceso, y nunca para hacer mapas, le tengo especial cariño a usar SVG para mapas porque me parece el formato idóneo, aunque claro está, no siempre es posible disponer de la base y crearla a mano a partir de un mapa en .png, .jpg, .gif etc. resulta trabajoso. Tendré que enterarme bien de cómo funcionan las capas, ¿vienen incluídas en los metadatos de archivos de imagen (que las utilicen originalmente)?