Sí, el caso del magnolio es evidente. Pero en muchos casos no hay un nombre común y, no habiendo referencias para preferir una denominación común por encima de otra (a nivel personal, tengo la planta y la he oído llamar "rocío", "maravilla", pero no "ombligo de la reina"), lo sensato es no poner ninguna y utilizar el nombre científico en la ficha, explicando los nombres alternativos en el artículo o en la entradilla, ¿no crees?